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JP2002543769A - 肺癌の治療および診断のための化合物および方法 - Google Patents

肺癌の治療および診断のための化合物および方法

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Publication number
JP2002543769A
JP2002543769A JP2000611554A JP2000611554A JP2002543769A JP 2002543769 A JP2002543769 A JP 2002543769A JP 2000611554 A JP2000611554 A JP 2000611554A JP 2000611554 A JP2000611554 A JP 2000611554A JP 2002543769 A JP2002543769 A JP 2002543769A
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JP
Japan
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seq
polynucleotide
polypeptide
sequence
patient
Prior art date
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JP2000611554A
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トントン ワン，
リクン ファン，
Original Assignee
コリクサ コーポレイション
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Priority claimed from US09/466,396 external-priority patent/US6696247B2/en
Priority claimed from US09/476,496 external-priority patent/US6706262B1/en
Priority claimed from US09/480,884 external-priority patent/US6482597B1/en
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Publication of JP2002543769A5 publication Critical patent/JP2002543769A5/ja
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Abstract

(57)【要約】 肺癌の処置および診断のための化合物ならびにその方法が提供される。本発明の化合物は、肺腫瘍タンパク質の少なくとも一部分を含むポリペプチドを含む。このようなポリペプチド、またはこのようなポリペプチドをコードするＤＮＡ分子を含む、肺癌の免疫治療のためのワクチンおよび薬学的組成物がまた、本発明のポリペプチドを調製するためのＤＮＡ分子と一緒に、提供される。さらに、本発明は、このようなポリヌクレオチドを含む発現ベクター、およびそのような発現ベクターを用いて形質転換されたかまたはトランスフェクトされた宿主細胞を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 （技術分野） 本発明は、一般的に肺癌のような癌の治療および診断に関する。本発明は、よ
り詳細に、肺腫瘍タンパク質の少なくとも部分を含むポリペプチドおよびそのよ
うなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに関する。そのようなポリペプ
チドおよびポリヌクレオチドは、ワクチンに使用され得、そして肺癌の予防およ
び処置のため、ならびにそのような癌の診断およびモニタリングのための薬学的
組成物に使用され得る。
【０００２】 （発明の背景） 肺癌は、米国において男性および女性の両方の間における、癌による死の第１
の原因であり、１９９４年に１７２，０００と概算される新規な症例が報告され
た。診断時の疾患の段階に関係なく、全ての肺癌患者の間の５年の生存率はたっ
た１３％である。これは、この疾患がまだ局在している間に検出される症例の間
の５年間の生存率が４６％ということと対照的である。しかし、たった１６％の
肺癌しか、疾患が拡大する前に発見されない。
【０００３】 臨床徴候はしばしば、疾患が進行した段階に達するまで見出されないので、早
期検出は困難である。近年、診断は、胸部Ｘ線の使用、痰中に含まれる細胞の型
の分析および気管支通路の光ファイバー試験によって補助されている。処置レジ
メンは、癌の型および段階によって決定され、そして手術、放射線治療および／
または化学療法を含む。この疾患に関する治療へのかなりの研究にもかかわらず
、肺癌は処置が困難なままである。
【０００４】 従って、肺癌に対する改善されたワクチン、処置方法および診断技術に関する
必要性が当該分野で残されている。
【０００５】 （発明の要旨） 簡単に述べると、本発明は、肺癌のような癌の診断および治療のための組成物
ならびに方法を提供する。１つの局面において、本発明は、肺癌タンパク質の少
なくとも部分を含むポリペプチドまたはその改変体を提供する。特定の部分およ
び他の改変体は、免疫原性であり、その結果、抗原特異的抗血清と反応する改変
体の能力は、実質的に減少しない。特定の実施形態内において、このポリペプチ
ドは、以下：（ａ）配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、
３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、
７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０
９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４
２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６
７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９
３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２
０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７および３４９のいずれか１つに示
される配列；（ｂ）配列番号１〜３、６〜８、１０〜１３、１５〜２７、２９、
３０、３２、３４〜４９、５１、５２、５４、５５、５７〜５９、６１〜６９、
７１、７３、７４、７７、７８、８０〜８２、８４、８６〜９６、１０７〜１０
９、１１１、１１３、１２５、１２７、１２８、１２９、１３１〜１３３、１４
２、１４４、１４８〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６
７、１６８、１７１、１７９、１８２、１８４〜１８６、１８８〜１９１、１９
３、１９４、１９８〜２０７、２０９、２１０、２１３、２１４、２１７、２２
０〜２２４、２５３〜３３７、３４５、３４７および３４９のいずれか１つに示
される配列の改変体；ならびに（ｃ）（ａ）または（ｂ）の配列の相補鎖、から
なる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされる配列を含む。
特定の実施形態において、本発明ポリペプチドは、配列番号１５２、１５５、１
５６、１６５、１６６、１６９、１７０、１７２、１７４、１７６、２２６〜２
５２、３３８〜３４４および３４６のいずれか１つに示される配列、ならびにそ
れらの改変体からなる群より選択されるアミノ酸を含む腫瘍タンパク質の少なく
とも部分を含む。
【０００６】 本発明はさらに、上記のようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドま
たはその部分（例えば、肺腫瘍タンパク質の少なくとも１５アミノ酸残基をコー
ドする部分）、そのようなポリヌクレオチドを含む発現ベクター、およびそのよ
うな発現ベクターを用いて形質転換されたかまたはトランスフェクトされた宿主
細胞を提供する。
【０００７】 別の局面内において、本発明は、上記のようなポリペプチドまたはポリヌクレ
オチドおよび生理学的に受容可能なキャリアを含む薬学的組成物を提供する。
【０００８】 本発明の関連する局面内において、予防的使用または治療的使用のためのワク
チンが提供される。そのようなワクチンは、上記のようなポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドおよび免疫促進剤を含む。
【０００９】 本発明はさらに：（ａ）肺腫瘍タンパク質に特異的に結合する抗体またはその
抗原結合フラグメント；および（ｂ）生理学的に受容可能なキャリア、を含む薬
学的組成物を提供する。
【００１０】 さらなる局面内において、本発明は：（ａ）上記のようなポリペプチドを発現
する抗原提示細胞；および（ｂ）薬学的に受容可能なキャリアまたは賦形剤、を
含む薬学的組成物を提供する。抗原提示細胞としては、樹状細胞、マクロファー
ジ、単球、線維芽細胞およびＢ細胞が挙げられる。
【００１１】 関連する局面内において：（ａ）上記のようなポリペプチドを発現する抗原提
示細胞、および（ｂ）免疫促進剤、を含むワクチンが提供される。
【００１２】 別の局面において、本発明はさらに、上記のようなポリペプチドを少なくとも
１つ含む融合タンパク質、ならびにそのような融合タンパク質をコードするポリ
ヌクレオチドを提供する。
【００１３】 関連する局面内において、生理学的に受容可能なキャリアと組み合わせた、融
合タンパク質または融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む薬学的
組成物を提供する。
【００１４】 別の局面内において、免疫促進剤と組み合わせた、融合タンパク質または融合
タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むワクチンがさらに提供される。
【００１５】 さらなる局面内において、本発明は、患者における癌の発達を阻害するための
方法を提供し、この方法は、患者に上記のような薬学的組成物またはワクチンを
投与する工程を包含する。
【００１６】 別の局面内において、本発明はさらに、生物学的サンプルから腫瘍細胞を除去
するための方法を提供し、この方法は、生物学的サンプルを肺腫瘍タンパク質と
特異的に反応するＴ細胞と接触させる工程を包含し、ここで、接触させる工程は
、そのタンパク質を発現する細胞をそのサンプルから除去し得る条件下かつその
除去に十分な時間で実施される。
【００１７】 関連する局面内において、患者における癌の発達を阻害するための方法が提供
され、この方法は、患者に上記のように処置された生物学的サンプルを投与する
工程を包含する。
【００１８】 他の局面内において、肺腫瘍タンパク質に特異的なＴ細胞を刺激および／また
は拡大させるための方法がさらに提供され、この方法は、Ｔ細胞を、１つ以上の
以下：（ｉ）上記のようなポリペプチド；（ｉｉ）そのようなポリペプチドをコ
ードするポリヌクレオチド；および／または（ｉｉｉ）そのようなポリペプチド
を発現する抗原提示細胞と、Ｔ細胞を刺激および／または拡大をさせるに十分な
条件下および時間で接触させる工程を包含する。上記のように調製されたＴ細胞
を含む決定されたＴ細胞集団がまた、提供される。
【００１９】 さらなる局面内において、本発明は、患者における癌の発達を阻害するための
方法を包含し、この方法は、患者に上記のような有効量のＴ細胞集団を投与する
工程を包含する。
【００２０】 本発明はさらに、患者における癌の発達を阻害するための方法を提供し、この
方法は、（ａ）患者から決定されたＣＤ４+および／またはＣＤ８+Ｔ細胞を、１
つ以上の以下：（ｉ）肺腫瘍タンパク質の少なくとも免疫原性部分を含むポリペ
プチド；（ｉｉ）そのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；およ
び（ｉｉｉ）そのようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞とインキュベート
する工程；ならびに（ｂ）患者に有効量の増殖されたＴ細胞を投与し、それによ
って患者における癌の発達を阻害する工程を包含する。増殖された細胞は、患者
への投与の前にクローン化されていてもよいし、そうでなくてもよい。
【００２１】 さらなる局面内において、本発明は、患者における癌の存在または非存在を決
定するための方法を提供し、この方法は：（ａ）患者から得られた生物学的サン
プルを上記のようなポリペプチドに結合する結合剤と接触させる工程；（ｂ）サ
ンプル中のその結合剤に結合するポリペプチドの量を検出する工程；および（ｃ
）ポリペプチドの量を予備決定したカットオフ値と比較し、それから患者におけ
る癌の存在または非存在を決定する工程を包含する。好ましい実施形態内におい
て、結合剤は抗体であり、より好ましくはモノクローナル抗体である。癌は、肺
癌であり得る。
【００２２】 他の局面内において、本発明はまた、患者における癌の進行をモニタリングす
るための方法を提供する。そのような方法は：（ａ）最初の時点で患者から得ら
れた生物学的サンプルを上記のようなポリペプチドに結合する結合剤と接触させ
る工程；（ｂ）サンプル中のその結合剤に結合するポリペプチドの量を検出する
工程；（ｃ）後の時点で患者から得られた生物学的サンプルを使用して工程（ａ
）および（ｂ）を反復する工程；ならびに（ｄ）工程（ｃ）で検出されたポリペ
プチドの量を、工程（ｂ）で検出された量と比較し、それから患者における癌の
進行をモニタリングする工程を包含する。
【００２３】 他の局面内において、本発明はさらに、患者における癌の存在または非存在を
決定するための方法を提供し、この方法は：（ａ）患者から得られた生物学的サ
ンプルを、肺腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズす
るオリゴヌクレオチドと接触させる工程；（ｂ）サンプル中のそのオリゴヌクレ
オチドにハイブリダイズするポリヌクレオチド（好ましくはｍＲＮＡ）のレベル
を検出する工程；および（ｃ）そのオリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポ
リヌクレオチドのレベルを予備決定したカットオフ値と比較し、それから患者に
おける癌の存在または非存在を決定する工程を包含する。特定の実施形態内にお
いて、ｍＲＮＡの量は、例えば、上記のようなポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチドまたはそのようなポリヌクレオチドの相補鎖にハイブリダイズする少
なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーを用いたポリメラーゼ連鎖反応を
介して検出される。他の実施形態内において、ｍＲＮＡの量は、上記のようなポ
リペプチドをコードするポリヌクレオチドまたはそのようなポリヌクレオチドの
相補鎖にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブを使用するハイブリダ
イゼーション技術を用いて検出される。
【００２４】 関連する局面において、患者における癌の進行をモニタリングするための方法
が提供され、この方法は（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、肺腫瘍タ
ンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチ
ドと接触させる工程；（ｂ）サンプル中のそのオリゴヌクレオチドにハイブリダ
イズするポリヌクレオチドの量を検出する工程；（ｃ）後の時点で患者から得ら
れた生物学的サンプルを使用して工程（ａ）および（ｂ）を反復する工程；なら
びに（ｄ）工程（ｃ）で検出されたポリヌクレオチドの量を、工程（ｂ）で検出
された量と比較し、それから患者における癌の進行をモニタリングする工程を包
含する。
【００２５】 さらなる局面内において、本発明は、上記のようなポリペプチドに結合する抗
体（例えば、モノクローナル抗体）、ならびにそのような抗体を含む診断キット
を提供する。上記のような１つ以上のオリゴヌクレオチドプローブまたはプライ
マーを含む診断キットがまた、提供される。
【００２６】 本発明のこれらおよび他の局面は、以下の詳細な説明および添付の図を参照す
ることによって明らかになる。本明細書中に開示される全ての参考文献は、あた
かも各々が個々に援用されるように、その全体が参考として本明細書中によって
援用される。
【００２７】 （配列識別子（ＳＥＱＵＥＮＣＥ ＩＤＥＮＴＩＦＩＥＲＳ）） 配列番号１は、ＬＳＴ−Ｓ１−２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号２は、ＬＳＴ−Ｓ１−２８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号３は、ＬＳＴ−Ｓ１−９０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号４は、ＬＳＴ−Ｓ１−１４４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号５は、ＬＳＴ−Ｓ１−１３３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号６は、ＬＳＴ−Ｓ１−１６９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号７は、ＬＳＴ−Ｓ２−６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号８は、ＬＳＴ−Ｓ２−１１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号９は、ＬＳＴ−Ｓ２−１７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１０は、ＬＳＴ−Ｓ２−２５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１１は、ＬＳＴ−Ｓ２−３９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２は、ＬＳＴ−Ｓ２−４３に対して決定された第一のｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１３は、ＬＳＴ−Ｓ２−４３に対して決定された第二のｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１４は、ＬＳＴ−Ｓ２−６５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５は、ＬＳＴ−Ｓ２−６８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６は、ＬＳＴ−Ｓ２−７２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７は、ＬＳＴ−Ｓ２−７４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１８は、ＬＳＴ−Ｓ２−１０３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号１９は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−１Ｆに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号２０は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−２Ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号２１は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−４Ｈに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号２２は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−５Ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号２３は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−６Ｂに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号２４は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−７Ｂに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号２５は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−７Ｈに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号２６は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−８Ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号２７は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−８Ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号２８は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−９Ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号２９は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−９Ｅに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号３０は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−１０Ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号３１は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−１０Ｇに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号３２は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−１１Ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号３３は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−１２Ｃに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号３４は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｎ１−１２Ｅに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号３５は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−３Ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号３６は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−６Ｃに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号３７は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−５Ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号３８は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−５Ｆに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号３９は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−６Ｇに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号４０は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−８Ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号４１は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−８Ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号４２は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−１０Ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号４３は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−９Ｂに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号４４は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−９Ｆに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号４５は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｂ１−１２Ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号４６は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−２Ｂに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号４７は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−５Ｆに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号４８は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−６Ｂに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号４９は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−７Ｆに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号５０は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−８Ｇに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号５１は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−９Ｅに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号５２は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−１２Ｂに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号５３は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−２Ｃに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号５４は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−１Ｇに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号５５は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−４Ｇに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号５６は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−３Ｈに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号５７は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−５Ｇに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号５８は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−９Ｂに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号５９は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−１０Ｈに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号６０は、ＬＳＴ−Ｓ２−Ｈ２−１２Ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号６１は、ＬＳＴ−Ｓ３−２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号６２は、ＬＳＴ−Ｓ３−４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号６３は、ＬＳＴ−Ｓ３−７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号６４は、ＬＳＴ−Ｓ３−８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号６５は、ＬＳＴ−Ｓ３−１２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号６６は、ＬＳＴ−Ｓ３−１３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号６７は、ＬＳＴ−Ｓ３−１４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号６８は、ＬＳＴ−Ｓ３−１６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号６９は、ＬＳＴ−Ｓ３−２１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号７０は、ＬＳＴ−Ｓ３−２２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号７１は、ＬＳＴ−Ｓ１−７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号７２は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１Ｅに対して決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号７３は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１Ｇに対して決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号７４は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−３Ｅに対して決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号７５は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−４Ｅに対して決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号７６は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−６Ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号７７は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−８Ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号７８は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１０Ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号７９は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１０Ｃに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号８０は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−９Ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号８１は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１０Ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号８２は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−９Ｈに対して決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号８３は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１１Ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号８４は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１２Ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号８５は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１１Ｅに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号８６は、ＬＳＴ−Ｓ１−Ａ−１２Ｅに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号８７は、Ｌ５１３Ｓ（Ｔ３）に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号８８は、Ｌ５１３Ｓコンティグ１に対して決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号８９は、Ｌ５１４Ｓに対して決定された第一のｃＤＮＡ配列である。 配列番号９０は、Ｌ５１４Ｓに対して決定された第二のｃＤＮＡ配列である。 配列番号９１は、Ｌ５１６Ｓに対して決定された第一のｃＤＮＡ配列である。 配列番号９２は、Ｌ５１６Ｓに対して決定された第二のｃＤＮＡ配列である。 配列番号９３は、Ｌ５１７Ｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号９４は、ＬＳＴ−Ｓ１−１６９（Ｌ５１９Ｓとしてもまた公知）に対し
て決定された伸長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号９５は、Ｌ５２０Ｓに対して決定された第一のｃＤＮＡ配列である。 配列番号９６は、Ｌ５２０Ｓに対して決定された第二のｃＤＮＡ配列である。 配列番号９７は、Ｌ５２１Ｓに対して決定された第一のｃＤＮＡ配列である。 配列番号９８は、Ｌ５１２Ｓに対して決定された第二のｃＤＮＡ配列である。 配列番号９９は、Ｌ５２２Ｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１００は、Ｌ５２３Ｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１０１は、Ｌ５２４Ｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１０２は、Ｌ５２５Ｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１０３は、Ｌ５２６Ｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１０４は、Ｌ５２７Ｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１０５は、Ｌ５２８Ｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１０６は、Ｌ５２９Ｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１０７は、Ｌ５３０Ｓに対して決定された第一のｃＤＮＡ配列である。 配列番号１０８は、Ｌ５３０Ｓに対して決定された第二のｃＤＮＡ配列である。 配列番号１０９は、Ｌ５３１Ｓ短形態に対して決定された全長ｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号１１０は、配列番号１０９によってコードされる、予想されるアミノ酸
配列である。 配列番号１１１は、Ｌ５３１Ｓ長形態に対して決定された全長ｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号１１２は、配列番号１１１によってコードされる、予想されるアミノ酸
配列である。 配列番号１１３は、Ｌ５２０Ｓに対して決定された全長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１１４は、配列番号１１３によってコードされる、予想されるアミノ酸
ン配列である。 配列番号１１５は、コンティグ１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１１６は、コンティグ３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１１７は、コンティグ４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１１８は、コンティグ５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１１９は、コンティグ７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２０は、コンティグ８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２１は、コンティグ９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２２は、コンティグ１０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２３は、コンティグ１２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２４は、コンティグ１１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２５は、コンティグ１３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２６は、コンティグ１５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２７は、コンティグ１６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２８は、コンティグ１７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２９は、コンティグ１９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３０は、コンティグ２０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３１は、コンティグ２２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３２は、コンティグ２４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３３は、コンティグ２９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３４は、コンティグ３１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３５は、コンティグ３３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３６は、コンティグ３８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３７は、コンティグ３９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３８は、コンティグ４１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３９は、コンティグ４３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４０は、コンティグ４４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４１は、コンティグ４５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４２は、コンティグ４７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４３は、コンティグ４８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４４は、コンティグ４９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４５は、コンティグ５０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４６は、コンティグ５３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４７は、コンティグ５４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４８は、コンティグ５６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４９は、コンティグ５７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５０は、コンティグ５８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５１は、Ｌ５３０Ｓに対する全長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５２は、配列番号１５１によってコードされるアミノ酸配列である。 配列番号１５３は、Ｌ５１４Ｓの一次改変体の全長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５４は、Ｌ５１４Ｓの二次改変体の全長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５５は、配列番号１５３によってコードされるアミノ酸配列である。 配列番号１５６は、配列番号１５４によってコードされるアミノ酸配列である。 配列番号１５７は、コンティグ５９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５８は、Ｌ７６３Ｐ（コンティグ２２ともまたいわれる）に対する全
長ＤＮＡ配列である。 配列番号１５９は、配列番号１５８によってコードされるアミノ酸配列である。 配列番号１６０は、Ｌ７６２Ｐ（コンティグ１７ともまたいわれる）に対する全
長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６１は、配列番号１６０によってコードされるアミノ酸配列である。 配列番号１６２は、Ｌ５１５Ｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６３は、Ｌ５２４Ｓの一次改変体の全長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６４は、Ｌ５２４Ｓの二次改変体の全長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６５は、配列番号１６３によってコードされるアミノ酸配列である。 配列番号１６６は、配列番号１６４によってコードされるアミノ酸配列である。 配列番号１６７は、Ｌ７６２Ｐの一次改変体の全長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６８は、Ｌ７６２Ｐの二次改変体の全長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６９は、配列番号１６７によってコードされるアミノ酸配列である。 配列番号１７０は、配列番号１６８によってコードされるアミノ酸配列である。 配列番号１７１は、Ｌ７７３Ｐ（コンティグ５６ともまたいわれる）に対する全
長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７２は、配列番号１７１によってコードされるアミノ酸配列である。 配列番号１７３は、Ｌ５１９Ｓの伸長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７４は、配列番号１７４によってコードされる、予想されるアミノ酸
配列である。 配列番号１７５は、Ｌ５２３Ｓに対する全長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７６は、配列番号１７５によってコードされる、予想されるアミノ酸
配列である。 配列番号１７７は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−７Ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１７８は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−８Ｇに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１７９は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−８Ｈに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１８０は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−１０Ｂに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号１８１は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−１０Ｈに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号１８２は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−１２Ｂに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号１８３は、ＬＳＴ−ｓｕｂ５−１１Ｃに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号１８４は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１ｃに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１８５は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−２ｆに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１８６は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−２Ｇに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１８７は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−４ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１８８は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−４ｅに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１８９は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−４ｆに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１９０は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−３ｈに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１９１は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−５ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１９２は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−５ｈに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１９３は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−６ｈに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１９４は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−７ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１９５は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−８ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１９６は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−７ｄに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１９７は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−７ｅに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１９８は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−８ｅに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号１９９は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−７ｇに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号２００は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−９ｆに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号２０１は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−９ｈに対して決定されたｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号２０２は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１１ｂに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号２０３は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１１ｃに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号２０４は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１２ｃに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号２０５は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１２ｅに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号２０６は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１２ｆに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号２０７は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１１ｇに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号２０８は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１２ｇに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号２０９は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−１２ｈに対して決定されたｃＤＮＡ配列
である。 配列番号２１０は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−１ａに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２１１は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−２ｂに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２１２は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−２ｇに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２１３は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−１ｈに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２１４は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−４ａに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２１５は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−４ｂに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２１６は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−３ｅに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２１７は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−４ｆに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２１８は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−４ｇに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２１９は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−４ｈに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２２０は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−５ｃに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２２１は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−５ｅに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２２２は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−６ｆに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２２３は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−５ｇに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２２４は、ＬＳＴ−ｓｕｂ６−ＩＩ−６ｇに対して決定されたｃＤＮＡ
配列である。 配列番号２２５は、Ｌ５２８Ｓに対するアミノ酸配列である。 配列番号２２６〜２５１は、Ｌ７６２Ｐ由来の合成ペプチドである。 配列番号２５２は、Ｌ５１４Ｓの発現されたアミノ酸配列である。 配列番号２５３は、配列番号２５２に対応するＤＮＡ配列である。 配列番号２５４は、Ｌ７６２Ｓ発現構築物のＤＮＡ配列である。 配列番号２５５は、クローン２３７８５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２５６は、クローン２３７８６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２５７は、クローン２３７８８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２５８は、クローン２３７９０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２５９は、クローン２３７９３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２６０は、クローン２３７９４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２６１は、クローン２３７９５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２６２は、クローン２３７９６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２６３は、クローン２３７９７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２６４は、クローン２３７９８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２６５は、クローン２３７９９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２６６は、クローン２３８００に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２６７は、クローン２３８０２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２６８は、クローン２３８０３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２６９は、クローン２３８０４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２７０は、クローン２３８０５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２７１は、クローン２３８０６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２７２は、クローン２３８０７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２７３は、クローン２３８０８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２７４は、クローン２３８０９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２７５は、クローン２３８１０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２７６は、クローン２３８１１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２７７は、クローン２３８１２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２７８は、クローン２３８１３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２７９は、クローン２３８１５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２８０は、クローン２５２９８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２８１は、クローン２５２９９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２８２は、クローン２５３００に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２８３は、クローン２５３０１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２８４は、クローン２５３０４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２８５は、クローン２５３０９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２８６は、クローン２５３１２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２８７は、クローン２５３１７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２８８は、クローン２５３２１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２８９は、クローン２５３２３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２９０は、クローン２５３２７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２９１は、クローン２５３２８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２９２は、クローン２５３３２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２９３は、クローン２５３３３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２９４は、クローン２５３３６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２９５は、クローン２５３４０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２９６は、クローン２５３４２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２９７は、クローン２５３５６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２９８は、クローン２５３５７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２９９は、クローン２５３６１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３００は、クローン２５３６３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３０１は、クローン２５３９７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３０２は、クローン２５４０２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３０３は、クローン２５４０３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３０４は、クローン２５４０５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３０５は、クローン２５４０７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３０６は、クローン２５４０９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３０７は、クローン２５３９６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３０８は、クローン２５４１４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３０９は、クローン２５４１０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３１０は、クローン２５４０６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３１１は、クローン２５３０６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３１２は、クローン２５３６２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３１３は、クローン２５３６０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３１４は、クローン２５３９８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３１５は、クローン２５３５５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３１６は、クローン２５３５１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３１７は、クローン２５３３１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３１８は、クローン２５３３８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３１９は、クローン２５３３５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３２０は、クローン２５３２９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３２１は、クローン２５３２４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３２２は、クローン２５３２２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３２３は、クローン２５３１９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３２４は、クローン２５３１６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３２５は、クローン２５３１１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３２６は、クローン２５３１０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３２７は、クローン２５３０２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３２８は、クローン２５３１５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３２９は、クローン２５３０８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３３０は、クローン２５３０３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３３１〜３３７は、ｐ５３腫瘍サプレッサーホモログ、ｐ６３（Ｌ５３
０Ｓともまたいわれる）のイソ形態のｃＤＮＡ配列である。 配列番号３３８〜３４４は、それぞれ配列番号３３１〜３３７によってコードさ
れるアミノ酸配列である。 配列番号３４５は、抗原Ｌ７６３Ｐに対する第二のｃＤＮＡ配列である。 配列番号３４６は、配列番号３４５の配列によってコードされるアミノ酸配列で
ある。 配列番号３４７は、Ｌ５２３Ｓに対して決定された全長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号３４８は、配列番号３４７によってコードされる、予想されるアミノ酸
配列である。 配列番号３４９は、Ｌ７７３ＰのＮ末端タンパク質をコードするｃＤＮＡ配列で
ある。 配列番号３５０は、Ｌ７７３ＰのＮ末端タンパク質のアミノ酸配列である。
【００２８】 （発明の詳細な説明） 上記のように、本発明は、一般的に、癌（例えば肺癌）の治療および診断のた
めの組成物および方法に関する。本明細書中に記載される組成物は、肺腫瘍ポリ
ペプチド、そのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、結合剤（例
えば、抗体）、抗原提示細胞（ＡＰＣ）および／または免疫系細胞（例えば、Ｔ
細胞）を含み得る。本発明のポリペプチドは、一般的に、肺腫瘍タンパク質もし
くはその改変体の少なくとも一部（例えば、免疫原性部分）を含む。「肺腫瘍タ
ンパク質」は、本明細書中に提供される代表的なアッセイを使用して決定される
場合、正常な組織における発現のレベルよりも少なくとも２倍、および好ましく
は少なくとも５倍より大きなレベルにおいて肺腫瘍細胞中で発現されるタンパク
質である。特定の肺腫瘍タンパク質は、肺癌で苦しむ患者の抗血清と検出可能（
ＥＬＩＳＡまたはウエスタンブロットのような免疫アッセイの範囲内で）に反応
する腫瘍タンパク質である。本発明のポリヌクレオチドは、一般的に、そのよう
なポリペプチドの全てもしくは一部をコードするＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列、
あるいはそのような配列に対して相補的であるＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列を含
む。抗体は、一般的に、上記のポリペプチドと結合し得る免疫系タンパク質もし
くはその抗原結合フラグメントである。抗原提示細胞としては、上記のようなポ
リペプチドを発現する、樹状細胞、マクロファージ、単球、線維芽細胞およびＢ
細胞が挙げられる。そのような組成物内で使用され得るＴ細胞は、一般的に、上
記のようなポリペプチドに対して特異的であるＴ細胞である。
【００２９】 本発明は、ヒト肺腫瘍タンパク質の発見に基づいている。特定の腫瘍タンパク
質をコードするポリヌクレオチドの配列が、配列番号１〜１０９、１１１、１１
３、１１５〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６２〜１６
４、１６７、１６８、１７１、１７３、１７５、１７７〜２２４、２５５〜３３
７、３４５、３４７および３４９にて提供される。
【００３０】 （肺腫瘍タンパク質ポリヌクレオチド） 本明細書中に記載される、肺腫瘍タンパク質もしくはその一部または他の改変
体をコードする任意のポリヌクレオチドが本発明に含まれる。好ましいポリヌク
レオチドは、少なくとも１５個の連続ヌクレオチド、好ましくは少なくとも３０
個の連続ヌクレオチド、およびより好ましくは少なくとも４５個の連続ヌクレオ
チドを含み、そのポリヌクレオチドは肺腫瘍タンパク質の一部をコードする。よ
り好ましくは、ポリヌクレオチドは、肺腫瘍タンパク質の免疫原性部分をコード
する。そのような任意の配列に対するポリヌクレオチド相補鎖もまた、本発明に
含まれる。ポリヌクレオチドは、一本鎖（コードもしくはアンチセンス）または
二本鎖であり得、そしてＤＮＡ（ゲノム、ｃＤＮＡもしくは合成）またはＲＮＡ
分子であり得る。ＲＮＡ分子としては、ＨｎＲＮＡ分子（イントロンを含み、１
対１（ｏｎｅ−ｔｏ−ｏｎｅ）様式におけるＤＮＡ分子に対応する）およびｍＲ
ＮＡ分子（イントロンを含まない）が挙げられる。さらなるコード配列または非
コード配列が、本発明のポリヌクレオチドの範囲内に存在してもよいし、しなく
ともよく、そしてポリヌクレオチドは、他の分子および／または支持材料と連結
されてもよく、されなくともよい。
【００３１】 ポリヌクレオチドは、ネイティブな配列（すなわち、肺腫瘍タンパク質または
その一部をコードする内因性配列）を含み得るか、またはそのような配列の改変
体を含み得る。ポリヌクレオチド改変体は、１つ以上の置換、付加、欠失および
／または挿入を含み得、その結果、コードされたポリペプチドの免疫原性が、ネ
イティブな腫瘍タンパク質と比較して減少される。コードされたポリペプチドの
免疫原性に対する効果は、一般的に、本明細書中に記載されるように評価され得
る。改変体は、ネイティブな肺腫瘍タンパク質またはその一部をコードするポリ
ヌクレオチド配列に対して、好ましくは、少なくとも約７０％同一性、より好ま
しくは少なくとも約８０％同一性および最も好ましくは少なくとも約９０％同一
性を示す。用語「改変体」はまた、外因性起源の相同遺伝子を含む。
【００３２】 ２つのポリヌクレオチド配列またはポリペプチド配列は、以下に記載のように
最大の対応でアラインするときに２つの配列中のヌクレオチドまたはアミノ酸の
配列が同じである場合、「同一」であるといわれる。２つの配列間の比較は、代
表的には、比較ウインドウによって配列を比較して、配列類似性の局所的領域を
同定および比較することによって行われる。本明細書中で使用される「比較ウイ
ンドウ」とは、少なくとも約２０の連続する位置、通常は３０〜約７５、４０〜
約５０の連続する位置のセグメントをいう。ここで、配列は、２つの配列が必要
に応じてアラインされた後、同じ数の連続する位置の参照配列に対して比較され
得る。
【００３３】 比較のための配列の最適なアラインメントは、Ｌａｓｅｒｇｅｎｅ ｓｕｉｔ
ｅ ｏｆ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ｓｏｆｔｗａｒｅ（ＤＮＡＳＴＡＲ
，Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）のＭｅｇａｌｉｇｎプログラムを用い、デ
フォルトパラメーターを使用して行われ得る。このプログラムは、以下の参考文
献に記載されるいくつかのアラインメントスキームを含む：
【００３４】
【表１】 好ましくは、「配列同一性のパーセント割合」は、少なくとも２０の位置の比
較ウインドウによって、２つの最適にアラインされた配列を比較することによっ
て決定される。ここで、比較ウインドウ中のポリヌクレオチド配列またはポリペ
プチド配列の部分は、２つの配列の最適なアラインメントについて参照配列（こ
れは、付加または欠失を有さない）と比較して、２０％以下、通常は５〜１５％
、または１０〜１２％の付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含み得る。こ
のパーセント割合は、位置の数（ここで、同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が
両方の配列で生じて、マッチした位置の数を得る）を決定し、参照配列中の位置
の総数（すなわち、ウインドウサイズ）でマッチした位置の数を割り、そして結
果に１００をかけて配列同一性のパーセント割合を得ることによって計算される
。
【００３５】 あるいは、改変体はまた、ネイティブな遺伝子もしくはその一部または相補鎖
に対して実質的に相同であり得る。そのようなポリヌクレオチド改変体は、中程
度のストリンジェントな条件下において、天然に存在するネイティブな肺腫瘍タ
ンパク質（もしくは相補鎖配列）をコードするＤＮＡ配列とハイブリダイズし得
る。適切に中程度のストリンジェントな条件は、５×ＳＳＣ、０．５％ ＳＤＳ
、１．０ｍＭ ＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）の溶液中での予備洗浄；５０℃〜６５℃
、５×ＳＳＣ、一晩のハイブリダイゼーション；次いで０．１％ ＳＤＳを含む
、２×、０．５×、および０．２×ＳＳＣで、６５℃で２０分、それぞれ２回洗
浄を含む。
【００３６】 遺伝子コードの縮重の結果として、本明細書中に記載されるようなポリペプチ
ドをコードする多くのヌクレオチド配列が存在するということが当業者に理解さ
れる。これらのポリヌクレオチドのいくつかが、任意のネイティブな遺伝子のヌ
クレオチド配列に対して最少の相同性を有する。それにもかかわらず、コドンの
使用頻度の差異に起因して変化するポリヌクレオチドが、特に本発明により意図
される。さらに、本明細書中に提供されるポリヌクレオチド配列を含む遺伝子の
対立遺伝子は、本発明の範囲内である。対立遺伝子は、１つ以上の変異（例えば
、ヌクレオチドの欠失、付加および／または置換）の結果として変更される内因
性遺伝子である。生じたｍＲＮＡおよびタンパク質は、変更された構造または機
能を有してもよく、有さなくともよい。対立遺伝子は、標準的な技術（例えば、
ハイブリダイゼーション、増幅および／またはデータベース配列比較）を使用し
て同定され得る。
【００３７】 ポリヌクレオチドは、任意の種々の技術を使用して調製され得る。例えば、ポ
リヌクレオチドは、以下により詳細に記載されるように、腫瘍関連発現（すなわ
ち、本明細書中で提供される代表的なアッセイを使用して決定された、正常な組
織においてより肺腫瘍において少なくとも２倍多い発現）についてのｃＤＮＡの
マイクロアレイのスクリーニングによって、同定され得る。このようなスクリー
ンは、Ｓｙｎｔｅｎｉマイクロアレイ（Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を使用し、
製造業者の説明書に従って、（そして、本質的に、Ｓｃｈｅｎａら，Ｐｒｏｃ．
Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：１０６１４−１０６１９，１９９
６およびＨｅｌｌｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９
４：２１５０−２１５５，１９９７に記載されるように）実施され得る。あるい
は、ポリペプチドを、本明細書中に記載されるタンパク質を発現する細胞（例え
ば、肺腫瘍細胞）から調製されるｃＤＮＡから増幅し得る。このようなポリヌク
レオチドは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を介して増幅され得る。このアプ
ローチのために、配列特異的プライマーは、本明細書中に提供される配列に基づ
いて設計され得、そして購入され得るか、または合成され得る。
【００３８】 増幅された部分は、周知技術を使用して適切なライブラリー（例えば、肺腫瘍
ｃＤＮＡライブラリー）から、全長遺伝子を単離するために使用され得る。この
ような技術において、ライブラリー（ｃＤＮＡまたはゲノム）は、増幅に適切な
１以上のポリヌクレオチドプローブまたはポリヌクレオチドプライマーを使用し
てスクリーニングされる。好ましくは、ライブラリーは、より大きい分子を含む
ようにサイズ選択される。ランダムプライムライブラリーもまた、遺伝子の５’
領域および上流領域を同定するために好ましくあり得る。ゲノムライブラリーは
、イントロンおよび伸長５’配列を得るために好ましい。
【００３９】 ハイブリダイゼーション技術のために、部分配列が、周知技術を使用して標識
され得る（例えば、32Ｐを用いるニックトランスレーションまたは末端標識によ
って）。次いで、細菌ライブラリーまたはバクテリオファージライブラリーは、
変性させた細菌コロニーを含むフィルター（またはファージプラークを含む菌叢
）にその標識プローブを用いてハイブリダイズさせることによってスクリーニン
グする（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａ
ｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌ
ａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９
８９を参照のこと）。ハイブリダイズしたコロニーまたはプラークを、選択そし
て拡大し、そのＤＮＡをさらなる分析のために単離する。ｃＤＮＡクローンを、
例えば、その部分配列由来のプライマーおよびベクター由来のプライマーを使用
するＰＣＲによって分析し、付加配列の量を決定し得る。制限地図および部分配
列を作製し、１以上の重複クローンを同定し得る。次いで、完全配列を、標準的
技術（これは、一連の欠失クローンを作製する工程を包含し得る）を使用して決
定し得る。次いで、得られた重複配列を、単一の連続する配列にアセンブルする
。全長ｃＤＮＡ分子は、周知技術を使用して、適切なフラグメントを連結するこ
とによって作製し得る。
【００４０】 あるいは、部分ｃＤＮＡ配列から全長コード配列を得るための、多くの増幅技
術が存在する。このような技術において、増幅は、一般に、ＰＣＲを介して行わ
れる。任意の種々の市販のキットを使用して、この増幅工程を行い得る。プライ
マーは、例えば、当該分野で周知のソフトウェアを使用して設計され得る。プラ
イマーは、好ましくは、２２〜３０ヌクレオチド長であり、少なくとも５０％の
ＧＣ含量を有し、そして約６８℃〜７２℃の温度で標的配列にアニールする。こ
の増幅された領域を、上記のように配列決定し得、そして重複配列を、連続する
配列にアセンブルし得る。
【００４１】 １つのこのような増幅技術は、逆ＰＣＲである（Ｔｒｉｇｌｉａら、Ｎｕｃｌ
．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１６：８１８６，１９８８を参照のこと）。逆ＰＣＲは
、制限酵素を使用して、遺伝子の既知の領域におけるフラグメントを作製する。
次いで、このフラグメントを、分子内連結によって環状化し、そしてこのフラグ
メントを、その既知領域由来の異なるプライマーを用いるＰＣＲのテンプレート
として使用する。代替的アプローチにおいて、部分配列に隣接する配列を、リン
カー配列に対するプライマーおよび既知領域に特異的なプライマーを用いる増幅
によって、回収し得る。この増幅された配列を、代表的には、同じリンカープラ
イマーおよび既知領域に特異的な第２のプライマーを用いる２回目の増幅に供す
る。この手順の変形型（これは、その既知配列から反対方向への伸長を開始する
２つのプライマーを使用する）が、ＷＯ９６／３８５９１に記載される。別のこ
のような技術は、「ｃＤＮＡ末端の迅速増幅」すなわちＲＡＣＥとして公知であ
る。この技術は、ポリＡ領域またはベクター配列とハイブリダイズする、内部プ
ライマーおよび外部プライマーの使用を包含し、既知配列の５’側および３’側
の配列を同定する。さらなる技術としては、捕捉ＰＣＲ（Ｌａｇｅｒｓｔｒｏｍ
ら、ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｐｐｌｉｃ．１：１１１−１９，１９９１）お
よびウォーキングＰＣＲ（Ｐａｒｋｅｒら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１
９：３０５５−６０，１９９１）が挙げられる。増幅を使用する他の方法もまた
、全長ｃＤＮＡ配列を得るために使用され得る。
【００４２】 特定の例において、発現配列タグ（ＥＳＴ）データベース（例えば、ＧｅｎＢ
ａｎｋから利用可能なデータベース）に提供された配列の分析によって全長ｃＤ
ＮＡ配列を得ることが可能である。重複ＥＳＴについての検索は、一般に、周知
のプログラム（例えば、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴ検索）を使用して実施され得、そ
してそのようなＥＳＴを使用して、連続した全長配列を製作し得る。全長ＤＮＡ
配列はまた、ゲノムフラグメントの分析によって得られ得る。
【００４３】 肺腫瘍タンパク質の部分をコードするｃＤＮＡ分子の特定の核酸配列は、配列
番号１〜１０９、１１１、１１３、１１５〜１５１、１５３、１５４、１５７、
１５８、１６０、１６２〜１６４、１６７、１６８、１７１、１７３、１７５、
１７７〜２２４、２５５〜３３７、３４５、３４７および３４９に提供される。
【００４４】 ポリヌクレオチド改変体は、当該分野で公知の任意の方法（化学合成（例えば
、固相ホスホラミダイト化学合成による）を含む）によって一般的に調製され得
る。ポリヌクレオチド配列における改変はまた、標準的な変異誘発技術（例えば
、オリゴヌクレオチド指向性部位特異的変異誘発（Ａｄｅｌｍａｎら、ＤＮＡ
２：１８３，１９８３を参照のこと）を使用して導入され得る。あるいは、ＲＮ
Ａ分子は、肺腫瘍タンパク質をコードするＤＮＡ配列またはその部分のインビト
ロまたはインビボ転写によって生成され得るが、但し、ＤＮＡは、適切なＲＮＡ
ポリメラーゼプロモーター（例えば、Ｔ７またはＳＰ６）を用いて、ベクターに
組み込まれている。特定の部分を使用して、本明細書中に記載されるように、コ
ードされたポリペプチドを調製し得る。さらに、またはあるいは、部分を、コー
ドされたポリペプチドが、インビボで生成されるように、患者に投与し得る（例
えば、抗原提示細胞（例えば、樹状細胞）を、肺腫瘍ポリペプチドをコードする
ｃＤＮＡ構築物でトランスフェクトし、そしてトランスフェクトされた細胞を患
者に投与することによって）。
【００４５】 コード配列に相補的な配列（すなわち、アンチセンスポリヌクレオチド）の部
分もまた、プローブとして、または遺伝子発現を調節するために、使用され得る
。アンチセンスＲＮＡに転写され得るｃＤＮＡ構築物もまた、組織の細胞に導入
されて、アンチセンスＲＮＡの産生を容易にし得る。アンチセンスポリヌクレオ
チドを、本明細書に記載されるように使用して、腫瘍タンパク質の発現を阻害し
得る。アンチセンス技術を使用して、三本鎖へリックス形成を介する遺伝子発現
を制御し得、この三本鎖へリックス形成は、ポリメラーゼ、転写因子、または調
節因子の結合に対して、十分に開かせるダブルへリックスの能力を損なう（Ｇｅ
ｅら，ＨｕｂｅｒおよびＣａｒｒ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏ
ｌｏｇｉｃ Ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ，Ｆｕｔｕｒａ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃ
ｏ．（Ｍｔ．Ｋｉｓｃｏ，ＮＹ；１９９４）を参照のこと）。あるいは、アンチ
センス分子は、遺伝子の制御領域（例えば、プロモーター、エンハンサー、また
は転写開始部位）とハイブリダイズし、そして遺伝子の転写をブロックするよう
に設計されるか；または転写物のリボソームへの結合を阻害することによって翻
訳をブロックするように設計され得る。
【００４６】 コード配列の一部分、または相補配列の一部分はまた、プローブまたはプライ
マーとして、遺伝子発現を検出するように設計され得る。プローブは、種々のレ
ポーター群（例えば、放射性核種および酵素）を用いて標識され得、そして好ま
しくは、少なくとも１０ヌクレオチド長、より好ましくは、少なくとも２０ヌク
レオチド長、およびなおより好ましくは、少なくとも３０ヌクレオチド長である
。上記のプライマーは、好ましくは、２２〜３０ヌクレオチド長である。
【００４７】 任意のポリヌクレオチドをさらに改変して、インビボでの安定性を増加し得る
。可能な改変としては、５’末端および／または３’末端での隣接配列の付加；
骨格中のホスホジエステラーゼ結合に代わる、ホスホロチオエートまたは２’Ｏ
−メチルの使用；ならびに／または、非通常塩基（例えば、イノシン、クエオシ
ンおよびワイブトシン、ならびにアデニン、シチジン、グアニン、チミンおよび
ウリジンの、アセチル形態、メチル形態、チオ形態、および他の改変形態）の含
有が挙げられるが、これらに限定されない。
【００４８】 本明細書中に記載されるヌクレオチド配列は、確立された組換えＤＮＡ技術を
使用して、種々の他のヌクレオチド配列に結合され得る。例えば、ポリヌクレオ
チドは、種々のクローニングベクター（プラスミド、ファージミド、λファージ
誘導体およびコスミドを含む）のいずれかにクローニングされ得る。特定の目的
のベクターとしては、発現ベクター、複製ベクター、プローブ生成ベクターおよ
び配列決定ベクターが挙げられる。一般的に、ベクターは、少なくとも１つの生
物において機能的な複製起点、簡便な制限エンドヌクレアーゼ部位および１以上
の選択可能なマーカーを含む。他のエレメントは、所望される用途に依存し、当
業者に明らかである。
【００４９】 特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは、哺乳動物の細胞内への侵入、
およびその細胞内での発現を可能にするように処方され得る。このような処方物
は、以下に記載のような、治療目的に特に有用である。当業者は、標的細胞にお
けるポリヌクレオチドの発現を達成するための多くの方法が存在し、そして任意
の適切な方法が使用され得ることを認識する。例えば、ポリヌクレオチドは、ウ
イルスベクター（例えば、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイル
ス、あるいはワクシニアウイルスまたは他のポックスウイルス（例えば、トリポ
ックスウイルス）が挙げられるが、限定されない）に組み込まれ得る。これらの
ポリヌクレオチドはまた、裸のプラスミドベクターとして投与され得る。ＤＮＡ
をこのようなベクターに組み込むための技術は、当業者に周知である。レトロウ
イルスベクターはさらに、選択可能なマーカーの遺伝子（形質導入された細胞の
同定または選択を補助する）および／または標的部分（特定の標的細胞上のレセ
プターに対するリガンドをコードする遺伝子）を、移入するか、または組み込ん
で、ベクターを標的特異的にし得る。標的化はまた、当業者に公知の方法によっ
て、抗体を使用して達成され得る。
【００５０】 治療目的のための他の処方物としては、コロイド分散系（例えば、高分子複合
体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズおよび脂質ベース系（水中油滴型エ
マルジョン、ミセル、混合ミセル、およびリポソームを含む））が挙げられる。
インビトロおよびインビボにおける送達ビヒクルとしての使用のために好ましい
コロイド系は、リポソーム（すなわち、人工膜ベシクル）である。このような系
の調製および使用は、当該分野で周知である。
【００５１】 （肺腫瘍ポリペプチド） 本発明の文脈において、ポリペプチドは、本明細書中に記載されるように、肺
腫瘍タンパク質またはその改変体の少なくとも免疫原性部分を含み得る。上記の
ように、「肺腫瘍タンパク質」は、肺腫瘍細胞によって発現されるタンパク質で
ある。肺腫瘍タンパク質であるタンパク質はまた、肺癌を有する患者からの抗血
清を用いる免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）において、検出可能に反応する
。本明細書に記載されるようなポリペプチドは、任意の長さであり得る。ネイテ
ィブタンパク質および／または異種配列由来のさらなる配列が存在し得、そして
そのような配列は、さらに、免疫原性特性または抗原特性を有し得る（しかし、
有する必要はない）。
【００５２】 本明細書中で使用される場合、「免疫原性部分」は、Ｂ細胞表面抗原レセプタ
ーおよび／またはＴ細胞表面抗原レセプターによって認識される（すなわち、特
異的に結合される）タンパク質の部分である。このような免疫原性部分は、一般
に、肺腫瘍タンパク質またはその改変体の、少なくとも５アミノ酸残基、より好
ましくは、少なくとも１０アミノ酸残基、なおより好ましくは、少なくとも２０
アミノ酸残基を含む。特定の好ましい免疫原性部分は、Ｎ末端リーダー配列およ
び／または膜貫通ドメインが欠失されたペプチドを含む。他の好ましい免疫原性
部分は、成熟タンパク質と比較して、少ないＮ末端欠失および／またはＣ末端欠
失（例えば、１〜３０アミノ酸、好ましくは５〜１５アミノ酸）を含み得る。
【００５３】 免疫原性部分は、一般的にＰａｕｌ，Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏ
ｌｏｇｙ，第３版、２４３−２４７（Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ，１９９３）およ
びそこに引用される参考文献に要約されるような周知技術を使用して、同定され
得る。このような技術は、抗原特異的な抗体、抗血清および／あるいはＴ細胞株
またはＴ細胞クローンと反応する能力についてポリペプチドをスクリーニングす
る工程を含む。本明細書中で使用される場合、抗血清および抗体は、それらが抗
原に特異的に結合する（すなわち、これらが、ＥＬＩＳＡまたは他の免疫アッセ
イにおいてそのタンパク質と反応し、無関係なタンパク質とは検出可能に反応し
ない）場合、「抗原特異的」である。このような抗血清および抗体は、本明細書
中に記載されるように、そして周知技術を使用して調製され得る。ネイティブの
肺腫瘍タンパク質の免疫原性部分は、（例えば、ＥＬＩＳＡおよび／またはＴ細
胞反応性アッセイにおいて）その全長ポリペプチドの反応性よりも実質的に小さ
くないレベルで、このような抗血清および／またはＴ細胞と反応する部分である
。免疫原性部分は、このようなアッセイにおいて、その全長ポリペプチドの反応
性と類似またはそれより大きいレベルで反応し得る。このようなスクリーニング
は、一般的に、当業者に周知の方法（例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ，Ａ
ｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓ
ｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８に記載のような技
術）を使用して行われ得る。例えば、ポリペプチドを固体支持体に固定し、そし
て患者の血清を接触させて、その血清中の抗体をその固定されたポリペプチドに
結合させ得る。次いで、結合されなかった血清を除去し、結合された抗体を、例
えば、125Ｉ標識化プロテインＡを使用して検出し得る。
【００５４】 上記のように、組成物は、ネイティブの肺腫瘍タンパク質の改変体を含み得る
。本明細書中で使用される場合、ポリペプチド「改変体」は、ネイティブの肺腫
瘍タンパク質と、１以上の置換、欠失、付加および／または挿入において異なる
ポリペプチドであり、その結果、そのポリペプチドの免疫原性が、実質的には減
少されない。言い換えると、抗原特異的な抗血清と反応する改変体の能力は、そ
のネイティブタンパク質と比較して、増強されても、または変化されなくてもよ
く、あるいは、そのネイティブタンパク質と比較して、５０％未満、そしてより
好ましくは、２０％未満に減少されてもよい。このような改変体は、一般に、本
明細書中に記載のように、上記ポリペプチド配列の１つを改変し、この改変ポリ
ペプチドの抗原特異的な抗体または抗血清との反応性を評価することによって同
定され得る。好ましい改変体は、１つ以上の部分（例えば、Ｎ末端リーダー配列
または膜貫通ドメイン）が取り除かれた改変体を含む。他の好ましい改変体は、
小さな部分（例えば、１〜３０アミノ酸、好ましくは５〜１５アミノ酸）が、成
熟タンパク質のＮ末端および／またはＣ末端から取り除かれた改変体を含む。
【００５５】 ポリペプチド改変体は、好ましくは、少なくとも約７０％、より好ましくは、
少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくとも約９５％の、同定された
ポリペプチドに対する同一性（上記のように決定された）を示す。
【００５６】 好ましくは、改変体は、保存的置換を含む。「保存的置換」は、あるアミノ酸
が、類似の特性を有する別のアミノ酸と置換されている置換であり、その結果、
ペプチド化学の当業者は、そのポリペプチドの二次構造および疎水性親水性（ｈ
ｙｄｒｏｐａｔｈｉｃ）性質が、実質的に変化されないことを予測する。アミノ
酸置換は、一般に、残基の極性、電荷、溶解性、疎水性、親水性および／または
両親媒性性質の類似性に基づいて作製され得る。例えば、負に荷電したアミノ酸
としては、アスパラギン酸およびグルタミン酸；正に荷電したアミノ酸としては
、リジンおよびアルギニン；および類似の親水性値を有する非荷電の極性頭部を
有するアミノ酸としては、ロイシン、イソロイシンおよびバリン；グリシンおよ
びアラニン；アスパラギンおよびグルタミン；ならびにセリン、トレオニン、フ
ェニルアラニンおよびチロシンが挙げられる。保存的変化を示し得るアミノ酸の
他のグループとしては、（１）ａｌａ、ｐｒｏ、ｇｌｙ、ｇｌｕ、ａｓｐ、ｇｌ
ｎ、ａｓｎ、ｓｅｒ、ｔｈｒ；（２）ｃｙｓ、ｓｅｒ、ｔｙｒ、ｔｈｒ；（３）
ｖａｌ、ｉｌｅ、ｌｅｕ、ｍｅｔ、ａｌａ、ｐｈｅ；（４）ｌｙｓ、ａｒｇ、ｈ
ｉｓ；および（５）ｐｈｅ、ｔｙｒ、ｔｒｐ、ｈｉｓが挙げられる。改変体はま
た、またはあるいは、非保存的変化を含み得る。好ましい実施形態において、改
変体ポリペプチドは、５以下のアミノ酸の置換、欠失または付加によって、ネイ
ティブの配列とは異なる。改変体はまた（またはあるいは）、例えば、ポリペプ
チドの免疫原性、二次構造および疎水性親水性性質に最小限の影響しか有さない
アミノ酸の欠失または付加によって、改変され得る。
【００５７】 上記のように、ポリペプチドは、タンパク質のＮ末端にシグナル（または、リ
ーダー）配列を含み得、これは、翻訳と同時に、または翻訳後に、そのタンパク
質の転移を指向する。このポリペプチドはまた、このポリペプチドの合成、精製
または同定を容易にするために、またはこのポリペプチドの固体支持体への結合
を増強するために、リンカー配列または他の配列（例えば、ポリＨｉｓ）に結合
体化され得る。例えば、ポリペプチドは、免疫グロブリンＦｃ領域に結合体化さ
れ得る。
【００５８】 ポリペプチドは、任意の種々の周知技術を使用して調製され得る。上記のＤＮ
Ａ配列によってコードされる組換えポリペプチドは、当業者に公知の任意の種々
の発現ベクターを使用して、ＤＮＡ配列から容易に調製され得る。発現は、組換
えポリペプチドをコードするＤＮＡ分子を含む発現ベクターで形質転換またはト
ランスフェクトされた、任意の適切な宿主細胞において達成され得る。適切な宿
主細胞としては、原核生物、酵母、高等真核生物および植物の細胞が挙げられる
。好ましくは、使用される宿主細胞は、Ｅ．ｃｏｌｉ、酵母または哺乳動物細胞
株（例えば、ＣＯＳまたはＣＨＯ）である。組換えタンパク質または組換えポリ
ペプチドを培養培地中に分泌する適切な宿主／ベクター系からの上清は、市販の
フィルターを使用して、最初に濃縮され得る。濃縮後、この濃縮物を、適切な精
製基質（例えば、アフィニティー基質またはイオン交換樹脂）に適用し得る。最
終的に、１以上の逆相ＨＰＬＣ工程を使用して、組換えポリペプチドをさらに精
製し得る。
【００５９】 約１００アミノ酸未満、そして一般に、約５０アミノ酸未満のアミノ酸を有す
る部分および他の改変体もまた、当業者に周知の技術を使用して、合成手段によ
って生成され得る。例えば、このようなポリペプチドは、任意の市販の固相技術
（例えば、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ固相合成法（ここでは、アミノ酸が連続的に付
加されて、アミノ酸鎖を成長させる））を使用して、合成され得る。Ｍｅｒｒｉ
ｆｉｅｌｄ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８５：２１４９−２１４６，１９６
３を参照のこと。ポリペプチドの自動合成のための装置は、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌ
ｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ（Ｆｏｓｔ
ｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）のような供給者から市販され、そして製造業者の説明書
に従って操作され得る。
【００６０】 ある特定の実施形態において、ポリペプチドは、本明細書中に記載の複数のポ
リペプチドを含むか、または本明細書に記載の少なくとも１つのポリペプチドお
よび関連しない配列（例えば、公知の腫瘍タンパク質）を含む融合タンパク質で
あり得る。例えば、融合パートナーは、Ｔヘルパーエピトープ（免疫学的融合パ
ートナー）、好ましくはヒトによって認識されるＴヘルパーエピトープを提供す
る際に補助し得るか、またはネイティブの組換えタンパク質より高い収量でタン
パク質（発現エンハンサー）を発現する際に補助し得る。特定の好ましい融合パ
ートナーは、免疫学的融合パートナーおよび発現増強融合パートナーの両方であ
る。他の融合パートナーは、タンパク質の溶解性を増加するように、またはタン
パク質が所望の細胞内コンパートメントに標的化されることを可能にするように
選択され得る。なおさらなる融合パートナーには、親和性タグ（これは、タンパ
ク質の精製を容易にする）が挙げられる。
【００６１】 融合タンパク質は、一般に、標準的な技術（例えば、化学的結合体化）を使用
して調製され得る。好ましくは、融合タンパク質は、発現系において、組換えタ
ンパク質として発現され、非融合タンパク質と比較して、増加したレベルの産生
を可能にする。手短に言うと、このポリペプチド成分をコードするＤＮＡ配列を
、別々にアセンブルし得、そして適切な発現ベクターに連結し得る。１つのポリ
ペプチド成分をコードするＤＮＡ配列の３’末端は、ペプチドリンカーを用いて
または用いずに、第２のポリペプチド成分をコードするＤＮＡ配列の５’末端に
、これらの配列のリーディングフレームが同じ相にあるように連結される。この
ことが、両方の成分ポリペプチドの生物学的活性を保持する単一の融合タンパク
質への翻訳を可能にする。
【００６２】 ペプチドリンカー配列は、各ポリペプチドがその二次構造および三次構造へと
折り畳まれるのを保証するために十分な距離で第一および第二のポリペプチド構
成要素を隔てるために用いられ得る。このようなペプチドリンカー配列は、当該
分野で周知の標準的な技術を用いて融合タンパク質中に組み込まれる。適切なペ
プチドリンカー配列は、以下の因子に基づいて選択され得る：（１）フレキシブ
ルな伸長したコンホメーションを採る能力；（２）第一および第二のポリペプチ
ド上の機能的なエピトープと相互作用し得る二次構造を採ることができないこと
；および（３）ポリペプチドの機能的なエピトープと反応し得る疎水性または荷
電した残基の無いこと。好ましいペプチドリンカー配列は、Ｇｌｙ、Ａｓｎおよ
びＳｅｒ残基を含む。ＴｈｒおよびＡｌａのような中性に近い他のアミノ酸もま
た、リンカー配列に用いられ得る。リンカーとして有用に用いられ得るアミノ酸
配列は、Ｍａｒａｔｅａら、Ｇｅｎｅ ４０：３９−４６、１９８５；Ｍｕｒｐ
ｈｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８３：８２５８−８
２６２、１９８６；米国特許第４，９３５，２３３号および米国特許第４，７５
１，１８０号に開示されるアミノ酸配列を含む。リンカー配列は、一般的に１か
ら約５０アミノ酸長であり得る。リンカー配列は、第一および第二のポリペプチ
ドが、機能的ドメインを分離するため、および立体的な干渉を防ぐために用いら
れ得る非必須Ｎ末端アミノ酸領域を有する場合、必要とされない。
【００６３】 連結されたＤＮＡ配列は、適切な転写または翻訳調節エレメントに作動可能に
連結される。ＤＮＡの発現を担う調節エレメントは、第一のポリペプチドをコー
ドするＤＮＡ配列の５’側にのみ位置する。同様に、翻訳および転写終結シグナ
ルを終了するために必要とされる停止コドンは、第二のポリペプチドをコードす
るＤＮＡ配列の３’側にのみ存在する。
【００６４】 本発明のポリペプチドを関係のない免疫原性タンパク質とともに含む融合タン
パク質もまた提供される。好ましくは、免疫原性タンパク質は、リコール（ｒｅ
ｃａｌｌ）応答を惹起し得る。このようなタンパク質の例としては、破傷風タン
パク質、結核タンパク質および肝炎タンパク質が挙げられる（例えば、Ｓｔｏｕ
ｔｅら、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．、３３６：８６−９１（１９９７）を
参照のこと）。
【００６５】 好ましい実施形態において、免疫学的融合パートナーは、グラム陰性の細菌Ｈ
ａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ｂの表面タンパク質である、プロ
テインＤ（ＷＯ ９１／１８９２６）に由来する。好ましくは、プロテインＤ誘
導体は、ほぼ３分の１の最初のタンパク質（例えば、最初のＮ末端１００〜１１
０アミノ酸）を含み、そしてプロテインＤ誘導体は、脂質化（ｌｉｐｉｄａｔｅ
ｄ）され得る。特定の好ましい実施形態において、リポタンパク質Ｄ融合パート
ナーの最初の１０９残基は、さらなる外因性Ｔ細胞エピトープを有するポリペプ
チドを提供するように、そしてＥ．ｃｏｌｉ中の発現レベルを増加する（従って
、発現エンハンサーとして機能する）ように、Ｎ末端に含まれる。脂質テールは
、抗原提示細胞への抗原の最適な提示を保証する。他の融合パートナーは、イン
フルエンザウイルス由来の非構造タンパク質、ＮＳ１（血球凝集素）を含む。代
表的に、Ｎ末端の８１アミノ酸が用いられるが、Ｔヘルパーエピトープを含む異
なるフラグメントが用いられてもよい。
【００６６】 別の実施形態において、免疫学的融合パートナーは、ＬＹＴＡとして公知のタ
ンパク質、またはその部分（好ましくはＣ末端部分）である。ＬＹＴＡは、アミ
ダーゼＬＹＴＡ（ＬｙｔＡ遺伝子によりコードされる；Ｇｅｎｅ ４３：２６５
〜２９２，１９８６）として公知のＮ−アセチル−Ｌ−アラニンアミダーゼを合
成するＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来である。ＬＹＴ
Ａは、ペプチドグリカン骨格中の特定の結合を特異的に分解する自己溶解素であ
る。ＬＹＴＡタンパク質のＣ末端ドメインは、コリンまたはいくつかのコリンア
ナログ（例えば、ＤＥＡＥ）への親和性についての原因である。この性質は、融
合タンパク質の発現のために有用なＥ．ｃｏｌｉ Ｃ−ＬＹＴＡ発現プラスミド
の開発のために開発された。アミノ酸末端でＣ−ＬＹＴＡフラグメントを含むハ
イブリッドタンパク質の精製が、記載されている（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
１０：７９５〜７９８，１９９２）。好ましい実施形態において、ＬＹＴＡの
反復部分は、融合タンパク質に組み込まれ得る。反復部分は、残基１７８で開始
するＣ末端領域中に見出される。特に好ましい反復部分は、残基１８８〜３０５
を組み込む。
【００６７】 一般に、本明細書に記載されるようなポリペプチド（融合タンパク質を含む）
およびポリヌクレオチドが単離される。「単離された」ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドは、その元来の環境から取り出されたものである。例えば、天然に
存在するタンパク質は、それが天然の系中で共存する物質のいくつかまたは全て
から分離されている場合、単離されている。好ましくは、このようなポリペプチ
ドは、少なくとも約９０％純粋、より好ましくは少なくとも約９５％純粋、そし
て最も好ましくは少なくとも約９９％純粋である。ポリヌクレオチドは、例えば
、それが天然の環境の一部でないベクターにクローニングされる場合、単離され
ていると考えられる。
【００６８】 （結合剤） 本発明は、さらに肺腫瘍タンパク質に特異的に結合する因子（例えば、抗体お
よびその抗原結合フラグメント）をさらに提供する。本明細書において用いる場
合、抗体またはその抗原結合フラグメントは、肺腫瘍タンパク質と検出可能レベ
ルで反応し（例えば、ＥＬＩＳＡにおいて）、そして類似の条件下で無関係のタ
ンパク質とは検出可能に反応しない場合、肺腫瘍タンパク質に「特異的に結合す
る」といわれる。本明細書において用いる場合、「結合（ｂｉｎｄｉｎｇ）」は
、「複合体」が形成されるような２つの別々の分子間の非共有結合をいう。結合
する能力は、例えば、複合体の形成についての結合定数を決定することにより評
価され得る。結合定数は、複合体の濃度を成分濃度の積で割って得られる値であ
る。一般に、２つの化合物は、複合体形成の結合定数が約１０3Ｌ／ｍｏｌを超
える場合、本発明の文脈中で「結合している」といわれる。結合定数は、当該分
野で周知の方法を用いて決定され得る。
【００６９】 結合剤は、本明細書において提供される代表的アッセイを用いて、ガン（例え
ば、肺ガン）を有する患者と有さない患者の間でさらに区別され得る。言い換え
れば、肺腫瘍タンパク質に結合する抗体または他の結合剤は、疾患を有する少な
くとも約２０％の患者においてはガンの存在を示すシグナルを生成し、そしてガ
ンを有さない少なくとも約９０％の個体においては疾患の存在しないことを示す
ネガティブなシグナルを生成する。結合剤がこの要件を満たすか否かを決定する
ために、ガンを有する患者およびガンを有さない（標準的臨床試験を用いて決定
した場合）患者由来の生物学的サンプル（例えば、血液、血清、痰、尿、および
／または腫瘍生検）は、この結合剤に結合するポリペプチドの存在について、本
明細書に記載のようにアッセイされ得る。疾患を有するサンプルおよび疾患を有
さない統計的に有意な数のサンプルをアッセイすべきであることが明白である。
それぞれの結合剤は、上記の基準を満たすべきであるが；当業者は、結合剤が感
受性を改善する組み合わせで用いられ得ることを認識する。
【００７０】 上記の要件を満たす任意の因子が結合因子であり得る。例えば、結合剤はリボ
ソーム（ペプチド成分を伴うかまたは伴わない）、ＲＮＡ分子またはポリペプチ
ドであり得る。好ましい実施形態において、結合剤は、抗体またはその抗原結合
フラグメントである。抗体は、当業者に公知の任意の種々の技術により調製され
得る。例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａ
ｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌ
ａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８を参照のこと。一般に、組換え抗体の産生を可能
にするために、細胞培養技術（本明細書中に記載のモノクローナル抗体の産生を
含む）によってか、または適切な細菌細胞宿主または哺乳動物細胞宿主への抗体
遺伝子のトランスフェクションを介して、抗体は産生され得る。１つの技術では
、ポリペプチドを含む免疫原は、任意の広範な種々の哺乳動物（例えば、マウス
、ラット、ウサギ、ヒツジ、またはヤギ）にまず注射される。この工程で、本発
明のポリペプチドは、改変なしの免疫原として働く。あるいは、特に、相対的に
短いポリペプチドについて、このポリペプチドがキャリアタンパク質（例えば、
ウシ血清アルブミンまたはキーホールリンペットヘモシアニン）に結合する場合
、優れた免疫応答が惹起され得る。この免疫原は、好ましくは所定のスケジュー
ル（１回以上のブースター免疫を組み込む）に従って、動物宿主に注射され、そ
してこの動物は、定期的に採血される。次いで、このポリペプチドに特異的なポ
リクローナル抗体は、例えば、安定な固体支持体に結合しているポリペプチドを
用いるアフィニティークロマトグラフィーにより、このような抗血清から精製さ
れ得る。
【００７１】 目的の抗原性ポリペプチドについて特異的なモノクローナル抗体は、例えば、
ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．６：５１
１−５１９、１９７６の技術、ならびにその改良型を使用して調製され得る。手
短に言うと、これらの方法は、所望の特異性（すなわち、目的のポリペプチドと
の反応性）を有する抗体を産生し得る不死化細胞株の調製を包含する。このよう
な細胞株は、例えば、上記のように、免疫された動物から得られた脾臓細胞から
産生され得る。次いで、脾臓細胞は、例えば、ミエローマ細胞融合パートナー（
好ましくは、免疫された動物と同系のもの）との融合によって不死化される。種
々の融合技術が使用され得る。例えば、脾臓細胞およびミエローマ細胞は、非イ
オン性界面活性剤と数分間組み合わせられ得、次いで、ハイブリッド細胞の増殖
を支持するが、ミエローマ細胞の増殖を支持しない選択培地上で低密度でプレー
トされる。好ましい選択技術は、ＨＡＴ（ヒポキサンチン、アミノプテリン、チ
ミジン）選択を使用する。十分な時間（通常約１〜２週間）後、ハイブリッドの
コロニーが観察される。単一コロニーが選択され、そしてそれらの培養上清が、
ポリペプチドに対する結合活性について試験される。高い反応性および特異性を
有するハイブリドーマが好ましい。
【００７２】 モノクローナル抗体を、増殖しているハイブリドーマコロニーの上清から単離
し得る。さらに、種々の技術（例えば、適切な脊椎動物宿主（例えば、マウス）
の腹膜腔へのハイブリドーマ細胞株の注入）が、収量を増大させるために利用さ
れ得る。次いで、モノクローナル抗体を、腹水または血液から収集し得る。夾雑
物を、通常の技術（例えば、クロマトグラフィー、ゲル濾過、沈殿、および抽出
）によって抗体から除去し得る。本発明のポリペプチドを、例えば、アフィニテ
ィークロマトグラフィー工程における精製工程において使用し得る。
【００７３】 特定の実施形態において、抗体の抗原結合フラグメントの使用が好ましい。こ
のようなフラグメントは、標準的な技術を使用して調製され得るＦａｂフラグメ
ントを含む。手短に言うと、免疫グロブリンを、プロテインＡビーズカラム上の
アフィニティークロマトグラフィー（ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂ
ｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎ
ｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８８）によってウサギ血清から
精製し得、そしてパパインによって消化して、ＦａｂフラグメントおよびＦｃフ
ラグメントを産生し得る。ＦａｂフラグメントおよびＦｃフラグメントは、プロ
テインＡビーズカラム上のアフィニティークロマトグラフィーによって分離され
得る。
【００７４】 本発明のモノクローナル抗体は、１つ以上の治療薬剤に結合され得る。この点
において適切な薬剤は、放射性核種、分化誘導剤、薬物、毒素、およびその誘導
体を含む。好ましい放射性核種には、90Ｙ、123Ｉ、125Ｉ、131Ｉ、186Ｒｅ、18 8 Ｒｅ、211Ａｔ、および212Ｂｉが含まれる。好ましい薬物には、メトトレキセ
ート、ならびにピリミジンアナログおよびプリンアナログが含まれる。好ましい
分化誘導剤には、ホルボールエステルおよび酪酸が含まれる。好ましい毒素には
、リシン、アブリン、ジフテリア毒素、コレラ毒素、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ
）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ体外毒素、Ｓｈｉｇｅｌｌａ毒素、およびアメリカ
ヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質が含まれる。
【００７５】 治療剤は、直接的にかまたは間接的にかのいずれかで（例えば、リンカー基を
介して）適切なモノクローナル抗体にカップリング（例えば、共有結合によって
）され得る。薬剤と抗体との間の直接的な反応は、各々が互いに反応し得る置換
基を有する場合に可能である。例えば、一方の求核基（例えば、アミノ基または
スルフヒドリル基）は、他方のカルボニル含有基（例えば、無水物もしくは酸ハ
ロゲン化物）または良好な遊離基（例えば、ハロゲン化物）を含むアルキル基と
反応し得る。
【００７６】 あるいは、リンカー基を介して治療剤と抗体とをカップリングさせることが所
望され得る。リンカー基は、結合の可能性を妨げることを回避するために、抗体
を薬剤から隔てるためのスペーサーとして機能し得る。リンカー基はまた、薬剤
または抗体上の置換基の化学的反応性を増加させるために働き得、従ってカップ
リング効率を増大させる。化学的反応性の増大はまた、薬剤または薬剤上の官能
基の使用を容易にし得、これはさもなければ可能ではない。
【００７７】 種々の二官能性または多官能性試薬、ホモ官能性とヘテロ官能性との両方（例
えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬのカ
タログ中に記載されるもの）が、リンカー基として使用され得ることが当業者に
は明らかである。カップリングは、例えば、アミノ基、カルボキシル基、スルフ
ヒドリル基、または酸化された炭水化物残基を介してもたらされ得る。このよう
な方法論を記載する多数の参考文献（例えば、Ｒｏｄｗｅｌｌらに対する米国特
許第４，６７１，９５８号）が存在する。
【００７８】 本発明の免疫結合体の抗体部分がないときに治療剤がより強力である場合、細
胞中への内部移行の間に、またはその際に切断可能なリンカー基を使用すること
が望ましくあり得る。多数の異なる切断可能なリンカー基が記載されてきた。こ
れらのリンカー基からの薬剤の細胞内放出についての機構は、ジスルフィド結合
の還元（例えば、Ｓｐｉｔｌｅｒへの米国特許第４，４８９，７１０号）、感光
性結合の照射（例えば、Ｓｅｎｔｅｒらへの米国特許第４，６２５，０１４号）
、誘導体化されたアミノ酸側鎖の加水分解（例えば、Ｋｏｈｎらへの米国特許第
４，６３８，０４５号）、血清補体媒介性加水分解（例えば、Ｒｏｄｗｅｌｌら
への米国特許第４，６７１，９５８号）、および酸触媒加水分解（例えば、Ｂｌ
ａｔｔｌｅｒらへの米国特許第４，５６９，７８９号）による切断を含む。
【００７９】 １つより多い薬剤を抗体にカップリングさせることが望ましくあり得る。１つ
の実施形態において、複数の薬剤の分子が１つの抗体分子にカップリングされる
。別の実施形態において、１つより多い型の薬剤が１つの抗体にカップリングさ
れ得る。特定の実施形態に関わらず、１つより多い薬剤を有する免疫結合体は、
種々の方法で調製され得る。例えば、１つより多い薬剤が、抗体分子に直接的に
カップリング抗体分子に直接的にカップリングされ得るか、または付着のための
複数の部位を提供するリンカーが使用され得る。あるいは、キャリアが使用され
得る。
【００８０】 キャリアは、種々の方法（直接的にかまたはリンカー基を介するかのいずれか
の共有結合を含む）で薬剤を保有し得る。適切なキャリアには、アルブミンのよ
うなタンパク質（例えば、Ｋａｔｏらへの米国特許第４，５０７，２３４号）、
ペプチド、およびアミノデキストランのような多糖類（例えば、Ｓｈｉｈらへの
米国特許第４，６９９，７８４号）を含む。キャリアはまた、例えばリポソーム
ベシクル内に、非共有結合によってかまたはカプセル化によって、薬剤を保有し
得る（例えば、米国特許第４，４２９，００８号および同第４，８７３、０８８
号）。放射性核種薬剤に特異的なキャリアは、放射性ハロゲン化低分子およびキ
レート化合物を含む。例えば、米国特許第４，７３５，７９２号は、代表的な放
射性ハロゲン化低分子およびそれらの合成を開示する。放射性核種キレートは、
金属、または金属酸化物、放射性核種を結合するためのドナー原子として窒素原
子および硫黄原子を含むキレート化合物から形成され得る。例えば、Ｄａｖｉｓ
ｏｎらへの米国特許第４，６７３，５６２号は、代表的なキレート化合物および
それらの合成を開示する。
【００８１】 抗体および免疫結合体についての投与の種々の経路が使用され得る。代表的に
は、投与は、静脈内、筋肉内、皮下、または切除した腫瘍の基底での投与である
。抗体／免疫結合体の正確な用量は、使用される抗体、腫瘍上の抗原密度、およ
び抗体のクリアランスの速度に依存して変化することは明白である。
【００８２】 （Ｔ細胞） 免疫治療組成物はまた（あるいは）肺腫瘍タンパク質に特異的なＴ細胞を含み
得る。このような細胞は、一般的に、標準的手順を使用してインビトロまたはエ
キソビボで調製され得る。例えば、Ｔ細胞は、市販の細胞分離システム（例えば
、ＩｓｏｌｅｘTM Ｓｙｓｔｅｍ（Ｎｅｘｅｌｌ Ｔｈｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｉ
ｎｃ．，Ｉｒｖｉｎｅ，ＣＡから入手可能（米国特許第５，２４０，８５６号；
米国特許第５，２１５，９２６号；ＷＯ８９／０６２８０；ＷＯ９１／１６１１
６およびＷＯ９２／０７２４３もまた参照のこと））を使用して、患者の骨髄、
末梢血、あるいは骨髄または末梢血の画分中から単離され得る。あるいは、Ｔ細
胞は、関連または無関連のヒト、非ヒト哺乳動物、細胞株または培養物から誘導
され得る。
【００８３】 Ｔ細胞は、肺腫瘍ポリペプチド、肺腫瘍ポリペプチドをコードするポリヌクレ
オチドおよび／またはこのようなポリペプチドを発現する抗原提示細胞（ＡＰＣ
）を用いて刺激され得る。このような刺激は、このポリペプチドに特異的である
Ｔ細胞の生成を可能にする条件下およびそれに十分な時間で行われる。好ましく
は、肺腫瘍ポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、送達ビヒクル（例えば、ミ
クロスフェア）中に存在して、特異的Ｔ細胞の生成を容易にする。
【００８４】 Ｔ細胞が、サイトカインを特異的に増殖するか、分泌するか、あるいは肺腫瘍
ポリペプチドで被覆された標的細胞またはこのポリペプチドをコードする遺伝子
を発現する標的細胞を殺傷する場合、このＴ細胞は、肺腫瘍ポリペプチドに特異
的であるとみなされる。Ｔ細胞特異性は、任意の種々の標準的技術を使用して評
価され得る。例えば、クロム放出アッセイまたは増殖アッセイにおいて、ネガテ
ィブコントロールと比較して、溶解および／または増殖において２倍を超える増
加の刺激指数は、Ｔ細胞特異性を示す。このようなアッセイは、例えば、Ｃｈｅ
ｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５４：１０６５−１０７０，１９９４に記載され
るように、実行され得る。あるいは、Ｔ細胞の増殖の検出は、種々の公知の技術
によって達成され得る。例えば、Ｔ細胞増殖は、ＤＮＡ合成の速度の増加を測定
することによって検出され得る（例えば、トリチウム化チミジンでＴ細胞の培養
物をパルス標識し、ＤＮＡに取り込まれたトリチウム化チミジンの量を測定する
ことによって）。３〜７日間の肺腫瘍ポリペプチド（１００ｎｇ／ｍｌ〜１００
μｇ／ｍｌ、好ましくは、２００ｎｇ／ｍｌ〜２５μｇ／ｍｌ）との接触は、Ｔ
細胞の増殖において少なくとも２倍の増加を生じるはずである。２〜３時間の上
記のような接触は、標準的なサイトカインアッセイを使用して測定されるように
、Ｔ細胞の活性化を生じ、ここで、サイトカイン（例えば、ＴＮＦまたはＩＦＮ
−γ）放出のレベルの２倍の増加は、Ｔ細胞の活性化を示す（Ｃｏｌｉｇａｎら
、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第１巻
、Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ（Ｇｒｅｅｎｅ １９９８）を参照の
こと）。肺腫瘍ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたはポリペプチド発現ＡＰＣ
に対して活性化されたＴ細胞は、ＣＤ４+および／またはＣＤ８+であり得る。肺
腫瘍タンパク質特異的Ｔ細胞は、標準的な技術を使用して増殖され得る。好まし
い実施形態において、Ｔ細胞は、患者または関連するドナーもしくは無関連のド
ナーのいずれかから誘導され、そして刺激および増殖後にその患者に投与される
。
【００８５】 治療目的で、肺腫瘍ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたはＡＰＣに応答して
増殖するＣＤ４+Ｔ細胞またはＣＤ８+Ｔ細胞は、インビトロまたはインビボのい
ずれかで大量に増殖され得る。このようなＴ細胞のインビトロでの増殖は、種々
の方法において達成され得る。例えば、Ｔ細胞は、Ｔ細胞増殖因子（例えば、イ
ンターロイキン−２）および／または肺腫瘍ポリペプチドを合成する刺激細胞の
添加を伴うかまたは伴わずに、肺腫瘍ポリペプチドまたはこのようなポリペプチ
ドの免疫原性部分に対応する短いペプチドに再曝露され得る。あるいは、肺腫瘍
タンパク質の存在下で増殖する１つ以上のＴ細胞は、クローニングによって大量
に増殖され得る。細胞をクローニングするための方法は、当該分野で周知であり
、そしてこれには限界希釈が挙げられる。
【００８６】 （薬学的組成物およびワクチン） 特定の局面では、本明細書中に開示されるポリペプチド、ポリヌクレオチド、
Ｔ細胞および／または結合剤を、薬学的組成物または免疫原性組成物（すなわち
、ワクチン）中に組み込み得る。薬学的組成物は、１つ以上のこのような化合物
および生理的に受容可能なキャリアを含む。ワクチンは、１つ以上のこのような
化合物および免疫刺激薬を含み得る。免疫刺激薬は、外因性の抗原に対する免疫
応答を増強または強化する任意の物質であり得る。免疫刺激薬の例としては、ア
ジュバント、生分解性ミクロスフェア（例えば、ポリ乳酸ガラクチド（ｐｏｌｙ
ｌａｃｔｉｃ ｇａｌａｃｔｉｄｅ）およびリポソーム（この中に、化合物が取
り込まれる；例えば、Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ、米国特許第４，２３５，８７７号を
参照のこと）が挙げられる。ワクチン調製物は、一般的に、例えば、Ｍ．Ｆ．Ｐ
ｏｗｅｌｌおよびＭ．Ｊ．Ｎｅｗｍａｎ編、「Ｖａｃｃｉｎｅ Ｄｅｓｉｇｎ（
ｔｈｅ ｓｕｂｕｎｉｔ ａｎｄ ａｄｊｕｖａｎｔ ａｐｐｒｏａｃｈ）」、
Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ（ＮＹ、１９９５）に記載される。本発明の範囲内に
ある薬学的組成物およびワクチンはまた、生物学的に活性または不活性であり得
る他の化合物を含み得る。例えば、他の腫瘍抗原の１つ以上の免疫原性部分は、
組成物またはワクチンにおいて、融合ポリペプチドに組み込まれてかまたは個々
の化合物としてのいずれかで存在し得る。
【００８７】 薬学的組成物またはワクチンは、上記のような１つ以上のポリペプチドをコー
ドするＤＮＡを含み得、その結果、このポリペプチドはインサイチュで生成され
る。上記のように、ＤＮＡは、当業者に公知の種々の任意の送達系（核酸発現系
、細菌性発現系、およびウイルス性発現系を含む）において存在し得る。多数の
遺伝子送達技術（例えば、Ｒｏｌｌａｎｄ，Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｔｈｅｒａｐ．
Ｄｒｕｇ Ｃａｒｒｉｅｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ １５：１４３−１９８，１９９８
、およびそこに引用される参考文献によって記載される技術）が当該分野におい
て周知である。適切な核酸発現系は、患者における発現のために必要なＤＮＡ配
列を含む（例えば、適切なプロモーターおよび終結シグナル）。細菌性送達系は
、細胞表面上でポリペプチドの免疫原性部分を発現するかまたはこのようなエピ
トープを分泌する細菌（例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ−Ｃａｌｍｅｔｔｅ−Ｇｕｅ
ｒｒｉｎ）の投与を含む。好ましい実施形態では、ウイルス性発現系（例えば、
ワクシニアもしくは他のポックスウイルス、レトロウイルス、またはアデノウイ
ルス）を使用してＤＮＡを導入し得る。このウイルス発現系は、非病原性（欠損
性）で複製能力のあるウイルスの使用を含み得る。適切な系は、例えば、以下に
おいて開示される：Ｆｉｓｈｅｒ−Ｈｏｃｈら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ
．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：３１７−３２１、１９８９；Ｆｌｅｘｎｅｒら、Ａｎ
ｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．５６９：８６−１０３、１９８９；Ｆｌｅｘｎ
ｅｒら、Ｖａｃｃｉｎｅ ８：１７−２１、１９９０；米国特許第４，６０３，
１１２号、同第４，７６９，３３０号、および同第５，０１７，４８７号；ＷＯ
８９／０１９７３；米国特許第４，７７７，１２７号；ＧＢ ２，２００，６
５１；ＥＰ ０，３４５，２４２；ＷＯ ９１／０２８０５；Ｂｅｒｋｎｅｒ、
Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６：６１６−６２７、１９８８；Ｒｏｓｅｎｆｅ
ｌｄら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５２：４３１−４３４、１９９１；Ｋｏｌｌｓら、
Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：２１５−２１９、１９
９４；Ｋａｓｓ−Ｅｉｓｌｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ
ＳＡ ９０：１１４９８−１１５０２、１９９３；Ｇｕｚｍａｎら、Ｃｉｒｃｕ
ｌａｔｉｏｎ ８８：２８３８−２８４８、１９９３；およびＧｕｚｍａｎら、
Ｃｉｒ．Ｒｅｓ．７３：１２０２−１２０７、１９９３。このような発現系にＤ
ＮＡを組み込む技術は、当業者に周知である。ＤＮＡはまた、例えば、Ｕｌｍｅ
ｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：１７４５−１７４９、１９９３において記載さ
れ、そしてＣｏｈｅｎ、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：１６９１−１６９２、１９９
３によって概説されるように、「裸」であり得る。裸のＤＮＡの取り込みは、生
分解性ビーズ（これは、細胞に効率的に輸送される）上にＤＮＡをコーティング
することによって増加され得る。
【００８８】 当業者に公知の任意の適切なキャリアが、本発明の薬学的組成物において使用
され得るが、キャリアの型は、投与の様式に依存して変化する。本発明の組成物
は、任意の適切な投与の様式（例えば、局所的投与、経口投与、経鼻投与、静脈
内投与、頭蓋内投与、腹腔内投与、皮下投与、または筋内投与を含む）のために
処方され得る。非経口投与（例えば、皮下注射）については、キャリアは、好ま
しくは、水、生理食塩水、アルコール、脂肪、ろう、または緩衝液を含む。経口
投与については、任意の上記のキャリアまたは固体キャリア（例えば、マンニト
ール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、ナトリウムサッカリ
ン、タルク、セルロース、グルコース、スクロース、および炭酸マグネシウム）
を使用し得る。生分解性ミクロスフェア（例えば、ポリラクテートポリグリコレ
ート）もまた、本発明の薬学的組成物のためのキャリアとして使用され得る。適
切な生分解性ミクロスフェアは、例えば、米国特許第４，８９７，２６８号およ
び同第５，０７５，１０９号に開示される。
【００８９】 このような組成物はまた、緩衝液（例えば、中性の緩衝化生理食塩水またはリ
ン酸緩衝化生理食塩水）、炭水化物（例えば、グルコース、マンノース、スクロ
ースまたはデキストラン）、マンニトール、タンパク質、ポリペプチドまたはア
ミノ酸（例えば、グリシン）、抗酸化剤、キレート剤（例えば、ＥＤＴＡまたは
グルタチオン）、アジュバント（例えば、水酸化アルミニウム）および／または
保存剤（防腐剤）を含み得る。あるいは、本発明の組成物は、凍結乾燥剤として
処方され得る。化合物はまた、周知の技術を用いてリポソーム内にカプセル化さ
れ得る。
【００９０】 任意の種々の免疫賦活薬が、本発明のワクチンに使用され得る。例えば、アジ
ュバントが含まれ得る。ほとんどのアジュバントは、抗原を迅速な異化から防御
するように設計された物質（例えば、水酸化アルミニウムまたは鉱油）および免
疫応答の刺激因子（例えば、リピドＡ（脂質Ａ）、Ｂｏｒｔａｄｅｌｌａ ｐｅ
ｒｔｕｓｓｉｓまたはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ
由来のタンパク質）を含む。適切なアジュバントは、例えば、フロイント不完全
アジュバント（Ｆｒｅｕｎｄ’ｓ Ｉｎｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａｄｊｕｖａｎｔ）
およびフロイント完全アジュバント（Ｆｒｅｕｎｄ’ｓ Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ａ
ｄｊｕｖａｎｔ）（Ｄｉｆｃｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｄｅｔｒｏｉｔ，
ＭＩ）；Ｍｅｒｃｋ Ａｄｊｕｖａｎｔ ６５（Ｍｅｒｃｋ ａｎｄ Ｃｏｍｐ
ａｎｙ，Ｉｎｃ．，Ｒａｈｗａｙ，ＮＪ）；ＡＳ−２（ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ
Ｂｅｅｃｈａｍ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ）；アルミニウム塩（例えば
、水酸化アルミニウムゲル（ミョウバン）またはリン酸アルミニウム）；カルシ
ウム、鉄、または亜鉛の塩；アシル化したチロシンの不溶性懸濁液；アシル化し
た糖；カチオンとして（ｃａｔｉｏｎｉｃａｌｌｙ）かまたはアニオンとして（
ａｎｉｏｎｉｃａｌｌｙ）誘導される多糖類；ポリフォスファーゼン；生分解性
ミクロスフェア、モノホスホリルリピドＡおよびｑｕｉｌ Ａとして市販されて
いる。サイトカイン（例えば、ＧＭ−ＣＳＦまたはインターロイキン−２、イン
ターロイキン−７もしくはインターロイキン−１２）もまた、アジュバントとし
て使用され得る。
【００９１】 本明細書中で提供されるワクチンにおいて、アジュバンド組成物は、好ましく
は、優勢にＴｈ１型の免疫応答を誘導するように設計される。高レベルのＴｈ１
型サイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α、ＩＬ−２およびＩＬ−１２
）は、投与された抗原に対する細胞媒介性免疫応答の誘導を好む傾向にある。対
照的に、高レベルのＴｈ２型サイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ
−６およびＩＬ−１０）は、体液性免疫応答の誘導を好む傾向にある。本明細書
中に提供されるワクチンの適用に従って、患者は、Ｔｈ１型応答およびＴｈ２型
応答を誘導する免疫応答を支持する。応答が優勢にＴｈ１型である好ましい実施
形態において、Ｔｈ１型サイトカインのレベルは、Ｔｈ２型サイトカインのレベ
ルよりもはるかに高い程度まで増加する。これらのサイトカインのレベルは、標
準的アッセイを使用して容易に評価され得る。サイトカインのファミリーの総説
については、ＭｏｓｍａｎｎおよびＣｏｆｆｍａｎ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕ
ｎｏｌ．７：１４５−１７３、１９８９を参照のこと。
【００９２】 Ｔｈ１型優勢の応答を誘発する使用のための好ましいアジュバンドは、例えば
、モノホスホリルリピドＡ、好ましくは３−ｄｅ−Ｏ−アシル化モノホスホリル
リピドＡ（３Ｄ−ＭＰＬ）とアルミニウム塩との組み合わせを含む。ＭＰＬアジ
ュバンドは、Ｒｉｂｉ ＩｍｍｕｎｏＣｈｅｍ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｃ．（
Ｈａｍｉｌｔｏｎ，ＭＴ）から入手可能である（米国特許第４，４３６，７２７
号；同第４，８７７，６１１号；同第４，８６６，０３４号および同第４，９１
２，０９４号を参照のこと）。ＣｐＧ含有オリゴヌクレオチド（ここで、ＣｐＧ
ジヌクレオチドはメチル化されていない）はまた、Ｔｈ１優勢の応答を誘導する
。このようなオリゴヌクレオチドは周知であり、そして例えばＷＯ９６／０２５
５５およびＷＯ９９／３３４８８に記載される。免疫賦活薬ＤＮＡ配列がまた、
例えば、Ｓａｔｏら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７３：３５２，１９９６によって記載
される。別の好ましいアジュバンドは、サポニン、好ましくはＱＳ２１（Ａｑｕ
ｉｌａ Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ Ｉｎｃ．，Ｆｒａｍｉｎｇｈ
ａｍ，ＭＡ）であり、これは単独でか、または他のアジュバンドと組み合わせて
使用され得る。例えば、増強された系は、モノホスホリルリピドＡとサポニン誘
導体との組み合わせ（例えば、ＷＯ９４／００１５３に記載されるような、ＱＳ
２１と３Ｄ−ＭＰＬとの組み合わせ、またはＷＯ９６／３３７３９に記載される
ような、Ｑ２１がコレステロールで抑制（ｑｕｅｎｃｈ）される、あまり反応発
生的（ｒｅａｃｔｏｇｅｎｉｃ）でない組成物）を含む。他の好ましい処方物は
、水の油乳濁液およびトコフェロールを含む。水の油乳濁液中にＱＳ２１、３Ｄ
−ＭＰＬおよびトコフェロールを含む特に強力なアジュバンド処方物は、ＷＯ９
５／１７２１０に記載されている。
【００９３】 他の好ましいアジュバンドとしては、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ７２０（
Ｓｅｐｐｉｃ，Ｆｒａｎｃｅ）、ＳＡＦ（Ｃｈｉｒｏｎ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ
，Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ）、ＩＳＣＯＭＳ（ＣＳＬ）、ＭＦ−５９（Ｃｈ
ｉｒｏｎ）、アジュバンドのＳＢＡＳシリーズ（例えば、ＳＢＡ−２またはＳＢ
Ａ−４（ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ、Ｒｉｘｅｎｓａｒｔ、Ｂｅｌ
ｇｉｕｍから市販される）、Ｄｅｔｏｘ（Ｒｉｂｉ ＩｍｍｕｎｏＣｈｅｍ Ｒ
ｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｃ．，Ｈａｍｉｌｔｏｎ，ＭＴ）、ＲＣ−５２９（Ｒｉｂ
ｉ ＩｍｍｕｎｏＣｈｅｍ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｃ．，Ｈａｍｉｌｔｏｎ，
ＭＴ）およびアミノアルキルグルコサミニド４−ホスフェート（ＡＧＰ）が挙げ
られる。
【００９４】 本明細書中に提供される任意のワクチンは、抗原、免疫応答エンハンサーおよ
び適切なキャリアまたは賦形剤を組み合わせて得られる周知の方法を使用して調
製され得る。本明細書において記載される組成物は、徐放性処方物（すなわち、
投与後、化合物の緩徐な放出をもたらすカプセル、スポンジ、またはゲル（例え
ば、多糖類からなる）のような処方物）の一部として投与され得る。このような
処方物は一般に、周知の技術（例えば、Ｃｏｏｍｂｅｓら、Ｖａｃｃｉｎｅ １
４：１４２９−１４３８，１９９６）を用いて調製され得、そして例えば、経口
、直腸または皮下移植によってか、あるいは所望の標的部位への移植によって投
与され得る。徐放性処方物は、キャリアマトリックスに分散され、そして／また
は速度制御膜に囲まれる貯蔵所内に含まれる、ポリペプチド、ポリヌクレオチド
または抗体を含み得る。
【００９５】 このような処方物内での使用のためのキャリアは、生体適合性であり、そして
また生分解性であり得る；好ましくは、この処方物は比較的一定レベルの活性成
分の放出を提供する。このようなキャリアとしては、ポリ（ラクチド−ｃｏ−グ
ルコリド）ならびにポリアクリレート、ラテックス、デンプン、セルロースおよ
びデキストランのマイクロマプセルが挙げられる。他の徐放性キャリアは、非液
性（ｎｏｎ−ｌｉｑｕｉｄ）親水性コア（例えば、架橋ポリサッカリドまたはオ
リゴサッカリド）を含む超分子バイオベクター、ならびに必要に応じて、両親媒
性化合物を含む外部層（例えば、リン脂質）（例えば、米国特許第５，１５１，
２５４号およびＰＣＴ出願ＷＯ９４／２００７８、ＷＯ／９４／２３７０１およ
びＷＯ９６／０６６３８を参照のこと）を含む超分子バイオベクターを含有する
。徐放性処方物内に含まれる活性な化合物の量は、移植の部位、放出の速度およ
び予期される期間、ならびに処置または予防されるべき状態の性質に依存する。
【００９６】 任意の種々の送達ビヒクルは、薬学的組成物およびワクチン内で使用され、腫
瘍細胞を標的とする抗原特異性免疫応答の生成を容易にし得る。送達ビヒクルは
、抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、単球
、および有効なＡＰＣであるように操作され得る他の細胞）を含む。このような
細胞は、抗原を提示する能力を増大するように、Ｔ細胞応答の活性化および／ま
たは維持を改良するように、それ自体で抗腫瘍効果を有するように、そして／あ
るいは受け手（すなわち、一致するＨＬＡハプロタイプ）と免疫学的に適合性で
あるように遺伝学的に改変され得るが、改変される必要はない。ＡＰＣは、一般
に、種々の生物学的な流体および器官（腫瘍および腫瘍周辺組織を含む）のいず
れかから単離され得、そして自己細胞、同種異系細胞、同系細胞、または異種細
胞であり得る。
【００９７】 本発明の特定の好ましい実施形態は、抗原提示細胞として、樹状細胞またはそ
の前駆細胞を使用する。樹状細胞は、高度に強力なＡＰＣであり（Ｂａｎｃｈｅ
ｒｅａｕおよびＳｔｅｉｎｍａｎ、Ｎａｔｕｒｅ ３９２：２４５−２５１、１
９９８）、そして予防的または治療的な抗腫瘍免疫性を誘発するための生理学的
アジュバンドとして有効であることが示されてきた（Ｔｉｍｍｅｒｍａｎおよび
Ｌｅｖｙ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．５０：５０７−５２９、１９９９を参照の
こと）。一般に、樹状細胞は、それらの代表的な形状（インサイチュでは星状、
インビトロでは目に見える顕著な細胞質プロセス（樹枝状結晶）を有する）、高
い効率で抗原を取り込み、処理し、そして提示するそれらの能力、および未処置
の（ｎａｉｖｅ）Ｔ細胞応答を活性化するそれらの能力に基づいて同定され得る
。もちろん樹状細胞は、インビボまたはエキソビボで樹状細胞上に通常見出され
ない特定の細胞表面レセプターまたはリガンドを発現するように操作され得、こ
のような改変樹状細胞は本発明によって意図される。樹状細胞の代替として、分
泌小胞抗原装荷樹状細胞（ｓｅｃｒｅｔｅｄ ｖｅｓｉｃｌｅｓ ａｎｔｉｇｅ
ｎ−ｌｏａｄｅｄ ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ ｃｅｌｌ）（エキソソーム（ｅｘｏｓ
ｏｍｅ）と呼ばれる）がワクチン内で使用され得る（Ｚｉｔｖｏｇｅｌら、Ｎａ
ｔｕｒｅ Ｍｅｄ．４：５９４−６００，１９９８を参照のこと）。
【００９８】 樹状細胞および前駆細胞は、末梢血、骨髄、腫瘍浸潤細胞、腫瘍周辺組織浸潤
細胞、リンパ節、脾臓、皮膚、臍帯血、または他の適切な組織もしくは流体から
得られ得る。例えば、樹状細胞は、末梢血から収集された単球の培養物に、ＧＭ
−ＣＳＦ、ＩＬ−４、ＩＬ−１３および／またはＴＮＦαのようなサイトカイン
の組み合わせを添加することによってエキソビボで分化され得る。あるいは、末
梢血、臍帯血または骨髄から収集されたＣＤ３４陽性細胞は、培養培地にＧＭ−
ＣＳＦ、ＩＬ−３、ＴＮＦα、ＣＤ４０リガンド、ＬＰＳ、ｆｌｔ３リガンドお
よび／または樹状細胞の分化、成熟、および増殖を誘導する他の成分の組み合わ
せを添加することによって、樹状細胞に分化され得る。
【００９９】 樹状細胞は、「未熟」細胞および「成熟」細胞として都合良く分類され、この
ことは、２つの充分に特徴付けられた表現型の間を区別する単純な方法を与える
。しかしこの学名は、あらゆる可能な分化の中間段階を排除するように解釈され
るべきではない。未熟な樹状細胞は、抗原の取り込みおよび処理の高い能力を有
するＡＰＣとして特徴付けられ、この能力は、Ｆｃγレセプターおよびマンノー
スレセプターの高度な発現と相関する。成熟表現型は、代表的に、クラスＩおよ
びクラスＩＩ ＭＨＣ、接着分子（例えば、ＣＤ５４およびＣＤ１１）ならびに
同時刺激性分子（例えば、ＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８６および４−１ＢＢ）の
ようなＴ細胞活性化の原因である細胞表面分子の高度な発現ではなく、これらの
マーカーのより低い発現によって特徴付けられる。
【０１００】 ＡＰＣは、一般に、肺癌タンパク質（またはその部分もしくは他の改変体）を
コードするポリヌクレオチドを用いてトランスフェクトされ得、その結果、肺癌
ポリペプチドまたはその免疫原性部分が細胞表面上に発現される。このようなト
ランスフェクションはエキソビボで生じ得、次いでこのようなトランスフェクト
された細胞を含む組成物またはワクチンは、本明細書中に記載されるように、治
療目的のために使用され得る。あるいは、細胞を提示する樹状または他の抗原を
標的とする遺伝子送達ビヒクルが、患者に投与され得、インビボで起こるトラン
スフェクションを生じる。樹状細胞のインビボおよびエキソビボでのトランスフ
ェクションは、例えば、ＷＯ９７／２７４４４７に記載される方法、またはＭａ
ｈｖｉら、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ７５：
４５６−４６０、１９９７によって記載される遺伝子銃アプローチのような当該
分野で公知の任意の方法を使用して一般に実施され得る。樹状細胞の抗原装荷は
、樹状細胞または前駆細胞を、肺癌ポリペプチド、ＤＮＡ（裸のもしくはプラス
ミドベクター中の）またはＲＮＡ；あるいは抗原発現性組換え細菌またはウイル
ス（例えば、牛痘、鶏痘、アデノウイルスまたはレンチウイルスのベクター）と
インキュベートすることによって達成され得る。装荷の前に、ポリペプチドは、
Ｔ細胞補助（例えば、キャリア分子）を提供する免疫学的パートナーに共有結合
され得る。あるいは、樹状細胞は、単独でかまたはポリペプチドの存在下で、結
合していない免疫学的パートナーと同調（ｐｕｌｓｅ）され得る。
【０１０１】 ワクチンおよび薬学的組成物は、シールされたアンプルまたはバイアルのよう
な、単回用量容器または複数用量容器中に存在し得る。このような容器は、好ま
しくは、使用まで処方物の無菌性を維持するために、密封状態でシールされる。
一般に、処方物は、油性ビヒクルまたは水性ビヒクル中で、懸濁液、溶液または
エマルジョンとして保存され得る。あるいは、ワクチンまたは薬学的組成物は、
使用の直前に無菌水性キャリアの添加のみを必要とする、凍結乾燥状態で保存さ
れ得る。
【０１０２】 （癌治療） 本発明のさらなる局面において、本明細書において記載される組成物は、癌（
例えば、肺癌）の免疫治療に用いられ得る。このような方法において、薬学的組
成物およびワクチンが、代表的に患者に投与される。本明細書において用いられ
る場合、「患者」とは、任意の温血動物、好ましくはヒトをいう。患者は、癌に
感染していてもいなくてもよい。従って、上記の薬学的組成物およびワクチンは
、癌の発生を予防するために、または癌に罹患した患者を処置するために用いら
れ得る。癌は、当該分野で一般に受け入れられている基準（悪性腫瘍の存在を含
む）を用いて診断される。薬学的組成物およびワクチンは、初期腫瘍の外科的除
去のおよび／または放射線治療剤もしくは従来の化学療法剤の投与の前にか、ま
たはその後に投与され得る。
【０１０３】 特定の実施形態において、免疫療法は、能動的免疫療法であり得、この療法に
おいて処置は、免疫応答改変剤（例えば、本明細書中で開示されたポリペプチド
およびポリヌクレオチド）の投与で腫瘍に対して反応する内因性宿主免疫系のイ
ンビボ刺激に依存する。
【０１０４】 他の実施形態において、免疫療法は、受動的免疫療法であり得、この療法にお
いて処置は、確立された腫瘍免疫反応性を有する因子（例えば、効果細胞または
抗体）の送達（抗腫瘍効果を直接的または間接的に媒介し得、そしてインタクト
な宿主免疫系に依存する必要はない）を含む。効果細胞の例としては、上記のよ
うなＴ細胞、本明細書中に提供されるポリペプチドを発現するＴリンパ球（例え
ば、ＣＤ８+細胞傷害性Ｔリンパ球およびＣＤ４+Ｔヘルパー腫瘍浸潤性リンパ球
）、キラー細胞（例えば、ナチュラルキラー細胞およびリンホカイン活性化キラ
ー細胞）、Ｂ細胞および抗原提示細胞（例えば、樹状細胞およびマクロファージ
）が挙げられる。本明細書中に列挙されるポリペプチドに特異的なＴ細胞レセプ
ターおよび抗体レセプターは、養子免疫療法のために他のベクターまたは効果細
胞中にクローニングされ、発現され、そして移入され得る。本明細書に提供され
るポリペプチドはまた、受動免疫療法のための抗体または抗イディオタイプ抗体
（上記および米国特許第４，９１８，１６４号に記載される）を生成するために
用いられ得る。
【０１０５】 効果細胞は、通常、本明細書中に記載されるように、インビトロでの増殖によ
り養子免疫治療のために十分な量で得られ得る。単一の抗原特異的効果細胞を、
インビボでの抗原認識の保持しながら数十億まで増殖させるための培養条件は当
該分野で周知である。このようなインビトロの培養条件は代表的に、しばしばサ
イトカイン（例えば、ＩＬ−２）および分裂しない支持細胞の存在下で、抗原で
の間欠刺激を用いる。上で述べたように、本明細書中で提供される免疫反応性ポ
リペプチドは、抗原特異的Ｔ細胞培養を急速に増殖するために用いられ、免疫治
療に十分な数の細胞を生成し得る。詳細には、抗原提示細胞（例えば、樹状細胞
、マクロファージ、単球、繊維芽細胞、またはＢ細胞）は、当該分野で周知の標
準的技術を用いて、免疫反応性ポリペプチドでパルスされ得るか、または１つ以
上のポリヌクレオチドでトランスフェクトされ得る。例えば、抗原提示細胞は、
組換えウイルスまたは他の発現系における発現を増大するのに適切なプロモータ
ーを有するポリヌクレオチドでトランスフェクトされ得る。治療において使用す
るための培養された効果細胞は、増殖されかつ広範に流通され得、そしてインビ
ボで長期間生存され得なければならない。培養された効果細胞が、インビボで増
殖し、そしてＩＬ−２を補充された抗原での反復刺激によって、長期間、多数生
存しするように誘導され得ることが研究で示されている（例えば、Ｃｈｅｅｖｅ
ｒら、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ １５７：１７７、１９９
７を参照のこと）。
【０１０６】 あるいは、本明細書において列挙されるポリペプチドを発現するベクターは、
患者から得られた抗原提示細胞に導入され得、そして同じ患者に戻す移植のため
にエキソビボでクローン的に増殖され得る。トランスフェクトされた細胞は、当
該分野で公知の任意の手段（好ましくは、静脈投与、腔内投与、腹腔内投与、ま
たは腫瘍内投与による滅菌形態）を用いて患者に再導入され得る。
【０１０７】 本明細書中に開示される治療的組成物の投与の経路および頻度、ならびに投薬
量は、個々人で異なり、そして標準的技術を用いて容易に確立され得る。概して
、薬学的組成物およびワクチンは、注射（例えば、皮内、筋肉内、静脈内、また
は皮下）により、経鼻的に（例えば、吸引により）または経口的に、投与され得
る。好ましくは、５２週間にわたって１〜１０用量の間が投与され得る。好まし
くは、１ヶ月の間隔で６用量が投与され、そしてブースター（追加）ワクチン接
種がその後定期的に与えられ得る。交互のプロトコールが個々の患者に適切であ
り得る。適切な用量は、上記のように投与された場合、抗腫瘍免疫応答を促進し
得、そして基底（すなわち、未処置）レベルより少なくとも１０〜５０％上であ
る、化合物の量である。このような応答は、患者内の抗腫瘍抗体を測定すること
によってか、または患者の腫瘍細胞を殺傷し得る細胞溶解性効果細胞のワクチン
依存性のインビトロでの生成によってモニターされ得る。このようなワクチンは
また、ワクチン接種されていない患者と比較すると、ワクチン接種された患者に
おいて、改善された臨床的結果（例えば、より頻繁な症状の軽減、完全もしくは
部分的に疾患を有さないか、またはより長く疾患を有さない生存）を導く免疫応
答を生じ得るはずである。一般に、１つ以上のポリペプチドを含む薬学的組成物
およびワクチンについて、用量中に存在する各ポリペプチドの量は、宿主の体重
（ｋｇ）あたり、約２５μｇ〜５ｍｇにわたる。適切な用量サイズは、患者の大
きさで変化するが、代表的には約０．１ｍＬ〜約５ｍＬの範囲である。
【０１０８】 一般に、適切な投薬量および処置レジメンは、治療的および／または予防的利
点を提供するのに十分な量の活性薬剤を提供する。このような応答は、処置され
ていない患者に比較して、処置された患者において、改善された臨床的結果（例
えば、より頻繁な寛解、完全なまたは部分的な、あるいはより長い疾患なしでの
生存）を確立することによってモニターされ得る。肺癌タンパク質に対する既存
の免疫応答における増加は、一般的に、改善された臨床的結果と関連する。この
ような免疫応答は、一般的に、標準的な増殖アッセイ、細胞障害性アッセイまた
はサイトカインアッセイを使用して評価され得、これは、処置の前または後に患
者から得られるサンプルを使用して行われ得る。
【０１０９】 （癌を検出するための方法） 一般的に、癌は、患者から得られた生物学的サンプル（例えば、血液、血清、
痰、尿、および／または腫瘍生検）における１つ以上の肺癌タンパク質および／
またはこのようなタンパク質をコードするポリヌクレオチドの存在に基づいて患
者において検出され得る。言い換えると、このようなタンパク質は、肺癌のよう
な癌の存在または非存在を示すためのマーカーとして使用され得る。さらに、こ
のようなタンパク質は、他の癌の検出に有用であり得る。本明細書に提供される
結合剤が、一般的に、生物学的サンプル中の薬剤に結合する抗原のレベルの検出
を可能にする。ポリヌクレオチドプライマーおよびプローブは、腫瘍タンパク質
をコードするｍＲＮＡのレベルを検出するために使用され得、これもまた、癌の
存在または非存在を示す。一般に、肺癌の配列は、正常な組織におけるよりも、
腫瘍組織において少なくとも３倍高いレベルで存在する。
【０１１０】 サンプル中のポリペプチドマーカーを検出するために結合剤を使用するための
、当業者に公知の種々のアッセイ型式が存在する。例えば、Ｈａｒｌｏｗおよび
Ｌａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｒｕａｌ，
Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８を参
照のこと。一般的に、患者における癌の存在または非存在は、（ａ）患者から得
られた生物学的サンプルを結合剤と接触させる工程；（ｂ）結合剤に結合するポ
リペプチドのレベルをサンプルにおいて検出する工程；および（ｃ）ポリペプチ
ドのレベルと所定のカットオフ値とを比較する工程によって決定され得る。
【０１１１】 好ましい実施形態において、このアッセイは、結合するためおよびサンプルの
残りからポリペプチドを除くために固体支持体上に固定化された結合剤の使用を
含む。次いで、結合されたポリペプチドは、レポーター基を含み、結合剤／ポリ
ペプチド複合体に特異的に結合する検出試薬を使用して検出され得る。このよう
な検出試薬は、例えば、ポリペプチドまたは抗体に特異的に結合する結合剤ある
いは結合剤に特異的に結合する他の薬剤（例えば、抗免疫グロブリン、タンパク
質Ｇ、タンパク質Ａまたはレクチン）を含み得る。あるいは、競合アッセイが、
使用され得、ここで、ポリペプチドは、レポーター基で標識され、そしてサンプ
ルと結合剤のインキュベーション後にその固定化結合剤に結合し得る。サンプル
の成分が、標識ポリペプチドの結合剤への結合を阻害する程度は、サンプルの固
定化結合剤との反応性を示す。このようなアッセイにおける使用に適切なポリペ
プチドは、上記のような、結合剤が結合する全長肺腫瘍タンパク質およびその部
分を含む。
【０１１２】 固体支持体は、腫瘍タンパク質が付着され得る当業者に公知の任意の物質であ
り得る。例えば、固体支持体は、マイクロタイタープレートにおける試験ウェル
あるいはニトロセルロースまたは他の適切な膜であり得る。あるいは、その支持
体は、ビーズまたはディスク（例えば、ガラス、ファイバーグラス、ラテックス
、またはプラスチック物質（例えば、ポリスチレン、またはポリ塩化ビニル））
であり得る。その支持体はまた、磁気粒子または光ファイバーセンサー（例えば
、米国特許第５，３５９，６８１号に記載のような）であり得る。結合剤は、当
業者に公知の種々の技術を使用して固体支持体上に固定化され得、これは特許お
よび科学文献に十分に記載されている。本発明の状況において、用語「固定化」
とは、非共有結合的な会合（例えば、吸着）および共有結合的な付着（これは、
薬剤と支持体上の官能基との間で直接連結され得るかまたは架橋剤を用いる連結
であり得る）の両方をいう。マイクロタイタープレートのウェル、または膜への
吸着による固定化は好ましい。このような場合、吸着は、適切な緩衝液中で固体
支持体に適切な時間で結合剤を接触させることによって達成され得る。接触時間
は、温度によって変化するが、代表的には、約１時間から約１日の間である。一
般的には、約１０ｎｇ〜約１０μｇ、そして好ましくは約１００ｎｇ〜約１μｇ
の範囲の量の結合剤とプラスチックマイクロタイタープレート（例えば、ポリス
チレンまたはポリ塩化ビニル）のウェルを接触させることは、適切な量の結合剤
を固定化するのに十分である。
【０１１３】 固体支持体への結合剤の共有結合的付着は、一般に、支持体および結合剤上の
官能基（例えば、水酸基またはアミノ基）の両方と反応する二官能性試薬と支持
体を最初に反応させることによって達成され得る。例えば、この結合剤は、ベン
ゾキノンを用いるかまたは結合パートナー上のアミンおよび活性水素と支持体上
のアルデヒド基との縮合によって、適切なポリマーコーティングを有する支持体
に、共有結合的に付着され得る（例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈ
ｎｏｌｏｇｙ Ｃａｔａｌｏｇ ａｎｄ Ｈａｎｄｂｏｏｋ、１９９１、Ａ１２
−Ａ１３を参照のこと）。
【０１１４】 特定の実施形態において、このアッセイは、２抗体サンドイッチアッセイであ
る。本アッセイは、最初に、固体支持体（通常、マイクロタイタープレートのウ
ェル）上で固定化されている抗体をサンプルと接触させて、サンプル内のポリペ
プチドを固定化抗体に結合させることによって実施され得る。次いで、非結合サ
ンプルは固定化ポリペプチド−抗体複合体から除去され、そして検出試薬（好ま
しくは、そのポリペプチド上の異なる部位に結合し得る第２の抗体）（レポータ
ー基を含む）が添加される。次いで、固体支持体に結合したままである検出試薬
の量が、特定のレポーター基に関して適切な方法を用いて決定される。
【０１１５】 より詳細には、一旦抗体が上記のように支持体上に固定化されると、支持体上
の残りのタンパク質結合部位は、典型的にはブロックされる。任意の適切なブロ
ック剤（例えば、ウシ血清アルブミンまたはＴｗｅｅｎ２０TM（Ｓｉｇｍａ Ｃ
ｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ））は、当業者に公知である
。固定化抗体は次いで、サンプルとインキュベートされ、そしてポリペプチドを
この抗体に結合させる。インキュベーションの前に、このサンプルは適切な希釈
液（例えば、リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ））で希釈され得る。概して、適
切な接触時間（すなわち、インキュベーション時間）は、肺癌を有する個体から
得られたサンプル内のポリペプチドの存在を検出するのに十分な時間である。好
ましくは、この接触時間は、結合ポリペプチドと非結合ポリペプチドとの間の平
衡で達成されたレベルの少なくとも約９５％である結合レベルを達成するのに十
分な時間である。当業者は、ある時間にわたって起こる結合レベルをアッセイす
ることによって、平衡に達するまでに必要な時間が容易に決定され得ることを認
識する。室温では、一般に、約３０分間のインキュベーション時間で十分である
。
【０１１６】 次いで、非結合サンプルが、適切な緩衝液（例えば、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０ TM を含むＰＢＳ）を用いて固体支持体を洗浄することによって除去され得る。レ
ポーター基を含む第２の抗体が次いで、固体支持体に添加され得る。好ましいレ
ポーター基は、上記の基を含む。
【０１１７】 次いで、検出試薬が、結合されたポリペプチドを検出するのに十分な量の時間
、固定化抗体−ポリペプチド複合体とインキュベートされる。適切な量の時間は
、一般に、ある時間にわたって起こる結合のレベルをアッセイすることによって
決定され得る。次いで、非結合の検出試薬は除去され、そして結合した検出試薬
は、レポーター基を用いて検出される。レポーター基を検出するために使用され
る方法は、レポーター基の性質に依存する。放射性基について、一般的には、シ
ンチレーション計数法またはオートラジオグラフィー法が適切である。分光法は
、色素、発光基および蛍光基を検出するために使用され得る。ビチオンは、異な
るレポーター基（一般に、放射性もしくは蛍光基または酵素）に結合されたアビ
ジンを使用して検出され得る。酵素レポーター基は、一般に、基質の添加（一般
には、特定の時間の間）、続いて反応産物の分光分析または他の分析により検出
され得る。
【０１１８】 癌（例えば、肺癌）の存在または非存在を決定するために、固体支持体に結合
したままのレポーター基から検出されるシグナルが、一般に、所定のカットオフ
値と対応するシグナルと比較される。１つの好ましい実施形態において、癌の検
出のためのカットオフ値は、固定化抗体を、癌を有さない患者由来のサンプルと
インキュベートした際に得られた平均シグナル値である。概して、所定のカット
オフ値を３標準偏差上回るシグナルを生じるサンプルが、癌に対して陽性とみな
される。代わりの好ましい実施形態において、このカットオフ値は、Ｓａｃｋｅ
ｔｔら、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｂａｓｉｃ Ｓｃ
ｉｅｎｃｅ ｆｏｒ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｌｉｔｔｌｅ Ｂ
ｒｏｗｎ ａｎｄ Ｃｏ．，１９８５，１０６〜７頁の方法に従って、レシーバ
ーオペレーターカーブ（Ｒｅｃｅｉｖｅｒ Ｏｐｅｒａｔｏｒ Ｃａｒｖｅ）を
使用して決定される。簡単に言うと、本実施形態において、このカットオフ値は
、診断試験結果について各可能なカットオフ値に対応する真の陽性割合（すなわ
ち、感度）および偽陽性割合（１００％−特異性）の対のプロットから決定され
得る。プロット上の上方左手角に最も近いカットオフ値（すなわち、最大領域を
囲む値）が、最も正確なカットオフ値であり、そして本方法によって決定された
カットオフ値より高いシグナルを生ずるサンプルが陽性と見なされ得る。あるい
は、カットオフ値は、偽陽性割合を最小にするためにプロットに沿って左へシフ
トされ得るか、または偽陰性割合を最小にするために右へシフトされ得る。概し
て、本方法によって決定されたカットオフ値より高いシグナルを生じるサンプル
が、癌に対して陽性と見なされる。
【０１１９】 関連の実施形態において、このアッセイは、フロースルー試験形式またはスト
リップ試験形式で実行される（ここで、結合剤は、ニトロセルロースのような膜
上で固定化される）。フロースルー試験では、サンプル内のポリペプチドは、サ
ンプルが膜を通過するにつれて固定化抗体に結合する。次いで、第２の標識化さ
れた結合剤が、この第２の結合剤を含む溶液がその膜を介して流れるにつれて、
結合剤−ポリペプチド複合体と結合する。次いで、結合した第２の結合剤の検出
は、上記のように実行され得る。ストリップ試験形式では、結合剤が結合される
膜の一端をサンプルを含む溶液中に浸す。このサンプルは、膜に沿って、第２の
結合剤を含む領域を通って、そして固定化結合剤の領域まで移動する。固定化抗
体の領域での第２の結合剤の濃度が、癌の存在を示す。代表的には、その部位で
の第２の結合剤の濃度は、視覚的に読みとられ得るパターン（例えば、線）を生
成する。このようなパターンを示さないことは陰性の結果を示す。概して、この
膜上に固定化される結合剤の量は、生物学的サンプルが、上記の形式において、
２抗体サンドイッチアッセイにおいて陽性シグナルを生じるのに十分であるレベ
ルのポリペプチドを含む場合、視覚的に識別可能なパターンを生じるように選択
される。このようなアッセイにおける使用に好ましい結合剤は、抗体およびその
抗原結合フラグメントである。好ましくは、膜上に固定化される抗体の量は、約
２５ｎｇ〜約１μｇの範囲であり、そしてより好ましくは、約５０ｎｇ〜約５０
０ｎｇの範囲である。このような試験は、代表的には、非常に少ない量の生物学
的サンプルを用いて実行され得る。
【０１２０】 もちろん、本発明の腫瘍タンパク質または結合剤との使用に適する多数の他の
アッセイ手順が存在する。上記の記載は、例示のみを意図する。例えば、上記手
順が、肺腫瘍ポリペプチドを使用するために容易に改変され得て、生物学的サン
プル内でこのようなポリペプチドに結合する抗体を検出し得ることが当業者に明
かである。このような肺腫瘍タンパク質特異的抗体の検出は、癌の存在と相関す
る。
【０１２１】 あるいは、癌はまた、生物学的サンプル中の肺腫瘍タンパク質と特異的に反応
するＴ細胞の存在に基づいて検出され得る。特定の方法では、患者から単離され
たＣＤ４+Ｔ細胞および／またはＣＤ８+Ｔ細胞を含む生物学的サンプルは、肺腫
瘍ポリペプチド、このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよび
／またはこのようなポリペプチドの少なくとも免疫原性部分を発現するＡＰＣと
ともにインキュベートされ、そしてＴ細胞の特異的活性化の存在または非存在が
検出される。適切な生物学的サンプルとしては、単離されたＴ細胞が挙げられる
がこれらに限定されない。例えば、Ｔ細胞は、慣用技術によって（例えば、末梢
血リンパ球のＦｉｃｏｌｌ／Ｈｙｐａｑｕｅ密度勾配遠心分離法によって）患者
から単離され得る。Ｔ細胞は、２〜９日間（代表的に４日間）、３７℃にてポリ
ペプチド（例えば、５〜２５μｇ／ｍｌ）とともにインビトロでインキュベート
され得る。別のアリコートのＴ細胞サンプルを、コントロールとして役立てるた
めに、肺腫瘍ポリペプチドの非存在下でインキュベートすることが所望され得る
。ＣＤ４+Ｔ細胞に関して、活性化は好ましくは、Ｔ細胞の増殖を評価すること
によって検出される。ＣＤ８+Ｔ細胞に関しては、活性化は好ましくは、細胞溶
解活性を評価することによって検出される。疾患のない患者におけるよりも少な
くとも２倍高い増殖レベルおよび／または少なくとも２０％高い細胞溶解活性レ
ベルは、患者における癌の存在を示す。
【０１２２】 上記のように、癌はまた、あるいは、生物学的サンプル中の肺腫瘍タンパク質
をコードするｍＲＮＡレベルに基づいて検出され得る。例えば、少なくとも２つ
のオリゴヌクレオチドプライマーをポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づくア
ッセイにおいて用いて、生物学的サンプルに由来する肺腫瘍ｃＤＮＡの一部を増
幅し得、ここで、オリゴヌクレオチドプライマーのうちの少なくとも１つは、肺
腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドに特異的である（すなわち、ハイ
ブリダイズする）。次いで、増幅されたｃＤＮＡが、当該分野で周知の技術（例
えば、ゲル電気泳動）を用いて分離され、そして検出される。同様に、肺腫瘍タ
ンパク質をコードするポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするオリゴヌ
クレオチドプローブをハイブリダイゼーションアッセイにおいて用いて、生物学
的サンプル中でこの腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドの存在を検出
し得る。
【０１２３】 アッセイ条件下でのハイブリダイゼーションを可能にするために、オリゴヌク
レオチドのプライマーおよびプローブは、少なくとも１０ヌクレオチド、そして
好ましくは少なくとも２０ヌクレオチドの長さの、肺腫瘍タンパク質をコードす
るポリヌクレオチドの一部に対して少なくとも約６０％、好ましくは少なくとも
約７５％、そしてより好ましくは少なくとも約９０％の同一性を有するオリゴヌ
クレオチド配列を含むべきである。好ましくは、オリゴヌクレオチドプライマー
および／またはプローブは、上記に規定されるような、中程度にストリンジェン
トな条件下で、本明細書中に開示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオ
チドにハイブリダイズする。本明細書中に記載される診断方法において有用に用
いられ得るオリゴヌクレオチドのプライマーおよび／またはプローブは、好まし
くは、少なくとも１０〜４０ヌクレオチドの長さである。好ましい実施形態にお
いて、オリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号１〜１０９、１１１、１１３
、１１５〜１５１、１５３、１５４、１５７、１５８、１６０、１６２〜１６４
、１６７、１６８、１７１、１７３、１７５、１７７〜２２４、２２５〜３３７
、３４５、３４７および３４９に記載される配列を有するＤＮＡ分子の少なくと
も１０の連続するヌクレオチド、より好ましくは少なくとも１５の連続するヌク
レオチドを含む。ＰＣＲに基づくアッセイおよびハイブリダイゼーションアッセ
イの両方についての技術は、当該分野で周知である（例えば、Ｍｕｌｌｉｓら，
Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．，
５１：２６３，１９８７；Ｅｒｌｉｃｈ編，ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｓ
ｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，１９８９を参照のこと）。
【０１２４】 １つの好ましいアッセイは、ＲＴ−ＰＣＲを用い、ここでは、ＰＣＲは、逆転
写に関連して適用される。代表的に、ＲＮＡは生物学的サンプル（例えば、生検
組織）から抽出され、そして逆転写されてｃＤＮＡ分子を生成する。少なくとも
１つの特異的プライマーを用いるＰＣＲ増幅は、ｃＤＮＡ分子を生成し、このｃ
ＤＮＡ分子は、例えば、ゲル電気泳動を用いて分離および可視化され得る。増幅
は、試験患者および癌に罹患していない個体から採取された生物学的サンプルに
ついて行われ得る。増幅反応は、２桁の大きさにおよぶいくつかのｃＤＮＡ希釈
物について行われ得る。癌でないサンプルのいくつかの希釈物と比較して２倍以
上の、試験患者サンプルの同じ希釈物における発現増加は、代表的に、陽性とみ
なされる。
【０１２５】 別の実施形態において、開示された組成物は、癌の進行についてのマーカーと
して使用され得る。この実施形態において、癌の診断について上記に記載される
ようなアッセイは、経時的に実行され得、そして反応性ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドのレベルの変化を評価し得る。例えば、このアッセイは、６ケ月〜
１年の期間の間２４〜７２時間毎に実行され得、そしてその後、必要に応じて実
行され得る。一般に、癌は、検出されるこのポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ドのレベルが経時的に増大する患者において進行している。対照的に、癌は、反
応性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドのレベルが一定のままであるか、また
は時間とともに減少するかのいずれかである場合、進行していない。
【０１２６】 特定のインビボ診断アッセイは、腫瘍上で直接実施され得る。１つのこのよう
なアッセイは、腫瘍細胞を結合剤と接触させる工程を包含する。次いで、結合さ
れた結合剤は、レポーター基によって直接的または間接的に検出され得る。この
ような結合剤はまた、組織学的な用途において使用され得る。あるいは、ポリヌ
クレオチドプローブは、このような用途において使用され得る。
【０１２７】 上記のように、感度を改善するために、複数の肺腫瘍タンパク質マーカーは、
所定のサンプル内でアッセイされ得る。本明細書中に提供される種々のタンパク
質に特異的な結合剤が単一のアッセイにおいて組み合わせられ得ることは明かで
ある。さらに、複数のプライマーまたはプローブが同時に用いられ得る。腫瘍タ
ンパク質マーカーの選択は、最適な感度をもたらす組み合わせを決定する慣用実
験に基づき得る。さらに、または代替として、本明細書中に提供される腫瘍タン
パク質のアッセイは、他の公知の腫瘍抗原に対するアッセイと組み合わせられ得
る。
【０１２８】 （診断キット） 本発明はさらに、上記の診断方法のうちのいずれかにおいて使用するためのキ
ットを提供する。このようなキットは代表的に、診断アッセイを行うに必要な２
以上の構成要素を備える。構成要素は、化合物、試薬、容器および／または器具
であり得る。例えば、キット内の１つの容器は、肺腫瘍タンパク質に特異的に結
合するモノクローナル抗体またはそのフラグメントを含み得る。このような抗体
またはフラグメントは、上記のように支持体材料に付着されて提供され得る。１
以上のさらなる容器は、アッセイにおいて使用される要素（例えば、試薬または
緩衝液）を封入し得る。このようなキットはまた、あるいは、抗体結合の直接的
または間接的な検出に適切なレポーター基を含む上記のような検出試薬を備え得
る。
【０１２９】 あるいは、キットは、生物学的サンプル中の肺腫瘍タンパク質をコードするｍ
ＲＮＡレベルを検出するように設計され得る。このようなキットは一般に、肺腫
瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズする、上記のよう
な、少なくとも１つのオリゴヌクレオチドのプローブまたはプライマーを備える
。このようなオリゴヌクレオチドは、例えば、ＰＣＲまたはハイブリダイゼーシ
ョンアッセイにおいて用いられ得る。このようなキット内に存在し得るさらなる
構成要素としては、肺腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドの検出を容
易にする、第２のオリゴヌクレオチドおよび／または診断試薬もしくは容器が挙
げられる。
【０１３０】 以下の実施例は、例示のために提供され、そして限定のためではない。
【０１３１】 （実施例１） （肺腫瘍ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ配列の単離および特徴づけ） 本実施例は、肺腫瘍ｃＤＮＡライブラリーからの、肺腫瘍特異的ポリペプチド
をコードするｃＤＮＡ分子の単離を示す。
【０１３２】 （Ａ．肺扁平上皮細胞癌ライブラリーからのｃＤＮＡ配列の単離） ヒト肺扁平上皮細胞癌ｃＤＮＡ発現ライブラリーを、製造業者のプロトコルに
従ってＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ ｃＤ
ＮＡ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ Ｐｌａｓｍｉｄ Ｃｌｏｎｉｎｇ ｋｉｔ
（ＢＲＬ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、
ＭＤ）を使用して、２人の患者の組織のプール由来のポリＡ+ ＲＮＡから構築
した。詳細には、肺癌組織をポリトロン（Ｋｉｎｅｍａｔｉｃａ、Ｓｗｉｚｅｒ
ｌａｎｄ）でホモジナイズし、そして総ＲＮＡを、製造業者により指示されるよ
うにＴｒｉｚｏｌ試薬（ＢＲＬ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用
して抽出した。次いで、ポリＡ+ ＲＮＡを、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃ
ｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌ
ｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐ
ｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ、１９８９に記載されるように、オリゴｄＴセル
ロースカラムを使用して精製した。第１鎖ｃＤＮＡを、ＮｏｔＩ／Ｏｌｉｇｏ−
ｄＴ１８プライマーを使用して合成した。二本鎖ｃＤＮＡを合成し、ＢｓｔＸＩ
／ＥｃｏＲＩアダプター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）
と連結し、そしてＮｏｔＩで消化した。ｃＤＮＡサイズ分画カラム（ＢＲＬ Ｌ
ｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）でのサイズ分画の後、そのｃＤＮＡを、ｐ
ｃＤＮＡ３．１（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）のＢｓｔＸＩ／ＮｏｔＩ部位に連結し
、そしてエレクトロポレーションによって、ＥｌｅｃｔｒｏＭａｘ Ｅ．ｃｏｌ
ｉ ＤＨ１０Ｂ細胞（ＢＲＬ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）に形質転
換した。
【０１３３】 同じ手順を使用して、正常ヒト肺ｃＤＮＡ発現ライブラリーを、４つの組織標
本のプールから調製した。ｃＤＮＡライブラリーを、独立コロニー数、インサー
トを保有するクローンの割合、平均インサートサイズを決定すること、および配
列分析によって、特徴付けた。この肺扁平上皮細胞癌ライブラリーは、２．７×
１０6個の独立コロニーを含み、１００％のクローンが、インサートを有し、そ
して平均インサートサイズは２１００塩基対であった。正常肺ｃＤＮＡライブラ
リーは、１．４×１０6個の独立コロニーを含み、９０％のクローンが、インサ
ートを有し、そして平均インサートサイズは１８００塩基対であった。両方のラ
イブラリーについて、配列分析は、大多数のクローンが全長ｃＤＮＡ配列を有し
、ｍＲＮＡから合成されたことを示した。
【０１３４】 ｃＤＮＡライブラリー差引きを、いくらかの改変とともにＨａｒａら（Ｂｌｏ
ｏｄ、８４：１８９〜１９９、１９９４）により記載されるように、上記の肺扁
平上皮細胞癌ｃＤＮＡライブラリーおよび正常肺ｃＤＮＡライブラリーを使用し
て実施した。詳細には、肺扁平上皮細胞癌特異的差引きｃＤＮＡライブラリーを
、以下のように作製した。正常組織ｃＤＮＡライブラリー（８０μｇ）をＢａｍ
ＨＩおよびＸｈｏＩで消化し、続いてＤＮＡポリメラーゼＫｌｅｎｏｗフラグメ
ントでの充填反応を行った。フェノール−クロロホルム抽出およびエタノール沈
殿の後、そのＤＮＡを１３３μｌのＨ2Ｏに溶解し、熱変性し、そして１３３μ
ｌ（１３３μｇ）のＰｈｏｔｏｐｒｏｂｅビオチン（Ｖｅｃｔｏｒ Ｌａｂｏｒ
ａｔｏｒｉｅｓ、Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ、ＣＡ）と混合した。製造業者により推
薦されるように、生じた混合物を、２７０Ｗの太陽燈を用いて、氷上で２０分間
照射した。さらなるＰｈｏｔｏｐｒｏｂｅビオチン（６７μｌ）を添加し、そし
てビオチン化反応を反復した。ブタノールでの抽出５回の後、そのＤＮＡをエタ
ノール沈殿し、そして２３μｌのＨ2Ｏに溶解して、ドライバーＤＮＡを形成し
た。
【０１３５】 トレーサーＤＮＡを形成するために、１０μｇの肺扁平上皮細胞癌ｃＤＮＡラ
イブラリーを、ＮｏｔＩおよびＳｐｅＩで消化し、フェノールクロロホルム抽出
し、そしてＣｈｒｏｍａ ｓｐｉｎ−４００カラム（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ、Ｐａｌ
ｏ Ａｌｔｏ、ＣＡ）を通した。代表的には、５μｇのｃＤＮＡをサイズ分別カ
ラムの後に回収した。エタノール沈殿の後、トレーサーＤＮＡを５μｌのＨ2Ｏ
に溶解した。トレーサーＤＮＡを１５μｌのドライバーＤＮＡおよび２０μｌの
２×ハイブリダイゼーション緩衝液（１．５Ｍ ＮａＣｌ／１０ｍＭ ＥＤＴＡ
／５０ｍＭ ＨＥＰＥＳ ｐＨ７．５／０．２％ドデシル硫酸ナトリウム）と混
合し、ミネラルオイルを重層し、そして完全に熱変性した。このサンプルをすぐ
に６８℃水浴中に移し、そして２０時間インキュベートした（ロングハイブリダ
イゼーション［ＬＨ]）。次いで、この反応混合物をストレプトアビジン処理に
供し、続いてフェノール／クロロホルム抽出した。この処理を３回以上反復した
。差引きＤＮＡを沈殿し、１２μｌのＨ2Ｏに溶解し、８μｌのドライバーＤＮ
Ａおよび２０μｌの２×ハイブリダイゼーション緩衝液と混合し、そして６８℃
にて２時間のハイブリダイゼーションに供した（ショートハイブリダイゼーショ
ン［ＳＨ]）。ビオチン化二本鎖ＤＮＡの除去の後、差引きｃＤＮＡを、クロラ
ムフェニコール耐性ｐＢＣＳＫ+（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、
ＣＡ）のＮｏｔＩ／ＳｐｅＩ部位に連結し、そしてエレクトロポレーションによ
ってＥｌｅｃｔｒｏＭａｘ Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＨ１０Ｂ細胞に形質転換して、肺
扁平上皮細胞癌特異的差引きｃＤＮＡライブラリー（本明細書中で以後、「肺差
引きＩ」と呼ぶ）を作製した。
【０１３６】 第２の肺扁平上皮細胞癌特異的差引きｃＤＮＡライブラリー（「肺差引きＩＩ
」と呼ぶ）を、肺差引きライブラリーＩと類似する様式にて作製したが、但し例
外として、肺差引きＩから頻繁に回収される８つの遺伝子をドライバーＤＮＡに
含め、そして２４，０００個の独立クローンを回収した。
【０１３７】 これらの差引きｃＤＮＡライブラリーを分析するために、プラスミドＤＮＡを
、これら差引き肺扁平上皮細胞癌特異的ライブラリーから無作為に拾った３２０
個の独立クローンから調製した。代表的ｃＤＮＡクローンを、Ｐｅｉｋｉｎ Ｅ
ｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ Ａｕｔ
ｏｍａｔｅｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ Ｍｏｄｅｌ ３７３Ａおよび／またはＭｏ
ｄｅｌ ３７７（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、ＣＡ）を用いるＤＮＡ配列決定によ
って、さらに特徴付けた。単離した６０個のクローンについてのｃＤＮＡ配列を
、配列番号１〜６０にて提供する。これらの配列を、ＥＭＢＬデータベースおよ
びＧｅｎＢａｎｋデータベース（公開（ｒｅｌｅａｓｅ）９６）を使用して、遺
伝子バンク中の公知の配列と比較した。何の有意な相同性も、配列番号２、３、
１９、３８および４６にて提供される配列に対して見出さなかった。配列番号１
、配列番号６〜８、配列番号１０〜１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番
号１８、配列番号２０〜２７、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３２、配
列番号３４〜３７、配列番号３９〜４５、配列番号４７〜４９、配列番号５１、
配列番号５２、配列番号５４、配列番号５５および配列番号５７〜５９の配列が
、以前に同定された発現配列タグ（ＥＳＴ）に対していくらかの相同性を示すこ
とを見出した。配列番号９、配列番号２８、配列番号３１および配列番号３３の
配列が、以前に同定された非ヒト遺伝子配列に対していくらかの相同性を示すこ
とを見出し、そして配列番号４、配列番号５、配列番号１４、配列番号５０、配
列番号５３、配列番号５６および配列番号６０の配列が、ヒトにおいて以前に同
定された遺伝子配列に対していくらかの相同性を示すことを見出した。
【０１３８】 上記の差引き手順を、トレーサーＤＮＡとして、上記の肺扁平上皮細胞癌ｃＤ
ＮＡライブラリーを使用し、そしてドライバーＤＮＡとして、上記正常肺組織ｃ
ＤＮＡライブラリーならびに正常肝臓および心臓由来のｃＤＮＡライブラリー（
上記のように各組織の１つのサンプルのプールから構築した）ならびに肺差引き
ＩおよびＩＩにて頻繁に回収された他の２０個のｃＤＮＡクローンを使用して反
復した（肺差引きＩＩＩ）。正常肝臓および心臓のｃＤＮＡライブラリーは、１
．７６×１０6個の独立コロニーを含み、１００％のコロニーがインサートを有
し、そして平均インサートサイズが１６００塩基対であった。さらなる１０個の
クローンを単離した（配列番号６１〜７０）。上記のような遺伝子バンク中の配
列とのこれらのｃＤＮＡ配列の比較は、配列番号６２および配列番号６７にて提
供される配列に対して、何の有意な相同性も明らかにしなかった。配列番号６１
、配列番号６３〜６６、配列番号６８および配列番号６９の配列が、以前に単離
されたＥＳＴに対していくらかの相同性を示すことを見出し、そして配列番号７
０にて提供される配列が、以前に同定されたラット遺伝子に対していくらかの相
同性を示すことを見出した。
【０１３９】 さらなる研究において、上記の差引き手順を、トレーサーＤＮＡとして、上記
の肺扁平上皮細胞癌ｃＤＮＡライブラリーを使用し、そしてドライバーＤＮＡと
して、正常な肺、腎臓、結腸、膵臓、脳、休止ＰＢＭＣ、心臓、皮膚および食道
のプール由来のｃＤＮＡライブラリーを使用して反復した。食道ｃＤＮＡが、こ
のドライバー物質の１／３を構成した。食道は正常上皮細胞（分化した扁平上皮
細胞を含む）が豊富なので、この手順は、組織特異的であるより腫瘍特異的であ
る遺伝子を濃縮するようである。この差引きにて決定した４８個のクローンのｃ
ＤＮＡ配列を、配列番号１７７〜２２４にて提供する。配列番号１７７、配列番
号１７８、配列番号１８０、配列番号１８１、配列番号１８３、配列番号１８７
、配列番号１９２、配列番号１９５〜１９７、配列番号２０８、配列番号２１１
、配列番号２１２、配列番号２１５、配列番号２１６、配列番号２１８、および
配列番号２１９の配列は、以前に同定された遺伝子に対して、いくらかの相同性
を示した。配列番号１７９、配列番号１８２、配列番号１８４〜１８６、配列番
号１８８〜１９１、配列番号１９３、配列番号１９４、配列番号１９８〜２０７
、配列番号２０９、配列番号２１０、配列番号２１３、配列番号２１４、配列番
号２１７、配列番号２２０および配列番号２２４の配列は、以前に決定されたＥ
ＳＴに対していくらかの相同性を示した。配列番号２２１〜２２３の配列は、以
前に決定されたすべての配列に対して、何の相同性も示さなかった。
【０１４０】 （Ｂ．肺腺癌ライブラリーからのｃＤＮＡ配列の単離） ヒト肺腺癌ｃＤＮＡ発現ライブラリーを、上記のように構築した。このライブ
ラリーは、３．２×１０6個の独立コロニーを含み、１００％のコロニーがイン
サートを有し、そして平均インサートサイズが１５００塩基対であった。ライブ
ラリー差引きを上記のように実施し、ドライバーＤＮＡとして、上記の正常肺ｃ
ＤＮＡ発現ライブラリーならびに正常肝臓および心臓のｃＤＮＡ発現ライブラリ
ーを使用した。２，６００個の独立クローンを回収した。
【０１４１】 １００個の独立クローンからの最初のｃＤＮＡ配列分析によって、多くのリボ
ソームタンパク質遺伝子が明らかになった。この差引きにて単離した１５個のク
ローンについてのｃＤＮＡ配列を、配列番号７１〜８６にて提供する。上記のよ
うな遺伝子バンク中の配列とのこれらの配列の比較によって、配列番号８４にて
提供される配列に対して何の有意な相同性も明らかにならなかった。配列番号７
１、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７７、配列番号７８および配列番号
８０〜８２の配列が、以前に単離されたＥＳＴに対していくらかの相同性を示す
ことを見出し、そして配列番号７２、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７
９、配列番号８３、および配列番号８５の配列が、以前に同定されたヒト遺伝子
に対していくらかの相同性を示すことを見出した。
【０１４２】 さらなる研究において、ｃＤＮＡライブラリー（ｍｅｔｓ３６１６Ａと呼ぶ）
を転移性肺腺癌から構築した。このライブラリーから無作為に配列決定した２５
個のクローンの決定ｃＤＮＡ配列を、配列番号２５５〜２７９にて提供する。ｍ
ｅｔｓ３６１６Ａ ｃＤＮＡライブラリーを、正常肺、肝臓、膵臓、皮膚、腎臓
、脳および休止ＰＢＭＣのプールから調製したｃＤＮＡライブラリーと対照して
差引きした。この差引きの特異性を増加するために、ｍｅｔｓ３６１６ ｃＤＮ
Ａライブラリーにて最も豊富であると決定した遺伝子（例えば、ＥＦ１−α、イ
ンテグリン−βおよび抗凝固剤タンパク質ＰＰ４）ならびに差引き肺腺癌ｃＤＮ
Ａライブラリーにて示差的に発現されることが以前に見出されたｃＤＮＡを、ド
ライバーに加えた。この差引きライブラリー（ｍｅｔｓ３６１６Ａ−Ｓ１と呼ぶ
）から単離した５１個のクローンの決定ｃＤＮＡ配列を、配列番号２８０〜３３
０にて提供する。
【０１４３】 公のデータベース中の配列との配列番号２５５〜３３０の配列の比較により、
配列番号２５５〜２５８、配列番号２６０、配列番号２６２〜２６４、配列番号
２７０、配列番号２７２、配列番号２７５、配列番号２７６、配列番号２７９、
配列番号２８１、配列番号２８７、配列番号２９１、配列番号２９６、配列番号
３００および配列番号３１０の配列に対して、何の有意な相同性も明らかになら
なかった。配列番号２５９、配列番号２６１、配列番号２６５〜２６９、配列番
号２７１、配列番号２７３、配列番号２７４、配列番号２７７、配列番号２７８
、配列番号２８２〜２８５、配列番号配列番号２８８〜２９０、配列番号２９２
、配列番号２９４、配列番号２９７〜２９９、配列番号３０１、配列番号３０３
〜３０９、配列番号３１３、配列番号３１４、配列番号３１６、配列番号３２０
〜３２４、および配列番号３２６〜３３０の配列は、以前に同定された遺伝子配
列に対して相同性を示したが、配列番号２８０、配列番号２８６、配列番号２９
３、配列番号３０２、配列番号３１０、配列番号３１２、配列番号３１５、配列
番号３１７〜３１９および配列番号３２５の配列は、以前に単離された発現配列
タグ（ＥＳＴ）に対する相同性を示した。
【０１４４】 （実施例２） （肺腫瘍ポリペプチドの組織特異性の決定） 遺伝子特異的プライマーを使用して、実施例１に記載される７つの代表的肺腫
瘍ポリペプチドについてのｍＲＮＡ発現レベルを、ＲＴ−ＰＣＲを使用して、種
々の正常組織および腫瘍組織にて試験した。
【０１４５】 手短かには、総ＲＮＡを、上記のようなＴｒｉｚｏｌ試薬を使用して、種々の
正常組織および腫瘍組織から抽出した。第１鎖合成を、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ
ＩＩ逆転写酵素（ＢＲＬ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）とともに２μ
ｇの総ＲＮＡを４２℃で１時間使用して、実行した。次いで、そのｃＤＮＡを、
遺伝子特異的プライマーを用いてＰＣＲにより増幅した。ＲＴ−ＰＣＲの半定量
的性質を確実にするために、β−アクチンを、試験した組織の各々についての内
部コントロールとして使用した。ｃＤＮＡの１：３０希釈物1μｌを使用して、
β−アクチンテンプレートの線形範囲増幅を可能した。そしてこのｃＤＮＡの１
：３０希釈物は、最初のコピー数での差異を反映するに十分感度が良かった。こ
れらの条件を使用して、このβ−アクチンレベルを、各組織からの各逆転写反応
について決定した。ＤＮＡ夾雑物を、ＤＮａｓｅ処理により、そして逆転写酵素
を添加することなく調製した第１鎖ｃＤＮＡを使用する場合には、ネガティブな
ＰＣＲの結果を確実にすることによって、最小にした。
【０１４６】 ｍＲＮＡ発現レベルを、５つの異なる型の腫瘍組織（３人の患者由来の肺扁平
上皮細胞癌、肺腺癌、２人の患者由来の結腸腫瘍、乳房腫瘍および前立腺腫瘍）
にて、ならびに１３個の異なる正常組織（４人のドナー由来の肺、前立腺、脳、
腎臓、肝臓、卵巣、骨格筋、皮膚、小腸、胃、心筋層、網膜および精巣）にて試
験した。１０倍量のｃＤＮＡを使用して、抗原ＬＳＴ−Ｓ１−９０（配列番号３
）が、肺扁平上皮癌および乳房腫瘍において高レベルで発現され、そして試験し
た他の組織で低レベル〜検出不可能なレベルで発現されることを見出した。
【０１４７】 抗原ＬＳＴ−Ｓ２−６８（配列番号１５）は、肺および乳房腫瘍に特異的であ
るようだが、発現を正常腎臓においても検出した。抗原ＬＳＴ−Ｓ１−１６９（
配列番号６）およびＬＳＴ−Ｓ１−１３３（配列番号５）は、肺組織（正常およ
び腫瘍の両方）において非常に豊富であるようであり、これら２つの遺伝子の発
現は、試験した正常組織のほとんどにおいて減少している。ＬＳＴ−Ｓ１−１６
９およびＬＳＴ−Ｓ１−１３３の両方はまた、乳房腫瘍および結腸腫瘍において
発現された。抗原ＬＳＴ−Ｓ１−６（配列番号７）およびＬＳＴ−Ｓ２−Ｉ２−
５Ｆ（配列番号４７）は、腫瘍特異的発現または組織特異的発現を示さず、ＬＳ
ＴーＳ１−２８の発現はまれであり、そして少数の組織でしか検出可能でなかっ
た。抗原ＬＳＴ−Ｓ３−７（配列番号６３）は肺および乳房腫瘍特異的発現を示
し、そのメッセージを、ＰＣＲを３０サイクル実施した場合に正常な精巣におい
てのみ検出した。より低レベルの発現を、サイクル数を３５回まで増加した場合
にいくつかの正常組織にて検出した。抗原ＬＳＴ−Ｓ３−１３（配列番号６６）
が、４つの肺腫瘍のうちの３つ、１つの乳房腫瘍および両結腸腫瘍サンプルにて
発現されることを見出した。正常組織におけるその発現は、腫瘍と比較して低く
、４つの正常肺組織のうちの１つ、ならびに腎臓、卵巣および網膜由来の正常組
織でしか検出しなかった。抗原ＬＳＴ−Ｓ３−４（配列番号６２）およびＬＳＴ
−Ｓ３−１４（配列番号６７）の発現はまれであり、そしていかなる組織特異性
または腫瘍特異性も示さなかった。ノーザンブロット分析と一致して、抗原ＬＡ
Ｔ−Ｓ１−Ａ−１０Ａ（配列番号７８）に対するＲＴ−ＰＣＲの結果は、その発
現が、肺組織、結腸組織、胃組織および小腸組織（肺腫瘍および結腸腫瘍を含む
）において高いが、その発現は他の組織において低いかまたは検出不能であるこ
とを示唆した。
【０１４８】 上記の肺差引きＩ、ＩＩおよびＩＩＩにて単離した合計２００２個のｃＤＮＡ
フラグメントを、コロニーＰＣＲ増幅し、そして肺腫瘍、正常肺、ならびに他の
種々の正常組織および腫瘍組織におけるそれらのｍＲＮＡ発現レベルを、マイク
ロアレイ技術（Ｓｙｎｔｅｎｉ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ、ＣＡ）を使用して決定し
た。手短かには、ＰＣＲ増幅産物をアレイの様式でスライド上に点で打ち、各産
物がそのアレイ中で独自の位置を占めた。試験する組織サンプルからｍＲＮＡを
抽出し、逆転写し、そして蛍光標識ｃＤＮＡプローブを作製した。このマイクロ
アレイをこの標識ｃＤＮＡプローブを用いてプロービングし、スライドを調べ、
そして蛍光強度を測定した。この強度は、ハイブリダイゼーション強度と相関す
る。１７個の非重複ｃＤＮＡクローンが肺扁平上皮細胞腫瘍での過剰発現を示し
、試験した正常組織（肺、皮膚、リンパ節、結腸、肝臓、膵臓、乳房、心臓、骨
髄、大腸、腎臓、胃、脳、小腸、膀胱および唾液腺）での発現は、検出不可能か
または肺扁平上皮腫瘍と比較して１／１０のいずれかであった。クローンＬ５１
３Ｓについて決定した部分的ｃＤＮＡ配列を、配列番号８７および配列番号８８
にて提供し；Ｌ５１４Ｓについて決定した部分的ｃＤＮＡ配列を、配列番号８９
および配列番号９０にて提供し；Ｌ５１６Ｓについて決定した部分的ｃＤＮＡ配
列を、配列番号９１および配列番号９２にて提供し；Ｌ５１７Ｓについて決定し
た部分的ｃＤＮＡ配列を、配列番号９３にて提供し；Ｌ５１９Ｓについて決定し
た部分的ｃＤＮＡ配列を、配列番号９４にて提供し；Ｌ５２０Ｓについて決定し
た部分的ｃＤＮＡ配列を、配列番号９５および配列番号９６にて提供し；Ｌ５２
１Ｓについて決定した部分的ｃＤＮＡ配列を、配列番号９７および配列番号９８
にて提供し；Ｌ５２２Ｓについて決定した部分的ｃＤＮＡ配列を、配列番号９９
にて提供し；Ｌ５２３Ｓについて決定した部分的ｃＤＮＡ配列を、配列番号１０
０にて提供し；Ｌ５２４Ｓについて決定した部分的ｃＤＮＡ配列を、配列番号１
０１にて提供し；Ｌ５２５Ｓについて決定した部分的ｃＤＮＡ配列を、配列番号
１０２にて提供し；Ｌ５２６Ｓについて決定した部分的ｃＤＮＡ配列を、配列番
号１０３にて提供し；Ｌ５２７Ｓについて決定した部分的ｃＤＮＡ配列を、配列
番号１０４にて提供し；Ｌ５２８Ｓについて決定した部分的ｃＤＮＡ配列を、配
列番号１０５にて提供し；Ｌ５２９Ｓについて決定した部分的ｃＤＮＡ配列を、
配列番号１０６にて提供し；Ｌ５３０Ｓについて決定した部分的ｃＤＮＡ配列を
、配列番号１０７および配列番号０８にて提供する。さらに、Ｌ５３０Ｓについ
ての全長ｃＤＮＡ配列を配列番号１５１にて提供し、対応する推定アミノ酸配列
を配列番号１５２にて提供する。Ｌ５３０Ｓは、ｐ５３腫瘍サプレッサーホモロ
グｐ６３のスプライス改変体に対して相同性を示す。ｐ６３の既知の７つのアイ
ソフォームのｃＤＮＡ配列を、配列番号３３１〜３３７にて提供し、対応する推
定アミノ酸配列を、それぞれ、配列番号３３８〜３４４にて提供する。
【０１４９】 多型に起因して、クローンＬ５３１Ｓは、２つの形態を有するようである。Ｌ
５３１Ｓについて決定した第１の全長ｃＤＮＡ配列を配列番号１０９にて提供し
、対応する推定アミノ酸配列を配列番号１１０にて提供する。Ｌ５３１Ｓについ
て決定した第２の全長ｃＤＮＡ配列を配列番号１１１にて提供し、対応する推定
アミノ酸配列を配列番号１１２にて提供する。配列番号１１１の配列は、配列番
号１０９の配列と同一であるが、例外として２７ｂｐの挿入を含む。同様に、Ｌ
５１４Ｓもまた、２つの選択的スプライス形態を有し；第１の改変体ｃＤＮＡを
配列番号１５３として記載し、対応するアミノ酸配列を配列番号１５５にて提供
する。Ｌ５１４Ｓ全長ｃＤＮＡの第２の改変体形態を配列番号１５４にて提供し
、その対応するアミノ酸配列を配列番号１５６にて提供する。
【０１５０】 Ｌ５２４Ｓ（配列番号１０１）についての全長クローニングは、２つの改変体
（配列番号１６３および配列番号１６４）を生じ、それぞれ、配列番号１６５お
よび配列番号１６６という対応する推定アミノ酸配列を伴った。両方の改変体は
、甲状腺ホルモン関連ペプチドをコードすることが、示されている。
【０１５１】 Ｌ５１９Ｓについての全長ｃＤＮＡを単離する試みは、配列番号１７３にて提
供する伸長したｃＤＮＡ配列（１つの潜在的オープンリーディングフレームを含
む）の単離を生じた。配列番号１７３の配列によりコードされる推定アミノ酸配
列を、配列番号１７４にて提供する。さらに、配列番号１００のクローン（Ｌ５
２３Ｓと呼ぶ）（既知の遺伝子）についての全長ｃＤＮＡ配列を、配列番号１７
５にて提供し、対応する推定アミノ酸配列を配列番号１７６にて提供する。さら
なる研究において、Ｌ５２３Ｓについての全長ｃＤＮＡ配列を、配列番号１７５
の配列から設計した遺伝子特異的プライマーを使用するＰＣＲ増幅によって、Ｌ
５２３Ｓ陽性腫瘍ｃＤＮＡライブラリーから単離した。決定したｃＤＮＡ配列を
、配列番号**にて提供する。この配列によりコードされるアミノ酸配列を、配列
番号**にて提供する。このタンパク質配列は、２つのアミノ酸位置（すなわち、
１５８位および４１０位）にて、以前に公開されたタンパク質配列と異なる。
【０１５２】 上記のような、遺伝子バンク中の配列とのＬ５１４ＳおよびＬ５３１Ｓの配列
（それぞれ、配列番号８７および配列番号８８、配列番号８９および配列番号９
０、および配列番号１０９）の比較により、既知の配列に対して何の有意な相同
性も明らかにならなかった。Ｌ５１３Ｓ、Ｌ５１６Ｓ、Ｌ５１７Ｓ、Ｌ５１９Ｓ
、Ｌ５２０ＳおよびＬ５３０Ｓの配列（それぞれ、配列番号８７および配列番号
８８、配列番号９１および配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番
号９５および配列番号９６、配列番号１０７および配列番号１０８）が、以前に
同定されたＥＳＴに対していくらかの相同性を示すことを見出した。Ｌ５２１Ｓ
、Ｌ５２２Ｓ、Ｌ５２３Ｓ、Ｌ５２４Ｓ、Ｌ５２５Ｓ、Ｌ５２６Ｓ、Ｌ５２７Ｓ
、Ｌ５２８ＳおよびＬ５２９Ｓの配列（それぞれ、配列番号９７および配列番号
９８、配列番号９９、配列番号９９、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番
号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、および配列番号１０６）が、既知
の遺伝子を示すことを見出した。Ｌ５２０Ｓについて決定した全長ｃＤＮＡ配列
を配列番号１１３にて提供し、対応する推定アミノ酸配列を、配列番号１１４に
て提供する。引き続くマイクロアレイ分析により、Ｌ５２０Ｓが、肺扁平上皮細
胞腫瘍に加えて、乳房腫瘍においても過剰発現されることが示されている。
【０１５３】 さらなる分析は、Ｌ５２９Ｓ（配列番号１０６および１１５）、Ｌ５２５Ｓ（
配列番号１０２および１２０）およびＬ５２７Ｓ（配列番号１０４）は、細胞骨
格成分であり、そして潜在的に扁平上皮細胞特異的タンパク質であることを示し
た。Ｌ５２９Ｓは、コネキシン２６（ギャップ結合タンパク質）である。これは
、肺扁平上皮腫瘍９６８８Ｔにおいて高度に発現され、そして他の２つにおいて
は中程度に過剰発現される。しかし、コネキシン２６のより低いレベルの発現は
また、正常な皮膚、結腸、肝臓および胃において検出可能である。いくつかの乳
房腫瘍におけるコネキシン２６の過剰発現が報告されており、そしてＬ５２９Ｓ
の変異形態は、肺腫瘍において過剰発現を生じ得る。Ｌ５２５Ｓは、プラコフィ
リン（ｐｌａｋｏｐｈｉｌｉｎ）１、すなわち、皮膚の斑保有付着結合において
見出されるデスモソームタンパク質である。Ｌ５２５Ｓ ｍＲＮＡの発現レベル
は、試験した４つの肺扁平上皮腫瘍のうち３つ、および正常な皮膚において非常
に増大した。Ｌ５２７Ｓは、ケラチン６アイソフォーム、ＩＩ型５８Ｋｄケラチ
ンおよびサイトケラチン１３と同定され、扁平上皮腫瘍において過剰発現を示し
、そして正常な皮膚組織、乳房組織および結腸組織において低い発現を示す。特
に、ケラチンおよびケラチン関連遺伝子は、ＣＹＦＲＡ２．１を含む胃癌の潜在
的なマーカーとして広範に実証されてきた（Ｐａｓｔｏｒ，Ａ．ら、Ｅｕｒ．Ｒ
ｅｓｐｉｒ．Ｊ．，１０：６０３−６０９，１９９７）。Ｌ５１３（配列番号８
７および８８）は、試験されたいくつかの腫瘍組織において中程度の過剰発現を
示し、そして尋常天然痘抗原として最初に単離されたタンパク質をコードする。
【０１５４】 Ｌ５２０Ｓ（配列番号９５および９６）およびＬ５２１Ｓ（配列番号９７およ
び９８）は、肺扁平上皮腫瘍において高度に発現され、そしてＬ５２０Ｓは、正
常な唾液腺を上方制御し、そしてＬ５２１Ｓは、正常な皮膚において過剰発現さ
れる。いずれも、プロリンに富む小さいタンパク質のファミリーに属し、そして
十分に分化した扁平上皮細胞に対するマーカーを示す。Ｌ５２１Ｓは、肺扁平上
皮腫瘍に特異的なマーカーとして記載されている（Ｈｕ，Ｒ．ら、Ｌｕｎｇ Ｃ
ａｎｃｅｒ，２０：２５−３０，１９９８）。Ｌ５１５Ｓ（配列番号１６２）は
、ＩＧＦ−β２をコードし、そしてＬ５１６Ｓは、アルドースレダクターゼホモ
ログであり、そしていずれも肺扁平上皮腫瘍および正常な結腸において中程度に
発現される。特に、Ｌ５１６Ｓ（配列番号９１および９２）は、転移性の腫瘍に
おいて上方制御されるが、原発性肺腺癌においては上方制御されず、転移（ｍｅ
ｔａｔａｓｉｓ）および潜在的な予後マーカーにおけるその潜在的な役割を示す
。Ｌ５２２Ｓ（配列番号９９）は、肺扁平上皮腫瘍において中程度に過剰発現さ
れるが、正常な組織においては最小限の発現である。Ｌ５２２Ｓは、クラスＩＶ
アルコールデヒドロゲナーゼ、ＡＤＨ７に属することが示されており、そしてそ
の発現プロフィールはそれが扁平上皮細胞特異的抗原であることを示唆する。Ｌ
５２３Ｓ（配列番号１００）は、肺扁平上皮腫瘍、ヒト膵癌細胞株および膵癌細
胞組織において中程度に過剰発現され、この遺伝子が膵癌と肺扁平上皮細胞癌と
の間の共通抗原であり得ることを示唆する。
【０１５５】 Ｌ５２４Ｓ（配列番号１０１）は、試験した多くの扁平上皮腫瘍において過剰
発現され、そして副甲状腺ホルモン関連ペプチド（ＰＴＨｒＰ）と相同であり、
これは悪性腫瘍（例えば、白血病、前立腺癌および乳癌）に関連する体液性高カ
ルシウム血症を引き起こすことが最も良く知られている。ＰＴＨｒＰは、肺の扁
平上皮癌に最も一般的に関連し、そしてまれに肺腺癌に関連することもまた考え
られている（Ｄａｖｉｄｓｏｎ，Ｌ．Ａ．ら、Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．，１７８：３
９８−４０１，１９９６）。Ｌ５２８Ｓ（配列番号１０５）は、２つの肺扁平上
皮腫瘍において高度に過剰発現されるが、他の２つの扁平上皮腫瘍、１つの肺腺
癌およびいくつかの正常な組織（皮膚、リンパ節、心臓、胃および肺を含む）に
おいて中程度の発現である。Ｌ５２８Ｓは、メラノサイト特異的遺伝子Ｐｍｅｌ
１７の前駆体に似ているＮＭＢ遺伝子をコードし、これは、転移可能性の低い黒
色腫細胞株において優先的に発現されることが報告されている。このことは、Ｌ
５２８Ｓが、黒色腫および肺扁平上皮細胞癌の両方における共通抗原であり得る
ことを示唆する。Ｌ５２６Ｓ（配列番号１０３）は、試験されたすべての肺扁平
上皮細胞腫瘍組織において過剰発現され、そしてその変異が、多くの他の症状の
中でも血管拡張性失調症（癌の素因を生じるヒトの遺伝的障害）を引き起こす遺
伝子（ＡＴＭ）と相同性を共有することが示されてきた。ＡＴＭは、直接的な結
合およびｐ５３分子のリン酸化を介してｐ５３媒介細胞周期チェックポイントを
活性化するタンパク質をコードする。約４０％の肺癌が、ｐ５３変異に関連し、
そしてＡＴＭの過剰発現は、ｐ５３機能の欠損の補填の結果であることが推測さ
れるが、過剰発現が、肺扁平上皮細胞癌の結果の原因であるかどうかは知られて
いない。さらに、Ｌ５２６Ｓ（ＡＴＭ）の発現はまた、転移において検出される
が、肺腺癌においては検出されず、転移における役割を示唆する。
【０１５６】 Ｌ５２３Ｓ（配列番号１７５）の発現はまた、上記のようにリアルタイムＲＴ
−ＰＣＲによって試験した。肺扁平上皮腫瘍のパネルを用いる第１の研究におい
ては、Ｌ５２３Ｓは、４／７の肺扁平上皮腫瘍、２／３の頭部および頸部扁平上
皮腫瘍ならびに２／２の肺腺癌において発現され、骨格筋、軟口蓋および扁桃に
おいては低レベルの発現が観察されることが見出された。肺腺癌パネルを用いる
第２の研究においては、Ｌ５２３Ｓの発現は、４／９の原発性腺癌、２／２の肺
胸水、１／１の転移性肺腺癌および２／２の肺扁平上皮腫瘍において観察され、
正常な組織においてはほとんど発現が観察されなかった。
【０１５７】 肺腫瘍および種々の正常な組織におけるＬ５２３Ｓの発現はまた、ノーザンブ
ロット分析によって標準的な技術を用いて試験した。第１の研究において、Ｌ５
２３Ｓは、多くの肺腺癌および扁平上皮細胞癌、ならびに正常な扁桃において発
現されることが見出された。正常な肺においては、発現が観察されなかった。Ｃ
ｌｏｎｔｅｃｈからの正常な組織ブロット（ＨＢ−１２）を用いる第２の研究に
おいては、脳、骨格筋、結腸、胸腺、脾臓、腎臓、肝臓、小腸、肺またはＰＢＭ
Ｃにおいては発現が観察されなかったが、胎盤においては強力な発現が存在した
。
【０１５８】 （実施例３） （ＰＣＲに基づくサブトラクションによる肺腫瘍ポリペプチドの単離および特
徴付け） ｃＤＮＡサブトラクションライブラリー由来の８５７のクローン（８つの正常
なヒト組織ｃＤＮＡ（肺、ＰＢＭＣ、脳、心臓、腎臓、肝臓、膵臓および皮膚を
含む）に対してサブトラクトされた２つのヒト肺扁平上皮腫瘍のプール由来のｃ
ＤＮＡを含む）（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）を誘導し、Ｐ
ＣＲ増幅の第１回に供した。このライブラリーを、製造者のブロトコルに従って
、ＰＣＲ増幅の第２回に供した。得られたｃＤＮＡフラグメントを、ベクターＰ
７−Ａｄｖベクター（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）にサブク
ローン化し、そしてＤＨ５α Ｅ．ｃｏｌｉ（Ｇｉｂｃｏ，ＢＲＬ）に形質転換
した。ＤＮＡをそれぞれのクローンから単離し、そしてＰｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅ
ｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ Ａｕｔｏｍａ
ｔｅｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ Ｍｏｄｅｌ ３７３Ａを用いて配列決定した。
【０１５９】 １６２の陽性のクローンを配列決定した。上記のように、これらのクローンの
ＤＮＡ配列と、ＥＭＢＬおよびＧｅｎＢａｎｋデータベースにおけるＤＮＡ配列
との比較は、これらのクローンのうちの１３に対して有意な相同性は示さず、本
明細書中以下、コンティグ１３、１６、１７、１９、２２、２４、２９、４７、
４９、５６〜５９という。これらのクローンについての決定されたｃＤＮＡ配列
は、配列番号１２５、１２７〜１２９、１３１〜１３３、１４２、１４４、１４
８〜１５０および１５７においてそれぞれ提供される。コンティグ１、３〜５、
７〜１０、１２、１１、１５、２０、３１、３３、３８、３９、４１、４３、４
４、４５、４８、５０、５３、５４（それぞれ配列番号１１５〜１２４、１２６
、１３０、１３４〜１４１、１４３、１４５〜１４７）は、先に同定されたＤＮ
Ａ配列とある程度の相同性を示すことが見出された。コンティグ５７（配列番号
１４９）は、米国特許出願第０９／１２３，９１２号（１９９８年７月２７日出
願）において開示されるクローンＬ５１９Ｓ（配列番号９４）を示すことが見出
された。本発明者らの知る限りにおいて、これらの配列が肺腫瘍において差次的
に過剰発現されることは、以前に示されていなかった。
【０１６０】 肺腫瘍組織、正常な肺組織（ｎ＝４）、休止ＰＢＭＣ、唾液腺、心臓、胃、リ
ンパ節、骨格筋、軟口蓋、小腸、大腸、気管支、膀胱、扁桃、腎臓、食道、骨髄
、結腸、副腎、膵臓および皮膚（すべてヒト由来）における代表的なクローンに
ついてのｍＲＮＡ発現レベルは、上記のようにＲＴ−ＰＣＲによって決定した。
マイクロアレイ技術を用いる発現レベルは、上記のように、他に示されない限り
、各組織型の１つのサンプルにおいて試験した。
【０１６１】 コンティグ３（配列場号１１６）は、試験したすべての頭部および頸部扁平上
皮細胞腫瘍（１７／１７）で高度に発現され、そして多くの（８／１２）肺扁平
上皮腫瘍において発現される（７／１２で高い発現、２／１２で中程度、そして
２／１２において低い）が、２／４の正常な肺組織については陰性の発現を示し
、そして残る２つのサンプルにおいては低い発現を示すことが見出された。コン
ティグ３は、皮膚および軟口蓋において中程度の発現を示し、そして休止ＰＢＭ
Ｃ、大腸、唾液腺、扁桃、膵臓、食道、および結腸においては低下した発現レベ
ルを示した。コンティグ１１（配列番号１２４）は、試験したすべての頭部およ
び頸部扁平上皮細胞腫瘍（１７／１７）において発現され：１４／１７で高度に
発現され、そして３／１７で中程度に発現されることが見出された。さらに、肺
扁平上皮腫瘍における発現は、３／１２で高い発現および４／１２で中程度の発
現を示した。コンティグ１１は、３／４の正常な肺サンプルについては陰性であ
り、残りのサンプルは、わずかに低い発現を有した。コンティグ１１は、唾液腺
、軟口蓋、膀胱、扁桃、皮膚、食道および大腸に対して、低〜中程度の反応性を
示した。コンティグ１３（配列番号１２５）は、試験したすべての頭部および頸
部扁平上皮細胞腫瘍（１７／１７）において発現され：１２／１７で高度に発現
され、そして５／１７で中程度に発現されることが見出された。コンティグ１３
は、７／１２の肺扁平上皮腫瘍において発現され、４／１２で高度な発現、およ
び３つのサンプル中で中程度の発現であった。正常な肺サンプルの分析は、２／
４について陰性の発現を示し、そして残りの２つのサンプルにおいては、低〜中
程度の発現を示した。コンティグ１３は、休止ＰＢＭＣ、唾液腺、膀胱、膵臓、
扁桃、皮膚、食道および大腸に対して低〜中程度の反応性を、そして軟口蓋にお
いて高い発現を示した。コンティグ１６（配列番号１２７）は、いくつかの頭部
および頸部扁平上皮細胞腫瘍（６／１７）および１つの肺扁平上皮腫瘍において
中程度に発現されることが見出されたが；試験されたどの正常な肺サンプルにお
いても発現を示さなかった。コンティグ１６は、休止ＰＢＭＣ、大腸、皮膚、唾
液腺、および軟口蓋に対して低い反応性を示した。コンティグ１７（配列番号１
２８）は、試験したすべての頭部および頸部扁平上皮細胞腫瘍（１７／１７）に
おいて発現され：５／１７で高度に発現され、そして１２／１７で中程度に発現
されることが見出された。肺扁平上皮腫瘍における発現レベルは、高い発現を有
する１つの腫瘍サンプルおよび中程度のレベルを有する３／１２のサンプルを示
した。コンティグ１７は、２／４の正常な肺サンプルについて陰性であり、残り
のサンプルは、わずかに低い発現を有した。さらに、低いレベルの発現が、食道
および軟口蓋において見出された。コンティグ１９（配列番号１２９）は、試験
したほとんどの頭部および頸部扁平上皮細胞腫瘍（１１／１７）において発現さ
れることが見出され；２つのサンプルは高いレベルを有し、６／１７は、中程度
の発現を示し、３／１７で低い発現が見出された。肺扁平上皮腫瘍における試験
は、３／１２のサンプルにおける中程度の発現のみを示した。２／４の正常な肺
サンプルにおける発現レベルは陰性であり、他の２つのサンプルは、わずかに低
い発現を有した。コンティグ１９は、食道、休止ＰＢＭＣ、唾液腺、膀胱、軟口
蓋および膵臓において低い発現レベルを示した。
【０１６２】 コンティグ２２（配列番号１３１）は、試験されたほとんどの頭部および頚部
の扁平上皮細胞腫瘍（１３／１７）において発現されることが示された（これら
のサンプルの４つにおいて高い発現、６／１７において中程度の発現、および３
／１７において低い発現を有する）。肺の扁平上皮腫瘍における発現レベルは、
試験された３／１２組織ついての高さに対して中程度であることが見出された（
２つの正常な肺サンプルにおけるネガティブ発現および２つの他のサンプルにお
ける低い発現を有する）（ｎ＝４）。コンティグ２２は、皮膚、唾液腺および軟
口蓋において低い発現を示した。同様に、コンティグ２４（配列番号１３２）は
、試験されたほとんどの頭部および頚部の扁平上皮細胞腫瘍（１３／１７）にお
いて発現されることが見出された（これらのサンプルのうちの３つにおいて高い
発現、６／１７において中低度の発現、および４／１７において低い発現を有す
る）。肺の扁平上皮腫瘍における発現レベルは、試験された３／１２組織ついて
の高さに対して中程度であることが見出された（３つの正常な肺サンプルに対す
るネガティブ発現および１つのサンプルにおける低い発現を有する）（ｎ＝４）
。コンティグ２４は、皮膚、唾液腺および軟口蓋において低い発現を示した。コ
ンティグ２９（配列番号１３３）は、試験されたほとんど全ての頭部および頚部
の扁平上皮細胞腫瘍（１６／１７）において発現され、４／１７において高く発
現され、１１／１７において中程度に発現され、１つのサンプルにおいて低い発
現を有した。また、それは３／１２の肺の扁平上皮腫瘍において中程度に発現さ
れたが、２／４の正常な肺サンプルについてはネガティブであった。コンティグ
２９は、大腸、皮膚、唾液腺、膵臓、扁桃、心臓および軟口蓋において低い発現
〜中程度の発現を示した。コンティグ４７（配列番号１４２）は、試験されたほ
とんどの頭部および頚部の扁平上皮腫瘍（１２／１７）において発現された（１
０／１７において中低度の発現、および２つのサンプルにおいて低い発現）。肺
の扁平上皮腫瘍において、それは、１つのサンプルにおいて高く発現され、そし
て２の他のサンプルにおいて中程度に発現された（ｎ＝１３）。コンティグ４７
は、２／４の正常な肺サンプルについてネガティブであり、２つのサンプルが中
程度の発現を有したままであった。また、コンティグ４７は、大腸および膵臓に
おいて中程度の発現を示し、そして皮膚、唾液腺、軟口蓋、胃、膀胱、安静時Ｐ
ＢＭＣおよび扁桃において低い発現を示した。
【０１６３】 コンティグ４８（配列番号１４３）は、試験された全ての頭部および頚部の扁
平上皮細胞腫瘍（１７／１７）において発現され、８／１７において高く発現さ
れ、７／１７において中程度に発現され、２つのサンプルにおいて低い発現を有
した。肺の扁平上皮細胞腫瘍における発現レベルは、３つのサンプルにおいて高
〜中程度であった（ｎ＝１３）。コンティグ４８は、４つの正常な肺サンプルの
うちの１つについてネガティブであり、残りは、低いかまたは中程度の発現を示
した。コンティグ４８は、軟口蓋、大腸、膵臓および膀胱において中程度の発現
を示し、そして食道、唾液腺、安静時のＰＢＭＣおよび心臓において低い発現を
示した。コンティグ４９（配列番号１４４）は、試験された６／１７の頭部およ
び頚部の扁平上皮細胞腫瘍において、低いレベル〜中低度のレベルにて発現され
た。肺の扁平上皮腫瘍における発現レベルは、３つのサンプルにおいて中程度で
あった（ｎ＝１３）。コンティグ４９は、２／４の正常な肺サンプルに対してネ
ガティブであり、残りのサンプルは低い発現を示した。皮膚、唾液腺、大腸、膵
臓、膀胱および安静時のＰＢＭＣにおける中程度の発現レベルが示され、ならび
に軟口蓋、リンパ節および扁桃において低い発現が示された。コンティグ５６（
配列番号１４８）は、３／１７の試験された頭部および頚部の扁平上皮細胞腫瘍
において低いレベル〜中低度のレベルにおいて発現され、そして肺の扁平上皮腫
瘍において、１３のサンプルのうちの３つが、低いレベル〜中程度のレベルを示
した。特に、低い発現レベルが、１つの腺癌肺腫瘍サンプル（ｎ＝２）において
検出された。コンティグ５６は、３／４の正常な肺サンプルについてネガティブ
であり、そして大腸においてのみ中程度の発現レベルを示し、そして唾液腺、軟
口蓋、膵臓、膀胱および安静時のＰＢＭＣにおいて低い発現を示した。コンティ
グ５８（Ｌ７６９Ｐ（配列番号１５０）としても公知）は、試験された１１／１
７の頭部および頚部の扁平上皮細胞腫瘍において中程度のレベルにて発現され、
そして１つのさらなるサンプルにおいて低い発現が示された。肺の扁平上皮腫瘍
における発現は、１３のサンプルのうち３つのサンプルにおいて低いレベル〜中
程度のレベルを示した。コンティグ５８は、３／４の正常な肺サンプルについて
ネガティブであった（低い発現を有する１つのサンプルを伴う）。皮膚、大腸お
よび安静時のＰＢＭＣにおける中程度の発現レベルを実証し、ならびに唾液腺、
軟口蓋、膵臓および膀胱における低い発現を実証した。コンティグ５９（配列番
号１５７）は、いくつかの頭部、頚部および肺の扁平上皮腫瘍において発現され
た。コンティグ５９の低いレベルの発現がまた、唾液腺および大腸において検出
された。
【０１６４】 Ｌ７６３Ｐとしても言及されるコンティグ２２についての全長ｃＤＮＡ配列を
、配列番号１５８において提供する（対応する推定アミノ酸配列を配列番号１５
９において提供する）。Ｌ７６３ＰのリアルタイムＲＴ−ＰＣＲ分析は、それは
、３／４の肺扁平上皮腫瘍ならびに４／４の頭部および頚部扁平上皮腫瘍におい
て高く発現される（正常の脳、皮膚、軟口蓋および気管において低いレベルの発
現が観察されることを伴う）ということを明らかにした。引き続くデータベース
検索は、配列番号１５８の配列が変異を含み、対応するタンパク質配列において
フレームシフトを生じていることを明らかにした。Ｌ７６３Ｐについての第２の
ｃＤＮＡ配列が配列番号３４５において提供され、配列番号３４６において提供
される対応するアミノ酸配列を有する。配列番号１５９および３４６の配列は、
配列番号１５９のＣ末端の３３個のアミノ酸以外は、同一である。
【０１６５】 Ｌ７６２Ｐとして言及されるコンティグ１７、１９および２４全長ｃＤＮＡ配
列は、配列番号１６０において提供され、配列番号１６１において提供される対
応する推定アミノ酸配列を有する。Ｌ７６２Ｐのさらなる分析は、Ｉ型膜タンパ
ク質であることを決定し、そして２つのさらなる改変体を配列決定した。改変体
１（配列番号１６７、配列番号１６９における対応するアミノ酸配列を有する）
は、配列番号１６０の選択的スプライシングされた形態であり、５０３個のヌク
レオチドの欠失、ならびに発現されるタンパク質の短いセグメントの欠失を生じ
る。改変体２（配列番号１６８、配列番号１７０における対応するアミノ酸配列
を有する）は、配列番号１６０と比較して３’コード領域における２個のヌクレ
オチド欠失を有し、発現されるタンパク質の分泌形態を生じる。Ｌ７６２Ｐのリ
アルタイムＲＴ−ＰＣＲ分析は、３／４の肺扁平上皮腫瘍および４／４の頭部お
よび頚部の腫瘍において過剰発現され、正常な皮膚、軟口蓋および気管において
観察される低いレベルの発現を伴うということを明らかにした。
【０１６６】 Ｌ７７３Ｐとしても言及されるコンティグ５６（配列番号１４８）についての
全長ｃＤＮＡ配列が、配列番号１７１において提供され、配列番号１７２におけ
る推定アミノ酸配列を伴う。Ｌ７７３Ｐは、ジヒドロキシルデヒドロゲナーゼと
その遺伝子の３’部分において同一であることが見出された（互いに異なる５’
配列を有する）。結果として、その６９個のＮ末端アミノ酸は独特である。その
６９個のＮ末端アミノ酸をコードするｃＤＮＡ配列が、配列番号３４９において
提供されて、それは配列番号３５０において提供されるＮ末端アミノ酸配列を有
する。リアルタイムＰＣＲは、Ｌ７７３Ｐが、正常な組織において検出可能な発
現を伴わずに、肺扁平上皮腫瘍および肺の腺癌において高度に発現されるという
ことを明らかにした。引き続くＬ７７３Ｐのノーザンブロット分析は、この転写
物が、扁平上皮腫瘍において示差的に過剰発現されるということ、そして主要な
肺腫瘍組織においておよそ１．６Ｋｂおよび主要な頭部および頚部腫瘍組織にお
いておよそ１．３Ｋｂにて検出されることを実証した。
【０１６７】 引き続くマイクロアレイ分析は、Ｌ７６９８（配列番号１５０）としても言及
されるコンティグ５Ｓが、肺の扁平上皮腫瘍に加えて乳癌において過剰発現され
ることを示した。
【０１６８】 （実施例４） （ポリペプチドの合成） ポリペプチドは、ＨＰＴＵ（Ｏ−ベンゾトリアゾール−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−
テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート）活性化を伴うＦＭＯＣ化
学反応を使用するＰｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔ
ｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ ４３０Ａペプチドシンセサイザー上で合成され得る
。Ｇｌｙ−Ｃｙｓ−Ｇｌｙ配列は、抱合体化、固定された表面への結合、または
ペプチドの標識化の方法を提供するためにそのペプチドのアミノ末端に付着され
得る。固体支持体からのそのペプチドの切断は、以下の切断混合物を使用して実
施され得る：トリフルオロ酢酸：エタンジチオール：チオアニソール：水：フェ
ノール（４０：１：２：２：３）。２時間の切断の後、そのペプチドを、冷した
メチル−ｔ−ブチル−エーテル中において沈殿させ得る。次いで、そのペプチド
ペレットを水含有０．１％トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）中に溶解し得、そしてＣ
１８逆相ＨＰＬＣによる精製の前に凍結乾燥し得る。水中（含有０．１％ＴＦＡ
）０％〜６０％のアセトニトリル（含有０．１％ＴＦＡ）の勾配を使用して、ペ
プチドを溶出させ得る。純粋な画分の凍結乾燥後、そのペプチドを、エレクトロ
スプレーもしくは他の型の質量分析法を使用し、そしてアミノ酸分析によって特
徴付け得る。
【０１６９】 （実施例５） （肺癌抗原に対する抗体の調製） 肺癌抗原Ｌ５１４Ｓ、Ｌ５２８ＳおよびＬ５３１Ｓ（それぞれ、配列番号１５
５、２２５および１１２）に対するポリクローナル抗体を以下のように調製した
。
【０１７０】 上記のようなＥ．ｃｏｌｉにおいて発現されて、そして精製された組換えタン
パク質を用いて、ウサギを免疫化した。初期の免疫のために、ムラミルジペプチ
ド（ＭＤＰ）と結合された４００μｇの抗原を皮下注射した（Ｓ．Ｃ．）。４週
後、動物を、不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）と共に混合された２００
μｇの抗原を用いてＳ．Ｃ．でブーストした。高い抗体力価応答を誘導するため
に必要であるように、ＩＦＡと混合された１００μｇの抗原の引き続くブースト
をＳ．Ｃ．で注射した。免疫されたウサギからの血清ブレッド（ｂｌｅｅｄ）を
、精製されたタンパク質を用いるＥＬＩＳＡアッセイを使用して、抗原特異的反
応性について試験した。Ｌ５１４Ｓ、Ｌ５２８ＳおよびＬ５３１Ｓに対するポリ
クローナル抗体を、固体支持体に付着した精製されたタンパク質を使用して、高
力価ポリクローナル血清からアフィニティー精製した。
【０１７１】 Ｌ５１４Ｓに対するポリクローナルを使用する免疫組織化学的分析を、５肺腫
瘍サンプル、５正常肺組織サンプルおよび正常結腸、腎臓、肝臓、脳および骨髄
の１つのパネル上で実施した。詳細には、組織サンプルをホルマリン溶液中で２
４時間固定し、そしてパラフィン中に包理し、次いで１０ミクロンの切片にスラ
イスした。組織切片を透過化処理し、そして抗体と共に１時間インキュベートし
た。ＨＲＰ標識した抗マウスを次にＤＡＢ色素原とともにインキュベーションし
、Ｌ５１４Ｓ免疫反応性を可視化するために使用した。Ｌ５１４Ｓは、肺腫瘍組
織において高く発現されることが見出された（正常な肺、脳または骨髄において
は発現がほとんど観察されないか、または全く観察されない）。光染色を、結腸
および腎臓において観察した。染色は正常な肝臓において観察されたが、この組
織においてｍＲＮＡは検出されなかったので、この結果は疑わしい。
【０１７２】 （実施例６：マウスをプライム刺激するペプチドおよびＣＴＬ株の増殖） ＨＬＡ−Ａ２／Ｋb拘束されたＣＤ８＋Ｔ細胞に対する肺癌抗原Ｌ７６２（配
列番号１６１）からの免疫原性ペプチドを以下のように同定した。
【０１７３】 肺癌抗原Ｌ７６２Ｐ（配列番号１６１）内のＨＬＡ−Ａ２結合ペプチドの位置
を、ＨＬＡ−Ａ*０２０１に対するようであるペプチド配列を予測するコンピュ
ータプログラムを用いて、ＨＬＡ−Ａ*０２０１についての公知のペプチド結合
モチーフに対して適合させることによって予測した（Ｒｕｐｅｒｔら（１９９３
）Ｃｅｌｌ ７４：９２９；Ｒａｍｍｅｎｓｅｅら（１９９５）Ｉｍｍｕｎｏｇ
ｅｎｅｔｉｃｓ ４１：１７８−２２８）。推定されたＨＬＡ−Ａ*０２０１結
合ペプチドの選択されたサブセットに対応する一連の１９の合成ペプチドを上記
のように調製した。
【０１７４】 ヒトＨＬＡ Ａ２／ｋbについての導入遺伝子を発現するマウス（Ｄｒ Ｌ．
Ｓｈｅｒｍａｎ，Ｔｈｅ Ｓｃｒｉｐｐｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕ
ｔｅ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，ＣＡにより提供された）を、Ｔｈｅｏｂａｌｄら，Ｐ
ｒｏｃ．ＮａｔＬ Ａｃａｄ Ｓｃｉ．ＵＳＡ９２：１１９９３−１１９９７，
１９９５に記載されるように、以下の改変を伴って、合成ペプチドで免疫した。
マウスを、不完全フロイントアジュバント中に乳化した、５０μｇのＬ７２６Ｐ
ペプチドおよび１２０μｇの、Ｂ型肝炎ウイルスタンパク質由来のＩ−Ａb結合
ペプチドで免疫した。３週間後、これらのマウスを屠殺し、そして単一の細胞懸
濁物を調製した。次いで、細胞を、７×１０6細胞／ｍｌで完全培地（以下を含
むＲＰＭＩ−１６４０；Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ
）：１０％ ＦＣＳ，２ｍＭ グルタミン（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ），ピルビン酸
ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ），非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ），
２×１０-5Ｍ ２−メルカプトエタノール，５０Ｕ／ｍＩ ペニシリンおよびス
トレプトマイシン）中に再懸濁し、そして以下の存在下で培養した：照射（３０
００ラド）Ｌ７６２Ｐペプチド−（５μｇ／ｒｎｌ）および １０ｍｇ／ｍｌＢ 2 −ミクログロブリン−（３μｇ／ｍｌ）ＬＰＳ ブラスト（ｂｌａｓｔ）（７
μｇ／ｍＬデキストランサルフェートおよび２５μｇ／ｍｌＬＰＳの存在下で３
日間培養したＡ２トランスジェニック脾臓細胞）。６日後、細胞（５×１０5／
ｍｌ）を、以下を用いてを用いて、再度刺激した：２．５×１０6／ｍｌペプチ
ドパルス刺激した（２０，０００ラド）ＥＬ４Ａ２Ｋｂ細胞（Ｓｈｅｒｍａら、
Ｓｃｉｅｎｃｅ２５８：８１５−８１８，１９９２）および ５×１０6／ｍｌ
照射した（３０００ラド）Ａ２／Ｋbトランスジェニック脾臓フィーダー細胞。
細胞を、１０Ｕ／ｍｌ ＩＬ−２の存在下で培養した。細胞を、その株をクロー
ニングするための調製において記載されるように１週間ごとに再刺激した。
【０１７５】 ペプチド特異的な細胞株を、照射された（２０，０００ラド）Ｌ７６２Ｐペプ
チドパルス下ＥＬ４Ａ２Ｋｂ腫瘍細胞（１×１０4細胞／ウェル）を刺激因子と
して、および１０Ｕ／ｍｌ ＩＬ−２存在下で増殖した照射された（３０００ラ
ド）Ａ２Ｋbトランスジェニック脾臓細胞をフィーダー（５×１０5細胞／ウェル
）として用いて限界希釈分析によってクローニングした。１４日目に、増殖しつ
つあったクローンを単離し、そして培養物中で維持した。
【０１７６】 Ｌ７６２Ｐ−８７（配列番号２２６、配列番号１６１のアミノ酸８７−９５に
対応する）、Ｌ７２６Ｐ−１４５（配列番号２２７；配列番号１６１のアミノ酸
１４５−１５３に対応する）、Ｌ７２６Ｐ−５８５（配列番号２２８；配列番号
１６１のアミノ酸５８５−５９３に対応する）、Ｌ７６２Ｐ−４２５（配列番号
２２９、配列番号１６１のアミノ酸４２５−４３３に対応する）、Ｌ７６２Ｐ（
１０）−４２４（配列番号２３０；配列番号１６１のアミノ酸４２４−４３３に
対応する）およびＬ７６２Ｐ（１０）−４５８（配列番号２３１；配列番号１６
１のアミノ酸４５８−４６７に対応する）に対して特異的な細胞株は、Ｌ７６２
Ｐペプチドパルス刺激されたＥＬ４−Ａ２／Ｋb腫瘍標的細胞に対して、コント
ロールペプチドパルス刺激したＥＬ４−Ａ２／Ｋb腫瘍標的細胞よりも有意によ
り高い反応性を示した（％特異的溶解度で測定される場合）。
【０１７７】 （実施例７：肺癌抗原Ｌ７６２ＰＣＤ４から由来するＣＤ免疫原性Ｔ細胞エピ
トープの同定） 抗原Ｌ７６２Ｐ（配列番号１６１）について特異的なＣＤ４ Ｔ細胞株を以下
のように生成した。
【０１７８】 一連の２８の重複するペプチドを合成した。このペプチドは、Ｌ７６２Ｐ配列
のおよそ５０％にわたる。プライム刺激のために、ペプチドを、４〜５のペプチ
ドのプールへと併せ、２０μｇ／ｍｌで樹状細胞を２４時間にわたって刺激した
。次いで、この樹状細胞を洗浄し、そして９６ウェルのＵ底プレート中の陽性で
選択されたＣＤ４＋Ｔ細胞と混合した。４０の培養物を、各ペプチドプールにつ
いて生成した。培養物を、ペプチドプールが充填された新鮮な樹状細胞を用いて
１週間おきに再刺激した。合計３回の刺激サイクルの後、細胞を，さらに１週間
にわたって静止させ、そしてインターフェロンγＥＬＩＳＡおよび増殖アッセイ
を用いて、ペプチドプールでパルス刺激された抗原提示細胞（ＡＰＣ）に対する
特異性について試験した。これらのアッセイについて、関連するペプチドプール
または無関連のペプチドのいずれかが充填された接着性単球をＡＰＣとして用い
た。サイトカイン放出および増殖の両方によって、Ｌ７６２Ｐペプチドプールを
特異的に認識するようであるＴ細胞株を、各プールについて同定した。強調を、
増殖応答を有するＴ細胞を同定する際に配置した。Ｌ７６２Ｐ特異的サイトカイ
ン分泌および増殖の両方、または強力な増殖のみのいずれかを示したＴ細胞株を
、さらに拡張して、そのプールからの個々のペプチドの認識について試験し、そ
して、組換えＬ７６２Ｐの認識について試験した。組換えＬ７６２Ｐの供給源は
Ｅ．ｃｏｌｉであり、そしてその材料を、部分的に精製し、そしてそれはエンド
トキシン陽性であった。これらの研究は、１０μｇの個々のペプチド、１０また
は２μｇの無関連のペプチド、およびＬ７６２Ｐタンパク質または無関連の等価
に不純であるＥ．ｃｏｌｉが産生した組換えタンパク質を用いた。顕著なインタ
ーフェロンγ産生およびＣＤ４ Ｔ細胞増殖が、各プールにおいて、多数のＬ７
６２Ｐ誘導ペプチドによって誘導された。これらのペプチドについてのアミノ酸
配列を、配列番号２３２から２５１に提供する。これらのペプチドは、それぞれ
、配列番号１６１の以下のアミノ酸に対応する：６６１−６８０、６７６−６９
６、５２６−５４５、８７４−８９３、８１１−８３０、８７１−８９１、８５
６−８７５、８２６−８４５、７９５−８１５、７３６−７５５、７０６−７２
５、７０６−７２５、６９１−７１０、６０１−６２０、５７１−５９０、５５
６−５７５、６１６−６３５、６４６−６６５、６３１−６５０、５４１−５６
０および５８６−６０５。
【０１７９】 Ｌ７６２Ｐに由来する個々のペプチドについて特異性を示したＣＤ４ Ｔ細胞
株を、１０μｇ／ｍｌの関連ペプチドでの刺激によってさらに拡張した。刺激後
２週間で、Ｔ細胞株を、増殖アッセイおよびＩＦＮ−γＥＬＩＳＡアッセイの両
方を用いて、特異的ペプチドの認識について試験した。多数のこれまでに同定さ
れたＴ細胞は、Ｌ７６２Ｐペプチド特異的活性を継続して示した。これらの株の
各々を、関連ペプチドにおいてさらに拡張し、そして拡張後２週間で、滴定実験
におけるＬ７６２Ｐペプチドの特異的認識について、および組換えＥ．ｃｏｌｉ
由来Ｌ７６２Ｐタンパク質の認識について試験した。これらの実験について、自
己接着性単球を、関連Ｌ７６２Ｐ誘導ペプチド、無関連γグロビン誘導ペプチド
、組換えＥ．ｃｏｌｉ誘導Ｌ７６２Ｐ（およそ５０％）、または無関連のＥ．ｃ
ｏｌｉ誘導タンパク質のいずれかを用いてパルス刺激した。Ｔ細胞株の殆どは、
関連ペプチドについて低親和性を示すことが見出された。なぜなら、特異的増殖
およびＩＦＮγの比が、Ｌ７６２Ｐペプチドが希釈されるにつれ劇的に減少した
からである。しかし、４つの株が０．１μｇ／ｍｌペプチドでさえ有意な活性を
示すことが同定された。これらの株の各々（Ａ／Ｄ５，Ｄ／Ｆ５，Ｅ／Ａ７ お
よび Ｅ／１３６と称する）はまた、Ｅ．ｃｏｌｉ由来のＬ７６２Ｐタンパク質
調製物に応答して特異的に増殖するようであったが、無関連のタンパク質調整物
に応答しては増殖しないようであった。これらの株によって認識されるＬ７６２
Ｐ誘導性ペプチドのアミノ酸配列配列番号、配列番号２３４、２４９、２３６お
よび２４５にそれぞれ提供される。ＩＦＮ−γ特異的なタンパク質は、どの株に
ついても検出されなかった。Ａ／Ｄ５，Ｅ／Ａ７およびＥ／１３６の株を、０．
１μｇ／ｍｌ（Ａ／Ｄ５およびＥ／Ａ７）または１μｇ／ｍｌ（Ｄ／Ｆ５）の関
連ペプチドでパルス刺激した自己接着性単球においてクローニングした。増殖後
、クローンを、関連ペプチドについての特異性について試験した。関連ペプチド
について特異的な多数のクローンを、Ａ／Ｄ５およびＥ／Ａ７について同定した
。
【０１８０】 （実施例８：胚腫瘍特異的抗原のタンパク質発現） ａ）Ｅ．ｃｏｌｉにおけるＬ５１４Ｓの発現 胚腫瘍抗原Ｌ５１４Ｓ（配列番号８９）を、発現ベクターｐＥ３２ｂ中に、Ｎ
ｃｏＩおよびＮｏｔＩ部位においてサブクローニングし、そしてＥ．ｃｏｌｉへ
、標準的な技術を用いて形質転換した。このタンパク質を、配列番号８９の残基
３〜１５３から発現させた。発現されたアミノ酸配列および対応ＤＮＡ配列を、
それぞれ配列番号２５２および２５３に提供する。
【０１８１】 ｂ）Ｌ７６２Ｐの発現 胚腫瘍抗原Ｌ７６２Ｐ（配列番号１６１）のアミノ酸３２−９４４（６×Ｈｉ
ｓタグを含む）を、改変されたｐＥＴ２８発現ベクター中へと、カナマイシン耐
性を用いてサブクローニングし、そしてＢＬ２１ ＣｏｄｏｎＰｌｕｓ中に標準
的な技術を用いて形質転換した。低から中程度の発現レベルが観察された。決定
されたＬ７６２Ｐ発現構築物のＤＮＡ配列は、配列番号２５４において提供する
。
【０１８２】 上記より、本発明の特定の実施形態が本明細書において例示の目的で記載され
ているが、種々の改変が本発明の種子および範囲から逸脱することなくなされ得
ることが理解される。従って、本発明は、添付の特許請求の範囲によるものを除
いて限定されない。
【配列表】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ａ６１Ｋ 38/00 Ａ６１Ｋ 39/395 Ｔ ４Ｃ０８５ 39/395 48/00 ４Ｃ０８６ Ａ６１Ｐ 35/00 ４Ｃ０８７ 48/00 Ｃ０７Ｋ 14/82 ４Ｈ０４５ Ａ６１Ｐ 35/00 16/32 Ｃ０７Ｋ 14/82 19/00 16/32 Ｃ１２Ｎ 1/15 19/00 1/19 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/21 1/19 Ｃ１２Ｑ 1/02 1/21 1/68 Ａ 5/06 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｍ 5/10 33/566 Ｃ１２Ｑ 1/02 33/574 Ｚ 1/68 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ 33/566 5/00 Ａ 33/574 Ｅ // Ｃ１２Ｐ 21/02 Ａ６１Ｋ 37/02 (31)優先権主張番号 ０９／４７６，４９６ (32)優先日 平成11年12月30日(1999．12．30) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ０９／４８０，８８４ (32)優先日 平成12年１月10日(2000．1．10) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ０９／５１０，３７６ (32)優先日 平成12年２月22日(2000．2．22) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ，ＺＷ )，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ， ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＧ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ， ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，Ｃ Ｎ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ，ＤＺ，ＥＥ ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ， ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，Ｋ Ｐ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ， ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，Ｓ Ｇ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ Ｆターム(参考） 4B024 AA01 AA12 BA36 BA45 BA80 CA04 DA02 DA06 EA04 GA11 HA01 HA12 HA15 4B063 QA01 QA19 QQ02 QQ43 QR48 QR55 QR62 QS25 QS33 QS34 4B064 AG01 AG27 AG31 CA02 CA19 CC24 DA05 DA14 4B065 AA26X AA90X AA93Y AB01 AC14 BA02 CA24 CA45 CA46 4C084 AA02 AA03 AA07 AA13 AA17 BA44 CA53 MA13 MA17 MA22 MA23 MA24 MA34 MA52 MA56 MA59 MA66 NA14 ZB262 4C085 AA14 AA26 AA27 BB01 BB41 BB42 CC02 CC12 CC17 CC22 DD33 DD63 EE01 EE06 FF02 GG02 GG03 GG04 GG06 GG08 4C086 AA01 AA02 AA03 EA16 MA01 MA02 MA04 MA05 MA13 MA17 MA22 MA23 MA24 MA27 MA34 MA44 MA52 MA56 MA59 MA65 MA66 NA14 ZB26 4C087 AA01 AA02 BB34 BB37 BB65 BC83 CA04 CA09 CA12 DA03 MA13 MA17 MA22 MA23 MA24 MA27 MA34 MA44 MA52 MA56 MA59 MA65 MA66 ZB26 4H045 AA10 AA11 AA30 BA10 BA41 CA41 DA76 DA86 EA28 EA31 EA51 FA74 GA26

Claims (60)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１つの
    免疫原性部分を含む、単離されたポリペプチドであって、ここで該腫瘍タンパク
    質は、以下： （ａ）以下の配列番号： 【化１】 に列挙される配列； （ｂ）以下の配列番号： 【化２】 のいずれか１つに列挙される配列に対して中程度のストリンジェント条件下でハ
    イブリダイズする配列；および （ｃ）（ａ）または（ｂ）の配列の相補鎖、 からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配
    列を含む、 ポリペプチド。
  2. 【請求項２】 請求項１に記載の単離されたポリペプチドであって、ここで
    該ポリペプチドは、以下の配列番号： 【化３】 のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配
    列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド
    。
  3. 【請求項３】 以下の配列番号： 【化４】 のいずれか１つに列挙される配列を含む、単離されたポリペプチド。
  4. 【請求項４】 肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１５ア
    ミノ酸残基をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、該改変体は抗原
    特異的抗血清と反応する改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上
    の置換、欠失、付加および／または挿入において異なり、ここで該腫瘍タンパク
    質は、以下の配列番号： 【化５】 のいずれか１つに列挙される配列または該配列のいずれかの相補鎖を含むポリヌ
    クレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、ポリヌクレオチド。
  5. 【請求項５】 肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、をコードする単離さ
    れたポリヌクレオチドであって、ここで該腫瘍タンパク質は、以下の配列番号： 【化６】 のいずれか１つに列挙される配列、または該配列のいずれかの相補鎖を含むポリ
    ヌクレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、ポリヌクレオチド。
  6. 【請求項６】 単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチド
    が、以下の配列番号： 【化７】 のいずれか１つに列挙される配列を含む、ポリヌクレオチド。
  7. 【請求項７】 単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチド
    が、中程度のストリンジェント条件下で、以下の配列番号： 【化８】 のいずれか１つに列挙される配列に対してハイブリダイズする配列を含む、ポリ
    ヌクレオチド。
  8. 【請求項８】 請求項４〜７のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドと相
    補的な、単離されたポリヌクレオチド。
  9. 【請求項９】 請求項４〜８のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドを含
    む、発現ベクター。
  10. 【請求項１０】 請求項９に記載の発現ベクターを用いて形質転換またはト
    ランスフェクトされた宿主細胞。
  11. 【請求項１１】 以下の配列番号： 【化９】 のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチド
    配列のいずれかの相補鎖、によりコードされるアミノ酸配列を含む肺腫瘍タンパ
    ク質に特異的に結合する、単離された抗体、またはその抗原結合フラグメント。
  12. 【請求項１２】 請求項１に記載の少なくとも１つのポリペプチドを含む、
    融合タンパク質。
  13. 【請求項１３】 請求項１２に記載の融合タンパク質であって、ここで該融
    合タンパク質は、該融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを用いてトラ
    ンスフェクトされた宿主細胞において、該融合タンパク質の発現を増大する発現
    エンハンサーを含む、融合タンパク質。
  14. 【請求項１４】 請求項１２に記載の融合タンパク質であって、ここで該融
    合タンパク質は、請求項１に記載のポリペプチド内に存在しないＴヘルパーエピ
    トープを含む、融合タンパク質。
  15. 【請求項１５】 前記融合タンパク質がアフィニティータグを含む、請求項
    １２に記載の融合タンパク質。
  16. 【請求項１６】 請求項１２に記載の融合タンパク質をコードする、単離さ
    れたポリヌクレオチド。
  17. 【請求項１７】 薬学的組成物であって、該薬学的組成物は、生理学的に受
    容可能なキャリア、および以下： （ａ）請求項１に記載のポリペプチド； （ｂ）請求項４に記載のポリヌクレオチド； （ｃ）請求項１１に記載の抗体； （ｄ）請求項１２に記載の融合タンパク質；および （ｅ）請求項１６に記載のポリヌクレオチド、 からなる群より選択される少なくとも１つの成分を含む、薬学的組成物。
  18. 【請求項１８】 免疫促進剤および以下： （ａ）請求項１に記載のポリペプチド； （ｂ）請求項４に記載のポリヌクレオチド； （ｃ）請求項１１に記載の抗体； （ｄ）請求項１２に記載の融合タンパク質；および （ｅ）請求項１６に記載のポリヌクレオチド、 からなる群より選択される少なくとも１つの成分を含む、ワクチン。
  19. 【請求項１９】 前記免疫促進剤がアジュバントである、請求項１８に記載
    のワクチン。
  20. 【請求項２０】 前記免疫促進剤が主にＩ型応答を誘導する、請求項１８に
    記載のワクチン。
  21. 【請求項２１】 患者において癌の発達を阻害する方法であって、該方法は
    、請求項１７に記載の薬学的組成物の有効量を患者に投与する工程を包含する、
    方法。
  22. 【請求項２２】 患者において癌の発達を阻害する方法であって、該方法は
    、請求項１８に記載のワクチンの有効量を患者に投与する工程を包含する、方法
    。
  23. 【請求項２３】 薬学的に受容可能なキャリアまたは賦形剤と組み合わせて
    、請求項１に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞を含む、薬学的組成物
    。
  24. 【請求項２４】 前記抗原提示細胞が樹状細胞またはマクロファージである
    、請求項２３に記載の薬学的組成物。
  25. 【請求項２５】 肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１つ
    の免疫原性部分を含むポリペプチドを発現する抗原提示細胞を含むワクチンであ
    って、ここで該腫瘍タンパク質は、免疫促進剤と組み合わせて、以下： （ａ）以下の配列番号： 【化１０】 に列挙される配列； （ｂ）中程度のストリンジェント条件下で、以下の配列番号： 【化１１】 のいずれか１つに列挙される配列に対してハイブリダイズする配列；および （ｃ）（ｉ）または（ｉｉ）の配列の相補鎖、 からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配
    列を含む、ワクチン。
  26. 【請求項２６】 前記免疫促進剤がアジュバントである、請求項２５に記載
    のワクチン。
  27. 【請求項２７】 前記免疫促進剤が主にＩ型応答を誘導する、請求項２５に
    記載のワクチン。
  28. 【請求項２８】 前記抗原提示細胞が樹状細胞である、請求項２５に記載の
    ワクチン。
  29. 【請求項２９】 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該
    方法は、肺腫瘍タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１つの免疫原性部
    分を含むポリペプチドを発現する抗原提示細胞の有効量を患者に投与する工程で
    あって、ここで該腫瘍タンパク質は、以下： （ａ）以下の配列番号： 【化１２】 に列挙される配列； （ｂ）中程度のストリンジェント条件下で、以下の配列番号： 【化１３】 のいずれか１つに列挙される配列に対してハイブリダイズする配列；および （ｃ）以下の配列番号： 【化１４】 のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチドによりコードされる（ｉ）または
    （ｉｉ）の配列の相補鎖、 からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配
    列を含む、工程、およびそれによって該患者における癌の発達を阻害する工程、
    を包含する、方法。
  30. 【請求項３０】 前記抗原提示細胞が樹状細胞である、請求項２９に記載の
    方法。
  31. 【請求項３１】 前記癌が肺癌である、請求項２１、２２および２９のいず
    れか１項に記載される、方法。
  32. 【請求項３２】 生物学的サンプルから腫瘍細胞を除去するための方法であ
    って、該方法は、肺腫瘍タンパク質と特異的に反応するＴ細胞と生物学的サンプ
    ルを接触させる工程を包含し、ここで該腫瘍タンパク質が以下： （ｉ）以下の配列番号： 【化１５】 のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド；および （ｉｉ）該ポリヌクレオチドの相補鎖； からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配
    列を含み、ここで該接触の工程が、該サンプルから抗原を発現している細胞の除
    去を可能にするのに十分な条件下および時間で実施される、方法。
  33. 【請求項３３】 前記生物学的サンプルが血液またはその分画である、請求
    項３２に記載の方法。
  34. 【請求項３４】 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、請
    求項３２に記載の方法に従って処置された生物学的サンプルを患者に投与する工
    程を包含する、方法。
  35. 【請求項３５】 肺腫瘍タンパク質に特異的なＴ細胞を、Ｔ細胞の刺激およ
    び／または増殖を可能にするのに十分な条件下および時間で、刺激および／また
    は増殖するための方法であって、Ｔ細胞を、以下： （ａ）肺腫瘍タンパク質またはその改変体の少なくとも免疫原性部分を含むポリ
    ペプチドであって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下： （ｉ）以下の配列番号： 【化１６】 に列挙される配列； （ｉｉ）以下の配列番号： 【化１７】 のいずれか１つに列挙される配列に、中程度にストリンジェントな条件下でハイ
    ブリダイズする配列；および （ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）の配列の相補鎖； からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸
    配列を含む、ポリペプチド； （ｂ）（ａ）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および （ｃ）（ａ）のポリペプチドを発現する抗原提示細胞； からなる群より選択される少なくとも１つの成分と接触させる工程を包含する、
    方法。
  36. 【請求項３６】 請求項３５に記載の方法に従って調製されるＴ細胞を含む
    、単離されたＴ細胞集団。
  37. 【請求項３７】 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該
    方法は、請求項３６に記載のＴ細胞集団の有効量を患者に投与する工程を包含す
    る、方法。
  38. 【請求項３８】 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、以
    下の工程： （ａ）患者から単離されたＣＤ４+および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞を、以下から
    なる群より選択される少なくとも１つの成分と共にインキュベートし、その結果
    Ｔ細胞が増殖する工程： （ｉ）肺腫瘍タンパク質またはその改変体の、少なくとも１つの免疫原性部分
    を含むポリペプチドであって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下からなる群よ
    り選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、
    ポリペプチド： （１）以下の配列番号： 【化１８】 に列挙される配列； （２）以下の配列番号： 【化１９】 のいずれか１つに列挙される配列に対して、中程度にストリンジェントな条件下
    でハイブリダイズする配列；および （３）（１）または（２）の配列の相補鎖； （ｉｉ）（ｉ）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および （ｉｉｉ）（ｉ）のポリペプチドを発現する抗原提示細胞；ならびに （ｂ）該増殖したＴ細胞の有効量を該患者に投与する工程であって、それにより
    該患者における癌の発達を阻害する、工程 を包含する、方法。
  39. 【請求項３９】 患者における癌の発達を阻害するための方法であって、以
    下の工程： （ａ）患者から単離されたＣＤ４+および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞を、以下から
    なる群より選択される少なくとも１つの成分と共にインキュベートし、その結果
    Ｔ細胞が増殖する工程： （ｉ）肺腫瘍タンパク質またはその改変体の、少なくとも１つの免疫原性部分
    を含むポリペプチドであって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下からなる群よ
    り選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、
    ポリペプチド： （１）以下の配列番号： 【化２０】 に列挙される配列； （２）以下の配列番号： 【化２１】 のいずれか１つに列挙される配列に対して、中程度にストリンジェントな条件下
    でハイブリダイズする配列；および （３）（１）または（２）の配列の相補鎖； （ｉｉ）（ｉ）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および （ｉｉｉ）（ｉ）のポリペプチドを発現する抗原提示細胞； （ｂ）少なくとも１つの増殖した細胞をクローニングして、クローンＴ細胞を提
    供する工程；ならびに （ｃ）該クローンＴ細胞の有効量を患者に投与する工程であって、それによって
    該患者における癌の発達を阻害する、工程 を包含する、方法。
  40. 【請求項４０】 患者における癌の存在または非存在を決定するための方法
    であって、以下の工程： （ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、肺腫瘍タンパク質に結合する結合
    剤に接触させる工程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下の配列番号： 【化２２】 のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配
    列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程； （ｂ）該サンプルにおいて、該結合剤に結合するポリペプチドの量を検出する工
    程；および （ｃ）該ポリペプチドの量を所定のカットオフ値と比較し、それから該患者にお
    ける癌の存在または非存在を決定する工程、 を包含する、方法。
  41. 【請求項４１】 前記結合剤が抗体である、請求項４０に記載の方法。
  42. 【請求項４２】 前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項４３に記載
    の方法。
  43. 【請求項４３】 前記癌が肺癌である、請求項４０に記載の方法。
  44. 【請求項４４】 患者における癌の進行をモニターするための方法であって
    、以下の工程： （ａ）患者から、第１の時点で得られた生物学的サンプルを、肺腫瘍タンパク質
    に結合する結合剤に接触させる工程であって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以
    下の配列番号： 【化２３】 のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配
    列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程； （ｂ）該サンプルにおいて、該結合剤に結合するポリペプチドの量を検出する工
    程； （ｃ）該患者から、次の時点で得られた生物学的サンプルを使用して、工程（ａ
    ）および（ｂ）を繰り返す工程；ならびに （ｄ）工程（ｃ）において検出された該ポリペプチドの量を、工程（ｂ）におい
    て検出された該量と比較し、それから該患者における該癌の進行をモニターする
    工程、 を包含する、方法。
  45. 【請求項４５】 前記結合剤が抗体である、請求項４４に記載の方法。
  46. 【請求項４６】 前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項４５に記載
    の方法。
  47. 【請求項４７】 前記癌が肺癌である、請求項４４に記載の方法。
  48. 【請求項４８】 患者における癌の存在または非存在を決定するための方法
    であって、以下の工程： （ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、肺腫瘍タンパク質をコードするポ
    リヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドに接触させる工程であ
    って、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下の配列番号： 【化２４】 のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配
    列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程； （ｂ）該サンプルにおいて、該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする該ポリ
    ヌクレオチドの量を検出する工程；および （ｃ）該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする該ポリヌクレオチドの量を所
    定のカットオフ値と比較し、それから該患者における癌の存在または非存在を決
    定する工程、 を包含する、方法。
  49. 【請求項４９】 前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする前記ポリヌ
    クレオチドの量が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して決定される、請求項４８に
    記載の方法。
  50. 【請求項５０】 前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする前記ポリヌ
    クレオチドの量が、ハイブリダイゼーションアッセイを使用して決定される、請
    求項４８に記載の方法。
  51. 【請求項５１】 患者における癌の進行をモニターするための方法であって
    、以下の工程： （ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、肺腫瘍タンパク質をコードするポ
    リヌクレオチドにハイブリダイズするオリゴヌクレオチドに接触させる工程であ
    って、ここで、該腫瘍タンパク質が、以下の配列番号： 【化２５】 のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配
    列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、工程； （ｂ）該サンプルにおいて、該オリゴヌクレオチドにハイブリダイズするポリヌ
    クレオチドの量を検出する工程； （ｃ）該患者から、次の時点で得られた生物学的サンプルを使用して、工程（ａ
    ）および（ｂ）を繰り返す工程；ならびに （ｄ）工程（ｃ）において検出された該ポリヌクレオチドの量を、工程（ｂ）に
    おいて検出された該量と比較し、それから該患者における該癌の進行をモニター
    する工程、 を包含する、方法。
  52. 【請求項５２】 前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする前記ポリヌ
    クレオチドの量が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して決定される、請求項５１に
    記載の方法。
  53. 【請求項５３】 前記オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする前記ポリヌ
    クレオチドの量が、ハイブリダイゼーションアッセイを使用して決定される、請
    求項５１に記載の方法。
  54. 【請求項５４】 診断キットであって、以下： （ａ）請求項１１に記載の１つ以上の抗体；および （ｂ）レポーター基を含む検出試薬、 を備える、キット。
  55. 【請求項５５】 前記抗体が固体支持体上に固定化される、請求項５４に記
    載のキット。
  56. 【請求項５６】 前記検出試薬が、抗免疫グロブリン、プロテインＧ、プロ
    テインＡまたはレクチンを含む、請求抗５４に記載のキット。
  57. 【請求項５７】 前記レポーター基が、放射性同位体、蛍光基、発光基、酵
    素、ビオチンおよび色素粒子からなる群より選択される、請求項５４に記載のキ
    ット。
  58. 【請求項５８】 肺腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドに、中程
    度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする１０〜４０の連続したヌク
    レオチドを含むオリゴヌクレオチドであって、ここで、該腫瘍タンパク質が、以
    下の配列番号： 【化２６】 のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチド
    のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、オリゴヌクレオ
    チド。
  59. 【請求項５９】 請求項５８に記載のオリゴヌクレオチドであって、ここで
    該オリゴヌクレオチドが、以下の配列番号： 【化２７】 のいずれか１つに列挙される１０〜４０の連続したヌクレオチドを含む、オリゴ
    ヌクレオチド。
  60. 【請求項６０】 診断キットであって、以下： （ａ）請求項５９に記載のオリゴヌクレオチド；および （ｂ）ポリメラーゼ連鎖反応またはハイブリダイゼーションアッセイにおける使
    用のための診断試薬、 を備える、キット。
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