JP4836440B2 - 微生物を用いたアルギニン産生の方法 - Google Patents
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Description
アミノ酸の活性な取り込みシステムとは異なり、非常にまれに存在するアミノ酸排出装置が、細菌において同定された。中でも、同定された第一の細菌性アミノ酸排出装置は、Corynebacterium glutamicumのリジン排出装置LysEであった[非特許文献1]。続いて、LysEは、アルギニンの排出装置であることも示された[非特許文献2]。LysEの合成は、LysR-型の転写制御因子の大型なファミリーの構成分子である制御因子タンパク質、LysGの転写活性化制御下にある。LysGは、上で引用した非特許文献2中に記載されるように、リジンによるそしてアルギニンによる、C. glutamicumにおけるLysE転写の誘導を媒介する。
完全な開示の要件にしたがって、本発明の2種類の系統を、Microbial Type Culture Collection(MTCC)、微生物技術研究所(Institute of Microbial Technology, Sector 39-A, Chandigarh 160036, India)に2004年2月19日に寄託した(ブダペスト条約に基づく国際寄託にしたがった)。これらの系統は、以下の通りである(アクセッション番号は、かっこ内に示した):
GJ4894/pHYD952(MTCC 5127)
GJ4536/pHYD953(MTCC 5128)。
Vrljic et al (1996) Mol. Microbiol. 22: 815-826 Bellmann et al (2001) Microbiology 147: 1765-1774 N. Glansdorff (1996) "Biosynthesis of arginine and polyamines", in Escherichia coli and Salmonella: Cellular and Molecular Biology, 2nd Edition (Neidhardt et al., eds.) ASM Press, Washington D.C., USA, Chapter 25, pp 408-433 R.A. Kelln and G.A. O′Donovan (1976) J. Bacteriol. 128: 528-535
本発明の別の目的は、アルギニン生合成を増大させかつE.coliタンパク質YggAまたはアミノ酸配列がE. coli YggAと実質的に類似するタンパク質のレベルを増大させるために、細菌の系統を遺伝的に操作することにより、細菌の細胞培養からのアミノ酸アルギニンの収量を増大させるための方法を提供することである。
本発明の別の目的は、プラスミド中において、改変されたまたは変異されたargP遺伝子を提供することである。
本発明はまた、カナバニン耐性の表現型に関連するargR遺伝子内に変異を導入すること、そしてアルギニン栄養要求株の栄養共生的増殖を増大させることをサポートする能力を導入すること、を含む、細菌の培養中でのアルギニン生合成を増大させるために細菌の系統をを遺伝的に操作する方法を提供する。
添付する配列表についての簡単な記載
SEQ ID NO: 1:5’- GGGCGCGAACTCGCTGAGCGA-3’
SEQ ID NO: 2:5’- GAGCAAGTTGTACGAACGCTT -3’
SEQ ID NO: 3:5’-GTAAAACGACGGCCAGT-3’
SEQ ID NO: 4:5’-AACAGCTATGACCATG-3’
I. 第一の細菌系統を増殖させ、ここで前記第一の系統は以下の(i)および(ii)の少なくとも2種類の遺伝子操作を受けており:
(i) 他の点では前記細菌の野生型系統である第二の細菌において行われる場合、それ自体カナバニン(canavanine)耐性の表現系、およびアルギニン栄養要求株の栄養共生的増殖の上昇をサポートする能力と関連するもので規定される、アルギニン生合成を増加させるための第一の操作;そして
(ii) 他の点では前記細菌の野生型系統である第二の細菌において行われる場合、それ自体カナバニン耐性の表現系と関連するものとして規定される、Escherichia coliタンパク質YggAまたはEscherichia coli YggAとそのアミノ酸配列において実質的に類似するタンパク質のいずれかのレベルを上昇させるための第二の操作;そして
II. ついで、前記第一の細菌系統の培養液から、既知の方法によりアルギニンを回収する;
を含む。
本発明は、細菌の培養中でアルギニンを産生するための新規な方法に関する。
好ましくは、細菌の系統は、腸内細菌科(Enterobacteriaceae)の細菌の系統、たとえば、E. coliの系統である。
1. 細菌学的培地材料は、Difco Laboratories(P.O.Box 331058, Detroit, Michigan 48232-7058, USA)から購入した。アミノ酸およびカナバニンを含む抗生物質および精製化学製品は、Sigma-Aldrich Corporation(P.O. Box 14508, St.Louis, Missouri 63178, USA)から購入した。すべてのアミノ酸およびカナバニンは、“L-”体の光学異性体であった。制限エンドヌクレアーゼおよびDNAクローニングの間に使用した酵素、同様に17-mer M13/pUCシークエンシングプライマー(-20)および16-mer M13/pUCリバースシークエンシングプライマー(-24)は、New England Biolabs(32 Tozer Rd, Beverly, Massachussetts 01915-5599, USA)から入手した。その他の合成オリゴヌクレオチドプライマーは、Eurogentec s.a.(Liege Science Park, Rue Bois Saint Jean 5, 4102 Seraing, Belgium)から入手した。
複数コピーのyggA+プラスミドpHYD952を、以下のように三段階で構築した。上記で引用されたKoharaら(1987)の参考文献中に記載されたE. coliゲノムの注文されたラムダファージライブラリ由来のラムダファージクローン472のDNAから始めて、yggA+遺伝子を有する3.8-kbのEcoRI断片を、アガロースゲル電気泳動の後、アガロースゲル小片から溶出した。次に、3.8-kb断片を、プラスミドベクターpBluescript-IIKSのEcoRI部位中にクローニングし、AmpRプラスミドpHYD944を作製した。2番目の段階においては、pHYD944をHindIIIとPstIを用いて消化し、yggA+を有する1.2-kb断片を放出し、それをアガロースゲル電気泳動後にアガロースゲル小片から溶出し、その後プラスミドベクターpBluescript-IIKSのHindIIIおよびPstI部位中にクローニングし、AmpRプラスミドpHYD951を作製した。3番目の段階においては、pHYD951をBamHIとHindIIIを用いて消化し、pBluescript-IIKSのマルチクローニング部位領域の小さな領域とともにyggA+遺伝子を有する同一の1.2-kb断片を放出した。1.2-kbのBamHI-HindIII断片をアガロースゲル電気泳動後にアガロースゲル小片から精製し、その後プラスミドベクターpBR329のBamHIおよびHindIII部位中にクローニングし、AmpRCmRプラスミドpHYD952を作製した。
argP+遺伝子を、以下の2段階でプラスミドベクターpCL1920中にクローニングした。上記で引用されたKoharaら(1987)の参考文献中に記載されたE. coliゲノムの注文されたラムダファージライブラリ由来のラムダファージクローン471のDNAから始めて、argP+遺伝子を有する2.9-kbのBamHI-KpnI断片を、アガロースゲル電気泳動の後、アガロースゲル小片から溶出した。その後、この断片をBamHI-KpnI消化したプラスミドベクターpCL1920中にクローニングし、組換えプラスミド、pHYD913を作製した。次の段階において、pHYD913をSalIで消化し、1.86-kbの染色体断片を放出し、これがargP+遺伝子をそのプロモーター配列とともに有することが期待された;1.86-kbのSalI断片をアガロースゲル電気泳動後にアガロースゲル小片から溶出し、プラスミドベクターpCL1920のSalI部位中にクローニングし、組換えプラスミドpHYD914およびpHYD915を生成した。プラスミドベクター配列に関して、プラスミドpHYD915中の前記1.86-kbのSalI染色体挿入断片の方向性は、SalIクローニング部位に隣接するベクターのXbaI部位およびPstI部位が、argP遺伝子のプロモーター-近位末端およびプロモーター-遠位末端それぞれの間に位置し、そしてプラスミドpHYD914に関して逆が当てはまるようなものである。
N-メチル-N'-ニトロ-N-ニトロソグアニジン(MNNG)変異生成アプローチを使用して、プラスミド-保有性カナバニン耐性-付与性argPアリルを単離した。MNNG変異生成のために次に行われた方法は、上記で引用したMillerの参考文献(1992)中に記載されたとおりであった。Spを添加したLB中で一晩増殖させた系統MC4100/pHYD915の培養物を、150-mlエーレンマイヤーフラスコ中でSpを添加したLB、10 mlにより50-倍に希釈し、そして37℃で増殖させ、培養物の光密度(600 nm)が0.6となるようにした。5 mlの培養物由来の細胞を、卓上型遠心分離機により回収し、等容量の0.1 Mクエン酸バッファー(pH 5.5)を用いて2回洗浄し、0.1 Mのクエン酸バッファー(pH 5.5)の同一量の中で再懸濁した。MNNGは、0.1 M クエン酸バッファー(pH 5.5)中1 mg/mlのストック溶液として新しく調製され、そして最終濃度50μg/mlで細胞に対して添加された。37℃にて30分間、混合物をインキュベートし、その後0.1 Mリン酸バッファー(pH 7.0)を用いて二回洗浄した。細胞を、最終的に再懸濁し、Spを添加した20 mlのLB中、150-mlエーレンマイヤーフラスコ中で37℃にて一晩増殖させた。MNNG処理した後(そして、一晩培養することにより増殖させる前に)細胞の生存している画分を測定し、約10%であるように決定した。
プラスミドpHYD926由来のargP変異体アリルを、以下の通り、複数コピーのプラスミドベクターpBR329中にサブクローニングした。プラスミドpHYD926を、SalIを用いて消化し、1.8-kbの断片を遊離させ、それをアガロースゲル電気泳動の後アガロースゲル小片から精製した。この断片をpBR329のSalI部位中にクローニングし、プラスミドpHYD953を生成し、その形質転換体をAmpRコロニーとして選択した。プラスミドpHYD953中にargPを有する1.8-kbのSalI断片の方向性は、プラスミド上のargP転写の方向性がプラスミド上のpBR329ベクター-由来tet プロモーターからの転写の方向性とは反対であるようなものである。
複数コピーのyggA+を有するかまたはargP-S94Lアリルを有するかのいずれかであるargR系統(アルギニン生合成に関して抑制されたもの)は、実質的にアルギニン産生の増大を示すということが、実験において示され、ここでこれらの系統がアルギニン栄養要求株の栄養共生的増殖をサポートする能力を試験した。デルタargH 系統SK2226のpBR329形質転換体誘導体を、アルギニン-栄養要求株の指標系統として実験において使用した。Ampを添加したLB培地中で増殖させた系統SK2226/pBR329の一晩培養物を、LB中で希釈し、そして培地の温度が40℃付近である場合、200μlの1:1000希釈物(約105細胞に相当する)を、40 mlのグルコース最小A-寒天培地(プロリン、トリプトファン、ヒスチジン(すなわち、アルギニン以外のSK2226のすべての栄養要求株の要求性)を添加した)に対して添加し;その後、寒天培地を2枚の85 mm滅菌ペトリ皿に注ぎ(ディッシュあたり20 ml)、そして室温にて固形化させた。それぞれの寒天プレートを、3つの均等な扇形に分割し、それぞれの扇形の中心に、以下に具体的に記載するように、試験コロニーをスポットした。
yggAの転写をin vivoでモニターするため、yggA-lacオペロン融合物を有する1コピー数のプラスミドpHYD956を、以下の様に2工程で構築した。最初の工程では、プラスミドpHYD951(実施例1で記載したもの)をHindIIIとPvuIIで消化して、yggA転写制御領域とyggA構造遺伝子の3'-末端領域以外のすべての領域とを持つ1.1-kb断片を遊離し、そしてこの断片をアガロースゲル電気泳動の後アガロースゲル小片から溶出した。この断片を、PstIおよびEcoRVで消化したプラスミドベクターpBluescript-IIKS中にクローニングし、AmpRプラスミドpHYD954を生成した。2番目の工程では、プラスミドpHYD954をPstIおよびHindIIIで消化し、同じく1.1-kb断片をpBluescript-IIKSのマルチクローニング部位領域の小さな領域と共に遊離した。1.1-kbのPstI-HindIII断片をアガロースゲル電気泳動の後アガロースゲル小片から精製し、そしてPstIおよびHindIIIで消化したプラスミドベクターpMU575中にクローニングし、TpRプラスミドpHYD956を生成した。プラスミドpMU575は、Andrewsらの論文[J. Bacteriol. (1991) 173: 5068-5078]に記載されており、そしてプロモーターを持たないlacZ遺伝子を持つTpRをコードする1コピー数のプラスミドベクターであり、、その上流にプロモーター断片をクローニングしてプロモーター-lacオペロン融合物を生成することができる。したがって、プラスミドpHYD956は、pMU575ベクターのlacZ遺伝子の上流にクローニングされたyggA転写制御領域を有する。
特許
Momoseら、US特許4430430(1984年2月7日発行)
L.R. Ptitsynら、欧州特許出願EP1170361 A2(2002年1月9日公開)
V. A. Livshitsら、欧州特許出願EP1016710 A2(2000年7月5日公開)
刊行物
Vrljic et al (1996) Mol. Microbiol. 22: 815-826
Bellmann et al (2001) Microbiology 147: 1765-1774
N. Glansdorff (1996) “Biosynthesis of arginine and polyamines”, in Escherichia coli and Salmonella: Cellular and Molecular Biology, 2nd edition” (Neidhardt et al., eds), ASM Press, Washington D.C., USA, Chapter 25, pp. 408-433
R.A. Kelln and G.A. O′Donovan (1976) J. Bacteriol. 128: 528-535
B.S. Rajagopal et al. (1998) Appl. Env. Microbiol. 64: 1805-1811
R.T.F. Celis (1999) J. Mol. Biol. 294: 1087-1095
J. H. Miller (1992) “A Short Course in Bacterial Genetics: A Laboratory Manual and Handbook for Escherichia coli and Related Bacteria”, CSH Press, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, USA
Y. Kohara et al. (1987) Cell 50:495-508
C. G. Lerner and M. Inouye (1990) Nucleic Acids Res. 18:4631
L. Covarrubias and F. Bolivar (1982) Gene 17:79-89
A. E. Andrews et al (1991) J. Bacteriol. 173: 5068-5078
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F. R. Blattner et al. (1997) Science 277:1453-1462
Claims (8)
- 細菌培養においてアルギニンを産生させる方法であって、前記方法が以下の工程:
a) 以下の(i)および(ii):
(i)Escherichia coliのargR遺伝子中にカナバニン-耐性を付与する変異を含む、アルギニン生合成を増加させるための第一の変異であって、それ自体カナバニン(canavanine)耐性の表現系と関連しそしてアルギニン栄養要求株の栄養共生的増殖の上昇をサポートする能力と関連するものとして規定される、前記第一の変異;そして
(ii)Escherichia coliのargP遺伝子のコドン位置94、108、144、217、294、295または68番目のいずれかにおいて変異を含むEscherichia coliのargP遺伝子におけるカナバニン-耐性を付与する変異を含む第二の変異;
の少なくとも2種類の変異を有するEscherichia coli細菌系統を増殖させる工程、そして
b)ついで、既知の方法により、前記細菌系統の培養液から、アルギニンを回収する工程、
を含む、前記方法。 - Escherichia coliのargP遺伝子中の変異が、Escherichia coli argP遺伝子のコドン位置94番目におけるロイシンをコードするコドンへの変異を含む、請求項1に記載の方法。
- Escherichia coliのargPにおける変異が、プラスミド中に存在する、請求項1または2に記載の方法。
- プラスミドが、アクセッション番号MTCC 5128を有する細菌から入手可能なpHYD953である、請求項3に記載の方法。
- それ自体カナバニン(canavanine)耐性の表現系と関連しそしてアルギニン栄養要求株の栄養共生的増殖の上昇をサポートする能力と関連するものとして規定される、Escherichia coliのargR遺伝子中にカナバニン-耐性を付与する変異を含む第一の変異、そしてEscherichia coliのargP遺伝子のコドン位置94、108、144、217、294、295または68番目のいずれかにおいて変異を含むEscherichia coliのargP遺伝子におけるカナバニン-耐性を付与する変異を含む第二の変異、を含む、アルギニン生合成を増加させるための遺伝子操作をされたEscherichia coli細菌系統。
- Escherichia coliのargP遺伝子中の変異が、Escherichia coli argP遺伝子のコドン位置94番目におけるロイシンをコードするコドンへの変異を含む、請求項5に記載の遺伝子操作をされたEscherichia coli細菌系統。
- アクセッション番号MTCC 5128を有する細菌から入手可能である、プラスミドpHYD953。
- アクセッション番号MTCC 5128を有する細菌。
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