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KR20240083183A - 인히빈 서브유닛 베타 e (inhbe) 조절제 조성물 및 이의 이용 방법 - Google Patents

인히빈 서브유닛 베타 e (inhbe) 조절제 조성물 및 이의 이용 방법 Download PDF

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KR20240083183A
KR20240083183A KR1020247013196A KR20247013196A KR20240083183A KR 20240083183 A KR20240083183 A KR 20240083183A KR 1020247013196 A KR1020247013196 A KR 1020247013196A KR 20247013196 A KR20247013196 A KR 20247013196A KR 20240083183 A KR20240083183 A KR 20240083183A
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KR
South Korea
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nucleotides
modulator
inhbe
ome
strand
Prior art date
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Pending
Application number
KR1020247013196A
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English (en)
Inventor
에이미 엠. 디톤
Original Assignee
알닐람 파마슈티칼스 인코포레이티드
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 알닐람 파마슈티칼스 인코포레이티드 filed Critical 알닐람 파마슈티칼스 인코포레이티드
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Abstract

본 발명은 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE)의 발현 및/또는 활성을 조절, 예를 들면, 억제하는, 조절제, 예를 들면, 이중 가닥 RNA (dsRNA) 제제, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제, 항체, ADAR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA, 또는 CRISPR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA에 관한 것이다. 본 발명은 또한 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하기 위해 이러한 조절제를 이용하는 방법 및 대상자에서 INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군을 예방하고 치료하는 방법에 관한 것이다.

Description

인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE) 조절제 조성물 및 이의 이용 방법
관련 출원
본 출원은 2021년 9월 20일에 출원된 미국 가출원 번호 63/246,084의 우선권에 대한 이권을 주장하고, 이의 전문이 참조로서 본원에 포함된다.
본 출원은 2021년 7월 21일에 출원된 미국 가출원 번호 63/223,995, 2021년 11월 11일에 출원된 미국 가출원 번호 63/278,126, 2021년 12월 2일에 출원된 미국 가출원 번호 63/285,143, 2021년 12월 9일에 출원된 미국 가출원 번호 63/287,578, 2022년 3월 21일에 출원된 미국 가출원 번호 63/321,799, 2022년 3월 25일에 출원된 미국 가출원 번호 63/323,543, 및 2022년 7월 20일에 출원된 PCT 출원 번호 PCT/US2022/037658에 관한 것이다. 상기한 출원 각각의 전문은 참조로서 본원에 포함된다.
발명의 배경
세계 대부분의 지역에서 다수의 감염 질환을 성공적으로 극복하면서, 비-전염성 질환, 대사 장애는, 특히, 현대 세계에서 주요 건강 위험이 되었다. 고칼로리-저섬유질 패스트푸드 소비의 증가 및 기계화된 교통수단과 주로 앉아서 지내는 생활 방식으로 인한 신체 활동의 감소는 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 2형 당뇨병, 고혈압, 심혈관 질환, 뇌졸중, 및 다른 장애의 확산을 야기하였다. 사실상, 최근 몇년간 심장 질환, 당뇨병, 뇌졸중, 및 다른 질환에 걸릴 위험이 높은 여러가지 건강 상태를 갖는 대사 증후군과 같은 대사 장애를 갖는 대상자의 발생이 증가하였다.
지질 대사 장애의 현재 치료제는 생활방식 변화, 식이, 운동 및 지질 저하 제제, 예를 들면, 스타틴, 및 다른 약물과 같은 제제로의 치료를 포함한다. 그러나, 이들 요법 및 치료제는 종종 순응성에 의해 제한되고, 항상 효율적인 것은 아니고, 부작용을 야기하고, 약물-약물 상호작용을 야기한다. 따라서, 대사 장애를 갖는 대상자에 대한 대안적인 치료제가 당해 기술 분야에 필요하다.
인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE)는 전환 성장 인자-β (TGF-β) 부류의 구성원이다. 간에서 우세하게 발현되는, INHBE는, 사람에서 인슐린 내성 및 체질량지수와 긍정적으로 상호관련되는 것으로 나타난 헤파토킨이다. 정량적 실시간-PCR 분석은 또한 인슐린-내성 사람 대상자로부터 간 샘플에서 INHBE 유전자 발현의 증가를 나타내었다. 추가로, Inhbe 유전자 발현은 대사 장애, 즉, 2형 당뇨병의 당해 기술분야에-인지된 동물 모델, db/db 마우스 모델의 간에서 증가하는 것으로 나타났다. 마른체중보다 감소된 지방에 기여하는 체중 증가를 억제하는 db/db 마우스에서 Inhbe 발현의 억제를 입증하였다.
상기 지시된 바와 같이, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군 및 관련 질환, 예를 들면, 당뇨병, 고혈압, 및 심혈관 질환에 효과적인 치료제, 예를 들면, INHBE 발현 및/또는 활성을 선택적으로 및 효과적으로 조절하는, 즉, 억제할 수 있는 제제가 절실하게 필요하다.
발명의 요지
본 발명은 특히, INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군을 치료하기 위해 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE)의 발현 및/또는 활성을 조절하는, 즉 억제하는 조절제를 제공한다.
하나의 측면에서, 본 발명은 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE)의 조절제를 제공한다. 조절제는 INHBE를 표적화하는 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 이중 가닥 리보핵산 (dsRNA) 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제; INHBE에 특이적으로 결합하는 항체, 또는 이의 항원-결합 단편, 예를 들면, 단클론성 항-INHBE 항체, 또는 이의 항원-결합 단편; 소분자; ADAR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA, 예를 들면, ADAR 효소에 결합하는 줄기 루프 구조를 포함하는 가이드RNA; 또는 CRISPR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA일 수 있다.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 4 내지 50개의 인접 뉴클레오티드를 포함하고, 인접 뉴클레오티드 중 적어도 하나는 변형된 뉴클레오티드이고, 제제의 뉴클레오티드 서열은 서열번호 1, 2, 4, 6, 8, 또는 10 중 어느 하나의 뉴클레오티드 서열의 등가 영역에 대해 이의 전체 길이에 걸쳐 80% 상보성이다.
하나의 실시형태에서, 등가 영역은 표 4에 제공된 서열번호 1의 표적 영역 중 어느 하나이다.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 표 3에 열거된 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나와 3개 이하의 뉴클레오티드가 상이한 적어도 8개의 인접 뉴클레오티드를 포함한다.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 실질적으로 모든 뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드이다.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 모든 뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드이다.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 10 내지 40개의 뉴클레오티드 길이.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 10 내지 30개의 뉴클레오티드 길이.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 18 내지 30개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 10 내지 24개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 18 내지 24개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 14 내지 20개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 14개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 20개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 2'-O-메톡시에틸 변형된 당 모이어티, 2'-메톡시 변형된 당 모이어티, 2'-O-알킬 변형된 당 모이어티, 및 바이사이클릭 당 모이어티로 이루어진 그룹으로부터 선택된 변형된 당 모이어티를 포함한다.
하나의 실시형태에서, 바이사이클릭 당 모이어티는 당 환의 2' 산소 및 4' 탄소 원자 사이에 브릿지를 형성하는 (-CH2-)n 그룹을 갖고, 여기서, n은 1 또는 2이고, R은 H, CH3 또는 CH3OCH3이다.
하나의 실시형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오시드간 결합을 포함한다.
하나의 실시형태에서, 변형된 뉴클레오시드간 결합은 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 결합이다.
하나의 실시형태에서, 조절제는 변형된 당 모이어티를 갖는 적어도 하나의 뉴클레오티드의 각 측면에 위치한 복수의 2'-데옥시뉴클레오티드를 포함한다.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 5' 및 3' 윙 분절 사이에 위치한 결합된 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성된 갭 분절을 포함하는 갭머이다.
하나의 실시형태에서, 변형된 당 모이어티는 2'-O-메톡시에틸 변형된 당 모이어티, 2'-메톡시 변형된 당 모이어티, 2'-O-알킬 변형된 당 모이어티, 및 바이사이클릭 당 모이어티로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
하나의 실시형태에서, 5'-윙 분절은 1 내지 6개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 3'-윙 분절은 1 내지 6개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 갭 분절은 5 내지 14개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 5'-윙 분절은 2개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 3'-윙 분절은 2개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 5'-윙 분절은 3개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 3'-윙 분절은 3개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 5'-윙 분절은 4개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 3'-윙 분절은 4개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 5'-윙 분절은 5개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 3'-윙 분절은 5개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 갭 분절은 10개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 결합된 데옥시뉴클레오티드로 이루어진 갭 분절; 결합된 뉴클레오티드로 이루어진 5'-윙 분절; 결합된 뉴클레오티드로 이루어진 3'-윙 분절을 포함하고; 여기서, 갭 분절은 5'-윙 분절 및 3'-윙 분절 사이에 위치하고, 각 윙 분절의 각각의 뉴클레오티드는 변형된 당을 포함한다.
하나의 실시형태에서, 갭 분절은 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드 길이이고, 윙 분절 각각은 5개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 갭 분절은 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드 길이이고, 윙 분절 각각은 4개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 갭 분절은 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드 길이이고, 윙 분절 각각은 3개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 갭 분절은 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드 길이이고, 윙 분절 각각은 2개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 실시형태에서, 변형된 당 모이어티는 2'-O-메톡시에틸 변형된 당 모이어티, 2'-메톡시 변형된 당 모이어티, 2'-O-알킬 변형된 당 모이어티, 및 바이사이클릭 당 모이어티로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
하나의 실시형태에서, 모든 뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오시드간 결합을 포함한다.
하나의 실시형태에서, 조절제는 리간드를 추가로 포함한다.
하나의 실시형태에서, 조절제는 리간드에 3'-말단에서 접합된다.
하나의 실시형태에서, 리간드는 N-아세틸갈락토사민 (GalNAc) 유도체이다.
하나의 실시형태에서, 리간드는
이다.
본 발명은 또한 본 발명의 조절제 중 어느 것을 포함하는 세포 및 본 발명의 조절제 중 어느 것을 포함하는 약제학적 조성물을 제공한다.
본 발명의 약제학적 조성물은 조절제를 완충되지 않은 용액, 예를 들면, 식염수 또는 물에 포함할 수 있거나, 본 발명의 약제학적 조성물은 조절제를 완충 용액, 예를 들면, 아세테이트, 시트레이트, 프롤라민, 카보네이트, 또는 포스페이트 또는 이의 임의의 조합; 또는 포스페이트 완충 식염수 (PBS)를 포함하는 완충 용액으로 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 조절제 및 지질 제형을 포함하고, 예를 들면, 지질 제형은 LNP을 포함하거나, 지질 제형은 MC3을 포함한다.
하나의 측면에서, 본 발명은 세포에서 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE)의 발현 및/또는 활성을 억제하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 세포를 본 발명의 조절제 중 어느 것 또는 본 발명의 약제학적 조성물 중 어느 것과 접촉시키고, 이에 의해 세포에서 INHBE 유전자의 발현 및/또는 활성을 억제하는 것을 포함한다.
하나의 실시형태에서, 세포는 대상자, 예를 들면, 사람 대상자, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 당뇨병, 또는 심혈관 질환, 예를 들면, 고혈압을 갖는 대상자 내에 있다.
특정 실시형태에서, INHBE 발현 및/또는 활성은 적어도 약 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 95%까지 억제된다. 하나의 실시형태에서, INHBE의 발현 및/또는 활성의 억제는 대상자의 혈청 중 INHBE 단백질 수준을 적어도 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 95%까지 감소시킨다.
하나의 측면에서, 본 발명은 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE) 발현 및/또는 활성의 감소로 이득을 얻을 수 있는 장애를 갖는 대상자를 치료하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 대상자에게 치료학적 유효량의 본 발명의 조절제 중 어느 것 또는 본 발명의 약제학적 조성물 중 어느 것을 투여하고, 이에 의해 INHBE 발현의 감소로 이득을 얻을 수 있는 장애를 갖는 대상자를 치료하는 것을 포함한다.
또다른 측면에서, 본 발명은 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE) 발현 및/또는 활성의 감소로 이득을 얻을 수 있는 장애를 갖는 대상자에서 적어도 하나의 증상을 예방하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 대상자에게 예방적 유효량의 본 발명의 조절제 중 어느 것 또는 본 발명의 약제학적 조성물 중 어느 것을 투여하고, 이에 의해 INHBE 발현의 감소로 이득을 얻을 수 있는 장애를 갖는 대상자에서 적어도 하나의 증상을 예방하는 것을 포함한다.
하나의 실시형태에서, 치료학적 또는 예방적 유효량의 투여는 대상자에서 체질량지수에 대해 조정된 허리-엉덩이-비율을 감소시킨다.
특정 실시형태에서, 장애는 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애이다.
일부 실시형태에서, INHBE-연관 장애는 대사 증후군이다.
일부 실시형태에서, INHBE-연관 장애는 심혈관 질환이다.
일부 실시형태에서, INHBE-연관 장애는 고혈압이다.
특정 실시형태에서, 조절제를 대상자에게 투여하는 것은 대상자에서 INHBE 단백질 축적의 감소를 야기한다.
추가 측면에서, 본 발명은 또한 대상자에서 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 대상자에게 치료학적 유효량의 본원에 제공된 조절제 중 어느 것을 투여하고, 이에 의해 대상자에서 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하는 것을 포함한다.
하나의 실시형태에서, 대상자는 사람이다.
하나의 실시형태에서, 조절제는 대상자에게 약 0.01 mg/kg 내지 약 50 mg/kg의 용량으로 투여된다.
하나의 실시형태에서, 조절제는 대상자에게 피하 투여된다.
하나의 실시형태에서, 본 발명의 방법은 대상자로부터 샘플(들)에서 INHBE의 수준을 측정하는 것을 추가로 포함한다.
하나의 실시형태에서, 대상자 샘플(들)에서 INHBE의 수준은 혈액 또는 혈청 또는 간 조직 샘플(들)에서 INHBE 단백질 수준이다.
특정 실시형태에서, 본 발명의 방법은 대상자에게 추가 치료학적 제제를 투여하는 것을 추가로 포함한다.
특정 실시형태에서, 추가 치료학적 제제는 인슐린, 글루카곤-유사 펩티드 1 작용제, 설포닐우레아, 세글리티니드, 비구아니드, 티아졸리딘디온, 알파-글루코시다제 억제제, SGLT2 억제제, DPP-4 억제제, HMG-CoA 리덕타제 억제제, 스타틴, 및 상기한 것 중 어느 것의 조합으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.
본 발명은 또한 본 발명의 조절제 중 어느 것 또는 본 발명의 약제학적 조성물 중 어느 것, 및 임의로, 사용지침서를 포함하는 키트를 제공한다. 하나의 실시형태에서, 본 발명은 세포를 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하기 위해 효과적인 양의 본 발명의 조절제와 세포에서 접촉시켜 세포에서 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하는 방법을 수행하는 키트를 제공한다. 키트는 조절제 및 사용지침서 및, 임의로, 조절제를 대상자에게 투여하는 수단을 포함한다.
발명의 상세한 설명
본 발명은 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE)-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애를 치료하기 위한 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE) 유전자의 조절제, 즉, 억제제를 포함하는 조성물을 제공한다.
하기한 상세한 설명은 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하는 조절제를 포함하는 조성물의 제조 및 이용 방법, 뿐만 아니라, INHBE의 발현 및/또는 활성의 억제 및/또는 감소로부터 이득을 얻을 수 있는 대상자, 예를 들면, INHBE-연관 장애에 취약하거나 이로서 진단된 대상자를 치료하기 위한 조성물, 용도, 및 방법을 개시한다.
I. 정의
본 발명이 보다 용이하게 이해될 수 있도록 하기 위해, 먼저 특정 용어를 정의한다. 또한, 파라미터의 값 또는 값의 범위가 인용될 때마다, 인용된 값의 중간 값 및 범위가 또한 본 발명의 일부로 의도된다는 점에 유의해야 한다.
단수형 관사("a" 및 "an")는 본원에서 관사의 문법적인 대상 중 하나 또는 하나 이상(즉, 적어도 하나)을 언급한다. 예로서, "하나의 요소"는 한개의 요소 또는 하나 초과의 요소, 예를 들면, 복수의 요소를 의미한다.
용어 "포함하는(including)"은 본원에서 구절 "이에 제한되지 않지만, 이를 포함하는"을 의미하기 위해 사용되고 이와 상호교환적으로 사용된다.
용어 "또는"은 본원에서 문맥상 명백하게 달리 지시하지 않는 이상, 용어 "및/또는"을 의미하기 위해 사용되고 이와 상호교환적으로 사용된다. 예를 들면, "센스 가닥 또는 안티센스 가닥"은 "센스 가닥 또는 안티센스 가닥, 또는 센스 가닥 및 안티센스 가닥"으로 이해된다.
용어 "약"은 본원에서 당해 기술분야의 통상적인 허용 오차 범위 내에 있음을 의미하기 위해 사용된다. 예를 들면, "약"은 평균으로부터 약 2 표준 편차로서 이해될 수 있다. 특정 실시형태에서, 약은 ±10%를 의미한다. 특정 실시형태에서, 약은 ±5%를 의미한다. 약이 일련의 수 또는 범위 앞에 존재하는 경우, "약"은 일련의 또는 범위 내의 각각의 수를 수식할 수 있는 것으로 이해된다.
수 또는 일련의 수들 앞의 용어 "적어도", "초과", 또는 "이상"은 용어 "적어도"에 근접한 수, 및 문맥으로부터 분명해지듯이 논리적으로 포함될 수 있는 모든 후속 수 또는 정수를 포함하는 것으로 이해된다. 예를 들면, 핵산 분자 내 뉴클레오티드의 수는 정수이어야 한다. 예를 들면, "21개의 뉴클레오티드 핵산 분자의 적어도 19개의 뉴클레오티드"는 19, 20, 또는 21개의 뉴클레오티드가 표시된 특성을 가짐을 의미한다. 적어도가 일련의 수 또는 범위 앞에 존재하는 경우, "적어도"는 일련의 또는 범위 내의 각각의 수를 수식할 수 있는 것으로 이해한다.
본원에서 사용되는 "이하" 또는 "또는 그 미만"은 구절에 인접한 값으로 이해되고, 논리적으로 더 낮은 값 또는 정수는 문맥상 논리적으로 0에 인접한 값으로 이해한다. 예를 들면, "2개 이하의 뉴클레오티드"의 오버행을 갖는 듀플렉스는 2, 1, 또는 0개의 뉴클레오티드 오버행을 갖는다. "이하"가 일련의 수 또는 범위 앞에 존재하는 경우, "이하"는 일련의 또는 범위 내의 수 각각을 수식할 수 있는 것으로 이해된다. 본원에서 사용되는 범위는 상한 및 하한 모두를 포함한다.
본원에서 사용되는 검출 방법은 존재하는 분석물의 양이 방법의 검출 수준 미만인 측정을 포함할 수 있다.
지시된 표적 부위와 센스 또는 안티센스 가닥에 대한 뉴클레오티드 서열 사이에 모순이 있는 경우, 지시된 서열이 우선된다.
서열과 전사체 상의 그 지시된 부위 또는 다른 서열 사이에 모순이 있는 경우, 본 명세서에 인용된 뉴클레오티드 서열이 우선된다.
본원에 사용된 "조절제"는 INHBE의 발현 및/또는 활성을 감소 또는 증가시키는 분자이다.
용어 "INHBE"와 상호교환되어 사용되는 본원에 사용된 "인히빈 서브유닛 베타 E"는, 전환 성장 인자-β (TGF-β) 부류에 속하는 성장 인자를 언급한다. INHBE mRNA는 간에서 우세하게 발현되고 (참조: Fang J. et al. Biochemical & Biophysical Res. Comm. 1997; 231(3):655-61), INHBE는 간 세포 성장 및 분화의 조절에 연관된다 (참조: Chabicovsky M. et al. Endocrinology. 2003; 144(8):3497-504). INHBE는 또한 인히빈 베타 E 쇄, 액티빈 베타 E, 인히빈 베타 E 서브유닛, 인히빈 베타 E, 및 MGC4638로서 공지되어 있다.
사람 INHBE mRNA 전사의 서열은, 예를 들면, 수탁번호 GI: 1877089956 (NM_031479.5; 서열번호 1; 역 상보성, 서열번호 2)에서 발견할 수 있다. 마우스 INHBE mRNA의 서열은, 예를 들면, 수탁번호 GI: 1061899809 (NM_008382.3; 서열번호 3; 역 상보성, 서열번호 4)에서 발견할 수 있다. 래트 INHBE mRNA의 서열은, 예를 들면, 수탁번호 GI: 148747589 (NM_031815.2; 서열번호 5; 역 상보성, 서열번호 6)에서 발견할 수 있다. 마카카 물라타(Macaca mulatta) INHBE mRNA의 예측된 서열은, 예를 들면, 수탁번호 GI: 1622845604 (XM_001115958.3; 서열번호 7; 역 상보성, 서열번호 8)에서 발견할 수 있다.
INHBE mRNA 서열의 추가적인 예는 공개적으로 이용 가능한 데이터베이스, 예를 들면, GenBank, UniProt, OMIM 및 마카크 원숭이(Macaca) 게놈 프로젝트 웹사이트를 통해 쉽게 이용 가능하다.
INHBE에 대한 추가 정보는, 예를 들면, www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=INHBE에서 확인할 수 있다.
전술한 GenBank 수탁번호 및 유전자 데이터베이스 번호 각각의 내용이 본 출원을 제출한 날짜를 기준으로 본원에 참조로서 포함된다.
본원에서 사용되는 용어 INHBE은 SNP 데이터베이스에 제공된 변이체를 포함하는 INHBE 유전자의 변이를 또한 언급한다. INHBE 유전자 내 수많은 서열 변이가 확인되었고, 예를 들면, NCBI dbSNP 및 UniProt에서 확인할 수 있다 (예를 들면, www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/?term=INHBE을 참조하고, 이의 전문이 본 출원을 제출한 날짜를 기준으로 본원에 참조로서 포함된다).
본원에서 사용되는 바와 같이, "표적 서열"은 일차 전사 생성물의 RNA 처리 생성물인 mRNA를 포함하는 INHBE 유전자의 전사 동안 형성된 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열의 연속 부분을 언급한다.
하나의 실시형태에서, 서열의 표적 부분은 INHBE 유전자의 전사 동안 형성된 mRNA 분자의 뉴클레오티드 서열 부분에서 또는 그 부분 근처에서 iRNA-지시된 절단을 위한 기질로 작용하기에 적어도 충분히 길 것이다. 또다른 실시형태에서, 표적 서열은 본 발명의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 특이적으로 하이브리드화되는 핵산 분자이다.
표적 서열은 길이가 약 19-36개의 뉴클레오티드, 예를 들면, 길이가 약 19-30개의 뉴클레오티드일 수 있다. 예를 들면, 표적 서열은 길이가 약 19-30개의 뉴클레오티드, 19-30, 19-29, 19-28, 19-27, 19-26, 19-25, 19-24, 19-23, 19-22, 19-21, 19-20, 20-30, 20-29, 20-28, 20-27, 20-26, 20-25, 20-24, 20-23, 20-22, 20-21, 21-30, 21-29, 21-28, 21-27, 21-26, 21-25, 21-24, 21-23, 또는 21-22개의 뉴클레오티드일 수 있다. 특정 실시형태에서, 표적 서열은 길이가 19-23개의 뉴클레오티드, 임의로 길이가 21-23개의 뉴클레오티드이다. 상기 언급된 범위 및 길이의 중간 범위 및 길이는 또한 본 개시의 일부로 고려된다.
본원에서 사용되는 용어 "서열을 포함하는 가닥"은 표준 뉴클레오티드 명명법을 사용하여 언급된 서열에 의해 기술된 뉴클레오티드의 쇄을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 언급한다.
"G," "C," "A," "T," 및 "U"는 일반적으로 염기로서 각각 구아닌, 시토신, 아데닌, 티미딘 및 우라실을 함유하는 뉴클레오티드를 각각 의미한다. 그러나, 용어 "리보뉴클레오티드" 또는 "뉴클레오티드"는 또한 하기에 추가로 상세히 설명되는 것과 같이 변형된 뉴클레오티드, 또는 대용 대체 모이어티(예를 들면, 표 1 참조)를 언급할 수 있음이 이해될 것이다. 당해 기술분야의 숙련가는 구아닌, 시토신, 아데닌, 및 우라실이 이러한 대체 모이어티를 보유하는 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드의 염기쌍 형성 특성을 실질적으로 변경하지 않고 다른 모이어티에 의해 대체될 수 있음을 잘 알고 있다. 예를 들면, 비제한적으로, 이노신을 이의 염기로 포함하는 뉴클레오티드는 아데닌, 시토신, 또는 우라실을 함유하는 뉴클레오티드와 염기쌍을 형성할 수 있다. 따라서, 우라실, 구아닌, 또는 아데닌을 함유하는 뉴클레오티드는 본 발명에서 특징화된 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드 서열에서, 예를 들면, 이노신을 함유하는 뉴클레오티드에 의해 대체될 수 있다. 또다른 예에서, 올리고뉴클레오티드의 어느 곳에서나 아데닌 및 시토신은 각각 구아닌 및 우라실로 대체되어 표적 mRNA와 G-U 워블 염기쌍을 형성할 수 있다. 이러한 대체 모이어티를 함유하는 서열은 본 발명에서 특징화된 조성물 및 방법에 적합하다.
본원에서 상호교환적으로 사용되는 용어 "iRNA", "RNAi 제제", "iRNA 제제", "RNA 간섭 제제"는 본원에 정의된 용어와 같은 RNA를 함유하고, RNA-유도성 침묵화 복합체(RISC) 경로를 통한 RNA 전사체의 표적화된 절단을 매개하는 제제를 언급한다. iRNA는 RNA 간섭(RNAi)으로 알려진 공정을 통해 mRNA의 서열-특이적 분해를 지시한다. iRNA는 세포, 예를 들면, 포유류 대상자와 같은 대상자 내 간 세포에서 INHBE 유전자의 발현을 조절, 예를 들면, 억제한다.
하나의 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 표적 RNA 서열, 예를 들면, INHBE 표적 mRNA 서열과 상호작용하여 표적 RNA의 절단을 지시하는 단일 가닥 RNA를 포함한다. 이론에 결부시키지 않고 세포 내로 도입된 긴 이중 가닥 RNA는 다이서(Dicer)로 알려진 III형 엔도뉴클레아제에 의해 siRNA로 분해되는 것으로 여겨진다 (참조: Sharp et al. (2001) Genes Dev. 15:485). 리보뉴클레아제-III형 효소인 다이서는 dsRNA를 특징적인 2개의 염기 3' 오버행을 갖는 19-23개 염기쌍의 짧은 간섭 dsRNA로 처리한다 (참조: Bernstein, et al., (2001) Nature 409:363). 그 다음 siRNA는 하나 이상의 헬리카제가 siRNA 듀플렉스를 푸는 RNA-유도성 침묵화 복합체(RISC)로 혼입되어, 상보적 안티센스 가닥이 표적 인식을 유도할 수 있도록 한다 (참조: Nykanen, et al., (2001) Cell 107:309). 적절한 표적 mRNA에 결합하면, RISC 내의 하나 이상의 엔도뉴클레아제는 표적을 절단하여 침묵화를 유도한다 (참조: Elbashir, et al., (2001) Genes Dev. 15:188). 따라서, 하나의 측면에서, 본 발명은 세포 내에서 생성되고 RISC 복합체의 형성을 촉진하여 표적 유전자, 즉, INHBE 유전자의 침묵화에 영향을 미치는 단일 가닥 RNA(siRNA)에 관한 것이다. 따라서, 용어 "siRNA"는 또한 전술한 것과 같은 iRNA를 언급하도록 본원에서 사용된다.
특정 실시형태에서, RNAi 제제는 표적 mRNA를 억제하기 위해 세포 또는 유기체 내로 도입되는 단일-가닥 siRNA(ssRNAi)일 수 있다. 단일-가닥 RNAi 제제는 RISC 엔도뉴클레아제, 아르고너트(Argonaute) 2에 결합하고, 이는 이어서 표적 mRNA를 절단한다. 단일-가닥 siRNA는 일반적으로 15-30개의 뉴클레오티드이고 화학적으로 변형된다. 단일-가닥 siRNA의 설계 및 시험은 미국 특허 8,101,348 및 문헌 (참조: Lima et al., (2012) Cell 150:883-894)에 기술되어 있고, 이의 각각의 전문은 본원에 참조로서 포함된다. 본 명세서에 기술된 임의의 안티센스 뉴클레오티드 서열은 본 명세서에 기술된 것과 같거나 문헌 (참조: Lima et al., (2012) Cell 150:883-894)에 기술된 방법에 의해 화학적으로 변형된 것과 같은 단일 가닥 siRNA으로서 사용될 수 있다.
특정 실시형태에서, 본 발명의 조성물, 용도, 및 방법에 사용하기 위한 "iRNA"는 이중 가닥 RNA이고, 본원에서 "이중 가닥 RNA 제제", "이중 가닥 RNA(dsRNA) 분자", "dsRNA 제제" 또는 "dsRNA"로 언급된다. 용어 "dsRNA"는 2개의 역평행하고 실질적으로 상보적인 핵산 가닥을 포함하는 듀플렉스 구조를 갖는 리보핵산 분자의 복합체를 언급하고, 표적 RNA, 즉, INHBE 유전자에 대해 "센스" 및 "안티센스" 배향을 갖는 것으로 언급된다. 본 발명의 일부 실시형태에서, 이중 가닥 RNA(dsRNA)는 본원에서 RNA 간섭 또는 RNAi로 지칭되는 전사후 유전자-침묵화 매커니즘을 통해 표적 RNA, 예를 들면, mRNA의 분해를 촉발한다.
일반적으로, 본 발명의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 분자의 각 가닥의 뉴클레오티드의 대부분은 리보뉴클레오티드지만, 본원에서 상세히 기술된 것과 같이, 각각 또는 양쪽 가닥은 또한 하나 이상의 비-리보뉴클레오티드, 예를 들면, 데옥시리보뉴클레오티드 또는 변형된 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 또한, 본 명세서에서 사용된 것과 같은 "iRNA" 또는 "안티센스 폴리뉴클레오티드 제제"는 화학적 변형을 갖는 리보뉴클레오티드를 포함할 수 있고; iRNA 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 다수의 뉴클레오티드에서 실질적인 변형을 포함할 수 있다. 본원에서 사용되는 용어 "변형된 뉴클레오티드"는, 독립적으로, 변형된 당 모이어티, 변형된 뉴클레오티드간 결합, 또는 변형된 뉴클레오염기, 또는 이의 임의의 조합을 갖는 뉴클레오티드를 언급한다. 따라서, 용어 변형된 뉴클레오티드는 뉴클레오사이드 간 결합, 당 모이어티 또는 뉴클레오염기에 대한, 예를 들면, 관능 그룹 또는 원자의 치환, 추가 또는 제거를 포함한다. 본 발명의 제제에 사용하기에 적합한 변형은 본원에서 개시되거나 당해 기술분야에 공지된 모든 유형의 변형을 포함한다. siRNA 유형의 분자에 사용된 것과 같은 임의의 이러한 변형은 본 명세서 및 청구범위의 목적을 위해 "iRNA" 또는 "RNAi 제제" 또는 "안티센스 폴리뉴클레오티드 제제"에 의해 포함된다.
본 개시의 특정 실시형태에서, 데옥시-뉴클레오티드가 RNAi 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제에 존재하는 경우, 이를 포함시키는 것은 변형된 뉴클레오티드를 구성하는 것으로서 간주될 수 있다.
RNAi 제제의 듀플렉스 영역은 RISC 경로를 통해 바람직한 표적 RNA의 특이적 분해를 허용하는 임의의 길이일 수 있고, 길이가 약 19 내지 36개의 염기쌍, 예를 들면, 길이가 약 19-30개의 염기쌍, 예를 들면, 길이가 약 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 또는 36개의 염기쌍, 예를 들면, 길이가 약 19-30, 19-29, 19-28, 19-27, 19-26, 19-25, 19-24, 19-23, 19-22, 19-21, 19-20, 20-30, 20-29, 20-28, 20-27, 20-26, 20-25, 20-24, 20-23, 20-22, 20-21, 21-30, 21-29, 21-28, 21-27, 21-26, 21-25, 21-24, 21-23, 또는 21-22개의 염기쌍 범위일 수 있다. 특정 실시형태에서, 듀플렉스 영역은 길이가 19-21개의 염기쌍, 예를 들면, 길이가 21개의 염기쌍이다. 상기 언급된 범위 및 길이의 중간 범위 및 길이는 또한 본 개시의 일부로 고려된다.
RNAi 분자의 듀플렉스 구조를 형성하는 2개의 가닥은 하나의 더 큰 RNA 분자의 상이한 부분일 수 있거나, 이들은 별개의 RNA 분자일 수 있다. 2개의 가닥이 하나의 더 큰 분자의 일부이고, 따라서 듀플렉스 구조를 형성하는 하나의 가닥의 3'-말단과 별개의 다른 가닥의 5'-말단 사이에 뉴클레오티드의 연속된 쇄에 의해 연결되어 있는 경우, 연결 RNA 쇄는 "헤어핀 루프"로서 언급된다. 헤어핀 루프는 적어도 하나의 쌍을 형성하지 않는 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 헤어핀 루프는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 20, 23개 이상의 쌍을 형성하지 않는 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 헤어핀 루프는 10개 이하의 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 실시형태에서, 헤어핀 루프는 8개 이하의 쌍을 형성하지 않는 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 실시형태에서, 헤어핀 루프는 4-10개의 쌍을 형성하지 않는 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 실시형태에서, 헤어핀 루프는 4-8개의 뉴클레오티드일 수 있다.
dsRNA의 실질적으로 상보적인 2개의 가닥이 별개의 RNA 분자에 의해 포함된 경우, 이들 분자는 그럴 필요는 없지만 공유 결합될 수 있다. 2개의 가닥이 듀플렉스 구조를 형성하는 하나의 가닥의 3'-말단과 별개의 다른 가닥의 5'-말단 사이에 뉴클레오티드의 연속적인 쇄 이외의 수단에 의해 공유적으로 결합되어 있는 경우, 결합 구조가 "링커"로 언급된다. RNA 가닥은 동일하거나 상이한 수의 뉴클레오티드를 가질 수 있다. 염기쌍의 최대 수는 dsRNA의 최단 가닥에서 듀플렉스 내에 존재하는 임의의 오버행을 제외한 뉴클레오티드의 수이다. 듀플렉스 구조 이외에, RNAi는 하나 이상의 뉴클레오티드 오버행을 포함할 수 있다. RNAi 제제의 하나의 실시형태에서, 적어도 하나의 가닥은 적어도 1개의 뉴클레오티드의 3' 오버행을 포함한다. 또다른 실시형태에서, 적어도 하나의 가닥은 적어도 2개의 뉴클레오티드, 예를 들면, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15개의 뉴클레오티드의 3' 오버행을 포함한다. 다른 실시형태에서, RNAi 제제의 적어도 하나의 가닥은 적어도 1개의 뉴클레오티드의 5' 오버행을 포함한다. 특정 실시형태에서, 적어도 하나의 가닥은 적어도 2개의 뉴클레오티드, 예를 들면, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 또는 15개의 뉴클레오티드의 5' 오버행을 포함한다. 또다른 실시형태에서, RNAi 제제의 하나의 가닥의 3' 및 5'-말단 둘 모두는 적어도 1개의 뉴클레오티드의 오버행을 포함한다.
특정 실시형태에서, 본 발명의 iRNA 제제는 dsRNA이고, 이의 각각의 가닥은 표적 RNA 서열, 예를 들면, INHBE 유전자와 상호작용하여 표적 RNA의 절단을 지시하는 19-23개의 뉴클레오티드를 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 발명의 iRNA는 표적 RNA 서열, 예를 들면, INHBE 표적 mRNA 서열과 상호작용하여 표적 RNA의 절단을 지시하는 24-30개의 뉴클레오티드의 dsRNA이다.
본원에서 사용되는 용어 "뉴클레오티드 오버행"은 이중 가닥 iRNA의 듀플렉스 구조로부터 돌출된 적어도 하나의 쌍을 형성하지 않는 뉴클레오티드를 언급한다. 예를 들면, dsRNA의 하나의 가닥의 3'-말단이 다른 가닥의 5'-말단을 넘어 확장되거나, 또는 그 반대의 경우에, 뉴클레오티드 오버행이 존재한다. dsRNA는 적어도 하나의 뉴클레오티드의 오버행을 포함할 수 있고; 대안적으로, 오버행은 적어도 2개의 뉴클레오티드, 적어도 3개의 뉴클레오티드, 적어도 4개의 뉴클레오티드, 적어도 5개의 뉴클레오티드 또는 그 이상을 포함할 수 있다. 뉴클레오티드 오버행은 데옥시뉴클레오티드/뉴클레오시드를 포함하는 뉴클레오티드/뉴클레오시드 유사체를 포함하거나 이로 이루어질 수 있다. 오버행(들)은 센스 가닥, 안티센스 가닥, 또는 이들의 임의의 조합 상에 있을 수 있다. 또한, 오버행의 뉴클레오티드(들)는 dsRNA의 안티센스 또는 센스 가닥 중 어느 하나의 5'-말단, 3'-말단 또는 양쪽 말단 상에 존재할 수 있다.
하나의 실시형태에서, dsRNA의 안티센스 가닥은 3'-말단 또는 5'-말단에서 오버행된, 1-10개의 뉴클레오티드, 예를 들면, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 뉴클레오티드를 갖는다. 하나의 실시형태에서, dsRNA의 센스 가닥은 3'-말단 또는 5'-말단에서 오버행된, 1-10개의 뉴클레오티드, 예를 들면, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 뉴클레오티드를 갖는다. 또다른 실시형태에서, 오버행에서 하나 이상의 뉴클레오티드는 뉴클레오시드 티오포스페이트로 대체된다.
특정 실시형태에서, dsRNA의 안티센스 가닥은 3'-말단 또는 5'-말단에서 오버행된, 1-10개의 뉴클레오티드, 예를 들면, 0-3, 1-3, 2-4, 2-5, 4-10, 5-10, 예를 들면, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 뉴클레오티드를 갖는다. 하나의 실시형태에서, dsRNA의 센스 가닥은 3'-말단 또는 5'-말단에서 오버행된, 1-10개의 뉴클레오티드, 예를 들면, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 뉴클레오티드를 갖는다. 또다른 실시형태에서, 오버행에서 하나 이상의 뉴클레오티드는 뉴클레오시드 티오포스페이트로 대체된다.
특정 실시형태에서, dsRNA의 안티센스 가닥은 3'-말단 또는 5'-말단에서 돌출된 1-10개의 뉴클레오티드, 예를 들면, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 뉴클레오티드를 갖는다. 특정 실시형태에서, 센스 가닥 또는 안티센스 가닥, 또는 둘 모두 상의 오버행은 10개의 뉴클레오티드보다 더 긴, 예를 들면, 길이가 1-30개의 뉴클레오티드, 2-30개의 뉴클레오티드, 10-30개의 뉴클레오티드, 10-25개의 뉴클레오티드, 10-20개의 뉴클레오티드, 또는 10-15개의 뉴클레오티드보다 연장된 길이를 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서, 연장된 오버행은 듀플렉스의 센스 가닥 상에 존재한다. 특정 실시형태에서, 연장된 오버행은 듀플렉스의 센스 가닥의 3'-말단 상에 존재한다. 특정 실시형태에서, 연장된 오버행은 듀플렉스의 센스 가닥의 5'-말단 상에 존재한다. 특정 실시형태에서, 연장된 오버행은 듀플렉스의 안티센스 가닥 상에 존재한다. 특정 실시형태에서, 연장된 오버행은 듀플렉스의 안티센스 가닥의 3'-말단 상에 존재한다. 특정 실시형태에서, 연장된 오버행은 듀플렉스의 안티센스 가닥의 5'-말단 상에 존재한다. 특정 실시형태에서, 연장된 오버행에서 하나 이상의 뉴클레오티드는 뉴클레오시드 티오포스페이트로 대체된다. 특정 실시형태에서, 오버행은 오버행이 생리학적 조건 하에서 안정한 헤어핀 구조를 형성할 수 있도록 자체-상보적인 부분을 포함한다.
"둔화(blunt)" 또는 "둔화 말단(blunt end)"은 이중 가닥 RNA 제제의 그 말단에 짝을 형성하지 않는 뉴클레오티드가 없음을, 즉, 뉴클레오티드 오버행이 없음을 의미한다. "둔화 말단" 이중 가닥 RNA 제제는 이의 전체 길이에 걸친 이중 가닥으로, 즉, 분자의 어느 하나의 말단에 뉴클레오티드 오버행이 없다. 본 발명의 RNAi 제제는 하나의 말단에 뉴클레오티드 오버행이 없거나(즉, 하나의 오버행 및 하나의 둔화 말단을 갖는 제제) 어느 하나의 말단에 뉴클레오티드 오버행이 없는 RNAi 제제를 포함한다. 가장 흔하게, 이러한 분자는 이의 전체 길이에 걸친 이중 가닥일 것이다.
용어 "안티센스 가닥" 또는 "가이드 가닥"은 iRNA, 예를 들면, dsRNA의 가닥을 언급하고, 이는 표적 서열, 예를 들면, INHBE mRNA에 실질적으로 상보적인 영역을 포함한다.
본 명세서에 사용되는 "상보성 영역"은 표적 서열과 같은 서열, 예를 들면, 본원에 정의된 것과 같은 INHBE 뉴클레오티드 서열에 실질적으로 상보적인 dsRNA 제제의 안티센스 가닥 상의 영역 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 영역을 언급한다. 상보성 영역이 표적 서열에 완전히 상보적이지 않은 경우, 미스매치는 분자의 내부 또는 말단 영역에 존재할 수 있다. 일반적으로, 가장 허용되는 미스매치는 말단 영역, 예를 들면, iRNA의 5'- 또는 3'-말단의 5, 4, 또는 3개의 뉴클레오티드 내에 존재한다. 일부 실시형태에서, 본 발명의 이중 가닥 RNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 안티센스 가닥 내에 뉴클레오티드 미스매치를 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 발명의 이중 가닥 RNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 안티센스 가닥은 표적 mRNA와 4개 이하의 미스매치를 포함하는데, 예를 들면, 안티센스 가닥은 표적 mRNA와 4, 3, 2, 1, 또는 0개 미스매치를 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 발명의 안티센스 가닥 이중 가닥 RNA 제제는 센스 가닥과 4개 이하의 미스매치를 포함하고, 예를 들면, 안티센스 가닥은 센스 가닥과 4, 3, 2, 1, 또는 0개 미스매치를 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 발명의 이중 가닥 RNA 제제는 센스 가닥 내에 뉴클레오티드 미스매치를 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 발명의 이중 가닥 RNA 제제의 센스 가닥은 안티센스 가닥과 4개 이하의 미스매치를 포함하고, 예를 들면, 센스 가닥은 안티센스 가닥과 4, 3, 2, 1, 또는 0개 미스매치를 포함한다. 일부 실시형태에서, 뉴클레오티드 미스매치는, 예를 들면, iRNA의 3'-말단으로부터 5, 4, 3개의 뉴클레오티드 내에 존재한다. 또다른 실시형태에서, 뉴클레오티드 미스매치는, 예를 들면, iRNA 제제의 3'-말단 뉴클레오티드 내에 존재한다. 일부 실시형태에서, 미스매치(들)는 씨드 영역 내에 있지 않다.
따라서, 본원에 기술된 RNAi 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 표적 서열에 대해 하나 이상의 미스매치를 함유할 수 있다. 하나의 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 RNAi 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 3개 이하의 미스매치(즉, 3, 2, 1, 또는 0개 미스매치)를 함유한다. 하나의 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 RNAi 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2개 이하의 미스매치를 함유한다. 하나의 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 RNAi 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 1개 이하의 미스매치를 함유한다. 하나의 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 RNAi 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 0개의 미스매치를 함유한다. 특정 실시형태에서, RNAi 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 안티센스 가닥이 표적 서열에 대해 미스매치를 함유하는 경우, 미스매치는 임의로 상보성 영역의 5'-말단 또는 3'-말단으로부터 마지막 5개의 뉴클레오티드 내에 있는 것으로 제한될 수 있다. 예를 들면, 이러한 실시형태에서, 23개의 뉴클레오티드 RNAi 제재의 경우, INHBE 유전자의 영역에 상보적인 가닥은 일반적으로 중앙 13개의 뉴클레오티드 내에 임의의 미스매치를 함유하지 않는다. 본 명세서에 기술된 방법 또는 당해 기술분야에 공지된 방법을 사용하여, 표적 서열에 대해 미스매치를 함유하는 RNAi 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 INHBE 유전자의 발현을 억제하는 데 효과적인지를 결정할 수 있다. INHBE 유전자의 발현을 억제하는 데 있어서 미스매치를 갖는 RNAi 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 효능을 고려하는 것이 중요하고, INHBE 유전자 내 특정 상보성 영역이 집단 내 다형성 서열 변화를 갖는 것으로 공지된 경우 특히 그러하다.
본원에서 사용되는 용어 "센스 가닥" 또는 "패신저 가닥"은 그 용어가 본원에 정의된 것과 같은 안티센스 가닥의 영역에 실질적으로 상보적인 영역을 포함하는 iRNA의 가닥을 언급한다.
본원에서 사용되는 "실질적으로 모든 뉴클레오티드가 변형된"은 대부분 변형되지만 전부 변형되지는 않고, 5, 4, 3, 2, 또는 1개 이하의 변형되지 않은 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
본원에서 사용되는 용어 "절단 영역"은 절단 부위에 바로 근접하여 위치하는 영역을 언급한다. 일부 실시형태에서, 절단 부위는 절단이 일어나는 표적 상의 부위이다. 일부 실시형태에서, 절단 영역은 절단 부위의 어느 하나의 말단 상에 있고 이에 바로 인접한 3개의 염기를 포함한다. 일부 실시형태에서, 절단 영역은 절단 부위의 어느 하나의 말단 상에 있고 이에 바로 인접한 2개의 염기를 포함한다. 일부 실시형태에서, 절단 부위는 구체적으로 안티센스 가닥의 뉴클레오티드 10 및 11에 의해 결합되는 부위에서 발생하고, 절단 영역은 뉴클레오티드 11, 12 및 13을 포함한다.
본원에서 사용되는 그리고 달리 명시되지 않는 한, 용어 "상보적"은 두번째 뉴클레오티드 서열과 관련하여 첫번째 뉴클레오티드 서열을 설명하는 데 사용될 때, 당해 기술분야의 숙련가에 의해 이해될 수 있는 것과 같이, 첫번째 뉴클레오티드 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드의 두번째 뉴클레오티드 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드와 특정한 조건 하에서 듀플렉스 구조를 혼성화하고 형성하는 능력을 언급한다. 이러한 조건은, 예를 들면, 엄격한 조건일 수 있고, 여기서, 엄격한 조건은 다음을 포함할 수 있다: 400mM NaCl, 40mM PIPES pH 6.4, 1mM EDTA, 세척 후 12-16시간 동안 50℃ 또는 70℃(예를 들면, 문헌 참조: "Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Sambrook, et al. (1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press). 유기체 내에서 직면할 수 있는 생리학적으로 관련된 조건과 같은 다른 조건들이 적용될 수 있다. 당해 기술분야의 숙련가는 혼성화된 뉴클레오티드의 궁극적인 적용에 따라 2개 서열의 상보성 시험에 가장 적합한 조건들의 세트를 결정할 수 있을 것이다.
본 명세서에 기술된 것과 같은 상보적인 서열은, 하나 또는 둘 모두의 뉴클레오티드 서열의 전체 길이에 걸쳐 두번째 뉴클레오티드 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드에 대한 첫번째 뉴클레오티드 서열을 포함하는 올리고뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드의 염기쌍 형성을 포함한다. 이러한 서열은 본원에서 서로에 대해 "완전한 상보적"인 것으로 지칭될 수 있다. 그러나, 첫번째 서열이 본 명세서의 두번째 서열과 관련하여 "실질적으로 상보적"인 것으로 언급되는 경우, 2개의 서열은 완전히 상보적일 수 있거나, 이들은 최대 30개 염기쌍의 듀플렉스에 대한 혼성화 시, 하나 이상, 그러나 일반적으로 5, 4, 3, 또는 2개 이하의 미스매칭된 염기쌍을 형성할 수 있는 한편, 이들의 궁극적인 적용, 예를 들면, 시험관 내 또는 생체 내 유전자 발현의 억제와 가장 관련된 조건 하에서 혼성화하는 능력은 유지한다. 그러나, 2개의 올리고뉴클레오티드가 혼성화 시, 하나 이상의 단일 가닥 오버행을 형성하도록 설계된 경우, 이러한 오버행은 상보성 결정과 관련하여 미스매치로서 간주되지 않아야 한다. 예를 들면, 보다 긴 올리고뉴클레오티드가 보다 짧은 올리고뉴클레오티드에 완전히 상보적인 21개의 뉴클레오티드의 서열을 포함하는, 길이가 21개의 뉴클레오티드인 하나의 올리고뉴클레오티드 및 길이가 23개의 뉴클레오티드인 또다른 올리고뉴클레오티드를 포함하는 dsRNA는 본 명세서에 기술된 목적을 위해 "완전히 상보적"인 것으로 지칭될 수 있다.
본 명세서에 사용된 "상보적" 서열은 또한 혼성화하는 이들의 능력과 관련하여 위의 요건이 충족되는 한, 비-왓슨-크릭(non-Watson-Crick) 염기쌍 또는 비-천연 및 변형된 뉴클레오티드로부터 형성된 염기쌍을 포함하거나 이들로부터 전적으로 형성될 수 있다. 이러한 비-왓슨-크릭 염기쌍은, 이에 제한되지 않지만, G:U 워블(Wobble) 또는 후그슈타인(Hoogsteen) 염기쌍 형성을 포함한다.
이들 사용의 문맥으로부터 이해되는 것과 같이, 본 명세서의 용어 "상보적인", "완전한 상보적인", 및 "실질적으로 상보적인"은 dsRNA의 센스 가닥과 안티센스 가닥 사이, 또는 2개의 올리고뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드 사이, 예를 들면, 이중 가닥 RNA 제제의 안티센스 가닥과 표적 서열 사이의 염기 매칭과 관련해 사용될 수 있다.
본원에서 사용되는 바과 같이, 메신저 RNA(mRNA)의 "적어도 일부에 실질적으로 상보적"인 폴리뉴클레오티드는 관심 대상 mRNA(예를 들면, INHBE 유전자를 암호화하는 mRNA)의 연속 부분에 실질적으로 상보적인 폴리뉴클레오티드를 언급한다. 예를 들면, 폴리뉴클레오티드는 서열이 INHBE 유전자를 암호화하는 mRNA의 비-중단 부분에 실질적으로 상보적인 경우 INHBE mRNA의 적어도 일부에 상보적이다.
따라서, 일부 실시형태에서, 본원에서 개시된 안티센스 폴리뉴클레오티드는 표적 INHBE 서열에 완전히 상보적이다. 다른 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 안티센스 폴리뉴클레오티드는 표적 INHBE 서열에 실질적으로 상보적이고, 서열번호 1, 3, 5, 7, 또는 9 중 어느 하나의 뉴클레오티드 서열의 동등한 영역, 또는 서열번호 1, 3, 5, 7, 또는 9 중 어느 하나의 단편에 대해 전체 길이에 걸쳐 적어도 80% 상보적인, 예를 들면, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 또는 약 99% 상보적인 연속 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
다른 실시형태에서, 본 명세서에 개시된 안티센스 폴리뉴클레오티드는 표적 INHBE 서열에 실질적으로 상보적이고, 그의 전체 길이에 걸쳐 표 2-5 중 어느 하나의 센스 가닥 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나, 또는 표 2-5 중 어느 하나의 센스 가닥 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나의 단편에 적어도 약 80% 상보적인, 예를 들면, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 100% 상보적인 연속 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
하나의 실시형태에서, 본 개시의 RNAi 제제는 표적 INHBE 서열과 궁극적으로 동일한 안티센스 폴리뉴클레오티드에 실질적으로 상보적인 센스 가닥을 포함하고, 여기서, 센스 가닥 폴리뉴클레오티드는 서열번호 2, 4, 6, 8, 또는 10의 뉴클레오티드 서열과 동등한 영역, 또는 서열번호 2, 4, 6, 8, 또는 10 중 어느 하나의 단편에 대해 전체 길이에 걸쳐 적어도 80% 상보적인, 예를 들면, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 100% 상보적인 연속 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 발명의 iRNA는 결국 표적 INHBE 서열에 상보적인 안티센스 폴리뉴클레오티드에 실질적으로 상보적인 센스 가닥을 포함하고, 여기서, 센스 가닥 폴리뉴클레오티드는 그의 전체 길이에 걸쳐 표 2-3 중 어느 하나의 안티센스 가닥 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나, 또는 표 2-3 중 어느 하나의 안티센스 가닥 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나의 단편에 적어도 약 80% 상보적인, 예를 들면, 약 85%, 약 90%, 약 91%, 약 92%, 약 93%, 약 94%, 약 95%, 약 96%, 약 97%, 약 98%, 약 99%, 또는 100% 상보적인 연속 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
일반적으로, "iRNA"는 화학적 변형을 갖는 리보뉴클레오티드를 포함한다. 이러한 변형은 본 명세서에 개시되거나 당해 기술분야에 공지된 모든 유형의 변형을 포함할 수 있다. dsRNA 분자에 사용된 것과 같은 임의의 이러한 변형은 본 명세서 및 청구범위의 목적을 위해 "iRNA"에 의해 포함된다.
본 개시의 특정 실시형태에서, 데옥시-뉴클레오티드가 RNAi 제제에 존재하는 경우, 이를 포함시키는 것은 변형된 뉴클레오티드를 구성하는 것으로서 간주될 수 있다.
본원에 상호교환되어 사용되는 용어 "폴리뉴클레오티드 제제", "안티센스 폴리뉴클레오티드 제제" "안티센스 화합물", 및 "제제"는, 본원에 정의된 RNA를 포함하고 INHBE를 암호화하는 핵산 분자를 표적화하는 단일-가닥 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제제를 언급한다 (예를 들면, 서열번호 1, 3, 5, 7, 또는 9 중 어느 하나에 제공된 INHBE를 암호화하는 mRNA). 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 표적 핵산 분자에 수소 결합 (예를 들면, 왓슨-크릭, 후그슈타인, 또는 역전 후그슈타인 수소 결합)을 통해 특이적으로 결합하고, 표적화된 핵산의 정상 기능을 간섭한다 (예를 들면, 작용의 안티센스 기전에 의해). 본 발명의 폴리뉴클레오티드 제제에 의한 표적 핵산의 기능의 이러한 간섭 또는 조절은 "안티센스 억제"로서 언급된다.
간섭되는 표적 핵산 분자의 기능은, 단백질 번역의 위치에 RNA의 전위, RNA로부터 단백질의 번역, 하나 이상의 mRNA 종을 수득하는 RNA의 스플라이싱, 및 RNA에서 인게이징되거나 이에 의해 촉진될 수 있는 촉매 활성과 같은 기능을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 안티센스 억제는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 부재하에 표적 핵산 수준 또는 표적 단백질 수준과 비교하여 표적 핵산에 상보성인 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 존재하에 세포에서, 예를 들면, 대상자, 예를 들면, 포유류 대상자 내 세포에서 표적 핵산 수준 또는 표적 단백질 수준의 "발현의 억제"를 언급한다. 예를 들면, 본 발명의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 mRNA에 대한 염기쌍 형성 및 번역 기계를 물리적으로 방해함으로써 화학량론적 방식으로 번역을 억제할 수 있다 (참조: Dias, N. et al., (2002) Mol Cancer Ther 1:347-355).
용어 "항체"는 본원에 가장 넓은 의미로 사용되고, 항원 또는 에피토프에 특이적으로 결합하는 하나 이상의 항원-결합 도메인을 포함하는 특정 유형의 면역글로불린 분자를 포함한다. 본원에 사용된 용어 항체는 단일 도메인 항체 (sdAb)의 적어도 상보성-결정 영역 (CDR) 1, CDR2, 및 CDR3을 포함하는 분자를 언급하고, 여기서, 분자는 항원에 결합할 수 있다. 용어 항체는 또한 중쇄의 적어도 CDR1, CDR2, 및 CDR3 및 경쇄의 CDR1, CDR2, 및 CDR3을 포함하는 분자를 언급하고, 여기서, 분자는 항원에 결합할 수 있다. 용어 항체는 또한 항원, 예를 들면, Fv, 단-쇄 Fv (scFv), Fab, Fab', 및 (Fab')2에 결합할 수 있는 단편을 포함한다. 용어 항체는 또한 키메라 항체, 사람화 항체, 및 다양한 종, 예를 들면, 마우스, 사람, 시노몰구스 원숭이, 라마, 낙타 등의 항체를 포함한다. 상기 용어는 또한 다가 항체, 예를 들면, 2가 또는 4가 항체를 포함한다. 다가 항체는, 예를 들면, 다중 항원 결합 (CDR-함유) 도메인을 포함하는 단일 폴리펩티드 쇄, 뿐만 아니라 2개 이상의 폴리펩티드 쇄를 포함하고, 각각은 하나 이상의 항원 결합 도메인을 포함하고, 이러한 2개 이상의 폴리펩티드 쇄는, 예를 들면, 디설파이드 결합(들)을 형성할 수 있는 힌지 영역 또는 임의의 다른 공유 또는 비-공유 상호작용을 통해 서로 연관된다.
본원에 사용된 용어 "중쇄 가변 영역"은 중쇄 CDR1, 프레임워크 (FR) 2, CDR2, FR3, 및 CDR3을 포함하는 영역을 언급한다. 일부 실시형태에서, 중쇄 가변 영역은 또한 FR1의 적어도 일부 및/또는 FR4의 적어도 일부를 포함한다. 일부 실시형태에서, 중쇄 CDR1은 Kabat 잔기 26 내지 35에 상응하고; 중쇄 CDR2는 Kabat 잔기 50 내지 65에 상응하고; 중쇄 CDR3은 Kabat 잔기 95 내지 102에 상응한다. 예를 들면, 문헌 (참조: Kabat Sequences of Proteins of Immunological Interest (1987 and 1991, NIH, Bethesda, Md.)); 및 도 1을 참조한다. 일부 실시형태에서, 중쇄 CDR1은 Kabat 잔기 31 내지 35에 상응하고; 중쇄 CDR2는 Kabat 잔기 50 내지 65에 상응하고; 중쇄 CDR3은 Kabat 잔기 95 내지 102에 상응한다. id를 참조한다.
본원에 사용된 용어 "중쇄 불변 영역"은 적어도 3개의 중쇄 불변 도메인, CH1, CH2, 및 CH3을 포함하는 영역을 언급한다. 비제한적인 예시적인 중쇄 불변 영역은 γ, δ, 및 α를 포함한다. 비제한적인 예시적인 중쇄 불변 영역은 또한 ε 및 μ를 포함한다. 각각의 경쇄 불변 영역은 항체 이소형에 상응한다. 예를 들면, γ 불변 영역을 포함하는 항체는 IgG 항체이고, δ 불변 영역을 포함하는 항체는 IgD 항체이고, α 불변 영역을 포함하는 항체는 IgA 항체이다. 추가로 μ 불변 영역을 포함하는 항체는 IgM 항체이고, ε 불변 영역을 포함하는 항체는 IgE 항체이다. 특정 이소형은 추가로 하위부류로 세분될 수 있다. 예를 들면, IgG 항체는, 이에 제한되는 것은 아니지만, IgG1 (γ1 불변 영역 포함), IgG2 (γ2 불변 영역 포함), IgG3 (γ3 불변 영역 포함), 및 IgG4 (γ4 불변 영역 포함) 항체를 포함하고; IgA 항체는, 이에 제한되는 것은 아니지만, IgA1 (α1 불변 영역 포함) 및 IgA2 (α2 불변 영역 포함) 항체를 포함하고; IgM 항체는, 이에 제한되는 것은 아니지만, IgM1 및 IgM2를 포함한다.
본원에 사용된 용어 "중쇄" (HC로 축약됨)는 리더 서열의 존재 또는 부재하에 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함하는 폴리펩티드를 언급한다. 일부 실시형태에서, 중쇄는 중쇄 불변 영역의 적어도 일부를 포함한다. 본원에 사용된 용어 "전체-길이 중쇄"는 리더 서열의 존재 또는 부재하에 중쇄 가변 영역 및 중쇄 불변 영역을 포함하는 폴리펩티드를 언급한다.
본원에 사용된 용어 "경쇄 가변 영역"은 경쇄 CDR1, 프레임워크 (FR)2, CDR2, FR3, 및 CDR3을 포함하는 영역을 언급한다. 일부 실시형태에서, 경쇄 가변 영역은 또한 FR1 및/또는 FR4를 포함한다. 일부 실시형태에서, 경쇄 CDR1은 Kabat 잔기 24 내지 34에 상응하고; 경쇄 CDR2는 Kabat 잔기 50 내지 56에 상응하고; 경쇄 CDR3은 Kabat 잔기 89 내지 97에 상응한다. 예를 들면, 문헌[참조: Kabat Sequences of Proteins of Immunological Interest (1987 and 1991, NIH, Bethesda, Md.)]을 참조한다.
본원에 사용된 용어 "경쇄 불변 영역"은 경쇄 불변 도메인, CL을 포함하는 영역을 언급한다. 비제한적인 예시적인 경쇄 불변 영역은 λ 및 κ를 포함한다.
본원에 사용된 용어 "경쇄" (LC로 축약됨)는 리더 서열의 존재 또는 부재하에 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함하는 폴리펩티드를 언급한다. 일부 실시형태에서, 경쇄는 경쇄 불변 영역의 적어도 일부를 포함한다. 본원에 사용된 용어 "전체-길이 경쇄"는 리더 서열의 존재 또는 부재하에 경쇄 가변 영역 및 경쇄 불변 영역을 포함하는 폴리펩티드를 언급한다.
본원에 사용된 "단리된 항체"는 상이한 항원 특이성을 갖는 다른 항체가 실질적으로 없는 항체를 언급한다 (예를 들면, INHBE에 특이적으로 결합하는 단리된 항체는 INHBE 이외의 항원에 특이적으로 결합하는 항체가 실질적으로 없다). 그러나, INHBE에 특이적으로 결합하는 단리된 항체는, 다른 항원, 예를 들면, 다른 종으로부터 INHBE 분자에 대해 교차-반응성을 가질 수 있다. 또한, 단리된 항체는 세포 물질 및/또는 화학물질이 실질적으로 없을 수 있다.
본원에 사용된 "키메라 항체"는 첫번째 종 (예를 들면, 마우스, 래트, 시노몰구스 원숭이 등)으로부터 적어도 하나의 가변 영역 및 두번째 종 (예를 들면, 사람, 시노몰구스 원숭이 등)으로부터 적어도 하나의 불변 영역을 포함하는 항체를 언급한다. 일부 실시형태에서, 키메라 항체는 적어도 하나의 마우스 가변 영역 및 적어도 하나의 사람 불변 영역을 포함한다. 일부 실시형태에서, 키메라 항체는 적어도 하나의 시노몰구스 가변 영역 및 적어도 하나의 사람 불변 영역을 포함한다. 일부 실시형태에서, 키메라 항체는 적어도 하나의 래트 가변 영역 및 적어도 하나의 마우스 불변 영역을 포함한다. 일부 실시형태에서, 키메라 항체의 모든 가변 영역은 첫번째 종에서 유래되고, 키메라 항체의 모든 불변 영역는 두번째 종에서 유래된다.
본원에 사용된 "사람화 항체"는, 비-사람 가변 영역의 프레임워크 영역에서 적어도 하나의 아미노산이 사람 가변 영역으로부터 상응하는 아미노산으로 대체된 항체를 언급한다. 일부 실시형태에서, 사람화 항체는 적어도 하나의 사람 불변 영역 또는 이의 단편을 포함한다. 일부 실시형태에서, 사람화 항체는 sdAb, Fab, scFv, (Fab')2 등이다. 사람화 항체는 IgM, IgG, IgD, IgA 및 IgE, 및 임의의 이소형을 포함하는 면역글로불린의 임의의 부류로부터 선택될 수 있고, 제한없이, IgG1, IgG2, IgG3 및 IgG4를 포함한다. 사람화 항체는 하나 초과의 부류 또는 이소형으로부터 서열을 포함할 수 있고, 특정 불변 도메인은 당해 기술분야에 잘 공지된 기술을 사용하여 목적하는 이펙터 기능을 최적화하기 위해 선택될 수 있다.
본원에 사용된 "사람 항체"는 사람에서 생성된 항체, 사람 면역글로불린 유전자, 예를 들면, XenoMouse®를 포함하는 비-사람 동물에서 생성된 항체 및 시험관내 방법, 예를 들면, 파지 디스플레이를 사용하여 선택된 항체를 언급하고, 여기서, 항체 레퍼토리는 사람 면역글로불린 서열을 기초로 한다.
용어 "INHBE에 특이적으로 결합하는 항체, 또는 이의 항원 결합 단편" 또는 본원에 상호교환되어 사용되는 "항-INHBE 항체 또는 이의 항원 결합 단편"은, INHBE, 예를 들면, 사람 INHBE에 특이적으로 결합하는 항체, 또는 이의 항원 결합 단편을 언급한다. 특정 항원, 즉, INHBE"에 결합하는" 항체는, 항체가 항원을 발현하는 세포를 표적화하는데 유용하기 위해 충분한 친화도로 항원에 결합할 수 있는 것이다. 특정 실시형태에서, 항체는 사람 INHBE에 특이적으로 결합한다. 달리 지시하지 않는 한, 용어 "항-INHBE 항체"는 야생형 INHBE에 결합하는 항체, INHBE의 변종, 또는 이소형을 언급하는 것을 의미한다.
하나의 실시형태에서, 본원에 사용된 구절 "INHBE에 특이적으로 결합하는" 또는 "INHBE에 대한 특이적 결합"은, 항-INHBE 항체가 INHBE과 약 2,000 nM 이하, 약 1,000 nM 이하, 약 500 nM 이하, 약 200 nM 이하, 약 100 nM 이하, 약 75 nM 이하, 약 25 nM 이하, 약 21 nM 이하, 약 12 nM 이하, 약 11 nM 이하, 약 10 nM 이하, 약 9 nM 이하, 약 8 nM 이하, 약 7 nM 이하, 약 6 nM 이하, 약 5 nM 이하, 약 4 nM 이하, 약 3 nM 이하, 약 2 nM 이하, 약 1 nM 이하, 약 0.5 nM 이하, 약 0.3 nM 이하, 약 0.1 nM 이하, 약 0.01 nM 이하, 또는 약 0.001 nM 이하의 해리 상수 (KD)로 상호작용하는 능력을 언급한다. 또다른 실시형태에서, 본원에 사용된 구절 "INHBE에 특이적으로 결합하는" 또는 "INHBE에 대한 특이적 결합"은, 항-INHBE 항체가 INHBE과 약 1 pM (0.001 nM) 내지 2,000 nM, 약 500 pM (0.5 nM) 내지 1,000 nM, 약 500 pM (0.5 nM) 내지 500 nM, 약 1 nM) 내지 200 nM, 약 1 nM 내지 100 nM, 약 1 nM 내지 50 nM, 약 1 nM 내지 20 nM, 또는 약 1 nM 내지 5 nM의 해리 상수 (KD)로 상호작용하는 능력을 언급한다. 하나의 실시형태에서, KD는 표면 플라스몬 공명으로 또는 당해 기술분야에 공지된 임의의 다른 방법으로 측정한다.
용어 "Kabat 넘버링", "Kabat 정의", 및 "Kabat 라벨링"은 본원에 상호교환되어 사용한다. 당해 기술분야에서 인식되는 상기 용어는, 항체, 또는 이의 항원 결합 부분의 중쇄 및 경쇄 가변 영역에서 다른 아미노산 잔기보다 더 가변 (즉, 초가변)적인 넘버링 아미노산 잔기의 시스템을 언급한다 (참조: Kabat et al. (1971) Ann. NY Acad, Sci. 190:382-391 and, Kabat, E.A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242). 중쇄 가변 영역에 대해, 초가변 영역은 CDR1에 대해 아미노산 위치 31 내지 35, CDR2에 대해 아미노산 위치 50 내지 65, 및 CDR3에 대해 아미노산 위치 95 내지 102의 범위이다. 경쇄 가변 영역에 대해, 초가변 영역은 CDR1에 대해 아미노산 위치 24 내지 34, CDR2에 대해 아미노산 위치 50 내지 56, 및 CDR3에 대해 아미노산 위치 89 내지 97의 범위이다.
본원에 사용된 용어 "CDR"은 항체 가변 서열 내에 상보성 결정 영역을 언급한다. 중쇄 (HC) 및 경쇄 (LC)의 가변 영역 각각에서 3개의 CDR이 존재하고, 가변 영역 각각에 대해 CDR1, CDR2 및 CDR3 (또는 특히 HC CDR1, HC CDR2, HC CDR3, LC CDR1, LC CDR2, 및 LC CDR3)로 지정된다. 본원에 사용된 용어 "CDR 세트"는 항원에 결합할 수 있는 단일 가변 영역에서 발생하는 3개의 CDR의 그룹을 언급한다. 이들 CDR의 정확한 경계는 상이한 시스템에 따라서 상이하게 정의되었다. Kabat (참조: Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest (National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1987) and (1991))에 기재된 이들 시스템은 항체의 임의의 가변 영역에 적용가능한 명백한 잔기 넘버링 시스템을 제공할 뿐만 아니라, 또한 3개의 CDR을 정의하는 정확한 잔기 경계를 제공한다. 이들 CDR은 Kabat CDR이 언급될 수 있다. Chothia 및 협력자 (참조: Chothia &Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987) and Chothia et al., Nature 342:877-883 (1989))는 Kabat CDR 내 특정 하위-부분이 아미노산 서열의 수준에서 큰 다양성에도 불구하고 거의 동일한 펩티드 백본 형태를 채택하는 것을 발견하였다. 이들 하위-부분은 L1, L2 및 L3 또는 H1, H2 및 H3으로서 지정되고, 여기서, "L" 및 "H"는 각각 경쇄 및 중쇄 영역을 지정한다. 이들 영역은 Kabat CDR과 중첩되는 경계를 갖는 Chothia CDR로서 언급될 수 있다. Kabat CDR과 중첩되는 CDR를 정의하는 다른 경계는 Padlan (참조: FASEB J. 9:133-139 (1995)) 및 MacCallum (참조: J Mol Biol 262(5):732-45 (1996))에 의해 기술되어 있다. 여전히 다른 CDR 경계 정의는 상기 시스템 중 하나에 엄격하게 따르지 않을 수 있지만, 그럼에도 불구하고 Kabat CDR와 중첩될 것이고, 그러나, 이들 정의는 특정 잔기 또는 잔기의 그룹 또는 심지어 전체 CDR이 유의하게 항원 결합에 영향을 주지 않는다는 예측 또는 실험적 발견의 관점에서 단축 또는 확대될 수 있다. 본원에 사용된 방법은 이들 시스템 중 어느 것에 따라 정의된 CDR를 이용할 수 있고, 그러나, 바람직한 실시형태는 Kabat 또는 Chothia 정의된 CDR을 사용한다.
본원에 사용된 용어 "프레임워크" 또는 "프레임워크 서열"은 가변 영역의 잔류 서열 마이너스 CDR을 언급한다. CDR 서열의 정확한 정의가 상이한 시스템으로 측정될 수 있기 때문에, 프레임워크 서열의 의미는 상응하게 상이한 해석을 적용한다. 6개의 CDR (경쇄의 CDR-L1, CDR-L2, 및 CDR-L3 및 중쇄의 CDR-H1, CDR-H2, 및 CDR-H3)은 또한 경쇄 및 중쇄 상 프레임워크 영역을 각 쇄 상 4개의 하위-영역 (FR1, FR2, FR3 및 FR4)으로 나누고, 여기서, CDR1은 FR1 및 FR2 사이, CDR2는 FR2 및 FR3 사이, CDR3은 FR3 및 FR4에 위치한다. FR1, FR2, FR3 또는 FR4로서 특정 하위-영역을 명시하지 않고, 달리 언급된 프레임워크 영역은, 단일, 천연 발생 면역글로불린 쇄의 가변 영역 내에 결합된 FR을 나타낸다. 본원에 사용된 FR은 프레임워크 영역을 구성하는 4개의 하위-영역 중 하나를 나타내고, FR은 4개의 하위-영역 중 2개 이상을 나타낸다.
사람화 항체의 프레임워크 및 CDR 영역은 모 서열에 정확하게 상응할 필요가 없고, 예를 들면, 도너 항체 CDR 또는 공통 프레임워크는 적어도 하나의 아미노산 잔기의 치환, 삽입 및/또는 결실에 의해 돌연변이 될 수 있고, 이에 따라, 상기 위치에서 CDR 또는 프레임워크 잔기는 도너 항체 또는 공통 프레임워크에 상응하지 않는다. 바람직한 실시형태에서, 그러나, 이러한 돌연변이는 광범위하지 않을 것이다. 보통, 사람화 항체 잔기 중 적어도 80%, 바람직하게는 적어도 85%, 보다 바람직하게는 적어도 90%, 및 가장 바람직하게는 적어도 95%는 모 FR 및 CDR 서열의 것과 상응할 것이다. 본원에 사용된 용어 "공통 프레임워크"는 공통 면역글로불린 서열에서 프레임워크 영역을 언급한다. 본원에 사용된 용어 "공통 면역글로불린 서열"은 관련 면역글로불린 서열의 부류에서 가장 자주 발생하는 아미노산 (또는 뉴클레오티드)으로부터 형성되는 서열을 언급한다 (예를 들면, 참조: Winnaker, From Genes to Clones (Verlagsgesellschaft, Weinheim, Germany 1987)). 면역글로불린의 하나의 부류에서, 공통 서열에서 각각의 위치는 부류 내 당해 위치에서 가장 자주 발생하는 아미노산에 의해 점유된다. 2개의 아미노산이 동등하게 자주 발생하는 경우, 그 중 하나는 공통 서열에 포함될 수 있다.
용어 "에피토프"는 항체, 또는 항체 단편에 의해 결합되는 항원의 영역을 언급한다. 특정 실시형태에서, 에피토프 결정요인은 아미노산, 당 측쇄, 포스포릴, 또는 설포닐과 같은 분자의 화학적 활성 표면 그룹핑을 포함하고, 특정 실시형태에서, 특이적 3차원 구조 특성, 및/또는 특이적 하전 특성을 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서, 항체는, 단백질 및/또는 거대분자의 복합 혼합물에서 이의 표적 항원을 우선적으로 인식하는 경우 항원에 특이적으로 결합하는 것으로 언급된다.
본원에 사용된 용어 "표면 플라스몬 공명"은, 예를 들면, BIAcore 시스템 (Pharmacia Biosensor AB, Uppsala, Sweden and Piscataway, NJ)을 사용하여 바이오센서 매트릭스 내에 단백질 농도의 변경 검출에 의해 실시간 생체특이적 상호작용의 분석을 가능하게 하는 광학 현상을 언급한다. 추가 설명을 위해 문헌을 참조한다 [참조: Jonsson, U., et al. (1993) Ann. Biol. Clin. 51:19-26; Jonsson, U., et al. (1991) Biotechniques 11:620-627; Johnsson, B., et al. (1995) J. Mol. Recognit. 8:125-131; and Johnnson, B., et al. (1991) Anal. Biochem. 198:268-277].
본원에 사용된 용어 " kon" 또는 " ka"는 항체/항원 복합물을 형성하는 항원에 대한 항체의 회합에 대한 온 속도 상수를 언급하는 것을 의도한다.
본원에 사용된 용어 "koff" 또는 " kd"는 항체/항원 복합물로부터 항체의 해리에 대한 오프 속도 상수를 언급하는 것을 의도한다.
본원에 사용된 용어 "KD"는 특정 항체-항원 상호작용의 평형 해리 상수를 언급하는 것을 의도한다. KD를 ka / kd로 계산한다. 하나의 실시형태에서, 본 발명의 항체는 약 2,000 nM 이하, 약 1,000 nM 이하, 약 500 nM 이하, 약 200 nM 이하, 약 100 nM 이하, 약 75 nM 이하, 약 25 nM 이하, 약 21 nM 이하, 약 12 nM 이하, 약 11 nM 이하, 약 10 nM 이하, 약 9 nM 이하, 약 8 nM 이하, 약 7 nM 이하, 약 6 nM 이하, 약 5 nM 이하, 약 4 nM 이하, 약 3 nM 이하, 약 2 nM 이하, 약 1 nM 이하, 약 0.5 nM 이하, 약 0.3 nM 이하, 약 0.1 nM 이하, 약 0.01 nM 이하, 또는 약 0.001 nM 이하의 KD를 갖는다.
본원에서 사용되는, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제와 같은 "조절제와 세포를 접촉시키는 것"이라는 구절은 임의의 가능한 수단에 의해 세포를 접촉시키는 것을 포함한다. 조절제와 세포의 접촉은 조절제와 시험관내 세포를 접촉시키는 것 또는 조절제와 생체내 세포를 접촉시키는 것을 포함한다. 접촉은 직접적으로 또는 간접적으로 수행될 수 있다. 따라서, 예를 들면, 조절제는 본 방법을 수행하는 개체에 의해 세포와 물리적 접촉에 놓일 수 있거나, 대안적으로, 조절제는 후속적으로 세포와 접촉하도록 허용하거나 이를 야기하는 상황에 놓일 수 있다.
시험관 내에서 세포와 접촉시키는 것은, 예를 들면, 세포를 조절제와 함께 인큐베이션함으로써 수행될 수 있다. 생체내 세포와의 접촉은, 예를 들면, 조절제를 세포가 위치한 조직 내로 또는 이의 부근에 주사하여, 또는 조절제를 또다른 영역, 예를 들면, 혈류 또는 피하 공간 내로 주사하여 접촉될 세포가 위치한 조직에 제제가 후속적으로 도달하도록 함으로써 수행될 수 있다. 예를 들면, 조절제, 예를 들면, iRNA는 iRNA를 관심 대상 부위(예를 들면, 간)으로 유도하는 리간드, 예를 들면, GalNAc를 함유하거나 이에 결합될 수 있다. 시험관내 및 생체내 접촉 방법의 조합 또한 가능하다. 예를 들면, 세포를 시험관 내에서 조절제와 접촉시킨 다음 대상자 내로 이식할 수도 있다.
특정 실시형태에서, 조절제와 세포를 접촉시키는 것은 세포 내로의 흡수(uptake) 또는 흡수(absorption)를 촉진하거나 초래함으로써 "조절제를 세포 내로 도입" 또는 "전달하는 것"을 포함한다. iRNA의 흡착 또는 흡수는 비보조 확산 또는 활성 세포 과정을 통해, 또는 보조제 또는 보조 장치에 의해 일어날 수 있다. 조절제를 세포 내로 도입하는 것은 시험관내 또는 생체내에서 도입하는 것일 수 있다. 예를 들면, 생체내 도입을 위해, 조절제는 조직 부위 내로 주사되거나 전신 투여될 수 있다. 세포 내로의 시험관내 도입은 전기천공 및 지질감염과 같은 당해 기술분야에 공지된 방법을 포함한다. 추가의 접근법은 본 명세서 하기에 기술되어 있거나 당해 기술분야에 공지되어 있다.
용어 "지질 나노입자" 또는 "LNP"는 핵산 분자, 예를 들면, iRNA 또는 iRNA가 전사되는 플라스미드와 같은 약제학적 활성 분자를 캡슐화하는 지질 층을 포함하는 소포이다. LNP는, 예를 들면, 미국 특허 6,858,225, 6,815,432, 8,158,601 및 8,058,069에 기술되어 있고, 이의 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
본원에서 사용되는 "대상자"는 영장류(예를 들면, 사람, 비-사람 영장류, 예를 들면, 원숭이 및 침팬지), 비-영장류(예를 들면, 소, 돼지, 말, 염소, 토끼, 양, 햄스터, 기니피그, 고양이, 개, 래트 또는 마우스), 또는 내인성으로 또는 이종성으로 표적 유전자를 발현하는 조류를 포함하는 포유류와 같은 동물이다. 하나의 실시형태에서, 대상자는 사람, 예를 들면, 본원에서 기술된 INHBE 발현 및/또는 활성의 감소로 이득을 얻을 수 있는 질환 또는 장애를 치료받거나 평가받는 사람, INHBE 발현 및/또는 활성의 감소로 이득을 얻을 수 있는 질환 또는 장애의 위험이 있는 사람; INHBE 발현 및/또는 활성의 감소로 이득을 얻을 수 있는 질환 또는 장애를 가진 사람; 또는 INHBE 발현 및/또는 활성의 감소로 이득을 얻을 수 있는 질환 또는 장애를 치료받는 사람이다. 일부 실시형태에서, 대상자는 여성이다. 다른 실시형태에서, 대상자는 남성이다. 하나의 실시형태에서, 대상자는 성인 대상자이다. 또다른 실시형태에서, 대상자는 소아 대상자이다.
본원에서 사용되는 용어 "치료하는" 또는 "치료"는 유익하거나 원하는 결과, 예를 들면, 대상자에서 INHBE-연관 장애의 적어도 하나의 징후 또는 증상을 감소시키는 것을 언급한다. 치료는 또한 원하지 않는 INHBE 발현 및/또는 활성과 관련된 하나 이상의 징후 또는 증상의 감소; 원하지 않는 INHBE 활성화 또는 안정화 정도의 감소; 원하지 않는 INHBE 활성화 또는 안정화의 완화 또는 일시적 억제를 포함한다. "치료"는 또한 치료의 부재하에 예상되는 생존률과 비교하여 생존률을 연장시키는 것을 의미할 수 있다.
대상자 내 INHBE의 수준 또는 질환 마커 또는 증상과 관련하여 용어 "낮추다"는 이러한 수준의 통계적으로 유의미한 감소를 언급한다. 감소는, 예를 들면, 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, %, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 그 이상일 수 있다. 특정 실시형태에서, 감소는 적어도 20%이다. 특정 실시형태에서, 감소는 질환 마커, 예를 들면, 단백질 또는 유전자 발현 수준에 있어서 적어도 50%의 감소이다. 대상자의 INHBE 수준의 문맥에서 "낮추다"는 이러한 장애가 없는 개체에 대한 정상 범위 내에 있는 것으로서 허용되는 수준으로의 감소이다. 특정 실시형태에서, "저하"는 질환을 앓고 있는 대상자에 대한 마커 또는 증상의 수준과 개체에 대한 정상 범위 내에서 허용되는 수준 사이 차이의 감소이다. 용어 "낮추다"는 또한 질환 또는 상태의 증상을 정규화하는 것, 즉, INHBE-연관 질환을 앓고 있는 대상자의 수준 사이의 차이를 INHBE-연관 질환을 앓고 있지 않는 정상 대상자의 수준을 향해 또는 그 수준으로 감소시키는 것과 관련되어 사용될 수 있다. 본원에서 사용되는 질환이 증상에 대해 상승한 값과 관련되는 경우, "정상"은 정상의 상한으로 간주된다. 질환이 증상에 대해 감소한 값과 관련되는 경우, "정상"은 정상의 하한으로 간주된다.
본원에서 사용되는 INHBE의 발현 및/또는 활성의 감소로 이득을 얻을 수 있는 질환, 장애 또는 이의 상태와 관련하여 사용될 경우, "예방" 또는 "예방하는"은 대상자가 이러한 질환, 장애 또는 상태와 연관된 증상, 예를 들면, INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 당뇨병의 증상을 발병시킬 가능성의 감소를 언급한다. 질환, 장애 또는 상태 발생의 실패 또는 이러한 질환, 장애 또는 상태와 관련된 증상의 발생 감소(예를 들면, 이러한 질환 또는 장애에 대한 임상적으로 허용되는 스케일에서 적어도 약 10% 감소, 또는 지연된 증상의 지연된 발현(예를 들면, 수일, 수주, 수개월 또는 수년)는 효과적인 예방으로 간주된다.
본원에 사용된, 용어 "인히빈 서브유닛 베타 E-연관 장애" 또는 "INHBE-연관 장애"는 INHBE 유전자 발현 또는 INHBE 단백질 생성 및/또는 활성에 의해 야기되거나 이와 연관된 질환 또는 장애이다. 용어 "INHBE-연관 질환"은 INHBE 유전자 발현, 복제, 또는 단백질 활성의 감소로부터 이득을 얻을 수 있는 질환, 장애 또는 상태를 포함한다. 일부 실시형태에서, INHBE-연관 장애는 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군이다.
본원에 사용된 "대사 장애"는 세포 수준에서 식품이 에너지로 전환되는 과정인 정상 대사를 방해하는 임의의 질환 또는 장애를 언급한다. 대사 질환은, 단백질 (아미노산), 탄수화물 (당 또는 녹말), 또는 지질 (지방 산)의 프로세싱 또는 수송과 연관된 중요한 생화학적 반응을 수행하는 세포의 능력에 영향을 미친다. 대사 질환의 비-제한적인 예는 탄수화물의 장애, 예를 들면, 당뇨병, I형 당뇨병, II형 당뇨병, 갈락토오스혈증, 유전 프럭토스 못견딤, 프럭토스 1,6-디포스파타제 결핍, 글리코겐 축적 장애, 당화의 선천 장애, 인슐린 내성, 인슐린 부전, 고인슐린혈증, 손상된 글루코스 내성 (IGT), 비정상 글리코겐 대사; 아미노산 대사 장애, 예를 들면, 단풍시럽뇨 질환 (MSUD), 또는 호모시스틴뇨증; 유기 산 대사의 장애, 예를 들면, 메틸말론 산뇨, 3-메틸글루타콘 산뇨-바르트 증후군, 글루타르 산뇨 또는 2-하이드록시글루타르 산뇨 - D 및 L 형태; 지방 산 베타-산화 장애, 예를 들면, 중간-쇄 아실-CoA 데하이드로제나제 결핍 (MCAD), 장-쇄 3-하이드록시아실-CoA 데하이드로제나제 결핍 (LCHAD), 매우-장-쇄 아실-CoA 데하이드로제나제 결핍 (VLCAD); 지질 대사 장애, 예를 들면, GM1 강글리오시드증, 테이-삭스 질환, 샌드호프병, 파브리병, 고쉐병, 니이만-픽병, 크라베병, 점액지질증, 또는 뮤코다당질축적증; 미토콘드리아 장애, 예를 들면, 미토콘드리아 심근병증; 레이병; 미토콘드리아 뇌병증, 젖산산증, 및 뇌졸중-유사 에피소드 (MELAS); 불균일적색근섬유를 갖는 근간대간질 (MERRF); 신경병증, 실조, 및 색소성망막염 (NARP); 바르트 증후군; 퍼옥시좀 장애, 예를 들면, 젤베거 증후군 (뇌간신 증후군), X-결합된 부신백색질형성장애증 또는 레프숨병을 포함한다.
하나의 실시형태에서, 대사 장애는 대사 증후군이다. 본원에 사용된 용어 "대사 증후군은 영양과다, 앉아서 지내는 생활방식, 유전 인자, 연령 증가, 및 결과적으로 과도한 비만을 반영하는 구성요소의 클러스터링을 포함하는 장애이다. 대사 증후군은 복부 비만, 인슐린 내성, 이상지질혈증, 및 상승된 혈압의 클러스터링을 포함하고, 혈전증 상태, 염증 유발 상태, 비-알콜성 지방 간 질환, 및 생식 장애를 포함하는 다른 동반이환과 연관된다. 대사 증후군의 유병율은 미국 및 나머지 도시화된 세계에서 뿐만 아니라 개발도상국에서도 유행 비율이 증가하였다. 대사 증후군은 심혈관 질환 위험의 대략 배가 및 2형 진성 당뇨병 사건의 5-배 증가된 위험과 연관된다.
복부 비만 (예를 들면, 큰 허리 둘레 (높은 허리-엉덩이-비율)), 고 혈압, 인슐린 내성 및 이상지질혈증은 대사 증후군 및 이의 개별 성분 (예를 들면, 중심 비만, 공복 혈액 글루코스 (FBG)/당뇨병-전기/당뇨병, 고콜레스테롤혈증, 고중성지질혈증, 및 고혈압)에 중심이 된다.
하나의 실시형태에서, 대사 장애는 탄수화물 장애이다. 하나의 실시형태에서, 탄수화물 장애는 당뇨병이다.
본원에 사용된 용어 "당뇨병"은 인슐린 분비 또는 작용 또는 이들 둘 다의 결함으로 야기되는 고 혈액 당 (글루코스) 수준을 특징으로 하는 대사 장애의 그룹을 언급한다. 2개의 가장 흔한 유형의 당뇨병이 있고, 즉, 1형 당뇨병 및 2형 당뇨병이 있고, 둘 다 체내 인슐린 조절 불가능으로부터 야기된다. 인슐린은 혈액 중 혈당 (글루코스)의 증가된 수준에 반응하여 췌장에 의해 방출되는 호르몬이다.
본원에 사용된 용어 "I형 당뇨병"은, 췌장이 너무 적은 인슐린을 생성하여 혈액 당 수준을 적합하게 조절하지 못하는 경우, 일어나는 만성 질환을 언급한다. I형 당뇨병은 또한 인슐린-의존 진성 당뇨병, IDDM, 및 소아 발병 당뇨병으로 언급된다. I형 당뇨병 (인슐린-의존 당뇨병)을 갖는 사람은 인슐린을 약간 생성하거나 완전히 생성하지 못한다. 미국 인구의 약 6 퍼센트가 일부 형태의 당뇨병을 갖지만, 모든 당뇨병의 단지 약 10 퍼센트가 I형 장애를 갖는다. I형 당뇨병을 갖는 대부분 사람은 30세 전에 장애를 발병하였다. 1형 당뇨병은 후속적인 인슐린 결핍에 따른 췌장 β-세포의 점진적인 자가면역 파괴의 결과를 나타낸다. 췌장의 인슐린-생성 세포 (베타 세포)의 90 퍼센트가 영구적으로 파괴된다. 발생한 인슐린 결핍은 심각하고, 생존을 위해, I형 당뇨병을 갖는 사람은 규칙적으로 인슐린을 주사하여야 한다.
II형 당뇨병 (또한 비-인슐린-의존 진성 당뇨병로 언급됨, NDDM)에서, 췌장은 인슐린 생산을 때때로 심지어 정상 수준보다 더 높게 지속한다. 그러나, 신체는 이의 효과에 저항성을 발달시키고, 상대적 인슐린 결핍을 야기한다. II형 당뇨병은 어린이에서 발생할 수 있고, 그러나, 청소년은 보통 30세 후 시작하고, 점진적으로 나이에 따라 점점 흔하게 되고: 70세 이상의 사람의 약 15 퍼센트는 II형 당뇨병을 갖는다. 비만은 II형 당뇨병에 대한 위험 인자이고, 이러한 장애를 갖는 사람의 80 내지 90 퍼센트는 비만이다.
일부 실시형태에서, 당뇨병은 당뇨병-전기를 포함한다. "당뇨병-전기"는 손상된 글루코스 이용, 비정상 또는 손상된 공복 글루코스 수준, 손상된 글루코스 내성, 손상된 인슐린 민감성 및 인슐린 내성을 포함하는 하나 이상의 조기 당뇨병 상태를 언급한다. 당뇨병 전기는 2형 진성 당뇨병, 심혈관 질환 및 사망률의 발병의 주요 위험 요인이다. 가장 중점을 두는 것은 당뇨병 전기를 효과적으로 치료하여 2형 당뇨병의 발병을 예방하는 치료학적 중재를 개발하는 것이다.
당뇨병은 글루코스 내성 시험의 투여에 의해 진단할 수 있다. 임상적으로, 당뇨병은 종종 수개의 기본 범주로 나눈다. 이들 범주의 일차 예는, 자가면역 진성 당뇨병, 비-인슐린-의존 진성 당뇨병 (1형 NDDM), 인슐린-의존 진성 당뇨병 (2형 IDDM), 비-자가면역 진성 당뇨병, 비-인슐린-의존 진성 당뇨병 (2형 NIDDM), 및 청소년의 성인-발병 당뇨병 (MODY)을 포함한다. 종종 이차로서 언급되는 추가 범주는, 당뇨병 증후군을 야기하거나 발병하게 하는 일부 확인가능한 상태로 인해 발생하는 당뇨병을 언급한다. 이차 범주의 예는, 췌장 질환으로 야기되는 당뇨병, 호르몬 비정상, 약물- 또는 화학물질-유도성 당뇨병, 인슐린 수용체 비정상에 의해 야기되는 당뇨병, 유전 증후군과 연관된 당뇨병, 및 다른 원인의 당뇨병을 포함한다. (예를 들면, 참조: Harrison's (1996) 14th ed., New York, McGraw-Hill).
하나의 실시형태에서, 대사 장애는 지질 대사 장애이다. 본원에 사용된 "지질 대사 장애" 또는 "지질 대사의 장애"는 지질 대사에서 장애와 연관되거나 이에 의해 야기되는 임의의 장애를 언급한다. 이들 용어는 또한 고지질혈증, 또는 혈액에서 임의의 또는 모든 지질 및/또는 지질단백질의 수준의 비정상 상승을 특징으로 하는 상태를 야기할 수 있는 임의의 장애, 질환 또는 상태를 포함한다. 이러한 용어는 유전된 장애, 예를 들면, 가족성 고중성지질혈증, 가족성 부분 지방이상증 1형 (FPLD1), 또는 유발 또는 획득된 장애, 예를 들면, 질환, 장애 또는 상태 (예를 들면, 신부전), 식이, 또는 특정 약물의 섭취 (예를 들면, AIDS 또는 HIV를 치료하기 위해 사용되는 고 활성 항레트로바이러스 요법 (HAART)의 결과로서)의 결과로서 유발 또는 획득된 장애를 언급한다.
지질 대사 장애의 추가 예는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 죽상동맥경화증, 이상지질혈증, 고중성지질혈증 (약물-유도성 고중성지질혈증, 이뇨제-유도성 고중성지질혈증, 알콜-유도성 고중성지질혈증, β-아드레날린 차단 제제-유도성 고중성지질혈증, 에스트로겐-유도성 고중성지질혈증, 글루코코르티코이드-유도성 고중성지질혈증, 레티노이드-유도성 고중성지질혈증, 시메티딘-유도성 고중성지질혈증, 및 가족성 고중성지질혈증 포함), 고중성지질혈증과 연관된 급성 췌장염, 킬로미크론 증후군, 가족성 킬로미크론혈증, Apo-E 결핍 또는 내성, LPL 결핍 또는 과소활동, 고지질혈증 (가족성 복합 고지질혈증 포함), 고콜레스테롤혈증, 고콜레스테롤혈증과 연관된 통풍, 황색종증 (피하 콜레스테롤 침착), 이종 LPL 결핍을 갖는 고지질혈증, 고 LDL 및 이종 LPL 결핍을 갖는 고지질혈증, 지방 간 질환, 또는 비-알콜성 지방간염 (NASH)를 포함한다.
심혈관 질환은 또한 본원에 정의된 "대사 장애"로서 고려된다. 이들 질환은 심장동맥 질환 (또한 허혈 심장 질환으로 언급됨), 고혈압, 심장동맥 질환과 연관된 염증, 재협착, 말초 혈관 질환, 및 뇌졸중을 포함할 수 있다.
체중 관련 장애는 또한 본원에 정의된 "대사 장애"로서 고려된다. 이러한 장애는 비만, 저-대사 상태, 갑상샘저하증, 요독증, 및 체중 증가 (신속한 체중 증가를 포함함), 체중 손실, 체중 손실 유지, 또는 체중 손실 후 체중 회복 위험과 연관된 다른 상태를 포함할 수 있다.
혈액 당 장애는 추가로 본원에 정의된 "대사 장애"로 고려된다. 이러한 장애는 당뇨병, 고혈압, 및 인슐린 내성 연관 다낭 난소 증후군을 포함할 수 있다. 대사 장애의 다른 예시적인 장애는 또한 신장 이식, 콩팥 증후군, 쿠싱 증후군, 말단비대증, 전신홍반루푸스, 이상글로불린혈증, 지방이상증, 글리코겐증 I형, 및 애디슨병을 포함할 수 있다.
하나의 실시형태에서, INHBE-연관 장애는 원발성 고혈압이다. "원발성 고혈압"은 환경 또는 유전 원인의 결과이다 (예를 들면, 어떠한 분명한 근본적인 의학적 원인이 없는 결과).
하나의 실시형태에서, INHBE-연관 장애는 이차 고혈압이다. "이차 고혈압"은, 신장, 혈관, 및 내분비 원인을 포함하는 다중 병인일 수 있는 확인할 수 있는 기저 장애, 예를 들면, 신장 실질 질환 (예를 들면, 다낭 신장, 사구체 또는 사이질 질환), 신장 혈관 질환 (예를 들면, 신장 동맥 협착, 섬유근육형성이상), 내분비 장애 (예를 들면, 부신피질스테로이드 또는 광물코르코이드 과다, 크롬친화세포종, 갑상샘과다증 또는 갑상샘저하증, 성장 호르몬 과다, 부갑상샘항진증), 대동맥의 협착, 또는 경구 피임제 사용을 갖는다.
하나의 실시형태에서, INHBE-연관 장애는 저항성 고혈압이다. "저항성 고혈압"은, 그 중 하나가 티아지드 이뇨제인, 상이한 부류의 3개의 항고혈압제의 동시 사용에도 불구하고 목표 (예를 들면, 수축기 130 mm Hg 초과 또는 확장기 90 mm Hg 초과) 위로 유지되는 혈압이다. 혈압이 4개 이상의 의약으로 제어되는 대상자는 또한 저항성 고혈압을 갖는 것으로 고려된다.
대사 장애에 관련된 추가적인 질환 또는 상태는 당해 기술분야의 숙련가에게 명백하고, 본 개시의 범위 내에 있다.
본원에서 사용되는 "치료학적 유효량"은 INHBE-연관 장애를 앓는 대상자에 투여되었을 때, (예를 들면, 기존 질환 또는 질환의 하나 이상의 증상을 감소, 완화 또는 유지함으로써) 질환의 치료를 수행하기에 충분한 조절제의 양을 포함하는 것으로 의도된다. "치료학적 유효량"은 조절제, 제제가 투여되는 방식, 질환 및 그 중증도 및 치료 받을 대상자의 병력, 연령, 체중, 가족력, 유전적 구성, 경우에 따라 선행된 또는 병용되는 치료의 유형 및 기타 개별 특징에 따라 달라질 수 있다.
본원에서 사용되는 "예방적 유효량"은 INHBE-연관 장애를 가진 대상자에 투여되었을 때, 질환 또는 질환의 하나 이상의 증상을 예방하거나 완화시키기에 충분한 조절제의 양을 포함하는 것으로 의도된다. 질환의 완화는 질환 과정을 늦추거나 후기-발병 질환의 중증도를 감소시키는 것을 포함한다. "예방적 유효량"은 조절제, 조절제가 투여되는 방식, 질환의 위험 정도 및 치료 받을 환자의 병력, 연령, 체중, 가족력, 유전적 구성, 경우에 따라 선행된 또는 병용되는 치료의 유형 및 기타 개별 특징에 따라 달라질 수 있다.
"치료학적 유효량" 또는 "예방적 유효량"은 또한 합리적인 이득/위험 비율로 임의의 치료에 적용 가능한 일부 바람직한 효과를 생성하는 조절제의 양을 포함한다. 본 발명의 방법에 사용되는 조절제는 이러한 치료에 적용가능한 합리적인 이득/위험 비율을 생성하기에 충분한 양으로 투여될 수 있다.
구절 "약제학적으로 허용되는"은 본원에서 건전한 의학학적 판단의 범위 내에서, 과도한 독성, 자극, 알레르기 반응, 또는 다른 문제 또는 합병증 없이 사람 대상자 및 동물 대상자의 조직과의 접촉에 사용하기에 적합하고, 합리적인 이득/위험 비율에 상응하는 화합물, 물질, 조성물, 또는 투여량 형태를 언급하기 위해 사용된다.
본원에서 사용되는 구절 "약제학적으로 허용되는 캐리어"는 대상 화합물을 하나의 기관, 또는 신체의 한 부분에서 또다른 기관, 또는 신체의 다른 부분으로 운반하거나 수송하는데 관여하는, 약제학적으로 허용되는 물질, 조성물, 또는 비히클, 예를 들면, 액체 또는 고체 충전제, 희석제, 부형제, 제조 보조제(예를 들면, 윤활제, 탈크 마그네슘, 칼슘 또는 아연 스테아레이트, 또는 스테아르산), 또는 용매 캡슐화 물질을 의미한다. 각각의 캐리어는 제형의 다른 성분과 호환성이고 치료 받는 대상자에게 해를 끼치지 않는다는 관점에서 "허용되어야" 한다. 이러한 캐리어는 당해 기술분야에 공지되어 있다. 약제학적으로 허용되는 캐리어는 주사에 의한 투여를 위한 캐리어를 포함한다.
본원에서 사용되는 용어 "샘플"은 대상자로부터 분리된 유사한 체액, 세포 또는 조직뿐만 아니라 대상자 내에 존재하는 체액, 세포 또는 조직의 집합체를 포함한다. 생물학적 유체의 예는 혈액, 혈청 및 장액, 혈장, 뇌척수액, 안액, 림프, 소변, 타액 등을 포함한다. 조직 샘플은 조직, 기관, 또는 국소 영역 유래의 샘플을 포함할 수 있다. 예를 들면, 샘플은 특정 기관, 기관의 일부 또는 해당 기관 내의 체액 또는 세포로부터 유래할 수 있다. 특정 실시형태에서, 샘플은 간(예를 들면, 전체 간 또는 간의 특정 부문 또는 예를 들면, 간세포와 같은 간 내 특정 유형의 세포)으로부터 유래할 수 있다. 일부 실시형태에서, "대상자로부터 유래된 샘플"은 대상자로부터 입수된 소변을 언급한다. "대상자로부터 유래된 샘플"은 대상자로부터의 혈액 또는 혈액 유래 혈청 또는 혈장을 언급할 수 있다.
II. 본 발명의 조절제
본 발명은 INHBE의 발현 및/또는 활성을 조절하기 위해 사용되는 조절제, 즉, INHBE의 억제제, 및 이러한 조절제를 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시형태에서, 본 발명의 조절제 및 조성물은 대상자, 예를 들면, INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애의 발병에 감수성인 포유류, 예를 들면, 사람을 치료하기 위해 사용된다.
하나의 측면에서, 본 발명은 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE)의 조절제를 제공한다. 조절제는 INHBE를 표적화하는 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 이중 가닥 리보핵산 (dsRNA) 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제; INHBE에 특이적으로 결합하는 항체, 또는 이의 항원-결합 단편, 예를 들면, 단클론성 항-INHBE 항체, 또는 이의 항원-결합 단편; 소분자; ADAR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA, 예를 들면, ADAR 효소에 결합하는 줄기 루프 구조를 포함하는 가이드RNA; 또는 CRISPR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA일 수 있다.
하나의 실시형태에서, 본 발명의 조절제는 INHBE 유전자를 표적화하는 RNAi, 예를 들면, 이중 가닥 리보핵산 (dsRNA) 제제이다.
하나의 실시형태에서, 본 발명의 조절제는 INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제이다.
하나의 실시형태에서, 본 발명의 조절제는 INHBE에 특이적으로 결합하는 항체, 또는 항원-결합 단편, 예를 들면, 사람, 사람화 또는 키메라 항-INHBE 항체, 또는 이의 항원-결합 단편이다.
일부 실시형태에서, INHBE의 조절제는 소분자이다.
일부 실시형태에서, INHBE의 조절제는 압타머이다. 일부 실시형태에서, 압타머는 올리고뉴클레오티드 압타머이다. 일부 실시형태에서, 압타머는 펩티드 압타머이다.
일부 실시형태에서, INHBE의 조절제는 이중-가닥 RNA-특이적 아데노신 디아미나제 (ADAR) 편집에 영향을 미치는 가이드RNA, 예를 들면, ADAR 효소에 결합하는 줄기 루프 구조를 포함하는 가이드RNA이다.
일부 실시형태에서, INHBE의 조절제는 CRIPR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA이다.
A. INHBE를 표적화하는 본 발명의 올리고뉴클레오티드
i. 본 발명의 iRNA
하나의 실시형태에서, INHBE를 표적화하는 본 발명의 올리고뉴클레오티드 조절제는 RNAi이다.
따라서, 본 발명은 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE) 유전자의 RNA 전사의 RNA-유도성 침묵화 복합체 (RISC)-매개된 절단에 영향을 미치는 iRNA 조성물을 제공한다. 유전자는 세포 내, 예를 들면, 대상자, 예를 들면, 사람 내 세포일 수 있다. 이들 iRNA의 사용은 포유류에서 상응하는 유전자 (INHBE)의 mRNA의 표적화된 분해를 가능하게 한다.
본 발명의 iRNA는 다른 포유류 종의 INHBE 이종상동성으로 보존되는 유전자의 일부를 포함하는 사람 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE) 유전자를 표적화하기 위해 설계되었다. 이론으로 제한하는 것을 의도하지 않고, 이들 iRNA에서 상기한 성질의 조합 또는 하위-조합 및 특이적 표적 부위 또는 특이적 변형이, 본 발명의 iRNA에 개선된 효능, 안정성, 잠재성, 내구성, 및 안전성을 부여한다고 고려된다.
따라서, 본 발명은, INHBE 유전자의 RNA 전사의 RNA-유도성 침묵화 복합체 (RISC)-매개된 절단에 영향을 미치는 iRNA 조성물을 사용하는, 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE)-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애를 치료 및 예방하는 방법을 제공한다.
본 발명의 iRNA는, 약 30개의 뉴클레오티드 이하의 길이, 예를 들면, 19-30, 19-29, 19-28, 19-27, 19-26, 19-25, 19-24, 19-23, 19-22, 19-21, 19-20, 20-30, 20-29, 20-28, 20-27, 20-26, 20-25, 20-24,20-23, 20-22, 20-21, 21-30, 21-29, 21-28, 21-27, 21-26, 21-25, 21-24, 21-23, 또는 21-22개의 뉴클레오티드 길이인 영역을 갖는 RNA 가닥 (안티센스 가닥)을 포함하고, 이러한 영역은 INHBE 유전자의 mRNA 전사의 적어도 일부에 실질적으로 상보성이다.
특정 실시형태에서, 본 발명의 이중 가닥 RNAi 제제의 가닥 중 하나 또는 둘 다는 66개 이하의 뉴클레오티드 길이, 예를 들면, 36-66, 26-36, 25-36, 31-60, 22-43, 27-53개의 뉴클레오티드 길이이고, INHBE 유전자의 mRNA 전사의 적어도 일부와 실질적으로 상보성인 적어도 19개의 인접 뉴클레오티드의 영역을 갖는다. 일부 실시형태에서, 더 긴 길이 안티센스 가닥을 갖는 이러한 iRNA 제제는, 예를 들면, 20-60개의 뉴클레오티드 길이의 두번째 RNA 가닥 (센스 가닥)을 포함할 수 있고, 여기서, 센스 및 안티센스 가닥은 18-30개의 인접 뉴클레오티드의 듀플렉스를 형성한다.
본 발명의 iRNA의 사용은 포유류에서 상응하는 유전자 (INHBE 유전자)의 mRNA의 표적화된 분해를 가능하게 한다. 시험관내 검정을 사용하여, 본 발명자들은 INHBE 유전자를 표적화하는 iRNA가, INHBE 유전자의 발현의 유의한 억제를 야기하는 RNAi를 잠재적으로 중재할 수 있다는 것은 입증하였다. 따라서, 방법 및 이들 iRNA를 포함하는 조성물은 INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애를 갖는 대상자를 치료하기 위해 유용하다.
따라서, 본 발명은, INHBE 유전자의 RNA 전사의 RNA-유도성 침묵화 복합체 (RISC)-매개된 절단에 영향을 미치는 iRNA 조성물을 사용하는, INHBE 유전자, 예를 들면, 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE)-연관 질환의 발현의 억제 또는 감소로부터 이득을 얻을 수 있는 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애를 갖는 대상자를 치료하는 방법 및 병용 요법을 제공한다.
본 발명은 또한 INHBE 유전자의 발현의 억제 또는 감소로부터 이득을 얻을 수 있는 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중의 장애를 갖는 대상자에서 적어도 하나의 증상을 예방하는 방법을 제공한다.
하나의 측면에서, 본 발명은 INHBE 유전자의 발현을 억제하는 iRNA를 제공한다. 특정 실시형태에서, iRNA는 세포에서, 대상자내 세포에서, 예를 들면, INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애의 발병에 감수성인 포유류, 예를 들면, 세포에서 INHBE 유전자의 발현을 억제하기 위한 이중 가닥 리보핵산 (dsRNA) 분자를 포함한다. dsRNAi 제제는 INHBE 유전자의 발현에서 형성된 mRNA의 적어도 일부와 상보성인 상보성 영역을 갖는 안티센스 가닥을 포함한다. 상보성 영역은 약 19-30개의 뉴클레오티드 길이 (예를 들면, 약 30, 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 또는 19개의 뉴클레오티드 길이)이다.
INHBE 유전자를 발현하는 세포와의 접촉 시, iRNA는 예를 들면, PCR 또는 분지형 DNA(bDNA)-기반 방법에 의해, 또는 예를 들면, 웨스턴 블롯팅 또는 유동 세포측정 기술을 사용하는 면역형광 분석과 같은 단백질-기반 방법에 의한 검정 시, INHBE 유전자(예를 들면, 사람, 영장류, 비-영장류, 또는 래트 INHBE 유전자)의 발현을 적어도 약 50%만큼 억제한다. 특정 실시형태에서, 발현의 억제는 본원에 제공된 적절한 유기체 세포주에서 본 명세서의 예에 제공된 qPCR 방법에 의해, 예를 들면, 10nM 농도의 siRNA를 사용하여 결정된다. 특정 실시형태에서, 생체 내 발현의 억제는 사람 유전자를 발현하는 설치류, 예를 들면, 사람 표적 유전자를 발현하는 마우스 또는 AAV-감염 마우스 내 사람 유전자의 녹다운에 의해, 예를 들면, RNA 발현 최하점에서, 예를 들면, 3 mg/kg의 1회 용량으로 투여될 때 결정된다.
dsRNA는 상보적인 2개의 RNA 가닥을 포함하는데, 이들은 dsRNA가 사용될 조건 하에 혼성화되어 듀플렉스 구조를 형성한다. dsRNA의 하나의 가닥(안티센스 가닥)은 표적 서열과 실질적으로 상보적이고, 일반적으로 완전히 상보적인 상보성 영역을 포함한다. 표적 서열은 INHBE 유전자의 발현 동안에 형성된 mRNA의 서열로부터 유래될 수 있다. 다른 가닥(센스 가닥)은 안티센스 가닥에 상보적인 영역을 포함하여, 2개의 가닥은 적합한 조건 하에서 조합되는 경우 혼성화하여 듀플렉스 구조를 형성한다. 본 명세서의 다른 곳에 기술되고 당해 기술분야에 공지된 것과 같이, dsRNA의 상보적 서열은 별개의 올리고뉴클레오티드 상에 존재하는 것과는 달리, 단일 핵산 분자의 자체-상보적 영역으로서 또한 함유될 수 있다.
일반적으로, 듀플렉스 구조는 15 내지 30개의 염기쌍 길이이고, 예를 들면, 15-29, 15-28, 15-27, 15-26, 15-25, 15-24, 15-23, 15-22, 15-21, 15-20, 15-19, 15-18, 15-17, 18-30, 18-29, 18-28, 18-27, 18-26, 18-25, 18-24, 18-23, 18-22, 18-21, 18-20, 19-30, 19-29, 19-28, 19-27, 19-26, 19-25, 19-24, 19-23, 19-22, 19-21, 19-20, 20-30, 20-29, 20-28, 20-27, 20-26, 20-25, 20-24,20-23, 20-22, 20-21, 21-30, 21-29, 21-28, 21-27, 21-26, 21-25, 21-24, 21-23, 또는 21-22 염기쌍 길이이다. 특정 실시형태에서, 듀플렉스 구조는 18 내지 25 염기쌍 길이이고, 예를 들면, 18-25, 18-24, 18-23, 18-22, 18-21, 18-20, 19-25, 19-24, 19-23, 19-22, 19-21, 19-20, 20-25, 20-24,20-23, 20-22, 20-21, 21-25, 21-24, 21-23, 21-22, 22-25, 22-24, 22-23, 23-25, 23-24 또는 24-25 염기쌍 길이, 예를 들면, 19-21 염기쌍 길이이다. 상기 언급된 범위 및 길이의 중간 범위 및 길이는 또한 본 개시의 일부로 고려된다.
유사하게, 표적 서열에 대한 상보성 영역은 15 내지 30개의 뉴클레오티드 길이이고, 예를 들면, 15-29, 15-28, 15-27, 15-26, 15-25, 15-24, 15-23, 15-22, 15-21, 15-20, 15-19, 15-18, 15-17, 18-30, 18-29, 18-28, 18-27, 18-26, 18-25, 18-24, 18-23, 18-22, 18-21, 18-20, 19-30, 19-29, 19-28, 19-27, 19-26, 19-25, 19-24, 19-23, 19-22, 19-21, 19-20, 20-30, 20-29, 20-28, 20-27, 20-26, 20-25, 20-24,20-23, 20-22, 20-21, 21-30, 21-29, 21-28, 21-27, 21-26, 21-25, 21-24, 21-23, 또는 21-22개의 뉴클레오티드 길이, 예를 들면, 19-23개의 뉴클레오티드 길이 또는 21-23개의 뉴클레오티드 길이이다. 상기 언급된 범위 및 길이의 중간 범위 및 길이는 또한 본 개시의 일부로 고려된다.
일부 실시형태에서, 듀플렉스 구조는 19 내지 30개의 염기쌍 길이이다. 유사하게는, 표적 서열에 대한 상보성 영역은 19 내지 30개의 뉴클레오티드 길이이다.
일부 실시형태에서, dsRNA는 약 19 내지 약 23개의 뉴클레오티드 길이, 또는 약 25 내지 약 30개의 뉴클레오티드 길이이다. 일반적으로, dsRNA는 다이서 효소에 대한 기질로서 작용하기에 충분히 길다. 예를 들면, 길이가 약 21-23개의 뉴클레오티드보다 긴 dsRNA가 다이서에 대한 기질로 작용할 수 있다는 것이 당해 기술분야에 널리 공지되어 있다. 당해 기술분야의 숙련가가 또한 인지하는 것과 같이, 절단을 위해 표적화된 RNA의 영역은 가장 흔히 보다 큰 RNA 분자, 종종 mRNA 분자의 일부일 것이다. 관련되는 경우, mRNA 표적의 "일부"는 그것이 RNAi-지시된 절단(즉, RISC 경로를 통한 절단)을 위한 기질이 되도록 하기에 충분한 길이의 mRNA 표적의 연속 서열이다.
당해 기술분야의 숙련가는 또한 듀플렉스 영역이, 예를 들면, 약 19 내지 약 30개의 염기쌍, 예를 들면, 약 19-30, 19-29, 19-28, 19-27, 19-26, 19-25, 19-24, 19-23, 19-22, 19-21, 19-20, 20-30, 20-29, 20-28, 20-27, 20-26, 20-25, 20-24,20-23, 20-22, 20-21, 21-30, 21-29, 21-28, 21-27, 21-26, 21-25, 21-24, 21-23, 또는 21-22 염기쌍의 듀플렉스 영역이 dsRNA의 주요 기능적 부분임을 인지할 것이다. 따라서, 하나의 실시형태에서, 절단을 위해 원하는 RNA를 표적화하는, 예를 들면, 15-30개 염기쌍의 기능성 듀플렉스로 가공되는 정도로, RNA 분자 또는 30개 초과의 염기쌍의 듀플렉스 영역을 갖는 RNA 분자의 복합체는 dsRNA이다. 따라서, 당해 기술분야의 숙련가는 하나의 실시형태에서, miRNA가 dsRNA임을 인지할 것이다. 또다른 실시형태에서, dsRNA는 자연적으로 발생하는 miRNA가 아니다. 또다른 실시형태에서, INHBE 유전자 발현을 표적화하는데 유용한 iRNA 제제는 더 큰 dsRNA의 절단에 의해 표적 세포 내에서 생성되지 않는다.
본원에 기술된 dsRNA는 하나 이상의 단일 가닥 뉴클레오티드 오버행, 예를 들면, 1-4, 2-4, 1-3, 2-3, 1, 2, 3, 또는 4개의 뉴클레오티드를 추가로 포함할 수 있다. 적어도 하나의 뉴클레오티드 오버행을 갖는 dsRNA는 이들의 둔화-말단 카운터파트에 비해 우수한 억제 특성을 가질 수 있다. 뉴클레오티드 오버행은 데옥시뉴클레오티드/뉴클레오시드를 포함하는 뉴클레오티드/뉴클레오시드 유사체를 포함하거나 이로 이루어질 수 있다. 오버행(들)은 센스 가닥, 안티센스 가닥, 또는 이들의 임의의 조합 상에 있을 수 있다. 또한, 오버행의 뉴클레오티드(들)는 dsRNA의 안티센스 또는 센스 가닥의 5'-말단, 3'-말단 또는 양쪽 말단 상에 존재할 수 있다.
dsRNA는 당해 기술분야에 공지된 표준 방법에 의해 합성될 수 있다. 본 발명의 이중 가닥 RNAi 화합물은 2단계 과정을 사용하여 제조될 수 있다. 첫번째로, 이중 가닥 RNA 분자의 개별 가닥은 별도로 제조된다. 이어서, 성분 가닥이 어닐링된다. siRNA 화합물의 개별 가닥은 용액-상 또는 고체-상 유기 합성 또는 둘 모두를 사용하여 제조될 수 있다. 유기 합성은 비천연 또는 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 가닥이 용이하게 제조될 수 있다는 이점을 제공한다. 유사하게, 본 발명의 단일 가닥 올리고뉴클레오티드는 용액-상 또는 고체-상 유기 합성 또는 둘 모두를 사용하여 제조될 수 있다.
하나의 측면에서, 본 발명의 dsRNA는 적어도 2개의 뉴클레오티드 서열, 센스 서열 및 안티센스 서열을 포함한다. 센스 가닥은 표 2-3 중 어느 하나에 제공된 서열 그룹으로부터 선택되고, 센스 가닥의 상응하는 안티센스 가닥은 표 2-3 중 어느 하나의 서열 그룹으로부터 선택된다. 이러한 측면에서, 2개의 서열 중 하나는 2개의 서열 중 다른 하나에 상보적이고, 서열 중 하나는 INHBE 유전자의 발현에서 생성된 mRNA의 서열에 실질적으로 상보적이다. 이와 같이, 이러한 측면에서, dsRNA는 2개의 올리고뉴클레오티드를 포함할 것이고, 여기서, 하나의 올리고뉴클레오티드는 표 2-3 중 어느 하나에서의 센스 가닥으로서 기술되고, 두번째 올리고뉴클레오티드는 표 2-3 중 어느 하나에서의 센스 가닥의 상응하는 안티센스 가닥으로서 기술된다.
특정 실시형태에서, dsRNA의 실질적으로 상보적인 서열은 별개의 올리고뉴클레오티드 상에 함유된다. 또다른 실시형태에서, dsRNA의 실질적으로 상보적인 서열은 단일 올리고뉴클레오티드 상에 함유된다.
예를 들면, 표 3의 서열이 변형되거나 접합된 서열로서 기술되지 않았지만, 본 발명의 iRNA의 RNA, 예를 들면, 본 발명의 dsRNA는 표 2-3 중 어느 하나에 제시된 서열 중 어느 하나를 포함할 수 있고, 이는 변형되지 않거나, 접합되지 않거나, 또는 본 명세서에 기술된 것과 상이하게 접합된 것임을 이해할 것이다. 즉, 본 발명은 표 2-3의 dsRNA로서, 본원에 기술된 것과 같이 변형되지 않았거나, 접합되지 않았거나, 변형되었거나, 접합된 dsRNA를 포함한다.
당해 기술분야의 숙련가는 약 20 내지 23개 염기쌍, 예를 들면, 21개 염기쌍의 듀플렉스 구조를 갖는 dsRNA가 RNA 간섭을 유도하는데 특히 효과적인 것으로 주목받고 있음을 잘 알고 있다 (참조: Elbashir et al., EMBO 2001, 20:6877-6888). 그러나, 다른 당해 기술분야의 숙련가들은 더 짧거나 더 긴 RNA 듀플렉스 구조 또한 효과적일 수 있음을 밝혀냈다 (참조: Chu and Rana (2007) RNA 14:1714-1719; Kim et al. (2005) Nat Biotech 23:222-226). 상기된 실시형태에서, 표 2-3 중 어느 하나에 제공된 올리고뉴클레오티드 서열의 특성에 의해, 본원에 기술된 dsRNA는 최소 21개의 뉴클레오티드 길이의 적어도 하나의 가닥을 포함할 수 있다. 표 2-3 중 어느 하나의 서열 중 임의의 하나에서 하나 또는 양 말단 상의 수개의 뉴클레오티드만을 뺀 것을 갖는 더 짧은 듀플렉스가 전술한 dsRNA와 비교하여 유사하게 효과적일 수 있는 것으로 합리적으로 예상할 수 있다. 따라서, 표 2-3 중 어느 하나의 서열 중 어느 하나로부터 유래된 적어도 19, 20개, 또는 그 이상의 연속 뉴클레오티드로 이루어진 서열을 갖고, INHBE 유전자의 발현을 억제하는 능력이 전체 서열을 포함하는 dsRNA에 비해 약 5, 10, 15, 20, 25, 또는 30% 이하만큼 상이한 dsRNA는 본 발명의 범주 내에 포함되는 것으로 고려된다.
또한, 표 2-3에 제공된 RNA는 INHBE 전사체에서 RISC-매개 절단에 민감한 부위(들)를 식별한다. 이와 같이, 본 발명은 추가적으로 이들 부위 중 하나 내에서 표적화하는 iRNA를 특징으로 한다. 본원에서 사용되는 iRNA가 해당 특정 부위 내 어느 곳에서던지 전사체의 절단을 촉진하는 경우, iRNA는 RNA 전사체의 특정 부위 내를 표적화하는 것으로 일컬어진다. 이러한 iRNA는 일반적으로 INHBE 유전자에서 선택된 서열에 인접한 영역으로부터 취해진 추가 뉴클레오티드 서열에 결합된, 표 2-3 중 어느 하나에 제공된 서열 중 어느 하나로부터 적어도 약 19개의 연속 뉴클레오티드를 포함할 것이다.
ii. 본 발명의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제
하나의 실시형태에서, 본 발명의 조절제는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제이다.
따라서, 본 발명은, INHBE 유전자를 표적화하고, INHBE 유전자의 발현을 억제하는, 폴리뉴클레오티드 제제, 예를 들면, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제, 및 이러한 제제를 포함하는 조성물을 제공한다. 하나의 실시형태에서, 폴리뉴클레오티드 제제, 예를 들면, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는, 세포에서, 예를 들면, 대상자에서, 예를 들면, INHBE-연관 질환, 예를 들면, 말단비대증, 거인증, 또는 암을 갖는 포유류, 예를 들면, 사람 내의 세포에서 INHBE 유전자의 발현을 억제한다.
본 발명의 폴리뉴클레오티드 제제, 예를 들면, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는, INHBE 유전자의 발현에서 형성된 mRNA의 적어도 일부에 대해 상보성인 상보성 영역을 포함한다. 상보성 영역은 약 50개의 뉴클레오티드 이하의 길이 (예를 들면, 22-12, 20-14, 50, 49, 48, 47, 46, 45, 44, 43, 42, 41, 40, 39, 38, 37, 36, 35, 34, 33, 32, 31, 30, 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 또는 10개의 뉴클레오티드 이하의 길이)일 수 있다. INHBE 유전자를 발현하는 세포와 접촉시, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 INHBE 유전자 (예를 들면, 사람, 영장류, 비-영장류, 또는 조류 INHBE 유전자)의 발현을, 예를 들면, PCR 또는 분지형 DNA (bDNA)-기반 방법에 의해, 또는 단백질-기반 방법에 의해, 예를 들면, 면역형광 분석에 의해, 예를 들면, 웨스턴 블롯팅, 또는 흐름세포측정 기술을 사용하여 측정하여, 적어도 20%까지 억제한다. 바람직한 실시형태에서, 발현의 억제는 10 nM 농도에서 세포주, 전달 방법을 사용하여 측정한다.
안티센스 폴리뉴클레오티드 제제 및 표적 서열 사이의 상보성 영역은 실질적으로 상보성일 수 있고 (예를 들면, 특이적으로 하이브리드화되고 목적하는 효과를 유도하도록 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제 및 표적 핵산 사이의 충분한 정도의 상보성이 존재한다), 그러나, 일반적으로 표적 서열에 대해 완전한 상보성이다. 표적 서열은 INHBE 유전자의 발현 동안 형성된 mRNA의 서열로부터 유도될 수 있다.
따라서, 하나의 측면에서, 본 발명의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 표적 핵산 분자, 예를 들면, INHBE를 암호화하는 mRNA를 특이적으로 하이브리드화하고, 서열번호 1, 3, 5, 7, 또는 9 중 어느 하나의 뉴클레오티드 서열, 또는 서열번호 1, 3, 5, 7, 또는 9 중 어느 하나의 단편의 역 상보성에 상응하는 인접 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 발명의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 표적 서열에 실질적으로 상보성일 수 있다. 예를 들면, 표적 서열과 실질적으로 상보성인 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는, 표적 서열에, 예를 들면, 포유류 INHBE mRNA를 암호화하는 핵산의 상응하는 영역에 하이브리드화하는 경우, 5개 이하의 미스매치 (예를 들면, 1개 이하, 2개 이하, 3개 이하, 4개 이하, 또는 5개 이하의 미스매치)를 포함하는 인접 뉴클레오티드 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 인접 뉴클레오티드 서열은, 표적 서열, 예를 들면, 포유류 INHBE mRNA를 암호화하는 핵산의 상응하는 영역에 하이브리드화하는 경우, 하나 이하의 단일 미스매치를 포함한다.
일부 실시형태에서, 표적 서열에 실질적으로 상보성인 본 발명의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 서열번호 1, 3, 5, 7, 또는 9 중 어느 하나의 뉴클레오티드 서열의 등가 영역, 또는 서열번호 1, 3, 5, 7, 또는 9 중 어느 하나의 단편에 대해 이의 전체 길이에 걸쳐 적어도 80% 상보성, 예를 들면, 적어도 85%, 90%, 95%, 또는 100% 상보성인 인접 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 서열번호 1, 3, 5, 7, 또는 9 중 어느 하나의 뉴클레오티드 서열 (또는 서열번호 1-5 중 어느 하나의 단편)의 등가 영역에 대해 이의 전체 길이에 걸쳐 완전한 상보성인 인접 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 예를 들면, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 뉴클레오티드 서열는 수탁번호 NM_031479.5 (서열번호 1)의 뉴클레오티드 1-20의 등가 영역에 대해 이의 전체 길이에 걸쳐 완전한 상보성이다 (예를 들면, 표 4 또는 5를 참조한다).
안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 약 4 내지 50개의 뉴클레오티드 길이의 인접 뉴클레오티드 서열, 또는, 예를 들면, 약 8-49, 8-48, 8-47, 8-46, 8-45, 8-44, 8-43, 8-42, 8-41, 8-40, 8-39, 8-38, 8-37, 8-36, 8-35, 8-34, 8-33, 8-32, 8-31, 8-30, 8-29, 8-28, 8-27, 8-26, 8-25, 8-24, 8-23, 8-22, 8-21, 8-20, 8-19, 8-18, 8-17, 8-16, 8-15, 8-14, 8-13, 8-12, 8-11, 8-10, 8-9, 10-49, 10-48, 10-47, 10-46, 10-45, 10-44, 10-43, 10-42, 10-41, 10-40, 10-39, 10-38, 10-37, 10-36, 10-35, 10-34, 10-33, 10-32, 10-31, 10-30, 10-29, 10-28, 10-27, 10-26, 10-25, 10-24, 10-23, 10-22, 10-21, 10-20, 10-19, 10-18, 10-17, 10-16, 10-15, 10-14, 10-13, 10-12, 10-11,11-49, 11-48, 11-47, 11-46, 11-45, 11-44, 11-43, 11-42, 11-41, 11-40, 11-39, 11-38, 11-37, 11-36, 11-35, 11-34, 11-33, 11-32, 11-31, 11-30, 11-29, 11-28, 11-27, 11-26, 11-25, 11-24, 11-23, 11-22, 11-21, 11-20, 11-19, 11-18, 11-17, 11-16, 11-15, 11-14, 11-13, 11-12, 12-49, 12-48, 12-47, 12-46, 12-45, 12-44, 12-43, 12-42, 12-41, 12-40, 12-39, 12-38, 12-37, 12-36, 12-35, 12-34, 12-33, 12-32, 12-31, 12-30, 12-29, 12-28, 12-27, 12-26, 12-25, 12-24, 12-23, 12-22, 12-21, 12-20, 12-19, 12-18, 12-17, 12-16, 12-15, 12-14, 12-13, 13-49, 13-48, 13-47, 13-46, 13-45, 13-44, 13-43, 13-42, 13-41, 13-40, 13-39, 13-38, 13-37, 13-36, 13-35, 13-34, 13-33, 13-32, 13-31, 13-30, 13-29, 13-28, 13-27, 13-26, 13-25, 13-24, 13-23, 13-22, 13-21, 13-20, 13-19, 13-18, 13-17, 13-16, 13-15, 13-14, 14-49, 14-48, 14-47, 14-46, 14-45, 14-44, 14-43, 14-42, 14-41, 14-40, 14-39, 14-38, 14-37, 14-36, 14-35, 14-34, 14-33, 14-32, 14-31, 14-30, 14-29, 14-28, 14-27, 14-26, 14-25, 14-24, 14-23, 14-22, 14-21, 14-20, 14-19, 14-18, 14-17, 14-16, 14-15, 15-49, 15-48, 15-47, 15-46, 15-45, 15-44, 15-43, 15-42, 15-41, 15-40, 15-39, 15-38, 15-37, 15-36, 15-35, 15-34, 15-33, 15-32, 15-31, 15-30, 15-29, 15-28, 15-27, 15-26, 15-25, 15-24, 15-23, 15-22, 15-21, 15-20, 15-19, 15-18, 15-17, 15-16,16-49, 16-48, 16-47, 16-46, 16-45, 16-44, 16-43, 16-42, 16-41, 16-40, 16-39, 16-38, 16-37, 16-36, 16-35, 16-34, 16-33, 16-32, 16-31, 16-30, 16-29, 16-28, 16-27, 16-26, 16-25, 16-24, 16-23, 16-22, 16-21, 16-20, 16-19, 16-18, 16-17, 17-49, 17-48, 17-47, 17-46, 17-45, 17-44, 17-43, 17-42, 17-41, 17-40, 17-39, 17-38, 17-37, 17-36, 17-35, 17-34, 17-33, 17-32, 17-31, 17-30, 17-29, 17-28, 17-27, 17-26, 17-25, 17-24, 17-23, 17-22, 17-21, 17-20, 17-19, 17-18, 18-49, 18-48, 18-47, 18-46, 18-45, 18-44, 18-43, 18-42, 18-41, 18-40, 18-39, 18-38, 18-37, 18-36, 18-35, 18-34, 18-33, 18-32, 18-31, 18-30, 18-29, 18-28, 18-27, 18-26, 18-25, 18-24, 18-23, 18-22, 18-21, 18-20, 19-49, 19-48, 19-47, 19-46, 19-45, 19-44, 19-43, 19-42, 19-41, 19-40, 19-39, 19-38, 19-37, 19-36, 19-35, 19-34, 19-33, 19-32, 19-31, 19-30, 19-29, 19-28, 19-27, 19-26, 19-25, 19-24, 19-23, 19-22, 19-21, 19-20, 20-49, 20-48, 20-47, 20-46, 20-45, 20-44, 20-43, 20-42, 20-41, 20-40, 20-39, 20-38, 20-37, 20-36, 20-35, 20-34, 20-33, 20-32, 20-31, 20-30, 20-29, 20-28, 20-27, 20-26, 20-25, 20-24,20-23, 20-22, 20-21, 21-49, 21-48, 21-47, 21-46, 21-45, 21-44, 21-43, 21-42, 21-41, 21-40, 21-39, 21-38, 21-37, 21-36, 21-35, 21-34, 21-33, 21-32, 21-31, 21-30, 21-29, 21-28, 21-27, 21-26, 21-25, 21-24, 21-23, 21-22, 22-49, 22-48, 22-47, 22-46, 22-45, 22-44, 22-43, 22-42, 22-41, 22-40, 22-39, 22-38, 22-37, 22-36, 22-35, 22-34, 22-33, 22-32, 22-31, 22-30, 22-29, 22-28, 22-27, 22-26, 22-25, 22-24, 22-23, 23-49, 23-48, 23-47, 23-46, 23-45, 23-44, 23-43, 23-42, 23-41, 23-40, 23-39, 23-38, 23-37, 23-36, 23-35, 23-34, 23-33, 23-32, 23-31, 23-30, 23-29, 23-28, 23-27, 23-26, 23-25, 23-24, 24-49, 24-48, 24-47, 24-46, 24-45, 24-44, 24-43, 24-42, 24-41, 24-40, 24-39, 24-38, 24-37, 24-36, 24-35, 24-34, 24-33, 24-32, 24-31, 24-30, 24-29, 24-28, 24-27, 24-26, 24-25, 25-49, 25-48, 25-47, 25-46, 25-45, 25-44, 25-43, 25-42, 25-41, 25-40, 25-39, 25-38, 25-37, 25-36, 25-35, 25-34, 25-33, 25-32, 25-31, 25-30, 25-29, 25-28, 25-27, 25-26,26-49, 26-48, 26-47, 26-46, 26-45, 26-44, 26-43, 26-42, 26-41, 26-40, 26-39, 26-38, 26-37, 26-36, 26-35, 26-34, 26-33, 26-32, 26-31, 26-30, 26-29, 26-28, 26-27, 27-49, 27-48, 27-47, 27-46, 27-45, 27-44, 27-43, 27-42, 27-41, 27-40, 27-39, 27-38, 27-37, 27-36, 27-35, 27-34, 27-33, 27-32, 27-31, 27-30, 27-29, 27-28, 28-49, 28-48, 28-47, 28-46, 28-45, 28-44, 28-43, 28-42, 28-41, 28-40, 28-39, 28-38, 28-37, 28-36, 28-35, 28-34, 28-33, 28-32, 28-31, 28-30, 28-29, 29-49, 29-48, 29-47, 29-46, 29-45, 29-44, 29-43, 29-42, 29-41, 29-40, 29-39, 29-38, 29-37, 29-36, 29-35, 29-34, 29-33, 29-32, 29-31, 29-30, 30-49, 30-48, 30-47, 30-46, 30-45, 30-44, 30-43, 30-42, 30-41, 30-40, 30-39, 30-38, 30-37, 30-36, 30-35, 30-34, 30-33, 30-32, 또는 30-31개의 뉴클레오티드 길이, 예를 들면, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 또는 50개의 뉴클레오티드 길이 범위 내에 속하는 임의의 하위범위의 뉴클레오티드 길이의 인접 뉴클레오티드 서열을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 22개 이하의 뉴클레오티드, 예를 들면, 21개 이하의 뉴클레오티드, 20개의 뉴클레오티드, 19개의 뉴클레오티드, 18개 이하의 뉴클레오티드, 17개의 뉴클레오티드, 16개의 뉴클레오티드, 15개의 뉴클레오티드, 또는 14개의 뉴클레오티드의 인접 뉴클레오티드 서열를 포함할 수 있다. 다른 실시형태에서, 본 발명의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 20개의 뉴클레오티드 길이이다. 다른 실시형태에서, 본 발명의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 14개의 뉴클레오티드 길이이다. 특정 실시형태에서, 폴리뉴클레오티드는 적어도 12개의 뉴클레오티드 길이이다.
하나의 측면에서, 본 발명의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 표 4 또는 표 5에 제공된 서열로부터 선택된 서열을 포함한다. 표 5의 서열이 변형된 또는 접합된 서열로 기재되지만, 본 발명의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는, 또한 비-변형된, 비-접합된, 또는 본원에 기재된 것과 상이하게 변형된 또는 접합된 표 5에 기재된 서열 중 어느 하나를 포함할 수 있다는 것을 이해할 수 있다.
표 4 또는 5에 제공된 뉴클레오티드 서열의 성질로 인해, 본 발명의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 표 3 또는 5 마이너스 단지 소수의 뉴클레오티드의 서열 중 하나를 하나 또는 둘 다 말단 상에 포함할 수 있고, 상기한 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제와 비교하여 여전히 유사하게 효과적으로 유지된다. 따라서, 표 4 또는 5의 서열 중 하나로부터 유래된 적어도 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14,15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 인접 뉴클레오티드의 서열을 갖고, 전체 서열을 포함하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제와 5, 10, 15, 20, 25, 또는 30% 이하의 억제까지 INHBE 유전자의 발현을 억제하는 이들의 능력이 상이한 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는, 본 발명의 범위 내인 것으로 고려된다. 추가로, 표 4 및 5에 제공된 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 안티센스 억제에 감수성인 INHBE 전사에서 영역(들)을 확인한다 (예를 들면, 표 4에서 뉴클레오티드 서열에 대해 출발 및 말단 위치에 의해 포함되는 영역). 이와 같이, 본 발명은 추가로 이들 부위 중 하나 내에서 표적화되는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제를 특징으로 한다.
본원에 사용된 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 상기 부위에서 표적의 안티센스 억제를 촉진하는 경우, RNA 전사의 특성 부위 내에서 표적화하는 것으로 언급된다. 이러한 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 일반적으로 INHBE 유전자에서 선택된 서열에 인접한 영역에서 취한 추가 뉴클레오티드 서열에 커플링된 표 4 또는 5에 제공된 서열 중 하나로부터 적어도 14개의 인접 뉴클레오티드를 포함할 것이다.
표적 서열이 일반적으로 4-50개의 뉴클레오티드 길이인 반면, 임의의 제공된 표적 RNA의 안티센스 억제를 지시하기 위해 이러한 범위에서 특정 서열의 적합성에 광범위한 변화가 있다. 본원에 설정된 다양한 소프트웨어 패키지 및 가이드라인은 임의의 제공된 유전자 표적을 위해 최적 표적 서열의 확인을 위한 안내를 제공하지만, 경험적 접근은 또한 제공된 크기 (비-제한적인 예로서, 20개의 뉴클레오티드)의 "윈도우" 또는 "마스크"가 문자 그대로 또는 비유적으로 (예를 들면, 인실리코(in silico)를 포함함) 표적 서열로서 역할을 할 수 있는 크기 범위의 서열을 확인하기 위해 표적 RNA 서열 상에 위치한다. 서열 "윈도우"를 점진적으로 초기 표적 서열 위치의 하나의 뉴클레오티드 업스트림 또는 다운스트림으로 이동시킴에 의해, 가능한 서열의 완전한 세트가 임의의 제공된 선택된 표적 크기에 대해 확인될 때까지, 다음 잠재적 표적 서열을 확인할 수 있다. 최적으로 수행하는 이들 서열을 확인하기 위한 체계적 합성 및 확인된 서열의 시험 (본원에 기재되거나 당해 기술분야에 공지된 검정)과 결합된 이러한 과정은, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제로 표적화되는 경우, 표적 유전자 발현의 최고 억제를 매개하는 이들 RNA 서열을 최적으로 확인할 수 있다. 따라서, 예를 들면, 표 4 또는 5에서 확인된 서열은, 효과적인 표적 서열을 나타내는 반면, 안티센스 억제 효율의 추가 최적화가 동일하거나 더 우수한 억제 특성을 갖는 서열을 확인하기 위해 하나의 뉴클레오티드를 제공된 서열의 업스트림 또는 다운스트림으로 점진적으로 "윈도우를 워킹(walking)"하여 성취할 수 있다고 고려된다.
추가로, 예를 들면, 표 4 또는 5에서 확인된 임의의 서열에 대해, 추가 최적화는 체계적으로 뉴클레오티드를 추가 또는 제거하여 더 길거나 더 짧은 서열을 생성하고, 당해 포인트로부터 표적 RNA의 위 또는 아래로 더 길거나 더 짧은 크기의 윈도우를 워킹하여 생성된 이들 서열을 시험하여 성취될 수 있다고 고려된다. 다시, 신규 후보 표적을 생성하는 이러한 접근을 당해 기술분야에 공지되거나 본원에 기재된 억제 검정에서 당해 표적 서열을 기초로 하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 효과에 대한 시험과 함께 결합하는 것은, 억제 효율의 추가 개선을 야기할 수 있다. 추가로 또한, 이러한 최적화된 서열은, 예를 들면, 본원에 기재되거나 당해 기술분야에 공지된 바와 같이 변형된 뉴클레오티드의 도입, 길이의 추가 또는 변화, 또는 발현 억제제로서 분자의 추가 최적화를 위해 당해 기술분야에 공지되거나 본원에 논의된 다른 변형 (예를 들면, 혈청 안정성 또는 순환하는 반감기 증가, 열 안정성 증가, 경막 전달 개선, 특정 위치 또는 세포 유형에 대한 표적화, 침묵화 경로 효소와 상호작용 증가, 엔도솜으로부터 방출 증가)에 의해 조절할 수 있다.
iii. 본 발명의 변형된 올리고뉴클레오티드
특정 실시형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는, 변형되지 않고, 예를 들면, 당해 기술분야에 공지되고 본원에 기술된 화학적 변형 또는 접합을 포함하지 않는다. 다른 실시형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 화학적으로 변형되어 안정성 또는 기타 이로운 특징을 증진시킨다. 본 발명의 특정 실시형태에서, 본 발명의 iRNA올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 실질적으로 모든 뉴클레오티드는 변형된다. 본 발명의 다른 실시형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 모든 뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 실질적으로 모든 뉴클레오티드는 변형되고, 즉, 5, 4, 3, 2 또는 1개 이하의 변형되지 않은 뉴클레오티드가 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 가닥에 존재한다.
본 발명에 특성화되는 핵산은 당해 기술분야에서 잘 확립된 방법, 예를 들면, 본원에 참조로서 포함된 문헌 (참조: "Current protocols in nucleic acid chemistry," Beaucage, S.L. et al. (Edrs.), John Wiley & Sons, Inc., New York, NY, USA)에 기술된 것과 같은 방법들에 의해 합성되거나 변형될 수 있다. 변형은, 예를 들면, 말단 변형, 예를 들면, 5'-말단 변형(인산화, 접합, 역위 결합) 또는 3'-말단 변형(접합, DNA 뉴클레오티드, 역위 결합, 등); 염기 변형, 예를 들면, 안정화 염기, 불안정화 염기, 또는 파트너의 확장된 레퍼토리와 염기쌍을 형성하는 염기와의 대체, 염기(비염기 뉴클레오티드), 또는 접합된 염기의 제거; 당 변형(예를 들면, 2'-위치 또는 4'-위치에서) 또는 당의 대체; 또는 포스포디에스테르 결합의 변형 또는 대체를 포함하는 골격 변형을 포함한다. 본원에 기술된 실시형태에 유용한 올리고뉴클레오티드의 특정 예는, 이에 한정되지는 아니지만, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 변형된 골격을 함유하거나 천연 뉴클레오티드간 결합을 함유하지 않는 RNA를 포함한다. 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 변형된 골격을 갖는 RNA는 그 중에서도 골격에서 인 원자를 갖지 않는 것들을 특히 포함한다. 본 명세서의 목적을 위해서 그리고 당해 기술분야에서 때로 언급되는 것과 같이, 이들의 뉴클레오시드간 골격 내 인 원자를 갖지 않는 변형된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, RNA는 또한 올리고뉴클레오시드인 것으로 고려될 수 있다. 일부 실시형태에서, 변형된 올리고뉴클레오티드는 이의 뉴클레오시드간 골격 내 인 원자를 가질 것이다.
변형된 올리고뉴클레오티드 골격은, 예를 들면, 포스포로티오에이트, 키랄 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 포스포트리에스테르, 아미노알킬포스포트리에스테르, 메틸 및 3'-알킬렌 포스포네이트 및 키랄 포스포네이트를 포함하는 다른 알킬 포스포네이트, 포스피네이트, 3'-아미노 포스포르아미데이트 및 아미노알킬포스포르아미데이트를 포함하는 포스포르아미데이트, 티오노포스포르아미데이트, 티오노알킬포스포네이트, 티오노알킬포스포트리에스테르, 및 정상적인 3'-5' 결합을 갖는 보라노포스페이트, 이들의 2'-5'-결합 유사체, 및 인접한 뉴클레오시드 단위의 쌍이 3'-5'에서 5'-3' 또는 2'-5'에서 5'-2'로 결합되는 역전된 극성을 갖는 것들을 포함한다. 다양한 염, 혼합 염 및 유리산 형태가 또한 포함된다. 본 발명의 일부 실시형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 유리산 형태로 존재한다. 본 발명의 다른 실시형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 염 형태로 존재한다. 하나의 실시형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 나트륨 염 형태로 존재한다. 특정 실시형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 나트륨 염 형태로 존재하는 경우, 나트륨 이온은 제제에 존재하는 실질적으로 모든 포스포디에스테르 및/또는 포스포로티오에이트 그룹에 대한 카운터이온으로서 제제에 존재한다. 실질적으로 모든 포스포디에스테르 및/또는 포스포로티오에이트 결합이 나트륨 카운터이온을 갖는 올리고뉴클레오티드는 나트륨 카운터이온 없이 5, 4, 3, 2, 또는 1개 이하의 포스포디에스테르 및/또는 포스포로티오에이트 결합을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 나트륨 염 형태로 존재하는 경우, 나트륨 이온은 제제에 존재하는 모든 포스포디에스테르 및/또는 포스포로티오에이트 그룹에 대한 카운터이온으로서 올리고뉴클레오티드에 존재한다.
상기 인-함유 결합의 제조를 교시하는 대표적인 미국 특허는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 미국 특허 번호 3,687,808; 4,469,863; 4,476,301; 5,023,243; 5,177,195; 5,188,897; 5,264,423; 5,276,019; 5,278,302; 5,286,717; 5,321,131; 5,399,676; 5,405,939; 5,453,496; 5,455,233; 5,466,677; 5,476,925; 5,519,126; 5,536,821; 5,541,316; 5,550,111; 5,563,253; 5,571,799; 5,587,361; 5,625,050; 6,028,188; 6,124,445; 6,160,109; 6,169,170; 6,172,209; 6,239,265; 6,277,603; 6,326,199; 6,346,614; 6,444,423; 6,531,590; 6,534,639; 6,608,035; 6,683,167; 6,858,715; 6,867,294; 6,878,805; 7,015,315; 7,041,816; 7,273,933; 7,321,029; 및 미국 특허 RE39464를 포함하고, 이들 각각의 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
그 안에 인 원자를 포함하지 않는 변형된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, RNA 골격은 단쇄 알킬 또는 사이클로알킬 뉴클레오시드간 결합, 혼합 헤테로원자 및 알킬 또는 사이클로알킬 뉴클레오시드간 결합, 또는 하나 이상의 단쇄 헤테로원자 또는 헤테로시클릭 뉴클레오시드간 결합에 의해 형성된 골격을 갖는다. 이들은 (부분적으로 뉴클레오시드의 당 부분으로부터 형성된) 모르폴리노 결합; 실록산 골격; 설파이드, 설폭사이드 및 설폰 골격; 포름아세틸 및 티오포름아세틸 골격; 메틸렌 포름아세틸 및 티오포름아세틸 골격; 알켄 함유 골격; 설파메이트 골격; 메틸렌이미노 및 메틸렌하이드라지노 골격; 설포네이트 및 설폰아미드 골격; 아미드 골격을 갖는 것들; 및 혼합된 N, O, S, 및 CH2 성분 부분을 갖는 기타를 포함한다.
상기 올리고뉴클레오시드의 제조를 교시하는 대표적인 미국 특허는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 미국 특허 번호 5,034,506; 5,166,315; 5,185,444; 5,214,134; 5,216,141; 5,235,033; 5,64,562; 5,264,564; 5,405,938; 5,434,257; 5,466,677; 5,470,967; 5,489,677; 5,541,307; 5,561,225; 5,596,086; 5,602,240; 5,608,046; 5,610,289; 5,618,704; 5,623,070; 5,663,312; 5,633,360; 5,677,437; 및 5,677,439를 포함하고, 이들 각각의 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
적합한 RNA 모사체가 본원에 제공된 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제에 사용하기 위해 고려되고, 여기서, 뉴클레오티드 단위의 당 및 뉴클레오시드간 결합, 즉, 골격 둘 모두가 신규 기로 대체된다. 염기 단위는 적당한 핵산 표적 화합물과의 혼성화를 위해 유지된다. 우수한 혼성화 특성을 갖는 것으로 나타난 RNA 모사체인 하나의 이러한 올리고머 화합물은 펩티드 핵산(PNA)으로서 언급된다. PNA 화합물에서, RNA의 당 골격은 아미드 함유 골격, 특히 아미노에틸글리신 골격으로 대체된다. 뉴클레오염기는 보유되고 직접적으로 또는 간접적으로 골격의 아미드 부분의 아자 질소 원자에 결합된다. PNA 화합물의 제조를 교시하는 대표적인 미국 특허는, 이에 제한되지 것은 아니지만, 미국 특허 5,539,082; 5,714,331; 및 5,719,262를 포함하고, 이들 각각의 전문은 본원에 참조로서 포함된다. 본 발명의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, iRNA에 사용하기에 적합한 추가 PNA 화합물이, 예를 들면, 문헌 (참조: Nielsen et al., Science, 1991, 254, 1497-1500)에 기술되어 있다.
본 발명에서 특징화된 일부 실시형태는 포스포로티오에이트 골격을 갖는 올리고뉴클레오티드 및 헤테로원자 골격을 갖는 올리고뉴클레오시드, 및 특히 상기 참조된 미국 특허 5,489,677의 --CH2--NH--CH2-, --CH2--N(CH3)--O--CH2--[메틸렌(메틸이미노) 또는 MMI 골격으로 공지됨], --CH2--O--N(CH3)--CH2--, --CH2--N(CH3)--N(CH3)--CH2-- 및 --N(CH3)--CH2--CH2-- 및 상기 참조된 미국 특허 5,602,240의 아미드 골격을 포함한다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에서 특성화된 RNA는 상기 참조된 미국 특허 5,034,506의 모르폴리노 골격 구조를 갖는다. 네이티브 포스포디에스테르 골격은 O-P(O)(OH)-OCH2-로 나타낼 수 있다.
변형된 올리고뉴클레오티드는 또한 하나 이상의 치환된 당 모이어티를 함유할 수 있다. 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 본원에서 특성화된 dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2'-위치에서 하기 중 하나를 포함할 수 있다: OH; F; O-, S-, 또는 N-알킬; O-, S-, 또는 N-알케닐; O-, S- 또는 N-알키닐; 또는 O-알킬-O-알킬, 여기서, 알킬, 알케닐 및 알키닐은 치환되거나 치환되지 않은 C1 내지 C10 알킬 또는 C2 내지 C10 알케닐 및 알키닐일 수 있다. 예시적인 적합한 변형은 O[(CH2)nO]mCH3, O(CH2).nOCH3, O(CH2)nNH2, O(CH2)nCH3, O(CH2)nONH2, 및 O(CH2)nON[(CH2)nCH3)]2를 포함하고, 여기서, n 및 m은 1 내지 약 10이다. 다른 실시형태에서, dsRNA는 2' 위치에서 하기 중 하나를 포함한다: C1 내지 C10 저급 알킬, 치환된 저급 알킬, 알크아릴, 아르알킬, O-알크아릴 또는 O-아르알킬, SH, SCH3, OCN, Cl, Br, CN, CF3, OCF3, SOCH3, SO2CH3, ONO2, NO2, N3, NH2, 헤테로사이클로알킬, 헤테로사이클로알크아릴, 아미노알킬아미노, 폴리알킬아미노, 치환된 실릴, RNA 절단 그룹, 리포터 그룹, 삽입제, 올리고뉴클레오티드의 약동학 성질을 개선시키기 위한 그룹, 또는 올리고뉴클레오티드의 약력학 성질을 개선시키기 위한 그룹, 및 유사한 성질을 갖는 기타 치환체. 일부 실시형태에서, 변형은 2'-메톡시에톡시(2'-O--CH2CH2OCH3, 또한 2'-O-(2-메톡시에틸) 또는 2'-MOE로 공지됨)(참조: Martin et al., Helv. Chim. Acta, 1995, 78:486-504), 즉, 알콕시-알콕시 그룹을 포함한다. 또다른 예시적인 변형은 본원의 하기 예에 기술된 것과 같은, 2'-디메틸아미노옥시에톡시, 즉, 2'-DMAOE로도 공지된 O(CH2)2ON(CH3)2 그룹, 및 2'-디메틸아미노에톡시에톡시(당해 기술분야에 2'-O-디메틸아미노에톡시에틸 또는 2'-DMAEOE로도 공지됨), 즉, 2'-O--CH2--O--CH2--N(CH3)2이다. 추가의 예시적인 변형은 다음을 포함한다: 5'-Me-2'-F 뉴클레오티드, 5'-Me-2'-OMe 뉴클레오티드, 5'-Me-2'-데옥시뉴클레오티드(이들 3개 부류의 R 및 S 이성질체 모두); 2'-알콕시알킬; 및 2'-NMA(N-메틸아세트아미드).
기타 변형은 2'-메톡시(2'-OCH3), 2'-아미노프로폭시(2'-OCH2CH2CH2NH2), 2'-플루오로(2'-F)를 포함한다. 유사한 변형은 또한 iRNA의 RNA 상의 다른 위치, 특히 3'-말단 뉴클레오티드 상의 당의 3' 위치 또는 2'-5' 결합된 dsRNA 및 5'-말단 뉴클레오티드의 5' 위치에서 이루어질 수 있다. 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 또한 펜토푸라노실 당 대신에 사이클로부틸 모이어티와 같은 당 모사체를 가질 수 있다. 이러한 변형된 당 구조의 제조를 교시하는 대표적인 미국 특허는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 미국 특허 번호 4,981,957; 5,118,800; 5,319,080; 5,359,044; 5,393,878; 5,446,137; 5,466,786; 5,514,785; 5,519,134; 5,567,811; 5,576,427; 5,591,722; 5,597,909; 5,610,300; 5,627,053; 5,639,873; 5,646,265; 5,658,873; 5,670,633; 및 5,700,920을 포함하고, 이 중 일부가 본 출원에 공통적으로 포함된다. 상기한 각각의 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 또한 뉴클레오염기(종종 당해 기술분야에서 단순히 "염기"로서 언급됨) 변형 또는 치환을 포함한다. 본원에서 사용되는 "변형되지 않은" 또는 "천연" 뉴클레오염기는 퓨린 염기 아데닌(A) 및 구아닌(G), 및 피리미딘 염기 티민(T), 시토신(C) 및 우라실(U)을 포함한다. 변형된 뉴클레오염기는 합성 및 천연 뉴클레오염기, 예를 들면, 데옥시티미딘(dT), 5-메틸시토신(5-me-C), 5-하이드록시메틸 시토신, 크산틴, 하이포크산틴, 2-아미노아데닌, 6-메틸 및 아데닌 및 구아닌의 기타 알킬 유도체, 2-프로필 및 아데닌 및 구아닌의 기타 알킬 유도체, 2-티오우라실, 2-티오티민 및 2-티오시토신, 5-할로우라실 및 시토신, 5-프로피닐 우라실 및 시토신, 6-아조 우라실, 시토신 및 티민, 5-우라실(슈도우라실), 4-티오우라실, 8-할로, 8-아미노, 8-티올, 8-티오알킬, 8-하이드록실 유사 기타 8-치환된 아데닌 및 구아닌, 5-할로, 특히 5-브로모, 5-트리플루오로메틸 및 기타 5-치환된 우라실 및 시토신, 7-메틸구아닌 및 7-메틸아데닌, 8-아자구아닌 및 8-아자아데닌, 7-데아자구아닌 및 7-다아자아데닌 및 3-데아자구아닌 및 3-데아자아데닌을 포함한다. 추가 뉴클레오염기는 미국 특허 3,687,808에 개시된 것들, 문헌 (참조: Modified Nucleosides in Biochemistry, Biotechnology and Medicine, Herdewijn, P. ed. Wiley-VCH, 2008)에 개시된 것들, 문헌 (참조: The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, pages 858-859, Kroschwitz, J. L, ed. John Wiley & Sons, 1990)에 개시된 것들, 문헌 (참조: Englisch et al., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613)에 개시된 것들, 문헌 (참조: Sanghvi, Y S., Chapter 15, dsRNA Research and Applications, pages 289-302, Crooke, S. T. and Lebleu, B., Ed., CRC Press, 1993)에 개시된 것들을 포함한다. 이들 뉴클레오염기 중 일부는 특히 본 발명에서 특징화된 올리고머 화합물의 결합 친화도를 증가시키는데 유용하다. 이들은 2-아미노프로필아데닌, 5-프로피닐우라실 및 5-프로피닐시토신을 포함하는 5-치환된 피리미딘, 6-아자피리미딘 및 N-2, N-6 및 0-6 치환된 퓨린을 포함한다. 5-메틸시토신 치환은 예시적인 염기 치환이고, 이는 특히 2'-O-메톡시에틸 당 변형과 조합될 때, 핵산 듀플렉스 안정성을 0.6-1.2℃ 만큼 증가시키는 것으로 나타났다 (참조: Sanghvi, Y. S., Crooke, S. T. and Lebleu, B., Eds., dsRNA Research and Applications, CRC Press, Boca Raton, 1993, pp. 276-278).
상기 언급한 특정 변형된 핵염기 뿐만 아니라 다른 변형된 핵염기의 제조를 교시하는 대표적인 미국 특허는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 상기 언급한 미국 특허 번호 3,687,808, 4,845,205; 5,130,30; 5,134,066; 5,175,273; 5,367,066; 5,432,272; 5,457,187; 5,459,255; 5,484,908; 5,502,177; 5,525,711; 5,552,540; 5,587,469; 5,594,121, 5,596,091; 5,614,617; 5,681,941; 5,750,692; 6,015,886; 6,147,200; 6,166,197; 6,222,025; 6,235,887; 6,380,368; 6,528,640; 6,639,062; 6,617,438; 7,045,610; 7,427,672; 및 7,495,088을 포함하고, 이들 각각의 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
일부 실시형태에서, 본 개시의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 또한 하나 이상의 바이사이클릭 당 모이어티를 포함하도록 변형될 수 있다. "바이사이클릭 당"은 인접하든 인접하지 않든, 2개의 탄소의 가교에 의해 형성된 환에 의해 변형된 푸라노실 환이다. "바이사이클릭 뉴클레오시드"("BNA")는 인접하든 인접하지 않든, 당 환의 2개의 탄소 원자의 가교에 의해 형성된 환을 포함하는 당 모이어티를 가져 바이사이클릭 환 시스템을 형성하는 뉴클레오시드이다. 특정 실시형태에서, 가교는 당 환의 4'-탄소 및 2'-탄소를, 임의로 2'-바이-사이클릭 산소 원자를 통해 결합한다. 따라서, 일부 실시형태에서, 본 발명의 제제는 하나 이상의 잠김 핵산(LNA)을 포함할 수 있다. 잠김 핵산은 변형 리보스 모이어티를 갖는 뉴클레오티드이고, 여기서, 리보스 모이어티는 2' 및 4' 탄소를 결합하는 여분의 가교를 포함한다. 다시 말해, LNA는 4'-CH2-O-2' 가교를 포함하는 바이사이클릭 당 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드이다. 이러한 구조는 3'-엔도 구조 형태에서 리보스를 효과적으로 "잠근다". siRNA로의 잠김 핵산의 첨가는 혈청에서 siRNA 안정성을 증가시키고 오프-표적 효과를 감소시키는 것으로 나타났다 (참조: Elmen, J. et al., (2005) Nucleic Acids Research 33(1):439-447; Mook, OR. et al., (2007) Mol Canc Ther 6(3):833-843; Grunweller, A. et al., (2003) Nucleic Acids Research 31(12):3185-3193). 본 발명의 폴리뉴클레오티드에 사용하기 위한 바이사이클릭 뉴클레오시드의 예는 4'와 2' 리보실 환 원자 사이에 가교를 포함하는 뉴클레오시드를 비제한적으로 포함한다. 특정 실시형태에서, 본 발명의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 4'에서 2'로의 가교를 포함하는 하나 이상의 바이사이클릭 뉴클레오시드를 포함한다.
잠김 뉴클레오시드는 구조식(입체화학 생략)으로 나타낼 수 있고:
상기 화학식에서, B는 뉴클레오염기 또는 변형된 뉴클레오염기이고, L은 2'-탄소를 리보스 환의 4'-탄소에 결합하는 결합 그룹이다. 이러한 4'에서 2'로 가교된 바이사이클릭 뉴클레오시드의 예는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 4'-(CH2)-O-2'(LNA); 4'-(CH2)-S-2'; 4'-(CH2)2-O-2'(ENA); 4'-CH(CH3)-O-2'(또한 "제한된 에틸" 또는 "cEt"로도 언급됨) 및 4'-CH(CH2OCH3)-O-2'(및 이의 유사체; 예를 들면, 미국 특허 번호 7,399,845 참조); 4'-C(CH3)(CH3)-O-2' (및 이의 유사체; 예를 들면, 미국 특허 번호 8,278,283 참조); 4'-CH2-N(OCH3)-2' (및 이의 유사체; 예를 들면, 미국 특허 번호 8,278,425 참조); 4'-CH2-O-N(CH3)-2' (예를 들면, 문헌 참조: 미국 특허 공보 번호 2004/0171570); 4'-CH2-N(R)-O-2'(여기서, R은 H, C1-C12 알킬, 또는 질소 보호 그룹이다) (예를 들면, 문헌 참조: 미국 특허 번호 7,427,672); 4'-CH2-C(H)(CH3)-2' (예를 들면, 문헌 참조: Chattopadhyaya et al., J. Org. Chem., 2009, 74, 118-134); 및 4'-CH2-C(=CH2)-2' (및 이의 유사체; 예를 들면, 미국 특허 번호 8,278,426 참조)를 포함한다. 상기한 각각의 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
잠김 핵산 뉴클레오티드의 제조를 교시하는 추가의 대표적인 미국 특허 및 미국 특허 공보는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 하기한: 미국 특허 번호 6,268,490; 6,525,191; 6,670,461; 6,770,748; 6,794,499; 6,998,484; 7,053,207; 7,034,133; 7,084,125; 7,399,845; 7,427,672; 7,569,686; 7,741,457; 8,022,193; 8,030,467; 8,278,425; 8,278,426; 8,278,283; US 2008/0039618; 및 US 2009/0012281을 포함하고, 이들 각각의 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
예를 들면, α-L-리보푸라노스 및 β-D-리보푸라노스를 포함하는 하나 이상의 입체화학적 당 배치를 갖는 상기한 바이사이클릭 뉴클레오시드 중 어느 것을 제조할 수 있다(WO 99/14226를 참조함).
올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 뉴클레오티드는 또한 하나 이상의 제한된 에틸 뉴클레오티드를 포함하도록 변형될 수 있다. 본원에 사용된 "제한된 에틸 뉴클레오티드" 또는 "cEt"는 4'-CH(CH3)-O-2' 가교를 포함하는 바이사이클릭 당 모이어티를 포함하는 잠김 핵산이다(즉, L은 선행된 구조에 있음). 하나의 실시형태에서, 제한된 에틸 뉴클레오티드는 본원에서 "S-cEt"로 지칭되는 S 형태로 존재한다.
본 발명의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 또한 하나 이상의 "형태적으로 제한된 뉴클레오티드"("CRN")를 포함할 수 있다. CRN은 리보스의 C2' 및 C4' 탄소 또는 리보스의 C3 및 -C5' 탄소를 연결하는 링커를 갖는 뉴클레오티드 유사체이다. CRN은 리보스 환을 안정한 형태로 잠그고 mRNA에 대한 혼성화 친화성을 증가시킨다. 링커는 안정성과 친화성을 위한 최적의 위치에 산소를 배치하여 리보스 환 퍼커링을 감소시키기에 충분한 길이이다.
전술된 CRN의 특정 제조를 교시하는 대표적인 공보는, 이에 제한되지 것은 아니지만, 미국 공보 2013/0190383; 및 PCT 공보 WO 2013/036868을 포함하고, 이들 각각의 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
일부 실시형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 UNA(잠김 해제된 핵산) 뉴클레오티드인 하나 이상의 단량체를 포함한다. UNA는 잠김 해제된 아사이클릭 핵산이고, 여기서, 당의 임의의 결합은 제거되어 잠김 해제된 "당" 잔기를 형성한다. 하나의 예에서, UNA는 또한 C1'-C4' 사이의 결합(즉, C1'과 C4' 탄소 사이의 공유 탄소-산소-탄소 결합)이 제거된 단량체를 포함한다. 또다른 예에서, 당의 C2'-C3' 결합(즉, C2'와 C3' 탄소 사이의 공유 탄소-탄소 결합)이 제거되었다 (참조: Nuc. Acids Symp. Series, 52, 133-134 (2008) and Fluiter et al., Mol. Biosyst., 2009, 10, 1039, 당해 문헌은 참조로서 포함됨).
UNA의 제조를 교시하는 대표적인 미국 공보는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 미국 특허 번호 8,314,227; 및 미국 특허 공보 번호 2013/0096289; 2013/0011922; 및 2011/0313020을 포함하고, 이들 각각의 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
올리고뉴클레오티드, 예를 들면, RNA 분자의 말단에 대한 잠재적인 안정화 변형은 N-(아세틸아미노카프로일)-4-하이드록시프롤리놀 (Hyp-C6-NHAc), N-(카프로일-4-하이드록시프롤리놀 (Hyp-C6), N-(아세틸-4-하이드록시프롤리놀 (Hyp-NHAc), 티미딘-2'-0-데옥시티미딘 (에테르), N-(아미노카프로일)-4-하이드록시프롤리놀 (Hyp-C6-아미노), 2-도코사노일-우리딘-3"-포스페이트, 역전된 염 dT(idT) 및 다른 것들을 포함할 수 있다. 이러한 변형의 개시는 PCT 공개 번호 WO 2011/005861에서 발견될 수 있다.
예를 들면, 본 발명의 dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 뉴클레오티드의 기타 변형은 iRNA의 안티센스 가닥 상의 5' 포스페이트 또는 5' 포스페이트 모방체, 예를 들면, 5'-말단 포스페이트 또는 포스페이트 모방체를 포함한다. 적합한 포스페이트 모방체는, 예를 들면, 미국 특허 공보 번호 2012/0157511에 개시되어 있고, 이의 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
iv. 본 발명의 모티프를 포함하는 변형된 iRNA
본 발명의 특정 측면에서, 본 발명의 이중 가닥 RNA 제제는, 예를 들면, 이의 각각의 전문이 본원에 참조로서 포함된, WO2013/075035에 개시된 것과 같은 화학적 변형을 갖는 제제를 포함한다. 본 명세서 및 WO2013/075035에서 알 수 있듯이, 3개의 연속 뉴클레오티드 상의 3개의 동일한 변형의 하나 이상의 모티프는 특히 절단 부위에서 또는 이의 부근에서 dsRNAi 제제의 센스 가닥 또는 안티센스 가닥으로 도입될 수 있다. 일부 실시형태에서, dsRNAi 제제의 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 다르게는 완전히 변형될 수 있다. 이들 모티프의 도입은 경우에 따라 센스 또는 안티센스 가닥의 변형 패턴을 방해한다. dsRNAi 제제는 예를 들면, 센스 가닥 상에서 임의로 GalNAc 유도체 리간드와 접합될 수 있다.
보다 구체적으로, 이중 가닥 RNA 제제의 센스 가닥 및 안티센스 가닥이 dsRNAi 제제의 적어도 하나의 가닥의 절단 부위의 또는 그 부근의 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 동일한 변형의 하나 이상의 모티프를 갖도록 완전히 변형될 때, dsRNAi 제제의 유전자 침묵화 활성이 관찰되었다.
따라서, 본 발명은 표적 유전자(즉, INHBE 유전자)의 발현을 생체내에서 억제할 수 있는 이중 가닥 RNA 제제를 제공한다. RNAi 제제는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함한다. RNAi 제제의 각각의 가닥은, 예를 들면, 길이가 17-30개의 뉴클레오티드, 길이가 25-30개의 뉴클레오티드, 길이가 27-30개의 뉴클레오티드, 길이가 19-25개의 뉴클레오티드, 길이가 19-23개의 뉴클레오티드, 길이가 19-21개의 뉴클레오티드, 길이가 21-25개의 뉴클레오티드, 또는 길이가 21-23개의 뉴클레오티드일 수 있다.
센스 가닥 및 안티센스 가닥은 통상적으로 듀플렉스 이중 가닥 RNA("dsRNA")를 형성하고, 이는 본원에서 "dsRNAi 제제"로도 언급된다. dsRNAi 제제의 듀플렉스 영역은, 예를 들면, 길이가 27-30개의 뉴클레오티드 쌍, 길이가 19-25개의 뉴클레오티드 쌍, 길이가 19-23개의 뉴클레오티드 쌍, 길이가 19-21개의 뉴클레오티드 쌍, 길이가 21-25개의 뉴클레오티드 쌍, 또는 길이가 21-23개의 뉴클레오티드 쌍일 수 있는 듀플렉스 영역일 수 있다. 또다른 예에서, 듀플렉스 영역은 길이가 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 및 27개의 뉴클레오티드로부터 선택된다.
특정 실시형태에서, dsRNAi 제제는 하나 또는 둘 모두의 가닥의 3'-말단, 5'-말단, 또는 둘 모두의 말단에서 하나 이상의 오버행 영역 또는 캡핑 그룹을 함유할 수 있다. 오버행은 독립적으로 길이가 1-6개의 뉴클레오티드, 예를 들면, 길이가 2-6개의 뉴클레오티드, 길이가 1-5개의 뉴클레오티드, 길이가 2-5개의 뉴클레오티드, 길이가 1-4개의 뉴클레오티드, 길이가 2-4개의 뉴클레오티드, 길이가 1-3개의 뉴클레오티드, 길이가 2-3개의 뉴클레오티드, 또는 길이가 1-2개의 뉴클레오티드일 수 있다. 특정 실시형태에서, 오버행 영역은 위에서 제공된 것과 같이 연장된 오버행 영역을 포함할 수 있다. 오버행은 한 가닥이 다른 가닥보다 길거나 동일한 길이의 두 가닥이 엇갈려서 생긴 결과일 수 있다. 오버행은 표적 mRNA와 미스매치를 형성할 수 있거나 이것은 표적화된 유전자 서열에 상보적일 수 있거나 또다른 서열일 수 있다. 첫번째 및 두번째 가닥은 또한, 예를 들면, 추가 염기에 의해 결합되어 헤어핀을 형성하거나, 다른 비-염기 링커에 의해 결합될 수 있다.
특정 실시형태에서, dsRNAi 제제의 오버행 영역에서의 뉴클레오티드는 각각 독립적으로 2'-당 변형된 것, 예를 들면, 이에 제한되지 않지만, 2'-F, 2'-O-메틸, 티미딘(T), 2`-O-메톡시에틸-5-메틸우리딘(Teo), 2'-O-메톡시에틸아데노신(Aeo), 2'-O-메톡시에틸-5-메틸시티딘(m5Ceo), 및 이의 임의의 조합을 포함하는 변형 또는 변형되지 않은 뉴클레오티드일 수 있다.
예를 들면, TT는 어느 한 가닥의 어느 한 말단에 대해 오버행 서열일 수 있 다. 오버행은 표적 mRNA와 미스매치를 형성할 수 있거나 이것은 표적화된 유전자 서열에 상보적일 수 있거나 또다른 서열일 수 있다.
dsRNAi 제제의 센스 가닥, 안티센스 가닥 또는 가닥 둘 모두에서 5'- 또는 3'- 오버행은 인산화될 수 있다. 일부 실시형태에서, 오버행 영역(들)은 2개의 뉴클레오티드 사이에 포스포로티오에이트를 갖는 2개의 뉴클레오티드를 함유하고, 여기서, 2개의 뉴클레오티드는 동일하거나 상이할 수 있다. 일부 실시형태에서, 오버행은 센스 가닥, 안티센스 가닥, 또는 둘 모두의 가닥의 3'-말단에 존재한다. 일부 실시형태에서, 이러한 3'-오버행은 안티센스 가닥에 존재한다. 일부 실시형태에서, 이러한 3'-오버행은 센스 가닥에 존재한다.
dsRNAi 제제는 그 전체 안정성에 영향을 미치지 않으면서 RNAi의 간섭 활성을 강화할 수 있는 단일 오버행만을 포함할 수 있다. 예를 들면, 단일-가닥 오버행은 센스 가닥의 3'-말단 또는, 대안적으로 안티센스 가닥의 3'-말단에 위치할 수 있다. RNAi는 안티센스 가닥의 5'-말단(즉, 센스 가닥의 3'-말단) 또는 그 반대로 위치한 둔화 말단을 가질 수 있다. 일반적으로, dsRNAi 제제의 안티센스 가닥은 3'-말단에서 뉴클레오티드 오버행을 갖고, 5'-말단은 둔화 말단이다. 이론에 결부시키는 것은 아니지만, 안티센스 가닥의 5'-말단에서 및 안티센스 가닥의 3'-말단 오버행에서 비대칭 둔화 말단은 RISC 공정으로 로딩되는 가이드 가닥을 선호한다.
특정 실시형태에서, dsRNAi 제제는 길이가 19개의 뉴클레오티드인 이중 둔화-말단이고, 여기서, 센스 가닥은 5'-말단으로부터 위치 7, 8, 9에 있는 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 2'-F 변형의 적어도 하나의 모티프를 포함한다. 안티센스 가닥은 5'-말단으로부터 위치 11, 12, 및 13에 있는 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 2'-O-메틸 변형의 적어도 하나의 모티프를 포함한다.
또다른 실시형태에서, dsRNAi 제제는 길이가 20개의 뉴클레오티드인 이중 둔화-말단이고, 여기서, 센스 가닥은 5'-말단으로부터 위치 8, 9, 및 10에 있는 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 2'-F 변형의 적어도 하나의 모티프를 포함한다. 안티센스 가닥은 5'-말단으로부터 위치 11, 12, 및 13에 있는 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 2'-O-메틸 변형의 적어도 하나의 모티프를 포함한다.
또다른 실시형태에서, dsRNAi 제제는 길이가 21개의 뉴클레오티드인 이중 둔화-말단이고, 여기서, 센스 가닥은 5'-말단으로부터 위치 9, 10, 및 11에 있는 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 2'-F 변형의 적어도 하나의 모티프를 포함한다. 안티센스 가닥은 5'-말단으로부터 위치 11, 12, 및 13에 있는 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 2'-O-메틸 변형의 적어도 하나의 모티프를 포함한다.
특정 실시형태에서, dsRNAi 제제는 21개의 뉴클레오티드 센스 가닥 및 23개의 뉴클레오티드 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, 센스 가닥은 5'-말단으로부터 위치 9, 10, 및 11에 있는 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 2'-F 변형의 적어도 하나의 모티프를 포함하고; 안티센스 가닥은 5'-말단으로부터 위치 11, 12, 및 13에 있는 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 2'-O-메틸 변형의 적어도 하나의 모티프를 포함하고, RNAi 제제의 하나의 말단은 둔화인 한편, 다른 말단은 2개의 뉴클레오티드 오버행을 포함한다. 하나의 실시형태에서, 2개의 뉴클레오티드 오버행은 안티센스 가닥의 3'-말단에 존재한다.
2개의 뉴클레오티드 오버행이 안티센스 가닥의 3'-말단에 존재하는 경우, 말단 3개의 뉴클레오티드 사이에 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합이 있을 수 있고, 여기서, 3개의 뉴클레오티드 중 2개는 오버행 뉴클레오티드이고, 3번째 뉴클레오티드는 오버행 뉴클레오티드 옆에 쌍을 형성한 뉴클레오티드이다. 하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 추가로 센스 가닥의 5'-말단 및 안티센스 가닥의 5'-말단 둘 모두에서 말단 3개의 뉴클레오티드 사이에 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합을 갖는다. 특정 실시형태에서, 모티프의 일부인 뉴클레오티드를 포함하는 dsRNAi 제제의 센스 가닥 및 안티센스 가닥의 모든 뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드이다. 특정 실시형태에서, 각각의 잔기는 독립적으로, 예를 들면, 교호(alternating) 모티프에서 2'-O-메틸 또는 3'-플루오로로 변형된다. 임의로, dsRNAi 제제는 리간드(예를 들면, GalNAc3)를 추가로 포함한다.
특정 실시형태에서, dsRNAi 제제는 센스 및 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, 센스 가닥은 길이가 25-30개의 뉴클레오티드 잔기이고, 5'-말단 뉴클레오티드(위치 1)에서 시작하여 첫번째 가닥의 위치 1 내지 23은 적어도 8개 리보뉴클레오티드를 포함하고; 안티센스 가닥은 길이가 36-66개의 뉴클레오티드 잔기이고, 3'-말단 뉴클레오티드에서 시작하여 센스 가닥의 위치 1-23과 쌍을 형성하는 위치에 적어도 8개의 리보뉴클레오티드를 포함하여 듀플렉스를 형성하고; 안티센스 가닥의 적어도 3'-말단 뉴클레오티드는 센스 가닥과 쌍을 형성하지 않고, 최대 6개의 연속 3'-말단 뉴클레오티드는 센스 가닥과 쌍을 형성하지 않아서 1-6개의 뉴클레오티드의 3' 단일 가닥 오버행을 형성하고; 안티센스 가닥의 5'-말단은 센스 가닥과 쌍을 형성하지 않는 10-30개 연속 뉴클레오티드를 포함하여, 10-30개의 뉴클레오티드 단일 가닥 5' 오버행을 형성하고; 적어도 센스 가닥 5'-말단 및 3'-말단 뉴클레오티드는 센스 및 안티센스 가닥이 최대 상보성을 위해 정렬되는 경우 안티센스 가닥의 뉴클레오티드와 염기쌍을 형성하여, 센스 가닥과 안티센스 가닥 사이에 실질적으로 듀플렉스된 영역을 형성하고; 안티센스 가닥은 이중 가닥 핵산이 포유류 세포 내로 도입되는 경우, 표적 유전자 발현을 감소시키기 위해 안티센스 가닥 길이의 적어도 19개 리보뉴클레오티드를 따라 표적 RNA에 충분히 상보적이고; 센스 가닥은 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 2'-F 변형의 적어도 하나의 모티프를 포함하고, 여기서, 모티프의 적어도 하나는 절단 부위에서 또는 그 부근에서 일어난다. 안티센스 가닥은 절단 부위에 또는 그 부근에 있는 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 2'-O-메틸 변형의 적어도 하나의 모티프를 포함한다.
특정 실시형태에서, dsRNAi 제제는 센스 및 안티센스 가닥을 포함하고, 여기서, dsRNAi 제제는 5'-말단으로부터 위치 11, 12, 13에 있는 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 2'-O-메틸 변형의 적어도 하나의 모티프와 적어도 25 내지 최대 29개의 뉴클레오티드인 길이를 갖는 첫번째 가닥 및 최대 30개의 뉴클레오티드인 길이를 갖는 두번째 가닥을 포함하고; 첫번째 가닥의 3'-말단 및 두번째 가닥의 5'-말단은 둔화 말단을 형성하고 두번째 가닥은 첫번째 가닥보다 이의 3'-말단에서 1-4개의 뉴클레오티드가 더 길고, 여기서, 듀플렉스 영역은 길이가 적어도 25개의 뉴클레오티드이고, 두번째 가닥은 RNAi 제제가 포유류 세포 내로 도입되는 경우 표적 유전자 발현을 감소시키기 위해 두번째 가닥 길이의 적어도 19개의 뉴클레오티드를 따라 표적 mRNA에 충분히 상보적이고, dsRNAi 제제의 다이서 절단이 두번째 가닥의 3'-말단을 포함하는 siRNA를 생성하여 포유류에서 표적 유전자의 발현을 감소시킨다. 임의로, dsRNAi 제제는 추가로 리간드를 포함한다.
특정 실시형태에서, dsRNAi 제제의 센스 가닥은 3개의 연속 뉴클레오티드 상에서 3개의 동일한 변형의 적어도 하나의 모티프를 포함하고, 여기서, 모티프 중 하나는 센스 가닥 내 절단 부위에서 일어난다.
특정 실시형태에서, dsRNAi 제제의 안티센스 가닥은 또한 3개의 연속 뉴클레오티드 상의 3개의 동일한 변형의 적어도 하나의 모티프를 포함하고, 여기서, 모티프 중 하나는 안티센스 가닥 내 절단 부위에 또는 그 부근에서 일어난다.
길이가 19-23개의 뉴클레오티드인 듀플렉스 영역을 갖는 dsRNAi 제제의 경우, 안티센스 가닥의 절단 부위는 통상적으로 5'-말단으로부터 10, 11 및 12 위치 주변에 있다. 따라서 3개의 동일한 변형의 모티프는 안티센스 가닥의 9, 10, 11 위치; 10, 11, 12 위치; 11, 12, 13 위치; 12, 13, 14 위치; 또는 13, 14, 15 위치에 일어날 수 있고, 계수는 안티센스 가닥의 5'-말단에서 첫번째 뉴클레오티드에서 시작하거나, 계수는 안티센스 가닥의 5'-말단에서 듀플렉스 영역 내 첫번째 쌍을 형성하는 뉴클레오티드에서 시작한다. 안티센스 가닥 내 절단 부위는 또한 5'-말단으로부터 dsRNAi 제제의 듀플렉스 영역의 길이에 따라 변화할 수 있다.
RNAi 제제의 센스 가닥은 가닥의 절단 부위에서 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 동일한 변형의 적어도 하나의 모티프를 포함할 수 있고; 안티센스 가닥은 가닥의 절단 부위에서 또는 그 부근에서 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 동일한 변형의 적어도 하나의 모티프를 가질 수 있다. 센스 가닥 및 안티센스 가닥이 dsRNA 듀플렉스를 형성할 때, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 센스 가닥 상의 3개의 뉴클레오티드 중 하나의 모티프와 안티센스 가닥 상의 3개의 뉴클레오티드 중 하나의 모티프가 적어도 하나의 뉴클레오티드 중복을 갖도록 정렬될 수 있고, 즉, 센스 가닥 내 모티프의 3개의 뉴클레오티드 중 적어도 하나는 안티센스 가닥 내 모티프의 3개의 뉴클레오티드 중 적어도 하나와 염기쌍을 형성한다. 대안적으로, 적어도 2개의 뉴클레오티드는 중복될 수 있거나, 모든 3개의 뉴클레오티드는 중복될 수 있다.
일부 실시형태에서, dsRNAi 제제의 센스 가닥은 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 동일한 변형의 하나 초과의 모티프를 포함할 수 있다. 첫번째 모티프는 가닥의 절단 부위에 또는 그 부근에 존재할 수 있고, 다른 모티프는 윙(윙) 변형일 수 있다. 본원에서 용어 "윙 변형"은 동일한 가닥의 절단 부위에 또는 그 부근에 모티프로부터 분리된 가닥의 또다른 부분에 존재하는 모티프를 언급한다. 윙 변형은 첫번째 모티프에 인접하거나 적어도 하나 이상의 뉴클레오티드에 의해 분리된다. 모티프가 서로 바로 인접해 있는 경우, 모티프의 화학적 작용은 서로 구별되고, 모티프가 하나 이상의 뉴클레오티드에 의해 분리되어 있는 경우, 화학적 작용은 동일하거나 상이할 수 있다. 2개 이상의 윙 변형이 존재할 수 있다. 예를 들면, 2개의 윙 변형이 존재하는 경우, 각각의 윙 변형은 절단 부위에 또는 그 부근에 있는 첫번째 모티프에 대해 하나의 말단에서 발생하거나 리드(lead) 모티프의 어느 한 측면 상에서 발생한다.
센스 가닥과 마찬가지로, dsRNAi 제제의 안티센스 가닥은 3개의 연속 뉴클레오티드 상에 3개의 동일한 변형의 하나 초과의 모티프를 포함할 수 있고, 모티프 중 적어도 하나는 가닥의 절단 부위에 또는 그 부근에서 발생한다. 이러한 안티센스 가닥은 또한 센스 가닥에 존재할 수 있는 윙 변형과 유사한 정렬로 하나 이상의 윙 변형을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, dsRNAi 제제의 센스 가닥 또는 안티센스 가닥 상의 윙 변형은 통상적으로 가닥의 3'-말단, 5'-말단, 또는 양 말단에 첫번째 하나 또는 두 개의 말단 뉴클레오티드를 포함하지 않는다.
다른 실시형태에서, dsRNAi 제제의 센스 가닥 또는 안티센스 가닥 상의 윙 변형은 통상적으로 가닥의 3'-말단, 5'-말단, 또는 양 말단에서 듀플렉스 영역 내에 첫번째 하나 또는 두 개의 쌍을 형성하는 뉴클레오티드를 포함하지 않는다.
dsRNAi 제제의 센스 가닥 및 안티센스 가닥이 각각 적어도 하나의 윙 변형을 포함하는 경우, 윙 변형은 듀플렉스 영역의 동일한 말단 상에 있을 수 있고, 1, 2 또는 3개의 뉴클레오티드의 중첩을 가질 수 있다.
dsRNAi 제제의 센스 가닥 및 안티센스 가닥이 각각 적어도 2개의 윙 변형을 포함하는 경우, 센스 가닥 및 안티센스 가닥은 정렬되어 하나의 가닥에서 각각 두 개의 변형이 1, 2 또는 3개의 뉴클레오티드의 중첩을 갖는 듀플렉스 영역의 하나의 말단 상에 있고; 하나의 가닥에서 각각 두 개의 변형이 1, 2 또는 3개의 뉴클레오티드의 중첩을 갖는 듀플렉스 영역의 다른 말단 상에 있고; 하나의 가닥에서 두 개의 변형이 리드 모티프의 양측 상에 있고, 듀플렉스 영역에 1, 2 또는 3개의 뉴클레오티드의 중첩을 갖는다.
일부 실시형태에서, 모티프의 일부인 뉴클레오티드를 포함하는 dsRNAi 제제의 센스 가닥 및 안티센스 가닥의 모든 뉴클레오티드는 변형될 수 있다. 각각의 뉴클레오티드는 동일하거나 상이한 변형으로 변형될 수 있고, 이는 비-결합 포스페이트 산소 중 하나 또는 둘 모두 또는 결합 포스페이트 산소 중 하나 이상의 하나 이상의 변경; 리보스 당의 성분, 예를 들면, 리보스 당의 2'-하이드록실의 변경; 포스페이트 모이어티를 "데포스포" 링커로 대량 대체; 천연 발생 염기의 변형 또는 대체; 및 리보스-포스페이트 골격의 대체 또는 변형을 포함할 수 있다.
핵산은 서브유닛의 중합체이므로, 많은 변형, 예를 들면, 염기, 또는 포스페이트 모이어티의 변형, 또는 포스페이트 모이어티의 비-결합 O의 변형이 핵산 내에서 반복되는 위치에서 발생한다. 일부 경우에, 변형은 핵산 내의 모든 대상자 위치에서 발생하지만, 많은 경우에 그렇지 않을 것이다. 예로서, 변형은 3'- 또는 5'-말단 위치에서만 발생할 수 있고, 말단 영역 내, 예를 들면, 말단 뉴클레오티드 상의 위치에서 또는 가닥의 마지막 2, 3, 4, 5, 또는 10개의 뉴클레오티드에서만 발생할 수 있다. 변형은 이중 가닥 영역, 단일 가닥 영역 또는 둘 모두에서 발생할 수 있다. 변형은 RNA의 이중 가닥 영역에서만 발생할 수 있거나 RNA의 단일 가닥 영역에서만 발생할 수 있다. 예를 들면, 비-결합 O 위치에서 포스포로티오에이트 변형은 한쪽 또는 양쪽 말단에서만 발생할 수 있고, 말단 영역 내, 예를 들면, 말단 뉴클레오티드 상의 위치에서 또는 가닥의 마지막 2, 3, 4, 5, 또는 10개의 뉴클레오티드에서만 발생할 수 있거나, 이중 가닥 및 단일 가닥 영역, 특히 말단에서 발생할 수 있다. 5'- 말단 또는 말단들은 인산화될 수 있다.
예를 들면, 안정성을 향상시키거나, 오버행에 특정 염기를 포함하거나, 변형된 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 대리물을 단일 가닥 오버행에, 예를 들면, 5'- 또는 3'-오버행에, 또는 둘 모두에 포함하는 것이 가능할 수 있다. 예를 들면, 오버행에 퓨린 뉴클레오티드를 포함하는 것이 바람직할 수 있다. 일부 실시형태에서 3' 또는 5' 오버행의 염기 모두 또는 일부는, 예를 들면, 본 명세서에 기술된 변형으로 변형될 수 있다. 변형은, 예를 들면, 당해 기술분야에 공지된 변형을 갖는 리보스 당의 2' 위치에서의 변형의 사용, 예를 들면, 데옥시리보뉴클레오티드, 2'-데옥시-2'-플루오로(2'-F) 또는 뉴클레오염기의 리보당 대신 변형 2'-O-메틸의 사용, 및 포스페이트 그룹에서의 변형, 예를 들면, 포스포로티오에이트 변형의 사용을 포함할 수 있다. 오버행은 표적 서열과 상동성일 필요는 없다.
일부 실시형태에서, 센스 가닥 및 안티센스 가닥의 각각의 잔기는 LNA, CRN, cET, UNA, HNA, CeNA, 2'-메톡시에틸, 2'-O-메틸, 2'-O-알릴, 2'-C-알릴, 2'-데옥시, 2'-하이드록실, 또는 2'-플루오로로 독립적으로 변형된다. 가닥은 하나 초과의 변형을 포함할 수 있다. 하나의 실시형태에서, 센스 가닥 및 안티센스 가닥의 각각의 잔기는 2'-O-메틸 또는 2'-플루오로로 독립적으로 변형된다.
적어도 2개의 상이한 변형은 통상적으로 센스 가닥 및 안티센스 가닥 상에 존재한다. 이러한 2개의 변형은 2'-O-메틸 또는 2'-플루오로 변형, 또는 기타일 수 있다.
특정 실시형태에서, Na 또는 Nb는 교호 패턴의 변형을 포함한다. 본원에 사용된 용어 "교호 모티프"는 하나 이상의 변형을 갖는 모티프를 언급하고, 각각의 변형은 한 가닥의 교호 뉴클레오티드 상에서 발생한다. 교호 뉴클레오티드는 하나 걸러 뉴클레오티드 당 하나 또는 3개의 뉴클레오티드 당 하나 또는 유사한 패턴을 언급할 수 있다. 예를 들면, A, B 및 C 각각이 뉴클레오티드에 대한 하나의 유형의 변형을 나타내는 경우, 교호 모티프는 "ABABABABABAB...", "AABBAABBAABB...", "AABAABAABAAB...", "AAABAAABAAAB...", "AAABBBAAABBB...", 또는 "ABCABCABCABC..." 등일 수 있다.
교호 모티프에 포함된 변형의 유형은 동일하거나 상이할 수 있다. 예를 들면, A, B, C, D 각각이 뉴클레오티드 상에 한 가지 유형의 변형을 나타내는 경우, 교호 패턴, 즉, 다른 모든 뉴클레오티드 상의 변형은 동일할 수 있지만, 센스 가닥 또는 안티센스 가닥 각각은 "ABABAB...", "ACACAC..." "BDBDBD..." 또는 "CDCDCD..." 등과 같은 교호 모티프 내 변형 중 몇 가지 가능성으로부터 선택될 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 발명의 dsRNAi 제제는 전환한 안티센스 가닥 상의 교호 모티프에 대한 변형 패턴에 비해 센스 가닥 상의 교호 모티프에 대한 변형 패턴을 포함한다. 전환(shift)은 센스 가닥의 뉴클레오티드의 변형 그룹이 안티센스 가닥의 뉴클레오티드의 상이하게 변형된 그룹에 상응하도록 할 수 있고 그 반대의 경우도 마찬가지일 수 있다. 예를 들면, 센스 가닥이 dsRNA 듀플렉스 내 안티센스 가닥과 쌍을 형성하는 경우, 센스 가닥 내 교호 모티프는 가닥의 5'에서 3'로 "ABABAB"로 시작할 수 있고, 안티센스 가닥 내 교호 모티프는 듀플렉스 영역 내 가닥의 5'에서 3'로 "BABABA"로 시작할 수 있다. 또다른 예로서, 센스 가닥 내 교호 모티프는 가닥의 5'에서 3'로 "AABBAABB"로 시작할 수 있고, 안티센스 가닥 내 교호 모티프는 듀플렉스 영역 내 가닥의 5'에서 3'로 "BBAABBAA"로 시작할 수 있어 센스 가닥과 안티센스 가닥 사이의 변형 패턴의 완전하거나 부분적인 전환이 있다.
일부 실시형태에서, dsRNAi 제제는 센스 가닥 상의 2'-O-메틸 변형 및 2'-F 변형의 교호 모티프의 패턴을 포함하고, 이는 초기에 안티센스 가닥 상의 2'-O-메틸 변형 및 2'-F 변형의 교호 모티프의 변형에 대해 전환을 갖고, 초기에 즉, 센스 가닥 상의 2'-O-메틸 변형된 뉴클레오티드는 안티센스 가닥 상의 2'-F 변형된 뉴클레오티드와 염기쌍을 형성하고, 그 반대도 마찬가지이다. 센스 가닥의 1 위치는 2'-F 변형으로 시작할 수 있고, 안티센스 가닥의 1 위치는 2'-O-메틸 변형으로 시작할 수 있다.
센스 가닥 또는 안티센스 가닥에 3개의 연속 뉴클레오티드 상의 3개의 동일한 변형의 하나 이상의 모티프를 도입하는 것은 센스 가닥 또는 안티센스 가닥에 존재하는 초기 변형 패턴을 방해한다. 센스 또는 안티센스 가닥에 3개의 연속 뉴클레오티드 상의 3개의 동일한 변형의 하나 이상의 모티프를 도입함으로써 센스 또는 안티센스 가닥의 변형 패턴의 이러한 방해는 표적 유전자에 대한 유전자 침묵화 활성을 향상시킬 수 있다.
일부 실시형태에서, 3개의 연속 뉴클레오티드 상의 3개의 동일한 변형의 모티프가 임의의 가닥에 도입될 때, 모티프 옆의 뉴클레오티드의 변형은 모티프의 변형과 상이한 변형이다. 예를 들면, 모티프를 포함하는 서열의 부분은 "...NaYYYNb..."이고, 여기서, "Y"는 3개의 연속 뉴클레오티드 상의 3개의 동일한 변형의 모티프의 변형을 나타내고, "Na" 및 "Nb"는 Y의 변형과 상이한 모티프 "YYY" 옆의 뉴클레오티드에 대한 변형을 나타내며, 여기서, Na 및 Nb는 동일하거나 상이한 변형일 수 있다. 대안적으로, 윙 변형이 존재할 때 Na 또는 Nb가 존재하거나 부재할 있다.
iRNA는 추가로 적어도 하나의 포스포로티오에이트 또는 메틸포스포네이트 뉴클레오티드간 결합을 포함할 수 있다. 포스포로티오에이트 또는 메틸포스포네이트 뉴클레오티드간 결합 변형은 가닥의 임의의 위치의 센스 가닥, 안티센스 가닥, 또는 두 가닥 모두의 임의의 뉴클레오티드 상에서 발생할 수 있다. 예를 들면, 뉴클레오티드간 결합 변형은 센스 가닥 또는 안티센스 가닥 상의 모든 뉴클레오티드에서 발생할 수 있고; 각각의 뉴클레오티드간 결합 변형은 센스 가닥 또는 안티센스 가닥 상의 교호 패턴으로 발생할 수 있고; 센스 가닥 또는 안티센스 가닥은 교호 패턴으로 뉴클레오티드간 결합 변형 둘 모두를 포함할 수 있다. 센스 가닥 상의 뉴클레오티드간 결합 변형의 교호 패턴은 안티센스 가닥과 동일하거나 상이할 수 있고, 센스 가닥 상의 뉴클레오티드간 결합 변형의 교호 패턴은 안티센스 가닥 상의 뉴클레오티드간 결합 변형의 교호 패턴에 상대적인 전환을 가질 수 있다. 하나의 실시형태에서, 이중-가닥 RNAi 제제는 6-8개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합을 포함한다. 일부 실시형태에서, 안티센스 가닥은 5'-말단에서 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합을 포함하고 3'-말단에서 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합을 포함하고, 센스 가닥은 5'-말단 또는 3'-말단에서 적어도 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합을 포함한다.
일부 실시형태에서, dsRNAi 제제는 오버행 영역에 포스포로티오에이트 또는 메틸포스포네이트 뉴클레오티드간 결합 변형을 포함한다. 예를 들면, 오버행 영역은 2개의 뉴클레오티드 사이에 포스포로티오에이트 또는 메틸포스포네이트 뉴클레오티드간 결합을 갖는 2개의 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 뉴클레오티드간 결합 변형은 또한 오버행 뉴클레오티드를 듀플렉스 영역 내의 말단 쌍을 형성하는 뉴클레오티드와 결합하기 위해 만들어질 수 있다. 예를 들면, 적어도 2, 3, 4개, 또는 모든 오버행 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 또는 메틸포스포네이트 뉴클레오티드간 결합을 통해 결합될 수 있고, 임의로, 오버행 뉴클레오티드를 오버행 뉴클레오티드 옆에 있는 쌍을 형성하는 뉴클레오티드와 결합하는 추가의 포스포로티오에이트 또는 메틸포스포네이트 뉴클레오티드간 결합이 있을 수 있다. 예를 들면, 말단 3개의 뉴클레오티드 사이에 적어도 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합이 있을 수 있고, 여기서, 3개의 뉴클레오티드 중 2개는 오버행 뉴클레오티드이고, 세번째는 오버행 뉴클레오티드 옆의 쌍을 형성하는 뉴클레오티드이다. 이들 말단 3개의 뉴클레오티드는 안티센스 가닥의 3'-말단, 센스 가닥의 3'-말단, 안티센스 가닥의 5'-말단, 또는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있을 수 있다.
일부 실시형태에서, 2개의 뉴클레오티드 오버행이 안티센스 가닥의 3'-말단에 있고, 말단 3개의 뉴클레오티드 사이의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합이 있을 수 있고, 여기서, 3개의 뉴클레오티드 중 2개는 오버행 뉴클레오티드이고, 3번째 뉴클레오티드는 오버행 뉴클레오티드 옆에 쌍을 형성하는 뉴클레오티드이다. 임의로, dsRNAi 제제는 추가로 센스 가닥의 5'-말단 및 안티센스 가닥의 5'-말단 둘 모두에서 말단 3개의 뉴클레오티드 사이에 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합을 갖는다.
하나의 실시형태에서, dsRNAi 제제는 듀플렉스 내에서 표적과 미스매치(들), 또는 이들의 조합을 포함한다. 미스매치는 오버행 영역 또는 듀플렉스 영역에서 발생할 수 있다. 염기쌍은 해리 또는 용융을 촉진하는 경향에 따라 순위가 매겨질 수 있다 (예를 들면, 특정 쌍형성의 결합 또는 해리의 자유 에너지에 따라 가장 간단한 접근법은 개별 쌍을 기준으로 쌍을 검사하는 것이지만, 다음 이웃 또는 유사한 검정이 또한 사용될 수 있다). 해리를 촉진시키는 측면에서: A:U는 G:C 보다 바람직하고; G:U는 G:C 보다 바람직하고; I:C는 G:C 보다 바람직하다(I=이노신). 미스매치, 예를 들면, 비-정준형 또는 정준형 이외의 쌍형성(본 명세서의 다른 곳에 기술된 것과 같이)은 정준형(A:T, A:U, G:C) 쌍형성 보다 바람직하고; 범용 염기를 포함하는 쌍형성은 정준형 쌍형성보다 바람직하다.
특정 실시형태에서, dsRNAi 제제는 듀플렉스의 5'-말단에서 안티센스 가닥의 해리를 촉진하기 위해, 하기를 포함하는 그룹으로부터 독립적으로 선택된 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 듀플렉스 영역 내에서 처음 1, 2, 3, 4, 또는 5개 염기쌍 중 적어도 하나를 포함한다: A:U, G:U, I:C, 및 미스매치쌍, 예를 들면, 비-정준형 또는 정준형 쌍형성 이외의 것 또는 범용 염기를 포함하는 쌍.
특정 실시형태에서, 안티센스 가닥 내 5'-말단으로부터 듀플렉스 영역 내의 1 위치에 있는 뉴클레오티드는 A, dA, dU, U, 및 dT로부터 선택된다. 대안적으로, 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 듀플렉스 영역 내의 처음 1, 2, 또는 3개 염기쌍 중 적어도 하나는 AU 염기쌍이다. 예를 들면, 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 듀플렉스 영역 내의 처음 염기쌍은 AU 염기쌍이다.
또다른 실시형태에서, 센스 가닥의 3'-말단에서의 뉴클레오티드는 데옥시티미딘(dT)이거나 안티센스 가닥의 3'-말단에서의 뉴클레오티드는 데옥시티미딘(dT)이다. 예를 들면, 데옥시티미딘 뉴클레오티드의 짧은 서열, 예를 들면, 센스, 안티센스 가닥, 또는 두 가닥 모두의 3'-말단 상의 2개의 dT 뉴클레오티드가 있다.
특정 실시형태에서, 센스 가닥 서열은 화학식 (I)로 나타낼 수 있고:
5' np-Na-(X X X )i-Nb-Y Y Y -Nb-(Z Z Z )j-Na-nq 3' (I)
상기 화학식에서:
i 및 j는 각각 독립적으로 0 또는 1이고;
p 및 q는 각각 독립적으로 0-6이고;
각각의 Na는 독립적으로 0-25개 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타내고, 각각의 서열은 적어도 2개의 상이하게 변형된 뉴클레오티드를 포함하고;
각각의 Nb는 독립적으로 0-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타내고;
각각의 np 및 nq는 독립적으로 오버행 뉴클레오티드를 나타내고;
여기서, Nb 및 Y는 동일한 변형을 갖지 않고;
XXX, YYY, 및 ZZZ 각각은 독립적으로 3개의 연속 뉴클레오티드 상의 3개의 동일한 변형의 하나의 모티프를 나타낸다. 하나의 실시형태에서, YYY는 모두 2'-F 변형된 뉴클레오티드이다.
일부 실시형태에서, Na 또는 Nb는 교호 패턴의 변형을 포함한다.
일부 실시형태에서, YYY 모티프는 센스 가닥의 절단 부위에 또는 이의 부근에서 존재한다. 예를 들면, dsRNAi 제제가 길이가 17-23개의 뉴클레오티드인 듀플렉스 영역을 갖는 경우, YYY 모티프는 센스 가닥의 절단 부위에 또는 그 부근에서 발생할 수 있고(예를 들면, 위치 6, 7, 8; 7, 8, 9; 8, 9, 10; 9, 10, 11; 10, 11, 12; 또는 11, 12, 13에서 발생할 수 있음), 계수는 첫번째 뉴클레오티드로부터, 5'-말단으로부터 시작하거나; 임의로, 계수는 듀플렉스 영역 내 첫번째 쌍형성 뉴클레오티드에서 5'-말단으로부터 시작한다.
하나의 실시형태에서, i는 1이고 j는 0이거나, i는 0이고 j는 1이거나, i 및 j 둘 모두는 1이다. 센스 가닥은 따라서 다음 화학식으로 나타낼 수 있다:
5' np-Na-YYY-Nb-ZZZ-Na-nq 3' (Ib);
5' np-Na-XXX-Nb-YYY-Na-nq 3' (Ic); 또는
5' np-Na-XXX-Nb-YYY-Nb-ZZZ-Na-nq 3' (Id).
센스 가닥은 화학식 (Ib)로 나타내는 경우, Nb는 0-10, 0-7, 0-5, 0-4, 0-2, 또는 0개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다. 각각의 Na는 독립적으로 2-20, 2-15 또는 2-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낼 수 있다.
센스 가닥은 화학식 (Ic)로 나타내는 경우, Nb는 0-10, 0-7, 0-10, 0-7, 0-5, 0-4, 0-2, 또는 0개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다. 각각의 Na는 독립적으로 2-20, 2-15 또는 2-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낼 수 있다.
센스 가닥은 화학식 (Id)로 나타내는 경우, 각각의 Nb는 독립적으로 0-10, 0-7, 0-5, 0-4, 0-2, 또는 0개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다. 하나의 실시형태에서, Nb는 0, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6이다. 각각의 Na는 독립적으로 2-20, 2-15, 또는 2-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낼 수 있다.
X, Y 및 Z 각각은 서로 동일하거나 상이할 수 있다.
다른 실시형태에서, i는 0이고, j는 0이고, 센스 가닥은 하기 화학식으로 나타낼 수 있다:
5' np- Na -YYY- Na-nq 3' (Ia).
센스 가닥은 화학식 (Ia)로 나타내는 경우, 각각의 Na는 독립적으로 2-20, 2-15, 또는 2-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낼 수 있다.
하나의 실시형태에서, RNAi의 안티센스 가닥 서열은 화학식 (II)로 나타낼 수 있고:
5' nq'-Na'-(Z'Z'Z')k-Nb'-Y'Y'Y'-Nb'(X'X'X')l-N'a-np'3' (II)
상기 화학식에서:
k 및 l는 각각 독립적으로 0 또는 1이고;
p' 및 q'는 각각 독립적으로 0-6이고;
각각의 Na'는 독립적으로 0-25개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타내고, 각각의 서열은 적어도 2개의 상이하게 변형된 뉴클레오티드를 포함하고;
각각의 Nb'는 독립적으로 0-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타내고;
각각의 np' 및 nq'는 독립적으로 오버행 뉴클레오티드를 나타내고;
여기서, Nb' 및 Y'는 동일한 변형을 갖지 않고;
X'X'X', Y'Y'Y', 및 Z'Z'Z'는 각각 독립적으로 3개의 연속 뉴클레오티드 상의 3개의 동일한 변형의 하나의 모티프를 나타낸다.
일부 실시형태에서, Na' 또는 Nb'는 교호 패턴의 변형을 포함한다.
Y'Y'Y' 모티프는 안티센스 가닥의 절단 부위에 또는 그 부근에 존재한다. 예를 들면, dsRNAi 제제가 길이가 17-23개의 뉴클레오티드인 듀플렉스 영역을 갖는 경우, Y'Y'Y' 모티프는 안티센스 가닥의 위치 9, 10, 11; 10, 11, 12; 11, 12, 13; 12, 13, 14; 또는 13, 14, 15에서 발생할 수 있고, 계수는 첫번째 뉴클레오티드로부터, 5'-말단으로부터 시작하거나; 임의로, 계수는 듀플렉스 영역 내 첫번째 쌍형성 뉴클레오티드에서 5'-말단으로부터 시작한다. 하나의 실시형태에서, Y'Y'Y' 모티프는 위치 11, 12, 13에서 발생한다.
특정 실시형태에서, Y'Y'Y' 모티프는 모든 2'-OMe 변형된 뉴클레오티드이다.
특정 실시형태에서, k는 1이고 l은 0이거나, k는 0이고 l은 1이거나, k 및 l 둘 모두는 1이다.
안티센스 가닥은 따라서 하기의 화학식으로 나타낼 수 있다:
5' nq'-Na '-Z'Z'Z'-Nb'-Y'Y'Y'-Na'-np' 3' (IIb);
5' nq'-Na'-Y'Y'Y'-Nb'-X'X'X'-np' 3' (IIc); 또는
5' nq'-Na'-Z'Z'Z'-Nb'-Y'Y'Y'-Nb'-X'X'X'-Na'-np' 3' (IId).
안티센스 가닥은 화학식 (IIb)로 나타내는 경우, Nb '은 0-10, 0-7, 0-10, 0-7, 0-5, 0-4, 0-2, 또는 0개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다. 각각의 Na'는 독립적으로 2-20, 2-15 또는 2-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다.
안티센스 가닥은 화학식 (IIc)로 나타내는 경우, Nb'는 0-10, 0-7, 0-10, 0-7, 0-5, 0-4, 0-2, 또는 0개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다. 각각의 Na'는 독립적으로 2-20, 2-15 또는 2-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다.
안티센스 가닥은 화학식 (IId)로 나타내는 경우, 각각의 Nb'는 0-10, 0-7, 0-10, 0-7, 0-5, 0-4, 0-2, 또는 0개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다. 각각의 Na'는 독립적으로 2-20, 2-15 또는 2-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다. 하나의 실시형태에서, Nb는 0, 1, 2, 3, 4, 5 또는 6이다.
또다른 실시형태에서, k는 0이고 l는 0이고, 안티센스 가닥은 하기 화학식으로 나타낼 수 있다:
5' np'-Na'-Y'Y'Y'- Na'-nq' 3' (Ia).
안티센스 가닥은 화학식 (IIa)로 나타내는 경우, 각각의 Na'는 독립적으로 2-20, 2-15 또는 2-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다. X', Y' 및 Z' 각각은 서로 동일하거나 상이할 수 있다.
센스 가닥 및 안티센스 가닥의 각각의 뉴클레오티드는 독립적으로 LNA, CRN, UNA, cEt, HNA, CeNA, 2'-메톡시에틸, 2'-O-메틸, 2'-O-알릴, 2'-C-알릴, 2'-하이드록실, 또는 2'-플루오로로 변형될 수 있다. 예를 들면, 센스 가닥 및 안티센스 가닥의 각각의 뉴클레오티드는 독립적으로 2'-O-메틸 또는 2'-플루오로로 변형된다. 각각의 X, Y, Z, X', Y' 및 Z'는 특히 2'-O-메틸 변형 또는 2'-플루오로 변형을 나타낼 수 있다.
일부 실시형태에서, dsRNAi 제제의 센스 가닥은 듀플렉스 영역이 21개의 뉴클레오티드인 경우에 가닥의 9, 10, 및 11 위치에서 존재하는 YYY 모티프를 포함할 수 있고, 계수는 5'-말단으로부터 첫번째 뉴클레오티드로부터 시작하거나, 임의로, 계수는 5'-말단으로부터 듀플렉스 영역 내에서 첫번째 쌍형성 뉴클레오티드에서 시작하고; Y는 2'-F 변형을 나타낸다. 센스 가닥은 추가로 듀플렉스 영역의 반대 말단에 윙 변형으로서 XXX 모티프 또는 ZZZ 모티프를 포함할 수 있고; XXX 및 ZZZ는 각각 독립적으로 2'-OMe-변형 또는 2'-F 변형을 나타낸다.
일부 실시형태에서, 안티센스 가닥은 가닥의 위치 11, 12, 13에서 존재하는 Y'Y'Y' 모티프를 포함할 수 있고, 계수는 5'-말단으로부터 첫번째 뉴클레오티드로부터 시작하거나, 임의로, 계수는 5'-말단으로부터 듀플렉스 영역 내에서 첫번째 쌍형성 뉴클레오티드에서 시작하고; Y'는 2'-O-메틸 변형을 나타낸다. 안티센스 가닥은 추가로 듀플렉스 영역의 반대 말단에 윙 변형으로서 X'X'X' 모티프 또는 Z'Z'Z' 모티프를 포함할 수 있고; X'X'X' 및 Z'Z'Z'는 각각 독립적으로 2'-OMe-변형 또는 2'-F 변형을 나타낸다.
위의 화학식 (Ia), (Ib), (Ic), 및 (Id) 중 어느 하나에 의해 나타낸 센스 가닥은 듀플렉스를 형성하고, 여기서, 안티센스 가닥은 각각 화학식 (IIa), (IIb), (IIc), 및 (IId) 중 어느 하나에 의해 나타낸다.
따라서, 본 발명의 방법에 사용하기 위한 dsRNAi 제제는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함할 수 있고, 각각의 가닥은 14 내지 30개의 뉴클레오티드를 갖고, iRNA 듀플렉스는 하기 화학식 (III)에 의해 표시되고:
센스: 5' np-Na-(XXX)i-Nb-YYY-Nb-(ZZZ)j-Na-nq 3'
안티센스: 3' np '-Na '-(X'X'X')k-Nb '-Y'Y'Y'-Nb '-(Z'Z'Z')l-Na '-nq ' 5'
(III)
상기 화학식에서:
i, j, k, 및 l은 각각 독립적으로 0 또는 1이고;
p, p', q, 및 q'는 각각 독립적으로 0-6이고;
각각의 Na 및 Na '는 독립적으로 0-25개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타내고, 각각의 서열은 적어도 2개의 상이하게 변형된 뉴클레오티드를 포함하고;
각각의 Nb 및 Nb '는 독립적으로 0-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 나타내고;
여기서, 각각의 np', np, nq', 및 nq는 이의 각각이 존재하거나 존재하지 않을 수 있고, 독립적으로 오버행 뉴클레오티드를 나타내고;
XXX, YYY, ZZZ, X'X'X', Y'Y'Y' 및 Z'Z'Z'는 각각 독립적으로 3개의 연속 뉴클레오티드 상의 3개의 동일한 변형의 하나의 모티프를 나타낸다.
하나의 실시형태에서, i는 0이고 j는 0이거나; i는 1이고 j는 0이거나; i는 0 이고 j는 1이거나; i 및 j 둘 모두는 0이거나; i 및 j 둘 모두는 1이다. 또다른 실시형태에서, k는 0이고 l는 0이거나; k는 1이고 l는 0이고; k는 0이고 l는 1이거나; k 및 I 둘 모두는 0이거나; k 및 I 둘 모두는 1이다.
iRNA 듀플렉스를 형성하는 센스 가닥 및 안티센스 가닥의 예시적인 조합은 하기 화학식을 포함한다:
5' Np -Na -YYY-Na-nq 3'
3' np '-Na '-Y'Y'Y'-Na 'nq ' 5'
(IIIa)
5' np -Na -YYY-Nb-ZZZ-Na-nq 3'
3' np '-Na '-Y'Y'Y'-Nb '-Z'Z'Z'-Na 'nq ' 5'
(IIIb)
5' np-Na-XXX-Nb-YYY-Na-nq 3'
3' np '-Na '-X'X'X'-Nb '-Y'Y'Y'-Na 'nq ' 5'
(IIIc)
5' np -Na-XXX-Nb-YYY-Nb-ZZZ-Na-nq 3'
3' np '-Na '-X'X'X'-Nb '-Y'Y'Y'-Nb '-Z'Z'Z'-Na-nq ' 5'
(IIId)
dsRNAi 제제는 화학식 (IIIa)로 나타내는 경우, 각각의 Na는 독립적으로 2-20, 2-15, 또는 2-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다.
dsRNAi 제제는 화학식 (IIIb)로 나타내는 경우, 각각의 Nb는 독립적으로 1-10, 1-7, 1-5, 또는 1-4개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다. 각각의 Na는 독립적으로 2-20, 2-15 또는 2-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다.
dsRNAi 제제는 화학식 (IIIc)로 나타내는 경우, 각각의 Nb, Nb'는 독립적으로 0-10, 0-7, 0-10, 0-7, 0-5, 0-4, 0-2, 또는 0개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다. 각각의 Na는 독립적으로 2-20, 2-15 또는 2-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다.
dsRNAi 제제는 화학식 (IIId)로 나타내는 경우, 각각의 Nb, Nb'는 독립적으로 0-10, 0-7, 0-10, 0-7, 0-5, 0-4, 0-2, 또는 0개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다. 각각의 Na, Na '는 독립적으로 2-20, 2-15 또는 2-10개의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 서열을 나타낸다. 각각의 Na, Na', Nb, 및 Nb '는 독립적으로 교호 패턴의 변형을 포함한다.
화학식 (III), (IIIa), (IIIb), (IIIc), 및 (IIId)의 X, Y, 및 Z 각각은 서로 동일하거나 상이할 수 있다.
dsRNAi 제제는 화학식 (III), (IIIa), (IIIb), (IIIc), 및 (IIId)로 나타내는 경우, Y 뉴클레오티드 중 적어도 하나는 Y' 뉴클레오티드 중 하나와 염기쌍을 형성할 수 있다. 대안적으로, Y 뉴클레오티드 중 적어도 2개는 상응하는 Y' 뉴클레오티드와 염기쌍을 형성하거나; Y 뉴클레오티드 중 3개 모두는 상응하는 Y' 뉴클레오티드와 염기쌍을 형성한다.
dsRNAi 제제는 화학식 (IIIb) 또는 화학식 (IIId)로 나타내는 경우, Z 뉴클레오티드 중 적어도 하나는 Z' 뉴클레오티드 중 하나와 염기쌍을 형성할 수 있다. 대안적으로, Z 뉴클레오티드 중 적어도 2개는 상응하는 Z' 뉴클레오티드와 염기쌍을 형성하거나; Z 뉴클레오티드 중 3개 모두는 상응하는 Z' 뉴클레오티드와 염기쌍을 형성한다.
dsRNAi 제제는 화학식 (IIIc) 또는 화학식 (IIId)로 나타내는 경우, X 뉴클레오티드 중 적어도 하나는 X' 뉴클레오티드 중 하나와 염기쌍을 형성할 수 있다. 대안적으로, X 뉴클레오티드 중 적어도 2개는 상응하는 X' 뉴클레오티드와 염기쌍을 형성하거나; X 뉴클레오티드 중 3개 모두는 상응하는 X' 뉴클레오티드와 염기쌍을 형성한다.
특정 실시형태에서, Y 뉴클레오티드 상에서의 변형은 Y' 뉴클레오티드 상에서의 변형과 상이하거나, Z 뉴클레오티드 상에서의 변형은 Z' 뉴클레오티드 상에서의 변형과 상이하거나, X 뉴클레오티드 상에서의 변형은 X' 뉴클레오티드 상에서의 변형과 상이하다.
특정 실시형태에서, dsRNAi 제제는 화학식 (IIId)로 나타내는 경우, Na 변형은 2'-O-메틸 또는 2'-플루오로 변형이다. 또다른 실시형태에서, RNAi 제제는 화학식 (IIId)로 나타내는 경우, Na 변형은 2'-O-메틸 또는 2'-플루오로 변형이고, np' > 0이고 적어도 하나의 np'는 인접 뉴클레오티드에 포스포로티오에이트 결합을 통해 결합된다. 또다른 실시형태에서, RNAi 제제는 화학식 (IIId)로 나타내는 경우, Na 변형은 2'-O-메틸 또는 2'-플루오로 변형이고, np' > 0이고 적어도 하나의 np'는 인접 뉴클레오티드에 포스포로티오에이트 결합을 통해 결합되고, 센스 가닥은 2가 또는 3가 분지형 링커(후술됨)를 통해 부착된 하나 이상의 GalNAc 유도체에 접합된다. 다른 실시형태에서, RNAi 제제는 화학식 (IIId)로 나타내는 경우, Na 변형은 2'-O-메틸 또는 2'-플루오로 변형이고, np'> 0이고 적어도 하나의 np'는 인접 뉴클레오티드에 포스포로티오에이트 결합을 통해 결합되고, 센스 가닥은 적어도 하나의 포스포로티오에이트 결합을 포함하고, 센스 가닥은 2가 또는 3가 분지형 링커를 통해 부착된 하나 이상의 GalNAc 유도체에 접합된다.
일부 실시형태에서, dsRNAi 제제는 화학식 (IIIa)로 나타내는 경우, Na 변형은 2'-O-메틸 또는 2'-플루오로 변형이고, np' > 0이고 적어도 하나의 np'는 인접 뉴클레오티드에 포스포로티오에이트 결합을 통해 결합되고, 센스 가닥은 적어도 하나의 포스포로티오에이트 결합을 포함하고, 센스 가닥은 2가 또는 3가 분지형 링커를 통해 부착된 하나 이상의 GalNAc 유도체에 접합된다.
일부 실시형태에서, dsRNAi 제제는 화학식 (III), (IIIa), (IIIb), (IIIc), 및 (IIId)로 나타낸 적어도 2개의 듀플렉스를 함유하는 다량체이고, 여기서, 듀플렉스는 링커에 의해 결합된다. 링커는 절단가능하거나 절단가능하지 않을 수 있다. 임의로, 다량체는 추가로 리간드를 포함한다. 듀플렉스 각각은 동일한 유전자 또는 2개의 상이한 유전자를 표적화할 수 있거나; 듀플렉스 각각은 2개의 상이한 표적 부위에서 동일한 유전자를 표적화할 수 있다.
일부 실시형태에서, dsRNAi 제제는 화학식 (III), (IIIa), (IIIb), (IIIc), 및 (IIId)로 나타낸 3개, 4개, 5개, 6개 이상의 듀플렉스를 함유하는 다량체이고, 여기서, 듀플렉스는 링커에 의해 결합된다. 링커는 절단가능하거나 절단가능하지 않을 수 있다. 임의로, 다량체는 추가로 리간드를 포함한다. 듀플렉스 각각은 동일한 유전자 또는 2개의 상이한 유전자를 표적화할 수 있거나; 듀플렉스 각각은 2개의 상이한 표적 부위에서 동일한 유전자를 표적화할 수 있다.
하나의 실시형태에서, 화학식 (III), (IIIa), (IIIb), (IIIc), 및 (IIId) 중 적어도 하나로 나타낸 2개의 dsRNAi 제제는 5'-말단, 및 3'-말단의 하나 또는 둘 모두에서 서로 결합되고, 임의로 리간드에 접합된다. 제제의 각각은 동일한 유전자 또는 2개의 상이한 유전자를 표적화할 수 있거나; 제제의 각각은 2개의 상이한 표적 부위에서 동일한 유전자를 표적화할 수 있다.
특정 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 2'-플루오로 변형을 함유하는 적은 수의 뉴클레오티드, 예를 들면, 2'-플루오로 변형을 갖는 10개 이하의 뉴클레오티드를 함유할 수 있다. 예를 들면, RNAi 제제는 2'-플루오로 변형을 갖는 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 또는 0개의 뉴클레오티드를 함유할 수 있다. 특정 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 2'-플루오로 변형을 갖는 10개의 뉴클레오티드, 예를 들면, 센스 가닥에서 2'-플루오로 변형을 갖는 4개의 뉴클레오티드 및 안티센스 가닥에서 2'-플루오로 변형을 갖는 6개의 뉴클레오티드를 함유한다. 또다른 특정 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 2'-플루오로 변형을 갖는 6개의 뉴클레오티드, 예를 들면, 센스 가닥에서 2'-플루오로 변형을 갖는 4개의 뉴클레오티드 및 안티센스 가닥에서 2'-플루오로 변형을 갖는 2개의 뉴클레오티드를 함유한다.
다른 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 2'-플루오로 변형을 함유하는 매우 낮은 수의 뉴클레오티드, 예를 들면, 2'-플루오로 변형을 함유하는 2개 이하의 뉴클레오티드를 함유할 수 있다. 예를 들면, RNAi 제제는 2'-플루오로 변형을 갖는 2, 1 또는 0개의 뉴클레오티드를 함유할 수 있다. 특정 실시형태에서, RNAi 제제는 2'-플루오로 변형을 갖는 2개의 뉴클레오티드, 예를 들면, 센스 가닥에서 2-플루오로 변형을 갖는 0개의 뉴클레오티드 및 안티센스 가닥에서 2'-플루오로 변형을 갖는 2개의 뉴클레오티드를 함유할 수 있다.
본 발명의 방법에 사용될 수 있는 다량체 iRNA가 다양한 공개 문헌에 기술되어 있다. 이러한 공개 문헌은 WO2007/091269, 미국 특허 번호 7,858,769, WO2010/141511, WO2007/117686, WO2009/014887, 및 WO2011/031520을 포함하고, 이들 각각의 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
특정 실시형태에서, 본 개시의 조성물 및 방법은 본 명세서에 기술된 것과 같은 RNAi 제제의 비닐 포스포네이트(VP) 변형을 포함한다. 예시적인 실시형태에서, 본 발명의 5'-비닐 포스포네이트 변형된 뉴클레오티드는 하기의 구조를 갖고:
상기 화학식에서, X는 O 또는 S이고;
R은 수소, 하이드록시, 플루오로, 또는 C1-20알콕시(예를 들면, 메톡시 또는 n-헥사데실옥시)이고;
R5'은 =C(H)-P(O)(OH)2이고, C5' 탄소와 R5' 사이의 이중 결합은 E 또는 Z 배향(예를 들면, E 배향)으로 있고;
B는 뉴클레오염기 또는 변형된 뉴클레오염기이고, 임의로, 여기서, B는 아데닌, 구아닌, 시토신, 티민 또는 우라실이다.
본 개시의 비닐 포스포네이트는 본 개시의 dsRNA의 안티센스 또는 센스 가닥 중 어느 하나에 부착될 수 있다. 특정 실시형태에서, 본 개시의 비닐 포스포네이트는 dsRNA의 안티센스 가닥에, 임의로 dsRNA의 안티센스 가닥의 5'-말단에서 부착된다.
비닐 포스포네이트 변형은 또한 본 개시의 조성물 및 방법을 위해 고려된다. 예시적인 비닐 포스포네이트 구조는 선행하는 구조를 포함하고, 여기서, R5'는 =C(H)-OP(O)(OH)2이고, C5' 탄소와 R5' 사이의 이중 결합은 E 또는 Z 배향(예를 들면, E 배향)으로 존재한다.
하기에서 더 상세히 기술된 것과 같이, 하나 이상의 탄수화물 모이어티의 iRNA로의 접합을 함유하는 iRNA는 iRNA의 하나 이상의 성질을 최적화할 수 있다. 많은 경우에, 탄수화물 모이어티는 iRNA의 변형된 서브유닛에 부착될 것이다. 예를 들면, iRNA의 하나 이상의 리보뉴클레오티드 서브유닛의 리보스 당은 또다른 모이어티, 예를 들면, 탄수화물 리간드가 부착된 비-탄수화물(예를 들면, 사이클릭) 캐리어로 대체될 수 있다. 서브유닛의 리보스 당이 그렇게 대체된 리보뉴클레오티드 서브유닛은 본원에서 리보스 대체 변형 서브유닛(RRMS)으로 언급된다. 사이클릭(사이클릭) 캐리어는 카보사이클릭 환 시스템일 수 있고, 즉 모든 환(ring) 원자는 탄소 원자 또는 헤테로사이클릭 환 시스템이고, 즉 하나 이상의 환 원자는 헤테로원자, 예를 들면, 질소, 산소, 황일 수 있다. 사이클릭 캐리어는 모노사이클릭 환 시스템일 수 있거나, 2개 이상의 환, 예를 들면, 융합된 환을 함유할 수 있다. 사이클릭 캐리어는 완전히 포화된 환 시스템일 수 있거나, 이것은 하나 이상의 이중 결합을 함유할 수 있다.
리간드는 캐리어를 통해 폴리뉴클레오티드에 부착될 수 있다. 캐리어는 (i) 적어도 하나의 "골격 부착점", 예를 들면, 2개의 "골격 부착점" 및 (ii) 적어도 하나의 "테더링(tethering) 부착점"을 포함한다. 본원에서 사용된 "골격 부착점"은 관능 그룹, 예를 들면, 하이드록실 그룹, 또는 일반적으로 이를 위해 이용가능한 결합을 언급하고, 이는 골격, 예를 들면, 리보핵산의 포스페이트, 또는 변형 포스페이트, 예를 들면, 황 함유 골격으로의 캐리어의 혼입에 적합하다. 일부 실시형태에서 "테더링 부착점"(TAP)은 선택된 모이어티를 연결하는, 사이클릭 캐리어의 구성 환 원자, 예를 들면, 탄소 원자 또는 헤테로원자(골격 부착점을 제공하는 원자와 구별됨)를 언급한다. 모이어티는, 예를 들면, 탄수화물, 예를 들면, 모노삭카라이드, 디사카라이드, 트리사카라이드, 테트라사카라이드, 올리고사카라이드, 또는 폴리사카라이드일 수 있다. 임의로, 선택된 모이어티는 사이클릭 캐리어로의 개재 테더에 의해 결합된다. 따라서, 사이클릭 캐리어는 종종 관능 그룹, 예를 들면, 아미노 그룹을 포함하거나, 일반적으로 또다른 화학적 실체, 예를 들면, 구성 환에 대한 리간드의 혼입 또는 테더링에 적합한 결합을 제공할 것이다.
iRNA는 캐리어를 통해 리간드에 접합될 수 있고, 여기서, 캐리어는 사이클릭 그룹 또는 아사이클릭(a사이클릭) 그룹일 수 있다. 하나의 실시형태에서, 사이클릭 그룹은 피롤리디닐, 파라졸리닐, 피라졸리디닐, 이미다졸리닐, 이미다졸리디닐, 피페리디닐, 피페라지닐, [1,3]디옥솔란, 옥사졸리디닐, 이속사졸리디닐, 모르폴리닐, 티아졸리디닐, 이소티아졸리디닐, 퀴녹살리닐, 피리다지노닐, 테트라하이드로푸릴, 및 데칼린으로부터 선택된다. 하나의 실시형태에서, 아사이클릭 그룹은 세리놀 골격 또는 디에탄올아민 골격이다.
a. 열 불안정화 변형
특정 실시형태에서, dsRNA 분자는 열 불안정화 변형을 안티센스 가닥의 시드 영역에 도입함에 의해 RNA 간섭을 위해 최적화할 수 있다. 본원에 사용된 "시드 영역"은 언급된 가닥의 5'-말단의 위치 2-9에서를 의미한다. 예를 들면, 열 불안정화 변형을 안티센스 가닥의 시드 영역에 도입하여 오프-표적 유전자 침묵화를 감소시키거나 억제할 수 있다.
용어 "열 불안정화 변형(들)"은 dsRNA이 이러한 변형(들)을 갖지 않는 dsRNA의 전체 용융 온도(Tm)보다 낮은 Tm을 갖도록 하는 변형(들)을 포함한다. 예를 들면, 열 불안정화 변형(들)은 dsRNA의 Tm을 1-4℃, 예를 들면, 1, 2, 3 또는 4도만큼 감소시킬 수 있다. 또한, 용어 "열 불안정화 뉴클레오티드"는 하나 이상의 열 불안정화 변형을 포함하는 뉴클레오티드를 언급한다.
안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수하여 처음 9개의 뉴클레오티드 위치 내 듀플렉스의 적어도 하나의 열 불안정화 변형을 포함하는 안티센스 가닥을 갖는 dsRNA가 오프-표적 유전자 침묵화 활성을 감소시키는 것으로 밝혀졌다. 따라서, 일부 실시형태에서, 안티센스 가닥은 안티센스 가닥의 5' 영역의 처음 9개의 뉴클레오티드 위치 내 듀플렉스의 적어도 하나(예를 들면, 1, 2, 3, 4 또는 5개 이상)의 열 불안정화 변형을 포함한다. 일부 실시형태에서, 듀플렉스의 하나 이상의 열 불안정화 변형(들)은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 2-9, 예를 들면, 위치 4-8에 위치한다. 일부 추가의 실시형태에서, 듀플렉스의 열 불안정화 변형(들)은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 6, 7 또는 8에 위치한다. 또 일부 추가의 실시형태에서, 듀플렉스의 열 불안정화 변형은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 7에 위치한다. 일부 실시형태에서, 듀플렉스의 열 불안정화 변형은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부 위치 2, 3, 4, 5 또는 9에 위치한다.
iRNA 제제는 센스 가닥 및 안티센스 가닥을 포함하고, 각각의 가닥은 14 내지 40개의 뉴클레오티드를 갖는다. RNAi 제제는 화학식 (L)로 나타낼 수 있다:
상기 화학식 (L)에서, B1, B2, B3, B1', B2', B3', 및 B4'는 각각 독립적으로 2'-O-알킬, 2'-치환된 알콕시, 2'-치환된 알킬, 2'-할로, ENA, 및 BNA/LNA로 이루어진 그룹으로부터 선택된 변형을 함유하는 뉴클레오티드이다. 하나의 실시형태에서, B1, B2, B3, B1', B2', B3', 및 B4'는 각각 2'-OMe 변형을 함유한다. 하나의 실시형태에서, B1, B2, B3, B1', B2', B3', 및 B4'는 각각 2'-OMe 또는 2'-F 변형을 함유한다. 하나의 실시형태에서, B1, B2, B3, B1', B2', B3', 및 B4' 중 적어도 하나는 2'-O-N-메틸아세트아미도(2'-O-NMA, 2'O-CH2C(O)N(Me)H) 변형을 함유한다.
C1은 안티센스 가닥의 시드 영역에 대향하는 부위(즉, 안티센스 가닥의 5'-말단의 위치 2-8에)에 위치하는 열 불안정화 뉴클레오티드이다. 예를 들면, C1은 안티센스 가닥의 5'-말단의 위치 2-8에서 뉴클레오티드와 쌍을 이루는 센스 가닥의 위치에 있다. 하나의 실시형태에서, C1은 센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 15에 있다. C1 뉴클레오티드는 비염기성 변형; 듀플렉스에서 반대 뉴클레오티드를 갖는 미스매치; 및 당 변형, 예를 들면, 2'-데옥시 변형 또는 아사이클릭 뉴클레오티드, 예를 들면, 잠김 해제된 핵산(UNA) 또는 글리세롤 핵산(GNA)을 포함할 수 있는 열 불안정화 변형을 갖는다. 하나의 실시형태에서, C1은 i) 안티센스 가닥에서 반대 뉴클레오티드를 갖는 미스매치; ii) 다음으로 이루어진 그룹:
; 및 iii) 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택된 당 변형:
으로 이루어진 그룹으로부터 선택된 열 불안정화 변형을 갖고, 여기서, B는 변형 또는 변형되지 않은 뉴클레오염기이고, R1 및 R2는 독립적으로 H, 할로겐, OR3, 또는 알킬이고; R3은 H, 알킬, 사이클로알킬, 아릴, 아르알킬, 헤테로아릴 또는 당이다. 하나의 실시형태에서, C1에서의 열 불안정화 변형은 G:G, G:A, G:U, G:T, A:A, A:C, C:C, C:U, C:T, U:U, T:T, 및 U:T로 이루어진 그룹으로부터 선택된 미스매치이고; 임의로, 미스매치 쌍 내의 적어도 하나의 뉴클레오염기는 2'-데옥시 뉴클레오염기이다. 하나의 실시형태에서, C1에서의 열 불안정화 변형은 GNA 또는 이다.
T1, T1', T2', 및 T3'은 각각 독립적으로 뉴클레오티드에 2'-OMe 변형의 입체 벌크 이하인 입체 벌크를 제공하는 변형을 포함하는 뉴클레오티드를 나타낸다. 입체 벌크는 변형의 입체 효과의 합을 언급한다. 뉴클레오티드의 변형의 입체 효과를 결정하는 방법은 당해 기술분야의 숙련가에게 공지되어 있다. 변형은 뉴클레오티드의 리보스 당의 2' 위치에 있을 수 있거나, 비-리보스 뉴클레오티드, 아사이클릭 뉴클레오티드, 또는 리보스 당의 2' 위치와 유사하거나 동등한 뉴클레오티드의 골격에 대한 변형일 수 있고, 뉴클레오티드에 2'-OMe 변형의 입체 벌크보다 이하인 입체 벌크를 제공한다. 예를 들면, T1, T1', T2', 및 T3'은 DNA, RNA, LNA, 2'-F, 및 2'-F-5'-메틸로부터 각각 독립적으로 선택된다. 하나의 실시형태에서, T1은 DNA이다. 하나의 실시형태에서, T1'은 DNA, RNA 또는 LNA이다. 하나의 실시형태에서, T2'는 DNA 또는 RNA이다. 하나의 실시형태에서, T3'은 DNA 또는 RNA이다.
n1, n3, 및 q1은 독립적으로 길이가 4 내지 15개의 뉴클레오티드이다.
n5, q3, 및 q7은 독립적으로 길이가 1-6개의 뉴클레오티드(들)이다.
n4, q2, 및 q6은 독립적으로 길이가 1-3개의 뉴클레오티드(들)이고; 대안적으로, n4는 0이다.
q5는 독립적으로 길이가 0-10개의 뉴클레오티드(들)이다.
n2 및 q4는 독립적으로 길이가 0-3개의 뉴클레오티드(들)이다.
대안적으로, n4는 길이가 0-3개의 뉴클레오티드(들)이다.
하나의 실시형태에서, n4는 0일 수 있다. 하나의 실시형태에서, n4는 0이고, q2 및 q6은 1이다. 또다른 예에서, n4는 0이고, q2 및 q6은 1이고, 센스 가닥의 위치 1-5 내에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다.
하나의 실시형태에서, n4, q2, 및 q6은 각각 1이다.
하나의 실시형태에서, n2, n4, q2, q4, 및 q6은 각각 1이다.
하나의 실시형태에서, C1은 센스 가닥이 길이가 19-22개의 뉴클레오티드인 경우, 센스 가닥의 5'-말단의 위치 14-17에 있고, n4는 1이다. 하나의 실시형태에서, C1은 센스 가닥의 5'-말단의 위치 15에 있다.
하나의 실시형태에서, T3'은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 2에서 시작한다. 하나의 실시형태에서, T3'은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 2에 있고, q6은 1과 같다.
하나의 실시형태에서, T1'은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 14에서 시작한다. 하나의 예에서, T1'은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 14에 있고, q2은 1과 같다.
예시적인 실시형태에서, T3'은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 2에서 시작하고, T1'은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 14에서 시작한다. 하나의 실시형태에서, T3'은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 2에서 시작하고, q6은 1과 같고, T1'은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 14에서 시작하고, q2는 1과 같다.
하나의 실시형태에서, T1' 및 T3'는 길이가 11개의 뉴클레오티드에 의해 분리된다(즉, T1' 및 T3' 뉴클레오티드를 계수하지 않음).
하나의 실시형태에서, T1'은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 14에 있다. 하나의 실시형태에서, T1'은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 14에 있고, q2는 1과 같고, 변형은 2' 위치 또는 비-리보스 내 위치에 있고, 아사이클릭 또는 골격은 2'-OMe 리보스보다 덜 입체적인 벌크를 제공한다.
하나의 실시형태에서, T3'은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 2에 있다. 하나의 실시형태에서, T3'은 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 2에 있고, q6은 1과 같고, 변형은 2' 위치 또는 비-리보스 내 위치에 있고, 아사이클릭 또는 골격은 2'-OMe 리보스 보다 덜 하거나 동등한 입체적인 벌크를 제공한다.
하나의 실시형태에서, T1은 센스 가닥의 절단 부위에 있다. 하나의 예에서, T1은 센스 가닥이 길이가 19-22개의 뉴클레오티드인 경우, 센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 11에 있고, n2는 1이다. 예시적인 실시형태에서, T1은 센스 가닥이 길이가 19-22개의 뉴클레오티드인 경우, 센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 11에 있는 센스 가닥의 절단 부위에 있고, n2는 1이다.
하나의 실시형태에서, T2'는 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 6에서 시작한다. 하나의 예에서, T2'는 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 6-10에 있고, q4는 1이다.
예시적인 실시형태에서, T1은, 예를 들면, 센스 가닥이 길이가 19-22개의 뉴클레오티드인 경우, 센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 11에 있는 센스 가닥의 절단 부위에 있고, n2는 1이고; T1'는 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 14에 있고, q2는 1과 같고, T1'에 대한 변형은 리보스 당의 2' 위치에 또는 비-리보스 내의 위치에 있고, 아사이클릭 또는 골격은 2'-OMe 리보스 보다 덜 입체적인 벌크를 제공하고; T2'는 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 6-10에 있고, q4는 1이고; T3'는 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 2에 있고, q6는 1과 같고, T3'에 대한 변형은 2' 위치에 또는 비-리보스 내 위치에 있고, 아사이클릭 또는 골격은 2'-OMe 리보스 보다 덜 하거나 동등한 입체적인 벌크를 제공한다.
하나의 실시형태에서, T2'는 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 8에서 시작한다. 하나의 예에서, T2'는 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 8에서 시작하고, q4는 2이다.
하나의 실시형태에서, T2'는 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 9에서 시작한다. 하나의 예에서, T2'는 안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 위치 9에 있고, q4는 1이다.
하나의 실시형태에서, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 1이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 6이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내에서 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다.
하나의 실시형태에서, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 1이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 6이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 6이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 7이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, T2'은 2'-F이고, q4는 2이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 6이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 7이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 1이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 6이고, T3'는 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 1이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 6이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2 는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 5이고, T2'는 2'-F이고, q4는 1이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 임의로, 안티센스 가닥의 3'-말단에 적어도 2개의 추가 TT를 갖는다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 5이고, T2'는 2'-F이고, q4는 1이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 임의로, 안티센스 가닥의 3'-말단에 적어도 2개의 추가 TT를 갖고; 센스 가닥의 위치 1-5 내에 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, q4는 0이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이다. 하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, q4는 0이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다.
RNAi 제제는 센스 가닥 또는 안티센스 가닥의 5'-말단에 인-함유 그룹을 포함할 수 있다. 5'-말단 인-함유 그룹은 5'-말단 포스페이트(5'-P), 5'-말단 포스포로티오에이트(5'-PS), 5'-말단 포스포로디티오에이트(5'-PS2), 5'-말단 비닐포스포네이트(5'-VP), 5'-말단 메틸포스포네이트(MePhos), 또는 5'-데옥시-5'-C-말로닐()일 수 있다. 5'-말단 인 함유 그룹이 5'-말단 비닐포스포네이트(5'-VP)인 경우, 5'-VP는 5'-E-VP 이성질체(즉, 트랜스-비닐포스포네이트, ), 5'-Z-VP 이성질체(즉, 시스-비닐포스포네이트, ), 또는 이들의 혼합물일 수 있다.
하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 센스 가닥의 5'-말단에 인-함유 그룹을 포함한다. 하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 안티센스 가닥의 5'-말단에 인 함유 그룹을 포함한다.
하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 5'-P를 포함한다. 하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 안티센스 가닥에 5'-P를 포함한다.
하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 5'-PS를 포함한다. 하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 안티센스 가닥에 5'-PS를 포함한다.
하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 5'-VP를 포함한다. 하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 안티센스 가닥에 5'-VP를 포함한다. 하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 안티센스 가닥에 5'-E-VP를 포함한다. 하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 안티센스 가닥에 5'-Z-VP를 포함한다.
하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 5'-PS2를 포함한다. 하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 안티센스 가닥에 5'-PS2를 포함한다.
하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 5'-PS2를 포함한다. 하나의 실시형태에서, RNAi 제제는 안티센스 가닥에 5'-데옥시-5'-C-말로닐을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-PS를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-P를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-VP를 포함한다. 5'-VP는 5'-E-VP, 5'-Z-VP, 또는 이들의 조합일 수 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-PS2를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-데옥시-5'-C-말로닐을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-P를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-VP를 포함한다. 5'-VP는 5'-E-VP, 5'-Z-VP, 또는 이들의 조합일 수 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS2를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-데옥시-5'-C-말로닐을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, q4는 0이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-P를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, q4는 0이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다. dsRNA 제제는 또한 5'-PS를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, q4는 0이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-VP를 포함한다. 5'-VP는 5'-E-VP, 5'-Z-VP, 또는 이들의 조합일 수 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, q4는 0이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-PS2를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, q4는 0이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-데옥시-5'-C-말로닐을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-P를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-VP를 포함한다. 5'-VP는 5'-E-VP, 5'-Z-VP, 또는 이들의 조합일 수 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS2를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-데옥시-5'-C-말로닐을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-P를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-PS를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-VP를 포함한다. 5'-VP는 5'-E-VP, 5'-Z-VP, 또는 이들의 조합일 수 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이다. dsRNAi RNA 제제는 또한 5'-PS2를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-데옥시-5'-C-말로닐을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-P를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-VP를 포함한다. 5'-VP는 5'-E-VP, 5'-Z-VP, 또는 이들의 조합일 수 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS2를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-데옥시-5'-C-말로닐을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, q4는 0이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-P를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, q4는 0이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-PS를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, q4는 0이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-VP를 포함한다. 5'-VP는 5'-E-VP, 5'-Z-VP, 또는 이들의 조합일 수 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, q4는 0이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-PS2를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'는 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3는 4이고, q4는 0이고, B3'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'는 2'-F이고, q6는 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이다. RNAi 제제는 또한 5'-데옥시-5'-C-말로닐을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-P를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-VP를 포함한다. 5'-VP는 5'-E-VP, 5'-Z-VP, 또는 이들의 조합일 수 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS2를 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-데옥시-5'-C-말로닐을 포함한다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-P 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-P는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-PS는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-VP(예를 들면, 5'-E-VP, 5'-Z-VP, 또는 이들의 조합) 및 표적화 리간드를 포함한다.
하나의 실시형태에서, 5'-VP는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS2 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-PS2는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-데옥시-5'-C-말로닐 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-데옥시-5'-C-말로닐은 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-P 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-P는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-PS는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-VP(예를 들면, 5'-E-VP, 5'-Z-VP, 또는 이들의 조합) 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-VP는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS2 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-PS2는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-OMe이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-데옥시-5'-C-말로닐 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-데옥시-5'-C-말로닐은 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-P 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-P는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-PS는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-VP(예를 들면, 5'-E-VP, 5'-Z-VP, 또는 이들의 조합) 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-VP는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS2 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-PS2는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, T2'는 2'-F이고, q4는 2이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 5이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-데옥시-5'-C-말로닐 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-데옥시-5'-C-말로닐은 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-P 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-P는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-PS는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-VP(예를 들면, 5'-E-VP, 5'-Z-VP, 또는 이들의 조합) 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-VP는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-PS2 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-PS2는 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
하나의 실시형태에서, B1은 2'-OMe 또는 2'-F이고, n1은 8이고, T1은 2'-F이고, n2는 3이고, B2는 2'-OMe이고, n3은 7이고, n4는 0이고, B3은 2'-OMe이고, n5는 3이고, B1'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q1은 9이고, T1'은 2'-F이고, q2는 1이고, B2'는 2'-OMe 또는 2'-F이고, q3은 4이고, q4는 0이고, B3'은 2'-OMe 또는 2'-F이고, q5는 7이고, T3'은 2'-F이고, q6은 1이고, B4'는 2'-F이고, q7은 1이고; 센스 가닥의 위치 1-5 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함), 및 위치 1 및 2에서의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형 및 안티센스 가닥의 위치 18-23 내의 2개의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합 변형(안티센스 가닥의 5'-말단으로부터 계수함)을 포함한다. RNAi 제제는 또한 5'-데옥시-5'-C-말로닐 및 표적화 리간드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 5'-데옥시-5'-C-말로닐은 안티센스 가닥의 5'-말단에 있고, 표적화 리간드는 센스 가닥의 3'-말단에 있다.
특정 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 다음을 포함하고:
(a) 다음을 갖는 센스 가닥:
(i) 21개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 3'-말단에 부착된 ASGPR 리간드로서, 상기 ASGPR 리간드는 3가 분지형 링커를 통해 부착된 3개의 GalNAc 유도체를 포함하는, ASGPR 리간드; 및
(iii) 위치 1, 3, 5, 7, 9 내지 11, 13, 17, 19 및 21에서의 2'-F 변형 및 위치 2, 4, 6, 8, 12, 14 내지 16, 18 및 20에서의 2'-OMe 변형(5'-말단으로부터 계수함);
및
(b) 다음을 갖는 안티센스 가닥:
(i) 23개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 위치 1, 3, 5, 9, 11 내지 13, 15, 17, 19, 21, 및 23에서의 2'-OMe 변형 및 위치 2, 4, 6 내지 8, 10, 14, 16, 18, 20, 및 22에서의 2'-F 변형(5'-말단으로부터 계수함);
(iii) 뉴클레오티드 위치 21과 22 사이, 및 뉴클레오티드 위치 22와 23 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
여기서, dsRNA 제제는 안티센스 가닥의 3'-말단에 2개의 뉴클레오티드 오버행을, 그리고 안티센스 가닥의 5'-말단에 둔화 말단을 갖는다.
또다른 특정 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 다음을 포함하고:
(a) 다음을 갖는 센스 가닥:
(i) 21개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 3'-말단에 부착된 ASGPR 리간드로서, 상기 ASGPR 리간드는 3가 분지형 링커를 통해 부착된 3개의 GalNAc 유도체를 포함하는, ASGPR 리간드;
(iii) 위치 1, 3, 5, 7, 9 내지 11, 13, 15, 17, 19 및 21에서의 2'-F 변형 및 위치 2, 4, 6, 8, 12, 14, 16, 18 및 20에서의 2'-OMe 변형(5'-말단으로부터 계수함); 및
(iv) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 및 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
및
(b) 다음을 갖는 안티센스 가닥:
(i) 23개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 위치 1, 3, 5, 7, 9, 11 내지 13, 15, 17, 19, 및 21 내지 23에서의 2'-OMe 변형 및 위치 2, 4, 6, 8, 10, 14, 16, 18, 및 20에서의 2'-F 변형(5'-말단으로부터 계수함);
(iii) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이, 뉴클레오티드 위치 21과 22 사이, 및 뉴클레오티드 위치 22와 23 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
여기서, RNAi 제제는 안티센스 가닥의 3'-말단에 2개의 뉴클레오티드 오버행을, 그리고 안티센스 가닥의 5'-말단에 둔화 말단을 갖는다.
또다른 특정 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 다음을 포함하고:
(a) 다음을 갖는 센스 가닥:
(i) 21개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 3'-말단에 부착된 ASGPR 리간드로서, 상기 ASGPR 리간드는 3가 분지형 링커를 통해 부착된 3개의 GalNAc 유도체를 포함하는, ASGPR 리간드;
(iii) 위치 1 내지 6, 8, 10 및 12 내지 21에서의 2'-OMe 변형, 위치 7 및 9에서의 2'-F 변형, 및 위치 11에서의 데옥시-뉴클레오티드(예를 들면, dT)(5'-말단으로부터 계수함); 및
(iv) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 및 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
및
(b) 다음을 갖는 안티센스 가닥:
(i) 23개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 위치 1, 3, 7, 9, 11, 13, 15, 17 및 19 내지 23에서의 2'-OMe 변형 및 위치 2, 4 내지 6, 8, 10, 12, 14, 16, 및 18에서의 2'-F 변형(5'-말단으로부터 계수함); 및
(iii) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이, 뉴클레오티드 위치 21과 22 사이, 및 뉴클레오티드 위치 22와 23 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
여기서, RNAi 제제는 안티센스 가닥의 3'-말단에 2개의 뉴클레오티드 오버행을, 그리고 안티센스 가닥의 5'-말단에 둔화 말단을 갖는다.
또다른 특정 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 다음을 포함하고:
(a) 다음을 갖는 센스 가닥:
(i) 21개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 3'-말단에 부착된 ASGPR 리간드로서, 상기 ASGPR 리간드는 3가 분지형 링커를 통해 부착된 3개의 GalNAc 유도체를 포함하는, ASGPR 리간드;
(iii) 위치 1 내지 6, 8, 10, 12, 14, 및 16 내지 21에서의 2'-OMe 변형, 및 위치 7, 9, 11, 13, 및 15에서의 2'-F 변형; 및
(iv) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 및 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
및
(b) 다음을 갖는 안티센스 가닥:
(i) 23개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 위치 1, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 및 21 내지 23에서의 2'-OMe 변형 및 위치 2 내지 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 및 20에서의 2'-F 변형(5'-말단으로부터 계수함); 및
(iii) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이, 뉴클레오티드 위치 21과 22 사이, 및 뉴클레오티드 위치 22와 23 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
여기서, RNAi 제제는 안티센스 가닥의 3'-말단에 2개의 뉴클레오티드 오버행을, 그리고 안티센스 가닥의 5'-말단에 둔화 말단을 갖는다.
또다른 특정 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 다음을 포함하고:
(a) 다음을 갖는 센스 가닥:
(i) 21개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 3'-말단에 부착된 ASGPR 리간드로서, 상기 ASGPR 리간드는 3가 분지형 링커를 통해 부착된 3개의 GalNAc 유도체를 포함하는, ASGPR 리간드;
(iii) 위치 1 내지 9, 및 12 내지 21에서의 2'-OMe 변형, 및 위치 10 및 11에서의 2'-F 변형; 및
(iv) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 및 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
및
(b) 다음을 갖는 안티센스 가닥:
(i) 23개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 위치 1, 3, 5, 7, 9, 11 내지 13, 15, 17, 19, 및 21 내지 23에서의 2'-OMe 변형 및 위치 2, 4, 6, 8, 10, 14, 16, 18, 및 20에서의 2'-F 변형(5'-말단으로부터 계수함);
(iii) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이, 뉴클레오티드 위치 21과 22 사이, 및 뉴클레오티드 위치 22와 23 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
여기서, RNAi 제제는 안티센스 가닥의 3'-말단에 2개의 뉴클레오티드 오버행을, 그리고 안티센스 가닥의 5'-말단에 둔화 말단을 갖는다.
또다른 특정 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 다음을 포함하고:
(a) 다음을 갖는 센스 가닥:
(i) 21개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 3'-말단에 부착된 ASGPR 리간드로서, 상기 ASGPR 리간드는 3가 분지형 링커를 통해 부착된 3개의 GalNAc 유도체를 포함하는, ASGPR 리간드;
(iii) 위치 1, 3, 5, 7, 9 내지 11, 및 13에서의 2'-F 변형, 및 위치 2, 4, 6, 8, 12, 및 14 내지 21에서의 2'-OMe 변형; 및
(iv) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 및 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
및
(b) 다음을 갖는 안티센스 가닥:
(i) 23개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 위치 1, 3, 5 내지 7, 9, 11 내지 13, 15, 17 내지 19, 및 21 내지 23에서의 2'-OMe 변형, 및 위치 2, 4, 8, 10, 14, 16, 및 20에서의 2'-F 변형(5'-말단으로부터 계수함); 및
(iii) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이, 뉴클레오티드 위치 21과 22 사이, 및 뉴클레오티드 위치 22와 23 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
여기서, RNAi 제제는 안티센스 가닥의 3'-말단에 2개의 뉴클레오티드 오버행을, 그리고 안티센스 가닥의 5'-말단에 둔화 말단을 갖는다.
또다른 특정 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 다음을 포함하고:
(a) 다음을 갖는 센스 가닥:
(i) 21개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 3'-말단에 부착된 ASGPR 리간드로서, 상기 ASGPR 리간드는 3가 분지형 링커를 통해 부착된 3개의 GalNAc 유도체를 포함하는, ASGPR 리간드;
(iii) 위치 1, 2, 4, 6, 8, 12, 14, 15, 17, 및 19 내지 21에서의 2'-OMe 변형 및 위치 3, 5, 7, 9 내지 11, 13, 16, 및 18에서의 2'-F 변형; 및
(iv) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 및 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
및
(b) 다음을 갖는 안티센스 가닥:
(i) 25개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 위치 1, 4, 6, 7, 9, 11 내지 13, 15, 17, 및 19 내지 23에서의 2'-OMe 변형 및 위치 2, 3, 5, 8, 10, 14, 16, 및 18에서의 2'-F 변형, 및 위치 24 및 25에서의 데옥시-뉴클레오티드(예를 들면, dT)(5'-말단으로부터 계수함); 및
(iii) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이, 뉴클레오티드 위치 21과 22 사이, 및 뉴클레오티드 위치 22와 23 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
여기서, RNAi 제제는 안티센스 가닥의 3'-말단에 4개의 뉴클레오티드 오버행을, 그리고 안티센스 가닥의 5'-말단에 둔화 말단을 갖는다.
또다른 특정 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 다음을 포함하고:
(a) 다음을 갖는 센스 가닥:
(i) 21개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 3'-말단에 부착된 ASGPR 리간드로서, 상기 ASGPR 리간드는 3가 분지형 링커를 통해 부착된 3개의 GalNAc 유도체를 포함하는, ASGPR 리간드;
(iii) 위치 1 내지 6, 8 및 12 내지 21에서의 2'-OMe 변형, 및 위치 7 및 9 내지 11에서의 2'-F 변형; 및
(iv) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 및 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
및
(b) 다음을 갖는 안티센스 가닥:
(i) 23개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 위치 1, 3 내지 5, 7, 8, 10 내지 13, 15, 및 17 내지 23에서의 2'-OMe 변형, 및 위치 2, 6, 9, 14, 및 16에서의 2'-F 변형(5'-말단으로부터 계수함); 및
(iii) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이, 뉴클레오티드 위치 21과 22 사이, 및 뉴클레오티드 위치 22와 23 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
여기서, RNAi 제제는 안티센스 가닥의 3'-말단에 2개의 뉴클레오티드 오버행을, 그리고 안티센스 가닥의 5'-말단에 둔화 말단을 갖는다.
또다른 특정 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 다음을 포함하고:
(a) 다음을 갖는 센스 가닥:
(i) 21개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 3'-말단에 부착된 ASGPR 리간드로서, 상기 ASGPR 리간드는 3가 분지형 링커를 통해 부착된 3개의 GalNAc 유도체를 포함하는, ASGPR 리간드;
(iii) 위치 1 내지 6, 8 및 12 내지 21에서의 2'-OMe 변형, 및 위치 7 및 9 내지 11에서의 2'-F 변형; 및
(iv) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 및 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
및
(b) 다음을 갖는 안티센스 가닥:
(i) 23개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 위치 1, 3 내지 5, 7, 10 내지 13, 15, 및 17 내지 23에서의 2'-OMe 변형, 및 위치 2, 6, 8, 9, 14, 및 16에서의 2'-F 변형(5'-말단으로부터 계수함); 및
(iii) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이, 뉴클레오티드 위치 21과 22 사이, 및 뉴클레오티드 위치 22와 23 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
여기서, RNAi 제제는 안티센스 가닥의 3'-말단에 2개의 뉴클레오티드 오버행을, 그리고 안티센스 가닥의 5'-말단에 둔화 말단을 갖는다.
또다른 특정 실시형태에서, 본 발명의 RNAi 제제는 다음을 포함하고:
(a) 다음을 갖는 센스 가닥:
(i) 19개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 3'-말단에 부착된 ASGPR 리간드로서, 상기 ASGPR 리간드는 3가 분지형 링커를 통해 부착된 3개의 GalNAc 유도체를 포함하는, ASGPR 리간드;
(iii) 위치 1 내지 4, 6 및 10 내지 19에서의 2'-OMe 변형 및 위치 5 및 7 내지 9에서의 2'-F 변형; 및
(iv) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 및 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
및
(b) 다음을 갖는 안티센스 가닥:
(i) 21개의 뉴클레오티드의 길이;
(ii) 위치 1, 3 내지 5, 7, 10 내지 13, 15, 및 17 내지 21에서의 2'-OMe 변형, 및 위치 2, 6, 8, 9, 14, 및 16에서의 2'-F 변형(5'-말단으로부터 계수함); 및
(iii) 뉴클레오티드 위치 1과 2 사이, 뉴클레오티드 위치 2와 3 사이, 뉴클레오티드 위치 19와 20 사이, 및 뉴클레오티드 위치 20과 21 사이의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합(5'-말단으로부터 계수함);
여기서, RNAi 제제는 안티센스 가닥의 3'-말단에 2개의 뉴클레오티드 오버행을, 그리고 안티센스 가닥의 5'-말단에 둔화 말단을 갖는다.
특정 실시형태에서, 본 발명의 방법에 사용하기 위한 iRNA는 표 4-5 중 어느 하나에 열거된 제제로부터 선택된 제제이다. 이들 제제는 리간드를 추가로 포함할 수 있다.
v. 모티프를 포함하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제
본 발명의 특정 실시형태에서, 본 발명의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 인접 뉴클레오티드 중 적어도 하나는 변형된 뉴클레오티드일 수 있다. 하나의 실시형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 하나 이상의 변형된 당을 포함한다. 다른 실시형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 하나 이상의 변형된 핵염기를 포함한다. 또한 다른 실시형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 하나 이상의 변형된 뉴클레오시드간 결합을 포함한다. 일부 실시형태에서, 변형 (당 변형, 핵염기 변형, 또는 결합 변형)은 패턴 또는 모티프를 한정한다. 하나의 실시형태에서, 당 모이어티의 변형, 뉴클레오시드간 결합, 및 핵염기의 패턴는 각각 서로 독립적이다.
패턴, 또는 모티프로 배열되는 변형된 올리고뉴클레오티드를 갖는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는, 예를 들면, 제제 성질, 예를 들면, 개선된 억제 활성, 표적 핵산에 대한 증가된 결합 친화도, 또는 생체내 뉴클레아제에 의해 분해에 대한 내성을 부여할 수 있다. 예를 들면, 이러한 제제는, 뉴클레아제 분해에 증가된 내성, 증가된 세포 흡수, 표적 핵산에 대해 증가된 결합 친화도, 또는 증가된 억제 활성을 부여하는 적어도 하나의 변형된 영역을 포함할 수 있다. 이러한 제제의 두번째 영역은 임의로 RNA:DNA 듀플렉스의 RNA 가닥을 절단하는 세포 엔도뉴클레아제 RNase H에 대한 기질로서 역할을 할 수 있다.
패턴, 또는 모티프로 배열된 변형된 올리고뉴클레오티드를 갖는 예시적인 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 갭머이다. "갭머"에서, RNaseH 절단을 지원하는 복수의 결합된 뉴클레오티드를 갖는 내부 영역 또는 "갭"은 2개의 외부 측부 영역 또는 내부 영역의 결합된 뉴클레오티드와 화학적으로 구별되는 복수의 결합된 뉴클레오티드를 갖는 "윙" 사이에 위치한다. 갭 분절은 일반적으로 엔도뉴클레아제 절단을 위한 기질로서 역할을 하는 반면, 윙 분절은 변형된 뉴클레오티드를 포함한다.
갭머의 모티프의 3개의 영역 (5'-윙, 갭, 및 3'-윙)은 뉴클레오티드의 인접 서열을 형성하고, "X-Y-Z"로서 기재될 수 있고, 여기서, "X"는 5-윙의 길이를 나타내고, "Y"는 갭의 길이를 나타내고, "Z"는 3'-윙의 길이를 나타낸다. 하나의 실시형태에서, "X-Y-Z"로서 기재된 갭머는 갭 분절이 5' 윙 분절 및 3' 윙 분절 각각에 바로 인접하여 위치하는 배치를 갖는다. 따라서, 어떠한 개재 뉴클레오티드도 5' 윙 분절 및 갭 분절 사이, 또는 갭 분절 및 3' 윙 분절 사이에 존재하지 않는다. 본원에 기재된 안티센스 화합물 중 어느 것은 갭머 모티프를 가질 수 있다. 일부 실시형태에서, X 및 Z는 동일하고, 다른 실시형태에서 이들은 상이하다.
특정 실시형태에서, 갭머의 영역은 영역에서 변형된 뉴클레오티드의 유형으로 분화된다. 갭머의 영역을 분화하기 위해 사용될 수 있는 변형된 뉴클레오티드의 유형은, 일부 실시형태에서, β-D-리보뉴클레오티드, β-D-데옥시리보뉴클레오티드, 2'-변형된 뉴클레오티드, 예를 들면, 2'-변형된 뉴클레오티드 (예를 들면, 2'-MOE, 및 2'-O-CH3), 및 바이사이클릭 당 변형된 뉴클레오티드 (예를 들면, 4'-(CH2)n-O-2' 브릿지를 갖는 것들, 여기서, n=1 또는 n=2)를 포함한다.
하나의 실시형태에서, 각각의 윙의 변형된 뉴클레오티드의 적어도 일부는 갭의 변형된 뉴클레오티드의 적어도 일부와 상이할 수 있다. 예를 들면, 갭에 가장 가까운 각 윙의 변형된 뉴클레오티드의 적어도 일부 (5'-윙의 3'-최대 뉴클레오티드 및 3 -윙의 5'-최대 뉴클레오티드)는 이웃하는 갭 뉴클레오티드의 변형된 뉴클레오티드와 상이하고, 이에 따라, 윙 및 갭 사이의 경계를 한정한다. 특정 실시형태에서, 갭 내에 변형된 뉴클레오티드는 서로 동일하다. 특정 실시형태에서, 갭은 갭의 하나 이상의 다른 뉴클레오티드의 변형된 뉴클레오티드와 상이한 하나 이상의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다.
갭머의 5'-윙 (X)의 길이는 1 내지 6개의 뉴클레오티드 길이, 예를 들면, 2 내지 6, 2 내지 5, 3 내지 6, 3 내지 5, 1 내지 5, 1 내지 4, 1 내지 3, 2 내지 4개의 뉴클레오티드 길이, 예를 들면, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 뉴클레오티드 길이일 수 있다.
갭머의 3'-윙 (Z)의 길이는 1 내지 6개의 뉴클레오티드 길이, 예를 들면, 2 내지 6, 2-5, 3 내지 6, 3 내지 5, 1 내지 5, 1 내지 4, 1 내지 3, 2 내지 4개의 뉴클레오티드 길이, 예를 들면, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 뉴클레오티드 길이일 수 있다.
갭머의 갭 (Y)의 길이는 5 내지 14개의 뉴클레오티드 길이, 예를 들면, 5 내지 13, 5 내지 12, 5 내지 11, 5 내지 10, 5 내지 9, 5 내지 8, 5 내지 7, 5 내지 6, 6 내지 14, 6 내지 13, 6 내지 12, 6 내지 11, 6 내지 10, 6 내지 9, 6 내지 8, 6 내지 7, 7 내지 14, 7 내지 13, 7 내지 12, 7 내지 11, 7 내지 10, 7 내지 9, 7 내지 8, 8 내지 14, 8 내지 13, 8 내지 12, 8 내지 11, 8 내지 10, 8 내지 9, 9 내지 14, 9 내지 13, 9 내지 12, 9 내지 11, 9 내지 10, 10 내지 14, 10 내지 13, 10 내지 12, 10 내지 11, 11 내지 14, 11 내지 13, 11 내지 12, 12 내지 14, 12 내지 13, 또는 13 내지 14개의 뉴클레오티드 길이, 예를 들면, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 또는 14개의 뉴클레오티드 길이일 수 있다.
본 발명의 일부 실시형태에서, X는 2, 3, 4, 5 또는 6개의 뉴클레오티드로 이루어지고, Y는 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의 뉴클레오티드로 이루어지고, Z는 2, 3, 4, 5 또는 6개의 뉴클레오티드로 이루어진다. 이러한 갭머는 (X-Y-Z) 2-7-2, 2-7-3, 2-7-4, 2-7-5, 2-7-6, 3-7-2, 3-7-3, 3-7-4, 3-7-5, 3-7-6, 4-7-3, 4-7-4, 4-7-5, 4-7-6, 5-7-3, 5-7-4, 5-7-5, 5-7-6, 6-7-3, 6-7-4, 6-7-5, 6-7-6, 3-7-3, 3-7-4, 3-7-5, 3-7-6, 4-7-3, 4-7-4, 4-7-5, 4-7-6, 5-7-3, 5-7-4, 5-7-5, 5-7-6, 6-7-3, 6-7-4, 6-7-5, 6-7-6, 2-8-2, 2-8-3, 2-8-4, 2-8-5, 2-8-6, 3-8-2, 3-8-3, 3-8-4, 3-8-5, 3-8-6, 4-8-3, 4-8-4, 4-8-5, 4-8-6, 5-8-3, 5-8-4, 5-8-5, 5-8-6, 6-8-3, 6-8-4, 6-8-5, 6-8-6, 2-9-2, 2-9-3, 2-9-4, 2-9-5, 2-9-6, 3-9-2, 3-9-3, 3-9-4, 3-9-5, 3-9-6, 4-9-3, 4-9-4, 4-9-5, 4-9-6, 5-9-3, 5-9-4, 5-9-5, 5-9-6, 6-9-3, 6-9-4, 6-9-5, 6-9-6, 2-10-2, 2-10-3, 2-10-4, 2-10-5, 2-10-6, 3-10-2, 3-10-3, 3-10-4, 3-10-5, 3-10-6, 4-10-3, 4-10-4, 4-10-5, 4-10-6, 5-10-3, 5-10-4, 5-10-5, 5-10-6, 6-10-3, 6-10-4, 6-10-5, 6-10-6, 2-11-2, 2-11-3, 2-11-4, 2-11-5, 2-11-6, 3-11-2, 3-11-3, 3-11-4, 3-11-5, 3-11-6, 4-11-3, 4-11-4, 4-11-5, 4-11-6, 5-11-3, 5-11-4, 5-11-5, 5-11-6, 6-11-3, 6-11-4, 6-11-5, 6-11-6, 2-12-2, 2-12-3, 2-12-4, 2-12-5, 2-12-6, 3-12-2, 3-12-3, 3-12-4, 3-12-5, 3-12-6, 4-12-3, 4-12-4, 4-12-5, 4-12-6, 5-12-3, 5-12-4, 5-12-5, 5-12-6, 6-12-3, 6-12-4, 6-12-5, 또는 6-12-6을 포함한다.
본 발명의 일부 실시형태에서, INHBE를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 5-10-5 갭머 모티프를 포함한다. 본 발명의 다른 실시형태에서, INHBE를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 4-10-4 갭머 모티프를 포함한다. 본 발명의 또다른 실시형태에서, INHBE를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 3-10-3 갭머 모티프를 포함한다. 본 발명의 또한 다른 실시형태에서, INHBE를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2-10-2 갭머 모티프를 포함한다.
갭머의 5'-윙 또는 3'-윙은 독립적으로 1-6개의 변형된 뉴클레오티드, 예를 들면, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 변형된 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 적어도 2개의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 또다른 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 적어도 3개의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 또한 또다른 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 적어도 4개의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 또다른 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 적어도 5개의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시형태에서, 갭머의 5'-윙의 뉴클레오티드 각각은 변형된 뉴클레오티드이다.
일부 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 적어도 2개의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 또다른 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 적어도 3개의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 또한 또다른 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 적어도 4개의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 또다른 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 적어도 5개의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시형태에서, 갭머의 3'-윙의 뉴클레오티드 각각은 변형된 뉴클레오티드이다.
특정 실시형태에서, 갭머의 영역은 뉴클레오티드의 당 모이어티의 유형에 의해 분화된다. 하나의 실시형태에서, 별개 영역 각각의 뉴클레오티드는 균일한 당 모이어티를 포함한다. 다른 실시형태에서, 별개 영역 각각의 뉴클레오티드는 상이한 당 모이어티를 포함한다. 특정 실시형태에서, 2개의 윙의 당 뉴클레오티드 변형 모티프는 서로 동일하다. 특정 실시형태에서, 5'-윙의 당 뉴클레오티드 변형 모티프는 3'-윙의 당 뉴클레오티드 변형 모티프와 상이하다.
갭머의 5'-윙은 1-6개의 변형된 뉴클레오티드, 예를 들면, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 변형된 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
하나의 실시형태에서, 갭머의 5'-윙의 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드는 바이사이클릭 뉴클레오티드, 예를 들면, 제한 에틸 뉴클레오티드, 또는 LNA이다. 또다른 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 2, 3, 4, 또는 5 바이사이클릭 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시형태에서, 갭머의 5'-윙의 뉴클레오티드 각각은 바이사이클릭 뉴클레오티드이다.
하나의 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 적어도 1, 2, 3, 4, 또는 5 제한 에틸 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시형태에서, 갭머의 5'-윙의 뉴클레오티드 각각은 제한 에틸 뉴클레오티드이다.
하나의 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 적어도 하나의 LNA 뉴클레오티드를 포함한다. 또다른 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 2, 3, 4, 또는 5개의 LNA 뉴클레오티드를 포함한다. 다른 실시형태에서, 갭머의 5'-윙의 뉴클레오티드 각각은 LNA 뉴클레오티드이다.
특정 실시형태에서, 갭머의 5'-윙의 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드는 비-바이사이클릭 변형된 뉴클레오티드, 예를 들면, 2'-치환된 뉴클레오티드이다. "2'-치환된 뉴클레오티드"는, H 또는 OH이 아닌 2'-위치에서 변형을 포함하는 뉴클레오티드, 예를 들면, 2'-OMe 뉴클레오티드, 또는 2'-MOE 뉴클레오티드이다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 2, 3, 4, 또는 5 2'-치환된 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 5'-윙의 뉴클레오티드 각각은 2'-치환된 뉴클레오티드이다.
하나의 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 적어도 하나의 2'-OMe 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 적어도 2, 3, 4, 또는 5개의 2'-OMe 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 5'-윙의 뉴클레오티드 각각은 2'-OMe 뉴클레오티드를 포함한다.
하나의 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 적어도 하나의 2'-MOE 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 적어도 2, 3, 4, 또는 5개의 2'-MOE 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 5'-윙의 뉴클레오티드 각각은 2'-MOE 뉴클레오티드를 포함한다.
특정 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 적어도 하나의 2'-데옥시뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시형태에서, 갭머의 5'-윙의 뉴클레오티드 각각은 2'-데옥시뉴클레오티드이다. 특정 실시형태에서, 갭머의 5'-윙은 적어도 하나의 리보뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시형태에서, 갭머의 5'-윙의 뉴클레오티드 각각은 리보뉴클레오티드이다.
갭머의 3'-윙은 1-6개의 변형된 뉴클레오티드, 예를 들면, 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 변형된 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
하나의 실시형태에서, 갭머의 3'-윙의 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드는 바이사이클릭 뉴클레오티드, 예를 들면, 제한 에틸 뉴클레오티드, 또는 LNA이다. 또다른 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 2, 3, 4, 또는 5 바이사이클릭 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시형태에서, 갭머의 3'-윙의 뉴클레오티드 각각은 바이사이클릭 뉴클레오티드이다.
하나의 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 적어도 하나의 제한 에틸 뉴클레오티드를 포함한다. 또다른 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 2, 3, 4, 또는 5 제한 에틸 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시형태에서, 갭머의 3'-윙의 뉴클레오티드 각각은 제한 에틸 뉴클레오티드이다.
하나의 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 적어도 하나의 LNA 뉴클레오티드를 포함한다. 또다른 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 2, 3, 4, 또는 5개의 LNA 뉴클레오티드를 포함한다. 다른 실시형태에서, 갭머의 3'-윙의 뉴클레오티드 각각은 LNA 뉴클레오티드이다.
특정 실시형태에서, 갭머의 3'-윙의 적어도 하나의 변형된 뉴클레오티드는 비-바이사이클릭 변형된 뉴클레오티드, 예를 들면, 2'-치환된 뉴클레오티드이다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 2, 3, 4, 또는 5 2'-치환된 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 3'-윙의 뉴클레오티드 각각은 2'-치환된 뉴클레오티드이다.
하나의 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 적어도 하나의 2'-OMe 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 적어도 2, 3, 4, 또는 5개의 2'-OMe 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 3'-윙의 뉴클레오티드 각각은 2'-OMe 뉴클레오티드를 포함한다.
하나의 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 적어도 하나의 2'-MOE 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 적어도 2, 3, 4, 또는 5개의 2'-MOE 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 3'-윙의 뉴클레오티드 각각은 2'-MOE 뉴클레오티드를 포함한다.
특정 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 적어도 하나의 2'-데옥시뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시형태에서, 갭머의 3'-윙의 뉴클레오티드 각각은 2'-데옥시뉴클레오티드이다. 특정 실시형태에서, 갭머의 3'-윙은 적어도 하나의 리보뉴클레오티드를 포함한다. 특정 실시형태에서, 갭머의 3'-윙의 뉴클레오티드 각각은 리보뉴클레오티드이다.
갭머의 갭은 5-14개의 변형된 뉴클레오티드, 예를 들면, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 또는 14개의 변형된 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
하나의 실시형태에서, 갭머의 갭은 적어도 하나의 5-메틸시토신을 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 갭은 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의 5-메틸시토신을 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 갭의 모든 뉴클레오티드는 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, 갭머의 갭은 적어도 하나의 2'-데옥시뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 갭은 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의 2'-데옥시뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 갭머의 갭의 모든 뉴클레오티드는 2'-데옥시뉴클레오티드이다.
갭머는 하나 이상의 변형된 뉴클레오티드간 결합을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 갭머는 하나 이상의 포스포디에스테르 뉴클레오티드간 결합을 포함한다. 다른 실시형태에서, 갭머는 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합을 포함한다.
하나의 실시형태에서, 갭머의 5'-윙의 뉴클레오티드 각각은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합을 통해 결합된다. 또다른 실시형태에서, 갭머의 3'-윙의 뉴클레오티드 각각은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합을 통해 결합된다. 또한 또다른 실시형태에서, 갭머의 갭 분절의 뉴클레오티드 각각은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합를 통해 결합된다. 하나의 실시형태에서, 갭머에서 모든 뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 결합을 통해 결합된다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함한다.
또다른 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 4개의 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 4개의 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함한다.
또다른 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 3개의 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 3개의 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함한다.
또다른 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함한다.
하나의 실시형태에서, 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절에 측면에 위치하는 5-윙의 뉴클레오티드 각각은 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 또다른 실시형태에서, 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절에 측면에 위치하는 3-윙의 뉴클레오티드 각각은 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 변형된 5'-윙 뉴클레오티드 각각 및 변형된 3'-윙 뉴클레오티드 각각은 2'-당 변형을 포함한다. 하나의 실시형태에서, 2'-당 변형은 2'-OMe 변형이다. 또다른 실시형태에서, 2'-당 변형은 2'-MOE 변형이다. 하나의 실시형태에서, 변형된 5'-윙 뉴클레오티드 각각 및 변형된 3'-윙 뉴클레오티드 각각은 바이사이클릭 뉴클레오티드를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 바이사이클릭 뉴클레오티드는 제한 에틸 뉴클레오티드이다. 또다른 실시형태에서, 바이사이클릭 뉴클레오티드는 LNA 뉴클레오티드이다. 하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제에서 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2'OMe 변형을 포함하는 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 2'OMe 변형을 포함하는 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 하나의 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다. 일부 실시형태에서, 제제는 리간드를 추가로 포함한다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2'MOE 변형을 포함하는 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 2'MOE 변형을 포함하는 5개의 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 하나의 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다. 일부 실시형태에서, 제제는 리간드를 추가로 포함한다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 5개의 제한 에틸 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 5개의 제한 에틸 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 5개의 LNA 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 5개의 LNA 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2'OMe 변형을 포함하는 4개의 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 2'OMe 변형을 포함하는 4개의 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2'MOE 변형을 포함하는 4개의 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 2'MOE 변형을 포함하는 4개의 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 4개의 제한 에틸 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 4개의 제한 에틸 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 4개의 LNA 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 4개의 LNA 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2'OMe 변형을 포함하는 3개의 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 2'OMe 변형을 포함하는 3개의 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2'MOE 변형을 포함하는 3개의 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 2'MOE 변형을 포함하는 3개의 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 3개의 제한 에틸 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 3개의 제한 에틸 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 3개의 LNA 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 3개의 LNA 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2'OMe 변형을 포함하는 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 2'OMe 변형을 포함하는 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2'MOE 변형을 포함하는 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 2'MOE 변형을 포함하는 2개의 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2개의 제한 에틸 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 2개의 제한 에틸 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
하나의 실시형태에서, INHBE 유전자를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 2개의 LNA 뉴클레오티드를 포함하는 5'-윙 분절 및 2개의 LNA 뉴클레오티드를 포함하는 3'-윙 분절에 바로 인접하고 그 사이에 위치하는 10개의 2'-데옥시리보뉴클레오티드의 갭 분절을 포함하고, 여기서, 제제의 뉴클레오티드간 결합 각각은 포스포로티오에이트 결합이다. 일부 실시형태에서, 제제의 시토신 각각은 5-메틸시토신이다.
본 발명의 제제, 조성물, 및 방법에 사용하기 위해 적합한 추가 갭머 설계는, 예를 들면, 미국 특허 번호 7,687,617 및 8,580,756; 미국 특허 공보 번호 20060128646, 20090209748, 20140128586, 20140128591, 20100210712, 및 20080015162A1; 및 국제 공개 번호 WO 2013/159108에 개시되고, 각각의 이의 전문이 참조로서 본원에 포함된다.
vi. 리간드에 접합된 조절제
본 발명의 조절제, 예를 들면, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제, ADAR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA 또는 CRISPR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA의 또다른 변형은, 예를 들면, 세포로의 올리고뉴클레오티드의 활성, 세포 분포 또는 세포 흡수를 향상시키는 하나 이상의 리간드, 모이어티 또는 접합체에 대한 조절제에 화학적으로 결합하는 것을 포함한다. 이러한 모이어티는, 이에 제한되지 않지만, 콜레스테롤 모이어티와 같은 지질 모이어티를 포함한다 (참조: Letsinger et al., Proc. Natl. Acid. Sci. USA, 1989, 86: 6553-6556). 다른 실시형태에서, 리간드는 콜산(참조: Manoharan et al., Biorg. Med. Chem. Let., 1994, 4:1053-1060), 티오에테르, 예를 들면, 베릴-S-트리틸티올(참조: Manoharan et al., Ann. N.Y. Acad. Sci., 1992, 660:306-309; Manoharan et al., Biorg. Med. Chem. Let., 1993, 3:2765-2770), 티오콜레스테롤(참조: Oberhauser et al., Nucl. Acids Res., 1992, 20:533-538), 지방족 쇄, 예를 들면, 도데칸디올 또는 운데실 잔기(참조: Saison-Behmoaras et al., EMBO J, 1991, 10:1111-1118; Kabanov et al., FEBS Lett., 1990, 259:327-330; Svinarchuk et al., Biochimie, 1993, 75:49-54), 인지질, 예를 들면, 디-헥사데실-rac-글리세롤 또는 트리에틸-암모늄 1,2-디-O-헥사데실-rac-글리세로-3-포스포네이트(참조: Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36:3651-3654; Shea et al., Nucl. Acids Res., 1990, 18:3777-3783), 폴리아민 또는 폴리에틸렌 글리콜 쇄(참조: Manoharan et al., Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14:969-973), 또는 아다만탄 아세트산(참조: Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36:3651-3654), 또는 팔미틸 모이어티(참조: Mishra et al., Biochim. Biophys. Acta, 1995, 1264:229-237), 또는 옥타데실아민 또는 헥실아미노-카르보닐옥시콜레스테롤 모이어티(참조: Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277:923-937)이다.
특정 실시형태에서, 리간드는 이것이 도입되는 올리고뉴클레오티드의 분포, 표적화 또는 수명을 변경시킨다. 일부 실시형태에서 리간드는, 예를 들면, 이러한 리간드가 부재하는 종과 비교하여 선택된 표적, 예를 들면, 분자, 세포 또는 세포 유형, 구획, 예를 들면, 세포 또는 기관 구획, 조직, 기관 또는 신체의 영역에 대해 증진된 친화성을 제공한다. 일부 실시형태에서, 리간드는 듀플렉스 핵산에서 듀플렉스 쌍형성에 관여하지 않는다.
리간드는 천연 발생 물질, 예를 들면, 단백질(예를 들면, 사람 혈청 알부민(HSA), 저밀도 지질단백질(LDL) 또는 글로불린); 탄수화물(예를 들면, 덱스트란, 풀루란, 키틴, 키토산, 이눌린, 사이클로덱스트린, N-아세틸글루코사민, N-아세틸갈락토사민 또는 히알루론산); 또는 지질을 포함할 수 있다. 리간드는 또한 재조합 또는 합성 분자, 예를 들면, 합성 중합체, 예를 들면, 합성 폴리아미노산일 수 있다. 폴리아미노산의 예는 폴리라이신(PLL), 폴리 L-아스파르트산, 폴리 L-글루탐산, 스티렌-말레산 무수물 공중합체, 폴리(L-락티드-코-글리콜화된) 공중합체, 디비닐 에테르-말레산 무수물 공중합체, N-(2-하이드록시프로필)메타크릴아미드 공중합체 (HMPA), 폴리에틸렌 글리콜(PEG), 폴리비닐 알코올(PVA), 폴리우레탄, 폴리(2-에틸아크릴산), N-이소프로필아크릴아미드 중합체 또는 폴리포스파진을 포함한다. 폴리아민의 예는 다음을 포함한다: 폴리에틸렌이민, 폴리리신(PLL), 스퍼민, 스퍼미딘, 폴리아민, 슈도펩티드-폴리아민, 펩티도미메틱 폴리아민, 덴드리머 폴리아민, 아르기닌, 아미딘, 프로타민, 양이온성 지질, 양이온성 포르피린, 폴리아민의 4차 염 또는 알파 나선 펩티드.
리간드는 또한 표적화 그룹, 예를 들면, 세포 또는 조직 표적화 제제, 예를 들면, 렉틴, 당단백질, 지질 또는 단백질, 예를 들면, 콩팥 세포와 같은 특정 세포 유형에 결합하는 항체를 포함할 수 있다. 표적화 그룹은 티로트로핀, 멜라노트로핀, 렉틴, 당단백질, 계면활성제 단백질 A, 뮤신 탄수화물, 다가 락토스, 다가 갈락토스, N-아세틸-갈락토사민, N-아세틸-글루코사민 다가 만노스, 다가 푸코스, 글리코실화된 폴리아미노산, 다가 갈락토스, 트랜스페린, 비스포스포네이트, 폴리글루타메이트, 폴리아스파르테이트, 지질, 콜레스테롤, 스테로이드, 담즙산, 폴레이트, 비타민 B12, 비타민 A, 비오틴, 또는 RGD 펩티드 또는 RGD 펩티드 모사체일 수 있다. 특정 실시형태에서, 리간드는 다가 갈락토스, 예를 들면, N-아세틸-갈락토사민이다.
리간드의 다른 예는 염료, 중간증량제(intercalating agents)(예를 들면, 아크리딘), 가교제(예를 들면, 소랄렌, 미토마이신 C), 포르피린(TPPC4, 텍사피린, 삭피린), 다환 방향족 탄화수소(예를 들면, 페나진, 디하이드로페나진), 인공 엔도뉴클레아제(예를 들면, EDTA), 친유성 분자, 예를 들면, 콜레스테롤, 콜산, 아다만탄 아세트산, 1-피렌 부티르산, 디하이드로테스토스테론, 1,3-비스-O(헥사데실)글리세롤, 게라닐옥시헥실 그룹, 헥사데실글리세롤, 보르놀, 멘톨, 1,3-프로판디올, 헵타데실 그룹, 팔미트산, 미리스트산, O3-(올레오일)리소콜산, O3-(올레오일)콜레산, 디메톡시트리틸, 또는 페녹사진) 및 펩티드 접합체(예를 들면, 안테나피디아 펩티드, Tat 펩티드), 알킬화제, 포스페이트, 아미노, 머캅토, PEG(예를 들면, PEG-40K), MPEG, [MPEG]2, 폴리아미노, 알킬, 치환된 알킬, 방사성 표지된 마커, 효소, 합텐(예를 들면, 비오틴), 수송/흡수 촉진자(예를 들면, 아스피린, 비타민 E, 엽산), 합성 리보뉴클레아제(예를 들면, 이미다졸, 비스이미다졸, 히스타민, 이미다졸 클러스터, 아크리딘-이미다졸 접합체, 테트라아자마크로사이클의 Eu3+ 복합체), 디니트로페닐, HRP, 또는 AP를 포함한다.
리간드는 단백질, 예를 들면, 당단백질, 또는 펩티드, 예를 들면, 공동-리간드에 대한 특이적 친화성을 갖는 분자, 또는 항체, 예를 들면, 간세포와 같은 특정 세포 유형에 결합하는 항체일 수 있다. 리간드는 또한 호르몬 및 호르몬 수용체를 포함할 수 있다. 이들은 또한 비-펩티드 종, 예를 들면, 지질, 렉틴, 탄수화물, 비타민, 조인자, 다가 락토스, 다가 갈락토스, N-아세틸-갈락토사민, N-아세틸-글루코사민 다가 만노스 또는 다가 푸코스를 포함할 수 있다. 리간드는, 예를 들면, 리포폴리사카라이드, p38 MAP 키나제의 활성화제 또는 NF-κB의 활성화제일 수 있다.
리간드는, 예를 들면, 세포의 미세소관, 마이크로필라멘트 또는 중간 필라멘트를 붕괴시킴에 의해 세포의 세포골격을, 예를 들면, 파괴함으로써 조절제, 예를 들면, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 세포로의 흡수를 증가시킬 수 있는 물질, 예를 들면, 약물일 수 있다. 약물은, 예를 들면, 탁솔, 빈크리스틴, 빈블라스틴, 시토칼라신, 노코다졸, 자플라키놀리드, 라트란쿨린 A, 팔로이딘, 스윈홀리드 A, 인다노신, 또는 미오세빈일 수 있다.
일부 실시형태에서, 본원에 기술된 것과 같은 올리고뉴클레오티드에 부착된 리간드는 약동학적 조절제(PK 조절제)로서 작용한다. PK 조절제는 친유성체, 담즙산, 스테로이드, 인지질 유사체, 펩티드, 단백질 결합제, PEG, 비타민 등을 포함한다. 예시적인 PK 조절제는, 이에 제한되지 않지만, 콜레스테롤, 지방산, 콜산, 리토콜산, 디알킬글리세리드, 디아실글리세리드, 인지질, 스핑고지질, 나프록센, 이부프로펜, 비타민 E, 비오틴 등을 포함한다. 다수의 포스포로티오에이트 결합을 포함하는 올리고뉴클레오티드는 또한 혈청 단백질에 결합하는 것으로 공지되어 있고, 따라서, 짧은 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 골격 내 다수의 포스포로티오에이트 결합을 포함하는 약 5개 염기, 10개 염기, 15개 염기 또는 20개 염기의 올리고뉴클레오티드도 본 발명에 리간드로서(예를 들면, PK 조절 리간드로서) 적용될 수 있다. 또한, 혈청 성분(예를 들면, 혈청 단백질)에 결합하는 압타머는 또한 본 명세서에 기술된 실시형태에서 PK 조절 리간드로서 사용하기에 적합하다.
본 발명의 리간드-접합 올리고뉴클레오티드는 (하기에서 기술하는 것과 같이) 올리고뉴클레오티드 상으로의 결합 분자의 부착으로부터 유래된 것과 같은 펜던트 반응성 관능기를 함유하는 올리고뉴클레오티드의 사용에 의해 합성될 수 있다. 이러한 반응성 올리고뉴클레오티드는 상업적으로 이용가능한 리간드, 임의의 다양한 보호 그룹을 보유하는 합성된 리간드, 또는 이에 부착된 결합 모이어티를 갖는 리간드와 직접 반응할 수 있다.
본 발명의 접합체에 사용되는 올리고뉴클레오티드는 널리 공지된 고체-상 합성 기술을 통해 편리하고 통상적으로 제조될 수 있다. 이러한 합성을 위한 기기는 여러 판매업자에 의해 시판되고 있고, 예를 들면, Applied Biosystems®(Foster City, Calif.)을 포함한다. 당해 기술분야에 공지된 이러한 합성을 위한 임의의 다른 방법은 추가로 또는 대안적으로 사용될 수 있다. 또한 다른 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 포스포로티오에이트 및 알킬화된 유도체를 제조하기 위한 유사한 기술을 사용하는 것이 공지되어 있다.
본 발명의 리간드-접합된 올리고뉴클레오티드 및 리간드-분자 함유 서열-특이적 결합된 뉴클레오시드에서, 올리고뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오시드는 표준 뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드 전구체, 또는 이미 결합 모이어티를 보유하는 뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드 접합 전구체, 이미 리간드 분자를 보유하는 리간드-뉴클레오티드 또는 뉴클레오시드-접합체 전구체, 또는 비-뉴클레오시드 리간드-보유 빌딩 블록을 사용하여 적합한 DNA 합성기 상에서 어셈블리될 수 있다.
이미 결합 모이어티를 보유하는 뉴클레오티드 접합 전구체를 사용하는 경우, 서열-특이적 결합된 뉴클레오시드의 합성은 통상적으로 완료되고, 리간드 분자는 결합 모이어티와 반응하여 리간드-접합 올리고뉴클레오티드를 형성한다. 일부 실시형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드 또는 결합된 뉴클레오시드는 상업적으로 이용가능하고 올리고뉴클레오티드 합성에 통상적으로 사용되는 표준 포스포르아미다이트 및 비표준 포스포르아미다이트에 추가하여 리간드-뉴클레오시드 접합체로부터 유래된 포스포르아미다이트를 사용하여 자동화된 합성기에 의해 합성된다.
A.지질 접합체
특정 실시형태에서, 리간드 또는 접합체는 지질 또는 지질-기반 분자이다. 하나의 실시형태에서, 이러한 지질 또는 지질-기반 분자는 혈청 단백질, 예를 들면, 사람 혈청 알부민(HSA)에 결합한다. HSA 결합 리간드는 표적 조직, 예를 들면, 신체의 비-콩팥 표적 조직으로의 접합체의 분포를 가능하게 한다. 예를 들면, 표적 조직은 간의 실질 세포를 포함하는 간일 수 있다. HSA에 결합할 수 있는 다른 분자는 또한 리간드로서 사용될 수 있다. 예를 들면, 나프록센 또는 아스피린이 사용될 수 있다. 지질 또는 지질-기반 리간드는 (a) 접합체의 분해에 대한 내성을 증가시킬 수 있거나, (b) 표적 세포 또는 세포막으로의 표적화 또는 수송을 증가시킬 수 있거나, (c) 혈청 단백질, 예를 들면, HSA로의 결합을 조정하기 위해 사용될 수 있다.
지질-기반 리간드를 사용하여 접합체의 표적 조직으로의 결합을 억제, 예를 들면, 조절할 수 있다. 예를 들면, 보다 강하게 HSA에 결합하는 지질 또는 지질-기반 리간드는 콩팥으로 표적화될 가능성이 적고 따라서 신체로부터 제거될 가능성이 적다. HSA에 덜 강하게 결합하는 지질 또는 지질-기반 리간드를 사용하여 접합체를 콩팥에 표적화시킬 수 있다.
특정 실시형태에서, 지질-기반 리간드는 HSA에 결합한다. 하나의 실시형태에서, 이는 접합체가 비-콩팥 조직에 분포되기에 충분한 친화도로 HSA에 결합한다. 그러나, 친화도는 HSA-리간드 결합이 역행될 수 없을 정도로 강하지 않는 것이 바람직하다.
다른 실시형태에서, 지질-기반 리간드는 HSA에 약하게 결합하거나 전혀 결합하지 않는다. 하나의 실시형태에서, 접합체는 신장에 분포될 것이다. 콩팥 세포를 표적화하는 다른 모이어티는 또한 지질-기반 리간드 대신에 또는 이에 추가로 사용될 수 있다.
또다른 실시형태에서, 리간드는 모이어티, 예를 들면, 표적 세포, 예를 들면, 증식 세포에 의해 흡수되는 비타민이다. 이들은 특히 예를 들면, 악성 또는 비악성 유형의 원치 않는 세포 증식을 특징으로 하는 장애, 예를 들면, 암세포를 치료하는 데 유용하다. 예시적인 비타민은 비타민 A, E, 및 K를 포함한다. 다른 예시적인 비타민은 B 비타민, 예를 들면, 엽산, B12, 리보플라빈, 비오틴, 피리독살 또는 간 세포와 같은 표적 세포에 의해 흡수되는 다른 비타민 또는 영양물을 포함한다. 또한 HSA 및 저밀도 지질단백질(LDL)이 포함된다.
B. 세포-투과 제제
또다른 실시형태에서, 리간드는 세포-투과 제제, 예를 들면, 나선 세포-투과 제제이다. 하나의 실시형태에서, 제제는 양친매성이다. 예시적인 제제는 tat 또는 안테노페디아와 같은 펩티드이다. 제제가 펩티드인 경우, 이는 펩티딜모사체, 인버토머, 비-펩티드 또는 슈도-펩티드 결합 및 D-아미노산의 사용을 포함하여 변형될 수 있다. 하나의 실시형태에서, 나선형 제제는 친유성 및 소유성 상을 갖는 알파-나선 제제이다.
리간드는 펩티드 또는 펩티도모사체일 수 있다. (본원에서 올리고펩티도모사체라고도 지칭되는) 펩티도모사체는 천연 펩티드와 유사한 한정된 3차원 구조로 폴딩할 수 있는 분자이다. iRNA 제제로의 펩티드 및 펩티도모사체의 부착은 예를 들면, 세포 인지 및 흡착을 증진시킴에 의해 iRNA의 약동학적 분포에 영향을 미칠 수 있다. 펩티드 또는 펩티도모사체 모이어티는 약 5-50개 아미노산 길이, 예를 들면, 약 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 또는 50개 아미노산 길이일 수 있다.
펩티드 또는 펩티도모사체는 예를 들면, 세포-투과 펩티드, 양이온성 펩티드, 양친매성 펩티드 또는 소수성 펩티드(예를 들면, 주로 Tyr, Trp, 또는 Phe로 이루어진)일 수 있다. 펩티드 모이어티는 덴드리머 펩티드, 제한된 펩티드 또는 가교결합된 펩티드일 수 있다. 또다른 대안에서, 펩티드 모이어티는 소수성 막 전좌 서열(MTS)을 포함할 수 있다. 예시적인 소수성 MTS-함유 펩티드는 아미노산 서열 AAVALLPAVLLALLAP(서열번호 14)를 갖는 RFGF이다. 소수성 MTS를 함유하는 RFGF 유사체(예를 들면, 아미노산 서열 AALLPVLLAAP(서열번호 15)는 또한 표적화 모이어티일 수 있다. 펩티드 모이어티는 "전달" 펩티드일 수 있고, 이는 펩티드, 올리고뉴클레오티드, 및 단백질을 포함하는 큰 극성 분자를 세포막을 가로질러 운반할 수 있다. 예를 들면, HIV Tat 단백질(GRKKRRQRRRPPQ(서열번호 16) 및 드로소필라 안테나피디아 단백질(RQIKIWFQNRRMKWKK(서열번호 17)) 유래의 서열은 전달 펩티드로서 기능할 수 있는 것으로 밝혀졌다. 펩티드 또는 펩티도모사체는 DNA의 무작위 서열, 예를 들면, 파지-디스플레이 라이브러리, 또는 OBOC(one-bead-one-compound) 조합 라이브러리로부터 식별된 펩티드(참조: Lam et al., Nature, 354:82-84, 1991)에 의해 암호화될 수 있다. 세포 표적화 목표를 위해 혼입된 단량체 단위를 통해 dsRNA 제제에 테터링된 펩티드 또는 펩티도모사체의 예는 아르기닌-글리신-아스파르트산(RGD)-펩티드, 또는 RGD 모방체이다. 펩티드 모이어티는 길이가 약 5개의 아미노산 내지 약 40개의 아미노산 범위일 수 있다. 펩티드 모이어티는 예를 들면, 안정성을 증가시키거나 형태적 성질을 지시하기 위해 구조적 변형을 가질 수 있다. 하기 기술된 임의의 구조적 변형이 사용될 수 있다.
본 발명의 조성물 및 방법에 사용하기 위한 RGD 펩티드는 선형 또는 사이클릭일 수 있고, 변형되어, 예를 들면, 글리코실화되거나 메틸화되어 특이적 조직(들)로의 표적화를 촉진시킬 수 있다. RGD-함유 펩티드 및 펩티도모사체는 합성 RGD 모방체 뿐만 아니라 D-아미노산을 포함할 수 있다. RGD에 추가로, 당해 기술분야의 숙련가는 인테그린 리간드를 표적화하는 다른 모이어티, 예를 들면, PECAM-1 또는 VEGF를 사용할 수 있다.
"세포-투과 펩티드"는 세포, 예를 들면, 미생물 세포, 예를 들면, 세균 또는 진균류 세포, 또는 포유류 세포, 예를 들면, 사람 세포를 투과할 수 있다. 미생물 세포-투과 펩티드는 예를 들면, α-나선 선형 펩티드(예를 들면, LL-37 또는 세로핀 P1), 디설파이드 결합-함유 펩티드(예를 들면, α-데펜신, β-데펜신 또는 박테네신), 또는 단지 하나 또는 2개의 주요 아미노산을 함유하는 펩티드(예를 들면, PR-39 또는 인돌리시딘)일 수 있다. 세포-투과 펩티드는 또한 핵 국소화 신호(NLS)를 포함할 수 있다. 예를 들면, 세포-투과 펩티드는 HIV-1 gp41의 융합 펩티드 도메인 및 SV40 대형 T 항원의 NLS로부터 유래된 MPG와 같은 이분형 양친매성 펩티드일 수 있다 (참조: Simeoni et al., Nucl. Acids Res. 31:2717-2724, 2003).
C. 탄수화물 접합체
본 발명의 조성물 및 방법의 일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제는 추가로 탄수화물을 포함한다. 탄수화물 접합된 올리고뉴클레오티드는 본 명세서에 기술된 것과 같이 생체 내 치료학적 용도에 적합한 조성물 뿐만 아니라 핵산의 생체 내 전달에 유리하다. 본원에서 사용되는 "탄수화물"은 각각의 탄소 원자에 결합된 산소, 질소 또는 황 원자와 함께 적어도 6개의 탄소 원자를 갖는 하나 이상의 모노삭카라이드 유닛(선형, 분지형 또는 사이클릭일 수 있는)으로 이루어진 탄수화물 자체인 화합물; 또는 이의 일부로서 각각의 탄소 원자에 결합된 산소, 질소 또는 황 원자와 함께 각각 적어도 6개의 탄소 원자를 갖는 하나 이상의 모노삭카라이드 유닛(선형, 분지형 또는 사이클릭일 수 있는)으로 이루어진 탄수화물 모이어티를 갖는 화합물을 언급한다. 대표적인 탄수화물은 당(모노-, 디-, 트리-, 및 약 4, 5, 6, 7, 8 또는 9개의 모노삭카라이드 유닛을 함유하는 올리고사카라이드) 및 폴리사카라이드, 예를 들면, 전분, 글리코겐, 셀룰로스 및 폴리사카라이드 검을 포함한다. 특이적 모노삭카라이드는 C5 이상(예를 들면, C5, C6, C7, 또는 C8) 당을 포함하고; 디사카라이드 및 트리사카라이드는 2개 또는 3개의 모노삭카라이드 유닛(예를 들면, C5, C6, C7, 또는 C8)을 갖는 당을 포함한다.
특정 실시형태에서, 본 발명의 조성물 및 방법에 사용하기 위한 탄수화물 접합체는 모노삭카라이드이다.
특정 실시형태에서, 모노삭카라이드는 N-아세틸갈락토사민(GalNAc)이다. 하나 이상의 N-아세틸갈락토스아민(GalNAc) 유도체를 포함하는 GalNAc 접합체는 예를 들면, 미국 특허 8,106,022에 기술되어 있고, 이의 전문은 본원에 참조로서 포함된다. 일부 실시형태에서, GalNAc 접합체는 iRNA를 특정 세포로 표적화하는 리간드로서 작용한다. 일부 실시형태에서, GalNAc 접합체는 예를 들면, 간 세포(예를 들면, 간 세포)의 아시알로당단백질(asialoglyco단백질) 수용체에 대해 리간드로서 작용함에 의해 iRNA를 간 세포로 표적화한다.
일부 실시형태에서, 탄수화물 접합체는 하나 이상의 GalNAc 유도체를 포함한다. GalNAc 유도체는 링커, 예를 들면, 2가 또는 3가 분지형 링커를 통해 부착될 수 있다. 일부 실시형태에서, GalNAc 접합체는 센스 가닥의 3'-말단에 접합된다. 일부 실시형태에서, GalNAc 접합체는 링커, 예를 들면, 본원에 기술된 것과 같은 링커를 통해 올리고뉴클레오티드 제제에 (예를 들면, 센스 가닥의 3'-말단에) 접합된다. 일부 실시형태에서, GalNAc 접합체는 센스 가닥의 5'-말단에 접합된다. 일부 실시형태에서, GalNAc 접합체는 링커, 예를 들면, 본원에 기술된 것과 같은 링커를 통해 iRNA 제제에 (예를 들면, 센스 가닥의 5'-말단에) 접합된다.
본 발명의 특정 실시형태에서, GalNAc 또는 GalNAc 유도체는 1가 링커를 통해 본 발명의 올리고뉴클레오티드에 부착된다. 일부 실시형태에서, GalNAc 또는 GalNAc 유도체는 2가 링커를 통해 본 발명의 올리고뉴클레오티드에 부착된다. 본 발명의 또다른 실시형태에서, GalNAc 또는 GalNAc 유도체는 3가 링커를 통해 본 발명의 올리고뉴클레오티드에 부착된다. 본 발명의 다른 실시형태에서, GalNAc 또는 GalNAc 유도체는 4가 링커를 통해 본 발명의 올리고뉴클레오티드에 부착된다.
특정 실시형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드에 부착된 하나의 GalNAc 또는 GalNAc 유도체를 포함한다. 특정 실시형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 다수의(예를 들면, 2, 3, 4, 5, 또는 6개) GalNAc 또는 GalNAc 유도체를 포함하고, 각각은 독립적으로 다수의 1가 링커를 통해 올리고뉴클레오티드의 다수의 뉴클레오티드에 부착된다.
일부 실시형태에서, 예를 들면, 본 발명의 iRNA 제제의 2개의 가닥이 하나의 가닥의 3'-말단과 별개의 다른 가닥의 5'-말단 사이에 중단되지 않은 뉴클레오티드 쇄에 의해 연결되어 다수의 쌍을 형성하지 않은 뉴클레오티드를 포함하는 헤어핀 루프를 형성하는 하나의 더 큰 분자의 일부인 경우, 헤어핀 루프 내의 각각의 쌍을 형성하지 않은 뉴클레오티드는 1가 링커를 통해 부착된 GalNAc 또는 GalNAc 유도체를 독립적으로 포함할 수 있다. 헤어핀 루프는 또한 듀플렉스의 하나의 가닥에 연장된 오버행에 의해 형성될 수 있다.
일부 실시형태에서, 예를 들면, 본 발명의 iRNA 제제의 2개의 가닥이 하나의 가닥의 3'-말단과 별개의 다른 가닥의 5'-말단 사이에 중단되지 않은 뉴클레오티드 쇄에 의해 연결되어 다수의 쌍을 형성하지 않은 뉴클레오티드를 포함하는 헤어핀 루프를 형성하는 하나의 더 큰 분자의 일부인 경우, 헤어핀 루프 내의 각각의 쌍을 형성하지 않은 뉴클레오티드는 1가 링커를 통해 부착된 GalNAc 또는 GalNAc 유도체를 독립적으로 포함할 수 있다. 헤어핀 루프는 또한 듀플렉스의 하나의 가닥에 연장된 오버행에 의해 형성될 수 있다.
하나의 실시형태에서, 본 발명의 조성물 및 방법에 사용하기 위한 탄수화물 접합체는 하기로 이루어진 그룹으로부터 선택된다:
또다른 실시형태에서, 본 발명의 조성물 및 방법에 사용하기 위한 탄수화물 접합체는 모노삭카라이드이다. 하나의 실시형태에서, 모노삭카라이드는 다음과 같은 N-아세틸갈락토사민이다:
일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오티드는 다음 도식에 나타낸 것과 같이 링커를 통해 탄수화물 접합체에 부착되고, 여기서, X는 O 또는 S이다.
일부 실시형태에서, 올리고뉴클레오티드는 표 1에 정의된 것과 같이 L96에 접합되고 하기에 나타낸다
본 명세서에 기술된 실시형태에 사용하기 위한 또다른 대표적인 탄수화물 접합체는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 다음을 포함한다:
(화학식 XXXVI), X 또는 Y 중 하나가 올리고뉴클레오티드인 경우, 다른 하나는 수소이다.
일부 실시형태에서, 적합한 리간드는 WO 2019/055633에 기술된 리간드이고, 상기 문헌의 전문은 본원에 참조로서 포함된다. 하나의 실시형태에서, 리간드는 하기의 구조를 포함한다:
본 발명의 특정 실시형태에서, GalNAc 또는 GalNAc 유도체는 1가 링커를 통해 본 발명의 올리고뉴클레오티드에 부착된다. 일부 실시형태에서, GalNAc 또는 GalNAc 유도체는 2가 링커를 통해 본 발명의 올리고뉴클레오티드에 부착된다. 본 발명의 또다른 실시형태에서, GalNAc 또는 GalNAc 유도체는 3가 링커를 통해 본 발명의 올리고뉴클레오티드에 부착된다.
하나의 실시형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드에 부착된 하나 이상의 GalNAc 또는 GalNAc 유도체를 포함한다. GalNAc는 센스 가닥 또는 안티센스 가닥 상에서 링커를 통해 임의의 뉴클레오티드에 부착될 수 있다. GalNac는 센스 가닥의 5'-말단, 센스 가닥의 3'-말단, 안티센스 가닥의 5'-말단 또는 안티센스 가닥의 3'-말단에 부착될 수 있다. 하나의 실시형태에서, GalNAc은, 예를 들면, 3가 링커를 통해 센스 가닥의 3'-말단에 부착된다.
다른 실시형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 다수의(예를 들면, 2, 3, 4, 5, 또는 6개) GalNAc 또는 GalNAc 유도체를 포함하고, 각각은 독립적으로 다수의 링커, 예를 들면, 1가 링커를 통해 올리고뉴클레오티드의 다수의 뉴클레오티드에 부착된다.
일부 실시형태에서, 예를 들면, 본 발명의 iRNA 제제의 2개의 가닥이 하나의 가닥의 3'-말단과 별개의 다른 가닥의 5'-말단 사이에 중단되지 않은 뉴클레오티드 쇄에 의해 결합되어 다수의 쌍을 형성하지 않은 뉴클레오티드를 포함하는 헤어핀 루프를 형성하는 하나의 더 큰 분자의 일부인 경우, 헤어핀 루프 내의 각각의 쌍을 형성하지 않은 뉴클레오티드는 1가 링커를 통해 부착된 GalNAc 또는 GalNAc 유도체를 독립적으로 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 탄수화물 접합체는, 이에 제한되지 않지만, 전술된 하나 이상의 추가 리간드, 예를 들면, PK 조절제 또는 세포-투과 펩티드를 추가로 포함한다.
본 발명에 사용하기에 적합한 추가 탄수화물 접합체 및 링커는 PCT 공보 WO 2014/179620 및 WO 2014/179627에 기술된 것들을 포함하고, 이의 각각의 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
D. 링커
일부 실시형태에서, 본원에 기술된 접합체 또는 리간드는 절단될 수 있거나 절단될 수 없는 다양한 링커로 올리고뉴클레오티드에 부착될 수 있다.
용어 "링커" 또는 "결합 그룹"는 화합물의 두 부분을 결합하는, 예를 들면, 화합물의 두 부분을 공유적으로 부착하는 유기 모이어티를 의미한다. 링커는 통상적으로 직접 결합 또는 산소 또는 황과 같은 원자, NR8, C(O), C(O)NH, SO, SO2, SO2NH와 같은 단위 또는 원자 쇄, 예를 들면, 이에 제한되는 것을 아니지만, 치환되거나 치환되지 않은 알킬, 치환되거나 치환되지 않은 알케닐, 치환되거나 치환되지 않은 알키닐, 아릴알킬, 아릴알케닐, 아릴알키닐, 헤테로아릴알킬, 헤테로아릴알케닐, 헤테로아릴알키닐, 헤테로사이클릴알킬, 헤테로사이클릴알케닐, 헤테로사이클릴알키닐, 아릴, 헤테로아릴, 헤테로사이클릴, 사이클로알킬, 사이클로알케닐, 알킬아릴알킬, 알킬아릴알케닐, 알킬아릴알키닐, 알케닐아릴알킬, 알케닐아릴알케닐, 알케닐아릴알키닐, 알키닐아릴알킬, 알키닐아릴알케닐, 알키닐아릴알키닐, 알킬헤테로아릴알킬, 알킬헤테로아릴알케닐, 알킬헤테로아릴알키닐, 알케닐헤테로아릴알킬, 알케닐헤테로아릴알케닐, 알케닐헤테로아릴알키닐, 알키닐헤테로아릴알킬, 알키닐헤테로아릴알케닐, 알키닐헤테로아릴알키닐, 알킬헤테로사이클릴알킬, 알킬헤테로사이클릴알케닐, 알킬헤테로사이클릴알키닐, 알케닐헤테로사이클릴알킬, 알케닐헤테로사이클릴알케닐, 알케닐헤테로사이클릴알키닐, 알키닐헤테로사이클릴알킬, 알키닐헤테로사이클릴알케닐, 알키닐헤테로사이클릴알키닐, 알킬아릴, 알케닐아릴, 알키닐아릴, 알킬헤테로아릴, 알케닐헤테로아릴, 알키닐헤테로아릴을 포함하고, 여기서, 하나 이상의 메틸렌은 O, S, S(O), SO2, N(R8), C(O), 치환되거나 치환되지 않은 아릴, 치환되거나 치환되지 않은 헤테로아릴, 또는 치환되거나 치환되지 않은 헤테로사이클릭에 의해 중단되거나 종결될 수 있고; 여기서, R8은 수소, 아실, 지방족 또는 치환된 지방족이다. 하나의 실시형태에서, 링커는 약 1-24개 원자, 2-24, 3-24, 4-24, 5-24, 6-24, 6-18, 7-18, 8-18, 7-17, 8-17, 6-16, 7-17, 또는 8-16개 원자이다.
절단가능한 결합 그룹은 세포 외부에서는 충분히 안정하지만, 표적 세포로 진입 시에 절단되어 링커가 함께 유지하고 있던 2개의 부분을 방출하는 기이다. 하나의 예시적인 실시형태에서, 절단가능한 결합 그룹은 대상자의 혈액에서 또는 두번째 참조 조건 하(예를 들면, 혈액 또는 혈청 중에서 발견된 조건을 모방하거나 나타내도록 선택될 수 있는)에서 보다 표적 세포에서 또는 첫번째 참조 조건 하(예를 들면, 세포 내 조건을 모방하거나 나타내도록 선택될 수 있는)에서 적어도 약 10배, 20배, 30배, 40배, 50배, 60배, 70배, 80배, 90배 이상 또는 적어도 약 100배 더 신속하게 절단된다.
절단가능한 결합 그룹은 절단제, 예를 들면, pH, 산화환원 전위 또는 분해 분자의 존재에 민감하다. 일반적으로, 절단제는 혈청 또는 혈액에서 보다 세포 내부에서 보다 높은 수준 또는 활성인 상태로 보다 만연해 있거나 발견된다. 이러한 분해제의 예에는 다음이 포함된다: 예를 들면, 머캅탄과 같은 산화 또는 환원 효소 또는 환원제를 포함하고, 환원에 의해 산화환원 절단가능한 결합 그룹을 분해시킬 수 있는 세포에 존재하는, 특정 기질에 대해 선택되거나 어떠한 기질 특이성을 갖지 않는 산화환원제; 에스테라제; 엔도좀 또는 산성 환경을 생성할 수 있는 제제, 예를 들면, 5 이하의 pH를 초래하는 것들; 일반 산, (기질 특이적일 수 있는) 펩티다제 및 포스파타아제로서 작용함으로써 산 절단가능한 결합 그룹을 가수분해하거나 분해할 수 있는 효소.
절단가능한 결합 그룹, 예를 들면, 디설파이드 결합은 pH에 민감할 수 있다. 사람 혈청의 pH는 7.4이고, 평균 세포 내 pH는 약간 더 낮아 약 7.1-7.3 범위이다. 엔도좀은 5.5-6.0의 범위에서 보다 산성인 pH를 갖고, 리소좀은 약 5.0 근처에서 보다 더 산성인 pH를 갖는다. 일부 링커는 선택된 pH에서 절단되어 리간드로부터 세포 내부 또는 세포의 목적하는 구획으로 양이온성 지질을 방출하는 절단가능한 결합 그룹을 갖는다.
링커는 특정 효소에 의해 절단될 수 있는 절단가능한 결합 그룹을 포함할 수 있다. 링커로 혼입된 절단가능한 결합 그룹의 유형은 표적화되는 세포에 좌우될 수 있다. 예를 들면, 간-표적화 리간드는 에스테르 그룹을 포함하는 링커를 통해 양이온성 지질에 결합될 수 있다. 간 세포는 에스테라제가 풍부하고, 따라서 링커는 에스테라제가 풍부하지 않은 세포 유형에서 보다 간 세포에서 보다 효율적으로 절단될 것이다. 에스테라제가 풍부한 다른 세포 유형은 폐, 신피질 및 고환의 세포를 포함한다.
펩티드 결합을 함유하는 링커는 간 세포 및 활막세포와 같은 펩티다아제가 풍부한 세포 유형을 표적화하는 경우에 사용될 수 있다.
일반적으로, 후보 절단가능한 결합 그룹의 적합성은 후보 결합 그룹을 절단하는 분해제의 능력(또는 조건)을 시험함으로써 평가될 수 있다. 또한 혈액 내에서 또는 다른 비표적 조직과 접촉할 때 절단에 저항하는 능력에 대해 후보 절단가능한 결합 그룹을 테스트하는 것이 또한 바람직할 것이다. 따라서, 첫번째 조건과 두번째 조건 사이의 절단에 대한 상대적인 감수성을 결정할 수 있고, 여기서, 첫번째 조건은 표적 세포에서의 절단을 나타내도록 선택되고, 두번째 조건은 다른 조직 또는 생물학적 유체, 예를 들면, 혈액 또는 혈청 내의 절단을 나타내도록 선택된다. 평가는 무세포 시스템, 세포, 세포 배양물, 기관 또는 조직 배양물 또는 전체 동물에서 수행될 수 있다. 무세포 또는 배양 조건에서 초기 평가를 수행하고 전체 동물에서의 추가적인 평가에 의해 확인하는 것이 유용할 수 있다. 특정 실시형태에서, 유용한 후보 화합물은 혈액 또는 혈청(또는 세포외 조건을 모방하도록 선택된 시험관내 조건 하에서)과 비교하여, 세포(또는 세포내 조건을 모방하도록 선택된 시험관내 조건 하에서)에서 적어도 약 2, 4, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 또는 100배 더 신속하게 절단된다.
i. 산화환원 절단가능한 결합 그룹
특정 실시형태에서, 절단가능한 결합 그룹은 환원 또는 산화시 절단되는 산화환원 절단가능한 결합 그룹이다. 환원적으로 절단가능한 결합 그룹의 예는 디설파이드 결합 그룹(-S-S-)이다. 후보 절단가능한 결합 그룹이 적합한 "환원적으로 절단가능한 결합 그룹"인지 또는 예를 들면, 특정 올리고뉴클레오티드 및 특정 표적화제와 사용하기에 적합한지의 여부를 결정하기 위해, 본 명세서에 기술된 방법을 살펴볼 수 있다. 예를 들면, 후보물은 세포, 예를 들면, 표적 세포에서 관찰되는 절단률을 모방하는, 당해 기술분야에 공지된 시약을 사용하여, 디티오트레이톨(DTT) 또는 기타 환원제를 사용한 인큐베이션에 의해 평가될 수 있다. 후보물은 또한 혈액 또는 혈청 조건을 모방하도록 선택된 조건 하에서 평가될 수 있다. 하나에서, 후보 화합물은 혈액에서 최대 약 10%만큼 절단된다. 다른 실시형태에서, 유용한 후보 화합물은 혈액(또는 세포외 조건을 모방하도록 선택된 시험관내 조건 하에서)과 비교하여, 세포(또는 세포내 조건을 모방하도록 선택된 시험관내 조건 하에서)에서 적어도 약 2, 4, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 또는 약 100배 더 신속하게 분해된다. 후보 화합물의 절단률은 세포내 배지를 모방하도록 선택된 조건 및 세포외 배지를 모방하도록 선택된 조건과 비교하여 표준 효소 동역학 검정을 사용하여 결정될 수 있다.
ii. 포스페이트-기반 절단가능한 결합 그룹
다른 실시형태에서, 절단가능한 링커는 포스페이트-기반 절단가능한 결합 그룹을 포함한다. 포스페이트-기반 절단가능한 결합 그룹은 포스페이트 그룹을 분해하거나 가수분해하는 제제에 의해 절단된다. 세포에서 포스페이트 그룹을 절단하는 제제의 예는 세포의 포스파타아제와 같은 효소이다. 포스파타아제 기반 결합 그룹의 예는 -O-P(O)(ORk)-O-, -O-P(S)(ORk)-O-, -O-P(S)(SRk)-O-, -S-P(O)(ORk)-O-, -O-P(O)(ORk)-S-, -S-P(O)(ORk)-S-, -O-P(S)(ORk)-S-, -S-P(S)(ORk)-O-, -O-P(O)(Rk)-O-, -O-P(S)(Rk)-O-, -S-P(O)(Rk)-O-, -S-P(S)(Rk)-O-, -S-P(O)(Rk)-S-, -O-P(S)( Rk)-S-이고, 여기서, Rk는 각 경우에 독립적으로 C1-C20 알킬, C1-C20 할로알킬, C6-C10 아릴 또는 C7-C12 아르알킬일 수 있다. 예시적인 실시형태는 -O-P(O)(OH)-O-, -O-P(S)(OH)-O-, -O-P(S)(SH)-O-, -S-P(O)(OH)-O-, -O-P(O)(OH)-S-, -S-P(O)(OH)-S-, -O-P(S)(OH)-S-, -S-P(S)(OH)-O-, -O-P(O)(H)-O-, -O-P(S)(H)-O-, -S-P(O)(H)-O, -S-P(S)(H)-O-, -S-P(O)(H)-S-, 및 -O-P(S)(H)-S-를 포함한다. 특정 실시형태에서, 포스페이트-기반 결합 그룹은 -O-P(O)(OH)-O-이다. 이들 후보물은 전술된 것들과 유사한 방법을 사용하여 평가될 수 있다.
iii. 산 절단가능한 결합 그룹
다른 실시형태에서, 절단가능한 링커는 산 절단가능한 결합 그룹을 포함한다. 산 절단가능한 결합 그룹은 산성 조건 하에서 절단되는 결합 그룹이다. 특정 실시형태에서, 산 절단가능한 결합 그룹은 pH가 약 6.5 이하(예를 들면, 약 6.0, 5.5, 5.0 이하)인 산성 환경에서 또는 일반 산으로서 작용할 수 있는 효소와 같은 제제에 의해 절단된다. 세포에서, 엔도좀 및 리소좀과 같은 특정 낮은 pH 소기관은 산 절단가능한 결합 그룹에 대한 절단 환경을 제공할 수 있다. 산 절단가능한 결합 그룹의 예는, 이에 제한되지 않지만, 하이드라존, 에스테르, 및 아미노산의 에스테르를 포함한다. 산 절단가능한 그룹은 일반 화학식 -C=NN-, C(O)O, 또는 -OC(O)를 가질 수 있다. 예시적인 실시형태는 에스테르의 산소에 부착된 탄소(알콕시 그룹)가 아릴 그룹, 치환된 알킬 그룹 또는 3급 알킬 그룹, 예를 들면, 디메틸 펜틸 또는 t-부틸인 경우이다. 이들 후보물은 전술된 것들과 유사한 방법을 사용하여 평가될 수 있다.
iv. 에스테르-기반 결합 그룹
다른 실시형태에서, 절단가능한 링커는 에스테르-기반 절단가능한 결합 그룹을 포함한다. 에스테르-기반 절단가능한 결합 그룹은 세포 내 에스테라제 및 아미다제와 같은 효소에 의해 절단된다. 에스테르-기반 절단가능한 결합 그룹의 예는, 이에 제한되지 않지만, 알킬렌, 알케닐렌 및 알키닐렌 그룹의 에스테르를 포함한다. 에스테르 절단가능한 결합 그룹은 일반 화학식 -C(O)O- 또는 -OC(O)-를 갖는다. 이들 후보물은 전술된 것들과 유사한 방법을 사용하여 평가될 수 있다.
v. 펩티드 기반 절단 그룹
또다른 실시형태에서, 절단가능한 링커는 펩티드 기반 절단가능한 결합 그룹을 포함한다. 펩티드 기반 절단가능한 결합 그룹은 세포 내 펩티다아제 및 프로테아제와 같은 효소에 의해 절단된다. 펩티드 기반 절단가능한 결합 그룹은 아미노산 사이에 형성되어 올리고펩티드(예를 들면, 디펩티드, 트리펩티드 등) 및 폴리펩티드를 수득하는 펩티드 결합이다. 펩티드 기반 절단가능한 그룹은 아미드 기(-C(O)NH-)를 포함하지 않는다. 아미드 그룹은 임의의 알킬렌, 알케닐렌 또는 알키넬렌 사이에 형성될 수 있다. 펩티드 결합은 아미노산 사이에 형성되어 펩티드 및 단백질을 수득하는 특별한 유형의 아미드 결합이다. 펩티드 기반 절단 그룹은 일반적으로, 아미노산 사이에 형성되어 펩티드 및 단백질을 수득하고 전체 아미드 관능 그룹을 포함하지 않는 펩티드 결합(즉, 아미드 결합)으로 제한된다. 펩티드 기반 절단가능한 결합 그룹은 일반 화학식 - NHCHRAC(O)NHCHRBC(O)을 갖고, 여기서, RA 및 RB는 2개의 인접한 아미노산의 R 그룹이다. 이들 후보물은 전술된 것들과 유사한 방법을 사용하여 평가될 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 발명의 iRNA는 링커를 통해 탄수화물에 접합된다. 본 발명의 조성물 및 방법의 링커를 갖는 iRNA 탄수화물 접합체의 비제한적인 예는 이에 제한되는 것은 아니지만, 다음을 포함한다:
(화학식 XLIV), X 또는 Y 중 하나가 올리고뉴클레오티드인 경우, 다른 하나는 수소이다.
본 발명의 조성물 및 방법의 특정 실시형태에서, 리간드는 2가 또는 3가 분지형 링커를 통해 부착된 하나 이상의 "GalNAc"(N-아세틸갈락토사민) 유도체이다.
하나의 실시형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 화학식 (XLV) 내지 (XLVI) 중 어느 하나로 표시된 구조의 그룹으로부터 선택된 2가 또는 3가 분지형 링커에 접합되고:
상기 화학식에서:
q2A, q2B, q3A, q3B, q4A, q4B, q5A, q5B 및 q5C는 각 경우에 독립적으로 0-20을 나타내고, 여기서, 반복 단위는 동일하거나 상이할 수 있고;
P2A, P2B, P3A, P3B, P4A, P4B, P5A, P5B, P5C, T2A, T2B, T3A, T3B, T4A, T4B, T4A, T5B, T5C는 각 경우에 각각 독립적으로 부재하거나 CO, NH, O, S, OC(O), NHC(O), CH2, CH2NH 또는 CH2O이고;
Q2A, Q2B, Q3A, Q3B, Q4A, Q4B, Q5A, Q5B, Q5C는 각 경우에 독립적으로 부재하거나 알킬렌, 치환된 알킬렌이고, 여기서, 하나 이상의 메틸렌은 O, S, S(O), SO2, N(RN), C(R')=C(R"), C≡C 또는 C(O) 중 하나 이상에 의해 중단되거나 종결될 수 있고;
R2A, R2B, R3A, R3B, R4A, R4B, R5A, R5B, R5C는 각 경우에 각각 독립적으로 부재하거나 NH, O, S, CH2, C(O)O, C(O)NH, NHCH(Ra)C(O), -C(O)-CH(Ra)-NH-, CO, CH=N-O, 또는 헤테로사이클릴이고;
L2A, L2B, L3A, L3B, L4A, L4B, L5A, L5B 및 L5C는 리간드를 나타내고; 즉, 각각의 발생에 대해 각각 독립적으로 모노사카라이드(예를 들면, GalNAc), 디사카라이드, 트리사카라이드, 테트라사카라이드, 올리고사카라이드 또는 폴리사카라이드를 나타내고; Ra는 H 또는 아미노산 측쇄이다. 3가 결합 GalNAc 유도체는, 표적 유전자의 발현을 억제하기 위해 화학식 (XLIX)의 것들과 같은 RNAi 제제와 함께 사용하기에 특히 유용하고:
상기 화학식에서, L5A, L5B 및 L5C는 GalNAc 유도체와 같은 모노사카라이드를 나타낸다.
GalNAc 유도체를 접합시키는 적합한 2가 및 3가 분지형 링커 그룹의 예는, 이에 제한되지 않지만, 화학식 II, VII, XI, X, 및 XIII로서 앞서 언급된 구조를 포함한다.
올리고뉴클레오티드 접합체의 제조를 교시하는 대표적인 미국 특허는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 미국 특허 번호 4,828,979; 4,948,882; 5,218,105; 5,525,465; 5,541,313; 5,545,730; 5,552,538; 5,578,717, 5,580,731; 5,591,584; 5,109,124; 5,118,802; 5,138,045; 5,414,077; 5,486,603; 5,512,439; 5,578,718; 5,608,046; 4,587,044; 4,605,735; 4,667,025; 4,762,779; 4,789,737; 4,824,941; 4,835,263; 4,876,335; 4,904,582; 4,958,013; 5,082,830; 5,112,963; 5,214,136; 5,082,830; 5,112,963; 5,214,136; 5,245,022; 5,254,469; 5,258,506; 5,262,536; 5,272,250; 5,292,873; 5,317,098; 5,371,241, 5,391,723; 5,416,203, 5,451,463; 5,510,475; 5,512,667; 5,514,785; 5,565,552; 5,567,810; 5,574,142; 5,585,481; 5,587,371; 5,595,726; 5,597,696; 5,599,923; 5,599,928;5,688,941; 6,294,664; 6,320,017; 6,576,752; 6,783,931; 6,900,297; 7,037,646; 및 8,106,022를 포함하고, 이들 각각의 전문은 본원에 참조로서 포함된다.
주어진 화합물의 모든 위치가 균일하게 변형될 필요는 없으며 실제로 앞서 언급한 변형 중 하나 이상이 단일 화합물 또는 심지어 올리고뉴클레오티드 내의 단일 뉴클레오시드에 도입될 수 있다. 본 발명은 또한 키메라 화합물인 올리고뉴클레오티드 화합물을 포함한다.
예를 들면, 본 발명의 맥락에서, "키메라" iRNA 화합물 또는 "키메라"는, 각각이 적어도 하나의 단량체 유닛, 즉 dsRNA 화합물의 경우에는 뉴클레오티드로 구성된 2개 이상의 화학적으로 상이한 영역을 함유하는 dsRNAi 제제와 같은 iRNA 화합물이다. 이들 iRNA는 통상적으로 적어도 하나의 영역을 함유하고, 여기서, RNA는 iRNA에 뉴클레아제 분해에 대해 증가된 내성, 표적 핵산에 대한 증가된 세포 흡수 또는 증가된 결합 친화성을 부여하도록 변형된다. iRNA의 추가의 영역은 RNA:DNA 또는 RNA:RNA 하이브리드를 절단할 수 있는 효소에 대한 기질로서 작용할 수 있다. 예를 들면, RNase H는 RNA:DNA 듀플렉스의 RNA 가닥을 절단하는 세포 엔도뉴클레아제이다. RNase H의 활성화는 따라서 RNA 표적을 절단하여 유전자 발현의 iRNA 억제의 효율을 증진시킨다. 결과적으로, 상응하는 결과는 흔히 키메라 dsRNA가 사용되는 경우 동일한 표적 영역에 하이브리드화하는 포스포로티오에이트 데옥시 dsRNA와 비교하여, 보다 짧은 iRNA를 사용하여 수득될 수 있다. RNA 표적의 절단은 통상적으로 겔 전기영동 및 필요한 경우, 당해 기술분야에 공지된 연합된 핵산 하이브리드화 기술에 의해 검출될 수 있다.
특정 경우에, 올리고뉴클레오티드는 비-리간드 그룹에 의해 변형될 수 있다. 다수의 비-리간드 분자는 올리고뉴클레오티드에 접합되어 올리고뉴클레오티드의 활성, 세포 분포 또는 세포 흡수를 증진시키고, 이러한 접합을 수행하기 위한 과정은 과학 문헌에서 이용가능하다. 이러한 비-리간드 모이어티는 지질 모이어티, 예를 들면, 콜레스테롤(참조: Kubo, T. et al., Biochem. Biophys. Res. Comm., 2007, 365(1):54-61; Letsinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86:6553), 콜산(참조: Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1994, 4:1053), 티오에테르, 예를 들면, 헥실-S-트리틸티올(참조: Manoharan et al., Ann. N.Y. Acad. Sci., 1992, 660:306; Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Let., 1993, 3:2765), 티오콜레스테롤(참조: Oberhauser et al., Nucl. Acids Res., 1992, 20:533), 도데칸디올 또는 운데실 잔기와 같은 지방족 쇄(참조: Saison-Behmoaras et al., EMBO J., 1991, 10:111; Kabanov et al., FEBS Lett., 1990, 259:327; Svinarchuk et al., Biochimie, 1993, 75:49), 디-헥사데실-rac-글리세롤 또는 트리에틸암모늄 1,2-디-O-헥사데실-rac-글리세로-3-H-포스포네이트와 같은 인지질(참조: Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36:3651; Shea et al., Nucl. Acids Res., 1990, 18:3777), 폴리아민 또는 폴리에틸렌 글리콜 쇄(참조: Manoharan et al., Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14:969), 또는 아다만탄 아세트산(참조: Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36:3651), 팔미틸 모이어티(참조: Mishra et al., Biochim. Biophys. Acta, 1995, 1264:229), 또는 옥타데실아민 또는 헥실아미노-카르보닐-옥시콜레스테롤 모이어티(참조: Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, 277:923)를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드 접합체의 제조를 교시하는 대표적인 미국 특허는 앞서 열거되었다. 통상적인 접합 프로토콜은 서열의 하나 이상의 위치에서 아미노 링커를 함유하는 올리고뉴클레오티드의 합성을 포함한다. 아미노 그룹은 이어서 적당한 커플링 또는 활성화 시약을 사용하여 접합된 분자와 반응시킨다. 접합 반응은 고체 지지체에 여전히 결합된 올리고뉴클레오티드를 사용하거나 용액 상에서 올리고뉴클레오티드의 절단 후 수행될 수 있다. HPLC에 의한 RNA 접합체의 정제는 통상적으로 순수한 접합체를 제공한다.
B. 본 발명의 항체, 또는 이의 항원-결합 단편
일부 실시형태에서, 본 발명의 조절제는 INHBE, 예를 들면, 단클론성 항-INHBE 항체, 또는 이의 항원-결합 단편에 특이적으로 결합하는 항체, 또는 이의 항원-결합 단편이다.
항체 조절제를 당해 기술분야에 공지된 다양한 검정에 의해 이들의 물리적/화학적 성질 및/또는 생물학적 활성에 대해 확인하거나, 스크리닝 (예를 들면, 파지 디스플레이 사용)하거나, 특성화할 수 있다 (예를 들면, 참조: Antibodies: A Laboratory Manual, Second edition, Greenfield, ed., 2014). 이의 항원에 대한 항체의 결합 특이성은 당해 기술분야에 공지된 방법, 예를 들면, ELISA, 웨스턴 블롯, 또는 표면 플라스몬 공명에 의해 시험될 수 있다.
일부 실시형태에서, 항-INHBE 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 사람화 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다. 사람화 항체는 치료학적 분자로서 유용할 수 있는데, 그 이유는 사람화 항체가, 항체 치료제에 대한 면역 반응, 및 치료제의 감소된 효과를 야기할 수 있는, 비-사람 항체에 대한 사람 면역 반응 (예를 들면, 사람 항-마우스 항체 반응)을 감소 또는 제거할 수 있기 때문이다.
일부 실시형태에서, 항-INHBE 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 키메라 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다. 일부 실시형태에서, 항-INHBE 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 적어도 하나의 비-사람 가변 영역 및 적어도 하나의 사람 불변 영역을 포함한다. 일부 이러한 실시형태에서, 항-INHBE 항체의 모든 가변 영역은 비-사람 가변 영역이고, 항-INHBE 항체의 모든 불변 영역은 사람 불변 영역이다. 일부 실시형태에서, 키메라 항체의 하나 이상의 가변 영역은 마우스 가변 영역이다. 키메라 항체의 사람 불변 영역은, 경우에 따라 이를 대체하는 비-사람 불변 영역과 동일한 이소형일 필요는 없다. 키메라 항체는, 예를 들면, 미국 특허 번호 4,816,567; 및 문헌[참조: Morrison et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81: 6851-55 (1984)]에서 논의된다.
일부 실시형태에서, 항-INHBE 항체 또는 이의 항원-결합 단편은 사람 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다.
일부 실시형태에서, 항체 조절제, 예를 들면, 항-INHBE 항체 또는 이의 항원-결합 단편은, 단클론성 항-INHBE 항체 또는 이의 항원-결합 단편이다.
일부 실시형태에서, 항체 조절제, 예를 들면, 항-INHBE 항체 또는 이의 항원-결합 단편은, 다중-특이적 (예를 들면, 이-특이적)이다. 항체의 다중-특이적 항원-결합 단편은 전형적으로 적어도 2개의 상이한 가변 도메인을 포함할 것이고, 여기서, 각각의 가변 도메인은 개별적인 항원에 또는 동일한 항원 상 상이한 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있다. 본원에 개시된 예시적인 이-특이적 항체 포맷을 포함하는 임의의 다중-특이적 항체 포맷은, 당해 기술분야에 이용가능한 일반적인 기술을 사용하여 본 발명의 항체의 항원-결합 단편의 맥락에서 사용하기 위해 개조될 수 있다.
본 발명의 항체 조절제는 당해 기술분야에 공지된 임의의 방법을 사용하여 제조될 수 있다. 예를 들면, 항체, 및 이의 항원-결합 단편은, 재조합 DNA 방법을 사용하여 제조될 수 있다. 중쇄 및 경쇄를 암호화하는 발현 벡터(들)은 표준 기술에 의해 숙주 세포 내로 형질감염된다. 용어 "형질감염"의 다양한 형태는 외인성 DNA를 원핵생물 또는 진핵생물 숙주 세포 내로 도입하기 위해 통상 사용되는 광범위하게 다양한 기술, 예를 들면, 전기천공, 칼슘-포스페이트 침전, DEAE-덱스트란 형질감염 등을 포함하는 것을 의도한다.
숙주 세포는 원핵생물 또는 진핵생물 세포일 수 있다. 숙주 세포에 존재하는 폴리뉴클레오티드 또는 벡터는 숙주 세포의 게놈 내로 통합될 수 있거나, 염색체외에서 유지될 수 있다. 숙주 세포는 임의의 원핵생물 또는 진핵생물 세포, 예를 들면, 박테리아, 곤충, 진균, 식물, 동물 또는 사람 세포일 수 있다. 일부 실시형태에서, 진균 세포는, 예를 들면, 사카로마이세스(Saccharomyces) 속, 특히 에스. 세레비시애(S. cerevisiae) 종의 것이다. 용어 "원핵생물"은 항체 또는 상응하는 면역글로불린 쇄의 발현을 위해 DNA 또는 RNA 분자로 형질전환 또는 형질감염될 수 있는 모든 박테리아를 포함한다. 원핵생물 숙주는 그램 음성 뿐만 아니라 그램 양성 박테리아, 예를 들면, 이. 콜리(E. coli), 에스 티피무리움(S. typhimurium), 세라티아 마르세센스(Serratia marcescens) 및 바실루스 서브틸리스(Bacillus subtilis)를 포함할 수 있다. 용어 "진핵생물"은 이스트, 고등 식물, 곤충 및 척추동물 세포, 예를 들면, 포유류 세포, 예를 들면, NSO 및 CHO 세포를 포함한다. 재조합 생성 절차에서 사용되는 숙주에 좌우되어, 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화되는 항체 또는 면역글로불린 쇄는 글리코실화될 수 있거나, 비-글리코실화될 수 있다. 항체 또는 상응하는 면역글로불린 쇄는 또한 초기 메티오닌 아미노산 잔기를 포함할 수 있다. 원핵생물 또는 진핵생물 숙주 세포에서 항체를 발현할 수 있지만, 진핵생물 세포에서 항체의 발현이 바람직하고, 포유류 숙주 세포에서 가장 바람직한데, 그 이유는 이러한 진핵생물 세포 (및 특정 포유류 세포에서)가 원핵생물 세포보다 적합하게 배가되고 면역학적으로 활성인 항체를 어셈블리하고 분비하는 경향이 있다.
일부 실시형태에서, 벡터가 적합한 숙주 내로 도입되는 경우, 숙주는 뉴클레오티드 서열의 고 수준 발현에 적합한 조건하에 유지될 수 있고, 목적하는 경우, 면역글로불린 경쇄, 중쇄, 경쇄/중쇄 이량체 또는 온전한 항체, 이의 항원 결합 단편 또는 다른 면역글로불린 형태의 수집 및 정제는 하기 문헌에 따를 수 있다 [참조: Beychok, Cells of Immunoglobulin Synthesis, Academic Press, N.Y., (1979)]. 따라서, 폴리뉴클레오티드 또는 벡터는 세포 내로 도입되고, 또한 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 생성한다. 추가로, 상기 언급된 숙주 세포를 포함하는 유전자 이식 동물, 바람직하게는 포유류는 항체 또는 이의 항체 단편의 대규모 생성을 위해 사용할 수 있다.
형질전환된 숙주 세포는 발효조에서 성장하고, 적합한 기술을 사용하여 배양되어 최적 세포 성장을 성취할 수 있다. 발현되는 경우, 전체 항체, 이들의 이량체, 개별적인 경쇄 및 중쇄, 다른 면역글로불린 형태, 또는 이의 항원 결합 단편을, 암모늄 설페이트 침전, 친화도 컬럼, 컬럼 크로마토그래피, 겔 전기영동 등을 포함하는 당해 기술분야의 표준 절차에 따라서 정제할 수 있다; 참조: Scopes, "Protein Purification", Springer Verlag, N.Y. (1982). 이어서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 성장 배지, 세포 용해물, 또는 세포 막 분획으로부터 단리할 수 있다. 예를 들면, 미생물 발현된 항체 또는 이의 항원 결합 단편의 단리 및 정제는 임의의 통상적인 수단, 예를 들면, 분취용 크로마토그래피 분리 및 면역학적 분리, 예를 들면, 항체의 불변 영역에 대해 지시된 단클론성 또는 다클론성 항체의 사용에 연관된 것에 의해 수행될 수 있다.
본 발명의 측면은 단클론성 항체의 무제한 연장된 공급원을 제공하는 하이브리도마에 관한 것이다. 하이브리도마의 배양으로부터 직접적으로 면역글로불린을 입수하는 대안으로서, 불멸화된 하이브리도마 세포를 후속적인 발현 및/또는 유전 조작을 위한 재배열된 중쇄 및 경쇄 부위의 공급원으로서 사용할 수 있다 . 재배열된 항체 유전자는 적합한 mRNA로부터 역 전사되어 cDNA를 생성할 수 있다. 일부 실시형태에서, 중쇄 불변 영역은 상이한 이소형의 것과 교환되거나 또는 완전히 제거될 수 있다. 가변 영역은 결합되어 단일 쇄 Fv 영역을 암호화할 수 있다. 다중 Fv 영역은 결합되어 하나 초과의 표적에 결합 능력을 부여할 수 있거나, 키메라 중쇄 및 경쇄 조합을 이용할 수 있다. 임의의 적합한 방법은 항체 가변 영역의 클로닝 및 재조합 항체, 및 이의 항원-결합 부분의 생성을 위해 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 중쇄 및/또는 경쇄의 가변 영역을 암호화하는 적합한 핵산을 입수하고, 표준 재조합 숙주 세포으로 형질감염될 수 있는 발현 벡터 내로 삽입된다. 다양한 이러한 숙주 세포를 사용할 수 있다. 일부 실시형태에서, 포유류 숙주 세포는 효율적인 프로세싱 및 생성에 유리할 수 있다. 이러한 목적을 위해 유용한 전형적인 포유류 세포주는 CHO 세포, 293 세포, 또는 NSO 세포를 포함한다. 항체 또는 이의 항원 결합 단편의 생성은 숙주 세포의 성장 및 코딩 서열의 발현에 적합한 배양 조건하에 변형된 재조합 숙주를 배양하여 착수할 수 있다. 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 배양으로부터 이를 단리하여 회수할 수 있다. 발현 시스템을 신호 펩티드를 포함하도록 설계할 수 있고, 이에 따라, 수득한 항체는 배지로 분비되고; 그러나, 세포내 생성이 또한 가능하다.
본 발명은 또한 본원에 기재된 항체의 면역글로불린 쇄의 적어도 하나의 가변 영역을 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시형태에서, 폴리뉴클레오티드에 의해 암호화되는 가변 영역은 상기한 하이브리도마 중 어느 하나에 의해 생성되는 항체의 가변 영역의 VH 및/또는 VL의 적어도 하나의 상보성 결정 영역 (CDR)을 포함한다.
항체 또는 이의 항원 결합 단편은 암호화하는 폴리뉴클레오티드는, 예를 들면, DNA, cDNA, RNA 또는 합성으로 생성되는 DNA 또는 RNA 또는 이들 폴리뉴클레오티드 중 어느 것을 단독으로 또는 조합하여 포함하는 재조합으로 생성된 키메라 핵산 분자일 수 있다. 일부 실시형태에서, 폴리뉴클레오티드는 벡터의 일부이다. 이러한 벡터는 추가 유전자, 예를 들면, 적합한 숙주 세포에서 및 적합한 조건하에서 벡터의 선택을 가능하게 하는 마커 유전자를 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 폴리뉴클레오티드는 원핵생물 또는 진핵생물 세포의 발현을 가능하게 하는 발현 제어 서열로 작동적으로 결합된다. 폴리뉴클레오티드의 발현은 폴리뉴클레오티드의 전사를 번역가능한 mRNA 내로 포함한다. 진핵생물 세포, 바람직하게는 포유류 세포에서 발현을 보장하는 조절 구성요소는, 당해 기술분야의 숙련가에게 잘 공지되어 있다. 이들은 전사의 개시를 촉진하는 조절 서열 및 전사의 종료 및 전사의 안정화를 촉진하는 임의로 폴리-A 신호를 포함할 수 있다. 추가 조절 구성요소는 전사 뿐만 아니라 번역 인핸서, 및/또는 천연 회합된 또는 이종 프로모터 영역을 포함할 수 있다. 원핵생물 숙주 세포에서 가능한 발현을 허용하는 조절 구성요소는, 예를 들면, 이. 콜리에서 PL, Lac, Trp 또는 Tac 프로모터를 포함하고, 진핵생물 숙주 세포에서 발현하는 조절 구성요소의 예는 이스트에서 AOX1 또는 GAL1 프로모터 또는 포유류 및 다른 동물 세포에서 CMV-프로모터, SV40-프로모터, RSV-프로모터 (로우스 사르코마 바이러스), CMV-인핸서, SV40-인핸서 또는 글로빈 인트론이다.
전사의 개시를 맡고 있는 구성요소 이외에 이러한 조절 구성요소는 또한 전사 종료 신호, 예를 들면, SV40-폴리-A 사이트 또는 tk-폴리-A 사이트를 폴리뉴클레오티드의 다운스트림에 포함할 수 있다. 추가로, 사용되는 발현 시스템에 좌우되어, 폴리펩티드를 세포 구획에 지시하거나 배지 내로 분비할 수 있는 리더 서열을 폴리뉴클레오티드의 코팅 서열에 첨가할 수 있고, 상기 기재되어 있다. 리더 서열(들)은 번역, 개시 및 종료 서열과 적합한 상에서 어셈블리되고, 바람직하게는, 리더 서열은 번역된 단백질, 또는 이의 부분의, 예를 들면, 세포외 배지 내로 분비를 지시할 수 있다. 임의로, 이종 폴리뉴클레오티드 서열을 사용하여, 목적하는 특성, 예를 들면, 발현된 재조합 생성물의 안전화 또는 단순화된 정제를 부여하는 C- 또는 N-말단 확인 펩티드를 포함하는 융합 단백질을 암호화할 수 있다.
일부 실시형태에서, 경쇄 및/또는 중쇄의 적어도 가변 도메인을 암호화하는 폴리뉴클레오티드는 면역글로불린 쇄 둘 다 또는 단지 하나의 가변 도메인을 암호화할 수 있다. 또한, 폴리뉴클레오티드(들)은 동일한 프로모터의 제어하에 존재할 수 있거나, 발현에 대해 개별적으로 제어될 수 있다. 추가로, 일부 측면은, 항체 또는 이의 항원 결합 단편의 면역글로불린 쇄의 가변 도메인을 암호화하는 폴리뉴클레오티드를; 임의로 항체의 다른 면역글로불린 쇄의 가변 도메인을 암호화하는 폴리뉴클레오티드와 조합하여 포함하는 유전 공학에서 통상 사용되는 벡터, 특히 플라스미드, 코스미드, 바이러스 및 박테리오파지에 관한 것이다.
일부 실시형태에서, 발현 제어 서열은 진핵생물 숙주 세포를 형질전환 또는 형질감염할 수 있는 벡터에서 진핵생물 프로모터로서 제공되지만, 원핵생물 숙주에 대한 제어 서열이 또한 사용될 수 있다. 바이러스, 예를 들면, 레트로바이러스s, 우두 바이러스, 아데노-연관 바이러스, 헤르페스 바이러스, 또는 소 유두종 바이러스로부터 유래된 발현 벡터는, 폴리뉴클레오티드 또는 벡터의 표적화된 세포 집단으로 전달하기 위해 사용될 수 있다 (예를 들면, 세포를 조작하여 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 발현함). 다양한 적합한 방법을 사용하여 재조합 바이러스 벡터를 작제할 수 있다. 일부 실시형태에서, 폴리뉴클레오티드 및 벡터는 표적 세포로 전달하기 위해 리포솜 내로 재구성될 수 있다. 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터 (예를 들면, 면역글로불린 쇄 암호화 서열 및 발현 제어 서열의 중쇄 및/또는 경쇄 가변 도메인(들))는 세포 숙주의 유형에 좌우되어 가변적인 적합한 방법으로 숙주 세포 내로 이동될 수 있다.
단클론성 항체, 및 이의 항원-결합 단편은, 또한 공지된 방법에 따라서 하이브리도마의 생성에 의해 제조될 수 있다 (예를 들면, 참조: Kohler and Milstein (1975) Nature, 256: 495-499). 이어서, 이러한 방식으로 형성된 하이브리도마를 표준 방법, 예를 들면, 효소-결합된 면역흡착 검정 (ELISA) 및 표면 플라스몬 공명 (예를 들면, OCTET 또는 BIACORE) 분석을 사용하여 스크리닝하여, 명시된 항원, 예를 들면, INHBE, 예를 들면, 야생형 INHBE, 또는 돌연변이 INHBE에 특이적으로 결합하는 항체, 또는 이의 항원-결합 부분을 생성하는 하나 이상의 하이브리도마를 확인한다. 임의의 형태의 명시된 항원을 면역원, 예를 들면, 재조합 항원, 천연 발생 형태, 임의의 변종 또는 이의 단편, 뿐만 아니라 이의 항원 펩티드 (예를 들면, 선형 에피토프와 같거나 또는 형태 에피토프와 같은 골격 내 본원에 기재된 에피토프 중 어느 것)으로서 사용할 수 있다. 항체, 및 이의 항원-결합 부분을 제조하는 하나의 예시적인 방법은, 항체 또는 이의 단편 (예를 들면, scFv)을 발현하는 스크리닝 단백질 발현 라이브러리, 예를 들면, 파지 또는 리보솜 디스플레이 라이브러리를 포함한다. 파지 디스플레이는 예를 들면, 문헌에 기재되어 있다 [참조: Ladner et al., U.S. Pat. No. 5,223,409; Smith (1985) Science 228:1315-1317; Clackson et al. (1991) Nature, 352: 624-628; Marks et al. (1991) J. Mol. Biol., 222: 581-597WO92/18619; WO 91/17271; WO 92/20791; WO 92/15679; WO 93/01288; WO 92/01047; WO 92/09690; 및 WO 90/02809].
디스플레이 라이브러리의 사용에 추가하여, 명시된 항원 (예를 들면, INHBE)을 사용하여 비-사람 동물, 예를 들면, 설치류, 예를 들면, 마우스, 햄스터, 또는 래트를 면역화할 수 있다. 하나의 실시형태에서, 비-사람 동물은 마우스이다.
또다른 실시형태에서, 단클론성 항체는 비-사람 동물로부터 입수되고, 이어서, 적합한 재조합 DNA 기술을 사용하여 예를 들면, 키메라로 변형된다. 키메라 항체를 제조하는 다양한 접근이 문헌에 기재되어 있다 [참조: Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 81:6851, 1985; Takeda et al., Nature 314:452, 1985, Cabilly et al., U.S. Pat. No. 4,816,567; Boss et al., U.S. Pat. No. 4,816,397].
추가 항체 생성 기술에 대해, 문헌을 참조한다 [참조: Antibodies: A Laboratory Manual, eds. Harlow et al., Cold Spring Harbor Laboratory, 1988]. 본 발명은 임의의 특정 공급원, 생성 방법, 또는 항체의 다른 구체적 특성에 반드시 제한되지는 않는다.
유전자 이식 마우스에서 사람 항체의 생산 방법은 또한 당해 기술분야에 공지되어 있다. 임의의 이러한 공지된 방법을 사람 INHBE에 특이적으로 결합하는 사람 항체를 제조하는 본 발명의 맥락에서 사용할 수 있다.
일부 실시형태에서, 사람 가변 영역 및 마우스 불변 영역을 갖는 고 친화도 키메라 항체를 단리한다. 항체를 친화도, 선택도, 에피토프 등을 포함하는 목적하는 특성에 대해 특성화 및 선택하였다. 마우스 불변 영역을 목적하는 사람 불변 영역으로 대체하여 본 발명의 완전 사람 항체, 예를 들면, 야생형 또는 변형된 lgG1 또는 lgG4를 생성한다. 선택된 불변 영역은 특이적 용도에 따라 변할 수 있지만, 고 친화도 항원-결합 및 표적 특이성 특성은 가변 영역에 의해 야기된다.
C. 본 발명의 ADAR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA
본 발명은 또한 INHBE 유전자의 ADAR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA를 제공한다. 본원에 개시된 뉴클레오티드 중 어느 것 (예를 들면, 표 2-5에서 뉴클레오티드)을 사용하여 ADAR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA를 설계할 수 있다. 이러한 가이드RNA를 설계하고 제조하는 방법은, 예를 들면, WO2016097212A1, WO2017220751A1, US20210261955A1and WO2018041973A1에 기재되고, 이의 전문이 참조로서 본원에 포함된다.
D. 본 발명의 CRISPR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA
본 발명은 또한 INHBE 유전자의 CRISPR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA를 제공한다. 본원에 개시된 뉴클레오티드 중 어느 것 (예를 들면, 표 2-5의 뉴클레오티드)을 사용하여 CRISPR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA를 설계할 수 있다. 이러한 가이드RNA를 설계하고 제조하는 방법은, 예를 들면, US20200248180 및 US20190316121에 기재되어 있고, 이의 전문이 참조로서 본원에 포함된다.
IV. 본 발명의 조절제의 전달
본 발명의 조절제를 세포, 예를 들면, 사람 대상자(예를 들면, INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애)에 취약하거나 이를 진단받은 대상자와 같은, 이의 치료를 필요로 하는 대상자)와 같은 대상자 내 세포로 전달하는 것을 다수의 상이한 방식으로 달성될 수 있다. 예를 들면, 전달은 시험관내에서 또는 생체내에서 세포를 본 발명의 조절제와 접촉시킴으로써 수행될 수 있다. 생체내 전달은 또한 조절제를 포함하는 조성물을 대상자에게 투여함으로써 직접적으로 수행될 수 있다. 대안적으로, 생체내 전달은 조절제를 암호화하고 조절제의 발현을 유도하는 하나 이상의 벡터를 투여함으로써 간접적으로 수행될 수 있다. 이들 대안 방법들이 하기에서 추가적으로 논의된다.
본 발명의 올리고뉴클레오티드 조절제, 예를 들면, dsRNA 제제 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제에 대해, 일반적으로, (시험관 내 또는 생체 내에서) 핵산 분자를 전달하는 임의의 방법을 본 발명의 iRNA와 사용하기 위해 채택될 수 있다 (예를 들면, 문헌 (참조: Akhtar S. and Julian RL. (1992) Trends Cell. Biol. 2(5):139-144) 및 WO94/02595를 참조하고, 상기 문헌은 이의 전문이 참조로서 본원에 포함됨). 생체내 전달을 위해, iRNA 분자를 전달하기 위해 고려되는 인자들은 예를 들면, 전달된 분자의 생물학적 안정성, 비-특이적 효과의 예방, 및 표적 조직에서 전달된 분자의 축적을 포함한다. 또한 RNA 간섭은 직접 주사에 의한 CNS로의 국소 전달에 성공한 것으로 나타났다 (참조: Dorn, G., et al. (2004) Nucleic Acids 32:e49; Tan, PH., et al (2005) Gene Ther. 12:59-66; Makimura, H., et al (2002) BMC Neurosci. 3:18; Shishkina, GT., et al (2004) Neuroscience 129:521-528; Thakker, ER., et al (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101:17270-17275; Akaneya,Y., et al (2005) J. Neurophysiol. 93:594-602). RNA 또는 약제학적 캐리어의 변형은 또한 iRNA를 표적 조직으로 표적화할 수 있게 하고, 바람직하지 않은 오프-표적 효과를 피할 수 있다. iRNA 분자는 콜레스테롤과 같은 친유성 그룹에 대한 화학적 접합에 의해 변형되어 세포 흡수를 향상시키고 분해를 방지할 수 있다. 예를 들면, 친유성 콜레스테롤 모이어티에 접합된 ApoB에 대해 지시된 iRNA는 마우스에 전신 주사되었으며 간과 공장 둘 모두에서 apoB mRNA의 녹다운을 초래하였다 (참조: Soutschek, J., et al (2004) Nature 432:173-178).
대안적인 실시형태에서, 조절제는 나노입자, 덴드리머, 중합체, 리포좀과 같은 약물 전달 시스템 또는 양이온성 전달 시스템을 사용하여 전달될 수 있다. 예를 들면, 양으로 하전된 양이온성 전달 시스템은 iRNA 분자(음으로 하전된)의 결합을 촉진시키고 또한 음으로 하전된 세포막에서 상호작용을 증진시켜 세포에 의한 iRNA의 효율적인 흡수를 가능하게 한다. 양이온성 지질, 덴드리머 또는 중합체는 iRNA에 결합될 수 있거나 iRNA를 내장하는 소포 또는 마이셀을 형성하도록 유도될 수 있다 (예를 들면, 문헌 참조: Kim SH, et al (2008) Journal of Controlled Release 129(2):107-116). 소포 또는 마이셀의 형성은 전신 투여되는 경우 iRNA의 분해를 추가로 방지한다. 양이온성-iRNA 복합체를 제조하고 투여하기 위한 방법은 당해 기술분야의 숙련가의 능력 범위 내에 있다 (예를 들면, 문헌 참조: Sorensen, DR, et al (2003) J. Mol. Biol 327:761-766; Verma, UN, et al (2003) Clin. 암 Res. 9:1291-1300; Arnold, AS et al (2007) J. Hypertens. 25:197-205, 상기 문헌은 이의 전문이 참조로서 본원에 포함됨). iRNA의 전신 전달에 유용한 약물 전달 시스템의 비제한적인 예는 DOTAP(참조: Sorensen, DR., et al (2003), 상기함; Verma, UN et al (2003), 상기함), "고형 핵산 지질 입자"(참조: Zimmermann, TS et al. (2006) Nature 441:111-114), 카디오리핀(참조: Chien, PY, et al (2005) Cancer Gene Ther. 12:321-328; Pal, A, et al (2005) Int J. Oncol. 26:1087-1091), 폴리에틸렌이민(참조: Bonnet ME, et al (2008) Pharm. Res. Aug 16 Epub ahead of print; Aigner, A. (2006) J. Biomed. Biotechnol. 71659), Arg-Gly-Asp (RGD) 펩티드(참조: Liu, S. (2006) Mol. Pharm. 3:472-487), 및 폴리아미도아민 (참조: Tomalia, DA, et al (2007) Biochem. Soc. Trans. 35:61-67; Yoo, H., et al (1999) Pharm. Res. 16:1799-1804)을 포함한다. 일부 실시형태에서, iRNA는 전신 투여를 위해 사이클로덱스트린과 복합체를 형성한다. iRNA 및 사이클로덱스트린의 투여 및 약제학적 조성물 위한 방법은 미국 특허 7,427,605에서 찾을 수 있고, 이의 전문이 본원에 참조로서 포함된다. 본 개시의 특정 실시형태는 세포에서 INHBE의 발현 및/또는 활성을 감소시키는 방법에 관한 것으로서, 상기 세포를 본 개시의 조절제와 접촉시키는 단계를 포함한다. 하나의 실시형태에서, 세포는 간 세포(hepatic cell), 임의로 간세포(hepatocyte)이다. 하나의 실시형태에서, 세포는 간외 세포이다.
A. 벡터 암호화된 본 발명의 올리고뉴클레오티드
INHBE 유전자를 표적화하는 올리고뉴클레오티드는 DNA 또는 RNA 벡터에 삽입된 전사 단위로부터 발현될 수 있다 (예를 들면, 문헌 참조: Couture, A, et al., TIG. (1996), 12:5-10; Skillern, A, et al., 국제 PCT 공보 WO 00/22113, Conrad, 국제 PCT 공보 WO 00/22114, 및 Conrad, 미국 특허 6,054,299). 발현은 사용된 특정 작제물 및 표적 조직 또는 세포 유형에 따라 일시적(수 시간 내지 수 주)이거나 지속될(수 주 내지 수 개월 또는 그 이상) 수 있다. 이들 전이유전자는 선형 작제물, 사이클릭 플라스미드 또는 바이러스 벡터로서 도입될 수 있고, 이는 통합 또는 비-통합 벡터일 수 있다. 전이유전자는 또한 염색체외 플라스미드로서 유전될 수 있도록 구성될 수 있다 (참조: Gassmann, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1995) 92:1292).
본원에 기술된 방법 및 조성물과 사용될 수 있는 바이러스 벡터 시스템은, 이에 제한되지 않지만, (a) 아데노바이러스 벡터; (b) 렌티바이러스 벡터, 몰로니 뮤린 백혈병 바이러스 등을 포함하지만 이에 제한되지 않는 레트로바이러스 벡터; (c) 아데노 관련 바이러스 벡터; (d) 헤르페스 심플렉스 바이러스 벡터; (e) SV 40 벡터; (f) 폴리오마 바이러스 벡터; (g) 파필로마 바이러스 벡터; (h) 피코나바이러스 벡터; (i) 폭스 바이러스 벡터, 예를 들면, 오르토폭스, 예를 들면, 백시니아 바이러스 벡터 또는 아비폭스, 예를 들면, 카나리 폭스 또는 파울 폭스; 및 (j) 헬퍼-의존성 또는 거트리스(gutless) 아데노바이러스를 포함한다. 복제-결함 바이러스가 유리할 수도 있다. 상이한 벡터는 세포의 게놈에 도입되거나 도입되지 않는다. 작제물은 경우에 따라 형질감염을 위한 바이러스 서열을 포함할 수 있다. 대안적으로, 작제물은 에피좀 복제가 가능한 벡터, 예를 들면, EPV 및 EBV 벡터에 통합될 수 있다. iRNA의 재조합 발현을 위한 작제물은 일반적으로 표적 세포 내 iRNA의 발현을 확실히 하기 위해 조절 요소, 예를 들면, 프로모터, 인핸서 등을 필요로 한다. 벡터 및 작제물을 위해 고려할 다른 실시형태는 당해 기술분야에 공지되어 있다.
V. 본 발명의 약제학적 조성물
본 발명은 또한 본 발명의 조절제를 포함하는 약제학적 조성물 및 제형을 포함한다. 하나의 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 것과 같은 조절제를 함유하는 약제학적 조성물 및 약제학적으로 허용되는 캐리어가 본원에 제공된다. 조절제를 함유하는 약제학적 조성물은 INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애를 예방하거나 치료하는 데 유용하다.
이러한 약제학적 조성물은 전달 방식을 기준으로 제형화된다. 일례로는 비경구 전달을 통한, 예를 들면, 피하 (SC), 근육내(IM), 또는 정맥내(IV) 전달에 의한 전신 투여용으로 제형화된 조성물이다. 본 발명의 약제학적 조성물은 INHBE 유전자의 발현을 억제하기에 충분한 투여량으로 투여될 수 있다.
일부 실시형태에서, 본 발명의 약제학적 조성물은 멸균 조성물이다. 또다른 실시형태에서, 본 발명의 약제학적 조성물은 발열성 물질이 없다.
본 발명의 약제학적 조성물은 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하기에 충분한 투여량으로 투여될 수 있다. 일반적으로, 본 발명의 조절제의 적합한 투여량은 하루에, 수용자의 체중 킬로그램 당 약 0.001 내지 약 200.0 밀리그램의 범위로, 일반적으로 하루에 체중 킬로그램 당 약 1 내지 50mg의 범위일 것이다. 통상적으로, 본 발명의 조절제의 적합한 용량은 약 0.1mg/kg 내지 약 5.0mg/kg, 예를 들면, 약 0.3mg/kg 및 약 3.0mg/kg의 범위일 것이다. 반복 투약 용법은 치료학적 양의 조절제를 정기적인 기준으로, 예를 들면, 매월, 3-6개월 마다 1회, 또는 1년에 1회로 투여하는 것을 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서, 조절제는 매월 약 1회 내지 6개월 마다 약 1회로 투여된다.
초기 치료 용법 후, 치료제는 덜 빈번한 기준으로 투여될 수 있다. 치료 기간은 질환의 중증도에 기초하여 결정될 수 있다.
다른 실시형태에서, 약제학적 조성물의 단일 용량은 오래 지속되어, 용량은 1, 2, 3, 또는 4개월 이하의 간격으로 투여될 수 있다. 본 발명의 일부 실시형태에서, 본 발명의 약제학적 조성물의 단일 용량은 1개월 마다 1회 투여 된다. 본 발명의 일부 실시형태에서, 본 발명의 약제학적 조성물의 단일 투여량은 분기마다(즉, 약 3개월마다) 투여된다. 본 발명의 다른 실시형태에서, 본 발명의 약제학적 조성물의 단일 투여량은 일년에 2번(즉, 약 6개월마다 1회) 투여된다.
당해 기술분야의 숙련가는 특정 요인들이 대상자를 효과적으로 치료하기 위해 요구되는 용량 및 타이밍에 영향을 줄 수 있음을 인지하고, 이는, 이에 제한되지 않지만, 대상자에 존재하는 돌연변이, 이전의 치료, 대상자의 일반 건강 또는 연령 및 존재하는 다른 질환을 포함한다. 또한, 적절한 예방적 또는 치료학적 유효량의 조성물을 사용한 대상자의 치료는 단일 치료 또는 일련의 치료를 포함할 수 있다.
본 개시의 약제학적 조성물은 국소 또는 전신 치료가 바람직한지의 여부 및 치료될 부위에 따라 다양한 방식으로 투여될 수 있다. 투여는 국소(안과, 질, 직장, 비강, 경피 포함), 경구 또는 비경구일 수 있다. 비경구 투여는 정맥내, 동맥내, 피하, 복강내 또는 근육내 주사 또는 주입; 예를 들면, 이식된 장치를 통한 피하 투여; 또는 두개내, 예를 들면, 실질내, 척추강내 또는 뇌실내 투여를 포함한다.
조절제는 특정 조직, 예를 들면, 간세포를 표적화하는 방식으로 전달될 수 있다.
국소 투여용의 약제학적 조성물 및 제형은 경피 패치, 연고, 로션, 크림, 겔, 첨가제, 좌제, 분무, 액체 및 분말을 포함할 수 있다. 통상적인 약제학적 캐리어, 수성 분말 또는 오일 기제, 증점제 등이 필요하거나 요구될 수 있다. 코팅된 콘돔, 글로브 등이 또한 유용할 수 있다. 적합한 국소 제형은 본 발명에 특성화된 조절제가 지질, 리포좀, 지방산, 지방산 에스테르, 스테로이드, 킬레이트화제 및 계면활성제와 같은 국소 전달제와 혼합되어 있는 것들을 포함한다. 적합한 지질 및 리포좀은 중성(예를 들면, 디올레오일포스파티딜 DOPE 에탄올아민, 디미리스토일포스파티딜 콜린 DMPC, 디스테아롤리포스파티딜 콜린), 음이온성(예를 들면, 디미리스토일포스파티딜 글리세롤 DMPG) 및 양이온성(예를 들면, 디올레오일테트라메틸아미노프로필 DOTAP 및 디올레오일포스파티딜 에탄올아민 DOTMA)을 포함한다. 본 발명에 특성화된 조절제는 리포좀 내에 캡슐화될 수 있거나 이것과 특히 양이온성 리포좀과 복합체를 형성할 수 있다. 대안적으로, 조절제는 지질, 특히 양이온성 지질과 복합체화될 수 있다. 적합한 지방산 및 에스테르는, 이에 제한되지 않지만, 아라키돈산, 올레산, 에이코산산, 라우르산, 카프릴산, 카프르산, 미리스트산, 팔미트산, 스테아르산, 리놀레산, 리놀렌산, 디카프레이트, 트리카프레이트, 모노올레인, 디라우린, 글리세릴 1-모노카프레이트, 1-도데실아자사이클로헵탄-2-온, 아실카르니틴, 아실콜린 또는 C1-20 알킬 에스테르(예를 들면, 이소프로필미리스테이트 IPM), 모노글리세리드, 디글리세리드 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염을 포함한다. 국소 제형은 본원에 참조로서 포함된 미국 특허 6,747,014에 상세히 기재되어 있다.
하나의 실시형태에서, 약제학적 조성물 내의 본 발명의 조절제는 국소 투여 경로에 의해 세포에 투여된다.
하나의 실시형태에서, 약제학적 조성물은 국소 전달제와 혼합된 조절제를 포함할 수 있다. 국소 전달제는 복수의 미세 소포체일 수 있다. 미세 소포체는 리포좀일 수 있다. 일부 실시형태에서, 리포좀은 양이온성 리포좀이다.
다른 실시형태에서, 조절제는 국소 침투 강화제와 혼합된다. 하나의 실시형태에서, 국소 침투 강화제는 지방산이다. 지방산은, 아라키돈산, 올레산, 라우르산, 카프릴산, 카프르산, 미리스트산, 팔미트산, 스테아르산, 리놀레산, 리놀렌산, 디카프레이트, 트리카프레이트, 모노올레인, 디라우린, 글리세릴 1-모노카프레이트, 1-도데실아자사이클로헵탄-2-온, 아실카르니틴, 아실콜린, 또는 C1-10 알킬 에스테르, 모노글리세리드, 디글리세리드 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염일 수 있다.
다른 실시형태에서, 국소 침투 강화제는 담즙염이다. 담즙염은 콜린산, 데하이드로콜산, 데옥시콜산, 글루콜산, 글리콜산, 글리소데옥시콜산, 타우로콜산, 타우로데옥시콜산, 세노데옥시콜산, 우르소데옥시콜산, 나트륨 타우로-24,25-디하이드로-푸시데이트, 나트륨 글리코디하이드로푸시데이트, 폴리옥시에틸렌-9-라우릴 에테르 또는 이의 약제학적으로 허용되는 염일 수 있다.
다른 실시형태에서, 침투 강화제는 킬레이트제이다. 킬레이트제는 EDTA, 구연산, 살리실레이트, 콜라겐의 N-아실 유도체, 라우레스-9, 베타-디케톤의 N-아미노 아실 유도체 또는 이들의 혼합물일 수 있다.
다른 실시형태에서, 침투 강화제는 계면활성제, 예를 들면, 이온성 또는 비이온성 계면활성제이다. 계면활성제는 라우릴 황산나트륨, 폴리옥시에틸렌-9-라우릴 에테르, 폴리옥시에틸렌-20-세틸 에테르, 불소화학적 유화액 또는 이들의 혼합물일 수 있다.
다른 실시형태에서, 침투 강화제는 불포화 사이클릭 우레아, 1-알킬-알콘, 1-알케닐아자사이클로-알라카논, 스테로이드성 소염제 및 이들의 혼합물로 이루어진 그룹으로부터 선택될 수 있다. 또다른 실시형태에서, 침투 강화제는 글리콜, 피롤, 아존, 또는 테르펜일 수 있다.
하나의 실시형태에서, 본 발명은, 주사가능 투여량 형태의 조절제를 포함하는 약제학적 조성물을 특징으로 한다. 하나의 실시형태에서, 약제학적 조성물의 주사가능 투여량 형태는 멸균 수용액 또는 분산액 및 멸균 분말을 포함한다. 일부 실시형태에서, 멸균 용액은 물; 식염수; 고정유, 폴리에틸렌 글리콜, 글리세린, 또는 프로필렌 글리콜과 같은 희석제를 포함할 수 있다.
본 발명의 조절제는 약제학적 조성물에 혼입될 수 있다. 이러한 조성물은 통상적으로 하나 이상의 종의 조절제 및 약제학적으로 허용되는 캐리어를 포함한다. 본원에서 사용되는 것과 같은 용어 "약제학적으로 허용되는 캐리어"는 세포, 예를 들면, 간 세포에 대한 약제학적 투여에 적합한 임의의 및 모든 용매, 분산 배지, 코팅제, 항균제 및 항진균제, 등장성 제제 및 흡수 지연제 등을 포함하는 것으로 의도된다. 약제학적 활성 물질에 대한 이러한 배지 및 제제의 사용은 당해 기술분야에 널리 공지되어 있다. 임의의 종래 배지 또는 제제가 활성 화합물에 적합하지 않은 경우를 제외하고는 조성물에서의 이의 사용이 고려된다. 보충 활성 화합물은 또한 조성물에 혼입될 수 있다.
본 발명의 약제학적 조성물은, 이에 제한되지 않지만, 용제, 유화액 및 리포좀-함유 제형을 포함한다. 이들 조성물은, 이에 제한되지 않지만, 미리 형성된 액체, 자가-유화 고체 및 자가-유화 반고체를 포함하는 다양한 성분으로부터 생성될 수 있다. 제형은 간을 표적화하는 것을 포함한다.
단위 투여량 형태로 편리하게 제시될 수 있는 발명의 약제학적 제형은 제약 산업에 잘 공지된 종래의 기술에 따라 제조될 수 있다. 이러한 기술들은 활성 성분을 약제학적 캐리어(들) 또는 부형제(들)과 회합시키는 단계를 포함한다. 일반적으로, 제형은 액체 캐리어와 활성 성분을 균일하게 및 친밀하게 연합시킴으로써 제조된다.
A. 추가의 제형
i. 유화액
본 발명의 조성물은 유화액으로 제조되고 제형화될 수 있다. 통상적으로 유화액은 하나의 액체가 또다른 액체에 직경이 보통 0.1μm를 초과하는 액적 형태로 분산된 이종 시스템이다 (예를 들면, 문헌 참조: Ansel's Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, Allen, LV., Popovich NG., and Ansel HC., 2004, Lippincott Williams & Wilkins (8th ed.), New York, NY; Idson, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p. 199; Rosoff, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., Volume 1, p. 245; Block in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 2, p. 335; Higuchi et al., in Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co., Easton, Pa., 1985, p. 301). 유화액은 종종 서로 밀접하게 혼합되고 분산된 2개의 비혼화성 액체 상을 포함하는 이상성 시스템이다. 일반적으로, 유화액은 유중수(w/o) 종류이거나 수중유(o/w) 종류 중 어느 하나일 수 있다. 수성상이 미세하게 나누어져 미세한 액적으로서 벌크 오일상으로 분산되는 경우, 생성된 조성물은 유중수(w/o) 유화액으로 칭명된다. 대안적으로 오일상이 미세하게 나누어져 미세한 액적으로서 벌크 수성상으로 분산되는 경우, 생성된 조성물은 수중유(o/w) 유화액으로 칭명된다. 유화액은 분산상 외에 추가 성분을 함유할 수 있고, 수성상, 오일상 또는 별도의 상으로 자체적으로 용액으로 존재할 수 있는 활성 약물을 함유할 수 있다. 유화제, 안정화제, 염료, 및 항산화제와 같은 약제학적 부형제가 필요에 따라 유화액에 존재할 수도 있다. 약제학적 유화액은 2개 이상의 상으로 이루어진 (예를 들면, 유중수중유(o/w/o) 및 수중유중수 (w/o/w) 유화액의 경우) 다중 유화액일 수도 있다. 이러한 복합 제형은 종종 단순한 이상성 유화액이 제공하지 않는 특정 이점을 제공한다. o/w 유화액의 개별 오일 액적이 작은 물 액적을 내포하는 다중 유화액은 w/o/w 유화액을 구성한다. 또한, 오일 연속 상으로 안정화된 물의 구체에 내포된 오일 액적 시스템은 o/w/o 유화액을 제공한다.
유화액은 열역학 안정성이 거의 없거나 없음을 특징으로 한다. 흔히, 유화액의 분산 또는 불연속 상은 외부 또는 연속 상으로 잘 분산되고 유화제 또는 제형의 점도를 통해 이러한 형태로 유지된다. 유화액을 안정화시키는 다른 수단은 유화액의 어느 하나의 상에 도입될 수 있는 유화제의 사용을 수반한다. 유화제는 광범위하게 4가지 범주: 합성 계면활성제, 천연 유화제, 흡수 기제, 및 미세 분산 고체(예를 들면, 문헌 참조: Ansel's Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, Allen, LV., Popovich NG., and Ansel HC., 2004, Lippincott Williams & Wilkins (8th ed.), New York, NY; Idson, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p. 199)로 분류될 수 있다.
표면 활성제로도 공지된 합성 계면활성제는 유화액의 제형에서 광범위하게 적용할 수 있음을 발견되었고, 문헌에서 검토되었다 (예를 들면, 문헌 참조: Ansel's Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, Allen, LV., Popovich NG., and Ansel HC., 2004, Lippincott Williams & Wilkins (8th ed.), New York, NY; Rieger, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p. 285; Idson, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., 1988, volume 1, p. 199). 계면활성제는 통상적으로 양친매성이고 친수성 및 소수성 부분을 포함한다. 계면활성제의 친수성 대 소수성 특성의 비율을 친수성/친유성 균형(HLB)이라고 하고 제형의 제조에서 계면활성제를 분류하고 선택하는데 유용한 도구이다. 계면활성제는 친수성 그룹의 특성에 따라 비이온성, 음이온성, 양이온성 및 양쪽성의 상이한 부류로 분류될 수 있다 (예를 들면, 문헌 참조: Ansel's Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, Allen, LV., Popovich NG., and Ansel HC., 2004, Lippincott Williams & Wilkins (8th ed.), New York, NY Rieger, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p. 285).
다양한 비-유화 물질은 또한 유화액 제형에 포함되고, 유화액의 성질에 기여한다. 이들은 지방, 오일, 왁스, 지방산, 지방 알코올, 지방 에스테르, 보습제, 친수성 콜로이드, 방부제 및 항산화제를 포함한다 (참조: Block, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p. 335; Idson, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p. 199).
피부과, 경구 및 비경구 경로를 통한 유화액 제제의 적용 및 이들의 제조를 위한 방법이 문헌에서 검토되었다 (예를 들면, 문헌 참조: Ansel's Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, Allen, LV., Popovich NG., and Ansel HC., 2004, Lippincott Williams & Wilkins (8th ed.), New York, NY; Idson, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p. 199).
ii. 마이크로유화액
본 발명의 하나의 실시형태에서, 조절제의 조성물은 마이크유화액으로 제형화되었다. 마이크로유화액은, 단일 광학적으로 등방성이고 열역학적으로 안정한 액체 용액인 물, 오일 및 양친매체의 시스템으로서 정의될 수 있다 (예를 들면, 문헌 참조: Ansel's Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, Allen, LV., Popovich NG., and Ansel HC., 2004, Lippincott Williams & Wilkins (8th ed.), New York, NY; Rosoff, in Pharmaceutical Dosage Forms, Lieberman, Rieger and Banker (Eds.), 1988, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., volume 1, p. 245). 통상적으로 마이크로유화액은 먼저 수성 계면활성제 용액에 오일을 분산시킨 다음 충분한 양의 제4 성분, 일반적으로 중간 쇄 길이의 알코올을 첨가하여 투명한 시스템을 형성함으로써 제조되는 시스템이다. 따라서, 마이크로유화액은 또한 표면-활성 분자의 계면 필름에 의해 안정화되는 두 개의 불혼화성 액체의 열역학적으로 안정하고 등방성으로 투명한 분산액으로 기술되었다 (참조: Leung and Shah, in: Controlled Release of Drugs: Polymers and Aggregate Systems, Rosoff, M., Ed., 1989, VCH Publishers, New York, pages 185-215).
iii. 마이크로입자
본 발명의 조절제는 입자, 예를 들면, 마이크로입자 내에 혼입될 수 있다. 마이크로입자는 분무-건조에 의해 생성될 수 있지만 또한 동결건조, 증발, 유동층 건조, 진공 건조 또는 이러한 기술의 조합을 포함한 다른 방법에 의해 생성될 수도 있다.
iv. 침투 증강제
하나의 실시형태에서, 본 발명은 조절제, 예를 들면, 핵산, 특히 iRNA를 동물의 피부에 효율적으로 전달하기 위해 다양한 침투 증강제를 사용한다. 대부분의 약물은 이온화된 및 비이온화된 형태 둘 모두로 용액 중에 존재한다. 그러나, 일반적으로 지용성 또는 친유성 약물만이 용이하게 세포막을 통과한다. 심지어 비-친유성 약물이, 통과될 막이 침투 증강제로 처리되는 경우, 세포막을 통과할 수 있다는 것이 발견되었다. 세포막을 통한 비-친유성 약물의 확산을 돕는 것 외에도 침투 증강제는 또한 친유성 약물의 투과성을 증진시킨다.
침투 증강제는 크게 다섯 가지 범주, 즉 계면활성제, 지방산, 담즙염, 킬레이트제 및 비-킬레이트 비-계면활성제 중 하나에 속하는 것으로 분류될 수 있다 (예를 들면, 문헌 참조: Malmsten, M. Surfactants and polymers in drug delivery, Informa Health Care, New York, NY, 2002; Lee et al., Critical Reviews in Therapeutic Drug Carrier Systems, 1991, p.92). 상기 언급한 침투 증강제의 부류 및 이들의 약제학적 조성물의 제조 및 약제학적 제제의 전달에 대한 용도 각각은 당해 기술분야에 잘 알려져 있다.
v. 부형제
캐리어 화합물과 대조적으로, "약제학적 캐리어" 또는 "부형제"는 하나 이상의 조절제를 동물에게 전달하기 위한 약제학적으로 허용되는 용매, 현탁제, 또는 임의의 다른 약리학적 불활성 비히클이다. 부형제는 액체 또는 고체일 수 있고 주어진 약제학적 조성물의 핵산 및 기타 성분과 조합될 때 목적하는 벌크, 일관성 등을 제공하기 위해 계획된 투여 방식을 염두에 두고 선택된다. 이러한 제제는 당해 기술분야에 잘 알려져 있다.
vi. 다른 성분
본 발명의 조성물은 약제학적 조성물에서 통상적으로 발견되는 다른 부가 성분을 당해 기술분야에 확립된 사용 수준으로 추가로 함유할 수 있다. 따라서, 예를 들면, 조성물은 예를 들면, 항소양제, 수렴제, 국소 마취제 또는 소염제와 같은 추가의 상용성 약제학적-활성 물질을 함유할 수 있거나 본 발명의 조성물의 다양한 투여량 형태를 물리적으로 제형화하는 데 유용한 추가 물질, 예를 들면, 염료, 착향제, 방부제, 항산화제, 불투명화제, 증점제 및 안정제를 함유할 수 있다. 그러나, 이러한 물질은 첨가될 때 본 발명의 조성물의 성분의 생물학적 활성을 과도하게 방해해서는 안 된다. 제형은 멸균화될 수 있고, 바람직한 경우, 보조제, 예를 들면, 윤활제, 방부제, 안정화제, 습윤제, 유화제, 삼투압에 영향을 미치는 염, 완충제, 착색제, 향미제 또는 방향 물질 등과 혼합될 수 있고, 이들은 제형의 핵산(들)과 해롭게 상호 작용하지 않는다.
수성 현탁액은 예를 들면, 나트륨 카복시메틸셀룰로스, 소르비톨 또는 덱스트란을 포함하는 현탁액의 점도를 증가시키는 물질을 함유할 수 있다. 현탁액은 안정화제를 함유할 수도 있다.
일부 실시형태에서, 본 발명에 특성화된 약제학적 조성물은 (a) 하나 이상의 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제 및 (b) 비-안티센스 억제 기전에 의해 기능하고 INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애를 치료하는 데 유용한 하나 이상의 제제를 포함한다.
이러한 화합물의 독성 및 예방적 효능은, 예를 들면, LD50(집단의 50%에게 치명적인 용량) 및 ED50(집단의 50%에 예방적으로 효과적인 용량)을 결정하기 위한 세포 배양물 또는 실험 동물에서의 표준 약제학적 절차에 의해 결정될 수 있다. 독성 및 치료학적 효과 사이의 용량 비가 치료 지수이고, 이는 LD50/ED50 비율로 나타낼 수 있다. 높은 치료학적 지수를 나타내는 화합물이 바람직하다.
세포 배양물 검정 및 동물 연구로부터 수득된 데이터는 사람에 사용하기 위한 투여량의 범위를 정하는데 사용될 수 있다. 본 발명의 본원에서 특성화된 조성물의 투여량은 일반적으로 ED50, 예를 들면, ED80 또는 ED90을 포함하는 순환 농도의 범위 내에 있고, 독성은 거의 없거나 전혀 없다. 투여량은 사용된 투여량 형태 및 사용된 투여 경로에 따라 이 범위 내에서 달라질 수 있다. 본 발명에서 특징화된 방법에 사용되는 임의의 화합물에 대해, 예방적 유효량은 세포 배양 검정으로부터 초기에 평가될 수 있다. 용량은 동물 모델에서 제형화되어 화합물의 순환 혈장 농도 범위를 달성하거나, 적절한 경우, 세포 배양물 중에서 결정된 것과 같이 IC50 (즉, 증상의 절반-최대 억제를 달성하는 시험 화합물의 농도) 또는 그보다 높은 수준의 억제를 포함하는 (예를 들면, 폴리펩티드의 감소된 농도를 달성하는) 표적 서열의 폴리펩티드 생성물의 순환 혈장 농도 범위를 성취할 수 있다. 이러한 정보를 사용하여 사람에게 유용한 용량을 보다 정확하게 결정할 수 있다. 혈장 내 수준은 예를 들면, 고성능 액체 크로마토그래피에 의해 측정될 수 있다.
전술한 것과 같이, 이들의 투여 이외에, 본 발명에서 특징화된 조절제는 INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애의 예방 또는 치료에 사용되는 다른 공지된 제제와 조합하여 투여될 수 있다. 어떠한 경우에도, 투여 의사는 당해 기술분야에 공지되거나 본 명세서에 기술된 효능의 표준 측정법을 사용하여 관찰된 결과에 기초하여 iRNA 투여의 양 및 타이밍을 조정할 수 있다.
VI. INHBE 발현 및/또는 활성을 억제하는 방법
본 발명은 또한 세포 내 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하는 방법을 제공한다. 방법은 세포를 세포 내 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하는 데에 유효한 양의 조절제, 예를 들면, 이중 가닥 RNA 제제, 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제, 항체, ADAR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA, 또는 CRISPR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA와 접촉시킴으로써, 세포 내 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하는 단계를 포함한다. 본 개시의 일부 실시형태에서, INHBE 유전자는 우선적으로 간(예를 들면, 간세포)에서 억제된다.
세포와 조절제를 접촉시키는 단계는 시험관내 또는 생체내에서 수행될 수 있다. 세포와 조절제를 생체 내에서 접촉시키는 단계는 대상자, 예를 들면, 사람 대상자 내의 세포 또는 세포의 그룹과 조절제를 접촉시키는 단계를 포함한다. 세포를 접촉시키는 시험관내 및 생체내 방법의 조합도 가능하다. 세포와의 접촉은 앞서 논의된 것과 같이 직접적이거나 간접적일 수 있다. 또한, 세포와의 접촉은 본원에 기술되거나 당해 기술분야에 공지된 임의의 리간드를 포함하는 표적화 리간드를 통해 성취될 수 있다. 일부 실시형태에서, 표적화 리간드는 탄수화물 모이어티, 예를 들면, GalNAc3 리간드, 또는 조절제를 관심 대상 부위로 지시하는 임의의 다른 리간드이다.
본원에서 사용되는 용어 "억제하는(inhibiting)"은 "감소시키는(reducing)", "침묵화하는(silencing)" "하향 조절하는(downregulating)", "억압하는(suppressing)", 및 기타 유사한 용어와 상호교환적으로 사용되고, 임의의 억제 수준을 포함한다.
구절 "INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하는"은 (예를 들면, 마우스 INHBE 3 유전자, 래트 INHBE 유전자, 원숭이 INHBE 유전자, 또는 사람 INHBE 유전자와 같은) 임의의 INHBE 유전자뿐만 아니라 INHBE 유전자의 변이체 또는 돌연변이의 발현의 억제를 언급하도록 의도된다. 따라서, INHBE 유전자는 유전적으로 조작된 세포, 세포의 그룹 또는 유기체의 맥락에서 야생형 INHBE 유전자, 돌연변이 INHBE 유전자, 또는 유전자이식 INHBE 유전자일 수 있다.
"INHBE 유전자의 발현 및/또는 활성 억제"는 INHBE 유전자의 임의의 억제 수준, 예를 들면, INHBE 발현 및/또는 활성의 적어도 부분적인 억제를 포함한다. INHBE의 발현 및/또는 활성은 INHBE 유전자 발현과 관련된 임의의 변수의 수준 또는 수준의 변화, 예를 들면, INHBE mRNA 수준 또는 INHBE 단백질의 수준에 기초하여 평가될 수 있다. INHBE는 간에서 우세하게 표현된다고 이해된다.
INHBE의 발현 및/또는 활성은 또한 INHBE 유전자 발현과 연관된 다른 변수, 예를 들면, 세포질에서 인히빈 서브유닛 베타 E 발현의 수준, 인히빈 서브유닛 베타 E의 핵 국지화, 또는 인히빈 서브유닛 베타 E의 전사 제어하에 특정 표적 유전자 또는 다른 유전자의 발현을 기초로 하여 간접적으로 평가될 수 있다.
억제는 대조군 수준과 비교하여 INHBE 발현 및/또는 활성과 관련된 하나 이상의 변수의 절대적 또는 상대적 수준의 감소에 의해 평가될 수 있다. 대조군 수준은 당해 기술분야에서 사용되는 임의의 유형의 대조군 수준, 예를 들면, 용량 전 베이스라인 수준, 또는 유사한 대상자, 세포, 또는 처리되지 않은 샘플 또는 대조군으로 처리된 샘플(예를 들면, 완충제로만 처리된 대조군 또는 불활성 제제 대조군)로부터 결정된 수준일 수 있다.
본 발명의 방법의 일부 실시형태에서, INHBE의 발현 및/또는 활성은 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 또는 95%만큼, 또는 검정의 검출 수준 미만으로 억제된다. 일부 실시형태에서, INHBE의 발현 및/또는 활성은 적어도 70%까지 억제된다. 추가로, 다른 조직, 예를 들면, 뇌에서의 발현을 상당히 억제하지 않고도, 특정 조직(예를 들면, 간)에서 INHBE 발현 및/또는 활성을 억제하는 것이 바람직할 수 있는 것으로 이해된다.
특정 실시형태에서, 생체내 발현 및/또는 활성의 억제는, 예를 들면, RNA 발현 최하점에서, 예를 들면, 3mg/kg의 단일 용량으로 투여될 때, 사람 유전자를 발현하는 설치류, 예를 들면, 사람 표적 유전자(즉, INHBE)를 발현하는 AAV-감염 마우스 내 사람 유전자의 녹다운에 의해 결정된다. 예를 들면, RNA 발현 최하점에서, 예를 들면, 3 mg/kg의 단일 투여량을 투여한 후, 모델 동물 시스템에서 내인성 유전자의 발현에 대한 녹다운이 또한 결정될 수 있다. 이러한 시스템은 사람 유전자의 핵산 서열과 모델 동물 유전자가 충분히 근접해 사람 iRNA가 iRNA가 모델 동물 유전자의 효과적인 녹다운을 제공할 때 유용하다. 간에서의 RNA 발현은 실시예 2에 제공된 PCR 방법을 사용하여 결정된다.
INHBE의 발현 및/또는 활성의 억제는 첫번째 세포 또는 세포의 그룹(이러한 세포는 예를 들면, 대상자로부터 유래된 샘플에 존재할 수 있다)에 의해 발현된 mRNA 양의 감소에 의해 분명해질 수 있고, 여기서, INHBE는 전사되고 (예를 들면, 세포 또는 세포들을 본 발명의 조절제와 접촉시킴으로써, 또는 본 발명의 조절제를 세포가 존재하거나 존재했던 대상자에게 투여함으로써) 처리되어, 첫번째 세포 또는 세포의 그룹과 실질적으로 동일하지만 그렇게 처리되지 않은 두번째 세포 또는 세포의 그룹과 비교하여 INHBE 유전자의 발현이 억제된다(대조군 세포(들)는 조절제로 처리되지 않거나 관심 대상 유전자에 대해 표적화된 조절제로 처리되지 않음). 일부 실시형태에서, 억제는 종 일치 세포주에서 10nM siRNA 농도를 사용하여 실시예 2에서 제공된 방법에 의해 평가되어, 치료된 세포의 mRNA 수준을 대조군 세포의 mRNA 수준의 백분율로서 하기 화학식을 사용하여 표현한다:
.
다른 실시형태에서, INHBE 유전자의 발현 및/또는 활성의 억제는 INHBE 유전자 발현에 기능적으로 결합된 파라미터, 예를 들면, 대상자로부터의 혈액 또는 혈청 내 INHBE 단백질 수준의 감소의 측면에서 평가될 수 있다. INHBE 유전자 침묵화는 발현 작제물로부터 내인성 또는 이종성인 INHBE를 발현하는 임의의 세포에서, 그리고 당해 기술분야에 공지된 임의의 검정에 의해 결정될 수 있다.
INHBE 단백질의 발현 및/또는 활성의 억제는 세포 또는 세포의 그룹에 의해 또는 대상자 샘플에서 발현되는 INHBE 단백질의 수준(예를 들면, 대상자로부터 유래된 혈액 샘플 내 단백질의 수준)의 감소에 의해 분명해질 수 있다. 상기 설명한 것과 같이, mRNA 억압의 평가의 경우, 처리된 세포 또는 세포의 그룹 내 단백질 발현 수준의 억제는 대조군 세포 또는 세포의 그룹 내 단백질 수준의 백분율, 또는 대상자 샘플, 예를 들면, 혈액 또는 그로부터 유래된 혈청 내 단백질 수준의 변화로서 유사하게 표현될 수 있다.
INHBE의 발현 및/또는 활성의 억제를 평가하기 위해 사용될 수 있는 대조군 세포, 세포의 그룹, 또는 대상자 샘플은 아직 본 발명의 조절제와 접촉되지 않은 세포, 세포의 그룹, 또는 대상자 샘플을 포함한다. 예를 들면, 대조군 세포, 세포의 그룹, 또는 대상자 샘플은 조절제를 사용한 대상자의 치료 전에 개별 대상자(예를 들면, 사람 또는 동물 대상자) 또는 적절하게 매칭된 집단 대조군으로부터 유래될 수 있다.
세포 또는 세포의 그룹에 의해 발현되는 INHBE mRNA의 수준은 mRNA 발현을 평가하기 위해 당해 기술분야에 공지된 임의의 방법을 사용하여 결정될 수 있다. 하나의 실시형태에서, 샘플의 INHBE의 발현 수준은 전사된 폴리뉴클레오티드 또는 이의 일부, 예를 들면, INHBE 유전자의 mRNA를 검출함으로써 결정된다. RNA는, 예를 들면, 산 페놀/구아니딘 이소티오시아네이트 추출(RNAzol B; Biogenesis), RNeasyTM RNA 제조 키트(Qiagen®), 또는 PAXgeneTM(PreAnalytixTM, Switzerland)을 사용하는 것을 포함하여, RNA 추출 기술을 사용하여 세포로부터 추출될 수 있다. 리보핵산 혼성화를 사용하는 통상적인 검정 포맷은 핵 런-온 검정, RT-PCR, RNase 보호 검정, 노던 블롯팅, 동일계내 혼성화, 및 마이크로어레이 분석을 포함한다.
일부 실시형태에서, INHBE의 발현 수준은 핵산 프로브를 사용하여 결정된다. 본원에서 사용되는 용어 "프로브"는 특정 INHBE에 임의로 결합할 수 있는 임의의 분자를 언급한다. 프로브는 당해 기술분야의 숙련가에 의해 합성될 수 있거나, 적절한 생물학적 제조로부터 유래될 수 있다. 프로브는 표지되도록 특이적으로 설계될 수 있다. 프로브로서 사용될 수 있는 분자의 예는, 이에 제한되지 않지만, RNA, DNA, 단백질, 항체 및 유기 분자를 포함한다.
단리된 mRNA는, 이에 제한되지 않지만, 서던 또는 노던 분석, 폴리머라제 연쇄 반응(PCR) 분석 및 프로브 어레이를 포함하는 혼성화 또는 증폭 검정에 사용될 수 있다. mRNA 수준 결정을 위한 한 가지 방법은 단리된 mRNA를 INHBE mRNA에 대해 혼성화할 수 있는 핵산 분자(프로브)와 접촉시키는 단계를 포함한다. 하나의 실시형태에서, mRNA가 고체 표면 상에 고정되고, 예를 들면, 단리된 mRNA를 아가로스 겔 상에서 작동시키고 mRNA를 겔로부터 니트로셀룰로오스와 같은 막으로 전달함으로써 프로브와 접촉된다. 대안적인 실시형태에서, 프로브(들)는 고체 표면 상에 고정되고, mRNA는, 예를 들면, Affymetrix® 유전자 칩 어레이에서 프로브(들)와 접촉된다. 당해 기술분야의 숙련가는 INHBE mRNA의 수준을 결정하는 데 사용하기 위해 공지된 mRNA 검출 방법을 용이하게 채택할 수 있다.
샘플 중 INHBE의 발현 수준을 결정하기 위한 대안적인 방법은, 예를 들면, RT-PCR(실험적 실시형태가 Mullis, 1987, 미국 특허 4,683,202에 제시됨), 리가제 연쇄 반응(참조: Barany (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:189-193), 자체 지속 시퀀스 복제(참조: Guatelli et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1874-1878), 전사 증폭 시스템(참조: Kwoh et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:1173-1177), Q-베타 레플리카제(참조: Lizardi et al. (1988) Bio/Technology 6:1197), 롤링 서클 복제(Lizardi 등, 미국 특허 5,854,033 참조) 또는 임의의 다른 핵산 증폭 방법에 이어서 당해 기술분야의 숙련가에게 잘 공지된 기술을 사용한 증폭된 분자의 검출에 의해, 샘플 중의, 예를 들면, mRNA의 핵산 증폭 또는 역전사 효소(cDNA를 제조하기 위한)의 프로세스를 포함한다. 핵산 분자가 매우 적은 수로 존재하는 경우, 이들 검출 체계는 핵산 분자의 검출에 특히 유용하다. 본 발명의 특정 측면에서, INHBE의 발현 수준은 정량적 형광 RT-PCR(즉, TaqManTM 시스템)에 의해 결정된다. 일부 실시형태에서, 발현 수준은, 종 일치 세포주에서 예를 들면, 10nM siRNA 농도를 사용하여, 실시예 2에 제공된 방법에 의해 결정된다.
INHBE mRNA의 발현 수준은 (노던, 서던, 도트 등과 같은 혼성화 분석에 사용된 것과 같은) 막 블롯, 또는 마이크로웰, 샘플 튜브, 겔, 비드 또는 섬유(또는 결합된 핵산을 포함하는 임의의 고체 지지체)를 사용하여 모니터링될 수 있다. 본원에 참조로서 포함된 미국 특허 5,770,722, 5,874,219, 5,744,305, 5,677,195 및 5,445,934를 참조한다. INHBE 발현 수준의 결정은 또한 용액 중 핵산 프로브 사용을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, mRNA 발현의 수준은 분지형 DNA(bDNA) 검정 또는 실시간 PCR(qPCR)을 사용하여 평가된다. 이들 방법의 사용은 본원에 제공된 실시예에서 기술되고 예시된다. 일부 실시형태에서, 발현 수준은, 종 일치 세포주에서 10nM siRNA 농도를 사용하여, 실시예 2에 제공된 방법에 의해 결정된다.
INHBE 단백질 발현의 수준은 단백질 수준의 측정을 위해 당해 기술분야에 공지된 임의의 방법을 사용하여 결정될 수 있다. 이러한 방법은, 예를 들면, 전기영동, 모세관 전기영동, 고성능 액체 크로마토그래피(HPLC), 박층 크로마토그래피(TLC), 과확산 크로마토그래피, 유체 또는 겔 침전 반응, 흡수분광법, 비색 검정, 분광광도측정 검정, 유동세포측정, 면역확산(단일 또는 이중), 면역전기영동, 웨스턴 블롯팅, 방사선면역검정(RIA), 효소-결합된 면역흡착 검정(ELISA), 면역형광검정, 전기화학발광 검정 등을 포함한다.
일부 실시형태에서, 본 발명의 방법의 효능은 (예를 들면, 간 생검에서) INHBE mRNA 또는 단백질 수준의 감소에 의해 평가된다.
본 발명의 방법의 일부 실시형태에서, 조절제가 대상자에게 투여되어 대상자 내의 특정 부위로 조절제가 전달된다. INHBE의 발현 억제는 대상자 내 특정 부위(예를 들면, 간 또는 혈액)로부터의 유체 또는 조직으로부터 유래된 샘플 중 INHBE mRNA 또는 INHBE 단백질의 수준 또는 수준 변화의 측정을 사용하여 평가될 수 있다.
본원에서 사용되는 분석물 수준의 검출 또는 결정이란 용어는 물질(예를 들면, 단백질, RNA)이 존재하는지 여부를 결정하는 단계를 수행하는 것을 의미하는 것으로 이해된다. 본원에 사용되는 검출 또는 결정 방법은 사용된 방법에 대한 검출 수준 미만인 분석물 수준의 검출 또는 측정을 포함한다.
VII. 본 발명의 예방 및 치료 방법
본 발명은 또한 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하여 INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애를 예방하거나 치료하기 위해 본 발명의 조절제 또는 본 발명의 조절제를 함유하는 조성물을 사용하는 방법을 제공한다. 본 발명의 방법에서, 세포는 조절제와 시험관내에서 또는 생체내에서 접촉될 수 있다. 즉, 세포는 대상자 내에 있을 수 있다.
본 발명의 방법을 사용하는 치료에 적합한 세포는 INHBE 유전자를 발현하는 임의의 세포, 예를 들면, 간 세포일 수 있다. 본 발명의 방법에 사용하기에 적합한 세포는 포유류 세포, 예를 들면, 영장류 세포(예를 들면, 키메라 비-사람 동물 내 사람 세포를 포함하는 사람 세포 또는 비-사람 포유류 세포, 예를 들면, 원숭이 세포 또는 침팬지 세포) 또는 비-영장류 세포일 수 있다. 특정 실시형태에서, 세포는 사람 세포, 예를 들면, 사람 간 세포이다. 본 발명의 방법에서, INHBE 발현은 세포에서 적어도 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90 또는 95만큼, 또는 검정의 검출 수준 미만의 수준으로 억제된다.
본 발명의 생체내 방법은 대상자에게 조절제, 예를 들면, 올리고뉴클레오티드를 함유하는 조성물을 투여하는 단계를 포함할 수 있고, 여기서, 올리고뉴클레오티드는 RNAi 제제가 투여될 포유류의 INHBE 유전자의 RNA 전사체의 적어도 일부에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 조성물은, 이에 한정되는 것은 아니지만, 다음을 포함하는 당해 기술분야에 공지된 임의의 수단에 의해 투여될 수 있다: 경구, 복강내, 또는, 두개내(예를 들면, 뇌실내, 실질내, 및 경막내), 정맥내, 근육내, 피하, 경피, 기도(에어로졸), 비강, 직장, 안구내(예를 들면, 안구 주위, 결막, 테논하, 전안방내, 유리체내, 안구내, 전방 또는 후방 경막, 망막하, 결막하, 안구 뒤, 또는 소관내 주사), 정맥내, 근육내, 피하, 경피, 기도(에어로졸), 및 국소(구강 및 설하 포함) 투여를 포함하는 비경구 경로.
특정 실시형태에서, 조성물은 정맥내 주입 또는 주사에 의해 투여된다. 특정 실시형태에서, 조성물은 피하 주사에 의해 투여된다. 특정 실시형태에서, 조성물은 근육내 주사에 의해 투여된다.
투여 방식은 국소 또는 전신 치료가 바람직한지 여부 및 치료될 영역에 기초하여 선택될 수 있다. 투여 경로 및 부위는 표적화를 증진시키도록 선택될 수 있다.
하나의 실시형태에서, 본 발명은 또한 포유류에서 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하기 위한 방법을 제공한다. 본 방법은 포유류에게 포유류의 세포 내 INHBE 유전자를 표적화하는 조절제, 예를 들면, 올리고뉴클레오티드, 예를 들면, 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물을 투여하는 단계 및 INHBE 유전자의 mRNA 전사체의 분해를 수득하여 세포 내 INHBE 유전자의 발현 및/또는 활성을 억제하기에 충분한 시간 동안 포유류를 유지하는 단계를 포함한다. 발현 및/또는 활성의 감소는 당해 기술분야에 공지된 임의의 방법 및 본원(예를 들면, 실시예 2)에 기술된 방법, 예를 들면, qRT-PCR에 의해 평가 될 수 있다. 단백질 생성의 감소는 당해 기술분야에 공지된 임의의 방법, 예를 들면, ELISA에 의해 평가될 수 있다. 특정 실시형태에서, 천공 간 생검 샘플은 INHBE 유전자 또는 단백질 발현의 감소를 모니터링하기 위한 조직 물질로서의 역할을 한다. 다른 실시형태에서, 혈액 샘플은 INHBE 단백질 발현 및/또는 활성의 감소를 모니터링하기 위한 대상자 샘플로서의 역할을 한다.
본 발명은 치료를 필요로 하는 대상자, 예를 들면, INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애를 진단받은 대상자를 치료하는 방법을 추가로 제공한다.
본 발명은 예방을 필요로 하는 대상자를 예방하기 위한 방법을 추가로 제공한다. 본 발명의 치료 방법은 본 발명의 조절제를 대상자, 예를 들면, INHBE 발현의 감소로 이득을 얻을 수 있는 받을 대상자에게 INHBE 유전자를 표적화하는 dsRNA, 또는 본 발명의 조절제를 포함하는 약제학적 조성물을 예방적 유효량으로 투여하는 단계를 포함한다.
하나의 측면에서, 본 발명은 INHBE 발현 및/또는 활성의 감소로부터 이득을 얻을 수 있는 수 있는 장애, 예를 들면, INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 당뇨병을 가진 대상자를 치료하는 방법을 제공한다.
INHBE 발현 및/또는 활성의 감소 및/또는 억제로 이득을 얻을 수 있는 대상자의 치료는, 치료학적 치료(예를 들면, 대상자는 대사 장애를 앓고 있음) 및 예방적 치료(예를 들면, 대상자는 대사 장애를 앓고 있지 않거나 대상자는 대사 장애가 발병할 위험이 있을 수 있음)를 포함한다.
일부 실시형태에서, INHBE-연관 장애는 대사 장애이다. 대사 장애의 예는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애를 포함한다.
일부 실시형태에서, INHBE-연관 장애는 대사 증후군이다.
일부 실시형태에서, 조절제는 대상자내 세포에서 INHBE 발현 및/또는 활성을 억제하기 위해 효과적인 양으로 대상자에게 투여된다. 대상자내 세포에서 INHBE 발현 및/또는 활성을 억제하기 위해 효과적인 양은 허리 둘레와 같은 INHBE mRNA, INHBE 단백질, 또는 관련 변수, 예를 들면, 허리 둘레의 억제의 평가와 관련된 방법을 포함하여 상기 논의된 방법을 사용하여 평가될 수 있다.
본 발명의 올리고뉴클레오티드에 대해, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 "유리 올리고뉴클레오티드"로서 투여될 수 있다. 유리 올리고뉴클레오티드는 약제학적 조성물의 부재하에 투여된다. 네이키드 올리고뉴클레오티드는 적합한 완충 용액 중에 있을 수 있다. 완충 용액은 아세테이트, 시트레이트, 프롤라민, 카보네이트 또는 포스페이트, 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 하나의 실시형태에서, 완충 용액은 포스페이트 완충 식염수(PBS)이다. 올리고뉴클레오티드를 함유하는 완충 용액의 pH 및 삼투압은 대상자에게 투여하기에 적합하도록 조정될 수 있다. 대안적으로, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드 리포좀 제형과 같은 약제학적 조성물로서 투여될 수 있다.
INHBE 발현 및/또는 활성의 억제로부터 이득을 얻을 수 있는 대상자는 INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애에 대해 감수성이거나 이를 갖는 것으로 진단된 대상자이다. 하나의 실시형태에서, 본 방법은 INHBE의 발현 및/또는 활성이 예를 들면, 용량 당 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 1-6, 1-3, 또는 3-6개월 동안 감소되도록 본원에서 특성화된 조성물을 투여하는 단계를 포함한다. 특정 실시형태에서, 조성물은 3-6개월마다 1회 투여된다.
하나의 실시형태에서, 본원에 특성화된 방법 및 조성물에 유용한 조절제는 표적 INHBE 유전자의 (일차 또는 가공된) RNA를 특이적으로 표적화한다. iRNA를 사용한 이들 유전자의 발현을 억제하기 위한 조성물 및 방법은 본 명세서에 기술된 것과 같이 제조되고 수행될 수 있다.
본 발명의 방법에 따른 조절제의 투여는 INHBE-연관 장애, 예를 들면, 대사 장애, 예를 들면, 대사 증후군, 탄수화물 장애, 예를 들면, II형 당뇨병, 당뇨병-전기, 지질 대사 장애, 예를 들면, 고지질혈증, 고혈압, 심혈관 질환, 체중 장애의 예방 또는 치료를 야기할 수 있다. 대상자에게 치료학적 양의 조절제, 예를 들면, 약 0.01 mg/kg 내지 약 200 mg/kg이 투여될 수 있다.
하나의 실시형태에서, 조절제는 피하, 즉 피하 주사에 의해 투여된다. 하나 이상의 주사를 사용하여 목적하는 용량의 조절제를 대상자에게 전달할 수 있다. 주사는 일정 기간 동안 반복될 수 있다.
투여는 정기적 주기로 반복될 수 있다. 특정 실시형태에서, 초기 치료 용법 후, 치료는 덜 빈번한 주기로 투여될 수 있다. 반복 용량 용법은 정기적 주기로, 예를 들면, 매월 1회 내지 1년에 1회로 치료학적 양의 조절제의 투여를 포함할 수 있다. 특정 실시형태에서, 조절제는 약 매월 1회 내지 약 3개월에 1회, 또는 약 3개월에 1회 내지 약 6개월에 1회 투여된다.
본 발명은 INHBE 발현 및/또는 활성의 감소 및/또는 억제로 이득을 얻을 수 있는 대상자, 예를 들면, INHBE-연관 장애가 있는 대상자를 다른 약제 및/또는 다른 치료학적 방법, 예를 들면, 이들 장애를 치료하기 위해 현재 사용되는 것들과 같은 공지된 약제 및/또는 공지된 치료학적 방법과 병용하여 치료하기 위한 조절제 또는 이의 약제학적 조성물의 방법 및 용도를 추가로 제공한다.
따라서, 본 발명의 일부 실시형태에서, 본 발명의 조절제의 투여를 포함하는 방법은 대상자에게 하나 이상의 추가 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
예를 들면, 특정 실시형태에서, 본 발명의 조절제는, 예를 들면, 상기한 또는 그렇지 않으면 당해 기술분야에 공지된 INHBE-연관 장애의 치료시 유용한 제제와 병용하여 투여된다. 예를 들면, INHBE 발현 및/또는 활성의 감소로부터 이득을 얻을 수 있는 대상자, 예를 들면, INHBE-연관 장애를 갖는 대상자를 치료하기 위해 적합한 추가 제제 및 치료제는, INHBE-연관 장애의 증상을 치료하기 위해 현재 사용되는 제제를 포함할 수 있다.
본 발명의 조절제와 함께 사용되는 추가 치료학적 제제의 예는, 이에 제한되는 것은 아니지만, 인슐린, 글루카곤-유사 펩티드 1 작용제 (예를 들면, 엑세나티드, 리라글루티드, 둘라글루티드, 세마글루티드, 및 프람린티드, 설포닐우레아 (예를 들면, 클로르프로파미드, 글리피지드), 세글리티니드 (예를 들면, 레파글리니드, 나테글리니드), 비구아니드 (예를 들면, 메트포르민), 티아졸리딘디온, 예를 들면, 로시글리타존, 트로글리타존, 알파-글루코시다제 억제제 (예를 들면, 아카르보스 및 메글리톨), SGLT2 억제제 (예를 들면, 다파글리플로진), DPP-4 억제제 (예를 들면, 리나글리프틴), 또는 HMG-CoA 리덕타제 억제제, 예를 들면, 스타틴, 예를 들면, 아토르바스타틴 (Lipitor), 플루바스타틴 (Lescol), 로바스타틴 (Mevacor), 로바스타틴 연장-방출 (Altoprev), 피타바스타틴 (Livalo), 프라바스타틴 (Pravachol), 로수바스타틴 (Crestor), 및 심바스타틴 (Zocor)을 포함한다.
조절제 및 추가 치료학적 제제 및/또는 치료제는 동시에 및/또는 동일한 조합으로, 예를 들면, 비경구 투여될 수 있거나, 추가 치료제는 별도의 조성물의 일부로서 또는 별도의 시간에 및/또는 당해 기술분야에 공지되거나 본 명세서에 기술된 또다른 방법에 의해 투여될 수 있다.
VIII. 키트
특정 실시형태에서, 본 개시는 본 발명의 조절제의 약제학적 제형을 함유하는 적합한 용기를 포함하는 키트를 제공한다.
이러한 키트는 하나 이상의 조절제(들) 및 사용 설명서, 예를 들면, 예방적 또는 치료학적 유효량의 조절제(들)를 투여하기 위한 지침서를 포함한다. 조절제는 바이알 또는 미리-충전된 주사기에 담길 수 있다. 임의로 키트는 조절제를 투여하기 위한 수단(예를 들면, 사전에 충전된 주사기와 같은 주사 장치), 또는 INHBE의 억제를 측정하기 위한 수단(예를 들면, INHBE mRNA, INHBE 단백질, 및/또는 INHBE 활성의 억제를 측정하기 위한 수단)을 추가로 포함할 수 있다. INHBE의 억제를 측정하기 위한 이러한 수단은, 예를 들면, 혈장 샘플과 같은, 대상자로부터의 샘플을 수득하기 위한 수단을 포함할 수 있다. 임의로, 본 발명의 키트는 치료학적 유효량 또는 예방적 유효량을 결정하기 위한 수단을 추가로 포함할 수 있다.
특정 실시형태에서, 약제학적 제형의 개별 성분은 하나의 용기, 예를 들면, 바이알 또는 미리 충전된 주사기에 제공될 수 있다. 대안적으로, 약제학적 제형의 성분을 2개 이상의 용기, 예를 들면, 조절제 제조를 위한 하나의 용기 및 캐리어 화합물을 위한 적어도 또다른 용기에 별도로 제공하는 것이 바람직할 수 있다. 키트는 하나 이상의 용기가 담기는 하나의 박스와 같은 다양한 구성으로 패키징될 수 있다. 예를 들면, 키트와 함께 제공된 지침에 따라 다양한 성분들이 조합될 수 있다. 성분들은 예를 들면, 약제학적 조성물을 제조 및 투여하기 위해 본원에 기술된 방법에 따라 조합될 수 있다. 키트는 전달 장치를 포함할 수도 있다.
본 발명은 다음의 실시예에 의해 추가로 예시되고, 이로서 제한하는 것으로 해석되어서는 안 된다. 본 출원 전반에 걸쳐 인용된 모든 참조, 특허 및 공개된 특허 출원의 전문 뿐만 아니라 비공식적인 서열 목록 및 도면이 본원에 참조로서 포함된다.
실시예
실시예 1. UK 생체자원은행에서 INHBE 기능-의-손실의 허리-엉덩이-비율의 연관성의 확인
복부 비만은 대사 증후군 (참조: Despres J. and Lemieux I. Nature 2006; 444:881-887)의 가장 일반적인 증상이고, 체질량지수 (BMI)를 넘어서는 심혈관 질환 및 대사 위험의 기여자로서 인식된다 (참조: Neeland IJ et al. Lancet Diabetes & Endocrinology 2019; 7(9):715-725). BMI에 대해 조정된 허리-엉덩이-비율 (WHRadjBMI)은 복부 비만을 반영하고, 복부 지방의 직접 이미징과 상호관련이 있다. 멘델리안(Mendelian) 무작위 연구는 WHRadjBMI 및 2형 당뇨병 및 관상동맥 심장 질환의 위험 사이의 원인 관계를 허혈 뇌졸중, 혈당 소인 및 순환하는 지질과 함께 나타내었다 (참조: Emdin CA et al. JAMA 2017; 317(6):626-634; Dale CE et al. Circulation 2017; 135(24):2373-2388).
희귀한 유전 변종을 UK 생체자원은행 (UKBB)으로부터 엑솜 시퀀싱 데이터를 사용하는 BMI에 대해 조정된 허리-엉덩이-비율을 사용한 연관성에 대해 시험하였다. UKBB, 영국 (UK)에서 대규모 장-기간 바이오뱅크 연구는 질환의 발병에 대한 유전 소인 및 환경적 노출(영양, 생활양식, 의약 등)의 각각의 기여를 조사하고 있다 (예를 들면, www.ukbiobank.ac.uk 참조). 당해 연구는 40세 내지 69세에 등록된 영국에서 약 500,000명의 지원자를 추적한다. 초기 등록은 2006년에서 4년에 걸쳐서 일어나고, 지원자들은 적어도 30세 이후에 추적될 것이다. 과잉 표현형 데이터를, 인체 측정학적 측정값, 예를 들면, 허리와 엉덩이 둘레를 포함하여 수집하였다. 최근에, 이 연구에서 약 450,000명의 참여자로부터의 엑솜 시퀀싱 데이터 (또는 엑손으로 구성된 게놈의 부분)를 입수하였다.
이들 전체 엑솜 서열을 사용하여 LOFTEE에 의한 높은 신뢰로서 언급되는 드물게 예상되는 기능-의-상실 (pLOF) 변종 (즉, 프레임시프트, 스톱 게인, 스플라이스 도너 또는 스플라이스 수용체 변형)을 확인하였다. WHR adjBMI를 이들의 UKBB 평가에서 수집된 참여자에 대한 허리 둘레, 엉덩이 둘레, 및 체질량지수 (BMI)에 대한 수동 측정을 사용하여 계산하였다. WHR을 이들 2개의 측정값의 비로서 계산하였다. 이들 데이터를 사용하여, 동원에서 연령 및 성별과 함께, 선형 모델은 모델링 WHR (WHR ~ 연령 + 성별 + BMI)를 확립하였다. WHR adjBMI를 이러한 모델로부터 잔류분을 사용하여 정의하였다.
유전자-기반 붕괴 시험 (즉, 부하 시험)을 사용하여 희귀 (마이너 대립유전자 빈도 ≤1%) pLOF 변종 및 WHRadjBMI 사이의 연관성을 탐구하였다. 부하 시험을 30개 주성분을 통해 연령 및 유전 혈통에 대해 조정된 관련없는 백인 인구 (n=363,973)에서 수행하였다. INHBE pLOF는 WHRadjBMI의 0.22의 표준 편차 감소와 연관되었다 (표 A). INHBE를 추가 정량적 성향과의 연관성에 대해 시험하고, 본 발명자들은 출생시 체중, WHR (BMI에 대해 조정되지 않음), 트리글리세리드 및 HDL 콜레스테롤과의 연관성을 검출하였다 (표 A). INHBE pLOF는 또한 고혈압, 관상동맥 심장 질환 및 T2D에 대해 더 낮은 교차비를 갖는다 (표 B)
UKBB 엑솜-시퀀싱 데이터에서 가장 흔한 INHBE pLOF 변종은 620 pLOF 캐리어 중 536에 의해 수행된 스플라이스 수용체 변형 (rs150777893)이었다. 단일 변종으로 시험된, rs150777893은, 감소된 WHRadj BMI와 유의하게 연관되었다 (표 C).
[표 A]
[표 B]
[표 C]
실시예 2. iRNA 합성
시약 공급원
시약 공급원이 본원에 구체적으로 제공되지 않는 경우, 이러한 시약은 분자 생물학에 적용하기 위한 품질/순도 표준에서 분자 생물학용 임의의 시약 공급업체로부터 입수될 수 있다.
siRNA 설계
인히빈 서브유닛 베타 E 유전자(INHBE, 사람: NCBI refseqID NM_031479.5, NCBI 유전자 ID: 83729)를 표적화하는 siRNA가 맞춤형 R 및 파이톤 스크립트를 사용하여 설계되었다. 사람 NM_031479.5 mRNA는 2460개 염기의 길이를 갖는다.
변형되지 않은 INHBE 센스 및 안티센스 가닥 뉴클레오티드 서열의 상세한 목록이 표 2에 제시되어 있다. 변형된 INHBE 센스 및 안티센스 가닥 뉴클레오티드 서열의 상세한 목록이 표 3에 제시되어 있다.
본 출원 전체에 걸쳐, 소수가 없는 듀플렉스 명칭은 소수가 있는 듀플렉스 명칭과 동등하고, 소수는 단지 듀플렉스의 배치 번호를 참조한다는 것을 이해할 것이다. 예를 들면, AD-959917은 AD-959917.1과 동등하다.
siRNA 합성
당해 기술분야에 공지된 방법을 사용하여 siRNA가 설계되고, 합성되고, 제조되었다.
간략하게, siRNA 서열이 고체 지지체 상의 포스포르아미디트 화학작용을 갖는 Mermade 192 합성기(BioAutomation)를 사용하여 1μmol 규모로 합성되었다. 고체 지지체는 맞춤형 GalNAc 리간드(3'-GalNAc 접합체), 범용 고체 지지체(AM Chemicals), 또는 첫번째 관심 대상 뉴클레오티드가 로딩된 조절된 기공 유리(500-1000 Å)였다. 보조 합성 시약 및 표준 2-시아노에틸 포스포르아미다이트 단량체(2'-데옥시-2'-플루오로, 2'-O-메틸, RNA, DNA)는 Thermo-Fisher(위스콘신주 밀워키), Hongene(중국), 또는 Chemgenes(미국 매사추세츠주 윌밍턴)로부터 입수하였다. 추가의 포스포르아미다이트 단량체는 상업적 공급업체로부터 조달하거나, 자체적으로 제조하거나, 다양한 CMO로부터의 맞춤형 합성을 사용하여 조달하였다. 아세토니트릴 또는 9:1 아세토니트릴:DMF 중 어느 하나에서 100 mM의 농도로 포스포르아미다이트를 제조하고 5-에틸티오-1H-테트라졸(ETT, 아세토니트릴 중 0.25 M)을 사용하여 400초의 반응 시간으로 커플링시켰다. 무수 아세토니트릴/피리딘(9:1 v/v) 중 3-((디메틸아미노-메틸리덴) 아미노)-3H-1,2,4-디티아졸-3-티온(DDTT, Chemgenes(미국 매사추세츠주 윌밍턴)로부터 입수함)의 100 mM 용액을 사용하여 포스포로티오에이트 결합을 생성하였다. 산화 시간은 5분이었다. 모든 서열은 DMT 그룹의 최종 제거("DMT-Off")로 합성하였다.
고상 합성의 완료 시, 고체-지지된 올리고리보뉴클레오티드를 실온의 96 웰 플레이트에서 300 ㎕의 메틸아민(40% 수성)으로 약 2시간 동안 처리하여 고체 지지체로부터 절단한 다음, 모든 추가의 염기-불안정 보호기를 제거하였다. 3급-부틸 디메틸 실릴(TBDMS) 그룹으로 보호된 임의의 천연 리보뉴클레오티드 결합(2'-OH)을 함유하는 서열의 경우, 두번째 탈보호 단계를 TEA.3HF(트리에틸아민 트리하이드로플루오라이드)를 사용하여 수행하였다. 수성 메틸아민 중의 각각의 올리고뉴클레오티드 용액에 200 ㎕의 디메틸 설폭사이드(DMSO) 및 300 ㎕ TEA.3HF를 첨가하고, 용액을 60℃에서 대략 30분 동안 인큐베이팅하였다. 인큐베이션 후, 플레이트를 실온으로 옮겨 조 올리고뉴클레오티드를 1 mL의 9:1 아세토니트릴:에탄올 또는 1:1 에탄올:이소프로판올의 첨가에 의해 침전하도록 하였다. 이어서, 플레이트를 4℃에서 45분 동안 원심분리하고, 다중 채널 피펫의 도움으로 상청액을 조심스럽게 디켄팅하였다. 올리고뉴클레오티드 펠릿을 20 mM NaOAc에 재현탁하고, 이어서 자동샘플러, UV 검출기, 전도도 측정기, 및 분별 수집기가 구비된 Agilent LC 시스템 상에서 HiTrap 크기 배제 컬럼(5 mL, GE Healthcare)을 사용하여 탈염하였다. 탈염된 샘플을 96 웰 플레이트에서 수집한 다음, LC-MS 및 UV 분광분석법으로 분석하여 각각 물질의 동일성을 확인하고 양을 정량화하였다.
단일 가닥의 듀플렉싱을 Tecan 액체 취급 로봇 상에서 수행하였다. 센스 및 안티센스 단일 가닥을 96웰 플레이트에서 1x PBS의 10 μM의 최종 농도에 대한 등몰 비율로 조합하고, 플레이트를 밀봉하고, 100℃에서 10분 동안 인큐베이션한 다음, 2-3시간에 걸쳐 서서히 실온으로 복귀시켰다. 각각의 듀플렉스의 농도 및 동일성을 확인한 다음 시험관 내 스크리닝 검정에 사용하였다.
실시예 3. 시험관 내 siRNA 스크리닝 방법
세포 배양 및 384-웰 형질감염
트립신화에 의해 플레이트로부터 방출되기 전에, Hep3b 세포 (ATCC, Manassas, VA)를 37℃에서 10% FBS(ATCC)로 보충된 이글 최소 필수 배지(Gibco)의 5% CO2의 대기에서 거의 합류점까지 성장시켰다. 형질감염이 웰당 7.5 ㎕의 Opti-MEM와 0.1 ㎕의 리포펙타민 RNAiMax(Invitrogen, Carlsbad CA. cat # 13778-150)를 384-웰 플레이트 내 개별 웰에 각각의 siRNA 듀플렉스의 2.5 ㎕에 첨가함으로써 수행되었다. 이어서, 혼합물을 실온에서 15분 동안 인큐베이팅하였다. 이어서, 약 1.5 x 104개의 세포를 함유하고, 항생제가 없는 40 ㎕의 완전 성장 배지를 siRNA 혼합물에 첨가하였다. RNA 정제에 앞서, 세포를 24시간 동안 인큐베이팅하였다. 단일 용량 실험이 10 nM, 1 nM, 및 0.1 nM 최종 듀플렉스 농도에서 수행하였다.
DYNABEADS mRNA 단리 키트 (Invitrogen™, 파트 #: 610-12)를 사용하는 총 RNA 단리
세포를 웰당 3㎕의 비드를 함유하는 75㎕의 용해/결합 완충액에 용해하고 정전기 쉐이커 상에서 10분 동안 혼합하였다. 세척 단계는 자기 플레이트 지지체를 사용하여, Biotek EL406 상에서 자동으로 수행하였다. 비드를 (90㎕에서) 완충액 A에서 1회, 완충액 B에서 1회, 및 완충액 E에서 2회 세척하고, 그 사이에 흡입 단계를 두었다. 최종 흡입 후, 하기에서 기술되는 것과 같이, 완료 10㎕ RT 혼합물을 각 웰에 첨가하였다.
ABI 고용량 cDNA 역전사 키트(Applied Biosystems, Foster City, CA, Cat #4368813)를 사용한 cDNA 합성
반응물당 1㎕ 10X 완충액, 0.4㎕ 25X dNTP, 1㎕ 랜덤 프라이머, 0.5㎕ 역전사 효소, 0.5㎕ RNase 억제제 및 6.6㎕의 H2O의 마스터 혼합물을 웰당 첨가하였다. 플레이트를 밀봉하고, 정전기 쉐이커 상에서 10분 동안 교반한 다음, 37℃에서 2시간 동안 인큐베이팅하였다. 그 후, 플레이트를 80℃에서 8분 동안 교반하였다.
실시간 PCR
384 웰 플레이트(Roche cat # 04887301001)에, 웰당 2 마이크로리터(㎕)의 cDNA를 0.5㎕의 사람 GapDH TaqMan 프로브(4326317E), 0.5㎕ 사람 INHBE, 2㎕ 뉴클레아제가 없는 물 및 5㎕의 라이트사이클러 480 프로브 마스터 믹스(Roche Cat # 04887301001)을 함유하는 마스터 믹스에 첨가하였다. 실시간 PCR은 LightCycler480 Real Time PCR 시스템(Roche)에서 수행되었다.
상대적 배수 변화를 계산하기 위해, 데이터를 ΔΔCt 방법을 사용하여 분석하고 10nM AD-1955로 형질감염된 세포 또는 모방 형질감염된 세포로 수행된 검정에 대해 정규화하였다. XLFit를 사용하는 4 파라미터 피팅 모델을 사용하여 IC50을 계산하였고, AD-1955로 형질감염된 또는 모방 형질감염된 세포에 대해 정규화하였다. AD-1955의 센스 및 안티센스 서열은: 센스: cuuAcGcuGAGuAcuucGAdTsdT 및 안티센스 UCGAAGuACUcAGCGuAAGdTsdT이다.
실시예 4. 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제 합성
생물정보학
인히빈 서브유닛 베타 E 유전자 (INHBE, 사람: NCBI refseqID NM_031479.5, NCBI 유전자 ID: 83729)를 표적화하는 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 세트를 당해 기술분야에 잘 공지된 방법을 사용하여 설계하고, 합성하였다.
INHBE를 표적화하는 안티센스 분자의 비변형된 뉴클레오티드 서열의 상세한 목록을 표 4에 나타내고, INHBE를 표적화하는 안티센스 분자의 변형된 뉴클레오티드 서열의 상세한 목록을 표 5에 나타낸다.
실시예 5. 시험관내 형광-기반 분지형 DNA (bDNA) 스크리닝 검정
요지
32개의 사람 세포주 패널을 INHBE의 발현에 대해 형광-기반 분지형 DNA (bDNA) 검정을 사용하여 INHBE 전사 수준을 측정하여 스크리닝하였다. 충분한 발현 (배경 상대 발광 단위 (RLU) 위로 적어도 50-배)을 갖는 세포주 (Hep3B)를 시험관내 모델로서 확인하여 INHBE siRNA 및 ASO를 표적 녹다운을 위해 스크리닝하였다.
물질 및 방법
Quantigene 프로브세트를 사람 INHBE 및 사람 GapDH mRNA (정량화를 위한 하우스키퍼 유전자)에 대해 및 스크린에서 양성 대조군으로서 사용되는 Ahsa1에 대해 설계하였다. 프로브세트 올리고스를 ThermoFisher Scientific로부터 주문하고, Metabion로 합성하였다. INHBE, GapdDH 및 Ahsa1에 대해 이들의 등록상표 일부의 부재하에 프로브세트 서열.
스크리닝 (배경 위 적어도 ~50-배 RLU)을 위해 충분한 표적 발현을 갖는 세포주를 확인하기 위해, 32개의 사람 세포주로부터의 용해물을 INHBE 표적 발현에 대해 Quantigene Singleplex 검정에 의해 시험하였다. 각각의 세포주 중에서, 2개의 상이한 용적의 용해물을 200,000 세포/mL 용해물의 농도로 분석하였다. Quantigene 검정을 Quantigene Singleplex에 대한 제조자의 프로토콜에 따라서 수행하였다. 발광을, RT에서 암흑에서 30 분 인큐베이션 후, 1420 Luminescence Counter (WALLAC VICTOR Light, Perkin Elmer, Rodgau-Jugesheim, Germany)를 사용하여 판독하였다.
Hep3B 세포에서 시험관내 스크린 & 용량 반응
Hep3b 세포 (ATCC, Manassas, VA)를, 트립신처리에 의해 플레이트로부터 방출되기 전에, 37℃에서 5% CO2의 대기에서 10% FBS (ATCC)가 보충된 이글 최소 필수 배지 (Gibco)에서 컨플루언스 근처까지 성장시켰다.
Hep3B 세포의 형질감염을 위해, 세포를 15,000 세포/웰의 밀도로 96-웰 조직 배양 플레이트 (#655180, GBO, Germany) 내로 시딩하였다. siRNA의 형질감염을 리포펙타민 RNAiMax로 수행하고, 안티센스 올리고뉴클레오티드 (ASOs)를 리포펙타민 2000 (둘 다의 제조원: Invitrogen/Life Technologies, Karlsruhe, Germany)로 역 형질감염에 대한 제조자의 지시에 따라서 형질감염시켰다. 시험관내 스크린을 siRNAs/ASO로 사중으로 10nM 및 1 nM에서 수행하고, siRNA 표적화 Ahsa1, 반딧불이-루시페라제 및 레닐라-루시페라제를 불특정 대조군 및 모의 형질감염으로서 사용하였다. siRNA/ASO로 24 시간 인큐베이션 후, 배지를 제거하고, 세포를 150 ㎕ 배지-용해 혼합물 (1 용적 용해 완충액, 2 용적 세포 배양 배지)에 용해시키고, 이어서, 53℃에서 30 분 동안 인큐베이팅하였다. bDNA 검정을 사람 INHBE에 지시된 프로브세트로 제조자의 지시에 따라서 수행하였다. 발광을 암흑에서 RT에서 30 분 인큐베이션 후 1420 Luminescence Counter (WALLAC VICTOR Light, Perkin Elmer, Rodgau-Jugesheim, Germany)를 사용하여 판독하였다.
Ahsa1 siRNA는 INHBE 표적 mRNA 발현에 대한 불특정 대조군으로서 역할을 하고, Ahsa1 mRNA 수준에 대해 형질감염 효율에 대한 양성 대조군으로서 역할을 하였다. Ahsa1 프로브세트로 하이브리드화에 의해, 모의-형질감염은 Ahsa1 mRNA 수준에 대한 대조군으로서 역할을 하였다. 각각의 96-웰 플레이트 및 시험관내 용량 스크린에서 둘 다의 용량에 대한 형질감염 효율을, Ahsa1 siRNA/ASO (GapDH로 정규화됨)로 처리된 세포에서 Ahsa1-수준을, 모의-처리된 세포에서 Ahsa1 수준에 관련시켜 계산하였다.
각 웰에서, 표적 mRNA 수준을 각각의 GapDH mRNA 수준으로 정규화하였다. 제공된 siRNA/ASO의 활성은, 대조군 웰 또는 모의 형질감염된 세포 (DRCs)에 걸쳐서 평균한 표적 mRNA 농도 (GapDH mRNA로 정규화됨)에 대해, 처리된 세포에서 각각의 표적의 mRNA 농도의 퍼센트 (GapDH mRNA로 정규화됨)로서 표현하였다. 반 최대 억제 농도 (IC50)를 하기 식을 갖는 4 파라미터 로지스틱 모델을 사용하여 XLfit 소프트웨어 (Excel 부속 프로그램)으로 100%의 값에 대한 상한으로 측정하였다:
IC80 (80% 억제 농도)를 하기 식을 사용하여 IC50으로부터 계산하였다:
여기서, F는 억제 백분율이고, H는 힐 기울기이다.
표 6은 지시된 안티센스 분자로 형질감염된 세포에서 시험관내 스크린의 결과를 나타낸다.
Figure pct00052
Figure pct00053
Figure pct00054
Figure pct00055
Figure pct00056
Figure pct00057
등가물
당해 기술분야의 숙련가는 단지 통상적인 실험을 사용하여 본원에 기술된 특정 실시형태 및 방법에 대한 많은 등가물을 인식하거나 확인할 수 있을 것이다. 이러한 등가물은 다음 청구범위의 범주에 포함되는 것으로 의도된다.
약식 서열 목록
서열번호 1
>NM_031479.5 호모 사피엔스 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE), mRNA
서열번호 2 서열번호 1의 역 상보성
서열번호 3
>NM_008382.3 무스 무스쿨루스 인히빈 베타-E (Inhbe), mRNA
서열번호 4 서열번호 3의 역 상보성
서열번호 5
>NM_031815.2 라투스 노르베기쿠스 인히빈 서브유닛 베타 E (Inhbe), mRNA
서열번호 6 서열번호 5의 역 상보성
서열번호 7
>XM_001115958.3 예측된: 마카카 물라타 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE), mRNA
서열번호 8 서열번호 7의 역 상보성
서열목록 전자파일 첨부

Claims (88)

  1. 인히빈 서브유닛 베타 E (inhibin subunit beta E; INHBE)의 조절제.
  2. 제1항에 있어서, 상기 조절제가 INHBE를 표적화하는 올리고뉴클레오티드인, 조절제.
  3. 제2항에 있어서, 상기 INHBE를 표적화하는 올리고뉴클레오티드가 이중 가닥 리보핵산 (double stranded ribonucleic acid; dsRNA)인, 조절제.
  4. 제2항에 있어서, 상기 INHBE를 표적화하는 올리고뉴클레오티드가 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제인, 조절제.
  5. 제1항에 있어서, 상기 조절제가 INHBE에 특이적으로 결합하는 항체, 또는 이의 항원-결합 단편인, 조절제.
  6. 제5항에 있어서, 상기 INHBE에 특이적으로 결합하는 항체, 또는 이의 항원-결합 단편이, 사람 단클론성 항-INHBE 항체, 또는 이의 항원-결합 단편인, 조절제.
  7. 제1항에 있어서, 상기 조절제가 소분자인, 조절제.
  8. 제1항에 있어서, 상기 조절제가 ADAR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA인, 조절제.
  9. 제8항에 있어서, 상기 가이드RNA가 상기 ADAR 효소에 결합하는 줄기 루프 구조를 포함하는, 조절제.
  10. 제1항에 있어서, 상기 조절제가 CRISPR 편집에 영향을 미치는 가이드RNA인, 조절제.
  11. 제4항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 4 내지 50개의 인접 뉴클레오티드를 포함하고, 상기 인접 뉴클레오티드의 적어도 하나가 변형된 뉴클레오티드이고, 상기 제제의 뉴클레오티드 서열이 서열번호 1, 2, 4, 6, 8, 또는 10 중 어느 하나의 뉴클레오티드 서열의 등가 영역에 대해 이의 전체 길이에 걸쳐 80% 상보성인, 조절제.
  12. 제11항에 있어서, 상기 등가 영역이 표 4에 제공된 서열번호 1의 표적 영역 중 어느 하나인, 조절제.
  13. 제4항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가, 표 3에 열거된 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나와 3개 이하의 뉴클레오티드가 상이한 적어도 8개의 인접 뉴클레오티드를 포함하는, 조절제.
  14. 제4항 및 제11항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 실질적으로 모든 뉴클레오티드가 변형된 뉴클레오티드인, 조절제.
  15. 제4항 및 제11항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제의 모든 뉴클레오티드가 변형된 뉴클레오티드인, 조절제.
  16. 제4항 및 제11항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 10 내지 40개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  17. 제4항 및 제11항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 10 내지 30개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  18. 제4항 및 제11항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 18 내지 30개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  19. 제4항 및 제11항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 10 내지 24개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  20. 제4항 및 제11항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 18 내지 24개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  21. 제4항 및 제11항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 14 내지 20개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  22. 제4항 및 제11항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 14개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  23. 제4항 및 제11항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 20개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  24. 제4항 및 제11항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오티드가 2'-O-메톡시에틸 변형된 당 모이어티, 2'-메톡시 변형된 당 모이어티, 2'-O-알킬 변형된 당 모이어티, 및 바이사이클릭 당 모이어티로 이루어진 그룹으로부터 선택된 변형된 당 모이어티를 포함하는, 조절제.
  25. 제24항에 있어서, 상기 바이사이클릭 당 모이어티가, 상기 당 환의 2' 산소 및 4' 탄소 원자 사이에 브릿지를 형성하는 (-CH2-)n 그룹을 갖고, 여기서, n은 1 또는 2이고, R은 H, CH3 또는 CH3OCH3인, 조절제.
  26. 제4항 및 제11항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오티드가 5-메틸시토신인, 조절제.
  27. 제4항 및 제11항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오티드가 변형된 뉴클레오시드간 결합을 포함하는, 조절제.
  28. 제27항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오시드간 결합이 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 결합인, 조절제.
  29. 제4항 및 제11항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 변형된 당 모이어티를 갖는 적어도 하나의 뉴클레오티드의 각 측면에 위치한 복수의 2'-데옥시뉴클레오티드를 포함하는, 조절제.
  30. 제29항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가 5' 및 3' 윙(wing) 분절 사이에 위치한 결합된 2'-데옥시뉴클레오티드로 구성된 갭 분절을 포함하는 갭머(gapmer)인, 조절제.
  31. 제29항 또는 제30항에 있어서, 상기 변형된 당 모이어티가 2'-O-메톡시에틸 변형된 당 모이어티, 2'-메톡시 변형된 당 모이어티, 2'-O-알킬 변형된 당 모이어티, 및 바이사이클릭 당 모이어티로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 조절제.
  32. 제30항 또는 제31항에 있어서, 상기 5'-윙 분절이 1 내지 6개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  33. 제30항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 3'-윙 분절이 1 내지 6개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  34. 제30항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 갭 분절이 5 내지 14개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  35. 제30항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 5'-윙 분절이 2개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  36. 제30항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 3'-윙 분절이 2개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  37. 제30항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 5'-윙 분절이 3개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  38. 제30항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 3'-윙 분절이 3개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  39. 제30항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 5'-윙 분절이 4개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  40. 제30항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 3'-윙 분절이 4개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  41. 제30항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 5'-윙 분절이 5개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  42. 제30항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 3'-윙 분절이 5개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  43. 제30항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 갭 분절이 10개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  44. 제4항 및 제11항 내지 제43항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 폴리뉴클레오티드 제제가
    결합된 데옥시뉴클레오티드로 이루어진 갭 분절;
    결합된 뉴클레오티드로 이루어진 5'-윙 분절;
    결합된 뉴클레오티드로 이루어진 3'-윙 분절을 포함하고;
    여기서, 상기 갭 분절이 5'-윙 분절 및 3'-윙 분절 사이에 위치하고, 각 윙 분절의 각각의 뉴클레오티드가 변형된 당을 포함하는, 조절제.
  45. 제44항에 있어서, 상기 갭 분절이 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드 길이이고, 상기 윙 분절 각각이 5개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  46. 제44항에 있어서, 상기 갭 분절이 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드 길이이고, 상기 윙 분절 각각이 4개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  47. 제44항에 있어서, 상기 갭 분절이 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드 길이이고, 상기 윙 분절 각각이 3개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  48. 제44항에 있어서, 상기 갭 분절이 10개의 2'-데옥시뉴클레오티드 길이이고, 상기 윙 분절 각각이 2개의 뉴클레오티드 길이인, 조절제.
  49. 제44항 내지 제48항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 변형된 당 모이어티가 2'-O-메톡시에틸 변형된 당 모이어티, 2'-메톡시 변형된 당 모이어티, 2'-O-알킬 변형된 당 모이어티, 및 바이사이클릭 당 모이어티로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 조절제.
  50. 제44항 내지 제49항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 모든 뉴클레오티드가 변형된 뉴클레오시드간 결합을 포함하는, 조절제.
  51. 제4항 및 제11항 내지 제50항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 조절제가 리간드를 추가로 포함하는, 조절제.
  52. 제51항에 있어서, 상기 조절제가 상기 리간드에 3'-말단에서 접합되는, 조절제.
  53. 제51항에 있어서, 상기 리간드가 N-아세틸갈락토사민 (GalNAc) 유도체인, 조절제.
  54. 제53항에 있어서, 상기 리간드가
    인, 조절제.
  55. 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항의 조절제를 포함하는, INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하기 위한 약제학적 조성물.
  56. 제55항에 있어서, 상기 조절제가 완충되지 않은 용액으로 존재하는, 약제학적 조성물.
  57. 제56항에 있어서, 상기 완충되지 않은 용액이 식염수 또는 물인, 약제학적 조성물.
  58. 제56항에 있어서, 상기 조절제가 완충 용액으로 존재하는, 약제학적 조성물.
  59. 제58항에 있어서, 상기 완충 용액이 아세테이트, 시트레이트, 프롤라민, 카보네이트, 또는 포스페이트 또는 이의 임의의 조합을 포함하는, 약제학적 조성물.
  60. 제58항에 있어서, 상기 완충 용액이 포스페이트 완충 식염수 (PBS)인, 약제학적 조성물.
  61. 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항의 조절제, 및 지질 제형을 포함하는 약제학적 조성물.
  62. 제61항에 있어서, 상기 지질 제형이 LNP를 포함하는, 약제학적 조성물.
  63. 제61항에 있어서, 상기 지질 제형이 MC3을 포함하는, 약제학적 조성물.
  64. 세포에서 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제하는 방법으로서, 상기 방법은:
    (a) 상기 세포를 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항의 조절제 또는 제55항 내지 제63항 중 어느 한 항의 약제학적 조성물과 접촉시키는 단계; 및
    (b) 단계 (a)에서 생성된 세포를 INHBE 발현 및/또는 활성의 억제를 수득하기 위해 충분한 시간 동안 유지하고, 이에 의해 상기 세포에서 INHBE의 발현 및/또는 활성을 억제시키는 단계
    를 포함하는, 방법.
  65. 제64항에 있어서, 상기 세포가 대상자 내에 있는, 방법.
  66. 제65항에 있어서, 상기 대상자가 사람인, 방법.
  67. 제64항 내지 제66항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 INHBE 발현 및/또는 활성이 적어도 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 98% 또는 검출 수준 아래까지 억제되는, 방법.
  68. 제65항 또는 제66항에 있어서, 상기 대상자가 INHBE-연관 장애를 갖는, 방법.
  69. 제68항에 있어서, 상기 INHBE-연관 장애가 대사 장애인, 방법.
  70. 제69항에 있어서, 상기 대사 장애가 대사 증후군인, 방법.
  71. 제68항에 있어서, 상기 INHBE-연관 장애가 심혈관 질환인, 방법.
  72. 제68항에 있어서, 상기 INHBE-연관 장애가 고혈압인, 방법.
  73. 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE)의 발현 및/또는 활성의 감소로 이득을 얻을 수 있는 장애를 갖는 대상자를 치료하는 방법으로서, 상기 방법은, 상기 대상자에게 치료학적 유효량의 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항의 조절제, 또는 제55항 내지 제63항 중 어느 한 항의 약제학적 조성물을 투여하고, 이에 의해 INHBE 발현의 감소로 이득을 얻을 수 있는 장애를 갖는 대상자를 치료하는 것을 포함하는, 방법.
  74. 인히빈 서브유닛 베타 E (INHBE)의 발현 및/또는 활성의 감소로 이득을 얻을 수 있는 장애를 갖는 대상자에서 적어도 하나의 증상을 예방하는 방법으로서, 상기 방법은, 상기 대상자에게 예방적 유효량의 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항의 조절제, 또는 제55항 내지 제63항 중 어느 한 항의 약제학적 조성물을 투여하고, 이에 의해 INHBE 발현의 감소로 이득을 얻을 수 있는 장애를 갖는 대상자에서 적어도 하나의 증상을 예방하는 것을 포함하는, 방법.
  75. 제73항 또는 제74항에 있어서, 상기 장애가 INHBE-연관 장애인, 방법.
  76. 제75항에 있어서, 상기 INHBE-연관 장애가 대사 장애인, 방법.
  77. 제76항에 있어서, 상기 대사 장애가 대사 증후군인, 방법.
  78. 제76항에 있어서, 상기 INHBE-연관 장애가 심혈관 질환인, 방법.
  79. 제77항에 있어서, 상기 INHBE-연관 장애가 고혈압인, 방법.
  80. 제73항 내지 제79항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상자가 사람인, 방법.
  81. 제73항 내지 제80항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 조절제를 상기 대상자에게 투여하는 것은, 상기 대상자에서 INHBE 단백질 축적의 감소를 야기하는, 방법.
  82. 제73항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 조절제가 상기 대상자에게 약 0.01 mg/kg 내지 약 50 mg/kg의 용량으로 투여되는, 방법.
  83. 제73항 내지 제82항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 조절제가 대상자에게 피하 투여되는, 방법.
  84. 제73항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상자에게 INHBE-연관 장애의 치료를 위한 추가 치료학적 제제를 투여함을 추가로 포함하는, 방법.
  85. 제84항에 있어서, 상기 추가 치료학적 제제가 인슐린, 글루카곤-유사 펩티드 1 작용제, 설포닐우레아, 세글리티니드, 비구아니드, 티아졸리딘디온, 알파-글루코시다제 억제제, SGLT2 억제제, DPP-4 억제제, HMG-CoA 리덕타제 억제제, 스타틴, 및 상기한 것의 어느 것의 조합으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는, 방법.
  86. 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항의 조절제 또는 제55항 내지 제63항 중 어느 한 항의 약제학적 조성물을 포함하는 키트.
  87. 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항의 조절제 또는 제55항 내지 제63항 중 어느 한 항의 약제학적 조성물을 포함하는 바이알.
  88. 제1항 내지 제54항 중 어느 한 항의 조절제 또는 제55항 내지 제63항 중 어느 한 항의 약제학적 조성물을 포함하는 주사기.
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