JPS62502338A - 立体規則性ポリヌクレオチド結合ポリマ− - Google Patents
立体規則性ポリヌクレオチド結合ポリマ−Info
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Abstract
(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。
Description
【発明の詳細な説明】
立 11 ポリヌクレオチド出入ポリマー1、光里■吸血分団
本発明は塩基特異性のポリヌクレオチド結合ポリマーに関する。
2、発J坏ど1最
ポリヌクレオチド中の標的塩基配列を認識しかつこれと特異的に結合し得る化合
物は、多くの潜在的に有益な応用がある。例えば、治療用途では、この化合物は
、ウィルス性のゲノムまたは他の一末鎖ポリヌクレオチド種と結合して感染性微
生物の特性を不活性化する作用があるだろう。診断上の応用では、この化合物は
、−末鎖ポリヌクレオチドの分析の際に、ウィルスまたはバクテリアに特異的な
核酸種の存在を検出するべく“ハイブリダイズ”するのに用いられるだろう。
ポリヌクレオチドの塩基特異的な標的領域に特異的に結合し得る試薬を得る最も
初期の試みは、 (ベリコツ(Belikov) 。
ツァロトバ(Zarotova) 、グリネフ(Grinev) )の概念に基
づいていた。この概念では、アルキル化試薬を用いて標的特異的なポリヌクレオ
チドを誘導し、この誘導された化合物を標的の一本鎖Rへ4またはDNAと結合
させる(スメルトン(Summer ton)およびパルトレッド(Bartl
ett)(1978)、 J、 Mo1ec、 Biol、 122 :145
)。次いで、この標的鎖をアルキル化すれば、この化合物がこの標的に不可逆的
に結合するだろう。この方法には。
主として2つの困難な点がある。1つは、この誘導されたポリヌクレオチドの負
に荷電したバックボーンが9重要なことに、生体細胞の移動を制限している。2
番目には、この試薬中のホスホジエステル連鎖は、特に、試薬を不活性化する遺
伝子がエンドサイト−シスを経て細胞内に入るときに、細胞ヌクレアーゼにより
急速な開裂を受ける。
より最近では、アンチセンス遺伝子(このRNA転写は特定の標的−末鎖ポリヌ
クレオチドを認識しかつこれと結合し得る)を運ぶプラスミドの設計には1組換
えDNA方法が与えられている。このようなプラスミドを細胞中に導入すれば、
アンチセンスmRNAが継続的に生成する。このアンチセンスmRNAは、相補
的な標的mRNAと対になり、それにより翻訳を阻害することは明らかである(
イツアンド(Izant)およびパイントララブ(Weintraub)(19
84) 、 Ce11.36 : 1007 :イツアントおよびパイントララ
ブ(1985)+ 5cience、韮: 345)。この方法の特有の長所は
以下にある。このような単一のプラスミドでさえ、うまく導入すれば、この標的
化された遺伝子活性の継続的な不活性化および/またはこの標的化された遺伝子
配列を含む病原体に対する永久的な抵抗性に潜在的な効果があるだろう。しかし
ながら、この方法は、このプラスミド構造を用いて、大量の組繊細胞または器官
細胞を形質転換するという問題により、厳密に制約されている。
細胞に容易に取り込まれるだけでなく細胞内分解に対しても安定なポリヌクレオ
チド結合試薬を設計する試みは、荷電されていないかまたは実質的に荷電されて
いないバソクボーンを有するポリヌクレオチド類似物に焦点がある。このような
非荷電の化合物についての最も初期のある報文には、多くのポリヌクレオチド類
似物が包含されていた。この類似物中では2通常の核酸の糖−リン酸エステルバ
ックボーンがポリビニルバックボーンにより置換されていた。このような核酸類
似物は、相補的なポリヌクレオチドとともに正規のワトソン/クリック対特異性
を有することが示された。しかし、これは、実質的にTm値の低下を伴っている
(ピサ(Pitha) (1970) 。
Biochem、 Biophys、 Acta+ 204 : 39)。
続いて、荷電されていないおよび実質的に荷電されていないヘテロ重合性ポリヌ
クレオチド類似物(これは核酸とほとんど等構造である)は、標的化された一本
鎖遺伝子配列をインビボで不活性化するために調製されている。これらの物質は
、アリール窒素マスタードを誘導したオリゴヌクレオチド(カルポバ(Karp
ova) ら(1980)、 FEBS Letters、 122 : 21
)およびこれを誘導していないオリゴヌクレオチド(リチャード ツリス(Ri
chard Tullis)、Personal Communication
、 Mo1ecula+旧osystems、 Inc、、サンジエゴ)の両方
を含んでいる。これらのヌクレオチドは、荷電されていないトリエステル状態で
。
そのリン酸塩を有している。最近報告されているポリヌクレオチド類似物の新規
なりラスには、主として荷電されていないアククチツクなメチルホスホネートバ
ックボーン連鎖、またはホモキラルなメチルホスホネート連鎖(これには、荷電
されたアキ今ルなホスホジエステル連鎖が交互に組み込まれている)が含まれる
(Miller、 Yano、 Caroll、 Jayaraman、 an
dTs’ o(1979)、Biochem、18 : 5134 ; Mil
ler、Dreon+ Pu1ford。
and Parland (1980)+ J、 Biol、 Chew−+
255 : 9659 ; Murakami。
Blake、and Miller (1985)、Biochem、、24
: 4041 : Blake。
Murakami+ 5pitz、Glave、Reddy、Ts’ 01 a
nd Miller (1985)+24 : 6132 ; Miller、
Agris、 Aurelian+ Blake、 FIurakami。
Reddy、5pitz、and Ts’ o (1985L Biochim
ie、67 ニア69 ) 。
上記荷電されていないまたは実質的に(?J電されていないオリゴヌクレオチド
類似物は、生体細胞内に入り、その中の相補的な遺伝子配列と対になることが報
告されている。特に。
この化合物が1分子当たり1つまたは2〜3のイオン性基で設計されているなら
、水性媒質中の溶解性を高めるために。
この細胞による最適な取り込みが達成されることが見出されている。しかしなが
ら、このバックボーン上での荷電密度が著しく増すと、細胞膜を通る輸送が不充
分になるという問題が生じる。また、ホスホジエステル連鎖が離されると、ヌク
1rレアーゼの安定性がより大きくなる。。
上記荷電されていないおよび実質的に荷電されていないポリヌクレオチド類似物
は、すべて、キラルなバンクボーン連鎖、すなわち2つの可能な立体異性体形状
を与える連鎖を有する。結果として、サブユニットを連結することにより生じる
ポリマーのバックボーンは、左巻き形状および右巻き形状のランダム配列を有す
る。このタイプのバックボーン構造は。
また、アククチヌクバックポーンとして述べられている。この構造は、類似物/
標的結合定数が広範囲なところに特徴がある。正規の相補的なポリヌクレオチド
間の結合定数に関しては、この平均の結合定数は著しく低減され得る。
このホスホトリエステルおよびメチルホスホネートが結合した核酸類似物に関し
、この結合定数の減少および広がりは。
おそら(、近接した塩基のワトソン/クリック対を助けるある鎖状異性体、およ
び近接した塩基のワトソン/クリック対をm害する他の鎖状異性体に由来する。
この連鎖の塩基対上のキラリティー効果は、メチルホスホネートを連結したジデ
オキシリボヌクレオシドの2つの分かれた異性体形状を包括する研究により、う
まく確立されている。これらの2量体の各々は、その相補的なポリリボヌクレオ
チドと混合された。
ある異性体は19.8℃のTmで結合することが見出された。これに対して、他
の異性体は、 15.4℃の対応するTm値しか有していなかった(Mille
r、 Dreon、 Pu1ford、 and Parland (1980
)+J、 Biol、 Chem、 255 :9659) oこの異性体のメ
チルホスホネート2量体を通常のホスホジエステル連鎖と連結することにより形
成される同種の異性化10量体についてτm結合値を調べるために、これらの研
究はさらに拡大された。好ましい異性化メチルホスホネート連鎖を有する2量体
から形成されたこの10量体は、33°CのTmで相補的な遺伝子配列と対にな
った。
対照では、メチルホスホネート連鎖の他の異性体形状を含む対応する10量体は
、0℃でもその相補的な遺伝子配列と対にはならなかった(?1iller、
Dreon+ Pu1ford、 and Parland (1980)、
J、 Biol、 Chem、255 : 9659 )。
理論的な領域では、治療上および/または診断上の価値のある配列特異的なポリ
ヌクレオチド結合試薬に関し、これが実質的に一定の結合定数をもった相補的な
標的配列と対になると信ずべき理由がある。ここでの理由づけは、以下のとおり
である。与えられた調製物が多数の分子種を含むなら、その各々はそれ自体の標
的結合定数に分かれる。次いで、低い結合定数を有する分子種は、はとんど標的
結合活性を与えない。これに対して、著しく高い結合定数を有するいくつかの分
子種も、また、標的でない配列に誤って対になった比較的安定な複合体を形成す
る。治療上の状況では、標的でない配列に著しく結合すれば、有害な副作用の生
じる可能性がある。
これに対して2診断上の状況では、このような結合によれば。
高いバンクグラウンドおよび/または誤った正電荷が生じるだろう。
原則として、現在利用できる方法を用いれば、あらかじめ荷電されるかまたは一
部荷電され、かつキラリ−に連結された核酸類似物(これは実質的に一定の標的
結合定数を存する)を調製できるだろう。このことを達成する1つの方法りこは
。
ポリマー溶液をアフィニティーカラムに結合させることが包含されるだろう。こ
のポリマー溶液は、与えられた標的配列に対し広範囲のTm値をもったポリマー
種を含有する。このアフィニティーカラムは、一定の形式で標的配列を有してい
る。
次いで、この類似物゛は、ホルムアミドのような溶離液に濃度勾配を設けて溶出
されるかおよび/または徐々に温度を上げて溶出することにより溶出される。こ
の溶離液は、より強固に結合された類似物を、より高い溶離液濃度でしだいに放
出する。この溶離液を狭い範囲でカントすれば、そこには、実質的に一定の標的
結合定数を有する分子が主として含まれるだろう。この方法で結合の同質性をよ
り大きくすれば、実質的に使用可能なポリマーの最終的な収量が明らかに減少す
る。
必要に応じて、タクチックな連鎖(すなわち、すべての分子は、キラル中心の同
じ配列を有する)をもった荷電されていないオリゴヌクレオチド類似物は、幾何
学的な集合手順により調製され得る可能性がある。この手順では、各サブユニッ
トの添加段階で形成される2つの立体異性体のうちの1つが保持され、そしても
う1つが除かれる。この方法では、もちろん1次のような制約がある。これは、
各サブユニットの添加段階において、物質の少なくとも半分が捨てられ、その結
果、収量がせいぜい出発物質の172nとされ得ることである。
ここで、 nは合成に要するカンプリングの繰り返し数である。
それゆえ、キラルなサブユニット間連鎖(これは、実質的に一定の結合定数で相
補的な標的配列と対になる)を有する荷電されていないポリヌクレオチド類似物
を調製することが可能になるけれども、それにもかかわらず、このようなキラリ
−に連結されたポリマーを合成および精製すれば9時間がかかるうえにどうして
も収量が少なくなるだろう。
3、光里■!l
それゆえ9本発明の1つの一般的な目的は、従来技術のポリヌクレオチド結合試
薬に関連した問題点および制約を実質的に解決する塩基特異的なポリヌクレオチ
ド結合組成物を提供することにある。
本発明の関連した目的には、以下の事項が包含される:(a)ポリマーの分子成
分が、−末鎖ポリヌクレオチド中の標的配列に関し、全て実質的に同じ結合親和
性を有するような組成物を提供すること。
(1))約5〜30塩基対の間の長さ範囲内にあるほとんどのヌクレオチド標的
配列に対し標的化するべく設計され得、かつ相対的に高収率で調製され得るよう
な組成物を提供すること。
(C)選択された標的配列に対し所望の結合親和性を有するような結合組成物を
提供すること。
(d1種々の治療上および診断上の応用に適当な結合化合物を提供すること。こ
の応用は、この化合物中のバンクボーン連鎖の立体規則的で荷電されていないか
または実質的に荷電されていない性質を利用する。
本発明は2選択された結合親和性をもって、塩基の標的配列を含む一本鎖ポリヌ
クレオチドと結合するべく設計されたポリマー組成物を包含する。この組成物は
3次の式の非単独重合性で実質的に立体規則的なポリマー分子を含む:R,R2
R3R11
B〜B−B〜 ・・・B。
ここで。
(a)R1−R,は、プリン、プリン類似物、ピリミジン、およびピリミジン類
似の複素環化合物から選択された認識部分であり、この部分は、標的配列内の対
応する内部配列塩基とワトソン/クリック対により効果的に結合する;(b)
nは、ポリマー分子と標的配列との間で形成されるワトソン/クリック水素結合
の全数が少なくとも約15であるような数である;
(CAB −Bは、化学的に安定であり実質的に荷電されておらず主としてアキ
ラルな連鎖により連結されるバンクボーン部分である;
((1)バンクボーン部分が環状構造であれば、バンクボーン部分のユニット長
は5〜7原子であり、そしてバンクボーン部分が非環状構造であれば、そのユニ
ット長は4〜6原子である;そして。
(e)このバンクボーン部分は、この標的配列の対応する内部配列塩基とこの認
識部分との間にワトソン/クリック塩基対を入れる位置において、この認識部分
を支持している。
診断上の応用に用いるより好ましい実施態様では、このポリマー分子は、水性媒
質中での化合物の溶解性を増すべく。
少数の電荷を有している。この電荷は2分子の末端領域またはアキラルに荷電さ
れたバンクボーン鎖で付加され得る。
このポリマー分子は1本発明の合成方法に従って、まず標的ポリヌクレオチド中
の塩基配列を選択することにより、構成される。この配列は、最終的な結合ポリ
マー中のサブユニット数に対応して、典型的には約5−32塩基、好ましくは約
8−20塩基である。この結合ポリマーの標的ポリヌクレオチドに対する結合親
和性は、標的配列塩基の数(そして、対応していえば、この結合ポリマー中のサ
ブユニット数)の増加により、増やされ得る。次いで、このB−R,および/ま
たはB−R,形状のポリマーサブユニットが、標的特異的な配列中の塩基配列に
対応して、規定された配列で結合される。ここで+ RiおよびRjは、上記に
定義されるごとく、認識部分であり、これは、それぞれ2つまたは3つのいずれ
かの水素結合を介して、対応するポリヌクレオチドとともに、ワトソン/クリッ
ク塩基対を形成し得る。この結合ポリマーの標的ポリヌクレオチドに対する結合
親和性またはTmは、このポリマーの形成に用いられるR、認識部分とRi認識
部分との比に従って。
選択的に変えられ得る。R,認識部分の割合が大きくなるほど、標的ポリヌクレ
オチドに対する結合親和性がより低くなる。
このポリマーは、規定された標的塩基配列を有する分析ポリヌクレオチドを検出
するための診断システムに有用である。
このシステムは、固形担体と連結した本発明のポリマー分子からなる担体試薬を
含む。本発明の一実施態様では8分子をつなぐポリマーは、主として荷電されて
いない。別の実施態様では、このバンクボーン部分は、アキラルで荷電された連
鎖(例えば、ホスホジエステル連鎖)により、1つまたはそれ以上の荷電されて
いないアキラル連鎖を交互に伴って連結されている。
この検出方法を実施するに際し、ポリヌクレオチド分析物は、以下の条件でこの
診断試薬に加えられる。この条件では。
この分析物は一本鎖の形状であり、この分析物と試薬ポリマーとの間に配列特異
的な対が入れられる。この分析物質/ポリマーアニーリング反応の後、この試薬
は、結合していない試験物質を除去するべく洗浄される。この試薬および結合し
た分析物は1次いで、オリゴカチオン性レポーターと反応する。このレポーター
は、この結合した分析物の荷電されたホスホジエステル連鎖とは静電引力により
結合するが、荷電されていないかまたは実質的に荷電されていないポリマー分子
とは結合しないように設計されている。このシステムの1つの特徴は、結合した
レポーターの結合した分析ポリヌクレオチドに対する比(分析分子光たりに結合
されたレポーター分子の数)は、高感度の検定では、102〜104とされ得る
ところにある。
治療上の応用では、このポリマー組成物は1選択された標的一本領ポリヌクレオ
チド(例えばRNAウィルス)の発現を阻害するように設計されている。ここで
、このポリマーは。
好ましくは、非特異的結合効果を最小にするべく、標的発現の所望の阻害を生じ
るのに要する最小の結合を伴って、この標的ポリヌクレオチドと特異的に結合す
るように構成されている。
本発明のこれらの目的および他の目的および特徴は、以下の本発明の詳細な説明
を添付の図面と関連させて読むと、よりいっそう明らかとなるであろう。
皿皿企旦巣星説貝
第1図は9本発明のポリマー分子を形成する際に用いられるより好ましいプリン
構造およびピリミジン構造を示す。
第2図は、このポリマー分子を形成する際に用いられるより好ましいプリン類似
物認識部分およびピリミジン類似物認識部分を示す。
第3図は、このポリマー分子を形成する際に用いられるより好ましい環状バック
ボーン部分を示す。
第4図は、このポリマー分子を形成する際に用いられるより好ましい非環状バッ
クボーン部分を示す。
第5A図および第5B図は、 N+−−−−Nzタイプのサブユニットバックボ
ーンをカップリングするための2つのより好ましいサブユニット組立てスキーム
を例示している。
第6図は、第5A図および第5B図に例示の方法に従って形成されたD−Dを介
したサブユニットダイマーA−Aのパンクポーン構造を示し、かつ第7A図およ
び第7B図に例示の方法に従って形成された2つの環状パンクポーン構造を示す
。
第7 A−7C図は、 N+−−−−Eタイプのサブユニットバックボーンをカ
ンプリングするための3つのより好ましいサブユニット組立てスキームを例示し
ている。そして。
第8図は、第7A−7C図に例示の方法に従って形成されたサブユニットダイマ
ーのより好ましい非環状バックボーン構造を示す。
日の蕾 なi゛
本発明の診断システムは、多数のヌクレオチド結合ポリマー分子を備えた固体担
体からなる固体担体試薬を含んでいる。
本発明のポリマー組成物は1選択された結合親和性で、塩基の標的配列を含むポ
リヌクレオチドと結合するように設計されている。この組成物は、非単独重合性
で実質的に立体規則的な分子または種(以下の形式である)からなっている:R
,R2R,R11
B〜B〜B〜 ・・・ B。
ここで、B−R,は、パックボーン部分Bおよび認識部分R。
を含む一連の塩基特異的なサブユニットである。この認識部分R,は、標的配列
中の対応する内部配列塩基と、ワトソン/クリック塩基対により特異的に結合す
るように選択されている。このサブユニットは、これらパックボーン部分を介し
て。
主としてアキラルであり実質的に非荷電の結合と連結されている。このポリマー
種を構成する際の使用に適当なサブユニットの設計および選択は、以下の第1節
に記述されるだろう。
アキラルな連鎖を介したサブユニー/ )のカップリング方法は。
第2節に記述されている。サブユニット保護基とともに、サブユニット合成の際
に包含される戦略は、第2節で論じられる。
このポリマー種は、連続して起こるサブユニットカップリングにより合成され2
選択された長さおよび配列のポリマー分子が形成される。第4節に記述のように
、この標的配列およびポリマー配列の長さは、所望の結合特異性を達成するべく
選択される。このポリマーの標的に対する結合親和性は。
第4節に論じるいくつかの戦略により選択的に変えられ得る。
この戦略には認識部分の選択が含まれる。この認識部分は。
対応する標的塩基とともに、3つ(より大きな結合親和性のために)または2つ
(より小さな結合親和性のために)のいずれかの塩基と対になった水素結合を形
成し得る。この得られた組成物は、ポリマー種またはポリマー分子を含む。これ
らのすべては、実質的に同じサブユニット配列および実質的に同じ内部サブユニ
ット連鎖のタイプを有している。機能的な言い方では、このポリマー種のすべて
は、この標的ポリヌクレオチドに対し、実質的に同じ結合親和性を有している。
いったん所望のサブユニット配列が選択されると、このポリマーを組立てる方法
は第4節に示される。
このポリマー組成物は、第4節に記述の新規な固相診断システムに有用である。
このシステムは、各結合された分析分子に対し増幅されたレポーターシグナルを
与えるべ(1分析ポリヌクレオチド分子の担体結合ポリマー分子への結合および
続いて起こる多数のポリカチオン性レポーター分子のこのポリヌクレオチドへの
静電気的な付加に基づいている。このポリマーもまた2診断上の応用を含めた種
々の溶液への通用(これは第4節でも考察される)に有用である。
1.ヱブタゴヨ仁口1違
A、認識那況
本発明のポリマー種を形成する際の使用に適当なサブユニットB−R,の設計に
は、多数の構造上の規準および/または立体化学的な規準が包含される。この規
準は、バックボーン部分および認識部分だけでなく、この2つの間の連鎖によっ
ても達成されるに違いない。この認識部分の設計上の必要条件がまず考慮される
だろう。
各サブユニットの認識部分は1話かな立体配置で保持された2つまたは3つの水
素結合基を供給するに違いない。この立体配置は、標的遺伝子配列の特異化され
た内部配列塩基上の2つまたは3つのワトソン/クリック水素結合部位に対する
水素結合に適合する。認識部分とそれに対応する標的塩基との間の望ましくない
ミスベアリングを避けるために、使用条件下において、(1)この認識部分の互
変異性状態を相対的に安定化すべきであり、そして(2)この認識部分は、水素
結合基が相対的に固定した配置となる構造を有するべきである。このような固定
化は、最適には、極性の水素結合基を有する環構造により提供される。この極性
の水素結合基は、環の一部を形成するかあるいは環に直接付加されるかいずれか
である。
このより好ましい認識部分の構造は、プリン、プリン類似物、ピリミジン、およ
びピリミジン類似物の構造を含んでいる。この構造は、2つまたは3つのいずれ
かの水素結合を介して2選択されたポリヌクレオチド塩基とワトソン/クリック
塩基対を形成するように設計されている。°ポリマーの合成で用いられるサブユ
ニットの基は、少なくとも2つの認識部分を含んでおり、この認識部分は、異な
るポリヌクレオチド塩基に対し塩基特異的である。好ましくは、天然のDNAヌ
クレオチドまたはRNAヌクレオチド中の4つの塩基のそれぞれに対し、1つま
たはそれ以上の認識部分がある。また、以下でわかるように、認識部分の1つの
基Rユ(これは2つの水素結合を介してヌクレオチド塩基と塩基対になり得る)
と、2番目の基Rj(これは3つの水素結合を介して同じ塩基と結合し得る)と
を供給するのが望ましい。第1図に、典型的なプリン型の認識部分およびピリミ
ジン型の認識部分を示す。このプリン構造1および2は、チミン塩基またはウラ
シル塩基と結合するべく設計されており、構造3−6はグアニン塩基と、構造7
−9はシトシン塩基と、そして構造10−12はアデニン塩基と結合するべく設
計されている。構造1.4.5゜6.8および10−12は、2つの水素結合を
介して、対応する内部配列塩基と結合するように適合されたR、タイプの部分で
ある。残りの構造は、Rjタイプの部分であり、これは塩基対上に3つの水素結
合を形成する。以下でわかるように、プリンヌクレオシドおよびピリミジンヌク
レオシドは、ポリマー合成での使用に適当な種々の他のサブユニットを合成する
際に有用である。これらのサブユニットは、必要ならアミン保護基で修飾される
。これらは、市販の原料から得られるがまたは公知方法(例えば、実施例1に記
述されているかまたはそれに関連した方法)に従って調製され得る。
多くのプリン類似物構造またはピリミジン類似物構造が第2図に示されている。
これらの構造内では、認識部分が環状炭素を介してバンクボーンと連結されてい
る。これらの構造は、第1図に示される類似物構造の塩基対特異性や水素結合特
性と似かよった塩基対特異性や水素結合特性を有する。炭素で連結された認識部
分を含むポリマーの結合特性は、認識部分が窒素で結合されるポリマー(第1図
のような)の結合を含むサブユニットは、一般に、実施されたプリンおよびピリ
ミジンを含むサブユニットよりも合成が困難である。しかしながら、あるサブユ
ニットの合成9例えば、実施例1oに記述のアキラルな非環状のバレクボーンサ
ブユニットの合成では、炭素で結合した認識部分が有用な出発物質を提供してい
る。
B−!」じと弘二詠」」氷
各サブユニットのバックボーン部分は、一般式N+−−−−EまたはNr−−−
−Ntを有する。ここで、N1およびN2は核性基であり、Eは電子性基である
。以下で論じるように、得られるサブユニット間連鎖に必要な安定性およびサブ
ユニット結合の容易性に基づくと、より好ましい核性基はアミノ基、水酸基およ
びヒドラジノ基である。そして、より好ましい電子性基および/または電子性結
合試薬は、炭酸、チオ炭酸。
カルボン酸およびスルホン酸の誘導体である。
バックボーン部分は、環状構造または非環状構造のいずれかを有し得る。可能な
バンクボーン部分の構造の全数は極めて多いものの、それにもかかわらず、多く
の要因のために。
かなり限られた数の構造しか実際に実施するに値しない。都合のよいバンクボー
ン部分を選択する最初の手順を次に示した。
第一の条件としては、これら環状のバックボーン部分だけは、デオキシリボース
またはリボースからなるがまたはそこから容易に誘導され得ると考えられた。こ
の制約は実際的な制約であり、これは、多数のキラル中心をもつ環構造を新生合
成することが困難であるうえにそれに対応してより多くの経費がかかることを反
映している。一般に、ポリマーに適当と思われる可能性のあるバック余−ン部分
およびサブユニット間連鎖は、以下の要因の1つまたはそれ以上に基づいて選択
された:公知の反応に基づく合成の実行可能性;入手可能な出発物質からの合成
の予期された容易性:構造の簡単さ;および最終的なバンクボーンの予期された
安定性。
都合のよいバックボーン部分およびサブユニット間連鎖の最初の選抜は、以下の
ように行われた。B型のオリゴデオキシリボヌクレオチドおよびA型のオリゴヌ
クレオチドのX線回折により決定されたパラメーターに従って、二重のDNAお
よびRNAの空間−充填CPK分子モデルが構成された。これら構成された各二
重構造において、2つの糖−リン酸塩バックボーンのうちの1つは除去された。
次いで、可能であれば。
この塩基形状における最初の糖−リン酸塩バックボーンが除かれた部位に、各可
能性のあるバックボーンが付加された。
得られた各ポリヌクレオチド/ポリマー二重構造は1次いで。
そのワトソン/クリック塩基対の同一平面性、可能性のあるポリマーバックボー
ン中のねじれ歪みおよび角度歪み、この核酸鎖上で付与される歪みの程度、およ
び鎖問および領内の非結合性相互作用について調べられた。各アミド基を含むバ
ックボーンについて、そのアミド部分が平面的であるようなコンホーメーション
を容易に採用し得るかどうかに、特に注目が払われた。このことは、アミドを平
面的でないコンホーメーションにするためには、かなりのエネルギー損失を要す
ることから重要である。
これら初期の研究から1次のことが立証された。必要なユニットバックボーン長
(すなわち、 Nt−−−−E内のN、−−−−E間隔または活性化されたNt
−−−−Nz Eサブユニット)は、デオキシリボースまたはリボース(環状バ
ックボーン構造)を構成するか、またはそこから誘導されるバンクボーン部分に
対し、5−7原子であり、6原子長さが最適である。
上記モデル研究で受け入れ可能と判断されたサブユニット構造は9次いで1合成
の実行可能性および集められたポリマーバフクボーンの安定性に関して評価され
た。(この合成の実行可能性は1文献で報告された主要な合成反応またはモデル
化合物に関して実施される反応に基づくか、および/またはこのサブユニットの
実際の合成を媒介としている。)(この集められたポリマーバフクボーンの安定
性では、一般に。
適当に連結されたモデル化合物またはサブユニットダイマーを用いて予備の安定
性研究が実行された。)これらのタイプの研究は、候補となるバックボーン構造
の数をさらに制限するべく用いられた。この制限された候補のプールから、より
好ましい構造として、第3図に示す環状バックボーン構造A−Gが最終的に選択
された。
この図では、 N、−−−−Nzタイプの環状バックボーン部分を含むサブユニ
ットA−Dは 21−デオキシリボヌクレオシド(構造A):5’位置および3
°位闇がアミノ基で置換された2゛−デオキシリポヌクレオシド(それぞれ、構
造BおよびC);およびリボヌクレオシドのモルホリノ誘導体(構造D)を包含
している。Nt−−−−Eタイプのバックボーン部分を含むサブユニットは、こ
れらの5°位置が1つまたは2つの炭素酸で置換された2°−デオキシリボヌク
レオシド(それぞれ、構造EおよびF);および、これらの5”位置がカルボン
酸で置換されたりボヌクレオシドのN−アミノモルホリノ誘導体(構造G)また
はスルホン酸で置換されたりボヌクレオシドのN−アミノモルホリノ誘導体(構
造H)を包含している。
非環状(分岐していない鎖)のバンクボーン部分に適用される同じ分子モデルの
方法では、−末鎖ポリヌクレオチドに対する塩基対水素結合内のポリマーコンホ
ーメーションに関して、4−6原子の範囲のユニットバックボーン長が受け入れ
られ、5原子のバンクボーン長が最適であることが示された。これは、6原子の
ユニットバックボーン長が最適である環状バンクボーンと対照的である。さらに
、このモデル化研究では、以下のことが示された。この環状の認識部分は、この
相補的な塩基の同一平面性を厳密に阻害することなり、シかもこの認識部分とバ
ックボーンとの間の望ましくない相互作用を導入することなしでは、線状のバン
クボーン部分に直接付加し得ない。この認識部分が1原子のスペーサーでこのバ
ンクボーン部分と連結されると、結合歪みが最小となった。
2原子スペーサーは許容されるが、3原子スペーサーは許容され得ない。しかし
、この認識部分と線状のバックボーンとの間の自由度が増すと、2原子スペーサ
ーでは標的塩基と誤って対になり得る。
第4図に示される非環状バックボーン部分の構造1−Nは。
すべてバンクボーン部分と認識部分との間に1原子のメチレンスペーサーを含ん
でいる。この構造では、相補的なポリヌクレオチドに好ましい塩基対に対する良
好なモデルが得られると予測された。2つの炭素スペーサーを含む類(以構造は
受け入れ可能なことが示されたが、結合コンホーメーションは好ましくなかった
。図に示される構造および類似の2つの炭素スペーサー構造は、一般に合成が容
易なために、より好ましい非環状バンクボーン部分である。しかしながら、多く
の他のバンクボーン部分もまた。一般に合成が容易でないかおよび/または合成
には安価ではないものの、まったく実行可能でありかつ適当であることに触れて
おくべきである。
C,バックボーン/゛。 の′4
上記に示されるように、このポリマーサブユニット内のバックボーンと認識部分
とを接続する連鎖またはスペーサーは。
ある設計規準に適杏するに違いない。この規準は、ポリヌクレオチド塩基と結合
する塩基対に対し、この認識部分を位置決めするのに効果的である。第3図に示
される環状バンクボーン部分の場合では、この認識部分が、リボース構造または
リボース類似構造の1゛炭素に直接付加するときやモルホリノ構造の類似の1°
位置に直接付加するとき、このポリマー内の結合コンホーメーションが最も好ま
しいことがモデル化研究により示される。すなわち、この部分は、正規の結合位
置において、ヌクレオシドのリボース基またはデオキシリボース基に対するプリ
ン塩基またはピリミジン塩基の正しい立体異性化立体配置で付加している。非環
状の構造番壬関し、この認識部分を好ましい結合位置に置くためには、1つおよ
び2つの炭素原子スペーサーが必要である。1原子スペーサーは。
上記に論じられるごとくより好ましい。
ポリヌクレオチド標的に対しこのポリマー分子が一定の結合親和性を得るのに要
する立体規則性ポリマーの立体配置を達成するためには、このバンクボーン/認
識部分の結合が。
すべて一定のキラリティーを有するかまたはアキラルかいずれかであることも必
要である。もし、各結合がこのすべてのポリマー分子のあるサブユニット位置に
おいて、同じ立体異性化立体配置またはキラリティーを有するなら、ここでの定
義のために、この結合は一定のキラリティーを有すると考えられる。すなわち、
異なる配列位置でのサブユニットは、異なる内部の立体異性化立体配置(特定の
配列位置でのアキラリティーを含む)を有し得るけれども、このポリマー分子間
で与えられた配列位置における結合は、すべて同じ立体異性化立体配置を有する
。ふつうに定義されたキラリティーは。
すべてのサブユニットに同じ立体異性化立体配置を用いることにより、極めて容
易に達成される。
この環状のバックボーン部分に対し、第3図に示される天然のD型立体異性化立
体配置を有するヌクレオシド類似物では、最も好ましい結合が起こる。このタイ
プのサブユニットもまた。以下に論じられるごとく、天然のD型ヌクレオシド出
発物質を用いて、容易に合成される。第4図に関して、構造■およびしたけが、
このバンクボーンと認識部分との間にキラルな連鎖を有することがわかる。こ・
れらのサブユニットは、記述のように、ホモキラルな出発物質を用いることによ
り、ホモキラルな形状で容易に合成される。第4図に示される他の非環状構造の
すべてに対し、バンクボーンの窒素原子にこの1原子鎖が付加され、それゆえア
キラルとなる。もちろん、このメチレンスペーサーもまたそれ自体アキラルであ
る。
■0課1]しl1略
このサブユニットの活性化および/またはカップリングに用いられる化合物がか
なり高い反応性を有するために、この認識部分の環外にあって環に結合した窒素
を保護することが。
一般に望ましく、またしばしば必要である。これら保護基の選択は、まず第1に
、これらサブユニットから組立てられるポリマー内で用いるサブユニット間結合
のタイプにより決定される。2番目には、保護されるべき窒素の相対的な反応性
により決定される。
塩基保護されたヌクレオシドは、また、以下で述べられるような多くのサブユニ
ット合成反応において、有用な出発試薬である。実施例1の極くありふれた多数
のりボヌクレオチ、ドおよびデオキシリボヌクレオチドを塩基保護する方法は。
実施例2に例示されている。この実施例に詳述されている方法は、一般に、アミ
ン保護基をもったヌクレオシドの形成に通用できる。
用いられるサブユニット間連鎖が核剤、特に水酸化アンモニウムに相対的に安定
であると、核酸化学に用いられる一般の塩基保護基が通している。このような核
感度のないサブユニ7)間連鎖には、カルバミン酸塩連鎖、アミド連鎖およびス
ルホンアミド連鎖が含まれる。この認識部分に対し。
対応する核感度のある保護基には、CのN4に対するベンゾイル基、AのN6に
対するベンゾイル基またはp−ニトロベンゾイル基、GのN2に対するアセチル
基またはイソブチリル基。
および2,6−ジアミツプリン残基に対するN2. N6−ビスイソブチリル基
がある。ポリマー集合体の完成後において、水酸化アンモニウムで処理すること
により、これらの基の除去が達成される。
対照的に、用いられるサブユニット間連鎖が水酸化アンモニウムのような核剤に
感度があると、適当な保護基は9強力な非求核性塩基により、β脱離機構を経て
除去され得る保護基である。このような核感度のあるサブユニット間連鎖には、
炭酸塩連鎖、エステル連鎖、およびより狭い範囲では。
トリカルバミン酸塩連鎖が含まれる。この認識部分に対し。
β脱離を経て除去可能な適当な保護基には、CのN4およびAのN6の両方に対
する2−(4−ニトロフェニル)エトキシカルボニル基または2−(フェニルス
ルホニル)エトキシカルボニル基、およびGのN2および2.6−ジアミツプリ
ン残基のN2およびN6に対する9−フルオレニルメトキシカルボニル基が包含
される。ポリマー集合体の完成後におけるこれらの基の除去は、厳しい無水条件
下での強力な非求核塩基1.8−ジアザビシクロ(5,4,0)ウンデク−7−
エン(DBU)の処理により達成される。
このバンクボーン部分(一般には上記構造のNl)の一時的な核保護に関して、
一般的なポリマー集合戦略では、温和な酸により容易に取り除かれる選択された
バックボーン保護基が用いられる。保護基の選択に関する1つの主要な規準は。
これらの基が充分に安定ではあるが、除去に要する条件が成長ポリマーを損なう
ほど安定ではないことにある。環状のバンクボーン部分から集められたポリマー
の場合のおもな問題点は、保護されたプリン残基をこれらバックボーン部分の0
1に連結させるグリコシド結合の著しい酸感度にある。このバックボーン保護基
の選択に関する第2の基準は、この保護基が容易に導入されるところにある。上
記に基づいて、以下のバックボーン保護基がより好ましい21級水酸基に対する
ジ(p−メトキシ)トリチル基:1級アミン基に対するp−メトキシトリチル基
;および2級アミン基(モルホリノタイプのバンクボーン部分中におけるような
)に対するフェニルイソプロポキシカルボニル基。これら保護基は、ジクロルメ
タン中で0.2Mのジクロル酢酸の処理により、容易に除去されデオキシリボヌ
クレオシドサブユニット構造(第3図の構造A)を有するサブユニットは、市販
の原料から得られるがまたは実施例Iに記述のように2文献の方法により調製さ
れ得る。このサブユニットは、以下のリボシドおよびデオキシリボシドを含んで
おり、第1図で得られる認識部分の構造数に従って同定される:アデノシンおよ
びデオキシアデノシン(構造1); 2.6−ジアミツプリンリボシドおよびデ
オキシリボシド(構造2);シトシンおよびデオキシシトシン(構造3);4−
メトキシ−2−ピリミジノンデオキシリボシド(構造4);2−ヒドロキシ−5
−メチルピリミジンデオキシリボシド(構造5);2−ヒドロキシピリミジンリ
ポシド(構造6);グアノシンおよびデオキシグアノシン(構造7);イノシン
およびデオキシイノシン(構造8);チオグアノシンおよびデオキシチオグアノ
シン(構造9);ウラジンおよびデオキシウリジン(構造30);チミジンおよ
び5−メチルウリジン(構造11);および5−へロウリジンおよび5−ハロデ
オキシウリジン(構造12)。
この5”−アミノ−2′、5”−ジデオキシリボヌクレオシド(第3図の構造B
)は、実施例3に詳述の方法に従って調製される。簡単に言えば、この選択され
たデオキシリボヌクレオシド(必要に応じて塩基で保護された)は、トリフェニ
ルホスフィン、四臭化炭素およびリチウムアジドとの反応に供され、対応する5
゛−アジドヌクl/オシドが形成される。これは。
次いで、炭素触媒上のパラジウム存在下にて水素化により還元される。このヌク
レオシドは実施例1のように得られ、そして実施例2のように塩基保護され得る
。この反応物ヌクレオシドの立体化学は5−アミノヌクレオシド類似物を形成す
る際に保存される。
他の還元方法は、実施例3.2に記述のように、5゛−アジド−5−ブロモウリ
ジンのアジド基を還元する際に用いられる。
ここで、触媒なしの水素化は、環の臭素原子の分離を妨げるために必要である。
この5“−アミングアノシン化合物を形成する際に、実施例3.2に詳述のよう
に、まずこの5′水酸基のトシル化9次いでアジドでの置換により、このアジド
は5′位に配置される。
この3”−アミノ−2’、 3’−ジデオキシリボヌクレオシド(第3図の構造
C)は、実施例4に詳述の方法に従って調製される。簡単に言えば、5′位の水
酸基にて保護されるチミ゛ジンは、3”位の水酸基にてトシル化され2次いで、
2オキシ塩基置換基により分子内置換される。得られた環はアジドによる処理に
よりすぐに開環され、正確な立体異性形状のアジド類似物が生じる。この類似物
は、このアジド化合物と1選択されたプリン塩基またはピリミジン塩基との反応
により2選択された塩基類似物に転化され得る。この後者は、必要に応じて、以
下に記述のように、続いて起こるサブユニットカップリング反応に対し塩基保護
されてもよい。このチミジンま゛たは他のアジド類似物は2次いで還元され、所
望の3°−アミンヌクレオシドが生成する。このチミジン出発物質の立体化学は
9合成において保存される。
第3図の構造りに示されるこのモルホリノタイプのサブユニ7)誘導体の合成は
1種々の異なる認識部分に対し、実施例5で詳述されている。簡単に言えば1選
択されたヌクレオシド(必要に応じて塩基保護された)は2重ホウ酸アンモニウ
ムのようなアンモニウム塩に溶解され2次いで、過ヨウ素酸ナトリウムとの反応
に供されて、過渡的な2′、3°−ジアルデヒドが形成される。これは2次いで
、アンモニウムイオン上で閉環され、2′位および4”位に水酸基を有するモル
ホリノ環が形成される。この化合物は2次いで、この環の水酸基を除去するべく
、シアノ水酸化ホウ素ナトリウムで処理される。
この環の窒素は、好ましくは、続いて起こるサブユニットカップリングに対し、
2−フェニルイソプロピルカルバミン酸塩として保護される。このヌクレオシド
出発物質の立体化学は保持される。
5′位に酢酸基を有するデオキシリボースサブユニット構造(第3図の構造F)
は、実施例6に記述の一般的な合成スキームに従って調製され得る。このスキー
ムは、構造Fで示される5′位が酢酸の化合物の合成を詳述している。ここで、
3′位が水酸基で保護されている選択されたデオキシリボヌクレオシドは、5′
位にアルデヒドが転化され、続いて、不飽和な酢酸誘導体を与えるぺ(,2位に
炭素のあるウィツテイヒ試薬で処理される。この側鎖オレフィンの還元により、
5′位が酢酸である所望の化合物が得られる。この反応は、出発ヌクレオシド物
質の立体化学を保存している。
この類似の5′位がギ酸塩の化合物(第3図の構造E)は。
上記5゛ヌクレオシドアルデヒドを1個の炭素のウィツテイヒ試薬で処理し、得
られたエノールを加水分解して対応するホルムアルデヒド誘導体(これは所望の
酸に酸化される)を形成することにより、形成される。この反応は、出発ヌクレ
オシド物質の立体化学を保存する。
B、サブユニットA −ジ環′バックボーン第4図の構造Iで示される5原子の
鎖状アミノ酸サブユニットは、実施例7−9で概説されている一般的な方法に従
って調製される。簡単に言えば、(S)−5−カルボキシピロリドンが、公知方
法により、立体化学的に純粋な対応する(S) −5−トシルメチル−2−ピロ
リドンに転化された。次いで。
これは2選択されたプリンまたはピリミジンとの反応とに供され、対応する(S
)−5−メチルプリン(またはメチルピリミジン)ピロリドンが形成される。こ
の置換反応は最初の立体特異性を保持し、その結果、形成されるサブユニットは
。
この認識部分の結合部位において、このパンクボーン炭素に対し、同一異性であ
る。
サブユニット合成に用いられるプリンは、1位および3位の環窒素の反応性を減
するべ(、すなわち、環窒素にピロリドンがカンブリングすることを最小にする
べ(、好ましくは6位に電子吸引性基を含んでいる。このピロリドンが誘渾され
たプリンまたはピリミジンは1次いで、以下に記述の開環ステップ前に、アミン
誘導体に転化され、必要に応じて塩基保護されてもよい。実施例7.1および7
.2はシトシンピロリドンおよびその塩基保護された誘導体の形成方法を詳述し
ている。実施例7.3−7.5で形成されるアデノシンピロリドンは、出発物質
として6−クロロプリンを用いている。この対応するピロリドンは、記述のよう
に、アジド形成を経て、アデノシン誘導体に転化される。このアデノシンは、実
施例7.6のように開環前に塩基保護される。実施例7.7−7.9に記述のよ
うに、2−アミノ−6−クロロプリンから出発して、塩基保護されたグアニンピ
ロリドンを生ずるべく、類似の方法が用いられる。2,6−ジアミツプリンピロ
リドン、イノシンピロリドンおよび2−ヒドロキシピリミジンピロリドンの合成
にもまた。実施例7に詳述のように、類似の方法が用いられる。
このピロリドンは1次いで、t−BOCで保護されたアミンを用いてピロリドン
環を開裂し、アミノ酸を形成する一連の反応を経て処理される。実施例8.1−
8:4は、多数の選択された認識部分を有するこのようなt−BOCアミノ酸の
合成を記述している。最終ステップ(実施例5)では、このt −BOC保護基
は、第4図の構造Iで示される対応するアミノ酸を形成するべく、除去されても
よい。このアミノ酸は、以下の反応に従って、サブユニットカップリングに対し
直接用いられ得る。他方、このt−BOCで保護された化合物は、サブユニット
カップリング反応で使用するために、その酸基において活性化され得る。
第4図の構造Jで示されるサブユニット形成方法は、それぞれシトシン類似物サ
ブユニットおよびウリジン類似物サブユニットを形成するために、実施例10.
1と10.2に概説される。
簡単に言うと、ピリミジンタイプのサブユニットを形成する際には、ピリミジン
またはニコチン酸塩のような6員環の複素環が、バックボーンへの付加がうまく
できる炭素環部位で。
反応性のあるメチレンを含むように修飾される。実施例10.1に詳説されるよ
うに、このシトシン類似物は、5−アミノ−5−ブロモピリミジンを反応させて
対応する5−位のカルボキシアルデ゛ヒトを形成することにより形成される。実
施例12にあるように、このウリジン類似物は、6−ヒドロキシニコチン酸エス
テルを対応するベンジリックアルコールに転化することにより、形成される。こ
の化合物は、二酸化マンガン存在下の反応により、アルデヒドに転化される。
このアルデヒド化合物は9次いで、4−アミノ酪酸のような所望のアミノ酸との
反応に供される。安定なアミンサブユニット形成のために還元される不安定なイ
ミンを生成するアミン基で反応がなされる。この2級アミンは、実施例10.1
に記述のように、t−BOC基により、酸基の活性化を含むサブユニットカップ
リングに対して保護され得る。バンクボーン窒素においてメチレンスペーサーを
通じて、バックボーンに塩基が付加され、このサブユニットがキラル中心を持た
ず。
それゆえ立体規則的でないようにされる。
第4図のKに示されるサブユニット構造を形成するために。
上記化合物のC−炭素バックボーン類似物が、3−アミノプロピオン酸を用いて
調製され、この化合物はさらに、酸化窒素で処理され、対応するN−ニトロソ化
合物が形成される。
この化合物は、鉄塩存在下でH21Pdにより、順に還元されて。
ヒドラジノ酸サブユニットが得られる。
(以下余白)
■、バークボーンカーブ1ング ・を
本発明のポリマー分子の形成に用いられるカップリング反応は、ひとつの選択さ
れたサブユニットまたはサブユニット配列を、もうひとつの選択されたサブユニ
ットまたはサブユニット配列に結合させる段階的反応である。この議論をするた
め、このカンプリング反応は、一般に9選択された認識部分R3を有する単一の
サブユニットB−R,が、同一または相異なる選択された認識部分R2を有する
もう1つの単一のサブユニットB−R2とカンプリングして以下の形状の2量体
を形成することに関して記述されるだろう。
ここでR1およびR2は示された特異的配列を有する。
A:並ブ三上1ユ9プJ1]」ジシ」二二j上士y9も二Z立止区!
Nr−−−−Nzバックボーン立体配置を有するサブユニットのカップリングの
一般的な方法は、第5A図および第5B図に例示される。上記第1節から想起さ
れるように、N1およびN2は、水酸基やアミン基のような核性のバックボーン
基である。この基は請求電子基Eによって活性化され得、活性化されたN、−E
バンクボーン基またはN、−Eバックボーン基が形成される。
これらの基は9次いで、第2のN、−−−−N2タイプのパンクボーン部分と反
応してNI−−−−Nz E NI−−−−Nzバックボーン結合された2量体
を形成する。このタイプのサブユニットバックボーンは、上記に特に記述されて
おり、第3図の構造A−Dの環状バックボーンである。構造AおよびBでは、こ
の活性化された請求核基が3′水酸基であり、構造Cでは5°水酸基。
そして、構造りでは構造Cの5量位の水酸基に相当する6量位の水酸基である。
第5A図に例示されるより好ましいカップリング方法では。
選択された認識部分R,を有するサブユニットは請求電子基Eによって活性化さ
れる。この認識部分の星印は、必要な塩基保護を示す。この図かられかるように
、この選択されたサブユニットは、請求核基で保護されており、 請求核基だけ
が活性化される。および中)この活性化されたサブユニットは。
それ自体で重合し得ないことを保証している。第3図の構造A、CおよびDでは
、このパックポーン保護基が5”水酸基であり、この保護基は、好ましくはジメ
トキシトリチル(DMTO)のような酸不安定基である。
(以下余白)
ここでXは、酸素または硫黄、そしてCは請求核基(例えば。
水酸基の酸素かアミンの窒素)と反応しYと置換して活性化されたサブユニット
を形成し得る活性な電子基である。
活性化剤(例えば、ビス−p−ニトロフェニルカーボネート)は、カルボニルで
活性化されたサブユニット(X = O)を与え、カーボネートやカルバメート
サブユニット連鎖を形成する際に使用される。同様に、チオカルボニル−ジー(
1,2゜4−トリアゾール)(X=S)のような活性化剤は、チオカルバメート
連鎖を形成する際に使用される。
カルボニルで活性化されたサブユニットを含むサブユニット活性化反応は、第4
図のAで示される5゛位が保護された2゛−デオキシヌクレオシドに対し、実施
例11に詳述されている;実施例12では、第4図のBで示される5゛位が保護
されたアミノヌクレオシド;実施例13では、第4図のDに示されるNが保護さ
れたモルホリノタイプのサブユニットについて詳述されている。これらの構造中
の水酸基の活性化に用いられる一般的な反応条件は、一般に通用可能である;チ
オカルボニル活性化サブユニットを含むサブユニット活性化反応は、Bに示され
る5゛−アミノヌクレオシドに関し実施例14で、そして第3図のDに示される
モルホリノタイプのサブユニットは実施例15に示した。
この活性化反応に続いて、シリカゲルクロマトグラフィーのような通常の方法に
より、活性化複合体が精製される。次いで、これは2番目のサブユニットとの反
応に供される。このサブユニットの選択された認識部分R2は、完成したポリマ
ー中の次の配列中の認識部分を形成する。このカップリング反応は、好ましくは
、活性基がバンクボーンのN2アミン基とは反応し得るがr N+水酸基とは反
応し得ないような、温和な条件下で実行される。それゆえ、この方法は、第4図
の構造B−Dに示されるタイプのサブユニットのカップリングには適しているが
、構造Aのサブユニットには適さない。このカップリング方法の有利な点は、第
2のサブユニット−これは、アミンN1の核基および水酸基N2の核基を含む−
が。
最初に活性化されたサブユニットと、〜このN、アミンを介してのみカンプリン
グし、それゆえN2バックボーン基を保護する必要がないことにある。従って、
得られる2量体サブユニットは1図に示されるように、NZ−E−Nl結合を通
じてカンプリングされる。
(a)この第2のサブユニットの遊離の請求核基を活性化し。
活性化剤からこの活性化された種を分離し、そして活性化された化合物を、バン
クボーンが保護されていない次の配列中のサブユニットとカンプリングさせると
いう上記のステップをくり返すことにより、このオリゴマーが伸長され得る。こ
の方法は、固相ブロックの集合に適した溶液法(下記で記述されている)によっ
て、短いオリゴマーブロックを形成するのに特に使用される。
固相の連続的なサブユニット添加によってポリマーを形成するために、第5B図
に概説される第2のカップリング法が。
より好ましい。この第2の方法は、存在するサブユニットまたはポリマー鎖に、
活性化された過剰のサブユニットを付加することにより、ポリマーの成長が起こ
る点で、最初の方法とは異なっている。むしろ最初の方法では、活性化されてい
ないサブユニットを活性化された鎖に付加することにより。
ポリマーの成長が生じる。第5B図には、認識部分がR,(第6B図の2列め)
のサブユニットにより、存在するサブユニットまたはサブユニット鎖が示される
。このサブユニットは、遊離の請求核基および請求i基を有する。この請求核基
は、固体担体との比較的酸に安定な結合により、または固体担体と結合するサブ
ユニット鎖に連結されることにより、保護されている。このようにN2が保護さ
れた環状バンクボーンサブユニットを形成する方法は、一般的に実施例12〜1
5に述べられている。この最初のサブユニット(成長するポリマー中で最も最近
付加されたサブユニット)は、ポリマー中の次の配列内のサブユニットになる活
性化されたサブユニットとの反応にすぐに供される。この活性化されたサブユニ
ットは、 llhバフクボーン部位で活性化され、そして比較的酸に不安定な保
護基によってN1部位が保護されている。このサブユニットは、第6図に関連し
て上記で述べた方法により調製される。
第5B図でわかるように、このカンプリング反応により、N2−活性化した第2
のサブユニットがs NS−保護された第1のサブユニットに付加され、 N2
−E−N、結合を介して両者がカンプリングされ、そして遊離の請求核部位の両
方が保護された化合物が形成される。この化合物は2例えば酸と反応させること
によりすぐに処理され、最後に付加されたサブユニット上の酸に不安定なN、保
護基が脱保護される。この手順は、所望の配列ポリマーを構築するべく繰り返さ
れる。
上記のことから、このN2−活性化されたサブユニット(これは、最後の配列中
のサブユニットを形成する)は、そのNllバックボーン位で保護され、それに
よりN2部位での選択的な活性化を可能にするとともに活性化された化合物の自
己重合を防止するに違いない。また、このN1−脱保護されたサブユニットは、
活性化サブユニットとカンプリングし得る。このサブユニットは+ NZ−活性
化されたサブユニットとその島部分との選択的な反応を可能にするべり、N2部
位が保護されるだろう。それゆえ、この反応するサブユニットは、1つのバック
ボーン部位がともに保護されているので、この方法は。
ヌクレオシド(第4図の構造A)のカンプリングだけでなく。
アミンと水酸基バックボーン求核基の両方を含んだ環状バックボーンを存するサ
ブユニット(例えば、この図の構造B−D)のカンプリングにも適している。構
造Aのサブユニットを、カーボネート結合を介してカンプリングするのに用いら
れる反応方法は、実施例12に詳述される。簡単に言うと、5゛位が保護された
バックボーン部分を含むサブユニ7)が、3”位の水酸基にて活性化され、3′
位の水酸基を保護した他のサブユニット(または成長鎖)との反応に供される。
このカンプリング反応は、N−メチルイミダゾールまたはN、N−ジメチルアミ
ノピリジンのような、カーボネート結合を形成するのに必要な触媒の存在下で実
行される。構造B−Dの環状バンクボーンを含むサブユニットのカップリングに
は、サブユニット間のカーバメート結合またはチオカーバメート結合が形成され
る場合において、最初の方法に関して上に記述のようなより温和な、触媒のない
カンプリング条件が適している。
この第2のカンプリング方法の、固相サブユニット添加によるポリマーの形成に
対する有利な点は、実質的に過剰のモル数の活性化されたサブユニットが、各ポ
リマーの添加段階において、成長している担体結合ポリマーに加えられ、その結
果、非常に高い割合で担体結合ポリマーにカンプリングしているサブユニットが
得られる点にある。このことは、大部分の担体結合ポリマーが、所望のサブユニ
ットの完全な配列を含むことを保証している。第1の方法と比較すると、この成
長しているポリマーが、最後に添加されたサブユニットで活性化される場合には
、サブユニット添加の効率は、活性化段階の効率によって制限される。
第6図は、第4図でA−AからD−Dまで示される環状バフクボーンサブユニッ
トのカップリングにより形成される2量体構造を示す。この図の構造A中のヌク
レオシドサブユニットは、カーボネート(Y=O)により結合される。残った3
つの構造B−Dでは、このサブユニットは、カーバメート(Y=O)結合または
チオカーバメート(Y=S)結合により連結される。この図かられかるように、
すべてのサブユニット連鎖は、荷電しておらずしかもアキラルである。すなわち
キラル中心を含んでいない。添付に際し、この連鎖は、水系媒質中で安定である
。このことは、中性の水系溶液中において、長期間にわたって加水分解に耐性が
あるというポリマーの性能から判断される。
本発明の他の重要な特徴によれば、この構造は、ポリマーを形成するべく結合さ
れるとき、相補的なポリヌクレオチドとともに正しいワトソン/クリック塩基対
を示す。
最後に、もう1つの本発明の重要な特徴によれば、このサブユニットから形成さ
れるポリマーは、立体規則性である。
これは、(a)天然のヌクレオシドまたはヌクレオシド誘導体または天然の立体
異性化立体配置を有する合成ヌクレオシドをサブユニットとして用いること、お
よび(b)アキラルなサブユニット間連鎖によりこのサブユニットを連結するこ
と、により達成される。カンプリング方法の例は、実施例11〜15に詳N、−
−−−Eバックボーン立体配置を有するサブユニットの一般的なカンプリング方
法は、第7A図、第7B図および第7C図に例示される。上記第1節から想起さ
れるようにr Nlは水酸基またはアミン基のような核性バンクボーン基であり
、Eは。
カルボキシル基またはスルホニル基のような電子基である。
このNlは、活性化されると、第2のN、−−−−Eタイプのバックボーンと反
応して、N1−一〜−E −N、−−−−Eバックボーン結合2量体を形成し得
る。このタイプのサブユニットバックボーン。
特に上記に述べられるバックボーンは、第3図の環状バックポーン構造E−H,
および第4図の非環状バンクボーン構造■〜Nである。この環状構造EおよびF
において、この請求核基は、3゛位の水酸基であり、構造GおよびHでは9モル
ホリノ環上の3°位の窒素に付加されたアミンである。すべての環状構造におい
て、このE基は、リボース環の5”位がまたはモルホリノ環の6゛位に付加した
カルボキシル基または対応するスルホニル基である。第4図に示されるすべての
構造では。
このNl基およびE基は、それぞれバンクボーンアミンまたはヒドラジンおよび
バックボーン部分末端のカルボキシル基またはスルホン酸基である。
この第1のカップリング方法は、第7A図に例示されており。
第5A図に関連して上記に述べた方法と類似している。ここでは、第1ON、−
保護されたサブユニットが活性化され2次いで、バックボーン−非保護サブユニ
ットと直接カップリングされる。このサブユニットは、成長しているポリマー中
の次の配列内のサブユニットを形成する。このサブユニットN、のP1保護基は
、好ましくは、固体担体に結合した開裂可能なリンカ−か、t−ブトキシカルボ
ニル基のような酸に不安定な保護基である。環状パックボーン構造のN、−保護
の方法は。
環状構造A−Dに対し上記に述べた手順に類似している。同様の方法が、非環状
バンクボーン構造中のアミンの窒素の保護に効果的である。他方、もしこのポリ
マーが固相の担体上で構成され得るなら、下記に述べるように、このバンクボー
ンのN、部位は、成長ポリマーへのサブユニットの添加に伴うN1部の固体担体
への結合により保護され得る。この成長ポリマーは、最後に添加されるサブユニ
ットの活性化された電子基Eにより生じる。
この活性化反応は、活性化された部分または鎖の末端部分が、 Nl−−−−E
Xを形成するように設計される。ここで、Xは第6図に関連して上記に記述゛
されている。この活性化されたサブユニットは、請求核基に対して、以前に述べ
た方法で活性化されたサブユニットと、はとんど同様の反応性を有する。すなわ
ち、この活性化は、 N、−−−−N2タイプのバックボーンとほとんど同様の
活性化カップリング基を生成するべく設計されている。しかし、その場合、この
反応性のカルボニル基またはスルホニル基が、第6図に示される方法のように、
活性化試薬のカルボニル基またはスルホニル基よりむしろバックボーン自身によ
り供給される。この活性化は。
バンクボーンの電子基がカルボニル基の場合−p =l−。
フェノールの存在下で、 N、−−−−Eタイプのサブユニットをカルボジイミ
ドと反応させることにより、容易に達成され得る。
または、このバックボーンがスルホニルの場合には、イミダ−ゾール、 1.2
.4−トリアゾールまたはテトラゾールの存在下でこのサブユニットをカルボジ
イミドと反応させることにより達成され得る。請求電子基を含むサブユニット活
性化反応は、実施例16および17に詳述される。このN−アミノーモルフィリ
ノ基および線状鎖バンクボーンのカルボニル基を活性化するのに用いられる一般
的な反応条件は、一般に、第3図および第4図に示される他のN、−−−−Eタ
イプのバンクボーン構造にも適用できる。
この活性化反応につづいて、この活性化複合体は、シリカクロマトグラフィーの
ような通常の方法により精製される。
または担体結合され活性化された鎖の場合には、単に洗浄される。次いで9選択
された認識部分R2が完全なポリマー中の配列内の次の認識部分を形成するよう
な第2のサブユニ7)との反応に供される。このカップリング反応によって1図
に示されるような2量体が得られる。この2量体のサブユニットは、それゆえ、
E−N、結合を介してカンプリングされている。
上記のように1両方のサブユニットは、活性化反応およびカンプリング反応の間
に、適切に塩基保護されなければならない。
このポリマーは、上記の段階をくり返して伸長し得る。この段階は、(a)第2
のサブユニット中の遊離の請求電子基を活性化すること、 (b)この活性化剤
から活性化された種を分離すること、および(C)この活性化された化合物と1
次の配列中のサブユニット(これは、バックボーンが保護されていない)とをカ
ップリングさせることである。
この第2のカンプリング方法は、第7B図に例示される。この方法は、第5B図
に関連して上記に記述の方法と、直接的に類似している。ここでは、E−保護さ
れたバックボーンを有する最初のサブユニットが、活性化されたE基および保護
された請求核基を有する第2のサブユニットとの反応に供され。
E−N、結合により連結されかつ両方の遊離したバンクボーン末端基が保護され
た2量体が形成される。このポリマーが。
固相合成によって形成される場合には、このP2保護“基”は。
固体担体と酸安定性の連鎖を形成する。このN、−保護されたサブユニットは、
上記のように調製されそして活性化される。
カンプリングの条件は、一般辷、上記の環状サブユニットカップリング反応で用
いられる条件に従う。
第7C図に示される第3のカンプリング方法では、このn、 −保護されかつE
−非保護のサブユニット(またはポリマーユニット)が、指示されるごとく、カ
ルボジイミドのような適当なE−活性化試薬の存在下で、ともに反応に供される
。
第8図は、環状および非環状のバックボーンサブユニット(これらは、それぞれ
第3図および第4図のE−に、およびE−Eからに−にで示される)をカンブリ
ングすることにより生成する2量体構造を示す。第3図の構造F−Fのヌクレオ
シドサブユニットは、エステル結合で連結されている。環状バックボーン構造の
ままで、このサブユニットG−Gは。
連結されている。I−1,J−Jおよびに−Kに示される非環状バックボーンサ
ブユニットの全ては、アミド結合(E=カルボニル)またはスルホンアミド結合
(E=スルホニル)を介して連結されている。上記に述べられた環状バンクボー
ンサブユニット構造におけるように、すべてのサブユニット連鎖は、エステル結
合、ヒドラジド結合およびアミド結合の溶液中での公知の安定性から推定される
ように、水系媒質中にてかなり安定である。
本発明の他の重要な特徴によれば、この構造は、ポリマーを形成するべく連結さ
れるとき、相補的ポリヌクレオチドと。
ワトソン/クリック塩基対を示す。
最後に、上に述べたN1−−−−N2バフクボーンサブユニツトとともに示され
ているすべてのN、−−−−Eパンクポーン構造は立体規則性である。これは、
(a)認識部分のバンクボーン部分への付加のホモモラル(第3図のE−Hおよ
び第4図のIとL)な性質またはアキラル(第4図のJ、に、MおよびN)な性
質、および(b)アキラルなサブユニット連鎖による。
C,サブユニットのカップリング;六 に荷6され;1されていないアキラルな
凍$゛″
いくらかの応用において、ひとつかあるいはそれ以上の荷電されたアキラルなサ
ブユニット連鎖をポリマー分子中に導入することが望ましい。以下でさらに記述
されるように、このバックボーンの電荷は、多くの溶液への適用に際しポリマー
の硲房反を促進し、あるいはポリマーの標的結合正数を調整するために用いられ
得る。荷電されたアキラルなバンクボーン連鎖1例えば、2番目かあるいは3番
目のサブユニット間に規則的に配置したポリマーは、以下に述べるような新規な
診察システムに通している。現在議論している目的のために、アキラルな非荷電
連鎖によって内部に連結される2つかそれ以上のサブユニットから構成されるポ
リマーユニットは。
荷電されたアキラルな連鎖により連結されうる。これらの非荷電ユニットは、上
記のA節およびB節に記述の方法の1つにより形成される。
連結されうる2量体サブユニットは次のように選択される。
ひとつの2量体の遊離したN2基が、もうひとつの2量体の遊離のN、基と、適
当に荷電されたアキラルな連鎖を介して、カンプリングされ得る。この望ましい
連鎖は、ひとつのサブユニットの遊離N2基と、もうひとつのサブユニットの遊
離のN。
基がともに水酸基であることを必要とするホスホジエステル結合である。第3図
を見ればわかるように、この条件では。
構造Aおよび構造Bのいずれかのサブユニットから形成される2量体(その両方
は遊離のN2水酸基を存する)が、構造A。
C9またはDのサブユニットから形成された2量体(これらは、全て遊離のN、
水酸基を有する)と結合するならば適当である。
典型的なカンプリング方法では、N8位を保護した2量体Aは、第9図に示され
るように、ホスホエステル結合を介してN2水酸基と連結された反応性ホスホエ
ステルカップリング種に誘導される一連の反応の間保たれる。より好ましいカン
プリング方法は、米国特許出願“ポリヌクレオチド測定試薬と方法”連続番号7
12.396(1985年3月15日出願)に詳述されている。この方法は、塩
基保護されたヌクレオシドまたはヌクレオシド類似物サブユニット間にホスホジ
エステル結合を形成するための文献方法に従う。この方法は+NI−保護された
反応性のN2 (p−クロロフェニル−2−シアノエチル)−ホスフェートを形
成することを包含する。この活性化された2量体は2次いで、第2の2量体との
反応に供され、非荷電で立体異性型の連鎖および荷電されたアキラルなサブユニ
ット間連鎖により交互に連結される4量体を形成する。
このホスホジエステル連結方法は、アキラルではあるが荷電されていない連鎖を
含むポリマーのカンプリング反応に関し、上記に概説の一般手順に従って、溶液
タイプのポリマー合成方法または担体タイプのポリマー合成方法のいずれかが組
み合わされてもよい。
診断のためには、荷電された結合と非荷電のアキラルな結合とを交互に有するポ
リマーが適当であるものの1診断用途および特に治療用途では、水系媒質中で充
分なポリマー溶解度を得るために必要な連鎖と同程度にほとんど荷電されていな
い連鎖を導入することが、一般により好ましい。
この溶解性の促進は、一般に、約20個のサブユニットのポリマーあたり1〜3
個の荷電されたバックボーン連鎖、好ましくは、4個のサブユニットあたり約1
個を越えない荷電された連鎖を用いて達成される。ここで限定されるように、ア
キラルなバンクポーン連鎖は、2量体ユニットあたり約1個以下の荷電されたバ
ンクポーン連鎖を含み、好ましくは、4量体ユニットあたり約1個かまたは2〜
3個のバックボーン連鎖を含むなら、実質的に非荷電と考えられる。
本発明の非荷電のポリマーまたは実質的に非荷電のポリマーの重要な応用には、
ヌクレオチド分析物の存在および/またはその量の決定に用いる新規な固体担体
診断システムがある。この検定システムは、固体担体に連結されている多数のポ
リヌクレオチド結合ポリマー(これは本発明に従って構成される)からなる固体
担体試薬を含む。このポリマーは、下記に詳述の標的戦略に従い9選択された融
解温度(Tm)で標的ポリヌクレオチド分析物に特異的に結合させるために構成
されている。このシステムは、また、ポリカチオン性レポーター分子を含んでい
る。このレポーター分子は、完全に荷電された分析物バックボーンには結合する
が、しかし、非荷電かあるいはごく一部しか荷電されていないポリマーバックボ
ーンには結合しないように設計されている。各レポーター分子は、1つまたはそ
れ以上のレポーター基を有し、各ポリヌクレオチドは、典型的には。
数千またはそれ以上のレポーター分子の結合を調節し得る。
それゆえ、このシステムは、結合された分析物分子あたりのレポーターシグナル
によって、数オーダーまたは数マグニチュードの増幅要因を有する。この検定シ
ステムおよびその実施方法は、共有の米国特許出願“ポリヌクレオチド検定試薬
およびその方法”、連続番号& 712,396. (1985年3月15日出
願)、にさらに完全に記述されている。
アキラルで主として非荷電のサブユニット間連鎖を有する配列特異的なポリヌク
レオチド結合ポリマーを診断上の応用に用いる特定の長所は、2つの要因から生
じる。1つには、これらの標的結合が相対的に塩に感度がなく、それゆえ、この
ポリマー/標的アニーリング段階は、低塩条件下で実行され得る。ここで、この
標的と、溶液中の相補的な核酸配列との間には競争的”なアニーリングはない。
2番目には、このポリマーの還元された荷電または非荷電のバンクボーンにより
、上記レポーター分子(これは、標的分析物のポリアニオンバックボーンに対し
、高密度で設計されている)の使用が可能となる。
(以下余白)
診断試薬としての使用に対し2本発明に用いられるポリヌクレオチド結合ボリセ
ーを調製する際に適用される設計上の考察は、標的分析物の性質およびこの分析
物が検定され得る反応条件に支配される。
最初の考察としては9選択された非単独重合性の標的塩基配列(これに対し、ポ
リマーが指示されている)がある。この標的配列は、好ましくは、検定される分
析物に対して特有である。すなわち、この配列は、既知の多数の配列塩基を含む
検定混合物中にて、ある限定されたわずかの確率(例えば1%またはそれ以下)
でのみ生じるべく算出される。既知のn−塩基標的配列の出現確率は、およそ1
/4・である。すなわち、既知のn−塩基標的配列は、4量個の塩基を含むポリ
マー中において、約1回出現すると推測されるだろう。それゆえ。
既知のn−塩基配列が、N個の特有の配列塩基全体を含むポリヌクレオチドで生
じる確率Pは、およそP = N/4”である。
例示のために、9−塩基標的配列が20キロベースのヌクレオチド内に見出され
る確率Pは、約20 x 10”/ 2 x 10’すなわち0.08であり、
16−塩基標的配列が存在する確率は約20X10”/4.3 X 109すな
わち0.0000047である。これらの計算から。
9〜16個の一定の塩基標的配列に対し特異的な9〜16個の認識部分を有する
ポリマーは、ウィルス性ゲノムだけを含む検定混合物(この最大の複合体は、約
400にの特有の配列塩基に対応している)中の標的配列に対し、高い特異性を
有するべきことが見出されている。
類似のタイプの計算では、12〜16個のサブユニットポリマーが、ウィルス性
およびバクテリア性のゲノム物質(最大のゲノムサイズは約5000キロベース
)だけを含む検定混合物中にて、ウィルス性またはバクテリア性の標的配列に対
し充分な特異性を提供し得ることが示されている。また、16〜22個のサブユ
ニットポリマーは、動物性のゲノミックDNA物質(ゲノムサイズは、特有の配
列DNAの約50億塩基対である)を含むポリヌクレオチド混合物中にて、標的
配列に対し充分な特異性を提供し得ることも示されている。
このポリマー/分析物の結合親和性、および特にこのポリマーが標的配列とうま
く結合する温度(融解温度すなわちT、)は、(a)ポリマーの長さ、(b)認
識部分とそれに対応する分析物の標的配列の配列内塩基との間に形成されうる水
素結合の数。
(C)パンクボーンの荷電密度、に゛よって選択的に変化させ得る。
モデルホモポリマー二本鎖における多くの研究から、オリゴヌクレオチド二本鎖
の融解温度は、10〜20bpの範囲で、この相補的な塩基が水素結合を2つ形
成し得る場合には、添加される塩基対あたり、およそ3℃、この塩基が水素結合
を3つ形成し得る場合には、約6℃上昇する事が知られている。それゆえ、最初
にこのポリマーとの高い結合特異性を保証するべく選択された標的配列の長さは
2選択された検定条件での相補的な塩基ポリマーとの所望の融解温度を得るため
に伸長されてもよい。また、上記に例示のように、このポリマーをなら、この標
的配列は、比較的高いポリマー/分析物の融解温度を達成するために、グアニン
塩基にシトシン塩基を加えた割合を高くように選択されてもよい。または、この
標的配列は、比較的低い融解温度を達成するために、アデニン塩基にチミン塩基
を加えた割合を高くするよう選択されてもよい。
このポリマーのバックボーンの荷電密度は、このポリヌクレオチド分析物の荷電
密度より実質的に低くなければならない。それは、レポーターのポリマーへの結
合がおこらない条件下で、ポリカチオン性レポーター分子を分析物に優先的に結
合させるためである。この必要条件は、ポリマーバックボーンの隣接する負電荷
の間隔が9分析物の隣接するホスホジエステル結合の負電荷の間隔の少なくとも
2倍あれば満たされる。このバックボーンの荷電密度もまた。ポリマー/分析物
の融解温度に重要な影響を与える。特に、塩濃度が低い条件では9分析物とポリ
マーバックボーンとの電荷間の反発も。
2つがアニールできる温度を低下させるように作用し得る。
それゆえ、一般に、電荷のより少ないバンクボーンを有するポリマーは、(1)
分析物/ポリマーの融解温度がより高くなること、および(2)この融解温度の
塩濃度への依存がより低くなること、を示すと期待されるだろう。このような考
察に基づいて、非荷電のポリマー(例えば、すべてカルバミン酸塩で連結されて
いるかまたはすべてアミドで連結されているポリマー)は9診断方法における分
析物/ポリマーアニーリング反応を、一部荷電されたポリマーにより広範囲の塩
濃度で実行可能にさせるだろう。ここで、この連鎖のい(つかは、アキラルでは
あるが荷電されたホスホジエステル連鎖を構成する。
B0拍湧」コ哩龜里
な与 のための八
1、*juJBし」(住
理想的な治療には2発病状態に特有の標的化構造は効果的に不活性化するが、患
者の正常な構造には有害な影響を及ぼさない治療がある。それゆえ、配列特異的
な遺伝子不活性化試薬は、標的化された遺伝子配列の不活性化にのみ効果がある
べきである。この遺伝子配列は2発病状態に特有の標的配列を高確率で確保する
ための充分な量の配列情報を含んでいる。例えば、標的配列の3つまたは4つの
連続的な塩基にのみ結合して標的の不活性化を生じ得る試薬ならば、正常な細胞
機能に要する多くのmRNAも常に攻撃するだろう。対照的には、標的の不活性
化を生じるために、30またはそれ以上の塩基と結合する必要がある試薬では、
正常な細胞機能を含む非標的メンセンジャーを攻撃する確率も、非常に小さくな
るだろう。
所望量の配列情報の正しい評価は、以下のように算出され得る。この配列情報は
、病気に特有のmRNAに対し遺伝子不活性化試薬が標的化するとき、この試薬
が認識するべき情報である。このヒトゲノムは、およそ50億塩基対の特有な配
列DNAを含んでいる。しかしながら、この物質はすべて本質的に二本鎖状態で
存在し、そこで、一本領を指向するポリヌクレオチド結合試薬への結合にはあま
り利用できない。それゆえ。
ポリマーの結合は、ゲノムDNAのRNA転写に大きく制限される。このゲノム
DNAのうち、1%のオーダーのいくらかは。
ある与えられた細胞タイプで転写される。さらに、患者の中のすべての細胞タイ
プが考慮されるなら、完全なゲノムの4%以上の成分が、大人のヒト(すなわち
不定胚形成後)中で転写されることは起こりえない。それゆえ、大人のヒト中の
すべてのRNA配列の配列の複雑性により、約2億を越えない塩基、およびたぶ
んそれよりずっと少ない塩基が構成されるだろう。
特有の配列の遺伝性物質の2億の塩基の細胞プール中において、標的配列を認識
しなりことを予期するための遺伝子不活性試薬に対し、少なくともn個の塩基が
標的中で認識されるべきである。ここで、nは2X10”=4’として算出され
。
これは、最小の標的認識の必要条件としては、14個の塩基を与える。このこと
から、標的中において14個を越える塩基を認識する遺伝子不活性化試薬は、正
常なRNAの細胞プール内におそらく標的を有しないことが示唆される。明らか
に、標的配列中で認識される塩基の総数はこの値より増えるので。
この試薬が固有の細胞RNA配列を認識しない確率も増加する。
この標的中で認識される塩基の数が直線的に増加するとき。
この“安全要因”が指数関数的に増すことは、注目すべきである。例えば、以下
には、標的配列中で認識される塩基の数。
および特有配列の一本鎖遺伝子物質の2億の塩基プール中において、予期された
対応する標的数が表にされている:18 .0029
20.00018
上記から、1つには以下のことが結論づけられ得る。診断上の応用に用いられる
予定の配列特異的な遺伝子不活性化試薬に対し、この試薬は、標的配列中におい
て、少なくとも14゜好ましくは16〜20の塩基を認識することが、おそらく
安全な考察として取り上げられる。
2、 ハの1′ ヒ (MIL )の 今配列特異的な遺伝子不活性化試薬によ
り実際に“認識され・る゛配列情報の量に関して、この点に有用な概念は、最小
不活性化長(MIL )の概念である。この概念は、インビボ中で遺伝子の不活
性化を達成するために試薬が結合すべき標的配列の連続的な塩基の最小数として
定義される。この試薬が塩基のより長い配列を結合させるかどうかに関係なく、
その試薬により“認識される”標的中の塩基数を決定するのはこのMIL値であ
り、これは、試薬の配列特異的なレベルを順々に決定する。
この概念を例示するために、遺伝子不活性化試薬が16のサブユニット長を有す
ると仮定すれば、MIL値は10にすぎない。
このような試薬ならば、成分として10の連続的な塩基の標的配列をすべて含む
遺伝子配列を全部不活性化すると予想されるだろう。特有配列の一本鎖遺伝子物
質の2億の塩基を含む細胞プール中では、およそ1000のこのような標的配列
がある。
さらに、この試薬中の塩基対部分の数は、このMIL値より実質的に大きいので
、この試薬もまた。必要な10の連続した塩基の標的配列さえない配列と1、一
部間違って対になった種々の複合体を形成することが予想されるだろう。これら
間違って対になった複合体のいくつかは、関連した標的でない遺伝子配列を不活
性化するのに、充分に安定である。
対照的に、長さが16サブユニツトでMIL値が16の試薬の場合には、定義に
より、このような試薬は標的でない配列を不活性化できない。標的でない配列に
一部間違って対になったすべての複合体が、遺伝子の不活性化を達成するのに充
分な安定性を有さないからである。完全な16の塩基対試薬/標的二重構造だけ
が、遺伝子の不活性化を達成するのに充分な安定性を有するだろう。
実際のMIL値の決定に関連して、一連の遺伝子不活性化試薬(これらはすべて
同じ遺伝子配列に対して標的化されるが。
サブユニットの数は変えられる)が1機能している一本鎖標的配列を含むとわか
っている生体細胞内で試験されるとき。
この標的化された遺伝子の活性は、この旧り値に対応するサブユニット長にて著
しい減少を示す。すなわち、このFIIL値は、この標的化された遺伝子配列の
活性を妨げるのに充分な数のサブユニットに対応している。
さらに例示のために9選択されたバンクポーン連鎖タイプを有するポリヌクレオ
チド結合ポリマーに対し、最小の不活性化の長さを決定するために、模範的な方
法が以下に記述される。
まず9選択されたバンクポーンタイプを有する一連の規則正しい結合ポリマーを
調製する。このポリマーはmRNA (5”GUGCAUCUG[ICCAGT
GAGGAGAAG−3’ )中のウサギβ−グロビンの57〜80の範囲に標
的化され、その長さを5〜24サブユニツトに変動させる。次に、 Black
、 MurakimiおよびMiller (Bio−並堕鎚旦ム 釘:61
32 (1985) ”)の詳細な手順に従って、 〔35s )−メチオニン
でラベルされた市販のウサギ網赤血球溶解物の調製物の分割された一部分に、こ
れらポリマーの各々を加える。その後、ウサギグロビンmRNAを加え、37℃
で1時間インキュベートする。各サンプルを’J−(Mして、ゲル電気泳動によ
り分画し、上記のBlakeらによる方法と同様にして。
β−グロビンに組み込まれた放射活性の量を測定する。この最小の不活性化の長
さは、新しいβ−グロビン合成を本質的に完全に妨害する最小のポリマーサブユ
ニット長である。
この?lILは標的配列に依存して少量で変えられるが、一般に、この相対的に
簡単な細胞外方法は、与えられたバンクボーンタイプに対し、細胞内MILの全
く良好な近似を生ずるのに役立つことが再び強調されるべきである。選択された
バンクポーンタイプに対しこのMIL値が一旦決定されると、 MIL調整に対
し下記に記述の方法は9選択された標的配列に対するMILを最適化するために
1合理的に適用され得る。
3、このMILを言。 するための゛J結果として、受容可能なMIL値を最終
的に得るために、相当の範囲で試薬の標的結合親和力を変えることがしばしば必
要とされる。この目的のために、試薬/標的二重構造の安定性を変えるべく2種
々の方法およびその組合せが使用可能である。これには、以下のことが包含され
る。
(i)この試薬中の塩基対部分の数を増加させるかまたは減少させること:
(ii )より大きなまたはより小さいスタッキング寄与を供給するような配列
を有する標的を選択すること(二重の安定性に関する塩基配列効果の詳細な分析
に対し、 Tnocoら(31)を調べよ);
(iii )弱い結合塩基(AおよびUまたはT)に対する強力な結合塩基(G
およびC)の比率がより大きいがまたはより小さい標的配列を選択すること;
(iv)1つまたはそれ以上の弱い結合塩基対部分を、同じワトソン/クリック
対特異性を有するより強力な結合部分で置換すること(例えば、2.6−ジアミ
ツプリン部分は、この標的配列内のUまたはTと実質的により強力な結合を得る
ために、アデニンに代えて用いられ得る;この標的配列内のAと実質的により強
力な結合を得るには、UまたはTに代えて5−ブロモウラシル部分が使用可能で
ある;そして、この標的配列内のGとある程度より強力な結合を得るには、シト
シンに代えて5−ブロモシトシン部分が用いられ得る):あるいはこの試薬の1
つまたはそれ以上の強力な結合塩基対部分を、同じW/C対特対性異性するより
弱い結合部分で置換すること(例えば、2−ピリミジノ部分は、この標的配列内
のGと実質的により弱い結合を得るために、シトシンに代えて用いられ得る;そ
して、この配列内のCと実質的により弱い結合を得るには、6−チオグアニン部
分またはヒボキサンチン部分が使用可能である);および
(v)この標的配列に対し、ワトソン/クリック対をある程度阻害するかまたは
増大させるために、バックボーン構造を選択すること。
上記方法のうち最初の3つ、には、標的選択手順が含まれ。
これに対して、後の2方法はこの試薬の合成中に行われることは、注目されるべ
きである。
方法(i)には、配列特異性の必要条件では、この試薬の長さを約14サブユニ
ツト以下にまで減少させることは除外されるという困難性がある。方法(ii)
および(iii )の困難な点は、他のより重要な標的化基準がこの最適の標的
領域をあまりに厳しく制限しているため、これら2つのMIL m整方法は、著
しい効果を得るにはほとんど許容範囲がないことにある。これらの制約のために
、はとんどのMILII整は3方法(iv)および(V)により好適に達成され
る。
■、メユ1≧11鍜腹略
第■節で考察される要因によれば、所望のポリマー長および認識部分の配列を選
択した後、上記に詳述の一般的なサブユニットカップリング手順を用いて、この
ポリマーが集められる。ポリマーを集める一つの方法には、はじめに適当な一組
の2量体を調製し2選択された2量体を連結させて4量体を形成し、それらを連
結して8量体を形成するなど、が含まれる。この方法は溶液中で実行され、第5
A図および第7A図に関連して上記に記述される方法に実質的に従う。すべての
カンプリングが必ずしも同じサイズのオリゴマーの間で行われる必要がない事に
注目すべきである。例えば、しばしば。
最後のカンプリングでは、 2量量体を得るには、16量体と4量体とを連結さ
せること、あるいは24量体を得るには16量体と8量体とを連結させることが
望ましい。
この集合方法で特に有利な点は、それぞれのカンプリング生成物が、その前駆体
のおよそ2倍の質量をもつので、それぞれのカンプリング生成物の精製が簡単な
事である。下記の実施例18では、8サブユニツトのカルバミン酸塩が連結され
たポリマーのこの方法により形成される集合体について詳細ポリマー合成のため
の一つの好ましい方法として、固体担体上での段階的な集合がある。ここでは、
ポリマー中の最初のサブユニットが、そのN2バフクボーン基を介して固体担体
に付加される。典型的には、開裂可能であり好ましくは酸に安定な長鎖のリンカ
−によって誘導されたガラスピーズのような固体担体が、この担体材料として用
いられる。実施例19で記述のごとく、この固体担体は、ヌクレオシドの5”水
酸基のような請求核基の付加のために調製される。このガラスピーズは、好まし
くは酸に不安定なNI保護基、および活性化されたN2基またはEバックボーン
基を有するサブユニットと。
第■節に詳述のように反応に供される。種々のタイプのサブユニットのガラスピ
ーズ担体へのカンプリングは、一般に。
実施例20〜22に記述されている。
この二番目のサブユニット(または、溶液中で集合されうるポリマーユニット)
の担体へのカンプリングの後、すべての未反応の請求核基は、p−ニトロフェニ
ル酢酸塩のような適当なキャンピング試薬の付加により、キャンプされる。その
後、担体は洗浄され濾過される。このN1末端サブユニット上の保護基は、典型
的には酸処理により除去される。
中和の後、この担体は1次いで、遊離のN2バフクボーン部分で活性化される次
の配列中のサブユニット(またはポリマーユニット)の過剰量との反応に供され
る。活性化された過剰のサブユニットにより、鎖を伸長されている多数の担体結
合サブユニットの数が最大になる。すなわち、この固体担体の集合方法の一つの
特徴は、各サブユニット付加段階において。
高いカップリング効率が必要なところにある。付加され活性化されたサブユニッ
トの濃度は、この効率を最大にするように選択される。鎖の伸長は、各サブユニ
ットの付加の後、不足配列のキャッピングとともに、所望の長さおよび配列のポ
リマーが得られるまで続けられる。この一般的な方法は、14サブユニ7)の炭
酸塩が連結されたポリマーの調製に対し実施例20に、19サブユニツトのカル
バミン酸塩が連結されたポリマーの合成に対し実施例21に、そして19サブユ
ニツトのアミドが連結されたポリマーの集合に対して実施例22に示されている
。
この最後の配列中のサブユニットの付加の後、このポリマーは、末端のN、基に
カップリングされている適当な荷電または非荷電の基とともにキャップされても
よい。もしこのバックボーンの集合が非荷電のアキラルな連鎖ばかりで行われる
なら、このキャンピング試薬は、好ましくはポリマーに末端の電荷を与える荷電
された一群である。ポリマーのキャッピングの後、このポリマーは、たとえば水
酸化アンモニウムのような核剤を用いた処理により切り離される。そして、この
ポリマーは9例えば陰イオン交換クロマトグラフィーにより精製される。これら
集合後の操作は、カーボネートで連結されたポリマーの合成に関し実施例23で
、カルバミン酸塩で連結されたポリマーの合成に関し実施例25で、そしてアミ
ドで連結されたポリマーの合成に関し実施例27で記述されている。
結合されたポリマー分子とともに上記固体担体試薬を含む診断上の応用に対し、
この集められ精製されたポリマーは。
公知のカップリング方法(例えば、実施例20に詳述される方法)により、セル
ロース担体のような固体担体に付加される。
実施例24.26および28は例証となる。
以下の実施例は3本発明に従って作成されそして使用される種々のサブユニット
合成スキーム、ポリマー構成方法および応用および組成物を例示している。これ
らの実施例は1本発明の範囲を何ら限定するつもりはない。
(以下余白)
汰国l吐1
リボヌクレオシドおよびデオキシリボヌクレオシドの調す次のヌクレオシドは、
Sigma Chemical’ Co、、 St、 Louis+ 110
から得られる:デオキシウリジン、デオキシグアノシン、チミジン、デオキシア
デノシン、デオキシシチジン、5−ブロモデオキシウリジン、デオキシイノシン
、2.6−ジアミツー9−(2−デオキシ−β−り一エリスローペントフー7/
シル)9H−プリン(2,6−シアミツプリンデオキシリボシド)、ウリジン、
グアノシン、 5−メチルウリジン、アデノシン、シチジン、5−ブロモウリジ
ン、イノシン。
2.6−ジアミツー9−(β−D−リボフラノシル) −9B−プリン(2,6
−シアミツプリンリボシド)は、 Pfaltz and Bauer。
Inc、、 Division of Aceto Chemical Co、
、 Inc−+ Waterbury。
CTから得られる。 −
次のヌクレオシドは1次に示す文献の方法で調製される=1−(2−デオキシ−
β−り一エリスローベントフラノシル−2−ピリミジノン(2−ヒドロキシピリ
ミジンデオキシリボシド)は、 John Wiley and 5ons+
Inc、のNucleic Ac1d並セ旦す; L、 B、 Townsen
d and R,S、 Tipson、 eds (1976)に記載されたP
、 Kohler、 E、 Volz、 U、 5equinおよびC,Tam
mの方法により調製される。
1−(2−デオキシ−β−D−エリスローペントフラノシル)−4−メトキシ−
2−ピリミジノンは1次の方法で調製される:
1− (3’、 5”−ジー0−ベンゾイル−2−デオキシ−β−D−エリスロ
ーペントフラノシル−4−メチルチオ−2−ピリミジノン(Collectio
n of Czechoslov Chem Comm (1977)42 :
2246のり、 CechおよびA、 Ho1yの方法により調製〕を。
0.2Mナトリウムメトキシド溶液200mLで処理する。処理後の溶液を一夜
室温に放置する。この溶液を次に、ダウエックス50X 8 (Dowex 5
0X 8 ; H”型)で中和し、濾過する。残渣を水100mLに溶解し、エ
ーテル2.50mLで抽出し、水相をエバボレートする。その残渣はアモルファ
ス状の物質であり。
直接次の反応に用いられる。
2−アミノ−9−(2−デオキシ−β−り一エリスローベントフラノシル) −
1,9−ジヒドロ−6H−プリン−6−千オン(デオキシチオグアノシン)は、
J Med Chem (1963) 6 :684のR,H,Iwamot
o、 E−M、 Acton、およびり、 Goodmanの方法により調製さ
れる。
1−(β−D−リボフラノシル)−2−ピリミジノン(2−ヒドロキシピリミジ
ンリボシド)は、 L叶り堕並(1974)39 : 3668のU、 N1e
dballaおよびH,Vorbruggenの方法により8周製される。
1−(2−デオキシ−β−D−リボフラノシル)−4−メトキシ−2−ピリミジ
ノン(2−ヒドロキシピリミジンデオキシリボシド)は、 Co11ectio
n of Czechoslov Chem Comm (197338: 1
381のR,Wightmanおよびり、 Ho1yの方法により調製される。
2−アミノ−9−(β−D−リボフラノシル) −1,6−シヒドロー6H−プ
リン−6−チオン(チオグアノシン)は、LAmer Chem Soc (1
958) 80 : 1669のJ、 J、 Fax、 1. W’empen
。
^、 HamptonおよびI、 L、 Doerrの方法で調製される。
ジメトキシトリチルクロリド、 N−ベンゾイルアデノシン。
N−ベンゾイル−2”−デオキシアデノシン、N−ベンゾイルシチジン、N−ベ
ンゾイル−2“−デオキシシチジンおよびN−イソブチリル−2”−デオキシグ
アノシンは、 Sigma Chemicals+St、 Louis、 Mi
ssouriから得られる。9−フルオレニルメトキシカルボニルクロリド(F
MOCクロリド)、トリメチルクロロシラン、無水イソ酪酸、 4−ニトロベン
ゾイルクロリド。
および有機溶媒のすべて(反応およびクロマトグラフィー用)は、 Aldri
ch Chemical′Co、+ Milwaukee、 Wisconsi
nから得られる。シリカゲルは、 EM 5cience、 Cherry )
lilL New JerseyN−29−フルオレニルメトキシカルボニル誘
導体は9次に示すヌクレオシドのアミノ基の保護の一般的な手法により調製され
る:
) グアノシン(1mmol)をとリジン(5mL)に懸澗させ、トリメチルク
ロロシラン(5mmol)で処理する。この溶液を15分間攪拌した後、9−フ
ルオレニルメトキシカルポニルクロリド(5mmol)を加え、この溶液を室温
に3時間保持する。
反応液を水浴中で冷却し、水(1mL)を加える。5分間攪拌後、濃アンモニア
(1mL)を加え1反応液を15分間撹拌する。
この溶液をほぼ乾固状態近くにまでエバポレートし、残渣をクロロホルム(10
mL)に溶解させる。この溶液を重炭酸ナトリウム溶液(5mL、 10%)で
洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥し、エバポレートする。残渣をトルエンとともに
数回エバボレートし、生成物をメチレンクロライド中メタノール勾配(0〜50
%)を用いてシリカゲルのクロマトグラフィーにかける。
N−イソブチリルグアノシンは、 J Amer Chem Soc (196
9)91 : 3356のLetsingerおよびMillerの方法により
調製される。
N−アセチルグアノシイは、 J Chem Soc Perkin Tran
s (1972)1 : 2937のC,B、 ReeseおよびR,S、 5
affhillの方法で得Chem 5cand (1983) B 37 :
263のJ、 He1kklaおよびJ、 Chat−topadhyaya
の方法で調製される。
N−2アセチル誘導体は、Re5earch Plus Inc、s Bayo
nne。
N、 J、から得られる。
2.3 fオキシアデノシン
N−62−(4−ニトロフェニル)エトキシカルボニル誘導体は、 Tetra
hedron Lett (1983) 24 : 3583のF、 Hima
+els−bachおよび−,Pfleidererの方法により調製される。
N−64−ニトロベンゾイル−2′−デオキシアデノシンは。
FMOCクロリドの代わりに4−ニトロベンゾイルクロリドを用いたこと以外は
上記FMOC−グアノシンの調製法により調製される。
N−62−(フェニルスルホニル)エトキシカルボニル誘導体は、アシル化剤と
して2−(フェニルスルホニル)−エチルクロロフォーメート(Tetrahe
dron Lett (1981) 22 : 3667のN、 Balgob
in、 S−JosephsonおよびB、 Chattopadhyayaの
方法により得られる〕を用い、溶媒としてN−メチルイミダゾールまたはピリジ
ンを用いたこと以外は、 FMOCグアノシンの調製法により調製される。
2.4 アデノシン
N−62−(4−ニトロフェニル)−エトキシカルボニル誘導体は、 Tetr
ahedron Lett (1983) 24 : 35830F、 )Ii
mmels−bachおよびW、 Pfleidererの方法により調製され
る。
N−64−二トロペンゾイルアデノシンは、 FMOCクロリドの代わりに4−
ニトロベンゾイルクロリドを用いたこと以外はFMOC−グアノシンの調製法に
より調製される。
N−62−(フェニルスルホニル)エトキシカルボニル誘導体は、アシル化剤と
して2−(フェニルスルホニル)−エチルクロロフォーメート(Tetrahe
dron Lett (1981) 22 : 3667のN、 Balgob
in、 、5. JosephsonおよびB、 Chattopadhyay
aの方法により得られる〕を用い、溶媒としてN−メチルイミダゾールまたはピ
リジンを用いたこと以外は、 FMOCグアノシンの調製法により調製される。
2.5 デオキシシチジン
N−42−(4−ニトロフェニル)−エトキシカルボニル誘導体は、 Tetr
ahedron Lett (1983) 24 : 3583のF、)Iim
mels−bachおよびW、 Pfleidererの方法により調製される
。
N−62−(フェニルスルホニル)エトキシカルボニル誘導体は、アシル化剤と
して2−(フェニルスルホニル)−エチルクロロフォーメート(Tetrahe
dron Lett (1981) 22 : 3667のN、 Ba14ob
in、 S、 JosephsonおよびB、 Chattopadhyaya
の方法により得られる〕を用い、溶媒としてN−メチルイミダゾールまたはピリ
ジンを用いたこと以外は、 FMOCグアノシンの調製法により調製される。
2.6 シチジン
N−42−(4−ニトロフェニル)−エトキシカルボニル誘導体は、 Tetr
ahedron Lett (1983) 24 : 3583のF、 Him
mels−bachおよびW、 Pfleidererの方法により調製される
。
N−62−(フェニルスルホニル)エトキシカルボニル誘導体は、アシル化剤と
して2−(フェニルスルホニル)−エチルクロロフォーメート(Tetrahe
dron Lett (1981) 22 : 3667のN、 Balgob
in、 S、 JosephsonおよびB、 Chattopadhyaya
の方法により得られる〕を用い、溶媒としてN−メチルイミダゾールまたはピリ
ジンを用いたこと以外は、 F?IOCグアノシンの調製法により調製される。
2.7 2.6−シアミツプリンリボシド2.6−シアミツプリンリボシドのN
−2、N−6ビス(9−フルオレニルメトキシカルボニル)誘導体は、一般的な
手法で調製される。
N−2,N−6−ビス(イソブチリル)誘導体は9通常の手法により調製される
。
2.82.6−シアミツプ1ンー2“−デオキシリボシド2.6−シアミツプリ
ンー2”−デオキシリボシドのビスN−2、N−6−(9−フルオレニルメトキ
シカルボニル)誘導体は9通常の手法により調製される。
2.9 チオグアノシン
チオグアノシンのN−29−フルオレニルメトキシカルボニル誘導体は通常の手
法により調製される。
2.10 2’−デオキシチオグアノシン2”−デオキシチオグアノシンのN−
29−フルオレニルメトキシカルボニル誘導体は1通常の手法により調製される
。
四臭化炭素、ナトリウムアジド、p−)ルエンスルホニルクロリド(トシルクロ
リド)、トリフェニルホスフィンおよび10%パラジウム−炭は、 Aldri
ch ChemCo、で購入される。
リチウムアジドは、 Kodak Laboratory and 5peci
alty Chemicalsで得られる。
3.1 二股約王迭
この実施例で用いられるヌクレオシドは、チミジン、R6−ペンゾイルー2°−
デオキシアデノシン、 N4−ベンゾイル−2゛−デオキシシトシン、および2
′−デオキシイノシン、2−ヒドロキシ−ピリミジン−2゛−デオキシリボシド
および2,6−シアミツプリンー2”−デオキシリボシドのN2− R6−ビス
イソブチリル誘導体(実施例1参照)である。所望の乾燥したヌクレオシド(1
mmol) ヲH4iし、トリフェニルホスフィン(1,01mmol)および
リチウムアジド(5mmol)を入れた反応容器に添加する。固形物をDMFに
懸濁させた後、四臭化炭素(1,0mmol)を容器に加える。こq溶液を室温
で24時間攪拌する。
反応をメタノールで止めた後、この溶液をエバポレートして乾固させる。残渣を
シリカゲルクロマトグラフィーにかけ。
メタノール/クロロホルム混合液で溶出すると5所望の5゛−アジドー2’、
5’−デオキシヌクレオシドが得られる。
この5°−アジドヌクレオシド(1mmol)をエタノールにン容解させる。触
媒量の10%パラジウム−炭の存在下、水素圧35psiで10時間にわたり水
素化を行う。この溶液を濾過し、減圧下でエバポレートすると粗固形物が得られ
る。この固形分は適当な溶媒を加えてこねることにより精製される。
3.2 5’−アジドウリジン球
5−ブロモ−2°−デオキシウリジンの5°−アジド誘導体は。
上記方法により調製される。5゛−アジド−t−ブロモ−2゛−デオキシウリジ
ン(1mmol)は、トリフェニルホスフィン(1,5mmol)とピリジン中
室温で2時間にわたり処理される。
この反応容器に濃アンモニア(1mL)を加える。14時間後。
溶媒を真空下で除去する。残渣をTHFに溶解させ、この溶液をヘキサンに加え
る。沈澱物を集め、この固形成分を適当な溶剤でこねると、5′−アミノ−5−
ブロモ−2”−デオキシウリジンが得られる。
3.55”−アジドグアノシン
5°−アミノ−2゛、5”−ジデオキシグアノシンの他の調製法は、保護された
2゛−デオキシグアノシン(N−2−アセチルかN−2−FMOC誘導体で保護
されている) (1mmol)をピリジン中トシルクロリド(1,3mmol)
で0℃にて一夜処理することである。この溶液をエバポレートして乾固し、残渣
をクロロホルムに溶解させる。得られた溶液を重炭酸ナトリウム水溶液で洗浄し
、硫酸ナトリウムで乾燥する。この溶液をエバボレートシ、残渣をシリカゲルク
ロマトグラフィーにかけメタノール/クロロホルム混合液で溶離する。得られた
トシレート(1mmol)は、DMF中ナトナトリウムアジド6 mmol )
で80〜100℃にて数時間処理する。溶媒をロータリーエバポレーターで除去
し、残渣をシリカゲルクロマトグラフィーにかけクロロホルム/メタノール混合
溶媒で溶離する。このアジドは、上記手法を用いて目的とするアミンに還元され
る。
2゛−デオキシシチジン、2°−デオキシアデノシン、2゛−デオキシグアノシ
ン、および2,6−シアミツプリンデオキシリボシドの塩基窒素の保護基として
は、2゛−デオキシシチジンおよび2゛−デオキシ7デノシンに対しては2−(
フェニルスルホニル)エトキシカルボニル基が、そして2゛−デオキシグアノシ
ンおよび2.6−シアミツプリンデオキシリボシドを保護するためには9”−フ
ルオレニルメトキシカルボニル(FMOC)基が、実施例2に示されるように、
使用される。
3′−アミノ−2゛、3°−ジデオキシリボヌクレオシド サブユニとヱ)Oi
1m裂
チミジンを5゛−O−アセチル−3゛−アジド−2′、3”−ジデオキシチミジ
ンに変換し、これを−J Or Chem (1978) 43 :3044の
M、 ImazauaおよびF、 Ecksteinの方法により3′−アジド
−2゛、3°−ジデオキシアデノシンおよび3゛−アジド−2゛3゛−ジデオキ
シグアノシンに変換する。3”−アジドアデノシンの塩基部分は、ベンゾイル誘
導体または2−(フェニルスルホニル)エトキシカルボニル誘導体(実施例1に
示す)として保護される。3′−アジドグアノシンのN−2は、アセチル誘導体
またはFMOC誘導体〈実施例1参照)として保護される。これらの3゛−アジ
ド基の3°−アミノ−2’−3’−ジデオキシリボヌクレオシドへの還元は実施
例3に示されるようになされる。
ス】11足
リボヌクレオシドから沃 されるモルホリン刑すブユニット皇星製
重ホウ酸アンモニウム、 m−過ヨウ素酸ナトリウム、ナトリウムシアノボロハ
イドライド、ウリジン、 N4−ベンゾイルシチジン、およびR6−ペイジイル
アデノシンは、 Sigma ChemicalCo、で得られる。N2−イソ
ブチリルグアノシンは、 LetsingerおよびMiller U Ame
r Chem Soc (1969) 91 : 3356 )の−C的手法に
より調製される。2−フェニル−2−プロパツールおよびビス(p−ニトロフェ
ニル)カーボネートは、 AldrichChemical Co、で得られる
。
ウリジンのモルフォリンR4体は、ウリジンl Holと重ホウ酸アンモニウム
、(N)+4) Jz072 mmolとを水5rn!!に溶解させて調製され
る。水浴下で撹拌し直射日光を避けながら、 m −過ヨウ素酸ナトリウム1.
2畦o1を水5艷に溶解させた溶液を添加する。90分後に1,2−プロパンジ
オール0.2−を加え。
室温で10分間攪拌を続ける。その後、換気の充分なフードの中で充分に攪拌し
ながらナトリウムシアノボロハイドライド0.25 gを水3−に溶解した溶液
を添加し、混合物を室温で4時間攪拌する。次に2反応混合物を温水浴中真空下
で濃縮してオイル状とし、これを最小量のメタノールで再分散してシリカゲルク
ロマトグラフィーカラム上に積層し、メタノール/1%トリエチルアミンで溶離
する。モルフォリン型生成物はシャープなバンドでカラムから溶離される。この
生成物は。
ちとのりボヌクレオシドおよびその酸化生成物に比較してはるかにゆっくりと移
動する。このモルフォリン型生成物は。
もとのりボヌクレオシドとほとんど同一のuvスペクトルを有する。しかし、マ
ススペクトルは、17ダルトンだけ低い(高速原子衝撃活性化によるマススペク
トル分析により決定)。
次に、生成物を2−フェニルイソプロピルフェニルカーボネートと反応させるこ
とによりモルフォリンの窒素を保護する。所望の活性カーボネートを調製し、こ
れを、IntJ上m達坤工Protein Res (1974) 6 : 1
11のSandberg and Ragmarssonの方法に基本的に従い
1モルフォリン型サブユニットと反応させる。最終的に、必要に応じて(サブユ
ニット アセンブリーをポリマーへ組み込む方法に依存する)、もとの5゛に対
応する位置の水酸基は9次の方法により活性化され得る。その方法とは、N−保
護化サブユニットを最小容量の乾燥ジメチルホルムアミドに溶解させ、ビス(p
−ニトロフェニル)カーボネート2等量とトリエチルアミン、 N−メチルイミ
ダゾール、またはN、N−ジメチルアミノピリジン0.2等量とを加えることで
ある。室温で3時間保持した後1反応混合物を温浴中で真空上濃縮する。この濃
厚なシロップを受容量のジクロロメタンに再懸濁し、シリカゲルカラム上に積層
しlNlN−ジメチルアニリンを0.2容量%の割合で含有するジクロロメタン
/エーテル(容量比1:1)混合物で溶離する。この溶媒系において、活性化生
成物は、p−二トロフェノールおよびビス(p−ニトロフェニル)カーボネート
よりも実質的にゆっくりと移動するが、未反応の出発物質よりもはるかに速く移
動する。活性化された生成物は、アンモニアを噴霧することによりシリカゲル几
Cプレート上でN単に目視観察することができる。アンモニアの噴霧により、黄
色のニトロフェル−トイオンが1〜2分間で現れる。
他のりボヌクレオシド(必要に応じて実施例2のように塩基が保護されている)
は、基本的には同様の手法で、対応するモルフォリン型誘導体に変換される。た
だし、最初の過ヨウ素酸塩による酸化の段階の前の、保護されたりボヌクレオシ
ドの溶解性に応じて、メタノールを適当量添加する必要がある。
モルフォリン型サブユニットがチオカーバメート結合を介して結合されるとき1
通常の出発リボヌクレオシドに対する好適な塩基保護基は次のとおりである:シ
チジンおよびアデノシンにはフェニルスルホニルエトキシカルボニル基、および
グアノシンには9−フルオレニルメトキシカルボニル基。
災舅炭■
5°−酢 −2’、 5’−ジデオキシリポヌクレオシド サブユニーム上!j
l説
トリエチルアミン、ピリジン/三酸化イオウ錯体、 p−ニトロフェノール、ジ
シクロへキシルカルボジイミド、および40%ジメチルアミン水溶液はAldr
ichで得られる。
実施例12.1で調製される3”−0−tert−ブチルジメチルシリル−N−
2−(フェニルスルホニル)エトキシカルボニルアデノシン(1mmol)をメ
チレンクロリドおよびジメチルスルホキシド(1/1 、 v/v ; 10m
L)に0℃で溶解させる。これに、トリエチルアミン(3mmol)およびピリ
ジン/三酸化イオウ錯体(3mmol)を加える。この混合液をこの温度で1時
間攪拌し、水洗する。硫酸ナトリウムで乾燥し、減圧下でエバボレートする。残
渣を乾燥ピリジン(10mL)に溶解させ。
ベンジルオキシカルボニルメチレントリフェニルホスホラン(1,5mmol)
と37℃で24時間処理する。この混合物を2次に。
減圧下でエバボレートして乾固し、残渣をメチレンクロリドに溶解させ、希)1
cIでそして水で洗浄する。次に、有機相を硫酸ナトリウムで乾燥し、溶媒を減
圧下で留去する。残渣をクロロホルム中メタノール勾配(0〜20%)を用いて
シリカクロマトグラフィーにかける。
前段で得られる不飽和エステル(1mmol)をシクロへキサジエン(5mL)
および10%パラジウム−炭(100■)を含む酢酸エチル/エタノール(40
mL、 1/1 、 v/v )に溶解させ。
この懸濁液を窒素気流下5〜24時間にわたり激しく攪拌する。
この混合物を濾過し、溶媒を減圧で留去する。残渣をクロロホルム中メタノール
勾配(5〜50%)を用いてシリカゲルクロマトグラフィーにかける。
前段で得られる酸の0.2〜0.5M酢酸エチル(またはメチレンクロライド)
溶液にp−二トロフェノールを約20%過剰に加える。この溶液に0℃でジシク
ロへキシルカルボジイミドを計算量加える。0.5時間後に、この溶液を室温に
戻し。
1時間保持した。分離したジシクロヘキシル尿素を濾過し。
溶媒で洗浄する。濾液と洗液とを合わせたものを減圧下でエバボレートし乾固す
る。このエステルはそのままカフブリング反応に使用され得、また、クロロホル
ム中イソプロパツール勾配(0〜50%)を用いて、シリカの短いカラムで精製
することもできる。
適切に保護された他の2′−デオキシヌクレオシドについても類似の一連の反応
を行うことができる。
この活性エステル(1mmol)を、 40%ジメチルアミン水溶液(2mmo
l)とメタノール中で処理すると、N−保護化3′−〇−tert−ブチルジメ
チルシリル−2’、 5’−ジデオキシアデノシン−5”−酢酸のN、N−ジメ
チルアミドが生成する。溶媒を減圧下でエバボレートして除去し、残渣を2 M
HF/ I M tert −ブチルアンモニウムフルオライド(TBAF)
試薬を用いて脱シリル化する。このTBAF試薬は、 Tetrahedron
Lett (1982) 23 :2257にB、 L、 Gaffneyお
よびR,A、 Jonesにより記載されている。ピリジン中の2 M HF/
I M tert−ブチルアンモニウムフルオライド(TBAF 1 mmo
l)に、前段で得られる脱保護化ヌクレオシドを加える。24時間攪拌後9反応
液をメチレンおよび重炭酸ナトリウム水溶液に分離する。有機層を水洗し、硫酸
ナトリウムで乾燥し、エバボレートし乾固する。残渣をメチレンクロライド中メ
タノール勾配(5〜25%)を用い、シリカクロマトグラフィーで精製する。
カリウムt−ブトキシド、アニソイルクロリド、6−クロロプリン、10%パラ
ジウム−炭、フタロイルクロリド、2−アミノ−6−クロロプリン、20%テト
ラエチルアンモニウムヒドロキシド水溶液、25%トリメチルアミン水溶液、2
−ピリミジノン、 N−ブロモコハク酸イミド、トリフルオロ酢酸。
4−二トロフェノール、およびN、N−ジスクシイミジルカーボネートはAld
richで得られる。リチウムアジドはEas tmanKodak、 Roc
hester、 New York+で得られる。C18逆相シリカゲルは、
Whatman、 Hillsboro、 Oregon+ で得られる。
7.1. (S)−5−((4−アミノ−2−オキソピリミジニル)−メチルゴ
ーピロリドンのf制iL シトシンピロリドン上山jjL!欠L
シトシン(2,2mmol)を、カリウムtert−ブトキシド(2mmol)
を含むジメチルスルホキシド(2mL)に溶解させる。
この溶液を(S)−5−()シルオキシメチル)−2−ピロリドン(1mmol
)を含むフラスコに加える。この(S)−5−(トシルオキシメチル)−2−ピ
ロリドンは、 E、 HardeggerおよびH,Ott、の方法(Helv
Chim Acta (1955) 38 : 312)により調製される。
溶解後、この混合物を25℃で6時間攪拌する。この混合物を酢酸(2mmol
)で中和し、減圧下でエバポレートする。残渣をジメチルホルムアミド(5mL
)中に取り。
減圧下でエバポレートする。この工程を3度繰り返す。
?、2. N−4アニソイルシトシンピロリドンの1・制前段で得られる混合物
をピリジンまたはN−メチルイミダゾール(1抛L)に溶解させ、室温にてアニ
ソイルクロリド(2,8mmol)と処理する。2時間攪拌後、混合物を氷(0
,5g)で反応を止める。5分後、29%アンモニア1mLを加える。15分間
室温に保持した後、その溶液を酢酸エチル(15n+L)に溶解させ、塩水(1
5mL)を用いて2度洗浄する。洗液を合併し。
酢酸エチル(2X 30mL)で洗浄する。有機層を合併し、硫酸ナトリウムで
乾燥し、減圧下でエバポレートする。残渣はトルエンとともに数置エバポレート
し、得られた残渣を、メチレンクロリド中メタノール勾配(0〜20%)でシリ
カゲルクロマトグラフィーにかける。
7.3.6−クロロプリンピロリドンの舌、制この化合物は、シトシンのアルキ
ル化の方法により調製される。シトシンのアルキル化の条件と異なるのは、アル
キル化は6−クロロプリンに対して行い、混合物を35〜95℃に数時間加熱す
ることである。その混合物を室温に冷却し、酢酸(2mmol)で中和し、減圧
下でエバポレートする。これを。
20%メタノール/クロロホルムおよび10%重炭酸ナトリウム混合物とともに
振盪する。水層をクロロホルムで洗浄し9合併した有機層を硫酸ナトリウムで乾
燥し、減圧下でエバポレートする。残渣を、クロロホルム中メタノール勾配(0
〜25%)を用いてシリカゲルクロマトグラフィーにかける。
ド(2mmol)を含むジメチルスルホキシド(2+aL)中で30〜100℃
にて数時間処理する。処理後、この混合物を減圧下でエバポレートし、クロロホ
ルムに溶解させる。10%重炭酸ナトリウムで洗浄し、有機層を硫酸ナトリウム
で乾燥し、減圧下で濃縮する。残渣を、クロロホルム中メタノール勾配(0〜2
5%)を用いてシリカクロマトグラフィーにかける。
7.5.ヱヱム之2旦三丈工Z色皿製
前記実施例で得られるアジドを水素化する。この水素化は。
該アジド(1mmol)のパラジウム−炭(100mg、 Pd 10重景気)
を含むエタノール(10mL) 溶液に30ボンドの水素圧をかけて24時間振
盪することにより行われる。この溶液をセライトを用いて濾過し、濾液をエバポ
レートする。残渣を直接次アデノシンピロリドン(1mmol)をフタロイルク
ロリド(1,4mmol)でアシル化することによりN−6位にフタロイル基を
導入する。この反応は1反応液中にアンモニアを加えないこと以外は、上記シチ
ジンのアニソイル化と同様の方法を用いて行われる。
7.7.2−アミノ−6−クロロプリンピロ1 トンの8.制ピロリドントシレ
ートを、 6−クロロプリン誘導体の調製に示された方法で2−アミノ6−クロ
ロプリンを用いてアル前段で得られるクロロプリンピロリドン(1mmol )
をジグリム(10+nL)および25%トリメチルアミン水溶液(2mL)中に
溶解させる。その溶液を室温で5時間攪拌し、水(10mL)を加え、その混合
物を減圧下で10mLにまで濃縮する。酢酸(2mL)を加え、その混合液を減
圧下でエバポレートし、オイル状物を得た。酢酸四エチルアンモニウムを含む残
渣は、直接9次のステップに使用される。
7.9. N−2アセチルグアニンピロリドンの調+1前段で得られるグアニン
ピロリドン(1mmol)を無水酢酸(5mL)と、還流下で2時間反応させる
。その溶媒をエバポレートし、その残渣をジメチルホルムアミドと共にエバポレ
ートする。その残渣を、0℃にてアンモニアで飽和させたエタノール(5mL)
に溶解させ、溶液をこの温度で2時間攪拌する。その溶媒を減圧下でエバポレー
トし、残渣をクロロホルム中メタノール勾配(5〜50%)を用い、短いカラム
のシリカクロマトグラフィーにより精製する。
7.10. 2−アミノ−6−アジトプリンビロリドンの冨。制この化合物は、
実施例7.4.の手法を用い、2−アミノ−6−クロロプリンピロリドンから調
製される。実施例7.4.の方法と異なるのは9反応がより長い時間を必要とし
、かつより高い温度で行われることである。
7.11. 2.6−シアミツプリンピロリドンの1゜制この化合物は、2−ア
ミノ−6−アジド誘導体の還元により、アゾコシンピロリドンと同様に調製され
る。
メタノール性アンモニア処理を8時間にわたって行うことを除き、上記N−2ア
セチルグアニンピロリドンの調製と同様の方法により、アセチル基が導入される
。溶媒をエバボレートシ、残渣をアデノシン誘導体の場合と同様にフタロイル6
−クロロプリンピロリドン(1mmol)は、グアニンピロリドン誘導体の調製
に用いられる方法によりイノシン誘導体に変換された。その化合物は、クロロホ
ルム中メタノール勾配(5〜25%)を用いて、シリカクロマトグラフィーによ
って精製される。
7.14. 2−ヒドロキシピリミジンピロ1 トンのUこの化合物は、 6−
クロロプリン誘導体の調製に用いられる手法により、 2−ピリミジノンのアル
キル化により得られる。
天逼l吐l
プリンおよびピリミジンT−BOCアミノ−の8周11シトシンピロリドンの下
記一般的手法は、すべての適切に保護されたピロリドン誘導体に通用することが
できる。t−BOC酸として言及されるその生成物は、ピロリドン環が開裂して
酸およびt−BOCアミンとなることにより形成される。
8.1.シトシンt−BOCの8.制
N−4−アニソイルシトシンピロリドン(1mmol) ’c、 ’; −te
r t−ブチルジカーボネート(2mmol) 、)リエチルアミン(1mmo
l) #よびジメチルアミノピリジン(1mmol)を含むメチレンクロライド
に溶解させる( 0.5M溶液)。その溶液を、室温で10時間攪拌する。揮発
性物質を除去し、残渣をクロロホルム中メタノール勾配(0〜20%)を用いて
、シリカで精製する。その残渣をテトラヒドロフランに溶解させ(0,2H溶液
)1次に、水酸化リチウムを加える(3mmol、1M溶液として)。室温で5
時間保持した後、その溶液を10%酢酸(3mmol)を添加することにより中
和し、溶媒を減圧下で除去する。その残渣を9Nアンニモアに溶解させ、室温で
1〜10時間攪拌した。その溶媒を減圧下で除去し、残渣を水およびメタノール
(またはトリフルオロエタノール)の混合液を用いて、018逆相シリカゲルの
クロマトグラフィーにより精製これは9次の操作によりシトシンt−BOC酸か
ら調製する:シトシンt−BOC酸(1mmol)を酢酸水溶液に溶解させ、亜
硫酸ナトリウム(1mmol)と4℃で処理する。その混合物を1時間攪拌し、
減圧下エバボレート・乾固する。その生成物を、水およびメタノール(またはト
リフルオロエタノール)混合液を用い、018逆相シリカゲルのクロマトグラフ
ィーにより精製する。
8.3.5−プロモラーシルt−BOCの8゜制この化合物は次の手法により、
ウラシルt−BOC酸から得る:ウラシルt−BOC酸(1mmol)をDMF
13 ml>に溶解させ。
N−ブロモコハク酸イミド(1,2mmol)で処理する。その溶液を、 16
時間室温で放置する。溶媒を減圧下で除去した後。
その生成物を、水およびメタノール(またはトリフルオロエタノール)混合液を
用い、018逆相シリカゲルのクロマトグラフィーにより精製する。
8.4. N−ヒt−BOCのi、制
認識部分の環外のアミノ基をアシル化するためのこの一般的な手法もまた。アデ
ノシン誘導体の保護に適用される。
前段で得られるシトシンt−BOC酸(I n+lI+ol)をN−メチルイミ
ダゾールあるいはピリジン(5mL)に溶解させて、クロロトリメチルシラン(
5mmol)で処理する。室温で15分間保持した後、その溶液を2−(4−ニ
トロフェニル)エチルクロロフオーメー) 3mmol (F、 Himmel
sbachおよびW、 Pfleiderer(Tetrahedron Le
tt (1983) 24 : 3583 )の方法により得られる)で処理す
る。その反応液を室温で8時間保持し9次に水浴で冷却し、そして水(1mL)
を加えた。5分後、濃アンモニア1mLを加えて、混合物を室温で15分間攪拌
する。その反応液を次に、エバポレート・乾固し、その残渣を水に溶解させる。
その溶液を2M塩酸で酸性にして、クロロホルムで抽出する。合併した有機抽出
物を硫酸ナトリウムで乾燥し。
減圧下でエバポレートする。その残渣をクロロホルム中メタノール勾配(5〜5
0%)を用いてシリカクロマトグラフィーにより精製する。
グアニンおよび2,6−シアミツプリン誘導体の保護のために、上の操作を改変
し1反応をピリジン中で行い、アシル化試薬を9−フルオレニルメチルクロロフ
ォーメイトとした。
叉施開ニ
プリンおよびピリミジンアミノ の舌。1次の手法は、すべての誘導体に適用さ
れる。それはt−BOC基を取り除き、バンクボーンの第一アミノ基をフリーに
する。
t−BOC酸(1mmol)を20%のトリフルオロ酢酸を含むメチレンクロラ
イド5mLに溶解させ、室温で30分間攪拌した。トルエン(3mL)を加え、
溶媒を減圧下でエバポレートすると。
アミノ酸トリフルオロ酢酸塩が得られる。これを直接、カップリング反応に用い
る。
災施±旦
アキラルな非環゛ポリヌクレオチド ゛ のt立てのためのサブユニットの調1
1
10.1シチジン頻り の8゜制
水素化ホウ素リチウム、ジーter t−ブチルジカーボネートおよびビス(ト
リフェニルホスフィン)パラジウム■クロライドは、 Aldrich Che
mical Co、、 Milwaukee、 Wl、から得た。
2−アミノ−5−ブロモピリミジンは、 T、 NiN15hika (Che
+++。
Pharm、 Bull、9 : 38 (1961) )の方法により調製さ
れる。
2−アミノ−5−ブロモピリミジンは、ベンゾイルクロライドを用いる実施例2
の一般的手法により、環外のアミノ基がベンゾイル化される。生成物のベンズア
ミド(25+nmol)を。
トリエチルアミン(10mL) 、ベンゼン(10mL)およびビス(トリフェ
ニルホスフィン)パラジウム■クロライド(0,375ma+ol)を含む45
mLの耐圧容器に加える。その容器にアルゴンを吹き込み、密閉し、そして、−
酸化炭素で600ps iに加圧し9次に、水素で1200psiにまで加圧す
る。攪拌しながらその反応容器を油浴中145℃に加熱する。気体の吸収がすべ
て終わった後、その反応物を冷却し、気体をゆっくりと排気する。無水エーテル
の添加後、その反応混合物を濾過し真空下でエバポレートする。次に、その生成
物を、メチレンクロライド中イソプロパツール勾配(0〜20%)を用いて、シ
リカゲルクロマトグラフィーで単離した。
前段で得られる2−ベンズアミドピリミジン−5−カルボキシアルデヒド(1m
mol)をエタノール(5mL)に溶解させ。
4−アミノ酪酸(1mmol)およびトリエチルアミン(1mmoりで処理する
。1時間攪拌後、その混合物を10%パラジウム−炭(100■)を用いて30
ps iで水素化する。水素の吸収が終わった後、その反応液を濾過し、溶媒を
減圧下で除去する。
その残渣を0℃にてアンモニアで飽和したメタノールに溶解させ、室温で10時
間攪拌する。溶媒をエバポレートした後。
その残渣を酢酸アンモニウム(0,2M )でpH7に緩衝化したメタノール−
水混合液を用い、c18シリカゲルのクロマトグラフィーにより精製する。
前段で得られるアミノ酸(1mmol)をジーtert−ブチルジカーボネート
(1mmol)を含むエタノール(3mL)に溶解させる。トリエチルアミン(
1,5o+mol)を室温でゆっくりと加える。二酸化炭素の発生が終わった後
、その溶媒を真空下で除去し、そして残渣を直接次の反応に用いる。
前段で得られるt−BOCアミノ酸の環外のアミノ基を、 2−(フェニルスル
ホニルーエトキシカルポニルクロライドヲ用いる実施例2の一般的手法により、
アシル化する。その生成物は、クロロホルム中メタノール勾配(0〜50%)を
用い。
シリカゲルクロマトグラフィーによって精製され得る。
前段で得られる2−(フェニルスルホニル)−エトキシカルボニル−保護化BO
Cアミノ酸を、実施例11.3および11.4中の手法により、 p−ニトロフ
ェニルまたはN−ヒドロキシサヘ
クシイミドイル−活性エステルへ変換した。
10.2.ウリジ]物ノテ、倦11
6−ヒドロキシニコチン酸エチルを、 H,Gault、 J、 G11ber
t。
およびり、 Br1aucourt (C,R,Acad、 Sci、、 Pa
ris、 Set、 C。
266 : 131 (1968))の方法により調製する。水素化ホウ素リチ
ウムはAldrichから得られる。二酸化マンガンは、 Vereshcha
−ginら(Zhurnal Ar anicheskoi Khimil、
8 : 1129 (1972) )の方法により調製する。Dowex樹脂は
、Bio−Rad Laboratories。
Richmond、 CAから得られる。
6−ヒドロキシニコチン酸エチル(49mmol )のテトラヒドロフラン(1
0mL)溶液を、窒素雰囲気下、室温で水素化ホウ素リチウム(100mmol
)のテトラヒドロフラン(THF ) (75111) 懸濁液へ滴下する。こ
の粘性の混合物を25℃で16時間攪拌する。次に、20%酢酸6o−を、冷却
したその懸濁液に加える。THFを減圧下でエバポレートし、残留した水性溶液
を。
リチウムイオンを取り除(ために、イオン交換カラム(Dowex−50W−X
8)にかける。カラムを注意深< 250mLの水で洗浄し。
次にエバポレートする。メタノールと共に繰り返しエバポレートすることによっ
て、得られた残渣からホウ酸が除去される。生成物を減圧下で蒸留することによ
り精製する。
前段で調製されたベンジリックアルコール(66mmol)をエーテル(250
mL)に溶解させ、二酸化マンガン(54g)のエーテル(100mf)スラリ
ーで、ゆっくりと処理(発熱を伴う)する。室温で12時間保持した後、その混
合物を濾過し、減圧下で溶媒を除去し、その残渣を真空で蒸留すると、6−ヒト
ロキシニコチンアルデヒドを得る。
前段で得られるアルデヒドを、実施例11.1のシチジン類似物の調製と同様に
、 4−アミノ酪酸と反応させる。
前段で得られるアミノ酸を、実施例10.1のシチジン類似物の調製と同様に、
対応するBOC−誘導体へ変換した。
前段で得られるBOC−アミノ酸は、実施例11.3および11.4中の手法に
より、 p−ニトロフェニルまたは、 N−ヒドロキシサクシイミドイル活性エ
ステルへ変換する。
大庭且U
5”−−ヒ、3’ −’r ヒ2゛−デオキシヌクレオシドのi0制御、1.2
’−デオキシヌクレオシド5°−O−ジメトキシトリチ上誘導生
2゛−デオキシヌクレオシド5゛−〇−ジメトキシトリチル誘導体の調製には9
次の手法が一般的である。
N−29−フルオレニルメトキシカルボニル−2゛−デオキシグアノシン(1m
mol)を無水ピリジン(2mL)に溶解させ。
0℃に保つ。ジメトキシトリチルクロリド(1,2mmol)を0.15mmo
lずつ8時間にわたり添加する。さらに2時間後、メタノール(0,5mL)を
加え、溶液を減圧下で濃縮する。残渣を重炭酸ナトリウム(2mL、0.5%)
および塩化メチレン(5mL)の混合液で処理する。
水層を塩化メチレン(2X5mL)で抽出し2合併した有機層を硫酸ナトリウム
で乾燥し、エバポレートする。残渣をトルエンとともに数回エバポレートし、生
成物を塩化メチレン中メタノール勾配(0〜10%)を用い、シリカゲルクロマ
トグラフィーで精製する。
5°−0−ジメトキシトリチル−2−デオキシシチジン3′−〇−(4−ニトロ
フェニル)カーボネートの調製法は、 4−ニトロフェニルカーボネートの一般
的調製法である以下の操作法の中に記載されている。ビス(4−ニトロフェニル
)カーボネートおよびN、N−ジメチルアミノピリジンはSigmaより得られ
る。
5“−〇−ジメトキシトリチルーN−2−(4−ニトロフェニル)−エトキシカ
ルボニル−2゛−デオキシシチジン(1mmol)を、無水ジメチルホルムアミ
ド(5mL)に室温で溶解させ。
ビス(4−ニトロフェニル)カーボネー) (2mmol)で処理し1次に、減
圧下でエバポレートする。残渣をジメチルホルムアミド(5mL)に溶解させ、
N、N−ジメチルアミノピリジン(0,1mmol)を加える。黄色の溶液をエ
バポレートし、1時間反応させる。反応混合物をクロロホルム(10mL)に溶
かし、塩酸水溶液(5mL、0.1M )で洗浄する。有機層を水酸化ナトリウ
ム水溶液(5mL、0.1M ) 、水(2mL)で2度洗浄し、硫酸ナトリウ
ムで乾燥し、エバポレートする。残渣をシリカゲルカラムにかけ、クロロホルム
中イソプロパツール勾配(0〜10%)で溶離させる。生成物を含む分画を集め
。
エバポレートし、クロロホルム(10mL)に溶かし、痕跡量の4−二トロフェ
ノールを除くために水酸化ナトリウム水溶液での洗浄を繰り返す。この有機層を
水で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥しエバポレートする。生成物は、TLCによ
れば均一であり、三量化カーボネートの調製に直接用いられる。
FMOC5を含むヌクレオシドのカーボネートの調製には、 N、N−ジメチル
アミノピリジンよりもむしろ、 N−メチルイミダシームを触媒として使用する
のが時として優れている。
11.3. N−催ヒt−BOC−ニトロフェニルエステルサブユニット結合用
の活性化エステルは、以下の2つの操作法により調製される。これは、すべての
t−Boca=導体において一般的なものである。
実施例8.4.で得られるt−BOC酸の0.2〜0.5M酢酸エチル(または
塩化メチレン)溶液にp−二トロフェノールを約20%過剰量だけ加える。0°
Cにおいて、ジシクロへキシルカルボジイミドを計算量だけその溶液に加える。
0.5時間後、混合物を室温にもどし、1時間保持する。分離したジシクロヘキ
シル尿素を濾過し、溶媒で洗う。濾液と洗浄液とを合併し。
減圧下でエバポレートし乾固する。このエステルはカップリング反応に直接使用
され得る。または、シリカの短いカラムされ得る。
実施例8.4.で得られるt−BOC酸(1mmol)のアセトニトリル(5m
L)?容液に、ピリジン(1mmol)およびN、 N’−ジスクシイミジルカ
ーボネートロmmol)を加える。この溶液を室温で3時間攪拌する。溶媒を減
圧下で除き、残渣をクロロホルムに溶解する。有機相を0.1M HCIおよび
水で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥し、エバポレートして乾固する。このエステ
ルは、直接使用し得るだけ充分に純粋なものである。
(以下余白)
スl糺U
カーボネートノ ヨサフ゛ユニットl七人の?、シチジニルー(3’−5’)−
シチジンカーボネートの調製法は9次の操作法の中で記載されている。これは、
カーボネート分子間サブユニットの形成およびオリゴカーボネートの脱保護にお
いて一般的な操作法である。塩基を保護している基は、2−(4−ニトロフェニ
ル)エトキシカルボニル、2−(フェニルスルホニル)エトキシカルボニル、ま
たはFMOCでなければならないことに注意されたい。ter t−ブチルジメ
チルシリルクロライドはAldrichから得られる。
12.1 2°−デオキシヌクレオシド3′−〇−tert−プチルジメチルシ
リルチ1 の計制
3’ −0−tert−ブチルジメチルシリル−N−2−(4−ニトロフェニル
)エトキシカルボニル−2゛−デオキシシチジンの調製法を以下に示す。これは
、2”−デオキシヌクレオシド−3’ −0−tert−ブチルジメチルシリル
銹導体の調製のための一般的操作法である。
乾燥ジメチルホルムアミドまたはテトラヒドロフラン10mLに5゛−0−ジメ
トキシトリチル−N4(4−ニトロフェニル)−エトキシカルボニル−2゛−デ
オキシシチジン(1mmol)とイミダゾール(3,5mmol)とを溶かした
溶液に、攪拌しなからter t−ブチルジメチルシリルクロライド(3mmo
l)の乾燥叶F (10mL)溶液を滴下する。反応液を1時間攪拌した後。
氷で反応を止め、塩化メチレンで抽出する。水で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥
する。有flANを減圧下でエバポレート乾固し、シリカゲルクロマトグラフィ
ーで塩化メチレンを溶離剤として精製する。
前段で得られる5°−〇−ジメトキシトリチル誘導体(1mmol)の塩化メチ
レン(5mmol)溶液に、臭化亜鉛のメタノール(15%v/v)含有塩化メ
チレン(10mL、LM ) 溶液を加える。反応混合物を30分間攪拌し、氷
で反応を止め、塩化メチレンで抽出する。有機層を水で洗浄し、硫酸ナトリウム
で乾燥し。
減圧下でエバポレート乾固する。生成物を、塩化メチレン中メタノール勾配(0
〜10%)を用いシリカゲルクロマトグラフィーで精製する。
5’ −0−ジメトキシトリチル−N−2−(4−ニトロフェニル)エトキシカ
ルボニル−2”−デオキシシチジン−3’ −0−(4−ニトロフェニル)カー
ボネート(1,5mmol)および3゛−0−tert−ブチルジメチルシリル
−N−4−(4−ニトロフェニル)エトキシカルボニル−2゛−デオキシシチジ
ン(1m+nol)をジメチルホルムアミド(5mL)に溶かし、減圧下で溶媒
を除去する。これを2度繰り返す。残渣を再びジメチルホルムアミド(5mL)
に溶かし、 N、 N’−ジメチルアミノピリジン(0,5mmol)またはN
−メチルイミダゾール(1mmol)で処理する。溶媒を減圧下でエバポレート
することにより除去し。
反応物を室温にて終夜放置する。残渣をクロロホルム(20mL)に溶かし、
HCI水溶液(2mL、 0.1M) 、水(2mL) 、 NaOHナトリウ
ム水溶液(2X 2mL、 0.211) 、水(2mL)で洗浄し。
有機層を硫酸ナトリウムで乾燥し、エバボレートする。この残漬を、クロロホル
ム中イソプロパツール勾配(0〜30%)を用いてシリカゲルで精製する。単離
した生成物は、TLC(および400MHzのNMRにおいて均一である。
残渣を、 B、 L、 GaffneyおよびR,A、 Jones (Tet
rahedronLett (1982) 23 : 2257 )の記述に従
い、針旺/111 tert −ブチルアンモニウムフルオライド(TBAF)
試薬を用いて脱シリル化する。この2M BF/19 tert−ブチルアンモ
ニウムフルオライドを含むピリジン(TBAF 1mmol)に、前段で得られ
る脱保護化ヌクレオシドを加える。24時間攪拌後1反応液を塩化メチレンと重
炭酸ナトリウム水溶液との間で分配する。その有機層を水洗し、硫酸ナトリウム
で乾燥し、エバボレートし乾固する。残渣を塩化メチレン中メタノール勾配(5
〜25%)を用い、シリカクロマトグラフィーで精製する。
3′−ヒドロキシジヌクレオシドカーボネートを、実施例11の方法により3’
−(4−ニトロフェニ7LA)−カーボネートに変換する。これらの誘導体は、
ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオシドカーボネートの5゛−水酸基と反応し、
より高級のオリゴヌクレオシドカーボネートが調製され得る。
ス見±U
カーバメート\ 日すブユニット濾へのヅビス(p−ニトロフェニル)カーボネ
ート、p−アニソイルジフェニルメチルクロライド、 N、 N−ジメチルアニ
リン(DMA) 、およびトリエチルアミンは、 Aldri(,11(hem
ical Co、で得られる。
上記実施例3で調製される目的とする5゛−アミノ−2゛、5”−ジデオキシリ
ボヌクレオシド(必要に応じて塩基の保護のためにアセチル基またはベンゾイル
基を使用する)を、ピリジン中でp−アニソイルジフェニルメチルクロライド(
1,2mmol)と処理する。12時間後、溶媒をエバボレートし、残渣を再び
クロロホルムに溶解させる。この溶液をNaHCO,水溶液と水とで各々1回洗
浄し、 NazSO4で乾燥する。溶媒をエバボレートシ、残渣をシリカゲルク
ロマトグラフィーにかけてクロロホルム/メタノ−シフ1%トリエチルアミン混
合液で溶出させる。
5゛−トリチル化アミノヌクレオシド(1mmoりをDMFから2度エバポレー
トする。次に、溶媒としてDMFを使用し、トリエチルアミン(またはN、 N
−ジメチルアミノピリジン、またはN−メチルイミダゾール)の触媒量の存在下
でビス(p −ニトロフェニル)カーポネー) (2mmol)と処理する。3
時間後、溶媒をエバポレートシ、残渣をクロロホルムに溶解させる。この溶液を
0.0IN水酸化ナトリウム水溶液で2度洗浄し、水で1度洗浄し2次いで%a
2SO,で乾燥する。この溶媒をロータリーエバポレーターで除去する。残渣を
シリカゲルクロマトグラフィーにかけ、まず、クロロホルム10.1%DMA混
合液で溶出させ1次いで、クロロホルム/メタノール10.1%DiA溶媒系で
溶離させる。適当な分画を集め、エバボレート・乾固させる。残渣を最小量のT
HFに溶かし、この溶液を濾過して集め、真空下で乾燥する。
目的とする5゛−アミノヌクレオシド(1,1mmol)は、上記実施例3のよ
うに、 D!IFで2度エバポレートする。活性化ヌクレオシド(1mmol)
を反応器に加え、固形物をDMFに溶解させる。溶液を小容量に濃縮し、−晩装
置する。溶媒を真空下で完全に除去し、残渣をクロロホルムに溶解させる。この
溶液を0.0IN水酸化ナトリウム水溶液で2度洗浄し、水で1度洗浄し2次に
、固体の硫酸ナトリウムで乾燥する。溶媒をロータリーエバポレーターで除去し
、残渣をシリカゲルのクロマトグラフィーにかけ、適当なメタノール/クロロホ
ルム71%トリエチルアミン溶媒系で溶出する。二量体のヌクレオシドを含む分
画を合併し、エバボレート・乾固する。残渣を最小量のTHFに溶解し、この溶
液をヘキサンに加える。沈澱物を集め、真空下で乾燥させる。
大庭拠旦
チオカーバメートサブユニット日′入の3fN、 N−ジメチルアミノピリジン
(DMAP)は、 Aldrich ChemicalCo、で購入する。
実施例3で調製した5゛−アミノヌクレオシドのサブユニット間結合のチオカル
バメートの生成は、上記の実施例13に記載したのと同様の方法で行なわれる。
操作法において異なる点は次のとおりである。用いられた5″−アミノヌクレオ
シドは塩基保護部分として、2−(フェニルスルホニル)エトキ用)または9−
FMOC(グアノシンおよび2.6−シアミツ−2°−ジオキシリポミド用)基
を有する。これらの分子の調製法は上記(実施例3)に記載されている。5”−
トリチルアミノヌクレオシド(l mmol)の活性化は、 DMF中、トリエ
チルアミン(2ma+ol)およびDMAP (触媒量)の存在下でp−ニトロ
フェニルクロロチオフォーメート(Monatsber Deut Akad
WissBerlin (1964) 6 : 897のG Hilgetag
およびr、 Ph1llippsonの方法により調製)によりなされる。カッ
プリングステップでは、この活性化モノマー(1mmol)と所望の5゛−アミ
ノヌクレオシド(1,1mmol)とを用いる。触媒としてはD?IAPまたは
N−メチルイミダゾールを、そして、溶媒としてはDMFを使用する。このステ
ップでの水性の処理物において、 0.0IN水酸化ナトリウム水溶液による洗
浄は省き水で洗浄を行う。
N−メチルイミダゾールはAldrich Che+n1cal Co、から購
入する。
実施例5で調製した目的とする乾燥N゛−保護化、5゛−フリーアルコールモル
フォリン型のヌクレオシド(必要に応じて塩基保護のためにアセチル基またはベ
ンゾイル基を使用)を。
無水条件下でDMF中のビス−(p−ニトロフェニル)カーボネートおよびトリ
エチルアミン(またはDMAPまたはN−メチルイミダゾール)(触媒量)で処
理する。この溶液を3時間撹拌し1次にエバボレートし乾固する。残渣をクロロ
ホルムに溶かし、その溶液を0.0IN水酸化ナトリウム水溶液で2度、水で1
度洗浄し1次にNa2SO2で乾燥する。溶媒をロータリーエバポレーターで除
去し、残渣をシリカゲルクロマトグラフィーにかけ、適当なりロロホルム/イソ
プロパツール70.1%DHA混合液で溶出する。目的とする活性化ヌクレオシ
ドを含む分画をあわせて、エバボレートし、得られた固形物を最小量のTHFに
溶解させる。このTHF溶液を過剰量のヘキサンに加え、得られた沈澱物を採取
して乾燥する。
DMFで2度エバポレートした後、目的とする5゛−フリーヒドロキシ Nl−
フリーモルフォリン型ヌクレオシド(この実施例の中で挙げたのと同一の塩基保
護基を使用) (1,1mmol)ヲ、5’−(p−ニトロフェノキシカルボニ
ル)モルフォリンサブユニッ) (1mmol)のDMF溶液で処理する。反応
溶液の容量を真空下で減じ、小容量とする。必要であれば、N−メチルイミダゾ
ールまたはトルエチルアミンを触媒量反応容器中へ加える。得られた溶液を室温
で終夜放置する。残留した溶媒をエバボレートし、残渣をクロロホルムに溶かす
。クロロホルム溶液を0.0IN水酸化ナトリウム水溶液で2度、水で1度洗浄
し、そしてNa2SO2で乾燥する。この溶媒をロータリーエバポレーターで除
去し、残渣でシリカゲルクロマトグラフィーにかけ、クロロホルム/メタノール
の混合溶媒で溶出させる。目的とするダイマーを含む分画をあわせ、エバポレー
ト乾固する。残渣を最小量のT旺に溶かし、この溶液を過剰量のヘキサンに加え
る。沈澱物を集め、真空下で乾燥する。
チオカーバメート部分により結合したモルフォリンサブユニットは、上記この実
施例に関連して1次のように操作を変更して調製する。塩基の保護基は、1−(
フェニルスルホニ。
ル)エトキシカルボニル基(デオキシシチジンおよびデオキシアデノシン用)、
または9−FMOC基(デオキシグアノシンおよび2,6−ジアミツー2゛−デ
オキシリボシド用)である。
これらの分子の調製は、上記(実施例5)に記載されている。
N−保護化モルフォリンヌクレオシド(1mmol)は、 DMF中で、トリエ
チルアミン(2mmol)とDMAPまたはN−メチルイミダゾール(触媒量)
との存在下、p−ニトロフェニルクロロチオフォーメート(1,2mmol)で
活性化される。カップリングステップには、この活性モノマー(1mmol)お
よび所望のN′−フリーモルフォリンヌクレオシド(1,1mmol)を用いる
。触媒としてDMAPまたはN−メチルイミダゾールを、そして、溶媒としてD
MFを用い、溶液を35〜40℃に加温して行う。
これらのステップの水性の処理物においては、 0.OIN NaOH水溶液に
よる洗浄を省き、水で洗浄する方法を採用する。
ス見侃用
エステルサブユニット 人の81.剖
N、 N−ジメチルアミノピリジンおよびN−メチルイミダゾールはAldri
chから得られる。
2つのサブユニー/ )の結合は、5”−N、 N−アセトアミド−3”−ヒド
ロキシ誘導体と3′−シリル化−5゛−活性化エステルとの反応により行う。こ
れらは実施例6と同様に調製される。
その試薬(各1mmol)をジメチルホルムアミドと数回にわたり共にエバボレ
ートし9次に、ジメチルホルムアミド(5mL)に溶かし、 N、 N−ジメチ
ルアミノピリジン(0,2mmol)またはN−メチルイミダゾール(1mmo
l)で処理する。溶媒を減圧下で除き9反応物を室温で2時間放置する。残渣を
クロロホルムに溶かし、希HCI、水で洗浄し、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥
し、そして、溶媒を減圧下でエバボレートする。
残渣をクロロホルム中メタノール勾配を用いてシリカゲルクロマトグラフィーに
より精製する。
その鎖は実施例6のように脱シリル化し、そして、前段に示すように得られた3
゛−フリーヒドロキシ化合物を活性化エステルで処理することにより伸長させて
もよい。
尖施拠U
t−BOCアミド七人ダイマーのノ
完全に保護されたt−BOCN−ヒドロキシスフシイミドイルエステルまたはp
−ニトロフェニルエステル(1mmol) ヲ。
実施例11.3および11.4に従って調製し、乾燥ジメチルホルムアミドで数
回、共にエバボレートし乾燥させる。実施例9で調製した保護化アミノ酸トリフ
ルオロ酢酸塩(1mmol)を同様に処理する。この2つの成分を、別々に乾燥
ジメチルホルムアミド(2mL)に溶解させ、混合し、そして、ジイソプロピル
エチルアミン(1,0mmol)で処理する。この溶液を室温で1時間攪拌し1
次に溶媒を減圧下でエバボレートすることにより除去する。この残渣をクロロホ
ルムに溶解させ、希塩酸で洗浄する。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥し、減圧下
でエバボレート・乾固する。この残渣をクロロホルム中メタノール勾配(15〜
50%)を用いてシリカゲルクロマトグラフィーにより精製する。t−BOCダ
イマー酸を水−メタノール(トリフルオロエタノール)混合液を用いてC18逆
相クロマトグラフィーにより精製することもできる。
17.1 t−BOCダイマー活・ ヒエステルの円側前段で得られた酸を、実
施例11.3および11.4の一般的手法を用いてN−ヒドロキシスフシイミド
イルエステルまたはp−ニトロフェニルエステルに変換スる。
17.2 t−BOC゛イマーアミノ休ト1体ルオロ−馳口のL―″実施例9の
一般的操作法により t−BOCダイマー酸をトリフルオロ酢酸塩で処理する。
17.3 t−BOCテトラマー枳の8゜制t−BOCダイマー活性化エステル
およびダイマー酸トリフルオロ酢酸塩を一般的操作法により結合させ、 t−B
OCテトラマー酸を得る。精製については、C18逆相シリカゲルクロマトグラ
フィーで、水およびメタノール(またはトリフルオロエタノール)混合液をトリ
エチルアンモニウムアセテートによりp)lを7.0に調整したものを用いて溶
出させる方法が、最も効果的である。このようにして、活性化エステルとフリー
のアミン成分とを結合させることによりどのような長さの鎖も調製され得る。
叉五拠用
8−サブユニフトカーポネート結人ポリマーのI ・祖み)よ
りEAEセルロースはSigma Chemical Co、から購入する。調
製TLCプレートはEM 5cienceの製品であり、 VWR5cient
ificから購入する。)IPLC装置、カラムおよび供給装置は、 Beck
manInstruments、 Inc、で得られる。
実施例12に記載した方法で調製した所望のカーバメート結合ダイマー(0,2
mmol)を、メタノール/THF /氷酢酸(1:1:1)の混合液4mLで
室温にて12時間で処理する。溶媒を真空下で除き、残渣を最小量のTHFに溶
解させる。このTtlF溶液を大容量のヘキサンに加え、得られた沈澱物を採取
し乾燥する。この酢酸塩をT)IP /エタノール(4/1)混合物に溶解させ
、 DEAEセルロース(塩基0.8mmol)をこの容器に加える。20分間
攪拌後、不均一な混合物を濾過し、濾液をエバボレート・乾固する。残渣を最小
量のTI(F /エタノール(4:1)に溶かし、この溶液をヘキサンに加える
。固形物を採取し乾燥する。沈澱操作をもう一度繰りかえす。
所望のN 5゛)リチルダイマー(0,1mmol) (実施例12で調製され
る)をDMFで2度エバポレートし1次いで、 DMFを溶媒とし、トリエチル
アミン(またはDMAPまたはN−メチルイミダゾール)(触媒量)の存在下で
、ビス(p−ニトロフェニル)カーボーネート(2mmol)で処理する。3時
間後、溶媒をエバボレートし、残渣をクロロホルムに溶解させる。この溶液を0
.OIN水酸化ナトリウム水溶液で2度、水で1度洗浄し2次に、 Na25O
aで乾燥する。溶媒をロータリーエバポレーターで除去し、残渣をシリカゲルク
ロマトグラフィーにかけ、クロロホルム/イソプロパツールまたはメタノール1
0・1%DMA混合液で溶出させる。適当な分画を合併し、エバボレート・乾固
する。この残渣を最小量のT)IFに溶解させ、そしてこの溶液を過剰量のへキ
サンに加える。沈澱した活性化ダイマーを濾過して集め、真空下で乾燥させる。
上言己調製した5′−アミノダイマーヌクレオシド(0,11mmol)をDM
Fで2度エバボレートする。この活性化ダイマー(0、1mmo 1 )を反応
容器に加え、固形物をDl’lFに溶解させる。溶液を小容量に濃縮し、終夜放
置する。溶媒を真空下で完全に除去し。
得られた残渣をクロロホルムに溶解させる。この溶液を0.01N水酸化ナトリ
ウム水溶液で2度、水で1度洗浄し2次に硫酸ナトリウムで乾燥する。溶媒をロ
ータリーエバポレーターで除去し、残渣を調製几Cプレートにかけて適当なメタ
ノール/クロロホルム/1%トリエチルアミン溶媒系で溶出させる。テトラマー
ヌクレオシドを含むバンドを溶離させ、溶媒をエバボレートする。残渣を最小量
のTHFに溶かし、この溶液をヘキサンに加える。沈澱を集め真空下で乾燥させ
る。
この実施例の中で挙げた操作法を用い1次のような転換を行う。所望のN5”−
トリチルエトラマーヌクレオシド(0,06mmol)を9丁HF/メタノール
/氷酢h (1/ 1 / 1 )で処理し精製して5゛−アミノテトラマーヌ
クレオシド(0,05mmol)を得る。他のN−5’−)リチルテトラマーヌ
クレオシド(0,05mmol)をビス(p−ニトロフェニル)カーボーネート
で活性化し2次いで精製する。この2つのテトラマーを結合させ。
処理し、さらに調製TLCプレートまたは)IPLcクロマトグラフィーにより
精製する。クロマトグラフィーで得られる物質を固形物として単離し、最小量の
THFにとかし、ヘキサンにより沈澱させる。そのオクタマー(8量体)ヌクレ
オシドを集め、乾燥させる。
オクタマーを以下で使用するために1次のように形成する。
N−5’−1−リチルオクタマーヌクレオシドをTHF/メタノール/氷酢e
(1/ 1 / 1 )で処理し5上に挙げた条件で精製する。5゛−アミノオ
クタマーヌクレオシド(0,01mmol)をピリジン中無水コハクa (0,
02mmol)で室温にて2時間処理する。溶媒をロータリーエバポレーターで
除去し、残渣をエタノールで数回エバポレートする。残渣をTHF/エタノール
(3/1)に熔かし、ヘキサン/ベンゼン混合液(2/1)に加える。固形物を
集め乾燥させる。N−5゛−スクシニル化オクタマーヌクレオシド(0,01m
mo+)をピリジン/濃アンモニア(1/1)(1mL)で処理する。終夜放置
後、溶媒をロータリーエバポレーターで除去し、残渣をエタノールで数回エバボ
レートする。粗固形物を逆相(RP−18) HPLCを用い精製する。溶出物
をエバポレートシ、残渣をDMSOに加え、ヘキサン/ベンゼン(1/1)溶液
で沈澱させる。固形物を採取し、乾燥させる。
ヌ新1引1
長鎖アルキルアミン誘導体化制御細孔グラス(Cat、 Nci2487.i)
は、 Pierce Chemical Co、から得られる。2,2−スルホ
ニルジェタノールおよびジシクロヘキシルカルボジイミドChemical C
o.から得られる。
グラス担体のアミノ基(担体1gあたり約40mmol)を、実質的にMatt
eucciおよびCaruthers(J Amer Chem Soc(19
81)103 、 3185)の方法により,無水コハク酸と反応させ,フリー
のカルボン酸末端を得る。2.2−スルホニルジェタノール(60重量%水溶液
) 1/10molを次のようにして乾燥させる。
まず、3倍容のジメチルホルムアミド(DMF)と混合し,温水浴中で真空上濃
縮して濃いシロップとする。次に同容量のDMFを加えて濃縮し,濃いシロップ
とし,さらにこの操作をもう1度繰り返す。次に,乾燥り肝を加え,最終的に針
のスルホニルジェタノールを得る。スルホニルジェタノールlrn1およびジシ
クロへキシルカルボジイミド0.2gの混合液を,カルボン酸残基をもつ乾燥制
御多孔グラス担体1gに加え,スラリーを前後左右に動揺させて(攪拌しない)
室温で終夜混合する。その後,グラス担体をメタノールで充分に洗浄し乾燥する
。
爽施拠別
エイズ(AIDS)ウィルス汎色 にお番る された配■に、する14−サフ゛
ユニットカーボーネート士人ポリマーのu’古 担 上でのPl・な 立て:#
′1サブユニットの・ ■おスl亘■陣長
N−メチルイミダゾール、4− (N、N−ジメチルアミノ)ピリジン(D!I
AP) 、および1.8−ジアザビシクロ(5,4,0)ウンデク−7−エン(
DBU)は、 Aldrich Chemical Co、で得られる。メチル
p−ニトロフェニルカーボーネートは、メチルクロロフォーメートとp−二トロ
フェノールとから調製される。
実施例4.2で調製される2゛−デオキシシチジン サブユニット(N4はp−
ニトロフェネトキシカルボニル部分を、5′酸素はジ(p−メトキシ)トリチル
部分(DMT)を、そして3”酸素はp−ニトロフェノキシカルボニル部分を有
する) (0,1mmol)を、最小容量の乾燥テトラヒドロフラン(THF
’)またはジメチルホルムアミドに溶解させ、実施例19で調製される充分に乾
燥した制御多孔グラス担体(開裂可能なリンカ−を有する)0.5gに加える。
触媒(1mmol N−メチルイミダゾールまたは0.1mmol DMAPの
いずれか)を加え、このスラリーを前後左右に動揺させて(攪拌しない)2時間
にわたり混合する。
次にこのスラリーを濾過し、固形物をTIIPで洗浄する。
1Mのメチルp−ニトロフェニルカーボーネートと0.5hのDMAPて混合す
る。次にスラリーを濾過し、固形物をTHFで充分にとを含むTHF 2−を加
えて20分間室温で混合することにより。
未反応の水酸基をキャップする。その後、グラス担体をTIPで洗浄し、濾過す
る。
ジクロロメタンで担体を洗浄して5”末端のジメトキシトリチルを除き2次に、
0.2Mジクロロ酢酸ジクロロメタン溶液5−で室温にて5分間処理する。次
にグラス担体をジクロロメタンで洗い濾過する。
次に5実施例1で調製され実施例2で活性化したサブユニットを同様にして9次
の順序で加える: G、A、T、A、A、C,A、T、T。
T、T、T、C,(GはFMOC部分で保護され、AおよびCはp−ニトロフェ
ネトキシカルボニル部分で保護されている)。
大施拠■
エイズウィルス汎色 における された配置に、″″る19−サフ゛ユニットカ
ーバメート′吉人ポリマーの8.WI′−吉 日 上における第1ゴマ−ブロッ
クの 1・ み)て: 1サブユニツトの・ nおよび言゛′の10
実施例3で調製した5”−アミノ−2″、5”−ジデオキシシチジン サブユニ
ット(0,2mmol) (ここでN4はベンゾイル部分を有し、5゛−アミン
は、p−メトキシトリチル部分を有し、3”酸素は、p−ニトロフェノキシカル
ボニル部分を有する)を最小量の乾燥THFに溶かし、実施例19で調製した開
裂可能なリンカ−を有する乾燥制御細孔グラス担体0.5gに加える。触媒(l
mmolのN−メチルイミダゾールまたはQ、lIIimolのDMAP)を
加え、このスラリーを前後左右に2時間揺動させ部分で保護されている)を同様
にして1次の順序で加える:洗浄する。
モノ−p−メトキシトリチルをジクロロメタンで洗浄して除き、続いて、0.2
Mジクロロ酢酸のジクロロメタン溶液5−で室温にて1分間処理する。次に、担
体をジクロロメタンで洗浄し、濾過する。1%容量のジイソプロピルエチルアミ
ンを含むTHF 3 mffで簡単に洗浄し、5′−アミノ末端をフリーのアミ
ンに変換する。これをT肝で洗浄し、濾過する。
5’ −A −G−3’配列をもつ3′−p−ニトロフェノキシカル ゛ボニル
ー活性化ダイマー(実施例13で調製される) 0.1mmol(グアニンN2
は、アセチル部分で保護され、アデニンN6はベンゾイルまたはp−ニトロベン
ゾイル部分で保護されている)を最小量の乾燥THFに溶かし、ガラス担体に加
え、混合を2時間にわたり行う (この反応および次のカンプリングステップに
は触媒を加えない)。次に、スラリーをTHFで洗浄し濾過する。
p−ニトロフェニル酢酸2門を含むTHFを2−加えて20分間室温で混合する
ことにより未反応のアミン部分をキャンプする。その後、ガラス担体をT肝で洗
い、濾過する。
5゛−末端のモノ−メトキシトリチルを、前述のようにジクロロ酢酸−より除去
する。
実施例17で調製される活性化2量体サブユニット(ここでシトシンの環外の窒
素はベンゾイル部分で保護されており5Aの環外の窒素はベンゾイルまたは、p
−ニトロベンゾイルA−T、 C−A、 T−A、 T−T、 T−T、 A−
C,A−C,C−A (5’から3゛)。
強い非求核塩基(例えば、AおよびCにはp−ニトロフェネトキシカルボニルま
たはフェニルスルホニルエトキシカルボニルそしてGにはF!10C)により除
去され得る環外の塩基性窒素保護基を存するサブユニットも、上記操作法により
ポリマーを組み立てるために使用され得る。しかし、これらのどちらか一方の保
護基を有するポリマーは1通常、水酸化アンモニウムで処理するよりもDBti
で処理することによって脱保護される。
ス去l引招
エイズウィルス染色水における 子された配置に、−る19−サブユニットアミ
ド結合ポリマーの円側。古 1旦 上にお番るオリゴマーブロックの 1・組み
立て:′″″1サブユニットの・加および鎖の
実施例11.3と同様に調製されるシトシン含有卵環状バンクボーンサブユニッ
ト(ここで、シトシンのN4は2 (p−ニトロフェニル)エトキシカルボニル
部分を有し、バックボーンのアミンはt−ブトキシカルボニル部分を有し、そし
て。
カルボキシルは、p−ニトロフェニルエステルの形態である)を最小容量の乾燥
T旺に溶解させる。これを、実施例19で調製され、開裂可能なリンカ−を有す
る乾燥制御細孔グラス担体0.5 gに加える。触媒(l mmolのN−メチ
ルイミダゾールまたは0.1mmolのDMAP )を加え、担体を2時間にわ
たり混合し、濾過し、固形物をTHFで充分に洗浄する。
担体をジクロロメタンで洗浄し、続いて、 20%のトリフルオロ酢酸を含む塩
化メチレン5−で室温にて30分間処理することによりt−BOCを除去する。
担体をジクロロメタンで洗浄し、濾過する。担体に結合しているアミノ末端を、
1容量%ジイソプロピルエチルアミンを含むTI(F 3 dで簡単に洗浄しフ
リーのアミンに変換し、さらにTHFで洗浄する。
実施例17で調製される(アミノ末端) −G−A (カルボキシ末端)の配列
を有する活性化2量体サブユニット(ここでグアニンのN2はFl’IOC部分
を有し、アデニンのN6はp−ニトロフェノキシカルボニル部分を有し、バフク
ーポンのアミノ末端はt−BOC部分を有し、そして、カルボキシ末端は。
p−ニトロフェニルエステルの形態である) 0.1mmolをJit小容量の
乾燥THFに溶かしてグラス担体に加え、混合を2時間にわたり行う(この反応
および続くカンプリングステップでは触媒を加えない)。その担体をT肝で洗浄
する。
2M p−ニトロフェニルアセテートを含むT)IP 2 mlを加え。
室温で20分間混合することにより未反応のアミン部分のいずれをもキャップす
る。その後、グラス担体をTHFで洗浄する。
上記のように、末端t−BOC部分をTFAで除去し、そして担体を中和する。
続いて、実施例17で調製される2量体サブユニットを次の順序で加える: (
C,i;E端) T−A、 A−C,A−T、 T−T、 T−T、 C−A。
C−A、 A−C(N末端)。
環外窒素の保護基〔その保護基は、適切な核試薬(例えば、Cに対してはベンゾ
イル、Aに対してはベンゾイルまたはニトロベンゾイル、そしてGに対してはア
セチルまたはイソブチルにより除去されうる〕を有するサブユニットも、上の操
作法によりポリマーを組み立てるために使用され得る。
しかし、これらのいずれかの保護基を有するポリマーは2通常、 [)Butで
処理するよりもむしろ水酸化アンモニウムで処理することにより脱保護される。
災立例刹
1200カーボネート結ムポリマーの? (溶゛への゛ )実施例20の担体結
合ポリマーの5′酸素は、ll’lの無水コハク酸およびDMAP 0.IMを
含むTHF溶液5−で10分間室温にて処理し、 THFで洗浄し、濾過するこ
とにより、スクシニル化される。次に、ポリマーを両者とも担体から遊離させ、
その認識部分を脱保護化する。この脱保護化は、 DBU O,3gを含む乾燥
DMSO3−で室温にて12時間処理することにより行われる。無水エーテルで
沈澱させ無水D?’ISOに再懸濁させる工程を2度繰り返すことにより、ポリ
マーをDBUから遊離させる。その後、このポリマーをDMSO水溶液に再懸濁
させ、陰イオン交換クロマトグラフィーにより精製する。上記DMSO水溶液に
は、残留するDBUを中和するために痕跡量のpH7,5の緩衝液が加えられて
いる。
1豊拠H
20のカーボネート′古人ポリマーのタ (古 への゛ )6−アミノカプロン
酸をSandbergおよびRegmarssonの方法(Int J Pe
tide Prot Res (1974)β−: 111 )により2−フェ
ニルイソプロピルフェニルカーボネートと反応させる。
このN−保護化生成物(lommol)を2次に、最小容量のDMF中でDCC
20mmolおよびp−ニトロフェノール50mo+o lと反応させることに
より活性化させる。得られた生成物をシリカゲルを用いエーテルで展開して精製
する。
実施例20の担体結合ポリマーを、上記アミノカプロン酸生成物1mmolおよ
びDMAP 0.1mmolとTHF(2mff)中で、室温にて2時間反応さ
せる。次に、グラス担体をTHFで洗浄し、濾過する。ポリマーを両者とも担体
から遊離させ、その認識部位を脱保護化する。この脱保護化は、DBII 0.
3gを含む乾燥DMS03ydと室温で12時間処理することによりなされる。
無水エーテルで沈澱させ無水D?ISOに再懸濁させる工程を2度繰り返すこと
により、ポリマーをDBUから遊離させる。
80%酢酸水溶液を添加し室温で2時間インキュベートすることにより、フェニ
ルイソプロポキシカルボニル基が除去される。この脱保護化ポリマーをエーテル
で沈澱させ、 DMSO水溶液に再懸濁させ9次いで陽イオン交換クロマトグラ
フィーにより精製する。
セルロース(タイプ20. Cat、 No、3504.平均粒径20ミクロン
、 Sign+a Chemical Co、) 1 g+ ビス(p−ニトロ
フェニル)カーボネートIg、およびトリエチルアミン0.2−をDPIF 5
−に加え、室温にて一夜攪拌する。このスラリーを濾過し。
DMF 10−で1度洗浄し1次にメタノール50−で洗浄し、そして真空下で
乾燥する。このような操作法による活性化のレベルは、1gのセルロースあたり
p−ニトロフェノキシカルボニル部分が23μmol結合したものがその典型的
なものである。
この活性化セルロース(0,5g)をDMSOで洗浄し、濾過し。
ポリマー10μmol (DMSO1−中)を加え、さらにジイソプロビレチル
アミン30μmolを加える。この混合物を密封容器内で穏やかに一夜攪拌し、
濾過し、 DMSOで洗浄する。次に。
担体をピリジン水溶液で洗浄し、メタノールで洗浄し、乾燥する。
洟llホ臣
J21のカーバメート士人ポリマーのU への肛
担体に結合したカーバメート結合ポリマー(実施例21)の5°アミノ部分をス
クシニル化する。このスクシニル化は、1hの無水コハク酸および1hのジイソ
プロビレチルアミンを含むTHF S−と室温で10分間反応させ、 T)IF
で洗浄することによりなされる。
DBU O,3gを含有するDMF 3−で処理することにより、ポリマーが担
体から遊離する。無水エーテルで沈澱させ無水DMFに再懸濁させる工程を2度
繰り返すことにより、ポリマーをDBUから遊離させる。
エーテルでポリマーを沈澱させ、DMSO1−に再懸濁させ。
濃アンモニア水1−を添加することにより、保護基が認識部位から除去される。
通常、アデニンの保護基がベンゾイル部分であるときには、脱保護化は密封容器
中、30℃で12時間行われる。他方、アデニンの保護基がニトロベンゾイルで
あり。
グアニンの保護基がアセチル部分である場合には、脱保護化は、室温で6時間行
われる。揮発性成分は真空条件下で除去され、ポリマー)容液はpi(7,5の
緩衝液で中和される。最後に。
ポリマーをDMSO水溶液に希釈し、陰イオン交換クロマトグラフィーで精製す
る。
失範闇酋
20のカーバメート士人ポリマーの3 (固 への: )実施例23の活性化6
−アミノカプロン酸試薬(1mmol) (THF 3−中)を、担体に結合し
たカーバメート結合ポリマー(実施例21)と、室温で200分間反応せる。こ
の担体をTHFで洗浄し、濾過する。この末端のフェニルイソプロポキシカルボ
ニル部分を除去する。フェニルイソプロポキシカルボニル部分の除去は、ジクロ
ロメタンで洗浄し1次にトリフルオロ酢酸の0.5%ジクロロメタン溶液5−と
室温にて15分間反応させ、 THFで洗浄し、そして濾過する工程により行わ
れる。
このポリマーは、実施例25に従い、担体から遊離され、そして認識部分の保護
基が除去される。実施例25と異なるのは。
最後の精製が1不土工交換カラムクロマトグラフイーで行われることである。
精製されたポリマーは、実施例20と同様にしてセルロース担体に結合゛させる
。
実jfNんユ
方 22のアミド結ムポリマーのノ (溶′ への゛ )担体に結合したアミド
結合ポリマー(実施例22)は、実施例24のようにスクシニル化される。
実施例24に従い、このポリマーを担体から遊離させ、認識部位の保護基を除去
し、そして精製する。
尖旌炭胆
22のアミド結合ポリマーの・ (開目への用)担体に結合したアミド結合ポリ
マー(実施例22)を、実施例24のように、活性化アミノカプロン酸と反応さ
せ、フェニルイソプロポキシカルボニル部分を除去する。
実質的に実施例24に従い、このポリマーを担体から遊離させ、認識部位の保護
基を除去し、精製し、そして次にセルロース担体に結合させる。
本発明の好適な実施態様がここに開示されているが、この発明の内容から離れる
ことなく種々の修飾および変更がなされうろことが当業者にとって明らかである
。
FIG、5A
FIG、 5B
詩人0362−502338 (35)
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.塩基の標的配列を含む一本鎖ポリヌクレオチドに選択された結合親和性をも って結合するのに効果的なポリマー組成物であって,該組成物は次の構造の非単 独重合性で実質的に立体規則性ポリマー分子を有する: R1R2R3Rn B〜B B〜・・・B, ここで, (a)R1〜Rnは,標的配列の対応内部配列塩基に,ワトソン/クリック対に より結合するのに効果的なプリン,プリン類似,ピリミジンおよびピリミジン類 似の複素環物から選択された認識部分であり, (b)nは、ポリマー分子と標的配列との間で形成されるワトソン/クリック水 素結合の総数であり少なくとも約15である,(c)B〜Bは化学的に安定,実 質的に非荷電でかつ優先的なアキラル連鎖により優先的に連結されたバックボー ン部分であり, (d)該バックボーン部分が環状構造であるときバックボーン部分の長さは5か ら7原子の範囲であり,そして該バックボーン部分が非環状構造であるとき4か ら6原子の範囲であり,そして (e)該バックボーン部分は認識部分と標的配列の対応する内部配列塩基との間 でワトソン/クリック塩基対をなしうる位置で認識部分を支持する。 2.請求の範囲第1項に記載の組成物であって,前記認識部分が次の基から選択 される: 1.▲数式、化学式、表等があります▼2.▲数式、化学式、表等があります▼ 3.▲数式、化学式、表等があります▼4.▲数式、化学式、表等があります▼ 5.▲数式、化学式、表等があります▼6.▲数式、化学式、表等があります▼ 7.▲数式、化学式、表等があります▼8.▲数式、化学式、表等があります▼ 9.▲数式、化学式、表等があります▼10.▲数式、化学式、表等があります ▼11.▲数式、化学式、表等があります▼12.▲数式、化学式、表等があり ます▼ここで,Xはフッ素,塩素,臭素もしくはヨウ素である。 3.請求の範囲第1項に記載の組成物であって,前記認識部分が次の基から選択 される: 1.▲数式、化学式、表等があります▼2.▲数式、化学式、表等があります▼ 3.▲数式、化学式、表等があります▼4.▲数式、化学式、表等があります▼ 5.▲数式、化学式、表等があります▼6.▲数式、化学式、表等があります▼ 7.▲数式、化学式、表等があります▼8.▲数式、化学式、表等があります▼ 4.請求の範囲第1項に記載の組成物であって,Bが環状バックボーン部分であ り,そしてB〜Bが次の構造のうちの一つを有する: ▲数式、化学式、表等があります▼A−A.▲数式、化学式、表等があります▼ B−B.▲数式、化学式、表等があります▼C−C.▲数式、化学式、表等があ ります▼D−D.▲数式、化学式、表等があります▼F−F.▲数式、化学式、 表等があります▼G−G.ここでYはO,S,そしてEは▲数式、化学式、表等 があります▼もしくは▲数式、化学式、表等があります▼である。 5.請求の範囲第4項に記載の組成物であって,B〜Bが次の構造のうちの一つ を有する: ▲数式、化学式、表等があります▼A−A.▲数式、化学式、表等があります▼ B−B.▲数式、化学式、表等があります▼C−C.▲数式、化学式、表等があ ります▼D−D.ここで,YはS,0である。 6.請求の範囲第1項に記載の組成物であって,Bが非環状バックボーン部分で あり.そしてB〜Bが次の構造のうちの一つを有する: ▲数式、化学式、表等があります▼I−I,L−L▲数式、化学式、表等があり ます▼J−J,M−M▲数式、化学式、表等があります▼K−K,N−N7.細 胞内標的配列への結合に用いられる請求の範囲第1項に記載の組成物であって, 前記ポリマー分子がせいぜい1〜3のイオン電荷を含み,かつ4つのサブユニッ ト当り約1つの電荷よりも多くない電荷を含む。 8.請求の範囲第7項に記載の組成物であって,前記ポリマー分子が一方もしく は両方の分子末端において荷電された基を含有する。 9.特異的に,そして実質的に均一な結合親和性をもって一本鎖ポリヌクレオチ ドに結合するのに効果的な実質的に非荷電のポリマー組成物を調製する方法であ って,該方法は,(1)該ポリヌクレオチドの塩基の特異的配列を選択すること ,なお,該配列は標的配列を構成している;(2)次の構造の一群のサブユニッ トを準備すること;B−Ri,およびB−Rj,ここで, (a)RiおよびRjは,2つおよび3つの水素結合を含むワトソン/クリック 対により.該選択された標的特異配列中の対応塩基に,結合するのに効果的なプ リン,プリン類似,ピリミジン,およびピリミジン類似の複素現物から選択され た認識部分であり, (b)Bは,バックボーン部分であり,これは化学的に安定で非荷電のアキラル 連鎖により別のバックボーン部分に連結され得, (c)連結したとき隣接バックボーン部分間の間隔が,もし該バックボーン部分 が環状構造ならば,6原子であり,そしてもしこれらバックボーン部分が非環状 構造を有するならば4〜6原子であり,そして (d)連結したときこれらバックボーン/部分が,該認識部分と該標的配列の対 応内部配列塩基との間にワトソン/クリック塩基対を生じさせうる位置において ,該認識部分を支持するバックボーンを形成し;および (3)該標的特異配列における塩基の配列に対応する特定の配列において該サブ ユニットを連結すること,を包含する。 10.請求の範囲第9項に記載の方法であって,該方法はさらに両RiおよびR j認識部分を前記標的特異配列における少なくとも一つの塩基に供給すること, およびRi/Rj比を減少させることにより該標的配列用組成物の結合親和性を 調整し該結合親和性を増大することそして該比を増大させて該結合親和性を減少 させることを包含する。 11.請求の範囲第9項に記載の方法であって,該方法は,さらに,前記ポリマ ー分子の一方もしくは両方の末端にて,イオン電荷を有するかあるいは中性に近 い基を導入し水性媒質中の該ポリマーの溶解度を増大させることを包含する。 12.請求の範囲第9項に記載の方法であって,Riが次の基から選択される: 1.▲数式、化学式、表等があります▼4.▲数式、化学式、表等があります▼ 5.▲数式、化学式、表等があります▼6.▲数式、化学式、表等があります▼ 8.▲数式、化学式、表等があります▼10.▲数式、化学式、表等があります ▼11.▲数式、化学式、表等があります▼12.▲数式、化学式、表等があり ます▼そしてRjが次の基から選択される: 2.▲数式、化学式、表等があります▼3.▲数式、化学式、表等があります▼ 7.▲数式、化学式、表等があります▼9.▲数式、化学式、表等があります▼ ここで,Xはフッ素,塩素,臭素,もしくはヨウ素である。 13.請求の範囲第9項に記載の方法であって,Bが環状バックボーン部分であ り,そして共に連結されたときの隣接バックボーン部分は次の構造のうちの1つ を有する。 ▲数式、化学式、表等があります▼A−A.▲数式、化学式、表等があります▼ B−B.▲数式、化学式、表等があります▼C−C.▲数式、化学式、表等があ ります▼D−D.▲数式、化学式、表等があります▼F−F.▲数式、化学式、 表等があります▼G−G.ここでYはO,S.そしてEは▲数式、化学式、表等 があります▼もしくは▲数式、化学式、表等があります▼である。 14.請求の範囲第9項に記載の方法であって,Bが非環状バックボーン部分で あり,そして共に連結されたときの隣接バックボーン部分が次の構造のうちの1 つを有する:▲数式、化学式、表等があります▼I−I,L−L▲数式、化学式 、表等があります▼J−J,M−M▲数式、化学式、表等があります▼K−K, N−Nここで,Eは▲数式、化学式、表等があります▼もしくは▲数式、化学式 、表等があります▼である。 15.選択された活性が発現される系においで含まれる一本鎖ポリヌクレオチド の発現を阻害する方法であって,該方法は, (1)該発現に必要な該ポリヌクレオチドにおける標的配列を選択すること, (2)構造B−Riの一群のサブユニットを準備すること,ここで (a)Riは,2つもしくは3つの水素結合を含むワトソン/クリック対により ,該選択された標的配列において含まれる対応塩基に結合するのに有効なプリン ,プリン類似,ピリミジン,およびピリミジン類似の複素環物から選択された認 識部分であり, (b)Bは一つのバックボーン部分であり,これは化学的に安定で非荷電のアキ ラル連鎖により別のバックボーン部分に連結され得, (c)連結されたときバックボーン部分の単位長はもしこれらバックボーン部分 が環状構造を有するならば5〜7原子であり,そしてもしこれらバックボーン部 分が非環状構造を有するならば4〜6原子であり,そして (d)これらバックボーン部分が連結されたとき,該認識部分と該標的配列の対 応内部配列塩基との間にワトソン/クリック塩基対を生じさせうる位置において 該認識部分を支持するバックボーンを形成し; (3)特定の配列において該サブユニットを連結して該標的配列に特異的に結合 するよう設計された優先的に非荷電で立体異体のポリマーを形成すること, (4)該ポリマーを該系に加えそして該ポリヌクレオチド発現の阻害の程度を観 察すること, 観察されるポリヌクレオチド発現の阻害の程度に依存して次の工程の一つもしく は両方により該標的配列用の該ポリマーの結合親和性を調整すること,該工程は (a)該標的配列の長さおよび対応ポリマー長を変化させること(b)対応内部 配列ポリヌクレオチド塩基でもって3つおよび2つの水素結合を形成する認識部 分の比を変化させること;および該調整により,ポリマーを生成すること,該ポ リマーの結合親和性はポリヌクレオチド発現の該阻害をもたらすのに必要な実質 的に最低親和性である。
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