JP6408915B2 - 二重抗原誘導型の二部分機能相補 - Google Patents
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Description
(i)抗原A1に特異的に結合する標的化部分T1、および
(ii)機能ドメインFの断片F1
を含む第1のポリペプチドP1であって、前記断片F1自体またはポリペプチドP1自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP1、
ならびに
(i)抗原A2に特異的に結合する標的化部分T2、および
(ii)前記機能ドメインFの断片F2
を含む第2のポリペプチドP2であって、前記断片F2自体またはポリペプチドP2自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP2
を含み、
前記抗原A1が、前記抗原A2と異なり、
前記ポリペプチドP1と前記ポリペプチドP2とが、抗原A1およびA2の両方をその表面において、またはその表面上で有する基質、より具体的には、抗原A1およびA2の両方をその細胞表面において、またはその細胞表面上で保有する細胞の非存在下では、互いと会合せず、
前記ポリペプチドP1の前記断片F1が、前記ポリペプチドP2の前記断片F2と二量体化すると、結果としてもたらされる二量体が、前記ドメインFの機能に関して機能的となる、
ポリペプチドセットにより解決される。
(i)抗原A1に特異的に結合する標的化部分T1、および
(ii)機能ドメインFの断片F1
を含む第1のポリペプチドP1であって、前記断片F1自体またはポリペプチドP1自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP1、
ならびに
(i)抗原A2に特異的に結合する標的化部分T2、および
(ii)前記機能ドメインFの断片F2
を含む第2のポリペプチドP2であって、前記断片F2自体またはポリペプチドP2自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP2
を含み、
前記抗原A1が、前記抗原A2と異なり、
(a)前記断片F1が、抗体のVLドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のVHドメインを含むか、もしくは前記断片F1が、抗体のVHドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のVLドメインを含むか、または
(b)前記断片F1が、抗体のVLドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のVHドメインを含むか、もしくは前記断片F1が、抗体のVHドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のVLドメインを含み、
前記ポリペプチドP1と前記ポリペプチドP2とが、抗原A1およびA2の両方をその表面において、またはその表面上で有する基質、より具体的には、抗原A1およびA2の両方をその細胞表面において、またはその細胞表面上で保有する細胞の非存在下では、互いと会合せず、
前記ポリペプチドP1の前記断片F1が、前記ポリペプチドP2の前記断片F2と二量体化すると、結果としてもたらされる二量体が、前記ドメインFの機能に関して機能的となる、
ポリペプチドセットによっても解決される。
(i)抗原A1に特異的に結合する標的化部分T1、および
(ii)機能ドメインFの断片F1
を含む第1のポリペプチドP1であって、前記断片F1自体またはポリペプチドP1自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP1、
ならびに
(i)抗原A2に特異的に結合する標的化部分T2、および
(ii)前記機能ドメインFの断片F2
を含む第2のポリペプチドP2であって、前記断片F2自体またはポリペプチドP2自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP2
を含み、
前記抗原A1が、前記抗原A2と異なり、
(c)前記断片F1が、抗体のVLドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のVHドメインを含むか、もしくは前記断片F1が、抗体のVHドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のVLドメインを含むか、
(d)前記ポリペプチドP1と前記ポリペプチドP2とが、抗原A1およびA2の両方をその表面において有する基質、より具体的には、抗原A1およびA2の両方をその細胞表面において保有する細胞の非存在下では、互いと会合しないか、または
(e)前記断片F1が、抗体のVLドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のVHドメインを含むか、もしくは前記断片F1が、抗体のVHドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のVLドメインを含み、
前記ポリペプチドP1と前記ポリペプチドP2とが、抗原A1およびA2の両方をその表面において有する基質、より具体的には、抗原A1およびA2の両方をその細胞表面において保有する細胞の非存在下では、互いと会合せず、
前記ポリペプチドP1の前記断片F1が、前記ポリペプチドP2の前記断片F2と二量体化すると、結果としてもたらされる二量体が、前記ドメインFの機能に関して機能的となり、基質または細胞の非存在下において、互いに、前記ポリペプチドP1およびP2、特に、前記断片F1およびF2の解離定数KDが、10−8M〜10−2Mの範囲である、
ポリペプチドセットによっても解決される。
1.(i)抗原A1に特異的に結合する標的化部分T1、および
(ii)機能ドメインFの断片F1
を含む第1のポリペプチドP1であって、前記断片F1自体またはポリペプチドP1自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP1、
ならびに
(i)抗原A2に特異的に結合する標的化部分T2、および
(ii)前記機能ドメインFの断片F2
を含む第2のポリペプチドP2であって、前記断片F2自体またはポリペプチドP2自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP2
を含み、
前記抗原A1が、前記抗原A2と異なり、
前記ポリペプチドP1と前記ポリペプチドP2とが、抗原A1およびA2の両方をその表面において有する基質、より具体的には、抗原A1およびA2の両方をその細胞表面において保有する細胞の非存在下では、互いと会合せず、
前記ポリペプチドP1の前記断片F1が、前記ポリペプチドP2の前記断片F2と二量体化すると、結果としてもたらされる二量体が、前記ドメインFの機能に関して機能的となる、
ポリペプチドセット。
2.抗原A1およびA2の両方をその細胞表面において保有する細胞が、前記ポリペプチドP1の断片F1の、前記ポリペプチドP2の断片F2との二量体化を誘導するのに対し、抗原A1およびA2の両方をその細胞表面において保有するわけではない細胞は、前記ポリペプチドP1の断片F1の、前記ポリペプチドP2の断片F2との二量体化を誘導しない、項目1に従うポリペプチドセット。
3.前記標的化部分T1が、免疫グロブリンモジュール、好ましくはVHドメインへと連結されたVLドメインを含む免疫グロブリンモジュールI1、より好ましくは抗体のscFv(単鎖変異体断片)を含む免疫グロブリンモジュールI1、またはラマ抗体、ラクダ抗体、もしくはサメ抗体の可変ドメインVHHを含む免疫グロブリンモジュールを含み、
かつ/あるいは前記標的化部分T2が、免疫グロブリンモジュール、好ましくはVHドメインへと連結されたVLドメインを含む免疫グロブリンモジュールI2、より好ましくは抗体のscFv(単鎖変異体断片)を含む免疫グロブリンモジュールI2、またはラマ抗体、ラクダ抗体、もしくはサメ抗体の可変ドメインVHHを含む免疫グロブリンモジュールを含むか、
あるいは前記標的化部分T1および/または前記標的化部分T2が、それぞれ、前記抗原A1または抗原A2のアプタマーまたは天然リガンドを含む、
項目1または2に従うポリペプチドセット。
4.前記抗原A1および/または前記抗原A2が、腫瘍細胞の表面上または腫瘍前駆細胞/腫瘍前駆体細胞の表面上で発現する抗原、好ましくは血液系腫瘍細胞の表面上で発現する抗原、または非血液系腫瘍細胞の表面上で発現する抗原である、項目1〜3のうちのいずれかに従うポリペプチドセット。
5.抗原A1と抗原A2との組合せが、がん性細胞だけで見出され、がん性でない細胞では見出されず、好ましくは、抗原A1と抗原A2との組合せが、ある種のがんのがん性細胞に特異的である、項目1〜4のうちのいずれかに従うポリペプチドセット。
6.前記抗原A1が、MHC抗原、好ましくはHLA−A、HLA−B、HLA−C、HLA−DQ、HLA−DR、もしくはHLA−DMのうちのいずれかの対立遺伝子変異体、より好ましくはMHCクラスI分子の対立遺伝子変異体、より好ましくはHLA−A1、HLA−A2、HLA−A3、HLA−A25、HLA−B7、HLA−B8、HLA−B35、HLA−B44、HLA−Cw3、HLA−Cw4、およびHLA−Cw7からなる群から選択される対立遺伝子変異体であり、かつ/または前記抗原A2が、ある種の細胞型もしくは細胞系統に特異的な抗原である、項目1〜5のうちのいずれかに従うポリペプチドセット。
7.前記機能ドメインFが、免疫グロブリンモジュール、好ましくは抗体のscFv(単鎖変異体断片)、または蛍光分子、好ましくはGFPもしくはGFP変異体、または生物発光を媒介することが可能な分子、好ましくはGaussiaルシフェラーゼである、項目1〜6のうちのいずれかに従うポリペプチドセット。
8.前記機能ドメインFが、担体分子、好ましくはペプチドもしくは炭水化物分子である担体分子、またはアフィニティータグ、好ましくはFLAGタグ、mycタグ、グルタチオン−S−トランスフェラーゼ(GST)タグ、ヘマグルチニン(HA)タグ、ポリヒスチジン(His)タグ、およびマルトース結合タンパク質(MBP)タグからなる群から選択されるアフィニティータグに特異的に結合するドメインである、項目1〜7のうちのいずれかに従うポリペプチドセット。
9.前記機能ドメインFが、放射性化合物に特異的に結合するドメイン、それ自体ではヒト細胞の細胞膜を透過することが可能ではなく、前記細胞の細胞膜と会合するとヒト細胞へと内部移行される毒素分子に特異的に結合するドメイン、蛍光分子に特異的に結合するドメイン、または生物発光を媒介することが可能な分子に特異的に結合するドメインである、項目1〜8のうちのいずれかに従うポリペプチドセット。
10.前記断片F1が、抗体のVLドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のVHドメインを含み、好ましくは、前記抗体が、抗CD3抗体であるか、または前記断片F1が、抗体のVHドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のVLドメインを含み、好ましくは、前記抗体が、抗CD3抗体である、項目1〜9のうちのいずれかに従うポリペプチドセット。
11.腫瘍を患っている患者の処置における使用のため、または腫瘍を患っている患者における診断的使用のための、好ましくは腫瘍を患っており、同種組織移植もしくは同種細胞移植を受けているか、またはこのような移植を受けることを意図する患者の処置における使用のため、あるいは腫瘍を患っており、同種組織移植もしくは同種細胞移植を受けているか、またはこれを受けることを意図する患者における診断的使用のためであり、好ましくは、前記患者へと投与される、項目1〜10のうちのいずれかに従うポリペプチドセット。
12.項目1〜11のうちのいずれかに従うポリペプチドセットまたはポリペプチドセットのポリペプチドのうちの1つをコードする核酸分子または核酸分子セット。
13.項目12に従う核酸分子のヌクレオチド配列、または項目12に従う核酸分子セットの核酸分子のうちの1つの配列を含むベクター。
14.項目1〜11のうちのいずれかに従うポリペプチドセット、または項目12に従う核酸分子/核酸分子セット、または項目13に従うベクターを含む医薬組成物であって、薬学的に許容される担体をさらに含むことが好ましい医薬組成物。
15.項目1〜11のうちのいずれかに従うポリペプチドセットを含むキット。
(i)配列番号78および79(CDR1および3)ならびにDAS(CDR2)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号75〜77(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗HLA−A2抗体のVドメイン;
(ii)配列番号83および84(CDR1および3)ならびにDDS(CDR2)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号80〜82(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗HLA−Cw6抗体のVドメイン;
(iii)配列番号88および89(CDR1および3)ならびにWAS(CDR2)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号85〜87(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗EpCAM抗体のVドメイン;
(iv)配列番号93および94(CDR1および3)ならびにSAS(CDR2)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号90〜92(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗Her2抗体のVドメイン;
(v)配列番号98および99(CDR1および3)ならびにDAS(CDR2)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号95〜97(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗EGFR1抗体のVドメイン;
(vi)配列番号103および104(CDR1および3)ならびにSAS(CDR2)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号100〜102(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗CEA抗体のVドメイン;
(vii)配列番号107および108(CDR1および3)ならびにLAS(CDR2)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号105および106(CDR1および2)ならびにCDR3もしくは配列番号132〜134(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗CD45抗体のVドメイン;
(viii)配列番号112および113(CDR1および3)ならびにYTS(CDR2)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号109〜111(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗CD138抗体のVドメイン;ならびに
(ix)配列番号158および159(CDR1および3)ならびにDAS(CDR2)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号155〜157(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗CD19抗体のVドメイン
からなる群から選択されるVドメインを含む。
(i)配列番号52を含むVLドメインおよび/または配列番号51を含むVHドメインを含む、抗HLA−A2抗体のVドメイン;
(ii)配列番号54を含むVLドメインおよび/または配列番号53を含むVHドメインを含む、抗HLA−Cw6抗体のVドメイン;
(iii)配列番号56を含むVLドメインおよび/または配列番号55を含むVHドメインを含む、抗EpCAM抗体のVドメイン;
(iv)配列番号58を含むVLドメインおよび/または配列番号57を含むVHドメインを含む、抗Her2抗体のVドメイン;
(v)配列番号60を含むVLドメインおよび/または配列番号59を含むVHドメインを含む、抗EGFR1抗体のVドメイン;
(vi)配列番号62を含むVLドメインおよび/または配列番号61を含むVHドメインを含む、抗CEA抗体のVドメイン;
(vii)配列番号64を含むVLドメインおよび/または配列番号63を含むVHドメインを含む、抗CD45抗体のVドメイン;ならびに
(viii)配列番号66を含むVLドメインおよび/または配列番号65を含むVHドメインを含む、抗CD138抗体のVドメイン;
(ix)配列番号153を含むVLドメインおよび/または配列番号152を含むVHドメインを含む、抗CD19抗体のVドメイン
からなる群から選択されるVドメインを含む。
a)抗原A1は、EpCAM(上皮細胞接着分子)であり、抗原A2は、CD10(表面抗原分類10)、HER2/neu(ヒト表皮成長因子受容体2)、VEGF−R(血管内皮成長因子受容体)、EGFR(表皮成長因子受容体;また、HER1(ヒト表皮成長因子受容体1)またはErbB1とも呼ばれる)、もしくはMDR(多剤耐性タンパク質)であるか、または
b)抗原A1は、MCSP(黒色腫に関連するコンドロイチン硫酸プロテオグリカン)であり、抗原A2は、メラノフェリンもしくはEpCAMであるか、または
c)抗原A1は、CA125(がん抗原125/炭水化物抗原125)であり、抗原A2は、CD227(PEM(多型性上皮ムチン)もしくはMUC1(ムチン−1))であるか、または
d)抗原A1は、CD56であり、抗原A2は、CD140b(PDGFRβ(血小板由来成長因子受容体ベータ))もしくはGD3ガングリオシドであるか、または
e)抗原A1は、EGFRであり、抗原2は、HER2であるか、または
f)抗原A1は、PSMA(前立腺特異的膜抗原)であり、抗原2は、HER2であるか、または
g)抗原1は、シアリルルイスであり、抗原2は、EGFRであるか、または
h)抗原1は、CD44であり、抗原2は、ESA(上皮表面抗原)(CD326、EpCAM)、CD24、CD133、MDR(多剤耐性タンパク質)、もしくはCD117であるか、または
i)抗原1は、CD34であり、抗原2は、CD19、CD79a、CD2、CD7、HLA−DR(ヒト白血球抗原DR)、CD13、CD117、CD33、もしくはCD15であるか、または
j)抗原1は、CD33であり、抗原2は、CD19、CD79a、CD2、CD7、HLA−DR(ヒト白血球抗原DR)、CD13、CD117、もしくはCD15であるか、または
k)抗原1は、MUC1であり、抗原2は、CD10、CEA、もしくはCD57であるか、または
l)抗原1は、CD38であり、抗原2は、CD138であるか、または
m)抗原1は、CD24であり、抗原2は、CD29もしくはCD49fであるか、または
n)抗原1は、炭酸脱水素酵素IXであり、抗原2は、アクアポリン、好ましくはアクアポリン2である。
(i)配列番号18〜20(CDR1〜3)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号15〜17(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(ii)配列番号24〜26(CDR1〜3)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号21〜23(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(iii)配列番号30〜32(CDR1〜3)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号27〜29(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(iv)配列番号36および37(CDR1および3)ならびにDTS(CDR2)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号33〜35(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(v)配列番号41および42(CDR1および3)ならびにYTN(CDR2)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号38〜40(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;ならびに
(vi)配列番号46および47(CDR1および3)ならびにKVS(CDR2)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号43〜45(CDR1〜3)を含むVHドメインを含む、抗His抗体のVドメイン;
(vii)配列番号50および131(CDR1および3)ならびにYSS(CDR2)を含むVLドメイン、ならびに/または配列番号48および49(CDR1および2)ならびにA(CDR3)を含むVHドメインを含む、抗DIG抗体のVドメイン
からなる群から選択されるVドメインを含む。
(i)配列番号2を含むVLドメインおよび/または配列番号1を含むVHドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(ii)配列番号4を含むVLドメインおよび/または配列番号3を含むVHドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(iii)配列番号6を含むVLドメインおよび/または配列番号5を含むVHドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(iv)配列番号8を含むVLドメインおよび/または配列番号7を含むVHドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(v)配列番号10を含むVLドメインおよび/または配列番号9を含むVHドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;ならびに
(vi)配列番号12を含むVLドメインおよび/または配列番号11を含むVHドメインを含む、抗His抗体のVドメイン;
(vii)配列番号14を含むVLドメインおよび/または配列番号30を含むVHドメインを含む、抗DIG抗体のVドメイン
からなる群から選択されるVドメインを含む。
(i)自己免疫障害;および
(ii)過敏性障害
からなる群から選択される障害の処置または防止における使用のための、本明細書で記載されるポリペプチドセットにも関する。
(i)アレルギー性障害;
(ii)多発性硬化症;
(iii)乾癬;
(iv)全身性エリテマトーデス;
(v)シェーグレン症候群;
(vi)関節リウマチ;
(vii)特発性血小板減少性紫斑病;
(viii)糖尿病;
(xi)血管炎;
(x)クローン病;および
(xi)アミロイドーシス
からなる群から選択される。
(i)腫瘍もしくはがんを患っており、かつ/または同種細胞移植もしくは同種組織移植を受けている患者;
(ii)自己免疫障害を患っている患者;あるいは
(iii)過敏性障害を患っている患者
を処置するための方法によっても解決される。
前記方法は、
−ポリペプチドセットを得るステップであって、前記ポリペプチドセットが、
(i)抗原A1に特異的に結合する標的化部分T1、および
(ii)機能ドメインFの断片F1
を含む第1のポリペプチドP1であって、前記断片F1自体またはポリペプチドP1自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP1、
ならびに
(i)抗原A2に特異的に結合する標的化部分T2であって、前記抗原A2が、ある種の細胞型または細胞系統に特異的な細胞表面分子である標的化部分T2、および
(ii)機能ドメインFの断片F2
を含む第2のポリペプチドP2であって、前記断片F2自体またはポリペプチドP2自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP2
を含み、
前記抗原A1が、前記抗原A2と異なり、
前記ポリペプチドP1と前記ポリペプチドP2とが、抗原A1およびA2の両方をその表面において有する基質、より具体的には、抗原A1およびA2の両方をその細胞表面において保有する細胞の非存在下では、互いと会合せず、
前記ポリペプチドP1の前記断片F1が、前記ポリペプチドP2の前記断片F2と二量体化すると、結果としてもたらされる二量体が、前記ドメインFの機能に関して機能的となるステップと、
−前記ポリペプチドセットを前記患者へと投与するステップと
を含みうる。
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ガングリオシドGQ1B:Gene ID:29906、2012年12月30日更新
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Her−2/neu:Gene ID:2064、2013年1月13日更新、4版。タンパク質=P04626−1/2/3/4=アイソフォーム1〜4、最終改定日:1987年8月13日。バージョン1。
大嚢胞症液タンパク質15;Gene ID:5304、2012年12月30日更新
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血小板由来成長因子受容体PDGFRアルファ:
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黒色腫関連マーカー/Mart1:
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CD133:Gene ID:8842、2013年1月13日更新;アイソフォーム1(AC133〜1)(S2)[UniParc]。最終改定日:1998年6月1日。バージョン1。チェックサム:D21CBC05ADB2DEDF、O43490−1/2/3/4/5/6/7、アイソフォーム1〜7
ハイブリドーマ細胞に由来し、抗CD3抗体、抗CD45抗体、および抗HLA A2抗体それぞれの可変ドメインをコードするDNA配列を、分子生物学の標準的な方法(例えば、Sambrookら、Molecular Cloning: A Laboratory Manual、Cold Spring Harbor Laboratory Press、New York(2001)を参照されたい)により、図3に描示される抗体構築物を創成するのに用いた。組換えタンパク質が発現したときに同定および精製を容易にする、異なるアフィニティータグ(Mycタグ、Flagタグ、Hisタグ)を保有するように構築物をデザインした。構築物のドメイン配置、アフィニティータグ、およびリンカーの詳細については、図3を参照されたい。
ペリプラズムタンパク質の発現:
適切な原核生物発現ベクターを用いて、組換え抗体構築物を、大腸菌(E. coli)TG1株のペリプラズム中で発現させた。0.1%のブドウ糖および100μg/mlのアンピシリンを組み入れた2×TY培地2リットルに、形質転換されたTG1の一晩にわたる培養物20mlを接種し、37℃で指数増殖期(OD600:0.8〜0.9)まで成長させた。抗体断片は、ラクトースプロモーターの制御下にあるので、タンパク質発現は、1mMのIPTGを添加した後、RT(室温)で振とうしながら、さらに3時間にわたりインキュベートすることにより、誘導した。細胞は、2,750×gおよび4℃で10分間にわたり遠心分離することにより採取し、100mlの適切な緩衝液中に再懸濁させた。50μg/mlの新たに溶存させたリゾチーム[Roche Diagnostics]を添加し、氷上で25分間にわたりインキュベートすることにより、細胞溶解を実施した。その後、10mMのMgSO4を添加して、スフェロプラストを安定化させ、細胞を、6,200×gおよび4℃で10分間にわたり遠心分離した。最後に、ペリプラズムタンパク質を含有する、得られた上清を、PBSに対して4℃で一晩にわたり透析し、上記で言明した通り、15分間にわたり再度遠心分離した。その後、組換えタンパク質を、Ni−NTA−IMAC(ニッケルニトリロ三酢酸固定化金属アフィニティークロマトグラフィー)により精製した。
組換えタンパク質をHis6タグで精製するために、固定化ニッケルニトリロ三酢酸(NTA)アガロースビーズ[Qiagen]により、IMACを実施した。第1に、1mlのNi−NTAアガロースカラムを、20mMのイミダゾールを伴う約10mlの滅菌PBSまたはリン酸ナトリウム緩衝液で平衡化する必要があった。次いで、細胞質中の発現から沈殿させたか、またはペリプラズム中の発現から透析した粗タンパク質を、カラムへと徐々に適用した。約20mlの適切なIMAC用洗浄緩衝液(20〜35mMのイミダゾールを含有するリン酸ナトリウム緩衝液)で洗浄した後、タンパク質が流動物中にもはや検出されなくなるまで、結合したタンパク質を、250mMのイミダゾールを組み入れたリン酸ナトリウム緩衝液を伴う500μlの画分中で、カラムから溶出させた。
細胞の培養:
哺乳動物細胞を、T75組織培養フラスコ内の20mlの適切な培養培地中、5%のCO2を伴う37℃で培養した。2〜3日ごとに細胞を分けた。接着細胞を、1×トリプシン−EDTAで引きはがすことがまず必要であった。生体染色液、エオシン、またはトリパンブルーを用いて、細胞をカウントした。保存のために、コンフルエンシーが60〜80%の細胞を、450×gで5分間にわたり遠心分離することにより採取し、10%のDMSOを伴うFCS中に再懸濁させ、Cryovial中でアリコート分割し、−80℃の温度へと徐々に凍結させた。細胞は、水浴中37℃で素早く融解させ、5mlの培地へと注意深く添加した。DMSOを除去するために、細胞を再度遠心分離し、新鮮な培地中に再懸濁させ、組織培養フラスコへと移した。
リンパ球および単球を含むPBMCは、Ficollベースのリンパ球分離溶液であるLSM 1077(PAA Laboratories、Pasching、Austria)を用いる密度遠心分離により、健常ヒトドナーの軟膜からあらかじめ単離した。それにもかかわらず、これらのPBMCは、使用時において、不均一な細胞集団として現れたので、残存する赤血球、顆粒球、および血小板からの分離を以下の通りに繰り返した。融解させたPBMCであって、10%のFCSおよびPen−Strepを含有する30mlのRPMI 1640培地中に再懸濁させたPBMCを、10mlのLSM 1077上に注意深く積み重ね、制動を伴わずに、800×gで5分間にわたり遠心分離した。上部相を廃棄した後、中間相内で濃縮されたPBMCを、清浄な試験管へと移し、30mlの培地中に再懸濁させ、450×gで5分間にわたり遠心分離した。直径10cmの組織培養プレート内で、一晩にわたり、PBMCを培養して、単球のプレートへの接着を可能とすることにより、単球を除去した。最後に、溶液中に残存するPBMCを採取した。
フローサイトメトリー:
抗体融合タンパク質の抗原提示腫瘍細胞および/またはTリンパ球への結合をフローサイトメトリーにより調べた。この目的で、2.5〜5×105個の細胞を、10μg/mlのscFvまたは96ウェルV字型プレート上にウェル1つ当たり100μlずつの適切な緩衝液(PBS+ウシ血清アルブミンまたは他の許容される緩衝液など)中で滴定された0.004〜4μg/mlの融合タンパク質と共に、4℃で2時間にわたりインキュベートした。150μlの適切な緩衝液で3回洗浄した後、細胞を、FITCコンジュゲート抗His6タグまたは抗Flagタグまたは抗mycタグ抗体と共にRTで30分間にわたりインキュベートし、2回再度洗浄した。バックグラウンド染色についてゲーティングし、調べるため、さらに、1つは非染色細胞とし、1つは、タンパク質を伴わない、FITCコンジュゲート抗His6タグ抗体で染色した細胞とする、各細胞型の試料2つずつを調製した。最後に、細胞を、500μlの適切な緩衝液中に再懸濁させ、FACS試験管へと移し、フローサイトメトリーにより解析した。
細胞ベースの刺激アッセイにおいて、組換えタンパク質の刺激特性を調べた。こうして、誘導されるIL−2放出との関連で、PBMCへの刺激を測定することにより、二特異性抗体および「三ドメイン構築物」により媒介されるT細胞活性化を決定した。
CD45陽性/HLA A2骨髄腫細胞系であるU266を、ウェル1つ当たり100μlの培養培地中に細胞105個の密度で、平底96ウェル細胞培養プレートに播種した。滴定された刺激性タンパク質を、表示される通りにウェル1つ当たり100μlずつの培地中に添加し、37℃および5%のCO2で1時間にわたりプレインキュベートして、十分な結合を確保した。次いで、前日に融解させて単離した非刺激PBMCを、表示の密度で添加し、37℃および5%のCO2で24時間にわたりインキュベートした。最後に、プレートを、450×gで5分間にわたり遠心分離して、ELISAによりIL−2を定量化するために、細胞非含有上清を採取した。
刺激活性についての指標として、二特異性抗体により誘導されるT細胞活性化を、IL−2放出との関連で測定した。PBMCにより刺激したら、上清中に分泌されるIL−2の濃度を、IL−2サンドイッチELISAにより決定した。
100μlの細胞培養物上清中で、製造元のプロトコールに従って、ヒトIFN−γ ELISAキット(Invitrogen(商標))を用いて、IFN−γ濃度を測定した。略述すると、50μLのインキュベーション緩衝液を、プレコーティングされた96ウェルプレートの各ウェルへと添加した。50μLのStandard Diluent Bufferを、ゼロウェルへと添加した。50μLの基準物質および試料を各ウェルへと添加した。50μLのビオチニル化Hu IFN−γ Biotin Conjugate溶液を、各ウェルへと添加した。プレートの側面を静かにタッピングして、混合した。プレートを、プレートカバーで覆い、室温で1時間30分にわたりインキュベートした。溶液をウェルから完全に吸引し、液体を廃棄した。ウェルを4回洗浄した。100μLのストレプトアビジン−HRP作業溶液を、各ウェルへと添加した。プレートを、プレートカバーで覆い、室温で45分間にわたりインキュベートした。溶液をウェルから完全に吸引し、液体を廃棄した。100μLのStabilized Chromogenを、各ウェルへと添加した。ウェル内の液体は、青色に変わった。暗所内、室温で15〜30分間にわたりインキュベートした。100μLのStop Solutionを、各ウェルへと添加した。プレートの側面を静かにタッピングして、混合した。ウェル内の溶液は、青色から黄色へと変化した。各ウェルの吸光度は、BioRadプレートリーダーにより450nmで読み取った。
HLA−A2/CD45陽性細胞系であるU266または骨髄腫細胞系であるU266を、350μlのPBS中に10μMのCFSE(Invitrogen Vybrant CFDA SE Cell Tracer Kit)により、暗所内、室温(RT)で10分間にわたり標識した。標識化反応は、5mlのウシ胎仔血清(FCS)の添加後、RTで1分間にわたるインキュベーションにより停止させた。2回洗浄の後、CFSE標識した標的細胞を、アッセイ培地中に再懸濁させ、1:10(2ml中に5×105個のU266および5×106個のPBMC)の比で、HLA−A2陰性の健常ドナーに由来する末梢血単核細胞(PBMC)、および表示される通り27nMの抗体構築物と共に共インキュベートした。Tritonで処理された試料を陽性対照(100%の溶解)として用い、抗体構築物を伴わない試料を陰性対照(0%の溶解)として用いた。24時間後、アポトーシス細胞を7AAD染料(Biozol、RTで10分間にわたる)で視覚化し、CFSEで標識されたU266細胞の特異的溶解%を、フローサイトメトリー法を使用して計算した。
標的細胞をT細胞と共に共インキュベート(腫瘍細胞:T細胞比を2:1とする)した後に、特異的なポリペプチドを伴うかまたは伴わずに、4時間にわたり染色を実施した。まず、HLA−A2およびCD45についての表面染色を実施した後、固定および透過(Fix+Perm、BD Biosciences)を実施した。次いで、活性化カスパーゼ3抗体を30分間にわたり添加した(BD Biosciences)。細胞を、1×PBS+5%のヒト血清(HS、PAA Laboratories)で洗浄し、BD−FACS Canto−II上で解析した。特異的アポトーシス%を、(実験値%−自発的放出%)/(100%−自発的放出%)×100として計算した。
alamarBlue(登録商標)アッセイ(Abd Serotec)を用いて、毒素への曝露後における細胞の増殖および生存率を測定した。略述すると、細胞を、ウェル(96ウェルプレート)1つ当たり100μlの細胞培養培地中で成長させた。解析するために、ウェル1つ当たり10μlずつのalamarBlueを添加し、インキュベーター内で30〜120分間にわたりインキュベートした。吸光度は、BioRadプレートリーダーにより、570nMおよび600nMで読み取った。ブランクには、培地だけを用いた。異なるポリペプチド群間における細胞増殖の低減差パーセントは、毒素を伴わない培養物中の細胞成長を対照として用いて、製造元により指示される通りに計算した。
まず、西洋ワサビペルオキシダーゼ(HRP、Sigma−Aldrich Chemie gmbH)を、モル比1/3のジゴキシゲニンNHSエステル(Sigma−Aldrich Chemie gmbH)で標識した。Dig−HRPを、Micro Bio−Spin(商標)クロマトグラフィーカラム(BioRad)で清浄化し、暗所内、4℃で保存した。まず、Colo−206F細胞を、表示された多様な濃度のポリペプチドと共に、90分間にわたりインキュベートした。細胞をPBSで洗浄し、Dig−HRPを伴う細胞培養培地中に再懸濁させ、30分間にわたりインキュベートした。その後、細胞をPBSで2回洗浄し、50μlのPBS中に再懸濁させた。50μLのStabilized Chromogen(Invitrogen(商標))を、暗所内、室温で15〜30分間にわたり添加した。50μLのStop Solutionを添加し、BioRadプレートリーダーにより、450nmで吸光度を読み取った。
in vivo実験(図12A)用のHLA.A2トランスジェニック免疫欠損マウス(NodScid IL−2rg −/−HLA.A2/B2m tg;株番号:14570、The Jackson Laboratory、Bar Harbor、Maine、USA)は、欧州ガイドラインに従って、本発明者らの公認の動物施設(ZEMM、Center for experimental molecular medicine、University hospital Wuerzburg)において維持した。6〜10週齢の雌マウスを、群1つ当たりのマウス6匹ずつの5群(n=30)へと分けた。5×106個のTHP−1細胞、1.25×105個のCMV特異的なCD8+T細胞(腫瘍細胞:T細胞比:40/1)、および0.5μgのポリペプチドを、表示される通りに腹腔内(i.p)注射した。注射の後、マウスを、毎日の目視によりモニタリングした。13日目に、マウス1匹当たり1.16×105個のCMV特異的CD8+T細胞による2回目の注射を施し、ポリペプチドの注射を、週3日繰り返した。体重の増大が80%を超えるか、または施設のガイドラインに従って瀕死であると考えられる場合は、動物を屠殺した。
本発明は以下を提供する。
[1]
(i)抗原A1に特異的に結合する標的化部分T1、および
(ii)機能ドメインFの断片F1
を含む第1のポリペプチドP1であって、前記断片F1自体または前記ポリペプチドP1自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP1、
ならびに
(i)抗原A2に特異的に結合する標的化部分T2、および
(ii)前記機能ドメインFの断片F2
を含む第2のポリペプチドP2であって、前記断片F2自体または前記ポリペプチドP2自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP2
を含み、
前記抗原A1が、前記抗原A2と異なり、
前記ポリペプチドP1と前記ポリペプチドP2とが、抗原A1およびA2の両方をその表面において有する基質の非存在下では、互いと会合せず、
前記ポリペプチドP1の前記断片F1が、前記ポリペプチドP2の前記断片F2と二量体化すると、結果としてもたらされる二量体が、前記ドメインFの機能に関して機能的となる、
ポリペプチドセット。
[2]
前記ポリペプチドP1と前記ポリペプチドP2とが、抗原A1およびA2の両方をその細胞表面において保有する細胞の非存在下では、互いと会合しない、請求項1に記載のポリペプチドセット。
[3]
抗原A1およびA2の両方をその細胞表面において保有する細胞が、前記ポリペプチドP1の断片F1の、前記ポリペプチドP2の断片F2との二量体化を誘導するのに対し、抗原A1およびA2の両方をその細胞表面において保有するわけではない細胞は、前記ポリペプチドP1の断片F1の、前記ポリペプチドP2の断片F2との二量体化を誘導しない、請求項1または2に記載のポリペプチドセット。
[4]
前記基質または細胞の非存在下において、互いに、前記ポリペプチドP1およびP2の解離定数K D が、10 −8 M〜10 −2 Mの範囲、10 −7 M〜10 −3 Mの範囲、もしくは10 −6 M〜10 −3 Mの範囲であり、かつ/または前記基質または細胞の存在下において、互いに、前記ポリペプチドP1およびP2の解離定数K D が、10 −6 Mを下回るか、10 −7 Mを下回るか、10 −8 Mを下回るか、もしくは10 −9 Mを下回る、請求項1から3のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[5]
前記抗原A1および/または前記抗原A2が、腫瘍細胞の表面上または腫瘍前駆細胞/腫瘍前駆体細胞の表面上で発現する抗原である、請求項1から4のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[6]
前記抗原が、血液系腫瘍細胞の表面上または非血液系腫瘍細胞の表面上で発現する、請求項5に記載のポリペプチドセット。
[7]
抗原A1と抗原A2との組合せが、がん性細胞だけで見出され、がん性でない細胞では見出されない、請求項1から6のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[8]
抗原A1と抗原A2との組合せが、ある種のがんのがん性細胞に特異的である、請求項7に記載のポリペプチドセット。
[9]
前記抗原A1が、MHC抗原であり、
かつ/または前記抗原A2が、ある種の細胞型または細胞系統に特異的な抗原である、
請求項1から8のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[10]
前記MHC抗原が、HLA−A、HLA−B、HLA−C、HLA−DQ、HLA−DR、またはHLA−DMのうちのいずれかの対立遺伝子変異体である、請求項9に記載のポリペプチドセット。
[11]
前記MHC抗原が、MHCクラスI分子の対立遺伝子変異体である、請求項9または10に記載のポリペプチドセット。
[12]
前記MHC抗原が、HLA−A2、HLA−Cw6、HLA−A1、HLA−A3、HLA−A25、HLA−B7、HLA−B8、HLA−B35、HLA−B44、HLA−Cw3、HLA−Cw4、およびHLA−Cw7からなる群から選択される対立遺伝子変異体である、請求項9から11のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[13]
前記ある種の細胞型または細胞系統に特異的な抗原が、
CD45;CD34;CD33;CD138;CD15;CD1a;CD2;CD3;CD4;CD5;CD8;CD20;CD23;CD31;CD43;CD56;CD57;CD68;CD79a;CD146;サーファクタントタンパク質;シナプトフィジン;CD56;CD57;ニコチン性アセチルコリン受容体;筋特異的キナーゼMUSK;電位依存性カルシウムチャネル(P/Q型);電位依存性カリウムチャネル(VGKC);N−メチル−D−アスパラギン酸受容体(NMDA);TSH;アンフィフィシン;HepPar−1;ガングリオシドGQ1B、GD3、またはGM1;およびグリコホリンA
からなる群から選択される、請求項9から12のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[14]
前記抗原A1およびA2のうちのいずれかが、
HLA−A2;HLA−Cw6;EpCAM;CD45;Her2;EGFR;CD138;CEA;CD19;E−カドヘリン;Ca−125;Her−2/neu;大嚢胞症液タンパク質;BCA−225;CA 19−9;CD117;CD30;上皮抗原BER−EP4、上皮膜抗原および上皮関連抗原MOC−31;表皮成長因子受容体HER1;血小板由来成長因子受容体PDGFRアルファ;黒色腫関連マーカー/Mart1/Melan−A;CD133;TAG72;ならびにB細胞の表面上のクロノタイプ抗体
からなる群から選択される、請求項1から13のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[15]
(i)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、EpCAMであり、他の一方が、EGFR、HER2/neu、CD10、VEGF−R、もしくはMDRであるか、
(ii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、MCSPであり、他の一方が、メラノフェリンもしくはEpCAMであるか、
(iii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CA125であり、他の一方が、CD227であるか、
(iv)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD56であり、他の一方が、CD140bもしくはGD3ガングリオシドであるか、
(v)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、EGFRであり、他の一方が、HER2であるか、
(vi)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、PSMAであり、他の一方が、HER2であるか、
(vii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、シアリルルイスであり、他の一方が、EGFRであるか、
(viii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD44であり、他の一方が、ESA、CD24、CD133、MDR、もしくはCD117であるか、
(ix)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD34であり、他の一方が、CD19、CD79a、CD2、CD7、HLA−DR、CD13、CD117、CD33、もしくはCD15であるか、
(x)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD33であり、他の一方が、CD19、CD79a、CD2、CD7、HLA−DR、CD13、CD117、もしくはCD15であるか、
(xi)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、MUC1であり、他の一方が、CD10、CEA、もしくはCD57であるか、
(xii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD38であり、他の一方が、CD138であるか、
(xiii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD24であり、他の一方が、CD29、もしくはCD49fであるか、
(xiv)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、炭酸脱水素酵素IXであり、他の一方が、アクアポリン2であるか、
(xv)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、HLA−A2であり、他の一方が、EpCAMであるか、
(xvi)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、HLA−A2であり、他の一方が、CD45であるか、
(xvii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、HLA−A2であり、他の一方が、EGFRであるか、
(xviii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、HLA−A2であり、他の一方が、Her2であるか、
(xix)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、HLA−A2であり、他の一方が、CEAであるか、
(xx)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、EpCAMであり、他の一方が、CEAであるか、
(xxi)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD45であり、他の一方が、CD138であるか、
(xxii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、EGFRであり、他の一方が、CEAであるか、
(xxiii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、Her2であり、他の一方が、CEAであるか、または
(xxiv)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD19であり、他の一方が、B細胞の表面上のクロノタイプ抗体である、
請求項1から14のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[16]
前記標的化部分T1および/もしくはT2が、免疫グロブリンモジュールを含むか、または
前記標的化部分T1および/もしくはT2が、それぞれ、前記抗原A1もしくは抗原A2のアプタマーもしくは天然リガンドを含む、
請求項1から15のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[17]
前記標的化部分T1が、V H ドメインへと連結されたV L ドメインを含むか、またはラマ抗体、ラクダ抗体、もしくはサメ抗体の可変ドメインV H Hを含む、免疫グロブリンモジュールI1を含み、かつ/あるいは
前記標的化部分T2が、V H ドメインへと連結されたV L ドメインを含むか、またはラマ抗体、ラクダ抗体、もしくはサメ抗体の可変ドメインV H Hを含む免疫グロブリンモジュールI2を含む、
請求項16に記載のポリペプチドセット。
[18]
前記免疫グロブリンモジュールI1が、抗体のscFv(単鎖変異体断片)、Fab、もしくはF(ab’) 2 、または完全抗体を含み、かつ/あるいは
前記免疫グロブリンモジュールI2が、抗体のscFv(単鎖変異体断片)、Fab、もしくはF(ab’) 2 、または完全抗体を含む、
請求項17に記載のポリペプチドセット。
[19]
前記免疫グロブリンモジュールが、
(i)配列番号78および79(CDR1および3)ならびにDAS(CDR2)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号75〜77(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗HLA−A2抗体のVドメイン;
(ii)配列番号83および84(CDR1および3)ならびにDDS(CDR2)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号80〜82(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗HLA−Cw6抗体のVドメイン;
(iii)配列番号88および89(CDR1および3)ならびにWAS(CDR2)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号85〜87(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗EpCAM抗体のVドメイン;
(iv)配列番号93および94(CDR1および3)ならびにSAS(CDR2)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号90〜92(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗Her2抗体のVドメイン;
(v)配列番号98および99(CDR1および3)ならびにDAS(CDR2)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号95〜97(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗EGFR1抗体のVドメイン;
(vi)配列番号103および104(CDR1および3)ならびにSAS(CDR2)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号100〜102(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗CEA抗体のVドメイン;
(vii)配列番号107および108(CDR1および3)ならびにLAS(CDR2)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号105および106(CDR1および2)ならびにCDR3もしくは配列番号132〜134(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗CD45抗体のVドメイン;
(viii)配列番号112および113(CDR1および3)ならびにYTS(CDR2)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号109〜111(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗CD138抗体のVドメイン;ならびに
(ix)配列番号158および159(CDR1および3)ならびにDAS(CDR2)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号155〜157(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗CD19抗体のVドメイン
からなる群から選択されるVドメインを含む、請求項16から18のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[20]
前記免疫グロブリンモジュールが、
(i)配列番号52を含むV L ドメインおよび/または配列番号51を含むV H ドメインを含む、抗HLA−A2抗体のVドメイン;
(ii)配列番号54を含むV L ドメインおよび/または配列番号53を含むV H ドメインを含む、抗HLA−Cw6抗体のVドメイン;
(iii)配列番号56を含むV L ドメインおよび/または配列番号55を含むV H ドメインを含む、抗EpCAM抗体のVドメイン;
(iv)配列番号58を含むV L ドメインおよび/または配列番号57を含むV H ドメインを含む、抗Her2抗体のVドメイン;
(v)配列番号60を含むV L ドメインおよび/または配列番号59を含むV H ドメインを含む、抗EGFR1抗体のVドメイン;
(vi)配列番号62を含むV L ドメインおよび/または配列番号61を含むV H ドメインを含む、抗CEA抗体のVドメイン;
(vii)配列番号64を含むV L ドメインおよび/または配列番号63を含むV H ドメインを含む、抗CD45抗体のVドメイン;ならびに
(viii)配列番号66を含むV L ドメインおよび/または配列番号65を含むV H ドメインを含む、抗CD138抗体のVドメイン;
(ix)配列番号153を含むV L ドメインおよび/または配列番号152を含むV H ドメインを含む、抗CD19抗体のVドメイン
からなる群から選択されるVドメインを含む、請求項16から19のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[21]
前記免疫グロブリンモジュールが、配列番号67〜74および154のうちのいずれか1つを含むVドメインを含む、請求項16から20のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[22]
前記標的化部分T1およびT2のうちのいずれか1つが、B細胞の表面上のクロノタイプ抗体に結合するアレルゲンまたは基質を含む、請求項1から16のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[23]
前記機能ドメインFが、免疫グロブリンモジュール、または蛍光分子、または生物発光を媒介することが可能な分子であるか、またはこれを含む、請求項1から22のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[24]
前記機能ドメインFが、抗体のFv(変異体断片)またはscFv(単鎖変異体断片)である、請求項23に記載のポリペプチドセット。
[25]
前記機能ドメインFが、担体分子またはアフィニティータグに特異的に結合するドメインである、請求項1から24のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[26]
前記担体分子が、ペプチドまたは炭水化物分子である、請求項25に記載のポリペプチドセット。
[27]
前記アフィニティータグが、FLAGタグ、mycタグ、グルタチオン−S−トランスフェラーゼ(GST)タグ、ヘマグルチニン(HA)タグ、ポリヒスチジン(His)タグ、ジゴキシゲニン(DIG)タグ、およびマルトース結合タンパク質(MBP)タグからなる群から選択される、請求項26に記載のポリペプチドセット。
[28]
前記機能ドメインFが、放射性化合物に特異的に結合するドメイン、それ自体ではヒト細胞の細胞膜を透過することが可能ではなく、前記細胞の細胞膜と会合するとヒト細胞へと内部移行される毒素分子に特異的に結合するドメイン、蛍光分子に特異的に結合するドメイン、または生物発光を媒介することが可能な分子に特異的に結合するドメインである、請求項1から27のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[29]
前記断片F1が、抗体のV L ドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のV H ドメインを含むか、または前記断片F1が、抗体のV H ドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のV L ドメインを含む、請求項1から28のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[30]
前記断片F1が、抗CD3抗体、抗His抗体、もしくは抗DIG抗体のV L ドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のV H ドメインを含むか、または前記断片F1が、抗CD3抗体、抗His抗体、もしくは抗DIG抗体のV H ドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のV L ドメインを含む、請求項1から29のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[31]
前記免疫グロブリンモジュールが、
(i)配列番号18〜20(CDR1〜3)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号15〜17(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(ii)配列番号24〜26(CDR1〜3)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号21〜23(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(iii)配列番号30〜32(CDR1〜3)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号27〜29(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(iv)配列番号36および37(CDR1および3)ならびにDTS(CDR2)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号33〜35(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(v)配列番号41および42(CDR1および3)ならびにYTN(CDR2)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号38〜40(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;ならびに
(vi)配列番号46および47(CDR1および3)ならびにKVS(CDR2)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号43〜45(CDR1〜3)を含むV H ドメインを含む、抗His抗体のVドメイン;
(vii)配列番号50および131(CDR1および3)ならびにYSS(CDR2)を含むV L ドメイン、ならびに/または配列番号48および49(CDR1および2)ならびにA(CDR3)を含むV H ドメインを含む、抗DIG抗体のVドメイン
からなる群から選択されるVドメインを含む、請求項23から30のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[32]
前記免疫グロブリンモジュールが、
(i)配列番号2を含むV L ドメインおよび/または配列番号1を含むV H ドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(ii)配列番号4を含むV L ドメインおよび/または配列番号3を含むV H ドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(iii)配列番号6を含むV L ドメインおよび/または配列番号5を含むV H ドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(iv)配列番号8を含むV L ドメインおよび/または配列番号7を含むV H ドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;
(v)配列番号10を含むV L ドメインおよび/または配列番号9を含むV H ドメインを含む、抗CD3抗体のVドメイン;ならびに
(vi)配列番号12を含むV L ドメインおよび/または配列番号11を含むV H ドメインを含む、抗His抗体のVドメイン;
(vii)配列番号14を含むV L ドメインおよび/または配列番号30を含むV H ドメインを含む、抗DIG抗体のVドメイン
からなる群から選択されるVドメインを含む、請求項23から31のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[33]
ポリペプチドP1およびP2のうちのいずれかが、配列番号114〜129および197からなる群から選択されるアミノ酸配列であるか、またはこれを含む、請求項1から32のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[34]
がんおよび/もしくは腫瘍を患っている患者の処置における使用のため、またはがんおよび/もしくは腫瘍を患っている患者における診断的使用のための、請求項1から33のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[35]
がんおよび/または腫瘍を患っており、同種組織移植もしくは同種細胞移植を受けているか、またはこのような移植を受けることを意図する患者の処置における使用のため、あるいはがんおよび/または腫瘍を患っており、同種組織移植もしくは同種細胞移植を受けているか、またはこれを受けることを意図する患者における診断的使用のための、請求項34に記載のポリペプチドセット。
[36]
前記患者へと投与するためのものである、請求項34または35に記載のポリペプチドセット。
[37]
(i)自己免疫障害;および
(ii)過敏性障害
からなる群から選択される障害の処置または防止における使用のための、請求項1から33のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[38]
前記自己免疫障害が、
(i)アレルギー性障害;
(ii)多発性硬化症;
(iii)乾癬;
(iv)全身性エリテマトーデス;
(v)シェーグレン症候群;
(vi)関節リウマチ;
(vii)特発性血小板減少性紫斑病;
(viii)糖尿病;
(xi)血管炎;
(x)クローン病;および
(xi)アミロイドーシス
からなる群から選択される、請求項37に記載のポリペプチドセット。
[39]
前記過敏性障害が、アレルギー(クームス−ゲル分類に従うI型過敏性反応)、抗体依存性細胞傷害反応(II型過敏性反応)、免疫複合体疾患(III型過敏性反応)、遅延型過敏症(IV型過敏性反応)、または受容体媒介性自己免疫疾患(V型過敏性反応)である、請求項37に記載のポリペプチドセット。
[40]
前記自己免疫障害または過敏性障害が、同種幹細胞移植に随伴するか、またはこれにより誘発される、請求項39に記載のポリペプチドセット。
[41]
感染性疾患の処置または防止における使用のための、請求項1から33のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
[42]
請求項1から33のいずれか一項に記載のポリペプチドセットまたはポリペプチドセットのポリペプチドのうちの1つをコードする核酸分子または核酸分子セット。
[43]
配列番号135〜150および196のうちのいずれか1つに描示されているヌクレオチド配列を含む、請求項42に記載の核酸分子または核酸分子セット。
[44]
請求項42もしくは43に記載の核酸分子のヌクレオチド配列、または請求項42もしくは43に記載の核酸分子もしくは核酸分子セットのうちの1つの配列を含むベクター。
[45]
請求項1から33のいずれかに記載のポリペプチドセット、または請求項42もしくは43に記載の核酸分子/核酸分子セット、または請求項44に記載のベクターを含む医薬組成物であって、薬学的に許容される担体をさらに含むことが好ましい医薬組成物。
[46]
請求項1から33のいずれかに記載のポリペプチドセット、請求項42もしくは43に記載の核酸分子もしくは核酸分子セット、または請求項44に記載のベクターを含むキット。
Claims (20)
- (i)抗原A1に特異的に結合する標的化部分T1、および
(ii)機能ドメインFの断片F1
を含む第1のポリペプチドP1であって、前記断片F1自体または前記ポリペプチドP1自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP1、
ならびに
(i)抗原A2に特異的に結合する標的化部分T2、および
(ii)前記機能ドメインFの断片F2
を含む第2のポリペプチドP2であって、前記断片F2自体または前記ポリペプチドP2自体のいずれも前記ドメインFの機能に関して機能的でないポリペプチドP2
を含み、
前記抗原A1が、前記抗原A2と異なり、
前記ポリペプチドP1と前記ポリペプチドP2とが、抗原A1およびA2の両方を細胞表面において有する細胞の非存在下では、互いと会合せず、
前記ポリペプチドP1の前記断片F1が、前記ポリペプチドP2の前記断片F2と二量体化すると、結果としてもたらされる二量体が、前記ドメインFの機能に関して機能的となり、
ここで、前記断片F1が、抗体のVLドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のVHドメインを含むか、または前記断片F1が、抗体のVHドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗体のVLドメインを含む、
ポリペプチドセット。 - 抗原A1およびA2の両方をその細胞表面において保有する細胞が、前記ポリペプチドP1の断片F1の、前記ポリペプチドP2の断片F2との二量体化を誘導するのに対し、抗原A1およびA2の両方をその細胞表面において保有していない細胞は、前記ポリペプチドP1の断片F1の、前記ポリペプチドP2の断片F2との二量体化を誘導しない、請求項1に記載のポリペプチドセット。
- 前記細胞の非存在下において、互いに、前記ポリペプチドP1およびP2の解離定数KDが、10−6M〜10−3Mの範囲である、請求項1または2に記載のポリペプチドセット。
- 前記細胞の存在下において、互いに、前記ポリペプチドP1およびP2の解離定数KDが、10−7Mを下回るか、10−8Mを下回るか、もしくは10−9Mを下回る、請求項1または2に記載のポリペプチドセット。
- 前記抗原A1および/または前記抗原A2が、腫瘍細胞の表面上、癌幹細胞の表面上または腫瘍前駆細胞の表面上で発現する抗原である、請求項1〜4のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
- 抗原A1と抗原A2との組合せが、がん性細胞だけで見出され、がん細胞でない細胞では見出されない、請求項1〜5のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
- 抗原A1と抗原A2との組合せが、ある種のがんのがん性細胞に特異的である、請求項6に記載のポリペプチドセット。
- 前記抗原A1が、HLA−A2、HLA−Cw6、HLA−A1、HLA−A3、HLA−A25、HLA−B7、HLA−B8、HLA−B35、HLA−B44、HLA−Cw3、HLA−Cw4、およびHLA−Cw7からなる群から選択される対立遺伝子変異体であるMHC抗原であり、
かつ/または前記抗原A2が、CD45;CD34;CD33;CD138;CD15;CD1a;CD2;CD3;CD4;CD5;CD8;CD20;CD23;CD31;CD43;CD56;CD57;CD68;CD79a;CD146;サーファクタントタンパク質;シナプトフィジン;CD56;CD57;ニコチン性アセチルコリン受容体;筋特異的キナーゼMUSK;電位依存性カルシウムチャネル(P/Q型);電位依存性カリウムチャネル(VGKC);N−メチル−D−アスパラギン酸受容体(NMDA);TSH;アンフィフィシン;HepPar−1;ガングリオシドGQ1B、GD3、またはGM1;およびグリコホリンAからなる群から選択されるある種の細胞型または細胞系統に特異的な抗原である、
請求項1〜7のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。 - 前記抗原A1およびA2のうちのいずれかが、
HLA−A2;HLA−Cw6;EpCAM;CD20;CD33;CD38;CD45;Her2;EGFR;CD138;CEA;CD19;PSMA;E−カドヘリン;Ca−125;Her−2/neu;大嚢胞症液タンパク質;BCA−225;CA 19−9;CD117;CD30;上皮抗原BER−EP4、上皮膜抗原および上皮関連抗原MOC−31;表皮成長因子受容体HER1;血小板由来成長因子受容体PDGFRアルファ;黒色腫関連マーカー/Mart1/Melan−A;CD133;TAG72;アクアポリン2ならびにB細胞の表面上のクロノタイプ抗体
からなる群から選択される、請求項1〜8のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。 - (i)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、EpCAMであり、他の一方が、EGFR、HER2/neu、CD10、VEGF−R、もしくはMDRであるか、
(ii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、MCSPであり、他の一方が、メラノフェリンもしくはEpCAMであるか、
(iii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CA125であり、他の一方が、CD227であるか、
(iv)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD56であり、他の一方が、CD140bもしくはGD3ガングリオシドであるか、
(v)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、EGFRであり、他の一方が、HER2であるか、
(vi)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、PSMAであり、他の一方が、HER2であるか、
(vii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、シアリルルイスであり、他の一方が、EGFRであるか、
(viii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD44であり、他の一方が、ESA、CD24、CD133、MDR、もしくはCD117であるか、
(ix)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD34であり、他の一方が、CD19、CD79a、CD2、CD7、HLA−DR、CD13、CD117、CD33、もしくはCD15であるか、
(x)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD33であり、他の一方が、CD19、CD79a、CD2、CD7、HLA−DR、CD13、CD117、もしくはCD15であるか、
(xi)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、MUC1であり、他の一方が、CD10、CEA、もしくはCD57であるか、
(xii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD38であり、他の一方が、CD138であるか、
(xiii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD24であり、他の一方が、CD29、もしくはCD49fであるか、
(xiv)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、炭酸脱水素酵素IXであり、他の一方が、アクアポリン2であるか、
(xv)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、HLA−A2であり、他の一方が、EpCAMであるか、
(xvi)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、HLA−A2であり、他の一方が、CD45であるか、
(xvii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、HLA−A2であり、他の一方が、EGFRであるか、
(xviii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、HLA−A2であり、他の一方が、Her2であるか、
(xix)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、HLA−A2であり、他の一方が、CEAであるか、
(xx)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、EpCAMであり、他の一方が、CEAであるか、
(xxi)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD45またはCD38であり、他の一方が、CD138であるか、
(xxii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、EGFRであり、他の一方が、CEAであるか、
(xxiii)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、Her2であり、他の一方が、CEAであるか、または
(xxiv)前記抗原A1およびA2のうちの一方が、CD19であり、他の一方が、B細胞の表面上のクロノタイプ抗体である、
請求項1〜9のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。 - 前記標的化部分T1および/もしくはT2が、免疫グロブリンモジュールを含むか、または
前記標的化部分T1および/もしくはT2が、それぞれ、前記抗原A1もしくは抗原A2のアプタマーもしくは天然リガンドを含む、
請求項1〜10のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。 - 前記標的化部分T1が、VHドメインへと連結されたVLドメインを含むか、またはラマ抗体、ラクダ抗体、もしくはサメ抗体の可変ドメインVHHを含む、免疫グロブリンモジュールI1を含み、かつ/あるいは
前記標的化部分T2が、VHドメインへと連結されたVLドメインを含むか、またはラマ抗体、ラクダ抗体、もしくはサメ抗体の可変ドメインVHHを含む免疫グロブリンモジュールI2を含む、
請求項11に記載のポリペプチドセット。 - 前記免疫グロブリンモジュールI1に含まれるVHドメインへと連結されたVLドメインが、抗体のscFv(単鎖変異体断片)、Fab、もしくはF(ab’)2、または完全抗体に含まれ、かつ/あるいは
前記免疫グロブリンモジュールI2に含まれるVHドメインへと連結されたVLドメインが、抗体のscFv(単鎖変異体断片)、Fab、もしくはF(ab’)2、または完全抗体に含まれる、
請求項12に記載のポリペプチドセット。 - 前記標的化部分T1およびT2のうちのいずれか1つが、B細胞の表面上のクロノタイプ抗体に結合するアレルゲンまたは基質を含む、請求項1〜13のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
- 前記機能ドメインFが、免疫グロブリンモジュールであるか、またはこれを含む、請求項1〜14のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
- 前記機能ドメインFが、抗体のFv(変異体断片)である、請求項15に記載のポリペプチドセット。
- 前記断片F1が、抗CD3抗体、抗His抗体、もしくは抗DIG抗体のVLドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗CD3抗体、抗His抗体、もしくは抗DIG抗体のVHドメインをそれぞれ含むか、または前記断片F1が、抗CD3抗体、抗His抗体、もしくは抗DIG抗体のVHドメインを含み、前記断片F2が、同じ抗CD3抗体、抗His抗体、もしくは抗DIG抗体のVLドメインをそれぞれ含む、請求項1〜16のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
- ポリペプチドP1およびP2のうちのいずれかが、配列番号114〜129および197からなる群から選択されるアミノ酸配列であるか、またはこれを含む、請求項1〜17のいずれか一項に記載のポリペプチドセット。
- 請求項1から18のいずれかに記載のポリペプチドセットを含む医薬組成物。
- 請求項1から18のいずれかに記載のポリペプチドセットを含むキット。
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