CN1675373A - 用于鉴别水稻品种的方法 - Google Patents

Abstract

在24个在日本具有大规模种植面积的品种中搜寻多态性位点，并且比较品种间的多态性位点。从而获得可用于以方便而快捷的方式鉴别品种的多态性标记。该标记对于每个品种显示独特的模式，表明其组合能够用于鉴别品种。因而本发明者成功获得了可鉴别24个水稻品种的分子标记。通过利用这些标记能够区别近缘的水稻品种并且在DNA水平加以鉴定。

Description

用于鉴别水稻品种的方法

技术领域

本发明涉及用于鉴别水稻品种的方法。

背景技术

传统地，水稻植物或水稻的品种已经通过栽培性状(例如，高度、分蘖数、抽穗天数)，精制加工(polishing)前/后的谷粒特性(例如，颗粒形状、重量和白度)以及蒸煮品质(例如，口味)来鉴别。此外，利用例如RFLP(限制性内切酶酶切片段长度多态性)和CAPS(切割扩增的多态性序列)的分子遗传分析的分类法也已是可行的。然而，有经验的种植者需要目测通过其栽培特性来鉴别品种，而这不是刚好任何人都能够判断的。此外，需要糙米或精米特性的统计分析，并且需要确定一定量稻米的蒸煮品质。因此，不可能鉴别每个单独的稻粒。就原理而论，分子遗传分析已经解决了这些问题；然而实际上，虽然这种分析有效用于鉴别远相关的品种，但该分析对于近相关的品种是困难的，因为很难获得确定的分子标记。

根据定义，单核苷酸多态性(SNPs)是存在于DNA核苷酸序列中的单核苷酸差异。实际上，它们经常包括SSR(单一顺序重复)和插入或缺失突变。毫不夸张地说，SNPs产生所有利用例如RFLP和CAPS的分子标记可检测的遗传学差异，并且所有的遗传学差异反映在表型等中。近年来SNP研究和SNP分析系统已经有惊人的进展。目前，已经发展提供所有步骤的分析系统，从PCR到结果，在96孔平板中进行而不需要电泳，与传统的分子标记相比能够进行显著有效的基因型鉴定。

最近，食品工业中标记需求的可靠性已经成为问题，而水稻也不例外。例如，以Koshihikari出售的水稻的数量超过Koshihikari的全国生产量。因此，不能否认揭露造假的可能性，并且消费者和销售者都需要精确鉴别精米品种并且确定混合比率的分析。

发明公开

本发明已经鉴于上述情况而实现。本发明的目的是提供快速而轻易鉴别水稻品种的新方法。更具体地说，本发明旨在提供利用多态性标记有效鉴别水稻品种的方法。

为了解决这些问题，本发明人进行深入的研究。首先，利用水稻基因组序列，通过选择那些公众可得到的水稻基因组核苷酸序列的染色体区域的主要推定的基因间区域，并且通过利用针对其他区域的RFLP标记探针等的序列来设计用于从基因组DNA扩增800bp-1kbp片段的引物。使用所设计的引物，和通过简单方法从水稻品种Nipponbare、Koshihikari、Kasalath、Guang-lu-ai 4(下文为G4)、Kitaake，和野生稻(普通野生稻(Oryza rufipogon)，W1943)提取的DNA作为模板进行PCR扩增，以制备用于测序反应的模板。然后模板经受循环测序，并且制备用于测序的样品。在品种间比较所得到的序列数据，以搜寻单核苷酸取代的多态性。每个品种用各个引物至少测序两次，并且只有确定的情况被认为是多态性的。

在Nipponbare和Koshihikari，以及Nipponbare和Kitaake之间发现的多态性位置的核苷酸序列通过进行PCR和如上所述的测序检验，其中所使用的通过简单方法提取的基因组DNA模板来自Nipponbare、Hatsushimo、Mutsuhomare、Yukinosei、Kirara 397、Tsugaruroman、Gohyakumangoku、Morinokumasan、Yumeakari、Hanaechizen、Koshihikari、Tsukinohikari、Akitakomachi、Asanohikari、Aichinokaori、Matsuribare、Hinohikari、Yumetsukushi、Hitomebore、Manamusume、Fusaotome、Dontokoi、Kinuhikari和Sasanishiki。比较品种间处于多态性位点的核苷酸序列。

其次，设计用于检测对鉴别品种有用的SNPs的引物，并且利用AcycloPrime-FP试剂盒(Perkin Elmer)进行单核苷酸终止剂反应以制备用于基因型鉴定的样品。通过利用ARVO(Perkin Elmer)进行基因型鉴定以测量荧光偏振。

结果显示在通过测序确定为SNPs的那些位置附近产生的标记显示独特的模式，并且它们可组合用于将品种分类到不同的组。因此，本发明人成功获得可用于鉴别24个水稻品种的多态性标记。

如上所述，本发明人在24个在日本具有大规模种植面积的水稻品种中搜寻SNPs，并且获得能够以快捷而简单的方式鉴别品种的多态性标记。因此利用多态性标记实现新的用于鉴别水稻品种的方法。本发明的方法能够区别近相关的品种并且在DNA水平加以鉴定。

因此，本发明涉及以快捷、简单且更特异的方式来鉴别水稻品种的新方法，其提供：

[1]鉴别水稻品种的方法，包括下列步骤(a)和(b)：

(a)确定根据水稻基因组中下列(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中与该位置的核苷酸组成碱基对的核苷酸的类型：

(1)SEQ ID NO：1的核苷酸序列的593位，

(2)SEQ ID NO：2的核苷酸序列的304位，

(3)SEQ ID NO：3的核苷酸序列的450位，

(4)SEQ ID NO：4的核苷酸序列的377位，

(5)SEQ ID NO：5的核苷酸序列的163位，

(6)SEQ ID NO：6的核苷酸序列的624位，

(7)SEQ ID NO：7的核苷酸序列的534位，

(8)SEQ ID NO：8的核苷酸序列的358位，

(9)SEQ ID NO：9的核苷酸序列的475位，

(10)SEQ ID NO：10的核苷酸序列的323位，

(11)SEQ ID NO：11的核苷酸序列的612位，

(12)SEQ ID NO：12的核苷酸序列的765位，

(13)SEQ ID NO：13的核苷酸序列的571位，

(14)SEQ ID NO：14的核苷酸序列的660位，

(15)SEQ ID NO：15的核苷酸序列的223位，

(16)SEQ ID NO：16的核苷酸序列的247位，

(17)SEQ ID NO：17的核苷酸序列的163位，

(18)SEQ ID NO：18的核苷酸序列的421位，

(19)SEQ ID NO：19的核苷酸序列的178位，

(20)SEQ ID NO：20的核苷酸序列的141位，

(21)SEQ ID NO：21的核苷酸序列的480位，

(22)SEQ ID NO：22的核苷酸序列的481位，

(23)SEQ ID NO：23的核苷酸序列的131位，

(24)SEQ ID NO：24的核苷酸序列的510位，

(25)SEQ ID NO：25的核苷酸序列的248位，

(26)SEQ ID NO：26的核苷酸序列的92位，

(27)SEQ ID NO：27的核苷酸序列的743位，和

(28)SEQ ID NO：28的核苷酸序列的552位，以及

(b)使步骤(a)中确定的核苷酸类型与水稻的品种相关；

[2][1]的方法，其中通过利用以水稻基因组中下列(1)-(28)的任何突变为特征的多态性标记来鉴别核苷酸的类型：

(1)SEQ ID NO：1的核苷酸序列中593位的核苷酸是T，

(2)SEQ ID NO：2的核苷酸序列中304位的核苷酸是T，

(3)SEQ ID NO：3的核苷酸序列中450位的核苷酸是A，

(4)SEQ ID NO：4的核苷酸序列中377位的核苷酸是C，

(5)SEQ ID NO：5的核苷酸序列中163位的核苷酸是C，

(6)SEQ ID NO：6的核苷酸序列中624位的核苷酸是C，

(7)SEQ ID NO：7的核苷酸序列中534位的核苷酸是C，

(8)SEQ ID NO：8的核苷酸序列中358位的核苷酸是G，

(9)SEQ ID NO：9的核苷酸序列中475位的核苷酸是G，

(10)SEQ ID NO：10的核苷酸序列中323位的核苷酸是A，

(11)SEQ ID NO：11的核苷酸序列中612位的核苷酸是A，

(12)SEQ ID NO：12的核苷酸序列中765位的核苷酸是T，

(13)SEQ ID NO：13的核苷酸序列中571位的核苷酸是T，

(14)SEQ ID NO：14的核苷酸序列中660位的核苷酸是G，

(15)SEQ ID NO：15的核苷酸序列中223位的核苷酸是A，

(16)SEQ ID NO：16的核苷酸序列中247位的核苷酸是A，

(17)SEQ ID NO：17的核苷酸序列中163位的核苷酸是A，

(18)SEQ ID NO：18的核苷酸序列中421位的核苷酸是C，

(19)SEQ ID NO：19的核苷酸序列中178位的核苷酸是G，

(20)SEQ ID NO：20的核苷酸序列中141位的核苷酸是G，

(21)SEQ ID NO：21的核苷酸序列中480位的核苷酸是C，

(22)SEQ ID NO：22的核苷酸序列中481位的核苷酸是C，

(23)SEQ ID NO：23的核苷酸序列中131位的核苷酸是C，

(24)SEQ ID NO：24的核苷酸序列中510位的核苷酸是A，

(25)SEQ ID NO：25的核苷酸序列中248位的核苷酸是T，

(26)SEQ ID NO：26的核苷酸序列中92位的核苷酸是C，

(27)SEQ ID NO：27的核苷酸序列中743位的核苷酸是G，以及

(28)SEQ ID NO：28的核苷酸序列中552位的核苷酸是T；

[3][1]或[2]的方法，包括下列步骤(a)-(c)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的DNA，以及

(c)确定扩增的DNA的核苷酸序列；

[4][1]或[2]的方法，包括下列步骤(a)-(d)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)用限制性内切酶消化所制备的DNA，

(c)按大小分离DNA片段，以及

(d)与对照比较所检测DNA片段的大小；

[5][1]或[2]的方法，包括下列步骤(a)-(e)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的DNA，

(c)用限制性内切酶消化所扩增的DNA，

(d)按大小分离DNA片段，以及

(e)与对照比较所检测DNA片段的大小；

[6][1]或[2]的方法，包括下列步骤(a)-(e)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的DNA，

(c)使所扩增的DNA变性为单链的DNAs，

(d)在非变性的凝胶上分离变性的单链DNA，以及

(e)与对照比较凝胶上所分离单链DNA的迁移率；

[7][1]或[2]的方法，包括下列步骤(a)-(f)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)合成用报告荧光染料和淬灭荧光染料标记的2个不同寡核苷酸探针，其中寡核苷酸与包括[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的近侧核苷酸序列是互补的，

(c)将步骤(a)中制备的DNA与步骤(b)中合成的探针杂交，

(d)扩增包括[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的DNA，

(e)检测报告荧光的发射，以及

(f)与对照比较步骤(e)中所检测的报告荧光的发射；

[8][1]或[2]的方法，包括下列步骤(a)-(h)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)合成探针，其中与包括[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的3′-侧的核苷酸序列互补的序列，与完全无关的序列结合，

(c)合成与包括[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的5′-侧的区域互补的探针，

(d)将步骤(c)中合成的探针与步骤(a)中制备的DNA杂交，

(e)用单链DNA切割酶消化步骤(d)中杂交的DNA，并且分离步骤(b)中合成的探针部分，

(f)将步骤(e)中离解的探针与用于检测的探针杂交，

(g)酶促消化步骤(f)中的杂交DNA，并且测量由此产生的荧光强度，以及

(h)与对照比较步骤(g)中所测量的荧光强度。

[9][1]或[2]的方法，包括下列步骤(a)-(f)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成具有该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的DNA，

(c)使所扩增的DNA变性为单链的DNAs，

(d)从变性的单链DNAs只分离一个链，

(e)从邻近[1]的(1)-(28)的任何位置，或互补链中与该位置的核苷酸组成碱基对的核苷酸进行延伸反应，其中由此反应一次延伸一个核苷酸，然后酶促发光显示所产生的焦磷酸，并且测量发光强度，以及

(f)与对照比较步骤(e)中所测量的荧光强度；

[10][1]或[2]的方法，包括下列步骤(a)-(f)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的DNA，

(c)合成与包括覆盖邻近于[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的序列的核苷酸序列互补的探针，

(d)在存在荧光标记的核苷酸时，利用步骤(b)中扩增的DNA作为模板以及步骤(c)中合成的引物进行单核苷酸的延伸反应，

(e)测量荧光偏振，以及

(f)与对照比较步骤(e)中所测量的荧光偏振。

[11][1]或[2]的方法，包括下列步骤(a)-(f)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的DNA，

(c)合成与包括覆盖邻近于[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的序列的核苷酸序列互补的引物，

(d)在存在荧光标记的核苷酸时，利用步骤(b)中扩增的DNA作为模板以及步骤(c)中合成的引物进行单核苷酸的延伸反应，

(e)利用测序仪确定步骤(d)的反应中所使用的核苷酸种类，以及

(f)与对照比较步骤(e)中所确定的核苷酸；

[12][1]或[2]的方法，包括下列步骤(a)-(d)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的DNA，

(c)利用质谱仪测量步骤(b)中所扩增的DNA的分子量，以及

(d)与对照比较步骤(c)中所测量的分子量；

[13][1]或[2]的方法，包括下列步骤(a)-(f)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的DNA，

(c)提供固定核苷酸探针的基底，

(d)将步骤(b)中的DNA与步骤(c)中的基底接触，

(e)检测DNA和固定在基底上的核苷酸探针之间的杂交强度，以及

(f)与对照比较步骤(e)中所检测的强度；

[14][1]或[13]中任何的方法，进一步包括下列步骤(a)和(b)：

(a)在碱性水溶剂中破裂水稻种子，以及

(b)从步骤(a)中破裂的种子中提取水稻基因组DNA；

[15][14]的方法，其中稻种是精米(polish)；

[16]用于鉴别水稻品种的引物(或用于鉴别水稻品种的试剂)，其中引物是(a)用于扩增包括水稻基因组中[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的DNA区域的寡核苷酸，或(b)包括与覆盖邻近于水稻基因组中[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成该位置核苷酸碱基对的互补链中核苷酸的序列互补的核苷酸序列的寡核苷酸；

[17]用于鉴别水稻品种的寡核苷酸(或用于鉴别水稻品种的试剂)，其中该寡核苷酸与包括[1]的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中与该位置的核苷酸组成碱基对的核苷酸，包括至少15个核苷酸的DNA区域杂交；

[18]用于鉴别水稻品种的试剂盒，包括[16]或[17]的寡核苷酸；以及

[19][18]的试剂盒，进一步包括碱性水溶剂。

本发明人分析24个水稻品种的基因组序列，并因此发现能够精确鉴别水稻品种的多态性标记。SEQ ID NOs：1-28显示水稻基因组中包括由本发明人鉴定的多态性位点的DNA区域。每一多态性的位置显示在图1-29以及表8和9中。

本发明提供用于鉴别水稻品种的方法。在本方法中，24个水稻品种基因组中由本发明人鉴定的多态性位点的核苷酸类型是首次确定的。更具体地说，在水稻基因组中确定了在下列(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或组成互补链中上述该位置核苷酸碱基对的核苷酸(步骤(A))。

(1)SEQ ID NO：1的核苷酸序列的593位，

(2)SEQ ID NO：2的核苷酸序列的304位，

(3)SEQ ID NO：3的核苷酸序列的450位，

(4)SEQ ID NO：4的核苷酸序列的377位，

(5)SEQ ID NO：5的核苷酸序列的163位，

(6)SEQ ID NO：6的核苷酸序列的624位，

(7)SEQ ID NO：7的核苷酸序列的534位，

(8)SEQ ID NO：8的核苷酸序列的358位，

(9)SEQ ID NO：9的核苷酸序列的475位，

(10)SEQ ID NO：10的核苷酸序列的323位，

(11)SEQ ID NO：11的核苷酸序列的612位，

(12)SEQ ID NO：12的核苷酸序列的765位，

(13)SEQ ID NO：13的核苷酸序列的571位，

(14)SEQ ID NO：14的核苷酸序列的660位，

(15)SEQ ID NO：15的核苷酸序列的223位，

(16)SEQ ID NO：16的核苷酸序列的247位，

(17)SEQ ID NO：17的核苷酸序列的163位，

(18)SEQ ID NO：18的核苷酸序列的421位，

(19)SEQ ID NO：19的核苷酸序列的178位，

(20)SEQ ID NO：20的核苷酸序列的141位，

(21)SEQ ID NO：21的核苷酸序列的480位，

(22)SEQ ID NO：22的核苷酸序列的481位，

(23)SEQ ID NO：23的核苷酸序列的131位，

(24)SEQ ID NO：24的核苷酸序列的510位，

(25)SEQ ID NO：25的核苷酸序列的248位，

(26)SEQ ID NO：26的核苷酸序列的92位，

(27)SEQ ID NO：27的核苷酸序列的743位，

(28)SEQ ID NO：28的核苷酸序列的552位。

使用在此所公开的，例如核苷酸序列和多态性位点的信息，本领域的技术人员通常可容易地适当鉴定基因组上相应于多态性位点的实际位置。例如，本发明的多态性的基因组位置可通过参照公众可得到的基因组数据库等而鉴定。简而言之，即使序列表中的核苷酸序列和实际的基因组序列之间存在微小的差别，实际基因组上的本发明的多态性位点可通过利用序列表中所显示的核苷酸序列对基因组序列进行同源性搜索等而精确鉴定。

通常，基因组DNA由互补的双链DNA组成。因此，即使当为了描述的目的而在此公开一个链的DNA序列，应自然地假定其互补的序列(核苷酸)也是公开的。当一个链的DNA序列(核苷酸)已知，其互补序列(核苷酸)对本领域的技术人员来说是显而易见的。

在此，″多态性″不限于包括例如取代、缺失和插入单个核苷酸突变的单核苷酸多态性(SNPs)。″多态性″也包括几个连续核苷酸的多态性。″多态性的标记″在此定义为在多态性位点的关于核苷酸突变的信息(多态性突变)。更具体地说，本发明的多态性标记指关于核苷酸序列中突变的信息，其通过将水稻品种Nipponbare的基因组序列与另一个品种的基因组序列比较而鉴定，这可用于鉴别水稻品种。在此，用于确定核苷酸类型的多态性标记优选是下列(1′)-(28′)所描述的多态性标记。因此，在本发明优选的实施方案中，水稻品种通过利用下列(1′)-(28′)所描述的多态性标记而鉴别：

(1′)SEQ ID NO：1的核苷酸序列中593位的核苷酸是T。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：1的核苷酸序列中593位的核苷酸包括C到T的取代。

(2′)SEQ ID NO：2的核苷酸序列中304位的核苷酸是T。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：2的核苷酸序列中304位的核苷酸包括A到T的取代。

(3′)SEQ ID NO：3的核苷酸序列中450位的核苷酸是A。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：3的核苷酸序列中450位的核苷酸包括G到A的取代。

(4′)SEQ ID NO：4的核苷酸序列中377位的核苷酸是C。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：4的核苷酸序列中377位的核苷酸包括T到C的取代。

(5′)SEQ ID NO：5的核苷酸序列中163位的核苷酸是C。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：5的核苷酸序列中163位的核苷酸包括T到C的取代。

(6′)SEQ ID NO：6的核苷酸序列中624位的核苷酸是C。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：6的核苷酸序列中624-626位的核苷酸是缺失的。

(7′)SEQ ID NO：7的核苷酸序列中534位的核苷酸是C。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：7的核苷酸序列中534位的核苷酸包括A到C的取代。

(8′)SEQ ID NO：8的核苷酸序列中358位的核苷酸是G。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：8的核苷酸序列中358位和389位的核苷酸之间插入GT。

(9′)SEQ ID NO：9的核苷酸序列中475位的核苷酸是G。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：9的核苷酸序列中475位的核苷酸包括T到G的取代。

(10′)SEQ ID NO：10的核苷酸序列中323位的核苷酸是A。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：10的核苷酸序列中323位的核苷酸包括G到A的取代。

(11′)SEQ ID NO：11的核苷酸序列中612位的核苷酸是A。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：11的核苷酸序列中612位和613位的核苷酸取代为CA到AG。

(12′)SEQ ID NO：12的核苷酸序列中765位的核苷酸是T。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：12的核苷酸序列中765位的核苷酸包括G到T的取代。

(13′)SEQ ID NO：13的核苷酸序列中571位的核苷酸是T。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：13的核苷酸序列中571位的核苷酸包括G到T的取代。

(14′)SEQ ID NO：14的核苷酸序列中660位的核苷酸是G。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：14的核苷酸序列中660位的核苷酸包括A到G的取代。

(15′)SEQ ID NO：15的核苷酸序列中223位的核苷酸是A。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：15的核苷酸序列中223位的核苷酸包括G到A的取代。

(16′)SEQ ID NO：16的核苷酸序列中247位的核苷酸是A。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：16的核苷酸序列中247位的核苷酸包括G到A的取代。

(17′)SEQ ID NO：17的核苷酸序列中163位的核苷酸是A。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：17的核苷酸序列中163位的核苷酸包括G到A的取代。

(18′)SEQ ID NO：18的核苷酸序列中421位的核苷酸是C。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：18的核苷酸序列中421位的核苷酸包括A到C的取代。

(19′)SEQ ID NO：19的核苷酸序列中178位的核苷酸是G。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：19的核苷酸序列中178位的核苷酸是缺失的。

(20′)SEQ ID NO：20的核苷酸序列中141位的核苷酸是G。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：20的核苷酸序列中141位的核苷酸包括A到G的取代。

(21′)SEQ ID NO：21的核苷酸序列中480位的核苷酸是C。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：21的核苷酸序列中480位的核苷酸包括T到C的取代。

(22′)SEQ ID NO：22的核苷酸序列中481位的核苷酸是C。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：22的核苷酸序列中481位的核苷酸包括T到C的取代。

(23′)SEQ ID NO：23的核苷酸序列中131位的核苷酸是C。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：23的核苷酸序列中131位的核苷酸包括G到C的取代。

(24′)SEQ ID NO：24的核苷酸序列中510位的核苷酸是A。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：24的核苷酸序列中510位的核苷酸包括G到A的取代。

(25′)SEQ ID NO：25的核苷酸序列中248位的核苷酸是T。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：25的核苷酸序列中248位的核苷酸包括C到T的取代。

(26′)SEQ ID NO：26的核苷酸序列中92位的核苷酸是C。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：26的核苷酸序列中92位的核苷酸包括G到C的取代。

(27′)SEQ ID NO：27的核苷酸序列中743位的核苷酸是G。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：27的核苷酸序列中743位的核苷酸包括A到G的取代。

(28′)SEQ ID NO：28的核苷酸序列中552位的核苷酸是T。更具体地，Nipponbare基因组中SEQ ID NO：28的核苷酸序列中552位的核苷酸包括C到T的取代。

在此，″确定核苷酸的类型″通常指确定在待鉴别品种的水稻(下文也描述为″待测试水稻″)的水稻基因组上任何上述(1)-(28)所描述位置的核苷酸序列。然而，不必具体确定核苷酸的实际种属。即使在待测试水稻的基因组中不具体确定在任何上述(1)-(28)位的核苷酸序列，也可能通过检验其是否与Nipponbare相同而鉴别该水稻品种。

其次，在本发明的方法中，使上述步骤(A)中所确定的核苷酸序列与水稻品种相关(步骤(B))。

可通过本发明的方法鉴别的水稻品种如下(每个品种的名称可如括号中所示的在此缩写)：Nipponbare(nhb)、Hatsushimo(hts)、Mutsuhomare(mth)、Yukinosei(yki)、Kirara 397(krr)、Tsugaruroman(tgr)、Gohyakumangoku(ghm)、Morinokumasan(mnk)、Yumeakari(yma)、Hanaechizen(hez)、Koshihikari(ksh)、Tsukinohikari(tkh)、Akitakomachi(akk)、Asanohikari(ash)、Aichinokaori(ank)、Matsuribare(mtb)、Hinohikari(hnh)、Yumetsukushi(ymt)、Hitomebore(hit)、Manamusume(mmm)、Fusaotome(fom)、Dontokoi(don)、Kinuhikari(knh)、Sasanishiki(ssk)、Akebono(akb)和Goropikari(grp)。

本发明鉴别水稻品种的方法通常可用于鉴定选自上述品种的未知品种的名称，或确定水稻是否属于上述的一个品种。

本发明人确定上述水稻品种的基因组中在上述(1)-(28)所描述位置的核苷酸序列，并且获得多态性的标记。表1显示多态性标记的详细说明(多态性标记的名称，和每一水稻品种的上述(1)-(28)位置的核苷酸序列)。

表1

标记名称	SEQ IDNO：	位置	SNP检测
																																Nipponbare	Hatsushimo	Mutsuhomare	Yukinosei	Kirara397	Tsugaruroman	Gohyakumangoku	Morinokumasan	Yumeakari	Hanaechizen	Koshihikari	Tsukinohikari	Akitakomachi	Asanohikari	Aichinokaori	Matsuribare	Hinohikari	Yumetsukushi	Hitomebore	Manamusume	Fusaotome	Dontokoi	Kinuhikari	Sasanishiki	Akebono	Goropikari
nhb	hts	mth	yki	krr	tgr	ghm	mnk	yma	hez	ksh	tkh	akk	ash	ank	mtb	hnh	ymt	hit	mmm	fom	don	knh	ssk	akb	grp
																										S0015	1	593				C	C	C	C	T	T	C	T	T	C	T	T	T	C	C	T	C	C	T	T	T	T	C	T	C	T
S0040	2	304	T	T	T	A	A	A	A	A	A	A	A	T	A	T	T	T	A	T	A	A	A	T	T				A	T	A
																										S0279	3	450				C	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	C	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T
S0044	4	377	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	C	T	T	T	T	T	T	C	T	T	T	C	C				T	T	T
																										S0252	5	163				T	C	C	C	C	T	T	T	C	C	T	T	T	T	C	T	T	T	T	C	C	C	T	T	C	T
S0109	6	624	T	T	C	T	C	C	C	C	C	T	C	T	C	T	C	T	C	C	C	C	C	C	C				T	T	T
																										S0115	7	534				T	G	G	G	G	T	T	G	T	G	G	T	G	T	G	T	G	G	G	G	G	T	G	T	T	G
S0107	8	358	A	A	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G				G	A	G
																										S0126	9	475				T	T	T	G	T	T	T	T	G	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	G	T	T
S0124	10	323	G	G	G	G	A	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G				G	G	G
																										S0146	11	612				C	C	C	C	A	A	C	C	A	C	A	A	A	A	C	A	C	A	C	C	C	A	A	C	C	C
S0135	12	765	G	G	G	G	G	G	T	G	G	G	T	G	G	G	G	G	G	T	T	T	T	T	T				G	C	G
																										S0155	13	571				G	G	T	G	T	T	T	T	T	G	G	T	T	G	G	T	T	G	G	G	G	T	G	G	G	T
S0161	14	660	A	G	G	A	A	G	A	A	G	A	A	A	G	A	G	A	A	A	A	A	A	A	A				A	G	A
																										S0177	15	223				G	A	A	A	A	A	A	A	A	G	A	G	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	G
S0178	16	247	C	C	C	C	T	C	T	C	C	C	T	T	C	C	C	C	C	T	T	T	T	T	T				C	C	T
																										S0174	17	163				G	G	G	G	G	A	G	A	A	A	A	G	A	G	G	G	A	A	A	A	A	A	A	G	G	G
S0185	18	421	A	A	A	A	A	C	C	C	C	C	C	C	C	C	C	C	C	A	C	C	C	A	A				C	C	C
																										S0208	19	178				C	G	G	G	G	G	G	G	G	C	G	C	G	C	G	G	G	G	G	G	C	G	G	G	G	C
S0007	20	141	A	A	A	G	G	A	G	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A				A	G	A
																										S0070	21	480				A	A	G	A	A	A	G	A	A	G	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	G	A	A	G	A
S0310	22	481	T	T	T	T	C	C	C	C	C	T	C	T	C	T	T	T	T	C	C	C	C	C	C				T	T	C
																										S0375	23	131				G	G	C	G	G	C	G	C	G	G	G	C	G	C	G	C	C	G	C	C	G	C	G	C	C	C
S0346	24	510	G	G	G	G	A	G	A	G	G	G	A	A	G	G	G	G	G	A	A	A	A	A	A				G	G	A
																										S0013	25	248				C	C	C	C	T	C	C	C	C	C	C	C	C	C	C	C	C	C	C	C	C	C	C	C	T	C
S0347	26	92	C	C	G	C	G	C	G	C	G	G	G	G	G	C	G	G	C	G	G	G	G	G	G				G	C	G
																										S0330	27	743				A	A	A	A	G	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A	A
S0336	28	552	C	C	T	C	T	T	C	T	T	T	T	C	T	C	C	C	T	C	T	T	T	C	C				T	C	T

在此，待测试水稻的品种可通过确定其基因组中上述(1)-(28)位置的核苷酸序列，并且将其与表1中所示的水稻品种的核苷酸序列数据比较而鉴定。在本发明优选的实施方案中，利用上述(1′)-(28′)所描述的多态性标记鉴别核苷酸序列。在本发明的方法中，不必确定上述(1)-(28)中所描述的所有位置的核苷酸序列。例如，多态性标记″S0124″可用于确定如上述(10)中所示的SEQ ID NO：10的核苷酸序列中323位的核苷酸序列。如果确定核苷酸序列是A(腺嘌呤)，则待测试水稻确定为Kirara 397。在另一个情况中，多态性标记″S0126″和″S0015″可组合用于确定核苷酸序列。如果上述(9)中SEQ ID NO：9的核苷酸序列中475位的核苷酸是G；并且上述(1)中SEQ ID NO：1的核苷酸序列中593位的核苷酸是C，则待测试水稻确定为Yukinosei。因此，利用在上述(1)-(28)所描述位置的待测试水稻基因组中确定的核苷酸序列，本领域的技术人员能够根据在此所提供的表1轻易地确定水稻品种。

此外，在本发明的方法中，不必确定上述(1)-(28)中所描述位置的核苷酸的类型。水稻品种可通过检验待测试水稻基因组中上述(1)-(28)位置的核苷酸序列是否与相同位置的Nipponbare序列相同而鉴别。在本发明优选的实施方案中，上述(1′)-(28′)的多态性标记可用于确定待测试水稻基因组中上述(1)-(28)位置的核苷酸序列是否与该位置的Nipponbare序列相同。

对于每个上述水稻品种，本发明人检验在上述(1)-(28)位置的核苷酸序列是否与Nipponbare的核苷酸序列相同，并且建立多态性标记的组合以使得能够鉴别上述品种(表2-7)。在表2-7中，可鉴别品种的多态性标记的组合是加阴影的。多态性标记的组合不限于表2-7中所显示的，并且本领域的技术人员可根据本发明所提供的26个水稻品种基因组中上述(1)-(28)位置的核苷酸序列信息，适当地选择可用于鉴别品种的多态性标记的组合。在该表格中，圆形表示与Nipponbare匹配，而叉形表明不匹配。

表2

表3

表4

表5

表6

表7

例如，可利用针对如上述(12)所示的SEQ ID NO：12的核苷酸序列中765位的核苷酸序列的多态性标记″S0135″，和针对如(19)所示的SEQ ID NO：19的178位核苷酸序列的″S0208″来检验待测试水稻。如果待测试水稻的核苷酸序列不与Nipponbare的核苷酸序列在前面的位点相匹配，但是在后面的位点匹配，则待测试水稻确定为Fusaotome。通过利用上述(1′)-(28′)的每个多态性标记确定上述位置的核苷酸序列，可发现待测试水稻和Nipponbare的核苷酸序列在上述(1)-(28)的位置相配或不相配，并且可根据表2-7轻易鉴别待测试水稻的品种。

本领域的技术人员可利用公众已知的用于确定核苷酸序列的方法，用于检测多态性突变的方法等来确定本发明上述步骤(A)中的核苷酸种属。例如，在本发明优选的实施方案中，可使用下列方法：首先，从待测试水稻制备DNAs。在此，待测试水稻包括其叶、根、种子、愈伤组织、叶鞘、培养细胞等，但不限于此。此外，本领域的技术人员可从提取自待测试水稻的染色体DNAs制备DNAs。例如，在优选的方法中，稻种可在碱性水溶液中破裂，然后可从破裂的种子提取基因组DNAs；然而，该方法不限于此。上文中，种子优选是精选加工的白米(polished)。

在这些方法中，随后扩增包括上述任何(1)-(28)所描述位置的核苷酸，或组成互补链上该位置的上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA。在此，用于扩增DNA的方法可以是PCR，但不限于此，只要能够使DNA扩增。

在本方法中，随后确定所扩增DNA的核苷酸序列。核苷酸序列可通过本领域技术人员公知的常规方法来确定。

在这些方法中，随后将确定的核苷酸序列与对照的核苷酸序列相比较。在此，对照通常是Nipponbare，其由SEQ ID NO：1-NO：28中所描述的序列表示。备选地，本领域的技术人员可从多种基因数据库、参考文献等获得野生型Nipponbare基因组的核苷酸序列信息。在该方法中，通过与对照比较来确定待测试水稻基因组中存在或缺乏多态性。

本发明的用于鉴别水稻品种的方法可通过多种用于检测多态性的方法进行，而不是如上所述直接确定来源于待测试水稻的DNA的核苷酸序列。例如，本发明用于鉴别水稻品种的方法可利用下列方法进行：

首先，从待测试水稻制备DNAs。然后用限制性内切酶消化所制备的DNA。然后按大小分离DNA片段，并且与对照比较所检测片段的大小。在备选的实施方案中，首先从待测试水稻制备DNAs。然后扩增包括上述任何(1)-(28)所描述位置的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA。然后用限制性内切酶消化扩增的DNA。然后按大小分离DNA片段，并且与对照比较所检测DNA片段的大小。

这种方法的实例是利用RFLP(限制性内切酶酶切片段长度多态性)、PCR-RFLP等的方法。具体地，如果突变存在于限制性内切酶识别位点，或如果通过限制性内切酶处理产生的DNA片段包括碱基插入或缺失，则由限制性内切酶处理所产生片段的大小将不同于对照片段的大小。包括这种突变的区域可通过PCR扩增，并用相应的限制性内切酶处理以通过电泳后条带迁移率的差异来检测突变。备选地，染色体DNA可用这种限制性内切酶处理，通过电泳分离，然后可利用本发明的寡核苷酸进行Southern印迹以检测突变的存在或缺乏。本领域的技术人员可根据突变适当地选择限制性内切酶。

此外，在另一个方法中，首先从待测试水稻制备DNAs。然后扩增包括上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链上上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA。然后将扩增的DNA离解成单链。在非变性的凝胶上分离离解的单链DNA。将凝胶上分离的单链DNA的迁移率与对照的迁移率比较。

上述方法的实例是PCR-SSCP(单链构象多态性)(染色体11上不确定Alu重复的克隆和聚合酶链式反应-单链构象多态性分析，基因组Genomics 12(1)：139-146(1992，1月1日)；通过聚合酶链式反应产物的单链构象多态性分析检测人脑瘤中p53基因的突变，癌基因Oncogene 6(8)：1313-1318(1991，8月1日)；标记后基于多重荧光的PCR-SSCP分析，PCR方法应用PCRMethods Appl.4(5)：275-282(1995，4月1日))。由于例如相对减少操作和需要少量样品的优点，这些方法特别适于筛选大量的DNA样品。该方法的原理如下：当双链DNA片段离解成单链，每个链根据其核苷酸序列产生独特的构象。因此，当离解的DNA链通过电泳在非变性的聚丙烯酰胺凝胶上分离时，相同长度的互补的单链DNAs根据其各自构象的差异迁移到不同的位置。单个核苷酸的取代可改变单链DNA的构象，导致在聚丙烯酰胺凝胶上电泳期间的不同迁移率。因此，DNA片段中存在例如点突变、缺失和插入的突变，可通过检测迁移率的变换而测定。

具体地，首先通过PCR等扩增包括上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链上上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA。通常，用于扩增的区域优选是大约200bp-400bp长度。本领域的技术人员可通过适当地选择反应条件等进行PCR。扩增的DNA产物可在PCR期间利用例如³²P的同位素，或荧光染料、生物素等标记的引物来标记。备选地，扩增的DNA产物可通过进行PCR来标记，其中已经将用例如³²P的同位素，或荧光染料、生物素等标记的核苷酸底物加入到PCR混合物中。此外，扩增的DNA片段可在PCR后，利用附着用例如³²p的同位素，或荧光染料、生物素等标记的核苷酸底物的Klenow酶等来标记。所得到的标记的DNA片段经例如加热而变性，并且在没有例如尿素的变性剂的聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳。用于分离DNA片段的条件可通过将合适量的甘油(大约5-10％)加入聚丙烯酰胺凝胶而改进。用于电泳的条件可根据各个DNA片段的特性而不同；通常电泳在室温下(20-25℃)进行。如果不能达到所需要的分离，可测试4和30℃之间针对最适迁移率的温度。电泳后，检测DNA片段的迁移率并且利用X光胶片经放射自显影分析，或在用于荧光检测的扫描仪上扫描等分析。当检测到不同迁移率的条带，直接从凝胶切下条带，利用PCR再扩增，并且经直接测序以证实突变的存在。此外，如果不利用标记的DNAs，条带可在具有溴化乙锭的电泳后通过用银染等染色凝胶而检测。

此外，在另一个方法中，首先从待测试水稻制备DNAs(步骤(a))。其次，合成2个不同的探针，其中寡核苷酸与接近包括任何上述(1)-(28)所描述的核苷酸序列，或接近组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA的核苷酸序列是互补的，其用荧光报告剂和荧光淬灭剂标记(步骤(b))。然后(步骤(c))，将步骤((a))中制备的DNA与步骤(b)中合成的探针杂交。然后扩增包括任何上述(1)-(28)中所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA(步骤(d))，并且检测报告荧光发射(步骤(e))。然后(步骤(f))，将步骤(e)中检测的荧光报告发射与对照的荧光报告发射比较。

这种方法的实例是TaqMan PCR(SNP基因多态性中的策略，KennichiMatsubara和Yoshiyuki Sakaki，Nakayama-Shoten，第94-105页；Genet.Anal.14：143-149(1999))。具体地，探针的5′-末端首先用荧光报告剂标记。在此，荧光报告剂包括FAM和VIC，但不限于此。此外，上述探针的3′-末端用荧光淬灭剂标记。在此，荧光淬灭剂可以是能淬灭荧光报告剂的任何物质。然后，将用荧光报告剂和荧光淬灭剂标记的探针与制备的DNA杂交。杂交通常在严谨条件下进行。严谨条件是，例如通常为42℃，2×SSC和0.1％SDS，优选为50℃，2×SSC和0.1％SDS，以及更优选为65℃，0.1×SSC和0.1％SDS，但不限于此。许多因素，例如温度和盐浓度可影响杂交的严谨度，并且本领域的技术人员可通过适当地选择上述因素而达到最适的严谨度。

利用包括5′-核酸酶活性的DNA聚合酶扩增包括上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA。因此消化用荧光报告剂和荧光淬灭剂标记的探针的荧光报告剂标记的部分，并且释放荧光报告剂。在此，具有5′-核酸酶活性的DNA聚合酶优选是Taq DNA聚合酶，但不限于此。在本方法中，然后检测释放的荧光报告剂，将荧光报告剂的发射与对照的发射比较。

此外，在另一个方法中，首先从待测试水稻制备DNAs(步骤(a))。然后合成探针，其中将与包括上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸序列，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的3′-侧核苷酸序列互补的序列与无关的序列结合(步骤(b))。然后合成另一个探针，其与包括上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸序列，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的5′-侧区域互补(步骤(c))。然后(步骤(d))，将步骤(c)中合成的探针与步骤(a)中制备的DNA杂交。然后将步骤(d)中杂交的DNA用单链DNA切割酶消化，释放出步骤(b)中合成的探针部分(步骤(e))。在此，单链DNA切割酶不是具体限制的；例如，可如下所述使用切割酶。在本方法中，然后将步骤(e)中释放的探针与(步骤(f))中的检测探针杂交。然后(步骤(g))，酶促消化步骤(f)中的杂交DNA，并测量由此发射的荧光强度(步骤(g))。然后(步骤(h))，将步骤(g)中测量的荧光强度与对照的荧光强度比较。

上述方法的实例是Invader方法(SNP基因多态性中的策略。KennichiMatsubara和Yoshiyuki Sakaki.Nakayama-Shoten，第94-105页；基因组研究Genome Research 10：330-343(2000))。具体地，首先合成探针(探针A)，其与包括上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸序列，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的3′-侧区域中的模板互补，并且包括与5′-侧区域的模板(侧翼(flap))无关的序列。其次，合成探针(探针B)，其包括与上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸序列，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的5′-侧区域中模板互补的序列。在探针B中，相应于上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的核苷酸，可以是任何种属。然后，将探针与制备的模板DNA杂交。相应于上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸序列，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的，探针B中的核苷酸随后产生包括由于侵入而处于5′-末端侧翼的区域。因此，杂交的DNA用识别包括侧翼的区域，并且在相应核苷酸的3′-侧切下探针A的核酸内切酶(切割酶)消化。从而释放侧翼。然后将所释放的侧翼与检测探针杂交。检测探针通常称为荧光共振能量传递(FRET)探针。探针具有可形成互补结合的5′-区域，并且3′-区域与侧翼互补。在可与其本身互补的5′-区域内，其5′-末端和3′-侧分别用荧光报告剂和荧光淬灭剂标记。杂交中，释放侧翼的3′-末端的核苷酸侵入用荧光报告剂标记的FRET探针的互补结合位点，并且产生受切割酶识别的结构。在此，检测通过利用切割酶消化用荧光报告剂标记的区域而释放的荧光报告剂，并且将所测量的荧光强度与对照的荧光强度比较。

此外，在另一个方法中，首先从待测试水稻制备DNAs(步骤(a))。然后扩增包括上述任何(1)-(28)所描写的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA(步骤(b))。然后离解扩增的DNA成为单链(步骤(c))。其次(步骤(d))，只分离离解单链DNAs的一个链。然后从接近于上述任何(1)-(28)中所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸进行单个核苷酸的延伸反应；酶促发光表明由此产生的焦磷酸；并且测量发光的强度(步骤(e))。然后将步骤(e)中测量的荧光强度与对照的荧光强度比较(步骤(f))。这种方法的实例是Pyrosequencing方法(Anal.Biochem.10：103-110(2000))。

此外，在另一个方法中，首先从待测试水稻制备DNAs(步骤(a))。然后扩增包括上述任何(1)-(28)中所描写的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA(步骤(b))。然后合成引物，其与直到上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链上述核苷酸碱基对的核苷酸紧接的核苷酸互补(步骤(c))。然后(步骤(d))，在存在荧光标记的核苷酸时，利用步骤(b)中扩增的DNA作为模板，用步骤(c)中合成的引物进行单个核苷酸的延伸反应。然后，测量荧光偏振(步骤(e))。然后将步骤(e)中测量的荧光偏振与对照的荧光偏振比较(步骤(f))。这种方法的实例是AcycloPrime方法(基因组研究GenomeResearch 9：492-498(1999))。

AcycloPrime方法使用一对用于扩增基因组的引物，和用于检测SNPs的单个引物。首先，通过PCR扩增包含SNPs的基因组区域。该步骤按照标准的基因组PCR进行。其次，扩增的PCR产物与用于检测多态性的引物退火，并且进行延伸反应。设计用于检测多态性的引物与邻近于靶多态性位点的区域退火。通常，用于延伸反应的核苷酸底物是用其3′-OH封闭的荧光染料(终止剂)标记的核苷酸衍生物。因此，延伸在结合上互补于多态性位点核苷酸的单个核苷酸时终止。核苷酸衍生物结合到引物中可根据由于分子量增加而增加荧光偏振(FP)来检测。通过利用2个包括独特波长的不同FP染料标记可在2个核苷酸之间鉴别特定多态性位点的核苷酸。由于荧光偏振的水平是可定量的，就有可能通过进行单个分析而确定靶等位基因是否是同源或异源的。本发明的方法中上述步骤(A)可优选地通过AcycloPrime方法进行。

本领域的技术人员可根据基因组序列和多态性位点的信息，适当地制备用于基因组扩增的引物和在AcycloPrime方法中用于检测多态性的引物。在本发明利用AcycloPrime方法鉴别水稻品种的方法中使用的，用于基因组扩增的引物和用于检测多态性的引物的实例显示在表8和9中，但其不限于此。

表8

		基因组PCR					多态性(SNP)检测
															chr	cM	标记名称	引物核苷酸序列(5’-3’)	SEQID NO：	mer	大小	SEQID NO：	位置	引物核苷酸序列(5’-3’)	mer	SEQID NO：	终止于	SNPs
1	96.1	S0015	GCA ATT GCC ACT GGA AGA AT	29	20	803bp	1	593	AGG TCG ACA CTT CGGCCG TT	20	85	C/T	Nipponbare	其它
																TAA GTT GGG GAA TGC GAT GT	30	20	C	T
	3		20.3	S0040	TCT GCT GCC TCT GCA CAT AC								31	20							902bp	2	304	GAA CAG CTG TAA TAAGAC TGA	21	86	A/T	Npponbare	其它
		AAA AAC GAC ACC ACA TCA GCA				32	21	T	A
			3		69.2					S0279	GGG GCG CTC CTT CAA AAC TT	33	20	796bp	3	450	GAT GCC TGC AAA GTCCCG AC	20	87	C/T								Nipponbare	其它
	GGT TTG GCA CAC CAC AAT GG	34		20		C	T
					3			146.4	S0044		TGC AAT GTG CCA TTC CAT AG	35	20								901bp	4	377	CGC AAA CCA TCA ACTTAC AA	20	88	C/T	Nipponbare	其它
	TAT GAC AAG GTG GGC CCT AA	36	20	T		C
							6	19.1		S0252	CGC CAC AGA ACG GAC AAA AG	37	20	804bp	5	163	CGA TTG GCA GAT AAAGTT GGA T	22	89	C/T								Nipponbare	其它
	GAC CAA TCC TTT GCC GAA GC	38	20	T	C
						7		35.7	S0109		CCG ATG GCA GCA CAA ATC TT	39	20								850bp	6	624	TGG CTA GAA GTA GATGCT GC	20	90	C/T	Nipponbare	其它
	TCA GTT TGG CTT GGG TGT CC	40	20	T	C
							7	84.1		S0115	CCA TTG GTT GGT GTG GCT GT	41	20	784bp	7	534	AAA CAG GTG AGG GAAAGA TG	20	91	G/T								Nipponbare	其它
	TGG TCG CGG CTG ATA AGC TA	42	20	T	G
						7		91.7	S0107		TCC GAT GGA GGG AGT ATT GG	43	20								808bp	8	358	GAC TGA AAA GTT GTGTGT GT	20	92	A/G	Nipponbare	其它
	TGC GAG CGT ACA CCG CTA GT	44	20	A	G
							7	99.3		S0126	GCT TGA GGC ACG TCA AAA TG	45	20	791bp	9	475	CAT GAA ATT ATT ACAGAA CTA CAG A	25	93	G/T								Nipponbare	其它
	TTC CGT CGT TCA TGT TGG TC	46	20	T	G
						7		105.7	S0124		CCC ACG GAA ACA GCC AAA AG	47	20								956bp	10	323	AGC ACC TCC CCC TCCTCT AA	20	94	A/G	Nipponbare	其它
	TGC TGC CAT GCA AAG AAT CC	48	20	G	A
							8	20.2		S0146	ATT CGA ACC GGG GAT CCA GT	49	20	859bp	11	612	GGA ACT AGC CCG TGACGC TC	20	95	A/C								Nipponbare	其它
	AGC GGA TCC TGC TGA TCA GG	50	20	C	A
						8		44.6	S0135		GTG CTG CAA AGG GGA GTA TG	51	20								852bp	12	765	GAG AGT CGA GAT GATCCA AA	20	96	G/T	Nipponbare	其它
	CGC CAA CCT CGT AAA TCA AA	52	20	G	T
							9	55.9		S0155	GAA CCT GAG GAC CAA GTG AAA GAG T	53	25	1300bp	13	571	CAG CTA TAG CCT AGCTTG GA	20	97	G/T								Nipponbare	其它
	CTA GAG AGG AGA GGG AGA AGG AGG A	54	25	G	T
						10		5.5	S0161		ATA CCA CAG GTG CTG CGT GA	55	20								340bp	14	660	GAA GAC AGC TTC TGCTTG TTT GT	23	98	A/G	Nipponbare	其它
	TGC GCA ACT AGG GAT TTT CC	56	20	A	G

表9

		基因组PCR					多态性(SNP)检测
															chr	cM	标记名称	引物核苷酸序列(5′-3′)	SEQID NO：	mer	大小	SEQID NO：	位置	引物核苷酸序列(5′-3′)	mer	SEQID NO：	终止于	SNPs
11	20.3	S0177	CCT TGT GGT CAC ACT TGC GG	57	20	488bp	15	223	AAC GTC ATG GAC GATCCG CT	20	99	A/G	Nipponbare	其它
																CGG TCT TGA GGT CCA GGG TG	58	20	G	A
	11		35.6	S0178	TGG CAT CTT TGC ATG TTG AGC								59	21							460bp	16	247	GCC ATG AAA GCA CTGAAA AA	20	100	C/T	Nipponbare	其它
		GCA TCC AGC TGC ACA TTT CC				60	20	C	T
			11		80.5					S0174	GAA TCG GTT GCA GGA GAG GG	61	20	311bp	17	163	TTG AGT TCT TGG GGATTT GT	20	101	A/G								Nippopbare	其它
	GCG GCT ATG CCA TGT TTT TAC C	62		22		G	A
					11			85.7	S0185		CGA CCC CAT GAA GCT TTT GC	63	20								644bp	18	421	TGT TAC AAG CAA AGCATG AGG AAT G	25	102	A/C	Nipponbare	其它
	AAA TCC ACG ACC TCC ACC CCT	64	21	A		C
							12	42.7		S0208	CTC CCT CCG CTC CCA GAA AT	65	20	500bp	19	178	AGC TCG AGC TCG AAGATG GC	20	103	C/G								Nipponbare	其它
	ATT TTG GTG GAG CGT CCC CT	66	20	C	G
						1		181.8	S0007		GCA TGG ATG ACC CTG CTA AT	67	20								802bp	20	141	CAA ACA TTT AAA ATATAA ATC ATG AAT A	28	104	A/G	Nipponbare	其它
	TGA TGC CGT TGA CTT TTT GA	68	20	A	G
							5	55.5		S0070	CTT GCT TGG GCA ATC GTC AA	69	20	897bp	21	480	TAA GCC CCC GGC CGAACC GGC AAA G	25	105	A/G								Nipponbare	其它
	GTT GCT GAC GCG ACC AGT GT	70	20	A	G
						8		40.2	S0310		GCT TTC CTT GTT TGA CCA CTC G	71	22								802bp	22	481	GAC TAC AAT CTT CCACTC CA	20	106	C/T	Nipponbare	其它
	CCA TTT TCA TGT CGT GGC TTG	72	21	T	C
							4	97.7		S0375	ACA CAA GTG TGC CAT TTT CC	73	20	901bp	23	131	TGT GAA CTA CAC TATTTA GTT GCT TA	26	107	G/C								Nipponbare	其它
	TGC CAA GCT ACC TGA GAA CA	74	20	G	C
						11		35.6	S0346		CGT GCT TGG ATT TTT GTA AGC	75	21								677bp	24	510	CTG GGA CTT GGA ATGTTT GTT	21	108	G/A	Nipponbare	其它
	GCA TCC AGC TGC ACA TTT CC	76	20	G	A
							1	161.5		S0013	AAA TTC GGA ATG GCT AGC TG	77	20	798bp	25	248	GCT AAT GTG AAT TAGCCC CCC T	22	109	C/T								Nipponbare	其它
	ACC TCC GAT GAT TCA ACC AA	78	20	C	T
						11		55.1	S0347		CAA GCG AAG ACT GGA GAG GTT	79	21								292bp	26	92	AGT TTA ACT ATA TATAGC ATA CTG ATT C	28	110	G/C	Nipponbare	其它
	ACG TGC TGG CCT CCT ATG TT	80	20	C	G
							3	94.9		S0330	ATC AAG CAC GAT CGG AAA CG	81	20	888bp	27	743	CAT CTT ATG GTT TAGGAG GAA TT	23	111	A/G								Nipponbare	其它
	ATG GCC GTC GAC TCC AAG TT	82	20	A	G
						8		55.4	S0336		GAC CAA ATT GTT TCG CCC CTA	83	21								787bp	28	552	GTC TAT TTG GTA CCACTT TCT	21	112	C/T	Nipponbare	其它
	GCC TTC GAG TGG TTT GAC GA	84	20	C	T

此外，在另一个方法中，首先从待测试水稻制备DNAs(步骤(a))。然后扩增包括上述任何(1)-(28)中所描写的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA(步骤(b))。然后合成引物，其与覆盖上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸紧接的核苷酸序列互补(步骤(c))。然后(步骤(d))，在存在荧光标记的核苷酸时，利用步骤(b)中扩增的DNA作为模板，用步骤(c)中合成的引物进行单个核苷酸的延伸反应。然后(步骤(e))，利用测序仪确定步骤(d)的反应中所使用的核苷酸。然后将步骤(e)中确定的核苷酸序列与对照相比较(步骤(f))。这种方法的实例是SNuPe方法(Rapid Commun.Mass Spectrom.14：950-959(2000))。

此外，在另一个方法中，首先从待测试水稻制备DNAs(步骤(a))。然后扩增包括上述任何(1)-(28)中所描写的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA(步骤(b))。然后利用质谱仪测量步骤(b)中扩增的DNA的分子量(步骤(c))。然后将步骤(c)中获得的分子量与对照的分子量比较(步骤(d))。这种方法的实例是MALDI-TOF MS方法(Trends Biotechnol.18：77-84(2000))。

此外，在另一个方法中，首先从待测试水稻制备DNAs(步骤(a))。然后扩增包括上述任何(1)-(28)所描写的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA(步骤(b))。然后提供其上固定核苷酸探针的基底(步骤(c))。

在此，″基底(substratum)″指能够固定核苷酸的平面物质。在本发明中，核苷酸包括寡核苷酸和多核苷酸。本发明的基底不限于任何具体的基底，只要其容许核苷酸固定，但是一般可合适地使用用于DNA芯片技术的基底。DNA芯片通常是由成千上万以高密度打印在基底上的核苷酸组成的。通常，DNAs打印在基底的无孔表面上。通常，基底的表面是玻璃，但是也可使用例如硝化纤维素膜的多孔膜。

在本发明中，用于固定核苷酸(芯片)的方法的实例是由Affymetrix开发的主要由寡核苷酸组成的芯片。在这样的寡核苷酸芯片中，寡核苷酸通常是原位合成的。例如，利用光刻(photolithographic)技术(Affymetrix)原位合成寡核苷酸和固定化合物(Rosetta Inpharmatics)的喷墨方法是已知的，并且可使用任何技术构建本发明的基底。

固定在基底上的核苷酸探针不限于任何具体的探针，只要其提供检测上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的单核苷酸多态性。因此，该探针可以是例如能够与包括上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA特异杂交的探针。该核苷酸探针可以不与包括上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA完全互补，只要该杂交是特异的。在本发明中，当寡核苷酸被固定，固定在基底上的核苷酸探针的长度通常是10-100碱基，优选为10-50碱基，以及更优选为15-25碱基。

在本方法中，然后将步骤(b)中的DNA与步骤(c)的基底接触(步骤(d))。该步骤容许DNA与上述核苷酸探针杂交。用于杂交的溶液和条件可根据许多因素而改变，包括固定在基底上的核苷酸探针的长度，但是杂交通常利用本领域技术人员普遍已知的方法进行。

在本方法中，随后检测DNA与固定在基底上的核苷酸探针之间的杂交强度(步骤(e))。该检测可通过例如在扫描仪上扫描荧光信号而进行。在DNA微阵列中，固定在载片上的DNA通称为探针，而溶液中的标记DNA被称为靶。因此，在本说明书中，上述固定在基底上的核苷酸被描述为核苷酸探针。在本方法中，然后将步骤(e)中检测的强度与对照的强度比较(步骤(f))。

这种方法的实例是利用DNA芯片的方法(SNP基因多态性中的策略.Kennichi Matsubara和Yoshiyuki Sakaki.Nakayama-Shoten第128-135页；自然遗传学Nature Genetics 22：164-167(1999))。

除上述方法外，可使用特异于等位基因的寡核苷酸(ASO)杂交检测只在特定位置的突变。制备包括其中被认为应当存在的突变的核苷酸序列的寡核苷酸，并且用于与DNA杂交。如果存在突变，杂交形成的效率会降低。这种变化可通过例如Southern印迹的方法，或利用杂交物内由于插入缺口染色体而淬灭的特异荧光试剂的特性的方法等来检测。

此外，本发明提供用于鉴别水稻品种的引物的寡核苷酸，用于扩增包括上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA区域。可以设计这种寡核苷酸的实例以使得其覆盖上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的寡核苷酸。可通过本领域技术人员普遍已知的方法设计并合成PCR引物。PCR引物不受长度限制，并且通常是15-100bp，以及优选为17-30bp。本发明也提供寡核苷酸，其包括与覆盖上述任何(1)-(28)中所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸紧接的核苷酸的序列互补的核苷酸序列。这种寡核苷酸对于用作本发明方法的引物是有用的，例如可用于通过AcycloPrime方法来鉴别水稻品种。这种寡核苷酸的实例显示在表8或9中。

此外，本发明提供用于鉴别水稻品种方法的，包括至少15个核苷酸的寡核苷酸，其可与包括上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA区域杂交。该寡核苷酸可例如用作探针。

这种寡核苷酸可与包括上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA区域特异杂交。在此，特异地杂交指该寡核苷酸不与其他的DNAs在标准的杂交条件下，以及优选在严谨条件下产生显著量的交叉杂交(例如，在Sambrook等人，分子克隆Molecular Cloning.冷泉港实验室出版社，纽约，美国第二版，(1989)中所描述的条件)。只要杂交是特异的，寡核苷酸不需要与包括上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸的DNA完全互补。不限制寡核苷酸的长度，只要其是15个核苷酸或更长的。这种寡核苷酸可利用例如商品化的寡核苷酸合成仪制备。备选地，它们可作为通过限制性内切酶处理等获得的双链DNA片段来制备。

此外，所使用的寡核苷酸优选是适当标记的。用于标记的方法可包括其中寡核苷酸的5′-末端通过用T4多核苷酸激酶磷酸化而用32P标记的方法，其中用例如32P的同位素、荧光染料、生物素等标记的核苷酸底物利用例如随机六聚体寡核苷酸的引物和例如Klenow酶的DNA聚合酶(随机引物法)结合到寡核苷酸中的方法。此外，本发明也包括根据上述任何(1′)-(28′)，在上述任何(1)-(28)所描述的核苷酸，或组成互补链中上述核苷酸碱基对的核苷酸中，包含多态性突变的15个核苷酸或更长的寡核苷酸。

此外，本发明提供包括本发明的上述寡核苷酸，用于鉴别水稻品种的试剂盒。本发明的试剂盒可进一步包含碱性水溶液。该试剂盒也可与用作对照的标准水稻样品、描述使用该试剂盒的方法的说明书等一起包装。

附图简述

图1显示SEQ ID NO：1的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图2显示SEQ ID NO：2的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图3显示SEQ ID NO：3的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图4显示SEQ ID NO：4的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图5显示SEQ ID NO：5的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图6显示SEQ ID NO：6的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图7显示SEQ ID NO：7的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图8显示SEQ ID NO：8的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图9显示SEQ ID NO：9的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图10显示SEQ ID NO：10的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图11显示SEQ ID NO：11的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图12显示SEQ ID NO：12的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图13显示SEQ ID NO：13的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图14显示SEQ ID NO：14的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图15显示SEQ ID NO：15的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图16显示SEQ ID NO：16的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图17显示SEQ ID NO：17的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图18显示SEQ ID NO：18的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图19显示SEQ ID NO：19的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图20显示SEQ ID NO：20的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图21显示SEQ ID NO：21的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图22显示SEQ ID NO：22的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图23显示SEQ ID NO：23的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图24显示SEQ ID NO：24的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图25显示SEQ ID NO：25的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图26显示SEQ ID NO：26的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图27显示SEQ ID NO：27的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图28显示SEQ ID NO：28的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图29显示SEQ ID NO：29的核苷酸序列，其表明24个水稻品种之间的多态性位点，以及用于扩增包括该位点的DNA区域的引物序列。

图30显示表示使用从精白米提取的DNA作为模板进行PCR的结果的照片。该精白米样品是商品化的水稻，称为″平成12年(2000年)在茨城县生产的Akitakomachi″“Akitakomachi Produced in Zbaraki Prefecture in Heisei12)。用于PCR的引物是PGC1001(U：5′-accgggtagggaaacaaaac-3′/SEQ ID NO：113；L：5′-aataatacttcggcgcatcg-3′/SEQ ID NO：114)。利用通过下列方法提取的DNA作为模板来进行PCR，并且通过在1.5％的琼脂糖凝胶上电泳来分离反应混合物。

M：分子量标记(_X/HaeIII)；

1：方法1(CTAB)；

2：方法2(碱+CTAB)；

3：方法3(简单提取法)；

4：方法4(简单提取法+酚:氯仿处理)；

5：方法5(碱+简单提取法)；

6：方法6(碱+简单提取法+酚:氯仿处理)；

7：对照(由CTAB从Habataki的绿叶提取的DNA，40ng)；和

8：对照(由CTAB从Sasanishiki的绿叶提取的DNA，40ng)。

实现本发明的最佳方式

本发明将参考实施例在下文进行详细说明，但不应认为只限于此。

[实施例1]单核苷酸多态性的检测(SNPs)

利用在水稻基因组研究项目主页上(http：//rgp.dna.affrc.go.jp/)公众可得到的关于水稻染色体组分析的信息，和在DDBJ(http：//www.ddbj.nig.ac.jp/)中注册的水稻基因组序列来设计用于扩增水稻基因组DNA的800bp-1kbp的引物。不被预测包含基因的区域主要用于公众可得到的水稻基因组核苷酸序列的染色体区域，和RFLP标记探针序列等用于除此之外的区域。使用引物设计支持站点，Primer3(http：//www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3_www.cgi)设计引物。

利用所设计的引物，首先利用Ampli Taq Gold(应用生物系统AppliedBiosystems)和通过简单方法从水稻品种Nipponbare、Koshihikari、Kasalath、Guang-lu-ai 4(下文为G4)，Kitaake和野生稻(普通野生稻，W1943)提取的DNA作为模板进行PCR扩增。为了证实所扩增的片段，通过在琼脂糖凝胶上电泳分离反应混合物部分。余下的反应混合物用ExoSAP-IT(AmershamBiosciences)处理以除去未反应的引物和dNTPs，然后作为模板接受测序反应。将用于第一个扩增的一个起始引物再次加入模板，并且利用MegaBACE的DYEnamic ET染料终止剂循环测序试剂盒(Amersham Biosciences)通过进行循环测序反应制备用于测序的样品。利用MegaBACE 1000 DNA测序系统(分子动力学Molecular Dynamics)进行测序。在品种之间比较所获得的序列数据以搜寻单核苷酸取代的多态性。用各个引物对每个品种至少进行两次测序，并且只有某些情况被认为是多态性的。

在Nipponbare和Koshihikari，以及Nipponbare和Kitaake之间显示单核苷酸多态性的位点，进一步通过类似地进行PCR和利用通过简单方法从Nipponbare、Hatsushimo、Mutsuhomare、Yukinosei、Kirara 397、Tsugaruroman、Gohyakumangoku、Morinokumasan、Yumeakari、Hanaechizen、Koshihikari、Tsukinohikari、Akitakomachi、Asanohikari、Aichinokaori、Matsuribare、Hinohikari、Yumetsukushi、Hitomebore、Manamusume、Fusaotome、Dontokoi、Kinuhikari和Sasanishiki提取的基因组DNA作为模板进行测序，并且比较每个品种的多态性位点的核苷酸序列来进行检验。图1-28显示存在于上述24个水稻品种之间的多态性。根据下列规则显示多态性数据：

[数据规则的说明]

(1)引物位点由方括弧标明，而上游引物位点和下游引物位点分别标记为″p:″和″q:″。

实例：actctactta a[p:gcagagcga tgaacctgca]atattgagaa aactc[q:aatcacgcccatccttgcct]

(2)SNP位置由方括弧和标识号显示。

实例：cg[1a]agag[2aa]cttc[3a[4c4]cattt gggg[5c5]acac3]c

注解：通常，标识号附于方括弧的首尾；然而，标识号可从对比明显的较后方括弧省略掉。

(3)分析的品种由下列附于序列的代码表明。品种代码由″/″分开。

实例：nhb/ksh/kal/gla/pwl/kta

[品种代码]每个上述水稻品种通过使用3个字母表字母的缩写表示。例如，Nipponbare和Koshihikari分别是″nhb″和″ksh″。

(4)品种代码后面有SNP数据，显示为″标识号，品种代码：SNP″。

实例：1 ksh:g

[其他的实施例]

(5)缺失以″-″表示。不考虑缺失核苷酸的数目，只使用一个″-″。

实例：g[5agg]ggtcat ctgttacatt atag

5kal:-

(6)其中存在于相同位置但长度不同的缺失取决于品种：

实例：gtttg[20a:gtat[20b:t ccattatgta ttatttcatt tgct20b]t20a]ttatg

20akal:-，20bgla:-

既然缺失存在于相同位置，则使用相同的标识号。然而，缺失长度的差异由字母表字母的差异而阐明，例如″20a:″和″20b:″。

(7)对于插入，将″-″插入公开的序列。使用单个″-″。

实例：tacaca[7-]gtca attttattca

7kal:aa

其次，设计用于对鉴别品种有用的SNPs，可检测该SNPs的引物，并且利用AcycloPrime-FP试剂盒(Perkin Elmer)进行单个核苷酸终止剂反应以制备用于基因型鉴定的样品。通过用ARVO(Perkin Elmer)测量荧光偏振来进行基因型鉴定。

通过测序显示在那些位置产生的标记是SNPs的结果，在品种间显示出独特的模式，并且可组合用于品种分类(表2-7)。表8和9显示产生SNP标记的数据，例如引物序列和所使用的SNP位点。

[实施例2]用于从精白米、糙米和米饭(cooked rice)提取DNA的方法的检验

检验从精米、糙米和米饭提取DNA的方法。首先，将精米、糙米和米饭的单个谷粒放入2ml管(Eppendorf)中，并且向此加入0.4ml的提取缓冲液(1MKCl，10mM Tris-HCl，1mM EDTA，0.1N NaOH)和3mm直径的氧化锆球。试管盖上其盖子后在4℃静置30分钟。该谷粒使用Retch裂解混合器碾磨MM300进行2轮的300Hz破裂2分钟，并且获得乳状溶液。该溶液在10,000rpm离心10分钟，并将所得到的上清液(0.3ml)转入新鲜的试管。加入0.3ml异丙醇后，充分混合溶液并且在10,000rpm再次离心10分钟。丢弃上清液，将1ml的70％乙醇加入沉淀中，然后在10,000rpm离心3分钟。丢弃上清液，干燥沉淀颗粒，再溶于30μl的无菌水中(方法5)。

备选地，将方法5中的上清液(0.3ml)转入新鲜试管后，加入0.3ml的酚∶氯仿(1∶1)，充分混合该溶液并且在10,000rpm离心10分钟。然后将上清液转入新鲜的试管，并且用异丙醇处理沉淀(方法6)。

备选地，将用于方法5和6的提取缓冲液的组合物变化为1M KCl，10mMTris-HCl和1mM EDTA(分别为方法3和4)。

在其它备选的方法中，使用CTAB提取法。具体地，将精白米谷粒(kernel)和0.2ml CTAB缓冲液(方法1)，或0.2ml 0.1N的NaOH(方法2)放入2ml的试管，并且向此加入直径为3mm的氧化锆球。将试管顶部封闭，在与方法5相同的条件下破裂谷粒。然后加入0.7ml的CTAB缓冲液，在56℃加热20分钟。向该溶液加入640μl的酚∶氯仿(1∶1)，然后混合，并且在10,000rpm离心10分钟。将上清液(0.7ml)转入新鲜的试管，并且加入1.3ml的CTAB沉淀缓冲液。然后在10,000rpm离心10分钟。通过加入包含RNA酶的0.5ml 1N NaCl溶解沉淀颗粒，然后加入1ml乙醇，并且在10,000rpm离心10分钟。沉淀颗粒用1ml70％乙醇洗涤，干燥，并且溶于30μl的无菌水。

通过上述方法获得的DNAs可用作PCR的模板，其中使用引物PGC1001(U：5′-accgggtagggaaacaaaac-3′/SEQ ID NO：113；L：5′-aataatacttcggcgcatcg-3′/SEQ ID NO：114)。

这些结果显示在图30中。虽然利用通过方法1或2从精白米提取的DNA没有获得扩增产物，但用通过方法3-6提取的DNA观察到好的扩增。据此表明当提取的DNA来自精白米时，酚:氯仿处理是不必要的，并且因此方法3或5是最简单的方法。方法3和5之间的差异存在于用于破裂谷粒的缓冲液中，其中方法5中的是碱性的。碱性缓冲液是有利的，因为其使精白米组织迅速脆化，并且轻易地实现充分破裂。因此，选择方法5作为最简单和最有效的方法。

对于糙米和米饭，不能从由方法1和2提取的DNA获得扩增产物，而对于方法3-6可观察到扩增。对于由方法6提取的DNA观察到最好的扩增。因此，利用碱性缓冲液和酚:氯仿处理的方法显示对于提取自糙米或米饭(cooked rice)的DNA是最有效的。

[实施例3]鉴别精白米的品种

购买标明为″平成(Heisei)12年(2000年)在茨城县(Ibaraki)生产的100％的Akitakomachi″的商品化精白米。随机选择32个谷粒，并且利用方法5分别从每一单个谷粒提取DNA。利用提取的DNAs作为模板，和足够从另外25个水稻品种鉴别Akitakomachi所必需的3个标记(S0115、S0146和S0178)的引物进行PCR。此外，利用PCR产物作为模板进行AcycloPrime反应，并且确定单核苷酸的多态性。

结果是，27个谷粒确定为Akitakomachi，但是3个谷粒结果是除Akitakomachi外的品种。这些谷粒中的2个没有鉴别出来，因为3个标记中的一个没有给出结果。根据其模式，确定不是Akitakomachi的3个谷粒估计可能是Kirara 397、Koshihikari、Yumetsukushi或Kinuhikari。

上述结果证实本发明可用于鉴别精白米的品种。

[实施例4]精白米品种的鉴别

为了确定实施例3中确定不是Akitakomachi，并且可能是Kirara 397、Koshihikari、Yumetsukushi或Kinuhikari的3个谷粒的品种，利用提取的DNAs作为模板和足够鉴别3个品种所需要的2个标记(S0015，S0045)的引物进行PCR。此外，利用PCR产物作为模板进行AcycloPrime反应，并且确定单核苷酸的多态性。

结果显示所有的3个谷粒具有如Koshihikari的相同模式。因此，推测实施例3中使用的精白米很可能除Akitakomachi外包含Koshihikari。

[实施例5]精白米的混合比例的检验

检查据称为″Kirara 397，30％；Tsugaruroman，40％；Hitomebore，30％″的精白米以确定3个品种是否如所标明的进行混合。从该精白米中随机选择32个谷粒，并且利用方法5分别从每个谷粒提取DNA。利用提取的DNAs作为模板，以及足够从26个可鉴别的水稻品种中鉴别Kirara 397、Tsugaruroman和Hitomebore所必需的7个标记(S0115、S0135、S0161、S0252、S0310、S0336和S0375)的引物进行PCR。此外，利用PCR产物作为模板进行AcycloPrime反应，并且确定单核苷酸的多态性。

结果表明7个谷粒来自于Kirara 397，11个来自于Tsugaruroman，并且5个来自于Hitomebore，然而2个谷粒不来自于任何这3个品种。另7个谷粒是不确定的，因为7个标记中的一些没有提供数据。根据基于25个收集数据的谷粒的3个品种的比率，所检验精白米的混合比例推测为Kirara 397，28％；Tsugaruroman，44％；以及Hitomebore，20％；其他品种为4％。

工业实用性

本发明提供用于鉴别水稻品种的方法。基于其栽培特性的，用于鉴别品种的传统方法需要有经验种植者的目测，并且因此进行简单区别是很困难的。此外，不能鉴别每个米粒的品种。相比之下，本发明的方法在水稻基因组中检验多态性，并且因此能够利用极少量的水稻样品精确地鉴别品种。此外，可应用本发明的方法精确地鉴别近缘的品种。

                                序列表

<110>株式会社植物基因组研究中心(Plant Genome Center)

<120>用于鉴别水稻品种的方法

<130>P2-A0202P

<140>

<141>

<150>JP 2002-168875

<151>2002-06-10

<160>114

<170>PatentIn Ver.2.1

<210>1

<211>900

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异(variation)

<222>(309)

<223>/栽培品种(cultivar)＝″ksh，krr，tgr，mnk，yma，tkh，akk，mtb，

     hit，mmm，fom，don，或ssk″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<220>

<221>变异

<222>(438)

<223>/栽培品种＝″ksh，krr，tgr，mnk，yma，tkh，akk，mtb，

     hit，mmm，fom，don，或ssk″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(593)

<223>/栽培品种＝″ksh，krr，tgr，mnk，yma，tkh，akk，mtb，

     hit，mmm，fom，don，或ssk″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<400>1

tattcttcac gtgattcagc gaagataaca ctctttaaac actgcaattg ccactggaag 60

aattagcacg aatttgagat gttttttcac cggaagataa gttcataact aaggtgtttc 120

ttcgtttcaa caaacaagat ataaagttca accagatttt acatttttga aaacctttta 180

tctttacata tatcagtggt ggagttgaaa tgggagatac atcaactcta aattagagaa 240

atttttagga tacaactaaa caagtttaac caaatttccc ttgtcctaaa cagcaaatga 300

ttcagtgaca cattgggttg atttagcgac ttcaaaccta ttgtcttctt tttcattttt 360

caaatttcta gctctacaac taattcaatg actactcagt ttaaaacaaa acaaatggaa 420

gattggttgg gagatttaag aagaaacttg ccaggtggtg gcttggtccg tggaggaaag 480

agggctcagg ggctaaccac ctcgcaactt agggctctgg cctccgtctc ccgccttttc 540

gccgagagcc cgcaaggtga cagagtgcgg cgaggtcgac acttcggccg ttcggggtcg 600

ccgcgtcggg cgtccgggcg gcgtcgtggt tcgggggact gagggcagct actcagctag 660

accgctggag cccaaaggaa tctaaggtta catgctgtct tgttgagcct attttatggg 720

cctgcgactt tgcagttagc cgaggcatat tggaataaat ttaatttagg tctctcaatt 780

tgtcgtcgag cctgaaattc atcactggac cgcaaaacta gatacatcgc attccccaac 840

ttagttaagg tagcagtggt ggtgggcagc cagcgaggag ggccgtggtg gtccgtgatg 900

<210>2

<211>960

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(304)

<223>/栽培品种＝″yki，krr，tgr，ghm，mnk，yma，hez，ksh，

     akk，hnh，hit，mmm，fom，或ssk″

     /注＝″用″t″置换″a″″

<400>2

tttaacttta ttgttagtat tagtactagc tctggttgtc tatcactctg ctgcctctgc 60

acatactgat ctagaacaca catgttctct acttctctgc agtcactgct actgacatgt 120

gggccctact ctctttgggc cagcatgtca gtgtcagcag aggatctcat tcctacagtc 180

aatccatgtg tgctactccg ttaaaaaaac gaattccaag ctacaaacct aaacacgttt 240

ttttggacgg aggggtatat ataaacaaag aaaaagcact gtaggtacat aatatagtac 300

tagatcagtc ttattacagc tgttcaaaaa cagttcagta tatagtgaat ctagttggtc 360

tgttgctact gcagttaatt ggctctggtt gcttttgttg atctgttgct actgcagtta 420

attagctccg gttgcttagt tgatcaagtt aattagctct ggctgtgccc taatcaaaat 480

tcatatatag tagcttcaag cacgacatac cacctttcct accttctggt ggatactcct 540

ctcttttata atttctgcag taagcttgaa acataagtag acactgccat taattaaaca 600

agcacagtga attaacccag atatgtgtaa tctgcatact aattaaatta ggttcgtgcc 660

agttcaaggc agccacaacc acatacaggc gatccatata ttgatttata tatctgatcc 720

gtttgttgag gttggtgcat caatcccccc tgaagcagct atgtcgagcc taattgcgat 780

ttgattaatc aatttttctc atccaacgat ttaattatgc gtgattttaa tgattcgatc 840

ggtacagttt tttttctctt tcttcagtgc tagtgcttct actagtattc gtgacaataa 900

cctgtcggat ttggaatata tgattgctga tgtggtgtcg tttttattaa caagcccttg 960

<210>3

<211>840

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(201)

<223>/栽培品种＝″ksh，hts，mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，

     yma，hez，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，

     fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″t″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(356)

<223>/栽培品种＝″ksh，hts，mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，

     yma，hez，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，

     fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(450)

<223>/栽培品种＝″ksh，hts，mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，

     yma，hez，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，

     fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(514)

<223>/栽培品种＝″ksh，hts，mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，

     yma，hez，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，

     fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<220>

<221>变异

<222>(515)

<223>/栽培品种＝″ksh，hts，mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，

     yma，hez，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，

     fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(552)

<223>/栽培品种＝″ksh，hts，mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，

     yma，hez，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，

     fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<220>

<221>变异

<222>(695)

<223>/caltivar＝″ksh，hts，mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，

     yma，hez，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，

     fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<400>3

tagcattagg ataaaagggg cgctccttca aaactttaaa atatcaaaga acaccctttt 60

gagattgaat tgcttcttct ggtctttgcc tcttctttcg cttttcagca ccagaatcgt 120

acttcctatt tctagctgac ataatgagga ttgaggaaat aagtgtcttc ctatttcata 180

aacaaaagaa aagtaatttg agtcaaacag tcacatcact atttaagttt tgattcaatc 240

gatagtttga ttcatattac atctactatt tgatacgaga ctcaatgtct caactcttaa 300

gtctaaaagt aactttccaa tgctgcacaa aggtagtagt cagggacacg aagataagtg 360

gatgagaggc actgacaaag gtagccggcc aaccgcttgg cattgatggc gcttgcccgt 420

tggtcgctcg ctgcctcgtg ttgggctggg gtcgggactt tgcaggcatc gtcatttcat 480

cgtcgaattt gaaatcgaga ttgactccag tcacacgaca tgactacaca acagtgtgac 540

ttgatctcgt tcgcctctca gcctccaatg cacctgatgg cagatgggcc tctctaatcg 600

attcacaggt agaagcagga ttgtggctcg gctatgcatt aatgtgcgcc tctccgatta 660

acttgggtgc cccaaaaaaa ttgggggaca ctctatcatc gccaatgtcg cacacaacct 720

tcgacaggct tgcccattag tgtgacactc ctgcccacat cactgctcca ttgtcatcca 780

tcaccttgtc gaccattgtg gtgtgccaaa ccgcggctgt cgtctgtttg tgattttgta 840

<210>4

<211>960

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(377)

<223>/栽培品种＝″ksh，ymt，don，或knh″

     /注＝″用″c″置换″t″″

<400>4

tccaaaatcc acatgcaatg tgccattcca taggaatttc atgggatttg aaaatcgtca 60

atcctttgaa tcaaatggcc aaataggaaa atttcgtata ggatttgaat cctatgaaaa 120

tcctatataa atcctttgat tcaaagggcc ctaagtttcg tacgtgtgca actgtgcatc 180

cagcacgtac tactacgtac tcctatgtac ttgtagtggt gtagcctata catatgcatg 240

aagcgttcca ggaaaaatag gagtctcagt aatttgtgca ggcatgcggc ccatggagta 300

atagaccatg ctgaataatt tcagttcaaa tttcatactc caactgtaat accatacgca 360

aaccatcaac ttacaatact gatatacttg acatttcaaa ataacatagc ctttggtttt 420

agctgacgta gcgactgagt aagctagcac gaggctcata tgggtcccac atgtcagcgg 480

cccaatcttc ttccacatct ctcctctctt cccaatccta atctctctcc atgcctctag 540

ggtggtgggg gtgggaagaa gctcgacagc ggtggccaac acatacgcaa ggagaagctc 600

gaggactgca agacgacttt cttttcgcct accactggaa ggcaacacct tgtttccctg 660

ccttctagtt gagcgaggac actgaatgca tggaggtgtt gtgacccaaa tctacggcag 720

aatccctcgc cggaagttcg ccggagatct agcagagaag aggcgagaag aacagggtag 780

aaaggggaaa cacgaggaag cagctgggga ggaggatatt tttcatttct ttcatgaatt 840

gttttctcaa tacagctgga gtatatatac tcacgcactc cacccctctt gcccttaggg 900

cccaccttgt catagacact tctatctata aagagtagaa gatgtattca cttctgaaaa 960

<210>5

<211>840

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(163)

<223>/栽培品种＝″hts，mth，yki，krr，yma，hez，ank，mmm，

     fom，或don″

     /注＝″用″c″置换″t″″

<400>5

tgctgcatgt ttcagtccaa gctaggcgcc acagaacgga caaaagtaag aaaatcgcta 60

cgtacaactc acgtctgacc agcacttagc tgctaattgc cctagccaca tggagagaag 120

ttggtctgcg tgaagcgtaa cgattggcag ataaagttgg attggatggg aatcggacga 180

gggagtcgaa cgtatagcaa cactccagaa gtaaagcagt aaaccgaaaa agttttgcta 240

tcacttgtat gaccgtctcc acaagtggcg actggcacga catggccact cgacagaacc 300

gcacaacaaa tgctgatcct ttgcccctat tccatgcgaa gttgcgactt gcgagtcttt 360

gggcagggca tgcactactg acaagatgaa agaagaaaat caaccgtaat tcgggcgtgc 420

actgctgcag aatagtcctt gtgatcatgt ccatgtgacc atgttcgtta cgttctgagg 480

cgtcgatagc gagcgatgct ggtaatcgtg accaatctcg ttcacgtcca ccttgttgac 540

gcgcacgtac gtcgctatat atgacaacgt cctgctacat atagccttgc tcactttcgg 600

actttgacgt atgtgaagag agcacgacta ggagccacta atcatatggt ttggtacatg 660

agaggatatg catgtttcac tttgcaccca acatgtactg tactcatcta gtcatcctac 720

tagtattttc catcggtgtc cctttctcct gtgatctctc gctttgcaca caaacctcgc 780

aacaaaacgg tctcgctgtc gcctttcagc gcttcggcaa aggattggtc ggttcatgag 840

<210>6

<211>900

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(515)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，

     ank，hnh，ymt，hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(624)..(626)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，

     ank，hnh，ymt，hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″″tgc″缺失″

<400>6

aattattatt attattattt ccaatcagcc atatatatgg cttgccaacc gatggcagca 60

caaatctttc gcgtccgttt gaacccattc ttcaaacttg aagttggatt tggacgtaat 120

agaaggtgca gttgttcact tgttcctggc atcaacgtgt acggttgaac aaatcggtgg 180

atctcttatg gttaacgtgc cctgttgatg tctgaaaacc catctgttct ttgttctaac 240

tcctatctta tcctctcatt ttttttcgct tggtctcaac ttcgtgttct actagttttg 300

aacgagtcac tcactcggac tcgagagctc tgaacttctg aacaagccaa aatgctgtct 360

gaaccgagat cttcttggcg ctgtcagcct gtcacaaact cgcaatccaa ttgcacttcc 420

agcggttgag caggttcaat tcaacatgac tttcatcagg agatggtaag ttaggaacag 480

attactgtca caactcacaa cagttattac tactatcgca acaaatgcta gctgtcctta 540

tcctcatcga ctggatactt cagaaacaag cataacagta gcattggagc aaaggacaca 600

gcatggctag aagtagatgc tgctgcctag agatatcatc tcgaattcat ggcatgaaca 660

aacgtcgttc atgcagccat gcaggaataa taagctcaga acaggattca ggacaaattc 720

aagctatcta caagcttgcc agcatcatca tattataata attgctttaa tagtcagcaa 780

actcgtacag aatagccaga tccaaatttc cacaaactat atatcatcat caggaatttt 840

aaaaagagaa ctcggaatcg atttcgcatg atattcgagg acacccaagc caaactgacg 900

<210>7

<211>900

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(247)

<223>/栽培品种＝″hts，mth，yki，krr，mnk，hez，ksh，akk，

     ank，hnh，ymt，hit，mmm，fom，或knh″

     /注＝″用″c″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(341)..(342)

<223>/栽培品种＝″hts，mth，yki，krr，mnk，hez，ksh，akk，

     ank，hnh，ymt，hit，mmm，fom，或knh″

     /注＝″用″tgtg″置换″tg″″

<220>

<221>变异

<222>(534)

<223>/栽培品种＝″hts，mth，yki，krr，mnk，hez，ksh，akk，

     ank，hnh，ymt，hit，mmm，fom，或knh″

     /注＝″用″c″置换″a″″

<400>7

taaccacttg cttcagttgc tgcatgctta gtacatcagt actgtcatgc cattggttgg 60

tgtggctgtg agtgaacatt gtgcagcaga gaagcaagca acaatagcat tggaccccca 120

agaaccagta cattatctct atctgtgaca gagaacacaa gaatgcaaat gctgataaag 180

aatcaagaaa gcattgtgca agcagcaagg tgagtagaga gtgatggaag cagagagaag 240

ctgcagacta gtgatgaaaa tgattggtga gtacagtgta acaactaaca acaagtctct 300

atgaagaagc aggtactaag catgcatgtg tgtgtgtgtg tgatggcatg tggtatcaat 360

gcttctgggg ttgttcactt gtccaccaga gcaaccagga caagtcttct cactctacca 420

ttccggtgtc attttctctc tcaacccctc ctcttgttgc tttagcaagc ctgcagctta 480

aactagatta tgttttcttt cctcaataaa gattaatagt attgttaatc atgacatctt 540

tccctcacct gtttctctct caagagagag gaggaggtgc acaggcacag acagctcaca 600

caaacattgt gttgttcatg tctctttctt gcctaccttt gttgaactgg tttgccttgg 660

gagacacaca ggacactcga ggctgcctgg ctggcctctt tgtcagggag aaacctgcta 720

atctgctata atagtgttgc ttataattct atgattctat ccatcacaaa ggacacagta 780

tagctgcatc ctttaactgc agcttgcagg cctttttcat cgtttacttg ttagcttatc 840

agccgcgacc aaaattttta gtactaaaac tcaatattag agttgatgtt agggtttttt 900

<210>8

<211>900

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(247)

<223>/栽培品种＝″mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，yma，hez，

     ksh，tkh，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，

     fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″t″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(259)

<223>/栽培品种＝″mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，yma，hez，

     ksh，tkh，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，

     fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″c″置换″t″″

<220>

<221>变异

<222>(307)

<223>/栽培品种＝″mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，yma，hez，

     ksh，tkh，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，

     fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(358)..(359)

<223>/栽培品种＝″mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，yma，hez，

     ksh，tkh，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，

     fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″tgta″置换″ta″″

<220>

<221>变异

<222>(396)

<223>/栽培品种＝″mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，yma，hez，

     ksh，tkh，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，

     fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(444)

<223>/栽培品种＝″mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，yma，hez，

     ksh，tkh，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，

     fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″c″置换″t″″

<400>8

tgtatagtgt caaatttact cataggttgt ttgtttttgc gatggaggga gtattggttt 60

gactggatgg gtcatggaaa actggaaaag caacagcggt atgcatggca aaagagggac 120

aaaagaacaa gacgaaacat aggtaggatt gcaggatgct caagtgagaa cttgtagttg 180

tagatgaagt gaagtgacaa gccgaagtcc cgtgaacgaa gcaacaaaaa attgtgggag 240

ttttccattt gttgtatgtg tattatttgc gatttgaaat ccaggctgtg tttagttcct 300

tccaaagtta gaagtttggg ttgaaattga taccatgtga ctgaaaagtt gtgtgtgtat 360

gacaggttga tgtgatggaa aaagtttgaa gtttgaattc aaagtttgga tctaaacaca 420

gccccaatgt ttaaagagaa ctttaacgat taaatttggc cacgaccggt aagccgataa 480

acaaaagatg agaataaagt actgtatata caacttccag cctcatcttt tcacttatgc 540

ttatgtttat caactaaaat ttaaattttc aaccttaaat ttagagttga ttttagggtt 600

ttttttatcg aagtttattt tttagccttt acttttagat cgtaggaaca cgtatatgaa 660

aaaattattt ttcatttgca attataccgt ttgtcttatt ccctatataa gcgaaacgag 720

ggaccttccc tgtcttgctt gtgatcatca gtcatctcat ctatccgctg gatgtgaagt 780

tacgacagaa atgatccatc gttcaacttg aattacactt gtactactag cggtgtacgc 840

tcgcatgtca gcgtaacgaa acgatgacat cgccatcaca gtaggagtat tggtactaat 900

<210>9

<211>900

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(475)

<223>/栽培品种＝″yki，yma，或ssk″

     /注＝″用″g″置换″t″″

<400>9

attacaaaaa ttatatgaac atgcttaaac aatttacaag aataattctg gttgatggct 60

tgaggcacgt caaaatgttt cataaagtgt gaagtgagtg taactcaact ggttatgttt 120

ttttatggaa tcagtctacc taagttgaag tcctagactt acgccgatgc ttgtatttat 180

tgttaatttt tttttcgtgc tagacgccta tcatgacttc gttaatctca agatatgctc 240

gcacagtctt tcggaggtgc tcatatgagt aagatgtgcg tgtgtacgtt catatgagtg 300

agtatacgtg tgctacgaga gtctgcgtat acagtgtgct tctaccaaaa aatgtttcag 360

agtaaatttc acaaaactgc aggtactttg atcaaattat tataaaacta cagatttaat 420

gtgatgtatt acaaaactac atatttaacc atgaaattat tacagaacta cagatttaag 480

attaagtatc acaaaactac aaatttaata ataaaattat cacaaagata taggttttgg 540

ggtttaaatt cttagcacta atatgttatg attgagttat aaatatctaa gttttgtaat 600

taaattgatg ctaaacatat agttccacga taattttgtt actaaatctg tagttttata 660

atattctacc ttaaatctat aattttatga gaaattcagt gttaaatctg tagttttgta 720

atatattatc ttaaatatat agttttgtga aatttaatca atgtttcaca ggagacgtgg 780

catatatgta tactccacag agcgtgtaat taaacgtaat taaaatatga ccaacatgaa 840

cgacggaaga ctacgtgtga accagccagc taattggccc tggaatccgt gatgaccaag 900

<210>10

<211>1020

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(209)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″t″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(323)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(758)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<400>10

aaaagtccca cggaaacagc caaaagttta ttaaacctta ccattgaatg cagcattggt 60

gaccttgctg cccttgaaag cttagttagt tcattggtat caaaaggaga aatttcatcc 120

aacacggtgc actcttgttt cccttcaaag tttgctcata gcaacctttc aaatgctatt 180

ttttacagtt tagttacagt aatgctaagt actcccccca ttccaaaata tagggcacaa 240

cgattttttc ccctaatgtt gcataatacg aggttcgcat gcatgcgtgc atgctattga 300

ctagcacctc cccctcctct aagttctatt tttaaagcct ctaccctcaa gatctctgat 360

ctctaatccc attgggtgca tgcattttat ttattgggat gatccaaatt agaaggtgat 420

aataattttt tcttggtttt tgcgtaagag atagttgctc attatatttt ggaatgtagg 480

ggagtactca tttattctag cacaccaatc tcctgtgcac caaaagtgat tctgcacata 540

gattgagaat gcaaggtagt actaacttgc aattaagtga gtgcattaat tgctgaatat 600

gcataaatta agaacttaag atgcatgcaa agaatattgc tcccagtttc tccactttct 660

gatgtgaact tcccttatct agatcctaca gtgggaactt ttttctgttc atcttgaagt 720

atcttttgtt agctgctcat caaaataatt tatattgcct ataacataac ttataccatt 780

ttgtcgaatg ttatttatct aacttcagtg acacctatta tcttttgttg gggaagttca 840

cacttgttaa atcccattgt cttttgcaga taacagccct gtgggattat ttttgctttc 900

acatcaatgg tgtgaaacca gtgcaaagcc gtggagcttt atcgattctt tgcatggcag 960

caaagtcatc tcccagcatt ttgggtactc atttgcaaga tattattgat attgggtttg 1020

<210>11

<211>900

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(612)..(613)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，yma，ksh，tkh，akk，ash，mtb，

     ymt，don，或knh″

     /注＝″用″ag″置换″ca″″

<400>11

cttaatccct taatcttcat gtttagaaga ttcgaacggg ggatccagtc ttcaacttgg 60

cacgcacacg tctcaatctg cctctccatt aatagccaaa caagctgtgt ggcttttctc 120

ttgcaacttg cagctgtgct gatgttgctg cattctggtg aactaggcta aaaggcattt 180

tgtggtcagg ccctgtttag ttttacggtg aaaagttttg gcgtgtcaca tcggatatac 240

ggacacacat ttaaatatta aatatagtct aataacaaaa taaattacat attccgtctg 300

taaattgcga gacgaattta ttaagcctaa ttaatacttt tatcaaatca tggcgcaatt 360

aggcttaaaa gattcgtctt acaatttaca cgcaatctgt gtaattagtt tttttattta 420

tatttaatac taaatacatg tgtccaaata ttcgatgtga catgatgaaa agtttttgcg 480

tgaaaactaa acaggacctc atccacattg ccatggatac atatcattca tgccatggct 540

agctacctct tgataatagt agaattgtca cgccccgaac tagtcccgac cggaactagc 600

ccgtgacgct ccaatttaac ctgttaatcg ataccagtcc caggaaatag tgctggtatg 660

acagggagac agaatatcac agcaacagag gtctctttat tatagagtag aggtacagtc 720

atgttgggct gcggacagat cccgagctca caactgcatt acagaaggga aacggaagcc 780

aggacttgga ccaaacaaca caggcgcgac ttgggaacta ggccgaaacc ctaaaactca 840

tcatagccgg cttgctcctg gaagaactcc tcatcagcag gatccgcttc atcttcttca 900

<210>12

<211>960

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(765)

<223>/栽培品种＝″ghm，ksh，ymt，hit，mmm，fom，don，or

     knh″

     /注＝″用″t″置换″g″″

<400>12

acggaaaatg atgtaatctt ggaccactct ctgtgacctg tgttatgact tatgactgtg 60

ctgcaaaggg gagtatgaat tattgttctc aaaactagag atcactcatg ctccaggaag 120

ccttgaattt gtcttgattt atactgaaag taacctggat tcataaaatt cttgtgttcg 180

aagcgaatgg ttgaggaata ttatcgtttc attgagagag agatttcatc tcagctagaa 240

aagttaatac ataaaaaaat gttgctagat acctcattga agacagttta acaccaatgg 300

aaaaaaaatg ttgcaacata tacctcattt tatttcaaca ttgcagtatt aaaagaaatc 360

ttttatatat gctcctttta aaaaagcatc aagatgtaca agtttttagg ggtttaactt 420

ggtcaggaag aggatgtgca tcattgtcag gaagacaacg gtgtgaaacc tgtcatgaat 480

ggtagcctcc cgagacttga gctagaggac ctagtaacac cgaggcatca actagccagg 540

gatgcaagta ggcaatcaat cgaccatctc tatgagagca cgcgtgctaa tttagtttaa 600

cgagtttcag atactaccta tgtcctaaaa taagttaatt tttcatccat cacacatata 660

ccaatacaaa catcaaaaga ttagaatacc agtcactaga tgaatagaag tcggggtact 720

caaaatcgtt catatgcttg acaagagagt cgagatgatc caaagtaaaa caaatacaag 780

attattcgat tcagattgaa aacattggtt aaaagatagt tcaaagcaaa acatcggtaa 840

taaaagatga tttaaagtga aatttgctca ttattatgat aatagctcgt ttgatttacg 900

aggttggcga ctaattaagg cttatttagt tcccaaaata aaaaatttca cgcagtcata 960

<210>13

<211>668

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(571)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，tgr，ghm，mnk，yma，tkh，akk，

     mtb，hnh，或don″

     /注＝″用″t″置换″g″″

<400>13

gaagcatctt aattccagac aagtcaaatt tcatagcaag ggacgatgtt atgattattt 60

attgaattgt acagtactat tcaacctgac aaacattgtg caatcacatg gaaatggagc 120

gttcatttat caaatttgca cgaattcggc gatctcaacc tcaagaggag caactaccgt 180

attcatcctc aatgttaatt tctccccgaa catattatcc tactaccgta ttcatcctca 240

atgttaattt ctccccgaac atattatcct ttcgtgcttg atctaatttt aggcatagct 300

caaaattagt gcaactaatc tacaaactgt gaatggacaa aaatatacag cttcagcttc 360

tcaaaaccac ttcccccatt cgaacctgaa caaaacccaa ctctgatggc acagtaaata 420

actaactagg gcaagaacca tcgcgcgaca cgggcgcggg ctagatcgat cgatcggtcg 480

atcaagcccc tcccccaaga gggaaacacg accagcgaca gcgatccatc caacgccgtc 540

gcatcattca cagctatagc ctagcttgga ggaatcaaac catggatttt ggccttgacg 600

ttgtcgatgt gtcgctgctc tccacctcga gaaacntggc cccgtcaggt cttaaatacg 660

ggtgtctt                                                          668

<210>14

<211>900

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(660)

<223>/栽培品种＝″hts，mth，tgr，yma，akk，或ank″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<400>14

ttataccaca ggtgctgaca ttaatatgct tttacttcag tttgtgtttt gttctctgtt 60

taatcctgca tatgcctgtt aaatttatta caaagactat attaaactag ttttacctgg 120

cgaaaatatt aaactagctt tgatagttct tgttgcaaca acagaaccgt atttgtttta 180

tttcaaatat tatgttccat tagcggaaag agcttggttg ttttgttacc tctttttttt 240

ggcaaatgaa gaatgctata tacaagctag attgcaatcg tatatcagga aattgactga 300

tcatgtatgt cgacatgtcg tcttttatgg gagatgaagt tttaacttcc cccataactc 360

tgtttaggct aaatgtagtt ttgcagaaat tttctgccta aatctatttt gtactttgtt 420

gatctaacat tccttacact tagtttctcc atttattgat tgattatttt tctctgtttg 480

ttgaggcctt agcatgtttt gcttcctcct tttgctggca ggtgctgcgt gaggttacca 540

gtgatactat tggagcttgt atatgatgtg tcctttggga ccattcttct gcatagctgt 600

gcagaagctg ctactagttt gttggagaac ctgttggaag acagcttctg cttgtttgta 660

taataagatc agcttctagt tagtattact tataagttgc tgcagaattt tgtcgtttgg 720

cagcaccgca gaatttttta ctgtgtagaa gctgtagaac atctatatat cacttttcaa 780

tttgaagaat tgtaaagaga ggcaatggcc gcattctaag caggtgctct atggaaaatc 840

cctagttgcg catgtcatat agttagccat actagtatat agtagtatgt tggtaataaa 900

<210>15

<211>490

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(223)

<223>/栽培品种＝″ksh，hts，mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，

     yma，hez，tkh，akk，ash，ank，mtb，hnh，ymt，hit，

     mmm，fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<400>15

ccttgtggtc acacttgcgg cggttgcgag ggcggcccgc ccagaagaaa ccaggccggg 60

cttggcccgc cgcgggtcag catcctcacc gacgactcac ctgcacttct acttccacga 120

caaggtgagc aagccatcac cgacggcagt gcgggtggtg gacccggtgg acccgtcatc 180

gcggtccttc tttgggatga tcaacgtcat ggacgatccg ctgacggagg ggcccgagcc 240

cgagtccaag cccatgggcc gggcccaggg gctgtacatg ggctcagacc aggccaagct 300

gggcttcctc caggcaatga acctggtgtt caccgacggc acctacaacg gcagcgtggt 360

caccgtgctc ggccgcaact gccccttcga cgacgtccgg gagatgccgg tgatcggcgg 420

caccggcgcc ttccgcttcg cccgcggcta cgcccaggcc aggacgcaca ccctggacct 480

caagaccgga                                                        490

<210>16

<211>460

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(55)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″g″置换″t″″

<220>

<221>变异

<222>(59)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(133)..(134)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″ttc″置换″tc″″

<220>

<221>变异

<222>(162)..(163)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″tgtc″置换″tc″″

<220>

<221>变异

<222>(247)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(319)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″c″置换″g″″

<400>16

tggcatcttt gcatgttgag ctttaagatg tagtgggctt taactttata gaaatatagg 60

attaattcct atagaatgtc atgatgcagg atgtcattaa taatcctcca agctgttccc 120

ttttaacttt tttccctgtt acttgaaact tgactaagga ttctcttcgt attaatgtgg 180

attgtgtcac tgaccatatg gttgtatctt tctttcagcg cttcgctggg acttggaatg 240

tttgttgttt ttcagtgctt tcatggccat ggaactcaga atgtctccaa cgtgcaaatt 300

cttggttgtg atctagaaga tggttatttg tttgaaacaa tggaagcact tgatgttccc 360

ttagcatata cacttgtgag cttgtgttga tagaattgta aagcttacat atgttttagt 420

tctactatta ttttgaagag ggaaatgtgc agctggatgc                       460

<210>17

<211>314

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(163)

<223>/栽培品种＝″ksh，tgr，mnk，yma，hez，akk，hnh，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<400>17

ttgaatcggt tgcaggagag ggcggtggcg atggcggagt tggttgggcc gcgggtgtac 60

agctgctgct gctgccattg ccggaaccac gtctgcactc cacgacgaca tcatctccaa 120

ggcctttcag gtgaagaaga acttgagttc ttggggattt gtggggctga ttgctcaagt 180

gacaaatact aatcttaggt catgtactga caatctagat tgaattggat ttaatcacta 240

ggcttctgat gtgcgtagtg ccggattgat ttggtatatt atgctaaaga aggtaaaaac 300

atggcatagc cgca                                                   314

<210>18

<211>644

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(421)

<223>/栽培品种＝″ksh，krr，tgr，mnk，yma，hez，tkh，akk，

     ash，ank，mtb，hnh，hit，mmm，fom，或ssk″

     /注＝″用″c″ 置换″a″″

<400>18

cgaccccatg aagcttttgc ctctctcacg cttcttgcca cagccaaagt atgatgctag 60

cctaatttat agcttactgt ttccggtgtt aaatttgctt gtagattcgg gttcacgtgc 120

aaacttgaat tgataacacc atgtcatgcc aactgctatc tttctcccaa caagtatttc 180

taaaactcaa ttgaacattg ataattctca agaaagctaa taagtgttac aaatactagc 240

agctctaaga aatatattca aattctaatg tatgcctatt aagcccaaag attccactat 300

tgtagtctgc attgtttgga attaattgat gaatctactg caggttctga ctacagaaat 360

agtgcagctt ctctgtccta tatgactata cgaaatgtta caagcaaagc atgaggaatg 420

aatataaaaa actaaacaaa tagtgaaata tctatctaat taacaccaag gagttgcgta 480

actctgtttg ccttctctgc aggggccaaa gtcaaggagg gggcagaggt ggtggccgtg 540

gtggtggaag aggcggtttc cgtggccgtg gtggtggtgg cttccgtgga agaggtgcgc 600

caaggggccg tggtggacct cctaggggtg gaggtcgtgg attt                  644

<210>19

<211>549

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>misc_feature

<222>(3)

<223>n＝a，t，g，或c

<220>

<221>变异

<222>(172)

<223>/栽培品种＝″hts，mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，yma，

     ksh，akk，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，don，knh，

     或ssk″

     /注＝″用″g″置换″t″″

<220>

<221>变异

<222>(178)

<223>/栽培品种＝″hts，mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，yma，

     ksh，akk，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，don，knh，

     或ssk″

     /注＝″″g″缺失″

<220>

<221>变异

<222>(285)..(286)

<223>/栽培品种＝″hts，mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，yma，

     ksh，akk，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，don，knh，

     或ssk″

     /注＝″用″c″置换″ct″″

<220>

<221>变异

<222>(298)

<223>/栽培品种＝″hts，mth，yki，krr，tgr，ghm，mnk，yma，

     ksh，akk，ank，mtb，hnh，ymt，hit，mmm，don，knh，

     或ssk″

     /注＝″用″c″置换″t″″

<400>19

atntccccct atcggatcgg tcatggagat gctactgcca ccaccgatga actcctctcc 60

cagtcgcggc gaatcaagcg accccgatga aaaatcgagc tccccggcga cggatcgacc 120

tgccacgatg gcggattgag cggctcacct ctcctcaccg gatccagcca gtgtcgtggc 180

catcttcgag ctcgagctgc atgcctccgt gcgacagcgg cggtggatcg gacaagggtg 240

acgcggatct gtcggcctcc accccagatg agcgattttc cactctaccg gattgagtgt 300

atatttggct ttgtctttta tctgactgga tttctcttct ttttcttctt aattaggatt 360

caattgttct taccataaag atgtttttag gcccgatttg gttaggtttt gggggaattt 420

gggttaaact ctatcggttt tctataggag agacggggat agattcggtc ggtttcttta 480

ggagggacgg acagaggaag tgcggagggc ggaggggatc gtgaacaaag gggacgctcc 540

accaaaata                                                         549

<210>20

<211>900

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(141)

<223>/栽培品种＝″yki，krr，或ghm″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<400>20

gctagcttgg ccagcagtac gtgagtctga cgatgcatgc atggatgacc ctgctaatta 60

attatacttc ctccatactc atagaaaaag tcctttagaa caatatttaa atcaaacatt 120

taaaatataa atcatgaata actcttaaat tgttgagttt aaaaatgtaa aaattatatg 180

aatagatttg tcttgaaaaa tactttcata aaagtgcaca tatattactt ttcaataaat 240

atttttatag aaaaaagaag tcaaaattgt gttttgtaaa ccgtgtcgct gtccaaaacg 300

acttccttta cgagtatcaa ccaatcgaat tgccctccct ctcaaaagtc aacctcctcc 360

aaattaaagg catgcaagac gccaaaggcg gcagatctgt attcttcccg tggacggtgt 420

gcgcatgcat gcgtacaaac tttttttttt gttggatttg gtacgagcgt agctgataaa 480

gatagctagc tcatcagctt ccttcacaga atcacaagaa ctagtggcat atgaatccta 540

catacttcta tccaattcga tcgatcattc accttgtgcc tatgcaatag gcaatatctg 600

agctagcgaa cacagtaact ctcccctccc ccctcctcac gcgccgatca taaattaata 660

ctccctccgt aatgtatgac gccgttaact ttttaagatg cgtttgatcg ttcatcttat 720

ataaaaaaat atataatttt tattatttat ttaaagtatg atttaactat tatatttgta 780

tttgcacaaa aatttgaata agataaatag tcaaacatcg atcaaaaagt caacggcatc 840

atacattaaa aaataaaggt agtattcaat attttgtaaa atattgatcg gacttgtaaa 900

<210>21

<211>960

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(480)

<223>/栽培品种＝″mth，ghm，hez，或don″

     /注＝″用″c″置换″t″″

<400>21

aacagtcctt gtatgcactg aacgtactgg tgcggcttgc ttgggcaatc gtcaacggtc 60

aagacgtact aaagagtgga ttaacaaaat gaatgtttta ctaactgtat agtgaacaca 120

agcgggcacc tatagtcgta acgaccgccg ccaaattgcc cagttgcgta cgcgagaatc 180

gatcgatcga gccgatccga tcagctagaa tattcgaacg gaataaagag aacatctcca 240

tgtcctgata cgtgtgtaca cacacgtacg tacgtgtata cgtatacgcg cgtgtgtatg 300

tgtacatatg tatatatata tatatatata catatacata tgtatgtatg tatatatata 360

tatacatatg tatgtatgta tgtatatata tatacatatg tatgtatgta tgtatatata 420

tatatacata tgtatgtgac ggagctcgtg gctcctcacc gggagaccgc gcaggcccct 480

ctttgccggt tcggccgggg gcttagggtg agatctcaag ctctctctct ctgtgtgtgg 540

aaagatcgtc tgctagcaag aaacgcgaga caccggcgat gtatacaggt tcgggccgct 600

gagaagcgta ataccctact cctgtgtttt ggtggatctg tgtatgaatg agctacaaag 660

tgtgagccca cctctccccc gttctaagct ctgaatctgg caagaatcaa ccaacccctt 720

ctctatgggc aaggtcctcc ttttatactt caaggggata ccacatgcac ccttcccttt 780

ccaaactgga cttttcttct ctttatgaac ggagattggt atggttgccg tccgaatgac 840

acttcgatgg gacagcccac acctacctcc actcccggcg gagacgggcg caacgtggga 900

tcgtggctgc ccgttgctga cgcgaccagt gtcagaccgg tcattcttgt ccaccacgcg 960

<210>22

<211>900

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(175)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(197)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(231)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(272)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″″t″缺失″

<220>

<221>变异

<222>(285)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″t″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(346)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(381)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<220>

<221>变异

<222>(384)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<220>

<221>变异

<222>(481)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″c″置换″t″″

<220>

<221>变异

<222>(500)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<220>

<221>变异

<222>(585)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″c″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(613)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″c″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(676)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<220>

<221>变异

<222>(688)..(689)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″tgg″置换″tg″″

<220>

<221>变异

<222>(722)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(749)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(754)

<223>/栽培品种＝″krr，tgr，ghm，mnk，yma，ksh，akk，ymt，

     hit，mmm，fom，don，或knh″

     /注＝″用″c″置换″t″″

<400>22

gatgacttct actccctccg tcccctaata taagggattt tgacattttg ctttccttgt 60

ttgaccactc gttttatatt ttttgtaaat ataaaaaata aaaagttgtg cttaaagtac 120

tctggataat aaagtaagtc acaaataaaa taaataataa tttcaaaatt ttctgaataa 180

gacgaatggt caaacagtgc aagtaaaatg tcaaaatccc ttatattaag ggacggaggg 240

agtatgtatt acctccaaaa tatagtaact ttaagacgag attagatacc acgaaaatat 300

attcttaact ctatgtatta ggttgttata tttttttaac agagagtagt atcaattcaa 360

agtggattaa ttactctttc cgtcttaaag tataataact tctaagattc aaaatttatc 420

cccaaacaaa caacttttca cctacatttc attctcaatc gactacaatc ttccactcca 480

tatattttat tttctctacc aatcacattc tttttcattt aacttcacac tctctcttaa 540

aacttttata ttttgatacg gaggtagtac aaaatttctg atcggttgat gtgcagtggc 600

aaaagagctc atgagacatt ccactgcaca gacaatctgg gccttcttac atggactggc 660

acaatttaac atattccaag ctgtgcctgg tggatgtagg gatgcaagta ggtcaacccg 720

taaatccact tatatgcaaa ataagtagat atttacgggt ttaccttact aatttggttt 780

ataaatgggt ttatgggtcg acccatttgc atctctaggt gcgataagtc aagccacgac 840

atgaaaatgg gttaccactt atttgacgta taagtagatt ggcgggtccg tttaattgca 900

<210>23

<211>960

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(131)

<223>/栽培品种＝″mth，tgr，mnk，tkh，ash，mtb，hnh，hit，

     mmm，don，或ssk″

     /注＝″用″c″置换″g″″

<400>23

aatctgatat ttcttctggt tcaaatgata attgacacaa gtgtgccatt ttgcaaaaac 60

cataccttta atttcatttt atggtacgta tgccaagtaa aacttgtgaa ctacactatt 120

tagttgctta gtcataaaga actcaagtat tctttttttg aggaaaagcc ttagaagagg 180

acagggagag cctgttttca ttaaagaaga agagacttgg cccagttttt gaggggaaac 240

caggcccaaa aacctcagaa ctcaagtatt ctattatatg aaacttaata aactgcgtca 300

aagctgtggt cttcttttct gttgttgcac atcgcaagtt taagcctgaa atatgttatt 360

tttccatgtt gcccatttct caataatgga agctttatta aaactcagtc aaatacaaca 420

agatgataca ttctaattga gcccactccc gacctctgca agaaatgcac acagccacaa 480

aacatgacct atctagaccc ccattgcctt cttcatgctc ttaatttctg taacatactg 540

ttcacctgtc tggctatctg ggatttttca aggtgtacac ctacggtcat tttgatggaa 600

ggtgaagggg aattacctca actgaacaga ggatgctggt tatacagaac tactaacatc 660

gtaagaacat tctatgattc tgatgcagac atacagtaca gttttaatct aatcaaggag 720

gacgccatat gtgggacacc gcagcgaagt gtaaggagtc ctagaacatc taccttagga 780

gttaagaaga atctatgaga ttgtatgtat aaacatcagg tttctgcaaa tactcttatc 840

taaattccta atgcctgtat tgcaaataca tactttcagt tcgcattaaa gtgtgatagt 900

atgtatgtca cctttgttct caggtagctt ggcaaaatgg caggtcagac ggatcaagct 960

<210>24

<211>723

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(236)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(244)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″g″置换″t″″

<220>

<221>变异

<222>(318)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″g″置换″t″″

<220>

<221>变异

<222>(322)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(396)..(397)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″ttc″置换″tc″″

<220>

<221>变异

<222>(425)..(426)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″tgtc″置换″tc″″

<220>

<221>变异

<222>(510)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(582)

<223>/栽培品种＝″krr，ghm，ksh，tkh，ymt，hit，mmm，fom，

     don，或knh″

     /注＝″用″c″置换″g″″

<400>24

gagatatatt gcaatatttt gagaattatg tgaaatgatg atttaacgtg cttggatttt 60

tgtaagctct aaaattttaa gtgaggataa actatataag catataggat attataaaaa 120

gtgaaggaga ggtatattga aatattatgt ggattatgtg ggatgataat ttaattaaca 180

tgcttgcatt ttaaagttct aaaacttaat aaattagcat gcttgcatga gatttaagat 240

gtattaaatg ttagtggatg atgtggcatc tttgcatgtt gagctttaag atgtagtggg 300

ctttaacttt atagaaatat aggattaatt cctatagaat gtcatgatgc aggatgtcat 360

taataatcct ccaagctgtt cccttttaac ttttttccct gttacttgaa acttgactaa 420

ggattctctt cgtattaatg tggattgtgt cactgaccat atggttgtat ctttctttca 480

gcgcttcgct gggacttgga atgtttgttg tttttcagtg ctttcatggc catggaactc 540

agaatgtctc caacgtgcaa attcttggtt gtgatctaga agatggttat ttgtttgaaa 600

caatggaagc acttgatgtt cccttagcat atacacttgt gagcttgtgt tgatagaatt 660

gtaaagctta catatgtttt agttctacta ttattttgaa gagggaaatg tgcagctgga 720

tgc                                                               723

<210>25

<211>799

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(134)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<220>

<221>变异

<222>(153)..(154)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″at″置换″gg″″

<220>

<221>变异

<222>(181)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″c″置换″t″″

<220>

<221>变异

<222>(197)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(216)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<220>

<221>变异

<222>(248)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<220>

<221>变异

<222>(269)

<223>/栽培品种＝″krr″

      /注＝″用″a″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(271)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(310)..(311)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″at″置换″gc″″

<220>

<221>变异

<222>(322)..(323)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″ctctcc″置换″cc″″

<220>

<221>变异

<222>(402)

<223>/栽培品种＝″krr″

      /注＝″用″c″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(445)..(446)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″ggt″置换″gt″″

<220>

<221>变异

<222>(559)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″c″置换″a″″

<400>25

aaattcggaa tggctagctg ttgagagtca ttaactccat ccatgtgatg ggtaacacct 60

actctactct acagtataat actagtgtgg tactgatacg gtgattatat gctgtactat 120

cattatacta ctgcggccct gtttggttct atggactaat gtttagctct cacattttaa 180

ttttaaatta gccctcaaga atccaaacag gtgggctaat tttgagctaa tgtgaattag 240

cccccctcaa aatattagcc cctccaaggg atgctaatag ggttaatttt gtgtggggat 300

catcaaaaag cagctctctc tcctctcttt ctactctctc caacttttag ccttgaatta 360

gcccatggat ccaaatatac caccctaggc taatgtttag catattaatt tatgactaaa 420

cattagctct taaaattagc cctggttaat cttaccaaca gagcctcgtt gtgttacttg 480

tgcacgcgat gcacggacag tttcattctc tgtcttcaaa ggcttgaagc cggcaacata 540

tcgttttcat agacagctat tgtaccacaa cggtagtacc ctacttctcc atttctcact 600

cagcttcgtc tttaacaaca ccgttgtacc atgcttacca tttgcctctc tatgaaaata 660

aaaacatcat ttcgattttc aaaaatatag ctcaactggt ttcaactcaa ctgtctaatt 720

aggcgatgta catatcaaca tcggaacgtc tataataact tcttaaatct caaaatatat 780

tggttgaatc atcggaggt                                              799

<210>26

<211>709

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(92)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，ghm，yma，hez，ksh，tkh，akk，

     ank，mtb，ymt，hit，mmm，fom，don，knh，或ssk″

     /注＝″用″c″置换″g″″

<400>26

attttcagaa cagtcatcat agacatgcca atttactaca agcgaagact ggagaggtta 60

ggattcaaat agttaataat taactttttt tggaatcagt atgctatata tagttaaact 120

ttaggagaaa gaacattgtt gatatgaaga cactattgct ctaaatatga acaacacaca 180

caataaatct aagttcggtg tactgaacta tcaggtatgg acctatattc aaaactaaca 240

taggaggcca gcacgtggtc atatcccttg atcccgaggt gaaccagttc atatttcaac 300

aagaggggaa gttgttccaa tcctggtttc cagaaaccac actaaacatc tttggaaaga 360

agacactcac cacgtataat agaactgctc acaagttgat ccggagcttc gtatgcaagc 420

tctatggccc tgaaaacgtg aaaaaatcac tcctgccaga actagagaac tccatgaggg 480

aaagcttggc gtcatggata ggaaaaccta gtgtcgaggt gaatgatggc gtgtcaaatg 540

taagttaaca tctgcatttc tacataagta ttcacaattg cacagtgctc ataaaatcat 600

catgatgttt tactatgatt aatttctatt gtgcagatga tcttcggcct agctgccaaa 660

cattgattgg cctcgacatc accattcagg agattgaaaa agacttcag             709

<210>27

<211>900

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(743)

<223>/栽培品种＝″krr″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<400>27

cacacatcaa gcacgatcgg aaacgttgta ctgtatctcc cgcataatga ttatggagtt 60

ggcactcgag atcaagatat cagaatagta tatttttctg ttttcaattc ttcctctcca 120

cagagctctt cctagcctcg gcttgtgaga gtaagcgcgc ctcccagcca actaagaatt 180

tgtcggcctt cgcaatggtt ggttgcaggt ctgctgttct caacttttgg attgacaaag 240

gaagacctaa ttaggacatt agcagggatt cctgtttgca ttgcagagtg tgaatcagct 300

gagactcttc ctccgctccc acatagatgc atatcattgt gctcttacta aagttgattt 360

gcagacttgt tgccctagaa aactcgtcta ggcaatgctt tagtggtgtt acataagcaa 420

tcgaagctcg tcaaataatc aatataacat tggcatactg cagagctgta cgaggtctct 480

gagggtacag atggtgtcca gagcagggtt tgctctaaga aggcattgga gcacatctgc 540

cggatgaaca agtaaggtga cataggatca ccttgacgta gccctctctt acaaccgatc 600

cacctgccca ggacttcatt gagaaggata gttgactttg aagtctgcta catgttgatc 660

acccaatgga tccaagtatc gggaatcctc ttgccctcat aatatctagc agactttccc 720

atcttatggt ttaggaggaa ttatatggtg tttgacaaat ttctaattaa atcttattgg 780

catatatttt tcagggaaat atattggttt tggttctaag cacaactaca aatgtgtgaa 840

aagtacaaga agctaaaaca tactgcatat caaaacttgg agtccacggc cataaatata 900

<210>28

<211>840

<212>DNA

<213>稻(Oryza sativa)

<220>

<221>变异

<222>(164)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，tgr，mnk，yma，hez，ksh，akk，

     hnh，hit，mmm，fom，或ssk″

     /注＝″用″c″置换″t″″

<220>

<221>变异

<222>(225)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，tgr，mnk，yma，hez，ksh，akk，

     hnh，hit，mmm，fom，或ssk″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(254)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，tgr，mnk，yma，hez，ksh，akk，

     hnh，hit，mmm，fom，或ssk″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<220>

<221>变异

<222>(261)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，tgr，mnk，yma，hez，ksh，akk，

     hnh，hit，mmm，fom，或ssk″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(268)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，tgr，mnk，yma，hez，ksh，akk，

     hnh，hit，mmm，fom，或ssk″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(296)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，tgr，mnk，yma，hez，ksh，akk，

     hnh，hit，mmm，fom，或sks″

     /注＝″用″c″置换″t″″

<220>

<221>变异

<222>(326)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，tgr，mnk，yma，hez，ksh，akk，

     hnh，hit，mmm，fom，或sks″

     /注＝″用″g″置换″a″″

<220>

<221>变异

<222>(552)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，tgr，mnk，yma，hez，ksh，akk，

     hnh，hit，mmm，fom，或ssk″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<220>

<221>变异

<222>(667)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，tgr，mnk，yma，hez，ksh，akk，

     hnh，hit，mmm，fom，或ssk″

     /注＝″用″t″置换″c″″

<220>

<221>变异

<222>(728)

<223>/栽培品种＝″mth，krr，tgr，mnk，yma，hez，ksh，akk，

     hnh，hit，mmm，fom，或ssk″

     /注＝″用″a″置换″g″″

<400>28

ttgaataaac catggaaaat tattacacat ataatacatt agcgaccaaa ttgtttcgcc 60

cctaactaga tgatgccccg cgctttgctg cgggatatat gttagatact ggagaaatga 120

acaaatgatt tggattaaaa tattatgaaa atggtttgag aattagtatg tttagttttg 180

gaatgaagta aattgtagat ataattacta tatgcttgca tgttaaactt tgtgtgctta 240

atgggttgat gtggcatgct acatgtaagt tttaggagtg ctaataaata ctatgtttat 300

atgttgagct ttaggtgttt agtggacatt agctttatag aaagaagaga tccctttcct 360

ttttcaggtg attttctgtc cagtccacct cttttcatct ttttttggta taataactct 420

cgtggacgag aatttagagt atttaccatc caattcgtgt gcctcaactt ttttacactc 480

aatccgtatg ccctctataa tactccgtat gacattagga ctgctaacta gtctatttgg 540

taccactttc tcagtttttg atgtatttct catttcttaa ctcaatttgt atttctttta 600

tggcattgtg gacaattttg cccctaggcc cactgtaaga tcaaaggaag attgtcgtag 660

gctctccgga ccttccatta tatttgagag ataaagtgaa taattcaagt catcaaacaa 720

gcataatgaa acatccgacg cctcgagaga gaaatattgg agacattgct ggacctttag 780

cctgccagtc aacttcagcc taaaatgtgc tcgtcaaacc actcgaaggc ggcgaccaga 840

<210>29

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>29

gcaattgcca ctggaagaat                                                  20

<210>30

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>30

taagttgggg aatgcgatgt                                                  20

<210>31

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>31

tctgctgcct ctgcacatac                                                  20

<210>32

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>32

aaaaacgaca ccacatcagc a                                                21

<210>33

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>33

ggggcgctcc ttcaaaactt                                                  20

<210>34

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>34

ggtttggcac accacaatgg                                                  20

<210>35

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>35

tgcaatgtgc cattccatag                                                  20

<210>36

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>36

tatgacaagg tgggccctaa                                                  20

<210>37

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>37

cgccacagaa cggacaaaag                                                  20

<210>38

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>38

gaccaatcct ttgccgaagc                                                  20

<210>39

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>39

ccgatggcag cacaaatctt                                                  20

<210>40

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>40

tcagtttggc ttgggtgtcc                                                  20

<210>41

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>41

ccattggttg gtgtggctgt                                                  20

<210>42

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>42

tggtcgcggc tgataagcta                                                  20

<210>43

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>43

tgcgatggag ggagtattgg                                                  20

<210>44

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>44

tgcgagcgta caccgctagt                                                  20

<210>45

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>45

gcttgaggca cgtcaaaatg                                                  20

<210>46

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>46

ttccgtcgtt catgttggtc                                                  20

<210>47

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>47

cccacggaaa cagccaaaag                                                  20

<210>48

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>48

tgctgccatg caaagaatcg                                                  20

<210>49

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>49

attcgaacgg gggatccagt                                                  20

<210>50

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>50

agcggatcct gctgatgagg                                                  20

<210>51

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>51

gtgctgcaaa ggggagtatg                                                  20

<210>52

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>52

cgccaacctc gtaaatcaaa                                                  20

<210>53

<211>25

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>53

gaacctgagg accaagtgaa agagt                                            25

<210>54

<211>25

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>54

ctagagagga gagggagaag gagga                                            25

<210>55

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>55

ataccacagg tgctgcgtga                                                  20

<210>56

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>56

tgcgcaacta gggattttcc                                                  20

<210>57

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>57

ccttgtggtc acacttgcgg                                                  20

<210>58

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>58

cggtcttgag gtccagggtg                                                  20

<210>59

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>59

tggcatcttt gcatgttgag c                                                21

<210>60

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>60

gcatccagct gcacatttcc                                                  20

<210>61

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>61

gaatcggttg caggagaggg                                                  20

<210>62

<211>22

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>62

gcggctatgc catgttttta cc                                               22

<210>63

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>63

cgaccccatg aagcttttgc                                                  20

<210>64

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>64

aaatccacga cctccacccc t                                                21

<210>65

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>65

ctccctccgc tcccagaaat                                                  20

<210>66

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>66

attttggtgg agcgtcccct                                                  20

<210>67

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>67

gcatggatga ccctgctaat                                                  20

<210>68

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>68

tgatgccgtt gactttttga                                                  20

<210>69

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>69

cttgcttggg caatcgtcaa                                                  20

<210>70

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>70

gttgctgacg cgaccagtgt                                                  20

<210>71

<211>22

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>71

gctttccttg tttgaccact cg                                               22

<210>72

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>72

ccattttcat gtcgtggctt g                                               21

<210>73

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>73

acacaagtgt gccattttgc                                                  20

<210>74

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>74

tgccaagcta cctgagaaca                                                  20

<210>75

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>75

cgtgcttgga tttttgtaag c                                                21

<210>76

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>76

gcatccagct gcacatttcc                                                  20

<210>77

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>77

aaattcggaa tggctagctg                                                  20

<210>78

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>78

acctccgatg attcaaccaa                                                  20

<210>79

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>79

caagcgaaga ctggagaggt t                                                21

<210>80

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>80

acgtgctggc ctcctatgtt                                                  20

<210>81

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>81

atcaagcacg atcggaaacg                                                  20

<210>82

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>82

atggccgtgg actccaagtt                                                  20

<210>83

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>83

gaccaaattg tttcgcccct a                                                21

<210>84

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>84

gccttcgagt ggtttgacga                                                  20

<210>85

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>85

aggtcgacac ttcggccgtt                                                  20

<210>86

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>86

gaacagctgt aataagactg a                                                21

<210>87

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>87

gatgcctgca aagtcccgac                                                  20

<210>88

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>88

cgcaaaccat caacttacaa                                                  20

<210>89

<211>22

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>89

cgattggcag ataaagttgg at                                               22

<210>90

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>90

tggctagaag tagatgctgc                                                  20

<210>91

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>91

aaacaggtga gggaaagatg                                                  20

<210>92

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>92

gactgaaaag ttgtgtgtgt                                                  20

<210>93

<211>25

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>93

catgaaatta ttacagaact acaga                                            25

<210>94

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>94

agcacctccc cctcctctaa                                                  20

<210>95

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>95

ggaactagcc cgtgacgctc                                                  20

<210>96

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>96

gagagtcgag atgatccaaa                                                  20

<210>97

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>97

cagctatagc ctagcttgga                                                  20

<210>98

<211>23

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>98

gaagacagct tctgcttgtt tgt                                              23

<210>99

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>99

aacgtcatgg acgatccgct                                                  20

<210>100

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>100

gccatgaaag cactgaaaaa                                                  20

<210>101

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>101

ttgagttctt ggggatttgt                                                  20

<210>102

<211>25

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>102

tgttacaagc aaagcatgag gaatg                                            25

<210>103

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>103

agctcgagct cgaagatggc                                                  20

<210>104

<211>28

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>104

caaacattta aaatataaat catgaata                                         28

<210>105

<211>25

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>105

taagcccccg gccgaaccgg caaag                                            25

<210>106

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>106

gactacaatc ttccactcca                                                  20

<210>107

<211>26

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>107

tgtgaactac actatttagt tgctta                                           26

<210>108

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>108

ctgggacttg gaatgtttgt t                                                21

<210>109

<211>22

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>109

gctaatgtga attagccccc ct                                               22

<210>110

<211>28

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>110

agtttaacta tatatagcat actgattc                                         28

<210>111

<211>23

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>111

catcttatgg tttaggagga att                                              23

<210>112

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>112

gtctatttgg taccactttc t                                                21

<210>113

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>113

accgggtagg gaaacaaaac                                                  20

<210>114

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<223>人工序列的描述：人工合成的引物序列

<400>114

aataatactt cggcgcatcg                                                  20

Claims (19)

1.鉴别水稻品种的方法，包括下列步骤(a)和(b)：

(a)确定在根据水稻基因组的任何下列(1)-(28)的位置的核苷酸类型，或确定互补链上与该位置核苷酸组成碱基对的核苷酸的类型：

(1)SEQ ID NO：1的核苷酸序列的593位，

(2)SEQ ID NO：2的核苷酸序列的304位，

(3)SEQ ID NO：3的核苷酸序列的450位，

(4)SEQ ID NO：4的核苷酸序列的377位，

(5)SEQ ID NO：5的核苷酸序列的163位，

(6)SEQ ID NO：6的核苷酸序列的624位，

(7)SEQ ID NO：7的核苷酸序列的534位，

(8)SEQ ID NO：8的核苷酸序列的358位，

(9)SEQ ID NO：9的核苷酸序列的475位，

(10)SEQ ID NO：10的核苷酸序列的323位，

(11)SEQ ID NO：11的核苷酸序列的612位，

(12)SEQ ID NO：12的核苷酸序列的765位，

(13)SEQ ID NO：13的核苷酸序列的571位，

(14)SEQ ID NO：14的核苷酸序列的660位，

(15)SEQ ID NO：15的核苷酸序列的223位，

(16)SEQ ID NO：16的核苷酸序列的247位，

(17)SEQ ID NO：17的核苷酸序列的163位，

(18)SEQ ID NO：18的核苷酸序列的421位，

(19)SEQ ID NO：19的核苷酸序列的178位，

(20)SEQ ID NO：20的核苷酸序列的141位，

(21)SEQ ID NO：21的核苷酸序列的480位，

(22)SEQ ID NO：22的核苷酸序列的481位，

(23)SEQ ID NO：23的核苷酸序列的131位，

(24)SEQ ID NO：24的核苷酸序列的510位，

(25)SEQ ID NO：25的核苷酸序列的248位，

(26)SEQ ID NO：26的核苷酸序列的92位，

(27)SEQ ID NO：27的核苷酸序列的743位，和

(28)SEQ ID NO：28的核苷酸序列的552位，以及

(b)使步骤(a)中确定的核苷酸类型与水稻的品种相关。

2.权利要求1的方法，其中通过利用以水稻基因组中任何下列(1)-(28)的突变为特征的多态性标记鉴别核苷酸的类型：

(1)SEQ ID NO：1的核苷酸序列中593位的核苷酸是T，

(2)SEQ ID NO：2的核苷酸序列中304位的核苷酸是T，

(3)SEQ ID NO：3的核苷酸序列中450位的核苷酸是A，

(4)SEQ ID NO：4的核苷酸序列中377位的核苷酸是C，

(5)SEQ ID NO：5的核苷酸序列中163位的核苷酸是C，

(6)SEQ ID NO：6的核苷酸序列中624位的核苷酸是C，

(7)SEQ ID NO：7的核苷酸序列中534位的核苷酸是C，

(8)SEQ ID NO：8的核苷酸序列中358位的核苷酸是G，

(9)SEQ ID NO：9的核苷酸序列中475位的核苷酸是G，

(10)SEQ ID NO：10的核苷酸序列中323位的核苷酸是A，

(11)SEQ ID NO：11的核苷酸序列中612位的核苷酸是A，

(12)SEQ ID NO：12的核苷酸序列中765位的核苷酸是T，

(13)SEQ ID NO：13的核苷酸序列中571位的核苷酸是T，

(14)SEQ ID NO：14的核苷酸序列中660位的核苷酸是G，

(15)SEQ ID NO：15的核苷酸序列中223位的核苷酸是A，

(16)SEQ ID NO：16的核苷酸序列中247位的核苷酸是A，

(17)SEQ ID NO：17的核苷酸序列中163位的核苷酸是A，

(18)SEQ ID NO：18的核苷酸序列中421位的核苷酸是C，

(19)SEQ ID NO：19的核苷酸序列中178位的核苷酸是G，

(20)SEQ ID NO：20的核苷酸序列中141位的核苷酸是G，

(21)SEQ ID NO：21的核苷酸序列中480位的核苷酸是C，

(22)SEQ ID NO：22的核苷酸序列中481位的核苷酸是C，

(23)SEQ ID NO：23的核苷酸序列中131位的核苷酸是C，

(24)SEQ ID NO：24的核苷酸序列中510位的核苷酸是A，

(25)SEQ ID NO：25的核苷酸序列中248位的核苷酸是T，

(26)SEQ ID NO：26的核苷酸序列中92位的核苷酸是C，

(27)SEQ ID NO：27的核苷酸序列中743位的核苷酸是G，以及

(28)SEQ ID NO：28的核苷酸序列中552位的核苷酸是T。

3.权利要求1或2的方法，包括下列步骤(a)-(c)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括在权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置的核苷酸组成碱基对之核苷酸的DNA，以及

(c)确定所扩增的DNA的核苷酸序列。

4.权利要求1或2的方法，包括下列步骤(a)-(d)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)用限制酶消化所制备的DNA，

(c)按大小分离DNA片段，以及

(d)与对照比较所检测DNA片段的大小。

5.权利要求1或2的方法，包括下列步骤(a)-(e)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括在权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置的核苷酸组成碱基对之核苷酸的DNA，

(c)用限制酶消化所扩增的DNA，

(d)按大小分离DNA片段，以及

(e)与对照比较所检测DNA片段的大小。

6.权利要求1或2的方法，包括下列步骤(a)-(e)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括在权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置的核苷酸组成碱基对之核苷酸的DNA，

(c)使所扩增的DNA变性为单链的DNAs，

(d)在非变性的凝胶上分离变性的单链DNA，以及

(e)与对照比较凝胶上所分离的单链DNA的迁移率。

7.权利要求1或2的方法，包括下列步骤(a)-(f)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)合成用报告荧光染料和淬灭荧光染料标记的两个不同寡核苷酸探针，其中该寡核苷酸与包括权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置的核苷酸组成碱基对的核苷酸之近侧的核苷酸序列是互补的，

(c)将步骤(a)中制备的DNA与步骤(b)中合成的探针杂交，

(d)扩增包括权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置的核苷酸组成碱基对之核苷酸的DNA，

(e)检测报告荧光的发射，以及

(f)与对照比较步骤(e)中所检测的报告荧光的发射。

8.权利要求1或2的方法，包括下列步骤(a)-(h)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)合成探针，其中与包括权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置的核苷酸组成碱基对之核苷酸的3′-侧的核苷酸序列互补的序列，与完全无关的序列组合，

(c)合成与包括权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置的核苷酸组成碱基对之核苷酸的5′-侧的区域互补的探针，

(d)将步骤(c)中合成的探针与步骤(a)中制备的DNA杂交，

(e)用单链DNA切割酶消化步骤(d)中的杂交DNA，并且解离步骤(b)中合成的探针部分，

(f)将步骤(e)中解离的探针与用于检测的探针杂交，

(g)酶促消化步骤(f)中的杂交DNA，并且测量由此产生的荧光强度，以及

(h)与对照比较步骤(g)中所测量的荧光强度。

9.权利要求1或2的方法，包括下列步骤(a)-(f)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中与该位置核苷酸组成碱基对的核苷酸的DNA，

(c)使扩增的DNA变性为单链的DNAs，

(d)从变性的单链DNAs只分离一个链，

(e)从邻近权利要求1的(1)-(28)的任何位置，或互补链中的与该位置核苷酸组成碱基对的核苷酸进行延伸反应，其中由此反应一次延伸一个核苷酸，然后酶促发光显示所产生的焦磷酸，并且测量发光强度，以及

(f)与对照比较步骤(e)中测量的荧光强度。

10.权利要求1或2的方法，包括下列步骤(a)-(f)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置核苷酸组成碱基对的核苷酸的DNA，

(c)合成探针，该探针与包括覆盖邻近于权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中与该位置核苷酸组成碱基对的核苷酸的序列之核苷酸序列互补，

(d)在存在荧光标记的核苷酸时，利用步骤(b)中扩增的DNA作为模板以及步骤(c)中合成的引物进行单个核苷酸延伸反应，

(e)测量荧光偏振，以及

(f)与对照比较步骤(e)中测量的荧光偏振。

11.权利要求1或2的方法，包括下列步骤(a)-(f)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置的核苷酸组成碱基对之核苷酸的DNA，

(c)合成与核苷酸序列互补的引物，该核苷酸序列包括覆盖邻近于权利要求1的(1)至(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中与该位置核苷酸组成碱基对的核苷酸的序列，

(d)在存在荧光标记的核苷酸时，利用步骤(b)中扩增的DNA作为模板以及步骤(c)中合成的引物进行单个核苷酸延伸反应，

(e)利用测序仪确定步骤(d)的反应中所使用的核苷酸种类，以及

(f)与对照比较步骤(e)中所确定的核苷酸。

12.权利要求1或2方法，包括下列步骤(a)-(d)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置的核苷酸组成碱基对之核苷酸的DNA，

(c)利用质谱仪测量步骤(b)中扩增的DNA的分子量，以及

(d)与对照比较步骤(c)中测量的分子量。

13.权利要求1或2的方法，包括下列步骤(a)-(f)：

(a)从待测试水稻制备DNA，

(b)扩增包括权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置的核苷酸组成碱基对之核苷酸的DNA，

(c)提供固定核苷酸探针的基底，

(d)将步骤(b)中的DNA与步骤(c)中的基底接触，

(e)检测DNA和固定在基底上的核苷酸探针之间的杂交强度，以及

(f)与对照比较步骤(e)中检测的强度。

14.权利要求1-13的任何方法，进一步包括下列步骤(a)和(b)：

(a)在碱性水溶剂中破裂水稻种子，以及

(b)从步骤(a)中破裂的种子中提取水稻基因组DNA。

15.权利要求14的方法，其中水稻种子是精制的。

16.用于鉴别水稻品种的引物，其中引物是(a)用于扩增包括水稻基因组中权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置的核苷酸组成碱基对之核苷酸的DNA区域的寡核苷酸，或(b)包括与覆盖邻近于水稻基因组中权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置的核苷酸组成碱基对之核苷酸的序列互补的核苷酸序列的寡核苷酸。

17.用于鉴别水稻品种的寡核苷酸，其中该寡核苷酸与包括权利要求1的(1)-(28)的任何位置的核苷酸，或互补链中的与该位置核苷酸组成碱基对的核苷酸，包括至少15个核苷酸的DNA区域杂交。

18.用于鉴别水稻品种的试剂盒，包括权利要求16或17的寡核苷酸。

19.权利要求18的试剂盒，进一步包括碱性水溶剂。

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