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CN111902537A - Dnm2表达的调节剂 - Google Patents

Dnm2表达的调节剂 Download PDF

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CN111902537A
CN111902537A CN201980019294.3A CN201980019294A CN111902537A CN 111902537 A CN111902537 A CN 111902537A CN 201980019294 A CN201980019294 A CN 201980019294A CN 111902537 A CN111902537 A CN 111902537A
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CN
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seq
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CN201980019294.3A
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苏珊·M·弗赖尔
H-H·布维
S·F·默里
B·P·莫尼亚
郭淑玲
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Ionis Pharmaceuticals Inc
Original Assignee
Ionis Pharmaceuticals Inc
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Publication date
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Abstract

本申请提供了用于抑制DNM2表达的方法、化合物和组合物，其可用于治疗、预防或改善与DNM2相关的疾病。

Description

DNM2表达的调节剂
序列表
本申请与电子格式的序列表一起提交。序列表以标题为BIOL0322WOSEQ_ST25.txt的文件提供，该文件创建于2019年1月10日，大小为784kb。序列表的电子形式的信息通过引用整体并入本文。
技术领域
本申请提供了用于抑制DNM2表达的方法、化合物和组合物，其可用于治疗、预防或改善与DNM2相关的疾病。
背景技术
发动蛋白2(Dynamin 2，DNM2)是巨大的GTP酶，其参与膜转运和微管动力学(参见，例如Durieux等人，J Mol Med,88,339(2010))。DNM2中的突变与几种疾病有关，包括中央核肌病(CNM)和夏-马-图三氏病。DNM2也与杜氏肌营养不良有关(参见例如WO 2015/055859和WO 2016/170162)。CNM和CNM样肌病也与MTM1、BIN1、RYR1、TTN、CCDC78和MTMR14中的突变相关
发明概述
本文提供的某些实施方案涉及可用于抑制DNM2表达的有效且可耐受的化合物和组合物，其可用于治疗、预防、改善或减慢疾病如中央核肌病(CNM)、夏-马-图三氏病(CMT)和杜氏肌营养不良(DMD)的发展。本文提供的某些实施方案包括与DNM2核酸互补的修饰的寡核苷酸，其有效地降低了动物中DNM2的表达。
本发明的一个目的是包含长度为8至50个相连核苷的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列。本发明的另一个目的是包含长度为9至50个相连核苷的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的至少9个连续核碱基的核碱基序列。本发明的另一个目的是包含长度为10至50个相连核苷的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的至少10个连续核碱基的核碱基序列。本发明的另一个目的是包含长度为11至50个相连核苷的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的至少11个连续核碱基的核碱基序列。本发明的另一个目的是包含长度为12至50个相连核苷的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的至少12个、至少13个、至少14个或至少15个连续核碱基的核碱基序列。本发明的另一个目的是包含长度为16至50个相连核苷的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的核碱基序列。本发明的另一个目的是包含具有由SEQ ID NO：7-3134中任一个组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。本发明的另一个目的是包含长度为8至50个相连核苷的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸在SEQ ID NO：1的核碱基3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903内互补，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1至少85％、90％、95％或100％互补。本发明的另一个目的是包含长度为8至50个相连核苷的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有包含至少8个连续核碱基的部分的核碱基序列，所述至少8个连续核碱基的部分与SEQ ID NO：1的核碱基3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903的等长部分100％互补，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO：1至少85％、90％、95％或100％互补。本发明的另一个目的是包含长度为8至50个相连核苷的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸在SEQ ID NO：1的核碱基83,573-87,287或87,359-90,915内互补，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1至少85％、90％、95％或100％互补。本发明的另一个目的是包含与人DNM2 pre-mRNA的内含子1互补的修饰的寡核苷酸的化合物。本发明的另一个目的是包含与人DNM2 pre-mRNA的内含子11互补的修饰的寡核苷酸的化合物。本发明的另一个目的是包含与人DNM2 pre-mRNA的内含子12互补的修饰的寡核苷酸的化合物。本发明的另一个目的是包含与人DNM2 pre-mRNA的内含子13互补的修饰的寡核苷酸的化合物。本发明的另一个目的是包含与人DNM2 pre-mRNA的内含子14互补的修饰的寡核苷酸的化合物。本发明的另一个目的是包含与人DNM2 pre-mRNA或人DNM2 mRNA的外显子10互补的修饰的寡核苷酸的化合物。本发明的另一个目的是包含与人DNM2 pre-mRNA或人DNM2 mRNA的3’-UTR互补的修饰的寡核苷酸的化合物。本发明的另一个目的是包含长度为16至50个相连核苷的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列。本发明的另一个目的是包含具有由SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。本发明的另一个目的是包含具有包含SEQ ID NO：2879的核碱基序列的修饰的寡核苷酸的化合物。
本发明的另一个目的是包含长度为16至50个相连核苷的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由8-12个相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段(gap segment)；
由1-7个相连核苷组成的5’翼(wing)区段；和
由1-7个相连核苷组成的3’翼区段；
其中所述间隔区段位于5’翼区段和3’翼区段之间，并且其中每个末端翼核苷均包含修饰的糖。
本发明的另一个目的是包含长度为16个相连核苷的修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中所述的序列组成的核碱基序列，其中所述修饰的寡核苷酸包含
由10个相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段；
由3个相连核苷组成的5’翼区段；和
由3个相连核苷组成的3’翼区段；
其中间隔区段位于5’翼区段和3’翼区段之间；其中每个翼区段的每个核苷均包含cEt糖部分；其中每个核苷间连接均是硫代磷酸酯连接；并且其中每个胞嘧啶均是5-甲基胞嘧啶。
在一个实施方案中，寡核苷酸与SEQ ID NO：1、2、3或3135中任一个至少80％、85％、90％、95％或100％互补。在一个实施方案中，修饰的寡核苷酸包含至少一个修饰的核苷间连接。在一个实施方案中，至少一个修饰的核苷间连接是硫代磷酸酯核苷间连接。在一个实施方案中，修饰的寡核苷酸包含至少一个二环糖。在一个实施方案中，所述至少一个二环糖选自LNA、ENA和cEt。在一个实施方案中，所述至少一个二环糖部分是cEt糖部分。
在一个实施方案中，修饰的寡核苷酸包含至少一个5-甲基胞嘧啶。在一个实施方案中，修饰的寡核苷酸包含：
由相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段；
由相连核苷组成的5’翼区段；和
由相连核苷组成的3’翼区段；
其中间隔区段紧邻5’翼区段和3’翼区段并位于其间，并且其中每个翼区段的每个核苷均包含修饰的糖部分。
在一个实施方案中，化合物是单链的。在一个实施方案中，化合物是双链的。
在一个实施方案中，化合物包含至少一个未修饰的核糖基糖部分。在一个实施方案中，化合物包含至少一个未修饰的2’-脱氧核糖基糖部分。
在一个实施方案中，修饰的寡核苷酸由10至30个相连核苷组成。在一个实施方案中，修饰的寡核苷酸由12至30个相连核苷组成。在一个实施方案中，修饰的寡核苷酸由15至30个相连核苷组成。在一个实施方案中，修饰的寡核苷酸由16至20个相连核苷组成。
本发明的另一个目的是包含根据下式的修饰的寡核苷酸的化合物：Gks Tks TksTds Ads Tds Tds Ads Tds Ads Gds Gds Gds mCks Tks Tk；其中，
A＝腺嘌呤，
mC＝5-甲基胞嘧啶，
G＝鸟嘌呤，
T＝胸腺嘧啶，
k＝cEt糖部分，
d＝2’-脱氧核糖基糖部分，且
s＝硫代磷酸酯核苷间连接。
在一个实施方案中，本发明的化合物包含缀合基团(conjugate group)。在一个实施方案中，本发明的化合物由修饰的寡核苷酸和缀合基团组成。
本发明的另一个目的是根据下式的化合物或其盐：
Figure BDA0002681875390000051
[SEQ ID NO：2879]。
在一个实施方案中，化合物由修饰的寡核苷酸组成。
本发明进一步涉及由本文所述的任何一种化合物的药学上可接受的盐形式组成的化合物。在一个实施方案中，药学上可接受的盐是钠盐。在一个实施方案中，药学上可接受的盐是钾盐。
本发明还涉及药物组合物，其包含本文所述的化合物和至少一种药学上可接受的载体或稀释剂。
本发明进一步涉及本文化合物的手性富集群体，其中该群体富集了包含至少一个具有特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间连接的修饰的寡核苷酸。在一个实施方案中，该群体富集了包含至少一个具有(Sp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间连接的修饰的寡核苷酸。在一个实施方案中，该群体富集了包含至少一个具有(RP)构型的特定硫代磷酸酯核苷间连接的修饰的寡核苷酸。在一个实施方案中，该群体富集了在每个硫代磷酸酯核苷间连接上具有特定的、独立选择的立体化学构型的修饰的寡核苷酸。在一个实施方案中，该群体富集了在每个硫代磷酸酯核苷间连接上具有(Sp)构型的修饰的寡核苷酸。在一个实施方案中，该群体富集了在每个硫代磷酸酯核苷间连接上具有(Rp)构型的修饰的寡核苷酸。在一个实施方案中，该群体富集了在一个特定硫代磷酸酯核苷间连接上具有(Rp)构型并在剩余的每个硫代磷酸酯核苷间连接上具有(Sp)构型的经修饰的寡核苷酸。在一个实施方案中，该群体富集了在5’至3’方向上具有Sp、Sp和Rp构型的至少3个连续硫代磷酸酯核苷间连接的修饰的寡核苷酸。在一个实施方案中，修饰的寡核苷酸的所有硫代磷酸酯核苷间连接都是立体随机的(stereorandom)。
本发明进一步涉及药物组合物，其包含本文所述的化合物的群体和至少一种药学上可接受的稀释剂或载体。
本发明还涉及本文所述的化合物，包含所述化合物和至少一种药学上可接受的载体或稀释剂的药物组合物，或包含本文所述的化合物的群体和至少一种药学上可接受的载体或稀释剂的药物组合物，用于治疗用途。
本发明还涉及本文所述的化合物，包含所述化合物和至少一种药学上可接受的载体或稀释剂的药物组合物，或包含本文所述的化合物的群体和至少一种药学上可接受的载体或稀释剂的药物组合物，用于治疗、预防或改善中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病。
本发明还涉及治疗、预防或改善个体中与DNM2相关的疾病的方法，其包括向该个体施用本文所述的化合物或组合物，从而治疗、预防或改善该疾病。
本发明还涉及治疗、预防或改善个体中与DNM2相关的疾病的方法，其包括向该个体施用包含与DNM2核酸转录物的外显子10、内含子或3’-UTR 100％互补的修饰的寡核苷酸的化合物，从而治疗、预防或改善该疾病。
在一个实施方案中，疾病是中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病。在一个实施方案中，化合物是单链的。在一个实施方案中，DNM2核酸转录物是pre-mRNA。在一个实施方案中，疾病是X-连锁的肌小管性肌病、常染色体隐性中央核肌病或常染色体显性中央核肌病。在一个实施方案中，个体在选自MTM1、BIN1和DNM2的至少一个基因中具有至少一个突变。在一个实施方案中，施用增加了体重或肌肉强度。
本发明进一步涉及抑制细胞中DNM2表达的方法，其包括使细胞与单链化合物接触，该单链化合物包含与DNM2核酸转录物的外显子10、内含子或3’-UTR 100％互补的修饰的寡核苷酸，从而抑制细胞中DNM2的表达。在一个实施方案中，该方法是一种体外方法。在一个实施方案中，细胞在个体的肌肉中。在一个实施方案中，个体患有中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病或处于患有这些疾病的风险中。
本发明进一步涉及增加患有与DNM2相关的疾病或处于患有该疾病的风险中的个体的体重或肌肉强度的方法，该方法包括给个体施用包含与DNM2核酸转录物100％互补的修饰的寡核苷酸的单链化合物，从而增加个体的体重或肌肉强度。在一个实施方案中，所述个体患有中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病或处于患有这些疾病的风险中。
在一个实施方案中，化合物是本文所述的化合物。在一个实施方案中，化合物是本文所述的手性富集群体的成员。在一个实施方案中，化合物是本文所述的药物组合物的组分。
在一个实施方案中，通过皮下注射将化合物施用给个体。在一个实施方案中，通过肌内注射将化合物施用给个体。在一个实施方案中，通过静脉内注射将化合物施用给个体。
本发明进一步涉及包含与DNM2核酸转录物的外显子10、内含子1、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14或3’-UTR 100％互补的修饰的寡核苷酸的单链化合物，用于治疗、预防或改善与DNM2相关的疾病的用途。在一个实施方案中，疾病是中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病。
本发明进一步涉及本文所述的化合物或本文所述的组合物用于治疗、预防或改善与DNM2相关的疾病的用途。
本发明进一步涉及本文所述的化合物或本文所述的组合物在制备用于治疗、预防或改善与DNM2相关的疾病的药物中的用途。
在一个实施方案中，疾病是中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病。在一个实施方案中，疾病是X-连锁的肌小管性肌病、常染色体隐性中央核肌病或常染色体显性中央核肌病。在一个实施方案中，疾病与选自MTM1、BIN1和DNM2的至少一种基因中的突变有关。
本发明进一步涉及本文所述的化合物或本文所述的组合物在制备用于治疗、预防或改善与DNM2相关的疾病的药物中的用途。在一个实施方案中，疾病是中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病。在一个实施方案中，疾病是X-连锁的肌小管性肌病、常染色体隐性中央核肌病或常染色体显性中央核肌病。在一个实施方案中，疾病与选自MTM1、BIN1和DNM2的至少一个基因中的突变有关。
发明详述
应当理解，前面的一般描述和下面的详细描述都仅仅是示例性和说明性的，并且不限制所要求保护的实施方案。在本文中，除非另外特别说明，单数的使用包括复数。如本文所用，除非另外说明，否则“或”的使用表示“和/或”。此外，术语“包括”以及其他形式的使用不是限制性的。
本文使用的各部分标题仅用于组织目的，而不应解释为限制所描述的主题。本申请中引用的所有文件或文件的部分，包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍、论文以及GenBank和NCBI参考序列记录，通过引用明确地以其整体并入本文讨论的文件的部分。
应当理解，本文包含的每个SEQ ID NO中列出的序列独立于对糖部分、核苷间连接或核碱基的任何修饰。这样，由SEQ ID NO定义的化合物可独立地包含对糖部分、核苷间连接或核碱基的一种或多种修饰。
如本文所用，“2’-脱氧核苷”是指包含如在天然存在的脱氧核糖核酸(DNA)中所发现的2’-H(H)核糖基糖部分的核苷。在某些实施方案中，2’-脱氧核苷可包含修饰的核碱基或可包含RNA核碱基(尿嘧啶)。
如本文所用，“2’-取代的核苷”或“2-修饰的核苷”是指包含2’-取代的或2’-修饰的糖部分的核苷。如本文所用，关于呋喃糖基(furanosyl)糖部分的“2’-取代的”或“2-修饰的”是指包含除H或OH以外的至少一个2’-取代基的糖部分。
如本文所用，“施用”是指将本文提供的化合物或组合物引入个体以执行其预期功能的途径。可以使用的施用途径的实例包括但不限于通过吸入施用。
如本文所用，“共同施用”(administered concomitantly或(co-administration)是指两种或更多种化合物以任何使二者的药理作用在患者中显现的方式施用。共同施用不需要两种化合物以单个药物组合物、相同剂型、相同施用途径或同时施用。两种化合物的作用不必同时表现出来。效果仅需重叠一段时间，而不必共存。共同施用包括平行或顺序施用。
如本文所用，“动物”是指人类或非人类动物，包括但不限于小鼠、大鼠、兔、狗、猫、猪和非人类灵长类动物，包括但不限于猴和黑猩猩。
如本文所用，“反义活性”是指归因于反义化合物与其靶核酸的杂交的任何可检测和/或可测量的变化。在某些实施方案中，反义活性是与不存在反义化合物时的靶核酸水平或靶蛋白水平相比，靶核酸或由这种靶核酸编码的蛋白的量或表达的减少。
如本文所用，“反义化合物”是指包含反义寡核苷酸和任选地一个或多个另外的特征如缀合基团或末端基团的化合物。
如本文所用，“反义寡核苷酸”是指具有与靶核酸至少部分互补的核碱基序列的寡核苷酸。
如本文所用，关于治疗的“改善”表示至少一种症状相对于不存在治疗的相同症状的改进。在某些实施方案中，改善是症状的严重性或频率的降低或症状的严重性或频率的延迟发作或进展减慢。
如本文所用，“二环核苷”或“BNA”是指包含二环糖部分的核苷。如本文所用，“二环糖”或“二环糖部分”是指包含两个环的修饰的糖部分，其中第二环通过连接第一环中两个原子的桥形成，从而形成二环结构。在某些实施方案中，二环糖部分的第一环是呋喃糖部分。在某些实施方案中，二环糖部分不包含呋喃糖部分。
如本文所用，“cEt”或“受限乙基”(constrained ethyl)是指二环糖部分，其中二环糖部分的第一环是核糖基糖部分，二环糖的第二环通过连接4’-碳和2’-碳的桥形成，桥的分子式为4’-CH(CH3)-O-2'，并且桥的甲基处于S构型。cEt二环糖部分呈β-D构型。
如本文所用，“手性富集群体”是指相同分子式的多个分子，其中，如果特定手性中心是立体随机的，则群体中在该特定手性中心包含特定立体化学构型的分子的数量或百分比大于同一群体中预期在相同的特定手性中心包含相同的特定立体化学构型的分子的数量或百分比。在每个分子内具有多个手性中心的分子的手性富集群体可以包含一个或多个立体随机手性中心。在某些实施方案中，分子是修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，分子是包含修饰的寡核苷酸的化合物。
如本文所用，关于寡核苷酸的“互补的”是指在该寡核苷酸和另一核酸的核碱基序列在相对的方向比对时，该寡核苷酸或其一个或多个区域的至少70％的核碱基和另一核酸或其一个或多个区域的核碱基能够彼此氢键合。互补核碱基是能够彼此形成氢键的核碱基对。互补核碱基对包括腺嘌呤(A)和胸腺嘧啶(T)、腺嘌呤(A)和尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)和鸟嘌呤(G)、5-甲基胞嘧啶(“mC”)和鸟嘌呤(G)。互补的寡核苷酸和/或核酸不需要在每个核苷处具有核碱基互补性。相反，可以容忍某些错配。如本文所用，关于寡核苷酸，“完全互补”或“100％互补”是指这样的寡核苷酸在寡核苷酸的每个核苷上与另一寡核苷酸或核酸互补。
如本文所用，“缀合基团”是指直接或间接连接至寡核苷酸的原子团。缀合基团包括缀合部分和将缀合部分连接至寡核苷酸的缀合接头。
如本文所用，“缀合接头”是指包含将缀合部分连接至寡核苷酸的至少一个键的原子团。
如本文所用，“缀合部分”是指经由缀合接头连接至寡核苷酸的原子团。
如本文所用，在寡核苷酸的上下文中，“连续的”是指彼此紧邻的核苷、核碱基、糖部分或核苷间连接。例如，“连续的核碱基”是指在序列中彼此紧邻的核碱基。
如本文所用，“双链反义化合物”是指包含彼此互补并形成双链体的两个寡聚化合物的反义化合物，并且其中两个所述寡聚化合物之一包含反义寡核苷酸。
如本文所用，“有效量”是指足以在需要化合物的个体中实现所需生理结果的化合物的量。有效量可能因个体而异，取决于要治疗的个体的健康和身体状况、要治疗的个体的分类群、组合物的配方、个体医学状况的评估以及其他相关因素。
如本文所用，“功效”是指产生期望效果的能力。
如本文所用，“DNM2”是指任何发动蛋白2(dynamin 2)核酸或蛋白。“DNM2核酸”是指编码DNM2的任何核酸。例如，在某些实施方案中，DNM2核酸包括编码DNM2的DNA染色体区域、编码DNM2的DNA转录的RNA(例如，pre-mRNA转录物)和编码DNM2的mRNA转录物。
如本文所用，“表达”包括所有功能，通过这些功能，基因的编码信息转换为细胞中存在并运行的结构。这样的结构包括但不限于转录和翻译的产物。测量表达水平(例如转录水平或翻译水平)的方法是本领域众所周知的，包括但不限于RT-PCR，RT-qPCR，NorthernBlot，杂交技术例如使用微阵列，及其组合，包括但不限于通过RT-PCR获得的扩增子的杂交，测序(例如下一代DNA测序(NGS)或RNA-seq)(也称为“全转录组鸟枪法测序”)等，免疫组织化学，多重方法(Luminex)，western印迹，酶联免疫吸附测定(ELISA)，夹心ELISA，多重ELISA，电化学发光(ECL)(
Figure BDA0002681875390000111
Roche Diagnostics)，酶联荧光测定(ELFA)(例如
Figure BDA0002681875390000112
Biomérieux)，荧光连接免疫吸附测定(FLISA)，酶免疫测定(EIA)，放射免疫测定(RIA)，流式细胞术(FACS)，表面等离子体共振(SPR)，生物层干涉术(BLI)，免疫色谱测定(ICA)(例如NEXUS IB 10，Sphingotech)和基于质谱的方法。
如本文所用，“gapmer”是指寡核苷酸，例如反义寡核苷酸，其包含具有支持位于外部区段之间的RNase H裂解的多个核苷的内部区段，每个外部区段具有一个或多个核苷，其中包含内部区段的核苷在化学上不同于包含外部区段的紧邻的一个或多个核苷。内部区段可以被称为“间隔”(gap)或“间隔区段”，而外部区段可以被称为“翼”(wing)或“翼区段”。
如本文所用，“杂交”是指互补寡核苷酸和/或核酸的配对或退火。尽管不限于特定机制，但最常见的杂交机制涉及互补核碱基之间的氢键合，例如，Watson-Crick、Hoogsteen或反向Hoogsteen氢键合。
如本文所用，“个体”是指选择用于治疗或疗法的人类或非人类动物。
如本文所用，“抑制表达或活性”是指相对于未处理或对照样品中的表达或活性而言，表达或活性的降低或阻断，并且不必表示完全消除表达或活性。在一个实施方案中，抑制表达或活性是指相对于未处理或对照样品中的表达或活性，降低或阻断表达或活性至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％。在一个实施方案中，抑制表达或活性是指相对于未处理或对照样品中的表达或活性，降低或阻断表达或活性至少50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
如本文所用，在数值之前的术语“约”是指所述数值的值加或减10％。
如本文所用，术语“核苷间连接”是指在寡核苷酸中的相邻核苷之间形成共价连接的基团或键。如本文所用，“修饰的核苷间连接”是指除天然存在的磷酸酯核苷间连接以外的任何核苷间连接。非磷酸酯连接在本文中称为修饰的核苷间连接。“硫代磷酸酯连接”是指其中一个非桥接的氧原子被硫原子取代的修饰的磷酸酯连接。硫代磷酸酯核苷间连接是修饰的核苷间连接。修饰的核苷间连接包括含有无碱基(abasic)核苷的连接。如本文所用，“无碱基核苷”是指寡核苷酸或寡聚化合物中不直接连接至核碱基的糖部分。在某些实施方案中，无碱基核苷与寡核苷酸中的一个或两个核苷相邻。
如本文所用，“接头-核苷”是指将寡核苷酸直接或间接连接至缀合部分的核苷。接头-核苷位于寡聚化合物的缀合接头内。即使接头-核苷与寡核苷酸邻接，也不认为它们是寡聚化合物的寡核苷酸部分的部分。
如本文所用，“非双环的修饰糖”或“非双环的修饰糖部分”是指包含的修饰如取代不在糖的两个原子之间形成桥以形成第二环的修饰糖部分。
如本文所用，“相连核苷”是以连续序列相连的核苷(即，在相连核苷之间不存在另外的核苷)。
如本文所用，“错配”或“非互补的”是指当第一和第二寡聚化合物比对时，第一寡核苷酸的核碱基与第二寡核苷酸或靶核酸的相应核碱基不互补。
如本文所用，“调节”是指改变或调整细胞、组织、器官或生物体中的特征。例如，调节DNM2表达可以意味着增加或减少细胞、组织、器官或生物体中DNM2 RNA和/或DNM2蛋白的水平。“调节剂”引起细胞、组织、器官或生物体中的变化。例如，调节DNM2表达的化合物可以是减少细胞、组织、器官或生物体中DNM2 RNA和/或DNM2蛋白数量的调节剂。
如本文所用，“MOE”是指甲氧乙基。“2’-MOE”或“2’-O-甲氧乙基”是指取代核糖基环的2’-OH基团的2’-OCH2CH2OCH3基团。
如本文所用，“基序”是指寡核苷酸中未修饰的和/或修饰的糖部分、核碱基和/或核苷间连接的模式。
如本文所用，“天然存在”是指在自然界中发现的。
如本文所用，“核碱基”是指未修饰的核碱基或修饰的核碱基。如本文所用，“未修饰的核碱基”是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)和鸟嘌呤(G)。如本文所用，修饰的核碱基是能够与至少一个未修饰的核碱基配对的原子团。通用碱基是可以与五种未修饰的核碱基中任一个配对的核碱基。
如本文所用，“核碱基序列”是指核酸或寡核苷酸中连续核碱基的顺序，其独立于任何糖或核苷间连接修饰。
如本文所用，“核苷”是指包含核碱基和糖部分的部分。核碱基和糖部分各自独立地未修饰或被修饰。如本文所用，“修饰的核苷”是指包含修饰的核碱基和/或修饰的糖部分的核苷。
如本文所用，“寡聚化合物”是指由寡核苷酸和任选地一个或多个附加特征如缀合基团或末端基团组成的化合物。
如本文所用，“寡核苷酸”是指通过核苷间连接而连起来的连接核苷链，其中每个核苷和核苷间连接可以是修饰的或未修饰的。除非另有说明，否则寡核苷酸由8-50个相连核苷组成。如本文所用，“修饰的寡核苷酸”是指其中至少一个核苷或核苷间连接被修饰的寡核苷酸。如本文所用，“未修饰的寡核苷酸”是指不包含任何核苷修饰或核苷间修饰的寡核苷酸。
如本文所用，“药学上可接受的载体或稀释剂”是指适于向动物施用的任何物质。某些这样的载体使得药物组合物能够被配制为例如液体、粉末或悬浮液，其可以被雾化或以其他方式分散以供受试者吸入。在某些实施方案中，药学上可接受的载体或稀释剂是无菌水、无菌盐水或无菌缓冲溶液。在一个实施方案中，当施用于动物优选人时，药学上可接受的载体或稀释剂不会产生不利的、过敏的或其他不良反应。它包括任何和所有溶剂、分散介质、包衣、抗细菌和抗真菌剂、等渗剂和吸收延迟剂等。对于人类施用，制剂应符合监管局(例如FDA局或EMA)所要求的无菌性、热原性、一般安全性和纯度标准。
如本文所用，“药学上可接受的盐”是指化合物如寡聚化合物的生理学上和药学上可接受的盐，即，保留母体化合物的所需生物学活性且不赋予其不期望的毒理作用的盐。
如本文所用，“药物组合物”是指适于施用于受试者的物质的混合物。例如，药物组合物可以包含反义化合物和水溶液。
如本文所用，“磷部分”是指包含磷原子的原子团。在某些实施方案中，磷部分包含单-、二-或三磷酸酯或硫代磷酸酯。
如本文所用，“前药”是指在体内或其细胞内转化为不同形式的体外形式的治疗剂。通常，通过细胞或组织中存在的酶(例如内源或病毒酶)或化学物质的作用和/或通过生理条件促进前药在体内的转化。
如本文所用，“RNAi化合物”是指至少部分通过RISC或Ago2起作用以调节靶核酸和/或由靶核酸编码的蛋白的反义化合物。RNAi化合物包括但不限于双链siRNA、单链RNA(ssRNA)和microRNA(包括microRNA模拟物)。在某些实施方案中，RNAi化合物调节靶核酸的量、活性和/或剪接。术语RNAi化合物不包括通过RNase H起作用的反义寡核苷酸。
如本文所用，关于反义化合物的术语“单链”是指由一种寡聚化合物组成的化合物，其不与第二寡聚化合物配对形成双链体。关于寡核苷酸的术语“自互补”是指与其自身至少部分杂交的寡核苷酸。化合物由一个寡聚化合物组成，其中该寡聚化合物的寡核苷酸是自互补的，则该化合物是单链化合物。单链反义或寡聚化合物可能能够结合互补的寡聚化合物以形成双链体，在这种情况下，化合物将不再是单链的。
如本文所用，“标准细胞测定”是指实施例1-9中所述的任何测定及其合理的变化。
如本文所用，“标准体内实验”是指实施例10中描述的程序及其合理的变化。
如本文所用，在具有相同分子式的分子群体的上下文中，“立体随机手性中心”是指具有随机的立体化学构型的手性中心。例如，在包含立体随机手性中心的分子群体中，具有(S)构型的立体随机手性中心的分子数目可以但不必与具有(R)构型的立体随机手性中心的分子数目相同。当手性中心的立体化学构型不是经设计用于控制立体化学构型的合成方法的结果时，手性中心的立体化学构型被认为是随机的。在某些实施方案中，立体随机手性中心是立体随机硫代磷酸酯核苷间连接。
如本文所用，“糖部分”是指未修饰的糖部分或修饰的糖部分。如本文所用，“未修饰的糖部分”是指在RNA中发现的2’-OH(H)核糖部分(“未修饰的RNA糖部分”)或在DNA中发现的2’-H(H)部分(“未修饰的DNA糖部分”)。如本文所用，“修饰的糖部分”或“修饰的糖”是指修饰的呋喃糖基糖部分或糖替代物(sugar surrogate)。如本文所用，修饰的呋喃糖基糖部分是指包含代替未修饰的糖部分的至少一个氢的非氢取代基的呋喃糖基糖。在某些实施方案中，修饰的呋喃糖基糖部分是2’-取代的糖部分。这样修饰的呋喃糖基糖部分包括二环糖和非二环糖。如本文所用，“糖替代物”是指具有除呋喃糖基部分以外的修饰的糖部分，其可以将核碱基连接至另一个基团，例如寡核苷酸中的核苷间连接、缀合基团或末端基团。可以将包含糖替代物的修饰核苷引入到寡核苷酸内的一个或多个位置，并且这类寡核苷酸能够与互补的寡聚化合物或核酸杂交。
如本文所用，“靶核酸”、“靶RNA”、“靶RNA转录物”和“核酸靶”是指设计反义化合物以影响其的核酸。
如本文所用，“靶区域”是指设计反义化合物以与之杂交的靶核酸的部分。
如本文所用，“末端基团”是指与寡核苷酸的末端共价连接的化学基团或原子团。
如本文所用，“末端翼核苷”是指位于gapmer的翼区段的末端的核苷。任何包含至少两个核苷或由至少两个核苷组成的翼区段均具有两个末端：一个紧邻间隔区段；另一个在相对间隔区段的一端。因此，包含至少两个核苷或由至少两个核苷组成的任何翼区段都具有两个末端核苷，每个末端一个。
如本文所用，“治疗有效量”是指给个体提供治疗益处的化合物、药剂或组合物的量。在某些实施方案中，治疗有效量是指治疗或改善与DNM2相关的疾病的症状的化合物的水平或量。在某些实施方案中，可以在与DNM2相关的疾病发作之前施用治疗有效量，或者可以在与DNM2相关的疾病发作之后施用治疗有效量。
如本文所用，“治疗”是指向动物施用化合物或药物组合物以引起动物中疾病、病症或病况的改变或改善。在一个实施方案中，如果受试者在接受治疗有效量的本发明的化合物后，在某种程度上显示出可观察到的和/或可测量的与DNM2相关特定疾病有关的一种或多种症状的减少或缓解，则该受试者被成功治疗，例如但不限于发病率和死亡率降低、生活问题的质量改善、体重增加、肌肉强度保持或增加、从地板起来所需时间减少、九米行走时间减少、爬四个楼梯所需时间减少、举重能力增加、6分钟行走距离增加、腿功能等级提高、肺功能和/或心功能改善。用于评估疾病成功治疗和改善的参数可通过医师熟悉的常规程序容易地测量。
某些实施方案
某些实施方案提供了用于抑制DNM2表达的方法、化合物和组合物。
某些实施方案提供了与未处理或对照样品相比，抑制DNM2表达的方法、化合物和组合物。在一个实施方案中，所述抑制是抑制DNM2表达至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％。在一个实施方案中，抑制表达或活性是指与未处理或对照样品相比，表达或活性相对于未处理或对照样品中的表达或活性减少或阻断至少50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。
某些实施方案提供了包含与DNM2核酸互补的寡核苷酸或由其组成的化合物。在某些实施方案中，DNM2核酸具有以下序列：RefSeq或GenBank登录号NC_000019.10所示的从核苷10715001至10835000截短的序列(在此以SEQ ID NO：1公开)、NM_004945.3(在此以SEQID NO：2公开)、NM_001005361.2(在此以SEQ ID NO：3公开)或NM_00l005360.2(在此以SEQID NO：3135公开)。在某些实施方案中，化合物是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，化合物是单链的。在某些实施方案中，化合物是双链的。
某些实施方案提供了一种包含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸长度为8至50个相连核苷，并且具有包含SEQ ID NO：7-3134的任何核碱基序列或与SEQ IDNO：7-3134的任何核碱基序列具有至少约70％同一性的任何序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列，例如与SEQ ID NO：7-3134的任何核碱基序列具有至少约75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的同一性。
如本文所用，术语“同一性”是指两个核酸分子如两个DNA分子或两个RNA分子之间的亚单位序列同一性。当该两个分子中的亚单位位置均被相同的单体亚单位占据时；例如，如果两个DNA分子中一个位置均被腺嘌呤占据，那么它们在该位置是同一的(或同源的)。两条序列之间的同源性是匹配或同源位置数目的正函数；例如，如果两条序列中一半的位置(例如，长度为十个亚单位的聚合物中有五个位置)是同源的，则两条序列是50％同源的；如果90％的位置(例如10个中有9个)是匹配或同源的，则两条序列是90％同源的。因此，术语“同源的”或“同一的”在用于两个或更多个核酸分子的序列之间的关系时，是指核酸分子之间的序列相关性的程度，如通过两个或多个核苷酸残基串之间的匹配数所确定。“同一性”测量是通过特定数学模型或计算机程序(即“算法”)解决缺口比对(如果有的话)，两条或更多条序列的较小者之间相同匹配的百分比。相关多肽的同一性可以通过已知方法容易地计算。这样的方法包括但不限于Computational Molecular Biology,Lesk,A.M.,ed.,OxfordUniversity Press,New York,1988；Biocomputing:Informatics and Genome Projects,Smith,D.W.,ed.,Academic Press,New York,1993；Computer Analysis of SequenceData,Part 1,Griffin,A.M.,and Griffin,H.G.,eds.,Humana Press,New Jersey,1994；Sequence Analysis in Molecular Biology,von Heinje,G.,Academic Press,1987；Sequence Analysis Primer,Gribskov,M.和Devereux,J.,eds.,M.Stockton Press,NewYork,1991和Carillo等人,SIAM J.Applied Math.48,1073(1988)中描述的那些。用于确定同一性的优选方法经设计在测试的序列之间给出最大匹配。确定同一性的方法描述于公众可得的计算机程序。用于确定两条序列之间的同一性的优选计算机程序方法包括GCG程序包，其包括GAP(Devereux等人，Nucl.Acid.Res.\2,387(1984)；Genetics Computer Group,University of Wisconsin,Madison,Wis.)、BLASTP、BLASTN和FASTA(Altschul等人,J.MoI.Biol.215,403-410(1990))。BLASTX程序公众可得于国立生物信息中心(NCBI)和其他来源(BLAST Manual,Altschul等人，NCB/NLM/NIH Bethesda,Md.20894；Altschul等人，见上文)。众所周知的史密斯沃特曼算法(Smith Waterman algorithm)也可以用于确定同一性。
在某些实施方案中，化合物是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，化合物是单链的。在某些实施方案中，化合物是双链的。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为10至30个相连核苷。
某些实施方案提供了一种包含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸长度为8至50个相连核苷，并且具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232的任何核碱基序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列，或与SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232的任何核碱基序列具有至少70％同一性的序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：2879或与SEQ ID NO：2879具有至少70％同一性的序列或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：3056或与SEQ ID NO：3056具有至少70％同一性的序列或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：2123或与SEQ ID NO：2123具有至少70％同一性的序列或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：2189或与SEQ ID NO：2189具有至少70％同一性的序列或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：2453或与SEQ ID NO：2453具有至少70％同一性的序列或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：2160或与SEQ ID NO：2160具有至少70％同一性的序列或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：2232或与SEQ ID NO：2232具有至少70％同一性的序列或由其组成。在某些实施方案中，化合物是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，化合物是单链的。在某些实施方案中，化合物是双链的。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为10至30个相连核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸具有核碱基序列，该核碱基序列包含SEQ ID NO：7至3134任一序列的或与SEQ ID NO：7-3134的任一核碱基序列具有至少约70％同一性的任一序列的至少12个连续碱基，例如与SEQ ID NO：7-3134的任一核碱基序列具有至少约75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高同一性。
某些实施方案提供了一种包含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸长度为10至50个相连核苷，并且具有包含SEQ ID NO：7-3134的任何核碱基序列的或与SEQ IDNO：7-3134的任何核碱基序列具有至少约70％同一性的序列的至少10个连续核碱基的核碱基序列，例如与SEQ ID NO：7-3134的任何核碱基序列具有至少约75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％的同一性或更高。在某些实施方案中，化合物是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，化合物是单链的。在某些实施方案中，化合物是双链的。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为10至30个相连核苷。
某些实施方案提供了一种包含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸长度为11至50个相连核苷，并且具有包含SEQ ID NO：7-3134的任何核碱基序列的或与SEQ IDNO：7-3134的任何核碱基序列具有至少约70％同一性的序列的至少11个连续核碱基的核碱基序列，例如与SEQ ID NO：7-3134的任何核碱基序列具有至少约75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的同一性。在某些实施方案中，化合物是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，化合物是单链的。在某些实施方案中，化合物是双链的。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为11至30个相连核苷。
某些实施方案提供了一种包含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸长度为12至50个相连核苷，并且具有包含SEQ ID NO：7-3134的任何核碱基序列的或与SEQ IDNO：7-3134的任何核碱基序列具有至少约70％同一性的序列的至少12个连续核碱基的核碱基序列，例如与SEQ ID NO：7-3134的任何核碱基序列具有至少约75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的同一性。在某些实施方案中，化合物是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，化合物是单链的。在某些实施方案中，化合物是双链的。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为12至30个相连核苷。
在某些实施方案中，化合物包含长度为16个相连核苷的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物是反义化合物或寡聚化合物。
某些实施方案提供了一种修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸长度为16至50个相连核苷，并且具有包含SEQ ID NO：7-3134任何一个的核碱基序列或与SEQ IDNO：7-3134的任何一个核碱基序列具有至少约70％同一性的序列的核碱基序列，例如与SEQID NO：7-3134的任何核碱基序列具有至少约75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的同一性。在某些实施方案中，化合物是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，化合物是单链的。在某些实施方案中，化合物是双链的。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为16至30个相连核苷。
某些实施方案提供了包含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸由SEQID NO：7-3134的任一个的核碱基序列或与SEQ ID NO：7-3134任一个核碱基序列具有至少约70％同一性的任何序列组成，例如与SEQ ID NO：7-3134的任何核碱基序列具有至少约75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％的同一性或更高。在某些实施方案中，化合物是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，化合物是单链的。在某些实施方案中，化合物是双链的。
在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子互补的修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子2、内含子3、内含子4、内含子5、内含子6、内含子7、内含子8、内含子9、内含子9-10a、内含子10、内含子10a-11、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14、内含子15、内含子16、内含子17、内含子18、内含子19或内含子19-20a互补。在某些此类实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3404-44,737、44,812-57,478、57,629-60,702、60,907-62,117、62,217-67,959、68,121-71,563、71,707-78,719、78,856-80,371、80,440-81,060、80,440-82,379、81,200-83,485、82,519-83,485、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、105,090-108,787、108,990-110,056、110,222-114,035、114,269-115,126、115,379-115,977或115,379-115,980内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含具有与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子2、内含子3、内含子4、内含子5、内含子6、内含子7、内含子8、内含子9、内含子9-10a、内含子10、内含子10a-11、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14、内含子15、内含子16、内含子17、内含子18、内含子19或内含子19-20a的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续核碱基部分的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，这样的寡核苷酸具有与SEQ ID NO：1的核苷酸3404-44,737、44,812-57,478、57,629-60,702、60,907-62,117、62,217-67,959、68,121-71,563、71,707-78,719、78,856-80,371、80,440-81,060、80,440-82,379、81,200-83,485、82,519-83,485、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、105,090-108,787、108,990-110,056、110,222-114,035、114,269-115,126、115,379-115,977或115,379-115,980内的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续的核碱基部分。在某些实施方案中，这些化合物是反义化合物或寡聚化合物。包含与DNM2核酸转录物的某些内含子如DNM2 pre-mRNA的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13或内含子14互补的修饰的寡核苷酸的化合物通常特别有效且可耐受。因此，可以将此类某些内含子视为靶向DNM2核酸转录物的热点区域。
在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14、外显子10或3’-UTR互补的修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903中的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含寡核苷酸或由其组成，该寡核苷酸具有与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14、外显子10或3’-UTR的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续核碱基部分。在某些实施方案中，这样的寡核苷酸具有与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903内的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续核碱基部分。在某些实施方案中，这些化合物是反义化合物或寡聚化合物。
在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并且具有与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903内的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续核碱基部分的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为10至30个相连核苷。
在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13或内含子14互补的修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263或97,378-104,979中的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含具有与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13或内含子14的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续核碱基部分的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，这样的寡核苷酸具有与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263或97,378-104,979内的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续核碱基部分。在某些实施方案中，这些化合物是反义化合物或寡聚化合物。
在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并且具有与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263或97,378-104,979内的等长部分互补的至少8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续核碱基部分的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为10至30个相连核苷。
在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷且与SEQ ID NO：1的核苷酸89,722-89,737、83,880-83,895、90,081-90,096、94,450-94,465、11,960-11,975、93,322-93,337或97,855-97,870内互补的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为10至30个相连核苷。
在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并具有包含化合物编号951799、949935、950023、950089、951372、950060或950132(SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232)任一个的核碱基序列的至少8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续核碱基部分的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为10至30个相连核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：2879或与SEQ ID NO：2879具有至少70％同一性的序列，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：3056或与SEQ ID NO：3056具有至少70％同一性的序列，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：2123或与SEQ ID NO：2123具有至少70％同一性的序列，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：2189或与SEQ ID NO：2189具有至少70％同一性的序列，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：2453或与SEQ ID NO：2453具有至少70％同一性的序列，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：2160或与SEQ ID NO：2160具有至少70％同一性的序列，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含SEQ ID NO：2232或与SEQ ID NO：2232具有至少70％同一性的序列，或由其组成。
在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并具有包含化合物编号951799、949935、950023、950089、951372、950060或950132(SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232)中任一个的核碱基序列的核碱基序列的修饰的寡核苷酸，或由所述修饰的寡核苷酸组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为10至30个相连核苷。
在某些实施方案中，化合物包含修饰的寡核苷酸或由其组成，所述修饰的寡核苷酸具有由化合物编号951799、949935、950023、950089、951372、950060或950132(SEQ IDNO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232)中任一项的核碱基序列组成的核碱基序列。
在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并具有包含化合物编号951799(SEQ ID NO：2879)的核碱基序列的核碱基序列的修饰的寡核苷酸，或由所述修饰的寡核苷酸组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为10至30个相连核苷。
在某些实施方案中，包含与DNM2互补的修饰的寡核苷酸或由其组成的化合物为化合物编号951799。在如下文实施例部分所述筛选的超过3,000种化合物中，化合物编号951799、949935、950023、950089、951372、950060和950132作为最主要先导化合物出现。特别地，在效力和耐受性方面，化合物编号951799在超过3,000种化合物中表现出最佳的性能组合。
在某些实施方案中，任何前述寡核苷酸是修饰的寡核苷酸，其包含至少一个修饰的核苷间连接、至少一个修饰的糖和/或至少一个修饰的核碱基。
在某些实施方案中，任何前述修饰的寡核苷酸包含至少一个修饰的糖。在某些实施方案中，至少一个修饰的糖是二环糖，例如cEt二环糖、LNA二环糖或ENA二环糖。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含至少一个修饰的核苷间连接，例如硫代磷酸酯核苷间连接。
在某些实施方案中，任何前述修饰的寡核苷酸包含至少一个修饰的核碱基，例如5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，任何前述修饰的寡核苷酸包括：
由相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段；
由相连核苷组成的5’翼区段；和
由相连核苷组成的3’翼区段；
其中间隔区段位于5’翼区段和3’翼区段之间，并且其中每个翼区段的每个核苷都包含修饰的糖。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232任一项中所述序列或与SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232任一个具有至少70％同一性的序列的核碱基序列。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQ IDNO：2879中所述序列或与SEQ ID NO：2879具有至少70％同一性的序列的核碱基序列。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为10至30个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232任一项中所述序列或与SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232任一个具有至少70％同一性的序列的核碱基序列。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为10至30个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：2879中所述序列或与SEQ ID NO：2879具有至少70％同一性的序列的核碱基序列。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为16个相连核苷并具有由SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232任一项中所述序列或与SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或223任一项具有至少70％同一性的序列组成的核碱基序列。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为16个相连核苷并具有由SEQ ID NO：2879中所述序列或与SEQ ID NO：2879具有至少70％同一性的序列组成的核碱基序列。
在某些实施方案中，化合物包含修饰的寡核苷酸或由其组成，所述修饰的寡核苷酸的长度为20-50个相连核碱基并具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232任一项中所述序列或与SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232任一项具有至少70％同一性的序列的核碱基序列，其中所述修饰的寡核苷酸包含
由10个相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段；
由3个相连核苷组成的5’翼区段；和
由3个相连核苷组成的3’翼区段；
其中间隔区段位于5’翼区段和3’翼区段之间；其中5’翼区段的核苷均包含cEt二环糖；其中3’翼区段的核苷均包含cEt二环糖；其中每个核苷间连接是硫代磷酸酯连接；并且其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为16-80个相连核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为16-30个相连核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度为16个相连核苷。
在某些实施方案中，化合物包含以下式之一的修饰的寡核苷酸或由其组成：
Gks Tks Tks Tds Ads Tds Tds Ads Tds Ads Gds Gds Gds mCks Tks Tk(SEQID NO:2879)；
Gks Gks Aks Tds Tds Tds Tds Ads Gds Gds Ads Gds Gds Tks Gks Ak(SEQ IDNO:3056)；
Gks mCks Aks Tds Ads Gds Ads mCds Ads Ads Ads Tds mCds mCks mCks Ak(SEQ ID NO:2123)；
Gks mCks Aks Ads Ads Tds Ads Tds Gds Ads Tds Tds mCds Aks Tks mCk(SEQID NO:2189)；
Gks Gks Tks mCds Ads Tds Tds Ads Ads Ads Gds Ads Tds Tks mCks Tk(SEQID NO:2453)；
Aks Tks Gks Tds Ads Tds Tds Ads mCds mCds Tds Ads mCds Gks Gks mCk(SEQ ID NO:2160)；或
Gks Tks Aks mCds Ads Ads Tds Gds Tds Ads Ads Gds mCds mCks Tks Tk(SEQID NO:2232)
其中A＝腺嘌呤，mC＝5-甲基胞嘧啶，G＝鸟嘌呤，T＝胸腺嘧啶，k＝cEt糖部分，d＝2’-脱氧核糖基糖部分，s＝硫代磷酸酯核苷间连接。
在某些实施方案中，化合物包含化合物951799(具有以下化学结构的修饰的寡核苷酸)或其盐，或由其组成：
Figure BDA0002681875390000271
[SEQ ID NO：2879]。
在某些实施方案中，化合物包含具有以下化学结构的化合物951799的钠盐，或由其组成：
Figure BDA0002681875390000281
[SEQ ID NO：2879]。
在任何前述实施方案中，化合物或寡核苷酸可与编码DNM2的核酸至少85％、至少90％、至少95％、至少98％、至少99％或100％互补。
在任何前述实施方案中，化合物可以是单链的。在某些实施方案中，化合物包含2’-脱氧核糖核苷。在某些实施方案中，化合物是双链的。在某些实施方案中，化合物是双链的并且包含核糖核苷。在任何前述实施方案中，化合物可以是反义化合物或寡聚化合物。
在任何前述实施方案中，化合物的长度可以是8至80、10至30、12至50、13至30、13至50、14至30、14至50、15至30、15至50、16至30、16至50、17至30、17至50、18至22、18至24、18至30、18至50、19至22、19至30、19至50或20至30个相连核苷。在某些实施方案中，化合物包含寡核苷酸或由其组成。
因此，本发明涉及修饰的寡核苷酸或包含修饰的寡核苷酸的化合物，所述修饰的寡核苷酸与上文所述的DNM2核酸互补。
在某些实施方案中，化合物包含本文所述的修饰的寡核苷酸和缀合基团。在某些实施方案中，缀合基团在修饰的寡核苷酸的5’端连接至修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，缀合基团在修饰的寡核苷酸的3’端连接至修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或组合物包含修饰的寡核苷酸的盐。在某些实施方案中，盐是钠盐。在某些实施方案中，盐是钾盐。
在某些实施方案中，本文所述的化合物或组合物由于在标准细胞测定中具有小于300nM、200nM、100nM、80nM、50nM或30nM的体外IC50中的至少一个而具有活性。实施例中描述了标准细胞测定。
在某些实施方案中，本文所述的化合物或组合物是高度耐受的，如通过与盐水处理的动物相比丙氨酸转氨酶(ALT)或天冬氨酸转氨酶(AST)值增加不超过4倍、3倍、2倍或1.5倍，或与对照处理的动物相比肝脏、脾脏或肾脏重量增加了不超过30％、20％、15％、12％、10％、5％或2％中至少一者所证实的。在某些实施方案中，本文所述的化合物或组合物是高度耐受的，如通过与对照治疗的动物相比ALT或AST没有增加所证实的。在某些实施方案中，本文所述的化合物或组合物是高度耐受的，如通过与对照动物相比肝脏、脾脏或肾脏重量没有增加所证实的。
某些实施方案提供了一种组合物，其包含任何上述实施方案的化合物或其盐，或基本上由其组成。
某些实施方案提供了一种组合物，其包含任何上述实施方案的化合物或其盐以及至少一种药学上可接受的载体或稀释剂，或基本上由其组成。因此，在一个实施方案中，本发明的组合物是药物组合物。
某些实施方案提供了一种药物，其包含任何上述实施方案的化合物或其盐，或基本上由其组成。因此，在一个实施方案中，本发明的组合物是药物。
如本文所用，就组合物、药物组合物或药物而言，术语“基本上由...组成”是指本发明的化合物是所述药物组合物或药物中唯一具有生物活性的活性成分、治疗剂或药剂。
在某些实施方案中，组合物的粘度小于约40厘泊(cP)、小于约30cP、小于约20cP、小于约15cP、小于约10cP、小于约5cP或小于约3cP，或小于约1.5cP。在某些实施方案中，具有任何上述粘度的组合物包含浓度约15mg/mL、20mg/mL、25mg/mL、50mg/mL、100mg/mL、150mg/mL或约200mg/mL的本文提供的化合物。在某些实施方案中，具有任何上述粘度和/或化合物浓度的组合物具有室温或约20℃、约21℃、约22℃、约23℃、约24℃、约25℃、约26℃、约27℃、约28℃、约29℃或约30℃的温度。
实施方案1、一种化合物，其包含长度为8至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一核碱基序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
实施方案2、一种化合物，其包含长度为9至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一核碱基序列的至少9个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
实施方案3、一种化合物，其包含长度为10至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一核碱基序列的至少10个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
实施方案4、一种化合物，其包含长度为11至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一核碱基序列的至少11个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
实施方案5、一种化合物，其包含长度为12至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一核碱基序列的至少12个、至少13个、至少14个或至少15个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
实施方案6、一种化合物，其包含长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个的核苷碱基序列的核苷碱基序列的修饰的寡核苷酸。
实施方案7、一种化合物，其包含具有由SEQ ID NO：7-3134中任一个组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
实施方案8、一种化合物，其包含长度为8至50个相连核苷并在SEQ ID NO：1的核碱基3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903内互补的修饰的寡核苷酸，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQID NO：1至少85％、90％、95％或100％互补。
实施方案9、一种化合物，其包含长度为8至50个相连核苷并具有包含与SEQ IDNO：1的核碱基3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903的等长部分100％互补的至少8个连续核碱基的部分的核碱基序列的修饰的寡核苷酸，所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO：1至少85％、90％、95％或100％互补。
实施方案10、一种化合物，其包含长度为8至50个相连核苷并在SEQ ID NO：1的核碱基83,573-87,287或87,359-90,915内互补的修饰的寡核苷酸，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1至少85％、90％、95％或100％互补。
实施方案11、一种化合物，其包含与人DNM2 pre-mRNA的内含子1互补的修饰的寡核苷酸。
实施方案12、一种化合物，其包含与人DNM2 pre-mRNA的内含子11互补的修饰的寡核苷酸。
实施方案13、一种化合物，其包含与人DNM2 pre-mRNA的内含子12互补的修饰的寡核苷酸。
实施方案14、一种化合物，其包含与人DNM2 pre-mRNA的内含子13互补的修饰的寡核苷酸。
实施方案15、一种化合物，其包含与人DNM2 pre-mRNA的内含子14互补的修饰的寡核苷酸。
实施方案16、一种化合物，其包含与人DNM2 pre-mRNA或人DNM2 mRNA的外显子10互补的修饰的寡核苷酸。
实施方案17、一种化合物，其包含与人DNM2 pre-mRNA或人DNM2 mRNA的3’-UTR互补的修饰的寡核苷酸。
实施方案18、一种化合物，其包含长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQ IDNO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
实施方案19、一种化合物，其包含具有由SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
实施方案20、一种化合物，其包含具有包含SEQ ID NO：2879的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。
实施方案21、一种化合物，其包含长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQ IDNO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列的修饰的寡核苷酸，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由8-12个相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段；
由1-7个相连核苷组成的5’翼区段；和
由1-7个相连核苷组成的3’翼区段；
其中间隔区段位于5’翼区段和3’翼区段之间，并且其中每个末端翼核苷均包含修饰的糖。
实施方案22、一种化合物，其包含长度为16个相连核苷并具有由SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中所述序列组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸，其中修饰的寡核苷酸包含
由10个相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段；
由3个相连核苷组成的5’翼区段；和
由3个相连核苷组成的3’翼区段；
其中间隔区段位于5’翼区段和3’翼区段之间；其中每个翼区段的每个核苷均包含cEt糖部分；其中每个核苷间连接均是硫代磷酸酯连接；并且其中每个胞嘧啶均是5-甲基胞嘧啶。
实施方案23、如实施方案1-22中任一项所述的化合物，其中寡核苷酸与SEQ IDNO：1、2、3或3135中任一个至少80％、85％、90％、95％或100％互补。
实施方案24、如实施方案1-23中任一项所述的化合物，其中修饰的寡核苷酸包含至少一个修饰的核苷间连接。
实施方案25、如实施方案24所述的化合物，其中至少一个修饰的核苷间连接是硫代磷酸酯核苷间连接。
实施方案26、如实施方案1-21或23-25中任一项所述的化合物，其中修饰的寡核苷酸包含至少一个二环糖。
实施方案27、如实施方案26所述的化合物，其中至少一个二环糖选自LNA、ENA和cEt。
实施方案28、如实施方案27所述的化合物，其中至少一个二环糖部分是cEt糖部分。
实施方案29、如实施方案1-28中任一项所述的化合物，其中修饰的寡核苷酸包含至少一个5-甲基胞嘧啶。
实施方案30、如实施方案1-29中任一项所述的化合物，其中修饰的寡核苷酸包含：
由相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段；
由相连核苷组成的5’翼区段；和
由相连核苷组成的3’翼区段；
其中间隔区段紧邻5’翼区段和3’翼区段并在其之间，并且其中每个翼区段的每个核苷均包含修饰的糖部分。
实施方案31、如实施方案1-30中任一项所述的化合物，其中化合物是单链的。
实施方案32、如实施方案1-30中任一项所述的化合物，其中化合物是双链的。
实施方案33、所述实施方案1-32中任一项所述的化合物，其中化合物包含至少一个未修饰的核糖基糖部分。
实施方案34、如实施方案1-33中任一项所述的化合物，其中化合物包含至少一个未修饰的2’-脱氧核糖基糖部分。
实施方案35、如实施方案1-34中任一项所述的化合物，其中修饰的寡核苷酸由10至30个相连核苷组成。
实施方案36、如实施方案1-34中任一项所述的化合物，其中修饰的寡核苷酸由12至30个相连核苷组成。
实施方案37、如实施方案1-34中任一项所述的化合物，其中修饰的寡核苷酸由15至30个相连核苷组成。
实施方案38、如实施方案1-34中任一项所述的化合物，其中修饰的寡核苷酸由16至20个相连核苷组成。
实施方案39、一种化合物，其包含下式的修饰的寡核苷酸：Gks Tks Tks Tds AdsTds Tds Ads Tds Ads Gds Gds Gds mCks Tks Tk；其中，
A＝腺嘌呤
mC＝5-甲基胞嘧啶
G＝鸟嘌呤，
T＝胸腺嘧啶，
k＝cEt糖部分，
d＝2’-脱氧核糖基糖部分，且
s＝硫代磷酸酯核苷间连接。
实施方案40、如实施方案1-39中任一项所述的化合物，其包含缀合基团。
实施方案41、如实施方案40所述的化合物，其中化合物由修饰的寡核苷酸和缀合基团组成。
实施方案42、一种下式的化合物或其盐：
Figure BDA0002681875390000351
[SEQ ID NO：2879]。
实施方案43、如实施方案1-39或42中任一项所述的化合物，其中化合物由修饰的寡核苷酸组成。
实施方案44、一种化合物，其由实施方案1-43的任一种化合物的药学上可接受的盐形式组成。
实施方案45、如实施方案44所述的化合物，其中药学上可接受的盐是钠盐。
实施方案46、如实施方案44所述的化合物，其中药学上可接受的盐是钾盐。
实施方案47、一种药物组合物，其包含实施方案1-44中任一项的化合物和至少一种药学上可接受的载体或稀释剂。
实施方案48、如实施方案1-46中任一项所述的化合物的手性富集群体，其中该群体富集了包含至少一个具有特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间连接的修饰的寡核苷酸。
实施方案49、如实施方案48所述的手性富集群体，其中该群体富集了包含至少一个具有(Sp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间连接的修饰的寡核苷酸。
实施方案50、如实施方案48所述的手性富集群体，其中该群体富集了包含至少一个具有(Rp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间连接的修饰的寡核苷酸。
实施方案51、如实施方案48所述的手性富集群体，其中该群体富集了在每个硫代磷酸酯核苷间连接具有特定的、独立选择的立体化学构型的修饰的寡核苷酸。
实施方案52、如实施方案51所述的手性富集群体，其中该群体富集了在每个硫代磷酸酯核苷间连接处具有(Sp)构型的修饰的寡核苷酸。
实施方案53、如实施方案51所述的手性富集群体，其中该群体富集了在每个硫代磷酸酯核苷间连接处具有(Rp)构型的修饰的寡核苷酸。
实施方案54、如实施方案51所述的手性富集群体，其中该群体富集了在一个特定的硫代磷酸酯核苷间连接处具有(Rp)构型且在其余每个硫代磷酸酯核苷间连接处具有(Sp)构型的修饰的寡核苷酸。
实施方案55、如实施方案48或实施方案51所述的手性富集群体，其中该群体富集了在5’至3’方向具有Sp、Sp和Rp构型的至少3个连续硫代磷酸酯核苷间连接的修饰的寡核苷酸。
实施方案56、如实施方案1-46中任一项所述的化合物的手性富集群体，其中修饰的寡核苷酸的所有硫代磷酸酯核苷间连接均是立体随机的。
实施方案57、一种药物组合物，其包含实施方案48-56中任一项的化合物的群体和至少一种药学上可接受的稀释剂或载体。
实施方案58、如实施方案1-46中任一项所述的化合物、包含实施方案1-46中任一项的化合物和至少一种药学上可接受的载体或稀释剂的药物组合物或包含实施方案48-56中任一项的化合物的群体和至少一种药学上可接受的载体或稀释剂的药物组合物，用于治疗。
实施方案59、如实施方案58所述的化合物或组合物，用于治疗、预防或改善中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病。
实施方案60、一种治疗、预防或改善个体中与DNM2相关的疾病的方法，其包括向所述个体施用实施方案1-59的任何化合物或组合物，从而治疗、预防或改善该疾病。
实施方案61、一种治疗、预防或改善个体中与DNM2相关的疾病的方法，其包括向所述个体施用包含与DNM2核酸转录物的外显子10、内含子或3’-UTR 100％互补的修饰的寡核苷酸的化合物，从而治疗、预防或改善该疾病。
实施方案62、如实施方案60或61所述的方法，其中疾病是中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病。
实施方案63、如实施方案60-62中任一项所述的方法，其中化合物是单链的。
实施方案64、如实施方案60-63中任一项所述的方法，其中DNM2核酸转录物是pre-mRNA。
实施方案65、如实施方案60-64中任一项所述的方法，其中疾病是X-连锁的肌小管性肌病、常染色体隐性中央核肌病或常染色体显性中央核肌病。
实施方案66、如实施方案65所述的方法，其中个体具有在选自MTM1、BIN1和DNM2的至少一个基因中的至少一个突变。
实施方案67、如实施方案60-66中任一项所述的方法，其中所述施用增加了体重或肌肉强度。
实施方案68、一种抑制细胞中DNM2表达的方法，其包括使该细胞与单链化合物接触，该单链化合物包含与DNM2核酸转录物的外显子10、内含子或3’-UTR 100％互补的修饰的寡核苷酸，从而抑制细胞中DNM2的表达。
实施方案69、如实施方案68所述的方法，其中细胞在个体的肌肉中。
实施方案70、如实施方案69所述的方法，其中个体患有中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病或有此风险。
实施方案71、在患有或有风险患与DNM2相关的疾病的个体中增加体重或肌肉强度的方法，该方法包括对该个体施用包含与DNM2核酸转录物100％互补的修饰的寡核苷酸的单链化合物，从而增加个体的体重或肌肉强度。
实施方案72、实施方案71的方法，其中所述个体患有中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病或有此风险。
实施方案73、如实施方案60-72中任一项所述的方法，其中化合物是实施方案1-46中任一项的化合物。
实施方案74、如实施方案60-72中任一项所述的方法，其中化合物是实施方案48-56中任一项的手性富集群体的成员。
实施方案75、如实施方案60-72中任一项所述的方法，其中化合物是实施方案57的药物组合物的组分。
实施方案76、如实施方案60-67或69-75中任一项所述的方法，其中化合物通过皮下注射施用给个体。
实施方案77、如实施方案60-67或69-75中任一项所述的方法，其中化合物通过肌内注射施用给个体。
实施方案78、如实施方案60-67或69-77中任一项所述的方法，其中化合物通过静脉内注射施用给个体。
实施方案79、单链化合物用于治疗、预防或改善与DNM2相关的疾病的用途，所述单链化合物包含与DNM2核酸转录物的外显子10、内含子1、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14或3’-UTR 100％互补的修饰的寡核苷酸。
实施方案80、如实施方案79所述的用途，其中疾病是中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病。
实施方案81、实施方案1-46中任一项的化合物或实施方案57的组合物由于治疗、预防或改善与DNM2相关的疾病的用途。
实施方案82、实施方案1-46中任一项的化合物或实施方案57的组合物在制备用于治疗、预防或改善与DNM2相关的疾病的药物中的用途。
实施方案83、如实施方案81或82所述的用途，其中疾病是中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病。
实施方案84、如实施方案80或83所述的用途，其中疾病是X-连锁的肌小管性肌病、常染色体隐性中央核肌病或常染色体显性中央核肌病。
实施方案85、如实施方案84所述的用途，其中疾病与选自MTM1、BIN1和DNM2的至少一个基因中的突变相关。
实施方案86、实施方案1-46中任一项的化合物或实施方案57的组合物在制备用于治疗、预防或改善与DNM2相关的疾病的药物中的用途。
实施方案87、如实施方案86所述的用途，其中疾病是中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病。
实施方案88、如实施方案87所述的用途，其中疾病是X-连锁的肌小管性肌病、常染色体隐性中央核肌病或常染色体显性中央核肌病。
实施方案89、如实施方案88所述的用途，其中疾病与选自MTM1、BIN1和DNM2的至少一个基因中的突变相关。
某些适应症
本文提供的某些实施方案涉及通过施用靶向DNM2的化合物(例如本文所述的化合物)抑制DNM2表达的方法，其可用于治疗、预防或改善个体中与DNM2相关的疾病。在某些与DNM2相关的疾病中，DNM2表达的适度或部分抑制足以治疗、预防或改善该疾病(参见，例如Cowling等人，J.Clin.Invest.124,1350-1363(2014)和Tasfaout等人，Nat.Commun.Jun 7；8:15661(2017))。在某些实施方案中，化合物可以是与DNM2互补的反义化合物、寡聚化合物或寡核苷酸，例如本文所述的那些。
用本文提供的方法可治疗、预防和/或改善的与DNM2相关的疾病的实例包括中央核肌病(CNM)、夏-马-图三氏病(CMT)和杜氏肌营养不良(DMD)。中央核肌病包括X连锁CNM(XLCNM)、常染色体显性CNM(ADCNM)和常染色体隐性CNM(ARCNM)。几个基因中的突变与CNM相关，包括MTM1、BIN1和DNM2中的突变。其他基因也与CNM样肌病有关：编码兰尼碱受体(ryanodine receptor)的RYR1、编码肌联蛋白(Titin)的TTN、CCDC78(OMIM 614807)和磷酸肌醇磷酸酶MTMR14(称为hJUMPY；OMIM 160150)。
在某些实施方案中，治疗、预防或改善个体中与DNM2相关的疾病的方法包括向该个体施用包含靶向DNM2的反义化合物的化合物，从而治疗、预防或改善该疾病。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物互补的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物是本文所述的化合物。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14、外显子10或3’-UTR互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13或内含子14互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263或97,378-104,979内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为12至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含由SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列组成的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含具有由SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在任何前述实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度可以是10至30个相连核苷。在某些实施方案中，化合物是化合物编号951799、949935、950023、950089、951372、950060或950132。在任何前述实施方案中，化合物可以是单链或双链的。在任何前述实施方案中，化合物可以是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，将化合物皮下、皮内、结节内(intranodally)、髓内、肌内、胸骨内施用，通过静脉内(i.v.)注射、通过输注技术或腹膜内施用给个体。在某些实施方案中，将化合物通过皮下注射施用给个体。在某些实施方案中，施用化合物增加或保持了体重或肌肉强度。
在某些实施方案中，治疗、预防或改善CNM、DMD或CMT的方法包括向个体施用包含与DNM2核酸互补的修饰的寡核苷酸的化合物，从而治疗、预防或改善CNM、DMD或CMT。在某些实施方案中，化合物是本文所述的化合物。在某些实施方案中，化合物是靶向DNM2的反义化合物。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14、外显子10或3’-UTR互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13或内含子14互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263或97,378-104,979内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为12至50个相连核苷并具有包含SEQID NO：7-3134中任一个的核碱基序列的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含由SEQ ID NO：7-3134中任一项的核碱基序列组成的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含具有由SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在任一前述实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度可以是10至30个相连核苷。在某些实施方案中，化合物是化合物编号951799、949935、950023、950089、951372、950060或950132。在任一前述实施方案中，化合物可以是单链或双链的。在任一前述实施方案中，化合物可以是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，将化合物皮下、皮内、肿瘤内、结节内(intranodally)、髓内、肌内、胸骨内施用，通过静脉内(i.v.)注射、通过输注技术或腹膜内施用给个体。在某些实施方案中，将化合物全身性地如通过皮下或肌内注射施用给个体。在某些实施方案中，施用化合物增加或保持了体重或肌肉强度。在某些这样的实施方案中，减少了从地板上起来所花费的时间，九米行走时间或爬上四个楼梯所花费的时间。在某些实施方案中，提高了举重能力，6分钟步行距离或腿功能等级。在某些实施方案中，肺功能或心脏功能得到改善。在某些实施方案中，该个体被鉴定为患有或有患与DNM2相关的疾病的风险。患有与DNM2相关的疾病的风险因素的实例包括但不限于遗传易感性，例如选自MTM1、BIN1和DNM2的至少一种基因中的突变。
在某些实施方案中，抑制患有与DNM2相关的疾病或有患该疾病的风险的个体中DNM2表达的方法包括，向该个体施用包含与DNM2核酸互补的修饰的寡核苷酸的化合物，从而抑制该个体中DNM2的表达。在某些实施方案中，施用化合物抑制了DNM2在骨骼肌中的表达。在某些实施方案中，个体患有CNM、DMD或CMT，或有患所述疾病的风险。在某些实施方案中，化合物包含靶向DNM2的反义化合物。在某些实施方案中，反义化合物包含与DNM2核酸转录物互补的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物是本文所述的化合物。在某些实施方案中，化合物包含修饰的寡核苷酸或由其组成，所述修饰的寡核苷酸与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14、外显子10或3’-UTR互补。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13或内含子14互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263或97,378-104,979内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为12至50个相连核苷并具有包含SEQID NO：7-3134中任一个的核碱基序列的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含由SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列组成的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含具有由SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在任何前述实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度可以是10至30个相连核苷。在某些实施方案中，化合物是化合物编号951799、949935、950023、950089、951372、950060或950132。在任何前述实施方案中，化合物可以是单链或双链的。在任何前述实施方案中，化合物可以是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，将化合物皮下、皮内、结节内、髓内、肌内、胸骨内施用，通过静脉内(i.v.)注射、通过输注技术或腹膜内施用给个体。在某些实施方案中，将化合物全身性施用给个体，例如通过皮下或肌内注射。在某些实施方案中，施用化合物增加或保持了体重或肌肉强度。在某些实施方案中，个体被鉴定为患有与DNM2相关的疾病或有患该病的风险。
在某些实施方案中，抑制DNM2在细胞中表达的方法包括使细胞与包含靶向DNM2的反义化合物的化合物接触，从而抑制DNM2在细胞中的表达。在一个实施方案中，DNM2的表达被抑制至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％。在一个实施方案中，与未处理或对照样品相比，DNM2的表达被抑制至少50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。在一个实施方案中，该方法是体外方法。在某些实施方案中，细胞是肌肉细胞。在某些实施方案中，细胞是骨骼肌细胞。在某些实施方案中，肌肉细胞处于患有CNM、DMD或CMT或有患所述疾病风险的个体中。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物互补的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物是本文所述的化合物。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14、外显子10或3’-UTR互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13或内含子14互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263或97,378-104,979内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为12至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含由SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列组成的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含具有由SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在任何前述实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度可以是10至30个相连核苷。在某些实施方案中，化合物是化合物编号951799、949935、950023、950089、951372、950060或950132。在任何前述实施方案中，化合物可以是单链或双链的。在任何前述实施方案中，化合物可以是反义化合物或寡聚化合物。
在某些实施方案中，增加或保持患有与DNM2相关的疾病或有患该疾病的风险的个体的体重或肌肉强度的方法包括，向该个体施用包含靶向DNM2的反义化合物的化合物，从而增加或保持个体的体重或肌肉强度。在某些这样的实施方案中，减少了从地板上起来所花费的时间，九米行走时间或爬上四个楼梯所花费的时间。在某些实施方案中，提高了举重能力，6分钟步行距离或腿功能等级。在某些实施方案中，肺功能或心脏功能得到改善。在某些实施方案中，个体患有CNM、DMD或CMT或有患所述疾病的风险。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物互补的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物是本文所述的化合物。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14、外显子10或3’-UTR互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13或内含子14互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263或97,378-104,979内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为12至50个相连核苷并具有包含SEQ IDNO：7-3134中任一个的核碱基序列的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含由SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列组成的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含具有由SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在任何前述实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度可以是10至30个相连核苷。在某些实施方案中，化合物是化合物编号951799、949935、950023、950089、951372、950060或950132。在任何前述实施方案中，化合物可以是单链或双链的。在任何前述实施方案中，化合物可以是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，将化合物皮下、皮内、结节内、髓内、肌内、胸骨内施用，通过静脉内(i.v.)注射、通过输注技术或腹膜内施用给个体。在某些实施方案中，将化合物全身性施用给个体，例如通过皮下或肌内注射。在某些实施方案中，个体被鉴定为患有与DNM2相关的疾病或有患该病的风险。
某些实施方案涉及包含靶向DNM2的反义化合物的化合物，用于治疗与DNM2相关的疾病。在某些实施方案中，该疾病是CNM、DMD或CMT。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物互补的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物是本文所述的化合物。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14、外显子10或3’-UTR互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287；87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13或内含子14互补的修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263或97,378-104,979内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并具有包含SEQ IDNO：7-3134中任一个核碱基序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为12至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含由SEQID NO：7-3134中任一个的核碱基序列组成的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含具有由SEQID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在任何前述实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度可以是10至30个相连核苷。在某些实施方案中，化合物是化合物编号951799、949935、950023、950089、951372、950060或950132。在任何前述实施方案中，化合物可以是单链或双链的。在任何前述实施方案中，化合物可以是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，将化合物皮下、皮内、结节内、髓内、肌内、胸骨内施用，通过静脉内(i.v.)注射、通过输注技术或腹膜内施用给个体。在某些实施方案中，将化合物全身性地施用给个体，例如通过皮下或肌内注射。
某些实施方案涉及包含靶向DNM2的反义化合物的化合物，用于增加或保持患有CNM、DMD或CMT或有患所述疾病风险的个体的体重或肌肉强度。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物互补的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物是本文所述的化合物。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14、外显子10或3’-UTR互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13或内含子14互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263或97,378-104,979内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为12至50个相连核苷并具有包含SEQ IDNO：7-3134中任一个的核碱基序列的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含由SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列组成的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含具有由SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在任何前述实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度可以是10至30个相连核苷。在某些实施方案中，化合物是化合物编号951799、949935、950023、950089、951372、950060或950132。在任何前述实施方案中，化合物可以是单链或双链的。在任何前述实施方案中，化合物可以是反义化合物或寡聚化合物。
某些实施方案涉及包含靶向DNM2的反义化合物的化合物在制造或制备用于治疗与DNM2相关的疾病的药物中的用途。某些实施方案涉及包含靶向DNM2的反义化合物的化合物在制备用于治疗与DNM2相关的疾病的药物中的用途。在某些实施方案中，疾病是CNM、DMD或CMT。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物互补的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物是本文所述的化合物。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14、外显子10或3’-UTR互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13或内含子14互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263或97,378-104,979内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为12至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含由SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列组成的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含具有由SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在任何前述实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度可以是10至30个相连核苷。在某些实施方案中，化合物是化合物编号951799、949935、950023、950089、951372、950060或950132。在任何前述实施方案中，化合物可以是单链或双链的。在任何前述实施方案中，化合物可以是反义化合物或寡聚化合物。
某些实施方案涉及包含靶向DNM2的反义化合物的化合物在制造或制备用于增加或保持患有CNM、DMD或CMT或有患所述疾病风险的个体的体重或肌肉强度的药物中的用途。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物互补的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物是本文所述的化合物。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13、内含子14、外显子10或3’-UTR互补的修饰的寡核苷酸,或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸转录物的内含子1、内含子11、内含子12、内含子13或内含子14互补的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核苷酸3,404-44,737、83,573-87,287、87,359-90,915、90,968-97,263或97,378-104,979内的序列互补。在某些实施方案中，化合物包含长度为8至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个核碱基序列的至少8个连续核碱基的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为12至50个相连核苷并具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含由SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列组成的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含具有由SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸。在任何前述实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度可以是10至30个相连核苷。在某些实施方案中，化合物是化合物编号951799、949935、950023、950089、951372、950060或950132。在任何前述实施方案中，化合物可以是单链或双链的。在任何前述实施方案中，化合物可以是反义化合物或寡聚化合物。
在任何前述方法或用途中，化合物可以靶向DNM2核酸转录物。在某些实施方案中，化合物包含修饰的寡核苷酸或由其组成，例如长度为8至50个相连核苷、长度为10至30个相连核苷、长度为12至30个相连核苷或长度为20个相连核苷的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1、2、3或3135中所述的任何核碱基序列至少80％、85％、90％、95％或100％互补。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含至少一个修饰的核苷间连接、至少一个修饰的糖和至少一个修饰的核碱基。在某些这样的实施方案中，至少一个修饰的核苷间连接是硫代磷酸酯核苷间连接，至少一个修饰的糖是二环糖，并且至少一个修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含由相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段、由相连核苷组成的5’翼区段和由相连核苷组成的3’翼区段，其中间隔区段紧邻5’翼区段和3’翼区段并在其之间，并且其中每个末端翼核苷均包含修饰的糖。
在任何前述实施方案中，修饰的寡核苷酸的长度可以是12至30、15至30、15至25、15至24、16至24、17至24、18至24、19至24、20至24、19至22、20至22、16至20或17或20个相连核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1、2、3或3135中所述的任何核碱基序列至少80％、85％、90％、95％或100％互补。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含至少一个修饰的核苷间连接、至少一个修饰的糖和至少一个修饰的核碱基。在某些实施方案中，至少一个修饰的核苷间连接是硫代磷酸酯核苷间连接，至少一个修饰的糖是二环糖，并且至少一个修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含由相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段、由相连核苷组成的5’翼区段以及由相连核苷组成的3’翼区段，其中间隔区段紧邻5’翼区段和3’翼区段并在其之间，并且其中每个末端翼核苷都包含修饰的糖。
在任何前述方法或用途中，化合物包含长度为16至30个相连核苷并具有包含SEQID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列的修饰的寡核苷酸，或由其组成，其中修饰的寡核苷酸包含：
由相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段；
由相连核苷组成的5’翼区段；和
由相连核苷组成的3’翼区段；
其中间隔区段位于5’翼区段和3’翼区段之间，并且其中每个翼区段的每个核苷均包含修饰的糖。
在任何前述方法或用途中，化合物包含长度为16至30个相连核苷并具有包含SEQID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列的修饰的寡核苷酸，或由其组成，其中修饰的寡核苷酸包含：
由相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段；
由相连核苷组成的5’翼区段；和
由相连核苷组成的3’翼区段；
其中间隔区段位于5’翼区段和3’翼区段之间，其中每个末端翼核苷均包含修饰的糖。
在任何前述方法或用途中，化合物包含长度为16至50个相连核苷并具有包含SEQID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个所述的序列或由其组成的核碱基序列的修饰的寡核苷酸，或由其组成，其中修饰的寡核苷酸包含：
由10个相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段；
由3个相连核苷组成的5’翼区段；和
由3个相连核苷组成的3’翼区段；
其中间隔区段位于5’翼区段和3’翼区段之间，其中每个翼区段的每个核苷均包含cEt糖；其中每个核苷间连接均是硫代磷酸酯连接，并且其中每个胞嘧啶均是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由16-30个相连核苷组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由16个相连核苷组成。
在一个实施方案中，在任何前述方法或用途中，化合物具有以下化学结构：
Figure BDA0002681875390000521
[SEQ ID NO：2879]。
在一个实施方案中，在任何前述方法或用途中，化合物可以全身施用。在某些实施方案中，任何前述方法或用途的化合物可以通过注射或输注施用。在某些实施方案中，任何前述方法或用途的化合物可通过皮下施用、静脉内施用、肌肉内施用、动脉内施用、腹膜内施用或颅内施用，例如鞘内或脑室内施用。在某些实施方案中，将化合物皮内、结节内、髓内或胸骨内施用给个体。在某些实施方案中，任何前述方法或用途的化合物可以口服施用。
某些组合和组合疗法
在某些实施方案中，将包含本文所述的化合物的第一药剂与一种或多种第二药剂共同施用。在某些实施方案中，此类第二药剂被设计为治疗与本文所述的第一药剂相同的疾病、病症或病况。在某些实施方案中，此类第二药剂被设计为治疗与本文所述的第一药剂不同的疾病、病症或病况。在某些实施方案中，第一药剂被设计为治疗第二药剂的不期望的副作用。在某些实施方案中，第二药剂与第一药剂共同施用以治疗第一药剂的不期望的作用。在某些实施方案中，此类第二药剂被设计成治疗一种或多种本文所述的药物组合物的不希望的副作用。在某些实施方案中，第二药剂与第一药剂共同施用以产生组合作用。在某些实施方案中，第二药剂与第一药剂共同施用以产生协同作用。在某些实施方案中，第一药剂和第二药剂的共同施用允许使用比药剂作为独立疗法施用时而达到治疗或预防效果所需的剂量更低的剂量。
在某些实施方案中，本文提供的一种或多种化合物或组合物与一种或多种第二药剂共同施用。在某些实施方案中，本文提供的一种或多种化合物或组合物和一种或多种第二药剂在不同时间施用。在某些实施方案中，本文提供的一种或多种化合物或组合物和一种或多种第二药剂以单一制剂一起制备。在某些实施方案中，分开制备本文提供的一种或多种化合物或组合物以及一种或多种第二药剂。
某些实施方案涉及与第二药剂的组合的本文所述的包含与DNM2核酸转录物互补的修饰的寡核苷酸的化合物的用途。在特定的实施方案中，这样的用途是用于治疗患有CNM、DMD或CMT的患者的方法，或用于制备或制造用于治疗CNM、DMD或CMT的药物。
在某些实施方案中，通过同时、单独或依次施用两种试剂，将本文所述的包含与DNM2核酸转录物互补的修饰的寡核苷酸的化合物和第二药剂用于组合治疗。在某些实施方案中，两种试剂被配制成固定剂量组合产品。在其他实施方案中，将两种药剂作为独立的单元提供给患者，其然后可以同时或连续(顺序)服用。
某些化合物
在某些实施方案中，本文所述的化合物可以是反义化合物。在某些实施方案中，反义化合物包含寡聚化合物或由其组成。在某些实施方案中，寡聚化合物包含修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸具有与靶核酸的核碱基互补的核碱基序列。
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸具有与靶核酸的核碱基互补的核碱基序列。
在某些实施方案中，化合物或反义化合物是单链的。这样的单链化合物或反义化合物包含寡聚化合物或由其组成。在某些实施方案中，这样的寡聚化合物包含寡核苷酸和任选的缀合基团，或由其组成。在某些实施方案中，寡核苷酸是反义寡核苷酸。在某些实施方案中，寡核苷酸被修饰。在某些实施方案中，单链反义化合物或寡聚化合物的寡核苷酸包含自互补核碱基序列。
在某些实施方案中，化合物或反义化合物是双链的。这样的双链化合物包括第一寡聚化合物以及第二寡聚化合物，第一寡聚化合物包含具有与靶核酸互补的区域的第一修饰寡核苷酸或由其组成，第二寡聚化合物包含具有与第一修饰寡核苷酸互补的区域的第二寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，第一寡核苷酸与第二寡核苷酸100％互补。在某些实施方案中，第一和第二寡核苷酸包括非互补的突出核苷。在某些实施方案中，第一修饰寡核苷酸包含未修饰的核糖基糖部分，如在RNA中发现的那些。在这样的实施方案中，第一和/或第二寡核苷酸中的胸腺嘧啶核碱基被尿嘧啶核碱基替代。在某些实施方案中，第一和/或第二寡聚化合物包含缀合基团。在某些实施方案中，第一修饰寡核苷酸的长度为12-30个相连核苷，而第二寡核苷酸的长度为12-30个相连核苷。在某些实施方案中，第二寡核苷酸被修饰。在某些实施方案中，第一修饰寡核苷酸具有包含SEQ ID NO：7-3134中任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。
单链和双链化合物的实例包括但不限于寡核苷酸、siRNA，靶向寡核苷酸的microRNA和单链RNAi化合物，例如小发夹RNA(shRNA)、单链siRNA(ssRNA)和microRNA模拟物。
在某些实施方案中，本文所述的化合物具有核碱基序列，当以5’至3’方向书写时，其包含其所靶向的靶核酸的靶区段的反向互补序列。
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为10至30个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为12至30个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为12至22个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为14至30个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为14至20个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为15至30个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为15至20个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为16至30个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为16至20个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为17至30个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为17至20个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为18至30个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为18至21个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为18至20个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为20至30个相连亚单位的寡核苷酸。换句话说，这样的寡核苷酸的长度分别是12至30个相连亚单位、14至30个相连亚单位、14至20个亚单位、15至30个亚单位、15至20个亚单位、16至30个亚单位、16至20个亚单位、17至30个亚单位、17至20个亚单位、18至30个亚单位、18至20个亚单位、18至21个亚单位或20至30个亚单位或12至22个相连亚单位。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为14个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为16个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为17个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为18个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为19个相连亚单位的寡核苷酸。在某些实施方案中，本文所述的化合物包含长度为20个相连亚单位的寡核苷酸。在其他实施方案中，本文所述的化合物包含8至80、12至50、13至30、13至50、14至30、14至50、15至30、15至50、16至30、16至50、17到30、17到50、18到22、18至24、18至30、18至50、19至22、19至30、19至50或20至30个相连亚单位的寡核苷酸。在某些此类实施方案中，本文所述的化合物包含长度为8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个或上述任意两个值定义的范围的相连亚单位的寡核苷酸。在一些实施方案中，相连亚单位是核苷酸、核苷或核碱基。
在某些实施方案中，化合物可进一步包含连接至寡核苷酸的另外的特征或成分，例如缀合基团。在某些实施方案中，此类化合物是反义化合物。在某些实施方案中，此类化合物是寡聚化合物。在缀合基团包含核苷(即将缀合基团连接至寡核苷酸的核苷)的实施方案中，缀合基团的核苷不计入寡核苷酸的长度。
在某些实施方案中，化合物可以被缩短或截短。例如，可以从5’端(5’截短)删除单个亚单位，或者从3’端(3’截短)删除单个亚单位。靶向DNM2核酸的缩短或截短的化合物可以从化合物的5’端删除两个亚单位，或者可以从3’端删除两个亚单位。或者，删除的核苷可分散在整个化合物中。
当单个额外的亚单位存在于加长的化合物中时，该额外的亚单位可位于化合物的5’或3’端。当存在两个或更多个额外的亚单位时，添加的亚单位可以在化合物中彼此相邻，例如，化合物具有添加到5’端(5’加成)或3’端(3’端)的两个亚单位。或者，添加的亚单位可分散在整个化合物中。
可增加或减少化合物(例如寡核苷酸)的长度和/或引入错配碱基而不会消除活性(Woolf等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1992,89:7305-7309；Gautschi等人，J.Natl.Cancer Inst.2001年3月,93:463-471；Maher和Dolnick Nuc.Acid.Res.1998,16:3341-3358)。然而，寡核苷酸序列、化学和基序上的小变化似乎会使临床开发所需的许多性质中的一项或多项产生巨大差异(Seth等人，J.Med.Chem.2009,52,10；Egli等人，J.Am.Chem.Soc.2011,133,16642)。
在某些实施方案中，本文所述的化合物是干扰RNA化合物(RNAi)，其包括双链RNA化合物(也称为短干扰RNA或siRNA)和单链RNAi化合物(或ssRNA)。这样的化合物至少部分通过RISC途径起作用以降解和/或静息(sequester)靶核酸(因此，包括microRNA/microRNA模拟化合物)。如本文所用，术语siRNA意在等同于用于描述能够介导序列特异性RNAi的核酸分子的其他术语，例如短干扰RNA(siRNA)、双链RNA(dsRNA)、micro-RNA(miRNA)、短发夹RNA(shRNA)、短干扰寡核苷酸、短干扰核酸、短干扰修饰寡核苷酸、化学修饰的siRNA、转录后基因沉默RNA(ptgsRNA)等。另外，如本文所用，术语“RNAi”意在等同于用于描述序列特异性RNA干扰的其他术语，例如转录后基因沉默、翻译抑制或表观遗传学。
在某些实施方案中，本文所述的化合物可包含本文所述的靶向DNM2核酸转录物的任何寡核苷酸序列。在某些实施方案中，化合物可以是双链的。在某些实施方案中，化合物包含第一链和第二链，第一链包含SEQ ID NO：7-3134中任一个的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的部分。在某些实施方案中，化合物可以是双链的。在某些实施方案中，化合物包含第一链和第二条链，第一链包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的部分。在某些实施方案中，化合物可以是双链的。在某些实施方案中，化合物包含第一链和第二链，第一链包含SEQ ID NO：2879的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的部分。在某些实施方案中，化合物包含第一链和第二链，第一链包含SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含第一链和第二链，第一链包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含第一链和第二链，第一链包含SEQ ID NO：2879的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含核糖核苷酸，其中第一链具有尿嘧啶(U)代替SEQ ID NO：7-3134任一个的胸腺嘧啶(T)。在某些实施方案中，化合物包含(i)第一链和(ii)第二链，所述第一链包含与DNM2核酸上的位点互补的核碱基序列，SEQ ID NO：7-3134中任一个与DNM2核酸互补。在某些实施方案中，化合物包含一个或多个修饰的核苷酸，其中糖的2’位置包含卤素(例如氟基，2’-F)或包含烷氧基(例如甲氧基，2’-OMe)。在某些实施方案中，化合物包含至少一个2’-F糖修饰和至少一个2’-OMe糖修饰。在某些实施方案中，对于沿dsRNA化合物的链的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、15、16、17、18、19或20个连续核碱基，至少一个2’-F糖修饰物和至少一个2’-OMe糖修饰以交替的方式排列。在某些实施方案中，化合物在相邻核苷酸之间包含一个或多个与天然存在的磷酸二酯连接不同的连接。这样的连接的实例包括磷酰胺、硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯连接。化合物也可以是如美国专利No.6,673,661中所教导的化学修饰的核酸分子。在其他实施方案中，化合物包含一个或两个加帽的链，如例如2000年4月19日提交的WO00/63364所公开的。
在某些实施方案中，化合物的第一链是siRNA引导链，并且化合物的第二链是siRNA过客链。在某些实施方案中，化合物的第二链与第一链互补。在某些实施方案中，化合物的每条链的长度为16、17、18、19、20、21、22或23个相连核苷。在某些实施方案中，化合物的第一或第二链可包含缀合基团。
在某些实施方案中，本文所述的化合物可包含本文所述的靶向DNM2核酸的任何寡核苷酸序列。在某些实施方案中，化合物是单链的。在某些实施方案中，这样的化合物是单链RNAi(ssRNAi)化合物。在某些实施方案中，化合物包含SEQ ID NO：7-3134中任一个的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的部分。在某些实施方案中，化合物包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189、2453、2160或2232中任一个的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的部分。在某些实施方案中，化合物包含SEQID NO：2879的至少8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续核碱基的部分。在某些实施方案中，化合物包含SEQ ID NO：7-3134中任一个的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含SEQ ID NO：2879、3056、2123、2189，2453、2160或2232中任一个的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含SEQ ID NO：2879的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含其中SEQ ID NO：7-3134中任一个的胸腺嘧啶(T)被尿嘧啶(U)代替的核糖核苷酸。在某些实施方案中，化合物包含与SEQ ID NO：7-3134中任一个所靶向的DNM2上的位点互补的核碱基序列。在某些实施方案中，化合物包含一个或多个修饰的核苷酸，其中糖的2’位置包含卤素(例如氟基，2’-F)或包含烷氧基(例如甲氧基，2’-OMe)。在某些实施方案中，化合物包含至少一个2’-F糖修饰和至少一个2’-OMe糖修饰。在某些实施方案中，对于沿化合物的链的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、15、16、17、18、19或20个连续核碱基，所述至少一个2’-F糖修饰和至少一个2’-OMe糖修饰以交替的方式排列。在某些实施方案中，化合物在相邻核苷酸之间包含不是天然存在的磷酸二酯连接的一个或多个连接。这样的连接的实例包括磷酰胺、硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯连接。化合物也可以是如美国专利No.6,673,661中所教导的化学修饰的核酸分子。在其他实施方案中，化合物包含加帽的链，如例如2000年4月19日提交的WO00/63364所公开的。在某些实施方案中，化合物由16、17、18、19、20、21、22或23个相连核苷组成。在某些实施方案中，化合物可以包含缀合基团。
本文所述的某些化合物(例如，修饰的寡核苷酸)具有一个或多个不对称中心，并且因此产生对映异构体、非对映异构体和其他可以根据绝对立体化学定义为(R)或(S)、α或β(例如用于糖异头物)或(D)或(L)(例如用于氨基酸的)的立体异构构型。本文提供的被绘制或描述为具有某些立体异构构型的化合物仅包括所示的化合物。用未定义的立体化学绘制或描述的本文提供的化合物包括所有此类可能的异构体，包括其立体随机和光学纯形式。除非另有说明，否则包括本文提供的化合物的所有互变异构形式。
本文所述的化合物包括其中一个或多个原子被所述元素的非放射性同位素或放射性同位素取代的变化形式。例如，本文的包含氢原子的化合物涵盖了针对每个1H氢原子的所有可能的氘取代。本文化合物涵盖的同位素取代包括但不限于2H或3H取代1H、13C或14C取代12C、15N取代14N、17O或18O取代16O和33S、34S、35S或36S取代32S。在某些实施方案中，非放射性同位素取代可以赋予寡聚化合物以有利于用作治疗或研究工具的新性质。在某些实施方案中，放射性同位素取代可使化合物适合于研究或诊断目的，例如成像。
某些机理
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，本文所述的化合物是反义化合物。在某些实施方案中，化合物包括寡聚化合物。在某些实施方案中，本文所述的化合物能够与DNM2靶核酸杂交，导致至少一种反义活性。在某些实施方案中，本文所述的化合物选择性地影响一种或多种靶核酸。此类化合物包含核碱基序列，所述核碱基序列与一种或多种靶核酸杂交导致一种或多种期望的反义活性，并且不与一种或多种非靶核酸杂交，或不以导致显著的不希望的反义活性的方式与一种或多种非靶核酸杂交。
在某些反义活性中，本文所述的化合物与靶核酸的杂交导致裂解靶核酸的蛋白的募集。例如，本文所述的某些化合物导致RNase H介导的靶核酸的切割。RNase H是一种细胞内切核酸酶，其切割RNA：DNA双链体的RNA链。这种RNA：DNA双链体中的DNA不必是未修饰的DNA。在某些实施方案中，本文所述的化合物足够“DNA样”以引发RNase H活性。此外，在某些实施方案中，可容忍在gapmer的间隔(gap)中的一个或多个非DNA样核苷。
在某些反义活性中，将本文所述的化合物或化合物的部分装载至RNA诱导的沉默复合物(RISC)中，最终导致靶核酸的切割。例如，本文所述的某些化合物导致Argonaute切割靶核酸。装载到RISC中的化合物是RNAi化合物。RNAi化合物可以是双链的(siRNA)或单链的(ssRNA)。
反义活性可以直接或间接观察到。在某些实施方案中，反义活性的观察或检测涉及观察或检测靶核酸或由这种靶核酸编码的蛋白的量的变化、核酸或蛋白剪接变体的比率变化和/或细胞或动物的表型变化。
靶核酸、靶区域和核苷酸序列
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含寡核苷酸或由其组成，所述寡核苷酸包含与靶核酸互补的区域。在某些实施方案中，靶核酸是内源RNA分子。在某些实施方案中，靶核酸编码蛋白。在某些此类实施方案中，靶核酸选自：mRNA和pre-mRNA，包括内含子区、外显子区和非翻译区。在某些实施方案中，靶RNA是mRNA。在某些实施方案中，靶核酸是pre-mRNA。在某些实施方案中，pre-mRNA和相应的mRNA均为单个化合物的靶核酸。在某些此类实施方案中，靶区域完全在靶pre-mRNA的内含子内。在某些实施方案中，靶区域跨越内含子/外显子连接区。在某些实施方案中，靶区域至少50％在内含子内。编码DNM2的靶核酸序列包括但不限于以下：从核苷10715001至10835000截短的RefSeq或GenBank登录号NC_000019.10、NM_004945.3、NM_001005361.2或NM_001005360.2(分别为SEQ ID NO：1、2、3和3135)。
杂交
在一些实施方案中，在本文公开的化合物与DNM2核酸之间发生杂交。杂交的最常见机制涉及核酸分子的互补核碱基之间的氢键合(例如，Watson-Crick、Hoogsteen或反向Hoogsteen氢键合)。
杂交可以在不同条件下发生。杂交条件是序列依赖的，并由待杂交的核酸分子的性质和组成决定。
确定序列是否可与靶核酸特异性杂交的方法是本领域众所周知的。在某些实施方案中，本文提供的化合物可与DNM2核酸特异性杂交。
互补性
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，本文所述的化合物是反义化合物。在某些实施方案中，化合物包括寡聚化合物。在某些实施方案中，与DNM2核酸互补的寡核苷酸包含与DNM2核酸不互补但可容忍的核碱基，前提是化合物仍能够与靶核酸特异性杂交。此外，化合物可在DNM2核酸的一个或多个区段上杂交，使得中间或邻近区段(例如，环结构、错配或发夹结构)不参与杂交事件。
在某些实施方案中，本文提供的化合物或其指定部分与DNM2核酸、靶区域、靶区段或其指定部分的互补性为、至少为或高达70％、80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。在某些实施方案中，本文提供的化合物或其指定部分与DNM2核酸、靶区域、靶区段或其指定部分的互补性为70％至75％、75％至80％、80％至85％、85％至90％、90％至95％、95％至100％或这些范围之间的任何数字。可以使用常规方法确定化合物与靶核酸的互补性百分比。
例如，化合物的20个核碱基的18个与靶区域互补并且因此会特异性杂交，则该化合物将表现出90％的互补性。在该实例中，剩余的非互补核碱基可以成簇或与互补核碱基散布，并且不需要彼此邻接或与互补核碱基邻接。这样，长度为18个核碱基、具有四个非互补核碱基的化合物与靶核酸的整体互补性为77.8％，所述四个非互补核碱基的侧翼是与靶核酸完全互补的两个区域。化合物与靶核酸区域的互补性百分比可使用本领域已知的BLAST程序(基本的局部比对搜索工具)和PowerBLAST程序常规确定(Altschul等人，J.Mol.Biol.,1990,215,403 410；Zhang和Madden,Genome Res.,1997,7,649 656)。同源性、序列同一性或互补性百分比可以通过例如使用Smith和Waterman的算法的(Adv.Appl.Math.,1981,2,482 489)Gap程序(Wisconsin Sequence Analysis Package,Unix第8版，Genetics Computer Group,University Research Park,Madison Wis.)、使用默认设置确定。
在某些实施方案中，本文所述的化合物或其指定部分与靶核酸或其指定部分完全互补(即100％互补)。例如，化合物可以与DNM2核酸或其靶区域或靶区段或靶序列100％互补。如本文所用，“完全互补”是指化合物的每个核碱基均与靶核酸的相应核碱基互补。例如，20个核碱基的化合物与长400个核碱基的靶序列完全互补，只要靶核酸具有与化合物完全互补的相应的20个核碱基部分。针对第一和/或第二核酸的指定部分，也可以使用完全互补。例如，30个核碱基的化合物的20个核碱基的部分可以与400个核碱基长的靶序列“完全互补”。如果靶序列具有相应的20个核碱基部分，其中的每个核碱基与化合物的20个核碱基的部分是互补的，则30个核碱基的化合物的20个核碱基部分与靶序列完全互补。同时，整个30个核碱基的化合物可以或不可以与靶序列完全互补，这取决于化合物的剩余10个核碱基是否也与靶序列互补。
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含相对于靶核酸的一个或多个错配的核碱基。在某些这样的实施方案中，这种错配降低了针对靶标的反义活性，但针对非靶标的活性降低更多。因此，在某些此类实施方案中，化合物的选择性得到改善。在某些实施方案中，错配特别定位在具有gapmer基序的寡核苷酸内。在某些这样的实施方案中，错配位于从间隔区段的5’端开始的1、2、3、4、5、6、7或8位。在某些这样的实施方案中，错配是从间隔区段的3’端开始的9、8、7、6、5、4、3、2、1位。在某些此类实施方案中，错配在从翼区段的5’端开始的1、2、3或4位。在某些此类实施方案中，错配在从翼区段的3’端开始的4、3、2或1位。在某些实施方案中，错配特别定位在不具有gapmer基序的寡核苷酸内。在某些此类实施方案中，错配在从寡核苷酸的5’端开始的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12位。在某些此类实施方案中，错配在从寡核苷酸的3’端开始的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12位。
非互补核碱基的位置可以在化合物的5’端或3’端。或者，一个或多个非互补核碱基可以在化合物的内部位置。当存在两个或更多个非互补核碱基时，它们可以是连续的(即，相连的)或不连续的。在一个实施方案中，非互补核碱基位于gapmer寡核苷酸的翼区段中。
在某些实施方案中，本文所述的长度为或高达11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个核碱基的化合物相对于靶核酸(例如DNM2核酸或其指定部分)包含不超过4、不超过3、不超过2个或不超过1个非互补核碱基。
在某些实施方案中，本文所述的长度为或高达11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个核碱基的化合物相对于靶核酸(例如DNM2核酸或其指定部分)包含不超过6、不超过5、不超过4、不超过3、不超过2或不超过1个非互补核碱基。
在某些实施方案中，本文所述的化合物还包含与靶核酸的部分(区域或区段内的限定数目的连续核碱基)互补的那些。在某些实施方案中，化合物与靶区段的至少8个核碱基的部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶区段的至少9个核碱基的部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶区段的至少10个核碱基的部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶区段的至少111核碱基的部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶区段的至少12个核碱基的部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶区段的至少13个核碱基的部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶区段的至少14个核碱基的部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶区段的至少15个核碱基的部分互补。在某些实施方案中，化合物与靶区段的至少16个核碱基的部分互补。还考虑了与靶区段的至少9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个核碱基的部分或由任何两个这些数值限定的范围的部分互补的化合物。
某些化合物
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含由相连核苷组成的寡核苷酸，或由其组成。寡核苷酸可以是未修饰的寡核苷酸(RNA或DNA)或可以是修饰的寡核苷酸。修饰的寡核苷酸相对于未修饰的RNA或DNA包含至少一个修饰(即，包含至少一个修饰的核苷(包含修饰的糖部分和/或修饰的核碱基)和/或至少一个修饰的核苷间连接)。
I、修饰
A.修饰的核苷
修饰的核苷包含修饰的糖部分或修饰的核碱基或修饰的糖部分和修饰的核碱基两者。
1.修饰的糖部分
在某些实施方案中，糖部分是非双环的修饰糖部分。在某些实施方案中，修饰的糖部分是双环或三环糖部分。在某些实施方案中，修饰的糖部分是糖替代物。这样的糖替代物可以包含一个或多个与其他类型的修饰糖部分的取代相对应的取代。
在某些实施方案中，修饰的糖部分是非双环的修饰呋喃糖基糖部分，其包含一个或多个无环取代基，包括但不限于在2’、4’和/或5’位的取代基。在某些实施方案中，呋喃糖基糖部分是核糖基糖部分。在某些实施方案中，非双环的修饰糖部分的一个或多个无环取代基是分支的。适用于非双环的修饰糖部分的2’-取代基的实例包括但不限于：2’-F、2’-OCH3(“OMe”或“O-甲基”)和2'-O(CH2)2OCH3(“MOE”)。在某些实施方案中，2’-取代基团选自：卤素、烯丙基、氨基、叠氮基、SH、CN、OCN、CF3、OCF3、O-C1-C10烷氧基、O-C1-C10取代的烷氧基、O-C1-C10烷基，O-C1-C10取代的烷基、S-烷基、N(Rm)-烷基、O-烯基、S-烯基、N(Rm)-烯基、O-炔基、S-炔基、N(Rm)-炔基、O-亚烷基-O-烷基、炔基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基、O-芳烷基、O(CH2)2SCH3、O((CH2)2ON(Rm)(Rn)或OCH2C(＝O)-N(Rm)(Rn)，其中每个Rm和Rn独立地为H、氨基保护基或取代或未取代的C1-C10烷基以及2’-取代基，在Cook等人，U.S.6,531,584；Cook等人，U.S.5,859,221；和Cook等人，U.S.6,005,087中描述。这些2’-取代基的某些实施方案可以进一步用一个或多个独立地选自以下的取代基取代：羟基、氨基、烷氧基、羧基、苄基、苯基、硝基(NO2)、巯基、硫代烷氧基(thioalkoxy)、硫代烷基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。适用于非双环的修饰糖部分的4’-取代基的实例包括但不限于烷氧基(例如，甲氧基)、烷基和Manoharan等人WO2015/106128中描述的那些。适用于非双环的修饰糖部分的5’-取代基的实例包括但不限于：5’-甲基(R或S)、5’-乙烯基和5’-甲氧基。在某些实施方案中，非双环的修饰糖包含一个以上的无桥接糖取代基，例如，2’-F-5’-甲基糖部分和Migawa等人WO2008/101157和Rajeev等人US2013/0203836中描述的修饰的糖部分和修饰的核苷。
在某些实施方案中，2’-取代的核苷或2’-非双环的修饰核苷包含糖部分，所述糖部分包含选自以下的无桥接的2’-取代基：F、NH2、N3、OCF3、OCH3、O(CH2)3NH2、CH2CH＝CH2、OCH2CH＝CH2、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2和N取代的乙酰胺(OCH2C(＝O)-N(Rm)(Rn))，其中每个Rm和Rn独立地为H、氨基保护基或取代或未取代的C1-C10烷基。
在某些实施方案中，2’-取代的核苷或2’-非双环的修饰核苷包含糖部分，所述糖部分包含选自以下的无桥接的2’-取代基：F、OCF3、OCH3、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(CH3)2、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2和OCH2C(＝O)-N(H)CH3(“NMA”)。
在某些实施方案中，2’-取代的核苷或2’-非双环的修饰核苷包含糖部分，所述糖部分包含选自以下的无桥接的2’-取代基：F、OCH3和OCH2CH2OCH3。
包含修饰的糖部分如非双环的修饰糖部分的核苷可通过核苷的糖部分上的取代位置来指代。例如，包含2’-取代的或2-修饰的糖部分的核苷被称为2’-取代的核苷或2-修饰的核苷。
某些修饰的糖部分包含桥接糖取代基，该桥接糖取代基形成产生二环糖部分的第二个环。在某些这样的实施方案中，二环糖部分包含4’和2’呋喃糖环原子之间的桥。在某些这样的实施方案中，呋喃糖环是核糖环。此类4’至2’桥接糖取代基的实例包括但不限于：4'-CH2-2'、4'-(CH2)2-2'、4'-(CH2)3-2'、4'-CH2-O-2'(“LNA”)、4'-CH2-S-2'、4'-(CH2)2-O-2'(“ENA”)、4'-CH(CH3)-O-2'(在S构型时称为“受限乙基”或“cEt”)、4’-CH2-O-CH2-2’、4’-CH2-N(R)-2’、4'-CH(CH2OCH3)-O-2'(“受限MOE”或“cMOE”)及其类似物(参见例如Seth等人，U.S.7,399,845，Bhat等人，U.S.7,569,686，Swayze等人，U.S.7,741,457和Swayze等人，U.S.8,022,193)、4'-C(CH3)(CH3)-O-2'及其类似物(参见例如，Seth等人，U.S.8,278,283)、4'-CH2-N(OCH3)-2'及其类似物(参见例如Prakash等人，U.S.8,278,425)、4'-CH2-O-N(CH3)-2'(参见例如Allerson等人，U.S.7,696,345和Allerson等人，U.S.8,124,745)、4'-CH2-C(H)(CH3)-2'(参见例如Zhou,等人，J.Org.Chem.,2009，74,118-134)、4'-CH2-C(＝CH2)-2'及其类似物(参见例如，Seth等人，U.S.8,278,426)、4’-C(RaRb)-N(R)-O-2’、4’-C(RaRb)-O-N(R)-2’、4'-CH2-O-N(R)-2'和4'-CH2-N(R)-O-2'，其中每个R、Ra和Rb独立的是H、保护基或C1-C12烷基(参见例如Imanishi等人,U.S.7,427,672)。
在某些实施方案中，这样的4’至2’桥独立地包括1至4个独立地选自以下的连接基团：-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(Ra)＝C(Rb)-、-C(Ra)＝N-、-C(＝NRa)-、-C(＝O)-、-C(＝S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(＝O)x-和-N(Ra)-；
其中：
x是0、1或2；
n为1、2、3或4；
每个Ra和Rb独立地是H、保护基、羟基、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、杂环基、取代的杂环基、杂芳基、取代的杂芳基、C5-C7脂环基、取代的C5-C7脂环基、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C(＝O)-H)、取代的酰基、CN、磺酰基(S(＝O)2-J1)或硫酰基(S(＝O)-J1)；并且
J1和J2每个独立地是H、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、酰基(C(＝O)-H)、取代的酰基、杂环基、取代的杂环基、C1-C12氨基烷基、取代的C1-C12氨基烷基或保护基。
另外的二环糖部分在本领域中是已知的，参见例如：Freier等人，Nucleic AcidsResearch,1997,25(22),4429-4443，Albaek等人，J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740，Singh等人，Chem.Commun.,1998,4,455-456；Koshkin等人，Tetrahedron,1998,54,3607-3630；Kumar等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222；Singh等人，J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039；Srivastava等人，J.Am.Chem.Soc.,20017,129,8362-8379；Elayadi等人；Wengel等人，U.S.7,053,207；Imanishi等人，U.S.6,268,490；Imanishi等人，U.S.6,770,748；Imanishi等人，U.S.RE44,779；Wengel等人，U.S.6,794,499；Wengel等人，U.S.6,670,461；Wengel等人，U.S.7,034,133；Wengel等人，U.S.8,080,644；Wengel等人，U.S.8,034,909；Wengel等人，U.S.8,153,365；Wengel等人，U.S.7,572,582和Ramasamy等人，U.S.6,525,191；Torsten等人，WO 2004/106356；Wengel等人，WO 1999/014226；Seth等人，WO2007/134181；Seth等人，U.S.7,547,684；Seth等人，U.S.7,666,854；Seth等人，U.S.8,088,746；Seth等人，U.S.7,750,131；Seth等人，U.S.8,030,467；Seth等人，U.S.8,268,980；Seth等人，U.S.8,546,556；Seth等人，U.S.8,530,640；Migawa等人，U.S.9,012,421；Seth等人，U.S.8,501,805和美国专利公开号Allerson等人，US2008/0039618和Migawa等人，US2015/0191727。
在某些实施方案中，二环糖部分和引入这种二环糖部分的核苷通过异构体构型进一步定义。例如，LNA核苷(本文所述)可以是α-L构型或β-D构型。
Figure BDA0002681875390000681
α-L-亚甲氧基(4’-CH2-O-2’)或α-L-LNA二环核苷已被引入显示出反义活性的反义寡核苷酸中(Frieden等人，Nucleic Acids Research，2003，21，6365-6372)。在本文中，二环核苷的一般描述包括两个异构体构型。当在本文示例性实施方案中鉴定特定二环核苷(例如，LNA)的位置时，除非另有说明，否则它们处于β-D构型。
在某些实施方案中，修饰的糖部分包含一个或多个无桥接糖取代基和一个或多个桥接糖取代基(例如5’-取代的和4’-2’桥接的糖)。
在某些实施方案中，修饰的糖部分是糖替代物。在某些这样的实施方案中，糖部分的氧原子被例如硫、碳或氮原子取代。在某些这样的实施方案中，这样的修饰的糖部分还包含如本文所述的桥接和/或无桥接取代基。例如，某些糖替代物包含4’-硫原子和在2’-位(参见，例如，Bhat等人，US 7,875,733和Bhat等人，US 7,939,677)和/或5’位的取代。
在某些实施方案中，糖替代物包含具有不为5个原子的环。例如，在某些实施方案中，糖替代物包含六元四氢吡喃(“THP”)。此类四氢吡喃可被进一步修饰或取代。包含此类修饰的四氢吡喃的核苷包括但不限于己糖醇核酸(“HNA”)、anitol核酸(“ANA”)、甘露糖醇核酸(“MNA”)(参见，例如，Leumann,CJ.Bioorg.&Med.Chem.2002,10,841-854)、氟代HNA：
Figure BDA0002681875390000691
(“F-HNA”，参见例如Swayze等人，U.S.8,088,904；Swayze等人，U.S.8,440,803；Swayze等人，U.S.8,796,437和Swayze等人，U.S.9,005,906；且F-HNA也可以称为F-THP或3’-氟四氢吡喃)，和包含具有下式的其他修饰的THP化合物的核苷：
Figure BDA0002681875390000692
其中，对于每个所述修饰的THP核苷，独立地：
Bx是核碱基部分；
T3和T4分别独立地是将修饰的THP核苷连接至寡核苷酸的剩余部分的核苷间连接基团，或T3和T4之一是将修饰的THP核苷连接至寡核苷酸的剩余部分的核苷间连接基团，且T3和T4的另一个为H、羟基保护基、连接的缀合基团或5’或3’端基团；
q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各自独立地是H、C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基；且
R1和R2各自独立地选自：氢、卤素、取代或未取代的烷氧基、NJ1J2、SJ1、N3、OC(＝X)J1、OC(＝X)NJ1J2、NJ3C(＝X)NJ1J2和CN，其中X为O、S或NJ1，并且J1、J2和J3各自独立地为H或C1-C6烷基。
在某些实施方案中，提供了修饰的THP核苷，其中q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各自独立地是H。在某些实施方案中，q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7中的至少一个不是H。在某些实施方案中，q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7是中的至少一个是甲基。在某些实施方案中，提供了修饰的THP核苷，其中R1和R2之一为F。在某些实施方案中，R1为F且R2为H，在某些实施方案中，R1为甲氧基且R2为H，并且在某些实施方案中，R1为甲氧基乙氧基且R2为H。
在某些实施方案中，糖替代物包含具有多于5个原子和多于1个杂原子的环。例如，已经报道了包含吗啉代糖部分的核苷及其在寡核苷酸中的用途(参见，例如，Brasch等人，Biochemistry，2002，41，4503-4510和Summerton等人，US 5,698,685；Summerton等人，US5,166,315；Summerton等人，US 5,185,444；和Summerton等人，US 5,034,506)。如本文所用，术语“吗啉代(morpholino)”是指具有以下结构的糖替代物：
Figure BDA0002681875390000701
在某些实施方案中，可以例如通过添加或改变来自上述吗啉代结构的各种取代基来修饰吗啉代。这种糖替代物在本文中称为“修饰的吗啉代”。
在某些实施方案中，糖替代物包含无环部分。包含此类无环糖替代物的核苷和寡核苷酸的实例包括但不限于：肽核酸(“PNA”)、无环丁基核酸(参见，例如，Kumar等人，Org.Biomol.Chem.,2013,11,5853-5865)，以及在Manoharan等人，WO2011/133876中描述的核苷和寡核苷酸。
可以用于修饰的核苷中的许多其他的双环和三环糖和糖替代物环系统是本领域已知的。
2.修饰的核碱基
在某些实施方案中，修饰的核碱基选自：5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶、烷基或炔基取代的嘧啶、烷基取代的嘌呤和N-2、N-6和O-6取代的嘌呤。在某些实施方案中，修饰的核碱基选自：2-氨基丙基腺嘌呤，5-羟甲基胞嘧啶，黄嘌呤，次黄嘌呤，2-氨基腺嘌呤，6-N-甲基鸟嘌呤，6-N-甲基腺嘌呤，2-丙基腺嘌呤，2-硫代尿嘧啶，2-硫代胸腺嘧啶和2-硫代胞嘧啶，5-丙炔基(-C≡C-CH3)尿嘧啶，5-丙炔基胞嘧啶，6-偶氮尿嘧啶(6-azouracil)，6-偶氮胞嘧啶，6-偶氮胸腺嘧啶，5-核糖基尿嘧啶(假尿嘧啶)，4-硫代尿嘧啶，8-卤代、8-氨基、8-巯基、8-硫烷基、8-羟基、8-氮杂和其他8-取代的嘌呤，5-卤代、尤其是5-溴代、5-三氟甲基、5-卤代尿嘧啶和5-卤代胞嘧啶，7-甲基鸟嘌呤，7-甲基腺嘌呤，2-F-腺嘌呤，2-氨基腺嘌呤，7-脱氮杂鸟嘌呤，7-脱氮杂腺嘌呤，3-脱氮鸟嘌呤，3-脱氮杂腺嘌呤，6-N-苯甲酰腺嘌呤，2-N-异丁酰鸟嘌呤，4-N-苯甲酰胞嘧啶，4-N-苯甲酰尿嘧啶，5-甲基4-N-苯甲酰胞嘧啶，5-甲基4-N-苯甲酰尿嘧啶，通用碱基，疏水性碱基，混杂碱基(promiscuous base)，尺寸扩大的碱基和氟化碱基。进一步的修饰的核碱基包括三环嘧啶，例如1,3-二氮杂吩
Figure BDA0002681875390000711
嗪-2-酮，1,3-二氮杂吩噻嗪-2-酮和9-(2-氨基乙氧基)-1,3-二氮杂吩
Figure BDA0002681875390000712
嗪-2-酮(G-钳(G-clamp))。修饰的核碱基也可以包括其中嘌呤或嘧啶碱基被其他杂环取代的核碱基，其他杂环如7-脱氮杂-腺嘌呤，7-脱氮鸟嘌呤，2-氨基吡啶和2-吡啶酮。另外的核碱基包括Merigan等人，U.S.3,687,808中公开的核碱基；The Concise Encyclopedia Of Polymer Science AndEngineering,Kroschwitz,J.I.,Ed.,John Wiley&Sons,1990,858-859，Englisch等人，Angewandte Chemie,International Edition,1991,30,613，Sanghvi,Y.S.,第15章,Antisense Research and Applications,Crooke,S.T.和Lebleu,B.,Eds.,CRC Press,1993,273-288中公开的核碱基，以及第6和15章,Antisense Drug Technology,CrookeS.T.,Ed.,CRC Press,2008,163-166和442-443中公开的核碱基。
教导了某些上述修饰的核碱基以及其他修饰的核碱基的制备的出版物包括但不限于，Manohara等人，US2003/0158403；Manoharan等人，US2003/0175906；Dinh等人，U.S.4,845,205；Spielvogel等人，U.S.5,130,302；Rogers等人，U.S.5,134,066；Bischofberger等人，U.S.5,175,273；Urdea等人，U.S.5,367,066；Benner等人，U.S.5,432,272；Matteucci等人，U.S.5,434,257；Gmeiner等人，U.S.5,457,187；Cook等人，U.S.5,459,255；Froehler等人，U.S.5,484,908；Matteucci等人，U.S.5,502,177；Hawkins等人，U.S.5,525,711；Haralambidis等人，U.S.5,552,540；Cook等人，U.S.5,587,469；Froehler等人，U.S.5,594,121；Switzer等人，U.S.5,596,091；Cook等人，U.S.5,614,617；Froehler等人，U.S.5,645,985；Cook等人，U.S.5,681,941；Cook等人，U.S.5,811,534；Cook等人，U.S.5,750,692；Cook等人，U.S.5,948,903；Cook等人，U.S.5,587,470；Cook等人，U.S.5,457,191；Matteucci等人，U.S.5,763,588；Froehler等人，U.S.5,830,653；Cook等人，U.S.5,808,027；Cook等人，6,166,199和Matteucci等人，U.S.6,005,096。
在某些实施方案中，化合物包含与α-DNM2核酸互补且包含一个或多个修饰核碱基的修饰的寡核苷酸，或由其组成。在某些实施方案中，修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，每个胞嘧啶均是5-甲基胞嘧啶。
B.修饰的核苷间连接
在某些实施方案中，由于期望的性质，例如增强的细胞摄取、增强的对靶核酸的亲和力和存在核酸酶时增加的稳定性，选择本文所述的具有一个或多个修饰的核苷间连接的化合物而不是仅具有磷酸二酯核苷间连接的化合物。
在某些实施方案中，化合物包含与DNM2核酸互补且包含一个或多个修饰核苷间连接的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，修饰的核苷间连接是硫代磷酸酯连接。在某些实施方案中，反义化合物的每个核苷间连接均是硫代磷酸酯核苷间连接。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核苷可使用任何核苷间连接连接在一起。核苷间连接基团的两个主要类别通过存在或不存在磷原子来定义。代表性的含磷核苷间连接包括但不限于磷酸酯，其含有磷酸二酯连接(“P＝O”)(也称为未修饰的或天然存在的连接)、磷酸三酯、甲基膦酸酯、氨基磷酸酯和硫代磷酸酯(“P＝S”)和二硫代磷酸酯(“HS-P＝S”)。代表性的不含磷的核苷间连接基团包括但不限于亚甲基甲基亚氨基(-CH2-N(CH3)-O-CH2-)、硫代二酯、硫羰氨基酯(-O-C(＝O)(NH)-S-)；硅氧烷(-O-SiH2-O-)；和N,N’-二甲基肼(-CH2-N(CH3)-N(CH3)-)。与天然存在的磷酸酯连接相比，修饰的核苷间连接可用于改变，通常是增加寡核苷酸的核酸酶抗性。含磷和不含磷的核苷间连接的制备方法是本领域技术人员众所周知的。
具有手性中心的代表性核苷间连接包括但不限于烷基膦酸酯和硫代磷酸酯。可以将包含具有手性中心的核苷间连接的修饰寡核苷酸制备为包含立体随机核苷间连接的修饰寡核苷酸的群体，或包含特定立体化学构型的硫代磷酸酯连接的修饰寡核苷酸的群体。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的群体包含硫代磷酸酯核苷间连接，其中所有的硫代磷酸酯核苷间连接都是立体随机的。可以使用合成方法产生这类修饰的寡核苷酸，所述合成方法导致每个硫代磷酸酯连接的立体化学构型的随机选择。然而，如本领域技术人员众所周知的，每个单独的寡核苷酸分子的每个单独的硫代磷酸酯都具有确定的立体构型。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的群体富集了修饰的寡核苷酸，所述修饰的寡核苷酸包含特定的、独立选择的立体化学构型的一个或多个特定硫代磷酸酯核苷间连接。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连接的特定构型存在于该群体中至少65％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连接的特定构型存在于该群体中至少70％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连接的特定构型存在于该群体中至少80％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连接的特定构型存在于该群体中至少90％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连接的特定构型存在于该群体中至少99％的分子中。此类手性富集的修饰寡核苷酸的群体可以使用本领域已知的合成方法来产生，例如，Oka等人，JACS 125,8307(2003)，Wan等人，Nuc.Acid.Res.42,13456(2014)和WO 2017/015555中描述的方法。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的群体富集了具有至少一个指定的(Sp构型)的硫代磷酸酯的修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的群体富集了具有至少一个(Rp)构型的硫代磷酸酯的修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，包含(Rp)和/或(Sp)硫代磷酸酯的修饰寡核苷酸分别包含一个或多个以下式，其中“B”表示核碱基：
Figure BDA0002681875390000741
除非另有说明，否则本文所述的修饰寡核苷酸的手性核苷间连接可以是立体随机的或特定的立体化学构型。
中性核苷间连接包括但不限于磷酸三酯、甲基膦酸酯、MMI(3’-CH2-N(CH3)-O-5’)、酰胺-3(3’-CH2-C(＝O)-N(H)-5’)，酰胺-4(3’-CH2-N(H)-C(＝O)-5’)、甲乙缩醛连接(formacetal)(3’-O-CH2-O-5’)、甲氧基丙基和硫代甲乙缩醛(thioformacetal)(3’-S-CH2-O-5’)。其他中性核苷间连接包括非离子连接，其包括硅氧烷(二烷基硅氧烷)、羧酸酯、羧酰胺、硫化物、磺酸酯和酰胺(参见例如：Carbohydrate Modifications in AntisenseResearch；Y.S.Sanghvi和P.D.Cook,Eds.,ACS Symposium Series 580；第3和4、40-65章)。其他中性核苷间连接包括包含混合的N、O、S和CH2组成部分的非离子连接。
II、某些基序
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含寡核苷酸或由其组成。寡核苷酸可以具有一个基序，例如，未修饰和/或修饰的糖部分、核碱基和/或核苷间连接的模式(pattern)。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含修饰的糖的修饰的核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含修饰的核碱基的修饰的核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或多个修饰的核苷间连接。在这样的实施方案中，修饰的寡核苷酸的修饰的、未修饰的和不同修饰的糖部分、核碱基和/或核苷间连接定义了模式或基序。在某些实施方案中，糖部分、核碱基和核苷间连接的模式或基序彼此独立。因此，修饰的寡核苷酸可以通过其糖基序、核碱基基序和/或核苷间连接基序来描述(如本文所用，核碱基基序描述了对核碱基的修饰，其独立于核碱基的序列)。
A.某些糖基序
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，寡核苷酸包含一个或多个类型的修饰的糖和/或未修饰的糖部分，其沿着寡核苷酸或其区域以限定的模式或糖基序排列。在某些情况下，这样的糖基序包括但不限于本文讨论的任何糖修饰。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含具有gapmer基序的区域或由其组成，该区域包含两个外部区段或“翼”和中央或内部区段或“间隔”。gapmer基序的三个区段(5’翼、间隔和3’翼)形成核苷的连续序列，其中每个翼的核苷的至少一些糖部分不同于间隔核苷的至少一些糖部分。具体而言，至少每个翼的与间隔紧邻的核苷(5’-翼的3’端翼核苷和3’-翼的5’端翼核苷)的糖部分不同于相邻间隔核苷的糖部分。在某些实施方案中，间隔内的糖部分彼此相同。在某些实施方案中，间隔包含有一个或多个核苷，其具有的糖部分不同于间隔的一个或多个其他核苷的糖部分。
在某些实施方案中，gapmer的翼各自包含1-5个核苷。在某些实施方案中，gapmer的翼各自包含2-5个核苷。在某些实施方案中，gapmer的翼各自包含3-5个核苷。在某些实施方案中，gapmer的翼的核苷都是修饰的核苷。在某些这样的实施方案中，gapmer的翼的糖部分都是修饰的糖部分。
在某些实施方案中，gapmer的间隔包含7-12个核苷。在某些实施方案中，gapmer的间隔包含7-10个核苷。在某些实施方案中，gapmer的间隔包含8-10个核苷。在某些实施方案中，gapmer的间隔包含10个核苷。在某些实施方案中，gapmer的间隔的每个核苷都是2’-脱氧核苷。
在某些实施方案中，所述gapmer是脱氧gapmer。在这样的实施方案中，每个翼/间隔连接的间隔侧的核苷都是2’-脱氧核苷，并且紧邻间隔的末端翼核苷包含修饰的糖部分。在某些此类实施方案中，间隔的每个核苷都是2’-脱氧核苷。在某些此类实施方案中，每个翼的每个核苷都包含修饰的糖部分。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸具有完全修饰的糖基序，其中修饰的寡核苷酸的每个核苷均包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含具有完全修饰的糖基序的区域或由其组成，其中区域的每个核苷均包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含具有完全修饰的糖基序的区域或由其组成，其中完全修饰的区域内的每个核苷均包含相同的修饰糖部分，其在本文中称为均匀修饰的糖基序。在某些实施方案中，完全修饰的寡核苷酸是均匀修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，均匀修饰的寡核苷酸的每个核苷均包含相同的2’-修饰。
B.某些核碱基基序
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，寡核苷酸包含沿着寡核苷酸或其区域以限定的模式或基序排列的修饰的和/或未修饰的核碱基。在某些实施方案中，每个核碱基均被修饰。在某些实施方案中，没有一个核碱基被修饰。在某些实施方案中，每个嘌呤或每个嘧啶均被修饰。在某些实施方案中，每个腺嘌呤均被修饰。在某些实施方案中，每个鸟嘌呤均被修饰。在某些实施方案中，每个胸腺嘧啶均被修饰。在某些实施方案中，每个尿嘧啶均被修饰。在某些实施方案中，每个胞嘧啶均被修饰。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸中的一些或全部胞嘧啶核苷碱基是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含修饰核碱基的嵌段。在某些此类实施方案中，嵌段在寡核苷酸的3’端。在某些实施方案中，嵌段在寡核苷酸的3’端的3个核苷内。在某些实施方案中，嵌段在寡核苷酸的5’端。在某些实施方案中，所述嵌段在寡核苷酸的5’端的3个核苷内。
在某些实施方案中，具有gapmer基序的寡核苷酸包含含有修饰核碱基的核苷。在某些此类实施方案中，包含修饰核碱基的一个核苷在具有gapmer基序的寡核苷酸的间隔中。在某些此类实施方案中，所述核苷的糖部分是2’-脱氧核糖基部分。在某些实施方案中，修饰核碱基选自：2-硫代嘧啶和5-丙炔嘧啶。
C.某些核苷间连接基序
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，寡核苷酸包含沿着寡核苷酸或其区域以限定的模式或基序排列的修饰的和/或未修饰的核苷间连接。在某些实施方案中，每个核苷间连接基团均是磷酸二酯核苷间连接(P＝O)。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的每个核苷间连接基团均是硫代磷酸酯核苷间连接(P＝S)。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的每个核苷间连接均独立地选自硫代磷酸酯核苷间连接和磷酸二酯核苷间连接。在某些实施方案中，每个硫代磷酸酯核苷间连接均独立地选自立体随机的硫代磷酸酯、(Sp)硫代磷酸酯和(Rp)硫代磷酸酯。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的糖基序是gapmer，并且间隔内的核苷间连接均被修饰。在某些这样的实施方案中，翼中的一些或全部核苷间连接是未修饰的磷酸连接。在某些实施方案中，末端核苷间连接被修饰。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的糖基序是gapmer，并且核苷间连接基序在至少一个翼中包含至少一个磷酸二酯核苷间连接，其中至少一个磷酸二酯连接不是末端核苷间连接，并且剩余的核苷间连接是硫代磷酸酯核苷间连接。在某些这样的实施方案中，所有硫代磷酸酯连接都是立体随机的。在某些实施方案中，翼中的所有硫代磷酸酯连接为均(Sp)硫代磷酸酯，并且该间隔包括至少一个Sp,Sp,Rp基序。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的群体富集包含此类核苷间连接基序的修饰寡核苷酸。
在某些实施方案中，寡核苷酸包含具有交替的核苷间连接基序的区域。在某些实施方案中，寡核苷酸包含均匀修饰的核苷间连接的区域。在某些这样的实施方案中，核苷间连接是硫代磷酸酯核苷间连接。在某些实施方案中，寡核苷酸的所有核苷间连接都是硫代磷酸酯核苷间连接。在某些实施方案中，寡核苷酸的每个核苷间连接均选自磷酸二酯或磷酸酯和硫代磷酸酯。在某些实施方案中，寡核苷酸的每个核苷间连接均选自磷酸二酯或磷酸酯和硫代磷酸酯，且至少一个核苷间连接为硫代磷酸酯。
在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少6个硫代磷酸酯核苷间连接。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少8个硫代磷酸酯核苷间连接。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少10个硫代磷酸酯核苷间连接。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少6个连续硫代磷酸酯核苷间连接的至少一个嵌段。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少8个连续硫代磷酸酯核苷间连接的至少一个嵌段。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少10个连续硫代磷酸酯核苷间连接的至少一个嵌段。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少12个连续硫代磷酸酯核苷间连接的至少一个嵌段。在某些此类实施方案中，至少一个此类嵌段位于寡核苷酸的3’端。在某些此类实施方案中，至少一个此类嵌段位于寡核苷酸的3’端的3个核苷内。
在某些实施方案中，寡核苷酸包含一个或多个甲基膦酸酯连接。在某些实施方案中，具有gapmer核苷基序的寡核苷酸包含含有除一个或两个甲基膦酸酯连接外的所有硫代磷酸酯连接的连接基序。在某些实施方案中，一个甲基膦酸酯连接在具有gapmer糖基序的寡核苷酸的间隔中。
在某些实施方案中，需要布置硫代磷酸酯核苷间连接和磷酸二酯核苷间连接的数目以维持核酸酶抗性。在某些实施方案中，需要布置硫代磷酸酯核苷间连接的数量和位置以及磷酸二酯核苷间连接的数量和位置以维持核酸酶抗性。在某些实施方案中，可减少硫代磷酸酯核苷间连接的数目，并可增加磷酸二酯核苷间连接的数目。在某些实施方案中，可减少硫代磷酸酯核苷间连接的数目并可增加磷酸二酯核苷间连接的数目，同时仍然保持核酸酶抗性。在某些实施方案中，需要在减少硫代磷酸酯核苷间连接的数目的同时保持核酸酶抗性。在某些实施方案中，需要在增加磷酸二酯核苷间连接的数目的同时保持核酸酶抗性。
III、某些修饰的寡核苷酸
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些实施方案中，将上述修饰(糖、核碱基、核苷间连接)引入修饰的寡核苷酸中。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的特征在于它们的修饰、基序和总长度。在某些实施方案中，这样的参数彼此独立。因此，除非另有说明，否则具有gapmer糖基序的寡核苷酸的每个核苷间连接都可以是修饰或未修饰的，并且可以遵循或可以不遵循糖修饰的gapmer修饰模式。同样地，这种gapmer寡核苷酸可独立于糖修饰的gapmer模式而包含一个或多个修饰的核碱基。此外，在某些情况下，寡核苷酸通过总长度或范围以及两个或更多个区域(例如，具有指定糖修饰的核苷区域)的长度或长度范围来描述，在这种情况下，可以选择每个范围的数字，其导致寡核苷酸的总长度落在指定范围之外。在这种情况下，两个要素都必须满足。例如，在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由15-20个相连核苷组成，并具有由三个区域或区段A、B和C组成的糖基序，其中区域或区段A由具有特定糖基序的2-6个相连核苷组成，区域或区段B由具有特定糖基序的6-10个相连核苷组成，并且区域或区段C由具有特定糖基序的2-6个相连核苷组成。这样的实施方案不包括其中A和C各自由6个相连核苷组成并且B由10个相连核苷组成的修饰的寡核苷酸(即使在A、B和C的要求内允许那些核苷数目)，因为这样的寡核苷酸的总长度为22，其超过了修饰的寡核苷酸总长度的上限20。除非另有说明，否则所有修饰均独立于核碱基序列，除了修饰的核碱基5-甲基胞嘧啶在寡核苷酸序列中必须为“C”。
在某些实施方案中，寡核苷酸由X至Y个相连核苷组成，其中X代表该范围内最少的核苷，而Y代表该范围内最多的核苷。在某些这样的实施方案中，X和Y各自独立地选自8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49和50；条件是X≤Y。例如，在某些实施方案中，寡核苷酸由12至13、12至14、12至15、12至16、12至17、12至18、12至19、12至20、12至21、12至22、12至23、12至24、12至25、12至26、12至27、12至28、12至29、12至30、13至14、13至15、13至16、13至17、13至18、13至19、13至20、13至21、13至22、13至23、13至24、13至25、13至26、13至27、13至28、13至29、13至30、14至15、14至16、14至17、14至18、14至19、14至20、14至21、14至22、14至23、14至24、14至25、14至26、14至27、14至28、14至29、14至30、15至16、15至17、15至18、15至19、15至20、15至21、15至22、15至23、15至24、15至25、15至26、15至27、15至28、15至29、15至30、16至17、16至18、16至19、16至20、16至21、16至22、16至23、16至24、16至25、16至26、16至27、16至28、16至29、16至30、17至18、17至19、17至20、17至21、17至22、17至23、17至24、17至25、17至26、17至27、17至28、17至29、17至30、18至19、18至20、18至21、18至22、18至23、18至24、18至25、18至26、18至27、18至28、18至29、18至30、19至20、19至21、19至22、19至23、19至24、19至25、19至26、19至29、19至28、19至29、19至30、20至21、20至22、20至23、20至24、20至25、20至26、20至27、20至28、20至29、20至30、21至22、21至23、21至24、21至25、21至26、21至27、21至28、21至29、21至30、22至23、22至24、22至25、22至26、22至27、22至28、22至29、22至30、23至24、23至25、23至26、23至27、23至28、23至29、23至30、24至25、24至26、24至27、24至28、24至29、24至30、25至26、25至27、25至28、25至29、25至30、26至27、26至28、26至29、26至30、27至28、27至29、27至30、28至29、28至30或29至30个相连核苷组成。
在某些实施方案中，寡核苷酸具有与第二寡核苷酸或已鉴定的参考核酸如靶核酸互补的核碱基序列。在某些实施方案中，寡核苷酸的区域具有与第二寡核苷酸或已鉴定的参考核酸如靶核酸互补的核碱基序列。在某些实施方案中，寡核苷酸的区域或全长的核碱基序列与第二寡核苷酸或核酸如靶核酸至少70％、至少80％、至少90％、至少95％或100％互补。
IV、某些缀合的化合物
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含寡核苷酸(修饰的或未修饰的)和任选地一个或多个缀合基团和/或末端基团，或由其组成。缀合基团由一个或多个缀合部分和将缀合部分连接至寡核苷酸的缀合接头组成。缀合基团可以连接至寡核苷酸的任一端或两端和/或在任何内部位置。在某些实施方案中，缀合基团连接至修饰的寡核苷酸的核苷的2’-位置。在某些实施方案中，连接至寡核苷酸的一端或两端的缀合基团为末端基团。在某些此类实施方案中，缀合基团或末端基团连接在寡核苷酸的3’和/或5’端。在某些这样的实施方案中，缀合基团(或末端基团)连接在寡核苷酸的3’端。在某些实施方案中，缀合基团连接在寡核苷酸的3’端附近。在某些实施方案中，缀合基团(或末端基团)连接在寡核苷酸的5’端。在某些实施方案中，缀合基团连接在寡核苷酸的5’端附近。
末端基团的实例包括但不限于缀合基团、加帽基团、磷酸酯部分、保护基团、修饰的或未修饰的核苷以及两个或更多个独立地修饰或未修饰的核苷。
A.某些缀合基团
在某些实施方案中，寡核苷酸共价结合一个或多个缀合基团。在某些实施方案中，缀合基团修饰所连接的寡核苷酸的一种或多种性质，包括但不限于药效学、药代动力学、稳定性、结合、吸收、组织分布、细胞分布、细胞摄取、电荷和清除。在某些实施方案中，缀合基团赋予连接的寡核苷酸以新的性质，例如，能够检测寡核苷酸的荧光团或报告基团。
先前已经描述了某些缀合基团和缀合部分，例如：胆固醇部分(Letsinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556)，胆酸(Manoharan等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.,1994,4,1053-1060)，硫醚，例如，己基-S-三苯基甲硫醇(Manoharan等人，Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660,306-309；Manoharan等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.,1993,3,2765-2770)，硫代胆固醇(Oberhauser等人，Nucl.AcidsRes.,1992,20,533-538)，脂族链，例如十二烷二醇(do-decan-diol)或十一烷基残基(Saison-Behmoaras等人，EMBO J.,1991,10,1111-1118；Kabanov等人，FEBS Lett.,1990,259,327-330；Svinarchuk等人，Biochimie，1993，75，49-54)，磷脂，例如双十六烷基-rac-甘油或三乙基-铵l,2-二-O-十六烷基-rac-甘油-3-H-膦酸酯(Manoharan等人，Tetrahedron Lett.,1995,36,3651-3654；Shea等人，Nucl.Acids Res.,1990,18,3777-3783)，多胺或聚乙二醇链(Manoharan等人，Nucleosides&Nucleotides,1995,14,969-973)，或金刚烷乙酸，棕榈基部分(Mishra等人，Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229-237)，十八烷胺或己基氨基-羰基-羟胆固醇部分(Crooke等人，J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,i,923-937)，生育酚基团(Nishina等人，Molecular Therapy Nucleic Acids,2015,4,e220；doi:10.1038/mtna.2014.72和Nishina等人，Molecular Therapy,2008,16,734-740)或GalNAc簇(例如，WO2014/179620)。
1.缀合部分
缀合部分包括但不限于嵌入剂、报告分子、多胺、聚酰胺、肽、碳水化合物(例如GalNAc)、维生素部分、聚乙二醇、硫醚、聚醚、胆固醇、硫代胆固醇、胆酸部分、叶酸、脂质、磷脂、生物素、吩嗪、菲啶、蒽醌、金刚烷、吖啶、荧光素、若丹明、香豆素、荧光团和染料。
在某些实施方案中，缀合部分包含活性药物物质，例如，阿斯匹林、华法林、保泰松、布洛芬、舒洛芬、芬布芬、酮洛芬、(S)-(+)-普拉洛芬、卡洛芬、丹酰基肌氨酸、2,3,5-三碘苯甲酸、芬戈莫德、氟苯那酸、亚叶酸、苯并噻二嗪、氯噻嗪、二氮杂卓(diazepine)、吲哚-美辛、巴比妥酸酯、头孢菌素、磺胺药、抗糖尿病药、抗菌药或抗生素。
2.缀合接头
缀合部分通过缀合接头连接至寡核苷酸。在某些化合物中，缀合基团是单个化学键(即缀合部分经由缀合接头通过单个键连接至寡核苷酸)。在某些实施方案中，缀合接头包含链结构，例如烃基链，或重复单元的低聚物，例如乙二醇、核苷或氨基酸单元。
在某些实施方案中，缀合接头包含一个或多个选自烷基、氨基、氧代、酰胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚和羟氨基的基团。在某些此类实施方案中，缀合接头包含选自烷基、氨基、氧代、酰胺和醚基团的基团。在某些实施方案中，缀合接头包含选自烷基和酰胺基的基团。在某些实施方案中，缀合接头包含选自烷基和醚基的基团。在某些实施方案中，缀合接头包含至少一个磷部分。在某些实施方案中，缀合接头包含至少一个磷酸酯基团。在某些实施方案中，缀合接头包括至少一个中性连接基团。
在某些实施方案中，包括上述缀合接头的缀合接头是双功能连接部分，例如，本领域已知可用于将缀合基团连接至母体化合物的那些，例如本文提供的寡核苷酸。通常，双功能连接部分包含至少两个官能团。选择一个官能团以结合化合物上的特定位点，并选择另一个官能团以结合缀合基团。在双功能连接部分中使用的官能团的实例包括但不限于用于与亲核基团反应的亲电体和用于与亲电基团反应的亲核体。在某些实施方案中，双功能连接部分包含一个或多个选自氨基、羟基、羧酸、巯基、烷基、烯基和炔基的基团。
缀合接头的实例包括但不限于吡咯烷、8-氨基-3,6-二氧杂辛酸(ADO)、琥珀酰亚胺基4-(N-马来酰亚胺甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)和6-氨基己酸(AHEX或AHA)。其他缀合接头包括但不限于取代或未取代的C1-C10烷基、取代或未取代的C2-C10烯基或取代或未取代的C2-C10炔基，其中优选的取代基的非限制性列表包括羟基、氨基、烷氧基、羧基、苄基、苯基、硝基、巯基、硫代烷氧基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。
在某些实施方案中，缀合接头包含1-10个接头-核苷。在某些实施方案中，此类接头-核苷是修饰的核苷。在某些实施方案中，此类接头-核苷包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，接头-核苷是未修饰的。在某些实施方案中，接头-核苷包含选自嘌呤、取代的嘌呤、嘧啶或取代的嘧啶的任选保护的杂环碱基。在某些实施方案中，可裂解的部分是选自尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、4-N-苯甲酰胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶，4-N-苯甲酰基-5-甲基胞嘧啶、腺嘌呤、6-N-苯甲酰腺嘌呤、鸟嘌呤和2-N-异丁酰鸟嘌呤的核苷。通常期望在化合物到达靶组织后将接头-核苷从化合物上切割下来。因此，接头-核苷通常通过可裂解键彼此连接并且与化合物的剩余部分连接。在某些实施方案中，这样的可裂解键是磷酸二酯键。
在本文中，接头-核苷不被认为是寡核苷酸的部分。因此，在化合物包含寡核苷酸(该寡核苷酸由指定数目或范围的相连核苷和/或与参考核酸的指定百分比互补性组成)并且化合物还包含含有包含接头-核苷的缀合接头的缀合基团的实施方案中，这些接头-核苷不计入寡核苷酸的长度，并且不用于确定寡核苷酸与参考核酸的互补性百分比。例如，化合物可包含(1)由8-30个核苷组成的修饰的寡核苷酸和(2)包含与修饰寡核苷酸的核苷连续的1-10个接头-核苷的缀合基团。这种化合物中连续的相连核苷总数超过30个。或者，化合物可包含由8-30个核苷组成且不具有缀合基团的修饰的寡核苷酸。这种化合物中连续的相连核苷的总数不超过30。除非另有说明，否则缀合接头包含不超过10个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含不超过5个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含不超过3个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含不超过2个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合接头包含不超过1个接头-核苷。
在某些实施方案中，期望从寡核苷酸裂解缀合基团。例如，在某些情况下，包含特定缀合部分的化合物可被特定细胞类型更好地摄取，但是一旦化合物被摄取，则期望将缀合基团裂解以释放未缀合的或亲本寡核苷酸。因此，某些缀合物包含一个或多个可裂解部分，这通常在缀合接头内。在某些实施方案中，可裂解部分是可裂解的键。在某些实施方案中，可裂解部分是包含至少一个可裂解键的原子团。在某些实施方案中，可裂解部分包含具有一个、两个、三个、四个或四个以上可裂解键的原子团。在某些实施方案中，可裂解部分在细胞或亚细胞区室如溶酶体内被选择性裂解。在某些实施方案中，可切割部分被内源性酶例如核酸酶选择性地裂解。
在某些实施方案中，可裂解的键选自：酰胺、酯、醚，磷酸二酯的一个或两个酯、磷酸酯、氨基甲酸酯或二硫化物。在某些实施方案中，可裂解的键是磷酸二酯的一个或两个酯。在某些实施方案中，可裂解部分包含磷酸酯或磷酸二酯。在某些实施方案中，可裂解部分是寡核苷酸与缀合部分或缀合基团之间的磷酸酯连接。
在某些实施方案中，可裂解部分包含一个或多个接头-核苷或由其组成。在某些此类实施方案中，一个或多个接头-核苷通过可裂解键彼此连接和/或与化合物的剩余部分连接。在某些实施方案中，这样的可裂解键是未修饰的磷酸二酯连接。在某些实施方案中，可裂解部分是2’-脱氧核苷，其通过磷酸酯核苷间连接连接至寡核苷酸的3’或5’末端核苷，并且通过磷酸酯或硫代磷酸酯连接共价连接至缀合接头或缀合部分的剩余部分。在某些这样的实施方案中，可裂解部分是2’-脱氧腺苷。
3.某些靶向细胞的缀合部分
在某些实施方案中，缀合基团包含靶向细胞的缀合部分。在某些实施方案中，缀合基团具有通式：
Figure BDA0002681875390000841
其中n为1至约3，n为1时m为0，n为2或更大时m为1，j为1或0，k为1或0。
在某些实施方案中，n为1，j为1，k为0。在某些实施方案中，n为1，j为0且k为1。在某些实施方案中，n为1，j为1且k为1。在某些实施方案中，n为2，j为1且k为0。在某些实施方案中，n为2，j为0且k为1。在某些实施方案中，n为2，j为1且k为1。在某些实施方案中，n是3，j是1且k是0。在某些实施方案中，n为3，j为0且k为1。在某些实施方案中，n是3，j是1且k是1。
在某些实施方案中，缀合基团包含具有至少一个拴系的配体的细胞靶向部分(靶向细胞的部分)。在某些实施方案中，细胞靶向部分包含两个共价连接至分支基团的栓系配体。在某些实施方案中，细胞靶向部分包含共价连接至分支基团的三个拴系配体(tetheredligand)。
在某些实施方案中，细胞靶向部分包含分支基团，该分支基团包含一个或多个选自烷基、氨基、氧代、酰胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚和羟氨基的基团。在某些实施方案中，分支基团包含分支的脂族基团，其包含选自烷基、氨基、氧代、酰胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚和羟氨基的基团。在某些这样的实施方案中，分支的脂族基团包含选自烷基、氨基、氧代、酰胺和醚的基团。在某些此类实施方案中，分支的脂族基团包含选自烷基、氨基和醚的基团。在某些这样的实施方案中，分支的脂族基团包含选自烷基和醚的基团。在某些实施方案中，分支基团包含单环或多环环系统。
在某些实施方案中，细胞靶向部分的每个栓系物(tether)包含一个或多个选自以下的基团：烷基、取代的烷基、醚、硫醚、二硫化物、氨基、氧代、酰胺、磷酸二酯和聚乙二醇(以任何组合)。在某些实施方案中，每个栓系物是线性脂族基团，其包含一个或多个选自烷基、醚、硫醚、二硫化物、氨基、氧代、酰胺和聚乙二醇(以任意组合)。在某些实施方案中，每个栓系物是线性脂族基团，其包含一个或多个选自烷基、磷酸二酯、醚、氨基、氧代和酰胺的基团(以任意组合)。在某些实施方案中，每个栓系物是线性脂族基团，其包含一个或多个选自烷基、醚、氨基、氧代和酰胺的基团(以任意组合)。在某些实施方案中，每个栓系物是线性脂族基团，其包含一个或多个选自烷基、氨基和氧代的基团(以任意组合)。在某些实施方案中，每个栓系物是线性脂族基团，其包含一个或多个选自烷基和氧代的基团(以任意组合)。在某些实施方案中，每个栓系物是线性脂族基团，其包含一个或多个选自烷基和磷酸二酯的基团(以任意组合)。在某些实施方案中，每个栓系物包含至少一个磷连接基团或中性连接基团。在某些实施方案中，每个栓系物包含长度为约6至约20个原子的链。在某些实施方案中，每个栓系物包含长度为约10至约18个原子的链。在某些实施方案中，每个栓系物包含长度为约10个原子的链。
在某些实施方案中，细胞靶向部分的每个配体具有针对靶细胞上的至少一种受体的亲和力。在某些实施方案中，每个配体具有针对哺乳动物肺细胞表面上的至少一种受体的亲和力。
在某些实施方案中，细胞靶向部分的每个配体均是碳水化合物、碳水化合物衍生物、修饰的碳水化合物、多糖、修饰的多糖或多糖衍生物。在某些这样的实施方案中，缀合基团包含碳水化合物簇(参见例如Maier等人，“Synthesis of Antisense OligonucleotidesConjugated to a Multivalent Carbohydrate Cluster for Cellular Targeting,”Bioconjugate Chemistry,2003,14,18-29，或Rensen等人，“Design and Synthesis ofNovel N-Acetylgalactosamine-Terminated Glycolipids for Targeting ofLipoproteins to the Hepatic Asiaglycoprotein Receptor,”J.Med.Chem.2004,47,5798-5808，其通过引用整体并入本文)。在某些这样的实施方案中，每个配体均是氨基糖或硫代糖。例如，氨基糖可以选自本领域已知的任何数量的化合物，例如唾液酸、α-D-半乳糖胺、β-胞壁酸、2-脱氧-2-甲基氨基-L-吡喃葡萄糖、4,6-二脱氧-4-甲酰胺基-2，3-二-O-甲基-D-吡喃甘露糖、2-脱氧-2-磺氨基-D-吡喃葡萄糖和N-磺基-D-葡糖胺和N-乙醇酰-α-神经氨酸。例如，硫代糖可以选自5-硫代-β-D-吡喃葡萄糖、甲基2,3,4-三-O-乙酰基-1-硫代-6-O-三苯甲基-α-D-吡喃葡萄糖苷、4-硫代-β-D-吡喃半乳糖和乙基3,4,6,7-四-O-乙酰基-2-脱氧-1,5-二硫代-α-D-葡萄糖-七吡喃糖苷。
在某些实施方案中，本文所述的化合物包含在以下任何参考文献中发现的缀合基团：Lee,Carbohydr Res,1978,67,509-514；Connolly等人，J Biol Chem,1982,257,939-945；Pavia等人，Int J Pep Protein Res,1983,22,539-548；Lee等人，Biochem,1984,23,4255-4261；Lee等人，Glycoconjugate J,1987,4,317-328；Toyokuni等人，TetrahedronLett,1990,31,2673-2676；Biessen等人，J Med Chem,1995,38,1538-1546；Valentijn等人，Tetrahedron,1997,53,759-770；Kim等人，Tetrahedron Lett,1997,38,3487-3490；Lee等人，Bioconjug Chem,1997,8,762-765；Kato等人，Glycobiol,2001,11,821-829；Rensen等人，J Biol Chem,2001,276,37577-37584；Lee等人，Methods Enzymol,2003,362,38-43；Westerlind等人，Glycoconj J,2004,21,227-241；Lee等人，Bioorg Med Chem Lett,2006,16(19),5132-5135；Maierhofer等人，Bioorg Med Chem,2007,15,7661-7676；Khorev等人，Bioorg Med Chem,2008,16,5216-5231；Lee等人，Bioorg Med Chem,2011,19,2494-2500；Kornilova等人，Analyt Biochem,2012,425,43-46；Pujol等人，Angew Chemie Int EdEngl,2012,51,7445-7448；Biessen等人，J Med Chem,1995,38,1846-1852；Sliedregt等人，J Med Chem,1999,42,609-618；Rensen等人，J Med Chem,2004,47,5798-5808；Rensen等人，Arterioscler Thromb Vasc Biol,2006,26,169-175；van Rossenberg等人，GeneTher,2004,11,457-464；Sato等人，J Am Chem Soc,2004,126,14013-14022；Lee等人，JOrg Chem,2012,77,7564-7571；Biessen等人，FASEB J,2000,14,1784-1792；Rajur等人，Bioconjug Chem,1997,8,935-940；Duff等人，Methods Enzymol,2000,313,297-321；Maier等人，Bioconjug Chem,2003,14,18-29；Jayaprakash等人，Org Lett,2010,12,5410-5413；Manoharan,Antisense Nucleic Acid Drug Dev,2002,12,103-128；Merwin等人，Bioconjug Chem,1994,5,612-620；Tomiya等人，Bioorg Med Chem,2013,21,5275-5281；国际申请WO1998/013381；WO2011/038356；WO1997/046098；WO2008/098788；WO2004/101619；WO2012/037254；WO2011/120053；WO2011/100131；WO2011/163121；WO2012/177947；WO2013/033230；WO2013/075035；WO2012/083185；WO2012/083046；WO2009/082607；WO2009/134487；WO2010/144740；WO2010/148013；WO1997/020563；WO2010/088537；WO2002/043771；WO2010/129709；WO2012/068187；WO2009/126933；WO2004/024757；WO2010/054406；WO2012/089352；WO2012/089602；WO2013/166121；WO2013/165816；美国专利4,751,219；8,552,163；6,908,903；7,262,177；5,994,517；6,300,319；8,106,022；7,491,805；7,491,805；7,582,744；8,137,695；6,383,812；6,525,031；6,660,720；7,723,509；8,541,548；8,344,125；8,313,772；8,349,308；8,450,467；8,501,930；8,158,601；7,262,177；6,906,182；6,620,916；8,435,491；8,404,862；7,851,615；公开的美国专利申请公开US2011/0097264；US2011/0097265；US2013/0004427；US2005/0164235；US2006/0148740；US2008/0281044；US2010/0240730；US2003/0119724；US2006/0183886；US2008/0206869；US2011/0269814；US2009/0286973；US2011/0207799；US2012/0136042；US2012/0165393；US2008/0281041；US2009/0203135；US2012/0035115；US2012/0095075；US2012/0101148；US2012/0128760；US2012/0157509；US2012/0230938；US2013/0109817；US2013/0121954；US2013/0178512；US2013/0236968；US2011/0123520；US2003/0077829；US2008/0108801和US2009/0203132。
组合物和配制药物组合物的方法
可以将本文所述的化合物与药学上可接受的活性或惰性物质混合以制备药物组合物。组合物和配制药物组合物的方法取决于许多标准，包括但不限于施用途径、疾病程度或待施用的剂量。
某些实施方案提供了包含一种或多种化合物或其盐的药物组合物。某些实施方案提供了包含一种或多种本文所述的化合物或其盐的药物组合物。在某些实施方案中，化合物是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，化合物包含修饰的寡核苷酸或由其组成。在某些此类实施方案中，药物组合物包含合适的药学上可接受的稀释剂或载体。在某些实施方案中，药物组合物包含无菌盐水溶液和一种或多种化合物。在某些实施方案中，此药物组合物由无菌盐水溶液和一种或多种化合物组成。在某些实施方案中，无菌盐水是药物级盐水。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种化合物和无菌水。在某些实施方案中，药物组合物由一种化合物和无菌水组成。在某些实施方案中，无菌水是药物级水。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种化合物和磷酸盐缓冲盐水(PBS)或由其组成。在某些实施方案中，药物组合物由一种或多种化合物和无菌PBS组成。在某些实施方案中，无菌PBS是药物级PBS。组合物和配制药物组合物的方法根据许多标准，包括但不限于施用途径、疾病程度或待施用的剂量。
通过将本文所述的与DNM2核酸互补的化合物与合适的药学上可接受的稀释剂或载体和/或其他组分组合，可以将该化合物用于药物组合物中，使得药物组合物适合于注射。在某些实施方案中，药学上可接受的稀释剂是磷酸盐缓冲盐水。因此，在一个实施方案中，本文所述方法中使用的是包含与DNM2核酸互补的化合物和药学上可接受的稀释剂的药物组合物。在某些实施方案中，药学上可接受的稀释剂是磷酸盐缓冲盐水。在某些实施方案中，化合物包含本文提供的修饰的寡核苷酸或由其组成。
包含本文提供的化合物的药物组合物包括任何药学上可接受的盐、酯或此类酯的盐，或任何其他寡核苷酸，其在施用于动物(包括人)后，能够(直接或间接)提供其生物活性代谢物或残基。在某些实施方案中，化合物是反义化合物或寡聚化合物。在某些实施方案中，化合物包含修饰的寡核苷酸或由其组成。因此，例如，本公开还涉及化合物的药学上可接受的盐、前药、此类前药的药学上可接受的盐以及其他生物等效物。合适的药学上可接受的盐包括但不限于钠盐和钾盐。
前药可包括在化合物的一端或两端引入另外的核苷，其在体内被内源核酸酶切割，形成活性化合物。在某些实施方案中，化合物或组合物还包含药学上可接受的载体或稀释剂。
实施例
以下实施例描述了用于鉴定靶向DNM2的先导化合物的筛选方法。在筛选的超过3,000种寡核苷酸中，鉴定出许多有效且可耐受的寡核苷酸，且化合物951799、949935、950023、950089、951372、950060和950132是靠前的先导化合物中。特别地，就效力和耐受性而言，化合物951799表现出性质的最佳组合。
非限制性公开和通过引用并入
尽管随本申请所附的序列表将每个序列根据需要标识为“RNA”或“DNA”，但实际上，那些序列可以用任何组合的化学修饰进行修饰。本领域技术人员将容易理解，在某些情况下，用于描述修饰的寡核苷酸的诸如“RNA”或“DNA”的名称是任意的。例如，包含含有2’-OH糖部分和胸腺嘧啶核碱基的核苷的寡核苷酸可被描述为具有RNA糖的DNA或具有DNA核碱基的RNA。
因此，本文提供的核酸序列，包括但不限于序列表中的那些，旨在涵盖包含未修饰或修饰的RNA和/或DNA的任何组合的核酸，包括但不限于具有修饰的核碱基的核酸。作为进一步的实例且不限于此，具有核碱基序列“ATCGATCG”的寡核苷酸包括具有该核碱基序列的任何寡核苷酸，无论是修饰的还是未修饰的，包括但不限于包含RNA碱基的此类化合物，例如具有序列“AUCGAUCG”的那些以及具有一些DNA碱基和一些RNA碱基的那些，例如“AUCGATCG”，以及具有其他修饰的核碱基的化合物，例如“ATmCGAUCG”，其中“mC表示在5位上包含甲基的胞嘧啶碱基。
尽管已经根据某些实施方案具体描述了本文所述的某些化合物、组合物和方法，以下实施例仅用于说明本文所述的化合物，而无意于限制它们。本申请中引用的每个参考文献均通过引用整体并入本文。
实施例1：与发动蛋白2互补的修饰的寡核苷酸的体外作用
设计与一种或多种发动蛋白2(DNM2)核酸互补的修饰的寡核苷酸，并测试其在体外对发动蛋白2mRNA表达的影响。在具有相似培养条件的一系列实验中测试了修饰的寡核苷酸。
以每孔10,000个细胞的密度培养A431细胞，并利用4,000nM修饰寡核苷酸通过自由摄取进行处理或未修饰的寡核苷酸对未处理的对照进行处理。大约24小时后，从细胞分离RNA，并通过定量实时PCR测量DNM2mRNA水平。人引物探针组RTS36027(正向序列GACCTCATGCCAAAGACCAT，在本文中命名为SEQ ID NO：4；反向序列GTCTGCCGAGGAGTATAGGTA，在本文中命名为SEQ ID NO：5；探针序列CCTTCATCCACCACGAGCTGCT，在本文中命名为SEQ IDNO：6)用于测量mRNA水平。将DNM2 mRNA水平相对于总RNA含量(如通过
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测量的)标准化。下表中给出了相对于未处理的对照细胞归一化的DNM2 mRNA水平的结果。
下表中的修饰的寡核苷酸均具有3-10-3cEt gapmer基序，其中中央间隔区段包含10个2’-脱氧核苷并且侧翼为3’和5’端的翼区段，每个区段均包含3个cEt核苷。每个修饰寡核苷酸中的所有胞嘧啶残基均为5-甲基胞嘧啶。所有核苷间连接都是硫代磷酸酯核苷间连接。
下表中列出的每个修饰的寡核苷酸均100％互补于从10715001到1083500截短的人DNM2核酸序列GENBANK编号NC_000019.10(在本文中命名为SEQ ID NO：1)和/或GENBANK编号NM_004945.3(在本文中命名为SEQ ID NO：2)。“起始位点”表示寡核苷酸与之互补的DNM2核酸的5’-最末端核苷。“终止位点”表示寡核苷酸与之互补的DNM2核酸的3’-最末端核苷。“N/A”表示修饰的寡核苷酸与特定核酸不是100％互补。几个寡核苷酸与核酸上的两个或更多个位点匹配，如下表所示。如下所示，与人DNM2互补的修饰的寡核苷酸抑制了人DNM2mRNA表达。
表1：DNM2 mRNA表达
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*带有星号的寡核苷酸靶向扩增子区域。
下表中列出的每个修饰的寡核苷酸与人DNM2核酸序列GENBANK编号NM_001005361.2(在本文中命名为SEQ ID NO：3)100％互补。“起始位点”表示寡核苷酸与之互补的SEQ ID No：3的5’-最末端核苷。“终止位点”表示寡核苷酸与之互补的SEQ ID No：3的3’-最末端核苷。“N/A”表示修饰的寡核苷酸与特定核酸不是100％互补。如下所示，与DNM2互补的修饰的寡核苷酸降低了人DNM2 mRNA表达。
表2：DNM2 mRNA表达
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实施例2：与发动蛋白2互补的修饰的寡核苷酸的体外作用
设计了与发动蛋白2(DNM2)核酸互补的修饰的寡核苷酸，并测试其在体外对发动蛋白2mRNA的影响。在具有相似培养条件的一系列实验中测试了修饰的寡核苷酸。
以每孔10,000个细胞的密度培养A431细胞，并利用2,000nM修饰的寡核苷酸通过自由摄取或针对未处理对照的未修饰的寡核苷酸进行处理。大约24小时后，从细胞分离RNA，并通过定量实时PCR测量DNM2 mRNA水平，如实施例1所述。
下表中的修饰的寡核苷酸均具有3-10-3cEt gapmer基序，其中中央的间隔区段包含10个2’-脱氧核苷并且侧翼为3’和5’端的翼区段，每个区段均包含3个cEt核苷。每个修饰的寡核苷酸中的所有胞嘧啶残基均为5-甲基胞嘧啶。所有核苷间连接都是硫代磷酸酯核苷间连接。
下表中列出的每个修饰的寡核苷酸均100％互补于从10715001到1083500截短的人DNM2核酸序列GENBANK编号NC_000019.10(SEQ ID NO：1)和/或GENBANK编号NM_004945.3(SEQ ID NO：2)。如下所示，与人DNM2互补的修饰的寡核苷酸抑制了人DNM2 mRNA表达。
表3：DNM2 mRNA表达
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下表中列出的每个修饰的寡核苷酸与人DNM2核酸序列GENBANK编号NM_001005361.2(在本文中命名为SEQ ID NO：3)100％互补。如下所示，与人DNM2互补的修饰的寡核苷酸抑制了人DNM2 mRNA表达。
表4：DNM2 mRNA表达
Figure BDA0002681875390002142
Figure BDA0002681875390002151
实施例3：与发动蛋白2互补的修饰的寡核苷酸的体外作用
设计与发动蛋白2(DNM2)核酸互补的修饰的寡核苷酸，并测试其在体外对发动蛋白2mRNA的影响。在具有相似培养条件的一系列实验中测试了修饰的寡核苷酸。
以每孔10,000个细胞的密度培养的A431细胞用仅500nM修饰的寡核苷酸通过自由摄取或用于未处理对照的未修饰的寡核苷酸进行处理。大约24小时后，从细胞分离RNA，并通过定量实时PCR测量DNM2 mRNA水平，如实施例1所述。
下表中描述的修饰的寡核苷酸均具有3-10-3cEt gapmer基序，其中中央的间隔区段包含10个2’-脱氧核苷并且侧翼为3’和5’端的翼区段，每个区段均包含3个cEt核苷。下表中列出的每个修饰的寡核苷酸均100％互补于从10715001到1083500截短的人DNM2核酸序列GENBANK编号NC_000019.10(SEQ ID NO：1)和/或GENBANK编号NM_004945.3(SEQ ID NO：2)。如下所示，与人DNM2互补的修饰的寡核苷酸抑制了人DNM2 mRNA表达。
表5：DNM2 mRNA表达
Figure BDA0002681875390002152
Figure BDA0002681875390002161
Figure BDA0002681875390002171
Figure BDA0002681875390002181
实施例4：与发动蛋白2互补的修饰的寡核苷酸的体外剂量反应
以各种剂量通过自由摄取在A431细胞中测试以上实施例中列出的所选寡核苷酸。以每孔10,000个细胞的密度培养细胞，并用如下表所显示的62.5、250、1,000或4,000nM修饰的寡核苷酸处理。在大约48小时的处理时间之后，分离总RNA，并通过RT-PCR用引物探针组RTS36027(实施例1中所述)进行分析，用ribogreen标准化。如下表所示，与DNM2互补的修饰的寡核苷酸以剂量依赖的方式抑制了DNM2 mRNA的表达。
表6：DNM2 mRNA表达
Figure BDA0002681875390002182
Figure BDA0002681875390002191
Figure BDA0002681875390002201
Figure BDA0002681875390002211
Figure BDA0002681875390002221
实施例5：与发动蛋白2互补的修饰的寡核苷酸的体外剂量反应
以各种剂量通过自由摄取在A431细胞中测试了以上实施例中列出的所选寡核苷酸。以每孔10,000个细胞的密度培养细胞，并用如下表所显示的31.25、125、500或2,000nM修饰的寡核苷酸处理。在大约48小时后，分离总RNA，并通过RT-PCR用引物探针组RTS36027(实施例1中所述)进行分析，用ribogreen标准化。如下表所示，与DNM2互补的修饰的寡核苷酸以剂量依赖的方式抑制了DNM2 mRNA的表达。
表7：DNM2 mRNA表达
Figure BDA0002681875390002231
Figure BDA0002681875390002241
Figure BDA0002681875390002251
Figure BDA0002681875390002261
Figure BDA0002681875390002271
Figure BDA0002681875390002281
Figure BDA0002681875390002291
Figure BDA0002681875390002301
Figure BDA0002681875390002311
Figure BDA0002681875390002321
Figure BDA0002681875390002331
Figure BDA0002681875390002341
Figure BDA0002681875390002351
Figure BDA0002681875390002361
Figure BDA0002681875390002371
Figure BDA0002681875390002381
实施例6：与发动蛋白2互补的修饰的寡核苷酸的体外剂量反应
以各种剂量通过自由摄取在A431细胞中测试以上实施例中列出的所选寡核苷酸。以每孔10,000个细胞的密度培养细胞，并用如下表所显示的8、40、200或1,000nM修饰的寡核苷酸处理。在大约48小时后，分离总RNA，并通过RT-PCR用引物探针组RTS36027(实施例1中所述)进行分析，用GADPH标准化。如下表所示，与DNM2互补的修饰的寡核苷酸以剂量依赖的方式抑制了DNM2 mRNA的表达。
表8：DNM2 mRNA表达
Figure BDA0002681875390002382
Figure BDA0002681875390002391
实施例7：与发动蛋白2互补的修饰的寡核苷酸的体外剂量反应
以各种剂量通过自由摄取在A431细胞中测试以上实施例中列出的所选寡核苷酸。以每孔10,000个细胞的密度培养细胞，并用如下表所显示的7.8、31.25、125、500或2,000nM修饰的寡核苷酸处理。在大约48小时后，分离总RNA，并通过RT-PCR用引物探针组RTS36027(实施例1中所述)进行分析，用GADPH标准化。如下表所示，与DNM2互补的修饰的寡核苷酸以剂量依赖的方式抑制了DNM2 mRNA的表达。
表9：DNM2 mRNA表达
Figure BDA0002681875390002392
Figure BDA0002681875390002401
表10：DNM2 mRNA表达
Figure BDA0002681875390002402
Figure BDA0002681875390002411
实施例8：与发动蛋白2互补的修饰的寡核苷酸的体外剂量反应
以各种剂量在HSMM细胞(人成肌细胞，Lonza CC-2580)中测试了以上实施例中列出的所选寡核苷酸。以每孔20,000个细胞的密度培养细胞，并通过电穿孔用如下表所显示的7.8、31.25、125、500或2,000nM修饰的寡核苷酸进行转染。约16小时后，分离总RNA，并通过RT-PCR用引物探针组RTS36027(实施例1中所述)进行分析，用ribogreen标准化。如下表所示，与DNM2互补的修饰的寡核苷酸以剂量依赖的方式抑制了DNM2 mRNA的表达。
表11：DNM2 mRNA表达
Figure BDA0002681875390002412
Figure BDA0002681875390002421
表12：DNM2 mRNA表达
Figure BDA0002681875390002422
Figure BDA0002681875390002431
实施例9：与发动蛋白2互补的修饰的寡核苷酸的体外剂量反应
以各种剂量在SkMC细胞(人骨骼肌，Lonza CC-2561)中测试了以上实施例中列出的选定寡核苷酸。以每孔20,000个细胞的密度培养细胞，并通过电穿孔用如下表所显示的7.8、31.25、125、500或2,000nM修饰的寡核苷酸进行转染。大约16小时后，分离总RNA，并通过RT-PCR用引物探针组RTS36027(实施例1中所述)进行分析，用ribogreen标准化。如下表所示，与DNM2互补的修饰的寡核苷酸以剂量依赖的方式抑制了DNM2 mRNA的表达。
表13：DNM2 mRNA表达
Figure BDA0002681875390002432
Figure BDA0002681875390002441
表14：DNM2 mRNA表达
Figure BDA0002681875390002442
实施例10：给CD1小鼠施用与人发动蛋白2互补的修饰的寡核苷酸
用选自以上实施例的修饰的寡核苷酸处理
Figure BDA0002681875390002443
小鼠(Charles River，MA)并评估了各种血浆化学标记物水平的变化。用50mg/kg下表所列的修饰的寡核苷酸(50mg/kg/周剂量)每周一次皮下注射6周龄雄性CD1小鼠组，共6周。每组包含4只小鼠。雄性CD1小鼠对照组每周一次皮下注射PBS，共6周。最后一次剂量后48小时处死小鼠，并收集器官和血浆用于进一步分析。
使用自动临床化学分析仪(Hitachi Olympus AU400e，Melville，NY)测量转氨酶、白蛋白、BUN和胆红素(billirubin)的水平。还测量了肾脏、肝脏和脾脏的重量。下表中显示的结果表明，许多与DNM2互补的修饰的寡核苷酸在体内耐受良好。
表15：血浆标志物的水平
Figure BDA0002681875390002451
Figure BDA0002681875390002461
表16：血浆标志物的水平
Figure BDA0002681875390002462
Figure BDA0002681875390002471
表17：器官重量
Figure BDA0002681875390002472
Figure BDA0002681875390002481
表18：器官重量
Figure BDA0002681875390002482
Figure BDA0002681875390002491

Claims (19)

1.一种化合物，其包含长度为14至30个相连核苷的修饰的寡核苷酸，其具有：
i)包含SEQ ID NO：2879的至少14个连续核碱基的核碱基序列；
ii)包含至少14个连续核碱基部分的核碱基序列，所述至少14个连续核碱基部分与SEQID NO：1的核碱基87,359-90,915、90,968-97,263、83,573-87,287、3,404-44,737、97,378-104,979、81,061-81,199或116,048-116,903中的等长部分100％互补；
iii)与人DNM2 pre-mRNA或人DNM2 mRNA的内含子12、内含子13、内含子11、内含子1、内含子14、外显子10或3’-UTR互补的核碱基序列，或
iv)包含SEQ ID NO：7-3134的任一个核碱基序列的至少12个、至少13个、至少14个或至少15个连续核碱基的核碱基序列。
2.根据权利要求1所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸具有由SEQ ID NO：2879、2123、2189、2160、3056、2453或2232中任一个组成的核碱基序列。
3.根据权利要求1或2所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由8-12个相连的2’-脱氧核苷，优选10个相连的2’-脱氧核苷组成的间隔区段；
由1-7个相连核苷，优选3个相连核苷组成的5’翼区段；
由1-7个相连核苷，优选3个相连核苷组成的3’翼区段；
其中所述间隔区段位于5’翼区段和3’翼区段之间，并且其中每个末端翼核苷均包含修饰的糖。
4.根据权利要求1所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1、2、3或3135中任一个至少80％、85％、90％、95％或100％互补。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个修饰的核苷间连接，优选硫代磷酸酯核苷间连接。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个二环糖，所述二环糖优选选自LNA、ENA和cEt。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个5-甲基胞嘧啶。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的化合物，其中所述化合物是单链的。
9.根据权利要求1-7中任一项所述的化合物，其中所述化合物是双链的。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的化合物，其中所述修饰的寡核苷酸由16至20个相连核苷组成。
11.一种化合物，其包含根据下式的修饰的寡核苷酸：Gks Tks Tks Tds Ads Tds TdsAds Tds Ads Gds Gds Gds mCks Tks Tk；其中，
A＝腺嘌呤，
mC＝5-甲基胞嘧啶，
G＝鸟嘌呤，
T＝胸腺嘧啶，
k＝cEt糖部分，
d＝2’-脱氧核糖基糖部分，并且
s＝硫代磷酸核苷间连接。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的化合物，其包含缀合基团，优选地，其中，
所述化合物由所述修饰的寡核苷酸和所述缀合基团组成。
13.一种根据下式的化合物或其盐：
Figure FDA0002681875380000031
[SEQ ID NO：2879]。
14.一种由权利要求1-13中任一项的化合物的药学上可接受的盐形式组成的化合物，优选地，其中所述药学上可接受的盐是钠盐或钾盐。
15.一种权利要求1-14中任一项的化合物的手性富集群体，其中所述群体富集了包含至少一个具有特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间连接的修饰的寡核苷酸。
16.一种药物组合物，其包含权利要求1-14中任一项的化合物或权利要求15的化合物的群体和至少一种药学上可接受的稀释剂或载体。
17.根据权利要求1-14中任一项所述的化合物、根据权利要求15所述的化合物的群体或根据权利要求16所述的药物组合物，用于治疗。
18.根据权利要求1-14中任一项所述的化合物、根据权利要求15所述的群体或根据权利要求16所述的药物组合物，用于治疗、预防或改善中央核肌病、杜氏肌营养不良或夏-马-图三氏病，优选地，其中所述疾病是X-连锁的肌小管性肌病、常染色体隐性中央核肌病或常染色体显性中央核肌病，其中更优选地，所述疾病与选自MTM1、BIN1和DNM2的至少一种基因中的突变有关。
19.一种体外抑制细胞中DNM2表达的方法，其包括使所述细胞与单链化合物接触，所述单链化合物包含与DNM2核酸转录物的外显子10、内含子或3’-UTR 100％互补的修饰的寡核苷酸，从而抑制所述细胞中DNM2的表达。
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