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BRPI0712497A2 - perfil de gene, uso de um perfil, método para identificar um perfil, usos de uma sonda e de um kit de microarranjo para a identificação da expressão diferencial de pelo menos um produto de gene de ativação imune, microarranjo, kit de diagnóstico, e, método para tratar um paciente, e para induzir um perfil de gene respondedor em paciente distinguido como um não respondedor. - Google Patents

perfil de gene, uso de um perfil, método para identificar um perfil, usos de uma sonda e de um kit de microarranjo para a identificação da expressão diferencial de pelo menos um produto de gene de ativação imune, microarranjo, kit de diagnóstico, e, método para tratar um paciente, e para induzir um perfil de gene respondedor em paciente distinguido como um não respondedor. Download PDF

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BRPI0712497A2
BRPI0712497A2 BRPI0712497-0A BRPI0712497A BRPI0712497A2 BR PI0712497 A2 BRPI0712497 A2 BR PI0712497A2 BR PI0712497 A BRPI0712497 A BR PI0712497A BR PI0712497 A2 BRPI0712497 A2 BR PI0712497A2
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BR
Brazil
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gene
genes
identified
paragraphs
optionally
Prior art date
Application number
BRPI0712497-0A
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English (en)
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James Scott Clark
Thierry Coche
Swann Romain Jean-Thomas Gaulis
Olivier Gruselle
Frederic Lehmann
Jamila Louahed
Original Assignee
Glaxosmithkline Biolog Sa
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
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Publication date
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Priority claimed from GB0700761A external-priority patent/GB0700761D0/en
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Abstract

MéTODO PARA IDENTIFICAR UM PACIENTE RESPONDEDOR OU NãO-RESPONDEDOR à IMUNOTERAPIA DE CáNCER, E, USO DE UMA SONDA. A presente invenção diz respeito aos perfis de expressão de gene, microarranjos que compreendem seqüencias de ácido nucleico que representam perfis de expressão de gene e novos kits e métodos de diagnóstico. A invenção diz respeito ainda ao tratamento de populações específicas, por exemplo, de pacientes com câncer, como caracterizado pelo seu perfil de expressão de gene, que sofrem de tumores que expressam MAGE.

Description

"MÉTODO PARA IDENTIFICAR UM PACIENTE RESPONDEDOR OU NÃO-RESPONDEDOR À IMUNOTERAPIA DE CÂNCER, E, USO DE UMA SONDA"
Campo da Invenção
A presente invenção diz respeito aos perfis de expressão de gene; microarranjos que compreendem seqüências de ácido nucleico para identificar os ditos perfis, por exemplo, pela análise de amostras derivadas de paciente; novos kits e métodos de diagnóstico para a identificar dos mesmos. A invenção diz respeito ainda ao tratamento de populações específicas de pacientes, por exemplo pacientes com câncer, caracterizados como um respondedor pelo seu perfil de expressão de gene, tais como pacientes que sofrem de tumores que expressam Mage. A invenção inclui ainda métodos de induzir um perfil do respondedor em um paciente inicial ou originalmente designado como um não respondedor.
Fundamentos
Melanomas são tumores que se originam de células melanocíticas na epiderme. Os pacientes com melanoma maligno em metástase distante (estágio IV de acordo com a classificação da American Joint Commission on Câncer (AJCC)) têm um tempo de sobrevivência média de um ano, com uma taxa de sobrevivência de longa duração de apenas 5%. Mesmo a quimioterapia padrão para melanoma de estágio IV tem taxas de resposta terapêutica de apenas 8 a 25%, mas sem nenhum efeito sobre a sobrevivência global. Pacientes com metástase regional (estágio III) têm uma sobrevivência média de dois a três anos com chance muito baixa de sobrevivência de longa duração, mesmo depois de um controle cirúrgico adequado da metástase primária e regional (Balch et al, 1992). A maioria dos pacientes com melanoma de estágio I a III têm seu tumor cirurgicamente removido, mas estes pacientes mantem um risco substancial de recaída. Assim permanece uma necessidade para prevenir a progressão de melanoma e ter regimes de tratamento melhorado melanoma metastático e tratamentos adjuvantes para pacientes que tiveram um tumor primário removido.
Existem dois tipos de câncer pulmonar: câncer pulmonar de célula não pequena (NSCLC) e câncer pulmonar de célula pequena (SCLC). Os nomes simplesmente descrevem o tipo de célula encontrado nos tumores. NSCLC inclui carcinoma de célula escamosa, adenocarcinoma e carcinoma de célula grande e é responsável em torno de 80% dos canceres pulmonares. O NSCLC é difícil de curar ε os tratamentos disponíveis tendem a ter o objetivo de prolongar a vida, tanto quanto possível e aliviar os sintomas de doença. O NSCLC é o tipo mais comum de câncer pulmonar e está associado com resultados deficientes (Gatzmeier et al., 1994). De todos os pacientes com NSCLC, apenas cerca de 25% têm doença loco-regional no momento do diagnóstico e são ainda passíveis de excisão cirúrgica (estágios IB, IIA ou IIB de acordo com a classificação da AJCC). Entretanto, mais do que 50% destes pacientes recairão dentro de dois anos a seguir da resseção cirúrgica completa. Existe portanto uma necessidade para fornecer tratamento melhor para estes pacientes.
A quimioterapia tradicional está fundamentada na administração de substâncias tóxicas ao paciente e conta, em parte, com a captação agressiva do agente tóxico pelas células de tumor/câncer. Estas substâncias tóxicas afetam adversamente o sistema imune do paciente, deixando o indivíduo fisicamente enfraquecido e suscetível à infecção.
É conhecido que nem todos os pacientes com câncer respondem aos tratamentos contra o câncer correntes. É considerado que Apenas 30% ou menos das pessoas que sofrem de um câncer responderão a qualquer tratamento dado. Os canceres que não respondem ao tratamento são descritos como resistentes. Em muitos casos não há métodos confiáveis para estabelecer se o pacientes responderá ao tratamento. Entretanto, administrar tratamento aos pacientes que são tanto respondedores quanto não respondedores porque eles não podem ser diferenciados é um uso ineficiente de recursos e, ainda pior, podem ser nocivos ao paciente porque, como já debatido, muitos tratamentos contra o câncer têm efeitos colaterais significantes, tais como imunossupressão grave, êmese e/ou alopecia. É considerado que em vários casos os pacientes recebem tratamento, quando não é necessário ou quando o mesmo não será eficaz.
As células que incluem células de câncer/tumor expressam muitas centenas até milhares de genes.
Uma grande quantidade de trabalho tem sido feita em tempos recentes para auxiliar no diagnóstico e prognóstico de pacientes com câncer, por exemplo para identificar aqueles pacientes que não requerem tratamento adicional porque eles não têm nenhum risco de metástase, recaída ou progressão da doença.
A WO 2006/124836 identifica certas assinaturas de expressão de gene em diversos caminhos oncogênicos, definindo deste modo o prognóstico do paciente e a sensibilidade aos agentes terapêuticos que alvejam estes caminhos. Os oncogenes específicos são; Myc, Ras, E2, S3, Src e beta-catenina.
A US 2006/0265138 divulga um método de gerar um perfil genético, no geral para identificar o tumor primário de modo que tratamento apropriado possa ser dado.
A US 2006/0240441 e US 2006/0252057 descrevem métodos de diagnosticar câncer pulmonar com base na expressão diferencial de certos genes. A US 2006/0234259 diz respeito à identificação e uso de certos perfis de expressão de gene de relevância para câncer de próstata.
A WO 2006/103442 descreve perfis de expressão de gene expressados em um subconjunto de tumores positivos em receptor de estrogênio (ER), que atua, como uma assinatura preditiva para resposta a certas terapias hormonais tais como tamoxifeno e também certas quimioterapias.
A WO 2006/093507 descreve um perfil de gene útil para caracterizar um paciente com câncer colorretal como tendo um bom prognóstico ou um mal prognóstico, em que pacientes com um bom prognóstico são adequados para a quimioterapia.
A WO 2006/092610 descreve um método para monitorar a progressão de melanoma com base no expressão diferencial de certos genes e novos marcadores para a doença, em particular TSBYl, CYBA e MT2A.
A WO 2005/049829 descreve um conjunto isolado de genes marcadores que podem ser utilizados para prognosticar a sensibilidade de certos canceres a um agente quimioterapêutico, que é um inibidor da quinase receptora erbB, tal como gefitinib.
No geral, estes casos dizem respeito a marcadores para um ou mais canceres com base nos marcadores biológicos para a intensificação e/ou progressão do câncer. Em alguns casos estes caminhos são modulados pelos chamados oncogenes. O diagnóstico que utiliza as técnicas acima permitem que aqueles pacientes que são prováveis de recair e/ou sofre metástase sejam identificados e alvejados para terapia adicional. Em outros casos um marcador específico relevante para a resistência a um tratamento específico é identificado.
Uma nova geração de tratamentos contra o câncer com base em antígenos, peptídeos, DNA e outros está correntemente sob investigação por vários grupos. A estratégia por detrás de muitas destas terapias, freqüentemente aludidas como imunoterapia contra o câncer, é estimular o sistema imune do paciente em combater o câncer. Estas terapias provavelmente são vantajosas porque espera-se que os efeitos colaterais, de tomar tais tratamentos, sejam mínimos em comparação com os efeitos colaterais correntemente encontrados pelos pacientes que passam pelo tratamento contra o câncer. Um antígeno usado em uma imunoterapia contra o câncer pode ser aludido como um ASCI, isto é imunoterapêutico contra o câncer específico de antígeno.
Nos idos de 1980, Van Pel e Boon publicaram a descoberta de células T citolíticas direcionadas contra um antígeno apresentado em células de tumor. Isto levou à caracterização do primeiro antígeno compartilhado específico de tumor: o Melanoma AGE-I (MAGE-l, subseqüentemente renomeado MAGE-A1). Este foi seguido pela identificação de um grande número de genes compartilhando o mesmo padrão de expressão: estes são expressados em uma ampla faixa de tipos de tumor tais como, melanoma, cânceres pulmonares, de bexiga, mamários, cabeça e pescoço. Estes não são expressados em células normais, exceto de testículo. Entretanto, esta expressão no testículo normalmente não leva à expressão de antígeno, visto que estas células da linha germinativa não expressam moléculas MHC classe I. A partir de seu perfil de expressão peculiar, o nome de genes de Testículo Canceroso (CT) foi proposto para estes genes.
Antígenos de MAGE são antígenos codificados pela família de genes antigênicos associados a melanoma (MAGE). Os genes MAGE são predominantemente expressados em células de melanoma (incluindo melanoma maligno) e alguns outros cânceres incluindo NSCLC (câncer pulmonar de célula não pequena), carcinoma de célula escamosa de cabeça e pescoço, carcinoma de célula transicional da bexiga e carcinoma do esôfago, mas não são detectáveis em tecidos normais exceto no testículo e na placenta (Gaugler et al Human gene MAGE-3 codes for a antigen recognized on a melanoma by autologous cytolytic T lymphocytes J Exp Med. 1 de março de 1994; 179(3): 921-930); Weynants et al Expression of mage genes by non- small-cell Iung carcinomas Int. J Câncer. 15 de março de 1994; 56(6): 826- 829, Patard et al Int J. Câncer 64: 60, 1995). MAGE-A3 é expressado em 69% dos melanomas (Gaugler, 1994) e também pode ser detectado em 44% de NSCLC (Yoshimatsu 1988), 48% dos carcinomas de célula escamosa cabeça e pescoço, 34% dos carcinomas de célula transicional da bexiga, 57% dos carcinoma esofágico, 32% dos cânceres de cólon e 24% dos cânceres mamários (Van Pel, et al Genes coding for tumour antigens recognized by cytolytic T lymphocytes Immunological Reviews 145, 229-250, 1995, 1995); Inoue 1995; Fujie 1997; Nishimura 1997). Os cânceres que expressam as proteínas MAGE são conhecidos como tumores associados a Mage.
Sumário
Em um aspecto a invenção fornece um método para a detecção de uma assinatura de gene, indicativa de um respondedor ou não respondedor à imunoterapia, tal como a imunoterapia contra o câncer, em uma amostra biológica. Assim a invenção fornece um método de triar pacientes para estabelecer se eles são adequados para o tratamento, por exemplo com uma imunoterapia contra o câncer.
Em um aspecto a invenção fornece um kit de diagnóstico que compreende uma ou mais sondas de nucleotídeo capazes de hibridizar ao mRNA ou cDNA de um ou mais genes de ativação imune relevantes para o perfil.
Em um aspecto a invenção fornece uma ou mais sondas para identificar os ditos um ou mais genes de ativação imune relevantes para o perfil.
Em um aspecto a invenção fornece uma microarranjo das ditas sondas adequadas para a detecção do(s) dito(s) gene(s)/perfil.
Em um outro aspecto a invenção fornece o uso de uma Microarranjo, incluindo microarranjos conhecidas, para a identificação do(s) dito(s) gene(s)/perfil imunes.
Em um aspecto a invenção fornece o uso da PCR (ou outras técnicas conhecidas) para a identificação de expressão diferencial (tal como suprarregulagem) de um ou mais dos ditos genes.
Em um aspecto a invenção fornece um método de tratar um paciente com uma imunoterapia apropriada depois da triagem para identificar o paciente como um respondedor ao dito tratamento. Em um outro aspecto a invenção fornece um método de aumentar a eficácia de uma imunoterapia em uma população de paciente que compreende a etapa de primeiro triar a população para a expressão diferencial de um ou mais genes/dito perfil imunes e uma segunda etapa de caracterizar o paciente como um respondedor ou não respondedor.
Em um outro aspecto a invenção fornece um método de gerar uma lista de genes imunes diferencialmente expressados (isto é, um perfil de genes imunes) indicativos de um respondedor ou não respondedor à imunoterapia.
Descrição Resumida das Figuras, Seqüências & Tabelas
A Figura 1 é uma representação diagramática de agrupamento hierárquico usando a análise Spotfire que liga o resultado clínico de 31 pacientes descobertos serem respondedores (aqui definidos incluir respondedor, respondedor misto e doença estável) ou não respondedores, com a imunoterapia Mage no teste clínico MAGE008, com o perfil de gene identificado pela análise de microarranjo e que utiliza os conjuntos de sonda .148 top.
A Figura 2 é uma representação diagramática da mesma análise como a Figura 1, em que o agrupamento hierárquico foi realizado usando a análise BaldiBH usando 100 conjuntos de sondas.
A Figura 3 é uma representação diagramática da mesma análise como a Figura 1, em que o agrupamento hierárquico foi realizado usando a lista de gene Arrayminer Classmaker.
A Figura 4 é um diagrama Venn que representa a comparação de listas de gene usadas na Figura 1, Figura 2 e Figura 3.
A Figura 5 é uma representação visual do perfil de expressão de vários genes (36 conjuntos de sonda) para 30 pacientes diferentes (pacientes estão ao longo do eixo X e os vários conjuntos de sonda estendem- se ao longo do eixo Y).
A Figura 5a é uma representação visual da expressão de 2 genes para 30 pacientes diferentes (pacientes ao longo do eixo X).
A Figura 6 mostra a Análise de Componente Principal usando os genes PRF1, GZMB, GNLY, CD8A, PRKCQ, FOXP3, IFNG, CCL5, GPRl71 e TRBV19.
A Figura 7 é uma representação visual do perfil de expressão de vários genes (41 conjuntos de sonda) para 33 pacientes diferentes (os números de identificação de paciente estão ao longo do eixo X) do teste clínico MAGE008 usando o adjuvante AS15.
A Figura 8 é uma representação diagramática de agrupamento hierárquico para pacientes no ramo AS15 do teste clínico MAGE008.
A Figura 9 é uma representação visual do perfil de expressão de vários genes (41 conjuntos de sonda) para 33 pacientes diferentes (os números de identificação de paciente estão ao longo do eixo X) do teste clínico MAGE008 usando o adjuvante AS02b.
A Figura 10 é uma representação diagramática de agrupamento hierárquico para pacientes no ramo AS02b do Teste clínico MAGE008.
Nos mapas de calor aqui genes suprarregulados são representados em vermelho que em escala cinza tendem a serem apresentados pelos sombreados mais escuros. Os sombreados mais claros na escala cinza tendem a apresentar verde no mapa de calor (genes que não são suprarregulados).
Seq ID No 1 Cromossoma 6 matriz de leitura aberta 190
Seq ID No 2 Substrato Lyn específico de célula hematopoiética 1
Seq ID No 3 Receptor de interleucina 2, gama (imunodeficiência combinada grave)
Seq ID No 4 antígeno de CD52 (antígeno CAMPATH-1) Ill antígeno CD52 (antígeno CAMPATH-1)
Seq ID No 5 antígeno CD2 (p50), receptor de célula sangüínea vermelha de ovelha /// antígeno CD2 (p50), receptor de célula sangüínea vermelha de ovelha
Seq ID No 6 Ubiquitina D
Seq ID No 7 Transdutor de sinal e ativador de transcrição 4
Seq ID No 8 Granzyme K (granzime 3; triptase II) /// granzime K (granzime 3; triptase II)
Seq ID No 9 antígeno CD3G, polipeptídeo gama (complexo TiT3)
Seq ID No 10 Receptor 171 ligado à proteína G
Seq ID No 11 Proteína quinase C, beta 1
Seq ID No 12 Complexo da histocompatibilidade principal, classe II, DR alfa /// complexo da histocompatibilidade principal, classe II, DR alfa
Seq ID No 13 Complexo da histocompatibilidade principal, classe II, DQ beta 1 /// Complexo da histocompatibilidade principal, classe II, DQ beta 1
Seq ID No 14 Álcool desidrogenase IB (classe I), polipeptídeo beta
Seq ID No 15 constante do receptor alfa de célula T /// constante do receptor alfa de célula T
Seq ID No 16 antígeno CD69 (p60, antígeno de ativação de célula T inicial) Seq ID No 17 Proteína quinase C, teta
Seq ID No 18 Variável beta do receptor de célula T 19 /// Constante beta do receptor de célula T 1
Seq ID No 19 local III alfa do receptor de célula T variável 2 delta do receptor de célula T /// variável 20 alfa do receptor de célula T Ill união 17 alfa do receptor de célula T /// constante do receptor alfa de célula T
Seq ID No 20 constante 2 gama do receptor de célula T
Seq ID No 21 Variável beta do receptor de célula T 21-1 /// Variável beta do receptor de célula T 19/// Variável beta do receptor de célula T 5-4 /// Variável beta do receptor de célula T 3-1 /// Constante beta do receptor de célula T 1
Seq ID No 22 local alfa do receptor de célula T
Seq ID No 23 Variável beta do receptor de célula T 19 /// Variável beta do receptor de célula T 19 /// Constante beta do receptor de célula T 1 /// Constante beta do receptor de célula T 1
Seq ID No 24 antígeno CD3D, polipeptídeo delta (complexo TiT3)
Seq ID No 25 constante 2 gama do receptor de célula T /// variável gama do receptor de célula T 9 /// similar à região C de cadeia gama do receptor de célula T PT-gama-1/2 /// similar à região V de cadeia gama do receptor de célula T precursor PT-gama-1/2 Ill proteína de matriz de leitura alternativa TCR gama
Seq ID No 26 família do domínio de pirina e HIN, membro 1
Seq ID No 27 adaptador de transmembrana associado com o receptor de célula T 1
Seq ID No 28 membro 7 da família SLAM
Seq ID No 29 Cromossoma 4 matriz de leitura aberta 7
Seq ID No 30 Complexo da histocompatibilidade principal, classe II, DQ alfa 1
Seq ID No 31 Local transcrito
Seq ID No 32 Anfifisina (Síndrome do homem duro com câncer
mamário auto antígeno 1281 cDa) Seq ID No 33 Lectina 1 associada à célula dendrítica Cada uma das seqüências acima é dada na Tabela IA abaixo. Seq ID No 34 Seqüência de nucleotídeo que codifica a proteína de fusão do fragmento de Lipoproteína D, fragmento Mage3 e cauda de histidina
Seq ID No 35 Seqüência de aminoácido da proteína de fusão do fragmento de Lipoproteína D, fragmento Mage3 e caudas de histidina
Seq ID No.s 36 a 43 (encontradas na descrição) são seqüências de peptídeo relevantes a MAGE A3. Seq ID No.s 44 a 48 são exemplos de seqüências de oligonucleotídeos contendo um motivo CpG.
Seq ID No.s 49 a 84 (listadas na Tabela 1B) são conjuntos de sonda adequadas para hibridizar aos genes listados na Tabela 1. Seq ID No.s 85 a 97 (listadas na Tabela 3A) são seqüências para os genes listados na Tabela 3.
As Tabelas 1 a 4, 11 e 12 fornecem listas de genes que são diferencialmente regulados de acordo com a presente invenção.
A Tabela IA fornece a listagem de seqüência de nucleotídeo para cada um dos genes listados na Tabela 1. A Tabela IB fornece o número identificador do conjunto de sonda (um único número de referência para a sonda) de sondas (e seqüência destas) em que cada sonda é adequada para identificar genes particulares listados na Tabela 1.
A Tabela 3A liga os genes (e suas seqüências) da Tabela 3 e sondas adequadas para identificar os ditos genes.
A Tabela 5 fornece uma lista de genes, iniciadores e sondas adequadas para o uso na análise de PCR.
A Tabela 6 é uma lista de gene incluída no TaqMane (Q-PCR) Imune Profiling Array.
A Tabela 7 fornece uma lista de genes de acordo com um aspecto da invenção.
A Tabela 7A fornece a razão geomédia entre grupos respondedores e não respondedores para os genes listados na Tabela 7.
A Tabela 8 fornece uma matriz de correlação para 30 genes.
A Tabela 9 fornece uma lista de genes de acordo com um aspecto da invenção.
A Tabela 9A resultados de regressão logística para certos genes listados na Tabela 9
A Tabela 10 mostra a porcentagem de classificação correta usando um modelo de regressão logística para os genes listados na Tabela 9.
A Tabela 11 fornece uma lista de genes de acordo com um aspecto da invenção.
As Tabelas 11A & 11B mostram o nível de expressão de gene (com base nos resultados de 41 conjuntos de sonda) para vários pacientes.
As Tabelas 12 e 13 mostram listas de gene que formam outros aspectos da invenção.
A Tabela 14 fornece uma correlação entre os níveis de expressão de gene dados nas Tabelas 1IA & IlB com o resultado clínico para os ditos pacientes.
Os Anexos AaC são códigos de computador para auxiliar com a análise estatística de amostras.
O gene MAGE-I pertence a uma família de 12 genes intimamente relacionados, MAGE 1, MAGE 2, MAGE 3, MAGE 4, MAGE 5, MAGE 6, MAGE 7, MAGE 8, MAGE 9, MAGE 10, MAGE 11, MAGE 12, localizados no cromossoma X e compartilhando entre si 64 a 85% de homologia na sua seqüência codificadora (De Plaen, 1994). Estes são algumas vezes conhecidos como MAGE Al, MAGE A2, MAGE A3, MAGE A4, MAGE A5, MAGE A6, MAGE A7, MAGE A8, MAGE A9, MAGE Al0, MAGE Al 1, MAGE Al2 (A família MAGE A).
Dois outros grupos de proteínas também são parte da família MAGE embora mais distantemente relacionados. Estes são o grupo MAGE B e MAGE C. A família MAGE B inclui MAGE Bl (também conhecido como MAGE Xpl e DAM 10), MAGE B2 (também conhecido como MAGE Xp2 e DAM 6) MAGE B3 e MAGE B4 - a família Mage C correntemente inclui MAGE Cl e MAGE C2.
Em termo gerais, uma proteína MAGE A pode ser definida como contendo uma assinatura de seqüência de núcleo localizada na direção da extremidade de terminal C da proteína (por exemplo com respeito a MAGE Al uma proteína de 309 aminoácidos, a assinatura de núcleo corresponde aos aminoácido 195 a 279).
Isto simplesmente não quer dizer que se o tumor expressa, por exemplo, Mage que o paciente responderá à imunoterapia com base em um antígeno Mage.
Declaração da Invenção
A análise realizada em cânceres/tumores de pacientes ante de receber imunoterapia, tal como imunoterapia Mage, identificou que certos genes foram diferencialmente expressados em pacientes que responderam bem ao tratamento, em comparação com aqueles pacientes que não respondem à imunoterapia. Os presentes inventores descobriram uma assinatura/perfil de gene que são preditivos da resposta provável do paciente a uma imunoterapia apropriada. Mais especificamente os presentes inventores descobriram uma assinatura de gene que é preditiva da sobrevivência melhorada depois do tratamento com imunoterapia específica de antígeno Mage.
Assim a invenção fornece um perfil de gene, de uma amostra derivada de paciente, que é indicativo de uma probabilidade aumentada de que o paciente será um respondedor (ou alternativamente um não respondedor) a uma imunoterapia, por exemplo uma imunoterapia contra o câncer, tal como imunoterapia Mage, em que o perfil compreende a expressão diferencial de pelo menos um gene de ativação imune. A invenção fornece um perfil de gene, de uma amostra derivada de paciente, que é indicativo de uma probabilidade aumentada de que o paciente será um respondedor a uma imunoterapia, por exemplo uma imunoterapia contra o câncer, tal como imunoterapia Mage, em que o perfil compreende suprarregulagem de pelo menos um gene de ativação imune.
A presente invenção fornece um perfil preditivo em contraste a um diagnóstico ou perfil de diagnóstico.
Embora não se deseje estar ligado pela teoria é levantada a hipótese de que a assinatura de gene identificada é de fato indicativa de uma resposta imune/inflamatória, tal como uma infiltração/ativação de célula T nos pacientes que são designados como respondedores, por exemplo, a assinatura pode representar um marcador de ativação de célula Τ. A presença desta resposta é considerada auxiliar o corpo do paciente a combater a doença, tal como câncer, depois da administração da imunoterapia tornando- se deste modo um paciente mais responsivo à dita imunoterapia.
Assim a assinatura da presente invenção não focaliza nos marcadores/genes especificamente associados com o diagnóstico e/ou prognóstico da doença relevante, por exemplo câncer tal como oncogenes, mas ao invés é preditiva de se o paciente responderá a uma imunoterapia apropriada, tal como imunoterapia contra o câncer.
O perfil de gene aqui identificado para câncer e métodos para identificar o mesmo são considerados ser indicativos do microambiente do tumor. O microambiente correto do tumor parece ser chave para se o paciente responde à imunoterapia apropriada contra o câncer. A imunoterapia no contexto da invenção significa terapia com base em estimular uma resposta imune, no geral a um antígeno, em que a resposta resulta no tratamento, melhora e/ou retardo da progressão de uma doença associada com o mesmo. Tratamento neste contexto não poderia usualmente incluir tratamento profilático.
A imunoterapia contra o câncer no contexto deste relatório descritivo significa imunoterapia para o tratamento de câncer. Em um aspecto a imunoterapia está fundamentada em um antígeno do câncer testicular, tal como Mage (debatido em mais detalhes abaixo).
Esta invenção pode ser usada para identificar pacientes com câncer que são prováveis de responder à imunoterapia apropriada, por exemplo pacientes com melanoma, câncer de mama, bexiga, pulmão, NSCLC, cabeça e pescoço, carcinoma de célula escamosa, carcinoma de cólon e carcinoma esofágico, tal como em pacientes com cânceres que expressam MAGE. Em uma forma de realização, a invenção pode ser usada em um cenário adjuvante (pós operativo, por exemplo isento de doença) em tais cânceres, particularmente pulmão e melanoma. A invenção também encontra utilidade no tratamento de cânceres no cenário metastático.
Assim em um primeiro aspecto a invenção fornece uma assinatura indicativa de um paciente, tal como um paciente com câncer, designado um respondedor ou não respondedor para o tratamento com uma imunoterapia apropriada, a assinatura que compreende a expressão diferencial de um ou mais genes selecionado da ativação/resposta imune genes de resposta imune/inflamatória, por exemplo, o grupo de genes indicativo de infiltração/ativação de célula T, tal como um gene listado (ou uma lista de gene compreendendo ou consistindo) aqueles listados nas Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13 tais como a Tabela 1 ou 2. A expressão diferencial no contexto da presente invenção significa que o gene é suprarregulado ou infrarregulados em comparação com esta expressão normal. Os métodos estatísticos para calcular a diferenciação de gene são debatidos abaixo.
O gene de ativação imune é intencionado significar um gene que facilite, aumente ou estimule uma resposta imune apropriada. O gene de resposta imune e gene de ativação imune são usados aqui intercambiavelmente.
Uma técnica importante para a análise dos genes expressados pelas células, tais como células de câncer/tumor, é a microarranjo de DNA (também conhecida como tecnologia de chip de gene), onde centenas ou mais seqüências de sonda (tais como 55.000 conjuntos de sonda) são ligados a uma superfície de vidro. As seqüências de sonda são no geral todas de 25 mers ou 60 mers e são seqüências de genes conhecidos. Estas sondas são no geral dispostas em um conjunto de 11 sondas individuais (um conjunto de sonda) e são fixadas em um padrão pré definido na superfície de vidro. Uma vez expostas a uma amostra biológica apropriada estas sondas hibridizam ao RNA ou DNA relevante de um gene particular. Depois da lavagem, o chip é "lido" por um método apropriado e uma quantidade tal como a intensidade de cor registrada. A expressão diferencial de um gene particular é proporcional à medida/intensidade registradas. Esta tecnologia é debatida em mais detalhes abaixo.
Uma vez que um gene/perfil alvo tenha sido identificado existem diversos métodos analíticos para medir se o(s) gene(s) é/são diferencialmente expressado(s). Estas técnicas analíticas incluem a reação da cadeia de polimerase em tempo real, também chamada de reação da cadeia de polimerase em tempo real quantitativa (QRT-PCR ou Q-PCR), que é usada para quantificar e amplificar simultaneamente uma parte específica de uma dada molécula de DNA presente na amostra. O procedimento segue o padrão geral da reação da cadeia de polimerase, mas o DNA é quantificado depois de cada rodada de amplificação (o aspecto "tempo real"). Dois métodos comuns de quantificação são o uso de corantes fluorescentes que intercalam com DNA de filamento duplo e sondas de oligonucleotídeo de DNA modificadas que fluorescem quando hibridizadas com um DNA complementar.
A idéia básica por detrás da reação da cadeia de polimerase em tempo real é que quanto mais abundante um cDNA particular (e assim o mRNA) é em uma amostra, mas cedo o mesmo será detectado durante ciclos repetidos de amplificação. Vários sistemas existem que permitem que a amplificação de DNA seja seguida e os mesmos freqüentemente envolvem o uso de um pigmento fluorescente que é incorporado em moléculas de DNA recém sintetizados durante a amplificação em tempo real. As máquinas da reação da cadeia de polimerase em tempo real, que controlam o processo de termociclagem, podem depois detectar a abundância de DNA fluorescente e assim o progresso de amplificação de uma dada amostra. Tipicamente, a amplificação de um dado cDNA com o tempo segue uma curva, com uma fase plana inicial, seguida por uma fase exponencial. Finalmente, conforme os reagentes do experimento são esgotados, a síntese de DNA diminui e a curva exponencial achata em um platô.
Alternativamente o mRNA ou produto de proteína do gene(s) alvo(s) podem ser medidos pela análise de Northern Blot, Western Blot e/ou imunoistoquímica.
Em um aspecto a análise para identificar o perfil/assinatura é realizada em uma amostra de paciente em que um antígeno do câncer testicular é expressado.
Se um gene é sempre suprarregulado ou sempre infra regulado em pacientes que são julgados serem respondedores (ou alternativamente não respondedores) então o gene único pode ser usado para estabelecer se o paciente é um respondedor ou um não respondedor uma vez que um patamar é estabelecido e contanto que a separação dos dois grupos seja adequada.
Quando um gene único é analisado, por exemplo, pela Q-PCR então a expressão de gene pode ser normalizada por referência a um gene que permanece constante, por exemplo genes com os símbolos H3F3A, GAPDH, TFRC, GUSB ou PGKl. A normalização pode ser realizada subtraindo-se o valor obtido para o gene constante do valor obtido para o gene sob consideração. Um patamar pode ser estabelecido plotando-se uma medida da expressão do gene relevante para cada paciente. No geral os respondedores e os não respondedores serão agrupados em torno de um eixo/ponto focai diferente. Um patamar pode ser estabelecido no intervalo entre os grupos pelos métodos da estatística clássica ou simplesmente plotando-se uma "linha de melhor ajuste" para estabelecer a base central entre os dois grupos. Valores, por exemplo, acima do patamar pré-definido podem ser designados como respondedores e valores, por exemplo abaixo do patamar pré-designado podem ser designados como não respondedores.
Em um aspecto a invenção fornece um perfil de gene para identificar um respondedor que compreende um ou mais dos ditos genes em que 50, 60, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 99 ou 100% dos genes são suprarregulados.
Os genes listados nas Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13 tais como as Tabelas 1, 2 e/ou 3 são no geral suprarregulados em respondedores.
A robustez do método preditivo da invenção pode ser ainda melhorada para tamanhos de amostra grandes utilizando-se 2, 3, 4, 5, 6, etc genes das Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13 tais como as Tabelas 1 ou 2.
Além disso, uma vez que pelo menos dois genes diferencialmente expressados são incluídos na assinatura então métodos de agrupamento estatístico podem ser usados para diferenciar os respondedores e não respondedores. Os métodos para o agrupamento estatístico e software para os mesmos são debatidos abaixo.
Um parâmetro usado na quantificação da expressão diferencial de genes é a mudança de dobra, que é uma métrica para comparar um nível de expressão do mRNA do gene entre duas condições experimentais distintas. A sua definição aritmética difere entre investigadores. Entretanto, quanto mais alta a mudança de dobra mais provável que a expressão diferencial do genes relevante será adequadamente separada, tornando mais fácil decidir em que categoria (respondedor ou não respondedor) o paciente se situa.
A mudança de dobra, por exemplo pode ser de pelo menos 10, pelo menos 15, pelo menos 20 ou 30.
Um outro parâmetro também usado para quantificar a expressão diferencial é o valor "p". É considerado que quanto mais baixo o valor ρ mais diferencialmente expressado o gene é provável de ser, o que o torna um bom candidato para o uso em perfis da invenção. Os valores ρ por exemplo podem incluir 0,1 ou menos, tal como 0,05 ou menos, em particular 0,01 ou menos. Os valores ρ como aqui usados incluem valores "P" corrigidos e/ou também valores "P" não corrigidos.
A invenção fornece um método para a detecção de uma assinatura de gene em uma amostra biológica, o método compreendendo a análise da expressão de pelo menos 5 genes como apresentados na Tabela 1. Alternativamente um ou mais genes podem ser selecionados das Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13 tais como as Tabelas 1 ou 2.
Assim em um aspecto a invenção fornece um método de identificar se um paciente com câncer será um respondedor ou não respondedor à imunoterapia, o método compreendendo:
1. analisar uma amostra que compreenda o mRNA ou fragmentos deste expressado pelos genes de células cancerosas ou DNA ou fragmentos deste de células cancerosas, quanto a expressão diferencial de um ou mais genes indicativos da infiltração/ativação de célula T, por exemplo selecionado do grupo que compreende ou consiste dos genes listados nas Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13 tais como as Tabelas 1 ou 2, e
2. caracterizar um paciente como um respondedor ou um não respondedor com base nos resultados da etapa 1. Respondedores no contexto da presente invenção inclui pessoas onde o câncer/tumor(es) é/são irradicados, reduzidos ou melhorados (respondedor misto ou respondedor parcial) ou simplesmente estabilizados tal que a doença não está progredindo. Nos respondedores onde o câncer é estabilizado então o período de estabilização é tal que a qualidade de vida e/ou a espectativa de vida dos pacientes é aumentada (por exemplo, doença estável por mais de 6 meses) em comparação a um paciente que não recebe tratamento.
A resposta clínica parcial com respeito ao câncer é em que todos os tumores/cânceres respondem ao tratamento em algum grau, por exemplo onde dito câncer é reduzido em 30, 40, 50, 60% ou mais. Respondedor clínico misto com respeito ao câncer é definido como em que alguns dos tumores/cânceres respondem ao tratamento e outros permanecem inalterados ou progridem.
As definições padrão são disponíveis para respondedores, respondedores parciais e respondedores mistos ao tratamento contra o câncer. Estas definições padrão aplicam-se aqui a menos que a partir do contexto esteja claro que as mesmas não se aplicam.
Como aqui usado, os métodos para prognosticar uma resposta clínica favorável ou para identificar pacientes mais prováveis de responder à terapia, não é intencionado implicar uma capacidade preditiva de 100%, mas indicar que pacientes com certas características são mais prováveis de experimentar uma resposta clínica favorável a uma terapia específica do que pacientes que carecem de tais características. Entretanto, como estará evidente a uma pessoa habilitada na técnica, alguns indivíduos identificados como mais prováveis de experimentar uma resposta clínica favorável não obstante pode falhar em demonstrar resposta clínica mensurável ao tratamento. Similarmente, alguns indivíduos prognosticados como não respondedores não obstante podem exibir uma resposta clínica favorável ao tratamento.
Como aqui usado, uma 'resposta favorável' (ou 'resposta clínica favorável'), por exemplo, a um tratamento anticâncer refere-se a uma resposta biológica ou física que é reconhecido por aqueles habilitados na técnica como indicando uma taxa diminuída de crescimento de tumor, comparada com o crescimento de tumor que ocorreria com um tratamento alternativo ou a ausência de qualquer tratamento. "Resposta clínica favorável" como aqui usado não é sinônimo com uma cura, mas inclui Resposta Parcial, Resposta Mista ou Doença Estável. Uma resposta clínica favorável à terapia pode incluir um diminuição de sintomas experimentados pelo paciente, um aumento na expectativa ou tempo de sobrevivência obtido, uma taxa diminuída de crescimento de tumor, cessação do crescimento de tumor (doença estável), regressão no número ou massa de lesões metastáticas, e/ou regressão da massa de tumor global (cada uma como comparada com aquela que ocorreria na ausência de terapia ou em resposta a uma terapia alternativa).
Pacientes em necessidade de tratamento, por exemplo, para um Tumor que expressa Mage, cujas células de tumor têm uma assinatura de gene aqui descrita como uma assinatura "Respondedora" são mais prováveis de ter uma resposta clínica favorável, comparados com pacientes cujas células de tumor mostram uma assinatura de gene aqui descrita como uma assinatura "não respondedora", quando tratados com imunoterapia específica de Mage. Não respondedor no contexto desta invenção inclui pessoas cujos sintomas isto é cânceres/tumores não são melhorados ou estabilizados.
Opcionalmente a caracterização do paciente como um respondedor ou não respondedor pode ser realizada por referência a um "padrão" ou um conjunto de treinamento. O padrão pode ser o perfil de uma pessoa/paciente que é conhecido ser um respondedor ou não respondedor ou alternativamente pode ser um valor numérico. Tais padrões pré determinados podem ser fornecidos em qualquer forma adequada, tal como uma lista ou diagrama impressos, programa de software de computador ou outro meio.
Conjunto de treinamento no contexto do presente relatório descritivo é intencionado a se referir a um grupo de amostras para as quais os resultados clínicos podem estar correlacionados com o perfil de gene e podem ser utilizados para treinar um modelo/programa estatísticos apropriados para identificar respondedores e/ou não respondedores quanto a novas amostras. As tabelas 11A, IlB e 14 contêm o conjunto de informação de treinamento relevante ao modelo de conjunto de sonda 41 descrito no Exemplo 4.
Em um aspecto um modelo matemático/algoritmo/método estatístico é utilizado para caracterizar o paciente como respondedor ou não respondedor.
Em um aspecto a invenção fornece um perfil com base em um ou mais genes de ativação imune, tais como 5 ou mais de tais genes.
Em um aspecto a invenção fornece um perfil com base nos genes nas Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13 tais como as Tabelas 1 ou 2.
Em um aspecto a invenção fornece um perfil com base em 489 sondas (listadas na Tabela 4A) e/ou aproximadamente 480 genes como listados na Tabela 4.
De acordo com um aspecto a presente invenção fornece uma assinatura de gene indicativa de sobrevivência melhorada de pacientes com cânceres que expressam Mage a seguir do tratamento com imunoterapia específica de Mage. esta assinatura de gene, de pelo menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, .8,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16,17, 18, 19,20 21,22,23,24,25,26,27,28,29, .30 ou 31, genes dos genes divulgados na Tabela 1, é caracterizada pela expressão diferencial comparada com a assinatura de gene de pacientes com tumor que expressa MAGE que não respondem à imunoterapia contra o câncer específica do antígeno Mage. A sobrevivência melhorada provável ser um corolário de uma resposta à imunoterapia administrada, se o paciente é de fato um respondedor.
TABELAS COM LISTAS DE GENE
Em um aspecto a invenção diz respeito a um ou mais genes listados na Tabela 1
Tabela 1
<table>table see original document page 24</column></row><table> <table>table see original document page 25</column></row><table>
A Tabela 1A no final deste relatório descritivo dá a seqüência de nucleotídeo completa para cada um dos genes acima.
Em um aspecto a invenção fornece um perfil com base na expressão diferencial de 1 ou mais de 62 genes, identificados na literatura, que diz respeito à infiltração e ativação imune. Em um aspecto a invenção fornece um perfil com base nos genes listados na Tabela 2.
Tabela 2:
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Em um aspecto a invenção fornece a lista de genes na Tabela 3.
Tabela 3
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Em um aspecto a invenção fornece um perfil com base em um ou mais genes da Tabela 4 Tabela 4
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Nas tabelas aqui listadas o gene dado pode estar listado mais do que uma vez, por exemplo como um gene específico ou como um agrupamento de gene. A Tabela 4 acima é gerada a partir dos conjuntos de sonda listados na Tabela 4A abaixo. Existem freqüentemente conjuntos de sonda múltiplos para cada gene e assim onde mais do que um conjunto de sonda foi usado para identificar um gene particular então o gene aparece mais do que uma vez na Tabela 4. Uma tentativa foi feita para remover a duplicação pela contagem de genes que aparecem mais do que uma vez na Tabela 4.
Em um aspecto a invenção fornece através das várias formas de realização aqui um ou mais genes selecionados das Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13 incluindo combinações destes. Em um outro aspecto a invenção fornece todos os genes das Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 ou 13 ou de fato combinações destas.
Em um outro aspecto a invenção fornece pelo menos 10% dos genes listados nas Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13, por exemplo pelo menos 40%, 50%, 60% ou 70% tal como 80%, 90% ou 100% destas.
Um ou mais genes incluem 1-5, 6-10, 11-15, 16-20, 21-25, 26- 30, 31-35, 36-40, 41-45, 46-50, 51-55, 56-60, 61-65, 66-70. 71-75, 76-80, 81- 85, 86-90, 91-95, 96-100, 101-105, 106-110, 111-115. 116-120, 121-125, 126-130, 131-135, 136-140, 141-145, 146-150, 151-155, 156-160, 161165, 166-170, 171-175, 176-180, 181-185, 186-190, 191-195, 196-200, 201-205, 206-210, 211-215, 216-220, 221-225, 226-230, 231-235, 236-240, 241-245, 246-250, 251-255, 256-260, 261-265, 266-270, 271-275, 276-280, 281-285, 286-290, 291-295, 296-300, 301-305, 306-310, 311-315, 316-320, 321-325, 326-330, 331-335, 336-340, 341-345, 346-350, 351-355, 356-360, 361-365, 366-370, 371-375, 376-380, 381-385, 386-390, 391-395, 396-400, 401-405, 406-410, 411415, 416-420, 421-425, 426-430, 431-435, 436-440, 441-445, 446-450, 451-455, 456-460, 461-465, 466-470, 471-475, 476-480, como apropriado e combinações destes.
Em um ou mais aspectos a invenção fornece uma forma de realização como descrita em qualquer um dos parágrafos de 1 a 430 abaixo.
1) Assim a invenção pode utilizar um ou mais genes da Tabela 4.
2) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com o parágrafo 1, em que o gene tem o símbolo FLJ20647, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.2 a 4.488 identificados na Tabela 4.
3) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com os parágrafos 1 ou 2, em que o gene tem o NAV 1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.3 a 4.488 identificados na Tabela 4.
4) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 3, em que o gene tem o símbolo GPRl71, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.4 a 4.488 identificados na Tabela 4.
5) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 4, em que o gene tem o símbolo CCL14, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.5 a 4.488 identificados na Tabela 4. .6) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 5, em que o gene tem o símbolo Cis, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.6 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.7) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 6, em que o gene tem o símbolo CXCL2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.7 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.8)Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 7, em que o gene tem o símbolo TRBV3-1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.8 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.9)Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 8, em que o gene tem o símbolo TRDV2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.9 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.10) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 9, em que o gene tem o símbolo RUFY3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.10 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.11) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 10, em que o gene tem o símbolo DOCKS, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.11 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.12) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 11, em que o gene tem o símbolo GCH1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.12 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.13) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 12, em que o gene tem o símbolo CENTD3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.13 a 4.488 identificados na Tabela 4.
14) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 13, em que o gene tem o símbolo ACSL5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.14 a 4.488 identificados na Tabela 4.
15) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 14, em que o gene tem o símbolo AMICA1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.15 a 4.488 identificados na Tabela 4.
16) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 15, em que o gene tem o símbolo IL2RG, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.16a 4.488 identificados na Tabela 4.
17) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 16, em que o gene tem o símbolo TNFAIP3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.17 a 4.488 identificados na Tabela 4.
18) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 17, em que o gene tem o símbolo PSCDBP, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.18 a 4.488 identificados na Tabela 4.
19) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 18, em que o gene tem o símbolo ESRI, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.19 a 4.488 identificados na Tabela 4.
20) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 19, em que o gene tem o símbolo TRBC1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.20 a 4.488 identificados na Tabela 4.
21) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 20, em que o gene tem o símbolo CD52, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.21 a 4.488 identificados na Tabela 4.
22) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 21, em que o gene tem o símbolo LOC442535, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.22 a 4.488 identificados na Tabela 4.
23) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 22, em que o gene tem o símbolo TRBV 19, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.23 a 4.488 identificados na Tabela 4.
24) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 23, em que o gene tem o símbolo IL7R, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.24 a 4.488 identificados na Tabela 4.
25) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 24, em que o gene tem o símbolo TRAC, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.25 a 4.488 identificados na Tabela 4.
26) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 25, em que o gene tem o símbolo NCF2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.26 a 4.488 identificados na Tabela 4.
27) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 26, em que o gene tem o símbolo LOC92689, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.27 a 4.488 identificados na Tabela 4.
28) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 27, em que o gene tem o símbolo GZMK, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.28 a 4.488 identificados na Tabela 4.
29) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 28, em que o gene é um identificados pelo conjunto de sonda 235831, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.29 a 4.488 identificados na Tabela 4.
30) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 29, em que o gene tem o símbolo RAB34, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.30 a 4.488 identificados na Tabela 4.
31) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 30, em que o gene tem o símbolo DPT, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.31 a 4.488 identificados na Tabela 4.
32) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 31, em que o gene tem o símbolo PVT1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.32 a 4.488 identificados na Tabela 4.
33) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 32, em que o gene tem o símbolo TRGC2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.33 a 4.488 identificados na Tabela 4.
34) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 33, em que o gene tem o símbolo GIMAP5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.34 a 4.488 identificados na Tabela 4. 35) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 34, em que o gene tem o símbolo CD52, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.35 a 4.488 identificados na Tabela 4.
36) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 35, em que o gene tem o símbolo CD3D, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.36 a 4.488 identificados na Tabela 4.
37) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 36, em que o gene tem o símbolo TMEMl32C, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.37 a 4.488 identificados na Tabela 4.
38) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 37, em que o gene tem o símbolo NFICBIA, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.38 a 4.488 identificados na Tabela 4.
39) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 38, em que o gene tem o símbolo TRA@, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.39 a 4.488 identificados na Tabela 4.
40) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 39, em que o gene tem o símbolo TRAT1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.41 a 4.488 identificados na Tabela 4.
41) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 40, em que o gene tem o símbolo RAB34, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.42 a 4.488 identificados na Tabela 4.
42) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 41, em que o gene tem o símbolo CD69, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.43 a 4.488 identificados na Tabela 4.
43) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 42, em que o gene tem o símbolo DOCKS opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.44 a 4.488 identificados na Tabela 4.
44) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 43, em que o gene tem o símbolo IRF8 opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.46 a 4.488 identificados na Tabela 4.
45) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 44, em que o gene tem o símbolo KLRBl opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.47 a 4.488 identificados na Tabela 4.
46) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 45, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 236280_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.48 a 4.488 identificados na Tabela 4.
47) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 46, em que o gene tem o símbolo ITGA3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.49 a 4.488 identificados na Tabela 4.
48) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 47, em que o gene tem o símbolo MAP3K8, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.50 a 4.488 identificados na Tabela 4.
49) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 48, em que o gene tem o símbolo Clorfl 62, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.51 a 4.488 identificados na Tabela 4.
50) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 49, em que o gene tem o símbolo UBD, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.52 a 4.488 identificados na Tabela 4.
51) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 50, em que o gene tem o símbolo TRGV9, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.54 a 4.488 identificados na Tabela 4.
52) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 51, em que o gene tem o símbolo NAV1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.54 a 4.488 identificados na Tabela 4.
53) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 51, em que o gene tem o símbolo ARHGAP9, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.55 a 4.488 identificados na Tabela 4.
54) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 53, em que o gene tem o símbolo TIFA, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.56 a 4.488 identificados na Tabela 4.
55) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 54, em que o gene é identificado pela sonda número 1569942_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.58 a 4.488 identificados na Tabela 4.
56) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 55, em que o gene tem o símbolo GIMAP4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.59 a 4.488 identificados na Tabela 4.
57) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 56, em que o gene tem o símbolo HCLS1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.60 a 4.488 identificados na Tabela 4.
58) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 57, em que o gene tem o símbolo PRKCH, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.61 a 4.488 identificados na Tabela 4.
59) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 58, em que o gene tem o símbolo STAT4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.62 a 4.488 identificados na Tabela 4.
60) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 59, em que o gene tem o símbolo HLA-DQA1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.63 a 4.488 identificados na Tabela 4.
61) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 60, em que o gene tem o símbolo ADRB2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.64 a 4.488 identificados na Tabela 4.
62) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 61, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 239237_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.65 a 4.488 identificados na Tabela 4.
63) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 62, em que o gene tem o símbolo CTSW, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.66 a 4.488 identificados na Tabela 4.
64) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 63, em que o gene tem o símbolo MYHl 1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.67 a 4.488 identificados na Tabela 4.
65) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 64, em que o gene tem o símbolo GIMAP6, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.68 a 4.488 identificados na Tabela 4.
66) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 65, em que o gene tem o símbolo HLA-DQB1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.69 a 4.488 identificados na Tabela 4.
67) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 66, em que o gene tem o símbolo CD8A, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.70 a 4.488 identificados na Tabela 4.
68) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 67, em que o gene tem o símbolo TNFAIP3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.71 a 4.488 identificados na Tabela 4.
69) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 68, em que o gene tem o símbolo CP, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.72 a 4.488 identificados na Tabela 4.
70) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 69, em que o gene tem o símbolo SMOC2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.73 a 4.488 identificados na Tabela 4.
71) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 70, em que o gene tem o símbolo C20orf24, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.74 a 4.488 identificados na Tabela 4.
72) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 71, em que o gene tem o símbolo C16orf54, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.75 a 4.488 identificados na Tabela 4.
73) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 72, em que o gene tem o símbolo CD2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.76 a 4.488 identificados na Tabela 4.
74) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 73, em que o gene tem o símbolo SLIT3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.77 a 4.488 identificados na Tabela 4.
75) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 74, em que o gene tem o símbolo BAALC, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.78 a 4.488 identificados na Tabela 4.
76) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 75, em que o gene tem o símbolo TRIB3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.79 a 4.488 identificados na Tabela 4.
77) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 76, em que o gene tem o símbolo LOC440160, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.80 a 4.488 identificados na Tabela 4. 78) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 77, em que o gene tem o símbolo C6orfl90, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.81 a 4.488 identificados na Tabela 4.
79) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 78, em que o gene tem o símbolo TAGAP, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.82 a 4.488 identificados na Tabela 4.
80) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 79, em que o gene tem o símbolo FAM92A1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.83 a 4.488 identificados na Tabela 4.
81) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 80, em que o gene tem o símbolo PSTPIP2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.84 a 4.488 identificados na Tabela 4.
82) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 81, em que o gene tem o símbolo PTPRC, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.85 a 4.488 identificados na Tabela 4.
83) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 82, em que o gene tem o símbolo HLA-DRA, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.86 a 4.488 identificados na Tabela 4.
84) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 83, em que o gene tem o símbolo EFCAB2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.87 a 4.488 identificados na Tabela 4.
85) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 84, em que o gene tem o símbolo TNFAIP8, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.88 a 4.488 identificados na Tabela 4.
86) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 85, em que o gene tem o símbolo SLIC1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.89 a 4.488 identificados na Tabela 4.
87) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 86, em que o gene tem o símbolo CD1C, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.90 a 4.488 identificados na Tabela 4.
88) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 87, em que o gene tem o símbolo TRAF3IP3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.91 a 4.488 identificados na Tabela 4.
89) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 88, em que o gene tem o símbolo IGJ, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.96 a 4.488 identificados na Tabela 4.
90) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 89, em que o gene tem o símbolo PLEK, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.98 a 4.488 identificados na Tabela 4.
91) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 90, em que o gene tem o símbolo TMEM44, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.100 a 4.488 identificados na Tabela 4.
92) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 91, em que o gene tem o símbolo EBI2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.101 a 4.488 identificados na Tabela 4.
93) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 92, em que o gene tem o símbolo SAMSNl, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.102 a 4.488 identificados na Tabela 4.
94) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 93, em que o gene tem o símbolo KIAA1794, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.103 a 4.488 identificados na Tabela 4.
95) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 94, em que o gene tem o símbolo ALDH2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.104 a 4.488 identificados na Tabela 4.
96) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 95, em que o gene tem o símbolo CDC42SE2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.105 a 4.488 identificados na Tabela 4.
97) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 96, em que o gene tem o símbolo GFRA1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.106 a 4.488 identificados na Tabela 4.
98) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 97, em que o gene tem o símbolo ITK, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.107 a 4.488 identificados na Tabela 4.
99) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 98, em que o gene tem o símbolo GIMAP7, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.109 a 4.488 identificados na Tabela 4.
100) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 99, em que o gene tem o símbolo FLJ20273, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.110 a 4.488 identificados na Tabela 4.
101) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 100, em que o gene tem o símbolo PTPN6, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.111 a 4.488 identificados na Tabela 4.
102) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 101, em que o gene tem o símbolo PTGER3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.112 a 4.488 identificados na Tabela 4.
103) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 102, em que o gene tem o símbolo RAI2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.113 a 4.488 identificados na Tabela 4.
104) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 103, em que o gene tem o símbolo LGALS2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.114 a 4.488 identificados na Tabela 4.
105) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 104, em que o gene tem o símbolo HMOX1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.115 a 4.488 identificados na Tabela 4.
106) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 105, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 227995 at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.116 a 4.488 identificados na Tabela 4.
107) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 106, em que o gene tem o símbolo ZNFNlAl, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.117 a 4.488 identificados na Tabela 4.
108) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 107, em que o gene tem o símbolo CSF2RB, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.118 a 4.488 identificados na Tabela 4.
109) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 108, em que o gene tem o símbolo PCSK5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.119 a 4.488 identificados na Tabela 4.
110) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 109, em que o gene tem o símbolo CCDC69, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.120 a 4.488 identificados na Tabela 4.
111) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 110, em que o gene tem o símbolo CDC42SE2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.121 a 4.488 identificados na Tabela 4.
112) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 111, em que o gene tem o símbolo GZMA, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.122 a 4.488 identificados na Tabela 4.
113) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 112, em que o gene tem o símbolo C3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.123 a 4.488 identificados na Tabela 4. 114) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 113, em que o gene tem o símbolo C15orf48, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.125 a 4.488 identificados na Tabela 4.
115) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 114, em que o gene tem o símbolo RARRES3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.126 a 4.488 identificados na Tabela 4.
116) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 115, em que o gene tem o símbolo LOC283537, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.127 a 4.488 identificados na Tabela 4.
117) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 116, em que o gene tem o símbolo CXCL12, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.129 a 4.488 identificados na Tabela 4.
118) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 117, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 231882_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.130 a 4.488 identificados na Tabela 4.
119) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 118, em que o gene tem o símbolo SOD2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.131 a 4.488 identificados na Tabela 4.
120) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 119, em que o gene tem o símbolo CTSS, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.132 a 4.488 identificados na Tabela 4. 121) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 120, em que o gene tem o símbolo CTBP2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.133 a 4.488 identificados na Tabela 4.
122) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 121, em que o gene tem o símbolo BCLl1B, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.134 a 4.488 identificados na Tabela 4.
123) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 122, em que o gene tem o símbolo CCL22, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.135 a 4.488 identificados na Tabela 4.
124) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 123, em que o gene tem o símbolo ACSL5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.136 a 4.488 identificados na Tabela 4.
125) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 124, em que o gene tem o símbolo DOC1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.137 a 4.488 identificados na Tabela 4.
126) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 125, em que o gene tem o símbolo SLC31A2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.138 a 4.488 identificados na Tabela 4.
127) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 126, em que o gene tem o símbolo POPDC3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.139 a 4.488 identificados na Tabela 4.
128) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 127, em que o gene tem o símbolo SQRDL, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.141 a 4.488 identificados na Tabela 4.
129) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 128, em que o gene tem o símbolo RASGEF1B, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.142 a 4.488 identificados na Tabela 4.
130) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 129, em que o gene tem o símbolo FGL2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.143 a 4.488 identificados na Tabela 4.
131) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 130, em que o gene tem o símbolo C10orfl 28, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.144 a 4.488 identificados na Tabela 4.
132) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 131, em que o gene tem o símbolo ILl0RA, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.145 a 4.488 identificados na Tabela 4.
133) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 132, em que o gene tem o símbolo EGFL6, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.146 a 4.488 identificados na Tabela 4.
134) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 133, em que o gene tem o símbolo IL18, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.147 a 4.488 identificados na Tabela 4.
135) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 134, em que o gene tem o símbolo ARHGAP30, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.148 a 4.488 identificados na Tabela 4.
136) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 135, em que o gene tem o símbolo PALMD, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.149 a 4.488 identificados na Tabela 4.
137) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 136, em que o gene tem o símbolo RASSF5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.150 a 4.488 identificados na Tabela 4.
138) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 137, em que o gene tem o símbolo GATA3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.151 a 4.488 identificados na Tabela 4.
139) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 138, em que o gene tem o símbolo DKFZP56400823, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.152 a 4.488 identificados na Tabela 4.
140) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 139, em que o gene tem o símbolo TXNIP, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.154 a 4.488 identificados na Tabela 4.
141) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 140, em que o gene tem o símbolo DTX4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.155 a 4.488 identificados na Tabela 4.
142) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 141, em que o gene tem o símbolo DARC, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.156 a 4.488 identificados na Tabela 4.
143) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 142, em que o gene tem o símbolo RNASE6, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.157 a 4.488 identificados na Tabela 4.
144) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 143, em que o gene tem o símbolo CD86, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.158 a 4.488 identificados na Tabela 4.
145) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 144, em que o gene tem o símbolo ZFP36, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.159 a 4.488 identificados na Tabela 4.
146) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 145, em que o gene tem o símbolo BASP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.160 a 4.488 identificados na Tabela 4.
147) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 146, em que o gene tem o símbolo CKAP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.161 a 4.488 identificados na Tabela 4.
148) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 147, em que o gene tem o símbolo HCP5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.162 a 4.488 identificados na Tabela 4.
149) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 148, em que o gene tem o símbolo GRB14, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.163 a 4.488 identificados na Tabela 4. 150) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 149, em que o gene tem o símbolo GJA7, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.164 a 4.488 identificados na Tabela 4.
151) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 150, em que o gene tem o símbolo FLJ14054, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.165 a 4.488 identificados na Tabela 4.
152) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 151, em que o gene tem o símbolo VNNl, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.166 a 4.488 identificados na Tabela 4.
153) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 152, em que o gene tem o símbolo ADCY7, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.167 a 4.488 identificados na Tabela 4.
154) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 153, em que o gene tem o símbolo MS4A6A, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.168 a 4.488 identificados na Tabela 4.
155) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 154, em que o gene tem o símbolo CPA3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.169 a 4.488 identificados na Tabela 4.
156) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 155, em que o gene tem o símbolo PIM1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.170 a 4.488 identificados na Tabela 4.
157) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 156, em que o gene tem o símbolo CCL19, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.171 a 4.488 identificados na Tabela 4.
158) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 157, em que o gene tem o símbolo SYK, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.172 a 4.488 identificados na Tabela 4.
159) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 158, em que o gene tem o símbolo SIT1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.174 a 4.488 identificados na Tabela 4.
160) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 159, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 228812_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.175 a 4.488 identificados na Tabela 4.
161) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 160, em que o gene tem o símbolo NAP1L2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.176 a 4.488 identificados na Tabela 4.
162) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 161, em que o gene tem o símbolo CCL13, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.177 a 4.488 identificados na Tabela 4.
163) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 162, em que o gene tem o símbolo SLA, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.178 a 4.488 identificados na Tabela 4.
164) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 163, em que o gene tem o símbolo NOD3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.179 a 4.488 identificados na Tabela 4.
165) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 164, em que o gene tem o símbolo PRKCH, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.180 a 4.488 identificados na Tabela 4.
166) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 165, em que o gene tem o símbolo TRD@, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.181 a 4.488 identificados na Tabela 4.
167) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 166, em que o gene tem o símbolo BAALC, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.182 a 4.488 identificados na Tabela 4.
168) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 167, em que o gene tem o símbolo RP1-93H18.5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.183 a 4.488 identificados na Tabela 4.
169) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 168, em que o gene tem o símbolo FLJ20701, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.184 a 4.488 identificados na Tabela 4.
170) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 169, em que o gene tem o símbolo SH3TC2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.185 a 4.488 identificados na Tabela 4.
171) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 170, em que o gene tem o símbolo CCR2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.186 a 4.488 identificados na Tabela 4.
172) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 171, em que o gene tem o símbolo CCL5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.187 a 4.488 identificados na Tabela 4.
173) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 172, em que o gene tem o símbolo HLA-DPA1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.189 a 4.488 identificados na Tabela 4.
174) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 173, em que o gene tem o símbolo PECAM 1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.190 a 4.488 identificados na Tabela 4.
175) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos Ial 74, em que o gene tem o símbolo AMIG02, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.192 a 4.488 identificados na Tabela 4.
176) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 175, em que o gene tem o símbolo CLEC7A, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.193 a 4.488 identificados na Tabela 4.
177) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 176, em que o gene tem o símbolo P2RY14, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.194 a 4.488 identificados na Tabela 4.
178) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 177, em que o gene tem o símbolo PIK3AP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.195 a 4.488 identificados na Tabela 4.
179) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 178, em que o gene tem o símbolo ADH1B, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.196 a 4.488 identificados na Tabela 4.
180) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos 1-179, em que o gene tem o símbolo TOPl MT, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.197 a 4.488 identificados na Tabela 4.
181) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 180, em que o gene tem o símbolo CD276, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.199 a 4.488 identificados na Tabela 4.
182) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 181, em que o gene tem o símbolo JAM2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.200 a 4.488 identificados na Tabela 4.
183) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 182, em que o gene tem o símbolo CIS, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.202 a 4.488 identificados na Tabela 4.
184) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 183, em que o gene tem o símbolo TGFBR3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.203 a 4.488 identificados na Tabela 4.
185) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos 1 -184, em que o gene tem o símbolo ITGAL, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.204 a 4.488 identificados na Tabela 4. 186) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 185, em que o gene tem o símbolo ILlRl, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.206 a 4.488 identificados na Tabela 4.
187) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 186, em que o gene tem o símbolo HLA-DRB1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.207 a 4.488 identificados na Tabela 4.
188) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 187, em que o gene tem o símbolo GIMAP2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.208 a 4.488 identificados na Tabela 4.
189) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 188, em que o gene tem o símbolo ZC3H12D, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.209 a 4.488 identificados na Tabela 4.
190) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 189, em que o gene tem o símbolo PCDH9, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.210 a 4.488 identificados na Tabela 4.
191) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 190, em que o gene tem o símbolo SLAMF7, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.21 Ia 4.488 identificados na Tabela 4.
192) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 191, em que o gene tem o símbolo MGC7036, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.212 a 4.488 identificados na Tabela 4.
193) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 192, em que o gene tem o símbolo RGS18, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.214 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.194) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 193, em que o gene tem o símbolo CD53, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.215 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.195) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 194, em que o gene tem o símbolo MPEG1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.216 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.196) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 195, em que o gene tem o símbolo SSBP4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.217 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.197) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 196, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 231262_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.218 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.198) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 197, em que o gene tem o símbolo CDHl9, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.219 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.199) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 198, em que o gene tem o símbolo CTBP2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.221 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.200) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 199, em que o gene tem o símbolo FAMl07B, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.222 a 4.488 identificados na Tabela 4.
201) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 200, em que o gene tem o símbolo IGKC, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.223 a 4.488 identificados na Tabela 4.
202) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 201, em que o gene tem o símbolo ITGAM, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.224 a 4.488 identificados na Tabela 4.
203) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 202, em que o gene tem o símbolo CICAP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.227 a 4.488 identificados na Tabela 4.
204) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 203, em que o gene tem o símbolo MGC16291, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.228 a 4.488 identificados na Tabela 4.
205) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 204, em que o gene tem o símbolo DDEF2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.229 a 4.488 identificados na Tabela 4.
206) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 205, em que o gene tem o símbolo TNFAIP2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.230 a 4.488 identificados na Tabela 4.
207) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 206, em que o gene tem o símbolo CXCL14, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.231 a 4.488 identificados na Tabela 4.
208) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 207, em que o gene tem o símbolo CD209, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.232 a 4.488 identificados na Tabela 4.
209) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 208, em que o gene tem o símbolo COL9A3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.233 a 4.488 identificados na Tabela 4.
210) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 209, em que o gene tem o símbolo ANKRD22, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.234 a 4.488 identificados na Tabela 4.
211) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 210, em que o gene tem o símbolo NCKAP1L, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.235 a 4.488 identificados na Tabela 4.
212) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 211, em que o gene tem o símbolo CMKORl, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.236 a 4.488 identificados na Tabela 4.
213) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 212, em que o gene tem o símbolo HLA-DRB5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.237 a 4.488 identificados na Tabela 4.
214) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 213, em que o gene tem o símbolo LCP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.239 a 4.488 identificados na Tabela 4.
215) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 214, em que o gene tem o símbolo CXXC5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.240 a 4.488 identificados na Tabela 4.
216) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 215, em que o gene tem o símbolo GJA7, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.241 a 4.488 identificados na Tabela 4.
217) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 216, em que o gene tem o símbolo FGD2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.242 a 4.488 identificados na Tabela 4.
218) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 217, em que o gene tem o símbolo MANlAl, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.243 a 4.488 identificados na Tabela 4.
219) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 218, em que o gene tem o símbolo C6orfll5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.245 a 4.488 identificados na Tabela 4.
220) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 219, em que o gene tem o símbolo CXCL9, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.247 a 4.488 identificados na Tabela 4.
221) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 220, em que o gene tem o símbolo NPR3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.248 a 4.488 identificados na Tabela 4. 222) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 221, em que o gene tem o símbolo FYB, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.249 a 4.488 identificados na Tabela 4.
223) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 222, em que o gene tem o símbolo VCAM1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.250 a 4.488 identificados na Tabela 4.
224) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 223, em que o gene tem o símbolo FLI1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.251 a 4.488 identificados na Tabela 4.
225) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 224, em que o gene tem o símbolo CXXC5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.252 a 4.488 identificados na Tabela 4.
226) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 225, em que o gene tem o símbolo TRAM2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.254 a 4.488 identificados na Tabela 4.
227) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 226, em que o gene tem o símbolo SHC4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.255 a 4.488 identificados na Tabela 4.
228) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 227, em que o gene tem o símbolo SLC9A9, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.256 a 4.488 identificados na Tabela 4.
229) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 228, em que o gene tem o símbolo PTPRC, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.257 a 4.488 identificados na Tabela 4.
230) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 229, em que o gene tem o símbolo PTGER4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.258 a 4.488 identificados na Tabela 4.
231) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 230, em que o gene tem o símbolo LILRB1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.259 a 4.488 identificados na Tabela 4.
232) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 231, em que o gene tem o símbolo PRDM1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.261 a 4.488 identificados na Tabela 4.
233) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 232, em que o gene tem o símbolo ARHGAP15, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.262 a 4.488 identificados na Tabela 4.
234) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 233, em que o gene tem o símbolo SLC5A3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.263 a 4.488 identificados na Tabela 4.
235) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 234, em que o gene tem o símbolo DOCK9, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.264 a 4.488 identificados na Tabela 4.
236) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 235, em que o gene tem o símbolo GPSMl, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.265 a 4.488 identificados na Tabela 4.
237) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 236, em que o gene tem o símbolo CCL5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.266 a 4.488 identificados na Tabela 4.
238) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 237, em que o gene tem o símbolo GLIPRl, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.267 a 4.488 identificados na Tabela 4.
239) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 238, em que o gene tem o símbolo APOL3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.268 a 4.488 identificados na Tabela 4.
240) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 239, em que o gene tem o símbolo HLA-DMB, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.269 a 4.488 identificados na Tabela 4.
241) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 240, em que o gene tem o símbolo SYNP02, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.270 a 4.488 identificados na Tabela 4.
242) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 241, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 221651_x_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.271 a 4.488 identificados na Tabela 4.
243) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 242, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 231929_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.273 a 4.488 identificados na Tabela 4.
244) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 243, em que o gene tem o símbolo CASP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.274 a 4.488 identificados na Tabela 4.
245) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 244, em que o gene tem o símbolo PRKCQ, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.275 a 4.488 identificados na Tabela 4.
246) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 245, em que o gene tem o símbolo IL1R2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.276 a 4.488 identificados na Tabela 4.
247) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 246, em que o gene tem o símbolo CARDl5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.277 a 4.488 identificados na Tabela 4.
248) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 247, em que o gene tem o símbolo ARHGDIB, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.278 a 4.488 identificados na Tabela 4.
249) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 248, em que o gene tem o símbolo HLA-DRB4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.279 a 4.488 identificados na Tabela 4.
250) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 249, em que o gene tem o símbolo SART2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.280 a 4.488 identificados na Tabela 4.
251) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 250, em que o gene tem o símbolo LSP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.281 a 4.488 identificados na Tabela 4.
252) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 251, em que o gene tem o símbolo AMPD3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.282 a 4.488 identificados na Tabela 4.
253) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 252, em que o gene tem o símbolo SEMA4F, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.283 a 4.488 identificados na Tabela 4.
254) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 253, em que o gene tem o símbolo ISOC1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.285 a 4.488 identificados na Tabela 4.
255) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 254, em que o gene tem o símbolo HPS3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.288 a 4.488 identificados na Tabela 4.
256) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 255, em que o gene tem o símbolo HOXB7, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.290 a 4.488 identificados na Tabela 4.
257) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 256, em que o gene tem o símbolo ZNFNlAl, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.291 a 4.488 identificados na Tabela 4.
258) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 257, em que o gene tem o símbolo ARHGAP9, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.292 a 4.488 identificados na Tabela 4.
259) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 258, em que o gene tem o símbolo GATA2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.293 a 4.488 identificados na Tabela 4.
260) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 259, em que o gene tem o símbolo AP2B1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.294 a 4.488 identificados na Tabela 4.
261) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 260, em que o gene tem o símbolo CTSC, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.295 a 4.488 identificados na Tabela 4.
262) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 261, em que o gene tem o símbolo PLK2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.296 a 4.488 identificados na Tabela 4.
263) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 262, em que o gene tem o símbolo CD4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.297 a 4.488 identificados na Tabela 4.
264) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 263, em que o gene tem o símbolo GGTA1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.298 a 4.488 identificados na Tabela 4. 265) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 264, em que o gene tem o símbolo GADD45B, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.300 a 4.488 identificados na Tabela 4.
266) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 265, em que o gene tem o símbolo FLJ10847, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.301 a 4.488 identificados na Tabela 4.
267) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 266, em que o gene tem o símbolo KIF21B, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.302 a 4.488 identificados na Tabela 4.
268) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 267, em que o gene tem o símbolo CCND2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.303 a 4.488 identificados na Tabela 4.
269) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 268, em que o gene tem o símbolo PRG1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.304 a 4.488 identificados na Tabela 4.
270) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 269, em que o gene tem o símbolo SLC40A1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.307 a 4.488 identificados na Tabela 4.
271) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 270, em que o gene tem o símbolo CRIP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.308 a 4.488 identificados na Tabela 4.
272) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 271, em que o gene tem o símbolo LOC283070, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.309 a 4.488 identificados na Tabela 4.
273) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 272, em que o gene tem o símbolo SIGLEC1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.310 a 4.488 identificados na Tabela 4.
274) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 273, em que o gene tem o símbolo ZNFl 1B, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.311 a 4.488 identificados na Tabela 4.
275) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 274, em que o gene tem o símbolo CXCR4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.312 a 4.488 identificados na Tabela 4.
276) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 275, em que o gene tem o símbolo HLA-DMA, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.313 a 4.488 identificados na Tabela 4
277) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 276, em que o gene tem o símbolo MRC1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.315 a 4.488 identificados na Tabela 4.
278) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 277, em que o gene tem o símbolo LM02, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.315a a 4.488 identificados na Tabela 4.
279) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 278, em que o gene tem o símbolo DENND2D, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.316 a 4.488 identificados na Tabela 4.
280) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 279, em que o gene tem o símbolo CCL18, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.317 a 4.488 identificados na Tabela 4.
281) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 280, em que o gene tem o símbolo P2RY13, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.319 a 4.488 identificados na Tabela 4.
282) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 281, em que o gene tem o símbolo ANGPTL1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.320 a 4.488 identificados na Tabela 4.
283) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 282, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 230391_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.322 a 4.488 identificados na Tabela 4.
284) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 283, em que o gene tem o símbolo C8orf51, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.323 a 4.488 identificados na Tabela 4.
285) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 284, em que o gene tem o símbolo GIMAP8, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.324 a 4.488 identificados na Tabela 4.
286) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 285, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 2277880_s_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.325 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.287) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 286, em que o gene tem o símbolo JAK2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.326 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.288) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 287, em que o gene tem o símbolo TNFSF10, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.327 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.289) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 288, em que o gene tem o símbolo CIR, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.328 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.290) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 289, em que o gene tem o símbolo ACPL2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.329 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.291) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 290, em que o gene tem o símbolo TNFRSF19, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.331 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.292)Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 291, em que o gene tem o símbolo LRP12, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.332 a 4.488 identificados na Tabela 4.
293) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 292, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 1557116_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.334 a 4.488 identificados na Tabela 4.
294) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos 1 -293, em que o gene tem o símbolo PRKCB1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.335 a 4.488 identificados na Tabela 4.
295) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 294, em que o gene tem o símbolo IPOl 1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.336 a 4.488 identificados na Tabela 4.
296) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 295, em que o gene tem o símbolo DLGAP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.337 a 4.488 identificados na Tabela 4.
297) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 296, em que o gene tem o símbolo PRKAR2B, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.338 a 4.488 identificados na Tabela 4.
298) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 297, em que o gene tem o símbolo MAP3K.8, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.339 a 4.488 identificados na Tabela 4.
299) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 298, em que o gene tem o símbolo EVI2B, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.340 a 4.488 identificados na Tabela 4.
300) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 299, em que o gene tem o símbolo GBP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.341 a 4.488 identificados na Tabela 4.
301) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 300, em que o gene tem o símbolo CXCL10, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.342 a 4.488 identificados na Tabela 4.
302) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 301, em que o gene tem o símbolo CAMK2N1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.343 a 4.488 identificados na Tabela 4
303) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 302, em que o gene tem o símbolo MED12L, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.344 a 4.488 identificados na Tabela 4.
304) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 303, em que o gene tem o símbolo ID2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.345 a 4.488 identificados na Tabela 4.
305) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 304, em que o gene tem o símbolo CTBP2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.346 a 4.488 identificados na Tabela 4.
306) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 305, em que o gene tem o símbolo IGLJ3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.347 a 4.488 identificados na Tabela 4.
307) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 306, em que o gene tem o símbolo GBP4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.348 a 4.488 identificados na Tabela 4.
308) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 307, em que o gene tem o símbolo LOC439949, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.349 a 4.488 identificados na Tabela 4.
309) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 308, em que o gene tem o símbolo FBXO16, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.350 a 4.488 identificados na Tabela 4.
310) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 309, em que o gene tem o símbolo PRF1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.351 a 4.488 identificados na Tabela 4.
311) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 310, em que o gene tem o símbolo TRAM2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.352 a 4.488 identificados na Tabela 4.
312) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 311, em que o gene tem o símbolo LYN, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.353 a 4.488 identificados na Tabela 4.
313) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 312, em que o gene tem o símbolo CENTD1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.355 a 4.488 identificados na Tabela 4.
314) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 313, em que o gene tem o símbolo FLJ20273, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.356 a 4.488 identificados na Tabela 4. 315) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 314, em que o gene tem o símbolo TFEC, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.357 a 4.488 identificados na Tabela 4.
316) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 315, em que o gene tem o símbolo PPP1R16B, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.358 a 4.488 identificados na Tabela 4.
317) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 316, em que o gene tem o símbolo CD48, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.359 a 4.488 identificados na Tabela 4.
318) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 317, em que o gene tem o símbolo HLA-DPB1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.361 a 4.488 identificados na Tabela 4.
319) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 318, em que o gene tem o símbolo GTPBP5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.362 a 4.488 identificados na Tabela 4.
320) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 319, em que o gene tem o símbolo GBP5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.363 a 4.488 identificados na Tabela 4.
321) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos 1 -320, em que o gene tem o símbolo MAP1B, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.364 a 4.488 identificados na Tabela 4.
322) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 321, em que o gene tem o símbolo EXTL3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.365 a 4.488 identificados na Tabela 4.
323) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 322, em que o gene tem o símbolo CORO1A, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.366 a 4.488 identificados na Tabela 4.
324) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 323, em que o gene tem o símbolo PDGFRL, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.367 a 4.488 identificados na Tabela 4.
325) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 324, em que o gene tem o símbolo RP9, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.368 a 4.488 identificados na Tabela 4.
326) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 325, em que o gene tem o símbolo RHOU, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.369 a 4.488 identificados na Tabela 4.
327) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 326, em que o gene tem o símbolo MTAC2D1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.370 a 4.488 identificados na Tabela 4.
328) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 327, em que o gene tem o símbolo CCL8, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.371 a 4.488 identificados na Tabela 4.
329) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 328, em que o gene tem o símbolo CECRl, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.373 a 4.488 identificados na Tabela 4.
330) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 329, em que o gene tem o símbolo SLC40A1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.374 a 4.488 identificados na Tabela 4.
331) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 330, em que o gene tem o símbolo ADCY6, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.375 a 4.488 identificados na Tabela 4.
332) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 331, em que o gene tem o símbolo CP, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.376 a 4.488 identificados na Tabela 4.
333) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 332, em que o gene tem o símbolo EDG1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.377 a 4.488 identificados na Tabela 4.
334) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 333, em que o gene tem o símbolo RGS3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.379 a 4.488 identificados na Tabela 4.
335) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 334, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 228339_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.380 a 4.488 identificados na Tabela 4.
336) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 335, em que o gene tem o símbolo ABHD5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.381 a 4.488 identificados na Tabela 4.
337) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 336, em que o gene tem o símbolo MS4A7, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.382 a 4.488 identificados na Tabela 4.
338) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 337, em que o gene tem o símbolo PRKCH, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.384 a 4.488 identificados na Tabela 4.
339) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 338, em que o gene tem o símbolo LOC286071, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.385 a 4.488 identificados na Tabela 4.
340) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 339, em que o gene tem o símbolo BLNK, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.386 a 4.488 identificados na Tabela 4.
341) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 340, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 242546_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.387 a 4.488 identificados na Tabela 4.
342) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 341, em que o gene tem o símbolo PCDHGC3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.390 a 4.488 identificados na Tabela 4.
343) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos 1 -342, em que o gene tem o símbolo CAMSAPIL1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.391 a 4.488 identificados na Tabela 4.
344) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 343, em que o gene tem o símbolo NPY1R, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.392 a 4.488 identificados na Tabela 4.
345) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 344, em que o gene tem o símbolo CD274, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.393 a 4.488 identificados na Tabela 4.
346) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 345, em que o gene tem o símbolo PGM5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.394 a 4.488 identificados na Tabela 4.
347) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 346, em que o gene tem o símbolo PLCG2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.395 a 4.488 identificados na Tabela 4.
348) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 347, em que o gene tem o símbolo TNFSF10, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.397 a 4.488 identificados na Tabela 4.
349) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 348, em que o gene tem o símbolo BTG2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.398 a 4.488 identificados na Tabela 4.
350) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 349, em que o gene tem o símbolo LAMP3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.399 a 4.488 identificados na Tabela 4.
351) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 350, em que o gene tem o símbolo IGLC1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.400 a 4.488 identificados na Tabela 4.
352) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 351, em que o gene tem o símbolo SIPAlL 1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.401 a 4.488 identificados na Tabela 4.
353) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 352 em que o gene tem o símbolo AIF1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.402 a 4.488 identificados na Tabela 4.
354) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 353, em que o gene tem o símbolo IGLC2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.403 a 4.488 identificados na Tabela 4.
355) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 354, em que o gene tem o símbolo B2M, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.404 a 4.488 identificados na Tabela 4.
356) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 355, em que o gene tem o símbolo CLEC7A, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.405 a 4.488 identificados na Tabela 4.
357) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 356, em que o gene tem o símbolo MGC17330, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.406 a 4.488 identificados na Tabela 4. 358) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 357, em que o gene tem o símbolo IGFIR, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.407 a 4.488 identificados na Tabela 4.
359) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 358, em que o gene tem o símbolo HIVEP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.408 a 4.488 identificados na Tabela 4.
360) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 359, em que o gene tem o símbolo FKBP14, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.409 a 4.488 identificados na Tabela 4.
361) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 360, em que o gene tem o símbolo LAPTM5, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.410 a 4.488 identificados na Tabela 4.
362) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 361, em que o gene tem o símbolo AB13BP, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.411 a 4.488 identificados na Tabela 4.
363) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 362, em que o gene tem o símbolo HLA-E, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.412 a 4.488 identificados na Tabela 4.
364) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 363, em que o gene tem o símbolo ARL4C, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.413 a 4.488 identificados na Tabela 4.
365) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos 1 -364, em que o gene tem o símbolo ASS, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.415 a 4.488 identificados na Tabela 4.
366) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 365, em que o gene tem o símbolo ITGB3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.417 a 4.488 identificados na Tabela 4.
367) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 366, em que o gene tem o símbolo SYK, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.417 a 4.488 identificados na Tabela 4.
368) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 366, em que o gene tem o símbolo RAC2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.418 a 4.488 identificados na Tabela 4.
369) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 368, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 1557222_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.419 a 4.488 identificados na Tabela 4.
370) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 369, em que o gene tem o símbolo CD3G, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.420 a 4.488 identificados na Tabela 4.
371) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 370, em que o gene tem o símbolo IGF1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.421 a 4.488 identificados na Tabela 4.
372) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 371, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 228858_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.422 a 4.488 identificados na Tabela 4.
373) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 372, em que o gene tem o símbolo CYB5A, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.423 a 4.488 identificados na Tabela 4.
374) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 373, em que o gene tem o símbolo TTC25, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.424 a 4.488 identificados na Tabela 4.
375) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 374, em que o gene tem o símbolo SLAMF6, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.425 a 4.488 identificados na Tabela 4.
376) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 375, em que o gene tem o símbolo ARHGAP21, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.426 a 4.488 identificados na Tabela 4.
377) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 376, em que o gene tem o símbolo FLOT1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.428 a 4.488 identificados na Tabela 4.
378) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 377, em que o gene tem o símbolo IBRDC2 opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.429 a 4.488 identificados na Tabela 4.
379) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 378, em que o gene tem o símbolo KIAAl 794, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.430 a 4.488 identificados na Tabela 4.
380) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos 1 -379, em que o gene tem o símbolo OLFML1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.431 a 4.488 identificados na Tabela 4.
381) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 380, em que o gene tem o símbolo GMFG, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.432 a 4.488 identificados na Tabela 4.
382) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 381, em que o gene tem o símbolo TNFRSF1B, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.433 a 4.488 identificados na Tabela 4.
383) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 382, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 217629_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.434 a 4.488 identificados na Tabela 4.
384) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 383, em que o gene tem o símbolo DEF6, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.436 a 4.488 identificados na Tabela 4.
385) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 384, em que o gene tem o símbolo MAP4K4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.437 a 4.488 identificados na Tabela 4.
386) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 385, em que o gene tem o símbolo CMKORl, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.438 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.387) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 386, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 1563461_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.439 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.388) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 387, em que o gene tem o símbolo CHKA, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.440 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.389) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 388, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 226865_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.441 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.390) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 389, em que o gene tem o símbolo HS3ST3B1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.442 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.391) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 390, em que o gene tem o símbolo CXorf9, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.443 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.392) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 391, em que o gene tem o símbolo EVI2A, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.445 a 4.488 identificados na Tabela 4. .393) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 392, em que o gene tem o símbolo NFAMl, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.446 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.394) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 393, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 242874_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.447 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.395) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 394, em que o gene tem o símbolo ATP5J, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.450 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.396)Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 395, em que o gene tem o símbolo CYLD, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.451 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.397) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 396, em que o gene tem o símbolo GIMAP6, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.452 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.398) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 39, em que o gene tem o símbolo MFAP4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.453 a 4.488 identificados na Tabela 4.
.399) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 398, em que o gene tem o símbolo TUBB2B, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.454 a 4.488 identificados na Tabela 4. 400) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 399, em que o gene tem o símbolo NELL2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.455 a 4.488 identificados na Tabela 4.
401) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 400, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 236583_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.456 a 4.488 identificados na Tabela 4.
402) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 401, em que o gene tem o símbolo ILl RN, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.457 a 4.488 identificados na Tabela 4.
403) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 402, em que o gene tem o símbolo KIAA1211, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.459 a 4.488 identificados na Tabela 4.
404) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 403, em que o gene tem o símbolo ADAMDEC1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.460 a 4.488 identificados na Tabela 4.
405) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 404, em que o gene tem o símbolo AOC3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.461 a 4.488 identificados na Tabela 4.
406) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 405, em que o gene tem o símbolo SAMHD1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.463 a 4.488 identificados na Tabela 4. 407) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 406, em que o gene tem o símbolo SLC22A3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.465 a 4.488 identificados na Tabela 4.
408) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 407, em que o gene tem o símbolo IGLV3-25, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.466 a 4.488 identificados na Tabela 4.
409) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 408, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 1556185_a_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.467 a 4.488 identificados na Tabela 4.
410) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 409, em que o gene tem o símbolo RABll FIP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.468- a 4.488 identificados na Tabela 4.
411) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 410, em que o gene tem o símbolo PER2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.469 a 4.488 identificados na Tabela 4.
412) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 411, em que o gene tem o símbolo TTL, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.470 a 4.488 identificados na Tabela 4.
413) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 412, em que o gene tem o símbolo SIAHBP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.472 a 4.488 identificados na Tabela 4. 414) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 413, em que o gene tem o símbolo FLJ22536, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.473 a 4.488 identificados na Tabela 4.
415) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 414, em que o gene tem o símbolo RP6-213H19.1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.474 a 4.488 identificados na Tabela 4.
416) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 415, em que o gene é identificável pelo conjunto de sonda número 235804_at, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.475 a 4.488 identificados na Tabela 4.
417) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 416, em que o gene tem o símbolo NCF4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.476 a 4.488 identificados na Tabela 4.
418) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 417, em que o gene tem o símbolo EPSTI1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.477 a 4.488 identificados na Tabela 4.
419) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 418, em que o gene tem o símbolo LOC441212, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.478 a 4.488 identificados na Tabela 4.
420) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 419, em que o gene tem o símbolo ANK3, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.479 a 4.488 identificados na Tabela 4. 421) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 420, em que o gene tem o símbolo PCDH9, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.480 a 4.488 identificados na Tabela 4.
422) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 421, em que o gene tem o símbolo C21orf86, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.481 a 4.488 identificados na Tabela 4.
423) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 422, em que o gene tem o símbolo DHRS9, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.482 a 4.488 identificados na Tabela 4.
424) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 423, em que o gene tem o símbolo ARHGAP25, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.483 a 4.488 identificados na Tabela 4.
425) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 424, em que o gene tem o símbolo TRAF4, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.484 a 4.488 identificados na Tabela 4.
426) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 425, em que o gene tem o símbolo LSTl, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.485 a 4.488 identificados na Tabela 4.
427) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 426, em que o gene tem o símbolo PALMD, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.486 a 4.488 identificados na Tabela 4.
428) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 427, em que o gene tem o símbolo TAP1, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.487 a 4.488 identificados na Tabela 4.
429) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 428, em que o gene tem o símbolo MSX2, opcionalmente em combinação com um ou mais genes rotulados como 4.448 identificados na Tabela 4.
430) Em um outro aspecto a invenção utiliza um ou mais genes de acordo com qualquer um dos parágrafos de 1 a 429, em que o gene tem o símbolo SIRPG.
Em um aspecto a invenção utiliza um gene listado na Tabela 7.
Tabela 7
Símbolo do Gene
CCL5
FASLG
GNLY
GZMB
PRFl
IFNG
ICOS
TBX21
CD8A
CD3E
CXCLll
CXCLlO
CXCR3
CD20
FOXP3
INDO CD45Ro
CD45R
CD69
TRBVl9
TRATl
TRDV2
STAT4
PRKCQ
GMZK
GPRl 71
UBD
CD52
CD3D
IL7R
IRF 1
TLR7
Em um aspecto a invenção utiliza um ou mais genes selecionados da Tabela 9.
Tabela 9
Símbolo do Gene
PRFl
IRFl
GZMB
GNLY
CD8A
PRKCQ
FOXP3
IFNG
CCL5 GPRl71
TRBVl9
CD3E
ΤΒΧ21
FASLG
CXCLIO
ICOS
CXCR3
CXCLll
Em um aspecto a invenção utiliza um ou mais genes selecionado da Tabela 11.
Tabela 11
<table>table see original document page 101</column></row><table> <table>table see original document page 102</column></row><table>
Em um aspecto a invenção utiliza um ou mais genes selecionados da Tabela 12.
Tabela 12
<table>table see original document page 102</column></row><table>
Em um aspecto a invenção fornece um ou mais genes selecionados da Tabela 13. Tabela 13
<table>table see original document page 103</column></row><table>
A PCR é uma técnica mais sensível do que a microarranjo e portanto pode detectar níveis mais baixos de genes diferencialmente expressados.
Em particular os seguintes genes são adequados para a análise de PCR: IL7R, CD3D, CD3E, CD52, UBD, GPRl71, GMZK, PRKCQ, STAT4, TRDV2, TRAT1, TRBV19, CD69, INDO, CD45R, CD45RO, FOXP3, CD20, CCL5, FASLG, GNLY, GZMB, PRF1, IFNG, ICOS, TBX21, CD8A, CD3E, CXCL10, CXCLl 1, IRF1, TLR7 e CXCR3.
Em um aspecto o(s) gene(s) utilizado(s) e/são selecionado(s) do grupo que compreende(m) ou consiste(m) de: CCL5, TRATl, STAT4, PRKCQ, GPRl 71, UBD, CD52, CD3D, PRF1, CD8A, CXCL10, CD69, TRBV19, TRDV2, IL7R, GZMK e CD45R.
Em um aspecto o(s) gene(s) utilizado(s) e/são selecionado(s) do(s) que compreende(m) ou que consiste(m) de: FASLG, GNLY, GZMB, IFNG, ICOS, TBX21, CD3E, CXCLl1, CXCR3, CD20, FOXP3, INDO, IRFl e TLR7.
O(s) gene(s) FOXP3 e/ou PRFl é/são particularmente adequado(s) para a análise pela PCR de acordo com a invenção.
Os alvos adequados para a imunoistoquímica incluem CD3, CD8, CD86, LAMP, CD20, CD45RO, CXCR3, CXL10/11, CD69, granzime Β, IDO, células B e produtos de gene de um ou mais genes da família NK, família HLA, família do receptor de célula T e/ou célula T ativada.
Em um outro aspecto da invenção é fornecida uma assinatura de gene indicativo de um não respondedor, por exemplo em que um ou mais dos genes imunes tais como aqueles aqui listados NÃO são diferencialmente expressados e/ou são infra regulados e/ou NÃO são suprarregulados. Em um aspecto o gene não é FOXP3.
De acordo com um outro aspecto a presente invenção fornece uma assinatura de gene indicativa de uma probabilidade aumentada de um paciente responder favoravelmente à imunoterapia apropriada, que por sua vez é provável resultar em uma sobrevivência melhorada de pacientes, por exemplo com cânceres que expressam Mage a seguir do tratamento com imunoterapia específica de Mage. esta assinatura de gene, de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes dos genes divulgados na Tabela 1, é caracterizada pela expressão diferencial comparada com a assinatura de gene de pacientes com tumor que expressa Mage que não respondem à imunoterapia contra o câncer específica do antígeno Mage.
Em um aspecto a invenção fornece um perfil com base na expressão diferencial de 1 ou mais de 62 genes conhecidos que dizem respeito à infiltração e ativação imunes.
Os genes preditivos correspondem principalmente à expressão e freqüentemente a suprarregulagem de genes relacionados com a infiltração e ativação imunes. Estes genes incluem HLA classe II, receptor gama da Interleucina-2, genes de receptor de célula T (TRBV19, TRAT1, TRGC2), granzime e CD69. Em uma forma de realização é fornecido uma assinatura de gene, presente em pacientes, por exemplo com ou que tiveram tumores que expressam Mage, que respondem ao tratamento, em que um ou mais, por exemplo pelo menos 5, adequadamente 6, 7, 8, 9, 10 dos genes da Tabela 2 são diferencialmente expressadas: Como mostrado na Fig 5a abaixo, a caracterização de respondedores e não respondedores pode ser com base na expressão diferencial apenas de um ou dois genes, tais como TCR, CD3 e/ou IL-7. Outro genes que são considerados ser particularmente adequados nos métodos que utilizam apenas um ou dois genes incluem: IL7R, CD3D, CD3E, CD52, UBD, GPRl71, GMZK, PRKCQ, STAT4, TRDV2, TRAT1, TRBV19, CD69, INDO, CD45R, CD45RO, FOXP3, CD20, CCL5, FASLG, GNLY, GZMB, PRF1, IFNG, ICOS, TBX21, CD8A, CD3E, CXCL10, CXCLl1, TRF1, TLR7 e CXCR3, que podem requerer o uso de técnicas analíticas apropriadamente sensíveis. A invenção aqui contida estende-se ao uso de todas as permutações dos genes listados aqui contidos para a identificação da dita assinatura/perfil.
A invenção também estende-se às formas de realização de acordo com a invenção descrita aqui contida, que compreende, consiste essencialmente de ou consiste dos componentes/elementos descritos. A invenção estende-se aos equivalentes funcionais de genes listados aqui contidos, por exemplo como caracterizado pela classificação hierárquica de genes tal como descrita por Hongwei Wu et al 2007 (Hierarchical classification of equivalent genes in prokaryotes-Nucleic Acid Research Advance Access).
Embora não se deseje estar ligado pela teoria, é considerado que não é necessariamente o gene por si que é característico da assinatura mas ao invés é a função do gene que é fundamentalmente importante. Assim um gene funcionalmente equivalente ao gene de ativação imune tal como aqueles listados acima, por exemplo nas Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 ou 13 pode ser utilizado na assinatura, ver por exemplo, Journal of the National Câncer Institute Vol 98, N° 7 5 de abril de 2006. Os genes foram identificados pelas sondas específicas e assim uma pessoa habilitada entenderá que a descrição dos genes acima é uma descrição com base no entendimento corrente de qual hibridiza à sonda. Entretanto, independente da nomenclatura usada para os genes pela repetição da hibridização para a sonda relevante sob as condições prescritas o gene requerido pode ser identificado.
A invenção estende-se ao uso do(s) perfil(is) de acordo com a invenção para prognosticar ou identificar um paciente como um respondedor ou não respondedor à imunoterapia, tal como imunoterapia contra o câncer, por exemplo imunoterapia de testículo canceroso.
Assim a invenção inclui um método de analisar uma amostra derivada de paciente, com base na expressão diferencial do perfil/gene(s) de acordo com a invenção para o propósito de caracterizar o paciente a partir do qual a amostra foi derivada como um respondedor ou não respondedor à imunoterapia. Em um aspecto a invenção fornece um método de identificar um perfil de acordo com a invenção que compreende as etapas:
a) analisar uma amostra derivada de paciente quanto a expressão diferencial de um ou mais genes de resposta imune, e
b) caracterizar o paciente a partir do qual a amostra foi derivada como um respondedor ou não respondedor à imunoterapia apropriada, com base nos resultados da etapa (a), em que a etapa de caracterização é opcionalmente realizada por referência ou comparação a um padrão.
Os padrões adequados são descritos acima.
A presente invenção portanto, no geral diz respeito, em um aspecto, a um método para a detecção de uma assinatura de gene em uma amostra biológica, o método compreendendo a análise da expressão de um ou mais genes das Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 ou 13, por exemplo pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15,16,17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes (por exemplo, para os genes apresentados na Tabela 1). Em uma forma de realização, a análise compreende a expressão de pelo menos 5, adequadamente 6, 7, 8, 9 ou 10 genes apresentados na Tabela 2.
Em um aspecto a invenção fornece um método para medir os níveis de expressão de polinucleotídeos a partir de genes de ativação imune tais como um ou mais genes listados nas Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13 em uma amostra com o propósito de identificar se o paciente, do qual a amostra foi derivada, é provável de ser um respondedor ou não respondedor à imunoterapia tal como uma imunoterapia contra o câncer que compreende as etapas:
isolar o RNA da amostra,
opcionalmente amplificar as cópias do cDNA da amostra para os ditos genes e quantificar os níveis de cDNA na amostra.
Em uma forma de realização, o método de diagnóstico compreende determinar se um paciente expressa qualquer um dos produtos de gene dos genes apresentados na Tabela 1 ou qualquer outra forma de realização da invenção descrita aqui contida, por exemplo, detectando-se o nível do mRNA correspondente e/ou o nível de proteína dos produtos de gene dos genes apresentados na Tabela 1 etc. Por exemplo, usando-se técnicas tais como pela análise de Northern blot, transcrição reversa-reação da cadeia de polimerase (RT-PCR), hibridização in situ, imunoprecipitação, hibridização de Western blot ou imunoistoquímica. De acordo com o método, as células podem ser obtidas de um paciente e os níveis da proteína ou mRNA, dos genes analisados, comparado com aquele de um paciente não respondedor. Os pacientes que diferencialmente expressam um ou mais, por exemplo, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes selecionados da Tabela 1 ou uma outra forma de realização da invenção são aqueles que podem ser prognosticados como se beneficiando da imunoterapia, por exemplo imunoterapia contra o câncer, tal como imunoterapia contra o câncer específica do antígeno Mage. Por exemplo, uma molécula de ácido nucleico que hibridiza a uma localização dada em uma microarranjo é dita ser diferencialmente expressada se o sinal de hibridização é, por exemplo, mais alto do que o sinal de hibridização no mesmo local em um arranjo idêntico hibridizado com uma amostra de ácido nucleico obtida de um paciente que não responde clinicamente à imunoterapia específica de Mage.
Os resultados de 30 pacientes que foram submetidos à traçagem de perfil de gene são mostrados na figura 5. Esta por meio de ilustrações demonstra que a assinatura de gene da presente invenção é alinhada com a resposta clínica para a imunoterapia específica de antígeno MAGE contra o câncer.
Alternativamente o paciente com câncer pode ser caracterizado como um respondedor ou não respondedor à imunoterapia a partir de uma inspeção visual de uma seção de tecido derivada do câncer ou tumor. Um respondedor é provável de ser um paciente com uma infiltração de células de resposta imune no microambiente de câncer/tumor.
A invenção também fornece um método de gerar um novo perfil de gene não especificamente aqui declarado, com base na expressão diferencial de um ou mais genes de resposta imune/ativação, para indicar se um paciente é provável de ser um respondedor ou não respondedor à imunoterapia apropriada, por exemplo imunoterapia contra o câncer tal como imunoterapia Mage que compreende as etapas:
a) analisar pelo menos duas amostras derivadas de paciente quanto a expressão diferencial de um ou mais de genes de ativação imune, onde o grupo de amostra compreende tanto respondedores quanto não respondedores à imunoterapia apropriada, e
b) correlacionar a mesma com resultados clínicos, depois de tratamento apropriado, de pacientes a partir dos quais as amostras foram derivadas, e
c) identificar um ou mais genes que são diferencialmente expressados em respondedores e/ou não respondedores.
Depois que os novos perfis foram identificados a invenção também estende-se à análise de uma amostra anteriormente não caracterizado, designando a mesma como respondedora ou não respondedora (como apropriado) e se desejado administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de uma imunoterapia apropriada, por exemplo imunoterapia contra o câncer tal como imunoterapia Mage a um ou mais pacientes designados como respondedores.
A invenção também fornece um método de gerar um perfil de gene com base na expressão diferencial de uma ou mais seqüências de gene relatadas nas Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13 para indicar se um paciente é provável ser um respondedor ou não respondedor à imunoterapia que compreende as etapas:
a) analisar pelo menos duas amostras derivadas de paciente quanto a expressão diferencial de
(i) uma ou mais seqüências de gene relatadas nas Tabelas 1, 2, 3,4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13 e
(ii) opcionalmente uma ou mais seqüências de gene não relatadas na Tabela 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13,
onde o grupo de amostra compreende tanto respondedores quanto não respondedores à imunoterapia apropriada;
b) correlacionar a expressão diferencial das ditas uma ou mais seqüências de gene com o resultado clínico, depois de tratamento apropriado, de pacientes a partir dos quais as amostras foram derivadas, e
c) identificar um ou mais genes que são diferencialmente expressados em respondedores e não respondedores.
Depois que o perfil foi identificado a invenção também estende-se à análise de uma amostra anteriormente não caracterizada, designando a mesma como respondedora ou não respondedora (como apropriado) e se desejado administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de uma imunoterapia apropriada, por exemplo imunoterapia contra o câncer tal como imunoterapia Mage a um ou mais pacientes designados como respondedores.
A invenção fornece um kit de diagnóstico que compreende pelo menos um componente para realizar uma análise em uma amostra derivada de paciente para identificar um perfil de acordo com a invenção, os resultados da qual podem ser usados para designar um paciente do qual a amostra foi derivada como um respondedor ou não respondedor à imunoterapia.
O kit pode compreender materiais/reagentes para a PCR (tal como QPCR), análise de microarranjo, imunoistoquímica ou outra técnica analítica que pode ser usada para acessar a expressão diferencial de um ou mais genes.
A invenção também fornece um kit de diagnóstico que compreende um conjunto de sondas capaz de hibridizar ao mRNA ou cDNA de um ou mais, tal como pelo menos 5 genes como apresentados na Tabela 1 ou alternativamente Tabelas 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13, por exemplo um kit de diagnóstico que compreenda um conjunto de sondas capazes de hibridizar ao mRNA ou seu cDNA de pelo menos 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14,15, 16, 17, 18, 19, 20, 21,22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes como apresentados na Tabela 1. Em uma outra forma de realização esta invenção diz respeito a kits de diagnóstico. Por exemplo, kits de diagnóstico contendo tais microarranjos que compreendem um substrato de microarranjo e sondas que são capazes de hibridizar ao mRNA ou cDNA expressado, por exemplo, de 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15,16,17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes, por exemplo da Tabela 1 ou qualquer outra forma de realização da invenção que seja capaz de demonstrar a assinatura de gene da invenção. Em um aspecto a invenção fornece microarranjos adaptadas para a identificação de uma assinatura de acordo com a invenção.
A invenção também estende-se aos substratos e sondas adequadas para hibridizar a uma porção de mRNA ou cDNA expressada a partir de um ou mais genes utilizados na invenção, por exemplo das Tabelas 1,2,3,4, 7, 9, 11, 12 ou 13.
As microarranjos comercialmente disponíveis contêm muito mais sondas do que são requeridas para caracterizar a expressão diferencial dos genes sob consideração em qualquer tempo, para ajudar a precisão da análise. Assim um ou mais conjuntos de sonda podem reconhecer o mesmo gene.
Assim em uma forma de realização sondas múltiplas ou conjuntos de sonda são usados para identificar se o gene de ativação imune é diferencialmente expressado, tal como suprarregulado.
O kit de diagnóstico pode, por exemplo compreender sondas, que são dispostas em uma microarranjo. Especificamente, as microarranjos preparadas, por exemplo, contendo um ou mais conjuntos de sonda aqui descritos podem ser facilmente preparadas pelas companhias tais como Affimetrix, fornecendo deste modo um teste específico e opcionalmente reagentes para identificar o perfil, de acordo com a invenção.
Em uma forma de realização as microarranjos ou kits de diagnóstico adicionalmente serão capazes de testar quanto a presença ou ausência do gene que expressa o antígeno do câncer testicular relevante tal como o gene Mage. Assim em um aspecto a invenção fornece uma sonda e/ou conjunto de sonda adequados para a dita hibridização, sob condições apropriadas. A invenção também estende-se ao uso de sondas, por exemplo como aqui descritas ou seus equivalentes funcionais, para a identificação de um perfil de gene de acordo com a presente invenção.
A invenção aqui descrita estende-se ao uso de todas as permutações das sondas aqui listadas (ou seus análogos funcionais) para a identificação da dita assinatura.
Em um aspecto a invenção fornece o uso de uma sonda para a identificação da expressão diferencial de pelo menos um produto de gene do gene de ativação imune para estabelecer se um perfil de gene de acordo com a presente invenção está presente em uma amostra derivada de paciente.
A Tabela 1B divulga conjuntos de sonda a partir dos quais sondas tipicamente de 25 mer no comprimento podem ser planejadas e que são adequadas para identificar o mRNA (ou seu cDNA) expressado a partir destas, por exemplo os genes da Tabela 1 (ou alternativamente Tabela 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 ou 13). Tais sondas e conjuntos de sonda são um aspecto da invenção. Tipicamente cada conjunto de sonda pode compreender cerca de ou exatamente 11 seqüências individuais de cerca de ou exatamente 25 nucleotídeos, que correspondem precisamente a uma rodada de seqüências do conjunto de sonda.
Conseqüentemente, em um aspecto, esta invenção diz respeito a sondas de oligonucleotídeo e iniciadores capazes de reconhecer o mRNA (ou seu cDNA) expressado a partir dos genes da Tabela 1, (ou alternativamente Tabela 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 ou 13) e kits de diagnóstico com base nestas sondas e iniciadores. Tais kits podem incluir sondas ou kits para a detecção de um gene Mage.
Em um aspecto a invenção fornece um perfil com base na expressão diferencial de um ou mais dos genes da Tabela 3 identificável por uma ou mais das seguintes 13 sondas:
20466 l_at, 205 890_s_at, 206118_at, 206666_at, 20765 l_at, 210038_at, 210972_x_at, 211144_x_at, 211796_s_at, 213193x_at, 213539_at, 217147 s_at, 34210_at.
Outros detalhes destas sondas e os genes alvo das mesmas são dados na Tabela 3A abaixo. A hibridização no geral será realizada sob condições severas, tais como 3X SSC, 0,1% de SDS, a 50° C.
Uma vez que o gene(s)/perfil alvos tenham sido identificados então está bem dentro da capacidade da pessoa habilitada planejar sondas alternativas que hibridizem com o mesmo alvo. Portanto a invenção também estende-se às sondas, que sob condições apropriadas medem o mesmo diferencial de expressão do(s) gene(s) da presente invenção para fornecer uma assinatura/perfil como descritos.
A invenção também estende-se ao uso da sonda relevante na análise de se um paciente com câncer será um respondedor ou não respondedor ao tratamento com uma imunoterapia apropriada. A invenção também estende-se ao uso (e processos que utilizam as mesmas) de microarranjos conhecidas para a identificação da dita assinatura.
Uma sonda de ácido nucleico pode ter pelo menos 10, 15, 20, .25, 30, 35, 40, 50, 75, 100 ou mais nucleotídeos no comprimento e pode compreender o gene de tamanho natural. Sondas para o uso na invenção são aquelas que são capazes de hibrizar especificamente com o mRNA (ou seu cDNA) expressado a partir dos genes listados na Tabela 1 (ou Tabela 2, 3, 4,
.7,9, 11, 12 ou 13) sob condições severas.
A presente invenção diz respeito ainda a um método de triar os efeitos de um medicamento em uma amostra de tecido ou célula que compreenda a etapa de analisar o perfil de expressão, por exemplo de 5, 6, 7, 8,9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes selecionados da Tabela 1 ou qualquer outra forma de realização da invenção aqui descrita antes e depois do tratamento com o medicamento. A invenção portanto fornece um método para triar quanto a um medicamento, que alteraria o perfil de gene para aquele de um paciente tendo sobrevivência melhorada a seguir do tratamento, por exemplo, com imunoterapia contra o câncer específica do antígeno Mage (isto é, alterar o perfil de gene para aquele de um respondedor), para possibilitar que o paciente se beneficie, por exemplo, da imunoterapia contra o câncer específica do antígeno Mage.
A presente invenção fornece ainda um método de diagnosticar paciente que compreende, por exemplo, a etapa de analisar o perfil de expressão, por exemplo, de 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15,16,17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes selecionados da Tabela 1 ou qualquer outra forma de realização da invenção aqui descrita e compará-la com um padrão para diagnosticar se o paciente beneficiar-se-ia da imunoterapia específica de Mage.
A invenção inclui um método de diagnosticar paciente que compreende a etapa de analisar o perfil de expressão de pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes selecionados da Tabela 1 ou outra forma de realização da invenção a partir de uma amostra de tecido de tumor dada por um paciente e avaliar se 5 ou mais dos ditos genes são expressados.
Assim em aplicações clínicas, as amostras de tecido de um paciente humano pode ser triada quanto a presença e/ou ausência da expressão, por exemplo de 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes selecionados da Tabela 1 ou qualquer outra forma de realização da invenção aqui descrita.
No contexto da presente invenção, a amostra pode ser de qualquer tecido ou fluido biológicos derivados de um paciente potencialmente em necessidade de tratamento. A amostra pode ser derivada de escarro, sangue, urina ou de tecidos sólidos tais como biópsia de um tumor primário ou metástase ou de seções de tecidos anteriormente removidos.
As amostras podem compreender ou consistem, por exemplo de, núcleos de biópsia de agulha, amostras de resseção cirúrgica ou tecido de linfonodo. Estes métodos incluem a obtenção de uma biópsia, que é opcionalmente fracionada pelo seccionamento criostático para enriquecer células de tumor a cerca de 80% da população de célula total. Em certas formas de realização, ácidos nucleicos extraídos destas amostras podem ser amplificados usando técnicas bem conhecidas no ramo. Os níveis de marcadores selecionados (por exemplo, o produto de genes da tabela 1) podem ser detectados e podem ser comparados com grupos estatisticamente válidos, por exemplo de, pacientes não respondedores positivos em Mage.
Para câncer, a amostra biológica conterá células cancerosas ou de tumor e, por exemplo, pode ser derivada do câncer ou tumor tal como uma amostra fresca (incluindo amostras congeladas) ou uma amostra que foi preservada em parafina. Tendo dito isto, as amostras preservadas em parafina podem sofrer de degradação e o perfil observado pode ser modificado. Uma pessoa que trabalha na área é bem capaz de compensar estas mudanças observadas pela recalibragem dos parâmetros do perfil.
Microarranjos
Uma microarranjo é um arranjo de regiões separadas, tipicamente ácidos nucleicos, que são separados um do outro e são tipicamente arrumados em uma densidade dentre, cerca de 100/cm a 1000/cm², mas podem ser arrumados em densidades maiores tais como 10000 /cm². O princípio de um experimento de microarranjo, é que o mRNA de uma dada linhagem de célula ou tecido é usado para gerar uma amostra rotulada tipicamente cDNA rotulado, chamado de 'alvo', que é hibridizado em paralelo em um grande número de seqüências de ácido nucleico, tipicamente seqüências de DNA, imobilizadas em uma superfície sólida em um arranjo ordenado. Dezenas de milhares de espécies de transcrito podem ser detectadas e quantificadas simultaneamente. Embora muitos sistemas de microarranjo diferentes tenham sido desenvolvidos a maioria dos sistemas habitualmente usados hoje em dia pode ser dividida em dois grupos, de acordo com o material arrumado: DNA complementar (cDNA) e microarranjos de oligonucleotídeo. O material arrumado foi no geral chamado de sonda visto que o mesmo é equivalente à sonda usada em uma análise de northern blot.
As sondas para os arranjos de cDNA são usualmente produtos da reação da cadeia de polimerase (PCR) gerada a partir de bibliotecas de cDNA ou coleções de clone, usando iniciadores específicos de vetor ou específicos de gene e são impressos em lâminas de vidro ou membranas de náilon como manchas em locais definidos. As manchas são tipicamente de 10 a 300 μηι no tamanho e são espaçados a cerca da mesma distância separadamente. Usando esta técnica, as arranjos consistindo de mais do que 30.000 cDNAs podem ser arrumados na superfície de uma lâmina de microscópio convencional. Para arranjos de oligonucleotídeo, de 20 a 25 mers curtos são sintetizados in situ, pela fotolitografia sobre fatias finas de silício (séries de oligonucleotídeo de alta densidade da Affymetrix ou pela tecnologia de jato de tinta (desenvolvida pela Rosetta Inpharmatics e licenciada para a Agilent Technologies).
Alternativamente, oligonucleotídeos pré sintetizados podem ser impressos sobre lâminas de vidro. Os métodos com base em oligonucleotídeos sintéticos oferece a vantagem de que porque a informação de seqüência sozinha é suficiente para gerar o DNA a ser arrumado, nenhum manuseio consumidor de tempo de recursos de cDNA é requerido. Também, as sondas podem ser planejadas para representar o máximo da parte única de um dado transcrito, tornando a detecção de genes intimamente relacionados ou variantes de junção possíveis. Embora oligonucleotídeos curtos possam resultar em hibridização menos específica e sensibilidade reduzida, a arrumação de oligonucleotídeos mais longos pré sintetizados (50 a 100 mers) foi recentemente desenvolvida para contrabalançar estas desvantagens. Assim na realização de uma microarranjo para averiguar se um paciente presente com uma assinatura de gene da presente invenção, as seguintes etapas são realizadas: obter mRNA da amostra e preparar alvos de ácidos nucleicos, contatar o arranjo sob condições, tipicamente como sugeridas pelos fabricantes da microarranjo (adequadamente condições de hibridização severas tais como 3X SSC, 0,1% de SDS, a 50°C) para ligar sondas correspondentes no arranjo, lavar se necessário para remover alvos de ácido nucleico não ligados e analisar os resultados.
Será avaliado que o mRNA pode ser enriquecido quanto as seqüências de interesse tais como aquelas na Tabela 1 ou 2 (ou outra forma de realização da invenção) pelos métodos conhecidos na técnica, tais como a síntese de cDNA específica de iniciador. A população pode ser ainda amplificada, por exemplo, usando-se a tecnologia da PCR. Os alvos ou sondas são rotulados para permitir a detecção da hibridização da molécula alvo ao microarranjo. Os rótulos adequados incluem rótulos isotópicos ou fluorescentes que podem ser incorporados na sonda.
Em uma forma de realização alternativa, um paciente pode ser diagnosticado para averiguar se seu tumor expressa a assinatura de gene da invenção utilizando um kit de diagnóstico com base na tecnologia da PCR, em particular a PCR Quantitativa (Para uma revisão ver Ginzinger D Experimental haematology 30 (2002) ρ 503 a 512 e Giuliette et al Methods, 25 ρ 386 (2001).
Em um aspecto alternativo a invenção fornece um método que compreendem ainda as etapas de analisar uma amostra derivada de tumor para determinar qual(is) antígeno(s) é/são expressado(s) pelo tumor e por este motivo permitir a administração de uma quantidade terapeuticamente eficaz de um produto imunoterapêutico contra o câncer específico de antígeno apropriado, por exemplo onde o tumor é descoberto ser positivo em MAGE (tal como Mage A3), tratamento apropriado, por exemplo, pode incluir a administração de imunoterapia específica de antígeno Mage A3.
Uma amostra tal como tecido de tumor de um paciente é julgado apresentar a assinatura de gene da invenção se um ou mais genes da Tabela 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13 são diferencialmente expressados (tal como suprarregulado), por exemplo, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15,16,17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes por exemplo da Tabela 1 ou outra forma de realização da invenção são expressados e podem ser detectados pela análise de microarranjo ou outra análise apropriada por exemplo como aqui descrito. O tecido de tumor preferivelmente mostra a expressão de pelo menos 5 genes selecionados das Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 e/ou 13, mais preferivelmente 10 genes, particularmente 5, 6, 7, 8, 9 ou 10 genes das Tabelas 1, 2, 3, 4, 7, 9, 11, 12 ou 13.
Produtos Imunoterapêuticos
Em um outro aspecto a invenção fornece um método de tratar um paciente respondedor com uma imunoterapia apropriada, por exemplo imunoterapia contra o câncer tal como imunoterapia para testículo canceroso, depois da identificação do mesmo como um respondedor para isso.
Assim a invenção fornece um método de tratar um paciente que compreende a etapa de administrar uma quantidade terapeuticamente eficaz de uma imunoterapia apropriada (por exemplo imunoterapia contra o câncer, tal como imunoterapia Mage contra o câncer), depois primeiro caracterizar o paciente como um respondedor com base na expressão diferencial de pelo menos um gene de ativação imune, por exemplo como mostrado pela análise apropriada de uma amostra derivada do paciente, em particular em que o paciente é caracterizado como um respondedor com base em uma ou mais formas de realização aqui descritas. Em um aspecto a imunoterapia compreende um adjuvante apropriado (imunoestimulante), ver a descrição abaixo.
Já em uma outra forma de realização da invenção é fornecido um método de tratar um paciente que sofre, por exemplo, de um tumor que expressa Mage, o método compreendendo determinar se o paciente expressa a assinatura de gene da invenção e depois administrar, por exemplo, um produto imunoterapêutico específico de Mage. Em uma outra forma de realização, o paciente é tratado, por exemplo, com a imunoterapia específica de Mage para prevenir ou melhorar a recaída da doença, depois primeiro receber tratamento tal como a resseção pela cirurgia de qualquer tumor ou outro tratamento com produto quimioterapêutico ou com radioterapia.
Um aspecto adicional da invenção é um método de tratar um paciente que sofre de um tumor que expressa Mage, o método compreendendo determinar se o tumor do paciente expressa pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15,16,17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes selecionados da Tabela 1 (ou outra forma de realização da invenção) de uma amostra de tecido de tumor dada por um paciente e depois administrar um produto imunoterapêutico específico de Mage ao dito paciente.
Também é fornecido um método de tratar um paciente suscetível à recaída de tumor que expressa Mage tendo sido tratado para remover/tratar um tumor que expressa Mage, o método compreendendo determinar se o tumor do paciente expressa pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16,17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes selecionados da Tabela 1 (ou outra forma de realização da invenção) a partir de uma amostra de tecido de tumor dada por um paciente e depois administrando um produto imunoterapêutico específico de Mage.
A invenção também fornece como método de tratamento ou uso utilizar:
• produto imunoterapêutico específico de MAGE compreendendo um antígeno de MAGE ou peptídeo deste,
• antígeno de MAGE que compreende uma proteína ou peptídeo de MAGE-A3,
• antígeno de MAGE que compreende o peptídeo EVDPIGHLY,
• antígeno ou peptídeo de MAGE fundido ou conjugado a uma proteína carregadora, por exemplo em que a proteína carregadora é selecionada da proteína D, NS1 ou CLytA ou fragmentos destes, e/ou
• o produto imunoterapêutico específico de MAGE compreende ainda um adjuvante, por exemplo em que o adjuvante compreende um ou mais ou combinações de: 3D-MPL; sais de alumínio; oligonucleotídeos contendo CpG; adjuvantes contendo saponina tais como QS21 ou ISCOMs; emulsões de óleo em água; e lipossomas.
A invenção também estende-se ao uso de uma imunoterapia tal como uma imunoterapia contra o câncer, em particular imunoterapia Mage na fabricação de um medicamento para o tratamento de um paciente tal como um paciente com câncer designado como um respondedor, para esta.
Foi observado que um paciente inicialmente caracterizado como um não respondedor foi subseqüentemente caracterizado como respondedor depois da terapia pela radiação. De maneira interessante os inventores também acreditam que possa ser possível induzir um perfil de respondedores em pelo menos alguns não respondedores, por exemplo submentendo-se o paciente à terapia de radiação ou administrando um estimulante inflamatório tal como interferon (por exemplo imiquimod tal como topicamente administrado) ou um agonista de TLR3 (por exemplo como descrito na WO 2006/054177), 4, 7, 8 ou TLR 9 (por exemplo contendo um motivo CpG, em particular administrando uma dose alta deste tal como de 0,1 a 75 mg por Kg administrados, por exemplo semanalmente). Ver por exemplo Krieg, A. M., Efler, S. M., Wittpoth, M., Al Adhami, M. J. & Davis, H. L. Induction of systemic THl-Iike innate immunity in normal volunteers following subcutaneous but not intravenous administration of CPG 7909, a synthetic B-classe CpG oligodeoxynucleotide TLR9 agonist. J. Immunother. 27, 460-471 (2004).
A dose alta de CpG, por exemplo pode ser inalada ou dada subcutaneamente.
Embora não se deseje estar ligado pela teoria, é levantada a hipótese de que a terapia pela radiação estimulou uma resposta inflamatória sistêmica/resposta imune, que uma vez deflagrada tornou o paciente (ou tecido de tumor nesse ponto) mais responsivo à imunoterapia.
Conseqüentemente, a invenção fornece ainda um método de induzir um perfil de respondedores estimulando-se uma resposta imune sistêmica, por exemplo pela administração de um imunoestimulante. A invenção fornece ainda o uso de imunoterapia específica de Mage na fabricação de um medicamento para o tratamento de pacientes que sofrem de tumor que expressa Mage ou pacientes que tenham recebido tratamento (por exemplo, cirurgia, quimioterapia ou radioterapia) para remover/tratar um tumor que expressa Mage, o dito paciente expressando a assinatura de gene da invenção. A imunoterapia pode ser depois administrada uma vez que o perfil de respondedores foi induzido.
Em um aspecto a invenção fornece o uso de imunoterapia específica de Mage na fabricação de um medicamento para o tratamento de pacientes que sofrem de tumor que expressa Mage, os ditos pacientes caracterizados pelo seu tumor que expressa pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15,16,17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes selecionados da Tabela 1 ou alternativamente outras formas de realização da invenção.
A invenção também fornece o uso de imunoterapia específica de Mage na fabricação de um medicamento para o tratamento de pacientes suscetíveis à recaída de tumor que expressa Mage o dito paciente caracterizado pelo seu tumor que expressa pelo menos 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 ou 31 genes selecionados da Tabela 1 ou alternativamente outras formas de realização da invenção.
Vantajosamente, a invenção pode permitir que os médicos alvejem estas populações de pacientes que obterão um benefício clínico de receber uma imunoterapia apropriada. É esperado que depois da triagem pelo menos 60% dos pacientes tal como 70, 75, 80, 85% ou mais de pacientes julgados/caracterizados como respondedores receberão um benefício clínico da imunoterapia, que é um aumento signifícante em relação aos níveis correntes observados com terapia tal como terapia contra o câncer no geral.
Vantajosamente se a imunoterapia contra o câncer é dada concomitantemente ou subseqüente à quimioterapia a mesma pode ajudar em incitar as respostas imunes do paciente, que pode ter sido esgotada pela quimioterapia.
Produtos Imunoterapêuticos Específicos de Antígeno (ASCIs) adequados para o uso na invenção, por exemplo podem incluir aqueles capazes de incitar uma resposta imune específica de Mage. Tais produtos imunoterapêuticos podem ser capazes de incitar uma resposta imune para um produto de gene Mage, por exemplo um antígeno Mage-A tal como Mage-A3. O produto imunoterapêutico no geral conterá pelo menos um epítopo de um produto de gene Mage. Um tal epítopo pode estar presente como um antígeno de peptídeo opcionalmente ligado covalentemente a um carregador e opcionalmente na presença de um adjuvante. Alternativamente fragmentos de proteína maior podem ser usados. Por exemplo, o produto imunoterapêutico para o uso na invenção pode compreender um antígeno que corresponde ou compreende aos aminoácidos 195 a 279 de MAGE-A1. Os fragmentos e peptídeos para o uso entretanto, quando adequadamente apresentados devem ser capazes de incitar uma resposta imune específica de Mage. Os exemplos de peptídeos que podem ser usados na presente invenção incluem o nonapeptídeo de MAGE-3.A1 EVDPIGHLY [Seq. ID Ne 36] (ver Marchand et al., International Journal of Câncer 80(2), 219-230) e os seguintes peptídeos de MAGE-A3:
FLWGPRALV; [Seq. ID No 37]
MEVDPIGHLY; [Seq. ID No 38] VHFLLLKYRA; [Seq. ID No 39]
LVHFLLLKYR; [Seq. ID No 40]
LKYRAREPVT; [Seq. ID No 41 ]
ACYEFLWGPRALVETS; e [Seq. ID No 42]
TQHFVQENYLEY; [Seq. ID No 43]
ASCIs alternativos incluem antígenos do câncer testicular tal como PRAME, LAGE 1, LAGE 2 e outros, por exemplo detalhes dos quais podem ser obtidos da www.cancerimmunity.org/CTdatabase. A imunoterapia contra o câncer pode ser fundamentada, por exemplo em um ou mais dos antígenos debatidos abaixo.
Em uma forma de realização da presente invenção, o antígeno a ser usado pode consistir ou compreender um antígeno de tumor MAGE, por exemplo, MAGE 1, MAGE 2, MAGE 3, MAGE 4, MAGE 5, MAGE 6, MAGE 7, MAGE 8, MAGE 9, MAGE 10, MAGE 11 ou MAGE 12. Os genes que codificam estes antígenos MAGE são localizados no cromossoma X e compartilham entre si de 64 a 85% de homologia na sua seqüência codificadora (De Plaen, 1994). Estes antígenos são algumas vezes conhecidos como MAGE Al, MAGE A2, MAGE A3, MAGE A4, MAGE A5, MAGE A6, MAGE A7, MAGE A8, MAGE A9, MAGE AlO, MAGE All e/ou MAGE A12 (A família MAGE A). Em uma forma de realização, o antígeno é MAGE A3.
Em uma forma de realização, um antígeno de uma de duas outras famílias MAGE pode ser usado: o grupo MAGE B e MAGE C. A família MAGE B inclui MAGE Bl (também conhecida como MAGE Xpl e DAM 10), MAGE B2 (também conhecida como MAGE Xp2 e DAM 6) MAGE B3 e MAGE B4 - a família Mage C correntemente inclui MAGE Cl e MAGE C2.
Em termos gerais, uma proteína MAGE pode ser definida como contendo uma assinatura de seqüência de núcleo localizada na direção da extremidade do terminal C da proteína (por exemplo com respeito à MAGE Al uma proteína de 309 aminoácidos, a assinatura de núcleo corresponde aos aminoácidos 195 a 279).
O padrão de consenso da assinatura de núcleo é assim descrito como segue em que χ representa qualquer aminoácido, os resíduos em letra minúscula são conservados (variantes conservativas deixadas) e os resíduos em letra maiúscula são perfeitamente conservados.
Assinatura de seqüência de núcleo
LixvL(2x)I(3x)g(2x)apEExiWexl(2x)m(3 -4x)Gxe(3 -4x)gxp (2x)llt(3x) Vqex YLx Yxq VPxsxP(2x)yeFLWGprA(2x)Et(3x)kv
As substituições conservativas são bem conhecidas e são no geral ajustadas como as matrizes de contagem de default em programas de computador de alinhamento de seqüência. Estes programas incluem PAM250 (Dayhoft M. O. et al., (1978), "A model of evolutionary changes in proteins", Em "Atlas of Protein seqüence and structure" 5(3) M. O. Dayhoft (ed.), 345- 352), National Biomedical Research Foundation, Washington e Blosum 62 (Steven Henikoft e Jorja G. Henikoft (1992), "Amino Acid substitution matricies from protein blocks"), Proc. Natl. Acad. Sei. USA 89 (Biochemistry): 10915-10919.
Em termos gerais, a substituição dentro dos seguintes grupos são substituições conservativas, mas as substituições entre grupos são consideradas não conservadas. Os grupos são:
i) Aspartato/asparagina/glutamato/glutamina
ii) Serina/treonina
iii) Lisina/arginina
iv) Fenilalanina/tirosina/triptofano
v) Leucina/isoleucina/valina/metionina
vi) Glicina/alanina
No geral e no contexto desta invenção, uma proteína MAGE será de aproximadamente 50% ou mais idêntica, tal como 70, 80, 90, 95 ou 99% idêntica, nesta região de núcleo com aminoácidos de 195 a 279 de MAGE Al.
Os derivados da proteína MAGE também são conhecidos na técnica, ver: WO 99/40188. Tais derivados são adequados para o uso em formulações de vacina terapêutica (Imunoterapêutica) que são adequadas para o tratamento de uma faixa de tipos de tumor.
Diversos epítopos CTL foram identificados na proteína MAGE-3. Um tal epítopo, MAGE3.A1, é uma seqüência nonapeptídica localizada entre os aminoácidos 168 e 176 da proteína MAGE-3 que constitui um epítopo específico para CTLs quando apresentadas em associação com a molécula MHC classe I HLA.Al. Recentemente dois epítopos CTL adicionais foram identificados na seqüência de peptídeo da proteína MAGE-3 pela sua capacidade para montar uma resposta CTL em uma cultura mista de células de melanoma e linfócitos autólogos. Estes dois epítopos têm motivos de ligação específicos para os alelos HLA.A2 (Van der Bruggen, 1994) e HLA.B44 (Herman, 1996) respectivamente.
Em uma outra forma de realização da invenção, o antígeno de tumor pode compreender ou consistir de um dos seguintes antígenos ou uma porção imunogênica destes que sejam capazes de direcionar uma resposta imune para o antígeno:
SSX-2; SSX-4; SSX-5; NA17; MELAN-A; Tirosinase; LAGE-1; NY-ESO-1; PRAME; P790; P510; P835; B305D; B854; CASB618 (como descritos na WOOO/53748); CASB7439 (como descrito na WOO1/62778); C1491; C1584; e C1585.
Em uma forma de realização, o antígeno pode compreender ou consistir de P501S (também conhecido como prosteína). O antígeno P501S pode ser uma proteína recombinante que combina a maior parte da proteína P501S com uma proteína de fusão bacteriana que compreende a parte de terminal C da proteína LytA de Streptococcus pneumoniae em que o peptídeo auxiliar T P2 universal do toxóide do tétano foi inserido, isto é, uma fusão que compreende CLytA-P2-CLyta (o parceiro de fusão "CPC"), como descrito na W003/104272; Em uma forma de realização, o antígeno pode compreender ou consistir de WT-I expressado pelo gene do tumor de Wilm ou seu fragmento de terminal N WT-IF que compreende cerca de ou aproximadamente os aminoácidos de 1 a 249; o antígeno expressado pelo gene Her-2/neu ou um fragmento deste. Em uma forma de realização, o antígeno Her-2/neu pode ser uma das seguintes proteínas de fusão que são descritas na WOOO/44899.
Em uma outra forma de realização, o antígeno pode compreender ou consistir da "proteína de fusão HER-2/neu ECD-ICD," também aludida como proteína de fusão "ECD-ICD" ou "ECD-ICD," que se refere a uma proteína de fusão (ou fragmentos desta) que compreende o domínio extracelular (ou fragmentos deste) e o domínio intracelular (ou fragmentos deste) da proteína HER-2/neu. Em uma forma de realização, esta proteína de fusão ECD-ICD não inclui uma porção substancial do domínio de transmembrana HER-2/neu ou não inclui nenhum dos domínios de transmembrana HER-2/neu.
Em uma outra forma de realização, o antígeno pode compreender ou consistir da "proteína de fusão HER-2/neu ECD-PD," também aludido como "ECD-PD" ou "proteína de fusão ECD-PD," ou a "proteína de fusão HER-2/neu ECDAPD," também aludido como proteína de fusão de "ECD-APD" ou "ECD-APD," que refere-se às proteínas de fusão (ou fragmentos deste) que compreendem o domínio extracelular (ou fragmentos destas) e domínio de fosforilação (ou fragmentos deste, por exemplo, APD) da proteína HER-2/neu. Em uma forma de realização, as proteínas de fusão de ECD-PD e ECD-APD não incluem uma porção substancial do domínio de transmembrana HER-2/neu ou não incluem nenhum dos domínios de transmembrana HER-2/neu.
Em uma forma de realização, o antígeno pode compreender um Mage ou outra proteína apropriada ligada a um parceiro realçador de fusão ou expressão imunológico. As proteínas de fusão podem incluir uma proteína híbrida que compreende dois ou mais antígenos relevantes para uma dada doença ou pode ser um híbrido de um antígeno e um parceiro realçador de expressão.
O antígeno e parceiro podem ser quimicamente conjugados ou podem ser expressados como uma proteína de fusão recombinante. Em uma forma de realização em que o antígeno e parceiro são expressados como uma proteína de fusão recombinante, isto pode permitir que níveis aumentados sejam produzidos em um sistema de expressão comparado com proteína não fundida. Assim o parceiro de fusão pode ajudar no fornecimento de epítopos auxiliares T (parceiro de fusão imunológico), preferivelmente epítopos auxiliares T reconhecidos pelos seres humanos, e/ou ajudam na expressão da proteína (realçador de expressão) em rendimentos mais altos do que a proteína recombinante nativa. Em uma forma de realização, o parceiro de fusão pode ser tanto um parceiro de fusão imunológico quanto parceiro realçador de expressão.
Em uma forma de realização da invenção, o parceiro de fusão imunológico que pode ser usado é derivado da proteína D, uma proteína de superfície da bactéria gram-negativa, Haemophilus influenza B (WO 91/18926) ou um derivado desta. O derivado de proteína D pode compreender o primeiro 1/3 da proteína ou aproximadamente ou em torno do primeiro 1/3 da proteína, em particular o mesmo pode compreender os primeiros 100 a 110 aminoácidos do terminal N ou aproximadamente os primeiros 100 a 110 aminoácidos do terminal N.
Em uma forma de realização a proteína de fusão compreende os primeiros 109 resíduos (ou 108 resíduos a partir destes) ou os aminoácidos de 20 a 127 da proteína D.
Outros parceiros de fusão que podem ser usados incluem a proteína não estrutural do vírus da influenza, NSl (hemaglutinina). Tipicamente os 81 aminoácidos de terminal N de NS1 podem ser utilizados, embora fragmentos diferentes possam ser usados contanto que eles incluam epítopos auxiliares T.
Em uma outra forma de realização o parceiro de fusão imunológico é a proteína conhecida como LytA. LytA é derivada de Streptococcus pneumoniae que sintetiza uma N-acetil-L-alanina amidase, amidase LytA, (codificada pelo gene LytA (Gene, 43 (1986) página 265 a 272) uma autolisina que especificamente degrada certas ligações na cadeia principal de peptidoglicano. O domínio de terminal C da proteína LytA é responsável pela afinidade para a colina ou para alguns análogos da colina tais como DEAE. Esta propriedade foi explorada para o desenvolvimento de plasmídeos que expressam C-LytA da E. eoli úteis para a expressão de proteínas de fusão. A purificação de proteínas híbridas contendo o fragmento C-LytA no seu terminal amino foi descrita (Biotechnology: 10, (1992) página 795-798). Em uma forma de realização, a porção de terminal C da molécula pode ser usada. A forma de realização pode utilizar a porção de repetição da molécula de LytA encontrada na extremidade do terminal C partindo do resíduo 178. Em uma forma de realização, a porção de LytA pode incorporar os resíduos de 188 a 305.
Em uma forma de realização da presente invenção, a proteína Mage pode compreender um tiol livre derivatizado. Tais antígenos foram descritos na WO 99/40188. Em particular derivados carboxiamidados ou carboximetilados podem ser usados.
Em uma forma de realização da presente invenção, o antígeno associado a tumor compreende uma MageA3-proteína D molécula. As seqüências de nucleotídeo e aminoácido para esta molécula são mostradas na seq ID No 35. Este antígeno e aqueles resumidos abaixo são descritos em mais detalhes na WO 99/40188.
Em outras formas de realização da presente invenção, o antígeno associado a tumor pode compreender qualquer uma das seguintes proteínas de fusão:
Um proteína de fusão de fragmento de Lipoproteína D, fragmento MAGEl e cauda de histidina; proteína de fusão de NS1-MAGE3 e cauda de Histidina; proteína de fusão de CLYTA-MAGE1 -Histidina; proteína de fusão de CLYTA-MAGE3-Histidina.
Uma outra forma de realização da presente invenção compreende utilizar um produto imunoterapêutico de ácido nucleico, que compreende uma molécula de ácido nucleico que codifica um antígeno específico de Mage associado a tumores como aqui descritos. Tais seqüências podem ser inseridas em um vetor de expressão adequado e usado para a vacinação de DNA/RNA. Os vetores microbianos que expressam o ácido nucleico também podem ser usados como produtos imunoterapêuticos liberados de vetor. Tais vetores incluem por exemplo, vírus da varíola, adenovírus, alfavírus e listeria.
As técnicas recombinantes convencionais para a obtenção de seqüências de ácido nucleico e produção de vetores de expressão são descritos em Maniatis et al., Molecular Cloning - A Laboratory Manual; Cold Spring Harbor, 1982-1989.
Para os produtos imunoterapêuticos com base em proteína as proteínas da presente invenção são fornecidas em uma forma líquida ou em uma forma liofilizada.
E no geral esperado que cada dose humana compreenderá 1 a 1000 μg de proteína e preferivelmente de 30 a 300 μg.
O(s) método(s) como aqui descritos pode(m) compreender uma composição ainda compreende um adjuvante de vacina, e/ou citocina ou quimiocina imunoestimulatória.
Os adjuvantes de vacina adequados para o uso na presente invenção são comercialmente disponíveis tais como, por exemplo, Adjuvante Incompleto e Adjuvante Completo de Freund (Difco Laboratories, Detroit, MI); Merck Adjuvant 65 (Merck and Company, Inc., Rahway, NJ); AS-2 (SmithKline Beecham, Filadélfia, PA); sais de alumínio tais como gel de hidróxido de alumínio (alume) ou fosfato de alumínio; sais de cálcio, ferro ou zinco; uma suspensão insolúvel de tirosina acilada; açúcares acilados; polissacarídeos catiônica ou anionicamente derivatizados; polifosfazenos; microesferas biodegradáveis; monofosforil lipídeo A e quil A. As citocinas, tais como GM-CSF ou interleucina-2, -7 ou -12 e quimiocinas também podem ser usadas como adjuvantes.
Nas formulações pode ser desejável que a composição de adjuvante induza uma resposta imune predominantemente do tipo Thl. Altos níveis de citocinas tipo Thl (por exemplo, IFN-γ, TNFoc, IL-2 e IL-12) tendem a favorecer a indução de respostas imunes mediadas por célula a um antígeno administrado. De acordo com uma forma de realização, em que uma resposta é predominantemente do tipo Thl, o nível de citocinas do tipo Thl aumentará a um grau maior do que o nível de citocinas tipo Th2. Os níveis destas citocinas podem ser facilmente avaliados usando ensaios padrão. Para uma revisão das famílias de citocinas, ver Mosmann e Coffman, Arm. Rev. Immunol. 7: 145-173, 1989.
Conseqüentemente, os adjuvantes adequados que podem ser usados para evocar uma resposta predominantemente do tipo Thl incluem, por exemplo uma combinação de monofosforil lipídeo A, tal como monofosforil lipídeo A 3-des-0-acilado (3D-MPL) junto com um sal de alumínio. 3D-MPL ou outro ligando de receptor equivalente a toll 4 (TLR4) tal como fosfatos de aminoalquil glicosaminida como divulgados na WO 98/50399, WO 01/34617 e WO 03/065806 também podem ser usados sozinhos para gerar uma resposta predominantemente tipo Thl.
Outros adjuvantes conhecidos, que podem preferencialmente induzir uma resposta imune tipo TH1, incluem agonistas de TLR9 tais como oligonucleotídeos contendo CpG não metilado. Os oligonucleotídeos são caracterizados em que o dinucleotídeo de CpG não é metilado. Tais oligonucleotídeos são bem conhecidos e são descritos, por exemplo na WO 96/02555.
Os oligonucleotídeos adequados incluem:
OLIGO 1: TCC ATG ACG TTC CTG ACG TT (CpG 1826) [Seq ID No 44] OLIGO 2: TCT CCC AGC GTG CGC CAT (CpG 1758) [Seq ID No 45]
OLIGO 3: ACC GAT GAC GTC GCC GGT GAC GGC ACC ACG [Seq ID No 46]
OLIGO 4 TCG TCG TTT TGT CGT TTT GTC GTT (CpG 2006, CpG 7909) [Seq ID No 47]
OLIGO 5 TCC ATG ACG TTC CTG ATG CT (CpG 1668) [Seq ID No 48]
Oligonucleotídeos contendo CpG também podem ser usados sozinhos ou em combinação com outros adjuvantes. Por exemplo, um sistema realçado envolve a combinação de um oligonucleotídeo contendo CpG e um derivado de saponina particularmente a combinação de CpG e QS21 como divulgada na WO 00/09159 e WO 00/62800.
A formulação pode adicionalmente compreender um óleo em emulsão aquosa e/ou tocoferol.
Um outro adjuvante adequado é uma saponina, por exemplo QS21 (Aquila Biopharmaceuticals Inc., Framingham, MA), que pode ser usado sozinho ou em combinação com outros adjuvantes. Por exemplo, um sistema realçado envolve a combinação de um monofosforil lipídeo A e derivado de saponina, tal como a combinação de QS21 e 3D-MPL como descrita na WO 94/00153 ou um composição menos reatogênica onde a QS21 é extinta com colesterol, como descrito na WO 96/33739. Outras formulações adequadas compreendem uma emulsão de óleo em água e tocoferol. Uma formulação adjuvante particularmente potente envolvendo QS21, 3D-MPL e tocoferol, por exemplo, em uma emulsão de óleo em água é descrita na WO 95/17210.
Em uma outra forma de realização, os adjuvantes podem ser formulados em uma composição lipossômica.
A quantidade de 3 D-MPL usada é no geral pequena, mas dependendo da formulação do produto imunoterapêutico pode estar na região de 1 a 1000 μg por dose, preferivelmente de 1 a 500 μg por dose e mais preferivelmente entre 1 a 100 μβ por dose.
Em uma forma de realização, o sistema de adjuvante compreende três imunoestimulantes: um oligonucleotídeo CpG, 3D-MPL, & QS21 apresentados em uma formulação lipossômica ou uma emulsão de óleo em água tal como descrita na WO 95/17210.
A quantidade de CpG ou oligonucleotídeos imunoestimulatórios nos adjuvantes ou produtos imunoterapêuticos da presente invenção é no geral pequena, mas dependendo da formulação de produto imunoterapêutico pode estar na região de 1 a 1000 μg por dose, preferivelmente de 1 a 500 μg por dose e mais preferivelmente entre 1 a 100 μg por dose.
A quantidade de saponina para o uso nos adjuvantes da presente invenção pode estar na região de 1 a 1000 μg por dose, preferivelmente de 1 a 500 μg por dose, mais preferivelmente de 1 a 250 μg por dose e o mais preferivelmente entre 1 a 100 μg por dose.
No geral, é esperado que cada dose humana compreenderá de 0,1 a 1000 μg de antígeno, preferivelmente de 0,1 a 500 μg, preferivelmente de 0,1 a 100 μg, o mais preferivelmente de 0,1 a 50 μg. Uma quantidade ótima para um produto imunoterapêutico particular pode ser averiguado pelos estudos padrão envolvendo a observação de respostas imunes apropriadas em pacientes vacinados. Seguindo uma vacinação inicial, pacientes podem receber uma ou várias imunizações de reforço adequadamente espaçadas.
Outros adjuvantes adequados incluem Montanide ISA 720 (Seppic, França), SAF (Chiron, Califórnia, Estados Unidos), ISCOMS (CSL), MF-59 (Chiron), Ribi Detox, RC-529 (GSK, Hamilton, MT) e outros 4- fosfatos de aminoalquil glicosaminida (AGPs).
Conseqüentemente é fornecido uma composição imunogênica para o uso no método da presente invenção que compreende um antígeno como aqui divulgado e um adjuvante, em que o adjuvante compreende um ou mais de 3D-MPL, QS21, um oligonucleotídeo de CpG, um éter ou éster de polietileno ou uma combinação de dois ou mais destes adjuvantes. O antígeno dentro da composição imunogênica pode ser apresentado em um veículo de emulsão de óleo em água ou um de água em óleo ou em uma formulação lipossômica.
Em uma forma de realização, o adjuvante pode compreender um ou mais de 3D-MPL, QS21 e um oligonucleotídeo de CpG imunoestimulatório. Em uma forma de realização todos os três imunoestimulantes estão presentes. Em uma outra forma de realização 3 D- MPL e QS21 são apresentados em uma emulsão de óleo em água e na ausência de um oligonucleotídeo CpG.
Uma composição para o uso no método da presente invenção pode compreender uma composição farmacêutica que compreenda o antígeno associado a tumor como aqui descrito ou uma proteína de fusão, em um excipiente farmaceuticamente aceitável.
EXEMPLOS
EXEMPLO 1
Teste clínico de melanoma de Mage MAGE008:
Neste teste contínuo, a proteína recMAGE-A3 (proteína de fusão mage recombinante como mostrada na Seq Id No 35) é combinada com dois adjuvantes imunológicos diferentes: AS02B (QS21, MPL) ou AS15 (QS21, MPL e CpG7909). Os objetivos foram discriminar entre os adjuvantes em termos de perfil de segurança, resposta clínica e resposta imunológica.
Neste experimento duas composições adjuvantes são fabricadas de misturas de dois imunoestimulantes:
1. QS21 (molécula de saponina purificada, que ocorre naturalmente da árvore sul-americana Quillaja Saponaria Molina), e
2. MPL (3 des-O-acetilado monofosforil lipídeo A - derivado destoxificado de lipídeo A, derivado de S. minnesota LPS).
AS02B é uma emulsão de óleo em água de QS21 e MPL.
Em modelos de animal estes adjuvantes foram mostrados induzir com êxito os tipos tanto humoral quanto de THl de respostas imunes mediadas com celular, incluindo células CD4 e CD8 T que produzem IFNa (Moore et al., 1999; Gerard et al., 2001). Além disso, a injeção de proteína recombinante formulada neste tipo de adjuvante leva à indução de uma resposta anti-tumor sistêmica: na verdade, animais vacinados mostram estar protegidos contra inoculações com células de tumor de murino geneticamente engendradas para expressar o antígeno de tumor e regredir tumores mostram estar altamente infiltrados pelas células CD8, CD4 e NK e pelos macrófagos.
O segundo sistema de adjuvante é AS15: este contém um terceiro imunoestimulante, a saber CpG7909 (de outro modo conhecido como CpG 2006 supra), além do MPL e QS21, em uma formulação de lipossoma. Em modelos de animal (principalmente camundongos), foi mostrado que a adição de CpG7909 melhora ainda mais as respostas imune e anti-tumor induzidas (Krieg e Davis, 2001; Ren et al., 2004). CpG oligodesoxinucleotídeos (ODNs) diretamente estimulam a ativação de célula dendrítica através da deflagração de TLR9. Além disso, em camundongos, a aplicação sistêmica de CpG7909 aumenta enormemente a infiltração de células T transferidas em tumores (Meidenbauer et al., 2004). Resumo do Estudo
1. Planejamento
O teste MAGE008 é:
• aberto
• randomizado
• de ramo duplo (AS02B vs. AS15)
• com 68 pacientes no total.
Como descrito acima, a proteína recMAGE-A3 é combinada com sistema de adjuvante AS02B ou AS15.
2. População de Pacientes
A proteína recMAGE-A3 é administrada aos pacientes com melanoma metastático progressivo com lesões de pele ou linfonodos regionais ou distantes (estágio III não ressecável e estágio IV Mia). A expressão do gene MAGE-A3 pelo tumor foi avaliado pela PCR quantitativa. Os pacientes selecionados não recebem tratamento anterior para melanoma (recMAGE-A3 é dado como tratamento de primeira linha) e não tiveram doença visceral.
3. Programa de imunização
Método de programas de tratamento
Cenário de Adjuvante
O método de programa de tratamento para o uso em doença em um cenário adjuvante (pós-operativo) pode compreender a administração de um antígeno como aqui descrito de acordo com os seguintes programas: Administração de antígeno em intervalos de três semanas para as primeiras 5 a 8 vacinações, seguidas em intervalos de 3 meses para as seguintes 8, 9 ou mais vacinações.
O antígeno pode ser administrado na matriz de tempo exata indicada ou o antígeno pode ser dado 1, 2, 3 ou 4 dias antes ou depois do intervalo exato, como requerido ou como prático. Um exemplo deste programa é mostrado na tabela abaixo: Indução: 5 vacinações em intervalos de 3 semanas por exemplo Semanas 0, 3, 6, 9, 12 ou Semanas 0, 6, 9, 12
Manutenção: 9 vacinações em intervalos de 3 meses Alternativamente, as vacinações podem ser dadas inicialmente em intervalos de 2 semanas, por exemplo 6 injeções em intervalos de duas semanas seguido pela terapia de manutenção apropriada.
Doença ativa
O método de programa de tratamento para o uso em doença ativa ou não ressecável, por exemplo em câncer de melanoma, que compreende: a administração de um antígeno como aqui descrito em intervalos de duas ou três semanas para os primeiros seis meses a um ano de tratamento. Um programa pode compreender os seguintes padrões de injeções: o antígeno pode ser dado em intervalos de duas semanas para as primeiras 4 a 10 vacinações, seguida por intervalos de 3 semanas para as seguintes 4 a 10 vacinações, depois em intervalos de 6 semanas para as seguintes 3 a 7 vacinações. O tratamento de longa duração pode depois continuar com vacinações em intervalos de 3 meses por 3 a 5 vacinações, seguido por intervalos de 6 meses para as seguintes 3 a 5 vacinações.
O antígeno pode ser administrado na matriz de tempo exata indicada ou o antígeno pode ser dado 1, 2, 3 ou 4 dias antes ou depois do intervalo exato, como requerido ou como prático.
Um exemplo deste programa é mostrado na tabela abaixo:
Ciclo 1: 6 vacinações em intervalos de 2 semanas (Semanas 1,3,5, 7, 9, 11)
Ciclo 2: 6 vacinações em intervalos de 3 semanas (Semanas 15, 18, 21, 24, 27, 30)
Ciclo 3: 4 vacinações em intervalos de 6 semanas (Semanas 34, 40, 46, 52)
Tratamento de longa duração: 4 vacinações em intervalos de 3 meses, por exemplo seguidas por 4 vacinações em intervalos de 6 meses Para ambos dos regimes de tratamento acima vacinações adicionais podem ser dadas depois do tratamento, como requerido.
De modo a triar participantes potenciais no teste clínico acima nós recebemos biópsias do tumor, antes de qualquer imunização, como amostras de tumor congeladas. A partir destas amostras nós extraímos o RNA para a PCR quantitativa. A qualidade deste RNA purificado foi extremamente alta e a mesma foi adequada para a análise de microarranjo. Nós portanto analisamos as amostras de tumor pelos microarranjos. A meta foi identificar um conjunto de genes associados com a resposta clínica de modo que os pacientes prováveis de beneficiar-se deste produto imunoterapêutico contra o câncer específico de antígeno são devidamente identificados e selecionados. A traçagem do perfil de gene foi realizada apenas nas biópsias de pacientes que assinaram o consentimento informado para a análise de microarranjo.
Materiais e Métodos
Espécimes de Tumor
30 espécimes de tumor (pré-vacinação) foram usados a partir do teste clínico de melanoma Mage008 Mage-3. Estes foram recém congelados preservados na solução estabilizadora de RNA RNAlater.
Purificação de RNA
O RNA total tumoral foi purificado usando o método Tripure - extração Tripure (Roche Cat. N- 1 667 165). Os protocolos fornecidos foram seguidos subseqüentemente pelo uso de um Mini kit RNeasy - protocolo de limpeza com tratamento com DNAse (Qiagen Cat. N° 74106).
http://wwwl.qiagenxom/literature/handbooks/PDF/RNAStabilizationAndPuri fication/FromAnimalAndPlantTissuesBacteriaYeastAndFungi/RNY
Mini/1035969_HB.pdf._www.roche-applied-science.com/PROD INF/MANUAL S/napi_man/pdf/chapter41page_152- 158.pdf
Controle de Qualidade de RNA A quantificação de RNA foi inicialmente completada usando densidade óptica a 260 nm e kit de ensaio Quant-IT RiboGreen RNA (Invitrogen - Molecular probes Rl 1490).
http://sondas.invitrogen.com/media/pis/mpl 1490.pdf.
A Qualidade dos picos de RNA ribossômico 28s e 18s foram avaliados pelo uso do bioanalisador Agilent.
Rotulação e amplificação de RNA para a análise de microarranjo
Devido ao tamanho pequeno da biópsia recebida durante o estudo clínico um método de amplificação foi usado em conjunção com a rotulação do RNA para a análise de microarranjo.
O kit Nugen 3' ovation biotin (Rotulação de 50 ng de RNA - Ovation biotin system Cat; 230012, 2300-60) http://www.nugeninc.com/html/03_products2.html
Uma entrada de partida de 50 ng de RNA total foi usada.
Chips de Microarranjo
Os chips de gene HU-U133.Plus 2.0 da Affymetrix foram utilizados visto que estes foram os chips mais atualizados (com base no projeto do genoma humano) disponíveis do fornecedor. Estes chips abrangem cerca de 47.000 transcritos de gene potenciais.
Hibridização e triagem de Microarranjo
Os chips hibridizados foram lavados e triados de acordo com os protocolos Affymetrix padrão: os protocolos de análise da expressão de chip de gene Affymetrix podem ser baixados da http://www.affvmetrix.com/support/technical/manual/expression manual, affx.
O escaner que deve ser usado com a estação de trabalho de microarranjo Affymetrix é
http://www.affymetrix.com/products/instruments/specific/ scanner_3 000.affx
Normalização de dados Os dados escaneados fluorescentes foram depois normalizados usando RMA para permitir comparações entre chips individuais. A seguinte referência descreve este método.
Irizarry RA, Hobbs B, Collin F, Beazer-Barclay YD, Antonellis KJ, Scherf U, Speed TP. Exploration, normalization and summaries of high density oligonucleotide array probe levei data. Biostatistics. Abril de 2003; 4(2): 249-64.
Análise de dados
Três métodos independentes foram usados para gerar listas de gene para distinguir pacientes respondedores de não respondedores. Os métodos são 1. Spotfire, 2. Baldi BH e 3. Arrayminer.
O método de análise Baldi está disponível do seguinte sítio da web. http://www.igb.uci.eduk—pfbaldi/software andservers.htm.
O software spotfire pode ser adquirido deste sítio http://www.spotfire.com. O software arrayminer está disponível para aquisição em
http://www. optimaldesi gn.com/ArrayMiner/ArrayMiner.htm.
Todos os dados de análise foram realizados com o uso do software R statistics (disponível em www.rproject.org) e vários pacotes Biocondutores para R (disponíveis em www.bioconductor.org).
Os dados brutos foram pré-processados quanto a correção de fundo, normalização e sumarização de sonda pelo RMA (Irizarry RA, Hobbs B, Collin F, Beazer-Barclay YD, Antonellis KJ, Scherf U, Speed TP. Exploration, normalization and summaries of high density oligonucleotide array probe levei data. Biostatistics. Abril de 2003; 4(2): 249-64)
A expressão de gene diferencial entre quaisquer dois grupos foi computada pelos dois métodos estatísticos diferentes, o método RankProduct (Breitling, R., Armengaud, P., Amtmann, A. e Herzyk, P. (2004) Rank Products: A simple, yet powerful, new method to detect diferentially regulated genes in replicated microarray experiments, FEBS Letter, 57383-92) e o método CyberT (P. Baldi e A. D. Long, "A Bayesian Framework for the analysis of Microarray Expression Data: Regularized t- Test and Statistical Inferences of Gene Changes", Bioinformatics, 17, 6, 509- 519,(2001)).
Em cada um deles, uma correção quanto ao teste múltiplo foi feita com o método de Benjamini-Hochberg (Y. Benjamini e Y. Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, J. Roy. Stat. Soe. B 57 (1995)) e o limiar de 5% foi escolhido para a taxa de descoberta falsa; assim, os genes tiveram que ter um valor ρ corrigido menor ou igual a 0,05 para serem considerados como diferencialmente expressados.
Baldi-BH é equivalente a CyberT seguido pela correção de Benjamini-Hochberg.
1. Análise de Spotfire
Os resultados da análise de amostras de paciente (do programa de pesquisa clínica chamado de Mage008) estão resumidos na figura 1.
Como uma primeira etapa, uma comparação supervisionada foi realizada de modo a encontrar um grupo de genes capazes de formar grupos. Dois pacientes que mostraram resposta clínica (paciente 67 e 59) caíram dentro do grupo de não respondedores. Dois pacientes que foram não respondedores (paciente 3 e 39) caíram dentro do grupo designado como respondedores. Os pacientes respondedores também são encontrados dentro do grupo de recombinação de material genético equivalente (isto é as áreas de sobreposição na figura). Entretanto, existem dois pacientes que não são respondedores que caem dentro desta área de sobreposição.
Na Figura 1 RESPONDEDORES foram os pacientes 27 e 38 (respondedores clínicos inteiros/completos), pacientes 2, 10, 20, 26-1, 26-2, 59 & 67 (respondedores mistos) e pacientes 19, 23, 65 e 75 (doença estável). Os NÃO RESPONDEDORES na Figura 1 foram os pacientes 3, 5, 8, 9, 13, 14, 15, 16, 28, 30, 36, 37, 39, 52, 55, 56, 60 e 66.
2. Análise de Baldi BH
Este software é planejado para a classificação de gene supervisionado estatístico em experimentos de microarranjo. Uma lista de 100 genes dos mais significantes foram identificados que define os dois grupos. Ver a figura 2 abaixo. A formação de grupo é uma mais eficaz do que com spotfire com a maioria dos respondedores encontrados no grupo de respondedores. Entretanto nós ainda observamos os mesmos pacientes não respondedores (pacientes 3, 39) e os pacientes respondedores (67 e 59) que estão localizados dentro dos grupos errados.
Na Figura 2 RESPONDEDORES foram os pacientes 27 e 38 (respondedores clínicos inteiros/completos), pacientes 2, 10, 20, 26-1, 26-2, 59 & 67 (respondedores mistos) e pacientes 19, 23, 65 e 75 (doença estável). NÃO RESPONDEDORES na Figura 2 foram pacientes 3, 5, 8, 9, 13, 14, 15, 16, 28, 30, 36, 37, 39, 52, 55, 56, 60 e 66.
Análise Arrayminer
Este software classifica os genes pelo uso de um método de "treino e teste". Neste método o software primeiro identifica um conjunto discriminante de marcadores para as classes de treino, similar a um estudo de validação cruzada clássico.
Aqui devido à análise existe apenas o grupo respondedor ou não respondedor, sem nenhuma área de sobreposição. Aqui mais uma vez existe a má-classificação de amostras, em pacientes particulares 59 e 67 os quais ambos responderam ao tratamento mas nesta análise estavam no grupo de não respondedores. Os pacientes 3, 14, 39, 52 e 66 foram não respondedores mas estavam localizados no grupo para respondedores usando esta análise.
Na Figura 3 RESPONDEDORES foram os pacientes 27 e 38 (respondedores clínicos inteiros/completos), pacientes 10, 20, 26-1, 26-2, 59 & 67 (respondedores mistos) e os pacientes 19, 23, 65 e 75 (doença estável). NÃO RESPONDEDORES na Figura 3 foram os pacientes 3, 5, 8, 9, 13, 14, 15, 16, 28, 30, 36, 37, 39, 52, 55, 56, 60 e 66.
Combinação dos três métodos
Os três métodos foram usados juntos para encontrar um conjunto comum de sondas de gene que definirão a assinatura com alta significância. Um diagrama de venn foi criado comparando todos os resultados. Ver a figura 4. Uma lista de 36 conjuntos de sonda foi descoberta que são comuns com todos os três programas. (Tabela 1B). Estes 36 conjuntos de sonda foram depois usados para uma formação de grupo supervisionada dos pacientes respondedores e não respondedores. Os genes que são identificados pelos 36 conjuntos de sonda formam um aspecto específico da invenção.
Definição de Mudança de Dobra
Em programas tais como Arrayminer, a mudança de dobra da expressão de gene pode ser calculada. Isto é mostrado na Tabela IB e é a mudança na expressão de gene média entre dois grupos, por exemplo respondedor vs não respondedor. O valor estatístico ligado à mudança de dobra é calculado e é o mais significante em genes onde o nível de expressão é menos variável entre pacientes em cada grupo e a diferença entre os grupos é maior.
Expressão de Gene mostrada em um mapa térmico
A Figura 5 é um mapa térmico (uma representação diagramática do nível de expressão de vários genes para um dado paciente), em que pode ser observada a expressão de genes individuais representada no Eixo dos Y por uma caixa colorida e os pacientes no eixo dos X. Os valores de expressão de cada gene em todas as amostras são normalizadas a uma média de zero e um desvio padrão de 1 e estes valores normalizados são codificados em um gradiente de cores.
Os arranjos Affymetrix têm 11 pares de sonda disponíveis para interrogar cada gene. Idealmente, a intensidade de sinal de todas estas 11 sondas deve ser igual quando todas elas interrogam o mesmo gene.
Entretanto, existem diferenças enormes entre as sondas individuais em um conjunto de sonda. O padrão dos sinais de sonda em um conjunto de sonda é chamado de um "padrão de resposta de sonda". O software "Robust Multi- array Average" (RMA) usa algoritmos com base em modelo para incorporar informação de microarranjos múltiplos para calcular a expressão de um gene.
Depois da correção apropriada quanto ao fundo e normalização de quantil das intensidades de sonda, o padrão de resposta de sonda é ajustado em arranjos múltiplos um modelo aditivo no software RMA. Estes algoritmos usam os modelos ajustados para detectar sondas de comportamento anormal, que são subseqüentemente excluídos para calcular a expressão de gene. Portanto, a expressão de gene destes algoritmos com base em modelo pode ser esperada fornecer resultados mais reprodutíveis. RMA usa um modelo estocástico para estimar a expressão de gene que é potencialmente um caminho melhor de estimar a expressão de gene. Os algoritmos são implementados no software RMA.
Figura 4: Os 36 conjuntos de sonda preditivos correspondem principalmente à suprarregulagem de genes relacionados com a infiltração e ativação imunes. Estes genes incluem HLA classe II, receptor gama da Interleucina-2, genes de receptor de célula T (TRBV19, TRAT1, TRGC2), granzime e CD69.
Aumento na eficácia de tratamento
Como aqui descrito, traçar o perfil de gene tem permitido a identificação de um subconjunto de pacientes prováveis de responder ao tratamento com recMAGE-A3. Este subconjunto corresponde a -30% da população de paciente. Pacientes tendo o perfil de gene mostram níveis de eficácia muito altos podem ser obtidos. De fato, com a identificação mais no início de pacientes suscetíveis para a imunização anti-MAGE-A3, a eficácia do tratamento provavelmente aumenta a níveis muito mais altos do que outros tratamentos correntes contra o câncer. Isto também pode levar a uma aceitação melhor pelo paciente. Por exemplo, em 100 pacientes com melanoma, 60 será descoberto expressar MAGE-A3. Se estes pacientes todos recebem injeções de recMAGE-A3, 10 destes responderão; levando a uma taxa de eficácia de 15%. Entretanto, se o perfil de gene é realizado nos 60 pacientes que expressam MAGE-A3-, apenas 14 deles que são prognosticados como sendo suscetível a este tratamento receberá injeções de recMAGE-A3. Os outros 46 pacientes receberão um outro tratamento. 10 destes 14 pacientes responderão ao tratamento, levando a uma taxa de eficácia de 71%.
Perfil de gene em outros tipos de tumor
Esta traçagem do perfil de gene também foi realizada em um estudo NSCLC. Entretanto, como este estudo é cego, apenas os dados preliminares estão disponíveis. É considerado que a assinatura observada em melanoma também está presente em NSCLC, estágios IB e II. os dados preliminares sugerem que aproximadamente 30% dos pacientes apresentam uma assinatura de perfil de gene característica de resposta imune e infiltração de célula imune e que sugere que eles responderão ao tratamento ASCI.
A Figura 5 mostra e perfil de expressão para 30 pacientes individuais para vários genes. A Fig 5a mostra os perfis de expressão para 31 pacientes de dois genes.
EXEMPLO 2:
Prognosticar o resultado clínico de pacientes usando métodos de aprendizado de máquina.
Materiais & Métodos.
Espécimes de tumor, purificação de RNA, controle de qualidade, rotulação e amplificação para análise de microarranjo
Os espécimens de tumor (pré-vacinação) foram usados de um teste clínico de melanoma Mage-3 (MAGE008). Estes foram preservados, preparados no RNA, rotulados e amplificados como no Exemplo 1 acima. A qualidade das amostras de RNA foi checada antes da hibridização ao genechip. Apenas os dados das amostras que foram julgadas hibridizar adequadamente ao genechip foram usados neste Exemplo (61 amostras no total).
Chips de microarranjo, hibridizações e varreduras.
Como na seção de material e métodos do primeiro exemplo acima (aqui aludido como Exemplo 1), chips de gene Affymetrix HG- U133.Plus2.0 foram utilizados e hibridizados e escaneados como aqui descrito.
Processamento de dados & normalização.
A imagem dos dados escaneados fluorescentes foi processada e normalizada usando uma implementação R 2.3.1 [1] do algoritmo GCRMA [2, 3].
Filtração não específica da expressão de matriz de gene
Antes do cálculo da expressão diferencial a expressão de matriz de gene foi filtrada em uma maneira não específica (isto é, independentemente de grupos experimentais). 4 processos foram usados:
1. Filtração panp: classificações indicando se um gene é expressado em uma amostra dada (classificação presente, P) ou não (classificação ausente, A) foram derivadas para todas as medições de arranjo usando o método panp implementado no pacote panp R [4]. Apenas conjuntos de sonda que mostram pelo menos uma classificação P por todas as amostras experimentais foram mantidas para os cálculos subseqüentes.
2. Filtração SD: O desvio padrão (SD) de cada conjunto de sonda foi calculado para todas as amostras, foram apenas mantidos conjuntos de sonda tendo SDs acima do 75° percentil de todos os SDs.
3. Filtração IQR: Faixa interquartil (IQR) de cada conjunto de sonda foram calculados para todas as amostras, foram apenas mantidos conjuntos de sonda tendo IQRs acima do 7o quantil de todas IQRs.
4. Filtração SH: SD de cada conjunto de sonda foi calculado para todas as amostras, o ponto central do SD shorth (o intervalo mais curto contendo todos os dados) como calculado usando a função shorth do pacote de filtro de gene [5] sob R 2.3.1, foram apenas mantidos conjuntos de sonda tendo SD acima do shorth para cálculos subseqüentes.
Cálculo de expressão diferencial.
O diferencial de expressão entre os grupos de pacientes que mostram um benefício clínico depois da vacinação ou não (subseqüentemente chamados de grupos Respondedor (R) ou Não Respondedor (NR)) foi calculado no programa R 2.3.1 de acordo com 2 procedimentos estatísticos:
1. Teste t regular, como implementado no pacote genefilter, e
2. Um teste t modificado (regularizado, moderado), para responder quanto a estimativas deficientes de variação específica de gene sobre o teste t padrão, tal como o método de Jain et al [6], implementou o pacote LPE R [7] ou o método de Smyth [8], implementado no pacote limma R [9] ou o método de Baldi e Long [10], também conhecido como Cyber-T [11].
A correção para teste múltiplo pelo controle da taxa de descoberta falsa (FDR) a 5% foi feita sob R 2.3.1 com o método de Benjamini-Hochberg [12] implementado no pacote multtest [13].
Normalizações de perfil de gene
Para fabricar os conjuntos de sonda tendo níveis baixos e altos de expressão comparáveis e para colocar uma ênfase em perfis diferenciais ao invés de perfis absolutos, os dados foram ainda normalizados ao nível do conjunto de sonda. Dois esquemas de normalização de nível de gene foram usados:
1. Normalização IQR, onde cada medida de conjunto de sonda é subtraída pela sua média em relação às amostras e dividida pelo seu IQR.
2. Normalização de contagem Z, onde cada medida de conjunto de sonda é subtraída pela sua média em relação às amostras e dividida pelo seu SD.
Algoritmos de aprendizado de máquina
Os 14 algoritmos de aprendizado de máquina (ou regras preditivas) interfaceado em pacote MLInterfaces [14] conduzindo sob o programa R 2.3.1 foram usados para treinar o os modelos preditivos de resultado clínico e para prognosticar os resultados clínicos do paciente Mage008, sob as listas repórter calculadas pelos processos de filtração não específica, expressão diferencial, normalização de gene. Estes algoritmos foram, knn (vizinho mais próximo k, kNN, função de pacote de classe), nnet (rede neural), gbm (regressão de reforço generalizado), Ivql (quantificação de vetor de aprendizado 1), naiveBayes (classificador de classificador de Bayes simples), svm (máquina de vetor de suporte), Ida (algoritmo discriminante linear), rpart (partição recursiva), stat.diag.da (análise discriminante diagonal), randomforest (floresta aleatória), ensacamento, ipredknn (pacote ipred de forma de função do vizinho mais próximo k, equivalente ao pacote da classe de forma knn), sida (análise discriminante linear estabilizada), pamr (medoids em torno da partição, também conhecido como classificador centróide contraído mais próximo). Os parâmetros de default foram usados para todos os algoritmos exceto para a regra kNN onde valores uniformes de k variando de 1 a 7 foram testados.
O esquema leave-one-out (LOO) da MLinterfaces codificado na função xval foi usado para a validação cruzada quando apropriado, sem re- cálculo da lista repórter em cada alça de validação cruzada. A taxa de má classificação foi calculada calculando-se em média o número de amostras fortemente prognosticadas para o número total de amostras de cada grupo ou classe de paciente (R ou NR).
Algumas das regras preditivas interfaceadas da MLlinterfaces (nnet, Ida, naiveBayes) foram usadas fora do pacote MLlnterfaces como chamada direta para fabricar os classificadores relacionados utilizáveis nos conjuntos de dados externos independentemente dos dados usados para treinar os modelos.
O algoritmo MiPP [15, 16], implementado na biblioteca MiPP R e conduzida sob R 2.3.1, foi utilizado para reduzir o número de conjuntos de sonda envolvidos nas listas de repórter. Os melhores repórteres fora da lista apresentada foram selecionados como otimização da validação cruzada em 10 vezes dos prognósticos da análise discriminante linear de um conjunto de treinamento e ainda reduzidos ao repórteres dando um erro de má classificação global otimizado de prognósticos de análise discriminante linear de um conjunto de teste. O erro ou taxa de má classificação global foram calculados como a razão do número total de pacientes mal classificados para o total de pacientes do conjunto. Resultados
Estratificação de amostra de paciente para definições da seção de treino e teste.
Uma subparte de 31 amostras do conjunto de dados de 61 amostra completas foi usada para treinar e testar o modelo de classificação em uma primeira tentativa; as 30 amostras remanescentes foram mantidas para as avaliações de modelo subseqüentes. Diversas seções de treinamento e teste foram definidas a partir da subparte do conjunto de dados de 31 amostras. As seções de treino foram usadas para calcular a lista de repórter (isto é, os genes diferencialmente expressados a serem usados no prognóstico de resultado clínico de amostras de paciente) e para ajustar os valores de algoritmo de aprendizado de máquina para prognóstico de resultado clínico. As seções de teste permitiram a avaliação do desempenho modelo independentemente dos pacientes usados para construir o modelo preditivo. As avaliações de modelo também foram empreendidas nas seções de treino de acordo com um procedimento de validação cruzada.
As seções de treino e teste da subparte de conjunto de dados de 31 amostras foram definidas como segue:
1. Uma primeira seção de treinamento contendo 5 Respondedores e 5 Não Respondedores, deixando 21 pacientes para a seção de teste;
2. Uma segunda seção de treino de 10 Respondedores e 11 Não Respondedores, deixando 10 pacientes para a seção de teste;
3. Uma última seção de treino contendo todos os 31 pacientes (13 Respondedores e 18 Não Respondedores). Nesta última estratificação não existe nenhum paciente deixado para uma seção de teste, o modelo de classificação apenas seria avaliado por um procedimento de validação cruzada.
Identificação do processo de cálculo diferencial de expressão que realiza melhor para a classificação.
Os dados de expressão de gene foram pré-processados e normalizados de acordo com Material & Métodos levando-se em conta o conjunto de dados completos. Os diferenciais de expressão (DE) entre os grupos de Respondedor e Não Respondedor foram calculados para cada seção de treino / teste de acordo com vários processos.
A matriz de cálculo do DE foi construída como segue:
1. Filtração não específica da matriz de expressão de gene: filtração panp ou não, seguida por filtração SD, IQR ou SH ou nenhuma.
2. Cálculo de DE: O teste t ou um teste t modificado (regularizado, moderado), tal como o método de Jain et al, implementou o pacote LPE R ou o método de Smyth, implementado no pacote limma R ou o método de Baldi e Long (Cyber-T), seguido pela correção de teste múltiplo ou não.
3. Normalizações de perfil de gene: Normalizações de contagem IQR ou Z ou nenhuma.
Os processos que minimizam as taxas de má classificação global tanto na seção de treino quanto de teste em pelo menos duas das três estratificações de treino / teste disponíveis foram selecionados. A taxa de má classificação foi obtida comparando-se o resultado clínico prognosticado dado por uma regra preditiva kNN para o resultado clínico dado.
Sete processos DE foram descobertos como minimizando a taxa de má classificação global de acordo com a regra kNN:
- teste t sem correção para teste múltiplo e independente de filtração panp;
- filtro SH, teste t sem correção para teste múltiplo e independente de filtração panp;
- filtro SD, teste t sem correção para teste múltiplo;
- filtro SD, teste t sem correção para teste múltiplo, normalização da contagem Z;
- filtro IQR, teste t sem correção para teste múltiplo, normalização IQR.
As taxas de má classificação global minimizada para estes processos foram como segue:
- 0% na estratificação de 5 Respondedores para 5 Não Respondedores, como avaliados pela validação cruzada leave-one-out, todos os pacientes foram portanto corretamente classificados.
- 20% nos 21 pacientes da seção de teste, dado pelo prognóstico direto destes pacientes a partir do modelo definido a partir do conjunto de treinamento de 5 Respondedores para 5 Não Respondedores. 80% dos pacientes foram corretamente prognosticados. - 12% para a segregação de 13 Respondedores para 18 Não Respondedores, como avaliado pela validação cruzada, sendo 88% dos paciente corretamente prognosticados.
Os desempenhos para a outra estratificação de treinamento/teste não foi descoberta ser informativa (isto é, nenhum processo DE convergindo para uma taxa de má classificação minimizada), por este motivo não mencionada.
O último processo, o filtro IQR, o teste t sem correção para teste múltiplo, a normalização IQR, foi preferida visto que as taxas de má classificação minimizada foram obtidas com um valor mais alto de k (k = 5) do que os outros seis processos (k = 3). Foi previsto que trabalhar com valores mais altos de k facilitaria a transposição do modelo preditivo em outros cenários, visto que os valores k altos geram modelos mais simples supostos ser menos tendenciosos na direção de um conjunto de treinamento.
Este processo gerou uma lista de repórter de 489 conjuntos de sonda Affymetrix. A lista de repórter é dada na Tabela 4A, como identificações de conjunto de sonda Affymetrix junto com nomes e símbolos de gene
Validação externa: a avaliação independente do melhor modelo prognosticador de resultado clínico.
O melhor cálculo de DE e processo de tratamento da expressão de gene (filtro IQR, teste t sem correção para teste múltiplo, normalização IQR) foi usado para construir um modelo preditivo kNN (k = 5) da seção de treinamento de 13 Respondedores/18 Não respondedores.
O resultado clínico dos pacientes independentes que foram previamente deixados fora foi depois diretamente prognosticado a partir deste modelo. Destes 30 pacientes independentes apenas 15 foram informativos (isto é, tendo um resultado clínico caracterizado). A taxa de má classificação foi calculada com base nestes 15 pacientes informativos para a avaliação modelo.
De acordo com este modelo preditivo, a taxa de má classificação foi de 34%, por este motivo 66% dos pacientes independentes tiveram o seu resultado clínico corretamente prognosticado.
Melhora de modelo que prognostica resultado clínico através de outras regras de classificação.
Com base no melhor processo DE (e normalização de expressão) como selecionado com uma regra kNN, outras regras de classificação (preditivas) foram experimentadas para eventualmente aumentar o desempenho do modelo preditivo. Além de kNN, 13 outras regras foram avaliadas. Para cada processo DE selecionado que desempenhou para a regra kNN, cada outra regra foi treinada na seção de 13 Respondedores/18 Não respondedores do conjunto de dados, o seu desempenho preditivo avaliado no conjunto de treinamento pela validação cruzada e no conjunto independente de 30 amostras de paciente pelo prognóstico direto. Outras regras de classificação não melhoram a taxa de má classificação, como avaliado pela validação cruzada no conjunto de treinamento, o mais baixo permaneceu inalterado em 12% de amostras prognosticadas erradas (88% dos pacientes designados ao seu resultado clínico correto).
Entretanto, para o processo DE preferido mencionado acima, a regra da rede neural não melhora a taxa de má classificação no conjunto independente de 15 pacientes informativos dos 30 disponíveis, reduzindo-o de 34%, como dado pela regra KNN, para 30% (isto é, um paciente adicional corretamente prognosticado), enquanto mantendo-o o mais baixo na avaliação da validação cruzada do conjunto de treinamento. A regra da rede neural depois permite o prognóstico correto de 70% dos pacientes independentemente daqueles usados para treinar o modelo.
Além disso, em uma outra avaliação do desempenho de modelagem preditiva, quando os resultados clínicos foram disponíveis para todas as 30 amostras de paciente externo, isto é, quando todos os pacientes independentes foram informativos quanto ao cálculo da taxa de má classificação, o erro de má classificação mais baixo torna-se 26%, que é 74% dos pacientes foram corretamente classificados. Este melhor desempenho obtido em um conjunto de dados mais amplo em termos de número de amostra informativa foi dado por uma regra Ida. Uma regra naiveBayes também foi capaz de dar uma taxa de má classificação de 28% prognosticando corretamente o resultado clínico de 72% dos pacientes. Entretanto, a taxa de má classificação usando as regras de kNN e nnet tornou- se 35% e 41%, respectivamente. Este desempenho está fundamentado no uso da lista de gene e sondas da Tabela 4A.
A implementação dos classificadores preferidos, que prognosticam o resultado clínico de outras biópsias de paciente.
Para fazer uso de outras amostras de melanoma metastático do classificador da rede neural exemplificada, produzindo 30% de má classificação no conjunto externo de 15 amostras informativas, o seguinte código R pode ser usado em uma sessão R (um programa estatístico):
library(nnet)
set.seed(1234)
predict(nn, data, type-'class")
onde
- data é uma matriz de dados contendo os dados de expressão de 489 repórteres (Tabela 4A) das amostras para classificar (amostra GCRMA normalizada e gene IQR normalizado). As amostras são organizadas em colunas e os repórteres em fileiras;
- nn é o objeto R de classe nnet mostrado no Apêndice A.
o classificador Ida (análise discriminante linear) pode ser reproduzido programando-se as seguintes amostra de conveniência de código R: Iibrary(MASS)
predict(lda, data, type="class")
onde
- data é como anteriormente;
- Ida é o objeto R de classe Ida mostrado no Apêndice Β. O classificador de Bayes simples funciona sob as seguintes codificações R:
library(el071)
predict(nb, data, type="class")
onde
- data é como anteriormente;
- nb é o objeto R de classe naiveBayes mostrado no Apêndice C.
Reduzindo a lista dos 489 repórteres de conjunto de sonda enquanto se mantém um desempenho de classificação idêntica.
O algoritmo MiPP foi usado para determinar se foi possível reduzir o número de repórteres envolvidos no filtro IQR, teste t sem correção para teste múltiplo, normalização IQR, com base em modelo preditivo enquanto se mantém a mesma taxa de má classificação. De fato, trabalhar sob uma lista de repórter mais curta seria mais conveniente para os propósitos de seguimento de classificador por exemplo, tal como a transposição de um formato com base em microarranjo para um formato de RT-PCR quantitativa.
Os dados de microarranjo dos 489 conjuntos de sonda foram submetidos ao processo MiPP: 11 conjuntos de sonda de classificação foram selecionados na seção de treinamento 13 R / 18 NR como sendo suficiente para se obter um erro de má classificação global mais baixo e 4 conjuntos de sonda fora destes foram ainda identificados como mínimos nos 30 conjuntos de dados de amostra externa informativa para obter a taxa de má classificação global mais baixa para os pacientes independentes.
As 4 listas de repórter de conjunto de sonda foram depois usadas em prognósticos de validação cruzada leave-one-out da estratificação 13 R / 18 NR de dados como conjunto de treinamento e prognóstico direto da seção de 30 pacientes informativos como conjunto de teste externo sob todas as 14 regras preditivas. O desempenho LOO foi aumentado para a maioria das regras (sendo tão altas quanto 3% da taxa de má classificação para Ida e naiveBayes entre outros), enquanto que a taxa de má classificação permaneceu 28% no conjunto de dados externos sob as regras svm e gbm.
A tabela seguinte representa a identidade dos genes envolvidos no modelo de 4 conjuntos de sonda:
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EXEMPLO 3:
Prognóstico do resultado clínico de pacientes usando a Reação da cadeia de polimerase Quantitativa (Q-PCR)
Material & Métodos
Espécimens de Tumor e Purificação de RNA.
30 espécimens de tumor (pré-vacinação) foram usados de testes clínicos de melanoma MAGE-A3 (MAGE008). Estes foram preservados e o RNA extraído como no Exemplo 1 acima.
Síntese de cDNA e amplificação pela PCR quantitativa
2 μg de RNA total foram retro-transcritos em cDNA usando a transcriptase reversa de M-MLV (Invitrogen) e oligo(dT) ou iniciadores aleatórios.
Os genes de interesse diferentes foram amplificados pela PCR quantitativa usando a química TaqMan e sistema de detecção de seqüência 7900 (Applied Biosystems).
Os genes foram amplificados usando placas de 96 reservatórios padrão ou o TaqMan® Immune Profiling Array (arranjos de densidade baixa TaqMan - TLDA - Applied Biosystems). TLDA são placas de 384 reservatórios prontos para o uso pré-revestidas com iniciadores e sondas.
O aparelho 7900 é um sistema totalmente integrado para a detecção em tempo real da PCR incluindo um ciclador térmico de 96 reservatórios ou um TLDA, um laser para induzir a fluorescência, um detetor de dispositivo ligado à carga, um computador e um software de detecção de seqüência em tempo real.
Em placas de 96 reservatórios padrão, cDNA que corresponde a 50 ng de RNA total foi amplificado pela reação da cadeia da polimerase usando o TF,TAQMAN,PCR REAGENT CORE KIT (Applied Biosystems). Iniciadores e sondas são listados na Tabela 5.
Para o TaqMan® Immune Profiling Array, o cDNA que corresponde apenas a 1 ng de RNA foi amplificado pela reação da cadeia da polimerase usando o TF,TAQMAN,PCR CORE REAGENT KIT (Applied Biosystems). Os genes incluídos no arranjo são listados na Tabela 6. Processamento e normalização de dados
Todos os dados PCR foram normalizados contra H3F3A (placas de 96 reservatórios padrão) ou a média geométrica dos genes de manutenção doméstica GUSB e PGKl (TLDA) (também aludidos como genes constantes). Os valores de expressão foram depois disso transformados em log.
Análise estatística Univariada
Análises de variação (ANOVAl) foram realizadas usando o software SAS para selecionar significantemente os genes capazes de diferenciar grupos respondedores de não respondedores. O primeiro grupo foi composto de 14 pacientes respondedores, o segundo foi composto de 15 pacientes não respondedores. Cada gene foi analisado independentemente dos outros.
Os genes IL7R, CD3D, CD52, UBD, GPRl71, GMZK, PRKCQ, STAT4, TRDV2, TRAT I, TRBV19, CD69, IND01, CD45R, CD45RO, FoxP3, CD20, CCL5, FASLG, GNLY, GZMB, PRF1, IFNG, ICOS, TBX21, CD8A, CD3E, CXCL10, CXCLl1, IRF1, TLR7 e CXCR3 foram selecionados quanto a sua capacidade para diferenciar ambos os grupos. O valor ρ foi < 0,0001 para cada gene. Para cada gene, uma diferença significante foi demonstrada entre a média (respondedor/não respondedor). As razões geomédias entre ambos os grupos também foram calculadas para todos os genes (Tabela 7A) e variam de 3,4 a 21,2.
Análise de Correlação
Uma matriz de correlação (Tabela 8) foi calculada entre 30 genes mostrando que todos estes genes são consideravelmente bem correlacionados.
Modelo de regressão logística
Uma análise pela regressão logística foi realizada usando Proc logistic (SAS Sofware). A análise de regressão logística é freqüentemente usada para investigar a relação entre respostas binárias e um conjunto de variáveis explicativas.
O número de prognosticadores é muito grande e o uso de toda a regressão possível não é praticável. Assim, a seleção escalonada foi utilizada. Este procedimento dá um modelo com um bom valor (alto) para um critério especificado: Contagem Qui-quadrado. Isto é análogo ao uso de SSE ou R2 na regressão linear múltipla.
A informação modelo é:
Dados: 29 pacientes e 111 genes.
Resposta variável: situação clínica
Número de nível de resposta: 2 (respondedor - não respondedor) Modo: logit binário
Otimização técnica: Contagem de Fisher
O modelo dando o melhor valor de contagem Qui-quadrado (Qui-quadrado = 16 e valor ρ <0,0001) é: Logit (p) = 7,69 + 5,07 log(PRFl), com ρ a probabilidade para ser respondedor
Coeficiente BO (7,69) & Bl (5,07) são significantes (p < 0,005)
Outro critério pode ser usado para testar a excelência do ajuste Razão de Probabilidade: 23,1429 (qui-quadrado) e <0,001 (valor p) Wald 6,9250 (qui-quadrado) e <0,001 (valor p)
Como na regressão linear, um R2 é computado: 0,55.
A partir dos 111 genes, 18 (com apenas um prognosticador) são listados na Tabela 9. Quanto mais alto R2(%) e a contagem de qui- quadrado melhor o modelo/gene.
Usando o modelo PRF1, é possível classificar corretamente 86,6% dos pacientes.
A Tabela 10 dá a porcentagem de classificação correta calculada usando o modelo de regressão logística para algum outro gene.
Combinando mais do que 1 gene não melhorou o desempenho de classificação.
Análise Genex
Os 30 pacientes também foram classificados usando a PCA (Análise de Componente Principal) e análise de rede neural do software Genex com os genes PRF1, GZMB, GNLY, CD8A, PRKCQ, FOXP3, IFNG, CCL5, GPRl 71 e TRBV19.
Para a análise de rede neural, 5 pacientes respondedores (Pacientes ID Nes 27, 53, 65, 119, 127) e 5 pacientes não respondendores (Pacientes ID N— 8, 60, 66, 81, 160) foram usados como conjunto de treinamento. Os 20 pacientes remanescentes foram usados como conjunto de teste.
A Figura 6 mostra a Análise de Componente Principal usando os genes PRF1, GZMB, GNLY, CD8A, PRKCQ, FOXP3, IFNG, CCL5, GPRl71 e TRBV19.
Pode ser observado que os respondedores são agrupados no lado esquerdo da Figura 6 e os não respondedores são agrupados no lado direito da figura. Os pacientes rotulados 85, 3 e 154 são mal classificados. Portanto, a porcentagem de classificação "correta" é de 85% usando o PCA. O método da rede neural confirma uma faixa de classificação correta de 85%.
Comparação: Microarranjo com dados de Q-PCR.
17 genes (Tabela 12) avaliados pela tecnologia Q da PCR já estavam presentes nas listas de gene do microarranjo. Estes genes são portanto capazes de discriminar pacientes respondedores de não respondedores qualquer que seja a tecnologia usada para detectá-los. Estes genes formam um aspecto específico da invenção.
Tabela 12 Genes presentes no microarranjo e lista Q-PCR.
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Catorze genes (Tabela 13) que foram capazes de discriminar pacientes respondedores de não respondedores usando a tecnologia Q da PCR não estavam presentes nas listas de gene do microarranjo. Isto pode ser devido à sensibilidade aumentada da tecnologia Q da PCR comparada com o microarranjo.
Tabela 13. Gene usado para classificar pacientes usando a tecnologia Q da PCR, ausente nas listas de gene do microarranjo.
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Alguns genes ausentes na assinatura de microarranjo mas são conhecidos como sendo expressados pelas células imunológicas e assim também são capazes de prognosticar o resultado clínico dos pacientes.
A presença de uma infiltração imune no tecido tumoral parece ser o evento biológico mais importante para prognosticar o resultado clínico dos pacientes ao invés de apenas uma lista limitada de genes.
Por exemplo, PRFl e CD8A estão presentes nas listas de gene do microarranjo e são expressados pelos linfócitos CD8 T. Os linfócitos CD8 T expressam também IFNG que é ausente nas listas de gene do microarranjo. Não obstante, um bom prognóstico da resposta clínica foi obtido usando este gene pela Q-PCR.
O número de pacientes mal classificados usando os dados da q-PCR permanecem na mesma faixa o agrupamento e métodos KNN usando dados de microarranjo. Portanto tecnologias e softwares diferentes podem ser usados para classificar os pacientes.
EXEMPLO 4: Prognosticar o resultado clínico de pacientes usando o método do agrupamento hierárquico.
Material & Métodos
Espécimens de Tumor e Purificação de RNA.
67 espécimens de tumor (pré-vacinação) foram usados de testes clínicos de melanoma MAGE-A3 (MAGE008). Estes foram preservados, preparados em RNA, controlados em qualidade, rotulados e amplificados como no Exemplo 1 acima. A qualidade das amostras de RNA foi checada antes da hibridização ao chip de gene.
Chips, hibridizações e varredura de microarranjo
Como na seção material e métodos do primeiro exemplo acima (aludido aqui como Exemplo 1), chips de gene Affymetrix HG-U133.Plus2.0 foram utilizados e hibridizados e escaneados como descrito no Exemplo 1. Processamento & normalização de dados.
A imagem de dados escaneada fluorescente foi processada e normalizada usando uma implementação R 2.3.1 do algoritmo GCRMA como descrito no Exemplo 2.
Seleção da lista de gene
41 Conjuntos de sonda foram selecionados para discriminar pacientes respondedores de não respondedores usando software Arrayminer descritos no Exemplo 1.
Os parâmetros de análise foram:
• Avaliação de Treinamento and teste
• Pré-defínição de 2 classes
a. Classe Respondedora: PID2, PID65, PID75, PID20, PIDl0, PID19, PID23, PID26, PID27, PID38, PID67
b. Classe não Respondedora: PID14, PID52, PID66, PID37, PID16, PID13, PID55, PID56, PID5, PID60, PID8
em que PID significa identificação do paciente Ns (isto é, o rótulo numérico dado ao paciente)
• Número máximo de marcadores por classe: 25
• Número de marcadores por par: 1
• Permite marcadores de classe múltipla: Sim
• Uso da classificação KNN: Nenhuma - Método de Votação Proprietária foi usado.
Uma lista de 50 conjuntos de sonda foi obtida. 9 Conjuntos de sonda foram removidos devido à situação de Ausência em todas as amostras. As intensidades dos 41 conjuntos de sonda para os 22 pacientes listados acima são listados na Tabelas 11A e 11B.
Prognóstico da situação clínica
A situação clínica dos 67 pacientes foi prognosticada usando o método do agrupamento hierárquico do software Spotfire.
Os dados foram normalizados com respeito aos genes usando um cálculo de contagem Z disponível em Spotfire antes de realizar o agrupamento hierárquico.
Opções de cálculo do agrupamento hierárquico foram:
• Método de agrupamento: ligação completa
• Medida de similaridade: Distância Euclidiana
• Função de ordenação: valor médio
Este agrupamento foi realizado para pacientes incluídos no ramo AS15 (Figura 7 e 8) ou no AS02B (Figura 9 e 10).
Usando o método do agrupamento hierárquico, cerca de 58% dos pacientes têm a assinatura de respondedor qualquer que seja o grupo adjuvante.
100% e 87,5% dos pacientes com um benefício clínico são bem agrupados respectivamente nos grupos AS15 e AS02b.
71% e 52% dos pacientes com uma doença progressiva são bem agrupados respectivamente nos grupos AS15 e AS02b. No grupo de benefício clínico, 28% e 55% dos pacientes têm uma doença progressiva respectivamente nos grupos AS15 e AS02b. A porcentagem de pacientes com um perfil de gene respondedor de acordo com a invenção que obtiveram um benefício clínico para a vacinação MAGE-A3 quando o adjuvante AS15 foi usado foi maior do que a porcentagem obtida de um benefício clínico para a vacinação com MAGEA3 quando o adjuvante AS02b foi utilizado na formulação.
EXEMPLO 5
Induzir um perfil do respondedor.
A biópsia inicial (amostrada antes da irradiação) do paciente 59 não teve a assinatura de respondedor embora a sua segunda biópsia (amostrada depois da irradiação) tivesse a assinatura respondedora (dados não mostrados) sugerindo que a irradiação de lesões pode induzir a assinatura de respondedor.
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223</column></row><table> <table>table see original document page 224</column></row><table> <table>table see original document page 225</column></row><table> <table>table see original document page 226</column></row><table> <table>table see original document page 227</column></row><table> <table>table see original document page 228</column></row><table> <table>table see original document page 229</column></row><table> <table>table see original document page 230</column></row><table> <table>table see original document page 231</column></row><table> <table>table see original document page 232</column></row><table> <table>table see original document page 233</column></row><table> <table>table see original document page 234</column></row><table> <table>table see original document page 235</column></row><table> <table>table see original document page 236</column></row><table> <table>table see original document page 237</column></row><table> <table>table see original document page 238</column></row><table> <table>table see original document page 239</column></row><table> <table>table see original document page 240</column></row><table> <table>table see original document page 241</column></row><table> <table>table see original document page 242</column></row><table> <table>table see original document page 243</column></row><table> Tabela 4A Tabela ligando a id do conjunto de sonda e a lista de gene tabela 4.
<table>table see original document page 244</column></row><table> <table>table see original document page 245</column></row><table> <table>table see original document page 246</column></row><table> <table>table see original document page 247</column></row><table> <table>table see original document page 248</column></row><table> <table>table see original document page 249</column></row><table> <table>table see original document page 250</column></row><table> <table>table see original document page 251</column></row><table> <table>table see original document page 252</column></row><table> <table>table see original document page 253</column></row><table> <table>table see original document page 254</column></row><table> <table>table see original document page 255</column></row><table> <table>table see original document page 256</column></row><table> <table>table see original document page 257</column></row><table> Tabela 7 A Razão de geomédia entre grupos respondedores e não respondedores
<table>table see original document page 258</column></row><table>
Tabela 8 (ABAIXO). Matriz de correlação entre 30 genes <table>table see original document page 259</column></row><table> Tabela 9A 18 melhores modelos obtidos pela regressão logística.
<table>table see original document page 260</column></row><table>
Tabela 10 Porcentagem de classificação correta calculada usando o modelo de regressão logística para alguns genes.
<table>table see original document page 260</column></row><table> <table>table see original document page 261</column></row><table> <table>table see original document page 262</column></row><table> <table>table see original document page 263</column></row><table> <table>table see original document page 264</column></row><table> <table>table see original document page 265</column></row><table> <table>table see original document page 266</column></row><table> <table>table see original document page 267</column></row><table> <table>table see original document page 268</column></row><table> <table>table see original document page 269</column></row><table> <table>table see original document page 270</column></row><table> <table>table see original document page 271</column></row><table> <table>table see original document page 272</column></row><table> <table>table see original document page 273</column></row><table> <table>table see original document page 274</column></row><table> <table>table see original document page 275</column></row><table> <table>table see original document page 276</column></row><table> <table>table see original document page 277</column></row><table> <table>table see original document page 278</column></row><table> <table>table see original document page 279</column></row><table> <table>table see original document page 280</column></row><table> <table>table see original document page 281</column></row><table> <table>table see original document page 282</column></row><table> <table>table see original document page 283</column></row><table> <table>table see original document page 284</column></row><table> Apêndice Β: Objeto R de classe Ida para prognósticos de resultados clínicos da análise discriminante linear de pacientes
<table>table see original document page 285</column></row><table> <table>table see original document page 286</column></row><table> <table>table see original document page 287</column></row><table> <table>table see original document page 288</column></row><table> <table>table see original document page 289</column></row><table> <table>table see original document page 290</column></row><table> <table>table see original document page 291</column></row><table> <table>table see original document page 292</column></row><table> <table>table see original document page 293</column></row><table> <table>table see original document page 294</column></row><table> <table>table see original document page 295</column></row><table> <table>table see original document page 296</column></row><table> <table>table see original document page 297</column></row><table> <table>table see original document page 298</column></row><table> <table>table see original document page 299</column></row><table> <table>table see original document page 300</column></row><table> <table>table see original document page 301</column></row><table> <table>table see original document page 302</column></row><table> <table>table see original document page 303</column></row><table> <table>table see original document page 304</column></row><table> <table>table see original document page 305</column></row><table> <table>table see original document page 306</column></row><table> <table>table see original document page 307</column></row><table> <table>table see original document page 308</column></row><table> <table>table see original document page 309</column></row><table> <table>table see original document page 310</column></row><table> <table>table see original document page 311</column></row><table> <table>table see original document page 312</column></row><table> <table>table see original document page 313</column></row><table> <table>table see original document page 314</column></row><table> LISTAGEM DE SEQÜÊNCIAS
Nucleotíde sequence encoding fusioa protela of Lipoprotda D fragmetit, Mage3 fragnwnt, and hisiidine lail, and its respective amiao acid sequaice (SBQID NO: 34 aad 35).
atg gat ccs. aaa act tta gcc ctt tct tta tta gca gct ggc gta cta 48
Mtt AáSp Pro Iys Thr teu AIa Leu ser teu teu Rla Al* Oly Wai i.eu 15 10 15
gca ggt tgt age age cac tca. tca. aat atg gcg aât ace caa atg aaa 9$
Ala Oly CyS Ser Ser Rie Ser Ser Rsn Ktt Al» Aen Thr Gln Met LyS 20 2S * iO
tca cac aaa ate att att gct cac cgt ggt gat age ggt tat tta cca 144
Ser Asp Lys ria Ile Ile Ale His Arg Gly Ala Ser Oly Tyr Lcu Pro 35 40 45
gag cat a<sg tta gaa tct aaa gca ctt gcg ttt gca caa oag gct gat 192 Glu His Thr Leu Slu Ser Dya Ala Leu Ala Pbe Ala Gln Gla Ala ASP 50 55 SO
tat tta gag caa gat tta gea atg act aag gat ggt cgt tta gtg gtt 240
Tyr Leu Slu Sln Aep Wsu Ala Met Ttar Lys Aap Gly Arg Lcu Val Val 65 70 T5 80
att cac gat cac ttt tta gat ggc ttgr act gat gtt gcg aaa aaa etc 288 lia His Asp Hls Ptie Leu Asp αIy Leu Thr Asp Val Ala Lys UyB Phc 85 90 95
eca cat cgt cac cgt aaa gat ggc cgt tac tat srfcc ate gac ttt acc 336
Pro Hia Arg His Arg Lys Aap Gly Arg Tyr Tyr vai ile Asp Phe Thr 100 IOS lio
tta aaa gaa att caa agt tta gaa atg aca gaa aac ttt gaa acc atg 384
Leu hys Glu Ile Gln Ser Leu Qlu Met Thr Slu Asn Pbe «1« Thr Met IiS 120 125
gat etg gaa cag cgt agt cag cac tgc aag ect gaa gaa ggc ctt gag 432
Asp Leu Qlu Qln Arg Ser Gin ais Cys Iys Pro Glu Glu Siy Leu Glu 130 135 140
gcc cga gga gag gcc ctg ggc ctg gtg ggt gcg cag gct cct gct act
490 Ala Arg Qly Qlu Alt ieu Gly Leu Vai Gly Ala Ola Ala ?ro Ala Tbr 145 ISO ISS 160
gag gag cag gag gct gcc tcc toe tet tet açt cta gtt gs« gtc ftcc 528
OLu Glti Oln Glu Al» Ala Ser Ser Ser ser Thr Leu vai Qlu Val Thr 16S 170 175
ctg 933 gag gtg cçt gct gcc gag tca eca gat ccc ccc cag agt ect S7é
Lew Gly Glu Val ?ro ma Ala Glu Ser Pro Asp Pro PrO Glft Ser Pro 180 185 190
oag gga goc tcc age etc cec «et acc atg aac tac ect ctc tgg age »24
Cin Gly Ala Ser Ser Leu Pro Thr Thr Met Asn Tyx Pro Leu Trp Ser 19S 200 205
caa tcc tat gag gac tcc age ase caa gaa gag gag ggg cca age açc €72
CLn Sér Tyr Glií JWp Ser ser Asn Gln Glu Glu Glu Gly Pro Ser Hw 210 215 220
ttc ect gac ctg gag tcc gag ttc caa gea gea ctc age «gg aag gtg 120
Phe Pro Asp Leu 61 a ser slv Phe Gln Ala Ala teu Ser Arg Lye Val 225 230 235 240
gct gaa ttg gtt c»t ttt ctg cte ctc aag tat cga gec agg gag ccg 768
Ala Qlu Leu vai His Phe Leu Leu Leu Lys Tyr Arg Ala Arg Olu Vxo 245 250 255
gtc aca aag gea gaa atg ctg ggg agt gtc gte gga aat tgg cag tat 81«
Val Thr Lys Ala Glu Met Deu Gly Ser VSil Val Gly Aan Trp Oln Tyr 260 265 2"?0
tte ttt ect gtg ate ttc age aaa gct tcc agt tcc ttg cag ctg gtc 864
Piie Phe ?ro vai He Phe Ser Lya Ala ser Ser Ser Leu Gln Leu vai 27S 280 28S
ttt ggc ate gag ctg atg gaa gtg gac ccc ate ggc cac ttg tac ate 912
Ptoe Gly lie Glu Leu Met Glu vai Aep Pro ϊΐβ Oly His Leu Tyr lie 290 295 300
ttt gcc acc tgc ctg ggc ctc tcc tac gat ggc ctg ctg ggt gec aat 960
Phe Ala Thr Cys Leu Gly Jjeu ser Tyr Asp Gly Leu Leu Gly Asp Asn 305 3X0 JlS 320 cag Ate atg cçic aag gca ggc ctc ctg st» ate gtc ctg gcc ata ate 1008 Gln Xle Met Pro Lys Ala GIy Leu t-eu He ILe Val leu Ala Ile Ile 525 330 335
gea aga gag ggc gac tgt gcc cct gag gag aaa ate tgg gag gag ctg 1056 Ala Atrg GXu Gly Aetp Cye Ala Pro Glu Slu Lys Ile Ttp Glu Glu Leu 340 345 350
age gtg tta gag gtg ttt gag ggg agg gaa gac agt ate ttg ggg gat 1104 Ser Val Leu Glu Val Phe alu Sly Arg Slu Asp Ser Ile teu Sly Aap 355 160 365
ccc aag aag ctg ctc acc caa cat ttc gtg cag gaa aac tac ctg gag 1352 PtO Lye Lys Leu Lew Th« Gla Hia Phe Val Gln Glu Aaii Tyr Ldu Glu 370 375 380
tac cgg cag gtc ccc ggc agt gat cct gea tgt tat gaa ttc ctg tggr 1200 Tyr Arg Gln Val Pro Gly Ser Acp !Pto Al* Cye Tyr Oltt Phe Leu Trp 395 399 395 400
ggt cca agg gcc ccc gtt gaa acc age tat gtg aaa gtc ctg cac cat 12*8 Gly Fro Arg Ale Leu Val Gla Thr Scr Tyr Val Lys Val LcU His Hie 405 UO 415
atg gta aag ate agt gga gga cct cac att tcc tac cca ccc ctg cat I2»s Met Vel Lys 11« Ser Gly Gly Pro His Ile Ser Tyr Pro Pro Lieu His 420 425 430
gag tgg gtt ttg aga gag ggg gaa gag ggc ggt cat cac cat cac cat 134* Olu Trp vai Leu Arg Slu Gly Glu Glu Gly Gly His Hla His Mia His 435 440 445

Claims (5)

REIVINDICAÇÕES
1. Método para identificar um paciente respondedor ou não- respondedor à imunoterapia de câncer caracterizado pelo fato de que compreende as etapas de: a) analisar uma amostra derivada de um paciente para expressão diferencial de CCL5, e b) identificar o paciente a partir do qual a amostra foi derivada como respondedor ou não-respondedor, com base nos resultados da etapa (a), em que o paciente é identificado como respondedor se a expressão de CCL5 é supra-regulada e em que a identificação é feita por referência ou por comparação com um padrão.
2. Método de acordo com a reivindicação 1, caracterizado pelo fato de que o padrão é uma amostra com um resultado clínico conhecido.
3. Método de acordo com a reivindicação 2, caracterizado pelo fato de que a comparação é realizada com o uso de um algoritmo.
4. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 3, caracterizado pelo fato de que o tratamento ou a imunoterapia é imunoterapia de câncer MAGE antígeno-específica.
5. Uso de uma sonda, caracterizado pelo fato de ser para a identificação da expressão diferencial de CCL5 para a identificação de um respondedor ou não-respondedor à imunoterapia MAGE.
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