MX2007014377A - Inhibidores de proteina cinasa de derivados de pirrol (2,3-b) piridina. - Google Patents
Inhibidores de proteina cinasa de derivados de pirrol (2,3-b) piridina.Info
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Abstract
Se proporcionan con la presente compuestos activos en el c-kit y c-fms de proteina tirosina cinasa del receptor. Tambien proporcionadas con la presente estan las composiciones utiles para el tratamiento de enfermedades o padecimientos mediados por c-kit y enfermedades o padecimientos mediados por c-fms y metodos para el uso de los mismos.
Description
INHIBIDORES DE PROTEÍNA CINASA DE DERIVADOS DE PIRROL (2.3-B) PIRIDINA
CAMPO DE LA INVENCIÓN Esta invención se relaciona a ligandos para c-kit y c-fms, y a métodos para uso de los mismos, lia información provista se pretende únicamente para ayudar al entendimiento del lector. Ninguna de la información provista ni referencias citadas se admite para ser la técnica anterior para la presente invención. Cada una de las referencias citadas se incorpora en la presente en sü totalidad y para cualquier propósito.
ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN C-kit y c-fms son ambos tirosina cinasas de proteína del receptor de transmembraifia (RPTK) del tipo lll que regulan las cascadas de transducción de señal de clave que controlari el crecimiento y la proliferación celular. Ambos receptores tienen características estructurales similares que comprenden cinco dominios de ¡nmunoglobulina (IG) extracelular, un dominio de transmembrana sencillo, y un dominio de cinasa citoplásmica dividido separado por un segmento de [inserto de cinasa.
c-KlT El c-kit receptor del Factor de Célula Madre (SCF) juega un papel importante en el desarrollo de melanocitos y células cebada, germinales y hematopoyéticas. El Factor de Célula
Madre (SCF) es una proteína codificada por la posición S1 , y se ha llamado también "ligando kit" (KL) y el factor de crecimiento de mastocito (MGF), basado en las propiedades biológicas utilizadas pata identificarlo (revisada en Tsujimura, Pathol Int 1995, 46:933-938; Loveland, et al., J. Endocrinol 1 397, 153:337-344; Vliagoftis, et al., Clin Immunol 1997, 100:435-440; Broudy, Blood 1997, 90:1345-1364; Pignon, Hermatol Cell Ther 1997, 39:114-116; y Lyman, et al., Blood 1998, 91 :1101-1134.). En la presente, la abreviación SCF se refiere al ligando fisiológico para c-kit.
SCF se sintetiza como una proteína de transmembrana con un peso molecular de 220 ó 248 Dalton, dependiendo del empalme alternativo del ARNm que codifica exón 6. La proteína más grande puede desdoblarse proteolíticamente para formar una proteína glicosilada, soluble la cual dimeriza no covalentemente. Ambas formas solubles y enlazadas a membrana de SCF pueden enlazarse a un c-kit activado. Por ejemplo, en la piel, el SCF se expresa predominantemente por fibroblastos, queratinocitos y células endoteliales, las cuales modulan. la actividad de nelanocitos y mastocitos que expresan c-kit. En hueso, células estromales de médula expresan SCF y regular hematopoyesis de células madres que expresan c-kit. En el tracto gastrointestinal, las células epiteliales intestinales expresan SCF y afectan las células intersticiales de linfocitos de Cajal e intraepiteliales. En los testículos, las células de Sertoli y células granulosas expresan SCF las cuales regulan espermatogénesis por interacción con c-kit en células germinales. I c-Fpns C-fms es un miembro de la familia de genes aislados originalmente de la cepa de Susan McDcnough del virus de sarcoma felino. Los códigos de proto-oncogén FMS celular (c-fms, sarcoma de McDonough felino celular) para el receptor para el factor que estimula colonia de macrófagos (M-CSF). C-fms es crucial para el crecimiento y la diferenciación del linaje de monocitos-rracrófagos, y el enlace de M-CSF al dominio extracelular de c-fms, el receptor dimeriza y trans-autofosforila residuos de tirosina citoplásmicos.
' M-CSF, descrito primero por Robinson y co-trabajadores (Blood, 1969, 33:396-9) es una citosina que controla la producción, diferenciación y función de los macrófagos. M-CSF estimula la diferenciación de células progenitoras a monocitos maduros, y prolonga la supervivencia de los monocitos. Además, M-CSF mejora la citotoxicidad, producción de superóxido, fagocitosis, quimiotaxis y producción secundaria de citosina de factores adicionales en monocitos yl macrófagos. Ejemplos de tales factores adicionales incluyen el factor que estimula la colonia de granulocitos (G-CSF), interleucina-6 (IL-6) e interleucina-8 (IL-8). M-CSF estimula la hematopoyesis, promueve diferenciación y proliferación de células progenitoras de osteoclasto, y tiene efectos profundos en metabolismo de lípidos. Además, M-CSF es importante en el embarazo.
Fisiológicamente , grandes cantidades de M-CSF se producen en la placenta, y se cree que la M- CSF juega tn papel esencial en diferenciación de trofoblastos (Motoyoshi, Int J Hematol. 1998, 67:109-22) [Los niveles elevados de suero de M-CSF en embarazo temprano pueden participar en los mecanisrpos inmunológicos responsables del mantenimiento del embarazo (Flanagan & Lader, Curr Opin Hematol. 1998, 5:181-5).
Relacionados con c-fms y c-kit están dos receptores del factor de crecimiento derivados de! plaquetas, alfa (es decir, pdgfra) y beta (pdgfrb) (PDGF). El gen que codifica pdgfra se ubica en ol cromosoma 4q11-q12 en la misma región del cromosoma 4 como la codificación del oncogén para c-kit. Los genes que codifican pdgfra y c-fms parecen haberse desarrollado de un gen ancestral común por duplicación genética, al grado que estos dos genes se enlazan en tándem en el cromosoma 5. Se orientan de la cabeza a la cola con el exón 5-prima del gen c-fms ubicado sólo 500 pb desde el último exón 3-prima del gen que codifica pdgfra. La mayoría de los tumores estromales gastrointestinales (GIST) tienen mutaciones de activación en c-kit, y la mayoría de los pacientes con GISTs responden bien a Gleevec, lo cual inhibe c-kit. Heinrich et al. (Science 2003, 299:708-10) ha demostrado que aproximadamente 35% de GIST que carecen de mutaciones c-kit tienen mutaciones de activación intragénica en el gen que codifica pdgfra, y que los tumores que expresan c-kit o pdgfra son imperceptibles con respecto a la activación de intermedios de señalización corriente abajo y cambios citogénicos asociados con el progreso del tumor. De este modo, mutaciones de c-kit y pdgfra parecen ser mecanismos oncogénicos alternativos y mutuamente exclusivos en los GIST.
De forma similar, la observación de que la producción de M-CSF, el factor de crecimiento de macrófago principal, se incrementa en tejidos durante la inflamación señala un papel para -fms en enfermedades, tales como por ejemplo enfermedades inflamatorias. Más particularmerjte , debido a que los niveles elevados de M-CSF se encuentran en el estado de la enfermedad, la modulación de la actividad de c-fms puede mejorar la enfermedad asociada con niveles increrhentados de M-CSF.
Por consiguiente, existe la necesidad en la técnica para inhibidores y moduladores potentes y específicos de c-Kit y/o c-fms y métodos para designarlos.
SUMARIO DE LA INVENCIÓN La presente invención se relaciona a compuestos activos en c-kit, c-fms, o ambos c-kit y c-fms. De acuerdo con un aspecto de la presente invención, se ha descubierto que en el tratamiento de enfermedades sensibles al tratamiento mediante una cantidad efectiva de un modulador de ya sea c-kit sólo o c-fms sólo, la eficacia del tratamiento puede mejorarse si dichos compuestos son dobles inhibidores de ambos c-kit y c-fms. En particular, la invención proporciona métodos para utilizar los compuestos de la Fórmula I como se describe a continuación. De esta manera, la invención proporciona métodos para utilizar los compuestos que pueden utilizarse terapéutica y/o profilácticamente involucrando la modulación de c-kit, c-fms, o ambos c-kit y c-fms.
Los compuestos de la Fórmula I tienen la siguiente estructura:
todas las sales, profármacos, tautómeros, e isómeros de los mismos, en donde:
X, es N o CR2, X2 es N o CR6, Y, es N o CR4, e Y2 es N o CR5, a condición de que, sin embargo, no ea más de uno de X2, Yi e Y2 es N; L1 se selecciona del grupo que consiste de alquileno ¡nferior opcionalmente sustituido, -S-, -O-, -C(O)-, -C(S)-, -S(OK -S(0) , y -NR7-; Lz se selecciona del grupo que consiste de un enlace, alquileno ¡nferior opcionalmente sustituido, -( lq)a-S-(alq)b-, -(alq)a-0-(alq)b-, -(alq)a-OC(0)-(alq)b-, -(alq)a-C(0)0-(alq)b-, -(alq)a-OC(S)-(alq)b-, -(alq)a-C(S)0-(alq)b-, -(alq)a-C(0)-(alq)b-, -(alq)a-C(S)-(alq)b-, -(alq)a-C(0)NR9-(alq)b-, -(alq)a-OC(0)NR9-(a q)b-, -(alq)a-OC(S)NR9-(alq)b-, -(alq)a-C(S)NR9-(alq)b-, -(alq)a-S(0)-(alq)b-, -(alq)a-S(0)2-(alq)b-. -(alq)a-S(0)2NR9-(alq)b-, -(alq)a-NR9-(alq)b-, -(alq)a-NR9C(0)-(alq)b-, -(alq)a-NR9C(S)-(alq)b-, -(alq)a-NR9C(0)NR9-(alq)b-, -(alq)a-NR9C(S)NR9-(alq)b-, -(alq)a-NR9C(0)0-(alq)b-, -(alq)a-NR9C(S)0-(alq)b-, -(alq)a|NR9S(0)2-(alq) -, y -(alq)a-NR9S(0)2NR9-(alq)b-, en donde alq es alquileno de 1 a 3 átomos de carbono opcionalmente sustituido y a y b son independientemente 0 6 1; R1 se selecciona del grupo que consiste de alquilo inferior opcionalmente sustituido, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido, y heteroarilo opcionalmente sustituido; R2, R4, R5 y R6 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno, halógeno, alquilo ¡nferior opcionalmente sustituido, alquenilo inferior opcionalmente sustituido, alquinilo inferior opcionalmente sustituido, cicloalquilo opcionalmente sustituido, hetrocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido, heteroarilo opcionalmente sustituido, -OH, -NH2, NOz, -CN, -C(0)OH, -C(S)OH, -C(0)NH2, -C(S)NH2 -S(0)2NH2? -NHC(0)NH2,
-NHC(S)NH i NHS(0)2NH2, -NR10R11, -NHR3 -OR3, -SR3, -C(0)R3, -C(S)R3, -S(0)R3, -S(0)2R3, ?3r-,3 C(0)ORJ, -C(S)OR°, -C(0)NHR°, -C(0)NRJRJ, -C(S)NHRJ, -C(S)NR° 3R0J3, -S(0)2NHRJ, -S(0)2NR 3J3Rr-)J3
-NHC(0)R3, -NRJC(0)R , -NHC(S)RJ -NRJC(S)RJ, -NHS(0)2R , -N uuHC(/0)J?OnRJ
-NR3C(0)OH, -NR3C(O)0R3, -NHC(S)OR3, -NR3C(S)OH, -NR3C(S)0R3, -NHC(0)NHR -NHC(0)NR R3, -NR3C(0)NH2, -NR3C(0)NHR3, -NR3C(0)NR3R3, -NHC(S)NHR3, -NHC(S)NR3R3, -NR3C(S)NH 2, -NR3C(S)NHR3, -NR3C(S)NR3R3, -NHS(0)2NHR3, -NHS(0)2NR3R3, -NR3S(0)2NH2,
-NRJS(0)2NIHR , y NR'SÍOJzNR 3'R3-1.; Ar, es un heteroarileno opcionalmente sustituido de 5 ó 6 miembros que tiene la estructura
en donde * indica el punto de unión de L1 y c? indica el punto de unión de L2, y en donde el i?dicador N es ya sea =N- o -N=; n es 0 ó 1 ; F y J ambos son C o uno de F y J es C y el otro de F y J es N; P y Q se seleccionan independientemente de CR, N, NR, O o S; T se selecciona de CR o N; en donde cuando n es 1 , F y J son C, y P, T y Q son CR, o cualquiera de P, T y Q es N y los otros dos de f , T y Q son CR, cuando n es 0 y F y J ambos son C, entonces uno de P y Q son CR, N o NR y el otro de P y Q es C, N, NR, O o S, a condición de que ambos P y Q no sean CR, cuando n es 0, uno de F y J es N y el otro de F y J es C, entonces uno de P y Q es N y el otro de P y ' Q es CR o ambos P y Q son CR, y R es hidrógeno o un sustituyente opcional como se define en la presente para heteroarileno i opcionalmente sustituido que proporciona un compuesto estable; R3 en cada caso se selecciona independientemente del grupo que consiste de alquilo inferior opcionalmente sustituido, alquenilo inferior opcionalmente sustituido, a condición de que, sin embargo, ningún carbono de alquino se enlace a cualquiera de -C(O)-, -C(S)-, -S(O)-, -S(0)2-, -O-, -S-, o -N- de cualquiera de -OR3, -SR3, -C(0)R3, -C(S)R3, -S(0)R3, -S(0)2R3, -C(0)OR3, -C(S)OR3, -,3r>3 C(0)NHRJ, C(0)NRJR , -C(S)NHRJ -C(S)NRJRJ -S(0)2NHRJ, -S(0)2NR 3JoR3 , -NHR , -NHC(0)RJ R10 y R11 en cada caso se seleccionan independientemente del grupo que consiste de alquilo inferior opcionalmente sustituido, alquenilo inferior opcionalmente sustituido, a condición de que , sin embargo, ningún carbono de alqueno del mismo enlazado al nitrógeno de NR10R11, alquinilo inferior opcionalment€ sustituido, a condición de que, sin embargo, ningún carbono de alquino del mismo enlazado al nitrógeno de NR10R11, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmentf! sustituido, arilo opcionalmente sustituido, y heteroarilo opcionalmente sustituido; o R10 y R11 junto con el nitrógeno al cual están unidos forman un heterocicloalquilo opcionalmente sustituido de 5-7 miembros monocíclicos o un nitrógeno opcionalmente sustituido de 5 ó 7 miembros i monocíclicos que contienen heteroarilo; y R12 y R13 combinados con el nitrógeno al cual están unidos forman un heterocicloalqjjilo de 5-7 miembros o un heterocicloalquilo de 5-7 miembros sustituido con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, -OH, -NH2, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, y alquiltio inferior sustituido con flúor; a condición de que, sin embargo cuando los compuestos tengan la estructura
y L1a es -CH2-, -CH(OH)-, o -C(O)-, entonces R1a no es fenilo, 4-trifluorometilfenilo, 4-metoxi-fenilo, 4-cloro-fenilo, 4-fluoro-fenilo, 4-metil-fenilo, 3-fluoro-fenilo o tiofen-2-ilo y compuestos que no tienen la estructura
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula I, en donde X1t X2, Y, e Y2 son independientemente CR2, CR6, CR4 y CR5 respectivamente, uno de R4 o R5 es diferente que hidrógeno, de preferencia donde R2 y R6 son hidrógeno. En una modalidad, en donde Xi, X2, Y, e Y2 son independientemente CR2, CR6, CR4 y CR5 respectivamente, R2, R5 y Rß son hidrógeno y R4 es diferente que hidrógen . En una modalidad, en donde X,, X2, Y, e Y2 son independientemente CR2, CR6, CR4 y CR° respectivamente, R2, R4 y R6 son hidrógeno y R5 es diferente que hidrógeno.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula 1, Xi y X2 son N o CH, en donde de preferencia ambos Xi y X2 son CH.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula 1, L1 se selecciona del grupo que consiste de -S— , —O—, alquileno inferior, -C(O)-, -C(S)-, -S(O)-, -S(0)2-, y -NR7-, en donde el alquileno ¡nferior se sustituye opcionalmente con flúor, y en donde cuando L2 es alquileno inferior opcionalmento sustituido o comprende alquileno de 1 a 3 átomos de carbono opcionalmente sustituido, el alquileno se sustituye opcionalmente con flúor o alquilo ¡nferior. En una modalidad, L1 se selecciona del grupo que consiste de — S— , —O—, -CHr, -CF2-, -C(O)-, -C(S)-, -S(O)-, -S(0)2-, y -NH-.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula I, L se selecciona del grupo que consiste de un enlace, alquileno inferior opcionalmente sustituido, -0-(alq)b-, -OC(0)-(alq)b-, -C(0)0- (alq)b-, -OC(á)-(alq)b-, -C(S)0-(alq)b-, -C(0)-(alq)b-, -C(S)-(alq)b-, -C(0)NR9-(alq)b-, -OC(0)NR -(alq)b-,
-OC(S)NR9-(¿lq) ,bb--, -C(S)NR8-(alq)b-, -S(0)-(alq)b-, -S(0)2-(alq)b-, S(0)2NRß-(alq)b-, -NR9-(alq)b- -NRßC(0)-(al()?)b-, -NRßC(0)0-(alq)b-, -NR9C(S)-(alq)b-, -NR9C(S)0-(alq)b-, -NR9C(0)NRß-(alq)b-,
-NR9C(S)NRB-(alq)b-, -NRBS(0)2-(alq)b-, y -NR"S(0)2NRB-(alq)b-.
Adicionalmente en cualquiera de las modalidades anteriores de la Fórmula I, cuando
L1 es alquilepo inferior sustituido o cuando L es alquileno inferior sustituido o comprende alquileno de 1 a 3 átomos ele carbono sustituido, el alquileno se sustituye con uno o más, de preferencia 1, 2, ó 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, -OH, -NH2, alcoxi inferior, alquiltio inferior, la presente
Los compuestos de la Fórmula I, y todas las sub-modalidades detalladas en la presente, pu den utilizarse para tratar a un sujeto que padece de o con riesgo de una enfermedad o padecimiento mediado por la proteína cinasa Kit y/o Fms, tal como aquellos descritos en esta solicitud.
En una modalidad, un compuesto de la Fórmula I tiene una estructura de acuerdo a la siguiente estructura sub-genérica, de la Fórmula la,
Fórmula la todas las sales, profármacos, tautómeros, e isómeros de los mismos, en donde L1, A , R1, R2, R4, R5 y R6 son como se define para la Fórmula I; L3 se selecciona del grupo que consiste de un enlace, alquileno inferior opcionalmente
En modalidades particulares los compuestos de la Fórmula I tienen una estructura de acuerdo a la siguiente estructura sub-genérica, de la Fórmula Ib,
Fórmula Ib todas las sales, profármacos, tautómeros, e isómeros de los mismos, en donde: V y W se seleccionan independientemente del grupo que consiste de N y CH; 18 U y Z se seleccionan independientemente del grupo que consiste de N y CR , a condición de que, sin embargo, que no sean más de uno de W, U y Z es N; A se selecciona del grupo que consiste de -CR19R20-, -C(O)-, -C(S)-, -S-, -S(O)-, - S(0)2-, -NR 2¿1'-, y -O-; N es 0 ó 1 ; F y J ambos son C o uno de F y J es C y el otro de F y J es N; E y K se seleccionan de C, N, O o S; G se selecciona de C o N; en donde cuando n es 1 , F y J son C, y E, G y K son C, o cualquiera de E, G y K es N y los otros dos de E, G y K son C, a condición de que cundo E, G o K es N, R15, R17 y R16, respectivamente, se ausentan, cuando n es 0 y F y J ambos son C, entonces uno de E y K es C o N y el otro de E y K es C, N, O o S, a condición de que ambos E y K no sean C, y a condición de que cuando ambos E y K son N, uno de R15 y R16 se ausenta, y a condición de que cuando uno de E y K son N y el otro es O o S, R15y R16 se ausentan, cuando n es 0, uno de F y J es N y el otro de F y J es C, entonces uno de E y K es N y el otro de E y K es C, o ambos E y K son C, a condición de que cuando E es N, R15se ausenta y cuando K es N, R1ß se ausenta; R1 se selecciona del grupo que consiste de alquilo inferior opcionalmente sustituido, ci?loalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmen e sustituido y heteroarilo opcionalmente sustituido; R15 se selecciona del grupo que consiste de hidrógeno, alquilo inferior opcionalmente sustituido, -OR22, -SR22 y halógeno cuando E es C, se ausenta cuando E es O o S o cuando n= l y E es N, y se ausenta o se selecciona del grupo que consiste de hidrógeno y alquilo inferior opcioialmente sustituido cuando n=0 y E es N; R16 se selecciona del grupo que consiste de hidrógeno, alquilo inferior 322 opcionalmente sustituido, -OR , -SR y halógeno cuando K es C, se ausenta cuando K es O o S o cuando n= 1 y K es N, y se ausenta o selecciona del grupo que consiste de hidrógeno y alquilo I en donde R19 y R20 en cada caso se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno, flúor, -OH, -NH2l alquilo inferior, alcoxl inferior, alquiltio inferior, monoalquilamino, di-alquilamino, y NR27R28, en donde la o las cadenas alquilo de alquilo inferior, alcoxi inferior, alquiltio inferior, mono-alquilamino, o di-alquilamino se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, -OH, -NH2, alcoxi inferior, alcoxi 23
-NHC(0)R23, -NR"C(0)R , -NHC(S)R" -NR"C(S)R¿J' -NHS(0)2R , -NR"S(0)2R ,
-NHC(0)NHR -NR23C(0)NH2, -NR23C(0)NHR23, -NHC(0)NR23R23, -NR23C(0)NR23R23, ,23, ,23, ,23 -NHC(S)NHR NR"C(S)NH2, -NR"C(S)NHR , -NHC(S)NR¿JR", -NR ,2"3C, (S)NR ,2"3rR,2¿3,
-NHS(0)2NHF 23, -NR23S(0)2NH2, -NR23S(0)2NHR23, -NHS(0)2NR23R23, o -NR23S(0)2NR23R 23
cicloalquilo pcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmen sustituido, y heteroarilo opcionalmente sustituido; R24 y R25 en cada caso se seleccionan independientemente del grupo que consiste de alquilo ¡nfeVior opcionalmente sustituido, alquenilo inferior opcionalmente sustituido, a condición de que, sin embargo, ningún carbono de alqueno del mismo enlazado al nitrógeno de -NR24R25 alquinilo inferior opcionalmente sustituido, a condición de que, sin embargo, ningún carbono de alquileno del mismo se enlace al nitrógeno de -NR24R25, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloaiq'uilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido, y heteroarilo opcionalmente sustituido; o R24 y R25 junto con el nitrógeno al cual están unidos forman un heterocicloalquilo opcionalmenlje sustituido de 5-7 miembros monocíclico o un nitrógeno opcionalmente sustituido de 5 ó 7 miembros monocíclico que contienen heteroarilo; R26 en cada caso se selecciona independientemente del grupo que consiste de hidrógeno, a quilo inferior, y alquilo inferior sustituido con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, -OH, -NH2, alcoxi ¡nferior, alcoxi ¡nferior sustituido con flúor, alquiltio infer or, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, mono-alquilamino sustituido con flúor, di-|alquilamino, di-alquilamino sustituido con flúor, y -NR^'R", a condición de que, sin embargo, cuando R26 es alquilo inferior sustituido, cualquier sustitución en el alquilo inferior del enlace de caj-bono en el -N- de -NR26- es flúor; R27 y R28 combinados con el nitrógeno al cual están unidos para formar un heterocicloalquilo de 5-7 miembros o un heterocicloalquilo de 5-7 miembros sustituido con uno o más sustituy sntes seleccionados del grupo que consiste de flúor, -OH, -NH2, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, y alquiltio inferior sustituido con flúor;
t es 0-3; y s es 0-3; a condición de que cuando V, W, U y Z son CH, n=1 , E, F, G, J, y K son C, R15, R16 y R17 son H, A es CH2-, -CH(OH)-, o -C(O)-, y M es — NHCH2-, entonces R1 no es fenilo, 4-trifluorometil-fenilo, 4-metoxi-fenilo, 4-cloro-fenilo, 4-fluoro-fenilo, 4-metil-fenilo, 3-fluoro-fenilo o tiofen-2-ilo, cuando V, W, U y Z son CH, n=1 , E, F, G, J, y K son C, R15,R16 y R17 son H, y A es
-CH2-, entonces M-R1 no es — NHCH2CH(CH3)2, cuando V, W, y U son CH, n=1 , E, F, G, J, y K son C, R15 R16 y R17 son H, A es -CH2-, M-R1 es -OCH3, y Z es CR18, entonces R18 no es tiofen-3-ilo, y cuando V, W, y U son CH, n=0, F, J, y K son C, E es N, R15es CH3, R16 es H, A es — C(O)-, M-R1 es — CH(CH3)3, y Z es CR18, entonces R18 no es 3-((E)-2-carboxi-vinil)fenilo.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ib, E, J, K, G, F, n, R R y
R ,17 se selecoionan para proporcionar las estructuras seleccionadas del grupo que consiste de
,26 En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ib, R en cada caso se selecciona independientemente del grupo que consiste de hidrógeno, alquilo inferior, o alquilo inferior sustituido con 1 , 2, ó 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, -OH, NH2, alcoxi, alquiltio inferior, mono-alquilamino, di-alquilamino y cicloalquilamino, a condición de que cualquier sustitución en el carbono que se enlaza al nitrógeno de -NR26 es flúor.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ib, R1 se selecciona del grupo que consiste je arilo opcionalmente sustituido y heteroarilo opcionalmente sustituido.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ib, Z es N o CH, n es 1 , E-R 15
es N o CH, K-R16 es N o CH, y G-R17 es N o CH, a condición de que no más de uno de E-R15, K-R16 y G-R17 es N. En una modalidad, Z es N o CH, n es 1 , y E-R15,K-R16 y G-R17 son CH.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ib, V, W y Z son CH, U es K-R16 es N o CH, y G-R17 es N o CH, a condición de que no más de N. En otra modalidad, V, W y Z son CH, U es CR18, n es 1 , y E-R15,
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ib, Z es N o CH, n es 1 , E-R15, K-R16 y G-R17 son CH, A es -CH2-, M es -NHCH2-, en donde además R1 es fenilo opcionalmente sustituido, fin otra modalidad, V, Z, U y W son CH, n es 1 , E-R15 es N o CH, K-R16 es N o CH, y G- diferente que hidrógeno, n es 1 , E-R15, K-R16 y G-R17 son CH, A es -CH2-, M es NHCH2-, en donde además R1 es: fenilo opcionalmente sustituido. En una modalidad adicional, Z es R18, en donde R18 es diferente que hidrógeno, U es CR18, V y W son CH, n es 1 , E-R15, K-R16 y G-R17 son CH, A es -CH2-, M es -NHCH2-, en donde además R1 es fenilo opcionalmente sustituido. En una modalidad adicional, Z es CR18, en donde R18 es diferente que hidrógeno, V, U y W son CH, n es 1 , E-R15, K-R16 y G-R17 son CH, A es -CH2-, M es -NHCH2-, en donde además R1 es fenilo opcionalmente sustituido.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ib, U es CR18, en donde R18 es diferente que hidrógeno, n es 1, E-R15 es N o CH, K-R16 es N o CH y G-R17 es N o CH. En otra modalidad, U ss CR18, en donde R18 es diferente que hidrógeno, n es 1 , y E-R15, K-R16 y G-R17 son
CH. En otra modalidad, U es CR18, en donde R18 es diferente que hidrógeno, Z es CR18, V y W son
CH, n es 1 , y E-R15, K-R16 y G-R17 son CH, en donde además Z es CH.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ib, U es CR18, en donde R18 es diferente que hidrógeno, n es 1 , E-R15, K-R16 y G-R17 son CH, A es -CH2-, M es -NHCH2-, en donde además R1 es fenilo opcionalmente sustituido. En una modalidad adicional, U es CR18, en donde R18 es diferente que hidrógeno, Z es CR18, V y W son CH, n es 1 , E-R15, K-R16;y G-R17 son CH, A es -CH2-, M es -NHCH2-, en donde además R1 es fenilo opcionalmente sustituido. En una modalidad adicional, U es CR18, en donde R18 es diferente que hidrógeno, V, Z y W son CH, n es 1 ,
E-R ,15 , K-R 16 / G-R7 son CH, A es -CH2-, M es -NHCH2-, en donde además R1 es fenilo opcionalmente sustituido.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ib, adicionalmente en cualquiera de las modalidades anteriores, R15 R16 y R17 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de halógeno, -OH, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, y alcoxi inferior sustituido con flúor. Adicionalmente en cualquiera de estas modalidades R1 es fenilo opcionalmente sustituido con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de halógeno, -OH, -NH2, -N02, -CN, alquilo inferior opcionalmente sustituido y -OR29, donde R29 se selecciona del grupo que consiste de alquilo inferior opcionalmente sustituido, cicloalquilo fpcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido y heteroarilo opcionalmente sustituido.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ib, adicionalmente en cualquiera de ,18 . as modalidades anteriores, R se selecciona del grupo que consiste de halógeno, -OH, alquilo in :erior opcionalmente sustituido y -OR29, donde R29 se selecciona del grupo que consiste de ¡alquilo inferior opcionalmente sustituido, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalqülo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido y heteroarilo opcionalmente sustituido. Adicionalmente en cualquiera de estas modalidades, R1 es fenilo opcionalmente sustituido con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de halógeno, -OH -NH2, -N02, -CN, alquilo inferior opcionalmente sustituido y -OR29, donde R29 se selecciona del grupo que consiste de alquilo inferior opcionalmente sustituido, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido y heturoarilo opcionalmente sustituido.
En otra modalidad de los compuestos de la Fórmula Ib, M es un enlace y R1 es diferente a tiofenilo.
,18 En otra modalidad de los compuestos de la Fórmula Ib, Z es N o CR en donde R ,1180 no es hidrogeno. Además para esta modalidad, como se permite en la descripción de la Fórmula Ib, E es NR15 o CR15, K es NR16 o CR16 y G es CR17, o combinaciones de la misma, en donde en al menos uno de R15 R16 y R17 no es hidrógeno.
_os compuestos de la Fórmula Ib, y todas las sub-modalidades detalladas en la presente, pueden utilizarse para tratar a un sujeto que padece de o con riesgo de una enfermedad o padecimiento mediado por la proteína cinasa Kit y/o Fms, tal como aquellos descritos en esta de acuerdo
-NR39CH2-, NR ,3J9SC, (0)-,
cuando n es 1 , F, y Jt son C, y EL G, y K-, son C, o cualquiera de E^ G y K, es N y los otros dos de E^ d y K, son C, a condición de que cuando E,, Gi o K, es N, R36, R37 y R38, respectivamente, se ausentan.
Cuando n es 0 y Fi y J, ambos son C, entonces uno de E, y Ki es C o N y el otro de Ei y Ki es C, N, O o S, a condición de que ambos Ei y Ki no sean C, y a condición de que cuando amboé E y Ki son N, uno de R36 y R37 se ausenta, y a condición de que cuando uno de E-, y ^ son N y e otro es O o S, R36 y R37se ausentan,
cuando n es 0, uno de F, y J, es N y el otro de F, y J, es C, entonces uno de E, y K, es N y el otro de Ei y K, es C, o ambos E-, y Kt son C, a condición de que cuando E, es N, R36 se ausenta y guando Ki es N, R37se ausenta;
Cy se selecciona del grupo que consiste de cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo y heteroarilo; R34 y R35 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno,
-OR41, -SR41 , -NHR41, -NR41R41' -NR39C(0)R41, -NR39S(0)2R41, halógeno, alquilo inferior, cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo y heteroarilo, en donde alquilo inferior se sustituye opcionalmenté con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, alcoxi inferior, alcoxii inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilanjiiinnoo, di-alquilamino, cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo, y heteroarilo, en donde cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo, y heteroarilo como R34 o R35, o como sustituyentes de alquilo inferior se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que ,42r,42 consiste de OH, -NH2, -CN, N02, -S(0)2NH2, -C(0)NH2, -OR , -SR , -NHR , -NR4'R ,
-NR39C(0)R4? i, -NR39S(0)2R42, -S(0)2R42, halógeno, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, y cicloalquilamino; R45 en cada caso se selecciona independientemente del grupo que consiste de
-OR41, -SR41 , -NHR41 , -NR41R41, -NR39C(0)R41, -NR39S(0)2R41, halógeno, alquilo inferior, cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo y heteroarilo, en donde el alquilo inferior se sustituye opcionalments con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo, y heteroarilo, en donde el ,45 cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo, y heteroarilo como R , o como sustituyentes de alquilo inferior se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de
-OH, -NH2, -fN, -N02, -S(0)2NH2, -C(0)NH2, -OR42, -SR42, -NHR42, -NR42R42, -NR39C(0)R42,
-NR39S(0)2R42 , -S(0)2R42, halógeno, alquilo inferior, alquilo ¡nferior sustituido con flúor, y cicloalquilamiro; R36 se selecciona del grupo que consiste de hidrógeno, halógeno, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, y alcoxi inferior sustituido con flúor cuando Ei es C, se ausenta cuando Ei es O o S o cuando n=1 y Ei es N, y se ausenta o se selecciona del grupo que consiste ¿fe hidrógeno, alquilo inferior, y alquilo inferior sustituido con flúor cuando n=0 y Ei es N; R37 se selecciona del grupo que consiste de hidrógeno, halógeno, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, y alcoxi inferior sustituido con flúor cuando Ki es
C, se ausenté cuando K, es O o S o cuando n=1 y Ki es N, y se ausenta o selecciona del grupo que consiste (Je hidrógeno, alquilo inferior, y alquilo inferior sustituido con flúor cuando n=0 y Ki es N;
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ig, n es 1 , Gi y Ki son C, y E es N o C, en donde de preferencia E es C, M3 se selecciona del grupo que consiste de -NR39-,
-O-, NR ,3J9BC, H2- , -NR39CH(R40)-, -SCH2-, -OCH2-, -CH2NR39-, -NR39C(0)-, y -NR39S(0)2-, en donde de preferencia M3 es -NR39CH2-, -NR39CH(R40)-, -SCH2-, -OCH2-, o -CH2NR39-, y cada R45 se selecciona de grupo que consiste de -OH, -NH2, -CN, -N02, halógeno, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, tioalquilo inferior, tioalquilo infer or sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamlno y cicloalquilamino, en donde de preferencia v es 0, 1 , ó 2, también 0 ó 1.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ig, Zi es CR34, Ui es CR35, y
,34 ,35 R°" y R"" ambos son hidrógeno. En una modalidad, Z, es CR34, U, es CR35, y R34 y R35 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno, -OR41, halógeno, alquilo inferior, cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo y heteroarilo, en donde el cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo y heteroarilo se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados; del grupo que consiste de -OH, -NH2, -CN, -N02, -S(0)2NH2, -C(0)NH2, -OR42, -SR42, NHR42 NR42R42 -NR39C(0)R42, -NR39S(0)2R42, -S(0)2R42, halógeno, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, y cicloalquilamino, y en donde el alquilo inferior se sustituye opcionalment? con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino. En una modalidad adicional, uno de R34 y R35 es hidrógeno, y el otro de R34 y R35 se selecciona del grupo que consiste de hidrógeno, halógeno, alquilo inferior, alcoxi inferior, arilo y heteroarilo, en donde arilo y heteroarilo se sustituyen opcionalmenle con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de -OH, -NH2, -CN, -N02, S(0)2NH2, C(0)NH2, -OR42, -SR42, -NHR42, -NR42R42, NR39C(0)R42' -NR39S(0)2R42,
-S(0)2R42, halógeno, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, y cicloalquilamino, y en donde el alquilo inferior y el alcoxi inferior se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino, en donde además el otro de R34 y R3 se selecciona del grupo que consiste de halógeno, alqi ilo inferior, y alcoxi inferior, en donde alquilo inferior y alcoxi inferior se sustituyen opcionalmente¡ con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilar?ino, di-alquilamino, y cicloalquilamino.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ig, cada R45 se selecciona independientefnente del grupo que consiste de -OH, -NH2, -CN, -N02, halógeno, alquilo inferior, alquilo inferioi sustituido con flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, tioalquilo inferior, ttiioalquilo inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino y cicloalquilamino, en donde de Dreferencia v es 0, 1 , ó 2, también 0 ó 1 , Z, es CR34, Ui es CR35, y R34 y R35 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno, -OR41, halógeno, alquilo inferior, cicloa quilo, heterocicloalquilo, arilo y heteroarilo, en donde cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo y hetero?rilo se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que corisiste de -OH, .NH2, -CN, -N02, -S(0)2NH2, -C(0)NH2, -OR42, -SR42, NHR42, -NR42R42,
-NR39C(0)R42 NR39S(0)2R42, -S(0)2R42, halógeno, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, y cicloalquilamino, y en donde el alquilo inferior se sustituye opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamii o. En una modalidad adicional, ambos de R34 y R35 son hidrógeno.
En una modalidad de los compuestos de la Fórmula lg, cada R45 se selecciona del grupo que cohsiste de -OH, -NH2, -CN, -N02, halógeno, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, aldoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, tioalquilo inferior, tioalquilo inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino y cicloalquilamino, en donde de preferencia v es 0, 1 , ó 2, ?mbién 0 ó 1 , Z, es CR34, U, es CR35, uno de R34 y R35 es hidrógeno, y el otro de R34 y R35 se selecciona del grupo que consiste de hidrógeno, halógeno, alquilo inferior, alcoxi inferior, arilo y heter?arilo, en donde arilo y heteroarilo se sustituyen opcionalmente con uno o más
I En una modalidad de los compuestos de la Fórmula Ig, n es 1 , Gi y Ki son C, y E es N o C, e donde de preferencia E es C, M3 se selecciona del grupo que consiste de -NR39-, -O-, NR39CH2-, -NR39CH(R40)-, -SCH2-, -OCH2-, -CH2NR39-, -NR39C(0)-, y -NR39S(0)2-, en donde de preferencia M3 es -NR39CH2-, -NR39CH(R40)-, -SCH2-, -OCH2- o -CH2NR39-, cada R45 se selecciona del grupo que consiste de -OH, -NH2, -CN, N02, halógeno, alquilo inferior, alquilo ¡nferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, alcoxi ¡nferior sustituido con flúor, tioalquilo ¡nferior, tioalquilo inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino y cicloalquilamino, en donde de preferencia, v es 0, 1 , ó 2, también 0 ó 1 , ZÍ es CR34 y Ui es CR35, y R34 y R^ se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno, -OR41, halógeno, alquilo inferior, cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo y heteroarilo, en donde cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo y heteroarilo se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que 2 consiste de OH, -NH2, -CN, -N02, -S(0)2NH2, -C(0)NH2, -OR 42 , -SR4¿ NHR , -NR ,442¿rR,4
NR39C(0)R42, -NR39S(0)2R42, -S(0)2R42, halógeno, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, y cicloa quilamino, y en donde el alquilo inferior se sustituye opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamiho. En una modalidad adicional, uno de R34 y R35 es hidrógeno, y el otro de R34 y R35 se seleccione del grupo que consiste de halógeno, alquilo inferior, alcoxi inferior, arilo y heteroarilo, en donde el arilo y heteroarilo se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de -OH, -NH2, -CN, -N02, -S(0)2NH2, -C(0)NH2, -OR*2,
-SR42, -NHR 4fe , -NR42R42, -NR39C(0)R42, -NR3 S(0)2R42, -S(0)2R42, halógeno, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, y cicloalquilamino, y en donde el alquilo inferior y alcoxi inferior se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio ¡nferior, alquiltio ¡nferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino, en donde además el otro de R34 y R35 se selecc iona del grupo que consiste de halógeno, alquilo ¡nferior, y alcoxi ¡nferior, en donde el alquilo infer or y alcoxi inferior se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio ¡nferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y 34 cicloalquilarrjino, en donde además R es hidrógeno.
Los compuestos de la Fórmula Ig, y todas las sub-modalidades detalladas en la presente, pueden utilizarse para tratar a un sujeto que padece de o con riesgo de una enfermedad o padecimiento mediado por la proteína cinasa Kit y/o Fms, tal como aquellos descritos en esta En otro aspecto, la invención proporciona métodos para tratar una enfermedad o padecimiento mediado por c-kit en un sujeto animal (por ejemplo, un mamífero tal como un humano, otros primates, animales de deporte, animales de interés comercial tal como ganado, animales de granja tal como caballos, o mascotas tal como perros y gatos), por ejemplo, una enfermedad 9 padecimiento caracterizado por la actividad c-kit anormal (por ejemplo, actividad de cinasa). Los métodos de la ¡nvención se involucran en administrar al sujeto que padece de o con riesgo de ur a enfermedad o padecimiento mediado por c-kit en una cantidad efectiva de un compuesto de la Fórmula I, Fórmula la, Fórmula Ib, o la Fórmula Ig, y todas las sub-modalidades de las mismas. En una modalidad, la enfermedad mediada por c-kit se selecciona del grupo que consiste de malignidad, ¡ncluyendo tumores de mastositos, cáncer pulmonar de células pequeñas, cáncer testicular, tumores estromales gastrointestinales (GISTs), glioblastoma, astrocitoma, neuroblastoma, carcinomas del tracto genital femenino, sarcomas de origen neuroectodermal, carcinoma colorectal, carcinoma in sito, neoplasia de células de Schwann asociada con neurofibronriEitosis, leucemia miolocítica aguda, leucemia linfocítica aguda, leucemia mielógena crónica, mastfcitosis, melanoma, y tumores de mastositos canino, y enfermedades inflamatorias, incluyendo asina, artritis reumatoide, rinitis alérgica, esclerosis múltiple , síndrome del intestino inflamado, reqhazo de transplante, e hipereosinofilia.
En un aspecto relacionado, los compuestos de la Fórmula I, Fórmula la, Fórmula Ib, o la Fórrhula Ig, y todas las sub-modalidades de los mismos, pueden utilizarse en la preparación de un medicamento para el tratamiento de una enfermedad o padecimiento mediado por c-kit seleccionado del grupo que consiste de malignidad, incluyendo tumores de mastositos, cáncer de pu món de células pequeñas, cáncer testicular, tumores estromales gastrointestinales (GISTs), glioblastoma, astrocitoma, neuroblastoma, carcinomas del tracto genital femenino, sarcomas de origen neuroectodermal, carcinoma colorectal, carcinoma in situ, neoplasia de células de Schwann asociada con neurofibromatosis, leucemia mielocítica aguda, leucemia linfocítica aguda, leucemia mielógena crónica, mastocitosis, melanoma, y tumores de mastositos canino, y enfermedades inflamatorias, incluyendo asma, artritis reumatoide, rinitis alérgica, esclerosis múltiple, síndrome del intestino inflamado, rechazo de transplante, e hipereosinofilia.
En un aspecto adicional, la invención proporciona métodos para tratar una enfermedad padecimiento mediado por c-fms en un sujeto animal (por ejemplo, un mamífero tal como un humano, otros primates, animales de deporte, animales de interés comercial tal como ganado, animales de granja tal como caballos, o mascotas tal como perros y gatos), por ejemplo, una enfermedad o padecimiento caracterizado por actividad c-fms anormal (por ejemplo, actividad de cinasa). os métodos de la ¡nvención involucran administrar al sujeto, que padece de o con riesgo de una enfermedad o padecimiento mediado por c-fms una cantidad efectiva de un compuesto c e la Fórmula I, Fórmula la, Fórmula Ib, o la Fórmula Ig, y todas las sub-modalidades de los mism as. En una modalidad, la enfermedad mediada por c-fms se selecciona del grupo que consiste de trastorno inmune, incluyendo artritis reumatoide, lupus eritematoso sistémico (SLE), granulomatosis Wegener, y rechazo de transplante, enfermedad inflamatoria incluyendo
Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica (COPD), enfisema, y aterosclerosis, trastornos metabólicos, incluyendo resistencia a la insulina, hiperglicemia, y lipólisis, trastornos de estructura o mineralización de hueso, incluyendo oesteoporosis, riesgo incrementado de fractura, hipercalcemia, y metástasis ósea, enfermedades del riñon, incluyendo nefritis (por ejemplo, glomerulonefritis, nefritis intersticial, nefritis por Lupus), necrosis tubular, complicaciones renales asociadas con diabetes, e hipertrofia y cánceres, incluyendo mieloma múltiple, leucemia de mieloide aguda, leucemia de mieloide crónica (CML), cáncer de mama, y cáncer ovárico.
En un aspecto relacionado, los compuestos de la Fórmula I, Fórmula la, Fórmula Ib, o la Fórrnula Ig, y todas las sub-modalidades de los mismos, pueden utilizarse en la preparación ce un medicamento para el tratamiento de una enfermedad o padecimiento mediado por c-fms seleccionado del grupo que consiste de trastornos inmunes, incluyendo artritis reumatoide, lupus eritematoso sistémico (SLE), granulomatosis Wegener, y rechazo de transplante, enfermedad inflamatoria incluyendo Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica (COPD), enfisema, y aterosclerosís, trastornos metabólicos, incluyendo resistencia a la insulina, hipérglicemia, y lipólisis, trastornos de estructura o mineralización de hueso, incluyendo oesteoporosis, riesgo incrementado de fractura, hipercalcemia, y metástasis ósea, enfermedades del riñon, incluyendo nefritis (por ejemplo, glomerulonefritis, nefritis intersticial, nefritis por Lupus), necrosis tubular, complicaciones renales asociadas con diabetes, e hipertrofia y cánceres, incluyendo mieloma múltiple, leucemia de mieloide aguda, leucemia de mieloide crónica (CML), cáncer de mama, y cáncer ovárico.
En un aspecto adicional, la invención proporciona métodos para tratar una enfermedad o padecimiento mediado por c-fms y/o mediado por c-kit en un sujeto animal (por ejemplo, un mamífero tal como un humano, otros primates, animales de deporte, animales de interés comercial tal como ganado, animales de granja tal como caballos, o mascotas tal como perros y gatos), por ejemplo, una enfermedad o padecimiento caracterizado por la actividad c-fms y/o actividad c-kit anormal (por ejemplo, actividad de cinasa). Los métodos de la invención se involucran £ dministrando al sujeto que padece de o con riesgo de una enfermedad o padecimiento mediado por c-fms y/o mediado por c-kit en una cantidad efectiva de un compuesto de la Fórmula
I, Fórmula la, Fórmula Ib, o la Fórmula Ig, y todas las sub-modalidades de los mismos. En una modalidad, la enfermedad mediada por c-fms y/o c-kit se selecciona del grupo que consiste de tumores de mastositos, cáncer pulmonar de células pequeñas, cáncer testicular, tumores estromales gastrointestinales, glioblastoma, astrocitoma, neuroblastoma, carcinomas del tracto genital femenino, sarcomas de origen neuroectodermal, carcinoma colorectal, carcinoma in sito, neoplasia celular Schwann asociada con neurofibromatosis, leucemia de mieloide aguda, leucemia linfositica aguda, leucemia mielógena crónica, mieloma múltiple, mastocitosis, melanoma, cáncer de mama, cáncer ovárico, tumores de mastositos canino, hipertrofia, asma, artritis reumatoide, rinitis alérgice, esclerosis múltiple , síndrome del intestino inflamado, rechazo de transplante, lupus eritematoso sistémico, granulomatosis Wegener, Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica, enfisema, aterosclerosis, resistencia a la insulina, hiperglicemia, lipólisis, hipereosinofilia, oesteoporosis;, riesgo incrementado de fractura, hipercalcemia, metástasis ósea, glomerulonefritis, nefritis intersticial, nefritis por Lupus, necrosis tubular, y complicaciones renales asociadas por diabetes.
En un aspecto relacionado, los compuestos de la Fórmula I, Fórmula la, Fórmula Ib, o la Fórmula Ig, y todas las sub-modalidades de los mismos, pueden utilizarse en la preparación ae un medicamento para el tratamiento de una enfermedad o padecimiento mediado por c-fms y/o mediado por c-kit seleccionado del grupo que consiste de tumores de mastositos, cáncer pulmonar de células pequeñas, cáncer testicular, tumores estromales gastrointestinales, glioblastoma astrocitoma, neuroblastoma, carcinomas del tracto genital femenino, sarcomas de origen neuro sctodermal, carcinoma colorectal, carcinoma in situ, neoplasia de células de Schwann asociada con neurofibromatosis, leucemia de mieloide aguda, leucemia linfocítica aguda, leucemia mielógena crónica, mieloma múltiple, mastocitosis, melanoma, cáncer de mama, cáncer ovárico, tumores de mastositos canino, hipertrofia, asma, artritis reumatoide, rinitis alérgica, esclerosis múltiple, síndrome del intestino inflamado, rechazo de transplante, lupus eritematoso sistémico, granulomatosis Wegener, Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica, enfisema, aterosclerosis, resistencia a la insulina, hiperglicemia, lipólisis, hipereosinofilia, oesteoporosis, riesgo incrementado de fractura, hipercalcemia, metástasis ósea, glomerulonefritis, nefritis intersticial, nefritis por Lupus, necrosis tubular, y complicaciones renales asociadas con diabetes.
En otro aspecto, la invención proporciona métodos para utilizar los compuestos de la Fórmula I, fórmula la, Fórmula Ib, o la Fórmula Ig, y todas las sub-modalidades de los mismos, como se describe en la presente (por ejemplo, los compuestos que tienen niveles ventajosos de actividad y/o selectividad en c-kit, c-fms o ambos c-kit y c-fms). En ciertas modalidades, los compuestos s;e sustituyen en la posición 3 de la estructura del núcleo del anillo bicíclico (núcleo azaindol) con un grupo sustituyente que en regla incluye una primera unión enlazada a un primer grupo arilo o heteroarilo, el cual se enlaza a una unión de 1 a 3 átomos enlazados a un segundo grupo arilo o heteroarilo. En ciertas modalidades incluyendo el grupo sustituyente en la posición 3 simplemente descrito, la primera unión es de metileno, etileno, -C(O)-, -C(S)-, -O-, -S-, o S(0)2-; el primer grupo arilo o heteroarilo es piridinilo, pirimidinilo, pirazinilo, piridazinilo, pirrolilo, imidazolilo, triazolilo, tiazolilo, u oxazolilo; la segunda unión es de metilamino (NHCH2), etilamino (NHCH2CH2), amida (NHCíO)), o sulfonamida (NHS02); el segundo grupo arilo o heteroarilo es fenilo, piridinilo, pirimidinilo, pirazinilo, piridazinilo, pirrolilo, imidazolilo, triazolilo, tiazolilo, furanilo, o oxazolilo; el segundo grupo arilo o heteroarilo se sustituye opcionalmente con un grupo alquilo inferior (por ejemplo, un grupo metilo, un grupo etilo, un grupo propilo, o un grupo butilo), un grupo alcoxi (por ejemplo, un grupo metoxi, un grupo etoxi, un grupo propoxi, o un grupo butoxi), un alquilo inferior sustituido con halo (por ejemplo, -CH2F, -CHF2, o -CF3), o halo (por ejemplo, F o Cl). En modalidades particulares, el segundo grupo arilo o heteroarilo es un anillo de 6 miembros; el anillo de 6 miembros se sustituye en la posición para; el anillo de 6 miembros se sustituye en la posición meta; el an lio de 6 miembros se sustituye en la posición orto; o el anillo de 6 miembros se sustituye en las posiciones meta y para. En modalidades particulares, el segundo grupo arilo o heteroarilo s un anillo de 5 miembros; el anillo de 5 miembros se sustituye en la posición adyacente ÓII átomo enlazado a la segunda unión; o el anillo de 5 miembros se sustituye en la posición no adyacente al átomo enlazado a la segunda unión. En modalidades particulares, el grupo sustituyante en la posición 3 es el único sustituyente sin hidrógeno en el núcleo azaindol.
En modalidades particulares, los compuestos tienen un IC50 de menos de 100 nM, menos de 50 ihM, menos de 20 nM, menos de 10 nM, o menos de 5 nM como se determina en una actividad aceptada generalmente de ensayo de cinasa. En ciertas modalidades, la selectividad de los compuestos es tal que el compuesto es al menos 2 veces, 5 veces, 10 veces, o 100 veces más activo en c-ki : que en Ret, PDGF, o ambos Ret y PDGF. En ciertas modalidades; la selectividad del compuesto es tal que el compuesto es al menos 2 veces, 5 veces, 10 veces, o 100 veces más activo en c-kit que en c-fms. En ciertas modalidades, la selectividad del compuesto es tal que el compuesto es al menos 2 veces, 5 veces, 10 veces, o 100 veces más activo en c-fms que en c-kit. En ciertas rmdalidades, el compuesto tiene en combinación cada emparejado de actividad (por ejemplo, IC50 y/o selectividad como se especifica en este párrafo.
En modalidades particulares, los compuestos tienen un IC50 de menos de 100 nM, menos de 50 nM, menos de 20 nM, menos de 10 nM, o menos de 5 nM como se determina en una actividad aceptada generalmente de ensayo de cinasa para c-kit, c-fms, o ambas actividades de cinasa c-kit y c-fms. En ciertas modalidades, la selectividad del compuesto es tal que el compuesto es al menos 2 veces, 5 veces, 10 veces, o 100 veces más activo en c-kit, c-fms; o ambos c-kit y c-fms que en Ret, PDGF, o ambos Ret y PDGF.
Un aspecto adicional de esta invención se relaciona a composiciones que incluyen una cantidad terapéuticamente efectiva de un compuesto de la Fórmula I (¡ncluyendo las Fórmulas la, Ib, Ig y todas las sub-modalidades de las mismas) y en al menos un portador, excipiente y/o diluyente fa -macéuticamente aceptable. La composición puede incluir una pluralidad de diferentes compuestos farmacéuticamente activos, la cual puede incluir una pluralidad de los compuestos de la Fórmula I (¡ncluyendo las Fórmulas la, Ib, Ig y todas las sub-modalidades de las mismas).
En un aspecto relacionado, la invención proporciona paquetes que incluyen una composición como se describe en la presente. En modalidades particulares, la composición es empacada, por ejemplo, en un frasco, bote, matraz, el cual puede además empaquetarse, por ejemplo, dentn de una caja, sobre, o bolsa; la composición es aprobada por la Administración de Alimentos y F ármacos Norteamericana o el organismo regulador similar para la administración a un mamífero, por ejemplo, un humano; la composición se aprueba para la administración a un mamífero, por ejemplo, un humano, para una enfermedad o padecimiento mediado por c-kit- y/o c-fms; el paquete de la invención ¡ncluye instrucciones escritas en uso y/o otra indicación que la composición ?S adecuada o aprobada para la administración a un mamífero, por ejemplo, un humano, parn una enfermedad o padesimiento mediado por c-kit- y/o c-fms; la composición se empaca en forma de unidad de dosis o dosis única, por ejemplo, pildoras de dosis única, cápsulas, o similares.
La ¡nvención también proporciona un método para identificar o desarrollar compuestos activos adicionales en c-kit y c-fms, por ejemplo, moduladores mejorados, para determinar si cualquiera de una pluralidad de los compuestos de prueba de la Fórmula I, Fórmula la, Fórmula I a, o la Fórmula Ig, y todas las sub-modalidades de los mismos, se activan en c-kit y c-fms para prcporcionar un mejoramiento en una o más propiedades farmacológicas deseadas con relación a una referencia del compuesto activo en c-kit y c-fms, y seleccionando un compuesto si lo hay, que ter ga un mejoramiento en la propiedad farmacológica deseada, proporcionando así un modulador mejorado.
En aspectos particulares del desarrollo modulador, la propiedad farmacológica deseada es suero de vida media durante más tiempo que 2 horas o durante más tiempo que 4 horas o durante más tiempo que 8 horas, de solubilidad acuosa, biodisponibilidad oral más que 10%, o biod isponibilidad oral más que 20%.
Además, en aspectos particulares del desarrollo modulador, el proceso puede repetirse muchas veces, es decir, varias rondas de preparación de derivados y/o selección de los compuestos relacionados adicionales y evaluación de tales derivados adicionales de los compuestos relacionados que pueden llevarse acabo, por ejemplo, 1 , 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más rondas adicionales.
En otro aspecto, la presente invención también proporciona un método para modular la act vidad c-kit o c-fms al poner en contacto c-kit o c-fms con una cantidad efectiva de un compuesto de la Fórmula I (incluyendo las Fórmulas la, Ib, Ig y todas las sub-modalidades de las mismas) activo en c-kit y/o c-fms (tal como compuestos desarrollados utilizando métodos descritos en la presente). El compuesto se proporciona de preferencia en un nivel suficiente para modular la actividad del c-kit o c-fms mediante en al menos 10%, de más preferencia en al menos 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, o mayor que 90%. En algunas modalidades, los compuestos deberían esté r en una concentración de aproximadamente 1µM, 100 µM, o 1 mM, o en una escala de 1-100 nM, 100-500 nM, 500-1000 nM, 1-100 µM, 100-500 µM, o 500-1000 µM. En modalidades particulares, el contacto se lleva a cabo in vitro.
Aspectos y modalidades adicionales deberían ser aparentes a partir de la siguiente
Descripción I D»etallada y a partir de las reivindicaciones.
| DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCSON Como se utilizó en la presente las siguientes definiciones se aplican: "Halo" y "halógeno" se refiere a todos los halógenos, que es, cloro (Cl), flúor (F), bromo (Br), p yodo (I). I "Hidroxilo" e "hidroxi" se refieren al grupo -OH. i "Tiol" se refiere al grupo -SH. I "Alquilo inferior" solo o en combinación significa un radical derivado de alcano que contiene deisde 1 a 6 átomos de carbono (a menos que se defina específicamente) que incluyen una cadeníi de alquilo lineal o alquilo ramificado. El grupo alquilo de cadena lineal o ramificada se une a cualquier punto disponible para producir un compuesto estable. En muchas modalidades, un "Alquileno inferior" se refiere a un radical divalente derivado de alcano que contiene de 1 -6 átomos de carbono, cadena lineal o ramificada, a partir de la cual dos átomos de hidrógeno se ornan del mismo átomo de carbono o de átomos de carbono diferentes. Ejemplos de alquileno ¡nfe?or incluyen, pero no se limitan a, metileno -CH2-, etileno -CH2CH2-, propileno -CH2CH2CH2-, isopropileno -CH(CH3)CH-, y similares. "Alquileno inferior opcionalmente sustituido" indica alquileno inferior que se sustituye independientemente, a menos que se indique de otra forma, con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes, unido a cualquier átomo disponible para producir un compuesto estable, en donde los sustituyentes se seleccionan c el grupo que consiste de -F, -OH, -NH2, N02, -CN, -C(0)OH, -C(S)OH, -C(0)NH2, -C(S)NH2, -S(0)2NH2, -NHC(0)NH2, -NHC(S)NH2, -NHS(0)2NH2, -C(NH)NH2, -ORa, -SRa, -OC(0)Ra, -OC(S)Ra, -C(0)Ra, -C(S)Ra, -C(0)ORa, -C(S)ORa, -S(0)Ra, -S(0)2Ra, -C(0)NHRa, -C(S)NHRa, C(0)NRaRa, -C(S)NRaRa, -S(0)2NHRa, -S(0)2NRaRa, -C(NH)NHRa, -C(NH)NR°RC, -NHC(0)Ra, -NHC(S)Ra, -NRaC(0)Ra, -NR.aC(S)Ra, -NHS(0)2Ra, NRaS(0)2Ra, -NHC(0)NHRa, -NHC(S)NHRa, -NRaC(0)NHRa, -NRaC(0)NH2, -NRaC(S)NH2, -NRaC(S)NHRa, -NHC(0)NRaRa, -NHC(S)NRaR -NRaC(0)NRaRa, -NRaC(S)NRaRa, -NHS(0)2NHRa, -NRaS(0)2NH2
-NRaS(0)2NF Ra, -NHS(0)2NRaRa, -NRaS(0)2NRaRa, -NHRa, -NRaRa, -Re, -Rf, y -R9, o dos sustituyentes en cualquier carbono o un sustituyente en cada uno de cualquiera de los dos carbonos en la cadena alquileno puede unirse para formar un cicloalquilo monocíclico de 3-7 miembros o heterocicloalquilo monocíclico de 5-7 miembros en donde el cicloalquilo monocíclico o heterocicloalquilo monocíclico se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de halógeno, -OH, -NH2, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustit jido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino.
"Alquenilo inferior" solo o en combinación significa un hidrocarburo lineal o ramificado qµe contiene de 2-6 átomos de carbono (a menos que se defina específicamente) y al menos uno, de preferencia 1-3, de más preferencia 1-2, de mayor preferencia un doble enlace carbono a carbono. Los dobles enlaces carbono a carbono peden ser cualquiera que contenga la sustitución del alquenilo de carbono enlazado a cualquier -O-, -S-, o -N- de la porción (excepto donde -N- es un átomo en el anillo heteroarilo) excluye sustituyentes que debería resultar en cualquier -O-, -S-, o -N- del sustituyente (excepto donde -N- es un átomo en el anillo heteroarilo) que se une al alquenilo de carbono enlazado a cualquier -O-, -S-, o -N de la porción. Un "carbono de alquenilo" se refiere a cualquier carbono dentro de un grupo alquenilo, ya sea saturado o parte del doble enlace carbono a carbono. Un "carbono de alqueno" se refiere a un carbono dentro de un grupo alqueni o que es parte de un doble enlace carbono a carbono.
Alquinilo inferior" solo o en combinación significa un hidrocarburo lineal o ramificado que contiene de 2-6 átomos de carbono (a menos que se defina específicamente) que contiene al menos uno, de preferencia un triple enlace carbono a carbono. Ejemplos de grupos alquenilo inc uyen etinilo, propinilo, butinilo, y similares. El "alquinilo inferior sustituido" indica alquinilo inferior que se sustituye independientemente, a menos que se indique de otra forma, con uno o más, qe preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes, unido a cualquier átomo adecuado pe ra producir un compuesto estable, en donde los sustituyentes se seleccionan del grupo que consiste de -F, -OH, -NH2, -N02) -CN, -C(0)OH, -C(S)OH, -C(0)NH2, -C(S)NH2, -S(0)2NH2, -NHC(0)NH2, -NHC(S)NH2, -NHS(0)2NH2, -C(NH)NH2, -ORa, -SRa, -OC(0)Ra, -OC(S)Ra, -C(0)Ra, -C(S)Ra, -C(0)ORa, -C(S)ORa, -S(0)Ra, -S(0)2Ra, -C(0)NHRa, -C(S)NHRa, -C(0)NRaRa, -C(S)NRaRa, -S(0)2NHRa, -S(0)2NRaRa, -C(NH)NHRa, -C(NH)NRbRc, -NHC(0)Ra, -NHC(S)Ra, -NRaC(0)Ra, -NRaC(S)Ra, -NHS(0)2Ra, -NRaS(0)2Ra, -NHC(0)NHRa, -NHC(S)NHRa, NRaC(0)NH;:, -NRaC(S)NH2, -NRaC(0)NHRa, -NRaC(S)NHRa, -NHC(0)NRaRa, -NHC(S)NRaRa, -NRaC(0)NF:aRa, -NRaC(S)NRaRa, -NHS(0)2NHRa, -NRaS(0)2NH2, -NRaS(0)2NHRa, -NHS(0)2NFaRa, -NRaS(0)2NRaRa, -NHRa, -NRaRa, -Rd, -Re, y -R9. Además, las posibles sustituciones incluyen subconjuntos de estas sustituciones, tal como se indica en la presente, por ejemplo, en la descripción de los compuestos de la Fórmula I (incluyendo las Fórmulas la, Ib, Ig y todas las sub-modalidades de las mismas), unidos a cualquier átomo disponible para producir un compuesto estable. Por ejemplo "alquinilo inferior sustituido con flúor" indica un grupo alquinilo inferior sustituido con uno o más átomos de flúor, donde de preferencia el alquinilo inferior se sustituye con 1 , 2, 3, 4, ó 5 átomos de flúor, también 1 , 2, ó 3 átomos de flúor. Mientras, se entiende que las sustituciones se unen a cualquier átomo disponible para producir un compuesto estable, la sustitución de los grupos alquinilo son tales que -F, -C(O)-, -C(S)-, -C(NH)-, -S(O)-, -S(0)2-, — O-, -S-, o — N- (excepto donde — - es un átomo en el anillo heteroarilo), no se enlazan a un carbono de alquino del mismo. Donde además, el alquinilo es un sustituyente de otra porción o un grupo R do una porción tal como -OR, -NHR, -C(0)R, y similares, la sustitución de la porción es tal que cualquier -C(O)-, -C(S)-, -S(O)-, -S(0)2-, -O-, -S-, o -N- de las mismas (excepto donde N- es un átomo en 5l anillo heteroarilo) no se enlace a un carbono de alquino del sustituyente alquinilo o grupo R. Donde además, el alquinilo es un sustituyente de otra porción o un grupo R de una porción tal como -OR, -NHR, -C(0)NHR, y similares, la sustitución del grupo R alquinilo es tal que la sustitución del carbono de alquinilo enlazado a cualquier -O-, -S-, o -N- de la porción (excepto donde -N- es un átomo en el anillo heteroarilo) excluye los sustituyentes que deberían resultar en cualquier -O-, -S-, o -N- del sustituyente (excepto donde -N- es un átomo en el anillo heteroarilo) que se une al carbono de alquinilo enlazado a cualquier -O-, -S-, o -N- de la porción. Un "carbono de alquinilo" se refiere a cualquier carbono dentro de un grupo alquinilo, ya sea saturado o parte del triple enlace carbono a carbono. Un "carbono de alquino" se refiere a un carbono dentro de un grupo alquinil o que es parte de un triple enlace carbono a carbono.
El "cicloalquilo" se refiere a sistemas en el anillo de carbono saturado, monocíclico, bicíclico o tricíclico, saturado o no saturado, no aromático de 3-10, también 3-8, de más preferencia 3-6; miembros en el anillo por anillo, tal como ciclopropilo, ciclopentilo, ciciohexilo, adamantilo, y similares. El "cicloalquileno" es un cicloalquilo divalente. Un "cicloalquilo sustituido" es un cicloalquiló que se sustituye independientemente, a menos que se indique de otra forma, con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4, ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes, unido a cualquier átomo adecuado piara producir un compuesto estable, en donde los sustituyentes se seleccionan del grupo que consiste de halógeno, -OH, -NH2, -N02, -CN, -C(0)OH, -C(S)OH, -C(0)NH2, -C(S)NH2, -S(0)2NH2, -NHC(0)NH2, -NHC(S)NH2, -NHS(0)2NH2, -C(NH)NH2, -ORa, -SRa -OC(0)Ra, -OC(S)Ra, -C(0)Ra, -C(S)Ra, -C(0)ORa, -C(S)ORa, -S(0)Ra, -S(0)2Ra, -C(0)NHRa, -C(S)NHRa, -C(0)NRaRa, C(S)NRaRa, -S(0)2NHRd, -S(0)2NRaRa, -C(NH)NHRa, -C(NH)NRDRC, -NHC(0)Ra, -NHC(S)R3, -NRaC(0)Ra, -NRaC(S)Ra, -NHS(0)2Ra, -NRaS(0)2Ra, -NHC(0)NHRa, -NHC(S)NHRa, NRaC(0)NH2l -NRaC(S)NH2, -NRaC(0)NHRa, NRaC(S)NHRa, -NHC(0)NRaRa, -NHC(S)NRaRa, -NRaC(0)NRaRa; -NRaC(S)NRaRa, -NHS(0)2NHRa, -NRaS(0)2NH2, -NRaS(0)2NHRa, -NHS(0)2NRa a, -NRaS(0)2NRaRa, -NHRa, -NRaRa, -Rd, -Rß, -Rf, y -R9. El "cicloalquileno sustituido" es un cicloalquilo divalente sustituido.
El "heterocicloalquilo" se refiere a un grupo cicloalquilo saturado o no saturado no aromático qué tiene desde 5 hasta 10 átomos en el cual desde 1 hasta 3 átomos de carbono en el anillo se remplazan mediante heteroátomos de O, S o N, y se fusionan opcionalmente con benzo o heteroarilo de 5-6 miembros en el anillo. El heterocicloalquilo se pretende también para incluir S o N oxidado, tal como sulfinilo, sulfonilo y N-oxido de un nitrógeno en el anillo terciario. El heterocicloalquilo también se pretende para incluir compuestos en los cuales uno de los carbonos en el anillo es oxo sustituido, es decir el carbono en el anillo es un grupo carbonilo, tal como lactonas y lactamas. El punto de unión del anillo heterocicloalquilo es en un átomo de carbono o nitrógeno de manera que un anillo estable se retiene. Ejemplos de grupos heterocicloalquilo incluyen, pero no se limitan a, morfolino, tetrahidrofuranilo, dihidropiridinilo, piperidinilo, pirrolidinilo, pirrolidonilo, piperazinilo, dihidrobenzofurilo, y dihidroindolilo. El "heterocicloalquileno" es un heterocicloak|uilo divalente. Un "heterocicloalquilo sustituido* es un heterocicloalquilo que se sustituye independientemente, a menos que se indique de otra forma, con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes, unidos a cualquier átomo disponible para producir un compuesto estable, en donde los sustituyentes se seleccionan del grupo que consiste de halógeno, -OH, -NH2, -N02, -CN, -C(0)OH, -C(S)OH, -C(0)NH2, -C(S)NH2, -S(0)2NH2, -NHC(0)NH2, -NHC(S)NH2, -NHS(0)2NH2, -C(NH)NH2, -ORa, -SRa, -OC(0)Ra, -OC(0)Ra, -C(0)Ra, -C(S)Ra, -0(O)ORa, -C(S)ORa, -S(0)Ra, -S(0)2Ra, -C(0)NHRa, -C(S)NHRa, -C(0)NRaRa, NRaRa, -S(0)2NHRa, -S(0)2NRaRa, -C(NH)NRRa, -C(NH)NR ,b°D -C(S) RcC, -NHC(0)Ra, -NHC(S)Ra -NRaC(0)Ra, -NRaC(S)Ra, -NHS(0)2Ra, -NRaS(0)2Ra, -NHC(0)NHRa, -NHC(S)NHRa,
-NRaC(0)NH2, -NRaC(S)NH2, -NRaC(0)NHRa, -NRaC(S)NHRa, -NHC(0)NRaRa, -NHC(S)NRaRa -NRaC(0)NRa -NRaC(S)NRaRa, -NHS(0)2NHRa, -NRaS(0)2NH2, -NRaS(0)2NHRa, -NHS(0)2NRa a, -NRaS(0)2NRaRa, -NHR3, -NRaRa, -Rd, -Re, -Rf, y -R9. El "heterocicloalquileno sustituido es µn heterocicloalquilo divalente sustituido.
El "arilo" solo o en combinación se refiere a sistema en el anillo monocíclico o bicíclico que contiene hidrocarburos aromáticos tal como fenilo o naftilo, el cual puede opcionalmente fusionarse con un cicloalquilo de preferencia 5-7, de más preferencia 5-6, miembros en el anillo. Él "arileno" es un arilo divalente. Un "arilo sustituido" es un arilo que se sustituye independientemente, a menos que se indique de otra forma, con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes, unidos a cualquier átomo disponible para producir un compuesto estable, en donde los sustituyentes se seleccionan del grupo que consiste de halógeno, -OH, -NH2, -N02, -CN, -C(0)OH, -C(S)OH, -C(0)NH2, -C(S)NH2, -S(0)2NH2, -NHC(0)NH2, -NHC(S)NH2, -NHS(0)2NH2, -C(NH)NH2, -ORa, -SRa, -OC(0)Ra, -OC(S)Ra, -C(0)Ra, -C(S)Ra, -C(0)ORa, -C(S)ORa, -S(0)Ra, -S(0)2Ra, -C(0)NHRa, -C(S)NHRa, -C(0)NRaRa, -C(S)NRaRa -S(0)2NHRa, -S(0)2NRaRa, -C(NH)NHRa, -C(NH)NRbRc, -NHC(0)Ra -NHC(S)Ra, -NRaC(0)Ra, -NRaC(S)Ra, -NHS(0)2Ra, -NRaS(0)2Ra, -NHC(0)NHRa, -NHC(S)NHRa, -NRaC(0)NH>, -NRaC(S)NH2, -NRaC(0)NHRa, -NRaC(S)NHRa, -NHC(0)NRaRa, -NHC(S)NRaRa, -NRaC(0)NR3Ra, -NRaC(S)NRaRa, -NHS(0)2NHRa, -NRaS(0)2NH2, -NRaS(0)2NHRa, -NHS(0)2NRPRa, -NRaS(0)2NRaRa, -NHRa, -NRaRa, -Rd, -Rc, -Rf, y -R9. Un "arileno sustituido" es un arilo divalente sustituido.
I El "heteroarilo" solo o en combinación se refiere a una estructura en el anillo aromático monocíclico que contiene de 5 ó 6 átomos en el anillo, o un grupo aromático bicíclico que tiene de 8 a 10 átomos, que contiene uno o más, de preferencia 1-4, de más preferencia 1-3, aún de más preferencia 1-2, heteroátomos seleccionados independientemente del grupo que consiste de O, S, y N. El heteroarilo también se pretende para incluir S o N oxidado, tal como sulfinilo, sullonilo y óxido de N de un nitrógeno en el anillo terciario. Un átomo de nitrógeno o carbono es el punto de unión de la estructura del anillo heteroarilo de manera que se produzca un compuesto estable. Ejemplos de grupos heteroarilo incluyen, pero no se limitan a, piridinilo, piridazinilo, pirazinilo, quinaoxalilo, indolizinilo, benzo[b]tienilo, quinazolinilo, purinilo, indolilo, quinolinilo, pirimidinilo, pirrolilo, oxazolilo, tiazolilo, tienilo, isoxazolilo, oxatiadiazolilo, isotiazolilo, tetrazolilo, imidazolilo, triazinilo, furanilo, benzofurilo, e indolilo. El "nitrógeno que contiene heteroarilo se refiere a heteroarilo en donde cualesquier heteroátomos son N. El "heteroarileno" es un heteroari o divalente. Un "heteroarilo sustituido" es un heteroarilo que se sustituye independientemente, a menos que se indique de otra forma, con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes, unido a cualquier átomo disponible para producir un compuesto estable, en donde los sustituyentes se seleccionan del grupo que consiste de halógeno, -OH, -NH2, -N02, -Cl, -C(0)OH, -C(S)OH, -C(0)NH2, -C(S)NH2, -S(0)2NH2, -NHC(0)NH2 -NHC(S)NH2, -NHS(0)2NH2, -C(NH)NH2, -ORa, -SRa, -OC(0)Ra, -OC(S)Ra, -C(0)Ra, -C(S)Ra, -C(0)ORa, -C(S)ORa, -S(0)Ra, -S(0)2Ra, -C(0)NHRa, -C(S)NHRa, -C(0)NRaRa,
-C(S)NRaRa, -S(0)2NHRa, S(0)2NRaRa, -C(NH)NHRa, -C(NH)NR°RC, -NHC(0)Ra, -NHC(S)Ra, -NRaC(0)Ra, -NRaC(S)Ra, -NHS(0)2Ra, -NRaS(0)2Ra, -NHC(0)NHRa, -NHC(S)NHRa, -NRaC(0)NH2, -NRaC(S)NH2, -NRaC(0)NHRa, -NRaC(S)NHRa, -NHC(0)NRaRa, -NHC(S)NRaRa
-NRaC(0)NRaRa, -NRaC(S)NRaRa -NHS(0)2NHRa, -NRaS(0)2NH2, -NRaS(0)2NHRa
-NHS(0)2NFÍaRa, -NRaS(0)2NRaRa, -NHRa, -NRaRa, -Rd, -Rß, -Rf, y -R9. El "heteroarileno sustituido" es un heteroarilo divalente sustituido.
Las variables Ra, Rb, Rc, -Rd, -Re, -Rf y -R9 como se utilizan en la descripción de sustituyentee opcionales para alquilo, alquileno, alquenilo, alquinilo, cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo y heteroarilo se definen como sigue: cada Ra, R , y Rc se seleccionan independientemente del grupo que consiste de -Rd, -Re -Rj y -R9, o Rb y Rc combinados con el nitrógeno al cual están unidos, forman un heterocicloalquilo de 5-7 miembros o un nitrógeno de 5 ó 7 miembros que contienen heteroarilo, en donde el heterocicloalquilo de 5-7 miembros o nitrógeno de 5 ó 7 miembros que contienen heteroarilo se sustituyen opcionalmente con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de halógeno, -N02, -CN, -OH, -NH2, -ORu, -NHC(S)NHRr, NRrC(0)NH2, -NRrC(S)NH2, -NRrC(0)NHRJ -NRrC(S)NHRJ -NHC(0)NRrRr, -NHC(S)NRrR' , -NRrC(0)NRrRJ -NRrC(S)NRrRJ -NHS(0)2NHRJ -NRrS(0)2NH2, -NRrS(0)2NHRr, -NHS(0)2NRrRJ -NRrS(0)2NRrRJ -NHRr, -NRrRr, -R1, y -Rj; en donde cada -R' se selecciona independientemente del grupo que consiste de alquenilo inferior y alquinilo inferior, en donde el alquenilo inferior o alquinilo inferior se sustituye opcionalmente con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2 ó 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, -OH, -NH2, -N02, -CN, -C(0)OH, -C(S)OH, -C(0)NH2, -C(S)NH2, -S(0)2NH2, -NHC(0)NH2, -NHC(S)NH2, -NHS(0)2NH2, -C(NH)NH2, -ORJ -SRJ -OC(0)RJ -OC(S)RJ -C(0)Rr, -C(S)RJ -C(0)ORJ -C(S)ORr, -S(0)Rr, -S(0)2RJ -C(0)NHRJ
-C(S)NHRJ C(0)NRrRr, -C(S)NRrRJ -S(0)2NHRr, -S(0)2NRrRJ -C(NH)NHRJ -C(NH)NRSR', -NHC(0)Rr, NHC(S)Rr, -NRrC(0)RJ -NRrC(S)Rr, -NHS(0)2RJ -NRrS(0)2Rr, -NHC(0)NHRJ -NHC(S)NHRr , -NRrC(0)NH2, -NRrC(S)NH2, -NRrC(0)NHRr, -NRrC(S)NHRr, -NHC(0)NRrRJ -NHC(S)NRrR :[, -NRrC(0)NRrRr, -NRrC(S)NRrR', -NHS(0)2NHRr, -NRrS(0)2NH2, -NRrS(0)2NHRr, NHS(0)2NRrRr, -NRrS(0)2NRrRr, -NHRJ -NRrRJ y -R1; en donde cada R' se selecciona independientemente del grupo que consiste de cicloalquilo, héterocicloalquilo, arilo, y heteroarilo, en donde el cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo, y heteroarilo s e sustituyen opcionalmente con uno o más, de preferencia 1 ; 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2 ó 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de halógeno, -OH, -NH2, -N02, -CN, C(0)OH, -C(S)OH, -C(0)NH2, -C(S)NH2, -S(0)2NH2, -NHC(0)NH2, -NHC(S)NH2, -NHS(0)2NH2, -C(NH)NH2, ORJ -SRr, -OC(0)RJ -OC(S)RJ -C(0)RJ -C(S)RJ -C(0)ORJ -C(S)ORJ -S(0)RJ
S(0)2Rr, -C(0)NHRr, -C(S)NHRJ -C(0)NRrRJ -C(S)NRrRr, -S(0)2NHRr, -S(0)2NRrRJ -C(NH)NHRJ -C(NH)NRsRl, -NHC(0)Rr, -NHC(S)Rr, -NRrC(0)Rr, NRrC(S)Rr, -NHS(0)2RJ -NRrS(0)2RJ -NHC(0)NHRr, -NHC(S)NHRr, -NRrC(0)NH2¡ -NRrC(S)NH2, -NRrC(0)NHRJ -NRrC(S)NHRJ -NHC(0)NRrFlJ -NHC(S)NRrRJ -NRrC(0)NRrRJ -NRrC(S)NRrRr, -NHS(0)2NHRr, NRr(0)2NH2, -NRrS(0)2NHRJ -NHS(0)2NRrRJ -NRrS(0)2NRrRJ -NHRJ -NRrRr, cicloalquilamino, y -Rx; en donde cada RJ Rs, y R* en cada caso se seleccionan independientemente del grupo que consiste de alquilo inferior, alquenilo de 3 a 6 átomos de carbono, alquinilo de 3 a 6 átomos de Cé rbono, cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo y heteroarilo, en donde el alquilo inferior se sustituye opcionalmente con uno o más, de preferencia 1, 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes áeleccionados del grupo que consiste de — Ry, flúor, -OH, -NH2, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino, a condición de que cualquier sustitución del carbono de alquilo inferior se enlace a cualquier -O-, -S-, o ~N-, de -ORJ -SRr; -C(0)ORr, - C(S)ORJ -C(0)NHRr, -C(S)NHRr, -C(0)NRrRr, -C(S)NRrRJ -S(0)2NHRJ -S(0)2NRrRJ -C(NH)NHRJ -NRrC(0)RJ -NRrC(S)RJ -NRrS(0)2Rr, NHC(0)NHRJ -NHC(S)NHRr, -NRrC(0)NH2, -NRrC(S)NH2, -NRrC(0)NHR , -NRrC(S)NHRJ NHC(0)NRrRr, -NHC(S)NRrRr, -NRrC(0)NRrRJ -NRrC(S)NRrRr, -NHS(0)2NHRr, -NRS(0)2NH2, -NRS(0)2NHRJ -NHS(0)2NRrRJ -NRrS(0)2NRrRr, -NHRJ o NRrRr se selecciona del grupo que consiste de flúor y — Ry, y en donde el alquenilo de 3 a 6 átomos de carbono o alqjinilo de 3 a 6 átomos de carbono se sustituyen opcionalmente con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, 6 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de
Ry, flúor, alqu lo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, alco?i inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alqültio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alqullamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino, a condición de que cualquier sustitución del alquenilo de 3 a 6 átomos de carbono o alquinilo de 3 a 6 átomos de carbono enlazado a cualquier -O-, -S-, o — N-, de -ORr, -SRr, -C(0)ORr, -C(S)ORJ -C(0)NHRJ -C(S)NHRJ -C(0)NRrRr, -C(S)NRrRr, -S(0)2NHRJ -S(0)2NRrRJ -C(NH)NHRJ -NRrC(0)Rr, -NRrC(S)Rr, -NRrS(0)2Rr, -NHC(0)NHRr, -NHC(S)NHRr, -NRrC(0)NH2, -NRrC(S)NH2, -NRrC(0)NHRr, -NRrC(S)NHRJ -NHC(0)NRrRr, -NHC(S)NRrRr, -NRrC(0)NRrRJ -NRrC(S)NRrRJ -NHS(0)2NHRr, -NRrS(0)2NH2, -NRrS(0)2NHRJ -NHS(0)2NRrRr, -NRrS(0)2NRrRJ -NHRJ o -NRrRr se selecciona del grupo que consiste de flúor, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido cor flúor, o — R , y en donde el cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo, y heteroarilo se sustituyen opcionalmente con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de halógeno, -OH, -NH2, -N02, -CN, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio ¡nferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino, o Rs y R* combinados con el nitrógeno al cual están unidos forman un heterocicloalquilo de 5-7 miembros o un nitrógeno de 5 ó 7 miembros que contienen heteroarilo, en donde el heterocicloalquilo de 5-7 miembros o nitrógeno de 5 ó 7 miembros que contienen heteroarilo se sustituyen opcionalmente con uno o más, de preferencia 1, 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de halógeno, -N02, -CN, -OH; -NH2, ORu, -SRU, -NHR", -NRURU, -Rx,y -Ry; en donde cada Ru, se selecciona independientemente del grupo que consiste de alquilo inferior], alquenilo de 3 a 6 átomos de carbono, alquinilo de 3 a 6 átomos de carbono, cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo, y heteroarilo, en donde el alquilo inferior se sustituye opcionalmente con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de -Ry, flúor, -OH, -NH2, alcoxi inferior, alcoxi ¡nferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, dialquilamino, y cicloalquilamino, a condición de que cualquier sustitución del carbono de alquilo inferior enlazedo al -O- de — ORu, -S- de — SRU, o -N- de -NHRU es flúor o _Ry, y en donde el alquenilo de a 6 átomos de carbono o alquinilo de 3 a 6 átomos de carbono se sustituyen opcionalmente con uno o más, de preferencia 1, 2, 3, 4 ó 5, también 1, 2, ó 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de -Ry, flúor, -OH, -NH2, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido cor flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustitµido con fluór , mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino, a condición de que cualquier sustitución del alquenilo de 3 a 6 átomos de carbono o alquinilo de 3 a 6 átomos de carbono enlajados al -O- de -ORu, -S- de -SRU, o -N- de -NHR" es flúor, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, o -Ry, y en donde el cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo, y heteroarilo se sustituyen opcionalmente con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de halógeno, -OH, -NH2, -N02, -CN, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino; en donde cada Rx se selecciona del grupo que consiste de alquilo inferior, alquenilo inferior y alquinilo inferior, en donde el alquilo inferior se sustituye opcionalmente con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de -Ry, flúor, -OH, -NH2, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino, y en donde el alqdenilo inferior o alquinilo inferior se sustituyen opcionalmente con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de -Ry, flúor, -OH -NH2, alquilo inferior, alquilo ¡nferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, alcoxi ¡nferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino; en donde cada -Ry se selecciona del grupo que consiste de cicloalquilo, heterocicloalquilo , arilo, y heteroarilo, en donde cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo, y heteroarilo se sustituyen opcionalmente con uno o más, de preferencia 1 , 2, 3, 4 ó 5, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de halógeno, -OH, -NH2, -N02, -CN, alquilo inferior, alquili inferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquilt o inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino.
El "alcoxi inferior" indica el grupo -ORz, donde Rz es alquilo inferior. El "alcoxi inferior sustituido" indica alcoxi inferior en el cual Rz es alquilo inferior sustituido con uno o más sustituyentes como se indica en la presente, por ejemplo, en la descripción de los compuestos de la Fórmula I i incluyendo las Fórmulas la, Ib, Ig y todas las sub-modalidades de las mismas), incluyendo descripciones de cicloalquilo sustituido, cicloheteroalquilo, arilo y heteroarilo, unido a cualquier átomo adecuado para producir un compuesto estable. De preferencia, la sustitución del alcoxi inferior ss con 1 , 2, 3, 4, ó 5 sustituyentes, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes. Por ejemplo el "alcoxi inferior sustituido con flúor" indica alcoxi inferior en el cual el alquilo inferior se sustituye con uno o más átomos de flúor, donde de preferencia el alcoxi inferior se sustituye con 1 , 2, 3, 4 ó 5 átomos de flúor, también 1 , 2, ó 3 átomos de flúor. Mientras, se entiende que las sustituciones en alcoxi se unen a cualquier átomo disponible para producir un compuesto estable, la sustitución de alcoxi es tal que -O-, -S-, o — N- (excepto donde N es un átomo en el anillo heteroarilo), no se enlazan al carbono de alquilo enlazado al alcoxi -O-. Donde además, el alcoxi se describe como un sustituyente de otra porción, el oxígeno de alcoxi no se enlaza a un átomo de carbono que se enlaza a un -—O-, -S-, o -N- de la otra porción (excepto donde N es un átomo en el anillo heteroarilo), o alqueno o carbono de alquino de la otra porción. El "alquiltio inferior" indica el grupo — SRaa, donde Raa es alquilo inferior. El "alquiltio inferior sustituido" indica alquiltio inferior en el cual Raa es alquilo inferior sustituido con uno o más sustituyentes como se indica en la presente, por ejemplo, en la descripción de los compuestos do la Fórmula I (incluyendo las Fórmulas la, Ib, Ig y todas las sub-modalidades de las mismas), incluyendo descripciones de cicloalquilo sustituido, cicloheteroalquilo, arilo y heteroarilo, unido a cualquier átomo disponible para producir un compuesto estable. De preferencia, la sustitución de alquiltio inferior es con 1 , 2, 3, 4, ó 5 sustituyentes, también 1 , 2, ó 3 sustituyentes. Por ejemplo "alquiltio inferior sustituido con flúor" indica alquiltio inferior en el cual el alquilo inferior se sustituye con uno o más átomos de flúor, donde de preferencia el alquiltio inferior se sustituye con 1 , 2, 3, 4 o 5 átomos de flúor, también 1 , 2, ó 3 átomos de flúor. Mientras, se entiende que las sustituciones en alquiltio se unen a cualquier átomo disponible para producir un compuesto estable, la sustitución de alquiltio es tal que -O-, -S-, o — N- (excepto donde N es un átomo en el anillo heteroar lo), no se enlaza al carbono de alquilo enlazado al alquiltio -S-. Donde además, el alquiltio se describe como un sustituyente de otra porción, el alquiltio de azufre no enlaza a un átomo de carbono que se enlaza a un -O-, -S-, o — N- de la otra porción (excepto donde N es un átomo en el anillo heteroarilo), o a un alqueno o carbono de alqueno de la otra porción.
El "amino" o "amina" indica el grupo — NH2. "Mono-alquilamino" indica el grupo
-NHR00 donde Rbb es alquilo inferior. "Di-alquilamino" indica el grupo -NR bRcc donde R y Rcc son independientemente alquilo inferior. "Cicloalquilamino" indica el grupo -NRddRßß, donde Rdd y Ree combinados con el nitrógeno forman un heterocicloalquilo de 5-7 miembros, donde el heterocicloalqu ilo puede contener un heteroátomo adicional dentro del anillo, tal como — O-, -N-, o — S-, y puede :ambién además sustituirse con el alquilo inferior. Ejemplos de un heterocicloalquilo de 5-7 miembns incluye, pero no se limita a, piperidina, piperazina, 4-metilpiperazina, morfolina, y tiomorfolina. Mientras, se entiende que cuando el mono-alquilamino, di-alquilamino, o cicloalquilamino se sustituyen en otras porciones que se unen a cualquier átomo disponible para producir un compuesto estable, el nitrógeno de mono-alquilamino, di-alquilamino, o cicloalquilamirio como sustituyentes no enlazados a un átomo de carbono que se enlaza a un -O-, -S-, o — - de la otra porción.
Como se utiliza en la presente, el término enfermedad o padecimiento mediado por c-kit se refiere a una enfermedad o padecimiento en el cual la función biológica de c-kit afecta el desarrollo y/o curso de la enfermedad o padecimiento, y/o en el cual la modulación de c-kit altera el desarrollo, curso, y/o síntomas. Por ejemplo, mutaciones en el gen de c-kit tal como las mutaciones W42, Wv, y W41 reportadas por Herbst et al (J. Biol. Chem., 1992, 267: 13210-13216) confiere carac :erísticas fenotípicas intensa, intermedia, y leve respectivamente. Estas mutaciones atenúan la actividad de tirosina intrínseca de cinasa del receptor para diferentes grados y son modelos para el efecto de modulación de la actividad de c-kit. Una enfermedad o padecimiento mediado por c-kit incluye una enfermedad o padecimiento por el cual la inhibición de c-kit proporciona un beneficio terapéutico, por ejemplo, en donde el tratamiento con inhibidores de c-kit, incluyendo compuestos descritos en la presente, proporcionan un beneficio terapéutico al sujeto que padece de o con riesgo de la enfermedad o padecimiento.
Como se utiliza en la presente, el término enfermedad o padecimiento mediado por c-fms se refiere a una enfermedad o padecimiento en el cual la función biológica de c-fms afecta el desarrollo y/o el curso de la enfermedad o padecimiento, y/o en el cual la modulación de c-fms altera el desarrollo, curso, y/o síntomas. Por ejemplo, el ratón mutante Csflf/Csflr' de Dai et al (Blood, 2002, 99: 111-120) el cual carece de c-fms es un animal modelo para enfermedades o padecimientos en donde la actividad c-fms ha sido eliminada. Una enfermedad o padecimiento mediada por c-fms ¡ncluye una enfermedad o padecimiento para el cual la inhibición de c-fms proporciona un beneficio terapéutico, por ejemplo, en donde el tratamiento con inhibidores c-fms, incluyendo compuestos descritos en la presente, proporciona un beneficio terapéutico al sujeto que padece de o con riesgo de la enfermedad o padecimiento.
Como se utiliza en la presente, el término "composición" se refiere a una formulación adecuada para administrar a un sujeto animal pretendido para propósitos terapéuticos que contienen al menos un compuesto farmacéuticamente activo y al menos un portador o excipiente farmacéuticamente aceptable.
El término "farmacéuticamente aceptable" indica que el material indicado no tiene propiedades ?ue podría provocar que un médico razonablemente prudente evitara la administración del material a un paciente, tomando en consideración la enfermedad o padecimientos a ser tratados y la vía de administración respectiva. Por ejemplo, comúnmente se requiere que ta material sea esencialmente estéril, por ejemplo, que se pueden inyectar.
En el presente contexto, los términos "terapéutcamente efectivo" y "cantidad efectiva" indican que los materiales o cantidad de material es efectivo para prevenir, aliviar, o mejorar uno o más síntomas de una enfermedad o condición medica, y/o para prolongar la supervivencia del sujeto que se trata.
Con referencia a residuos de aminoácidos particulares en humanos de polipéptido c-kit se define por la correspondiente numeración para la secuencia Kit en GenBank NP_000213 (SEQ ID NO:1 ). Con referencia a las posiciones nucleótidas particulares en una secuencia nucleótida que ;odifica todas o una porción de c-kít se define por la correspondiente numeración para la secuen cia proporcionada en GenBank NM_000222 (SEQ ID NO: 2). Con referencia a residuos de aminoácidos particulares en humano el polipéptido c-fms se define por la correspondiente numeración a la secuencia del precursor FMS en GenBank NP 005202 (SEQ ID NO: 3). Con re í'erencia a posiciones nucleótidas particulares en una secuencia nucleótida que codifica todas o una porción de c-fms se define por la correspondiente numeración para la secuencia proporcionada en GenBank NM 005211 (SEQ ID NO: 4).
Los términos "kit", "c-kit", y "c-Kit" significan una cinasa enzimáticamente activa que contiene una porción mayor de 90% de identidad de secuencia de aminoácido para residuos de aminoácidos incluyendo el sitio de unión de ATP de longitud total de c-kit (por ejemplo, c-kit humana, por ejemplo, la secuencia NP 000213, SEQ ID NO: 1 ), para una alineación máxima sobre un segmento de longitud igual; o que contiene una porción mayor que 90% de identidad de secuencia de aminoácidos en al menos 200 aminoácidos contiguos de c-kit natural y retiene actividad de cinasa. De preferencia la identidad de secuencia es al menos 95, 97, 98, 99, o hasta 100%. De preferencia el nivel especificado de identidad de secuencia es sobre una secuencia en al menos 100-500, en al menos 200-400, o en al menos 300 residuos de aminoácidos contiguos en longitud. A menos indicado en lo contrario, el término incluye referencia a c-kit de tipo natural, variantes alélicas, y formas mutantes (por ejemplo, que tiene activación de mutación).
Los términos "fms", "c-fms", "FMS", y "c-Fms" significan una cinasa enzimáticamente activa que contienen una porción con mayor que 90% de identidad de secuencia de aminoácidos a residuos de aminoácidos incluyendo el sitio de unión ATP de c-fms de longitud completa (por ejemplo, c-fms humana, por ejemplo, residuos 20-972 de secuencia GenBank NP 005202, SEQ ID NO: 3), para una alineación máxima sobre un segmento de longitud igual; o que contiene una porción con mayor que 90% de identidad de secuencia de aminoácidos en al menos 200 aminoácidcs contiguos de c-fms natural y retiene actividad de cinasa. De preferencia la secuencia de identidad es al menos 95, 97, 98, 99, ó 100%. De preferencia el nivel especificado de identidad de sec uencia es sobre una secuencia en al menos 100-150, en al menos 200-400, o en al menos 300 residuos de aminoácidos contiguos en longitud. A menos indicado en lo contrario, el término incluye c-fms de tipo natural, variantes alélicas, y formas mutantes (por ejemplo, que tiene activación de mutación). El término "pFMS" se refiere a fosforizado de c-fms. El término "actividad c-fms" se refiere a una actividad biológica de c-fms, incluyendo particularmente actividad cinasa. La abreviación " Vi-CSF" se refiere al ligando RPTK de c-fms, y la abreviación "SCF" se refiere al ligando para RP"K de c-Kit.
El término "dominio de cinasa c-kit" se refiere a una longitud reducida de c-kit (es decir, más cor a que una longitud completa de c-kit por al menos 100 aminoácidos) que incluyen la región catalítica cinasa en c-kit. El término "dominio de cinasa c-fms" se refiere a una c-fms de longitud reduc da (es decir, más corta que una longitud completa de c-fms por al menos 100 aminoácidos) que incluyen la región catalítica de cinasa de c-fms. Muy preferiblemente para el uso en esta invenc ón, el dominio de cinasa retiene la actividad de cinasa, de preferencia en al menos 60, 70, 80, 90, ó 100% de la actividad de cinasa c-fms natural. El término "la cinasa" o los términos de importancia similar se relacionan a ya sea c-kit o c-fms.
Como se utiliza en la presente, los términos "ligando" y "modulador" se utilizan equivalentemer te para referirse a un compuesto que cambia (es decir, incrementa o disminuye) la actividad de una biomolécula objetivo, por ejemplo, una enzima tal como una cinasa o cinasas.
Generalmente un ligando o modulador debería ser una molécula pequeña, donde la "molécula pequeña" se refiere a un compuesto con un peso molecular de 1500 daltons o menos, o preferiblemente 1000 daltons o menos, 800 daltons o menos, o 600 daltons o menos.
El término "une" en relación con la interacción entre un objetivo y un compuesto de unión potencial indica que el compuesto de unión potencial asociado con el objetivo a un grado estadísticamente significativo cuando se compara para la asociación generalmente con proteínas
(es decir, unión no específica). De esta manera, el término "compuesto de unión" se refiere a un compuesto que tiene una asociación estadísticamente significante con una molécula objetivo. De preferencia un compuesto de unión interactúa con un objetivo especificado con una disociación constante (KD) de 1 mM o menos. Un compuesto de unión puede unirse con "afinidad baja",
"afinidad muy baja", "afinidad extremadamente baja", "afinidad moderada", "afinidad moderadamente 'alta, o "afinidad alta" como se describe en la presente.
En el contexto de los compuestos unidos a un objetivo, el término "mayor afinidad" indica que los co mpuestos se unen más estrechamente que un compuesto de referencia, o que el mismo compuesto en una condición de referencia, es decir, con una constante disociación baja. En modalidades ¿articulares, la mayor afinidad es al menos 2, 3, 4, 5, 8, 10, 50, 100, 200, 400, 500, 1000, ó 10,000 veces mayor afinidad.
También en el contexto de los compuestos unidos a un objetivo biomolecular, el término "mayor especificidad" indica que un compuesto unido a un objetivo especificado para una mayor extens ón que para otra biomolécula o biomoléculas que pueden presentarse bajo condiciones de unión relevante, donde la unión a otras bíomoléculas produce una actividad biológica diferente que une al objetivo especificado. Típicamente, la especificidad es con referencia a un conjunto limitado de otras biomoléculas, por ejemplo, en el caso de c-kit o c-fms, otras tirosinas cinasas o incluso otros tipos de enzimas. En modalidades particulares, la mayor especificidad es al menos 2, 3, 4, 5, 8, 10, 50, 100, 200, 400, 500, ó 1000 veces de mayor especificidad.
Como se utiliza en la presente en relación con la unión de compuestos o ligandos, el término "específico para cinasa c-kit", "específico para c-kit", y términos de importancia similar significan que un compuesto particular une a c-kit a una extensión estadísticamente mayor que para otras cinasas que, pueden presentase en una muestra particular. También, donde la actividad biológica diferente a la unión es indicada, el término "específico para c-kit" indica que un compuesto particular tiene mayor efecto biológico asociado con c-kit de unión que a otras tirosinas cinasas, por ejemplo, actividad de inhibición de cinasa. De preferencia, la especificidad es también con respecto a otras biomoléculas (no limitadas a tirosinas cinasas) que pueden presentarse en una muestra particular. El término "específico para cinasas c-fms", "específico para c-fms", y los términos de importancia similar significa que un compuesto particular se une a c-fms para una extensión estadísticamente mayor que para otras cinasas que pueden presentarse en una muestra particular. También, donde la actividad biológica diferente de la unión es indicada, el término
"específico para c-fms" indica que un compuesto particular tiene mayor efecto biológico asociado con c-fms de unión que a otras tirosinas cinasas, por ejemplo, actividad de inhibición de cinasa. De preferencia, la especificidad es también con respecto a otras biomoléculas (no limitadas a tirosinas cinasas) que presentarse en una muestra particular. Como se utiliza en la presente en relación con el conjunto de compuestos, compuestos de unión, y moduladores (ligandos), el término "sintetizar" y términos similares significan sínt sis química de uno o más materiales precursores.
Por "ensayo" significa la creación de condiciones experimentales y la reunión de datos relativos a un resultado particular de las condiciones experimentales. Por ejemplo, las enzimas puedan ser ensayadas con base en su capacidad para actuar sobre un sustrato detectable. Un compuesto o ligando puede ser ensayado basado en su capacidad para unir a una molécula o moléculas objetivo particular.
Como se utiliza en la presente, el término "modulación" o "modular" se refiere a un efecto de alterer una actividad biológica, especialmente una actividad biológica asociada con una biomolécula particular tal como c-kit o c-fms. Por ejemplo, un agonista o antagonista de una biomolécula particular que modula la actividad de esa biomolécula, por ejemplo, una enzima.
¡El término "actividad de c-kit" se refiere a una actividad biológica de c-kit, particularmente incluyendo actividad de cinasa. El término "actividad c-fms" se refiere a una actividad biológica de c-fms, particularmente incluyendo actividad de cinasa.
En el contexto del uso, experimentación, o selección de los compuestos que son o pueden ser moduladores, el término "poner en contacto" significa que el o los compuestos se producen para estar en suficiente proximidad en una molécula, compleja, célula, tejido, organismo, u otro material especificado particular que pueden ocurrir interacciones de unión potencial y/o reacciones quím cas entre los compuestos y otros materiales especificados.
Como se utiliza en la presente en relación con la secuencia de aminoácido o ácido nucleico, el término "aislar" indica que la secuencia se separa de al menos una porción de la secuencias de aminoácido y/o ácido nucleico con el cual podría normalmente asociarse.
En relación con las secuencias de aminoácido o nucleico, el término "purificar" indica que la molécula particular constituye una proporción significativamente mayor de las biomoléculas cn una composición que en una composición anterior, por ejemplo, en un cultivo celular. La mayor proporción puede ser de 2 veces, 5 veces, 10 veces o más grande.
General En un aspecto, la presente invención concierne compuestos de la Fórmula I, Fórmula la, Fórmula Ib, o la Fórmula Ig y todas las sub-modalidades de los mismos, que son inhibidores de c-kit, c-fms, o ambos c-kit y c-fms, y el use de los compuestos en tratar enfermedades que son mediadas por c-kít, c-fms, o ambos c-kit y c-fms.
Compuestos ejemplares de la Fórmula I, Fórmula la, Fórmula Ib o la Fórmula Ig preparados parei los siguientes métodos descritos en los Ejemplos son como sigue: 3encil-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amína (P-0001 ), (6-Bencilamino-piridin-3-il)-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona (P-0002), (5-(1H-Pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-trifluorometil-bencil)-amina (P-0003), j4-Metoxi-bencil)-t5-(1H-pirrolo[2,3-b]p¡ridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (P-0004),
(4-Cloro-bencil)-[5-(1H-pirrolot2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (P-0005), ( -Fluoro-bencil)-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (P-0006), (k-Metil-bencil)-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (P-0007), [5-(1 H-Pirrolo[2,3 b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-tiofen-2-ilmetil-amina (P-0008), (4-Cloro-bencil)-[5-(4-cloro-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina
(P-0009), -Cloro-bencil)-[5-(4-metoxi-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (P-0010), [5-(4-Metoxi-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-trifluorometil-bencil)-amina (P-0011 ) ?., [6-Metoxi-5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-trifluorometilbencil)-amina (P-0012) ?,, [6-Metil-5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-trifluorometil-bencil)-amina (P-0013), (4-Cloro-bencil)-[6-metil-5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina
(P-0014), 6-(4-Fluoro-benc¡lamino)-piridin-3-ilj-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona
(P-0015), [6-(3-Fluoro-bencilamino)-piridin-3-il]-(1H-pirrolot2,3-b]piridin-3-il)-metanona
(P-0016), (1H-Pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-[6-(4-trifluorometil-bencilamino)-piridin-3-il]-metanona (P-0017), (1 H-Pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-{6-[(tiofen-2-ilmetil)-amino]-piridin-3-il)-metanona
(P-0018), 3-(6-lsopropil-píridin-3-ilmetil)-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina (P-0019), 3-(6-ter-Butoxi-piridin-3-ilmetil)-1H-pirrolo[2,3-b]piridina (P-0020), Dimetil-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (P-0021 ), 3-(6-Metoxi-piridin-3-ilmetil)-4-tiofen-3-il-1H-pirrolo[2,3-b]piridina (P-0022), (6-Fenilamino-piridin-3-il)-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona (P-0023), (6-lsopropilamino-piridin-3-il)-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona (P-0024), (6-lsobutilamino-piridin-3-il)-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona (P-0025), [6-(3-Benciloxi-fenilamino)-piridin-3-il]-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona
(P-0026), [6-(3-Hidroxi-fenilamino)-piridin-3-il] -(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-íl)-metanona
(P-0027), lsobutil-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (P-0028), (6-lsobutilamino-piridin-3-il)-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanol (P-0029), [6-(Ciclopropilmetil-amino)-piridin-3-il]-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona
(P-0030), [6-(Ciclohexilmetil-amino)-piridin-3-il]-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona
(P-0031), Ciclopropilmetil-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (P-0032), Ciclohexilmetil-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (P-0033), [6-(Ciclopropilmetil-amino)-piridin-3-il]-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanol
(P-0034), [6-(Ciclohexilmetil-amino)-piridin-3-ilj-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanol
(P-0035), (1 H-Pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-[6-(4-trifluorometil-bencilamino)-piridin-3-il]-metanol (P-0036), [6-(4-Cloro-bencilamino)-piridin-3-il]-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanol (P-0037), [5-(5-Bromo-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-cloro-bencil)-amina
(P-0038), (4-Cloro-bencil)-{5-[metoxi-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metil]-piridin-2-il}-amina (P-0039), (4-Cloro-3-trifluorometil-bencil)-{5-[metoxi-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il) metilj-piridin-2-il}-amina (P-0040), (4-Cloro-bencil)-{5-[metoxi-(5-pir¡din-3-il-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metil]-piridin-2-il}-amina (P-0041), (4-Cloro-bencil)-(5-{[5-(3-metansulfonil-fenil)-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il]-metoxi-metil}-piridin-2[il)-amina (P-0042), {5-[Metoxi-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metil]-piridin-2-il}-(4-trifluorometil-bencil)-amina (P-0043), [6-(4-Cloro-bencilamino)-2-metil-piridin-3-il]-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanol
(P-0046), [2-Cloro-6-(4-cloro-bencilamino)-piridin-3-il]-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona
(P-0048), [2,6-Bis-(4-cloro-bencilamino)-piridin-3-il]-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona
(P-0049), [2-Cloro-6-(4-cloro-bencilamino)-piridin-3-il]-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanol
(P-0050), 6-(4-Cloro-bencilamino)-3-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-ol (P-0051), 3-(2-Etilsulfapil-4,6-dimetil-pipmidin-5-ilmet¡l)-1H-pirrolo[2,3-b]piridina (P-0052), [5-(5-Metoxi-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-trifluorometil-bencil)-amina (P-0053), [5-(5-Cloro-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-trifluorometil-bencil)-amina (P-005 ) l,, 3-[6-(3-Cloro-benciloxi)-piridin-3-ilmetil]-1H-pirrolo[2,3-b]piridina (P-0055), 3-[6-(4-Cloro-benciloxi)-piridin-3-ilmetil]-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina (P-0056), 3-[6-(3-Trifluorometil-benciloxi)-piridin-3-ilmetil]-1H-pirrolo[2,3-b]piridina (P-0057), (4-Cloro-bencil)-I5-(5-metoxi-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (P-0058), (4-Cloro-bencil)-[5-(5-cloro-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina
(P-0059), {5-[5-(2-Dietilamino-etoxi)-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil]-piridin-2-il}-(4-trifluorometil-bencil)-amina (P-0060), 3-t6-(4-Trifluorometil-bencilamino)-piridin-3-ilmetil]-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-5-ol
(P-0061 ), 3-[6-(4-Cloro-bencilamino)-piridin-3-ilmetil]-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-5-ol (P-0062), (4-Cloro-bencil)-{5-[5-(2-morfolin-4-il-etoxi)-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil]-piridin- 2-il}-amina (PJ0063), {5-[5-(2-Pirrolidin-1-il-etoxi)-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil]-piridin-2-il}-(4-trifluorometil-bencil)-amina (P-0064), {5-[5-(2-Morfolin-4-il-etoxi)-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil]-piridin-2-il}-(4-trifluorometil-bencil)-amina (P-0065), {5-[5-(3-Dietilamino-propoxi)-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil]-piridin-2-il}-(4-trifluorometil-bencil)-amina (P-0066), N-[5-(1H-Pirrolo[2,3-b]piridina-3-carbonil)-piridin-2-il]-4-trifluorometil-benzamida (P-0067), N-[5-(1H-Pirrolo[2,3-b]piridina-3-carbonil)-piridin-2-il]-4-trifluorometil-bencensulfone|mida (P-0068), (4-Cloro-bencil)-{5-t5-(3-diet¡lamino-propoxi)-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil]-piridin-2-il}-am na (P-0069), [6-(4-Cloro-bencilamino)-2-tr¡fluorometil-piridin-3-il]-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona (P-0070), N-[5-(1 H-Pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-4-trifluorometil-bencensulfonamida (P-0071), N-[5-(1H-Pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-4-trifluorometil-benzamida
(P-0072), 4-Fluoro-N-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-benzamida (P-0073), 4-Cloro-N-[5-(1 H-pirrolo[2,3 b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-benzamida (P-0074), [(S)-1-(4-Cloro-fenil)-etil]-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina
(P-0075),
5-[(5-Cloro-3-metil-1 -fenil-1 H-pirazol-4-il)-metoxi-metil]-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina
(P-0079), 3 -(5-Cloro-3 -metil-1 -fenil-1 H-pirazol-4-ilmetil)-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina (P-0080), (4-Cloro-bencil)-[6-metoxi-5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina
(P-0081), (4-Cloro-bencil)-t6-fluoro-5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina
(P-0082), y (4-Cloro-bencil)-[4-cloro-5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-tiazol-2-il]-amina
(P-0083), bencilamida del ácido 3,5-Dimetil-4-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-pirazol-1-carboxílico (Pf0084), fenilamida del ácido 3,5-D¡metil-4-(1 H-pirrolo[2,3-b]p¡rrd¡n-3-ilmetil}pirazol-1 -carboxílico (P 0085), [3,5-Dimetil-4-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-pirazol-1-il]-fenil-metanona (P-0086), 1-[3,5-Dimetil-4-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-pirazol-1-il]-3-fenil-propan-1-ona
(P-0087), 3-(3,5-Dimetil-1 -fenilmetansulfonil-1 H-pirazol-4-ilmetil)-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina
(P-0088), 3-[1 -(Butan-1 -sulfonilo)-3,5-dimetil-1 H-pirazol-4-ilmetil]-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina
(P-0089), y butilamída del ácido 3,5-Dimetil-4-(1 H-plrrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-pirazol-1-carboxílico (P 0090).
Enfermedades Ejemplares Asociadas con c-Kit. Los compuestos descritos en la presente son útiles para tratar trastornos relacionados a c-kit por ejemplo, enfermedades relacionadas a señal de transducción cinasa sin regular, incl?yendo trastornos proliferativos celulares, trastornos fibróticos y trastornos metabólicos, e tre otros. Como se describe en más detalle en lo siguiente y en Lipson et al., U.S. 20040002534 [solicitud U.S. 10/600, 868, presentada el 23 de junio de 2003) la cual se incorpora en la presente para referencia en su totalidad, trastornos proliferativos celulares los cuales pueden tratarse por la sresente invención incluyendo cánceres, y trastornos proliferativos de mastocitos.
La presencia de c-kit se ha asociado también con un número de diferentes tipos de cánceres, coi?o se describe a continuación. En adición, la asociación entre anormalidad en c-kit y la enfermedac no se ha limitado al cáncer. Como tal, c-kit ha sido asociado con malignidad, incluyendo tumores de mastositos, cáncer de pulmón de células pequeñas, cáncer testicular, tumores estrbmales gastrointestinales (GISTs), glioblastoma, astrocitoma, neuroblastoma, carcinomas del tracto genital femenino, sarcomas de origen neuroectodérmico, carcinoma colorectal, carcinoma in situ, neoplasia de célula de Schwann asociada con neurofibromatosis, leucemia mielocítica aguda, leucemia linfocítica aguda, leucemia mielogenosa crónica, mastocitosis, melanoma y tumores de mastocito de canino y enfermedades inflamatorias, incluyendo asma, artritis reumatoide, rinitis alérgica, esclerosis múltiple, síndrome de inflamación del intestino, rechazo de transplante e hipereosinofilia.
Enfermedades malignas ejemplares asociadas con c-kií La expresión y/o activación aberrante de c-kit ha sido implicada en una variedad ddee ccáánncceerreess., La evidencia para una contribución de c-kit a patología neoplástica incluye su asociación con leucemias y tumores de mastocito, cáncer de pulmón de célula pequeña, cáncer testicular y al unos cánceres del tracto gastrointestinal y el sistema nervioso central. Además, c-kit ha sido i implicado para jugar un papel en carcinogénesis del tracto genital femenino (Inoue, et al., 1994, Cáncer Res. 54(11 ):3049-3053), sarcomas de origen neuroectodérmico (Ricotti, et al., 1998, BBlloooodd 9911 ::2233997?-2405) y neoplasia de célula de Schwann asociada con neurofibromatosis (Ryan, et al., 1994, J. Neuro. Res. 37:415-432). Se encontró que los mastocitos están implicados en modificar el phicroambiente tumoral y mejorar el crecimiento tumoral (Yang et al., 2003, J Clin Invest. 112:1851-1861 ; Viskochil, 2003, J Clin Invest. 112:1791-1793). De este modo, c-kit es un objetivo útil paj-a tratar neurofibromatosis así como tumores malignos.
Carcinoma de pulmón de célula pequeña: se ha encontrado que el receptor de cinasa c-kit se expresa de forma aberrante en muchos casos de células de carcinoma de pulmón de célula pequeña (SCLC) (Hibi, et al., 1991 , Oncogene 6:2291-2296). De este modo, como un ejemplo, la inhibición de la cinasa c-kit puede ser benéfica en el tratamiento de SCLC, por ejemplo, para mejorar la supervivencia a largo plazo de pacientes con SCLC.
Leucemias: El enlace de SCF al c-kit protege a las células madre y progenitora hematopoyéticas de apoptosis (Lee, et al., 1997, J. Immunol. 159:3211-3219), por lo que contribuye a la formación de colonias y hematopoyesis. La expresión del c-kit se observa frecuentemente en leucemia mielocítica aguda (AML), y en algunos casos de leucemia linfocítica aguda (ALL) ( jara revisiones, véase Sperling, et al., 1997, Haemat 82:617-621; Escribano, et al., 1998, Leuk. Lymph. 30:459-466). Aunque c-kit se expresa en la mayoría de las células AML, su expresión no parece ser pronóstico del progreso de la enfermedad (Sperling, et al., 1997, Haemat 82:617-621). in embargo, el SCF se protege de células de AML a partir de apoptosis inducida por agentes quiimmiioterapéuticos (Hassan, et al., 1996, Acta. Hem. 95:257-262). La inhibición para c-kit por la presente invención mejorará la eficacia de estos agentes y puede inducir apoptosis de células de AM
El crecimiento clonal de células a partir de pacientes con síndrome mielodisplástico (Sawada et al., 1996, Blood 88:319-327) o leucemia mielogenosa crónica (CML) (Sawai, et al., 1996, Exp. Hem. 2:116-122) se encontró que se mejoró notablemente por SCF en combinación oon otras citocinas. CML se caracteriza por expansión de células positivas de cromosoma Rhiladelphia de la médula ósea (Verfaillie, et al., Leuk, 1998, 12:136-138), lo cual parece resultar principalmente a partir de la inhibición de muerte apoptótica (Jones, Curr. Opin.
obstrucción in :estinal idiopática (Isozaki, et al., 1997, AMER. J. of Gast. 9 332-334). El c-kit expresado en 3IST a partir de varios pacientes diferentes se observó que tienen mutaciones en el dominio de yuxtamembrana intracelular que conduce a la activación constitutiva de c-kit (Hirota et al., 1998, Sciehce 279:577-580). Por lo tanto, la inhibición de la cinasa c-kit será un medio eficaz para el tratamiento de estos cánceres.
Cánceres testiculares: Tumores de célula germinal de macho se han categorizado histológicamente en seminomas, los cuales retienen características de célula germinal, y no seminomas, los cuales pueden desplegar características de diferenciación embrional. Se piensa que tanto los seminomas como los no seminomas inician a partir de un carcinoma designado para etapa pre-invaüiva in situ (CIS) (Murty, et al., 1998 Sem. Oncol. 25:133-144). Tanto c-kit como SCF se han reporte do que son esenciales para el desarrollo gonadal normal durante embriogénesis (Loveland, et a ., 1997, J. Endocrinol 153:337-344). La pérdida del receptor o del ligando resultó en animales que carecen de células germinales. En testículos post-natales, c-kit se ha encontrado que se expres.j en células de Leydig y espermatogonias, mientras SCF se expresó en células de Sertoli (Loveland, et al., 1997, J. Endocrinol 153:337-344). Los tumores testiculares se desarrollan a partir de células de Leydig con frecuencia elevada en ratones transgénicos que expresan oncogenes E6 y E7 del virus 16 de papiloma humano (HPV16) (Kondoth, et al., 1991 , J. Virol. 65:3335-3339; Kondoh, et al., 1994, J. Urol. 152:2151-2154). Esos tumores expresan tanto c-kit como SCF, y un bucle autócrino pueden contribuir a la tumorigénesis (Kondoh, et al., 1995,
Oncogene 10:341-347) asociada con pérdida celular de p53 funcional y el producto de gen retinoblastoma por asociación con E6 y E7 (Dyson, et al., 1989, Science 243:934-937; Werness, et al., 1990, Science 248:76-79; Scheffner, et al., 1990, Cell 63:1129-1136). Los mutantes de señalización defectuosos de SCF (Kondoh, et al., 1995, Oncogene 10:341-347) o formación inhibida de c-kit (Li, et al., 1996, Canc. Res. 56:4343-4346) de tumores testiculares en ratones que expresan HPV 16 E6 y E7. La activación de cinasa c-kit es pivotal a tumorigénesis en estos animales y así la modulación de la trayectoria de cinasa c-kit por la presente invención evitará o tratará tales trastornos.
La expresión de c-kit en tumores de célula germinal demuestra que el receptor se expresa por la mayoría de carcinomas in situ y seminomas, pero c-kit se expresa en solamente una minoría de no seminomas (Strohmeyer, et al., 1991 , Canc. Res. 51 :1811-1816; Rajpert-de Meyts, et al., 1994, Int. J. Androl. 17:85-92; Izquierdo, et al., 1995, J. Pathol. 177:253-258; Strohmeyer, et al., 1995, J. Urol. 153:511-515; Bokenmeyer, et al., 1996, J. Cáncer Res. Clin. Oncol. 122:301-306; Sandlow, et al., 1996, J. Androl. 17:403-408). Por lo tanto, la inhibición de la cinasa c-kit proporciona un medio para tratar estos trastornos.
Cánceres de SNC: SCF y c-kit se expresan en todo el SNC de roedores en desarrollo, y ejl patrón de expresión indica un papel en crecimiento, migración y diferenciación de células neurooctodérmicas. La expresión tanto del receptor como del ligando se ha reportado también en el ;erebro de adultos (Hamel, et al., 1997, J. Neuro-Onc. 35:327-333). La expresión de c-kit se ha obuervado también en tejido de cerebro humano normal (Tada, et al., 1994, J. Neuro 80:1063-1073). El glioblastoma y el astrocitoma, el cual define la mayoría de los tumores intracraneales se origina de la transformación neoplástica de astrositos (Levin, et al., 1997, Principies & Practice of Oncology:2022-2082). La expresión de c-kit se ha observado en líneas celulares de c lioblastoma y tejidos (Berdel, et al., 1992, Canc. Res. 52:3498-3502; Tada, et al., 1994, J. Neuro 80:1063-1073; Stanulla, et al., 1995, Act Neuropath 89:158-165).
Cohén, et al., 1994, Blood 84:3465-3472 reportó que todas las 14 líneas celulares de neuroblastpma contienen bucles autócrinos c-kit/SCF, y la expresión tanto del receptor como del ligando se observaron en 45% de muestras de tumor examinadas. En dos líneas celulares, anticuerpos arliti -c-kit inhibieron la proliferación celular, sugiriendo que el bucle autócrino SCF/c-kit contribuyó al crecimiento (will Cohén, et al., 1994, Blood 84:3465-3472). Por lo tanto, los inhibidores de cinasa c-kit pueden utilizarse para tratar estos cánceres.
Enfermedades de Mastocito Ejemplar que Implican c-kit La activación excesiva de c-kit se asocia también con enfermedades que resultan de una sobreabundancia de mastocitos. La mastocitosis es el término utilizado para describir un grupo heterogéneo de trastornos caracterizados por la proliferación de mastocito excesiva (Metcalfe, 1991 , J. Invest. Derm 93:2S-4S; Golkar, et al., 1997, Lancet 349:1379-1385). Se reportó la expresión elevada de c-kit en mastocitos de pacientes con mastocitosis agresiva (Nagata, et al., 1998, Leuceniia 12:175-181).
Adicionalmente, los mastocitos y eosinófilos representan células clave implicadas en alergia , ¡nfl; amación y asma (Thomas, et al., 1996, Gen. Pharmacol 27:593-597; Metcalfe, et al.,
1997, Physio! Rev 77:1033-1079; Naclerio, et al., 1997, JAMA 278:1842-1848; Costa, et al., 1997, JAMA 278:1815-1822). SCF, y por lo tanto c-kit, regula directa e indirectamente la activación tanto de mastocitoíí como de eosinófilos, por lo que se influencian las células primarias implicadas en alergia y asrra a través de múltiples mecanismos. Debido a esta regulación mutua de mastocito y función de eosinófilo, y el papel que SCF puede jugar en esta regulación, la inhibición de c-kit puede utilizarse para tratar rinitis crónica asociada con alergia, inflamación y asma.
Mastocitosis: La estimulación de SCF (también conocido como factor de crecimiento de mastocitos) de c-kit se ha reportado que es esencial para el crecimiento y el desarrollo de mastocitos (Hamel, et al., 1997, J. Neuro-Onc. 35:327-333; Kitamura, et al., 1995, Int. Arch. Allerg. Immunol. 107:54-56). Los ratones con mutaciones de c-kit que atenúan su actividad de señalizac ón han exhibido notablemente menos mastocitos en su piel (Tsujimura, 1996, Pathol Int 46:933-938). La activación excesiva de c-kit puede asociarse con enfermedades que resultan de una sobreabundancia de mastocitos.
La mastocitosis se limita a la piel en la mayoría de los pacientes, pero puede implicar otrok órganos en 15-20% de pacientes (Valent, 1996, Wein/Klin Wochenschr 108:385-397;
Golkar, et al., 1997, Lancet 349:1379-1385). Incluso entre pacientes con mastocitosis sistémica, la enfermedad puede variar de tener un pronóstico relativamente benigno a mastocitosis agresiva y leucemia de mastocitos (Valent, 1995, Wein/Klin Wochenschr 108:385-397; Golkar, et al., 1997, Lancet 349:1379-1385), se ha observado c-kit en mastocitos malignos a partir de tumores de mastocitos de caninos (London, et al., 1996, J. Compar. Pathol. 115:399-414), así como en mastocitos de1 pacientes con mastocitosis sistémica agresiva (Baghestanian, et al., 1996,
Leuk:116-122; Castells, et al., 1996, J. Aller. Clin. Immunol. 98:831-840).
SCF ha demostrado que se expresa en células estromales como una proteína unida a membrana, y su expresión puede inducirse por factores de crecimiento fibrogénicos tales como PDGF e ha demostrado también que se expresa en queratinocitos como proteína unida a membrana en piel normal. Sin embargo, en la piel de pacientes con mastocitosis, se ha observado una cantidad ncrementada de SCF soluble (Longley, et al., 1993, New Engl. J. Med. 328:1302-1307).
La cinasa de mastocito se ha reportado para desdoblar SCF asociado con membranas a una forma soluble y biológicamente activa. Este proceso mediado por células puede generar un bucle de retroalimentación para mejorar la proliferación y función de mastocitos (Longley, et <?l., 1997, Proc. Nati. Acad. Sci. 94:9017-9021), y puede ser importante para la etiología de mastocitosis. Ratones transgénicos que sobreexpresan una forma de SCF que podrían no liberarse proteolíticamente a partir de queratinocitos no desarrollarían mastocitosis, mientras que los animales similares que expresan SCF normal en queratinocitos exhiben un fenotipo que se asemeja a mastocitosis cutánea humana (Kunisada, et al., 1998, J. Exp. Med. 187:1565-1573). La formación de grandes cantidades de SCF soluble puede contribuir a la patología asociada con mastocitosis en algunos pacientes y la presente invención puede tratar o evitar tales trastornos al modular la interacción entre SCF y cinasa c-kit. Varias mutaciones diferentes de c-kit que resultaron en actividad de cinasa constitutiva se han encontrado en líneas celulares de tumor de mastocito humana y de roedor (Furitsu, et al., 1993, J. Clin. Invest. 92:1736-1744; Tsujimura, et al., 1994, Blood 9:2619-2626; Tsujimura, et al., 1995, Int. Arch. Aller. Immunol 106:377-385; Tsujimura, 1996, Pathol In 46:933-938). Además, mutaciones de activación del gen c-kit se han observado en células mononucleares periféricas aislada de pacientes con mastocitosis y trastornos hematológicos asociados (Nagata, et al., 1998, Mastocytosis Leuk 12:175-181), y en mastocitos de un paciente con urticaria pigmentosa y mastocitosis agresiva (Longley, et al., 1996, Nat. Gen. 12:312-314). La inhibición de cinasa c-kit por lo tanto demostrará que tiene un excelente papel terapéutico en el tratamiento de estos trastornos.
En algunos pacientes, mutaciones de activación de c-kit pueden ser responsables de la patogénesis de la enfermedad y estos pacientes pueden tratarse, o sus enfermedades evitarse, por modulación de la interacción de SCF con cinasa c-kit. La activación de SCF de c-kit se ha demostrado que evita apoptosis de mastocito, la cual puede ser crítica para mantener homeostasis de mastocito cutánea (lemura et al., 1994, Amer. J. Pathol 144:321-328; Yee, et al., 1994, J. Exp. Med. 179:1777-1787; Mekori, et al., 1994, J. Immunol 153:2194-2203; Mekori, et al., 1995, Int. Arch. Allergy Immunol. 107:137-138). La inhibición de apoptosis de mastocito puede conducir a la acumulación de mastocito asociada con mastocitosis. De este modo, la observación de la activación de c-kit, que resulta de la sobreexpresión del receptor, formación excesiva de SCF soluble, o mutaciones del gen c-kit que activa constitutivamente su cinasa, proporciona un argumento de que la inhibición de la actividad de cinasa de c-kit disminuirá el número de mastocitos y proporcionará beneficio para pacientes con mastocitosis.
Para células con mutaciones c-kit de activación se encontró que inhibidores de c-kit inhiben o ii?cluso eliminan las células (Ma et al., 2000, J Invest Dermatol. 114:392-394), particularmente para mutaciones en la región reguladora (Ma et al., 2002, Blood 99:1741-1744). Ma et al., 200ÍI , también demostró que para mutaciones en la región catalítica, los inhibidores STI571 (Gleevec ) y SU9529 no inhibieron las células, de manera que los tipos adicionales de inhibidores de {:-k¡t son útiles. De este modo, los ¡nhibidores c-kit pueden utilizarse contra c-kit de tipo silvestre as,í como c-kit que tienen mutaciones, por ejemplo, activando mutaciones en la región reguladora y/o j-egión catalítica.
Asma y Alergia: Mastocitos y eosinófilos representan células claves en infección parasítica, ale gia, inflamación y asma (Thomas, et al., 1996, Gen. Pharmacol 27:593-597; Metcalfe, et al.i 1997, Physiol Rev 77:1033-1079; Holgate, 1997, CIBA Found. Symp.; Naclerio, et al., 1997, JAMA 278:1842-1848; Costa, et al., 1997, JAMA 778:1815-1822). SCF ha demostrado que es esencial para el desarrollo, supervivencia y crecimiento de mastocitos (Kitamura, et al., 1995, Int. Arch. Allerg. Immunol. 107:54-56; Metcalfe, et al., 1997, Physiol Rev 77:1033-1079). Además, SCF coopera con el regulador específico de eosinófilos, IL-5, para incrementar el desarrollo de progenitores de eosinófilos (Metcalf, et al., 1998, Proc. Nati. Acad. Sci., USA 95:6408-6412) Se ha reportado también que SCF induce mastocitos para secretar factores (Okayama, et al., 1997, Int. Arch. Aller. Immunol. 114:75-77; Okayama, et al., 1998, Eur. J. Immunol 28:7C8-715) que promueve la supervivencia de eosinófilos (Kay, et al., 1997, Int. Arch. Aller. Immunol. 113:196-199), la cual puede contribuir a inflamación crónica, mediada por eosinófilo (Oke yama, et al., 1997, Int. Arch. Aller. Immunol. 114:75-77; Okayama, et al., 1998, Eur. J. Immunol. 26 :708-715). En este sentido, SCF regula directa e indirectamente la activación tanto de mastocitos como de eosinófilos.
SCF induce la liberación mediadora de mastocitos, así como el cebado de estas células para la desgranulación inducida por IgE (Columbo, et al., 1992, J. Immunol 149:599-602) y la sensibilización de su capacidad de respuesta a proteína básica principal de granulo derivado de eosinófilos (Firuta, et al., 1998, Blood 92:1055-1061). Entre los factores liberados por mastocitos activados estiin IL-5, GM-CSF y TNF-a, los cuales influencian la secreción de proteínas de eosinófilo (Okayama, et al., 1997, Int. Arch. Aller. Immunol. 114:75-77; Okayama, et al., 1998, Eur. J. Immunol. 28:708-715). Además de inducir la liberación de histamina a partir de mastocitos (Luckacs, et al., 1996, J. Immunol. 156:3945-3951 ; Hogaboam, et al., 1998, J. Immunol. 160:6166-6171 ), SCF pramueve la producción de mastocitos del factor quimiotáctico de eosinófilo, eotaxina (Hogaboam, et al., 1998, J. Immunol. 160:6166-6171), e infiltración de eosinófilo (Luckacs, et al., 1996, J. Immuhol. 156:3945-3951 ).
SCF también influye directamente la adhesión de mastocitos (Dastych, et al., 1994, J. Immunol. 152:213-219; Kinashi, et al., 1994, Blood 83:1033-1038) y eosinófilos (Yuan, et al., 1997, J. Exp. Med. 186:313-323), que a su vez, regula la infiltración de tejido. De este modo, SCF puede influenciar las células primarias implicadas en alergia y asma mediante múltiples mecanismos. Actualmente, los corticoesteroides son el tratamiento más efectivo de rinitis crónica e inflamación asociada con alergia (Naclerio, et al., 1997, JAMA 278:1842-1848; Meitzer, 1997, Aller. 52:33-40). Estos agentes trabajan mediante múltiples mecanismos incluyendo la reducción para hacer circular e infiltrar mastocitos y eosinófilos, y la supervivencia disminuida de eosinófilos asociados con la inhibición de producción de citosina (Meitzer, 1997, Aller. 52:33-40). Se ha reportado que los esteroides inhiben la expresión de SCF por fibroblastos y células de tejido conectivo res dentes, las cuales conducen a la supervivencia de mastocitos disminuida (Finotto, et al., 1997, J. (fclin. Invest. 99 1721-1728). Debido a la regulación mutua de la función de mastocitos y eosinófilos, y al papel que SCF puede jugar en esta regulación, la inhibición de la cinasa c-kit proporcionará un medio para tratar rinitis crónica asociada con alergias, inflamación y asma.
Artritis inflamatoria (por ejemplo, artritis reumatoide): Debido a la asociación de mastocitos cpn el proceso artrítico (Lee et al., 2002, Science 297:1689-1692), c-kit proporciona un objetivo útil para la prevención, retraso y/o el tratamiento de artritis inflamatoria, tal como artritis reumatoide.
Esclerosis múltiple: Los mastocitos han demostrado que juegan un papel extenso en enfermedades autoinmunes, como se demuestra en el modelo de ratón de esclerosis múltiple (MS), encefalomielitis alérgica experimental (EAE). Se indicaron mastocitos que se requieren para la manifestación total de la enfermedad. Secor et al., 2000, J Exp Med 191 :813-821. De este modo, c-kit también proporciona un objetivo útil para la prevención, el retraso y/o el tratamiento de esclerosis múl ¡pie.
Enfermedades ejemplares asociadas con c-fms La presencia de c-fms se ha asociado con un número de diferentes tipos de enfermedades. Como tal, c-fms se ha asociado con trastornos inmunes, ¡ncluyendo artritis reumatoide, lupus eritematoso sistémico (SLE), granulomatosis de Wegener, y rechazo de transplante, enfermedades inflamatorias que incluyen Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica (COPD), enfisema y aterosclerosis, trastornos metabólicos, incluyendo resistencia a insulina, hiperglicemia / lipólisis, trastornos de estructura ósea o mineralización, incluyendo osteoporosis, riesgo incrementado de fractura, hipercalcemia y metástasis ósea, enfermedades de riñon, incluyendo nefritis (por ejemplo, glomerulonefritis, nefritis intersticial, nefritis de Lupus), necrosis tubular, complicaciones renales asociadas con diabetes e hipertrofia y cánceres, incluyendo mieloma múltble, leucemia mieloide aguda, leucemia mieloide crónica (CML), cáncer de mama y cáncer de ovario.
La expresión y/o activación aberrante de c-fms se ha implicado en leucemia mieloide aguda, AML (Ridge et al, Proc. Nat. Acad. Sci. 1990, 87:1377-1380). Se cree que las mutaciones et el codón 301 conducen a la transformación neoplástica por independencia de ligando y actividad de tirosina cinasa constitutiva del receptor. El residuo de tirosina en el codón 969 se ha demostrado que está implicado en una actividad reguladora negativa, la cual se interrumpe por sustituciones de aminoácidos. Por consiguiente, mutaciones c-fms son más comunes (20%) en leucemia mielomonocítica crónica y AML tipo M4 (23%) ambas de las cuales se caracterizan por la diferenciación monocítíca.
Una condición relacionada con AML es leucemia mieloide crónica (CML). Durante la crisis blástica mieloide (BC) de CML, ocurren anormalidades de cromosoma adicional no aleatorias en más del 80% de los pacientes. Sin embargo, estos cambios citogénicos se han reportado que preceden los signos clínicos de CML-BC durante varios meses al año sugiriendo que otros eventos biológicos pueden participar en el proceso de multietapa de transformación aguda de CML. Se ha demostrado que la producción autócrina de los factores de crecimiento ocurre en varias malignidades hematológicas y particularmente en AML. Specchia et al [Br J
Haematol. 1992 Mar; 80(3):310-6] ha demostrado que el gen IL-1 beta se expresa en casi todos los casos de GML en crisis blástica mieloide, y que una proporción elevada de casos demostró expresión constitutiva del gen M-CSF. Muchos de los mismos pacientes en el estudio de Specchia et al demostparon la co-expresión simultánea de c-fms. Después de la exposición de células leucémicas a miristato-acetato de forbol (PMA), la liberación de la proteína de M-CSF se documentó en tres de los cinco pacientes estudiados; sin embargo, ningún factor que estimula colonias de granulocitos-macrófagos (GM-CSF) de interleucina-3 (IL-3) notables o factor que estimula colonias de granulocitos (G-CSF), se detectó en estos pacientes. Esto demuestra que diferentes patrones de secreción de factores de crecimiento existen en AML y CML, y que distintos eventos moleculares están probablemente implicados en el control de proliferación leucémica.
La observación de que la producción de M-CSF, el factor de crecimiento macrófago principal, se incrementa en tejidos durante la inflamación (Le Meur et al., J. Leukocyte Biology. 2002; 72:530-537) proporciona un papel para c-fms en ciertas enfermedades. Por ejemplo, COF D se caracteriza por la limitación de flujo de aire que no es completamente reversible. La limitación de flujo de aire es usualmente progresiva y se asocia con una respuesta inflamatoria anormal de los pulmones a partículas o gases nocivos. La inflamación crónica de COPD se observa a través de las vías respiratorias, parenquima y vasculatura pulmonar. La población de células inflamatorias consiste de neutrófilos, macrófagos y linfocitos T, junto con eosinófilos en algunos pacientes. Los macrófagos se postulan para jugar un papel orquestante en Granulomatosis de Wegener, también conocida como vasculitis, se caracteriza por la inflamación éranulomatosa de los vasos sanguíneos con necrosis. Esta inflamación limita el flujo sanguíneo a engaños con daño consecuente. Aunque la enfermedad puede implicar cualquier sistema de los órganos, la granulomatosis de Wegener afecta principalmente el tracto respiratorio (es decir, senos nasales, nariz, traquea y pulmones) y los riñones. El endotelio juega un papel central en la inmunopatologla de varios trastornos vasculares en muchas condiciones inflamatorias tales como granulomatosis de Wegener en la cual el uso de inmunoglobulina intravenosa (IV Ig) ha demostrado que es benéfica (véase por ejemplo, Basta et al., J Clin Invest 1994, 94:1729-1735). Se ha reportado (Xu et al, Am. J. Path. 1998;153:1257-1266) que IV Ig inhibe la proliferación de células endoteliales en una manera dependiente de dosis y de tiempo y desregula la expresión de ARNm de molécula de adhesión (ICAM-1 y VCAM-1 ), ARNm de quimiocína (MCP-1 , M-CSF y GM- CSF) y ARNm de citosina pro-inflamatoria (TNF-a, IL-1ß e IL6) inducida por TNF-a o IL-1ß. Estos resultados pueden explicar, al menos en parte, el efecto terapéutico de IV Ig en trastomos vasculares e inflamatorios. Adicionalmente, estos resultados sugieren que la inhibición de la actividad de M"-CSF en el nivel de interacción con c-fms es una estrategia de tratamiento eficaz.
El papel de M-CSF y c-fms en enfisema parece implicar la regulación de metabolismo de elastina a través del control de metaloproteínas de matriz. M-CSF tiene un papel en la modulación de la acumulación y función de macrófagos alveolares (AMs) in vivo (Shibata et al, Blood 2001 , 98: pp. 2845-2852). Los ratones osteopetróticos (Op/Op) no tienen M-CSF detectable y muestran reducciones específicas de tejido variables en números de macrófagos. Por consiguiente, se planteó la hipótesis de que los AM podrían disminuirse en número y tenían la función alterada en ratones Op/Op debido a la ausencia de M-CSF. Shibata et al encontró que los macrófagos ds pulmón identificados en las secciones de pulmón se disminuyeron en número en ratones Op/O )p de 20 días de nacidos, pero no en ratones Op/Op de más de 4 meses en comparación con los descubrimientos en controles de la misma carnada de edad coincidente. Los números de AMs recuperados por lavado broncoalveolar (BAL) se redujeron también en ratones Op/Op jóvenes pero no en los adultos comparados con los controles. De forma importante, los AMs de ratonas Op/Op liberan espontáneamente niveles más elevados de metaloproteínas de matriz (MMPs) que AMs de los controles. Consistente con una liberación incrementada de MMP, los ratones Op/Op tienen deposición de elastina anormal y desarrollan espontáneamente enfisema en ausencia de evidencia molecular o celular de inflamación de pulmón. Por consiguiente, la modulación do actividad de metaloelastasa en macrófagos por M-CSF puede controlar la degradación de fibras de elastina en pulmones o vasos sanguíneos.
Las células de cáncer metastático provocan destrucción ósea, con fractura asociada, dolor, deformación e hipercalcemia, debido a la producción de factores osteoclasticog ?nicos incluyendo M-CSF por células tumorales (Clohisy et al, Clin. Orthop. 2000, 373:104-14). E.l enlace de M-CSF al producto de c-fms estimula la formación de osteoclastos y la actividad osteolítica (Kodama et al, J. Exp., Med. 1991 , 173:269-72; Feng et al, Endocrinology 2002, 143: 4858-74). Por consiguiente, la inhibición de actividad de osteoclastos en el nivel de c-fms ofrece un objetivo persuasivo para el mejoramiento de metástasis ósea.
La acumulación de macrófagos es una característica prominente en muchas formas de glomerulonefritis. La proliferación local de macrófagos dentro del riñon se ha descrito en glomerulonefr tis humana y experimental y puede tener un papel importante en el aumento de la respuesta inflamatoria. Isbel et al (Nephrol Dial Transplant 2001 , 16:1638-1647) examinó la relación entre la proliferación de macrófagos y la expresión renal de M-CSF. Se encontró que M-CSF glomeru ar y tubulointersticial se sobre-regula en glomerulonefritis humana, siendo más prominente en formas proliferativas de la enfermedad. Debido a que esto se correlaciona con la proliferación local de macrófagos, se sugiere que la producción de M-CSF renal incrementada juegue un papel importante en regular la proliferación local de macrófagos en glomerulonefritis humana. En un modelo de inflamación renal (UUO-obstrucción urétrica unilateral), el tratamiento de anticuerpo anti-c-fms redujo la acumulación de macrófagos (Le Meur et al., J Leukocyte Biology, 2002, 72: 530-537). Por consiguiente, la inhibición de c-fms ofrece un objetivo para la intervención terapéutica en glomerulonefritis.
La resistencia a la insulina y la obesidad son signos de diabetes del tipo II y existe una correlació fuerte entre la resistencia a la insulina y la acumulación de grasa visceral abdominal (Bjo-ntrop, Diabetes Metab. Res. Rev., 199, 15:427-441 ). La evidencia actual indica que los macrófagoí que se acumulan en el tejido adiposo liberan TNF-a y otros factores que causan cambios de edipositos (hipertrofia, lipólisis, sensibilidad reducida a la insulina) y también promueven la resistencia a la insulina en tejidos circundantes. Por lo tanto, la acumulación de macrófagos en diabetes del tipo 2 es importante para el progreso de la enfermedad. Por consiguiente, ha inhibición de c-fms tiene potencial para evitar el desarrollo de resistencia a la insulina e hiperglicemia.
Dewar et al., han demostrado recientemente que el inhibidor imatinib de cinasa también enfoca específicamente el receptor de factor que estimula la colonia de macrófagos, c-fms, en concentraciones terapéuticas. Aunque este descubrimiento tiene implicaciones importantes con respecto a efectos secundarios potenciales en pacientes que reciben actualmente terapia con imatinib, estos resultados sugieren que imatinib puede también ser útil en el tratamiento de enfermedades en donde c-fms está implicado. Esto incluye cáncer de mama y de ovario y condiciones in lamatorias tales como artritis reumatoide. Dewar et al., también especula que imatinib puede utilizarse en enfermedades en donde la destrucción ósea ocurre debido a la actividad excesiva de osteoclastos, tal como en la malignidad hematológica, mieloma múltiple (Dewar et al., Cell Cycle 2005, 4(7):851-3).
Para determinar la importancia de M-CSF en conducir la proliferación de macrófagos durante el rechazo agudo, José et al. Bloqueó el receptor de M-CSF, c-fms en un modelo de ratón de rechazo de aloinjerto renal agudo. Éstos observaron que la severidad del rechazo tubulcintersticial se redujo en el grupo de tratamiento como se muestra por tubulitis disminuida y proliferación celular tubular. La proliferación de macrófagos durante el rechazo de aloinjerto agucfo es dependiente de la interacción de M-CSF con su c-fms receptor. Indican que esta trayecto )rri?á juega un papel notable y específico en la acumulación de macrófagos dentro de un aloinjerto renal de rechazo (José et al., Am J Transplant 2003, 3(3):294-300).
Además, los moduladores de la función de c-fms y c-kit pueden utilizarse contra enfermedades tales como aquellas indicadas anteriormente, en donde en algunos casos, la actividad dual del modulador para c-fms y c-kit proporciona distintas ventajas para tratar tales enfermedades Las actividades complementarias provistas por un compuesto sencillo proporcionaríap beneficios agregados sobre compuestos enfocando una o la otra actividad, o compuestos separados que enfocan estas actividades. Por ejemplo, al atenuar la liberación de quimio-atraye?tes de macrófagos por mastocitos o quimio-atrayentes de mastocitos por macrófagos, estos efectos anti-inflamatorios serían sinergizados con la inhibición concomitante de la función celular intrínseca. Las limitaciones en la co-administración están ausentes en un inhibidor dual, Además, la actividad dual puede resultar en dosis efectivas mucho más bajas para el tratamiento.
II. Producción de Polipéptidos relacionados con c-kit y c-fms Los polipéptidos de cinasa nativos y mutados descritos en la presente pueden sintetizarse químicamente por completo o en parte utilizando técnicas que son bien conocidas en el arte (véase, por ejemplo, Creighton (1983) Biopolymers 22(1):49-58).
Alternativamente, métodos que se conocen bien por aquellos expertos en la técnica puedep utilizarse para construir vectores de expresión que contienen la secuencia de codificación del polipéptido cinasa nativo o mutado y las señales de control de tran scripción/tr aducción apropiadas. Estos métodos incluyen técnicas de ADN recombinantes in Vitro, técnicas sintéticas y recombinación in Vo/recombinación genética. Véase por ejemplo, las técnicas descritas en Maniatis, T (1989). Molecular clonina: A laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory , New York. Cold Spring Harbor Laboratory Press; y Ausubel, F.M. et al. (1994) Current Protocols in Molecular Bioloqy. John Wiley & Sons, Secaucus, N.J.
Una variedad de sistemas del vector de expresión huésped puede utilizarse para expresar la ¿ecuencia de codificación de cinasa. Éstos incluyen, pero no se limitan a microorganismos tales como bacterias transformadas con vectores de expresión de ADN de bacteriófago recombinante, ADN plásmldo o ADN cósmido que contienen la secuencia de codificación de dominio de cinasa; levadura transformada con vectores de expresión de levadura recombinante que contienen la secuencia de codificación de dominio de cinasa; sistemas de células de insectos infectadas con vectores de expresión de virus recombinante (por ejemplo, baculovirus) que contiene la secuencia de codificación de dominio de cinasa; sistemas de células vegetales infectados con vectores de expresión de virus recombinante (por ejemplo, virus del mosaico de ccliflor, CaMV; virus de mosaico del tabaco, TMV) o transformados con vectores de expresión de plásmido recombinante (por ejemplo, plásmido Ti) que contienen la secuencia de codificación del dominio de cinasa; o sistemas de células animales. Los elementos de expresión de estos sistemas varían en su resistencia y especificidades.
Dependiendo del sistema huésped/vector utilizado, cualquier número de elementos de transcripció y traducción adecuados, incluyendo promotores constitutivos o inducibles, pueden utilizarse en el vector de expresión. Por ejemplo, cuando se clonan en sistemas bacterianos, los promotores ¡nducibles tales como pL de bacteriófago ?, plac, ptrp, ptac (promotor híbrido ptrp-lac) y similares pued en utilizarse; cuando se clonan en sistemas de células de insectos, promotores tales como el promotor de polihedrina de baculovirus puede utilizarse; cuando se clona en sistemas de sélulas vegetales, promotores derivados del genoma de células vegetales (por ejemplo, promotores de choque térmico; el promotor para la subunidad pequeña de RUBISCO; el promotor para la proteína de enlace de clorofila a/b) o del virus de plantas (por ejemplo, el promotor de AIRN 35S de CaMV; el promotor de proteínas recubiertas de TMV) pueden utilizarse; cuando se clor a en sistemas de células de mamíferos, los promotores derivados del genoma de células de mamíferos (por ejemplo, el promotor de metalotioneina) o de virus de mamíferos (por ejemplo, el promotor tardío de adenovirus; el promotor 7.5K de virus de la viruela bovina) puede utilizarse; cuando se generan líneas celulares que contienen múltiples copias del ADN de dominio de cinasa, vectores basados en SV40, BPV y EBV pueden utilizarse con un marcador seleccionable apropiado.
Métodos ejemplares que describen métodos de manipulación de ADN, vectores, varios tipos de células utilizadas, métodos para incorporar los vectores en las células, técnicas de expresión, purificación de proteínas y métodos de aislamiento, y métodos de concentración de proteínas se describen en detalle en la solicitud PCT WO 96/18738. Esta solicitud se incorpora en la presente para referencia en su totalidad, incluyendo cualquier dibujo. Aquellos expertos en la técnica apreciarán que tales descripciones son aplicables a la presente invención y pueden adaptarse a ésta fácilmente.
lll. Ensayos de Enlace Los métodos de la presente invención pueden implicar ensayos que son capaces de detectar el enlace de compuestos a una molécula objetivo. Tal enlace está en un nivel estadísticamente notable, de preferencia con un nivel de confidencia de al menos 90%, más preferiblemente al menos 95, 97, 98, 99% o mayor nivel de confianza que la señal de ensayo representa el enlace a la molécula objetivo, es decir, se distingue desde el fondo. De preferencia, se utilizan controles para distinguir el enlace objetivo del enlace no específico. Una gran variedad de ensayos indicativos de enlace se conocen para diferentes tipos de objetivo y pueden utilizarse para esta invención.
Los compuestos de enlace pueden caracterizarse por su efecto en la actividad de la molécula ob etivo. De este modo, un compuesto de "actividad baja" tiene una concentración inhibidora (IC50/ 0 una concentración efectiva (EC50) de más de 1 µM bajo condiciones estándares. Por "actividad ijiuy baja" se debe entender una IC50 o EC50 de arriba de 100 µM bajo condiciones estándares. Por "actividad extremadamente baja" se debe entender una IC50 o EC50 de arriba de 1 mM bajo condiciones estándares. Por "actividad moderada" se debe entender una IC50 o EC50 de 200 nM a 1 µM bajo condiciones estándares. Por "actividad moderadamente elevada" se debe entender una IC50 o EC50 de 1 nM a 200 nM. Por "actividad elevada" se debe entender una IC50 o
EC50 debajo de 1 mM bajo condiciones estándares. La IC50 o EC50 se define como la concentración del compuesto en la cual 50% de la actividad de la molécula objetivo (por ejemplo enzima u otra proteína) que su mide se pierde o gana con relación al margen de actividad observada cuando no se presenta ningún compuesto. La actividad puede medirse utilizando métodos conocidos por aquellos de experiencia ordinaria en la técnica, por ejemplo, al medir cualquier producto defectable o señal producida por la aparición de una reacción enzimática u otra actividad por una proteína que se mide.
Por "señal de fondo" en referencia a un ensayo de enlace se debe entender la señal que se registra bajo condiciones estándares para el ensayo particular en la ausencia de un compuesto de prueba, andamiaje molecular, o ligando que se enlaza a la molécula objetivo. Las personas de experiencia ordinaria en la técnica entenderán que existen métodos aceptados y están ampliamente disponibles para determinar la señal de fondo. Por "desviación estándar" se debe entender la raíz cuadrada de la varianza. La varianza es une medida de cuan dispersa se encuentra una distribución. Ésta se calcula como la desviación cuacrada promedio de cada número a partir de su punto medio. Por ejemplo, para los números 1 , 2 y 3, el promedio es 2 y la varianza es:
a* « n-2^ + í .2^ + f3-2)2 Q.667 , 3 Resonancia de Plasmón Superficial Los parámetros de enlace pueden medirse utilizando resonancia de plasmón superficial, por ejemplo, con un microchip BIAcore® (Biacore, Japan) recubierto con componentes de enlace inmovilizados. La resonancia de plasmón superficial se utiliza para caracterizar las constantes de asociación y disociación microscópica de reacción entre sFv u otro ligando dirigido contra las moléculas objetivo. Tales métodos se describen en general en las siguientes referencias, las cuales se incorporan en la presente para referencia. Vely F. et al., (2000) BIAcore® analysis to test phosphopeptide-SH2 domain interactions, Methods in Molecular Biology. 121 :313-21; Liparoto el al., (1999) biosensor analysis of the interleukin-2 receptor complex, Journal of Molecular Recpgnitioin. 12:316-21 ; Lipschuitz et al., (2000) Experimental design for analysis of complex kinectics using surface plasmon resonance, Methods. 20(3):310-8; Malmqvist., (1999) BIACORE; an affinity biosensor system for characterization of biomolecular interactions, Biochemical Society Transactions 27:335-40; Alfhan, (1998) Surface plasmon resonance biosensors as ci tool in antibody engineering, Biosensors & Bioelectronics. 13:653-63; Fivash et al., (1998) BIAcore for macromolecular interaction, Current Opinión in Biotechnology. 9:97-101 ; Price et al.; (1998) Summary report on the ISOBM TD-4 Workshop: analysis of 56 monoclonal antibodies against the MUC1 mucin. Tumour Biology 19 Suppl 1 :1-20; Malmqvist et al, (1997) Biomolecular interaction analysis: affinity biosensor technologies for functional analysis of proteins, Current Opinión in Chemical Biology. 1 :378-83; O'Shannessy et al., (1996) Interpretation of deviations from pseudo-first-orc er kinetic behavior in the characterization of ligand binding by biosensor technology, Analytical Biochemistry. 236:275-83; Malmborg et al., (1995) BIAcore as a tool in antibody engineering, Journal of Immunological Methods. 183:7-13; Van Regenmortel, (1994) Use of biosensors lo characterize recombinant proteins, Developments in Biological Standarization. 83:143-51 ; y O Shannessy, (1994) Determination of kinetic rate and equilibrium binding constants for macromolec ular interactions; a critique of the surface plasmon resonance literature, Current Opinión in Biotechnology. 5:65-71.
BIAcore® utiliza las propiedades ópticas de la resonancia de plasmón superficial (SPR) para detectar alteraciones en concentración de proteínas unida a una matriz de dextrano que yace en l a superficie de una interface de microchip de sensor de oro/vidrio una matriz de biosensor de aextrano. En resumen, las proteínas se unen de forma covalente a la matriz de dextrano en una concentración conocida y un ligando para la proteína se inyecta a través de la matriz de dexlrano. Luz casi infrarroja, dirigida sobre el lado opuesto de la superficie de chip sensor se refleja y también induce una onda evanescente en la película de oro, la cual a su vez, causa una disminución de intensidad en la luz reflejada en un ángulo particular conocido como el ángulo de resonancia. Si el índice refractivo de la superficie de chip sensor se altera (por ejemplo, por enlace de ligando a la proteína de enlace) ocurre un cambio en el ángulo de resonancia. Este cambio de ánc ulo puede medirse y se expresa como unidades de resonancia (RUs) de manera que 1000 RU¡; es equivalente a un cambio en la concentración de proteína superficial de 1 ng/mm2. Estoe cambios se despliegan con respecto al tiempo a lo largo del eje y de un sensorgrama, (¡I cual describe la asociación y disociación de cualquier reacción biológica.
Ensayos de Selección de Rendimiento Elevado (HTS) HTS normalmente utiliza ensayos automatizados para investigar mediante un gran número de compuestos para una actividad deseada. Normalmente los ensayos de HTS se utilizan para encontrar nuevos fármacos al seleccionar químicos que actúan en una enzima o molécula particular. Por ejemplo, si un químico inactiva una enzima, podría demostrarse que es efectivo para evitar un proceso en una célula que causa una enfermedad. Métodos de rendimiento elevado permiten a los investigadores evaluar miles de diferentes químicos contra cada molécula objetivo muy rápidamente utilizando sistemas de manejo robótico y análisis automatizado de resultados.
Como se utiliza en la presente, "selección de rendimiento elevado" o "HTS" se refiere a la ráp (lda selección in vitro de grandes números de compuestos (bibliotecas); en general decenas a cientos de miles de compuestos, utilizando ensayos de selección robótica. La Selección de rendimientq ultra elevado (uHTS) se refiere en general a la selección de rendimiento elevado acelerada a más de 100,000 pruebas por día.
Para lograr la selección de rendimiento elevado, es ventajoso alojar muestras en un portador o plataforma de multirecipientes. Un portador de multirecipientes facilita la medición de reacciones de una pluralidad de compuestos candidatos simultáneamente. Microplacas de multipozo pued an utilizarse como el portador. Tales microplacas de multipozo, y métodos para su uso en numerosOS ensayos, se conocen ambos en la técnica y están comercialmente disponibles.
Ensayos de selección pueden incluir controles para propósitos de calibración y confirmación de manipulación apropiada de los componentes del ensayo. Los pozos vacíos que contienen todo» los reactivos, pero ningún miembro de la biblioteca química se incluyen usualmente. Corno otro ejemplo, un inhibidor conocido (o activador) de una enzima para la cual se buscan moduladores, puede incubarse con una muestra del ensayo, y la disminución resultante (o incremento) en ? actividad enzimática utilizada como un comparador o control. Se apreciará que los moduladores pueden combinarse también con los activadores o inhibidores de enzima para encontrar moduladores que inhiban la activación o represión enzimática que es causada de otra forma por la presencia del modulador de enzima conocido.
Medición Enzim ática y Reacciones de Enlace Durante Ensayos de Selección Técnicas para medir el progreso de reacciones enzimáticas y de enlace, por ejemplo, en portadores de multirecipientes, se conocen en la técnica e incluyen, pero no se limitan a lo siguiente.
Erlisayos espectrofotométricos y espectrofluorométricos son bien conocidos en la técnica. Ejemplos de tales ensayos incluyen el uso de ensayos colorimétricos para la detección de peróxidos, como se describe en Gordon, A. J. y Ford, R.A., (1972) The Chemist's Companion: A Handbook Of Practical Data. Techniques, And References. John Wiley and Sons, N.Y, Página 437. La espectrometría de fluorescencia puede utilizarse para monitorear la generación de productos tie reacción. La metodología de fluorescencia es generalmente más sensible que la metodología ce absorción. El uso de sondas fluorescentes se conoce bien por aquellos expertos en la técnica. Para revisiones, véase Bashford et al., (1987) Spectrophotometrv and Spectrofluoronetrv: A Practical Approach. pp. 91-114, IRL Press Ltd.; y Bell, (1981 ) Spectroscopy
In Biochemistriy, Vol. I, pp. 155-194, CRC Press.
En métodos espectrofluorométricos, se exponen enzimas a sustratos que cambian su fluorescen?ia intrínseca cuando se procesan por la enzima objetivo. Normalmente, el sustrato es no fluorescente y se convierte a un fluoróforo mediante una o más reacciones. Como un ejemplo no limitante, la actividad de SMasa puede detectarse utilizando el reactivo Amplex® Red (Molecular Probes, Eugene, OR). Con el fin de medir la actividad de la esfingomielinasa utilizando Amplex® ReJ, ocurren las siguientes reacciones. En primer lugar, SMasa hidroliza la espingomielin¡a para producir ceramida y fosforilcolina. En segundo lugar, la fosfatasa alcalina hidroliza la fosforilcolina que produce colina. En tercer lugar, la colina se oxidiza por colina oxidasa a betaína. Fir almente, H202, en la presencia de peroxidasa de rábano, reacciona con Amplex® Red que produce el producto de fluorescencia, Resorufina, y la señal del mismo se detecta utilizando espectrofluorometría.
La polarización de fluorescencia (FP) se basa en una disminución en la velocidad de rotación molecular de un fluoróforo que ocurre en el enlace a una molécula más grande, tal como una proteína receptora, permitiendo la emisión fluorescente polarizada por el ligando enlazado. La FP se determina empíricamente al medir los componentes verticales y horizontales de emisión de fluoróforo después de la excitación con luz polarizada plana. La emisión polarizada se incrementa cuando la rotación molecular del fluoróforo se reduce. Un fluoróforo produce una señal polarizada más grande cuando se enlaza a una molécula más grande (es decir, un receptor), Los fluoróforos derivados de esfingolípidos que pueden utilizarse en ensayos de FP están corrercialmente disponibles. Por ejemplo, Molecular Probes (Eugene, OR) actualmente vende esfingomielina y fluoróforos de una ceramida. Estos son, respectivamente, N-(4,4-difluoro-5,7-dimetil-4-tora-3a,4a-diaza-s-indacen-3-pentanoil)esfingosil fosfocolina (esfingomielina C5 BODIPY® FL); N-(4,4-difluoro-5,7-dimetil-4-bora-3a,4a-diaza-s-indacen-3-dodecanoil)esfingosil fosfocolina (e ?fingomielina C12 BODIPY® FL); y N-(4,4-difluoro-5,7-dimetil-4-bora-3a,4a-diaza-s- indacen-3-pentanoil)esfingosina (ceramida C5 BODIPY® FL). La Patente Norteamericana No. 4,150,949 (Inr?unoensayo para gentamicina), describe gentamicinas etiquetadas con fluoresceína, incluyendo gerjtamicina de fluoresceintiocarbanilo. Los fluoróforos adicionales pueden prepararse utilizando métodos bien conocidos por el técnico calificado.
Lectores de fluorescencia normal y polarizada ejemplar incluyen el sistema de polarización de fluorescencia POLARION® (Tecan AG, Hombrechtikon, Switzerland). Lectores de placa de multipozo general para otros ensayos están disponibles, tales como el lector VERSAMAX® y el espectrofotómetro de placa de multipozo SPECTRAMAX® (ambos de Molecular Devices). La transferencia de energía de resonancia de fluorescencia (FRET) es otro ensayo útil para detectar la interacción y se ha descrito. Véase, por ejemplo, Heim et al., (1996) Curr. Biol. 6:178-182; Mitra et al., (1996) Gene 173:13-17; y Selvin et al., (1995) Meth. Enzymol. 246:300-345. FRET detecta la transferencia de energía entre dos sustancias fluorescentes en proximidad cercana, que teñe longitudes de onda de excitación y emisión conocidas. Como un ejemplo, una proteína puedo expresarse como una proteína de fusión con proteína fluorescente verde (GFP). Cuando dos proteínas están en proximidad, tal como cuando una proteína interactúa específicamente con una molécula objetivo, la energía de resonancia puede transferirse de una molécula excitada a otra. Como resultado, el espectro de emisión de la muestra cambia, el cual puede medirse por un fluorómetro, tal como un fluorómetro de multipozo fMAX (Molecular Devices, Sunnyvale Cal f.)
El ensayo de proximidad de centelleo (SPA) es un ensayo particularmente útil para detectar una interacción con la molécula objetivo. El SPA se utiliza ampliamente en la industria farmacéutica y se ha descrito (Hanselman et al., (1997) J. Lipid Res. 38:2365-2373; Kahl et al.,
(1996) Anal. EJiochem. 243:282-283; Undendfriend et al., (1987) Anal. Biochem. 161 :494-500).
Véase también las Patentes Norteamericanas Nos. 4,626,513 y 4,568,649 y la Patente Europea La molécula objetivo puede unirse a las placas del destellador por una variedad de medios bien conocidos. Están disponibles placas de centelleo que se derivan para unirse a proteínas de fusión tales como proteínas de fusión GST, His6 o Flag. Donde la molécula objetivo es un complejo de proteína o un multímero, una proteína o subunidad puede unirse a la primera placa, entonces los otros componentes del complejo se agregan después bajo condiciones de enlace, resultando en un complejo enlazado.
En un ensayo de SPA típico, los productos genéticos en el grupo de expresión habrán sido radioetiquetados y agregados a los pozos, y habrán permitido interactuar con la fase sólida, la cual es la molécula objetivo inmovilizada y el recubrimiento centellante en los pozos. El ensayo puede medirse inmediatamente o se le permite alcanzar el equilibrio. De cualquier modo, cuando una raj ioetiqueta llega a cerrarse al recubrimiento de centelleo, puede producir una señal detectable por un dispositivo tal como un contador de centelleo de microplaca TOPCOUNT NXT® (Packard BioScience Co., Meriden Conn.). Si un producto de expresión radioetiquetado se enlaza a la molécula objetivo, la radioetiqueta permanece en cercanía al destellador bastante tiempo para producir una señal detectable.
I En contraste, las proteínas etiquetadas que no se enlazan a la molécula objetivo, o se enlazan sólo brevemente, no permanecerán cerca del destellador bastante tiempo para producir una señal sofc re la antecedente. Cualquier momento gastado cerca del destellador causado por movimiento Browniano aleatorio no resultará tampoco en una cantidad notable de señal. Así mismo, la rac ioetiqueta no incorporada residual utilizada durante la etapa de expresión puede presentarse, aero no generará señal notable debido a que estará en solución en lugar de interactuar con la molécula objetivo. Estas interacciones sin enlace causarán por lo tanto un cierto nivel de señal e fondo que puede removerse matemáticamente. Si se obtienen muchas señales, la sal u otros modificadores pueden agregarse directamente a las placas de ensayo hasta que se obtenga la especificidad deseada (Nichols et al., (1998) Anal. Biochem. 257:112-119).
IV. Ensayos de Actividad de Cinasa Un número de diferentes ensayos para actividad de cinasa pueden utilizarse para evaluar moduladores activos y/o determinar la especificidad de un modulador para una cinasa particular o grµpo de cinasas. Además del ensayo mencionado en los Ejemplos posteriormente, alguien de experiencia ordinaria en la técnica sabrá de otros ensayos que pueden utilizarse y pueden modificar un ensayo para una aplicación particular. Por ejemplo, numerosos papeles que se relacionan qon las cinasas describen ensayos que pueden utilizarse.
Ensayos alternativos adicionales pueden emplear determinaciones de enlace. Por ejemplo, esta clase de ensayo puede formatearse ya sea en un formato de transferencia de energía de resonancia de fluorescencia (FRET), o utilizando un formato AlphaScreen (ensayo homogéneo dé proximidad /uminiscente amplificada) al hacer variar los reactivos donadores y aceptores que se unen a estreptavidina o el anticuerpo fosfo-específico.
V. Técnicas i S,intéticas Orgánicas Una amplia disposición de técnicas sintéticas orgánicas existe en la técnica para cumplir el reto de construir moduladores potenciales. Muchos de estos métodos sintéticos orgánicos se describen en detalle en fuentes de referencia estándar utilizados por aquellos expertos en la técnica. Un ejemplo de tal referencia es March, 1994, Advanced Organic Chemistrv;
Reactions, Mechanisms and Structure. New York, McGraw Hill. De este modo, las técnicas útiles para sintetizar un modulador potencial de función de cinasa están fácilmente disponibles por aquellos expertos en la técnica de la síntesis de química orgánica.
Con respecto a los ejemplos sintéticos descritos en la presente, los solventes incluyen solventes polares y no polares conocidos por aquellos de experiencia ordinaria en la técnica, incluyendo solventes apróticos polares y próticos polares. Los solventes polares incluyen, sin limitación, solventes próticos tales como metanol, etanol, alcohol isopropílico, t-butanol, n-butanol, ácido acético, ácido fórmico o agua, o solventes apróticos tales como tetrahidrofurano (THF), acetonitrilo, dio?ano, cloruro de metileno, sulfóxido de dimetilo (DMSO), acetona, N,N-dimetilformamida (DM), N, N-dimetilacetamida (DMA), acetato de etilo, 1 ,2-dimetoxietano, 1 ,2-dicloroetano, cloroformo, 1 ,2-dicloroetano o piridina. Solventes polares incluyen una mezcla de agua con cua quiera de los anteriores, o una mezcla de cualquiera de dos o más de los anteriores. Solventes ape lares incluyen, sin limitación, tolueno, benceno, clorobenceno, xilenos y hexanos.
Con respecto a los ejemplos sintéticos descritos en la presente, un agente de reducción inc uye, sin limitación, un agente de reducción tal como agentes de reducción catalítica utilizando hidrógeno y catalizadores de metal de transición tal como paladio, platino, rodio, etc. (por ejemplo, Pt/ácido acético/H2); una mezcla de ácido trifluoroacético y trietilsilano, complejo de borano-tetrah drofurano, diborano, complejo de borano-sulfóxido de dimetilo, y una combinación de borohidruro ele sodio y trifloruro de boro; metales tales como hierro reducido, polvo de zinc, magnesio, etc.; compuestos de complejo de metal-hidrógeno tal como borohidruros de metal álcali (por ejemplo, borohidruro de potasio, borohidruro de sodio, borohidruro de litio, borohidruro de zinc, triacetoxiborohidruro de sodio, etc.), hidruro de aluminio-litio, etc., hidruros metálicos tales como hidruro de sodio, etc.; compuestos orgánicos de estaño (hidruro de trifenilestaño, etc.); y sales metálicas tales como compuestos de níquel, compuestos de zinc, compuestos de estaño
(por ejemplo, cloruro de estaño (II), y yoduro de samario/ácido piválico/triamida hexametilfosfórica.
Con respecto a los ejemplos sintéticos descritos en la presente, un agente de oxidación indi ye, sin limitación, un agente de oxidación tal como un reactivo Dess-Martin, TEMPO (2,2,6,6-tetrametilpiperidina-N-óxido), DDQ (2,3-Dicloro-5,6-diciano-1 ,4-benzoquinona), PDC (dicromato de piridinio), PCC (clorocromato de piridinio), Pyridine.S03, trióxido de cromo, ácido p-nitroperbenzoico, monoperoxiftalato de magnesio, periodato de sodio, periodato de potasio, peróxido ácido, peróxido de urea, bromatos de metal álcali, hidroperóxido de eumeno, peróxido de ter-butilo, perácidos tales como ácido perfórmico, ácido peracético, ácido pertrifluoroacético, ácido perbenzoico, ácido m-cloroperbenzoico, ácido o-carboxiperbenzoico y similares; metaperiodato de sodio, ácido bicrómico; bicromatos tales como bicromato de sodio, bicromato de potasio; ácido permangánico permanganatos tales como permanganato de potasio, permanganato de sodio; y sales de plomo tales como tetraacetato de plomo.
VI. Formas o Derivados del Compuesto Alternativo
(a) Isómeros, Profármacos y Metabolitos Activos Los compuestos contemplados en la presente se describen con referencia tanto a compuestos específicos y de fórmulas genéricas. Además, los compuestos de la invención pueden existir en un rúmero de diferentes formas o derivados, todos dentro del alcance de la presente invención. Éstos incluyen, por ejemplo, tautómeros, estereoisómeros, mezclas racémicas, regioisómeros, sales, profármacos (por ejemplo, esteres del ácido carboxílico), formas solvatadas, diferentes formas de cristales o polimorfas, y metabolitos activos.
(b) Tautómeros, Estereoisómeros, Regioisómeros y Formas Solvatadas se entiende que ciertos compuestos pueden exhibir tautomerismo. En tales casos, las fórmulas provistas en la presente describen expresamente sólo una de las posibles formas tautoméricas. Se entenderá por lo tanto que las fórmulas provistas en la presente se pretenden para representar cualquier forma tautomérica de los compuestos descritos y no van a limitarse simplemente a la forma tautomérica específicas descrita por los dibujos de las fórmulas.
Así mismo, algunos de los compuestos de acuerdo con la presente invención pueden existí r como estereoisómeros, es decir, tienen la misma secuencia de átomos covalentemente unidos y difieren en la orientación espacial de los átomos. Por ejemplo, los compuestos pueden ser estereoisómeros ópticos, los cuales contienen uno o más centros quirales, y por lo tanto pueden existir en dos o más formas estereoisoméricas (por ejemplo, enantiómeros o diastereómeros). De este modo, tales compuestos pueden presentarse como estereoisómeros sencillos (es tjlecir, esencialmente libres de otros estereoisómeros), racematos y/o mezclas de enantiómeros y/o diastereómeros. Como otro ejemplo, los estereoisómeros incluyen isómeros geométricos, tales como de orientación cis o trans de carbonos adyacentes de un doble enlace. Todos los estereoisómeros sencillos, racematos y mezclas de los mismos se pretenden para estar dentro del alcunce de la presente invención. A menos que se especifique lo contrario, todas las formas esterei som ericas se incluyen dentro de las fórmulas provistas en la presente.
En ciertas modalidades, un compuesto quiral de la presente" invención está en una forma que contiene al menos 80% de un isómero sencillo (60% de exceso enantiomérico ("e.e.") o exceso de diaitereomérico ("d.e.")), o al menos 85% (70% e.e. o d.e.), 90% (80% e.e. o d.e.), 95% (90% e.e. o ?. i.), 97.5% (95% e.e. o d.e.) o 99% (98% e.e. o d.e.). Como se entiende por aquellos expertos en le técnica, un compuesto ópticamente puro que tiene un centro quiral es aquel que consiste esencialmente de uno de los dos posibles enantiómeros (es decir, es enantioméricamente puro) y un compuesto ópticamente puro que tiene más de un centro quiral es aquel que es tanto diastereoméricamente puro como enantioméricamente puro. En ciertas modalidades, el compuesto se presenta en forma ópticamente pura.
Para compuestos en los cuales la síntesis implica la adición de un grupo sencillo en un doble enlace, particularmente un doble enlace de carbono-carbono, la adición puede ocurrir en cualquiera de los átomos enlazados de doble enlace. Para tales compuestos, la presente invención incluye ambos regioisómeros.
I Adicionalmente, las fórmulas se pretenden para cubrir formas solvatadas como no solvatadas de las estructuras identificadas. Por ejemplo, las estructuras indicadas incluyen tanto formas hidratadas como no hidratadas. Otros ejemplos de solvatos incluyen las estructuras en combinación < on isopropanol, etanol, metanol, DMSO, acetato de etilo, ácido acético o etanolamina.
(c) Profármacos y Metabolitos Además de las presentes fórmulas y compuestos descritos en la presente, la invención también incluye profármacos (en general profármacos farmacéuticamente aceptables), derivados metabólicos activos (metabolitos activos), y sus sales farmacéuticamente aceptables.
Los profármacos son compuestos o sales farmacéuticamente aceptables de los mismos que, cuando se metabolizan bajo condiciones fisiológicas o cuando se convierten por solvólisis, producen el compuesto activo deseado. Normalmente, el profármaco es inactivo o menos activo que el compuesto activo, pero puede proporcionar manejo ventajoso, administración o propiedades metabólicas. Por ejemplo, algunos profármacos son esteres del compuesto activo; durante la metabólisis, el grupo éster se desdobla para producir el fármaco activo. También, algunos profá macos se activan enzimáticamente para producir el compuesto activo, o un compuesto el cual, en la reacción química adicional, produce el compuesto activo.
Como se describe en The Practice of Medicinal Chemistrv. Ch. 31-32 (Ed. Wermuth, Academic Press, San Diego, CA, 2001 ), los profármacos pueden dividirse conceptualmente en dos categorías no exclusivas, profármacos bioprecursores y profármacos portadores. Er general, los profármacos bioprecursores son compuestos que están inactivos o tienen baja ac:ividad en comparación con el compuesto de fármaco activo correspondiente, que contiene un o más grupos protectores y se convierten a una forma activa por metabolismo o solvólisis. Ta o la forma de fármaco activo como cualquier producto metabólico liberado debe tener toxicidad aceptablemente baja. Normalmente, la formación del compuesto de fármaco activo implica un proc'eso o reacción metabólica que es uno de los tipos siguientes:
Reacciones oxidativas: Las reacciones oxidativas se ejemplifican sin limitación a reacciones tales como oxidación de alcohol, carbonilo y funciones de ácido, hidroxilación de carbonos alifáticos, hidroxilación de átomos de carbono alicíclico, oxidación de átomos de carbono aromático, oxidación de dobles enlaces de carbono-carbono, oxidación de grupos funcionales que contienen ni trógeno, oxidación de silicio, fósforo, arsénico y azufre, N-desalquilación oxidativa, O y S-desalquilación oxidativa, desaminación oxidativa, así como otras reacciones oxidativas.
Reacciones reductivas: Las reacciones reductivas se ejemplifican sin limitación a reacciones tales como la reducción de grupos carbonilo, la reducción de grupos hidroxilo y dobles enlaces de carbono-carbono, la reducción de grupos de funciones que contienen nitrógeno, y otras reacciones de reducción.
Reacciones sin cambio en el estado oxidativo: Las reacciones sin cambio en el estado de oxidación se ejemplifican sin limitación a reacciones tales como hidrólisis de esteres y éteres, desdoblamiento hidrolítico de enlaces sencillos de carbono-nitrógeno, desdoblamiento hidrolítico de héterociclos no aromáticos, hidratación y deshidratación en múltiples enlaces, nuevas conexiones atómicas que resultan de reacciones de deshidratación, deshalogenación hidrolítica, remoción de moléculas de haluro ácido y otras reacciones.
Los profármacos portadores son compuestos de fármacos que contienen una porción de transporte, por ejemplo, que mejora la incorporación y/o el suministro localizado a un o unos sitios de acción. Deseable para tal profármaco portador, la conexión entre la porción de fármaco y la porción de transporte es un enlace covalente, el profármaco es inactivo o menos activo que el compuesto de fármaco, el profármaco y cualquier porción de transporte de liberación son aceptablemente no tóxicos. Para profármacos en donde la porción de transporte se pretende para mejorar l a incorporación, normalmente la liberación de la porción de transporte debe ser rápida. En otros casos, es deseable utilizar una porción que proporciona liberación lenta, por ejemplo, ciertcs polímeros u otras porciones, tales como ciclodextrinas. (Véase por ejemplo, Cheng et al., Publicación de Patente Norteamericana No. 2004/0077595, No. de Serie 10/656,838, incorporada en la presente para referencia). Tales profármacos portadores son a menudo ventajosos para fármacos oralmente administrados. Los profármacos portadores pueden, por ejemplo, utilizeirse para mejorar una o más de las siguientes propiedades: propiedad lipofílica incrementada, duración incrementada de efectos farmacológicos, especificidad del sitio incrementada, toxicidad disminuida y reacciones adversas, y/o mejoramiento en la formulación del fármaco (por e emplo, estabilidad, solubilidad acuosa, supresión de una propiedad organoléptica o fisioquímica indeseable). Por ejemplo, la propiedad lipofílica puede incrementarse por esterificación de grupos hidroxilo con ácidos carboxílicos lipofílicos, o de grupos de ácido carboxílico cor alcoholes, por ejemplo, alcoholes alifáticos. Wermuth, The Practice of Medicinal Chemistrv. Ch. 31-32, Ed. Wermuth, Academic Press, San Diego, CA, 2001.
Los profármacos pueden pasar de una forma de profármacos a una forma activa en una sola et pa o pueden tener una o más formas intermedias las cuales pueden por sí mismas tener actividad o pueden ser inactivas.
Los metabolitos, por ejemplo, metabolitos activos, se traslapan con profármacos como se describe anteriormente, por ejemplo, profármacos bioprecursores. De este modo, tales metabolitos son compuestos farmacológicamente activos o compuestos que metabolizan además a compuestos :armacológicamente activos que son derivados que resultan del proceso metabólico en el cuerpo ae un sujeto o paciente. De estos, los metabolitos activos son tales compuestos derivados farmacológicamente activos. Para los profármacos, los compuestos de profármacos son generalmente activos o de actividad más baja que el producto metabólico. Para metabolitos activos, el compuesto progenitor puede ser ya sea un compuesto activo o puede ser un profármaco inactivo.
Los profármacos y metabolitos activos pueden identificarse utilizando técnicas de rutina conocidas en el arte. Véase por ejemplo, Bertolini et al., 1997, J. Med. Chem., 40:2011-2015; Shan et al., 1997, J Pharm Sci 86(7):756-757; Bagshawe, 1995, Drug Dev. Res., 34:220-230; Wermuth, the Practice of Medicinal Chemistrv. Ch. 31-32, Academic Press, San Diego, CA, 2001.
(d) Sales farmacéuticamente aceptables Los compuestos pueden formularse como o estar en la forma de sales farmacéuticamente aceptables. Las sales farmacéuticamente aceptables son sales no tóxicas en las cantidades y concentraciones en las cuales se administran. La preparación de tales sales puede facilitar el uso farmacológico al alterar las características físicas de un compuesto sin evitarlo aall eejjeerrcc'er su efecto fisiológico. Alteraciones útiles en propiedades físicas incluyen la disminución del punto de fusión para facilitar la administración transmucosal e incremento de la solubilidad para facilitar la administración de concentraciones más elevadas del fármaco.
Sales farmacéuticamente aceptables incluyen sales de adición acida tales como aquellas que contienen sulfato, cloruro, clorhidrato, fumarato, maleato, fosfato, sulfamato, acetato, citrato, lactato, tartrato, metansulfonato, etansulfonato, bencensulfonato, p-toluensulfonato, ciclohexilsulfam¡ato y quinato. Sales farmacéuticamente aceptables pueden obtenerse de ácidos tales como ácido clorhídrico, ácido maleico, ácido sulfúrico, ácido fosfórico, ácido sulfámico, ácido acético, ácido cítrico, ácido láctico, ácido tartárico, ácido malónico, ácido metansulfónico, ácido etansulfónico, ácido bencensulfónico, ácido p-toluensulfónico, ácido ciciohexilsulfámico, ácido fumárico y ácido quinico.
Sales farmacéuticamente aceptables también incluyen sales de adición básica tales como aquellas que contienen benzatina, cloroprocaina, colina, dietanolamina, etilendiamina, meglumina, procaina, aluminio, calcio, litio, magnesio, potasio, sodio, amonio, alquilamina y zinc, cuando grupo» funcionales acídicos, tales como ácido carboxílico o fenol se presentan. Por ejemplo, véase Reminqton's Pharmaceutical Scienses. 19a ed., Mack Publishing Co., Easton, PA, Vol. 2, p. 1457, 1995. Tales sales pueden prepararse utilizando las bases correspondientes apropiadas.
Pueden prepararse sales farmacéuticamente aceptables por técnicas estándares, Por ejemplo, la forma de base libre de un compuesto puede disolverse en un solvente adecuado, tal como una solución acuosa o acuosa-alcohol que contiene el ácido apropiado y luego se aisla evaporando la solución. En otro ejemplo, una sal puede prepararse haciendo reaccionar la base libre y el ácido en un solvente orgánico.
De este modo, por ejemplo, si el compuesto particular es una base, la sal farmacéuticame ite aceptable deseada puede prepararse por cualquier método adecuado disponible en la técnica, por ejemplo, tratamiento de la base libre con un ácido inorgánico, tal como ácido clorhídrico, ácido bromhídrico, ácido sulfúrico, ácido nítrico, ácido fosfórico y similares, o con un ácido orgánico, tal como ácido acético, ácido maleico, ácido succínico, ácido mandélico, ácido fumárico, ácido malónico, ácido pirúvico, ácido oxálico, ácido glicólico, ácido salicílico, un ácido de piranosidilo, tal como ácido glucurónico o ácido galacturónico, un ácido alfa-hidroxi, tal como ácido cítrico o ácido tartárico, un aminoácido, tal como ácido aspártico o ácido glutámico, un ácido aromático, tal como como ácido benzoico o ácido cinámico, un ácido sulfónico, tal como ácido p-toluensulfónico o ácido etansulfónico o similares.
De forma similar, si el compuesto particular es un ácido, la sal farmacéuticamente aceptable deseada, puede prepararse por cualquier método adecuado, por ejemplo, el tratamiento del ácido libre con una base inorgánica u orgánica, tal como una amina (primaria, secundaria o terciaria), un hidróxido de metal álcali o hidróxido de metal alcalinotérreo, o similares. Ejemplos ilustrativos de sales adecuadas incluyen sales orgánicas derivadas de aminoácidos, tales como glicina y arginina, amoniaco, aminas primarias, secundarias y terciarias y aminas cíclicas, tal como piperidina, mo -telina y piperazina, y sales inorgánicas derivadas de sodio, calcio, potasio, magnesio, manganeso, hierro, cobre, zinc, aluminio y litio.
La sal farmacéuticamente aceptable de los diferentes compuestos puede presentarse como un complejo. Ejemplos de complejos incluyen el complejo 8-cloroteofilina (análogo a por ejemplo, el complejo de dimenhidrinato: difenhidramina 8-cloroteofilina (1 :1 ); Dramamine) y varios complejos de inclusión de ciclodextrina.
A menos que se especifique lo contrario, la especificación de un compuesto en la presente incluye sales farmacéuticamente aceptables de tal compuesto.
(e) Formas polimórficas Ein el caso de agentes que son sólidos, se entiende por aquellos expertos en la técnica que los compuestos y sales pueden existir en diferentes formas de cristal o polimórficas, todas las cuales se pretende que estén dentro del alcance de la presente invención y fórmulas especificadas. I
Vil. Administración Los métodos y compuestos se utilizarán normalmente en terapia para pacientes humanos. Sin embargo, pueden también utilizarse para tratar enfermedades similares o idénticas en otros vertebrados, por ejemplo, mamíferos tales como otros primates, animales de importancia comercial, por ejemplo, animales de caza, animales de granja, por ejemplo, bovinos, equinos, porcinos y ovinos y mascotas tales como perros y gatos.
Formas de dosis adecuadas, en parte dependen del uso de la ruta de administración, por ejemplo, oral, transdérmica, transmucosal, por inhalación o por inyección
(parenteral). Tales formas de dosis deben permitir al compuesto alcanzar las células objetivo.
Otros factores se conocen bien en la técnica, e incluyen consideraciones tales como toxicidad y formas de dosis que retardan al compuesto o a la composición de ejercer sus efectos. Técnicas y formulaciones Dueden encontrarse en general en Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 21a edición, Lippincott, Williams and Wilkins, Philadelphia, PA, 2005 (se incorpora por esto para referencia en la presente).
.os compuestos de la presente invención (es decir, Fórmula I, incluyendo las
Fórmulas la, Ib, Ig y todas las sub-modalidades descritas en la presente) pueden formularse como sales farmacéuticamente aceptables.
Pueden utilizarse portadores o excipientes para producir composiciones. Los portadores o excipientes pueden elegirse para facilitar la administración del compuesto. Ejemplos de portadores incluyen carbonato de calcio, fosfato de calcio, varios azúcares tales como lactosa, glucosa o sacarosa, o tipos de almidón, derivados de celulosa, gelatina, aceites vegetales, polietilenglicoles y solventes fisiológicamente compatibles. Ejemplos de solventes fisiológicamente compatibles incluyen soluciones estériles de agua para inyección (WFI), solución salina y dextrosa.
Los compuestos pueden administrarse por diferentes rutas incluyendo intravenosa, intraperitoneal, subcutánea, intramuscular, oral, transmucosal, rectal, transdérmica o por inhalación. En akjunas modalidades, se prefiere la administración oral. Para administración oral, por ejemplo, los compuestos pueden formularse en formas de dosis orales convencionales tales como cápsulas, tabletas y preparaciones líquidas tales como jarabes, elíxires y gotas concentradas.
Pueden obtenerse preparaciones farmacéuticas para uso oral, por ejemplo, al combinar los compuestos activos con excipientes sólidos, moliendo opcionalmente una mezcla resultante, y pracesando la mezcla de granulos, después de agregar auxiliares adecuados, si se desea, para obtener tabletas o centros de grageas. Excipientes adecuados son, en particular rellenos tales como azúcares, incluyendo lactosa, sacarosa, manitol o sorbitol; preparaciones de celulosa, por ej emplo, almidón de maíz, almidón de trigo, almidón de arroz, almidón de papa, gelatina, goma de tragacanto, metilcelulosa, hidroxipropilmetil-celulosa, carboximetilcelulosa de sodio (CMC) y/p polivinilpirrolidona (PVP: povidona). Si se desea, pueden agregarse agentes de desintegración, ¡tales como la polivinilpirrolidona reticulada, agar o ácido algínico o una sal de los mismos tal como alginato de sodio.
Se proporcionan centros de grageas con recubrimientos adecuados. Para este propósito, pued jian utilizarse soluciones concentradas de azúcar, las cuales pueden contener opcionalmente, por ejemplo, goma arábiga, talco, poli-vinilpirrolidona, gel de carbopol, polietilenglicol (PEG) y/o dióxido de titanio, soluciones de laca, y solventes orgánicos adecuados o mezclas de solventes. Pueden agregarse agentes colorantes o pigmentos a las tabletas o recubrimientos de grageas para identificación o para caracterizar diferentes combinaciones de dosis del compuesto activo.
Las preparaciones farmacéuticas que pueden utilizarse oralmente incluyen cápsulas de ajuste suave hechas de gelatina ("gelcaps"), así como cápsulas selladas, suaves hechas de gelatina, y un plastificante, tal como glicerol o sorbitol. Las cápsulas de ajuste suave pueden contener los ingredientes activos en mezcla con un relleno tal como lactosa, aglutinantes tales como almidones, y/o lubricantes tales como talco o estearato de magnesio y, opcionalmente, estabilizadores. En cápsulas suaves, los compuestos activos pueden disolverse o suspenderse en líquidos adecuadas, tales como aceites grasos, parafina líquida, o polietilenglicoles líquidos (PEGs). Además, pueden agregarse estabilizadores.
Alternativamente, puede utilizarse una inyección (administración parenteral), por ejemplo, intramuscular, intravenosa, intraperitoneal y/o subcutánea. Para inyección, los compuestos de la invención se formulan en soluciones líquidas estériles, de preferencia en tampones o soluciones fisiológicamente compatibles, tales como solución salina, solución de Hank o solución de Ringer. Además, los compuestos pueden formularse en forma sólida y volverse a disolver o suspenderse inmediatamente antes del uso. Pueden también producirse formas liofilizadas.
La administración puede ser también por medio transmucosal, tópica, transdérmica o por inhalación Para administración transmucosal, tópica o transdérmica, penetrantes apropiados a la barrera que se permea se utilizan en la formulación. Tales penetrantes se conocen en general en la técnica, e i ncluyen, por ejemplo, para administración transmucosal, sales biliares y derivados de ácido fusídico. Además, pueden utilizarse detergentes para facilitar la permeación. La administración tránsmucosal, por ejemplo, puede ser a través de rociadores nasales o supositorios (rectales o vaginales)
ijas composiciones tópicas de esta invención se formulan de preferencia como aceites, cremas, lociones, ungüentos y similares por elección de portadores apropiados conocidos en la técnica. Portadores adecuados incluyen aceites vegetales o minerales, petrolato blanco (parafina suave blanca), grasas o aceites de cadena ramificada, grasas animales y alcohol de peso molecular elevado (más de C12). Los portadores preferidos son aquellos en los cuales el ingrediente activp es soluble. Emulsificantes, estabilizadores, humectantes y antioxidantes pueden también incluirse así como agentes que imparten color o fragancia, si se desea. Cremas para aplicación tópica se formulan de preferencia a partir de una mezcla de aceite mineral, cera de abeja auto-emulsificante y agua en cuya mezcla el ingrediente activo se mezcla, disuelto en una pequeña cantidad de solvente (por ejemplo, un aceite). Adicionalmente, la administración por medios transdérmicos puede comprender un parche o vendaje transdérmico tal como una venda impregnada con un ingrediente activo y opcionalmente uno o más portadores o diluyentes conocidos en la técnica. Para administrarse en la forma de un sistema de suministro transdérmico, la administración de dosis, por supuesto, será continua en lugar de intermitente en todo el régimen de dosis.
Para los inhalantes, pueden formularse los compuestos de la invención como polvo seco o una solución, suspensión o aerosol adecuado. Los polvos y soluciones pueden formularse cor aditivos adecuados conocidos en la técnica. Por ejemplo, los polvos pueden incluir una base en polvo adecuada tal como lactosa o almidón, y las soluciones pueden comprender propilenglicol, agua estéril, etanol, cloruro de sodio y otros aditivos, tal como ácido, álcali y sales de tampón. Tales soluciones o suspensiones pueden administrarse inhalando a través de un rociador, bomba, atomizador o nebulizador y similares. Los compuestos de la invención pueden utilizarse también en combinación con otras terapias inhaladas, por ejemplo, corticoesteroides tales como proDionato de fluticasona, dipropionato de beclometasona, acetónida de triamcinolona, budesonida y furoato de mometasona; agonistas beta tales como albuterol, salmeterol y formoterol; agentes anti-colinérgicos tales como bromuro de ipratropio o tiotropio; vasodilatadores tales como tepiostinal e iloprost; enzimas tales como ADNasa; proteínas terapéuticas; anticuerpos de inmunoglobulina; un oligonucleótido, tal como ADN o ARN de hebra sencilla o doble, ARNSi; antibióticos talos como tobramicina; antagonistas del receptor muscarínico; antagonistas de leucotrieno; antagonistas de citosina; inhibidores de proteasa; cromolina sódica; nedocrilo sódico; y cromoglicato de sodio.
Los compuestos de la invención pueden utilizarse también en combinación con otras terapias para tratar la misma enfermedad. Tal uso de combinación incluye la administración de los compuestos y uno o más terapéuticos en diferentes momentos, o la co-administración del compuesto y una o más diferentes terapias. En ciertas modalidades, la dosis puede modificarse para uno o más de los compuestos de la invención u otros terapéuticos utilizados en combinación, por ejemplo, reducción en la cantidad dosificada con relación a un compuesto o terapia utilizada sola, por métodos bien conocidos por aquellos con experiencia ordinaria en la técnica.
Se entiende que el uso en combinación incluye el uso con otras terapias, fármacos, procedimientos médicos, etc., en donde la otra terapia o procedimiento pueden administrarse en diferentes momentos (por ejemplo, dentro de un tiempo corto, tal como en el lapso de unas horas (por ejemplo 1 , 2, 3, 4-24 horas) o en el lapso de un tiempo más prolongado (por ejemplo, 1-2 días, 2-4 días, 4-7 días, 1-4 semanas)) que un compuesto de la presente invención, o al mismo tiempo como un compuesto de la invención. El uso en combinación también incluye el uso con una terapia o procedimiento médico que se administra una vez o esporádicamerte, tal como cirugía, junto con un compuesto de la invención administrado dentro de un tiempo corto o tiempo más prolongado antes o después de la otra terapia o procedimiento. En ciertas modalidades, la presente invención hace posible el suministro de compuestos de la invención y une o más terapias de fármaco suministradas por una ruta diferente de administración o por la misma 'uta de administración. El uso en combinación para cualquier ruta de administración incluye el suministro de compuestos de la invención y una o más terapias de fármaco suministradas por la misma ruta de administración juntas en cualquier formulación, incluyendo formulaciones en donde los dos compuestos se unen químicamente de tal manera que mantienen su actividad terapéutica cuando se administran. En un aspecto, la otra terapia de fármaco puede co-administrarse con uno o más compuestos de la invención. El uso en combinación por coadministración incluye la administración de co-formulaciones o formulaciones de compuestos químicamente u iidos, o la administración de dos o más compuestos en formulaciones separadas dentro de un tiempo corto entre sí (por ejemplo, dentro de una hora, 2 horas, 3 horas, hasta 24 horas), administrados por la misma o diferentes rutas. La co-administración de formulaciones separadas incluye la co-administración por suministro mediante un dispositivo, por ejemplo, el mismo dispositiva de inhalación, la misma jeringa, etc., o la administración a partir de dispositivos separados dentro de un tiempo corto entre sí. Las co-formulaciones de los compuestos de la invención y una o más terapias de fármaco adicionales suministradas por la misma ruta incluye la preparación de los materiales juntos de manera que pueden administrarse por un dispositivo, incluyendo los compuestos separados combinados en una formulación, o compuestos que se modifican de manera que se unen químicamente, mantienen incluso aún su actividad biológica. Tales compue stos químicamente unidos pueden tener un enlazamiento que se mantiene sustancialmenle in vivo, o el enlazamiento puede dividirse in vivo, separando los dos componentes activos.
Las cantidades de varios compuestos que se administran como una cantidad efectiva pueden determinarse por procedimientos estándares tomando en cuenta factores tales como la IC50 dol compuesto, la vida media biológica del compuesto, la edad, el tamaño, y el peso del sujeto, y el trastorno asociado con el sujeto. La importancia de estos y otros factores es bien conocida por a uellos con experiencia ordinaria en la técnica. En general, una dosis estará entre aproximadamente 0.01 y 50 mg/kg, de preferencia 0.1 y 20 mg/kg del sujeto que se trata. Pueden utilizarse múltiples dosis.
VIII. Manipulación de c-kit y c-fms Como se conoce la secuencia de codificación y secuencia de aminoácido de longitud total de c-kit y c-fms de varios mamíferos incluyendo un ser humano, clonación, construcción de c-kit y c-fms recombinantes, producción y purificación de proteína recombinante, introducción de c-kit o c-fms en otros organismos y otras manipulaciones biológicas moleculares de c-kit y c-fms se realizan fácilmente.
Técnicas para la manipulación de ácidos nucleicos, tal como por ejemplo, subclonación, sondas de etiquetado (por ejemplo, etiquetado de cebador aleatorio utilizando polimerasa Klenow, traducción de corte pequeño, amplificación), secuenciación, hibridación y similares se describen bien en la literatura científica y de patente, véase por ejemplo, Sambrook, ed., Molecular Cloning: a Laboratory Manual (2a. Ed.), Vols 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory, (1989); Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel, ed. John Wiley & Sons, Inc., New York (1997); Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology: Hybridization With Nucleic Acid Probes, Part I. Theory and Nucleic Acid Preparation, Tijssen, ed. Elsevier, N.Y. (1993).
Las secuencias de ácido nucleico pueden amplificarse cuando sea necesario para uso adicional jtilizando métodos de amplificación, tales como PCR, métodos isotérmicos, métodos de círculo rodante, etc., se conocen bien por el técnico calificado. Véase por ejemplo, Saiki, "Amplification of Genomic DNA" en PCR Protocols, Innis et al., Eds., Academic Press, San Diego, CA 1990, pp 13-20; Wharam et al., Nucleic Acids Res. 2001 Jun 1 ; 29(11 ):E54-E54; Hafner et al., Biotechniques 2001 Apr;30(4):852-6, 858, 860 passim; Zhong et al., Biotechniques 2001 Apr;30(4):852-6, 858, 860 passim.
Pueden analizarse y cuantificarse ácidos nucleicos, vectores, cápsides, polipéptidos y similares por cualquier número de medios generales bien conocidos por aquellos de experiencia en la técnica. Éstos incluyen, por ejemplo, métodos bioquímicos analíticos tales como NMR, espectrofotometría, radiografía, electroforesis, electroforesis capilar, cromatografía líquida de alto rendimiento (HPLC), cromatografía de capa delgada (TLC) y cromatografía por hiperdifusión, varios métodos inmunológicos, por ejemplo, reacciones de precipitina fluida o en gel, inmunodifusiór i, inmuno-electroforesis, radioinmunoensayos (RIAs), Enzimoinmunoanálisis absorbentes (EiLISAs), ensayos inmunofluorescentes, análisis de Southern, análisis de Northern, análisis de transferencia de punto, electroforesis en gel (por ejemplo, SDS-PAGE), métodos de amplificación de ácido nucleico o de objetivo o de señal, radioetiquetado, conteo de centello y cromatografía por afinidad.
Puede realizarse la obtención y manipulación de ácidos nucleicos utilizados para practicar los métodos de la invención al clonar muestras genómicas, y si se desea, seleccionar y re-clonar insertos aislados o amplificados de, por ejemplo, clones genómicos o clones de ADNc. Fuentes de ¡ácido nucleico utilizadas en los métodos de la invención incluyen bibliotecas genómicas o de ADNc contenidas en, por ejemplo, cromosomas artificiales de mamífero (MACs), véase por ejemplo, Patentes Norteamericanas Nos. 5,721 ,118; 6,025,155; cromosomas artificiales humanos, véase por ejemplo, Rosenfeld (1997) Nat. Genet. 15:333-335; cromosomas artificiales de levadura (YAC); cromosomas artificiales bacterianos (BAC); cromosomas artificiales P1 , véase por ejemplo, Won (1998) Genomics 50:306-316; vectores derivados de P1 (PACs), véase por ejemplo, Kern (1997) Biotechniques 23:120-124; cósmidos, virus recombinantes, fagos o plásmidos.
Los ácidos nucleicos de la invención pueden enlazarse operativamente a un promotor. Un promotor puede ser un motivo o una disposición de las secuencias control de ácido nucleico las c jales dirigen la transcripción de un ácido nucleico. Un promotor puede incluir secuencias de ácido nucleico necesarias cerca del sitio de partida de la transcripción, tal como, en el caso de un promotor de tipo II de polimerasa, un elemento TATA. Un promotor también incluye opcionalmente un mejorador distal o elementos represores los cuales pueden ubicarse tanto como varios miles de pares de bases a partir del sitio de partida de la transcripción. Un promotor "constitutivo" es: un promotor el cual es activo bajo la mayoría de las condiciones ambientales y de desarrollo. Un promotor "inducible" es un promotor el cual está bajo regulación ambiental o de i desarrollo. Un promotor "específico de tejido" es activo en ciertos tipos de tejidos de un organismo, pero no en otros tipos de tejidos del mismo organismo. El término "operablemente enlazado" se refiere a un enkazamiento funcional entre una secuencia de control de expresión de ácido nucleico (tal como un promotor, o disposición de sitios de enlace del factor de transcripción) y una segunda secuencia de ácido nucleico, en donde la secuencia de control de expresión dirige la transcripción del ácido nucleico que corresponde a la segunda secuencia.
Los ácidos nucleicos de la invención pueden proporcionarse también en vectores de expresión y vehículos de clonación, por ejemplo, secuencias que codifican los polipéptidos de la invención. LO ? vectores de expresión y los vehículos de clonación de la invención pueden comprender partículas virales, baculovirus, fago, plásmidos, fagémidos, cósmidos, fósmidos, cromosomas artificiales bacterianos, ADN viral (por ejemplo, viruela vacuna, adenovirus, virus de la viruela avie r, pseudorrabia y derivados de SV40), cromosomas artificiales con base en P1 , plásmidos de levadura, cromosomas artificiales de levadura y cualesquiera otros vectores específicos para huésped específicos de interés (tales como bacillus, Aspergillus y levadura). Los vectores de la invención pueden incluir secuencias de ADN cromosomales, no cromosomales y sintéticas. Grendes números de vectores adecuados se conocen por aquellos expertos en la técnica, y están comercialmente disponibles.
I Los ácidos nucleicos de la invención pueden clonarse, si se desea, dentro de cualquiera de una variedad de vectores utilizando métodos biológicos moleculares de rutina; se describen métodos para clonar ácidos nucleicos amplificados in vitro, por ejemplo, la Patente Norteamericana No. 5,426,039. Para facilitar la clonación de secuencias amplificadas, los sitios de enzima de resricción pueden "incorporarse en" un par cebador de PCR. Los vectores pueden introducirse en un genoma o dentro del citoplasma o un núcleo de una célula y se expresa por una variedad de téc nicas convencionales, bien descritas en la literatura científica y de patente. Véase, por ejemplo, Roberts (1987) Nature 328:731 ; Schneider (1995) Protein Expr. Purif. 6435:10; Sambrook, Tijssen o Ausubel. Los vectores pueden aislarse de fuentes naturales, obtenidas de tales fuentes como bibliotecas de ATCC o GenBank, o prepararse por métodos sintéticos o recombinantes. Por ejemplo, los ácidos nucleicos de la invención pueden expresarse en casetes de expresión, v actores o virus los cuales son estable o temporalmente expresados en células (por ejemplo, sistemas de expresión episomal). Los marcadores de selección pueden incorporarse dentro de los cesetes de expresión y vectores que confieren un fenotipo seleccionable en células y secuencias transformadas. Por ejemplo, los marcadores de selección pueden codificar para mantenimiento episomal y replicación de tal manera que la integración dentro del genoma huésped no se requiere
En un aspecto, los ácidos nucleicos de la invención se administran in vivo para expresión in situ de los péptidos o polipéptidos de la invención. Los ácidos nucleicos pueden administrarse i como "ADN desnudo" (véase por ejemplo, la Patente Norteamericana No. 5,580,859) o en la forma ie un vector de expresión, por ejemplo, un virus recombinante. Los ácidos nucleicos pueden administrarse por cualquier ruta, incluyendo peri o intra-tumoralmente, como se describe posteriormente!. Los vectores administrados in vivo pueden derivarse de genomas virales, incluyendo virus de ADN y ARN envueltos o no envueltos, recombinantemente modificados, de preferencia de baculoviridiae, paroviridiae, picornoviridiae, herpesviridiae, poxviridae, adenoviridiae o picomaviridiae. Pueden emplearse también vectores quimérico los cuales utilizan méritos ventajosos de cada una de las propiedades del vector progenitor (Véase por ejemplo, Feng (1997) Nature Biotechnology 15:866-870). Tales genomas virales pueden modificarse por técnicas de ADN recombimante para incluir los ácidos nucleicos de la invención; y pueden además diseñarse para ser deficientes en replicación, replicando en forma condicional o competente en replicación. En aspectos alternativos, los vectores se derivan de los genomas adenovirales (por ejemplo, vectores incompetentes en replicación derivados del genoma de adenovirus humano, véase por ejemplo, las Patentes Norteamericanas Nos. 6,096,718; 6,110,458; 6,113,913; 5,631 ,236); genomas viraleu adeno-asociados y retrovirales. Los vectores retrovirales pueden incluir aquellos basados en el virus de la leucemia murina (MuLV), virus de leucemia del gibón (GaLV), virus de inmunodeficienc ia de Simio (SIV), virus de inmunodeficiencia humana (VIH) y combinaciones de los mismos, por ejemplo, las Patentes Norteamericanas Nos. 6,117,681 ; 6,107,478; 5,658,775; 5,449,614; Buchscher (1992) J. Virol. 66:2731-2739; Johann (1992) J. Virol 66:1635-1640). Los vectores con base en el virus adeno-asociado (AW) pueden utilizarse para transducir células con ácidos nucleicos objetivo, por ejemplo, en la producción in vitro de ácidos nucleicos y péptidos, y en procedimien tos de terapia genética in vivo y ex vivo; véase por ejemplo, las Patentes
Norteamericanas Nos. 6,110,456; 5,474,935; Okada (1996) Gene Ther. 3:957-964.
La presente invención también se relaciona con proteínas de fusión, y ácidos nucleicos qufe las codifican. Un polipéptido de la invención puede fusionarse a un péptido o polipéptido h eterólogo, tal como péptidos de identificación N-terminal los cuales imparten características deseadas, tales como estabilidad incrementada o purificación simplificada. Péptidos y polipéptidos de la invención pueden sintetizarse y expresarse también como proteínas de fusión con uno o más dominios adicionales enlazados a las mismas, por ejemplo, para producir un péptido más inmunogénico, para aislar más fácilmente un péptido recombinantemente sintetizado, para identificar y aislar anticuerpos y células B que expresan anticuerpos, y similares. Los dominios que facilitan la detección y purificación incluyen, por ejemplo, péptidos quelantes metálicos tales como tractos de polihistidina y módulos de histidina-triptofano que permiten la purificación en metales inmovilizados, dominios de proteína A que permite la purificación en inmunoglobulina inmovilizada, y el dominio utilizado en el sistema de extensión FLAGS/purificación de afinidad (Imrpunex Corp, Seattle WA). La inclusión de una secuencia enlazadora desdoblable tal como el Fac tor Xa o enterocinasa (Invitrogen, San Diego, CA) entre un dominio de purificación y el péptido o polipéptido que comprende el motivo para facilitar la purificación. Por ejemplo, un vector de expresión puede incluir una secuencia que codifica un epítopo unida a seis residuos de histidina seguidos por una tioredoxina y un sitio de desdoblamiento de enterocinasa (véase por ejemplo, Williams (1995) Biochemistry 34:1787-1797; Dobeli (1998) Protein Expr. Purif. 12:404-414). Los residuos de histidina facilitan la detección y purificación, mientras que el sitio de desdoblamiento de enterocinasa proporciona un medio para purificar el epítopo del resto de la proteína de fusión. En un aspecto, un ácido nucleico que codifica un polipéptido de la invención se ensambla en fase apropiada con una secuencia líder capaz de dirigir la secreción del polipéptido traducido o frag mentó del mismo. La tecnología que pertenece a vectores que codifican proteínas de fusión y la aplicación de las proteínas de fusión se describe bien en la literatura científica y de patente, véase por ejemplo, Kroll (1993) DNA Cell. Biol. 12:441-53.
lios ácidos nucleicos y polipéptidos de la invención pueden unirse a un soporte sólido, por ejemplo, para uso en métodos de selección y diagnóstico. Los soportes sólidos pueden incluir, por ejemplo, membranas (por ejemplo, nitrocelulosa o nylon), una placa mitrotituladora (por ejemplo, de F VC, polipropileno o poliestireno), un tubo de ensayo (de vidrio o de plástico), una varilla de nivel (por ejemplo, de vidrio, PVC, polipropileno, poliestireno, látex y similares), un tubo de microfuga, o una cuenta de vidrio, sílice, plástico, metálica o polímero u otro sustrato tal como papel. Un soporte sólido utiliza una columna que comprende metal (por ejemplo, de cobalto o níquel) la cual se une con especificidad a un rótulo de histidina diseñada sobre un péptido.
La adhesión de moléculas a un soporte sólido puede ser directa (es decir, la molécula entra en contacto con el soporte sólido) o indirecta (un "enlazador" se une al soporte y la molécula de interés se enlaza a este enlazador). Las moléculas pueden inmovilizarse ya sea covalentemente (por ejemplo, utilizando grupos tiol reactivos sencillos de residuos de cisteína (véase por ejemplo, Colliuod (1993) Bioconjugate Chem. 4:528-536) o no covalentemente, sino específicamente (por ejemplo, a través de anticuerpos inmovilizados (véase por ejemplo, Schuhmann (1991 ) Adv. Mater. 3:388-391 ; Lu (1995) Anal. Chem. 67:83-87; el sistema de biotina/estreptoavidina (véase por ejemplo, Iwane (1997) Biophys. Biochem. Res. Comm. 230:76- 80), quelación metálica, por ejemplo, películas de Langmuir-Blodgett (véase por ejemplo, Ng (1995) Langmu jir 11 :4048-55); monocapas auto-ensambladas de quelación metálica (véase por ejemplo, Sigal (1996) Anal. Chem. 68:490-497) para unión de fusiones de polihistidina.
_a unión indirecta puede lograrse al utilizar una variedad de enlazadores los cuales se encuentran comercialmente disponibles. Los extremos reactivos pueden ser de cualquier variedad de funcionalidades incluyendo, pero sin limitarse a: extremos de reacción de amino tales como esteres activos de N-hidroxisuccinimida (NHS), imidoésteres, aldehidos, epóxídos, haluros de sulfonilo, isocianato, isotiocianato y haluros de nitroarilo; y extremos de reacción de tiol tales como disulfuros de piridilo, maleimidas, tioftalimidas y halógenos activos. Los reactivos de reticulación hete Obifuncional tienen dos diferentes extremos reactivos, por ejemplo, un extremo amino reactivo y un extremo tiol reactivo, mientras los reactivos homobifuncionales tienen dos extremos reactivos similares, por ejemplo, bismaleimidohexano (BMH) los cuales permiten la reticulación do compuestos que contienen sulfhidrilo. El espaciador puede ser de longitud variable y ser alifático o aromático. Ejemplos de reactivos de reticulación homobifuncionales comercialmente disponibles incluyen, pero no se limitan a imidoésteres tales como adipimidato-diclorhidrato de dimetilo (DMA); pimelimidato-diclorhidrato de dimetilo (DMP); y suberimidato-diclorhidrato de dimetilo (DMS). Reactivos heterobifuncionales incluyen agentes de acoplamiento de halógeno activo-esteres activos de NHS comercialmente disponibles tales como bromoacetato de N-succinimidilo y (4-yodoacetil)aminobenzoato de N-succinimidilo (SIAB) y los derivados de sulfosuccinimiclilo tales como (4-yodoacetil)aminobenzoato de sulfosuccinimidilo (sulfo-SlAB)
(Pierce). Otro grupo de agentes de acoplamiento es los agentes heterobifuncionales o desdoblables ¿le tiol tales como 3-(2-pirididitio)propionato de N-succinimidilo (SPDP) (Pierce Chemicals, Rockford, IL).
Los anticuerpos pueden también utilizarse para unir polipéptidos y péptidos
Uos ácidos nucleicos o polipéptidos de la invención pueden inmovilizarse en o aplicarse a una disposición. Las disposiciones pueden utilizarse para seleccionar o monitorear bibliotecas de composiciones (por ejemplo, moléculas pequeñas, anticuerpos, ácidos nucleicos, etc.) por su capacidad para unirse a, o modular la actividad de, un ácido nucleico o un polipéptido de la invención. Por ejemplo, en un aspecto de la invención, un parámetro monitoreado es la expresión de transcripción de un gen que comprende un ácido nucleico de la invención. Una o más de todas las Iranscripciones de una célula pueden medirse por hibridación de una muestra que comprende transcripciones de la célula, o, ácidos nucleicos representativos de, o complementarios a, las transcripciones de una célula, por hibridización en ácidos nucleicos inmovilizados en una disposición, o 'biochip". Al utilizar una "disposición" de ácidos nucleicos en un microchip, algunas o todas las transcripciones de una célula pueden cuantificarse simultáneamente. Alternativamente, las disposiciones que comprenden ácido nucleico genómico pueden utilizarse también para determinar el genotipo de una cepa recién diseñada hecha por los métodos de la invención. Las "disposiciones" del polipéptido también pueden utilizarse para cuantificar simultáneamente una pluralidad de proteínas.
Los términos "disposición" o "microdisposición" o "biochip" o "chip" como se utilizan en la presente, í;on una pluralidad de elementos objetivo, cada elemento objetivo comprende una cantidad definida de uno o más polipéptidos (incluyendo anticuerpos) o ácidos nucleicos inmovilizados sobre un área definida de una superficie del sustrato. Al practicar los métodos de la invención, cualquier disposición y/o método conocido para hacer y utilizar disposiciones puede incorporarse por completo o en parte, o variaciones del mismo, como se describe por ejemplo, en las Patentes Norteamericanas Nos. 6,277,628; 6,277,489; 6,261 ,776; 6,258,606; 6,054,270; 6,048,695; 6,045,996; 6,022,963; 6,013,440; 5,965,452; 5,959,098; 5,856,174; 5,830,645; 5,770,456; 5,632,957; 5,556,752; 5,143,854; 5,807,522; 5,800,992; 5,744,305; 5,700,637; 5,556,752; 5,434,049; véase también por ejemplo, WO/51773; WO 99/09217; WO 97/46313; WO 96/17958; véase también por ejemplo, Johnston (1998) Curr. Biol. 8:R171-R174; Schummer (1997) Biotechniques 23:1087-1092, Kern (1997) Biotechniques 23:120-124; Solinas-Toldo (1997) Genes, Chromosomes & Cáncer 20:399-407; Bowtell (1999) Nature Genetics Supp. 21 :25-32. Véanse también las solicitudes de patente Norteamericanas publicadas Nos. 20010018642; 20010019827; 20010016322; 20010014449; 20010014448; 20010012537; 20010008765.
Células Huésped y Células Transformadas La invención también proporciona una célula transformada que comprende una secuencia de ácido nucleico de la invención, por ejemplo, una secuencia que codifica un polipéptido de la invención, o un vector de la invención. La célula huésped puede ser cualquiera de las células huésped familiares para aquellos experimentados en la técnica, incluyendo células procarióticas, células eucarióticas, tales como células bacterianas, células fúngicas, células de levadura, células de mamífero, células de insectos o células vegetales. Células bacterianas ejemplares incluyen E. Coli, Streptomyces, Bacillus subtilis, Salmonella typhimurium y varias especies dentro de los géneros Pseudomonas, Streptomyces y Staphylococcus. Células ejemplares de insectos incluyen Drosophila S2 y Spodoptera Sf9. Células animales ejemplares incluyen CHO, COS o melanoma Bowes o cualquier línea celular de ratón o humana. La selección de un huésped apropiado está dentro de las capacidades de aquellos experimentados en la técnica.
Los vectores pueden introducirse en las células huésped utilizando cualquiera de una variedad do técnicas, incluyendo transformación, transfección, transducción, infección viral, cañones genéticos o transferencia genética mediada por Ti. Métodos particulares incluyen transfección por fosfato de calcio, transfección mediada por DEAE-Dextrano, lipofección o electroporación. I I I Las células huésped diseñadas pueden cultivarse en medios nutritivos convencionales modificados segín sea apropiado para activar promotores, seleccionar transformantes o amplificar los genes de la invención. Después de la transformación de una cepa huésped adecuaba y el crecimiento de la cepa huésped a una densidad celular apropiada, el promotor seleccionado puede inducirse por medios apropiados (por ejemplo, cambio de temperatura o inducción química) y las células pueden cultivarse durante un periodo adicional para permitirles producir el polipéptido deseado o fragmento del mismo.
Las células pueden cosecharse por centrifugación, interrumpirse por medios físicos o químicos y el extracto sin purificar resultante se retiene para purificación adicional. Las células microbianas empleadas para la expresión de proteínas pueden desestabilizarse por cualquier método conveniente, incluyendo ciclado de congelación-descongelación, baño ultrasónico, desestabilización mecánica o uso de agentes de lisis celular. Tales métodos son bien conocidos por aquellos expertos en la técnica. El polipéptido o fragmento expresado puede recuperarse y aurificarse a partir de cultivos celulares recombinantes por métodos que incluyen precipitación por sulfato de amonio o etanol, extracción acida, cromatografía de intercambio aniónico o catiónico, cromatografía de fosfocelulosa, cromatografía de interacción hidrofóbica, cromatografía de afinidad, cromatografía de hidroxiapatita y cromatografía de lectina. Las etapas de repliegue de la proteína pueden utilizarse, cuando sea necesario, para terminar la configuración del polipéptido. si se desea, la cromatografía líquida de gran rendimiento (HPLC) puede emplearse para etapas de purificación final.
Varios sistemas de cultivo de células de mamífero pueden emplearse también para expresar la protejna recombinante. Ejemplos de sistemas de expresión de mamíferos incluyen las lineas COS-7 de fibroblastos de riñon de mono y otras líneas celulares capaces de expresar proteínas desde un vector compatible, tal como las líneas celulares C127, 3T3, CHO, HeLa y BHK.
Las construcciones en células huésped pueden utilizarse en una manera convencional para producir el producto genético codificado por la secuencia recombinante. Dependiendo del huésped empleado en un procedimiento de producción recombinante, los polipéptidos producidos por células huésped que contienen el vector pueden glicosilarse o pueden no glicosilarse. Los polipéptidos de la invención también pueden o no incluir un residuo de aminoácido de metionina inicial.
Sistemas de traducción libres de células pueden también emplearse para producir un polipéptido de la invención. Sistemas de traducción libres de células pueden utilizar ARNms transcritos desde una construcción de ADN que comprende un promotor operablemente unido a un ácido nucleico que codifica el polipéptido o fragmento del mismo. En algunos aspectos, la construcción ae ADN puede linearizarse antes de conducir una reacción de transcripción in vitro. El ARNm transcrito se incuba entonces con un extracto de traducción libre de células apropiado, tal como un extrecto de reticulocito de conejo, para producir el polipéptido deseado o fragmento del mismo.
Los vectores de expresión pueden contener uno o más genes marcadores seleccionables para proporcionar un rasgo fenotípico para la selección de células huésped transformadas tales como dihidrofolato reductasa o resistencia a neomicina para cultivo de células eucoarióticas, o tal como resistencia a tetraciclina o ampicilina en E. Coli.
Para expresión transitoria en células de mamíferos, el ADNc que codifica un polipéptido de ¡iteres puede incorporarse en un vector de expresión de mamíferos, por ejemplo, ADNpd , el cual está comercialmente disponible de Invitrogen Corporation (San Diego, Calif.,
U.S.A.; número de catálogo V490-20). Esto es un vector plásmido multifuncional de 4.2 kb diseñado para expresión de ADNc en sistemas eucarióticos, y análisis de ADNc en procariotes, incorporado en ol vector son el promotor y mejorador de CMV, segmento de empalme y señal de poliadenilación, jn virus SV40 y Poiyoma de origen de replicación, y de origen M13 para rescatar el ADN de hebra sencilla para secuenciación y mutagénesis, promotores de ARN Sp6 y T7 para la producción de transcripciones de ARN sentido y anti-sentido y un origen de plásmido de copia elevada similar a Col E1. Un polienlazador se ubica aproximadamente corriente abajo del promotor de CMV (y 3' del promotor T7).
inserto de ADNc puede liberarse primero desde el fagémido anterior incorporado en sitios de restricción apropiados en el polienlazador de ADNpcI. La secuenciación a través de las intersecciones puede realizarse para confirmar la orientación de inserto apropiada en ADNpcI. El p lásmido resultante puede introducirse entonces para expresión transitoria dentro de un huésped de célula de mamífero seleccionado, por ejemplo, células similares a fibroblasto, derivadas de mono, del linaje COS-1 (disponible de the American Type Culture Collection, Rockville, Md. Como ATCC CRL 1650).
Para expresión transitoria del ADN que codifica proteínas, por ejemplo, las células COS-1 puede transfectarse con aproximadamente 8 µg de ADN por 106 células COS, por transfección de ADN mediada por DEAE y tratadas con cloroquina de acuerdo con el procedimiento descrito por Sambrook et al, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 1989, Cold Spring Harbor L.aboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y, pp. 16.30-16.37. Un método ejemplar es como sigue. Brevemente, las células COS-1 se forman en placas en una densidad de 5 x 106 células/placas y luego se cultivan durante 24 horas en un medio DMEM/F12 suplementado con FBS. El medio se remueve entonces y las células se lavan en PBS y luego en el medio. Una solución de transfección que contiene DEAE-dextrano (0.4 mg/ml), 100 µM de cloroquina, 10% de NuSerum, ADN ¡0.4 mg/ml) en un medio de DMEM/F12 se aplica entonces a las células 10 ml en volumen. Después de la incubación durante 3 horas a 37°C, las células se lavan en PBS y el medio como se describe simplemente y luego se agitan durante 1 minuto con 10% de DMSO en un medio de DMEM/F12. Las células se permiten cultivar durante 2-3 días en 10% de un medio suplementado con FBS y en el final de la incubación, se colocan las placas en hielo, se lavan con PBS helado y luego se remueven raspando. Las células se cosechan entonces por centrifugación a 1000 rpm durante 10 minutos y el granulo celular se congela en nitrógeno líquido, para uso subsecuente en expresión de proteínas. El análisis de transferencia Northern de una alícuota descongelada de células congeladas puede utilizarse para confirmar la expresión del ADNc que codifica el receptoil en células bajo almacenamiento.
En una manera similar, pueden también prepararse líneas celulares establemente transfectadas por ejemplo, utilizando dos diferentes tipos de células como huésped: CHO K1 y CHO Pro5. P¡ ra construir estas líneas celulares, el ADNc que codifica la proteína relevante puede incorporarse dentro del vector pRC/CMV de expresión de mamífero (Invitrogen), el cual permite la expresión estable. La inserción en este sitio coloca al ADNc bajo el control de expresión del promotor de citomegalovirus y corriente arriba del sitio de poliadenilación y el terminador del gen de hormona de crecimiento bovino, y en un vector antecedente que comprende el gen de resistencia a neomicina (conducido por el promotor previo SV40) como un marcador seleccionable.
Un protocolo ejemplar para introducir plásmidos construidos como se describe anteriormente es como sigue. Las células CHO huésped se siembran primero a una densidad de 5x105 en 10% tie un medio MEM suplementado con FBS. Después del crecimiento durante 24 hors, el medio resco se agrega a las placas y tres horas después, las células se transfectan utilizando el procedimiento de co-precipitación de fosfato de calcio-ADN (Sambrook et al, supra).
Brevemente, se mezcla 3 µg de ADN y se incuba con una solución tamponada de calcio durante 10 minutos a teimperatura ambiente. Un volumen igual de solución de fosfato tamponado se agrega y la suspensión se incuba durante 15 minutos a temperatura ambiente. Después, la suspensión incubada se aplica a las células durante 4 horas, se remueve y las células se agitan con un medio conteniendo 15% de glicerol. Tres minutos después, las células se lavan con un medio y se incub.an durante 24 horas a condiciones de crecimiento normal. Las células resistentes a neomicina se seleccionan en 10% de un medio alfa-MEM suplementado con FBS conteniendo G418 (1 mg/ml). Colonias individuales de células resistentes a G418 se aislan aproximadamente 2-3 semanas después, se seleccionan clonalmente y luego se propagan para propósitos de ensayo.
EJEMPLOS Uní número de ejemplos ilustrativos de la presente invención se describen posteriormente. E? la mayoría de los casos, podrían utilizarse también técnicas alternativas. Los Etapa - 1 - Síntesis del compuesto 2 El compuesto 2 se sintetiza a partir de 7-azaindol comercialmente disponible siguiendo el procedimiento de la literatura (Robinson, J. Am. Chem. Soc, 1955, 77, p. 457).
Etapa -2- Síntesis el compuesto de la Fórmula II E Ell ccoommppuueessttoo ddee llaa FFóórrmmuullaa IIII ssee sintetiza por desprotonación utilizando base (por ejemplo BuLi, NaH) en solvente aprótico como tetrahidrofurano o éter y haciendo reaccionar el anión con un cloruro de sililo (por ejemplo TIPS) o un anhídrido (por ejemplo anhídrido Boc). El compuesto so aisla siguiendo el procedimiento estándar (extinguiendo con salmuera helada, desarrollo, y purificación por cromatografía instantánea de gel de sílice).
Etapas -3 y 4 Sintesis del compuesto de la Fórmula 1 Los compuestos de la Fórmula I, en donde R s2"" es Ar! como se define en la Fórmula 1 , so sintetizan a través de la reacción de los compuestos de la Fórmula II con cloroformiato ae isopropilo (o cloroformiato de etilo) a temperatura ambiente en tolueno para dar un intermediario íí-clorometilo. Este intermediario se enfría a -78°C e inmediatamente reacciona con un reactivo organocobre, el cual se genera de la reacción entre un reactivo Grignard (o reactivo organolitio) y una solución de cianuro de cobre y LiCl. La mezcla se agita a -78°C durante una hora y se deja calentar a temperatura ambiente. La reacción se extingue con una solución de 4:1 cloruro de amonio:hidr óxido de amonio. La reacción se desarrolló en la forma usual y se purifica por cromatografía nstantánea de gel de sílice para dar el nitrógeno protegido del compuesto. El compuesto final puede realizarse a través de la desprotección del grupo protector (Boc, TIPS) utilizando condiciones estándar (TFA or NH4F) a temperatura ambiente.
E
Etapa -1 — Sintesis del compuesto 3 IEI compuesto 3 se sintetiza haciendo reaccionar 7-azaindol comercialmente disponible, compuesto 1 , con hexametiltetramina y ácido acético en agua con calentamiento a reflujo durante dos horas. Después del enfriamiento, el compuesto deseado se precipita y recolecta por filtración.
Etapa 2 - Sfntesis del compuesto de la Fórmula lll El compuesto de la Fórmula lll, donde P es un grupo protector, se sintetiza haciendo reaccionar el compuesto 3 con un reactivo apropiado para introducir un grupo protector (por ejemplo, fer-butiloxicarbonil di anhídrido) y una base (por ejemplo, hidruro de sodio) en un solvente apropiado (por ejemplo tetrahidrofurano) típicamente a temperatura ambiente durante 12-18 horas. El compuesto, puede aislarse por medios convencionales (por ejemplo extracción).
Etapa - 3- Síntesis del compuesto de la Fórmula IV El compuesto de la Fórmula IV, en donde R ?244 es Ari, se sintetiza haciendo reaccionar el compuesto de la Fórmula lll en un solvente apropiado (por ejemplo 1 ,2-dimetoxietano) con un reactivo Grignard de la fórmula R24MgCI o R24MgBr (por ejemplo bromuro de piridinil magnesio) o un nucleófilo equivalente en un solvente apropiado (por ejemplo tetrahidrofuranp) bajo atmósfera inerte enfriada típicamente a -10°C. La reacción se deja típicamente calentar a temperatura ambiente y se agita durante 12-18 horas. El compuesto deseado se purifica por cromatografía líquida de alta presión de fase inversa.
Etapas - 4 y 5- Síntesis de un intermediario del compuesto de la Fórmula I Un intermediario del compuesto de la Fórmula I se sintetiza haciendo reaccionar el compuesto de la Fórmula IV con un agente de reducción (por ejemplo borohidruro de sodio) en un solvente polar (por ejemplo etanol) típicamente con calentamiento a 80 °C durante 1-4 horas. La reacción se extingue con la adición de metanol y se concentra y purifica por cromatografía líquida de alto rendimiento de fase inversa. El compuesto de la Fórmula I donde R24 es Ar! se sintetiza haciendo reaccionar este intermediario con un reactivo apropiado para eliminar el grupo protector, P, (por ejemplo áoido clorhídrico) en un solvente polar (por ejemplo dioxano). El compuesto final se aisla mediante pOcedimientos estándar (por ejemplo cromatografía líquida de alta presión preparativa de fase inversa).
Esquema - 3
Etapa -1 - Slr)tesis del compuesto de la Fórmula I' El compuesto de la Fórmula I' donde R24 es Ar!, se sintetiza haciendo reaccionar el compuesto 1 c'pn agente de activación (por ejemplo bromuro de metil magnesio y dicloruro de zinc o cloruro de aluminio anhidro) y un cloruro ácido de heteroarilo (por ejemplo cloruro de ácido nicotínico) en n solvente no reactivo (por ejemplo diclorometano), bajo atmósfera inerte (por ejemplo argón) a temperatura ambiente o con calentamiento hasta reflujo durante 18-24 horas. El compuesto se aisla mediante procedimientos estándar (por ejemplo extracción y cromatografía de gel de sílice).
Ejemplo 2: Síntesis del intermediario 3-(6-Cloro-piridin°3-ilmetil)°1°triisopropilsilan?l-1IH-pirrolo[2,3-b]pi? idina (6) y (3-(6-Bromo-piridin-3-ilme<til)-1-triisopropils¡9aniD 1 H-pirroloJ2,3-bjpiridina) (6a) El compuesto 6, un intermediario para los compuestos de la Fórmula I donde X,, ?, Yi y 2 son CH, n es 1 , P, Q y T son CH y L1 es -CH2-, puede sintetizarse en cuatro etapas a partir de 7-azaindol de acuerdo al siguiente Esquema 4.
Esquema - 4
Etapa =1- Síntesis de dimetil-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-am¡na (2) En un matraz de fondo redondo de 3 cuellos se agregó alcohol de isopropilo (320.0 mL) seguido por la adición de 1 H-pirrolo[2,3 bjpiridina 1 (7J0 g, 60J mmol), clorhidrato de dimetilamina (5.4 g, 0.066 mol), y formaldehído (2.0 g, 0.066 mol), la mezcla de reacción se agitó a temperatura a biente durante 12 horas, y luego se llevó a reflujo durante 30 minutos. La solución de suspensiór se evaporó hasta sequedad in vacuo. Al residuo se agregó agua (60.0 mL, 3.33 mol) y ácido c orhídrico concentrado (6.0 mL, 020 mol). La capa de agua se extrajo con éter y la capa acuosa se neutralizó con carbonato de potasio. La capa acuosa se extrajo con diclorometano, se secó sobre sulfato de sodio y se concentró para dar el compuesto, el cual se lavó entonces además con éter y se secó para proporcionar el compuesto 2 (7.1 g, rendimiento = 67.4%), como un sólido blanco.
Etapa -2- Síntesis de dimetil-(1-triisopropilsilanil-1H-pirrolo[2,3-b]pirídin-3-ilmet¡l)-amina (4) En un matraz de fondo redondo se combinaron 7-Azagramina 2 (5.38 g, 30.7 mmol), N, N-dimetilformamida (25.0 mL), y hidruro de sodio (1.35 g, 33.8 mol). Dentor de la reacción se agrogó cloruro de triisopropilsililo (6.8 mL, 0.032 mol). La reacción se agitó at 20°C durante 12 horas. La mezcla de reacción se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se» lavó con salmuera, se secó sobre sulfato de sodio, se concentró y purificó con biotage para dar el compuesto 4 (6.0 g, rendimiento = 58.8%) como un aceite incoloro. | I Etapa - 3- Síntesis de 3-clorometil-1-triisopropilsilanil-1H pirrolo[2,3-b]piridina (5) En un matraz de fondo redondo se agregó el compuesto 4 (500.0 mg, 1.51 mmol) y tolueno (5.0 m , 0.047 mol) bajo una atmósfera de nitrógeno. En la mezcla de reacción se agregó lentamente 1.0 M cloroformiato de isopropilo en tolueno (1.6 mL) a temperatura ambiente. La mezcla de reacción se agitó durante otras 2 horas para dar el compuesto 5 deseado utilizado para la siguiente Etapa sin purificación.
Etapa -4- Síntesis de 3-(6-cloro-piridin-3-ilmetil)-1-triisopropilsilanil-1Hpirrolo[2,3-b]piridina (6) mg, 0.11 mm¿l) bajo una atmósfera de nitrógeno. La reacción se agitó bajo reflujo durante 3 horas. TLC y MS ¡nd cadas sin material de partida. La mezcla de reacción se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se lavó con salmuera, se secó sobre sulfato de sodio, se concentró y purificó con biotage (diclorometano/metanol 1:20) para dar el compuesto 10 (110 mg, rendimiento = 58.5%) como un sólido blanco. MS (ESI) [M+H+]+ = 471.
Etapa -2- Síntesis de bencil-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3 ilmetil)-piridin-2 il]-amína (P-0001): En un matraz de fondo redondo se agregó bencil-[5-(1 -triisopropilsilanil-1 H-pirrolo[2,3-b]pir?d¡n-3-ilmetil)-p¡r¡d¡n-2-il]-amina 10 (400.0 mg, 0.85 mmol), tetrahidrofurano (20.0 mL) y fluoruro de tetra-n-butilamonio (240 mg, 0.93 mmol). La mezcla de reacción se agitó a 20°C durante 30 minutos. TLC indicada sin material de partida. La mezcla de reacción se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo; la capa orgánica se lavó con salmuera, se secó sobre sulfato de sodio, se concentró y se purificó con biotage (diclorometano/metanol 1:10) para dar el compuesto
P-0001 (220 mg rendimiento = 82.4%) como un sólido blanco. MS (ESI) [M+H+]+ = 315.
Compuestos adicionales se prepararon siguiendo el protocolo del Esquema 6, sustituyendo be?cil amina con una amina adecuada en la Etapa 1 , y utilizando ya sea 3-(6-cloro-pir¡din-3-ilmetil)-ll -tr¡isopropilsilanil-1H-p¡rrolo[2,3-b]piridina S o 3-(6-bromo-piridin-3-ilmetil)-1-triisopropilsilan¡l-JHpirrolo[2,3-b]pirid¡na 6a, en la Etapa 1. Los siguientes compuestos se hicieron siguiendo este procedimiento: Dimetil-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (P-0021 ), (4;-metoxi-bencil)-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (P-0004), (4 cloro-bencil)-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-pirÍdin-2-il]-amina (P-0005), (4 fluoro-bencil)-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-ilj-amina (P-0006), (4 metil-bencil)-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-ilj-amina (P-0007), y [5- (1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-tiofen-2-ilmetil-amina (P-0008). La siguiente tabla indica la amina utilizada en la Etapa 1 en lugar de bencil amina en la Columnaa 2, y si 3-(6-cloro-piridin-3-ilmetil)-1-triisopropilsilanil-1H-pirrolo[2,3-b]piridina o 3-(6- Compuestos adicionales se prepararon siguiendo el protocolo del Esquema 7, reemplazando bencilamina con una amina adecuada. Los siguientes compuestos se hicieron siguiendo este procedimiento: [6-(4-Fluoro-benci amino)-piridin-3-il]-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona (P-0015), [6-(3-Fluoro-benci amino)-piridin-3-ilj-(1 H-pirrolo[2,3-bjpirldin-3-il)-metanona (P-0016), (1 H-Pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-[6-(4-trifluorometil-bencilamino)-piridin-3-ilj-metanona (P-0017), (1 H-Pirrolo[2,3-b]p ridin-3-il)-{6-[(tiofen-2-ilmetil)-aminoj-piridin-3-il}-metanona (P-0018), (6-Fenilamino-pirid¡n-3-il)-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona (P-0023), (6-lsopropilamino-piridin-3-il)-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona (P-0024), (6-lsobutilamino-piridin-3-il)-(1 H-pirrolo[2,3-bjpiridin-3-il)-metanona (P-0025), [6-(3-Bencilox¡-fenilomino)-piridin-3-il]-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona (P-0026), [6-(Ciclopropilmetil-¡amino)-piridin-3-il]-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona (P-0030), [6-(Ciclohexilmetil-amino)-piridin-3-il]-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona (P-0031 ), Ciclopropilmetil-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (P-0032)
se preparó siguiendo el protocolo del Esquema 8, sustituyendo (6-isobutilamino-piridin-3-il)-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin -3-¡l)-metanona P-0025 con [6-(ciclopropilmetil-amino)-piridin-3-il]-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin 3-il)-metanona P-0030 (preparado como se describe en el Ejemplo 5). MS (ESI) [M+H+]+ = 279.
Etapa -1- Síntesis de (1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-[6-(4-trifluorometil-benzilamino)-píridin-3-il]-metanona (P-0017)
En un matraz a presión se agregó (6-cloro-piridin-3-il)-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona 7 (3.5 g, 0.014 mol, preparado como se describe en el Ejemplo 3), 4-(trifluorometil)bencilamina (30, 9.0 g, 0.051 mol), tetrahidrofurano (30.0 mL, 0.37 mol), acetato de paladio (200.0 mg, 0.890 mmol) y 2-(di-t-butilfosfino)bifenilo (200.0 mg, 0.67 mmol). La mezcla de reacción se agitó a 180°C durante la noche, se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica ue lavó con salmuera, se secó sobre sulfato de sodio y se concentro. Al residuo se agregó ácido acético (15.0 mL) y H20 (5.0 mL). La mezcla de reacción se agitó a 100 °C durante 5 horas y se concentró para eliminar el ácido acético. El residuo se trató entonces con Na2HC03 acuoso y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se lavó, secó, concentró y purificó para dar el compues¡to P-0017 (1.0 g, rendimiento = 18.5%) como un sólido amarillo claro. MS (ESI)
Etapa -2- Síntesis de (1H-Pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-[6-(4-trifíuorometil-bencilamino)-piridin-3-il]-metanol (14) E'.n un matraz de fondo redondo se agregó (1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-[6-(4-trifluorometil-ben ilamino)-piridin-3-il]-metanona P-0017 (210.0 mg, 0.53 mmol) y tetrahidroborato de sodio (80.0 mg, 2.11 mmol), se disolvió en N, N-dimetilformamida (5.0 mL) y etanol (20.0 mL). La reacción se agitó a temperatura ambiente durante la noche, se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se lavó con salmuera, se secó sobre sulfato de sodio, se concentró y purificó con biotage (diclorometano/metanol 1:20) para dar el compuesto 14 (63 mg, rendimiento = 30%) como un sólido blanco. MS (ESI) [M+ln+= 399.
agrega una l2-amino-5-bromo-piridina apropiada 15, seguida por reactivos apropiados para efectuar la reducción (por ejemplo cloruro de dibutilestaño y fenilsilano). Típicamente la reacción se calienta (por ejemplo a 50°C) durante la noche. El solvente se elimina a presión reducida después de calentar a 50 °C durante la noche. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extra ción) proporciona los compuestos de la Fórmula V.
Etapa -2- Preparación de los compuestos de la Fórmula VI El compuesto de la Fórmula V se disolvió en un solventee no reactivo (por ejemplo tetrahidrofurahb) y se enfrío típicamente a -78°C bajo una atmósfera inerte. A esta mezcla se agrega un reactivo organolitio (por ejemplo metil litio). La mezcla de reacción se agita típicamente a -78°C durante varias horas. A esta mezcla se agrega un reactivo órgano lítio(por ejemplo tertbutil litio), y la mezcla se agita durante varias horas. La mezcla de reacción se mantiene a -78 °C, y se agrega un reactivo de formación apropiado (por ejemplo carboxaldehído de 1 -piperidina). Típicamente, le reacción se deja agitar a -78°C durante varias horas adicionales y se calienta lentamente a temperatura ambiente. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción) proporciona los compuestos de la Fórmula VI.
Etapa -3- Preparación de los compuestos de la Fórmula Vil El compuesto de la Fórmula VI se disolvió en un solvente no reactivo (por ejemplo tetrahidrofurano) y se agita bajo una atmósfera inerte. A esta solución se agrega una base (por ejemplo trietilamina) y típicamente un catalizador (por ejemplo 4-dimetilaminopiridina).
Típicamente, la mezcla se agita durante unos pocos minutos y luego se agrega un reactivo apropiado para la introducción de un grupo protector (por ejemplo di-ter-butildicarbonato).
Típicamente, la reacción se agita durante la noche. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción) proporciona los compuestos de la Fórmula Vil.
Etapa 4 — Preparación de los compuestos de la Fórmula VIII y IX. La 1 H-pirrolo[2,3-b]piridina 4-sustituida XXX se agrega a una solución en agitación de una base (por ejemplo hidróxido de potasio) en solvente prótico polar apropiado (por ejemplo metanol). El compuesto de la Fórmula Vil se agrega, y la mezcla se agita típicamente a temperatura ambiente durante varios días. El solvente se evapora, y se agrega HCl 1M al residuo.
El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción, cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula VIII y IX.
Etapa - 5 — Preparación de los compuestos de la Fórmula le Típicamente, los compuestos de la Fórmula VIII y IX se combinan y disuelven en un solvente aprótico polar apropiado (por ejemplo acetonitrilo). Se agregan reactivos apropiados para efectuar la reducción (por ejemplo trietilsilano y ácido trifluoroacético). Típicamente, las reacciones se agitan a temperatura ambiente durante varios días. El aislamiento por medios convencionaleíi (por ejemplo extracción, cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula le.
Ejemplo 10. Síntesis de [5-(4-metoxi-1H-pirrolo[2,3-b]piridin=3=iI?m®tiI)-piridin-2-i[l]-trifluorometil-t?encil)-amina (P-0011)
_a [5-(4-metoxi-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-trifluorometil-bencil)-amina P-0011 se sintetizó como se muestra en el Esquema 12: hexana/isopropil éter (1 :1) para dar compuesto 18 aldehido.
Etapa 3: Preparación de ter-butil éster del ácido (5-formil-piridin-2-il)-(4-trifluorometil-bencil)-carbámico (191 En un matraz de fondo redondo de 2 L se agregó di-ter-butildicarbonato (90 g), aldehido 18 (75 g), diisopropil etil amina (60 g), 4-dimetilaminopiridina (2.0 g.) y diclorometano (1000.0 mL). La reacción se agitó a temperatura ambiente durante la noche (18 horas) y el solvente se evaporó para dar el compuesto 19 (94 g). Etapas 4 y 5: Preparación de [5-(4-metoxi-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-trifluorometil-bencil)-amina (P-0011 )
Etapa 4: En una solución de metanol (20 mL, 0.5 mol) se agregó hidróxido de sodio (0.62 g, 3.016 mol), seguido por 4-metoxi-7-azaindol (20,600 mg, 4 mmol, preparado como se describe en el Ejemplo 12). Una vez que la mezcla se homogenizó, se agregó el compuesto 19 (1.7 g, 4.46 mmol) y la mezcla se agitó a temperatura ambiente durante 48 horas. El solvente se evaporó y se agregó HCl diluido al residuo. El residuo se extrajo con acetato de etilo y se lavó con 10% de bicarbonato de sodio, seguido por salmuera. La capa orgánica se secó sobre MgS04, se filtró y evaporo para dar una mezcla de los compuestos 21 y 22 sin purificar, los cuales se utilizaron en la siguiente etapa. ¡ Etapa 5: La mezcla de 21 y 22 a partir de la Etapa 4 (2.36 g, 4.46 mmol) se disolvió en diclorometano (60 mL, 0.9 mol) al cual se agregaron trietilsilano (3.6 mL, 0.022 mol) y ácido trifluoroacético (2.1 mL, 0.027 mol). La mezcla resultante se agitó durante 48 horas a temperatura arr biente. El solvente se evaporó y la mezcla se extrajo con diclorometano:metanol (3:1). La capa orgánica se lavó con bicarbonato saturado seguido por salmuera. La capa orgánica se secó sobre MgS04, se filtró y evaporó para dar el compuesto sin purificar como un residuo. El residuo se purificó por cromatografía instantánea de gel de sílice para dar 1.15 g del P-0011 sólido para un 60% de rendimiento. MS (ESI) [M+H+]+ = 413.24.
La [5-(4-metoxi-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-clorobenzil)-amina
P-0010
se preparó siguiendo el protocolo del Esquema 12, sustituyendo 4-trifluoro-bencilamina con 4-cloro-bencilam ina en la Etapa 1. MS (ESI) [M+H+]+ = 379.2 y 381.2 (relación 3:1 ).
La [5-(4-cloro-1 H-pirrolo[2,3-bjpiridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-clorobencil)-amina P- 0009
se preparó si gµiendo el protocolo del Esquema 12, sustituyendo 4-trifluoro-bencilamina con 4-cloro-bencilamiria en la Etapa 1 y 4-metoxi-7-azaindol con 4-cloro-7-azaindol (24, preparado como se describe en él Ejemplo 1 1 ) en la Etapa 4. MS (ESI) [M+H+]+= 381.1 y 383.0.
Ejemplo 1 de 7-azaindol de acuerdo al
Esquema
Etapa -1- Síntesis de 7-oxido 1H-pirrolo[2,3-b]piridina (23) Se sintetizó 7-oxido 1 H-Pirrolo[s,3-bJpiridina 23 haciendo reaccionar 7-azaindol 1 comercialmente disponible con agente de oxidación (por ejemplo m-CPBA) en un solvente no reactivo (por ojemplo dimetoxietano) como se describe por Schneller, S. W.; Luo, Jiann-Kuan. J. Org. Chem. 1380, 45:4045-4048. El compuesto se aisló por filtración del sólido resultante que se forma al permanecer a 5°C durante típicamente 1-3 h.
Etapa - 2 — Síntesis de 4-cloro-7 -azaindol (24) La 4-cloro-7-azaindol 24 se sintetizó haciendo reaccionar 7-oxido 1 H-pirrolo[2,3-bjpiridin 23 con un agente de clorinación (por ejemplo POCI3) ordenadamente como se describe por Schneller, S.W.; Luo, Jiann-Kuan. J. Org. Chem. 1980, 45:4045-4048. La solución resultante después de calentar durante 3-5 h a temperaturas elevadas (100-150°C) se neutralizó con una base (por ejem pío NH4OH) hasta que se precipita un sólido. El sólido se aisló por filtración.
Ejemplo 12: S tesis de 4-metoxi- -azaindol (20) El 4-metoxi-7-azaindol 20 se sintetizó en una Etapa apartir de 4-cloro-7-azaindol de acuerdo al protocolo del Esquema 14.
Esquema 14
?l 4-metoxi-7-azaindol 20 se preparó haciendo reaccionar 4-cloro-7-azaindol 24 (preparado corr o se describe en el Ejemplo 9) con hidróxido de sodio en metanol como se describe por Girgis, N. et.al., J. Heterocyclic. Chem. 1989, 26:317-325.
Ejemplo 13: Síntesis de los compuestos de la Fórmula 1 donde n es 1, P es CR30, Q, T, X^ 2, Yi y Y? son CH, L1 es -CH2-; L2 es NHCH2-, y R1 es fenilo sustituido (Fórmula Id). Compuestos de la Fórmula Id, donde R30 es un sustituyente como se define por heteroarileno opcionalmente sustituido (definido además en el Esquema 13 siguiente) y R31 es un sustituyente como se define por arilo opcionalmente sustituido, pueden sintetizarse en seis Etapas a partir de 2-r alopiridinas apropiadamente sustituidas como se muestra en el siguiente Esquema 15 general.
Etapa 1- Preparación de compuestos de la Fórmula XI A una 2-halopiridina X apropiadamente sustituida (por ejemplo 2-cloro-6-metoxipiridina), donde Y es un halógeno, preferiblemente cloro o bromo, y R30 es un grupo apropiado para dirigir la siguiente litiación a la posición 5 (por ejemplo R30 = metoxi), en un solvente no reactivo (por ejemplo tetrahidrofurano) típicamente enfriado en un baño acetona/hielo seco a -78°C se agrega una solución de reactivo organolitio (por ejemplo ter-butillitio). La reacción es deja agitar durante un periodo, típicamente 1 hora. Se agrega un agente de formilación apropiado (por ejemplo dimetilformamida) y la reacción se deja agitar enfriar durante un periodo y luego calentar a temperatura ambiente durante un periodo, típicamente 30 minutos. La reacción puede coloca se de nuevo en el baño de hielo seco y extinguirse con HCl 6N (1.5 mL) seguido por agua y se de a calentar a temperatura ambiente. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción) proporciona los compuestos de la Fórmula XI.
Etapa 2 - Preparación de los compuestos de la Fórmula Xll A 1H-pirrolo[2,3-b]piridina 1 y un compuesto de la Fórmula XI se agrega un solvente polar apropiado (por ejemplo metanol) seguido por una base apropiada (por ejemplo hidróxido de p'otasio). La reacción se deja agitar típicamente a temperatura ambiente durante la noche. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción, lavado y filtración) proporciona los compuestos de la Fórmula Xll.
Etapa 3 - Preparación de los compuestos de la Fórmula XIII A un compuesto de la Fórmula Xll en un solvente polar apropiado (por ejemplo acetonitrilo) se agrega un agente de reducción (por ejemplo ácido trifluoroacético y trietilsilano). Típicamente, la reacción se deja agitar a temperatura ambiente durante la noche. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula XIII.
Etapa 4 - Preparación de los compuestos de la Fórmula XIV ? una solución del compuesto de la Fórmula XI10 en un solvente polar apropiado (por ejemplo dimetilformamida) se agrega una base (por ejemplo hidruro de sodio). Típicamente, la reacción se agi a a temperatura ambiente durante 30 minutos, y luego se agrega un reactivo apropiado para introducir un grupo protector ("P") (por ejemplo cloruro de triisopropilsililo). La reacción típicamente se agita a temperatura ambiente durante varias horas. El aislamiento por medios convenc onales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula XIV.
Etapa 5 - Preparación de los compuestos de la Fórmula XVI A un compuesto de la Fórmula XIV, una bencilamina XV apropiadamente sustituida (poif ejemplo 4-(trifluorometil)bencilamina), una base (por ejemplo ter-butóxido de sodio), un catalizado - (por ejemplo tris(dibencilideneacetona)dipaladio(0)), y ligando (por ejemplo 2,2'-bis(difenilfosfino)-IJ'-binaftil) se agrega un solvente no reactivo (por ejemplo tolueno) bajo una atmósfera ineite. Típicamente, la reacción se calienta (por ejemplo 80°C) durante varias horas. El aislamiento pe r medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona lo > compuestos de la Fórmula,, XVI.
Etapa - 6 - Preparación de los compuestos de la Fórmula Id Al compuesto de la Fórmula XVI se agrega un solvente polar apropiado- (por ejemplo tetrahidrofurano) seguido por un reactivo apropiado para eliminar el grupo protector (por ejemplo fluoruro de tetra-n-butilamonio). Típicamente, la reacción se deja agitar a temperatura ambiente durante varias horas. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula Id.
Ejemplo 14: Síhtesis de los compuestos de la Fórmula I donde n es 1 , P es CR32, Q, T, X-,, X2, Yi y Y2 son CHl L1 ©S -CH2-, L2 es NHCH2=, y R1 es fenilo sustituido (Fórmula le). Los compuestos de la Fórmula Id, donde R32 es un sustituyente como se define por heteroarileno oocionalmente sustituido y R33 es un sustituyente como se define por arilo opcionalmente sustituido, pueden sintetizarse en cinco Etapas a partir de 2-amino-5-bromopiridinas apropiadamente sustituidas como se muestra en el siguiente Esquema 16 general.
a -78°C, y se agrega un reactivo de formilación apropiado (por ejemplo 1 -piperidin carboxaldehíco). Típicamente, la reacción se deja agitar a -78°C durante varias horas adicionales y se calienta lentamente a temperatura ambiente. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción) proporciona los compuestos de la Fórmula XX.
Etapa -3- Preparación de los compuestos de la Fórmula XXI El compuesto de la Fórmula XX se disolvió en un solvente no reactivo (por ejemplo tetrahidrofurano) y se agitó bajo una atmósfera inerte. A esta solución se agrega una base (por ejemplo trietilamina) y típicamente un catalizador (por ejemplo 4-dimetilamínopiridina). Típicamente, l a mezcla se agita durante unos pocos minutos, y luego se agrega un reactivo apropiado para la introducción de un grupo protector (por ejemplo di-ter-butildicarbonato). Típicamente, le reacción se agita durante la noche. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción) proporciona los compuestos de la Fórmula XXO.
Etapa - 4 - Preparación de los compuestos de la Fórmula XXII y XXIII La 1 H-pirrolo[2,3-b]piridina 1 se agrega a una solución de base agitada (por ejemplo hidróxido de potasio) en un solvente polar apropiado (por ejemplo metanol). Se agrega el compuesto de l a Fórmula XXI, y la mezcla se agita típicamente a temperatura ambiente durante varios días. El solvente se evapora y se agrega HCl 1M al residuo. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción, cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula XXII y XXIII.
Etapa - 5 - Preparación de los compuestos de la Fórmula XIV del Esquema 14 ' 'ípicamente, los compuestos de la Fórmula Xll y Xll! se combinan y se disuelven en un solvente aprótico polar apropiado (por ejemplo acetonitrilo). Se agregan los reactivos apropiados paríi efectuar la reducción (por ejemplo trietilsilano y ácido trifluoroacético). Típicamente, la reacción se agita a temperatura ambiente durante varios días. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción, cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula le.
Ejemplo 15: Síntesis de [6-í\/ietoxi-5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-iI ®til)-piridin-2-il]-(4-trifluorometil)-bencil)-amina (P-0012) La [6-metoxi-5-(1 H-pirrolo[2,3-bjpiridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-trifluorometil-bencil)-amina P-0012 se sintetizó en cinco etapas a partir de 2-cloro-6-metoxipiridina y 7-azaindol comercialmente disponibles como se muestra en el Esquema 17.
Esquema 17
Etapa 1 - Preparación de 6-cloro-2-metoxipiridin-3-carbaldehído (26) A la 2-cloro-6-metoxipiridina (25, 0.511 g, 3.56 mmol) en tetrahidrofurano (10 mL) enfriado en un baño de acetona/hielo seco a -78°C se agregó ter-butillitio (1.7 M en pentano, 5.0 mL, 7.66 mmol . La reacción se dejó agitar durante 1 hora. Se agregó dimetilformamida (0.673 mL, 17.4 mmol) y le reacción se dejó continuar durante unos 30 minutos adicionales a -78°C, luego se agita durante 30 minutos fuera del baño de hielo seco. La reacción se colocó de nuevo en el baño de hielo seco y se extinguió con HCl 6N (1.5 mL) seguido por agua y se dejó calentar a temperatura ambiente. La reacción se extrajo con dietiléter y bicarbonato de sodio acuoso (1 M) saturado. La capa orgánica se separó, se secó con sulfato de magnesio anhidro, se filtró y los volátiles se e iminan por evaporación giratoria, y el sólido amarillo resultante se secó bajo vacío para proporcionar 561 mg del compuesto 26 (3.27 mmol, 92% rendimiento). MS(ESI) [M+H+]+ =172.0.
Etapa 2 - Preparación de (6-cloro-2-metoxipiridin-3-il)(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)metanol (27) A 1 H-pirrolo[2,3-b]piridina (1 , 0.455 g, 3.85 mmol) y 6-cloro-2-metoxipiridin-3-carbaldehído (26, 0.661 g, 3.85 mmol) se agregó metanol (10 mL) seguido por hidróxido de potasio (0.310 g, 5.52: mmol). La reacción se dejó agitar a temperatura ambiente durante la noche. La reacción se extrajo con dietiléter/acetato de etilo y agua. La capa orgánica se separó, se secó sobre sulfato de magnesio anhidro, se filtró y los volátiles se eliminaron por evaporación giratoria para proporcionar un sólido que se trató con diclorometano y se almacenó en un congelador durante la noc le. El sólido blanco se recolectó mediante filtración al vacío y se secó in vacuo para dar 613 mg del compuesto 27 (2.12 mmol, 55%). MS(ESI) [M+H*]+ = 290.1.
"
Etapa 6 - Preparación de [6-metoxi-5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-trifluorometil- bencil)-amina (lp-0012) A [6-Metoxi-5-(1 -triisopropilsilanil-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4- trifluorometil-behcil)-amina (31 , 0.0340 g, 0.0598 mmol) se agregó tetrahidrofurano (5 mL) seguido por fluoruro dde( tetra-n-butilamonio (solución 1 M en tetrahidrofurano, 66 µL, 0.0658 mmol). La reacción se dejó agitar a temperatura ambiente durante 2 horas, luego se vació en 1 :1 agua: bicarbonato de sodio saturado y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se separó, se secó sobre sulfato de magnesio, se filtró y los volátiles se eliminaron por evaporación giratoria.
El residuo resultante se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice, eluyendo con diclorometano seguido por 1 % de metanol en diclorometano y finalmente 3% de metanol en diclorometano. Esto proporcionó 20 mg del compuesto deseado como un sólido blanco (P-0012,
0.048 mmol, 8' %). MS(ESI) [M+H+]+ = 413.2.
Ejemplo 16 Síntesis de [6-IVietil-5-(1H-pirroDo[2,3-b]pirídin-3-iDm®til)-piridin-2-gl]-(4-trifluorometil-l>encil)-amina (P-0013) La [6-metil-5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-trifluorometil-bencil)-amina (P-0013) se sintetizó en cinco etapas a partir de 2-amino-5-bromo-6-metilpiridina y 7-azaindol comercialmente disponibles como se muestra en el Esquema 18.
Esquema 18
Etapa - 1 - Preparación de (5-bromo-6-metil piridinl il)-(4-trífluorometil-bencil)-amina (34) A una solución de p-trifluorometilbenzaldehído (16, 1.00 g, 5.74 mmol) en tetrah idrofurario (9 mL) se agregó 2-amino-5-bromo-6-metilpiridina (33, 1.08 g, 5.77 mmol), seguido por cloruro de dibutilestaño (40 mg, 0.13 mmol). La mezcla se agitó durante 5 minutos a 25°C y se agragó fenilsilano (0.69 g, 6.4 mmol). La reacción se calentó a 50°C durante la noche, luego se eliminó el solvente a presión reducida. Se agregó acetato de etilo al sólido resultante el cual se lavó con carbonato de sodio saturado, se secó sobre sulfato de magnesio y se filtró. La concentración bajo presión reducida proporciona un sólido amarillo claro (34, 1.7 g, 4.93 mmol). MS(ESI) [M +H+]+ = 345.1.
Etapa -2- Preparación de 2-metil-6-(4-trifluorometil-bencilamino)-piridin-3-carbaldehído (35) La (5-bromo-6-metil-p¡ridin-2-¡l)-(4-trifluorometil-bencil)-amina (34, 1.7 g, 4.93 mmol) se disolvió en tetrahidrofurano (40 mL) y se enfrió a -78 °C bajo una atmósfera de nitrógeno. A esta mezcla se agregó metillitio (1.6 M en dietiléter, 5.91 mmol) por goteo durante 20 minutos. Después que se completó la adición de metillitio, la mezcla dé reacción se agitó a -78°C durante 2 horas. A esta mezcla se agregó ter-butillitio (1.7 M en pentano, 10.85 mmol) y la mezcla se agitó durante 4 horas. La mezcla de reacción se mantuvo a -78°C, y 1-piperidincarboxaldehído (0.60 mL, 5.42 mmol) se agregó por goteo. La reacción se dejó agitar a 48°C durante 2 horas adicionales y el calentamiento a 25°C se logró a partir de la evaporación lenta del baño de enfriamento de hielo seco/acetona. a reacción se extinguió con cloruro de sodio saturado helado y la mezcla resultante se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se secó sobre sulfato de magnesio y se filtró. La concentración bajo presión reducida proporciona un aceite naranja (35, 1.4 g, 4.93 mmol). MS(ESI)
Etapa -3- Preparación de ter-butiléster del ácido (5: formil-6-metil-piridin-2-il)-(4-trifluorometil-be ?cil)-carbámico (36) El 2-metíl-6-(4-trifluorometil-bencilamino)-piridin-3-carbaldehído (35, 1.4 g, 4.9 mmol) se disolvió en tetrahidrofurano (22 mL) y se agitó bajo una atmósfera de nitrógeno. A esta solución se ac regó 4-dimetilaminopiridina (150 mg, 1.23 mmol) y trietilamina ,(0.66 mL, 4.9 mmol). La mezcla se agitó durante 5 minutos antes se agregó di-ter-butildicarbonato sólido (1.0 g, 4.9 mmol) directamente a la mezcla de reacción. La mezcla se agitó durante la noche a 25°C y se diluyó con acetato de etilo y se lavó; con bicarbonato de sodio, seguido por lavado con cloruro de sodio saturadc . La capa orgánica resultante se secó sobre sulfato de magnesio, se filtró y evaporó para dar un só ido beige (36, 1.8 g, 4.6 mmol). MS(ESI) [M.+ H+]+ = 395.2.
Etapa - 4 - Preparación de terbutiléster del ácido {5-[hidroxi-(1H pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metil]-6-metil-piridin-2-il)-(4-trífluorometil-bencil)-carbámico (37) y ter-butiléster del ácido {5-[metoxi-(1H-pirrolo[2, 3-b]pindin-3il)-metil]-6-metilpiridin-2-il}-(4-trifluorometil-bencil)-carbámico (38) La 1 H-pirrolo[2,3-b]píridina (1, 540 mg, 4.57 mmol) se agregó a una solución en agitación de hfdróxido de potasio (868. mg, 10.08 mmol) en metanol (33 .mL). Una vez que la mezcla se homogenizó, se agregó ter-butiléster del ácido (5-formil-6-metil-piridin-2-il)-(4-trifluorometil-bencil)-carbám?co (36, 1.8 g, 4.6 mmol) y la mezcla se agitó a 25°C durante 72 horas. El solvente se ovaporó y se agregó HCl 1 M al residuo. El material orgánico se extrajo con acetato de etilo y se léivó con 10% de bicarbonato de sodio, seguido por lavado con cloruro de sodio saturado. La capa orgánica se secó sobre sulfato de magnesio. La concentración bajo presión reducida proporciona el material sin purificar, el cual se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice (0 5% de metanol en diclorometano) para producir el compuesto deseados como un sólido amarillo claro (37 y 38 como una mezcla, 294 mg; 13% de rendimiento). MS(ESI) [M + H*]+ =
511.2 para 37 y MS(ESI) [M + H+]+ = 525.2 para 38.
Etapa - 5 Preparación de [6-metil-5-(1H irrolo[2,3-b]bipirídin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-trifluorometil-bencil)-amina (R-0013) Los materiales combinados de ter-butiléster del ácido {5-[hidroxi-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-me :il]-6-metil-piridin-2-il}-(4-trifluorometil-bencil)-carbámico (37) y ter-butiléster del ácido {5-[metoxi-(1-H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metil]-6-metil-piridin-2-il}-(4-trifluorometil-bencil-carbámico (38) |(194 mg, 0.378 mmol) se disolvieron en acetonitrilo (3 mL) y se agregaron trietilsilano (0.30 mL, 1.9 mmol) y ácido trifluoroacético (0.17 mL, 2.3 mmol). Después de agitar a 25°C durante la noche, el análisis TLC indica que la reacción se completó a aproximadamente 50%. A la mezcla de reacción se agregó trietilsilano (0.30 mL, 1.9 mmol), y ácido trifluoroacético (0.17 mL, 23 rnmol). La mezcla se dejó agitar durante otras 48 horas a 25°C y el solvente, exceso de trietilsilano y ácido trifluoroacético se eliminaron por evaporación. Se agregó acetato de etilo y se lavó con bicarbonato de sodio saturado. La capa orgánica se secó sobre sulfato de magnesio, se filtró y se concentró a presión reducida para proporcionar un aceite café. La purificación de 80 mg del materinl sin purificar se llevó a cabo utilizando cromatografía preparatoria (50% de acetato de etilo en hexanos) para proporcionar el compuesto como un sólido blancuzco (P-0013, 10 mg, 0.025 mmol). MS(ESI) [M + H+]+ = 397.2.
La (4-cloro-bencil)-[6-metil-5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina P- 0014
se preparó siguiendo el protocolo del esquema 18, sustituyendo benzaldehído de 4-trifluorometilo con 4-clorobenkaldehíiddoo (40) en la Etapa 1. MS(ESI) [M + H+]+ = 363.1.
Ejemplo 1177:: S Síntesis de [5-(5-bromo-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetiiil)-p?ridin-2-il]-(4-cloro-bencil)-amina (P-0038) La [5-(5-bromo-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-(4-cloro-bencil)-amina P-0038 se sintetizó en 5 Etapas a partir de 2-amino-5-bromopiridina 15 comercialmente disponible como se muestj-a en el Esquema 19.
Esquema 19
Etapa 1- Síntesis de (5-bromo-piridin-2-il)-(4-cloro-bencil)-amina (41) A 2-amino-5-bromopiridina (15, 6.10 g, 0.0352 mol) en tolueno (90.0 mL) se agregaron 4-clbrobenzaldehído (40, 5.00 g, 0.0356 mol), ácido trifluoroacético (8.0 mL, 0.10 mol) y trietilsilano (16 5 mL, 0.103 mol). La reacción se calentó a reflujo durante 48 horas. La reacción se concentró, se i/ació en carbonato de potasio acuoso y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se la ó con salmuera, se secó sobre sulfato de sodio y se concentró. El residuo sin purificar se cristalizó con acetato de etilo para dar el compuesto (41, 6.8 g, 65.4%).
Etapa 2 - Síntesis de 6-(4-cloro-bencilamino) piridin-3-carbaldehído (42) (42, A (5-bromo-piridin-2-il)-(4-cloro-bencil)-amina (41 , 10.00 g, 0.03360 mol) en tetrahidrofuran (400.0 mL) bajo una atmósfera de nitrógeno a -78°C se agregó n-butillitio (17.5 mL,, 2.00 M en ciciohexano). Después de 90 minutos, se agregó ter-butillitio (42.00 mL, 1.70 M en hexano) a la reacción. Después de 80 minutos, se agregó N, N-dimetilformamida (6.9 mL, 0.089 mol) a la reacción. La mezcla de reacción se agitó a -78°C durante 2 horas, luego se dejo calentar a temperatura cimbiente durante 1 hora. La mezcla de reacción se vació en agua y se extrajo con acetato de etil . La capa orgánica se lavó con salmuera, se secó sobre sulfato de sodio y se concentró para dar el compuesto sin purificar, el cual se cristalizó a partir de metiléster de ter-butoxilo para proporcionar el compuesto (42, 7.66 g, 92.2%).
A terbutiléster del ácido {5-[(5-bromo-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-hidroxi-metil]-piridin-2-il}-(4-c oro-bencil)-carbámico (45, 180.0 mg, 0.33 mmol) en acetonitrílo (30.0 mL) se agregaron ácido trifluoroacético (2.0 mL, 0.026 mol) y trietilsilano (4.0 mL, 0.025 mol). La reacción se calentó a reflujo durante 4 horas. La mezcla de reacción se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se lavó con salmuera, se secó sobre sulfato de sodio, se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 10% de metanol en diclorometajio para dar el compuesto (P-0038, 120 mg, 85.2%). MS(ESI)[M+H+]+ = 427.2, 429.2.
Ejemplo 1188:: S ípíntesis de 1-triisopropilsilanil-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-carbaldehído 47. El compuesto 47 se sintetizó en 2 etapas a partir de 7-azaindol 1 como se describe en el Esquema 20.
Esquema 20
co Etapa 1
Etapa 1 - Preparación de 1 H-pirrolo[2, 3-b]piridin-3-carbaldehído (48): A 1H-pirrolo[2,3-b]piridina (1 , 16.0 g, 135 mmol) en agua (110 m? se agregaron hexametilentetjaimina (26.0 g, 185 mmol), y ácido acético (55.0 mL, 967 mmol). La reacción se llevó a reflujo durante 12 horas. Se agregó agua (329 mL) y la reacción se enfrió a temperatura ambiente. La reacción se filtró y lavó con agua para dar el compuesto (46, 15.0 g, 76%). MS(ESI)
[M+H+]+ =147.
Etapa 2 - Preparación de 1-triisopropilsilanil-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-carbaldehído (47): A 1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-carbaldehído (46, 4.05 g, 27.71 mmol) en tetrahidrofurano (30.0 mL) se agregaron hidruro de sodio (60% en aceite mineral, 1.5 g, 38 mmol) y cloruro de triisopropilsililo (8.0 mL, 38 mmol) bajo una atmósfera de nitrógeno. La reacción se agitó durante 2 horas; a temperatura ambiente. La reacción se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se lavó con salmuera, se secó sobre sulfato de sodio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 10 %, de acetato de etilo en hexano para dar el compuesto (47, 3.0 g, 36%). MS(ESI)[M+HT = 303.
La 1-(ter-butil-dimetil-silanil)-3-yodo-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina S6
se preparó siguiendo el protocolo del Esquema 20 Etapa 2, sustituyendo 1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-carbaldehído 46 con 3-yodo-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina y cloruro de triisopropilsililo con cloruro de ter-butil-dimetil-sil lo
La 1-bencensulfonil-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-carbaldehído 55
se preparó siguiendo el protocolo del Esquema 20, sustituyendo cloruro de triisopropilsililo con cloruro de bencensulfonilo en la Etapa 2.
Ejemplo 19: Síntesis de N-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin°2°il]-4-trifluorom til-bencensulfonamida (P-0071) La N-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-4-trifluorometil-bencensulfonamida P-0071 se sintetizó en 3 etapas a partir de 2-amino-5-bromopiridina 15 como se muestra en el Esquema 21.
Etapa 2 - Síntesis de N-5-[h?drox?-(1-tr??soprop?ls?lan?l-1H-p?rrolo[2,3-b]p?rid?n-3-?l)-met?l]p?nd?n-2-?l-4-trifíuorometil-bencensulfonamida (50): A N-(5-bromo-p?r?d?n-2-?l)-4-tr?fluoromet?l-bencensulfonam?da (4S, 0 96 g, 2 5 mmol) en tetrah idrof urano (50 0 mL) bajo una atmósfera de nitrógeno a -78°C, ter-butilhtio (4 62 mL, 1 70 M en hexano) se agregó lentamente Después de 15 minutos, se agregó 1-tr??soprop?ls?lan?l-1 H-p?rrolo[2,3-b]p?r?d?n-3-carbaldeh?do (47 0 30 g, 0 99 mmol, preparado como se describe en el Ejemplo 18) en tetrahidrofurano (15 0 mL) a la reacción Después de 30 minutos, la reacción se dejó llegar a temperatura ambiente durante 10 minutos La reacción se vació en agua, se acidificó con HCl 1N a pH alrededor de 2, y se extrajo con acetato de etilo La capa orgánica se secó sobre La 4-cloro-N-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-benzamida P-0074
se preparó siguiendo el protocolo del Esquema 21 , sustituyendo cloruro de 4-trifluorometil-bencensulfonilo 48 con cloruro de 4-cloro-benzoilo en la Etapa 1. MS (ESI [M+H+]+ = 363.2.
Ejemplo 20: Síntesis de N-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-?l]-4-trifluoro?pnßtil-benzamida (P-3072) N-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-4-trifluorometil-benzamida P-0072 se sintetizó en jna etapa a partir de (3-(6-bromo-piridin-3-ilmet¡l)-1-triisoprop¡ls¡lan¡l-1 H-p¡rrolo[2,3-bjpiridina 6a como se muestra en el Esquema 22.
mida
mol, preparado cc mo se describe en el Ejemplo 2) en 1 ,4-dioxano (4.0 mL) se agregaron 4-trifluorometil-t enzamida (51 , 70.0 mg, 0.37 mmol), Xanthphos (15.0 mg, 0.026 mmol), carbonato de cesio (130.0 mg, 0.40 mmol) y Tris(dibencilidenacetona)-dipaladio (0) (25.0 mg, 0.024 mmol) bajo una atmósfera de nitrógeno. La reacción se calentó a 120°C durante 10 minutos en un instrumento da microondas CEM Discover. La reacción se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La caaa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 50% de acetato de etilo en hexano para dar un sólido blanco (P-0072, 4.7 mg, 6.8%). MS (ESI) [M+H+]+ = 397.2.
La 4-fluoro-N-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-benzamida P-0073
se preparó siguiendo el protocolo del Esquema 22, sustituyendo 4-trifluorometil-benzamida con 4-fluorometil-ben ?amida. MS (ESI) [M+H*]+ = 347.2.
Ejemplo 21 : Siíntesis de (4-cloro-fenil)-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmTtil)-piridin-2-ilmetil]-amina (P-0078) sobre sulfato de sodio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de ge l de sílice eluyendo con 20% de acetato de etilo en hexano para dar un sólido blanco (54, 0.7 5 g, 47.0%).
Etapa 2 - Sintesis de (1-bencensulfonil-1H-pirrolo[2,3-b]-piridin-3-il)-6-[(4-cloro-fenilamino)-metil]piridin-3 il- metanol (56): A (5-bromo-piridin-2-ilmetil)-(4-cloro-fenil)-amina (54, 0.380 g, 1.28 mmol) en tetrahidrofuranc (15.0 mL) bajo una atmósfera de nitrógeno a -78°C se agregó n-butillitio (0.850 mL, 1.60 M en hexano). Después de 10 minutos, se agregó 1 ,2-bis-(cloro-dimetil-silanil)-etano (0.135 g, 0.627 mmol) en tetrahidrofurano (5.0 mL) a la reacción. La reacción se dejó calentar a temperatura a mbiente durante 40 minutos. La reacción se enfrió a -78°C, seguido por adición de 1.70 M ter bu illitio en hexano (1.58 mL). Después de 30 minutos, se agrego 1-bencensulfonil-1H-pirrolo[2,3-bjp ridin-3-carbaldehído (55, 0.380 g, 1.33 mmol, preparado como se describe en el Ejemplo 18) e n tetrahidrofurano (10.0 mL) a la reacción. Después de 20 minutos, la reacción se dejó calentar a temperatura ambiente. La reacción se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 50% de acetato de etilo en hexano para dar el compuesto (56, 0.30 g, 46.0%). MS (ESI) [M+H+]+ = 505.3.
Etapa 3 - (4-clbro-fenil)-5-[metoxi-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3 il)-metil]-piridin-2-ilmetil-amina (57): A (1 -Bencensulfonil-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-6-[(4-cloro-fenilamino)-metil]-piridin-3-il-metanol (56, 120.0 mg, 0.24 mmol) en metanol (20.0 mL) se agregaron hidróxido de potasio (0.400 g, 7.13 mmol) y agua (5.0 mL, 0.28 mol). La reacción se calentó a 54°C durante 10 horas. La reacción se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se secó sobre sulfato c e sodio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 20% de acetato de etilo en hexano para dar el compuesto (57, 30 mg, 33.0%). MS (ESI) [M+HT = 379.4.
Etapa 4- Síntesis de (4-cloro-fenil)-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-ilmetil]-amina (P-0078): I A (4-cloro-fenil)-5-[metoxi-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metil]-piridin-2-ilmetil-amina (57, 20.8 mg, C.055 mmol) en acetonitrilo (10.0 mL) se agregaron ácido trifluoroacético (0.50 mL, 6.5 mmol) y triatilsilano (1.00 mL, 6.26 mmol). La reacción se calentó a reflujo durante 3 horas, luego se vació on agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 10% de metanol en diclorometano para dar el compuesto (P-0078, 6J mg, 32.0%). MS (ESI) [M+HT = 349.4.
Ejemplo 22: Síntesis de (4-Cloro-bencil)-[6-fluoro-5-(1A-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina (Pj-0082) La (4-cloro-bencil)-[6-fluoro-5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina P- 0082 se sintetizó en 8 etapas a partir de 2,6-difluoropiridina 58 como se muestra en el Esquema 24.}
Etapa 1 - Síntesis de ácido 2,6-difluoro-nicotínico (59): A 2,6-difluoropiridina (58, 7.10 g, 0.0617 mol) en tetrahidrofurano (150.0 mL) bajo una atmósfera de nitrógeno a -78°C, se agrego lentamente n-butillitio (26.0 mL, 2.50 M en hexano).
Después de 30 minutos, se agregó hielo seco (3.0 g) a la reacción. Después de 1 hora, la reacción se dejó calente • a temperatura ambiente, luego se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo.
La capa acuosa se acidificó con HCl 1 N a pH = 4-5 y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro, se filtró y se concentró para dar el compuesto sin purificar como ? n sólido amarillo claro (59, 5.6 g, 57.0%).
Etapa 2 - Síntesis de metiléster del ácido 2,6-difluoro-nicotínic (60): A ácido 2,6-difluoro-nicotínico (59, 5.60 g, 0.0352 mol) en metanol (60.0 mL) se agregó ácido sulfúrico concentrado (1.0 mL, 0.019 mol). La reacción se calentó a reflujo durante la noche, luego ¡>e vació en agua, se basificó con carbonato de potasio 1M a pH alrededor de 9, y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro y se concentró para dar un aceite amarillo (60, .3.5 g, 57.0%).
Etapa 3 - Sínt sis de metiléster del ácido 6-(4-cloro-bencilamino)-2-fluoro-nicotíníco (62): A metiléster del ácido 2,6-difluoro-nicotínico (60, 2.00 g, 0.0116 mol) en N,N-dimetilformam da (20,0 mL), bajo una atmósfera de nitrógeno a -40°C, se agregó p-clorobencilamha (61, 2.60 mL, 0.0214 mol). La reacción se agitó a -40°C a -20°C durante 2 horas, luego se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 25% de acetato de etilo en hexano para dar el compuesto (62, 2.0 g, 58.7%).
Etapa 4 - Síntesis de [6-(4-cloro-bencilamino)-2 fluoro-piridin-3-il]-rnetanol (63): A metiléster del ácido 6-(4-cloro-bencilamino)-2-fluoro-nicotínico (62, 2.00 g, 6.79 mmol) en tetrahidrofurano (100.0 mL) se agregó tetrahidroaluminato de litio (13.6 mL, 1.00 M en tetrahidrofurano) bajo una atmósfera de nitrógeno. La reacción se agitó a temperatura ambiente durante la noche. A la reacción se agregó una cantidad excesiva de NaSO4°10H2O, y luego se agitó durante 1 hora. La filtración, concentración y purificación con cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 30% de acetato de etilo en hexano proporciona el compuesto 63 (1.0 g, 55.0%).
Etapa 5 - Síntesis de 6-(4-cloro-bencilamino)-2 fluoro-piridin-3-carbaldehído (64): ( [6-(4-cloro-bencilamino)-2-fluoro-piridin-3-il]-metanol (S3, 1.0 g, 3.7 mmol) en tetrahidrofurano (50.0 mL) se agregó periodinano Dess-Martin (1.75 g, 4J2 mmol). La reacción se agitó a temperalura ambiente durante 10 minutos, luego se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 20% de acetato de etilo en hexano para car un sólido blanco (64, 0.67 g, 68.0%).
Etapa 6 - Síntesis de ter-butiléster del ácido (4-cloro-bencil)-(6-fluoro-5-formil-piridin-2-il)-carbámico (65): A 6-(4-cloro-bencilamino)-2-fluoro-piridin-3-carbaldehído (64, 670.0 mg, 2.53 mmol) en diclorometano (16.2 mL) se agregaron di-ter-butildicarbonato (1.23 g, 5.65 mmol) y 4-dimetilaminopi ¡dina (16.2 mg, 0.133 mmol). La reacción se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La •eacción se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con d0% de acetato de etilo en hexano para dar un sólido blanco (65, 0.63 g, 68.0%).
Etapa 7- Síntesis de ter-butiléster del ácido (5-[1-(ter-butil-dimetil-silanil)-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il]-hidroxi-metil 6-fluoropiridin-2-il)-(4-cloro-bencil)-carbámico (67): A 1-(ter-butil-dimetil-silanil)-3-yodo-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina (66, 0.53 g, 0.0015 mol) y tetrahidrofurano (15.0 mL), bajo una atmósfera de nitrógeno a -20°C, se agregó cloruro de isopropilmagnesio (0.78 mL, 2.0 M en tetrahidrofurano). La reacción se dejó calentar a 0CC (alrededor de £ 0 minutos), entonces se enfrió a -20°C, seguido por adición de ter-butiléster del ácido (4-clorojbencil)-(6-fluoro-5-formil-piridin-2-il)-carbámico (65, 0.200 g, 0.55 mmol) en tetrahidrofurano (6.0 mL). La reacción se dejó calentar a temperatura ambiente en 1 hora, luego se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro, y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice
ter-butiléster del ácido (5-[1-(ter-butil-d¡metil-silanil)-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il]-
Esquema 25
Etapa 1 - Síntesis de ter-butiléster del ácido (4-cloro-bencil)-5-[hidroxi-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metil]-6-metoxif. iridin-2-il-carbámico (68): A 1H-pirrolo[2,3-b]piridina (1 , 90.0 mg, 0.76 mmol) en metanol (30.0 mL) se agregaron terbí tiléster del ácido (4-cloro-bencil)-(6-fluoro-5-formil-piridin-2-il)-carbámico (65, 300.0 mg, 0.82 mmol) e hidróxido de potasio (720.0 mg, 12.83 mmol) bajo una atmósfera de nitrógeno. La reacción se agitó a temperatura ambiente durante 2 horas, luego se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro y se filtró. El filtrado
Etapa 2 - Síntesis de (4-cloro fen?l)-am?da del ácido 5-[h?drox?-(1-tr?isoprop?ls?lanil-1H-p?rrolo[2,3-b]p?r?d?n-3-?l)-p.et?l]-p?r?d?n-2-carboxíl?co (71 ): A (4-cloro-fen?l)-am?da del ácido 5-bromo-p?r?d?n-2-carboxíl?co (70, 0 50 g, 1 60 mmol) en tetráhidrofurano (20 0 mL), bajo una atmósfera de nitrógeno a -78°C, se agregó ter-butillitio (3 02 rnL, 1 70 M en hexano) Después de 20 minutos, se agregó 1 -tr??soprop?ls?lan?l-1 H-p?rrolo[2,3-b]p?r?d?n-3-carbaldehído (47, 0 39 g, 1 3 mmol, preparado como se describe en el E Ejjeemmpplloo 1188)) eenn tetrahidrofurano (10 0 mL) a la reacción La reacción se agitó a -78"C durante 1 hora, luego se dejo calentar a temperatura ambiente durante 10 minutos La reacción se vacio en agua y se extrajo con acetato de etilo La capa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro y se filtró El filtreido se concentro y purifico por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 20% de acetato de etilo en hexano para dar el compuesto un aceite incoloro (71 , 100 mg, 14%) MS (ESI) [M+H+]+ = 535 3
Etapa 3 - Síntesis de (4-cloro-fen?l)-am?da del ácido 5-(1H-pirrolo[2,3-b]p?r?d?n-3-?lmet?l)-p?r?d?n-2-carboxílico (P-0076): A (4-cloro-fen?l)-am?da del ácido 5-[h?drox?-(1-tr??soprop?ls?lan?l-1 H-p?rrolo[2,3-b]p?r?d?n-3-?l)-me¡t?l]-p?r?d?n-2-carboxíl?co (71 , 100 0 mg, 0 19 mmol) en acetonitplo (10 0 mL) se agregaron ácido tnfluoroacetico (0 20 mL, 2 6 mmol) y trietilsilano (0 40 mL, 2 5 mmol) La reacción se agitó a 80°C durante 2 horas La reacción se concentró y purifico por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 20% de acetato de etilo en hexano para dar un compuesto solido
Etapa 2 - Preparación de (1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-[6-(3-trifluorometil-benciloxi)-píridin-3-il]-metanona (73) A (6-cloro-piridin-3-il)-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona 7 en DMSO se agregó
(3-trifluorometil-fenil)-metanol 72. Se agregó hidruro de sodio y la reacción se calentó a 60°C durante dos horas. La reacción se extinguió con agua y se extrajo con acetato de etilo. La porción orgánica se socó con sulfato de magnesio y se concentró para proporcionar (1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-[6 (3-trifluorometil-benciloxi)-piridin-3-il]-metanona 73, los cuales se utilizaron en la siguiente etapa sin purificación adicional.
Etapa 3 - Preparación (1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-[6-(3-trifluorometil-benciloxi)-pirídin-3-il]-metanol (74): A (1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-[6-(3-trifluorometil-benciloxi)-piridin-3-il]-metanona 73 en etanol áe agregó borohidruro de sodio. Después de una hora, la reacción se extinguió con agua y se extrajo con acetato de etilo. La porción orgánica se secó con sulfato de magnesio y se concentró para proporcionar (1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-[6-(3-trifluorometil-benciloxi)-piridin-3-il]-metanol 74, el cual se utilizó en siguiente etapa sin purificación adicional.
Etapa 4 - Prep aración de 3-[6-(3-trifluorometil-benciloxi)pirídin-3-ilmetil)-1H-pirrolo[2,3-b]piridina, P-0057 La (1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-[6-(3-trifluorometil-benciloxi)-piridin-3-il]-metanol 74 se disolvió en 9:1 ácido trifluoroacéticortrietilsilano. La reacción se agitó a temperatura ambiente durante 15 horas. La reacción se diluyó con agua y se extrajo con acetato de etilo y se concentró.
El material sin purificar se purificó por HPLC de fase inversa para proporcionar 3-[6-3-trifluorometil-benciloxi)-piridin-3-ilmetil]-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina P-0057. MS (ESI) [M+H+]+= 384.3.
Los compuestos adicionales pueden prepararse utilizando las etapas 2-4 del Esquema 28, reemplazando (3-trifluorometil-fenil)-metanol con un alcohol bencílico apropiado. Los siguientes com juestos se hicieron siguiendo este procedimiento: 3-[6-(4-cloro-benciloxi)-piridin-3-ilmetil]-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina (P-0056) 3-[6-(3-cloro-benciloxi)-piridin-3-ilmetil]-1 H-pirrolo[2;3-b]piridina (P-0055)
Los alcoholes de bencilo utilizados en la etapa 2 de este procedimiento se indican en la columna 2 de la siguiente tabla, con la estructura del compuesto indicada en la columna 3. La Columna 1 proporciona el número del compuesto y la Columna para el resultado de la espectroscopia de masa medida.
Ejemplo 27: Síntesis de [2-cloro-6-(4-cloro-bencilamino)-piridin-3-ill-(1H=pirrolo[2,3-b3p5ridin-3-¡l)-metanona P-0048 La [2-cloro-6-(4-cloro-bencilamino)-piridin-3-¡l]-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona P-0048 se sintetizó en 3 etapas a partir de ácido 2,6-dicloropiridin-3-carboxílico 75 comercialmente disponible como se muestra en el Esquema 29.
Esquema 29
Etapa 1- Etapa 3 - Preparación de [2-cloro-6-(4-cloro-bencilamino)-piridin-3 il]-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-rnetanona (P-0Ó48): A (2,6-dicloropiridin-3-il)(1 H-pirrolo[2,3-bjpiridin-3-il)metanona (77, 0.0570 g, 0.195 mmol) se agrec ó 2-propanol (1.5 mL) seguido por p-clorobencilamlna (61, 49.8 µL, 0.410 mmol). La reacción se sometió a microondas a 300 watts, 100°C durante 10 minutos, a 120°C durante 10 minutos, y finalmente a 150°C durante 10 minutos. Se agrego p-clorobencilamina (50 µL, 0.410 mmol) adiciona y la reacción continuo a 150°C durante 20 minutos. La reacción se extrajo con acetato de etilo y bicarbonato de sodio 1 M. La capa orgánica se secó sobre sulfato de magnesio Etapa 1 - Preparación de (6-(4-clorobencilamino)-2-cloropiridin-3-il)(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)metanol (P-d050): A [2-cloro-6-(4-cloro-bencilamino)-piridin-3-il]-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona (P-3048, 0.045 g, 0.00011 mol, preparada como se describe en el Ejemplo 27) se agregó metanol (10 mL) y borohidruro de sodio (0.00428 g, 0.0001 13 mol). La reacción se dejó agitar a 50°C durante la noche. Los volátiles se eliminaron de la reacción, y el material resultante se extrajo con acetato de etilo y bicarbonato de sodio acuoso 1M. La capa orgánica se secó sobre sulfato de magnesio y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con diclorometano seguido por 1% de metanol en diclorometano para dar el compuesto (P-0050, 31 mg, 68%). MS (ESI)) [M+H+]+ = 399.2.
Etapa 2 - Preparación de 3-((1H pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)metil)-6-(4-clorobencilamino)piridin-2-ol (P-0051): A (6-(4-clorobencilamino)-2-cloropiridin-3-il)(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)metanol (P-0050, 0.028 g, 0.000070 mol) se disolvió en acetonitrilo (1 mL) se agregó trietilsilano (42.6 µL, 0.000266 mol) y ácido trifluoroacético (28.4 µL, 0.000368 mol). La reacción se calentó a 85°C durante la noche. La reacción se extrajo con acetato de etilo y bicarbonato de sodio saturado. La capa orgánica se separó, se secó sobre sulfato de magnesio y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con diclorometano, 3%, 5% y finalmente 10% de metanol en diclorometano para dar el compuesto como un sólido blanco (P- 0051 , 20 mg, 78%). MS (ESI) [M+H+]+ = 365.3.
Exampié 29: Síntesis de intermediarios 7-azaindol de 5 sustituido a 5-(2-morfolin-4-il-etoxi)-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina 79 se sintetizó en 1 Etapa a partir de 5-bromo-azaindol comercialmente disponible como se muestra en el Esquema 31.
Se prepararon 7-azaindoles de 5-sustituído siguiendo el protocolo del Esquema 31, reemplazando 4-mc rfolinetanol con ya sea 2-dietilamino-etanol, 3-dietilamino-propan-1-ol, 2-piperidin-1-il-etanol, o 2-pirrolidin-1 -il-etanol para proporcionar dietil-[2-(1H-pirrolo[2,3-b]piridín-5-iloxi)-etilj-amina, diet l-[3-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-5-íloxi)-propil]-amina, 5-(2-píperidin-1 -il-etoxi)-1 H-pirrolof2,3-bjpiridína, 5-(2-pírrolidin-1-il-etoxi)-1H-pírrolo[2,3 bjpíridina, respectivamente.
Ejemplo 30: Síntesis de {5-[5-(2-morfolin-4-il-etoxi)-1H-pirrolo[2,3-bJp¡ridin-3-ilmet¡l]-piridip-2-il}-(4-trífluorometil-bencil)-amina P-0065: La {5-[5-(2-morfolin-4-il-etoxi)-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil]-pirídín-2-il)-(4- caróám/co (1!¡}): A una solución de 6-(4-tifluorometil-bencilamino)-piridin-3-carbaldehído (18, 3.7 g, 0.013 mol) y idi-ter-butildicarbonato (3.4 g, 0.016 mol) en diclorometano (100 mL) se agregó N,N-diisopropiletilíimina (4.6 mL, 0.026 mol) y 4-dietilaminopiridina (0.2 g, 0.002 mol). La mezcla de reacción se a jitó a temperatura ambiente durante la noche. La mezcla de reacción se concentró y luego se diso vio en acetato de etilo. La solución se lavó con ácido clorhídrico (10%), bicarbonato de sodio satu ado, salmuera, y se secó sobre sulfato de magnesio. Después de la eliminación del solvente, el residuo se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con acetato de etilo en hexano para proporcionar el compuesto como un sólido blanco (19, 4.38 g, 87%).
Etapa 4 - Preparación de terbutiléster del ácido (5-(hidroxi-[5-(2-morfolin-4-il-etoxi)-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il]-r?etil}piridin-2-il)-(4 -trifluorometil-bencil)-carbámico (80): Una mezcla de ter-butil ester del ácido (5-formil-piridin-2-il)-(4-trifluorometil-bencil)-carbámico (19, 315 mg, 0.828 mmol), 5-(2-morfolin-4-il-etoxi)-1H-pirrolo[2,3-b]piridina (79, 205 mg, 0.829 mmol, preparado como se describe en el Ejemplo 29), e hidróxido de potasio (70 mg, 1 mmol) en metanol (25 mL) se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La mezcla de reacción se v? ció en agua helada, se extrajo con acetato de etilo, se lavó con salmuera, y se secó sobre sulfato de sodio. Después de la eliminación del solvente, el residuo se purificó por cromatografríe en columna de gel de sílice eluyendo con metanol en diclorometano para proporcionar el compuesto como un sólido amarillo (80, 0.2 g, 40%). MS (ESI) [M+H+]+ = 628.42.
Etapa 5 - Preparación de (5-[5-(2-moríolin-4 il-etoxi)-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil]-piridin-2-il)-(4-trifluorometil-b 3ncil)-amina (P-0065): Una mezcla de ter-butiléster del ácido (5-{hidroxi-[5-(2-morfolin-4-il-etoxi)-1H-pirrolo[2,3-b]pi idin-3-il]-metil}-piridin-2-il)-(4-trifluorometil-bencil)-carbamico (80, 0.2 g, 0.3 mmol), trietilsilano (4 mL, 0.02 mol), y ácido trifluoroacético (2 mL, 0.02 mol) en acetonitrilo (30 mL) se llevó a reflujo durante 2 horas. Después de la eliminación del solvente, el residuo se disolvió en acetato de etilo, se lavó con bicarbonato de sodio saturado, salmuera, y se secó sobre sulfato de magnesio Después de la eliminación del solvente, el residuo se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con metanol en dielorometano para proporcionar el compuesto como un sólido amarillo claro (P-0065, 17 mg, 10%) MS (ESI) [M+H+]+ = 512 42
Los compuestos adicionales pueden prepararse utiliznado las etapas 3 y 4 del Esquema 32, utilizando ter-butilester del acido (5-form?l-p?r?d?n-2-?l)-(4tr?fluoromet?l-benc?l)-carbámico 19 o reemplazándolo con ter-butilester del acido (5-form?l-p?r?d?n-2-?l)-(4-cloro-benc?l)-carbámico (43, preparado como se describe en el Ejemplo 17) y reemplazando 5-(2-morfol?n-4-?l-etox?)-1 H-p?rrolo[2,3-b]p?r?d?na 79 con un azaindol apropiado, preparado como en el Ejemplo 29 o 5-metox?-7-aza?ndol (preparado como se describe en el Ejemplo 31 ) o con 5-cloro-7-aza?ndol comercialmen e disponible Los siguientes compuestos se hicieron siguiendo este procedimiento [5-(5-metox?-1H-p?rrolo[2,3-P]p?r?d?n-3-?lmet?l)-p?r?d?n-2-?l]-(4-tr?fluoromet?l-benc?l)-am?na (P-0053), [5-(5-cloro-1 H-,p?rrolo [2,3-P]p?pd?n-3-?lmet?l)-p?r?d?n-2-?l]-(4-tr?fluoromet?l-benc?l)-am?na (P-0054), (4-cloro-benc?l ?-[5-(5-metox?-1 H-p?rrolo[2,3-D]p?pd?n-3-?lmet?l)-p?r?d?n-2-?lj-am?na (P-0058), (4-cloro-benc?p-[5-(5-cloro-1 H-p?rrolo[2,3-P]p?r?d?n-3-?lmet?l)-p?r?d?n-2-?l]-am?na (P-0059), {5-[5-(2-d?et?larn?no-etox?)-1 H-p?rrolo[2,3-P]p?pd?n-3-?lmet?l]-p?r?d?n-2-?l}-(4-tr?fluoromet?l-benc?l)-am?na (P-0060), {4-cloro-benc?l)-{5-[5-(2-morfol?n-4-?l-etox?)-1 H-p?rrolo[2,3-b]p?r?d?n-3-?lmet?l]-p?r?d?n-2-?l}-am?na (P-0063), {5-[5-(2-p?rrol?d?n-1-?l-etox?)-1 H-p?rrolo[2,3-P]p?r?d?n-3-?lmet?l]-p?r?d?n-2-?l}-(4-tr?fluoromet?l-benc?l)-amina (P-0064), {5-[5-(3-d?et?lam?no-propox?)-1 H-p?rrolo[2,3-b]p?r?d?n-3-?lmet?l]-p?r?d?n-2-?l}-(4-tr?fluoromet?l-benc?l)-amina (P-0066), (4-cloro-benc?l) {5-[5-(3-d?et?larn?no-propoxy)-1 H-p?rrolo[2,3-D]p?r?d?n-3-?lmet?l]-p?r?d?n-2-?l}-am?na (P- 0069),
El aldehido y azaindol utilizados en la Etapa 4 de este procedimiento se indican en las columnas 2 y 3 de la siguiente tabla, respectivamente, con la estructura del compuesto
Ejemplo 31: Síntesis de 3-[6-(4-trifluorometil-bencilamino)-piridin--3-ilmetiI]-1 H-pirrolo[2,3-bJpiridin-5-ol -0061 : La 3-[6-(4-trifluorometil-bencilamino)-piridin-3-ilmetil]-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-5-ol P- 0061 se sinteti£ó en 6 Etapas a partir de 5-bromo-7-azaindol 44 como se describe en el Esquema 33.
Etapa 3 - Preparación de 5-triisopropilsilaniloxi-1H-pirrolo[2,3-b]piridina (83): A una solución de 1 H-Pirrolo[2,3-b]piridin-5-ol (0.5 g, 0.004 mol) y 1 H-imidazol (0.98 g, 0.014 mol) en N, -dimetilformamida (5 mL) se agregó cloruro de triísopropilsililo (1 mL, 0.005 mol). La mezcla de reacción se agitó a temperatura ambiente durante la noche. Se agrego diclorometano (10 mL) y la solución se lavó con salmuera y se secó sobre sulfato de sodio. Después de la eliminación del solvente, el residuo se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyéndo con acetato de etilo en hexano para proporcionar el compuesto como un líquido viscoso (83, 0 •4 g, 40%).
Etapa 4 - Preparación de ter-butiléster del ácido {5-[hidroxi-(5-tríisopropilsilaniloxi-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il) metil]piridin-2-il}-(4-trifluorometil-bencil)-carbámico (84): Una mezcla de ter-butiléster del ácido (5-formil-piridin-2-íl)-(4-trifluorometil-bencil)-carbámico ("i 9 , 41 mg, 0.11 mmol, preparado como se describe en el Ejemplo 30), 5-triisopropilsilaniloxi 1H-pirrolo[2,3-b]piridina (83, 34 mg, 0J2 mmol) e hidróxido de potasio (9.8 mg,
0.17 mmol) ei metanol (10 mL) se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La mezcla de reacción se vació en agua, se extrajo con acetato de etilo, se lavó con salmuera y se secó sobre sulfato de sodio. Después de la eliminación del solvente, el residuo se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con acetato de etilo en hexano para proporcionar el compuesto como u i n líquido viscoso (84, 0.05 g, 70%). MS (ESI) [M+H+]+ = 671.38.
Etapa 5 - Preparación de (4-trifluorometil-bencil)-[5-(5-triisopropilsilániloxi-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2 il]-amina (85): ' Una mezcla de ter-butiléster del ácido {5-[hidroxi-(5-trilsopropilsilaniloxi-1 H-pirrolo[2,3-b]p ridin-3-il)-metil]-piridin-2-il}-(4-trifluorometil-bencil)-carbámico (84, 0.05 g, 0.07 mmol), ácido trifluoroacético (0.5 mL, 0.006 mol), y trietilsilano (1 mL, 0.006 mol) en acetonitrilo (10 mL) se llevó e reflujo durante 2 horas. La mezcla de reacción se vació en agua helada, se extrajo con acetato da etilo, se lavó con bicarbonato de sodio saturado, salmuera, y se secó sobre sulfato de sodio. Después de la eliminación del solvente, el residuo se purificó por cromatografía en columna de gal de sílice eluyendo con acetato de etilo en hexano para proporcionar el compuesto como un líquido viscoso (85, 0.04 g, 97%). MS (ESI) [M+H+]+ = 555.38.
Etapa 6 - Preparación de 3-[6-(4-trifluorometil-bencilamino)piridin-3-ilmetil]-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-5-0/ (P-0061): A (4-trifluorometil-bencil)-[5-(5-triisopropilsilaniloxi-1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)- piridin-2-ilj-arr??na (85, 0.13 g, 0.23 mmol) en tetrahidrofurano (10 mL) se agregó fluoruro de tetrabutilamonio (3 mL, 1.0 M en tetrahidrofurano, 3 mmol).. La mezcla de reacción se agitó a temperatura ambiente durante la noche, y luego se agitó 65°C durante 48 horas. La mezcla de reacción se Concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con acetato de eti o en hexano para proporcionar el compuesto como un líquido viscoso (P-0061, 0.062 g, 66%). MS (ESI) [M+HY = 399.19.
La 3-[6-(4-cloro-bencilamino)-piridin-3-ilmetilj-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-5-ol P-0062
se preparó siguiendo el protocolo del Esquema 33, reemplazando ter-butiléster del ácido (5-form¡ -piridin-2-il)-(4-trifluorometil-bencil)-carbámico 19 con ter-butiléster del ácido (5-formil-piridin-2 il)-(4-cloro-bencil)-carbámico (43, preparado como sé describe én el Ejemplo 17).
MS (ESI) [M+H+]+ = 365.2.
Ejemplo 32: Síntesis de N-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-carbonil)-pirídin°2-i0i-4-trifluoro etil-benzamida P-0067 La N-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-carbonil)-piridin-2-il]-4-trifluorometil-benzamida P-0067 se sint tizó en 2 Etapas a partir de 7-azaindol 1 como se describe en el Esquema 34.
Esquema 34
Etapa 1- Preparación de (6-bromo-piridin-3-il)-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona (87): A una solución de 1 H-pirrolo[2,3-P]p¡ridina (1 , 1.2 g, 0.010 mol) en diclorometano (50 mL) se acjregó cloruro de 6-bromo-nicotinoilo (86, 2.6 g, 0.012 mol) a -10°C. Después que la solució se volvió clara, se agregó tricloruro de aluminio (10.2 g, 0.0765 mol) en una porción con agitación vigorosa. La mezcla de reacción se agitó a -10°C durante 30 minutos, luego se dejó calentar a terrperatura ambiente y se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La reacción se extinguió con agua helada y se neutralizó con bicarbonato de sodio. La solución se extrajo con diclorometano se lavó con salmuera, y se secó sobre sulfato de sodio. Después de la eliminación del solvente, el residuo se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con metanol en di lorometano para proporcionar el compuesto como un sólido blanco (87, 0.35 g, 11%).
Etapa 2 1- Preparación de N-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-carbon¡l)-pirídin-2-il]-4-trifluorometil-benzamida (P-0067): ' Una mezcla de (6-bromo-piridin-3-il)-(1 H-pirrolo[2,3-P]piridin-3-il) metanona (87,
160 mg, 0.53 mmol), 4-trifluorometil benzamida (51 , 130 mg, 0.69 mmol), xanthphos (9 mg, 0.02 mmol), carbonato de cesio (245 mg, 0.752 mmol), y tris(dibencilideneaceton)dipalladio (0) (5 mg, 0.005 mmol) en tolueno (2 mL) en un tubo sellado se agitó a 110°C durante 1 hora. La reacción se extinguió con agua y se extrajo con diclorometano. La capa orgánica se recolectó, se lavó con salmuera y se secó sobre sulfato de sodio. Después de la eliminación del solvente, el residuo se purificó con cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con acetato de etilo en hexano para proporcioiíiar el compuesto como un sólido blancuzco (P-0067, 0.42 mg, 19%). MS (ESI) [M+H+j+ = 411.17.
La N-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-carbonil)-piridin-2-il]-4-trifluorometil-bencensulfonamida P-0068
se preparó siguiendo el protocolo del Esquema 34, reemplazando 4-trifluorometil benzamida 51 con 4-trifluorometil-bencensulfonamida en la Etapa 2. MS (ESI [M+H*]+ = 445.1.
Ejemplo 33: Síntesis de [(S)-1-(4-cloro-fenil)-etil]-[5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridi?p-3-ilmeti[)-piridin-2-il]-amina P 0075 La (S)-1 -(4-cloro-fen?l)-etil]-[5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-piridin-2-il]-amina P-0075 se sínte izó en 3 Etapas a partir de 7-azaindol 1 como se describe en el Esquema 35.
Esquema 35
Etapa 1 - Preparación de (6-bromo-piridin-3-il)-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanol (8 ): Una mezcla de 1 H-pirrolo[2,3-b]piridina (1 , 1.2 g, 0.010 Mol), 6-bromo-piridin-3-carbaldehído (88, 1.8 g, 0.0097 mol), e hidróxido de potasio (1.8 g, 0.032 mol) en metanol (25 mL) se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La mezcla de reacción se vació en agua helada, se exlrajo con acetato de etilo, se lavó con salmuera, y se secó sobre sulfato de sodio. Después de la eliminación del solvente, el residuo se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con metanol en dielorometano para proporcionar el compuesto como un sólido blanco (89, 1 g, 45%), o puede usarse como mezcla de 89 y 90 en la Etapa 2.
Ejemplo 34: S ntesis de (4-cloro-bencil)-[4-cloro-5-(1H-pirrolo[2,3-í)lpi?ridi?pi"3-il etil)-tia2?l-2-il]-amina P-0083 La (4-cloro-bencil)-[4-cloro-5-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-tiazol-2-il]-amina P- 0083 se sintetizó en 4 Etapas a partir de 2,4-cicloro-tiazol-5-carbaldehído 93 como se describe en el Esquema 36
Etapa 2 - Preparación de ter-butiléster del ácido (4-cloro-bencil)-(4-cloro-5-formil-tiazol-2-il)-carbámico (95): A una solución de 4-cloro-2-(4-cloro-bencilamino)-tiazol-5-carbaldehído (94, 0.32 g, 0.0011 mol) er diclorometano (20 mL) se agregó lentamente N, -diisopropiletilamina (0.4 mL, 0.002 mol), 4" dimetilaminopiridina (27 mg, 0.22 mmol), y una solución de di-ter-butildicarbonato
(290 mg, 0.001 3 mol) en diclorometano (5 mL) a temperatura ambiente. La mezcla de reacción se agitó a temperatura ambiente durante la noche, luego se vació en agua helada, se extrajo con diclorometano, se lavó con salmuera, y se secó sobre sulfato de sodio. Después de la eliminación del solvente, al residuo se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con acetato de etilo en hexano para proporcionar el compuesto como un sólido café claro (95, 0.32 g, 74%). MS (ES ) [M+H+] = 387.26.
Etapa 3 - Preparación de ter-butiléster del ácido (4-cloro-bencil)-(4-cloro-5-[hidroxi-(1-triisopropilsila il-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metil]-tiazol-2-il)-carbámico (97): A una solución de 3-yodo-1-triisopropilsilanil-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina (96, 99 mg, 0.25 mmol) e? tetrahidrofurano (5 ml) a -20°C bajo nitrógeno se agregó solución de cloruro de isopropilmagnesio 2.0 M en tetrahidrofurano (0.2 ml, 0.31 mmol). La mezcla de reacción se agitó durante 1.5 hcras, luego se dejo calentar a 5°C. Después que la mezcla de reacción se enfrió hasta -20°C, una solución de ter-butiléster del ácido (4-cloro-bencil)-(4-cloro-5-formil-tiazol-2-il)-carbámico (95, 80 mg, 0.2 mmol) en tetrahidrofurano (5 mL) se agregó lentamente. La mezcla de reacción se agitó durante 2.5 hrs, luego se dejo calentar a 5°C. La mezcla de reacción se vació en agua helada, se extrajo con acetato de etilo, se lavó con salmuera, y se secó sobre sulfato de magnesio. Después de la eliminación del solvente, el residuo se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con acetato de etilo en hexano para proporcionar el compuesto como un sólido blancuzco (97, 76 mg, 50%). MS (ESI) [M+H+] = 661.32, 663.32.
Etapa 4 - Preparación de (4-cloro-bencil)-[4-cloro-5-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-tiazol-2-il]-amina (P-0083): Una mezcla de ter-butiléster del ácido (4-cloro-bencil)-{4-cloro-5-[hidroxi-(1-triisopropilsilanil -1 H-. pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metil]-tiazol-2-il)-carbámico (97, 76 mg, 0.11 mmol), trietilsilano (0.5 mL, 3 mmol), y ácido trifluoroacético (0.25 mL 3.2-mmol) en acetonitrilo (5 mL) se llevó a reflujo d jrante 3 horas. La mezcla de reacción se vació en agua helada, se extrajo con acetato de etilo, se lavó con bicarbonato de sodio, salmuera, y se secó sobre sulfato de sodio. Después de la e iminación del solvente, el residuo se purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyenc o con acetato de etilo en hexano para proporcionar el compuesto como un sólido amarillo (P-0Ó83, 5.6 mg, 14%). MS (ESI) [M+H+] = 389.35, 390.36.
Ejemplo 35 Síntesis de [2-(4-cloro-bencilamino)-tiazol-5-il3-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-metanona P-0077: La [2-(4-cloro-bencilamino)-tiazol-5-il]-(1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il)-etanona P-0077 se sintetizó eh 2 etapas a partir de ácido 2-bromo-tiazol-5-carboxílico 98 y 1 H-pirrolo[2,3-b]piridina 1 como se m?|jestra en el Esquema 37.
Una suspensión de ácido 2-Bromo-tiazol-5-carboxílico (98, 0.5 g, 0.002 mol) En cloruro de oxalino (3 mL) se agitó a temperatura ambiente hasta que se volvió una solución clara. El solvente se eliminó y el residuo se secó sobre vacío. Se obtuvo un sólido amarillo claro y se disolvió en d clorometano (10 mL) y se agregó lentamente a una solución de 1 H-pirrolo[2,3-bjpiridina (1 , 0.34 g, 0.0029 mol) en diclorometano (30 mL) a -10°C. A la mezcla se agregó entonces tricloruro de aluminio (2.6 g, 0.019 mol) en una porción con agitación vigorosa. La reacción se mantuvo a -10°C durante 30 minutos, luego se dejo calentar a temperatura ambiente. La mezcla de reacción se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La reacción se extinguió con agua helada y se acidificó con ácido clorhídrico (10%) a pH 4. La solución se extrajo entonces con diclorometano. La capa orgánica se recolectó, se lavó con salmuera, y se secó sobre sulfato de magnesio. Después de la eliminación del solvente, el residuo se purificó por cromatografía en columna de gol de sílice eluyendo con acetato de etilo en hexano para proporcionar el compuesto como un sólido blanco (99, 12 mg, 2%). MS (ESI) [M-H+] = 369.09.
La 3-((5-cloro-3-met?l-1 -fen?l-1 H-p?razol-4-il)met?l)-1 H-p?rrolo[2,3-b]p?r?d?na P-0080 se sintetizó en 2 Etapas a partir de 5-cloro-3-met?l-1-fen?l-1 H-pirazol-4-carbaldehído 100 y 7-azaindol 1 corrió se muestra en el Esquema 38
Esquema 38
Efapa 1 - Preparación de 3-((5-cloro-3-met?l-1-fenil-1H-pirazol-4-il)(metoxi)met?l)-1H-pirrolo[2,3-bjpindina (P-0079): A 1 H-p?rrolo[2,3-b]p?r?d?na (1 , 0 100 g, 0.846 mmol) y 5-cloro-3-met?l-1-fen?l-1 H-p?razol-4-carbaldehído (100, 0 205 g, 0 931 mmol) se agregó 2 mL de metanol para dar una solución. Se agregó hidróxido de potasio (0 0475 g, 0.846 mmol) y la reacción se dejó agitar a temperatura ambiente durante 48 horas. La reacción se extrajo con acetato de etilo y agua. La capa orgánicí) se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con a gradiente de 0-5% de metanol en diclorometano para dar el compuesto (P-0079, 32 mg, 11 %). MS (ESI) [M+H+]+ = 353.2.
Etapa 2 - Preparación de 3-((5-cloro-3-metil-1-fenil-1H-pirazol-4-il)metil)-1H-pirrolo[2,3-b]piridina (P-0080): A 3-((5-cloro-3-metil-l-fenil-1 H-pirazol-4-il)(metoxi)metil)-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina (P-0079, 0.030 g, 0.085 mmol) se agregó acetonitrilo (10 mL, 0.2 mol). Se agregaron ácido trifluoroacético (500 µL, 0.006 mol) y trietilsilano (500 µL, 0.003 mol) y la reacción se dejo agitar a temperatura ambiente durante 16 horas. La reacción se extrajo con acetato de etilo y agua. La capa orgánica se secó sobre sulfato de magnesio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con diclorometano seguido de 5% de metanol en diclorometano para dar el compuesto como una espuma amarilla (P-0080, 29 mg, 98%). MS (ESI [M+H+J+ = 323.2.
Ejemplo 37: Cinasa c it Dominio y Construcción de secuencias c-Kit La secuencia c-Kit ADNc está disponible de NCBI, por ejemplo, como GenBank número de reg istro NM_000222. Utilizando esta secuencia, las secuencias c-kit ADN pueden clonarse de bibliotecas comercialmente disponibles (por ejemplo bibliotecas de ADNc) o pueden sintetizarse por métodos de clonación convencionales.
Utilizando métodos de clonación conventionales, se prepararon tres polipéptidos c-kit constructs encoding, y se utilizaron para expresar los polipéptidos de dominio de cinasa c-kit. Una tal secuencia de dominio de cinasa c-kit activa incluidos residuos P551-S948, con la eliminación de residuos Q694-T753.
Ejemplo 38: Expresión y Purificación de dominio cinasa c-Kit
El dominio cinasa c-kit purificado puede obtenerse utilizando métodos de expresión y purificación convencionales Métodos ejemplares se describen, por ejemplo, en Lipson et al , US 20?|t0002534 (solicitud Norteamericana 10/600,868, presentada el 23 de junio del 2003), la cual se incorpora en la presente para referencia en su totalidad
Ejemplo 39: Einsayos de Enlace Pueden realizarse los ensayos de enlace en una variedad de formas, incluyendo una variedad úe formas conocidas en la técnica Por ejemplo, como se indica anteriormente, los ensayos de nlace pueden realizarse utilizando un formato de transferencia de energía de resonancia de fluorescencia (FRET), o utilizando un AlphaScreen
Alternativamente, puede utilizarse cualquier método el cual puede medir el enlace de un ligando) al sitio de enlace de ATP Por ejemplo, puede utilizarse un ligando fluorescente Cuando se une al c-kit, la fluorescencia emitida se polariza Una vez desplegada por el enlace inhibidor, la polarización disminuye
La determinación de IC50 para compuestos por ensayos de enlace competitivos
(Observe que K1 es la constante de disociación para el enlace inhibidor, KD es la constante de disociación para el enlace de sustrato) Para este sistema, la IC50, la constante de enlace inhibidor y la constante de enlace de sustrato pueden mterrelacionarse de acuerdo a la siguiente Formula
Cuando se utiliza el sustrato radioetiquetado Kt= IC50 1+ [L*]/Ko la IC50 - K-¡ cuando existe una pequeña cantidad de sustrato etiquetado Ejemplo 40: ?nsayos con base celular de actividad de cinasa c-fms o actividad de cinasa c-kit. Se sembraron células RAW264.7 dependientes de M-CSF en una placa de 12 pozos, 2.5x105 células/pozo y se les dejó a las células unirse durante la noche a 37°C, 5% de C02. Las células so consumieron en medio libre de suero durante la noche a 37°C, 5% de C02. Las células se tpataron con el compuesto durante 1 hora en un medio libre de suero (1% de concentración final de DMSO); y luego se estimularon con 20 ng/ml de M-CSF durante 5 minutos. i Después de la estimulación, las células se lisaron en hielo, y los lisatos se centrifugaron a
13,000 rpm d jrante 1 minuto. La cantidad de proteína en la muestra se cuantificó, se agregó el tampón de muestra, y las muestras se hirvieron a 95°C durante 10 minutos. Las muestras se centrifugaron ontonces a 13,000 rpm durante 1 minuto. Las muestras (15-20 µg/hilera) se cargaron y activaron en 4-12% de gel de tris-glicina a 75V, y luego se transfirieron sobre una membrana de
PVDF. La membrana se bloqueó durante 1 hora con 5% de BSA en PBS/1 % de Tween-20 (PBST); o 5% de leche, dependiendo del anticuerpo primario utilizado. Luego, las transferencias se incubaron con anticuerpo primario durante la noche a 4 grados con agitación suave. Después de la incubación co i el anticuerpo de captura, las membranas se lavaron 3 x 10 minutos con PBST; luego se incubaron con anti-Conejo-HRP de Cabra de anticuerpo de detección durante 1 hora, con agitación suave. Las membranas se lavaron de nuevo 3 x 10 minutos con PBST. El sustrato ECL
Más se agregó entonces a las transferencias, la imagen se capturó con la cámara quimioluminiscente, y las bandas se cuantificaron para niveles de pFMS y FMS.
Los inhibidores de Fms pueden evaluarse también utilizando una línea celular de leucemia mielogenosa de ratón M-NFS-60 (ATCC catálogo #CRL-1838). Esta proliferación de línea celular se estimula por M-CSF, el cual enlaza y activa el receptor de tirosina cinasa fms. Los inhibidores de la actividad de cinasa fms reducen o eliminan la actividad de cinasa estimulada con M-CSF, resultando en proliferación celular reducida. Esta inhibición se mide como una función de la concentración del compuesto para evaluar valores de IC50. Se sembraron céluas M-NFS-60 a eliminan la activación de cinasa mediada por SCF, resultando en proliferación celular reducida de células estimuladas por SCF. Esta inhibición se mide por el efecto de la concentración del compuesto en el crecimiento celular para evaluar valores de IC50. Se sembraron células M-07e en 5 x 104 células por pozo de una placa de cultivo celular de 96 pozos en 50 µl del medio de cultivo celular del Mudi Iscove 1X (MOD, CellGro Mediatech catálogo #15-016-CV) suplementado con 10% de FBS HyClone catálogo #SH30071.03). Los compuestos se disolvieron en DMSO en una concentración de 0.1 mM y se diluyeron secuencialmente 1 :3 para un total de ocho puntos y se agregaron a IEIS células a concentraciones finales de 1 , 0.33, 0.11 , 0.037, 0.012, 0.0041 , 0.0014 y 0.00046 µM en 100 µl del medio de cultivo celular (concentración final de 0.2% de DMSO). Las células se trataron también con estaurosporina como un control positivo. Las células se estimularon al agregar 20 µl de 600 ng/ml de SCF a una concentración final de 100 ng/ml (ligando de kit Biosource International SCF catálogo #PHC21 15) en un medio de cultivo celular. Las células se incubaron a 37°C, 5% de C02 durante tres días. El Tampón Celltiter-Glo (Ensayo de Viabilidad Celular Promega catálogo #G7573) y el sustrato se equilibraron a temperatura ambiente, y se reconstituyó l¡3 enzima/sustrato de Luciferaza de Luciérnaga Recombinante/Luciferina de Escarabajo. Las placas celulares se equilibraron a temperatura ambiente durante 30 minutos, luego se lisaroi por la adición de un volumen equivalente del Reactivo Celltiter-Glo. La placa se mezcló durante 2 minutos en un agitador de placas para lisar las células, luego se incubó durante 10 minutos a temperatura ambiente. Las placas se leyeron en un lector Víctor Wallac II utilizando un protocolo de Luminiscencia modificado para leer 0.1 s por pozo. La lectura de luminiscencia evalúa el contenido de ATP, el cual se correlaciona directamente con el número de células de manera que la lectura como una función de la concentración del compuesto se utiliza para determinar el valor de IC50
Este ensayo con base celular se utilizó también para evaluar la fosforilación. Las muestras se prepararon con los compuestos como se describe para el ensayo de inhibición de crecimiento solé mente, se sembraron células M-07e a 2 x 105 células por pozo en una placa de filtro de 96 pozos. Las células se incubaron durante 1 hora a 37°C con los compuestos como se describe anteriormente, y luego se estimularon al agregar SCF a una concentración final de 50 ng/ml y se incubaron durante 10 minutos a 37°C. El medio de cultivo se removió por centrifugación y las células se lisaron por la adición de 30 µl de tampón de lisis (25 mM de Tris HCl pH 7.5, 150 inM de NaCI, 5 mM de EDTA, 1 % de Tritón X100, 5 mM de NaF, 1 mM de Na Vanadate, 10 mM de Beta-glicerofosfato, sin EDTA (Boehringer-Roche catálogo #1873580) y se colocaron en líelo durante 30 minutos. Una alícuota de 15 µl del lisato se tomó y se evalúo de acuerdo con Eüosource Immunoassay Kit: Human c-Kit [pY823] (Catálogo #KHO0401 ) al diluir la alícuota con £ 5 µl de tampón de dilución en la placa de ensayo, incubando durante 2 horas a temperatura ambiente y lavando la placa 4 veces con tampón de lavado. Se agregó el anticuerpo de detección (100 µl) a la placa y las muestras se incubaron durante 1 hora a temperatura ambiente, luego se lavaron 4 veces con tampón de lavado. Se agregó el anticuerpo anti-conejo de HRP (100 µl) y las muestras se incubaron durante 30 minutos a temperatura ambiente, luego se lavaron 4 vecss con tampón de lavado. El cromógeno estabilizado (100 µl) se agregó y las muestras se incubaron 15-25 minutos a temperatura ambiente, luego se lavaron 4 veces con tampón de lav ado. La solución de detección (100 µl) se agregó y las muestras se leyeron en un lector Wallac Víctor a 450 nm. La absorbancia se trazó contra la concentración del compuesto y la concentración de IC50 se determinó.
Ejemplo 41: Ensayos de Actividad c-Kit y c-Fms El efecto de los moduladores potenciales de la actividad de cinasa de c-kit y otras cinasas puede medirse en una variedad de diferentes ensayos conocidos en la técnica, por ejemplo, ensayos bioquímicos, ensayos de base celular, y examinación in vivo (por ejemplo, examinación del sistema modelo). Tales ensayos y pruebas in vitro y/o in vivo pueden utilizarse en la presente inve nción. Como un ensayo de cinasa ejemplar, la actividad de la cinasa de c-kit o Fms se mide en AlphaScreening (Packard BioScience).
Ensayo bioquímico de c-kit ejemplar El c-kit (o dominio de cinasa del mismo) es una cinasa activa en AlphaScreen. Los valores de IC50 se determinan con respecto a la inhibición de la actividad de cinasa c-kit, en donde la inhibición de fosforilación de un sustrato peptídico se mide como una función de la concentración del compuesto. Los compuestos que se prueban se disolvieron en DMSO a una concentración de 20 mM. Estos se diluyeron 30 µl en 120 µl de DMSO (4 mM) y se agregó 1 µM a una placa de ensayo. Éstas se diluyeron entonces secuencialmente 1 :3 (50 µl a 100 µl de DMSO) durante un total de 8 puntos. Las placas se prepararon de manera que cada reacción de cinasa es de 20 µl en 1x del tampón de cinasa (50 mM de HEPES, pH 7.2, 5 mM de MgCI2, 5 mM de MnCI2, 0.01 % de NP-40, 0.2% de BSA), 5% de DMSO y 10 µM de ATP. El sustrato fue 100 nM de biotina-(E4Y)3 (Open Source Biotech, Inc.). La cinasa c-kit estuvo a 0.1 ng por muestra. Después de la incubación de la reacción de la cinasa durante 1 hora a temperatura ambiente, se agregó 5 µl de concentración final de 1 µg/ml de perlas donadoras (perlas recubiertas con Streptavidina (Perkin Elmer Life Scionce) en tampón de detención (50 mM de EDTA en 1x de un tampón de cinasa), la muestra se me zcló e incubó durante 20 minutos a temperatura ambiente antes de agregar 5 µl de una concentración final de 1 µg/ml de perlas aceptoras (perlas recubiertas con PY20 (Perkin Elmer Life Science)) en tampón de detención. Las muestras se incubaron durante 60 minutos a temperatura ambiente y la señal por pozo se leyó en el lector AlphaQuest. El sustrato fosforilado resulta en el enlace del anticuerpo PY20 y la asociación de las perlas donadoras y aceptoras de manera que la señal se correlaciona con la actividad de la cinasa. La señal contra la concentración del compuesto se utilizó para determinar la IC50.
Los compuestos se probaron también utilizando un ensayo similar con una concentración de ATP 10 veces más elevada. Para estas muestras, los compuestos que se prueban se disolvieron en DMSO en una concentración de 20 mM. Éstos se diluyeron 30 µl en 120 µl de DMSO (4 mM) y se agregó 1 µl a una placa de ensayo. Éstos se diluyeron entonces secuencialmen e 1 :3 (50 µl a 100 µl de DMSO) para un total de 8 puntos. Las placas se prepararon de manera que cada reacción de cinasa es 20 µl en 1 x de tampón de cinasa (8 mM de MOPS pH 7.0, 1 mM de MgCI2, 2 mM de MnCI2, 0.01 % de Tween-20, 1 mM de DTT, y 0.001% de BSA), 5% de DMSO y 100 µM de ATP. El sustrato fue 30 nM de biotina (E4Y) 10 (Upstate Biotech, Catálogo #12-440). La cinasa c-kit estuvo en 1 ng por muestra. Después de la incubación de la reacción de cinasa durante 1 hora a temperatura ambiente, se agregó 5 µl de las perlas donadoras (concentración final de 10 µg/ml de perlas recubiertas con estreptavidina (Perkin Elmer Life Science)) en tampón de detención (8 mM de MOPS pH 7.0, 100 mM de EDTA, 0.3% de BSA), la muestra se me zcló e incubó durante 20 minutos a temperatura ambiente antes de agregar 5 µl de las perlas aceptoras (concentración final de 10 µg/ml de perlas recubiertas con PY20 (Perkin Elmer Life Science)) en tampón de detención. Las muestras se incubaron durante 60 minutos a temperatura ambiente y la señal por pozo se leyó en un lector AlphaQuest. El sustrato fosforilado resulta en el enlace del anticuerpo PY20 y la asociación de las perlas donadoras y aceptoras de manrea que la señal se correlaciona con la actividad de la cinasa. La señal contra la concentración del compuesto se utilizó para determinar la IC50.
La enzima c-kit utilizada en el ensayo anterior se obtuvo de Cell Signaling Technology (Cjatálogo #7754) o se preparó como sigue: Un kit que codifica el plásmido (ADN y secuencias de proteína codificadas mostradas posteriormente) se diseñó utilizando métodos de reacción de cadena de polimerasa comunes (PCR). El ADN complementario clonado de varios tejidos humanos se adquirió de Invitrogen, y éstos se utilizaron como sustratos en las reacciones de PCR. Se diseñaron cebadores de oligonucleótido sintético habituales específicos para iniciar el producto de PCR, y también para proporcionar los sitios de desdoblamiento de enzima de restricción apropiados para ligación con los plásmidos. La secuencia entera que codifica la enzima se hizo mediente un procedimiento de síntesis genética, utilizando oligonucleótidos sintéticos habituales que cubren la secuencia de codificación completa (Invitrogen, véase posteriormente).
fosfatasa 1B de proteína (PTP), se co-expresó para desfosforilación de las fosfo-Tirosinas.
Para expresión de proteínas, el plásmido que contiene el gen Kit se transformó en cepas E. Coli BL21 (DE3JRIL y las transformantes seleccionadas para crecimiento en placas de agar LB que contienen antibióticos apropiados. Colonias sencillas se cultivaron durante la noche a 37°C en 200 rr I de un medio TB (caldo Terrific). 16x1L de un medio TB fresco en matraces de 2.8 I se inocularon con 10 ml de cultivo durante la noche y se cultivaron con agitación constante a 37°C. Una vez que los cultivos alcanzaron una absorbancia de 1.0 a 600 nm, se agregó IPTG y los cultivos se dejiaron cultivar durante 12 a 18 horas adicionales a temperaturas que varían de 12-30°C. Las células se cosecharon por centrifugación y los granulos se congelaron a -80°C hasta que estuvieron listos para lisis.
Para Purificación de Proteínas; se volvieron a suspender los granulos de células E. Coli congelados en tampón de lisis y se lisaron utilizando métodos mecánicos estándares. La proteína se pu )100 a través de etiquetas de poli-histidina utilizando purificación de afinidad de metal inmovilizado IMAC. La cinasa Kit se purificó utilizando un proceso de purificación de 3 etapas utilizando; IMAC, cromatografía de exclusión de tamaño y cromatografía de intercambio iónico. La etiquota poli-histidina se removió utilizando Trombina (Calbiochem).
Se evaluaron compuestos utilizando un ensayo similar a aquel descrito anteriormente, jtilizando un volumen de reacción final de 25 µl: c-Kit (h) (5-10 mU) en 8 mM de MOPS pH 7.0, 0.2 mM de EDTA, 10 mM de MnCI2, 0.1 mg/ml de poly (Glu, Tyr) 4:1 , 10 mM de acetato de Mg ' g-33P-ATP (aproximadamente 500 cpm/pmoles), con concentraciones apropiadas del compuesto. Se incubaron durante 40 minutos a temperatura ambiente y se detuvieron por la adición de 5 µl de 3% de ácido fosfórico. Se tiñeron 10 µl de cada muestra sobre Filtermat A y se lavaron 3x con 75 mM de ácido fosfórico, una vez con metanol, se secaron y se midieron en un contador de centelleo (realizado en Upstate USA, Charlottesville, VA).
Ensayos bioquímicos basados en células adicionales En general, cualquier ensayo de proteína cinasa puede adaptarse para uso con c-kit. Por ejem Dio, los ensayos (por ejemplo, ensayos bioquímicos o con base celular) como se describe en Lipson et al., Publicación de Patente Norteamericana 20040002534 (incorporada en la presente para referencia en su totalidad) puede utilizarse en la presente invención.
Examinación (i el sistema de modelo in vivo Para examinación in vivo, un sistema de modelo animal adecuado puede seleccionarse para uso. Por ejemplo, para esclerosis múltiple, se utiliza comúnmente encefalomielitis alérgica experimental en roedores (EAE). Este sistema se conoce bien, y se describe, por ejemplo en Steinman, 1996 Cell 85:299-302 y Secor et al., 2000, J Exp. Med
5:813-821 , las cuales se incorporan en la presente para referencia en su totalidad.
Similarmente, pueden seleccionarse otros sistemas modelo y utilizarse en la presente invención.
Ensayo bioquímico de Fms ejemplar Se determinaron valores de IC50 con respecto a la inhibición de la actividad de la cinasa Fms, en donde la inhibición de la fosforilación de un sustrato peptídico se mide como una función de la concentración del compuesto. Los compuestos que se prueban, disueltos en DMSO (1 µl), se agregaron a una placa de 384 pozos blanca (Costar #3705). Las reservas de trabajo de la cinasa Fms (Upstate Biotech, #14-551 ), sustrato de biotina (E4Y)10 (Upstate Biotech, Catálogo #12-440) y ATP (Sigma, Catálogo #A-3377) se preparan en 8 mM de MOPS pH 7.4, 2 mM de MgCI2, 8 mM dií MnCI2, 2 mM de DTT, y 0.01 % de Tween-20. Todos los componentes se agregaron a la placa de 384 pozos para una concentración final de 0.5 ng/pozo de Fms, 30 nM de biotina-(E4Y)10 (Upstate Biotechnology) y 10 µM de ATP en un volumen de 20 µL. Cada muestra estuvo a 5% de DMSO. La placa se incubó entonces durante 60 minutos a temperatura ambiente.
Justo antes del uso, las reservas de trabajo de las perlas donadoras y aceptoras de AlphaScren
PY20 Detectton Kit (PerkinElmer, Catálogo #676601 M) se prepararon en 8 mM de MOPs, pH 7.4, 100 mM de EDTA, 0.3% de BSA. Para detener la reacción, la placa se descubrió en la oscuridad y se agregaron 5 µl de solución de Perlas Donadoras (perlas de estreptavidina) a cada pozo. La placa se incubó a temperatura ambiente durante 20 minutos. Cinco microlitros de solución de Perlas Aceptoras (perlas recubiertas con PY20) se agregaron entonces a cada pozo. La concentración final de cada perla fue 20 µg/ml. Las placas se incubaron a temperatura ambiente durante 60 minutos. Se registró la señal de fluorescencia en el lector Fusión Alpha o lector AlphaQuest. Ejl sustrato fosforilado resulta en él enlace del anticuerpo PY20 y la asociación de las perlas donadoras y aceptoras de manera que la señal se correlaciona con la actividad de la cinasa. La señal contra la concentración del compuesto se utilizó para determinar la IC50.
Los compuestos se probaron también utilizando un ensayo similar con una concentración de ATP 10 veces más elevada. Los compuestos que se prueban, se disuelven en DMSO (1 µL), se agregaron a una placa de 384 pozos blanca (Costar #3705). Las reservas de trabajo de la cipasa Fms (Upstate Biotech, #14-551 ), sustrato de biotina-(E4Y)10 (Upstate Biotech, Catálogo #12-440) y ATP (Sigma, Catálogo #A-3377) se prepararon en 8 mM de MOPS pH 7.0, 0.2 mM de MgCI2, 8 mM de MnCI2, 2 mM de DTT, 50 mM de NaCI, 0.01 % de BSA y 0.01% de T een-20. Todos los componentes se agregaron a la placa de 384 pozos para una concentración final de 0.5 ng/ppzo de Fms, 30 nM debiotina(E4Y)10 (Upstate biotechnology) y 100 µM de ATP en un volumen de 20 µL. Cada muestra estuvo en 5% de DMSO. La placa se incubó entonces durante 20 minulos a 30°C. Justo antes del uso, las reservas de trabajo de las perlas donadoras y aceptoras de Alpha Screen PY20 Detection Kit (PerkinElmer, Catálogo #676601 M) se preparan en 8 mM de MOPS, pH 7.0, 100 mM de EDTA, 0.01% de BSA. Para detener la reacción, la placa se descubrió en la oscuridad y 5 µl de solución de Perlas Donadoras (perlas de estreptavidina) se agregó a cada pozo. La placa se incubó a temperatura ambiente durante 20 minutos. Cinco microlitros de solución de Perlas Aceptoras (perlas recubiertas PY20) se agregaron entonces en cada pozo. La concentración final de cada perla fue 10 µg/ml. Las placas se incubaron a temperatura ambiente durante 60 minutos. Se registró la señal de fluorescencia en el lector Fusión Alpha o el lector AlphaQuest. El sustrato fosforilado resulta en el enlace del anticuerpo PY20 y la asociación con las perlas donadoras y aceptoras de manera que la señal se correlaciona con la actividad de IÍI cinasa. La señal contra la concentración del compuesto se utilizó para determinar la IC».
Los compuestos se evaluaron utilizando un ensayo similar a aquel descrito anteriormente, utilizando un volumen de reacción final de 25 µl; Fms (h) (5-10 mU) en 8 mM de
MOPS pH 7.0, 0.2 mM de EDTA, 250 mM KKKSPGEYVNIEFG (SEQ ID NO: ), 10 mM de acetato de mc| y ?-33P-ATP (aproximadamente 500 cpm/pmol) con concentraciones apropiadas del compuesto. L as muestras se incubaron durante 40 minutos a temperatura ambiente y se detuvieron po • la adición de 5 µl de 3% de ácido fosfórico. 10 µl de cada muestra se marcó en un filtermat P30 y se lavó 3x con 75 mM de ácido fosfórico, una vez con metanol, se secó y se midió en un contador de centelleo (Upstate USA, Charlottesville, VA).
Compuestos P-0001 , P-0002, P-0003, P-0004, P-0005, P-0006, P-0007, P-0008, P-0009, P-0010, P-0011 , P-0013, P-0014, P-0015, P-0016, P-0028, P-0032, P-0033, P-0038, P-0053, P-0054, P-0055, P-0056, P-0057, P-0058, P-0059, P-0060, P-0061, P-0062, P-0063, P-0064, P-0065, P-0066, P-0069, P-0072, P-0073, P-0074, P-0075, P-0076, P-0078, P-0081 , y P-0082 tienen IC50 de menos de 1 µM en al menos uno de los ensayos de Fms descritos anteriormente en los Ejemplos 40 y 41.
Ejemplo 42: Mutagénesis Sitio dirigida de c-kif, c-Fms y otras cinasas La mutagénesis de c-kit y otras cinasas (así como otras secuencias de interés) pueden llevarse a cabo de acuerdo al siguiente procedimiento como se describe en Molecular Biology: Current Innovations and Futur Trends. Eds. A.M. Griffin y H.G. Griffin. (1995) ISBN 1- de PCR convencionales; (ii) reducir el número de ciclos de 25-30 a 5-10; (iii) agregar la endonucleasa Dpn1 de restricción (secuencia objetivo de reconocimiento: 5-Gm6ATC-3, en donde el residuo A s;e metila) para seleccionarse contra el ADN paterno (nota: el ADN aislado de casi todas las cep as comunes de E. Coli es Dma-metilado en la secuencia 5-GATC-3); (iv) utilizar el Extendedor Taq en la mezcla de PCR para confiabilidad incrementada para PCR a 10 kb; (v) utilizando ADM polimerasa Pfu para pulir los extremos del producto de PCR, e (vi) ligación intramolecular eficiente en la presencia de la ligasa de ADN T4.
El ADN de plantilla de plásmido (aproximadamente 0.5 pmoles) se agrega a un coctel de PCR que contiene, en 25 µl de 1x de tampón de mutagénesis: (20 mM de Tris HCl, pH 7.5; 8 mM de MgCI2; 40 µg/ml de BSA); 12-20 pmoles de cada cebador (uno de los cuales debe contener un fosfato 5-prima), 250 µM de cada dNTP, 2.5 U de Taq ADN polimerasa, 2.5 U del Extendedor Ta,q (Stratagene). Los parámetros de ciclo de PCR son 1 ciclo de: 4 minutos a 94°C, 2 minutos a 50°C y 2 min á 72°C; seguido por 5-10 ciclos de 1 minuto a 94°C, 2 minutos a 54°C y 1 minuto a 72°C (etapa 1 )
El ADN de plantilla paterna y el ADN recientemente sintetizado que incorpora el cebador de ir?tagénesis lineal se tratan con Dpnl (10 U) y Pfu ADN polimerasa (2.5U). Esto resulta en la diigestión Dpnl de la plantilla paterna metilada in vivo y el ADN híbrido y la remoción, por Pfu ADN pplimerasa, de la o las bases extendidas de Taq ADN polimerasa en el producto de PCR lineal.
La reacción se incuba a 37°C durante 30 minutos y luego se transfiere a 72CC durante 30 minutos adicionales (etapa 2).
Tampón de mutagénesis (1x, 115 µl, conteniendo 0.5 mM de ATP) se agrega a los productos de RCR pulidos con Pfu ADN polimerasa digeridos en Dpnl
La solución se mezcla y 10 µl se remueve a un nuevo tubo de microfuga y se agrega T4 ADN ligasa (2-4 U).
La ligadura se incuba durante más de 60 min a 37°C (etapa 3).
La solución tratada se transforma en competente E. coli (etapa 4).
Además de la mutagénesis de dirigida en el sitio basada PCR descrita en lo anterior, otros métodos están disponibles. Ejemplos incluyen aquellos descritos en Kunkel (1985)
Proc. Nati. Aóad. Sci. 82:488-492; Eckstein et al. (1985) Nucí. Acids Res. 13:8764-8785; y utilizando el GéneEdito .r.TM,' Site-Directed Mutageneis Sytem de Promega.
En los siguientes Ejemplos, así como en los Ejemplos 1-36 anteriores, se entiende que los solventes y reactivos utilizados o sugeridos no son limitantes, y pueden sustituirse apropiadamente con solventes y reactivos conocidos por aquellos expertos en la técnica. Los productos de reacción pueden aislarse por medios conocidos en la técnica, tal como extracción con un solventee adecuado, precipitación de un solvente adecuado, cromatografía utilizando un sistema de solvente adecuado, incluyendo cromatografia en columna de gel de sílice, HPLC, TLC preparativa, y imilares.
Rutas sintéticas adecuados disponiblres para la Fórmula
en donde Fórmula I de
[0012] o Fórmula Ib
Fórmula Ib
en donde U, vj W, Z, R1, R15, R16, R17, A, M, E, G, J, K, F y n son como se definen en la Fórmula Ib de
[0025] se describen en los esquemas y ejemplos siguientes. Mientras que los métodos descritos en lo siguiente se muestran en términos de la Fórmula Ib, podría ser claro para alguien experto en la técnica que los métodos pueden utilizarse para preparar compuestos de ya sea la
Fórmula I o la órmula Ib. Con referencia a los esquemas y ejemplos siguientes, a menos que se especificque claramente lo contrario, la Fórmula y enumeración del compuesto se definen para cada esquema o ejemplo independientemente de tal enumeración en la especificación anterior, aunque la referencia general a la Fórmula I y Ib indiquen las Fórmulas anteriores descritas en
[0012] y
[0026] respectivamente.
Los compuestos de la Fórmula Ib pueden prepararse a partir de los compuestos de la Fórmula lll y Fórmula X como se describe en el Esquema 39.
El compuesto de la Fórmula lll, donde R ü41 es ya sea hidrógeno o un grupo protector P (por ejemplo fenilsulfona, t-butiloxicarboniol, triisopropílsililo) y R40 es ya sea hidrógeno o un grupo furcional apropiado para el acoplamiento (por ejemplo Br, SH, OH, CHO etc.,) se hace reaccionar con el compuesto de la Fórmula Xa donde R42 es un grupo funcional escogido apropiadamen te, basado sobre R40, y R43 es un grupo funcional apropiado para introducir M-R1, para formar e ligamiento A utilizando condiciones de acoplamiento estándar conocidas por un experto en la técnica para proporcionar el compuesto de la Fórmula II. El compuesto de la Fórmula II está funcionóilizado además para introducir M-R1 utilizando condiciones conocidas por un experto en la técnica para proporcionar el compuesto de la Fórmula Ib.
Las Etapas 1 y 2 del Esquema 40 pueden invertirse tal que los compuestos de la Fórmula X se ¿reparan a partir de los compuestos de la Fórmula Xa mediante métodos de la Etapa
2, seguida por acoplamiento de los compuestos resultantes de la Fórmula X con los compuestos de la Fórmula (II siguiendo los métodos de la Etapa 1.
Muchos compuestos de la Fórmula X o Xa del Esquema 39 o 40 están comercialmenté disponibles o pueden prepararse en muchas rutas diferentes conocidas en la literatura, depe ndiendo del sistema de anillo específico y patrón de sustitución que se desee, incluyendo la sustitucipón de heterociclos que contienen nitrógeno, así como de novo síntesis del heterociclo aromático.
La síntesis general del compuesto de la Fórmula lll del Esquema 39 o 40 donde
R40 es H o un gVupo funcional apropiado para acoplar a los compuestos de la Fórmula X o Xa (por ejemplo aldehí do, ácido carboxílico, amina) se describe en el Esquema 41.
Esquema 41 : Y/ Fórmula Mis Formula 1 Los compuestos de la Fórmula Illa, donde U o Z es C-Br, C-Cl, C-N02 o C-NH2, pueden prepararse generalmente de un anillo heterocíclico sencillo comercialmente disponible apropriado o usionar dos compuestos heterocíclicos en el anillo utilizando métodos conocidas por un experto er la técnica. El compuesto de la Fórmula Illa se somete además a modificación para proporcionar Compuestos sustituidos apropiadamente de la Fórmula lll, donde U o Z es C-Br, C-Cl, C-N02 o C NH 2, y R41 es H o un grupo protector P, utilizando métodos conocidos por un experto en la técnica.
La síntesis general del compuesto de la Fórmula lll del Esquema 39 o 40 del compuesto de la Fórmula lllb, donde R es H, se describe en Esquema 42
Esquema 42
Fórmula lllb Fórmula I
Los compuestos de la Fórmula lll, donde R41 es ya sea hidrógeno o un grupo protector P y :40 es apropriado para acoplar a los compuestos de la Fórmula X o Xa del Esquema 39 o 40 (por e j,'emplo aldehido, ácido carboxílico, amina) o apropiado para la modificación de tales sustituyentes (por ejemplo éster, nitro) pueden prepararse también de los compuestos de la Fórmula lllb (aqu íí R40 es H) utilizando métodos sintéticos conocidos por un experto en la técnica, por ejemplo como se describe por Merour y Joseph en Curr. Org. Checo. 2001 , 5:471-506.
Además a estos esquemas, las reacciones mostradas en los siguientes Ejemplos pueden combinarse en diferentes secuencias para proporcionar compuestos de la Fórmula Ib. Las transformaciones mostradas en los Esquemas 39-42 y los siguientes Esquemas y Ejemplos como una Etapa se illa deberán ser considerados para representar la transformación global general, disolviendo el compuesto de la Fórmula lile donde R ?41 es un grupo protector P en un solvente adecuado (poejemplo etanol, tetrahidrofurano, diclorometano) y agregando un reactivo apropiado para la el¡? ¡nación del grupo protector (por ejemplo hidróxido de potasio, fluoruro de tetrabutilamo?io ácido trifluoroacético). La reacción se deja agitar durante 30 minutos a varias horas con ca entamiento. El aislamiento y purificación por medios convencionales (por ejemplo extracción, cromatografía de gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula Illa donde
R -,43 es hidrógeno.
Los compuestos de la Fórmula II anterior son similares a los compuestos de la Fórmula Ib edmo se muestra, donde R43 se define como M-R1 o un sustituyente apropiado para sustitución ad cional para proporcionar M-R1, y R41 es hidrógeno o un grupo protector P.
Fórmula II
Los compuestos de la Fórmula II donde U, V, W, Z, J, E, F, G, K son C y n es 1 forman los compuestos de la Fórmula lia siguiente.
Fórmula lia Fórmula Ola donde AesCO
-.44 Etapa 1- Preparación de la Fórmula XI donde R es hidrógeno o metilo A 7-azaindol 1 y un compuesto de la Fórmula Xb se agrega un solvente apropiado
(por ejemplo sol ventes polares tales como metanol, tetrahidrofurano, y acetonitrilo, o solventes apolares tal como tolueno) seguido por un hidróxido apropiado o base alcoxido (por ejemplo hidróxido de pota sio, metóxido de sodio). La reacción se deja agitar típicamente a temperatura ambiente durjante la noche. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula XI donde R44 es hidrógeno o ¿ompuestos de la Fórmula XI donde R44 es metilo cuando es utilizado metanol como un solvente, o una mezcla de los compuestos de la Fórmula XI donde R44 es hidrógeno o metilo cuando es utilizado metanol como un solvente. Una mezcla resultante puede separarse por cromatografíe o utilizarse como una mezcla en la Etapa 2.
Etapa 2a - Preparación déla Fórmula lía donde A es CH2 A un compuesto de la Fórmula XI donde R44 es hidrógeno o metilo, en un solvente polar apropiado, (por ejemplo acetonitrilo) se agrega un agente de reducción (por ejemplo ácido trifluoroacético y trietilsilano). Típicamente, la reacción se deja agitar a temperatura ambiente durante la roche. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula Ha donde A es CH2 y R41 es H.
Etapa 2b - Preparación de la Fórmula Ha donde A es C(O) El compuesto de la Fórmula Ha donde A es C(O) se prepara al oxidar un compuesto de la Fórmula XI donde R44 es hidrógeno con agente de oxidación apropiado (por ejemplo reactivo Dess-Martin, TEMPO) en un solvente no reactivo (por ejemplo tetrahidrofurano).
El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula lia donde A es C(O) y R41 es H.
La reacción del Esquema 100 puede aplicarse generalmente a compuestos de la
Fórmula Xa, y ¡también al remplazar 7-azaindol 1 , con 7-azaindoles sustituidos en las posiciones 4, 5, o 6, de forma preferible las posiciones 4 o 5, para proporcionar compuestos de la Fórmula I en donde Xi es CH y X2, Yi y Y2 son CR6, CR4 y CR5, respectivamente, o Fórmula Ib en donde V y W son CH y U y Z son independientemente CR18. El compuesto de la Fórmula Xa puede estar comercialmente disponible, o puede sintetizarse siguiendo los protocolos de los Ejemplos en la presente. Corno tal, un compuesto de la Fórmula Ha donde A es CH2 (o análogos a la Fórmula I,
Fórmula Ib) se prepara al hacer reaccionar un compuesto 7-azaindol, opcionalmente sustituido en la posición 4, 5 ó 6, con a aldehido de heteroarilo adecuado (Fórmula Xa en donde R42 es C(O)H) en un solvente apropiado (por ejemplo metanol, tetrahidrofurano, acetonitrilo, tolueno) con una base hidroxido o alcoxido (por ejemplo hidróxido de potasio, metóxido de sodio). El compuesto resultante se hace reaccionar en un solvente polar (por ejemplo acetonitrilo) bajo condiciones de reacción para proporcionar el compuesto deseado. Un compuesto de la Fórmula Ha donde A es
C(O) (o análogos de la Fórmula I, Fórmula Ib) se prepara al hacer reaccionar un compuesto7-azaindol, opcionalmente sustituido en la posición 4, 5 ó 6, con un aldehido de heteroarilo adecuado (Fórmula Xa en donde R42 es C(O)H) en un solvente apropiado (por ejemplo metanol, tetrahidrofurarjio, acetonitrilo, tolueno) con una base hidróxido o alcóxido (por ejemplo hidróxido de potasio, metóxido de sodio). A partir del compuesto resultante, el alcohol intermediario (por ejemplo Fórnrula XI donde R44 es OH) se aisla y hace reaccionar en un solvente no reactivo (por ejemplo tetrahidrofurano) bajo condiciones de oxidación para proporcionar el compuesto deseado.
Ejemplo 44: S íntesis de los compuestos de la Fórmula Ha, donde A es CH2 o C(O) Los compuestos de la Fórmula Ha, donde A es CH2 o C(O) pueden sintetizarse también de los compuestos de la Fórmula Xc (Fórmula Xa en donde J, E, F, G y K son C, n es 1 , y R42 es un sust tuyente organometálico T) y el compuesto llld (Fórmula lll en donde U, V, W y Z son CH, R40 es C(0)H y R41 es P) en cuatro Etapas de acuerdo al Esquema 101.
dondeAesCH2
Etapa 1- Preparación de la Formula llld Se trata 7-aza?ndol 1 con hexametiltetramina y ácido acético en agua con calentamiento a reflujo durante unas pocas horas para introducir un aldehido en position 3 Este intermediario se aisla por concentración y extracción Se agrega un grupo protector P a la posición N-1 del intermediario como se describe en el Esquema 43, Etapa 1 para proporcionar el compuesto de lo Fórmula llld
Etapa 2 - Preparación de la Formula Xc donde R42 es T El compuesto de la Fórmula Xc donde R42 es un sustituyente organometálico T (por ejemplo litio, MgBr) se obtiene al tratar el compuesto de la Fórmula Xc, donde R42 es bromo, con un reactivo organolitio (por ejemplo butillitio) o magnesio, o vía ortolitiacion con un reactivo organolitio (por ejemplo butillitio) cuando R42 es hidrógeno, en un solvente no reactivo (por ejemplo tetrahidrofurano), típicamente a temperatura reducida (por ejemplo -78°C) y utilizado en la Etapa 3 sin aislamiento.
Etapa 3 - Preparación de la Fórmula Xla ,42 El compuesto de la Fórmula Xc donde R"¿ es T se agrega a un compuesto de la Fórmula lile en un solvente no reactivo (por ejemplo tetrahidrofurano) a temperatura reducida (por ejemplo -78°G) y se agita durante varias horas. Después de calentar a temperatura ambiente, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula Xla.
Etapa 4a - Preparación de la Fórmula Ha donde A es CH2 A un compuesto de la Fórmula Xla, en un solvente polar apropiado, (por ejemplo acetonitrilo) se agrega un agente de reducción (por ejemplo ácido trifluoroacético y trietilsílano). Típicamente, la reacción se deja agitar a temperatura ambiente durante la noche. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice), seguido por desprotección del N-P de acuerdo al Esquema 43, Etapa 2 proporciona los compuestos de la
Fórmula Ha donde A es CH2 y R es H.
Etapa 4b - Preparación de la Fórmula Ha donde A es C(O) El compuesto de la Fórmula Ha donde A es C(O) se prepara a partir del compuesto de la Fórmula Xla siguiendo el protocolo del Ejemplo 43, Etapa 2b, seguido por desprotección de acuerdo al Esquema 43, Etapa 2 para proporcionar compuesto donde R41 es H.
Ejemplo 45: Síntesis de los compuestos de la Fórmula lia, donde A es C(O) o CH2 Los compuestos de la Fórmula Ha, donde A es C(O) o CH2, pueden sintetizarse a partir de los c ampuestos de la Fórmula Xd (Fórmula Xa en donde J, E, F, G y K son C, n es 1 , y R42 es C(O)CI) y el compuesto 1 en una y dos Etapas, respectivamente, de acuerdo al Esquema 102.
compuesto 1 en dos Etapas de acuerdo al Esquema 103.
Esquema 103
Fórmula lile donde AesCt-32 Fórmula Xc
Etapa 1 - Preparación de la Fórmula lile El compuesto de la Fórmula lile (Fórmula lll donde U, V, W y Z son CH, R41 es P y
R40 es CH2 N(< H3)2) se sintetiza a partir del compuesto 1 siguiendo el procedimiento de la literatura
(Robinson, J. Am. Chem. Soc, 1955, 77, p. 457), seguido por protección del N-H de acuerdo al
Esquema 43, Etapa 1.
Etapa 2 - Preparación de la Fórmula Ha donde A es CH2 Los compuestos de la Fórmula Ha donde A es CH2 se sintetizan a través de la reacción de loa compuestos de la Fórmula lile con cloroformiato de isopropilo (o cloroformiato de etilo) a temperatura ambiente en tolueno para dar un intermed¡ario3-clorometilo. Este intermediario, se enfria a -78°C, se hace reaccionar con un reactivo organocobre de la Fórmula Xc donde R42 es el metal (preparado como se describe en el Ejemplo 44, etapa 2) y una solución de cianuro de cobre y cloruro de litio. La reacción puede agitarse a -78°C durante una hora luego se deja calentar a temperatura ambiente y se extingue con una solución de 4:1 cloruro de amonio: hidróxido de amonio. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y 41 cromatografía e¡ n gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula lia donde A es CH2 y R' es P, que puede eliminarse de acuerdo al Esquema 43 Etapa 2 para proporcionar el compuesto donde R41 es H.
Etapa 2 - Preparación de 1 -acetil-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il éster de ácido acético (502) El 1 -acetil-1 H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-il éster de ácido acético 502 se prepara al hacer reacciohar ácido 2-(carboximetil-amino)-nicotínico 501 con acetato de sodio en reflujo de anhídrido acético durante varias horas, seguido por purificación y el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo recristalización) (Su & Tsou; J. Am. Chem. Soc, 82, 1960, 1187).
Etapa 3 - Preparación de 1-(3-hidroxi-pirrolo[2,3-b]piridin-1-il)-etanona (503) La 1-(3-hidroxi-pirrolo[2,3 b]piridin-1-il)-etanona 503 se prepara a partir de 1 -acetil-1 H-pirrolo[2,3 b]piridin-3-il éster del ácido acético 502 por eliminación selectiva del acetato en la posición 3 por reacción con sodio en metanol a temperatura ambiente típicamente durante 30 minutos a un a hora, seguido por purificación y el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y recristalización).
Etapa 1 - Preparación de la Fórmula Ha donde A es O La Fórmula Ha donde A es O se prepara disolviendo el compuesto de la Fórmula Xf, donde L es a grupo saliente (por ejemplo halógeno o triflato), en un solvente no reactivo (por ejemplo dimetilformamida) en la presencia de una base (por ejemplo hidruro de sodio). El compuesto de la Fórmula lllf se agrega en la presencia de un catalizador de cobre (por ejemplo bromuro de cobre) con calentamiento durante varias horas. La eliminación del grupo protector de acuerdo al Esquema 43, Etapa 2 seguido por el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula Ha donde A es O y R41 es H.
45 Ejemplo 50: Síntesis de los compuestos de la Fórmula lia, donde A es NH o N-R' Los compuestos de la Fórmula Ha, donde A es NH o NR45 (R45 consistente con la definición de A para los compuestos de la Fórmula Ib or L1 para los compuestos de la Fórmula 1 ) pueden sintet zarse a partir de 3-bromo-7-azaíndol 400 y un compuesto de la Fórmula Xg (Fórmula
Xa en donde J, E, F, G y K son C, n es 1 , y R42 es NH2) en dos Etapas de acuerdo al Esquema
107.
Esquema 10
horas (por ej mplo 150°C). Alternativamente, 400 puede reaccionar con el compuesto de la Fórmula Xg utilizando condiciones de Buchwald-Hartwig de paladio catalizado (es decir un catalizador de paladio (por ejemplo tris(dibencilidenacetona)dipaladio (0)), un ligando (por ejemplo tri-t-butilfosfine ), y una base (por ejemplo t-butoxido de sodio) en un solvente no reactivo (por ejemplo tolueno) con calentamiento (por ejemplo 80°C) durante varias horas). El aislamiento por medios conve cionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula lia donde A es NH y R41 es P. La eliminación del grupo protector de acuerdo al Esquema 43, Etapa 2 proporciona los compuestos de la Fórmula Ha donde A es NH y R41 es H.
Etapa 2 - Preparación de la Fórmula Ha donde A es N-R ,'45
El compuesto de la Fórmula Ha donde A es N-R ,45 se prepara al hacer reaccionar el Etapa 3 - Preparación de la Fórmula lllh El compuesto de la Fórmula lllh se prepara a partir del compuesto de la Fórmula lllg por la reducción del grupo nitro (por ejemplo gas de hidrógeno y paladio sobre carbono en metanol). La mezcla se filtra y concentra para proporcionar el compuesto de la Fórmula lllh.
Ejemplo 52: Síntesis de los compuestos de la Fórmula Ha donde A es NH o NR45 Los compuestos de la Fórmula Ha donde A es NH o NR45 (R45 consistente con la definición de A para los compuestos de la Fórmula Ib o L para los compuestos de la Fórmula I) pueden sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula lllh y un compuesto de la Fórmula Xh (Fórmula Xa en donde J, E, F, G y K son C, n es 1 , y R42 es Br) en dos Etapas como se define en el Esquema 109.
Esquema 109
Etapa 1- Preparación de la Fórmula Ha donde A es NH El compuesto de la Fórmula Ha donde A es NH se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula Xh con el compuesto de la Fórmula lllh (preparado como se describe en el Ejemplo 51) con calentamiento durante varias horas (por ejemplo 100°C). Alternativamente, el compuesto de la Fórmula lllh se hace reaccionar con el compuesto de la Fórmula Xh utilizando condiciones de EJuchwald-Hartwig de paladio catalizado (es decir un catalizador de paladio (por ejemplo tris(dibe ?cilidenacetona)dipalladio (0)), un ligando (por ejemplo tri-t butilfosfina), y una base (por ejemplo t-butóxido de sodio) en un solvente no reactivo (por ejemplo tolueno) con calentamiento (por ejemplo 80°C) durante varias horas). El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula ,41 Ha donde A els NH y R"' es P. La eliminación del grupo protector de acuerdo al Esquema 43, Etapa
2 proporcione los compuestos de la Fórmula Ha donde A es NH y R41 es H. Etapa 2 - Preparación de la Fórmula Ha donde A es N-R45
Ejemplo 55: Síntesis de los compuestos de la Fórmula Ha, donde A es S(0)2 Los compuestos de la Fórmula Ha donde A es S(0)2 pueden sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula Ha donde A es S y R41 es H en una Etapa como se describe en el Esquema 1 12
Esquema
Etapa 1 Preparación de la Fórmula Ha donde A es S(0)2 El compuesto de la Fórmula Ha donde A es S(0)2 se prepara al hacer reaccionar un compuesto de la Fórmula Ha donde A es S (preparado como se describe en el Ejemplo 53 o 54) con un age ite de oxidación (por ejemplo ácido meta-coloro-peroxibenzóico, peróxido de hidrógeno) en un solvente aprótico apropiado (por ejemplo diclorometano). El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula lia donde A es S(0)2 y R41 es H.
Ejemplo 56: Síntesis de los compuestos de la Fórmula Ha donde A es S(0)2 Los compuestos de la Fórmula Ha donde A es S(0)2 pueden sintetizarse a partir de 7-azaindol 1 y un compuesto de la Fórmula Xk (Fórmula Xa en donde J, E, F, G y K son C, n es 1 , y R42 es un S(0)2CI) en una Etapa como se describe en el Esquema 113.
presencia de un catalizador (por ejemplo tricloruro de indio) y ácido trifluorosulfónico con calentamiento (por ejemplo 70CC) durante unas pocas horas. La neutralización con hidróxido de sodio y el ais amiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporcionan el compuesto de la Fórmula Ha donde A es S(0)2 y R41 es H (Garzya et al., Tetrahedron Lett. 2004, 45:1499-1501 ).
Ejemplo 57: Síntesis de los compuestos de la Fórmula Ha donde A es CF2 Los compuestos de la Fórmula Ha donde A es CF2 pueden sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula Ha donde A es C(0) y R41 es P en una Etapa como se describe en el Esquema 114
Esquema 114
Fórmula Ha Fórmula lia donde AesC(O) donde Aes€Fg
Etapa 1 - Preparación de la Fórmula Ha donde A es CF2 El compuesto de la Fórmula Ha donde A es CF2 se prepara al hacer reaccionar un compuesto dd la Fórmula Ha donde A es C(O) y R41 es P (preparado como se describe en el Ejemplo 44) con un agente de fluorinación (por ejemplo trifluoruro de (dietilamino)azufre) con calentamiento durante varias horas. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula Ha donde A es CF2 y R41 es H.
Ejemplo 58: Síntesis de los compuestos de la Fórmula Ha donde A es C(S) Los compuestos de la Fórmula lia donde A es C(S) pueden sintetizarse a partir de un compuestD de la Fórmula Ha donde A es C(O) y R41 es H en una Etapa como se describe en el Esquema 115.
Esquema 115
Fórmula Ha Fórmula Ha donde A es C(O) donde A es C(S)
Etapa 1 - Preparación de la Fórmula Ha donde A es C(S) El compuesto de la Fórmula Ha donde A es C(S) se prepara al hacer reaccionar un compuesto de la Fórmula Ha donde A es C(O) y R41 es H (preparado como se describe en el Ejemplo 43, 44 o 45) con el reactivo de Lawesson, (1 ,3,2,4-ditiadifosfetan-2,3-disulfido), en un solvente apropiado (por ejemplo tetrahidrofurano) con calentamiento durante varias horas. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula Ha donde A es C(S) y R41 es H.
Ejemplo 59: Síntesis de los compuestos de la Fórmula lia donde A es S(O) Los compuestos de la Fórmula Ha donde A es S(O) pueden sintetizarse a partir de ,41 un compuesto de la Fórmula Ha donde A es S y R es H en una Etapa como se describe en el Esquema 116.
Esquema
Etapa 1- Preparación de la Fórmula Ha donde A es S(O) El compuesto de la Fórmula Ha donde A es S(O) se prepara al hacer reaccionar el compuesto dé la Fórmula Ha donde A es S y R41 es H (preparad como se describe en el Ejemplo 53 o 54) oon una equivalente de agente de oxidación (por ejemplo ácido meta-cloro-peroxibenzóic o, peróxido de hidrógeno, oxona) en un solvente aprótico apropiado (por ejemplo diclorometano). El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula lia donde A es S(O) y R41 es H.
Los compuestos de la Fórmula lll pueden utilizarse en la preparación de los compuestos de la Fórmula Ib o Ha como se describe en los Ejemplos 43-59 al sustituir 7-azaindol o el análogo mc strado en el ejemplo con un compuesto de la Fórmula 111. R40 es el sustituyente en la posición 3 utilizado en el ejemplo apropriado para acoplar a los compuestos de la Fórmula X (por ejemplo h idrógeno, C(0)H, CH2N(CH3)2, C(0)CI, bromo, amino, hidroxi, tio) y R41 es hidrógeno o un grupo protector P.
Fórmula Oi
Los compuestos de la Fórmula lili, es decir Fórmula lll donde V y W son CH, al ,46 menos uno de U y Z son CR , preferiblemente uno de U y Z es CR y el otro de U y Z es CH, donde R ,46 es como se define por R , excluyendo hidrógeno, en la Fórmula Ib de
[0025], pueden utilizarse en la síntesis de los compuestos de la Fórmula Ib y lia como se describe por los compuestos para la Fórmula lll.
Fórmula »llli Los ejemplos proporcionados para la síntesis de los compuestos de la Fórmula lili son también ¡aplicables para muchos compuestos que se ajustan a otras definiciones de la Formula o compuestos de la Fórmula lili pueden sustituirse admás, particularmente en la posición 3, para proporcionar compuestos de la Fórmula lll, o compuestos relacionados que pueden utilizarse para sintetizar los compuestos de la Formula I
Adicionalmente, las técnicas utilizadas para la preparación de los compuestos de la Fórmula y lili pueden aplicarse a los compuestos de la Fórmula Ib donde R5 es bromo, cloro, o ammo, parp proporcionar otros compuestos de la Fórmula Ib
Ejemplo 60: Síntesis del intermediario de la Fórmula IVa Los compuestos de la Formula IVa pueden sintetizarse a partir de 3-met?l-5-n?tro-p?r?d?n-2-?lam?na 505 en tres Etapas como se describe en el Esquema 117
Esquema 11
Etapa 3 ~C? P Fórmula I a Etapa 1 - Preparación de 5-N?tro-1H-p?rrolo[2,3-b]p?r?d?na (506) La 5-N?tro-1 H-p?rrolo[2,3-b]p?r?d?na 506 se prepara al hacer reaccionar 3-met?l-5-n?tro-p?pd?n-2-?lam?na 505 con anhídrido t-butiloxicarbonilo en un solvente apropiado (por ejemplo acetato de e tilo y hexanos) La concentración y extracción proporcionan un intermediario Boc protegido qu s se hace reaccionar entonces con 2 equivalentes de butillitio en un solvente polar apropiado (por ejemplo tetrahidrofurano) con enfriamiento (por ejemplo 0°C), seguido por la adición de dimetilformamida y agitación durante 30 minutos a una hora, seguido por adición de 5 5 M HCl El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporcionan 506 (Hands et al , Synthesis 1996, 877-882 ) Etapa 2 - Preparación de la Fórmula XIII El compuesto de la Fórmula XIII se prepara al hacer reaccionar 5-Nitro-1 H-p¡rrolo[2,3-b]?piridina 506 como se describe en el Esquema 43, Etapa 1.
Etapa 3 - Preparación de la Fórmula IVa El compuesto de la Fórmula IVa se prepara a partir del compuesto de la Fórmula XIII por redupción del grupo nitro (por ejemplo gas hidrógeno y paladio sobre carbono en metanol). La mezcla sé. filtra y concentra para proporciona el compuesto de la Fórmula IVa.
Ejemplo 61 : Síntesis del intermediario de la Fórmula IVb Los compuestos de la Fórmula IVa pueden sintetizarse a partir de 7-azaindol 1 en cuatro Etapas como se describe en el Esquema 118.
Esquema 11
Fórmula XIV Fórmula IVb
Etapa 1- Preparación de 7-óxido de 1 H-pirrolo[2, 3-bjpiridina (507) El 7-óxido de 1 H-pirrolo[2,3-b]piridina 507 se prepara al hacer reaccionar 7-azaindol 1 con un agente de oxidación (por ejemplo ácido m-cloro-peroxibenzóico) en un solvente apropiado (por ejemplo diclorometano). Después de agitar a temperatura ambiente durante 30 minutos por una hora, el compuesto 507 se recolecta por filtración.
Etapa 2 - Preparación de 7 -óxido de 4-Nitro-1H-pirrolo[2,3-b]piridina (508) El 7-óxido de 4-nitro-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina 508 se prepara disolviendo 7-óxido de 1 H-pirrol<j)[2,3-b]piridina 507 en ácido nítrico, seguido por la adición de ácido sulfúrico. El calentamients (por ejemplo 70°C) durante una hora, seguido por el vaciado en agua proporciona el compuesto 508, el cual se aisla por filtración. (Schneller et. al., J. Org. Chem. 1980, 45:4045)
Etapa 3 - Preparación del compuesto de la Fórmula XIV El compuesto de la Fórmula XIV se prepara a partir de 7-óxido de 4-nitro-1 H-pirrolo[2,3-b]piridina 508 por la adición de tricloruro de fósforo en un solvente apropiado (por ejemplo acetato de etilo) y calentando (por ejemplo 80°C) durante varios minutos. La neutralización con base (por ejemplo carbonato de potasio) seguida por extracción produce el intermediario que puede entonces protegerse en el N-1 hidrógeno de acuerdo al Esquema 43, Etapa 1 , para proporcionar el compuesto de la Fórmula XIV.
Etapa 4 - Preparación de la Fórmula IVb El compuesto de IVb se prepara a partir del compuesto de la Fórmula XIV por la reducción de grupo nitro (por ejemplo gas hidrógeno y paladio sobre carbono en metanol). La mezcla puede filtrarse y concentrarse para proporcionar el compuesto de la Fórmula IVb.
Ejemplo 62: Síntesis de los compuestos de la Fórmula lili donde R es 47 y R40 es H Los compuestos de la Fórmula lili donde R es NHR y R es H pueden sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula IVa o IVb en una Etapa como se describe en el Esquema 119¡
Esquema 119
Fórmula 5Va o rvb Fórmula lili donde R43 esNHR47 y R^es H Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula lili donde R46 es NHR47 y R40 es H El compuesto de la Fórmula lili donde R46 es NHR47 y R40 es H (R47 es alquilo inferior opcionalmente sustituido, alquenilo inferior opcionalmente sustituido, alquinilo inferior opcionalmen e sustituido, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido o heteroarilo opcionalmente sustituido) se prepara a partir del intermediíario de la Fórmula IVa (Ejemplo 60) o IVb (Ejemplo 61 ) por reacción con R47-X, donde X es grupo saliente, (por ejemplo agente de alquilación tal como metilyoduro) en la presencia de una base ( DOG ejemplo carbonato de potasio) en un solvente apropiado (por ejemplo dimetilformamida) durante varias horas a temperatura ambiente. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos c e la Fórmula lili donde R46 es NHR47, R40 es H y R41 es P.
Ejemplo 63: Síntesis de los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es NHCHÜR48 y R40 es H Los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es-NHCH2R48 y R40 es H pueden sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula Na o IVb en una Etapa como se describe en el Esquema 120
Esquema 120
Etapa 1-Preparaci?n del compuesto de la Fórmula lile donde R46 es NHCH?R48 y R40 es H T El compuesto de la Fórmula lili donde R46 es NHCH2R48 y R40 es H (R48 es consistente con alquilo inferior opcionalmente sustituido) se prepara a partir del intermediario de la Fórmula IVa (Ejemplo 60) o IVb (Ejemplo 61 ) por aminación reductiva utilizando un aldehido de la fórmula R48 -C(0)H en la presencia de una cantidad catalítica de ácido (por ejemplo ácido acético) y un agente de reducción (por ejemplo triacetoxiborohidruro de sodio) en un solvente no reactivo (por ejemplo dicloroetano). Después de agitar durante varias horas, el aislamiento por medios convenciona es (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es NHCH2R48, R40 es H y R41 es P.
Ejemplo 64: Síntesis de los compuestos de la Fórmula lili donde R es NHC(0)R y R es H
Los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es NHC(0)R49 y R40 es H pueden sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula IVa o IVb en una Etapa como se describe en el Esquema 121
Esquema 121
Fórmula IVa Fórmula lili donde R^es olVb NH(?(O)R4? y R40es H Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula lili donde R46 es NHCfO R49 y R*° es H El compuesto de la Fórmula lili donde R46 es NHC(0)R49 y R40 es H (R49 es alquilo inferior opciopalmente sustituido, alquenilo inferior opcionalmente sustituido, alquinilo inferior opcionalmente sustituido, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalquílo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido o heteroarilo opcionalmente sustituido) se prepara a partir del intermedia -io de la Fórmula IVa (Ejemplo 60) o IVb (Ejemplo 61 ) por reacción con un ácido carboxílico adivado de la fórmula R49-C(0)X donde X es a grupo saliente tal como cloro (por ejemplo cloruro de benzoilo) en la presencia de una base (por ejemplo N, N-diisopropiletilamina (DIEA)) en un solvente no reactivo (por ejemplo diclorometano). Después de agitar durante varias horas, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía de gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula HE donde R46 es NHC(0)R49, R40 es H y R41 es Ejemplo 65: Síntesis de los compuestos de la Fórmula lili donde R es NHC(0)NHR ,50 y R ,4' 0
es H Los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es NHC(0)NHR50 y R40 es H pueden sintetizarse e partir de un compuesto de la Fórmula IVa o IVb en una Etapa como se describe en el Esquema 122.
Esquema 122
Fórmula IVa Fórmula lili donde R^es o lVb NHC(T)NHR50 y 40es H
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula lili donde R4ß es NHC(0)NHR50 y R40 es H El compuesto de la Fórmula lili donde R46 es NHC(0)NHR50 y R40 es H (R50 es alquilo inferior opcionalmente sustituido, alquenilo inferior opcionalmente sustituido, alquinilo inferior opc onalmente sustituido, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido o heteroarilo opcionalmente sustituido) se prepara a paür del intermediario de la Fórmula IVa (Ejemplo 60) o IVb (Ejemplo 61 ) por reacción con un isociéinato de la fórmula (Por ejemplo propilisocianato) en la presencia de una base (por ejomplo DIEA) en un solvente no reactivo (por ejemplo diclorometano). Después de agitar durante varias horas, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es
NHC(0)NHR *°, R40 es H y R41 es P.
Ejemplo 66: Síntesis de los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es NHC(S)NHR51 y R ,40
es H. 46 Los compuestos de la Fórmula lili donde R es NHC(S)NHR y R ,40 u es H pueden sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula IVa o IVb en una Etapa como se describe en el Esquema 123.
Esquema 123
Fórmula IVa Fórmula lili donde R48 es o lVb HCíSJNH ^ y R^es H
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula lili donde R46 es NHC(S)NHR51 y R40 es H El compuesto de lili donde R46 es NHC(S)NHR51 y R40 es H (R51 es alquilo inferior opcionalmente sustituido, alquenilo inferior opcionalmente sustituido, alquinilo inferior opcionalmente sustituido, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, ari o opcionalmente sustituido o heteroarilo opcionalmente sustituido) se prepara a partir del intermed ario de la Fórmula IVa (Ejemplo 60) o IVb (Ejemplo 61) por reacción con un isotiocianato je la fórmula R51-NCS (por ejemplo propilisotiocianato) en la presencia de una base (por ejemplo DIEA) en un solvente no reactivo (por ejemplo diclorometano). Después de agitar durante varíe s horas, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es
NHC(S)NHR5f R4U es H y R41 es P.
Ejemplo 67: Síntesis de los compuestos de la Fórmula lili donde R es NHS(Q)2R y es H Los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es NHS(0)2R52 y R40 es H pueden sintetizarse a Dartir de un compuesto de la Fórmula IVa o IVb en una Etapa como se describe en el Esquema 124 Esquema
Fórmula IVa Fórmula lili donde ^es o lV NH8(0)aR8 y R^es H
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula lili donde R46 es ?/A7S(OJ2 ?52 y R40 es H El compuesto Fórmula lili donde R46 es NHS(0)2R52 y R40 es H (R52 es alquilo
Ejemplo 68: Síntesis del Intermediario de la Fórmula Va Los compuestos de la Fórmula Va pueden sintetizarse a partir de 7-azaindol 1 en dos Etapas ¿orno se describe en el Esquema 125.
Esquema 125
Etapa 1 - Preparación de 5-bromo-'/ '-azaindol (44) 5-bromo-7-azaindol 44 se prepara a partir de 7-azaindol 1 como se describe en
Mazeas et. al ., Heterocycles 1999, 50:1065-1080.
Etapa 2 - Preparación del intermediario de la Fórmula Va El intermediario de la Fórmula Va se prepara al proteger 5-bromo-7-azaindo! como se describe en el Esquema 43, Etapa 1.
Etapa 2 - Preparación del intermediario de la Fórmula Vb El intermediario de la Fórmula Vb se prepara al proteger 4-bromo-7-azaindol 509 como se descr be en el Esquema 43, Etapa 1.
Ejemplo 70: Síntesis de los compuestos de la Fórmula lili donde R4ß es un halógeno y R40 es H Los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es un halógeno y R40 es H pueden sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula Va o Vb en una Etapa como se describe en el Esquema 127.
Esquema 127
Fórmula Va o Vb Fórmula lili donde R^es halógeno R53
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula lili donde R es F o Cly R es H El compuesto de la Fórmula lili donde R46 es halógeno R53 (preferiblemente fluoro
40 o cloro) y R es hidrógeno se prepara disolviendo los intermediarios bromo correspondientes de la Fórmula Va (Ejemplo 68) o Vb (Ejemplo 69) en un solvente apropiado (por ejemplo tetrahidrofuraijio) con enfriamiento (por ejemplo -78°C) y haciendo reaccionar con un reactivo organolitio pa-a efectuar el intercabibio litio-halógeno del bromo (por ejemplo t-butillitio), seguido por adición do una fuente de flourina (por ejemplo ?/-fluorobencensulfimida) o cloro (por ejemplo hexacloroetano), similar a aquel descrito por Thibault et. al., Org. Lett. 2003, 5:5023-5025. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es F o Cl, R40 es H y R41 es P.
Ejemplo 71 : Síntesis de los compuestos de la Fórmula lili donde R4ß es NHR47 y R40 es H Los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es NHR47 y R40 es H pueden sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula Va o Vb en una Etapa como se describe en el Esquema 128.
Esquema 128
OD Etapa 1
Fórmula Va o Vb Fórmula lili donde R48 es NHR47 R^esH
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula lili donde R46 es NHR47 y R40 es H El compuesto de la Fórmula lili donde R46 es NHR47 y R40 es H (R47 como se define en el EJjemplo 62) se prepara al hacer reaccionar el intermediario de la Fórmula Va (Ejemplo 68) o Vb (Ejelnplo 69) con una amina de la Fórmula R47-NH2 utilizando condiciones de Buchwald-Hartwig de paladio catalizado (es decir un catalizador de paladio (por ejemplo acetato de paladio(ll)), m ligando (por ejemplo diciclohexil(o-bifenil)fosfina), y una base (por ejemplo f-butóxido de sodio) en un solvente no reactivo (por ejemplo 1 ,4-dioxano) con calentamiento (por ejemplo 100' °C) durante varias horas). El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula lili donde R' 46
es NHR , R ,40 es H y R41 es P.
Ejemplo 72: Síntesis de los compuestos de la Fórmula lili donde R4ß es OR54 y R40 es H Los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es OR54 y R40 es H pueden sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula Va o Vb en una Etapa como se describe en el Esquema 129 Esquema 129
Fórmula Ve © Vfe Fórmula Hit donde R48 esOR^ y R^esH Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula lili donde R46 es OR54 y R40 es H El compuesto de la Fórmula lili donde R46 es OR54 y R40 es H (R54 es alquilo inferior opcidnalmente sustituido, alquenilo inferior opcionalmente sustituido, alquinilo inferior opcionalmente sustituido, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, ar lo opcionalmente sustituido o heteroarilo opcionalmente sustituido) se prepara al hacer reaccionar el intermediario de la Fórmula Va (Ejemplo 68) o Vb (Ejemplo 69) con un alcohol de la Formule R^-OH en la presencia de una base (por ejemplo hidruro de sodio) y un catalizador de cobre (por ejemplo bromuro de cobre) en un solvente no reactivo (por ejemplo dimetilformamida) con calentamiento (por ejemplo 120°C) durante varias horas. El aislamiento por medios conve ncionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice), proporciona los compuestos de la Fórmula lili donde R4$ es OR54, R40 es H y R41 es P.
Ejemplo 73: Síntesis de los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es alquilo inferior opcionalmente sustituido y R es H 46 Los compuestos de la Fórmula lili donde R es alquilo inferior opcionalmente sustituido y R ,'. es H pueden sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula Va o Vb en una
Etapa como se describe en el Esquema 130.
Esquema 130
BrOo Etapa 1
Fórmula Va o Vb Fórmula lili donde R46 es alquilo ¡nferior opcionalmente sustituido R55 y IR40 es ¡Hl
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula lili donde R es alquilo inferior opcionalmente sustituido y R ?Q es H ,46 El compuesto de la Fórmula lili donde R es alquilo ¡nferior opcionalmente sustituido, R 55 y R40 es H se prepara disolviendo el intermediario de la Fórmula Va (Ejemplo 68) o Vb (Ejemplo 69) en un solvente apropiado (por ejemplo tolueno) seguido por la adición de un catalizador de paladio (por ejemplo [1 ,1 '-bis(difenilfosfino)ferrocen]d¡cloropaladio(ll), complejo con diclorometan s (1 :1 )). Después de varios minutos, un reactivo Grignard de la fórmula R55 -MgBr puede agregarse y la reacción se calienta (por ejemplo 90°C) durante una a varias horas. Después de la filtración a través de Celite, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatogrefía en gel de sílice), proporciona los compuestos de la Fórmula lile donde R46 es alquilo inferior opcionalmente sustituido, R40 es H y R41 es P.
Ejemplo 74: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula lili donde R46 es arilo opcionalmente ,40 sustituido o heteroarilo opcionalmente sustituido y R*" es H 46 El compuesto de la Fórmula lili donde R es arilo opcionalmente sustituido o ,40 heteroarilo opcionalmente sustituido y R es H pueden sintetizarse a partir de un compuesto de la
Fórmula Va o Vb en una Etapa como se describe en el Esquema 131.
Esquema 131
Fórmula Va © Vb Fórmula lili donde r 36 es aril o heteroarilo opcionalmente sustituido R58 y ^es H
,46 Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula lili donde R"° es arilo opcionalmente sustituido o heteroarilo opcionalmente sustituido y R40 es H El compuesto de la Fórmula lili donde R46 es arilo opcionalmente sustituido o heteroarilo opcionalmente sustituido R y R es H se prepara al hacer reaccionar el intermediario de la Fórmula Va (Ejemplo 68) o Vb (Ejemplo 69) con un ácido borónico de la fórmula R -B(OH)2 o éster boróni ico de la fórmula R56-B(OR)2 bajo condiciones de acoplamiento Suzuki (Muyaura and Suzuki, Chem Rev. 1995, 95:2457), tal como en la presencia de un catalizador de paladio (por ejemplo Tetp3k¡s(tr¡fenilfosfina)paladio(0)) y una base (por ejemplo carbonato de sodio acuoso) en un solvente ipropíado (por ejemplo tetrahidrofurano, acetonitrilo) con calentamiento térmicamente (por ejemplo 80°C) durante una a varias horas o calentamiento con un instrumento de mícroondas (por ejemplo 120°C durante 10 minutos). El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula lili donde R46 es arilo opcionalmente sustituido o heteroarilo opcionalmente sustituido, R40 es H y R41 es P.
Los compuestos de la Fórmula Ib donde V, W, U, y Z son CH, J, E, F, G, y K son C, n es 1 , y R15, R16, y R17 son hidrógeno que forman los compuestos de la Fórmula VI.
l Los ejemplos proporcionados por la síntesis de los compuestos de la Fórmula VI son también aplicables para muchos compuestos que se ajustan a otras definiciones de la Fórmula I o Fórmula Ib.
dimetilformamida) con calentamiento (por ejemplo 80°C) durante varias horas. Alternativamente, la reacción puedo catalizarse por un metal (por ejemplo acetato de paladio y tri-f-butilfosfina donde M1 es NR57, bromuro de cobre cuando M1 es O). El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula He.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula VI donde M es NR57 o O y R1 es arilo opcionalmente sustituido o heteroarilo opcionalmente sustituido El compuesto de la Fórmula Via (Fórmula VI donde M es NR57 o O (M1), R1 es arilo opcionalmente sustituido o heteroarilo opcionalmente sustituido (R58)) se prepara a partir del compuesto de la Fórmula He por la eliminación del grupo protector N-1 de acuerdo al Esquema 43, Etapa 2.
Ejemplo 76: Síntesis de los compuestos de la Fórmula VI donde M es NR57 o O y R1 ee arilo
Ejemplo 78: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula VI donde 1V3 es -O-alk- o -NR57-alk- El compuesto de la Fórmula Vlb (Fórmula VI donde M es -O-alk- o -NR57-alk- (R57 consistente con la definición de M para los compuestos de la Fórmula Ib o L2 para los compuestos
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula VI donde M es M1 (CH?j ß y M1 es O o NR ,:57 El compuesto de la Fórmula Vlb (Fórmula VI donde M es OÍCH;,)^ o NR57(CH2),.3) se prepara a partir del compuesto de la Fórmula He por remoción del grupo protector N-1 de acuerdo con Esquema 43, Etapa 2.
Ejemplo 79: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula VI donde M es
NH-alk- El compuesto de la Fórmula Vlc (Fórmula VI donde M es -NH-alk-) puede sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula Hf en dos Etapas como se describe en el Esquema 136.
Esquem
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula llg El compuesto de la Fórmula llg (Fórmula lia donde R15, R16 y R17 son H, R41 es P,
R43 es NH(CH2)?-3R1) se prepara a partir del compuesto de la Fórmula llf (Fórmula Ha donde R15,
R16 y R17 son H, R41 es P, R43 es NH2) por aminación reductiva utilizando un aldehido de la fórmula R1-(CH2)0.2-CHO en presencia de una cantidad catalítica de ácido (por ejemplo ácido acético) y un agente de reducción (por ejemplo triacetoxiborohidruro de sodio) en un solvente no reactivo (por ejemplo dicloroetano). Después de agitar durante varias horas, el aislamiento por medios convencional 3S (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula llg.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula VI donde M es NHfCH?)^ El compuesto de la Fórmula Vic (Fórmula VI donde M es NHÍCH^^ se prepara a partir del conpuesto de la Fórmula llg por remoción del grupo protector N-1 de acuerdo con el Esquema 43, Etapa 2.
Ejemplo 80: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula VI donde iV¡ es NR57C(0) u OC(O) El compuesto de la Fórmula Vid (Fórmula VI donde M es NR57C(0) u OC(O) donde R57es consistente con la definición de M para los compuestos de la Fórmula Ib o L2 para los compuestos tie la Fórmula I) puede sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula llb en dos
Etapas como se describe en el Esquema 137.
Fórmula llb Fórmula llh Fómiula Vid
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula llh El compuesto de la Fórmula llh (Fórmula Ha donde R15, R16 y R17 son H, R4 es P, R43 es M1C(0)R1 donde M es O o NR57) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula llb (Fórmula Ha donde R15, R16 y R17 son H, R41 es P, R43 es M1H, donde M1 es O o NR57) con un ácido carboxílico activado de la Fórmula R1-COX donde X es un grupo de salida tal como cloro (por ejemplo cloruro de benzoilo) en presencia de una base (por ejemplo DIEA) en un solvente no reactivo (por ejemplo diclorometano). Después de agitar durante varias horas, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona (il compuesto de la Fórmula llh.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula VI donde M es OC(O) o NR57C(0) Los compuestos de la Fórmula Vid (Fórmula VI donde M es OC(O) o NR57C(0)) se prepara a partir del compuesto de la Fórmula llh por remoción del grupo protector N-1 de acuerdo
I Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula VI donde M es NR57S(0)2 I l El compuesto de la Fórmula Vie (Fórmula VI donde M es NR57S(0)2) se prepara a partir del compuesto de la Fórmula lli por remoción del grupo protector N-1 de acuerdo con el Esquema 43, Etapa 2.
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula llj El compuesto de la Fórmula llj (Fórmula Ha donde R15, R16 y R17 son H, R41 es P, R43 es NR57C:(L)NH(CH2)1.3R1, donde L es O o S) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula llh (Fórmula Ha donde R15, R16 y R17 son H, R41 es P, y R43 es NR57H) con un compuesto c e la fórmula R -(CH2)1.3NCL donde L es ya sea O para formar un ¡socianato (por ejemplo fenil ¡socianato) o L es S para formar un tioisocianato (por ejemplo fenil ¡sotiocianato) en presencia de una base (por ejemplo DIEA) en un solvente no reactivo (por ejemplo diclorometano). Después de agitar durante varias horas, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula llj.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula VI donde B es NR y D es C(=L)NH(CH2)q
El compuesto de la Fórmula Vlf (Fórmula VI donde M es NR^CÍOJNH^H;;)^ o
NR57C(S)NH(CH2)1.3) se prepara a partir del compuesto de la Fórmula llj por remoción del grupo protector N-1 de acuerdo con el Esquema 43, Etapa 2.
Ejemplo 83: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula VI donde WS es NR ?5 Se (0)2NH(CH2)M El compuesto de la Fórmula Vlg (Fórmula VI donde M es donde R57 es consistente con la definición de M para los compuestos de la Fórmula Ib o L2 para los compuestos je la Fórmula I) puede sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula llh en tres Etapas como se describe en el Esquema 140.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula llm El compuesto de la Fórmula llm (Fórmula Ha donde R15, R16 y R17 son H, R41 es P, R43 es NR57e?(0)2NH(CH2)?-3 1) se prepara a partir del compuesto de la Fórmula llk por reacción con una amina de la fórmula NH2(CH2)1.3R1 en presencia de una base (por ejemplo DIEA) en un solvente no |-eact¡vo (por ejemplo diclorometano). Después de agitar durante varias horas, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula llm.
Etapa 3 - Preparación del compuesto de la Fórmula VI donde M es NR57S(0)2NH(CH2)1.3 El compuesto de la Fórmula Vlg (Fórmula VI donde M es NR57S(0)2NH(CH2)2.3) se prepara a partir del compuesto de la Fórmula llm por remoción del grupo protector N-1 de acuerdo con el Esquema 43, Etapa 2.
Ejemplo 84: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula VO donde ftfl es S(0)2(CK2)o-3 o
El compuesto de la Fórmula Vlh (Fórmula VI donde M es S(O)2(CH2)0.3 o S(CH2)0.3) puede sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula lid en dos Etapas como se describe en el Esquema 141.
E
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula lln El compuesto de la Fórmula lln (Fórmula Ha donde R15, R16 y R11 son H, R41 es P, R43 es S(CH 2)0.3R1) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula lid (Fórmula Ha donde R15, 16 y R17 son H, R41 es P, y R43 es un halógeno, R59, por ejemplo cloro) con un compuesto de la Fórmula R1-(CH2)0.3-SH en presencia de una base (por ejemplo hidruro de sodio, carbonato dfi potasio) en un solvente apropiado (por ejemplo dimetilformamida, acetonitrilo) con calentamiento (por ejemplo 80 °C) durante una a varias horas. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmulia lln. Este puede tomarse para la siguiente Etapa, o el grupo P protector N-1 puede eliminarse de acuerdo con el Esquema 43, Etapa 2 para proporcionar el compuesto de la Fórmula VI donde M e's S(CH2)0.3.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula VI donde M es SO2(CH2)0.3 Los compuestos de la Fórmula Vlh (Fórmula VI donde M es S(O)2(CH2)0.3) se preparan a p?rtir del compuesto de la Fórmula lln al reaccionar con un agente de oxidación (por ejemplo ácido meta-cloro-peroxibenzoico, peróxido de hidrógeno) en un solvente aprótico apropiado (por ejemplo diclorometano). El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) seguido por remoción del grupo protector N-1 de acuerdo con el Esquema 43, Etapa 2 proporciona el compuesto de la Fórmula Vlh.
Ejemplo 85: Síntesis de los compuestos de la Fórmula VI donde M es C(O)(CH2)0-3 El compuesto de la Fórmula Vli (Fórmula VI donde M es C(O)(CH2)0.3) puede sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula lid en tres Etapas como se describe en el Esquema 142
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula llp El compuesto de la Fórmula llp (Fórmula Ha donde R15, R16 y R17 son H, R41 es P, R43 es C(O)(CH2)0-3R1) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula lio con un agente de oxidación (por ejemplo periodinano de Dess-Martin), en un solvente apropiado (por ejemplo tetrahidrofurano). Después de agitar durante una a varias horas, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula llp.
Etapa 3 - Preparación del compuesto de la Fórmula VI donde B es C=0 y D es (CH^ El compuesto de la Fórmula Vli (Fórmula VI donde M es C(O)(CH2)0.3) se prepara a partir del compuesto de la Fórmula llp por remoción del grupo protector N-1 de acuerdo con el Esquema 43, Etapa 2.
Ejemplo 86: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula Dir El compuesto de la Fórmula llr ((Fórmula Ha donde R15, R16y R17son H, R41 es P, y
R43 es S(0)2 C? l) puede sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula llf en dos Etapas como se describe e? el Esquema 143.
Esquema 143
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula Hr El compuesto de la Fórmula llr (Fórmula Ha donde R15, R16 y R17 son H, R41 es P, y R,J es S(0)2(kl) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula llq (Fórmula Ha donde R15, R16 y R1' son H, R41 es P, y R43 es N2+) con una mezcla de cloruro cuproso en ácido acético saturado con dióxido de azufre, mientras se enfría (por ejemplo 10 °C). Después de agitar durante
30 minutos a una hora, la mezcla se vacía en agua y el compuesto se aisla por extracción y concentración de las porciones orgánicas secas para proporcionar el compuesto de la Fórmula llr. (Organic Syntneses, Coll. Vol. 7, p.508; Vol. 60, p.121).
Ejemplo 87: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula llt El compuesto de la Fórmula llt ((Fórmula Ha donde R15, R16 y R17son H, R41 es P, y
R43 es COOH) pueden sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula lis en una Etapa como se describe en el Esquema 144.
Esquema 144
Fórmula Sis Fórmula Ol
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula llt El compuesto de la Fórmula llt (Fórmula Ha donde R15, R16 y R17 son H, R41 es P, y
R es COOH) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula lis (Fórmula Ha donde
,15 r->16 RJ R y R ?17 son H, R es P, y R es MgBr) disuelto en un solvente apropiado (por ejemplo tetrahidrofurano con hielo seco. La adición de agua y extracción ácido-base del compuesto proporciona el compuesto de la Fórmula llt.
Fórmula Itv
Fórmula VIJ
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula Hv El compuesto de la Fórmula llv (Fórmula Ha donde R15, R16y R17son H, R41 es P, y R43 es M2CI, donde M2 es C(O) o S(0)2) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula llu (Fórpiula Ha donde R15, R16 y R17son H, R41 es P, y R43 es M2OH, donde M2 es C(O) o S(0)2) con un reactivo apropiado para efectuar la formación del cloruro ácido o cloruro de sulfonílo (por ejemplo cloruro de tionilo) con calentamiento (por ejemplo 80 °C) durante varias horas, posiblemente en un solvente (por ejemplo tolueno). La concentración de la mezcla de reacción proporciona el compuesto de la Fórmula llv que se usa sin purificación adicional.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula Hw El compuesto de la Fórmula ll (Fórmula Ha donde R15, R1ß y R17 son H, R41 es P, y R43 es M NR57(CH2)o-3R1, donde M2 es C(O) o S(0)2) se prepara al hacer reaccionar el compuesto d s la Fórmula llv con una amina de la fórmula NR57H(CH2)0.3R1 en presencia de una base (por ejemplo DIEA) en un solvente aprótico apropiado (por ejemplo dimetilformamida, diclorometano). Después de agitar durante una a varias horas, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula llw.
! Los compuestos de la Fórmula X o Xa, donde R43 es un sustituyente apropiado para la sustitución adicional para proporcionar M-R1 (por ejemplo cloro, NH2, NHR57, OH, MgBr, C(0)OH, S(0)2OH; como se describe en los Ejemplos 78-88), y R42 está en una funcionalidad apropiada para acoplarse al anillo 7-azaindol o su análogo para formar A o L1, son útiles en la síntesis de los compuestos de la Fórmula I o Ib o compuestos de la Fórmula II como se describe en los Ejemplos 43-59.
Fórmula X Fórmula Xa Muchos compuestos de la Fórmula X o Xa se encuentran comercialmente disponibles; (j)or ejemplo, muchos heterociclos que contienen nitrógeno de 5 y 6 miembros donde
R43 es cloro o amino y R42 es un ácido carboxílico o aldehido se encuentran comercialmente disponibles o pueden prepararse utilizando métodos conocidos.
Los compuestos de la Fórmula Xa donde E, F, G, K, L son C y n es 1 forman compuestos de la Fórmula X10. Los ejemplos para la síntesis de los compuestos de la Fórmula X10 y su uso en la síntesis de los compuestos de la Fórmula I, Ib, y II también pueden aplicarse a otros compuestos que se adaptan a la definición de la Fórmula X.
Fórmula Xio
,42 Los compuestos de la Fórmula Xa, donde R" es un hidrógeno o halógeno (R60), y
R15, R16 y R1 son ya sea como se define para la Fórmula Xa o son sustituyentes apropiados para modificación adicional para proporcionar compuestos de la Fórmula X10, forman compuestos de la Fórmula X20, os cuales son útiles en la síntesis de los compuestos de la Fórmula Xa.
Fórmula X2o
El uso de los compuestos de la Fórmula X10 o X20 se ejemplifica en los siguientes ejemplos como ejemplos representativos de reacciones que también pueden ser útiles en las reacciones análogas utilizando compuestos de la Fórmula X o Xa.
Ejemplo 89: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula X10 donde 42 es C(0)H El compuesto de la Fórmula X10a (Fórmula X 0 donde R42 es C(O)H) puede sintetizarse partir de un compuesto de la Fórmula X20a en una Etapa como se describe en el Esquema 146
sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula X20a en una Etapa como se describe en el Esquema 147.
Esquema 147
Fórmula X2Q& Fórmula X 0i
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula X?0b El compuesto de la Fórmula X10b (Fórmula X?0 donde R 42 es C(O)OH) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula X20a (Fórmula X20 donde R60 es Br) con magnesio sólido en un solvente apropiado (por ejemplo tetrahidrofurano) posiblemente con un catalizador (por ejemplo yodo) y con calentamiento (por ejemplo 80 °C) para proporcionar el reactivo de Grignard correspondiente. Se agrega hielo seco entonces a la reacción para extinguir el Grignard y formar el ácido carboxílico en R42. El aislamiento por evaporación y extracción ácido-base proporciona ol compuesto de la Fórmula X10b.
«15 Ejemplo 91 Síntesis de los Compuestos de la Fórmula X10 donde R es alquilo inferior opcíonalmerite sustituido y R42 es C(0)H j El compuesto de la Fórmula X10c (Fórmula X10 donde R42 es C(0)H y R15 es alquilo inferior opcionalmente sustituido) puede sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula X20b en dos Etapas como se describe en el Esquema 148.
Esquema
Etapa 1 - Preparación del compuesto de ¡a Fórmula X20c El compuesto de la Fórmula X20c (Fórmula X20 donde R60 es H y R15 es alquilo ,61 inferior opcionalmente sustituido R ) se prepara al disolver el compuesto de la Fórmula X20b (Fórmula X20 donde R60 es H y R15 es Br) en un solvente apropiado (por ejemplo tolueno), seguido por la adición de un catalizador de paladio (por ejemplo [l .l'-BisídifenilfosfinoJ-ferroceno] dicloropaladio(ll), en complejo con diclorometano (1 :1)). Después de varios minutos, un reactivo de Grignard de la fórmula R61-MgBr (donde R61 es alquilo inferior opcionalmente sustituido) puede agregarse y lia reacción puede calentarse (por ejemplo 90 °C) durante una a varias horas. Después de filtración ci través de Celite, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografí¡a en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula X20c.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula X10c El compuesto de la Fórmula X10c (Fórmula X10 donde R42 es C(0)H y R15 es alquilo ¡nferior opcionalmente sustituido) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula X20c con un reactivo de organolitio (por ejemplo düsopropilamina de litio) para efectuar la litiación en la posición R42 a temperatura reducida (por ejemplo -78 CC) en un solvente apropiado (por ejemplo tetrahidrofuré no) seguida por adición de un reactivo de formilación (por ejemplo dimetilformamida). Después de agitar durante varias horas y calentar a temperatura ambiente, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula X?0c.
Ejemplo 92: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula X10 donde R15 es OR62 o SR62 y R42 es C(0)H El compuesto de la Fórmula X10d (Fórmula X10 donde R es C(0)H y R ,15 es OR ,62
o SR62, donde R62 es alquilo inferior opcionalmente sustituido) puede sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula X20d en dos Etapas como se describe en el Esquema 149.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula Xiod El compuesto de la Fórmula X10d (Fórmula X10 donde R42 es C(0)H y R15 es LR62, donde L es O o S y R62 es alquilo inferior opcionalmente sustituido) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula X20e con un reactivo de organolitio (por ejemplo diisopropilamina de litio) para efebtuar la ortolitiación en la posición R42 a temperatura reducida (por ejemplo -78 °C) en un solvente apropiado (por ejemplo tetrahidrofurano) seguida por adición de un reactivo de formilación (por ejemplo dimetilformamida). Después de agitar durante varias horas y calentar a temperatura ambiente, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografí en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula X10d.
Ejemplo 93: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula X10 donde R1S es halógeno y R42 es C(0)H ,15 I El compuesto de la Fórmula X10e (Fórmula X10 donde R es C(0)H y R es (Fórmula X20 donde R es H y R es Br) en un solvente apropiado (por ejemplo tolueno), seguido por la adición de un catalizador de paladio (por ejemplo [1 ,1'-Bis(difenílfosf¡no)-ferroceno] dicloropaladio(ll) en complejo con diclorometano (1 :1)). Después de varios minutos, un reactivo de Grignard de la Fórmula R^-MgBr (R64 es alquilo inferior opcionalmente sustituido) se agrega y la reacción puede calentarse (por ejemplo 90 °C) durante una a varias horas. Después de filtración a través de Cel te el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílliide) proporciona el compuesto de la Fórmula X20i.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula X10f El compuesto de la Fórmula Xiof (Fórmula X10 donde R42 es C(0)H y R16 es alquilo inferior opciohalmente sustituido R64) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula X20¡ con un reactivo de organolitio (por ejemplo diisopropilamina de litio) para efectuar la litiación en la posición R '' 2 ! a. temperatura reducida (por ejemplo -78 °C) en un solvente apropiado (por ejemplo tetrahidrofuraho) seguida por adición de un reactivo de formilación (por ejemplo dimetilformamida). Después de agitar durante varias horas y calentar a temperatura ambiente, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula X?0f.
,42
Ejemplo 95: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula X 0 donde R es halógeno y R es C(0)H El compuesto de la Fórmula X10g (Fórmula X10 donde R42 es C(0)H y R16 es halógeno) puede sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula X20j en dos Etapas como se describe en el Esquema 152.
ejemplo -15 °C) para proporcionar el intermediario tetrafluoroborato de diazonio como un precipitado que puede recolectarse por filtración. Para formar los compuestos donde R65 es flúor, la sal de diezonio se termoseca con un mechero para iniciar el desprendimiento de gas de borotrifluoruro lo cual subsecuentemente procede en forma espontánea. Después del aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice), se obtiene el 65 compuesto de la Fórmula X20k donde R15 es H y R es flúor. (Doyle and Bryker, J. Org. Chem. 1979, 44:157 j Schiemann and Winkelmüller, Org. Syn. Coll. Vol. 2:299.)
tetrahidrofuraHio) seguida por adición de un reactivo de formílación (por ejemplo dimetilformamida). Después de agitar durante varias horas y calentar a temperatura ambiente, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula X10g.
Ejemplo 96: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula X10 donde R1ß es ORßß y R42 es C(0)H
I El compuesto de la Fórmula X10h (Fórmula X10 donde R42 es C(0)H y R16 es OR66,
,66 donde R es ¡alquilo inferior opcionalmente sustituido) puede sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula X20h en dos Etapas como se describe en el Esquema 153.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula X10h El compuesto de la Fórmula Xi0h (Fórmula X10 donde R42 es C(0)H y R16 es OR66, donde R66 es alquilo inferior opcionalmente sustituido) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmu a X20m con un reactivo de organolitio (por ejemplo diisopropilamina de litio) para efectuar la crtolitiación en la posición R42 a temperatura reducida (por ejemplo -78 °C) en un solvente aprqpiado (por ejemplo tetrahidrofurano) seguida por adición de un reactivo de formilación (por ejemplo dimetilformamida). Después de agitar durante varias horas y calentar a temperatura ambiente, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula X10h.
Ejemplo 97: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula X10 donde 17 es halógeno y 42 es C(0)H El compuesto de la Fórmula X10i (Fórmula X10 donde R42 es C(0)H y R 7 es halógeno) puede sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula X20n en dos Etapas como se describe en el Esquema 154.
Esquema 154
17 es cloro o 20n (Fórmula (por ejemplo ácido clorhídrico, ácido sulfúrico) para proporcionar el intermediario de diazonio. Para formar los compuestos donde R67 es cloro o bromo, la sal de diazonio se agrega a cloruro cuproso o bromuro cuproso, respectivamente, en ácido clorhídrico con calentamiento (por ejemplo 80 °C) durante 30 minutos a una hora. En la adición de la reacción a agua, seguida por el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) se obtiene el compuesto
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula X10i El compuesto de la Fórmula X10¡ (Fórmula X 0 donde R42 es C(0)H y R17 es halógeno R67) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula X20o con un reactivo de organolitio (por ejemplo diisopropilamina de litio) para efectuar la litiación en la posición R42 a temperatura rsducida (por ejemplo -78 °C) en un solvente apropiado (por ejemplo tetrahidrofurano) seguida por adición de un reactivo de formilación (por ejemplo dimetilformamida). Después de agitar durante varias horas y calentar a temperatura ambiente, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula X10i.
Ejemplo 98: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula X10 donde R17 es OR68 y R42 es C(0)H El compuesto de la Fórmula X1Qj (Fórmula X10 donde R42 es C(0)H y R 7 es QR68, donde R68 es alquilo inferior opcionalmente sustituido) puede sintetizarse a partir de un compuesto de la Fórmula X20p en dos Etapas como se describe en el Esquema 155.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula X1Qj El compuesto de la Fórmula X1cj (Fórmula X10 donde R42 es C(0)H y R17 es OR68, donde R68 es alquilo inferior opcionalmente sustituido) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmul a X20q con un reactivo de organolitio (por ejemplo diisopropilamína de litio) para efectuar la liti ación en la posición R42 a temperatura reducida (por ejemplo -78 °C) en un solvente apropiado (por ejemplo tetrahidrofurano) seguida por adición de un reactivo de formilación (por ejemplo dimetilformamida). Después de agitar durante varias horas y calentar a temperatura ambiente, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula X1Qj
Ejemplo 99: síntesis de los Compuestos de la Fórmula X donde n=1; G es N; K, J, F y E son
C; R15 y R16 son alquilo inferior opcionalmente sustituido; M es NH-O- y 4Z es C(0)H Los compuestos de la Fórmula X donde n=1 y G es N son derivados de pirimidina que pueden brepararse a través de muchas rutas conocidas en la literatura y usadas en reacciones an álogas a aquellas descritas para los compuestos de la Fórmula Xa, tal como en los Ejemplos 89-S 8. M es NH-D, donde D es consistente con la definición de M. La síntesis de tal compuesto se ejemplifica en el Esquema 156 como sigue.
Esquema 156
Fórmula X40 Fórmula X30
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula X30 El compuesto de la Fórmula X30 (Fórmula Xa donde n=1 , G es N, K, J, F y E son
C, R15 y R16 sbn alquilo ¡nferior opcionalmente sustituido (R69 y R70, respectivamente), R43 es S-Me y R42 es H) sé prepara al hacer reaccionar tiourea 510 con el compuesto de la Fórmula XVII (R69 y
R70 son in dep'endientemente alquilo inferior opcionalmente sustituido) en presencia de una base
(por ejemplo hidróxido de sodio) en un solvente no reactivo (por ejemplo etanol) durante varias horas, Subsecuentemente, la adición de yoduro de metilo con calentamiento (por ejemplo 60 °C) durante vanas horas, seguida por el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y c ro mr atografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula X30.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula X40 Los compuestos de la Fórmula X^ (Fórmula X donde n=1 , G es N, K, J, F y E son
C, R15 y R16 son alquilo ¡nferior opcionalmente sustituido (R69 y R70, respectivamente), M es NH-D- (D es consistehte con la definición de M de la Fórmula Ib o L o Fórmula I) y R42 es H) se prepara al hacer reacc onar el compuesto de la Fórmula X30 con el compuesto de la Fórmula NH2-D-R1 (por ejemplo bencilam ina u otro nucleófilo adecuado) en presencia de una base (por ejemplo hidruro de sodio) en un solvente no reactivo (por ejemplo dimetilformamida) durante varias horas. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula X40.
Etapa 3 - Preparación del compuesto de la Fórmula X50 Los compuestos de la Fórmula X50 (Fórmula X donde n=1 , G es N, K, J, F y E son
de un reactivo de formilación (por ejemplo dimetilformamida). Después de agitar durante varias horas y calentar a temperatura ambiente, el aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona los compuestos de la Fórmula X50, los cuales pueder utilizarse en la síntesis del compuesto de la Fórmula II, el cual puede utilizarse en la síntesis del compuesto de la Fórmula Ib.
Ejemplo 100: Síntesis de los Compuestos de la Fórmula Xa donde n=0; es S; J, E, y F son C; R43 es NHP; R1S es alquilo inferior opcionalmente sustituido o alcoxi inferior opcionalmente sustituido y R42 es COOH Los compuestos de la Fórmula X donde n=0 son heterociclos de 5 miembros que pueden prepararse a través de muchas rutas conocidas en la literatura y usadas en reacciones análogas a aquellas descritas para los compuestos de la Fórmula Xa, tal como en los Ejemplos 89-98. La síntesis de tal compuesto se ejemplifica en el Esquema 157 como sigue.
Esquema
Formula X70 Fórmula XgQ
Etapa 1 - Preparación del compuesto de la Fórmula X6o El compuesto de la Fórmula X60 (Fórmula Xa donde n=0, K es S, J, E, y F son C,
R43 es NH2, :15 es R71 (R71 es alquilo inferior opcionalmente sustituido u O-R72, donde R72 es ,42 alquilo inferior opcionalmente sustituido) y R es C02R, donde R es alquilo inferior) se prepara al hacer reaccionar tiourea 510 con el compuesto de la Fórmula XVI donde R71 es alquilo ¡nferior opcionalmen sustituido u O-R72 (R72 es alquilo inferior opcionalmente sustituido) y R es alquilo inferior en un solvente no reactivo (por ejemplo dimetilformamida, etanol) con calentamiento (por ejemplo 60 C) durante varias horas. El aislamiento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cfom atografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de laFórmula X60.
Etapa 2 - Preparación del compuesto de la Fórmula X70 El compuesto de la Fórmula X70 (Fórmula Xa donde n=0, K es S, J, E, y F son C, R43 es NHP, donde P es un grupo protector [por ejemplo triisopropilsililo, t-butiloxicarbonilo]), R15 es R71 y R42 es C02R, donde R es alquilo inferior) se prepara al hacer reaccionar el compuesto de la Fórmula X6) con un reactivo apropiado para introducir el grupo protector (por ejemplo cloruro de triisopropilsililo, anhídrido Boc) en presencia de una base (por ejemplo hidruro de sodio, diisopropiletiléimina) en un solvente no reactivo (por ejemplo dimetilformamida) durante varias horas. El aisle miento por medios convencionales (por ejemplo extracción y cromatografía en gel de sílice) proporciona el compuesto de la Fórmula X70.
hidruro de sodio (0.685 g, 60% en aceite mineral, 17.1 mmol). Después de 10 minutos, di-fer-butildicarbonato (3.74 g, 17.1 mmol) se agregó a la reacción. La reacción se agitó a temperatura ambiente durante la noche. La reacción se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se socó sobre sulfato de sodio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 30% de acetato de etilo en hexano para dar un a sólido blanco (511 , 3.80 g, 96.7%):
Etapa 2: Preparación de ter-butiléster del ácido 3-Clorometil-pirrolo[2,3-b]piridin-1-carboxílico (512)
Al ter-butiléster del ácido 3-dimetilaminometil-pirrolo[2,3-b]piridin-1 -carboxílico (511 , 2.60 g, íi.44 mmol) en tolueno (50.00 mL) se agregó cloroformiato de isopropilo (11.3 mL, 1.0 M en tolueno) bajo una atmósfera de nitrógeno. La reacción se agitó a temperatura ambiente durante 3 horas. La reacción se vació en agua y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se secó sob e sulfato de sodio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 20% de acetato de etilo en hexano para dar un sólido Dlanco (512, 2.0 g, 79.4%).
Etapa 3 — Preparación de ter-butiléster del ácido 3-(2-Acetil-3-oxo-butíl)-pirrolo[2,3-b]piridin-1-carboxílico (513): A acetilacetona (0.563 g, 5.62 mmol) en sulfóxido de dimetilo (29.0 mL) se agregó hidruro de sodio (0.225 g, 60% en aceite mineral, 5.62 mmol). Después de 20 minutos, ter-butiléster del ácido 3-c!orometilo-pirrolo[2,3-b]piridin-1 -carboxílico (512, 1.00 g, 3.75 mmol) se agregó a la reacción. La reacción se agitó a temperatura ambiente durante 2 horas. La reacción se vació en agu a y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo cor 40% de acetato de etilo en hexano para dar un aceite ¡ncoloro (513, 0.59 g, 48.0%). MS (ESI) [M-1H+]+ = 331.4.
Etapa 4 — Preparación de ter-butiléster del ácido 3-(3,5-Dimetil-1H-pirazol-4-ilmetil)-pirrolo[2,3- bjpiridin- 1 -carboxílico (514) A ter-butiléster del ácido 3-(2-acetil-3-oxo-butil)-pirrolo[2,3-b]piríd¡n-1 -carboxílico (513, 1.20 g, 3 63 mmol) en metanol (15.0 mL), enfriado a -20 °C bajo una atmósfera de nitrógeno, se agregó hidracina (0.128 g, 4.00 mmol) en diclorometano (6.0 mL). La reacción se agitó durante 2 horas. La reacción se concentró para eliminar los solventes, y el residuo se vació en agua y se extrajo con aostato de etilo. La capa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro y se filtró. El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 60% de acetato de etilo en hexano para dar un sólido blanco (514, 1.0 g, 84.4%). MS (ESI) [M+H+]+= 327.4.
Etapa 5 eparaci?n de ter-butiléster del ácido 3-(1 Bencilcarbamoil-3,5-dimetil-1H-pirazol-4-ilmetil)-pirrolo(2, 3-b]piridin- 1 -carboxilico (515) A ter-butiléster del ácido 3-(3,5-d¡metil-1 H-pirazol-4-ilmetil)-pirrolo[2,3-b]piridin-1-carboxílico (514, 60.0 mg, 0.18 mmol) en diclorometano (6.0 mL) se agregaron 1 ,8-diazabiciclo[5. 4.0]undec-7-eno (0.033 mL, 0.220 mmol) e isocianato de bencílo (29.4 mg, 0.220 mmol) bajo una atmósfera de nitrógeno. La reacción se agitó a temperatura ambiente durante 2 horas. La reacción se concentró y purificó por cromatografía de columna en gel de sílice eluyendo con 30% de acetato de etilo en hexano para dar el compuesto sin purificar (515, aprox. 50 mg) que se usó directe mente en la siguiente etapa. MS (ESI) [M+H+]+ = 460.5.
Etapa 6 - Ber cilamida del ácido 3,5-Dimetil-4-(1H-pirrolo[2,3-b]piridin-3-ilmetil)-pirazol-1-carboxílico (P-0084) Al ter-butiléster del ácido 3-(1-bencilcarbamoil-3,5-dimetil-1H-pirazol-4-¡lmetil)-pirrolo[2,3-b]pirid¡n-1 -carboxílico (515, 50.0 mg, 0.11 mmol) en diclorometano (6.0 mL) se agregó ácido trifluoroacético (0.20 mL, 2.6 mmol) bajo una atmósfera de nitrógeno. La reacción se agitó a temperatura ambiente durante 20 minutos. La reacción se vació en carbonato de potasio acuoso y se extrajo con acetato de etilo. La capa orgánica se secó sobre sulfato de sodio anhidro y se filtró.
El filtrado se concentró y purificó por cromatografía en columna de gel de sílice eluyendo con 30% de acetato e etilo en hexano para dar un sólido blanco (P-0084, 11.0 mg, 28.1%). MS (ESI) El electrófilo utilizado en lugar de isocianato de bencilo en la Etapa 5 se indica en la Columna 2 de la siguiente tabla, con la estructura del compuesto dada en la Columna 3. La Columna 1 proporciona el número del compuesto y la Columna 4 el resultado de la espectrometría de masas experimental.
I
Todas las patentes y otras referencias citadas en la especificación son indicativas del nivel de experiencia de aquellos experimentados en la técnica a la cual pertenece la invención, y se incorporan para referencia en sus totalidades, incluyendo cualesquiera tablas y figuras, en la misma magnitud como si cada referencia se hubiera incorporado para referencia en su totalidad en forma individual.
Un experto en la técnica puede apreciar fácilmente que la presente invención se adapta bien para obtener los fines y ventajas mencionados, así como también aquellos inherentes en la misma. Los métodos, variaciones, y composiciones descritos en la presente como representativos en la actualidad de las modalidades preferidas, son ejemplares y no se pretenden como limitaciones en el alcance de la invención. Los cambios en los mismos y otros usos se presentarán píira aquellos experimentados en la técnica, los cuales se abarcan dentro del espíritu de la invención, se definen por el alcance de las reivindicaciones.
Será fácilmente aparente para un experto en la técnica que diversas sustituciones y modificacion s pueden hacerse a la ¡nvención descrita en la presente sin apartarse del alcance y espíritu de la invención. Por ejemplo, pueden hacerse variaciones para proporcionar compuestos adicionales de la Fórmula I y/o diversos métodos de administración pueden usarse. De esta manera, tales modalidades adicionales se encuentran dentro del alcance de la presente invención y las siguientes reivindicaciones.
La invención descrita en forma ilustrativa en la presente puede practicarse en forma adecuada en ausencia de cualquier elemento o elementos, limitación o limitaciones las cuales no se describen específicamente en la presente. Los términos y expresiones que se han empleado se usan como términos de descripción y no de limitación, y no existe intención de que en el uso de tales términos y expresiones se excluyan cualesquiera equivalentes de las características mostradas y descritas o porciones de las mismas, pero se reconoce que diversas modificacione s son posibles dentro del alcance de la invención reclamada. De esta manera, debe entenderse que aunque la presente invención se ha descrito específicamente por modalidades preferidas y características opcionales, puede recurrirse a la modificación y variación de los conceptos descritos en la presente por aquellos experimentados en la técnica, y que tales modificaciones y variaciones se consideran dentro del alcance de esta ¡nvención según se define por las reivindicaciones anexas.
Además, donde las características o aspectos de la invención se describen en términos de gitupos Markush o otra agrupación de alternativas, aquellos con experiencia en la técnica reconocerán que la ¡nvención también se describe por consiguiente en términos de cualquier miembro individual o subgrupo de miembros del grupo Markush u otro grupo.
También, a menos que se indique lo contrario, donde diversos valores numéricos se proporcio?an para las modalidades, se describen modalidades adicionales al tomar cualesquiera valores diferentes como los puntos finales de un intervalo. Tales intervalos se encuentran taifibién dentro del alcance de la ¡nvención descrita.
De esta manera, las modalidades adicionales se encuentran dentro del alcance de la invención y 'dentro las siguientes reivindicaciones.
Claims (1)
- REIVINDICACIONES 1. Un compuesto tiene la siguiente estructura química: todas las sales, profármacos, tautómeros, e isómeros de los mismos, en donde: Xi es N o CR2, X2 es N o CR6, Y, es N o CR4, e Y2 es N o CR5, a condición de que, sin embargo, no sea más de uno de X2, Y-, e Y2 es N; L1 se selecciona del grupo que consiste de alquíleno inferior opcionalmente sustituido, -S-, -O-, -C(O)-, -C(S)-, -S(O)-, -S(0)2-, y -NR7-; L2 se selecciona del grupo que consiste de un enlace, alquileno inferior opcionalmente sustituido, -(alq|a-S-(alq)b-, -(alq)a-0-(alq)b-, -(alq)a-OC(0)-(alq)b-, -(alq)a-C(0)0-(alq)b-, -(alq)a-OC(S)-(alq)b-, -(alq)a-G(S)0-(alq)b-, -(alq)a-C(0)-(alq)b-, -(alq)a-C(S)-(alq)b-, -(alq)a-C(0)NR9-(alq)b-, -(alq)a-OC(0)NR9-(alq) -, -(alq)a-OC(S)NR9-(alq)b-. -(alq)a-C(S)NR9-(alq)b-, -(alq)a-S(0)-(alq)b-, -(alq)a-S(0)2-(alq)b-, -(alq)a-S(0)2NR9-(alq)b-, -(alq)a-NR9-(alq)b-, -(alq)a-NR9C(0)-(alq)b-, -(alq)a-NR9C(S)-(alq)b-, -(alq)a-NR9C(0)lvlR9-(alq)b-, -(alq)a-NR9C(S)NR9-(alq)b-, -(alq)a-NR9C(0)0-(alq)b-, -(alq)a-NR9C(S)0-(alq)b-, -(alq)a-NFl9S(0)2-(alq)b-, y -(alq)a-NR9S(0)2NR9-(alq)b-, en donde alq es alquileno de 1 a 3 átomos de carbono opcionalmente sustituido y a y b son independientemente 0 ó 1 ; R1 se selecciona del grupo que consiste de alquilo inferior opcionalmente sustituido, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido, y heteroarilo opcionalmente sustituido; R2, R4, R5 y R6 se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno, halógeno, alquilo inferior opcionalmente sustituido, alquenilo inferior opcionalmente sustituido, alquinilo inferior opcionalmente sustituido, cicloalquilo opcionalmente sustituido, hetrocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido, heteroarilo opcionalmente grupo que consiste de flúor, -OH, NH2, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, mono-alquilamino sustituido con flúor, dialquilamino, di-alquilamino sustituido con flúor, y -NR12R13, a condición de que, sin embargo, cuando R9 sea alquilo inferior sustituido, cualquier sustitución en el carbono de alquilo enlazado al -N- de NR9- es flúor; R10 y R11 en cada caso se seleccionan ¡ndependientemente del grupo que consiste de alquilo inferior « pcionalmente sustituido, alquenilo inferior opcionalmente sustituido, a condición de que , sin embargo, ningún carbono de alqueno del mismo se enlace al nitrógeno de NR10R11, alquinilo inferior opcionalmente sustituido, a condición de que, sin embargo, ningún carbono de alquino del mismo se enlaza al nitró?eno de NR10R11, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido, y heteroarilo opcionalmente sustituido; o R10 y R11 junto con el nitrógeno al cual están unidos forman un heterocicloalquilo opcionalmente sustituido de 5-7 miembros monocíclicos o un nitrógeno opcionalmente sustituido de 5 ó 7 miembros monocíclicos que contienen heteroarilo; y R12 y R13 combinados con el nitrógeno al cual están unidos forman un heterocicloalq?ilo de 5-7 miembros o un heterocicloalquilo de 5-7 miembros sustituido con uno o más sustituyentes Seleccionados del grupo que consiste de flúor, -OH, -NH2, alquilo inferior, alquilo ¡nferior sustituido con flúor, alcoxi ¡nferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltlo inferior, y alquiltio inferior sustituido con flúor; a condición de que, sin embargo cuando los compuestos tengan la estructura y L1a es -CH2-, -CH(OH)-, o -C(O)-, entonces R1a no es fenilo, 4-trifluorometil-fenilo, 4-metoxi-fenilo, 4-cloro-fenilo, 4-fluoro-fenilo, 4-metil-fenilo, 3-fluoro-fenilo o tiofen-2-ilo y compuestos que no tienen la estructura 4. El compuesto de conformidad con la reivindicación 3, caracterizado porque YT es CH y Rs es diferente de hidrógeno. 5. El compuesto de conformidad con la reivindicación 4, caracterizado porque LÍ es -CH2- o C(O)- i 6. El compuesto de conformidad con la reivindicación 3, caracterizado porque YÍ es CH y R5 es hidrógeno. I | 7. El compuesto de conformidad con la reivindicación 6, caracterizado porque Li es -CH2- o C(0)| I 8. El compuesto de conformidad con la reivindicación 2, caracterizado porque Y2 es -CH2- or C( )-. de conformidad con la reivindicación 8, caracterizado porque Y2 de conformidad con la reivindicación 1 1, caracterizado porque Li 13. El compuesto de conformidad con la reivindicación 1 , caracterizado porque 17 tiene la estructura química R todas las sales, profármacos, tautómeros, e isómeros de los mismos, en donde: V y W se seleccionan independientemente del grupo que consiste de N y CH; U y Z se seleccionan independientemente del grupo que consiste de N y CR ,1'8°, a condición de que, sin embargo, que no sean más de uno de W, U y Z es N; A se selecciona del grupo que consiste de -CR19R20-, -C(O)-, -C(S)-, -S-, -S(O)-, -S(0)2-, -NR2J, y -0-; n es 0 ó 1 ; F y J ambos son C o uno de F y J es C y el otro de F y J es N; E y K se seleccionan de C, N, O o S; G se selecciona de C o N; en donde cuando n es 1 , F y J son C, y E, G y K son C, o cualquiera de E, G y K es N y los otros dos de E, G y K son C, a condición de que cundo E, G o K es N, R 5, R17 y R16, respectivamente, se ausentan, cuando n es 0 y F y J ambos son C, entonces uno de E y K es C o N y el otro de E y K es C, N, O o S, a condición de que ambos E y K no sean C, y a condición de que cuando ambos E y K son N, uno de R15 y R16 se ausenta, y a condición de que cuando uno de E y K son N y el otro es O ty S, R15 y R16 se ausentan, cuando n es 0, uno de F y J es N y el otro de F y J es C, entonces uno de E y K es N y el otro de ? y K es C, o ambos E y K son C, a condición de que cuando E es N, R15 se ausenta y cuando K es N, R1ß se ausenta; R1 se selecciona del grupo que consiste de alquilo inferior opcionalmente sustituido, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido y heteroarilo opcionalmente sustituido; R15 se selecciona del grupo que consiste de hidrógeno, alquilo inferior opcionalmente! sustituido, -OR22, -SR22 y halógeno cuando E es C, se ausenta cuando E es O o S o cuando n=1 y E es N, y se ausenta o se selecciona del grupo que consiste de hidrógeno y alquilo ¡nferior opcionalmente sustituido cuando n=0 y E es N; «16 R se selecciona del grupo que consiste de hidrógeno, alquilo ¡nferior opcionalmente sustituido, -OR22, -SR22 y halógeno cuando K es C, se ausenta cuando K es O o S o cuando n=1 y K es N, y se ausenta o selecciona del grupo que consiste de hidrógeno y alquilo inferior opcionalmente sustituido cuando n=0 y K es N; R i 17 se selecciona del grupo que consiste de hidrógeno, alquilo inferior opcionalmenté sustituido, -OR22, -SR22 y halógeno cuando G es C, o se ausenta cuando G es N; R se selecciona del grupo que consiste de hidrógeno, halógeno, alquilo inferior opcionalmente: sustituido, arilo opcionalmente sustituido, heteroarilo opcionalmente sustituido, -OH, 241-, 25 ,23 CN, -NHC(0)NH2, -NHC(S)NH2, -NHS(0)2NH2, -NR¿,R , -NHR", -OR", -SR ,2"3 -NH2, -N02, ,23, ,23 ,23 -NHC(0)R23, -NR"C(0)R" -NHC(S)R", -NR ,2"3,C(S)R ,2"3, -NHS(0)2R ,2"3, -NR23S(0)2R23, -NHC(0)NHR' 33 -NR23C(0)NH2, -NR23C(0)NHR23, -NHC(0)NR23R23, -NR23C(0)NR23R23' .29 -.23, ,23 -NHC(S)NHR -NR"C(S)NH2, -NR"C(S)NHR ,23 , -NHC(S)NR 2"3DR23 , -NR"C(S)NR 32"3DR23 -NHS(0)2NHR *3, -NR-23S(0)2NH2, -NR23S(0)2NHR23, -NHS(0)2NR23R23, y -NR23S(0)2NR23R23; M se selecciona del grupo que consiste de un enlace, -(CR19R2)U, -(CR19R20),C(O)-(CR19R20)s-, -(CR19R20)rC(S)-(CR19R20)s-, -(CR19R20),-C(O)O-(CR19R20)s-, -(CR19R20),-C(S)O-(CR19R20)s-, -(CR19R20)t-C(O)NR26-(CR19R20)s-, -(CR19R20),-C(S)NR2ß-(CR19R20)s-, -(CR19R20),-S(O)2NR26-(CR19R20)s-, -(CR19R20)rO-(CR19R20)s-, -(CR19R20),-OC(O)-(CR19R20)Sl -(CR19R20)t-OC(S)-(CR19R20)s-, -(CR 9R20)rOC(O)NR26-(CR19R20)s-, -(CR19R20)t-OC(S)NR26-(CR19R20)s-, -(CR19R20)t-S-(CR19R20)s-, -(CR19R2ü)t-NR26-(CR19R20)s-, -(CRlsR¿u)t-NR¿0C(0)-(C -(CR19R20),-NR26C(O)O-(CR19R20)s, -(CR19R 0),-NR26C(S)O-(CR19R20)s , -(CR19R20),.-NR26C(O)NR26.(CR19R20)s-, -(CR 9R20),-NR26C(S)NR2ß-(CR19R20)s-, -(CR19R20),-NR26S(O)2-(CR19R20)s-, y -(CR19R20),-NR26S(O)2NR26-(CR19R20)s-; en donde R19 y R20 en cada caso se seleccionan independientemente del grupo que consiste de hidrógeno, flúor, -OH, -NH2, alquilo ¡nferior, alcoxi ¡nferior, alquiltio inferior, mono-alquilamino, d Ji alquilamino, y NR ,27r R,28 , en donde la o las cadenas de alquil de alquilo inferior, alcoxi inferior, alquiltio inferior, mono-alquilamino, o dí-alquilamino se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyer tes seleccionados del grupo que consiste de flúor, -OH, -NH2, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino; o cualquiera de los dos de R19 y R20 en los mismos o diferentes carbonos combinados para formar un cicloalquilo monocíclico de 3-7 miembros o heterocicloalquilo monocíclico de¡ 5-7 miembros y algún otro de R19 y R20 se seleccionan independientemente del grupo que con siste de hidrógeno, flúor, -OH, -NH2, alquilo inferior, alcoxi ¡nferior, alquiltio inferior, mono-alquilam no, di-alquilamino, y -NR27R28, en donde la o las cadenas de alquilo de alquilo ¡nferior, alcoxi inferior, alquiltio inferior, mono-alquilamino, o dí-alquilamino se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, -OH, -NH2, alcoxi ¡nferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio ¡nferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino, y en donde el cicloalquilo monocíclico o heterocicloalquilo monocíclico se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes s sleccionados del grupo que consiste de halógeno, -OH, -NH2, alquilo ¡nferior, alquilo inferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor.'alquiltio ¡nferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino y cicloalquilamino; R21 y R22 en cada caso son independientemente hidrógeno o alquilo inferior opcionalmente sustituido; R23 en cada caso se selecciona independientemente del grupo que consiste de alquilo inferior opcionalmente sustituido, alquenilo inferior opcionalmente sustituido, a condición de que, sin embargo, ningún carbono de alqueno del mismo se enlace a cualquiera de -C(O)-, -C(S)-, -S(0)2-, -O-, -S-, o -N- de cualquiera de -NHR23, -OR23, -SR23, -NHC(0)R23, -NR23C(0)R23, -NHC(S)R23, NR23C(S)R23' -NHS(0)2R23, -NR23S(0)2R23, -NHC(0)NHR23, -NR23C(0)NH2, 23 ,23n23 -NR23C(0)NHRj NHC(0)NR"R , -NR"C(0)NR"R" -NHC(S)NHR 2"3, -NR ,2"3C, (S)NH2, -NR23C(S)NHR -NHC(S)NR23R23, -NR23C(S)NR23R23, -NHS(0)2NHR23, -NR23S(0)2NH2, NR23S(0)2NHR", -NHS(0)2NR 32"3RD2"3, o -NR ,2"3S(0)2NR"R", alquinilo ¡nferior opcionalmente sustituido, a condición de que, sin embargo, ningún carbono de alquileno del mismo se enlace a cualquiera de -C(O)-, -C(S)-, -S(O)-, -S(0)2-, -O-, -S-, o -N- de cualquiera de -NHR23, -OR23, -SR23, -NHC(0)R 23 , -NR23C(0)R , -NHC(S)R2 -NR23C(S)R2 -NHS(0)2R23, -NR23S(0)2R23, 23, ,23 ,23 -NHC(0)NHR: 23 -NR"C(0)NH2, -NR ^"C(0)NHR , -NHC(0)NR 2"3DR23 , -NR ,2"3C, (0)NR ,2"3rR- -NHC(S)NHR: 23 -NR23C(S)NH2, -NR23C(S)NHR23, -NHC(S)NR23R23, -NR23C(S)NR23R23' -NHS(0)2NHR 2$ , -NR23S(0)2NH2, -NR23S(0)2NHR23, -NHS(0)2NR23R23, o -NR23S(0)2NR23R23, cicloalquilo qpcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido, y heteroarilo opcionalmente sustituido; R24 y R25 en cada caso se seleccionan ¡ndependientemente del grupo que consiste de alquilo inferior opcionalmente sustituido, alquenilo inferior opcionalmente sustituido, a condición de que, sin embargo, ningún carbono de alqueno del mismo se enlace al nitrógeno de -NR24R25 alquinilo inferior opcionalmente sustituido, a condición de que, sin embargo, ningún carbono de alquileno del mismo se enlace al nitrógeno de -NR24R25, cicloalquilo opcionalmente sustituido, heterocicloalquilo opcionalmente sustituido, arilo opcionalmente sustituido, y heteroarilo opcionalmente sustituido; o R24 y R25 junto con el nitrógeno al cual están unidos forman un heteroclcloalquílo opcionalmente sustituido de 5-7 miembros monocíclico o un nitrógeno opcionalmente sustituido de 5 ó 7 miembros monocíclico que contienen heteroarilo; R26 en cada caso se selecciona ¡ndependientemente del grupo que consiste de hidrógeno, alquilo ¡nferior, y alquilo inferior sustituido con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, -OH, -NH2, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferió ', alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, mono-alquilamino sustituido con flúor, di-a quilamino, di-alquilamino sustituido con flúor, y -NR27R28, a condición de que, sin embargo, cuando R26 es alquilo inferior sustituido, cualquier sustitución en el alquilo ¡nferior del enlace de carbono en el -N- de -NR26- es flúor; R27 y R28 combinados con el nitrógeno al cual están unidos para formar un heterocicloalquilo de 5-7 miembros o un heterocicloalquílo de 5-7 miembros sustituido con uno o más sustítuyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, -OH, -NH2, alquilo ¡nferior, alquilo inferior sustitu do con flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, y alquiltio inferió- sustituido con flúor; u es 1-6; t es 0-3; y s es 0-3; a condición de que cuando V, W, U y Z son CH, n=1 , E, F, G, J, y K son C, R15, R16 y R17 son H, A es -CH2-, -CH(OH)-, o -C(O)-, y M es — NHCH2-, entonces R1 no es fenilo, 4-trifluorometil-fenilo, 4-metoxi-fenilo, 4-cloro-fenilo, 4-fluoro-fenilo, 4-metil-fenilo, 3-fluoro-fenilo o tiofen-2-ilo, cuando V, W, U y Z son CH, n=1 , E, F, G, J, y K son C, R15,R16 y R17 son H, y A es CH2-, entonces M-R1 no es — NHCH2CH(CH3)2, cuando V, W, y U son CH, n=1 , E, F, G, J, y K son C, R15 R1ß y R17 son H, A es -CH2-, M-R1 es -OCH3, y Z es CR18, entonces R18 no es tiofen-3-ilo, y cuando V, W, y U son CH, n=0, F, J, y K son C, E es N, R15 es CH3, R1ßes H, A es — C(O)-, M-R1 es — CH(CH3)3, y Z es CR18, entonces R18 no es 3-((E)-2-carboxi-vinil)fehilo. 14. Un compuesto de conformidad con la reivindicación 13, caracterizado porque V y W son CH. 15. Un compuesto de conformidad con la reivindicación 14, caracterizado porque U 18 y Z son independientemente CR 16. Un compuesto de conformidad con la reivindicación 15, caracterizado porque n es 1. 17. Un compuesto de conformidad con la reivindicación 16, caracterizado porque G y K son C. 118. Un compuesto de conformidad con la reivindicación 17, caracterizado porque E es N. 19. Un compuesto de conformidad con la reivindicación 17, caracterizado porque E es C. n 1 , caracterizado porque tiene la todas las sales, profármacos, tautómeros, e isómeros de los mismos, en donde: Z se selecciona del grupo que consiste de N y CR34; Ui se selecciona del grupo que consiste de N y CR35; A, se selecciona del grupo que consiste de -CH2- y -C(O)-; M3 se selecciona del grupo que consiste de un enlace, -NR39-, -S-, -O-, -NR39CH2-, ,39 ,39 -NR39CH(R40)-,| -SCH2-, -OCH2-, -C(0)NR -, -S(0)2NR -, -CH2NR 39 -, -CH(R 34,0??)MNrR-,39 -, -NRjaC(0)-, N es O ó 1 ; v es O, 1 , 2 6 3; Fi y Ji ambos son C o uno de Fi y ^ es C y el otro de F, y Ji es N; E, y K, se seleccionan de C, N, O o S; G, se selecciona de C o N; en donde cuando n es 1 , F, y ^ son C, y EL G, y Ki son C, o cualquiera de Ei, GÍ y K^ es N y los otros dos de E^ Gi y Ki son C, a condición de que cuando EL GÍ O KI es N, R36, R37 y R38 respectivamente, se ausentan Cuando n es 0 y F, y Ji ambos son C, entonces uno de Ei y K, es C o N y el otro de E, y K es C, N, O o S, a condición de que ambos E, y K, no sean C, y a condición de que cuando ambos Ei y K, son N, uno de R36 y R37 se ausenta, y a condición de que cuando uno de E? y «! son N y el otro es O o S, R36 y R37 se ausentan, opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio inferior, alquíltio ¡nferior sustituido con flúor, mono-alquilapriino, di-alquilamino, y cicloalquilamino. 21. El compuesto de conformidad con la reivindicación 20, caracterizado porque cada R45 se selecciona del grupo que consiste de -OH, -NH2, -CN, -N02, halógeno, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, tioalquílo inferior, tíoalquilo inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamíno y cicloalquilaminp, R34 y R35 se seleccionan independientemente a partir del grupo que consiste de hidrógeno, -OR41, halógeno, alquilo ¡nferior, cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo y heteroarilo, en donde el cicloalquilo, heterocicloalquilo, arilo, y heteroarilo se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de -OH, -NH2, -CN, N02, -S(0)2NH2, -C(0)NH2, -OR , -SR , -NHR , -NR*¿R , -NRoaC(0)R , -NRjaS(0)2R ,42 , -S(0)2R42, halófaeno, alquilo ¡nferior, alquilo inferior sustituido con flúor, y cicloalquilamino; y en donde el alquilo ¡nferior se sustituye opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquillio inferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, cicloalquilo y cicloalquilamino; 22. El compuesto de conformidad con la reivindicación 21 , caracterizado porque v es 0, 1 , ó 2. ?23. El compuesto de conformidad con la reivindicación 22, caracterízado porque n es 1 , y Gi y Ki son C. 24. El compuesto de conformidad con la reivindicación 23, caracterizado porque Ei 25. El compuesto de conformidad con la reivindicación 23, caracterizado porque Ei 26. El compuesto de conformidad con la reivindicación 25, caracterizado porque ,39 9, M3 se selecciona del grupo que consiste de, -NR -, -O-, -NR ,3°98, ,3 CH2-, -NRJBCH(R ,4WCK)-, -SCH2-, -OCH2-, -CH2N¡F -NR39C(0)-, y -NR39S(0)2-. 27. El compuesto de conformidad con la reivindicación 26, caracterizado porque M3 se selecciorjia del grupo que consiste de -NR39CH2-, -NR39CH(R40)-, -SCH2-, -OCH2-, y -CH2NR 39 ¡ 28. El compuesto de conformidad con la reivindicación 27, caracterizado porque ambos de R34 y R35 son hidrógeno. 29. El compuesto de conformidad con la reivindicación 27, caracterizado porque uno de R34 y R35 es hidrógeno, y el otro de R34 y R35 se seleccionan independientemente a partir del grupo que consiste de hal?geno, alquilo ¡nferior, alcoxi inferior, arilo y heteroarilo, en donde el arilo, y heteroarilo se sustituyen opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de -OH, -NH2, -CN, N02, -S(0)2NH2, -C(0)NH2, -OR42, -SR42, -NHR42, -NR42R42, -NR39C(0)R42, -NR39S(0)2R42, -S(0)2R42, halóc eno, alquilo inferior, alquilo inferior sustituido con flúor, y cicloalquilamino; y en donde el alquilo ¡nferior y alcoxi inferior se sustituye opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, alcoxi ¡nferior, alcoxi ¡nferior sustituido con flúor, alquiltio ¡nferior, alquiltio inferior sustituido con flúor, mono-alquilamíno, di-alquilamino, y cicloalquilamino; 30. El compuesto de conformidad con la reivindicación 29, caracterizado porque R es hidrógeijio. 31. El compuesto de conformidad con la reivindicación 29, ! caracterizado porque uno de R34 y R35 es hidrógeno, y el otro de R34 y R35 se seleccionan independientemente a partir del grupo que consiste de halógeno, alquilo inferior, y alcoxi inferior, en donde el alquilo inferior y alcoxi ¡nferior se sustituye opcionalmente con uno o más sustituyentes seleccionados del grupo que consiste de flúor, alcoxi inferior, alcoxi inferior sustituido con flúor, alquiltio ¡nferior, alquiltio ¡nferior sustituido con flúor, mono-alquilamino, di-alquilamino, y cicloalquilamino; |32. El compuesto de conformidad con la reivindicación 31 , caracterizado porque R ,34 es hidrógeno. |33. Una composición caracterizada porque comprende: un portador farmacéuticamente aceptable; y un compuesto de conformidad con la reivindicación 1 , 34. Una composición caracterizada porque comprende: jn portador farmacéuticamente aceptable; y jn compuesto de conformidad con la reivindicación 13, 35. Una composición caracterizada porque comprende: un portador farmacéuticamente aceptable; y un compuesto de conformidad con la reivindicación 20, 36. Un método para tratar a un sujeto que sufre de o está en riesgo de una enfermedad o condición mediada por c-kit o c-fms, que comprende administrar a un sujeto una cantidad efectiva de un compuesto de conformidad con la reivindicación 1. I 37. Un método para tratar a un sujeto que sufre de o está en riesgo de una enfermedad o condición mediada por c-kit o c-fms, que comprende administrar a un sujeto una cantidad efectiva de un compuesto de conformidad con la reivindicación 13. 38. Un método para tratar a un sujeto que sufre de o está en riesgo de una enfermedad o condición mediada por c-kit o c-fms, que comprende administrar a un sujeto una cantidad efectiv a de un compuesto de conformidad con la reivindicación 20. 39. El método de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 36-38, caracterizado p rque el compuesto se aprueba para la administración a un humano. 40. El método de conformidad con la reivindicación 39, caracterizado porque la enfermedad o condición se selecciona del grupo que consiste de tumores de tumores de mastocito, cáncer de pulmón de célula pequeña, cáncer testicular y algunos cánceres del tracto gastrointestinal, glioblastoma, astrocitoma, neuroblastoma, carcinomas del tracto genital femenino, sarcomas de origen neuroectodérmico, carcinoma colorectal, carcinoma in situ, neoplasia de célula de Schwann asociada con neurofibromatosis, leucemia mielocítica aguda, leucemia linfocítica aguda, leucemia mielogenosa crónica, mieloma múltiple, mastocitosis, melanoma, cáncer de mama, cáncer ovárico, tumores de mastocito de canino, hipertrofia, asma, artritis reumatoide, rinitis alérgica, esclerosis múltiple, síndrome de inflamación del intestino, rechazo de transplante e hipereosinofilia, lupus eritematoso sistémico, granulomatosis de Wegener, Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica, enfisema, aterosclerosis, resistencia a insulina, hiperglicemia, lipólisis, hipereosinofilia, osteoporosis, riesgo incrementado de fractura, hipercalcemia, metástasis ósea, glomerulonefritis, nefritis intersticial, nefritis de Lupus, necrosis tubular y complicaciones renales asociadas con diabetes e hipertrofia. 41. Un kit que comprende una composición de conformidad con cualquiera de las reivindicaciones 33-35. 42. El kit de conformidad con la reivindicación 41 , caracterizado porque la composición sf aprueba para una indicación médica seleccionada a partir del grupo que consiste de de tumores de tumores de mastocito, cáncer de pulmón de célula pequeña, cáncer testicular y algunos cánceres del tracto gastrointestinal, glioblastoma, astrocitoma, neuroblastoma, carcinomas del tracto genital femenino, sarcomas de origen neuroectodérmico, carcinoma colorectal, carcinoma ¡n situ, neoplasia de célula de Schwann asociada con neurofibromatosis, leucemia mielocítica aguda, leucemia linfocítica aguda, leucemia míelogenosa crónica, mieloma múltiple, mastocitosis, njielanoma, cáncer de mama, cáncer ovárico, tumores de mastocito de canino, hipertrofia, asma, artritis reumatoide, rinitis alérgica, esclerosis múltiple, síndrome de inflamación del intestino, rechazo de transplante e hipereosinof?lia, lupus eritematoso sistémico, granulomatosis de Wegener, Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica, enfisema, aterosclerosis, resistencia a insulina, hiperglicemia, lipólisis, hipereosinofílía, osteoporosis, riesgo incrementado de fractura, hiperccilcerpia, metástasis ósea, glomerulonefritís, nefritis intersticial, nefritis de Lupus, necrosis tubular y complicaciones renales asociadas con diabetes e hipertrofia.
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