KR20250028508A - 큐론을 포함하는 조성물 및 그의 용도 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 일반적으로 큐론의 약제학적 조성물 및 제제, 및 그의 용도에 관한 것이다.
Description
관련 출원
본 출원은 2017년 6월 13일자 출원된 미국 특허 제62/518,898호, 2017년 12월 11일자 출원된 미국 특허 제62/597,387호 및 2018년 5월 25일자 출원된 미국 특허 제62/676,730호에 대한 우선권을 주장하며, 이들 출원 각각은 그의 전문이 본원에 참조로 포함된다.
서열 목록
본 출원은 ASCII 형식으로 전자 제출된 서열 목록을 포함하며, 그의 전문이 본원에 참조로 포함된다. 2018년 6월 13일자 생성된 상기 ASCII 카피는 명칭이 V2057-7000WO_SL.txt이며, 1,066,292 바이트 크기이다.
치료제를 운반하기 위한 기존의 바이러스 시스템은 질병 또는 장애와 연관될 수 있으며 고도로 면역원성일 수 있는 바이러스를 사용한다. 실질적으로 비-면역원성이며 비-병원성인 개선된 운반 비히클이 해당 분야에 필요하다.
선행기술문헌 목록
- 선행문헌 1: Kincaid et al., "A Human Torque Teno Virus Encodes a MicroRNA That Inhibits Interferon Signaling," PLOS PATHOGENS, vol. 9, no. 12 (2013.12.19.)
- 선행문헌 2: Johanna et al., "Potential implication of new torque teno mini viruses in parapneumonic empyema in children," EUROPEAN RESPIRATORY JOURNAL, VOL. 42, NR. 2 (2013.8.)
- 선행문헌 3: US 6 395 472 B1 (2002.5.28.)
- 선행문헌 4: Jianming et al., "Human circovirus TT virus genotype 6 expresses six proteins following transfection of a full-length clone," JOURNAL OF VIROLOGY, THE AMERICAN SOCIETY FOR MICROBIOLOGY, US, vol. 79, no. 10 (2005.5.1.)
- 선행문헌 5: Shigeo et al., "Torque teno virus (TTV): current status," REVIEWS IN MEDICAL VIRO, CHICHESTER, GB, vol. 17, no. 1 (2007.1.1.)
본 개시내용은 예를 들어, 치료제를 진핵 세포로 운반하기 위한 운반 비히클로서 사용될 수 있는 큐론(curon), 예를 들어, 합성 큐론을 제공한다. 일부 실시형태에서, 큐론은 단백질성 외부에 캡슐화된 유전 요소를 포함하는 입자를 포함하며, 이는 유전 요소를 세포(예를 들어, 인간 세포) 내로 도입할 수 있다. 일부 예에서, 유전 요소는 페이로드(payload)를 포함하며, 예를 들어, 그것은 세포에서 발현되는 외인성 이펙터(예를 들어, 핵산 이펙터, 예컨대 비-코딩 RNA 또는 폴리펩티드 이펙터, 예를 들어, 단백질)를 인코딩한다. 예를 들어, 큐론은 세포와 접촉하고, 외인성 이펙터를 인코딩하는 유전 요소를 세포 내로 도입하여, 외인성 이펙터가 세포에 의해 제조되거나 발현되게 함으로써 외인성 이펙터를 세포 내로 운반할 수 있다. 외인성 이펙터는 일부 예에서 세포의 기능을 조절하거나, 세포 내에서 표적 분자의 활성 또는 수준을 조절할 수 있다. 예를 들어, 외인성 이펙터는 (예를 들어, 실시예 22에 기재된 바와 같이) 암 세포의 생존력을 감소시키거나, (예를 들어, 실시예 3 및 4에 기재된 바와 같이) 세포 내에서 표적 단백질, 예를 들어, 인터페론의 수준을 감소시킬 수 있다. 또 다른 예에서, 외인성 이펙터는 (예를 들어, 실시예 9에 기재된 바와 같이) 세포에 의해 발현되는 단백질일 수 있다.
합성 큐론은 야생형 바이러스에 비하여 적어도 하나의 구조적 차이, 예를 들어, 야생형 바이러스에 비하여 결실, 삽입, 치환, 효소적 변형을 갖는다. 일반적으로, 합성 큐론은 유전 요소 또는 거기에 인코딩되는 이펙터(예를 들어, 외인성 이펙터 또는 내인성 이펙터)(예를 들어, 폴리펩티드 또는 핵산 이펙터)를 진핵 세포 내로 운반하기 위한 실질적으로 비-면역원성인 비히클로서 사용될 수 있는 단백질성 외부 내에 봉입된(enclosed) 외인성 유전 요소를 포함한다. 큐론은 예를 들어, 치료제를 요망되는 세포 또는 조직에 운반함으로써 질병 및 장애의 치료를 위해 사용될 수 있다. 본 개시내용의 합성 큐론의 유전 요소는 환형 단일-가닥 DNA 분자일 수 있으며, 일반적으로 단백질성 외부 또는 이에 부착된 폴리펩티드에 결합하는 단백질 결합 서열을 포함하며, 이는 단백질성 외부 내의 유전 요소의 봉입 및/또는 단백질성 외부 내의 다른 핵산에 비한 유전 요소의 농축을 용이하게 할 수 있다.
일 양태에서, 본 발명은 (i) 프로모터 요소, 외인성 이펙터(예를 들어, 페이로드)를 인코딩하는 서열 및 단백질 결합 서열(예를 들어, 외부 단백질 결합 서열, 예를 들어, 패키징 신호)을 포함하는 유전 요소를 포함하는 합성 큐론을 특징으로 한다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 단일-가닥 DNA이다. 대안적으로 또는 조합하여, 유전 요소는 하기의 특성 중 하나 또는 둘 모두를 갖는다: 환형이고/환형이거나, 세포에 유입되는 유전 요소의 약 0.001%, 0.005%, 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5% 또는 2% 미만의 빈도로 진핵 세포의 게놈 내로 통합됨; 및 (ii) 단백질성 외부. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 단백질성 외부 내에 봉입된다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있다.
일 양태에서, 본 발명은 (i) 프로모터 요소 및 외인성 이펙터(예를 들어, 페이로드)를 인코딩하는 서열, 및 단백질 결합 서열(예를 들어, 외부 단백질 결합 서열)을 포함하는 유전 요소; 및 (ii) 단백질성 외부를 포함하는 합성 큐론을 특징으로 하며, 유전 요소는 단백질성 외부 내에 봉입되며, 합성 큐론은 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 야생형 아넬로바이러스(Anellovirus)의 서열(예를 들어, 야생형 토르크 테노(Torque Teno) 바이러스(TTV), 토르크 테노 미니 바이러스(TTMV) 또는 TTMDV 서열, 예를 들어, 표 1, 3, 5, 7, 9, 11 또는 13 중 임의의 것에 열거된 것과 같은 야생형 아넬로바이러스 서열)과 적어도 75%(예를 들어, 적어도 75, 76, 77, 78, 79, 80, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 갖는 핵산 서열(예를 들어, 300 내지 4000개 뉴클레오티드, 예를 들어, 300 내지 3500개 뉴클레오티드, 300 내지 3000개 뉴클레오티드, 300 내지 2500개 뉴클레오티드, 300 내지 2000개 뉴클레오티드, 300 내지 1500개 뉴클레오티드의 핵산 서열)을 포함한다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 야생형 아넬로바이러스의 서열(예를 들어, 야생형 토르크 테노 바이러스(TTV), 토르크 테노 미니 바이러스(TTMV) 또는 TTMDV 서열, 예를 들어, 표 1, 3, 5, 7, 9, 11, 또는 13 중 임의의 것에 열거된 것과 같은 야생형 아넬로바이러스 서열)과 적어도 75%(예를 들어, 적어도 75, 76, 77, 78, 79, 80, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 갖는 핵산 서열(예를 들어, 적어도 300개 뉴클레오티드, 500개 뉴클레오티드, 1000개 뉴클레오티드, 1500개 뉴클레오티드, 2000개 뉴클레오티드, 2500개 뉴클레오티드, 3000개 뉴클레오티드 또는 그 이상의 핵산 서열)을 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 대상체에서의 질병 또는 장애의 치료 방법을 특징으로 하며, 당해 방법은 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 큐론, 예를 들어, 합성 큐론을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 큐론은 (i) 프로모터 요소 및 이펙터, 예를 들어, 페이로드를 인코딩하는 서열, 및 외부 단백질 결합 서열을 포함하는 유전 요소를 포함한다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 단일-가닥 DNA이며, 유전 요소는 환형이고/환형이거나 세포에 유입되는 유전 요소의 약 0.001%, 0.005%, 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5% 또는 2% 미만의 빈도로 통합되며; (ii) 단백질성 외부; 유전 요소는 단백질성 외부 내에 봉입되며; 큐론은 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있다.
일 양태에서, 본 발명은 세포, 조직 또는 대상체로 페이로드를 운반하는 방법을 특징으로 하며, 당해 방법은 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 큐론, 예를 들어, 합성 큐론을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하며, 큐론은 페이로드를 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 큐론은 (i) 프로모터 요소 및 이펙터, 예를 들어, 페이로드를 인코딩하는 서열, 및 외부 단백질 결합 서열을 포함하는 유전 요소를 포함한다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 단일-가닥 DNA이며, 유전 요소는 환형이고/환형이거나 세포에 유입되는 유전 요소의 약 0.001%, 0.005%, 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5% 또는 2% 미만의 빈도로 통합되며; (ii) 단백질성 외부; 유전 요소는 단백질성 외부 내에 봉입되며; 큐론은 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있다. 실시형태들에서, 페이로드는 핵산이다. 실시형태들에서, 페이로드는 단백질이다.
일 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된, 예를 들어, 본원의 임의의 양태(예를 들어, 이전의 양태)의 합성 큐론을 세포, 예를 들어, 진핵 세포, 예를 들어, 포유동물 세포와 접촉시키는 단계를 포함하는, 세포로 합성 큐론을 운반하는 방법을 특징으로 한다.
일 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 바와 같은 큐론(예를 들어, 합성 큐론)을 포함하는 약제학적 조성물을 특징으로 한다. 실시형태들에서, 약제학적 조성물은 약제학적으로 허용되는 담체 또는 부형제를 추가로 포함한다. 실시형태들에서, 약제학적 조성물은 킬로그램당 약 105 내지 1014 게놈 당량의 큐론을 포함하는 용량을 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 프로모터 요소 및 이펙터, 예를 들어, 페이로드를 인코딩하는 서열, 및 외부 단백질 결합 서열을 포함하는 유전 요소를 포함하는 핵산 분자를 특징으로 한다. 실시형태들에서, 유전 요소는 단일-가닥 DNA이며, 유전 요소는 환형이고/환형이거나 세포에 유입되는 유전 요소의 약 0.001%, 0.005%, 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5% 또는 2% 미만의 빈도로 통합된다. 실시형태들에서, 이펙터는 TTV로부터 기원하지 않으며, SV40-miR-S1이 아니다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 TTMV-LY의 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하지 않는다. 실시형태들에서, 프로모터 요소는 진핵 세포 내에서 이펙터의 발현을 지시할 수 있다.
일 양태에서, 본 발명은 (i) 프로모터 요소 및 이펙터, 예를 들어, 페이로드를 인코딩하는 서열로서, 이펙터가 야생형 아넬로바이러스 서열에 비하여 외인성인 서열; (ii) 야생형 아넬로바이러스 서열에 대하여 적어도 75%(예를 들어, 적어도 75, 76, 77, 78, 79, 80, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 갖는 적어도 72개의 인접 뉴클레오티드(예를 들어, 적어도 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 90, 100 또는 150개의 뉴클레오티드); 또는 야생형 아넬로바이러스 서열에 대하여 적어도 72%(예를 들어, 적어도 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 갖는 적어도 100개(예를 들어, 적어도 300, 500, 1000, 1500개)의 연속 뉴클레오티드; 및 (iii) 단백질 결합 서열, 예를 들어, 외부 단백질 결합 서열 중 1, 2 또는 3개를 포함하는 유전 요소를 특징으로 하며, 핵산 구축물은 단일-가닥 DNA이며; 핵산 구축물은 환형이고/환형이거나 세포에 유입되는 유전 요소의 약 0.001%, 0.005%, 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5% 또는 2% 미만의 빈도로 통합된다.
일 양태에서, 본 발명은 하기를 포함하는 합성 큐론 조성물의 제조 방법을 특징으로 한다:
a) 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 큐론, 예를 들어, 합성 큐론의 하나 이상의 성분(예를 들어, 모든 성분)을 포함하는, 예를 들어, 발현하는 숙주 세포를 제공하는 단계;
b) 숙주 세포로부터 큐론의 제제를 생성하여, 그에 의해 합성 큐론의 제제를 제조하는 단계로서, 제제의 합성 큐론이 단백질성 외부, 및 프로모터 요소, 외인성 이펙터(예를 들어, 페이로드)를 인코딩하는 서열 및 단백질 결합 서열(예를 들어, 외부 단백질 결합 서열, 예를 들어, 패키징 신호)을 포함하는 유전 요소를 포함하는 단계; 및
c) 예를 들어, 대상체로의 투여에 적합한 약제학적 조성물로서, 합성 큐론의 제제를 제형화하는 단계.
일 양태에서, 본 발명은 a) 복수의 본원에 기재된 합성 큐론 또는 본원에 기재된 약제학적 조성물을 제공하는 단계; 및 b) 합성 큐론을 예를 들어, 대상체로의 투여에 적합한 약제학적 조성물로서 제형화하는 단계를 포함하는 합성 큐론 조성물의 제조 방법을 특징으로 한다.
일 양태에서, 본 발명은 합성 큐론을 포함하는 숙주 세포, 예를 들어, 제1 숙주 세포 또는 생성자 세포(예를 들어, 도 12에 나타낸 바와 같음), 예를 들어, 제1 숙주 세포의 집단의 제조 방법을 특징으로 하며, 당해 방법은 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이 유전 요소를 숙주 세포에 도입하는 단계 및 숙주 세포를 합성 큐론의 생성에 적합한 조건 하에 배양하는 단계를 포함한다. 실시형태들에서, 방법은 헬퍼, 예를 들어, 헬퍼 바이러스를 숙주 세포에 도입하는 단계를 추가로 포함한다. 실시형태들에서, 도입하는 단계는 합성 큐론을 사용한 숙주 세포의 트랜스펙션(예를 들어, 화학적 트랜스펙션) 또는 전기천공법을 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 합성 큐론을 포함하는 숙주 세포, 예를 들어, 제1 숙주 세포 또는 생성자 세포(예를 들어, 도 12에 나타낸 바와 같음)를 제공하는 단계 및 숙주 세포로부터 큐론을 정제하는 단계를 포함하는 합성 큐론의 제조 방법을 특징으로 한다. 일부 실시형태에서, 당해 방법은 제공하는 단계 이전에, 숙주 세포를 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 합성 큐론과 접촉시키는 단계 및 숙주 세포를 합성 큐론의 생성에 적합한 조건 하에서 인큐베이션시키는 단계를 추가로 포함한다. 실시형태들에서, 숙주 세포는 상기 숙주 세포의 제조 방법에 기재된 제1 숙주 세포 또는 생성자 세포이다. 실시형태들에서, 숙주 세포로부터 큐론을 정제하는 단계는 숙주 세포를 용해시키는 것을 포함한다.
일부 실시형태에서, 당해 방법은 제1 숙주 세포 또는 생성자 세포에 의해 생성되는 합성 큐론을 제2 숙주 세포, 예를 들어, 허용 세포(예를 들어, 도 12에 나타낸 바와 같음), 예를 들어, 제2 숙주 세포의 집단과 접촉시키는 제2 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 당해 방법은 제2 숙주 세포를 합성 큐론의 생성에 적합한 조건 하에 인큐베이션시키는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 당해 방법은 제2 숙주 세포로부터 합성 큐론을 정제하여, 예를 들어, 그에 의해, 큐론 씨드 집단을 생성하는 단계를 추가로 포함한다. 실시형태들에서, 제1 숙주 세포의 집단으로부터보다 제2 숙주 세포의 집단으로부터 적어도 약 2 내지 100배 이상의 합성 큐론이 생성된다. 실시형태들에서, 제2 숙주 세포로부터 큐론을 정제하는 단계는 제2 숙주 세포를 용해시키는 것을 포함한다.
일부 실시형태에서, 당해 방법은 제2 숙주 세포에 의해 생성되는 합성 큐론을 제3 숙주 세포, 예를 들어, 허용 세포(예를 들어, 도 12에 나타낸 바와 같음), 예를 들어, 제3 숙주 세포의 집단와 접촉시키는 제2 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 당해 방법은 제3 숙주 세포를 합성 큐론의 생성에 적합한 조건 하에 인큐베이션시키는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 당해 방법은 제3 숙주 세포로부터 합성 큐론을 정제하여, 예를 들어, 그에 의해 큐론 원액(stock) 집단을 생성하는 단계를 추가로 포함한다. 실시형태들에서, 제3 숙주 세포로부터 큐론을 정제하는 단계는 제3 숙주 세포를 용해하는 것을 포함한다. 실시형태들에서, 제2 숙주 세포의 집단으로부터보다 제3 숙주 세포의 집단으로부터 적어도 약 2 내지 100배 이상의 합성 큐론이 생성된다.
일부 실시형태에서, 당해 방법은 큐론 씨드 집단 또는 큐론 원액 집단으로부터의 하나 이상의 합성 큐론을 하나 이상의 품질 관리 파라미터, 예를 들어, 순도, 역가, 효력(예를 들어, 큐론 입자당 게놈 당량) 및/또는 예를 들어, 합성 큐론에 포함되는 유전 요소로부터의 핵산 서열에 대하여 평가하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 평가되는 핵산 서열은 외인성 이펙터를 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 예를 들어, 큐론 씨드 집단 또는 큐론 원액 집단으로부터의 하나 이상의 합성 큐론을 하나 이상의 품질 관리 파라미터, 예를 들어, 순도, 역가, 효력 및/또는 예를 들어, 합성 큐론에 포함되는 유전 요소로부터의 핵산 서열에 대하여 평가하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 평가되는 핵산 서열은 외인성 이펙터를 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 합성 큐론 및 헬퍼 바이러스를 포함하는 반응 혼합물을 특징으로 하며, 헬퍼 바이러스는 폴리뉴클레오티드, 예를 들어, 외부 단백질(예를 들어, 외부 단백질 결합 서열에 결합할 수 있는 외부 단백질 및 선택적으로 지질 외피)을 인코딩하는 폴리뉴클레오티드, 복제 단백질(예를 들어, 중합효소)을 인코딩하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 임의의 조합을 포함한다.
일부 실시형태에서, 큐론(예를 들어, 합성 큐론)은 단리되며, 예를 들어, 숙주 세포로부터 단리되고/단리되거나 용액(예를 들어, 상청액) 중 다른 구성성분으로부터 단리된다. 일부 실시형태에서, 큐론(예를 들어, 합성 큐론)은 예를 들어, 용액(예를 들어, 상청액)으로부터 정제된다. 일부 실시형태에서, 큐론은 용액 중 다른 구성성분에 비하여 용액 중에서 농축된다.
상기 큐론, 조성물 또는 방법 중 임의의 것의 일부 실시형태에서, 유전 요소는 예를 들어, 실시예 9에 기재된 방법에 따라 확인되는 바와 같은, 최소 큐론 게놈을 포함한다. 일부 실시형태에서, 최소 큐론 게놈은 (예를 들어, 숙주 세포에서) 큐론의 복제에 충분한 최소 아넬로바이러스 게놈을 포함한다. 실시형태들에서, 최소 큐론 게놈은 TTV-tth8 핵산 서열의 뉴클레오티드 3436 내지 3707 중 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99% 또는 100%의 결실을 갖는 TTV-tth8 핵산 서열, 예를 들어, 표 5에 나타낸 TTV-tth8 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 최소 큐론 게놈은 TTMV-LY2 핵산 서열의 뉴클레오티드 574 내지 1371, 1432 내지 2210, 574 내지 2210 및/또는 2610 내지 2809 중 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99% 또는 100%의 결실을 갖는 TTMV-LY2 핵산 서열, 예를 들어, 표 11에 나타낸 TTMV-LY2 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 최소 큐론 게놈은 자가-복제할 수 있고/있거나 자가-증폭할 수 있는 최소 큐론 게놈이다. 실시형태들에서, 미니 큐론 게놈은 헬퍼, 예를 들어, 헬퍼 바이러스의 존재 하에 복제하거나 증폭될 수 있는 최소 큐론 게놈이다.
상기 큐론, 조성물 또는 방법 중 임의의 것의 추가의 특징은 하기 열거된 실시형태 중 하나 이상을 포함한다.
당업자는 단지 일상적인 실험을 사용하여, 본원에 기재된 본 발명의 특정 실시형태의 다수의 등가물을 인식하거나 확인할 수 있을 것이다. 그러한 등가물은 하기 열거된 실시형태에 의해 포함되는 것으로 의도된다.
열거된 실시형태
1. (i) 프로모터 요소, 외인성 이펙터(예를 들어, 페이로드)를 인코딩하는 핵산 서열(예를 들어, DNA 서열) 및 단백질 결합 서열(예를 들어, 외부 단백질 결합 서열, 예를 들어, 패키징 신호)을 포함하는 유전 요소로서, 유전 요소가 단일-가닥 DNA이며, 하기의 특성 중 하나 또는 둘 모두를 갖는 유전 요소: 환형이고/환형이거나, 세포에 유입되는 유전 요소의 약 0.001%, 0.005%, 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5% 또는 2% 미만의 빈도로 진핵 세포의 게놈 내로 통합됨; 및
(ii) 단백질성 외부를 포함하는 합성 큐론으로서,
유전 요소가 단백질성 외부 내에 봉입되며;
합성 큐론이 진핵 세포 내로 유전 요소를 운반할 수 있는, 합성 큐론.
2. (i) 프로모터 요소 및 외인성 이펙터(예를 들어, 페이로드)를 인코딩하는 핵산 서열(예를 들어, DNA 서열) 및 단백질 결합 서열(예를 들어, 외부 단백질 결합 서열)을 포함하는 유전 요소로서,
유전 요소가 야생형 아넬로바이러스 서열(예를 들어, 야생형 토르크 테노 바이러스(TTV), 토르크 테노 미니 바이러스(TTMV) 또는 TTMDV 서열, 예를 들어, 표 1, 3, 5, 7, 9, 11, 또는 13 중 임의의 것에 열거된 것과 같은 야생형 아넬로바이러스 서열)에 대하여 적어도 75%(예를 들어, 적어도 75, 76, 77, 78, 79, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 갖는 유전 요소; 및
(ii) 단백질성 외부를 포함하는 합성 큐론으로서,
유전 요소가 단백질성 외부 내에 봉입되며;
합성 큐론이 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있는, 합성 큐론.
3. (i) 프로모터 요소 및 이펙터(예를 들어, 외인성 이펙터 또는 내인성 이펙터, 예를 들어 내인성 miRNA)를 인코딩하는 핵산 서열(예를 들어, DNA 서열) 및 단백질 결합 서열(예를 들어, 외부 단백질 결합 서열)을 포함하는 유전 요소로서,
유전 요소가 야생형 아넬로바이러스 서열(예를 들어, 야생형 토르크 테노 바이러스(TTV), 토르크 테노 미니 바이러스(TTMV) 또는 TTMDV 서열, 예를 들어, 표 1, 3, 5, 7, 9, 11, 또는 13 중 임의의 것에 열거된 것과 같은 야생형 아넬로바이러스 서열)에 대하여 적어도 75%(예를 들어, 적어도 75, 76, 77, 78, 79, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 가지며;
유전 요소가 자연 발생 서열이 아닌(예를 들어, 야생형 아넬로바이러스 서열(예를 들어, 야생형 토르크 테노 바이러스(TTV), 토르크 테노 미니 바이러스(TTMV) 또는 TTMDV 서열, 예를 들어, 표 1, 3, 5, 7, 9, 11, 또는 13 중 임의의 것에 열거된 것과 같은 야생형 아넬로바이러스 서열)에 비하여 결실, 치환 또는 삽입을 포함하는) 유전 요소;
(ii) 단백질성 외부를 포함하는 합성 큐론으로서,
유전 요소가 단백질성 외부 내에 봉입되며;
합성 큐론이 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있는, 합성 큐론.
4. (i) 프로모터 요소 및 외인성 이펙터(예를 들어, 페이로드)를 인코딩하는 핵산 서열(예를 들어, DNA 서열) 및 단백질 결합 서열(예를 들어, 외부 단백질 결합 서열)을 포함하는 유전 요소로서,
단백질 결합 서열이 표 16-1에 나타낸 컨센서스 5' UTR 서열 또는 표 16-2에 나타낸 컨센서스 GC-풍부 서열, 또는 표 16-1에 나타낸 컨센서스 5' UTR 서열 및 표 16-2에 나타낸 컨센서스 GC-풍부 서열 둘 모두에 대하여 적어도 75%(예를 들어, 적어도 75, 76, 77, 78, 79, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 갖는 유전 요소; 및
(ii) 단백질성 외부를 포함하는 합성 큐론으로서;
유전 요소가 단백질성 외부 내에 봉입되며;
합성 큐론이 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있는, 합성 큐론.
5. (i) 프로모터 요소 및 외인성 이펙터를 인코딩하는 핵산 서열, 및 단백질 결합 서열을 포함하는 유전 요소로서, 유전 요소가 하기 중 하나 또는 둘 모두를 포함하는 유전 요소:
(a) 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 323 내지 393의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열에 대하여 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열, 또는
(b) 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2868 내지 2929의 아넬로바이러스 GC-풍부 영역에 대하여 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열; 및
(ii) 단백질성 외부를 포함하는 합성 큐론으로서; 유전 요소가 단백질성 외부 내에 봉입되며;
합성 큐론이 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있는, 합성 큐론.
6. (i) 프로모터 요소 및 외인성 이펙터를 인코딩하는 핵산 서열, 및 단백질 결합 서열을 포함하는 유전 요소로서, 유전 요소가 하기 중 하나 또는 둘 모두를 포함하는 유전 요소:
(a) 표 1, 3, 5, 7, 9 또는 13의 핵산 서열의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인에 대하여 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열; 또는
(b) 표 1, 3, 5, 7, 9 또는 13의 핵산 서열의 아넬로바이러스 GC-풍부 영역에 대하여 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열; 및
(ii) 단백질성 외부를 포함하는 합성 큐론으로서; 유전 요소가 단백질성 외부 내에 봉입되며;
합성 큐론이 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있는, 합성 큐론.
7. 프로모터 요소가 RNA 중합효소 II-의존성 프로모터, RNA 중합효소 III-의존성 프로모터, PGK 프로모터, CMV 프로모터, EF-1α 프로모터, SV40 프로모터, CAGG 프로모터 또는 UBC 프로모터, TTV 바이러스 프로모터, 조직 특이적, U6(pollIII), 활성화 단백질(TetR-VP16, Gal4-VP16, dCas9-VP16 등)에 대한 상류 DNA 결합 부위를 갖는 최소 CMV 프로모터를 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
8. 프로모터 요소가 TATA 박스(box)를 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
9. 프로모터 요소가 야생형 아넬로바이러스, 예를 들어, 표 1, 3, 5, 6, 9, 11 또는 13 중 임의의 것에 열거된 바와 같은 야생형 아넬로바이러스 서열에 대하여 내인성인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
10. 프로모터 요소가 야생형 아넬로바이러스에 대하여 외인성인, 실시형태 1 내지 실시형태 8 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
11. 외인성 이펙터가 치료제, 예를 들어, 치료적 펩티드 또는 폴리펩티드 또는 치료적 핵산을 인코딩하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
12. 외인성 이펙터가 조절 핵산, 예를 들어, miRNA, siRNA, mRNA, lncRNA, RNA, DNA, 안티센스 RNA, gRNA; 형광 태그 또는 마커, 항원, 펩티드, 천연-생물활성 펩티드로부터의 합성 또는 유사체 펩티드, 효능제 또는 길항제 펩티드, 항-미생물 펩티드, 포어(pore)-형성 펩티드, 바이사이클릭 펩티드, 표적화 또는 세포독성 펩티드, 분해 또는 자가-파괴 펩티드, 소분자, (예를 들어, 면역 반응/신호에 대한 감수성에 영향을 미치는) 면역 이펙터, 사멸 단백질(예를 들어, 아폽토시스 또는 괴사의 유도제), 종양의 비-용해 저해제(예를 들어, 종양단백질의 저해제), 후성적 변형제, 후성적 효소, 전사 인자, DNA 또는 단백질 변형 효소, DNA-삽입제(intercalating agent), 유출 펌프 저해제, 핵 수용체 활성화제 또는 저해제, 프로테아좀 저해제, 효소에 대한 경쟁적 저해제, 단백질 합성 이펙터 또는 저해제, 뉴클레아제, 단백질 단편 또는 도메인, 리간드, 항체, 수용체, 또는 CRISPR 시스템 또는 성분을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
13. 외인성 이펙터가 miRNA를 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
14. 이펙터, 예를 들어, miRNA가 숙주 유전자를 표적화하는, 예를 들어, 유전자의 발현을 조절하는, 예를 들어, 유전자의 발현을 증가시키거나 감소시키는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
15. 외인성 이펙터가 miRNA를 포함하며, 숙주 유전자의 발현을 감소시키는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
16. 외인성 이펙터가 약 20 내지 200개, 30 내지 180개, 40 내지 160개, 50 내지 140개 또는 60 내지 120개 뉴클레오티드 길이의 핵산 서열을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
17. 외인성 이펙터를 인코딩하는 핵산 서열이 약 20 내지 200개, 30 내지 180개, 40 내지 160개, 50 내지 140개 또는 60 내지 120개 뉴클레오티드 길이인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
18. 외인성 이펙터를 인코딩하는 서열이 적어도 약 100개 뉴클레오티드의 크기를 갖는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
19. 외인성 이펙터를 인코딩하는 서열이 약 100 내지 약 5000개 뉴클레오티드의 크기를 갖는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
20. 외인성 이펙터를 인코딩하는 서열이 약 100 내지 200개, 200 내지 300개, 300 내지 400개, 400 내지 500개, 500 내지 600개, 600 내지 700개, 700 내지 800개, 800 내지 900개, 900 내지 1000개, 1000 내지 1500개 또는 1500 내지 2000개의 뉴클레오티드 크기를 갖는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
21. 외인성 이펙터를 인코딩하는 서열이 (예를 들어, ORF1 유전자좌의 C-말단에서) ORF1 유전자좌, miRNA 유전자좌, TATA 박스의 상류 5’ 비코딩 영역, 5’ UTR, 폴리-A 영역의 하류 3’ 비코딩 영역, 또는 유전 요소의 GC-풍부 영역의 상류 비코딩 영역 중 하나 이상(예를 들어, 이에 대하여 5’ 또는 3’)에, 또는 그 내에 또는 그에 인접하게 위치하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
22. 외인성 이펙터를 인코딩하는 서열이 유전 요소의 폴리-A 영역과 GC-풍부 영역 사이에 위치하는, 실시형태 21의 합성 큐론.
23. (예를 들어, 단백질성 외부에) 표 12의 ORF2, ORF2/2, ORF2/3, ORF1, ORF1/1 또는 ORF1/2로부터 선택되는 아미노산 서열 또는 그와 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열 중 하나 이상을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
24. (예를 들어, 단백질성 외부에) 표 2, 4, 6, 8, 10 또는 14 중 임의의 것의 ORF2, ORF2/2, ORF2/3, ORF2t/3, ORF1, ORF1/1 또는 ORF1/2로부터 선택되는 아미노산 서열 또는 그와 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열 중 하나 이상을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
25. 단백질 결합 서열이 야생형 아넬로바이러스의 5' UTR 보존된 도메인 또는 GC-풍부 도메인, 예를 들어, 표 1, 3, 5, 6, 9, 11, 13, A 또는 B 중 임의의 것에 열거된 바와 같은 야생형 아넬로바이러스 서열에 대하여 적어도 75%(예를 들어, 적어도 75, 76, 77, 78, 79, 80, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
26. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-1에 나타낸 컨센서스 5' UTR 핵산 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
27. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-1에 나타낸 예시적인 TTV 5' UTR 핵산 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
28. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-1에 나타낸 TTV-CT30F 5' UTR 핵산 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
29. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-1에 나타낸 TTV-HD23a 5' UTR 핵산 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
30. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-1에 나타낸 TTV-JA20 5' UTR 핵산 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
31. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-1에 나타낸 TTV-TJN02 5' UTR 핵산 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
32. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-1에 나타낸 TTV-tth8 5' UTR 핵산 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
33. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-2에 나타낸 컨센서스 GC-풍부 영역에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
34. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-2에 나타낸 예시적인 TTV GC-풍부 영역에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
35. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-2에 나타낸 TTV-CT30F GC-풍부 영역에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
36. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-2에 나타낸 TTV-HD23a GC-풍부 영역에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
37. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-2에 나타낸 TTV-JA20 GC-풍부 영역에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
38. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-2에 나타낸 TTV-TJN02 GC-풍부 영역에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
39. 유전 요소, 예를 들어, 유전 요소의 단백질 결합 서열이 표 16-2에 나타낸 TTV-tth8 GC-풍부 영역에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
40. 단백질 결합 서열의 적어도 60%(예를 들어, 적어도 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 100%)가 G 또는 C로 이루어진, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
41. 유전 요소가 위치의 적어도 70%(예를 들어, 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 또는 약 70 내지 100%, 75 내지 95%, 80 내지 95%, 85 내지 95% 또는 85 내지 90%에서 G 또는 C로 이루어진 적어도 80, 90, 100, 110, 120, 130 또는 140개 뉴클레오티드 길이의 서열을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
42. 유전 요소가 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 1 내지 393의 아넬로바이러스 5’ UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열에 대하여 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열 및 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2868 내지 2929의 아넬로바이러스 GC-풍부 영역에 대하여 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
43. 단백질 결합 서열이 외부 단백질, 예를 들어, 캡시드 단백질, 예를 들어, 아넬로바이러스 캡시드 단백질, 예를 들어, 표 1 내지 14, 16 또는 18에 열거된 서열 중 임의의 것에 대하여 적어도 75%(예를 들어, 적어도 75, 76, 77, 78, 79, 80, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 캡시드 단백질에 결합할 수 있는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
44. 유전 요소가 표 11의 뉴클레오티드 서열에 대하여 적어도 75% 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
45. 단백질 결합 서열이 단백질성 외부의 아르기닌-풍부 영역에 결합하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
46. 단백질성 외부가 단백질 결합 서열에 특이적으로 결합할 수 있는 외부 단백질을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
47. 외부 단백질이 캡시드 단백질, 예를 들어, 아넬로바이러스 캡시드 단백질, 예를 들어, 표 1 내지 14, 16 또는 18 중 임의의 것에 열거된 서열 또는 표 1 내지 14, 15, 17 또는 19에 열거된 서열 중 임의의 것에 의해 인코딩되는 아미노산 서열 또는 그의 단편 중 임의의 것에 대하여 적어도 75%(예를 들어, 적어도 75, 76, 77, 78, 79, 80, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 캡시드 단백질을 포함하는, 실시형태 46의 합성 큐론.
48. 단백질성 외부가 하기 중 하나 이상을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론: 하나 이상의 글리코실화된 단백질, 친수성 DNA-결합 영역, 아르기닌-풍부 영역, 트레오닌-풍부 영역, 글루타민-풍부 영역, N-말단 폴리아르기닌 서열, 가변 영역, C-말단 폴리글루타민/글루탐산염 서열 및 하나 이상의 이황화 가교.
49. 단백질성 외부가 하기의 특징 중 하나 이상을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론: 정20면체 대칭, 하나 이상의 숙주 세포 분자와 상호작용하는 분자를 인식하고/인식하거나 이에 결합하여, 숙주 세포로의 유입을 매개함, 지질 분자가 결여됨, 탄수화물이 결여됨, pH 및 온도 안정성임, 세제 저항성임 및 숙주에서 실질적으로 비-면역원성이거나 실질적으로 비-병원성임.
50. 단백질성 외부가 하나 이상의 기능, 예를 들어, 종 및/또는 조직 및/또는 세포 선택성, 유전 요소 결합 및/또는 패키징, 면역 회피(실질적인 비-면역원성 및/또는 관용), 약동학, 엔도시토시스 및/또는 세포 부착, 핵 유입, 세포내 조절 및 국소화, 엑소시토시스 조절, 증식 및 핵산 보호를 제공하는 적어도 하나의 작용성 도메인을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
51. 이펙터를 배제한 유전 요소의 부분이 약 2.5 내지 5 kb(예를 들어, 약 2.8 내지 4kb, 약 2.8 내지 3.2kb, 약 3.6 내지 3.9kb 또는 약 2.8 내지 2.9kb), 약 5kb 미만(예를 들어, 약 2.9kb, 3.2 kb, 3.6kb, 3.9kb 또는 4kb 미만) 또는 적어도 100개 뉴클레오티드(예를 들어, 적어도 1kb)의 조합된 크기를 갖는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
52. 유전 요소가 단일-가닥인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
53. 유전 요소가 환형인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
54. 유전 요소가 DNA인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
55. 유전 요소가 음성 가닥 DNA인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
56. 유전 요소가 에피솜인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
57. 합성 큐론이 중량 기준으로 10%, 5%, 2% 또는 1% 미만의 지질 함량을 갖는, 예를 들어, 지질 이중층을 포함하지 않는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
58. 합성 큐론이 외부 지질 이중층을 포함하는 바이러스 입자, 예를 들어, 레트로바이러스에 비하여 세제(예를 들어, 연성 세제, 예를 들어, 담즙염, 예를 들어, 데옥시콜산나트륨)에 의한 분해에 대하여 저항성인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
59. 합성 큐론의 적어도 약 50%(예를 들어, 적어도 약 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 99.5% 또는 99.9%)가 37℃에서 30분 동안의 세제(예를 들어, 중량 기준 0.5%의 세제)와의 인큐베이션 후에 분해되지 않는, 실시형태 58의 합성 큐론.
60. 유전 요소가 야생형 써코바이러스과(Circoviridae) 서열 또는 야생형 아넬로바이러스 서열, 예를 들어, 야생형 토르크 테노 바이러스(TTV), 토르크 테노 미니 바이러스(TTMV) 또는 TTMDV 서열, 예를 들어, 표 1, 3, 5, 7, 9, 11, 또는 13 중 임의의 것에 열거된 것과 같은 서열에 대하여 적어도 75%(예를 들어, 적어도 75, 76, 77, 78, 79, 80, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 갖는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
61. 유전 요소가 야생형 아넬로바이러스 서열, 예를 들어, 야생형 TTV 서열 또는 야생형 TTMV 서열에 비하여 적어도 하나의 요소, 예를 들어, 표 1, 3, 5, 7, 9, 11 또는 13 중 임의의 것에 열거된 바와 같은 요소의 결실을 포함하는, 실시형태 60의 합성 큐론.
62. 유전 요소가 TTV-tth8 서열의 뉴클레오티드 3436 내지 3607에 상응하는 핵산 서열, 예를 들어, 표 5에 나타낸 핵산 서열을 포함하는 결실을 포함하는, 실시형태 61의 합성 큐론.
63. 유전 요소가 TTMV-LY2 서열의 뉴클레오티드 574 내지 1371 및/또는 뉴클레오티드 1432 내지 2210에 상응하는 핵산 서열, 예를 들어, 표 11에 나타낸 핵산 서열을 포함하는 결실을 포함하는, 실시형태 61의 합성 큐론.
64. 유전 요소가 TTMV-LY2 서열의 뉴클레오티드 1372 내지 1431에 상응하는 핵산 서열, 예를 들어, 표 11에 나타낸 핵산 서열을 포함하는 결실을 포함하는, 실시형태 61 또는 62의 합성 큐론.
65. 유전 요소가 TTMV-LY2 서열의 뉴클레오티드 2610 내지 2809에 상응하는 핵산 서열, 예를 들어, 표 11에 나타낸 핵산 서열을 포함하는 결실을 포함하는, 실시형태 61, 63 또는 64의 합성 큐론.
66. 유전 요소가 야생형 아넬로바이러스 서열, 예를 들어, 야생형 토르크 테노 바이러스(TTV), 토르크 테노 미니 바이러스(TTMV) 또는 TTMDV 서열, 예를 들어, 표 1, 3, 5, 7, 9, 11 또는 13 중 임의의 것에 열거된 바와 같은 서열 중 적어도 72개 뉴클레오티드(예를 들어, 적어도 73, 74, 75개 등, 선택적으로 게놈의 전장 미만의 뉴클레오티드)를 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
67. 유전 요소가 하기의 서열 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론: 하나 이상의 miRNA를 인코딩하는 서열, 하나 이상의 복제 단백질을 인코딩하는 서열, 외인성 유전자를 인코딩하는 서열, 치료제를 인코딩하는 서열, 조절 서열(예를 들어, 프로모터, 인핸서), 내인성 유전자를 표적화하는 하나 이상의 조절 서열(siRNA, lncRNA, shRNA)을 인코딩하는 서열, 치료적 mRNA 또는 단백질을 인코딩하는 서열 및 세포용해/세포독성 RNA 또는 단백질을 인코딩하는 서열.
68. 합성 큐론이 제2 유전 요소, 예를 들어, 단백질성 외부 내에 봉입된 제2 유전 요소를 추가로 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
69. 제2 유전 요소가 단백질 결합 서열, 예를 들어, 외부 단백질 결합 서열, 예를 들어, 패키징 신호, 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 예를 들어, 5' UTR 보존된 도메인 또는 GC-풍부 영역을 포함하는, 실시형태 68의 합성 큐론.
70. 합성 큐론이 박테리아 세포를 검출 가능하게 감염시키지 않는, 예를 들어, 1%, 0.5%, 0.1% 또는 0.01% 미만의 박테리아 세포를 감염시키는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
71. 합성 큐론이 예를 들어, 시험관 내에서 포유동물 세포, 예를 들어, 인간 세포, 예를 들어, 면역 세포, 간 세포, 상피 세포를 감염시킬 수 있는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
72. 유전 요소가 세포에 유입되는 큐론의 10%, 8%, 6%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0.5%, 0.2%, 0.1% 미만의 빈도로 통합되며, 예를 들어, 합성 큐론이 비-통합성인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
73. 유전 요소가 예를 들어, 정량적 PCR 검정에 의해 측정시, 세포당 적어도 102, 2 x 102, 5 x 102, 103, 2 x 103, 5 x 103 또는 104 게놈 당량의 유전 요소를 복제할 수 있는, 예를 들어, 생성할 수 있는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
74. 유전 요소가 예를 들어, 정량적 PCR 검정에 의해 측정시, 세포로의 유전 요소의 운반 이전에 합성 큐론에 존재하였던 것보다 세포에서 적어도 102, 2 x 102, 5 x 102, 103, 2 x 103, 5 x 103 또는 104 게놈 당량 더 많은 유전 요소를 복제할 수 있는, 예를 들어, 생성할 수 있는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
75. 유전 요소가 복제할 수 없는, 예를 들어, 유전 요소가 복제 원점에서 변경되거나, 복제 원점이 결여된, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
76. 유전 요소가 자가-복제할 수 없는, 예를 들어, 숙주 세포 게놈 내로의 통합 없이 복제될 수 없는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
77. 합성 큐론이 실질적으로 비-병원성이며, 예를 들어, 대상체에서 검출 가능한 유해 증상(예를 들어, 큐론에 노출되지 않는 대상체에 비하여, 예를 들어, 상승된 세포 사멸 또는 독성)을 유도하지 않는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
78. 합성 큐론이 실질적으로 비-면역원성이며, 예를 들어, 실시예 4에 기재된 방법에 따라 검출시, 예를 들어, 검출 가능하고/가능하거나 원치 않는 면역 반응을 유도하지 않는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
79. 실질적으로 비-면역원성인 큐론이 면역 반응이 결여된 기준 대상체에서의 효능의 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 또는 100%인 대상체 내의 효능을 갖는, 실시형태 78의 합성 큐론.
80. 면역 반응이 큐론에 특이적인 항체; 큐론 또는 큐론을 포함하는 세포에 대한 세포 반응(예를 들어, 면역 이펙터 세포(예를 들어, T 세포- 또는 NK 세포) 반응); 또는 큐론 또는 큐론을 포함하는 세포의 대식구 포획(engulfment) 중 하나 이상을 포함하는, 실시형태 78 또는 79의 합성 큐론.
81. 합성 큐론이 AAV보다 면역원성이 더 적거나, 예를 들어, 본원에 기재된 검정에 의해 측정시, 비슷한 양의 AAV에 대하여 검출되는 것 미만의 면역 반응을 유도하거나, 본원에 기재된 검정에 의해 측정시 70% 미만의 항체 보유율(예를 들어, 약 60%, 50%, 40%, 30%, 20% 또는 10% 미만의 항체 보유율)을 유도하거나, 실질적으로 비-면역원성인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
82. 적어도 1000개의 합성 큐론의 집단이 적어도 100개 카피의 유전 요소를 진핵 세포 중 하나 이상 내로 운반할 수 있는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
83. 합성 큐론의 집단이 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99% 이상의 진핵 세포의 집단 내로 유전 요소를 운반할 수 있는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
84. 합성 큐론의 집단이 세포당 적어도 1, 2, 5, 10, 20, 50, 100, 200, 500, 1000, 2000, 5000, 8,000, 1 x 104, 1 x 105, 1 x 106, 1 x 107개 이상의 카피 의 유전 요소를 진핵 세포의 집단으로 운반할 수 있는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
85. 합성 큐론의 집단이 세포당 1 x 104 내지 1 x 105, 1 x 104 내지 1 x 106, 1 x 104 내지 1 x 107, 1 x 105 내지 1 x 106, 1 x 105 내지 1 x 107 또는 1 x 106 내지 1 x 107개 카피의 유전 요소를 진핵 세포의 집단으로 운반할 수 있는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
86. 합성 큐론이 적어도 2회의 계대 후에 존재하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
87. 합성 큐론이 적어도 2회의 계대를 포함하는 과정에 의해 생성되는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
88. 합성 큐론이 외인성 이펙터를 요망되는 세포 유형, 조직 또는 기관(예를 들어, 망막 내의 광수용기, 상피 내벽 또는 췌장)에 선택적으로 운반하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
89. 합성 큐론이 시험관 내에서 폐 상피 암종 세포주(예를 들어, A549)보다 배아 신장 세포주(예를 들어, HEK293T)에 대하여 더 큰 선택성을 보이는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
90. 합성 큐론이 다른 기관 또는 조직에 비하여 요망되는 기관 또는 조직에 더 높은 수준으로 존재하는(예를 들어, 우선적으로 축적되는), 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
91. 요망되는 기관 또는 조직이 골수, 혈액, 심장, GI 또는 피부를 포함하는, 실시형태 90의 합성 큐론.
92. 진핵 세포가 포유동물 세포, 예를 들어, 인간 세포인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
93. 합성 큐론 또는 그의 카피가 세포 내로의 운반 24시간(예를 들어, 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 1주, 2주, 3주, 4주, 30일 또는 1개월) 후에 세포에서 검출 가능한, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
94. 합성 큐론이 예를 들어, 감염성 검정, 예를 들어, 실시예 7에 따른 검정을 사용하여, 감염 3 내지 4일 후에, 예를 들어, 세포를 감염시키기 위해 사용되는 합성 큐론의 양에 비하여, 적어도 약 108배(예를 들어, 약 105배, 106배, 107배, 108배, 109배 또는 1010배)의 게놈 당량/㎖로 세포 펠렛 및 상청액에서 생성되는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론.
95. 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론을 포함하는 조성물.
96. 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론 및 약제학적으로 허용되는 담체 또는 부형제를 포함하는 약제학적 조성물.
97. 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 큐론, 예를 들어, 합성 큐론을 포함하는, 실시형태 95 또는 96의 조성물 또는 약제학적 조성물.
98. 적어도 103, 104, 105, 106, 107, 108 또는 109개의 합성 큐론을 포함하는, 실시형태 95 내지 97 중 어느 한 실시형태의 조성물 또는 약제학적 조성물.
99. a) (i) 본원에 기재된 유전 요소, 예를 들어, 프로모터 요소, 외인성 이펙터(예를 들어, 페이로드)를 인코딩하는 핵산 서열(예를 들어, DNA 서열) 및 단백질 결합 서열(예를 들어, 외부 단백질 결합 서열, 예를 들어, 패키징 신호)을 포함하는 유전 요소로서, 유전 요소가 단일-가닥 DNA이며, 하기의 특성 중 하나 또는 둘 모두를 갖는 유전 요소: 환형이고/환형이거나 세포에 유입되는 유전 요소의 약 0.001%, 0.005%, 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5% 또는 2% 미만의 빈도로 진핵 세포의 게놈 내로 통합됨; 및
(ii) 단백질성 외부를 포함하는 적어도 103, 104, 105, 106, 107, 108 또는 109개의 큐론(예를 들어, 본원에 기재된 합성 큐론)으로서,
유전 요소가 단백질성 외부 내에 봉입되며;
합성 큐론이 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있는 큐론;
b) 약제학적 부형제, 및 선택적으로,
c) 사전-결정된 양보다 더 적은 마이코플라스마, 내독소, 숙주 세포 핵산(예를 들어, 숙주 세포 DNA 및/또는 숙주 세포 RNA), 동물-유래 과정 불순물(예를 들어, 혈청 알부민 또는 트립신), 복제-적격 작용제(RCA), 예를 들어, 복제-적격 바이러스 또는 원치 않는 큐론, 유리 바이러스 캡시드 단백질, 외래 작용제 및/또는 응집물을 포함하는 약제학적 조성물.
100. a) (i) 본원에 기재된 유전 요소, 예를 들어, 프로모터 요소, 외인성 이펙터(예를 들어, 페이로드)를 인코딩하는 핵산 서열(예를 들어, DNA 서열) 및 단백질 결합 서열(예를 들어, 외부 단백질 결합 서열)을 포함하는 유전 요소로서,
유전 요소가 야생형 아넬로바이러스 서열(예를 들어, 야생형 토르크 테노 바이러스(TTV), 토르크 테노 미니 바이러스(TTMV) 또는 TTMDV 서열, 예를 들어, 표 1, 3, 5, 7, 9, 11, 또는 13 중 임의의 것에 열거된 것과 같은 야생형 아넬로바이러스 서열)과 적어도 75%(예를 들어, 적어도 75, 76, 77, 78, 79, 80, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 갖는 유전 요소; 및
(ii) 단백질성 외부를 포함하는 적어도 103, 104, 105, 106, 107, 108 또는 109개의 큐론(예를 들어, 본원에 기재된 합성 큐론)으로서,
유전 요소가 단백질성 외부 내에 봉입되며;
합성 큐론이 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있는 큐론;
b) 약제학적 부형제, 및 선택적으로,
c) 사전-결정된 양보다 더 적은 마이코플라스마, 내독소, 숙주 세포 핵산(예를 들어, 숙주 세포 DNA 및/또는 숙주 세포 RNA), 동물-유래 과정 불순물(예를 들어, 혈청 알부민 또는 트립신), 복제-적격 작용제(RCA), 예를 들어, 복제-적격 바이러스 또는 원치 않는 큐론, 유리 바이러스 캡시드 단백질, 외래 작용제 및/또는 응집물을 포함하는, 약제학적 조성물.
101. 하기의 특징 중 하나 이상을 갖는, 실시형태 95 내지 100 중 어느 한 실시형태의 조성물 또는 약제학적 조성물:
a) 약제학적 조성물이 약제학적 또는 우수 제조 기준(GMP) 표준을 충족함;
b) 약제학적 조성물이 우수 제조 기준(GMP)에 따라 제조됨;
c) 약제학적 조성물이 사전결정된 기준 값 미만의 병원체 수준을 가짐, 예를 들어, 실질적으로 병원체가 없음;
d) 약제학적 조성물이 사전결정된 기준 값 미만의 오염물질 수준을 가짐, 예를 들어, 실질적으로 오염물질이 없음;
e) 약제학적 조성물이 사전결정된 비-감염성 입자의 수준 또는 사전결정된 입자:감염성 유닛의 비(예를 들어, 300:1 미만, 200:1 이하, 100:1 이하 또는 50:1 미만)를 가짐, 또는
f) 약제학적 조성물이 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이, 낮은 면역원성을 갖거나, 실질적으로 비-면역원성임.
102. 약제학적 조성물은 사전결정된 기준 값 미만의 오염물질 수준을 갖는, 예를 들어, 실질적으로 오염물질이 없는, 실시형태 95 내지 101 중 어느 한 실시형태의 조성물 또는 약제학적 조성물.
103. 오염물질이 마이코플라스마, 내독소, 숙주 세포 핵산(예를 들어, 숙주 세포 DNA 및/또는 숙주 세포 RNA), 동물-유래 과정 불순물(예를 들어, 혈청 알부민 또는 트립신), 복제-적격 작용제(RCA), 예를 들어, 복제-적격 바이러스 또는 원치 않는 큐론(예를 들어, 요망되는 큐론, 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 합성 큐론 이외의 큐론), 유리 바이러스 캡시드 단백질, 외래 작용제 및 응집물로 이루어진 군으로부터 선택되는, 실시형태 102의 조성물 또는 약제학적 조성물.
104. 오염물질이 숙주 세포 DNA이며, 임계값 양이 약제학적 조성물 용량당 약 500 ng의 숙주 세포 DNA인, 실시형태 103의 조성물 또는 약제학적 조성물.
105. 약제학적 조성물이 중량 기준 10% 미만(예를 들어, 약 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0.5% 또는 0.1% 미만)의 오염물질을 포함하는, 실시형태 95 내지 104 중 어느 한 실시형태의 조성물 또는 약제학적 조성물.
106. 대상체에서 질병 또는 장애를 치료하기 위한 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론, 조성물 또는 약제학적 조성물의 용도.
107. 질병 또는 장애가 면역 장애, 인터페론병증(interferonopathy)(예를 들어, I형 인터페론병증), 감염성 질병, 염증성 장애, 자가면역 질환, 암(예를 들어, 고형 종양, 예를 들어, 폐암) 및 위장 장애로부터 선택되는, 실시형태 106의 용도.
108. 대상체에서 질병 또는 장애를 치료하는데 사용하기 위한 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론, 조성물 또는 약제학적 조성물.
109. 대상체에서의 질병 또는 장애의 치료 방법으로서, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론 또는 실시형태 95 내지 105 중 어느 한 실시형태의 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
110. 질병 또는 장애가 면역 장애, 인터페론병증(예를 들어, I형 인터페론병증), 감염성 질병, 염증성 장애, 자가면역 질환, 암(예를 들어, 고형 종양, 예를 들어, 폐암) 및 위장 장애로부터 선택되는, 실시형태 109의 방법.
111. 대상체에서의 생물학적 기능의 조절, 예를 들어, 향상 방법으로서, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론 또는 실시형태 95 내지 105 중 어느 한 실시형태의 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
112. 대상체에서의 질병 또는 장애의 치료 방법으로서, 상기 방법이
(i) 프로모터 요소 및 이펙터, 예를 들어, 페이로드를 인코딩하는 서열, 및 외부 단백질 결합 서열을 포함하는 유전 요소로서;
유전 요소가 단일-가닥 DNA이며, 유전 요소가 환형이고/환형이거나 세포에 유입되는 유전 요소의 약 0.001%, 0.005%, 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5% 또는 2% 미만의 빈도로 통합되는 유전 요소; 및
(ii) 단백질성 외부를 포함하는 큐론, 예를 들어, 합성 큐론을 대상체에게 투여하는 단계를 포함하며;
유전 요소가 단백질성 외부 내에 봉입되며;
큐론, 예를 들어, 합성 큐론이 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있는 방법.
113. 질병 또는 장애가 면역 장애, 인터페론병증(예를 들어, I형 인터페론병증), 감염성 질병, 염증성 장애, 자가면역 질환, 암(예를 들어, 고형 종양, 예를 들어, 폐암) 및 위장 장애로부터 선택되는, 실시형태 112의 방법.
114. 이펙터가 SV40-miR-S1이 아니며, 예를 들어, 이펙터가 단백질-인코딩 페이로드인, 실시형태 109 내지 113 중 어느 한 실시형태의 방법.
115. 큐론이 외인성 이펙터를 포함하지 않는, 실시형태 109 내지 114 중 어느 한 실시형태의 방법.
116. 큐론이 야생형 써코바이러스 또는 야생형 아넬로바이러스, 예를 들어, TTV 또는 TTMV를 포함하는, 실시형태 109 내지 115 중 어느 한 실시형태의 방법.
117. 큐론, 예를 들어, 합성 큐론의 투여가 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99% 이상의 대상체 내의 표적 세포의 집단 내로의 유전 요소의 운반을 초래하는, 실시형태 109 내지 116 중 어느 한 실시형태의 방법.
118. 큐론, 예를 들어, 합성 큐론의 투여가 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99% 이상의 대상체 내의 표적 세포의 집단 내로의 외인성 이펙터의 운반을 초래하는, 실시형태 109 내지 117 중 어느 한 실시형태의 방법.
119. 표적 세포가 예를 들어, 시험관 내의 포유동물 세포, 예를 들어, 인간 세포, 예를 들어, 면역 세포, 간 세포, 폐 상피 세포를 포함하는, 실시형태 117 또는 118의 방법.
120. 표적 세포가 간 또는 폐에 존재하는, 실시형태 117 내지 119 중 어느 한 실시형태의 방법.
121. 유전 요소가 운반되는 표적 세포가 각각 적어도 10, 50, 100, 500, 1000, 10,000, 50,000, 100,000개 이상의 카피의 유전 요소를 제공받는, 실시형태 117 내지 120 중 어느 한 실시형태의 방법.
122. 이펙터가 miRNA를 포함하며, miRNA가 예를 들어, 큐론이 운반되는 세포 또는 세포의 집단 내에서 표적 단백질 또는 RNA의 수준을 예를 들어, 적어도 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 감소시키는, 실시형태 109 내지 121 중 어느 한 실시형태의 방법.
123. 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론을 세포, 예를 들어, 진핵 세포, 예를 들어, 포유동물 세포와 접촉시키는 단계를 포함하는, 세포로 합성 큐론을 운반하는 방법.
124. 헬퍼 바이러스와 세포를 접촉시키는 단계를 추가로 포함하는 실시형태 123의 방법으로서, 헬퍼 바이러스가 폴리뉴클레오티드, 예를 들어, 외부 단백질, 예를 들어, 외부 단백질 결합 서열에 결합할 수 있는 외부 단백질 및 선택적으로, 지질 외피를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 방법.
125. 합성 큐론을 세포와 접촉시키는 단계 이전에, 그와 동시에, 또는 그 이후에 헬퍼 바이러스를 세포와 접촉시키는, 실시형태 124의 방법.
126. 헬퍼 폴리뉴클레오티드를 세포와 접촉시키는 단계를 추가로 포함하는, 실시형태 123의 방법.
127. 헬퍼 폴리뉴클레오티드가 외부 단백질, 예를 들어, 외부 단백질 결합 서열에 결합할 수 있는 외부 단백질 및 지질 외피를 인코딩하는 서열 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 실시형태 126의 방법.
128. 헬퍼 폴리뉴클레오티드가 RNA(예를 들어, mRNA), DNA, 플라스미드, 바이러스 폴리뉴클레오티드 또는 그의 임의의 조합인, 실시형태 126의 방법.
129. 합성 큐론을 세포와 접촉시키는 단계 이전에, 그와 동시에 또는 그 이후에 헬퍼 폴리뉴클레오티드를 세포와 접촉시키는, 실시형태 126 내지 128 중 어느 한 실시형태의 방법.
130. 헬퍼 단백질을 세포와 접촉시키는 단계를 추가로 포함하는, 실시형태 123 내지 129 중 어느 한 실시형태의 방법.
131. 헬퍼 단백질이 바이러스 복제 단백질 또는 캡시드 단백질을 포함하는, 실시형태 130의 방법.
132. 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론을 포함하는 숙주 세포.
133. 프로모터 요소, 이펙터(예를 들어, 페이로드)를 인코딩하는 서열 및 외부 단백질 결합 서열을 포함하는 핵산 분자로서,
핵산 분자가 단일-가닥 DNA이며, 핵산 분자가 환형이고/환형이거나 세포에 유입되는 핵산 분자의 약 0.001%, 0.005%, 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5% 또는 2% 미만의 빈도로 통합되며;
이펙터가 TTV로부터 기원하지 않으며, SV40-miR-S1이 아니며;
핵산 분자가 TTMV-LY의 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하지 않으며;
프로모터 요소가 진핵 세포에서 이펙터의 발현을 지시할 수 있는, 핵산 분자.
134. 프로모터 요소 및 외인성 이펙터를 인코딩하는 핵산 서열, 및 단백질 결합 서열을 포함하는 핵산 분자로서, 유전 요소가 하기 중 하나 또는 둘 모두를 포함하는 핵산 분자:
(a) 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 323 내지 393의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열에 대하여 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열, 또는
(b) 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2868 내지 2929의 아넬로바이러스 GC-풍부 영역에 대하여 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열.
135. 프로모터 요소 및 외인성 이펙터를 인코딩하는 핵산 서열, 및 단백질 결합 서열을 포함하는 핵산 분자로서, 유전 요소가 하기 중 하나 또는 둘 모두를 포함하는 핵산 분자:
(a) 표 1, 3, 5, 7, 9 또는 13의 핵산 서열의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인에 대하여 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열; 또는
(b) 표 1, 3, 5, 7, 9 또는 13의 핵산 서열의 아넬로바이러스 GC-풍부 영역에 대하여 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 서열.
136. (i) 프로모터 요소 및 이펙터, 예를 들어, 페이로드를 인코딩하는 서열로서, 이펙터가 야생형 아넬로바이러스 서열에 비하여 외인성인 서열;
(ii) 야생형 아넬로바이러스 서열에 대하여 적어도 75% 서열 동일성을 갖는 적어도 72개의 인접 뉴클레오티드(예를 들어, 적어도 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 90, 100 또는 150개의 뉴클레오티드); 또는 야생형 아넬로바이러스 서열에 대하여 적어도 72%(예를 들어, 적어도 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 갖는 적어도 100개의 인접 뉴클레오티드; 및
(iii) 단백질 결합 서열, 예를 들어, 외부 단백질 결합 서열을 포함하는 유전 요소로서,
핵산 구축물이 단일-가닥 DNA이며;
핵산 구축물이 환형이고/환형이거나 세포에 유입되는 유전 요소의 약 0.001%, 0.005%, 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5% 또는 2% 미만의 빈도로 통합되는 유전 요소.
137. a) 합성 큐론, 예를 들어, 본원에 기재된 합성 큐론의 성분을 인코딩하는 하나 이상의 핵산 분자를 포함하는 숙주 세포를 제공하는 단계로서, 합성 큐론이 단백질성 외부 및 유전 요소, 예를 들어, 프로모터 요소, 외인성 이펙터(예를 들어, 페이로드)를 인코딩하는 서열 및 단백질 결합 서열(예를 들어, 외부 단백질 결합 서열, 예를 들어, 패키징 신호)을 포함하는 유전 요소를 포함하는 단계;
b) 숙주 세포로부터 합성 큐론을 생성하여, 그에 의해 합성 큐론을 제조하는 단계; 및
c) 합성 큐론을 예를 들어, 대상체로의 투여에 적합한 약제학적 조성물로서 제형화시키는 단계를 포함하는 합성 큐론 조성물의 제조 방법.
138. a) 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태에 따른 복수의 합성 큐론 또는 실시형태 95 내지 105 중 어느 한 실시형태의 조성물 또는 약제학적 조성물을 제공하는 단계;
b) 다음 중 하나 이상에 대하여 복수를 선택적으로 평가하는 단계: 본원에 기재된 오염물질, 광학 밀도 측정치(예를 들어, OD 260), 입자수(예를 들어, HPLC에 의함), 감염성(예를 들어, 입자:감염 유닛 비); 및
c) 예를 들어, (b)의 파라미터 중 하나 이상이 특정 임계값을 만족한다면, 복수의 합성 큐론을 예를 들어, 대상체로의 투여에 적합한 약제학적 조성물로서 제형화하는 단계를 포함하는 합성 큐론 조성물의 제조 방법.
139. 합성 큐론 조성물이 적어도 105, 106, 107, 108, 109, 1010, 1011, 1012, 1013, 1014 또는 1015개의 합성 큐론을 포함하는, 실시형태 138의 방법.
140. 합성 큐론 조성물이 적어도 10 ㎖, 20 ㎖, 50 ㎖, 100 ㎖, 200 ㎖, 500 ㎖, 1 ℓ, 2 ℓ, 5 ℓ, 10 ℓ, 20 ℓ 또는 50 ℓ를 포함하는, 실시형태 138 또는 139의 방법.
141. 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론 및 헬퍼 바이러스를 포함하는 반응 혼합물로서, 헬퍼 바이러스가 폴리뉴클레오티드, 예를 들어, 외부 단백질, 예를 들어, 외부 단백질 결합 서열에 결합할 수 있는 외부 단백질 및 선택적으로 지질 외피를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 반응 혼합물.
142. 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론 및 표 12의 ORF2, ORF2/2, ORF2/3, ORF1, ORF1/1 또는 ORF1/2로부터 선택되는 아미노산 서열 또는 이에 대하여 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열 중 하나 이상을 인코딩하는 제2 핵산 서열을 포함하는, 반응 혼합물.
143. 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 합성 큐론, 및 표 2, 4, 6, 8, 10 또는 14 중 임의의 것의 ORF2, ORF2/2, ORF2/3, ORF2t/3, ORF1, ORF1/1 또는 ORF1/2로부터 선택되는 아미노산 서열 또는 이에 대하여 적어도 85% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열 중 하나 이상을 인코딩하는 제2 핵산 서열을 포함하는, 반응 혼합물.
144. 제2 핵산 서열이 유전 요소의 일부인, 실시형태 142 또는 143의 반응 혼합물.
145. 제2 핵산 서열이 유전 요소의 일부가 아니며, 예를 들어, 제2 핵산 서열에 헬퍼 세포 또는 헬퍼 바이러스에 의해 포함되는, 실시형태 144의 반응 혼합물.
146. (i) 비-병원성 외부 단백질을 인코딩하는 서열, (ii) 유전 요소를 비-병원성 외부 단백질에 결합시키는 외부 단백질 결합 서열, 및 (iii) 이펙터, 예를 들어, 조절 핵산을 인코딩하는 서열을 포함하는 유전 요소; 및
예를 들어, 유전 요소와 회합된, 예를 들어, 이를 둘러싸거나 봉입하는 단백질성 외부를 포함하는, 합성 큐론.
147. a) (i) 비-병원성 외부 단백질을 인코딩하는 서열, (ii) 유전 요소를 비-병원성 외부 단백질에 결합시키는 외부 단백질 결합 서열, 및 (iii) 이펙터, 예를 들어, 조절 핵산을 인코딩하는 서열을 포함하는 유전 요소; 및
유전 요소와 회합된, 예를 들어, 이를 둘러싸거나 봉입하는 단백질성 외부를 포함하는 큐론; 및
b) 약제학적 부형제를 포함하는 약제학적 조성물.
148. a) (i) 비-병원성 외부 단백질을 인코딩하는 서열, (ii) 유전 요소를 비-병원성 외부 단백질에 결합시키는 외부 단백질 결합 서열, 및 (iii) 이펙터, 예를 들어, 조절 핵산을 인코딩하는 서열을 포함하는 유전 요소; 및
유전 요소와 회합된, 예를 들어, 이를 둘러싸거나 봉입하는 단백질성 외부를 포함하는 적어도 103, 104, 105, 106, 107, 108 또는 109개의 큐론(예를 들어, 본원에 기재된 합성 큐론);
b) 약제학적 부형제, 및 선택적으로
c) 사전-결정된 양보다 더 적은 마이코플라스마, 내독소, 숙주 세포 핵산(예를 들어, 숙주 세포 DNA 및/또는 숙주 세포 RNA), 동물-유래 과정 불순물(예를 들어, 혈청 알부민 또는 트립신), 복제-적격 작용제(RCA), 예를 들어, 복제-적격 바이러스 또는 원치 않는 큐론, 유리 바이러스 캡시드 단백질, 외래 작용제 및/또는 응집물을 포함하는, 약제학적 조성물.
149. 하기의 특징 중 적어도 하나를 추가로 포함하는 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물: 유전 요소가 단일-가닥 DNA임; 유전 요소가 환형임; 큐론이 비-통합성임; 큐론이 아넬로바이러스 또는 기타 비-병원성 바이러스에 기초한 서열, 구조 및/또는 기능을 가짐; 및 큐론이 비-병원성임.
150. 단백질성 외부가 비-병원성 외부 단백질을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
151. 단백질성 외부가 하기 중 하나 이상을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물: 하나 이상의 글리코실화된 단백질, 친수성 DNA-결합 영역, 아르기닌-풍부 영역, 트레오닌-풍부 영역, 글루타민-풍부 영역, N-말단 폴리아르기닌 서열, 가변 영역, C-말단 폴리글루타민/글루탐산염 서열 및 하나 이상의 이황화 가교.
152. 단백질성 외부가 하기의 특징 중 하나 이상을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물: 정20면체 대칭, 하나 이상의 숙주 세포 분자와 상호작용하는 분자를 인식하고/인식하거나 이에 결합하여, 숙주 세포로의 유입을 매개함, 지질 분자가 결여됨, 탄수화물이 결여됨, pH 및 온도 안정성임, 세제 저항성임 및 숙주에서 비-면역원성이거나 비-병원성임.
153. 비-병원성 외부 단백질을 인코딩하는 서열이 표 15에 열거된 하나 이상의 서열 또는 그의 단편과 적어도 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일한 서열을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
154. 비-병원성 외부 단백질이 표 16 또는 표 17에 열거된 하나 이상의 서열 또는 그의 단편과 적어도 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일한 서열을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
155. 비-병원성 외부 단백질이 하나 이상의 기능, 예를 들어, 종 및/또는 조직 및/또는 세포 향성, 바이러스 게놈 결합 및/또는 패키징, 면역 회피(비-면역원성 및/또는 관용), 약동학, 엔도시토시스 및/또는 세포 부착, 핵 유입, 세포내 조절 및 국소화, 엑소시토시스 조절, 증식 및 핵산 보호를 제공하는 적어도 하나의 작용성 도메인을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
156. 이펙터가 조절 핵산, 예를 들어, miRNA, siRNA, mRNA, lncRNA, RNA, DNA, 안티센스 RNA, gRNA; 치료제, 예를 들어 형광 태그 또는 마커, 항원, 펩티드 치료제, 천연-생물활성 펩티드로부터의 합성 또는 유사체 펩티드, 효능제 또는 길항제 펩티드, 항-미생물 펩티드, 포어-형성 펩티드, 바이사이클릭 펩티드, 표적화 또는 세포독성 펩티드, 분해 또는 자가-파괴 펩티드, 소분자, (예를 들어, 면역 반응/신호에 대한 감수성에 영향을 미치는) 면역 이펙터, 사멸 단백질(예를 들어, 아폽토시스 또는 괴사의 유도제), 종양의 비-용해 저해제(예를 들어, 종양단백질의 저해제), 후성적 변형제, 후성적 효소, 전사 인자, DNA 또는 단백질 변형 효소, DNA-삽입제, 유출 펌프 저해제, 핵 수용체 활성화제 또는 저해제, 프로테아좀 저해제, 효소에 대한 경쟁적 저해제, 단백질 합성 이펙터 또는 저해제, 뉴클레아제, 단백질 단편 또는 도메인, 리간드 또는 수용체, 및 CRISPR 시스템 또는 성분을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
157. 이펙터가 표 18에 열거된 하나 이상의 miRNA 서열과 적어도 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일한 서열을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
158. 이펙터, 예를 들어, miRNA가 숙주 유전자를 표적화하는, 예를 들어, 유전자의 발현을 조절하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
159. miRNA가 예를 들어, 표 16에 열거된 하나 이상의 서열에 대하여 적어도 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일성을 갖는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
160. 유전 요소가 하기의 서열 중 하나 이상을 추가로 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물: 하나 이상의 miRNA를 인코딩하는 서열, 하나 이상의 복제 단백질을 인코딩하는 서열, 외인성 유전자를 인코딩하는 서열, 치료제를 인코딩하는 서열, 조절 서열(예를 들어, 프로모터, 인핸서), 내인성 유전자를 표적화하는 하나 이상의 조절 서열(siRNA, lncRNA, shRNA)을 인코딩하는 서열, 치료적 mRNA 또는 단백질을 인코딩하는 서열 및 세포용해/세포독성 RNA 또는 단백질을 인코딩하는 서열.
161. 유전 요소가 하기의 특징 중 하나 이상을 갖는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물: 숙주 세포의 게놈과 비-통합성임, 에피솜 핵산임, 단일 가닥 DNA임, 약 1 내지 10 kb임, 세포의 핵 내에 존재함, 내인성 단백질에 의해 결합될 수 있음, 및 숙주 유전자를 표적화하는 마이크로RNA를 생성함.
162. 유전 요소가 적어도 하나의 바이러스 서열, 또는 표 19 또는 표 20에 열거된 하나 이상의 서열 또는 그의 단편에 대하여 적어도 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일성을 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
163. 바이러스 서열이 단일 가닥 DNA 바이러스(예를 들어, 아넬로바이러스, 비드나바이러스(Bidnavirus), 써코바이러스, 제미니바이러스(Geminivirus), 게노모바이러스(Genomovirus), 이노바이러스(Inovirus), 마이크로바이러스(Microvirus), 나노바이러스(Nanovirus), 파보바이러스(Parvovirus) 및 스피라바이러스(Spiravirus)), 이중 가닥 DNA 바이러스(예를 들어, 아데노바이러스(Adenovirus), 암풀라바이러스(Ampullavirus), 아스코바이러스(Ascovirus), 아스파바이러스(Asfarvirus), 배큘로바이러스(Baculovirus), 푸셀로바이러스(Fusellovirus), 글로불로바이러스(Globulovirus), 구타바이러스(Guttavirus), 하이트로사바이러스(Hytrosavirus), 헤르페스바이러스(Herpesvirus), 이리도바이러스(Iridovirus), 리포트릭스바이러스(Lipothrixvirus), 니마바이러스(Nimavirus) 및 폭스바이러스(Poxvirus)), RNA 바이러스(예를 들어, 알파바이러스(Alphavirus), 푸로바이러스(Furovirus), 간염 바이러스, 호르데이바이러스(Hordeivirus), 토바모바이러스(Tobamovirus), 토브라바이러스(Tobravirus), 트리코르나바이러스(Tricornavirus), 루비바이러스(Rubivirus), 비르나바이러스(Birnavirus), 시스토바이러스(Cystovirus), 파르티티바이러스(Partitivirus) 및 레오바이러스(Reovirus)) 중 적어도 하나로부터의 것인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
164. 바이러스 서열이 하나 이상의 비-아넬로바이러스, 예를 들어, 아데노바이러스, 헤르페스 바이러스, 폭스 바이러스, 백시니아 바이러스, SV40, 파필로마 바이러스, RNA 바이러스, 예컨대 레트로바이러스, 예를 들어, 렌티 바이러스, 단일-가닥 RNA 바이러스, 예를 들어, 간염 바이러스, 또는 이중-가닥 RNA 바이러스, 예를 들어, 로타바이러스로부터의 것인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
165. 단백질 결합 서열이 단백질성 외부의 아르기닌-풍부 영역과 상호작용하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
166. 큐론이 포유동물 세포, 예를 들어, 인간 세포에서 복제 가능한, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
167. 큐론이 숙주 세포에서 비-병원성이고/이거나 비-통합성인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
168. 큐론이 숙주에서 비-면역원성인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
169. 큐론이 숙주 또는 숙주 세포에서 하나 이상의 바이러스 특성, 예를 들어, 선택성, 예를 들어, 감염성, 예를 들어, 면역억제/활성화를 저해/향상시키는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
170. 큐론이 (예를 들어, 표현형, 바이러스 수준, 유전자 발현, 기타 바이러스와의 경쟁, 병태 등을 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50% 이상) 조절하기에 충분한 양으로 존재하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론 또는 조성물.
171. 적어도 하나의 바이러스 또는 바이러스의 게놈을 포함하는 벡터, 예를 들어, 큐론의 변이체, 예를 들어, 편리공생/고유 바이러스를 추가로 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 조성물.
172. 이종 모이어티, 적어도 하나의 소분자, 항체, 폴리펩티드, 핵산, 표적화제, 영상화제, 나노입자 및 그의 조합을 추가로 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 조성물.
173. (i) 비-병원성 외부 단백질을 인코딩하는 서열, (ii) 유전 요소를 비-병원성 외부 단백질에 결합시키는 외부 단백질 결합 서열, 및 (iii) 이펙터, 예를 들어, 조절 핵산을 인코딩하는 서열을 포함하는 유전 요소를 포함하는 벡터.
174. 유전 요소가 숙주 세포의 게놈과 통합되지 못하는 상기 실시형태의 벡터.
175. 유전 요소가 포유동물 세포, 예를 들어, 인간 세포에서 복제 가능한, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 벡터.
176. 예를 들어 유전자, 예를 들어, 인간 유전자의 발현을 조절하기 위해 선택되는 외인성 핵산 서열을 추가로 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 벡터.
177. 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 벡터 및 약제학적 부형제를 포함하는 약제학적 조성물.
178. 벡터가 숙주 세포에서 비-병원성이고/이거나 비-통합성인, 상기 실시형태의 조성물.
179. 벡터가 숙주에서 비-면역원성인, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 조성물.
180. 벡터가 (예를 들어, 표현형, 바이러스 수준, 유전자 발현, 기타 바이러스와의 경쟁, 병태 등을 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50% 이상) 조절하기에 충분한 양으로 존재하는, 상기 실시형태의 조성물.
181. 적어도 하나의 바이러스 또는 바이러스의 게놈을 포함하는 벡터, 예를 들어, 큐론의 변이체, 편리공생/고유 바이러스, 헬퍼 바이러스, 비-아넬로바이러스를 추가로 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 조성물.
182. 이종 모이어티, 적어도 하나의 소분자, 항체, 폴리펩티드, 핵산, 표적화제, 영상화제, 나노입자 및 그의 조합을 추가로 포함하는, 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 조성물.
183. 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 큐론의 생성, 증량 및 수집 방법.
184. 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 벡터의 설계 및 제조 방법.
185. 유효량의 상기 실시형태들 중 어느 한 실시형태의 조성물을 대상체로에 투여하는 방법.
186. 디스비로시스(dysvirosis)의 확인을 필요로 하는 대상체로부터 수득되는 시료로부터 유전 정보를 분석하는 단계로서, 바이러스 유전 정보가 대상체의 유전 정보 및 기타 미생물로부터 분리되는 단계;
바이러스 유전 정보를 기준, 예를 들어, 대조군, 건강한 대상체와 비교하는 단계; 및
바이러스 유전 정보의 비교가 대상체에서 바이러스 유전 정보의 불균형 또는 비정상적인 비를 제공한다면, 대상체에서 디스비로시스를 확인하는 단계를 포함하는 대상체에서의 디스비로시스의 확인 방법.
187. 표적 세포, 조직 또는 대상체로 핵산 또는 단백질 페이로드를 운반하는 방법으로서, 상기 방법이 표적 세포, 조직 또는 대상체를 (a) 바이러스로부터 유래되는 제1 DNA 서열로서, 표적 세포, 조직 또는 대상체를 감염시킬 수 있는 입자의 생성을 가능하게 하기에 충분한 제1 DNA 서열, 및 (b) 핵산 또는 단백질 페이로드를 인코딩하는 제2 DNA 서열을 포함하는 핵산 조성물과 접촉시키는 단계를 포함하며, 개선이 하기를 포함하는 방법:
제1 DNA 서열이 표 1, 3, 5, 7, 9, 11 또는 13 중 임의의 것에 열거된 상응하는 서열에 대하여 적어도 80%(적어도 85%, 90%, 95%, 97%, 99%, 100%) 서열 동일성을 갖는 적어도 500(적어도 600, 700, 800, 900, 1000, 1200, 1400, 1500, 1600, 1800, 2000)개의 뉴클레오티드를 포함함, 또는
제1 DNA 서열이 표 2, 4, 6, 8, 10, 12 또는 14에 열거된 ORF에 대하여 적어도 80%(적어도 85%, 90%, 95%, 97%, 99%, 100%) 서열 동일성을 갖는 서열을 인코딩함, 또는
제1 DNA 서열이 표 14-1에 열거된 컨센서스 서열에 대하여 적어도 90%(적어도 95%, 97%, 99%, 100%) 서열 동일성을 갖는 서열을 포함함.
본 발명의 다른 특징, 목적 및 이점이 설명 및 도면, 및 청구범위로부터 명백해질 것이다.
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용되는 모든 기술 및 과학 용어는 본 발명이 속하는 분야의 당업자에 의해 통상적으로 이해되는 바와 동일한 의미를 갖는다. 본원에 언급된 모든 간행물, 특허 출원, 특허 및 다른 참고문헌은 그들 전문이 참조로 포함된다. 또한, 물질, 방법 및 실시예는 단지 예시적인 것일 뿐이며, 제한하려는 것이 아니다.
본 발명의 실시형태의 하기의 상세한 설명은 첨부된 도면과 함께 판독하는 경우 더 잘 이해될 것이다. 본 발명의 예시의 목적을 위하여, 본원에 예시된 실시형태가 도면에 나타나 있다. 그러나, 본 발명이 도면에 나타낸 실시형태의 정확한 배열 및 수단으로 제한되지 않음을 이해해야 한다.
도 1a는 캡시드 단백질 서열의 아미노산 영역의 서열 유사성 백분율을 보여주는 도면이다.
도 1b는 캡시드 단백질 서열의 서열 유사성 백분율을 보여주는 도면이다.
도 2는 큐론의 일 실시형태를 보여주는 도면이다.
도 3은 TTMiniV의 LY1 주("큐론 1")를 인코딩하는 카나마이신 벡터의 개략도를 도시한 것이다.
도 4는 TTMiniV의 LY2 주("큐론 2")를 인코딩하는 카나마이신 벡터의 개략도를 도시한 것이다.
도 5는 293T 및 A549 세포에서의 합성 큐론의 트랜스펙션 효율을 도시한 것이다.
도 6a 및 도 6b는 합성 큐론에 의한 293T 세포의 성공적인 감염을 예시한 정량적 PCR 결과를 도시한 것이다.
도 7a 및 도 7b는 합성 큐론에 의한 A549 세포의 성공적인 감염을 예시한 정량적 PCR 결과를 도시한 것이다.
도 8a 및 도 8b는 합성 큐론에 의한 Raji 세포의 성공적인 감염을 예시한 정량적 PCR 결과를 도시한 것이다.
도 9a 및 도 9b는 합성 큐론에 의한 Jurkat 세포의 성공적인 감염을 예시한 정량적 PCR 결과를 도시한 것이다.
도 10a 및 도 10b는 합성 큐론에 의한 Chang 세포의 성공적인 감염을 예시한 정량적 PCR 결과를 도시한 것이다.
도 11a 및 도 11b는 TTMV-LY2Δ574-1371,Δ1432-2210,2610::nLuc로 트랜스펙션되거나 감염된 세포로부터의 루시퍼라제 발현을 보여주는 일련의 그래프이다. 감염된 세포에서 발광이 관찰되었으며, 이는 성공적인 복제 및 패키징을 나타낸다.
도 11c는 알파토르크바이러스(alphatorquevirus)(토르크 테노 바이러스; TTV)의 계통수를 도시한 다이어그램이며, 클레이드가 강조표시되어 있다. 적어도 100개의 아넬로바이러스 주가 표시되어 있으며, 5개의 클레이드로 나뉜다. 5개의 클레이드의 각각으로부터의 예시적인 서열은 본원, 예를 들어, 표 1 내지 14에 제공되어 있다. 상측 칸 = 클레이드 1; 상측 중간 칸 = 클레이드 2; 중간 칸 = 클레이드 3, 하측 중간 칸 = 클레이드 4; 하측 칸 = 클레이드 5.
도 12는 큐론(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 복제-적격 또는 복제-결함 큐론)의 생성에 대한 예시적인 작업흐름을 보여주는 개략도이다.
도 13은 TTV 및 TTMV 게놈 당량의 정량화를 위해 설계된 프라이머 세트에 대한 프라이머 특이성을 보여주는 그래프이다. SYBR 그린(green) 화학에 기초한 정량적 PCR은 각각의 게놈을 인코딩하는 플라스미드 상에서, 표기된 바와 같은 TTMV 또는 TTV 특이적 프라이머 세트를 사용한 증폭 생성물의 각각에 대한 하나의 별개의 피크를 보여준다.
도 14는 qPCR에 의한 TTV 게놈 당량의 정량화에서 PCR 효율을 보여주는 일련의 그래프이다. 2가지 상이한 상용 qPCR 마스터 믹스와 함께 증가하는 농도의 프라이머 및 고정된 농도의 가수분해 프로브(250 nM)를 사용하였다. 90 내지 110%의 효율이 정량화 동안 최소의 오차 전파를 초래하였다.
도 15는 게놈 당량 농도의 7 log10에 걸친 TTMV(표적 1) 또는 TTV(표적 2)의 선형 증폭에 대한 예시적인 증폭 플롯을 보여주는 그래프이다. 게놈 당량을 높은 PCR 효율 및 직선성(R2 TTMV: 0.996; R2 TTV: 0.997)으로 7개의 10배 희석에 걸쳐 정량화하였다.
도 16a 및 도 16b는 큐론 원액 내의 TTMV 게놈 당량의 정량화를 보여주는 일련의 그래프이다. (도 16a) 각각 1:10 희석되고, 2벌로 시행된 2개의 원액의 증폭 플롯. (도 16b) 본원에 직선 범위의 맥락으로 나타난, 도 16a에 나타낸 바와 같은 동일한 2개의 시료. 2가지 대표적인 시료에서 상한 및 하한이 나타나 있다. PCR 효율: 99.58%, R2: 0988.
도 17a 및 도 17b는 외인성 miRNA, miR-625를 포함하는 합성 큐론의 기능적 효과를 보여주는 일련의 그래프이다. (도 17a) 3개의 상이한 비-소세포 폐암(NSCLC) 세포주(A549 세포, NCI-H40 세포 및 SW900 세포)에서 miR-625를 발현하는 큐론으로 감염되는 경우 NSCLC 세포의 세포 생존력에 대한 영향. (도 17b) HEK293T 세포에 의한 YFP 리포터의 발현에 대한 miR-625를 발현하는 큐론의 영향.
도 17c는 표기된 큐론과 접촉되거나, 처리하지 않고 남겨둔 SW900 세포에 대한 총 단백질에 대하여 정규화된 p65 면역블롯 분석의 정량화를 보여주는 그래프이다.
도 18은 5개의 알파토르크바이러스 클레이드 내의 바이러스 DNA 서열의 정렬에 대한 쌍별 동일성을 보여주는 다이어그램이다. 각각의 TTV 클레이드로부터의 바이러스에 대한 DNA 서열을 정렬하였다. 50-bp 슬라이딩 윈도우에 걸친 쌍별 동일성 백분율이 각각의 클레이드에 대한 정렬의 길이를 따라 나타나 있다. 평균 쌍별 동일성이 나타나 있다.
도 19는 각각의 알파토르크바이러스 클레이드로부터의 대표적인 서열의 정렬에 대한 쌍별 동일성을 보여주는 다이어그램이다. TTV-CT30F, TTV-TJN02, TTV-tth8, TTV-JA20 및 TTV-HD23a에 대한 DNA 서열을 정렬하였다. 50-bp 슬라이딩 윈도우에 걸친 쌍별 동일성 백분율이 정렬의 길이를 따라 나타나 있다. 위의 괄호는 비-코딩 및 코딩 영역을 나타내며, 쌍별 동일성이 나타나 있다. 아래의 괄호는 높은 서열 보존 영역을 나타낸다.
도 20은 5개의 알파토르크바이러스 클레이드에 걸친 추정의 단백질을 위한 아미노산 정렬에 대한 쌍별 동일성을 보여주는 다이어그램이다. TTV-CT30F, TTV-TJN02, TTV-tth8, TTV-JA20 및 TTV-HD23a로부터의 추정의 단백질에 대한 아미노산 서열을 정렬하였다. 50-aa 슬라이딩 윈도우에 걸친 쌍별 동일성 백분율이 각각의 정렬의 길이를 따라 나타나 있다. 오픈 리딩 프레임 DNA 서열 및 단백질 아미노산 서열 둘 모두에 대한 쌍별 동일성이 나타나 있다.
도 21은 5' UTR 내의 도메인이 5개의 알파토르크바이러스 클레이드에 걸쳐 고도로 보존되어 있음을 보여주는 다이어그램이다. 각각의 대표적인 알파토르크바이러스에 대한 71-bp 5'UTR 보존된 도메인 서열을 정렬하였다. 서열은 5개의 클레이드 간에 96.6% 쌍별 동일성을 갖는다. 도 21에 나타낸 서열(각각 출현 순서로, SEQ ID NO 703 내지 708)은 또한, 예를 들어, 본원의 표 16-1에 열거되어 있다.
도 22는 5개의 알파토르크바이러스 클레이드로부터의 GC-풍부 도메인의 정렬을 보여주는 다이어그램이다. 각각의 아넬로바이러스는 70% 초과의 GC 함량을 갖는 ORF의 하류 영역을 갖는다. TTV-CT30F, TTV-TJN02, TTV-tth8, TTV-JA20 및 TTV-HD23a로부터의 GC-풍부 영역의 정렬이 나타나 있다. 영역은 길이가 다양하지만, 그들이 정렬되는 경우, 그들은 81.8% 쌍별 동일성을 보인다. 도 22에 나타낸 서열(각각 출현 순서로, SEQ ID NO 709 내지 714)은 또한, 예를 들어, 본원의 표 16-2에 열거되어 있다.
도 1a는 캡시드 단백질 서열의 아미노산 영역의 서열 유사성 백분율을 보여주는 도면이다.
도 1b는 캡시드 단백질 서열의 서열 유사성 백분율을 보여주는 도면이다.
도 2는 큐론의 일 실시형태를 보여주는 도면이다.
도 3은 TTMiniV의 LY1 주("큐론 1")를 인코딩하는 카나마이신 벡터의 개략도를 도시한 것이다.
도 4는 TTMiniV의 LY2 주("큐론 2")를 인코딩하는 카나마이신 벡터의 개략도를 도시한 것이다.
도 5는 293T 및 A549 세포에서의 합성 큐론의 트랜스펙션 효율을 도시한 것이다.
도 6a 및 도 6b는 합성 큐론에 의한 293T 세포의 성공적인 감염을 예시한 정량적 PCR 결과를 도시한 것이다.
도 7a 및 도 7b는 합성 큐론에 의한 A549 세포의 성공적인 감염을 예시한 정량적 PCR 결과를 도시한 것이다.
도 8a 및 도 8b는 합성 큐론에 의한 Raji 세포의 성공적인 감염을 예시한 정량적 PCR 결과를 도시한 것이다.
도 9a 및 도 9b는 합성 큐론에 의한 Jurkat 세포의 성공적인 감염을 예시한 정량적 PCR 결과를 도시한 것이다.
도 10a 및 도 10b는 합성 큐론에 의한 Chang 세포의 성공적인 감염을 예시한 정량적 PCR 결과를 도시한 것이다.
도 11a 및 도 11b는 TTMV-LY2Δ574-1371,Δ1432-2210,2610::nLuc로 트랜스펙션되거나 감염된 세포로부터의 루시퍼라제 발현을 보여주는 일련의 그래프이다. 감염된 세포에서 발광이 관찰되었으며, 이는 성공적인 복제 및 패키징을 나타낸다.
도 11c는 알파토르크바이러스(alphatorquevirus)(토르크 테노 바이러스; TTV)의 계통수를 도시한 다이어그램이며, 클레이드가 강조표시되어 있다. 적어도 100개의 아넬로바이러스 주가 표시되어 있으며, 5개의 클레이드로 나뉜다. 5개의 클레이드의 각각으로부터의 예시적인 서열은 본원, 예를 들어, 표 1 내지 14에 제공되어 있다. 상측 칸 = 클레이드 1; 상측 중간 칸 = 클레이드 2; 중간 칸 = 클레이드 3, 하측 중간 칸 = 클레이드 4; 하측 칸 = 클레이드 5.
도 12는 큐론(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 복제-적격 또는 복제-결함 큐론)의 생성에 대한 예시적인 작업흐름을 보여주는 개략도이다.
도 13은 TTV 및 TTMV 게놈 당량의 정량화를 위해 설계된 프라이머 세트에 대한 프라이머 특이성을 보여주는 그래프이다. SYBR 그린(green) 화학에 기초한 정량적 PCR은 각각의 게놈을 인코딩하는 플라스미드 상에서, 표기된 바와 같은 TTMV 또는 TTV 특이적 프라이머 세트를 사용한 증폭 생성물의 각각에 대한 하나의 별개의 피크를 보여준다.
도 14는 qPCR에 의한 TTV 게놈 당량의 정량화에서 PCR 효율을 보여주는 일련의 그래프이다. 2가지 상이한 상용 qPCR 마스터 믹스와 함께 증가하는 농도의 프라이머 및 고정된 농도의 가수분해 프로브(250 nM)를 사용하였다. 90 내지 110%의 효율이 정량화 동안 최소의 오차 전파를 초래하였다.
도 15는 게놈 당량 농도의 7 log10에 걸친 TTMV(표적 1) 또는 TTV(표적 2)의 선형 증폭에 대한 예시적인 증폭 플롯을 보여주는 그래프이다. 게놈 당량을 높은 PCR 효율 및 직선성(R2 TTMV: 0.996; R2 TTV: 0.997)으로 7개의 10배 희석에 걸쳐 정량화하였다.
도 16a 및 도 16b는 큐론 원액 내의 TTMV 게놈 당량의 정량화를 보여주는 일련의 그래프이다. (도 16a) 각각 1:10 희석되고, 2벌로 시행된 2개의 원액의 증폭 플롯. (도 16b) 본원에 직선 범위의 맥락으로 나타난, 도 16a에 나타낸 바와 같은 동일한 2개의 시료. 2가지 대표적인 시료에서 상한 및 하한이 나타나 있다. PCR 효율: 99.58%, R2: 0988.
도 17a 및 도 17b는 외인성 miRNA, miR-625를 포함하는 합성 큐론의 기능적 효과를 보여주는 일련의 그래프이다. (도 17a) 3개의 상이한 비-소세포 폐암(NSCLC) 세포주(A549 세포, NCI-H40 세포 및 SW900 세포)에서 miR-625를 발현하는 큐론으로 감염되는 경우 NSCLC 세포의 세포 생존력에 대한 영향. (도 17b) HEK293T 세포에 의한 YFP 리포터의 발현에 대한 miR-625를 발현하는 큐론의 영향.
도 17c는 표기된 큐론과 접촉되거나, 처리하지 않고 남겨둔 SW900 세포에 대한 총 단백질에 대하여 정규화된 p65 면역블롯 분석의 정량화를 보여주는 그래프이다.
도 18은 5개의 알파토르크바이러스 클레이드 내의 바이러스 DNA 서열의 정렬에 대한 쌍별 동일성을 보여주는 다이어그램이다. 각각의 TTV 클레이드로부터의 바이러스에 대한 DNA 서열을 정렬하였다. 50-bp 슬라이딩 윈도우에 걸친 쌍별 동일성 백분율이 각각의 클레이드에 대한 정렬의 길이를 따라 나타나 있다. 평균 쌍별 동일성이 나타나 있다.
도 19는 각각의 알파토르크바이러스 클레이드로부터의 대표적인 서열의 정렬에 대한 쌍별 동일성을 보여주는 다이어그램이다. TTV-CT30F, TTV-TJN02, TTV-tth8, TTV-JA20 및 TTV-HD23a에 대한 DNA 서열을 정렬하였다. 50-bp 슬라이딩 윈도우에 걸친 쌍별 동일성 백분율이 정렬의 길이를 따라 나타나 있다. 위의 괄호는 비-코딩 및 코딩 영역을 나타내며, 쌍별 동일성이 나타나 있다. 아래의 괄호는 높은 서열 보존 영역을 나타낸다.
도 20은 5개의 알파토르크바이러스 클레이드에 걸친 추정의 단백질을 위한 아미노산 정렬에 대한 쌍별 동일성을 보여주는 다이어그램이다. TTV-CT30F, TTV-TJN02, TTV-tth8, TTV-JA20 및 TTV-HD23a로부터의 추정의 단백질에 대한 아미노산 서열을 정렬하였다. 50-aa 슬라이딩 윈도우에 걸친 쌍별 동일성 백분율이 각각의 정렬의 길이를 따라 나타나 있다. 오픈 리딩 프레임 DNA 서열 및 단백질 아미노산 서열 둘 모두에 대한 쌍별 동일성이 나타나 있다.
도 21은 5' UTR 내의 도메인이 5개의 알파토르크바이러스 클레이드에 걸쳐 고도로 보존되어 있음을 보여주는 다이어그램이다. 각각의 대표적인 알파토르크바이러스에 대한 71-bp 5'UTR 보존된 도메인 서열을 정렬하였다. 서열은 5개의 클레이드 간에 96.6% 쌍별 동일성을 갖는다. 도 21에 나타낸 서열(각각 출현 순서로, SEQ ID NO 703 내지 708)은 또한, 예를 들어, 본원의 표 16-1에 열거되어 있다.
도 22는 5개의 알파토르크바이러스 클레이드로부터의 GC-풍부 도메인의 정렬을 보여주는 다이어그램이다. 각각의 아넬로바이러스는 70% 초과의 GC 함량을 갖는 ORF의 하류 영역을 갖는다. TTV-CT30F, TTV-TJN02, TTV-tth8, TTV-JA20 및 TTV-HD23a로부터의 GC-풍부 영역의 정렬이 나타나 있다. 영역은 길이가 다양하지만, 그들이 정렬되는 경우, 그들은 81.8% 쌍별 동일성을 보인다. 도 22에 나타낸 서열(각각 출현 순서로, SEQ ID NO 709 내지 714)은 또한, 예를 들어, 본원의 표 16-2에 열거되어 있다.
정의
용어 "치료, 조절 등을 위한 화합물, 조성물, 생성물 등"은 표기된 치료, 조절 등의 목적에 적합한 화합물, 조성물, 생성물 등 그 자체를 지칭하는 것이 이해되어야 한다. 용어 "치료, 조절 등을 위한 화합물, 조성물, 생성물 등"은 추가로 일 실시형태로서, 이러한 화합물, 조성물, 생성물 등이 치료, 조절 등에 사용하기 위한 것임을 개시한다.
용어 "...에 사용하기 위한 화합물, 조성물, 생성물 등" 또는 "...를 위한 의약, 약제학적 조성물, 수의학적 조성물, 진단적 조성물 등의 제조에서의 화합물, 조성물, 생성물 등의 용도"는 이러한 화합물, 조성물, 생성물 등이 인간 또는 동물 신체에서 실시될 수 있는 치료적 방법에 사용될 것임을 나타낸다. 그들은 치료 방법 등에 관한 실시형태 및 청구범위의 동등한 개시로서 간주된다. 따라서, 실시형태 또는 청구범위가 "질병을 앓는 것으로 의심되는 인간 또는 동물을 치료하는데 사용하기 위한 화합물"을 지칭한다면, 이것은 또한 "질병을 앓는 것으로 의심되는 인간 또는 동물을 치료하기 위한 의약의 제조에서의 화합물의 용도" 또는 "질병을 앓는 것으로 의심되는 인간 또는 동물로의 화합물의 투여에 의한 치료 방법"의 개시인 것으로 간주된다. 용어 "치료, 조절 등을 위한 화합물, 조성물, 생성물 등"은 표기된 치료, 조절 등의 목적에 적합한 화합물, 조성물, 생성물 등 그 자체를 지칭함을 이해할 것이다.
기간, 값, 수 등의 하기의 예가 괄호 안에 제공된다면, 이것은 괄호 안에 언급된 예가 실시형태를 구성할 수 있다는 표시로서 이해해야 한다. 예를 들어, "실시형태들에서, 핵산 분자가 표 1의 아넬로바이러스 ORF1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 571 내지 2613)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다"고 언급된다면, 일부 실시형태는 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 571 내지 2613에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함하는 핵산 분자에 관한 것이다.
본원에 사용되는 바와 같이, 용어 "큐론"은 단백질성 외부 내에 봉입된 유전 요소, 예를 들어, 에피솜, 예를 들어, 환형 DNA를 포함하는 비히클을 지칭한다. 본원에 사용되는 바와 같이, "합성 큐론"은 일반적으로, 자연 발생이 아닌, 예를 들어, 야생형 바이러스(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 야생형 아넬로바이러스)에 비하여 변형된 서열을 갖는 큐론을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 엔지니어링되거나 또는 재조합이며, 예를 들어, 야생형 바이러스 게놈(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 야생형 아넬로바이러스 게놈)에 비하여 변형을 포함하는 유전 요소를 포함한다. 일부 실시형태에서, 단백질성 외부 내의 봉입은 단백질성 외부에 의한 100% 커버리지, 및 100% 미만, 예를 들어, 95%, 90%, 85%, 80%, 70%, 60%, 50% 또는 그 미만의 커버리지를 포함한다. 유전 요소가 예를 들어, 숙주 세포로의 유입 이전에 단백질성 외부에 보유되는 한, 예를 들어, (예를 들어, 단백질성 외부를 물, 이온, 펩티드 또는 소분자에 대해 투과 가능하게 만드는) 갭 또는 불연속부가 단백질성 외부에 존재할 수 있다. 일부 실시형태에서, 큐론은 정제되며, 예를 들어, 큐론은 그의 원래의 공급원으로부터 분리되고/분리되거나 다른 성분이 실질적으로 없다(50% 초과, 60% 초과, 70% 초과, 80% 초과, 90% 초과).
본원에 사용되는 바와 같이, "인코딩"하는 핵산은 아미노산 서열 또는 기능적 폴리뉴클레오티드(예를 들어, 비-코딩 RNA, 예를 들어, siRNA 또는 miRNA)를 인코딩하는 핵산 서열을 지칭한다.
본원에 사용되는 바와 같이, 용어 "디스비로시스"는 대상체에서의 바이러스체(virome)의 이상조절을 지칭한다.
본원에 사용되는 바와 같은 "외인성" 작용제(예를 들어, 이펙터, 핵산(예를 들어, RNA), 유전자, 페이로드, 단백질)는 상응하는 야생형 바이러스, 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 아넬로바이러스에 의해 포함되지 않거나, 그에 의해 인코딩되지 않는 작용제를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 외인성 작용제, 예컨대, 자연 발생 단백질 또는 핵산에 비하여 (예를 들어, 삽입, 결실 또는 치환에 의해) 변경된 서열을 갖는 단백질 또는 핵산은 자연적으로 존재하지 않는다. 일부 실시형태에서, 외인성 작용제는 숙주 세포에서 자연적으로 존재하지 않는다. 일부 실시형태에서, 외인성 작용제는 숙주 세포에서 자연적으로 존재하지만, 바이러스에 대하여 외인성이다. 일부 실시형태에서, 외인성 작용제는 숙주 세포에서 자연적으로 존재하지만, 요망되는 수준으로 또는 요망되는 시간에 존재하지 않는다.
본원에 사용되는 바와 같이, 용어 "유전 요소"는 일반적으로 큐론 내의 핵산 서열을 지칭한다. 유전 요소가 네이키드(naked) DNA로서 생성되고, 선택적으로 추가로 단백질성 외부 내로 어셈블될 수 있는 것이 이해된다. 또한, 큐론은 그의 유전 요소를 세포 내로 삽입하여, 유전 요소가 세포 내에 존재하게 하고, 단백질성 외부가 반드시 세포에 유입되는 것은 아니라는 점이 이해된다.
본원에 사용되는 바와 같이, "실질적으로 비-병원성인" 유기체, 입자 또는 성분은 예를 들어, 숙주 유기체, 예를 들어, 포유동물, 예를 들어, 인간에서 검출 가능한 질병 또는 병원성 질환을 야기하거나 유도하지 않는 유기체, 입자(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은, 예를 들어, 바이러스 또는 큐론) 또는 그의 성분을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 대상체로의 큐론의 투여는 치료 기준의 일부로서 허용되는 부차 반응 또는 부작용을 초래할 수 있다.
본원에 사용되는 바와 같이, 용어 "비-병원성"은 숙주 유기체, 예를 들어, 포유동물, 예를 들어, 인간에서 검출 가능한 질병 또는 병원성 질환을 야기하거나 유도하지 않는 유기체 또는 그의 성분을 지칭한다.
본원에 사용되는 바와 같이, "실질적으로 비-통합성인" 유전 요소는 숙주 세포(예를 들어, 진핵 세포) 또는 유기체(예를 들어, 포유동물, 예를 들어, 인간) 내로 유입되는 유전 요소 중 약 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5% 또는 1% 미만이 게놈 내로 통합되는 유전 요소, 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은, 예를 들어, 바이러스 또는 큐론 내의 유전 요소를 지칭한다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 예를 들어, 숙주 세포의 게놈 내로 검출 가능하게 통합되지 않는다. 일부 실시형태에서, 게놈 내로의 유전 요소의 통합은 본원에 기재된 바와 같은 기법, 예를 들어, 핵산 서열결정, PCR 검출 및/또는 핵산 혼성화를 사용하여 검출될 수 있다.
본원에 사용되는 바와 같이, "실질적으로 비-면역원성인" 유기체, 입자 또는 성분은 예를 들어, 숙주 조직 또는 유기체(예를 들어, 포유동물, 예를 들어, 인간)에서 요망되지 않는 또는 비표적화된 면역 반응을 야기하거나 유도하지 않는 유기체, 입자(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은, 예를 들어, 바이러스 또는 큐론) 또는 그의 성분을 지칭한다. 실시형태들에서, 실질적으로 비-면역원성인 유기체, 입자 또는 성분은 검출 가능한 면역 반응을 생성하지 않는다. 실시형태들에서, 실질적으로 비-면역원성인 큐론은 표 1 내지 14 중 어느 하나에 나타낸 아미노산 서열을 포함하거나, 핵산 서열에 의해 인코딩되는 단백질에 대하여 검출 가능한 면역 반응을 생성하지 않는다. 실시형태들에서, 면역 반응(예를 들어, 요망되지 않는 또는 비표적화된 면역 반응)은 예를 들어, 문헌[Tsuda et al., 1999; J. Virol. Methods 77: 199-206](본원에 참조로 포함됨)에 기재된 항-TTV 항체 검출 방법 및/또는 문헌[Kakkola et al., 2008; Virology 382: 182-189](본원에 참조로 포함됨)에 기재된 항-TTV IgG 수준의 결정 방법에 따라 대상체에서 항체 존재 또는 수준(예를 들어, 항-큐론 항체의 존재 또는 수준, 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 합성 큐론에 대한 항체의 존재 또는 수준)을 검정함으로써 검출된다. 아넬로바이러스 또는 그에 기초한 큐론에 대한 항체는 또한 항-바이러스 항체를 검출하기 위한 해당 분야의 방법, 예를 들어, 문헌[Calcedo et al., 2013; Front. Immunol. 4(341): 1-7](본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같은 예를 들어, 항-AAV 항체의 검출 방법에 의해 검출될 수 있다.
본원에 사용되는 바와 같이, 용어 "단백질성 외부"는 주로 단백질인 외부 성분을 지칭한다.
본원에 사용되는 바와 같이, 용어 "조절 핵산"은 발현 생성물을 인코딩하는 DNA 서열의 발현, 예를 들어, 전사 및/또는 번역을 변경시키는 핵산 서열을 지칭한다. 실시형태들에서, 발현 생성물은 RNA 또는 단백질을 포함한다.
본원에 사용되는 바와 같이, 용어 "조절 서열"은 표적 유전자 생성물의 전사를 변경시키는 핵산 서열을 지칭한다. 일부 실시형태에서, 조절 서열은 프로모터 또는 인핸서이다.
본원에 사용되는 바와 같이, 용어 "복제 단백질"은 감염, 바이러스 게놈 복제/발현, 바이러스 단백질 합성 및/또는 바이러스 성분의 어셈블리 동안 사용되는 단백질, 예를 들어, 바이러스 단백질을 지칭한다.
본원에 사용되는 바와 같이, "치료", "치료하는" 및 그의 동족어는 질병, 병리학적 질환 또는 장애를 개선하거나, 개량하거나, 안정화시키거나, 예방하거나 치유하기 위한 의도를 갖는 대상체의 의학적 관리를 지칭한다. 이러한 용어는 적극 치료(질병, 병리학적 질환 또는 장애를 개선하고자 하는 치료), 원인 치료(관련 질병, 병리학적 질환 또는 장애의 원인을 향한 치료), 완화 치료(증상의 경감을 위해 설계된 치료), 예방적 치료(관련 질병, 병리학적 질환 또는 장애의 예방, 최소화, 또는 이의 발생을 부분적으로 또는 완전히 억제하고자 하는 치료); 및 보완 치료(또 다른 치료법을 보완하기 위해 사용되는 치료)를 포함한다.
본원에 사용되는 바와 같이, 용어 "바이러스체"는 특정 환경, 예를 들어, 신체의 부분 내의, 예를 들어, 유기체 내의, 예를 들어, 세포 내의, 예를 들어, 조직 내의 바이러스를 지칭한다.
본 발명은 일반적으로 큐론, 예를 들어, 합성 큐론 및 그의 용도에 관한 것이다. 본 개시내용은 합성 큐론, 합성 큐론을 포함하는 조성물, 및 합성 큐론의 제조 또는 이용 방법을 제공한다. 합성 큐론은 일반적으로 예를 들어, 치료제를 진핵 세포로 운반하기 위한 운반 비히클로서 유용하다. 일반적으로, 합성 큐론은 단백질성 외부 내에 봉입된 (예를 들어, 외인성 이펙터를 인코딩하는) 외인성 핵산 서열을 포함하는 유전 요소를 포함할 것이다. 합성 큐론은 예를 들어, 세포를 포함하는 대상체에서 질병 또는 장애를 치료하기 위하여, 유전 요소 또는 거기에 인코딩된 이펙터(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은, 예를 들어, 폴리펩티드 또는 핵산 이펙터)를 진핵 세포 내로 운반하기 위한 실질적으로 비-면역원성인 비히클로서 사용될 수 있다.
큐론
일부 양태에서, 본원에 기재된 발명은 조성물 및 합성 큐론의 이용 및 제조 방법을 포함한다. 일부 실시형태에서, 큐론은 유전 요소의 나머지에 비하여 적어도 하나의 외인성 요소를 포함하는 유전 요소(예를 들어, 환형 DNA, 예를 들어, 단일 가닥 DNA) 및/또는 단백질성 외부(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은, 예를 들어, 이펙터를 인코딩하는 외인성 요소)를 포함한다. 큐론은 숙주, 예를 들어, 인간 내로의 페이로드에 대한 운반 비히클(예를 들어, 실질적으로 비-병원성인 운반 비히클)일 수 있다. 일부 실시형태에서, 큐론은 진핵 세포, 예를 들어, 포유동물 세포, 예를 들어, 인간 세포에서 복제 가능하다. 일부 실시형태에서, 큐론은 포유동물(예를 들어, 인간) 세포에서 실질적으로 비-병원성이고/이거나 실질적으로 비-통합성이다. 일부 실시형태에서, 큐론은 포유동물, 예를 들어, 인간에서 실질적으로 비-면역원성이다. 일부 실시형태에서, 큐론은 아넬로바이러스(예를 들어, 기재된 바와 같은 아넬로바이러스, 예를 들어, 표 1 내지 14 중 어느 하나에 나타낸 바와 같은 서열을 포함하는 핵산 또는 폴리펩티드를 포함하는 아넬로바이러스) 또는 다른 실질적으로 비-병원성인 바이러스, 예를 들어, 상리공생 바이러스(symbiotic virus), 편리공생 바이러스(commensal virus), 고유 바이러스에 기초한 서열, 구조 및/또는 기능을 갖는다. 일반적으로, 아넬로바이러스-기반의 큐론은 아넬로바이러스에 대하여 외인성인 적어도 하나의 요소, 예를 들어, 외인성 이펙터 또는 큐론의 유전 요소 내에 배치된 외인성 이펙터를 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 큐론은 복제-결함이다. 일부 실시형태에서, 큐론은 복제-적격이다.
일 양태에서, 본 발명은 (i) 프로모터 요소, 외인성 이펙터(예를 들어, 페이로드)를 인코딩하는 서열 및 단백질 결합 서열(예를 들어, 외부 단백질 결합 서열, 예를 들어, 패키징 신호)을 포함하는 유전 요소로서, 유전 요소가 단일-가닥 DNA이며, 하기의 특성 중 하나 또는 둘 모두를 갖는 유전 요소: 환형이고/환형이거나 세포에 유입되는 유전 요소의 약 0.001%, 0.005%, 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5% 또는 2% 미만의 빈도로 진핵 세포의 게놈 내로 통합됨; 및 (ii) 단백질성 외부를 포함하는 합성 큐론을 포함하며; 유전 요소는 단백질성 외부 내에 봉입되며; 합성 큐론은 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있다.
본원에 기재된 합성 큐론의 일부 실시형태에서, 유전 요소는 세포에 유입되는 유전 요소의 약 0.001%, 0.005%, 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5% 또는 2% 미만의 빈도로 통합된다. 일부 실시형태에서, 대상체에 투여되는 복수의 합성 큐론으로부터 약 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 2%, 3%, 4% 또는 5% 미만의 유전 요소는 대상체 내의 하나 이상의 숙주 세포의 게놈 내로 통합될 것이다. 일부 실시형태에서, 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 합성 큐론의 집단의 유전 요소는 유사한 AAV 바이러스의 집단의 것보다 더 낮은 빈도로, 예를 들어, 유사한 AAV 바이러스의 집단보다 약 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100% 이상 더 낮은 빈도로 숙주 세포의 게놈 내로 통합된다.
일 양태에서, 본 발명은 (i) 프로모터 요소 및 외인성 이펙터(예를 들어, 페이로드)를 인코딩하는 서열, 및 단백질 결합 서열(예를 들어, 외부 단백질 결합 서열)을 포함하는 유전 요소로서, 유전 요소가 야생형 아넬로바이러스 서열(예를 들어, 야생형 토르크 테노 바이러스(TTV), 토르크 테노 미니 바이러스(TTMV) 또는 TTMDV 서열, 예를 들어, 표 1, 3, 5, 7, 9, 11 또는 13 중 임의의 것에 열거된 바와 같은 야생형 아넬로바이러스 서열)에 대하여 적어도 75%(예를 들어, 적어도 75, 76, 77, 78, 79, 80, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%) 서열 동일성을 갖는 유전 요소; 및 (ii) 단백질성 외부를 포함하는 합성 큐론을 포함하며; 유전 요소는 단백질성 외부 내에 봉입되며; 합성 큐론은 유전 요소를 진핵 세포 내로 운반할 수 있다.
일 양태에서, 본 발명은
a) (i) 비-병원성 외부 단백질을 인코딩하는 서열, (ii) 유전 요소를 비-병원성 외부 단백질에 결합시키는 외부 단백질 결합 서열, 및 (iii) 조절 핵산을 인코딩하는 서열을 포함하는 유전 요소; 및
b) 유전 요소와 회합된, 예를 들어, 이를 둘러싸거나 봉입하는 단백질성 외부를 포함하는 합성 큐론을 포함한다.
일부 실시형태에서, 큐론은 비-외피, 환형, 단일-가닥 DNA 바이러스로부터의(또는 이와 70% 초과, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 98%, 99%, 100%의 상동성을 갖는) 서열 또는 발현 생성물을 포함한다. 동물 환형 단일-가닥 DNA 바이러스는 일반적으로 진핵 비-식물 숙주를 감염시키고, 환형 게놈을 갖는 단일 가닥 DNA(ssDNA) 바이러스의 하위군을 지칭한다. 따라서, 동물 환형 ssDNA 바이러스는 원핵생물을 감염시키는 ssDNA 바이러스(즉, 마이크로바이러스과 및 이노바이러스과) 및 식물을 감염시키는 ssDNA 바이러스(즉, 제미니바이러스과 및 나노바이러스과)와 구별 가능하다. 그들은 또한 비-식물 진핵생물을 감염시키는 선형 ssDNA 바이러스(즉, 파보바이러스과)와 구별 가능하다.
일부 실시형태에서, 큐론은 숙주 세포 기능을 예를 들어, 일시적으로 또는 장기간 조절한다. 특정 실시형태에서, 세포 기능은 안정하게 변경되며, 예컨대 조절은 적어도 약 1시간 내지 약 30일, 또는 적어도 약 2시간, 6시간, 12시간, 18시간, 24시간, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 8일, 9일, 10일, 11일, 12일, 13일, 14일, 15일, 16일, 17일, 18일, 19일, 20일, 21일, 22일, 23일, 24일, 25일, 26일, 27일, 28일, 29일, 30일, 60일 이상 또는 그 사이의 임의의 시간 동안 지속된다.
특정 실시형태에서, 세포 기능은 일시적으로 변경되며, 예를 들어, 예컨대 조절은 약 30분 이하 내지 약 7일 또는 약 1시간 이하, 2시간, 3시간, 4시간, 5시간, 6시간, 7시간, 8시간, 9시간, 10시간, 11시간, 12시간, 13시간, 14시간, 15시간, 16시간, 17시간, 18시간, 19시간, 20시간, 21시간, 22시간, 24시간, 36시간, 48시간, 60시간, 72시간, 4일, 5일, 6일, 7일 또는 그 사이의 임의의 시간 동안 지속된다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 프로모터 요소를 포함한다. 실시형태들에서, 프로모터 요소는 RNA 중합효소 II-의존성 프로모터, RNA 중합효소 III-의존성 프로모터, PGK 프로모터, CMV 프로모터, EF-1α 프로모터, SV40 프로모터, CAGG 프로모터 또는 UBC 프로모터, TTV 바이러스 프로모터, 조직 특이적, U6(pollIII), 활성화 단백질(TetR-VP16, Gal4-VP16, dCas9-VP16 등)에 대한 상류 DNA 결합 부위가 있는 최소 CMV 프로모터로부터 선택된다. 실시형태들에서, 프로모터 요소는 TATA 박스를 포함한다. 실시형태들에서, 프로모터 요소는 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 야생형 아넬로바이러스에 대하여 내인성이다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 하기의 특징 중 하나 이상을 포함한다: 단일-가닥, 환형, 음성 가닥 및/또는 DNA. 실시형태들에서, 유전 요소는 에피솜을 포함한다. 일부 실시형태에서, 이펙터를 배제한 유전 요소의 부분은 약 2.5 내지 5 kb(예를 들어, 약 2.8 내지 4kb, 약 2.8 내지 3.2kb, 약 3.6 내지 3.9kb 또는 약 2.8 내지 2.9kb), 약 5kb 미만(예를 들어, 약 2.9kb, 3.2 kb, 3.6kb, 3.9kb 또는 4kb 미만) 또는 적어도 100개의 뉴클레오티드(예를 들어, 적어도 1kb)의 조합된 크기를 갖는다.
본원에 기재된 바와 같은 큐론, 큐론을 포함하는 조성물, 이러한 큐론의 사용 방법 등은 일부 예에서 부분적으로, 상이한 이펙터, 예를 들어, (예를 들어, IFN 또는 miR-625에 대한) miRNA, shRNA 등 및 단백질 결합 서열, 예를 들어, 캡시드 단백질, 예컨대 Q99153에 결합하는 DNA 서열을 단백질성 외부, 예를 들어, 문헌[Arch Virol (2007) 152: 1961-1975]에 개시된 캡시드와 조합하여, 이어서 외인성 이펙터를 세포(예를 들어, 동물 세포, 예를 들어, 인간 세포 또는 비-인간 동물 세포, 예컨대 돼지 또는 마우스 세포)로 운반하는데 사용될 수 있는 큐론을 생성하는 방법을 예시하는 실시예에 기초한다. 실시형태들에서, 외인성 이펙터는 인터페론과 같은 인자의 발현을 침묵화시킬 수 있다. 실시예에는 외인성 이펙터를 예를 들어, 아넬로바이러스로부터 유래된 서열 내로 삽입함으로써 큐론이 제조될 수 있는 방법이 추가로 기재된다. 이들 실시예에 기초하여 이하의 설명은 실시예에서 고려되는 특정 발견 및 조합의 다양한 변형을 고려한다. 예를 들어, 당업자는 특정 miRNA가 단지 외인성 이펙터의 예로서 사용되며, 다른 외인성 이펙터가 예를 들어, 다른 조절 핵산 또는 치료적 펩티드일 수 있음을 실시예로부터 이해할 것이다. 유사하게, 실시예에 사용되는 특정 캡시드는 하기 기재되는 실질적으로 비-병원성인 단백질에 의해 대체될 수 있다. 실시예에 기재된 특정 아넬로바이러스 서열은 또한 하기 기재되는 아넬로바이러스 서열에 의해 대체될 수 있다. 이들 고려사항은 단백질 결합 서열, 조절 서열, 예컨대 프로모터 등에 유사하게 적용된다. 그와 독립적으로, 당업자는 특히 실시예와 밀접하게 관련이 있는 실시형태를 고려할 것이다.
일부 실시형태에서, 큐론 또는 큐론에 포함되는 유전 요소는 세포(예를 들어, 인간 세포) 내로 도입된다. 일부 실시형태에서, 예를 들어, 실시예 19에 기재된 바와 같이, 예를 들어, 일단 큐론 또는 유전 요소가 세포 내로 도입되면, 예를 들어, 큐론의 유전 요소에 의해 인코딩되는 외인성 이펙터(예를 들어, RNA, 예를 들어, miRNA)는 세포(예를 들어, 인간 세포)에서 발현된다. 실시형태들에서, 세포 내로의 큐론 또는 거기에 포함된 유전 요소의 도입은 예를 들어, (예를 들어, 실시예 22에 기재된 바와 같이) 세포에 의한 표적 분자의 발현 수준을 변경시킴으로써 세포에서 표적 분자(예를 들어, 표적 핵산, 예를 들어, RNA 또는 표적 폴리펩티드)의 수준을 조절한다(예를 들어, 증가시키거나 감소시킨다). 실시형태들에서, 큐론 또는 거기에 포함된 유전 요소의 도입은 예를 들어, 실시예 3 및 4에 기재된 바와 같이, 세포에 의해 생성되는 인터페론의 수준을 감소시킨다. 실시형태들에서, 세포 내로의 큐론 또는 거기에 포함된 유전 요소의 도입은 세포의 기능을 조절한다(예를 들어, 증가시키거나 감소시킨다). 실시형태들에서, 세포 내로의 큐론 또는 거기에 포함된 유전 요소의 도입은 세포의 생존력을 조절한다(예를 들어, 증가시키거나 감소시킨다). 실시형태들에서, 세포 내로의 큐론 또는 거기에 포함된 유전 요소의 도입은 예를 들어, 실시예 22에 기재된 바와 같이, 세포(예를 들어, 암 세포)의 생존력을 감소시킨다.
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 큐론(예를 들어, 합성 큐론)은 70% 미만의 항체 출현율(예를 들어, 약 60%, 50%, 40%, 30%, 20% 또는 10% 미만의 항체 출현율)을 유도한다. 실시형태들에서, 항체 출현율은 해당 분야에 공지된 방법에 따라 결정된다. 실시형태들에서, 항체 출현율은 예를 들어, 문헌[Tsuda et al., 1999; J. Virol. Methods 77: 199-206](본원에 참조로 포함됨)에 기재된 항-TTV 항체 검출 방법 및/또는 문헌[Kakkola et al., 2008; Virology 382: 182-189](본원에 참조로 포함됨)에 기재된 항-TTV IgG 혈청학적 출현율의 결정 방법에 따라 생물학적 시료에서 아넬로바이러스(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같음) 또는 그에 기초한 큐론에 대한 항체를 검출함으로써 결정된다. 아넬로바이러스 또는 그에 기초한 큐론에 대한 항체는 또한 항-바이러스 항체를 검출하기 위한 해당 분야의 방법, 예를 들어, 문헌[Calcedo et al., 2013; Front. Immunol. 4(341): 1-7](본원에 참조로 포함됨)에 기재된 바와 같은, 예를 들어, 항-AAV 항체의 검출 방법에 의해 검출될 수 있다.
아넬로바이러스
일부 실시형태에서, 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 합성 큐론은 아넬로바이러스로부터 유래된 서열 또는 발현 생성물을 포함한다. 일반적으로, 합성 큐론은 아넬로바이러스에 비하여 외인성인 하나 이상의 서열 또는 발현 생성물을 포함한다. 아넬로바이러스 속은 한때 써코바이러스과 내의 하나의 클레이드로서 분류되었으며, 더욱 최근에는 개별 과로서 분류된 바 있다. 아넬로바이러스는 일반적으로 음의 극성을 갖는 단일-가닥 환형 DNA 게놈을 갖는다. 아넬로바이러스는 임의의 인간 질병과 연관된 바 없다. 그러나, 아넬로바이러스 감염을 인간 질병과 연관시키려는 시도는 대조군 코호트 집단(들)에서의 무증상 아넬로바이러스 바이러스혈증의 높은 유병률, 아넬로바이러스 과 내의 현저한 게놈 다양성, 종래에 시험관 내에서 작용제를 전파할 수 없음, 아넬로바이러스 질병의 동물 모델(들)의 결여에 의해 혼동되었다(문헌[Yzebe et al., Panminerva Med. (2002) 44:167-177]; 문헌[Biagini, P., Vet. Microbiol. (2004) 98:95-101]).
아넬로바이러스는 구비강 또는 배변-구강 감염, 모에서 유아로의 전염 및/또는 자궁 내의 전염에 의해 전염되는 것으로 보인다(문헌[Gerner et al., Ped. Infect. Dis. J. (2000) 19:1074-1077]). 감염된 사람은 장기의(수개월 내지 수년) 아넬로바이러스 바이러스혈증이라는 특징이 나타난다. 인간은 한가지 초과의 유전자군 또는 바이러스주로 동시-감염될 수 있다(문헌[Saback, et al., Scad. J. Infect. Dis. (2001) 33:121-125]). 이들 유전자군이 감염된 인간 내에서 재조합될 수 있다는 제안이 존재한다(문헌[Rey et al., Infect. (2003) 31:226-233]). 이중 가닥 아이소폼(복제성) 중간체는 몇몇의 조직, 예컨대 간, 말초 혈액 단핵 세포 및 골수에서 관찰된 바 있다(문헌[Kikuchi et al., J. Med. Virol. (2000) 61:165-170]; 문헌[Okamoto et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. (2002) 270:657-662]; 문헌[Rodriguez-lnigo et al., Am. J. Pathol. (2000) 156:1227-1234]).
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 바와 같은 큐론은 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 아넬로바이러스 서열 또는 그의 단편에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는 하나 이상의 핵산 분자(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 유전 요소)를 포함한다. 실시형태들에서, 아넬로바이러스 서열은 표 1, 3, 5, 7, 9, 11 또는 13 중 어느 하나에 나타낸 바와 같은 서열로부터 선택된다. 일부 실시형태에서, 본원에 기재된 바와 같은 큐론은 본원에 기재된 아넬로바이러스(예를 들어, 표 1 내지 16 또는 19 중 어느 하나에 주석이 달리거나, 그에 열거된 서열에 의해 인코딩되는 바와 같은 아넬로바이러스 서열) 중 어느 하나의 TATA 박스, 캡 부위, 전사 시작 부위, 5' UTR 보존된 도메인, ORF1, ORF1/1, ORF1/2, ORF2, ORF2/2, ORF2/3, ORF2t/3, 3개의 오픈-리딩 프레임 영역, 폴리(A) 신호, GC-풍부 영역 또는 그의 임의의 조합에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하는 하나 이상의 핵산 분자(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 유전 요소)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 핵산 분자는 캡시드 단백질을 인코딩하는 서열, 예를 들어, 본원에 기재된 아넬로바이러스(예를 들어, 표 1 내지 16 또는 19 중 어느 하나에 주석이 달리거나, 그에 열거된 서열에 의해 인코딩되는 바와 같은 아넬로바이러스 서열) 중 어느 하나의 ORF1, ORF1/1, ORF1/2, ORF2, ORF2/2, ORF2/3, ORF2t/3 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 아넬로바이러스 ORF1 또는 ORF2 단백질(예를 들어, 표 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14 또는 16 중 어느 하나에 나타낸 바와 같은 ORF1 또는 ORF2 아미노산 서열, 또는 표 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15 또는 19 중 어느 하나에 나타낸 바와 같은 핵산 서열에 의해 인코딩되는 ORF1 또는 ORF2 아미노산 서열)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 캡시드 단백질을 인코딩하는 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 ORF1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 571 내지 2613)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 ORF1/1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 571 내지 587 및/또는 2137 내지 2613)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 ORF1/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 571 내지 687 및/또는 2339 내지 2659)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 ORF2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 299 내지 691)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 ORF2/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 299 내지 687 및/또는 2137 내지 2659)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 ORF2/3 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 299 내지 687 및/또는 2339 내지 2831)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 ORF2t/3 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 299 내지 348 및/또는 2339 내지 2831)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 TATA 박스 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 84 내지 90)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 캡 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 107 내지 114)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 전사 시작 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 114)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 177 내지 247)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 3개의 오픈-리딩 프레임 영역 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2325 내지 2610)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 폴리(A) 신호 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2813 내지 2818)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 1의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3415 내지 3570)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 ORF1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 599 내지 2839)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 ORF1/1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 599 내지 727 및/또는 2381 내지 2839)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 ORF1/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 599 내지 727 및/또는 2619 내지 2813)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 ORF2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 357 내지 731)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 ORF2/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 357 내지 727 및/또는 2381 내지 2813)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 ORF2/3 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 357 내지 727 및/또는 2619 내지 3021)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 ORF2t/3 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 357 내지 406 및/또는 2619 내지 3021)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 TATA 박스 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 89 내지 90)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 캡 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 107 내지 114)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 전사 시작 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 114)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 174 내지 244)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 3개의 오픈-리딩 프레임 영역 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2596 내지 2810)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 폴리(A) 신호 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3017 내지 3022)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 3의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3691 내지 3794)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 ORF1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 599 내지 2830)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 ORF1/1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 599 내지 715 및/또는 2363 내지 2830)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 ORF1/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 599 내지 715 및/또는 2565 내지 2789)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 ORF2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 336 내지 719)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 ORF2/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 336 내지 715 및/또는 2363 내지 2789)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 ORF2/3 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 336 내지 715 및/또는 2565 내지 3015)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 ORF2t/3 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 336 내지 388 및/또는 2565 내지 3015)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 TATA 박스 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 83 내지 88)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 캡 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 104 내지 111)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 전사 시작 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 111)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 170 내지 240)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 3개의 오픈-리딩 프레임 영역 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2551 내지 2786)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 폴리(A) 신호 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3011 내지 3016)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 5의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3632 내지 3753)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 ORF1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 590 내지 2899)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 ORF1/1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 590 내지 712 및/또는 2372 내지 2899)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 ORF1/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 590 내지 712 및/또는 2565 내지 2873)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 ORF2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 354 내지 716)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 ORF2/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 354 내지 712 및/또는 2372 내지 2873)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 ORF2/3 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 354 내지 712 및/또는 2565 내지 3075)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 ORF2t/3 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 354 내지 400 및/또는 2565 내지 3075)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 TATA 박스 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 86 내지 90)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 캡 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 107 내지 114)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 전사 시작 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 114)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 174 내지 244)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 3개의 오픈-리딩 프레임 영역 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2551 내지 2870)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 폴리(A) 신호 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3071 내지 3076)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 7의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3733 내지 3853)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 ORF1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 577 내지 2787)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 ORF1/1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 577 내지 699 및/또는 2311 내지 2787)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 ORF1/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 577 내지 699 및/또는 2504 내지 2806)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 ORF2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 341 내지 703)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 ORF2/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 341 내지 699 및/또는 2311 내지 2806)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 ORF2/3 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 341 내지 699 및/또는 2504 내지 2978)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 ORF2t/3 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 341 내지 387 및/또는 2504 내지 2978)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 TATA 박스 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 83 내지 87)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 캡 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 104 내지 111)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 전사 시작 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 111)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 171 내지 241)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 3개의 오픈-리딩 프레임 영역 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2463 내지 2784)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 폴리(A) 신호 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2974 내지 2979)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 9의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3644 내지 3758)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 11의 아넬로바이러스 ORF1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 612 내지 2612)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 11의 아넬로바이러스 ORF1/1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 612 내지 719 및/또는 2274 내지 2612)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 11의 아넬로바이러스 ORF1/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 612 내지 719 및/또는 2449 내지 2589)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 11의 아넬로바이러스 ORF2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 424 내지 723)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 11의 아넬로바이러스 ORF2/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 424 내지 719 및/또는 2274 내지 2589)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 11의 아넬로바이러스 ORF2/3 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 424 내지 719 및/또는 2449 내지 2812)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 11의 아넬로바이러스 TATA 박스 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 237 내지 243)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 11의 아넬로바이러스 캡 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 260 내지 267)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 11의 아넬로바이러스 전사 시작 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 267)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 11의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 323 내지 393)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 11의 아넬로바이러스 3개의 오픈-리딩 프레임 영역 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2441 내지 2586)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 11의 아넬로바이러스 폴리(A) 신호 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2808 내지 2813)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 11의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2868 내지 2929)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 13의 아넬로바이러스 ORF1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 432 내지 2453)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 13의 아넬로바이러스 ORF1/1 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 432 내지 584 및/또는 1977 내지 2453)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 13의 아넬로바이러스 ORF1/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 432 내지 584 및/또는 2197 내지 2388)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 13의 아넬로바이러스 ORF2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 283 내지 588)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 13의 아넬로바이러스 ORF2/2 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 283 내지 584 및/또는 1977 내지 2388)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 13의 아넬로바이러스 ORF2/3 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 283 내지 584 및/또는 2197 내지 2614)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 13의 아넬로바이러스 TATA 박스 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 21 내지 25)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 13의 아넬로바이러스 캡 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 42 내지 49)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 13의 아넬로바이러스 전사 시작 부위 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 49)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 13의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 117 내지 187)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 13의 아넬로바이러스 3개의 오픈-리딩 프레임 영역 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2186 내지 2385)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 13의 아넬로바이러스 폴리(A) 신호 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2676 내지 2681)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 13의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3054 내지 3172)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 2의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 2의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 2의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 2의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 2의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 2의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 2의 아넬로바이러스 ORF2t/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 4의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 4의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 4의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 4의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 4의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 4의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 4의 아넬로바이러스 ORF2t/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 6의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 6의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 6의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 6의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 6의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 6의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 6의 아넬로바이러스 ORF2t/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 8의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 8의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 8의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 8의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 8의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 8의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 8의 아넬로바이러스 ORF2t/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 10의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 10의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 10의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 10의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 10의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 10의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 10의 아넬로바이러스 ORF2t/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 12의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 12의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 12의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 12의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 12의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 12의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 핵산 분자는 표 14의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 14의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 14의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 14의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 14의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 핵산 분자는 표 14의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함한다.
실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 2의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 2의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 2의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 2의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 2의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 2의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 2의 아넬로바이러스 ORF2t/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다.
실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 4의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 4의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 4의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 4의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 4의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 4의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 4의 아넬로바이러스 ORF2t/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다.
실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 6의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 6의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 6의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 6의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 6의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 6의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 6의 아넬로바이러스 ORF2t/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다.
실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 8의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 8의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 8의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 8의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 8의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 8의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 8의 아넬로바이러스 ORF2t/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다.
실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 10의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 10의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 10의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 10의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 10의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 10의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 10의 아넬로바이러스 ORF2t/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다.
실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 12의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 12의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 12의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 12의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 12의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 12의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다.
실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 14의 아넬로바이러스 ORF1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 14의 아넬로바이러스 ORF1/1 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 14의 아넬로바이러스 ORF1/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 14의 아넬로바이러스 ORF2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 14의 아넬로바이러스 ORF2/2 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 실시형태들에서, 본원에 기재된 큐론은 표 14의 아넬로바이러스 ORF2/3 아미노산 서열에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다.
[표 1]
[표 2]
[표 3]
[표 4]
[표 5]
[표 6]
[표 7]
[표 8]
[표 9]
[표 10]
[표 11]
[표 12]
[표 13]
[표 14]
일부 실시형태에서, 합성 큐론은 예를 들어, 실시예 9에 기재된 방법에 따라 확인된 바와 같은 최소의 아넬로바이러스 게놈을 포함한다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 실시예 13에 기재된 바와 같은 아넬로바이러스 서열 또는 그의 부분을 포함한다.
일부 실시형태에서, 합성 큐론은 예를 들어, 표 14-1에 나타낸 바와 같은 컨센서스 아넬로바이러스 모티프를 포함하는 유전 요소를 포함한다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 예를 들어, 표 14-1에 나타낸 바와 같은 컨센서스 아넬로바이러스 ORF1 모티프를 포함하는 유전 요소를 포함한다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 예를 들어, 표 14-1에 나타낸 바와 같은 컨센서스 아넬로바이러스 ORF1/1 모티프를 포함하는 유전 요소를 포함한다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 예를 들어, 표 14-1에 나타낸 바와 같은 컨센서스 아넬로바이러스 ORF1/2 모티프를 포함하는 유전 요소를 포함한다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 예를 들어, 표 14-1에 나타낸 바와 같은 컨센서스 아넬로바이러스 ORF2/2 모티프를 포함하는 유전 요소를 포함한다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 예를 들어, 표 14-1에 나타낸 바와 같은 컨센서스 아넬로바이러스 ORF2/3 모티프를 포함하는 유전 요소를 포함한다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 예를 들어, 표 14-1에 나타낸 바와 같은 컨센서스 아넬로바이러스 ORF2t/3 모티프를 포함하는 유전 요소를 포함한다. 일부 실시형태에서, 표 14-1에 나타낸 바와 같은 X는 임의의 아미노산을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 표 14-1에 나타낸 바와 같은 Z는 글루탐산 또는 글루타민을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 표 14-1에 나타낸 바와 같은 B는 아스파르트산 또는 아스파라긴을 나타낸다. 일부 실시형태에서, 표 14-1에 나타낸 바와 같은 J는 류신 또는 이소류신을 나타낸다.
[표 14-1]
유전 요소
일부 실시형태에서, 큐론은 유전 요소를 포함한다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 하기의 특징 중 하나 이상을 갖는다: 실질적으로 숙주 세포의 게놈과 비-통합성임, 에피솜 핵산임, 단일 가닥 DNA임, 환형임, 약 1 내지 10 kb임, 세포의 핵 내에 존재함, 내인성 단백질에 의해 결합될 수 있음 및 숙주 유전자를 표적화하는 마이크로RNA를 생성함. 일 실시형태에서, 유전 요소는 실질적으로 비-통합성인 DNA이다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은(예를 들어, 표 1 내지 14 중 어느 하나에 기재된 바와 같은) 아넬로바이러스 서열 또는 그의 단편에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 유전 요소는 외인성 이펙터(예를 들어, 페이로드), 예를 들어, 폴리펩티드 이펙터(예를 들어, 단백질) 또는 핵산 이펙터(예를 들어, 비-코딩 RNA, 예를 들어, miRNA, siRNA, mRNA, lncRNA, RNA, DNA, 안티센스 RNA, gRNA)를 인코딩하는 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 20kb 미만(예를 들어, 약 19kb, 18kb, 17kb, 16kb, 15kb, 14kb, 13kb, 12kb, 11kb, 10kb, 9kb, 8kb, 7kb, 6kb, 5kb, 4kb, 3kb, 2kb, 1kb 또는 그 미만)의 길이를 갖는다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 독립적으로 또는 부가적으로 1000b 초과(예를 들어, 적어도 약 1.1kb, 1.2kb, 1.3kb, 1.4kb, 1.5kb, 1.6kb, 1.7kb, 1.8kb, 1.9kb, 2kb, 2.1kb, 2.2kb, 2.3kb, 2.4kb, 2.5kb, 2.6kb, 2.7kb, 2.8kb, 2.9kb, 3kb, 3.1kb, 3.2kb, 3.3kb, 3.4kb, 3.5kb, 3.6kb, 3.7kb, 3.8kb, 3.9kb, 4kb, 4.1kb, 4.2kb, 4.3kb, 4.4kb, 4.5kb, 4.6kb, 4.7kb, 4.8kb, 4.9kb, 5kb 또는 그 초과)의 길이를 갖는다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 약 2.5 내지 4.6, 2.8 내지 4.0, 3.0 내지 3.8 또는 3.2 내지 3.7 kb의 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 유전 요소, 예를 들어, 실질적으로 비-병원성인 단백질을 인코딩하는 서열, 단백질 결합 서열, 조절 핵산을 인코딩하는 하나 이상의 서열, 하나 이상의 조절 서열, 복제 단백질을 인코딩하는 하나 이상의 서열 및 다른 서열은 본원에 기재된 특징 중 하나 이상을 포함한다.
일 실시형태에서, 본 발명은 (i) 실질적으로 비-병원성인 외부 단백질, (ii) 유전 요소를 실질적으로 비-병원성인 외부 단백질에 결합시키는 외부 단백질 결합 서열, 및 (iii) 조절 핵산을 인코딩하는 핵산 서열(예를 들어, DNA 서열)을 포함하는 유전 요소를 포함한다. 이러한 실시형태에서, 유전 요소는 고유 바이러스 서열에 대한 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 70% 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98% 및 99% 뉴클레오티드 서열 동일성을 갖는 하나 이상의 서열을 포함할 수 있다.
단백질, 예를 들어, 실질적으로 비-병원성인 단백질
일부 실시형태에서, 유전 요소는 단백질, 예를 들어, 실질적으로 비-병원성인 단백질을 인코딩하는 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 실질적으로 비-병원성인 단백질은 큐론의 단백질성 외부의 주요 성분이다. 다수의 실질적으로 비-병원성인 단백질 분자는 단백질성 외부를 구성하는 20면체 형성으로 자가-어셈블될 수 있다. 실시형태들에서, 단백질은 단백질성 외부에 존재한다.
일부 실시형태에서, 단백질, 예를 들어, 실질적으로 비-병원성인 단백질 및/또는 단백질성 외부 단백질은 하나 이상의 글리코실화된 아미노산, 예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상을 포함한다.
일부 실시형태에서, 단백질, 예를 들어, 실질적으로 비-병원성인 단백질 및/또는 단백질성 외부 단백질은 적어도 하나의 친수성 DNA-결합 영역, 아르기닌-풍부 영역, 트레오닌-풍부 영역, 글루타민-풍부 영역, N-말단 폴리아르기닌 서열, 가변 영역, C-말단 폴리글루타민/글루탐산염 서열 및 하나 이상의 이화화 가교를 포함한다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 캡시드 단백질 또는 캡시드 단백질의 단편을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열, 또는 본원에 기재된, 예를 들어, 표 1 내지 16 또는 19 중 임의의 것에 열거된 바와 같은 캡시드 단백질을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 뉴클레오티드 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 캡시드 단백질 또는 캡시드 단백질의 기능적 단편을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열, 또는 본원에 기재된, 예를 들어, 표 1 내지 16 또는 19 중 임의의 것에 열거된 바와 같은 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 70% 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 실질적으로 비-병원성인 단백질은 캡시드 뉴클레오티드 서열 또는 본원에 기재된, 예를 들어, 표 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13 또는 15 중 임의의 것에 열거된 바와 같은 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 뉴클레오티드 서열 동일성을 갖는 서열에 의해 인코딩되는 캡시드 단백질 또는 캡시드 단백질의 기능적 단편을 포함한다.
[표 15]
일부 실시형태에서, 유전 요소는 캡시드 단백질 또는 캡시드 단백질의 기능적 단편 또는 본원에, 예를 들어, 표 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14 또는 16 중 어느 하나에 기재된 아미노산 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 70% 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 실질적으로 비-병원성인 단백질은 캡시드 단백질 또는 캡시드 단백질의 기능적 단편 또는 본원에, 예를 들어, 표 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14 또는 16 중 어느 하나에 기재된 아미노산 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다.
[표 16]
일부 실시형태에서, 유전 요소는 아미노산 서열 또는 그의 기능적 단편 또는 본원, 예를 들어, 표 17에 기재된 아미노산 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 70% 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 실질적으로 비-병원성인 단백질은 아미노산 서열 또는 그의 기능적 단편 또는 본원에 기재된, 예를 들어, 표 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16 또는 17 중 임의의 것에 열거된 바와 같은 아미노산 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 본원에 기재된, 예를 들어, 표 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16 또는 17 중 임의의 것에 열거된 또는 도 1에 나타낸 바와 같은 아미노산 서열의 위치 약 1 내지 위치 약 150(예를 들어, 또는 각 범위 내의 아미노산의 임의의 하위세트, 예를 들어, 위치 약 20 내지 위치 약 35, 위치 약 25 내지 위치 약 30, 위치 약 26 내지 약 30), 위치 약 150 내지 위치 약 390(예를 들어, 또는 각 범위 내의 아미노산의 임의의 하위세트, 예를 들어, 위치 약 200 내지 위치 약 380, 위치 약 205 내지 위치 약 375, 위치 약 205 내지 약 371), 약 390 내지 위치 약 525, 위치 약 525 내지 위치 약 850(예를 들어, 또는 각 범위 내의 아미노산의 임의의 하위세트, 예를 들어, 위치 약 530 내지 위치 약 840, 위치 약 545 내지 위치 약 830, 위치 약 550 내지 약 820), 약 850 내지 위치 약 950(예를 들어, 또는 각 범위 내의 아미노산의 임의의 하위세트, 예를 들어, 위치 약 860 내지 위치 약 940, 위치 약 870 내지 위치 약 930, 위치 약 880 내지 약 923)를 갖는 아미노산 서열 또는 그의 기능적 단편을 인코딩하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 실질적으로 비-병원성인 단백질은 본원에 기재된, 예를 들어, 표 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16 또는 17 중 임의의 것에 열거된 바와 같은 또는 도 1에 나타낸 바와 같은 아미노산 서열 또는 그의 기능적 단편 또는 상기 아미노산 서열의 위치 약 1 내지 위치 약 150(예를 들어, 또는 본원에 기재된 바와 같은 각 범위 내의 아미노산의 임의의 하위세트), 위치 약 150 내지 위치 약 390, 위치 약 390 내지 위치 약 525, 위치 약 525 내지 위치 약 850, 위치 약 850 내지 위치 약 950에 대하여 적어도 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, 실질적으로 비-병원성인 단백질은 아미노산 서열 또는 그의 기능적 단편 또는 본원에 기재된, 예를 들어, 표 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16 또는 17 중 임의의 것에 열거된 또는 도 1에 나타낸 바와 같은 아미노산 서열 또는 아미노산의 범위 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 서열을 포함하며, 서열은 작용성 도메인이며, 기능, 예를 들어, 종 및/또는 조직 및/또는 세포 향성, 바이러스 게놈 결합 및/또는 패키징, 면역 회피(비-면역원성 및/또는 관용), 약동학, 엔도시토시스 및/또는 세포 부착, 핵 유입, 세포내 조절 및 국소화, 엑소시토시스 조절, 증식, 핵산 보호 및 그의 조합을 제공한다. 일부 실시형태에서, 서열 동일성이 더 낮은 아미노산의 범위는 본원에 기재된 특성 중 하나 이상 및 세포/조직/종 특이성(예를 들어, 향성)의 차이를 제공할 수 있다.
단백질 결합 서열
많은 바이러스에 의해 사용되는 전략은 바이러스 캡시드 단백질이 그의 게놈 내의 특정 단백질 결합 서열을 인식하는 것이다. 예를 들어, 비세그먼트화된 게놈을 갖는 바이러스, 예컨대 효모의 L-A 바이러스에서, 게놈의 5' 말단에 이차 구조(스템-루프) 및 특정 서열이 존재하며, 이는 둘 모두 바이러스 캡시드 단백질에 결합하는데 사용된다. 그러나, 세그먼트화된 게놈을 갖는 바이러스, 예컨대 레오바이러스과, 오르쏘믹소바이러스과(Orthomyxoviridae)(인플루엔자), 부니아바이러스(Bunyaviruse) 및 아레나바이러스(Arenaviruse)는 게놈 세그먼트의 각각을 패키징할 필요가 있다. 일부 바이러스는 세그먼트의 상보성 영역을 사용하여, 바이러스가 각각의 게놈 분자 중 하나를 포함시키는 것을 보조한다. 다른 바이러스는 상이한 세그먼트의 각각에 대하여 특이적인 결합 부위를 갖는다. 예를 들어, 문헌[Curr Opin Struct Biol. 2010 Feb; 20(1): 114-120]; 및 문헌[Journal of Virology (2003), 77(24), 13036-13041]을 참조한다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 실질적으로 비-병원성인 단백질에 결합하는 단백질 결합 서열을 인코딩한다. 일부 실시형태에서, 단백질 결합 서열은 단백질성 외부로의 유전 요소의 패키징을 용이하게 한다. 일부 실시형태에서, 단백질 결합 서열은 실질적으로 비-병원성인 단백질의 아르기닌-풍부 영역에 특이적으로 결합한다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 실시예 8에 기재된 바와 같은 단백질 결합 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 (예를 들어, 표 1, 3, 5, 7, 9, 11 또는 13 중 어느 하나에 나타낸 바와 같은) 아넬로바이러스 서열의 5' UTR 보존된 도메인 또는 GC-풍부 도메인에 대하여 적어도 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는 단백질 결합 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 1의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 177 내지 247)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 1의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 1의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3415 내지 3570)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 3의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 174 내지 244)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 3의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 3의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3691 내지 3794)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 5의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 170 내지 240)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 5의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 5의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3632 내지 3753)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 7의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 174 내지 244)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 7의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 7의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3733 내지 3853)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 9의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 171 내지 241)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 9의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 9의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3644 내지 3758)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 11의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 323 내지 393)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 11의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 11의 핵산 서열의 뉴클레오티드 2868 내지 2929)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 13의 아넬로바이러스 5' UTR 보존된 도메인 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 117 내지 187)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다. 실시형태들에서, 단백질 결합 서열은 표 13의 아넬로바이러스 GC-풍부 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 표 13의 핵산 서열의 뉴클레오티드 3054 내지 3172)에 대하여 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성을 갖는다.
일부 실시형태에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1 및/또는 도 21에 나타낸 핵산 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 컨센서스 5' UTR 서열의 핵산 서열을 포함하며, X1, X2, X3, X4 및 X5는 각각 독립적으로, 임의의 뉴클레오티드이며, 예를 들어, X1 = G 또는 T이며, X2 = C 또는 A이며, X3 = G 또는 A이며, X4 = T 또는 C이며, X5 = A, C 또는 T이다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 컨센서스 5' UTR 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 예시적인 TTV 5' UTR 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 TTV-CT30F 5' UTR 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 TTV-HD23a 5' UTR 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 TTV-JA20 5' UTR 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 TTV-TJN02 5' UTR 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 TTV-tth8 5' UTR 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다.
[표 16.1]
일부 실시형태에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-2 및/또는 도 22에 나타낸 핵산 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 컨센서스 GC-풍부 서열의 핵산 서열을 포함하며, X1, X4, X5, X6, X7, X12, X13, X14, X15, X20, X21, X22, X26, X29, X30 및 X33은 각각 독립적으로 임의의 뉴클레오티드이며, X2, X3, X8, X9, X10, X11, X16, X17, X18, X19, X23, X24, X25, X27, X28, X31, X32 및 X34는 각각 독립적으로 부재이거나, 임의의 뉴클레오티드이다. 일부 실시형태에서, X1 내지 X34 중 하나 이상(예를 들어, 이들 전부)는 각각 독립적으로 표 16-2에 특정된 뉴클레오티드(또는 부재)이다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 컨센서스 GC-풍부 서열에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 예시적인 TTV GC-풍부 서열(예를 들어, 전체 서열, 단편 1, 단편 2, 단편 3 또는 그의 임의의 조합, 예를 들어, 순서대로 단편 1 내지 3)에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 TTV-CT30F GC-풍부 서열(예를 들어, 전체 서열, 단편 1, 단편 2, 단편 3, 단편 4, 단편 5, 단편 6, 단편 7, 단편 8 또는 그의 임의의 조합, 예를 들어, 순서대로 단편 1 내지 7)에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 TTV-HD23a GC-풍부 서열(예를 들어, 전체 서열, 단편 1, 단편 2, 단편 3, 단편 4, 단편 5, 단편 6 또는 그의 임의의 조합, 예를 들어, 순서대로 단편 1 내지 6)에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 TTV-JA20 GC-풍부 서열(예를 들어, 전체 서열, 단편 1, 단편 2 또는 그의 임의의 조합, 예를 들어, 순서대로 단편 1 및 2)에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 TTV-TJN02 GC-풍부 서열(예를 들어, 전체 서열, 단편 1, 단편 2, 단편 3, 단편 4, 단편 5, 단편 6, 단편 7, 단편 8 또는 그의 임의의 조합, 예를 들어, 순서대로 단편 1 내지 8)에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다. 실시형태들에서, 유전 요소(예를 들어, 유전 요소의 단백질-결합 서열)는 표 16-1에 나타낸 TTV-tth8 GC-풍부 서열(예를 들어, 전체 서열, 단편 1, 단편 2, 단편 3, 단편 4, 단편 5, 단편 6 또는 그의 임의의 조합, 예를 들어, 순서대로 단편 1 내지 6)에 대하여 적어도 약 75%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함한다.
[표 16-2]
이펙터
일부 실시형태에서, 유전 요소는 기능적 핵산, 예를 들어, 외인성 이펙터, 예를 들어, 치료제, 예를 들어, 조절 핵산, 예를 들어, 세포독성 또는 세포용해 RNA 또는 단백질을 인코딩하는 하나 이상의 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 기능적 핵산은 비-코딩 RNA이다.
일부 실시형태에서, 외인성 이펙터를 인코딩하는 서열은 예를 들어, 실시예 10, 12 또는 22에 기재된 바와 같이 삽입 부위에서 유전 요소 내로 삽입된다. 실시형태들에서, 외인성 이펙터를 인코딩하는 서열은 비코딩 영역, 예를 들어, 오픈 리딩 프레임의 3'에, 그리고 유전 요소의 GC-풍부 영역의 5’에 배치된 비코딩 영역에서, TATA 박스의 상류의 5' 비코딩 영역 내에서, 5' UTR 내에서, 폴리-A 신호의 하류 또는 GC-풍부 영역의 상류의 3' 비코딩 영역에서 유전 요소 내로 삽입된다. 실시형태들에서, 외인성 이펙터를 인코딩하는 서열은 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이 TTV-tth8 플라스미드의 뉴클레오티드 약 3588에서, 또는 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이 TTMV-LY2 플라스미드의 뉴클레오티드 약 2843에서 유전 요소 내로 삽입된다. 실시형태들에서, 외인성 이펙터를 인코딩하는 서열은 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이 TTV-tth8 플라스미드의 뉴클레오티드 336 내지 3015에 또는 그 내에, 또는 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이 TTV-LY2 플라스미드의 뉴클레오티드 242 내지 2812에 또는 그 내에 유전 요소 내로 삽입된다. 일부 실시형태에서, 외인성 이펙터를 인코딩하는 서열은 오픈 리딩 프레임(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 ORF, 예를 들어, 표 1 내지 14 중 어느 하나에 나타낸 바와 같은 ORF1, ORF1/1, ORF1/2, ORF2, ORF2/2, ORF2/3 및/또는 ORF2t/3)의 부분 또는 전부를 대체한다.
일부 실시형태에서, 외인성 이펙터를 인코딩하는 서열은 100 내지 2000개, 100 내지 1000개, 100 내지 500개, 100 내지 200개, 200 내지 2000개, 200 내지 1000개, 200 내지 500개, 500 내지 1000, 500 내지 2000 또는 1000 내지 2000개의 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시형태에서, 외인성 이펙터는 예를 들어, 실시예 11에 기재된 바와 같이 핵산 또는 단백질 페이로드이다.
조절 핵산
일부 실시형태에서, 조절 핵산은 내인성 유전자 및/또는 외인성 유전자의 발현을 변경시킨다. 일 실시형태에서, 조절 핵산은 숙주 유전자를 표적화한다. 조절 핵산은 내인성 유전자(예를 들어, 본원의 다른 곳에 기재된 바와 같은 miRNA, siRNA, mRNA, lncRNA, RNA, DNA, 안티센스 RNA, gRNA)에 혼성화되는 핵산, 외인성 핵산, 예컨대 바이러스 DNA 또는 RNA에 혼성화하는 핵산, RNA에 혼성화하는 핵산, 유전자 전사를 간섭하는 핵산, RNA 번역을 간섭하는 핵산, RNA를 안정화시키거나, 예컨대 분해에 대한 표적화를 통하여 RNA를 불안정화시키는 핵산, 및 DNA 또는 RNA 결합 인자를 조절하는 핵산을 포함할 수 있지만, 이에 제한되지 않는다. 실시형태들에서, 조절 핵산은 miRNA를 인코딩한다.
일부 실시형태에서, 조절 핵산은 전형적으로 5 내지 500개의 염기쌍(특정 RNA 구조에 따라, 예를 들어, miRNA 5 내지 30 bp, lncRNA 200 내지 500 bp)을 함유하는 RNA 또는 RNA-유사 구조를 포함하며, 세포 내의 발현된 표적 유전자의 코딩 서열 또는 세포 내의 발현된 표적 유전자를 인코딩하는 서열과 동일하거나(또는 상보성이거나) 거의 동일한(또는 실질적으로 상보성인) 핵염기 서열을 가질 수 있다.
일부 실시형태에서, 조절 핵산은 핵산 서열, 예를 들어, 가이드 RNA(gRNA)를 포함한다. 일부 실시형태에서, DNA 표적화 모이어티는 가이드 RNA 또는 가이드 RNA를 인코딩하는 핵산을 포함한다. gRNA 짧은 합성 RNA는 불완전한 이펙터 모이어티로의 결합에 필요한 "스캐폴드" 서열 및 게놈 표적에 대한 사용자-정의된 약 20개 뉴클레오티드 표적화 서열로 구성될 수 있다. 실시에서, 가이드 RNA 서열은 일반적으로 17 내지 24개의 뉴클레오티드(예를 들어, 19, 20 또는 21개의 뉴클레오티드)의 길이를 갖도록 설계되고 표적화된 핵산 서열에 대하여 상보성이다. 커스텀 gRNA 생성자 및 알고리즘은 효율적인 가이드 RNA의 설계에 사용하기 위하여 상업적으로 이용 가능하다. 유전자 편집은 또한, 자연 발생 crRNA-tracrRNA 복합체를 모방하고 tracrRNA(뉴클레아제에 결합) 및 적어도 하나의 crRNA(뉴클레아제를 편집에 대해 표적화된 서열로 가이드함) 둘 모두를 함유하는 엔지니어링된(합성) 단일 RNA 분자인, 키메라 "단일 가이드 RNA"("sgRNA")를 사용하여 달성되었다. 화학적으로 변형된 sgRNA는 또한, 게놈 편집에서 효율적인 것으로 입증되었으며; 예를 들어, 문헌[Hendel et al. (2015) Nature Biotechnol., 985 - 991]을 참조한다.
조절 핵산은 특정 DNA 서열(예를 들어, 프로모터, 유전자의 인핸서, 침묵자 또는 억제자에 인접하거나 그 내의 서열)을 인식하는 gRNA를 포함한다.
특정 조절 핵산은 RNA 간섭(RNAi)의 생물학적 과정을 통하여 유전자 발현을 저해할 수 있다. RNAi 분자는 전형적으로 15 내지 50개의 염기쌍(예컨대 약 18 내지 25개의 염기쌍)을 함유하고, 세포 내의 발현된 표적 유전자의 코딩 서열과 동일하거나(상보성이거나) 또는 거의 동일한(실질적으로 상보성인) 핵염기 서열을 갖는 RNA 또는 RNA-유사 구조를 포함한다. RNAi 분자는 짧은 간섭 RNA(siRNA), 이중-가닥 RNA(dsRNA), 마이크로 RNA(miRNA), 짧은 헤어핀 RNA(shRNA), 메로듀플렉스(meroduplex) 및 다이서(dicer) 기질(미국 특허 제8,084,599호, 제8,349,809호 및 제8,513,207호)을 포함하나 이들에 제한되지 않는다.
긴 비-코딩 RNA(lncRNA)는 100개 초과의 뉴클레오티드의 비-단백질 코딩 전사물로서 정의된다. 이러한 다소 임의의 제한은 lncRNA를 작은 조절 RNA, 예컨대 마이크로RNA(miRNA), 짧은 간섭 RNA(siRNA) 및 다른 짧은 RNA로부터 구별한다. 일반적으로, 대다수(약 78%)의 lncRNA는 조직-특이적인 것으로 특성화된다. 근처의 단백질-코딩 유전자에 대하여 반대 방향으로 전사되는(포유동물 게놈 내에 총 lncRNA의 유의미한 비율 약 20%를 포함하는) 분지 lncRNA는 아마도 근처의 유전자의 전사를 조절할 수 있다.
유전 요소는 내인성 유전자 또는 유전자 생성물(예를 들어, mRNA)의 전부 또는 그의 단편에 실질적으로 상보성이거나, 완전히 상보성인 서열을 갖는 조절 핵산을 인코딩할 수 있다. 조절 핵산은 인트론과 엑손 사이의 경계에서의 서열에 상보성이어서, 특정 유전자의 새로 생성된 핵 RNA 전사물이 전사를 위해 mRNA로 성숙되는 것을 방지할 수 있다. 특정 유전자에 상보성인 조절 핵산은 당해 유전자에 대한 mRNA와 혼성화하고, 그의 번역을 방지할 수 있다. 안티센스 조절 핵산은 DNA, RNA 또는 그의 유도체 또는 혼성물일 수 있다.
관심 전사물에 혼성화하는 조절 핵산의 길이는 5 내지 30개의 뉴클레오티드, 약 10 내지 30개의 뉴클레오티드 또는 약 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30개 이상의 뉴클레오티드일 수 있다. 표적화된 전사물에 대한 조절 핵산의 동일성의 정도는 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90% 또는 적어도 95%여야 한다.
유전 요소는 조절 핵산, 예를 들어, 표적 유전자의 약 5 내지 약 25개의 인접 뉴클레오티드와 동일한 마이크로 RNA(miRNA) 분자를 인코딩할 수 있다. 일부 실시형태에서, miRNA 서열은 mRNA를 표적화하며, 다이뉴클레오티드 AA로 시작하며, 약 30 내지 70%(약 30 내지 60%, 약 40 내지 60% 또는 약 45% 내지 55%)의 GC-함량을 포함하며, 예를 들어, 표준 BLAST 검색에 의해 결정시, 그것이 도입될 포유동물의 게놈 내의 표적 이외의 임의의 뉴클레오티드 서열에 대하여 높은 동일성 백분율을 갖지 않는다.
일부 실시형태에서, 조절 핵산은 적어도 하나의 miRNA, 예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6개 이상이다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 75%, 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 뉴클레오티드 서열 동일성의 miRNA를 인코딩하는 서열 또는 본원에, 예를 들어, 표 18에 기재된 서열에 상보성인 서열을 포함한다.
[표 18]
siRNA 및 shRNA는 내인성 마이크로RNA(miRNA) 유전자의 가공 경로 내의 중간체와 유사하다(문헌[Bartel, Cell 116:281-297, 2004]). 일부 실시형태에서, siRNA는 miRNA로서 기능할 수 있으며, 그 역도 그러하다(문헌[Zeng et al., Mol Cell 9:1327-1333, 2002]; 문헌[Doench et al., Genes Dev 17:438-442, 2003]). siRNA와 같이 마이크로RNA는 RISC를 사용하여, 표적 유전자를 하향조절하지만, siRNA와 달리, 대부분의 동물 miRNA는 mRNA를 절단하지 않는다. 대신에, miRNA는 번역 억제 또는 폴리A 제거 및 mRNA 분해를 통해 단백질 출력물을 감소시킨다(문헌[Wu et al., Proc Natl Acad Sci USA 103:4034-4039, 2006]). 공지된 miRNA 결합 부위는 mRNA 3' UTR 내에 존재하며; miRNA는 miRNA의 5' 말단으로부터 뉴클레오티드 2 내지 8에 대하여 거의 완벽하게 상보성을 갖는 부위를 표적화하는 것으로 보인다(문헌[Rajewsky, Nat Genet 38 Suppl:S8-13, 2006]; 문헌[Lim et al., Nature 433:769-773, 2005]). 이러한 영역은 씨드 영역으로 공지되어 있다. siRNA 및 miRNA가 상호 교환 가능하기 때문에, 외인성 siRNA는 siRNA에 대하여 씨드 상보성을 갖는 mRNA를 하향조절한다(문헌[Birmingham et al., Nat Methods 3:199-204, 2006]). 3' UTR 내의 다수의 표적 부위는 더 강한 하향조절을 제공한다(문헌[Doench et al., Genes Dev 17:438-442, 2003]).
공지된 miRNA 서열의 목록은 특히 Wellcome Trust Sanger Institute, Penn Center for Bioinformatics, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, 및 European Molecule Biology Laboratory와 같은 연구 기관에 의해 유지되는 데이터베이스에서 확인될 수 있다. 또한, 알려진 효과적인 siRNA 서열 및 동족(cognate) 결합 부위는 관련 문헌에서 잘 나타나 있다. RNAi 분자는 해당 분야에 알려진 기술에 의해 쉽게 설계되고 생성된다. 또한, 효과적이고 특이적인 서열 모티프를 찾는 기회를 증가시키는 실험 도구(computational tool)가 존재한다(문헌[Lagana et al., Methods Mol. Bio., 2015, 1269:393-412]).
조절 핵산은 유전자에 의해 인코딩되는 RNA의 발현을 조절할 수 있다. 다수의 유전자가 서로 어느 정도의 서열 상동성을 공유할 수 있기 때문에, 일부 실시형태에서, 조절 핵산은 충분한 서열 상동성을 갖는 유전자의 부류를 표적화하도록 설계될 수 있다. 일부 실시형태에서, 조절 핵산은 상이한 유전자 표적 간에 공유되는 또는 특정 유전자 표적에 특유한 서열에 상보성을 갖는 서열을 함유할 수 있다. 일부 실시형태에서, 조절 핵산은 몇몇의 유전자 간에 상동성을 갖는 RNA 서열의 보존된 영역을 표적화하여, 그에 의해, 유전자 과 내의 몇몇의 유전자(예를 들어, 상이한 유전자 아이소폼, 슬라이스 변이체, 돌연변이 유전자 등)를 표적화하도록 설계될 수 있다. 일부 실시형태에서, 조절 핵산은 단일 유전자의 특정 RNA 서열에 특유한 서열을 표적화하도록 설계될 수 있다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 하나 이상의 유전자의 발현을 조절하는 조절 핵산을 인코딩하는 하나 이상의 서열을 포함할 수 있다.
일 실시형태에서, 본원의 다른 곳에 기재된 gRNA는 유전자 편집을 위한 CRISPR 시스템의 부분으로서 사용된다. 유전자 편집의 목적을 위하여, 큐론은 요망되는 표적 DNA 서열에 상응하는 하나의 또는 다수의 가이드 RNA 서열을 포함하도록 설계될 수 있으며; 예를 들어, 문헌[Cong et al. (2013) Science, 339:819-823]; 문헌[Ran et al. (2013) Nature Protocols, 8:2281 - 2308]을 참조한다. 적어도 약 16 또는 17개 뉴클레오티드의 gRNA 서열은 일반적으로 Cas9-매개된 DNA 절단이 발생하게 하며; Cpf1에 있어서, 적어도 약 16개 뉴클레오티드의 gRNA 서열이 검출 가능한 DNA 절단을 달성하는데 필요하다.
치료적 펩티드 또는 폴리펩티드
일부 실시형태에서, 유전 요소는 치료적 펩티드 또는 폴리펩티드를 인코딩하는 서열을 포함한다. 이러한 치료제는 작은 펩티드, 펩티드모방체(예를 들어, 펩토이드(peptoid)), 아미노산 및 아미노산 유사체를 포함하나 이들에 제한되지 않는다. 이러한 치료제는 일반적으로 몰당 약 5,000 그램 미만의 분자량, 몰당 약 2,000 그램 미만의 분자량, 몰당 약 1,000 그램 미만의 분자량, 몰당 약 500 그램 미만의 분자량, 및 이러한 화합물의 염, 에스테르 및 다른 약제학적으로 허용되는 형태를 갖는다. 이러한 치료제는 신경전달물질, 호르몬, 약물, 독소, 바이러스 또는 미생물 입자, 합성 분자 및 그의 효능제 또는 길항제를 포함할 수 있지만, 이들에 제한되지 않는다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 펩티드, 예를 들어, 치료적 펩티드를 인코딩하는 서열을 포함한다. 펩티드는 선형 또는 분지형일 수 있다. 펩티드는 약 5 내지 약 500개 아미노산, 약 15 내지 약 400개 아미노산, 약 20 내지 약 325개 아미노산, 약 25 내지 약 250개 아미노산, 약 50 내지 약 150개 아미노산 또는 그 사이의 임의의 범위의 길이를 갖는다.
펩티드의 일부 예는 형광 태그 또는 마커, 항원, 펩티드 치료제, 천연적인 생활성 펩티드로부터의 합성 또는 유사체 펩티드, 효능제 또는 길항제 펩티드, 항-미생물 펩티드, 표적화 또는 세포독성 펩티드, 및 분해 또는 자가-파괴 펩티드들을 포함하지만, 이들에 제한되지 않는다. 본원에 기재된 본 발명에 유용한 펩티드는 또한, 항원-결합 펩티드, 예를 들어, 항원 결합 항체 또는 항체-유사 단편, 예컨대 단일 쇄 항체, 나노바디(예를 들어, 문헌[Steeland et al. 2016. Nanobodies as therapeutics: big opportunities for small antibodies. Drug Discov Today: 21(7):1076-113] 참조)를 포함한다. 이러한 항원 결합 펩티드는 시토졸 항원, 핵 항원 또는 소기관-내 항원에 결합할 수 있다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 단백질, 예를 들어, 치료적 단백질을 인코딩하는 서열을 포함한다. 치료적 단백질의 일부 예는 호르몬, 사이토카인, 효소, 항체, 전사 인자, 수용체(예를 들어, 막 수용체), 리간드, 막 수송체, 분비된 단백질, 펩티드, 운반 단백질, 구조 단백질, 뉴클레아제 또는 그의 성분을 포함할 수 있지만, 이들에 제한되지 않는다.
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 조성물 또는 큐론은 특정 위치, 조직 또는 세포를 표적화할 수 있는 리간드에 연결된 폴리펩티드를 포함한다.
조절 서열
일부 실시형태에서, 유전 요소는 조절 서열, 예를 들어, 프로모터 또는 인핸서를 포함한다.
일부 실시형태에서, 프로모터는 발현 생성물을 인코딩하는 DNA 서열에 인접하여 위치한 DNA 서열을 포함한다. 프로모터는 인접 DNA 서열에 작동 가능하게 연결될 수 있다. 프로모터는 전형적으로 프로모터가 존재하지 않는 경우 발현되는 생성물의 양에 비하여 DNA 서열로부터 발현되는 생성물의 양을 증가시킨다. 하나의 유기체로부터의 프로모터를 사용하여 또 다른 유기체로부터 기원한 DNA 서열로부터의 생성물 발현을 향상시킬 수 있다. 예를 들어, 척추동물 프로모터는 척추동물에서 해파리 GFP의 발현을 위해 사용될 수 있다. 또한, 하나의 프로모터 요소는 텐덤으로 부착된 다수의 DNA 서열에 대하여 발현되는 생성물의 양을 증가시킬 수 있다. 그러므로, 하나의 프로모터 요소는 하나 이상의 생성물의 발현을 향상시킬 수 있다. 다수의 프로모터 요소는 당업자에게 널리 알려져 있다.
일 실시형태에서, 높은 수준의 구성적 발현이 요망된다. 이러한 프로모터의 예는 제한 없이, 레트로바이러스 라우스 육종 바이러스(RSV) 긴 말단 반복부(LTR) 프로모터/인핸서, 사이토메갈로바이러스(CMV) 즉시 조기 프로모터/인핸서(예를 들어, 문헌[Boshart et al, Cell, 41:521-530 (1985)] 참조), SV40 프로모터, 다이하이드로폴레이트 환원효소 프로모터, 세포질 β-액틴 프로모터 및 포스포글리세롤 키나제(PGK) 프로모터를 포함한다.
또 다른 실시형태에서, 유도성 프로모터가 요망될 수 있다. 유도성 프로모터는 제한 없이, 아연-유도성 양 메탈로티오닌(MT) 프로모터; 덱사메타손(Dex)-유도성 마우스 유방 종양 바이러스(MMTV) 프로모터; T7 중합효소 프로모터 시스템(WO 98/10088호); 테트라사이클린-억제성 시스템(문헌[Gossen et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:5547-5551 (1992)]); 테트라사이클린-유도성 시스템(문헌[Gossen et al., Science, 268:1766-1769 (1995)]; 또한, 문헌[Harvey et al., Curr. Opin. Chem. Biol., 2:512-518 (1998)] 참조); RU486-유도성 시스템(문헌[Wang et al., Nat. Biotech., 15:239-243 (1997)] 및 문헌[Wang et al., Gene Ther., 4:432-441 (1997)]); 및 라파마이신-유도성 시스템(문헌[Magari et al., J. Clin. Invest., 100:2865-2872 (1997)]; 문헌[Rivera et al., Nat. Medicine. 2:1028-1032 (1996)])을 포함하여, 외인적으로 공급되는 화합물에 의해 시스로 또는 트랜스로 조절되는 것들이다. 이러한 맥락에서 유용할 수 있는 다른 유형의 유도성 프로모터는 특정 생리학적 상태, 예를 들어, 온도, 급성 단계에 의해 또는 오직 복제하는 세포에서만 조절되는 것들이다.
일부 실시형태에서, 관심 유전자 또는 핵산 서열에 대한 고유 프로모터가 사용된다. 유전자 또는 핵산 서열의 발현이 고유 발현을 모방하는 것이 요망되는 경우에 고유 프로모터가 사용될 수 있다. 유전자 또는 다른 핵산 서열의 발현이 일시적으로 또는 발달적으로, 또는 조직-특이적 방식으로 또는 특정 전사 자극에 반응하여 조절되어야 하는 경우에, 고유 프로모터가 사용될 수 있다. 추가의 실시형태에서, 다른 고유 발현 제어 요소, 예컨대, 인핸서 요소, 폴리아데닐화 부위 또는 코작(Kozak) 컨센서스 서열도 또한 고유 발현을 모방하기 위해 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 조직-특이적 프로모터에 작동 가능하게 연결된 유전자를 포함한다. 예를 들어, 골격근에서의 발현이 요망되는 경우, 근육에서 활성인 프로모터가 사용될 수 있다. 이들은 골격 α-액틴, 미오신 경쇄 2A, 디스트로핀, 근육 크레아틴 키나제를 인코딩하는 유전자로부터의 프로모터 및 자연-발생 프로모터보다 더 높은 활성을 갖는 합성 근육 프로모터를 포함한다. 문헌[Li et al., Nat. Biotech., 17:241-245 (1999)]을 참조한다. 특히 간 알부민, 문헌[Miyatake et al. J. Virol., 71:5124-32 (1997)]; B형 간염 바이러스 코어 프로모터, 문헌[Sandig et al., Gene Ther. 3:1002-9 (1996)]; 알파-태아단백질(AFP), 문헌[Arbuthnot et al., Hum. Gene Ther., 7:1503-14 (1996)], 골(오스테오칼신(osteocalcin), 문헌[Stein et al., Mol. Biol. Rep., 24:185-96 (1997)]; 골 시알로단백질(sialoprotein), 문헌[Chen et al., J. Bone Miner. Res. 11:654-64 (1996)]), 림프구(CD2, 문헌[Hansal et al., J. Immunol., 161:1063-8 (1998)]; 면역글로불린 중쇄; T 세포 수용체 a 쇄), 뉴런(뉴런-특이적 에놀라제(NSE) 프로모터, 문헌[Andersen et al. Cell. Mol. Neurobiol., 13:503-15 (1993)]; 신경필라멘트 경쇄 유전자, 문헌[Piccioli et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:5611-5 (1991)]; 뉴런-특이적 vgf 유전자, 문헌[Piccioli et al., Neuron, 15:373-84 (1995)]을 위한 조직-특이적인 프로모터의 예가 알려져 있다.
유전 요소는 인핸서, 예를 들어, 유전자를 인코딩하는 DNA 서열에 인접하여 위치한 DNA 서열을 포함할 수 있다. 인핸서 요소는 전형적으로 프로모터 요소의 상류에 위치하거나, 코딩 DNA 서열(예를 들어, 생성물 또는 생성물들로 전사 또는 번역되는 DNA 서열)의 하류에 또는 그 내에 위치할 수 있다. 그러므로, 인핸서 요소는 생성물을 인코딩하는 DNA 서열의 100개 염기쌍, 200개 염기쌍 또는 300개 이상의 염기쌍 상류 또는 하류에 위치할 수 있다. 인핸서 요소는 DNA 서열로부터 발현되는 재조합 생성물의 양을 프로모터 요소에 의해 제공되는 증가된 발현을 초과하여 증가시킬 수 있다. 다중의 인핸서 요소는 당업자에게 용이하게 이용 가능하다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 본원에 기재된 발현 생성물을 인코딩하는 서열을 플랭킹하는 하나 이상의 역위 말단 반복부(ITR)를 포함한다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 본원에 기재된 발현 생성물을 인코딩하는 서열을 플랭킹하는 하나 이상의 긴 말단 반복부(LTR)를 포함한다. 사용될 수 있는 프로모터 서열의 예는 시미안 바이러스 40(SV40) 조기 프로모터, 마우스 유방 종양 바이러스(MMTV), 인간 면역결핍 바이러스(HIV) 긴 말단 반복부(LTR) 프로모터, MoMuLV 프로모터, 조류 백혈병 바이러스 프로모터, 엡스테인-바 바이러스 즉시 조기 프로모터 및 라우스 육종 바이러스 프로모터를 포함하나 이들에 제한되지 않는다.
복제 단백질
일부 실시형태에서, 큐론, 예를 들어, 합성 큐론의 유전 요소는 하나 이상의 복제 단백질을 인코딩하는 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 큐론은 회전환 복제 방법에 의해 복제할 수 있으며, 예를 들어, 선도 가닥 및 지연 가닥의 의 합성은 분리된다. 이러한 실시형태에서, 큐론은 3가지의 추가의 요소를 포함한다: i) 개시 단백질을 인코딩하는 유전자, ii) 이중 가닥 원점, 및 iii) 단일 가닥 원점. 복제 단백질을 포함하는 회전환 복제(RCR) 단백질 복합체는 선도 가닥에 결합하며, 복제 원점을 불안정화시킨다. RCR 복합체는 게놈을 절단하여, 유리 3'OH 말단을 생성한다. 세포 DNA 중합효소는 유리 3'OH 말단으로부터 바이러스 DNA 복제를 개시한다. 게놈이 복제된 후에, RCR 복합체는 루프를 공유적으로 폐쇄시킨다. 이는 양성 환형 단일-가닥 모 DNA 분자 및 음성 모체 가닥 및 새로 합성된 양성 가닥으로 구성된 환형 이중-가닥 DNA 분자의 방출을 야기한다. 단일-가닥 DNA 분자는 캡시드화되거나 제2차의 복제에 수반될 수 있다. 예를 들어, 문헌[Virology Journal 2009, 6:60 doi:10.1186/1743-422X-6-60]을 참조한다.
유전 요소는 중합효소, 예를 들어, RNA 중합효소 또는 DNA 중합효소를 인코딩하는 서열을 포함할 수 있다.
기타 서열
일부 실시형태에서, 유전 요소는 생성물(예를 들어, 리보자임, 단백질을 인코딩하는 치료적 mRNA, 외인성 유전자)을 인코딩하는 핵산을 추가로 포함한다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 큐론의 종 및/또는 조직 및/또는 세포 향성(예를 들어, 캡시드 단백질 서열), 감염성(예를 들어, 캡시드 단백질 서열), 면역억제/활성화(예를 들어, 조절 핵산), 바이러스 게놈 결합 및/또는 패키징, 면역 회피(비-면역원성 및/또는 관용), 약동학, 엔도시토시스 및/또는 세포 부착, 핵 유입, 세포내 조절 및 국소화, 엑소시토시스 조절, 증식 및 숙주 또는 숙주 세포에서의 큐론의 핵산 보호에 영향을 미치는 하나 이상의 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 DNA, RNA 또는 인공 핵산을 포함하는 다른 서열을 포함할 수 있다. 다른 서열은 게놈 DNA, cDNA, 또는 tRNA, mRNA, rRNA, miRNA, gRNA, siRNA 또는 다른 RNAi 분자를 인코딩하는 서열을 포함할 수 있지만, 이들에 제한되지 않는다. 일 실시형태에서, 유전 요소는 조절 핵산과 동일한 유전자 발현 생성물의 상이한 유전자좌를 표적화하기 위하여 siRNA를 인코딩하는 서열을 포함한다. 일 실시형태에서, 유전 요소는 조절 핵산과 상이한 유전자 발현 생성물을 표적화하기 위하여 siRNA를 인코딩하는 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 하기의 서열 중 하나 이상을 추가로 포함한다: 하나 이상의 miRNA를 인코딩하는 서열, 하나 이상의 복제 단백질을 인코딩하는 서열, 외인성 유전자를 인코딩하는 서열, 치료제를 인코딩하는 서열, 조절 서열(예를 들어, 프로모터, 인핸서), 내인성 유전자를 표적화하는 하나 이상의 조절 서열(siRNA, lncRNA, shRNA)을 인코딩하는 서열, 및 치료적 mRNA 또는 단백질을 인코딩하는 서열.
다른 서열은 약 2 내지 약 5000개의 뉴클레오티드, 약 10 내지 약 100개의 뉴클레오티드, 약 50 내지 약 150개의 뉴클레오티드, 약 100 내지 약 200개의 뉴클레오티드, 약 150 내지 약 250개의 뉴클레오티드, 약 200 내지 약 300개의 뉴클레오티드, 약 250 내지 약 350개의 뉴클레오티드, 약 300 내지 약 500개의 뉴클레오티드, 약 10 내지 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 50 내지 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 100 내지 약 1000개의 뉴클레오티드, 약 1000 내지 약 2000개의 뉴클레오티드, 약 2000 내지 약 3000개의 뉴클레오티드, 약 3000 내지 약 4000개의 뉴클레오티드, 약 4000 내지 약 5000개의 뉴클레오티드 또는 그 사이의 임의의 범위의 길이를 가질 수 있다.
외인성 유전자
예를 들어, 유전 요소는 신호전달 생화학 경로와 연관된 유전자, 예를 들어, 신호전달 생화학 경로-연관 유전자 또는 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 예에는 질병 연관 유전자 또는 폴리뉴클레오티드가 포함된다. "질병-연관" 유전자 또는 폴리뉴클레오티드는 비 질병 대조군의 조직 또는 세포와 비교하여, 질병-이환된 조직으로부터 유래된 세포에서 전사 또는 번역 생성물을 비정상적인 수준 또는 비정상적인 형태로 제공하는 임의의 유전자 또는 폴리뉴클레오티드를 지칭한다. 그것은 비정상적으로 높은 수준으로 발현되는 유전자일 수 있으며; 비정상적으로 낮은 수준으로 발현되는 유전자일 수 있으며, 여기서, 변경된 발현은 질병의 발생 및/또는 진행과 상호연관된다. 질병-연관 유전자는 또한, 질병의 병인의 직접적인 원인이 되거나, 질병의 병인을 담당하는 유전자(들)와 연관 불균형인 돌연변이(들) 또는 유전적 변이를 지니는 유전자를 지칭한다.
질병-연관 유전자 및 폴리뉴클레오티드의 예는 맥쿠식-나탄스(McKusick-Nathans) 유전 의학 기관, 존스 홉킨스 대학(미국 메릴랜드주 볼티모어) 및 국립 생명과학 정보 센터, 국립 의학 도서관(미국 메릴랜드주 베데스다)로부터 이용 가능하다. 질병-연관 유전자 및 폴리뉴클레오티드의 예는 본원에 그들 전문이 참조로 포함되는 미국 특허 제8,697,359호의 표 A 및 B에 열거되어 있다. 질병 특이적 정보는 맥쿠식-나탄스 유전 의학 기관, 존스 홉킨스 대학(미국 메릴랜드주 볼티모어) 및 국립 생명과학 정보 센터, 국립 의학 도서관(미국 메릴랜드주 베데스다)로부터 이용 가능하다. 신호전달 생화학 경로-연관 유전자 및 폴리뉴클레오티드의 예는 본원에 전문이 참조로 포함되는 미국 특허 제8,697,359호의 표 A 내지 C에 열거되어 있다.
또한, 유전 요소는 본원의 다른 곳에 기재된 바와 같이 표적화 모이어티를 인코딩할 수 있다. 이는 예를 들어, 당, 당지질 또는 단백질, 예컨대 항체를 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 삽입함으로써 달성될 수 있다. 당업자는 표적화 모이어티의 추가의 생성 방법을 안다.
바이러스 서열
일부 실시형태에서, 유전 요소는 적어도 하나의 바이러스 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 서열은 단일 가닥 DNA 바이러스, 예를 들어, 아넬로바이러스, 비드나바이러스, 써코바이러스, 제미니바이러스, 게노모바이러스, 이노바이러스, 마이크로바이러스, 나노바이러스, 파보바이러스 및 스피라바이러스로부터의 하나 이상의 서열에 대하여 상동성 또는 동일성을 갖는다. 일부 실시형태에서, 서열은 이중 가닥 DNA 바이러스, 예를 들어, 아데노바이러스, 암풀라바이러스, 아스코바이러스, 아스파바이러스, 배큘로바이러스, 푸셀로바이러스, 글로불로바이러스, 구타바이러스, 하이트로사바이러스, 헤르페스바이러스, 이리도바이러스, 리포트릭스바이러스, 니마바이러스 및 폭스바이러스로부터의 하나 이상의 서열에 대하여 상동성 또는 동일성을 갖는다. 일부 실시형태에서, 서열은 RNA 바이러스, 예를 들어, 알파바이러스, 푸로바이러스, 간염 바이러스, 호르데이바이러스, 토바모바이러스, 토브라바이러스, 트리코르나바이러스, 루비바이러스, 비르나바이러스, 시스토바이러스, 파르티티바이러스 및 레오바이러스로부터의 하나 이상의 서열에 대하여 상동성 또는 동일성을 갖는다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 비-병원성 바이러스, 예를 들어, 상리공생 바이러스, 예를 들어, 편리공생 바이러스, 예를 들어, 고유 바이러스, 예를 들어, 아넬로바이러스로부터의 하나 이상의 서열을 포함할 수 있다. 명명법의 최근의 변화는 인간 세포를 감염시킬 수 있는 3가지 아넬로바이러스를 알파토르크바이러스(TT), 베타토르크바이러스(TTM) 및 감마토르크바이러스(TTMD) 속의 아넬로바이러스과의 바이러스로 분류하였다. 현재까지, 아넬로바이러스는 임의의 인간 질병과 연관된 바 없다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 토르크 테노 바이러스(TT), 환형 음성-센스 게놈을 갖는 비-외피, 단일-가닥 DNA 바이러스에 대하여 상동성 또는 동일성을 갖는 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 SEN 바이러스, 센티넬(Sentinel) 바이러스, TTV-유사 미니 바이러스 및 TT 바이러스에 대하여 상동성 또는 동일성을 갖는 서열을 포함할 수 있다. TT 바이러스 유전형 6, TT 바이러스 군, TTV-유사 바이러스 DXL1 및 TTV-유사 바이러스 DXL2를 포함하는 상이한 유형의 TT 바이러스가 기재된 바 있다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 더 작은 바이러스, 토르크 테노-유사 미니 바이러스(TTM) 또는 토르크 테노-유사 미디 바이러스(TTMD)로 지칭되는 TTV와 TTMV 사이의 게놈 크기를 갖는 제3 바이러스에 대하여 상동성 또는 동일성을 갖는 서열을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 본원에, 예를 들어, 표 19에 기재된 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 70% 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98% 및 99% 뉴클레오티드 서열 동일성을 갖는 비-병원성 바이러스로부터의 하나 이상의 서열 또는 서열의 단편을 포함할 수 있다.
[표 19]
일부 실시형태에서, 유전 요소는 본원, 예를 들어, 표 20에 기재된 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 70% 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98% 및 99% 뉴클레오티드 서열 동일성을 갖는 실질적으로 비-병원성인 바이러스로부터의 하나 이상의 서열 또는 서열의 단편을 포함할 수 있다.
[표 20]
일부 실시형태에서, 유전 요소는 하나 이상의 비-아넬로바이러스, 예를 들어, 아데노바이러스, 헤르페스 바이러스, 폭스 바이러스, 백시니아 바이러스, SV40, 파필로마 바이러스, RNA 바이러스, 예컨대 레트로바이러스, 예를 들어, 렌티 바이러스, 단일-가닥 RNA 바이러스, 예를 들어, 간염 바이러스, 또는 이중-가닥 RNA 바이러스, 예를 들어, 로타바이러스로부터의 하나 이상의 서열에 대하여 상동성 또는 동일성을 갖는 하나 이상의 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 재조합 레트로바이러스가 결함이 있기 때문에, 감염성 입자를 생성하도록 지원이 제공될 수 있다. 이러한 지원은 예를 들어, LTR 내의 조절 서열의 제어 하에 레트로바이러스의 구조적 유전자의 전부를 인코딩하는 플라스미드를 함유하는 헬퍼 세포주를 사용함으로써 제공될 수 있다. 본원에 기재된 큐론을 복제하는데 적합한 세포주는 해당 분야에 공지된 세포주, 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이 변형될 수 있는 A549 세포를 포함한다. 상기 유전 요소는 선택 가능한 마커를 인코딩하는 유전자를 추가로 함유하여, 요망되는 유전 요소가 확인되게 할 수 있다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 서열이 제1 뉴클레오티드 서열에 의해 인코딩되는 폴리펩티드와 적어도 약 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일하게 유지되거나, 또는 다르게 본 발명을 실시하는데 유용하다면, 인코딩된 폴리펩티드에 아미노산 차이를 초래하는 비-침묵 돌연변이, 예를 들어, 염기 치환, 결실 또는 부가를 포함한다. 이와 관련하여, 일반적으로 전체 단백질 기능을 불활성화시키지 않는 것으로 인식되는 특정 보존적 아미노산 치환이 이루어질 수 있다: 예컨대 양으로 하전된 아미노산(및 그의 역)에 관하여, 라이신, 아르기닌 및 히스티딘; 음으로 하전된 아미노산(및 그의 역)에 관하여, 아스파르트산 및 글루탐산; 및 특정 군의 중성으로 하전된 아미노산(및 모든 경우에, 또한 그의 역)에 관하여, (1) 알라닌 및 세린, (2) 아스파라긴, 글루타민 및 히스티딘, (3) 시스테인 및 세린, (4) 글리신 및 프롤린, (5) 이소류신, 류신 및 발린, (6) 메티오닌, 류신 및 이소류신, (7) 페닐알라닌, 메티오닌, 류신 및 티로신, (8) 세린 및 트레오닌, (9) 트립토판 및 티로신, (10) 및 예를 들어, 티로신, 트립토판 및 페닐알라닌. 아미노산은 물리적 특성 및 이차 및 삼차 단백질 구조에 대한 기여에 따라 분류될 수 있다. 보존적 치환은 하나의 아미노산의 유사한 특성을 갖는 또 다른 아미노산으로의 치환으로서 해당 분야에 인식된다.
동일한 또는 특정 백분율의 동일한 뉴클레오티드 또는 아미노산 잔기를 갖는 2개 이상의 핵산 또는 폴리펩티드 서열의 동일성(예를 들어, 비교 윈도우 또는 표기된 영역에 걸쳐 최대 상응성을 위해 비교되고 정렬되는 경우, 특정 영역에 걸쳐 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 이상의 동일성)은 하기 기재된 디폴트 파라미터와 함께 BLAST 또는 BLAST 2.0 서열 비교 알고리즘을 사용하여 또는 수동의 정렬 및 육안의 검사(예를 들어, NCBI 웹 사이트 www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 등 참조)에 의해 측정될 수 있다. 동일성은 또한 시험 서열의 상보물을 지칭할 수 있거나 이에 적용될 수 있다. 동일성은 또한 결실 및/또는 부가를 갖는 서열 및 치환을 갖는 서열을 포함한다. 본원에 기재된 바와 같이, 알고리즘은 갭 등을 설명한다. 동일성은 적어도 약 10개 아미노산 또는 뉴클레오티드 길이, 약 15개 아미노산 또는 뉴클레오티드 길이, 약 20개 아미노산 또는 뉴클레오티드 길이, 약 25개 아미노산 또는 뉴클레오티드 길이, 약 30개 아미노산 또는 뉴클레오티드 길이, 약 35개 아미노산 또는 뉴클레오티드 길이, 약 40개 아미노산 또는 뉴클레오티드 길이, 약 45개 아미노산 또는 뉴클레오티드 길이, 약 50개 아미노산 또는 뉴클레오티드 길이 이상인 영역에 걸쳐 존재할 수 있다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 본원에, 예를 들어, 표 19 또는 표 20에 기재된 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 75% 뉴클레오티드 서열 동일성, 적어도 약 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 뉴클레오티드 서열 동일성을 갖는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 유전 암호가 축퇴성이기 때문에, 상동성 뉴클레오티드 서열은 임의의 수의 "침묵" 염기 변경, 즉, 그럼에도 불구하고 동일한 아미노산을 인코딩하는 뉴클레오티드 치환을 포함할 수 있다.
유전자 편집 성분
합성 큐론의 유전 요소는 유전자 편집 시스템의 성분을 인코딩하는 하나 이상의 유전자를 포함할 수 있다. 예시적인 유전자 편집 시스템은 클러스터링된 규칙적으로 산재된 짧은 회문 반복부(CRISPR) 시스템, 아연 핑거 뉴클레아제(ZFN) 및 전사 활성화제-유사 이펙터-기반의 뉴클레아제(TALEN)를 포함한다. ZFN, TALEN 및 CRISPR-기반의 방법은 예를 들어, 문헌[Gaj et al. Trends Biotechnol. 31.7(2013):397-405]에 기재되어 있으며; 유전자 편집의 CRISPR 방법은 예를 들어, 문헌[Guan et al., Application of CRISPR-Cas system in gene therapy: Pre-clinical progress in animal model. DNA Repair 2016 Oct;46:1-8. doi: 10.1016/j.dnarep.2016.07.004]; 문헌[Zheng et al., Precise gene deletion and replacement using the CRISPR/Cas9 system in human cells. BioTechniques, Vol. 57, No. 3, September 2014, pp. 115-124]에 기재되어 있다.
CRISPR 시스템은 원래 박테리아 및 조류에서 관찰되는 적응 방어 시스템이다. CRISPR 시스템은 CRISPR-회합 또는 "Cas" 엔도뉴클레아제(예를 들어, Cas9 또는 Cpf1)로 명명되는 RNA-가이드된 뉴클레아제를 사용하여, 외래 DNA를 절단한다. 전형적인 CRISPR/Cas 시스템에서, 엔도뉴클레아제는 단일- 또는 이중-가닥 DNA 서열을 표적화하는 서열-특이적 비-코딩 "가이드 RNA"에 의해 표적 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 서열-편집될 게놈 내의 부위)에 지향된다. CRISPR 시스템의 3가지 부류(I 내지 III)가 확인된 바 있다. 부류 II CRISPR 시스템은 (다수의 Cas 단백질보다는) 단일의 Cas 엔도뉴클레아제를 사용한다. 하나의 부류 II CRISPR 시스템은 II형 Cas 엔도뉴클레아제, 예컨대 Cas9, CRISPR RNA("crRNA") 및 트랜스-활성화 crRNA("tracrRNA")를 포함한다. crRNA는 "가이드 RNA", 전형적으로 표적 DNA 서열에 상응하는 약 20-뉴클레오티드 RNA 서열을 함유한다. crRNA는 또한, tracrRNA에 결합하여, RNase III에 의해 절단되는 부분 이중-가닥 구조를 형성하여, crRNA/tracrRNA 혼성물을 초래하는 영역을 함유한다. 이어서, crRNA/tracrRNA 혼성물은 Cas9 엔도뉴클레아제가 표적 DNA 서열을 인식하고 절단하게 한다. 표적 DNA 서열은 일반적으로 주어진 Cas 엔도뉴클레아제에 특이적인 "프로토스페이서 인접 모티프"("PAM")에 인접해야 하지만; PAM 서열은 주어진 게놈의 도처에서 나타난다.
일부 실시형태에서, 큐론은 CRISPR 엔도뉴클레아제에 대한 유전자를 포함한다. 예를 들어, 다양한 원핵생물 종으로부터 확인되는 일부 CRISPR 엔도뉴클레아제는 독특한 PAM 서열 요건을 가지며; PAM 서열의 예는 5'-NGG(스트렙토코커스 피오게네스(Streptococcus pyogenes)), 5'-NNAGAA(스트렙토코커스 써모필러스(Streptococcus thermophilus) CRISPR1), 5'-NGGNG(스트렙토코커스 써모필러스 CRISPR3) 및 5'-NNNGATT(네이세리아 메닌지디티스(Neisseria meningiditis))를 포함한다. 일부 엔도뉴클레아제, 예를 들어, Cas9 엔도뉴클레아제는 G-풍부 PAM 부위, 예를 들어, 5'-NGG와 회합되며, PAM 부위(이로부터 5')로부터 3개 뉴클레오티드 상류의 위치에서 표적 DNA의 블런트-말단 절단을 수행한다. 또 다른 부류 II CRISPR 시스템은 Cas9보다 더 작은 V형 엔도뉴클레아제 Cpf1을 포함하며; 예에는 AsCpf1(아시드아미노코커스(Acidaminococcus) 종 유래) 및 LbCpf1(라크노스피라세아에(Lachnospiraceae) 종 유래)이 포함된다. Cpf1 엔도뉴클레아제는 T-풍부 PAM 부위, 예를 들어, 5'-TTN과 회합된다. 또한, Cpf1은 5'-CTA PAM 모티프를 인식할 수 있다. Cpf1은 4- 또는 5-뉴클레오티드 5' 오버행을 갖는 오프셋 또는 스태거형 이중-가닥 파단부를 도입함으로써, 예를 들어, 코딩 가닥 상의 PAM 부위(그로부터 3')로부터 18개 뉴클레오티드 하류, 및 상보성 가닥 상의 PAM 부위로부터 23개 뉴클레오티드 하류에 위치한 5-뉴클레오티드 오프셋 또는 스태거형 절단으로 표적 DNA를 절단함으로써 표적 DNA를 절단하며; 이러한 오프셋 절단으로부터 초래되는 5-뉴클레오티드 오버행은 상동성 재조합에 의한 DNA 삽입에 의해 블런트-말단 절단된 DNA에서의 삽입에 의한 것보다 더욱 정밀한 게놈 편집을 가능하게 한다. 예를 들어, 문헌[Zetsche et al. (2015) Cell, 163:759 - 771]을 참조한다.
다양한 CRISPR 회합(Cas) 유전자가 큐론 내에 포함될 수 있다. 유전자의 구체적인 예는 Cas1, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas6, Cas7, Cas8, Cas9, Cas10, Cpf1, C2C1 또는 C2C3을 포함하는 부류 II 시스템으로부터의 Cas 단백질을 인코딩하는 것들이다. 일부 실시형태에서, 큐론은 Cas 단백질, 예를 들어, 다양한 원핵생물 종 중 임의의 것으로부터의 것일 수 있는 Cas9 단백질을 인코딩하는 유전자를 포함한다. 일부 실시형태에서, 큐론은 특정 Cas 단백질, 예를 들어, 특정 프로토스페이서-인접 모티프(PAM) 서열을 인식하도록 선택되는 특정 Cas9 단백질을 인코딩하는 유전자를 포함한다. 일부 실시형태에서, 큐론은 세포, 접합체, 배아 또는 동물 내로 도입되어, 예를 들어, 동일한, 유사한 또는 상이한 PAM 모티프를 포함하는 부위의 인식 및 변형을 가능하게 할 수 있는 2가지 이상의 상이한 Cas 단백질 또는 2가지 이상의 Cas 단백질을 인코딩하는 핵산을 포함한다. 일부 실시형태에서, 큐론은 불활성화된 뉴클레아제를 갖는 변형된 Cas 단백질, 예를 들어, 뉴클레아제-결함 Cas9를 인코딩하는 유전자를 포함한다.
야생형 Cas9 단백질이 gRNA에 의해 표적화된 특정 DNA 서열에서 이중-가닥 파단부(DSB)를 생성하는 한편, 변형된 기능을 갖는 수많은 CRISPR 엔도뉴클레아제가 알려져 있으며, 예를 들어, "닉카제" 버전의 Cas9는 오직 단일-가닥 파단만을 생성하며; 촉매적으로 비활성인 Cas9("dCas9")는 표적 DNA를 절단하지 않는다. dCas9를 인코딩하는 유전자를 이펙터 도메인을 인코딩하는 유전자와 융합시켜, 표적 유전자의 발현을 억제(CRISPRi)하거나 활성화(CRISPRa)시킬 수 있다. 예를 들어, 유전자는 전사 침묵화제(예를 들어, KRAB 도메인) 또는 전사 활성화제(예를 들어, dCas9-VP64 융합물)를 갖는 Cas9 융합물을 인코딩할 수 있다. 2개의 gRNA에 상동성인 표적 서열에 DSB를 생성하기 위하여, FokI 뉴클레아제에 융합된 촉매적 비활성 Cas9(dCas9)("dCas9-FokI")를 인코딩하는 유전자가 포함될 수 있다. 예를 들어, 애드진 레포지터리(Addgene repository)(Addgene, 75 Sidney St., Suite 550A, Cambridge, MA 02139; addgene.org/crispr/)에 개시되고, 그로부터 공개적으로 이용 가능한 수많은 CRISPR/Cas9 플라스미드를 참조한다. 각각 개별 가이드 RNA에 의해 유도되는, 2개의 개별 이중-가닥 파단을 도입하는 "이중 닉카제" Cas9는 더욱 정확한 게놈 편집을 달성하는 것으로 문헌[Ran et al. (2013) Cell, 154:1380 - 1389]에 기재되어 있다.
진핵생물의 유전자를 편집하기 위한 CRISPR 기술은 미국 특허 출원 공개 제2016/0138008A1호 및 제US2015/0344912A1호에, 그리고 미국 특허 제8,697,359호, 제8,771,945호, 제8,945,839호, 제8,999,641호, 제8,993,233호, 제8,895,308호, 제8,865,406호, 제8,889,418호, 제8,871,445호, 제8,889,356호, 제8,932,814호, 제8,795,965호 및 제8,906,616호에 개시되어 있다. Cpf1 엔도뉴클레아제 및 상응하는 가이드 RNA 및 PAM 부위는 미국 특허 출원 공개 제2016/0208243 A1호에 개시되어 있다.
일부 실시형태에서, 큐론은 본원에 기재된 폴리펩티드, 예를 들어, 표적화된 뉴클레아제, 예를 들어, Cas9, 예를 들어, 야생형 Cas9, 닉카제 Cas9(예를 들어, Cas9 D10A), 데드(dead) Cas9(dCas9), eSpCas9, Cpf1, C2C1 또는 C2C3, 및 gRNA를 인코딩하는 유전자를 포함한다. 뉴클레아제 및 gRNA(들)를 인코딩하는 유전자의 선택은 표적화된 돌연변이가 뉴클레오티드의 결실인지, 치환인지 또는 부가인지, 예를 들어, 표적화된 서열에 대한 뉴클레오티드의 결실인지, 치환인지 또는 부가인지에 의해 결정된다. (하나 이상의) 이펙터 도메인(예를 들어, VP64)의 전부 또는 그의 일부(예를 들어, 그의 생물학적 활성 부분)와 테더링된 촉매적 비활성 엔도뉴클레아제, 예를 들어, 데드 Cas9(dCas9, 예를 들어, D10A; H840A)를 인코딩하는 유전자는 하나 이상의 표적 핵산 서열의 활성 및/또는 발현을 조절할 수 있는 키메라 단백질을 생성한다.
본원에 사용되는 바와 같이, "이펙터 도메인의 생물학적 활성 부분"은 이펙터 도메인(예를 들어, "최소" 또는 "코어" 도메인)의 기능을 (예를 들어, 완전하게, 부분적으로 또는 최소로) 유지하는 부분이다. 일부 실시형태에서, 큐론은 본원에 기재된 방법에서 유용한 키메라 단백질을 생성하기 위하여 하나 이상의 이펙터 도메인의 전부 또는 일부와 dCas9의 융합물을 인코딩하는 유전자를 포함한다. 따라서, 일부 실시형태에서, 큐론은 dCas9-메틸라제 융합물을 인코딩하는 유전자를 포함한다. 다른 일부 실시형태에서, 큐론은 내인성 유전자를 표적화하기 위하여 부위-특이적 gRNA와 함께 dCas9-효소 융합물을 인코딩하는 유전자를 포함한다.
다른 양태에서, 큐론은 dCas9와 융합된 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 이펙터 도메인(모든 또는 생물학적 활성 부분)을 인코딩하는 유전자를 포함한다.
단백질성 외부
일부 실시형태에서, 큐론, 예를 들어, 합성 큐론은 유전 요소를 봉입하는 단백질성 외부를 포함한다. 단백질성 외부는 포유동물에서 면역 반응을 유도하지 못하는 실질적으로 비-병원성인 외부 단백질을 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 단백질성 외부 내에 지질이 결여된다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론에는 지질 이중층, 예를 들어, 바이러스 외피가 결여된다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론의 내부는 단백질성 외부에 의해 완전히 덮인다(예를 들어, 100% 커버리지). 일부 실시형태에서, 합성 큐론의 내부는 단백질성 외부에 의해 100% 미만, 예를 들어, 95%, 90%, 85%, 80%, 70%, 60%, 50% 이하의 커버리지로 덮인다. 일부 실시형태에서, 단백질성 외부는 유전 요소가 큐론에 보유되는 한, 예를 들어, 물, 이온, 펩티드 또는 소분자에 대한 투과 가능성을 허용하는 갭 또는 불연속부를 포함한다.
일부 실시형태에서, 단백질성 외부는 숙주 세포 내로의 유전 요소의 유입을 매개하기 위하여 숙주 세포를 특이적으로 인식하고/인식하거나 이에 결합하는 하나 이상의 단백질 또는 폴리펩티드, 예를 들어, 상보성 단백질 또는 폴리펩티드를 포함한다.
일부 실시형태에서, 단백질성 외부는 하기 중 하나 이상을 포함한다: 하나 이상의 글리코실화된 단백질, 친수성 DNA-결합 영역, 아르기닌-풍부 영역, 트레오닌-풍부 영역, 글루타민-풍부 영역, N-말단 폴리아르기닌 서열, 가변 영역, C-말단 폴리글루타민/글루탐산염 서열 및 하나 이상의 이황화 가교.
일부 실시형태에서, 단백질성 외부는 하기의 특징 중 하나 이상을 포함한다: 정20면체 대칭, 하나 이상의 숙주 세포 분자와 상호작용하는 분자를 인식하고/인식하거나 이에 결합하여, 숙주 세포로의 유입을 매개함, 지질 분자가 결여됨, 탄수화물이 결여됨, pH 및 온도 안정성임, 세제 저항성임 및 숙주에서 실질적으로 비-면역원성이거나 실질적으로 비-병원성임.
벡터
본원에 기재된 유전 요소는 벡터에 포함될 수 있다. 적합한 벡터 및 그들의 제조 및 그들의 이용 방법은 종래 기술에 널리 알려져 있다.
일 양태에서, 본 발명은 (i) 비-병원성 외부 단백질을 인코딩하는 서열, (ii) 유전 요소를 비-병원성 외부 단백질에 결합시키는 외부 단백질 결합 서열, 및 (iii) 조절 핵산을 인코딩하는 서열을 포함하는 유전 요소를 포함하는 벡터를 포함한다.
유전 요소 또는 유전 요소 내의 임의의 서열은 임의의 적합한 방법을 사용하여 수득될 수 있다. 다양한 재조합 방법, 예를 들어, 바이러스 서열을 갖는 세포로부터 라이브러리의 스크리닝, 이를 포함하는 것으로 알려져 있는 벡터로부터 서열의 유도, 또는 표준 기법을 사용한 이를 함유하는 세포 및 조직으로부터의 직접적인 단리가 해당 분야에 알려져 있다. 대안적으로 또는 조합하여, 유전 요소의 일부 또는 전부는 클로닝보다는 합성에 의해 생성될 수 있다.
일부 실시형태에서, 벡터는 조절 요소, 표적 유전자에 상동성인 핵산 서열, 및 생존 가능한 세포 내에서 및/또는 세포내 분자가 표적 세포 내에 존재하는 경우 리포터 분자의 발현을 야기하기 위한 다양한 리포터 구축물을 포함한다.
잠재적으로 트랜스펙션된 세포를 확인하고, 조절 서열의 기능을 평가하기 위한 리포터 유전자가 사용된다. 일반적으로, 리포터 유전자는 수여자 유기체 또는 조직에 존재하거나 그에 의해 발현되지 않고, 발현이 다소 용이하게 검출 가능한 특성, 예를 들어, 효소 활성에 의해 나타나는 폴리펩티드를 인코딩하는 유전자이다. 리포터 유전자의 발현은 DNA가 수여자 세포 내로 도입된 후 적합한 시간에 검정된다. 적합한 리포터 유전자는 루시퍼라제, 베타-갈락토시다제, 클로람페니콜 아세틸 트랜스퍼라제, 분비된 알칼리성 포스파타제 또는 녹색 형광 단백질 유전자를 인코딩하는 유전자를 포함할 수 있다(예를 들어, 문헌[Ui-Tei et al., 2000 FEBS Letters 479: 79-82]). 적합한 발현 시스템은 널리 알려져 있으며, 공지된 기법을 사용하여 제조되거나 상업적으로 수득될 수 있다. 일반적으로, 가장 높은 리포터 유전자의 발현 수준을 보이는 최소 5' 플랭킹 영역을 갖는 구축물은 프로모터로서 확인된다. 이러한 프로모터 영역은 리포터 유전자에 연결되고, 프로모터-유도 전사를 조절하는 능력에 대하여 작용제를 평가하기 위해 사용될 수 있다.
일부 실시형태에서, 벡터는 실질적으로 비-병원성이고/이거나 숙주 세포 내에 실질적으로 비-통합되거나, 숙주에서 실질적으로 비-면역원성이다.
일부 실시형태에서, 벡터는 표현형, 바이러스 수준, 유전자 발현, 다른 바이러스와의 경쟁, 병태 등 중 하나 이상을 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50% 이상 조절하기에 충분한 양으로 존재한다.
조성물
본원에 기재된 합성 큐론 또는 벡터는 또한 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이, 약제학적 부형제와 함께 약제학적 조성물에 포함될 수 있다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 적어도 105, 106, 107, 108, 109, 1010, 1011, 1012, 1013, 1014 또는 1015개의 합성 큐론을 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 105 내지 1015, 105 내지 1010 또는 1010 내지 1015개의 합성 큐론을 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 약 108(예를 들어, 약 105, 106, 107, 108, 109 또는 1010) 게놈 당량/㎖의 합성 큐론을 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 예를 들어, 실시예 18의 방법에 따라 결정시, 105 내지 1010, 106 내지 1010, 107 내지 1010, 108 내지 1010, 109 내지 1010, 105 내지 106, 105 내지 107, 105 내지 108 또는 105 내지 109 게놈 당량/㎖의 합성 큐론을 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 세포당 큐론에 포함되는 적어도 1, 2, 5 또는 10, 100, 500, 1000, 2000, 5000, 8,000, 1 x 104, 1 x 105, 1 x 106, 1 x 107개 이상의 카피의 유전 요소를 진핵 세포의 집단에 운반하기에 충분한 합성 큐론을 포함한다. 일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 세포당 큐론에 포함되는 적어도 약 1 x 104, 1 x 105, 1 x 106, 1 x 또는 107 또는 약 1 x 104 내지 1 x 105, 1 x 104 내지 1 x 106, 1 x 104 내지 1 x 107, 1 x 105 내지 1 x 106, 1 x 105 내지 1 x 107 또는 1 x 106 내지 1 x 107개 카피의 유전 요소를 진핵 세포의 집단에 운반하기에 충분한 합성 큐론을 포함한다.
일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 하기의 특징 중 하나 이상을 갖는다: 약제학적 조성물이 약제학적 또는 우수 제조 기준(GMP) 표준을 충족하거나; 약제학적 조성물을 우수 제조 기준(GMP)에 따라 제조하거나; 약제학적 조성물이 사전결정된 기준 값 미만의 병원체 수준을 갖거나, 예를 들어, 실질적으로 병원체가 없거나; 약제학적 조성물이 사전결정된 기준 값 미만의 오염물질 수준을 갖거나, 예를 들어, 실질적으로 오염물질이 없거나; 또는 약제학적 조성물이 낮은 면역원성을 갖거나, 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이 실질적으로 비-면역원성임.
일부 실시형태에서, 약제학적 조성물은 임계값 미만의 양의 하나 이상의 오염물질을 포함한다. 약제학적 조성물에서 바람직하게는 배제되거나 최소화되는 예시적인 오염물질은 제한 없이, 숙주 세포 핵산(예를 들어, 숙주 세포 DNA 및/또는 숙주 세포 RNA), 동물-유래 성분(예를 들어, 혈청 알부민 또는 트립신), 복제-적격 바이러스, 비-감염성 입자, 유리 바이러스 캡시드 단백질, 외래 작용제 및 응집물을 포함한다. 실시형태들에서, 오염물질은 숙주 세포 DNA이다. 실시형태들에서, 조성물은 용량당 약 500 ng 미만의 숙주 세포 DNA를 포함한다. 실시형태들에서, 약제학적 조성물은 중량 기준 10% 미만(예를 들어, 약 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0.5% 또는 0.1% 미만)의 오염물질로 이루어진다.
일 양태에서, 본원에 기재된 본 발명은 하기를 포함하는 약제학적 조성물을 포함한다:
a) (i) 비-병원성 외부 단백질을 인코딩하는 서열, (ii) 유전 요소를 비-병원성 외부 단백질에 결합하는 외부 단백질 결합 서열, 및 (iii) 조절 핵산을 인코딩하는 서열을 포함하는 유전 요소; 및 유전 요소와 회합된, 예를 들어, 이를 봉입하거나 둘러싸는 단백질성 외부를 포함하는 합성 큐론; 및
b) 약제학적 부형제.
소낭
일부 실시형태에서, 조성물은 운반체 성분, 예를 들어, 마이크로입자, 리포좀, 소낭 또는 엑소좀을 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 리포좀은 내부 수성 구획을 둘러싸는 단일- 또는 다중라멜라 지질 이중층 및 상대적으로 불투과성인 외부 친지성 인지질 이중층으로 구성된 구형 소낭 구조를 포함한다. 리포좀은 음이온성, 중성 또는 양이온성일 수 있다. 리포좀은 일반적으로 생체적합성, 비독성이며, 친수성 및 친지성 약물 분자 둘 모두를 운반하고, 혈장 효소에 의한 분해로부터 그들의 카고(cargo)를 보호하고, 생물학적 막을 가로질러 그들의 로드를 수송할 수 있다(예를 들어, 검토를 위하여 문헌[Spuch and Navarro, Journal of Drug Delivery, vol. 2011, Article ID 469679, 12 pages, 2011. doi:10.1155/2011/469679] 참조).
소낭은 몇몇 상이한 유형의 지질로부터 제조될 수 있지만; 약물 담체로서 리포좀을 생성하는 데 인지질이 가장 흔히 사용된다. 소낭은 제한 없이, DOTMA, DOTAP, DOTIM, DDAB를 단독으로 또는 콜레스테롤과 함께 포함하여, DOTMA 및 콜레스테롤, DOTAP 및 콜레스테롤, DOTIM 및 콜레스테롤, 및 DDAB 및 콜레스테롤을 제공할 수 있다. 다중라멜라 소낭 지질의 제조 방법은 해당 분야에 알려져 있다(예를 들어, 다중라멜라 소낭 지질 제제에 관한 교시가 본원에 참조로 포함되는 미국 특허 제6,693,086호 참조). 지질 필름이 수용액과 혼합되는 경우 소낭 형성은 자발적일 수 있지만, 이는 또한 균질화기, 초음파처리기, 또는 압출 장치를 사용함으로써 진탕 형태로 힘을 가함으로써 더 신속히 처리될 수 있다(예를 들어, 검토를 위해 문헌[Spuch and Navarro, Journal of Drug Delivery, vol. 2011, Article ID 469679, 12 pages, 2011. doi:10.1155/2011/469679] 참조). 압출된 지질은 압출된 지질 제제에 관한 교시가 본원에 참조로 포함되는 문헌[Templeton et al., Nature Biotech, 15:647-652, 1997]에 기재된 바와 같이 감소하는 크기의 필터를 통해 압출시킴으로써 제조될 수 있다.
본원에 기재된 바와 같이, 첨가제를 소낭에 첨가하여, 그들의 구조 및/또는 특성을 변형시킬 수 있다. 예를 들어, 콜레스테롤 또는 스핑고미엘린을 혼합물에 첨가하여, 구조의 안정화 및 내부 카고의 누출의 방지를 도울 수 있다. 추가로, 소낭은 수소화된 난(egg) 포스파티딜콜린 또는 난 포스파티딜콜린, 콜레스테롤 및 디세틸 포스페이트로부터 제조될 수 있다(예를 들어, 검토를 위하여 문헌[Spuch and Navarro, Journal of Drug Delivery, vol. 2011, Article ID 469679, 12 pages, 2011. doi:10.1155/2011/469679] 참조). 또한, 소낭은 합성 동안 또는 그 후에 수여자 세포 상의 반응성 기에 상보성인 반응성 기를 포함하도록 표면 변형될 수 있다. 이러한 반응성 기는 제한 없이, 말레이미드 기를 포함한다. 일 예로서, 소낭은 말레이미드 컨쥬게이트된 인지질, 예컨대 제한 없이 DSPE-MaL-PEG2000을 포함하도록 합성될 수 있다.
소낭 형성은 주로 천연 인지질 및 지질, 예컨대 1,2-다이스테아로릴-sn-글리세로-3-포스파티딜 콜린(DSPC), 스핑고미엘린, 난 포스파티딜콜린 및 모노시알로강글리오시드로 구성될 수 있다. 인지질만으로 제조된 제형은 혈장에서 덜 안정하다. 그러나, 콜레스테롤을 사용한 지질 막의 조작은 캡슐화된 카고의 신속한 방출을 감소시키거나, 1,2-다이올레오일-sn-글리세로-3-포스포에탄올아민(DOPE)은 안정성을 증가시킨다(예를 들어, 검토를 위하여 문헌[Spuch and Navarro, Journal of Drug Delivery, vol. 2011, Article ID 469679, 12 pages, 2011. doi:10.1155/2011/469679] 참조).
실시형태들에서, 지질은 지질 마이크로입자를 형성하기 위해 사용될 수 있다. 지질은 DLin-KC2-DMA4, C12-200 및 공지질 디스테로일포스파티딜 콜린을 포함하지만 이들로 제한되지 않으며, 콜레스테롤 및 PEG-DMG는 자발적 소낭 형성 절차를 사용하여 제형화될 수 있다(예를 들어, 문헌[Novobrantseva, Molecular Therapy-Nucleic Acids (2012) 1, e4; doi:10.1038/mtna.2011.3] 참조). 성분 몰비는 약 50/10/38.5/1.5(DLin-KC2-DMA 또는 C12-200/디스테로일포스파티딜 콜린/콜레스테롤/PEG-DMG)일 수 있다. 테크미라(Tekmira)는 모두가 본 발명에 사용될 수 있고/있거나 조정될 수 있는 지질 마이크로입자 및 지질 마이크로입자 제형의 다양한 양태에 관한, 미국 및 해외에서의 대략 95개의 특허 패밀리의 포트폴리오를 갖는다(예를 들어, 미국 특허 제7,982,027호; 제7,799,565호; 제8,058,069호; 제8,283,333호; 제7,901,708호; 제7,745,651호; 제7,803,397호; 제8,101,741호; 제8,188,263호; 제7,915,399호; 제8,236,943호 및 제7,838,658호 및 유럽 특허 제1766035호; 제1519714호; 제1781593호 및 제1664316호 참조).
일부 실시형태에서, 마이크로입자는 무작위 방식으로 배열된 하나 이상의 고형화된 폴리머(들)를 포함한다. 마이크로입자는 생분해성일 수 있다. 생분해성 마이크로입자는 예를 들어, 제한 없이, 용매 증발, 핫 멜트 마이크로캡슐화, 용매 제거 및 분무 건조를 포함하는 해당 분야에 알려져 있는 방법을 사용하여 합성될 수 있다. 마이크로입자를 합성하기 위한 예시적인 방법은 문헌[Bershteyn et al., Soft Matter 4:1787-1787, 2008] 및 US 2008/0014144 A1호에 기재되어 있으며, 마이크로입자 합성에 관한 그의 구체적인 교시는 본원에 참조로 포함된다.
생분해성 마이크로입자를 형성하기 위해 사용될 수 있는 예시적인 합성 폴리머는 제한 없이, 지방족 폴리에스테르, 폴리 (락트산)(PLA), 폴리 (글리콜산)(PGA), 락트산 및 글리콜산의 코폴리머(PLGA), 폴리카프로락톤(PCL), 다가무수물(polyanhydride), 폴리(오르쏘)에스테르, 폴리우레탄, 폴리(부티르산), 폴리(발레르산) 및 폴리(락티드-코-카프로락톤) 및 천연 폴리머, 예컨대 알부민, 알긴산염 및 덱스트란 및 셀룰로스를 포함하는 기타 다당류, 콜라겐, 예컨대, 예를 들어, 알킬, 알킬렌과 같은 화학 기의 치환, 부가, 하이드록실화, 산화 및 당업자에 의해 일상적으로 이루어지는 기타 변형를 포함하는 그의 화학적 유도체, 알부민 및 기타 친수성 단백질, 제인 및 기타 프롤라민 및 소수성 단백질, 그의 코폴리머 및 혼합물을 포함한다. 일반적으로, 이들 물질은 효소적 가수분해 또는 물로의 노출에 의해, 표면 또는 벌크 침식에 의해 분해된다.
마이크로입자의 직경은 0.1 내지 1000 마이크로미터(㎛) 범위이다. 일부 실시형태에서, 그들의 직경은 크기가 1 내지 750 ㎛, 또는 50 내지 500 ㎛, 또는 100 내지 250 ㎛의 범위이다. 일부 실시형태에서, 그들의 직경은 크기가 50 내지 1000 ㎛, 50 내지 750 ㎛, 50 내지 500 ㎛, 또는 50 내지 250 ㎛의 범위이다. 일부 실시형태에서, 그들의 직경은 크기가 .05 내지 1000 ㎛, 10 내지 1000 ㎛, 100 내지 1000 ㎛, 또는 500 내지 1000 ㎛의 범위이다. 일부 실시형태에서, 그들의 직경은 약 0.5 ㎛, 약 10 ㎛, 약 50 ㎛, 약 100 ㎛, 약 200 ㎛, 약 300 ㎛, 약 350 ㎛, 약 400 ㎛, 약 450 ㎛, 약 500 ㎛, 약 550 ㎛, 약 600 ㎛, 약 650 ㎛, 약 700 ㎛, 약 750 ㎛, 약 800 ㎛, 약 850 ㎛, 약 900 ㎛, 약 950 ㎛ 또는 약 1000 ㎛이다. 마이크로입자 직경의 맥락에서 사용되는 바와 같이, 용어 "약"은 언급된 절대값의 +/-5%를 의미한다.
일부 실시형태에서, 리간드는 입자의 표면 상에 존재하고, 부착될 리간드 상에 존재하는 작용성 화학 기(카복실산, 알데히드, 아민, 술프하이드릴 및 하이드록실)를 통해 마이크로입자의 표면에 컨쥬게이트된다. 작용성은 예를 들어, 마이크로입자의 에멀젼 제조 동안 작용성 화학 기를 갖는 안정화제의 혼입에 의해 마이크로입자 내로 도입될 수 있다.
작용성 기를 마이크로입자에 도입하는 또 다른 예는 입자 제조 후 동안, 입자 및 리간드를 동종- 또는 이종 이작용성 가교결합제와 직접 가교결합시킴으로써 이루어진다. 이러한 절차는 적합한 화학물질 및 소정의 부류의 가교결합제(하기에 더욱 상세히 논의된 바와 같은 CDI, EDAC, 글루타르알데히드 등) 또는 제조 후에 입자 표면의 화학적 변형을 통해 리간드를 입자 표면에 커플링시키는 임의의 다른 가교결합제를 사용할 수 있다. 이는 또한 양친매성 분자, 예컨대 지방산, 지질 또는 기능적 안정화제가 입자 표면에 수동으로 흡수되고 부착되어, 그에 의해 리간드로의 테더링을 위한 작용성 말단 기를 도입할 수 있는 과정을 포함한다.
일부 실시형태에서, 마이크로입자는 그들의 외부 표면 상에 하나 이상의 표적화 기를 포함하도록 합성하여, 특정 세포 또는 조직 유형(예를 들어, 심근세포)을 표적화할 수 있다. 이들 표적화 기는 제한 없이, 수용체, 리간드, 항체 등을 포함한다. 이들 표적화 기는 세포의 표면 상의 그들의 파트너와 결합한다. 일부 실시형태에서, 마이크로입자는 세포 표면을 포함하는 지질 이중층 내로 통합될 것이며, 미토콘드리아는 세포로 운반된다.
마이크로입자는 또한, 그들의 최외각 표면 상에 지질 이중층을 포함할 수 있다. 이러한 이중층은 동일하거나 상이한 유형의 하나 이상의 지질로 구성될 수 있다. 예는 인지질, 예컨대 포스포콜린 및 포스포이노시톨을 포함하지만, 이들에 제한되지 않는다. 구체적인 예는 제한 없이, DMPC, DOPC, DSPC 및 다양한 다른 지질, 예컨대 리포좀에 대하여 본원에 기재된 것들을 포함한다.
일부 실시형태에서, 담체는 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 나노입자를 포함한다.
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 소낭 또는 마이크로입자는 진단제로 작용화된다. 진단제의 예는 양전자 방사 단층촬영(PET), 컴퓨터 보조 단층촬영(CAT), 단일 광자 방출 컴퓨터 단층촬영, x-선, 형광투시법 및 자기 공명 영상화(MRI)에 사용되는 상업적으로 이용 가능한 영상화제; 및 조영제를 포함하지만, 이들에 제한되지 않는다. MRI에서 조영제로서 사용하기에 적합한 물질의 예는 가돌리늄 킬레이트, 및 철, 마그네슘, 망간, 구리 및 크롬을 포함한다.
막 투과성 폴리펩티드
일부 실시형태에서, 조성물은 세포 내로 또는 막, 예를 들어, 세포 또는 핵 막을 가로질러 성분을 운반하도록 막 투과성 폴리펩티드(MPP)를 추가로 포함한다. 막을 가로질러 물질의 수송을 용이하게 할 수 있는 막 투과성 폴리펩티드는 세포-투과 펩티드(CPP)(예를 들어, 미국 특허 제8,603,966호 참조), 식물 세포내 운반을 위한 융합 펩티드(예를 들어, 문헌[Ng et al., PLoS One, 2016, 11:e0154081] 참조), 단백질 변환 도메인, 트로얀(Trojan) 펩티드, 및 막 전위 신호(MTS)(예를 들어, 문헌[Tung et al., Advanced Drug Delivery Reviews 55:281-294 (2003)] 참조)를 포함하지만, 이들에 제한되지 않는다. 일부 MPP는 양으로 하전된 측쇄를 갖는 아미노산, 예컨대 아르기닌이 풍부하다.
막 투과성 폴리펩티드는 전신 투여 시에 생체 내에서 다중의 조직의 세포 내에서, 성분의 막 투과를 유도하고, 거대분자 전위를 가능하게 하는 능력을 갖는다. 막 투과성 폴리펩티드는 또한, 적절한 조건 하에서 세포와 접촉되는 경우, 외부 환경으로부터 세포질, 세포소기관, 예컨대 미토콘드리아 또는 세포의 핵을 포함하는 세포내 환경에, 수동 확산으로 달성될 것보다 유의미하게 더 큰 양으로 통과하는 펩티드를 지칭할 수 있다.
막을 가로질러 수송되는 성분은 막 투과성 폴리펩티드와 가역적으로 또는 비가역적으로 연결될 수 있다. 링커는 화학적 결합, 예를 들어, 하나 이상의 공유 결합 또는 비-공유 결합일 수 있다. 일부 실시형태에서, 링커는 펩티드 링커이다. 이러한 링커는 2 내지 30개 아미노산 이상일 수 있다. 링커는 유연성, 강성 또는 절단 가능한 링커를 포함한다.
조합
일 양태에서, 본원에 기재된 합성 큐론 또는 합성 큐론을 포함하는 조성물은 또한, 하나 이상의 이종성 모이어티를 포함할 수 있다. 일 양태에서, 본원에 기재된 큐론 또는 합성 큐론을 포함하는 조성물은 또한, 융합물 내에 하나 이상의 이종성 모이어티를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 이종성 모이어티는 유전 요소와 연결될 수 있다. 일부 실시형태에서, 이종성 모이어티는 큐론의 일부로서 단백질성 외부에 봉입될 수 있다. 일부 실시형태에서, 이종성 모이어티는 합성 큐론과 함께 투여될 수 있다.
일 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 합성 큐론 및 이종성 모이어티 중 어느 하나를 포함하는 세포 또는 조직을 포함한다.
또 다른 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 합성 큐론 및 이종성 모이어티를 포함하는 약제학적 조성물을 포함한다.
일부 실시형태에서, 이종성 모이어티는 바이러스(예를 들어, 이펙터(예를 들어, 약물, 소분자)), 표적화제(예를 들어, DNA 표적화제, 항체, 수용체 리간드), 태그(예를 들어, 형광단, 감광성 작용제, 예컨대 킬러레드(KillerRed)) 또는 본원에 기재된 편집 또는 표적화 모이어티일 수 있다. 일부 실시형태에서, 본원에 기재된 막 전위 폴리펩티드는 하나 이상의 이종성 모이어티에 연결된다. 일 실시형태에서, 이종성 모이어티는 소분자(예를 들어, 펩티드 모방체 또는 2000 달톤 미만의 분자량을 갖는 작은 유기 분자), 펩티드 또는 폴리펩티드(예를 들어, 항체 또는 그의 항원-결합 단편), 나노입자, 압타머 또는 약리학적 작용제(pharmacoagent)이다.
바이러스
일부 실시형태에서, 조성물은 이종성 모이어티로서 바이러스, 예를 들어, 단일 가닥 DNA 바이러스, 예를 들어, 아넬로바이러스, 비드나바이러스, 써코바이러스, 제미니바이러스, 게노모바이러스, 이노바이러스, 마이크로바이러스, 나노바이러스, 파보바이러스 및 스피라바이러스를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 조성물은 이중 가닥 DNA 바이러스, 예를 들어, 아데노바이러스, 암풀라바이러스, 아스코바이러스, 아스파바이러스, 배큘로바이러스, 푸셀로바이러스, 글로불로바이러스, 구타바이러스, 하이트로사바이러스, 헤르페스바이러스, 이리도바이러스, 리포트릭스바이러스, 니마바이러스 및 폭스바이러스를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 조성물은 RNA 바이러스, 예를 들어, 알파바이러스, 푸로바이러스, 간염 바이러스, 호르데이바이러스, 토바모바이러스, 토브라바이러스, 트리코르나바이러스, 루비바이러스, 비르나바이러스, 시스토바이러스, 파르티티바이러스 및 레오바이러스를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 큐론은 이종성 모이어티로서 바이러스와 함께 투여된다.
일부 실시형태에서, 이종성 모이어티는 비-병원성, 예를 들어, 상리공생, 편리공생, 고유 바이러스를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 비-병원성 바이러스는 하나 이상의 아넬로바이러스, 예를 들어, 알파토르크바이러스(TT), 베타토르크바이러스(TTM) 및 감마토르크바이러스(TTMD)이다. 일부 실시형태에서, 아넬로바이러스는 토르크 테노 바이러스(TT), SEN 바이러스, 센티넬 바이러스, TTV-유사 미니 바이러스, TT 바이러스, TT 바이러스 유전형 6, TT 바이러스 군, TTV-유사 바이러스 DXL1, TTV-유사 바이러스 DXL2, 토르크 테노-유사 미니 바이러스(TTM) 또는 토르크 테노-유사 미디 바이러스(TTMD)를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 비-병원성 바이러스는 본원, 예를 들어, 표 19 또는 표 20에 기재된 뉴클레오티드 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 70% 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98% 및 99% 뉴클레오티드 서열 동일성을 갖는 하나 이상의 서열을 포함한다.
일부 실시형태에서, 이종성 모이어티는 대상체에서 결여된 것으로 확인된 하나 이상의 바이러스를 포함할 수 있다. 예를 들어, 디스비로시스를 갖는 것으로 확인된 대상체에는 대상체에서 불균형인 큐론 및 하나 이상의 바이러스 성분 또는 바이러스를 포함하는, 또는 기준 값, 예를 들어, 건강한 대상체와 상이한 비를 갖는 조성물이 투여될 수 있다.
일부 실시형태에서, 이종성 모이어티는 하나 이상의 비-아넬로바이러스, 예를 들어, 아데노바이러스, 헤르페스 바이러스, 폭스 바이러스, 백시니아 바이러스, SV40, 파필로마 바이러스, RNA 바이러스, 예컨대 레트로바이러스, 예를 들어, 렌티 바이러스, 단일-가닥 RNA 바이러스, 예를 들어, 간염 바이러스 또는 이중-가닥 RNA 바이러스, 예를 들어, 로타바이러스를 포함할 수 있다. 일부 실시형태에서, 큐론 또는 바이러스는 결함이 있거나, 감염성 입자를 생성하기 위하여 지원을 필요로 한다. 이러한 지원은 예를 들어, LTR 내의 조절 서열의 제어 하에 복제 결함 큐론 또는 바이러스의 구조적 유전자 중 하나 이상(예를 들어, 그의 전부)를 인코딩하는, 핵산, 예를 들어, 게놈 내로 통합되는 플라스미드 또는 DNA를 함유하는 헬퍼 세포주를 사용함으로써 제공될 수 있다. 본원에 기재된 큐론을 복제하는데 적합한 세포주는 해당 분야에 공지된 세포주, 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이 변형될 수 있는 A549 세포를 포함한다.
이펙터
일부 실시형태에서, 조성물 또는 합성 큐론은 이펙터 활성을 갖는 이펙터를 추가로 포함할 수 있다. 이펙터는 생물학적 활성을 조절할 수 있다(예를 들어, 효소 활성, 유전자 발현, 세포 신호전달 및 세포 또는 기관 기능을 증가시키거나 감소시킬 수 있다). 이펙터 활성은 또한 결합 조절 단백질을 포함하여, 조절제의 활성, 예컨대 전사 또는 번역을 조절할 수 있다. 이펙터 활성은 또한, 활성화제 또는 억제제 기능을 포함할 수 있다. 예를 들어, 이펙터는 효소에서 증가된 기질 친화성을 촉발시킴으로써 효소 활성을 유도할 수 있으며, 예를 들어, 프룩토스 2,6-비스포스페이트는 포스포프룩토키나제 1을 활성화시키고, 인슐린에 반응하여 해당 속도를 증가시킨다. 또 다른 예에서, 이펙터는 수용체로의 기질 결합을 저해하고, 그의 활성화를 저해할 수 있으며, 예를 들어, 날트렉손(naltrexone) 및 날록손(naloxone)은 활성화시키지 않고 오피오이드 수용체에 결합하며, 오피오이드에 결합하는 수용체의 능력을 차단한다. 이펙터 활성은 또한, 단백질 안정성/분해 및/또는 전사물 안정성/분해를 조절하는 것을 포함할 수 있다. 예를 들어, 단백질을 폴리펩티드 보조-인자, 유비퀴틴에 의한 분해를 위해 단백질 상으로 표적화하여, 분해를 위해 그들을 표시할 수 있다. 또 다른 예에서, 이펙터는 효소의 활성 부위를 차단함으로써 효소 활성을 저해하며, 예를 들어, 메토트렉세이트는 천연 기질보다 1000배 더 단단하게 다이하이드로폴레이트 환원효소에 결합하고, 뉴클레오티드 염기 합성을 저해하는 효소 다이하이드로폴레이트 환원효소에 대한 보조효소인 테트라하이드로폴레이트의 구조적 유사체이다.
표적화 모이어티
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 조성물 또는 큐론은 표적화 모이어티, 예를 들어, 표적 세포 상에 존재하는 관심 분자에 특이적으로 결합하는 표적화 모이어티를 추가로 포함할 수 있다. 표적화 모이어티는 관심 분자 또는 세포의 특정 기능을 조절하거나, 특정 분자(예를 들어, 효소, 단백질 또는 핵산), 예를 들어, 경로 내의 관심 분자의 하류의 특정 분자를 조절하거나, 표적에 특이적으로 결합하여, 큐론 또는 유전 요소를 국소화시킬 수 있다. 예를 들어, 표적화 모이어티는 특정 관심 분자와 상호작용하여 그의 기능을 증가시키거나, 감소시키거나, 또는 다르게 조절하는 치료제를 포함할 수 있다.
태그화 또는 모니터링 모이어티
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 조성물 또는 합성 큐론은 태그를 추가로 포함하여, 본원에 기재된 큐론 또는 유전 요소를 표지하거나 모니터링할 수 있다. 태그화 또는 모니터링 모이어티는 화학적 작용제 또는 효소적 절단, 예컨대 단백질 분해 또는 인테인 스플라이싱에 의해 제거할 수 있다. 친화성 태그는 친화성 기법을 사용하여 태그화된 폴리펩티드를 정제하는데 유용할 수 있다. 일부 예에는 키틴 결합 단백질(CBP), 말토스 결합 단백질(MBP), 글루타티온-S-트랜스퍼라제(GST) 및 폴리(His) 태그가 포함된다. 가용화 태그는 샤페론-결함 종, 예컨대 에스케리키아 콜라이(E. coli)에서 발현되는 재조합 단백질이 단백질에서 적절하게 폴딩되는 것을 지원하는 것을 돕고, 그들이 침전하지 못하게 하는데 유용할 수 있다. 일부 예는 티오레독신(TRX) 및 폴리(NANP)를 포함한다. 태그화 또는 모니터링 모이어티는 감광성 태그, 예를 들어, 형광을 포함할 수 있다. 형광 태그는 시각화에 유용하다. GFP 및 그의 변이체는 형광 태그로서 흔히 사용되는 몇몇의 예이다. 단백질 태그는 특정 효소적 변형(예컨대, 비오틴 리가제에 의한 비오티닐화) 또는 화학적 변형(예컨대 형광 영상화를 위한 FlAsH-EDT2와의 반응)이 일어나게 할 수 있다. 종종 태그화 또는 모니터링 모이어티를 조합하여, 단백질을 다수의 다른 성분과 연결시킨다. 태그화 또는 모니터링 모이어티는 또한 특정 단백질분해 또는 효소적 절단에 의해(예를 들어, TEV 프로테아제, 트롬빈, 인자 Xa 또는 엔테로펩티다제에 의해) 제거될 수 있다.
나노입자
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 조성물 또는 합성 큐론은 나노입자를 추가로 포함할 수 있다. 나노입자는 약 1 내지 약 1000 나노미터, 약 1 내지 약 500 나노미터 크기, 약 1 내지 약 100 nm, 약 50 nm 내지 약 300 nm, 약 75 nm 내지 약 200 nm, 약 100 nm 내지 약 200 nm, 및 그 사이의 임의의 범위의 크기를 갖는 무기 물질을 포함한다. 나노입자는 일반적으로, 나노규모 크기의 복합 구조를 갖는다. 일부 실시형태에서, 나노입자는 전형적으로 구형이지만, 나노입자 조성에 따라 상이한 형태가 가능하다. 나노입자의 외부 환경과 접촉하는 나노입자의 부분은 일반적으로 나노입자의 표면으로서 확인된다. 본원에 기재된 나노입자에서, 크기 제한은 2차원으로 제한될 수 있으며, 이에 따라, 나노입자는 약 1 내지 약 1000 nm의 직경을 갖는 복합 구조를 포함하게 되며, 여기서 특정 직경은 나노입자 조성물 및 실험 설계에 따라 의도된 나노입자의 용도에 좌우된다. 예를 들어, 치료적 응용에 사용되는 나노입자는 전형적으로 약 200 nm 이하의 크기를 갖는다.
나노입자의 바람직한 추가의 특성, 예컨대 표면 전하 및 입체적 안정화는 또한, 특정 관심 응용을 고려하여 달라질 수 있다. 임상적 응용, 예컨대 암 치료에 바람직할 수 있는 예시적인 특성은 그의 전문이 각각 본원에 참조로 포함되는 문헌[Davis et al, Nature 2008 vol. 7, pages 771-782]; 문헌[Duncan, Nature 2006 vol. 6, pages 688-701]; 및 문헌[Allen, Nature 2002 vol. 2 pages 750-763]에 기재되어 있다. 추가의 특성은 본 개시내용의 판독 시에 당업자에 의해 확인 가능하다. 나노입자 치수 및 특성은 해당 분야에 공지된 기법에 의해 검출될 수 있다. 입자 치수를 검출하기 위한 예시적인 기법은 동적 광 산란(DLS) 및 다양한 현미경관찰, 예컨대 투과 전자 현미경관찰(TEM) 및 원자력 현미경관찰(AFM)을 포함하지만, 이들에 제한되지 않는다. 입자 형태를 검출하기 위한 예시적인 기법은 TEM 및 AFM을 포함하지만 이들에 제한되지 않는다. 나노입자의 표면 전하를 검출하기 위한 예시적인 기법은 제타 전위 방법을 포함하지만, 이들에 제한되지 않는다. 다른 화학적 특성을 검출하는데 적합한 추가의 기법은 1H, 11B 및 13C 및 19F NMR, UV/Vis 및 적외선/라만 분광학 및 형광 분광학(나노입자가 형광 표지와 조합하여 사용되는 경우) 및 당업자에 의해 확인 가능한 추가의 기법을 포함한다.
소분자
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 조성물 또는 합성 큐론은 소분자를 추가로 포함할 수 있다. 소분자 모이어티는 작은 펩티드, 펩티드 모방체(예를 들어, 펩토이드), 아미노산, 아미노산 유사체, 합성 폴리뉴클레오티드, 폴리뉴클레오티드 유사체, 뉴클레오티드, 뉴클레오티드 유사체, 일반적으로 몰당 약 5,000 그램 미만의 분자량을 갖는 유기 및 무기 화합물(이종유기 및 유기금속 화합물 포함), 예를 들어, 몰당 약 2,000 그램 미만의 분자량을 갖는 유기 또는 무기 화합물, 예를 들어, 몰당 약 1,000 그램 미만의 분자량을 갖는 유기 또는 무기 화합물, 예를 들어, 몰당 약 500 그램 미만의 분자량을 갖는 유기 또는 무기 화합물, 및 이러한 화합물의 염, 에스테르 및 다른 약제학적으로 허용되는 형태를 포함하지만, 이들에 제한되지 않는다. 소분자는 신경전달물질, 호르몬, 약물, 독소, 바이러스 또는 미생물 입자, 합성 분자, 및 효능제 또는 길항제를 포함할 수 있지만, 이들에 제한되지 않는다.
적합한 소분자의 예는 모두 본원에 참조로 포함되는 문헌["The Pharmacological Basis of Therapeutics," Goodman and Gilman, McGraw-Hill, New York, N.Y., (1996), Ninth edition]의 다음과 같은 섹션에 기재된 것들을 포함한다: 시냅스 및 신경이펙터 연결 부위에서 작용하는 약물; 중추신경계에서 작용하는 약물; 오타코이드: 염증의 약물 요법; 물, 염 및 이온; 신장 기능 및 전해질 대사에 영향을 미치는 약물; 심혈관 약물; 위장 기능에 영향을 미치는 약물; 자궁 운동에 영향을 미치는 약물; 기생충 감염의 화학요법; 미생물 질병의 화학요법; 신생물 질병의 화학요법; 면역억제를 위해 사용되는 약물; 혈액-형성 기관에 작용하는 약물; 호르몬 및 호르몬 길항제; 비타민, 피부과학 및 독성학. 소분자의 일부 예는 프리온 약물, 예컨대 타크롤리무스, 유비퀴틴 리가제 또는 HECT 리가제 저해제, 예컨대 헤클린(heclin), 히스톤 변형 약물, 예컨대 부티르산나트륨, 효소적 저해제, 예컨대 5-아자-시티딘, 안트라사이클린, 예컨대 독소루비신, 베타-락탐, 예컨대 페니실린, 항-박테리아제, 화학요법제, 항-바이러스제, 다른 유기체로부터의 조절제, 예컨대 VP64, 및 불충분한 생체 이용 가능성을 갖는 약물, 예컨대 결함이 있는 약동학을 갖는 화학치료제를 포함하지만, 이들에 제한되지 않는다.
일부 실시형태에서, 소분자는 후성적 변형제, 예를 들어 문헌[de Groote et al. Nuc. Acids Res. (2012):1-18]에 기재된 것들이다. 예시적인 소분자 후성적 변형제는 예를 들어, 본원에 참조로 포함되는 문헌[Lu et al. J. Biomolecular Screening 17.5(2012):555-71], 예를 들어, 표 1 또는 2에 기재되어 있다. 일부 실시형태에서, 후성적 변형제는 보리노스타트(vorinostat) 또는 로미뎁신(romidepsin)을 포함한다. 일부 실시형태에서, 후성적 변형제는 부류 I, II, III 및/또는 IV 히스톤 데아세틸라제(HDAC)의 저해제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 후성적 변형제는 SirTI의 활성화제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 후성적 변형제는 가르시놀(Garcinol), Lys-CoA, C646, (+)-JQI, I-BET, BICI, MS120, DZNep, UNC0321, EPZ004777, AZ505, AMI-I, 피라졸 아미드 7b, 벤조[d]이미다졸 17b, 아실화된 답손 유도체(예를 들어, PRMTI), 메틸스타트(methylstat), 4,4'-디카복시-2,2'-비피리딘, SID 85736331, 하이드록사메이트 유사체 8, 타닐사이프로미(tanylcypromie), 비스구아니딘 및 비구아니드 폴리아민 유사체, UNC669, 비다자(Vidaza), 데시타빈(decitabine), 소듐 페닐 부티레이트(SDB), 리포산(LA), 케르세틴(quercetin), 발프로산, 하이드랄라진(hydralazine), 박트림(bactrim), 녹차 추출물(예를 들어, 에피갈로카테킨 갈레이트(EGCG)), 커큐민, 술포르판(sulforphane) 및/또는 알리신(allicin)/디알릴 디술피드를 포함한다. 일부 실시형태에서, 후성적 변형제는 DNA 메틸화를 저해하며, 예를 들어, DNA 메틸트랜스퍼라제의 저해제이다(예를 들어, 5-아자시티딘이고/이거나 데시타빈이다). 일부 실시형태에서, 후성적 변형제는 히스톤 변형, 예를 들어, 히스톤 아세틸화, 히스톤 메틸화, 히스톤 수모화(sumoylation) 및/또는 히스톤 인산화를 변형시킨다. 일부 실시형태에서, 후성적 변형제는 히스톤 데아세틸라제의 저해제이다(예를 들어, 보리노스타트 및/또는 트리코스타틴 A이다).
일부 실시형태에서, 소분자는 약제학적 활성 작용제이다. 일 실시형태에서, 소분자는 대사 활성 또는 성분의 저해제이다. 유용한 부류의 약제학적 활성 작용제는 항생제, 항-염증 약물, 혈관신생 또는 혈관작용제, 성장 인자 및 화학치료제(항-신생물)제(예를 들어, 종양 억제제)를 포함하지만, 이들에 제한되지 않는다. 본원에 기재된 범주 및 예로부터의 또는 문헌[(Orme-Johnson 2007, Methods Cell Biol. 2007;80:813-26)]으로부터의 분자 중 하나 또는 조합이 사용될 수 있다. 일 실시형태에서, 본 발명은 항생제, 항-염증 약물, 혈관신생 또는 혈관작용제, 성장 인자 또는 화학치료제를 포함하는 조성물을 포함한다.
펩티드 또는 단백질
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 조성물 또는 합성 큐론은 펩티드 또는 단백질을 추가로 포함할 수 있다. 펩티드 모이어티는 펩티드 리간드 또는 항체 단편(예를 들어, 수용체, 예컨대 세포외 수용체에 결합하는 항체 단편), 신경펩티드, 호르몬 펩티드, 펩티드 약물, 독성 펩티드, 바이러스 또는 미생물 펩티드, 합성 펩티드 및 효능제 또는 길항제 펩티드를 포함할 수 있지만, 이들에 제한되지 않는다.
펩티드 모이어티는 선형 또는 분지형일 수 있다. 펩티드는 약 5 내지 약 200개의 아미노산, 약 15 내지 약 150개의 아미노산, 약 20 내지 약 125개의 아미노산, 약 25 내지 약 100개의 아미노산 또는 그 사이의 임의의 범위의 길이를 갖는다.
펩티드의 일부 예는 형광 태그 또는 마커, 항원, 항체, 항체 단편, 예컨대 단일 도메인 항체, 리간드 및 수용체, 예컨대 글루카곤-유사 펩티드-1(GLP-1), GLP-2 수용체 2, 콜레시스토키닌(cholecystokinin) B(CCKB) 및 소마토스타틴 수용체, 펩티드 치료제, 예컨대 특정 세포 표면 수용체, 예컨대 G 단백질-커플링된 수용체(GPCR) 또는 이온 채널에 결합되는 것들, 천연적으로 생활성인 펩티드로부터의 합성 또는 유사체 펩티드, 항-미생물 펩티드, 포어-형성 펩티드, 종양 표적화 또는 세포독성 펩티드, 및 분해 또는 자가-파괴 펩티드, 예컨대 아폽토시스-유도 펩티드 신호 또는 감광제 펩티드를 포함하지만 이들에 제한되지 않는다.
본원에 기재된 본 발명에서 유용한 펩티드는 또한 작은 항원-결합 펩티드, 예를 들어, 항원 결합 항체 또는 항체-유사 단편, 예컨대 단일 쇄 항체, 나노바디를 포함한다(예를 들어, 문헌[Steeland et al. 2016. Nanobodies as therapeutics: big opportunities for small antibodies. Drug Discov Today: 21(7):1076-113] 참조). 이러한 작은 항원 결합 펩티드는 시토졸 항원, 핵 항원, 세포소기관-내 항원에 결합할 수 있다.
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 조성물 또는 큐론은 특정 위치, 조직 또는 세포를 표적화할 수 있는 리간드에 연결된 폴리펩티드를 포함한다.
올리고뉴클레오티드 압타머
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 조성물 또는 합성 큐론은 올리고뉴클레오티드 압타머를 추가로 포함할 수 있다. 압타머 모이어티는 올리고뉴클레오티드 또는 펩티드 압타머이다. 올리고뉴클레오티드 압타머는 단백질 및 펩티드를 포함하는 사전-선택된 표적에 높은 친화성 및 특이성으로 결합할 수 있는 단일-가닥 DNA 또는 RNA(ssDNA 또는 ssRNA) 분자이다.
올리고뉴클레오티드 압타머는 다양한 분자 표적, 예컨대 소분자, 단백질, 핵산 및 심지어 세포, 조직 및 유기체에 결합하도록 반복된 회차의 시험관내 선택 또는 동등하게, SELEX(지수적 농축에 의한 리간드의 계통 진화)를 통해 엔지니어링될 수 있는 핵산 종이다. 압타머는 차별적인 분자 인식을 제공하며, 화학적 합성에 의해 생성될 수 있다. 또한, 압타머는 바람직한 저장 특성을 갖고, 치료적 응용에서 면역원성을 거의 유도하지 않거나, 전혀 유도하지 않을 수 있다.
DNA 및 RNA 압타머는 둘 모두 다양한 표적에 대하여 강력한 결합 친화성을 보여줄 수 있다. 예를 들어, DNA 및 RNA 압타머는 t 라이소자임, 트롬빈, 인간 면역결핍 바이러스 트랜스-작용 반응성 요소(HIV TAR),(en.wikipedia.org/wiki/Aptamer - cite_note-10 참조), 헤민(hemin), 인터페론 γ, 혈관 내피 성장 인자(VEGF), 전립선 특이적 항원(PSA), 도파민 및 비-정규 종양유전자, 열 충격 인자 1(HSF1)을 위하여 선택된다.
펩티드 압타머
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 조성물 또는 합성 큐론은 펩티드 압타머를 추가로 포함할 수 있다. 펩티드 압타머는 낮은 분자량, 12 내지 14 kDa을 갖는 펩티드를 포함하는 하나의(또는 그 이상의) 짧은 가변 펩티드 도메인을 갖는다. 펩티드 압타머는 세포에 특이적으로 결합하고, 세포 내측의 단백질-단백질 상호작용을 간섭하도록 설계될 수 있다.
펩티드 압타머는 특이적 표적 분자에 결합하도록 선택되거나 엔지니어링된 인공 단백질이다. 이들 단백질은 가변 서열의 하나 이상의 펩티드 루프를 포함한다. 이들은 전형적으로 조합 라이브러리로부터 단리되며, 종종 유도된 돌연변이 또는 가변 영역 돌연변이유발 및 선택의 회차에 의해 후속적으로 개선된다. 생체 내에서, 펩티드 압타머는 세포 단백질 표적에 결합할 수 있고, 그들의 표적화된 분자와 다른 단백질의 정상적인 단백질 상호작용의 간섭을 포함하는 생물학적 효과를 발휘할 수 있다. 특히, 전사 인자 결합 도메인에 부착된 가변 펩티드 압타머 루프는 전사 인자 활성화 도메인에 부착된 표적 단백질에 대해 스크리닝한다. 이러한 선택 전략을 통해 펩티드 압타머의 표적으로의 펩티드 압타머의 생체 내 결합은 하류 효모 마커 유전자의 발현으로서 검출된다. 이러한 실험은 표현형을 유발하기 위해 압타머에 의해 결합되는 특정 단백질 및 압타머가 파괴하는 단백질 상호작용을 확인한다. 또한, 적절한 기능적 모이어티로 유도체화된 펩티드 압타머는 그들의 표적 단백질의 특정 번역-후 변형을 유발할 수 있거나, 표적의 하위세포 국소화를 변경시킬 수 있다.
펩티드 압타머는 또한 시험관 내에서 표적을 인식할 수 있다. 그들은 바이오센서에서 항체 대신에 이용되며, 비활성 및 활성 단백질 형태 둘 모두를 함유하는 집단으로부터 단백질의 활성 아이소폼을 검출하기 위해 이용된다. 펩티드 압타머 "헤드"가 독특한 서열의 이중-가닥 DNA "테일(tail)"에 공유적으로 연결된 태드폴(tadpole)로서 알려져 있는 유도체는 (예를 들어, 정량적 실시간 중합효소 연쇄 반응을 사용하여) 그들의 DNA 테일의 PCR에 의해 혼합물 중 드문 표적 분자의 정량화를 가능하게 한다.
펩티드 압타머 선택은 상이한 시스템을 사용하여 이루어질 수 있지만, 현재 효모 2-하이브리드 시스템이 가장 많이 사용된다. 펩티드 압타머는 또한 파지 디스플레이 또는 다른 표면 디스플레이 기술, 예컨대 mRNA 디스플레이, 리보좀 디스플레이, 박테리아 디스플레이 및 효모 디스플레이에 의해 구축된 조합 펩티드 라이브러리로부터 선택될 수 있다. 이들 실험 절차는 또한 바이오패닝(biopanning)으로서 알려져 있다. 바이오패닝으로부터 수득되는 펩티드 중에, 미모토프(mimotope)는 펩티드 압타머의 한 종류로서 간주될 수 있다. 조합 펩티드 라이브러리로부터 패닝된 모든 펩티드는 명칭 MimoDB를 갖는 특수 데이터에 저장되어 있다.
숙주
본 발명은 추가로 본원에 기재된 합성 큐론을 포함하는 숙주 또는 숙주 세포에 관한 것이다. 일부 실시형태에서, 숙주 또는 숙주 세포는 식물, 곤충, 박테리아, 진균, 척추동물, 포유동물(예를 들어, 인간) 또는 다른 유기체 또는 세포이다. 특정 실시형태에서, 본원에 확인된 바와 같이, 다양한 상이한 숙주 세포를 감염시키는 큐론이 제공된다. 표적 숙주 세포는 중배엽, 내배엽 또는 외배엽 기원의 세포를 포함한다. 표적 숙주 세포는 예를 들어, 상피 세포, 근육 세포, 백혈구 세포(예를 들어, 림프구), 신장 조직 세포, 폐 조직 세포를 포함한다.
일부 실시형태에서, 큐론은 숙주에서 실질적으로 비-면역원성이다. 큐론 또는 유전 요소는 숙주의 면역계에 의해 요망되지 않는 상당한 반응을 생성하지 않는다. 일부 면역 반응은 체액성 면역 반응(예를 들어, 항원-특이적 항체의 생성) 및 세포-매개의 면역 반응(예를 들어, 림프구 증식)을 포함하지만, 이들에 제한되지 않는다.
일부 실시형태에서, 숙주 또는 숙주 세포는 합성 큐론과 접촉된다(예를 들어, 이로 감염된다). 일부 실시형태에서, 숙주는 포유동물, 예컨대 인간이다. 숙주 내의 큐론의 양은 투여 후 임의의 시간에 측정될 수 있다. 특정 실시형태에서, 배양물 중 큐론 성장의 시간 경과가 결정된다.
일부 실시형태에서, 큐론, 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 큐론은 유전 가능하다. 일부 실시형태에서, 큐론은 유체 및/또는 세포 중에서, 모체에서 유아에게 연속적으로 전달된다. 일부 실시형태에서, 원래의 숙주 세포로부터의 딸 세포는 큐론을 포함한다. 일부 실시형태에서, 모체는 큐론을 적어도 25%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99%의 효율로 유아에게, 또는 적어도 25%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99%의 전달 효율로 숙주 세포로부터 딸 세포로 전달한다. 일부 실시형태에서, 숙주 세포 내의 큐론은 감수분열 동안 25%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99%의 전달 효율을 갖는다. 일부 실시형태에서, 숙주 세포 내의 큐론은 유사분열 동안 적어도 25%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99%의 전달 효율을 갖는다. 일부 실시형태에서, 세포 내의 큐론은 약 10% 내지 20%, 20% 내지 30%, 30% 내지 40%, 40% 내지 50%, 50% 내지 60%, 60% 내지 70%, 70% 내지 75%, 75% 내지 80%, 80% 내지 85%, 85% 내지 90%, 90% 내지 95%, 95% 내지 99% 또는 그 사이의 임의의 백분율의 전달 효율을 갖는다.
일부 실시형태에서, 큐론, 예를 들어, 합성 큐론은 숙주 세포 내에서 복제한다. 일 실시형태에서, 합성 큐론은 포유동물 세포, 예를 들어, 인간 세포에서 복제할 수 있다.
일부 실시형태에서, 합성 큐론이 숙주 세포에서 복제되지만, 합성 큐론은 숙주의 게놈 내로, 예를 들어, 숙주의 염색체와 통합되지 않는다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론과 숙주의 염색체와의 재조합 빈도는 무시할 수 있는 정도이다. 일부 실시형태에서, 큐론은 예를 들어, 숙주의 염색체와 예를 들어, 약 1.0 cM/Mb, 0.9 cM/Mb, 0.8 cM/Mb, 0.7 cM/Mb, 0.6 cM/Mb, 0.5 cM/Mb, 0.4 cM/Mb, 0.3 cM/Mb, 0.2 cM/Mb, 0.1 cM/Mb 미만의 재조합 빈도를 갖는다.
이용 방법
본원에 기재된 합성 큐론 및 합성 큐론을 포함하는 조성물은 예를 들어, 질병, 장애 또는 질환의 치료를 필요로 하는 대상체(예를 들어, 포유동물 대상체, 예를 들어, 인간 대상체)에서의 질병, 장애 또는 질환의 치료 방법에 사용될 수 있다. 본원에 기재된 약제학적 조성물의 투여는 예를 들어, 비경구(정맥내, 종양내, 복강내, 근육내, 강내 및 피하 포함) 투여로 이루어질 수 있다. 합성 큐론은 단독으로 또는 약제학적 조성물로서 제형화되어 투여될 수 있다.
합성 큐론은 단위-용량 조성물, 예컨대 단위 용량 비경구 조성물의 형태로 투여될 수 있다. 이러한 조성물은 일반적으로 혼합에 의해 제조되며, 비경구 투여를 위하여 적합하게 조정될 수 있다. 이러한 조성물은 예를 들어, 주사 및 주입 용액 또는 현탁액 또는 좌제 또는 에어로졸의 형태로 존재할 수 있다.
일부 실시형태에서, 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 합성 큐론 또는 이를 포함하는 조성물의 투여는 합성 큐론에 의해 포함되는 유전 요소가 예를 들어, 대상체 내의 표적 세포로 운반되게 할 수 있다.
예를 들어, 외인성 이펙터 또는 페이로드를 포함하는 본원에 기재된 합성 큐론 또는 그의 조성물을 사용하여 외인성 이펙터 또는 페이로드를 세포, 조직 또는 대상체에 운반할 수 있다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론 또는 그의 조성물을 사용하여, 외인성 이펙터 또는 페이로드를 골수, 혈액, 심장, GI 또는 피부에 운반한다. 본원에 기재된 합성 큐론 조성물의 투여에 의한 외인성 이펙터 또는 페이로드의 운반은 세포, 조직 또는 대상체에서 비코딩 RNA 또는 폴리펩티드의 발현 수준을 조절할 수 있다(예를 들어, 증가 또는 감소시킬 수 있다). 이러한 방식으로의 발현 수준의 조절은 외인성 이펙터 또는 페이로드가 운반되는 세포에서 기능적 활성의 변경을 초래할 수 있다. 일부 실시형태에서, 조절된 기능적 활성은 성질이 효소적, 구조적 또는 조절적일 수 있다.
일부 실시형태에서, 합성 큐론 또는 그의 카피는 세포로의 운반 후 24시간(예를 들어, 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 1주, 2주, 3주, 4주, 30일 또는 1개월)에 세포에서 검출 가능하다. 실시형태들에서, 합성 큐론 또는 그의 조성물은 표적 세포 상에서 효과를 매개하며, 효과는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7일, 2, 3 또는 4주 또는 1, 2, 3, 6 또는 12개월 동안 지속된다. (예를 들어, 합성 큐론 또는 그의 조성물이 외인성 단백질을 인코딩하는 유전 요소를 포함하는) 일부 실시형태에서, 효과는 1, 2, 3, 4, 5, 6 또는 7일, 2, 3 또는 4주 또는 1, 2, 3, 6 또는 12개월 미만 동안 지속된다.
본원에 기재된 합성 큐론 또는 합성 큐론을 포함하는 조성물로 치료될 수 있는 질병, 장애 및 질환의 예는 제한 없이, 면역 장애, 인터페론병증(예를 들어, I형 인터페론병증), 감염성 질병, 염증성 장애, 자가면역 질환, 암(예를 들어, 고형 종양, 예를 들어, 폐암, 비-소세포 폐암, 예를 들어, mIR-625, 예를 들어, 카스파제-3에 반응성인 유전자를 발현하는 종양) 및 위장 장애를 포함한다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 큐론이 접촉되는 세포 내에서 활성 또는 기능을 조절한다(예를 들어, 증가 또는 감소시킨다). 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 큐론이 접촉되는 세포에서 분자(예를 들어, 핵산 또는 단백질)의 수준 또는 활성을 조절한다(예를 들어, 증가 또는 감소시킨다). 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 큐론이 접촉되는 세포, 예를 들어, 암 세포의 생존력을 예를 들어, 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99% 이상 감소시킨다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 큐론이 접촉되는 세포, 예를 들어, 암 세포의 생존력을 예를 들어, 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99% 이상 감소시키는 이펙터, 예를 들어, miRNA, 예를 들어, miR-625를 포함한다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 예를 들어, 카스파제-3 활성을 증가시킴으로써 큐론이 접촉되는 세포, 예를 들어, 암 세포의 아폽토시스를 예를 들어, 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99% 이상 증가시킨다. 일부 실시형태에서, 합성 큐론은 예를 들어, 카스파제-3 활성을 증가시킴으로써, 큐론이 접촉되는 세포, 예를 들어, 암 세포의 아폽토시스를 예를 들어, 적어도 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99% 이상 증가시키는 이펙터, 예를 들어, miRNA, 예를 들어, miR-625를 포함한다.
추가의 큐론 실시형태
일 양태에서, 본 발명은 (i) 비-병원성 외부 단백질을 인코딩하는 서열, (ii) 유전 요소를 비-병원성 외부 단백질에 결합시키는 외부 단백질 결합 서열, 및 (iii) 이펙터, 예를 들어, 조절 핵산을 인코딩하는 서열을 포함하는 유전 요소; 및 예를 들어, 유전 요소와 회합된, 예를 들어, 이를 둘러싸거나, 이를 봉입하는 단백질성 외부를 포함하는 합성 큐론을 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 a) (i) 비-병원성 외부 단백질을 인코딩하는 서열, (ii) 유전 요소를 비-병원성 외부 단백질에 결합시키는 외부 단백질 결합 서열, 및 (iii) 이펙터, 예를 들어, 조절 핵산을 인코딩하는 서열을 포함하는 유전 요소; 및 유전 요소와 회합된, 예를 들어, 이를 둘러싸거나 이를 봉입하는 단백질성 외부를 포함하는 큐론; 및 b) 약제학적 부형제를 포함하는 약제학적 조성물을 포함한다.
본원에 설명된 본 발명의 다양한 양태에서, 본원에 기재된 다양한 실시형태 중 하나 이상이 조합될 수 있다.
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 큐론 또는 조성물은 하기의 특징 중 적어도 하나를 추가로 포함한다: 유전 요소가 단일-가닥 DNA임; 유전 요소가 환형임; 큐론이 비-통합성임; 큐론이 아넬로바이러스 또는 기타 비-병원성 바이러스에 기초한 서열, 구조 및/또는 기능을 가짐; 및 큐론이 비-병원성임.
일부 실시형태에서, 단백질성 외부는 비-병원성 외부 단백질을 포함한다. 일부 실시형태에서, 단백질성 외부는 하기 중 하나 이상을 포함한다: 하나 이상의 글리코실화된 단백질, 친수성 DNA-결합 영역, 아르기닌-풍부 영역, 트레오닌-풍부 영역, 글루타민-풍부 영역, N-말단 폴리아르기닌 서열, 가변 영역, C-말단 폴리글루타민/글루탐산염 서열 및 하나 이상의 이황화 가교. 일부 실시형태에서, 단백질성 외부는 하기의 특징 중 하나 이상을 포함한다: 정20면체 대칭, 하나 이상의 숙주 세포 분자와 상호작용하는 분자를 인식하고/인식하거나 이에 결합하여, 숙주 세포로의 유입을 매개함, 지질 분자가 결여됨, 탄수화물이 결여됨, pH 및 온도 안정성임, 세제 저항성임 및 숙주에서 비-면역원성이거나 비-병원성임. 예를 들어, 본원에 제공되는 데이터는 제공된 큐론이 감염성임을 확인시켜 준다.
일부 실시형태에서, 비-병원성 외부 단백질을 인코딩하는 서열은 표 15에 열거된 하나 이상의 서열 또는 그의 단편과 적어도 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일한 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 비-병원성 외부 단백질은 표 16 또는 표 17에 열거된 하나 이상의 서열 또는 그의 단편과 적어도 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일한 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 비-병원성 외부 단백질은 하나 이상의 기능, 예를 들어, 종 및/또는 조직 및/또는 세포 향성, 바이러스 게놈 결합 및/또는 패키징, 면역 회피(비-면역원성 및/또는 관용), 약동학, 엔도시토시스 및/또는 세포 부착, 핵 유입, 세포내 조절 및 국소화, 엑소시토시스 조절, 증식 및 핵산 보호를 제공하는 적어도 하나의 작용성 도메인을 포함한다.
일부 실시형태에서, 이펙터는 조절 핵산, 예를 들어, miRNA, siRNA, mRNA, lncRNA, RNA, DNA, 안티센스 RNA, gRNA; 치료제, 예를 들어 형광 태그 또는 마커, 항원, 펩티드 치료제, 천연-생물활성 펩티드로부터의 합성 또는 유사체 펩티드, 효능제 또는 길항제 펩티드, 항-미생물 펩티드, 포어-형성 펩티드, 바이사이클릭 펩티드, 표적화 또는 세포독성 펩티드, 및 분해 또는 자가-파괴 펩티드, 소분자, (예를 들어, 면역 반응/신호에 대한 감수성에 영향을 미치는) 면역 이펙터, 사멸 단백질(예를 들어, 아폽토시스 또는 괴사의 유도제), 종양의 비-용해 저해제(예를 들어, 종양단백질의 저해제), 후성적 변형제, 후성적 효소, 전사 인자, DNA 또는 단백질 변형 효소, DNA-삽입제, 유출 펌프 저해제, 핵 수용체 활성화제 또는 저해제, 프로테아좀 저해제, 효소에 대한 경쟁적 저해제, 단백질 합성 이펙터 또는 저해제, 뉴클레아제, 단백질 단편 또는 도메인, 리간드 또는 수용체, 및 CRISPR 시스템 또는 성분을 포함한다. 일부 실시형태에서, 이펙터는 표 18에 열거된 하나 이상의 miRNA 서열과 적어도 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일한 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 이펙터, 예를 들어, miRNA는 숙주 유전자를 표적화하며, 예를 들어, 유전자의 발현을 조절한다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 하기의 서열 중 하나 이상을 추가로 포함한다: 하나 이상의 miRNA를 인코딩하는 서열, 하나 이상의 복제 단백질을 인코딩하는 서열, 외인성 유전자를 인코딩하는 서열, 치료제를 인코딩하는 서열, 조절 서열(예를 들어, 프로모터, 인핸서), 내인성 유전자를 표적화하는 하나 이상의 조절 서열(siRNA, lncRNA, shRNA)을 인코딩하는 서열, 치료적 mRNA 또는 단백질을 인코딩하는 서열, 및 세포용해/세포독성 RNA 또는 단백질을 인코딩하는 서열. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 하기의 특징 중 하나 이상을 갖는다: 숙주 세포의 게놈과 비-통합성임, 에피솜 핵산임, 단일 가닥 DNA임, 약 1 내지 10 kb임, 세포의 핵 내에 존재함, 내인성 단백질에 의해 결합될 수 있음, 및 숙주 유전자를 표적화하는 마이크로RNA를 생성함.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 적어도 하나의 바이러스 서열 또는 표 19 또는 표 20에 열거된 하나 이상의 서열 또는 그의 단편과 적어도 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일성을 포함한다. 이러한 일 실시형태에서, 바이러스 서열은 단일 가닥 DNA 바이러스(예를 들어, 아넬로바이러스, 비드나바이러스, 써코바이러스, 제미니바이러스, 게노모바이러스, 이노바이러스, 마이크로바이러스, 나노바이러스, 파보바이러스 및 스피라바이러스), 이중 가닥 DNA 바이러스(예를 들어, 아데노바이러스, 암풀라바이러스, 아스코바이러스, 아스파바이러스, 배큘로바이러스, 푸셀로바이러스, 글로불로바이러스, 구타바이러스, 하이트로사바이러스, 헤르페스바이러스, 이리도바이러스, 리포트릭스바이러스, 니마바이러스 및 폭스바이러스), RNA 바이러스(예를 들어, 알파바이러스, 푸로바이러스, 간염 바이러스, 호르데이바이러스, 토바모바이러스, 토브라바이러스, 트리코르나바이러스, 루비바이러스, 비르나바이러스, 시스토바이러스, 파르티티바이러스 및 레오바이러스) 중 적어도 하나로부터의 것이다. 또 다른 실시형태에서, 바이러스 서열은 하나 이상의 비-아넬로바이러스, 예를 들어, 아데노바이러스, 헤르페스 바이러스, 폭스 바이러스, 백시니아 바이러스, SV40, 파필로마 바이러스, RNA 바이러스, 예컨대 레트로바이러스, 예를 들어, 렌티 바이러스, 단일-가닥 RNA 바이러스, 예를 들어, 간염 바이러스 또는 이중-가닥 RNA 바이러스, 예를 들어, 로타바이러스로부터의 것이다.
일부 실시형태에서, 단백질 결합 서열은 단백질성 외부의 아르기닌-풍부 영역과 상호작용한다.
일부 실시형태에서, 큐론은 포유동물 세포, 예를 들어, 인간 세포에서 복제할 수 있다. 일부 실시형태에서, 큐론은 숙주 세포에서 실질적으로 비-병원성이고/이거나 비-통합성이다. 일부 실시형태에서, 큐론은 숙주에서 실질적으로 비-면역원성이다. 일부 실시형태에서, 큐론은 숙주 또는 숙주 세포에서 하나 이상의 바이러스 특성, 예를 들어, 향성, 예를 들어, 감염성, 예를 들어, 면역억제/활성화를 억제/향상시킨다. 일부 실시형태에서, 큐론은 (예를 들어, 표현형, 바이러스 수준, 유전자 발현, 다른 바이러스와의 경쟁, 병태 등을 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50% 이상) 조절하기에 충분한 양으로 존재한다.
일부 실시형태에서, 조성물은 적어도 하나의 바이러스 또는 바이러스의 게놈을 포함하는 벡터, 예를 들어, 큐론의 변이체, 예를 들어, 편리공생/고유 바이러스를 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 조성물은 이종성 모이어티, 예를 들어, 적어도 하나의 소분자, 항체, 폴리펩티드, 핵산, 표적화제, 영상화제, 나노입자 및 그의 조합을 추가로 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 (i) 비-병원성 외부 단백질을 인코딩하는 서열, (ii) 유전 요소를 비-병원성 외부 단백질에 결합시키는 외부 단백질 결합 서열, 및 (iii) 이펙터, 예를 들어, 조절 핵산을 인코딩하는 서열을 포함하는 유전 요소를 포함하는 벡터를 포함한다.
본원에 설명된 본 발명의 다양한 양태에서, 본원에 기재된 다양한 실시형태 중 하나 이상이 조합될 수 있다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 숙주 세포의 게놈과 통합하지 못한다. 일부 실시형태에서, 유전 요소는 포유동물 세포, 예를 들어, 인간 세포에서 복제할 수 있다.
일부 실시형태에서, 벡터는 예를 들어, 유전자, 예를 들어, 인간 유전자의 발현을 조절하도록 선택된 외인성 핵산 서열을 추가로 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 벡터 및 약제학적 부형제를 포함하는 약제학적 조성물을 포함한다.
본원에 설명된 본 발명의 다양한 양태에서, 본원에 기재된 다양한 실시형태 중 하나 이상이 조합될 수 있다.
일부 실시형태에서, 벡터는 숙주 세포에서 실질적으로 비-병원성이고/이거나 비-통합성이다. 일부 실시형태에서, 벡터는 숙주에서 실질적으로 비-면역원성이다.
일부 실시형태에서, 벡터는 (표현형, 바이러스 수준, 유전자 발현, 다른 바이러스와의 경쟁, 병태 등을 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50% 이상) 조절하기에 충분한 양으로 존재한다.
일부 실시형태에서, 조성물은 적어도 하나의 바이러스 또는 바이러스의 게놈을 포함하는 벡터, 예를 들어, 큐론의 변이체, 편리공생/고유 바이러스, 헬퍼 바이러스, 비-아넬로바이러스를 추가로 포함한다. 일부 실시형태에서, 조성물은 이종성 모이어티, 적어도 하나의 소분자, 항체, 폴리펩티드, 핵산, 표적화제, 영상화제, 나노입자 및 그의 조합을 추가로 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 큐론의 생성, 증식 및 수집 방법을 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 벡터의 설계 및 제조 방법을 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 하기를 포함하는 대상체에서의 디스비로시스의 확인 방법을 포함한다: 디스비로시스의 확인을 필요로 하는 대상체로부터 수득되는 시료로부터 유전 정보를 분석하는 단계로서, 바이러스 유전 정보가 대상체의 유전 정보 및 다른 미생물로부터 분리되는 단계; 바이러스 유전 정보를 기준, 예를 들어, 대조군, 건강한 대상체와 비교하는 단계; 및 바이러스 유전 정보의 비교가 대상체에서 바이러스 유전 정보의 불균형 또는 비정상적인 비를 제공한다면, 대상체에서 디스비로시스를 확인하는 단계.
본원에 설명된 본 발명의 다양한 양태에서, 본원에 기재된 다양한 실시형태 중 하나 이상이 조합될 수 있다.
일부 실시형태에서, 대상체에게 바이러스 유전 정보에 표현되지 않는 하나 이상의 바이러스 주를 추가로 포함하는 약제학적 조성물이 투여된다. 일부 실시형태에서, 대상체는 염증성 질환 또는 장애, 자가면역 질환 또는 질병, 만성/급성 질환 또는 장애, 암, 위장 질환 또는 장애 또는 그의 임의의 조합을 갖는다.
실시형태들에서, 합성 큐론은 인터페론 발현을 저해한다.
생성 방법
유전 요소의 생성
큐론의 유전 요소의 제조 방법은 예를 들어, 문헌[Khudyakov & Fields, Artificial DNA: Methods and Applications, CRC Press (2002)]; 문헌[Zhao, Synthetic Biology: Tools and Applications, (First Edition), Academic Press (2013)]; 및 문헌[Egli & Herdewijn, Chemistry and Biology of Artificial Nucleic Acids, (First Edition), Wiley-VCH (2012)]에 기재되어 있다.
일부 실시형태에서, 유전 요소는 컴퓨터-보조 설계 도구를 사용하여 설계될 수 있다. 큐론은 합성하기에 더욱 용이한 더 작은 중첩하는 조각(예를 들어, 약 100 bp 내지 약 10 kb 범위의 세그먼트, 또는 개별 ORF)으로 나뉠 수 있다. 이들 DNA 세그먼트는 하나의 세트의 중첩하는 단일-가닥 올리고뉴클레오티드로부터 합성된다. 그 후 생성되는 중첩 신톤(synthon)은 더 큰 조각의 DNA, 예를 들어, 큐론으로 어셈블된다. 세그먼트 또는 ORF는 큐론, 예를 들어, 5' 및 3' 말단에서 시험관내 재조합 또는 특유한 제한 부위 내로 어셈블되어, 라이게이션을 가능하게 할 수 있다.
유전 요소는 대안적으로 큐론을 올리고-길이 단편으로 분석하는 설계 알고리즘으로 합성하여, 서열 공간의 복잡성을 고려하는 합성을 위한 최적의 설계 조건을 생성할 수 있다. 이어서 올리고는 반도체-기반의 고밀도 칩 상에서 화학적으로 합성되며, 칩마다 200,000개 초과의 개별 올리고가 합성된다. 올리고를 어셈블리 기법, 예를 들어, BioFab®으로 어셈블하여, 더 작은 올리고로부터 더 긴 DNA 세그먼트를 구축한다. 이것은 병렬 방식으로 행해지며, 그래서 수백 내지 수천개의 합성 DNA 세그먼트가 한번에 구축된다.
각각의 유전 요소 또는 유전 요소의 세그먼트는 서열이 입증될 수 있다. 일부 실시형태에서, RNA 또는 DNA의 고-처리량 서열결정은 AnyDot.칩(제노복스(Genovoxx), 독일)을 사용하여 일어날 수 있으며, 이는 생물학적 과정(예를 들어, miRNA 발현 또는 대립형질 가변성(SNP 검출))의 모니터링을 가능하게 한다. 특히, AnyDot-칩은 뉴클레오티드 형광 신호 검출의 10x 내지 50x 향상을 가능하게 한다. AnyDot.칩 및 이들의 이용 방법은 부분적으로 국제 공개 출원 WO 02088382호, WO 03020968호, WO 0303 1947호, WO 2005044836호, PCTEP 05105657호, PCMEP 05105655호; 및 독일 특허 출원 DE 101 49 786호, DE 102 14 395호, DE 103 56 837호, DE 10 2004 009 704호, DE 10 2004 025 696호, DE 10 2004 025 746호, DE 10 2004 025 694호, DE 10 2004 025 695호, DE 10 2004 025 744호, DE 10 2004 025 745호 및 DE 10 2005 012 301호에 기재되어 있다.
다른 고-처리량 서열결정 시스템은 문헌[Venter, J., et al. Science 16 Feb. 2001]; 문헌[Adams, M. et al, Science 24 Mar. 2000]; 및 문헌[M. J, Levene, et al. Science 299:682-686, January 2003]; 및 미국 공개 출원 제20030044781호 및 제2006/0078937호에 개시된 것들을 포함한다. 전체적으로 이러한 시스템은 핵산 분자에서 측정되는 중합 반응을 통해 염기를 일시적으로 첨가함으로써 복수의 염기를 갖는 표적 핵산 분자를 서열결정하는 것을 포함하며, 즉, 서열결정될 주형 핵산 분자 상의 핵산 중합 효소의 활성이 실시간으로 추적된다. 이어서, 염기 첨가의 서열에서 각 단계에서 핵산 중합 효소의 촉매 활성에 의해 표적 핵산의 성장하는 상보성 가닥 내로 어떤 염기가 혼입되는 지를 확인함으로써 서열을 추론할 수 있다. 표적 핵산 분자 복합체 상의 중합효소는 표적 핵산 분자를 따라 이동하고 활성 부위에서 올리고뉴클레오티드 프라이머를 연장시키기에 적합한 위치에서 제공된다. 복수의 표지된 유형의 뉴클레오티드 유사체가 활성 부위에 근접하여 제공되며, 각각의 구별 가능한 유형의 뉴클레오티드 유사체는 표적 핵산 서열에서 상이한 뉴클레오티드에 상보성이다. 성장하는 핵산 가닥은 중합효소를 사용하여 활성 부위에서 핵산 가닥에 뉴클레오티드 유사체를 부가함으로써 연장되며, 여기서 첨가되는 뉴클레오티드 유사체는 활성 부위에서의 표적 핵산의 뉴클레오티드에 상보성이다. 중합 단계의 결과로서 올리고뉴클레오티드 프라이머에 부가된 뉴클레오티드 유사체가 확인된다. 표지된 뉴클레오티드 유사체를 제공하고, 성장하는 핵산 가닥을 중합하고, 부가된 뉴클레오티드 유사체를 확인하는 단계를 반복하여, 핵산 가닥이 추가로 연장되고 표적 핵산의 서열이 결정되게 한다.
일부 실시형태에서, 샷건(shotgun) 서열결정이 수행된다. 샷건 서열결정에서, DNA는 수많은 작은 세그먼트로 무작위로 분해되며, 이를 사슬 종결 방법을 사용하여 서열결정하여, 판독물을 수득한다. 표적 DNA에 대한 다수의 중첩 판독물은 수회차의 이러한 단편화 및 서열결정을 수행함으로써 수득된다. 이어서, 컴퓨터 프로그램은 상이한 판독물의 중첩 말단을 이용하여, 그들을 연속 서열로 어셈블시킨다.
합성 큐론의 생성
본원에 기재된 바와 같이 제조된 유전 요소 및 유전 요소를 포함하는 벡터는 적절한 숙주 세포에서 합성 큐론을 발현시키기 위하여 다양한 방식으로 사용될 수 있다. 일부 실시형태에서, 유전 요소 및 유전 요소를 포함하는 벡터를 적절한 숙주 세포에서 트랜스펙션시키고, 생성되는 RNA는 큐론 유전자 생성물, 예를 들어, 비-병원성 단백질 및 단백질 결합 서열의 발현을 높은 수준으로 유도할 수 있다. 높은 수준의 발현을 제공하는 숙주 세포 시스템은 바이러스 기능을 제공하는 연속 세포주, 예컨대 각각 APV 또는 MPV로 중복감염된 세포주, APV 또는 MPV 기능을 보완하도록 엔지니어링되는 세포주 등을 포함한다.
일부 실시형태에서, 합성 큐론은 실시예 1, 2, 5, 6 또는 15 내지 17 중 어느 하나에 기재된 바와 같이 생성된다.
일부 실시형태에서, 합성 큐론은 시험관 내에서 연속 동물 세포주에서 배양된다. 본 발명의 일 실시형태에 따라, 세포주는 돼지 세포주를 포함할 수 있다. 본 발명의 맥락에서 예상되는 세포주는 불멸화된 돼지 세포주, 예컨대 비제한적으로 돼지 신장 상피 세포주 PK-15 및 SK, 단일골수성(monomyeloid) 세포주 3D4/31 및 정소 세포주 ST를 포함한다. 또한, 다른 포유동물 세포 등, 예컨대 CHO 세포(중국 햄스터 난소), MARC-145, MDBK, RK-13, EEL이 포함된다. 추가로 또는 대안적으로, 본 발명의 방법의 특정 실시형태는 상피 세포주, 즉, 상피 계통의 세포의 세포주인 동물 세포주를 이용한다. 큐론으로의 감염에 감수성인 세포주는 인간 또는 영장류 기원의 세포주, 예컨대 인간 또는 영장류 신장 암종 세포주를 포함하지만, 이들에 제한되지 않는다.
일부 실시형태에서, 유전 요소 및 유전 요소를 포함하는 벡터를 바이러스 중합효소 단백질을 발현하는 세포주 내로 트랜스펙션시켜, 큐론의 발현을 달성한다. 이를 위하여, 큐론 중합효소 단백질을 발현하는 형질전환된 세포주는 적절한 숙주 세포로서 이용될 수 있다. 숙주 세포는 다른 바이러스 기능 또는 추가의 기능을 제공하도록 유사하게 엔지니어링될 수 있다.
본원에 개시된 합성 큐론을 제조하기 위하여, 본원에 개시된 유전 요소 또는 유전 요소를 포함하는 벡터를 사용하여, 세포를 트랜스펙션시켜, 복제 및 생성에 필요한 큐론 단백질 및 기능을 제공한다. 대안적으로, 세포를 본원에 개시된 유전 요소 또는 유전 요소를 포함하는 벡터에 의한 트랜스펙션 이전에, 그 동안에 또는 그 이후에 헬퍼 바이러스로 트랜스펙션시킬 수 있다. 일부 실시형태에서, 헬퍼 바이러스는 불완전한 바이러스 입자의 생성을 보완하는데 유용할 수 있다. 헬퍼 바이러스는 조건적 성장 결함, 예컨대 숙주 범위 제한 또는 온도 민감성을 가질 수 있으며, 이는 트랜스펙션 바이러스의 이후의 선택을 가능하게 한다. 일부 실시형태에서, 헬퍼 바이러스는 큐론의 발현을 달성하기 위하여 숙주 세포에 의해 사용되는 하나 이상의 복제 단백질을 제공할 수 있다. 일부 실시형태에서, 숙주 세포는 바이러스 단백질, 예컨대 하나 이상의 복제 단백질을 인코딩하는 벡터로 트랜스펙션될 수 있다.
본원에 개시된 유전 요소 또는 유전 요소를 포함하는 벡터는 예를 들어, 각각의 전문이 본원에 참조로 포함되는 미국 특허 제4,650,764호; 미국 특허 제5,166,057호; 미국 특허 제5,854,037호; 유럽 특허 공개 제EP 0702085A1호; 미국 특허 출원 제09/152,845호; 국제 특허 공개 PCT WO97/12032호; WO96/34625호; 유럽 특허 공개 EP-A780475호; WO 99/02657호; WO 98/53078호; WO 98/02530호; WO 99/15672호; WO 98/13501호; WO 97/06270호; 및 EPO 780 47SA1호에 기재된 바와 같이, 해당 분야에 알려져 있는 임의의 수의 기법에 의해 큐론 입자로 복제되고 생성될 수 있다.
본 발명에 따른 큐론-함유 세포 배양물의 생성은 상이한 규모로, 예컨대 플라스크, 롤러 보틀(roller bottle) 또는 생물반응기에서 수행될 수 있다. 감염될 세포의 배양을 위해 사용되는 배지는 당업자에게 알려져 있으며, 세포 생존성에 필요한 표준 영양물질을 포함할 것이며, 또한 세포 유형에 따라 추가의 영양물질을 포함할 수 있다. 선택적으로, 배지는 단백질-부재일 수 있다. 세포 유형에 따라, 세포는 현탁액 중에서 또는 기판 상에서 배양될 수 있다.
합성 큐론의 정제 및 단리는 바이러스 생성에서 당업자에게 알려져 있는 방법에 따라 수행될 수 있으며, 예를 들어, 문헌[Rinaldi, et al., DNA Vaccines: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology), 3rd ed. 2014, Humana Press]에 기재되어 있다.
일 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 바와 같은 큐론의 시험관내 복제 및 증식을 위한 방법을 포함하며, 이는 하기의 단계를 포함할 수 있다: (a) 선형화된 유전 요소를 큐론 감염에 감수성인 세포주 내로 트랜스펙션시키는 단계; (b) 세포를 수집하고, 유전 요소의 존재를 나타내는 세포를 단리하는 단계; (c) 단계 (b)에서 수득되는 세포를 실험 조건 및 유전자 발현에 따라, 적어도 3일, 예컨대 적어도 1주 이상 동안 배양하는 단계; 및 (d) 단계 (c)의 세포를 수집하는 단계.
투여/운반
조성물(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같은 합성 큐론을 포함하는 약제학적 조성물)은 약제학적으로 허용되는 부형제를 포함하도록 제형화될 수 있다. 약제학적 조성물은 선택적으로 하나 이상의 추가의 활성 물질, 예를 들어, 치료적 및/또는 예방적 활성 물질을 포함할 수 있다. 본 발명의 약제학적 조성물은 멸균 및/또는 발열원-부재일 수 있다. 약제의 제형화 및/또는 제조에서의 일반적인 고려사항은 예를 들어, 문헌[Remington: The Science and Practice of Pharmacy 21st ed., Lippincott Williams & Wilkins, 2005](본원에 참조로 포함됨)에서 찾을 수 있다.
본원에 제공되는 약제학적 조성물의 설명이 주로 인간으로의 투여에 적합한 약제학적 조성물에 관한 것이지만, 이러한 조성물이 일반적으로 임의의 다른 동물로의, 예를 들어, 비-인간 동물, 예를 들어, 비-인간 포유동물로의 투여에 적합하다는 것을 당업자라면 이해할 것이다. 조성물이 다양한 동물로의 투여에 적합하게 만들기 위해 인간으로의 투여에 적합한 약제학적 조성물을 변형하는 것이 충분히 이해되며, 숙련된 수의학 약리학자는 존재한다면, 단지 일상적인 실험을 사용하여 이러한 변형을 설계하고/설계하거나 수행할 수 있다. 약제학적 조성물의 투여가 고려되는 대상체는 인간 및/또는 기타 영장류; 포유동물, 예컨대 상업적으로 관련된 포유동물, 예컨대 소, 돼지, 말, 양, 고양이, 개, 마우스 및/또는 랫트; 및/또는 조류, 예컨대 상업적으로 관련된 조류, 예컨대 가금류, 닭, 오리, 거위 및/또는 칠면조를 포함하지만, 이들에 제한되지 않는다.
본원에 기재된 약제학적 조성물의 제형은 약리학 분야에 알려져 있거나, 이후에 개발되는 임의의 방법에 의해 제조될 수 있다. 일반적으로, 이러한 제조 방법은 활성 성분이 부형제 및/또는 하나 이상의 다른 보조 성분과 회합되게 한 다음, 필요하면 그리고/또는 바람직하면, 생성물을 나누고/나누거나, 성형하고/성형하거나 패키징하는 단계를 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 대상체로 큐론을 운반하는 방법을 특징으로 한다. 당해 방법은 본원에 기재된 바와 같은 큐론을 포함하는 약제학적 조성물을 대상체로 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 투여된 큐론은 대상체에서 복제한다(예를 들어, 대상체의 바이러스체의 일부가 된다).
일 양태에서, 본 발명은 디스비로시스를 갖는 대상체로에 큐론을 투여하는 방법을 특징으로 한다. 당해 방법은 본원에 기재된 바와 같은 디스비로시스를 갖는 대상체를 선택하는 단계 및 본원에 기재된 바와 같은 큐론을 포함하는 약제학적 조성물을 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서, 투여되는 큐론은 대상체에서 복제한다(예를 들어, 대상체의 바이러스체의 일부가 된다).
약제학적 조성물은 야생형 또는 고유 바이러스 요소 및/또는 변형된 바이러스 요소를 포함할 수 있다. 큐론은 표 1 내지 20 중 어느 하나의 서열(예를 들어, 핵산 서열 또는 그의 아미노산 서열을 인코딩하는 핵산 서열) 또는 표 1 내지 20 중 어느 하나의 뉴클레오티드 서열 또는 그 서열에 상보성인 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98% 및 99% 뉴클레오티드 서열 동일성을 갖는 서열 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 큐론은 표 1 내지 20 중 어느 하나의 서열 또는 표 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14 또는 16 중 어느 하나의 아미노산 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98% 및 99% 서열 동일성을 갖는 서열 중 하나 이상을 인코딩할 수 있다. 큐론은 표 19 또는 표 20의 서열, 또는 표 19 또는 표 20의 뉴클레오티드 서열 또는 그 서열에 상보성인 서열 중 어느 하나에 대하여 적어도 약 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 95%, 96%, 97%, 98% 및 99% 뉴클레오티드 서열 동일성을 갖는 서열 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
일부 실시형태에서, 합성 큐론은 내인성 유전자 및 단백질 발현을 기준, 예를 들어, 건강한 대조군에 비하여 예를 들어, 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50% 이상 증가(자극)시키기에 충분하다. 특정 실시형태에서, 합성 큐론은 내인성 유전자 및 단백질 발현을 기준, 예를 들어, 건강한 대조군에 비하여 예를 들어, 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50% 이상 감소(저해)시키기에 충분하다.
일부 실시형태에서, 합성 큐론은 기준, 예를 들어, 건강한 대조군에 비하여, 숙주 또는 숙주 세포에서 하나 이상의 바이러스 특성, 예를 들어, 향성, 감염성, 면역억제/활성화를 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50% 이상 저해/향상시킨다.
일 양태에서, 본 발명은 디스비로시스의 확인을 필요로 하는 대상체로부터 수득되는 시료로부터 유전 정보를 분석하는 단계로서, 바이러스 유전 정보가 대상체의 유전 정보 및 다른 미생물로부터 단리되는 단계; 바이러스 유전 정보를 기준, 예를 들어, 대조군, 건강한 대조군과 비교하는 단계; 및 바이러스 유전 정보의 비교가 대상체에서 바이러스 유전 정보의 불균형 또는 비정상적인 비를 제공하면, 대상체에서 디스비로시스를 확인하는 단계를 포함하는 대상체에서의 디스비로시스, 예를 들어, 숙주 내에 존재하는 바이러스 집단의 이상조절의 확인 방법을 포함한다.
일 양태에서, 본 발명은 또한, 이환된 대상체에서 디스비로시스를 확인하기 위한 유전 정보의 데이터베이스의 생성 방법을 포함하며, 이는 (i) 건강한 대상체로부터의 시료 내의 숙주 세포 게놈의 뉴클레오티드 서열을 결정하는 단계; (ii) 숙주 세포 게놈에 존재하고/존재하거나 에피솜 형태로 존재하는 바이러스 핵산 서열을 결정하는 단계; (iii) 특정 바이러스 주와 연관된 단계 (ii)에서 결정된 바이러스 핵산 서열의 데이터베이스를 컴파일링하는 단계; 및 (iv) 데이터를 채우도록 복수의 대상체에 대해 단계 (i) 내지 (iii)을 반복하는 단계를 포함할 수 있다.
일 양태에서, 본 발명은 본원에 기재된 바와 같은 바이러스 유전 정보를 수득하는 단계 및 본원에 기재된 큐론을 포함하는 약제학적 조성물을 대상체 내에서 바이러스체를 기준, 예를 들어, 건강한 대조군에 비하여 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50% 이상 변경시키기에 충분한 용량으로 투여하는 단계를 포함하는 본원에 기재된 약제학적 조성물을 디스비로시스를 갖는 대상체에게 투여하는 방법을 포함한다.
일부 실시형태에서, 바이러스 유전 정보에서 표현되지 않는 하나 이상의 바이러스 주를 추가로 포함하는 약제학적 조성물이 대상체에게 투여된다.
일부 실시형태에서, 본원에 기재된 큐론을 포함하는 약제학적 조성물은 바이러스 감염을 조절하기에 충분한 용량 및 시간으로 투여된다. 바이러스 감염의 일부 비제한적인 예는 아데노-연관 바이러스, 아이치(Aichi) 바이러스, 호주 박쥐 리사 바이러스(lyssavirus), BK 폴리오마바이러스(polyomavirus), 반나 바이러스(Banna virus), 바르마 포레스트(Barmah forest) 바이러스, 부니아무에라(Bunyamwera) 바이러스, 부니아바이러스 라 크로세(Bunyavirus La Crosse), 부니아바이러스 스노우슈 하레(Bunyavirus snowshoe hare), 세르코피테신 헤르페스바이러스(Cercopithecine herpesvirus), 찬디푸라 바이러스(Chandipura virus), 치쿤구니아 바이러스(Chikungunya virus), 코사바이러스(Cosavirus) A, 우두 바이러스, 콕사키바이러스(Coxsackievirus), 크리민-콩고 출혈성 열 바이러스(Crimean-Congo hemorrhagic fever virus), 뎅기(Dengue) 바이러스, 도리(Dhori) 바이러스, 더그비(Dugbe) 바이러스, 두벤하게(Duvenhage) 바이러스, 동부 말 뇌염 바이러스, 에볼라바이러스, 에코바이러스(Echovirus), 뇌심근염(Encephalomyocarditis) 바이러스, 엡스테인-바 바이러스, 유럽 박쥐 리사바이러스, GB 바이러스 C/G형 간염 바이러스, 한탄(Hantaan) 바이러스, 헨드라(Hendra) 바이러스, A형 간염 바이러스, B형 간염 바이러스, C형 간염 바이러스, E형 간염 바이러스, 간염 델타 바이러스, 마두 바이러스, 인간 아데노바이러스, 인간 아스트로바이러스, 인간 코로나바이러스, 인간 사이토메갈로바이러스, 인간 엔테로바이러스 68, 인간 엔테로바이러스 70, 인간 헤르페스바이러스 1, 인간 헤르페스바이러스 2, 인간 헤르페스바이러스 6, 인간 헤르페스바이러스 7, 인간 헤르페스바이러스 8, 인간 면역결핍 바이러스, 인간 파필로마바이러스 1, 인간 파필로마바이러스 2, 인간 파필로마바이러스 16, 인간 파필로마바이러스 18, 인간 파라인플루엔자, 인간 파보바이러스 B19, 인간 호흡기 융합 바이러스, 인간 리노바이러스, 인간 SARS 코로나바이러스, 인간 스푸마레트로바이러스(spumaretrovirus), 인간 T-림포트로픽 바이러스, 인간 토로바이러스(torovirus), 인플루엔자 A 바이러스, 인플루엔자 B 바이러스, 인플루엔자 C 바이러스, 이스파한(Isfahan) 바이러스, JC 폴리오마바이러스, 일본 뇌염 바이러스, 주닌 아레나바이러스(Junin arenavirus), KI 폴리오마바이러스, 쿤진(Kunjin) 바이러스, 라고스(Lagos) 박쥐 바이러스, 레이크 빅토리아 마르부르그바이러스(Lake Victoria marburgvirus), 란가트(Langat) 바이러스, 라사(Lassa) 바이러스, 로즈데일(Lordsdale) 바이러스, 라우핑 일(Louping ill) 바이러스, 림프구 맥락수막염 바이러스, 마추포(Machupo) 바이러스, 마이아로(Mayaro) 바이러스, MERS 코로나바이러스, 홍역 바이러스, 멘고(Mengo) 뇌심근염 바이러스, 메르켈 세포 폴리오마바이러스(Merkel cell polyomavirus), 모콜라(Mokola) 바이러스, 전염성 연속종 바이러스, 원두 바이러스, 볼거리 바이러스, 무레이 밸리(Murray valley) 뇌염 바이러스, 뉴욕 바이러스, 니파(Nipah) 바이러스, 노르워크(Norwalk) 바이러스, 오뇽-뇽(O'nyong-nyong) 바이러스, 올프(Orf) 바이러스, 오로퓨스(Oropouche) 바이러스, 피친데(Pichinde) 바이러스, 폴리오바이러스, 푼타 토로 플레보바이러스(Punta toro phlebovirus), 푸말라(Puumala) 바이러스, 광견병 바이러스, 리프트계곡열 바이러스, 로사바이러스(Rosavirus) A, 로스 강(Ross river) 바이러스, 로타바이러스 A, 로타바이러스 B, 로타바이러스 C, 풍진 바이러스, 사기야마(Sagiyama) 바이러스, 살리바이러스(Salivirus) A, 모래파리 열 시실리안(Sandfly fever sicilian) 바이러스, 삿포로(Sapporo) 바이러스, 셈리키 포레스트(Semliki forest) 바이러스, 서울(Seoul) 바이러스, 유인원 포미(Simian foamy) 바이러스, 유인원 바이러스 5, 신드비스(Sindbis) 바이러스, 사우샘프턴(Southampton) 바이러스, 세인트 루이스 뇌염(St. louis encephalitis) 바이러스, 틱-본 포와산(Tick-borne powassan) 바이러스, 토르크 테노 바이러스, 토스카나(Toscana) 바이러스, 우우쿠니에미(Uukuniemi) 바이러스, 백시니아 바이러스, 바리셀라-조스터(Varicella-zoster) 바이러스, 바리올라(Variola) 바이러스, 베네주엘란(Venezuelan) 말 뇌염 바이러스, 수포성 구내염 바이러스, 서부 말 뇌염 바이러스, WU 폴리오마바이러스, 웨스트 나일(West Nile) 바이러스, 야바(Yaba) 원숭이 종양 바이러스, 야바-유사 질병 바이러스, 황열 바이러스 및 지카 바이러스를 포함한다. 특정 실시형태에서, 큐론은 대상체에 이미 존재하는 바이러스를 예를 들어, 기준에 비하여 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50% 이상 능가하고/능가하거나 대체하기에 충분하다. 특정 실시형태에서, 큐론은 만성 또는 급성 바이러스 감염과 경쟁하기에 충분하다. 특정 실시형태에서, 큐론은 바이러스 감염으로부터 보호하기 위하여 예방적으로 투여될 수 있다(예를 들어, 바이러스전(provirotic)). 일부 실시형태에서, 큐론은 (예를 들어, 표현형, 바이러스 수준, 유전자 발현, 다른 바이러스와의 경쟁, 병태 등을 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50% 이상) 조절하기에 충분한 양으로 존재한다.
본원에 언급된 모든 참고문헌 및 간행물은 본원에 참조로 포함된다.
하기의 실시예는 본 발명의 일부 실시형태를 추가로 예시하기 위해 제공되지만, 본 발명의 범주를 제한하고자 하지 않으며; 당업자에게 알려져 있는 다른 절차, 방법 또는 기법이 대안적으로 사용될 수 있다는 것이 그들의 예시적인 성질에 의해 이해될 것이다.
실시예
실시예 1: 큐론의 제조
본 실시예에는 인터페론(IFN) 발현을 저해하는 합성 큐론의 설계 및 합성이 기재되어 있다.
큐론(큐론 A)은 1) 비-병원성 패키징 봉입물을 인코딩하는 캡시드 유전자에 대한 DNA 서열(문헌[Arch Virol (2007) 152: 1961-1975]), 수탁 번호: A7XCE8.1(ORF11_TTW3); 2) 숙주 유전자(예를 들어, IFN)를 표적화하는 마이크로RNA를 코딩하는 DNA 서열(문헌[PLOS Pathogen (2013), 9(12), e1003818]), 수탁 번호: AJ620231.1; 및 3) 캡시드 단백질 내의 특정 영역(예를 들어, 수탁 번호: Q99153.1을 갖는 캡시드의 특정 영역)에 결합하는 DNA 서열(문헌[Journal of Virology (2003), 77(24), 13036-13041])로 시작하여 설계된다.
이러한 서열에, 1 kb의 비-코딩 DNA 서열을 부가한다(큐론 B). 설계된 큐론(도 2)은 3 kb(전체 크기)로 화학적으로 합성되고, 이를 서열 확인한다.
큐론 서열을 제조처에 의해 권고되는 바와 같이 JetPEI 시약(폴리플러스(PolyPlus)-트랜스펙션, 프랑스 일키르히 소재)을 사용하여 인간 배아 신장 293T 세포(12-웰 플레이트 상에서 105개 세포당 1 ㎎) 내로 트랜스펙션시킨다. 단독의 벡터, 또는 JetPEI 단독으로 트랜스펙션된 세포를 사용한 대조군 트랜스펙션을 포함시키고, GFP를 인코딩하는 리포터 플라스미드를 사용하여 트랜스펙션 효율을 최적화시킨다. 대조군 트랜스펙션의 형광을 측정하여, 적절하게 트랜스펙션된 세포를 보장한다. 트랜스펙션된 배양물을 37℃ 및 5% 이산화탄소에서 하룻밤 인큐베이션시킨다.
18시간 후에, 세포를 PBS로 3회 세척한 후, 신선한 배지를 첨가한다. 상청액을 하기와 같은 큐론의 초원심분리 및 수거를 위해 수집한다. 배지를 30분 동안 4,000 x g에 이어서 15분 동안 8,000 x g에서의 원심분리에 의하여 투명하게 하여, 세포 및 세포 데브리스를 제거한다. 그 다음, 상청액을 0.45-㎛-포어-크기 필터를 통해 여과한다. 큐론을 5% 수크로스 쿠션(5 ㎖)을 통해 27,000 rpm에서 1시간 동안 펠렛화시키고, 1x 인산염-완충 염수(PBS) + 0.1% 바시트라신(bacitracin) 중에 원래의 부피의 1/100으로 재현탁화시킨다. 농축된 큐론을 24,000 rpm에서 2시간 동안 20 내지 35% 수크로스 단계 기울기를 통해 원심분리한다. 기울기 연결층에서의 큐론 밴드를 수집한다. 그 다음, 큐론을 1x PBS로 희석하고, 27,000 rpm에서 1시간 동안 펠렛화시킨다. 큐론 펠렛을 1x PBS 중에 재현탁화시키고, 20 내지 35% 연속 수크로스 기울기를 통해 추가로 정제한다.
실시예 2: 큐론(큐론 A 및/또는 B)의 대규모 생성
본 실시예에는 큐론의 생성 및 증식이 기재된다.
실시예 1에 기재된 바와 같은 정제된 큐론을 현탁액 중에 성장하는 생성자 A549 세포가 있는 스피너(spinner) 플라스크에서 대규모 증폭을 위해 제조한다. A549 세포를 F12K 배지, 10% 우태아혈청, 2 mM 글루타민 및 항생제에서 유지한다. A549 세포를 106개의 큐론 로드로 큐론으로 감염시켜, 37℃ 및 5% 이산화탄소에서 24시간 동안의 인큐베이션 후에 약 1x107개의 큐론 입자를 생성한다. 그 다음, 세포를 PBS로 3회 세척하고, 신선한 배지와 함께 6시간 동안 인큐베이션시킨다.
큐론 정제를 위하여, 염화세슘 기울기에 기초한 2개의 초원심분리 단계에 이어서 하기와 같은 투석을 수행하였다(문헌[Bio-Protocol (2012) Bio101: e201]). 세포를 원심분리(10분 동안 6000 x g)에 의해 제거하고, 상청액을 0.8에 이어서 0.2 ㎛ 필터를 통해 여과한다. 여액을 필터 막(100,000 mw)을 통과시킴으로써 8 ㎖의 부피로 농축시킨다. 잔류물을 황산세슘 용액 내로 로딩하고, 247,000 x g에서 20시간 동안 원심분리한다. 큐론 밴드를 제거하고, 14,000 mw 컷오프 투석 튜빙에 배치하고, 투석한다. 추가의 농축이 요망된다면, 수행될 수 있다.
실시예 3. 시험관 내에서의 큐론(큐론 A)의 영향
본 실시예에는 세포 감염 후의 큐론의 발현 및 이펙터 기능, 예를 들어, miRNA의 발현의 시험관내 평가가 기재된다.
실시예 1에 기재된 바와 같은 정제된 큐론의 영향은 내인성 유전자 조절(예를 들어, IFN 신호전달)을 통해 시험관 내에서 평가한다. HEK293T 세포를 이중 루시퍼라제 플라스미드(인터페론-자극된 반응 요소(ISRE) 기반의 프로모터를 갖는 반딧불이 루시퍼라제 및 구성적 프로모터를 갖는 트랜스펙션 대조군 레닐라 루시퍼라제): 루시퍼라제 리포터 믹스(1:4 비의 pcDNA3.1dsRluc 대 pISRE-Luc(클론테크(Clonetech)))(문헌[J Virol (2008), 82: 9823-9828])로 동시-트랜스펙션시킨다.
큐론을 6-웰 플레이트에 씨딩된 HEK293T 세포에 대하여 107의 감염 다중도로 투여한다(2개의 세트의 3벌-3개의 대조군 웰 및 큐론 A가 있는 3개의 실험 웰).
48시간 후에, 배지를 100 u/㎖의 범용 I형 인터페론(PBL, 미국 뉴저지주 피스카타웨이 소재)이 존재하거나 부재하는 새로운 배지로 교체한다. IFN 처리 16시간 후에, 이중-루시퍼라제 검정(문헌[J Virol (2008), 82: 9823-9828])을 수행하여, IFN 신호전달을 결정한다. 트랜스펙션 차이에 대하여 관리하기 위하여 반딧불이 루시퍼라제를 레닐라 루시퍼라제 발현에 대하여 정규화시킨다. 비교 가능한 실험 웰을 대조군 웰로 나누어, ISRE ffLuc 리포터의 배수 유도를 계산하고, 각 조건의 유도를 음성 대조군에 비하여 비교한다.
일 실시형태에서, 대조군에 비하여 큐론 처리군에서의 감소된 루시퍼라제 신호는 큐론이 세포에서 IFN 생성을 감소시키는 것을 나타낼 것이다.
실시예 4: 큐론(큐론 A)의 면역학적 효과
본 실시예에는 투여 후의 큐론의 생체 내 이펙터 기능, 예를 들어, miRNA의 발현이 기재되어 있다.
실시예 1 및 2에 기재된 바와 같이 제조된, 정제된 큐론을 킬로그램당 1014의 게놈 당량에서 시작하여, 킬로그램당 0의 게놈 당량까지 100배 희석을 사용하여 다양한 용량으로 건강한 돼지에게 정맥내 투여한다. 면역 관용에 대한 영향을 평가하기 위하여, 돼지에게 상기 특정된 투여량의 큐론 또는 비히클 대조군 PBS를 3일 동안 매일 주사하하고, 3일 후에 희생시킨다.
비장, 골수 및 림프절을 수거한다. 단일 세포 현탁액을 각각의 조직으로부터 제조하고, MHC-II, CD11c 및 세포내 IFN에 대한 세포외 마커로 염색한다. MHC+, CD11c+, IFN+ 항원 제시 세포를 각각의 조직으로부터 유세포분석을 통해 분석하며, 예를 들어, 상기 언급된 마커 중 주어진 하나에 대하여 양성인 세포는, 마커의 발현이 결여되지만 다르게는 세포의 검정 집단과 유사한 음성 대조군 집단에서 동일한 조건 하에 세포의 99%보다 더 높은 형광을 나타내는 세포이다.
일 실시형태에서, 대조군에 비하여 큐론 처리군에서의 감소된 수의 IFN+ 세포는 큐론이 투여 후에 세포에서 IFN 생성을 감소시키는 것을 나타낼 것이다.
실시예 5: 합성 큐론의 제조.
본 실시예에는 합성 큐론의 시험관내 생성이 입증되어 있다.
EcoRV 제한 효소 부위 사이의 TTMiniV의 LY1 및 LY2 주로부터의 DNA 서열(문헌[Eur Respir J. 2013 Aug;42(2):470-9])을 카나마이신 벡터(인테그레이티드 DNA 테크놀로지즈(Integrated DNA Technologies)) 내로 클로닝하였다. TTMiniV의 LY1 및 LY2 주로부터의 DNA 서열을 포함하는 큐론은 실시예 6 및 7, 및 도 6a 내지 도 10b에 각각 큐론 1 및 큐론 2로 지칭된다. 클로닝된 구축물을 10-베타 컴피턴트 에스케리키아 콜라이(뉴 잉글랜드 바이오랩스 인코포레이티드(New England Biolabs Inc.)) 내로 형질전환시킨 후, 제조처의 프로토콜에 따라 플라스미드 정제(퀴아젠(Qiagen))하였다.
DNA 구축물(도 3 및 도 4)을 37℃에서 6시간 동안 EcoRV 제한 분해(뉴 잉글랜드 바이오랩스, 인코포레이티드)로 선형화시킨 후, 아가로스 겔 전기영동, 정확한 크기(2.9 킬로베이스 쌍)의 DNA 밴드의 절제 및 제조처의 프로토콜에 따른 겔 추출 키트(퀴아젠)를 사용한 절제된 아가로스 밴드로부터의 DNA의 겔 정제로 이어졌다.
실시예 6: 큐론의 어셈블리 및 감염
본 실시예에서는 실시예 5에 기재된 바와 같은 합성 DNA 서열을 사용한 감염성 큐론의 성공적인 시험관내 생성이 입증된다.
큐론 DNA(실시예 5에서 수득됨)를 지질 트랜스펙션 시약(써모 피셔 사이언티픽(Thermo Fisher Scientific))을 사용하여, 온전한 플라스미드에서 또는 선형화된 형태에서, HEK293T 세포(인간 배아 신장 세포주) 또는 A549 세포(인간 폐 암종 세포주) 중 어느 하나로 트랜스펙션시켰다. T25 플라스크 내의 70% 컨플루언트 세포의 트랜스펙션을 위하여 6 ㎍의 플라스미드 또는 1.5 ㎍의 선형화된 DNA를 사용하였다. 큐론에 포함된 바이러스 서열이 결여된 빈 벡터 백본을 음성 대조군으로서 사용하였다. 트랜스펙션 후 6시간에, 세포를 PBS로 2회 세척하고, 37℃ 및 5% 이산화탄소에서 신선한 성장 배지에서 성장하게 하였다. 인간 Ef1alpha 프로모터에 이어서 YFP 유전자를 인코딩하는 DNA 서열을 IDT로부터 합성하였다. 이러한 DNA 서열을 클로닝 벡터(써모 피셔 사이언티픽) 내로 블런트 말단 라이게이션시켰다. 생성된 벡터를 트랜스펙션 효율을 평가하기 위한 대조군으로서 사용하였다. YFP를 트랜스펙션 72시간 후에 세포 영상화 시스템(써모 피셔 사이언티픽)을 사용하여 검출하였다. HEK293T 및 A549 세포의 트랜스펙션 효율은 각각 85% 및 40%로 계산되었다(도 5).
큐론으로 트랜스펙션된 293T 및 A549 세포의 상청액을 트랜스펙션 후 96시간에 수거하였다. 수거된 상청액을 2000 rpm에서 4℃에서 10분 동안 회전 침강시켜, 임의의 세포 데브리스를 제거하였다. 수거된 상청액의 각각을 사용하여 24 웰 플레이트 내의 웰에서 70% 컨플루언트인 새로운 293T 및 A549 세포를 각각 감염시켰다. 37℃ 및 5% 이산화탄소에서의 24시간의 인큐베이션 후에 상청액을 세척해낸 후, 2회의 PBS의 세척 및 신선한 성장 배지로의 대체로 이어졌다. 이들 세포를 37℃ 및 5% 이산화탄소에서 또 다시 48시간 동안 인큐베이션시킨 후에, 게놈 DNA 추출을 위하여 세포를 개별적으로 수거하였다. 각각의 시료로부터의 게놈 DNA를 제조처의 프로토콜에 따라 게놈 DNA 추출 키트(써모 피셔 사이언티픽)를 사용하여 수거하였다.
시험관내 생성된 큐론에 의한 293T 및 A549 세포의 성공적인 감염을 확인하기 위하여, 본원에 기재된 바와 같이 수거된 100 ng의 게놈 DNA를 사용하여, LY2 특이적 서열 또는 베타-토르크바이러스에 대하여 특이적인 프라이머를 사용한 정량적 중합효소 연쇄 반응(qPCR)을 수행하였다. 제조처의 프로토콜에 따라 SYBR 그린 시약(써모 피셔 사이언티픽)을 사용하여 qPCR을 수행하였다. GAPDH의 게놈 DNA 서열에 대하여 특이적인 프라이머에 대한 qPCR을 정규화를 위해 사용하였다. 사용되는 모든 프라이머에 대한 서열은 표 21에 열거되어 있다.
[표 21]
도 6a, 도 6b, 도 7a 및 도 7b에 도시된 qPCR 결과에 나타난 바와 같이, 시험관 내에서, 본 실시예에 기재된 바와 같이 생성된 큐론은 감염성이었다.
실시예 7: 큐론의 선택성
본 실시예에서는 시험관 내에서 생성된 합성 큐론이 다양한 조직 기원의 세포주를 감염시키는 능력이 입증된다.
감염성 TTMiniV 큐론(실시예 5에 기재됨)을 갖는 상청액을 24 웰 플레이트의 웰 내에서 37℃ 및 5% 이산화탄소에서 70% 컨플루언트 293T, A549, Jurkat(급성 T 세포 백혈병 세포주), Raji(버킷 림프종 B 세포주) 및 Chang(간 암종 세포주) 세포주와 인큐베이션시켰다. 세포를 감염 24시간 후에 PBS로 2회 세척한 후, 신선한 성장 배지로 교체하였다. 그 다음, 세포를 다시 또 다른 48시간 동안 37℃ 및 5% 이산화탄소에서 인큐베이션시킨 후, 게놈 DNA 추출을 위한 수거로 이어졌다. 시료의 각각으로부터의 게놈 DNA를 제조처의 프로토콜에 따라 게놈 DNA 추출 키트(써모 피셔 사이언티픽)를 사용하여 수거하였다.
이전의 실시예에서 생성된 큐론에 의한 이들 세포주의 성공적인 감염을 확인하기 위하여, 본원에 기재된 바와 같이 수거된 100 ng의 게놈 DNA를 사용하여, LY2 특이적 서열 또는 베타-토르크바이러스에 대하여 특이적인 프라이머를 사용한 정량적 중합효소 연쇄 반응(qPCR)을 수행하였다. 제조처의 프로토콜에 따라 SYBR 그린 시약(써모 피셔 사이언티픽)을 사용하여 qPCR을 수행하였다. GAPDH의 게놈 DNA 서열에 대하여 특이적인 프라이머에 대한 qPCR을 정규화를 위해 사용하였다. 사용되는 모든 프라이머에 대한 서열은 표 21에 열거되어 있다.
도 6a 내지 도 10b에 도시된 qPCR 결과에 나타나 있는 바와 같이, 시험관 내에서 생성되는 큐론은 감염성일 뿐만 아니라, 그들은 상피 세포, 폐 조직 세포, 간 세포, 암종 세포, 림프구, 림프모구, T 세포, B 세포 및 신장 세포의 예들을 비롯한 다양한 세포주를 감염시킬 수 있었다. 또한, 합성 큐론이 HepG2 세포를 감염시켜, 대조군에 비하여 100배 초과의 증가를 초래할 수 있는 것이 관찰되었다.
실시예 8: 단백질 결합 서열의 확인 및 이용
본 실시예에는 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이 큐론에서의 이펙터의 증폭 및 패키징에 사용될 수 있는 아넬로바이러스 게놈 내의 추정의 단백질-결합 부위가 기재되어 있다. 일부 예에서, 단백질-결합 부위는 외부 단백질, 예컨대 캡시드 단백질에 결합할 수 있다.
아넬로바이러스 게놈 내의 2개의 보존된 도메인은 추정된 복제 원점이다: 5' UTR 보존된 도메인(5CD) 및 GC-풍부 도메인(GCR)(문헌[de Villiers et al., Journal of Virology 2011]; 문헌[Okamoto et al., Virology 1999]). 일 예에서, 이들 서열이 DNA 복제 부위로서 작용하는지, 캡시드 패키징 신호로서 작용하는지를 확인하기 위하여, TTMV-LY2를 지니는 플라스미드에서 각 영역의 결실을 만들었다. A539 세포를 pTTMV-LY2Δ5CD 또는 pTTMV-LY2ΔGCR로 트랜스펙션시킨다. 트랜스펙션된 세포를 4일 동안 인큐베이션시킨 다음, 바이러스를 상청액 및 세포 펠렛으로부터 단리한다. A549 세포를 바이러스로 감염시키고, 4일 후에, 바이러스를 상청액 및 감염된 세포 펠렛으로부터 단리한다. qPCR을 수행하여, 시료로부터 바이러스 게놈을 정량화시킨다. 복제 원점의 파괴는 바이러스 복제효소가 바이러스 DNA를 복제하는 것을 방지하고, 야생형 바이러스에 비하여 트랜스펙션된 세포 펠렛으로부터 단리된 바이러스 게놈을 감소시킨다. 소량의 바이러스가 여전히 패키징되며, 트랜스펙션된 상청액 및 감염된 세포 펠렛에서 관찰될 수 있다. 일부 실시형태에서, 패키징 신호의 파괴는 바이러스 DNA가 캡시드 단백질에 의해 캡슐화되는 것을 방지한다. 따라서, 실시형태들에서, 트랜스펙션된 세포에서 바이러스 게놈의 증폭이 여전히 존재할 것이지만, 상청액 또는 감염된 세포 펠렛에서 바이러스 게놈이 관찰되지 않는다.
추가의 예에서, DNA 내의 추가의 복제 또는 패키징 신호를 특성화하기 위하여, 전체 TTMV-LY2 게놈에 걸쳐 일련의 결실을 사용한다. 서열의 길이를 따라 100bp의 결실을 단계적으로 만들었다. TTMV-LY2 결실을 지니는 플라스미드를 A549 내로 트랜스펙션시키고, 상기 기재된 바와 같이 시험한다. 일부 실시형태에서, 바이러스 증폭 또는 패키징을 파괴시키는 결실은 잠재적인 시스-조절 도메인을 함유할 것이다.
복제 및 패키징 신호를 (예를 들어, 큐론 내의 유전 요소 내의) 이펙터-인코딩 DNA 서열 내로 혼입하여, 증폭 및 캡슐화를 유도할 수 있다. 이것은 더 큰 큐론 게놈의 영역(즉, 게놈 내의 특정 부위 내로 이펙터를 삽입하거나, 바이러스 ORF를 이펙터로 대체하는 등)의 맥락에서 또는 최소 시스 신호를 이펙터 DNA 내로 혼입시킴으로써 행해진다. 큐론이 트랜스 복제 또는 패키징 인자(예를 들어, 복제효소 및 캡시드 단백질 등)가 결여된 경우에, 트랜스 인자는 헬퍼 유전자에 의해 공급된다. 헬퍼 유전자는 증폭 및 패키징을 유도하기에 충분한 단백질 및 RNA의 전부를 발현하지만, 그들 자체의 패키징 신호가 결여되어 있다. 큐론 DNA를 헬퍼 유전자와 동시-트랜스펙션시켜, 이펙터의 증폭 및 패키징을 초래하지만, 헬퍼 유전자의 증폭 및 패키징은 초래하지 않는다.
실시예 9: 최소 아넬로바이러스 게놈
본 실시예에는 바이러스를 복제하는데 충분한 최소 게놈의 특성화를 돕고, 이펙터 페이로드를 삽입하기 위한, 아넬로바이러스 게놈 내의 결실이 기재되어 있다.
ORF의 하류, 그러나 GC-풍부 영역의 상류에서(nt 3436 내지 3607), TTV-tth8의 비-코딩 영역(NCR)에 172-뉴클레오티드(nt) 결실을 만들었다. 무작위 56-nt 서열(TTTGTGACACAAGATGGCCGACTTCCTTCCTCTTTAGTCTTCCCCAAAGAAGACAA(SEQ ID NO: 696))을 상기 결실 내로 삽입하였다. 2 ㎍의 환형 또는 (SmaI에 의해) 선형화된 pTTV-tth8(3436-3707::56nt), 변경된 TTV-tth8을 지니는 DNA 플라스미드를 2벌로, 리포펙타민 2000을 사용하여 6 cm 플레이트 내에 60% 컨플루언시에서 HEK293 또는 A549 세포 내로 트랜스펙션시켰다. 바이러스를 트랜스펙션 96시간 후에 액체 질소와 37℃ 수조 사이를 3회 교대하는 동결 해동에 의해 세포 펠렛 및 상청액으로부터 단리하였다. 상청액으로부터의 바이러스를 사용하여, 세포(HEK293으로부터 단리된 바이러스에 의해 감염되는 HEK293 세포, 및 A549로부터 단리된 바이러스에 의해 감염되는 A549 세포)를 재감염시켰다. 감염 72시간 후에, 바이러스를 동결 해동에 의해 세포 펠렛 및 상청액으로부터 단리하였다. 모든 시료에서 qPCR을 수행하였다. 하기 표 22에 나타낸 바와 같이, TTV-tth8이 감염된 세포의 세포 펠렛 및 상청액에서 관찰되었으며, 이는 pTTV-tth8(3436-3707::56nt)에 의한 성공적인 바이러스 생성을 나타낸다. 따라서, TTV-tth8은 뉴클레오티드 3436 내지 3707의 결실을 관용할 수 있다.
[표 22]
뉴클레오티드 574 내지 1371 및 1432 내지 2210(1577 bp 결실)을 결실시키고, ORF1의 C-말단에(야생형 TTMV-LY2에서 nt 2609 후에) 513 bp NanoLuc(nLuc) 리포터 ORF를 삽입하여, 엔지니어링된 버전의 TTMV-LY2를 어셈블시켰다. 엔지니어링된 TTMV-LY2에 대한 DNA 서열을 지니는 플라스미드(pVL46-015B)를 A549 세포 내로 트랜스펙션시킨 다음, 바이러스를 단리하고, 실시예 17에 기재된 바와 같이 새로운 A549 세포를 감염시키기 위해 사용하였다. nLuc 발광을 감염된 세포의 세포 펠렛 및 상청액에서 검출하였으며, 이는 바이러스 복제를 나타낸다(도 11a 및 도 11b). 이는 TTMV-LY2가 ORF 영역 내의 적어도 1577 bp 결실을 관용할 수 있음을 나타낸다.
복제에 충분한 최소 바이러스 게놈을 추가로 특성화하기 위하여, TTMV-LY2 DNA 내에 일련의 결실을 만든다. 뉴클레오티드 574 내지 1371 및 1432 내지 2210의 결실을 갖고, nLuc 삽입을 갖지 않는 TTMV-LY2를 만들고, 이전에 기재된 바와 같이 바이러스 복제에 대하여 시험한다. TTMV-LY2Δ574-1371,Δ1432-2210에 대하여 추가의 결실을 만든다. 뉴클레오티드 1372 내지 1431을 결실시켜, TTMV-LY2Δ574-2210을 생성한다. 추가로, ORF1의 하류 ORF3 서열을 결실시킨다(Δ2610-2809). 마지막으로, 비-코딩 영역 내의 결실을 시험하기 위하여, NCR에 걸쳐 순차적으로 일련의 100 bp 결실을 만들었다. 모든 결실 돌연변이체를 이전에 기재된 바와 같이 바이러스 복제에 대하여 시험한다. 성공적인 바이러스 생성을 초래하는 결실(결실된 영역이 바이러스 복제에 필수가 아님을 나타냄)을 조합하여, 더 많이 결실된 뉴클레오티드를 갖는 TTMV-LY2의 변이체를 제조한다. 이러한 전략은 자가-증폭에 충분한 최소의 바이러스를 제공할 것이다. 헬퍼로 증폭될 수 있는 최소 바이러스를 확인하기 위하여, 바이러스 복제가 파괴된 결실 돌연변이체의 각각을 트랜스 복제 및 패키징 요소를 지니는 헬퍼 유전자와 함께 시험한다. 복제 요소의 트랜스 발현에 의해 구제되는 결실은, 헬퍼 유전자가 개별 공급원으로부터 제고되는 경우 최소 바이러스를 형성하기 위하여 결실될 수 있는 바이러스 게놈의 영역을 나타낸다.
실시예 10: 아넬로바이러스 게놈 내로의 다양한 길이의 뉴클레오티드 삽입
본 실시예에는 아넬로바이러스 게놈 내로의 다양한 길이의 DNA 서열의 삽입이 기재되어 있으며, 이는 일부 예에서, 본원에 기재된 바와 같은 큐론을 생성하기 위해 사용될 수 있다.
DNA 서열을 TTV-tth8(유전자은행(GenBank) 수탁 번호 AJ620231.1) 및 TTMV-LY2(유전자은행 수탁 번호 JX134045.1)를 지니는 플라스미드 내로 클로닝한다. 오픈 리딩 프레임의 3' 및 GC-풍부 영역의 5' 비코딩 영역(NCR): TTV-tth8 내의 뉴클레오티드 3588 또는 TTMV-LY2 내의 뉴클레오티드 2843 이후에 삽입을 만든다.
하기의 길이의 무작위화된 DNA 서열을 TTV-tth8 및 TTMV-LY2의 NCR 내로 삽입한다: 100개 염기쌍(bp), 200 bp, 500 bp, 1000 bp 및 2000 bp. 각각의 바이러스 게놈의 상대적 GC-함량과 일치하도록 이들 서열을 설계한다: TTV-tth8 내로의 삽입을 위하여 대략 50% GC 및 TTMV-LY2에 대하여 대략 38% GC. 또한, 몇몇의 트랜스 유전자를 NCR 내로 삽입한다. 이들은 U6 프로모터(351 bp)에 의해 유도되는 miRNA 및 구성적 hEF1a 프로모터(2509 bp)에 의해 유도되는 EGFP를 포함한다.
다양한 크기의 DNA 삽입물을 지니는 TTV-tth8 및 TTMV-LY2 변이체를 이전에 기재된 바와 같이, HEK293 및 A549를 포함하는 포유동물 세포주 내로 트랜스펙션시킨다. 바이러스를 상청액 또는 세포 펠렛으로부터 단리한다. 단리된 바이러스를 사용하여 추가의 세포를 감염시킨다. 감염된 세포로부터의 바이러스의 생성을 정량적 PCR에 의해 모니터링한다. 일부 실시형태에서, 바이러스의 성공적인 생성은 삽입의 관용성을 나타낼 것이다.
실시예 11: 운반될 예시적인 카고
본 실시예에는, 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이, 큐론, 예를 들어, 아넬로바이러스에 기초한 큐론으로 운반될 수 있는 예시적인 부류의 핵산 및 단백질 페이로드가 기재된다.
페이로드의 일 예는 단백질 발현을 위한 mRNA이다. 관심 코딩 서열은 공급원 바이러스(예를 들어, 아넬로바이러스)에 고유한 바이러스 프로모터로부터 또는 트랜스 유전자의 일부로서 페이로드와 함께 도입된 프로모터로부터 전사된다. 대안적으로, mRNA는 바이러스 mRNA의 오픈 리딩 프레임 내에 인코딩되어, 바이러스 단백질과 관심 단백질 간의 융합을 초래한다. 절단 도메인, 예를 들어, 2A 펩티드 또는 프로테이나제 표적 부위를 사용하여 요망되는 경우 바이러스 단백질로부터 관심 단백질을 분리할 수 있다.
비-코딩 RNA(ncRNA)는 페이로드의 또 다른 예이다. 이들 RNA는 일반적으로 RNA 중합효소 III 프로모터, 예컨대 U6 또는 VA를 사용하여 전사된다. 대안적으로, ncRNA는 RNA 중합효소 II, 예컨대 고유 바이러스 프로모터 또는 조절 가능한 합성 프로모터를 사용하여 전사된다. RNA 중합효소 II 프로모터로부터 발현되는 경우, ncRNA는 mRNA 엑손, 인트론의 부분으로서 또는 폴리-A 신호의 하류에서 전사되는 가외의 RNA로서 인코딩된다. ncRNA는 종종 더 큰 RNA 분자의 부분으로서 인코딩되거나 리보자임 또는 엔도리보뉴클레아제를 사용하여 떨어져 절단된다. 큐론의 게놈에서 카고로서 인코딩될 수 있는 ncRNA는 마이크로-RNA(miRNA), 작은-간섭 RNA(siRNA), 짧은 헤어핀 RNA(shRNA), 안티센스 RNA, miRNA 스폰지(sponge), 긴-비코딩 RNA(lncRNA) 및 가이드 RNA(gRNA)를 포함한다.
DNA는 RNA 전사를 필요로 하지 않고, 기능적 요소로서 사용될 수 있다. 예를 들어, DNA는 상동성 재조합을 위한 주형으로서 사용될 수 있다. 또 다른 예에서, 단백질-결합 DNA 서열을 사용하여 (예를 들어, 큐론의 단백질성 외부에서) 캡시드 내로의 관심 단백질의 패키징을 유도할 수 있다. 상동성 재조합을 위하여, 인간 게놈 DNA에 대한 상동성 영역을 상동성 아암으로서 작용하도록 벡터 DNA 내로 인코딩한다. 재조합은 표적화된 엔도뉴클레아제(예컨대 gRNA와 함께 Cas9 또는 아연-핑거 뉴클레아제)에 의해 유도될 수 있으며, 이는 벡터로부터 또는 개별 공급원으로부터 발현될 수 있다. 세포 내측에서, 단일-가닥 DNA 게놈은 이중-가닥 DNA로 전환되며, 이는 이어서 게놈 DNA 파단 부위에서 상동성 재조합을 위한 주형으로서 작용한다. 관심 단백질을 동원하기 위하여, 단백질-결합 서열이 큐론 DNA에 인코딩될 수 있다. 관심 DNA-결합 단백질 또는 DNA-결합 단백질(예컨대 Gal4)에 융합되는 관심 단백질은 큐론 DNA에 결합한다. 큐론 DNA가 캡시드 단백질에 의해 캡슐화되는 경우, DNA-결합 단백질도 또한 캡슐화되며, 큐론과 함께 세포에 운반될 수 있다.
실시예 12: 예시적인 페이로드 통합 유전자좌
본 실시예에는 핵산 페이로드가 삽입될 수 있는 TTV-tth8(유전자은행 수탁 번호 AJ620231.1) 및 TTMV-LY2(유전자은행 수탁 번호 JX134045)의 게놈 내의 예시적인 유전자좌가 기재된다.
TTV-tth8(뉴클레오티드 336 내지 3015) 및 TTMV-LY2(뉴클레오티드 424 내지 2812)의 오픈 리딩 프레임(ORF) 영역 내로의 삽입을 위하여 몇몇의 전략이 사용될 수 있다. 일 예에서, 바이러스 단백질을 태그화시키거나, 융합 단백질을 생성하기 위하여, 페이로드가 특정 관심 ORF 내에 프레임 내 삽입된다. 대안적으로, ORF 영역의 일부 또는 전부가 결실되며, 이는 바이러스 단백질 기능을 파괴하거나, 파괴하지 않을 수 있다. 이어서, 페이로드는 결실된 영역 내로 삽입된다. 추가로, TTV-tth8(뉴클레오티드 716 내지 2362) 또는 TTMV-LY2(뉴클레오티드 724 내지 2273)의 ORF1 내의 초-가변 도메인(HVD)이 삽입 부위로서 사용될 수 있다.
대안적으로, TTV-tth8 또는 TTMV-LY2의 비-코딩 영역(NCR)과 유사한 벡터의 영역 내로 페이로드 삽입을 만든다. 특히, TATA 박스의 상류 5' NCR 내, 5' 비번역 영역(UTR) 내, 폴리-A 신호의 하류 및 GC-풍부 영역의 상류 3' NCR 내에 삽입을 만든다. 추가로, TTV-tth8의 miRNA 영역(뉴클레오티드 3429 내지 3506) 내로 삽입을 만든다. 5' NCR 영역을 위하여, TATA 박스의 상류(TTV-tth8 내의 뉴클레오티드 1 내지 82, 및 TTMV-LY2 내의 뉴클레오티드 1 내지 236)에 삽입을 만든다. 일부 실시형태에서, 트랜스 유전자를 역 배향으로 삽입하여, 프로모터 간섭을 감소시킨다. 5' UTR에 있어서, 전 시작 부위(TTV-tth8 내의 뉴클레오티드 111, 및 TTMV-LY2 내의 뉴클레오티드 267)의 하류 및 ORF2 시작 코돈(TTV-tth8 내의 뉴클레오티드 336 및 TTMV-LY2 내의 뉴클레오티드 421)의 상류에 삽입을 만든다. 5' UTR 삽입은 5' UTR 내에 뉴클레오티드를 부가하거나 대체한다. 3' NCR 삽입은 실시예 10에 기재된 바와 같이 GC-풍부 영역의 상류에서, 특히, TTV-tth8 내의 뉴클레오티드 3588 또는 TTMV-LY2 내의 뉴클레오티드 2843 이후에서 이루어진다. TTV-tth8의 miRNA는 대안적인 천연 또는 합성 miRNA 헤어핀에 의해 대체된다.
실시예 13: 아넬로바이러스의 정의된 범주 및 그의 보존된 영역
3가지 속의 아넬로바이러스가 인간에 존재한다: 알파토르크바이러스(토르크 테노 바이러스, TTV), 베타토르크바이러스(토르크 테노 미디 바이러스, TTMDV) 및 감마토르크바이러스(토르크 테노 미니 바이러스, TTMV). 알파토르크바이러스 내에서, 5개의 널리-지지되는 계통발생 클레이드가 존재한다(도 11c). 이들 아넬로바이러스 중 임의의 것이 본원에 기재된 큐론을 생성하기 위한 공급원 바이러스(예를 들어, 바이러스 DNA 서열의 공급원)로서 사용될 수 있는 것이 고려된다.
이들 서열 중 특히, 5' UTR 도메인(약 75% 보존) 및 GC-풍부 도메인(100개 초과의 염기쌍, 70% 초과의 GC-함량, 약 70% 보존)에서 가장 높은 보존이 관찰된다. 추가로, 서열 내의 초가변 도메인(HVD)은 매우 낮은 보존(약 30% 보존)을 갖는다. 모든 아넬로바이러스는 또한 3개의 리딩 프레임 모두가 공개된 영역을 함유한다.
또한, 보존된 영역으로 주석이 달린 TTV 클레이드의, 및 TTMDV 및 TTMV의 각각으로부터의 대표적인 바이러스의 예시적인 서열이 본원에 제공된다(예를 들어, 표 1 내지 14 참조).
실시예 14: 복제-결함 큐론 및 헬퍼 바이러스
큐론의 복제 및 패키징을 위하여, 일부 요소가 트랜스로 제공될 수 있다. 이들은 DNA 복제 또는 패키징을 유도하거나 지원하는 단백질 또는 비-코딩 RNA를 포함한다. 트랜스 요소는 일부 예에서, 큐론에 대한 대안적인 공급원, 예컨대 헬퍼 바이러스, 플라스미드 또는 세포 게놈으로부터 제공될 수 있다.
다른 요소는 전형적으로 시스로 제공된다. 이들 요소는 예를 들어, 복제 원점(예를 들어, 큐론 DNA의 증폭을 가능하게 함) 또는 패키징 신호(예를 들어, 캡시드 내로 게놈을 로딩하기 위하여 단백질에 결합함)로서 작용하는 큐론 DNA 내의 서열 또는 구조일 수 있다. 일반적으로, 복제 결함 바이러스 또는 큐론은 이들 요소 중 하나 이상을 소실하여, 심지어 다른 요소가 트랜스로 제공될지라도, DNA가 감염성 비리온 또는 큐론으로 패키징될 수 없게 할 것이다.
복제 결함 바이러스는 예를 들어, 동일한 세포에서 큐론(예를 들어, 복제-결함 또는 패키징-결함 큐론)의 복제를 제어하기 위한 헬퍼 바이러스로서 유용할 수 있다. 일부 예에서, 헬퍼 바이러스는 시스 복제 또는 패키징 요소가 결여되지만, 트랜스 요소, 예컨대 단백질 및 비-코딩 RNA를 발현할 것이다. 일반적으로, 치료적 큐론은 이들 트랜스 요소의 일부 또는 전부가 결여될 것이며, 이에 따라, 그의 자체가 복제할 수 없을 것이지만, 시스 요소를 보유할 것이다. 세포 내로 동시-트랜스펙션/감염되는 경우, 복제-결함 헬퍼 바이러스는 큐론의 증폭 및 패키징을 유도할 것이다. 이에 따라, 수집된, 패키징된 입자는 헬퍼 바이러스 오염 없이, 단지 치료적 큐론만으로 구성될 것이다.
복제 결함 큐론을 개발하기 위하여, 아넬로바이러스의 비-코딩 영역 내의 보존된 요소를 제거할 것이다. 특히, 보존된 5' UTR 도메인 및 GC-풍부 도메인의 결실을 개별적으로, 그리고 함께 시험할 것이다. 두 요소는 모두 바이러스 복제 또는 패키징에 중요한 것으로 고려된다. 또한, 전체 비-코딩 영역에 걸쳐 일련의 결실을 수행하여, 이전에 공지되지 않은 관심 영역을 확인할 것이다.
복제 요소의 성공적인 결실은 예를 들어, qPCR에 의해 측정시, 세포 내에서 큐론 DNA 증폭의 감소를 초래할 것이지만, 예를 들어, qPCR, 웨스턴 블롯, 형광 검정 또는 발광 검정 중 임의의 것 또는 전부를 포함할 수 있는 감염된 세포에서의 검정에 의해 모니터링시, 일부 감염성 큐론 생성을 뒷받침할 것이다. 패키징 요소의 성공적인 결실은 큐론 DNA 증폭을 파괴하지 않을 것이며, 그래서, qPCR에 의해 트랜스펙션된 세포에서 큐론 DNA의 증가가 관찰될 것이다. 그러나, 큐론 게놈은 캡슐화되지 않을 것이며, 그래서 감염성 큐론 생성이 관찰되지 않을 것이다.
실시예 15: 복제-적격 큐론의 제조 과정
본 실시예에는 복제-적격 큐론의 회수 및 이의 생성의 대량화 방법이 기재되어 있다. 큐론은 그들의 게놈 내에 세포에서 복제하는데 필요한, 모든 요구되는 유전 요소 및 ORF를 인코딩하는 경우에 복제 적격하다. 이들 큐론은 그들의 복제에 결함이 없기 때문에, 트랜스로 제공되는 보완 활성을 필요로 하지 않는다. 그러나, 그들은 헬퍼 활성, 예컨대 전사의 인핸서(예를 들어, 부티르산나트륨) 또는 바이러스 전사 인자(예를 들어, 아데노바이러스 E1, E2 E4, VA; HSV Vp16 및 즉시 조기 단백질)를 필요로 할 것이다.
이러한 실시예에서, 선형 또는 환형 형태로 합성 큐론의 완전한 서열을 인코딩하는 이중-가닥 DNA는 화학적 트랜스펙션에 의해 T75 플라스크 내의 5E+05개의 부착 포유동물 세포 내로 또는 전기천공법에 의해 현탁액 중 5E+05개의 세포 내로 도입된다. 최적의 기간 후에(예를 들어, 트랜스펙션 3 내지 7일 후에), 세포를 상청액 배지 내로 스크랩핑하여, 세포 및 상청액을 수집한다. 연성 세제, 예를 들어, 담즙염을 0.5%의 최종 농도로 첨가하고, 37℃에서 30분 동안 인큐베이션시킨다. 칼슘 및 마그네슘 클로라이드를 각각 0.5 mM 및 2.5 mM의 최종 농도로 첨가한다. 엔도뉴클레아제(예를 들어, DNAse I, 벤조나제)를 첨가하고, 25 내지 37℃에서 0.5 내지 4시간 동안 인큐베이션시킨다. 큐론 현탁액을 1000 x g에서 4℃에서 10분 동안 원심분리한다. 투명해진 상청액을 새로운 튜브로 옮기고, 동결보호 완충액(안정화 완충액으로도 공지되어 있음)으로 1:1 희석하고, 요망되는 경우 -80℃에 보관한다. 이는 큐론의 계대 0(P0)을 생성한다. 세제의 농도를 배양된 세포에서 사용될 안전한 한계 미만이 되게 하기 위하여, 이러한 접종물을 큐론 역가에 따라 무혈청 배지(SFM)에 적어도 100배 이상 희석한다.
T225 플라스크 내의 신선한 단층의 포유동물 세포에 배양물 표면을 덮기에 충분한 최소 부피를 오버레이하고, 부드럽게 로킹(rocking)시키면서 37℃ 및 5% 이산화탄소에서 90분 동안 인큐베이션시킨다. 이러한 단계를 위해 사용되는 포유동물 세포는 P0 회수를 위해 사용된 것과 동일한 유형의 세포이거나, 그렇지 않을 수 있다. 이러한 인큐베이션 후에, 접종물을 40 ㎖의 무혈청, 동물 기원-부재의 배양 배지로 대체하였다. 세포를 37℃ 및 5% 이산화탄소에서 3 내지 7일 동안 인큐베이션시킨다. 이전에 사용된 동일한 연성 세제 10X 용액 4 ㎖을 첨가하여, 0.5%의 최종 세제 농도를 달성한 다음, 혼합물을 부드럽게 교반하면서 37℃에서 30분 동안 인큐베이션시킨다. 엔도뉴클레아제를 첨가하고, 25 내지 37℃에서 0.5 내지 4시간 동안 인큐베이션시킨다. 그 다음, 배지를 수집하고, 1000 x g에서 4℃에서 10분 동안 원심분리한다. 투명해진 상청액을 40 ㎖의 안정화 완충제와 혼합하고, -80℃에서 보관한다. 이는 씨드 원액을 또는 큐론의 계대 1(P1)을 생성한다.
원액의 역가에 따라, 그를 SFM 중에 100배 이상 희석하고, 필요한 크기의 다층 플라스크 상에서 성장한 세포에 첨가한다. 더 작은 규모에서 감염 다중도(MOI) 및 인큐베이션 시간을 최적화시켜, 최대 큐론 생성을 보장한다. 그 다음, 수거 후에, 큐론을 필요한 대로 정제하고 농축시킬 수 있다. 예를 들어, 본 실시예에 기재된 바와 같은 작업흐름을 보여주는 개략도는 도 12에 제공되어 있다.
실시예 16: 복제-결함 큐론의 제조 과정
본 실시예에는 복제-결함 큐론의 회수 및 이의 생성의 대량화 방법이 기재되어 있다.
큐론은 복제에 수반되는 하나 이상의 ORF(예를 들어, ORF1, ORF1/1, ORF1/2, ORF2, ORF2/2, ORF2/3 및/또는 ORF2t/3)의 결실에 의해 복제-결함이 될 수 있다. 복제-결함 큐론은 보완하는 세포주에서 성장할 수 있다. 이러한 세포주는 큐론 성장을 촉진시키지만, 큐론의 게놈에서 소실되거나 비작용성인 성분을 구성적으로 발현한다.
일 예에서, 큐론 증식에 수반되는 임의의 ORF(들)의 서열(들)을, 선택 마커를 인코딩하는 안정한 세포주의 생성에 적합한 렌티바이러스 발현 시스템 내로 클로닝하고, 렌티바이러스 벡터를 본원에 기재된 바와 같이 생성한다. 큐론 증식을 지원할 수 있는 포유동물 세포주를 이러한 렌티바이러스 벡터로 감염시키고, 클로닝된 ORF가 안정적으로 통합된 세포 집단을 선택하는 선택 마커(예를 들어, 푸로마이신 또는 임의의 다른 항생제)에 의해 선택압으로 처리된다. 이러한 세포주가 특성화되고, 엔지니어링된 큐론에서 결함을 보완하고, 이에 따라 이러한 큐론의 성장 및 증식을 지원하는 것으로 증명되면, 그것을 증량시키고, 저온 보관에 저장한다. 이들 세포의 증량 및 유지 동안, 선택 항생제를 배양 배지에 첨가하여 선택압을 유지한다. 큐론이 이들 세포 내로 도입되면, 선택 항생제가 보류될 수 있다.
일단 이러한 세포주가 확립되면, 복제-결함 큐론의 성장 및 생성이 예를 들어, 실시예 15에 기재된 바와 같이 수행된다.
실시예 17: 현탁 세포를 사용한 큐론의 생성
본 실시예에는 현탁액 중의 세포에서의 큐론의 생성이 기재되어 있다.
본 실시예에서, 현탁액 조건에서 성장하는 것으로 조정된 A549 또는 293T 생성자 세포주를 웨이브(WAVE) 생물반응기 백에서, 37℃ 및 5% 이산화탄소에서 동물 성분-부재 및 항생제-부재 현탁액 배지(써모 피셔 사이언티픽) 중에 성장시킨다. 1 x 106개의 생존 가능한 세포/㎖로 씨딩한 이들 세포를 현재의 우수 제조 기준(cGMP) 하에 리포펙타민 2000(써모 피셔 사이언티픽)을 사용하여, (예를 들어, 실시예 16에 기재된 바와 같이, 예를 들어, 복제-결함 큐론의 경우에) 큐론을 패키징하는데 적합하거나 필요한 임의의 보완 플라스미드와 함께 큐론 서열을 포함하는 플라스미드로 트랜스펙션시킨다. 보완 플라스미드는 일부 예에서 큐론 게놈(예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이, 예를 들어, 바이러스 게놈, 예를 들어, 아넬로바이러스 게놈에 기초한 큐론 게놈)으로부터 결실되지만, 큐론의 복제 및 패키징에 유용하거나 필요한 바이러스 단백질을 인코딩할 수 있다. 트랜스펙션 세포를 웨이브 생물반응기 백에서 성장시키고, 상청액을 하기의 시점에 수거한다: 트랜스펙션 48, 72 및 96시간 후. 상청액을 원심분리를 사용하여 각 시료에 대한 세포 펠렛으로부터 분리한다. 이어서, 패키징된 큐론 입자를 이온 교환 크로마토그래피를 사용하여 수거된 상청액 및 용해된 세포 펠렛으로부터 정제한다.
큐론의 정제된 제제에서 게놈 당량을 예를 들어, 실시예 18에 기재된 바와 같이, 바이러스 게놈 추출 키트(퀴아젠)에 이어서, 큐론 DNA 서열에 대하여 표적화된 프라이머 및 프로브를 사용한 qPCR을 사용하여 큐론 게놈을 수거하기 위하여, 작은 정제된 제제의 분취액을 사용함으로써 결정할 수 있다.
정제된 제제의 연속 희석물을 제조하여, 새로운 A549 세포를 감염시킴으로써 정제된 제제 내의 큐론의 감염성을 정량화시킬 수 있다. 이들 세포를 트랜스펙션 72시간 후에 수거하고, 큐론 DNA 서열에 특이적인 프라이머 및 프로브를 사용한 게놈 DNA에서의 qPCR 검정으로 이어졌다.
실시예 18: qPCR에 의한 큐론 게놈 당량의 정량화
본 실시예에는 큐론을 정량화하기 위한 가수분해 프로브-기반의 정량적 PCR 검정의 개발이 입증되어 있다. 프라이머 및 프로브의 세트를 최종 사용자 최적화와 함께 소프트웨어 지니어스(Geneious)를 사용하여 TTV(수탁 번호 AJ620231.1) 및 TTMV(수탁 번호 JX134045.1)의 선택된 게놈 서열에 기초하여 설계하였다. 프라이머 서열은 하기 표 23에 나타나 있다.
[표 23]
개발 과정의 제1 단계로서, SYBR-그린 화학물질을 갖는 TTV 및 TTMV 프라이머를 사용하여 qPCR을 시행하여, 프라이머 특이성에 대하여 점검한다. 도 13은 각각의 프라이머 쌍에 대한 하나의 별개의 증폭 피크를 보여준다.
5' 말단에서 형광단 6FAM, 및 3' 말단에서 마이너 홈 결합, 비-형광 소광제(MGBNFQ)로 표지된 가수분해 프로브를 주문하였다. 그 다음, 새로운 프라이머 및 프로브의 PCR 효율을 증가하는 농도의 프라이머 및 표준 곡선의 성분으로서 정제된 플라스미드 DNA를 사용하여 2가지 상이한 상업적 마스터 믹스를 사용하여 평가하였다. 상이한 프라이머-프로브의 세트에 대한 표적 서열을 함유하는 정제된 플라스미드를 사용함으로써 표준 곡선을 설정하였다. 7가지의 10배 단계 희석을 수행하여, 7 log 및 25 ㎕ 반응당 15개 카피의 정량화의 하한에 걸쳐 선형 범위를 달성하였다. 마스터 믹스 #2는 정량적 PCR을 위하여 허용되는 값인 90 내지 110%의 PCR 효율을 생성할 수 있었다(도 14). qPCR을 위한 모든 프라이머를 IDT로부터 주문하였다. 형광단 6FAM 및 마이너 홈 결합, 비-형광 소광제(MGBNFQ)에 컨쥬게이트되는 가수분해 프로브 및 qPCR 마스터 믹스를 써모 피셔로부터 수득하였다. 예시적인 증폭 플롯은 도 15에 나타나 있다.
이들 프라이머-프로브 세트 및 시약을 사용하여, 큐론 원액 중 게놈 당량(GEq)/㎖을 정량화하였다. 선형 범위는 20 ㎕ 반응당 1.5E+07 내지 15 GEq였으며, 이어서 이를 사용하여, 도 16a 및 도 16b에 나타낸 바와 같이, GEq/㎖을 계산하였다. 선형 범위보다 더 높은 농도를 갖는 시료는 필요한 대로 희석될 수 있다.
실시예 19: 마우스에서 외인성 단백질을 발현하기 위한 큐론의 이용
본 실시예에는 토르크 테노 미니 바이러스(TTMV) 게놈을 마우스에서 반딧불이 루시퍼라제 단백질을 발현하도록 엔지니어링하는 큐론의 이용이 기재된다.
반딧불이-루시퍼라제 유전자를 인코딩하는 엔지니어링된 TTMV의 DNA 서열을 인코딩하는 플라스미드를 화학적 트랜스펙션에 의해 A549 세포(인간 폐 암종 세포주) 내로 도입한다. 18 ㎍의 플라스미드 DNA를 10 cm 조직 배양 플레이트에서 70% 컨플루언트 세포의 트랜스펙션을 위해 사용한다. TTMV 서열이 결여된 빈 벡터 백본을 음성 대조군으로서 사용한다. 트랜스펙션 5시간 후에, 세포를 PBS로 2회 세척하고, 37℃ 및 5% 이산화탄소에서 신선한 성장 배지에서 성장하게 한다.
그들의 상청액과 함께, 트랜스펙션된 A549 세포를 트랜스펙션 96시간 후에 수거한다. 수거된 물질을 37℃에서 1시간 동안 0.5% 데옥시콜레이트(부피 중 중량)로 처리하고, 엔도뉴클레아제 처리로 이어진다. 큐론 입자를 이온 교환 크로마토그래피를 사용하여 이러한 용해물로부터 정제한다. 큐론 농도를 결정하기 위하여, 큐론 원액의 시료를 바이러스 DNA 정제 키트를 통해 시행하고, ㎖당 게놈 당량을 큐론 DNA 서열에 대하여 표적화된 프라이머 및 프로브를 사용한 qPCR에 의해 측정한다.
1x 인산염-완충 염수 중 소정의 용량-범위의 게놈 당량의 큐론을 8 내지 10주령 마우스에서 다양한 주사 경로(예를 들어, 정맥내, 복강내, 피하, 근육내)를 통해 수행한다. 배측 및 등측 생물발광 영상화를 주사 후 3, 7, 10 및 15일에 각 동물에서 수행한다. 제조처의 프로토콜에 따라, 루시퍼라제 기질(퍼킨-엘머)을 표기된 시점에 각 동물에 복강내로 첨가한 후 생체내 영상화에 의해 영상화를 수행한다.
실시예 20: 큐론 DNA가 숙주 게놈 내로 통합되는지를 결정하기 위한 게놈 정렬
본 실시예에는 토르크 테노 바이러스(TTV)가 인간 게놈 내로 통합되는지 여부를 시험함으로써, 큐론 DNA가 숙주 게놈 내로 통합될 수 있는지를 결정하기 위해 수행되는 컴퓨터 분석이 기재된다.
클레이드 1 내지 5의 각각으로부터의 하나의 대표적인 TTV 서열의 완전한 게놈을 서열 간의 국소 유사성의 영역을 찾는 기본 국소 정렬 검색 툴(Basic Local Alignment Search Tool; BLAST)을 사용하여 인간 게놈 서열에 대하여 정렬하였다. 표 24에 나타낸 대표적인 TTV 서열을 분석하였다:
[표 24]
정렬된 TTV 중 어느 것으로부터의 서열도 인간 게놈과 임의의 유의미한 유사성을 갖는 것으로 밝혀지지 않았으며, 이는 TTV가 인간 게놈 내로 통합되지 않았 음을 나타낸다.
실시예 21: 숙주 게놈 내로의 큐론 통합의 평가
본 실시예에서, A549 세포(인간 폐 암종 세포주) 및 HEK293T 세포(인간 배아 신장 세포주)를 5, 10, 30 또는 50의 MOI에서 큐론 입자 또는 AAV 입자 중 어느 하나로 감염시킨다. 세포를 감염 5일 후에 PBS로 세척하고, 신선한 성장 배지로 교체한다. 그 다음, 세포가 37℃ 및 5% 이산화탄소에서 성장하게 한다. 세포를 감염 5일 후에 수거하고, 그들을 게놈 DNA 추출 키트(퀴아젠)를 사용하여 처리하여 게놈 DNA를 수거한다. 또한, 게놈 DNA를 비감염된 세포(음성 대조군)로부터 수거한다. 전체-게놈 서열결정 라이브러리를 제조처의 프로토콜에 따라 넥스테라 DNA 라이브러리 제조 키트(일루미나)를 사용하여, 이들 수거된 DNA에 대하여 제조한다. DNA 라이브러리를 제조처의 프로토콜에 따라 NextSeq 550 시스템(일루미나)을 사용하여 서열결정한다. 서열결정 데이터를 참조 게놈으로 어셈블시키고, 큐론 또는 AAV 게놈과 숙주 게놈 간의 접합부를 찾기 위해 분석한다. 접합부가 검출되는 경우에, 그들을 원래의 게놈 DNA 시료에서 확인한 후, PCR에 의해 라이브러리를 서열결정한다. 접합부를 함유하는 그 주변의 영역을 증폭시키기 위하여 프라이머를 설계한다. 숙주 게놈 내로의 큐론의 통합의 빈도는 qPCR에 의해 (통합 사전을 나타내는) 접합부의 수 및 시료 내의 총 큐론 카피의 수를 정량화함으로써 결정된다. 이러한 비를 AAV와 비교할 수 있다.
실시예 22: 외인성 마이크로RNA 서열을 발현하는 큐론의 기능적 영향
본 실시예는 외인성 마이크로RNA(miRNA) 서열을 발현하는 큐론의 기능의 성공적인 입증을 제공한다.
3' 비-코딩 영역(NCR) 내에 하기의 외인성 마이크로RNA 서열 중 하나를 함유하는 큐론 DNA 서열을 생성하였다:
1) miR-124
2) miR-518
3) miR-625
4) 비-표적화 스크램블(scramble) miRNA(miR-scr)
TTV-tth8의 tth8-T1 miRNA의 프레-miRNA 서열을 상기 언급된 miRNA의 프레-miRNA 서열로 대체함으로써 이를 행하였다. 그 다음, 큐론 DNA를 개별적으로 HEK293T 세포 내로 트랜스펙션시켰다. 상청액과 함께 트랜스펙션된 293T 세포를 트랜스펙션 96시간 후에 수거하였다. 수거된 물질을 37℃에서 0.5% 데옥시콜레이트(부피 중 중량)로 처리하고, 엔도뉴클레아제 처리로 이어졌다. 패키징된 큐론을 함유하는 이러한 용해물(큐론의 P0 원액)을 사용하여 새로운 293T 세포를 감염시켰다. 이들 세포를 감염 96시간 후에 수거하였다. 그 다음, 수거된 세포를 37℃에서 0.5% 데옥시콜레이트(부피 중 중량)로 처리하고, 엔도뉴클레아제 처리로 이어졌다. 그 다음, 이러한 용해물을 4℃에서 PBS 중에 10K 분자량 컷오프 투석 카세트에서 하룻밤 동안 투석하여, 임의의 데옥시콜레이트를 제거하였다. 큐론의 역가를 qPCR을 사용하여 이들 투석된 용해물(큐론의 P1 원액)에서 정량화하였다. 그 다음, 큐론의 P1 원액을 몇몇의 KRAS 돌연변이 비-소세포 폐암(NSCLC) 세포주(SW900, NCI-H460 및 A549)와 3일 동안 세포당 274 게놈 당량의 역가로 인큐베이션시켰다. 알라마 블루(Alamar blue) 검정을 사용하여 세포 생존력을 측정하였다. 도 17a에 나타낸 바와 같이, 외인성 miR-625를 발현하는 큐론은 스크램블된 비-표적화된 miRNA를 발현하는 대조군 큐론으로 감염된 세포 및 비감염된 세포에 비하여, 3가지 모두의 NSCLC 세포주에서 암 세포주 생존력을 유의미하게 저해하였다.
또한, YFP-리포터 검정을 사용하여, 그의 표적 부위로의 위치 특이적 결합에 의한 큐론 miRNA에 의한 표적의 하향조절을 결정하였다. miR-625에 대한 특이적 결합 서열을 갖는 YFP 리포터를 생성하고, HEK293T 세포 내로 트랜스펙션시켰다. 트랜스펙션 24시간 후에, 이들 HEK293T 세포를 세포당 2.4의 게놈 당량의 역가로 miR-625 또는 비-특이적 miRNA(miR-124) 중 어느 하나를 발현하는 큐론으로 감염시킨 다음, 유세포분석법을 사용하여 YFP 형광을 측정하였다. 도 17b에 나타낸 바와 같이, miR-625를 발현하는 큐론은 YFP 발현을 유의미하게 하향조절하는 한편, 비-특이적인 miRNA miR-124를 발현하는 큐론은 YFP 발현에 영향을 미치지 않았다. 이들 결과는 miR-625을 갖는 큐론이 YFP 단백질 표적의 온-표적(on-target) 하향조절을 유도하는 것을 보여준다.
숙주 유전자 발현을 조절하는 외인성 miRNA를 발현하는 큐론의 능력도 또한 시험하였다. SW-900 NSCLC 세포를 miR-518 또는 miR-625 또는 miR-scr 중 어느 하나를 발현하는 큐론으로 세포당 10 게놈 당량의 용량으로 감염시켰다. 감염된 세포를 감염 72시간 후에 수거하고, 총 단백질 용해물을 제조하였다. 면역블롯 분석을 이들 단백질 용해물에서 수행하여, p65 단백질의 수준을 결정하였다. p65 단백질 신호의 강도를 각 시료에 대한 막 상의 총 단백질 양에 대해 정규화시켰다(도 17c). p65 수준의 감소가 관찰되었으며, 이는 큐론이 숙주 유전자의 발현을 조절할 수 있음을 나타낸다.
실시예 23: 외인성 비-코딩 RNA를 발현하기 위한 큐론의 제조 및 생성
본 실시예에는 외인성 작은 비-코딩 RNA를 발현하기 위한 큐론의 합성 및 생성이 기재된다.
TTV의 tth8 주로부터 DNA 서열(문헌[Jelcic et al, Journal of Virology, 2004])을 합성하고, 박테리아 복제 원점 및 박테리아 항생제 내성 유전자를 함유하는 벡터 내로 클로닝한다. 이러한 벡터에서, TTV miRNA 헤어핀을 인코딩하는 DNA 서열을 외인성 작은 비-코딩 RNA, 예컨대 miRNA 또는 shRNA를 인코딩하는 DNA 서열로 대체한다. 그 다음, 엔지니어링된 구축물을 전기-적격 박테리아로 형질전환시킨 후, 제조처의 프로토콜에 따라 플라스미드 정제 키트를 사용하는 플라스미드 단리로 이어졌다.
외인성 작은 비-코딩 RNA를 인코딩하는 큐론 DNA를 진핵 생성자 세포주 내로 트랜스펙션시켜, 큐론 입자를 생성한다. 큐론 입자를 함유하는 트랜스펙션된 세포의 상청액을 트랜스펙션 후 상이한 시점에 수집한다. 여과된 상청액으로부터의 또는 정제 이후의 큐론 입자를 예를 들어, 본원에 기재된 바와 같이, 하류 응용에 사용한다.
실시예 24: 아넬로바이러스 클레이드에서의 보존
본 실시예에는 알파토르크바이러스 속 내의 5개의 클레이드의 확인이 기재된다. 각 클레이드 내의 평균 쌍별 동일성은 일반적으로 66 내지 90% 범위이다(도 18). 이들 클레이드 간의 대표적인 서열은 서열에 걸쳐 57.2% 쌍별 동일성을 보였다(도 19). 쌍별 동일성은 오픈 리딩 프레임에서 가장 낮으며(약 51.4%), 비-코딩 영역에서 더 높다(5' NCR에서 69.5%, 3' NCR에서 72.6%)(도 19). 이는 비-코딩 영역 내의 DNA 서열 또는 구조가 바이러스 복제에서 중요한 역할을 수행하는 것을 뒷받침한다.
알파토르크바이러스 내의 추정의 단백질의 아미노산 서열도 또한 비교하였다. DNA 서열은 대략 49 내지 54% 쌍별 동일성을 보이는 한편, 아미노산 서열은 대략 29 내지 36% 쌍별 동일성을 보였다(도 20). 흥미롭게도, 알파토르크바이러스 클레이드로부터의 대표적인 서열은 생체 내에서 성공적으로 복제할 수 있으며, 인간 집단에서 관찰된다. 이는 아넬로바이러스 단백질에 대한 아미노산 서열이 기능성, 예컨대 복제 및 패키징을 보유하면서 광범위하게 달라질 수 있는 것을 뒷받침한다.
아넬로바이러스는 비-코딩 영역 내에 높은 국소 보존 영역을 갖는 것으로 관찰되었다. 프로모터의 하류 영역에서, 71-bp 5' UTR 보존된 도메인은 5개의 알파토르크바이러스 클레이드에 걸쳐 96.6% 쌍별 동일성을 갖는다(도 21). 알파토르크바이러스의 3' 비-코딩 영역 내의 오픈 리딩 프레임의 하류에서, 대표적인 서열 간에 85.2% 쌍별 동일성을 갖는 307 bp 영역이 존재한다(도 19). 이러한 3' 보존된 비-코딩 영역의 3' 말단 근처에, 96.5% 쌍별 동일성을 갖는 고도로 보존된 51 bp 서열이 존재한다. 이러한 분석에서 연구되는 각각의 아넬로바이러스는 또한 70% 초과의 GC 함량을 갖는 GC-풍부 영역을 포함한다(도 22).
실시예 25: 큐론으로부터 내인성 miRNA의 발현 및 내인성 miRNA의 결실
일 예에서, TTV-tth8 주에 기초한 큐론을 사용하여 배양 중 Raji B 세포를 감염시켰다. 이들 큐론은 TTV-tth8 아넬로바이러스의 내인성 페이로드를 인코딩하는 서열을 포함하였으며, 이는 n-myc 상호작용 단백질(NMI)을 인코딩하는 mRNA를 표적화하는 miRNA이다. NMI는 JAK/STAT 경로의 하류에서 작동하여, 인터페론-자극된 유전자, 증식 및 성장 유전자, 및 염증 반응의 매개자를 포함하는 다양한 세포내 신호의 전사를 조절한다. 도 23a에 나타낸 바와 같이, 큐론은 Raji B 세포를 성공적으로 감염시킬 수 있었다. NMI에 대한 miRNA를 포함하는 큐론으로의 세포의 감염은 NMI에 대한 miRNA가 결여된 큐론으로 감염된 대조군 세포에 비하여 NMI의 성공적인 낙다운을 초래하였다(도 23b). NMI에 대한 miRNA를 포함하는 큐론으로 감염된 세포는 대조군 세포에 비하여 NMI 단백질 수준의 75% 초과의 감소를 보였다. 이러한 예는 고유 아넬로바이러스 miRNA를 갖는 큐론이 숙주 세포에서 표적 분자를 낙 다운시킬 수 있음을 보여준다.
또 다른 예에서, 아넬로바이러스-기반의 큐론의 내인성 miRNA를 결실시켰다. 그 다음, 생성된 큐론(Δ miR)을 사용하여 숙주 세포를 감염시켰다. 감염률을, 내인성 miRNA가 유지되는 상응하는 큐론과 비교하였다. 도 24에 나타낸 바와 같이, 내인성 miRNA가 결실되는 큐론은 내인성 miRNA가 여전히 존재하는 큐론에 대하여 관찰되는 것과 유사한 수준으로 세포를 여전히 감염시킬 수 있었다. 이러한 예는 아넬로바이러스-기반의 큐론의 내인성 miRNA가 완전히 돌연변이되거나 결실될 수 있으며, 여전히 감염성 입자를 생성하는 것을 입증한다.
SEQUENCE LISTING
<110> FLAGSHIP PIONEERING, INC.
<120> COMPOSITIONS COMPRISING CURONS AND USES THEREOF
<130> V2057-7000WO
<140>
<141>
<150> 62/676,730
<151> 2018-05-25
<150> 62/597,387
<151> 2017-12-11
<150> 62/518,898
<151> 2017-06-13
<160> 749
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 3570
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 1
attttgtgca gcccgccaat tctcgttcaa acaggccaat caggaggctc tacgtacact 60
tcctggggtg tgtcttcgaa gagtatataa gcagaggcgg tgacgaatgg tagagttttt 120
cctggcccgt ccgcggcgag agcgcgagcg gagcgagcga tcgagcgtcc cgtgggcggg 180
tgccgtaggt gagtttacac accgcagtca aggggcaatt cgggctcggg actggccggg 240
ctatgggcaa gattcttaaa aaattccccc gatccctctg tcgccaggac ataaaaacat 300
gccgtggaga ccgccggtgc atagtgtcca ggggcgagag gatcagtggt tcgcgagctt 360
ttttcacggc cacgcttcat tttgcggttg cggtgacgct gttggccatc ttaatagcat 420
tgctcctcgc tttcctcgcg ccggtccacc aaggccccct ccggggctag agcagcctaa 480
ccccccgcag cagggcccgg ccgggcccgg agggccgccc gccatcttgg cgctgccggc 540
tccgcccgcg gagcctgacg acccgcagcc acggcgtggt ggtggggacg gtggcgccgc 600
cgctggcgcc gcaggcgacc gtggagaccg agactacgac gaagaagagc tagacgagct 660
tttccgcgcc gccgccgaag acgatttgta agtaggagat ggcgccggcc ttacaggcgc 720
aggaggagac gcgggcgacg cagacgcaga cgcagacgca gacataagcc caccctagta 780
ctcagacagt ggcaacctga cgttatcaga cactgtaaga taacaggacg gatgcccctc 840
attatctgtg gaaaggggtc cacccagttc aactacatca cccacgcgga cgacatcacc 900
cccaggggag cctcctacgg gggcaacttc acaaacatga ctttctccct ggaggcaata 960
tacgaacagt ttctgtacca cagaaacagg tggtcagcct ccaaccacga cctcgaactc 1020
tgcagataca agggtaccac cctaaaactg tacaggcacc cagatgtaga ctacatagtc 1080
acctacagca gaacgggacc ctttgagatc agccacatga cctacctcag cactcacccc 1140
cttctcatgc tgctaaacaa acaccacata gtggtgccca gcctaaagac taagcccagg 1200
ggcagaaagg ccataaaagt cagaataaga ccccccaaac tcatgaacaa caagtggtac 1260
ttcaccagag acttctgtaa cataggcctc ttccagctct gggccacagg cttagaactc 1320
agaaacccct ggctcagaat gagcaccctg agcccctgca taggcttcaa tgtccttaaa 1380
aacagcattt acacaaacct cagcaaccta cctcagcaca gagaagacag acttaacatt 1440
attaacaaca cattacaccc acatgacata acaggaccaa acaataaaaa atggcagtac 1500
acatatacca aactcatggc ccccatttac tattcagcaa acagggccag cacctatgac 1560
ttactacgag agtatggcct ctacagtcca tactacctaa accccacaag gataaacctt 1620
gactggatga ccccctacac acacgtcagg tacaatccac tagtagacaa gggcttcgga 1680
aacagaatat acatacagtg gtgctcagag gcagatgtaa gctacaacag gactaaatcc 1740
aagtgtctct tacaagacat gcccctgttt ttcatgtgct atggctacat agactgggca 1800
attaaaaaca caggggtctc ctcactagcg agagacgcca gaatctgcat caggtgtccc 1860
tacacagagc cacagctggt gggctccaca gaagacatag ggttcgtacc catcacagag 1920
accttcatga ggggcgacat gccggtactt gcaccataca taccgttgag ctggttttgc 1980
aagtggtatc ccaacatagc tcaccagaag gaagtacttg aggcaatcat ttcctgcagc 2040
cccttcatgc cccgtgacca gggcatgaac ggttgggata ttacaatagg ttacaaaatg 2100
gacttcttat ggggcggttc ccctctcccc tcacagccaa tcgacgaccc ctgccagcag 2160
ggaacccacc cgattcccga ccccgataag caccctcgcc tcctacaagt gtcgaacccg 2220
aaactgctcg gaccgaggac agtgttccac aagtgggaca tcagacgtgg gcagtttagc 2280
aaaagaagta ttaaaagagt gtcagaatac tcatcggatg atgaatctct tgcgccaggt 2340
ctcccatcaa agcgaaacaa gctcgactcg gccttcagag gagaaaaccc agagcaaaaa 2400
gaatgctatt ctctcctcaa agcactcgag gaagaagaga ccccagaaga agaagaacca 2460
gcaccccaag aaaaagccca gaaagaggag ctactccacc agctccagct ccagagacgc 2520
caccagcgag tcctcagacg agggctcaag ctcgtcttta cagacatcct ccgactccgc 2580
cagggagtcc actggaaccc cgagctcaca tagagccccc accttacata ccagacctac 2640
tttttcccaa tactggtaaa aaaaaaaaat tctctccctt cgactgggaa acggaggccc 2700
agctagcagg gatattcaag cgtcctatgc gcttctatcc ctcagacacc cctcactacc 2760
cgtggttacc ccccaagcgc gatatcccga aaatatgtaa cataaacttc aaaataaagc 2820
tgcaagagtg agtgattcga ggccctcctc tgttcactta gcggtgtcta cctcttaaag 2880
tcaccaagca ctccgagcgt cagcgaggag tgcgaccctc caccaagggg caacttcctc 2940
ggggtccggc gctacgcgct tcgcgctgcg ccggacgcct cggacccccc cccgacccga 3000
atcgctcgcg cgattcggac ctgcggcctc ggggggggtc gggggcttta ctaaacagac 3060
tccgagttgc cactggactc aggagctgtg aatcagtaac gaaagtgagt ggggccagac 3120
ttcgccatag ggcctttaac ttggggtcgt ctgtcggtgg cttccgggtc cgcctgggcg 3180
ccgccatttt agctttagac gccattttag gccctcgcgg gcacccgtag gcgcgtttta 3240
atgacgtcac ggcagccatt ttgtcgtgac gtttgagaca cgtgatgggg gcgtgcctaa 3300
acccggaagc atccctggtc acgtgactct gacgtcacgg cggccatttt gtgctgtccg 3360
ccatcttgtg acttccttcc gctttttcaa aaaaaaagag gaagtatgac agtagcggcg 3420
ggggggcggc cgcgttcgcg cgccgcccac cagggggtgc tgcgcgcccc cccccgcgca 3480
tgcgcggggc ccccccccgg gggggctccg cccccccggc ccccccccgt gctaaaccca 3540
ccgcgcatgc gcgaccacgc ccccgccgcc 3570
<210> 2
<211> 130
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 2
Met Pro Trp Arg Pro Pro Val His Ser Val Gln Gly Arg Glu Asp Gln
1 5 10 15
Trp Phe Ala Ser Phe Phe His Gly His Ala Ser Phe Cys Gly Cys Gly
20 25 30
Asp Ala Val Gly His Leu Asn Ser Ile Ala Pro Arg Phe Pro Arg Ala
35 40 45
Gly Pro Pro Arg Pro Pro Pro Gly Leu Glu Gln Pro Asn Pro Pro Gln
50 55 60
Gln Gly Pro Ala Gly Pro Gly Gly Pro Pro Ala Ile Leu Ala Leu Pro
65 70 75 80
Ala Pro Pro Ala Glu Pro Asp Asp Pro Gln Pro Arg Arg Gly Gly Gly
85 90 95
Asp Gly Gly Ala Ala Ala Gly Ala Ala Gly Asp Arg Gly Asp Arg Asp
100 105 110
Tyr Asp Glu Glu Glu Leu Asp Glu Leu Phe Arg Ala Ala Ala Glu Asp
115 120 125
Asp Leu
130
<210> 3
<211> 303
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 3
Met Pro Trp Arg Pro Pro Val His Ser Val Gln Gly Arg Glu Asp Gln
1 5 10 15
Trp Phe Ala Ser Phe Phe His Gly His Ala Ser Phe Cys Gly Cys Gly
20 25 30
Asp Ala Val Gly His Leu Asn Ser Ile Ala Pro Arg Phe Pro Arg Ala
35 40 45
Gly Pro Pro Arg Pro Pro Pro Gly Leu Glu Gln Pro Asn Pro Pro Gln
50 55 60
Gln Gly Pro Ala Gly Pro Gly Gly Pro Pro Ala Ile Leu Ala Leu Pro
65 70 75 80
Ala Pro Pro Ala Glu Pro Asp Asp Pro Gln Pro Arg Arg Gly Gly Gly
85 90 95
Asp Gly Gly Ala Ala Ala Gly Ala Ala Gly Asp Arg Gly Asp Arg Asp
100 105 110
Tyr Asp Glu Glu Glu Leu Asp Glu Leu Phe Arg Ala Ala Ala Glu Asp
115 120 125
Asp Phe Gln Ser Thr Thr Pro Ala Ser Arg Glu Pro Thr Arg Phe Pro
130 135 140
Thr Pro Ile Ser Thr Leu Ala Ser Tyr Lys Cys Arg Thr Arg Asn Cys
145 150 155 160
Ser Asp Arg Gly Gln Cys Ser Thr Ser Gly Thr Ser Asp Val Gly Ser
165 170 175
Leu Ala Lys Glu Val Leu Lys Glu Cys Gln Asn Thr His Arg Met Met
180 185 190
Asn Leu Leu Arg Gln Val Ser His Gln Ser Glu Thr Ser Ser Thr Arg
195 200 205
Pro Ser Glu Glu Lys Thr Gln Ser Lys Lys Asn Ala Ile Leu Ser Ser
210 215 220
Lys His Ser Arg Lys Lys Arg Pro Gln Lys Lys Lys Asn Gln His Pro
225 230 235 240
Lys Lys Lys Pro Arg Lys Arg Ser Tyr Ser Thr Ser Ser Ser Ser Arg
245 250 255
Asp Ala Thr Ser Glu Ser Ser Asp Glu Gly Ser Ser Ser Ser Leu Gln
260 265 270
Thr Ser Ser Asp Ser Ala Arg Glu Ser Thr Gly Thr Pro Ser Ser His
275 280 285
Arg Ala Pro Thr Leu His Thr Arg Pro Thr Phe Ser Gln Tyr Trp
290 295 300
<210> 4
<211> 293
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 4
Met Pro Trp Arg Pro Pro Val His Ser Val Gln Gly Arg Glu Asp Gln
1 5 10 15
Trp Phe Ala Ser Phe Phe His Gly His Ala Ser Phe Cys Gly Cys Gly
20 25 30
Asp Ala Val Gly His Leu Asn Ser Ile Ala Pro Arg Phe Pro Arg Ala
35 40 45
Gly Pro Pro Arg Pro Pro Pro Gly Leu Glu Gln Pro Asn Pro Pro Gln
50 55 60
Gln Gly Pro Ala Gly Pro Gly Gly Pro Pro Ala Ile Leu Ala Leu Pro
65 70 75 80
Ala Pro Pro Ala Glu Pro Asp Asp Pro Gln Pro Arg Arg Gly Gly Gly
85 90 95
Asp Gly Gly Ala Ala Ala Gly Ala Ala Gly Asp Arg Gly Asp Arg Asp
100 105 110
Tyr Asp Glu Glu Glu Leu Asp Glu Leu Phe Arg Ala Ala Ala Glu Asp
115 120 125
Asp Leu Ser Pro Ile Lys Ala Lys Gln Ala Arg Leu Gly Leu Gln Arg
130 135 140
Arg Lys Pro Arg Ala Lys Arg Met Leu Phe Ser Pro Gln Ser Thr Arg
145 150 155 160
Gly Arg Arg Asp Pro Arg Arg Arg Arg Thr Ser Thr Pro Arg Lys Ser
165 170 175
Pro Glu Arg Gly Ala Thr Pro Pro Ala Pro Ala Pro Glu Thr Pro Pro
180 185 190
Ala Ser Pro Gln Thr Arg Ala Gln Ala Arg Leu Tyr Arg His Pro Pro
195 200 205
Thr Pro Pro Gly Ser Pro Leu Glu Pro Arg Ala His Ile Glu Pro Pro
210 215 220
Pro Tyr Ile Pro Asp Leu Leu Phe Pro Asn Thr Gly Lys Lys Lys Lys
225 230 235 240
Phe Ser Pro Phe Asp Trp Glu Thr Glu Ala Gln Leu Ala Gly Ile Phe
245 250 255
Lys Arg Pro Met Arg Phe Tyr Pro Ser Asp Thr Pro His Tyr Pro Trp
260 265 270
Leu Pro Pro Lys Arg Asp Ile Pro Lys Ile Cys Asn Ile Asn Phe Lys
275 280 285
Ile Lys Leu Gln Glu
290
<210> 5
<211> 180
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 5
Met Pro Trp Arg Pro Pro Val His Ser Val Gln Gly Arg Glu Asp Gln
1 5 10 15
Trp Ser Pro Ile Lys Ala Lys Gln Ala Arg Leu Gly Leu Gln Arg Arg
20 25 30
Lys Pro Arg Ala Lys Arg Met Leu Phe Ser Pro Gln Ser Thr Arg Gly
35 40 45
Arg Arg Asp Pro Arg Arg Arg Arg Thr Ser Thr Pro Arg Lys Ser Pro
50 55 60
Glu Arg Gly Ala Thr Pro Pro Ala Pro Ala Pro Glu Thr Pro Pro Ala
65 70 75 80
Ser Pro Gln Thr Arg Ala Gln Ala Arg Leu Tyr Arg His Pro Pro Thr
85 90 95
Pro Pro Gly Ser Pro Leu Glu Pro Arg Ala His Ile Glu Pro Pro Pro
100 105 110
Tyr Ile Pro Asp Leu Leu Phe Pro Asn Thr Gly Lys Lys Lys Lys Phe
115 120 125
Ser Pro Phe Asp Trp Glu Thr Glu Ala Gln Leu Ala Gly Ile Phe Lys
130 135 140
Arg Pro Met Arg Phe Tyr Pro Ser Asp Thr Pro His Tyr Pro Trp Leu
145 150 155 160
Pro Pro Lys Arg Asp Ile Pro Lys Ile Cys Asn Ile Asn Phe Lys Ile
165 170 175
Lys Leu Gln Glu
180
<210> 6
<211> 680
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 6
Thr Ala Trp Trp Trp Gly Arg Trp Arg Arg Arg Trp Arg Arg Arg Arg
1 5 10 15
Pro Trp Arg Pro Arg Leu Arg Arg Arg Arg Ala Arg Arg Ala Phe Pro
20 25 30
Arg Arg Arg Arg Arg Arg Phe Val Ser Arg Arg Trp Arg Arg Pro Tyr
35 40 45
Arg Arg Arg Arg Arg Arg Gly Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg
50 55 60
His Lys Pro Thr Leu Val Leu Arg Gln Trp Gln Pro Asp Val Ile Arg
65 70 75 80
His Cys Lys Ile Thr Gly Arg Met Pro Leu Ile Ile Cys Gly Lys Gly
85 90 95
Ser Thr Gln Phe Asn Tyr Ile Thr His Ala Asp Asp Ile Thr Pro Arg
100 105 110
Gly Ala Ser Tyr Gly Gly Asn Phe Thr Asn Met Thr Phe Ser Leu Glu
115 120 125
Ala Ile Tyr Glu Gln Phe Leu Tyr His Arg Asn Arg Trp Ser Ala Ser
130 135 140
Asn His Asp Leu Glu Leu Cys Arg Tyr Lys Gly Thr Thr Leu Lys Leu
145 150 155 160
Tyr Arg His Pro Asp Val Asp Tyr Ile Val Thr Tyr Ser Arg Thr Gly
165 170 175
Pro Phe Glu Ile Ser His Met Thr Tyr Leu Ser Thr His Pro Leu Leu
180 185 190
Met Leu Leu Asn Lys His His Ile Val Val Pro Ser Leu Lys Thr Lys
195 200 205
Pro Arg Gly Arg Lys Ala Ile Lys Val Arg Ile Arg Pro Pro Lys Leu
210 215 220
Met Asn Asn Lys Trp Tyr Phe Thr Arg Asp Phe Cys Asn Ile Gly Leu
225 230 235 240
Phe Gln Leu Trp Ala Thr Gly Leu Glu Leu Arg Asn Pro Trp Leu Arg
245 250 255
Met Ser Thr Leu Ser Pro Cys Ile Gly Phe Asn Val Leu Lys Asn Ser
260 265 270
Ile Tyr Thr Asn Leu Ser Asn Leu Pro Gln His Arg Glu Asp Arg Leu
275 280 285
Asn Ile Ile Asn Asn Thr Leu His Pro His Asp Ile Thr Gly Pro Asn
290 295 300
Asn Lys Lys Trp Gln Tyr Thr Tyr Thr Lys Leu Met Ala Pro Ile Tyr
305 310 315 320
Tyr Ser Ala Asn Arg Ala Ser Thr Tyr Asp Leu Leu Arg Glu Tyr Gly
325 330 335
Leu Tyr Ser Pro Tyr Tyr Leu Asn Pro Thr Arg Ile Asn Leu Asp Trp
340 345 350
Met Thr Pro Tyr Thr His Val Arg Tyr Asn Pro Leu Val Asp Lys Gly
355 360 365
Phe Gly Asn Arg Ile Tyr Ile Gln Trp Cys Ser Glu Ala Asp Val Ser
370 375 380
Tyr Asn Arg Thr Lys Ser Lys Cys Leu Leu Gln Asp Met Pro Leu Phe
385 390 395 400
Phe Met Cys Tyr Gly Tyr Ile Asp Trp Ala Ile Lys Asn Thr Gly Val
405 410 415
Ser Ser Leu Ala Arg Asp Ala Arg Ile Cys Ile Arg Cys Pro Tyr Thr
420 425 430
Glu Pro Gln Leu Val Gly Ser Thr Glu Asp Ile Gly Phe Val Pro Ile
435 440 445
Thr Glu Thr Phe Met Arg Gly Asp Met Pro Val Leu Ala Pro Tyr Ile
450 455 460
Pro Leu Ser Trp Phe Cys Lys Trp Tyr Pro Asn Ile Ala His Gln Lys
465 470 475 480
Glu Val Leu Glu Ala Ile Ile Ser Cys Ser Pro Phe Met Pro Arg Asp
485 490 495
Gln Gly Met Asn Gly Trp Asp Ile Thr Ile Gly Tyr Lys Met Asp Phe
500 505 510
Leu Trp Gly Gly Ser Pro Leu Pro Ser Gln Pro Ile Asp Asp Pro Cys
515 520 525
Gln Gln Gly Thr His Pro Ile Pro Asp Pro Asp Lys His Pro Arg Leu
530 535 540
Leu Gln Val Ser Asn Pro Lys Leu Leu Gly Pro Arg Thr Val Phe His
545 550 555 560
Lys Trp Asp Ile Arg Arg Gly Gln Phe Ser Lys Arg Ser Ile Lys Arg
565 570 575
Val Ser Glu Tyr Ser Ser Asp Asp Glu Ser Leu Ala Pro Gly Leu Pro
580 585 590
Ser Lys Arg Asn Lys Leu Asp Ser Ala Phe Arg Gly Glu Asn Pro Glu
595 600 605
Gln Lys Glu Cys Tyr Ser Leu Leu Lys Ala Leu Glu Glu Glu Glu Thr
610 615 620
Pro Glu Glu Glu Glu Pro Ala Pro Gln Glu Lys Ala Gln Lys Glu Glu
625 630 635 640
Leu Leu His Gln Leu Gln Leu Gln Arg Arg His Gln Arg Val Leu Arg
645 650 655
Arg Gly Leu Lys Leu Val Phe Thr Asp Ile Leu Arg Leu Arg Gln Gly
660 665 670
Val His Trp Asn Pro Glu Leu Thr
675 680
<210> 7
<211> 197
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 7
Thr Ala Trp Trp Trp Gly Arg Trp Arg Arg Arg Trp Arg Arg Arg Arg
1 5 10 15
Pro Trp Arg Pro Arg Leu Arg Arg Arg Arg Ala Arg Arg Ala Phe Pro
20 25 30
Arg Arg Arg Arg Arg Arg Phe Pro Ile Asp Asp Pro Cys Gln Gln Gly
35 40 45
Thr His Pro Ile Pro Asp Pro Asp Lys His Pro Arg Leu Leu Gln Val
50 55 60
Ser Asn Pro Lys Leu Leu Gly Pro Arg Thr Val Phe His Lys Trp Asp
65 70 75 80
Ile Arg Arg Gly Gln Phe Ser Lys Arg Ser Ile Lys Arg Val Ser Glu
85 90 95
Tyr Ser Ser Asp Asp Glu Ser Leu Ala Pro Gly Leu Pro Ser Lys Arg
100 105 110
Asn Lys Leu Asp Ser Ala Phe Arg Gly Glu Asn Pro Glu Gln Lys Glu
115 120 125
Cys Tyr Ser Leu Leu Lys Ala Leu Glu Glu Glu Glu Thr Pro Glu Glu
130 135 140
Glu Glu Pro Ala Pro Gln Glu Lys Ala Gln Lys Glu Glu Leu Leu His
145 150 155 160
Gln Leu Gln Leu Gln Arg Arg His Gln Arg Val Leu Arg Arg Gly Leu
165 170 175
Lys Leu Val Phe Thr Asp Ile Leu Arg Leu Arg Gln Gly Val His Trp
180 185 190
Asn Pro Glu Leu Thr
195
<210> 8
<211> 145
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 8
Thr Ala Trp Trp Trp Gly Arg Trp Arg Arg Arg Trp Arg Arg Arg Arg
1 5 10 15
Pro Trp Arg Pro Arg Leu Arg Arg Arg Arg Ala Arg Arg Ala Phe Pro
20 25 30
Arg Arg Arg Arg Arg Arg Phe Val Ser His Gln Ser Glu Thr Ser Ser
35 40 45
Thr Arg Pro Ser Glu Glu Lys Thr Gln Ser Lys Lys Asn Ala Ile Leu
50 55 60
Ser Ser Lys His Ser Arg Lys Lys Arg Pro Gln Lys Lys Lys Asn Gln
65 70 75 80
His Pro Lys Lys Lys Pro Arg Lys Arg Ser Tyr Ser Thr Ser Ser Ser
85 90 95
Ser Arg Asp Ala Thr Ser Glu Ser Ser Asp Glu Gly Ser Ser Ser Ser
100 105 110
Leu Gln Thr Ser Ser Asp Ser Ala Arg Glu Ser Thr Gly Thr Pro Ser
115 120 125
Ser His Arg Ala Pro Thr Leu His Thr Arg Pro Thr Phe Ser Gln Tyr
130 135 140
Trp
145
<210> 9
<211> 3794
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 9
cccgaagtcc gtcactaacc acgtgactcc tgtcgcccaa tcagagtgta tgtcgtgcat 60
ttcctgggca tggtctacat cctgatataa ctaagtgcac ttccgaatgg ctgagttttc 120
cacgcccgtc cgcagcgagg gagcgacgga ggagctcccg agcgtcccga gggcgggtgc 180
cggaggtgag tttacacacc gcagtcaagg ggcaattcgg gctcgggact ggccgggcta 240
tgggcaaggc tcttagggtc ttcattctta atatgtttct tggcagagtt taccgccaca 300
agaaaaggaa agtgctactg tccacactgc gagctccaca ggcgtctcgc agggctatga 360
gttggcgacc cccggtacac gatgcacccg gcatcgagcg caattggtac gaggcctgtt 420
tcagagccca cgctggagct tgtggctgtg gcaattttat tatgcacctt aatcttttgg 480
ctgggcgtta tggttttact ccggggtcag cgccgccagg tggtcctcct ccgggcaccc 540
cgcagataag gagagccagg cctagtcccg ccgcaccaga gcagcccgct gccctaccat 600
ggcatgggga tggtggagat ggcggcgccg ctggcccgcc agacgctgga ggagacgccg 660
tcgccggcgc cccgtacgga gaacaagagc tcgccgacct gctcgacgct atagaagacg 720
acgaacagta agaaccaggc gaaggcggtg ggggcgcaga cggtacagac ggggctggag 780
acgcaggact tatgtgagaa aggggcgaca cagaaaaaag aaaaagagac tgatactgag 840
acagtggcaa ccagccacaa gacgcagatg taccataact gggtacctgc ccatagtgtt 900
ctgcggccac actaggggca ataaaaacta tgcactacac tctgacgact acacccccca 960
aggacaacca tttggagggg ctctaagcac tacctcattc tctttaaaag tactatttga 1020
ccagcatcag agaggactaa acaagtggtc ttttccaaac gaccaactag acctcgccag 1080
atatagaggc tgcaaattta tattttatag aacaaaacaa actgactggg tgggccagta 1140
tgacatatca gaaccctaca agctagacaa atacagctgc cccaactatc accctggaaa 1200
catgattaag gcaaagcaca aatttttaat accaagctat gacactaatc ctagaggcag 1260
acaaaaaatt atagttaaaa ttcccccccc agacctcttt gtagacaagt ggtacactca 1320
agaggatctg tgttccgtta atcttgtgtc acttgcggtt tctgcggctt cctttctcca 1380
cccattcggc tcaccacaaa ctgacaaccc ttgctacacc ttccaggtgt tgaaagagtt 1440
ctactatcag gcaataggct tctctgcaag cacacaagca atgacatcag tattagacac 1500
gctatacaca caaaacagtt attgggaatc taatctaact cagttttatg tacttaatgc 1560
aaaaaaaggc agtgatacaa cacagccttt aactagcaat atgccaactc gtgaagagtt 1620
tatggcaaaa aaaaatacca attacaactg gtatacatac aaggccgcgt cagtaaaaaa 1680
taaactacat caaatgagac aaacctattt tgaggagtta acctctaagg ggccacaaac 1740
aacaaaaagt gaggaaggct acagtcagca ctggaccacc ccctccacaa acgcctacga 1800
atatcactta ggaatgttta gtgcaatatt tctagcccca gacaggccag tacctagatt 1860
tccatgcgcc taccaagatg taacttacaa ccccttaatg gacaaagggg tgggaaacca 1920
catttggttt cagtacaaca caaaggcaga cactcagcta atagtcacag gagggtcctg 1980
caaagcacac atacaagaca taccactgtg ggcggccttc tatggataca gtgactttat 2040
agagtcagaa ctaggcccct ttgtagatgc agagacggta ggcttagtgt gtgtaatatg 2100
cccttataca aaacccccca tgtacaacaa gacaaacccc gccatgggct acgtgttcta 2160
tgacagaaac tttggtgacg gaaaatggac tgacggacgg ggcaaaatag agccctactg 2220
gcaagttagg tggaggcccg aaatgctttt ccaagaaact gtaatggcag acctagttca 2280
gactgggccc tttagctaca aagacgaact taaaaacagc accctagtgt gcaagtacaa 2340
attctatttc acctggggag gtaacatgat gttccaacag acgatcaaaa acccgtgcaa 2400
gacggacgga caacccaccg actccagtag acaccctaga ggaatacaag tggcggaccc 2460
ggaacaaatg ggaccccgct gggtgttcca ctcctttgac tggcgaaggg gctatcttag 2520
cgagaaagct ctcaaacgcc tgcaagaaaa acctcttgac tatgacgaat attttacaca 2580
accaaaaaga cctagaatct ttcctccaac agaatcagca gagggagagt tccgagagcc 2640
cgaaaaaggc tcgtattcag aggaagaaag gtcgcaagcc tctgccgaag agcagacgca 2700
ggaggcgaca gtactcctcc tcaagcgacg actcagagag caacagcagc tccagcagca 2760
gctccaattc ctcacccgag aaatgttcaa aacgcaagcg ggtctccacc taaaccctat 2820
gttattaaac cagcgataaa ccaagtgtac ctgtttccag agagggcccc aaaaccccct 2880
cctagcagcc aagactggca gcaggagtac gaggcctgcg cagcctggga caggccccct 2940
agatacaatc tgtcctctcc tcctttctac cccagctgcc cttcaaaatt ctgtgtaaaa 3000
ttcagccttg gctttaaata aatggcaact ttactgtgca aggccgtggg agtttcactg 3060
gtcggtgtct acctctaaag gtcactaagc actccgagcg ttagcgagga gtgcgaccct 3120
tccccctgac tcaacttctt cggagccgcg cgctacgcct tcggctgcgc gcggcacctc 3180
agacccccgc tcgtgctgac acgctcgcgc gtgtcagacc acttcgggct cgcgggggtc 3240
gggaattttg ctaaacagac tccgagttgc tcttggacac tgagggggca tatcagtaac 3300
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cgagggttgc cataggcttc gacctccatt ttaggccttc cggactacaa aaatggccgt 3420
tttagtgacg tcacggccgc cattttaagt aaggcggaag cagctcggcg tacacaaaat 3480
ggcggcggag cacttccggc ttgcccaaaa tggtgggcaa cttcttccgg gtcaaaggtc 3540
acagctacgt cacaagtcac gtggggaggg ttggcgttta acccggaagc caatcctctt 3600
acgtggcctg tcacgtgact tgtacgtcac gaccaccatt ttgttttaca aaatggccga 3660
cttccttcct cttttttaaa aataacggtt cggcggcggc gcgcgcgcta cgcgcgcgcg 3720
ccggggggct gccgcccccc ccccgcgcat gcgcggggcc cccccccgcg gggggctccg 3780
ccccccggcc cccc 3794
<210> 10
<211> 124
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 10
Met Ser Trp Arg Pro Pro Val His Asp Ala Pro Gly Ile Glu Arg Asn
1 5 10 15
Trp Tyr Glu Ala Cys Phe Arg Ala His Ala Gly Ala Cys Gly Cys Gly
20 25 30
Asn Phe Ile Met His Leu Asn Leu Leu Ala Gly Arg Tyr Gly Phe Thr
35 40 45
Pro Gly Ser Ala Pro Pro Gly Gly Pro Pro Pro Gly Thr Pro Gln Ile
50 55 60
Arg Arg Ala Arg Pro Ser Pro Ala Ala Pro Glu Gln Pro Ala Ala Leu
65 70 75 80
Pro Trp His Gly Asp Gly Gly Asp Gly Gly Ala Ala Gly Pro Pro Asp
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Ala Gly Gly Asp Ala Val Ala Gly Ala Pro Tyr Gly Glu Gln Glu Leu
100 105 110
Ala Asp Leu Leu Asp Ala Ile Glu Asp Asp Glu Gln
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<210> 11
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<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 11
Met Ser Trp Arg Pro Pro Val His Asp Ala Pro Gly Ile Glu Arg Asn
1 5 10 15
Trp Tyr Glu Ala Cys Phe Arg Ala His Ala Gly Ala Cys Gly Cys Gly
20 25 30
Asn Phe Ile Met His Leu Asn Leu Leu Ala Gly Arg Tyr Gly Phe Thr
35 40 45
Pro Gly Ser Ala Pro Pro Gly Gly Pro Pro Pro Gly Thr Pro Gln Ile
50 55 60
Arg Arg Ala Arg Pro Ser Pro Ala Ala Pro Glu Gln Pro Ala Ala Leu
65 70 75 80
Pro Trp His Gly Asp Gly Gly Asp Gly Gly Ala Ala Gly Pro Pro Asp
85 90 95
Ala Gly Gly Asp Ala Val Ala Gly Ala Pro Tyr Gly Glu Gln Glu Leu
100 105 110
Ala Asp Leu Leu Asp Ala Ile Glu Asp Asp Glu Gln Arg Ser Lys Thr
115 120 125
Arg Ala Arg Arg Thr Asp Asn Pro Pro Thr Pro Val Asp Thr Leu Glu
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Thr Pro Leu Thr Gly Glu Gly Ala Ile Leu Ala Arg Lys Leu Ser Asn
165 170 175
Ala Cys Lys Lys Asn Leu Leu Thr Met Thr Asn Ile Leu His Asn Gln
180 185 190
Lys Asp Leu Glu Ser Phe Leu Gln Gln Asn Gln Gln Arg Glu Ser Ser
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Leu Pro Lys Ser Arg Arg Arg Arg Arg Gln Tyr Ser Ser Ser Ser Asp
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Asp Ser Glu Ser Asn Ser Ser Ser Ser Ser Ser Ser Asn Ser Ser Pro
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Glu Lys Cys Ser Lys Arg Lys Arg Val Ser Thr
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<211> 257
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 12
Met Ser Trp Arg Pro Pro Val His Asp Ala Pro Gly Ile Glu Arg Asn
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Trp Tyr Glu Ala Cys Phe Arg Ala His Ala Gly Ala Cys Gly Cys Gly
20 25 30
Asn Phe Ile Met His Leu Asn Leu Leu Ala Gly Arg Tyr Gly Phe Thr
35 40 45
Pro Gly Ser Ala Pro Pro Gly Gly Pro Pro Pro Gly Thr Pro Gln Ile
50 55 60
Arg Arg Ala Arg Pro Ser Pro Ala Ala Pro Glu Gln Pro Ala Ala Leu
65 70 75 80
Pro Trp His Gly Asp Gly Gly Asp Gly Gly Ala Ala Gly Pro Pro Asp
85 90 95
Ala Gly Gly Asp Ala Val Ala Gly Ala Pro Tyr Gly Glu Gln Glu Leu
100 105 110
Ala Asp Leu Leu Asp Ala Ile Glu Asp Asp Glu His Arg Gly Arg Val
115 120 125
Pro Arg Ala Arg Lys Arg Leu Val Phe Arg Gly Arg Lys Val Ala Ser
130 135 140
Leu Cys Arg Arg Ala Asp Ala Gly Gly Asp Ser Thr Pro Pro Gln Ala
145 150 155 160
Thr Thr Gln Arg Ala Thr Ala Ala Pro Ala Ala Ala Pro Ile Pro His
165 170 175
Pro Arg Asn Val Gln Asn Ala Ser Gly Ser Pro Pro Lys Pro Tyr Val
180 185 190
Ile Lys Pro Ala Ile Asn Gln Val Tyr Leu Phe Pro Glu Arg Ala Pro
195 200 205
Lys Pro Pro Pro Ser Ser Gln Asp Trp Gln Gln Glu Tyr Glu Ala Cys
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Ala Ala Trp Asp Arg Pro Pro Arg Tyr Asn Leu Ser Ser Pro Pro Phe
225 230 235 240
Tyr Pro Ser Cys Pro Ser Lys Phe Cys Val Lys Phe Ser Leu Gly Phe
245 250 255
Lys
<210> 13
<211> 150
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 13
Met Ser Trp Arg Pro Pro Val His Asp Ala Pro Gly Ile Glu Arg Asn
1 5 10 15
Cys Arg Gly Arg Val Pro Arg Ala Arg Lys Arg Leu Val Phe Arg Gly
20 25 30
Arg Lys Val Ala Ser Leu Cys Arg Arg Ala Asp Ala Gly Gly Asp Ser
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Phe Ser Leu Gly Phe Lys
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<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 14
Met Ala Trp Gly Trp Trp Arg Trp Arg Arg Arg Trp Pro Ala Arg Arg
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Trp Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg Pro Val Arg Arg Thr Arg Ala Arg
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Arg Pro Ala Arg Arg Tyr Arg Arg Arg Arg Thr Val Arg Thr Arg Arg
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Arg Arg Trp Gly Arg Arg Arg Tyr Arg Arg Gly Trp Arg Arg Arg Thr
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Leu Pro Ile Val Phe Cys Gly His Thr Arg Gly Asn Lys Asn Tyr Ala
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Leu Ser Thr Thr Ser Phe Ser Leu Lys Val Leu Phe Asp Gln His Gln
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Arg Gly Leu Asn Lys Trp Ser Phe Pro Asn Asp Gln Leu Asp Leu Ala
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Arg Tyr Arg Gly Cys Lys Phe Ile Phe Tyr Arg Thr Lys Gln Thr Asp
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Trp Val Gly Gln Tyr Asp Ile Ser Glu Pro Tyr Lys Leu Asp Lys Tyr
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Ser Cys Pro Asn Tyr His Pro Gly Asn Met Ile Lys Ala Lys His Lys
195 200 205
Phe Leu Ile Pro Ser Tyr Asp Thr Asn Pro Arg Gly Arg Gln Lys Ile
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Ile Val Lys Ile Pro Pro Pro Asp Leu Phe Val Asp Lys Trp Tyr Thr
225 230 235 240
Gln Glu Asp Leu Cys Ser Val Asn Leu Val Ser Leu Ala Val Ser Ala
245 250 255
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Tyr Thr Phe Gln Val Leu Lys Glu Phe Tyr Tyr Gln Ala Ile Gly Phe
275 280 285
Ser Ala Ser Thr Gln Ala Met Thr Ser Val Leu Asp Thr Leu Tyr Thr
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Glu Tyr His Leu Gly Met Phe Ser Ala Ile Phe Leu Ala Pro Asp Arg
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Pro Val Pro Arg Phe Pro Cys Ala Tyr Gln Asp Val Thr Tyr Asn Pro
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Leu Met Asp Lys Gly Val Gly Asn His Ile Trp Phe Gln Tyr Asn Thr
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Lys Ala Asp Thr Gln Leu Ile Val Thr Gly Gly Ser Cys Lys Ala His
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Ile Gln Asp Ile Pro Leu Trp Ala Ala Phe Tyr Gly Tyr Ser Asp Phe
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Ile Glu Ser Glu Leu Gly Pro Phe Val Asp Ala Glu Thr Val Gly Leu
485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
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580 585 590
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595 600 605
Ser Ser Arg His Pro Arg Gly Ile Gln Val Ala Asp Pro Glu Gln Met
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<210> 15
<211> 195
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 15
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100 105 110
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115 120 125
Glu Pro Glu Lys Gly Ser Tyr Ser Glu Glu Glu Arg Ser Gln Ala Ser
130 135 140
Ala Glu Glu Gln Thr Gln Glu Ala Thr Val Leu Leu Leu Lys Arg Arg
145 150 155 160
Leu Arg Glu Gln Gln Gln Leu Gln Gln Gln Leu Gln Phe Leu Thr Arg
165 170 175
Glu Met Phe Lys Thr Gln Ala Gly Leu His Leu Asn Pro Met Leu Leu
180 185 190
Asn Gln Arg
195
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<211> 107
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 16
Met Ala Trp Gly Trp Trp Arg Trp Arg Arg Arg Trp Pro Ala Arg Arg
1 5 10 15
Trp Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg Pro Val Arg Arg Thr Arg Ala Arg
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Asp Ser Glu Ser Asn Ser Ser Ser Ser Ser Ser Ser Asn Ser Ser Pro
85 90 95
Glu Lys Cys Ser Lys Arg Lys Arg Val Ser Thr
100 105
<210> 17
<211> 3753
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 17
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ctggaccaga agcaacgata acctagagct aaccagatac ttgggggctt cagtaaaaat 1080
atacaggcac ccagaccaag actttatagt aatatacaac agaagaaccc ctctaggagg 1140
caacatctac acagcaccct ctctacaccc aggcaatgcc attttagcaa aacacaaaat 1200
attagtacca agtttacaga caagaccaaa gggtagaaaa gcaattagac taagaatagc 1260
accccccaca ctctttacag acaagtggta ctttcaaaag gacatagccg acctcaccct 1320
tttcaacatc atggcagttg aggctgactt gcggtttccg ttctgctcac cacaaactga 1380
caacacttgc atcagcttcc aggtccttag ttccgtttac aacaactacc tcagtattaa 1440
tacctttaat aatgacaact cagactcaaa gttaaaagaa tttttaaata aagcatttcc 1500
aacaacaggc acaaaaggaa caagtttaaa tgcactaaat acatttagaa cagaaggatg 1560
cataagtcac ccacaactaa aaaaaccaaa cccacaaata aacaaaccat tagagtcaca 1620
atactttgca cctttagatg ccctctgggg agaccccata tactataatg atctaaatga 1680
aaacaaaagt ttgaacgata tcattgagaa aatactaata aaaaacatga ttacatacca 1740
tgcaaaacta agagaatttc caaattcata ccaaggaaac aaggcctttt gccacctaac 1800
aggcatatac agcccaccat acctaaacca aggcagaata tctccagaaa tatttggact 1860
gtacacagaa ataatttaca acccttacac agacaaagga actggaaaca aagtatggat 1920
ggacccacta actaaagaga acaacatata taaagaagga cagagcaaat gcctactgac 1980
tgacatgccc ctatggactt tactttttgg atatacagac tggtgtaaaa aggacactaa 2040
taactgggac ttaccactaa actacagact agtactaata tgcccttata cctttccaaa 2100
attgtacaat gaaaaagtaa aagactatgg gtacatcccg tactcctaca aattcggagc 2160
gggtcagatg ccagacggca gcaactacat accctttcag tttagagcaa agtggtaccc 2220
cacagtacta caccagcaac aggtaatgga ggacataagc aggagcgggc cctttgcacc 2280
taaggtagaa aaaccaagca ctcagctggt aatgaagtac tgttttaact ttaactgggg 2340
cggtaaccct atcattgaac agattgttaa agaccccagc ttccagccca cctatgaaat 2400
acccggtacc ggtaacatcc ctagaagaat acaagtcatc gacccgcggg tcctgggacc 2460
gcactactcg ttccggtcat gggacatgcg cagacacaca tttagcagag caagtattaa 2520
gagagtgtca gaacaacaag aaacttctga ccttgtattc tcaggcccaa aaaagcctcg 2580
ggtcgacatc ccaaaacaag aaacccaaga agaaagctca cattcactcc aaagagaatc 2640
gagaccgtgg gagaccgagg aagaaagcga gacagaagcc ctctcgcaag agagccaaga 2700
ggtccccttc caacagcagt tgcagcagca gtaccaagag cagctcaagc tcagacaggg 2760
aatcaaagtc ctcttcgagc agctcataag gacccaacaa ggggtccatg taaacccatg 2820
cctacggtag gtcccaggca gtggctgttt ccagagagaa agccagcccc agctcctagc 2880
agtggagact gggccatgga gtttctcgca gcaaaaatat ttgataggcc agttagaagc 2940
aaccttaaag atacccctta ctacccatat gttaaaaacc aatacaatgt ctactttgac 3000
cttaaatttg aataaacagc agcttcaaac ttgcaaggcc gtgggagttt cactggtcgg 3060
tgtctacctc taaaggtcac taagcactcc gagcgtaagc gaggagtgcg accctccccc 3120
ctggaacaac ttcttcggag tccggcgcta cgccttcggc tgcgccggac acctcagacc 3180
ccccctccac ccgaaacgct tgcgcgtttc ggaccttcgg cgtcgggggg gtcgggagct 3240
ttattaaacg gactccgaag tgctcttgga cactgagggg gtgaacagca acgaaagtga 3300
gtggggccag acttcgccat aaggccttta tcttcttgcc atttgtcagt gtccggggtc 3360
gccataggct tcgggctcgt ttttaggcct tccggactac aaaaatcgcc attttggtga 3420
cgtcacggcc gccatcttaa gtagttgagg cggacggtgg cgtgagttca aaggtcacca 3480
tcagccacac ctactcaaaa tggtggacaa tttcttccgg gtcaaaggtt acagccgcca 3540
tgttaaaaca cgtgacgtat gacgtcacgg ccgccatttt gtgacacaag atggccgact 3600
tccttcctct ttttcaaaaa aaagcggaag tgccgccgcg gcggcggggg gcggcgcgct 3660
gcgcgcgccg cccagtaggg ggagccatgc gccccccccc gcgcatgcgc ggggcccccc 3720
cccgcggggg gctccgcccc ccggcccccc ccg 3753
<210> 18
<211> 127
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 18
Met Ser Phe Trp Lys Pro Pro Val His Asn Val Thr Gly Ile Gln Arg
1 5 10 15
Met Trp Tyr Glu Ser Phe His Arg Gly His Ala Ser Phe Cys Gly Cys
20 25 30
Gly Asn Pro Ile Leu His Ile Thr Ala Leu Ala Glu Thr Tyr Gly His
35 40 45
Pro Thr Gly Pro Arg Pro Ser Gly Pro Pro Gly Val Asp Pro Asn Pro
50 55 60
His Ile Arg Arg Ala Arg Pro Ala Pro Ala Ala Pro Glu Pro Ser Gln
65 70 75 80
Val Asp Ser Arg Pro Ala Leu Thr Trp His Gly Asp Gly Gly Ser Asp
85 90 95
Gly Gly Ala Gly Gly Ser Gly Ser Gly Gly Pro Val Ala Asp Phe Ala
100 105 110
Asp Asp Gly Leu Asp Gln Leu Val Ala Ala Leu Asp Asp Glu Glu
115 120 125
<210> 19
<211> 268
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 19
Met Ser Phe Trp Lys Pro Pro Val His Asn Val Thr Gly Ile Gln Arg
1 5 10 15
Met Trp Tyr Glu Ser Phe His Arg Gly His Ala Ser Phe Cys Gly Cys
20 25 30
Gly Asn Pro Ile Leu His Ile Thr Ala Leu Ala Glu Thr Tyr Gly His
35 40 45
Pro Thr Gly Pro Arg Pro Ser Gly Pro Pro Gly Val Asp Pro Asn Pro
50 55 60
His Ile Arg Arg Ala Arg Pro Ala Pro Ala Ala Pro Glu Pro Ser Gln
65 70 75 80
Val Asp Ser Arg Pro Ala Leu Thr Trp His Gly Asp Gly Gly Ser Asp
85 90 95
Gly Gly Ala Gly Gly Ser Gly Ser Gly Gly Pro Val Ala Asp Phe Ala
100 105 110
Asp Asp Gly Leu Asp Gln Leu Val Ala Ala Leu Asp Asp Glu Glu Leu
115 120 125
Leu Lys Thr Pro Ala Ser Ser Pro Pro Met Lys Tyr Pro Val Pro Val
130 135 140
Thr Ser Leu Glu Glu Tyr Lys Ser Ser Thr Arg Gly Ser Trp Asp Arg
145 150 155 160
Thr Thr Arg Ser Gly His Gly Thr Cys Ala Asp Thr His Leu Ala Glu
165 170 175
Gln Val Leu Arg Glu Cys Gln Asn Asn Lys Lys Leu Leu Thr Leu Tyr
180 185 190
Ser Gln Ala Gln Lys Ser Leu Gly Ser Thr Ser Gln Asn Lys Lys Pro
195 200 205
Lys Lys Lys Ala His Ile His Ser Lys Glu Asn Arg Asp Arg Gly Arg
210 215 220
Pro Arg Lys Lys Ala Arg Gln Lys Pro Ser Arg Lys Arg Ala Lys Arg
225 230 235 240
Ser Pro Ser Asn Ser Ser Cys Ser Ser Ser Thr Lys Ser Ser Ser Ser
245 250 255
Ser Asp Arg Glu Ser Lys Ser Ser Ser Ser Ser Ser
260 265
<210> 20
<211> 276
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 20
Met Ser Phe Trp Lys Pro Pro Val His Asn Val Thr Gly Ile Gln Arg
1 5 10 15
Met Trp Tyr Glu Ser Phe His Arg Gly His Ala Ser Phe Cys Gly Cys
20 25 30
Gly Asn Pro Ile Leu His Ile Thr Ala Leu Ala Glu Thr Tyr Gly His
35 40 45
Pro Thr Gly Pro Arg Pro Ser Gly Pro Pro Gly Val Asp Pro Asn Pro
50 55 60
His Ile Arg Arg Ala Arg Pro Ala Pro Ala Ala Pro Glu Pro Ser Gln
65 70 75 80
Val Asp Ser Arg Pro Ala Leu Thr Trp His Gly Asp Gly Gly Ser Asp
85 90 95
Gly Gly Ala Gly Gly Ser Gly Ser Gly Gly Pro Val Ala Asp Phe Ala
100 105 110
Asp Asp Gly Leu Asp Gln Leu Val Ala Ala Leu Asp Asp Glu Glu Pro
115 120 125
Lys Lys Ala Ser Gly Arg His Pro Lys Thr Arg Asn Pro Arg Arg Lys
130 135 140
Leu Thr Phe Thr Pro Lys Arg Ile Glu Thr Val Gly Asp Arg Gly Arg
145 150 155 160
Lys Arg Asp Arg Ser Pro Leu Ala Arg Glu Pro Arg Gly Pro Leu Pro
165 170 175
Thr Ala Val Ala Ala Ala Val Pro Arg Ala Ala Gln Ala Gln Thr Gly
180 185 190
Asn Gln Ser Pro Leu Arg Ala Ala His Lys Asp Pro Thr Arg Gly Pro
195 200 205
Cys Lys Pro Met Pro Thr Val Gly Pro Arg Gln Trp Leu Phe Pro Glu
210 215 220
Arg Lys Pro Ala Pro Ala Pro Ser Ser Gly Asp Trp Ala Met Glu Phe
225 230 235 240
Leu Ala Ala Lys Ile Phe Asp Arg Pro Val Arg Ser Asn Leu Lys Asp
245 250 255
Thr Pro Tyr Tyr Pro Tyr Val Lys Asn Gln Tyr Asn Val Tyr Phe Asp
260 265 270
Leu Lys Phe Glu
275
<210> 21
<211> 167
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 21
Met Ser Phe Trp Lys Pro Pro Val His Asn Val Thr Gly Ile Gln Arg
1 5 10 15
Met Trp Pro Lys Lys Ala Ser Gly Arg His Pro Lys Thr Arg Asn Pro
20 25 30
Arg Arg Lys Leu Thr Phe Thr Pro Lys Arg Ile Glu Thr Val Gly Asp
35 40 45
Arg Gly Arg Lys Arg Asp Arg Ser Pro Leu Ala Arg Glu Pro Arg Gly
50 55 60
Pro Leu Pro Thr Ala Val Ala Ala Ala Val Pro Arg Ala Ala Gln Ala
65 70 75 80
Gln Thr Gly Asn Gln Ser Pro Leu Arg Ala Ala His Lys Asp Pro Thr
85 90 95
Arg Gly Pro Cys Lys Pro Met Pro Thr Val Gly Pro Arg Gln Trp Leu
100 105 110
Phe Pro Glu Arg Lys Pro Ala Pro Ala Pro Ser Ser Gly Asp Trp Ala
115 120 125
Met Glu Phe Leu Ala Ala Lys Ile Phe Asp Arg Pro Val Arg Ser Asn
130 135 140
Leu Lys Asp Thr Pro Tyr Tyr Pro Tyr Val Lys Asn Gln Tyr Asn Val
145 150 155 160
Tyr Phe Asp Leu Lys Phe Glu
165
<210> 22
<211> 743
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 22
Met Ala Trp Gly Trp Trp Lys Arg Arg Arg Arg Trp Trp Phe Arg Lys
1 5 10 15
Arg Trp Thr Arg Gly Arg Leu Arg Arg Arg Trp Pro Arg Ser Ala Arg
20 25 30
Arg Arg Pro Arg Arg Arg Arg Val Arg Arg Arg Arg Arg Trp Arg Arg
35 40 45
Gly Arg Arg Lys Thr Arg Thr Tyr Arg Arg Arg Arg Arg Phe Arg Arg
50 55 60
Arg Gly Arg Lys Ala Lys Leu Ile Ile Lys Leu Trp Gln Pro Ala Val
65 70 75 80
Ile Lys Arg Cys Arg Ile Lys Gly Tyr Ile Pro Leu Ile Ile Ser Gly
85 90 95
Asn Gly Thr Phe Ala Thr Asn Phe Thr Ser His Ile Asn Asp Arg Ile
100 105 110
Met Lys Gly Pro Phe Gly Gly Gly His Ser Thr Met Arg Phe Ser Leu
115 120 125
Tyr Ile Leu Phe Glu Glu His Leu Arg His Met Asn Phe Trp Thr Arg
130 135 140
Ser Asn Asp Asn Leu Glu Leu Thr Arg Tyr Leu Gly Ala Ser Val Lys
145 150 155 160
Ile Tyr Arg His Pro Asp Gln Asp Phe Ile Val Ile Tyr Asn Arg Arg
165 170 175
Thr Pro Leu Gly Gly Asn Ile Tyr Thr Ala Pro Ser Leu His Pro Gly
180 185 190
Asn Ala Ile Leu Ala Lys His Lys Ile Leu Val Pro Ser Leu Gln Thr
195 200 205
Arg Pro Lys Gly Arg Lys Ala Ile Arg Leu Arg Ile Ala Pro Pro Thr
210 215 220
Leu Phe Thr Asp Lys Trp Tyr Phe Gln Lys Asp Ile Ala Asp Leu Thr
225 230 235 240
Leu Phe Asn Ile Met Ala Val Glu Ala Asp Leu Arg Phe Pro Phe Cys
245 250 255
Ser Pro Gln Thr Asp Asn Thr Cys Ile Ser Phe Gln Val Leu Ser Ser
260 265 270
Val Tyr Asn Asn Tyr Leu Ser Ile Asn Thr Phe Asn Asn Asp Asn Ser
275 280 285
Asp Ser Lys Leu Lys Glu Phe Leu Asn Lys Ala Phe Pro Thr Thr Gly
290 295 300
Thr Lys Gly Thr Ser Leu Asn Ala Leu Asn Thr Phe Arg Thr Glu Gly
305 310 315 320
Cys Ile Ser His Pro Gln Leu Lys Lys Pro Asn Pro Gln Ile Asn Lys
325 330 335
Pro Leu Glu Ser Gln Tyr Phe Ala Pro Leu Asp Ala Leu Trp Gly Asp
340 345 350
Pro Ile Tyr Tyr Asn Asp Leu Asn Glu Asn Lys Ser Leu Asn Asp Ile
355 360 365
Ile Glu Lys Ile Leu Ile Lys Asn Met Ile Thr Tyr His Ala Lys Leu
370 375 380
Arg Glu Phe Pro Asn Ser Tyr Gln Gly Asn Lys Ala Phe Cys His Leu
385 390 395 400
Thr Gly Ile Tyr Ser Pro Pro Tyr Leu Asn Gln Gly Arg Ile Ser Pro
405 410 415
Glu Ile Phe Gly Leu Tyr Thr Glu Ile Ile Tyr Asn Pro Tyr Thr Asp
420 425 430
Lys Gly Thr Gly Asn Lys Val Trp Met Asp Pro Leu Thr Lys Glu Asn
435 440 445
Asn Ile Tyr Lys Glu Gly Gln Ser Lys Cys Leu Leu Thr Asp Met Pro
450 455 460
Leu Trp Thr Leu Leu Phe Gly Tyr Thr Asp Trp Cys Lys Lys Asp Thr
465 470 475 480
Asn Asn Trp Asp Leu Pro Leu Asn Tyr Arg Leu Val Leu Ile Cys Pro
485 490 495
Tyr Thr Phe Pro Lys Leu Tyr Asn Glu Lys Val Lys Asp Tyr Gly Tyr
500 505 510
Ile Pro Tyr Ser Tyr Lys Phe Gly Ala Gly Gln Met Pro Asp Gly Ser
515 520 525
Asn Tyr Ile Pro Phe Gln Phe Arg Ala Lys Trp Tyr Pro Thr Val Leu
530 535 540
His Gln Gln Gln Val Met Glu Asp Ile Ser Arg Ser Gly Pro Phe Ala
545 550 555 560
Pro Lys Val Glu Lys Pro Ser Thr Gln Leu Val Met Lys Tyr Cys Phe
565 570 575
Asn Phe Asn Trp Gly Gly Asn Pro Ile Ile Glu Gln Ile Val Lys Asp
580 585 590
Pro Ser Phe Gln Pro Thr Tyr Glu Ile Pro Gly Thr Gly Asn Ile Pro
595 600 605
Arg Arg Ile Gln Val Ile Asp Pro Arg Val Leu Gly Pro His Tyr Ser
610 615 620
Phe Arg Ser Trp Asp Met Arg Arg His Thr Phe Ser Arg Ala Ser Ile
625 630 635 640
Lys Arg Val Ser Glu Gln Gln Glu Thr Ser Asp Leu Val Phe Ser Gly
645 650 655
Pro Lys Lys Pro Arg Val Asp Ile Pro Lys Gln Glu Thr Gln Glu Glu
660 665 670
Ser Ser His Ser Leu Gln Arg Glu Ser Arg Pro Trp Glu Thr Glu Glu
675 680 685
Glu Ser Glu Thr Glu Ala Leu Ser Gln Glu Ser Gln Glu Val Pro Phe
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Gln Gln Gln Leu Gln Gln Gln Tyr Gln Glu Gln Leu Lys Leu Arg Gln
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Gly Ile Lys Val Leu Phe Glu Gln Leu Ile Arg Thr Gln Gln Gly Val
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His Val Asn Pro Cys Leu Arg
740
<210> 23
<211> 194
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 23
Met Ala Trp Gly Trp Trp Lys Arg Arg Arg Arg Trp Trp Phe Arg Lys
1 5 10 15
Arg Trp Thr Arg Gly Arg Leu Arg Arg Arg Trp Pro Arg Ser Ala Arg
20 25 30
Arg Arg Pro Arg Arg Arg Arg Ile Val Lys Asp Pro Ser Phe Gln Pro
35 40 45
Thr Tyr Glu Ile Pro Gly Thr Gly Asn Ile Pro Arg Arg Ile Gln Val
50 55 60
Ile Asp Pro Arg Val Leu Gly Pro His Tyr Ser Phe Arg Ser Trp Asp
65 70 75 80
Met Arg Arg His Thr Phe Ser Arg Ala Ser Ile Lys Arg Val Ser Glu
85 90 95
Gln Gln Glu Thr Ser Asp Leu Val Phe Ser Gly Pro Lys Lys Pro Arg
100 105 110
Val Asp Ile Pro Lys Gln Glu Thr Gln Glu Glu Ser Ser His Ser Leu
115 120 125
Gln Arg Glu Ser Arg Pro Trp Glu Thr Glu Glu Glu Ser Glu Thr Glu
130 135 140
Ala Leu Ser Gln Glu Ser Gln Glu Val Pro Phe Gln Gln Gln Leu Gln
145 150 155 160
Gln Gln Tyr Gln Glu Gln Leu Lys Leu Arg Gln Gly Ile Lys Val Leu
165 170 175
Phe Glu Gln Leu Ile Arg Thr Gln Gln Gly Val His Val Asn Pro Cys
180 185 190
Leu Arg
<210> 24
<211> 113
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 24
Met Ala Trp Gly Trp Trp Lys Arg Arg Arg Arg Trp Trp Phe Arg Lys
1 5 10 15
Arg Trp Thr Arg Gly Arg Leu Arg Arg Arg Trp Pro Arg Ser Ala Arg
20 25 30
Arg Arg Pro Arg Arg Arg Arg Ala Gln Lys Ser Leu Gly Ser Thr Ser
35 40 45
Gln Asn Lys Lys Pro Lys Lys Lys Ala His Ile His Ser Lys Glu Asn
50 55 60
Arg Asp Arg Gly Arg Pro Arg Lys Lys Ala Arg Gln Lys Pro Ser Arg
65 70 75 80
Lys Arg Ala Lys Arg Ser Pro Ser Asn Ser Ser Cys Ser Ser Ser Thr
85 90 95
Lys Ser Ser Ser Ser Ser Asp Arg Glu Ser Lys Ser Ser Ser Ser Ser
100 105 110
Ser
<210> 25
<211> 3853
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 25
ggcttagtgc gtcaccaccc acgtgacccg cctccgccaa ttaacaggta cttcgtacac 60
ttcctgggcg ggcttataag actaatataa gtagctgcac ttccgaatgg ctgagttttc 120
cacgcccgtc cgcagcggtg aagccacgga gggagctcag cgcgtcccga gggcgggtgc 180
cggaggtgag tttacacacc gcagtcaagg ggcaattcgg gctcgggact ggccgggctt 240
tgggcaaggc tcttaaaaaa gctatgttta ttggcaggca ctaccgaaag aaaagggcgc 300
tgctactgct atctgtgcat tctacaaaga caaaagggaa acttctaata gctatgtgga 360
ctcccccacg caatgatcaa caatacctta actggcaatg gtacacttct gtacttagct 420
cccactctgc tatgtgcggg tgttccgacg ctatcgctca tcttaatcat cttgctaatc 480
tgcttcgtgc cccgcaaaat ccgcccccgc ctgataatcc aagaccccta cccgtgcgag 540
cactgcctgc tcccccggct gcccacgagg cagccggtga tcgagcacca tggcctatgg 600
gtggtggagg agacgccgga ggcgctggcg caggtggaga cgccgaccat ggaggcgccg 660
ctggaggacc cgcagacgca gacctgctag acgccgtggc cgccgcagaa acgtaaggag 720
acggcgcaga gggaggtgga gaaggaggta caggaggtgg aaaagaaagg gcagacgtag 780
aagaaaagca aaaataataa taagacagtg gcagccaaac tacagaagaa gatgtaatat 840
agtgggctac ctccctatac ttatctgtgg tggaaatact gtttctagaa actatgccac 900
acactcagac gatactaact atccaggacc ctttggggga ggcatgacca cagacaaatt 960
cagccttaga atactatatg atgaatacaa aagatttatg aactactgga cagcctcaaa 1020
tgaggaccta gatctctgta gatatctagg atgcactttt tacttcttta gacaccctga 1080
agtagacttt attataaaaa taaacaccat gcccccattc ttagatacaa ccataacagc 1140
acctagcata cacccaggcc tcatggccct agacaaaaga gccagatgga ttccttctct 1200
taaaaataga ccaggtaaaa aacactatat aaaaattaga gtaggggctc ctaaaatgtt 1260
cacagataaa tggtaccctc aaacagacct ctgtgacatg acactgctaa ctatctatgc 1320
aaccgcagcg gatatgcaat atccgttcgg ctcaccacta actgacactg tggttgttaa 1380
ctcccaagtt ctgcaatcca tgtatgatga aacaattagc atattacctg atgaaaaaac 1440
taaaagaaat agccttctta cttctataag aagctacata cctttttata atactacaca 1500
aacaatagct caattaaaac catttgtaga tgcaggagga cacacaacag gctcaacaac 1560
aactacatgg ggacaactat taaacacaac taaatttacc actaccacaa caaccacata 1620
cacataccct ggcaccacaa atacagcagt aacatttata acagccaatg atacctggta 1680
caggggaaca gcatataaag ataacattaa agatgtacca caaaaagcag cacaattata 1740
ctttcaaaca acacaaaaac tactaggaaa cacattccat ggctcagatg aaacacttga 1800
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accaggtgca tacacagaca ttaaatataa cccttttaca gacagaggag aaggcaacat 1920
gctgtggata gactggctaa gtaaaaaaaa catgaaatat gacaaagtgc aaagtaagtg 1980
cctagtagca gacctaccac tgtgggcagc agcatatggt tatgtagaat tctgctctaa 2040
aagcacagga gacacaaaca tacacatgaa tgccagacta ctaataagaa gtccttttac 2100
agacccccag ctaatagtac acacagaccc cactaaaggc tttgtaccct attctttaaa 2160
ctttggaaat ggtaaaatgc caggaggtag cagcaatgtt cccataagaa tgagagctaa 2220
gtggtacccc actttatccc accaacaaga agttctagag gccttagcac agtcaggacc 2280
ctttgcttat cactcagaca ttaaaaaagt atctctaggc ataaaatacc gttttaagtg 2340
gatctggggt ggaaaccccg ttcgccaaca ggttgttaga aatccctgca aggaacccca 2400
ctcctcgggc aatagagtcc ctagaagcat acaaatcgtt gacccgagat acaactcacc 2460
ggaacttacc atccatgcct gggacttcag acgtggcttc tttggcccga aagctattca 2520
aagaatgcaa caacaaccaa ctgctactga atttttttca gcaggccgca agagacccag 2580
aagggacaca gaagtgtatc agtccgacca agaaaaggag caaaaagaaa gctcgctttt 2640
ccccccagtc aagctcctcc gaagagtccc cccgtgggag gactcggaac aggagcaaag 2700
cgggtcgcaa agctcagagg aagagacggc gaccctctcc cagcagctca aacagcagct 2760
gcagcagcag cgagtcttgg gagtcaaact cagactcctg ttcaaccaag tccaaaaaat 2820
ccaacaaaat caagatatca accctacctt gttaccaagg gggggggatc tagtatcctt 2880
ctttcaggct gtaccataaa tatgtttcca gaccctaaac cttactgccc ctccagcaat 2940
gactggaaag aagagtatga ggcctgtaaa tattgggata gacctcccag acacaacctt 3000
agagaccccc ccttttaccc ctgggcccct aaaaacaatc cttgcaatgt aagctttaaa 3060
cttggcttca aataaactag gccgtgggag tttcacttgt cggtgtctac ctctataagt 3120
cactaagcac tccgagcgca gcgaggagtg cgacccttcc ccctggtgca acgccctcgg 3180
cggccgcgcg ctacgccttc ggctgcgcgc ggcacctcgg acccccgctc gtgctgacac 3240
gcttgcgcgt gtcagaccac ttcgggctcg cgggggtcgg gaaatttgct aaacagactc 3300
cgagttgcca ttggacactg tagctatgaa tcagtaacga aagtgagtgg ggccagactt 3360
cgccataagg cctttatctt cttgccattt gtcagtattg ggggtcgcca taaactttgg 3420
gctccatttt aggccttccg gactacaaaa atcgccatat ttgtgacgtc agagccgcca 3480
ttttaagtca gctctgggga ggcgtgactt ccagttcaaa ggtcatcctc accataactg 3540
gcacaaaatg gccgccaact tcttccgggt caaaggtcac tgctacgtca taggtgacgt 3600
ggggggggac ctacttaaac acggaagtag gccccgacac gtcactgtca cgtgacagta 3660
cgtcacagcc gccattttgt tttacaaaat agccgacttc cttcctcttt tttaaaaaaa 3720
ggcgccaaaa aaccgtcggc gggggggccg cgcgctgcgc gcgcggcccc cgggggaggc 3780
acagcctccc ccccccgcgc gcatgcgcgc gggtcccccc ccctccgggg ggctccgccc 3840
cccggccccc ccc 3853
<210> 26
<211> 120
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 26
Met Trp Thr Pro Pro Arg Asn Asp Gln Gln Tyr Leu Asn Trp Gln Trp
1 5 10 15
Tyr Thr Ser Val Leu Ser Ser His Ser Ala Met Cys Gly Cys Ser Asp
20 25 30
Ala Ile Ala His Leu Asn His Leu Ala Asn Leu Leu Arg Ala Pro Gln
35 40 45
Asn Pro Pro Pro Pro Asp Asn Pro Arg Pro Leu Pro Val Arg Ala Leu
50 55 60
Pro Ala Pro Pro Ala Ala His Glu Ala Ala Gly Asp Arg Ala Pro Trp
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Pro Met Gly Gly Gly Gly Asp Ala Gly Gly Ala Gly Ala Gly Gly Asp
85 90 95
Ala Asp His Gly Gly Ala Ala Gly Gly Pro Ala Asp Ala Asp Leu Leu
100 105 110
Asp Ala Val Ala Ala Ala Glu Thr
115 120
<210> 27
<211> 286
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 27
Met Trp Thr Pro Pro Arg Asn Asp Gln Gln Tyr Leu Asn Trp Gln Trp
1 5 10 15
Tyr Thr Ser Val Leu Ser Ser His Ser Ala Met Cys Gly Cys Ser Asp
20 25 30
Ala Ile Ala His Leu Asn His Leu Ala Asn Leu Leu Arg Ala Pro Gln
35 40 45
Asn Pro Pro Pro Pro Asp Asn Pro Arg Pro Leu Pro Val Arg Ala Leu
50 55 60
Pro Ala Pro Pro Ala Ala His Glu Ala Ala Gly Asp Arg Ala Pro Trp
65 70 75 80
Pro Met Gly Gly Gly Gly Asp Ala Gly Gly Ala Gly Ala Gly Gly Asp
85 90 95
Ala Asp His Gly Gly Ala Ala Gly Gly Pro Ala Asp Ala Asp Leu Leu
100 105 110
Asp Ala Val Ala Ala Ala Glu Thr Leu Leu Glu Ile Pro Ala Arg Asn
115 120 125
Pro Thr Pro Arg Ala Ile Glu Ser Leu Glu Ala Tyr Lys Ser Leu Thr
130 135 140
Arg Asp Thr Thr His Arg Asn Leu Pro Ser Met Pro Gly Thr Ser Asp
145 150 155 160
Val Ala Ser Leu Ala Arg Lys Leu Phe Lys Glu Cys Asn Asn Asn Gln
165 170 175
Leu Leu Leu Asn Phe Phe Gln Gln Ala Ala Arg Asp Pro Glu Gly Thr
180 185 190
Gln Lys Cys Ile Ser Pro Thr Lys Lys Arg Ser Lys Lys Lys Ala Arg
195 200 205
Phe Ser Pro Gln Ser Ser Ser Ser Glu Glu Ser Pro Arg Gly Arg Thr
210 215 220
Arg Asn Arg Ser Lys Ala Gly Arg Lys Ala Gln Arg Lys Arg Arg Arg
225 230 235 240
Pro Ser Pro Ser Ser Ser Asn Ser Ser Cys Ser Ser Ser Glu Ser Trp
245 250 255
Glu Ser Asn Ser Asp Ser Cys Ser Thr Lys Ser Lys Lys Ser Asn Lys
260 265 270
Ile Lys Ile Ser Thr Leu Pro Cys Tyr Gln Gly Gly Gly Ile
275 280 285
<210> 28
<211> 289
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 28
Met Trp Thr Pro Pro Arg Asn Asp Gln Gln Tyr Leu Asn Trp Gln Trp
1 5 10 15
Tyr Thr Ser Val Leu Ser Ser His Ser Ala Met Cys Gly Cys Ser Asp
20 25 30
Ala Ile Ala His Leu Asn His Leu Ala Asn Leu Leu Arg Ala Pro Gln
35 40 45
Asn Pro Pro Pro Pro Asp Asn Pro Arg Pro Leu Pro Val Arg Ala Leu
50 55 60
Pro Ala Pro Pro Ala Ala His Glu Ala Ala Gly Asp Arg Ala Pro Trp
65 70 75 80
Pro Met Gly Gly Gly Gly Asp Ala Gly Gly Ala Gly Ala Gly Gly Asp
85 90 95
Ala Asp His Gly Gly Ala Ala Gly Gly Pro Ala Asp Ala Asp Leu Leu
100 105 110
Asp Ala Val Ala Ala Ala Glu Thr Pro Gln Glu Thr Gln Lys Gly His
115 120 125
Arg Ser Val Ser Val Arg Pro Arg Lys Gly Ala Lys Arg Lys Leu Ala
130 135 140
Phe Pro Pro Ser Gln Ala Pro Pro Lys Ser Pro Pro Val Gly Gly Leu
145 150 155 160
Gly Thr Gly Ala Lys Arg Val Ala Lys Leu Arg Gly Arg Asp Gly Asp
165 170 175
Pro Leu Pro Ala Ala Gln Thr Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ser Leu Gly
180 185 190
Ser Gln Thr Gln Thr Pro Val Gln Pro Ser Pro Lys Asn Pro Thr Lys
195 200 205
Ser Arg Tyr Gln Pro Tyr Leu Val Thr Lys Gly Gly Gly Ser Ser Ile
210 215 220
Leu Leu Ser Gly Cys Thr Ile Asn Met Phe Pro Asp Pro Lys Pro Tyr
225 230 235 240
Cys Pro Ser Ser Asn Asp Trp Lys Glu Glu Tyr Glu Ala Cys Lys Tyr
245 250 255
Trp Asp Arg Pro Pro Arg His Asn Leu Arg Asp Pro Pro Phe Tyr Pro
260 265 270
Trp Ala Pro Lys Asn Asn Pro Cys Asn Val Ser Phe Lys Leu Gly Phe
275 280 285
Lys
<210> 29
<211> 185
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 29
Met Trp Thr Pro Pro Arg Asn Asp Gln Gln Tyr Leu Asn Trp Gln Trp
1 5 10 15
Pro Gln Glu Thr Gln Lys Gly His Arg Ser Val Ser Val Arg Pro Arg
20 25 30
Lys Gly Ala Lys Arg Lys Leu Ala Phe Pro Pro Ser Gln Ala Pro Pro
35 40 45
Lys Ser Pro Pro Val Gly Gly Leu Gly Thr Gly Ala Lys Arg Val Ala
50 55 60
Lys Leu Arg Gly Arg Asp Gly Asp Pro Leu Pro Ala Ala Gln Thr Ala
65 70 75 80
Ala Ala Ala Ala Ala Ser Leu Gly Ser Gln Thr Gln Thr Pro Val Gln
85 90 95
Pro Ser Pro Lys Asn Pro Thr Lys Ser Arg Tyr Gln Pro Tyr Leu Val
100 105 110
Thr Lys Gly Gly Gly Ser Ser Ile Leu Leu Ser Gly Cys Thr Ile Asn
115 120 125
Met Phe Pro Asp Pro Lys Pro Tyr Cys Pro Ser Ser Asn Asp Trp Lys
130 135 140
Glu Glu Tyr Glu Ala Cys Lys Tyr Trp Asp Arg Pro Pro Arg His Asn
145 150 155 160
Leu Arg Asp Pro Pro Phe Tyr Pro Trp Ala Pro Lys Asn Asn Pro Cys
165 170 175
Asn Val Ser Phe Lys Leu Gly Phe Lys
180 185
<210> 30
<211> 769
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 30
Met Ala Tyr Gly Trp Trp Arg Arg Arg Arg Arg Arg Trp Arg Arg Trp
1 5 10 15
Arg Arg Arg Pro Trp Arg Arg Arg Trp Arg Thr Arg Arg Arg Arg Pro
20 25 30
Ala Arg Arg Arg Gly Arg Arg Arg Asn Val Arg Arg Arg Arg Arg Gly
35 40 45
Arg Trp Arg Arg Arg Tyr Arg Arg Trp Lys Arg Lys Gly Arg Arg Arg
50 55 60
Arg Lys Ala Lys Ile Ile Ile Arg Gln Trp Gln Pro Asn Tyr Arg Arg
65 70 75 80
Arg Cys Asn Ile Val Gly Tyr Leu Pro Ile Leu Ile Cys Gly Gly Asn
85 90 95
Thr Val Ser Arg Asn Tyr Ala Thr His Ser Asp Asp Thr Asn Tyr Pro
100 105 110
Gly Pro Phe Gly Gly Gly Met Thr Thr Asp Lys Phe Ser Leu Arg Ile
115 120 125
Leu Tyr Asp Glu Tyr Lys Arg Phe Met Asn Tyr Trp Thr Ala Ser Asn
130 135 140
Glu Asp Leu Asp Leu Cys Arg Tyr Leu Gly Cys Thr Phe Tyr Phe Phe
145 150 155 160
Arg His Pro Glu Val Asp Phe Ile Ile Lys Ile Asn Thr Met Pro Pro
165 170 175
Phe Leu Asp Thr Thr Ile Thr Ala Pro Ser Ile His Pro Gly Leu Met
180 185 190
Ala Leu Asp Lys Arg Ala Arg Trp Ile Pro Ser Leu Lys Asn Arg Pro
195 200 205
Gly Lys Lys His Tyr Ile Lys Ile Arg Val Gly Ala Pro Lys Met Phe
210 215 220
Thr Asp Lys Trp Tyr Pro Gln Thr Asp Leu Cys Asp Met Thr Leu Leu
225 230 235 240
Thr Ile Tyr Ala Thr Ala Ala Asp Met Gln Tyr Pro Phe Gly Ser Pro
245 250 255
Leu Thr Asp Thr Val Val Val Asn Ser Gln Val Leu Gln Ser Met Tyr
260 265 270
Asp Glu Thr Ile Ser Ile Leu Pro Asp Glu Lys Thr Lys Arg Asn Ser
275 280 285
Leu Leu Thr Ser Ile Arg Ser Tyr Ile Pro Phe Tyr Asn Thr Thr Gln
290 295 300
Thr Ile Ala Gln Leu Lys Pro Phe Val Asp Ala Gly Gly His Thr Thr
305 310 315 320
Gly Ser Thr Thr Thr Thr Trp Gly Gln Leu Leu Asn Thr Thr Lys Phe
325 330 335
Thr Thr Thr Thr Thr Thr Thr Tyr Thr Tyr Pro Gly Thr Thr Asn Thr
340 345 350
Ala Val Thr Phe Ile Thr Ala Asn Asp Thr Trp Tyr Arg Gly Thr Ala
355 360 365
Tyr Lys Asp Asn Ile Lys Asp Val Pro Gln Lys Ala Ala Gln Leu Tyr
370 375 380
Phe Gln Thr Thr Gln Lys Leu Leu Gly Asn Thr Phe His Gly Ser Asp
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405 410 415
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Trp Leu Ser Lys Lys Asn Met Lys Tyr Asp Lys Val Gln Ser Lys Cys
450 455 460
Leu Val Ala Asp Leu Pro Leu Trp Ala Ala Ala Tyr Gly Tyr Val Glu
465 470 475 480
Phe Cys Ser Lys Ser Thr Gly Asp Thr Asn Ile His Met Asn Ala Arg
485 490 495
Leu Leu Ile Arg Ser Pro Phe Thr Asp Pro Gln Leu Ile Val His Thr
500 505 510
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515 520 525
Lys Met Pro Gly Gly Ser Ser Asn Val Pro Ile Arg Met Arg Ala Lys
530 535 540
Trp Tyr Pro Thr Leu Ser His Gln Gln Glu Val Leu Glu Ala Leu Ala
545 550 555 560
Gln Ser Gly Pro Phe Ala Tyr His Ser Asp Ile Lys Lys Val Ser Leu
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Gly Ile Lys Tyr Arg Phe Lys Trp Ile Trp Gly Gly Asn Pro Val Arg
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Gln Gln Val Val Arg Asn Pro Cys Lys Glu Pro His Ser Ser Gly Asn
595 600 605
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610 615 620
Glu Leu Thr Ile His Ala Trp Asp Phe Arg Arg Gly Phe Phe Gly Pro
625 630 635 640
Lys Ala Ile Gln Arg Met Gln Gln Gln Pro Thr Ala Thr Glu Phe Phe
645 650 655
Ser Ala Gly Arg Lys Arg Pro Arg Arg Asp Thr Glu Val Tyr Gln Ser
660 665 670
Asp Gln Glu Lys Glu Gln Lys Glu Ser Ser Leu Phe Pro Pro Val Lys
675 680 685
Leu Leu Arg Arg Val Pro Pro Trp Glu Asp Ser Glu Gln Glu Gln Ser
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Gly Ser Gln Ser Ser Glu Glu Glu Thr Ala Thr Leu Ser Gln Gln Leu
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Lys Gln Gln Leu Gln Gln Gln Arg Val Leu Gly Val Lys Leu Arg Leu
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Leu Phe Asn Gln Val Gln Lys Ile Gln Gln Asn Gln Asp Ile Asn Pro
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Thr Leu Leu Pro Arg Gly Gly Asp Leu Val Ser Phe Phe Gln Ala Val
755 760 765
Pro
<210> 31
<211> 216
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 31
Met Ala Tyr Gly Trp Trp Arg Arg Arg Arg Arg Arg Trp Arg Arg Trp
1 5 10 15
Arg Arg Arg Pro Trp Arg Arg Arg Trp Arg Thr Arg Arg Arg Arg Pro
20 25 30
Ala Arg Arg Arg Gly Arg Arg Arg Asn Val Val Arg Asn Pro Cys Lys
35 40 45
Glu Pro His Ser Ser Gly Asn Arg Val Pro Arg Ser Ile Gln Ile Val
50 55 60
Asp Pro Arg Tyr Asn Ser Pro Glu Leu Thr Ile His Ala Trp Asp Phe
65 70 75 80
Arg Arg Gly Phe Phe Gly Pro Lys Ala Ile Gln Arg Met Gln Gln Gln
85 90 95
Pro Thr Ala Thr Glu Phe Phe Ser Ala Gly Arg Lys Arg Pro Arg Arg
100 105 110
Asp Thr Glu Val Tyr Gln Ser Asp Gln Glu Lys Glu Gln Lys Glu Ser
115 120 125
Ser Leu Phe Pro Pro Val Lys Leu Leu Arg Arg Val Pro Pro Trp Glu
130 135 140
Asp Ser Glu Gln Glu Gln Ser Gly Ser Gln Ser Ser Glu Glu Glu Thr
145 150 155 160
Ala Thr Leu Ser Gln Gln Leu Lys Gln Gln Leu Gln Gln Gln Arg Val
165 170 175
Leu Gly Val Lys Leu Arg Leu Leu Phe Asn Gln Val Gln Lys Ile Gln
180 185 190
Gln Asn Gln Asp Ile Asn Pro Thr Leu Leu Pro Arg Gly Gly Asp Leu
195 200 205
Val Ser Phe Phe Gln Ala Val Pro
210 215
<210> 32
<211> 143
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 32
Met Ala Tyr Gly Trp Trp Arg Arg Arg Arg Arg Arg Trp Arg Arg Trp
1 5 10 15
Arg Arg Arg Pro Trp Arg Arg Arg Trp Arg Thr Arg Arg Arg Arg Pro
20 25 30
Ala Arg Arg Arg Gly Arg Arg Arg Asn Ala Ala Arg Asp Pro Glu Gly
35 40 45
Thr Gln Lys Cys Ile Ser Pro Thr Lys Lys Arg Ser Lys Lys Lys Ala
50 55 60
Arg Phe Ser Pro Gln Ser Ser Ser Ser Glu Glu Ser Pro Arg Gly Arg
65 70 75 80
Thr Arg Asn Arg Ser Lys Ala Gly Arg Lys Ala Gln Arg Lys Arg Arg
85 90 95
Arg Pro Ser Pro Ser Ser Ser Asn Ser Ser Cys Ser Ser Ser Glu Ser
100 105 110
Trp Glu Ser Asn Ser Asp Ser Cys Ser Thr Lys Ser Lys Lys Ser Asn
115 120 125
Lys Ile Lys Ile Ser Thr Leu Pro Cys Tyr Gln Gly Gly Gly Ile
130 135 140
<210> 33
<211> 3758
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 33
aaagtacgtc actaaccacg tgactcccac aggccaacca cagtctacgt cgtgcatttc 60
ctgggcatgg tctacatcat aatataagaa ggcgcacttc cgaatggctg agttttccac 120
gcccgtccgc agcgagaacg ccacggaggg agatcctcgc gtcccgaggg cgggtgccgg 180
aggtgagttt acacaccgca gtcaaggggc aattcgggct cgggactggc cgggccctgg 240
gcaaggctct taaaaaatgc gctttcgcag ggttgcggag aaaaggaaag tgcttctgca 300
aactctgcga gctgcaaagc aggctaggcg gcttctaggt atgtggcagc cccccgcgca 360
caatgtcccc ggcatcgaga gaaactggta cgagagctgc ttcaggtctc acgctgctgt 420
ttgtggctgt ggcgactttg ttggccatat taatcatttg gcaactactc tgggtcgtcc 480
tccgcgtcct gggcccccag gcggaccccg cacgccgcaa ataagaaacc tgccagcgct 540
cccggcgccc cagggcgagc ccggtgacag agcgccatgg cgtggggttt ctggggccga 600
cgccgccggt ggagacggtg gagagcgcgg cgcagacggt ggagaccccg gagacgtagg 660
agacgacgcc ctgctcgccg ctttcgagct cgtcgaagag taaggagacg cggggggagg 720
tggcgcagac gctacagaaa atggcgacgg ggcagacgca gacggactca cagaaaaaag 780
ataattataa aacagtggca accaaacttt attagacgct gctacataat aggatgccta 840
cctctcgttt tctgtggcga aaatacaacc gcccagaact atgccactca ctcagacgat 900
atgataagca aaggaccgta cggggggggc atgactacca cgaaattcac tctgagaata 960
ctgtacgacg agtttaccag gtttatgaac ttttggactg tcagtaacga agacctagac 1020
ctgtgtagat acgtgggctg caaactgata ttttttaaac accccacggt ggactttatg 1080
gtacagataa acactcagcc tcctttctta gacacaagcc tcaccgcggc cagcatacac 1140
ccgggcatca tgatgctcag caagagacgc atattaatac cctctctaaa gacccggccg 1200
agcagaaaac acagggtggt cgtcagggtg ggcgccccaa gactttttca ggacaagtgg 1260
tacccccagt cagacctatg tgacacagtt ctgctttcca tatttgcaac cgcccgcgac 1320
ttgcaatatc cgttcggctc accactaact gacaaccctt gcgtcaactt ccagatcctg 1380
gggccccagt acaaaaaaca ccttagtatt agctccacta tggatgatac taacaaacag 1440
cactataaca gcaacttatt taataaaact gcactataca acacctttca aaccatagcc 1500
cggcttaaag agacaggaca aactgcaaac attagtccaa gttggagtga agtacaaaac 1560
acaaaactac tagatcacac aggtgctaat gcaactgcca gcagagacac ttggtacaag 1620
ggaaacacat acaatgacta catacaacag ttagcagaga aaacaagaga aaggtttaaa 1680
aaagcaacaa tgtcagcact accaaactac cccacaataa tgtccacaga cttatacgaa 1740
taccactcag gcatatactc cagcatattt ctatcagctg gcaggagcta ctttgaaacc 1800
actggggcct actctgacat tatatacaac cctttgacag acaaaggcac aggcaacata 1860
atctggatag actaccttac aaaagacgac acaatctttg taaaaaacaa aagcaaatgt 1920
gagataatgg acatgcccct gtgggcggcc ggcacaggat acacagagtt ttgtgcaaag 1980
tacacaggag actctgccat tatttacaat gccagaatac tcataagatg cccatacact 2040
gaacccatgc taatagacca ctcagaccca aacaaaggct ttgtaccgta ctcatttaac 2100
tttggcaacg gaaagatgcc gggaggcagc tccaacgtgc ccataagaat gagagccaag 2160
tggtacgtaa acatattcca ccaaaaagaa gtattggaga gcatagtaca gtccggaccg 2220
ttcgggtaca ggggcgacat aaaatcagct gtactgtcca tgaaatacag atttcactgg 2280
aaatggggcg gaaaccctat atccaaacag gtcgtcagga atccctgctc caactccagc 2340
acctccgcgg cccatagagg acctcgcagc gtacaagcgg ttgacccgaa atacaatacc 2400
ccagaagtca cttggcactc gtgggacatc agacgaggac tctttggcaa agcaggtatt 2460
aaaagaatgc aacaagaatc agatgctctt tacgttcctg caggaccact caagaggcct 2520
cgcagagaca ccaacgccca agacccggaa aagcaaaacg aaagctcacg tttcggagtc 2580
cagcagcgac tcccgtgggt ccactccagc caagagacgc aaagctccga agaagagacg 2640
caggcgcagg ggtcggtaca agaccaacta ctcctccagc tccgagagca gcgagtactc 2700
cgactccagc tccaacaact cgcaccccaa gtcctcaaag ttcaagcagg acacagccta 2760
caccccctat tatcctccca agcataaaca aagcctatat gtttgaaccc cagggtccta 2820
aacccataca ggggtacaac gattggctag aggagtacac tagttgcaag ttccgggaca 2880
gacccccgag aatgctacac acagacttac ccttttaccc ctgggcacca aaaccccaag 2940
accaagtcag ggtaaccttt aaactcaact ttcaataaaa attctaggcc gtgggacttt 3000
cacttgtcgg tgtctgcttc ttaaggtcgc caagcactcc gagcgtcagc gaggagtgcg 3060
accccccccc tcggtagcaa cgccttcgga gccgcgcgct acgccttcgg ctgcgcgcgg 3120
cacctcagac cccccctcca cccgaaacgc ttgcgcgttt cggaccttcg gcgtcggggg 3180
ggtcgggagc tttattaaac agactccgag ttgccattgg acactggagc tgtgaatcag 3240
taacgaaagt gagtggggcc agacttcgcc atagggcctt tatcttctcg ccattggata 3300
gtgtccgggg ttgccgtagg cttcggcctc gtttttaggc cttccggact acaaaaatgg 3360
cggattttgt gacgtcacgg ccgccatttt aagtaaggcg gaagcagctc caccctctca 3420
cataatggcg gcggagcact cccggcttgc ccaaaatggc gggcaagctc ttccgggtca 3480
aaggttggca gctacgtcac aagtcacctg actggggagg agttacatcc cggaagttct 3540
cctcggtcac gtgactgtac acgtgactgc tacgtcattg acgccatctt gtgtcacaaa 3600
atggcggtgc acttccgctt ttttgaaaaa aggcgcgaaa aaacggcggc ggcggcgcgc 3660
gcgctgcgcg cgcgcgccgg gggggcgcca gcgccccccc ccccgcgcat gcacgggtcc 3720
ccccccccac ggggggctcc gccccccggc cccccccc 3758
<210> 34
<211> 120
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 34
Met Trp Gln Pro Pro Ala His Asn Val Pro Gly Ile Glu Arg Asn Trp
1 5 10 15
Tyr Glu Ser Cys Phe Arg Ser His Ala Ala Val Cys Gly Cys Gly Asp
20 25 30
Phe Val Gly His Ile Asn His Leu Ala Thr Thr Leu Gly Arg Pro Pro
35 40 45
Arg Pro Gly Pro Pro Gly Gly Pro Arg Thr Pro Gln Ile Arg Asn Leu
50 55 60
Pro Ala Leu Pro Ala Pro Gln Gly Glu Pro Gly Asp Arg Ala Pro Trp
65 70 75 80
Arg Gly Val Ser Gly Ala Asp Ala Ala Gly Gly Asp Gly Gly Glu Arg
85 90 95
Gly Ala Asp Gly Gly Asp Pro Gly Asp Val Gly Asp Asp Ala Leu Leu
100 105 110
Ala Ala Phe Glu Leu Val Glu Glu
115 120
<210> 35
<211> 284
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 35
Met Trp Gln Pro Pro Ala His Asn Val Pro Gly Ile Glu Arg Asn Trp
1 5 10 15
Tyr Glu Ser Cys Phe Arg Ser His Ala Ala Val Cys Gly Cys Gly Asp
20 25 30
Phe Val Gly His Ile Asn His Leu Ala Thr Thr Leu Gly Arg Pro Pro
35 40 45
Arg Pro Gly Pro Pro Gly Gly Pro Arg Thr Pro Gln Ile Arg Asn Leu
50 55 60
Pro Ala Leu Pro Ala Pro Gln Gly Glu Pro Gly Asp Arg Ala Pro Trp
65 70 75 80
Arg Gly Val Ser Gly Ala Asp Ala Ala Gly Gly Asp Gly Gly Glu Arg
85 90 95
Gly Ala Asp Gly Gly Asp Pro Gly Asp Val Gly Asp Asp Ala Leu Leu
100 105 110
Ala Ala Phe Glu Leu Val Glu Glu Ser Ser Gly Ile Pro Ala Pro Thr
115 120 125
Pro Ala Pro Pro Arg Pro Ile Glu Asp Leu Ala Ala Tyr Lys Arg Leu
130 135 140
Thr Arg Asn Thr Ile Pro Gln Lys Ser Leu Gly Thr Arg Gly Thr Ser
145 150 155 160
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165 170 175
Gln Met Leu Phe Thr Phe Leu Gln Asp His Ser Arg Gly Leu Ala Glu
180 185 190
Thr Pro Thr Pro Lys Thr Arg Lys Ser Lys Thr Lys Ala His Val Ser
195 200 205
Glu Ser Ser Ser Asp Ser Arg Gly Ser Thr Pro Ala Lys Arg Arg Lys
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Ala Pro Lys Lys Arg Arg Arg Arg Arg Gly Arg Tyr Lys Thr Asn Tyr
225 230 235 240
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Ser His Pro Lys Ser Ser Lys Phe Lys Gln Asp Thr Ala Tyr Thr Pro
260 265 270
Tyr Tyr Pro Pro Lys His Lys Gln Ser Leu Tyr Val
275 280
<210> 36
<211> 277
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 36
Met Trp Gln Pro Pro Ala His Asn Val Pro Gly Ile Glu Arg Asn Trp
1 5 10 15
Tyr Glu Ser Cys Phe Arg Ser His Ala Ala Val Cys Gly Cys Gly Asp
20 25 30
Phe Val Gly His Ile Asn His Leu Ala Thr Thr Leu Gly Arg Pro Pro
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Arg Pro Gly Pro Pro Gly Gly Pro Arg Thr Pro Gln Ile Arg Asn Leu
50 55 60
Pro Ala Leu Pro Ala Pro Gln Gly Glu Pro Gly Asp Arg Ala Pro Trp
65 70 75 80
Arg Gly Val Ser Gly Ala Asp Ala Ala Gly Gly Asp Gly Gly Glu Arg
85 90 95
Gly Ala Asp Gly Gly Asp Pro Gly Asp Val Gly Asp Asp Ala Leu Leu
100 105 110
Ala Ala Phe Glu Leu Val Glu Glu Thr Thr Gln Glu Ala Ser Gln Arg
115 120 125
His Gln Arg Pro Arg Pro Gly Lys Ala Lys Arg Lys Leu Thr Phe Arg
130 135 140
Ser Pro Ala Ala Thr Pro Val Gly Pro Leu Gln Pro Arg Asp Ala Lys
145 150 155 160
Leu Arg Arg Arg Asp Ala Gly Ala Gly Val Gly Thr Arg Pro Thr Thr
165 170 175
Pro Pro Ala Pro Arg Ala Ala Ser Thr Pro Thr Pro Ala Pro Thr Thr
180 185 190
Arg Thr Pro Ser Pro Gln Ser Ser Ser Arg Thr Gln Pro Thr Pro Pro
195 200 205
Ile Ile Leu Pro Ser Ile Asn Lys Ala Tyr Met Phe Glu Pro Gln Gly
210 215 220
Pro Lys Pro Ile Gln Gly Tyr Asn Asp Trp Leu Glu Glu Tyr Thr Ser
225 230 235 240
Cys Lys Phe Arg Asp Arg Pro Pro Arg Met Leu His Thr Asp Leu Pro
245 250 255
Phe Tyr Pro Trp Ala Pro Lys Pro Gln Asp Gln Val Arg Val Thr Phe
260 265 270
Lys Leu Asn Phe Gln
275
<210> 37
<211> 173
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 37
Met Trp Gln Pro Pro Ala His Asn Val Pro Gly Ile Glu Arg Asn Trp
1 5 10 15
Thr Thr Gln Glu Ala Ser Gln Arg His Gln Arg Pro Arg Pro Gly Lys
20 25 30
Ala Lys Arg Lys Leu Thr Phe Arg Ser Pro Ala Ala Thr Pro Val Gly
35 40 45
Pro Leu Gln Pro Arg Asp Ala Lys Leu Arg Arg Arg Asp Ala Gly Ala
50 55 60
Gly Val Gly Thr Arg Pro Thr Thr Pro Pro Ala Pro Arg Ala Ala Ser
65 70 75 80
Thr Pro Thr Pro Ala Pro Thr Thr Arg Thr Pro Ser Pro Gln Ser Ser
85 90 95
Ser Arg Thr Gln Pro Thr Pro Pro Ile Ile Leu Pro Ser Ile Asn Lys
100 105 110
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Asp Trp Leu Glu Glu Tyr Thr Ser Cys Lys Phe Arg Asp Arg Pro Pro
130 135 140
Arg Met Leu His Thr Asp Leu Pro Phe Tyr Pro Trp Ala Pro Lys Pro
145 150 155 160
Gln Asp Gln Val Arg Val Thr Phe Lys Leu Asn Phe Gln
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<210> 38
<211> 736
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 38
Met Ala Trp Gly Phe Trp Gly Arg Arg Arg Arg Trp Arg Arg Trp Arg
1 5 10 15
Ala Arg Arg Arg Arg Trp Arg Pro Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg Pro
20 25 30
Ala Arg Arg Phe Arg Ala Arg Arg Arg Val Arg Arg Arg Gly Gly Arg
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Arg Cys Tyr Ile Ile Gly Cys Leu Pro Leu Val Phe Cys Gly Glu Asn
85 90 95
Thr Thr Ala Gln Asn Tyr Ala Thr His Ser Asp Asp Met Ile Ser Lys
100 105 110
Gly Pro Tyr Gly Gly Gly Met Thr Thr Thr Lys Phe Thr Leu Arg Ile
115 120 125
Leu Tyr Asp Glu Phe Thr Arg Phe Met Asn Phe Trp Thr Val Ser Asn
130 135 140
Glu Asp Leu Asp Leu Cys Arg Tyr Val Gly Cys Lys Leu Ile Phe Phe
145 150 155 160
Lys His Pro Thr Val Asp Phe Met Val Gln Ile Asn Thr Gln Pro Pro
165 170 175
Phe Leu Asp Thr Ser Leu Thr Ala Ala Ser Ile His Pro Gly Ile Met
180 185 190
Met Leu Ser Lys Arg Arg Ile Leu Ile Pro Ser Leu Lys Thr Arg Pro
195 200 205
Ser Arg Lys His Arg Val Val Val Arg Val Gly Ala Pro Arg Leu Phe
210 215 220
Gln Asp Lys Trp Tyr Pro Gln Ser Asp Leu Cys Asp Thr Val Leu Leu
225 230 235 240
Ser Ile Phe Ala Thr Ala Arg Asp Leu Gln Tyr Pro Phe Gly Ser Pro
245 250 255
Leu Thr Asp Asn Pro Cys Val Asn Phe Gln Ile Leu Gly Pro Gln Tyr
260 265 270
Lys Lys His Leu Ser Ile Ser Ser Thr Met Asp Asp Thr Asn Lys Gln
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His Tyr Asn Ser Asn Leu Phe Asn Lys Thr Ala Leu Tyr Asn Thr Phe
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Gln Thr Ile Ala Arg Leu Lys Glu Thr Gly Gln Thr Ala Asn Ile Ser
305 310 315 320
Pro Ser Trp Ser Glu Val Gln Asn Thr Lys Leu Leu Asp His Thr Gly
325 330 335
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340 345 350
Asn Asp Tyr Ile Gln Gln Leu Ala Glu Lys Thr Arg Glu Arg Phe Lys
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Asp Leu Tyr Glu Tyr His Ser Gly Ile Tyr Ser Ser Ile Phe Leu Ser
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Glu Ile Met Asp Met Pro Leu Trp Ala Ala Gly Thr Gly Tyr Thr Glu
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Phe Cys Ala Lys Tyr Thr Gly Asp Ser Ala Ile Ile Tyr Asn Ala Arg
465 470 475 480
Ile Leu Ile Arg Cys Pro Tyr Thr Glu Pro Met Leu Ile Asp His Ser
485 490 495
Asp Pro Asn Lys Gly Phe Val Pro Tyr Ser Phe Asn Phe Gly Asn Gly
500 505 510
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515 520 525
Trp Tyr Val Asn Ile Phe His Gln Lys Glu Val Leu Glu Ser Ile Val
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Gln Ser Gly Pro Phe Gly Tyr Arg Gly Asp Ile Lys Ser Ala Val Leu
545 550 555 560
Ser Met Lys Tyr Arg Phe His Trp Lys Trp Gly Gly Asn Pro Ile Ser
565 570 575
Lys Gln Val Val Arg Asn Pro Cys Ser Asn Ser Ser Thr Ser Ala Ala
580 585 590
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595 600 605
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Pro Ala Gly Pro Leu Lys Arg Pro Arg Arg Asp Thr Asn Ala Gln Asp
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Pro Trp Val His Ser Ser Gln Glu Thr Gln Ser Ser Glu Glu Glu Thr
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Gln Ala Gln Gly Ser Val Gln Asp Gln Leu Leu Leu Gln Leu Arg Glu
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Gln Arg Val Leu Arg Leu Gln Leu Gln Gln Leu Ala Pro Gln Val Leu
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<212> PRT
<213> Torque teno virus
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Met Ala Trp Gly Phe Trp Gly Arg Arg Arg Arg Trp Arg Arg Trp Arg
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Ala Arg Arg Arg Arg Trp Arg Pro Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg Pro
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Ala Arg Arg Phe Arg Ala Arg Arg Arg Val Val Arg Asn Pro Cys Ser
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Gln Leu Ala Pro Gln Val Leu Lys Val Gln Ala Gly His Ser Leu His
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Pro Leu Leu Ser Ser Gln Ala
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<211> 141
<212> PRT
<213> Torque teno virus
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Met Ala Trp Gly Phe Trp Gly Arg Arg Arg Arg Trp Arg Arg Trp Arg
1 5 10 15
Ala Arg Arg Arg Arg Trp Arg Pro Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg Pro
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Ala Arg Arg Phe Arg Ala Arg Arg Arg Asp His Ser Arg Gly Leu Ala
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Asn Ser His Pro Lys Ser Ser Lys Phe Lys Gln Asp Thr Ala Tyr Thr
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<210> 41
<211> 2979
<212> DNA
<213> TTV-like mini virus
<400> 41
taataaatat tcaacaggaa aaccacctaa tttaaattgc cgaccacaaa ccgtcactta 60
gttccccttt ttgcaacaac ttctgctttt ttccaactgc cggaaaacca cataatttgc 120
atggctaacc acaaactgat atgctaatta acttccacaa aacaacttcc ccttttaaaa 180
ccacacctac aaattaatta ttaaacacag tcacatcctg ggaggtacta ccacactata 240
ataccaagtg cacttccgaa tggctgagtt tatgccgcta gacggagaac gcatcagtta 300
ctgactgcgg actgaacttg ggcgggtgcc gaaggtgagt gaaaccaccg aagtcaaggg 360
gcaattcggg ctagttcagt ctagcggaac gggcaagaaa cttaaaatta ttttattttt 420
cagatgagcg actgctttaa accaacatgc tacaacaaca aaacaaagca aactcactgg 480
attaataacc tgcatttaac ccacgacctg atctgcttct gcccaacacc aactagacac 540
ttattactag ctttagcaga acaacaagaa acaattgaag tgtctaaaca agaaaaagaa 600
aaaataacaa gatgccttat tactacagaa gaagacggta caactacaga cgtcctagat 660
ggtatggacg aggttggatt agacgccctt ttcgcagaag atttcgaaga aaaagaaggg 720
taagacctac ttatactact attcctctaa agcaatggca accgccatat aaaagaacat 780
gctatataaa aggacaagac tgtttaatat actatagcaa cttaagactg ggaatgaata 840
gtacaatgta tgaaaaaagt attgtacctg tacattggcc gggagggggt tctttttctg 900
taagcatgtt aactttagat gccttgtatg atatacataa actttgtaga aactggtgga 960
catccacaaa ccaagactta ccactagtaa gatataaagg atgcaaaata acattttatc 1020
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aactaacata cccaaacaca catccactaa tgatgatgat gtctaagtac aaacacatta 1140
tacctagtag acaaacaaga agaaaaaaga aaccatacac aaaaatattt gtaaaaccac 1200
ctccgcaatt tgaaaacaaa tggtactttg ctacagacct ctacaaaatt ccattactac 1260
aaatacactg cacagcatgc aacttacaaa acccatttgt aaaaccagac aaattatcaa 1320
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taacaaaccc aagaataaac agaccaggac aatcactaaa tgaggcaaaa attacagacc 1560
atattacttt cacagaatac aaaaacaaat ttacaaatta ttggggtaac ccatttaata 1620
aacacattca agaacaccta gatatgatac tatactcact aaaaagtcca gaagcaataa 1680
aaaacgaatg gacaacagaa aacatgaaat ggaaccaatt aaacaatgca ggaacaatgg 1740
cattaacacc atttaacgag ccaatattca cacaaataca atataaccca gatagagaca 1800
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cagactttca aaaaaaccta aaaaaagtaa caaacataga cacaaattac atgttagtag 1980
caaaaacaaa atttacacaa aaacctggca cattctactt agtaatacta aatgacacct 2040
ttgtagaagg caatagccca tatgaaaaac aacctttacc tgaagacaac attaaatggt 2100
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caccaaacat acaaggacaa ctatcagaca atatatcaat gttttataaa ttttacttta 2220
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atcccatacc ccgtaacgag catgaaacaa cttcgttaca gagtccaggg gaagccccag 2340
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gtttgatgat aaaccaaaaa accgtagatt tacacctgag gaatttgaaa ctgagttaca 2700
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<210> 42
<211> 99
<212> PRT
<213> TTV-like mini virus
<400> 42
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<212> PRT
<213> TTV-like mini virus
<400> 43
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Lys Arg Arg Arg Lys Lys Lys Lys Lys Tyr Ser Ser Ser Ser Ala Thr
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<212> PRT
<213> TTV-like mini virus
<400> 44
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<213> TTV-like mini virus
<400> 45
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Tyr Phe Tyr Phe Tyr Thr Gly Ala Asn Leu Pro Gly Asp Thr Thr Gln
275 280 285
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Pro Gly Gln Ser Leu Asn Glu Ala Lys Ile Thr Asp His Ile Thr Phe
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Thr Glu Tyr Lys Asn Lys Phe Thr Asn Tyr Trp Gly Asn Pro Phe Asn
325 330 335
Lys His Ile Gln Glu His Leu Asp Met Ile Leu Tyr Ser Leu Lys Ser
340 345 350
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355 360 365
Gln Leu Asn Asn Ala Gly Thr Met Ala Leu Thr Pro Phe Asn Glu Pro
370 375 380
Ile Phe Thr Gln Ile Gln Tyr Asn Pro Asp Arg Asp Thr Gly Glu Asp
385 390 395 400
Thr Gln Leu Tyr Leu Leu Ser Asn Ala Thr Gly Thr Gly Trp Asp Pro
405 410 415
Pro Gly Ile Pro Glu Leu Ile Leu Glu Gly Phe Pro Leu Trp Leu Ile
420 425 430
Tyr Trp Gly Phe Ala Asp Phe Gln Lys Asn Leu Lys Lys Val Thr Asn
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<212> PRT
<213> TTV-like mini virus
<400> 46
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Trp Tyr Gly Arg Gly Trp Ile Arg Arg Pro Phe Arg Arg Arg Phe Arg
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145
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<213> TTV-like mini virus
<400> 47
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65 70 75 80
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<210> 48
<211> 3242
<212> DNA
<213> Torque teno midi virus 1
<400> 48
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attttgtaat tgtatatgaa agacaacccc catttgaaat agataaacta acatacatga 960
aatatcatcc atatatgtta ttacaaagaa agcataaaat aattttacct agtcaaacaa 1020
ctaatcctag aggtaaatta aaaaaaaaga aaactattaa acctcccaaa caaatgctca 1080
gcaaatggtt ttttcaacaa caatttgcta aatatgatct actacttatt gctgcagcag 1140
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actgtttaaa tactaaattt tatcaagata cagaatgggg aactacaaaa caggcccccc 1260
actactttaa accatatgca acaattaata aatccatgat atttgtctct aactatggag 1320
gtaaaaaaac agaatataac ataggccaat ggatagaaac agatatacct ggagaaggta 1380
atctagcaag atactacaga tcaataagta aagaaggagg ttacttttca cctaaaatac 1440
tgcaagcata tcaaacaaaa gtaaagtctg tagactacaa acctttacca attgttttag 1500
gtagatataa cccagcaata gatgatggaa aaggcaacaa aatttactta caaactataa 1560
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ttccactaca catgtttgta gtgcaaagca aatacattca aacacaacaa acagaaacac 1740
ctaacaattt ttgggcattt atagacaaca gctttataca gggcaaaaac ccatgggact 1800
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aagaagcatt acaaattgtt aacccagcaa aaaacattgc tgccacgatg ttccatgact 2100
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caactgattc atctctcgaa tctgattcag actcagaacc agcacccaag aaaaaaagac 2220
tactaccagt cctccacgac ccacaaaaga aaacggaaaa gatcaaccaa tgtctcctct 2280
ctctctgcga agaaagtaca tgccaggagc aggaaacgga ggaaaacatc ctcaagctca 2340
tccagcagca gcagcagcag cagcagaaac tcaagcacaa cctcttagta ctaatcaagg 2400
acttaaaagt gaaacaaaga ttattacaac tacaaacggg ggtactagaa taacccttac 2460
cagatttaaa ccaggatttg agcaagaaac tgaaaaagag ttagcacaag catttaacag 2520
accccctaga ctgttcaaag aagataaacc cttttacccc tggctaccca gatttacacc 2580
ccttgtaaac tttcacctta attttaaagg ctaggcctac actgctcact tagtggtgta 2640
tgtttattaa agtttgcacc ccagaaaaat tgtaaaataa aaaaaaaaaa aaaaaataaa 2700
aaattgcaaa aattcggcgc tcgcgcgcgc tgcgcgcgcg agcgccgtca cgcgccggcg 2760
ctcgcgcgcc gcgcgtatgt gctaacacac cacgcaccta gattggggtg cgcgcgtagc 2820
gcgcgcaccc caatgcgccc cgccctcgtt ccgacccgct tgcgcgggtc ggaccacttc 2880
gggctcgggg gggcgcgcct gcggcgctta tttactaaac agactccgag tcgccattgg 2940
gcccccccta agctccgccc ccctcatgaa tattcataaa ggaaaccaca aaattagaat 3000
tgccgaccac aaactgccat atgctaatta gttccccttt tacacagtaa aaaggggaag 3060
tgggggggca gagccccccc acaccccccg cggggggggc agagcccccc ccgcaccccc 3120
cctacgtcac aggccacgcc cccgccgcca tcttgggtgc ggcagggcgg ggactaaaat 3180
ggcgggaccc aatcatttta tactttcact ttccaattaa aacccgccac gtcacacaaa 3240
ag 3242
<210> 49
<211> 101
<212> PRT
<213> Torque teno midi virus 1
<400> 49
Met Trp Met Ser Gly Ile Ala Asp Ser His Asp Ser Trp Cys Asp Cys
1 5 10 15
Asp Thr Pro Phe Ala His Leu Leu Ala Ser Ile Phe Pro Pro Gly His
20 25 30
Thr Asp Arg Thr Arg Thr Ile Gln Glu Ile Leu Thr Arg Asp Phe Arg
35 40 45
Lys Thr Cys Leu Ser Gly Gly Ala Asp Ala Thr Asn Ser Gly Met Ala
50 55 60
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Asp Phe Thr Glu Glu Gln Asn Ile Glu Asp Leu Leu Ala Ala Val Ala
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Asp Ala Glu Gly Arg
100
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<212> PRT
<213> Torque teno midi virus 1
<400> 50
Met Trp Met Ser Gly Ile Ala Asp Ser His Asp Ser Trp Cys Asp Cys
1 5 10 15
Asp Thr Pro Phe Ala His Leu Leu Ala Ser Ile Phe Pro Pro Gly His
20 25 30
Thr Asp Arg Thr Arg Thr Ile Gln Glu Ile Leu Thr Arg Asp Phe Arg
35 40 45
Lys Thr Cys Leu Ser Gly Gly Ala Asp Ala Thr Asn Ser Gly Met Ala
50 55 60
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65 70 75 80
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85 90 95
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Lys Arg Lys Arg Ser Thr Asn Val Ser Ser Leu Ser Ala Lys Lys Val
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His Ala Arg Ser Arg Lys Arg Arg Lys Thr Ser Ser Ser Ser Ser Ser
210 215 220
Ser Ser Ser Ser Ser Ser Arg Asn Ser Ser Thr Thr Ser
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<212> PRT
<213> Torque teno midi virus 1
<400> 51
Met Trp Met Ser Gly Ile Ala Asp Ser His Asp Ser Trp Cys Asp Cys
1 5 10 15
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20 25 30
Thr Asp Arg Thr Arg Thr Ile Gln Glu Ile Leu Thr Arg Asp Phe Arg
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Pro Pro Arg Pro Thr Lys Glu Asn Gly Lys Asp Gln Pro Met Ser Pro
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Leu Ser Leu Arg Arg Lys Tyr Met Pro Gly Ala Gly Asn Gly Gly Lys
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His Pro Gln Ala His Pro Ala Ala Ala Ala Ala Ala Ala Glu Thr Gln
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Ile Thr Thr Thr Asn Gly Gly Thr Arg Ile Thr Leu Thr Arg Phe Lys
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Pro Gly Phe Glu Gln Glu Thr Glu Lys Glu Leu Ala Gln Ala Phe Asn
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Arg Pro Pro Arg Leu Phe Lys Glu Asp Lys Pro Phe Tyr Pro Trp Leu
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Pro Arg Phe Thr Pro Leu Val Asn Phe His Leu Asn Phe Lys Gly
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<213> Torque teno midi virus 1
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Tyr Arg Arg Lys Lys Arg Arg Phe Pro Lys Arg Arg Lys Arg Arg Phe
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Tyr Arg Arg Thr Lys Tyr Arg Arg Pro Ala Arg Arg Arg Arg Arg Arg
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Asn Ile Trp Thr Lys Thr Asn Gln Leu Lys Asp Leu Cys Arg Tyr Leu
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Lys Cys Val Met Thr Phe Tyr Arg His Gln His Ile Asp Phe Val Ile
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Val Tyr Glu Arg Gln Pro Pro Phe Glu Ile Asp Lys Leu Thr Tyr Met
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Ile Lys Pro Pro Lys Gln Met Leu Ser Lys Trp Phe Phe Gln Gln Gln
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Phe Ala Lys Tyr Asp Leu Leu Leu Ile Ala Ala Ala Ala Cys Ser Leu
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Arg Tyr Pro Arg Ile Gly Cys Cys Asn Glu Asn Arg Met Ile Thr Leu
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Tyr Cys Leu Asn Thr Lys Phe Tyr Gln Asp Thr Glu Trp Gly Thr Thr
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275 280 285
Met Ile Phe Val Ser Asn Tyr Gly Gly Lys Lys Thr Glu Tyr Asn Ile
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Gly Gln Trp Ile Glu Thr Asp Ile Pro Gly Glu Gly Asn Leu Ala Arg
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Tyr Tyr Arg Ser Ile Ser Lys Glu Gly Gly Tyr Phe Ser Pro Lys Ile
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Leu Gln Ala Tyr Gln Thr Lys Val Lys Ser Val Asp Tyr Lys Pro Leu
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Pro Ile Val Leu Gly Arg Tyr Asn Pro Ala Ile Asp Asp Gly Lys Gly
355 360 365
Asn Lys Ile Tyr Leu Gln Thr Ile Met Asn Gly His Trp Gly Leu Pro
370 375 380
Gln Lys Thr Pro Asp Tyr Ile Ile Glu Glu Val Pro Leu Trp Leu Gly
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Phe Trp Gly Tyr Tyr Asn Tyr Leu Lys Gln Thr Arg Thr Glu Ala Ile
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Phe Pro Leu His Met Phe Val Val Gln Ser Lys Tyr Ile Gln Thr Gln
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Gln Thr Glu Thr Pro Asn Asn Phe Trp Ala Phe Ile Asp Asn Ser Phe
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Ile Gln Gly Lys Asn Pro Trp Asp Ser Val Ile Thr Tyr Ser Glu Gln
450 455 460
Lys Leu Trp Phe Pro Thr Val Ala Trp Gln Leu Lys Thr Ile Asn Ala
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Ile Cys Glu Ser Gly Pro Tyr Val Pro Lys Leu Asp Asn Gln Thr Tyr
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Ser Thr Trp Glu Leu Ala Thr His Tyr Ser Phe His Phe Lys Trp Gly
500 505 510
Gly Pro Gln Ile Ser Asp Gln Pro Val Glu Asp Pro Gly Asn Lys Asn
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Pro Ala Lys Asn Ile Ala Ala Thr Met Phe His Asp Trp Asp Tyr Arg
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Pro Thr Asp Ser Ser Leu Glu Ser Asp Ser Asp Ser Glu Pro Ala Pro
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Glu Lys Ile Asn Gln Cys Leu Leu Ser Leu Cys Glu Glu Ser Thr Cys
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Gln Glu Gln Glu Thr Glu Glu Asn Ile Leu Lys Leu Ile Gln Gln Gln
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Gln Gln Gln Gln Gln Lys Leu Lys His Asn Leu Leu Val Leu Ile Lys
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Asp Leu Lys Val Lys Gln Arg Leu Leu Gln Leu Gln Thr Gly Val Leu
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Glu
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<213> Torque teno midi virus 1
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Met Pro Phe Trp Trp Gly Arg Arg Asn Lys Phe Trp Tyr Gly Arg Asn
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Tyr Arg Arg Lys Lys Arg Arg Phe Pro Lys Arg Arg Lys Arg Arg Phe
20 25 30
Tyr Arg Arg Thr Lys Tyr Arg Arg Pro Ala Arg Arg Arg Arg Arg Arg
35 40 45
Arg Arg Lys Ile Ser Asp Gln Pro Val Glu Asp Pro Gly Asn Lys Asn
50 55 60
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Pro Ala Lys Asn Ile Ala Ala Thr Met Phe His Asp Trp Asp Tyr Arg
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Pro Thr Asp Ser Ser Leu Glu Ser Asp Ser Asp Ser Glu Pro Ala Pro
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Glu Lys Ile Asn Gln Cys Leu Leu Ser Leu Cys Glu Glu Ser Thr Cys
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Gln Glu Gln Glu Thr Glu Glu Asn Ile Leu Lys Leu Ile Gln Gln Gln
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Gln Gln Gln Gln Gln Lys Leu Lys His Asn Leu Leu Val Leu Ile Lys
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Asp Leu Lys Val Lys Gln Arg Leu Leu Gln Leu Gln Thr Gly Val Leu
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Glu
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<213> Torque teno midi virus 1
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Met Pro Phe Trp Trp Gly Arg Arg Asn Lys Phe Trp Tyr Gly Arg Asn
1 5 10 15
Tyr Arg Arg Lys Lys Arg Arg Phe Pro Lys Arg Arg Lys Arg Arg Phe
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Tyr Arg Arg Thr Lys Tyr Arg Arg Pro Ala Arg Arg Arg Arg Arg Arg
35 40 45
Arg Arg Lys Ile Ser Asp Gln Pro Val Glu Asp Pro Gly Asn Lys Asn
50 55 60
Lys Tyr Asp Val Pro Asp Thr Ile Lys Glu Ala Leu Gln Ile Val Asn
65 70 75 80
Pro Ala Lys Asn Ile Ala Ala Thr Met Phe His Asp Trp Asp Tyr Arg
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Arg Gly Cys Ile Thr Ser Thr Ala Ile Lys Arg Met Gln Gln Asn Leu
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Pro Thr Asp Ser Ser Leu Glu Ser Asp Ser Asp Ser Glu Pro Ala Pro
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Lys Lys Lys Arg Leu Leu Pro Val Leu His Asp Pro Gln Lys Lys Thr
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Gln Glu Gln Glu Thr Glu Glu Asn Ile Leu Lys Leu Ile Gln Gln Gln
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Gln Gln Gln Gln Gln Lys Leu Lys His Asn Leu Leu Val Leu Ile Lys
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Asp Leu Lys Val Lys Gln Arg Leu Leu Gln Leu Gln Thr Gly Val Leu
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Glu
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<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(25)
<223> /note="Variant residues given in the sequence have no
preference with respect to those in the annotations
for variant positions"
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Leu Ile Leu Arg Gln Trp Gln Pro Xaa Xaa Ile Arg Arg Cys Xaa Ile
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Xaa Gly Tyr Xaa Pro Leu Ile Xaa Cys
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<221> MOD_RES
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Asn Tyr Xaa Xaa His Xaa Asp
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peptide"
<220>
<221> MOD_RES
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<223> Any amino acid
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Phe Ser Leu Xaa Xaa Leu Tyr Asp Glx
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peptide"
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<221> MOD_RES
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Asn Xaa Trp Thr Xaa Ser Asn Xaa Asp Leu Asp Leu Cys Arg Tyr Xaa
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Gly Cys
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Thr Xaa Pro Ser Xaa His Pro Gly Xaa Met Xaa Leu Xaa Lys His Lys
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Ile Pro Ser Leu Xaa Thr Arg Pro Xaa Gly
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Asp Leu
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Leu Leu Xaa Ile Xaa Ala Thr Ala
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<222> (3)..(3)
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> (4)..(4)
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<220>
<221> MOD_RES
<222> (6)..(7)
<223> Any amino acid
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(9)
<223> /note="Variant residues given in the sequence have no
preference with respect to those in the annotations
for variant positions"
<400> 72
Pro Arg Xaa Leu Gln Xaa Xaa Asp Pro
1 5
<210> 73
<211> 8
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<213> Artificial Sequence
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<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
peptide"
<220>
<221> MOD_RES
<222> (5)..(5)
<223> Any amino acid
<400> 73
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1 5
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<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
peptide"
<220>
<221> MOD_RES
<222> (5)..(5)
<223> Any amino acid
<400> 74
Ala Ile Lys Arg Xaa Gln Gln
1 5
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<211> 7
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<213> Artificial Sequence
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peptide"
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<222> (4)..(5)
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<213> Artificial Sequence
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peptide"
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<222> (2)..(2)
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Lys Xaa Lys Arg Arg Arg Arg
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<213> Artificial Sequence
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<221> MOD_RES
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<223> Any amino acid
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Pro Ile Xaa Ser Leu Xaa Xaa Tyr Lys Xaa Xaa Thr Arg
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<222> (3)..(3)
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<222> (10)..(10)
<223> Any amino acid
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Leu Ala Xaa Gln Leu Leu Lys Glu Cys Xaa Lys Asn
1 5 10
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His Leu Asn Xaa Leu Ala
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Asp Arg Pro Pro Arg
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Asp Xaa Pro Phe Tyr Pro Trp Xaa Pro
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peptide"
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<222> (2)..(2)
<223> Any amino acid
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<221> MOD_RES
<222> (6)..(6)
<223> Any amino acid
<400> 82
Val Xaa Phe Lys Leu Xaa Phe
1 5
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<211> 15
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<213> Artificial Sequence
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peptide"
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<221> MOD_RES
<222> (2)..(2)
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<222> (9)..(9)
<223> Any amino acid
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<221> MOD_RES
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<223> Any amino acid
<400> 83
Trp Xaa Pro Pro Val His Asx Val Xaa Gly Ile Glu Arg Xaa Trp
1 5 10 15
<210> 84
<211> 6
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peptide"
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<221> MOD_RES
<222> (6)..(6)
<223> Any amino acid
<400> 84
Ala Lys Arg Lys Leu Xaa
1 5
<210> 85
<211> 10
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<221> MOD_RES
<222> (4)..(4)
<223> Any amino acid
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<221> MOD_RES
<222> (7)..(8)
<223> Any amino acid
<400> 85
Pro Ser Ser Xaa Asp Trp Xaa Xaa Glu Tyr
1 5 10
<210> 86
<211> 5
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peptide"
<400> 86
Asp Arg Pro Pro Arg
1 5
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<211> 5
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
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<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
peptide"
<400> 87
Pro Phe Tyr Pro Trp
1 5
<210> 88
<211> 8
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
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peptide"
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<221> MOD_RES
<222> (3)..(3)
<223> Any amino acid
<220>
<221> MOD_RES
<222> (7)..(7)
<223> Any amino acid
<400> 88
Asn Val Xaa Phe Lys Leu Xaa Phe
1 5
<210> 89
<211> 25
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
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peptide"
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<221> VARIANT
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<220>
<221> MOD_RES
<222> (2)..(5)
<223> Any amino acid
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<222> (9)..(13)
<223> Any amino acid
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<222> (15)..(15)
<223> Any amino acid
<220>
<221> MOD_RES
<222> (17)..(17)
<223> Any amino acid
<220>
<221> MOD_RES
<222> (19)..(21)
<223> Any amino acid
<220>
<221> VARIANT
<222> (22)..(22)
<223> /replace="Ile"
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(25)
<223> /note="Variant residues given in the sequence have no
preference with respect to those in the annotations
for variant positions"
<400> 89
Leu Xaa Xaa Xaa Xaa Trp Gln Pro Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Cys Xaa Ile
1 5 10 15
Xaa Gly Xaa Xaa Xaa Leu Trp Gln Pro
20 25
<210> 90
<211> 15
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
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peptide"
<220>
<221> MOD_RES
<222> (2)..(2)
<223> Any amino acid
<220>
<221> MOD_RES
<222> (4)..(6)
<223> Any amino acid
<220>
<221> MOD_RES
<222> (8)..(11)
<223> Any amino acid
<220>
<221> MOD_RES
<222> (13)..(13)
<223> Any amino acid
<400> 90
Asn Xaa Trp Xaa Xaa Xaa Asn Xaa Xaa Xaa Xaa Leu Xaa Arg Tyr
1 5 10 15
<210> 91
<211> 8
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
peptide"
<220>
<221> MOD_RES
<222> (4)..(5)
<223> Any amino acid
<220>
<221> MOD_RES
<222> (7)..(7)
<223> Any amino acid
<400> 91
Tyr Asn Pro Xaa Xaa Asp Xaa Gly
1 5
<210> 92
<211> 456
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 92
atgcactttt ctaggatatc caggaagaaa aggctactgc tactgcacac agtgccaact 60
ccacagaaaa ctctcaaact tttaagaggt atgtggagtc ctcccactga cgatgaacgt 120
gtccgcgagc gaaaatggtt tctcgcaact gtctattctc actctgcttt ctgtggctgc 180
aatgatcctg tcggtcacct ctgtcgcctg gctactctct ctaaccgtcc ggagaacccg 240
ggaccctccg ggggacgtcg tgctccttcg atcggggtcc tacccgctct cccggctgct 300
accgagcagc caggtgatcg agcaccatgg cctatgggtg gtggaggaga cgccgcagaa 360
ggtggaagag atggaggaga aggcccaggt ggagacgccc atggaggacc cgcagacgca 420
gacctgctag acgccgtgga cgccgcggaa cagtaa 456
<210> 93
<211> 2298
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 93
atggcctatg ggtggtggag gagacgccgc agaaggtgga agagatggag gagaaggccc 60
aggtggagac gcccatggag gacccgcaga cgcagacctg ctagacgccg tggacgccgc 120
ggaacagtaa ggagacggag gcgcgggagg tggaggaggc gctataggag gtggaggaga 180
aagggcagac gcaggagaaa aaagaaactt ataataagac aatggcagcc aaactatacc 240
agaaagtgca acatagtagg ctacatgcca gtaatcatgt gtggagaaaa cactctaata 300
agaaactatg ccacacacgc agacgactgc tactggccgg gaccctttgg gggcggcatg 360
gccacccaga aattcacacc cagaatcctg tacgatgact acaagaggtt tatgaactac 420
tggacctcct caaacgagga cctagacctc tgtagataca ggggagtcac cctgtacttt 480
ttcagacacc cagatgtaga ctttatcatc ttaataaaca ccacacctcc attcgtagat 540
acagagatca caggacccag catacatccg ggcatgatgg ccctgaacaa gagagccagg 600
ttcatcccca gcctaaagac tagacctggc agaagacaca tagtaaagat tagagtgggg 660
gcccccaaac tgtacgagga caagtggtac ccccagtcag aactctgtga cgtgcccctg 720
ctaaccgtct acgcgaccgc agcggatatg caatatccgt tcggctcacc actaactgac 780
actcctgttg taaccttcca agtgttgcgc agcatgtaca acgacgccct cagcacactt 840
ccctctaact ttgaaaacgc aagcagtcca ggccaaaaac tttacaaaga aatatctaca 900
tatttaccat actacaacac cacagaaaca atagcacaac taaagagata tgtagaaaat 960
acagaaaaaa atggcacaac gccaaacccg tggcaatcaa aatatgtaaa cactactgcc 1020
ttcaccactg cactaaatgt tacaactgaa aaaccataca ccaccttctc agacagctgg 1080
tacaggggca cagtatacaa agaaacaatc actgaagtgc cacttgccgc agcaaaactc 1140
tatcaaaacc aaacaaaaaa gctgctgtct acaacattta caggagggtc cgagtaccta 1200
gaataccatg gaggcctgta cagctccata tggctatcag caggccgatc ctactttgaa 1260
acaaagggag catacacaga catctgctac aacccctaca cagacagagg agagggcaac 1320
atggtgtgga tagactggct atcaaaaaca gactccagat atgacaaaac ccgcagcaaa 1380
tgccttatag aaaagctacc cctatgggca gcagtatacg ggtacccaga atactgtgcc 1440
aagagcaccg gagactcaaa catagacatg aacgccagag tagtaataag gtgcccctac 1500
accgtccccc agatgataga caccagcgac gaactaaggg gcttcatagt atacagcttt 1560
aactttggca ggggcaaaat gcccggaggc agcagcgagg tacccataag aatgagagcc 1620
aagtggtacc cctgcctgtt tcaccaaaaa gaagttctag aagccttggg acagtcgggc 1680
cccttcgcct accactgcga ccaaaaaaaa gcagtgctag gtctaaaata cagatttcac 1740
tggatatggg gcggaagccc cgtgtttcca caggttgtta gaaacccctg caaagacaca 1800
cacggttcct cgggccctag aaagcctcgc tcaatacaaa tcattgaccc gaagtacaac 1860
acaccagagc tcacaatcca cgcgtgggat ttcagacgtg gcttctttgg ctcaaaagct 1920
attaaaagaa tgcaacaaca accaacagat gctgaacttc ttccaccagg ccgcaagagg 1980
agcaggcgag acacagaagc cctccaaagc agccaagaaa agcaaaaaga aagcttactt 2040
ttcaaacacc tccagctcca gcgacgaata cccccatggg aaagctcgca ggcctcgcag 2100
acagaggcag agagcgaaaa agagcaagag ggcagtctct cccagcagct ccgagagcag 2160
ctttaccagc aaaagctcct cggcaagcag ctcagggaaa tgttcctaca actccacaaa 2220
atccaacaaa atcaacacgt caaccctacc ttattgccaa gggatcaggc tttaatctgc 2280
tggtctcaga ttcagtaa 2298
<210> 94
<211> 174
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 94
atgtttggag accctaaacc atacaaaccc tccagcaacg actggaaaga ggagtacgag 60
gccgctaagt attgggacag gccccccaga tctaacctta gagataaccc cttctatccc 120
tgggcccccc caagcaatcc ctacaaagta aactttaaac taggcttcca ataa 174
<210> 95
<211> 456
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 95
atgcactttt ctaggatatc cagaaagaaa aggctactgc tactgcaaac agagccagct 60
ccacagaaga ctctcaaact tttaaaaggt atgtggagtc ctcccactga cgatgaacgt 120
gtccgcgagc gaaaatggtt cctcgccact gtttattctc actctgcttt ctgtggctgc 180
aatgatcctg tcggccacct ctgtcgcttg gctactctat ctaaccgtcc ggagaacccg 240
ggaccctccg ggggacgtcg tgctccttcg atcgggatcc tacccgctct cccggctgct 300
accgagcagc ccggtgatcg agcaccatgg cctatgggtg gtggaggaga cgccgcagaa 360
ggtggaagag atggaggaga aggcccaggt ggagacgccc atggaggacc cgcagacgca 420
gacctgctag acgccgtgga cgccgcagaa cagtaa 456
<210> 96
<211> 2298
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 96
atggcctatg ggtggtggag gagacgccgc agaaggtgga agagatggag gagaaggccc 60
aggtggagac gcccatggag gacccgcaga cgcagacctg ctagacgccg tggacgccgc 120
agaacagtaa ggagacggag gcgcgggagg tggaggaggc gctataggag gtggaggaga 180
aagggcagac gcgggagaaa aaagaaactt ataataaaac aatggcagcc aaactatacc 240
agagagtgca acatagtagg ctacatgcca gtaatcatgt gtggagagaa cactctaata 300
agaaactatg ccacacacgc agacgactgc tactggccgg gaccctttgg gggcggcatg 360
gccacccaga aattcacact cagaatcctg tacgatgact acaagaggtt tatgaactac 420
tggacctcct caaacgagga cctagacctc tgtagataca ggggagtcac cctgtacttt 480
ttcagaaacc cagatgtaga ctttatcatc ctcataaaca ccacacctcc gttcgtagat 540
acagagatca caggacccag catacatccg ggcatgatgg ccctcaacaa aagagccagg 600
ttcatcccca gcctaaaaac tagacctggc agaagacaca tagtaaagat taaagtgggg 660
gcccccaaac tgtacgagga caagtggtac ccccagtcag aactctgtga catgccccta 720
ctaaccgtct acgccaccgc agcggatatg caatatccgt tcggctcacc actaactgac 780
actcctgttg taaccttcca agtgttgcgc agcatgtaca acgacgccct tagcatactt 840
ccctctaact ttcaaagccc agacagtcca ggccaaaaac tttacgaaca aatatctaag 900
tatttaccat actacaacac cacagaaaca atggcacaac taaagagata tatagaaaat 960
acagaaaaaa ataccacatc gccaaaccca tggcaaacaa aatatgtaaa cactactgcc 1020
ttcaccactc cacaaactgt tacaactcaa cagccataca ccagcttctc agacagctgg 1080
tacaggggca cagtatacac aaacgaaatc actaaggtgc cacttgccgc agcaaaagtg 1140
tatgaaactc aaacaaaaaa cctgctgtct acaacattta caggagggtc agagtaccta 1200
gaataccatg gaggcctgta cagctccata tggctatcag caggccgatc ctactttgaa 1260
acaaagggag catacacaga catctgctac aacccctaca cagacagagg agagggcaac 1320
atggtgtgga tagactggct atcaaaaaca gactccagat atgacaaaac ccgcagcaaa 1380
tgccttatag aaaagctacc cctatgggca gcagtatacg ggtacgcaga atactgtgcc 1440
aagagcaccg gagactcaaa catagacatg aacgccagag tagtaattag gtgcccctac 1500
accacccccc agatgataga caccagcgac gaactaaggg gcttcatagt atacagcttt 1560
aactttggca ggggcaaaat gcccggaggc agcagcgagg tacccattag aatgagagcc 1620
aagtggtacc cctgcctact tcaccaaaaa ggagttctag aagccttagg acagtcaggc 1680
cccttcgcct accaccgcga ccaaaaaaaa gcagtgctag gtctaaaata cagatttcac 1740
tggatatggg gcggaaaccc cgtgtttcca caggttgtta gaaacccctg caaagacaca 1800
cacggttcct cgggccctag aaagcctcgc tcaatacaaa tcattgaccc gaagtacaac 1860
acaccagagc tcacaatcca cgcgtgggat ttcagacgtg gcttctttgg cccaaaagct 1920
attaagagaa tgcaacaaca accaacagat gctgaacttc ttccaccagg ccgcaagagg 1980
agcaggcgag acaccgaagc cctccaaagc agccaagaaa agcagaaaga aagcttactt 2040
ttcaaacagc tccagctccg gcgacgagta cccccgtggg aaagctcgca ggcctcgcag 2100
acagaggcag agagcgaaaa agagcaagag gacagtctct cccagcagct ccgagagcag 2160
cttcaccagc aaaagctcct cggcaagcag ctcagggaaa tgttcctaca actccacaaa 2220
atccaacaaa atcaacacgt caaccctacc ctattgccaa aagatcaggc tttaatatgc 2280
tggtctcaga ttcagtaa 2298
<210> 97
<211> 174
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 97
atgttcggag accctaaacc atacaaaccc tccagcaacg actggaaaga ggagtacgag 60
gccgctaaat attgggacag gccccccaga tttgacctta gagataagcc cttctatccc 120
tgggcccccc caagcaatcc ctacaaagta aactttaaac taggctttca ataa 174
<210> 98
<211> 150
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 98
atggctgagt tttccacgcc cgtccgcagc ggtgaagcca cggagggacc tcagcgcgtc 60
ccgagggcgg gtgccgaagg tgagtttaca caccgcagtc aaggggcaat tcgggctcgg 120
gactggccgg gctatgggca aggctcttaa 150
<210> 99
<211> 450
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 99
atgtttctcg gtaaacttta cagaaagaaa aggaaagtgc ttctgcagac tgtgccagac 60
ccacagaagg ctaggcggct tctgattatg tggcagcccc ccgtgcacaa agtacccggg 120
atcgagagaa actggtacga gagttgcttt cgatcccatg ctgctgtgtg tggctgtggc 180
gactttgttg gccatcttaa tcatctggca gctactctgg gtcgccctcc gcgttctcgg 240
caccccgggg gccccggcac tccgcagata agaaacctgc cagcgctccc ggcaccccag 300
ggtgagcccg gtgacagagc gccatggcct acggatggtg gggccgccgg cgccgctgga 360
gaagatggag gacgcggcgc agaccgtgga gaaccaggag acgtagaaga cgacgcgctc 420
ctcgccgctt tcgacctcgt cgaagagtaa 450
<210> 100
<211> 2202
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 100
atggcctacg gatggtgggg ccgccggcgc cgctggagaa gatggaggac gcggcgcaga 60
ccgtggagaa ccaggagacg tagaagacga cgcgctcctc gccgctttcg acctcgtcga 120
agagtaagga ggcgcagggg gcggtggcgc agacggtata gaaaatggag gagacgcagg 180
ggcagacgga cgcacagaaa aaagataatc ataaaacagt ggcagccgaa ctttataaga 240
cgctgctaca taataggcta cctgcctctc atattctgtg gcgagaacac caccgccaat 300
aactttgcca cccactcgga cgacatgata gccaaaggac cgtggggggg gggcatgact 360
accactaagt tcactttgag aatcctgtac gacgagttta ccaggtttat gaacttctgg 420
actgtcagta acgaagacct agacctgtgt agatacgtga gctgcaaact gatattcttt 480
aagcacccca cggtagactt tatagtcagg ataaacacag agcctccgtt cctagacact 540
aacctgaccg cggcacagat tcacccgggc atcatgatgc taagcaaaaa acacatactc 600
ataccctctc taaagaccag gcctagcaga aaacacaggg tggtcgtcag ggtgggccca 660
cctagactgt ttcaagacaa gtggtacccc cagtcagacc tgtgtgacac agttctgctt 720
tccgtgtttg caacggcctg tgacttgcaa tatccgttcg gctcaccact aactgacaac 780
ccttgcgtca acttccagat tctggggcac cagtacaaaa accaccttag tattagctcc 840
acaaacgata ccactaacaa acaacactat gacaacactt tatttaacaa aatagtatta 900
tataacactt ttcaaacaat agctcagctc aaagaaacag gacaactcac aaacttatgg 960
aacgaagtac aaaacacaac agcactgtca ccaaaaggca caaatgcaac tataagcaaa 1020
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cgaagtagat ttgcagctgc aacaaaagca gccctgccaa actaccctac aatcatgtcc 1140
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gcggttgacc cgaaatacaa taccccagag gtcacgtggc actcgtggga cattagacga 1860
ggactctttg gcaaagcagg tattaaaaga atgcaacagg aatcagatgc tctttacatt 1920
cctccaggac caatcaagag acctcgcagg gacaccaacg cccaagaccc agaagagcaa 1980
aacgaaagct caggtttcag ggtccagcag cgactcccgt gggtccactc cagccaagag 2040
acgcaaagct cccaagaaga gacggaggcg caggggtcgg tacaagacca actactcctc 2100
cagctccgag agcagcgagt tctccgactc cagctccagc aactcgcaac ccaagtcctc 2160
aaagtccaag cagggcacag cctacacccc ctattatctt cccaagcata a 2211
<210> 135
<211> 420
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 135
atgcgttttc gcagggttgc ccagaaaagg aaagtgcttt tgcaaactgt gccagctgca 60
aagaaggcta ggcggcttct aggtatgtgg cagcccccca cgcacaatgt cccgggcatc 120
gagagaaact ggtacgagag ctgttttaga tcccacgctg ctgtttgtgg ctgtggcgat 180
tttgttggcc atcttaatca tctggcaact actctgggtc gtcctccgcg tcctgggccc 240
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gagcccggtg acagagcgtc atggcgtggg gcttctgggg ccgacgccgc cggtggagac 360
gatggagagc gcggcgcaga cggtggggac cccgcagacg taggagacga cgccctcctc 420
<210> 136
<211> 2211
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 136
atggcgtggg gcttctgggg ccgacgccgc cggtggagac gatggagagc gcggcgcaga 60
cggtggggac cccgcagacg taggagacga cgccctcctc gccgctttcg agctcgtcga 120
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gccatgaaat acagatttca ctggaagtgg ggcggaaacc ctatatccaa acaggtcgtc 1740
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aaagtccaag cagggcacag cctacacccc ctattatctt cccaagcata a 2211
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
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atgcgttttt ccaggattgc tcgctcgaaa aggaaagtgc cactgccaac actgccaata 60
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 138
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gttaatcttg tgacacttgc ggtcagcgca gcttccttta cacatccgtt cggctcacca 780
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gcatactggg cctcacactt aactccttac tttaccactg gccttaaaat tccatatcca 960
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gatgaaggcc cccaagccac atctgattat ggcaaacacc acacttggac taaacccacc 1200
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
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atgcactttt ctcgaataag cagaaagaaa gggaaagtgc tactgctttg cgtgccagca 60
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 140
atggcatgga gatggtggaa gcgacggagg cgctggtggc tccgcaagcg gtggacccgt 60
ggcagacttc gcagacgatg gcctagacca gctcgtcgcc gccctagacg acgaagagta 120
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cgcaaaaaac gtaggagacg aaagcccaaa ataatcttaa aacaatggca gccagacatt 240
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gcacccccca cactactaac tgacaagtgg tactttagca aagacatttg tgacacaacc 720
ttggttaact tagacgttgt actctgcaac ttgcggtttc cgttctgctc accacaaact 780
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gtagatactg aaaattacaa aaccactttt gttactacac tgacaacaaa attaggtaca 900
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<211> 465
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 141
atgcactttt ctcgaataag cagaaagaaa aggaaagtgc tactgctttg cgtgccagca 60
gttaagaaaa aaccaactgc tatgagcttc tggagacctc cgatgcacaa tgtcacgggg 120
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<211> 2181
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<220>
<221> modified_base
<222> (1380)..(1380)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<400> 142
atggcatgga gatggtggga gcgacggagg cgctggtggc tccgcaagcg gtggacccgt 60
ggcagacttc gcagacgatg gcctagacca gctcgtcgcc gccctagacg acgaagagta 120
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cgcaaaaaac gtaggagacg aaagcccaaa ataatcttaa aacaatggca gccagacatt 240
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gtagatactg aaaattacaa aaccactttt gttactacac tgacaacaaa attaggtaca 900
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aaaaacccat tgttagagta g 2181
<210> 143
<211> 465
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 143
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gatcctgtac ttcacattac cgcacttgct gagacatatg gccatccaac aggcccgaga 240
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<211> 2181
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 144
atggcatgga gatggtggaa gcgacggagg cgctggtggc tccgcaagcg gtggacccgt 60
ggcagacttc gcagacgatg gcctagacca gctcgtcgcc gccctagacg acgaagagta 120
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ttggttaact tagacgttgt actctgcaac ttgcggtttc cgttctgctc accacaaact 780
gacaaccctt gcatcacatt ccaagttctg cattccttgt acaacgactt cctctctata 840
gtagatactg aaaattacaa aaccactttt gttactacac tgacaacaaa attaggtaca 900
acatggggtt caagactaaa tacatttaga acagaaggct gctactcaca ccctaaacta 960
cctaaaaaac aactaattgc tgcaaatgac acaacatact ttacatcacc tgatgggctc 1020
tggggagacg cagttttcaa catctcaaaa cctcaagtaa ttaccgaaaa tatggagtct 1080
tacgctaact cagccaaaca aagaggggtg aacggagacc ccgctttttg ccacctaaca 1140
ggaatatact cacctccctg gctaacacca ggcagaatat cccctgaaac cccaggactt 1200
tacacagacg tgacttacaa cccatacgct gacaaaggag taggcaacag aatatgggtc 1260
gactactgca gtaaaaaagg caacaaatat gacaatacaa gtaaatgcct tttagaagac 1320
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tag 2043
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485 490 495
Asp Tyr Cys Arg Lys Gln Thr Gly Asp Ser Gly Ile Tyr Tyr Asp Tyr
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Arg Val Leu Ile Arg Cys Pro Tyr Thr Tyr Pro Gln Leu Ile Lys His
515 520 525
Asn Asp Lys Tyr Phe Gly Phe Val Val Tyr Ser Glu Asn Phe Gly Leu
530 535 540
Gly Arg Leu Pro Gly Gly Asn Pro Asn Pro Pro Thr Arg Met Arg Leu
545 550 555 560
His Trp Tyr Pro Asn Met Phe His Gln Thr Glu Val Leu Glu Cys Ile
565 570 575
Ala Gln Ser Gly Pro Phe Ala Tyr His Gly Asp Glu Arg Lys Ala Val
580 585 590
Leu Thr Ala Lys Tyr Lys Phe Arg Trp Lys Trp Gly Gly Asn Pro Val
595 600 605
Phe Gln Gln Val Leu Arg Asp Pro Cys Thr Gly Gly Ala Val Ala Pro
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His Thr Ser Arg His Pro Arg Ala Ile Gln Val His Asp Pro Lys Tyr
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Gln Ala Pro Glu Tyr Leu Phe His Lys Trp Asp Phe Arg Arg Gly Leu
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770
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<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 249
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Arg Arg Thr Arg Arg Arg Thr Val Arg Arg Arg Arg Gln Trp Arg Arg
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Arg Arg Arg Lys Ala Lys Ile Lys Ile Thr Gln Trp Gln Pro Ser Ser
65 70 75 80
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Asn Asp Arg Ser Val Asn Lys Leu Asn Thr Phe Ser Thr Glu Gly Ala
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325 330 335
Gly Asp Lys Tyr Phe Arg Lys Lys Asp Gly Leu Trp Gly Asp Ala Ile
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<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 250
Met Ser Trp Trp Gly Trp Arg Arg Arg Trp Trp Trp Lys Pro Arg Arg
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Arg Trp Arg Arg Arg Arg Ala Arg Arg Pro Arg Arg Leu Pro Arg Arg
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100 105 110
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225 230 235 240
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245 250 255
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<211> 742
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 254
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Arg Ala Pro Gln Glu Glu Ser Gln Glu Val Gln Gln Gln Arg Leu Leu
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Gln Leu Arg Leu Ser Gln Gln Phe Arg Leu Arg Gln Gln Leu Gln His
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<213> Torque teno virus
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Phe Ala Leu Lys Asp Gln Thr Asp Met Val Thr Cys Met Met Arg Tyr
580 585 590
Ser Ala Leu Phe Asn Trp Gly Gly Asn Ile Ile Arg Glu Gln Ala Val
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Glu Asp Pro Cys Lys Lys Asn Thr Phe Ala Leu Pro Gly Ala Ser Gly
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Val Ala Arg Leu Leu Gln Val Ser Asn Pro Ile Arg Gln Thr Pro Ser
625 630 635 640
Thr Thr Trp His Ser Trp Asp Trp Arg Arg Ser Leu Phe Thr Gln Thr
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Ala Gly Pro Lys Arg Pro Lys Leu Thr Val Pro Ala Gly Pro Thr Leu
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Ala Ala Gly Asp Ala Tyr Asn Tyr Trp Glu Arg Lys Pro Leu Thr Ser
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755 760 765
Leu Ala
770
<210> 287
<211> 770
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<213> Torque teno virus
<400> 287
Met Ala Ala Trp Trp Trp Gly Arg Arg Arg Arg Trp Arg Arg Trp Arg
1 5 10 15
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20 25 30
Pro Arg Arg Arg Arg Arg Arg Trp Pro Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg
35 40 45
Pro Ala Arg Arg Pro Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg Val Arg Arg
50 55 60
Pro Arg Arg Arg Gln Lys Leu Val Leu Thr Gln Trp Asn Pro Gln Thr
65 70 75 80
Val Arg Lys Cys Ile Ile Arg Gly Phe Val Pro Leu Phe Gln Cys Ser
85 90 95
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195 200 205
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565 570 575
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580 585 590
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755 760 765
Leu Ala
770
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<211> 736
<212> PRT
<213> Torque teno virus
<400> 288
Met Ala Ala Trp Trp Trp Gly Arg Arg Arg Arg Trp Arg Arg Trp Arg
1 5 10 15
Arg Arg Arg Leu Pro Arg Arg Arg Arg Trp Arg Arg Arg Arg Arg Trp
20 25 30
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Pro Ala Arg Arg Leu Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg Arg Val Arg Arg
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<223> Any amino acid
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<210> 291
<211> 744
<212> PRT
<213> Torque teno virus 10
<400> 291
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Leu Leu Asn Leu Asn Ala Val Ala Ala Asp Leu Arg Phe Pro Phe Cys
245 250 255
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gcccguccgc ggcgagagcg cgagcgaagc gagcgaucga gcgucccgug ggcgggugcc 60
guaggug 67
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gcccguccgc ggcgagagcg cgagcgaagc gagcgaucga gcgucccgug ggcgggugcc 60
guaggug 67
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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oligonucleotide"
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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oligonucleotide"
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ugacugguca cgugaccug 79
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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oligonucleotide"
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ccguauuaga aaauggug 78
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uaaguaaggc ggaaccaggc ugucacccug ugucaaaggu caagggacag ccuuccggcu 60
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ugccuacguc auaagucacg uggggacggc ugcuguaaac acggaaguag cugacccgcg 60
ugacuuguca cgugagca 78
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gcaccaaaug gu 72
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uaccuacguc auaagucacg ugggaagagc ugcugugaac cuggaaguag cugacccgcg 60
uggcuuguca cgugagugc 79
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uuuuccuggc ccguccgcgg cgagagcgcg agcgaagcga gcgaucgggc gucccgaggg 60
cgggugccgg aggug 75
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oligonucleotide"
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gugacguuac ucucacguga ugggggcgug cucuaacccg gaagcauccu cgaccacgug 60
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<213> Artificial Sequence
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agcgucuacu acguacacuu ccuggggugu guccugccac uguauauaaa ccagaggggu 60
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gugacgucaa agucacgugg ugacggccau uuuaacccgg aaguggcugu ugucacguga 60
cuugacguca cgg 73
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<213> Artificial Sequence
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gc 62
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<213> Artificial Sequence
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cuguccgcca ucuugugacu uccuuccgcu uuuucaaaaa aaaagaggaa guaugacgua 60
gcggcggggg ggc 73
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<213> Artificial Sequence
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gacugugacg ucaaagucac guggggaggg cggcguguaa cccggaaguc auccucguca 60
cgugaccuga cgucacgg 78
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<213> Artificial Sequence
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cuguccgcca ucuugugacu uccuuccgcu uuuucaaaaa aaaagaggaa guaugacgug 60
gcggcggggg ggc 73
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cgugaccuga cgucacggcc 80
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<213> Artificial Sequence
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cccgccaucu ugugacuucc uuccgcuuuu ucaaaaaaaa agaggaagug ugacguagcg 60
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guaggug 67
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gacugugacg ucaaagucac guggggagga gggcguguaa cccggaaguc auccucguca 60
cgugaccuga cgucacgg 78
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<213> Artificial Sequence
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ucgcgucuua gugacgucac ggcagccauc uugguccuga cgucacuguc acguggggag 60
gg 62
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<211> 78
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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cgccauuuua aguaagcaug gcgggcggug acgugcaaug ucaaagguca cagccuguca 60
ugcuugcaca aaauggcg 78
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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ccaucuuaag uaguugaggc ggacgguggc gucgguucaa aggucaccau cagccacacc 60
uacucaaaau gg 72
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<213> Artificial Sequence
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gccugucaug cuugcacaaa auggcggacu uccgcuuccg ggucgccgcc auauuugguc 60
acgugac 67
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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gccauuuuaa guagcugacg ucaaggauug acguaaaggu uaaaggucau ccucggcgga 60
agcuacacaa aauggu 76
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<213> Artificial Sequence
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ugacuuacca cgugugua 78
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<213> Artificial Sequence
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gccauuuuaa guagcugacg ucaaggauug acgugaaggu uaaaggucau ccucggcgga 60
agcuacacaa aauggu 76
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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gcauacguca caagucacgu ggaggggaca cgcuguaacc cggaaguagg ccccgucacg 60
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<213> Artificial Sequence
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gguaaccgca aacauggcg 79
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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uggcagcacu uccgaauggc ugaguuuucc acgcccgucc gcggagaggg agccacggag 60
gugaucccga acg 73
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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gccaucuuaa guggcugucg cugaggauug acgucacagu ucaaagguca uccucggcgg 60
uaaccgcaaa gauggcgguc 80
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cauacgucau aagucacaug acaggagucc acuuaaacac ggaaguaggc cccgacaugu 60
gacucgucac gugugu 76
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<213> Artificial Sequence
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cauacgucau aagucacaug acaggggucc acuuaaacac ggaaguaggc cccgacaugu 60
gacucgucac gugugu 76
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<213> Artificial Sequence
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cuacgucaua agucacguga cagggagggg cgacaaaccc ggaagucauc cucgcccacg 60
ugacuuacca cguggug 77
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gauuuaccac guggug 76
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gcauacguca caagucacgu gggggggacc cgcuguaacc cggaaguagg ccccgucacg 60
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ugcuacguca ucgagacacg uggugccagc agcuguaaac ccggaagucg cugacacacg 60
ugucuuguca cgu 73
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<211> 78
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 380
gccauuuuaa guaagcaccg ccuagggaug acguauaagu ucaaagguca uccucagccg 60
gaacuuacac aaaauggu 78
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<211> 72
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 381
acgucauaug ucacgugggg aggcccugcu gcgcaaacgc ggaaguaggc cccgucacgu 60
gucauaccac gu 72
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<211> 77
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 382
ccauuuuaag uaaggcggaa gcagcuccac uuucucacaa aauggcggcg gggcacuucc 60
ggcuugccca aaauggc 77
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<211> 72
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 383
ccauuuuaag uaaggcggaa guuucuccac uauacaaaau ggcggcggag cacuuccggc 60
uugcccaaaa ug 72
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<211> 72
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 384
ccaucuuaag uaguugaggc ggacgguggc gugaguucaa aggucaccau cagccacacc 60
uacucaaaau gg 72
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
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cgccaucuua aguaguugag gcggacggug gcgugaguuc aaaggucacc aucagccaca 60
ccuacucaaa auggug 76
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<211> 73
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
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uuucggaccu ucggcgucgg gggggucggg ggcuuuacua aacagacucc gagaugccau 60
uggacacuga ggg 73
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<211> 76
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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oligonucleotide"
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ccauuuuaag uaggugccgu ccagcacugc uguuccgggu uaaagggcau ccucggcgga 60
accuauacaa aauggc 76
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<211> 73
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
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cuacgucauc gaugacgugg ggaggcguac uaugaaacgc ggaaguaggc cccgcuacgu 60
caucaucacg ugg 73
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<211> 73
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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oligonucleotide"
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ccauuuuaag uaaggcggaa gagcugcucu auauacaaaa uggcggagga gcacuuccgg 60
cuugcccaaa aug 73
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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oligonucleotide"
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ugccuacgua acaagucacg uggggagggu uggcguauaa cccggaaguc aauccuccca 60
cguggccugu cacgu 75
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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oligonucleotide"
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uaaguaaggc ggaaccaggc ugucaccccg ugucaaaggu caggggucag ccuuccgcuu 60
uacacaaaau gg 72
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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oligonucleotide"
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uaaguaaggc ggaaccaggc ugucaccccg ugucaaaggu caggggucag ccuuccgcuu 60
uacacaaaau gg 72
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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oligonucleotide"
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gcagccauuu uaagucagcu ucggggaggg ucacgcaaag uucaaagguc auccucaccg 60
gaacugguac aaaauggccg 80
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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ugcuacguca uaagugacgu agcugguguc ugcuguaaac acggaaguag gccccgccac 60
gucacuuguc acgu 74
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<213> Artificial Sequence
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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caagucacgu ggaggggacc cg 22
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<213> Artificial Sequence
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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auaagucacg ugguggggac ccg 23
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<213> Artificial Sequence
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uggggagggu uggcguauag cccgga 26
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ccccccccgg ggggggguuu gccc 24
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<213> Artificial Sequence
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aucagucacg ugggggaagg cgugc 25
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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agucacgugg ggaggguugg c 21
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<213> Artificial Sequence
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uaucguagcc gacgcggacc ccg 23
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<213> Artificial Sequence
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auuuugugau acgcgcgucc ccuccc 26
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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gaucgagcgu cccgugggcg ggu 23
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gaucgagcgu cccgugggcg ggu 23
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<212> RNA
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ugacgucaaa gucacguggg gagggcgg 28
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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ucuacuacgu acacuuccug gggugugu 28
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uggcuguugu cacgugacuu ga 22
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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uaaguaagca uggcgggcgg ugau 24
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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aaguaagcau ggcgggcggu ga 22
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<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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uaaguaguug aggcggacgg uggc 24
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<213> Artificial Sequence
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ucaugcuugc acaaaauggc ggacuuccg 29
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<213> Artificial Sequence
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aguagcugac gucaaggauu gac 23
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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aguagcugac gucaaggauu gac 23
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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auaagucacg ugguggggac ccg 23
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<212> RNA
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aagucagcuc uggggaggcg ugacuu 26
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<213> Artificial Sequence
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aguagcugac gucaaggauu gac 23
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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aggggucagc cuuccgcuuu a 21
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gucccugguc acgugacaug acguc 25
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cacagccggu caugcuugca caaa 24
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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cgggucgccg ccauauuugg ucacguga 28
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cauccucggc ggaagcuaca caa 23
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cauccucggc ggaagcuaca caa 23
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ggccccguca cgugauuugu cac 23
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ggccccguca cgugacuuac cac 23
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auccucgacg guaaccgcaa acaug 25
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agcacuuccg aauggcugag uuuucca 27
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auccucaccg gaacugacac aa 22
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cauccucggc gguaaccgca aagaug 26
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uaggccccga caugugacuc gu 22
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acagccuucc gcuuugcaca a 21
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cauccucggc gguaaccgca aagaugg 27
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uaggccccga caugugacuc guc 23
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uccucggcgg uaaccgcaaa 20
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ggccccgaca ugugacucgu c 21
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ggccccguca cgugacuuac cac 23
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ucaaacaccc agcgacacca aaaaaugg 28
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ccucgcccac gugacuuacc ac 22
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ccucggcgga accuauacaa 20
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gccccgucac gugauuuacc ac 22
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gcggcggagc acuuccgcuu ugcccaaa 28
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cauccucggc ggaagcuaca caa 23
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ggccccguca cgugacuuac cac 23
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caccgcacuu ccgugcuugc acaaa 25
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ucgcugacac acgugucuug ucac 24
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cauuuuaagu aagcaccgcc uagggaugac 30
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guaggccccg ucacguguca uaccac 26
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ggcggggcac uuccggcuug cccaa 25
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cggcggagca cuuccggcuu gcccaa 26
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caccaucagc cacaccuacu caaa 24
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accaucagcc acaccuacuc aaa 23
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gacuccgaga ugccauugga cacugagg 28
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aguaggugcc guccagca 18
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aaguaggccc cgcuacguca ucaucac 27
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<213> Artificial Sequence
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aaggcggaag agcugcucua uau 23
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<213> Artificial Sequence
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caauccuccc acguggccug ucac 24
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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aaggcggaac caggcuguca ccccgu 26
<210> 582
<211> 26
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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aaggcggaac caggcuguca ccccgu 26
<210> 583
<211> 24
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 583
cauccucacc ggaacuggua caaa 24
<210> 584
<211> 26
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 584
uaggccccgc cacgucacuu gucacg 26
<210> 585
<211> 609
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 585
atggctgagt tttccacgcc cgtccgcagc ggtgaagcca cggagggaga tcaccgcgtc 60
ccgagggcgg gtgccgaagg tgagtttaca caccgaagtc aaggggcaat tcgggctcgg 120
gactggccgg gctatgggca aggctctgaa aaaagcatgt ttattggcag gcattacaga 180
aagaaaaggg cgctgtcact gtgtgctgtg cgaacaacaa agaaggcttg caaactacta 240
atagtaatgt ggaccccacc tcgcaatgat caacagtacc ttaactggca atggtactca 300
agtgtactta gcccccacgc tgctatgtgc gggtgtcccg acgctgtcgc tcattttaat 360
catcttgctt ctgtgcttcg tgccccgcaa aacccacccc ctcccggtcc ccagcgaaac 420
ctgcccctcc gacggctgcc ggctctcccg gctgcgccag aggcgcccgg agatagagca 480
ccatggccta tggctggtgg cgccgaagga gaagacggtg gcgcaggtgg agacccagac 540
catggaggcc ccgctggagg acccgaagac gcagacctgc tagacgccgt ggccaccgca 600
gaaacgtaa 609
<210> 586
<211> 609
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 586
atggctgggt tttccacgcc cgtccgcagc ggtgaagcca cggagggagc tcagcgcgtc 60
ccgagggcgg gtgccgaagg tgagtttaca caccgcagtc aaggggcaat tcgggctcgg 120
gactggccgg gctatgggca agactctgaa aaatgcattt ttatcggcag gcattacaga 180
aagaaaaagg cactgtcact gtgtgcagtg cgagcaacac agaaggcttg caaacttcta 240
aaagttatgt ggagccctcc ccgcaacgat gaacattacc ttaagggaca atggtactca 300
agtatactta gctctcactc tgctttctgt ggctgccccg atgctgtcgc tcacttcaat 360
catcttgcta ctgtacttcg tgctccggaa aacccgggac cccccggggg acatcgacct 420
tctccgctcc gggtcctacc cgctctcccg gctgctcccg aggcgcccgg tgatcgagcg 480
ccatggccta tgggttgtgg aggagacggc gaaggaggtg gaagaggtgg agacgcagac 540
ggtggagacg ccgctggagg acccgccgac gcagacctgc tggacgccgt agacgccgca 600
gaacagtaa 609
<210> 587
<211> 609
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 587
atggctgagt tttccacgcc cgtccgcagc ggtgaagcca cggagggaga ttaccgcgtc 60
ccgagggcgg gtgccgaagg tgagtttaca caccgaagtc aaggggcaat tcgggctcgg 120
gactggccgg gctatgggca aggctctgaa aaaagcatgt ttattggcag gcattacaga 180
aagaaaaggg cgctgtcact gtgtgctgtg cgaacaacaa agaaggcttg caaactacta 240
atagtaatgt ggaccccacc tcgcaatgat caacagtacc ttaactggca atggtactca 300
agtgtactta acccccacgc tgctatgttc gggtgtcccg acgctgtcgc tcattttaat 360
catcttgctt ctgtgcttcg tgccccgcaa aacccacccc ctcccggtcc ccagcgaaac 420
ctgcccctcc gacgggtgcc ggctctcccg gctgcgccag aggcgcccgg agatagagca 480
ccatggccta tggcttgtgg caccgaagga gaagacggtg gcgcaggtgg aaacgcacac 540
catggaagcg ccgctggagg acccgaagac gcagacctgc tagacgccgt ggccgccgca 600
gaaacgtaa 609
<210> 588
<211> 453
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 588
atgtttattg gcaggcatta cagaaagaaa agggcgctgt cactgtgtgc tgtgcgaaca 60
acaaagaagg cttgcaaact actaatagta atgtggaccc cacctcgcaa tgatcaacag 120
taccttaact ggcaatggta ctcaagtgta cttagctccc acgctgctat gtgcgggtgt 180
cccgacgctg tcgctcattt taatcatctt gcttctgtgc ttcgtgcccc gcaaaaccca 240
ccccctcccg gtccccagcg aaacctgccc ctccgacggc tgccggctct cccggctgcg 300
ccagaggcgc ccggagatag agcaccatgg cctatggctg gtggcgccga aggagaagac 360
ggtggcgcag gtggagacgc agaccatgga ggcgccgctg gaggacccga agacgcagac 420
ctgctagacg ccgtggccgc cgcagaaacg taa 453
<210> 589
<211> 453
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 589
atgtttattg gcaggcatta cagaaagaaa agggcgctgt cactgtgtgc tgtgcgaaca 60
acaaagaagg cttgcaaact actaatacta atgtggaccc cacctcgcaa tgaccaacag 120
taccttaact ggcaatggta ctcaagtata cttagctccc acgctgctat gtgcgggtgt 180
cccgacgctg tcgctcattt taatcatctt gcgtctgtgc ttcgtgcccc gcaaaaccca 240
ccccctcccg gtccccagcg aaacctgccc ctccgacggc tgccggctct cccggctgcg 300
ccagaggcgc ccggagatag agcaccatgg cctatggctg gtggcgccga aggagaagac 360
ggtggcgcag gtggagacgc agaccatgga ggcgccgctg gaggacccga agacgcagac 420
ctgctagacg ccgtggccgc cgcagaaacg taa 453
<210> 590
<211> 453
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 590
atgtttattg gcaggcatta cagaaagaaa agggcgctgt cactgtgtgc tgtgcgaaca 60
acaaagaagg cttgcaaact actaatacta atgtggaccc cacctcgcaa tgaccaacag 120
taccttaact ggcaatggta ctcaagtata cttagctccc acgctgctat gtgcgggtgt 180
cccgacgctg tcgctcattt taatcatctt gcttctgtgc ttcgtgcccc gcaaaaccca 240
ccccctcccg gtccccagcg aaacctgccc ctccgacggc tgccggctct cccggctgcg 300
ccagaggcgc ccggagatag agcgccatgg cctatggctg gtggcgccga aggagaagac 360
ggtggcgcag gtggagacgc agaccatgga ggcgccgctg gaggacccga agacgcagac 420
ctgctagacg ccgtggccgc cgcagaaacg taa 453
<210> 591
<211> 387
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 591
atgccgtgga gaccgccggt acataacgtt ccaggtcgcg aaaatcaatg gtttgcagcg 60
ttttttcact cgcatgcttc tttctgcggc tgtggtgacc ctgttgggca tattaacagc 120
attgctcctc gctttcctaa cgccggtcca ccgagaccac ctccagggct agagcagcag 180
aaccccgagg gcccgacggg tcccggaggt ccccccgcca tcttgccagc tctgccggcc 240
ccggcagacc ctgaaccgcc gccacggctt ggtggtgggg cagatggagg cgccgctgga 300
ggcctcgcta tcgcagacgc acctggaggg tacgaagaag acgacctaga cgaacttttc 360
gccgccgccg ccgaggacga tatgtga 387
<210> 592
<211> 387
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 592
atgccgtgga gaccgccggc acataacgtt ccgggtaggg aaaatcaatg gttcgcagct 60
gtgtttcact cgcatgcttc ttggtgcggc tgtggtgacg ttgttgggca tcttaatacc 120
attgctactc gctttcctaa cgccggtccc ccgagaccac ctccagggct agaccagcag 180
aaccccgagg gcccggcggg tcccggaggt ccccccgcca tcttgcctgc tctgccggcc 240
ccggcagacc ctgaaccgcc gccacggcgt ggtggtgggg cagatggagg cgtcgatgga 300
ggcctcgcta tcgcaaacgc acctggagat tacggagacg acgacctaga cgaacttttc 360
gccgccgccg ccgaagacaa tatgtga 387
<210> 593
<211> 387
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 593
atgccgtgga aaccgccgcg acataacgtt ccgggtaggg aaaaccaatg gtttgcagca 60
gtgtttcact cgcatgcttc ttggtgcggc tgtgctgacg ttgttggcca tcttaatagc 120
attgctactc gctttcctaa catcggtccc ccgagaccac ctccagggct agaccagcag 180
aaccccgagg gcccggcggg tcccggaggt ccccccgcca tcttgcctgc tctgccggcc 240
ccggcaaacc ctgaaccgcc gccacggcgt ggtggtgggg cagatggagg cgccgctgga 300
ggcctcgcta tcgcagacgc acctggaggg tacgcagaag acgacctaga cgaacttttc 360
gccgccgccg ccgaggacga tatgtga 387
<210> 594
<211> 450
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 594
atgtttcctg gtaggatcca cagaaagaaa aggaaagtgc tattgtcccc actgcaccct 60
gcaccgaaaa ctcgccgggt tatgagctgg tctcgtccaa tacacgatgc cccagccatt 120
gagcgtaact ggtgggaatc cacagctcga tcccacgcat gttgctgtgg ctgcggtaat 180
tttgttaatc atattaatgt actggctaat cggtatggct ttactggctc cgcgcacacg 240
ccgggtggtc cccggccgag gcccccgaca gtgagctctg gtcccagtac ttcctaccga 300
caccccgaga ccggctttac catggcatgg ggatactggt ggagaaggcg cttctgcgac 360
cgaggagacg ctggaagaag gtggcggcgc cgccgagact acaacccaga agatctcgac 420
gctctgttcg acgccctcga cgaagagtaa 450
<210> 595
<211> 348
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 595
atgagctttg tagaaccctt actaaccagc acccacagag agatagcata ctaccatggc 60
tgtgttcaga tgcacaaagc cttctgtggg tgtgacaact ttcttaccca cctgcaacgc 120
ataacaacat acatctctgc taaccaacac actccaccca gcacaccctc aaacaccctc 180
cgtagagccc gggccctgcc cgcggctccg gagccagctc catggcgtgg acctggtggt 240
ggcagaggag gcgccgaagg tggccgtgga gaaggagaag gtggagaaga ctacgcacaa 300
gaagacctag acgccttgtt cgacgccgtc gcaagagata cagagtaa 348
<210> 596
<211> 465
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 596
atgcactttt ctcgaataaa cagaaagaaa aagaaagtgc tactgctttg cgtgccagca 60
gctaagaaaa aaccaactgc tatgagcttc tggagacctc cggtgcacaa tgtcacgggg 120
atccagcgcc tgtggtacga gtcctttcac cgtggccatg ctgctttttg tggttgtggg 180
gatcctatac ttcacattac tacacttgct gagacatatg gccatccaac aggcccgaga 240
ccttctgggt catcgggagt agaccccggc cccaatatcc gtcgagccag gcctgccccg 300
gccgctccgg agccctcaca ggttgattcc agaccggccc tgccatggca tggggatggt 360
ggaagcgacg gcggcgctgg tggttccgga agcggtggac ccgtggcaga cttcgcagac 420
gatggcctag accagctcgt cggcgcccta gacgacgaag agtaa 465
<210> 597
<211> 453
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 597
atgcactttt ctaggataca aagaaagaaa aggctattgc tactgcagac actgccagct 60
tcaaagaaaa ctaggcaact tctgagaggt atgtggagcc cacccacaga cgatgaacgt 120
gtccgtgagc gtaaatggct cctctcagtt tttcagtctc actgtgcttt ctgtggctgc 180
aatgatccta tcggtcacct ttgtcgcttg gctactctgt ctaaccgccc ggagagcccg 240
gggccctccg gaggaccccg tactcctcag atccggcacc tacccgctct cccggctgct 300
ccccaagagc ccggtgatcg agcaccatgg cctatggctg gtgggcccgg agacggagac 360
gctggcgccg ctggaagcgc aggccctgga gacgccgatg gaggacccgc agacgcagac 420
ctcgtcgccg ctatagacgc cgcagacatg taa 453
<210> 598
<211> 471
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 598
atgcactttc gcagagtctc agcgaaaagg aaactgctac tgcttcctct gcaccctgca 60
tcgcagacac ctgccatgag cttcagggcg ccctctctta atgccggtca acgagagcag 120
ctatggttcg agtccatcgt ccgatcccat gacagttatt gcgggtgtgg tgatactgtc 180
gctcatttta ataacattgc tactcgcttt aactatctgc ctgttacctc ctcgcctctg 240
gatccttcct cgggcccgcc gcgaggccgt ccagcgctcc gcgcactccc ggctctgcca 300
gcggcaccct ccaccccctc tactagccga ccatggcgtg gtggggcaga tggagaaggt 360
ggccgcggcg ccggtggagg agatggcggc gccgccgtag aaggagacta ccaacaagaa 420
gaactcgacg agctgttcgc ggccttggaa gacgaccaag aaagacggta a 471
<210> 599
<211> 444
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 599
atgtttcttg gcagggcctg gagaaagaaa aggcaagtgc cactgccgac actgccagtg 60
gtgccgcttc cacaaccttc acctatgagc agccagtgga gacccccggt tcacaatgtc 120
caggggctgg agcgcaattg gtgggagtgc ttcttccgtt ctcatgcttg tttttgtggc 180
tgtggtgatg ctattactca tattaatcat ctggcgactc gttttggacg tcctcctact 240
acctcaactc cccgaggacc gcaggcacct ccagtgactc cgtacccggc cctgccggcc 300
ccagagccta gccctgagcc atggcgtggc gccggtggcg atggcggccg tggtggagac 360
gccggaggcg ccgccggtgg agaaggagac ggaggagacc cagacgacgc cgcccttatc 420
gacgccgtcg acctcgcaga gtaa 444
<210> 600
<211> 441
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 600
atgtttcttg gtaaaattta cagacagaaa aggaaagtgc cactgtacgg cctgccagct 60
ccaaagaaaa aaccacctac tgctatgagc cactggagca gacccgtcca ccatgcaacg 120
gggatcgagc acctctggta ccagtctgtt attaacagcc attctgctag ctgcggttgt 180
ggcgatcctg tacgccactt tacttatctt gctgagaggt atggctttgc cccaacttcc 240
cgggccccgc cggtagcccc aacgcccacc atccgtagag ccaggcccgc gcctgccgct 300
ccggagcccc gtgccctacc atggcatggg gatggtggag acgaaggcgc aagtggtggt 360
ggagacgccg gttcgcccga agcagacttc gcagacgacg gattagacgc cctcgtcgcc 420
gcactcgacg aagaacagta a 441
<210> 601
<211> 453
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 601
atgtttctcg gcaggcctta cagaaagaag aggcaagtgc cactgcctgg cgtgcaccat 60
ccaccgcacc cacggcctag catgagccac cactggcggg agcccatcga caatgtcccc 120
aaccgggaga ggcactggct cgggtccgtc ctccgaggcc accgagcttt ttgtggttgt 180
cgggatcctg tgcttcattt tactaatctg gttgcacgtt acaatcttca gggcggtggt 240
ccctcagcgg gtagtcttag ggatccgccg ccactgagga gggcgctgcc gccaccgccg 300
tccccccgac cgccatgtcc tggtggggat ggcgccgccg atggtggtgg aagccacgga 360
ggcgatggag acgcaggagg gcgcgccgcc cgagacgact accgcgacga cgatatagaa 420
gacctactcg ccgctatcga ggcagacgag taa 453
<210> 602
<211> 426
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 602
atgcgatttt ctcgaattta tcgcagaaag aagaggctac tgccactgct actggtgcca 60
acagaaccga aagaacaatt tgtgatgagc tggcgctgtc ccttagaaaa tgcctataag 120
agggaaatta acttcctcag agggtgccaa atgcttcaca cttgtttttg tggttgtgat 180
gattttatta atcatattat tcgcctacaa aatcttcacg ggaatttaca ccaacccacc 240
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gagtaa 426
<210> 603
<211> 492
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 603
atgggcaacg ctcttagggt attcattctt aaaatgttta tcggcagggc ctaccgccac 60
aagaaaagga aagtgctact gtccgcactg cgagctccac aggcgtctcg gagggctatg 120
agttggagac cccctgtaca cgatgcgccc ggcatcgagc gcaattggta cgaggcctgt 180
ttcagagccc acgctggaac ttgtggctgt ggcaatttta ttatgcacat taatcttctg 240
gctgggcgtt atggttttac tccggtatca gcaccaccag gtggtcctcc tccgggcacc 300
ccgcagataa ggagagccag acctagtccc gccgcgcccg aacagcccca ggccctacca 360
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gacgaacagt aa 492
<210> 604
<211> 1665
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 604
atggcacacc cgggcatgat gatgctaagc aaaatgaaaa tactagtacc cagttctgac 60
accagaccgg ggggcagacg cagagtaaaa gttaaaataa gacccccggc ccttttagaa 120
gacaagtggt acactcagca agatctagcg cccgttaatc ttgtgtcact tgtggtttct 180
gcgactagct tcatacatcc gtttagccaa ccacaaacga acaacatttg cacaactttt 240
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tataaaaaat tatttcaaaa attatacact aaatgctgct actttgaaac atttcaaaca 360
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actggaaaca atagtacttt tggctgctgt acatataacc ccactgaaga aataggtaaa 540
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tacggacgtg cctcaattaa gtactttgaa tatcacacag gactatacag ttccatattt 660
ttaagtccac taaggagcaa cctagaattt tctacagcat accaggatgt aacatacaat 720
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actacattta acgaaacaca gtgcaaatgt gtactaactg acctgcccct gtggtccctg 840
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caagtaatgc atgacattat tctgactgga ccttttagtt acaaagatga ctctgtaatg 1140
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caagcgggta tacacatgaa cccccgcgca tttcaagagc tgtaa 1665
<210> 605
<211> 342
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 605
atgagctggt gtactccagt tgaaaatgcc tataagagag agatccactt tctcaggggc 60
tgtcaactgc ttcacactag cttttgtggt tgcgatgatt ttattaatca tattattcgc 120
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ctagacgcac tgtacgacgc cgtcgccgca gaccaagagt aa 342
<210> 606
<211> 348
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 606
atgagctttg tagaaccgtt actaagcagc acccaccgag agatagcatt ctaccatggc 60
tgtgttcaaa tgcacaaggc cttctgtggc tgtgacaact ttcttaccca cctgcagcgc 120
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gaagacctag acgacttgtt cgccgccgtc gcaagagata cagagtaa 348
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 607
atgagtctgt ggcgaccccc ggtccacaat gcccccggca gagagagact ttggtttcag 60
gcctgttacg aatctcacag tgctttttgt ggctgtggta gctttattct tcatcttact 120
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
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atgaatctct ggcgaccccc tctgagaaat atcccccaca gggagagatg ttggcttgag 60
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 609
atgccgtgga gaccgccggc tcataacgtc caggggcgag agagccagtg gttcgcggct 60
tgttttcacg gccacgcttc gttttgcggc tgcggtgact ttattgggca tattaacagc 120
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<210> 610
<211> 393
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 610
atgccgtgga gaccgccggt gcatagtgtc caggggcgag aggatcagtg gttcgcgagc 60
ttttttcacg gccacgcttc attttgcggt tgcggtgacg ctgttggcca tcttaatagc 120
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<210> 611
<211> 339
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 611
atgccgtggt ctctgccgag acataatatc agaacgagag aagatctctg ggtgcaatcg 60
attctttatt cacatgacac tttttgtggc tgtgataata ttcctgagca tcttactggc 120
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<210> 612
<211> 354
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 612
atgtcgtgga gaccgccgag ccaaaattta ctgcaaagag aagaggcctg gtactcagct 60
tttcttagct cgcattctac attttgcggt tgtactgacc ctctgctgca tattactctc 120
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gcagaagaag acctagaaga actgttcgcc gccgcggcag aagacgatat gtga 354
<210> 613
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 613
atgtcgtggg ctccgccgct attcaactcg aaacagagag aggaccagtg gtaccagtca 60
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<210> 614
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 614
atgccgtggc atccaccggg ctacaacgtt caacagagag aagagctctg ggtacagaca 60
gttactactt cacatgctac tttttgcggc tgtggtgacc ctagtagcca tcttcaccgc 120
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 615
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<213> Torque teno virus
<400> 616
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<213> Torque teno virus
<400> 617
atgagcttct ggagacctcc ggtgcacaat gccacgggga tccagcgcct gtggtacgag 60
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 618
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<213> Torque teno virus
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<213> Torque teno virus
<400> 620
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<213> Torque teno virus
<400> 621
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
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atgggcaagg ctcttagagt attcattctt aatatgcgct tttccagaat ttacaaacag 60
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
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atgcactttt ctcgaataag cagaaagaaa aggaaagtgc tactgctttg cgtgccagca 60
gctaagaaaa aaccaactgc tatgagcttc tggagacctc cggtgcacaa tgtcacgggg 120
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taa 483
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<213> Torque teno virus
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 637
ctgccactgc tacctgtgcc agctacaccg caagaacggc ctagtcgtgc gcccctgatg 60
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 638
gatcctctta cccatcttgc tgctctgcta ccaggcagac aagcttctcg tcagaatact 60
ccttctgctc cacctccgcg ccccccgccg ccgaccccga ggcagggcca gggctctggg 120
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 639
tctcatgatg ctttctgtgg ctgcgacgat cctcttaccc atcttgctgc tctgctacca 60
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<210> 640
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 640
caagaacggc ctagtcgtgc gcccctgatg gcctgcggac ccagaggatg gatgcccccc 60
aacttcgggg gacacgacag agaaaatgct tggtgcaaat ctgttaaatt gtctcatgat 120
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gaaggagacg cagacgccga agggtaa 507
<210> 641
<211> 531
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 641
ctgctacctg tgccagctac accgcaagaa cggcctagtc gtgcgcccct gatggcctgc 60
ggacccagag gatggatgcc ccccaacttc gggggacacg acagagaaaa tgcttggtgc 120
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<210> 642
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 642
atgttcctcg gcaggccgtg gagaaagagg agggcggccg ggaagaaagg gccactgcca 60
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 643
atgttcctcg gcaggccgtg gagaaagagg agggcggccg ggaagaaagg gccactgcca 60
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<213> Torque teno virus
<400> 644
atgttcctcg gcaggccgtg gagaaagagg agagcggcag ggaagaaagg gccactgcca 60
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<213> Torque teno virus
<400> 645
atggctgagt ttatgctgcc cgtccgcaga gaggagccac ggcgggggat ccgaacgtcc 60
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<213> Torque teno virus
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<212> DNA
<213> Torque teno virus
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<212> DNA
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atgagctggt gtactccagt tgaaaatgcc tataagagag agatccactt tctcaggggc 60
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attattttca gccataatac tttttgcggc tgcggtgacc ttgttaggca tttttgcgtc 120
gttgcttctc gctttactga gcctcctgta gtgccggccc taccggcacc ggtaccggca 180
ccgccacggc gtggtacaga agaagaaggt ggagaccgtg gagaagacgc cgcagaccgt 240
ggaccctacg cagaagaaga gctagaagat ttgttcgccg ccgcccgaga agacgatatg 300
cgtcgtcttc aaaagacccc gactggaaac ccagtacaaa ggaacccaag aaaccccaga 360
agaagacgcc tacactttac tcaaagcact ccaaaaagag caagagagca gcagctcgga 420
agaagaactc ccacaagaag agcaagagat ccaaaaaaca caactcctca agcagctcca 480
actccagcag cagcaacagc gaatcctcaa gaggggaatc agacacctct tcggagacgt 540
cctccgactc agaaaaggag tccactccaa cccagaccta ttataatacc agcagaggaa 600
atcccagacc tgcttttccc caatactggt aaaaaaaaaa aattctctcc attcgattgg 660
gagacagagc agcagctcgc atgctggatg cggcgcccca tgcgcttcta tccaacagac 720
cccccgttct acccctggct accccccaag cgagatatcc ccaatatatg taaagtcaac 780
ttcaaaataa attactcaga gtaa 804
<210> 685
<211> 846
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 685
atgccgtggc atccaccggg ctacaacgtt caacagagag aagagctctg ggtacagaca 60
gttactactt cacatgctac tttttgcggc tgtggtgacc ctagtagcca tcttcaccgc 120
attcttagcc gccttaataa cagcagccgg cggccccccg aaaccccaaa ccccattcgt 180
gccctaccgg ccctaccggc accccaagaa cctgaacagc cgccatcacg gcctggtacc 240
ggtacagaag aaggccatgg cgccgaagga ggcgaccgag gtggggccta cgcagaagaa 300
gatttagaag atcttttcgc ggccgcggaa gaagacgata tgcgtcgtgt caaaaagacc 360
ccgattggaa acccagtacc acggccaaca cgaaagccaa gaagaagacg cctatctttt 420
actcaaacaa ctccaggaag agcaagaaac gagcagttcg gagggagaac aagcacccca 480
agaaaaaaca ctccaaaaag aaaagctcct caagcagctg cagctccaca agcagcagca 540
gcaactcctc agaaaaggaa tcagacacct cctcggggac gtcctccgac tcagacgggg 600
agtccactgg gacccaggcc tatagtactg cctccagagc ctattccaga cttgcttttc 660
ccaaatacta aaaaaaaaaa gaaattttcg cccttagact gggagaacga ggctcaaata 720
gcagggtggt tagacaggcc tatgaggctg tatcctgggg acaacccctt ctacccgtgg 780
ctaccaaaaa agccacctac ccaccctaca tgtagagtaa ccttcaaaat aaagctagat 840
gattaa 846
<210> 686
<211> 891
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 686
atgtcgtggc gaccgccgtt gcattctatc caaggcagag aagatcaatg gtatgcaggc 60
atctttcata cgcattttgc tttttgcggt tgtggtgacc ctgttgggcg tattaaccgc 120
attgctcacc gctttcctaa cgccggtccc ccgagaccac ctccagggct agaccagccc 180
aacctcggag ggccggaagg tccaggaggt gcccctagag ccctgccagc cctgccggcc 240
ccggcagagc cagagccggc accacggcgt ggtggtgggg ccgatggaga cagcgccgct 300
ggggccgccg ccgccgcaga ccatggaggg tacgacgaag gagacctaga agatcttttc 360
gccgccgccg ccgaggacga tatggccttt atcaagaaaa agaaacaagc tcgacacaaa 420
gatgccaggc cccccaaccc ccgaaaaaga aagctacact ttactccaag ccctccaaga 480
gtcgggccag gagagcagct cccaggacga agaacaagca ccccaaaaag aagagaacca 540
gaaagaagcg ctcgtggagc agctccagct ccagaaacag caccagcgag tcctcaagcg 600
aggcctcaaa ctcctcttgg gagacgtcct ccgactccgc cgcggagtcc actgggaccc 660
cctcctatcc taattcaggg tccctctatc ccagacctgc ttttccctaa cactcaaaaa 720
aaacccaaat tttccaactt cgactgggcc accgagtacc aaatagccaa gtggccagac 780
cgccctttga ggcactaccc ctcagacctc cctcactacc cgtggctacc aaaaaagcca 840
cctacccagc ctacatgtag agtaagtttc aaattaaagc ttgatgccta a 891
<210> 687
<211> 801
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 687
atgagtattt ggaggcctcc actgcacaat gtcccgggac tcgaacacct ctggtacgag 60
tcagtgcatc gtagccatgc tgctgtttgt ggctgtgggg atcctgtacg ccatcttact 120
gctcttgctg aaagatatgg cattccggga gggtcgcggt cttctggggc accgggagta 180
gggggcaacc acaaccctcc ccagatccgt cgagcccgcc acccggcggc tgctccggac 240
cccccagcag gtaaccagcc tccggccctg ccatggcatg gggatggtgg aaacgaaagc 300
ggcgctggtg gtggagaaag cggtggaccc gtggccgact tcgcagacga tggcctagac 360
gatctcgtcg ccgccctcga cgaagaagaa agaagacttc aatatccaag agagacaaca 420
aagagaacag agaccgtgga cgagcgaaag cgagagcgaa gcagaagccc aagaagagac 480
gcaggcgggc tcggtccgag agcagctcca gcagcagctc caagagcagt ttcaactccg 540
aagagggctc aagtgcctct tcgagcagtt agtcagaacc caacagggag tccacgtaga 600
tccctgcctc gtgtaggccc ggagcagtgg ctactccccg agagaaagcc taagcccgct 660
cctacttcag gagactgggc tatggagtac ctaatgtgca aaataatgaa taggcctcct 720
cgctctcagc ttactgaccc cccattttac ccttactgca aaaataatta caatgtaacc 780
tttcagctta actacaaata a 801
<210> 688
<211> 801
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 688
atgagcttct ggagacctcc ggtgcacaat gccacgggga tccagcgcct gtggtacgag 60
tcctttcacc gtggccatgc tgctttttgt ggttgtgggg atcctatact tcacattact 120
gcacttgctg agacatatgg ccatccaaca ggcccgagac cttctgggcc accgcgagta 180
gaccccgatc cccagatccg tagagccagg cctgccccgg ccgctccgga gccctcacag 240
gttgagccga gacctgccct gccatggcat ggggatggtg gaagcgacgg cggcgctggt 300
ggttccggaa gcggtggacc cgtggcagac ttcgcagacg atggcctcga tcagctcgtc 360
gccgccctag acgacgaaga aaaaaggctc agattcactc caaagagaat cgagaccgtg 420
gagcaactcg gagaccgagg cagagacaga agccccctcg gaagaagagc cggagaacca 480
agaagaacaa gtactccagt tgcagctccg acagcagctc cgagaacagc gaaaactcag 540
acagggaatc cagtgcctct tcgagcaact gataacaacc caacaggggg ttcacaaaaa 600
cccattgcta gagtaggccc agagcagtgg ctgtttcccg agagaaagcc aaaaccacct 660
cccaccgccc aggactgggc ggaggagtac actgcctgta aatactgggg taggccacct 720
cgcaaattcc tcacagacac gccattctat actcactgca agaccaatta caatgtaacc 780
tttatgctta actatcaata a 801
<210> 689
<211> 516
<212> DNA
<213> Torque teno virus
<400> 689
atgggactgg cgacgggggc tttttggtgc agatgctatc cagagagtgt cacaaaaacc 60
ggaagatgct ctccgcttta caaacccttt caagagaccc agatatcttc ccccgacaga 120
cggagaagac taccgacaag aagaagactt cgctttacag gaaagaagac ggcgcacatc 180
cacagaagaa gtccaggacg aggagagccc cccgcaaaac gcgccgctcc tacagcagca 240
gcagcagcag cgggagctct cagtccagca cgcggagcag cagcgactcg gagtccaact 300
ccgatacatc ctccaagaag tcctcaaaac gcaagcgggt ctccacctaa accccctatt 360
attaggcccg ccacaaacaa ggtgtatatc tttgagcccc ccagaggcct actccccata 420
gtgggaaaag aagcctggga ggacgagtac tgcacctgca agtactggga tcgccctccc 480
agaaccaacc acctagacac ccccacttat ccctag 516
<210> 690
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer"
<400> 690
attcgaatgg ctgagtttat gc 22
<210> 691
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer"
<400> 691
cacgaattag ccaagactgg gcac 24
<210> 692
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer"
<400> 692
gctcccactc ctgatttctg 20
<210> 693
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer"
<400> 693
ccttgactac ggtggtttca c 21
<210> 694
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer"
<400> 694
tgcaggcatt cgagggcttg tt 22
<210> 695
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer"
<400> 695
tttaaccccc tagtcccagg 20
<210> 696
<211> 56
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 696
tttgtgacac aagatggccg acttccttcc tctttagtct tccccaaaga agacaa 56
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer"
<400> 697
gaagcccacc aaaagcaatt 20
<210> 698
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer"
<400> 698
agttcccgtg tctatagtcg a 21
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<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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probe"
<400> 699
acttcgttac agagtccagg gg 22
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer"
<400> 700
agcaacaggt aatggaggac 20
<210> 701
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
primer"
<400> 701
tggaagctgg ggtctttaac 20
<210> 702
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
probe"
<400> 702
tctaccttag gtgcaaaggg cc 22
<210> 703
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 703
cgggtgccgg aggtgagttt acacaccgca gtcaaggggc aattcgggct cgggactggc 60
cgggctwtgg g 71
<210> 704
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 704
cgggtgccgt aggtgagttt acacaccgca gtcaaggggc aattcgggct cgggactggc 60
cgggctatgg g 71
<210> 705
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 705
cgggtgccgg aggtgagttt acacaccgca gtcaaggggc aattcgggct cgggactggc 60
cgggccctgg g 71
<210> 706
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 706
cgggtgccgg aggtgagttt acacaccgca gtcaaggggc aattcgggct cgggactggc 60
cgggctttgg g 71
<210> 707
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 707
cgggtgccgg aggtgagttt acacaccgca gtcaaggggc aattcgggct cgggactggc 60
cgggctatgg g 71
<210> 708
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 708
cgggtgccgg aggtgagttt acacaccgaa gtcaaggggc aattcgggct caggactggc 60
cgggctttgg g 71
<210> 709
<211> 169
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
polynucleotide"
<220>
<221> modified_base
<222> (20)..(20)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<220>
<221> modified_base
<222> (22)..(22)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<220>
<221> modified_base
<222> (40)..(42)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<220>
<221> modified_base
<222> (53)..(56)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<220>
<221> modified_base
<222> (62)..(62)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<220>
<221> modified_base
<222> (64)..(64)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<220>
<221> modified_base
<222> (97)..(98)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<400> 709
gccgccgcgg cggcggsggn gnsgcgcgct dcgcgcgcsn nncrccrggg ggnnnncwgc 60
sncncccccc cccgcgcatg cgcgggkccc ccccccnncg gggggctccg ccccccggcc 120
cccccccgtg ctaaacccac cgcgcatgcg cgaccacgcc cccgccgcc 169
<210> 710
<211> 156
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
polynucleotide"
<400> 710
gcggcggggg ggcggccgcg ttcgcgcgcc gcccaccagg gggtgctgcg cgcccccccc 60
cgcgcatgcg cggggccccc ccccgggggg gctccgcccc cccggccccc ccccgtgcta 120
aacccaccgc gcatgcgcga ccacgccccc gccgcc 156
<210> 711
<211> 115
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
polynucleotide"
<400> 711
cggcggcggc ggcgcgcgcg ctgcgcgcgc gcgccggggg ggcgccagcg cccccccccc 60
cgcgcatgca cgggtccccc cccccacggg gggctccgcc ccccggcccc ccccc 115
<210> 712
<211> 121
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
polynucleotide"
<400> 712
ccgtcggcgg gggggccgcg cgctgcgcgc gcggcccccg ggggaggcac agcctccccc 60
ccccgcgcgc atgcgcgcgg gtcccccccc ctccgggggg ctccgccccc cggccccccc 120
c 121
<210> 713
<211> 104
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
polynucleotide"
<400> 713
cggcggcggc gcgcgcgcta cgcgcgcgcg ccggggggct gccgcccccc ccccgcgcat 60
gcgcggggcc cccccccgcg gggggctccg ccccccggcc cccc 104
<210> 714
<211> 122
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
polynucleotide"
<400> 714
gccgccgcgg cggcgggggg cggcgcgctg cgcgcgccgc ccagtagggg gagccatgcg 60
cccccccccg cgcatgcgcg gggccccccc ccgcgggggg ctccgccccc cggccccccc 120
cg 122
<210> 715
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 715
cgggtgccgk aggtgagttt acacaccgma gtcaaggggc aattcgggct crggactggc 60
cgggcyhtgg g 71
<210> 716
<211> 79
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<220>
<221> modified_base
<222> (20)..(20)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<220>
<221> modified_base
<222> (22)..(22)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<220>
<221> modified_base
<222> (40)..(42)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<220>
<221> modified_base
<222> (53)..(56)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<220>
<221> modified_base
<222> (62)..(62)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<220>
<221> modified_base
<222> (64)..(64)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<400> 716
gccgccgcgg cggcggsggn gnsgcgcgct dcgcgcgcsn nncrccrggg ggnnnncwgc 60
sncncccccc cccgcgcat 79
<210> 717
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<220>
<221> modified_base
<222> (18)..(19)
<223> a, c, t, g, unknown or other
<400> 717
gcgcgggkcc cccccccnnc ggggggctcc g 31
<210> 718
<211> 59
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 718
ccccccggcc cccccccgtg ctaaacccac cgcgcatgcg cgaccacgcc cccgccgcc 59
<210> 719
<211> 7
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 719
gcggcgg 7
<210> 720
<211> 7
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 720
gggggcg 7
<210> 721
<211> 6
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 721
gccgcg 6
<210> 722
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 722
ttcgcgcgcc gcccaccagg gggtg 25
<210> 723
<211> 5
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 723
ctgcg 5
<210> 724
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 724
cgcccccccc cgcgcat 17
<210> 725
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 725
gcgcggggcc ccccccc 17
<210> 726
<211> 72
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 726
gggggggctc cgcccccccg gccccccccc gtgctaaacc caccgcgcat gcgcgaccac 60
gcccccgccg cc 72
<210> 727
<211> 14
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 727
cggcggcggc ggcg 14
<210> 728
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 728
cgcgcgctgc gcgcgcg 17
<210> 729
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 729
cgccgggggg gcgccagcg 19
<210> 730
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<221> source
<223> /note="Description of Artificial Sequence: Synthetic
oligonucleotide"
<400> 730
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Legal Events
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