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KR102549625B1 - 개인화된 면역원성 펩타이드 확인 플랫폼 - Google Patents

개인화된 면역원성 펩타이드 확인 플랫폼 Download PDF

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KR102549625B1
KR102549625B1 KR1020197029092A KR20197029092A KR102549625B1 KR 102549625 B1 KR102549625 B1 KR 102549625B1 KR 1020197029092 A KR1020197029092 A KR 1020197029092A KR 20197029092 A KR20197029092 A KR 20197029092A KR 102549625 B1 KR102549625 B1 KR 102549625B1
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줄리아나 리스지에위츠
레벤테 몰나르
에니코 알. 토케
조세프 토스
오소랴 로링츠
졸트 치즈조부스키
에스터 소모기
카탈린 판탸
모니카 메게시
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트레오스 바이오 리미티드
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Abstract

본 발명은 특정 인간 대상에 대해 면역원성인 폴리펩타이드의 단편을 확인하는 방법, 그러한 폴리펩타이드 단편을 포함하는 개인화된 약제학적 조성물, 그러한 폴리펩타이드 단편을 포함하는 인간 대상 특이적 약제학적 조성물을 제조하는 방법, 및 그러한 조성물을 사용하여 치료하는 방법에 관한 것이다. 상기 방법은 대상의 다수의 HLA에 결합하는 폴리펩타이드의 단편을 확인하는 단계를 포함한다.

Description

개인화된 면역원성 펩타이드 확인 플랫폼
본 발명은 폴리펩타이드가 특정 인간 대상에 대해 면역원성인지 여부를 예측하는 방법, 특정 인간 대상에 면역원성인 폴리펩타이드의 단편을 확인하는 방법, 이러한 폴리펩타이드 단편을 포함하는 개인화되거나(personalised) 또는 정밀한(precision) 약제학적 조성물 또는 키트를 제조하는 방법, 이러한 폴리펩타이드 단편을 포함하는 인간 대상 특이적 약제학적 조성물, 및 이러한 조성물을 사용한 치료방법에 관한 것이다.
수십 년 동안, 과학자들은 만성 질환(chronic diseases)이 개인의 자연 방어 범위를 벗어났다고 가정하였다. 그러나, 최근에, 면역 억제 분자를 차단하는 항체로 치료된 개인에게서 관찰 된 상당한 종양 퇴행(tumor regressions)은 암 면역 요법 분자를 가속화하였다. 이러한 임상 발견은 기존(existing) T 세포 반응의 재활성화가 개인에게 의미 있는 임상적 이점을 가져온다는 것을 설명한다. 이러한 진보는 종양 특이적 T 세포 반응을 유도하는 암 백신 개발에 대한 열정을 되살렸다.
상기 가망성(promise)에도 불구하고, 현재의 면역 요법은 일부 개인에게만 효과적이다. 또한, 개인에서 낮은 종양 퇴행 및 항 종양 T 세포 반응 때문에, 대부분의 암 백신 시험은 통계적으로 유의미한 효능을 입증하지 못했다. 유사한 실패는 HIV 및 알레르기 분야에서 T 세포 반응을 유도하기 위해 추구하는 치료적 및 예방적 백신에서도 보고되었다. 면역요법 및 백신의 임상적 실패를 극복할 필요성이 존재한다.
항원 제시 세포(antigen presenting cells, APC)에서, 단백질 항원은 펩타이드로 가공된다. 이들 펩타이드는 인간 백혈구 항원 분자(human leukocyte antigen molecules, HLA)에 결합하고 세포 표면에서 펩타이드-HLA 복합체로 T 세포에 제시된다. 다양한(Different) 개인은 다양한(Different) HLA 분자를 발현하고 다양한(Different) HLA 분자는 다양한(Different) 펩타이드를 제시한다. 따라서, 최신 기술에 따르면, 펩타이드, 또는 더 큰 폴리펩타이드의 단편은 그것이 대상에서 발현되는 HLA 분자에 의해 제시되는 경우에 특정 인간 대상에 대해 면역원성으로 확인된다. 다시 말해서, 최신 기술은 면역원성 펩타이드를 HLA 제한 에피토프로 기술한다. 그러나, HLA 제한 에피토프는 HLA 분자를 발현하는 개인의 일부에서만 T 세포 반응을 유도한다. 한 개인에서 T 세포 반응을 활성화하는 펩타이드는 HLA 대립 유전자 매칭에도 불구하고 다른 개인에서는 불활성화한다. 따라서, 개인의 HLA 분자가 T 세포 반응을 적극적으로 활성화하는 항원 유래 에피토프를 어떻게 나타내는지는 알려지지 않았다.
본원에서 제공된 바와 같이, 개인에 의해 발현되는 다수의(mutiple) HLA는 T 세포 반응을 촉발하기 위해 동일한 펩타이드를 제시할 필요가 있다. 따라서, 특정 개인에 대해 면역원성인 폴리펩타이드 항원의 단편은 해당 개인에 의해 발현되는 다수의(mutiple) 클래스 I (세포독성 T 세포 활성화) 또는 클래스 II(도움 T 세포 활성화) HLA에 결합할 수 있는 것들이다.
따라서, 제 1 양태에서, 본 발명은 폴리펩타이드 또는 폴리펩타이드의 단편이 특정 인간 대상에게 면역원성인지 여부를 예측하는 방법으로서, 하기의 단계를 포함하는 방법을 제공한다
(i) 폴리펩타이드가 다음을 포함하는지 여부를 결정하는 단계:
(a) 대상의 적어도 2개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열; 또는
(b) 대상의 적어도 2개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열; 및
(ii) 다음을 예측하는 단계
A. 폴리펩타이드가 단계 (i)의 요구를 충족하는 적어도 하나의 서열을 포함하는 경우, 폴리펩타이드가 대상에 대해 면역원성인 것; 또는
B. 폴리펩타이드가 단계 (i)의 요구를 충족하는 적어도 하나의 서열을 포함하지 않는 경우 폴리펩타이드가 대상에 대해 면역원성이 아닌 것.
본 발명은 또한 특정 인간 대상에 대해 면역원성인 폴리펩타이드의 단편을 확인하는 방법으로서, 하기의 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
(i) 폴리펩타이드가 다음을 포함하는지 결정하는 단계:
(a) 대상의 적어도 2개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열; 또는
(b) 대상의 적어도 2개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열; 및
(ii) 상기 서열을 대상에 대해 면역원성인 폴리펩타이드의 단편으로서 확인하는 단계.
일부 실시예에서, 본 발명의 방법은 특정 인간 대상의 HLA 클래스 I 유전자형 및/또는 HLA 클래스 II 유전자형을 결정 또는 획득하는 단계를 포함한다.
특정 폴리펩타이드 항원은 특정 개인의 다수의(mutiple) HLA에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 하나 이상의 단편을 포함할 수 있다. 이러한 모든 단편의 조합된 그룹은 개인의 항원 특이적 T 세포 반응 세트를 특징으로 하며, 각각의 단편의 아미노산 서열은 각각 활성화된 T 세포 클론의 특이성(specificity)을 특징으로 한다.
따라서, 일부 경우에, 대상의 적어도 2개의 HLA 클래스 I 및/또는 적어도 2개의 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 폴리펩타이드의 모든 단편이 확인 될 때까지 방법을 반복한다. 이 방법은 폴리펩타이드에 대한 대상의 면역 반응을 특징으로 한다.
본 발명은 치료를 필요로 하는 인간 대상의 치료 방법을 추가적으로 제공하며, 상기 방법은 대상에 상술한 임의의 방법에 의해 확인된 또는 선택된 폴리펩타이드, 약제학적 조성물 또는 폴리펩타이드 패널의 폴리펩타이드의 키트를 투여한는 단계를 포함하거나, 또는 상술한 임의의 방법에 의해 확인되거나 선택된 폴리펩타이드의 단편을 포함한다; 본 발명은 관련(relevant) 인간 대상의 치료방법에서의 용도를 제공하며; 및 본 발명은 관련 대상을 치료하기 위한 의약의 제조에서 그들의 용도에 대해 제공한다.
상술한 방법에 따른 특정 인간 대상에 대해 면역원성인 것으로 결정된 폴리펩타이드의 단편은 인간 대상 특이적 면역원성 조성물 제조를 위해 사용될 수 있다.
따라서 다른 양태에서, 본 발명은 특정 인간 대상의 치료 방법에서 사용하기 위해 인간 대상 특이적 약제학적 조성물 또는 키트 또는 폴리펩타이드의 패널을 설계 또는 제조하는(designing or preparing) 방법으로, 상기 방법은 다음을 포함하는 것인, 방법을 제공한다.
(i) 상술한 방법으로 대상에 대해 면역원성인것으로 확인된 단편인, 폴리펩타이드 단편을 선택하는 단계;
(ii) 단계 (i)에서 선택된 단편이 HLA 클래스 I 결합 에피토프인 경우, 선택적으로 폴리펩타이드의 긴 단편(longer fragment)을 선택하는 단계, 긴 단편은 다음에 해당함
a. 단계 (i)에서 선택된 단편을 포함; 및
b. 대상의 적어도 3개 또는 가장 가능한(most possible) 대상의 HLA 클래스 II 분자에 결합 할 수 있는 T 세포 에피토프임;
(iii) 폴리펩타이드의 최대 50개의 연속 아미노산의 제 1 서열을 선택하는 단계, 상기 연속 아미노산은 단계 (i)에서 선택되는 단편 또는 단계 (ii)에서 선택되는 긴 단편의 아미노산 서열을 포함함;
(iv) 제 1 아미노산 서열과 동일하거나 상이한 폴리펩타이드의 최대 50 개의 연속 아미노산의 제 2 아미노산 서열을 선택하기 위해 단계 (i) 내지 (iii)을 반복하는 단계;
(v) 선택적으로 제 1 및 제 2 아미노산 서열과 동일 하거나 상이한 폴리펩타이드의 최대 50개의 연속 아미노산의 하나 또는 그 이상의 추가 아미노산 서열을 선택하기 위해 추가적으로 단계 (i) 내지 (iii)를 반복하는 단계; 및
(vi) 이전 단계들에서 선택된 모든 아미노산 서열을 함께 갖는 유효성분 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드(active ingredients one or more polypeptides)를 갖는 대상 특이적 약제학적 조성물, 키트 또는 폴리펩타이드의 패널를 설계하는 단계 또는 제조하는 단계로, 선택적으로 상기 하나 또는 그 이상, 또는 각각의 서열은 폴리펩타이드의 아미노산 서열의 일부가 아닌 추가 아미노산에 의해 N 및/또는 C 말단(terminus) 측면에 위치하는 것인, 단계.
일부 경우에, 각각의 펩타이드는 선택된 아미노산 서열 중 하나로 이루어지거나, 또는 단일 펩타이드에서 끝에서 끝까지(end to end) 배열되거나 오버래핑(overlapping)되는 둘 또는 그 이상의 선택된 아미노산 서열로 이루어진다.
본 발명은 치료를 필요로 하는 특정 인간 대상의 치료방법에서 사용하기 위한 인간 대상 특이적 약제학적 조성물, 키트 또는 폴리펩타이드의 패널을 추가적으로 제공하며, 상기 조성물, 키트 또는 패널은 유효성분으로 제 1 및 제 2 펩타이드 및 선택적으로 하나 이상의 추가 펩타이드를 포함하는 것이며, 상기 각각의 펩타이드는 대상의 적어도 2개의 HLA 클래스 I 분자 및/또는 적어도 2개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 것이며, 제 1, 제 2, 및 선택적으로 임의의 추가 펩타이드의 T 세포에피토프의 상기 아미노산 서열은 각각 상이한 것이며, 및 상기 약제학적 조성물 또는 키트는 선택적으로 적어도 하나의 약제학적으로 허용되는 희석제, 담체 또는 보존제를 포함하는 것이다.
본 발명은 치료를 필요로 하는 특정 인간 대상의 치료방법에서 사용하기 위한 인간 대상 특이적 약제학적 조성물, 키트 또는 폴리펩타이드의 패널을 추가적으로 제공하며, 상기 조성물, 키트 또는 패널은 유효성분으로 제 1 영역(region) 및 제 2 영역 및 선택적으로 하나 이상의(one of more) 추가 영역을 포함하는 것이며, 상기 각각의 영역은 대상의 적어도 2개의 HLA 클래스 I 분자 및/또는 적어도 2개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 것이며, 제 1, 제 2, 및 선택적으로 임의의 추가 영역의 T 세포 에피토프의 상기 아미노산 서열은 각각 상이한 것이며, 및 상기 약제학적 조성물 또는 키트는 선택적으로 적어도 하나의 약제학적으로 허용되는 희석제, 담체 또는 보존제를 포함하는 것이다.
본 발명은 특정 인간 대상에서 면역 반응을 유도하기 위한 폴리펩타이드를 설계 또는 제조하는 방법을 추가적으로 제공하며, 상기 방법은 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자 또는 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 선택하는 단계를 포함하고, 및 선택된 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩타이드를 설계하는 단계 또는 제조하는 단계를 포함하는 것이다.
다른 양태에서, 본 발명은 다음을 추가적으로 제공한다.
- 면역 반응을 유도하는 방법 또는 치료를 필요로 하는 인간 대상에 인간 대상 특이적 약제학적 조성물, 또는 상술한 폴리펩타이드 키트 또는 패널을 투여하는 단계를 포함하는 것으로, 상기 조성물, 키트 또는 폴리펩타이드 패널은 대상에 특이적이다;
- 면역 반응을 유도하는 방법 또는 특정 인간 대상의 치료 방법에 사용하기 위한 상술한 인간 대상 특이적 면역원성인 조성물, 키트 또는 패널; 및
- 약물(medicament)의 제조에서 인간 대상 특이적 조성물 또는 상술한 키트의 폴리펩타이드 또는 패널의 용도, 상기 약물(medicament)은 특정 대상에서 면역반응을 유도하기 위한 것이거나 치료하기위한 것이다.
다른 양태에서, 본 발명은 다음을 포함하는 시스템을 제공한다.
(a) 대상의 클래스 I 및/또는 클래스 II HLA 유전자형 및 하나 또는 그 이상의 테스트 폴리펩타이드의 아미노산 서열을 포함하는 데이터를 저장(store)하도록 구성된 저장 모듈(storage module); 및
(b) 대상의 다수의(multiple) HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 및/또는 대상의 다수의(multiple) HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 하나 또는 그 이상의 테스트 폴리펩타이드에서 아미노산 서열을 확인(identify) 및/또는 정량화(quantify)하도록 구성된 계산 모듈(computation module).
본 발명은 필요로 하는 인간 대상의 치료 방법을 제공하며, 상기 방법은 상술한 폴리펩타이드, 폴리펩타이드의 패널, 약제학적 조성물 또는 키트의 유효성분 폴리펩타이드를 대상에 투여하는 단계를 포함하는 것이며, 상기 대상은 폴리펩타이드 또는 하나 또는 그 이상의 약제학적 조성물 또는 키트의 유효 성분 폴리펩타이드에 결합할 수 있는 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자 및/또는 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자를 발현하는 것으로 결정 된 것이다.
본 발명은 예시를 들지만 그것에 제한되지 않고, 첨부 도면을 참조하여 보다 상세하게 설명 될 것이다. 본 발명이 주어질 때, 당업자에 의해 다수의 등가물의 수정 및 변형이 명백할 것이다. 따라서, 본 발명의 예시적인 실시예는 예시적으로 간주되며 제한적이지 않다. 기술된 실시예들에 대한 다양한 변경은 본 발명의 양태에서 벗어나지 않고 이루어 질 수 있다. 상기 또는 하기에 관계없이, 본원에서 인용된 모든 문헌은 그 전문이 명백히 참조로 포함된다.
조합이 명백히 허용되지 않거나 명백히 회피되는 것으로 언급된 것 경우는 제외하고, 본 발명은 상술한 바람직한 특징 및 양태의 조합을 포함한다. 본원 및 청구 범위에 사용된 바와 같이, 단수 형태 "a", "an", "the"는 내용이 명확하게 달리 지시하지 않는 한 복수 지시 대상을 포함한다. 따라서, 예를들어, "펩타이드"에 대한 언급은 둘 또는 그 이상의 펩타이드를 포함한다.
본원에서 사용되는 섹션 제목은 편의상으로 사용되며 어떤식으로든 제한하는 것으로 해석되어서는 안된다.
도 1
HLA 제한 PEPI 바이오 마커의 ROC 곡선
도 2
진단 정확도 결정을 위한 ≥1 PEPI3+ Test의 ROC 곡선
도 3
CD8+ T 세포 반응 assay에서 사용된 펩타이드 풀(peptide pools) 중에서 최신 assay를 통해 측정한 CD8+ T 세포 반응과 비교한 HLA 클래스 I PEPI3+의 분포. A: HLA 클래스 I 제한 PEPI3+s. T 세포 반응 및 PEPI3+ 펩타이드 사이의 90%의 전체 일치율(overall percent of agreement, OPA)는 백신에 의해 유도되는 개인의 T 세포 반응 세트 예측에 대한 상기 발명된 펩타이드의 유용성을 설명한다. B: 클래스 I 제한 에피토프(PEPI1+). 예측 에피토프(predicted epitopes) 및 CD8+ T 세포 반응 사이의 OPA는 28% 였다(통계적으로 유의하지 않음). 가장 어두운 회색: 진양성(True positive, TP), 펩타이드 및 T 세포 반응 모두 검출된다; 밝은 회색: 위음성(False negative, FN), 오직 T 세포 반응만 검출된다; 가장 밝은 회색: 위양성(False positive, FP), 오직 펩타이드만 검출된다; 어두운 회색: 진음성(True negative, TN): 펩타이드 및 T 세포 반응 모두 검출되지 않는다.
도 4
assay에서 사용된 펩타이드 풀(peptide pools) 중에서 최신 assay를 통해 측정한 CD4+ T 세포 반응과 비교한 HLA 클래스 II PEPIs의 분포. A: HLA 클래스 II 제한 PEPI4+s. PEPI4 및 CD4+ T 세포 반응 사이의 67% OPA (p=0.002). B: 클래스 II HLA 제한 에피토프. 클래스 II HLA 제한 에피토프 및 CD4+ T 세포 반응 사이의 OPA는 66%였다 (통계적으로 유의하지 않다). 가장 어두운 회색: 진양성(True positive, TP), 펩타이드 및 T 세포 반응 모두 검출된다; 밝은 회색: 위음성(False negative, FN), 오직 T 세포 반응만 검출된다; 가장 밝은 회색: 위양성(False positive, FP), 오직 펩타이드만 검출된다; 어두운 회색: 진음성(True negative, TN): 펩타이드 및 T 세포 반응 모두 검출되지 않는다.
도 5
18 VIN-3 및 5 자궁 경부암 환자의 HPV-16 LPV 백신 특이적 T 세포 반응 세트로 정의되는 다수의(multiple) HLA 결합 펩타이드. HLA 클래스 I 제한된 PEPI3 카운트(A 및 B) 및 HLA 클래스 II 제한된 PEPI3 카운트 (C 및 D)는 각 환자의 LPV 항원 유래이다. 밝은 회색: 임상 시험(clinical trial)에서 백신 접종 후 측정한 면역반응군(immune responders); 어두운 회색: 임상 시험(clinical trial)에서 백신 접종 후 측정한 면역비반응군. 결과는 ≥3 HLA 클래스 I 결합 펩타이드가 CD8+ T 세포 반응성(reactivity) 예측 및 ≥4 HLA 클래스 II 결합펩타이드가 CD4+ T 세포 반응성을 예측함을 보여준다.
도 6
2명의 환자의 HPV 백신 특이적 T 세포 반응 세트로 정의되는 다수의(multiple) HLA 클래스 I 결합 펩타이드. A: HPV 백신에서 네 개의 HPV 백신. 상자(Boxes)는 N 말단부터 C 말단까지의 아미노산 서열 길이를 나타낸다. B: 두 환자의 다수의(multiple) HLA 결합 펩타이드를 확인하는 과정: 환자의 ID에서 4자리(4-digit) 유전자형으로 분류된 환자의 HLA 서열. 환자 12-11 및 환자 14-5 HLAs(PEPI1+)에 각각 결합할 수 있는 54 및 91 에피토프의 제 1 아미노산 위치가 선으로 표시되어 있다. PEPI2는 환자의 다수의(multiple) HLA에 결합할 수 있는 PEPI1+ 로부터 선택되는 펩타이드를 나타낸다 (PEPI2+). PEPI3는 환자의 ≥3 HLA에 결합할 수 있는 펩타이드를 나타낸다 (PEPI3+). PEPI4는 환자의 ≥4 HLA에 결합할 수 있는 펩타이드를 나타낸다 (PEPI4+). PEPI5는 환자의 ≥5 HLA에 결합할 수 있는 펩타이드를 나타낸다 (PEPI5+). PEPI6는 환자의 6개의 HLA에 결합할 수 있는 펩타이드를 나타낸다 (PEPI6). C: 두명의 환자의 DNC 백신 특이적 PEPI3+ 세트는 그들의 백신 특이적 T 세포 반응을 특징으로 한다.
도 7
임상 시험에서 결정된 펩타이드 표적의 ≥1 PEPI3+ 스코어와 CTL 반응율 사이의 상관 관계.
도 8
≥1 PEPI3+ 스코어와 면역요법 백신의 임상 면역 반응률 (IRR) 사이의 상관 관계. 파선: 95 % 신뢰 구간.
도 9
≥2 PEPI3+ 스코어 및 면역요법 백신의 질병관리율(Disease Control Rate, DCR) 사이의 상관관계. 파선: 95 % 신뢰 구간.
도 10
IPI-반응자 HLA 테스트. Ipilimumab으로 치료한 흑색종 환자의 Overall Survival (OS). 4개의 독립된 임상 시험 데이터: HLA 반응자(검은 선) 및 HLA 비 반응자 (회색 선): 통계적 분석: Cox 비례 위험 생존 퇴행(Cox Proportional Hazards Survival Regression). A: 시험 1: 18 명의 HLA 응답자 및 30 명의 HLA 비 응답자; B: 시험 2: 24 명의 HLA 응답자 및 20 명의 HLA 비 응답자; C: 시험 3: 6 명의 HLA 응답자 및 11 명의 HLA 비 응답자; D: 시험 4: 13 명의 HLA 응답자 및 38 명의 HLA 비 응답자.
도 11
돌연변이 신생항원에서 다수의(Multiple) HLA 결합 펩타이드. A: 돌연변이 부하(mutational load), 신생항원 부하(neoantigen load)(신생항원은 van Allen에 따른 신생항원)의 상관관계 및 B: PEPI3+ 부하(load) 및 임상적 이점의 상관관계 (최소-Q1-중간-Q3-최대).
도 12
모델 집단에서 대상의 HLA 대립유전자에서의 린도페피무트(Rindopepimut)의 HLA 맵(map).
도 13
XYZ 환자의 종양 세포에서 백신 항원 발현 확률. 백신 요법에서 12 개의 표적 항원 중 5 개가 환자의 종양에서 발현 될 확률은 95 % 이상이다. 결과적으로, 12 개의 펩타이드 백신은 함께 95 % 확률 (AGP95)로 5 개 이상의 난소 암 항원에 대한 면역 반응을 유도 할 수 있다. 각각의 펩타이드가 XYZ 환자에서 면역 반응을 유도 할 가능성은 84 %이다. AGP50은 평균 (기대 값) = 7.9 (XYZ 환자의 종양을 공격하는 백신의 유효성의 지표)이다.
도 14
개인화된 (PIT) 백신으로 치료한 환자 XYZ의 MRI 결과. 말기에서, 무겁게(heavily) 전 처리된 난소암 환자는 PIT 백신 치료후에 예상치 못한 객관적인 반응(objective response)을 보였다. 이들 MRI 결과는 화학 요법과 함께 PIT 백신을 조합하는 것이 종양 부담을 유의미하게 줄이는 것을 시사한다. 환자는 이제 PIT 백신 치료를 계속한다.
도 15
ABC 환자의 종양 세포에서 백신 항원 발현 확률. 백신에서 13 개의 표적 항원 중 4 개가 환자의 종양에서 발현 될 확률은 95 % 이상이다. 결과적으로, 12 개의 펩타이드 백신은 함께 95 % 확률 (AGP95)로 4 개 이상의 유방 암 항원에 대한 면역 반응을 유도 할 수 있다. 각각의 펩타이드가 ABC 환자에서 면역 반응을 유도 할 가능성은 84 %이다. AGP50은 불연속 확률 분포의 평균(기대 값) = 6.45 이다 (ABC 환자의 종양을 공격하는 백신의 유효성의 지표).
도 16
30-mer 펩타이드에서 오버래핑된 HLA 클래스 I- 및 HLA 클래스 -II 결합 에피토프에서 아미노산의 예시적인 위치를 보여주는 개략도.
서열 번호 1 내지 13은 표 17에 기재된 추가 펩타이드를 제시한다.
서열번호 14 내지 26은 표 26에 기재된 환자 XYZ를 위해 설계된 개인화된 백신 펩타이드를 제시한다.
서열번호 27 내지 38은 표 29에 기재된 환자 ABC를 위해 설계된 개인화된 백신 펩타이드를 제시한다.
서열번호 39 내지 86은 표 33에 기재된 9 mer T 세포 에피토프를 추가로 제시한다.
HLA 유전자형(HLA Genotypes)
HLA는 인간 게놈(genome)의 가장 다형성인 유전자(polymorphic genes)에 의해 암호화됩니다. 각 개인은 3개의 HLA 클래스 I 분자(HLA-A*, HLA-B*, HLA-C*) 및 4개의 HLA 클래스 II 분자(HLA-DP*, HLA-DQ*, HLA-DRB1*, HLA-DRB3*/4*/5*)에 대해 모계 및 부계 대립 유전자를 가지고 있다. 실질적으로, 각 개인은 동일한 단백질 항원으로부터 상이한 에피토프를 나타내는 6개의 HLA 클래스 I 및 8개의 HLA 클래스 II 분자의 상이한 조합을 나타낸다. HLA 분자의 기능은 T 세포 반응을 조절하는 것이다. 그러나 최근까지도 사람의 HLA가 T 세포 활성화를 어떻게 조절하는지는 알려져 있지 않았다.
HLA 분자의 아미노산 서열을 나타내는데 사용되는 명명법은 다음과 같다: 유전자 이름*대립 유전자: 단백질 번호, 예를 들면 다음과 같다: HLA-A*02:25. 상기 예에서, "02"는 대립유전자를 의미한다. 대부분의 경우 대립 유전자는 혈청형(serotype)에 의해 정의되며 이는 주어진 대립유전자의 단백질이 혈청학적 분석에서 서로 반응하지 않을 것을 의미한다. 단백질 번호(상술한 예에서는 "25")는 단백질이 발견되는 순서로 지정된다. 새로운 단백질 번호는 다른 아미노산 서열을 갖는 임의의 단백질에 지정된다(예를 들어, 서열 중 단 하나의 아미노산이 변경되어도 이는 다른 단백질 번호로 간주한다). 주어진 유전자 자리(locus)의 핵산 서열에 관한 추가 정보는 HLA 명명법에 덧붙여 질 수 있다, 그러나 본원(herein)에서 설명한 방법을 위해서는 그러한 정보가 필요하지 않다.
개인의 HLA 클래스 I 유전자형 또는 HLA 클래스 II 유전자형은 개인의 HLA 클래스 I 또는 HLA 클래스 II의 실제 아미노산 서열로 나타낼 수 있으며 상술한 바와 같이, 각 HLA 유전자의 대립 유전자 및 단백질 수를 최소한으로 지정하는 명명법으로 나타낼 수 있다. 일부 실시예에서, 개인의 HLA 유전자형은 개인으로부터 획득한 생물학적 시료를 분석함으로써 획득하거나 결정할 수 있다. 생물학적 시료는 전형적으로 대상의 DNA를 함유한다. 생물학적 시료는 예를 들어, 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 소변, 날숨(expiration), 세포 또는 조직 시료일 수 있다. 일부 실시예에서, 셍생물학적 시료는 타액 시료이다. 일부 실시예에서, 생물학적 시료는 구강상피 면봉 채취(buccal swab) 시료이다. HLA 유전자형은 임의의 적합한 방법을 사용하여 획득하거나 결정 될 수 있다. 예를 들어, 예를 들어, 서열은 당 업계에서 공지된 방법 및 프로토콜을 사용하여 HLA 유전자 자리(loci)를 서열 분석(sequencing)함으로써 결정할 수 있다. 일부 실시예에서, HLA 유전자형은 서열 특이적 프라이머(sequence specific primer, SSP) 기술을 사용하여 결정 된다. 일부 실시예에서, HLA 유전자형은 서열 특이적 올리고뉴클레오타이드(sequence specific oligonucleotide, SSO) 기술을 사용하여 결정된다. 일부 실시예에서, HLA 유전자형은 서열 기반 타이핑(sequence based typing, SBT) 기술을 사용하여 결정 된다. 일부 실시예에서, HLA 유전자형은 다음 세대 서열 분석(sequencing)을 사용하여 결정 된다. 또한(Alternatively), 개인의 HLA 세트는 당 업계에서 공지된 방법을 사용하여 데이터베이스에 저장하거나 접근(accessed)할 수 있다.
HLA 에피토프 결합(HLA-epitope binding)
대상의 주어진 HLA는 APC에서 단백질 항원의 처리에 의해 생성된 제한된 수의 상이한 펩타이드를 T 세포에 제시할 것이다. 본원에서 사용된 용어 "디스플레이하다(display)"또는 "제시하다(present)"는 HLA와 관련하여 사용될 때, 펩타이드(에피토프)와 HLA 사이의 결합을 나타낸다. 이와 관련하여(In this regard), 펩타이드를 디스플레이하다 또는 제시하다 라는 말은 펩타이드를 "결합하다(binding)" 와 동의어이다.
본원에서 사용되는 용어 "에피토프" 또는 "T 세포 에피토프"는 하나 또는 그 이상의 HLA에 (결합할 수 있는) 결합친화성(binding affinity)을 갖는 단백질 항원 내에 함유 된 연속 아미노산의 서열을 지칭한다. 에피토프는 HLA-특이적 및 항원-특이적(공지된 방법으로 예측된, HLA-에피토프 쌍)이지만 대상 특이적이지는 않다. 만약 대상에 T 세포 반응(세포독성 T 세포 반응 또는 도움 T 세포 반응)을 유도할 수 있는 능력이 있다면, 에피토프, T 세포 에피토프, 폴리펩타이드, 폴리펩타이드 단편, 또는 폴리펩타이드 또는 그들의 단편을 포함하는 조성물은 특정 인간 대상에 대해 "면역원성(immunogenic)"이다. 일부 경우 도움 T 세포 반응은 Th1 형 도움 T 세포 반응이다. 일부 경우 만약 대상의 단 하나의 HLA 분자에 결합할 수 있는 능력이 있는 다른 T 세포 에피토프(또는 경우에 따라 각각 2개의 상이한 T 세포 에피토프)보다 대상에 면역 반응 또는 T 세포 반응을 유도할 가능성이 더 큰 경우, 에피토프, T 세포 에피토프, 폴리펩타이드, 폴리펩타이드 단편, 또는 폴리펩타이드 또는 그들의 단편을 포함하는 조성물은 특정 인간 대상에 대해 "면역원성(immunogenic)"이다.
본원에서 용어 "T 세포 반응(T cell response)" 및 "면역 반응(immune response))"은 상호교환적으로 사용되며, T 세포의 활성화 및/또는 하나 또는 그 이상의 HLA-에피토프 결합 쌍의 인식에 따른 하나 이상의 이펙터(effector) 기능의 유도를 지칭한다. 일부 경우 HLA 클래스 II는 장시간 지속되는 CTL 반응과 항체 반응 모두를 유도하는데 도움이 되는 도움 반응을 자극하기 때문에 "면역 반응(immune response)"은 항체 반응을 포함한다. 이펙터 기능에는 세포 독성, 사이토 카인 생산 및 증식을 포함한다. 본 발명에 따르면, 만약 대상의 적어도 2개 또는 일부 경우 적어도 3개의 클래스 I, 또는 적어도 둘 또는 일부 경우 적어도 3개 또는 적어도 4개의 클래스 II HLA에 결합할 수 있는 능력이 있다면, 에피토프, T 세포 에피토프, 폴리펩타이드 단편은 특정 인간 대상에 대해 면역원성(immunogenic)이다.
본 발명의 목적상, 본 출원인은 HLA 특이적 에피토프로부터 대상 특이적 에피토프를 구분하기위해 "개인 에피토프(personal epitope)" 또는 "PEPI"라는 용어를 사용하였다. "PEPI"는 특정 인간 대상의 하나 또는 그 이상의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 폴리펩타이드의 연속 아미노산 서열로 구성된 폴리펩타이드 단편이다. 다른 경우에, "PEPI"는 특정 인간 대상의 하나 또는 그 이상의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 폴리펩타이드의 연속 아미노산 서열로 구성된 폴리펩타이드 단편이다. 즉, "PEPI"는 특정 개인의 HLA 세트에 의해 인식되는 T 세포 에피토프이다. "에피토프"와는 달리, PEPI는 각각 다른 개인이 각각 다른 T 세포 에피토프에 결합하는 다른 HLA 분자를 가지고 있기 때문에 개체(individual) 특이적이다.
본원에서 사용된 용어 "PEPI1"은 개인의 하나의 HLA 클래스 I 분자(또는, 특정상황에서, HLA 클래스 II 분자)에 결합할 수 있는 펩타이드, 또는 폴리펩타이드 단편을 지칭한다. “PEPI1+"는 개인의 하나 또는 그 이상의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 펩타이드 또는 폴리펩타이드 단편을 지칭한다.
"PEPI2"는 개인의 두개의 HLA 클래스 I(또는 II) 분자에 결합할 수 있는 펩타이드, 또는 폴리펩타이드 단편을 지칭한다. “PEPI2+"는 개인의 둘 또는 그 이상의 HLA 클래스 I(또는 II) 분자에 결합할 수 있는 펩타이드 또는 폴리펩타이드 단편을 지칭한다, 즉 본 발명(disclosure)의 방법에 따라 동정된 단편이다.
"PEPI3"는 개인의 세개의 HLA 클래스 I(또는 II) 분자에 결합할 수 있는 펩타이드, 또는 폴리펩타이드 단편을 지칭한다. PEPI3+"는 개인의 셋 또는 그 이상의 HLA 클래스 I(또는 II) 분자에 결합할 수 있는 펩타이드 또는 폴리펩타이드 단편을 지칭한다.
"PEPI4"는 개인의 네개의 HLA 클래스 I(또는 II) 분자에 결합할 수 있는 펩타이드, 또는 폴리펩타이드 단편을 지칭한다. "PEPI4+"는 개인의 넷 또는 그 이상의 HLA 클래스 I(또는 II) 분자에 결합할 수 있는 펩타이드 또는 폴리펩타이드 단편을 지칭한다.
"PEPI5"는 개인의 다섯개의 HLA 클래스 I(또는 II) 분자에 결합할 수 있는 펩타이드, 또는 폴리펩타이드 단편을 지칭한다. "PEPI5+"는 개인의 다섯 또는 그 이상의 HLA 클래스 I(또는 II) 분자에 결합할 수 있는 펩타이드 또는 폴리펩타이드 단편을 지칭한다.
"PEPI6"는 개인의 여섯개의 HLA 클래스 I(또는 II) 분자에 결합할 수 있는 펩타이드, 또는 폴리펩타이드 단편을 지칭한다.
일반적으로(Generally speaking), HLA 클래스 I 분자에 의해 제시되는 에피토프는 약 9개의 아미노산 길이이고 HLA 클래스 II 분자에 의해 제시되는 에피토프는 약 15 개의 아미노산 길이이다. 본 발명의 목적상, 그러나, 에피토프가 HLA에 결합할 수 있는한, 에피토프는 9개(HLA 클래스 I) 또는 15개(HLA 클래스 II)의 아미노산 길이보다 많거나 적을 수 있다. 예를 들어, 클래스 I HLA에 결합할 수 있는 에피토프는 7개, 또는 8개, 또는 9개 및 9개, 또는 10개, 또는 11개의 아미노산 길이 일수 있다. 클래스 II HLA에 결합할 수 있는 에피토프는 13개, 또는 14개, 또는 15개 및 15개, 또는 16개, 또는 17개의 아미노산 길이 일수 있다.
따라서, 본원의 발명은 예를 들어, 폴리펩타이드가 특정 인간 대상에 대해 면역원성인지 여부를 예측하는 방법 또는 특정 인간 대상에 대해 면역원성인 폴리펩타이드 단편을 확인하는 단계를 포함하며, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다.
(i) 폴리펩타이드가 다음을 포함하는지 여부를 결정하는 단계:
a. 대상의 적어도 2개의 HLA 클래스 I에 결합할 수 있는 7 내지 11 개의 연속 아미노산 서열; 또는
b. 대상의 적어도 2개의 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는 13 내지 17 개의 연속 아미노산 서열; 및
(ii) 폴리펩타이드가 단계 (i)의 요구를 충족하는 적어도 하나의 서열을 포함하는 경우, 폴리펩타이드가 대상에 대해 면역원성인 것으로 예측하는 단계; 또는 폴리펩타이드가 단계 (i)의 요구를 충족하는 적어도 하나의 서열을 포함하지 않는 경우, 폴리펩타이드가 대상에 대해 면역원성이 아닌 것으로 예측하는 단계; 또는 상기 연속 서열을 대상에 대해 면역원성인 폴리펩타이드의 단편의 서열로 확인하는 단계.
당 업계에서 공지된 기술을 사용하여, 공지 된 HLA에 결합할 에피토프를 결정하는 것이 가능하다. 동일한 방법이 직접 비교되는 다수의(multiple) HLA-에피토프 결합 쌍을 결정하는데 사용된다면, 임의의 적합한 방법이 사용될 수 있다. 예를 들어, 생화학적 분석이 사용될 수 있다. 주어진 HLA에 결합하는 것으로 알려진 에피토프 목록을 사용할 수 있다. 또한 예측 또는 모델링 소프트웨어를 사용하여 어떤 에피토프가 주어진 HLA에 결합될 수 있는지를 결정할 수 있다. 예시는 표 1에 있다. 일부 경우, 만약 T 세포 에피토프가 IC50 또는 5000nM 이하, 2000nM 이하, 1000nM 이하 또는 500nM 이하의 예상된 IC50를 가진다면, T 세포 에피토프는 주어진 HLA에 결합할 수 있는 능력이 있다.
에피토프 HLA 결합을 결정하기 위한 소프트웨어 예
에피토프 예측 툴 웹 주소
BIMAS, NIH www-bimas.cit.nih.gov/molbio/hla_bind/
PPAPROC, Tubingen Univ.
MHCPred, Edward Jenner Inst. of Vaccine Res.
EpiJen, Edward Jenner Inst. of Vaccine Res. http://www.ddg-pharmfac.net/epijen/EpiJen/EpiJen.htm
NetMHC, Center for Biological Sequence Analysis http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/
SVMHC, Tubingen Univ. http://abi.inf.uni-tuebingen.de/Services/SVMHC/
SYFPEITHI, Biomedical Informatics, Heidelberg http://www.syfpeithi.de/bin/MHCServer.dll/EpitopePrediction.htm
ETK EPITOOLKIT, Tubingen Univ. http://etk.informatik.uni-tuebingen.de/epipred/
PREDEP, Hebrew Univ. Jerusalem http://margalit.huji.ac.il/Teppred/mhc-bind/index.html
RANKPEP, MIF Bioinformatics http://bio.dfci.harvard.edu/RANKPEP/
IEDB, Immune Epitope Database http://tools.immuneepitope.org/main/html/tcell_tools.html
에피토프 데이터베이스 웹 주소
MHCBN, Institute of Microbial Technology, Chandigarh, INDIA http://www.imtech.res.in/raghava/mhcbn/
SYFPEITHI, Biomedical Informatics, Heidelberg http://www.syfpeithi.de/
AntiJen, Edward Jenner Inst. of Vaccine Res. http://www.ddg-pharmfac.net/antijen/AntiJen/antijenhomepage.htm
EPIMHC database of MHC ligands, MIF Bioinformatics http://immunax.dfci.harvard.edu/epimhc/
IEDB, Immune Epitope Database http://www.iedb.org/
본원에서 제공된 바와 같이, 개인의 다수의(multiple) HLA에 의한 T 세포 에피토프 제시는 일반적으로 T 세포 반응을 유발하는데 필요하다. 따라서, 본 발명의 방법은 폴리펩타이드가 특정 인간 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 I 분자 또는 적어도 2 개의 HLA 클래스 II(PEPI2+) 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 서열을 가지는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다.
주어진 폴리펩타이드에 대한 세포독성 T 세포 반응의 최선의 예측인자는 개인의 셋 또는 그 이상의 HLA 클래스 I 분자(≥1 PEPI3+)에 의해 제시되는 적어도 하나의 T 세포 에피토프의 존재이다. 따라서, 일부 경우, 상기 방법은 폴리펩타이드가 특정 인간 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 서열을 갖는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 일부 경우에, 상기 방법은 폴리펩타이드가 특정 인간 대상의 단지 3 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 서열을 갖는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 도움 T 세포 반응은 개인의 셋 또는 그 이상(≥1 PEPI3+) 또는 셋 또는 그 이상(≥1 PEPI4+)의 HLA 클래스 II에 의해 제시되는 적어도 하나의 T 세포 에피토프의 존재에 의해 예측될 수 있다. 따라서, 일부 경우에, 상기 방법은 폴리펩타이드가 특정 인간 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 서열을 갖는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 다른 경우에, 상기 방법은 폴리펩타이드가 특정 인간 대상의 적어도 4 개의 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 서열을 갖는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 다른 경우에, 상기 방법은 폴리펩타이드가 특정 인간 대상의 단지 3 개 및/또는 단지 4 개의 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 서열을 갖는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다.
일부 경우에, 본 발명은 폴리펩타이드/단편이 특정 인간 대상에 세포독성 T 세포 반응 및 도움 T 세포 반응 둘 모두를 유도할 것인지 여부를 예측하는데 사용할 수 있다. 폴리펩타이드/단편은 대상의 다수의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 아미노산 서열 및 대상의 다수의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열 둘 모두를 포함한다. HLA 클래스 I 결합 및 HLA 클래스 II 결합 에피토프는 완전히 또는 부분적(fully or partially)으로 오버랩(overlap) 할 수 있다. 일부 경우, 이러한 폴리펩타이드의 단편은 대상의 다수의(에를 들어, 2 개 이상 또는 3 개 이상) HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 선택함으로써 확인할 수 있으며, 그 다음 대상의 하나 또는 그 이상의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 N- 및/또는 C- 말단에서 연장된 폴리펩타이드의 하나 또는 그 이상의 긴 단편(longer fragments)을 스크리닝할 수 있다.
일부 대상은 동일한 HLA 분자를 암호화하는 두 개의 HLA 대립유전자를 가질 수 있다(예를 들어, 동형접합성의 경우 HLA-A*02:25에 대한 2개의 카피). 상기 대립유전자에 의해 암호화되는 HLA 분자는 모든 동일한 T 세포 에피토프에 결합한다. 본 발명의 목적상, 본원에서 사용된 “대상의 적어도 2개의 HLA 분자에 결합하는 것(binding)”는 단일 대상에서 2개의 동일한 HLA 대립유전자에 의해 암호화되는 HLA 분자에 결합하는 것을 포함한다. 즉, “대상의 적어도 2개의 HLA 분자에 결합하는 것”등은 “대상의 적어도 두개의 HLA 대립 유전자에 의해 암호화되는 HLA 분자에 결합하는 것”으로 달리 표현될 수 있다.
폴리펩타이드 항원
본원에 기술된 내용(Described herein)은 폴리펩타이드가 특정 인간 대상에 대해 면역원성인지 여부를 예측하는 방법 및 특정 인간 대상에 대해 면역원성인 폴리펩타이드의 단편을 확인하는 방법이다. 본원에서 사용된, 용어 "폴리펩타이드"는 전장 단백질(full-length protein), 단백질의 일부 또는 아미노산 스트링(string)으로 특징지어지는 펩타이드를 지칭한다. 본원에서 사용된, 용어 “펩타이드(peptide)”는 2, 또는 3, 또는 4, 또는 5, 또는 6, 또는 7, 또는 8, 또는 9, 또는 10, 또는 11, 또는 12, 또는 13, 또는 14, 또는 15 및 10, 또는 11, 또는 12, 또는 13, 또는 14, 또는 15, 또는 20, 또는 25, 또는 30, 또는 35, 또는 40, 또는 45, 또는 50 아미노산 사이에 포함되는 짧은 폴리펩타이드를 지칭한다.
본원에서 사용한 용어 “단편(fragment)” 또는 “폴리펩타이드 단편(fragment of a polypeptide)은 아미노산 스트링(string of amino acid) 또는, 참조 폴리펩타이드 또는 에 비해 전형적으로 감소된 길이의 아미노산 서열을 말하며, 공통 부분에 걸쳐 참조 폴리펩타이드와 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 본 발명에 있어서 단편은, 조건이 부합된다면(where appropriate), 전장 폴리펩타이드의 일부에 포함된다, 예를 들면 9개의 아미노산 펩타이드 같은 전체 폴리펩타이드가 단일 T 세포 에피토프인 경우이다.
일부 경우, 폴리펩타이드는 항원의 전부 또는 일부이거나 이로 이루어지며, 상기 항원은 병원성 유기체(pathogenic organism)(예를 들어, 세균 또는 기생충), 바이러스 또는 암세포에 의해 발현되거나, 자가면역질환 또는 자가면역 반응 또는 질병 연관 세포와 연관되거나, 또는 백신 또는 면역요법 조성물 같은 약제학적 조성물의 성분 또는 알레르겐이다. 일부 경우, 본 발명의 방법은 적합한 폴리펩타이드, 예를 들어 이하에서 추가로 기재한 내용의 폴리펩타이드를 확인하거나 선택하는 초기 단계를 포함한다.
폴리펩타이드 또는 항원은 세포에서 발현될 수 있거나 또는 특이적으로 대상의 질병에 걸린 세포(예를 들어, 종양 관련 항원, 또는 바이러스 또는 세포내 세균 또는 기생충에 의해 발현되는 폴리펩타이드, 또는 백신 또는 면역요법 조성물의 인 비보 생성물)에서 발현될 수 있거나 또는 환경(예를 들어, 음식 알레르겐 또는 약물)으로부터 획득할 수 있다. 폴리펩타이드 또는 항원은 특정 인간 대상으로부터 채취된 시료에 존재할 수 있다. 폴리펩타이드 항원 및 HLA 모두 아미노산 또는 뉴클레오타이드 서열에 의해 정확하게 정의될 수 있고 및 당업계에서 공지된 방법을 사용하여 서열 분석 될 수 있다.
폴리펩타이드 또는 항원은 암- 또는 종양- 연관 항원(or tumor-associated antigen, TAA)일 수 있다. TAAs는 암 또는 종양 세포에서 발현되는 단백질이다. 암 또는 종양 세포는 대상으로부터 획득한 시료에 존재할 수 잇다. TAA의 예는 종양형성(tumorigenesis)동안 발현되는 새로운 항원(신생항원), 종양유전자 및 종양 억제 유전자의 생성물, 과발현되거나 비정상적으로 발현되는 세포 단백질(예를 들어, HER2, MUC1) 발암성(oncogenic) 바이러스에 의해 생성되는 항원(예를 들어, EBV, HPV, HCV, HBV, HTLV), 암 고환 항원(CTA)(예를 들어, MAGE 계열, NY-SEO) 및 세포 유형 특이적 분화 항원(예를 들어, MART-1)을 포함한다. TAA 서열은 실험적으로, 또는 출판된 과학 페이퍼(paper)에서, 또는 the Ludwig Institute for Cancer Research의 데이터베이스 (www.cta.lncc.br/), Cancer Immunity 데이터베이스 (cancerimmunity.org/peptide/) 및 the TANTIGEN Tumor T cell antigen 데이터베이스 (cvc.dfci.harvard.edu/tadb/)같은 공개적으로 이용가능한 데이터베이스를 통해 발견할 수 있다.
일부 경우에, 폴리펩타이드 또는 항원은 정상 건강한 세포 또는 조직에서 발현되지 않거나 또는 최소한으로 발현되지만, 그러나 예를 들어 유방암, 난소암, 또는 흑색종 같은 특정 세포유형 또는 조직으로부터 유래된 암 또는 암의 유형과 같은 특정 질병 또는 상태를 갖는 대상에서는 높은 비율(대상에서 높은 빈도)로 (그 세포 또는 조직에서) 발현된다. 추가예는 결장직장암(colorectal cancer)이다. 다른 비 제한적 암(non-limiting cancer) 예는 비-흑색종 피부, 폐, 전립선, 신장, 방광, 위, 간, 자궁 경부(cervix uteri), 식도, 비호지킨 림프종, 백혈병, 췌장, 자궁 몸통(corpus uteri), 입술, 구강, 갑상선, 뇌, 신경계, 담낭, 후두, 인두, 골수종, 비인두, 호지킨 림프종, 고환 및 카포시 육종(Kaposi sarcoma)을 포함한다. 또한(Alternatively), 폴리펩타이드는 정상 건강한 세포에서는 적은 수준으로 발현될 수 있으나, 그러나 질병화(예: 암) 세포 또는 질병 또는 상태를 갖는 대상에서 높은 수준으로 발현(과발현)될 수 있다. 일부 경우 폴리펩타이드는 발현되거나, 또는 정상 건강 세포 또는 적어도 2%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 그 이상의 그러한 개인, 또는 대상 일치 인간 아집단에서의 대상과 비교하여 높은 수준으로 발현된다. 예를 들어, 아집단은 민족, 지리학적 위치, 성별, 연령, 질병, 질병 유형 또는 단계, 유전자형, 또는 하나 또는 그 이상의 바이오마커의 발현에 의해 대상과 일치될 수 있다.
일부 경우, 발현 빈도는 출판된 수치(published figure) 및 과학 출판물로부터 결정될 수 있다. 일부 경우, 본 발명의 방법은 이러한 폴리펩타이드를 확인하거나 선택하는 단계를 포함한다.
일부 경우, 폴리펩타이드는 암 세포 또는 고형 종양에서 관련되거나 또는 높게(과도하게) 발현된다. 암의 예로는 암종(carcinomas), 육종(sarcomas), 림프종(lymphomas), 백혈병(leukemia), 생식세포종(germ cell tumor) 또는 블라스토마(blastomas)를 포함한다. 암은 호르몬 관련 또는 의존적 암(예를 들어, 에스트로겐 또는 안드로겐 관련 암)일 수 있거나 아닐 수도 있다. 암은 악성(malignant) 또는 양성(benign) 일 수 있다. 암은 전이될 수 도 있고 아닐 수 도 있다.
일부 경우, 폴리펩타이드는 암 고환 항원(CTA)이다. CTA는 일반적으로 건강한 세포에서 배아 발달을 지나서는 발현되지는 않는다. 건강한 성인에서, CTA 발현은 HLA를 발현하지 않고 T 세포에 항원을 제시할 수 없는 남성 생식 세포로 제한된다. 따라서, CTA는 암 세포에서 발현될 때, 발현 신생항원(expressional neoantigens)으로 간주된다. CTA 발현은 (i) 종양 세포에 특이적이고, (ii) 원발성 종양보다 종양전이(metastases)에서 더 빈번하고 (iii) 동일한 환자의 종양 전이(metastases) 중에서 보존된다 (Gajewski ed. Targeted Therapeutics in Melanoma. Springer New York. 2012).
폴리펩타이드는 돌연변이 신생항원일 수 있으며, 이는 개인의 세포, 예를들어 암세포, 에서 발현되지만, 정상 또는 건강한 세포에서 유사한 단백질로 변경된다(altered). 일부 경우, 본 발명의 방법은 돌연변이 신생항원인 또는 특정 인간 대상에서 돌연변이 신생항원인 폴리펩타이드를 확인하는 단계 또는 네오에피토프(neoepitope)를 확인하는 단계를 포함한다. 예를 들어 신생항원은 대상에서 획득한 시료에 존재할 수 있다. 돌연변이 신생항원 또는 네오에피토프는 신생항원 또는 네오에피토프를 포함하는 신생항원을 발현하는 암세포와 같은 질병 연관 세포(disease-associated cells)를 표적으로 하는데 사용할 수 있다. 세포, 예를들어 대상으로부터 채취된 시료에 존재하는 세포에 의해 발현되는 폴리펩타이드에서 돌연변이는 예를 들어 서열분석(sequencing)에 의해 검출 될 수 있지만, 그러나 대부분은 신생항원-발현 세포에 대한 면역반응을 유도하지 않는다. 현재, 면역반응을 유도하는 돌연변이 신생항원의 확인은 돌연변이 HLA 제한 에피토프의 예측 및 추가로 개인의 혈액 표본(blood specimen)에서 예측된 에피토프의 면역원성에 대한 인 비트로 시험에 기초한다. 이 과정은 정확하지 않고, 길고 비싸다.
본원에서 제공된 바와 같이, 다수의(multiple) HLA 분자에 결합하는 돌연변이 에피토프(네오에피토프)의 확인은 돌연변이 신생항원의 면역원성을 재현가능하게(reproducibly) 정의한다. 따라서, 본 발명에 따른 일부 경우, 폴리펩타이드는 돌연변이성 신생항원이고, 및 폴리펩타이드의 면역원성 단편은 신생항원 특이적 돌연변이를 포함한다(또는 네오에피토프로 이루어진다).
폴리펩타이드는 세포내에서 발현되는 바이러스 단백질 일 수 있다. 예시로 HPV16 E6, E7; HIV Tat, Rev, Gag, Pol, Env; HTLV-Tax, Rex, Gag, Env, 인간 헤르페스 바이러스 단백질, 뎅기 바이러스 단백질을 포함한다. 폴리펩타이드는 세포 내에서 발현되는 기생충 단백질, 예를 들어 말라리아 단백질 일 수 있다.
폴리펩타이드는 백신 또는 면역요법 조성물 같은 약제학적 조성물의 유효 성분일 수 있으며, 선택적으로 새로운 약제학적 조성물에 대한 후보(candidate) 유효 성분일 수 있다. 본원에서 사용된 용어 "유효 성분"은 면역 반응을 유도하기위한 폴리펩타이드를 지칭하며, 대상에 투여 후 생체 내(인 비보)에서 생성되는 백신 또는 면역요법 조성물의 폴리펩타이드 생성물을 포함할 수 있다. DNA 또는 RNA 면역요법 조성물의 경우, 조성물이 투여된 대상의 세포에 의해 생체 내(인 비보)에서 생성될 수 있다. 세포-기반 조성물의 경우, 폴리펩타이드는 조성물의 세포에 의해 처리 및/또는 제시될 수 있다, 예를 들어, 자가(autologous) 수지상 세포 또는 항원제시 세포는 폴리펩타이드로 펄스되거나(pulsed) 폴리펩타이드를 암호화하는 발현 컨스트럭트(expression construct)를 포함한다. 약제학적 조성물은 폴리뉴클레오타이드 (polynucleotide) 또는 하나 또는 그 이상의 활성 성분 폴리펩타이드를 암호화하는 세포를 포함할 수 있다.
다른 경우, 폴리펩타이드는 약제학적, 백신 또는 면역요법 조성물의 표적 폴리펩타이드 항원 일 수 있다. 조성물이 폴리펩타이드를 표적으로 하거나 폴리펩타이드를 가리키는(directed) 면역반응(예를 들어, 세포 독성 T 세포 반응)을 유도하도록 의도되거나 설계되는 경우, 폴리펩타이드는 표적 폴리펩타이드 항원이다. 표적 폴리펩타이드 항원은 일반적으로 병원성 유기체, 바이러스 또는 암세포와 같은 질병 세포에 의해 발현되는 폴리펩타이드이다. 표적 폴리펩타이드 항원은 TAA 또는 CTA 일 수 있다.
현재, > 200 건의 임상 시험에서 종양 항원으로 암 백신을 조사하고 있다.
폴리펩타이드는 예를 들어 피부, 폐 또는 경구 경로를 통해 개인의 신체 내로 들어가는 알레르겐 일 수 있다.
적합한 폴리펩타이드의 비 제한적 예(Non-limiting examples)는 표 2 내지 7의 하나 또는 그 이상에 나열된 것을 포함한다.
유전자 서열은 생물학적 물질의 서열 분석으로부터 획득될 수 있다.
서열 분석은 DNA 및/또는 RNA 및/또는 아미노산 서열을 결정하는 임의의 적합한 방법에 의해 수행 될 수 있다. 본 발명은 HLA 유전자형 및 아미노산 서열 둘 모두를 이용한다. 그러나, 개인의 유전자 서열으로부터 HLA 유전자형을 확인하기 위한 방법 및 DNA 또는 RNA 서열로부터 유래한 아미노산 서열의 획득 방법은 본 발명의 주제가 아니다.
표 2 - 명명된 종양 항원(NAMED TUMOUR ANTIGENS)과 그에 해당하는 접근 번호(ACCESSION NUMBERS) 리스트 CTAs = 굵은글씨 및 *
5T4 Q13641.1 A1BG P04217.1 A33 Q99795.1
A4GALT Q9NPC4.1 AACT P01011.1 AAG Q9M6E9.1 ABI1 Q8IZP0.1
ABI2 Q9NYB9.1 ABL1 P00519.1 ABL-BCR Q8WUG5.1 ABLIM3 O94929.1
ABLL P42684.1 ABTB1 Q969K4.1 ACACA Q13085.1 ACBD4 Q8NC06.1
ACO1 P21399.1 ACRBP Q8NEB7.1* ACTL6A O96019.1 ACTL8 Q9H568.1*
ACTN4 O43707.1 ACVR1 Q04771.1 ACVR1B P36896.1 ACVR2B Q13705.1
ACVRL1 P37023.1 ACS2B Q68CK6.1 ACSL5 Q9ULC5.1 ADAM-15 Q13444.1
ADAM17 P78536.1 ADAM2 Q99965.1* ADAM29 Q9UKF5.1* ADAM7 Q9H2U9.1
ADAP1 O75689.1 ADFP Q99541.1 ADGRA3 Q8IWK6.1 ADGRF1 Q5T601.1
ADGRF2 Q8IZF7.1 ADGRL2 O95490.1 ADHFE1 Q8IWW8.1 AEN Q8WTP8.1
AFF1 P51825.1 AFF4 Q9UHB7.1 AFP P02771.1 AGAP2 Q99490.1
AGO1 Q9UL18.1 AGO3 Q9H9G7.1 AGO4 Q9HCK5.1 AGR2 O95994.1
AIFM2 Q9BRQ8.1 AIM2 O14862.1 AKAP-13 Q12802.1 AKAP-3 O75969.1*
AKAP-4 Q5JQC9.1* AKIP1 Q9NQ31.1 AKT1 P31749.1 AKT2 P31751.1
AKT3 Q9Y243.1 ALDH1A1 P00352.1 ALK Q9UM73.1 ALKBH1 Q13686.1
ALPK1 Q96QP1.1 AMIGO2 Q86SJ2.1 ANG2 O15123.1 ANKRD45 Q5TZF3.1*
ANO1 Q5XXA6.1 ANP32A P39687.1 ANXA2 P07355.1 APC P25054.1
APEH P13798.1 APOA2 P02652.1 APOD P05090.1 APOL1 O14791.1
AR P10275.1 ARAF P10398.1 ARF4L P49703.1 ARHGEF5 Q12774.1
ARID3A Q99856.1 ARID4A P29374.1 ARL6IP5 O75915.1 ARMC3 B4DXS3.1*
ARMC8 Q8IUR7.1 ARTC1 P52961.1 ARX Q96QS3.1* ATAD2 Q6PL18.1
ATIC P31939.1 AURKC Q9UQB9.1 AXIN1 O15169.1 AXL P30530.1
BAAT Q14032.1 BAFF Q9Y275.1 BAGE-1 Q13072.1* BAGE-2 Q86Y30.1*
BAGE-3 Q86Y29.1* BAGE-4 Q86Y28.1 BAGE-5 Q86Y27.1* BAI1 O14514.1
BAL P19835.1 BALF2 P03227.1 BALF4 P03188.1 BALF5 P03198.1
BARF1 P03228.1 BBRF1 P03213.1 BCAN Q96GW7.1 BCAP31 P51572.1
BCL-2 P10415.1 BCL2L1 Q07817.1 BCL6 P41182.1 BCL9 O00512.1
BCR P11274.1 BCRF1 P03180.1 BDLF3 P03224.1 BGLF4 P13288.1
BHLF1 P03181.1 BHRF1 P03182.1 BILF1 P03208.1 BILF2 P03218.1
BIN1 O00499.1 BING-4 O15213.1 BIRC7 Q96CA5.1 BLLF1 P03200.1
BLLF2 P03199.1 BMI1 P35226.1 BMLF1 Q04360.1 BMPR1B O00238.1
BMRF1 P03191.1 BNLF2a P0C739.1 BNLF2b Q8AZJ3.1 BNRF1 P03179.1
BRAF1 P15056.1 BRD4 O60885.1 BRDT Q58F21.1* BRI3BP Q8WY22.1
BRINP1 O60477.1 BRLF1 P03209.1 BTBD2 Q9BX70.1 BUB1B O60566.1
BVRF2 P03234.1 BXLF1 P03177.1 BZLF1 P03206.1 C15orf60 Q7Z4M0.1*
CA 12-5 Q8WXI7.1 CA 19-9 Q969X2.1 CA195 Q5TG92.1 CA9 Q16790.1
CABYR O75952.1* CADM4 Q8NFZ8.1 CAGE1 Q8CT20.1* CALCA P01258.1
CALR3 Q96L12.1 CAN P35658.1 CASC3 O15234.1 CASC5 Q8NG31.1*
CASP5 P51878.1 CASP8 Q14790.1 CBFA2T2 O43439.1 CBFA2T3 O75081.1
CBL P22681.1 CBLB Q13191.1 CC3 Q9BUP3.1 CCDC110 Q8TBZ0.1*
CCDC33 Q8N5R6.1* CCDC36 Q8IYA8.1* CCDC6 Q16204.1 CCDC62 Q6P9F0.1*
CCDC68 Q9H2F9.1 CCDC83 Q8IWF9.1* CCL13 Q99616.1 CCL2 P13500.1
CCL7 P80098.1 CCNA1 P78396.1* CCNA2 P20248.1 CCNB1 P14635.1
CCND1 P24385.1 CCNE2 O96020.1 CCNI Q14094.1 CCNL1 Q9UK58.1
CCR2 P41597.1 CD105 P17813.1 CD123 P26951.1 CD13 P15144.1
CD133 O43490.1 CD137 Q07011.1 CD138 P18827.1 CD157 Q10588.1
CD16A P08637.1 CD178 P48023.1 CD19 P15391.1 CD194 P51679.1
CD2 P06729.1 CD20 P11836.1 CD21 P20023.1 CD22 P20273.1
CD229 Q9HBG7.1 CD23 P06734.1 CD27 P26842.1 CD28 P10747.1
CD30 P28908.1 CD317 Q10589.1 CD33 P20138.1 CD350 Q9ULW2.1
CD36 P16671.1 CD37 P11049.1 CD4 P01730.1 CD40 P25942.1
CD40L P29965.1 CD45 P08575.1 CD47 Q08722.1 CD51 P06756.1
CD52 P31358.1 CD55 P08174.1 CD61 P05106.1 CD70 P32970.1
CD74 P08922.1 CD75 P15907.1 CD79B P40259.1 CD80 P33681.1
CD86 P42081.1 CD8a P01732.1 CD8b P10966.1 CD95 P25445.1
CD98 P08195.1 CDC123 O75794.1 CDC2 P06493.1 CDC27 P30260.1
CDC73 Q6P1J9.1 CDCA1 Q9BZD4.1* CDCP1 Q9H5V8.1 CDH3 P22223.1
CDK2AP1 O14519.1 CDK4 P11802.1 CDK7 P50613.1 CDKN1A P38936.1
CDKN2A P42771.1 CEA P06731.1 CEACAM1 Q86UE4.1 CENPK Q9BS16.1
CEP162 Q5TB80.1 CEP290 O15078.1* CEP55 Q53EZ4.1* CFL1 P23528.1
CH3L2 Q15782.1 CHEK1 O14757.1 CK2 P19784.1 CLCA2 Q9UQC9.1
CLOCK O15516.1 CLPP Q16740.1 CMC4 P56277.1 CML66 Q96RS6.1
CO-029 P19075.1 COTL1 Q14019.1 COX2 P35354.1 COX6B2 Q6YFQ2.1*
CPSF1 Q10570.1 CPXCR1 Q8N123.1* CREBL2 O60519.1 CREG1 O75629.1
Cripto P13385.1 CRISP2 P16562.1* *CRK P46108.1 CRKL P46109.1
CRLF2 Q9HC73.1 CSAGE Q6PB30.1 CT45 Q5HYN5.1* CT45A2 Q5DJT8.1*
CT45A3 Q8NHU0.1* CT45A4 Q8N7B7.1* CT45A5 Q6NSH3.1* CT45A6 P0DMU7.1*
CT46 Q86X24.1* CT47 Q5JQC4.1* CT47B1 P0C2P7.1* CTAGE2 Q96RT6.1*
cTAGE5 O15320.1* CTCFL Q8NI51.1* CTDSP2 O14595.1 CTGF P29279.1
CTLA4 P16410.1 CTNNA2 P26232.1* CTNNB1 P35222.1 CTNND1 O60716.1
CTSH P09668.1 CTSP1 A0RZH4.1* CTTN Q14247.1 CXCR4 P61073.1
CXorf48 Q8WUE5.1* CXorf61 Q5H943.1* Cyclin-E P24864.1 CYP1B1 Q16678.1
CypB P23284.1 CYR61 O00622.1 CS1 P28290.1 CSAG1 Q6PB30.1*
CSDE1 O75534.1 CSF1 P09603.1 CSF1R P07333.1 CSF3R Q99062.1
CSK P41240.1 CSK23 Q8NEV1.1 DAPK3 O43293.1 DAZ1 Q9NQZ3.1
DBPC Q9Y2T7.1 DCAF12 Q5T6F0.1* DCT P40126.1 DCUN1D1 Q96GG9.1
DCUN1D3 Q8IWE4.1 DDR1 Q08345.1 DDX3X O00571.1 DDX6 P26196.1
DEDD O75618.1 DEK P35659.1 DENR O43583.1 DEPDC1 Q5TB30.1
DFNA5 O60443.1 DGAT2 Q96PD7.1 DHFR P00374.1 DKK1 O94907.1
DKK3 Q9UBP4.1 DKKL1 Q9UK85.1* DLEU1 O43261.1 DMBT1 Q9UGM3.1
DMRT1 Q9Y5R6.1* DNAJB8 Q8NHS0.1* DNAJC8 O75937.1 DNMT3A Q9Y6K1.1
DPPA2 Q7Z7J5.1* DR4 O00220.1 DR5 O14763.1 DRG1 Q9Y295.1*
DSCR8 Q96T75.1 E2F3 O00716.1 E2F6 O75461.1 E2F8 A0AVK6.1
EBNA1 P03211.1 EBNA2 P12978.1 EBNA3 P12977.1 EBNA4 P03203.1
EBNA6 P03204.1 EBNA-LP Q8AZK7.1 E-cadherin P12830.1 ECT2 Q9H8V3.1
ECTL2 Q008S8.1 EDAG Q9BXL5.1* EEF2 P13639.1 EFNA1 P20827.1
EFS O43281.1 EFTUD2 Q15029.1 EGFL7 Q9UHF1.1 EGFR p00533.1
EI24 O14681.1 EIF4EBP1 Q13541.1 ELF3 P78545.1 ELF4 Q99607.1
ELOVL4 Q9GZR5.1* EMP1 P54849.1 ENAH Q8N8S7.1 Endosialin Q9HCU0.1
ENO1 P06733.1 ENO2 P09104.1 ENO3 P13929.1 ENTPD5 O75356.1
EpCAM P16422.1 EPHA2 P29317.1 EPHA3 P29320.1 EPHB2 P29323.1
EPHB4 P54760.1 EPHB6 O15197.1 EPS8 Q12929.1 ERBB3 P21860.1
ERBB4 Q15303.1 EREG O14944.1 ERG P11308.1 ERVK-18 O42043.1
ERVK-19 O71037.1 ESR1 P03372.1 ETAA1 Q9NY74.1 ETS1 P14921.1
ETS2 P15036.1 ETV1 P50549.1 ETV5 P41161.1 ETV6 P41212.1
EVI5 O60447.1 EWSR1 Q01844.1 EYA2 O00167.1 EZH2 Q15910.1
FABP7 O15540.1 FAM133A Q8N9E0.1* FAM13A O94988.1 FAM46D Q8NEK8.1*
FAM58BP P0C7Q3.1 FANCG O15287.1 FATE1 Q969F0.1* FBXO39 Q8N4B4.1*
FBXW11 Q9UKB1.1 FCHSD2 O94868.1 FER P16591.1 FES P07332.1
FEV Q99581.1 FGF10 O15520.1 FGF23 Q9GZV9.1 FGF3 P11487.1
FGF4 P08620.1 FGF5 P12034.1 FGFR1 P11362.1 FGFR2 P21802.1
FGFR3 P22607.1 FGFR4 P22455.1 FGR P09769.1 FLI1 Q01543.1
FLT3 P36888.1 FMNL1 O95466.1 FMOD Q06828.1 FMR1NB Q8N0W7.1*
FN1 P02751.1 Fn14 Q9NP84.1 FNIP2 Q9P278.1 FOLR1 P15328.1
FOS P01100.1 FosB P53539.1 FOSL1 P15407.1 FOXM1 Q08050.1
FOXO1 Q12778.1 FOXO3 O43524.1 FRAT1 Q92837.1 FRMD3 A2A2Y4.1
FSIP1 Q8NA03.1 FSIP2 Q5CZC0.1 FSTL3 O95633.1 FTHL17 Q9BXU8.1*
FUNDC2 Q9BWH2.1 FUS P35637.1 FUT1 P19526.1 FUT3 P21217.1
FYN P06241.1 GAB2 Q9UQC2.1 GADD45G O95257.1 GAGE-1 Q13065.1
GAGE12B/C/D/E A1L429.1 GAGE12F P0CL80.1 GAGE12G P0CL81.1 GAGE12H A6NDE8.1
GAGE12I P0CL82.1 GAGE12J A6NER3.1 GAGE-2 Q6NT46.1 GAGE-3 Q13067.1
GAGE-4 Q13068.1 GAGE-5 Q13069.1 GAGE-6 Q13070.1 GAGE-7 O76087.1
GAGE-8 Q9UEU5.1 GALGT2 Q00973.1 GAS7 O60861.1 GASZ Q8WWH4.1
GATA-3 P23771.1 GBU4-5 Q587J7.1 GCDFP-15 P12273.1 GFAP P14136.1
GFI1 Q99684.1 Ghrelin Q9UBU3.1 GHSR Q92847.1 GIPC1 O14908.1
GITR Q9Y5U5.1 GKAP1 Q5VSY0.1 GLI1 P08151.1 Glypican-3 P51654.1
GML Q99445.1 GNA11 P29992.1 GNAQ P50148.1 GNB2L1 P63244.1
GOLGA5 Q8TBA6.1 gp100 P40967.1 gp75 P17643.1 Gp96 P14625.1
GPAT2 Q6NUI2.1* GPATCH2 Q9NW75.1* GPC-3 P51654.1 GPNMB Q14956.1
GPR143 P51810.1 GPR89A B7ZAQ6.1 GRB2 P62993.1 GRP78 P11021.1
GUCY1A3 Q02108.1 H3F3A P84243.1 HAGE Q9NXZ2.1* hANP P01160.1
HBEGF Q99075.1 hCG-beta P01233.1 HDAC1 Q13547.1 HDAC2 Q92769.1
HDAC3 O15379.1 HDAC4 P56524.1 HDAC5 Q9UQL6.1 HDAC6 Q9UBN7.1
HDAC7 Q8WUI4.1 HDAC8 Q9BY41.1 HDAC9 Q9UKV0.1 HEATR1 Q9H583.1
Hepsin P05981.1 Her2/neu P04626.1 HERC2 O95714.1 HERV-K104 P61576.1
HEXB P07686.1 HEXIM1 O94992.1 HGRG8 Q9Y5A9.1 HIPK2 Q9H2X6.1
HJURP Q8NCD3.1 HMGB1 P09429.1 HMOX1 P09601.1 HNRPL P14866.1
HOM-TES-85 Q9P127.1* HORMAD1 Q86X24.1* HORMAD2 Q8N7B1.1* HPSE Q9Y251.1
HPV16 E6 P03126.1 HPV16 E7 P03129.1 HPV18 E6 P06463.1 HPV18 E7 P06788.1
HRAS P01112.1 HSD17B13 Q7Z5P4.1 HSP105 Q92598.1 HSP60 P10809.1
HSPA1A P08107.1 HSPB9 Q9BQS6.1* HST-2 P10767.1 HT001 Q2TB18.1
hTERT O14746.1 HUS1 O60921.1 ICAM-1 P05362.1 IDH1 O75874.1
IDO1 P14902.1 IER3 P46695.1 IGF1R P08069.1 IGFS11 Q5DX21.1*
IL13RA2 Q14627.1* IMP-3 Q9NV31.1* ING3 Q9NXR8.1 INPPL1 O15357.1
INTS6 Q9UL03.1 IRF4 Q15306.1 IRS4 O14654.1 ITGA5 P08648.1
ITGB8 P26012.1 ITPA Q9BY32.1 ITPR2 Q14571.1 JAK2 O60674.1
JAK3 P52333.1 JARID1B Q9UGL1.1* JAZF1 Q86VZ6.1 JNK1 P45983.1
JNK2 P45984.1 JNK3 P53779.1 JTB O76095.1 JUN P05412.1
JUP P14923.1 K19 P08727.1 KAAG1 Q9UBP8.1 Kallikrein 14 Q9P0G3.1
Kallikrein 4 Q9Y5K2.1 KAT6A Q92794.1 KDM1A O60341.1 KDM5A P29375.1
KIAA0100 Q14667.1* KIAA0336 Q8IWJ2.1 KIAA1199 Q8WUJ3.1 KIAA1641 A6QL64.1
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KLF4 O43474.1 KLHL41 O60662.1 KLK10 O43240.1 KMT2D O14686.1
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SIRT2 Q8IXJ6.1 SIVA1 O15304.1 SKI P12755.1 SLBP A9UHW6.1
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SPAG17 Q6Q759.1* SPAG4 Q9NPE6.1* SPAG6 O75602.1* SPAG8 Q99932.1*
SPAG9 O60271.1* SPANXA1 Q9NS26.1* SPANXB Q9NS25.1* SPANXC Q9NY87.1*
SPANXD Q9BXN6.1* SPANXE Q8TAD1.1* SPANXN1 Q5VSR9.1* SPANXN2 Q5MJ10.1*
SPANXN3 Q5MJ09.1* SPANXN4 Q5MJ08.1* SPANXN5 Q5MJ07.1* SPATA19 Q7Z5L4.1*
SPEF2 Q9C093.1* SPI1 P17947.1 SPINLW1 O95925.1* SPO11 Q9Y5K1.1*
SRC P12931.1 SSPN Q14714.1 SSX-1 Q16384.1* SSX-2 Q16385.1*
SSX-3 Q99909.1* SSX-4 O60224.1* SSX-5 O60225.1* SSX-6 Q7RTT6.1*
SSX-7 Q7RTT5.1* SSX-9 Q7RTT3.1* ST18 O60284.1 STAT1 P42224.1
STEAP1 Q9UHE8.1 STK11 Q15831.1 STK25 O00506.1 STK3 Q13188.1
STN Q9H668.1 SUPT7L O94864.1 Survivin O15392.1 SUV39H1 O43463.1
SYCE1 Q8N0S2.1 SYCP1 Q15431.1 SYCP3 Q8IZU3.1 SYT Q15532.1
TA-4 Q96RI8.1 TACC1 O75410.1 TAF1B Q53T94.1 TAF4 O00268.1
TAF7L Q5H9L4.1* TAG-1 Q02246.1* TAL1 P17542.1 TAL2 Q16559.1
TAPBP O15533.1 TATI P00995.1 TAX1BP3 O14907.1 TBC1D3 Q8IZP1.1
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TDRD1 Q9BXT4.1* TDRD4 Q9BXT8.1* TDRD6 O60522.1* TEKT5 Q96M29.1*
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TF P02787.1 TFDP3 Q5H9I0.1* TFE3 P19532.1 TGFBR1 P36897.1
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TLR2 O60603.1 TMEFF1 Q8IYR6.1* TMEFF2 Q9UIK5.1* TMEM108 Q6UXF1.1*
TMEM127 O75204.1 TMPRSS12 Q86WS5.1* TNC P24821.1 TNFRSF17 Q02223.1
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TPGS2 Q68CL5.1 TPI1 P60174.1 TPL2 P41279.1 TPM4 P67936.1
TPO P40225.1 TPPP2 P59282.1* TPR P12270.1 TPTE P56180.1*
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TTK P33981.1* TULP2 O00295.1* TUSC2 O75896.1 TWEAK O43508.1
TXNIP Q9H3M7.1 TYMS P04818.1 TYR P14679.1 U2 snRNP B P08579.1
U2AF1 Q01081.1 UBD O15205.1 UBE2A P49459.1 UBE2C O00762.1
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YKL-40 P36222.1 ZBTB7A O95365.1 ZBTB7C A1YPR0.1 ZEB1 P37275.1
ZFYVE19 Q96K21.1 ZNF165 P49910.1* ZNF185 O15231.1 ZNF217 O75362.1
ZNF320 A2RRD8.1 ZNF395 Q9H8N7.1 ZNF645 Q8N7E2.1* ZUBR1 Q5T4S7.1
ZW10 O43264.1 ZWINT O95229.1
표 3 - IEDB의 바이러스 항원에 대한 접근 번호 리스트
Q76R62.1 P03182.1 P09258.1 P09310.1 P03227.1 P89466.1 P04601.1
P13285.1 P09991.1 P03468.1 A2T3Q0.1 P0C6X7.1 P89448.1 P12978.1 P09257.1
P50641.1 P14075.1 20178567.1 Q01023.1 P03188.1 P04585.1 P0C767.1 P12977.1
P89467.1 Q9W850.1 Q00683.1 P04591.1 P03211.1 9628706.1 P03460.1 P08666.1
P03485.1 Q04360.1 Q913Y7.1 P89449.1 Q81871.1 P03452.1 P17763.1 P89430.1
P03410.1 P04012.1 P27958.1 Q6WB99.1 P25212.1 Q9PZT1.1 P68593.1 P03203.1
P29996.1 9629374.1 P59633.1 O42053.1 P0C6L3.1 P59635.1 Q9YZN9.1 Q6WB95.1
P10233.1 P89475.1 Q6WB98.1 Q6SW67.1 Q7TFA0.1 P0CK17.1 P59594.1 1980491.1
P14079.1 P15423.1 1891762.1 P09259.1 P09269.1 Q77Q38.1 Q786F2.1 Q6SW99.1
P24771.1 F5HB98.1 9629370.1 P68336.1 P03300.1 1980486.1 Q69027.1 P28284.1
P13290.1 9626585.1 P06923.1 P14076.1 P03346.1 O42062.1 P07566.1 P03204.1
Q69091.1 P09255.1 P03206.1 O36634.1 P10205.1 F5HCM1.1 P0CK16.1 Q6WB97.1
Q85601.1 P89468.1 Q69467.1 P03218.1 Q786F3.1 P59637.1 1891763.1 Q6WB94.1
P03231.1 Q9IK92.1 Q6WBA1.1 P03466.1 P14335.1 P26670.1 Q9PZT0.1 1985356.1
Q2HR63.1 P59634.1 Q6SW59.1 P03277.1 P59595.1 Q69028.1 P03383.1 P03261.1
P03200.1 P04578.1 P06484.1 F5HC97.1 S5TC82.1 P18095.1 Q96895.1 P18094.1
9629372.1 P50791.1 P03230.1 P13845.1 9629712.1 P03209.1 P03129.1 Q76R61.1
P03228.1 P0C206.1 Q9WMB5.1 P03226.1 Q9QR69.1 O36633.1 O42049.1 P03496.1
P03428.1 P03431.1 P0C0U1.1 P03433.1 P03508.1 1980456.1 P0C739.1 P69726.1
P69723.1 1980490.1 532129755.1 P03120.1 P04020.1 P06922.1 P03114.1 P03314.1
P06790.1 P06788.1 P06927.1 P03101.1 P03107.1 P06794.1 530787712.1 P04013.1
Q80872.1 P04014.1 P03126.1 P36811.1 P06463.1 P26554.1 P04016.1 P14078.1
P03191.1 1980471.1 P06821.1 P0C797.1 F5HF49.1 P0C045.1 P04296.1 P04485.1
P10230.1 P10221.1 P06487.1 P10215.1 P04293.1 P10211.1 P10209.1 P10225.1
P10224.1 P10238.1 P10185.1 P08392.1 P10231.1 P06492.1 P04290.1 P08393.1
P08543.1 P10210.1 P08617.1 F5HB53.1 P04019.1 P04015.1 P89442.1 P89452.1
P89462.1 P59632.1 O36635.1 P07210.1 Q83884.1 Q8JUX5.1 P03089.1 Q66479.1
P03185.1 P0CAP6.1 P04618.1 56160929.1 1980519.1 P08669.1 P14348.1 P03212.1
P03179.1 45617-other.1 1511872.1 302317869.1 P69899.1 P09247.1 Q05127.1 P18272.1
Q9YMG2.1 Q05128.1 302371215.1 302371218.1 Q5XX08.1 302371214.1 P14336.1 138948-other.1
P08292.1 1803956.1 P35253.1 1891726.1 P09308.1 P03189.1 667489389.1 P09272.1
34365530.1 Q05320.1 P59596.1 P32886.1 55097.1 P03316.1 P03276.1 Q81870.1
Q81862.1 64320.1 1933190.1
표 4 - IEDB의 세균성 항원에 대한 접근 번호 리스트
B8ZUD1.1 P09621.1 P9WPE5.1 Q2GI62.1 P0A5B8.1 O50443.1 Q5NEZ3.1
P9WQF5.1 P9WK95.1 O05311.1 P9WQD7.1 P9WKG3.1 P9WHE5.1 P0CD83.1 P9WHB9.1
P9WH91.1 P9WHE3.1 P9WNK7.1 A0A0F3MKF3.1 A1JIP3.1 B2RKS6.1 P0A1D3.1 P0A6F5.1
P0C0Z7.1 P0C923.1 P61439.1 Q9Z708.1 P0A521.1 P9WPE7.1 Q79FJ2.1 B8ZR84.1
I6Y3P5.1 Q2FYP2.1 P9WG41.1 P96890.1 O06625.1 I6X654.1 Q8YIE1.1 P9WQ81.1
I6XWA1.1 P11311.1 O53900.1 P9WIR7.1 P9WQB1.1 B8ZUC6.1 O06802.1 P9WMK1.1
P9WG37.1 Q2FWC4.1 Q2GGE3.1 O33347.1 P9WJ09.1 P9WJ11.1 P9WF23.1 O69703.1
I6X4K0.1 B2RM93.1 P71888.1 P9WFW3.1 P9WPV1.1 P9WPU7.1 P9WPV3.1 P9WPU5.1
O50391.1 P9WID7.1 P9WPC3.1 P96901.1 O84848.1 Q2FUX4.1 A0A0M1YNY3.1 P49944.1
P9WPQ9.1 Q45010.1 Q2FZK7.1 P9WMN3.1 P9WPQ1.1 Q45013.1 O53666.1 Q5NEH1.1
P9WHR5.1 P9WIE5.1 Q5NEQ3.1 P9WNF3.1 F2QBN0.1 B8ZTB7.1 P0C922.1 P9WMJ9.1
Q5NGW2.1 P01556.1 Q8DMZ4.1 P33768.1 Q2FUY2.1 Q5NG56.1 X8CE55.1 Q5NGE4.1
P94973.1 O06827.1 P96872.1 I6X9Y7.1 I6XFZ8.1 O50442.1 O53697.1 O53978.1
P95137.1 P95144.1 O53519.1 Q79FZ8.1 P9WJF5.1 P71629.1 P9WJS3.1 P9WPB7.1
Q7D9T1.1 P9WHS1.1 O06393.1 P9WP69.1 P9WPN5.1 P9WNX3.1 O53380.1 I6YAU3.1
P0A4V2.1 P9WQP3.1 P0C2T2.1 P9WQP1.1 P9WQN9.1 O53311.1 P9WIS7.1 O06159.1
H2GU79.1 Q2G2Q0.1 P9WNV1.1 P9WNV5.1 Q8YE98.1 Q59191.1 P9WGY7.1 P9WGY9.1
Q2G2W1.1 P9WGH1.1 P9WNG9.1 P9WNG7.1 O84591.1 Q9Z7A6.1 P9WGR1.1 P96404.1
I6YGS0.1 Q6MX18.1 P9WNK5.1 O53692.1 P9WNK3.1 P9WNK1.1 P9WNJ9.1 P9WNJ7.1
P9WNJ5.1 P9WNJ3.1 P9WNJ1.1 P9WNI9.1 P96903.1 P9WNB1.1 P9WJE1.1 P9WJD9.1
P9WJD7.1 P9WJD3.1 P9WJC5.1 P9WJC3.1 P9WJC1.1 P9WNQ3.1 P9WJE5.1 P9WJC7.1
O84646.1 I6YDV4.1 P11439.1 Q5NFJ1.1 P9WNE5.1 P14738.1 P11089.1 H7C7G3.1
L7N6B9.1 I6XFI7.1 O05578.1 P96218.1 P9WN39.1 P9WN59.1 Q8YBI3.1 P9WN83.1
P9WJA9.1 P9WMY9.1 Q5NH51.1 O53673.1 P9WIP9.1 P0CE15.1 P72041.1 Q5NEM8.1
Q5NI16.1 P9WJA3.1 P0A4Q1.1 P9WIP1.1 P9WIN9.1 P9WNF5.1 O50846.1 Q59947.1
H7C7N8.1 Q5NEC6.1 O84606.1 P9WQJ9.1 P9WQJ7.1 P9WQ71.1 O53611.1 P9WKL1.1
P9WKJ7.1 D5V9Y8.1 P0CC04.1 P23700.1 P9WJN5.1 Q5NHJ0.1 Q5NEY9.1 P15917.1
Q2G155.1 O34094.1 Q8F8E1.1 O69661.1 H6MMU4.1 P9WK61.1 P9WK55.1 Q8YGS9.1
O50811.1 P9WQ59.1 P9WIN7.1 P9WIR1.1 O50430.1 D5VCH6.1 Q5NHI7.1 P9WFU9.1
I6XFY8.1 B2RH54.1 Q46409.1 P30690.1 A0A0J5IWN3.1 A0PSI5.1 A4TAC4.1 B1MB69.1
B2HSY2.1 B8ZSN3.1 E4WHS0.1 P9WK17.1 V5XE39.1 I6X7G8.1 I6Y461.1 I6YGB1.1
I6YC99.1 Q79FY7.1 I6X5Z8.1 I6Y479.1 I6YA32.1 O05461.1 Q2G1E2.1 P9WK19.1
I6YAW3.1 Q5NGG4.1 O51624.1 P9WJW5.1 Q50584.1 B2RHG1.1 Q5NFL7.1 P9WQN7.1
P9WHH3.1 O84639.1 Q5NF24.1 P9WJH1.1 P9WJH5.1 O53203.1 P55969.1 O50418.1
Q5NGE0.1 H7C7K8.1 O54584.1 G1UB30.1 Q5NH85.1 G1UB25.1 P0A3N8.1 E1X6Y5.1
Q5NEP7.1 Q8YHH0.1 P38006.1 P43838.1 P43839.1 P0CL67.1 P0CL66.1 Q0SLZ0.1
Q07337.1 G5IXI6.1 O07721.1 O53254.1 P75330.1 I6Y936.1 L7N649.1 L7N656.1
L7N693.1 Q79FK4.1 Q79FR3.1 Q79FR5.1 Q79G04.1 Q79FS8.1 Q6MWX1.1 Q79FV6.1
Q79FS5.1 Q79FQ7.1 Q79FP3.1 Q79FP2.1 Q79FK9.1 Q79FE6.1 I6XEF1.1 Q79FD4.1
Q6MX26.1 Q6MX50.1 L7N680.1 O53695.1 I6X8R2.1 O53246.1 I6Y0L1.1 Q2G282.1
P14283.1 P04977.1 P9WMX7.1 P9WFR1.1 P9WN09.1 O86345.1 P9WGU1.1 P9WGT9.1
P9WGT7.1 P9WPF7.1 P9WIB3.1 P9WMM9.1 P9WHM5.1 P9WQE9.1 Q8DQ08.1 Q8DQ07.1
I6Y231.1 P9WHV9.1 O05877.1 O07236.1 O86370.1 O06404.1 O06410.1 B8ZRL2.1
O06807.1 O33269.1 Q79FA9.1 Q79FK6.1 Q8VKN2.1 L7N675.1 Q79FK5.1 L0T7Y7.1
Q79FI9.1 Q79FE1.1 Q6MWX9.1 O84616.1 O84647.1 P9WQ27.1 O84288.1 I6X9S5.1
P9WJW3.1 P9WPS9.1 P95149.1 O53632.1 I6Y293.1 L0T243.1 P9WP43.1 P9WKC9.1
P96402.1 P71810.1 O06417.1 P96365.1 L0T5B2.1 P96264.1 P9WJK5.1 P9WJQ9.1
O84419.1 O84818.1 Q8YG32.1 O06608.1 O07175.1 P9WGA3.1 O53323.1 P96354.1
P9WIM9.1 B8ZRT2.1 P9WK93.1 P13423.1 O84583.1 P9WG63.1 P9WIM1.1 P9WKJ3.1
P9WNZ7.1 P9WK31.1 Q50701.1 P9WID3.1 Q8YC41.1 P9WPL3.1 P9WNI3.1 P9WNI7.1
P9WNI5.1 P9WQ49.1 P9WMG1.1 Q2GGR3.1 P9WK71.1 O33192.1 P9WND5.1 P9WFL9.1
P9WMB7.1 P9WJ79.1 P9WND7.1 Q63RA7.1 Q63ID0.1 I6YET7.1 Q9S010.1 P9WGC9.1
Q50700.1 Q5NFR6.1 P9WGK3.1 P9WHI1.1 P9WHV3.1 Q5NIA7.1 P9WG27.1 P9WF73.1
P9WGA1.1 P9WIB9.1 P9WGL3.1 O51381.1 P9WI83.1 P9WI79.1 P9WFT7.1 Q8YGS6.1
P05788.1 P17835.1 P9WIK9.1 Q5NHP7.1 P9WJU5.1 P9WGE7.1 Q2G2B2.1 P04958.1
P9WG67.1 P9WKE1.1 O07226.1 P9WJ13.1 P9WHF3.1 P9WF43.1 Q7D7L0.1 P9WMF9.1
P9WGN1.1 P9WKJ9.1 P60230.1 P9WKH7.1 O53699.1 P9WHT7.1 P9WJS5.1 Q5NII0.1
Q8YDZ3.1 Q9RPX7.1 P9WN67.1 O05576.1 Q5NHL4.1 P9WN15.1 P9WMD5.1 P9WMF5.1
P9WG85.1 P9WJW7.1 P9WIH1.1 P9WIG1.1 P9WIG3.1 P9WIF5.1 P9WIF1.1 P9WIE7.1
P9WHW9.1 P9WI41.1 P9WI39.1 P9WI37.1 P9WI25.1 Q11031.1 P9WI47.1 P9WI23.1
P9WI19.1 P9WI11.1 P9WI45.1 P9WI07.1 P9WI05.1 Q79FH3.1 P9WI43.1 P9WHZ7.1
P9WHZ5.1 P9WHZ3.1 P9WHY9.1 P9WHY7.1 P9WHY5.1 Q6MX07.1 P9WHY3.1 Q6MWY2.1
Q50703.1 P9WHX3.1 P96221.1 Q7D589.1 P9WMA3.1 P9WKW1.1 P9WKS9.1 P9WM29.1
P9WGC1.1 P9WLZ5.1 P9WLZ3.1 P9WLX1.1 P9WLV9.1 P9WLS7.1 P9WLQ1.1 P9WLJ1.1
P9WLH9.1 P9WLF3.1 P9WL97.1 P9WL87.1 P9WL85.1 P9WL83.1 P9WL67.1 P9WL63.1
P9WL51.1 P9WL47.1 P9WNH3.1 P9WGL7.1 P9WQM5.1 P9WPD9.1 A0A098A1N7.1 A0A098A2B0.1
A2RGM0.1 A5LVF6.1 A5MKZ9.1 B8ZQI8.1 B8ZQM3.1 B8ZQT5.1 B8ZR82.1 B8ZRH1.1
B8ZS71.1 B8ZS85.1 B8ZS86.1 B8ZSJ5.1 B8ZSL3.1 B8ZSL7.1 B8ZSM6.1 B8ZT30.1
B8ZTD0.1 B8ZTS2.1 B8ZTV5.1 B8ZU53.1 B8ZUA4.1 B8ZUE5.1 B8ZUF0.1 B8ZUT6.1
B8ZUX6.1 C0R9U8.1 C6DPT8.1 C6DQ35.1 E1XJN6.1 G8W6L3.1 G8W6L7.1 G8W6U7.1
H6MNY3.1 H6MQD5.1 H8HRN0.1 H8HW90.1 H8L8K3.1 I6TQ53.1 I6TX52.1 P0C5B9.1
Q1BYS7.1 R4MDK6.1 S5F815.1 W6GWM1.1 P9WFC9.1 P9WFJ9.1 P14916.1 P69996.1
P9WFC5.1 Q8VKQ6.1 P9WHS3.1 A5MKI6.1
표 5 - IEDB 및 UNIPROT의 곰팡이성 항원에 대한 접근 번호 리스트
Q5ANA3.1 Q5A3P6.1 Q59VM7.1 Q5A1A9.1 Q5APF0.1 Q8J0P4.1 Q4WHG0.1 Q4WQ87.1
Q59X67.1 Q59Z17.1 Q59ZI3.1 Q5AA33.1 B8N4Q9.1 Q4WAW6.1 Q4WAJ6.1 Q4X1V0.1
A0A1D8PQ86.1 Q59ZB1.1 Q873N2.1 Q59L72.1 B8NIF0.1 P46075.1 Q4WCL1.1 Q4WRP2.1
Q59L12.1 Q59LC9.1 P48989.1 Q5AFC2.1 B8N406.1 Q4WGL5.1 Q9HEQ8.1 Q4WVI6.1
P46593.1 P82611.1 Q5ADV5.1 Q59SG9.1 P41750.1 O00092.1 Q4WEN1.1 Q4WCV3.1
P0DJ06.1 O94038.1 Q59WD3.1 Q59RQ0.1 B8NM71.1 Q4WLW8.1 Q4WI37.1 Q4WNI1.1
P29717.1 P46589.1 Q59W04.1 Q59RK9.1 B8MYS6.1 Q8X176.1 Q4WZS1.1 Q4WQH4.1
Q9UW14.1 Q5AF56.1 Q59VN0.1 P31353.1 B8N8Q9.1 Q96UX3.1 Q4WDA4.1 Q4WDE1.1
Q92207.1 P83773.1 Q59WB9.1 Q5ACM4.1 B8N8R3.1 Q4WPF5.1 Q4WLS7.1 Q4WJT7.1
Q5A8T7.1 Q59YU1.1 Q59P53.1 Q5ACI8.1 B8N417.1 Q92450.1 Q4WWM6.1 Q4WLG1.1
Q5A8T4.1 Q59YV2.1 Q5A432.1 Q5AB93.1 B8N8R0.1 Q4WAW9.1 Q4WP81.1 Q4WQR6.1
P43076.1 Q5ABE5.1 Q5AK64.1 Q5ALL8.1 B8NM74.1 A4GYZ0.1 Q6MYT0.1 Q4WZS2.1
Q5AP53.1 Q59LF2.1 A0A1D8PNZ7.1 Q5A4X8.1 B8N106.1 Q4WAW3.1 Q4WTL0.1 Q4WXP0.1
Q5AL52.1 Q8NJN3.1 Q59Q30.1 Q5AD34.1 B8NHY4.1 Q70J59.1 Q4WXV2.1 Q4WU59.1
P43079.1 Q5ALN1.1 A0A1D8PN12.1 Q59V02.1 B8NJG8.1 Q4X1A4.1 Q4X0Z3.1 Q4WUG4.1
Q5AD07.1 Q59S72.1 Q5AK24.1 Q5AHC0.1 B8NM66.1 E9R876.1 Q4WN25.1 Q4WIK9.1
Q5A0E5.1 Q59K86.1 Q5AFT2.1 Q59Y11.1 B8MYL0.1 M4VQY9.1 Q4WN21.1 Q4WYP0.1
Q5AKU6.1 Q5AGD1.1 Q5A0W6.1 Q59QA5.1 B8NM62.1 Q4WF53.1 Q4X1N0.1 Q4X0B5.1
Q59RL7.1 P79023.1 P0CB63.1 Q5AMJ5.1 B8NGT5.1 Q4WZ64.1 Q4WQV2.1 Q4WYK9.1
G1UB61.1 Q59LP6.1 Q59U11.1 Q5AMF7.1 B8NM64.1 Q4WAZ0.1 Q4WZP2.1 Q4WY33.1
Q5ABC6.1 Q5AP87.1 P83775.1 Q5ABW2.1 B8NV37.1 Q4WR16.1 Q4WVK2.1 Q4X1F8.1
A0A1D8PQB9.1 P22274.1 Q5APF2.1 Q5APJ9.1 B8N151.1 Q4WLB9.1 Q4WUA0.1 Q4WA45.1
P87020.1 Q5AC48.1 Q59VP2.1 Q5AM72.1 B8NEJ3.1 Q4WQS0.1 A4DA84.1 Q4WKD7.1
P0CY27.1 Q5AP59.1 Q5AEE1.1 Q5ACU3.1 B8N8M2.1 Q4WEP7.1 Q4WJX0.1 Q4WCH5.1
Q59XX2.1 Q59MV1.1 Q5AMR5.1 Q5A1V3.1 B8MYV0.1 E9R9Y3.1 Q4WP38.1 Q4WXY3.1
Q59U10.1 Q5AL27.1 Q59SU5.1 Q59RF7.1 B8N7I7.1 P41748.1 Q4X1D7.1 Q4WPL7.1
Q59RW5.1 Q5AJD2.1 Q59VP1.1 Q5ACN3.1 B8NJG3.1 Q4WYG3.1 Q4W9Z9.1 Q4X136.1
Q59MQ0.1 P0CU38.1 Q5ADQ0.1 Q5AHE8.1 B8N8R1.1 P87184.1 Q4WE62.1 Q4WZ44.1
Q5ABU7.1 Q59QC5.1 Q5AK59.1 Q5AHA4.1 B8NJH2.1 Q4WBS1.1 Q4WZL3.1 Q4WTC7.1
Q9Y7F0.1 Q5A5N6.1 Q59RH5.1 Q5AEG7.1 B8NQ51.1 Q70DX9.1 Q4WB37.1 Q4WMK2.1
Q5AC08.1 Q59Q79.1 Q5ACW8.1 Q59V01.1 B8NM63.1 Q4WG16.1 Q4W9Z4.1 Q4WNC9.1
P30575.1 Q5AH38.1 Q5AGM0.1 Q5AK97.1 B8NM73.1 Q96X30.1 Q4WDD0.1 Q4WY67.1
Q5AAG6.1 Q5AMN3.1 Q59VN2.1 Q5A1B2.1 B8NYX0.1 Q4WV19.1 Q4WKB9.1 Q4WU12.1
O74189.1 Q5A1Z5.1 O94069.1 Q5AJK6.1 B8N3P7.1 Q4WAZ6.1 Q4WU07.1 Q4WA61.1
Q59W62.1 Q5A6K2.1 P0CY20.1 Q59L96.1 B8NJH1.1 Q4W944.1 Q4WBL6.1 Q4WA58.1
P0CY34.1 Q59L25.1 Q59XQ1.1 Q59MD0.1 B8MXJ7.1 Q4WTV7.1 Q4WX13.1 Q4WA60.1
Q5A1D3.1 Q5A922.1 O94048.1 Q5AG46.1 B8NJB0.1 Q4WMJ9.1 Q4WV71.1 Q4WX36.1
Q5AJU7.1 Q5AFG1.1 Q5ADX2.1 Q59VW6.1 B8NPS7.1 Q4WZ65.1 Q4X0C2.1 Q4WA62.1
Q5A4H5.1 Q5ALR8.1 P46586.1 Q5A8I6.1 B8N7Z8.1 A0A067Z9B6.1 Q4WRU4.1 Q4WA59.1
Q59Y31.1 Q5AEI2.1 P83776.1 Q9UW24.1 B8NSV5.1 Q66WM4.1 Q4WGS4.1 Q4WXQ7.1
P0CY29.1 Q5AI71.1 Q5A895.1 Q59Q38.1 B8MZA3.1 Q6T267.1 Q4WP13.1 Q4WVA0.1
Q5ANJ4.1 Q5ABA6.1 Q59PP0.1 Q5ADL0.1 B8NLY9.1 Q4WLW5.1 Q4WHG5.1 Q4WDN4.1
Q59NH8.1 Q5ABX0.1 Q5AHH4.1 Q5AH11.1 B8NR69.1 Q4WMJ0.1 Q4WPF7.1 Q4WK03.1
P0CY33.1 Q5A4N0.1 Q96UX5.1 Q59W55.1 B8MZ41.1 Q4WQU0.1 Q4WH83.1 Q4WCG2.1
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Q5A0W9.1 Q5A5S7.1 Q5A029.1 Q5A7Q3.1 B8NR71.1 Q4WWN8.1 Q8NJM2.1 Q4WV10.1
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Q5A3Z6.1 Q59WB3.1 Q59L86.1 Q5A061.1 O14434.1 Q4WYX7.1 Q4WGS4.1 Q4WP10.1
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Q59LX5.1 A0A1D8PN88.1 Q5A210.1 Q5AHB8.1 Q4WAZ9.1 Q4WHA3.1 Q4WPU8.1
Q59PT0.1 A0A1D8PMB1.1 Q59N10.1 Q5AKU3.1 Q4WZ70.1 Q4W9M3.1 Q4WN99.1
Q3MNT0.1 Q5ABR2.1 Q5A1B3.1 Q59ZW4.1 E9RBR0.1 Q4WVH5.1 P0C959.1
표 6 - IEDB & ALLERGENONLINE의 알레르겐에 대한 접근 번호 리스트
P19594.1 P28335.1 P29000.1 M5ECN9.1 P38948.1 P00709.1 P79085.1
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P40292.1 P28296.1 P79017.1 Q96X30.1 Q4WWX5.1 O60024.1 Q92450.1 Q09072.1
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P00711.1 P02754.1 P02769.1 P02662.1 O18873.1 P49822.1 P09582.1 B5KVH4.1
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O04298.1 Q58A71.1 Q23939.1 Q967Z0.1 Q1M2P5.1 Q94507.1 Q8MVU3.1 Q86R84.1
Q00855.1 P49275.1 Q26456.1 P08176.1 Q8N0N0.1 P49278.1 Q2L7C5.1 P39675.1
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P81295.1 O64943.1 P07498.1 Q84UI1.1 P80384.1 P31025.1 Q004B5.1 P14946.1
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K7VAC2.1 Q3Y8M6.1 Q9URR2.1 Q9P8G3.1 A1KYZ2.1 P23284.1 Q9TZR6.1 Q25641.1
P00433.1 Q41260.1 P56164.1 Q40967.1 Q8H6L7.1 P35079.1 Q9XG86.1 P43214.1
Q5ZQK5.1 Q40960.1 P43215.1 O82040.1 Q8L5D8.1 P82242.1 Q9HCM2.1 Q9ZP03.1
Q9FPR0.1 B6T2Z8.1 Q9C5M8.1 P15722.1 P25788.1 P81651.1 O24248.1 P82534.1
E3SH28.1 O65457.1 B6RQS1.1 P02761.1 P67876.1 Q9Y4W2.1 Q9ULX3.1 P83181.1
Q8L5K9.1 C1KEU0.1 Q91482.1 Q9XHP1.1 P15322.1 Q15020.1 B9SA35.1 P01267.1
O00267.1 D2T2K3.1 Q9T0P1.1 Q07283.1 Q7M3Y8.1 P25445.1 Q5NT95.1 P07101.1
O15205.1 O00762.1 D2KFG9.1 H9AXB3.1 Q8W3V4.1 P49370.1 Q05110.1 Q9ULJ6.1
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AAB24432.1 CAA76831.1 AAB47552.1 AAM77471.1 AAS75297.1 3V0R_A 4AUD_B CAA55071.2
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AAX40948.1
표 7 - IEDB의 자가면역 항원에 대한 접근 번호 리스트
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Q96GE9.1 P57088.1 Q9BXS4.1 Q9C0B7.1 Q9Y5L0.1 P02766.1 Q13428.1 Q5T2D2.1
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Q97HE9.1 Q9Y3I0.1 P17752.1 Q8IWU9.1 Q0VAP8.1 P68363.1 Q9BQE3.1 P07437.1
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폴리펩타이드 항원에 대한 개인의 면역학적 반응 예측
특정 폴리펩타이드 항원은 인간 대상의 일부에서만 면역반응을 유도한다. 현재, 폴리펩타이드 항원이 개인에서 면역반응을 유도할 수 있는지 여부를 예측할 수 있는 진단 테스는 존재하지 않는다. 특히, 사람이 백신 또는 면역요법 조성물에 대한 면역 반응자인지 여부를 예측할 수 있는 테스트가 필요하다.
본 발명에 따르면, 개인의 폴리펩타이드 항원 특이적 T 세포 반응은 개인의 다수의 HLA 클래스 I 또는 다수의 HLA 클래스 II 분자에 의해 제시될 수 있는 하나 또는 그 이상의 단편의 폴리펩타이드 내의 존재에 의해 정의된다.
일부 경우, 본 발명은 대상이 폴리펩타이드의 투여에 대해 면역반응을 가지는지 여부를 예측하는 방법을 제공하며, 상기 폴리펩타이드가 본원에 기재된 임의의 방법에 따라 면역원성인 경우, 면역 반응이 예측된다. 폴리펩타이드가 대상의 적어도 2개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 적어도 하나의 아미노산 서열을 포함하는 경우, 세포독성 T 세포 반응은 예측된다. 폴리펩타이드가 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 적어도 하나의 아미노산 서열을 포함하는 경우, 도움 T 세포 반응은 예측된다. 폴리펩타이드가 대상의 적어도 2개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하지 않는 경우, 세포 독성 T 세포 반응을 예측되지 않는다. 폴리펩타이드가 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하지 않는 경우, 도움 T 세포 반응은 예측되지 않는다.
일부 경우, 폴리펩타이드는 약제학적 조성물의 유효 구성성분(active component)이고, 및 상기 방법은 폴리펩타이드에 대한 항 약물 항체 (anti drug antibodies, ADA)의 발현(development) 또는 생성을 예측하는 단계를 포함한다. 약제학적 조성물은 표 8에 나열된 것들로부터 선택된 약물일 수 있다. 본 발명에 따르면, 유효성분 폴리펩타이드가 대상의 다수의 HLA 클래스 II 분자에 의해 인식되어 유효 성분에 대한 항체 반응을 지지하는 도움 T 세포 반응을 초래하는 경우, ADA 발현은 일어날 것이다. 이러한 에피토프(PEPIs)의 존재는 대상에서 ADA의 발현(development)을 예측할 수 있다. 상기 방법은 ADA를 유도하지 못하거나 낮게 유도하는 것으로 예측되는 약제학적 조성물의 대상에 대한 특정 인간 대상 투여의 치료를 선택하거나 또는 추천하는 단계를 추가적으로 포함할 수 있으며, 선택적으로 대상에 조성물을 투여하는 단계를 추가적으로 포함할 수 있다. 다른 경우, 상기 방법은 약제학적 조성물이 허용할 수 없는 ADA를 유도할 것을 예측하고 및 상기 방법은 상이한 치료 또는 요법으로 대상을 선택하는 단계 도는 추천하는 단계 또는 치료하는 단계를 추가적으로 포함한다. 폴리펩타이드는 체크포인트 억제제일 수 있다. 상기 방법은 대상이 체크포인트 억제제에 의한 치료에 반응할 것인지 여부를 예측하는 단계를 포함할 수 있다.
ADA 관련 부작용과 관련된 약물 예
약물 ADA 관련 부작용
Abciximab 과민증(anaphylaxis)
Adalimumab 항 약물 항체 및 치료 실패
Basiliximab 과민증
Cetuximab IgE, 과민증
Epoetin 항체 매개 순수 적혈구 무형성증
Erythropoietin 순수 적혈구 무형성증
Etanercept 안전에 명백한 영향 없음
Factor-IX 과민증
Infliximab 과민증
OKT3 과민증
Pegloticase 항 약물 항체 및 치료 실패
rIFN-beta 과민증
recombinant factor VIII 과민증
Thrombopoietin 혈소판 감소증
Ustekinumab 항-ustekinumab 항체, 치료 효능에 영향을 줌
개인이 백신 또는 면역요법 조성물으로부터 임상적 반응을 가지거나, 유래한 임상적 혜택을 얻을 가능도를 예측하는 테스트는 또한 현재 존재하지 않는다. 백신 또는 면역요법 임상적 시험에 참여한 개인의 코호트에서 측정한 T 세포 반응과 임상 반응사이에 밀접한 관련이 없기 때문에 현재 이것은 중요하다. 즉, 임상 반응자 아집단은 면역 반응자 아집단보다 실질적으로 작다. 따라서, 백신 및 면역요법의 개인화를 가능하게 하기 위해서는 특정 대상에서 면역 반응의 가능도 뿐만 아니라, 약물에 의해 유도되는 면역 반응이 임상적으로 효과적인지 여부(예를 들어, 암세포 또는 병원체에 감연된 세포 또는 병원체를 사멸할 수 있음)를 예측하는 것이 중요하다.
본 발명자들은 개인의 적어도 3개의 HLA 클래스 I(≥2 PEPI3+)에 결합할 수 있는 적어도 2개의 폴리펩타이드의 단편(에피토프)의 백신 또는 면역 요법 조성물에서의 존재가 임상 반응에 대해 예측할 수 있게 해주는 것을 발견하였다. 다른 말로, ≥2 PEPI3 +가 백신 또는 면역 요법 조성물의 유효 성분 폴리펩타이드 내에서 확인 될 수 있다면, 개인은 가능성 임상 반응자(likely clinical responder)이다. 본원에서 사용된 "임상 반응" 또는 "임상적 이점"은 질병 또는 상태 발병의 예방 또는 지연, 하나 또는 그 이상의 증상의 개선(amelioration), 경감을 연장 또는 유도, 재발(relapse) 또는 재발(recurrence) 또는 악화(deterioration)의 지연 또는 대상의 질병 상태의 다른 개선 또는 안정화일 수 있다. "임상 반응"은 고형 종양의 반응 평가 기준(RECIST) 지침에 의해 정의된 "질병 제어(disease control)" 또는 "객관적인 반응(objective response)"과 관련될 수 있다.
따라서, 일부 경우에 본 발명은 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드를 유효 성분으로 포함하는 백신 또는 면역요법 조성물같은 약제학적 조성물의 투여에 대해 대상이 임상 반응을 가지는지 여부를 예측하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드가 적어도 2개의 상이한 서열을 함께 포함하는지 여부를 결정하는 단계를 포함할 수 있으며, 이들 각각의 서열은 대상의 적어도 2개, 또는 일부 경우 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 것이며; 및 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드를 함께 포함하는 적어도 2개의 상이한 서열을 함께 포함한다면 약제학적 조성물의 투여에 대해 대상이 임상반응을 가질 것으로 예측하는 것이며, 이들 각각의 서열은 대상의 적어도 2개 또는 일부 경우 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 것이거나; 또는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드가 대상의 적어도 2개, 또는 일부 경우 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 하나의 서열을 함께 포함하는 경우 대상이 약제학적 조성물의 투여에 대해 임상반응을 가지지 않는 것으로 예측 하는 것이다.
이 방법의 목적을 위해 두개의 T 세포 에피토프는 그들이 상이한 서열을 갖는 경우 및 일부 경우 또한 그들이 표적 폴리펩타이드 항원에 대해 반복되는 동일한 서열을 갖는 경우 서로 "상이하다(different)". 일부 경우, 표적 폴리펩타이드 항원에서 상이한 T 세포 에피토프는 서로 오버랩되지 않는다.
일부 경우에 특정 인간 대상에 대해 면역원성인 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드 또는 유효 성분 폴리펩타이드의 모든 단편은 본원에 기재된 방법을 사용하여 확인된다. 대상의 적어도 2 개 또는 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 폴리펩타이드의 적어도 하나의 단편의 확인은 폴리펩타이드가 대상에서 세포독성 T 세포 반응을 도출할 것이거나 또는 도출(elicit)할 가능성이 있다는 것을 예측한다. 대상의 적어도 2 개, 또는 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 폴리펩타이드의 적어도 하나의 단편의 확인은 폴리펩타이드가 대상에서 도움 T 세포 반응을 도출할 것이거나 또는 도출(elicit)할 가능성이 있다는 것을 예측한다. 대상의 적어도 2 개 또는 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 폴리펩타이드의 단편이 없음의 확인은 폴리펩타이드가 대상에서 세포독성 T 세포 반응을 도출하지 않을 것이거나 또는 도출(elicit)할 가능성이 없다는 것을 예측한다. 대상의 적어도 2 개, 또는 적어도 3 개, 또는 적어도 4 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 폴리펩타이드의 단편이 없음의 확인은 폴리펩타이드가 대상에서 도움 T 세포 반응을 도출하지 않을 것이거나 또는 도출(elicit)할 가능성이 없다는 것을 예측한다. 백신 또는 면역요법 조성물의 하나 또는 그 이상의 유효 성분 폴리펩타이드의 적어도 2개의 단편의 확인은, 상기 각각의 단편은 대상의 적어도 2개, 또는 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T세포 에피토프 인 것으로, 대상이 조성물에 대해 임상 반응을 가질 가능성이 더 있거나, 또는 임상반응을 가질 것으로 예측한다. 대상의 적어도 2개, 또는 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드의 2개 이하(less than two)의 단편의 확인은 대상이 조성물에 대해 임상 반응을 가질 가능성이 적거나, 없을 것으로 예측한다.
이론에 구속되는 것을 바라는 것은 아니지만, 적어도 2 개의 다수의-HLA 결합 PEPIs를 포함하는 백신/면역요법으로부터 임상적 이점을 얻을 가능도가 증가하는 하가지 이유는 암 또는 종양 세포 또는 HIV같은 바이러스 또는 병원체에의해 감염된 세포 같은 질병화 세포 집단이 영햐을 받는 대상 사이 또는 내에서 종종 이종(heterogenous)이기 때문이다. 특정 암 환자, 예를 들어, 백신의 특정 암 연관 표적 폴리펩타이드 항원을 발현하거나 과발현 할 수 있거나 하지 않을 수 있으며, 또는 이들 암은 이종(heterogeneous) 세포 집단을 포함할 수 있으며, 이들의 일부는 항원을 (과)발현하며 및 일부는 그러하지 않다. 또한, 환자가 표적 PEPI(들)의 돌연변이를 통해 조성물에 대해 저항성을 개발할 가능성이 더 적기 때문에, 더 다수의 HLA 결합 PEPI가 백신/면역요법에 의해 포함되거나 표적화될 때, 저항성을 개발할 가능도는 감소한다.
따라서, 대상이 치료에 대해 반응할 가능도는 (i) 유효 성분 폴리펩타이드에서 더 많은 다수의 HLA 결합 PEPI의 존재; (ii) 보다 많은 표적 폴리펩타이드 항원에서 PEPI의 존재; (iii) 대상에서 또는 대상의 질병 세포에서 표적 폴리펩타이드 항원의 (과)발현에 의해 증가한다. 일부 경우, 예를 들어, 표적 폴리펩타이드 항원이 대상으로부터 획득한 시료에 있다면, 대상에서 표적 폴리펩타이드 항원의 발현은 공지 될 수 있다. 다른 경우, 특정 대상, 또는 특정 대상의 질병 세포가 특정 또는 임의의 표적 폴리펩타이드 항원의 조합을 (과)발현할 확률은 집단 발현 빈도 데이터를 사용하여 결정될 수 있다. 집단 발현 빈도 데이터는 대상- 및/또는 질병-일치 집단 또는 치료 의도 집단과 관련될 수 있다. 예를 들어, 특정 암 또는 특정 암(예를 들어 유방암)을 갖는 대상에서 특정 암 관련 항원의 발현 빈도 또는 확률은 종양에서 항원을 검출(예를 들어, 유방암 종양 시료)함으로써 결정될 수 있다. 일부 경우에 그러한 발현 빈도는 공개된 수치 (figures) 및 과학 출판물로부터 결정될 수 있다. 일부 경우, 본 발명의 방법은 관련 집단에서 관련 표적 폴리펩타이드 항원의 발현 빈도를 결정하는 단계를 포함한다.
개별 인간 대상 및 인간 대상 집단에서 백신의 활성/효과를 예측하기 위한 다양한 약역학(pharmacodynamic) 바이오마커가 개시된다. 바이오마커는 암 백신을 위해 특별히 개발되었지만, 유사한 바이오마커는 다른 백신 또는 면역요법 조성물에 사용될 수 있다. 이들 바이오마커는 보다 효과적인 백신 개발을 촉진하고 개발 비용을 감소시키며 상이한 조성물을 평가 및 비교하는데 사용될 수 있다. 예시적인 바이오마커는 다음과 같다.
AG95 - 백신의 효능: 특정 종양 유형이 95% 확률로 발현하는 암 백신에서의 항원의 수. AG95는 백신의 효능을 나타내는 지표이며 백신 항원의 면역원성과 무관하다. AG95는 종양 항원 발현율 데이터로부터 계산된다. 이러한 데이터는 리뷰된 과학 저널에 발표된 실험에서 얻을 수 있다. 기술적으로, AG95는 백신에서 항원의 이항분포로부터 결정되며, 가능한 모든 변이 및 발현율을 고려한다.
PEPI3+ 카운트 - 대상에서 백신의 면역원성: 백신 유래 PEPI3+ 는 개인의 적어도 3개 이상의 3 HLA에 결합하고 T 세포 반응을 유도하는 개인 에피토프이다. 완전한 4 자리 HLA 유전자형이 알려진 대상에서 PEPI3+ 테스트를 사용하여 PEPI3+는 결정될 수 있다.
AP 카운트: 대상에서 백신의 항원성(antigenicity): PEPI3+가 있는 백신 항원의 수. 백신은 질병 세포에 의해 발현된 표적 폴리펩타이드 항원으로부터의 서열을 포함한다. AP 카운트는 PEPI3+를 함유하는 백신의 항원 수이고, AP 카운트는 대상에서 T 세포 반응을 유도할 수 있는 백신의 항원수를 나타낸다. AP 카운트는 대상의 HLA 유전자형에만 의존하고 대상의 질환, 연령 및 약물과 무관하기 때문에 대상의 백신-항원 특이적 T 세포 반응을 특성화한다. 정확한 값은 0(항원에 의해 제시되는 PEPI 없음)과 최대 항원 수(모든 항원에 PEPI 있음)사이이다.
AP 50: 집단에서 백신의 항원성: 집단에서 PEPI를 가진 평균 백신 항원 수. AP50은 집단 내 대상의 HLA 유전자형에 의존하기 때문에 주어진 집단에서 백신-항원 특이적 T 세포 반응의 특성 규명에 적합하다.
AGP 카운트 - 대상에서 백신의 유효성: PEPI를 가진 종양에서 발현된 백신 항원의 수. AGP 카운트는 백신이 T 세포 반응을 인식하고 유도하는(표적에 적중) 종양 항원의 수를 나타낸다. AGP 카운트는 대상의 종양에서 백신항원 발현율 및 대상의 HLA 유전자형에 의존한다. 정확한 값은 0(발현된 항원에 의해 제시된 PEPI 없음)과 최대 항원수(모든 항원이 PEPI를 발현하고 제시함)사이이다.
AGP 50 - 집단에서 암백신의 유효성: 집단에서 PEPI(즉, AGP)로 표시된 종양에서 발현된 평균 백신 항원수. AGP50은 백신에 의해 유도된 T 세포 반응이 인식할 수 있는 평균 종양 항원 수를 나타낸다. AGP50은 지시된 종양 유형에서 항원의 발현율 및 표적 집단에서 항원의 면역원성에 의존한다. AGP50은 상이한 집단에서 백신의 유효성을 평가할 수 있으며 같은 집단내에서 상이한 백신을 비교하는데 사용할 수 있다. AGP50의 계산은 발현된 백신 항원에 대한 대상에서의 PEPI3+의 발생에 의해 발현이 가중되는 것을 제외하고는 AG50에 사용된 것과 유사하다. 각각의 대상이 각각의 백신 항원으로부터 PEPI를 갖는 이론적 집단에서, AGP 50은 AP50과 동일 할 것이다. 어떤 대상도 임의의 백신항원으로부터 PEPI를 갖지 않는 다른 이론적 집단에서, AGP50은 0 일 것이다. 일반적으로, 다음 기재는 유효하다: 0 ≤ AGP50 ≤ AG50.
mAGP - 가능성 반응자(likely responder)의 선택을 위한 후보 바이오마커: 표시된 종양에서 발현된 다수의(multiple) 항원에 대해 T 세포 반응을 유도할 암 백신 가능도. mAGP는 종양에서 백신-항원의 발현율 및 대상에서 백신 유래 PEPI의 존재로부터 계산된다. 기술적으로 AGP 분포를 기초하여, mAGP는 다수의(multiple) AGP(≥2 AGP)의 확률의 합이다.
상술한 예측 결과는 대상의 치료에 관한 의사의 결정을 알리는데 사용될 수 있다. 따라서, 일부 경우에 폴리펩타이드는 유효 성분, 예를 들어 백신 또는 면역요법 조성물의 유효 성분이며, 본 발명의 방법은 대상이 대상에 대한 유효 성분 폴리펩타이드를 투여하는 단계를 포함하는 치료에 대해 면역반응 및/또는 임상반응을 가질 임계 최소 가능도를 가지거나, 가질 가능성이 있거나, 그 이상으로 가지는 것을 예측한며, 및 상기 방법은 특정 인간 대상 치료를 위한 백신 또는 면역요법 조성물의 선택하는 단계 또는 치료를 선택하는 단계를 추가적으로 포함한다. 또한 제공제공된 대상 특이적 약제학적 조성물, 키트 또는 폴리펩타이드의 패널은 하나 또는 그 이상의 폴레핍타이드를 유효 성분으로 포함하며, 상기 약제학적 조성물, 키트 또는 폴리펩타이드의 패널은 대상에 임상 반응을 유도하는 임계 최소 가능도를 갖는 것으로 결정되었으며, 상기 반응의 가능도는 본원에 기재된 방법을 사용하여 결정된다. 일부 경우, 최소 임계는 본원에 기술된 하나 또는 그 이상의 약력학적 바이오마커, 예를 들어, 최소 PEPI3+ 카운트(예를 들어 2,3,4,5,6,7,8,9,10,11, 또는 12 개 또는 그 이상의 PEPI3+), 최소 AGP 카운트(예를 들어 AGP = 적어도 2개 또는 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12 개 또는 그 이상) 및/또는 최소 mAGP (예를 들어 AGP= 적어도 2개 또는 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12 또는 그 이상). 예를 들어, 일부 경우에 미리 정의된 수의 표적 폴리펩타이드 항원을 표적으로 하는 반응의 가능도가 있는 경우, 대상은 치료를 위해 선택되며, 선택적으로 표적 폴리펩타이드 항원은 발현되고 (발현될 것으로 예측되며), 미리 결정된 임계(threshold)이상이다 (예를 들어 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12 또는 그 이상). 또한(Alternatively), 방법은 조성물의 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드가 대상에서 T 세포 반응 및/또는 임상 반응을 도출(elicit)하지 않을 것으로 예측할 수 있으며 및 특정 인간 대상을 위한 상이한 치료를 선택하는 단계를 추가로 포함한다.
폴리펩타이드 항원에 대한 자가면역 또는 독성면역 반응 예측
HLA 사이에서의 차이는 자가면역 질환, 상태 또는 반응이 발생할 확률에 영향을 줄 수 있다. 일부 경우, 본 발명의 방법은 면역원성이거나 및/또는 자가면역 질환 또는 반응과 연관된 폴리펩타이드의 단편 또는 폴리펩타이드를 확인하는데 사용할 수 있다. 일부 경우, 방법은 폴리펩타이드가 대상의 적어도 셋, 또는 적어도 넷, 또는 적어도 다섯 개의 HLA 클래스 I 에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는지 여부를 결정하는 단계를 포함하며; 또는 다른 경우 대상의 적어도 넷, 또는 적어도 다섯, 또는 적어도 여섯개의 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는 T 세포 에티프인 서열을 포함하는지 여부를 결정하는 단계를 포함하며; 및 폴리펩타이드 또는 상기 면역원성인 서열 또는 대상에서의 자가면역 질환 또는 자가면역 반응과 연관된 또는 관계된 서열을 확인하는 단계를 포함한다.
HLA 사이에서의 차이는 또한 대상이 대상에 대한 약물 또는 폴리펩타이드 투여로부터 면역 독성을 경험할 확률에 영향을 줄 수 있다. 대상에 투여된 폴리펩타이드가 대상의 정상 건강 세포에서 발현되는 항원의 단편에 해당하고 대상의 다수의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 단편을 포함하는 경우, 독성 면역 반응이 있을 수 있다. 따라서, 본 발명에 따른 일부 경우, 상기 방법은 독성 면역원성 영역 또는 폴리펩타이드 단편을 확인하거나 또는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드 또는 그것의 단편의 투여에 대한 반응에서 면역 독성을 경험할 수 있는 대상을 확인하는데 사용될 수 있다. 폴리펩타이드는 백신 또는 면역요법 조성물의 유효 성분 일 수 있다.
상기 방법은 폴리펩타이드가 대상의 적어도 2 개, 또는 다른 경우 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 서열을 포함하는지 여부를 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 경우 상기 방법은 폴리펩타이드가 대상의 적어도 4개 또는 적어도 5 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 서열; 또는 대상의 적어도 4개, 또는 적어도 5개, 또는 적어도 6개 또는 적어도 7개의 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는지 결정하는 단계를 포함한다. 상기 방법은 대상에 독성 면역원성으로 상기 서열을 확인하는 단계를 포함하거나 또는 대상에서 독성 면역 반응을 예측하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 다른 경우, 그러한 아미노산 서열은 확인되지 않으며 상기 방법은 대상에 독성 면역 반응이 없음을 예측하는 단계를 추가적으로 포함한다. 상기 방법은 면역 독성이 없거나 낮을 것으로 예측되는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드 또는 약제학적 조성물의 대상에 대한 투여 치료를 선택하는 단계 또는 추천하는 단계를 추가로 포함할 수 있으며, 및 선택적으로 폴리펩타이드의 투여를 통해 대상을 치료하는 단계를 추가적으로 포함할 수 있다. 본 발명은 또한 대상에 폴리펩타이드 또는 조성물같은 것을 투여하여 치료를 필요로 하는 대상의 치료방법을 제공한다.
일부 경우 본원에 기재된 방법은 특정 인간 대상에 대해 면역원성인 것으로 예측되거나, 또는 인간 집단에서 대상에 비례하여(in a proportion of) 면역원성인것으로 예측되는 폴리펩타이드를 돌연변이화 하는 단계를 추가적으로 포함한다. 또한 제공된 방법은 본원에 기재된 방법 중 임의의 하나를 사용하여 특정 인간 대상 또는 인간 집단에 비례하여 면역원성(immunogenic)으로 확인되는 폴리펩타이드의 면역원성(immunogenicity)을 줄이는 방법이다. 폴리펩타이드는 폴리펩타이드에서 PEPI의 수를 줄이기 위해, 또는 대상에서 또는 상기 집단에 비례하여(in a proportion of) 면역원성으로 확인된 폴리펩타이드 단편에 결합할 수 있는 상기 집단의 수 또는 대상의 HLA 클래스 I 또는 클래스 II의 수를 줄이기 위해 돌연변이 될 수 잇다. 일부 경우 돌연변이는 독성 면역 반응을 막거나 줄이거나 또는 대상에서 또는 상기 집단에 비례하여(in a proportion of) ADA 발생을 예방함으로써 효능을 증가시킬 수 있다. 돌연변이된 폴리펩타이드는 대상 또는 상기 집단의 대상 치료를 위해 추가로 선택되거나 추천될 수 있다. 대상은 돌연변이 폴리펩타이드의 투여에 의해 추가적으로 치료될 수 있다. 본 발명은 또한 대상에 돌연변이 폴리펩타이드 같은 것을 투여함으로써 치료를 필요로하는 대상에 대한 치료방법을 제공한다.
체크포인트 억제제 치료에 대한 개인의 반응 예측
일반적으로 종양에 의해 유도된 종양 특이적 T 세포 클론의 일부 또는 전부는 전이성 암 환자에서 비활성이거나 기능이 불량하다. 비활성 종양 특이적 T 세포는 종양 세포를 사멸시킬 수 없다. 이들 비활성 T 세포의 일부는 체크포인트억제제(Ipilimumab 같은 것)에 의해 재활성 될 수 있다, 예를 들어 체크포인트 분자(예: CTLA-4, PD-1, Lag-3, Tim-3, TIGIT, BTLA)에 의해 인식되는 단일클론 항체이다. 본 발명에 따르면, 발현된 암 항원이 개인의 HLA에 의해 적절하게 인식 될 수 있는 경우, 즉 대상의 다수의, 바람직하게는 적어도 3 개의, HLA 클래스 I 분자에 의해 인식되는 암- 또는 질병- 연관 항원에 에피토프가 존재하는 경우, 체크포인트 처리로 대상을 치료하는 것만이 효과적일 것이다. 따라서, 일부 경우, 본 발명의 방법은 체크포인트 억제제에 의해 재활성화 될 수 있는 T 세포 클론의 하나 또는 그 이상의 서브세트를 확인하는데 사용하거나 또는 체크포인트 억제제 (면역)요법에 의한 가능성 반응자(likely responders)를 예측하는데 사용할 수 있다.
따라서, 일부 경우 본 발명은 대상이 체크포인트 억제제로 암의 반응하는지 여부에 대해 예측하는 방법을 제공한다. 일부 경우, 상기 방법은 체크포인트 억제제 치료에 면역 또는 임상 반응 달성(achieving)과 관련되거나 또는 처치될 질병 또는 상태와 관련된 폴리펩타이드 단편 또는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드를 확인하거나 또는 선택하는 단계를 포함한다. 일부 경우, 폴리펩타이드는 종양 연관 및/또는 돌연변이 항원이다. 폴리펩타이드는 대상으로부터 획득한 시료에 존재할 수 있다. 폴리펩타이드는 대상- 및/또는 질병 일치 집단에서 빈번하게 (과)발현 되는 것일 수 있다. 폴리펩타이드는 체크포인트 억제제에 긍정적으로(positively)으로 반응하는 것으로 알려진 대상에서 확인된 PEPI(또는 PEPI3+)로 구성되거나 이를 포함할 수 있다. 폴리펩타이드는 저장되거나 또는 데이터베이스에 기록되거나 또는 데이터베이스로부터 검색되는(retrieved) 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어질 수 있다.
일부 경우 본 방법은 폴리펩타이드가 대상의 다수의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 서열을 포함하는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 일부 경우 적어도 2개, 또는 적어도 3개, 또는 4개 또는 5개 또는 6개 또는 7개 또는 8개의 상이한 이러한 아미노산 서열의 존재가 결정되고, 및/또는 적어도 2개, 또는 적어도 3개, 또는 4개 또는 5개의 상이한 표적 폴리펩타이드 항원에서의 그러한 아미노산 서열의 존재. 일부 경우 상기 방법은 폴리펩타이드가 대상의 적어도 2개, 또는 일부 경우 적어도 3개 또는 적어도 4개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 서열을 포함하는지 여부를 결정하는 단계를 포함한다. 상기 요구(들)가 충족된다면, 체크포인트 억제제 치료에 대한 반응은 예측될 수 있다. 상기 요구(들)를 충족하지 않으면 아무런 반응이 없거나 임상 반응이 예측되지 않을 수 있다.
본 발명은 또한 체크포인트 억제제로 처리한 후 대상의 면역 반응에 의해 표적화될 수 있거나, 또는 체크포인트 억제제 처리에 의해 재활성화되는 T 세포에 의해 표적화될 수 있는 폴리펩타이드에서의 T 세포 에피토프 또는 폴리펩타이드의 단편을 확인하는 방법을 제공한다.
상기 방법은 반응할 것으로 예측되는 대상에 체크포인트 억제제를 선택하는 단계, 추천하는 단계, 및/또는 투여하는 단계를 추가로 포함하거나, 또는 체크포인트 억제제에 반응하지 않을 것으로 예측되는 대상에 다른 치료를 선택하는 단계, 추천하는 단계, 및/또는 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 다른 경우, 본 발명은 치료를 필요로하는 인간 대상에 치료방법을 제공하며, 상기 방법은 대상에 체크포인트 억제제를 투여하는 단계를 포함하며, 상기 대상은 본원에 기재된 방법에 의해 체크포인트 억제제 투여에 반응하는 것으로 예측된다.
체크포인트 억제제는 예를 들어 PD-1 억제제, PD-L1 억제제, Lag-3 억제제, Tim-3 억제제, TIGIT 억제제, BTLA 억제제 및 CTLA-4 억제제를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 공동 자극 항체(Co-stimulatory antibodies)는 면역 조절 수용체(ICOS, CD137, CD27 OX-40 및 GITR을 포함하지만 이에 제한되지 않는 면역 조절 수용체)를 통해 양성 신호를 전달한다. 한 실시예에서 체크포인트 억제제는 CTLA-4 억제제이다.
개인 인간 대상을 위한 약제학적 조성물의 설계 및 제조
일부 양태에서, 본 발명은 특정 인간 대상에서 면역반응, 세포독성 T 세포 반응 또는 도움 T 세포 반응을 유도하기 위해 폴리펩타이드, 또는 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리핵산을 설계 또는 제조하는 방법을 제공한다. 본 발명은 또한 인간 대상 특이적 약물, 면역원성 조성물, 또는 약제학적 조성물, 키트 또는 펩타이드의 패널, 이를 설계 도는 제조하는 방법, 이들 방법에 의해 획득할 수 있는 조성물, 및 대상에서 면역반응, 세포독성 T 세포 반응, 또는 도움 T 세포 반응을 유도할 수 있는 방법에서의 그들의 용도 또는 대상에 면역요법을 치료, 백신접종 또는 제공하는 방법을 제공한다. 약제학적 조성물, 키트 또는 펩타이드의 패널은 본원에 기술된 대상에 대한 면역원성이거나 또는 본원에 기술된 방법에 의해 대상에 대해 면역원성으로 확인된 대상의 다수의 HLA 클래스 I 또는 다수의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 둘 또는 그 이상의 T 세포 에피토프(PEPIs)를 함께 포함하는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드를 유효 성분으로 가진다.
조성물/키트는 임의의 PEPI를 포함하지 않는 적어도 하나의 약제학적으로 허용되는 희석제(diluent), 담체(carrie), 또는 보존제(preservative) 및/또는 추가 폴리펩타이드를 임의로 추가로 포함할 수 있다. 폴리펩타이드는 조작되거나(engineered) 자연적으로 발생하지 않을 수 있다. 키트는 하나 또는 그 이상의 유효 성분 펩타이드를 각각 함유하는 하나 또는 그 이상의 개별 용기(container)를 포함할 수 있다. 조성물/키트는 암과 같은 개인의 질병을 예방(prevent), 진단(diagnose), 완화(alleviate), 치료(treat) 또는 치유(cure)하기 위한 개인화된 의약품 일 수 있다.
일반적으로 각각의 PEPI는 표적 폴리펩타이드 항원의 단편이며 하나 또는 그 이상의 PEPI를 포함하는 폴리펩타이드는 치료, 백신 접종 또는 면역요법에 대한 표적 폴리펩타이드 항원이다. 상기 방법은 하나 또는 그 이상의 적합한 표적 폴리펩타이드 항원을 확인하는 단계를 포함할 수 있다. 일반적으로 각각의 표적 폴리펩타이드 항원은 동일한 질병 또는 상태, 병원성 유기체 또는 병원성 유기체 또는 바이러스의 그룹, 또는 암의 유형과 관련될 것이다.
상기 조성물, 키트 또는 패널은, 또는 상기 방법은 본원에서 기술한 것과 같은 표적 폴리펩타이드 항원의 최대 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10 또는 9 연속 아미노산의 각 PEPI 서열을 포함할 수 있거나, 선택하는 단계를 포함할 수 있다, 각각의 연속 아미노산 서열은 PEPI의 아미노산 서열을 포함한다.
일부 경우 아미노산 서열은 표적 폴리펩타이드 항원의 연속 아미노산의 일부가 아닌 추가 아미노산에 의해 N 및/또는 C 말단(terminus) 측면(flanked)에 위치한다. 일부 경우, 서열은 최대 41 또는 35 또는 30 또는 25 또는 20 또는 15 또는 10, 또는 9 또는 8 또는 7 또는 6 또는 5 또는 4 또는 3 또는 2 또는 1의 추가 아미노산에 의해 N 및/또는 C 말단 또는 표적 폴리펩타이드 단편 사이에 위치한다. 다른 경우 각각의 폴리펩타이드는 표적 폴리펩타이드 항원의 단편으로 이루어지거나, 또는 끝에서 끝으로 배열된(펩타이드 끝에서 끝으로 순차적으로 배열됨) 또는 단일 펩타이드에서 오버래핑되는(여기서 둘 또는 그 이상의 단편은 부분적으로 오버래핑 서열을 포함한다, 예를 들어 동일한 폴리펩타이드에서 2 개의 PEPI가 서로 50 아미노산 내에 있는 경우) 둘 또는 그 이상의 그런 단편으로 이루어진다.
상이한 폴리펩타이드 또는 동일한 폴리펩타이드의 상이한 영역의 단편이 조작된 펩타이드에서 함께 결합되는 경우, 결합 또는 접한 주위에 네오에피토프(neoepitope)가 생성될 가능성이 있다. 상기 네오에피토프는 결합 또는 접합의 어느 한 측면상에서 각 단편으로부터 적어도 하나의 아미노산을 포함하며(encompass), 접합 아미노산 서열(junctional amino acid sequences)로 본원에서 언급될 수 있다. 네오에피토프는 건강한 세포에 대한 원하지 않는 T 세포 반응을 유도할 수 있다(자가 면역). 펩타이드는 대상의 적어도 2개, 또는 일부 경우 적어도 3개, 또는 적어도 4개의 HLA 클래스 I 분자 또는 일부 경우 대상의 적어도 2개, 또는 적어도 3개 또는 4개 또는 5개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 네오에피토프 및/또는 정상 건강 인간 세포에서 발현되는 단백질의 단편에 해당하는 네오에피토프를 피하거나 또는 제거하기 위해 펩타이드는 설계되거나 스크리닝될 수 있다. 본 발명의 방법은 본원에 기재된 방법과 같은 네오에피토프를 식별하거나 스크리닝 하기 위해 사용될 수 있다. 정렬(Alignment)은 BLAST 알고리즘과 같은 공지된 방법을 사용하여 결정될 수 있다. BLAST 분석을 수행하기 위한 소프트웨어는 National Center for Biotechnology Information (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)을 통해 공개된다.
조성물 폴리펩타이드의 적어도 2개의 다수의 HLA 결합 PEPI는 모두 단일 항원(예: 단일 항원, 예를 들어, 백신/면역요법에 의해 표적화된 종양 연관 항원,으로부터 유래한 2개의 다수의 HLA 결합 PEPI를 포함하는 폴리펩타이드 백신)을 표적으로 할 수 있거나 또는 상이한 항원(예: 하나의 항원(예를 들어 종양 연관 항원)으으부터 유래한 1 다수의 HLA 결합 PEPI 및 상이한 항원(다른 종양 연관 항원, 둘 모두 백신/면역요법에 의해 표적화된다)으로부터 유래한 두 번째 다수의 HLA 결합 PEPI를 포함하는 폴리펩타이드 백신)을 표적으로 할 수 있다.
일부 경우, 유효 성분 폴리펩타이드는 함께, 또는 상기 방법은 총 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 또는 40 또는 그 이상의 상이한 PEPI를 포함하거나, 선택하는 단계를 포함한다. PEPI는 하나 또는 그 이상의 상이한 표적 폴리펩타이드 항원의 단편일 수 있다. 특정 대상에 대해 면역원성인 각 표적 폴리펩타이드 항원의 특이적 단편을 확인함으로써, 단일 유효 성분 폴리펩타이 또는 조합하여 사용하기 위한 다수의 유효 성분 폴리펩타이드에서의 다수의 단편, 선택적으로 다수의 상이한 표적 폴리펩타이드 항원으로부터의 단편을 혼합할 수 있는 것이 가능하거나 또는 특정 길이의 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드에 의해 활성화 될 수 있는 T 세포 클론의 수를 최대하는 것이 가능하다.
현재, 대부분의 백신 및 면역요법 조성물은 오직 단일 폴리펩타이드 항원을 표적으로 한다. 그러나 본 발명에 따르면, 일부 경우 둘 또는 그 이상의 상이한 폴리펩타이드 항원을 표즉올하는 유효 성분 폴리펩타이드 또는 약제학적 조성물을 제공하는 것이 유리하다. 예를 들어, 대부분의 암 또는 종양은 이질적(heterogeneous)이며, 이는 대상의 상이한 암 또는 종양 세포는 상이한 항원을 (과)발현한다는 것을 의미한다. 상이한 암 환자의 종양 세포는 또한 종양 연관 항원의 상이한 조합을 발현한다. 가장 효과적일 수 있는 항 종양 면역원성 조성물은 개인 인간 대상 또는 집단에서 종양, 및 따라서 더 많은 종양 또는 종양 세포에 의해 발현되는 다수의 항원을 표적으로 하는 것이다.
단일 처리에서 다수의(multiple) PEPI를 조합하는 유익한 효과(다수의(multiple) PEPI를 함께 포함하는 하나 또는 그 이상의 약학적 조성물의 투여)는 하기 실시예 17 및 18에 기재된 개인화 된 백신 폴리펩타이드에 의해 설명될 수 있다. 난소 암에서의 예시적인 CTA 발현 확률은 다음과 같다: BAGE: 30%; MAGE A9: 37%; MAGE A4: 34%; MAGE A10: 52%. 만약 환자 XYZ가 BAGE 및 MAGE A9에서만 PEPI를 포함하는 백신으로 치료된 경우, mAGP(PEPI로 다수의(multiple) 발현된 항원)를 가질 확률은 11%이다. 만약 환자 XYZ가 MAGE A4 및 MAGE A10 CTA에 대해 PEPI만으로 구성된 백신으로 치료된 경우 multiAGP를 가진 확률은 19 %이다. 그러나 만약 백신에 4가지 (BAGE, MAGE A9, MAGE A4 및 MAGE A10)가 모두 포함 된경우 mAGP를 가질 확률은 50% 이다. 즉, 상기 효과는 2-PEPI 치료(MAGE A4 및 MAGE A10에 대한 mAGP 확률 + BAGE/MAGE에 대한 mAGP 확률)에 대한 mAGP의 결합 확률보다 더 크다. 실시예 17에 기재된 환자 XYZ의 PIT 백신은 추가로 9개의 PEPI를 함유하므로, mGAP를 가질 확률은 99.95% 이상이다.
마찬가지로, 유방암에서의 예시적인 CTA 발현 확률은 다음과 같다: MAGE C2: 21%; MAGE A1: 37%; SPC1: 38%; MAGE A9: 44%. MAGE C2: 21% 및 MAGE A1에서만 PEPI를 포함하는 백신으로 환자 ABC를 치료하는 것은 7 % 확률의 mAGP를 갖는다. SPC1: 38%; MAGE A9에서만 PEPI를 포함하는 백신으로 환자 ABC를 치료하는 것은 11 % 확률의 mAGP를 갖는다. MAGE C2: 21%; MAGE A1: 37%; SPC1: 38%; MAGE A9에서만 PEPI를 포함하는 백신으로 환자 ABC를 치료하는 것은 44 % 확률의 mAGP를 갖는다(44 > 7 + 11). 실시예 18에 기재된 환자 ABC의 PIT 백신은 추가로 8 개의 PEPI를 함유하므로, mAGP를 가질 확률은 99.93 %를 이상이다.
따라서, 일부 경우에 유효 성분 폴리펩타이드의 PEPI는 둘 또는 그 이상의 상이한 표적 폴리펩타이드 항원, 예를 들어 특정 질환 또는 상태와 연관된 항원, 예를 들어, 상이한 암- 또는 종양- 관련 항원 또는 표적 병원체에 의해 발현된 항원으로부터 유래된다. 일부 경우, PEPI는 총 또는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 또는 40 또는 그 이상의 상이한 표적 폴리펩타이드 항원으로부터 유래된다. 상이한 표적 폴리펩타이드 항원은 표적화하는데 유용하거나 상이한 PEPI3+로 선택적으로 표적화 될 수 있는 임의의 상이한 폴리펩타이드 일 수 있다. 일부 경우, 상이한 표적 폴리펩타이드 항원은 비 동족체(homologues) 또는 비 파라로그(paralogues) 또는 각 폴리펩타이드의 전체 길이에 걸쳐 95 %, 또는 90 %, 또는 85 % 또는 80 % 또는 75 % 또는 70 % 또는 60 % 또는 50 %의 서열 동일성을 갖는다. 일부 경우 상이한 폴리펩타이드는 PEPI3+s를 공유하지 않는 폴리펩타이드이다. 또한(Alternatively), 일부 경우 PEPI3+는 이들의 유효 성분 폴리펩타이드에 의해 표적화된 다른 폴리펩타이드 항원과 공유되지 않을 때, 상이한 표적 폴리펩타이드 항원으로부터 유래된다.
일부 경우 하나 또는 그 이상 또는 각 면역원성 폴리펩타이드 단편은 특정 인간 대상으로부터 채취된 시료에서 존재하는 폴리펩타이드로부터 유래된다. 이는 대상에서 발현되는 폴리펩타이드가, 예를 들어 암- 또는 종양- 연관 항원 또는 암 고환 항원, 대상의 암세포에 의해 발현됨을 나타낸다. 일부 경우, 하나 또는 그 이상 또는 각 폴리펩타이드는 대상의 돌연변이 신생항원, 또는 발현 신생항원이다. 하나 또는 그 이상 또는 각 단편은 신생항원 특이적 돌연변이를 포함할 수 있다. 돌연변이 신생항원은 대상 특이적 이기 때문에, 하나 또는 그 이상의 신생항원 특이적 돌연변이를 표적으로 하는 조성물은 그들의 특이적 HLA 세트 및 그들이 특이적 질병 모두에서 관련하여 개인화된다.
다른 경우, 하나 또는 그 이상 또는 각 면역원성 폴리펩타이드 단편은 정상 건강 세포 또는 조직에서 최소한으로 발현되거나 일반적으로 발현되지 않고, 상술한바와 같이, 특정 질병 또는 상태를 갖는 대상의 질환세포 또는 높은 비율의(고 빈도에서) 대상에서 발현되는 표적 폴리펩타이드 항원으로부터 유래된다. 상기 방법은 그러한 표적 폴리펩타이드 항원을 확인하는 단계 또는 선택하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 경우, 둘 또는 그 이상 또는 각 면역원성 폴리펩타이드 단편/PEPI는 특정 세포 유형 또는 조직에서 유래하는 암 또는 암의 유형을 갖는 대상에서 높은 빈도로 각각 (과)발현되는 상이한 암- 또는 종양-연관 항원으로부터 유래된다. 일부 경우, 면역원성 폴리펩타이드 단편은 총 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 또는 40 개의 상이한 암- 또는 종양-연관 폴리펩타이드로부터 유래한다. 일부 경우, 하나 또는 그 이상 또는 각 또는 적어도 하나, 적어도 둘, 적어도 셋, 적어도 넷, 적어도 다섯 또는 적어도 여서 또는 적어도 7개의 폴리펩타이드는 표 2 내지 7 중 어느 하나에서 나열된 항원으로부터 선택된다.
일부 경우 하나 또는 그 이상 또는 각 표적 폴리펩타이드 항원은 암 고환 항원이다. 일부 경우 면역원성 폴리펩타이드 단편/PEPI는 적어도 하나 또는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 또는 25개의 CTA으로부터, 또는 총 3 또는 그 이상의 상이한 표적 폴리펩타이드 항원으로부터, 선택적으로 1, 2, 또는 모든 3 또는 적어도 셋은 CTA, 또는 4 또는 그 이상의 상이한 폴리펩타이드 항원유래, 선택적으로 1,2,3 또는 모든 4 또는 적어도 1,2,3 또는 4는 CTA, 또는 5 또는 그 이상의 상이한 폴리펩타이드 항원유래, 선택적으로 1,2,3,4, 또는 총 다섯 또는 적어도 1,2,3,4, 또는 5는 CTA, 또는 6 또는 그 이상의 상이한 폴리펩타이드 항원 유래, 선택적으로 1,2,3,4,5, 또는 모든 여섯 또는 적어도 1,2,3,4,5 또는 6은 CTA, 또는 7 또는 그 이상의 상이한 폴리펩타이드 항원유래, 선택적으로 1,2,3,4,5,6 또는 모든 7 또는 적어도 1,2,3,4,5,6, 또는 7은 CTA, 또는 8 또는 그 이상의 상이한 폴리펩타이드 항원유래, 선택적으로 1,2,3,4,5,6,7 또는 모든 8 또는 적어도 1,2,3,4,5,6,7, 또는 8은 CTA이다. 일부 경우, 하나 또는 그 이상 또는 각 표적 폴리펩타이드 항원은 세균, 바이러스 또는 기생충에 의해 발현된다.
일부 경우, 하나 또는 그 이상 폴리펩타이드 단편은 대상의 적어도 2개 또는 적어도 3개의 HLA 클래스 I에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하며 및 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드 단편은 대상의 적어도 2개, 또는 적어도 3개, 또는 적어도 4개 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하며, HLA 클래스 I 및 HLA 클래스 II 결합 단편은 선택적으로 오버랩 될 수 있다. 이러한 방법에 의해 제조된 조성물은 특정 인간 대상에서 세포독성 T 세포 반응 및 도움 T 세포 반응 모두를 도출(elicit)할 수 있다.
면역원성 및 약제학적 조성물, 치료방법 및 투여 방식
본 발명의 일 양태는 유효 성분으로서 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드를 갖는 상기 기재된 바와 같은 약제학적 조성물, 키트 또는 폴리펩타이드 패널에 관한 것이다. 이들은 대상에 면역반응을 유도하거나, 치료하는 것, 백신접종을 하는 것(vaccinating) 또는 면역요법을 제공하는 방법에 사용하기 위한 것일 수 있으며, 약제학적 조성물은 백신 또는 면역치료 조성물 일 수 있다. 이러한 치료는 대상에 대한 치료의 모든 유효성분 폴리펩타이드를 함께 포함하는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드 또는 약제학적 조성물을 투여하는 것을 포함한다. 다수의(multiple) 폴리펩타이드 또는 약제학 조성물은 함께 또는 순차적으로 투여될 수 있다, 예를 들어, 모든 제약 조성물 또는 폴리펩타이드는 1년 또는 6 개월 또는 3개월 또는 60 일 또는 50 일 또는 40 일 또는 30 일의 기간 내에 대상에게 투여 될 수 있다.
본원에 기재된 면역원성 또는 약제학적 조성물 또는 키트는 하나 또는 그 이상의 면역원성 펩타이드 외에 약학적으로 허용되는 부형제(excipient), 담체, 희석제, 버퍼(buffer), 안정제(stabiliser), 보존제, 애주번트(adjuvant) 또는 당업자에게 잘 알려진 기타 물질을 포함할 수 있다. 이러한 물질은 바람직하게는 비 독성이고 바람직하게는 유효 성분의 약제학적 활성을 방해하지 않는다. 약제학적 담체 또는 희석제는 예를 들어 수용액일 수 있다. 담체 또는 다른 물질의 정확한 성질(precise nature)은 투여 경로(예를 들어 경구, 정맥, 피부 또는 피하, 코, 근육, 피내 및 복강 투여)에 따라 달라질 수 있다.
본 발명의 약제학적 조성물은 하나 또는 그 이상의 "약제학적으로 허용되는 담체"를 포함할 수 있다. 이들은 전형적으로 단백질, 당류(saccharides), 폴리락트산(polylactic acids), 폴리글리콜산(polyglycolic acids), 폴리머릭(polymeric) 아미노산, 아미노산 공중합체, 수크로오스(sucrose) (Paoletti et al., 2001, Vaccine, 19:2118), 트레할로스(trehalose) (WO 00/56365), 유당 및 지질 응집체(예: 오일 방울(oil droplets) 또는 리포좀(liposomes)). 이러한 담체는 당업자에게 잘 알려져 있다. 약제학적 조성물은 또한 물, 식염수, 글리세롤 등과 같은 희석제를 함유 할 수 있다. 또한, 습윤제 또는 유화제, pH 버퍼 물질 등과 같은 보조 물질이 존재할 수 있다. 무균 발열원이 없는 인산염 버퍼 생리식염수가 대표적인 담체이다(Gennaro, 2000, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20th　edition, ISBN:0683306472).
본 발명의 약제학적 조성물은 동결건조되거나 수성 형태(aqueous form)일 수 있다, 예를 들어 수용액 또는 현탁액 일 수 있다. 이러한 유형의 액체 제제(Liquid formulations)는 조성물이 수성 매질(aqueous medium)에서 재구성(reconstitution) 할 필요없이 포장된 형태로 직접 투여할 수 있으므로 주사에 이상적이다. 약제학적 조성물은 바이알(vials)로 제공될 수 있거나 또는 미리 충전된 주사기로 제공될 수 있다. 주사기는 바늘과 함께 또는 바늘없이 공급될 수 있다. 주사기는 단일 용량을 포함하는 반면, 바이알은 단일 용량 또는 다수의(multiple) 용량을 포함할 수 있다.
본 발명의 액체 제제는 또한 동결 건조된 형태로부터 다른 약제로 재구성하는데 적합하다. 약제학적 조성물이 그러한 즉석 재구성에 사용되는 경우, 본 발명은 주사전에 바이얼의 내용물이 재구성하는데 사용되는 주사기의 내용물과 함께 하나의 미리 충전된 주사기 및 하나의 바이알을 포함할 수 있거나 또는 2개의 바이알을 포함할 수 있는 키트를 제공한다.
본 발명의 약제학적 조성물은 다수의(multiple) 투여 포맷(multiple dose format)으로 포장될 때 향균제(antimicrobial)를 포함 할 수 있다. 향균제로는 2-페녹시에탄올(2-phenoxyethanol) 또는 파라벤(parabens)(메틸, 에틸, 프로필 파라벤)과 같은 것이 사용될 수 있다. 임의의 보존제는 바람직하게는 낮은 수준으로 존재한다. 보존제는 외인성으로 첨가될 수 있고 및/또는 조성물을 형성하기 위해 혼합되는 벌크 항원의 성분일 수 있다(예를 들어, 페르투시스(pertussis) 항원에서 보존제로 존재).
본 발명의 약제학적 조성물은 세정제(detergent)를 포함할 수 있다, 예를 들어 트윈(Tween, 폴리솔베이트, polysorbate), DMSO(디메틸술폭사이드, dimethyl sulfoxide), DMF(디메틸포름아미드, dimethylformamide). 세정제는 일반적으로 낮은 수준으로 존재한다, 예를 들어 <0.01%, 다만 더 높은 수준으로 사용될 수 있다, 예를 들어 0.01 - 50% 이다.
본 발명의 약제학적 조성물은 나트륨 염(예를 들어, 염화나트륨) 및 용액 중의 유리 포스페이트 이온(free phosphate ion)(예를들어, 포스페이트 버퍼를 사용)을 포함할 수 있다.
특정 실시예에서, 약제학적 조성물은 펩타이드를 항원제시세포로 전달하거나 안정성을 증가시키기 위해 적합한 비히클(vehicle)에 캡슐화 될 수 있다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 다양한 비히클이 본 발명의 약제학적 조성물을 전달하기에 적합하다. 적합하게 구조화된 유체 전달 시스템의 비 제한적인 예는 나노입자(nanoparticles), 리포좀(iposomes), 마이크로에멀젼(microemulsions), 미셀(micelles), 덴드리머(dendrimer) 및 다른 인지질 함유 시스템을 포함할 수 있다. 약제학적 조성물을 전달 비히클에 혼입하는 방법은 당업계에 공지되어 있다.
조성물의 면역원성을 증가시키기 위해, 약리학적(pharmacological) 조성물은 하나 또는 그 이상의 애주번트(adjuvant) 및/또는 사이토카인(cytokine)을 포함할 수 있다.
적합한 애주번트(adjuvant)는 수산화 알루미늄 또는 인산 알루미늄과 같은 알루미늄 염을 포함하지만, 칼슘, 철 또는 아연의 염일 수 있거나 또는 아실화 티로신 또는 아실화 당의 불용성 현탁액 일 수 있거나, 또는 양이온 또는 음이온적으로 유도된 당류, 폴리포스파젠(polyphosphazenes), 생분해성 미세구체(biodegradable microsphere), 모노포스포릴 지질 A(MPL) (monophosphoryl lipid A), 지질 A 유도체(예를 들어, 독성 감소의), 3-0-탈 아실화 MPL[3D-MPL]( 3-O-deacylated MPL), 퀼 A(quil A), 사포닌, QS21, Freund's 불완전한 애주번트(Difco Laboratories, Detroit, Mich.), Merck 애주번트 65 (Merck and Company, Inc., Rahway, N.J.), AS-2 (Smith-Kline Beecham, Philadelphia, Pa.), CpG 올리고뉴클레오타이드(oligonucleotides), 생체접착성 및 점막접착성 마이크로입자(bioadhesives and mucoadhesives, microparticles), 리포좀, 폴리옥시에틸렌 에테르 제형(polyoxyethylene ether formulations), 폴리옥시에틸렌 에스테르 제형 (polyoxyethylene ester formulations), 뮤라밀(muramyl) 펩타이드 또는 이미다조퀴놀론(imidazoquinolone) 화합물(예를 들어, 이미쿠아모드(imiquamod) 및 이의 동족체(homologues))일 수 있다. 본 발명에서 애주번트로 사용하기 적합한 인간 면역조절제(immunomodulator)는 인터루킨(interleukin)(예를 들어, IL-1, IL-2, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-12, 등), 대식세포 콜로니 자극 인자(macrophage colony stimulating factor, M-CSF), 종양 괴사 인자(tumour necrosis factor, TNF), 과립구 대식세포 콜로니 자극 인자(granulocyte, macrophage colony stimulating factor, GM-CSF) 또한 애주번트로서 사용될 수 있다.
일부 실시예에서, 상기 조성물은 몬타나이드(Montanide) ISA-51 (Seppic, Inc., Fairfield, N.J., United States of America), QS-21 (Aquila Biopharmaceuticals, Inc., Lexington, Mass., United States of America), GM-CSF, 사이클로포스파마이드(cyclophosamide), 바실러스 칼메트-게린(bacillus Calmette-Guerin) (BCG), 코리네박테리움 파붐(corynbacterium parvum), 레바미솔(levamisole), 아지메존(azimezone), 이소프리니손(isoprinisone), 다이니트로클로로벤젠(dinitrochlorobenezene) (DNCB), 키홀 림펫 헤모시아닌 (keyhole limpet hemocyanins, KLH), Freunds 애주번트 (완전한 및 비완전한), 미네랄 겔 (mineral gels), 수산화 알루미늄(aluminum hydroxide) (Alum), 리조레시친(lysolecithin), 풀루로닉 폴리올(pluronic polyols), 폴리아니온(polyanions), 오일 에멀젼, 다이나이트로페놀(dinitrophenol), 디프테리아 톡신 (diphtheria toxin) (DT)로 이루어진 그룹에서 선택되는 애주번트를 포함한다.
예를 들어, 사이토카인은 TGF-α 및 TGF-β 같은(단, 이에 제한되지는 않음) 형질 전환 성장인자(transforming growth factor, TGF); 인슐린 유사 성장 인자-I 및/또는 인슐린 유사 성장 인자- II; 에리스로포이에틴(erythropoietin, EPO); 골 유도 인자(osteoinductive factor); 인터페론-α, -β, 및 -γ같은(단, 이에 제한되지는 않음) 인터페론; 대식세포-CSF, 과립구 대식세포-CSF, 과립구-CSF 같은(단, 이에 제한되지는 않음) 콜로니 자극 인자로 이루어지는 그룹에서 선택될 수 있다. 일부 실시예에서, 사이토카인은 NGF-β 같은 신경 성장 인자; 혈소판 성장 인자; TGF-α 및 TGF-β 같은(단, 이에 제한되지는 않음) 형질 전환 성장인자; 인슐린 유사 성장 인자-I 및 인슐린 유사 성장 인자- II; 에리스로포이에틴(erythropoietin, EPO), 골 유도 인자(osteoinductive factor); 인터페론-α, 인터페론-β, 및 인터페론-γ같은 인터페론; 대식세포-CSF, 과립구 대식세포-CSF, 과립구-CSF 같은 콜로니 자극 인자; IL-1, IL-1.alpha., IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-10, IL-11, IL-12; IL-13, IL-14, IL-15, IL-16, IL-17, IL-18같은(단, 이에 제한되지는 않음) 인터루킨; LIF; 키트-리간드 또는 FLT-3; 안지오스타틴(angiostatin); 트롬보스폰딘(thrombospondin); 엔도스타틴(endostatin), 종양 괴사 인자; 및 LT로 이루어지는 군에서 선택될 수 있다.
애주번트 또는사이토카인은 1회 용량 당 약 0.01 mg 내지 약 10 mg, 바람직하게는 1회 용량 당 0.2 mg 내지 약 5 mg의 양으로 첨가될 수 있는 것으로 예상된다. 또한(Alternatively), 애주번트 또는 사이토카인은 약 0.01 내지 50 %의 농도, 바람직하게는 약 2 % 내지 30 %의 농도 일 수 있다.
특정 양태에서, 본 발명의 약제학적 조성물은 최종 제품을 생성하기 위해 공지된 기술에 따라 적절한 멸균 조건하에 PEPI와 함께 애주번트 및/또는 사이토카인 물리적으로 혼합하여 제조된다.
폴리펩타이드 단편의 적합한 조성물 및 투여 방법의 예는 Esseku 및 Adeyeye (2011) 및 Van den Mooter G. (2006)에서 제공된다. 백신 및 면역요법 조성물 제조는 일반적으로 Vaccine Design("The subunit and adjuvant approach" (eds Powell M. F. & Newman M. J. (1995)) Plenum Press New York)에 기재되어 있다. 또한 예상되는 리포좀 내에 캡슐화하는 것은 미국 특허 4,235,877, Fullerton에 기재되어 있다.
일부 실시예에서, 본원에 개시된 조성물은 핵산 백신으로 제조된다. 일부 실시예에서, 핵산 백신은 DNA 백신이다. 일부 실시예에서, DNA 백신 또는 유전자(gene) 백신은 프로모터(promoter) 및 적절한 전사 및 번역 제어 요소 및 본 발명의 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드를 암호화하는 핵산 서열을 갖는 플라스미드를 포함한다. 일부 실시예에서, 상기 플라스미드는 또한 인핸스하는(enhance) 서열, 예를 들어, 발현 수준, 세포 내 표적화 또는 프로테아좀성 과정(proteasomal processing)을 인핸스하는 서열을 포함한다. 일부 실시예에서, DNA 백신은 본 발명의 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드를 암호화하는 핵산 서열을 포함하는 바이러스성 백터(viral vector)를 포함한다. 추가적인 양태에서, 본원에 개시된 조성물은 생물학적 시료(biological sample)가 면역 반응성을 갖는 것으로 결정된 펩타이드를 암호화하는 하나 또는 그 이상의 핵산을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시예에서, 조성물은 환자의 적어도 세개의 HLA 클래스 I 분자 및/또는 적어도 세개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 능력이 있는 T 세포 에티토프인 단편을 포함하는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 또는 그 이상의 펩타이드를 암호화하는 하나 또는 그 이상의 핵산 서열을 포함한다. 일부 실시예에서, 펩타이드는 암에서 발현되는 항원으로부터 유래된다. 일부 실시예에서, DNA 또는 유전자 백신은 또한 백신의 효력을 강화하거나, 면역시스템을 자극하거나 또는 면역억제를 감소시키는 것과 같은 생성된 면역 반응을 조절하는 면역조절분자(immunomodulatory molecules)를 암호화한다. DNA 또는 유전자 백신의 면역원성을 향상시키기 위한 전략에는 항원의 이종 버전(xenogeneic versions)의 암호화, T 세포를 활성화하거나 또는 연관 인식(associative recognition)을 유발하는 분자에 항원의 융합, 바이러스성 백터에 의한 부스팅(boosting)에 따른 DNA 백터에 의한 프라이밍(priming) 및 면역조절 분자의 이용이 포함된다. 일부 실시예에서, DNA 백신은 다른 형태들 중에서, 찰과상(abrasion)에 의해 마이크로니들(microneedle)을 통해, 패치(patches)에 의해, 에어로졸 인젝터(aerosol injector), 유전자 총(gene gun), 바늘에 의해 도입된다. 일부 형태에서, DNA 백신은 리포좀 또는 다른 나노바디의 다른형태에 의해 통합된다. 일부 실시예에서, DNA 백신은 트랜스펙션 제(transfection agent); 프로타민(protamine); 프로타민 리포좀; 다당류 입자; 양이온성 나노에멀젼; 양이온성 중합체; 양이온성 중합체 리포좀; 양이온성 나노입자; 양이온성 지질 및 콜레스테롤 나노입자; 양이온성 지질, 콜레스테롤 및 PEG 나노입자; 덴드리머 나노입자로 이루어진 그룹에서 선택되는 전달 시스템을 포함한다. 일부 실시예에서, DNA 백신은 흡입 또는 섭취로 투여된다. 일부 실시예에서, DNA 백신은 혈액, 흉선, 췌장, 피부, 근육, 종양 또는 다른 부위에 도입된다.
일부 실시예에서, 본원에 개시된 조성물은 RNA 백신으로 제조된다. 일부 실시예에서, 상기 RNA는 비 복제 mRNA(non-replicating mRNA) 또는 바이러스 유래의 자가 증폭 RNA(virally derived, self-amplifying RNA)이다. 일부 실시예에서, 상기 비 복제 mRNA는 본원에 개시된 펩타이드를 암호화하고 5'및 3' 비 번역 영역(untranslated regions, UTRs)을 포함한다. 일부 실시예에서, 바이러스 유래의 자가 증폭 RNA는 본원에 개시된 펩타이드뿐만 아니라 세포내 RNA 증폭 및 풍부한 단백질 발현을 가능하게 하는 바이러스 복제 기구(viral replication machinery)를 암호화한다.　일부 실시예에서, RNA는 개체에 직접 도입된다. 일부 실시예에서, RNA는 화학적으로 합성 또는 in-vitro에서 전사된다. 일부 실시예에서, mRNA는 T7, T3 또는 Sp6 파지 RNA 중합효소를 사용하여 선형 DNA 주형으로부터 합성되고, 합성된 생성물은 본원에 개시된 펩타이드, 플랭킹 UTRs(flanking UTRs), 5 '캡 및 폴리(A) 꼬리를 암호화하는 오픈 리딩 프레임(open reading frame)을 포함한다. 일부 실시예에서, 5'캡의 다양한 버전은 백시니아 바이러스 캡핑 효소(vaccinia virus capping enzyme)를 사용하거나 또는 합성 캡(synthetic cap) 또는 역 반전 캡 유사체(anti-reverse cap analogues)를 혼입함되는 전사 반응 동안 또는 후에 추가된다. 일부 실시예에서, 폴리(A)꼬리의 최적 길이는 암호화 DNA 주형으로부터 직접 또는 폴리(A) 중합효소를 사용하여 mRNA에 추가된다. RNA는 환자의 적어도 세개의 HLA 클래스 I 및/또는 적어도 세개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 능력이 있는 T 세포 에티토프인 단편을 포함하는 하나 또는 그 이상의 펩타이드를 암호화한다. 일부 실시예에서, 단편은 암에서 발현되는 항원으로부터 유래된다. 일부 실시예에서, RNA는 안정성 및 번역을 향상시키기위한 신호를 포함한다. 일부 실시예에서, RNA는 또한 면역 자극성 프로파일(immunostimulatory profile)을 변화시키기 위해 반감기 또는 변형된 뉴클레오시드(nucleosides)를 증가시키는 비 천연 뉴클레오타이드(unnatural nucleotides)를 포함한다. 일부 실시예에서, RNA는 다른 형태들 중에서, 찰과상(abrasion)에 의해, 마이크로니들(microneedle)을 통해, 패치(patches)에 의해, 에어로졸 인젝터(aerosol injector), 유전자 총(gene gun), 바늘에 의해 도입된다. 일부 형태에서, RNA 백신은 리포좀 또는 RNA의 세포 흡수를 촉진하고 분해로부터 보호하는 다른 형태의 나노바디에 통합된다. 일부 실시예에서, RNA 백신은 트랜스펙션 제(transfection agent); 프로타민(protamine); 프로타민 리포좀; 다당류 입자; 양이온성 나노에멀젼; 양이온성 중합체; 양이온성 중합체 리포좀; 양이온성 나노입자; 양이온성 지질 및 콜레스테롤 나노입자; 양이온성 지질, 콜레스테롤 및 PEG 나노입자; 덴드리머 나노입자; 및/또는 네이키드 mRNA(naked mRNA); in-vivo 전기천공법을 갖는 네이키드 mRNA; 프로타민-복합체 mRNA; 양으로 하전된 수중유(oil-in-water) 양이온성 나노에멀젼과 관련된 mRNA; 화학적으로 변형된 덴드리머 및 폴리에틸렌글리콜 지질과 복합체화된 mRNA; PEG-지질 나노입자에서의 프로타민-복합체 mRNA; 폴리에틸렌이민(polyethylenimine, PEI)과 같은 양이온성 중합체 관련된 mRNA; PEI 같은 양이온성 중합체 및 지질 성분과 관련된 mRNA; 다당류(예를 들어, 키토산) 입자 및 겔과 관련된 mRNA; 양이온성 지질 나노입자[예를 들어, 1,2 디올레오일옥시 3 트리메틸암모늄프로판(1,2 dioleoyloxy 3 trimethylammoniumpropane, DOTAP) 또는 디올레오일포스파티딜에탄올아민 (dioleoylphosphatidylethanolamine, DOPE) 지질]에서의 mRNA; 양이온성 지질 및 콜레스테롤과 복합체화된 mRNA; 또는 양이온성 지질, 콜레스테롤 및 PEG-지질과 복합체화된 mRNA. 일부 실시예에서, RNA 백신은 흡입 또는 섭취로 투여된다. 일부 실시예에서, RNA 백신은 혈액, 흉선, 췌장, 피부, 근육, 종양 또는 다른 부위에 및/또는 피내, 근육내, 피하, 비강내, 결절내, 정맥내, 비장내, 종양내 또는 다른 전달 경로에 의해 도입된다.
폴리뉴클레오타이드 또는 올리고 뉴클레오타이드 성분은 네이키드 뉴클레오타이드 서열일 수 있거나 또는 양이온성 지질, 중합체 또는 표적화 시스템과 조합될 수 있다. 그들은 사용가능한 기술로 전달될 수 있다. 예를 들어, 폴리뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드는 바늘 주사, 바람직하게는 피내, 피하 또는 근육내 주사에 의해 도입될 수 있다. 또한(Alternatively), 폴리뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드는 입자 매개 유전자 전달(particle-mediated gene delivery)과 같은 전달 장치(delivery device)를 사용하여 피부를 가로질러 직접 전달될 수 있다. 폴리 뉴클레오타이드 또는 올리고 뉴클레오타이드는, 예를 들어 비강내, 경구 또는 직장내 투여에 의해, 피부 또는 점막 표면에 국소적으로 투여될 수 있다.
폴리뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드 콘스트럭트의 섭취는 몇몇 공지된 트랜스펙션 기술(예를 들어 트랜스펙션 제의 사용을 포함하는)에 의해 향상될 수 있다. 상기 트랜스펙션 제의 예시는 양이온성 제, 예를 들어 인산 칼슘(calcium phosphate) 및 DEAE-덱스트란(DEAE-Dextran) 및 리포펙턴트(lipofectants), 예를들어 리포펙탐(lipofectam) 및 트랜스펙탐(transfectam),을 포함한다. 투여될 폴리뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드의 1 회 용량은 변경될 수 있다.
투여는 전형적으로 "예방적 유효량(prophylactically effective amount)" 또는 "치료적 유효량(therapeutically effective amount)"(경우에 따라, 비록 예방이 치료로 간주될 수 있지만)에 있으며, 이는 임상적 반응 또는 개인에게 임상적 이점에 대한 결과를 나타내기에 충분함, 예를 들어 질병 또는 상태(disease or condition)의 발병을 예방 또는 지연시키거나, 하나 또는 그 이상의 증상을 개선하거나, 경감을 연장 또는 유도하거나, 재발 또는 재발을 지연시키기 위한 유효량이다.
1회 용량은 다양한 파라미터, 특히 사용되는 물질; 치료될 개인의 연령, 체중 및 상태; 투여경로; 및 필요한 요법에 의해 결정될 수 있다. 각 1회 용량에서 항원의 양은 면역반응을 유도하는 양으로서 선택된다. 의사는 특정 개인의 필요한 투여경로 및 투여량을 결정할 수 있다. 용량은 단일 용량으로 제공되거나 또는 다수의(multiple) 용량으로 제공될 수 있으며, 예를 들어 규칙적인 간격으로, 예를 들어 2, 3 또는 4 회의 용량으로 투여될 수 있다. 전형적으로 펩타이드, 폴리뉴클레오타이드 또는 올리고뉴클레오타이드는 전형적으로 입자 매개 전달에서는 1 pg 내지 1 mg, 보다 전형적으로 1 pg 내지 10 μg 및 다른 경로에서는 1 μg 내지 1 mg, 보다 전형적으로 1 내지 100 μg, 보다 전형적으로 5 내지 50 μg. 일반적으로, 각각의 용량은 0.01 내지 3 mg의 항원을 포함할 것으로 예상된다. 특정 백신에 대한 최적량은 대상에서 면역 반응의 관찰을 포함하는 연구에 의해 확인될 수 있다.
상기 언급한 기술과 프로토콜의 예는 Remington's Pharmaceutical Sciences, 20th Edition, 2000, pub. Lippincott, Williams & Wilkins.에서 확인할 수 있다.
본 발명에 따른 일부 경우에, 하나 이상의 펩타이드 또는 펩타이드의 조성물이 투여된다. 둘 또는 그 이상의 약제학적 조성물은 함께/동시에 및/또는 상이한 시간 또는 순차적으로 투여될 수 있다. 따라서, 본 발명은 약제학적 조성물 세트 및 그 용도를 포함한다. 상이한 펩타이드, 선택적으로 표적 상이한 항원의 조합의 사용은 종양의 유전적 이질성 및 개인의 HLA 이질성의 문제를 극복하기 위해 중요하다. 하나의 용법의 사용하기 위해 제조된 본 발명의 PEPI의 다수의(multiple) 약제학적 조성물은 약(drug) 제품으로 정의할 수 있다.
투여 경로는 비강내, 경구, 피하, 피내 및 근육 내를 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 피하 투여가 특히 바람직하다. 피하 투여는 예를 들어 복부, 상완 또는 허벅지의 측면 및 전방, 등의 견갑골 영역 또는 상부 복배의 볼기 부분 (upper ventrodorsal gluteal area)에 의한 것일 수 있다.
숙련된 기술자는 본 발명의 조성물이 하나 또는 그 이상의 용량뿐만 아니라 다른 투여 경로로 투여될 수 있다는 것을 인식할 수 있다. 예를 들어, 이러한 다른 경로는 피내, 정맥내, 혈관내, 동맥내, 복강내, 척수강내, 기관내, 심장내, 소엽내, 골수내, 폐내 및 질내를 포함한다. 원하는 치료기간에 따라, 본 발명에 따른 조성물은 1회 또는 수회, 예를들어 수개월 또는 수년 동안 월 단위로 및 상이한 투여량으로, 또한 간헐적으로 투여될 수 있다.
경구 투여용 고형 제형(Solid dosage forms)은 캡슐제, 정제, 캐플릿, 환제, 산제, 펠릿 및 과립제를 포함한다. 이러한 고형 제형에서, 유효 성분은 일반적으로 하나 또는 그 이상의 약제학적으로 허용되는 부형제와 조합되며, 이는 상술한 예시에서 상세히 설명되어 있다. 경구 제제는 수성 현탁액, 엘릭시르 또는 시럽으로 투여될 수 있다. 이들을 위해, 유효 성분은 다양한 감미제 또는 향미제, 착색제 및 원한다면 유화제 및/또는 현탁제 뿐만 아니라 희석제, 예컨대 물, 에탄올, 글리세린 및 이들의 조합물과 조합될 수 있다.
본 발명의 하나 또는 그 이상의 조성물은 투여될 수 있거나, 또는 본 발명에 따른 치료 방법 및 용도는 단독 또는 다른 약제학적 조성물 및 치료제와 조합(예를 들어 화학요법 및/또는 면역요법 및/또는 백신)하여 투여될 수 있다. 다른 치료 조성물 또는 치료는 예를 들어 본 발명에서 언급된 하나 또는 그이상의 것일 수 있으며, 본 발명의 조성물 또는 치료와 동시 또는 순차적(전 또는 후에)으로 투여될 수 있다.
일부 경우에 치료는 체크포인트 차단 요법(checkpoint blockade therapy)/체크포인트 억제제, 공동자극 항체(co-stimulatory antibodies), 세포독성 또는 비 세포독성 화학요법 및/또는 방사선 요법, 표적 요법 또는 단일 클론 항체 요법과 조합하여 투여될 수 있다. 화학요법은 백신 접종에 의해 유도되는 세포독성 T 세포에 의해 종양이 사멸되도록 감작한다는(sensitize) 것이 입증되었다 (Ramakrishnan et al. J Clin Invest. 2010; 120(4):1111-1124). 화학요법제의 예는 질소 머스타드(nitrogen mustards), 예컨대 메클로레타민(mechlorethamine) (HN2), 사이클로포스파마이드(cyclophosphamide), 이포스파미드(ifosfamide), 멜팔란(melphalan, L-살코리신(L-sarcolysin)) 및 크로람부실(chlorambucil),을 포함하는 알킬화 제(alkylating agents) ; 안트라사이클린(anthracyclines); 에포틸론(epothilones); 카르무스틴(carmustine) (BCNU), 로무스틴(lomustine) (CCNU), 세무스틴(semustine) (methyl-CCNU) 및 스트렙토조신 (streptozocin) (streptozotocin) 같은 니트로소우레아(nitrosoureas); 데카바진(decarbazine) (DTIC; dimethyltriazenoimidazole-carboxamide) 같은 트리아젠(triazenes); 헥사메칠멜라민(hexamethylmelamine), 티오테파(thiotepa) 같은 에틸렌이민(ethylenimines)/메틸멜라민(methylmelamines); 부술판(busulfan) 같은 알킬 설포네이트(alkyl sulfonates); 메토트렉세이트[methotrexate, (아메토프테린, amethopterin)]같은 폴산 유사체(folic acid analogues)를 포함하는 항대사물질(Antimetabolites); 플루오로우라실[fluorouracil, (5-플루오로우라실, 5-fluorouracil; 5-FU)], 플록수리딘[floxuridine (플루오로데옥시우리딘, fluorodeoxyuridine; FUdR)] 및 시타라빈[cytarabine, 사이토신 아라비노사이드, cytosine arabinoside)]같은 알킬화제(alkylating agents), 항대사물질(antimetabolites), 피리미딘 유사체(pyrimidine analogs); 메르캅토푸린[mercaptopurine, (6-메르캅토푸린, 6-mercaptopurine; 6-MP)], 티오구아닌[thioguanine, (6-티오구아닌, 6-thioguanine; TG)] 및 펜토스타틴[pentostatin (2'-데옥시코포르마이신, 2'-deoxycoformycin)]같은 퓨린 유사체(purine analogues) 및 관계된 억제제; 에피포도필로톡신(epipodophylotoxins); L-아스파라기나제(L-asparaginase)같은 효소; IFNα, IL-2, G-CSF 및 GM-CSF같은 생물학적 반응 조절제(biological response modifiers); 시스플라틴(cisplatin, cis-DDP), 옥살리플라틴(oxaliplatin) 및 카보플라틴(carboplatin)같은 백금 배위 복합체(platinum coordination complexes); 마이토잔트론(mitoxantrone) 및 안트라사이클린(anthracycline)같은 안트라센디온(anthracenediones); 하이드록시우레아(hydroxyurea)같은 대체 우레아(substituted urea); 프로카바진[procarbazine, (N-메틸히드라진, N-methylhydrazine, MIH)] 및 프로카바진(procarbazine)을 포함하는 메틸 히드라진 유도체(methylhydrazine derivatives); 미토탄(mitotane, o,p'-DDD) 및 아미노글루테티미드(aminoglutethimide)같은 부신피질 억제제(adrenocortical suppressants); 탁솔(taxol) 및 유사체/유도체; 프레드니손(prednisone) 및 등가물(equivalents) 같은 아드레노콜티코스테로이드 길항제 (adrenocorticosteroid antagonists), 덱사메타손(dexamethasone) 및 아미노글루티미드(aminoglutethimide), 하이드록시프로게스테론 카프로에이트 (hydroxyprogesterone caproate)같은 프로게스틴(progestin), 메드록시프로게스테론 아세테이트(medroxyprogesterone acetate) 및 메게스트롤 아세테이트(megestrol acetate), 디에틸스틸베스트롤(diethylstilbestrol) 및 에티닐 에스트라디올 등가물(ethinyl estradiol equivalents) 같은 에스트로겐(estrogen), 타목시펜(tamoxifen) 같은 안티에스트로겐(antiestrogen), 테스토스테론 프로피오네이트(testosterone propionate) 및 플루옥시메스테론/등가물(fluoxymesterone/equivalents) 포함하는 안드로겐(androgens), 플루타미드(flutamide) 같은 안티안드로겐(antiandrogens), 플루타미드같은 성선자극호르몬 방출 호르몬 유사체(gonadotropin-releasing hormone analogs) 및 류프로라이드(leuprolide) 및 비 스테로이드성 안티안드로겐(non-steroidal antiandrogens)을 포함하는 호르몬/호르몬 요법 및 작용제(agonists)/길항제(antagonists); 빈블라스틴(vinblastine, VLB) 및 빈크리스틴(vincristine) 같은 빈카 알칼로이드(vinca alkaloids), 에토포사이드(etoposide) 및 테니포사이드(teniposide)같은 에피포도필로톡신(epipodophyllotoxins), 닥티노마이신[dactinomycin (악티노마이신 D, actinomycin D)], 다우노루비신[daunorubicin (다우노마이신, daunomycin; 루비도마이신, rubidomycin)], 독소루비신(doxorubicin), 블레오마이신(bleomycin), 플리카마이신[plicamycin (미트라마이신, mithramycin)] 및 미토마이신[mitomycin (미토마이신 C, mitomycin C)같은 항생제(antibiotics), L-아스파라기나제(L-asparaginase)같은 효소 및 인터페론 알펜놈(interferon alphenomes)같은 생물학적 반응 조절제(biological response modifiers)을 포함하는 천연 제품을 포함한다.
일부 경우에는 치료 방법은 예방접종 방법 또는 면역요법을 제공하는 방법이다. 본원에서 사용된 "면역요법"은 개체에서 면역반응을 유도하거나 향상시킴으로써 질병 또는 상태의 치료이다. 특정 실시예에서, 면역요법은 T 세포 반응을 유발하기 위해 개인에게 하나 또는 그 이상의 약(drug)을 투여하는 것을 포함하는 요법을 지칭한다. 특정 실시예에서, 면역 요법은 세포 표면에 클래스 I HLA과 결합하는 하나 또는 그 이상의 PEPI를 디스플레이하는 세포를 인식하고 사멸시키기 위한 T 세포 반응을 유도하기 위해 개인에게 하나 또는 그 이상의 PEPI를 함유하는 폴리펩타이드의 투여 또는 발현을 포함하는 요법을 지칭한다. 다른 특정 실시예에서, 면역요법은 하나 또는 그 이상의 PEPI를 세포 표면에 포함하는 종양 관련 항원(TAA) 또는 암 고환 항원(CTAs)과 연관된 종양을 디스플레이하는 세포에 대한 세포독성 T 세포 반응을 유도하기 위해 하나 또는 그 이상의 PEPI를 개인에게 투여하는 것을 포함한다. 다른 실시예에서, 면역요법은 세포 표면에 클래스 I HLA과 결합하는 하나 또는 그 이상의 PEPI를 디스플레이하는 질병에 걸린 세포를 인식하고 사멸시키기는 세포독성 T 세포에 대한 공동 자극을 제공하기 위해 T 도움 반응을 유도하는 개인의 클래스 II HLA에 의해 제시되는 하나 또는 그 이상의 PEPI를 포함하는 폴리펩타이드의 투여 또는 발현을 포함하는 요법을 지칭한다. 또 다른 특정 실시예에서, 면역요법은 표적 세포를 사멸시키기 위해 기존의 T 세포를 재활성화시키는 개인에게 하나 또는 그 이상의 약물의 투여를 포함하는 요법을 지칭한다. 세포 독성 T 세포 반응이 하나 또는 그 이상의 PEPI를 디스플레이하는 세포를 제거하여 개인의 임상 상태를 개선할 것이라는 이론이다. 예를 들어, 면역요법은 세포 내 병원체 기반 질병 또는 장애를 치료하는데 사용될 수 있다.
일부 경우에, 본 발명은 암의 치료 또는 고형 종양의 치료에 관한 것이다. 치료는 임의의 세포, 조직 또는 기관의 암(cancer) 또는 악성(malignant) 또는 양성(benign) 종양의 치료일 수 있다. 암은 전이될 수도 있고 아닐 수도 있다. 암의 예로는 암종(carcinomas), 육종(sarcomas), 림프종(lymphomas), 백혈병(leukemia), 생식세포종(germ cell tumor) 또는 블라스토마(blastomas)가 있다. 암은 호르몬 관련 또는 의존적 암(예를 들어, 에스트로겐 또는 안드로겐 관련 암)일 수 있거나 아닐 수도 있다.
다른 경우, 본 발명은 면역요법 치료에 의해 치료될 수 있는 바이러스, 세균, 곰팡이 또는 기생충 감염, 또는 임의의 다른 질병 또는 상태의 치료에 관한 것이다.
시스템(Systems)
본 발명은 대상의 클래스 I 및/또는 클래스 II HLA 유전자형 및 하나 또는 그 이상의 테스트 폴리펩타이드의 아미노산 서열을 포함하는 데이터를 저장(store)하도록 구성된 저장 모듈(storage module); 및 대상의 다수의(multiple) HLA에 결합할 수 있는 하나 또는 그 이상의 테스트 폴리펩타이드에서 아미노산 서열을 확인(identify) 및/또는 정량화(quantify)하도록 구성된 계산 모듈(computation module)을 포함하는 시스템을 제공한다. 상기 시스템은 적어도 하나의 대상에서 유래한 적어도 하나의 시료로부터 데이터를 얻기 위한 것일 수 있다. 상기 시스템은 대상의 클래스 I 및/또는 클래스 II HLA 유전자형을 결정하기위한 HLA 유전자형 모듈을 포함할 수 있다. 상기 저장 모듈은 유전자형 모듈로부터 출력된 데이터를 저장하도록 구성될 수 있다. HLA 유전자형 모듈은 대상으로부터 획득한 생물학적 시료를 받고 및 대상의 클래스 I 및/또는 클래스 II HLA 유전자형을 결정할 수 있다. 시료는 일반적으로 대상 DNA를 함유한다. 시료는 예를 들어, 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 소변, 날숨(expiration), 세포 또는 조직 시료일 수 있다. 상기 시스템은 대상에대해 면역원성으로 예측되는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드의 하나 또는 그 이상의 단편의 서열을 디스플레이하도록 구성된 출력 모듈을 추가로 포함할 수 있거나, 또는 본원에 기술된 임의의 출력 예측 또는 치료 선택 또는 추천 또는 본원에 기술된 임의의 약력학적(pharmodynamic) 바이오마커의 값을 표시하도록 구성된 출력 모듈을 추가로 포함할 수 있다.
본 발명의 추가 실시예
1. 다음을 포함하는, 특정 인간 대상에서 질병 또는 질환의 치료를 위한 인간 대상 특이적 약제학적 조성물:
(a) 적어도 2 개의 상이한 폴리펩타이드로서, 적어도 2 개의 상이한 폴리펩타이드 각각은 길이가 10 내지 50 개의 아미노산이고 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자 및/또는 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 T 세포 에피토프를 포함하며, 적어도 2 개의 폴리펩타이드의 각각의 T 세포에피토프는 서로 상이함; 및
(b) 약제학적으로 허용되는 애주번트.
2. 항목 1의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 또는 적어도 12개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하는 것안, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
3. 항목 1의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 3 내지 40 개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
4. 항목 1의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 T 세포 에피토프는 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합하는 것으로 7 내지 11 개의 아미노산을 포함하며 및/또는 상기 T 세포 에피토프는 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 것으로 13 내지 17 개의 아미노산을 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
5. 항목 1의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 적어도 2 개의 상이한 폴리펩타이드의 에피토프는 단일 항원으로부터 유래하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
6. 항목 1의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 적어도 2개의 상이한 폴리펩타이드의 에피토프는 둘 또는 그 이상의 상이한 항원으로부터 유래하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
7. 항목 5의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 항원은 암세포에 의해 발현되는 암세포, 암세포에 의해 발현되는 신생항원, 암 연관 항원, 종양 연관 항원 또는 표적 병원성 유기체에 의해 발현되는 항원, 바이러스에 의해 발현되는 항원, 세균에 의해 발현되는 항원, 진균(fungus)에 의해 발현되는 항원, 자가면역질환과 연관된 항원이거나 또는 알레르겐인 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
8. 항목 7의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 암 세포는 대상으로부터 유래한 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
9. 항목 5의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 항원은 표 2 내지 7에서 나열된 항원으로부터 선택되는 항원인 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
10. 항목 1의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 적어도 2개의 상이한 폴리펩타이드는 상응하는 항원에서 에피토프 옆에 있는 연속 서열의 일부인 T 세포 에피토프 옆에 있는 최대 10 개의 아미노산을 추가로 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
11. 항목 1의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 적어도 2개의 상이한 폴리펩타이드는 상응하는 항원에서 에피토프 옆에 있는 연속 서열의 일부가 아닌 T 세포 에피토프 옆에 있는 최대 10 개의 아미노산을 추가로 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
12. 항목 1의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 적어도 2 개의 폴리펩타이드 중 2개는 결합된 폴리펩타이드(joined polypeptide)에서 끝에서 끝까지 배열되거나 또는 오버래핑되는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
13. 항목 12의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 둘 또는 그 이상의 상이한 결합된 폴리펩타이드를 포함하는 것으로, 상기 둘 또는 그 이상의 결합된 폴리펩타이드는 서로 상이한 에피토프를 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
14. 항목 13의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 결합된 폴리펩타이드는 다음에 해당하며 두 폴리펩타이드 사이의 접합부에 걸쳐있는 모든 네오에피토프를 실질적으로 제거하기위해 스크리닝되는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물:
(i) 대상의 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드의 단편에 해당하는 네오에피토프;
(ii) 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 네오에피토프; 또는
(iii) (i) 및 (ii)의 요구를 모두 충족하는 네오에피토프.
15. 항목 1의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 적어도 2개의 폴리펩타이드는 다음에 해당하는 임의의 아미노산 서열을 포함하지 않는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물:
(i) 건강한 세포에서 발현하는 인간 폴리펩타이드 단편에 해당하는 아미노산 서열; 또는
(ii) 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드 단편에 해당하며 및 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열.
16. 항목 1의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 약제학적으로 허용되는 희석제, 담체, 보존제, 또는 이들의 조합을 추가적으로 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
17. 항목 1의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 애주번트는 몬타나이드(Montanide) ISA-51, QS-21, GM-CSF, 사이클로포스파마이드(cyclophosamide), 바실러스 칼메트-게린(bacillus Calmette-Guerin) (BCG), 코리네박테리움 파붐 (corynbacterium parvum), 레바미솔 (levamisole), 아지메존 (azimezone), 이소프리니손 (isoprinisone), 다이니트로클로로벤젠 (dinitrochlorobenezene) (DNCB), 키홀 림펫 헤모시아닌 (keyhole limpet hemocyanins, KLH), Freunds 애주번트 (완전한 및 비완전한), 미네랄 겔 (mineral gels), 수산화 알루미늄(aluminum hydroxide) (Alum), 리조레시친(lysolecithin), 풀루로닉 폴리올(pluronic polyols), 폴리아니온(polyanions), 오일 에멀젼, 다이나이트로페놀(dinitrophenol), 디프테리아 톡신 (diphtheria toxin) (DT) 및 이들의 조합으로 이루어진 군에서 선택되는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
18. 하나 또는 그 이상의 개별 용기(container)를 포함하는 것으로 각 용기는 다음을 포함하는 것인, 키트
(i) 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자 및/또는 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 길이가 10 내지 50 개의 아미노산인 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드; 및
(ii) 약제학적으로 허용되는 애주번트, 희석제, 담체, 보존제, 또는 이들의 조합.
19. 항목 18의 키트로서, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 또는 적어도 12 개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하는 것으로, 상기 상이한 폴리펩타이드의 각각의 T 세포 에피토프의 아미노산 서열은 서로 상이한 것인, 키트.
20. 항목 18의 키트로서, 패키지 삽입물(package insert)을 추가로 포함하는 것인, 키트.
21. 다음을 포함하는 약제학적 조성물:
둘 또는 그 이상의 폴리펩타이드를 발현하는 핵산 분자로서, 각각의 폴리펩타이드는 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자 및/또는 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 T 세포 에피토프를 포함하는 길이가 10 내지 50 아미노산인 것으로, 상기 둘 또는 그 이상의 폴리펩타이드는 각각 상이한 T 세포 에피토프를 포함하는 것으로, 상기 폴리펩타이드는 해당하는 항원에서 서로 인접한 아미노산 서열을 포함하지 않음.
22. 항목 21의 약제학적 조성물로서, 상기 핵산 분자는 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 또는 적어도 12 개의 상이한 폴리펩타이드를 발현하는 것으로, 각각은 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자 및/또는 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 II에 결합하는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 길이가 10 내지 50 개의 아미노산인 것으로, 상기 상이한 폴리펩타이드 각각의 T 세포 에피토프의 아미노산 서열은 서로 상이한 것인, 약제학적 조성물.
23. 특정 인간 대상에서 질병 또는 질환의 치료를 위한 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 적어도 하나의 상이한 폴리펩타이드를 포함하는 것으로, 적어도 하나의 상이한 폴리펩타이드 각각은 제 1 영역 또는 제 2 영역을 포함하는 것으로,
(i) 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자 및/또는 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 길이가 10 내지 50 개의 아미노산인 제 1 영역,
(ii) 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자 및/또는 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 길이가 10 내지 50 개의 아미노산 서열인 제 2 영역,
적어도 3 개의 상이한 폴리펩타이드 각각의 제 1 및 제 2 영역의 각각의 T 세포 에피토프이 아미노산 서열은 상이한 서열을 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
24. 항목 23의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 또는 적어도 12 개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
25. 항목 23의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 2 내지 40 개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
26. 항목 23의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합하는 T 세포 에피토프는 7 내지 11 개의 아미노산 서열을 포함하며, 및/또는 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 T 세포 에피토프는 13 내지 17 개의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
27. 항목 23의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 제 1 영역 및 제 2 영역의 에피토프는 단일 항원으로부터 유래하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
28. 항목 23의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 제 1 영역 및 제 2 영역의 에피토프는 둘 또는 그 이상의 상이한 항원으로부터 유래하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
29. 항목 27의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 항원은 암세포에 의해 발현되는 암세포, 암세포에 의해 발현되는 신생항원, 암 연관 항원, 종양 연관 항원 또는 표적 병원성 유기체에 의해 발현되는 항원, 바이러스에 의해 발현되는 항원, 세균에 의해 발현되는 항원, 진균(fungus)에 의해 발현되는 항원, 자가면역질환과 연관된 항원이거나 또는 알레르겐인 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
30. 항목 29의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 암 세포는 대상으로부터 유래하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
31. 항목 27의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 항원은 표 2 내지 7에서 나열된 항원으로부터 선택되는 항원인 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
32. 항목 23의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 폴리펩타이드는 다음에 해당하며 두 폴리펩타이드 사이의 접합부에 걸쳐있는 모든 네오에피토프를 실질적으로 제거하기위해 스크리닝되는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물
(i) 대상의 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드의 단편에 해당하는 네오에피토프;
(ii) 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 네오에피토프; 또는
(iii) (i) 및 (ii)의 요구를 모두 충족하는 네오에피토프.
33. 항목 23의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 적어도 1개의 폴리펩타이드는 다음에 해당하는 임의의 아미노산 서열을 포함하지 않는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물
(i) 건강한 세포에서 발현하는 인간 폴리펩타이드 단편에 해당하는 아미노산 서열; 또는
(ii) 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드 단편에 해당하며 및 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열.
34. 항목 23의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 약제학적으로 허용되는 애주번트, 희석제, 담체, 보존제, 또는 이들의 조합을 추가적으로 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
35. 항목 34의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 애주번트는 몬타나이드(Montanide) ISA-51, QS-21, GM-CSF, 사이클로포스파마이드(cyclophosamide), 바실러스 칼메트-게린(bacillus Calmette-Guerin) (BCG), 코리네박테리움 파붐 (corynbacterium parvum), 레바미솔 (levamisole), 아지메존 (azimezone), 이소프리니손 (isoprinisone), 다이니트로클로로벤젠 (dinitrochlorobenezene) (DNCB), 키홀 림펫 헤모시아닌 (keyhole limpet hemocyanins, KLH), Freunds 애주번트 (완전한 및 비완전한), 미네랄 겔 (mineral gels), 수산화 알루미늄(aluminum hydroxide) (Alum), 리조레시친(lysolecithin), 풀루로닉 폴리올(pluronic polyols), 폴리아니온(polyanions), 오일 에멀젼, 다이나이트로페놀(dinitrophenol), 디프테리아 톡신 (diphtheria toxin) (DT) 및 이들의 조합으로 이루어진 군에서 선택되는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
36. 특정 인간 대상의 치료 방법에서 사용하기 위해 인간 대상 특이적 약제학적 조성물을 제조하는(preparing) 방법으로서, 상기 방법은 다음을 포함하는 것인, 방법:
(i) 대상에 대해 면역원성으로 확인된 단편인, 폴리펩타이드의 단편을 선택하는 단계로써,
a) 상기 단편이 다음을 포함하는지 여부를 결정함으로써 선택함:
1) 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열; 또는
2) 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열; 또는
3) 또는 (1) 및 (2)의 요구를 모두 충족; 및
b) 대상에 대한 면역원성인 폴리펩타이드의 단편으로서의 서열을 확인하는 단계;
(ii) 폴리펩타이드의 최대 50 개의 연속 아미노산의 제 1 서열을 선택하는 단계로, 연속 아미노산은 단계 (i)에서 선택된 단편의 아미노산 서열을 포함하는 것임; 및
(iii) 이전 단계에서 선택된 모든 아미노산 서열을 함께 갖는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드를 유효 성분으로 갖는 대상 특이적 약제학적 조성물을 제조하는 단계.
37. 항목 36의 방법으로서, 상기 제조하는 단계 이전에 제 1 아미노산 서열과 동일하거나 다른 폴리펩타이드의 최대 50 개의 연속 아미노산의 제 2 아미노산 서열을 선택하기 위해 단계 (i) 내지 (ii)를 반복하는 단계를 추가로 포함하는 것인, 방법.
38. 항목 37의 방법으로서, 상기 제조하는 단계 이전에 제 1 아미노산 서열 및 제 2 아미노산 서열과 동일하거나 다른 폴리펩타이드의 최대 50 개의 연속 아미노산의 하나 또는 그 이상의 추가 아미노산 서열을 선택하기 위해 단계 (i) 내지 (ii)를 하나 또는 그 이상의 횟수로 반복하는 단계를 추가로 포함하는 것인, 방법.
39. 항목 36의 방법으로서, 단계 (i)에서 선택된 단편이 HLA 클래스 I-결합 에피토프인 경우, 제조하는 단계 이전에 폴리펩타이드의 더 긴 단편을 선택하는 단계를 추가로 포함하는 것으로, 더 긴 단편은 단계 (i)에서 선택된 단편을 포함하며; 및 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 것인, 방법.
40. 항목 36의 방법으로서, 각각의 폴리펩타이드는 선택된 아미노산 서열로 하나로 이루어지거나, 또는 결합된 폴리펩타이드(joined polypeptide)에서 끝에서 끝까지 배열되거나 또는 오버래핑되는 둘 또는 그 이상의 선택된 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어질 수 있는 것인, 방법.
41. 항목 36의 방법으로서, 결합된 폴리펩타이드에서 끝에써 끝까지 배열되는 임의의 2개의 선택된 아미노산 서열사이에서 접합되어 형성되는 임의의 네오에피토프는 다음의 네오에피토프 아미노산 서열을 포함하는 모든 폴리펩타이드를 실질적으로 제거하기위해 스크리닝되는 것인, 방법
(i) 대상의 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드의 단편에 해당하는 폴리펩타이드;
(ii) 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 폴리펩타이드; 또는
(iii) (i) 및 (ii)의 요구를 모두 충족하는 폴리펩타이드.
42. 항목 36의 방법으로서, 상기 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드는 다음에 해당하는 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩타이드를 제거하기위해 스크리닝되는 것인, 방법
(i) 건강한 세포에서 발현하는 인간 폴리펩타이드 단편에 해당하는 아미노산 서열; 또는
(ii) 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드 단편에 해당하며 및 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열.
43. 항목 36의 방법으로서, 단계 (i) 이전에 대상의 생물학적 시료로부터 HLA 클래스 I 유전자형 및 HLA 클래스 II 유전자형을 결정하기 위한 단계를 추가적으로 포함하는 것인, 방법.
44. 항목 43의 방법으로서, 상기 HLA 클래스 I 유전자형 및 HLA 클래스 II 유전자형을 결정하는 단계는 서열 기반 타이핑(sequence based typing, SBT) 방법에 의해 수행되는 것인, 방법.
45. 항목 43의 방법으로서, HLA 클래스 I 유전자형 및 HLA 클래스 II 유전자형을 결정하는 단계는 서열 분석, 다음 세대 서열 분석, 서열 분석 특이적 프라이머(sequence specific primer, SSP) 방법, 또는 서열 특이적 올리고뉴클레오타이드(sequence specific oligonucleotide, SSO) 방법에 의해 수행되는 것인, 방법.
46. 항목 43의 방법으로서, 상기 생물학적 시료는 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 구강상피 면봉 채취, 소변, 날숨(expiration), 세포 또는 조직 시료인 것인, 방법.
47. 항목 43의 방법으로서, 상기 생물학적 시료는, 타액 또는 구강상피 면봉 채취인것인, 방법.
48. 다음을 포함하는 치료를 필요로 하는 특정 인간 대상에서의 암세포 치료 방법으로,
적어도 하나의 폴리펩타이드를 포함하는 약제학적 조성물을 특정 인간 대상에 투여하는 단계,
각각의 적어도 하나의 폴리펩타이드는 길이가 10 내지 50 개의 아미노산이며 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자 및/또는 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 T 세포 에피토프인 제 1 아미노산 서열을 포함하며,
적어도 하나의 폴리펩타이드 각각의 T 세포 에피토프는 암에 특이적인 항원으로부터 유래하는 것인, 방법.
49. 항목 48의 방법으로서, 상기 조성물은 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 또는 적어도 12 개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하는 것으로, 상이한 폴리펩타이드 각가의 T 세포 에피토프의 아미노산 서열은 서로 상이하며, 및 대상으로부터 암 세포에 의해 발현되는 하나 또는 그 이상의 항원으로부터 유래하는 것인, 방법.
50. 항목 48의 방법으로서, 상기 조성물은 2 내지 40 개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하는 것인, 방법.
51. 항목 48의 방법으로서, 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합하는 T 세포 에피토프는 7 내지 11 개의 아미노산을 포함하며, 및/또는 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 T 세포 에피토프는 13 내지 17 아미노산을 포함하는 것인, 방법.
52. 항목 48의 방법으로서, 상기 조성물은 적어도 2 개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하고, 및 적어도 2 개의 상이한 폴리펩타이드의 아미노산 서열의 에피토프는 단일 항원으로부터 유래하는 것인, 방법.
53. 항목 48의 방법으로서, 상기 조성물은 적어도 2 개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하고, 및 적어도 2 개의 상이한 폴리펩타이드의 아미노산 서열의 에피토프는 둘 또는 그 이상의 항원으로부터 유래하는 것인, 방법.
54. 항목 48의 방법으로서 상기 하나 또는 그 이상의 항원은 암세포에 의해 발현되는 신생항원, 암 연관 항원 또는 종양 연관 항원인 것인, 방법.
55. 항목 48의 방법으로서, 상기 하나 또는 그 이상의 항원은 표 2에서 나열된 항원으로부터 선택되는 것인, 방법.
56. 항목 48의 방법으로서, 상기 적어도 하나의 상이한 폴리펩타이드는 상응하는 항원에서 에피토프 옆에 있는 연속 서열의 일부인 T 세포 에피토프 옆에 있는 최대 10 개의 아미노산을 추가로 포함하는 것인, 방법.
57. 항목 48의 방법으로서, 상기 적어도 하나의 상이한 폴리펩타이드는 상응하는 항원에서 에피토프 옆에 있는 연속 서열의 일부가 아닌 T 세포 에피토프 옆에 있는 최대 10 개의 아미노산을 추가로 포함하는 것인, 방법.
58. 항목 48의 방법으로서, 상기 조성물은 적어도 2 개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하며 및 상기 폴리펩타이드 중 2 개는 결합된 폴리펩타이드에서 끝에서 끝까지 배열되거나 오버래핑되는 것인, 방법.
59. 항목 58의 방법으로서, 둘 또는 그 이상의 상이한 결합된 폴리펩타이드를 포함하는 것으로, 둘 또는 그 이상의 상이한 결합된 폴리펩타이드는 서로 상이한 에피토프를 포함하는 것인, 방법.
60. 항목 59의 방법으로서, 상기 결합된 폴리펩타이드는 다음에 해당하며 두 폴리펩타이드 사이의 접합부에 걸쳐있는 모든 네오에피토프를 실질적으로 제거하기위해 스크리닝되는 것인, 방법
(i) 대상의 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드의 단편에 해당하는 네오에피토프;
(ii) 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 네오에피토프; 또는
(iii) (i) 및 (ii)의 요구를 모두 충족하는 네오에피토프.
61. 항목 48의 방법으로서, 상기 적어도 하나의 폴리펩타이드는 다음에 해당하는 임의의 아미노산 서열을 포함하지 않는 것인, 방법:
(i) 건강한 세포에서 발현하는 인간 폴리펩타이드 단편에 해당하는 아미노산 서열; 또는
(ii) 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드 단편에 해당하며 및 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열.
62. 항목 48의 방법으로서, 상기 조성물은 약제학적으로 허용되는 애주번트, 희석제, 담체, 보존제, 또는 이들의 조합을 추가적으로 포함하는 것인, 방법.
63. 항목 62의 방법으로서, 상기 애주번트는 몬타나이드(Montanide) ISA-51, QS-21, GM-CSF, 사이클로포스파마이드(cyclophosamide), 바실러스 칼메트-게린(bacillus Calmette-Guerin) (BCG), 코리네박테리움 파붐 (corynbacterium parvum), 레바미솔 (levamisole), 아지메존 (azimezone), 이소프리니손 (isoprinisone), 다이니트로클로로벤젠 (dinitrochlorobenezene) (DNCB), 키홀 림펫 헤모시아닌 (keyhole limpet hemocyanins, KLH), Freunds 애주번트 (완전한 및 비완전한), 미네랄 겔 (mineral gels), 수산화 알루미늄(aluminum hydroxide) (Alum), 리조레시친(lysolecithin), 풀루로닉 폴리올(pluronic polyols), 폴리아니온(polyanions), 오일 에멀젼, 다이나이트로페놀(dinitrophenol), 디프테리아 톡신 (diphtheria toxin) (DT) 및 이들의 조합으로 이루어진 군에서 선택되는 것인, 방법.
64. 항목 48의 방법으로서, 화학요법제(chemotherapeutic agent), 표적 요법(targeted therapy), 방사선 요법, 체크포인트 억제제, 또 다른 면역요법, 또는 이들의 조합을 투여하는 단계를 추가로 포함하는 것인, 방법.
65. 특정 인간 대상에서 질병 또는 질환을 치료하기 위한 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, (a) 길이가 10 내지 50 개의 아미노산이며 및 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자 및/또는 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 T 세포 에피토프를 포함하는 폴리펩타이드를 포함하며; 및 (b) 약제학적으로 허용되는 애주번트를 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
66. 항목 65의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 적어도 10, 적어도 11, 또는 적어도 12 개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하며, 각각의 상이한 폴리펩타이드는 길이가 10 내지 50 개의 아미노산이며 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합하는 T 세포 에피토프 및/또는 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자를 포함하며, 상이한 폴리펩타이드 각가의 T 세포 에피토프인 아미노산 서열은 서로 상한 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
67. 항목 66의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 2 내지 40 개의 상이한 폴리펩타이들를 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
68. 항목 65의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합하는 T 세포 에피토프는 7 내지 11 개의 아미노산을 포함하며, 및/또는 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 T 세포 에피토프는 13 내지 17 개의 아미노산을 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
69. 항목 66의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 적어도 2 개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하며, 상기 적어도 2 개의 상이한 폴리펩타이드의 에피토프는 단일 항원으로부터 유래하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
70. 항목 66의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 적어도 2 개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하며, 상기 2개의 상이한 폴리펩타이드의 에피토프는 둘 또는 그 이상의 항원으로부터 유래하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
71. 항목 69의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 항원은 암세포에 의해 발현되는 암세포, 암세포에 의해 발현되는 신생항원, 암 연관 항원, 종양 연관 항원 또는 표적 병원성 유기체에 의해 발현되는 항원, 바이러스에 의해 발현되는 항원, 세균에 의해 발현되는 항원, 진균(fungus)에 의해 발현되는 항원, 자가면역질환과 연관된 항원이거나 또는 알레르겐인 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
72. 항목 71의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 암세포는 대상으로부터 유래하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
73. 항목 69의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 항원은 표 2 내지 7에서 나열된 항원으로부터 선택되는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
74. 항목 69의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 적어도 2 개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하며, 상기 폴리펩타이드 중 2 개는 결합된 폴리펩타이드에서 끝에써 끝까지 배열되거나 오버래핑되는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
75. 항목 65의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 애주번트는 몬타나이드(Montanide) ISA-51, QS-21, GM-CSF, 사이클로포스파마이드(cyclophosamide), 바실러스 칼메트-게린(bacillus Calmette-Guerin) (BCG), 코리네박테리움 파붐 (corynbacterium parvum), 레바미솔 (levamisole), 아지메존 (azimezone), 이소프리니손 (isoprinisone), 다이니트로클로로벤젠 (dinitrochlorobenezene) (DNCB), 키홀 림펫 헤모시아닌 (keyhole limpet hemocyanins, KLH), Freunds 애주번트 (완전한 및 비완전한), 미네랄 겔 (mineral gels), 수산화 알루미늄(aluminum hydroxide) (Alum), 리조레시친(lysolecithin), 풀루로닉 폴리올(pluronic polyols), 폴리아니온(polyanions), 오일 에멀젼, 다이나이트로페놀(dinitrophenol), 디프테리아 톡신 (diphtheria toxin) (DT) 및 이들의 조합으로 이루어진 군에서 선택되는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
76. 항목 65의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 적어도 2개의 상이한 폴리펩타이드를 포함하며, 상기 적어도 2 개의 폴리펩타이드 중에서 2 개는 결합된 폴리펩타이드에서 끝에써 끝까지 배열되거나 오버래핑되는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
77. 항목 76의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 둘 또는 그 이상의 상이한 결합된 폴리펩타이드를 포함하며, 상기 둘 또는 그 이상의 결합된 폴라펩타이드는 서로 상이한 에피토프를 포함하는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
78. 항목 77의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 결합된 폴리펩타이드는 다음에 해당하며 두 폴리펩타이드 사이의 접합부에 걸쳐있는 모든 네오에피토프를 실질적으로 제거하기위해 스크리닝되는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물:
(i) 대상의 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드의 단편에 해당하는 네오에피토프;
(ii) 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 네오에피토프; 또는
(iii) (i) 및 (ii)의 요구를 모두 충족하는 네오에피토프.
79. 항목 66의 인간 대상 특이적 약제학적 조성물로서, 상기 적어도 2 개의 폴리펩타이드는 다음에 해당하는 임의의 아미노산 서열을 포함하지 않는 것인, 인간 대상 특이적 약제학적 조성물
(i) 건강한 세포에서 발현하는 인간 폴리펩타이드 단편에 해당하는 아미노산 서열; 또는
(ii) 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드 단편에 해당하며 및 대상의 적어도 2 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열.
80. 다음을 포함하는 키트
(a) (i) 길이가 10 내지 50 개의 아미노산 이며 및 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자 및 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 T 세포 에피토프를 포함하는 제 1 폴리펩타이드; 및 (ii) 약제학적으로 허용되는 애주번트를 포함하는 제 1 인간 대상 특이적 약제학적 조성물;
(b)(i) (i) 길이가 10 내지 50 개의 아미노산 이며 및 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자 및 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 T 세포 에피토프를 포함하는 제 2 폴리펩타이드; 및 (ii) 약제학적으로 허용되는 애주번트를 포함하는 제 2 인간 대상 특이적 약제학적 조성물,
상기 제 1 제 2 폴리펩타이드는 상이한 T 세포 에피토프를 포함함.
81. 항목 77의 키트로서, 상기 제 1 조성물 및/또는 제 2 조성물은 하나 또는 그 이상의 추가 폴리펩타이드를 포함하며, 각각의 추가 폴리펩타이드는 길이가 10 내지 50 개의 아미노산이며 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자 및 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합하는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하며, 상기 아미노산 서열은 상이한 T 세포 에피토프를 포함하는 것인, 키트.
실시예
실시예 1 - HLA 에피토프 결합 예측 과정 및 검증(validation)
특정 HLA와 에피토프(9 mer 펩타이드) 사이의 예측 된 결합은 에피토프 예측을 위한 Immune Epitope Database tool(www.iedb.org)을 기반으로 한다.
HLA I- 에피토프 예측 과정을 실험실 실험에 의해 결정된 HLA I- 에피토프 쌍과의 비교에 의해 검증하였다. 데이터 세트(dataset)를 리뷰된 출판물 및 공공 면역학적 데이터베이스에 보고된 HLA I- 에피토프 쌍에 의해 편집하였다.
실험적으로 결정된 데이터 세트와의 일치율을 결정하였다(표 9). 데이터 세트의 결합 HLA I- 에피토프 쌍을 93% 확률로 정확하게 예측하였다. 우연히도, 비 결합 HLA I- 에피토프 쌍 또한 93% 확률로 정확하게 예측하였다.
HLA-에피토프 결합 예측 과정의 분석적 특이도(specificity) 및 민감도(sensitivity)
HLA-에피토프 쌍 진 에피토프(True epitopes) (n=327)
(바인더 일치, Binder match)		 가 에피토프(false epitopes) (n=100)
(비 바인더 일치, Non-binder match)
HIV 91% (32) 82% (14)
바이러스(Viral) 100% (35) 100% (11)
종양(Tumor) 90% (172) 94% (32)
기타 (진균(fungi), 세균(bacteria), 등.) 100% (65) 95% (36)
합계 93% (304) 93% (93)
다수의(multiple) HLA 결합 에피토프의 예측의 정확성을 결정하였다. 진양성 및 진음성 예측 모두에 대한 93% 확률 및 가양성 및 가음성 예측에 대한 7%(=100%-93%) 확률을 사용한 분석적 특이도 및 민감도에 기초하여, 사람에 대한 다수의(multiple) HLA 결합 에피토프의 존재 확률을 계산 하였다. 에피토프에 대한 다수의(multiple) HLA 결합 확률은 HLA 결합 에피토프의 수와 최소 실제 결합 수 사이의 관계를 나타낸다. 퍼 PEPI 정의 셋(Per PEPI definition three)은 에피토프에 결합하는 것으로 기대되는 HLA의 최소 수이다(볼드체).
다수의(multiple) HLA 결합 예측의 정확성
예상 최소 실제 HLA 바인딩 수 에피토프에 결합된 HLA의 예측된 수
0 1 2 3 4 5 6
1 35% 95% 100% 100% 100% 100% 100%
2 6% 29% 90% 99% 100% 100% 100%
3 1% 4% 22% 84% 98% 100% 100%
4 0% 0% 2% 16% 78% 96% 99%
5 0% 0% 0% 1% 10% 71% 94%
6 0% 0% 0% 0% 0% 5% 65%
검증된 HLA-에피토프 결합 예측 과정은 이하 실시예에서 기재된 모든 HLA-에피토프 결합 쌍을 결정하기 위해 사용되었다.
실시예 2 - 다수의(multiple) HLA에 의한 에피토프 제시는 세포독성 T 림프구(CTL) 반응을 예측한다.
개인의 하나 또는 그 이상의 HLA I에 의한 폴리펩타이드 항원의 하나 또는 그 이상의 에피토프의 제시는 CTL 반응에 대한 예측으로 결정되었다.
본 연구는 71 명의 암환자 및 9 명의 HIV에 감염된 환장 대해 수행된 6개의 임상 시험에 대한 후향적 분석(retrospective analysis)에 의해 수행되었다(표 11)1-7. 상기 연구의 환자는 흑색종 환자에서 NY-ESO-1 항원에 대해 CTL을 재활성 시키는 것으로 나타나는 HPV 백신, 3가지 상이한 NY-ESO-1 특이적 암 백신, 하나의 HIV-1 백신 및 CTLA-4 특이적 단일클론 항체(Ipilimumab)를 처치하였다. 이러한 모든 임상 실험에서 백신 접종후 연구 대상의 항원 특이적 CD8+ CTL 반응(면역원성)을 측정하였다. 일부 경우, CTL 반응과 임상 반응 사이에 상관관계(correlation)가 보고되었다.
데이터 이용가능성(data availability) 이외의 다른 이유로 후향적 연구에서 제외된 환자는 없었다. 157 명의 환자 데이터세트 (표 11)는 트레이닝(training) 및 평가 연구를 위한 두개의 독립적인 코호트를 생성하기위해 표준 난수 생성기로 무작위화하였다. 일부 경우에, 코호트는 같은 환자에서 다수의(multiple) 데이터세트를 포함하며, 48명의 환자로부터 76개의 데이터세트의 트레이닝 코호트 및 51명의 환자로부터 81 개의 데이터세트 테스트/벨리데이션(validation) 코호트 결과를 가진다.
환자 데이터세트의 요약
임상 시험
 면역요법 표적 항원 질병 # 환자* # 데이터세트
(#항원 x #환자)		 임상시험에서 수행된 면역분석** HLA 유전자형 분석방법 Ref

1
 VGX-3100 HPV16-E6
HPV16-E7
HPV18-E6
HPV18-E7
HPV16/18		 자궁경부암 17/18 5 x 17 IFN-γELISPOT 고 해상도 SBT 1

2
 HIVIS 백신 HIV-1 Gag HIV-1 RT AIDS 9/12 2 x 9 IFN-γELISPOT 저-중 해상도 SSO 2

3
 rNY-ESO-1 NY-ESO-1 유방 및 난소암, 흑색종 및 육종 18/18 1 x 18 In vitro 및 Ex vivo IFN-γ ELISPOT 고 해상도 SBT 3
4

4
 이필리무맙(Ipilimumab) NY-ESO-1 전이성 흑색종 19/20 1 x 19 T 세포 자극 후의 ICS 저 중 해상도 타이핑, 게노믹 DNA의 SSP, 고해상도시퀀싱 5

5
 NY-ESO-1f NY-ESO-1 (91-110) 식도암, 비소세포폐암, 위암 10/10 1 x 10 T 세포 자극 후의 ICS SSO 프로빙 및 게노믹 DNA의 SSP 6

6
 NY-ESO-1 오버래핑 펩타이드 NY-ESO-1 (79-173) 식도암 및 폐암, 악성 흑색종 7/9 1 x 7 T 세포 자극 후의 ICS SSO 프로빙 및 게노믹 DNA의 SSP 7

총
 6 7 80 157 N/A
* 임상 시험의 최초 환자 수로부터 후향적 분석에 사용 된 환자 수.
** 면역 분석은 항원-특이 적 펩타이드 풀을 사용한 T 세포 자극에 기초하고 상이한 기술에 의해 방출 된 사이토 카인을 정량화한다.
CT: 임상시험; SBT: 서열 기반 타이핑; SSO: 서열 특이적 올리고뉴클레오타이드; ICS: 세포내 사이토카인 염색; SSP: 서열 특이적 프라이밍(priming)
트레이닝 데이터세트의 보고된 CTL 반응은 백신 항원의 에피토프(9 mers)의 제한된 프로필(profile)과 비교하였다. 각 환자의 항원 서열 및 HLA I 유전자형은 공개적으로 이용가능한 단백질 서열 데이터베이스 및 리뷰된 출판물로부터 얻어졌으며 HLA I-에피토프 결합 예측 과정은 환자의 임상 CTL 반응 데이터에 대해 블라인드(blinded)되었다. 각 환자의 적어도 1 (PEPI1+), 또는 적어도 2 (PEPI2+), 또는 적어도 3 (PEPI3+), 또는 적어도 4 (PEPI4+), 또는 적어도 5 (PEPI5+), 또는 모든 6 (PEPI6+) HLA 클래스 I 분장에 결합할 것으로 예측된 각 항원으로부터의 에피토프의 수는 결정되었으며 HLA 바운드(bound) 수는 보고된 CTL 응답에 대한 분류기(classifier)로 사용되었다. 진양성율(민감도) 및 진음성율(특이도)는 개별적으로 각 분류기(HLA 바운드 수)에 의한 트레이닝 데이터세트로부터 결정되었다.
각각의 분류기에 대해 ROC 분석을 수행하였다. ROC 곡선에서, 진양성율(민감도)은 상이한 컷오프 지점에 따라 가양성율(1-특이도)의 함수로 도표화 되었다(도 1). ROC 곡선의 각 지점은 특정 결정 임계값(에피토프(PEPI) 카운트)에 상응하는 민감도/특이도 쌍으로 나타난다. ROC 곡선 아래 영역(area under the ROC curve, AUC)는 분류기가 두 진단 그룹(CTL 반응자 또는 비 반응자)를 얼마나 잘 구별할 수 있는지를 측정한 것이다.
분석결과는 뜻밖에도 대상의 다수의(multiple) HLA 클래스 I HLA(PEPI2+, PEPI3+, PEPI4+, PEPI5+, 또는 PEPI6)에 의한 예측된 에피토프의 제시는 모든 경우에 단지 하나 또는 그 이상의 HLA 클래스 I에 의한 에피토프 제시보다 CTL 반응의 더 나은 예측인자인 것으로 밝혀졌다(PEPI1+, AUC = 0.48, 표 12).
ROC 분석에 의한 PEPI 바이오마커의 진단 값 결정
분류기 AUC
PEPI1+ 0.48
PEPI2+ 0.51
PEPI3+ 0.65
PEPI4+ 0.52
PEPI5+ 0.5
PEPI6+ 0.5
개인의 CTL 반응은 개인의 적어도 3개의 HLA 클래스 I에 의해 제시 될 수 있는 항원의 에피토프를 고려함으로써 가장 잘 예측되었다(PEPI3+, AUC = 0.65, 표 12). 양성 CTL 반응을 가장 잘 예측한 PEPI3+의 임계값 카운트(개인의 3 또는 그 이상의 HLA에 의해 제시되는 항원-특이적 에피토프의 수)는 1이었다(표 13). 다른 말로, 적어도 하나의 항원-유래 에피토프는 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I에 의해 제시되고 (≥1 PEPI3+), 항원은 적어도 하나의 CTL 클론을 유발하며, 대상은 가능한 CTL 반응자(likely CTL responder)이다. 가능한 CTL 반응자를 예측하기 위해 ≥1 PEPI3+ 임계 값을 사용하는 것은(“≥1 PEPI3+ 테스트") 76 % 의 분석 민감도를 제공하였다 (표 13).
트레이닝 데이터세트에서 가능한 CTL 반응자를 예측하기 위한 ≥1 PEPI3+ 임계값의 결정
PEPI3+ 카운트
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
민감도: 0.76 0.60 0.31 0.26 0.14 0.02 0 0 0 0 0 0
1-특이도: 0.59 0.24 0.21 0.15 0.09 0.06 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03
실시예 3 - ≥1 PEPI3+ Test의 검증
51명의 환자로부터 81개의 데이터세트의 테스트 코호트를 사용하여 ≥1 PEPI3+ 임계값을 검증하여 항원-특이적 CTL 반응을 예측 하였다. 테스트 코호트에서 각각의 데이터세트에 대해 ≥1 PEPI3+ 임계값이 충족되는지가 결정되었다(개인의 적어도 3 개의 클래스 I HLA에 의해 제시된 적어도 하나의 항원-유래 에피토프). 이를 임상 시험에서 보고된 실험적으로 결정된 CTL 반응과 비교하였다 (표 14).
임상 검증은 PEPI3+ 펩타이드가 84 % 확률로 개인에서 CTL 반응을 유도하는 것을 설명한다. 84 %는 PEPI3+ 예측의 분석적 검증에서 결정된 것과 동일한 값으로, 에피토프는 개인의 적어도 3개의 HLA에 결합한다 (표 10). 이러한 데이터는 개인의 PEPI에 의해 면역반응이 유발된다는 강력한 증거를 제공한다.
≥1 PEPI3+ 테스트의 진단 성능 특성(Performance characteristic)(n=81)
성능 특성 설명 결과
양성
예측값
Positive
predictive
value (PPV)		 100%[A/(A + B)] ≥1 PEPI3+ 임계값을 충족하는 개인이 면역 요법으로 치료 한 후 항원 특이적 CTL 반응을 보일 가능도. 84%
민감도
Sensitivity		 100%[A / (A+C)] ≥1 PEPI3 + 임계값을 만족하는 면역 요법으로 치료 한 후 항원-특이적 CTL 반응이있는 대상의 비율.
 75%
특이도Specificity 100%[D / (B + D)] ≥1 PEPI3 + 임계값을 만족하지 않는 면역 요법으로 치료 한 후 항원-특이적 CTL 반응이없는 대상의 비율.

 55%
음성예측값
(Negative predictive
Value) (NPV)		 100%[D/(C +D)] ≥1 PEPI3+ 임계값을 충족하지 않는 개인이 면역 요법으로 치료 한 후 항원 특이적 CTL 반응을 보이지 않을 가능도.
 42%
전체
일치율(Overall percent
Agreement) (OPA)		 100%[(A + D)/ N] 긍정이든 부정이든 실험적으로 결정된 결과와 일치하는 ≥1 PEPI3+ 임계값을 기반으로 한 예측의 백분율 70%
Fisher's exact (p) - 0.01
ROC 분석은 PEPI3+ 카운트를 컷오프 값으로 사용하여, 분석 정확성을 결정하였다(도 2). AUC 값=0.73. ROC 분석의 경우 AUC 0.7 내지 0.8은 일반적으로 공정한(fair) 진단으로 간주됩니다.
적어도 1의 PEPI3+ 카운트는 (≥1 PEPI3+) 테스트 데이터세트에서 CTL 반응을 가장 잘 예측하였다 (표 15). 이 결과는 트레이닝 동안 결정된 임계값을 확인하였다 (표 12).
테스트 /벨리데이션 데이터세트에서 가능한 CTL 반응자를 예측하기 위해 ≥1 PEPI3+ 임계값 확인(Confirmation).
PEPI3+ 카운트
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
민감도 0.75 0.52 0.26 0.23 0.15 0.13 0.08 0.05 0 0 0 0
1-특이도: 0.45 0.15 0.05 0 0 0 0 0 0 0 0 0
실시예 4- ≥1 PEPI3+ 테스트는 CD8 + CTL 반응성(reactivities)을 예측한다.
≥1 PEPI3+ 테스트는 펩타이드 항원에 대한 특정 인간 대상의 CTL 반응을 예측하기 위해 이전에 보고된 방법과 비교되었다.
상이한 두 임상 시험에서 HPV-16 합성 긴 펩타이드 백신(LPV)을 투여받은 28 명의 자궁 경부암 및 VIN-3 환자의 HLA 유전자형을 DNA 샘플로부터 측정하였다8 8 9 10. LPV은 HPV-16 바이러스성 종양 단백질 E6 및 E7을 덮는 긴 펩타이드로 이루어진다. LPV의 아미노산 서열은 이들 간행물로부터 얻어졌다. 상기 간행물은 또한 백신의 오버래핑 펩타이드의 풀에 대한 각각의 백신 접종된 환자의 T 세포 반응을 보고한다.
적어도 3 개의 환자 클래스 I HLA (PEPI3+)에 의해 제시된 LPV의 각각의 환자 에피토프 (9 mer)에 대해 확인되었고 펩타이드 풀 사이의 그들의 분포가 결정되었다. 적어도 하나의 PEPI3+ (≥1 PEPI3+)를 포함하는 펩타이드는 CTL 반응을 유도하는 것으로 예측되었다. PEPI3+를 포함하지 않는 펩타이드는 CTL 반응을 유도하지 않는 것으로 예측되었다.
≥1 PEPI3+ 테스트는 백신 접종 후 측정 된 512 개의 음성 CTL 반응 중 489 개와 40 개의 양성 CTL 반응 중 8 개를 정확하게 예측했습니다 (도 3A). 전체적으로, ≥1 PEPI3+ 테스트와 실험적으로 결정된 CD8 + T 세포 반응성 사이의 일치(agreement)는 90 %였다 (p <0.001).
각각의 환자에 대해, 적어도 하나의 환자 클래스 I HLA (≥1 PEPI1+, HLA 제한 에피토프 예측, 선행 기술 방법)에 의해 제시된 에피토프의 펩타이드 풀 사이의 분포가 또한 결정되었다. ≥1 PEPI1+는 백신 접종 후 측정 된 512 개의 음성 CTL 반응 중 116 개 및 40 개의 양성 CTL 반응 중 37 개를 정확하게 예측 하였다 (도 3B). 전체적으로, HLA 제한 에피토프 예측 (≥1 PEPI1+)과 CD8+ T 세포 반응성 사이의 일치는 28 % 였다(유의하지 않음).
실시예 5-HLA 클래스 II 제한 CD4+ 도움 T 세포 에피토프의 예측
HPV-16 합성 긴 펩타이드 백신 (LPV)을 접종 받은 28 명의 자궁 경부암 및 VIN-3 환자는 LPV 백신 접종 후 CD4 + T 도움 반응에 대해 2 가지 상이한 임상 시험 (실시예 4에 상세히 기술 된 바와 같이)에서 조사 되었다 (도 4). 최신 기술은(the State of Art tool) 107명 (민감도 78 %)에서 84 개의 긍정적 반응 (사람의 DP 대립 유전자에 대한 펩타이드 풀에 대한 양성 CD4 + T 세포 반응성)을 예측했기 때문에, HLA 클래스 II 제한 에피토프의 예측 민감도는 78 %였다(민감도=78%). 특이도는 31개 중 7개의 음성 반응을 제외할 수 있기 때문에 22 % 였다. 전체적으로, HLA-제한 클래스 II 에피토프 예측과 CD4+ T 세포 반응성 사이의 일치는 66 %로, 이는 통계적으로 유의하지 않았다.
실시예 6 - ≥1 PEPI3+ 테스트는 전장 LPV 폴리펩타이드에 대한 T 세포 반응 예측한다.
실시예 4 및 실시예 5와 같은 동일하게 보고된 연구를 사용하여, ≥1 PEPI3+ 테스트는 LPV 백신의 전장 E6 및 E7 폴리펩타이드 항원에 대한 환자의 CD8+ 및 CD4+ T 세포 반응을 예측 하는데 사용하였다. 결과는 보고된 실험적으로 결정된 반응과 비교하였다. 테스트는 양성 CD8+ T 세포 반응성 검사 결과를 가진 15 명의 VIN-3 환자 중 11 명의 CD8+ T 세포 반응성(PEPI3+)(민감도 73 %, PPV 85 %) 및 5 명의 자궁 경부암 환자 중 2 명의 CD8+ T 세포 반응성(PEPI3+)(민감도 40%, PPV 100%)을 정확하게 예측했다. CD4+ T 세포 반응성(PEPI4 +)은 VIN-3 및 자궁 경부암 환자 모두에서 100 % 정확하게 예측되었다 (도 5).
클래스 I 및 클래스 II HLA 제한 PEPI3+ 카운트는 또한 LPV 백신 접종 된 환자에 대한 보고된 임상적 이점과 상관관계가 있는 것으로 관찰되었다. PEPI3+ 카운트가 높은 환자는 3 개월 후에 이미 완전(complete) 또는 부분적인(partial) 반응을 나타냈다.
실시예 7 - 사례 보고
pGX3001은 사이에 링커(linker)를 갖는 전장 E6 및 E7 항원을 함유하는 HPV16 기반 DNA 백신이다. pGX3002는 사이에 링커를 갖는 전장 E6 및 E7 항원을 함유하는 HPV18 기반 DNA 백신이다. 2 상 임상 시험은 pGX3001 및 pGX3002 모두로(VGX-3100 백신 접종) 백신 접종을 받은 자궁 경부암에 걸린 17 명의 HPV 감염 환자의 T 세포 반응을 조사한다.
도 5-6은 두명의 예시적인 환자에서(환자 12-11 및 환자 14-5) 두개의 HPV-16 및 HPV-18 항원의 전장 서열내에서 이들 환자의 적어도 하나 (PEPI1+), 적어도 둘 (PEPI2+), 적어도 셋 (PEPI3+), 적어도 넷 (PEPI4+), 적어도 다섯 (PEPI5+), 또는 모든 여섯 (PEPI6) 클래스 I HLA에 의해 제시되는 각 에피토프(9 mer)의 위치를 나타낸다.
환자 12-11은 조합된 백신에 대해 54개의 전체 PEPI1+ 카운트를 가진다(하나 또는 그 이상의 클래스 I HLA에 의해 제시된 54개 에피토프). 환자 14-5는 91개의 PEPI1+ 카운트를 가진다. 따라서 환자 14-5는 4개의 HPV 항원에 관하여 환자 12-11보다 높은 PEPI1+ 카운트를 갖는다. PEPI1+는 환자 12-11 및 14-5의 구별된 백신 항원 특이적 HLA 제한 에피토프를 나타낸다. 오직 27개의 PEPI1+ 만이 두 환자 사이에서 공통되었다.
PEPI3+ 카운트에 대해(셋 또는 그 이상의 환자 클래스 I HLA에 의해 제시된 에피토프의 수), 환자 12-11 및 14-5의 결과는 상반되었다. 환자 12-11은 4개의 HPV 16/18 항원 각각에서 적어도 하나의 PEPI3+를 포함하여 9개의 PEPI3+ 카운트를 가졌다. 환자 14-5는 0개의 PEPI3+ 카운트를 가졌다.
상기 두 환자의 보고된 면역반응은 PEPI3+ 카운트에 일치하고, PEPI1+ 카운트에는 일치하지 않는다. 환자 14-5가 백신의 4 가지 항원 중 어느 것에도 면역 반응을 일으키지 않는 동안, 환자 12-11은 ELISpot에 의해 측정 된 바와 같이 백신 접종 후 4 개의 항원 각각에 대한 면역 반응을 일으켰다. 시험에서 모든 17 명의 환자의 PEPI1+ 및 PEPI3+ 세트를 비교할 때, 유사한 패턴이 관찰되었다. PEPI1+ 카운트 및 임상 시험에서 보고된 실험적으로 결정된 T 세포 반응 사이에는 상관관계가 없었다. 그러나, ≥1 PEPI3+ 테스트에 의해 예측 된 T 세포 면역과 보고된 T 세포 면역 사이의 상관관계가 관찰되었다. ≥1 PEPI3+ 테스트는 HPV DNA 백신에 대한 면역 반응자를 예측하였다.
게다가, 환자의 PEPI3+ 세트의 다양성은 암 백신 시험에서 일반적으로 발견되는 T 세포 반응의 다양성과 유사 하였다. 환자 14-5와 유사한, 환자 12-3 및 12-6은 HPV 백신이 T 세포 면역을 유발할 수 없음을 예측하는 PEPI3+를 갖지 않는다. 다른 모든 환자는 HPV 백신이 T 세포 면역을 유발할 가능도를 예측하는 적어도 하나의 PEPI3를 가졌다. 11 명의 환자는 HPV 백신이 다클론 T 세포 반응을 유발할 것으로 예측하는 다수의(multiple) PEPI3+를 가졌다. 환자 15-2 및 15-3은 양자 모두의 HPV의 E6에 대해 높은 규모의 T 세포 면역을 마운트하지만, E7에 대해서는 열악한 면역을 마운트할 수 있다. 다른 환자 15-1 및 12-11은 각기 HPV18 및 HPV16의 E7에 대해 동일한 규모의 반응을 나타냈다.
실시예 8 - 인실리코(in silico) 시험을 실시하고 대규모 집단에서 후보 정밀 백신 표적(candidate precision vaccine targets)을 확인하기위한 모델 집단(Model Population)의 설계
온전한 4 자리 HLA 클래스 I 유전자형 (2 x HLA-A * xx:xx; 2 x HLA-B * xx:xx; 2 x HLA-C * xx:xx) 및 데모그래픽 정보(demographic information)를 가진 433 명의 대상의 인실리코(in silico) 인간 시험 코호트. 이 모델 집단은 현재 알려진 대립유전자 G-그룹의 85 %를 대표하는 총 152 개의 상이한 HLA 대립 유전자를 갖는 혼합된 민족을 가진 대상을 갖는다.
4 자리 HLA 유전자형 및 데모그래픽 정보를 특징으로 하는 7,189 명의 대상을 포함하는 "큰 집단(Big Population)"의 데이터베이스도 확립되었다. 큰 집단은 328개의 상이한 HLA 클래스 I 대립 유전자를 갖는다. 모델 집단의 HLA 대립유전자 분포는 큰 집단과 유의한 상관관계가 있다 (표 16) (Pearson p <.001). 따라서, 433 명 환자 모델 집단은 16배나 더 큰 집단을 대표한다.
모델 집단은 HLA 빈도뿐만 아니라 HLA 다양성으로 인해 인류의 85%를 대표한다.
"모델 집단" vs "큰 집단"에서 HLA 분포의 통계학적 분석.
그룹 이름 1 그룹 이름 2 Pearson R 값 상관관계 P 값
433 모델 집단 7,189 큰 집단 0.89 강(Strong) P<0.001
실시예 9 - 다수의(multiple) HLA 결합 에피토프의 확인(identification)에 기초한 인 실리코 시험은 보고된 T 세포 반응율을 예측한다.
이 연구의 목적은 실시예 8 에서 기술된 것과 같은 모델 집단이 백신의 CTL 반응성 비율을 예측하는데 사용할 수 있는지, 즉 인 실리코 효능 시험(n silico efficacy trials)에 사용될 수 있는지 여부를 결정하는 것이다.
대상의 아집단(subpopulation)에서 T 세포 반응을 유도하는 암 항원으로부터 유래된 12개 펩타이드 백신은 리뷰된 출판물로부터 확인되었다. 이들 펩타이드는 총 172 명의 환자(4 민족(ethnicities))를 등록한 임상 시험에서 조사되었다. 백신 펩타이드에 의해 유도되는 T 세포 반응은 혈액표본으로부터 결정되고 보고되었다. 임상 시험에서 측정된 양성 T 세포 반응을 갖는 연구 대상의 퍼센트를 면역 반응율로 결정하였다(도 7).
펩타이드 백신에 의해 수행된 임상시험
펩타이드 백신 소스 항원 펩타이드 길이 T 세포 분석 Pop. (n) 민족 Ref.
MMNLMQPKTQQTYTYD JUP 16mer 다량체 염색
(Multimer staining) 		18 캐나다인 12
GRGSTTTNYLLDRDDYRNTSD ADA17 21mer 다량체 염색 18 캐나다인 12
LKKGAADGGKLDGNAKLNRSLK BAP31 22mer 다량체 염색 18 캐나다인 12
FPPKDDHTLKFLYDDNQRPYPP TOP2A 22mer 다량체 염색 18 캐나다인 12
RYRKPDYTLDDGHGLLRFKST Abl-2 21mer 다량체 염색 18 캐나다인 12
QRPPFSQLHRFLADALNT DDR1 18mer 다량체 염색 18 캐나다인 12
ALDQCKTSCALMQQHYDQTSCFSSP ITGB8 25mer 다량체 염색 18 캐나다인 12
STAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPP MUC-1 25mer 증식
(Proliferation) 		80 캐나다인 13
YLEPGPVTA gp100 9mer 사량체(Tetramer) 18 미국인 14
MTPGTQSPFFLLLLLTVLTVV MUC-1 21mer 세포독성 10 이스라엘인 15
SSKALQRPV Bcr-Abl 9mer ELISPOT 4 US 16
RMFPNAPYL WT-1 9mer 다량체 염색 24 미국인 17
RMFPNAPYL (HLA-A*0201) WT-1 9mer 사이토킨 염색 18 CEU 18
12개의 펩타이드는 실시예 8에서 기술된 모델 집단의 433명의 대상 각각에 대한 ≥1 PEPI3+ 시험으로 조사 하였다. 각각의 펩타이드에 대한 “≥1 PEPI3+ 스코어"는 적어도 3개의 대상-특이적 HLA 클래스 I (≥1 PEPI3+)에 결합할 수 있는 적어도 하나의 백신 유래 에피토프를 갖는 모델 집단에서의 대상의 비율로 계산되었다. 상응하는 임상 시험이 집단에서 선택된 HLA 대립유전자에 대해 환자를 계층화(stratified)한 경우, 모델 집단은 또한 각각의 대립 유전자(예: WT1, HLA-A*0201)를 갖는 대상에 의해 필터되었다.
시험으로부터 보고된 실험적으로 결정된 반응율은 ≥1 PEPI3+ 스코어와 비교하였다. 종합 일치 퍼센트(Overall Percentage of Agreements, OPA)는 쌍을 이룬 데이터에 대해 계산되었다(표 18). 본 발명자는 ≥1 PEPI3+ 스코어와 반응율 (R2 = 0.77) 사이의 선형 관계(linear correlation)를 발견하였다 (도 7). 이 결과는 개인의 다수의(multiple) HLA에 결합하는 것으로 예측된 펩타이드를 확인하는 것이 임상 시험의 결과를 인실리코를 통해 예측하는 것이 유용하다는 것을 보여준다.
12개의 펩타이드 백신의 ≥1 PEPI3+ 스코어 및 CTL 반응율의 비교
펩타이드 백신 소스 항원 반응율
(임상 시험) 		≥1 PEPI3+ 스코어*
(모델 집단) 		OPA
MMNLMQPKTQQTYTYD JUP 0% 22% NA
GRGSTTTNYLLDRDDYRNTSD ADA17 11% 18% 61%
LKKGAADGGKLDGNAKLNRSLK BAP31 11% 7% 64%
FPPKDDHTLKFLYDDNQRPYPP TOP2A 11% 39% 28%
RYRKPDYTLDDGHGLLRFKST Abl-2 17% 12% 71%
QRPPFSQLHRFLADALNT DDR1 17% 5% 29%
ALDQCKTSCALMQQHYDQTSCFSSP ITGB8 28% 31% 90%
STAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPP MUC-1 20% 2% 10%
YLEPGPVTA gp100 28% 4% 14%
MTPGTQSPFFLLLLLTVLTVV MUC-1 90% 95% 95%
SSKALQRPV Bcr-Abl 0% 0% 100%
RMFPNAPYL WT-1 100% 78% 78%
RMFPNAPYL (HLA-A*0201) WT-1 81% 61% 75%
* ≥1 백신 유래 PEPI3 +를 사용한 모델 집단의 % 대상
실시예 10 - 다수의(multiple) HLA 결합 에피토프의 확인에 기초한 인실리코 시험은 임상 시험 II의 보고된 T 세포 반응율을 예측한다.
펩타이드 또는 DNA 기반 백신으로 수행된 공개된(published) 면역반응율(immune response rates, IRR)을 사용한 19 개의 임상 시험이 확인되었다 (표 19). 이 시험은 604 명의 환자(9 민족)를 포함하며 종양 및 바이러스 항원에서 유래한 38개의 백신을 대상으로 한다. 백신 항원 특이적 CTL 반응은 각 연구의 환자에서 측정하고, 임상 연구 집단의 반응율은 계산하고 보고하였다.
19개의 임상 시험에서의 각 백신 펩타이드는 모델 집단의 각 대상에 대한 ≥1 PEPI3+ 테스트로 조사되었다. 각각의 펩타이드에 대한 ≥1 PEPI3+ 스코어는 적어도 하나의 백신 유래 PEPI3+를 가진 모델 집단에서 대상의 비율로 계산되었다. 시험으로부터 보고된 실험적으로 결정된 반응율은 실시예 9에서와 같이 PEPI 스코어와 비교하였다(표 20). 반응율과 ≥1 PEPI3+ 스코어 (R2 = 0.70) 사이의 선형관계가 관찰되었다 (도 8). 이 결과는 개인의 다수의(multiple) HLA에 결합할것으로 예측되는 펩타이드의 확인이 대상의 T 세포 반응을 예측할 수 있고, 인 실리코 시험이 임상 시험의 결과를 예측할 수 있음을 확인해준다.
임상 시험에서 공지된(published) 반응율
면역요법 유형 CTL 분석 Pop. (n) 인종/민족 Ref.
StimuVax 펩타이드 증식 80 캐나다인 13
gp100 백신 DNA 사량체 18 미국인 14
IMA901 phase I 펩타이드 ELISPOT 64 CEU 19
IMA901 phase II 펩타이드 다량체 염색 27 CEU 19
ICT107 펩타이드 ICC 15 미국인 20
ProstVac DNA ELISPOT 32 CEU87%, Afr. Am.12%, 히스패닉.1% 21
Synchrotope TA2M DNA 사량체 26 미국인 22
MELITAC 12.1 펩타이드 ELISPOT 167 미국인 23
WT1 백신 펩타이드 사량체 22 일본인 24
Ipilimumab (NY-ESO-1) 체크포인트 억제제** ICC 19 미국인 5
VGX-3100 DNA ELISPOT 17 미국인 1
HIVIS-1 DNA ELISPOT 12 CEU98%, 아시아인1%, 히스패닉.1% 2
ImMucin 펩타이드 세포독성 10 이스라엘인 15
NY-ESO-1 OLP 펩타이드 IFN-gamma 7 일본인 7
GVX301 펩타이드 증식 14 CEU 25
WT1 vaccine 펩타이드 ELISPOT 12 미국인 26
WT1 vaccine 펩타이드 ICC 18 CEU 18
DPX-0907* 펩타이드 다량체 염색 18 캐나다인 12
흑색종 펩타이드 백신 펩타이드 ELISPOT 26 백인 27
PEPI 스코어 및 반응율 사이의 선형관계(R2 = 0.7)
면역요법 임상 시험 반응율 ≥1 PEPI3+ 스코어* OPA
StimuVax (failed to show efficacy in Phase III) 20% 2% 10%
gp100 백신 28% 4% 14%
IMA901 phase I 74% 48% 65%
IMA901 phase II 64% 48% 75%
ICT107 33% 52% 63%
ProstVac 45% 56% 80%
Synchrotope TA2M 46% 24% 52%
MELITAC 12.1 49% 47% 96%
WT1 백신 59% 78% 76%
Ipilimumab (NY-ESO-1*) 72% 84% 86%
VGX-3100 78% 87% 90%
HIVIS-1 80% 93% 86%
ImMucin 90% 95% 95%
NY-ESO-1 OLP 100% 84% 84%
GVX301 64% 65% 98%
WT1 백신 83% 80% 96%
WT1 백신 81% 61% 75%
DPX-0907 61% 58% 95%
흑색종 펩타이드 백신 52% 42% 81%
* % ≥1 백신 유래 PEPI3 +를 사용한 모델 집단의 대상
실시예 11 - 다수의(multiple) 펩타이드 백신에서 다수의(multiple) HLA 결합 에피토프의 확인에 기초한 인 실리코 시험은 보고된 임상 시험 면역 반응율을 예측한다.
IMA901은 인간 암조직에서 자연적으로 존재하는 종양 관련 펩타이드(tumor-associated peptides, TUMAP)로부터 유래된 9개의 펩타이드를 포함하는 신장 세포암(RCC)에 대한 치료 백신이다. 진행된(advanced) RCC를 갖는 총 96개의 HLA-A*02+ 대상은 2개의 독립적인 임상 연구(I 상 및 II 상)에서 IAM901로 처치되었다. IAM901의 9개의 펩타이드 각각은 HLA-A2-제한된 에피토프로 선행기술에서 확인되었다. 현재 수용된 기준(standards)에 기초하여, 이들의 존재는 신장 암 환자에서 검출되었고, 상기 시험에서 환자는 각 펩타이드를 제시할 수 있는 적어도 하나의 HLA 분자를 가질 수 있도록 특이적으로 선택되었기 때문에, 이들은 시험 대상에서 신장 암에 대한 T 세포 반응을 부스트(boost)하는 모든 강한 후보 펩타이드이다.
모델 집단에서 각 대상에 대해 IMA901의 9개의 펩타이드 중 셋 또는 그 이상의 HLA에 결합할 수 있는 펩타이드의 수를 결정 하였다. IMA901 백신의 각 펩타이드는 9 mer 이므로, 이것은 PEPI3+ 카운트에 상응한다. 상기 결과는 1상 및 2상 임상시험에 대해 보고된 면역반응율과 비교되었다 (표 21).
IMA901에 대한 두 임상 시험 및 모델 집단에서 면역반응율
TUMAP에 대한 면역 반응 모델 집단
(HLA-A2+)
(n=180)		 1 상
(n=27)*		 2 상
(n=64)*
NO 펩타이드 39% 25% 36%
1 펩타이드 34% 44% 38%
≥2 펩타이드 27%(MultiPEPI 스코어) 29% 26%
≥3 펩타이드 3% ND 3%
* 면역 반응에 대해 평가된 환자 수
I 상 및 II 상 연구 결과는 상이한 시험 코트에서 동일한 백신에 대한 면역 반응의 가변성(variability)을 보여준다. 전체적으로, 그러나, ≥2 PEPI3+ 테스트에 의해 예측된 반응율 및 보고된 임상 반응율 사이에 우수한 일치(agreement)가 있다.
후향적 분석에서, 상술한 시험의 임상 연구자들은 IMA901 백신의 다수의(multiple) 펩타이드에 반응한 대상이 오직 하나의 펩타이드에 반응을 보이는 대상 또는 반응을 하지 않는 대상보다 질병 관리(안정성 질환, 부분 반응)를 경험할 가능성이 상당히(p=0.019) 높았다. 다수의(multiple) 펩타이드에 반응하는 8 명의 대상 중 6명은(75 %) 시험에서 임상적 이점을 경험 했지만, 대조적으로 0 및 1개의 펩타이드 반응자는 각각 14% 및 33% 였다. 무작위 2 상 시험은 다수의 TUMAP에 대한 면역 반응이 더 긴 전체 생존과 관련되어 있음을 확인 하였다.
PEPI의 존재는 TUMAP에 대한 반응자를 정확하게 예측 하였기 때문에, IM901에 대한 임상 반응자는 TUMAP으로부터 ≥2 PEPIs를 나타낼 수 있는 환자일 가능성이 있다. 이 아집단은 HLA-A*02 선별 환자의 27 %에 불과하며, 임상 시험 결과에 따르면, 아집단의 75 %는 임상적 이점을 경험할 것으로 예상됩니다. 동일한 임상결과는 TUMAPs에서 ≥3 PEPIs에 기반한 환자 선택이 환자의 100% 가 임상적 이점을 경험할 수 있음을 시사하지만, 이 집단은 HLA-A*02 선택된 환자 집단의 3 % 만을 대표하는 것이다. 이러한 결과는 질병관리율(disease control rate)(안정된 질병 또는 부분 반응)이 IMA901 임상 시험에서 조사된 환자 집단에서 3 % 및 27 % 사이라는 것으로 시사한다. 완전한 반응이 없다면. 상기 환자의 일부만이 생존 이점(survival benefit)을 경험할 수 있다.
이러한 발견은 III 상 IMA901 임상 시험에서 개선된 생존의 부재를 설명한다. 이러한 결과는 또한 연구 집단의 HLA-A*02 풍부(enrichment)가 III 상 IMA901 시험에서 1차 전체 생존 종점(primary overall survival endpoint)에 도달하기에 불충분하다는 것을 입증하였다. IMA901 시험 조사관이 지적한 바와 같이, 펩타이드 백신에 대한 가능성 반응자(likely responder)를 선택하기위해 동방 진단(companion diagnostic, CDx)의 개발이 필요하다. 이러한 발견은 또한 ≥2 TUMAP 특이적 PEPI를 갖는 환자의 선택이 IMA901의 상당한 임상적 이점을 입증하기에 충분한 풍부(enrichment)를 제공할 수 있다는 것을 시사한다.
실시예 12 - 백신 유래 다수의(multiple) HLA 결합 에피토프의 확인에 기초한 인 실리코 시험은 보고된 실험적 임상 반응율을 예측한다.
실시예 8에서 기술된 모델 집단에서 결정된 면역요법 백신의 ≥2 PEPI3+ 스코어와 임상 시험에서 결정된 보고된 질병관리율(DCR, 완전한 반응 및 부분 반응 및 안정된 질병을 가진 환자의 비율) 사이의 상관관계가 결정되었다.
공개된 질병 통제율(DCR) 또는 객관적 반응율(objective response rate, ORR)을 가진 펩타이드-기반 및 백신-기반 암 면역요법 백신으로 수행된 17개의 임상 시험은 리뷰된 과학저널에서 확인되었다 (표 22). 이 시험에는 594 명의 환자(5개의 민족)가 참여했으며 29개의 종양 및 바이러스 항원을 커버한다. DCR은 임상 시험의 현재 표준인 고향 종양에 반응 평가 기준(Response Evaluation Criteria in Solid Tumors, RECIST)에 따라 결정되었으며, 임상반응은 최대 단면적 디멘션(maximum cross-sectional dimensions) 변화에 기초한다42,43,44. 이용 가능한 DCR 데이터가 없는 경우, 객관적 반응율(ORR) 데이터가 사용되었으며, 이는 RECIST 지침에 의해 정의되었다.
표 23은 모델 집단 및 공개된 DCR 또는 ORR에서 각 백신에 대한 ≥2 PEPI3+ 스코어를 비교한다. 예측된 DCR 및 측정된 DCR 사이의 상관관계는 관찰되며, 면역원성뿐만 아니라 개인의 다수의(multiple) HLA 서열에 의존한 암 백신 효능에 대한 증거도 추가적으로 제공한다. (R2 = 0.76) (도 9).
질병관리율(DCR) 예측을 위한 선택된 임상 시험.
면역 요법 항원 스폰서 질환 Pop. (n) 스터디 pop./ 민족 HLA 제힌 Adm. form 용량
(mg)		 투여 스케줄 평가시간(주) Ref.
IMA901 phase I 9 TAAs Immatics 신장 세포암 28 CEU A02 i.d. 0.4 8x in 10 wks 12 19
IMA901 phase II 9 TAAs Immatics 신장 세포암 68 CEU A02 i.d 0.4 7x in 5 wks then 10x 3 wks 24 19
Ipilimumab NY-ESO-1 MSKCC 흑색종 19 미국인 no i.v. 0.3
3
10		 4 x every 3 wks 24 5
HPV-SLP* HPV-16 E6, E7 Leiden University VIN 20 CEU no s.c. 0.3 3 x every 3 wks 12 9
HPV-SLP* Leiden University HPV-관계된 자궁경부암 5 CEU no s.c. 0.3 3 x every 3 wks 12 (OR) 10
gp100 - 2 펩타이드s* gp100 BMS 흑색종 136 미국인 A*0201 s.c. 1 4 x every 3 wks 12 28
Immucin Muc-1 VaxilBio 골수종 15 이스라엘인 no s.c. 0.1 6 x every 2 wks 12** 29
StimuVax Muc-1 Merck NSCLC 80 캐나다인 no s.c. 1 8x wkly then every 6 wks 12 13, 30
VGX-3100 HPV-16&18 Inovio HPV-관계된 자궁경부암 125 미국인 no i.m. 6 0, 4, 12 wks 36 31
TSPP 펩타이드 백신 Thymidylate synthase Siena University CRC, NSCLC, 담낭암, 유방암, 위암 21 CEU no s.c. 0.1
0.2
0.3		 3 x 3 wks 12 32
KIF20A-66 펩타이드 백신* KIF20A Chiba Tokushukai Hospital 전이성 췌장암 29 일본인 A*2402 s.c. 13 2 cycles 1, 8, 15, 22 days then every 2 wks 12 (OR) 33
펩타이드 vaccine* 3 TAAs Kumamoto University HNSCC 37 일본인 A*2402 s.c. 1 8 x wkly then every 4 wks 12 34
7-펩타이드 칵테일 백신* 7 TAAs Kinki University 전이성 결장직장암 30 일본인 A*2402 s.c. 1 Cycles: 5 x wkly then 1 wk rest 10 (OR) 35
GVX301* hTERT University Genoa 전립선암 및 신장암 14 일본인 A02 i.d. 0.5 1, 3, 5, 7, 14, 21, 35, 63 days 12 25
MAGE-A3 Trojan* MAGE-A3 Abramson Cancer Center 다발성 골수증 26 미국인 no s.c. 0.3 14, 42, 90, 120, 150 days 24 36
PepCan HPV-16 E6 University of Arkansas CIN2/3 23 미국인 no i.m. 0.05
0.1
0.25
0.5		 4 x 3 wks 24 37
흑색종 펩타이드 백신* Tyrosinase, gp100 University of Virginia 흑색종 26 미국인 A1, A2 or A3 s.c. 0.1 6 cycles: 0, 7, 14, 28, 35, 42 days 6 27
*Montanide ISA51 VG 가 애주번트로 사용
** International Myeloma Working Group 반응 기준에 따라 질병 반응을 평가하였다.45
17 건의 임상 시험에서 질병관리율(DCR) 및 MultiPEPI 점수 (예측된 DCR)
면역요법 DCR MultiPEPI 스코어
(예측된 DCR)		 일치의 종합 퍼센트
IMA901 phase I 43% 27% 61%
IMA901 phase II 22% 27% 81%
Ipilimumab 60% 65% 92%
HPV-SLP 60% 70% 86%
HPV-SLP 62% 70% 89%
gp100 - 2 펩타이드s 15% 11% 73%
Immucin 73% 59% 81%
StimuVax 0% 0% 100%
VGX-3100 50% 56% 89%
TSPP 펩타이드 백신 48% 31% 65%
KIF20A-66 펩타이드 백신 26% 7% 27%
펩타이드 백신 27% 10% 37%
7-펩타이드 칵테일 백신 10% 9% 90%
GVX301 29% 7% 24%
MAGE-A3 Trojan 35% 10% 29%
PepCan 52% 26% 50%
흑색종 펩타이드 백신 12% 6% 50%
실시예 13 종양 항원으로부터의 다수의 HLA 결합 펩타이드 세트는 체크포인트 억제제 면역요법 이필무맙(Ipilmumab)에 대한 반응자를 예측한다.
체크포인트 억제제인 이필무맙으로 치료된 흑색종 환자의 생존 이점(survival benefit)이 환자의 종양에서 잠재적으로 발현되는 흑색종 특이적 PEPI3+ 수에 의해 예측되는지 여부가 결정되었다.
80개의 흑색종 관련 항원은(TAAs)연장된 임상 이점을 갖는 이필무맙 치료 흑색종 환자에서 공유되며, 연장된 이점이 없는 환자에서는 없는 선택된 PEPI3+의 패널(PI-PEPI panel: 627 PEPIs)로부터 확인되었다. 이들 PEPI3+는 환자의 종양 세포를 공격하기 위해 이필무맙에 의해 재활성화되는 특정 T 세포를 정의한다. 더 많은 흑색종 특이적 PEPI를 제공할 수 있는 특정 HLA 서열을 갖는 호나자는 이필무맙에 의해 재활성화 되는 더 많은 T 세포를 가지며 이필무맙 면역요법으로부터 이점을 얻을 가능성이 더 높다.
4 개의 독립적인 임상 시험 코호트로부터 150명의 화자에 대한 이필무맙 치료의 임상적 이점이 결정되었다. 두 코호트는 시험 CA184-007 (10 mg/kg 이필무맙) 및 CA184-002 (3 mg/kg 이필무맙)로부터 유래하였고 및 두 코호트는 출판된 임상 시험 10 mg/kg 및 3/mg/kg 이필무맙 데이터세트유래하였다5,38,39.
각각의 환자의 모든 6 개의 HLA 클래스 I으로 제한되는 80 개 흑색종 항원으로부터의 에피토프를 예측하고 각 환자의 적어도 3 개의 클래스 I HLA로 제한되는 흑색종 특이적 PEPI3+(4,668 PEPIs)의 수를 계산하였다. 응답자 자격을 갖춘 627 PEPI 중에서 적어도 하나를 가진 각각의 환자. IPI-PEPI 패널은 10mg/kg 및 3mg/kg 이필무맙의 전체 생존율을 예측한다. 결과는 4개의 독립된 코호트에서 매우 유의미하였고 일관되었다 (도 10).
실시예 14: 다수의 HLA 결합 에피토프는 환자 돌연변이 신생항원으로 정의된다.
돌연변이로부터 신생항원을 확인하는 PEPI3+의 능력이 결정되었다. 이필무맙으로 치료받은 110 명의 흑색종 환자의 PEPI3+는 출판된 엑솜(exome) 돌연변이 데이터를 사용하여 결정되었다39. 엑솜 돌연변이 데이터로부터, 110명의 환자로부터 9,502개의 항원에서의 돌연변이 (도 11A). 시료당 중간 비동질 돌연변이 부하는(median nonsynonymous mutational load per sample) 309 (29-4,738) 임상적 이점 코호트 및 147 (7-5,854) 최소 또는 비 임상적 이점 코호트에서 매우 다양하였다. 이들의 에피토프 예측 결과로 인해, 이들 돌연변이는 임상 이점 코호트 및 최소 또는 비 임상 이점 코호트에서 각각 211 (8-1950) 및 56 (2-3444) 네오에피토프를 가진다.
출판된 돌연변이로부터 돌연변이 PEPI3+ 네오에피토프는 결정되었다 (도 11B 및 표 24). 이들 돌연변이는 임상 이점 코호트 및 최소 또는 비 임상 이점 코호트에서 각각 중간(median) 16 개 PEPIs 및 6개의 PEPIs를 발생시켰다.
결과는 PEPIs가 개인에서 발현된 유전적으로 변형된 단백질로부터 유래된 돌연변이 신생항원으로 정의하는 것을 보여준다. 이러한 신생항원은 환자의 신체에서 T 세포를 활성화할 수 있는 PEPI3+ 펩타이드이다. PEPI3+를 생성하는 개인의 종양세포에서 유전적 변형(genetic alteration)이 발생하면, 이 PEPI3+는 T 세포 반응을 유도할 수 있다. 이들 PEPI3+를 함유하는 펩타이드는 개인 종양에 대한 면역 반응을 유도하기 위한 약물(예를 들어, 백신, T 세포 요법)에 포함될 수 있다.
PEPI 테스트를 사용한 돌연변이 신생항원 예측: 110 명의 흑색종 환자에서 Van Allen et al. 및 PEPI 테스트의 분석 결과
파라미터 Van Allen et al에 의해 출판된 결과 PEPI 테스트 분석으로부터 획득한 결과
(검증된 에피토프 및 PEPIs)
환자 임상적 이점
(n=27) 		최소 또는 비 임상적 이점(n=73) 임상적 이점
(n=27) 		최소 또는 비 임상적 이점 benefit (n=73)
중간 돌연변이(Median mutations) 555 281 - -
중간 비동질 돌연변이(Median nonsynonymous mutations) 309 147 - -
중간 발현된 돌연변이 항원(Median expressed mutational antigens) 198 - -
중간 네오에피토프(Median neoepitope) (오직 9mer) 211 56 130 50
재발 네오에피토프(Recurrent neoepitopes) 28 제공되지 않음 10 76
중간 PEPI 네오 에피토프(Median PEPI neoepitopes) - - 16 6
재발 PEPI 네오에피토프(Recurrent PEPI neoepitopes) - - 1 5
실시예 15 다수의 HLA 결합 에피토프의 확인에 기초한 인 실리코 시험은 돌연변이 항원을 표적으로하는 백신에 대한 보고된 세포 면역 반응율을 예측한다
표피 성장 인자 수용체 변이체 III(EGFR vIII)는 다형성 교모세포종(glioblastoma multiform, GBM) 및 다른 신생물(neoplasm)에서 광범위하게 발현되는 종양 특이적 돌연변이이다. 돌연변이는 퓨전 접합(fusion junction)에서 신규 글리신을 생성하고 코돈을 분할하는 및 EGFR의 세포 외 도메인으로부터 801 bp의 인프레임 결실(in-frame deletion)을 포함한다.1,2 이 돌연변이는 종양 형성과 종양 세포 이주를 증가시키고 및 방사선 및 화학요법에 대한 저항성을 강화하는 구성적으로(constitutively) 활성 티로신 키나아제(active tyrosine kinase)를 암호화한다.3,4,5,6,7,8,9 이러한 삽입은 EGFRvIII를 항 종양 면역 요법에 적합한 표적 후보로 만드는 정상적인 성인 조직에서 발견되지 않는 종양-특이 적 에피토프를 초래한다.10 린도페피무트는 추가 C- 말단 시스테인 잔기와 함께 EGFRvIII 돌연변이에 걸친 13- 아미노산 펩타이드 백신 (LEEKKGNYVVTDHC)이다.11
II상 임상 연구에서, 키홀 림펫 헤모시아닌(keyhole limpet hemocyanin, KLH)에 접합된 펩타이드를 새로 진단된 EGFRvIII- 발현 GBM 환자에게 투여하였다. 첫 번째 세 백신 접종은 방사선 치료 완료 후 4주 후에 시작하여 격주로(biweekly) 실시되었다. 후속 백신(Subsequent vaccines)은 종양 진행 또는 죽음(death)의 방사선 증거가 나타날때까지 매달 실시하였다. 사타구니(inguinal) 부위에 모든 백신을 피내(intradermally) 투여하였다. 면역학적 평가는 DTH 반응 테스트에 의해 평가된 세포성 면역 반응을 일으키는 18 환자 중에서 3 명만을 보여주었다.
린도페피무트 서열을 갖는 433 명의 대상의 모델집단에 의한 인 실리코 시험이 수행되었다. 433 명의 대상 중 4 명이 PEPI3+를 가졌으며, II상 연구에서 발견되는 낮은 면역원성을 확인하였다 (표 25).
임상 시험 및 인 실리코 연구의 결과
반응자 반응율
임상 시험(II 상) 3/18 16.6%
인 실리코 연구 (PEPI3+ 테스트) 4/433 1%
모델집단에서 대상의 HLA 대립유전자에 대한 린도페피무트의 HLA 맵(도 12)은 매우 적은 HLA-A 및 HLA-C 대립유전자가 인 실리코 코호트에서 PEPI3+의 부족을 설명하는 백신 에피토프에 결합하수 있음을 보여준다.
최근 III 상 임상 연구에서, 745 명의 환자가 린도페피무트 및 테모졸로미드(n=371) 또는 대조군 및 테모졸로미드(n=374) 암(arms)에 등록하고 무작위로 할당될 때 비유효성(ineffectiveness)이 추가로 설명된다.12 상기 시험은 중간 분석(interim analysis) 후 비유효성에 의해 종료되었다. 상기 분석은 전체 생존에서 유의미한 차이를 보이지 않았다: 대조군에서의 20.0개월 (18.1-21.9) 과 비교하여 린도페피무트 그룹에서 중간 전체 생존(median overall survival)은 20.1 개월(95% CI 18.5-22.1)이다(HR 1.01, 95% CI 0.79-1.30; p=0.93).
실시예 15에 대한 References
1 Bigner et al. Characterization of the epidermal growth factor receptor in human glioma cell lines and xenografts. Cancer Res 1990;50: 8017-22.
2 Libermann et al. Amplification, enhanced expression and possible rearrangement of EGF receptor gene in primary human brain tumours of glial origin. Nature 1985;313: 144-7.
3 Chu et al. Receptor dimerization is not a factor in the signalling activity of a transforming variant epidermal growth factor receptor (EGFRvIII). Biochem J 1997; 324: 855-61.
4 Batra et al. Epidermal growth factor ligand-independent, unregulated, cell-transforming potential of a naturally occurring human mutant EGFRvIII gene. Cell Growth Differ 1995;6: 1251-9.
5 Nishikawa et al. A mutant epidermal growth factor receptor common in human glioma confers enhanced tumorigenicity. PNAS 1994; 91: 7727-31.
6 Lammering et al. Inhibition of the type III epidermal growth factor receptor variant mutant receptor by dominant-negative EGFR-CD533 enhances malignant glioma cell radiosensitivity. Clin Cancer Res 2004; 10: 6732-43.
7 Nagane et al. A common mutant epidermal growth factor receptor confers enhanced tumorigenicity on human glioblastoma cells by increasing proliferation and reducing apoptosis. Cancer Res 1996; 56: 5079-86.
8 Lammering et al. Radiation-induced activation of a common variant of EGFR confers enhanced radioresistance. Radiother Oncol 2004; 72: 267-73.
9 Montgomery et al. Expression of oncogenic epidermal growth factor receptor family kinases induces paclitaxel resistance and alters β-tubulin isotype expression. J Biol Chem 2000; 275: 17358-63.
10 Humphrey et al. Anti-synthetic peptide antibody reacting at the fusion junction of deletion-mutant epidermal growth factor receptors in human glioblastoma. PNAS 1990; 87: 4207-11.
11 Sampson et al. Immunologic Escape After Prolonged Progression-Free Survival With Epidermal Growth Factor Receptor Variant III Peptide Vaccination in Patients With Newly Diagnosed Glioblastoma. J Clin Oncol 28:4722-4729.
12 Weller at al. Rindopepimut with temozolomide for patients with newly diagnosed, EGFRvIII-expressing glioblastoma (ACT IV): a randomised, double-blind, international phase 3 trial. Lancet Oncol 2017; 18(10): 1373-1385.
실시예 16. 개인의 다수의 HLA 결합 펩타이드는 면역 독성을 예측할 수 있다.
트롬보포이에틴(Thrombopoietin, TPO)은 많은 환자에서 독성을 야기하는 높은 면역원성의 단백질 약물이다. EpiVax / Genentech는 클래스 II 제한 에피토프를 확인하기위해 최신 기술을 사용하였으며 TPO의 가장 면역원성인 영역이 TPO의 C-말단 끝(C-terminal end)에 위치함을 발견하였다 (US20040209324 A1).
본 발명에 따르면, 본 발명자들은 US 대상에 의해 유전자형이 결정되는 400개의 HLA 클래스 II에서의 TPO로부터 다수의 클래스 II HLA 결합 에피토프(PEPI3+s)가 설명되는것으로 정의했다. 이들 개인의 PEPI3+ 펩타이드의 대부분은 1 내지 165 개의 아미노산 사이의 TPO의 N 말단 영역 내에 위치한다. PEPI3+는 C 말단 영역에서도 일부 대상에서 산발적으로(spopradically) 확인되었다. 그러나 이들 결과는 최신기술과 상이하였다.
출판된 문헌은 TPO의 N 말단 끝에 위치한 면역독성 영역에 대한 실험적인 증명을 설명하며, 본원의 결과를 확인하였다40, 41. TPO 약물로 치료한 대부분의 개인은 약물 여역에 대한 항-약물 항체(anti-drug antibodies, ADA) ADA를 만들었다. 이들 항체는 약물의 치료적 효과를 제거할 뿐 아니라 전신적 부작용, 즉 항체 의존적 세포독성(antibody -dependent cytotoxicity, ADCC) 및 혈소판감소증(thrombocytopenia), 호중구감소증(neutropenia), 및 빈혈(anemia)과 관련된 보체 의존적 세포독성과 같은 면역 독성을 유발한다. 이들 데이터는 개인의 다수의 HLA 결합 펩타이드 확인이 TPO의 면역 독성을 예착한다는 것을 설명한다. 따라서, 본 발명은 약물의 독성 면역원성 영역을 확인하고, 약물로부터 면역 독성을 경험할 수 있는 대상을 확인하고, ADA에 의해 표적화 될 수 있는 폴리펩타이드 약물의 영역을 확인하고, 및 ADA를 경험할 수 있는 대상을 확인하는데 유용하다.
실시예 17 - 난소암 치료를 위한 개인화된(Personalised) 면역요법 조성물
본 실시예는 개인화된 면역요법 조성물을 이용한 난소암 환자의 치료에 대해 기술하며, 상기 조성물은 본원에 기재된 발명에 기초하여 그녀의 HLA 유전자형에 기초하여 환자를 위해 특이적으로(specifically) 설계된다. 본 실시예 및 이하의 실시예 19는 본 발명의 기초가 되는 세포독성 T 세포 반응을 유도하기 위해 대상의 다수의(multiple) HLA에 의한 에피토프의 결합에 관한 원리를 지지하는 임상 데이터를 제공한다.
전이성 난소 선암종(metastatic ovarian adenocarcinoma cancer) 환자 XYZ의 HLZ 클래스 I 및 클래스 II 유전자형을 타액 시료로부터 결정하였다.
환자 XYZ를 위한 개인화된 약제학적 조성물을 제조하기 위해, 13개의 펩타이드가 선택되었고, 각각은 하기 두가지 기준을 만족한다: (i) 리뷰된 과학 출판물에 보고된것으로, 난소암에서 발현되는 항원으로부터 유래; 및 (ii) 환자 XYZ의 적어도 3개의 HLA 클래스 I에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 단편을 포함 (표 26). 또한, 각 펩타이드는 환자의 최대 HLA 클래스 II에 결합하도록 최적화되었다.
XYZ 난소 암 환자의 개인화된 백신
XYZ's 백신 표적 항원 항원 발현 20mer 펩타이드s MAX
HLA 클래스I		 MAX HLA 클래스II
POC01_P1 AKAP4 89% NSLQKQLQAVLQWIAASQFN 3 5
POC01_P2 BORIS 82% SGDERSDEIVLTVSNSNVEE 4 2
POC01_P3 SPAG9 76% VQKEDGRVQAFGWSLPQKYK 3 3
POC01_P4 OY-TES-1 75% EVESTPMIMENIQELIRSAQ 3 4
POC01_P5 SP17 69% AYFESLLEKREKTNFDPAEW 3 1
POC01_P6 WT1 63% PSQASSGQARMFPNAPYLPS 4 1
POC01_P7 HIWI 63% RRSIAGFVASINEGMTRWFS 3 4
POC01_P8 PRAME 60% MQDIKMILKMVQLDSIEDLE 3 4
POC01_P9 AKAP-3 58% ANSVVSDMMVSIMKTLKIQV 3 4
POC01_P10 MAGE-A4 37% REALSNKVDELAHFLLRKYR 3 2
POC01_P11 MAGE-A9 37% ETSYEKVINYLVMLNAREPI 3 4
POC01_P12a MAGE-A10 52% DVKEVDPTGHSFVLVTSLGL 3 4
POC01_P12b BAGE 30% SAQLLQARLMKEESPVVSWR 3 2
표 10에 나타난 PEPI 테스트의 검증에 따라, 이 면역요법 조성물에서 11개의 PEPI3 펩타이드는 XYZ에서 T 세포 반응을 84 % 확률로 유도할 수 있으며 2개의 PEPI4 펩타이드(POC01-P2 및 POC01-P5)는 98 % 확률이다. T 세포 반응은 난소암에서 발현되는 13개의 항원을 표적으로 한다. 환자 XYZ에서 이들 암 항원의 발현은 테스트되지 않았다. 대신에, 암세포의 성공적인 사멸 확률은 환자의 암세포에서의 항원 발현 확률 및 ≥1 PEPI3+ 시험의 양성 예측 값 (AGP 카운트)에 기초하여 결정되었다. AGP 카운트는 대상에서 백신의 유효성을 예측한다: PEPI를 가진 환자의 종양(난소 선암종)에서 발현된 백신항원의 수. AGP 카운트는 환자의 종양에 대해 T 세포 반응을 인식하고 유도하는(표적에 적중) 종양 항원의 수를 가리킨다. 정확한 값은 0(항원에 의해 제시되는 PEPI 없음)과 최대 항원 수(모든 항원에 PEPI 있음)사이임이 틀림없다.
환자 XYZ가 12개 항원 중 하나 또는 그 이상을 발현할 확률은 도 13에 나타난다. AGP95 = 5, AGP50 = 7.9, mAGP = 100 %, AP = 13.
개인의 적어도 3개의 HLA(≥2 PEPI3+)에 결합할 수 있는 적어도 2개의 폴리펩타이드 단편(에피토프)의 백신 또는 면역요법 조성물의 존재때문에, 환자 XYZ를 위한 약제학적 조성물은 13개의 펩타이드(표 26)에서 적어도 2개 포함될 수 있다. 주사 전에, 펩타이드는 합성되고, 약제학적으로 허용되는 용매에 용해되고, 애주번트와 혼합된다. 환자는 적어도 2개의 펩타이드 백신을 포함하는 개인화된 면역요법을 받는 것이 바람직하지만, 암 세포를 사멸할 확률을 증가시키고 재발의 기회를 감소시키는 것이 더 바람직하다.
환자 XYZ의 치료를 위해, 12개의 펩타이드를 4 x 3/4 펩타이드로 제제화 하였다 (POC01/1, POC01/2, POC01/3, POC01/4). 한 치료주기는 30 일 이내에 모든 13개의 펩타이드를 투여하는 것으로 정의된다.
환자 병력(Patient history):
진단: 전이성 난소 선암종(Metastatic ovarian adenocarcinoma)
나이: 51
가족의 병력(Family anamnesis): 결장 및 난소암(모) 유방암(조모)
종양 병리학(Tumor pathology)
BRCA1-185delAG, BRAF-D594Y, MAP2K1-P293S, NOTCH1-S2450N
* 2011: 난소 선암종의 첫번째 발견; Wertheim 수술 및 화학요법; 림프절 제거
* 2015: 심낭 지방 조직에 전이, 절제
* 2016: 간 전이
* 2017: 복막뒤(retroperitoneal) 및 장간막 림프절로 진행됨; 작은 동반 복수를 가지는 초기 복막 암종증(incipient peritoneal carcinosis with small accompanying ascites)
이전 치료(Prior Therapy)
* 2012: 파클리탁셀-카보플라틴(Paclitaxel-carboplatin)(6x)
* 2014: 케릭스-카보플라틴(Caelyx- carboplatin)(1x)
* 2016-2017 (9 달): Lymparza(올라파립, Olaparib) 2x400 mg/day, 경구
* 2017: Hycamtin inf 5x2, 5 mg(3x 1 seria/month)
PIT 백신 처치는 2017년 4월 21일에 시작함.
환자 XYZ 펩타이드 치료 일정

Lot #
 백신접종
1st 주기 2nd 주기 3rd 주기 4th 주기
POC01/1 N1727 21.04.2017 16.06.2017 30.08.2017 19.10.2017
POC01/2 N1728 28.04.2017 31.05.2017
POC01/3 N1732 16.06.2017 02.08.2017 20.09.2017
POC01/4 N1736 15.05.2017 06.07.2017
환자의 종양 MRI 결과(Patient'tumor MRI findings)(2016년 4월 15일 기준)
* 질병은 주로 간과 림프절에 국한되어있었다. MRI의 사용은 폐 전이의 검출을 제한한다.
* 2016년 5월 - 2017년 1월: 올라파립 처치
* 2016년 12월 25일 (PIT 백신 처치 전)FU2에서 얻은 반응의 확인으로 종양 부담이 크게 감소하였다.
* 2017년 1월-3월 - TOPO 프로토콜(토포이소머라제. topoisomerase)
* 2017년 4월 6일 - FU3은 질병 진행으로 이어지는 기존 병변의 재성장 및 새로운 병변의 출현을 설명하였다.
* 2017년 4월 21일 PIT을 시작(START PIT)
* 2017년 7월 21일 (PIT의 두 번째 주기 이후)FU4는 병변의 지속적인 성장 및 췌장의 일반적인 확대 및 복수의 증가와 함께 비정상적인 옆 췌장(parapancreatic) 신호를 설명하였다.
* 2017년 7월 26일 - CBP + Gem + Avastin
* 2017년 9월 20일 (PIT의 세 번째 주기 이후)FU5는 병변 성장의 반전 및 개선된 췌장/옆췌장(parapancreatic) 신호를 설명한다. 상기 결과는 가짜 진행(pseudo progression)을 시사한다.
* 2017년 11월 28일 (PIT의 네 번째 주기 이후)FU6는 비 표적 병변의 분해와 함께 최고의 반응을 설명하였다.
환자 XYZ의 MRI 데이터는 표 28 및 도 14에서 나타난다.
병변(Lesion) 반응의 요약 표
병변/시점(Time Point) 기준선(Baseline)
(BL에서 % Δ) 		FU1
(BL에서 % Δ) 		FU2
(BL에서 % Δ) 		FU3
(BL에서 % Δ) 		FU4
(BL에서 % Δ) 		FU5
(BL에서 % Δ) 		FU6
(BL에서 % Δ) 		최상의 응답 주기(Best Response Cycle) PD 시점(PD Time Point)
TL1 NA -56.1 　-44.4 　-44.8 　+109.3 　-47.8 　-67.3 　FU6 　FU4
TL2 NA 　-100.0 　-100.0 　-47.1 　-13.1 　-100.0 　-100.0 　FU1 　FU3
TL3 NA 　-59.4 　-62.3 　-62.0 　-30.9 　-66.7 　-75.9 　FU6 　FU4
TL4 NA 　-65.8 　-100.0 　-100.0 　-100.0 　-100.0 　-100.0 　FU2 　NA
SUM NA 　-66.3 　-76.0 　-68.9 　-23.5 　-78.2 　-85.2 　FU6 　FU4
실시예 18 유방암 치료를 위한 개인화된 면역 요법 조성물의 설계
전이성 유방암 환자 ABC의 HLA 클래스 I 및 클래스 II 유전자형을 타액 시료로부터 결정하였다. 환자 ABC를 위한 개인화된 약제학적 조성물을 제조하기 위해, 12개의 펩타이드가 선택되었고, 각각은 하기 두가지 기준을 만족한다: (i) 리뷰된 과학 출판물에 보고된것으로, 유방암에서 발현되는 항원으로부터 유래; 및 (ii) 환자 ABC의 적어도 3개의 HLA 클래스 I에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 단편을 포함 (표 29). 또한, 각 펩타이드는 환자의 최대 HLA 클래스 II에 결합하도록 최적화되었다. 12개의 펩타이드는 12개의 유방암 항원을 표적으로하였다. 환자 ABC가 하나 또는 그 이상의 12개의 항원을 발현할 확률은 도 15에 나타났다.
ABC 유방 암 환자의 12개의 펩타이드
BRC09 백신 펩타이드s 표적 항원 항원 발현 20mer 펩타이드 MAXHLA 클래스 I MAXHLA 클래스 II
PBRC01_cP1 FSIP1 49% ISDTKDYFMSKTLGIGRLKR 3 6
PBRC01_cP2 SPAG9 88% FDRNTESLFEELSSAGSGLI 3 2
PBRC01_cP3 AKAP4 85% SQKMDMSNIVLMLIQKLLNE 3 6
PBRC01_cP4 BORIS 71% SAVFHERYALIQHQKTHKNE 3 6
PBRC01_cP5 MAGE-A11 59% DVKEVDPTSHSYVLVTSLNL 3 4
PBRC01_cP6 NY-SAR-35 49% ENAHGQSLEEDSALEALLNF 3 2
PBRC01_cP7 HOM-TES-85 47% MASFRKLTLSEKVPPNHPSR 3 5
PBRC01_cP8 NY-BR-1 47% KRASQYSGQLKVLIAENTML 3 6
PBRC01_cP9 MAGE-A9 44% VDPAQLEFMFQEALKLKVAE 3 8
PBRC01_cP10 SCP-1 38% EYEREETRQVYMDLNNNIEK 3 3
PBRC01_cP11 MAGE-A1 37% PEIFGKASESLQLVFGIDVK 3 3
PBRC01_cP12 MAGE-C2 21% DSESSFTYTLDEKVAELVEF 4 2
예측된 효능: AGP95 = 4; PIT 백신이 BRC09의 유방암 세포에서 발현된 4 개의 CTA에 대해 CTL 반응을 유도할 가능도는 95 %이다. 추가 효능 파라미터: AGP50 = 6.3, mAGP = 100 %, AP = 12.
모든 12개의 펩타이드에 의한 1 차 백신 접종 후 검출될 효능: 종양 대사 활성의 83 % 감소(PET CT 데이터).
환자 ABC의 치료를 위해, 12 개의 펩타이드를 4 x 3 펩타이드로 제제화하였다
(PBR01/1, PBR01/2, PBR01/3, PBR01/4). 하나의 치료주기는 30 일 이내에 12 개의 상이한 펩타이드 백신을 모두 투여하는 것으로 정의된다.
환자 병력
진단: 양측 전이성 유방 암종: 오른쪽 유방은 ER 양성, PR 음성, Her2 음성; 왼쪽 유방은 ER, PR 및 Her2 음성.
첫 번째 진단: 2013(PIT 백신 치료 4년 전)
2016: 횡격막 위 및 아래 모두에 결절 관여를 갖는 광범위한 전이성 질환.
다수의 간 및 폐 전이.
2016-2017 처치: Etrozole, Ibrance (팔보시클립, Palbociclib) 및 졸라덱스(Zoladex)
결과
2017년 3월 7일: PIT 백신 치료 이전
총담낭관(choledochal duct)의 기원의 진정 외부 압박 및 전체 간내 담관(intrahepatic biliary tract)의 대량 확장이 있는 간 다발성-전이 질환. 복강(Celiac), 간 폐문(hepatic hilar) 및 복강뒤(retroperitoneal) 선병.
2017년 5월 26일: PIT 첫 번 째 주기 이후
검출된 효능: 종양 대사 활동(PET CT) 간, 폐 림프절 및 다른 전이의 83 % 감소
검출된 안전: 피부 반응
백신 투여 후 48 시간 내에 주사 부위의 국소 염증
후속 조치(Follow up):
BRC-09는 5 주기의 PIT 백신으로 처리되었다. 그녀는 기분이 매우 좋았으며 2017년 9월에 PET CT 검사를 거부하였다. 11월에 그녀는 증상이 있었고, PET CT 스캔은 질병의 진행을 나타냈지만, 그녀는 모든 치료를 거부하였다. 또한, 그녀의 종양전문가는 그녀가 봄/여름 이후 팔보시클립을 복용하지 않았다는 것을 알게되었다. 환자 ABC는 2018년 1월에 사망하였다.
팔보시클립과 개인화된 백신의 조합은 백신 투여 후 관찰되는 주목할만한 초기 반응의 주요한 원인인 것으로 보인다. 팔보시클립은 HLA에 의한 CTA 제시를 증가 및 Treg 증식의 감소에 의해 면역요법의 활성을 향상시키는것으로 보고되었다:(Goel et al. Nature. 2017:471-475). PIT 백신은 최대 효능을 얻기 위해 최신 치료법에 대한 에드온(add-on)으로 사용될 수 있다.
실시예 19 - 말기 전이성 유방암 환자의 치료를 위한 개인화된 면역요법 조성물
환자 BRC05는 광범위한 암종성림프관염(lymphangiosis carcinomatose)과 함께 오른쪽 유방에 염증성 유방암 진단을 받았다. 염증성 유방암(IBC)은 드물지만, 공격적인 형태의 국소 진행성 유방암이다. 상기 질환의 주요 증상이 붓기와 발적이기 때문에 염증성 유방암이라고 지칭된다(유방에는 종종 염증이 발생). 대부분의 염증성 유방암은 침습성 도관 암종(invasive ductal carcinomas)이다(유관(milk duct)에서 시작). 이 유형의 유방암은 고 위험 인간 파필로마 바이러스의 종양단백질 발현과 관계가 있다1. 정말로, HPV16 DNA는 이 환자의 종양에서 진단되었다.
2011년 환자의 단계 (PIT 백신 치료 6 년전)
T4: 흉벽 및 / 또는 피부 (궤양 또는 피부 결절)로 직접 연장되는 모든 크기의 종양
pN3a: ≥ 10 겨드랑이 림프절에서의 전이 (적어도 1 개의 종양 침전물(tumor deposit)> 2.0 mm); 또는 쇄골하 (레벨 III 액와 림프) 림프절로의 전이.
14 개의 백신 펩타이드는 환자 BRC05를 위해 설계되고 제조되었다 (표 30). 펩타이드 PBRC05-P01-P10은 집단 발현 데이터에 기초하여 상기 환자를 위해 제조되었다. 표 29의 마지막 3개의 펩타이드(SSX-2, MORC, MAGE-B1)는 환자의 종양에서 발현이 직접 측정되는 항원으로부터 설계되었다.
환자 BRC05를 위한 백신 펩타이드
BRC05 백신 펩타이드s 표적 항원 항원 발현 20mer 펩타이드 MAXHLA 클래스 I MAXHLA 클래스 II
PBRC05_P1 SPAG9 88% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 4
PBRC05_P2 AKAP4 85% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 4
PBRC05_P3 MAGE-A11 59% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
PBRC05_P4 NY-SAR-35 49% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
PBRC05_P5 FSIP1 49% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
PBRC05_P6 NY-BR-1 47% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 4
PBRC05_P7 MAGE-A9 44% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
PBRC05_P8 SCP-1 38% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 6
PBRC05_P9 MAGE-A1 37% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
PBRC05_P10 MAGE-C2 21% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
PBRC05_P11 MAGE-A12 13% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 4
PBRC05_P12 SSX-2 6% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 1
PBRC05_P13 MORC ND XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 4
PBRC05_P14 MAGE-B1 ND XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 3
Note: 굵은 빨간은 CD8 PEPI를 의미하고, 밑줄은 means 최상의 결합 CD4 대립유전자를 의미한다.
T 세포 반응은 펩타이드 PBRC05_P1, PBRC05_P2, PBRC05_P3, PBRC05_P4, PBRC05_P5, PBRC05_P6, PBRC05_P7의 혼합물로 1 차 백신 접종 2 주 후 말초 단핵 세포에서 측정되었다.
항원 특이적 T 세포 반응: 스팟 수(Number of spots)/300,000 PBMC
항원 자극제(Stimulant) Exp1 Exp2 평균
SPAG9 PBRC05_P1 2 1 1.5
AKAP4 PBRC05_P2 11 4 7.5
MAGE-A11 PBRC05_P3 26 32 29
NY-SAR-35 PBRC05_P4 472 497 484.5
FSIP1 PBRC05_P5 317 321 319
NY-BR-1 PBRC05_P6 8 12 10
MAGE-A9 PBRC05_P7 23 27 25
None 음성 대조군(DMSO) 0 3 1.5
상기 결과는 7개의 펩타이드를 가지는 단일 면역화(immunization)가 탁월한(potent) MAGE-A11, NY-SAR-35, FSIP1 및 MAGE-A9 특이적 T 세포 반응을 나타내는 7개의 펩타이드중 3개에 대해 탁월한 T 세포 반응을 유도함을 보여준다. AKAP4 및 NY-BR-1에 대해서는 약한 반응이 있었고 SPAG9에 대해서는 반응이 없었다.
실시예 20 - 초기 전이성 유방암 환자의 치료를 위한 개인화된 면역요법조성물
병력: 2011년 신생물로 인한 왼쪽 유방 절제술(excision). 치료: 아로마타제 억제제(aromatase inhibitor) 및 요추 조사(lumbar spine irradiation) (osseal mets).
2017 년에, PIT 백신 치료가 투여되기전, 전이성 병변이 오른쪽 3 번째 갈비뻐 및 오른쪽 5 번째 갈비뼈의 배쪽 궁(ventral bow)에서 관찰되었다. 왼쪽 유방에서 악성 종양의 재발은 배제되었다. 오른쪽 액와 림프절 전이가 있는 악성종양(malignancy)가 존재할 수 있다.
실시예 20의 환자를 위한 백신 펩타이드
환자의 백신 펩타이드 표적 항원 항원 발현 20mer 펩타이드 MAXHLA CD8 MAXHLA CD4
PBRC04_P1 SPAG9 88% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 1
PBRC04_P2 AKAP4 85% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 4 4
PBRC04_P3 BORIS 71% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 2
PBRC04_P4 MAGE-A11 59% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 1
PBRC04_P6 NY-SAR-35 49% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 5
PBRC04_P7 FSIP1 49% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 6
PBRC04_P8 NY-BR-1 47% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 1
PBRC04_P10 LDHC 35% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 5
PBRC04_P11 GATA-3 31% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 1
PBRC04_P13 Survivin 71% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 2
PBRC04_P14 MAGE-C1 12% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 8
PBRC04_P15 PRAME 55% XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3 5
환자는 2 주기의 PIT 백신을 얻었다.
실시예 21 - 독성의 특성- immunoBLAST
자가 면역과 같은 독성 면역 반응을 유도 할 수 있는 가능성을 결정하기 위해 임의의 항원에 대한 수행을 위한 방법이 개발되었다. 상기 방법은 본원에서 immunoBLAST로 지칭된다.
PolyPEPI1018은 6 개의 30-mer 폴리펩타이드를 포함한다. 각각의 폴리펩타이드는 CRC에서 발현된 항원으로부터 유래된 2개의 15-mer 펩타이드 단편으로 이루어진다. 네오에피토프는 2개의 15-mer 펩타이드의 접합 부위(joint region)에서 생성될 수 있으며, 건강한 세포에 대해 원하지 않는 T 세포 반응을 유도할 수 있다(자가 면역). 이것은 immunoBLAST 방법론을 사용하여 평가되었다.
PolyPEP1018의 30-mer 조성물 각각에 대한 16-mer 펩타이드를 설계 하였다. 각 16-mer는 30-mer의 첫 번째 15개 잔기의 끝에서 8개의 아미노산을 포함하고 30-mer의 두 번째 15개 잔기의 시작에서 8개의 아미노산을 포함하므로, 두 15-mer는 접합 부위에 정확하게 걸쳐있다. 단백질 서열을 서열 데이터베이스와 비교하고 매치(matches)의 통계적 의미를 계산하기 위한 BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)를 사용하여, 이들 16-mer는 인간 서열과 국소 유사성의 교차 반응 영역을 확인하기 위해 분석된다. 8-mer의 길이는 펩타이드가 에피토프를 형성하는데 필요한 최소한의 길이를 나타내며, HLA 결합동안 앵커 포인트(anchor point) 사이의 거리이기 때문에, 16-mer 내에서 8-mer는 시험 길이로 선택되었다.
도 16에 도시돤 바와 같이, 폴리펩타이드에서 아미노산의 위치는 번호가 매겨진다. HLA 결합하고 네오에피토프를 형성할 수 있는 잠재적인 9-mer 펩타이드의 시작 위치는 위치 8 - 15의 8개 아미노산이다. 약제학적 활성 에피토프를 형성할 수 있는 15-mer에 의해 보유되는(harbored) 종양 항원 유래 펩타이드의 시작 위치는 포지션 1 - 7 및 16 - 22 의 7+7=14 아미노산이다. 가능한 네오에피트프 생성 펩타이드의 비율은 36.4 %(8/22)이다.
PEPI3+ 테스트는 접합 부위의 9-mer 에피토프 중에서 네오에피토프와 neoPEPI를 확인하기 위해 사용되었다. 원하지 않는 T 세포 반응을 유도하는 PolyPEPI1018의 위험은 접합 부위의 9-mer 중 PEPI3+를 가진 대상의 비율을 결정함으로써 모델 집단에서 433 명의 대상에서 평가되었다. 네오에피토프 / neoPEPI 분석의 결과는 표 33에 요약되었다. 모델 집단의 433 명의 대상에서, 세포내 가공에 의해 생성될 수 있는 평균 예측된 에피토프 수는 40.12였다. 네오에피토프는 빈번하게 생성되었다; 40.12 중에서 11.61 (28.9%) 에피토프는 네오에피토프였다. 대부분의 펩타이드는 네오에피토프로 확인될 수 있지만, 네오에피토프를 나타내는 대상의 수는 다양하였다.
PolyPEPI1018에 의해 보유되는(harbored) 에피토프는 평균 5.21의 PEPI3+를 생성한다. 이들 PEPI는 대상에서 T 세포를 활성화시킬 수 있다. 잠재적인 neoPEPI의 양은 네오에피토프보다 훨씬 낮다(3.7 %). 이들 neoPEPI가 몇몇 대상에서 PEPI와 함께 T 세포 활성화에 대해 경쟁할 가능성은 거의 없다. 중요하게, 활성화된 neoPEPI 특이적 T 세포는 건강한 조직에서는 표적이 없다.
PolyPEPI1018의 잠재적인 네오에피토프 확인
PolyPEPI1018
펩타이드 ID: 		잠재적인 네오에피토프 모델 집단에서 433명 대상에서 에피토프 & PEPI3+ 결합
에피토프 결합(1 x HLA) PEPI3+ 결합 (3 x HLA)
Sub# Sub% NeoEPI NeoEPI
카운트 		Sub# Sub% NeoPEPI NeoPEPI 카운트
CRC-P1 QFPVSEGKS 0 0.0% 7 0 0.0% 3
FPVSEGKSR 160 37.0% X 1 0.2% X
PVSEGKSRY 150 34.6% X 0 0.0%
VSEGKSRYR 194 44.8% X 1 0.2% X
SEGKSRYRA 113 26.1% X 0 0.0%
EGKSRYRAQ 77 17.8% X 0 0.0%
GKSRYRAQR 37 8.5% X 0 0.0%
KSRYRAQRF 337 77.8% X 33 7.6% X
CRC-P2 IELKHKART 32 7.4% X 7 0 0.0% 1
ELKHKARTA 63 14.5% X 0 0.0%
LKHKARTAK 59 13.6% X 0 0.0%
KHKARTAKK 166 38.3% X 1 0.2% X
HKARTAKKV 0 0.0% 0 0.0%
KARTAKKVR 70 16.2% X 0 0.0%
ARTAKKVRR 134 30.9% X 0 0.0%
RTAKKVRRA 41 9.5% X 0 0.0%
CRC-P3 EFSMQGLKD 0 0.0% 5 0 0.0% 1
FSMQGLKDE 188 43.4% X 0 0.0%
SMQGLKDEK 138 31.9% X 0 0.0%
MQGLKDEKV 16 3.7% X 0 0.0%
QGLKDEKVA 0 0.0% 0 0.0%
GLKDEKVAE 0 0.0% 0 0.0%
LKDEKVAEL 186 43.0% X 3 0.7% X
KDEKVAELV 51 11.8% X 0 0.0%
CRC-P6 LLALMVGLK 252 58.2% X 7 0 0.0% 1
LALMVGLKD 86 19.9% X 0 0.0%
ALMVGLKDH 65 15.0% X 0 0.0%
LMVGLKDHR 97 22.4% X 0 0.0%
MVGLKDHRI 67 15.5% X 0 0.0%
VGLKDHRIS 0 0.0% 0 0.0%
GLKDHRIST 4 0.9% X 0 0.0%
LKDHRISTF 195 45.0% X 5 1.2% X
CRC-P7 PALFKENRS 0 0.0% 5 0 0.0% 1
ALFKENRSG 0 0.0% 0 0.0%
LFKENRSGA 41 9.5% X 0 0.0%
FKENRSGAV 114 26.3% X 0 0.0%
KENRSGAVM 261 60.3% X 0 0.0%
ENRSGAVMS 0 0.0% 0 0.0%
NRSGAVMSE 227 52.4% X 0 0.0%
RSGAVMSER 197 45.5% X 2 0.5% X
CRC-P8 AVLTKKFQK 181 41.8% X 7 0 0.0% 3
VLTKKFQKV 208 48.0% X 2 0.5% X
LTKKFQKVN 0 0.0% 0 0.0%
TKKFQKVNF 25 5.8% X 0 0.0%
KKFQKVNFF 250 57.7% X 12 2.8% X
KFQKVNFFF 273 63.0% X 23 5.3% X
FQKVNFFFE 163 37.6% X 0 0.0%
QKVNFFFER 110 25.4% X 0 0.0%
약어: CRC = 결장직장암(colorectal cancer); HLA = 인간 백혈구 항원(human leukocytic antigen); PEPI　=　개인 에피토프(personal epitope)
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Claims (64)

  1. 특정 인간 대상에 대해 면역원성인 폴리펩타이드의 단편을 확인하거나 폴리펩타이드 또는 폴리펩타이드의 단편이 특정 인간 대상(subject)에게 면역원성인지 여부를 예측하기 위하여 정보를 제공하는 방법으로서, 하기의 단계를 포함하는 방법:
    (i) 폴리펩타이드가 다음을 포함하는지 여부를 결정하는 단계:
    (a) 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열; 또는
    (b) 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열; 및
    (ii) (I) 상기 서열을 대상에 대해 면역원성인 폴리펩타이드의 단편으로서 확인하는 단계; 또는
    (II) 다음을 예측하는 단계:
    A. 폴리펩타이드가 단계 (i)의 요구를 충족하는 적어도 하나의 서열을 포함하는 경우, 폴리펩타이드가 대상에 대해 면역원성인 것; 또는
    B. 폴리펩타이드가 단계 (i)의 요구를 충족하는 적어도 하나의 서열을 포함하지 않는 경우 폴리펩타이드가 대상에 대해 면역원성이 아닌 것.

  2. 제 1항에 있어서,
    (a) 상기 T 세포 에피토프는 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있으며 폴리펩타이드의 9개의 연속(consecutive) 아미노산으로 이루어지는 것;
    (b) 상기 T 세포 에피토프는 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있으며 폴리펩타이드의 15개의 연속 아미노산으로 이루어지는 것; 또는
    (c) 상기 단계 (i)는 폴리펩타이드가 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 것을 결정하는 단계 및 대상의 적어도 1 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 폴리펩타이드의 단편을 확인하는 단계를 추가로 포함하는 것으로, 상기 HLA클래스 II 결합 에피토프는 HLA 클래스 I 결합 T 세포 에피토프의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 방법.
  3. 제 1 항에 있어서, 다음과 같은 방법:
    (I) 상기 폴리펩타이드는 다음과 같은 것:
    (a) 병원성 유기체(pathogenic organism), 바이러스 또는 암 세포에 의해 발현되거나, 자가 면역 질환(autoimmune disorder)과 관련되거나, 또는 알레르겐(allergen) 또는 약제학적 조성물의 성분(ingredient)인 것;
    (b) 표 2 내지 표 6에서 나열된 항원으로부터 선택되는것;
    (c) 암세포에 의해 발현되는 항원 또는 신생항원(neoantigen)인 것;
    (d) 암세포에 의해 발현되는 항원 또는 신생항원(neoantigen)인 것으로, 상기 암세포, 항원 또는 신생항원은 대상으로부터 채취한시료(sample)에 있는 것;
    (e) 돌연변이 신생항원(mutational neoantigen)인 것;
    (f) 돌연변이 신생항원(mutational neoantigen)인 것으로,
    A. 상기 신생항원은 대상으로부터 획득한 시료에 존재하는 것; 또는
    B. 면역원성 단편이 신생항원 특이적 돌연변이(mutation)를 포함하는 것; 또는
    (II) 상기 폴리펩타이드는 대상에서 자가면역 질환 또는 자가면역 반응과 연관되거나 또는 연관된 것으로 의심되는 것이며, 상기 폴리펩타이드가 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는지 여부를 결정하는 단계(determining)는 폴리펩타이드 또는 단편이 대상에서 면역원성 또는 자가면역 질환 또는 자가면역 반응과 연관된 것 인지 확인하는 것.
    　

  4. 제 1 항에 있어서, 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 폴리펩타이드의 모든 단편 또는 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 폴리펩타이드의 모든 단편이 확인되는 방법; 또는
    대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 폴리펩타이드의 모든 단편 또는 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 폴리펩타이드의 모든 단편은 확인된 것으로, 상기 방법은 특정 약제학적 조성물의 유효 성분(active ingredient)인 각각의 폴리펩타이드에 대해 반복되는 것인, 방법.

  5. 제 1 항 내지 제 4 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 대상이 유효성분으로 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드를 포함하는 약제학적 조성물, 키트, 또는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드의 적용에 대해 세포독성 T 세포 반응 또는 도움 T 세포 반응을 가지는지 여부를 예측하는 다음과 같은 단계를 추가로 포함하는 방법:
    A. 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 적어도 하나의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩타이드인 경우 세포독성 T 세포 반응은 예측되는 것;
    B. 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 적어도 하나의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩타이드인 경우 도움 T 세포 반응은 예측되는 것;
    C. 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩타이드가 아닌 경우 세포독성 T 세포 반응은 예측되지 않는 것; 또는
    D. 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩타이드가 아닌 경우 도움 T 세포반응은 예측되지 않는 것.
  6. 제5항에 있어서,
    (I) 상기 대상은 세포독성 T 세포 또는 도움 T 세포 반응을 가질 것으로 예측되는 것이고, 상기 방법은 대상이 대상에서 발현될 폴리펩타이드 항원을 표적으로 하는 세포독성 T 세포 반응 또는 도움 T 세포 반응을 가질 가능도(likelihood)를 결정하는 다음과 같은 단계(determine)를 추가적으로 포함하는 것:
    (i) 다음의 아미노산 서열을 포함하는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드 항원을 확인하는 단계:
    (a) 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 또는 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열; 및
    (b) 폴리펩타이드의 아미노산 서열에 포함되는 아미노산 서열; 및
    (ii) 대상이 대상에서 발현될 폴리펩타이드 항원을 표적으로 하는 세포독성T 세포 반응 또는 도움 T 세포 반응을 가질 가능도를 결정하기 위해 단계 (i)에서 확인된 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드에 대한 집단 발현 빈도 데이터를 사용하는 단계; 또는
    (II) 상기 폴리펩타이드는 약제학적 조성물의 구성요소(component) 또는 체크포인트 억제제(checkpoint inhibitor)이고, 상기 방법은 대상이 폴리펩타이드 적용에 대해 항-약물 항체 (anti-drug antibodies,ADA)를 발현(develop)할 가능도를 결정하는 단계를 포함하는 것으로, T 도움 세포 반응이 예측되는 경우 T 도움세포 반응이 예측되지 않는 경우보다 ADA를 발현할 가능성이 높은 것에 해당하는 것인, 방법.

  7. 제 1 항 내지 제 4 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 다음과 같은 단계를 추가적으로 포함하는 것인 방법:
    　(I) 대상이 약제학적 조성물, 키트 또는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드를 유효성분으로 포함하는 폴리펩타이드의 패널의 적용에 대해 임상반응을 가지는지 여부를 예측하는 다음과 같은 단계
    (i)하나 또는 그 이상의 유효 성분 폴리펩타이드가 각각 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 적어도 2개의 상이한 아미노산 서열을 함께 포함할 수 있는지 여부에 대해 결정하는 단계;
    (ii) 하나 또는 그이상의 유효 성분 폴리펩타이드가 각각 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 적어도 2개의 상이한 서열을 함께 포함하는 경우 대상이 약제학적 조성물, 키트 또는 폴리펩타이드의 패널의 적용에 대해 임상반응을 가질 것으로 예측하고 하나 또는 그이상의 유효 성분 폴리펩타이드가 각각 대상의 적어도 3개의 HLA클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 1개 이하의 서열을 함께 포함하는 경우 대상이 약제학적 조성물, 키트 또는 폴리펩타이드의 패널의 적용에 대해 임상반응을 가지지 않을 것으로 예측하는 단계; 또는
    (II) 특정 인간 대상이 약제학적 조성물, 키트 또는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드를 유효성분으로 포함하는 폴리펩타이드의 패널의 적용에 임상반응을 가질 가능도를 결정하는 다음과 같은 단계:
    (1) 다음과 같은 요인으로 임상반응의 가능도를 결정:
    (a) 유효성분 폴리펩타이드에 존재하는 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열 또는 상이한 아미노산 서열의 수가 높을수록 아미노산 서열의 수가 낮은 경우보다 임상반응의 가능도가 높은 것으로 결정;
    (b) 다음의 같은 특징을 모두 갖는 적어도 하나의 아미노산 서열을 포함하는 표적 폴리펩타이드 항원의 수가 높을수록 낮은 경우보다 임상반응의 가능도가 높은 것으로 결정;
    A. 아미노산 서열은 유효 성분 폴리펩타이드에 포함되는 것; 및
    B. 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자와 결합 할 수 있는 T 세포 에피토프(epitope)인 것, 아미노산 서열은 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자와 결합할 수 있는 T 세포 에피토프이고 표적 폴리펩타이드 항원은 대상에서 발현된 것인 것, 또는 아미노산 서열은 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자와 결합할 수 있는 T 세포 에피토프이고 표적 폴리펩타이드 항원은 대상으로부터 획득한 하나 또는 그 이상의 시료(sample)에 있는 것인 것;
    (c) 대상이 표적 폴리펩타이드 항원을 발현할 확률이 높을수록, 임계수(threshold number)의 표적 폴리펩타이드 항원을 발현할 확률이 높을수록, 또는 다음의 특징을 모두 갖는 적어도 하나의 아미노산 서열을 포함하는 표적 폴리펩타이드를 발현할 확률이 높을수록 확률이 낮은 경우보다 임상반응의 가능도가 높은 것으로 결정:
    A. 아미노산 서열은 유효 성분 폴리펩타이드에 포함되는 것; 및
    B. 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자와 결합 할 수 있는 T 세포 에피토프(epitope)인 것; 또는
    (d) 대상이 발현할 것으로 예측되는 표적 폴리펩타이드 항원의 수가 높을수록, 대상이 임계 확률(threshold probability)로 발현하는 표적 폴리펩타이드 항원의 수가 높을수록, 또는 대상이 발현하는 다음의 특징을 모두 갖는 적어도 하나의 아미노산 서열을 포함하는 표적 폴리펩타이드 항원의 수가 높을수록 수가 낮은 경우보다 임상반응의 가능도가 높은 것으로 결정:
    A. 아미노산 서열은 유효 성분 폴리펩타이드에 포함되는 것; 및
    B. 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자와 결합 할 수 있는 T 세포 에피토프(epitope)인 것; 또는
    (2) 상기 방법은 다음과 같은 단계를 포함하는 것:
    (i) 유효 성분 폴리펩타이드에 의해 표적화 되는 폴리펩타이드 항원이 다음과 같은 특징을 모두 갖는 아미노산 서열을 포함하는지 여부를 확인하는 단계:
    A. 아미노산 서열은 유효 성분 폴리펩타이드에 포함되는 것; 및
    B. 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자와 결합 할 수 있는 T 세포 에피토프(epitope)인 것;
    (ii) 단계 (i)에서 확인된 각각의 항원에 대한 집단 발현 데이터(population expression date)를 사용하여 대상이 단계 (i)의 적어도 2개의 상이한 아미노산 서열을 함께 포함하는 것으로 확인된 1개 이상의 항원을 발현할 확률을 결정하는 단계, 또는 단계 (i)에서 확인된 각각의 항원에 대한 집단 발현 데이터(population expression date)를 사용하여 대상이 단계 (i)의 적어도 2개의 상이한 아미노산 서열을 함께 포함하는 것으로 확인된 2개 이상의 항원을 발현할 확률을 결정하는 단계; 및
    (iii) 약제학적 조성물, 키트 또는 폴리펩타이드 패널의 적용시 대상이 임상반응을 가질 가능도를 결정하는 단계로, 단계 (ii)에서 결정된 확률이 높을수록 확률이 낮은 경우보다 임상반응의 가능도가 높은 것에 해당하는 것인 단계; 또는
    (3) 다음과 같은 요인으로 임상반응의 가능도를 결정:
    (a) 유효성분 폴리펩타이드에 존재하는 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는각각의 T 세포 에피토프인 아미노산 서열 또는 상이한 아미노산 서열의 수가 높을수록 아미노산 서열의 수가 낮은 경우보다 임상반응의 가능도가 높은 것으로 결정;
    (b) 다음의 특징을 모두 갖는 적어도 하나의 아미노산 서열을 포함하는 표적 폴리펩타이드 항원의 수가 높을수록 낮은 경우보다 임상반응의 가능도가 높은 것으로 결정
    A. 아미노산 서열은 유효 성분 폴리펩타이드에 포함되는 것; 및
    B. 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자와 결합 할 수 있는 T 세포 에피토프(epitope), 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자와 결합 할 수 있는 T 세포 에피토프(epitope)이고 표적 폴리펩타이드 항원은 대상에서 발현되는 것인 것, 또는 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자와 결합 할 수 있는 T 세포 에피토프(epitope)이고 상기 표적 폴리펩타이드 항원은 대상으로부터 획득한 하나 또는 그 이상의 시료(sample)에 있는 것인 것;
    (c) 다음을 포함하는 표적 폴리펩타이드 항원의 수가 높을수록 수가 낮은 경우보다 임상반응의 가능도가 높은 것으로 결정
    i. 다음 모두에 해당하는 적어도 하나의 아미노산 서열:
    A. 아미노산 서열은 유효 성분 폴리펩타이드에 포함되는 것; 및
    B. 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 것;및
    ii. 다음 모두에 해당하는 적어도 하나의 아미노산 서열:
    A. 아미노산 서열은 유효 성분 폴리펩타이드에 포함되는 것; 및
    B. 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 것;
    (d) 대상이 표적 폴리펩타이드 항원을 발현할 확률이 높을수록, 또는 대상이 임계수의 다음 모두에 해당하는 적어도 하나의 아미노산 서열을 포함하는 표적 폴리펩타이드 항원을 발현할 확률이 높을수록 확률이 낮은 경우보다 임상반응의 가능도가 높은 것으로 결정:
    A. 아미노산 서열은 유효 성분 폴리펩타이드에 포함되는 것; 및
    B. 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 것;
    (e) 대상이 표적 폴리펩타이드 항원을 발현할 확률이 높을수록, 또는 대상이 임계수의 다음을 포함하는 표적 폴리펩타이드 항원을 발현할 확률이 높을수록 확률이 낮은 경우보다 임상 반응의 가능도가 높은 것으로 결정:
    i. 다음 모두에 해당하는 적어도 하나의 아미노산 서열
    A. 아미노산 서열은 유효 성분 폴리펩타이드에 포함되는 것; 및
    B. 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 것;및
    ii. 다음 모두에 해당하는 적어도 하나의 아미노산 서열
    A. 아미노산 서열은 유효 성분 폴리펩타이드에 포함되는 것; 및
    B. 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 것;
    (f) 대상이 발현할 것으로 예측되는 표적 폴리펩타이드 항원의 수가 높을수록, 또는 대상이 임계 확률로 발현하는 다음 모두에 해당하는 아미노산 서열을 포함하는 표적 폴리펩타이드 항원의 수가 높을수록 수가 낮은 경우보다 임상반응의 가능도가 높은 것으로 결정:
    A. 아미노산 서열은 유효 성분 폴리펩타이드에 포함되는 것; 및
    B. 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 것; 또는
    (g) 대상이 발현할 것으로 예측되는 표적 폴리펩타이드항원의 수가 높을수록, 또는 대상이 임계 확률로 발현하는 다음을 포함하는 표적 폴리펩타이드 항원의 수가 높을수록 수가 낮은 경우보다 임상반응의 가능도가 높은 것으로 결정:
    i. 다음 모두에 해당하는 적어도 하나의 아미노산 서열
    A. 아미노산 서열은 유효 성분 폴리펩타이드에 포함되는 것; 및
    B. 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 것; 및
    ii. 다음 모두에 해당하는 적어도 하나의 아미노산 서열
    A. 아미노산 서열은 유효 성분 폴리펩타이드에 포함되는 것; 및
    B. 아미노산 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 것인, 방법.

  8. 제 7 항에 있어서,
    (I) 상기 방법은 하나 또는 그 이상의 추가 약제학적 조성물, 키트 또는 폴리펩타이드의 패널에 대해 반복하는 단계 및 대상에 임상 반응을 유도할 가능도에 의해 상기 조성물, 키트 또는 폴리펩타이드의 패널을 순위화하는(ranking) 단계를 추가로 포함하는 것; 또는
    (II) 상기 방법은 폴리펩타이드, 약제학적 조성물, 키트 또는 폴리펩타이드의 패널의 적용이 대상에 독성 면역 반응을 유도하는지 여부에 대해 예측하는 다음과 같은 단계를 추가로 포함하는 것인 방법:
    (a) 상기 폴리펩타이드가 다음에 해당하는 적어도 하나의 아미노산 서열을 포함하면 독성 면역 반응이 예측되는 것으로 판단하는 단계;
    i. 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I에 결합할 수 있는 아미노산 서열; 및
    ii. 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드의 단편에 해당하는 아미노산 서열; 또는
    (b) 상기 폴리펩타이드가 다음에 해당하는 적어도 하나의 아미노산 서열을 포함하지 않으면 독성 면역 반응이 예측되지 않는 것으로 판단하는 단계;
    i 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 에 결합할 수 있는 아미노산 서열; 및
    ii. 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드의 단편에 해당하는 아미노산 서열.

  9. 제 1 항 내지 제 4 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 다음과 같은 대상이 암 치료를 위한 체크포인트 억제제 적용에 대해 임상반응을 가지는지 여부를 예측하는 단계를 추가적으로 포함하는 것인 방법:
    (i) 암과 관련된 하나 또는 그 이상의 항원이 각각 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 적어도 2개의 상이한 아미노산 서열을 포함하는지 여부를 결정하는 단계; 및
    (ii) 암과 관련된 하나 또는 그 이상의 항원이 각각 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 적어도 2개의 상이한 서열을 함께 포함하는 경우 대상이 체크포인트 억제제 적용에 대해 임상반응을 가질 것으로 예측하고 . 암과 관련된 관련된 하나 또는 그 이상의 항원이 각각 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 1개 이하의 서열을 함께 포함하는 경우 대상이 체크포인트 억제제 적용에 대해 임상반응을 가지지 않을 것으로 예측하는 단계.

  10. 제9항에 있어서, 상기 방법은 대상이 암 치료를 위해 체크포인트 억제제 적용에 대해 임상반응을 가질 가능도를 결정하는 다음과 같은 단계를 추가적으로 포함하는 방법:
    (i) 대상의 암 유형과 관련된 복수의(a plurality of) 폴리펩타이드 항원을 선택하는 단계;
    (ii) 상기 암 관련 항원 중 어느 것이 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는지 확인하는 단계; 및
    (iii) 대상이 암을 치료하기 위한 체크포인트 억제제의 적용에 대해 임상반응을 가질 가능도를 결정하기 위해 (ii)단계에서 확인된 각각의 암 관련 항원에 대한 집단 발현 데이터를 사용하는 단계로서, 대상이 각각 대상의 적어도 3개의 HLA클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 적어도 2개의 아미노산 서열을 함께 포함하는 단계 (ii)에서 확인된 하나 또는 그 이상의 암 관련 항원을 발현할 경우 발현하지 않는 경우보다 체크포인트 억제제의 적용에 대해 임상반응을 가질 가능도가 높은 것에 해당하는 것.

  11. 체크포인트 억제제를 포함하는 암 치료를 필요로 하는 인간 대상의 암 치료용 약제학적 조성물로, 상기 대상은 제 9 항에 따른 방법에 의한 체크포인트 억제제의 적용에 대해 반응하거나 반응할 가능성이 (likely to respond) 있는 것으로 예측되는 것인, 약제학적 조성물.

  12. 다음 단계를 포함하는, 특정 인간 대상의 치료 또는 예방적 치료에 사용되는 특정 인간 대상 특이적 약제학적 조성물의 제조 방법:
    (i) 청구항 제 1 항 내지 제 3 항 중 어느 한 항의 방법으로 대상에 대해 면역원성인것으로 확인된 폴리펩타이드 단편을 선택하는 단계;
    (iii) 폴리펩타이드의 최대 50개의 연속 아미노산을 제1 서열로 선택하는 단계로서, 상기 연속 아미노산은 단계 (i)에서 선택되는 단편의 아미노산 서열을 포함하는 것;
    (iv) 단계 (i) 내지 (ii)을 반복하여 제1 아미노산 서열과 동일하거나 상이한 폴리펩타이드의 최대 50 개의 연속 아미노산을 제2 아미노산 서열로 선택하는 단계; 및
    (vi) 이전 단계들에서 선택된 모든 아미노산 서열을 함께 포함하는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드(active ingredients one or more polypeptides)를 유효성분으로 포함하는 대상 특이적 약제학적 조성물을 제조하는 단계.

  13. 다음 단계를 포함하는, 특정 인간 대상의 치료 또는 예방적 치료에 사용되는 인간 대상 특이적 약제학적 키트의 제조 방법:
    (i) 청구항 제1 항 내지 제3 항 중 어느 한 항의 방법으로 대상에 대해 면역원성인 것으로 확인된 폴리펩타이드 단편을 선택하는 단계;
    (iii) 폴리펩타이드의 최대 50개의 연속 아미노산을 제1 서열로 선택하는 단계로서, 상기 연속 아미노산은 단계 (i)에서 선택되는 단편의 아미노산 서열을 포함하는 것;
    (iv) 단계 (i) 내지 (ii)을 반복하여 제1 아미노산 서열과 동일하거나 상이한 폴리펩타이드의 최대 50 개의 연속 아미노산을 제2 아미노산 서열로 선택하는 단계; 및
    (vi) 이전 단계들에서 선택된 모든 아미노산 서열을 함께 포함하는 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드(active ingredients one or more polypeptides)를 유효성분으로 포함하는 대상 특이적 약제학적 키트를 제조하는 단계.

  14. 제12항에 있어서, 상기 방법은 다음과 같은 단계 (ii)를 추가적으로 포함하고, 단계 (iii)의 연속 아미노산은 단계 (i)에서 선택된 단편 또는 단계 (ii)에서 선택된 긴 단편의 아미노산 서열을 포함하는 것인 방법:
    (ii) 단계(i)에서 선택된 단편이 HLA 클래스 I 결합 에피토프인 경우, 다음에 해당하는 폴리펩타이드의 긴 단편(longer fragment)을 선택하는 단계:
    a. 긴 단편은 단계(i)에서 선택된 단편을 포함하는 것; 및
    b. 긴 단편은 대상의 적어도 3개 또는 가능한 많은 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 것.

  15. 제12항에 있어서, 다음과 같은 단계 (v)를 추가적으로 포함하는 방법:
    (v) 단계(i) 내지 단계(iii)을 반복하여 제1 및 제2 아미노산 서열과 동일하거나 상이한 폴리펩타이드의 최대 50개의 연속 아미노산을 하나 이상의 추가 아미노산 서열로 선택하는 단계.

  16. 제 12 항에 있어서, 상기 폴리펩타이드는 다음과 같은, 방법:
    (a) 각 폴리펩타이드는 선택된 아미노산 서열 중 하나로 이루어지거나, 또는 단일 펩타이드에서 끝에서 끝까지(end to end) 배열되거나 오버래핑(overlapping)되는 둘 또는 그 이상의 선택된 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 것; 또는
    (b) 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드는 다음의 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩타이드를 제거하기 위해 스크리닝된 것:
    (i) 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드의 단편에 해당하는 아미노산 서열; 또는
    (ii) 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드의 단편에 해당하며 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열.

  17. 제 12 항에 따라 제조된, 특정 인간 대상에서 면역 반응을 유도하는 특정 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.

  18. 제13항에 따라 제조된, 특정 인간 대상에서 면역 반응을 유도하는 특정 인간 대상 특이적 약제학적 키트.
  19. 다음을 포함하는 특정 인간 대상의 치료 또는 예방적 치료에 사용하기 위한 특정 인간 대상 특이적 약제학적 조성물:
    (a) 다음 펩타이드를 포함하는 폴리펩타이드 패널 또는 폴리펩타이드 패널을 인코딩하는 핵산 분자:
    제1 및 제2 펩타이드로서, 상기 각각의 펩타이드는 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자 또는 적어도 3개의 HLA클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 것이며, 제 1 및 제 2 펩타이드의 T 세포 에피토프 아미노산 서열은 각각 상이한 것; 또는
    (b) 다음 영역을 포함하는 폴리펩타이드 또는 폴리펩타이드를 인코딩하는 핵신 분자:
    제1 영역(region) 및 제 2 영역으로서, 상기 각각의 영역은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자 또는 적어도 3개의 HLA클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 것이며, 제 1 및 제 2영역의 T 세포 에피토프 아미노산 서열은 각각 상이한 것.
  20. 다음을 포함하는 특정 인간 대상의 치료 또는 예방적 치료에 사용하기 위한 인간 대상 특이적 약제학적 키트:
    (a) 다음을 포함하는 폴리펩타이드 패널 또는 폴리펩타이드 패널을 인코딩하는 핵산 분자:
    제1 및 제2 펩타이드로서, 상기 각각의 펩타이드는 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자 또는 적어도 3개의 HLA클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 것이며, 제 1 및 제 2 펩타이드의 T 세포 에피토프 아미노산 서열은 각각 상이한 것; 또는
    (b) 다음을 포함하는 폴리펩타이드 또는 폴리펩타이드를 인코딩하는 핵신 분자:
    제 1 영역(region) 및 제 2 영역으로서, 상기 각각의 영역은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자 또는 적어도 3개의 HLA클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 것이며, 제 1 및 제 2영역의 T 세포 에피토프 아미노산 서열은 각각 상이한 것.
  21. 제 19 항에 있어서, 상기 펩타이드 또는 영역은 다음과 같은 약제학적 조성물:
    (a) 대상의 적어도 하나의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 것으로, 상기 HLA 클래스 II 결합 T 세포 에피토프는 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 것;
    (b) 다음의 아미노산 서열을 포함하지 않는 것:
    (i) 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드의 단편에 해당하는 아미노산 서열; 또는
    (ii) 건강한 세포에서 발현되는 인간 폴리펩타이드의 단편에 해당하는 아미노산 서열이며 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프; 또는
    (c) 다음의 최대 50개의 연속 아미노산의 폴리펩타이드 서열을 포함하는 것:
    A. 병원성 유기체 또는 바이러스 또는 암세포에 의해 발현되거나, 자가 면역질환과 관련되거나, 또는 알레르겐(allergen)인 폴리펩타이드의 최대 50개의 연속 아미노산 서열으로, 상기 서열은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 또는 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 펩타이드 또는 영역의 T 세포 에피토프를 포함하는 것;
    B. 표 2 내지 표 6에서 나열된 항원으로부터 선택되는 것;
    C. 암 세포에 의해 발현되는 항원 또는 신생항원, 또는 대상에서 채취된 샘플에 포함된 암 세포에 의해 발현되는 항원 또는 신생항원인 것.; 또는
    D. 돌연변이 신생항원, 대상에서 채취된 샘플에 포함된 돌연변이 신생항원, 또는T 세포 에피토프 각각이 신생항원 특이적 돌연변이를 포함하는 돌연변이 신생항원인 것.
  22. 제21항에 있어서, 상기 (c)의,
    (a) 최대 50개의 연속 아미노산의 폴리펩타이드 서열 하나 또는 그 이상, 또는 각각은 아미노산 서열의 일부가 아닌 추가 아미노산에 의해 N 말단, C 말단, 또는 N 말단 및 C 말단(terminus) 측면에 위치하는 것;
    (b) 최대 50개의 연속 아미노산의 폴리펩타이드 서열 둘 또는 그 이상, 또는 각각은 상이한 폴리펩타이드로부터 유래한 것;
    (c) 최대 50개의 연속 아미노산 서열의 폴리펩타이드 서열 하나 또는 그 이상, 또는 각각은 다음의 아미노산 서열을 포함하는 것;
    (i) 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 포함하는 아미노산 서열; 및
    (ii) 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열, 또는 (i)의 대상의HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 에피토프이며 최대한의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열; 또는
    (d) 하나 또는 그 이상, 또는 각각의 펩타이드 또는 폴리펩타이드 패널은
    (i) 병원성 유기체(pathogenic organism), 바이러스, 또는 암세포에 의해 발현되거나, 자가 면역 질환과 관련되거나, 또는 알레르겐(allergen)인 폴리펩타이드로부터의 최대 50 개의 연속 아미노산 서열 중 하나로 이루어지거나; 또는
    (ii) 단일 펩타이드에서 끝에서 끝까지(end to end) 배열되거나 오버래핑(overlapping)되는 둘 또는 그 이상의 선택된 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 것.
  23. 암 치료용, 또는 화학요법(chemotherapy), 표적 요법(targeted therapy) 또는 체크포인트 억제제(checkpoint inhibitor)와 조합하여 적용되는 것을 위한 제19 항, 제21항, 또는 제 22 항에 따른 특정 인간 대상 특이적 약제학적 조성물.
  24. 대상의 적어도 3 개의 HLA 클래스 I 분자 또는 적어도 3 개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 선택하는 단계, 및 선택된 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩타이드를제조하는 단계를 포함하는 특정 인간 대상에서 면역 반응을 유도하기 위한 폴리펩타이드를 제조하는 방법.
  25. 제 24 항에 있어서, 상기 방법은 다음에 해당하는 것인, 방법:
    (a) 특정 인간 대상에 세포독성 T 세포 반응을 유도하기 위한 폴리펩타이드를 제조하는 방법으로, 상기 방법은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 I분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 선택하는 단계 및 선택된 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩타이드를 제조하는 단계를 포함하는 것인 방법; 또는
    (b) 특정 인간 대상에 도움 T 세포 반응을 유도하기 위한 폴리펩타이드를 제조하는 방법으로, 상기 방법은 대상의 적어도 3개의 HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 T 세포 에피토프인 아미노산 서열을 선택하는 단계 및 선택된 아미노산 서열을 포함하는 폴리펩타이드를 제조하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  26. 다음을 포함하는 장치:
    (a) 대상의 클래스 I 또는 클래스 II HLA 유전자형 및 하나 또는 그 이상의 테스트 폴리펩타이드의 아미노산 서열을 포함하는 데이터를 저장(store)하도록 구성된 저장 모듈(storage module); 및
    (b) 상기 저장 모듈에 저장된 데이터를 이용하여, 대상의 다수의(multiple) HLA 클래스 I 분자에 결합할 수 있는 또는 대상의 다수의(multiple) HLA 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 하나 또는 그 이상의 테스트 폴리펩타이드에서 아미노산 서열을 확인(identify) 또는 정량화(quantify)하도록 구성된 계산 모듈(computation module).



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