JP7612596B2 - Enpp3およびcd3に結合するヘテロ二量体抗体 - Google Patents
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Description
本出願は、2019年3月1日に出願された米国仮出願第62/812,922号および2019年11月1日に出願された同第62/929,687号の優先権を主張するものであり、これらの仮出願は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
CD3と腫瘍抗原標的とを同時連結させる抗二重特異性抗体は、標的腫瘍細胞を攻撃および溶解するようにT細胞をリダイレクトするために使用される。例としては、CD3と腫瘍抗原とを一価的に連結するBite(登録商標)およびDARTフォーマットが挙げられる。CD3標的化アプローチはかなりの見込みを示しているが、そのような治療法の一般的な副作用は、関連するサイトカインの産生であり、しばしば毒性サイトカイン放出症候群を引き起こす。二重特異性抗体の抗CD3結合ドメインはすべてのT細胞に連結するため、高サイトカイン産生CD4 T細胞サブセットが動員される。さらに、CD4 T細胞サブセットには制御性T細胞が含まれており、その動員および増殖は、免疫抑制をもたらし、長期的な腫瘍抑制に悪影響を与える可能性がある。さらに、これらのフォーマットはFcドメインを含有せず、患者の血清半減期が非常に短いことを示している。
本明細書に提供される抗体は、いくつかの異なるフォーマットで列挙されている。場合によっては、特定の抗体の各単量体には、固有の「XENP」番号が与えられるが、当該技術分野において離解されるように、より長い配列はより短いものを含み得る。例えば、1+1Fab-scFv-Fcフォーマット抗体の「scFv-Fc」単量体は第1のXENP番号を有し得るが、scFvドメイン自体は異なるXENP番号を有する。いくつかの分子には3つのポリペプチドがあるため、XENP番号が構成要素とともに名称として使用される。したがって、2+1Fab2-scFv-Fcフォーマットの分子XENP29520は、3つの配列(図19Aを参照されたい)「Fab-Fc重鎖」単量体;2)「Fab-scFv-Fc重鎖」単量体;および3)「軽鎖」単量体または同等物を含むが、当業者であれば、配列アラインメントを通してこれらを容易に同定することができるであろう。これらのXENP番号は、配列表ならびに識別子にあり、図で使用される。さらに、3つの構成要素を含む1つの分子は、複数の配列識別子を生成する。例えば、Fabのリストは、完全な重鎖配列、可変重鎖ドメイン配列、および可変重鎖ドメイン配列の3つのCDR、完全な軽鎖配列、可変の軽鎖ドメイン配列、および可変軽鎖ドメイン配列の3つのCDRを含む。Fab-scFv-Fc単量体は、全長配列、可変重鎖ドメイン配列、3つの重鎖CDR配列、およびscFv配列(scFv可変重鎖ドメイン配列、scFv可変軽鎖ドメイン配列およびscFvリンカーを含む)を含む。本明細書ではいくつかのscFvドメインを有する分子の中は、単一の荷電scFvリンカー(+H)を使用するが、他のものを使用できることに留意されたい。さらに、特定の抗原結合ドメイン(例えば、ENPP3およびCD3結合ドメイン)の命名法は、「Hx.xx_Ly.yy」タイプのフォーマットを使用し、数字は特定の可変鎖配列に対する固有の識別子である。したがって、CD3結合ドメインAN1[ENPP3]H1L1のFab側の可変ドメイン(例えば、図12)は「H1L1」であり、これは、可変重鎖ドメインH1が軽鎖ドメインL1と組み合わされたことを示している。これらの配列がscFvとして使用される場合、名称「H1L1」は、可変重鎖ドメインH1が軽鎖ドメインL1と組み合わされ、NからC末端に向かってVH-リンカー-VL方向にあることを示す。重可変ドメインおよび軽可変ドメインの同一の配列を有するが逆の順序(VL-リンカー-VH方向、N末端からC末端に向かって)であるこの分子は、「L1_H1.1」と命名されるであろう。同様に、異なる構築物は、配列表および図から明らかになるように、重鎖および軽鎖を「混合および適合させる」ことができる。
本出願をより完全に理解できるようにするため、いくつかの定義を以下に示す。そのような定義は、文法的同等物を包含することを意図する。
一態様では、ENPP3抗原結合ドメイン(ABD)、および抗ENPP3抗体を含むそのようなENPP3抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物が本明細書で提供される。そのようなENPP3抗原結合ドメインを含む対象抗体(例えば、抗ENPP3×抗CD3二重特異性抗体)は、様々な異なる免疫応答を有利に誘発する(実施例5および6を参照されたい)。そのようなENPP3結合ドメインおよび関連する抗体は、例えば、ENPP3関連癌の治療に使用される。
一態様では、ENPP3に結合する抗体(例えば、抗ENPP3抗体)が本明細書で提供される。ある特定の実施形態では、抗体は、ヒトENPP3に結合する(図11A)。対象の抗ENPP3抗体には、単一特異性ENPP3抗体、および多重特異性(例えば、二重特異性)抗ENPP3抗体が含まれる。ある特定の実施形態では、抗ENPP3抗体は、図15A、15B、および52A~52Kに示される抗体フォーマットのうちのいずれか1つによるフォーマットを有する。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の抗体は、特定の生殖細胞系列重鎖免疫グロブリン遺伝子由来の重鎖可変領域および/または特定の生殖細胞系列軽鎖免疫グロブリン遺伝子由来の軽鎖可変領域を含む。例えば、そのような抗体は、特定の生殖細胞系列配列「の産物」であるまたはそれ「に由来する」重鎖または軽鎖可変領域を含むヒト抗体を含み得るかまたはそれからなり得る。ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列「の産物」であるまたはそれ「に由来する」ヒト抗体は、ヒト抗体のアミノ酸配列をヒト生殖細胞系列免疫グロブリンのアミノ酸配列と比較することと、ヒト抗体の配列に最も近い配列である(即ち、最も高い同一性%)ヒト生殖細胞系列免疫グロブリンを選択することとによって(本明細書に概説される方法を使用する)、そのようなものとして同定され得る。特定のヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列「の産物」であるまたはそれ「に由来する」ヒト抗体は、例えば、天然に生じる体細胞突然変異または部位特異的突然変異の意図的導入に起因して、生殖細胞系列配列と比較してアミノ酸の相違を含み得る。しかしながら、ヒト化抗体は、典型的には、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列とアミノ酸配列において少なくとも90%同一であり、他の種の生殖細胞系列免疫グロブリンアミノ酸配列(例えば、マウス生殖細胞系列配列)と比較したときに、抗体をヒト配列に由来するものとして特定するアミノ酸残基を含む。ある特定の場合には、ヒト化抗体は、生殖細胞系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列と、アミノ酸配列において少なくとも95、96、97、98もしくは99%、または少なくとも96%、97%、98%、または99%までも同一であり得る。典型的には、特定のヒト生殖細胞系配列に由来するヒト化抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列と10~20アミノ酸以下の相違しか示さない(本明細書中の任意のスキュー、pIおよび除去変異の導入前、すなわち、本明細書に記載のバリアントの導入前は、バリアントの数は一般に少ない)。ある特定の場合には、ヒト化抗体は、生殖細胞系列免疫グロブリン遺伝子によってコードされるアミノ酸配列とは5アミノ酸以下、またはさらには4、3、2、もしくは1アミノ酸以下の相違しか示さない場合がある(同様に、本明細書における任意のスキュー、pI、および除去変異の導入前、すなわち、本明細書に記載のバリアントの導入前は、バリアントの数は一般に少ない)。
例示的な実施形態では、本明細書で提供される二重特異性抗体は、2つのバリアントFcドメイン配列を含むヘテロ二量体二重特異性抗体である。そのようなバリアントFcドメインは、ヘテロ二量体抗体の自己組織化および/または精製を容易にするためのアミノ酸修飾を含む。
いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体抗体は、第1のFcドメイン(A)および/または第2のFcドメイン(B)における1つ以上のアミノ酸修飾であるスキューバリアントを含み、スキューバリアントは、Fcホモ二量体(第1のFcドメインの2つまたは第2のFcドメインの2つを含むFcダイマー;A-AまたはB-B)を上回って第1および第2のFcドメインを含むFcダイマー;A-B)の形成を促す。好適なスキューバリアントは、米国特許出願公開第2016/0355608号の図29に含まれ、全体的に、特に、スキューバリアントの開示について、ならびに図1A~1Eおよび図4において、参照により本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体抗体は、ホモ二量体タンパク質からのヘテロ二量体抗体(例えば、抗ENPP3×抗CD3二重特異性抗体)の分離を有利に可能にする精製バリアントを含む。
さらに、本明細書に記載の抗体の多くの実施形態は、あるIgGアイソタイプから別のIgGアイソタイプへの特定の位置でのpIアミノ酸の「移入」に依存し、したがって、バリアントに望ましくない免疫原性が導入される可能性を低減または排除する。これらのいくつかは、参照により本明細書に組み込まれている、米国特許出願公開第2014/0370013号の図21に示されている。すなわち、IgG1は、高いエフェクター機能を含む様々な理由から治療用抗体の一般的なアイソタイプである。しかしながら、IgG1の重定常領域は、IgG2のそれよりも高いpIを有する(8.10対7.31)。特定の位置でIgG2残基をIgG1骨格に導入することによって、得られるモノマーのpIは低下(または上昇)し、さらにより長い血清半減期を示す。例えば、IgG1は137位にグリシン(pI5.97)を有し、IgG2はグルタミン酸(pI3.22)を有し、グルタミン酸を移入すると、得られるタンパク質のpIに影響を与える。以下に記載されるように、いくつかのアミノ酸置換は一般に、バリアント抗体のpIに顕著な影響を与えるために必要とされる。しかしながら、IgG2分子中の変化でさえも血清半減期の増加を可能にすることが以下に論じられるように留意されるべきである。
各モノマーのpIは、バリアント重鎖定常ドメインのpIおよび全モノマーのpIに依存し、バリアント重鎖定常ドメインおよび融合パートナーを含み得る。したがって、いくつかの実施形態において、pIの変化は、米国特許出願公開第2014/0370013号の図19のチャートを用いて、バリアント重鎖定常ドメインに基づいて計算される。本明細書で論じるように、どの単量体を操作するかは概して、Fvおよび足場の固有のpIによって決定される。代替的に、各単量体のpIを比較することができる。
pIバリアントがモノマーのpIを減少させる場合、それらはインビボでの血清保持を改善するというさらなる利点を有することができる。
上記に概説されているヘテロ二量体化バリアントに加えて、限定されないが、以下に概説されているように、1つ以上のFcγR受容体との結合を変化させること、FcRnへの変化された結合を含む、様々な理由から行われ得るいくつかの有用なFcアミノ酸修飾がある。
FcγR受容体のうちの1つ以上への結合を改変するために実施され得るいくつかの有用なFc置換が存在する。ある特定の実施形態では、対象の抗体は、1つ以上のFcγR受容体(すなわち、「FcγRバリアント」)への結合を変更する修飾を含む。結合の増加ならびに結合の減少をもたらす置換が有用であり得る。例えば、FcγRIIIaへの結合の増加は、一般に、ADCC(抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性、すなわち、FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の連結抗体を認識し、その後、標的細胞の溶解を引き起こす細胞媒介性反応)の増加をもたらすことが知られている。同様に、いくつかの状況下では、FcγRIIb(抑制性受容体)への結合の減少も有益であり得る。本明細書に記載の抗体で使用されるアミノ酸置換には、米国特許第8,188,321号(特に図41)および同第8,084,582号、ならびに米国特許公開出願20060235208号および同第20070148170号に列挙されるものが挙げられ、これらはすべて、参照によりその全体が、特にそこに開示されているバリアントについて明示的に、本明細書に組み込まれている。使用される特定のバリアントには、236A、239D、239E、332E、332D、239D/332E、267D、267E、328F、267E/328F、236A/332E、239D/332E/330Y、239D/332E/330L、243A、243L、264A、264Vおよび299Tが挙げられるが、これらに限定されない。
同様に、機能的バリアントの別のカテゴリーは「FcγR除去バリアント」または「Fcノックアウト(FcKOまたはKO)」バリアントである。これらの実施形態では、いくつかの治療用途のために、1つ以上またはすべてのFcγ受容体(例えば、FcγR1、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIIaなど)へのFcドメインの正常な結合を低減または除去して、追加の作用機序を回避することが望ましい。すなわち、例えば、多くの実施形態では、特にCD3に一価的に結合する二重特異性抗体の使用において、ADCC活性を排除または顕著に低下させるためにFcγRIIIa結合を除去することが概して望ましく、Fcドメインのうちの1つは、1つ以上のFcγ受容体除去バリアントを含む。これらの除去バリアントは、図14に示され、それぞれは、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G、およびE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択される除去バリアントを用いる好ましい態様で、独立して任意選択的に含まれるか除外することができる。本明細書で言及される除去バリアントは、FcγR結合を除去するが、FcRn結合を除去しないことに留意されたい。
当業者には理解されるように、列挙されたヘテロ二量体化バリアント(スキューバリアントおよび/またはpIバリアントを含む)はすべて、それらの「鎖性(strandedness)」または「モノマー分割」を保持する限り、任意選択で、かつ独立して組み合わせることができる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるヘテロ二量体抗体は、図4に示されるように、ヘテロ二量体化スキューバリアント、等比体積pI置換およびFcKOバリアントの組み合わせを含む。さらに、これらのバリアントはすべて、ヘテロ二量体化フォーマットのいずれにも組み合わせることができる。
別の態様では、抗ENPP3×抗CD3(本明細書では「αENPP3×αCD3」とも称される)二重特異性抗体が本明細書で提供される。そのような抗体は、少なくとも1つのENPP3結合ドメインと少なくとも1つのCD3結合ドメインとを含む。いくつかの実施形態では、二重特異性αENPP3×αCD3は、本明細書において、ENPP3を発現する腫瘍部位において選択的に免疫応答を提供した。
抗ENPP3×抗CD3二重特異性抗体は、本明細書に記載されているものを含む、任意の適切なENPP3 ABDを含むことができる(例えば、図12、13A~13B、および14A~14Iを参照されたい)。いくつかの実施形態では、抗ENPP3×抗CD3二重特異性抗体のENPP3 ABDは、図12、13A~13B、および14A~14Iならびに配列表に記載されるものを含む、本明細書で提供されるENPP3 ABDの可変重鎖ドメインおよび可変軽鎖ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ENPP3 ABDは、以下のENPP3 ABD:ENPP3 ABD:AN1[ENPP3]H1L1、AN1[ENPP3]H1 L1.33、AN1[ENPP3]H1 L1.77、AN1[ENPP3]H1.8 L1、AN1[ENPP3]H1.8 L1.33、AN1[ENPP3]H1 L1.77、H16-7.213、H16-9.69、H16-1.52、Ha16-1(1)23、H16-9.44、H16-1.67、Ha1 6-1(3,5)36、H16-1.86、H16-9.10、H16-9.33、H16-1.68、Ha16-1(1)1、Ha1 6-1(3,5)18、Ha16-1(2,4)4、Ha16-1(3,5)56、H16-7.8、H16-1.93、Ha1 6-1(3,5)27.1、H16-1.61、H16-1(3,5)5、H16-7.200、H16-1(3,5)42、H1 6-9.65、Ha1-1(3,5)19、およびHa16-1.80(図12、13A~13B、および14A~14I)のうちの1つの可変重鎖ドメインおよび可変軽鎖ドメインを含む。例示的な実施形態では、ENPP3 ABDは、以下のENPP3 ABD:ENPP3 ABD:AN1[ENPP3]H1L1、AN1[ENPP3]H1 L1.33、AN1[ENPP3]H1 L1.77、AN1[ENPP3]H1.8 L1、AN1[ENPP3]H1.8 L1.33、AN1[ENPP3]H1 L1.77、H16-7.213、H16-9.69、H16-1.52、Ha16-1(1)23、H16-9.44、H16-1.67、Ha1 6-1(3,5)36、H16-1.86、H16-9.10、H16-9.33、H16-1.68、Ha16-1(1)1、Ha1 6-1(3,5)18、Ha16-1(2,4)4、Ha16-1(3,5)56、H16-7.8、H16-1.93、Ha1 6-1(3,5)27.1、H16-1.61、H16-1(3,5)5、H16-7.200、H16-1(3,5)42、H1 6-9.65、Ha1-1(3,5)19、およびHa16-1.80(図12、13A~13B、および14A~14I)のうちの1つである。
別の態様では、抗SSTR2×抗CD3(本明細書では「αSSTR2×αCD3」とも称される)二重特異性抗体が本明細書で提供される。そのような抗体は、少なくとも1つのSStR2結合ドメインと少なくとも1つのCD3結合ドメインとを含む。いくつかの実施形態では、二重特異性αSSTR2×αCD3は、本明細書において、SSTR2を発現する腫瘍部位において選択的に免疫応答を提供した。
抗SSTR2×抗CD3二重特異性抗体は、[αSSTR2]H1.24_L1.30(図63)の可変重鎖ドメインおよび可変軽鎖ドメイン、またはそれらのバリアントを含むことができる。
当業者には理解され、以下でより詳細に説明するように、概して図1に示すように、本明細書に提供される二重特異性ヘテロ二量体抗体は、多種多様な立体配置をとることができる。いくつかの図は、「シングルエンド型」立体配置を示し、分子の一方の「アーム」には1つのタイプの特異性があり、他方の「アーム」には異なる特異性がある。他の図は、「デュアルエンド型」立体配置を示し、分子の「上部」に少なくとも1つのタイプの特異性があり、分子の「底部」に1つ以上の異なる特異性がある。したがって、いくつかの実施形態では、異なる第1および第2の抗原と同時連結する新規な免疫グロブリン組成物を対象とする。
本明細書に記載の抗体で特定の用途が見出される1つのヘテロ二量体足場は、図15Aに示されるような「1+1 Fab-scFv-Fc」または「ボトルオープナー」フォーマットであり、CD3結合ドメインおよび腫瘍標的抗原(ENPP3)結合ドメインの例示的な組み合わせを伴う。この実施形態では、抗体の1つの重鎖単量体は、単鎖Fv(以下に定義される「scFv」)およびFcドメインを含む。scFvは、可変重鎖ドメイン(VH1)および可変軽鎖ドメイン(VL1)を含み、VH1は、家電可能なscFvリンカーを使用してVL1に結合されている(例えば、図5を参照されたい)。scFvは、ドメインリンカーを使用して重鎖に結合される(例えば、図6を参照されたい)。他の重鎖単量体は「通常の」重鎖(VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3)である。1+1 Fab-scFv-Fcは、VH-CH1と相互作用してFabを形成する軽鎖も含む。この構造は、ボトルオープナーと視覚的に大まかに似ているため、本明細書では「ボトルオープナー」(フォーマットと称されることがある。2つの重鎖単量体は、以下により詳細に記載されるように、ヘテロ二量体抗体の形成を促進する定常領域(例えば、Fcドメイン、CH1ドメインおよび/またはヒンジ領域)におけるアミノ酸バリアント(例えば、上述したヘテロ二量体化バリアント)の使用により一緒にされる。
本明細書に記載の抗体において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、mAb-Fvフォーマットである。この実施形態では、フォーマットは、「追加の」可変重鎖ドメインの1つの単量体へのC末端結合と、「追加の」可変軽鎖ドメインのもう一方の単量体へのC末端結合の使用に依存し、これにより第3の抗原結合ドメインを形成し、2つの単量体のFab部分は、ENPP3に結合し、「追加の」scFvドメインはCD3に結合する。
本明細書に記載の抗体において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、mAb-scFvフォーマットである。この実施形態では、フォーマットは、単量体のうちの1つへのscFvのC末端結合の使用に依存し、これにより第3の抗原結合ドメインを形成し、2つの単量体のFab部分はENPP3に結合しおよび「追加の」scFvドメインはCD3に結合する。したがって、第1の単量体は、第1の重鎖(可変重鎖ドメインと定常ドメインを含む)を含み、いずれかの向きでscFv可変軽鎖ドメイン、scFvリンカー、およびscFv可変重鎖ドメインを含む、C末端で共有結合されたscFvを有する(VH1-CH1-ヒンジ-CH2-CH3-[任意選択的なリンカー]-VH2-scFvリンカー-VL2またはVH1-CH1-ヒンジ-CH2-CH3-[任意のリンカー]-VL2-scFvリンカー-VH2)。この実施形態はさらに、可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む共通軽鎖を利用し、これらは重鎖と会合してENPP3に連結する2つの同一のFabを形成する。本明細書の実施形態の多くに関して、これらの構築物には、本明細書で所望され、説明されるように、スキューバリアント、pIバリアント、除去バリアント、追加のFcバリアントなどが含まれる。
本明細書に記載の抗体で特定の用途が見出される1つのヘテロ二量体足場は、CD3結合ドメインと2つの腫瘍標的抗原(ENPP3)結合ドメインとの例示的な組み合わせで図15Bに示される「2+1 Fab2-scFv-Fc」フォーマット(以前の関連するファイリングでは「セントラル-scFvフォーマット」とも呼ばれる)である。この実施形態では、フォーマットは、挿入されたscFvドメインの使用に依存し、これにより第3の抗原結合ドメインを形成し、2つの単量体のFab部分はENPP3に結合し、「追加の」scFvドメインはCD3に結合する。scFvドメインは、単量体のうちの1つのFcドメインとCH1-Fv領域の間に挿入され、これにより第3の抗原結合ドメインを提供する。説明したように、2+1Fab2-scFv-Fcフォーマットを有するENPP3×CD3二重特異性抗体は、低レベルのENPP3を発現する細胞環境でリダイレクトされたT細胞細胞傷害性を誘導するのに強力である。さらに、例に示されているように、2+1Fab2-scFv-Fcフォーマットを有するENPP3×CD3二重特異性抗体は、そのような抗体が使用されるENPP3および/またはCD3結合ドメインに応じて、多種多様な異なる特性を示すので、免疫応答の「微調整」を可能にする。例えば、そのような抗体は、異なるENPP3発現を有する細胞に対する選択性、ENPP3発現細胞に対する効力、サイトカイン放出を誘発する能力、および可溶性ENPP3に対する感受性の違いを示す。これらのENPP3抗体は、例えば、ENPP3関連癌の治療に使用される。
本明細書に記載の抗体において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、セントラル-Fvフォーマットである。この実施形態では、フォーマットは、挿入されたFvドメイン(すなわち、セントラルFvドメイン)の使用に依存し、これにより「追加の」第3の抗原結合ドメインを形成し、2つの単量体のFab部分はENPP3に結合し、「追加の」セントラルFvドメインはCD3に結合する。「追加の」セントラルFvドメインは、単量体のFcドメインとCH1-Fv領域との間に挿入され、したがって第3の抗原結合ドメイン(すなわち、「追加の」セントラルFvドメイン)を提供し、ここで各単量体は「追加の」セントラルFvドメインの構成要素を含む(すなわち、一方の単量体は可変重鎖ドメインを含み、他方は「追加の」中央Fvドメインのドメインの可変軽鎖を含む)。
本明細書に記載の抗体において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、ワンアームセントラル-scFvフォーマットである。この実施形態では、一方の単量体はFcドメインのみを含み、他方の単量体はFabドメイン(第1の抗原連結ドメイン)、scFvドメイン(第2の抗原連結ドメイン)、およびFcドメインを含み、ここでscFvドメインはFcドメインとFcドメインの間に挿入されている。このフォーマットでは、Fab部分は1つの受容体標的に連結し、scFvは別のものに連結する。このフォーマットでは、Fab部分がENPP3に結合し、scFvがCD3に結合するか、またはその逆である。
本明細書に記載の抗体において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、ワンアームscFv-mAbフォーマットである。この実施形態では、一方の単量体はFcドメインのみを含み、他方の単量体は、一般にリンカーの使用を通じて、重鎖のN末端に結合したscFvドメインを使用する。VH-scFvリンカー-VL-[任意のドメインリンカー]-CH1-ヒンジ-CH2-CH3または(反対方向)VL-scFvリンカー-VH-[任意のドメインリンカー]-CH1-ヒンジ-CH2-CH3。このフォーマットでは、Fab部分はそれぞれENPP3に結合し、scFvはCD3に結合する。この実施形態はさらに、重鎖と会合してFabを形成する可変軽鎖ドメインおよび定常軽鎖ドメインを含む軽鎖を利用する。本明細書の実施形態の多くに関して、これらの構築物には、本明細書で所望され、説明されるように、スキューバリアント、pIバリアント、除去バリアント、追加のFcバリアントなどが含まれる。
本明細書に記載の抗体において特に使用される1つのヘテロ二量体足場は、mAb-scFvフォーマットである。この実施形態では、フォーマットは、単量体のうちの1つへのscFvのN末端結合の使用に依存し、これにより第3の抗原結合ドメインを形成し、2つの単量体のFab部分はENPP3に結合しおよび「追加の」scFvドメインはCD3に結合する。
本明細書に記載の抗体はまた、当技術分野で知られているように、デュアルscFvフォーマットを提供する。この実施形態では、ENPP3×CD3ヘテロ二量体二重特異性抗体は、2つのscFv-Fc単量体(両方とも(VH-scFvリンカー-VL-[任意のドメインリンカー]-CH2-CH3)形式または(VL-scFvリンカー-VH-[任意のドメインリンカー]-CH2-CH3)形式のいずれかで、あるいは一方の単量体を一方の方向に、もう一方を他方の方向にして構成される。
当業者によって理解されるように、本明細書に概説されるENPP3およびCD3のFv配列はまた、単一特異性抗体(例えば、「従来のモノクローナル抗体」)または非ヘテロ二重特異性フォーマットの両方で使用することができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の二重特異性抗体は、概してWO2015/184203に記載されている「トライデント」フォーマットであり、そのすべての内容、特に、図、図説、定義、ならびに「K-コイル」および「E-コイル」配列を含む「ヘテロ二量体促進ドメイン」または「HPD」の配列は、参照により本明細書に組み込まれる。トライデントは、構造の構成要素として、会合してヘテロ二量体構造を形成する2つの異なるHPDの使用に依存し、図1Kを参照されたい。この実施形態において、トライデントフォーマットは、「従来の」重鎖および軽鎖(例えば、VH1-CH1-ヒンジ-CH2-CH3およびVL1-CL)、第1の「ディアボディ型連結ドメイン」または「DART(登録商標)」を含む第3の鎖、VH2-(リンカー)-VL3-HPD1、ならびに第2のDART(登録商標)を含む第4の鎖、VH3-(リンカー)-(リンカー)-VL2-HPD2を含む。VH1およびVL1は第1のABDを形成し、VH2およびVL2は第2のABDを形成し、そしてVH3およびVL3は第3のABDを形成する。図1Kに示されているように、いくつかの場合では、第2および第3のABDは同一の抗原、この例では一般的にENPP3に、例えば二価で連結し、第1のABDは、CD3に一価で連結する。
当業者によって理解されるように、本明細書に概説される新規のFv配列はまた、単一特異性抗体(例えば、「従来のモノクローナル抗体」)または非ヘテロ二重特異性フォーマットの両方で使用することができる。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗体は、一般にIgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4の定常領域、IgG1、IgG2、およびIgG4(S228Pのアミノ酸置換を含むIgG4定常領域を含む)を有する、図からの6つのCDRならびに/またはvhおよびvl配列を含むモノクローナル(単一特異性)抗体を提供し、いくつかの実施形態において特に使用される。すなわち、本明細書で「H_L」の名称を有する任意の配列は、ヒトIgG1抗体の定常領域に連結することができる。
本明細書で論じられるように、対象のヘテロ二量体抗体は、それぞれがENPP3またはCD3に結合する2つの抗原結合ドメイン(ABD)を含む。本明細書で概説するように、これらのヘテロ二量体抗体は、二重特異性および二価(各抗原は、例えば、図15Aに示される形式で単一のABDによって結合される)、または二重特異性および三価(例えば、図15Bに示すように、1つの抗原は単一のABDによって結合され、他は2つのABDによって結合される)であり得る。
いくつかの実施形態において、ABDのうちの1つはENPP3に連結する。6つのCDRおよび/またはVHおよびVLドメインの好適なセットが、図12、13A~13B、および14A~14Iに示されている。いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体抗体は、1+1Fab-scFv-Fcまたは2+1 Fab2-scFv-Fvフォーマット抗体である(例えば、図15Aおよび15Bを参照されたい)。
いくつかの実施形態において、ABDのうちの1つはCD3に連結する。6つのCDRおよび/またはVHならびにVLドメインの好適なセット、ならびにscFv配列は、図10A~10Fおよび配列表に示されている。特定の用途のものであるCD3結合ドメイン配列としては、CD3結合ドメイン配列には、図10A~10Fに示される、抗CD3 H1.30_L1.47、抗CD3 H1.32、抗CD3 L1.47、抗CD3 H1.89_L1.47、抗CD3 H1.90_L1.47、抗CD3 H1.33_L1.47、抗CD3 H1.31_L1.47、抗CD3 L1.47_H1.30、抗CD3 L1.47_H1.30、抗CD3 L1.47_H1.32、抗CD3 L1.47_H1.89、抗CD3 L1.47_H1.90、抗CD3 L1.47_H1.33、および抗CD3 L1.47_H1.31が挙げられるが、これらに限定されない。
一態様では、ソマトスタチン受容体2(SSTR2)抗原結合ドメイン(ABD)、および抗SSTR2抗体を含むそのようなSSTR2抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物が本明細書で提供される。
有用な実施形態は、1+1 Fab-scFv-Fcフォーマットであって、a)荷電scFvリンカー(いくつかの実施形態では図5の+H配列が好ましい)、スキューバリアントS364K/E357Q、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K、および本明細書で概説するCD3に結合するscFvを含む第1の単量体(「scFv単量体」)と、b)スキューバリアントL368D/K370S、pIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K、および可変軽鎖ドメインと一緒に、本明細書に概説する第2の抗原に結合するFvを構成する可変重鎖ドメインを含む第2の単量体(「Fab単量体」)と、c)可変軽鎖ドメイン(VL)および定常軽鎖ドメイン(CL)を含む軽鎖と、を含む、1+1 Fab-scFv-Fcフォーマットを含み、ここで、番号付けは、EU番号付けに従う。いくつかの実施形態では、可変重鎖ドメインおよび可変軽鎖ドメインは、ENPP3結合部分を構成する。
本開示はさらに、抗ENPP3×抗CD3二重特異性抗体およびENPP3単一特異性抗体が挙げられるが、これらに限定されない、本明細書で提供される抗ENPP3抗体をコードする核酸組成物を提供する。
一般に、本明細書に記載の二重特異性ENPP3×CD3抗体は、癌を有する患者に投与され、そして有効性は、本明細書中に記載されるようないくつかの方法で評価される。このため、癌量、腫瘍のサイズ、転移の存在または程度の評価などの、有効性の標準的なアッセイを実行し得るが、免疫腫瘍学的治療もまた免疫状態評価に基づいて評価され得る。これは、インビトロアッセイおよびインビボアッセイの両方を含むいくつかの方法で行うことができる。
一旦作製されると、本明細書に記載の抗体の組成物は、多くの用途での使用が見出される。ENPP3は腎細胞癌で高度に発現しているため、本明細書に記載の抗体のヘテロ二量体組成物は、そのようなENPP3陽性癌の治療における使用を見出す。
本明細書に記載の抗体に従って使用される抗体の製剤は、所望の純度の抗体を任意の薬学的に許容される担体、賦形剤、または安定化剤(Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.[1980])と混合することによって、凍結乾燥製剤または水溶液の形態で調製される。許容される担体、賦形剤、または安定剤は、使用される用量および濃度において、レシピエントに対して非毒性でありリン酸、クエン酸、および他の有機酸などの緩衝液;アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤;防腐剤(塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム;塩化ヘキサメトニウム;塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム;フェノール、ブチル、またはベンジルアルコール;メチルまたはプロピルパラベン等のアルキルパラベン;カテコール;レゾルシノール;シクロヘキサノール;3-ペンタノール;およびm-クレゾール);低分子量(約10残基未満)ポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリン等のタンパク質;ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、リジン等のアミノ酸;単糖類、二糖類、およびグルコース、マンノース、またはデキストリンを含む他の炭水化物;EDTA等のキレート剤;スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトール等の糖類;ナトリウム等の塩形成対イオン;金属錯体(例えば、Zn-タンパク質錯体);および/またはTWEEN(商標)、PLURONICS(商標)またはポリエチレングリコール(PEG)等の非イオン性界面活性剤を含む。
本明細書に記載の抗体および化学療法剤は、ボーラスとしての静脈内投与またはある期間にわたる持続注入などの既知の方法に従って対象に投与される。
本発明の方法において、治療は、疾患または病状に関して肯定的な治療応答を提供するために使用される。「肯定的な治療応答」は、疾患もしくは病状の改善、および/または疾患または病状に関連する症状の改善を意図する。例えば、肯定的な治療応答は、疾患における以下の改善のうちの1つ以上を指し得る:(1)腫瘍細胞の数の減少、(2)腫瘍細胞死の増加、(3)腫瘍細胞の生存の阻害、(5)腫瘍増殖の阻害(すなわち、ある程度の減速、好ましくは停止)、(6)患者生存率の増加、および(7)疾患または病状に関連する1つ以上の症状からのいくらかの解放。
1A:CD3結合ドメイン
異なるCD3結合親和性を有するCD3結合ドメインについての配列を図10に示す。
1B(a):ENPP3結合ドメインAN1
マウスENPP3結合ドメインの可変領域は、ストリングコンテント最適化を使用してヒト化された(例えば、2010年2月2日に発行された米国特許第7,657,380号を参照されたい)。ヒト化ENPP3結合ドメイン(以下、AN1と呼ぶ)の配列を図10A~10Fに示す。
本明細書に記載のαENPP3×αCD3二重特異性抗体で使用できる可能性のある追加のENPP3結合ドメインの配列を図14に示す。
αENPP3×αCD3二重特異性抗体(bsAb)のいくつかのフォーマットが考案され、その例示的なフォーマットは、以下および図15に概説されている。
1+Fab-scFv-FcフォーマットのプロトタイプαENPP3×αCD3bsAbは、実施例1で説明した結合ドメインを使用して設計された。特に、XENP26820(ENPP3結合ドメインクローンH16-7.8およびCD3 High scFvを含む)、XENP26821(ENPP3結合ドメインクローンH16-7.8およびCD3 High-Int#1 scFvを含む)、XENP28287(ENPP3結合ドメインクローンAN1およびCD3 High scFvを含む)、およびXENP28390(ENPP3結合ドメインクローンAN1およびCD3 High Int#1 scFvを含む)、これらの配列を図17および18に示す。XENP13245(モタビズマブおよび抗CD3-Highに基づくRSV結合ドメインを含む;図16に示す配列)を対照として使用した。
一般に、二重特異性抗体を、HEK293E細胞における一過性トランスフェクションによって産生し、プロテインAクロマトグラフィー(精製パート1)、続いてイオン交換クロマトグラフィー(精製パート2)を含む2段階精製プロセスによって精製した。
4A(a):XENP28287の産生により、凝集体と不対単量体を含む均一な集団が得られる。
XENP28287は、上記のようにHEK293Eの上清から精製した。図30Aは、XENP28287の精製パート2(プロテインAクロマトグラフィーに続くカチオン交換クロマトグラフィー)を示すクロマトグラムを表示する。クロマトグラムは、2つのピーク(ピークBおよびピークBC)の単離を示し、これは、以下に一般的に記載される同一性、純度、および均一性について多角度光散乱を備えた分析サイズ排除クロマトグラフィー(aSEC-MALS)および分析カチオン交換クロマトグラフィー(aCIEX)によってさらに特性評価した。
二重特異性抗体産生を改善することを目的として、多くのAN1可変重鎖(VH)ドメインを操作した。1つの特定のVHバリアント(H1.8;配列番号XXX;図13にも示されている)は、汚染種からの二重特異性抗体ヘテロ二量体の改善された分離を可能にした。これを説明するために、XENP28925(AN1 H1.8 VHバリアントを有するENPP3結合ドメインを含む;17に示す配列)を上記のようにHEK293E上清から生成および精製した。図31Aは、XENP28925の精製パート2(プロテインAクロマトグラフィーに続くカチオン交換クロマトグラフィー)を示すクロマトグラムを表示する。クロマトグラムは、1つの優勢なピーク(ピークB)の分離を示しており、これは、上記のように、同一性、純度、および均一性についてaSEC-MALSおよびaCIEXによってさらに特性評価された。
4B(a):XENP31419の産生により、タンパク質集団がVH-Fcホモ二量体にスキューした
XENP31149(2+1 Fab2-scFv-FcフォーマットのαENPP3×αCD3bsAb;図23に示す配列)を上記のようにHEK293E上清から精製した。図32Aは、XENP31149の精製パート2(プロテインAクロマトグラフィーに続くカチオン交換クロマトグラフィー)を示すクロマトグラムを示している。クロマトグラムは、2つのピーク(優勢なピークBおよび微小ピークB)の単離を示し、これは、以下に一般的に上述される同一性、純度、および均一性について多角度光散乱を備えた分析サイズ排除クロマトグラフィー(aSEC-MALS)によって、同一性についてさらに特性評価した。
Fab-scFv-Fc鎖のVHとscFvの間のリンカー、またはscFvとCH2の間のリンカーを変えるなど、2+1Fab2-scFv-Fcヘテロ二量体の収量を高めるための様々なアプローチを調査した。XENP31419(図23に示されている配列)を、scFvとCH2領域との間にフレックスハーフヒンジ(GGGGSGGGGSKTHTCPPCP;配列番号XX)ではなく完全ヒンジ(EPKSCDKTHTCPPCP;配列番号XX)を有するXENP31149対応物として操作した。XENP31419は、上記のようにHEK293Eの上清から産生および精製された。図33Aは、XENP31419の精製パート2(プロテインAクロマトグラフィーに続くカチオン交換クロマトグラフィー)を示すクロマトグラムを表示する。クロマトグラムは、2つのピーク(微小ピークAおよび優勢なピークB)の単離を示し、これは、以下に一般的に記載される同一性について多角度光散乱を備えた分析サイズ排除クロマトグラフィー(aSEC-MALS)によってさらに特性評価した。
以下の実験を、一般に、KU812を、ENPP3高標的細胞として(ENPP3+腫瘍細胞の代用として)使用して、またはRCC4をENPP3低標的細胞として(腫瘍環境の外側の細胞の代用として)使用して実施した。標的細胞を、37℃で、示されたエフェクター対標的細胞比で、ヒトPBMCおよび被験物質とともにインキュベートした。インキュベーション後、細胞をAqua Zombie染料で室温で15分間染色した。次に、細胞を洗浄し、細胞表面マーカーの抗体で染色し、フローサイトメトリーで分析した。RTCCの誘導を、CSFE+標的細胞のZombie Aqua染色を使用して決定し、T細胞の活性化と脱顆粒を、リンパ球でのCD107a、CD25、およびCD69の発現によって決定した。いくつかの工学的アプローチが同時に調査されたため、一部のデータセットは同じ実験からのものであることに注意する必要がある。
最初のアプローチでは、ENPP3結合親和性の調整を検討した。バリアントENPP3結合アームは、ENPP3結合親和性のラダーを作成することを目的として、可変軽鎖ドメインバリアントで操作し、その例示的なシーケンスは、図13(可変領域の場合)および図16(1+1Fab-scFv-Fc bsAbに関して)示されている。
CD3に対する親和性を低下させることも、薬物動態の改善およびサイトカイン放出の減弱に向けて検討した。CD3 High-Int#1 scFvを有するαENPP3×αCD31+1Fab-scFv-Fc bsAbを操作し、その例示的な配列を図18に示す。
次に、ENPP3およびCD3の両方の結合力を低下させる効果を調べた。効力が低下したENPP3結合ドメインおよびCD3 High-Int#1scFvを有するαENPP3×αCD3 1+1Fab-scFv-Fc bsAbを操作し、その配列を図18に示す。
減少したENPP3結合力が、ENPP3低およびENPP3高細胞の両方への結合を減少させるが、増加した結合価がENPP3高細胞に対する効力を回復することができると仮定した。したがって、ENPP3結合力が低下したαENPP3×αCD3二重特異性抗体は、2+1 Fab2-scFv-Fcフォーマットで操作され、その配列を図19に示す。
次に、増加したENPP3結合価と減少したCD3結合親和性の組み合わせを調査した。したがって、CD3結合力が低下したαENPP3×αCD3二重特異性抗体は、2+1 Fab2-scFv-Fcフォーマットで操作され、その配列を図20に示す。
2+1Fab2-scFv-Fc bsAbで使用するためにHigh-Int#1 CD3結合ドメインの活性を修復するために検討された1つのアプローチは、αCD3scFvの可変重鎖ドメインと可変軽鎖ドメインの方向を交換することであった。新しいscFvについての配列を図10に示す。ここで、αCD3scFvは、VH/VLまたはVL/VHのいずれかとして指定され、それらの構成要素の可変ドメインの方向を示す。αENPP3×αCD3二重特異性抗体VL/VH CD3scFvは、2+1 Fab2-scFv-Fcフォーマットで操作され、その配列を図21~22に示す。
上記の統一的な発見(すなわち、選択性と効力との間には相容れない関係(tradeoff)がある)を考慮して、ENPP3とCD3の結合効力の様々な組み合わせを有する、2+1 Fab2-scFv-Fc フォーマットの追加のαENPP3×αCD3二重特異性抗体を、異なる選択性/効力プロファイルを有する一連の分子を提供するために生成し、その配列を、図17~23全体にわたって示している。
6A:抗ENPP3 X抗CD3 BSABは、インビボのKU812細胞で活性である
最初の研究では、NOD SCIDガンマ(NSG)マウス(n=10)に、15日目に右脇腹に、5×106個のKU812細胞を移植した。0日目に、マウスに5×106個のヒトPBMCを腹腔内生着させた。次いで、マウスを0、7、14、および21日目に、XENP30819、XENP30821、またはXENP31419で、低用量もしくは高用量で、単独で、もしくは3mg/kgのXENP16432と組み合わせて処置した(二価の抗PD-1mAb、移植されたヒトT細胞を抑制解除することによって抗腫瘍活性を増強するチェックポイント阻害剤:配列は図46に示す)。腫瘍体積を週に3回キャリパーで測定し(データは図47に示されている)、リンパ球の増殖を調べるために採血した(データを図48に示す)。各処置について個々のマウスプロットを、図50A~50Nに示す。
2番目の研究では、より臨床的に関連性のあるヒト腎細胞癌細胞株であるRXF-393を使用した。NOD SCIDガンマ(NSG)マウス(n=10)に、8日目に右脇腹に、1×106個のRXF-393細胞を移植した。0日目に、マウスに5×106個のヒトPBMCを腹腔内生着させた。次いで、マウスを0、7、14、21、および28日目に、XENP30819またはXENP31419で、低用量、中容量、もしくは高用量で、単独で、もしくは3mg/kgのXENP16432(PD-1遮断薬)と組み合わせて処置した。腫瘍体積を、キャリパーで週に3回測定した(これについてのデータを図49に示す)。各処置について個々のマウスプロットを、図51A~51Lに示す。データは、各αENPP3×αCD3 bsAbが、低用量、中間および/または高用量の処置で、RXF-393細胞に対するT細胞の同種異系抗腫瘍効果を増強することができることを示している。XENP31419(CD3結合の効力が低い)単独では、XENP30819よりも効果が低くなるが、PD-1遮断薬と組み合わせると、その抗腫瘍効果を増強させる。
腫瘍関連抗原(TAA)×CD3二重特異性抗体は、T細胞を動員して、腫瘍細胞に対する細胞傷害性を媒介することが示されている。TAA×CD3二重特異性抗体の薬力学および耐容性は、腫瘍負荷、細胞表面抗原密度、および正常組織発現などのTAA生物学の複数の態様の影響を受ける。二価/一価(2:1)混合原子価フォーマットを使用して、TAA×CD3二重特異性の複数の例が設計されているため、そのような二重特異性は、それぞれ腫瘍対正常細胞を模倣する高抗原密度細胞株対低抗原密度細胞株の選択的リダイレクトT細胞細胞傷害性(RTCC)を示す。2:1フォーマットによって示される選択性は、TAA×CD3二重特異性抗体に、腫瘍抗原生物学の拡張されたセットに対処する力を与える可能性がある。
調整されていないXENP18087(1+1 Fab-scFv-Fc bsAb)および調整されたXENP30458(2+1(Fab)2-scFv-Fc bsAb)を、RTCC実験で調査した。
Claims (27)
- エクトヌクレオチドピロホスファターゼ/ホスホジエステラーゼファミリーメンバー3(ENPP3)結合ドメインを含む組成物であって、前記ENPP3結合ドメインが、
a.配列番号253のvhCDR1、配列番号254のvhCDR2、配列番号255のvhCDR3、配列番号257のvlCDR1、配列番号258のvlCDR2及び配列番号259のvlCDR3、
b.配列番号219のvhCDR1、配列番号220のvhCDR2、配列番号221のvhCDR3、配列番号223のvlCDR1、配列番号224のvlCDR2及び配列番号225のvlCDR3、
c.配列番号229のvhCDR1、配列番号230のvhCDR2、配列番号231のvhCDR3、配列番号233のvlCDR1、配列番号234のvlCDR2及び配列番号235のvlCDR3、
d.配列番号237のvhCDR1、配列番号238のvhCDR2、配列番号239のvhCDR3、配列番号241のvlCDR1、配列番号242のvlCDR2及び配列番号243のvlCDR3、
e.配列番号245のvhCDR1、配列番号246のvhCDR2、配列番号247のvhCDR3、配列番号249のvlCDR1、配列番号250のvlCDR2及び配列番号251のvlCDR3、ならびに
f.配列番号261のvhCDR1、配列番号262のvhCDR2、配列番号263のvhCDR3、配列番号265のvlCDR1、配列番号266のvlCDR2及び配列番号267のvlCDR3からなる群から選択される可変重鎖相補性決定領域1~3(vhCDR1~3)ならびに可変軽鎖相補性決定領域(vlCDR1~3)を含む、組成物。 - 可変重鎖ドメインおよび可変軽鎖ドメインが、
a.配列番号252および配列番号256、
b.配列番号218および配列番号222、
c.配列番号228および配列番号232、
d.配列番号236および配列番号240、
e.配列番号244および配列番号248、ならびに
f.配列番号260および配列番号264からなる群から選択される、請求項1に記載の組成物。 - 配列番号252を含む可変重鎖ドメインおよび配列番号256を含む可変軽鎖ドメインを含む抗ENPP3結合ドメインを含む、組成物。
- 抗ENPP3抗体であって、
a.VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖と、
b.VL-CLを含む軽鎖であって、
前記VHおよびVLが、
c.配列番号252および配列番号256、
d.配列番号218および配列番号222、
e.配列番号228および配列番号232、
f.配列番号236および配列番号240、
g.配列番号244および配列番号248、ならびに
h.配列番号260および配列番号264からなる群から選択される、軽鎖と、を含む、抗ENPP3抗体。 - ヘテロ二量体抗体であって、
a)N末端からC末端に向かって、VH1-CH1-第1のドメインリンカー-scFv-第2のドメインリンカー-CH2-CH3を含む、第1の単量体であって、
VH1が、第1の可変重鎖ドメインであり、scFvが、抗CD3 scFvであり、CH2-CH3が、第1のFcドメインである、第1の単量体と、
b)N末端からC末端に向かって、VH1-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む第2の単量体であって、CH2-CH3が第2のFcドメインである、第2の単量体と、
c)VL1-CLを含む共通軽鎖であって、VL1が第1の可変軽鎖ドメインであり、CLが定常軽鎖ドメインである、共通軽鎖と、を含み、
前記VH1および前記VL1が、ENPP3結合ドメインを形成し、前記scFvが、第2のVHドメイン(VH2)、scFvリンカー、および第2のVLドメイン(VL2)を含み、前記VH2および前記VL2が、CD3結合ドメインを形成し、前記VH1の可変重鎖相補性決定領域1~3(vhCDR1~3)および前記VL1の可変軽鎖相補性決定領域(vlCDR1~3)が、
a.配列番号253のvhCDR1、配列番号254のvhCDR2、配列番号255のvhCDR3、配列番号257のvlCDR1、配列番号258のvlCDR2及び配列番号259のvlCDR3、
b.配列番号219のvhCDR1、配列番号220のvhCDR2、配列番号221のvhCDR3、配列番号223のvlCDR1、配列番号224のvlCDR2及び配列番号225のvlCDR3、
c.配列番号229のvhCDR1、配列番号230のvhCDR2、配列番号231のvhCDR3、配列番号233のvlCDR1、配列番号234のvlCDR2及び配列番号235のvlCDR3、
d.配列番号237のvhCDR1、配列番号238のvhCDR2、配列番号239のvhCDR3、配列番号241のvlCDR1、配列番号242のvlCDR2及び配列番号243のvlCDR3、
e.配列番号245のvhCDR1、配列番号246のvhCDR2、配列番号247のvhCDR3、配列番号249のvlCDR1、配列番号250のvlCDR2及び配列番号251のvlCDR3、ならびに
f.配列番号261のvhCDR1、配列番号262のvhCDR2、配列番号263のvhCDR3、配列番号265のvlCDR1、配列番号266のvlCDR2及び配列番号267のvlCDR3からなる群から選択される、ヘテロ二量体抗体。 - 前記VH1およびVL1が、
a.配列番号252および配列番号256、
b.配列番号218および配列番号222、
c.配列番号228および配列番号232、
d.配列番号236および配列番号240、
e.配列番号244および配列番号248、ならびに
f.配列番号260および配列番号264からなる群から選択される、請求項5に記載のヘテロ二量体抗体。 - 前記第1の単量体が、N末端からC末端に向かって、VH1-CH1-第1のドメインリンカー-VL2-scFvリンカー-VH2-第2のドメインリンカー-CH2-CH3を含む、請求項5または6のいずれかに記載のヘテロ二量体抗体。
- 前記第1の単量体が、N末端からC末端に向かって、VH1-CH1-第1のドメインリンカー-VH2-scFvリンカー-VL2-第2のドメインリンカー-CH2-CH3を含む、請求項5または6のいずれかに記載のヘテロ二量体抗体。
- 前記VH2および前記VL2が、
a.配列番号93および配列番号97、
b.配列番号103および配列番号107、
c.配列番号113および配列番号117、
d.配列番号123および配列番号127、
e.配列番号133および配列番号137、ならびに
f.配列番号143および配列番号147からなる群から選択される、請求項5~8のいずれか一項に記載のヘテロ二量体抗体。 - 前記scFvリンカーが、荷電scFvリンカーである、請求項5~9のいずれか一項に記載のヘテロ二量体抗体。
- 前記荷電scFvリンカーが、配列(GKPGS)4を含む、請求項10に記載のヘテロ二量体抗体。
- 前記第1および第2のFcドメインが、S364K/E357Q:L368D/K370S;S364K:L368D/K370S;S364K:L368E/K370S;D401K:T411E/K360E/Q362E;およびT366W:T366S/L368A/Y407Vからなるセット選択されるヘテロ二量体化バリアントのセットを含み、番号付けが、EU番号付けに従う、請求項5~11のいずれか一項に記載のヘテロ二量体抗体。
- 前記第1および第2のFcドメインがそれぞれ、除去バリアントを含む、請求項5~12のいずれか一項に記載のヘテロ二量体抗体。
- 前記除去バリアントが、E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kであり、番号付けが、EU番号付けに従う、請求項13に記載のヘテロ二量体抗体。
- 前記第2の単量体が、pIバリアントを含む、請求項5~14のいずれか一項に記載のヘテロ二量体抗体。
- 前記pIバリアントが、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421Dであり、番号付けが、EU番号付けに従う、請求項15に記載のヘテロ二量体抗体。
- 前記第1の単量体が、アミノ酸バリアントS364K/E357Q/E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、前記第2の単量体が、アミノ酸バリアントL368D/K370S/N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D/E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、番号付けが、EU番号付けに従う、請求項5~16のいずれか一項に記載のヘテロ二量体抗体。
- 第1および第2のバリアントFcドメインがそれぞれ、アミノ酸バリアント428L/434Sをさらに含み、番号付けが、EU番号付けに従う、請求項5~17のいずれかに記載のヘテロ二量体抗体。
- ヘテロ二量体抗体であって、
a)N末端からC末端に向かって、VH1-CH1-第1のドメインリンカー-scFv-第2のドメインリンカー-CH2-CH3を含む、第1の単量体であって、
VH1が、第1の可変重鎖ドメインであり、scFvが、抗CD3 scFvであり、CH2-CH3が、第1のバリアントFcドメインである、第1の単量体と、
b)N末端からC末端に向かって、VH1-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む第2の単量体であって、CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2の単量体と、
c)VL1-CLを含む共通軽鎖であって、前記VL1が第1の可変軽鎖ドメインであり、CLが定常軽鎖ドメインである、共通軽鎖と、を含み、
前記第1のバリアントFcドメインが、アミノ酸バリアントS364K/E357Qを含み、
前記第2のバリアントFcドメインが、アミノ酸バリアントL368D/K370Sを含み、
前記第1および第2のバリアントFcドメインがそれぞれ、アミノ酸バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、
前記第2の単量体が、アミノ酸バリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含み、
前記VH1および前記VL1が、ENPP3結合ドメインを形成し、前記scFvが、第2のVHドメイン(VH2)、scFvリンカー、および第2のVLドメイン(VL2)を含み、前記VH2および前記VL2が、CD3結合ドメインを形成し、VH1およびVL1が、
a.配列番号252および配列番号256、
b.配列番号218および配列番号222、
c.配列番号228および配列番号232、
d.配列番号236および配列番号240、
e.配列番号244および配列番号248、ならびに
f.配列番号260および配列番号264からなる群から選択され、
前記VH2および前記VL2が、
a.配列番号93および配列番号97、
b.配列番号103および配列番号107、
c.配列番号113および配列番号117、
d.配列番号123および配列番号127、
e.配列番号133および配列番号137、ならびに
f.配列番号143および配列番号147からなる群から選択され、番号付けが、EU番号付けに従う、ヘテロ二量体抗体。 - ヘテロ二量体抗体であって、
a.配列番号531を含む第1の単量体、
b.配列番号532を含む第2の単量体、および
c.配列番号533を含む軽鎖を含む、ヘテロ二量体抗体。 - ヘテロ二量体抗体であって、
a.配列番号531をコードする核酸によってコードされる第1の単量体、
b.配列番号532をコードする核酸によってコードされる第2の単量体、および
c.配列番号533をコードする核酸によってコードされる軽鎖を含む、ヘテロ二量体抗体。 - ヘテロ二量体抗体であって、
a)第1の単量体であって、
i)第1の可変軽鎖ドメイン(VL1)、scFvリンカーおよび第1の可変重鎖ドメイン(VH1)を含む抗CD3 scFv、ならびに
ii)第1のFcドメインであって、前記scFvが、ドメインリンカーを使用して前記第1のFcドメインのN末端に共有結合している、第1のFcドメインを含む、第1の単量体と、
b)N末端からC末端に向かって、VH2-CH1-ヒンジ-CH2-CH3単量体を含む第2の単量体であって、VH2が第2の可変重鎖ドメインであり、CH2-CH3が第2のFcドメインである、第2の単量体と、
c)VL2-CLを含む軽鎖であって、VL2が第2の可変軽鎖ドメインであり、CLが定常軽鎖ドメインである、軽鎖と、を含み、
前記VH2および前記VL2が、ENPP3結合ドメインを形成し、前記VH2および前記VL2が、
a.配列番号252および配列番号256、
b.配列番号218および配列番号222、
c.配列番号228および配列番号232、
d.配列番号236および配列番号240、
e.配列番号244および配列番号248、ならびに
f.配列番号260および配列番号264からなる群から選択される、ヘテロ二量体抗体。 - ヘテロ二量体抗体であって、
a)第1の単量体であって、
i)第1の可変軽鎖ドメイン(VL1)、scFvリンカーおよび第1の可変重鎖ドメイン(VH1)を含む抗CD3 scFv、ならびに
ii)第1のFcドメインであって、前記scFvが、ドメインリンカーを使用して前記第1のFcドメインのN末端に共有結合している、第1のFcドメインを含む、第1の単量体と、
b)VH2-CH1-ヒンジ-CH2-CH3単量体を含む第2の単量体であって、VH2が第2の可変重鎖ドメインであり、CH2-CH3が第2のFcドメインである、第2の単量体と、
c)VL2-CLを含む軽鎖であって、VL2が第2の可変軽鎖ドメインであり、CLが定常軽鎖ドメインである、軽鎖と、を含み、
第1のバリアントFcドメインが、アミノ酸バリアントS364K/E357Qを含み、
第2のバリアントFcドメインが、アミノ酸バリアントL368D/K370Sを含み、
前記第1および第2のバリアントFcドメインがそれぞれ、アミノ酸バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含み、
前記第2の単量体が、アミノ酸バリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含み、
前記VH2および前記VL2が、ENPP3結合ドメインを形成し、前記VH1および前記VL1が、CD3結合ドメインを形成し、VH2およびVL2が、
a.配列番号252および配列番号256、
b.配列番号218および配列番号222、
c.配列番号228および配列番号232、
d.配列番号236および配列番号240、
e.配列番号244および配列番号248、ならびに
f.配列番号260および配列番号264からなる群から選択され、
前記VH1および前記VL1が、
a.配列番号93および配列番号97、
b.配列番号103および配列番号107、
c.配列番号113および配列番号117、
d.配列番号123および配列番号127、
e.配列番号133および配列番号137、ならびに
f.配列番号143および配列番号147からなる群から選択され
番号付けが、EU番号付けに従う、ヘテロ二量体抗体。 - 核酸組成物であって、
a.請求項5~23のいずれか一項に記載の前記第1の単量体をコードする第1の核酸、
b.請求項5~23のいずれか一項に記載の前記第2の単量体をコードする第2の核酸、および
c.それぞれ、請求項5~23のいずれか一項に記載の前記軽鎖をコードする第3の核酸を含む、核酸組成物。 - 発現ベクター組成物であって、
a.請求項24に記載の前記第1の核酸を含む第1の発現ベクター、
b.請求項24に記載の前記第2の核酸を含む第2の発現ベクター、および
c.それぞれ、請求項24に記載の前記第3の核酸を含む第3の発現ベクターを含む、発現ベクター組成物。 - 請求項25に記載の発現ベクター組成物を含む、宿主細胞。
- 請求項5~23のいずれか一項に記載の二量体抗体を作製する方法であって、前記二量体抗体が発現される条件下で請求項26に記載の前記宿主細胞を培養することと、前記二量体抗体を回収することと、を含む、方法。
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