JP2023520572A - オルソゴナルな受容体を発現するようにゲノムが改変されたヒト免疫細胞 - Google Patents
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Abstract
Description
本特許出願は、あらゆる目的のために参照により組み入れられる、2020年4月6日に出願された米国特許仮出願第63/005,975号の優先権を主張する。
細胞、特に、操作された免疫細胞の分化、発生および増殖の制御された操作は、臨床的にかなり興味深いものである。特に、T細胞は、がん細胞、細胞内病原体および自己免疫に関与する細胞の認識および死滅などの治療応用に用いるために操作されてきた。がん治療における操作細胞療法の使用は、特定の機能を提供するように操作され、がん細胞を選択的に攻撃するように方向付けられた細胞(T細胞など)の選択的活性化および拡大増殖によって容易になる。養子免疫療法のいくつかの例では、T細胞は、対象の血液または腫瘍組織から単離され、エクスビボで処理され、対象に再注入される。したがって、操作された免疫細胞の選択的活性化および/または増殖を可能にする組成物および方法が望ましい。
本開示をより容易に理解するために、特定の用語および語句を下記のみならず本明細書全体にわたり定義する。本明細書に提供される定義は非限定的であり、当業者が知っているであろう知識を考慮して読むべきである。
である。hCD122バリアントに存在するhCD122の改変に言及する場合、このようなhCD122バリアントの残基の番号付けは、SEQ ID NO:1を参照して行われる。
である。
本明細書で使用される場合、hIL2バリアントにおいて改変されたまたは欠失しているアミノ酸残基に言及する場合、このような改変されたまたは欠失している残基の番号付けは、SEQ ID NO:2のシグナルペプチドと同じシグナルペプチドを除いた野生型成熟hIL2配列UniProt ID P60568に基づく。
Martin, M. and Badinovac, V., Defining Memory CD8 T Cell (2018) Frontiers in Immunology 9:2692。いくつかの態様では、免疫細胞は、哺乳動物(例えばヒト)対象から単離された免疫細胞を指す。「初代細胞」という用語は、生きた組織から直接採取され、少ない集団倍加を受けたインビトロ成長のために樹立され、それらが形質転換されていないので組織をより大きく代表するとしばしば見なされる細胞を指す。
[ここで、残基1~234はhoCD122に由来し、残基235~462(下線部)はヒトIL-7Ra受容体のICDに由来する]は、核酸配列
によってコードされることができる。
[ここで、残基1~234はhoCD122に由来し、残基235~498(下線部)はヒトIL-9Rに由来する]
[ここで、残基1~234はhoCD122に由来し、残基235~545(下線部)はヒトIL-21Rに由来する]は、配列
のポリヌクレオチドによってコードされる。
を有する、hoCD122 ECDおよびEpoに由来するICDを含むOCR
[ここで、残基1~234はhoCD122に由来し、残基235~497(下線部)はヒトEpoRに由来する]は、配列:
のポリヌクレオチドによってコードされる。
のポリペプチドのように提供される。そして、SEQ ID NO:3のヒトのオルソゴナルなCD122(hoCD122)をコードする代表的な核酸配列は下に提供される:
緒言
本開示は、キメラ抗原受容体(CAR)療法を含むが、それに限定されるわけではない養子細胞療法の適用のための新たな機会を提供する方法および組成物を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、それぞれwt hIL2およびwt hCD122アミノ酸配列に対して置換、欠失、および/または挿入を含む野生型IL2リガンドおよびCD122受容体のバリアントを提供する。このようなバリアントタンパク質において改変されている残基は、本明細書において、一文字または三文字アミノ酸コードに続く野生型タンパク質中のこのようなアミノ酸の位置によって名付けられ得る。例えば、hIL2に関連して、「Cys125」または「C125」は、wt hIL2の位置125におけるシステイン残基を指す。置換、欠失、または挿入を指すために、本明細書において以下の命名法が使用される。置換は、本明細書において、wt hIL2残基についての一文字アミノ酸コードに続く、IL2のアミノ酸位置に続く、新たに置換されたアミノ酸についての一文字アミノ酸コードによって名付けられる。例えば「K35A」は、wt hIL2配列の35位のリシン(K)残基のアラニン(A)残基による置換を指す。欠失は、「des」に続く、アミノ酸残基および野生型分子におけるその位置として称される。例えば、「des-Ala1 hIL2」または「desA1 hIL2」という用語は、wt hIL2の1位のアラニンの欠失を含む、ヒトIL2バリアントを指す。本明細書で使用される「hIL2に従って番号付けされた」という用語は、特定のアミノ酸が成熟野生型hIL2の成熟配列中に通常存在する位置を基準とする該アミノ酸の場所の識別を指す。例えばR81は、SEQ ID NO:2に存在する81番目のアミノ酸、アルギニンを指す。同様に本明細書で使用される、hCD122に従って番号付けされたという用語は、特定のアミノ酸が成熟野生型hCD122のコンセンサス配列(SEQ ID NO:1)に通常存在する位置を基準とする該アミノ酸の場所の識別を指す。
一態様では、本開示は、操作されたヒト免疫細胞においてhoCD122またはOCRポリペプチドの発現を提供するように発現制御配列に機能的に連結されたhoCD122またはOCRをコードするようにゲノムが改変された、このような操作された細胞を提供し、ここで、操作された細胞は、ネイティブなヒトCD122受容体を発現しないようにゲノムが改変されている(「hoCD122pos/wt hCD122neg細胞」)。いくつかの態様では、hoCD122pos/wt hCD122neg細胞はhoCD122をコードするポリヌクレオチドの導入によってゲノムが改変されている、またはOCRは内因性hCD122をコードするポリヌクレオチドの座位に組み入れられている。いくつかの態様では、hoCD122pos/wt hCD122neg細胞はT細胞である。いくつかの態様では、hoCD122pos/wt hCD122neg細胞はNK細胞である。いくつかの態様では、hoCD122pos/wt hCD122neg細胞はTILである。いくつかの態様では、hoCD122pos/wt hCD122neg細胞はCAR-T細胞である。
いくつかの態様では、ネイティブなhCD122コード配列の一部または全部を、hoCD122コード配列に置換することができる。上述のいくつかの態様では、hoCD122の発現は、ネイティブなhCD122プロモーターおよび調節配列の制御下にあり、その結果、hoCD122は、実質的にネイティブなCD122が発現するように、すなわち、wtCD122の発現を誘導する活性化シグナル、細胞状態、および/または環境条件に応答して、発現する。
いくつかの態様では、hoCD122pos/wt hCD122neg細胞は、hoCD122をコードするように内因性hCD122をコードする核酸配列の部分の置換によってゲノムが改変されている。内因性CD122をコードする配列(例えば、SEQ ID NO:1またはSEQ ID NO:1と少なくとも95%同一の配列)の残基を変異させることによってhoCD122を産生することができ、その結果、それらはオルソゴナルなIL2に特異的に結合するが、ネイティブなIL2に特異的には結合しない。例えば、米国特許出願公開第2019/0183933号を参照されたい。いくつかの態様では、オルソゴナルなIL2に対する結合親和性はより高く、例えばネイティブなCD122に対するネイティブなIL2の親和性の2×、3×、4×、5×、10×、またはそれ以上高い。いくつかの態様では、オルソゴナルな同族CD122に対するオルソゴナルなIL2の親和性は、ネイティブなCD122に対するネイティブなIL2の親和性に類似する親和性を示し、例えば、ネイティブなIL2に対するネイティブなCD122の結合親和性の少なくとも約1%、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約25%、少なくとも約50%、少なくとも約75%、少なくとも約100%である親和性を有する。場合によっては、オルソゴナルなCD122は、ネイティブなヒトCD122に対して(例えばSEQ ID NO:1と比較して)R41、R42、Q70、K71、T73、T74、V75、S132、H133、Y134、F135、E136、およびQ214より選択される1つまたは複数の残基で改変されている。いくつかの態様では、hoCD122はH133およびY134で改変されている。いくつかの態様では、hoCD122は、H133DおよびY134Fの置換を含む。いくつかの態様では、hoCD122は、ネイティブなヒトCD122タンパク質においてQ70、T73、H133、Y134で置換されている。いくつかの態様では、hoCD122は、アミノ酸置換H133およびY134を含む。いくつかの態様では、アミノ酸置換は、酸性アミノ酸、例えばアスパラギン酸および/またはグルタミン酸に対するものである。特異的アミノ酸置換は、ネイティブなヒトCD122に対するQ70Y;T73D;T73Y;H133D、H133E;H133K;Y134F;Y134E;Y134Rを含むが、それに限定されるわけではない。オルソロガスなサイトカインの選択は、オルソロガスな受容体の選定によって異なり得る。
様々な態様では、本開示の組成物および方法は、次式のアミノ酸配列を含むhIL2ムテインであるヒトIL2オルソログ(すなわち、オルソゴナルなhIL-2、hoIL2)の使用を含む:
(AA1)-(AA2)-(AA3)-(AA4)-(AA5)-(AA6)-(AA7)-(AA8)-(AA9)i-T10-Q11-L12-(AA13)-(AA14)-(AA15)-(AA16)-L17-(AA18)-(AA19)-(AA20)-L21-(AA22)-(AA23)-I24-L25-N26-(AA27)-I28-N29-N30-Y31-K32-N33-P34-K35-L36-T37-(AA38)-(AA39)-L40-T41-(AA42)-K43-F44-Y45-M46-P47-K48-K49-A50-(AA51)-E52-L53-K54-(AA55)-L56-Q57-C58-L59-E60-E61-E62-L63-K64-P65-L66-E67-E68-V69-L70-N71-L72-A73-(AA74)-S75-K76-N77-F78-H79-(AA80-(AA81)-P82-R83-D84-(AA85)-(AA86)-S87-(AA88)-(AA89)-N90-(AA91)-(AA92)-V93-L94-E95-L96-(AA97)-G98-S99-E100-T101-T102-F103-(AA104)-C105-E106-Y107-A108-(AA109)-E110-T111-A112-(AA113)-I114-V115-E116-F117-L118-N119-R120-W121-I122-T123-F124-(AA125)-(AA126)-S127-I128-I129-(AA130)-T131-L132-T133
[式中:
・ AA1は、A(野生型)であるか、または欠失しており;
・ AA2は、P(野生型)であるか、または欠失しており;
・ AA3は、T(野生型)、C、A、G、Q、E、N、D、R、K、Pであるか、または欠失しており;
・ AA4は、S(野生型)であるか、または欠失しており;
・ AA5は、S(野生型)であるか、または欠失しており;
・ AA6は、S(野生型)であるか、または欠失しており;
・ AA7は、T(野生型)であるか、または欠失しており;
・ AA8は、K(野生型)であるか、または欠失しており;
・ AA9は、K(野生型)であるか、または欠失しており;
・ AA13は、Q(野生型)、Wであるか、または欠失しており;
・ AA14は、L(野生型)、M、Wであるか、または欠失しており;
・ AA15は、E(野生型)、K、D、T、A、S、Q、Hであるか、または欠失しており;
・ AA16は、H(野生型)、NもしくはQであるか、または欠失しており;
・ AA18は、L(野生型)またはR、G、M、F、E、H、W、K、Q、S、V、I、Y、H、DもしくはTであり;
・ AA19は、L(野生型)、A、V、Iであるか、または欠失しており;
・ AA20は、D(野生型)、T、S、M、L、または欠失しており;
・ AA22は、Q(野生型)もしくはF、E、G、A、L、M、F、W、K、S、V、I、Y、H、R、N、D、T、Fであるか、または欠失しており;
・ AA23は、M(野生型)、A、W、H、Y、F、Q、S、V、L、Tであるか、または欠失しており;
・ AA27は、G(野生型)、K、Sであるか、または欠失しており;
・ AA38は、R(野生型)、WまたはGであり;
・ AA39は、M(野生型)、LまたはVであり;
・ AA42は、F(野生型)またはKであり;
・ AA51は、T(野生型)、Iであるか、または欠失しており;
・ AA55は、H(野生型)またはYであり;
・ AA74は、Q(野生型)、N、H、Sであり;
・ AA80は、L(野生型)、FまたはVであり;
・ AA81は、R(野生型)、I、D、Y、Tであるか、または欠失しており;
・ AA85は、L(野生型)またはVであり;
・ AA86は、I(野生型)またはVであり;
・ AA88は、N(野生型)、EもしくはQであるか、または欠失しており;
・ AA89は、I(野生型)またはVであり;
・ AA91は、V(野生型)、RまたはKであり;
・ AA92は、I(野生型)またはFであり;
・ AA97は、K(野生型)またはQであり;
・ AA104は、M(野生型)またはAであり;
・ AA109は、D(野生型)、Cまたは活性化側鎖を有する非天然アミノ酸であり;
・ AA113は、T(野生型)またはNであり;
・ AA125は、C(野生型)、AまたはSであり;
・ AA126は、Q(野生型)またはH、M、K、C、D、E、G、I、R、S、もしくはTであり;かつ/あるいは
・ AA130は、S(野生型)、TまたはRである。]
・ [E15S-H16Q-L19V-D20L-Q22K]
・ [H16N、L19V、D20N、Q22T、M23H、G27K];
・ [E15D、H16N、L19V、D20L、Q22T、M23H];
・ [E15D、H16N、L19V、D20L、Q22T、M23A]、
・ [E15D、H16N、L19V、D20L、Q22K、M23A];
・ [E15S;H16Q;L19V、D20T;Q22K、M23L];
・ [E15S;H16Q;L19V、D20T;Q22K、M23S];
・ [E15S;H16Q;L19V、D20S;Q22K、M23S];
・ [E15S;H16Q;L19I、D20S;Q22K;M23L];
・ [E15S;L19V;D20M;Q22K;M23S];
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・ [E15Q;L19V;D20M;Q22K;M23S];
・ [E15Q;H16Q;L19V;D20T;Q22K;M23V];
・ [E15H;H16Q;L19I;D20S;Q22K;M23L];
・ [E15H;H16Q;L19I;D20L;Q22K;M23T];
・ [L19V;D20M;Q22N;M23S]。
CD122オルソゴナル受容体に対するIL2オルソログの活性および選択性に寄与する前述の改変に加えて、IL2オルソログは、IL2の活性に最小の効果を提供する1つまたは複数の改変をその一次構造に含み得る。いくつかの態様では、本開示のIL2オルソログは、野生型IL-2アミノ酸配列内にもう1つの保存的アミノ酸置換をさらに含み得る。このような保存的置換は、DayhoffによってThe Atlas of Protein Sequence and Structure 5 (1978)に、およびArgosによってEMBO J., 8:779-785 (1989)に記載された置換を含む。保存的置換は、一般的に、表XXXとして示される以下のチャートに従って行われる。
本開示のIL2オルソログは、IL2オルソログがCHO細胞またはHEK細胞などの哺乳動物細胞において発現された場合に脱グリコシル化IL2オルソログの産生を容易にするための、位置Thr3のO-グリコシル化部位を除去するための改変を含み得る。したがってある特定の態様では、IL2オルソログは、ヒトIL-2の残基3に対応する位置のIL-2のO-グリコシル化部位を除去する改変を含む。一態様では、ヒトIL-2の残基3に対応する位置のIL-2のO-グリコシル化部位を除去する該改変はアミノ酸置換である。例示的なアミノ酸置換は、生体活性を消失させずに位置3のグリコシル化部位を取り除くT3A、T3G、T3Q、T3E、T3N、T3D、T3R、T3K、およびT3Pを含む(米国特許第5,116,943号;Weiger et al., (1989) Eur. J. Biochem., 180:295-300を参照されたい)。特定の態様では、該改変はアミノ酸置換T3Aである。
内因性プロテアーゼは、リーダー配列の非存在下の細菌発現系で直接組み換え産生された場合、N末端側Met-Ala1残基の欠失をもたらし、「desAla1」IL2オルソログを提供する。IL2オルソログは、最初の2つのアミノ酸の欠失(desAla1-desPro2)のみならず、N末端側改変、特にシステインのスルフヒドリル基のPEG化を容易にするために、Thr3グリコシル化のシステイン残基による置換(T3C)を含み得る(例えば、1993年4月27日に発行されたKatreら、米国特許第5,206,344号を参照されたい)。IL2オルソログは、位置1~9、代替的に位置1~8、代替的に位置1~7、代替的に位置1~6、代替的に位置1~5、代替的に位置1~4、代替的に位置1~3、代替的に位置1~2のうち1つまたは複数でのN末端側アミノ酸の除去をさらに含み得る。
本開示のいくつかの態様では、IL2オルソログは、有効性の実質的な喪失なしに血管漏出症候群、ヒトにおけるIL2療法の使用の実質的にマイナスで用量制限性の副作用を回避するためのアミノ酸置換を含む。2009年4月7日に発行されたEpsteinら、米国特許第7,514,073B2号を参照されたい。本開示のIL2オルソログに含まれるこのような改変の例は、R38W、R38G、R39L、R39V、F42K、およびH55Yのうち1つまたは複数を含む。
上述のように、本開示の組成物は、対象において延長されたインビボ寿命および/または延長された作用持続時間を提供するように改変されたIL2オルソログを含む。このような延長された寿命および/または作用持続時間を提供するための改変は、IL2オルソログの一次配列への改変、担体分子とのコンジュゲーション(例えばアルブミン、アシル化、PEG化)、およびFc融合を含む。
上述のように、IL2オルソログという用語は、対象において延長されたインビボ寿命および/または延長された作用持続時間を提供するためのIL2オルソログの改変を含む。
いくつかの態様では、IL2オルソログは、延長された半減期などの所望の薬理学的特性を提供するために担体分子へのコンジュゲーションにより達成され得る、IL2オルソログにある種の特性(例えば、対象における延長された作用持続時間)を提供するように改変される。いくつかの態様では、例えば当技術分野に公知のPEG化、グリコシル化、脂肪酸アシル化、その他によってその半減期を延長するために、IL2オルソログをIgGのFcドメイン、アルブミン;または他の分子に共有結合的に連結することができる。
いくつかの態様では、IL2オルソログは、延長されたインビボ曝露を容易にすることが当技術分野において公知であるアルブミン分子(例えばヒト血清アルブミン)との融合タンパク質として発現される。
を含む。
いくつかの態様では、IL2オルソログは、1つまたは複数の水溶性ポリマーとコンジュゲートされる。本発明の実施に有用な水溶性ポリマーの例は、ポリエチレングリコール(PEG)、ポリ-プロピレングリコール(PPG)、多糖(ポリビニルピロリドン、エチレングリコールとプロピレングリコールとのコポリマー、ポリ(オキシエチル化ポリオール)、ポリオレフィンアルコール、多糖、ポリ-アルファ-ヒドロキシ酸、ポリビニルアルコール(PVA)、ポリホスファゼン、ポリオキサゾリン(POZ)、ポリ(N-アクリロイルモルホリン)、またはそれらの組み合わせを含む。
[PEG]-[リンカー]n-[hoIL2]
[式中、n=0もしくは1である]、または
[PEG]-[リンカー]n-hIL2[desAla1E15S-H16Q-L19V-D20L-Q22K-M23A]
[式中、n=0もしくは1である]
のヒトIL2オルソログである。
[式中、n=0または1である]
のヒトIL2オルソログである。一態様では、IL2オルソログは構造:
40kD分岐PEG-リンカー-hIL2[desAla1-E15S-H16Q-L19V-D20L-Q22K-M23A]-COOH
[式中、40kD分岐PEG-リンカーは構造:
である]
を有するヒトIL2オルソログである。
いくつかの態様では、本開示のIL2オルソログは、Resh (2016) Progress in Lipid Research 63: 120-131に記載されるように脂肪酸分子とのコンジュゲーションによってアシル化され得る。コンジュゲートされ得る脂肪酸の例は、ミリステート、パルミテートおよびパルミトレイン酸を含む。ミリストイレートは、典型的には、N末端グリシンに連結されるが、リシンもミリストイル化され得る。パルミトイル化は、典型的には、S-パルミトイル化を触媒するDHHCタンパク質などの遊離システインの-SH基の酵素修飾によって達成される。セリンおよびスレオニン残基のパルミトレイル化(palmitoleylation)は、典型的には、PORCN酵素を使用して酵素的に達成される。
いくつかの態様では、IL-2ムテインは、N末端アセチルトランスフェラーゼおよび例えばアセチルCoAとの酵素反応によってN末端がアセチル化される。N末端アセチル化に代替的にまたは追加的に、IL-2ムテインは、例えばリシンアセチルトランスフェラーゼとの酵素反応によって1つまたは複数のリシン残基がアセチル化される。例えば、Choudhary et al. (2009) Science 325 (5942):834L2 ortho840を参照されたい。
いくつかの態様では、IL2融合タンパク質は、IgG重鎖可変領域を欠如するIgGサブクラスの抗体に由来するFc領域を組み入れる場合がある。「Fc領域」は、パパインによるIgGの消化によって産生されるIgG C末端ドメインと相同な天然または合成ポリペプチドであることができる。IgG Fcは、約50kDaの分子量を有する。変異型IL-2ポリペプチドは、Fc領域全体、またはそれが一部分をなすキメラポリペプチドの循環半減期を延長する能力を保持するより小さな部分を含むことができる。加えて、全長または断片化Fc領域は、野生型分子のバリアントであることができる。すなわち、それらは、ポリペプチドの機能に影響する場合も影響しない場合もある変異を含有することができ;下にさらに記載するように、天然型の活性がすべての場合で必要または所望のわけではない。特定の態様では、IL-2ムテイン融合タンパク質(例えば、本明細書に記載されるIL-2部分アゴニストまたはアンタゴニスト)は、IgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4 Fc領域を含む。例示的なFc領域は、補体結合およびFc受容体の結合を阻害する変異を含むことができる、またはこれは溶解性であり得、すなわち、補体と結合する、または抗体依存性補体溶解(ADCC)などの別のメカニズムを介して細胞を溶解することができる。
いくつかの態様では、IL2オルソログは特定の細胞型または組織発現の細胞表面分子に選択的に結合するポリペプチド配列(「ターゲティングドメイン」)との融合タンパク質として提供される。いくつかの態様では、標的付けられたIL2オルソログ融合タンパク質のIL2オルソログおよびターゲティングドメインは、任意で、融合タンパク質のIL2オルソログ配列と、ターゲティングドメインの配列との間に1~40、代替的に2~20、代替的に5~20、代替的に10~20、または代替的に4~8つのアミノ酸のリンカー分子を組み入れている場合がある。
オルソゴナルなCD122をコードするポリヌクレオチドを内因性CD122遺伝子内に導入するためにリンパ球(例えばT細胞)または骨髄系細胞集団が処理された後、もたらされた改変細胞を、オルソゴナルなIL-2リガンド、例えば上記または本明細書の他の箇所に記載されたものとの接触によって特異的に拡大増殖させることができる。一態様では、本開示は、混合細胞集団からオルソゴナルなCD122受容体を発現している操作された細胞(例えばリンパ球または骨髄系細胞)の集団を選択的に拡大増殖させる方法であって、混合細胞集団を本開示のIL2オルソログと、操作された細胞の増殖を容易にする条件下で接触させることを含む方法を提供する。一態様では、リンパ球または骨髄系細胞がCAR-T細胞も発現する場合、オルソゴナルな受容体を発現しているCARリンパ球(例えばT細胞)または骨髄系細胞はまた、本明細書に記載されるIL2オルソログの使用によりバックグラウンドまたは形質導入細胞と非形質導入細胞との混合集団から選択的に拡大増殖され得る。治療適用のためのリンパ球(例えばT細胞)または骨髄系細胞の拡大増殖は、典型的には、CD3 TCR複合体関連シグナルを刺激する作用物質およびT細胞表面の共刺激分子を刺激する作用物質を提供している表面と接触している細胞を培養することを伴う。従来の常法では、操作されたT細胞は、特に臨床適用に使用するためのCAR-T細胞の調製において、CD3/D28と接触させることにより細胞療法産物の投与前に刺激される。Invitrogen(登録商標)CTS Dynabeads(登録商標)CD3/28(Life Technologies, Inc. Carlsbad CA)またはMiltenyi MACS(登録商標)GMP ExpAct TregビーズまたはMiltenyi MACS GMP TransAct(商標)CD3/28ビーズ(Miltenyi Biotec, Inc.)を含むが、それに限定されるわけではない多種多様な、または市販の製品が、ビーズベースのT細胞活性化を容易にするために利用可能である。T細胞培養に適した条件は、当技術分野において周知である。Lin, et al. (2009) Cytotherapy 11(7):912-922;オンラインで2015年1月16日に公開されたSmith, et al. (2015) Clinical & Translational Immunology 4:e31。標的細胞は、成長を支援するために必要な条件下で、例えば、適切な温度(例えば37℃)および雰囲気(例えば、空気+5% CO2)で維持される。いくつかの態様では、CD122オルソゴナル受容体を発現している操作されたT細胞を含有している混合細胞集団は、ある濃度のIL2オルソログの存在下で少なくとも2時間、代替的に少なくとも3時間、代替的に少なくとも4時間、代替的に少なくとも6時間、代替的に少なくとも8時間、代替的に少なくとも12時間、代替的に少なくとも24時間、代替的に少なくとも48時間、代替的に少なくとも72時間、またはそれ以上培養される。エクスビボ状況におけるIL2オルソログの濃度は、細胞集団において細胞増殖を誘導するために十分である。顕微鏡法によりT細胞増殖を容易に評価することができ、IL2オルソログの最適濃度の決定は、オルソゴナルなCD122受容体に対するIL2オルソログの相対活性に依存するであろう。
本開示は、疾患、障害または状態を患う哺乳動物対象を予防または治療する方法であって、対象に、オルソゴナルなリガンド(hoIL2)と組み合わせて治療有効量のhoCD122pos/wt hCD122neg細胞を投与することによる方法をさらに提供する。対象への、hoCD122pos/wt hCD122neg細胞集団と組み合わせたオルソゴナルなリガンドの投与は、対象におけるhoCD122pos/wt hCD122neg細胞の選択的活性化および/または増殖を提供する。
本開示の治療方法の態様は、IL2オルソログ(および/またはIL2オルソログをコードする核酸)を含む薬学的製剤の、治療を必要とする対象への投与を伴う。対象への投与は、静脈内に、ボーラスとして、またはある期間にわたる連続注入によって達成され得る。代替的な投与経路は、筋肉内、腹腔内、脳脊髄内、皮下、関節内、滑液包内、くも膜下腔内、経口、外用、または吸入経路を含む。IL2オルソログはまた、腫瘍内、腫瘍周囲、病変内、結節内もしくは病変周囲経路により、またはリンパに適切に投与されて、局所治療効果のみならず全身治療効果を発揮する。
本開示のIL2オルソログ(またはそれをコードする核酸)は、対象に薬学的に許容される剤形で投与され得る。好ましい製剤は、意図される投与様式および治療的適用に依存する。
いくつかの態様では、本開示の方法は、IL2オルソログの非経口投与を伴う。非経口投与経路の例は、例えば、静脈内、皮内、皮下、経皮(外用)、経粘膜、および直腸投与を含む。非経口適用のために使用される溶液または懸濁液を含む非経口製剤は、ビヒクル、担体および緩衝剤を含むことができる。非経口投与のための薬学的製剤は、無菌水溶液(水溶性の場合)または分散物、および無菌注射液または分散物の即時調製のための無菌粉末を含む。非経口調製物を、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、ディスポーザブルシリンジまたは多人数用バイアル中に封入することができる。一態様では、製剤は非経口投与のために充填済みシリンジ中に提供される。
経口組成物は、使用される場合、一般的に不活性希釈剤または食用担体を含む。経口治療用投与のために、活性化合物を賦形剤と混合し、錠剤、トローチ、またはカプセル剤、例えばゼラチンカプセル剤の形態で使用することができる。経口組成物をまた、マウスウォッシュとしての使用のために液体担体を使用して調製することができる。薬学的に許容され得る結合剤、および/または補助物質を組成物の部分として含ませることができる。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ、その他は、以下の成分または類似の性質の化合物のいずれかを含有することができる:結晶セルロース、トラガカントゴムもしくはゼラチンなどの結合剤;デンプンもしくはラクトースなどの賦形剤、アルギン酸、Primogel(商標)、もしくはコーンスターチなどの崩壊剤;ステアリン酸マグネシウムまたはSterotes(商標)などの滑沢剤;コロイド状二酸化ケイ素などの流動促進剤;スクロースもしくはサッカリンなどの甘味剤;またはペパーミント、サリチル酸メチル、もしくはオレンジ香料などの香味剤。
吸入による投与の場合、対象IL2オルソログまたはそれをコードする核酸は、適切な噴射剤、例えば、二酸化炭素などの気体を含有する加圧容器もしくはディスペンサー、またはネブライザーからのエアロゾルスプレーの形態で送達される。このような方法は、米国特許第6,468,798号に記載されるものを含む。
対象IL2オルソログまたは核酸の全身投与はまた、経粘膜または経皮手段によることができる。経粘膜または経皮投与のために、透過されるべきバリアに適した浸透剤が製剤中に使用される。このような浸透剤は、当技術分野において一般的に公知であり、例えば経粘膜投与のための、洗剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体を含む。経粘膜投与を、点鼻薬または直腸送達のための坐剤(例えば、カカオ脂および他のグリセリドなどの従来の坐剤用基剤を用いる)もしくは停留浣腸の使用により果たすことができる。経皮投与のために、活性化合物は、当技術分野において一般的に公知の軟膏、膏薬、ゲル、またはクリームに製剤化され、エタノールまたはラノリンなどの透過促進剤を組み入れている場合がある。
本開示の方法のいくつかの態様では、IL2オルソログが治療を必要とする対象に製剤として投与されて、IL2オルソログ剤の徐放を提供する。注射用組成物の徐放製剤の例は、組成物中に吸収を遅延させる作用物質、例えばモノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンを含ませることによって生じさせることができる。一態様では、対象IL2オルソログまたは核酸は、変異型IL-2ポリペプチドを身体からの急速な除去から守る担体、例えば植え込み片およびマイクロカプセル化送達システムを含む制御放出製剤を用いて調製される。生分解性の生体適合性ポリマー、例えばエチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸を使用することができる。このような製剤を、標準的な技術を使用して調製することができる。物質はまた、Alza CorporationおよびNova Pharmaceuticals, Inc.から商業的に入手することができる。リポソーム懸濁物(ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を用いて感染細胞に標的付けられたリポソームを含む)をまた、薬学的に許容される担体として使用することができる。これらを、当業者に公知の方法により、例えば、米国特許第4,522,811号に記載されるように調製することができる。
IL2オルソログを含むIL2オルソログタンパク質薬学的製剤の対象への投与の代わりに、IL2オルソログは、選択的IL2オルソログへの対象の連続曝露を達成するための、IL2オルソログをコードする核酸構築物の薬学的に許容される製剤の対象への投与によって対象に提供され得る。IL2オルソログをコードする組み換えベクターの投与は、IL2オルソログの対象への長期送達およびこのようなIL2オルソログと関連する同族オルソゴナル受容体を発現するように操作された対応する細胞の長期活性化を提供する。本開示の方法のいくつかの態様では、McCaffreyら(Nature 418:6893, 2002)、Xiaら(Nature Biotechnol. 20: 1006-1010, 2002)、またはPutnam(Am. J. Health Syst. Pharm. 53: 151-160, 1996、Am. J. Health Syst. Pharm. 53:325, 1996に正誤表)に記載された方法を含むが、それに限定されるわけではない、当技術分野において公知の方法を使用するトランスフェクションまたは感染によって、IL2オルソログをコードする核酸が対象に投与される。
別の態様では、IL2オルソログは、IL2オルソログをコードするウイルスベクターの状態の核酸発現構築物の形態で対象に投与され得る。「ウイルスベクター」および「ウイルス」という用語は、タンパク質合成メカニズムもエネルギー生成メカニズムも有しない偏性細胞内寄生体のいずれか指すために本明細書において互換的に使用される。ウイルスゲノムは、脂質膜のタンパク質の被覆構造をとって含有されるRNAまたはDNAであり得る。ウイルスおよびウイルスベクターという用語は、本明細書において互換的に使用される。本発明の実施に有用なウイルスは、好ましくは、バキュロウイルス科(baculoviridiae)、パルボウイルス科(parvoviridiae)、ピコルナウイルス科(picornoviridiae)、ヘルペスウイルス科(herpesviridiae)、ポックスウイルス科(poxviridae)、またはアデノウイルス科(adenoviridiae)より選択される組み換え改変されたエンベロープまたは非エンベロープDNAウイルスおよびRNAウイルスを含む。ウイルスは、外因性導入遺伝子(例えば、IL2オルソログをコードする核酸配列)の発現を含むように組み換えDNA技術によって改変され、複製欠損、条件付き複製性または複製適格性であるように操作され得る。ウイルス骨格がウイルスベクターのパッケージングに必要な配列だけを含有し、任意で導入遺伝子発現カセットを含み得る最小のベクターシステムもまた採用され得る。「複製欠損」という用語は、野生型哺乳動物細胞における複製のために高度に弱毒化されたベクターを指す。このようなベクターを多量に産生するために、プロデューサー細胞株は、一般的にヘルパーウイルスを用いた共トランスフェクションによって生み出され、または失われた機能を補うようにゲノムが改変される。「複製適格ウイルスベクター」という用語は、感染、DNA複製、パッケージングおよび感染細胞の溶解が可能なウイルスベクターを指す。「条件付き複製性ウイルスベクター」という用語は、特定の細胞型において選択的発現を達成するために設計された複製適格ベクターを指すために本明細書で使用される。このような条件付き複製は、組織特異的な、腫瘍特異的なもしくは細胞型特異的な、または他の選択的に誘導された調節制御配列を初期遺伝子(例えば、アデノウイルスベクターのE1遺伝子)に機能的に連結することによって達成され得る。組み換えウイルスベクターまたは非ウイルスベクターによる対象の感染は、対象においてIL2オルソログの長期発現を提供することができ、CD122オルソゴナル受容体を発現している操作されたT細胞の連続的な選択的維持を提供することができる。一態様では、IL2受容体をコードするウイルスベクターシステム中の核酸配列は、調節性プロモーター、誘導性プロモーター、組織特異的もしくは腫瘍特異的プロモーター、または時間調節型プロモーターの制御下にある。
いくつかの態様では、オルソゴナルな受容体を発現しているヒト免疫細胞は、キメラ抗原受容体を表面に発現するようにも改変されているT細胞(例えばヒトT細胞)(「CAR-T」細胞)である。いくつかの態様では、T細胞は、オルソゴナルなCD122を発現するように、および同じ手順でCAR-Tを発現するように改変される。例えば、いくつかの態様では、オルソゴナルなCD122をコードするポリヌクレオチドおよびCAR-Tをコードするポリヌクレオチドは、T細胞に導入され、IL-2オルソログ、CAR-Tリガンド、またはその両方を使用して、もたらされた細胞産物を本明細書に記載されるように選択的に拡大増殖させることができる。いくつかの態様では、T細胞レシピエントがオルソゴナルなCD122およびCARタンパク質を発現する(そしてもはや内因性CD122を発現しない)ように、例えば適切な発現制御エレメントによって隔てられた、オルソゴナルなCD122およびCAR-Tをコードするポリヌクレオチドが、T細胞に導入される。
上述のように、CARは、シグナルペプチドを含み得る。本発明の実施において、任意の真核生物シグナルペプチド配列が採用され得る。シグナルペプチドは、表面発現タンパク質のネイティブなシグナルペプチドに由来し得る。本発明の一態様では、CARのシグナルペプチドは、ヒト血清アルブミンシグナルペプチド、プロラクチンアルブミンシグナルペプチド、ヒトIL2シグナルペプチド、ヒトトリプシノーゲン2、ヒトCD-5、ヒト免疫グロブリンカッパ軽鎖、ヒトアズロシジン、ガウシア(Gaussia)ルシフェラーゼおよびそれらの機能的誘導体からなる群より選択されるシグナルペプチドである。シグナルペプチドを使用して分泌効率を増大させるための特定のアミノ酸置換は、Stern, et al. (2007) Trends in Cell and Molecular Biology 2:1-17およびKober, et al. (2013) Biotechnol Bioeng. 1110(4):1164-73に記載されている。代替的に、シグナルペプチドは、確立された原理に従って調製された合成配列であり得る。例えば、Nielsen, et al. (1997) Protein Engineering 10(1):1-6 (Identification of prokaryotic and eukaryotic signal peptides and prediction of their cleavage sites);Bendtsen, et al (2004) J. Mol. Biol 340(4):783-795 (Improved Prediction of Signal Peptides SignalP 3.0);Petersen, et al (2011) Nature Methods 8:785-796 (Signal P 4.0; discriminating signal peptides from transmembrane regions)を参照されたい。
本明細書で使用される抗原結合ドメイン(ABD)という用語は、標的細胞の表面に発現された少なくとも1つの抗原に特異的に結合する少なくとも1つの結合ドメインを含有するポリペプチドを指す。いくつかの態様では、ABDは、標的細胞表面の同じ抗原または2つの異なる抗原に選択的に結合する2つの結合ドメインを有するポリペプチドを含む。ABDは、標的細胞表面に発現された1つまたは複数の抗原に特異的に結合する任意のポリペプチドであり得る。CARのABDは、一価または多価の場合があり、細胞表面腫瘍抗原に特異的に結合する1つまたは複数(例えば、1、2、または3つ)のポリペプチド配列(例えば、scFv、VHH、リガンド)を含む。いくつかの態様では、このような細胞表面腫瘍に選択的に結合するABDを含む腫瘍抗原およびCARは、当技術分野において公知である(例えば、Dotti, et al., Immunol Rev. 2014 January;257(1)を参照されたい。本開示の方法および組成物はCAR療法と併用して有用であり、ここで、CARのABDは、CD123、CD19、CD20、BCMA、CD22、CD30、CD70、ルイスY、GD3、GD3、メソセリン、ROR CD44、CD171、EGP2、EphA2、ErbB2、ErbB3/4、FAP、FAR IL11Ra、PSCA、PSMA、NCAM、HER2、NY-ESO-1、MUC1、CD123、FLT3、B7-H3、CD33、IL1RAP、CLL1(CLEC12A)PSA、CEA、VEGF、VEGF-R2、CD22、ROR1、GPC3、メソセリン、c-Met、糖脂質F77、FAP、EGFRvIII、MAGE A3、5T4、WT1、KG2Dリガンド、葉酸受容体(FRa)、およびWnt1抗原を含むが、それに限定されるわけではない腫瘍抗原と特異的に結合する。これらの標的と反応する抗体は文献から周知であり、当業者は、CARのABDに組み入れられ得る一本鎖抗体(例えば、scFv、CDR移植VHH、その他)のポリペプチド配列の構築のためにこのような抗体からCDRを単離することが可能である。
本発明の実施に有用なCARは、任意で、CARのドメインを連結している、特にCARのARDと膜貫通ドメインとの間の連結である1つまたは複数のポリペプチドスペーサーを含み得る。CAR構造の不可欠なエレメントでないものの、スペーサードメインの包含は、一般的に、ARDによる抗原認識を容易にするために望ましいと見なされる。Moritz and Groner (1995) Gene Therapy 2(8) 539-546。本明細書に記載されるCAR-T T細胞技術と共に使用される「リンカー」、「リンカードメイン」および「リンカー領域」という用語は、本開示のCARのドメイン/領域のいずれかを一緒に連結する、約1~100アミノ酸長のオリゴペプチドまたはポリペプチド領域を指す。リンカーは、隣接タンパク質ドメインが互いに対して自由に移動するように、グリシンおよびセリンのようなフレキシブルな残基から構成される場合がある。ある特定の態様は、2つの隣接ドメインが互いに立体的に妨害しないことを保証することが望ましい場合に、長さのより長いリンカーの使用を含む。
CARは、CARのABD(または採用する場合はリンカー)を細胞内細胞質ドメインと接続する膜貫通ドメインをさらに含むことができる。膜貫通ドメインは、真核細胞膜内で熱力学的に安定な任意のポリペプチド配列から構成される。膜貫通ドメインは、天然膜貫通タンパク質の膜貫通ドメインに由来する場合または合成の場合がある。合成膜貫通ドメインの設計において、αヘリックス構造に好都合なアミノ酸が好ましい。CARの構築に有用な膜貫通ドメインは、αヘリックス二次構造を有する編成に好都合なおよそ10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、22、23、または24個のアミノ酸から構成される。好都合なαヘリックスコンフォメーションを有するアミノ酸は、当技術分野において周知である。例えば、Pace, et al. (1998) Biophysical Journal 75: 422-427を参照されたい。αヘリックスコンフォメーションにおいて特に好都合なアミノ酸は、メチオニン、アラニン、ロイシン、グルタミン酸、およびリシンを含む。いくつかの態様では、CAR膜貫通ドメインは、CD3ζ、CD4、CD8、CD28、その他などのI型膜貫通タンパク質からの膜貫通ドメインに由来し得る。
CARポリペプチドの細胞質ドメインは、1つまたは複数の細胞内シグナルドメインを含む。一態様では、細胞内シグナルドメインは、抗原受容体の会合後にシグナル伝達を開始するT細胞受容体(TCR)および共受容体の細胞質配列ならびにそれらの機能的誘導体および亜断片を含む。細胞質シグナル伝達ドメイン、例えばT細胞受容体ゼータ鎖に由来するものは、キメラ受容体と標的抗原との会合後のTリンパ球または骨髄系細胞の増殖およびエフェクター機能についての刺激シグナルを産生するために、CARの部分として採用される。細胞質シグナル伝達ドメインの例は、CD27の細胞質ドメイン、CD28の細胞質ドメインS、CD137(4-1BBおよびTNFRSF9とも称される)の細胞質ドメイン、CD278(ICOSとも称される)の細胞質ドメイン、PI3キナーゼのp110α、β、またはδ触媒サブユニット、ヒトCD3ζ鎖、CD134(OX40およびTNFRSF4とも称される)の細胞質ドメイン、FcεR1γおよびβ鎖、MB1(Igα)鎖、B29(Igβ)鎖、その他)、CD3ポリペプチド(δ、Δおよびε)、sykファミリーチロシンキナーゼ(Syk、ZAP 70、その他)、srcファミリーチロシンキナーゼ(Lck、Fyn、Lyn、その他)ならびにT細胞伝達に関与する他の分子、例えばCD2、CD5およびCD28を含むが、それに限定されるわけではない。
いくつかの態様では、CARはまた、共刺激ドメインを提供し得る。「共刺激ドメイン」という用語は、一次特異的刺激が伝播される二次非特異的活性化メカニズムを提供するCARの刺激ドメイン、典型的にはエンドドメインを指す。共刺激ドメインは、メモリー細胞の増殖、生存および発生を高めるCARの部分を指す。共刺激の例は、T細胞受容体を経由する抗原特異的シグナル伝達後の抗原非特異的T細胞共刺激およびB細胞受容体を経由するシグナル伝達後の抗原非特異的B細胞共刺激を含む。共刺激、例えばT細胞共刺激、および関与する因子は、Chen & Flies. (2013) Nat Rev Immunol 13(4):227-42に記載されている。本開示のいくつかの態様では、CSDは、TNFRスーパーファミリーのメンバー、CD28、CD137(4-1BB)、CD134(OX40)、Dap10、CD27、CD2、CD5、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、Lck、TNFR-I、TNFR-II、Fas、CD30、CD40またはそれらの組み合わせのうち1つまたは複数を含む。
hoCD122+/nCD122-オルソゴナル細胞の選択的活性化
いくつかの態様では、本開示は、細胞の混合集団を、オルソゴナルな細胞のオルソゴナルなCD122に対する同族リガンドであるIL2オルソログと接触させることによって、オルソゴナルなヒトCD122(hoCD122)ポリペプチドをコードするゲノム組み込み型ポリヌクレオチドを含む、操作されたヒト免疫細胞の増殖を選択的に活性化および/または刺激するための方法を提供する。いくつかの態様では、本開示は、操作されたヒト免疫細胞においてhoCD122の発現を引き起こすために、ヒト免疫細胞において機能的な少なくとも1つの発現制御配列と機能的に連結されるhoCD122をコードするゲノム組み込み型ポリヌクレオチドを含む操作されたヒト免疫細胞を提供する。
いくつかの態様では、本開示は、疾患、障害または状態を患う対象の治療のための治療的方法であって、対象への、オルソゴナルな細胞上に発現されたオルソゴナルなCD122に対する同族リガンドであるIL2オルソログの投与と組み合わせた、オルソゴナルなヒトCD122(hoCD122)ポリペプチドをコードするゲノム組み込み型ポリヌクレオチドを含む操作されたヒト免疫細胞集団の投与を含む治療的方法を提供する。
いくつかの態様では、本開示の方法は、任意で、操作されたオルソゴナルな細胞を対象に投与する前のリンパ球枯渇段階をさらに含む。リンパ球枯渇は、典型的には対象において、CAR-TまたはTILを支援するための非特異的作用物質(例えばIL2)の投与と組み合わせた、CAR-TまたはTILを含む混合細胞集団の投与による養子細胞療法と一緒に行われる。研究は、リンパ球枯渇が養子細胞移入に関連して治療上の利益を有し得ることを示唆している。リンパ球枯渇は、Tregを枯渇させ、細胞「シンク」を取り除き、養子移入された細胞が対象において増殖する物理的空間を提供し、恒常性サイトカイン、例えばIL-7およびIL-15を求めた競合を低減し、免疫抑制リンパ球および骨髄系集団を低減することが報告されている。しかし、リンパ球枯渇が養子細胞移入治療に関連するある特定の重度毒性と関連することに留意すべきである。リンパ球枯渇レジメンは、完全骨髄回復が7~10日以内で、典型的には造血幹細胞の補助を必要としない、短いが深在性のリンパ球減少症および好中球減少症を引き起こす。医療関係者によってリンパ球枯渇が必要と考えられる状況では、対象は、もたらされる任意の毒性に対処するために厳重にモニタリングされるべきである。
一態様では、本開示は、hoCD122 ECDを含むオルソゴナルな受容体およびその細胞外ドメインがCD19に特異的に結合するキメラ抗原受容体を発現するようにゲノムが改変された、複数の操作されたT細胞の投与および式1のオルソゴナルなIL2リガンドの同時発生的組み合わせ投与、ならびに式1のオルソゴナルなIL2リガンドの定期的投与を含む維持療法による血液腫瘍性疾患の再発の予防によって血液腫瘍性疾患を患う対象を治療する方法を提供する。
本開示の組成物および方法は、さらなる治療的作用物質と組み合わされる場合がある。例えば、治療すべき疾患、障害または状態が腫瘍性疾患(例えばがん)である場合、本開示の方法は、従来の化学療法剤または他の生物学的抗がん薬、例えばチェックポイント阻害剤(例えば、PD1もしくはPDL1阻害剤)もしくは治療用モノクローナル抗体(例えば、アバスチン、ハーセプチン)と組み合わされる場合がある。
いくつかの態様では、補助作用物質は化学療法剤である。いくつかの態様では、補助作用物質は複数の化学療法剤の「カクテル」である。いくつかの態様では、化学療法剤またはカクテルは、1つまたは複数の物理的方法(例えば放射線療法)と組み合わせて投与される。「化学療法剤」という用語は、アルキル化剤、例えばチオテパおよびシクロホスファミド;アルキルスルホネート、例えばブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファン;アジリジン、例えばベンゾデパ、カルボコン、メツレデパおよびウレデパ;アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミドおよびトリメチロールメラミンを含むエチレンイミンおよびメチラメラミン(methylamelamine);ナイトロジェンマスタード、例えばクロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノブエンビキン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタード;ニトロソ尿素、例えばカルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチン;抗生物質、例えばアクラシノマイシン、アクチノマイシン、アントラマイシン、アザセリン、ブレオマイシンA2などのブレオマイシン、カクチノマイシン、カリケアミシン、カラビシン、カミノマイシン(caminomycin)、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシンおよびデメトキシ-ダウノマイシン、11-デオキシダウノルビシン、13-デオキシダウノルビシン、デトルビシン、6-ジアゾ-5-オキソ-L-ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシンなどの誘導体、マルセロマイシン、マイトマイシンC、N-メチルマイトマイシンCなどのマイトマイシン;ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン(potfiromycin)、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシン;代謝拮抗物質、例えばメトトレキサートおよび5-フルオロウラシル(5-FU);葉酸類似体、例えばデノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキセート、ジデアザテトラヒドロ葉酸、およびフォリン酸;プリン類似体、例えばフルダラビン、6-メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン;ピリミジン類似体、例えばアンシタビン、アザシチジン、6-アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスリジン、5-FU;アンドロゲン、例えばカルステロン、ドロモスタノロンプロピオネート、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン;抗副腎薬(anti-adrenal)、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン;葉酸補充物、例えばフロリン酸;アセグラトン;アルドホスファミドグリコシド;アミノレブリン酸;アムサクリン;ベストラブシル;ビサントレン;エダトレキセート;デフォファミン(defofamine);デメコルシン;ジアジクオン;エフロルニチン;酢酸エリプチニウム;エトグルシド;硝酸ガリウム;ヒドロキシ尿素;レンチナン;ロニダミン;ミトグアゾン;ミトキサントロン;モピダモール;ニトラクリン;ペントスタチン;フェナメット;ピラルビシン;ポドフィリン酸;2-エチルヒドラジド;プロカルバジン;ラゾキサン;シゾフィラン;スピロゲルマニウム;テヌアゾン酸;トリアジコン;2,2',2"-トリクロロトリエチルアミン;ウレタン;ビンデシン;ダカルバジン;マンノムスチン;ミトブロニトール;ミトラクトール;ピポブロマン;ガシトシン;アラビノシド(Ara-C);シクロホスファミド;チオテパ;タキソイド、例えばパクリタキセル、nab-パクリタキセルおよびドキセタキセル;クロラムブシル;ゲムシタビン;6-チオグアニン;メルカプトプリン;メトトレキサート;白金および白金配位化合物、例えばシスプラチン、オキサプラチン(oxaplatin)およびカルボプラチン;ビンブラスチン;エトポシド(VP-16);イホスファミド;マイトマイシンC;ミトキサントロン;ビンクリスチン;ビノレルビン;ナベルビン;ノバントロン;テニポシド;ダウノマイシン;アミノプテリン;ゼローダ;イバンドロネート;CPT11;トポイソメラーゼ阻害剤;ジフルオロメチルオルニチン(DMFO);レチノイン酸;エスペラミシン;カペシタビン;タキサン、例えばパクリタキセル、ドセタキセル、カルバジタキセル;カルミノマイシン、アドリアマイシン、例えば4'-エピアドリアマイシン、4-アドリアマイシン-14-ベンゾエート、アドリアマイシン-14-オクタノエート、アドリアマイシン-14-ナフタレンアセテート;コルヒチンならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体を含むが、それに限定されるわけではない。
いくつかの態様では、「補助作用物質」は治療用抗体である(二重特異性T細胞誘導抗体(BITE)、二重親和性リターゲティング(DART)構築物、および三重特異性キラーエンゲージャー(TriKE)構築物を含むが、それに限定されるわけではない、1つまたは複数の腫瘍関連抗原に結合する二重特異性および三重特異性抗体を含む)。
いくつかの態様では、補助作用物質は、1つまたは複数の非薬理学的様式(例えば、局所放射線療法または全身放射線療法または外科手術)である。例として、本開示は、放射線照射相に、IL2オルソログおよび1つまたは複数の補助作用物質を含む治療レジメンを用いた治療が先行または後続する治療レジメンを考えている。いくつかの態様では、本開示は、外科手術(例えば腫瘍切除)と組み合わせたIL2オルソログの使用をさらに考えている。いくつかの態様では、本開示は、骨髄移植、末梢血幹細胞移植または他の種類の移植療法と組み合わせたIL2オルソログの使用をさらに考えている。
いくつかの態様では、「補助作用物質」は、対象における新生物疾患のみならず、新生物疾患に関連する疾患、障害または状態を治療および/または予防するための免疫チェックポイントモジュレーターである。「免疫チェックポイント経路」という用語は、免疫応答の刺激(例えば、T細胞活性のアップレギュレーション)または阻害(例えば、T細胞活性のダウンレギュレーション)のいずれかを介して免疫応答をモジュレートする、抗原提示細胞(APC)上に発現する第1の分子(例えば、PD1などのタンパク質)の、免疫細胞(例えばT細胞)上に発現する第2の分子(例えば、PDL1などのタンパク質)への結合によって誘発される生物学的応答を指す。免疫応答をモジュレートする結合ペアの形成に関与する分子は、一般に「免疫チェックポイント」と称される。このような免疫チェックポイント経路によってモジュレートされる生物学的応答は、細胞の活性化、サイトカイン産生、細胞遊走、細胞傷害性因子の分泌、および抗体産生などの下流の免疫エフェクター経路に至る細胞内シグナル伝達経路によって媒介される。免疫チェックポイント経路は、一般に、第1の細胞表面発現分子の、免疫チェックポイント経路に関連する第2の細胞表面分子への結合(例えば、PD1のPDL1への結合、CTLA4のCD28への結合など)によって誘発される。免疫チェックポイント経路の活性化は、免疫応答の刺激または阻害をもたらすことができる。
いくつかの態様では、IL2オルソログは、その各々の類似体およびバリアントを含むIL-7、IL-12、IL-15およびIL-18を含むが、それに限定されるわけではないさらなるサイトカインと組み合わせて投与される。
いくつかの態様では、IL2オルソログは、活性化誘導細胞死(AICD)を阻害する1つまたは複数の補助作用物質と組み合わせて投与される。AICDは、Fas受容体(例えば、Fas、CD95)とFasリガンド(例えば、FasL、CD95リガンド)との相互作用に起因するプログラム細胞死の一形態であり、末梢性免疫寛容を維持することを助ける。AICDエフェクター細胞はFasLを発現し、アポトーシスが、Fas受容体を発現している細胞において誘導される。活性化誘導細胞死は、それらのT細胞受容体の繰り返し刺激に起因する活性化Tリンパ球の負の調節物質である。本明細書に記載されるIL2オルソログと組み合わせて使用され得る、AICDを阻害する作用物質の例は、シクロスポリンA(Shih, et al., (1989) Nature 339:625-626)、IL-16および類似体(rhIL-16を含む、Idziorek, et al., (1998) Clinical and Experimental Immunology 112:84-91)、TGFb1(Genesteir, et al., (1999) J Exp Med189(2): 231-239)、およびビタミンE(Li-Weber, et al., (2002) J Clin Investigation 110(5):681-690)を含むが、それに限定されるわけではない。
当業者に周知であるCRISPR Cas9技術を使用してT細胞の内因性hCD122ゲノム座位内に変異H133D Y134F(野生型hCD122に従って番号付け)を含むhoCD122種を発現するように組み換えヒト免疫T細胞を操作するために以下の戦略を使用する。組み換えCas9、IL2Rbを標的付けるsgRNA、およびオルソゴナルな変異をコードする一本鎖DNA相同ドナー修復(homology donor repair)(HDR)テンプレートを初代T細胞またはT細胞クローンにエレクトロポレーションする。次いで、細胞を抗CD3/CD28で刺激し、オルソゴナルなIL-2リガンドを含有するT細胞成長培地(例えば、OpTmizer、TexMACS、RPMI)中で成長させて、hoCD122変異を組み入れた細胞を選択し、富化する。CARの形質導入を刺激の48時間後に行うことができる。制限断片長多型(RFLP)アッセイおよび/またはオルソゴナルな変異座位のDNAシーケンシングによってゲノム編集効率が行われる。
オルソIL2Rb変異部位から30bp内の3つの20bp sgRNA(表3)標的付け領域を、それらの特異性スコアおよび効率スコアに基づいて選択する(1~100のスケールで>60)。オフターゲット効果を低減するための化学修飾および全体的に改善された編集効率を有するsgRNAをSynthegoから取り寄せる(ワールドワイドウェブは、synthego.com/help/grnas-chemical-modifications)。下の表3を参照されたい。
H133コドン(CAC)をD(GATまたはGAC)に変化させ、Y134コドン(TAC)をF(TTTまたはTTC)に変化させる。開始するために、CAC TACをGAC TTCに変化させる。テンプレートは、H133DおよびY134F変化、sgRNA PAM部位内のサイレント変異(可能性のある再切断を防止するため)、およびRFLPアッセイのためにオルソIL2Rb座位内に新規な制限酵素部位(NheI)を創出するための別のサイレント変異をコードする。テンプレートは、オルソIL2Rb変異部位に隣接する対称的な75bpホモロジーアームを有する。これらは、一本鎖オリゴヌクレオチドとして生成される。任意で、されていてもよい、PAMの3'の36bpおよびPAMの5'の91bpの対称的なホモロジーアームを有するHDRテンプレートを使用することができる。
Cas9およびsgRNAを細胞に導入するために数多くのアプローチ(例えば、レンチウイルス形質導入、プラスミドベースのトランスフェクション)があるのに対し、組み換えCas9、合成sgRNA、およびHDRテンプレートのエレクトロポレーションは、細胞療法のための非常に効率的でGMPに適したアプローチである。
Claims (40)
- 操作されたhoCD122をコードするポリヌクレオチドを含むヒトリンパ球または骨髄系細胞であって、ネイティブなヒトCD122を発現する、ヒトリンパ球または骨髄系細胞。
- 操作されたhoCD122をコードする前記ポリヌクレオチドが、内因性ヒトCD122座位の代わりに挿入されている、請求項1記載のヒトリンパ球または骨髄系細胞。
- 前記hoCD122が、ネイティブなヒトCD122と比べて、R41、R42、Q70、K71、T73、T74、V75、S132、H133、Y134、F135、E136、およびQ214より選択される1つまたは複数の残基で改変されている、請求項1または2記載のヒトリンパ球または骨髄系細胞。
- 前記hoCD122が、ネイティブなヒトCD122と比べて、H133およびY134で改変されている、請求項1または2記載のヒトリンパ球または骨髄系細胞。
- 前記操作されたhoCD122が、SEQ ID NO:1と少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む、請求項3または4記載のヒトリンパ球または骨髄系細胞。
- 前記操作されたhoCD122が、H133D置換およびY134F置換を有するように改変されたSEQ ID NO:1を含む、請求項5記載のヒトリンパ球または骨髄系細胞。
- 前記リンパ球が、キメラ抗原受容体(CAR)をさらに発現する、請求項1または2記載のヒトリンパ球または骨髄系細胞。
- 前記CARが、CD19キメラ抗原受容体(CAR)、B細胞成熟抗原(BCMA)CAR、CD123 CAR、CD20 CAR、CD22 CAR、CD30 CAR、CD70 CAR、ルイスY CAR、GD3 CAR、GD3 CAR、メソセリンCAR、ROR CAR、CD44 CAR、CD171 CAR、EGP2 CAR、EphA2 CAR、ErbB2 CAR、ErbB3/4 CAR、FAP CAR、FAR CAR、IL11Ra CAR、PSCA CAR、PSMA CARおよびNCAM CARからなる群より選択される、請求項7記載のヒトリンパ球または骨髄系細胞。
- T細胞受容体α(TCRA)、T細胞受容体β(TCRB)、PD-1、細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)またはβ2ミクログロブリン(B2M)のうち1つまたは複数を欠失している、請求項1~8のいずれか一項記載のヒトリンパ球または骨髄系細胞。
- T細胞である、請求項1~9のいずれか一項記載のヒトリンパ球または骨髄系細胞。
- 請求項1~10のいずれか一項記載のヒトリンパ球または骨髄系細胞を拡大増殖させる方法であって、
該ヒトリンパ球または骨髄系細胞をオルソゴナルなヒトIL-2と接触させる工程
を含み、前記操作されたhoCD122への該オルソゴナルなヒトIL-2の接触が、該ヒトリンパ球または骨髄系細胞の拡大増殖をもたらす、方法。 - 操作されたhoCD122をコードするポリヌクレオチドを内因性ヒトCD122座位の代わりに含むヒトリンパ球または骨髄系細胞を製造する方法であって、
ヒトリンパ球または骨髄系細胞を提供する工程;および
該リンパ球または骨髄系細胞の内因性ヒトCD122座位に該ポリヌクレオチドを導入する工程であって、それにより、操作されたhoCD122をコードするポリヌクレオチドを内因性ヒトCD122座位の代わりに含むヒトリンパ球が製造される、工程
を含む、方法。 - 前記導入する工程が、キメラ抗原受容体(CAR)をコードするポリヌクレオチドを前記リンパ球または骨髄系細胞に導入することをさらに含む、請求項12記載の方法。
- 操作されたhoCD122をコードする前記ポリヌクレオチド、および前記CARをコードするポリヌクレオチドが、各々、前記リンパ球または骨髄系細胞に導入された核酸の一部分である、請求項13記載の方法。
- 前記操作されたhoCD122および前記CARが、自己切断型ペプチド配列によって隔てられた単一の融合タンパク質としてコードされる、請求項14記載の方法。
- 操作されたhoCD122をコードする前記ポリヌクレオチド、および前記CARをコードするポリヌクレオチドが、相互に1日以内に前記リンパ球に導入された別々の核酸である、請求項13記載の方法。
- 前記hoCD122が、ネイティブなヒトCD122と比べて、R41、R42、Q70、K71、T73、T74、V75、S132、H133、Y134、F135、E136、およびQ214より選択される1つまたは複数の残基で改変されている、請求項12記載の方法。
- 前記hoCD122が、ネイティブなヒトCD122と比べて、H133およびY134で改変されている、請求項12記載の方法。
- 前記操作されたhoCD122が、SEQ ID NO:1と少なくとも95%同一のアミノ酸配列を含む、請求項17または18記載の方法。
- 前記操作されたhoCD122が、H133D置換およびY134F置換を有するように改変されたSEQ ID NO:1を含む、請求項19記載の方法。
- 前記導入する工程が、相同組換え修復(HDR)により前記ポリヌクレオチドの導入を引き起こすことを含む、請求項12記載の方法。
- 前記導入する工程が、内因性ヒトCD122座位で切断する、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート(CRISPR)システムを前記リンパ球または骨髄系細胞に導入することを含む、請求項21記載の方法。
- 前記システムが、CRISPR/Cas9またはCRISPR/Cas12aシステムである、請求項22記載の方法。
- 前記導入する工程が、内因性ヒトCD122座位で切断する転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)またはジンクフィンガーヌクレアーゼを前記リンパ球または骨髄系細胞に導入することを含む、請求項21記載の方法。
- 前記導入する工程が、前記ポリヌクレオチドを含むウイルスベクターを前記リンパ球または骨髄系細胞に導入することを含む、請求項21記載の方法。
- 前記操作されたhoCD122を含むリンパ球または骨髄系細胞を、該リンパ球または骨髄系細胞をオルソゴナルなヒトIL-2と接触させることによって、選択的に拡大増殖させる工程をさらに含む、請求項12~25のいずれか一項記載の方法。
- 前記リンパ球または骨髄系細胞がキメラ抗原受容体(CAR)を発現し、前記方法が、該リンパ球または骨髄系細胞を、該CARの細胞外ドメイン(ECD)に特異的に結合するリガンドと接触させることによって、前記操作されたhoCD122を含むリンパ球を選択的に拡大増殖させる工程をさらに含む、請求項12~26のいずれか一項記載の方法。
- 前記拡大増殖させる工程が、前記リンパ球または骨髄系細胞を抗CD28抗体、抗CD3抗体、またはその両方と接触させることをさらに含む、請求項26または27記載の方法。
- 前記提供する工程が、ヒトから前記リンパ球または骨髄系細胞を得ることを含む、請求項12記載の方法。
- 前記リンパ球または骨髄系細胞が、該リンパ球の内因性ヒトCD122座位への前記ポリヌクレオチドの導入後にヒトに導入される、請求項12記載の方法。
- 前記リンパ球または骨髄系細胞が、前記ヒトに対して自己である、請求項30記載の方法。
- 前記リンパ球または骨髄系細胞が、前記ヒトに対して同種である、請求項30記載の方法。
- 内因性ヒトCD122座位への挿入のためのホモロジーアームを含む操作されたhoCD122をコードするポリヌクレオチドを含む相同組換え修復(HDR)テンプレートを含む、核酸。
- 操作されたhoCD122をコードする前記ポリヌクレオチドが、1つまたは複数のCRISPRプロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)部位が除去されるように内因性ヒトCD122座位と比べて1つまたは複数の変異を含み、任意で該変異がサイレントコドン変化をもたらす、請求項33記載の核酸。
- 前記HDRテンプレートが、CARをコードするポリヌクレオチドをさらに含む、請求項33または34記載の核酸。
- 前記操作されたhoCD122および前記CARが、自己切断型ペプチド配列によって隔てられた単一の融合タンパク質としてコードされる、請求項35記載の核酸。
- 請求項33~36のいずれか一項記載の核酸と、
(i)内因性ヒトCD122座位を標的とするヌクレアーゼ、(ii)内因性ヒトCD122座位を標的とするヌクレアーゼをコードするポリヌクレオチド、または(iii)内因性ヒトCD122座位を標的とするウイルスベクターと
を含む、組成物。 - 前記ヌクレアーゼが、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート(CRISPR)ヌクレアーゼである、請求項37記載の組成物。
- 前記ヌクレアーゼが、CRISPR/Cas9またはCRISPR/Cas12aヌクレアーゼである、請求項38記載の組成物。
- 前記ヌクレアーゼが、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)またはジンクフィンガーヌクレアーゼである、請求項37記載の組成物。
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