JP2018511611A - 癌治療のためのｆｇｆｒ／ｐｄ−１併用療法 - Google Patents

Abstract

本発明は、癌治療のための併用療法を提供する。具体的には、開示される方法は、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体およびＦＧＦＲ阻害剤が投与されることを含んでなる患者の癌の治療であって、当該ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体および当該ＦＧＦＲ阻害剤が、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している場合に投与される治療に関するものである。

Description

関連出願

本願は、２０１５年４月３日に出願した米国特許仮出願第６２／１４２，５６９号の優先権を主張するものであり、その開示内容の全ては、引用することにより本明細書に組込まれるものとする。

配列表
本願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出された配列表を含み、その内容の全ては引用することによって本明細書に組込まれるものとする。２０１６年３月２２日に作成された当該ＡＳＣＩＩの複写について、名称はＰＲＤ３３６６ＵＳＮＰ＿ＳＬ．ｔｘｔであり、サイズは５３，０８６バイトである。

本明細書では、癌治療のための併用療法を提供する。具体的には、開示される方法は、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体および線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）阻害剤を投与することを含んでなる患者の癌の治療に関するものである。

癌患者において、その癌型に対する主な治療法の選択肢（一次療法）が奏功しないと、特定の遺伝的異常が識別されるか、特異的療法が利用可能でない限り、多くの場合二次およびその後の療法には容認された標準的療法がない。線維芽細胞成長因子受容体（ＦＧＦＲ）は、細胞生存、増殖、移動および分化の制御に関与する受容体チロシンキナーゼのファミリーである。ＦＧＦＲ変化は、いくつかの癌で観察されてきた。現在まで、ＦＧＦＲ変化を有する患者において効果的である認可された療法はない。

本明細書では、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体およびＦＧＦＲ阻害剤を含んでなる併用療法を使用して患者の癌を治療する方法が開示される。いくつかの態様において、方法は、患者に、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が薬学的に有効な量で、かつＦＧＦＲ阻害剤が薬学的に有効な量で投与されることを含んでなり、当該ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体および当該ＦＧＦＲ阻害剤が、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している場合に、投与されることを含んでなる。

他の態様では、患者の癌を治療方法は、次のものを含んでなる：患者に、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が薬学的に有効な量で投与されること；抗体の有効性をモニタリングリングすること：および抗体が効果的でない場合に、患者からの生体試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているか評価すること、および１つ以上のＦＧＦＲ変異体が試料中に存在している場合に、患者にＦＧＦＲ阻害剤が薬学的に有効な量で投与されること。

また、本明細書には、癌の治療のため、具体的には、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している患者の癌の治療のための薬剤の製造に向けた、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体およびＦＧＦＲ阻害剤の使用が開示されている。いくつかの態様において、薬剤は、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体を薬学的に有効な量で、かつＦＧＦＲ阻害剤を薬学的に有効な量で含み、当該薬剤は、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している患者に使用される。

また、本明細書には、癌の治療に使用するための、具体的には、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している患者の癌の治療に使用するための、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体およびＦＧＦＲ阻害剤の組み合わせが開示されている。いくつかの態様において、組み合わせは、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している患者の癌の治療に使用するための、薬学的に有効な量のＰＤ−１とＰＤ−ＬＩの間の相互作用を遮断する抗体および薬学的に有効な量のＦＧＦＲ阻害剤を含んでなる。他の態様において、癌治療の組み合わせは、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が薬学的に有効な量で投与されること；抗体の有効性をモニタリングリングすること；および抗体が効果的でない場合に、患者からの生体試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているか評価すること、次に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が試料中に存在している場合に、患者にＦＧＦＲ阻害剤が薬学的に有効な量で投与されることを含んでなる。

添付された図面と併せて読むことで発明の概要と同様に以下の詳細な説明をさらに理解することができる。開示された方法を例示する目的で、方法の例示的態様が図面に示されているが、当該方法は開示された特定の態様に制限されていない。図面には以下が記載されている。

図１は、組織学およびＦＧＦＲ突然変異および増幅状態によって設定された、１２０個の肺癌試料中のＰＤ−Ｌ１発現を例証した図である。ＰＤ−Ｌ１ Ｈスコア（Ｙ軸）は、ＮＳＣＬＣ腺癌（左）、小細胞肺癌（中央）およびＮＳＣＬＣ扁平上皮（右）に対してプロットした。ＦＧＦＲ突然変異および／または増幅状態対１２０個の試料各々について染色したＰＤ−Ｌ１が示されている。突然変異−ＦＧＦＲ突然変異は同定されたものの、増幅または融合は検出されなかった；ＦＧＦＲ変化なし―突然変異、増幅または融合は検出されなかった；増幅−ＦＧＦＲ遺伝子増幅は同定されたものの、ＦＧＦＲ突然変異または融合は検出されなかった；突然変異＋増幅−試料はＦＧＦＲ突然変異および遺伝子増幅の両方に陽性であったものの、融合は検出されなかった；未試験−ＰＤ−Ｌ１についてＩＨＣを行なったものの、試料はFoundation Medicine のパネルでは試験されなかった。 図２は、ＮＳＣＬＣ組織学によるＦＧＦＲ融合状態によって設定された、８０個の非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）試料中のＰＤ−Ｌ１発現を例証した図である。ＰＤ−Ｌ１ Ｈスコア（Ｙ軸）は、ＮＳＣＬＣ腺癌（左）およびＮＳＣＬＣ扁平上皮（右）に対してプロットした。ＦＧＦＲ融合状態対８０個の試料各々について染色したＰＤ−Ｌ１が示されている。融合陽性−ＦＧＦＲ融合が検出された；融合野生型−ＦＧＦＲ融合は検出されなかった；未試験−試験には不十分な試料または品質管理（ＱＣ）不全。 図３は、ＪＮＪ４２７５６４９３の免疫細胞生存度に対する影響を例証した図である。正常なドナー末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）は、抗ＣＤ３抗体によって刺激されていないか刺激されたかに関わらず、ＪＮＪ４２７５６４９３の増加する濃度（０．０００００７７、０．００００２３、０．００００７０、０．０００２１、０．０００６３、０．００１８８、０．００５６５、０．０１６９４、０．０５１、０．１５２、０．４５７、１．３７２、４．１１５、１２．３４６、３７．０３７、１１１．１１１、３３３．３３３および１０００ｎＭ）で処理した。プレーティング後、１、２、５および６日目に、細胞生存率をCellTiter-Glo（Promega）で評価した。 図４は、混合リンパ球反応（ＭＬＲ）アッセイにおける、抗ＰＤ−１抗体によって引き起こされたＩＦＮ−γレベルに対するＪＮＪ４２７５６４９３の影響を例証した図である。ＣＤ４⁺Ｔの培養および同種異系樹状細胞を、抗ＰＤ−１抗体（左から右への濃度：３０、１０、３．３３、１．１１、０．３７および０．１２ｎＭ）で処理した。ＪＮＪ４２７５６４９３を単独で１００、１、または０.０１ｎＭ（左から右への濃度）で抗ＰＤ−１抗体と一緒に、（３０、１０、３．３３、１．１１、０．３７または０．１２ｎＭの抗ＰＤ−１抗体と一緒にＪＮＪ４２７５６４９３を１００、１または０．０１ｎＭ）または同位体コントロール（ＩＣ）の存在下で添加した。処理から５日後に、上澄み中のＩＦＮ−γレベルをMeso Scale Discovery（ＭＳＤ）で測定した。 図５は、サイトメガロウイルス抗原アッセイにおける、抗ＰＤ−１抗体によって引き起こされたＩＦＮ−γレベルに対するＪＮＪ４２７５６４９３の影響を例証した図である。示されているように、末梢血単核細胞（ＰＭＢＣ）をＣＭＶ抗原で刺激し、抗ＰＤ−１抗体（左から右への濃度：３０、１０、３．３３、１．１１、０．３７および０．１２ ｎＭ）で処理した。ＪＮＪ４２７５６４９３を単独で１００、１、または０.０１ｎＭ（左から右への濃度）で抗ＰＤ−１抗体と一緒に、（３０、１０、３．３３、１．１１、０．３７または０．１２ｎＭの抗ＰＤ−１抗体と一緒にＪＮＪ４２７５６４９３を１００、１または０．０１ｎＭ）または同位体コントロール（ＩＣ）の存在下で添加した。処理から６日後に、上澄み中のＩＦＮ−γレベルをＭＳＤで測定した。

発明の具体的説明

開示された方法は、本開示の一部を成す、付随の図に関して記載された以下の詳細な説明を引用することによってより容易に理解され得る。開示された方法は、本明細書に記載および／または示された特定の方法に限定されないこと、および本明細書において使用された用語は、単に例示を目的として特定の態様を説明することを目的としたものであり、クレームされた方法の制限となることを意図していないことを理解すべきである。

別段の指示が特にない限り、潜在的な機序、行動の形態または改善の理由に関する任意の記載は、単に例示を意図し、かつ開示された方法は、任意のそのような示唆された機序、行動の形態または改善の理由の正確さまたは不正確さに制約されるべきではない。

本文脈において明白に別段の指示がない限り、特定の数値への言及は少なくともその特定の値を含むものとする。値の範囲が記載されている場合、別の態様では、１つの特定の値から、および／または別の特定の値までが含まれる。さらに、範囲で示された値への言及は、その範囲内の全ての値を含む。全ての範囲は包括的で組み合わせ可能である。

「約」という先行詞を用いて値が近似値として示された場合、その特定の値が別の態様を形成することを理解されよう。

数の範囲に関して用語「約」が使用された場合、カットオフ値または特定値は、記載された値が列挙された値から最大１０％まで変動し得ることを示すために用いられる。従って、用語「約」は、所定値からの±１０％以下の変動、±５％以下の変動、±１％以下の変動、±０．５％以下の変動、±０．１％以下の変動を包含するために使用される。

また、個々の態様の文脈において、明確化のために本明細書に記載された開示された方法の一定の特徴は、単一の態様で組み合わせとして提供されてもよい。また、反対に、簡潔化のために単一の態様の文脈において記載された開示された方法の様々な特徴は、個々にまたは任意のサブコンビネーションで提供されてもよい。

本明細書で使用されるように、単数形態、「１つの（a）」「１つの（an）」および「その（the）」は複数を含んでいる。

本開示全体にわたり次の略語が使用されている：ＦＦＰＥ（ホルマリン固定パラフィン包埋）；ＮＳＣＬＣ（非小細胞肺癌）；ＳＣＬＣ（小細胞肺癌）；ＦＧＦＲ（線維芽細胞成長因子受容体）；ＰＤ−１（プログラム細胞死１）；ＰＤ−Ｌ１（プログラム細胞死リガンド１）；ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３（ＦＧＦＲ３をコードする遺伝子とトランスフォーミング酸性コイルドコイル含有タンパク質３をコードする遺伝子との間の融合）；ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１（ＦＧＦＲ３をコード化する遺伝子と脳特異性血管形成阻害剤１−付随タンパク質２−様タンパク質１をコードする遺伝子との間の融合）；ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３（ＦＧＦＲ２をコード化する遺伝子とＡＦ４／ＦＭＲ２ファミリー、メンバー３をコードする遺伝子との間の融合）；ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１（ＦＧＦＲ２をコードする遺伝子と双尾（bicaudal）Ｃホモログ１をコードする遺伝子との間の融合）；ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７（ＦＧＦＲ２をコードする遺伝子とカスパーゼ７をコードする遺伝子との間の融合）；ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６（ＦＧＦＲ２をコードする遺伝子とコイル状コイルドメイン含有６をコードする遺伝子との間の融合）；ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１（ＦＧＦＲ２をコードする遺伝子と口・顔・指症候群１をコードする遺伝子との間の融合）。

用語「抗体」とは、（ａ）別段の指示がない限り、全ての免疫グロブリンのアイソタイプ（ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤおよびＩｇＹ）、クラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２）、サブクラスおよび各アイソタイプの種々の単量体および重合体の形態を含む免疫グロブリンポリペプチド、即ち、特定の抗原（例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１）に特異的に結合する抗原結合部位を含有する免疫グロブリンファミリーのポリペプチドを指し、かつ
（ｂ）免疫特異的に抗原（例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１）に結合する、そのような免疫グロブリンポリペプチドの保守的に置換された変異体。抗体は、例えば、Harlow & Lane, Antibodies: A Laboratory Manual（Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1988）に一般的に記載されている。本文脈から反対が明白でない限り、抗体への言及には、以下でより詳細に記載された抗体の誘導体も含まれる。

「抗体断片」は、完全長抗体の一部、通常は、その抗原結合結合領域または可変領域、例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）_２およびＦｖの断片；二重特異性抗体（diabodies）；直鎖状抗体；一本鎖抗体分子；および抗体断片から形成された多特異的抗体等を含む。抗体のタンパク質分解および宿主細胞中での組換え物産生を含む、抗体断片産生のために様々な技術が開発されてきたが、熟練者であれば他の抗体断片産生のための技術も明白であるだろう。いくつかの態様において、選択できる抗体断片は、一本鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）である。「一本鎖Ｆｖ」または「ｓｃＦｖ」抗体断片は、抗体のＶ_ＨおよびＶ_Lドメインを含んでなり、当該ドメインは、一本のポリペプチド鎖中に存在している。一般に、Ｆｖポリペプチドは、Ｖ_ＨとＶ_Ｌとのドメイン間に、ｓｃＦｖが抗原結合に望ましい構造を形成することを可能にするポリペプチドリンカーをさらに含んでなる。ｓｃＦｖおよび他の抗体断片の概説については、James D. Marks, Antibody Engineering, Chapter 2, Oxford University Press (1995) (Carl K. Borrebaeck, Ed.)を参照のこと。

「抗体誘導体」とは、例えば、異種ポリペプチド（例えば、細胞毒素）または治療薬（例えば、化学療法剤）の結合によるか、または通常抗体等に関連しない、グリコシル化、脱グリコシル、アセチル化、リン酸化によってなど、異種分子の共有結合によって修飾される、上記で定義された抗体を意味する。

用語「モノクローナル抗体」は、任意の真核細胞クローンまたは原核細胞クローンまたはファージクローンも含む単細胞クローンに由来する抗体を指すものとし、それが産生される方法を指すものではない。したがって、用語「モノクローナル抗体」は、ハイブリドーマ技術によって産生された抗体に限定されない。

「生体試料」とは、癌性の細胞を得ることができ、タンパク質発現を評価することができ、および／またはＲＮＡを単離することができる、患者からの任意の試料を指す。好適な生体試料は、限定することなく、血液、リンパ液、骨髄、痰、固形腫瘍試料、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの態様において、生体試料はホルマリン固定パラフィン包埋組織（ＦＦＰＥＴ）になり得る。

本明細書で使用されるように、「相互作用を遮断する」とは、ＰＤ−１を介したシグナリング／機能が廃止されるか縮小されるようにＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害するかまたは低減させるための、抗ＰＤ−１抗体または抗ＰＤ−Ｌ１抗体の能力を指す。

本明細書で使用されるように、「ＦＧＦＲ変異体」とは、限定することなく、ＦＧＦＲ融合遺伝子、ＦＧＦＲ突然変異、ＦＧＦＲ増幅またはそれらの任意の組み合わせを含む、野生型ＦＧＦＲ遺伝子における変化を指す。本明細書において用語「変異体」および「変化」は、互換的に使用する。「ＦＧＦＲ融合」または「ＦＧＦＲ融合遺伝子」とは、ＦＧＦＲ（例えば、ＦＧＲＦ２またはＦＧＦＲ３）の一部および２つの遺伝子間の転座によって作成された、本明細書に開示された融合パートナーのうちの１つをコードする遺伝子を指す。

本明細書で使用されるように、「患者」とは、任意の動物、具体的には哺乳動物、を意味することを意図している。したがって、方法は、ヒトおよびヒト以外の動物に適用可能であるが、最も好ましいのはヒトである。本明細書において「患者」および「被験体」は、互換的に使用し得る。

「薬学的に有効な量」とは、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体の量、および患者を治療するＦＧＦＲ阻害剤の量を指す。

本明細書で使用されるように、「薬学的に許容可能な塩」とは、塩酸、硝酸、硫酸、リン酸等の無機および有機酸を有する塩を包含する。薬学的に許容可能な塩の例は、Berge, et al. (1977) "Pharmaceuticall Acceptable Salts," J. Pharm. Sci., Vol. 66, pp. 1-19において議論されている。

本明細書で使用されるように、「治療する（treating）」および類似の用語は、癌症状の重症度および／または頻度を低下させること、癌症状および／または当該症状の根本的原因を除去すること、癌症状および／またはそれらの根本的な原因の頻度または可能性を低下させること、および、直接または間接的に癌によって引き起こされた損傷を改善または修復することを指す。

本明細書には、次を含んでなる患者の癌を治療する方法が開示されている：患者に、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が薬学的に有効な量でおよびＦＧＦＲ阻害剤が薬学的に有効な量で投与されることを含んでなる方法であって、当該ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体および該ＦＧＦＲ阻害剤が、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が該患者からの生体試料中に存在している場合に投与される方法。

ＰＤ−１は、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞、Ｂ細胞および骨髄性細胞の表面上に発現した細胞表面受容体である。ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−Ｌ２のリガンドは、免疫細胞上で発現し、さらに、ＰＤ−Ｌ１も癌細胞上で発現する。そのリガンドによってエンゲージした場合、ＰＤ−１は、Ｔ細胞増殖、サイトカイン産生およびエフェクター機能を低減させることによって免疫反応を下方調整する。ＰＤ−１（抗ＰＤ−１抗体）および／またはそのリガンド（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１抗体）に対する抗体は、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断して、免疫反応の下方調整を阻害することができる。開示された方法は、患者に、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が薬学的に有効な量で投与されることを含んでなる。いくつかの態様において、方法は、患者に、薬学的に有効な量の抗ＰＤ−１抗体が投与されることを含んでなり得る。いくつかの態様において、方法は、患者に、薬学的に有効な量の抗ＰＤ−Ｌ１抗体が投与されることを含んでなり得る。いくつかの態様において、方法は、患者に、薬学的に有効な量の抗ＰＤ−１抗体および抗ＰＤ−Ｌ１抗体が投与されることを含んでなり得る。

例となる抗ＰＤ−１抗体として、限定することなく、ＯＰＤＩＶＯ（商標）（ニボルマブ）（Bristol-Myers Squibb）およびＫＥＹＴＲＵＤＡ（商標）（ペンブロリズマブ）（Merck）が挙げられる。例となる抗ＰＤ−Ｌ１抗体として、限定することなく、ＭＰＤＬ３２０８Ａ（Roche）およびＭＥＤＩ４７３６（AstraZeneca）が挙げられる。

例となるＦＧＦＲ阻害剤は、米国特許公開第２０１３／００７２４５７Ａ１（引用することによって本明細書に組込まれた）に記載され、Ｎ−（３，５−ジメトキシフェニル）−Ｎ’−（１−メチルエチル）−Ｎ−［３−（１−メチル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）キノキサリン−６−イル］エタン−１，２−ジアミン（本明細書においては“ＪＮＪ４２７５６４９３”と称する）、それらの任意の互変異性形態または立体化学的形態、それらのＮ-オキシド、それらの薬学的に許容可能な塩またはそれらの溶媒（好適なＲ基は米国特許公開第２０１３／００７２４５７Ａ１にも記載されている）を含む。したがって、いくつかの態様において、ＦＧＦＲ阻害剤は式（Ｉ）：
の化合物またはその薬学的に許容可能な塩であり得る。いくつかの態様において、薬学的に許容可能な塩はＨＣｌ塩である。

ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体およびＦＧＦＲ阻害剤は、単一の治療薬として投与することも、または個々の薬剤として同時投与することもできる。個々の薬剤として投与した場合、抗体およびＦＧＦ阻害剤は、いずれかの順番で同時にまたは連続して投与することができる。いくつかの態様において、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体およびＦＧＦＲ阻害剤は、同時に投与することができる。いくつかの態様において、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体およびＦＧＦＲ阻害剤は、連続して投与することができる。いくつかの態様において、例えば、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体を第一に投与し、次にＦＧＦＲ阻害剤を投与することができる。他の態様において、ＦＧＦ阻害剤を第一に投与し、次にＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体を投与することができる。連続して投与する場合、抗体およびＦＧＦＲ阻害剤は、互いに対して、数秒、数分、数時間、数日または数週間以内に投与することができる。

薬学的に有効な量の、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体およびＦＧＦＲ阻害剤は、限定することなく、癌のステージおよび重症度、同様に、患者の健康に関係のある他の要因を含むいくつかの要因に依存するであろう。当業者であれば、薬学的に有効な量を決定する方法を知っているであろう。

開示された方法は、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している場合に、患者の癌を治療するのに好適である。いくつかの態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ融合遺伝子であってもよい。いくつかの態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ突然変異であってもよい。いくつかの態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ増幅であってもよい。いくつかの態様において、１つ以上のＦＧＦＲ変異体の組み合わせが患者からの生体試料中に存在し得る。例えば、いくつかの態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ融合遺伝子および１つ以上のＦＧＦＲ突然変異であり得る。いくつかの態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ融合遺伝子および１つ以上のＦＧＦＲ増幅であり得る。いくつかの態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ突然変異および１つ以上のＦＧＦＲ増幅であり得る。また他の態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ融合遺伝子、突然変異および増幅であり得る。

例となるＦＧＦＲ融合遺伝子を表１に提供し、限定することなく、次のものを含む：ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３；ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１；ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７；ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６；ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１：ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１；ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３−イントロン；ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３Ｖ１；ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３Ｖ３；またはそれらの組み合わせ。ＦＧＦＲ融合遺伝子の配列は表７に開示されている。

ＦＧＦＲ突然変異には、ＦＧＦＲ一塩基変異多型（ＳＮＰ）が含まれる。「ＦＧＦＲ一塩基変異多型」（ＳＮＰ）とは、単一ヌクレオチドが個体の間で異なるＦＧＦＲ２またはＦＧＦＲ３の遺伝子を指す。具体的には、ＦＧＦＲ一塩基変異多型（ＳＮＰ）とは、単一ヌクレオチドが個体の間で異なるＦＧＦＲ３遺伝子を指す。患者の生体試料中における、以下の１つ以上のＦＧＦＲＳＮＰの存在は、当業者において公知の方法または米国仮特許出願第６２／０５６，１５９号、米国特許公開第２０１６−００９０６３３号および国際公開第２０１６／０４８８３３号パンフレットにおいて開示された方法、ＦＧＦＲ３ Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３ Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３ Ｇ３７０Ｃ、ＦＧＦＲ３ Ｙ３７３Ｃまたはそれらの任意の組み合わせによって決定することができる。ＦＧＦＲ ＳＮＰの配列を表２に示す。

配列は、ＦＧＦＲ３（Genebank識別番号＃ＮＭ＿０００１４２．４）のヌクレオチド９２０−１５１０に相当する。
太い下線を付したヌクレオチドはＳＮＰを表わす。
＊文献においてＹ３７５Ｃと誤って称されていることもある。

方法は、投与工程前に、生体試料中で１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在を評価することをさらに含んでなり得る。１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているかについて生体試料を評価するための好適方法は、本明細書の他の箇所に開示されている。

開示された方法は、癌中のＰＤ−Ｌ１発現に依存して、または癌中のＰＤ−Ｌ１発現に関係なく実行することができる。いくつかの態様において、例えば、方法は、患者に、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が薬学的に有効な量で、およびＦＧＦＲ阻害剤が薬学的に有効な量で投与されることであって、当該ＰＤ−１およびＰＤ−Ｌ１の間の相互作用を遮断する抗体および当該ＦＧＦＲ阻害剤が、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在していて、かつ患者からの生体試料中のＰＤ−Ｌ１発現が指定されたレベルまたは指定された範囲内である場合に投与されることを含んでなり得る。いくつかの態様において、例えば、ＰＤ−Ｌ１発現が生体試料において高度な場合に方法を実行することができる。従って、いくつかの態様において、方法は、患者に、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が薬学的に有効な量で、およびＦＧＦＲ阻害剤が薬学的に有効な量で投与されることであって、当該ＰＤ−１およびＰＤ−Ｌ１の間の相互作用を遮断する抗体および当該ＦＧＦＲ阻害剤が、ＰＤ−Ｌ１発現が高度であり、かつ１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している場合に投与されることを含んでなり得る。あるいは、方法は、ＰＤ−Ｌ１発現が生体試料中において低度な場合に実行することができる。したがって、方法は、患者に、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が薬学的に有効な量で、およびＦＧＦＲ阻害剤が薬学的に有効な量で投与されることであって、当該ＰＤ−１およびＰＤ−Ｌ１の間の相互作用を遮断する抗体および当該ＦＧＦＲ阻害剤が、ＰＤ−Ｌ１発現が低度であり、かつ１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している場合に、投与されることを含んでなり得る。方法は、ＰＤ−Ｌ１発現が中度な場合に実行することができる。したがって、方法は、患者に、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が薬学的に有効な量で、およびＦＧＦＲ阻害剤が薬学的に有効な量で投与されることであって、当該ＰＤ−１およびＰＤ−Ｌ１の間の相互作用を遮断する抗体および当該ＦＧＦＲ阻害剤が、ＰＤ−Ｌ１発現が中度であって、かつ１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している場合に投与されることを含んでなり得る。本明細書の他の箇所で論じたように、ＰＤ−Ｌ１発現レベルは、数で示されるＨスコア（低度とは、約０〜約９９のＨスコアを含み、中度とは、約１００〜約１９９のＨスコアを含み、高度とは、約２００〜約３００のＨスコアを含む）に基づいていてもよく、または基準値への比較に基づいていてもよい。

他の態様において、方法は、患者からの生体試料中のＰＤ−Ｌ１発現に関係なく実行することができ、ＰＤ−Ｌ１発現を計算に入れずに、１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在に基づいていてもよい。

方法は、患者からの生体試料中のＰＤ−Ｌ１発現を評価することをさらに含んでなり得る。例となるＰＤ−Ｌ１発現を評価する方法は、本明細書の他の箇所に開示されている。ＰＤ−Ｌ１発現は投与工程の前、間または後に評価することができる。

いくつかの態様において、方法は、投与工程前に患者からの生体試料中の１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在およびＰＤ−Ｌ１発現を評価することを含んでなり得る。

ＰＤ−Ｌ１発現を評価するため、１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在を評価するため、またはＰＤ−Ｌ１発現および１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在の両方を評価するために好適な生体試料は、限定することなく、血液、リンパ液、骨髄、固形腫瘍試料、またはこれらの任意の組み合わせを含む。

開示された方法は、限定することなく、肺癌、膀胱癌、胃癌、乳癌、卵巣癌、頭頚部癌、食道癌、膠芽腫またはそれらの任意の組み合わせを含む様々な癌タイプを治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は、肺癌を治療するために用いることができる。肺癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ扁平上皮癌、小細胞肺癌またはそれらの任意の組み合わせであってもよい。したがって、いくつかの態様において、方法は、ＮＳＣＬＣ腺癌を治療するために用いることができる。他の態様において、方法は、ＮＳＣＬＣ扁平上皮癌を治療するために用いることができる。また他の態様において、方法は、小細胞肺癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は、膀胱癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は、胃癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は、乳癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は、卵巣癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は、頭頚部癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は、食道癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は、膠芽腫を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は、上記の癌の任意の組み合わせを治療するために用いることができる。

また、開示された方法は、以下を含んでなる患者の癌を治療する方法である：
患者に、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が薬学的に有効な量で投与されること；抗体の有効性をモニタリングリングすること：および抗体が効果的でない場合に、患者からの生体試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているか評価すること、および１つ以上のＦＧＦＲ変異体が試料中に存在している場合に、患者にＦＧＦＲ阻害剤が薬学的に有効な量で投与されること。

抗体の有効性は、例えば、癌の進行に対する患者の症状を評価すること、癌症状の重症度を評価すること、癌症状の頻度を評価すること、腫瘍サイズを測定すること、またはそれらの任意の組み合わせによってモニタリングリングすることができる。制限する意図なく、抗体が有効ではないという目安として、癌が進行することまたは癌の進行を低減し損なうこと、重症度が上がることまたは癌症状の重症度に変化がないこと、頻度が上がることまたは癌症状の頻度に変化がないこと、サイズが増加することまたは腫瘍サイズに変化がないこと、あるいはそれらの任意の組み合わせがある。

いくつかの態様において、方法は、患者に、薬学的に有効な量の抗ＰＤ−１抗体を投与することを含んでなり得る。いくつかの態様において、方法は、患者に、薬学的に有効な量の抗ＰＤ−Ｌ１抗体を投与することを含んでなり得る。いくつかの態様において、方法は、患者に、薬学的に有効な量の抗ＰＤ−１抗体および抗ＰＤ−Ｌ１抗体を投与することを含んでなり得る。例となる抗ＰＤ−１抗体には、限定することなく、ＯＰＤＩＶＯ（商標）（ニボルマブ）（Bristol-Myers Squibb）またＫＥＹＴＲＵＤＡ（商標）（ペンブロリズマブ）（Merck）が挙げられる。例となる抗ＰＤ−Ｌ１抗体には、限定することなく、ＭＰＤＬ３２０８Ａ（Roche）およびＭＥＤＩ４７３６（AstraZeneca）が挙げられる。

例となるＦＧＦＲ阻害剤には、Ｎ−（３，５−ジメトキシフェニル）−Ｎ’−（１−メチルエチル）−Ｎ−［３−（１−メチル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）キノキサリン−６−イル］エタン−１，２−ジアミン（本明細書では「ＪＮＪ−４２７５６４９３」と称する）を含む、それらの任意の互変異性形態または立体化学的形態、それらのＮ-オキシド、それらの薬学的に許容可能な塩またはそれらの溶媒（好適なＲ基は米国特許公開第２０１３／００７２４５７Ａ１にも記載されている）を含む。いくつかの態様において、ＦＧＦＲ阻害剤は式（Ｉ）：
の化合物またはその薬学的に許容可能な塩であり得る。いくつかの態様において、薬学的に許容可能な塩はＨＣｌ塩である。

薬学的に有効な量の抗体およびＦＧＦＲ阻害剤は、限定することなく、癌のステージおよび重症度、同様に、患者の健康に関係のある他の要因を含むいくつかの要因に依存するであろう。当業者であれば、薬学的に有効な量を決定する方法を知っているであろう。

開示された方法は、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している場合に、患者の癌を治療するのに好適である。いくつかの態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ融合遺伝子であってもよい。いくつかの態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ突然変異であってもよい。いくつかの態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ増幅であってもよい。いくつかの態様において、１つ以上のＦＧＦＲ変異体の組み合わせが患者からの生体試料中に存在し得る。例えば、いくつかの態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ融合遺伝子および１つ以上のＦＧＦＲ突然変異であり得る。いくつかの態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ融合遺伝子および１つ以上のＦＧＦＲ増幅であり得る。いくつかの態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ突然変異および１つ以上のＦＧＦＲ増幅であり得る。また他の態様において、ＦＧＦＲ変異体は１つ以上のＦＧＦＲ融合遺伝子、突然変異および増幅であり得る。例となるＦＧＦＲ融合遺伝子を表１に提供し、限定することなく、次のものを含む：ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３；ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１；ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７；ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６；ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１：ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１；ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３−イントロン；ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３Ｖ１；ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３Ｖ３；またはそれらの組み合わせ。

１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているかについて生体試料を評価する好適な方法は、本明細書の他の箇所に開示されている。

開示された方法は、生体試料中のＰＤ−Ｌ１発現に依存して、または癌中のＰＤ−Ｌ１発現に関係なく実行することができる。いくつかの態様において、例えば、抗体が有効でない場合に、方法は、生体試料中のＰＤ−Ｌ１発現レベルを測定して、ＰＤ−Ｌ１発現が指定されたレベルまたは指定された範囲内である場合に、患者にＦＧＦＲ阻害剤が薬学的に有効な量で投与されることを含んでなり得る。ＰＤ−Ｌ１発現の評価方法は、本明細書の他の箇所に開示されている。方法は、ＰＤ−１発現が生体試料において低度な場合に実行することができる。いくつかの態様において、例えば、評価工程には、生体試料中でのＰＤ−Ｌ１発現レベルを測定することがさらに含まれてなっていてもよく、かつ第二投与工程には、ＰＤ−Ｌ１発現が低度な場合に、ＦＧＦＲ阻害剤が投与されることを含んでなり得る。いくつかの態様において、患者の癌を治療する方法には以下が含まれてなる：
患者に、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が薬学的に有効な量で投与されること；抗体の有効性をモニタリングリングすること：および抗体が効果的でない場合に、患者からの生体試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているか評価すること、および生体試料中でのＰＤ−Ｌ１の発現レベルを測定すること、および試料中で、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在し、かつＰＤ−Ｌ１の発現が低度な場合に、患者にＦＧＦＲ阻害剤が薬学的に有効な量で投与されること。

方法は、生体試料中でのＰＤ−１発現が中度な場合に実行することができる。したがって、評価工程には、生体試料中でのＰＤ−Ｌ１発現レベルを測定することがさらに含まれてなっていてもよく、かつ第二投与工程には、ＰＤ−Ｌ１発現が中度な場合に、ＦＧＦＲ阻害剤が投与されることを含んでなり得る。方法は、生体試料中でのＰＤ−１発現が高度な場合に実行することができる。例えば、評価工程には、生体試料中でのＰＤ−Ｌ１発現レベルを測定することがさらに含まれてなっていてもよく、かつ第二投与工程には、ＰＤ−Ｌ１発現が高度な場合に、ＦＧＦＲ阻害剤が投与されることを含んでなり得る。

本明細書の他の箇所で論じたように、ＰＤ−Ｌ１発現レベルは、数で示されるＨスコア（低度とは、約０〜約９９のＨスコアを含み、中度とは、約１００〜約１９９のＨスコアを含み、高度とは、約２００〜約３００のＨスコアを含む）に基づいていてもよく、または基準値への比較に基づいていてもよい。

他の態様において、方法は、癌中でのＰＤ−Ｌ１発現に関係なく実行することができ、かつＰＤ−Ｌ１発現を計算に入れずに、生体試料中の１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在に基づくことができる。

好適な生体試料には、限定することなく、血液、リンパ液、骨髄、固形腫瘍試料、またはそれらの任意の組み合わせが含まれる。

開示された方法は、限定することなく、肺癌、膀胱癌、胃癌、乳癌、卵巣癌、頭頚部癌、食道癌、膠芽腫またはそれらの任意の組み合わせを含む種々の癌タイプを治療するために使用することができる。いくつかの態様において、方法は肺癌を治療するために使用することができる。肺癌は、非小細胞肺癌 （ＮＳＣＬＣ） 腺癌、ＮＳＣＬＣ扁平上皮癌、小細胞肺癌またはそれらの任意の組み合わせであってもよい。したがって、いくつかの態様において、方法はＮＳＣＬＣ腺癌を治療するために用いることができる。他の態様において、方法はＮＳＣＬＣ扁平上皮癌を治療するために用いることができる。また他の態様において、方法は小細胞肺癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は膀胱癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は胃癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は乳癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は卵巣癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は頭頚部癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は食道癌を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は膠芽腫を治療するために用いることができる。いくつかの態様において、方法は上記癌の任意の組み合わせを治療するために用いることができる。

また、本明細書には、癌の治療のため、具体的には、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している患者の癌の治療のための薬剤の製造に向けた、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体およびＦＧＦＲ阻害剤の使用が開示されている。癌の治療方法に関して記載された上記の態様はそれぞれ、癌の治療のため、具体的には、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している患者の癌の治療のための薬剤の製造に向けた、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体およびＦＧＦＲ阻害剤の使用において採用することができる。

また、本明細書は、癌の治療に使用するための、具体的には、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している患者の癌の治療に使用するための、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体およびＦＧＦＲ阻害剤の組み合わせが開示されている。癌の治療方法に関して記載された上記の態様はそれぞれ、癌の治療に使用するための、具体的には、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在している患者の癌の治療に使用するための、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体およびＦＧＦＲ阻害剤の組み合わせにおいて採用することができる。

１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているかについての試料評価
１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているかについて生体試料を評価する以下の方法は、上記開示治療法のどれにも等しく当てはまる。

１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているか生体試料を評価する好適な方法は、本明細書の方法の項および米国仮特許出願第６２／０５６，１５９号、米国特許第２０１６−００９０６３３号および国際公開第２０１６／０４８８３３号パンフレットに記載されていて、それらは全体として本明細書に組み込まれている。例えば、制限する意図なく、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているか生体試料を評価することには、次の工程の任意の組み合わせが含まれてなり得る：生体試料からＲＮＡを分離すること：ＲＮＡからｃＤＮＡを合成すること；およびｃＤＮＡ（事前増幅されたかまたは事前増幅されていない）を増幅すること。いくつかの態様において、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているかについて生体試料を評価することには、次のものが含まれてなり得る：１つ以上のＦＧＦＲ変異体に結合し、かつ増幅する一対のプライマーを用いて患者からのｃＤＮＡを増幅すること；および当該１つ以上のＦＧＦＲ変異体が試料中に存在しているか決定すること。いくつかの態様において、ｃＤＮＡは事前増幅してもよい。いくつかの態様において、評価工程には、試料からＲＮＡを単離し、単離されたＲＮＡからｃＤＮＡを合成し、かつｃＤＮＡを事前増幅することが含まれてなり得る。

増幅工程を実行するために好適なプライマーペアには、限定することなく、米国仮特許出願第６２／０５６，１５９号、米国特許出願第２０１６−００９０６３３号および国際公開第２０１６／０４８８３３号パンフレットに開示されたものが含まれ、下記に例示されたものが含まれる。
ＦＧＦＲ３ＴＡＣＣ３ Ｖ１ フォワード：ＧＡＣＣＴＧＧＡＣＣＧＴＧＴＣＣＴＴＡＣＣ（配列番号：１）
リバース：ＣＴＴＣＣＣＣＡＧＴＴＣＣＡＧＧＴＴＣＴＴ（配列番号：２）
ＦＧＦＲ３ＴＡＣＣ３ Ｖ３ フォワード：ＡＧＧＡＣＣＴＧＧＡＣＣＧＴＧＴＣＣＴＴ（配列番号：３）
リバース：ＴＡＴＡＧＧＴＣＣＧＧＴＧＧＡＣＡＧＧＧ（配列番号：４）
ＦＧＦＲ３ＴＡＣＣ３イントロン フォワード：ＧＧＣＣＡＴＣＣＴＧＣＣＣＣＣ（配列番号：５）
リバース：ＧＡＧＣＡＧＴＣＣＡＧＧＴＣＡＧＣＣＡＧ（配列番号：６）
ＦＧＦＲ３ＢＡＩＡＰ２Ｌ１ フォワード：ＣＴＧＧＡＣＣＧＴＧＴＣＣＴＴＡＣＣＧＴ（配列番号：７）
リバース：ＧＣＡＧＣＣＣＡＧＧＡＴＴＧＡＡＣＴＧＴ（配列番号：８）
ＦＧＦＲ２ＢＩＣＣ１ フォワード：ＴＧＧＡＴＣＧＡＡＴＴＣＴＣＡＣＴＣＴＣＡＣＡ（配列番号：９）
リバース：ＧＣＣＡＡＧＣＡＡＴＣＴＧＣＧＴＡＴＴＴＧ（配列番号：１０）
ＦＧＦＲ２ＡＦＦ３ フォワード：ＴＧＧＴＡＧＡＡＧＡＣＴＴＧＧＡＴＣＧＡＡＴＴＣＴ（配列番号：１１）
リバース：ＴＣＴＣＣＣＧＧＡＴＴＡＴＴＴＣＴＴＣＡＡＣＡ（配列番号：１２）
ＦＧＦＲ２ＣＡＳＰ７ フォワード：ＧＣＴＣＴＴＣＡＡＴＡＣＡＧＣＣＣＴＧＡＴＣＡ（配列番号：１３）
リバース：ＡＣＴＴＧＧＡＴＣＧＡＡＴＴＣＴＣＡＣＴＣＴＣＡ（配列番号：１４）
ＦＧＦＲ２ＣＣＤＣ６ フォワード：ＴＧＧＡＴＣＧＡＡＴＴＣＴＣＡＣＴＣＴＣＡＣＡ（配列番号：１５）
リバース：ＧＣＡＡＡＧＣＣＴＧＡＡＴＴＴＴＣＴＴＧＡＡＴＡＡ（配列番号：１６）
ＦＧＦＲ２０ＦＤ１ フォワード：ＡＧＧＧＴＧＣＡＴＣＡＡＣＴＣＡＴＧＡＡＴＴＡＧ（配列番号：１７）
リバース：ＡＣＴＴＧＧＡＴＣＧＡＡＴＴＣＴＣＡＣＴＣＴＣＡ（配列番号：１８）

１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているかについては、診断時、続く腫瘍切除時、続く一次治療時、臨床治療中またはそれらの任意の組み合わせを含む任意の好適な時点で評価することができる。

癌中でのＰＤ−Ｌ１発現の評価
生体試料中のＰＤ−Ｌ１発現を評価する以下の方法は、上記開示治療法のどれにも等しく当てはまる。

いくつかの態様において、開示された方法は、患者からの生体試料中のＰＤ−Ｌ１発現に依存していてもよい。よって、患者に、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体を薬学的に有効な量で、およびＦＧＦＲ阻害剤を薬学的に有効な量で投与することは、ＰＤ−Ｌ１発現および患者からの生体試料中の１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在に基づいていてもよい。方法は、患者からの生体試料中のＰＤ−Ｌ１発現を評価することを含んでなり得る。ＰＤ−Ｌ１発現が評価される生体試料は、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているか評価される生体試料と同一であり得、または、ＰＤ−Ｌ１発現が評価される生体試料は、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているか評価される生体試料と異なったものであり得る。「同一の生体試料」とは、ＰＤ−Ｌ１発現およびＦＧＦＲ変異体の両方が評価される単一の試料を指す。「異なる生体試料」は、異なる時点で採取された同一源の試料（血液、リンパ液、骨髄、固形腫瘍試料等）または異なる源からの試料を含む。例えば、血液試料を患者から得て、ＰＤ−Ｌ１発現または１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在を評価し、後の時点で、別の血液試料を患者から得て、１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在またはＰＤ−Ｌ１発現を評価することができる。反対に、血液試料を患者から得て、ＰＤ−Ｌ１発現および／または１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在を評価し、固形腫瘍試料を患者から得て、１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在および／またはＰＤ−Ｌ１発現を評価することができる。

いくつかの態様において、ＰＤ−Ｌ１発現レベルは、数で示されるＨスコア（本明細書では方法項に記載されている）に変換することができる。ＰＤ−Ｌ１発現のレベルは次の数で示されるＨスコアに変換することができる：約０〜約９９のＨスコアを含む低度のＰＤ−Ｌ１発現；約１００〜約１９９のＨスコアを含む中度のＰＤ−Ｌ１発現；または約２００〜約３００のＨスコアを含む高度のＰＤ−Ｌ１発現。患者の治療はこれらのＨスコアに基づいていてもよい。例えば、低度のＨスコアを有する患者に対して治療方法が実行された場合、その患者は、約０〜約９９のＨスコアに相当するＰＤ−Ｌ１発現を有しているだろう。中度のＨスコアを有する患者に対して治療方法が実行された場合、その患者は、約１００〜約１９９のＨスコアに相当するＰＤ−Ｌ１発現を有しているだろう。高度のＨスコアを有する患者に対して治療方法が実行された場合、その患者は、約２００〜約３００のＨスコアに相当するＰＤ−Ｌ１発現を有しているだろう。

他の態様において、ＰＤ−Ｌ１発現レベルは、基準ＰＤ−Ｌ１発現レベルと比較することができる。好ましい態様において、基準ＰＤ−Ｌ１発現レベルは事前決定することができる。例えば、低度、中度、高度のＰＤ−Ｌ１発現レベルを有する無関係な患者からの試料を使用して基準データセットを確立してもよい。このデータセットは、相対的なＰＤ−Ｌ１発現レベルが患者の間で比較され、かつ／または、Ｈスコア法を用いて定量化される基準を表わすことができる。いくつかの態様において、基準ＰＤ−Ｌ１発現レベルは、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が投与された患者集団を、プラセボが投与された患者集団と比較することによって決定することができる。それぞれの集団における各患者のＰＤ−Ｌ１発現レベルは、本明細書に記載された方法に従って決定することができる。患者集団のための臨床転帰（例えば、無増悪生存率または全生存率）はモニタリングすることができる。その後、ＰＤ−Ｌ１発現レベルに関係する患者集団の臨床的転帰を比較することができる。基準ＰＤ−Ｌ１発現レベルは、プラセボを投与された患者集団に対して、少なくとも１つの臨床転帰において統計的に著しい改善を実証する、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が投与された患者集団を上回るＰＤ−Ｌ１発現レベルに相当し得る。基準ＰＤ−Ｌ１発現レベル未満である患者のＰＤ−Ｌ１発現レベルは、特に、患者試料中の１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在と組み合わせた場合、患者が、ＦＧＦＲ阻害剤と組み合わせた、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体での治療の利益を得るであろうという指標となり得る。例えば、いくつかの態様において、方法は、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体およびＦＧＦＲ阻害剤が投与されることを含んでなる方法であり、当該ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体および当該ＦＧＦＲ阻害剤は、１つ以上のＦＧＦＲ変異体が患者からの生体試料中に存在していて、かつ、生体試料中のＰＤ−Ｌ１発現レベルが基準ＰＤ−Ｌ１発現レベルより低度な場合に投与され、ここで当該基準ＰＤ−Ｌ１発現レベルは、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体のみの治療が有効でありそうなＰＤ−Ｌ１発現レベルを上回る発現レベルに相当するものである。

ＰＤ−Ｌ１発現を決定する方法には、限定することなく、免疫組織化学（ＩＨＣ）、ウェスタンブロッティング、顕微鏡検査法、免疫沈降、ＢＣＡアッセイ、分光光度法またはそれらの任意の組み合わせが含まれる。ＰＤ−Ｌ１発現を評価する例示的方法は、本明細書の方法項に記載されている。

ＰＤ−Ｌ１発現は、診断時、続く腫瘍切除時、続く一次治療時、臨床治療中またはそれらの任意の組み合わせを含む任意の好適な時点で評価することができる。

本明細書に開示したいくつかの態様をさらに説明するために以下の実施例を提供する。この実施例は、開示された態様を例証することを意図したものであり、制限するものではない。

方法
ＰＤ−Ｌ１免疫組織化学
ＰＤ−Ｌ１免疫組織化学（ＩＨＣ）をＣＲＯ（QualTek、Newtown、PA）で行った。試料を、ＣＤ２７４ ＰＤ−Ｌ１（ＲＵＯ）アッセイを使用して染色した。ＣＤ２７４ ＰＤ−Ｌ１（ＲＵＯ）アッセイで染色したスライドは、有資格の臨床病理学者、ＱｕａｌＴｅｋ臨床検査室（ＣＡＰ／ＣＬＩＡ機関）の医療ディレクターによってランダムな順および／または盲検様式で検査された。組織切片の全体をＣＤ２７４ ＰＤ−Ｌ１のために評価した。生存組織のみを評価し、壊死の領域または明らかに修復が乏しい組織の領域は評価しなかった。

腫瘍Ｈスコアは、４点半定量基準（four-point semi-quantitative scale）でのＣＤ２７４ ＰＤ−Ｌ１膜反応性の強度（０：細胞膜の染色がゼロ、陰性または非特異的；１＋：細胞膜の染色度が低いまたは弱い；２＋：細胞膜の染色度が中度または適度；３＋：細胞膜の染色度が高いまたは強い）、および各個別の強度値についてのＣＤ２７４ ＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍細胞の予想百分率（０−１００％）から計算した。

腫瘍ＣＤ２７４ ＰＤ−Ｌ１膜反応性は、標準Ｈスコア（最小腫瘍Ｈスコアは０、最大腫瘍Ｈスコアは３００）から取得した：腫瘍Ｈスコア＝（［１＋の％陽性細胞］＊１）＋（［２＋の％陽性細胞］＊２）＋（［３＋の％陽性細胞］＊３）。

次世代シーケンシング（ＮＧＳ）
ＦＧＦＲ突然変異および遺伝子増幅のためのＮＧＳは、Foundation Medicine, Cambridge, MA using the FoundationOne panel（http://www.foundationmedicine.com）によって行われた。

ＦＧＦＲ融合
ＦＧＦＲ融合は、米国仮特許出願第６２／０５６，１５９、米国特許出願第２０１６−００９０６３３号および国際公開第２０１６／０４８８３３号パンフレットに記載された、Janssen Oncology Translational Researchによって独自開発されたｑＲＴ−ＰＣＲアッセイを使用して決定した。

結果
ＦＧＦＲ融合および突然変異を有する腫瘍中のＰＤ−Ｌ１発現
ＰＤ−Ｌ１発現のＦＧＦＲ変化との重複を決定するために、ヒト腫瘍組織試料には、ＰＤ−Ｌ１のための免疫組織化学（ＩＨＣ）が行われ、続けてＦＧＦＲ変化についての評価が行われた。ＦＧＦＲ増幅および突然変異は、次世代シーケンシング（Foundation Medicine panel, FMI）を使用して同定した。ＦＧＦＲ融合は、Janssen開発のｑＲＴ−ＰＣＲアッセイを使用してスクリーニングした。

ＦＧＦＲ突然変異とＰＤ−Ｌ１での増幅の相関関係
ＰＤ−Ｌ１発現を、以下の各肺腫瘍組織４０個ずつからなる、市販の肺ＦＦＰＥ腫瘍組織１２０個のセットにおいて最初に評価した：非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腺癌；ＮＳＣＬＣ扁平上皮癌；および小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）。 ＦＧＦＲ突然変異および遺伝子増幅は、Foundation Medicineパネルを使用して検出した。ＰＤ−Ｌ１染色対ＦＧＦＲ状態を、各腫瘍タイプについてプロットした（図１）。ＰＤ−Ｌ１発現は、ＦＧＦＲ突然変異または増幅のない腫瘍では大きく抑制されていた。ＦＧＦＲ突然変異を有する９個の試料のうち、７つの試料（７８％）中ではＰＤ−Ｌ１染色が観察されなかった。９個の試料のうちの２つは、それぞれＨスコア２０と７０で、非常に低度のＰＤ−Ｌ１染色を示した。ＦＧＦＲ遺伝子増幅を有する４個の試料のうち、１個の試料は、中度−高度のＰＤ−Ｌ１染色（Ｈスコア＝１４０）を示し、３個は、ほぼ染色無し（Ｈスコア＝４、ｎ＝１）であった。ＦＧＦＲ突然変異およびＦＧＦＲ遺伝子増幅の両方を持つ１個の腫瘍試料中では、染色は観察されなかった。ＦＧＦＲ突然変異と増幅状態は、２４個の腫瘍試料について不明であり、そのうち９個は、５５〜２２０の範囲のＨスコアで、ＰＤ−Ｌ１染色を示した。

ＦＧＦＲ融合および膀胱中のＰＤ−Ｌ１発現およびＮＳＣＬＣ
肺ＦＦＰＥ腫瘍組織１２０個のセットを、Janssen開発のｑＲＴ−ＰＣＲアッセイ（米国仮特許出願第６２／０５６，１５９号、米国特許公開第２０１６−００９０６３３号および国際公開第２０１６／０４８８３３号パンフレットに記載）を使用して、続けてＦＧＦＲ融合をスクリーニングし、９個の融合を検出した（表１）。ＮＳＣＬＣ腫瘍試料（ｎ＝８０）についてのＦＧＦＲ融合状態によるＰＤ−Ｌ１発現の結果を図２に示した。２３パーセントのＮＳＣＬＣ腺癌試料（７／３１個）および５２％のＮＳＣＬＣ扁平上皮癌腫瘍試料（１３／２５個）は、ＦＧＦＲ融合について陽性だった。全ての融合陽性の腺癌試料について、ＰＤ−Ｌ１発現は無かったか、または低度の提示があり、それぞれ６／７個（８６％）または１／７個（１４％）である（表３）。融合陰性の腺癌試料は、ＰＤＬ１発現を、発現なし（１２／３１個、３９％）、低度（１２／３１個、３９％）、中度（４／３１個、１３％）から高度ＰＤ−Ｌ１（３／３１個、１０％）の範囲で示した（表３）。融合陽性の扁平上皮癌試料ＰＤ−Ｌ１ Ｈスコアは、発現なし、低度、中度、高度の発現カテゴリー（４／３１個、それぞれ３１％ずつ）にわたって等しく分配した（表４）。また、融合陰性の扁平上皮試料は、Ｈスコアを発現なし（６／２５個、２４％）から、低度（１１／２５個、４４％）、中度（５／２５個、２０％）高度発現（３／２５個、１２％）の範囲で示した（表４）。

４５個の市販の膀胱腫瘍は、Foundation Medicine パネル（ＦＭＩ）によって突然変異についてシーケンシングされ、ＰＤ−Ｌ１発現のために染色され、JanssenのｑＲＴ−ＰＣＲアッセイを使用して、ＦＧＦＲ遺伝子融合のためにスクリーニングされた。４５個の試料のうちの４２個（９３％）は、ＦＧＦＲ融合に陽性であった。５個の試料（１１％）は、ＦＧＦＲ突然変異（ＦＧＦＲ３−Ｒ２４８ＣまたはＦＧＦＲ３−Ｓ２４９Ｃ）には陽性であり、それらすべてはＦＧＦＲ融合にも陽性であった。ＦＧＦＲ変化を有する試料についてのＰＤ−Ｌ１染色Ｈスコアは、表５に要約され、表６に列挙されている。ＦＧＦＲ融合陽性試料について、２２／３７個（５９％）がＰＤ−Ｌ１染色に陰性であった。１０個のＦＧＦＲの融合陽性試料（２７％）が低度のＰＤ−Ｌ１発現を示し、かつ５個の試料（１４％）が、高度のＰＤ−Ｌ１発現を示した。同一腫瘍試料（ｎ＝５）中でＦＧＦＲ突然変異およびＦＧＦＲ融合の両方を有する試料はすべて、ＰＤ−Ｌ１染色には陰性であった。この試料セット中の腫瘍のほとんどすべてがＦＧＦＲ融合には陽性であったことに留意して、全体として、ＦＧＦＲ変化を有する膀胱試料の６４％（２７／４２個）においてＰＤ−Ｌ１染色はなかった。

ＦＧＦＲ融合（Janssen）を有する７個の市販の転移性ＮＳＣＬＣ試料について、ＦＧＦＲ突然変異およびＰＤ−Ｌ１発現データが利用可能であった。ＰＤ−Ｌ１染色は、試料のうちの４／７個（５７％）には観察されなかった。２つの試料は、Ｈスコア４および１５という、非常に低度のＰＤ−Ｌ１染色を示した。１つの試料は、Ｈスコア１６０で中度のＰＤ−Ｌ１を示した。興味深いことに、中度のＰＤ−Ｌ１染色を有するＦＧＦＲ融合陽性試料は、ＦＧＦＲ４ Ｖ５５０Ｉ突然変異（チロシンキナーゼ阻害剤に対する耐性を付与する潜在性を有するＦＧＦＲゲートキーパー残基突然変異）を持っていた。

全体として、これらのデータから、ＦＧＦＲ変化を持つ大多数の市販の腫瘍試料は、ごくわずかな発現を示すかＰＤ−Ｌ１を発現しないことが示されている。

ＦＧＦＲのｉｎ ｖｉｔｒｏ実験
ｉｎ ｖｉｔｒｏで、ＪＮＪ４２７５６４４９３の免疫細胞生存率に対する影響を決定するために、正常なドナーからの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、ＪＮＪ４２７５６４９３の増加する濃度の存在下で、抗ＣＤ３抗体で刺激してＴ細胞を活性化した。ＪＮＪ４２７５６４９３が活性化されていない免疫集団に影響しているか否か判断するために刺激されていないＰＢＭＣも含まれていた。６日間にわたり、細胞生存率を、４つの異なる時点で評価した。図３には、治療から１、２、５および６日後で増加する濃度（１μＭまで）のＪＮＪ４２７５６４９３存在下で、細胞生存率の測定としての発光シグナルが示されている。刺激されたグループおよび刺激されていないグループの両方について、細胞生存率は、試験された全ての時点で、化合物の増加する濃度とともに一定のままであった。これらのデータから、ＪＮＪ４２７５６４９３の添加は免疫細胞生存率を損なわないことが示唆される。

次に、抗ＰＤ１抗体の活性への影響を分析するために、ＪＮＪ４２７５６４９３を次の２つのｉｎ ｖｉｔｒｏの機能性アッセイで試験した：混合リンパ球反応（ＭＬＲ）；およびサイトメガロウイルス抗原アッセイ（ＣＭＶ）。ＭＬＲ分析については、ＣＤ４⁺Ｔ細胞を同種異型樹状細胞で刺激して、Ｔ細胞活性化とＩＦＮ−γ分泌をもたらした。このアッセイにおいて、抗ＰＤ−１抗体は、ＩＦＮ−γレベルにおいて用量依存的な増加を引き起こした（図４、ＰＤ−１単独）。Ｔ細胞およびＤＣが、０．０１、１または１００ｎＭのＪＮＪ４２７５６４９３で処理された際に、ＩＦＮ−γレベルは、未処理の試料において観察されたものと類似していて（図４、ＪＮＪ−４９３単独対コントロール）、これはＦＧＦＲ阻害が、Ｔ細胞活性化に影響しないことを示唆するものである。更に、ＪＮＪ４２７５６４９３と抗ＰＤ−１抗体との組み合わせは、抗ＰＤ−１治療単独で観察されたようなＩＦＮ−γ分泌と類似のＩＦＮ−γ分泌を引き起こした（図４、ＰＤ−１単独と比較したＪＮＪ−４９３＋抗ＰＤ−１）。これらの結果から、ＪＮＪ４２７５６４９３は、ＭＬＲアッセイ中の抗ＰＤ−１抗体の機能的な活性を損なわないことが示唆される。

ＣＭＶアッセイにおいて、ＣＭＶ反応性のドナーからのＰＢＭＣをＣＭＶ抗原の添加によって刺激した。ＣＭＶ反応性Ｔ細胞は活性であり、増殖し、ＩＦＮ−γ等の炎症性サイトカインを分泌する。抗ＰＤ−１抗体の存在において、著しく高いレベルのＩＦＮ−γがＣＭＶ刺激によって分泌された（図５、ＰＤ−１単独）。対照的に、ＪＮＪ４２７５６４９３単独がサイトカインレベルに影響を及ぼさなかった（図５、ＪＮＪ−４９３単独）。同様に、ＪＮＪ４２７５６４９３と抗ＰＤ−１抗体の組み合わせは、抗ＰＤ−１単独で見られたような類似のＩＦＮ−γの増加となった（図５、ＰＤ−１と単独と比較したＪＮＪ４２７５６４９３＋抗ＰＤ−１）。これらのデータから、ＣＭＶアッセイにおいて、ＪＮＪ４２７５６４９３は抗ＰＤ−１抗体の活性に影響しないことが示される。

当業者であれば、好ましい態様に多数の変更および改良を行なうことができ、そのような変更および改良は本発明の精神から逸脱することなく行なうことができることを理解されよう。従って、添付の請求項が、そのような変化に等しい全てを、発明の真正な精神および範囲内に該当するものとして含むことが意図されている。

特許、特許出願および引用されたかまたは本文書に記載された出版物はそれぞれ、引用することによってその全体が、本明細書に組み込まれている。

ＦＧＦＲ融合遺伝子のヌクレオチド配列
ＦＧＦＲ融合ｃＤＮＡのヌクレオチド配列を表７に提供する。下線を付した配列は、ＦＧＦＲ３かＦＧＦＲ２のいずれかに相当し、黒の配列は融合パートナーおよび斜体のフォントの配列は、ＦＧＦＲ３遺伝子のイントロン配列を表わす。

Claims (24)

1. 患者の癌を治療する方法であって、
   該患者に、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体を薬学的に有効な量で、かつ、ＦＧＦＲ阻害剤を薬学的に有効な量で投与することを含んでなり、
   該ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体および該ＦＧＦＲ阻害剤が、該患者からの生体試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在している場合に投与される、方法。
2. 前記投与工程の前に、生体試料中での１つ以上のＦＧＦＲ変異体の存在を評価することをさらに含んでなる、請求項１に記載の方法。
3. 生体試料中でのＰＤ−Ｌ１発現を評価することをさらに含んでなる、請求項１または２に記載の方法。
4. 前記１つ以上のＦＧＦＲ変異体および前記ＰＤ−Ｌ１のための生体試料が、同一の生体試料である、請求項３に記載の方法。
5. 前記１つ以上のＦＧＦＲ変異体のための生体試料が、ＰＤ−Ｌ１発現のための生体試料とは異なる、請求項３に記載の方法。
6. 前記生体試料が、血液、リンパ液、骨髄、固形腫瘍試料またはそれらの任意の組み合わせである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
7. ＰＤ−Ｌ１発現が生体試料中で低度な場合に投与工程が行なわれる、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
8. 前記癌が肺癌、膀胱癌、胃癌、乳癌、卵巣癌、頭頚部癌、食道癌、膠芽腫またはそれらの任意の組み合わせである、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
9. 前記肺癌が非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ扁平上皮細胞癌、小細胞肺癌またはそれらの任意の組み合わせである、請求項８に記載の方法。
10. 前記１つ以上のＦＧＦＲ変異体が、ＦＧＦＲ突然変異、ＦＧＦＲ増幅、ＦＧＦＲ融合遺伝子またはそれらの組み合わせを含んでなる、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
11. 前記ＦＧＦＲ融合遺伝子が、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３；ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１；ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７；ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６；ＦＧＦＲ２：ＯＦＤｌ；ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１；ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３−イントロン；ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３Ｖ１；ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３Ｖ３；またはそれらの組み合わせである、請求項１０に記載の方法。
12. 前記ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が、抗ＰＤ−１抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体またはそれらの組み合わせである、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
13. 前記ＦＧＦＲ阻害剤が、式（Ｉ）：
    の化合物またはその薬学的に許容可能な塩である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
14. 患者の癌を治療する方法であって、
    該患者に、ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体を薬学的に有効な量で投与すること；
    該抗体の有効性をモニタリングすること；および
    該抗体が効果的でない場合、
    該患者からの生体試料中に１つ以上のＦＧＦＲ変異体が存在しているかを評価し；かつ
    １つ以上のＦＧＦＲ変異体が該試料中に存在している場合に、該患者にＦＧＦＲ阻害剤を薬学的に有効な量で投与すること、
    を含んでなる、方法。
15. 前記評価工程が、生体試料中でＰＤ−Ｌ１の発現レベルを測定することをさらに含んでなり、かつ、第二の投与工程が、ＰＤ−Ｌ１の発現レベルが低度な場合にＦＧＦＲ阻害剤を投与することを含んでなる、請求項１４に記載の方法。
16. 前記１つ以上のＦＧＦＲ変異体および前記ＰＤ−Ｌ１のための生体試料が、同一の生体試料である、請求項１５に記載の方法。
17. 前記１つ以上のＦＧＦＲ変異体のための生体試料が、ＰＤ−Ｌ１発現のための生体試料とは異なる、請求項１５に記載の方法。
18. 前記生体試料が血液、リンパ液、骨髄、固形腫瘍試料またはそれらの任意の組み合わせである、請求項１６または１７に記載の方法。
19. 前記癌が肺癌、膀胱癌、胃癌、乳癌、卵巣癌、頭頚部癌、食道癌、膠芽腫またはそれらの任意の組み合わせである、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の方法。
20. 前記肺癌が、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ扁平上皮癌、小細胞肺癌またはそれらの任意の組み合わせである、請求項１９に記載の方法。
21. 前記１つ以上のＦＧＦＲ変異体が、ＦＧＦＲ突然変異、ＦＧＦＲ増幅、ＦＧＦＲ融合遺伝子またはそれらの組み合わせを含んでなる、請求項１６〜２０のいずれか一項に記載の方法。
22. 前記ＦＧＦＲ融合遺伝子が、ＦＧＦＲ２：ＡＦＦ３；ＦＧＦＲ２：ＢＩＣＣ１；ＦＧＦＲ２：ＣＡＳＰ７；ＦＧＦＲ２：ＣＣＤＣ６；ＦＧＦＲ２：ＯＦＤ１；ＦＧＦＲ３：ＢＡＩＡＰ２Ｌ１：ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３−イントロン；ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３Ｖ１；ＦＧＦＲ３：ＴＡＣＣ３Ｖ３；またはそれらの組み合わせである、請求項２１に記載の方法。
23. 前記ＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との間の相互作用を遮断する抗体が、抗ＰＤ−１抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体またはそれらの組み合わせである、請求項１６〜２２のいずれか一項に記載の方法。
24. 前記ＦＧＦＲ阻害剤が、式（Ｉ）：
    の化合物またはその薬学的に許容可能な塩である、請求項１６〜２３のいずれか一項に記載の方法。