JP2001522454A - 細胞応答への影響に関する定量情報の抽出方法 - Google Patents
細胞応答への影響に関する定量情報の抽出方法Info
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Abstract
Description
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1. 発光団(細胞(類)に存在し、影響の度合に関連するように再分布可能で あり、及び/又は影響の度合に関連するように再分布可能な成分でモジュレート され、その関連性により発光団の発光特性のモジュレーションが生じる)から放 射された空間分散光における機械的に無傷な生細胞(類)への影響により生じる 変動を記録し、空間分散光で記録された変動を処理して空間分布を細胞応答への 影響度合に相関する定量情報にすることからなる、細胞応答への影響に関する定 量情報の抽出方法。 2. 発光団(細胞(類)に存在し、経路をモジュレートすることにより、細胞 内経路の少なくとも1つの成分の再分布に関連するように再分布可能である)か ら放射される空間分散光で現れるごとく、機械的に無傷の生細胞(類)に対する 影響の結果を記録し、記録した結果を処理して空間分散光に関する定量情報を与 え、かつ細胞内経路への影響度合に定量情報を相関させることからなる、細胞内 経路に関連した少なくとも1つの成分又はその一部の再分布に関与する細胞内経 路への影響に関する定量情報を抽出するのに用いられる、請求項1に記載の方法 。 3. 細胞応答の影響への度合又は細胞内経路への影響の結果を示す定量情報を 、同様に記録した応答又は結果に基づいて、関連した特異的影響の既知の度合に あらかじめ行った較正による記録(類)から抽出する請求項1又は2に記載の方 法。 4. 影響が、機械的に無傷の生細胞(類)と化学物質との接触及び/又は機械 的に無傷の生細胞(類)と化学物質との培養である前記請求項の何れかに記載の 方法。 5. 物質が、細胞内経路への影響を決定できる物質である請求項4に記載の方 法。 6. 記録が、影響の付加後の単一の時点でなされる前記請求項の何れかに記載 の方法。 7. 記録が2つの時点でなされ、その1点は影響の付加前で、他の点はその後 である請求項1〜5の何れかに記載の方法。 8. 記録が一連の時点で行われ、影響の付加は一連の記録の第1時点後の数回 で行い、例えば0.1秒〜1時間、好ましくは1〜60秒、より好ましくは1〜30秒 、特に1〜10秒の所定の時間隔で、1秒〜12時間、10秒〜12時間、例えば10秒〜 1時間、60秒〜30分又は20分のような時間範囲をかけて記録される請求項1〜5 の何れかに記載の方法。 9. 細胞(類)が、応答が有意であるとして予め決められた影響の付加後の時 点で固定され、かつ記録が後の任意の時間でなされる請求項1〜7の何れかに記 載の方法。 10. 発光団が、生理学的に影響の度合に関連するように再分布可能な発光団 である前記請求項の何れかに記載の方法。 11. 発光団が、生理学的に影響の度合に関連するように再分布可能な成分と 会合しうる発光団である前記請求項の何れかに記載の方法。 12. 発光団が、影響の度合に相関することが実験的に決定されるように再分 布できる発光団である前記請求項の何れかに記載の方法。 13. 発光団が、細胞内経路の少なくとも1つの成分と実質的に同様に、細胞 内経路のモジュレーションにより再分布可能な発光団である前記請求項の何れか に記載の方法。 14. 発光団が、経路のモジュレーションで再分布される成分との空間的会合 で消滅可能な発光団であり、その消滅は発光強度の減少として測定される請求項 1〜13の何れかに記載の方法。 15. 発光団で放射された空間分散光に関する変動又は結果が、発光団とそれ にエネルギーを伝達しうる他の発光体との共鳴エネルギーの転 移変化で検出され、その各々は細胞内経路の特定成分の一部となるか、結合又は 会合するよう選択又は設計されており、その1つは影響に応じて再分布し、それ によって共鳴エネルギー転移の量を変化させ、共鳴エネルギー転移の変化が発光 団からの放射強度の変化として測定される請求項1〜13の何れかに記載の方法 。 16. 発光団からの放射強度の変化が、非空間的な解像様式で、発光団の平均 強度のみに反応する単チャンネルの光検出器で検知される請求の項15に記載の 方法。 17. 記録される光の性質が、強度、蛍光寿命、偏光、波長シフト又は基礎を なす細胞応答の結果としてモジュレートされる他の性質である請求項1〜16の 何れかに記載の方法。 18. 空間分散光の記録が、光の記録可能な性質の空間分布を順序アレイ値の 型で記録する記録システムを用いて行われる請求項1〜15又は17の何れかに 記載の方法。 19. 光の記録可能な性質の空間分散の記録が、CCDアレイのような電荷転移 装置又はビディコンチューブのような真空チューブ装置を用いて行われる請求項 18に記載の方法。 20. 測定される光が、測定すべき光の所望成分を選択し、他の成分を拒絶す るフィルターを通過する前記請求項の何れかに記載の方法。 21. 記録可能な光の性質に関する空間分散の記録が、蛍光顕微鏡で行われる 前記請求項の何れかに記載の方法。 22. 発光団から放射される光に関する変動又は結果の記録が、空間分散光を 1以上のデジタル画像として記録することにより行われ、1以上の代表的な再分 布の度合に記録した変動を縮小する処理が、デジタル画像処理法又はその組合せ からなる前記請求項の何れかに記載の方法。 23. 細胞内経路が、細胞内シグナル経路である請求項2〜22の何 れかに記載の方法。 24. 発光団が発蛍光団である前記請求項の何れかに記載の方法。 25. 発光団が、細胞(類)に保持されるヌクレオチド配列でエンコードされ 、発現されるポリペプチドである前記請求項の何れかに記載の方法。 26. 発光団が、ここに定義の2つのポリペプチド(一方が発光性ポリペプチ ド、他方が生物活性ポリペプチドからなる)各々の少なくとも一部分の融合体か らなるハイブリッドポリペプチドである前記請求項の何れかに記載の方法。 27. 発光性ポリペプチドが、ここに定義するGFPである請求項26に記載の 方法。 28. GFPが、ここに定義するF64L変異を有する緑色蛍光タンパク質からなる 群から選択される請求項27に記載の方法。 29. GFPが、F64L-GFP、F64L-Y66H-GFP、F64L-S65T-GFPとEGFPからなる群か ら選択されるGFP変異体である請求項28に記載の方法。 30. a)任意にリンカーを介し、ヌクレオチド配列を発現させる条件下で生物 活性ポリペプチドのN又はC末端標識されているGFPからなるハイブリッドポリペ プチドをコードするヌクレオチド配列を含有する1以上の細胞を培養し、 b)細胞(類)を生物活性物質と培養して、生物活性ポリペプチドの活性をモジ ュレートし、かつ c)培養した細胞(類)が産生した蛍光を測定し、蛍光に関する結果又は変動( 細胞内の生物活性ポリペプチドの転位を示す)を決定することからなる、 活性化で細胞内過程に影響する生物活性ポリペプチドの細胞内転位を検出する前 記請求項の何れかに記載の方法。 31. ヌクレオチド配列がDNA配列である請求項30に記載の方法。 32. モジュレーションが活性化である請求項30又は31に記載の方法。 33. モジュレーションが不活化である請求項30又は31に記載の方法。 34. 細胞(類)の蛍光がモジュレーション前に測定され、工程(c)で測定さ れた結果又は変動が、モジュレーション前に測定した蛍光と比較した蛍光の変化 である請求項30〜33の何れかに記載の方法。 35.細胞内過程が、細胞内シグナル経路である請求項30〜34の何れかに記 載の方法。 36. 工程(c)で測定された蛍光の変化が、蛍光の空間分散の変化を決定する ことからなる請求項34に記載の方法。 37. 機械的に無傷の生細胞(類)が哺乳類細胞(類)で、影響が観察される 期間、30℃又はそれ以上の温度、好ましくは32〜39℃の温度、より好ましくは35 ℃〜38℃の温度、最も好ましくは約37℃の温度で培養される前記請求項の何れか に記載の方法。 38. 少なくとも1つの機械的に無傷の生細胞が、同一又は非同一細胞のマト リクスの一部である前記請求項の何れかに記載の方法。 39. 細胞(類)が、酵母細胞のような菌類細胞、昆虫細胞を含む無脊椎動物 細胞及び哺乳類細胞のような脊椎動物細胞からなる群から選択される請求項1〜 36及び38の何れかに記載の方法。 40. 細胞内シグナル経路の成分である生物活性ポリペプチド、又はその一部 及びGFPからなる融合ポリペプチドをコードし、但し、生物活性ポリペプチドがP KC-α、PKC-γ及びPKC-εからなる群から選択される融合ポリペプチドをコード する構造物ではない、核酸構造物。 41. 細胞内シグナル経路の成分である生物活性ポリペプチド、又は その一部及びGFPのF64L変異体からなる融合ポリペプチドをコードする核酸構造 物。 42. 生物活性ポリペプチドが、プロテインキナーゼ又はホスファターゼであ る請求項40又は41に記載の核酸構造物。 43. GFPが、任意にペプチドリンカーを介して、生物活性ポリペプチド又は その一部のN-又はC-末端標識されている請求項40〜42のいずれかに記載の核 酸構造物。 44. 生物活性ポリペプチドが、活性化で細胞局在を変える転写因子又はその 一部である請求項40、41及び43のいずれかに記載の核酸構造物。 45. 生物活性ポリペプチドが、細胞骨格ネットワークに結合し、活性化で細 胞局在を変えるタンパク質又はその一部である請求項40、41及び43のいず れかに記載の核酸構造物。 46. 生物活性ポリペプチドが、活性化で細胞局在を変えるプロテインキナー ゼ又はその一部である請求項40〜43のいずれかに記載の核酸構造物。 47. プロテインキナーゼが、活性化で細胞内局在を変え得るセリン/スレオ ニンプロテインキナーゼ又はその一部である請求項46に記載の核酸構造物。 48. プロテインキナーゼが、活性化で細胞内局在を変え得るチロシンプロテ インキナーゼ又はその一部である請求項46に記載の核酸構造物。 49. プロテインキナーゼが、活性化で細胞内局在を変え得るリン脂質-依存 性セリン/スレオニンプロテインキナーゼ又はその一部である請求項46に記載 の核酸構造物。 50. プロテインキナーゼが、活性化で細胞内局在を変え得るcAMP- 依存性プロテインキナーゼ又はその一部である請求項46に記載の核酸構造物。 51. PKAc-F64L-S65T-GFP融合体をコードする請求項50に記載の核酸構造物 。 52. プロテインキナーゼが、活性化で細胞内局在を変え得るcGMP-依存性プ ロテインキナーゼ又はその一部である請求項46に記載の核酸構造物。 53. プロテインキナーゼが、活性化で細胞内局在を変え得るカルモジュリン -依存性セリン/スレオニンプロテインキナーゼ又はその一部である請求項46に 記載の核酸構造物。 54. プロテインキナーゼが、活性化で細胞局在を変え得るマイトジェン-活 性化セリン/スレオニンプロテインキナーゼ又はその一部である請求項46に記 載の核酸構造物。 55. ERK1-F64L-S65T-GFP融合体をコードする請求項54に記載の核酸構造物 。 56. EGFP-ERK1融合体をコードする請求項54に記載の核酸構造物。 57. プロテインキナーゼが、活性化で細胞局在を変え得るサイクリン-依存 性セリン/スレオニンプロテインキナーゼ又はその一部である請求項46に記載 の核酸構造物。 58. 生物活性ポリペプチドが、活性化で細胞局在を変え得るプロテインホス ファターゼ又はその一部である請求項42又は43に記載の核酸構造物。 59.DNA構造物である請求項40〜58のいずれかに記載の核酸構造物。 60. GFPをエンコードする遺伝子が、エクオレア・ビクトリア由来である請 求項40〜59のいずれかに記載の核酸構造物。 61. GFPをエンコードする遺伝子が、ここに定義するEGFPをエンコードする 遺伝子である請求項60に記載の核酸構造物。 62. GFPをエンコードする遺伝子が、F64L-GFP、F64L-Y66H-GFP及びF64L-S65 T-GFPから選択されるGFP変異体をエンコードする遺伝子である請求項60に記載 の核酸構造物。 63. SEQ ID NO:38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64 、66、68、70、72、74、76、78、108、110、112、114、116、118、120、122、12 4、126、128、130、132、134、136、138、140及び142に示すDNA配列の何れかで 同定される構造物か、又は、ここに定義する同じ融合ポリペプチドもしくはそれ らと生物学的に等価な融合ポリペプチドをエンコードしうるそれらの変異体であ る請求項59及び61又は62に記載のDNA構造物。 64. 構造物でエンコードされる配列を発現しうる請求項40〜63のいずれ かに記載の核酸構造物を含む細胞。 65. 真核細胞である請求項64に記載の細胞。 66. 酵母細胞のような菌類細胞、昆虫細胞を含む無脊椎動物細胞及び哺乳類 細胞のような脊椎動物細胞からなる群から選択される請求項64に記載の細胞。 67. 哺乳類細胞である請求項66に記載の細胞。 68. 核酸配列を発現しうる細胞成分の少なくとも1つに、請求項40〜59 のいずれかに記載の構造物に含まれるような核酸配列を有する生物。 69. 単細胞及び哺乳動物のような多細胞生物からなる群から選択される請求 項68に記載の生物。 70. 任意にペプチドリンカーを介して、生物活性ポリペプチド又はその一部 又はそのサブユニット(ここに定義する細胞内シグナル経路の 成分である)のN-又はC-末端標識されているGFPからなり、請求項40〜59の いずれかに記載の核酸構造物でエンコードされるプローブである蛍光プローブ。 71. 発光団が、請求項40〜63のいずれかに記載の核酸構造物でエンコー ドされるような融合ポリペプチドである請求項1〜39のいずれかに記載の方法 。 72. 本発明の方法が、ここに定義するスクリーニングプログラムに用いられ る請求項1〜39又は71に記載の方法。 73. (a)光源、(b)タンパク質の蛍光を励起する光源からの光波長の選択手段 、(c)励起光をシステムの残部に急速にブロック又は通過させる手段、(d)励起光 を試料に運び、空間的に解像した様式で放射蛍光を回収し、かつこの蛍光からの 画像を形成する一連の光学部材、(e)一連の光学部材に対し所定のジオメトリー で測定される細胞の容器を保持するベンチもしくはスタンド、(f)空間的に解像 した蛍光を画像の形で記録する検出器、(g)記録した画像を捕捉して蓄積し、か つ記録した画像から再分布の度合を計算するコンピューター又は電子システム及 び関連ソフトウェアの構成部を含む、少なくとも1つの細胞での蛍光分布、それ による少なくとも1つの細胞での蛍光分布の何れかの変化を測定する装置。 74. システムの一部又は全てが自動化されている請求項73に記載の装置。 75.構成部d及びeが、蛍光顕微鏡からなる請求項73に記載の装置。 76. 構成部fがCCDカメラである請求項73に記載の装置。 77. 光学スキャンシステムで画像を形成し、記録する請求項73に記載の装 置。 78. 液体付加システムが、所定の時間で細胞ホルダー中の細胞のいずれか又 は全てに既知もしくは未知の化合物を加えるのに用いられる請 求項73に記載の装置。 79. 液体付加システムが、コンピューター又は電子システムの制御下にある 請求項78に記載の装置。 80. 細胞内シグナル経路に直接又は間接に作用し、医薬として有用な可能性 があるここに定義する生物活性物質の同定のためのスクリーニングプログラムで あって、スクリーニングされる各物質の個々の測定結果が、細胞内シグナル経路 の活性化で分布を変化させる空間的に解像された発光の再分布を生細胞で測定す ることに基づいて、潜在的な生物活性を示す請求項1〜79のいずれかに記載の 方法。 81. 細胞内シグナル経路での干渉により毒性作用を奏する、ここに定義する ような生物学的に毒性の物質の同定のためのスクリーニングプログラムであって 、スクリーニングされる各物質の個々の測定結果が、生細胞での蛍光プローブの 再分布測定に基づいて潜在的な生物毒性活性を示し、細胞内シグナル経路の活性 化で分布を変化させる請求項1〜79のいずれかに記載の方法。 82. 蛍光プローブが、ここに定義するシグナル変換経路のバックトラッキン グに用いられる請求項1〜80のいずれかに記載の方法。 83. プロテインキナーゼの細胞内機能に関連した症状又は疾患の患者に、本 発明のいずれかの方法で発見された化合物の有効量を投与することからなる、前 記症状又は疾患の治療方法。 84. 本発明の方法で決定される、ここに定義される細胞内経路の成分をモジ ュレートする化合物。 85. 本発明の方法で同定された化合物の治療上の量を含む医薬組成物。 86. 医薬治療に応じた慢性疾患の患者から一次細胞(類)を得て、本発明の 蛍光プローブをエンコードする少なくとも1つのDNA配列で細 胞(類)をトランスフェクトし、前記プローブを発現させる条件下で細胞(類) を培養して慢性疾患を和らげることができると推測される医薬のアレイにさらし 、次いで、無傷の生細胞(類)での蛍光プローブの蛍光パターン又は再分布パタ ーンの変化を比較して、特異的な医薬に対する細胞応答を検出し(細胞作用プロ フィルを得る)、次いで所望の活性と許容できる副作用レベルに基づいて医薬( 類)を選択し、これらの医薬(類)の有効量を患者に投与することからなる前記 患者を選択的に治療する方法。 87. 細胞内シグナル経路の成分である生物活性ポリペプチドの群から薬剤の ターゲットを同定する請求項1〜80のいずれかに記載の方法。
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