ES2813877T3 - Distintivos de expresión génica predictivos de la respuesta de un sujeto a un inhibidor multicinasa y métodos de uso de los mismos - Google Patents

Abstract

Un método de determinación de la sensibilidad de un sujeto a un inhibidor multicinasa que comprende medir el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos en una muestra biológica del sujeto, en donde el panel de marcadores génicos consiste en uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA1, IRF8, STAT2 y UGT2A1, comparar el perfil de expresión del panel con un perfil de expresión predeterminado, en donde la sensibilidad del sujeto se determina basándose en la comparación entre el perfil de expresión del panel de marcadores génicos y el perfil de expresión predeterminado, en donde se determina que el sujeto es sensible al tratamiento con inhibidor multicinasa cuando el perfil de expresión de cualquiera de los genes marcadores está dentro del perfil de expresión predeterminado, o cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos es similar o inferior al perfil de expresión predeterminado, en donde se determina que el sujeto no es sensible al tratamiento con inhibidor multicinasa cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos no está dentro del perfil de expresión predeterminado, o cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos es superior al perfil de expresión predeterminado, y en donde el inhibidor multicinasa se dirige a la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y bloquea la cascada RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK.

Description

DESCRIPCIÓN

Distintivos de expresión génica predictivos de la respuesta de un sujeto a un inhibidor multicinasa y métodos de uso de los mismos

CAMPO DE LA INVENCIÓN

La presente invención se refiere al tratamiento de sujetos, así como a la identificación y a la selección de sujetos, para el tratamiento con un inhibidor multicinasa, por ejemplo, sorafenib, sunitinib, axitinib, vandetanib, pazopanib, cabozantinib, o una mezcla de los mismos. Se proporcionan métodos, reactivos y herramientas para la predicción, el diagnóstico, el pronóstico y la terapia de una enfermedad tal como el cáncer.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN

El carcinoma hepatocelular (CHC) es un tumor agresivo y el quinto cáncer más mortal en todo el mundo. Es particularmente prevalente en el Lejano Oriente y en el hombre (Parkin DM, Bray F, Ferlay J, Pisani P.Global cancer statistics, 2002. CA Cancer J Clin 2005;55:74-108. El-Serag HB, 7. Rudolp.h KL. Hepatocellular carcinoma: epidemiology and molecular carcinogenesis. Gastroenterology 2007;132:2557-76). Su incidencia está aumentando escalonadamente tanto en los Estados Unidos como en China (1). Hasta la fecha, ha habido algunas opciones de tratamiento eficaces. La quimioterapia convencional común (por ejemplo, la doxorubicina) tiene poco beneficio clínico.

La única terapia diana autorizada disponible es sorafenib, que estuvo recientemente disponible (1). El sorafenib es un inhibidor multicinasa que se dirige a la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y el bloqueo de la cascada de RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK. Es el primer fármaco encontrado que prolonga la supervivencia de pacientes con carcinoma hepatocelular (CHC) avanzado, y se ha comercializado para el tratamiento de carcinoma avanzado de células renales y CHC no extirpable. Sin embargo, el aumento en la supervivencia para pacientes con CHC es modestamente 3 meses. Al igual que muchas terapias diana de nueva generación, el sorafenib también tiene efectos secundarios desfavorables. Muchos pacientes con CHC no responden bien al sorafenib tanto en términos de seguridad como en ausencia de eficacia. Existe una clara necesidad de marcadores de predicción de sorafenib para ayudar en la selección de la población de pacientes que pueden beneficiarse más.

Se informó que el nivel basal de ERK fosforilado (pERK) podría ser un marcador relevante del estudio de fase II de grupo único inicial de sorafenib, y se han publicado algunos informes sobre la relación entre los marcadores séricos (por ejemplo, c-KIT soluble, HGF, AFP, VEGF, etc.) y el resultado del tratamiento con sorafenib, pero estos resultados son o muy preliminares o no son coherentes en los estudios.

Así, la utilidad de estos factores como posibles marcadores de predicción necesitan ser adicionalmente evaluados, y podrían ser útiles nuevas estrategias, como los análisis de distintivos moleculares basados en genómica para identificar nuevos marcadores de predicción, y ayudarnos a entender mejor el mecanismo de acción de sorafenib en CHC.

El documento de patente WO 2008/082730 describe una lista de marcadores cuyo nivel de expresión génica se altera significativamente en respuesta al inhibidor de cinasas Raf. El documento de patente WO2013/090419 enseña que los niveles de expresión de 5 sondas importantes (IGJ, SPATS2L, MUC4, CRLF2 y CA6), y al menos uno y hasta 21 genes adicionales, se comparan con un valor de expresión predeterminado, y que un nivel de expresión por debajo de los valores de expresión predeterminados es indicativo de una esperanza de tratamiento desfavorable o insatisfactorio.

SUMARIO DE LA INVENCIÓN

La presente invención se define por las reivindicaciones adjuntas.

La presente invención proporciona un método de determinación de la sensibilidad o la resistencia de un sujeto a un fármaco. El fármaco es un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, el inhibidor multicinasa se dirige a la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y bloquea la cascada RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK. En algunas realizaciones, el inhibidor multicinasa comprende sorafenib.

El método comprende medir el perfil de actividad de un panel de marcadores génicos en una muestra biológica del sujeto, en donde el panel de marcadores génicos comprende al menos uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA1, IRF8, STAT2 y UGT2A1, comparar el perfil de actividad del panel con un perfil de actividad predeterminado, en donde la sensibilidad del sujeto se determina basándose en la comparación entre el perfil de actividad del panel de marcadores génicos y el perfil de actividad predeterminado, en donde se determina que el sujeto es sensible al tratamiento con inhibidor multicinasa cuando el perfil de actividad de cualquiera de los genes marcadores está dentro del perfil de actividad predeterminado, o cuando el perfil de actividad de un panel de marcadores génicos es similar o inferior al perfil de actividad predeterminado, en donde se determina que el sujeto no es sensible al tratamiento con inhibidor multicinasa cuando el perfil de actividad de un panel de marcadores génicos no está dentro del perfil de actividad predeterminado, o cuando el perfil de actividad de un panel de marcadores génicos es superior al perfil de actividad predeterminado.

En algunas realizaciones, el perfil de actividad de un panel de marcadores génicos incluye uno o más parámetros que describen el nivel de expresión génica, el nivel de actividad de ARN y/o el nivel de actividad de proteínas. En algunas realizaciones, el perfil de actividad se refleja por un valor de distintivo cuantitativo o un conjunto de valores de distintivos que se calculan basándose en el nivel de expresión génica, el nivel de actividad de ARN y/o el nivel de actividad de proteínas.

En algunas realizaciones, el panel comprende al menos dos, tres o cuatro de genes marcadores.

En algunas realizaciones, el inhibidor multicinasa es sorafenib, axitinib, vandetanib, pazopanib, cabozantinib, o cualquier combinación de los mismos.

En algunas realizaciones, el sujeto es un ser humano con cáncer. En algunas realizaciones, el cáncer es carcinoma hepatocelular.

La presente invención también proporciona un inhibidor multicinasa para su uso en el tratamiento del cáncer en un sujeto, en donde el uso comprende probar el sujeto para el perfil de actividad de un panel de genes marcadores, en donde el panel de marcadores génicos incluye al menos uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA1, IRF8, STAT2 y UGT2A1, comparar el perfil de actividad del panel con un perfil de actividad predeterminado, en donde el inhibidor multicinasa se administra al sujeto si el perfil de actividad del panel está dentro del perfil de actividad predeterminado, o cuando el perfil de actividad de un panel de marcadores génicos es similar a, o inferior a, el perfil de actividad predeterminado, en donde el inhibidor multicinasa no se administra al sujeto si el perfil de actividad de un panel de marcadores génicos no está dentro del perfil de actividad predeterminado, o cuando el perfil de actividad de un panel de marcadores génicos es superior al perfil de actividad predeterminado, y en donde el inhibidor multicinasa se dirige a la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y bloquea la cascada RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK.

La presente invención también proporciona una matriz que comprende sondas para la detección de genes marcadores seleccionados del grupo que consiste en SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA1, IRF8, STAT2 y UGT2A1. En algunas realizaciones, la matriz es una micromatriz.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS

La FIG. 1 muestra la evaluación de la eficacia de sorafenib en un gran panel de PDX de HCC-HuPrime. FIG. 1A: se calculó AT/AC, donde AT y AC fueron los cambios del volumen tumoral medio de los grupos tratados y de control, respectivamente, en un día dado, como se indica por las flechas en las FIG. B-E. *:p<0,05; **:p<0,01; ***:p<0,001. Las FIG. 1B a 1E muestran que HCC-HuPrime® representativos responden a sorafenib, códigos de modelo 001,006, 020 y 021, respectivamente.

La FIG. 2 muestra que el nivel basal de pERK detectado por IHC no está asociado a la respuesta modelo a sorafenib.

La FIG. 3 muestra que la expresión de los genes distintivos es predictiva del efecto del tratamiento con sorafenib a CHC en modelos de PDX. La intensidad promedio de la expresión de ARNm, en escala log2, de los genes marcadores, se designa la puntuación de distintivo.

La FIG. 4 muestra la cascada RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK.

DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN

La invención se define por las reivindicaciones adjuntas.

Como se usa en el presente documento, los siguientes términos deben tener los siguientes significados:

El verbo "comprender", como se usa en esta descripción y en las reivindicaciones y sus conjugaciones, se usa en su sentido no limitante para significar que las cosas que siguen a la palabra están incluidas, pero las cosas que no se mencionan específicamente no están excluidas.

El término "un" o "una" se refiere a uno o más de esa entidad; por ejemplo, "un gen" se refiere a uno o más genes o al menos un gen. Como tales, los términos "un" (o "una"), "uno o más" y "al menos uno" se usan indistintamente en el presente documento. Además, referencia a "un elemento" por el artículo indefinido "un" o "uno" no excluyen la posibilidad de que esté presente más de uno de los elementos, a menos que el contexto requiera claramente que exista uno y solo uno de los elementos.

La divulgación proporciona secuencias de polinucleótidos aisladas, quiméricas, recombinantes o sintéticas. Como se usa en el presente documento, los términos "polinucleótido", "secuencia de polinucleótidos", "secuencia de ácidos nucleicos", "fragmento de ácido nucleico" y "fragmento de ácido nucleico aislado" se usan indistintamente en el presente documento y engloban ADN, ARN, ADNc, tanto monocatenario como bicatenario, así como modificaciones químicas de los mismos. Estos términos engloban secuencias de nucleótidos y similares. Un polinucleótido puede ser un polímero de ARN o ADN que es mono- o bicatenario, que opcionalmente contiene bases de nucleótidos sintéticas, no naturales o alteradas. Un polinucleótido en forma de un polímero de ADN puede comprender uno o más segmentos de ADNc, ADN genómico, ADN sintético, o mezclas de los mismos. Los nucleótidos (normalmente encontrados en su forma de 5'-monofosfato) se denominan por la designación de una sola letra del siguiente modo: "A" para adenilato o desoxiadenilato (para ARN o ADN, respectivamente), "C" para citidilato o desoxicitidilato, "G" para guanilato o desoxiguanilato, "U" para uridilato, "T" para desoxitimidilato, "R" para purinas (A o G), "Y" para pirimidinas (C o T), "K" para G o T, "H" para A o C o T, "I" para inosina, y "N" para cualquier nucleótido. En algunas realizaciones, las secuencias de polinucleótidos aisladas, quiméricas, recombinantes o sintéticas derivan de genes marcadores.

Las abreviaturas de aminoácidos de una sola letra usadas en el presente documento tienen su significado convencional en la técnica, y todas las secuencias de péptidos descritas en el presente documento se escriben según convención, con el extremo N a la izquierda y el extremo C a la derecha.

La divulgación proporciona distintivos de genes de expresión que se pueden usar para predecir la respuesta del paciente a un fármaco. Como se usa en el presente documento, el término "gen" se refiere a cualquier segmento de ADN asociado a una función biológica. Así, los genes incluyen, pero no se limitan a, secuencias codificantes y/o secuencias reguladoras requeridas para su expresión. Los genes también pueden incluir segmentos de ADN no expresados que, por ejemplo, forman secuencias de reconocimiento para otras proteínas. Los genes se pueden obtener de una variedad de fuentes, que incluyen la clonación de una fuente de interés o la síntesis a partir de información de secuencias conocida o predicha, y pueden incluir secuencias diseñadas para tener los parámetros deseados.

La divulgación proporciona polinucleótidos y polipéptidos homólogos y ortólogos. Como se usa en el presente documento, el término "homólogo" u "ortólogo" se conoce en la técnica y se refiere a secuencias relacionadas que comparten un ancestro o miembro de familia común y se determinan basándose en el grado de identidad de secuencia. Los términos "homología", "homólogo", "sustancialmente similar" y "sustancialmente correspondiente" se usan indistintamente en el presente documento. Se refieren a fragmentos de ácido nucleico en donde los cambios en una o más bases de nucleótidos no afectan la capacidad del fragmento de ácido nucleico para mediar en la expresión génica o producir un cierto fenotipo. Estos términos también se refieren a modificaciones de los fragmentos de ácido nucleico, tales como deleción o inserción de uno o más nucleótidos que no alteran sustancialmente las propiedades funcionales del fragmento de ácido nucleico resultante con respecto al fragmento sin modificar inicial. Estos términos describen la relación entre un gen encontrado en una especie, subespecie, variedad, cultivar o cepa, y el gen correspondiente o equivalente en otra especie, subespecie, variedad, cultivar o cepa. Para los fines en el presente documento, se comparan secuencias homólogas. Se piensa, se cree o se sabe que las "secuencias homólogas" u "homólogos" u "ortólogos" están funcionalmente relacionados. Se puede indicar una relación funcional en una cualquiera de varias formas, que incluyen, pero no se limitan a: (a) grado de identidad de secuencia y/o (b) la misma función biológica o similar. Preferentemente, se indican (a) y (b). El grado de identidad de secuencia puede variar, pero en algunas realizaciones, es al menos 50 % (cuando se usan programas de alineamiento de secuencias convencionales conocidos en la técnica), al menos 60 %, al menos 65 %, al menos 70 %, al menos 75 %, al menos 80 %, al menos 85 %, al menos 90 %, al menos aproximadamente 91 %, al menos aproximadamente 92 %, al menos aproximadamente 93 %, al menos aproximadamente 94 %, al menos aproximadamente 95 %, al menos aproximadamente 96 %, al menos aproximadamente 97 %, al menos aproximadamente 98 %, o al menos 98,5 %, o al menos aproximadamente 99 %, o al menos 99,5 %, o al menos 99,8 % o al menos 99,9 %. La homología se puede determinar usando programas de software fácilmente disponibles en la técnica, tales como los tratados en Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel et al., eds., 1987) Suplemento 30, sección 7.718, Tabla 7.71. Algunos programas de alineamiento son MacVector (Oxford Molecular Ltd, Oxford, R. U.), ALIGN Plus (Scientific and Educational Software, Pensilvania) y AlignX (Vector NTI, Invitrogen, Carlsbad, CA). Otro programa de alineamiento es Sequencher (Gene Codes, Ann Arbor, Michigan), usando parámetros por defecto.

La divulgación proporciona sondas y cebadores que derivan de las secuencias de ácidos nucleicos de los genes distintivo. El término "sonda", como se usa en el presente documento, se refiere a un oligonucleótido que es capaz de hibridarse específicamente con la diana de amplificación. El término "cebador", como se usa en el presente documento, se refiere a un oligonucleótido que es capaz de hibridarse con la diana de amplificación que permite que se fije una ADN polimerasa, sirviendo así de punto de inicio de la síntesis de ADN cuando se pone en condiciones en las que se induce la síntesis del producto de extensión de cebadores, es decir, en presencia de nucleótidos y un agente para la polimerización, tal como ADN polimerasa y a una temperatura y pH adecuados. El cebador (de amplificación) es preferentemente monocatenario para la máxima eficiencia de amplificación. Preferentemente, el cebador es un oligodesoxirribonucleótido. El cebador debe ser suficientemente largo para cebar la síntesis de los productos de extensión en presencia del agente para la polimerización. Las longitudes exactas de los cebadores dependerán de muchos factores, que incluyen la temperatura y la composición (contenido de A/T frente a G/C) del cebador. Un par de cebadores bidireccionales consiste en un cebador directo y uno inverso como se usa comúnmente en la técnica de amplificación de ADN, tal como en amplificación por PCR. En algunas realizaciones, los cebadores o sondas se hibridan con cualquiera de SEQ ID NOs. 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27 y 29. En algunas realizaciones, los cebadores o sondas se hibridan con cualquiera de SEQ ID NOs. 1,3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27 y 29 en condiciones de hibridación rigurosas. Como se usa en el presente documento, las condiciones de hibridación rigurosas pueden ser 6xSSC (NaCl 0,9 M, citrato de sodio 0,09 M, pH 7,4) a 65 °C.

El término "matriz" se refiere a una disposición de localizaciones direccionables o "direcciones" en un dispositivo. Las localizaciones se pueden disponer en matrices bidimensionales, matrices tridimensionales, u otros formatos de matriz. El número de localizaciones puede variar de varios a al menos cientos de miles. Y, lo que es más importante, cada localización representa un sitio de reacción totalmente independiente. Una "matriz de ácido nucleico" se refiere a una matriz que contiene sondas de ácido nucleico, tales como oligonucleótidos o porciones más grandes de genes. El ácido nucleico sobre la matriz es preferentemente monocatenario. Las matrices en donde las sondas son oligonucleótidos se denominan "matrices de oligonucleótidos" o "chips de oligonucleótidos". Una "micromatriz", también denominada en el presente documento un "biochip" o "chip biológico", es una matriz de regiones que tiene una densidad de regiones discretas de al menos aproximadamente 100/cm2, y preferentemente al menos aproximadamente 1000/cm2. Las regiones en una micromatriz tienen dimensiones típicas, por ejemplo, diámetros, en el intervalo de entre aproximadamente 10-250 |um, y se separan de otras regiones en la matriz por aproximadamente la misma distancia. Ejemplos no limitantes de composiciones y métodos de preparación y uso de las matrices se describen en las patentes de EE. UU. N25202231, 5695940, 5525464, 5445934, 5744305, 5677195, 5800992, 5871928, 5795716, 5700637, 6054270, 5807522 y 6110426.

El término "muestra" o "muestra biológica", como se usa en el presente documento, se refiere a una muestra obtenida de un organismo o de componentes (por ejemplo, células) de un organismo. La muestra puede ser de cualquier tejido o fluido biológico. La muestra puede ser una muestra que se obtiene de un paciente. Dichas muestras incluyen, pero no se limitan a, esputo, sangre, glóbulos sanguíneos (por ejemplo, glóbulos blancos), tejido o muestras de biopsia (por ejemplo, biopsia tumoral), orina, líquido peritoneal y líquido pleural, xenoinjertos obtenidos de paciente (PDX), o células de los mismos. Las muestras biológicas también pueden incluir secciones de tejidos tales como secciones congeladas recogidas para fines histológicos.

El término "marcador" engloba una amplia variedad de acontecimientos intra- y extracelulares, así como cambios fisiológicos del organismo entero. Un marcador puede representar esencialmente cualquier aspecto de la función celular, por ejemplo, pero no se limita a, niveles o tasa de producción de moléculas de señalización, factores de transcripción, metabolitos, transcritos de genes, así como modificaciones postraduccionales de proteínas. El marcador puede incluir análisis del genoma parcial y/o completo de niveles, tasas y/o estabilidad de transcritos, y análisis del proteoma parcial y/o completo de niveles, actividad y/o modificaciones de proteínas. Un distintivo también se puede referir a un gen o producto génico que está regulado por incremento o por disminución en un sujeto tratado con compuesto que tiene la enfermedad en comparación con una célula enferma no tratada. Es decir, el gen o producto génico es suficientemente específico para la célula tratada que se puede usar, opcionalmente con otros genes o productos génicos, para identificar, predecir o detectar la eficacia de una molécula pequeña. Así, en algunas realizaciones, un distintivo es un gen o producto génico que es característico de la eficacia de un compuesto en una célula enferma o la respuesta de esa célula enferma al tratamiento por el compuesto.

El término "nivel basal" se refiere a un control estándar para niveles "normales" (es decir, pacientes sin enfermedad, pacientes que responden a un fármaco, o pacientes que no responden a un fármaco, etc.), pero también puede ser comparativo, por ejemplo, donde se comparan bajos niveles basales con los niveles de otros sujetos que tienen la enfermedad.

El término "inhibidor multicinasa" se refiere a una composición que puede reducir o bloquear la acción de más de una proteína cinasa. El inhibidor puede reducir o bloquear la acción de una serina cinasa, una tirosina cinasa, una treonina cinasa y/u otros tipos de cinasas. El inhibidor se puede dirigir a la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y bloquear la cascada RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK. Los ejemplos de inhibidores multicinasa incluyen, pero no se limitan a, composición que comprende uno o más fármacos tales como sorafenib (por ejemplo, Nexavar®), vemurafenib (por ejemplo, Zelboraf®), sunitinib (por ejemplo, Sutent®), axitinib (por ejemplo, Inlyta®), vandetanib (por ejemplo, Caprelsa®), cabozantinib (por ejemplo, Cometriq®), ponatinib (por ejemplo, Iclusig®), ruxolitinib (por ejemplo, Jakafi®), regorafenib (por ejemplo, Stivarga®), crizotinib (por ejemplo, Xalkori®), una sal, un solvato, o un derivado fisiológicamente funcional de los mismos, o una mezcla de los mismos.

El término "sorafenib" se refiere a una sal de 4-{4-[({[4-cloro-3-(trifluorometil)fenil]amino}carbonil)amino]fenoxi}-N-metilpiridin-2-carboxamida. La síntesis y el uso de 4-{4-[({[4-cloro-3-trifluorometil)fenil]amino}carbonil)amino]fenoxi}-N-metilpiridin-2-carboxamida y muchas otras ureas, así como sales farmacéuticamente aceptables de las mismas, tales como sales, formulaciones, derivados fisiológicamente funcionales, tales como los descritos en varias solicitudes que incluyen, pero no se limitan a, las solicitudes internacionales WO 00/42012, WO 00/41698, WO 02/062763, WO 03/354950, WO 02/085859, WO 03/047579, WO 04/15653, WO 07/053573, WO 08/008733, WO 09/106825, WO 09/054004, WO 09/111061, WO/2013/000909, patentes de EE. UU. N27235576, 7351834, 7897623, 8445687 y publicación de solicitud de patente de EE. UU. N° 2013/0012550.

El término "sunitinib" (que se conoce como SU11248, o Sutent) se refiere a N-(2-dietilaminoetil)-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1H-indol-3-ilideno)metil]-2,4-dimetil-1H-pirrol-3-carboxamida, así como a sales farmacéuticamente aceptables de la misma, tales como sales, formulaciones, derivados fisiológicamente funcionales, tales como los descritos en varias solicitudes que incluyen, pero no se limitan a, las solicitudes internacionales WO/2011/004200A1, WO/2010/011834A2, WO/2011/128699A2, WO/2011/104555A2, WO/2009/067686A2, WO/2009/067674A2, WO/2010/039798A2, WO/2011/100325A2, WO/2012/088522A1, WO/2009/124037A1, WO/2010/049449A2, WO/2009/157011A1, patentes de EE. UU. N° 6573293, 7125905, 7211600 y publicaciones de solicitud de patente de EE. UU. N2 US20110263671, US20100256392, US20110034703, US20130190512, US20090247767, US20100160646, US20090062368, US20110275690, US20110092717, US20110112164.

El término "axitinib" (que se conoce como AG013736 o Inlyta) se refiere a N-metil-2-[[3-[(E)-2-piridin-2-iletenil]-1H-indazol-6-il]sulfanil]benzamida, así como a sales farmacéuticamente aceptables de la misma, tales como sales, formulaciones, derivados fisiológicamente funcionales, tales como los descritos en varias solicitudes que incluyen, pero no se limitan a, las solicitudes internacionales WO/2013/046133A1 y WO/2011/038467A1, las patentes de EE. UU. N° 6534524, 7141581 y las publicaciones de solicitud de patente de EE. UU. N° US20090062347 y US20120244116.

El término "vandetanib" (que se conoce como INN o Caprelsa) se refiere a N-(4-bromo-2-fluorofenil)-6-metoxi-7-[(1-metilpiperidin-4-il)metoxi]quinazolin-4-amina, así como a sales farmacéuticamente aceptables de la misma, tales como sales, formulaciones, derivados fisiológicamente funcionales, tales como los descritos en varias solicitudes que incluyen, pero no se limitan a, las patentes de EE. UU. N° 7173038, 8067427 y RE42353.

El término "pazopanib" (que se conoce como Votrient) se refiere a 5-[[4-[(2,3-dimetil-2H-indazol-6-il)metilamino]-2-pirimidinil]amino]-2-metilbenzolsulfonamida, así como a sales farmacéuticamente aceptables de la misma, tales como sales, formulaciones, derivados fisiológicamente funcionales, tales como los descritos en varias solicitudes que incluyen, pero no se limitan a, las solicitudes internacionales WO/2010/036796A1, WO/2012/073254A1, WO/2011/050159A1, WO/2011/009016A1, WO/2011/085007A1, WO/2012/103060A1, WO/2011/039648A1, WO/2011/140343A1, WO/2013/043529A1 y WO/2011/146458A1; las patentes de EE. UU. N27105530, 7262203, y 8114885; y las patentes de EE. UU. N2 US20110301113, US20120197019, US20120165354, US20110281901, US20130012531, US20120028918 y US20120232102.

El término "cabozantinib" (que se conoce como Cometriq o XL184) se refiere a N-(4-((6,7-dimetoxiquinolin-4-il)oxi)fenil)-N-(4-fluorofenil)ciclopropano-1,1-dicarboxamida, así como a sales farmacéuticamente aceptables de la misma, tales como sales, formulaciones, derivados fisiológicamente funcionales, tales como los descritos en varias solicitudes que incluyen, pero no se limitan a, la patente de EE. UU. N° 7579473.

Los términos "tratar" y "tratamiento", como se usan en el presente documento, se refieren a un enfoque para obtener resultados beneficiosos o deseados que incluyen resultados clínicos. Para los fines en el presente documento, resultados clínicos beneficiosos o deseados incluyen, pero no se limitan a, uno o más de los siguientes: disminución de la intensidad y/o frecuencia de uno o más síntomas resultantes de la enfermedad, disminución del grado de la enfermedad, estabilización de la enfermedad (por ejemplo, prevención o retraso del empeoramiento de la enfermedad), retraso o ralentizamiento de la progresión de la enfermedad, mejora del estado de enfermedad, disminución de la dosis de una o varias de otras medicaciones requeridas para tratar la enfermedad, y/o aumento de la calidad de vida. "Tratar" un paciente con una formulación descrita en el presente documento incluye el tratamiento de un individuo para inhibir o provocar la regresión de una enfermedad o afección.

El término "cantidad eficaz" se refiere a la cantidad de uno o más compuestos que hace que resulte un tratamiento deseado. Una cantidad eficaz puede estar comprendida dentro de una o más dosis, es decir, se puede requerir una dosis única o dosis múltiples para lograr el criterio de valoración deseado del tratamiento.

Una "cantidad terapéuticamente eficaz" se refiere a una cantidad de uno o más compuestos suficiente para producir un resultado terapéutico deseado (por ejemplo, reducción de la intensidad de una enfermedad o afección). En una realización, la cantidad terapéuticamente eficaz se refiere a una concentración plasmática terapéuticamente eficaz de un inhibidor multicinasa. Una "cantidad profilácticamente eficaz" se refiere a una cantidad de una formulación farmacéutica que incluye uno o más compuestos suficiente para prevenir o reducir la intensidad de una futura enfermedad o afección cuando se administra a un individuo que es susceptible y/o que puede desarrollar una enfermedad o afección.

Por "farmacéuticamente aceptable" se indica un material que no es biológicamente o de otro modo no deseable, es decir, el material se puede incorporar en una composición farmacéutica administrada a un paciente sin causar efectos biológicos significativo no deseables o interaccionar de una forma perjudicial con cualquiera de los otros componentes de la composición en la que está contenido. Cuando el término "farmacéuticamente aceptable" se usa para referirse a un vehículo o excipiente farmacéutico, está implícito que el vehículo o excipiente ha cumplido los patrones requeridos de ensayos toxicológicos y de fabricación o que se incluye en la Inactive Ingredient Guide preparada por la Agencia Estadounidense de Medicamentos y Alimentos.

El término "trastorno" o "enfermedad", usados indistintamente en el presente documento, se refiere a cualquier alteración en el estado del cuerpo o uno de sus órganos y/o tejidos, que interrumpe o que altera el rendimiento de la función del órgano y/o función tisular (por ejemplo, provoca disfunción del órgano) y/o que causa un síntoma tal como molestia, disfunción, aflicción o incluso muerte a un sujeto aquejado de la enfermedad.

El término "sujeto", "individuo" o "paciente" se refiere a un animal, por ejemplo, un mamífero e incluye, pero no se limita a, humano, bovino, caballo, felino, canino, roedor o primate. En algunas realizaciones, el individuo es un ser humano.

El término "derivado", como se usa en el presente documento, incluye derivados, análogos, profármacos y precursores no naturales.

El término "sal farmacéuticamente aceptable" se refiere a una sal que retiene la eficacia biológica del compuesto y que no es biológicamente o de otro modo no deseable.

Los términos adicionales se deben definir, según se requiera, en la descripción detallada que sigue.

Cáncer

La presente invención proporciona un método de determinación de la sensibilidad o la resistencia de un sujeto a uno o más fármacos, tales como un inhibidor multicinasa, como se enumera por las reivindicaciones adjuntas. En algunas realizaciones, el inhibidor multicinasa es para su uso en el tratamiento del cáncer.

En algunas realizaciones, el cáncer se selecciona del grupo que consiste en cánceres de la lengua, la boca, la faringe y la cavidad bucal, cáncer de esófago, cáncer de estómago, tumor del estroma gastrointestinal, cáncer del intestino delgado, cáncer anal, cáncer del canal anal, cáncer anorrectal, cáncer de hígado, cáncer de las vías biliares intrahepáticas, cáncer de vesícula biliar, cáncer biliar, cáncer de otros órganos digestivos, cáncer de laringe, cáncer de huesos y de las articulaciones, cáncer uterino, cáncer de cuello uterino, cáncer de cuerpo uterino, cáncer de vulva, cáncer vaginal, cáncer testicular, cáncer de pene, cáncer de la vejiga urinaria, cáncer de riñón, cáncer renal, cáncer de uréter y otros órganos urinarios, cáncer ocular, cáncer cerebral y del sistema nervioso, cánceres del SNC y cáncer de tiroides, que comprende administrar a un sujeto en necesidad del mismo una cantidad terapéuticamente eficaz de p-lapachona, o una sal farmacéuticamente aceptable de la misma, en combinación con un vehículo farmacéuticamente aceptable, en donde dicha p-lapachona, o una sal farmacéuticamente aceptable de la misma, trata dicho cáncer seleccionado del grupo que consiste en cánceres de la lengua, boca, faringe y cavidad bucal, cáncer de esófago, cáncer de estómago, tumor del estroma gastrointestinal, cáncer del intestino delgado, cáncer anal, cáncer del canal anal, cáncer anorrectal, cáncer de hígado, cáncer del conducto biliar intrahepático, cáncer de la vesícula biliar, cáncer biliar, cáncer de otros órganos digestivos, cáncer de laringe, cáncer de hueso y de las articulaciones, cáncer uterino, cáncer de cuello uterino, cáncer de cuerpo uterino, cáncer de vulva, cáncer vaginal, cáncer testicular, cáncer de pene, cáncer de la vejiga urinaria, cáncer de riñón, cáncer renal, cáncer de uréter y otros órganos urinarios, cáncer ocular, cáncer cerebral y del sistema nervioso, cánceres del SNC y cáncer de tiroides.

En algunas realizaciones, el cáncer es un cáncer de hígado. En algunas realizaciones, el cáncer es carcinoma hepatocelular (CHC), tejido mesenquimatoso, sarcoma, hepatoblastoma, colangiocarcinoma, angiosarcoma, hemangiosarcoma, linfoma, o mezcla de los mismos.

Marcadores génicos

La presente divulgación proporciona un panel de genes marcadores. En algunas realizaciones, se pueden usar uno o más miembros del panel de marcadores génicos para determinar la sensibilidad o la resistencia de un sujeto a un fármaco, tal como un inhibidor multicinasa.

En algunas realizaciones, En algunas realizaciones, el inhibidor multicinasa se dirige a la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y reduce la actividad de o bloquea la cascada RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK (véase la FIG. 4), que incluye, pero no se limita a, sorafenib (por ejemplo, Nexavar®), vemurafenib (por ejemplo, Zelboraf®), sunitinib (por ejemplo, Sutent®), axitinib (por ejemplo, Inlyta®), vandetanib (por ejemplo, Caprelsa®), cabozantinib (por ejemplo, Cometriq®), ponatinib (por ejemplo, Iclusig®), ruxolitinib (por ejemplo, Jakafi®), regorafenib (por ejemplo, Stivarga®), crizotinib (por ejemplo, Xalkori®), una sal, un solvato, o un derivado fisiológicamente funcional de los mismos, o una mezcla de los mismos.

En algunas realizaciones, el panel de marcadores génicos incluye al menos uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete u ocho de los siguientes genes:

SEC14L2: también conocido como 2 de tipo SEC14, proteína de transferencia de escualeno, TAP, factor de proteína en sobrenadante, C22orf6, SPF, KIAA1186, KIAA1658, proteína asociada a tocoferol, proteína asociada a alfa-tocoferol, o HTAP, por ejemplo, que tiene la secuencia de nucleótidos de GenBank ID AL096881, y la secuencia de polipéptidos de UniProtKB:O76054, o variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador SEC14L2 comprende la variante 1 de transcrito (SEQ ID NO: 1) o la isoforma 1 de SEC14L2 (SEQ ID NO: 2), variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de SEC14L2 comprende la variante 2 de transcrito (SEQ ID NO: 3) o la isoforma 2 de SEC14L2 (SEQ ID NO: 4), variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de SEC14L2 comprende la variante 3 de transcrito (SEQ ID NO: 5) o la ¡soforma 3 de SEC14L2 (SEQ ID NO: 6), variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, una actividad de SEC14L2 dentro de un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de SEC14L2 en un sujeto similar o inferior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de SEC14L2 en un sujeto superior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto no es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. Como se usa en el presente documento, el término "similar" se refiere a que no existe diferencia estadística significativa entre la actividad de un gen marcador en un sujeto y un nivel de actividad predeterminado. Como se usa en el presente documento, el término "inferior" o "superior" se refiere a que existe una diferencia estadística entre la actividad de un gen marcador en un sujeto y un nivel de actividad predeterminado para determinar que la actividad de un gen marcador en un sujeto es menos o más cuando se compara con un nivel de actividad predeterminado.

H6PD: también conocido como hexosa-6-fosfato deshidrogenasa (glucosa 1-deshidrogenasa), proteína bifuncional endoplásmica GDH/6PGL, GDH, glucosa 1-deshidrogenasa, glucosa deshirogenasa, glucosa deshidrogenasa, G6PDH, deshidrogenasa salival, 6-fosfogluconolactonasa, CORTRD1, G6PD, forma H, EC 1.1.1.49, EC 2.7.4.3 o EC 3.1.1.31, por ejemplo, que tiene la secuencia de nucleótidos de GenBank ID CAA10071.1, y la secuencia de polipéptidos de UniProtKB: O95479, o variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de H6PD comprende la variante 1 de transcrito (SEQ ID NO: 7) o la isoforma 1 de H6PD (SEQ ID NO: 8), variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de H6PD comprende la variante 2 de transcrito (SEQ ID NO: 9) o isoforma 2 de H6PD (SEQ ID NO: 10), variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, una actividad de H6PD dentro de un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de H6PD en un sujeto similar o inferior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de H6PD en un sujeto superior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto no es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa.

TMEM140: también conocido como proteína transmembranaria 140, por ejemplo, que tiene la secuencia de nucleótidos de GenBank ID NM_018295.3, y la secuencia de polipéptidos de UniProtKB: Q9NV12, o variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de TMEM140 comprende el transcrito de TMEM140 de SEQ ID NO: 11 o el polipéptido de TMEM140 de SEQ ID NO: 12, variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, una actividad de TMEM140 dentro de un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de TMEM140 en un sujeto similar o inferior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de TMEM140 en un sujeto superior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto no es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa.

SLC2A5: también conocido como familia 2 de vehículos de soluto (transportador facilitado de glucosa/fructosa), miembro 5, proteína 5 de tipo transportador de glucosa, GLUT51, familia 2 de vehículos de soluto, miembro 5 del transportador facilitado de glucosa, transportador de glucosa tipo 5, intestino delgado, transportador de fructosa, GLUT-5, por ejemplo, que tiene la secuencia de nucleótidos de GenBank ID NM_001135585 o NM_003039, y la secuencia de polipéptidos de UniProtKB: P22732, o variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de SLC2A5 comprende la variante 1 de transcrito (SEQ ID NO: 13) o la isoforma 1 de SLC2A5 (SEQ ID NO: 14), variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de SLC2A5 comprende la variante 2 de transcrito (SEQ ID NO: 15) o la isoforma 2 de SLC2A5 (SEQ ID NO: 16), variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, una actividad de SLC2A5 dentro de un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de SLC2A5 en un sujeto similar o inferior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de SLC2A5 en un sujeto superior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto no es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa.

ACTA1, también conocido como actina, alfa 1, músculo esquelético, CFTDM, ACTA, MPFD, NEM3, NEM2, ASMA, actina, alfa-músculo esquelético, CFTD1, tipo 3 de miopatía nemalínica, NEM1, alfa-actina-1, o CFTD, por ejemplo, que tiene la secuencia de nucleótidos de GenBank ID NM_001100.3, y la secuencia de polipéptidos de UniProtKB: P68133, o variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de ACTA1 comprende el transcrito de ACTA1 de SEQ ID NO: 17 o el polipéptido de ACTA1 de SEQ ID NO: 18, variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, una actividad de ACTA1 dentro de un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de ACTA1 en un sujeto similar o inferior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa.

En algunas realizaciones, una actividad de ACTA1 en un sujeto superior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto no es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa.

IRF8: también conocido como factor 8 regulador de interferón, proteína 1 de unión a secuencia de interferón consenso, ICSBP, H-ICSBP, ICSBP1, proteína de unión a secuencia de interferón consenso, o IRF-8, por ejemplo, que tiene la secuencia de nucleótidos de GenBank ID NM_002163.2, NM_001252275.1 o NM_006798.3, y la secuencia de polipéptidos de UniProtKB: Q02556, o variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de IRF8 comprende el transcrito de IRF8 de SEQ ID NO: 19 o el polipéptido de IRF8 de SEQ ID NO: 20, variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, una actividad de IRF-8 dentro de un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de IRF8 en un sujeto similar o inferior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de IRF8 en un sujeto superior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto no es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa.

STAT2: también conocido como transductor de señales y activador de la transcripción 2, P113, STAT113, activador de la transcripción inducido por interferón alfa, transductor de señales y activador de la transcripción 2, transductor de señales y activador de la transcripción 2, ISGF-32, por ejemplo, que tiene la secuencia de nucleótidos de GenBank ID NM_005419.3 o NM_198332.1, y la secuencia de polipéptidos de UniProtKB: P52630, o variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de STAT2 comprende la variante 1 de transcrito (SEQ ID NO: 21) o la isoforma 1 de STAT2 (SeQ ID NO: 22), variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de STAT2 comprende la variante 2 de transcrito (SEQ ID NO: 23) o la isoforma 2 de STAT2 (SEQ ID NO: 24), variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, una actividad de STAT2 dentro de un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de STAT2 en un sujeto similar o inferior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de STAT2 en un sujeto superior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto no es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa.

UGT2A1: también conocido como UGT2A2, familia 2 de la UDP glucuronosiltransferasa, polipéptido A1, locus complejo; familia 2 de la UDP glucuronosiltransferasa, polipéptido A1; familia 2 de la UDP glucosiltransferasa, polipéptido A1; UDP-glucuronosiltransferasa 2A1; UDpGt 2a 1 ; UGT2A2; o EC 2.4.1.17, por ejemplo, que tiene la secuencia de nucleótidos de GenBank ID NM_001252274.1 NM_001252275.1 o NM_006798.3, y la secuencia de polipéptidos de UniProtKB: Q9Y4X1, o variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de UGT2A1 comprende la variante 1 de transcrito (SEQ ID NO: 25) o la isoforma 1 de UGT2A1 (SEQ ID NO: 26), variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de UGT2A1 comprende la variante 2 de transcrito (SEQ ID NO: 27) o la isoforma 2 de UGT2A1 (SEQ ID NO: 28), variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, el marcador de UGT2A1 comprende la variante 2 de transcrito (SEQ ID NO: 29) o la isoforma 2 de UGT2A1 (SEQ ID NO: 30), variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos. En algunas realizaciones, una actividad de UGT2A1 dentro de un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de UGT2A1 en un sujeto similar o inferior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de UGT2A1 en un sujeto superior a un nivel de actividad predeterminado indica que el sujeto no es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa.

La presente divulgación también proporciona perfiles de actividad de un panel de marcadores génicos que comprende al menos uno, dos, tres, cuatro, cinco, seis, siete, ocho o más genes marcadores. En algunas realizaciones, los genes marcadores se seleccionan del grupo que consiste en SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA1, IRF8, STAT2 y UGT2A1, o variantes, fragmentos u ortólogos funcionales de los mismos.

En algunas realizaciones, aunque se usa más de un marcador génico de la presente solicitud, se puede hacer una determinación de la sensibilidad basada en actividades de uno o más genes marcadores. En dichas situaciones, se puede llegar a la conclusión que lo más probable es que el sujeto sea sensible o lo más probable es que no sea sensible al tratamiento. En algunas realizaciones, aunque se usa más de un marcador génico de la presente solicitud, la actividad de cada marcador génico tiene el mismo "peso" o factor de determinación con respecto a la determinación de si el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, aunque se usa más de un marcador génico de la presente solicitud, la actividad de cada marcador génico tiene un "peso" diferente o factor de determinación con respecto a la determinación de si el sujeto es insensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, el peso se puede determinar por una potencia predictiva del marcador, que se puede cuantificar por el coeficiente de determinación (r2) y el valor de p asociado. En algunas realizaciones, valores más altos de r2 y/o valores más bajos del valor de p indican mejor potencia predictiva.

En algunas realizaciones, aunque se usa más de un marcador génico de la presente solicitud y algunos marcadores génicos indican que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa, mientras que algunos marcadores génicos indican que el sujeto puede no ser sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa, o el resultado es no concluyente basándose en la actividad de todos los marcadores génicos usados, se puede sacar una conclusión basándose en las actividades globales de los genes marcadores usados o un subconjunto particular de marcadores génicos usados, por ejemplo, que lo más probable es que el sujeto sea sensible o lo más probable es que sea insensible al tratamiento basándose en los números de marcador génico que indica la sensibilidad. Por ejemplo, cuando se prueba un total de n marcadores génicos (n=2, 3, 4, o más etc.), si m marcadores génicos indican que el sujeto es sensible al tratamiento, mientras que m no es más pequeño que n-m, entonces se puede sacar la conclusión de que es probable que el sujeto sea sensible al tratamiento. Si m es más pequeño que n-m, entonces se puede sacar la conclusión de que es probable que el sujeto sea insensible al tratamiento.

Como se usa en el presente documento, el término "perfil de actividad" se refiere a un conjunto de datos que representan rasgos distintivos o características de uno o más genes marcadores. Dichos rasgos o características incluyen, pero no se limitan a, abundancia de transcritos, estabilidad de transcritos, tasa de transcripción, tasa de traducción, modificación postraduccional, abundancia de proteínas, estabilidad de proteínas y/o actividad enzimática de proteínas, etc. En algunas realizaciones, el perfil de actividad comprende datos relacionados con el nivel de expresión génica de cada marcador génico.

En algunas realizaciones, se proporciona un conjunto de perfiles de actividades de un panel de marcadores génicos. En algunas realizaciones, el conjunto comprende perfiles de actividad obtenidos de una población específica de sujetos. En algunas realizaciones, la población específica de sujetos consiste en sujetos que son sensibles a un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, la población específica de sujetos consiste en sujetos que son insensibles a un inhibidor multicinasa.

En algunas realizaciones, el conjunto comprende perfiles de actividades que son estadísticamente homogéneos en uno o más aspectos, por ejemplo, estadísticamente homogéneos en uno o más parámetros cuantitativos o semicuantitativos que describen los rasgos y las características de los perfiles de actividades. En algunas realizaciones, los parámetros cuantitativos incluyen, pero no se limitan a, abundancia de transcritos, estabilidad de transcritos, tasa de transcripción, tasa de traducción, modificación postraduccional, abundancia de proteínas, estabilidad de proteínas y/o actividad enzimática de proteínas, etc. Si un grupo de perfiles de actividades es estadísticamente homogéneo o no en uno o más aspectos se puede determinar por cualquier prueba estadística adecuada y/o algoritmo conocido por un experto en la técnica.

En algunas realizaciones, uno o más de los genes marcadores aumenta su actividad en respuesta al inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, uno o más de los genes marcadores disminuye su actividad en respuesta al inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, uno o más de los genes marcadores mantiene su actividad en respuesta al inhibidor multicinasa. Como se usa en el presente documento, el término "actividad génica" se refiere al nivel de expresión génica, al nivel de actividad de ARN o al nivel de actividad de proteínas. Como se usa en el presente documento, el término "nivel de actividad de ARN se refiere a la abundancia de ARNm, la tasa de síntesis y/o la estabilidad, etc. Como se usa en el presente documento, el término "nivel de actividad de proteínas" se refiere a la abundancia de proteínas, la tasa de síntesis, la estabilidad, la actividad enzimática, la tasa de fosforilación, etc.

En algunas realizaciones, el conjunto de perfiles de actividades de uno o más marcadores génicos se obtiene de una o más pruebas. La prueba se puede realizar por el propio sujeto, por un médico, por una enfermera, por un laboratorio de análisis, por un profesional sanitario, o cualquier otra parte capaz de hacer la prueba. Los resultados de la prueba que contiene el conjunto de perfiles de actividades se pueden analizar entonces por la misma parte, o por una segunda parte, tal como el propio sujeto, un médico, una enfermera, un laboratorio de análisis, un profesional sanitario, un médico, el personal de un ensayo clínico, un hospital, un laboratorio, un instituto de investigación, o cualquier otra parte capaz de analizar la prueba para determinar si el sujeto es sensible al fármaco.

A pesar de cómo cambia la actividad de los genes marcadores después del tratamiento del inhibidor multicinasa, para todos los marcadores génicos descritos en el presente documento, su nivel de expresión es inferior antes del tratamiento cuando se compara con el nivel de expresión promedio de pacientes aleatoriamente seleccionados, o pacientes que no responden al tratamiento. Por tanto, se puede usar como referencia el nivel de expresión de pacientes que responden al tratamiento. Cuando el nivel de expresión de uno o más de los marcadores génicos actualmente descritos está dentro del nivel de expresión de pacientes que responden al tratamiento, indica la sensibilidad del sujeto. En otras palabras, antes del tratamiento con el inhibidor multicinasa, se puede usar la expresión de estos marcadores génicos de un sujeto dado en comparación con un nivel de expresión predeterminado de una población de sujetos que responden al tratamiento para predecir la probabilidad de respuesta de un tratamiento con inhibidor multicinasa. Alternativamente, también se puede usar el nivel de expresión de pacientes que no responden al tratamiento. Por ejemplo, antes del tratamiento con el inhibidor multicinasa, cuando el nivel de expresión de uno o más de los marcadores génicos actualmente descritos de un sujeto dado está dentro del nivel de expresión de pacientes que no responden al tratamiento, indica la insensibilidad del sujeto.

Métodos

También se proporcionan métodos de uso del panel de marcadores génicos de la presente invención como se enumera por las reivindicaciones adjuntas.

En algunas realizaciones, se proporcionan métodos de determinación de la sensibilidad o la resistencia de un sujeto a un fármaco. En algunas realizaciones, el inhibidor multicinasa se dirige a la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y reduce la actividad o bloquea la cascada RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK (véase la Figura 4).

En algunas realizaciones, el fármaco comprende uno o más inhibidores multicinasa, tales como un inhibidor que puede dirigirse a la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y bloquear la cascada RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK, que incluye pero no se limitan a, sorafenib (por ejemplo, Nexavar®), vemurafenib (por ejemplo, Zelboraf®), sunitinib (por ejemplo, Sutent®), axitinib (por ejemplo, Inlyta®), vandetanib (por ejemplo, Caprelsa®), cabozantinib (por ejemplo, Cometriq®), ponatinib (por ejemplo, Iclusig®), ruxolitinib (por ejemplo, Jakafi®), regorafenib (por ejemplo, Stivarga®), crizotinib (por ejemplo, Xalkori®), una sal, un solvato, o un derivado fisiológicamente funcional de los mismos, o una mezcla de los mismos. En algunas realizaciones, el fármaco es sorafenib, axitinib, vandetanib, pazopanib, cabozantinib, una sal, un solvato, o un derivado fisiológicamente funcional de los mismos, o una mezcla de los mismos.

En algunas realizaciones, el fármaco se usa para tratar una enfermedad asociada al cáncer. En algunas realizaciones, el cáncer es un cáncer de hígado o un cáncer de riñón. En algunas realizaciones, el cáncer de hígado es carcinoma hepatocelular.

En algunas realizaciones, los métodos comprenden medir el perfil de actividad de un panel de marcadores génicos en una muestra recogida del sujeto que comprende al menos uno o más marcadores seleccionados del grupo de SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA1, IRF8, STAT2 y UGT2A1.

En algunas realizaciones, los métodos comprenden además comparar el perfil de actividad del panel con un perfil de actividad predeterminado derivado de una población de sujetos que responden a un inhibidor multicinasa, en donde se determina que el sujeto es sensible al inhibidor multicinasa si el perfil de actividad del panel está dentro del perfil de actividad predeterminado.

En algunas realizaciones, los métodos comprenden además comparar el perfil de actividad del panel con el perfil de actividad derivado de una población de sujetos que no responden a un inhibidor multicinasa, en donde se determina que el sujeto no es sensible al inhibidor multicinasa si el perfil de actividad del panel está dentro del perfil de actividad.

Como se usa en el presente documento, el término "nivel predeterminado", "perfil de actividad predeterminado" o un "perfil de actividad de referencia" se refiere a datos normalizados o un conjunto de datos que representan el promedio, rasgos o características representativos de uno o más marcadores génicos en la población de sujetos sensibles a un tratamiento con el inhibidor multicinasa. Dichos rasgos o características incluyen, pero no se limitan a, abundancia de transcritos, estabilidad de transcritos, tasa de transcripción, tasa de traducción, modificación postraduccional, abundancia de proteínas, estabilidad de proteínas y/o actividad enzimática de proteínas, etc. En algunas realizaciones, la población específica de sujetos consiste en aproximadamente 5, aproximadamente 10, aproximadamente 20, aproximadamente 50, aproximadamente 100, aproximadamente 200, aproximadamente 300, aproximadamente 400, aproximadamente 500, aproximadamente 1000, aproximadamente 5000, aproximadamente 10K, o más sujetos individuales. El perfil de actividad predeterminado puede ser datos normalizados o un conjunto de datos recogidos antes, durante o después de que la población específica de sujetos se haya expuesto a un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, el perfil de actividad predeterminado es datos normalizados o un conjunto de datos recogido antes de que la población específica de sujetos se haya expuesto a un inhibidor multicinasa (o de muestra de célula, células tumorales,

En algunas realizaciones, el perfil de actividad predeterminado es una barra predeterminada o nivel umbral. Una barra superior a la barra predeterminada o actividad umbral de un marcador génico dado en un sujeto indica que el sujeto no es sensible al tratamiento, mientras que una actividad similar o inferior a la barra predeterminada o actividad umbral de un marcador génico dado en un sujeto indica que el sujeto es sensible al tratamiento.

En algunas realizaciones, el perfil de actividad predeterminado es un intervalo predeterminado. Una actividad de un marcador génico dado en un sujeto superior o fuera del intervalo indica que el sujeto no es sensible al tratamiento, mientras que una actividad de un marcador génico dado en un sujeto dentro de o inferior al intervalo indica que el sujeto es sensible al tratamiento.

Se entiende que, en lugar de obtener el perfil de actividad predeterminado de un grupo de sujetos conocido por ser sensible al tratamiento, se puede obtener un "perfil de actividad predeterminado negativo" de sujetos que se sabe que son insensibles al tratamiento. En algunas realizaciones, una actividad de un marcador génico dado en un sujeto similar o superior a un nivel de actividad predeterminado negativo indica que el sujeto es insensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, una actividad de un marcador génico dado en un sujeto inferior a un nivel de actividad predeterminado negativo indica que el sujeto es sensible al tratamiento de un inhibidor multicinasa.

Como se usa en el presente documento, un sujeto es "sensible" a un inhibidor multicinasa cuando la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) en el sujeto se reduce o bloquea por el inhibidor multicinasa, y se reduce o bloquea la actividad de la cascada RAF/ cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK en el sujeto, que se puede probar por cualquier método adecuado conocido por un experto en la técnica. En algunas realizaciones, la sensibilidad se puede reflejar por la actividad antitumoral de un inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, la actividad antitumoral de un inhibidor multicinasa se puede medir por % de AT/AC, en donde AT = cambio del volumen del tumor en el grupo de tratamiento y AC = cambio del volumen del tumor en el grupo de control. En algunas realizaciones, la actividad antitumoral de un inhibidor multicinasa se puede medir en cualquier muestra adecuada recogida de un sujeto, parte de un sujeto, o PDX derivado de un sujeto. En algunas realizaciones, un sujeto se considera sensible a un inhibidor multicinasa cuando un % de AT/AC predicho es inferior a aproximadamente 90 %, inferior a aproximadamente 85 %, inferior a aproximadamente 80 %, inferior a aproximadamente 75 %, inferior a aproximadamente 70 %, inferior a aproximadamente 65 %, inferior a aproximadamente 60 %, inferior a aproximadamente 55 %, inferior a aproximadamente 50 %, inferior a aproximadamente 45 %, inferior a aproximadamente 40 %, inferior a aproximadamente 35 %, inferior a aproximadamente 30 %, inferior a aproximadamente 25 %, inferior a aproximadamente 20 %, inferior a aproximadamente 15 %, inferior a aproximadamente 10 %, inferior a aproximadamente 5 %, o incluso menos dependiendo de los tipos del inhibidor multicinasa y los tipos del tumor. En algunas realizaciones, se predice que el sujeto es sensible a un inhibidor multicinasa cuando un % de AT/AC predicho correspondiente a los perfiles de actividades de uno o más marcadores génicos es inferior a aproximadamente 40 %.

Como se usa en el presente documento, la frase "el perfil de actividad del panel está dentro del perfil de actividad predeterminado" se refiere a que el perfil de actividad que se ha analizado es similar al perfil de actividad predeterminado, por ejemplo, los parámetros que describen el perfil de actividad son similares a los parámetros que describen el perfil de actividad predeterminado, o dentro del intervalo de variación de un perfil de actividad predeterminado, por ejemplo, los parámetros están dentro del intervalo de variación basado en un intervalo de confianza del 90 % construido a partir de los parámetros que describen el perfil de actividad predeterminado.

El perfil de actividad del panel se puede describir por cualquier parámetro adecuado. En algunas realizaciones, el perfil de actividad del panel se describe por valores de distintivo asociados a uno o más marcadores génicos expresados en el sujeto a evaluar. Por consiguiente, el perfil de actividad predeterminado se describe por el valor de distintivo asociado a los marcadores génicos expresados en el grupo de referencia.

En algunas realizaciones, cuando el perfil de actividad del panel de marcadores génicos en una muestra recogida de un sujeto que se analiza está dentro de un perfil de actividad predeterminado basándose en una población de sujetos sensibles a un tratamiento con el inhibidor multicinasa, se determina que el sujeto que se analiza es sensible al inhibidor multicinasa.

Alternativamente, cuando el perfil de actividad del panel de marcadores génicos en una muestra recogida de un sujeto que se analiza está dentro de los datos normalizados o conjunto de datos que representan el promedio, rasgos o características representativas de uno o más marcadores génicos en la población de sujetos insensibles a un tratamiento con el inhibidor multicinasa, se determina que el sujeto que se analiza es insensible al inhibidor multicinasa.

Se proporcionan métodos de administración de un inhibidor multicinasa a un sujeto. En algunas realizaciones, los métodos comprenden probar el sujeto para el perfil de actividad de un panel de marcadores génicos que comprenden al menos uno o más genes marcadores. En algunas realizaciones, los genes marcadores se seleccionan del grupo que consiste en SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA1, IRF8, STAT2 y UGT2A1.

En algunas realizaciones, los métodos comprenden además comparar el perfil de actividad del panel con una actividad predeterminada, en donde el inhibidor multicinasa se administra al sujeto si el perfil de actividad del panel está dentro del perfil de actividad predeterminado. En algunas realizaciones, el inhibidor multicinasa se dirige a la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y reduce la actividad o bloquea la cascada RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK (véase la FIG. 4).

El perfil de actividad de un panel de marcadores génicos se puede determinar por cualquier método adecuado conocido por un experto en la técnica. En algunas realizaciones, se toma una muestra biológica de un sujeto y se analiza. La actividad génica puede ser el número de copias del gen, el número de amplificaciones génicas o la actividad de promotor, etc. La actividad de ARN puede ser la abundancia de ARNm, la tasa de síntesis y/o la estabilidad, etc. La actividad de proteína puede ser la abundancia de proteínas, la tasa de síntesis, la estabilidad, la actividad enzimática, la tasa de fosforilación, las modificaciones, la actividad de unión, etc. En algunas realizaciones, la muestra biológica se ensaya entonces normalmente a partir de la presencia de uno o más productos de expresión génica, tales como ARN, ARNm, ADNc, ARNc, proteína, etc.

En algunas realizaciones, se usa directamente el ARNm de una muestra biológica en la determinación de los niveles de expresión de uno o más genes por hibridación. En algunas realizaciones particulares, el ARN se obtiene de una muestra biológica. Entonces se transforma el ARN en copia de ADNc (ADN complementario) usando métodos conocidos en la técnica. En algunas realizaciones particulares, el ADNc se marca con una marca fluorescente u otra marca detectable. Entonces se hibrida el ADNc con un sustrato que contiene una pluralidad de sondas de interés. Una sonda de interés normalmente se hibrida en condiciones de hibridación rigurosas con al menos una secuencia de ADN de un distintivo génico. En ciertas realizaciones, la pluralidad de sondas es capaz de hibridarse con las secuencias derivadas de los genes marcadores seleccionados de SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA1, IRF8, STAT2 y UGT2A1 en las condiciones de hibridación. En algunas realizaciones, las condiciones comprenden usar 6xSSC (NaCI 0,9 M, citrato de sodio 0,09 M, pH 7,4) a 65 °C. Las sondas pueden comprender ácidos nucleicos. El término "ácido nucleico" engloba análogos de nucleótidos conocidos o restos o enlaces de esqueleto modificados, que son sintéticos, que existen de forma natural y que no existen de forma natural, que tienen propiedades de unión similares como el ácido nucleico de referencia, y que se metabolizan de un modo similar a los nucleótidos de referencia. Los ejemplos de dichos análogos incluyen, sin limitación, fosforotioatos, fosforamidatos, metilfosfonatos, metilfosfonatos quirales, ácidos nucleicos peptídicos (PNA).

En ciertos casos, las sondas serán desde aproximadamente 15 hasta aproximadamente 50 pares de bases o más de longitud. Se puede medir la cantidad de hibridación de ADNc ensayando la presencia de la marca detectable, tal como un fluoróforo. Se puede usar la cuantificación de la señal de hibridación para generar una puntuación para una secuencia particular o conjunto de secuencias en el distintivo génico para un paciente particular o pluralidad de pacientes.

Dentro del alcance de la invención se incluyen matrices o micromatrices de ADN, como se enumera por las reivindicaciones adjuntas. Las matrices o micromatrices contienen una pluralidad de secuencias que se hibridan en condiciones de hibridación rigurosas con una o más de las secuencias de genes de los marcadores. Un ejemplo de un sustrato que contiene una o más sondas de interés es una pluralidad de sondas de ADN que están fijadas a un sustrato. En ciertas realizaciones, el sustrato puede comprender uno o más materiales tales como gel, nitrocelulosa, nailon, cuarzo, vidrio, metal, materiales basados en sílice, sílice, resinas, polímeros, etc., o combinaciones de los mismos. Normalmente, las sondas de ADN comprenden aproximadamente 10-50 pb de ADN contiguo. En ciertas realizaciones, las sondas de ADN son desde aproximadamente 20 hasta aproximadamente 50 pb de ADN contiguo. La divulgación proporciona kits que comprenden una micromatriz e indicaciones para su uso. El kit puede comprender un recipiente que comprende una o más micromatrices e indicaciones para su uso.

La muestra biológica también se puede analizar para la expresión génica de uno o más marcadores génicos usando métodos que pueden detectar ácidos nucleicos que incluyen, pero no se limitan a, PCR (reacción en cadena de la polimerasa); RT-PCT (transcriptasa inversa-reacción en cadena de la polimerasa); PCR cuantitativa o semicuantitativa, etc.

En ciertas realizaciones, los niveles de expresión génica se miden detectando los productos de expresión de proteínas de los genes o secuencias de ADN. Los niveles de productos de proteínas se pueden medir usando métodos conocidos en la técnica que incluyen el uso de anticuerpos que se unen específicamente a una proteína particular. Estos anticuerpos, que incluyen anticuerpos policlonales o monoclonales, se pueden producir usando métodos que se conocen en la técnica. Estos anticuerpos también se pueden acoplar a un sustrato sólido para formar un chip de anticuerpo o micromatriz de anticuerpo. Se pueden preparar micromatrices a anticuerpo o proteína usando los métodos que se conocen en la técnica.

Una vez se han medido los niveles de expresión génica, entonces se calcula un valor/puntuación de distintivo. Los ejemplos de cómo calcular un valor/puntuación de distintivo se describen en el presente documento. En algunas realizaciones, la intensidad promedio de la expresión de ARNm, en escala log2, del gen marcador se designa la puntuación de distintivo. Entonces se compara el valor/puntuación de distintivo con el valor de distintivo asociado al perfil de actividad predeterminado para predecir la respuesta del sujeto al tratamiento con el inhibidor multicinasa. En algunas realizaciones, la respuesta del sujeto predicha se mide por un % de AT/AC predicho, en donde AT = cambio del volumen del tumor en el grupo de tratamiento y AC = cambio del volumen del tumor en el grupo de control.

El valor de distintivo se puede calcular por cualquier método adecuado. En algunas realizaciones, el valor de distintivo se calcula por un algoritmo predeterminado. En algunas realizaciones, se asigna un valor a cada marcador génico basándose en su nivel de expresión. Los ejemplos no limitantes de métodos para calcular el valor de distintivo se describen en Chang et al. (SIGNATURE: A workbench for gene expression signature analysis, BMC Bioinformatics 2011, 12:443), Kawaguchi et al. (Gene expression signature-based prognostic risk score in patients with glioblastoma, Cancer Sci. 7 de junio de 2013. [Publicado electrónicamente previo a su publicación en papel]), Cuzick et al. (Prognostic value of an RNA expression signature derived from cell cycle proliferation genes in patients with prostate cancer: a retrospective study, Lancet Oncol. marzo de 2011;12(3):245-55. doi: 10.1016/S1470-2045(10)70295-3.), Sanchez-Navarro (An 8-gene qRT-PCR-based gene expression score that has prognostic value in early breast cancer., BMC Cancer. 28 de junio de 2010;10:336. doi: 10.1186/1471-2407-10-336.), Shi et al. (A Network-Based Gene Expression Signature Informs Prognosis and Treatment for Colorectal Cancer Patients, PLoS ONE, 2012, 7(7):e412), Matsui et al. (Developing and Validating Continuous Genomic Signatures in Randomized Clinical Trials for Predictive Medicine, Clinical Cancer Research, 2012, 2012; doi: 10.1158/1078-0432.CCR-12-1206), Lyng et al. (Gene Expression Signatures That Predict Outcome of Tamoxifen-Treated Estrogen Receptor-Positive, High-Risk, Primary Breast Cancer Patients: A DBCG Study, PLoS ONE, 2013, 8(1):e54078) y Zhao et al. (Combining Gene Signatures Improves Prediction of Breast Cancer Survival, PLoS ONE, 2011,6(3):e17845).

Aunque no existe nivel de expresión umbral absoluto requerido para determinar si un sujeto responde a un tratamiento, un experto en la técnica sería capaz de determinar un umbral estándar adecuado basándose en los tipos de inhibidor multicinasa y la enfermedad que se va a tratar. Por ejemplo, en algunas realizaciones, para que sea conveniente, cuando el % de AT/AC predicho asociado al valor de distintivo de marcadores génicos es inferior a aproximadamente 40 % (u otro valor preferido), se puede determinar que el sujeto responde a un inhibidor multicinasa dado.

En algunas realizaciones, los métodos descritos en el presente documento se pueden aplicar basándose en una dosis. Por ejemplo, para cada dosis predeterminada del mismo inhibidor multicinasa, se puede identificar un conjunto de marcadores génicos, y estos marcadores génicos se pueden usar para determinar si un sujeto específico responde a una multicinasa específica a la dosis predeterminada. Ejemplos no limitantes de la dosis a administrar incluyen aproximadamente 0,1 pg/kg, aproximadamente 1 pg/kg, aproximadamente 10 pg/kg, aproximadamente 100 pg/kg, aproximadamente 1 mg/kg, aproximadamente 10 mg/kg, aproximadamente 50 mg/kg, aproximadamente 100 mg/kg o más.

En algunas realizaciones, los métodos descritos en el presente documento se pueden aplicar basándose en un método de administración. Por ejemplo, para cada método de administración de fármaco predeterminado del mismo inhibidor multicinasa, se puede identificar un conjunto de marcadores génicos, y estos marcadores génicos se pueden usar para determinar si un sujeto específico responde al inhibidor multicinasa usando el método de administración de fármaco predeterminado. Ejemplos no limitantes de una vía para administración incluyen mucosa, enteral, parental, transdérmica/ transmucosa e inhalación. En una realización, la vía mucosa es por la mucosa nasal, orofaríngea, ocular o genitourinaria. En otra realización, la vía enteral es oral, rectal o sublingual. Aún en otra realización, la vía parenteral es una cualquiera de inyección o infusión intrarterial, intradérmica, intramuscular, intraperitoneal, intravenosa, subcutánea y submucosa. Aún en otra realización, la vía transdérmica/ transmucosa es tópica. Aún en otra realización, la vía por inhalación es intranasal, orofaríngea, intratraqueal, intrapulmonar o transpulmonar.

En algunas realizaciones, los métodos descritos en el presente documento se pueden aplicar basándose en una combinación de fármacos. Por ejemplo, para cada combinación de fármacos predeterminada de un inhibidor multicinasa y un inhibidor no multicinasa, o una combinación de dos o más inhibidores multicinasa, se puede identificar un conjunto de marcadores génicos, y estos marcadores génicos se pueden usar para determinar si un sujeto específico responde a la combinación de fármacos que comprende un inhibidor multicinasa.

En algunas realizaciones, los métodos descritos en el presente documento se pueden aplicar basándose en una formulación. Por ejemplo, para cada formulación de fármacos predeterminada de un inhibidor multicinasa dado, se puede identificar un conjunto de marcadores génicos, y estos marcadores génicos se pueden usar para determinar si un sujeto específico responde al inhibidor multicinasa usando la formulación de fármacos predeterminada.

Los genes marcadores y los métodos asociados descritos en el presente documento se pueden usar para todos los fines adecuados. En algunas realizaciones, se usan en ensayo clínico prospectivo. En algunas realizaciones, se usan en la práctica del tratamiento clínico/prevención.

También se proporcionan métodos para descubrir genes marcadores predictivos. En algunas realizaciones, los métodos comprenden un estudio "tipo ensayo clínico de fase II". En algunas realizaciones, los métodos comprenden aplicar uno o más fármacos a las células derivadas de un sujeto y medir el perfil de expresión de uno o más genes en las células. En algunas realizaciones, el estudio comprende usar modelos de PDX. En algunas realizaciones, el estudio comprende usar bioinformática y análisis estadístico. En algunas realizaciones, se usan bioinformática y análisis estadístico para identificar un panel de marcadores génicos específicos que tienen una alta correlación con la respuesta al fármaco o resistencia al fármaco. Las posibles aplicaciones incluyen, pero no se limitan a: a) descubrimiento de biomarcadores para candidato a fármaco clínico en etapa temprana; b) selección de indicación y expansión; c) gestión del ciclo vital de los fármacos comercializados; d) descubrimiento de indicación novedosa para fármacos "de imitación".

En algunas realizaciones, la eficacia de sorafenib, sunitinib, axitinib, vandetanib, pazopanib, cabozantinib u otros inhibidores multicinasa se mide en un panel de modelos de PDX. En algunas realizaciones, cada panel tiene múltiples ratones, al menos 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más. En algunas realizaciones, se incluye un grupo de control y un grupo de tratamiento. El grupo de control recibe vehículo solo. El grupo de tratamiento recibe sorafenib, sunitinib, axitinib, vandetanib, pazopanib, cabozantinib u otros inhibidores multicinasa.

En algunas realizaciones, para cada panel de PDX, se cuantifica la eficacia del fármaco por % de AT/AC, en donde AT es el cambio del volumen del tumor en el grupo de tratamiento y AC es el cambio del volumen del tumor en grupo de control. En algunas realizaciones, los niveles de ARNm de expresión de 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 o más genes marcadores probados se describen por micromatriz, RNAseq y/o RT-PCR. En algunas realizaciones, los niveles de proteína de los marcadores se describen por inmunoensayo. En algunas realizaciones, se calcula una puntuación de distintivo basada en las expresiones o los niveles de proteína de los genes marcadores, y se cuantifica su potencia predictiva por el coeficiente de determinación (r2) y el valor de p asociado. En algunas realizaciones, valores más altos de r2 y/o valores más bajos del valor p indican mejor potencia predictiva. En algunas realizaciones, se usa un valor de p de al menos más pequeño que 0,05 para considerar que el distintivo tiene potencia predictiva.

La presente invención se ilustra adicionalmente por los siguientes ejemplos que no se deben interpretar como limitantes.

EJEMPLOS

Ejemplo 1. Números significativos de modelos HCC-HuPrime® son sensibles o parcialmente sensibles a sorafenib.

Los modelos experimentales que capturan mecanismos oncogénicos de CHC humano son críticos para evaluar los tratamientos para CHC y descubrir biomarcadores predictivos de la respuesta del paciente. Los modelos de xenoinjerto derivado de paciente (PDX) reflejan los perfiles histopatológicos y genéticos de los pacientes (2-7). Los presentes inventores han establecido recientemente un gran conjunto de modelos de PDX de CHC (denominados HCC-HuPrime®, o avatares de paciente) injertando fragmentos de tejido tumoral del paciente sin tratamiento previo en ratones inmunodeprimidos. Los presentes inventores probaron sorafenib en una cohorte aleatorizada de HCC-HuPrime en el estudio de tipo ensayo clínico. El estudio condujo a la identificación de "respondedores y no respondedores". Los presentes inventores describieron a continuación la expresión de estos modelos usando la tecnología de micromatrices GeneChip. Aplicando análisis estadístico, los presentes inventores han identificado un distintivo molecular específico que está asociado con la respuesta, o se denomina HuSignature®. El distintivo de expresión génica consiste en solo algunos genes, puede ser predictivo de la respuesta de pacientes con CHC a sorafenib y también rectificable para el desarrollo de pruebas diagnósticas con fines terapéuticos usadas para la estratificación de pacientes en la clínica. El distintivo se puede usar como guía para tratar el paciente con CHC que es probable que sea, respondedor, mientras que evita tratar los respondedores poco probables, maximizando así el beneficio del tratamiento mientras se minimiza uno individualizado.

Los presentes inventores han establecido un gran panel de modelos PDX de CHC trasplantando tejidos tumorales quirúrgicamente extirpados de pacientes asiáticos con CHC sin tratamiento previo por injerto subcutáneo en ratones Balb/c sin pelo. La tasa de absorción para el injerto de CHC es ~20 %, moderada en comparación con la alta tasa para colorrectal (CRC) (8), y similar a aquella para CPCNP (9, 10). Los presentes inventores estuvieron interesados en identificar modelos que responderían o no responderían a sorafenib. Para este fin, los presentes inventores probaron una cohorte de 21 HCC-HuPrime aleatoriamente seleccionados tratándolos con sorafenib. Los resultados demostraron que la mayoría de los modelos de CHC tratados por administración diaria por vía oral de sorafenib a las dosis de 50 mg/kg mostraron un grado variable de respuestas al tratamiento como se mide por % de ñT/¿c (FIG. 1) (Tabla 1). 13 de los 21 PDX (62 %) lograron la inhibición eficaz del crecimiento tumoral con % de ñT/ñ <40 % (p<0,05). Por otra parte, también hay modelos que son bastante o parcialmente resistentes a sorafenib, no respondedores o mal respondedores, que incluyen los modelos LI0334 y LI0050 como se muestra en la FIG. 1.

Ejemplo 2. PDX de CHC se puede clasificar en tres categorías principales por perfilado de expresión génica global

El CHC es una enfermedad de diversos tipos. El perfilado de expresión génica global de muestras tumorales de paciente ha revelado que el CHC se puede clasificar en tres subtipos principales. Recientemente, el análisis del transcriptoma ha clasificado el CHC en tres categorías principales con distintos parámetros clínicos, así como diferenciación celular1. Son S1 (grupo de tipo tallo con activación de la vía de WNT y TGF-p), S2 (activación de MYC y AKT) y S3 (diferenciación de hepatocitos). Se cree que los PDX de CHC son modelos experimentales predictivos que mantienen los perfiles histopatológicos y genéticos originales de los pacientes23. Este presente estudio intentó probar esta hipótesis demostrando si el avatar de CHC tenía perfiles genómicos similares a los tumores del paciente en clasificación y propiedades biológicas.

En primer lugar, se perfilaron todos los PDX de CHC descritos usados en el ensayo de avatar para la expresión génica global como se describe previamente (9, 10). Los presentes inventores evaluaron el parecido de sus "avatares de CHC" con los tumores de pacientes usando el mismo algoritmo que se usó para clasificar las muestras clínicas del paciente1. Se pueden clasificar veintidós modelos de PDX de CHC en 3 grupos, entre los que S1 y S2 están más estrechamente relacionados (véase la Tabla 2). Usando los 572 genes generados a partir del algoritmo, se obtuvieron las mismas clasificaciones por agrupamiento jerárquico y análisis de componentes principales (PCA), excepto por dos valores atípicos. Los resultados demuestran que la cohorte de PDX de CHC de los presentes inventores se puede dividir en las tres mismas subclases que las de las muestras de paciente1.

Usando los criterios de expresión de miARN desarrollados por Luk et al., se clasificó el conjunto de PDX de CHC en dos clases, 14q32.2-hi y 14q32.2-lo. Cuando se comparó con las subclases de S1, S2, S3 determinadas por el perfilado de ARNm descrito anteriormente, S1 pertenece a 14q32.2-lo y S2/3 pertenece a 14q32.2-hi (excepto LI1025, LI1078) (véase la Tabla 2).

Tabla 2. Clasificación de HCC-HuPrime® por ARNm y perfilado de miARN

Se encontró que los niveles de ARNm de AFP en suero y de AFP en tumor estaban fuertemente y positivamente correlacionados, y también se asociaron a S2/31 y 14q32.2-hi4, de acuerdo con informes previos1. Se encontró que seis marcadores de tipo tallo no se asociaban a S11, ni a 14q32.2-hi4, así que diferente del informe por Luk et al4. Parece que la activación de c-MET, como se define por respuesta a inhibidor de c-MET, solo se observó en S1, de acuerdo con una de las observaciones previas5, pero no las otras4. Cuando todos estos modelos se trataron con sorafenib, un inhibidor multicinasa, pareció que no hubo correlación en las respuestas tumorales entre las subclases (datos no mostrados). Los presentes inventores están investigando actualmente la respuesta a fármaco relevante para la clasificación para investigar la utilidad de esta clasificación. Sin embargo, los datos de los presentes inventores sugirieron que HCC-HuPrime® son buenos representantes de los tumores de paciente, y así son modelos experimentales probablemente predictivos.

Ejemplo 3. Identificación del distintivo de expresión génica de CHC predictivo de respuesta a sorafenib.

Se usó un método estadístico basado en la regresión lineal para identificar el biomarcador predictivo (es decir, distintivo génico) usando niveles globales de expresión génica y el efecto del tratamiento con sorafenib medido en PDX de CHC como por % de AT/AC como se ha descrito anteriormente. Por criterios estadísticos prefijados que incluyen el valor de p <0,0001, intervalo de expresión génica en PDX de CHC probado > 4 veces, ningún valor atípico en el análisis de regresión lineal, los presentes inventores pueden obtener un distintivo que consiste en 8 genes que demostraron la buena predictibilidad (por ejemplo, FIG. 1, y la Tabla 3). Merece la pena indicar que un distintivo con más genes creará mejor relevancia y valor de p más pequeño, mientras que tendrá menos valores prácticos en la aplicación clínica. La rigurosidad de los criterios prefijados determinará el número de genes distintivos.

Aunque estos genes distintivos se identifican puramente por análisis estadístico y no se usó conocimiento biológico para hacer ninguna filtración antes y después del análisis, estos genes distintivos se pueden usar para predecir la respuesta de un sujeto a un inhibidor multicinasa. Varios genes están relacionados con el metabolismo de la glucosa y la fructosa. Dos genes están en las vías mediadas por interferón (IFN) (nota: está en curso un ensayo clínico de fase I para usar Peginterferón alfa-2b con sorafenib en pacientes con carcinoma de células renales no extirpable o metastásico claro, véase ClinicalTrials.gov N° de identificador: NCT00589550).

Tabla 3. Genes distintivos a modo de ejemplo

Materiales y métodos

Muestras tumorales de pacientes e injerto en ratones inmunodeprimidos. Se obtuvieron tejidos tumorales recientemente y quirúrgicamente extirpados de los pacientes diagnosticados como CHC mediante colaboración con el Instituto de Medicina Traslacional de Beijing Keluoen y el Cuarto Hospital de la Universidad Médica de Hebei con autorización del Comité de ética médica del Cuarto Hospital de la Universidad Médica de Hebei y los consentimientos informados de los pacientes. Otros han descrito ampliamente los injertos de fragmentos de tumor de pacientes en ratones inmunodeprimidos por vía subcutánea. Brevemente, los tumores se cortaron en fragmentos de 3 x 3 x 3 mm3 y se inocularon por vía subcutánea en los flancos de los ratones (Balb/c desnudos, 6-8 semanas, hembra, Beijing HFK Bioscience Co. Ltd., Beijing, China). El crecimiento tumoral se monitorizó dos veces a la semana usando un compás calibrador. Los modelos de tumor establecido de estas muestras de paciente, denominadas el pase 0 o P0, se reinjertaron en serie para mantener los tumores, estos pases posteriores se denominaron P1, 2, 3... (< 10). Cuando los tamaños de los tumores alcanzan 500-700 mm3 (1/2 longitud x anchura2), se recogieron para la siguiente ronda de injerto para someter a pases los tumores y para realizar estudios de farmacología, histopatología, inmunohistología, análisis celular y molecular. Todos los procedimientos se realizaron en condiciones estériles en las instalaciones de Crown Bioscience SPF. Todos los estudios que implican a animales experimentales se llevaron a cabo en estricta conformidad con las recomendaciones de la Guide for the Care and Use of Laboratory Animals de los Institutos Nacionales de Salud. El protocolo fue autorizado por el Comité de Ética de Experimentación Animal de Crown Bioscience, Inc. (Comité IACUC de Crown Bioscience).

Evaluación de la actividad antitumoral. Cuando el volumen del tumor alcanzó 100-150 mm3, los ratones se agruparon aleatoriamente en dos grupos de 5 ratones con volumen del tumor promedio similar. El grupo de control se trató inmediatamente después de la agrupación con control de vehículo (PBS, inyección IP semanal durante dos semanas); los grupos de tratamiento se trataron con uno de los siguientes: cetuximab (inyección IP semanal durante dos semanas, 1 mg/ratón, Merck KGaA), erlotinib (diaria oral, 50 mg/kg, Nanjing Angel Pharmaceutical Co.), crizotinib (diaria oral, 50 mg/kg, Selleckchem.com). El crecimiento tumoral se monitorizó dos veces a la semana, y se calcularon el valor del % de AT/AC para evaluar la respuesta tumoral al tratamiento (AT = cambio del volumen del tumor en el grupo de tratamiento y AC = cambio del volumen del tumor en el grupo de control).

Análisis de IHC de tumores HuPrime®. Se usó inmunohistoquímica convencional para analizar tejidos tumorales a partir de los modelos de HuPrime. Brevemente, los tejidos se fijaron en 10 % de formalina tamponada neutra y se incorporaron en parafina por procedimientos histológicos convencionales. Después de la desparafinización y la rehidratación, secciones de tejido de 3 pm de espesor se pretrataron a 95 °C en citrato de sodio 0,01 M, disolución a pH 6,0 durante 30 min, seguido por tinción con anticuerpo monoclonal anti-pERK o pEGFR humano de conejo (Cell Signaling, Boston, EE. UU.). Se detectó la tinción positiva usando el kit LP large Volume Detection System HRP Polymer (Ready-To-Use) de Ultra Vision (Lab Vision, Fremont, CA). Se usó DAB como sustrato cromogénico, y las secciones se contratiñeron con hematoxilina de Gill (Fisher Scientific, Fair Lawn, EE. UU.). Entonces se puntuaron los especímenes de prueba independientemente por tres investigadores en un modo cegado por los siguientes criterios: 0, sin tinción; 1+, tinción mínima; 2+, tinción moderada; 3+, tinción fuerte. Se identificaron las áreas de más intensidad barriendo las secciones de tumor a baja potencia (x100), y luego se fotografiaron las imágenes a alto aumento (x400) usando el sistema de microscopía Olympus BX51 con la cámara digital DP71 (Olympus, Melville, NY).

Perfilado de expresión de PDX de CHC y análisis del número de copias de genes. Se recogieron tejidos tumorales HCC-HuPrime™ frescos de ratones portadores de tumores, se ultracongelaron y se almacenaron a -80 °C antes de usarse para el análisis genético y genómico. Para el análisis del perfilado génico, se aisló el ARN total de los tejidos congelados usando Trizol (Invitrogen, Carlsbad, CA) por las instrucciones del fabricante, y se purificó usando minicolumnas RNeasy (Qiagen). Se evaluó la calidad de ARN en un Bioanalyser (Agilent). Solo se usaron muestras de ARN con alta calidad (RIN>8) para los ensayos de perfilado de la expresión en placas de matriz Affymetrix HG-U219 siguiendo el protocolo estándar (kit de expresión GeneChip® 3'IVT, Manual de Usuario, Affymetrix, P/N 702646 Rev. 8). Se normalizó el conjunto de datos sin procesar CEL de todas las muestras por el algoritmo RMA. Se expresó la intensidad del conjunto de sondas como valores transformados por log (2). Para el ensayo de SNP/CNV usando chips Affymetrix® SNP6.0, se aisló ADN genómico y se purificó usando el kit de aislamiento de tejido y sangre de ADN genómico (Qiagen) siguiendo las instrucciones del fabricante. Se realizaron el procesamiento de ADN y la hibridación del chip siguiendo el protocolo convencional de Affymetrix (Affymetrix® Genome-Wide Human SNP Nsp/Sty 6.0 User Guide, P/N 702504, Rev. 4). Los datos sin procesar CEL se sometieron a control de calidad y se filtraron para retirar muestras de baja tasa de llamada y se realizaron análisis del número de copias génicas por los métodos PICNIC y/o PennCNV. Para algunas de las muestras, se determinaron por qPCR los números de copias génicas relativas. Brevemente, se sometieron los mismos ADN genómicos a amplificación usando cebadores específicos de MET (SEQ ID NO: 31, MET-F: GCTGGTGGTCCTACCATACATG; SEQ ID NO: 32, MET-R: CTGGCTTACAGCTAGTTTGCCA) por PCR cuantitativa basada en SYBR Green. Se usó el gen retrotransposón LINE-1 de mamífero como referencia. Se analizaron los datos de q-PCR en el sistema chromo4 usando el software Opticon Monitor 3 para generar los datos sin procesar. Entonces se procesaron los datos sin procesar usando el método de cuantificación relativa de delta CT. ACT= (valor de CT del gen diana)-(valor de CT del gen de referencia). Entonces se convirtieron los valores de delta CT en el valor de intensidad (POWER(ACT,-2)). Todos los datos se normalizaron a los de una muestra con número conocido de copias de MET para obtener el número relativo de copias MET.

Discusión

El carcinoma hepatocelular (CHC) es heterogéneo. La única terapia diana autorizada es sorafenib, ya sea como monoterapia o en combinación con quimioterapia. Sin embargo, el tratamiento hasta la fecha ha mostrado beneficio global limitado. Sin embargo, como inhibidor multicinasa, esto es debido en gran medida a la alta toxicidad y también la baja eficacia global, puesto que existe la ausencia de estratificación de pacientes que puede identificar los probables respondedores que realmente se pueden beneficiar del tratamiento y los probables no respondedores que pueden evitar la toxicidad innecesaria. Por tanto, el desarrollo de dicho tratamiento individualizado mejoraría los beneficios del tratamiento global. Desafortunadamente, la práctica clínica de sorafenib no ha revelado hasta la fecha biomarcadores eficaces que apoyen dichos tratamientos individualizados.

Los PDX de CHC capturan la fisiología original de la enfermedad del paciente, así como la diversidad genética subyacente para cada paciente (2). Estos modelos experimentales se pueden usar como "sustitutos de paciente o xenopacientes (12)" para los candidatos a fármaco de prueba antes del comienzo del desarrollo clínico. Un gran conjunto de PDX de CHC establecidos, o una biblioteca de PDX de CHC, puede representar la heterogeneidad y la diversidad de las enfermedades. Con su disponibilidad, se pueden usar para realizar un estudio de tipo ensayo clínico de fase II aleatorizado en cualquier fármaco dado. Dichos ensayos no solo revelan el beneficio global del tratamiento demostrando el % de respondedores, sino que también revelan posiblemente valiosos biomarcadores (o distintivos moleculares) que se asocian a estos respondedores, si los modelos se han perfilado exhaustivamente, como los descritos en este informe. Estos biomarcadores, una vez validados en la clínica, se pueden usar posiblemente para la estratificación de pacientes.

Este informe describió un estudio de tipo ensayo clínico en parámetros experimentales bien controlados y usando un panel de modelos HCC-HuPrime® aleatorizados de anotaciones genéticas completas. El análisis estadístico de los datos de ensayo de los presentes inventores reveló de hecho un distintivo de expresión génica específica, HCC-Sorafenib-HuSignature™). Este distintivo se puede usar para identificar pacientes con mayor probabilidad de responder, o no responder a, sorafenib, en un ensayo clínico prospectivo y también en la práctica del tratamiento clínico.

En general, la plataforma de los presentes inyectores HuTrial/HuSignature™ ejemplificada en este informe se diseña para descubrir distintivos predictivos realizando un estudio de "tipo ensayo clínico de fase II" que emplea un gran conjunto de modelos de PDX HuPrime® de genoma definido y usando análisis bioinformático y estadístico. La base del proceso es que el resultado puede permitir al bioinformático y bioestadístico identificar el distintivo genético específico que tiene una alta correlación con la respuesta a fármacos o resistencia a fármacos. El distintivo resultante ("conjunto de ensayo") se puede confirmar además o realizando más estudios con modelos HuPrime® adicionales, o en un estudio de ensayo clínico prospectivo ("conjunto de prueba"). Las posibles aplicaciones de esta plataforma incluyen: a) descubrimiento de biomarcadores para el candidato a fármaco clínico en la fase temprana; b) selección de la indicación y expansión; c) gestión del ciclo vital de los fármacos comercializados; d) descubrimiento de indicación novedosa para fármacos "de imitación".

El generador de costes más importante para el desarrollo de fármacos es la alta tasa de ineficacia en el desarrollo clínico de etapa tardía (13). La necesidad de reducir el desgaste de fármacos es especialmente aguda en el campo de la oncología, donde los fármacos frecuentemente fracasan no debido a la toxicidad, sino a la falta de eficacia. El desarrollo satisfactorio de fármacos como trastuzumab, imatinib y gefitinib ha demostrado la necesidad crítica de identificar biomarcadores para seleccionar pacientes que lo más probable es que se beneficien del tratamiento con fármaco. La plataforma de los presentes inventores HuTrial/HuSignature™ podría ser una herramienta muy poderosa que se va a usar para minimizar el desgaste durante el desarrollo clínico de los fármacos.

Los xenoinjertos derivados de paciente (PDXs) se consideran modelos experimentales que imitan los tumores de pacientes, o "avatares de paciente". Los presentes inventores realizaron un ensayo de tipo clínico (tipo fase II) usando una cohorte de 21 xenoinjertos derivados de paciente (PDXs) con carcinoma hepatocelular (CHC), también llamado el ensayo con avatares de paciente, para probar su respuesta al inhibidor multicinasa sorafenib. 13 de los 21 PDXs (62 %) lograron una inhibición eficaz del crecimiento tumoral con AT/AC <40 % (p<0,05) por el tratamiento de sorafenib a las dosis de 50 mg/kg. Se analizaron los perfiles de expresión génica de estos PDXs para revelar los distintivos de expresión de ARNm que pueden ser predictivos de la respuesta a sorafenib. Este distintivo se puede usar posiblemente para desarrollar pruebas diagnósticas con fines terapéuticos para estratificar el tratamiento de pacientes, o tratamiento individualizado.

Ejemplo 4. Identificación y uso de genes marcadores

Se mide la eficacia de sorafenib, sunitinib, axitinib, vandetanib, pazopanib y cabozantinib en un panel de PDXs de CHC que tiene cada uno múltiples ratones, al menos 3, en tanto el grupo de control que recibe el vehículo. El grupo de tratamiento recibe sorafenib, sunitinib, axitinib, vandetanib, pazopanib o cabozantinib.

Para cada PDX, se cuantifica la eficacia del fármaco por % de AT/AC en donde AT es el cambio del volumen del tumor en el grupo de tratamiento y AC es el cambio del volumen del tumor en grupo de control. Se describen los niveles de expresión de ARNm o los niveles de proteína de 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 o más genes marcadores por micromatriz, RNAseq

Claims (8)

REIVINDICACIONES

1. Un método de determinación de la sensibilidad de un sujeto a un inhibidor multicinasa que comprende medir el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos en una muestra biológica del sujeto, en donde el panel de marcadores génicos consiste en uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA1, IRF8, STAT2 y UGT2A1,

comparar el perfil de expresión del panel con un perfil de expresión predeterminado,

en donde la sensibilidad del sujeto se determina basándose en la comparación entre el perfil de expresión del panel de marcadores génicos y el perfil de expresión predeterminado,

en donde se determina que el sujeto es sensible al tratamiento con inhibidor multicinasa cuando el perfil de expresión de cualquiera de los genes marcadores está dentro del perfil de expresión predeterminado, o cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos es similar o inferior al perfil de expresión predeterminado,

en donde se determina que el sujeto no es sensible al tratamiento con inhibidor multicinasa cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos no está dentro del perfil de expresión predeterminado, o cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos es superior al perfil de expresión predeterminado, y en donde el inhibidor multicinasa se dirige a la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y bloquea la cascada RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK.

2. El método de la reivindicación 1, en donde el inhibidor multicinasa es sorafenib, sunitinib, axitinib, vandetanib, pazopanib, cabozantinib, o mezcla de los mismos.

3. El método de la reivindicación 1, en donde el sujeto es un ser humano con carcinoma hepatocelular.

4. Un inhibidor multicinasa para su uso en el tratamiento de cáncer en un sujeto, en donde el uso comprende probar una muestra biológica del sujeto para el perfil de expresión de un panel de genes marcadores, en donde el panel de marcadores génicos consiste en al menos uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA 1, IRF8, STAT2 y UGT2A1,

comparar el perfil de expresión del panel con un perfil de expresión predeterminado,

en donde el inhibidor multicinasa se administra al sujeto si el perfil de expresión del panel está dentro del perfil de expresión predeterminado, o cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos es similar o inferior al perfil de expresión predeterminado,

en donde el inhibidor multicinasa no se administra al sujeto si el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos no está dentro del perfil de expresión predeterminado, o cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos es superior al perfil de expresión predeterminado, y

en donde el inhibidor multicinasa se dirige a la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y bloquea la cascada RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK.

5. Una matriz que consiste en sondas para la detección de marcadores génicos que consiste en SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA1, IRF8, STAT2 y UGT2A1.

6. El método de la reivindicación 1, en donde el panel de marcadores génicos consiste en SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA1, IRF8, STAT2, y UGT2A1.

7. Un método de determinación de la sensibilidad de un sujeto a un inhibidor multicinasa que comprende medir el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos en una muestra biológica del sujeto, en donde el panel de marcadores génicos consiste en al menos uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA1, IRF8, STAT2 y UGT2A1,

comparar el perfil de expresión del panel con un perfil de expresión predeterminado negativo,

en donde la sensibilidad del sujeto se determina basándose en la comparación entre el perfil de expresión del panel de marcadores génicos y el perfil de expresión predeterminado negativo,

en donde se determina que el sujeto es sensible al tratamiento con inhibidor multicinasa cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos no está dentro del perfil de expresión predeterminado negativo, o cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos es inferior al perfil de expresión predeterminado negativo,

en donde se determina que el sujeto no es sensible al tratamiento con inhibidor multicinasa cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos está dentro del perfil de expresión predeterminado negativo, o cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos es similar o superior al perfil de expresión predeterminado negativo, y

en donde el inhibidor multicinasa se dirige a la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y bloquea la cascada RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK.

8. Un inhibidor multicinasa para su uso en el tratamiento de cáncer en un sujeto, en donde el uso comprende probar una muestra biológica del sujeto para el perfil de expresión de un panel de genes marcadores, en donde el panel de marcadores génicos consiste en al menos uno o más marcadores seleccionados del grupo que consiste en SEC14L2, H6PD, TMEM140, SLC2A5, ACTA1, IRF8, STAT2 y UGT2A1,

comparar el perfil de expresión del panel con un perfil de expresión predeterminado negativo,

en donde se determina que el sujeto es sensible al tratamiento con inhibidor multicinasa cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos no está dentro del perfil de expresión predeterminado negativo, o cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos es inferior al perfil de expresión predeterminado negativo,

en donde se determina que el sujeto no es sensible al tratamiento con inhibidor multicinasa cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos está dentro del perfil de expresión predeterminado negativo, o cuando el perfil de expresión de un panel de marcadores génicos es similar o superior al perfil de expresión predeterminado negativo, y

en donde el inhibidor multicinasa se administra al sujeto si el perfil de expresión del panel no está dentro del perfil de expresión predeterminado negativo y en donde el inhibidor multicinasa se dirige a la angiogénesis mediada por el factor de crecimiento endotelial vascular (VEGF) y bloquea la cascada RAF/cinasa regulada por señal extracelular (ERK) cinasa (MEK)/ERK.