DE19811194A1 - Menschliche Nukleinsäuresequenzen aus Prostatagewebe - Google Patents
Menschliche Nukleinsäuresequenzen aus ProstatagewebeInfo
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Abstract
Es werden menschliche Nukleinsäuresequenzen - mRNA, cDNA, genomische Sequenzen - aus normalem Prostatagewebe, die für Genprodukte oder Teile davon kodieren und deren Verwendung beschrieben. DOLLAR A Es werden weiterhin die über die Sequenzen erhältlichen Polypeptide und deren Verwendung beschrieben.
Description
Die Erfindung betrifft menschliche Nukleinsäuresequenzen-mRNA, cDNA, genomische
Sequenzen- aus normalem Prostatagewebe, die für Genprodukte oder Teile davon
kodieren und deren Verwendung.
Die Erfindung betrifft weiterhin die über die Sequenzen erhältlichen Polypeptide und
deren Verwendung.
Eine weit verbreitete Krebsart ist der Prostatakrebs, für dessen Bekämpfung neue
Therapien notwendig sind. Bisher verwendete Therapien, die auf einer Blockierung von
Hormonwirkungen beruhen, sind sehr häufig nach wenigen Jahren wirkungslos, da der
Tumor hormonunabhängig wird, d. h. ohne Hormonwirkung weiterwächst und
Metastasen bildet.
Das Phänomen Krebs geht häufig einher mit der Über- oder Unterexpression gewisser
Gene in den entarteten Zellen, wobei noch unklar ist, ob diese veränderten
Expressionsraten Ursache oder Folge der malignen Transformation sind. Die
Identifikation solcher Gene wäre ein wesentlicher Schritt für die Entwicklung neuer
Therapien gegen Krebs. Der spontanen Entstehung von Krebs geht häufig eine
Vielzahl von Mutationen voraus. Diese können verschiedenste Auswirkungen auf das
Expressionsmuster in dem betroffenen Gewebe haben, wie z. B. Unter- oder
Überexpression, aber auch Expression verkürzter Gene. Mehrere solcher
Veränderungen durch solche Mutationskaskaden können schließlich zu bösartigen
Entartungen führen. Die Komplexität solcher Zusammenhänge erschwert die
experimentelle Herangehensweise sehr.
Für die Suche nach Kandidatengenen, d. h. Genen, die verglichen mit dem Tumor
gewebe im normalen Gewebe stärker exprimiert werden, wird eine Datenbank
verwendet, die aus sogenannten ESTs besteht.
ESTs (Expressed Sequence Tags) sind Sequenzen von cDNAs, d. h. revers
transkribierten mRNAs, den Molekülen also, die die Expression von Genen
widerspiegeln. Die EST-Sequenzen werden für normale und entartete Gewebe
ermittelt. Solche Datenbanken werden von verschiedenen Betreibern z. T. kommerziell
angeboten. Die ESTs der LifeSeq-Datenbank, die hier verwendet wird, sind in der
Regel zwischen 150 und 350 Nukleotide lang. Sie repräsentieren ein für ein
bestimmtes Gen unverkennbares Muster, obwohl dieses Gen normalerweise sehr viel
länger ist (< 2000 Nukleotide). Durch Vergleich der Expressionsmuster von normalen
und Tumorgewebe können ESTs identifiziert werden, die für die Tumorentstehung und
-prolifertion wichtig sind (s. Fig. 1).
Es besteht jedoch folgendes Problem: Da durch unterschiedliche Konstruktionen der
cDNA-Bibliotheken die gefundenen EST-Sequenzen zu unterschiedlichen Regionen
eines unbekannten Gens gehören können, ergäbe sich in einem solchen Fall ein völlig
falsches Verhältnis des Vorkommens dieser ESTs in dem jeweiligen Gewebe. Dieses
würde erst bemerkt werden, wenn das vollständige Gen bekannt ist und somit die ESTs
dem gleichen Gen zugeordnet werden können.
Es wurde nun gefunden, daß diese Fehlermöglichkeit verringert werden kann, wenn
zuvor sämtliche ESTs aus dem jeweiligen Gewebstyp assembliert werden, bevor die
Expressionsmuster miteinander verglichen werden. Es wurden also überlappende
ESTs ein und desselben Gens zu längeren Sequenzen zusammengefaßt (s. Fig. 1, Fig. 2a
und Fig. 3). Durch diese Verlängerung und damit Abdeckung eines wesentlich
größeren Genbereichs in jeder der jeweiligen Banken sollte der oben beschriebene
Fehler weitgehenst vermieden werden. Da es hierzu keine bestehenden
Softwareprodukte gab, wurden Programme für das Assemblieren von genomischen
Abschnitten verwendet, die abgewandelt eingesetzt und durch eigene Programme
ergänzt wurden. Ein Flowchart der Assemblierungsprozedur ist in Fig. 2b1-2b4
dargestellt.
Es konnten nun die Nukleinsäure-Sequenzen Seq. ID No 1 bis Seq. ID No. 64
gefunden werden, die als Kandidatengene bei Prostatakrebs eine Rolle spielen.
Von besonderem Interesse sind die Nukleinsäure-Sequenzen Seq. ID Nos. 3, 4, 6-8,
11, 15, 17-21, 23, 24, 26-33, 35, 36, 40-43, 45, 46, 50, 53 und 56-62.
Die Erfindung betrifft somit Nukleinsäure-Sequenzen, die ein Genprodukt oder ein Teil
davon kodieren, umfassend
- a) eine Nukleinsäure-Sequenz, ausgewählt aus der Gruppe der Nukleinsäure-Sequenzen Seq. ID Nos. 3, 4, 6-8, 11, 15, 17-21, 23 24, 26-33, 35, 36, 40-43, 45, 46, 50, 53 und 56-62
- b) eine allelische Variation der unter a) genannten
Nukleinsäure-Sequenzen
oder - c) eine Nukleinsäure-Sequenz, die komplementär zu den unter a) oder b) genannten Nukleinsäure-Sequenzen ist.
Die Erfindung betrifft weiterhin eine Nukleinsäure-Sequenz gemäß einer der
Sequenzen Seq ID Nos. 3, 4, 6-8, 11, 15, 17-21, 23, 24, 26-33, 35, 36, 40-43, 45, 46,
50, 53 und 56-62 oder eine komplementäre oder allelische Variante davon und die
Nukleinsäure-Sequenzen davon, die eine 90%ige bis 95%ige Homologie zu einer
humanen Nukleinsäure-Sequenz aufweisen.
Die Erfindung betrifft auch die Nukleinsäure-Sequenzen Seq. ID No. 1 bis Seq. ID No. 64,
die im normalen Prostatagewebe erhöht exprimiert sind.
Die Erfindung betrifft ferner Nukleinsäure-Sequenzen, umfassend einen Teil der oben
genannten Nukleinsäure-Sequenzen, in solch einer ausreichenden Größe, daß sie mit
den Sequenzen Seq. ID Nos. 3, 4, 6-8, 11, 15, 17-21, 23, 24, 26-33, 35, 36, 40-43, 45,
46, 50, 53 und 56-62 hybridisieren.
Die erfindungsgemäßen Nukleinsäure-Sequenzen weisen im allgemeinen eine Länge
von mindestens 50 bis 2500 bp, vorzugsweise eine Länge von mindestens 150 bis
2000 bp, insbesondere eine Länge von 400 bis 1900 bp auf.
Mit den erfindungsgemäßen Teilsequenzen Seq. ID Nos. 3, 4, 6-8, 11, 15, 17-21, 23,
24, 26-33, 35, 36, 40-43, 45, 46, 50, 53 und 56-62 können gemäß gängiger
Verfahrenspraxis auch Expressionskassetten konstruiert werden, wobei auf der
Kassette mindestens eine der erfindungsgemäßen Nukleinsäure-Sequenzen
zusammen mit mindestens einer dem Fachmann allgemein bekannten Kontroll- oder
regulatorischen Sequenz, wie z. B. einem geeigneten Promotor, kombiniert wird. Die
erfindungsgemäßen Sequenzen können in sense oder antisense Orientierung
eingefügt sein.
In der Literatur sind ist eine große Anzahl von Expressionskassetten bzw. Vektoren und
Promotoren bekannt, die verwendet werden können.
Unter Expressionskassetten bzw. Vektoren sind zu verstehen:
- 1. bakterielle, wie z. B., phagescript, pBs, ϕX174, pBluescript SK, pBs KS, pNH8a, pNH16a, pNH18a, pNH46a (Stratagene), pTrc99A, pKK223-3, pKK233-3, pDR540, pRIT5 (Pharmacia),
- 2. eukaryontische, wie z. B. pWLneo, pSV2cat, pOG44, pXT1, pSG (Stratagene), pSVK3, pBPV, pMSG, pSVL (Pharmacia).
Unter Kontroll- oder regulatorischer Sequenz sind geeignete Promotoren zu verstehen.
Hierbei sind zwei bevorzugte Vektoren der pKK232-8 und der PCM7 Vektor. Im
einzelnen sind folgende Promotoren gemeint: lacI, lacZ, T3, T7, gpt, lambda PR, trc,
CMV, HSV Thymidin-Kinase, SV40, LTRs aus Retrovirus und Maus Metallothionein-I.
Die auf der Expressionskassette befindlichen DNA-Sequenzen können ein
Fusionsprotein kodieren, das ein bekanntes Protein und ein biologisch aktives
Polypeptid-Fragment umfaßt.
Die Expressionskassetten sind ebenfalls Gegenstand der vorliegenden Erfindung.
Die erfindungsgemäßen Nukleinsäure-Fragmente können zur Herstellung von
Vollängen-Genen verwendet werden. Die erhältlichen Gene sind ebenfalls Gegenstand
der vorliegenden Erfindung.
Die Erfindung betrifft auch die Verwendung der erfindungsgemäßen Nukleinsäure-
Sequenzen, sowie die aus der Verwendung erhältlichen Gen-Fragmente.
Die erfindungsgemäßen Nukleinsäure-Sequenzen können mit geeigneten Vektoren in
Wirtszellen gebracht werden, in denen als heterologer Teil die auf den Nukleinsäure-
Fragmenten enthaltene genetischen Information befindet, die exprimiert wird.
Die die Nukleinsäure-Fragmente enthaltenden Wirtszellen sind ebenfalls Gegenstand
der vorliegenden Erfindung.
Geeignete Wirtszellen sind z. B. prokaryontische Zellsysteme wie E. coli oder
eukaryontische Zellsysteme wie tierische oder humane Zellen oder Hefen.
Die erfindungsgemäßen Nukleinsäure-Sequenzen können in sense oder antisense
Form verwendet werden.
Die Herstellung der Polypeptide oder deren Fragment erfolgt durch Kultivierung der
Wirtszellen gemäß gängiger Kultivierungsmethoden und anschließender Isolierung und
Aufreinigung der Peptide bzw. Fragmente, ebenfalls mittels gängiger Verfahren.
Die Erfindung betrifft ferner Nukleinsäure-Sequenzen, die mindestens eine Teilsequenz
eines biologisch aktiven Polypeptids kodieren.
Ferner betrifft die vorliegende Erfindung Polypeptid-Teilsequenzen, sogenannte ORF
(open-reading-frame)-Peptide, gemäß den Sequenzprotokollen Seq. ID Nos.
67-70, 71, 73-81, 84-89, 93-109, 111-114, 116-137, 139-149, 153-164, 166-172,
181-182, 188-193 und 196-216.
Die Erfindung betrifft ferner die Polypeptid-Sequenzen, die mindestens eine 80%ige
Homologie, insbesondere eine 90%ige Homologie zu den erfindungsgemäßen
Polypeptid-Teilsequenzen der Seq. ID Nos. 67-70, 71, 73-81, 84-89, 93-109, 111-114,
116-137, 139-149, 153-164, 166-172, 181-182, 188-193 und 196-216 aufweisen.
Die Erfindung betrifft auch Antikörper, die gegen ein Polypeptid oder ein Fragment
gerichtet sind, welche von den erfindungsgemäßen Nukleinsäuren der Sequenzen Seq.
ID No. 1 bis Seq. ID 64 kodiert werden.
Unter Antikörper sind insbesondere monoklonale Antikörper zu verstehen.
Die erfindungsgemäßen Polypeptide der Sequenzen Seq. ID Nos. 65 bis Seq. ID No. 216
können auch als Tool zum Auffinden von Wirkstoffen gegen Prostatakrebs
verwendet werden, was ebenfalls Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist.
Ebenfalls Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist die Verwendung der
Nukleinsäure-Sequenzen gemäß den Sequenzen Seq. ID No. 1 bis Seq. ID No. 64 zur
Expression von Polypeptiden, die als Tools zum Auffinden von Wirkstoffen gegen
Prostata-Krebs verwendet werden können.
Die Erfindung betrifft auch die Verwendung der gefundenen Polypeptid-Teilsequenzen
Seq. ID No. 65 bis Seq. ID No. 216 als Arzneimittel in der Gentherapie zur Behandlung
des Prostata-Krebses, bzw. zur Herstellung eines Arzneimittels zur Behandlung des
Prostata-Krebses.
Die Erfindung betrifft auch Arzneimittel, die mindestens eine Polypeptid-Teilsequenz
Seq. ID No. 65 bis Seq. ID No. 216 enthalten.
Die gefundenen erfindungsgemäßen Nukleinsäure-Sequenzen können auch
genomische oder mRNA-Sequenzen sein.
Die Erfindung betrifft auch genomische Gene, ihre Promotoren, Enhancer, Silencer,
Exonstruktur, Intronstruktur und deren Spleißvarianten, erhältlich aus den cDNAs der
Sequenzen Seq. ID No. 1 bis Seq. ID No. 64, sowie deren Verwendung zusammen mit
geeigneten regulativen Elementen, wie geeigneten Promotoren und/oder Enhancern.
Mit den erfindungsgemäßen Nukleinsäuren (cDNA-Sequenzen) werden genomische
BAC-, PAC- und Cosmid-Bibliotheken gescreent und über komplementäre
Basenpaarung (Hybridisierung) spezifisch humane Klone isoliert. Die so isolierten BAC-,
PAC- und Cosmid-Klone werden mit Hilfe der Fluoreszenz-in-situ-Hybridisation auf
Metaphasenchromosomen hybridisiert und entsprechende Chromosomenabschnitte
identifiziert, auf denen die entsprechenden genomischen Gene liegen. BAC-, PAC- und
Cosmid-Klone werden sequenziert, um die entsprechenden genomischen Gene in ihrer
vollständigen Struktur (Promotoren, Enhancer, Silencer, Exons und Introns)
aufzuklären. BAC-, PAC- und Cosmid-Klone können als eigenständige Moleküle für
den Gentransfer eingesetzt werden (s. Fig. 5).
Die Erfindung betrifft auch BAC-, PAC- und Cosmid-Klone, enthaltend funktionelle
Gene und ihre chromosomale Lokalisation, entsprechend den Sequenzen Seq. ID. No. 1
bis Seq. ID No. 64, zur Verwendung als Vehikel zum Gentransfer.
Nukleinsäuren = Unter Nukleinsäuren sind in der vorliegenden Erfindung zu
verstehen: mRNA, partielle cDNA, vollängen cDNA und
genomische Gene (Chromosomen).
ORF = Open Reading Frame, eine definierte Abfolge von Aminosäuren, die von der cDNA-Sequenz abgeleitet werden kann.
Contig = Eine Menge von DNA-Sequenzen, die aufgrund sehr großer Ähnlichkeiten zu einer Sequenz zusammengefaßt werden können (Consensus).
Singleton = Ein Contig, der nur eine Sequenz enthält.
ORF = Open Reading Frame, eine definierte Abfolge von Aminosäuren, die von der cDNA-Sequenz abgeleitet werden kann.
Contig = Eine Menge von DNA-Sequenzen, die aufgrund sehr großer Ähnlichkeiten zu einer Sequenz zusammengefaßt werden können (Consensus).
Singleton = Ein Contig, der nur eine Sequenz enthält.
minimal initial match = minimaler anfänglicher Identitätsbereich
maximum pads per read = maximale Anzahl von Insertionen
maximum percent mismatch = maximale Abweichung in %
maximum pads per read = maximale Anzahl von Insertionen
maximum percent mismatch = maximale Abweichung in %
Fig. 1 zeigt die systematische Gen-Suche in der Incyte LifeSeq
Datenbank.
Fig. 2a zeigt das Prinzip der EST-Assemblierung
Fig. 2b1 ä2b4 zeigt das gesamte Prinzip der EST-Assemblierung
Fig. 3 zeigt die in silico Subtraktion der Genexpression in
verschiedenen Geweben
Fig. 4a zeigt die Bestimmung der gewebsspezifischen Expression über
elektronischen Northern.
Fig. 4b zeigt den elektronischen Northern
Fig. 5 zeigt die Isolierung von genomischen BAC- und PAC-Klonen.
Die nachfolgenden Beispiele erläutern die Herstellung der erfindungsgemäßen
Nukleinsäure-Sequenzen, ohne die Erfindung auf diese Beispiele und Nukleinsäure-
Sequenzen zu beschränken.
Zuerst wurden sämtliche ESTs des entsprechenden Gewebes aus der
LifeSeq-Datenbank (vom Oktober 1997) extrahiert. Diese wurden dann mittels des Programms
GAP4 des Staden-Pakets mit den Parametern 0% mismatch, 8 pads per read und
einem minimalen match von 20 assembliert. Die nicht in die GAP4-Datenbank
aufgenommenen Sequenzen (Fails) wurden erst bei 1% mismatch und dann nochmals
bei 2% mismatch mit der Datenbank assembliert. Aus den Contigs der Datenbank, die
aus mehr als einer Sequenz bestanden, wurden Consensussequenzen errechnet (s.
Fig. 2a und 2b1-2b4).
Die Singletons der Datenbank, die nur aus einer Sequenz bestanden, wurden mit den
nicht in die GAP4-Datenbank aufgenommenen Sequenzen bei 2% mismatch erneut
assembliert. Wiederum wurden für die Contigs die Consensussequenzen ermittelt. Alle
übrigen ESTs wurden bei 4% mismatch erneut assembliert. Die Consensussequenzen
wurden abermals extrahiert und mit den vorherigen Consensussequenzen sowie den
Singletons und den nicht in die Datenbank aufgenommenen Sequenzen abschließend
bei 4% mismatch assembliert. Die Consensussequenzen wurden gebildet und mit den
Singletons und Fails als Ausgangsbasis für die Gewebsvergleiche verwendet. Durch
diese Prozedur konnte sichergestellt werden, daß unter den verwendeten Parametern
sämtliche Sequenzen von einander unabhängige Genbereiche darstellten.
Fig. 2b1-2b4 veranschaulicht die Verlängerung der normal Prostata-Gewebe ESTs.
Die so assemblierten Sequenzen der jeweiligen Gewebe wurden anschließend mittels
des gleichen Programms miteinander verglichen (s. Fig. 3). Hierzu wurden erst alle
Sequenzen des ersten Gewebes in die Datenbank eingegeben. (Daher war es wichtig,
daß diese voneinander unabhängig waren).
Dann wurden alle Sequenzen des zweiten Gewebes mit allen des ersten verglichen.
Das Ergebnis waren Sequenzen, die für das erste bzw. das zweite Gewebe spezifisch
waren, sowie welche, die in beiden vorkamen. Bei Letzteren wurde das Verhältnis der
Häufigkeit des Vorkommens in den jeweiligen Geweben ausgewertet.
Alle Sequenzen, die mehr als viermal in jeweils einem der verglichenen Gewebe
vorkamen, sowie alle, die mindestens fünfmal so häufig in einem der beiden Gewebe
vorkamen wurden weiter untersucht. Diese Sequenzen wurden einem elektronischen
Northern (s. Beispiel 2.1) unterzogen, wodurch die Verteilung in sämtlichen Tumor- und
Normal-Geweben untersucht wurde (s. Fig. 4a und Fig. 4b). Die relevanten Kandidaten
wurden dann mit Hilfe sämtlicher Incyte ESTs und allen ESTs öffentlicher Datenbanken
verlängert (s. Beispiel 3). Anschließend wurden die Sequenzen und ihre Übersetzung in
mögliche Proteine mit allen Nukleotid- und Proteindatenbanken verglichen, sowie auf
mögliche, für Proteine kodierende Regionen untersucht.
Im folgenden soll ein Algorithmus zur Auffindung über- oder unterexprimierter Gene
erläutert werden. Die einzelnen Schritte sind der besseren Übersicht halber auch in
einem Flußdiagramm zusammengefaßt (s. Fig. 4b).
Zu einer partiellen DNA-Sequenz S, z. B. einem einzelnen EST oder einem Contig von
ESTs, werden mittels eines Standardprogramms zur Homolgiesuche, z. B. BLAST
(Altschul, S. F., Gish W., Miller, W., Myers, E. W. und Lipman, D. J. (1990) J. Mol. 8101.,
215, 403-410), BLAST2 (Altschul, S. F., Madden, T. L., Schäffer, A. A., Zhang, J.,
Zhang, Z., Miller, W. und Lipman, D. J. (1997) Nucleic Acids Research 25, 3389-3402)
oder FASTA (Pearson, W. R. und Lipman, D. J. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci.
USA 85 2444-2448), die homologen Sequenzen in verschiedenen nach Geweben
geordneten (privaten oder öffentlichen) EST-Bibliotheken bestimmt. Die dadurch
ermittelten (relativen oder absoluten) Gewebe-spezifischen Vorkommenshäufigkeiten
dieser Partial-Sequenz S werden als elektronischer Northern-Blot bezeichnet.
Analog der unter 2.1 beschriebenen Verfahrensweise wurde die Sequenz Seq. ID No. 10
gefunden, die 4× stärker im normalen Prostatagewebe als im Tumorgewebe
vorkommt.
Die mögliche Funktion dieses Genbereiches betrifft humanes MVF-1.
Das Ergebnis ist wie folgt:
Analog der unter 2.1 beschriebenen Verfahrensweise wurde die Sequenz Seq. ID No. 18
gefunden, die 6× stärker im normalen Prostatagewebe als im Tumorgewebe
vorkommt.
Das Ergebnis ist wie folgt:
Analog der unter 2.1 beschriebenen Verfahrensweise wurde die Sequenz Seq. ID No. 24
gefunden, die 5× stärker im normalen Prostatagewebe als im Tumorgewebe
vorkommt.
Die mögliche Funktion dieses Genbereichs betrifft das Gegenstück eines unbekannten
Gens Hefe Chromosom XVI.
Das Ergebnis ist wie folgt:
Analog der unter 2.1 beschriebenen Verfahrensweise wurde die Sequenz Seq. ID No. 30
gefunden, die 4× stärker im normalen Prostatagewebe als im Tumorgewebe
vorkommt.
Die mögliche Funktion dieses Genbereichs betrifft das Gegenstück eines Gens von
thaliana von Caenorhabdites elegans.
Das Ergebnis ist wie folgt:
Analog der unter 2.1 beschriebenen Verfahrensweise wurde die Sequenz Seq. ID No. 43
gefunden, die 6× stärker im normalen Prostatagewebe als im Tumorgewebe
vorkommt.
Das Ergebnis ist wie folgt:
Analog der unter 2.1 beschriebenen Verfahrensweise wurde die Sequenz Seq. ID No. 59
gefunden, die 5× stärker im normalen Prostatagewebe als im Tumorgewebe
vorkommt.
Das Ergebnis ist wie folgt:
In analoger Verfahrensweise wurden auch folgende Northerns gefunden:
Um zu entscheiden, ob eine Partial-Sequenz S eines Gens in einer Bibliothek für
Normal-Gewebe signifikant häufiger oder seltener vorkommt als in einer Bibliothek für
entartetes Gewebe, wird Fishers Exakter Test, ein statistisches Standardverfahren
(Hays, W. L., (1991) Statistics, Harcourt Brace College Publishers, FortWorth),
durchgeführt.
Die Null-Hypothese lautet: die beiden Bibliotheken können bezüglich der Häufigkeit zu
S homologer Sequenzen nicht unterschieden werden. Falls die Null-Hypothese mit
hinreichend hoher Sicherheit abgelehnt werden kann, wird das zu S gehörende Gen als
interessanter Kandidat für ein Krebs-Gen akzeptiert, und es wird im nächsten Schritt
versucht, eine Verlängerung seiner Sequenz zu erreichen.
Die automatische Verlängerung der Partial-Sequenz S vollzieht sich in drei Schritten:
- 1. Ermittlung aller zu S homologen Sequenzen aus der Gesamtmenge der zur Verfügung stehenden Sequenzen mit Hilfe von BLAST.
- 2. Assemblierung dieser Sequenzen mittels des Standardprogramms GAP4 (Bonfield, J. K., Smith, K. F., und Staden R. (1995), Nucleic Acids Research 23 4992-4999) (Contig-Bildung).
- 3. Berechnung einer Konsens-Sequenz C aus den assemblierten Sequenzen.
Die Konsens-Sequenz C wird im allgemeinen länger sein als die Ausgangssequenz s.
Ihr elektronischer Northern-Blot wird demzufolge von dem für S abweichen. Ein
erneuter Fisher-Test entscheidet, ob die Alternativ-Hypothese der Abweichung von
einer gleichmäßigen Expression in beiden Bibliotheken aufrechterhalten werden kann.
Ist dies der Fall, wird versucht, C in gleicher Weise wie S zu verlängern. Diese Iteration
wird mit der jeweils erhaltenen Konsensus-Sequenzen Ci (i: Index der Iteration)
fortgesetzt, bis die Alternativ-Hypothese verworfen wird (if H0 Exit; Abbruchkriterium I)
oder bis keine automatische Verlängerung mehr möglich ist (while Ci < Ci-1;
Abbruchkriterium II).
Im Fall des Abbruchkriteriums II bekommt man mit der nach der letzten Iteration
vorliegenden Konsens-Sequenz eine komplette oder annähernd komplette Sequenz
eines Gens, das mit hoher statistischer Sicherheit mit Krebs in Zusammenhang
gebracht werden kann.
Analog der oben beschriebenen Beispiele konnten die in der Tabelle 1 beschriebenen
Nukleinsäure-Sequenzen aus Prostatatumor-Gewebe gefunden werden.
Ferner konnten zu den einzelnen Nukleinsäure-Sequenzen die Peptidsequenzen
(ORF's) bestimmt werden, die in der Tabelle II aufgelistet sind, wobei wenigen
Nukleinsäure-Sequenzen kein Peptid zugeordnet werden kann und einigen
Nukleinsäure-Sequenzen mehr als ein Peptid zugeordnet werden kann. Wie bereits
oben erwähnt, sind sowohl die ermittelten Nukleinsäure-Sequenzen, als auch die den
Nukleinsäure-Sequenzen zugeordneten Peptid-Sequenzen Gegenstand der
vorliegenden Erfindung.
| DNA-Sequenz | ||||||||
| Peptid-Sequenz (ORF's) | ||||||||
| Seq. ID. No. | ||||||||
| Seq. ID. No. | ||||||||
| 1 | 65 | |||||||
| 2 | 66 | |||||||
| 3 | 67 | |||||||
| 68 | ||||||||
| 69 | ||||||||
| 70 | ||||||||
| 4 | 71 | |||||||
| 5 | 72 | |||||||
| 6 | 73 | |||||||
| 7 | 74 | |||||||
| 8 | 75 | |||||||
| 76 | ||||||||
| 77 | ||||||||
| 78 | ||||||||
| 79 | ||||||||
| 80 | ||||||||
| 81@ | 9 | 82 | ||||||
| 10 | 83 | |||||||
| 11 | 84 | |||||||
| 85@ | 86@ | 87@ | 88@ | 89@ | 12 | 90 | ||
| 14 | 91 | |||||||
| 16 | 92 | |||||||
| 17 | 93 | |||||||
| 94@ | 95@ | 96@ | 18 | 97 | ||||
| 98@ | 99@ | 100@ | 101@ | 19 | 102 | |||
| 103@ | 104@ | 105@ | 20 | 106 | ||||
| 107 | ||||||||
| 21 | 108 | |||||||
| 109@ | 22 | 110 | ||||||
| 23 | 111 | |||||||
| 112@ | 113@ | 24 | 114 | |||||
| 25 | 115 | |||||||
| 26 | 116 | |||||||
| 27 | 117 | |||||||
| 118@ | 119@ | 28 | 120 | |||||
| 121@ | 122@ | 123@ | 124@ | 29 | 125 | |||
| 126@ | 127@ | 128@ | 30 | 129 | ||||
| 130@ | 131@ | 31 | 132 | |||||
| 32 | 133 | |||||||
| 33 | 134 | |||||||
| 135@ | 136@ | 137@ | 34 | 138 | ||||
| 35 | 139 | |||||||
| 140@ | 141@ | 142@ | 143@ | 144@ | 145@ | 146@ | 36 | 147 |
| 148@ | 149@ | 38 | 150 | |||||
| 151@ | 39 | 152 | ||||||
| 40 | 153 | |||||||
| 41 | 154 | |||||||
| 155@ | 156@ | 157@ | 42 | 158 | ||||
| 159@ | 160@ | 161@ | 43 | 162 | ||||
| 163@ | 164@ | 44 | 165 | |||||
| 45 | 166 | |||||||
| 167@ | 46 | 168 | ||||||
| 170@ | 171@ | 172@ | 47 | 173 | ||||
| 48 | 174 | |||||||
| 49 | 175 | |||||||
| 176@ | 177@ | 178@ | 179@ | 180@ | 50 | 181 | ||
| 182@ | 51 | 183 | ||||||
| 184@ | 185@ | 186@ | 187@ | 52 | 188 | |||
| 189@ | 190@ | 191@ | 192 | |||||
| 193 | ||||||||
| 54 | 194 | |||||||
| 55 | 195 | |||||||
| 56 | 196 | |||||||
| 197 | ||||||||
| 198 | ||||||||
| 199 | ||||||||
| 57 | 200 | |||||||
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| 59 | 202 | |||||||
| 203 | ||||||||
| 204 | ||||||||
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| 208 | ||||||||
| 209 | ||||||||
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| 2111 | ||||||||
| 212 | ||||||||
| 213 | ||||||||
| 62 | 214 | |||||||
| 215@ | 216 |
Die erfinderischen Nukleinsäure-Sequenzen Seq. ID No. 1 bis Seq. ID No. 64 der
ermittelten Kandidatengene und die ermittelten Aminosäure-Sequenzen Seq. ID No. 65
bis Seq. ID No. 216 werden in dem nachfolgenden Sequenzprotokoll beschrieben.
Claims (36)
1. Eine Nukleinsäure-Sequenz, die ein Genprodukt oder ein Teil davon kodiert,
umfassend
- a) eine Nukleinsäure-Sequenz, ausgewählt aus der Gruppe Seq ID No. 3, 4, 6-8, 11, 15, 17-21, 23, 24, 26-33, 35, 36, 40-43, 45, 46, 50, 52, 53 und 56-62,
- b) eine allelische Variation der unter a) genannten Nukleinsäure-
Sequenzen
oder - c) eine Nukleinsäure-Sequenz, die komplementär zu den unter a) oder b) genannten Nukleinsäure-Sequenzen ist.
2. Eine Nukleinsäure-Sequenz gemäß einer der Sequenzen Seq ID Nos. 3, 4, 6-8,
11, 15, 17-21, 23, 24, 26-33, 35, 36, 40-43, 45, 46, 50, 52, 53 und 56-62, oder
eine komplementäre oder allelische Variante davon.
3. Nukleinsäure-Sequenz Seq. ID No. 1 bis Seq. ID No. 64, dadurch
gekennzeichnet, daß sie in Prostatatnormalgewebe erhöht exprimiert sind.
4. BAC, PAC und Cosmid-Klone, enthaltend funktionelle Gene und ihre
chromosomale Lokalisation, entsprechend den Sequenzen Seq. ID. No. 1 bis
Seq. ID No. 64, zur Verwendung als Vehikel zum Gentransfer.
5. Eine Nukleinsäure-Sequenz gemäß den Ansprüchen 1 bis 4, dadurch
gekennzeichnet, daß sie eine 90%ige Homologie zu einer humanen
Nukleinsäure-Sequenz aufweist.
6. Eine Nukleinsäure-Sequenz gemäß den Ansprüchen 1 bis 4, dadurch
gekennzeichnet, daß sie eine 95%ige Homologie zu einer humanen
Nukleinsäure-Sequenz aufweist.
7. Eine Nukleinsäure-Sequenz, umfassend einen Teil der in den Ansprüchen 1 bis
6 genannten Nukleinsäure-Sequenzen, in solch einer ausreichenden Größe, daß
sie mit den Sequenzen gemäß den Ansprüchen 1 bis 6 hybridisieren.
8. Ein Nukleinsäure-Sequenz gemäß den Ansprüchen 1 bis 7, dadurch
gekennzeichnet, daß die Größe des Fragments eine Länge von mindestens
50 bis 2500 bp aufweist.
9. Eine Nukleinsäure-Sequenz gemäß den Ansprüchen 1 bis 7, dadurch
gekennzeichnet, daß die Größe des Fragments eine Länge von mindestens
150 bis 2000 bp aufweist.
10. Eine Nukleinsäure-Sequenz gemäß einem der Ansprüche 1 bis 9, die
mindestens eine Teilsequenz eines biologisch aktiven Polypeptids kodiert.
11. Eine Expressionskassette, umfassend ein Nukleinsäure-Fragment oder eine
Sequenz gemäß einem der Ansprüche 1 bis 9, zusammen mit mindestens
einer Kontroll- oder regulatorischen Sequenz.
12. Eine Expressionskassette, umfassend ein Nukleinsäure-Fragment oder eine
Sequenz gemäß Anspruch 11, worin die Kontroll- oder regulatorische
Sequenz ein geeigneter Promotor ist.
13. Eine Expressionskassette gemäß einem der Ansprüche 11 und 12, dadurch
gekennzeichnet, daß die auf der Kassette befindlichen DNA-Sequenzen ein
Fusionsprotein kodieren, das ein bekanntes Protein und ein biologisch aktives
Polypeptid-Fragment umfaßt.
14. Verwendung der Nukleinsäure-Sequenzen gemäß den Ansprüchen 1 bis 10
zur Herstellung von Vollängen-Genen.
15. Ein DNA-Fragment, umfassend ein Gen, das aus der Verwendung gemäß
Anspruch 14 erhältlich ist.
16. Wirtszeile, enthaltend als heterologen Teil ihrer exprimierbaren genetischen
Information ein Nukleinsäure-Fragment gemäß einem der Ansprüche 1
bis 10.
17. Wirtszelle gemäß Anspruch 16, dadurch gekennzeichnet, daß es ein
prokaryontisches oder eukaryontische Zellsystem ist.
18. Wirtszelle gemäß einem der Ansprüche 16 oder 17, dadurch gekennzeichnet,
daß das prokaryontische Zellsystem E. coli und das eukaryontische
Zellsystem ein tierisches, humanes oder Hefe-Zellsystem ist.
19. Ein Verfahren zur Herstellung eines Polypeptids oder eines Fragments,
dadurch gekennzeichnet, daß die Wirtszellen gemäß den Ansprüchen 16 bis
18 kultiviert werden.
20. Ein Antikörper, der gegen ein Polypeptid oder ein Fragment gerichtet ist,
welches von den Nukleinsäuren der Sequenzen Seq. ID No. 1 bis Seq. ID No. 64
kodiert wird, das gemäß Anspruch 19 erhältlich ist.
21. Ein Antikörper gemäß Anspruch 20, dadurch gekennzeichnet, daß er
monoklonal ist.
22. Polypeptid-Teilsequenzen, gemäß den Sequenzen Seq. ID Nos. 67-70, 71,
73-81, 84-89, 93-109, 111-114, 116-137, 139-149, 153-164, 166-172, 181-182,
188-193 und 196-216.
23. Polypeptid-Teilsequenzen gemäß Anspruch 22, mit mindestens 80%iger
Homologie zu diesen Sequenzen.
24. Polypeptid-Teilsequenzen gemäß Anspruch 22, mit mindestens 90%iger
Homologie zu diesen Sequenzen.
25. Verwendung der Polypeptid-Teilsequenzen gemäß den Sequenzen Seq. ID No. 65
bis Seq. ID No. 216, als Tools zum Auffinden von Wirkstoffen gegen
Prostata-Krebs.
26. Verwendung der Nukleinsäure-Sequenzen gemäß den Sequenzen Seq. ID No. 1
bis Seq. ID No. 64 zur Expression von Polypeptiden, die als Tools zum
Auffinden von Wirkstoffen gegen Prostata-Krebs verwendet werden können.
27. Verwendung der Nukleinsäure-Sequenzen Seq. ID No. 1 bis Seq. ID No. 64 in
sense oder antisense Form.
28. Verwendung der Polypeptid-Teilsequenzen Seq. ID No. 65 bis Seq. ID No. 216
als Arzneimittel in der Gentherapie zur Behandlung des Prostata-Krebses.
29. Verwendung der Polypeptid-Teilsequenzen Seq. ID No. 65 bis Seq. ID No. 216,
zur Herstellung eines Arzneimittels zur Behandlung des Prostata-Krebses.
30. Arzneimittel, enthaltend mindestens eine Polypeptid-Teilsequenz Seq. ID No. 65
bis Seq. ID No. 216.
31. Eine Nukleinsäure-Sequenz gemäß den Ansprüchen 1 bis 10, dadurch
gekennzeichnet, daß es eine genomische Sequenz ist.
32. Eine Nukleinsäure-Sequenz gemäß den Ansprüchen 1 bis 10, dadurch
gekennzeichnet, daß es eine mRNA-Sequenz ist.
33. Genomische Gene, ihre Promotoren, Enhancer, Silencer, Exonstruktur,
Intronstruktur und deren Spleißvarianten, erhältlich aus den cDNAs der
Sequenzen Seq. ID No. 1 bis Seq. ID No. 64.
34. Verwendung der genomischen Gene gemäß Anspruch 33, zusammen mit
geeigneten regulativen Elementen.
35. Verwendung gemäß Anspruch 34, dadurch gekennzeichnet, daß das regulative
Element ein geeigneter Promotor und/oder Enhancer ist.
36. Eine Nukleinsäure-Sequenz gemäß den Ansprüchen 1 bis 7, dadurch
gekennzeichnet, daß die Größe des Fragments eine Länge von mindestens
400 bis 1900 bp aufweist.
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