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TWI823859B - 癌症之治療及診斷方法 - Google Patents

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Abstract

本發明提供癌症之治療、診斷及預後方法。本發明提供治療癌症之方法、確定患有癌症之個體是否可能對包括免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑)之治療有反應之方法、預測患有癌症之個體對包括免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑)之治療之反應性的方法、為患有癌症之個體選擇療法之方法、為患有癌症之個體提供預後之方法，以及基於來自該個體之試樣(例如，全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)之血液腫瘤突變負荷(bTMB)評分或最大體細胞等位基因頻率(MSAF)來監測患有癌症之個體之反應之方法。

Description

癌症之治療及診斷方法
本文提供使用免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)治療癌症之診斷、治療及預後方法。特定而言，本發明提供用於患者選擇及診斷之方法、治療方法及診斷套組。
癌症仍然係對人類健康最致命的威脅之一。在美國，癌症每年影響近130萬新患者且係僅次於心臟病之第二大死因，約佔死亡人數的1/4。亦預測，癌症在5年內可能超過心血管疾病，成為頭號死亡原因。實體腫瘤係導致彼等死亡中之大部分之原因。儘管已在某些癌症之醫學治療方面取得了重大進展，但在過去20年中，所有癌症之整體5年存活率僅改良約10%。特定而言，惡性實體腫瘤以不受控方式迅速轉移及生長，使得其及時偵測及治療變得極其困難。儘管癌症之治療取得了重大進展，但仍在尋求改良之診斷方法。
最近研究表明，腫瘤突變負荷(TMB) (源自組織生檢之腫瘤新抗原性之量度)之分析已顯示在預測用PD-L1軸結合拮抗劑治療之患者在各種腫瘤類型中之結果方面之臨床效用。然而，一些患者由於(例如)其健康狀況而不適合或不願意經歷生檢來獲得用於體細胞突變分析之腫瘤試樣。
因此，業內亟需使得能夠分析患者試樣中之TMB而無需腫瘤組織生檢之正交、非侵襲性診斷方法。
本發明提供用於治療患有癌症之個體之治療、診斷及預後方法及組合物。
在一個態樣中，本發明係關於鑑別可受益於包含免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))或其任一組合)之患有癌症之個體之方法，該方法包含自個體之試樣測定血液腫瘤突變負荷(bTMB)評分，其中試樣之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分則將該個體鑑別為可受益於包含免疫檢查點抑制劑之治療之個體。在一些實施例中，免疫檢查點抑制劑係PD-L1軸結合拮抗劑。
在另一態樣中，本發明係關於為患有癌症之個體選擇療法之方法，該方法包含自個體之試樣測定bTMB評分，其中試樣之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分則將該個體鑑別為可受益於包含免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))或其任一組合)之治療之個體。在一些實施例中，免疫檢查點抑制劑係PD-L1軸結合拮抗劑。
在任何前述態樣之一些實施例中，自試樣測定之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分，並且該方法進一步包含向個體投與有效量之PD-L1軸結合拮抗劑。在一些實施例中，自試樣測定之bTMB評分低於參考bTMB評分。
在另一態樣中，本發明係關於治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：(a)自個體之試樣測定bTMB評分，其中該試樣之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分，及(b)向個體投與有效量之PD-L1軸結合拮抗劑。
在另一態樣中，本發明係關於治療患有癌症之個體之方法，該方法包含向個體投與有效量之免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體)或其任一組合)，其中在投與前，已自個體之試樣測定bTMB評分等於或高於參考bTMB評分。在一些實施例中，免疫檢查點抑制劑係PD-L1軸結合拮抗劑。
在任何前述態樣之一些實施例中，參考bTMB評分係患有癌症之參考個體群體中之bTMB評分，該個體群體由已用PD-L1軸結合拮抗劑治療之第一個體子集及已用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之第二個體子集組成，其中非PD-L1軸結合拮抗劑療法不包含免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體)或針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))。在一些實施例中，參考bTMB評分係患有癌症之參考個體群體中之bTMB評分，該個體群體由已用PD-L1軸結合拮抗劑療法治療之第一個體子集及已用非PD-L1軸結合拮抗劑療法治療之第二個體子集組成，其中非PD-L1軸結合拮抗劑療法不包含PD-L1軸結合拮抗劑。在一些實施例中，基於對利用PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性相對於對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性的顯著差異，參考bTMB評分使第一個體子集及第二個體子集中之每一者顯著地分離。在一些實施例中，對治療之反應性係無進展存活(PFS)之增加。在一些實施例中，對治療之反應性係總體存活(OS)之增加。
在任何前述態樣之一些實施例中，參考bTMB評分係預分配之bTMB評分。在一些實施例中，參考bTMB評分在4與30之間(例如，在約3.6 mut/Mb與約26.7 mut/Mb之間)。在一些實施例中，參考bTMB評分在8與30之間(例如，在約7.1 mut/Mb與約26.7 mut/Mb之間)。在一些實施例中，參考bTMB評分在10與20之間(例如，在約9 mut/Mb與約17.8 mut/Mb之間)。在一些實施例中，參考bTMB評分係10 (例如，約9 mut/Mb)。在一些實施例中，參考bTMB評分係16 (例如，約14 mut/Mb)。在一些實施例中，參考bTMB評分係20 (例如，約17.8 mut/Mb)。
在任何前述態樣之一些實施例中，試樣之bTMB評分大於或等於4 (例如，大於或等於約3.6 mut/Mb)。在一些實施例中，試樣之bTMB評分在4與100之間(例如，在約3.6 mut/Mb與約88.9 mut/Mb之間)。
在任何前述態樣之一些實施例中，試樣之bTMB評分大於或等於8 (例如，大於或等於約7.1 mut/Mb)。在一些實施例中，試樣之bTMB評分在8與100之間(例如，在約7.1 mut/Mb與約88.9 mut/Mb之間)。
在任何前述態樣之一些實施例中，試樣之bTMB評分小於4 (例如，小於約3.6 mut/Mb)。在一些實施例中，試樣之bTMB評分小於8 (例如，小於約7.1 mut/Mb)。
在任何前述態樣之一些實施例中，bTMB評分(例如，參考bTMB評分)係表示為在限定數量之測序鹼基(例如，約100 kb至約10 Mb、約200 kb至約10 Mb、約300 kb至約10 Mb、約400 kb至約10 Mb、約500 kb至約10 Mb、約600 kb至約10 Mb、約700 kb至約10 Mb、約800 kb至約10 Mb、約900 kb至約10 Mb、約1 Mb至約10 Mb、約100 kb至約5 Mb、約200 kb至約5 Mb、約300 kb至約5 Mb、約400 kb至約5 Mb、約500 kb至約5 Mb、約600 kb至約5 Mb、約700 kb至約5 Mb、約800 kb至約5 Mb、約900 kb至約5 Mb或約1 Mb至約5 Mb、約100 kb至約2 Mb、約200 kb至約2 Mb、約300 kb至約2 Mb、約400 kb至約2 Mb、約500 kb至約2 Mb、約600 kb至約2 Mb、約700 kb至約2 Mb、約800 kb至約2 Mb (例如，約800 kb (例如，約795 kb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE CDX™面板所評價)、約900 kb至約2 Mb或約1 Mb至約2 Mb，例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量。在一些實施例中，限定之測序鹼基數量為約100 kb、約200 kb、約300 kb、約400 kb、約500 kb、約600 kb、約700 kb、約800 kb、約900 kb、約1 Mb、約2 Mb、約3 Mb、約4 Mb、約5 Mb、約6 Mb、約7 Mb、約8 Mb、約9 Mb或約10 Mb。在一些實施例中，體細胞突變之數量係所計數之單核苷酸變異體(SNV)之數量或SNV之數量與所計數之插入或缺失突變之數量之總和。在一些實施例中，體細胞突變之數量係所計數之SNV之數量。在一些實施例中，體細胞突變之數量係同義及非同義SNV及/或插入或缺失之數量。在一些實施例中，bTMB評分(例如，參考bTMB評分)係等效bTMB值，例如，如藉由全外顯子體測序所測定。
在另一態樣中，本發明係關於鑑別可受益於包含免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))或其任一組合之患有癌症之個體之方法，該方法包含自個體之試樣測定等效bTMB值，其中試樣之等效bTMB值等於或高於參考等效bTMB值則將該個體鑑別為可受益於包含免疫檢查點抑制劑之治療之個體。在一些實施例中，免疫檢查點抑制劑係PD-L1軸結合拮抗劑。
在另一態樣中，本發明係關於為患有癌症之個體選擇療法之方法，該方法包含自個體之試樣測定等效bTMB值，其中試樣之等效bTMB值等於或高於參考等效bTMB值將該個體鑑別為可受益於包含免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))或其任一組合)之治療之個體。在一些實施例中，免疫檢查點抑制劑係PD-L1軸結合拮抗劑。
在任何前述態樣之一些實施例中，自試樣測定之等效bTMB值等於或高於參考等效bTMB值，且該方法進一步包含向個體投與有效量之PD-L1軸結合拮抗劑。在一些實施例中，自試樣測定之等效bTMB值低於參考等效bTMB值。
在另一態樣中，本發明係關於治療患有癌症之個體之方法，該方法包含：(a)自個體之試樣測定等效bTMB值，其中試樣之等效bTMB值等於或高於參考等效bTMB值，及(b)向個體投與有效量之免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))或其任一組合)。在一些實施例中，免疫檢查點抑制劑係PD-L1軸結合拮抗劑。在一些實施例中，該方法進一步包含監測個體對利用免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑)之治療之反應。在一些實施例中，該監測包含：(a)在投與免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑)後之時間點測定自個體獲得之另一試樣中之bTMB評分；及(b)將該另一試樣中之bTMB評分與參考bTMB評分進行比較，從而監測個體對利用免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑)之治療之反應。
在另一態樣中，本發明係關於治療患有癌症之個體之方法，該方法包含向個體投與有效量之免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))，或其任一組合)，其中在投與之前，已自個體之試樣測定等效bTMB值等於或高於參考等效bTMB值。在一些實施例中，免疫檢查點抑制劑係PD-L1軸結合拮抗劑。在一些實施例中，該方法進一步包含監測個體對利用免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑)之治療之反應。在一些實施例中，該監測包含：(a)在投與免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑)後之時間點測定自個體獲得之另一試樣中之bTMB評分；及(b)將該另一試樣中之bTMB評分與參考bTMB評分進行比較，從而監測個體對利用免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑)之治療之反應。
在另一態樣中，本發明係關於為患有癌症之個體提供預後之方法，該方法包含自個體之試樣測定MSAF，其中試樣之MSAF等於或高於參考MSAF將該個體鑑別為可能具有較差預後之個體。
在另一態樣中，本發明係關於監測患有癌症之個體對利用包含PD-L1軸結合拮抗劑之抗癌療法之治療之反應的方法，該方法包含：(a)在向個體投與抗癌療法後之時間點測定自個體獲得之試樣中之bTMB評分；及(b)將試樣中之bTMB評分與參考bTMB評分進行比較，從而監測個體對抗癌療法之反應。
在另一態樣中，本發明係關於預測患有癌症之個體中之疾病進展之方法，該方法包含測定自該個體獲得之試樣之bTMB評分，其中試樣之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分則將該個體鑑別為較可能展現疾病進展之個體。在一些實施例中，疾病進展係腫瘤負荷增加。在一些實施例中，腫瘤負荷增加之特徵在於最長直徑總和(SLD)增加。在一些實施例中，疾病進展之特徵在於鱗狀形態增加，例如，如藉由腫瘤組織學所評價。在其他實施例中，疾病進展之特徵在於非鱗狀形態增加，例如，如藉由腫瘤組織學所評價。
在又一態樣中，本發明係關於預測患有癌症之個體中之疾病進展之方法，該方法包含測定自該個體獲得之試樣之MSAF，其中試樣之MSAF等於或高於參考MSAF將該個體鑑別為較可能展現疾病進展之個體。在一些實施例中，疾病進展係腫瘤負荷增加。在一些實施例中，腫瘤負荷增加之特徵在於最長直徑總和(SLD)增加。在一些實施例中，疾病進展之特徵在於鱗狀形態增加，例如，如藉由腫瘤組織學所評價。在其他實施例中，疾病進展之特徵在於非鱗狀形態增加，例如，如藉由腫瘤組織學所評價。在任何前述態樣之一些實施例中，參考等效bTMB值係預分配之等效bTMB值。在一些實施例中，參考等效bTMB值對應於介於4與30之間之參考bTMB評分(例如，介於約3.6 mut/Mb與約26.7 mut/Mb之間)。在一些實施例中，參考等效bTMB值對應於介於8與30之間(例如，介於約7.1 mut/Mb與約26.7 mut/Mb之間)之參考bTMB評分。在一些實施例中，參考等效bTMB值對應於介於10與20之間(例如，介於約9 mut/Mb與約17.8 mut/Mb之間)之參考bTMB評分。在一些實施例中，參考等效bTMB值對應於10 (例如，約9 mut/Mb)之參考bTMB評分。在一些實施例中，參考等效bTMB值對應於16 (例如，約14 mut/Mb)之參考bTMB評分。在一些實施例中，參考等效bTMB值對應於20 (例如，約17.8 mut/Mb)之參考bTMB評分。
在任何前述態樣之一些實施例中，試樣之等效bTMB值對應於大於或等於4 (例如，大於或等於約3.6 mut/Mb)之bTMB評分。在一些實施例中，試樣之等效bTMB值在4與100之間(例如，在約3.6 mut/Mb與約88.9 mut/Mb之間)。
在任何前述態樣之一些實施例中，試樣之等效bTMB值大於或等於8 (例如，大於或等於約7.1 mut/Mb)。在一些實施例中，試樣之等效bTMB值在8與100之間(例如，在約7.1 mut/Mb與約88.9 mut/Mb之間)。
在任何前述態樣之一些實施例中，試樣之等效bTMB值小於4 (例如，小於約3.6 mut/Mb)。在一些實施例中，試樣之等效bTMB值小於8 (例如，小於約7.1 mut/Mb)。
在任何前述態樣之一些實施例中，包含PD-L1軸結合拮抗劑之治療之益處係OS之增加。在任何前述態樣之其他實施例中，包含PD-L1軸結合拮抗劑之治療之益處係PFS之增加。在一些實施例中，包含PD-L1軸結合拮抗劑之治療之益處係OS及PFS之增加。
在任何前述態樣之一些實施例中，該方法進一步包含自個體之試樣測定最大體細胞等位基因頻率(MSAF)，其中試樣之MSAF大於或等於1%。在一些實施例中，在投與前已測定來自個體之試樣具有大於或等於1%之MSAF。
在任何前述態樣之其他實施例中，該方法進一步包含自個體之試樣測定MSAF，其中試樣之MSAF小於1%。在一些實施例中，在投與前，已測定來自個體之試樣具有小於1%之MSAF。
在任何前述態樣之一些實施例中，該方法進一步包含自個體之試樣測定MSAF，其中已測定試樣之MSAF大於或等於1%，並且該方法進一步包含向個體投與有效量之不同於PD-L1軸結合拮抗劑或除其以外之抗癌療法。
在任何前述態樣之一些實施例中，該方法進一步包含自個體之試樣測定MSAF，其中已測定試樣之MSAF小於1%，且該方法進一步包含向個體投與有效量之PD-L1軸結合拮抗劑。
在任何前述態樣之一些實施例中，測定MSAF係在測定bTMB評分之前進行。在一些實施例中，在bTMB評分之前已測定MSAF。
在任何前述態樣之一些實施例中，參考群體中試樣之bTMB評分具有大於或等於約5%之盛行率。在一些實施例中，參考群體中試樣之bTMB評分具有約5%與約75%之間之盛行率。在一些實施例中，參考群體中試樣之bTMB評分具有約20%與約30%之間之盛行率。
在任何前述態樣之一些實施例中，該方法進一步包含自個體之腫瘤試樣測定組織腫瘤突變負荷(tTMB)評分。在任何前述態樣之其他實施例中，在投與之前，已自個體之試樣測定tTMB評分。在一些實施例中，腫瘤試樣之tTMB評分等於或高於參考tTMB評分則將該個體鑑別為可受益於包含PD-L1軸結合拮抗劑之治療之個體。在一些實施例中，自腫瘤試樣測定之tTMB評分等於或高於參考tTMB評分。在一些實施例中，自腫瘤試樣測定之tTMB評分低於參考tTMB。在一些實施例中，參考tTMB評分係患有癌症之參考個體群體中之tTMB評分，該個體群體由已用PD-L1軸結合拮抗劑療法治療之第一個體子集及已用非PD-L1軸結合拮抗劑療法治療之第二個體子集組成，其中非PD-L1軸結合拮抗劑療法不包含PD-L1軸結合拮抗劑。在一些實施例中，基於對利用PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性相對於對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性的顯著差異，參考tTMB評分使第一個體子集及第二個體子集中之每一者顯著地分離。在一些實施例中，對治療之反應性係PFS之增加、OS之增加及/或總體反應率(ORR)之增加。在一些實施例中，相對於參考體細胞突變水準，已測定腫瘤試樣具有增加之體細胞突變水準。在一些實施例中，相對於表1中所述之至少一個基因之參考體細胞突變水準，已測定腫瘤試樣在表1中所述之該至少一個基因中具有增加之體細胞突變水準。在一些實施例中，體細胞突變係改變蛋白質之體細胞突變或同義突變。在一些實施例中，體細胞突變係改變蛋白質之體細胞突變。在一些實施例中，體細胞突變係取代、缺失及/或插入。在一些實施例中，取代、缺失及/或插入係在編碼區中。在一些實施例中，缺失及/或插入係插入或缺失。在一些實施例中，參考tTMB評分係預分配之tTMB評分。在一些實施例中，參考tTMB評分在約5個突變/百萬鹼基(mut/Mb)與約50個突變/百萬鹼基之間。在一些實施例中，參考tTMB評分在約8 mut/Mb與約30 mut/Mb之間。在一些實施例中，參考tTMB評分在約10 mut/Mb與約20 mut/Mb之間。在一些實施例中，參考tTMB評分係約10 mut/Mb。在一些實施例中，參考tTMB評分係約16 mut/Mb。在一些實施例中，參考tTMB評分係約20 mut/Mb。在一些實施例中，腫瘤試樣之tTMB評分大於或等於約5 mut/Mb。在一些實施例中，腫瘤試樣之tTMB評分在約5 mut/Mb與約100 mut/Mb之間。在一些實施例中，腫瘤試樣之tTMB評分大於或等於約10 mut/Mb。在一些實施例中，腫瘤試樣之tTMB評分在約10 mut/Mb與約100 mut/Mb之間。在一些實施例中，腫瘤試樣之tTMB評分大於或等於約16 mut/Mb。在一些實施例中，參考tTMB評分係約16 mut/Mb。在一些實施例中，腫瘤試樣之tTMB評分大於或等於約20 mut/Mb。在一些實施例中，參考tTMB評分係約20 mut/Mb。在一些實施例中，tTMB評分或參考tTMB評分表示為每限定數量之測序鹼基計數之體細胞突變之數量。在一些實施例中，限定之測序鹼基數量在約100 kb至約10 Mb之間。在一些實施例中，限定之測序鹼基數量為約0.8 Mb。在一些實施例中，限定之測序鹼基數量為約1.1 Mb。在一些實施例中，tTMB評分或參考tTMB評分係等效tTMB值。在一些實施例中，等效tTMB值係藉由全外顯子體測序(WES)測定。
在任何前述態樣之一些實施例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣中之小於1%之腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在任何前述態樣之其他實施例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣中之1%或更多之腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在一些實施例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣中之1%至小於5%之腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在一些實施例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣中之5%或更多之腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在一些實施例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣中之5%至小於50%之腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在一些實施例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣中之50%或更多之腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。
在任何前述態樣之一些實施例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在佔腫瘤試樣小於1%之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在任何前述態樣之其他實施例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在佔腫瘤試樣超過1%之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在一些實施例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在佔腫瘤試樣1%至小於5%之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在一些實施例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在佔腫瘤試樣超過5%之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在一些實施例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在佔腫瘤試樣5%至小於10%之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在一些實施例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在佔腫瘤試樣超過10%之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。
在任何前述態樣之一些實施例中，試樣係全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合。在一些實施例中，試樣係檔案試樣、新鮮試樣或冷凍試樣。
在任何前述態樣之一些實施例中，癌症係選自由以下各項組成之群：肺癌、腎癌、膀胱癌、乳癌、結腸直腸癌、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤、頭頸癌、甲狀腺癌、肉瘤、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈狀肉芽腫、merkel氏細胞癌或血液惡性病。在一些實施例中，癌症係肺癌、膀胱癌、黑色素瘤、腎癌、結腸直腸癌或頭頸癌。在一些實施例中，肺癌係非小細胞肺癌(NSCLC)。在一些實施例中，膀胱癌係膀胱尿路上皮(移行細胞)癌。在一些實施例中，黑色素瘤係皮膚黑色素瘤。在一些實施例中，腎癌係腎尿路上皮癌。在一些實施例中，結腸直腸癌係結腸腺癌。在一些實施例中，頭頸癌係頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC)。
在任何前述態樣之一些實施例中，PD-L1軸結合拮抗劑係選自由以下各項組成之群：PD-L1結合拮抗劑、PD-1結合拮抗劑及PD-L2結合拮抗劑。在一些實施例中，PD-L1軸結合拮抗劑係PD-L1結合拮抗劑。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與其配體結合搭配物中一或多者之結合。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與PD-1之結合。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與B7-1之結合。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與PD-1及B7-1二者之結合。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑係抗PD-L1抗體。在一些實施例中，抗PD-L1抗體係選自由以下各項組成之群：阿替珠單抗(atezolizumab) (MPDL3280A)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736 (德瓦魯單抗(durvalumab))及MSB0010718C (阿維魯單抗(avelumab))。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含以下高度變異區：(a) GFTFSDSWIH之HVR-H1序列(SEQ ID NO: 19)；(b) AWISPYGGSTYYADSVKG之HVR-H2序列(SEQ ID NO: 20)；(c) RHWPGGFDY之HVR-H3序列(SEQ ID NO: 21)；(d) RASQDVSTAVA之HVR-L1序列(SEQ ID NO: 22)；(e) SASFLYS之HVR-L2序列(SEQ ID NO: 23)；及(f) QQYLYHPAT之HVR-L3序列(SEQ ID NO: 24)。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a)重鏈可變(VH)結構域，其包含與SEQ ID NO: 3之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之胺基酸序列；(b)輕鏈可變(VL)結構域，其包含與SEQ ID NO: 4之胺基酸序列具有至少90%序列一致性之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a)重鏈可變(VH)結構域，其包含與SEQ ID NO: 3之胺基酸序列具有至少95%序列一致性之胺基酸序列；(b)輕鏈可變(VL)結構域，其包含與SEQ ID NO: 4之胺基酸序列具有至少95%序列一致性之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a)重鏈可變(VH)結構域，其包含與SEQ ID NO: 3之胺基酸序列具有至少96%序列一致性之胺基酸序列；(b)輕鏈可變(VL)結構域，其包含與SEQ ID NO: 4之胺基酸序列具有至少96%序列一致性之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a)重鏈可變(VH)結構域，其包含與SEQ ID NO: 3之胺基酸序列具有至少97%序列一致性之胺基酸序列；(b)輕鏈可變(VL)結構域，其包含與SEQ ID NO: 4之胺基酸序列具有至少97%序列一致性之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a)重鏈可變(VH)結構域，其包含與SEQ ID NO: 3之胺基酸序列具有至少98%序列一致性之胺基酸序列；(b)輕鏈可變(VL)結構域，其包含與SEQ ID NO: 4之胺基酸序列具有至少98%序列一致性之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a)重鏈可變(VH)結構域，其包含與SEQ ID NO: 3之胺基酸序列具有至少99%序列一致性之胺基酸序列；(b)輕鏈可變(VL)結構域，其包含與SEQ ID NO: 4之胺基酸序列具有至少99%序列一致性之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a) VH結構域，其包含SEQ ID NO: 3之胺基酸序列；(b) VL結構域，其包含SEQ ID NO: 4之胺基酸序列；或(c)如(a)中之VH結構域及如(b)中之VL結構域。在一些實施例中，抗PD-L1抗體包含：(a) VH結構域，其包含SEQ ID NO: 3之胺基酸序列；及(b) VL結構域，其包含SEQ ID NO: 4之胺基酸序列。在一些實施例中，抗體係阿替珠單抗(MPDL3280A)。在一些實施例中，PD-L1軸結合拮抗劑係PD-1結合拮抗劑。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與其配體結合搭配物中一或多者之結合。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L1之結合。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L2之結合。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L1及PD-L2二者之結合。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑係抗PD-1抗體。在一些實施例中，抗PD-1抗體係選自由以下各項組成之群：MDX-1106 (尼魯單抗(nivolumab))、MK-3475 (派姆單抗(pembrolizumab))、CT-011 (匹利珠單抗(pidilizumab))、MEDI-0680 (AMP-514)、PDR001、REGN2810及BGB-108。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑係Fc融合蛋白。在一些實施例中，Fc融合蛋白係AMP-224。
在任何前述態樣之一些實施例中，非PD-L1軸結合拮抗劑係抗瘤劑、化學治療劑、生長抑制劑、抗血管生成劑、放射療法或細胞毒性劑。在一些實施例中，不同於PD-L1軸結合拮抗劑或除其以外之抗癌療法係抗瘤劑、化學治療劑、生長抑制劑、抗血管生成劑、放射療法或細胞毒性劑。
在任何前述態樣之一些實施例中，個體先前未曾針對癌症進行治療。在一些實施例中，個體先前未曾投與PD-L1軸結合拮抗劑。
在任何前述態樣之一些實施例中，包含PD-L1軸結合拮抗劑之治療係單一療法。
在任何前述態樣之一些實施例中，該方法進一步包含向個體投與有效量之額外治療劑。在一些實施例中，額外之治療劑係抗瘤劑、化學治療劑、生長抑制劑、抗血管生成劑、放射療法或細胞毒性劑。
在任何前述態樣之一些實施例中，個體係人類。
在另一態樣中，本發明係關於用於鑑別可受益於包含PD-L1軸結合拮抗劑之治療之患有癌症之個體的套組，該套組包含：(a)用於自該個體之試樣測定bTMB評分之試劑；及視情況，(b)使用該等試劑來鑑別可受益於包含PD-L1軸結合拮抗劑之治療之患有癌症之個體的說明，其中該試樣之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分則將該個體鑑別為可受益於包含PD-L1軸結合拮抗劑之治療之個體。
在另一態樣中，本發明係關於用於鑑別作為包含PD-L1軸結合拮抗劑之治療之候選者之患有癌症之個體之分析，該分析包含自該個體之試樣測定bTMB評分，其中來自該試樣之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分則將該個體鑑別為可受益於包含PD-L1軸結合拮抗劑之治療之個體。
在另一態樣中，本發明係關於用於治療患有癌症之個體之PD-L1軸結合拮抗劑，其中已自該個體之試樣測定bTMB評分等於或高於參考bTMB評分。
在另一態樣中，本發明提供PD-L1軸結合拮抗劑在製造用於治療患有癌症之個體之藥劑中之用途，其中已自該個體之試樣測定bTMB評分等於或高於參考bTMB評分。
在任何前述態樣之一些實施例中，bTMB評分(例如，參考bTMB評分)表示為在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變的數量。在一些實施例中，bTMB評分(例如，參考bTMB評分)係等效bTMB值，例如，如藉由全外顯子體測序所測定。
I. 引言
本發明提供用於癌症之治療、診斷及預後方法及組合物。本發明至少部分地基於如下發現：測定自個體獲得之試樣中體細胞突變之總數並推導出血液腫瘤突變負荷(bTMB)評分可用作治療患有癌症之個體之生物標記物(例如預測性生物標記物)；用於診斷患有癌症之個體；確定患有癌症之個體是否可能對利用包括免疫檢查點抑制劑之抗癌療法之治療有反應，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗(MPDL3280A))、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如抗LAG-3抗體))或其任一組合；最佳化包括免疫檢查點抑制劑之抗癌療法之治療功效，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如CTLA-4拮抗劑(例如抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如抗LAG-3抗體))或其任一組合；以及為患有癌症之個體選擇療法。本發明亦提供為患有癌症之個體提供預後之方法，以及監測個體對包括免疫檢查點抑制劑之治療之反應之方法，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗(MPDL3280A))、針對共抑制分子之拮抗劑(例如CTLA-4拮抗劑(例如抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如抗LAG-3抗體))或其任一組合。II. 定義
應理解，本文闡述之本發明之態樣及實施例包括「包含」、「組成」及「基本上由……組成」態樣及實施例。除非另有指示，否則如本文所用單數形式「一(a, an)」及「該」包括複數個指示物。
如本文所用術語「約」係指熟悉此項技術者容易知曉之各別值之一般誤差範圍。本文所提及之「約」值或參數包括(並闡述)關於該值或參數本身之實施例。例如，提及「約X」之闡述包括「X」之闡述。
如本文所用術語「血液腫瘤突變負荷評分(blood tumor mutational burden score、blood tumor mutation burden score)」及「bTMB評分」中之每一者可互換使用，其係指反映在自個體(例如，有癌症風險或患有癌症之個體)獲得之血液試樣(例如，全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)中偵測到之體細胞突變之數量的數值。bTMB評分可基於(例如)全基因體或外顯子來量測，或基於基因體或外顯子之子集(例如，預定之基因體)來量測。在某些實施例中，bTMB評分可基於基因間序列來量測。在一些實施例中，可將基於基因體或外顯子之子集量測之bTMB評分外推以測定全基因體或外顯子bTMB評分。在某些實施例中，預定之基因體不包含整個基因體或整個外顯子體。在其他實施例中，亞基因體間隔集不包含整個基因體或整個外顯子體。在一些實施例中，預定之基因體包含複數個基因，該等基因以突變形式與對細胞分裂、生長或存活之效應相關，或者與癌症相關。在一些實施例中，預定之基因體包含至少約50或更多、約100或更多、約150或更多、約200或更多、約250或更多、約300或更多、約350或更多、約400或更多、約450或更多或約500或更多個基因。在一些實施例中，預定之基因體覆蓋約1 Mb (例如，約1.1 Mb，例如，約1.125 Mb)。
在一些實施例中，bTMB評分係藉由量測試樣中細胞外游離DNA (無細胞DNA，cfDNA)中體細胞突變之數量來測定。在一些實施例中，bTMB評分係藉由量測試樣中循環腫瘤DNA (ctDNA)中體細胞突變之數量來測定。在一些實施例中，體細胞突變之數量係所計數之單核苷酸變異體(SNV)之數量或SNV之數量與所計數之插入或缺失突變之數量之總和。在一些實施例中，bTMB評分係指腫瘤中累積之體細胞突變之數量。因此，bTMB評分可用作致癌(例如腫瘤)細胞上新抗原數量之替代物。bTMB評分亦可用作腫瘤內突變率之代替，其係致癌(例如腫瘤)細胞上新抗原之數量之替代物。在一些實施例中，bTMB評分等於或高於參考bTMB評分則將個體鑑別為可受益於包含免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如阿替珠單抗))之治療之個體。在一些實施例中，bTMB評分低於參考bTMB評分則將個體鑑別為可受益於包含不同於PD-L1軸結合拮抗劑或除其以外之抗癌療法之治療之個體。在一些實施例中，bTMB評分可用於監測患有癌症之個體對包含免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如阿替珠單抗))之治療之反應。
如本文所用術語「參考bTMB評分」係指與另一bTMB評分進行比較以作出(例如)診斷、預測、預後及/或治療決定之bTMB評分。例如，參考bTMB評分可為參考試樣、參考群體中之bTMB評分及/或預定值。在一些情況下，參考bTMB評分係截止值，該截止值將在參考群體中已用免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)治療之第一個體子集，與在同一參考群體中已用不包含免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)之非PD-L1軸結合拮抗劑療法治療之第二個體子集顯著地分離，該顯著分離係基於個體對利用免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)之治療之反應性與個體對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性(等於或高於該截止值及/或低於該截止值)之間的顯著差異來進行。在一些情況下，相對於等於或高於截止值之個體對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性，個體對利用免疫檢查點抑制劑治療(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)之反應性顯著改良。在一些情況下，相對於低於截止值之個體對利用免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)之治療之反應性，個體對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性顯著改良。
熟悉此項技術者將瞭解，參考bTMB評分之數值可端視以下而變化：癌症之類型(例如，肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤(Hodgkin lymphoma)或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤(Ewing's tumor)、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏瘤(Wilms' tumor)、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤)、用於量測bTMB評分之方法及/或用於生成bTMB評分之統計方法。
術語「等效bTMB值」係指對應於表示為在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量之bTMB評分的數值。應理解，一般而言，bTMB評分與所測序基因體區之大小線性相關。該等等效bTMB值指示與bTMB評分相比等效之腫瘤突變負荷程度，且在本文所述之方法中可互換使用，例如，用來預測癌症患者對免疫檢查點抑制劑(例如抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)之反應。例如，在一些實施例中，等效bTMB值係標準化之bTMB值，其可藉由將體細胞變異體(例如體細胞突變)之計數除以所測序鹼基數來計算。例如，等效bTMB值可表示為(例如)每百萬鹼基之突變數。例如，約25之bTMB評分(如測定為在約1.1 Mb上計數之體細胞突變之數量)對應於約23個突變/Mb之等效bTMB值。應理解，本文所述之bTMB評分(例如，bTMB評分表示為在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量)涵蓋使用不同方法(例如，全外顯子體測序或全基因體測序)獲得之等效bTMB值。例如，對於整個外顯子體面板，目標區可為約50 Mb，且偵測與約500個體細胞突變之試樣具有約10個突變/Mb之等效bTMB值。在一些實施例中，測定為在基因體或外顯子體子集(例如，預定之基因體)中限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變數量之bTMB評分自藉由全外顯子體測序測定之bTMB評分偏離小於約30% (例如，小於約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%、約4%、約3%、約2%、約1%或更少)。例如參見Chalmers等人，Genome Medicine 9:34, 2017。
如本文所用術語「最大體細胞等位基因頻率」及「MSAF」中之每一者可互換使用，其係指等位基因(亦即具有體細胞突變(例如編碼區中之鹼基取代及/或編碼區中之插入或缺失突變)之基因變異體)之小於約40% (例如，小於40%、30%、20%、10%、5%或1%)之最高頻率(以分數或百分比表示)，其係自個體之試樣(例如，全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)偵測。體細胞突變之等位基因頻率可藉由將指示體細胞突變之序列讀段之數量除以與人類基因體之特定區比對之總讀段數來計算。在一些情況下，MSAF係源於試樣中小於約20%之最大體細胞等位基因頻率。在一些實施例中，該值係來自攜帶該等位基因之個體之試樣中所有cfDNA之分數。在一些實施例中，該值係來自攜帶該等位基因之個體之試樣中ctDNA之分數。在一些實施例中，該值用於估計試樣中腫瘤含量之總量。在一些實施例中，該方法包含測定自試樣偵測到之每一體細胞改變之等位基因頻率。例如，具有多種體細胞改變之試樣可將彼等改變呈現為體細胞等位基因頻率之分佈，其可能取決於彼等改變在癌症(例如腫瘤)中之原始選殖頻率。在一些實施例中，該值表示為隨預定基因體(例如預定基因體之編碼區)而變化。在其他實施例中，該值表示為隨所測序之亞基因體間隔(例如所測序之編碼亞基因體間隔)而變化。在一些實施例中，MSAF可用於為患有癌症之個體提供預後。
如本文所用術語「組織腫瘤突變負荷評分」及「tTMB評分」可互換使用，其係指在腫瘤組織試樣(例如福馬林固定且石蠟包埋(FFPE)之腫瘤試樣)中偵測到之預定基因體中(例如，在預定基因體之編碼區中)每個預選單位(例如每百萬鹼基)之改變(例如，一或多種改變，例如，一或多種體細胞改變)之水準(例如，數量)。tTMB評分可基於(例如)全基因體或外顯子來量測或者基於基因體或外顯子之子集來量測。在某些實施例中，可將基於基因體或外顯子體之子集量測之tTMB評分外推以測定整個基因體或外顯子體突變載荷。在一些實施例中，tTMB評分係指個體(例如動物(例如人類))內累積之體細胞突變之水準。tTMB評分可指患有癌症(例如肺癌，例如NSCLC)之患者內累積之體細胞突變。在一些實施例中，tTMB評分係指個體之全基因體中累積之突變。在一些實施例中，tTMB評分係指自個體收集之特定組織試樣(例如腫瘤組織試樣生檢，例如肺癌腫瘤試樣，例如NSCLC腫瘤試樣)內累積之突變。
如本文所用術語「參考tTMB評分」係指與另一tTMB評分進行比較以(例如)作出診斷、預測、預後及/或治療決定之tTMB評分。例如，參考tTMB評分可為參考試樣、參考群體中之tTMB評分及/或預定值。在一些情況下，參考tTMB評分係截止值，該截止值將在參考群體（例如，患者）中已用免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)治療之第一個體子集，與在同一參考群體（例如，患者）中已用不包含免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)之非PD-L1軸結合拮抗劑療法治療之第二個體子集顯著地分離，該顯著分離係基於個體對利用免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)之治療之反應性與個體對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性(等於或高於該截止值及/或低於該截止值)之間的顯著差異來進行。在一些情況下，相對於等於或高於截止值之個體對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性，個體對利用免疫檢查點抑制劑治療(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)之反應性顯著改良。在一些情況下，相對於低於截止值之個體對利用免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)之治療之反應性，個體對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性顯著改良。
熟悉此項技術者將瞭解參考tTMB評分之數值可端視以下而變化：癌症類型(例如，肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC)或小細胞肺癌)、腎癌(例如，腎尿路上皮癌或腎細胞癌(RCC))、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌(例如，局部晚期或轉移性尿路上皮癌，包括一線(1L)或二線或更高級(2L+)局部晚期或轉移性尿路上皮癌))、乳癌(例如，人類表皮生長因子受體-2 (HER2)+乳癌或激素受體陽性(HR+)乳癌)、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、皮膚癌(例如，皮膚鱗狀細胞癌)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏腫瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤)、用於量測tTMB評分之方法，及/或用於生成tTMB評分之統計方法。
術語「等效tTMB值」係指對應於可藉由將體細胞變異體(例如，體細胞突變)之計數除以測序鹼基之數量(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)來計算之tTMB評分之數值。應理解，一般而言，tTMB評分與所測序基因體區之大小線性相關。該等等效tTMB值指示與tTMB評分相比等效之腫瘤突變負荷程度，且在本文所述之方法中可互換使用，例如，用來預測癌症患者對免疫檢查點抑制劑(例如抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)之反應。例如，在一些實施例中，等效tTMB值係標準化之tTMB值，其可藉由將體細胞變異體(例如體細胞突變)之計數除以測序鹼基之數量來計算。例如，等效tTMB值可表示為在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量。例如，約25之tTMB評分(如測定為在約1.1 Mb上計數之體細胞突變之數量)對應於約23個突變/Mb之等效tTMB值。應理解，如本文所述之tTMB評分(例如，表示為在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變數之TMB評分)涵蓋使用不同方法(例如，全外顯子體測序或全基因體測序)獲得之等效tTMB值。例如，對於全外顯子體面板，目標區可為約50 Mb，且偵測與約500個體細胞突變之試樣係與約10個突變/Mb之tTMB評分等效之tTMB值。在一些實施例中，測定為在基因體或外顯子體之子集(例如，預定之基因體)中在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量之tTMB評分自藉由全外顯子體測序測定之tTMB評分偏離小於約30% (例如，小於約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%、約4%、約3%、約2%、約1%或更少)。例如參見Chalmers等人，Genome Medicine 9:34, 2017。
術語「體細胞突變」或「體細胞改變」係指發生在體細胞組織(例如種系外之細胞)中之遺傳改變。遺傳改變之實例包括(但不限於)點突變(例如，單一核苷酸交換為另一核苷酸(例如，沉默突變、誤義突變及無義突變))、插入及缺失(例如，添加及/或去除一或多個核苷酸(例如，插入或缺失))、擴增、基因複製、拷貝數改變(CNA)、重排及剪接變異體。在一些實施例中，插入或缺失可為一或多個核苷酸(例如，約1-40個核苷酸)之框移突變或框內突變。特定突變之存在可與疾病狀態相關(例如，癌症，例如，肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤)。
在某些實施例中，體細胞改變係沉默突變(例如同義改變)。在其他實施例中，體細胞改變係非同義單核苷酸變異體(SNV)。在其他實施例中，體細胞改變係附隨突變(passenger mutation) (例如，對群落之適合性沒有可偵測效應之改變)。在某些實施例中，體細胞改變係意義不明之變異體(VUS)，例如，其致病性既不能證實亦不能排除。在某些實施例中，體細胞改變尚未經鑑別為與癌症表型相關。
在某些實施例中，體細胞改變不與對細胞分裂、生長或存活之效應相關，或不知曉與該效應相關。在其他實施例中，體細胞改變與對細胞分裂、生長或存活之效應相關。
在某些實施例中，體細胞改變之數量不包括亞基因體間隔中之一或多個功能改變。
如本文所用術語「亞基因體間隔(sub-genomic interval及subgenomic interval)」中之每一者可互換使用，其係指基因體序列之一部分。在一些實施例中，亞基因體間隔可為單核苷酸位置，例如，其核苷酸位置變異體與腫瘤表型相關(正或負)。在一些實施例中，亞基因體間隔包含一個以上之核苷酸位置。該等實施例包括長度至少為2、5、10、50、100、150或250個核苷酸位置之序列。亞基因體間隔可包含整個基因或其預選部分，例如編碼區(或其部分)、預選內含子(或其部分)或外顯子(或其部分)。亞基因體間隔可包含天然存在之核酸(例如基因體DNA)之片段之全部或一部分。例如，亞基因體間隔可對應於基因體DNA之片段，該片段經歷測序反應。在某些實施例中，亞基因體間隔係來自基因體來源之連續序列。在其他實施例中，亞基因體間隔包括基因體中不鄰接之序列，例如，其可包括在cDNA外顯子-外顯子連接處形成之連接。
在一個實施例中，亞基因體間隔包含或由以下組成：單核苷酸位置；基因內區或基因間區；外顯子或內含子或其片段，通常係外顯子序列或其片段；編碼區或非編碼區，例如啟動子、增強子、5'非轉譯區(5'UTR)或3'非轉譯區(3'UTR)，或其片段；cDNA或其片段；SNV；SNP；體細胞突變、種系突變或二者；改變，例如點或單一突變；缺失突變(例如框內缺失、基因內缺失、全基因缺失)；插入突變(例如基因內插入)；反轉突變(例如染色體內反轉)；連鎖突變；連鎖插入突變；倒轉複製突變；串聯複製(例如染色體內串聯複製)；易位(例如染色體易位、非相互易位)；重排(例如基因體重排(例如一或多個內含子或其片段之重排；重排之內含子可包括5'-及/或3'-UTR))；基因拷貝數之變化；基因表現之變化；RNA水準之變化；或其組合。
「基因之拷貝數」係指編碼特定基因產物之細胞中DNA序列之數量。一般而言，對於給定基因，哺乳動物每一基因具有兩個拷貝。拷貝數可藉由(例如)基因擴增或複製來增加，或藉由缺失來減少。
在一些實施例中，功能改變係與參考序列(例如野生型或未突變序列)相比對細胞分裂、生長或存活具有效應(例如促進細胞分裂、生長或存活)之改變。在某些實施例中，功能改變係本身藉由納入功能改變之資料庫(例如，COSMIC資料庫)中來鑑別(參見Forbes等人，Nucl. Acids Res. 43 (D1): D805-D811, 2015，其以引用方式整體併入本文中)。在其他實施例中，功能改變係具有已知功能狀態之改變改變(例如，在COSMIC資料庫中作為已知體細胞改變存在)。在某些實施例中，功能改變係具有可能功能狀態之改變(例如，抑瘤基因之截短)。在某些實施例中，功能改變係驅動突變(例如，使群落在其微環境中具有選擇性優點之改變，例如，藉由增加細胞存活或繁殖)。在其他實施例中，功能改變係能夠引起群落擴大之改變。在某些實施例中，功能改變係能夠引起以下各項中之一者、兩者、三者、四者、五者或所有六者之改變：(a)生長信號自給自足；(b)例如，對抗生長信號之不敏感性降低；(c)細胞凋亡減少；(d)複製潛能增加；(e)持續之血管生成；或(f)組織侵入或轉移。
在某些實施例中，功能改變不為附隨突變(例如，不為對細胞群落之適合性無可偵測到效應之改變)。在某些實施例中，功能改變不為意義不明之變異體(VUS) (例如，不為致病性既不能證實亦不能排除之改變)。
在某些實施例中，不包括預定基因體中預選腫瘤基因中之複數個(例如，約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更多)功能改變。在某些實施例中，不包括預定基因體中預選基因(例如，腫瘤基因)中之所有功能改變。在某些實施例中，不包括預定基因體中複數個預選基因(例如，腫瘤基因)中之複數個功能改變。在某些實施例中，不包括預定基因體中所有基因(例如，腫瘤基因)中之所有功能改變。
在某些實施例中，體細胞改變之數量不包括亞基因體間隔中之種系突變。
在某些實施例中，種系改變係SNP、鹼基取代、插入、缺失、插入或缺失或沉默突變(例如，同義突變)。
在某些實施例中，因使用不使用與匹配正常序列比較之方法而排除種系改變。在其他實施例中，因包含使用算法(例如體細胞-種系-接合子型式(SGZ)算法)之方法而排除種系改變(參見Sun等人，Cancer Research 2014；74(19S):1893-1893)。在某些實施例中，種系改變本身藉由納入種系改變之資料庫(例如dbSNP資料庫)來鑑別(參見Sherry等人，Nucleic Acids Res . 29(1): 308-311, 2001，其以引用方式整體併入本文中)。在其他實施例中，種系改變本身藉由納入ExAC資料庫之兩個或更多個計數中來鑑別(參見Exome Aggregation Consortium等人，bioRxiv preprint，2015年10月30日，其以引用方式整體併入本文中)。在一些實施例中，種系改變本身藉由納入1000基因體計劃資料庫中來鑑別(McVean等人，Nature 491, 56-65, 2012，其以引用方式整體併入本文中)。在一些實施例中，種系改變本身藉由納入ESP資料庫中來鑑別(Exome Variant Server, NHLBI GO Exome Sequencing Project (ESP), Seattle, WA)。
術語「PD-L1軸結合拮抗劑」係指如下分子：抑制PD-L1軸結合搭配物與其結合搭配物中之一或多者之相互作用，以便去除由PD-1信號傳導軸上之信號傳導引起之T細胞功能障礙，且結果為T細胞功能恢復或增強。如本文所用PD-L1軸結合拮抗劑包括PD-L1結合拮抗劑及PD-L1結合拮抗劑以及干擾PD-L1與PD-1之間之相互作用(例如，PD-L2-Fc融合物)之分子。
術語「功能障礙」在免疫功能障礙之情況下係指對抗原刺激之免疫反應性降低之狀態。該術語包括可能發生抗原識別但隨後的免疫反應對於控制感染或腫瘤生長無效之「耗竭」及/或「無因變性」之共同要素。
本文所用術語「功能障礙」亦包括對抗原識別不應或無反應，特別是將抗原識別轉譯為下游T細胞效應功能(例如增殖、細胞介素產生(例如IL-2)及/或靶細胞殺傷)之能力受損。
術語「無因變性」係指由藉助T細胞受體遞送之信號不完全或不充足引起之對抗原刺激無反應性之狀態(例如，在不存在Ras活化下細胞內Ca2+ 之增加)。T細胞無因變性亦可在不存在共刺激下用抗原刺激時產生，導致細胞即便在共刺激之情況下亦難以隨後由抗原活化。無反應狀態通常可因介白素-2之存在而推翻。無因變T細胞不經歷群落擴大及/或獲得效應子功能。
術語「耗竭」係指呈T細胞功能障礙狀態之T細胞耗竭，該T細胞功能障礙狀態係由在許多慢性感染及癌症期間發生之持續之TCR信號傳導引起的。其與無因變性之區別在於，其並非藉助不完整或不足的信號產生的，而是自持續之信號傳導產生的。其係由較差效應子功能、抑制受體之持續表現及不同於功能效應物或記憶T細胞之轉錄狀態來定義。耗竭阻止對感染及腫瘤之最佳控制。耗竭可能起因於兩種外在負調節路徑(例如免疫調節細胞介素)以及細胞內在負調節(共刺激)路徑( PD-1、B7-H3、B7-H4等)。
「免疫原性」係指特定物質引發免疫反應之能力。腫瘤具有免疫原性，且增強腫瘤免疫原性有助於藉由免疫反應清除腫瘤細胞。增強腫瘤免疫原性之實例包括用PD-L1軸結合拮抗劑治療。
如本文所用術語「免疫檢查點抑制劑」係指靶向至少一種免疫檢查點蛋白以改變免疫反應之調節(例如，下調或抑制免疫反應)之治療劑。免疫檢查點蛋白為業內已知且包括(但不限於)細胞毒性T-淋巴球抗原4 (CTLA-4)、程式性細胞死亡1 (PD-1)、程式性細胞死亡配體1 (PD-L1)、程式性細胞死亡配體2 (PD-L2)、T細胞活化之V結構域Ig抑制劑(VISTA)、B7-H2、B7-H3、B7-H4、B7-H6、2B4、ICOS、HVEM、CD160、gp49B、PIR-B、KIR家族受體、TIM-1、TIM-3、TIM-4、LAG-3、BTLA、SIRPα (CD47)、CD48、2B4 (CD244)、B7.1、B7.2、ILT-2、ILT-4、TIGIT、LAG-3、BTLA、IDO、OX40及A2aR。在一些情況下，免疫檢查點蛋白可在經活化T細胞之表面上表現。可充當可用於本發明方法中之免疫檢查點抑制劑之治療劑包括(但不限於)靶向以下中之一或多者之治療劑：CTLA-4、PD-1、PD-L1、PD-L2、VISTA、B7-H2、B7-H3、B7-H4、B7-H6、2B4、ICOS、HVEM、CD160、gp49B、PIR-B、KIR家族受體、TIM-1、TIM-3、TIM-4、LAG- 3、BTLA、SIRPα (CD47)、CD48、2B4 (CD244)、B7.1、B7.2、ILT-2、ILT-4、TIGIT、LAG-3、BTLA、IDO、OX40及A2aR。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑增強或抑制一或多種經靶向免疫檢查點蛋白之功能。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑係如本文所闡述之PD-L1軸結合拮抗劑。
如本文所用，「PD-L1結合拮抗劑」係降低、阻斷、抑制、廢除或干擾起因於PD-L1與其結合搭配物(PD-1及/或B7-1)中之一或多者之相互作用之信號轉導的分子。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑係抑制PD-L1與其結合搭配物之結合之分子。在一個特定態樣中，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與PD-1及/或B7-1之結合。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑包括抗PD-L1抗體及其抗原結合片段、免疫黏附素、融合蛋白、寡肽、小分子拮抗劑、多核苷酸拮抗劑，及降低、阻斷、抑制、廢除或干擾起因於PD-L1與其結合搭配物(例如PD-1及/或B7-1)中之一或多者之相互作用之信號轉導的其他分子。在一個實施例中，PD-L1結合拮抗劑藉助PD-L1或PD-1減少藉由或藉助表現於T淋巴球及其他細胞上之細胞表面蛋白調介之負信號，以便使得功能障礙T細胞較不功能障礙(例如，增強對抗原識別之效應物反應)。在一些實施例中，PD-L1結合拮抗劑係抗PD-L1抗體。在一個特定態樣中，抗PD-L1抗體係本文所闡述之YW243.55.S70。在另一特定態樣中，抗PD-L1抗體係本文所闡述之MDX-1105。在再一特定態樣中，抗PD-L1抗體係本文所闡述之阿替珠單抗(CAS登記號：1422185-06-5)，其亦稱為MPDL3280A。在再一特定態樣中，抗PD-L1抗體係本文所闡述之MEDI4736 (德瓦魯單抗(druvalumab))。在再一特定態樣中，抗PD-L1抗體係本文所闡述之MSB0010718C (阿維魯單抗)。
如本文所用「PD-1結合拮抗劑」係降低、阻斷、抑制、廢除或干擾起因於PD-1與其結合搭配物中之一或多者(例如PD-L1及/或PD-L2)之相互作用之信號轉導的分子。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑係抑制PD-1與其結合搭配物之結合之分子。在一個特定態樣中，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L1及/或PD-L2之結合。例如，PD-1結合拮抗劑包括抗PD-1抗體及其抗原結合片段、免疫黏附素、融合蛋白、寡肽、小分子拮抗劑、多核苷酸拮抗劑，及降低、阻斷、抑制、廢除或干擾起因於PD-1與PD-L1及/或PD-L2之相互作用之信號轉導的其他分子。在一個實施例中，PD-1結合拮抗劑藉助PD-1或PD-L1降低藉由或藉助表現於T淋巴球及其他細胞上之細胞表面蛋白調介之負信號，以便使得功能障礙T細胞較不功能障礙。在一些實施例中，PD-1結合拮抗劑係抗PD-1抗體。在一個特定態樣中，PD-1結合拮抗劑係本文所闡述之MDX-1106 (尼魯單抗)。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑係本文所闡述之MK-3475 (派姆單抗)。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑係本文所闡述之CT-011 (匹利珠單抗)。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑係MEDI-0680 (AMP-514)。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑係PDR001。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑係REGN2810。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑係BGB-108。在另一特定態樣中，PD-1結合拮抗劑係本文所闡述之AMP-224。
術語「程式化死亡配體1」及「PD-L1」在本文中係指天然序列PD-L1多肽、多肽變異體(亦即PD-L1多肽變異體)，及天然序列多肽及多肽變異體之片段(其在本文中進一步定義)。本文所闡述之PD-L1多肽可為自各種來源(例如自人類組織或自另一來源)分離或藉由重組或合成方法製備者。
「天然序列PD-L1多肽」包含具有與源自自然界之相應PD-L1多肽相同之胺基酸序列之多肽。
「PD-L1多肽變異體」或其變化形式意指如本文所定義與如本文所揭示之天然序列PD-L1多肽序列中之任一者具有至少約80%胺基酸序列一致性之PD-L1多肽，通常為活性PD-L1多肽。該等PD-L1多肽變異體包括(例如)其中在天然胺基酸序列之N末端或C末端添加或缺失一或多個胺基酸殘基之PD-L1多肽。通常，PD-L1多肽變異體與如本文所揭示之天然序列PD-L1多肽序列將具有至少約80%胺基酸序列一致性，或者至少約81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%胺基酸序列一致性。通常，PD-L1多肽變異體之長度為至少約10個胺基酸，或者長度為至少約20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、281、282、283、284、285、286、287、288或289個胺基酸。視情況，與天然PD-L1多肽序列相比，PD-L1多肽變異體將具有不超過一個保守胺基酸取代，或者與天然PD-L1多肽序列相比不超過2、3、4、5、6、7、8、9或10個保守胺基酸取代。
如本文可互換使用之「多核苷酸」或「核酸」係指任一長度之核苷酸之聚合物，且包括DNA及RNA。核苷酸可為脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、經修飾核苷酸或鹼基及/或其類似物，或可藉由DNA或RNA聚合酶或藉由合成反應納入聚合物中之任何受質。因此，例如，如本文所定義之多核苷酸包括(但不限於)單鏈及雙鏈DNA、包括單鏈及雙鏈區之DNA、單鏈及雙鏈RNA及包括單鏈及雙鏈區之RNA、包含可為單鏈或更通常為雙鏈或包括單鏈及雙鏈區之DNA及RNA之雜交分子。另外，如本文所用術語「多核苷酸」係指包含RNA或DNA或RNA與DNA之三鏈區。該等區中之鏈可來自同一分子或來自不同分子。該等區可包括所有一或多種分子，但更通常僅涉及一些分子之區。三螺旋區之一種分子通常係寡核苷酸。術語「多核苷酸」特定地包括cDNA。
多核苷酸可包含經修飾核苷酸，例如甲基化核苷酸及其類似物。若存在，對核苷酸結構之修飾可在聚合物組裝之前或之後進行。核苷酸之序列可間雜有非核苷酸組分。多核苷酸可在合成後藉由(例如)與標記偶聯進一步經修飾。其他類型之修飾包括(例如) 「加帽」，利用類似物取代一或多個天然核苷酸，核苷酸間修飾，例如具有不帶電鍵聯(例如膦酸甲酯、磷酸三酯、磷醯胺酯、胺基甲酸酯及諸如此類)及帶電鍵聯(例如硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯及諸如此類)之彼等、含有懸掛部分(例如蛋白質(例如核酸酶、毒素、抗體、信號肽、聚-L-離胺酸及諸如此類))之彼等、具有嵌入劑(例如，吖啶、補骨脂素及諸如此類)之彼等、含有螯合劑(例如，金屬、放射性金屬、硼、氧化性金屬及諸如此類)之彼等、含有烷基化劑之彼等、具有經修飾鍵聯(例如，α變旋異構核酸)之彼等，以及多核苷酸之未經修飾形式。此外，通常存在於糖中之任何羥基可經(例如)膦酸根基團、磷酸根基團置換，經標準保護基團保護，或經活化以製備至其他核苷酸之其他鍵聯，或可偶聯至固體或半固體載劑。5'及3'末端OH可經磷酸化或經胺或1至20個碳原子之有機封端基團部分取代。其他羥基亦可衍生成標準保護基團。多核苷酸亦可含有業內通常已知之核糖或去氧核糖之類似形式，包括(例如) 2'-O-甲基-核糖、2'-O-烯丙基-核糖、2'-氟-核糖或2'-疊氮基-核糖、碳環糖類似物、α-變旋異構糖、差向異構糖(例如阿拉伯糖、木糖或來蘇糖、吡喃糖、呋喃糖、景天酮庚糖)、無環類似物及無鹼基核苷類似物(例如甲基核糖苷)。一或多個磷酸二酯鍵聯可經替代連接基團置換。該等替代連接基團包括(但不限於)其中磷酸根經P(O)S (「硫代酸根」)、P(S)S (「二硫代酸根」)、 「(O)NR2 (「醯胺酸根(amidate)」)、P(O)R、P(O)OR'、CO或CH2 (「甲縮醛」)置換之實施例，其中各R或R'獨立地為H或視情況含有醚(-O-)鍵聯之經取代或未經取代之烷基(1-20個C)、芳基、烯基、環烷基、環烯基或芳烷基。並非多核苷酸中之所有鍵聯皆需要相同。多核苷酸可含有一或多種如本文所述之不同類型之修飾及/或多種相同類型之修飾。前述闡述適用於本文所提及之所有多核苷酸(包括RNA及DNA)。
本文所用之「寡核苷酸」通常係指長度通常但不一定小於約250個核苷酸之短單鏈多核苷酸。寡核苷酸可為合成的。術語「寡核苷酸」及「多核苷酸」不相互排斥。多核苷酸之上文闡述同樣且完全適用於寡核苷酸。
術語「引子」係指能夠與核酸雜交並允許互補核酸聚合之單鏈多核苷酸，通常藉由提供游離3'-OH基團進行。
術語「小分子」係指分子量為約2000道爾頓(dalton)或更小、較佳約500道爾頓或更小之任何分子。
術語「宿主細胞」、「宿主細胞系」及「宿主細胞培養物」可互換使用且係指已引入外源核酸之細胞，包括該等細胞之後代。宿主細胞包括「轉變異體」及「轉變細胞」，其包括原代轉變細胞及源自其之後代，而不考慮傳代次數。後代之核酸含量可能與親代細胞不完全相同，但可能含有突變。具有與在最初轉變之細胞中篩選或選擇的相同的功能或生物活性之突變後代包括在本文中。
如本文所用術語「載體」係指能夠使與其連接之另一核酸增殖之核酸分子。該術語包括呈自我複製核酸結構之載體，以及納入其已引入之宿主細胞之基因體中之載體。某些載體能夠引導其可操作地連接之核酸之表現。該等載體在本文中稱作「表現載體」。
「經分離」核酸係指已與其天然環境之組分分離之核酸分子。經分離核酸包括包含在通常含有核酸分子之細胞中之核酸分子，但該核酸分子存在於染色體外或不同於其天然染色體位置之染色體位置。
本文之術語「抗體」係以最廣泛意義使用，且涵蓋各種抗體結構，包括(但不限於)單株抗體、多株抗體、多特異性抗體(例如雙特異性抗體)及抗體片段，只要其展現期望之抗原結合活性即可。
「經分離」抗體係已自其天然環境之組分鑑別及分離及/或回收之抗體。其天然環境之污染物成分係會干擾抗體之研究、診斷及/或治療用途之物質，且可能包括酶、激素及其他蛋白質或非蛋白質溶質。在一些實施例中，抗體經純化(1)至大於95重量%之抗體，如藉由(例如) Lowry方法所測定，且在一些實施例中，純化至大於99重量%；(2)達到足以獲得至少15個N末端或內部胺基酸序列殘基之程度，藉由使用(例如)旋杯式測序儀測定；或(3)達到均質性，藉由SDS-PAGE在還原或非還原條件下使用(例如)考馬斯藍(Coomassie blue)或銀染測定。經分離抗體包括重組細胞內之原位抗體，因為抗體天然環境之至少一種組分將不存在。然而，通常，經分離抗體將藉由至少一個純化步驟來製備。
「天然抗體」通常係約150,000道爾頓之異四聚醣蛋白，其由兩條相同的輕(L)鏈及兩條相同的重(H)鏈組成。每一輕鏈藉由一個共價二硫鍵連接至重鏈，而在不同免疫球蛋白同種型之重鏈之間二硫鍵之數量不同。每一重鏈及輕鏈亦具有規則間隔之鏈內二硫橋。每一重鏈之一端具有一個可變結構域(VH)，隨後為許多恆定結構域。每一輕鏈在一端具有可變結構域(VL)且在其另一端具有恆定結構域；輕鏈之恆定結構域與重鏈之第一恆定結構域對齊，且輕鏈可變結構域與重鏈之可變結構域對齊。據信特定胺基酸殘基在輕鏈與重鏈可變結構域之間形成界面。
來自任何哺乳動物物種之抗體(免疫球蛋白)之「輕鏈」基於其恆定結構域之胺基酸序列可分配至兩種明顯不同的類型(稱為喀帕(「κ」)及拉姆達(「λ」))之一。
術語「恆定結構域」係指免疫球蛋白分子中相對於免疫球蛋白之另一部分(即含有抗原結合位點之可變結構域)具有更保守的胺基酸序列之部分。恆定結構域含有重鏈之CH1、CH2及CH3結構域(統稱CH )及輕鏈之CHL (或CL)結構域。
抗體之「可變區」或「可變結構域」係指抗體重鏈或輕鏈之胺基末端結構域。重鏈之可變結構域可稱作「VH」。輕鏈之可變結構域可稱作「VL」。該等結構域通常為抗體之最可變部分且含有抗原結合位點。
術語「可變」係指可變結構域之某些部分在抗體之間在序列上大為不同，並且用於每一特定抗體對其特定抗原之結合及特異性中。然而，該可變性並不遍及抗體之可變結構域均勻地分佈。其集中在輕鏈及重鏈可變結構域中稱為高度變異區(HVR)之三個片段中。可變結構域之保守程度較高之部分稱為構架區(FR)。天然重鏈及輕鏈之可變結構域各自包含四個FR區，其主要採用β薄片構形，由三個HVR連接，其形成連接β薄片結構之環，且在一些情況下形成β薄片結構之一部分。每一鏈中之HVR係藉由FR區緊密地結合在一起，且與來自另一鏈之HVR一起有助於形成抗體之抗原結合位點(參見Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest ，第五版，National Institute of Health, Bethesda, Md. (1991))。恆定結構域不直接參與抗體與抗原之結合，但展現各種效應子功能，例如抗體參與抗體依賴性細胞毒性。
本文所用術語「高度變異區」、「HVR」或「HV」係指抗體可變結構域中序列超變及/或形成結構上限定之環之區。一般而言，抗體包含六個HVR；三個在VH中(H1、H2、H3)，且三個在VL中(L1、L2、L3)。在天然抗體中，H3及L3在六種HVR中展示最多樣性，且據信特別是H3在賦予抗體精細特異性方面發揮著獨特作用。例如參見Xu等人，Immunity 13:37-45 (2000)；Johnson及Wu，Methods in Molecular Biology 248:1-25 (Lo編輯, Human Press, Totowa, N.J., 2003)。實際上，僅由重鏈組成之天然存在之駱駝科動物抗體在不存在輕鏈下係功能性且穩定的。例如參見Hamers-Casterman等人，Nature 363:446-448 (1993)；Sheriff等人，Nature Struct. Biol. 3:733-736 (1996)。
許多HVR描述正在使用中，且涵蓋在本文中。Kabat互補決定區(CDR)係基於序列變異性且係最常用的(Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest , 第5版，Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991))。而Chothia係指結構環之位置(Chothia及LeskJ. Mol. Biol. 196:901-917 (1987))。AbM HVR代表Kabat HVR與Chothia結構環之間之折衷，且為Oxford Molecular之AbM抗體建模軟體所使用。「接觸」HVR係基於對可用複雜晶體結構之分析。該等HVR中每一者之殘基係如下文所述。環 Kabat AbM Chothia 接觸 L1 L24-L34 L24-L34 L26-L32 L30-L36 L2 L50-L56 L50-L56 L50-L52 L46-L55 L3 L89-L97 L89-L97 L91-L96 L89-L96 H1 H31-H35b H26-H35b H26-H32 H30-H35b (Kabat編號) H1 H31-H35 H26-H35 H26-H32 H30-H35 (Chothia編號) H2 H50-H65 H50-H58 H53-H55 H47-H58 H3 H95-H102 H95-H102 H96-H101 H93-H101
HVR可包含如下「擴展HVR」：VL中之24-36或24-34 (L1)、46-56或50-56 (L2)及89-97或89-96 (L3)以及VH中之26-35 (H1)、50-65或49-65 (H2)及93-102、94-102或95-102 (H3)。對於該等定義中之每一者，可變結構域殘基係根據Kabat等人(參見上文)來編號。
「構架」或「FR」殘基係除如本文定義之HVR殘基以外之彼等可變結構域殘基。
術語「如Kabat中之可變結構域殘基編號」或「如Kabat中之胺基酸位置編號」及其變化形式係指用於Kabat等人(參見上文)之抗體編譯之重鏈可變結構域或輕鏈可變結構域之編號系統。使用此編號系統，實際線性胺基酸序列可含有更少或額外之胺基酸(對應於可變結構域之FR或HVR之縮短或插入)。例如，重鏈可變結構域可包括在H2殘基52之後之單一胺基酸插頁(殘基52a，根據Kabat)及重鏈FR殘基82之後插入之殘基(例如，殘基82a、82b及82c等，根據Kabat)。給定抗體之殘基之Kabat編號可藉由在抗體序列之同源性區與「標準」Kabat編號序列比對來確定。
在提及可變結構域中之殘基(約輕鏈之殘基1-107及重鏈之殘基1-113)時通常使用Kabat編號系統(例如Kabat等人，Sequences of Immunological Interest .第5版Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991))。在提及免疫球蛋白重鏈恆定區中之殘基時通常使用「EU編號系統」或「EU索引」(例如Kabat等人(參見上文)報導之EU索引)。「Kabat中之EU索引」係指人類IgG1 EU抗體之殘基編號。
術語「全長抗體」、「完整抗體」及「整個抗體」在本文中可互換使用，其係指基本完整形式之抗體，而非如下文所定義之抗體片段。該等術語特別係指具有含有Fc區之重鏈之抗體。
「抗體片段」包含完整抗體之一部分，較佳包含其抗原結合區。在一些實施例中，本文闡述之抗體片段係抗原結合片段。抗體片段之實例包括Fab、Fab'、F(ab')2 及Fv片段；雙價抗體；線性抗體；單鏈抗體分子；及由抗體片段形成之多特異性抗體。
木瓜蛋白酶消化抗體產生兩個相同的抗原結合片段(稱為「Fab」片段，每一片段具有單一抗原結合位點)及殘留「Fc」片段(其名稱反映其易於結晶之能力)。胃蛋白酶處理產生F(ab’)2 片段，該片段具有兩個抗原結合位點，並且仍然能夠交聯抗原。「Fv」係含有完整抗原結合位點之最小抗體片段。在一個實施例中，雙鏈Fv物質由緊密、非共價締合之一個重鏈及一個輕鏈可變結構域之二聚體組成。在單鏈Fv (scFv)物質中，一個重鏈及一個輕鏈可變結構域可藉由撓性肽連接體共價連接，使得輕鏈及重鏈可以類似於雙鏈Fv物質之「二聚體」結構締合。在此構形中，每一可變結構域之三個HVR相互作用以在VH-VL二聚體之表面上限定抗原結合位點。總之，該六個HVR賦予抗體抗原結合特異性。然而，即使單一可變結構域(或僅包含三個特異於抗原之HVR之Fv之一半)亦具有識別及結合抗原之能力，但其親和力低於整個結合位點。
Fab片段含有重鏈及輕鏈可變結構域，且亦含有輕鏈之恆定結構域及重鏈之第一恆定結構域(CH1)。Fab'片段與Fab片段之不同之處在於在重鏈CH1結構域之羧基末端添加了一些殘基(包括來自抗體鉸鏈區之一或多個半胱胺酸)。Fab'-SH係本文中Fab'之名稱，其中恆定結構域之半胱胺酸殘基帶有游離硫醇基。F(ab')2 抗體片段最初係作為Fab'片段對產生，該等對之間具有鉸鏈半胱胺酸。抗體片段之其他化學偶聯亦為人已知。
「單鏈Fv」或「scFv」抗體片段包含抗體之VH及VL結構域，其中該等結構域存在於單一多肽鏈中。一般而言，scFv多肽進一步包含VH結構域與VL結構域之間之多肽連接體，該多肽連接體使得scFv能夠形成抗原結合所期望之結構。關於scFv之綜述，例如參見Pluckthün,The Pharmacology of Monoclonal Antibodies , 第113卷, Rosenburg及Moore編輯(Springer-Verlag, New York, 1994), 第269-315頁。
術語「雙價抗體」係指具有兩個抗原結合位點之抗體片段，該片段包含連接至同一多肽鏈中輕鏈可變結構域(VL)之重鏈可變結構域(VH) (VH-VL)。藉由使用太短而不能在同一鏈上之兩個結構域之間配對之連接體，強迫該等結構域與另一鏈之互補結構域配對並產生兩個抗原結合位點。雙價抗體可為二價的或雙特異性的。雙價抗體更全面地闡述於例如以下之文獻中：EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等人，Nat. Med. 9:129-134 (2003)；及Hollinger等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)。三價抗體及四價抗體亦闡述於Hudson等人，Nat. Med. 9:129-134 (2003)中。
抗體之「類別」係指其重鏈擁有之恆定結構域或恆定區之類型。存在五大類抗體：IgA、IgD、IgE、IgG及IgM，且該等中之若干個可進一步分成亞類(同種型)，例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2。對應於不同類別抗體之重鏈恆定區分別稱為α、δ、ɛ、γ及µ。
本文所用術語「單株抗體」係指自基本上均質之抗體群體獲得之抗體，例如除了可能少量存在之可能突變(例如天然突變)以外，組成該群體之個別抗體係相同的。因此，修飾詞「單株」指示抗體之特徵不為離散抗體之混合物。在某些實施例中，此一單株抗體通常包括包含結合靶標之多肽序列之抗體，其中靶標結合多肽序列係藉由包括自複數個多肽序列選擇單一靶標結合多肽序列之製程獲得。例如，選擇過程可為自複數種群落(例如一組雜交瘤群落、噬菌體群落或重組DNA群落)選擇獨特群落。應理解，可進一步改變所選靶標結合序列，以(例如)改良對靶標之親和力，以使靶標結合序列人類化，以改良其在細胞培養物中之產量，以降低其活體內免疫原性，以產生多特異性抗體等，且包含改變之靶標結合序列之抗體亦係本發明之單株抗體。與通常包括針對不同決定子(表位)之不同抗體之多株抗體調配物相反，單株抗體調配物之每一單株抗體針對抗原上之單一決定子。單株抗體調配物除其特異性以外，其優點在於其通常不會被其他免疫球蛋白污染。
修飾詞「單株」指示自基本上均質之抗體群體獲得之抗體之特徵，且不應解釋為需要藉由任何特定方法產生抗體。例如，根據本發明使用之單株抗體可藉由多種技術來製備，該等技術包括(例如)雜交瘤法(例如Kohler及Milstein，Nature 256:495-97 (1975)；Hongo等人，Hybridoma 14 (3): 253-260 (1995)，Harlow等人，Antibodies: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 第2版，1988)；Hammerling等人，Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563-681 (Elsevier, N.Y., 1981))、重組DNA方法(例如參見美國專利第4,816,567號)、噬菌體展示技術(例如參見Clackson等人，Nature , 352: 624-628 (1991)；Marks等人，J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992)；Sidhu等人，J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)；Lee等人，J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004)；Fellouse,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)；及Lee等人，J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132 (2004))，以及在具有編碼人類免疫球蛋白序列之人類免疫球蛋白基因座或基因之一部分或全部之動物中產生人類或人類樣抗體之技術(例如參見WO 1998/24893；WO 1996/34096；WO 1996/33735；WO 1991/10741；Jakobovits等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551 (1993)；Jakobovits等人，Nature 362: 255-258 (1993)；Bruggemann等人，Year in Immunol. 7:33 (1993)；美國專利第5,545,807號；第5,545,806號；第5,569,825號；第5,625,126號；第5,633,425號；及第5,661,016號；Marks等人，Bio/Technology 10: 779-783 (1992)；Lonberg等人，Nature 368: 856-859 (1994)；Morrison,Nature 368: 812-813 (1994)；Fishwild等人，Nature Biotechnol. 14: 845-851 (1996)；Neuberger,Nature Biotechnol. 14: 826 (1996)；及Lonberg等人，Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93 (1995))。
本文中之單株抗體特定地包括「嵌合」抗體，其中重鏈及/或輕鏈之一部分與源自特定物種或屬於特定抗體類別或亞類之抗體中之相應序列相同或同源，而該等鏈之其餘部分與源自另一物種或屬於另一抗體類別或亞類之抗體中之相應序列相同或同源；以及該等抗體之片段，只要該等片段展現期望之生物活性即可(例如參見美國專利第4,816,567號；及Morrison等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855 (1984))。嵌合抗體包括PRIMATIZED®抗體，其中抗體之抗原結合區源自藉由(例如)用感興趣之抗原免疫獼猴而產生之抗體。
「人類抗體」係一種具有對應於由人類或人類細胞產生或源自利用人類抗體譜或其他人類抗體編碼序列之非人類來源之抗體之胺基酸序列之胺基酸序列的抗體。人類抗體之此定義特定地排除了包含非人抗原結合殘基之人類化抗體。
「人類化」抗體係指包含來自非人類HVR之胺基酸殘基及來自人類構架區(FR)之胺基酸殘基之嵌合抗體。在某些實施例中，人類化抗體將包含基本上所有的至少一個且通常兩個可變結構域，其中所有或基本上所有的HVR (例如CDR)皆對應於非人類抗體之彼等，並且所有或基本上所有的FR皆對應於人類抗體之彼等。人類化抗體視情況可包含源自人類抗體之抗體恆定區之至少一部分。抗體(例如非人類抗體)之「人類化形式」係指已經歷人類化之抗體。
術語「抗PD-L1抗體」及「結合至PD-L1之抗體」係指能夠以足夠的親和力結合PD-L1使得抗體可用作靶向PD-L1之診斷及/或治療劑之抗體。在一個實施例中，抗PD-L1抗體與不相關的非PD-L1蛋白之結合程度小於(例如)藉由放射免疫分析(RIA)量測之抗體與PD-L1之結合之約10%。在某些實施例中，抗PD-L1抗體結合至在不同物種之PD-L1中保守之PD-L1表位。
術語「抗PD-1抗體」及「結合至PD-1之抗體」係指能夠以足夠的親和力結合PD-1使得抗體可用作靶向PD-1之診斷及/或治療劑之抗體。在一個實施例中，抗PD-1抗體與不相關的非PD-1蛋白之結合程度小於如藉由(例如)放射免疫分析(RIA)量測之抗體與PD-1之結合之約10%。在某些實施例中，抗PD-1抗體結合至在不同物種之PD-1中保守之PD-1表位。
「阻斷」抗體或「拮抗劑」抗體係抑制或降低其結合之抗原之生物活性之抗體。較佳阻斷抗體或拮抗劑抗體基本上或完全抑制抗原之生物活性。
「親和力」係指分子(例如抗體)之單一結合位點與其結合搭配物(例如抗原)之間非共價相互作用之總和之強度。除非另有指示，否則本文所用「結合親和力」係指反映結合對成員(例如抗體及抗原)之間1:1相互作用之固有結合親和力。分子X與其搭配物Y之親和力通常可用解離常數(Kd)表示。親和力可藉由業內已知之常見方法(包括本文所述之彼等方法)來量測。下文闡述了用於量測結合親和力之特定說明性及例示性實施例。
如本文所用術語「結合」、「特異性結合至」或「特異於」係指可量測及可重現之相互作用，例如靶標與抗體之間之結合，此決定了在包括生物分子在內之異質分子群體存在下靶標之存在。例如，結合至或特異性結合至靶標(其可為表位)之抗體係以較其結合其他靶標更大之親和力、親和力、更容易及/或更長之持續時間結合此靶標之抗體。在一個實施例中，抗體與不相關靶標之結合程度小於如藉由(例如)放射免疫分析(RIA)量測之抗體與靶標之結合之約10%。在某些實施例中，特異性結合至靶標之抗體之解離常數(Kd) ≤ 1μM、≤ 100 nM、≤ 10 nM、≤ 1 nM或≤ 0.1 nM。在某些實施例中，抗體特異性結合至在不同物種之蛋白質中保守之蛋白質上表位。在另一實施例中，特異結合可包括但不需要排他性結合。
「親和力成熟」抗體係指在一或多個高度變異區(HVR)中具有一或多個改變之抗體，與不具有該等改變之親代抗體相比，該等改變使得抗體對抗原之親和力改良。
「結合至與參考抗體相同之表位之抗體」係指在競爭分析中將參考抗體與其抗原之結合阻斷50%或更多之抗體，且相反，參考抗體在競爭分析中將抗體與其抗原之結合阻斷50%或更多。
「免疫偶聯物」係與一或多種異源分子(包括(但不限於)細胞毒性劑)偶聯之抗體。
如本文所用術語「免疫黏附素」指將異源蛋白(「黏附素」)之結合特異性與免疫球蛋白恆定結構域之效應子功能組合之抗體樣分子。在結構上，免疫黏附素包含不同於抗體之抗原識別及結合位點(亦即「異源」)之具有期望結合特異性之胺基酸序列及免疫球蛋白恆定結構域序列之融合物。免疫黏附素分子之黏附素部分通常係至少包含受體或配體之結合位點之鄰接胺基酸序列。免疫黏附素中之免疫球蛋白恆定結構域序列可自任何免疫球蛋白(例如IgG1、IgG2 (包括IgG2A及IgG2B)、IgG3或IgG4亞型、IgA (包括IgA1及IgA2)、IgE、IgD或IgM)獲得。Ig融合物較佳包括用本文所述多肽或抗體之結構域取代Ig分子內之至少一個可變區。在一個尤佳實施例中，免疫球蛋白融合包括鉸鏈、CH2及CH3，或IgG1分子之鉸鏈、CH1、CH2及CH3區。對於免疫球蛋白融合物之產生，亦參見美國專利第5,428,130號。例如，可用作可用於本文療法之藥劑之免疫黏附素包括多肽，該等多肽包含PD-L1或PD-L2之細胞外結構域(ECD)或PD-1結合部分，或PD-1之細胞外或PD-L1或PD-L2結合部分，其分別融合至免疫球蛋白序列之恆定結構域，例如PD-L1 ECD-Fc、PD-L2 ECD-Fc及PD-1 ECD-Fc。細胞表面受體之Ig Fc及ECD免疫黏附素組合有時稱為可溶性受體。
「融合蛋白」及「融合多肽」係指具有兩個共價連接在一起之部分之多肽，其中每一部分係具有不同性質之多肽。該性質可為生物性質，例如活體外或活體內活性。該性質亦可為簡單的化學或物理性質，例如結合至靶標分子、反應之催化及諸如此類。該兩個部分可藉由單一肽鍵或藉助肽連接體直接連接，但彼此一起在閱讀框中。
相對於本文所鑑別之多肽序列之「胺基酸序列一致性百分比(%)」定義為在比對序列並引入空位(若需要，為達成最大序列一致性百分比)並且不考慮任何保守取代作為序列一致性之一部分之後，候選者序列中與所比較多肽中之胺基酸殘基相同之胺基酸殘基之百分比。出於確定胺基酸序列一致性百分比之目的之比對可以熟悉此項技術者習知之各種方式來達成，例如，使用可公開獲得之電腦軟體，例如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign (DNASTAR)軟體。熟悉此項技術者可確定用於量測比對之適當參數，包括在所比較序列全長上達成最大比對所需之任何算法。然而，出於本文之目的，使用序列比較電腦程式ALIGN-2生成胺基酸序列一致性%值。ALIGN-2序列比較電腦程式係由Genentech, Inc.創作的，且源代碼已與使用者文檔一起檔案在美國著作權局，Washington D.C., 20559中，其中該源代碼係以美國著作權註冊號TXU510087註冊。ALIGN-2程式可藉助Genentech, Inc., South San Francisco, California公開獲得。ALIGN-2程序應經編譯用於UNIX操作系統，較佳數位UNIX V4.0D。所有序列比較參數皆藉由ALIGN-2程式設置且不發生變化。
在ALIGN-2用於胺基酸序列比較之情況下，給定胺基酸序列A對、與或針對給定胺基酸序列B (其或者可表述為具有或包含某一胺基酸序列一致性%之給定胺基酸序列A對、與或針對給定胺基酸序列B)之胺基酸序列一致性百分比係如下來計算： 100 × 分數X/Y
其中X係藉由序列比對程式ALIGN-2在該程序之A及B比對中評分為相同匹配之胺基酸殘基之數量，且其中Y係B中胺基酸殘基之總數。應瞭解，倘若胺基酸序列A之長度不等於胺基酸序列B之長度，則A對B之胺基酸序列一致性%將不等於B對A之胺基酸序列一致性%。除非另有特別說明，否則本文所使用之所有胺基酸序列一致性%值皆係如前面剛剛闡述之段落所述使用ALIGN-2電腦程式獲得的。
術語「偵測」包括任何偵測手段，包括直接及間接偵測。
如本文所用術語「生物標記物」係指可在試樣中偵測到之指示物(例如預測性、診斷性及/或預後)，例如bTMB評分、tTMB評分或PD-L1。生物標記物可用作疾病或病症(例如癌症)之特定亞型之指示物，其特徵在於某些分子、病理學、組織學及/或臨床特性(例如對包括PD-L1軸結合拮抗劑之療法之反應性)。在一些實施例中，生物標記物係基因體合或基因體合中總體數量之突變/改變(例如，體細胞突變)。生物標記物包括(但不限於)多核苷酸(例如DNA及/或RNA)、多核苷酸改變(例如多核苷酸拷貝數改變，例如DNA拷貝數改變)、多肽、多肽及多核苷酸修飾(例如轉譯後修飾)、碳水化合物及/或基於醣脂之分子標記物。
與對個體之臨床益處增加相關之體細胞突變之「量」或「數量」係生物試樣中之可偵測水準。該等可藉由熟悉此項技術者已知之方法來量測且亦可在本文揭示。所評價之體細胞突變之量可用於確定對治療之反應。
如本文所用「擴增」通常係指產生期望序列之多個拷貝之過程。「多個拷貝」意指至少兩個拷貝。「拷貝」不一定意味著與模板序列具有完全序列互補性或一致性。例如，拷貝可包括核苷酸類似物(例如去氧肌苷)、有意之序列改變(例如藉助包含可與模板雜交但不互補之序列之引子引入之序列改變)及/或擴增期間出現之序列誤差。
如本文所用「聚合酶鏈式反應」或「PCR」技術通常係指其中微量之特定核酸片段(RNA及/或DNA)經擴增之程序，如例如美國專利第4,683,195號中所述。一般而言，需要獲得來自感興趣區末端或以外之序列資訊，從而可設計寡核苷酸引子；該等引子在序列上與欲擴增模板之相對鏈相同或類似。兩個引子之5’末端核苷酸可與擴增材料之末端重合。PCR可用於擴增特定RNA序列、來自總基因體DNA之特定DNA序列以及自總細胞RNA、噬菌體或質體序列轉錄之cDNA等。通常參見Mullis等人，Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51:263 (1987)及Erlich編輯，PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989)。如本文所用，認為PCR係用於擴增核酸測試試樣之核酸聚合酶反應方法之一個實例，但並非唯一的實例，其包含使用已知核酸(DNA或RNA)作為引子及利用核酸聚合酶來擴增或生成特定核酸片段或擴增或生成與具體核酸互補之特定核酸片段。
術語「診斷」在本文中用於指分子或病理狀態、疾病或病狀(例如癌症)之鑑別或分類。例如，「診斷」可指特定癌症類型之鑑定。「診斷」亦可指特定癌症亞型之分類，例如藉由組織病理學標準，或藉由分子特性(例如，以一種生物標記物或生物標記物之組合(例如，特定基因或由該等基因編碼之蛋白質)之表現為特徵之亞型)。
術語「輔助診斷」在本文中用於指輔助對疾病或病症(例如癌症)之症狀或病狀之特定類型之存在或性質作出臨床確定的方法。例如，輔助診斷疾病或病症(例如癌症)之方法可包含量測來自個體之生物試樣中之某些體細胞突變。
如本文所用術語「試樣」係指獲自或源自感興趣之個體(subject)及/或個體(individual)之組合物，該組合物含有細胞及/或其他分子實體，該細胞及/或其他分子實體係基於(例如)物理、生物化學、化學及/或生理特徵來表徵及/或鑑別。例如，片語「疾病試樣」及其變化形式係指自感興趣之個體獲得之預計或已知可能含有欲表徵之細胞及/或分子實體之任一試樣。試樣包括(但不限於)組織試樣、原代或培養之細胞或細胞系、細胞上清液、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、玻璃體液、淋巴液、滑液、卵泡液、精液、羊水、奶水、全血、血漿、血清、血液源性細胞、尿液、腦脊髓液、唾液、痰、淚液、汗液、黏液、腫瘤溶解物及組織培養基、組織提取物(例如均質化組織)、腫瘤組織、細胞提取物及其組合。在一些情況下，試樣係全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合。
如本文所用「腫瘤細胞」係指存在於腫瘤或其試樣中之任一腫瘤細胞。使用業內已知及/或本文闡述之方法，可將腫瘤細胞與可能存在於腫瘤試樣中之其他細胞(例如基質細胞及腫瘤浸潤免疫細胞)區分開。
如本文所用「參考試樣」、「參考細胞」、「參考組織」、「對照試樣」、「對照細胞」或「對照組織」係指用於比較目的之試樣、細胞、組織、標準或水準。
「相關(correlate或correlating)」意指以任一方式將第一分析或方案之性能及/或結果與第二分析或方案之性能及/或結果進行比較。例如，可在實施第二方案時使用第一分析或方案之結果，及/或可使用第一分析或方案之結果來確定是否應實施第二分析或方案。就多肽分析或方案之實施例而言，可使用多肽表現分析或方案之結果來確定是否應實施特定的治療方案。就多核苷酸分析或方案之實施例而言，可使用多核苷酸表現分析或方案之結果來確定是否應實施特定的治療方案。
「個體反應」或「反應」可使用指示對個體之益處之任一終點來評估，包括(但不限於)：(1)在一定程度上抑制疾病進展(例如癌症進展)，包括減慢或完全阻止；(2)腫瘤大小減小；(3)抑制(亦即，減少、減慢或完全停止)癌細胞浸潤至毗鄰外周器官及/或組織中；(4)抑制(亦即減少、減慢或完全停止)轉移；(5)在一定程度上緩解與疾病或病症(例如癌症)相關之一或多種症狀；(6)增加或延長存活之時間，包括總體存活及無進展存活；及/或(7)治療後給定時間點死亡率降低。
患者之「有效反應」或患者對藥劑治療之「反應」以及類似措辭係指給予具有疾病或病症(例如癌症)風險或罹患疾病或病症之患者之臨床或治療益處。在一個實施例中，該益處包括以下中之任一或多者：延長存活(包括總體存活及/或無進展存活)；引起客觀反應(包括完全反應或部分反應)；或改良癌症之體征或症狀。
在一些實施例中，使用利用本文所揭示之方法測定之等於或高於參考bTMB評分(例如，介於約4與約30之間之參考bTMB評分，例如，約4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30之參考bTMB評分)之bTMB評分，來鑑別預測對利用藥劑之治療(例如，包含PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體)之治療)有反應之可能性增加的患者。在一些實施例中，使用利用本文所揭示之方法測定的小於參考bTMB評分(例如，介於約4與約30之間之參考bTMB評分，例如，約4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30之參考bTMB評分))之bTMB評分，來鑑別預測對利用不同於PD-L1軸結合拮抗劑或除其以外之抗癌療法之治療有反應之可能性增加的患者。在一些情況下，自個體之試樣測定之bTMB評分在約8至約100之間(例如，8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100)。
一般而言，bTMB評分(例如，參考bTMB評分)與所測序基因體區之大小線性相關。上文之實例數值係指藉由使用(例如) FOUNDATIONONE®面板對約1.1 Mb進行測序獲得之bTMB評分。當對X倍以上鹼基進行測序時試樣之bTMB評分預計會高出約X倍。在一些實施例中，正規化之bTMB值可藉由將所計數之體細胞變異(例如突變)之數量除以測序鹼基之數量來計算，例如，每百萬鹼基計數之體細胞變異(例如突變)之數量。因此，任何前述bTMB評分或參考bTMB評分可為等效bTMB值，例如，藉由全外顯子體測序測定之等效bTMB值。在一些情況下，bTMB評分(例如，參考bTMB評分)可在約400至約1500之間(例如，bTMB評分為約400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200、1300、1400或1500)，例如，在基於全外顯子體之分析中。
在一些實施例中，使用利用本文所揭示之方法測定之bTMB評分及MSAF之組合來鑑別預測對利用藥劑之治療(例如，包含PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體)之治療)有反應之可能性增加之患者。在一些實施例中，使用利用本文所揭示之方法測定之bTMB評分及MSAF之組合來鑑別預測對利用不同於PD-L1軸結合拮抗劑或除其以外之抗癌療法之治療有反應之可能性增加的患者。
「客觀反應」係指可量測之反應，包括完全反應(CR)或部分反應(PR)。在一些實施例中，「客觀反應率(ORR)」係指完全反應(CR)率及部分反應(PR)率之總和。
「完全反應」或「CR」係指因應治療所有癌症體征皆消失(例如所有靶標病灶皆消失)。此並不總是意味著癌症已經治癒。
「持續反應」係指停止治療後對減少腫瘤生長之持續效應。例如，腫瘤大小可為與藥劑投與階段開始時之大小相比相同或更小之大小。在一些實施例中，持續反應之持續時間至少與治療持續時間相同，為治療持續時間之至少1.5倍、2.0倍、2.5倍或3.0倍，或更長。
如本文所用，「減少或抑制癌症復發」意指減少或抑制腫瘤或癌症復發或腫瘤或癌症進展。如本文所揭示，癌症復發及/或癌症進展包括(但不限於)癌症轉移。
如本文所用，「部分反應」或「PR」係指因應治療，一或多個腫瘤或病灶之大小減小，或體內癌症之程度減小。例如，在一些實施例中，PR係指以基線SLD為參考，靶標病灶之最長直徑總和(SLD)至少減少30%。
如本文所用，「穩定疾病」或「SD」係指以自治療開始以來最小的SLD作為參考，既沒有足以符合PR之靶標病灶縮小，亦沒有足以符合PD之增加。
如本文所用，「進展性疾病」或「PD」係指以自治療開始以來記錄之最小SLD作為參考，靶標病灶之SLD增加至少20%，或出現一或多個新的病灶。
術語「存活」係指患者仍活著，且包括總體存活以及無進展存活。
如本文所用，「無進展存活」或「PFS」係指治療期間及治療之後，期間所治療疾病(例如癌症)不惡化之時長。無進展存活可包括患者已經歷完全反應或部分反應之時間，以及患者已經歷穩定疾病之時間。
如本文所用，「總體存活」或「OS」係指群組中在特定持續時間之後可能活著之個體之百分比。
「延長存活」意指相對於未治療之患者(亦即相對於未用藥劑治療之患者)，或相對於沒有指定水準之體細胞突變之患者，及/或相對於用抗瘤劑治療之患者，增加經治療患者之總體或無進展存活。
如本文所用術語「基本相同」表示兩個數值間之相似度足夠高，使得熟悉此項技術者將認為該兩個數值間之差異在由該等數值量測之生物特徵(例如，Kd值或突變水準)之情況內具有極小或沒有生物及/或統計顯著性。該兩個值之間之差異(例如)小於約50%、小於約40%、小於約30%、小於約20%及/或小於約10%，其隨參考/比較劑值變化。
如本文所用片語「基本不同」表示兩個數值間係差異程度足夠高，使得熟悉此項技術者將認為該兩個數值間之差異在由該等數值量測之生物特徵(例如，Kd值或突變水準)之情況內具有統計顯著性。該兩個值之間之差異例如大於約10%、大於約20%、大於約30%、大於約40%及/或大於約50%，其隨參考/比較劑分子之值變化。
詞語「標記」在本文使用時係指與諸如多核苷酸探針或抗體等試劑直接或間接偶聯或融合且有利於偵測其所偶聯或融合之試劑之化合物或組合物。標記本身可能係可偵測的(例如放射性同位素標記或螢光標記)，或在酶標記之情形下，可催化可偵測之受質化合物或組合物之化學變化。該術語意欲涵蓋藉由將可偵測物質偶聯(亦即物理連接)至探針或抗體來直接標記探針或抗體，以及藉由與直接標記之另一試劑之反應性來間接標記探針或抗體。間接標記之實例包括使用螢光標記之二級抗體偵測一級抗體，以及用生物素對DNA探針進行末端標記，從而可用螢光標記之鏈黴親和素(streptavidin)對該DNA探針進行偵測。
「有效量」係指用來治療或預防哺乳動物之疾病或病症之治療劑之量。在癌症之情形下，治療有效量之治療劑可減少癌細胞之數量；減小原發性腫瘤之大小；抑制(亦即，在一定程度上減慢且較佳停止)癌細胞浸潤至外周器官中；抑制(亦即，在一定程度上減慢且較佳停止)腫瘤轉移；在一定程度上抑制腫瘤生長；及/或在一定程度上緩解與病症相關之一或多種症狀。就藥物可能阻止生長及/或殺死現有癌細胞之程度而言，其可能具有細胞生長抑制性及/或細胞毒性。對於癌症療法，活體內功效可藉由(例如)評估存活持續時間、疾病進展時間(TTP)、反應率(例如CR及PR)、反應持續時間及/或生活品質來量測。
「病症」係可受益於治療之任何病狀，包括(但不限於)慢性及急性病症或疾病，包括使哺乳動物易患所述病症之彼等病理病狀。
術語「癌症」及「癌性」係指或闡述哺乳動物中通常以不受調節之細胞生長為特徵之生理學病狀。此定義包括良性及惡性癌症。「早期癌症」或「早期腫瘤」意指為非侵襲性或轉移性或被分類為0期、1期或2期癌症之癌症。癌症之實例包括(但不限於)肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞癌、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤。該等癌症之更具體實例包含包括NSCLC之肺癌、鱗狀細胞癌(例如上皮鱗狀細胞癌)、包括小細胞肺癌(SCLC)之肺癌及肺腺癌及肺鱗狀癌。在具體實例中，肺癌係NSCLC，例如局部晚期或轉移性NSCLC (例如，IIIB期NSCLC、IV期NSCLC或復發性NSCLC)。在一些實施例中，肺癌(例如，NSCLC)係不可切除/不可手術之肺癌(例如，不可切除之NSCLC)。在一些實施例中，癌症係三陰性轉移性乳癌，包括任何組織學上證實之具有局部復發或轉移性疾病之三陰性(ER-、PR-、HER2-)乳腺癌(其中局部復發之疾病不適合治療性切除)。
本文所用術語「腫瘤」係指所有贅瘤細胞生長及增殖(無論惡性抑或良性)以及所有癌前及癌性細胞及組織。術語「癌症」、「癌性」及「腫瘤」在本文提及時並不相互排斥。
術語「醫藥調配物」係指如下製劑：其形式允許其中所含活性成分之生物活性有效，且不含對可投與該調配物之個體具有不可接受之毒性之額外組分。
「醫藥學上可接受之載劑」係指醫藥調配物中除活性成分以外之對個體無毒之成分。醫藥學上可接受之載劑包括(但不限於)緩衝劑、賦形劑、穩定劑或防腐劑。
如本文所用，「治療(treatment)」(及其語法變異體，例如「治療(treat或treating)」係指嘗試改變所治療個體之自然病程之臨床介入，並且可針對預防或在臨床病理學過程期間實施。合意之治療效應包括(但不限於)預防疾病之發生或復發、緩解症狀、減輕疾病之任何直接或間接病理後果、預防轉移、降低疾病進展速率、改善或緩和疾病狀態以及緩解或改良預後。在一些實施例中，使用抗體(例如，抗PD-L1抗體及/或抗PD-1抗體)來延遲疾病之發展或減緩疾病之進展。
術語「抗癌療法」係指可用於治療癌症之療法。抗癌治療劑之實例包括(但不限於)細胞毒性劑、化學治療劑、生長抑制劑、放射療法中使用之藥劑、抗血管生成劑、細胞凋亡劑、抗微管蛋白劑及治療癌症之其他藥劑，例如抗CD20抗體、血小板源性生長因子抑制劑(例如GLEEVEC™ (甲磺酸伊馬替尼(imatinib mesylate)))、COX-2抑制劑(例如塞來昔布(celecoxib))、干擾素、細胞介素、結合至以下靶標PDGFR-β、BlyS、APRIL、BCMA受體、TRAIL/Apo2中之一或多者之拮抗劑(例如中和抗體)，其他生物活性及有機化學劑，及諸如此類。其組合亦包括在本發明中。本文所用術語「細胞毒性劑」係指抑制或防止細胞功能及/或導致細胞破壞之物質。該術語意欲包括放射性同位素(例如，At211 、I131 、I125 、Y90 、Re186 、Re188 、Sm153 、Bi212 、P32 及Lu之放射性同位素)；化學治療劑，例如胺甲喋呤(methotrexate)、阿黴素(adriamicin)、長春花生物鹼(長春新鹼(vincristine)、長春鹼(vinblastine)、依託泊苷(etoposide))、多柔比星(doxorubicin)、美法侖(melphalan)、絲裂黴素C (mitomycin C)、氮芥苯丁酸(chlorambucil)、道諾黴素(daunorubicin)或其他嵌入劑；酶及其片段，例如核溶解酶；抗生素；及細菌、真菌、植物或動物起源之毒素，例如小分子毒素或酶活性毒素，包括其片段及/或變異體，及下文所揭示之各種抗瘤劑或抗癌劑。其他細胞毒性劑如下文所闡述。殺瘤劑引起腫瘤細胞之破壞。
「化學治療劑」係可用於治療癌症之化學化合物。化學治療劑之實例包括烷基化劑，例如噻替派(thiotepa)及CYTOXAN®環磷醯胺；磺酸烷基酯，例如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)及哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶(aziridine)，例如苯并多巴(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、甲脲多巴(meturedopa)及脲多巴；伸乙亞胺及甲基三聚氰胺，包括六甲蜜胺(altretamine)、三乙烯三聚氰胺、三乙烯磷醯胺、三乙烯硫代磷醯胺及三羥甲基三聚氰胺；番荔枝內酯(尤其布拉他辛(bullatacin)及布拉他辛酮(bullatacinone))；δ-9-四氫大麻酚(屈大麻酚(dronabinol)、MARINOL®)；β-拉帕酮(beta-lapachone)；拉帕醇(lapachol)；秋水仙鹼；樺木酸；喜樹鹼(camptothecin) (包括合成類似物拓泊替康(topotecan) (HYCAMTIN®)、CPT-11 (伊立替康(irinotecan)、CAMPTOSAR®)、乙醯喜樹鹼、東莨菪素(scopolectin)及9-胺基喜樹鹼)；苔蘚蟲素；卡利斯他汀(callystatin)；CC-1065 (包括其阿多來新(adozelesin)、卡折來新(carzelesin)及比折來新(bizelesin)合成類似物)；鬼臼毒素(podophyllotoxin)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；替尼泊苷(teniposide)；念珠藻素(cryptophycin) (特別係念珠藻素1及念珠藻素8)；尾海兔素(dolastatin)；倍癌黴素(duocarmycin) (包括合成類似物KW-2189及CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；水鬼蕉鹼(pancratistatin)；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海綿抑制素(spongistatin)；氮芥，例如氮芥苯丁酸、萘氯芥(chlornaphazine)、環磷醯胺、雌氯芥(estramustine)、異環磷醯胺(ifosfamide)、甲基二氯乙基胺(mechlorethamine)、鹽酸甲氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride)、美法侖、新氮芥(novembichin)、膽甾醇對苯乙酸氮芥(phenesterine)、潑尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfamide)及尿嘧啶氮芥；亞硝脲類，例如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)及雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素，例如烯二炔抗生素(例如卡奇黴素(calicheamicin)，尤其卡奇黴素γ1I及卡奇黴素ω1I) (例如參見Nicolaou等人，Angew. Chem Intl. Ed. Engl ., 33: 183-186 (1994))；達內黴素(dynemicin) (包括達內黴素A)；埃斯波黴素(esperamicin)；以及新制癌菌素(neocarzinostatin)發色團及相關之色蛋白烯二炔抗生素發色團)、阿克拉黴素(aclacinomycin)、放線菌素(actinomycin)、安麯黴素(authramycin)、偶氮絲胺酸、博萊黴素(bleomycin)、放線菌素C (cactinomycin)、卡拉黴素(carabicin)、洋紅黴素(carminomycin)、嗜癌黴素(carzinophilin)、色黴素(chromomycin)、放線菌素D (dactinomycin)、道諾黴素、地拖比星(detorubicin)、6-重氮-5-側氧基-L-正白胺酸、ADRIAMYCIN®多柔比星(包括嗎啉基-多柔比星、氰基嗎啉基-多柔比星、2-吡咯啉基-多柔比星及去氧多柔比星)、泛艾黴素(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊達比星(idarubicin)、麻西羅黴素(marcellomycin)、絲裂黴素(mitomycin) (例如絲裂黴素C)、黴酚酸(mycophenolic acid)、諾拉黴素(nogalamycin)、橄欖黴素(olivomycin)、培洛黴素(peplomycin)、泊非黴素(potfiromycin)、嘌呤黴素(puromycin)、三鐵阿黴素(quelamycin)、羅多比星(rodorubicin)、鏈黑黴素(streptonigrin)、鏈脲黴素(streptozocin)、殺結核菌素(tubercidin)、烏苯美司(ubenimex)、淨司他汀(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代謝物，例如胺甲蝶呤及5-氟尿嘧啶(5-FU)；葉酸類似物，例如二甲葉酸(denopterin)、胺甲蝶呤、蝶羅呤(pteropterin)、三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤類似物，例如氟達拉濱(fludarabine)、6-巰嘌呤、硫咪嘌呤、硫鳥嘌呤；嘧啶類似物，如安西他濱(ancitabine)、阿紮胞苷(azacitidine)、6-阿紮尿苷(6-azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷、雙去氧尿苷、去氧氟尿苷、依諾他濱(enocitabine)、氟尿苷；雄激素，例如卡普睪酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、環硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睪內酯；抗腎上腺藥，例如胺魯米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；葉酸補充劑，例如亞葉酸；醋葡醛內酯(aceglatone)；醛磷醯胺醣苷；胺基乙醯丙酸；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；倍曲布西(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；依達曲沙(edatraxate)；地磷醯胺(defofamine)；秋水仙胺(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；依氟鳥胺酸(eflornithine)；依利醋胺(elliptinium acetate)；埃博黴素(epothilone)；依託格魯(etoglucid)；硝酸鎵(gallium nitrate)；羥基脲；香菇多醣(lentinan)；氯尼達明(lonidamine)；類美登素(maytansinoid)，例如美登素(maytansine)及安絲菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌達醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitracrine)；噴司他汀(pentostatin)；蛋胺氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；2-乙基醯肼(2-ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；PSK®多醣複合物(JHS Natural Products, Eugene, OR)；雷佐生(razoxane)；利索新(rhizoxin)；西左非蘭(sizofiran)；鍺螺胺(spirogermanium)；替奴佐酸(tenuazonic acid)；三亞胺醌(triaziquone)；2,2',2''」-三氯三乙胺；單端孢黴烯(trichothecene) (尤其T-2毒素、疣皰菌素A (verracurin A)、桿孢菌素A (roridin A)及蛇形菌素(anguidine))；烏拉坦(urethan)；長春地辛(vindesine) (ELDISINE®、FILDESIN®)；達卡巴嗪(dacarbazine)；甘露莫司汀(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴衛矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；加賽特辛(gacytosine)；阿糖胞苷(arabinoside) (「Ara-C」)；噻替派；類紫杉醇(taxoid)，例如紫杉烷(taxane)，包括TAXOL®太平洋紫杉醇(paclitaxel) (Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.)、ABRAXANETM (太平洋紫杉醇之無克列莫佛(Cremophor)之白蛋白改造之奈米粒子調配物) (American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, Illinois)及TAXOTERE®多西他賽(docetaxel) (Rhône-Poulenc Rorer, Antony, France)；氮芥苯丁酸；吉西他濱(gemcitabine) (GEMZAR®)；6-硫鳥嘌呤；巰嘌呤；胺甲喋呤；鉑(platinum)或基於鉑之化學治療劑及鉑類似物，例如順鉑(cisplatin)、卡鉑(carboplatin)、奧沙利鉑(oxaliplatin) (ELOXATINTM )、沙鉑(satraplatin)、吡鉑(picoplatin)、奈達鉑(nedaplatin)、三鉑(triplatin)及利泊鉑(lipoplatin)；長春鹼(VELBAN®)；鉑；依託泊苷(VP-16)；異環磷醯胺；米托蒽醌；長春新鹼(ONCOVIN®))；奧沙利鉑；甲醯四氫葉酸(leucovorin)；長春瑞濱(vinorelbine) (NAVELBINE®)；能滅瘤(novantrone)；依達曲沙；道諾黴素；胺喋呤(aminopterin)；伊班膦酸(ibandronate)；拓樸異構酶抑制劑RFS 2000；二氟甲基鳥胺酸(DMFO)；類視色素，例如視黃酸；卡培他濱(capecitabine) (XELODA®))；上述各項中任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物；以及上述各項中之兩者或更多者之組合，例如CHOP (環磷醯胺、多柔比星、長春新鹼及波尼松龍(prednisolone)之組合療法之縮寫)及FOLFOX (奧沙利鉑(ELOXATINTM )與5-FU及甲醯四氫葉酸組合之治療方案之縮寫)。另外之化學治療劑包括可用作抗體藥物偶聯物之細胞毒性劑，例如類美登素(例如DM1)及奧里斯他汀(例如MMAE及MMAF)。
「化學治療劑」亦包括「抗激素劑」或「內分泌治療劑」，其用於調節、減少、阻斷或抑制可促進癌症生長之激素之效應，並且通常呈系統或全身治療之形式。其可能係激素本身。實例包括抗雌激素及選擇性雌激素受體調節劑(SERM)，包括(例如)他莫昔芬(tamoxifen) (包括NOLVADEX®他莫昔芬)、EVISTA®雷洛昔芬(raloxifene)、屈洛昔芬(droloxifene)、4-羥基他莫昔芬、曲沃昔芬(trioxifene)、可莫昔芬(keoxifene)、LY117018、奧那司酮(onapristone)及FARESTON®托瑞米芬(toremifene)；抗助孕酮；雌激素受體下調因子(ERD)；用於阻抑或關閉卵巢之藥劑，例如促黃體素釋放激素(LHRH)促效劑，例如LUPRON®及ELIGARD®乙酸柳培林(leuprolide acetate)、乙酸戈舍瑞林(goserelin acterate)、乙酸布舍瑞林(buserelin acterate)及曲普瑞林(tripterelin)；其他抗雄激素，例如氟他胺(flutamide)、尼魯米特(nilutamide)及比卡魯胺(bicalutamide)；及抑制調節腎上腺雌激素生成之芳香酶之芳香酶抑制劑，例如4(5)-咪唑、胺魯米特、MEGASE®乙酸甲地孕酮(megestrol acetate)、AROMASIN®依西美坦(exemestane)、福美坦(formestanie)、法曲唑(fadrozole)、RIVISOR®伏氯唑(vorozole)、FEMARA®來曲唑(letrozole)及ARIMIDEX®阿那曲唑(anastrozole)。另外，化學治療劑之該定義包括雙膦酸鹽，例如氯膦酸鹽(例如，BONEFOS®或OSTAC®)、DIDROCAL®依替膦酸鹽(etidronate)、NE-58095、ZOMETA®唑來膦酸/唑來膦酸鹽、FOSAMAX®阿侖膦酸鹽(alendronate)、AREDIA®帕米膦酸鹽(pamidronate)、SKELID®替魯膦酸鹽(tiludronate)或ACTONEL®利塞膦酸鹽(risedronate)；以及曲沙他濱(troxacitabine) (1,3-二氧戊環核苷胞嘧啶類似物)；反義寡核苷酸，特別係抑制信號傳導路徑中參與異常細胞增殖之基因(例如PKC-α、Raf、H-Ras及表皮生長因子受體(EGFR))之表現之彼等；疫苗，例如THERATOPE®疫苗及基因治療疫苗，例如ALLOVECTIN®疫苗、LEUVECTIN®疫苗及VAXID®疫苗；LURTOTECAN®拓撲異構酶1抑制劑；ABARELIX® rmRH；二對甲苯磺酸拉帕替尼(lapatinib ditosylate) (ErbB-2及EGFR雙酪胺酸激酶小分子抑制劑，亦稱為GW572016)；及上述各項中之任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物。
化學治療劑亦包括抗體，例如阿侖單抗(alemtuzumab) (Campath)、貝伐珠單抗(bevacizumab) (AVASTIN®, Genentech)；西妥昔單抗(cetuximab) (ERBITUX®, Imclone)；帕尼單抗(panitumumab) (VECTIBIX®, Amgen)、利妥昔單抗(rituximab) (RITUXAN®, Genentech/Biogen Idec)、帕妥珠單抗(pertuzumab) (OMNITARG®, 2C4、Genentech)、曲妥珠單抗(trastuzumab) (HERCEPTIN®, Genentech)、托西莫單抗(tositumomab) (Bexxar, Corixia)，及抗體藥物偶聯物吉妥珠單抗奧唑米星(gemtuzumab ozogamicin) (MYLOTARG®, Wyeth)。作為藥劑與本發明化合物組合具有治療潛力之其他人類化單株抗體包括：阿泊珠單抗(apolizumab))、阿塞珠單抗(aselizumab)、阿利珠單抗(atlizumab)、巴匹珠單抗(bapineuzumab)、比伐單抗莫登素(bivatuzumab mertansine)、坎妥珠單抗莫登素(cantuzumab mertansine)、西利珠單抗(cedelizumab)、聚乙二醇化賽妥珠單抗(certolizumab pegol)、西夫妥珠單抗(cidfusituzumab)、西妥珠單抗(cidtuzumab)、達克珠單抗(daclizumab)、依庫珠單抗(eculizumab)、依法利珠單抗(efalizumab)、依帕珠單抗(epratuzumab)、厄利珠單抗(erlizumab)、非維珠單抗(felvizumab)、芳妥珠單抗(fontolizumab)、吉妥珠單抗奧唑米星(gemtuzumab ozogamicin)、伊珠單抗奧唑米星(inotuzumab ozogamicin)、伊匹單抗(ipilimumab)、拉貝珠單抗(labetuzumab)、林妥珠單抗(lintuzumab)、馬妥珠單抗(matuzumab)、美泊利單抗(mepolizumab)、莫維珠單抗(motavizumab)、莫妥維珠單抗(motovizumab)、那他珠單抗(natalizumab)、尼妥珠單抗(nimotuzumab)、諾維珠單抗(nolovizumab)、奴馬珠單抗(numavizumab)、歐瑞珠單抗(ocrelizumab)、奧馬珠單抗(omalizumab)、帕利珠單抗(palivizumab)、帕考珠單抗(pascolizumab)、泊夫妥珠單抗(pecfusituzumab)、泊妥珠單抗(pectuzumab)、培克珠單抗(pexelizumab)、拉維珠單抗(ralivizumab)、蘭尼單抗(ranibizumab)、瑞利維珠單抗(reslivizumab)、瑞利珠單抗(reslizumab)、瑞維珠單抗(resyvizumab)、羅維珠單抗(rovelizumab)、魯利珠單抗(ruplizumab)、西羅珠單抗(sibrotuzumab)、西利珠單抗(siplizumab)、索土珠單抗(sontuzumab)、他妥珠單抗替曲坦(tacatuzumab tetraxetan)、他度珠單抗(tadocizumab)、他利珠單抗(talizumab)、替非珠單抗(tefibazumab)、托珠單抗(tocilizumab)、托利珠單抗(toralizumab)、托卡珠單抗西莫介白素(tucotuzumab celmoleukin)、土庫妥珠單抗(tucusituzumab)、烏維珠單抗(umavizumab)、烏珠單抗(urtoxazumab)、優特克單抗(ustekinumab)、維西珠單抗(visilizumab)及抗介白素-12 (ABT-874/J695，Wyeth Research and Abbott Laboratories)，其係經遺傳修飾以識別介白素-12 p40蛋白之重組的人類所特有序列的全長IgG1 λ抗體。
化學治療劑亦包括「EGFR抑制劑」，其係指與EGFR結合或以其他方式直接相互作用並防止或降低其信號傳導活性之化合物，且或者稱作「EGFR拮抗劑」。該等藥劑之實例包括結合至EGFR之抗體及小分子。結合至EGFR之抗體之實例包括MAb 579 (ATCC CRL HB 8506)、MAb 455 (ATCC CRL HB8507)、MAb 225 (ATCC CRL 8508)、MAb 528 (ATCC CRL 8509) (參見美國專利第4,943,533號，Mendelsohn等人)及其變異體，例如嵌合225 (C225或西妥昔單抗；ERBUTIX®)及重塑人類225 (H225) (參見WO 96/40210，Imclone Systems Inc.)；IMC-11F8，一種全人類之EGFR靶向抗體(Imclone)；結合II型突變EGFR之抗體(美國專利第5,212,290號)；結合EGFR之人類化及嵌合抗體，如美國專利第5,891,996號所闡述；及結合EGFR之人類抗體，例如ABX-EGF或帕尼單抗(參見WO98/50433，Abgenix/Amgen)；EMD 55900 (Stragliotto等人，Eur. J. Cancer 32A:636-640 (1996))；EMD7200 (馬妥珠單抗)，一種與EGF及TGF-α競爭EGFR結合之針對EGFR之人類化EGFR抗體(EMD/Merck)；人類EGFR抗體，HuMax-EGFR (GenMab)；作為E1.1、E2.4、E2.5、E6.2、E6.4、E2.11、E6.3及E7.6.3已知並闡述於US 6,235,883中之全人類抗體；MDX-447 (Medarex Inc)；及mAb 806或人類化mAb 806 (Johns等人，J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004))。抗EGFR抗體可與細胞毒性劑偶聯，從而生成免疫偶聯物(例如參見EP 659,439A2，Merck Patent GmbH)。EGFR拮抗劑包括小分子，例如闡述於以下中之化合物：美國專利第5,616,582號、第5,457,105號、第5,475,001號、第5,654,307號、第5,679,683號、第6,084,095號、第6,265,410號、第6,455,534號、第6,521,620號、第6,596,726號、第6,713,484號、第5,770,599號、第6,140,332號、第5,866,572號、第6,399,602號、第6,344,459號、第6,602,863號、第6,391,874號、第6,344,455號、第5,760,041號、第6,002,008號及第5,747,498號，以及以下PCT公開案：WO 98/14451、WO 98/50038、WO 99/09016及WO 99/24037。具體的小分子EGFR拮抗劑包括OSI-774 (CP-358774，埃羅替尼(erlotinib)，TARCEVA® Genentech/OSI Pharmaceuticals)；PD 183805 (CI 1033，2-丙烯醯胺，N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)胺基]-7-[ 3-(4-嗎啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-，二鹽酸鹽，Pfizer Inc.)；ZD1839，吉非替尼(gefitinib) (IRESSA®) 4-(3'-氯-4'-氟苯胺基)-7-甲氧基-6-(3-嗎啉丙氧基)喹唑啉，AstraZeneca)；ZM 105180 ((6-胺基-4-(3-甲基苯基-胺基)-喹唑啉，Zeneca)；BIBX-1382 (N8-(3-氯-4-氟-苯基)-N2-(1-甲基-六氫吡啶-4-基)-嘧啶基[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺，Boehringer Ingelheim)；PKI-166 ((R)-4-[4-[(1-苯乙基)胺基]-1H-吡咯并[2,3-d ]嘧啶-6-基]-苯酚)；(R)-6-(4-羥基苯基)-4-[(1-苯乙基)胺基]-7H-吡咯并[2,3-d ]嘧啶；CL-387785 (N-[4-[(3-溴苯基)胺基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔醯胺)；EKB-569 (N-[4-[(3-氯-4-氟苯基)胺基]-3-氰基-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲胺基)-2-丁烯醯胺) (Wyeth)；AG1478 (Pfizer)；AG1571 (SU 5271；Pfizer)；及雙EGFR/HER2酪胺酸激酶抑制劑，例如拉帕替尼(TYKERB®，GSK572016或N-[3-氯-4-[(3氟苯基)甲氧基]苯基]-6[5[[[2甲基磺醯基)乙基]胺基]甲基]-2-呋喃基]-4-喹唑啉胺)。
化學治療劑亦包括「酪胺酸激酶抑制劑」，包括前述段落提及之EGFR靶向藥物；小分子HER2酪胺酸激酶抑制劑，例如獲自Takeda之TAK165；CP-724,714，ErbB2受體酪胺酸激酶之口服選擇性抑制劑(Pfizer及OSI)；雙HER抑制劑，例如EKB-569 (獲自Wyeth)，其優先結合EGFR，但抑制HER2及EGFR過表現細胞；拉帕替尼(GSK572016；獲自Glaxo-SmithKline)，口服HER2及EGFR酪胺酸激酶抑制劑；PKI-166 (獲自Novartis)；pan-HER抑制劑，例如卡奈替尼(canertinib) (CI-1033；Pharmacia)；Raf-1抑制劑，例如獲自ISIS Pharmaceuticals之反義劑ISIS-5132，其抑制Raf-1信號傳導；非HER靶向TK抑制劑，例如甲磺酸伊馬替尼(GLEEVEC®，獲自Glaxo SmithKline)；多靶酪胺酸激酶抑制劑，例如舒尼替尼(sunitinib) (SUTENT®，獲自Pfizer)；VEGF受體酪胺酸激酶抑制劑，例如瓦拉他尼(vatalanib) (PTK787/ZK222584，獲自Novartis/Schering AG)；MAPK細胞外調節激酶I抑制劑CI-1040 (獲自Pharmacia)；喹唑啉，例如PD 153035、4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶；嘧啶并嘧啶；吡咯并嘧啶，例如CGP 59326、CGP 60261及CGP 62706；吡唑并嘧啶；4-(苯胺基)-7H-吡咯并[2,3-d ]嘧啶；薑黃素(二阿魏醯基甲烷)；4,5-雙(4-氟苯胺基)鄰苯二甲醯亞胺；含硝基噻吩部分之酪胺酸磷酸化抑制劑(tyrphostin)；PD-0183805 (Warner-Lamber)；反義分子(例如結合至HER編碼核酸之彼等)；喹喏啉(美國專利第5,804,396號)；酪胺酸磷酸化抑制劑(美國專利第5,804,396號)；ZD6474 (Astra Zeneca)；PTK-787 (Novartis/Schering AG)；pan-HER抑制劑，例如CI-1033 (Pfizer)；Affinitac (ISIS 3521；Isis/Lilly)；甲磺酸伊馬替尼(GLEEVEC®)；PKI 166 (Novartis)；GW2016 (Glaxo SmithKline)；CI-1033 (Pfizer)；EKB-569 (Wyeth)；賽馬西尼(Semaxinib) (Pfizer)；ZD6474 (AstraZeneca)；PTK-787 (Novartis/Schering AG)；INC-1C11 (Imclone)，雷帕黴素(rapamycin) (西羅莫司(sirolimus)，RAPAMUNE®)；或者如以下專利公開案之任一者中所闡述：美國專利第5,804,396號；WO 1999/09016 (American Cyanamid)；WO 1998/43960 (American Cyanamid)；WO 1997/38983 (Warner Lambert)；WO 1999/06378 (Warner Lambert)；WO 1999/06396 (Warner Lambert)；WO 1996/30347 (Pfizer, Inc)；WO 1996/33978 (Zeneca)；WO 1996/3397 (Zeneca)及WO 1996/33980 (Zeneca)。
化學治療劑亦包括地塞米松(dexamethasone)、干擾素、秋水仙鹼、美托普林(metoprine)、環孢素(cyclosporine)、兩性黴素(amphotericin)、甲硝唑(metronidazole)、阿侖單抗、阿曲諾英(alitretinoin)、異嘌呤醇、阿米福汀(amifostine)、三氧化二砷、天冬醯胺酶、BCG live、貝伐珠單抗、貝沙羅汀(bexarotene)、克拉屈濱(cladribine)、氯法拉濱(clofarabine)、阿法達貝泊汀(darbepoetin alfa)、地尼白介素(denileukin)、右雷佐生(dexrazoxane)、阿法依泊汀(epoetin alfa)、厄洛替尼(elotinib)、非格司亭(filgrastim)、乙酸組胺瑞林、替伊莫單抗(ibritumomab)、干擾素α-2a、干擾素α-2b、雷利竇邁(lenalidomide)、左旋咪唑(levamisole)、美司鈉(mesna)、甲氯沙林(methoxsalen)、諾龍(nandrolone)、奈拉濱(nelarabine)、諾非單抗(nofetumomab)、奧普瑞白介素(oprelvekin)、帕利夫明(palifermin)、帕米膦酸鹽、培加酶(pegademase)、培門冬酶(pegaspargase)、聚乙二醇非格司亭(pegfilgrastim)、培美曲塞二鈉(pemetrexed disodium)、普卡黴素(plicamycin)、卟吩姆鈉(porfimer sodium)、奎納克林(quinacrine)、拉布立酶(rasburicase)、沙格司亭(sargramostim)、替莫唑胺(temozolomide)、VM-26、6-TG、托瑞米芬(toremifene)、維甲酸(tretinoin)、ATRA、戊柔比星(valrubicin)、唑來膦酸鹽及唑來膦酸，及其醫藥學上可接受之鹽。
化學治療劑亦包括氫化可體松(hydrocortisone)、乙酸氫化可體松、乙酸可體松、新戊酸替可的松(tixocortol pivalate)、曲安奈德、曲安奈德(triamcinolone)縮丙酮化合物、曲安奈德醇、莫米松(mometasone)、安西奈德(amcinonide)、布地奈德(budesonide)、地奈德(desonide)、氟輕鬆(fluocinonide)、氟西奈德(fluocinolone acetonide)、倍他米松(betamethasone)、倍他米松磷酸鈉、地塞米松、地塞米松磷酸鈉、氟考龍(fluocortolone)、氫化可體松-17-丁酸酯、氫化可體松-17-戊酸酯、二丙酸阿氯米松(aclometasone dipropionate)、戊酸倍他米松、二丙酸倍他米松、潑尼卡酯(prednicarbate)、氯倍他松(clobetasone)-17-丁酸酯、氯培他索(clobetasol)-17-丙酸酯、己酸氟考龍(fluocortolone caproate)、新戊酸氟考龍及乙酸氟潑尼定(fluprednidene acetate)；免疫選擇性抗發炎肽(ImSAID)，例如苯丙胺酸-麩醯胺酸-甘胺酸(FEG)及其D-異構形式(feG) (IMULAN BioTherapeutics, LLC)；抗風濕藥物，例如硫唑嘌呤(azathioprine)、環孢素(ciclosporin) (環孢素A)、D-青黴胺(D-penicillamine)、金鹽、羥氯喹、來氟米特米諾環素、磺胺塞拉金(sulfasalazine)、腫瘤壞死因子α (TNFα)阻斷劑，例如依那西普(etanercept) (ENBREL®)、英利昔單抗(infliximab) (REMICADE®)、阿達木單抗(adalimumab) (HUMIRA®)、聚乙二化賽妥珠單抗(CIMZIA®)、戈利木單抗(golimumab) (SIMPONI®)、介白素1 (IL-1)阻斷劑如阿那白滯素(anakinra) (KINERET®)、T細胞共刺激阻斷劑如阿巴西普(abatacept) (ORENCIA®)、介白素6 (IL-6)阻斷劑如托珠單抗(ACTEMERA®)；介白素13 (IL-13)阻斷劑，例如來金珠單抗(lebrikizumab)；干擾素α (IFN)阻斷劑，例如羅利珠單抗(rontalizumab)；β7整聯蛋白阻斷劑，例如rhuMAb β7；IgE路徑阻斷劑如抗M1一級抗體(Anti-M1 prime)；分泌之同三聚體LTa3及膜結合之異三聚體LTa1/β2阻斷劑，例如抗淋巴毒素α (LTa)；各種各樣的試驗藥，例如硫鉑(thioplatin)、PS-341、苯基丁酸酯、ET-18-OCH3及法尼基轉移酶抑制劑(L-739749、L-744832)；多酚類，例如槲皮素、白藜蘆醇、白皮杉醇、表沒食子兒茶素沒食子酸酯、茶黃素、黃烷醇、原花青素、樺木酸；自體吞噬抑制劑，例如氯喹；δ-9-四氫大麻酚(屈大麻酚，MARINOL®)；β-拉帕酮；拉帕醇；秋水仙鹼；樺木酸；乙醯喜樹鹼、東莨菪素、9-胺基喜樹鹼)；鬼臼毒素；替加氟(tegafur) (UFTORAL®)；貝沙羅汀(TARGRETIN®)；雙膦酸鹽，例如氯膦酸鹽(例如BONEFOS®或OSTAC®)、羥乙膦酸鹽(DIDROCAL®)、NE-58095、唑來膦酸/唑來膦酸鹽(ZOMETA®)、阿侖膦酸鹽(FOSAMAX®)、帕米膦酸鹽(AREDIA®)、替魯膦酸鹽(SKELID®)或利塞膦酸鹽(ACTONEL®)；及表皮生長因子受體(EGF-R)；疫苗，例如THERATOPE®疫苗；哌立福辛(perifosine)；COX-2抑制劑(例如塞來昔布或依託昔布(etoricoxib))；蛋白酶體抑制劑(例如PS341)；CCI-779；替吡法尼(tipifarnib) (R11577)；索拉菲尼；ABT510；Bcl-2抑制劑，例如奧利默森鈉(oblimersen sodium) (GENASENSE®)；匹杉瓊(pixantrone)；法尼基轉移酶抑制劑，例如洛那法尼(lonafarnib) (SCH 6636，SARASAR™)；及上述各項中之任一者之醫藥學上可接受之鹽、酸或衍生物；以及上述各項中之兩者或更多者之組合。
本文所用術語「前藥」係指醫藥活性物質之前體或衍生物形式，與母體藥物相比，其對腫瘤細胞之細胞毒性更小，並且能夠經酶促活化或轉化成活性更強之母體形式。例如參見Wilman, 「Prodrugs in Cancer Chemotherapy」Biochemical Society Transactions , 14，第375-382頁, 第615次會議Belfast (1986)及Stella等人，「Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery,」Directed Drug Delivery , Borchardt等人(編輯), 第247-267頁, Humana Press (1985)。本發明之前藥包括(但不限於)含磷酸酯之前藥、含硫代磷酸酯之前藥、含硫酸酯之前藥、含肽之前藥、D-胺基酸修飾之前藥、醣基化之前藥、含β-內醯胺之前藥、視情況取代之含苯氧乙醯胺之前藥或視情況取代之含苯乙醯胺之前藥、5-氟胞嘧啶及其他5-氟尿苷前藥，其可轉化為活性更強之無細胞毒性藥物。可衍生成用於本發明之前藥形式之細胞毒性藥物之實例包括(但不限於)上文所闡述之彼等化學治療劑。
「生長抑制劑」在本文中使用時係指在活體外或活體內抑制細胞(例如，其生長依賴於PD-L1表現之細胞)生長及/或增殖之化合物或組合物。因此，生長抑制劑可為顯著降低S期細胞百分比之生長抑制劑。生長抑制劑之實例包括阻斷細胞週期進展(在S期以外之地方)之藥劑，例如誘導G1期阻滯及M期阻滯之藥劑。經典M期阻斷劑包括長春花(長春新鹼及長春鹼)、紫杉烷及拓撲異構酶II抑制劑，例如蒽環抗生素多柔比星((8S-順式)-10-[(3-胺基-2,3,6-三去氧-α-L-來蘇-吡喃己醣基)氧基)-7,8,9,10-四氫-6,8,11-三羥基-8-(羥基乙醯基)-1-甲氧基-5,12-稠四苯二酮)、泛艾黴素、道諾黴素、依託泊苷及博來黴素。彼等阻滯G1之藥劑亦溢出至S期阻滯中，例如DNA烷基化劑，例如他莫昔芬、普賴松(prednisone)、達卡巴嗪、甲基二氯乙基胺、順鉑、胺甲蝶呤、5-氟尿嘧啶及ara-C。其他資訊可參見「 The Molecular Basis of Cancer ,」 Mendelsohn及Israel編輯，第1章，標題為「Cell cycle regulation, oncogenes and antineoplastic drugs」，Murakami等人(WB Saunders: Philadelphia, 1995)，尤其第13頁。紫杉烷(太平洋紫杉醇及多西他賽)係均來源於紫杉樹之抗癌藥物。多西他賽(TAXOTERE®、Rhone-Poulenc Rorer)源自歐洲紫杉，係太平洋紫杉醇之半合成類似物(TAXOL®、Bristol-Myers Squibb)。紫杉醇及多西他賽促進自微管蛋白二聚體組裝微管，並藉由防止解聚來使微管穩定，從而抑制細胞有絲分裂。
「放射療法」係指使用定向γ射線或β射線對細胞誘導足夠的損害，以限制該細胞正常地起作用之能力或完全破壞該細胞。應瞭解業內已知有許多方法來確定治療之劑量及持續時間。典型治療係以一次性投與來給予，且典型劑量在10至200單位(戈瑞(Gray))/天之範圍內。
如本文所用術語「個體(individual)」、「患者」或「個體(subject)」可互換使用，且係指需要治療之任何單一動物，更佳哺乳動物(包括非人類動物，例如狗、貓、馬、兔、動物園動物、牛、豬、綿羊及非人類靈長類動物)。在特定實施例中，本文之患者係人類。
如本文所用「投與」意指給予個體(例如患者)一定劑量之化合物(例如拮抗劑)或醫藥組合物(例如包括拮抗劑之醫藥組合物)之方法。投與可藉由任何適宜方式進行，包括非經腸、肺內及鼻內給藥，且若期望進行局部治療，可藉由病灶內投與進行。非經腸輸注包括(例如)肌內、靜脈內、動脈內、腹膜內或皮下投與。給藥可藉由任何適宜途徑進行，例如藉由注射(例如靜脈內或皮下注射)進行，此部分地端視投與係短期抑或長期而定。本文考慮了各種給藥時間表，包括(但不限於)在各個時間點之單次或多次投與、濃注投與及脈衝輸注。
術語「同時」在本文中用於指投與兩種或更多種治療劑，其中投與之至少一部分在時間上重疊。因此，同時投與包括當一或多種藥劑之投與在中斷一或多種其他藥劑之投與後繼續進行時的給藥方案。
「減少或抑制」意指引起總體減少20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或更大之能力。減少或抑制可指例如所治療病症之症狀、轉移之存在或大小或者原發性腫瘤之大小。
術語「包裝插頁」用於指通常包括在治療產品之商業包裝中之說明書，其含有關於適應症、用法、劑量、投與、組合療法、禁忌及/或關於使用該等治療產品之警告之資訊。
「無菌」調配物係無菌之或不含所有活的微生物及其孢子。
「製造物品(article of manufacture)」係包含至少一種試劑之任何製品(例如包裝或容器)或套組，該至少一種試劑係例如用於治療疾病或病症(例如癌症)之藥劑，或用於特異性地偵測本文所闡述之生物標記物(例如PD-L1)之探針。在某些實施例中，該製品或套組係作為用於實施本文所述方法之單元來促銷、分發或出售。
片語「基於」在本文中使用時意指關於一或多種生物標記物之資訊用於告知治療決策、包裝插頁上提供之資訊或營銷/促銷指導等。III. 方法
本文提供用於以下之方法及分析：治療患有癌症之個體；鑑別可受益於包括以下之治療之患有癌症之個體：免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗(MPDL3280A))、針對共抑制分子之拮抗劑(例如CTLA-4拮抗劑(例如抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如抗LAG-3抗體)或其任一組合；診斷患有癌症之患者；確定患有癌症之個體是否可能對利用包括以下之抗癌療法之治療有反應：免疫檢查點抑制劑，例如，PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3拮抗劑))或其任一組合；最佳化抗癌療法之治療功效，該抗癌療法包括免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如CTLA-4拮抗劑(例如抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如抗LAG-3抗體))或其任一組合；為患有癌症之個體選擇療法；為患有癌症之個體提供預後；以及監測個體對利用抗癌療法之治療之反應，該抗癌療法包括免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))或其任一組合。
本文闡述之方法及分析係基於以下發現：自個體之試樣(例如全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)測定之血液腫瘤突變負荷(bTMB)評分可用於預測免疫檢查點抑制劑之治療功效，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑療法，例如PD-L1軸結合拮抗劑單一療法或包括PD-L1軸結合拮抗劑之組合療法(例如PD-L1軸結合拮抗劑與針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗-CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗-TIM-3抗體)及/或LAG-3拮抗劑(例如，抗-LAG-3抗體))之組合。該等方法中之任一者可進一步包括測定最大體細胞等位基因頻率(MSAF)。該等方法中之任一者可進一步包括測定tTMB評分。本文所提供之任何方法可進一步包括向個體投與PD-L1軸結合拮抗劑(例如，如下文第IV章節所闡述)。因此，本文亦提供評估個體試樣中之bTMB之方法及分析。本文所提供方法中之任一者可包括向個體投與不同於免疫檢查點抑制劑或除其以外之抗癌療法，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，如下文第IV章節所闡述)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如CTLA-4拮抗劑(例如抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如抗LAG-3抗體))或其任一組合。該等方法中之任一者可進一步包括向個體投與有效量之如本文所述之額外治療劑。 A. 診斷方法及分析(i) 預測性診斷方法
在特定情況下，本文所提供之方法及分析可用於鑑別可受益於包括免疫檢查點抑制劑之治療之患有癌症之個體，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗(MPDL3280A))、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗-LAG-3抗體))或其任一組合，該方法包括自個體之試樣測定bTMB評分，其中試樣之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分則將個體鑑別為可受益於包含免疫檢查點抑制劑之治療之個體，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗-PD-L1抗體，例如，阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗-CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗-TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗-LAG-3抗體))，或其任一組合。
在特定情況下，本文提供之方法及分析可用於為患有癌症之個體選擇療法，該方法包括自個體之試樣測定bTMB評分，其中試樣之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分則將該個體鑑別為可受益於包含免疫檢查點抑制劑之治療之個體，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))，或其任一組合。
在特定情況下，本文所提供之方法及分析可用於診斷患有癌症之患者，該方法包括自個體之試樣測定bTMB評分，其中試樣之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分則將該個體鑑別為可能患有癌症之個體。在一些情況下，bTMB評分低於參考bTMB評分則將該個體鑑別為較不可能患有癌症之個體。
本文所提供之方法可包括自個體之試樣(例如全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)測定bTMB評分。個體之試樣可為檔案試樣、新鮮試樣或冷凍試樣。測定步驟可包括測定在預定之基因體中發生之體細胞突變(例如，編碼區中之鹼基取代及/或編碼區中之插入或缺失突變)之總數，以推導出來自個體之試樣之bTMB評分。在一些實施例中，體細胞突變之數量係所計數之單核苷酸變異體(SNV)之數量或SNV之數量與所計數之插入或缺失突變之數量之總和。
體細胞突變之數量可基於業內已知之任一適宜標準定性及/或定量地測定，該任一適宜標準包括(但不限於)個體中之DNA、mRNA、cDNA、蛋白質、蛋白質片段及/或基因拷貝數水準之量測。在一些情況下，測定個體之全面基因體譜。在一些情況下，測定自個體收集之試樣(例如全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)之全面基因體譜。在一些情況下，基因體譜之測定包含應用業內已知或本文闡述之第二代測序方法來鑑別基因體改變(例如，體細胞突變(例如，編碼區中之鹼基取代及/或編碼區中之插入或缺失突變))。在一些情況下，該測試同時對覆蓋至少約0.05 Mb至約10 Mb (例如，0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10 Mb)至至少約500倍(例如，500倍、550倍、600倍、650倍、700倍、750倍、800倍、850倍、900倍、950倍或1,000倍)之外顯子覆蓋度之典型中值深度的約300個基因(例如，至少約300至約400個基因，例如，約300、310、320、330、340、350、360、370、380、390或400個基因)的編碼區進行測序。在其他情況下，該測試同時對約400個基因、約425個基因、約450個基因、約475個基因、約500個基因、約525個基因、約550個基因、約575個基因、約600個基因、約625個基因、約650個基因、約675個基因、約700個基因、約725個基因、約750個基因、約775個基因、約800個基因、約825個基因、約850個基因、約875個基因、約900個基因、約925個基因、約950個基因、約975個基因、約1000個基因或大於1000個基因之編碼區進行測序。在一些情況下，該基因體包括表1中所述之一或多個基因(例如，癌症相關基因)。在一些情況下，該基因體係FOUNDATIONONE®面板之基因體(例如參見Frampton等人，Nat. Biotechnol. 31:1023-31, 2013，其以引用方式整體併入本文中)。在一些情況下，該基因體係FOUNDATIONONE® CDx面板之基因體。在一些實施例中，該測試對個體基因體之大於約10 Mb進行測序，例如，大於約10 Mb、大於約15 Mb、大於約20 Mb、大於約25 Mb、大於約30 Mb、大於約35 Mb、大於約40 Mb、大於約45 Mb、大於約50 Mb、大於約55 Mb、大於約60 Mb、大於約65 Mb、大於約70 Mb、大於約75 Mb、大於約80 Mb、大於約85 Mb、大於約90 Mb、大於約95 Mb、大於約100 Mb、大於約200 Mb、大於約300 Mb、大於約400 Mb、大於約500 Mb、大於約600 Mb、大於約700 Mb、大於約800 Mb、大於約900 Mb、大於約1 Gb、大於約2 Gb、大於約3 Gb或約3.3 Gb。在一些情況下，bTMB評分係藉由全外顯子體測序來測定。在一些情況下，bTMB評分係藉由全基因體測序來測定。目前應理解，bTMB評分可獨立於基因一致性來計算。在一些情況下，每一覆蓋之測序讀段代表獨特的DNA片段，以使得能夠高度敏感且特異性地偵測由於腫瘤異質性、低腫瘤純度及小試樣體積而以低頻率發生之基因體改變。測定步驟可包括測定自個體之試樣(例如全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)分離之細胞外游離DNA (cfDNA)及/或循環腫瘤DNA (ctDNA)中之體細胞突變之數量，以推導出bTMB評分。在一些實施例中，自試樣分離之cfDNA之量為至少約5 ng (例如，至少約5 ng、至少約10 ng、至少約15 ng、至少約20 ng、至少約25 ng、至少約30 ng、至少約35 ng、至少約40 ng、至少約45 ng、至少約50 ng、至少約75 ng、至少約100 ng、至少約200 ng、至少約300 ng、至少約400 ng或更多)。例如，在一些實施例中，自試樣分離之cfDNA之量為至少約20 ng cfDNA。在一些實施例中，自試樣分離之cfDNA之量為(例如)約5 ng至約100 ng (例如，約5 ng至約100 ng、約5 ng至約90 ng、約5 ng至約80 ng、約5 ng至約70 ng、約5 ng至約60 ng、約5 ng至約50 ng、約5 ng至約40 ng、約5 ng至約30 ng、約5 ng至約20 ng、約5 ng至約15 ng、約5 ng至約10 ng、約10 ng至約100 ng、約10 ng至約90 ng、約10 ng至約80 ng、約10 ng至約70 ng、約10 ng至約60 ng、約10 ng至約50 ng、約10 ng至約40 ng、約10 ng至約30 ng、約10 ng至約20 ng、約15 ng至約100 ng、約15 ng至約90 ng、約15 ng至約80 ng、約15 ng至約70 ng、約15 ng至約60 ng、約15 ng至約50 ng、約20 ng至約100 ng、約20 ng至約90 ng、約20 ng至約80 ng、約20 ng至約70 ng、約20 ng至約60 ng、約20 ng至約50 ng、約20 ng至約40 ng、約20 ng至約30 ng、約25 ng至約100 ng、約25 ng至約90 ng、約25 ng至約80 ng、約25 ng至約70 ng、約25 ng至約60 ng、約25 ng至約50 ng、約25 ng至約40 ng、約25 ng至約30 ng、約30 ng至約100 ng、約30 ng至約90 ng、約30 ng至約80 ng、約30 ng至約70 ng、約30 ng至約60 ng、約30 ng至約50 ng、約30 ng至約40 ng、約30 ng至約35 ng、約35 ng至約100 ng、約35 ng至約90 ng、約35 ng至約80 ng、約35 ng至約70 ng、約35 ng至約60 ng、約35 ng至約50 ng、約35 ng至約40 ng、約40 ng至約100 ng、約40 ng至約90 ng、約40 ng至約80 ng、約40 ng至約70 ng、約40 ng至約60 ng、約40 ng至約50 ng、約40 ng至約45 ng、約50 ng至約100 ng、約50 ng至約90 ng、約50 ng至約80 ng、約50 ng至約70 ng、約50 ng至約60 ng、約60 ng至約100 ng、約60 ng至約90 ng、約60 ng至約80 ng、約60 ng至約70 ng、約70 ng至約100 ng、約70 ng至約90 ng、約70 ng至約80 ng、約80 ng至約100 ng、約80 ng至約90 ng或90 ng至約100 ng)。在一些實施例中，自試樣分離之cfDNA之量為約100 ng或更多(例如，約100 ng或更多、約200 ng或更多、約300 ng或更多、約400 ng或更多、約500 ng或更多、約600 ng或更多、約700 ng或更多、約800 ng或更多、約900 ng或更多或更高)。
在任何前述方法中可使用任一適宜之試樣體積。例如，在一些情況下，試樣(例如，全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)之體積可為約1 mL至約50 mL，例如，約1 mL、約2 mL、約3 mL、約4 mL、約5 mL、約6 mL、約7 mL、約8 mL、約9 mL、約10 mL、約11 mL、約12 mL、約13 mL、約14 mL、約15 mL、約16 mL、約17 mL、約18 mL、約19 mL、約20 mL、約22 mL、約24 mL、約26 mL、約28 mL、約30 mL、約32 mL、約34 mL、約36 mL、約38 mL、約40 mL、約42 mL、約44 mL、約46 mL、約48 mL或約50 mL。在一些情況下，試樣(例如，全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)之體積可為約1 mL至約50 mL、約1 mL至約40 mL、約1 mL至約30 mL、約1 mL至約20 mL、約1 mL至約10 mL、約5 mL至約50 mL、約5 mL至約40 mL、約5 mL至約30 mL、約5 mL至約20 mL、約5 mL至約10 mL、約6 mL至約50 mL、約6 mL至約40 mL、約6 mL至約30 mL、約6 mL至約20 mL、約6 mL至約10 mL、約7 mL至約50 mL、約7 mL至約40 mL、約7 mL至約30 mL、約7 mL至約20 mL、約7 mL至約10 mL、約8 mL至約50 mL、約8 mL至約40 mL、約8 mL至約30 mL、約8 mL至約20 mL、約8 mL至約10 mL、約9 mL至約50 mL、約9 mL至約40 mL、約9 mL至約30 mL、約9 mL至約20 mL、約9 mL至約10 mL、約5 mL至約15 mL、約5 mL至約14 mL、約5 mL至約13 mL、約5 mL至約12 mL、約5 mL至約11 mL、約6 mL至約15 mL、約6 mL至約14 mL、約6 mL至約13 mL、約6 mL至約12 mL、約6 mL至約11 mL、約7 mL至約15 mL、約7 mL至約14 mL、約7 mL至約13 mL、約7 mL至約12 mL、約7 mL至約11 mL、約8 mL至約15 mL、約8 mL至約14 mL、約8 mL至約13 mL、約8 mL至約12 mL、約8 mL至約11 mL、約9 mL至約15 mL、約9 mL至約14 mL、約9 mL至約13 mL、約9 mL至約12 mL或約9 mL至約11 mL。在一些情況下，試樣(例如，全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)之體積為約10 mL。例如，在一些情況下，血漿試樣之體積為10 mL。
在任何前述方法之一些實施例中，分析中所評估之體細胞突變各自之等位基因頻率為約0.1%或更多，例如，約0.1%或更多、約0.2%或更多、約0.3%或更多、約0.4%或更多、約0.5%或更多、約0.6%或更多、約0.7%或更多、約0.8%或更多、約0.9%或更多、約1.0%或更多、約1.1%或更多、約1.2%或更多、約1.3%或更多、約1.4%或更多、約1.5%或更多、約1.6%或更多、約1.7%或更多、約1.8%或更多、約1.9%或更多、約2.0%或更多、約2.1%或更多、約2.2%或更多、約2.3%或更多、約2.4%或更多、約2.5%或更多、約2.6%或更多、約2.7%或更多、約2.8%或更多、約2.9%或更多、約3.0%或更多、約3.1%或更多、約3.2%或更多、約3.3%或更多、約3.4%或更多、約3.5%或更多、約3.6%或更多、約3.7%或更多、約3.8%或更多、約3.9%或更多、約4.0%或更多、約4.1%或更多、約4.2%或更多、約4.3%或更多、約4.4%或更多、約4.5%或更多、約4.6%或更多、約4.7%或更多、約4.8%或更多、約4.9%或更多、約5.0%或更多、約6.0%或更多、約7.0%或更多、約8.0%或更多、約9.0%或更多、約10.0%或更多、約11.0%或更多、約12.0%或更多、約13.0%或更多、約14.0%或更多、約15.0%或更多、約16.0%或更多、約17.0%或更多、約18.0%或更多、約19.0%或更多、約20.0%或更多或更高。例如，在一些實施例中，分析中所評估之體細胞突變各自之等位基因頻率為0.5%或更多。表 1. 癌症相關基因
測定步驟可包括自個體之試樣(例如全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)測定等位基因(亦即具有體細胞突變(例如編碼區中之鹼基取代及/或編碼區中之插入或缺失突變)之基因變異體)之最高相對頻率，以推導出MSAF。次最常發生突變之體細胞等位基因頻率亦可自個體之試樣來測定。在一些情況下，針對自個體之試樣偵測到之每一突變測定體細胞等位基因頻率。在一些情況下，具有多個體細胞突變之試樣將彼等突變呈現為體細胞等位基因頻率之分佈，其可能取決於其在癌症(例如腫瘤)中之原始選殖頻率。在一些情況下，棄去大於40% (例如，＞40%、≥50%、≥60%、≥70%、≥80%、≥90%或100%)之體細胞等位基因頻率，並且具有小於40% (例如，≤40%)之次最高體細胞等位基因頻率之變異體經確定為試樣之MSAF。在一些情況下，MSAF係根據試樣中小於20%之最大體細胞等位基因頻率來計算。可能發現種系突變之體細胞等位基因頻率分佈在約50%與約100%之間。
MSAF之測定可在自個體之試樣測定bTMB評分之前、同時或之後進行。
在任何前述情況下，個體可能患有選自以下之癌症：例如肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、Merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤。
在一些情況下，個體在利用含鉑方案(例如，包括基於鉑之化學治療劑之方案，例如，包括基於順鉑之化學療法之方案)治療癌症後取得了進展。在其他情況下，個體可能不適合利用含鉑方案(例如，包括基於鉑之化學治療劑之方案，例如，包括基於順鉑之化學療法之方案)之治療，及/或先前未曾接受針對癌症之治療。在一些情況下，個體先前未曾接受利用免疫檢查點抑制劑之治療，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))，或其任一組合。
在任何前述方法中，自患者獲得之試樣(例如血液試樣)係選自由以下各項組成之群：全血、血漿、血清或其組合。在一些情況下，試樣係檔案血液試樣、新鮮血液試樣或冷凍血液試樣。
在任何前述情況下，參考bTMB評分可為患有癌症之參考個體群體中之bTMB評分(例如，肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、Merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤)，該個體群體由已用免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)治療之第一個體子集及已用非PD-L1軸結合拮抗劑療法治療之第二個體子集組成，其中非PD-L1軸結合拮抗劑療法不包含免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑。在一些情況下，基於對利用PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性相對於對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性的顯著差異，參考bTMB評分使第一個體子集及第二個體子集中之每一者顯著地分離。在一些情況下，對治療之反應性係無進展存活(PFS)之增加及/或總體存活(OS)之增加。在一些情況下，參考bTMB評分可為預分配之bTMB評分。參考bTMB評分可在4與30之間(例如，4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29及30，例如，在8與30之間，例如，在10與16之間，或例如在10與20之間)。在一些情況下，參考bTMB評分可在10與20之間(例如，10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20)。在其他情況下，參考bTMB評分可在16與20之間(例如，16、17、18、19或20)。例如，在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於9之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於10之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於11之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於12之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於13之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於14之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於16之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於18之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)且具有大於或等於16之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於20之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於21之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於22之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於23之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於24之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於25之參考bTMB評分。
在任何前述情況下，試樣之bTMB評分可大於或等於4 (例如，4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更大)。例如，試樣之bTMB評分可在約8與約100之間(例如，8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90及100)。在一些情況下，試樣之bTMB評分可在約400與約1500之間(例如，bTMB評分為約400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200、1300、1400或1500)。在一些情況下，試樣之bTMB評分可小於4 (例如，0、1、2或3)或無法偵測。
在任何前述情況之一些實施例中，bTMB評分(例如，參考bTMB評分)表示為在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量。在一些實施例中，bTMB評分(例如，參考bTMB評分)係等效bTMB值，例如，如藉由全外顯子體測序所測定。
在一些情況下，參考群體中來自個體之試樣之bTMB評分之盛行率可大於或等於約5%，例如，盛行率在約5%與約75%之間(例如，盛行率在約5%與約15%之間、約15%與約30%之間、約30%與約45%之間、約45%與約60%之間或約60%與75%之間；例如，5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%或75%)。
在一些情況下，參考群體中bTMB評分大於或等於參考截止bTMB評分之盛行率為約5%，例如盛行率在約5%與約75%之間(例如，盛行率在約5%與約15%、約15%與約30%、約30%與約45%、約45%與約60%或約60%與75%之間；例如，5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%或75%)。
在一些情況下，測定為在基因體或外顯子體之子集(例如，預定之基因體)中在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量之bTMB評分自藉由全外顯子體測序測定之bTMB評分偏離小於約30% (例如，小於約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%、約4%、約3%、約2%、約1%或更少)。在一些實施例中，測定為在基因體或外顯子體之子集(例如，預定之基因體)中在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量之bTMB評分自藉由全外顯子體測序測定之bTMB評分偏離約1%至約30% (例如，約1%至約30%、約1%至約25%、約1%至約20%、約1%至約15%、約1%至約10%、約5%至約30%、約5%至約25%、約5%至約20%、約5%至約15%、約5%至約10%、約10%至約30%、約10%至約25%、約10%至約20%、約10%至約15%、約15%至約30%、約15%至約25%、約15%至約20%、約20%至約30%或約20%至約25%)。在一些實施例中，測定為在基因體或外顯子體之子集(例如，預定之基因體)中在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量之bTMB評分自藉由全外顯子體測序測定之bTMB評分偏離約10%至約20% (例如，約10%、約11%、約12%、約13%、約14%、約15%、約16%、約17%、約18%、約19%或約20%)。在本文提供之任何方法中，來自包含免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)之治療之益處可為OS之增加、PFS之增加或OS及PFS之增加。
在任何前述方法中，PD-L1軸結合拮抗劑可為業內已知或本文在(例如)下文第IV章節中所闡述之任何PD-L1軸結合拮抗劑。
在一些實施例中，該方法進一步包含向患者或另一個人或實體、照護者、醫師、腫瘤學家、醫院、診所、第三方支付者、保險公司、醫藥或生物技術公司或政府機構生成報告，例如電子報告、基於網絡之報告或紙質報告。在一些實施例中，報告包含來自包含評估bTMB評分之方法之輸出。(ii) 預後及藥效學診斷方法
本發明提供預後及藥效學方法。在一些情況下，該等方法可涉及為患有癌症之個體提供預後。在其他情況下，該等方法可涉及監測患者對利用抗癌療法之治療之反應，該抗癌療法包括免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))，或其任一組合。在特定情況下，本文提供之方法及分析可用於確定患有癌症之患者是否可能對利用包括免疫檢查點抑制劑之抗癌療法之治療有反應，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))或其任一組合，該方法包括子個體之試樣測定bTMB評分，其中試樣之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分則將該個體鑑別為可能對包含免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如，阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))，或其任一組合)之治療有反應之個體。在一些情況下，試樣之bTMB評分低於參考bTMB評分則將該個體鑑別為較不可能對包含免疫檢查點抑制劑之治療有反應之個體，該含免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3抗體(例如，抗LAG-3抗體))，或其任一組合。
在一個態樣中，本文提供為患有癌症之個體提供預後之方法，該方法包括自個體之試樣測定bTMB評分，其中試樣之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分則將該個體鑑別為可能具有較差預後之個體。
在一個態樣中，本文提供為患有癌症之個體提供預後之方法，該方法包括自該個體之試樣測定ctDNA水準，其中該試樣之ctDNA水準等於或高於參考ctDNA水準則將該個體鑑別為可能具有較差預後之個體。
在另一態樣中，本文提供為患有癌症之個體提供預後之方法，該方法包括自該個體之試樣測定MSAF，其中該試樣之MSAF等於或高於參考MSAF則將該個體鑑別為可能具有較差預後之個體。MSAF可使用(例如)如下文第C章節中所闡述或者如實例中所闡述之任何適宜方法來測定。
在另一態樣中，本文提供評價患有癌症之個體之臨床病理變量之方法，該方法包含測定自該個體獲得之試樣中之bTMB評分。臨床病理變量可為(例如)腫瘤負荷、SLD或腫瘤組織學(例如鱗狀或非鱗狀形態)。
在另一態樣中，本文提供評價患有癌症之個體之臨床病理變量之方法，該方法包含測定自該個體獲得之試樣中之MSAF。臨床病理變量可為(例如)腫瘤負荷、SLD或腫瘤組織學(例如鱗狀或非鱗狀形態)。
在又一態樣中，本文提供預測患有癌症之個體中疾病進展之方法，該方法包含測定自該個體獲得之試樣之bTMB評分，其中該試樣之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分則將該個體鑑別為較可能展現疾病進展之個體。在一些實施例中，疾病進展係腫瘤負荷增加。在一些實施例中，腫瘤負荷增加之特徵在於最長直徑總和(SLD)增加。在一些實施例中，疾病進展之特徵在於鱗狀形態增加，例如，如藉由腫瘤組織學所評價。在其他實施例中，疾病進展之特徵在於非鱗狀形態增加，例如，如藉由腫瘤組織學所評價。
在又一態樣中，本文提供預測患有癌症之個體中疾病進展之方法，該方法包含測定自該個體獲得之試樣之MSAF，其中試樣之MSAF等於或高於參考MSAF則將該個體鑑別為較可能展現疾病進展之個體。在一些實施例中，疾病進展係腫瘤負荷增加。在一些實施例中，腫瘤負荷增加之特徵在於最長直徑總和(SLD)增加。在一些實施例中，疾病進展之特徵在於鱗狀形態增加，例如，如藉由腫瘤組織學所評價。在其他實施例中，疾病進展之特徵在於非鱗狀形態增加，例如，如藉由腫瘤組織學所評價。在任何前述方法之一些實施例中，來自個體之試樣之MSAF為約0.01%至約10%，例如，約0.01%、約0.02%、約0.03%、約0.04%、約0.05%、約0.06%、約0.07%、約0.08%、約0.09%、約0.1%、約0.15%、約0.2%、約0.25%、約0.3%、約0.35%、約0.4%、約0.45%、約0.5%、約0.55%、約0.6%、約0.65%、約0.7%、約0.75%、約0.8%、約0.85%、約0.9%、約0.95%、約1%、約1.5%、約2%、約2.5%、約3%、約3.5%、約4%、約4.5%、約5%、約5.5%、約6%、約6.5%、約7%、約7.5%、約8%、約8.5%、約9%、約9.5%或約10%。
在一些實施例中，來自個體之試樣之MSAF為約0.01%至約10%、約0.01%至約9%、約0.01%至約8%、約0.01%至約7%、約0.01%至約6%、約0.01%至約5%、約0.01%至約4%、約0.01%至約3%、約0.01%至約2%、約0.01%至約1%、約0.05%至約10%、約0.05%至約9%、約0.05%至約8%、約0.05%至約7%、約0.05%至約6%、約0.05%至約5%、約0.05%至約4%、約0.05%至約3%、約0.05%至約2%、約0.05%至約1%、約0.1%至約10%、約0.1%至約9%、約0.1%至約8%、約0.1%至約7%、約0.1%至約6%、約0.1%至約5%、約0.1%至約4%、約0.1%至約3%、約0.1%至約2%或約0.1%至約1%。在特定實施例中，來自個體之試樣之MSAF為約0.1%至約5%。在其他特定實施例中，來自個體之試樣之MSAF為約0.1%至約2%。
在一些實施例中，來自個體之試樣之MSAF為約0.1%至約5%、約0.1%至約4.5%、約0.1%至約4%、約0.1%至約3.5%、約0.1%至約3%、約0.1%至約2.5%、約0.1%至約2%、約0.1%至約1.5%、約0.1%至約1%、約0.1%至約0.9%、約0.1%至約0.8%、約0.1%至約0.7%、約0.1%至約0.6%、約0.1%至約0.5%、約0.1%至約0.4%、約0.1%至約0.3%、約0.1%至約0.2%、約0.5%至約5%、約0.5%至約4.5%、約0.5%至約4%、約0.5%至約3.5%、約0.5%至約3%、約0.5%至約2.5%、約0.5%至約2%、約0.5%至約1.5%、約0.5%至約1%、約0.5%至約0.9%、約0.5%至約0.8%、約0.5%至約0.7%、約0.5%至約0.6%、約1%至約5%、約1%至約4.5%、約1%至約4%、約1%至約3.5%、約1%至約3%、約1%至約2.5%、約1%至約2%、約1%至約1.5%、約1%至約1.25%、約1.25%至約5%、約1.25%至約4.5%、約1.25%至約4%、約1.25%至約3.5%、約1.25%至約3%、約1.25%至約2.5%、約1.25%至約2%、約1.25%至約1.5%、約1.5%至約5%、約1.5%至約4.5%、約1.5%至約4%、約1.5%至約3.5%、約1.5%至約3%、約1.5%至約2.5%、約1.5%至約2%、約1.75%至約5%、約1.75%至約4.5%、約1.75%至約4%、約1.75%至約3.5%、約1.75%至約3%、約1.75%至約2.5%、約1.75%至約2%、約2%至約5%、約2%至約4.5%、約2%至約4%、約2%至約3.5%、約2%至約3%、約2%至約2.5%、約2.5%至約5%、約2.5%至約4.5%、約2.5%至約4%、約2.5%至約3.5%、約2.5%至約3%、約3%至約5%、約3%至約4.5%、約3%至約4%、約3%至約3.5%、約3.5%至約5%、約3.5%至約4.5%、約3.5%至約4%、約4%至約5%或約4%至約4.5%。
在一些實施例中，來自個體之試樣之基線MSAF為約0.1%至約5%、約0.1%至約4.5%、約0.1%至約4%、約0.1%至約3.5%、約0.1%至約3%、約0.1%至約2.5%、約0.1%至約2%、約0.1%至約1.5%、約0.1%至約1%、約0.1%至約0.9%、約0.1%至約0.8%、約0.1%至約0.7%、約0.1%至約0.6%、約0.1%至約0.5%、約0.1%至約0.4%、約0.1%至約0.3%、約0.1%至約0.2%、約0.5%至約5%、約0.5%至約4.5%、約0.5%至約4%、約0.5%至約3.5%、約0.5%至約3%、約0.5%至約2.5%、約0.5%至約2%、約0.5%至約1.5%、約0.5%至約1%、約0.5%至約0.9%、約0.5%至約0.8%、約0.5%至約0.7%、約0.5%至約0.6%、約1%至約5%、約1%至約4.5%、約1%至約4%、約1%至約3.5%、約1%至約3%、約1%至約2.5%、約1%至約2%、約1%至約1.5%、約1%至約1.25%、約1.25%至約5%、約1.25%至約4.5%、約1.25%至約4%、約1.25%至約3.5%、約1.25%至約3%、約1.25%至約2.5%、約1.25%至約2%、約1.25%至約1.5%、約1.5%至約5%、約1.5%至約4.5%、約1.5%至約4%、約1.5%至約3.5%、約1.5%至約3%、約1.5%至約2.5%、約1.5%至約2%、約1.75%至約5%、約1.75%至約4.5%、約1.75%至約4%、約1.75%至約3.5%、約1.75%至約3%、約1.75%至約2.5%、約1.75%至約2%、約2%至約5%、約2%至約4.5%、約2%至約4%、約2%至約3.5%、約2%至約3%、約2%至約2.5%、約2.5%至約5%、約2.5%至約4.5%、約2.5%至約4%、約2.5%至約3.5%、約2.5%至約3%、約3%至約5%、約3%至約4.5%、約3%至約4%、約3%至約3.5%、約3.5%至約5%、約3.5%至約4.5%、約3.5%至約4%、約4%至約5%或約4%至約4.5%。
在一些實施例中，來自個體之試樣之基線MSAF為約0.1%至約5%、約0.1%至約4.5%、約0.1%至約4%、約0.1%至約3.5%、約0.1%至約3%、約0.1%至約2.5%、約0.1%至約2%、約0.1%至約1.5%、約0.1%至約1%、約0.1%至約0.9%、約0.1%至約0.8%、約0.1%至約0.7%、約0.1%至約0.6%、約0.1%至約0.5%、約0.1%至約0.4%、約0.1%至約0.3%、約0.1%至約0.2%、約0.5%至約5%、約0.5%至約4.5%、約0.5%至約4%、約0.5%至約3.5%、約0.5%至約3%、約0.5%至約2.5%、約0.5%至約2%、約0.5%至約1.5%、約0.5%至約1%、約0.5%至約0.9%、約0.5%至約0.8%、約0.5%至約0.7%、約0.5%至約0.6%、約1%至約5%、約1%至約4.5%、約1%至約4%、約1%至約3.5%、約1%至約3%、約1%至約2.5%、約1%至約2%、約1%至約1.5%、約1%至約1.25%、約1.25%至約5%、約1.25%至約4.5%、約1.25%至約4%、約1.25%至約3.5%、約1.25%至約3%、約1.25%至約2.5%、約1.25%至約2%、約1.25%至約1.5%、約1.5%至約5%、約1.5%至約4.5%、約1.5%至約4%、約1.5%至約3.5%、約1.5%至約3%、約1.5%至約2.5%、約1.5%至約2%、約1.75%至約5%、約1.75%至約4.5%、約1.75%至約4%、約1.75%至約3.5%、約1.75%至約3%、約1.75%至約2.5%、約1.75%至約2%、約2%至約5%、約2%至約4.5%、約2%至約4%、約2%至約3.5%、約2%至約3%、約2%至約2.5%、約2.5%至約5%、約2.5%至約4.5%、約2.5%至約4%、約2.5%至約3.5%、約2.5%至約3%、約3%至約5%、約3%至約4.5%、約3%至約4%、約3%至約3.5%、約3.5%至約5%、約3.5%至約4.5%、約3.5%至約4%、約4%至約5%或約4%至約4.5%。
在任何前述方法之一些實施例中，個體之試樣係在投與抗癌療法(例如，包括免疫檢查點抑制劑之抗癌療法，例如，PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體)，或其任一組合)之前自個體獲得。換言之，試樣可為基線試樣。
任何前述方法可包括為個體選擇抗癌療法。在一些實施例中，該方法進一步包含向個體投與抗癌療法。在一些實施例中，儘快選擇及/或向個體投與抗癌療法。在一些實施例中，抗癌療法包括免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))，或其任一組合。在一些實施例中，該方法可進一步包括選擇及/或向個體投與抗癌療法，該抗癌療法包括免疫檢查點抑制劑與額外治療劑(例如化學治療劑)之組合。在一些實施例中，該方法可進一步包括選擇及/或向個體投與不包括免疫檢查點抑制劑之抗癌療法，例如包括化學治療劑之抗癌療法。在一些實施例中，化學治療劑係本文所闡述或業內已知之任何化學治療劑。在一些實施例中，抗癌療法包括細胞毒性組合(例如，攻擊性更強之細胞毒性組合)。
在又一態樣中，本文提供監測患有癌症之個體對利用包括免疫檢查點抑制劑之抗癌療法之治療之反應的方法，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如抗LAG-3抗體))，或其任一組合，該方法包括：(a)在將抗癌療法投與個體後之時間點測定自個體獲得之試樣中之bTMB評分；以及(b)將試樣中之bTMB評分與參考bTMB評分進行比較，從而監測個體對利用抗癌療法之治療之反應。在一些實施例中，該方法進一步包含若試樣中之bTMB評分相對於參考bTMB評分降低，則投與一或多個額外劑量之抗癌療法。在其他實施例中，該方法可進一步包括若試樣中之bTMB評分相對於參考bTMB評分增加，則為該個體選擇不包括免疫檢查點抑制劑之抗癌療法。在其他實施例中，該方法可進一步包括若試樣中之bTMB評分相對於參考bTMB評分增加或保持相同，則為該個體選擇包括免疫檢查點抑制劑與額外治療劑之組合之抗癌療法。在一些實施例中，該方法可進一步包括向個體投與不包括免疫檢查點抑制劑之抗癌療法，例如包括化學治療劑之抗癌療法。在一些實施例中，化學治療劑係本文所闡述或業內已知之任何化學治療劑。
本文提供之方法可包括自個體之試樣(例如全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)測定bTMB評分或MSAF。個體之試樣可為檔案試樣、新鮮試樣或冷凍試樣。測定步驟可包括測定在預定之基因體中發生之體細胞突變(例如，編碼區中之鹼基取代及/或編碼區中之插入或缺失突變)之總數，以推導出來自個體之試樣之bTMB評分。在一些實施例中，體細胞突變之數量係所計數之SNV之數量或SNV之數量與所計數之插入或缺失突變之數量之總和。
體細胞突變之數量可基於業內已知之任一適宜標準定性及/或定量地測定，該任一適宜標準包括(但不限於)個體中之DNA、mRNA、cDNA、蛋白質、蛋白質片段及/或基因拷貝數水準之量測。在一些情況下，自個體收集之試樣(例如全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)測定個體之全面基因體譜。在一些情況下，基因體譜之測定包含應用業內已知或本文闡述之第二代測序方法來鑑別基因體改變(例如，體細胞突變(例如，編碼區中之鹼基取代及/或編碼區中之插入或缺失突變))。在一些情況下，該測試同時對覆蓋至少約0.05 Mb至約10 Mb (例如，0.05、0.06. 0.07、0.08、0.09、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10 Mb)至至少約500倍(例如，500倍、550倍、600倍、650倍、700倍、750倍、800倍、850倍、900倍、950倍或1,000倍)之外顯子覆蓋度之典型中值深度之約300個基因(例如，至少約300至約400個基因(例如，約300、310、320、330、340、350、360、370、380、390或400個基因)之集合)之編碼區進行測序。在其他情況下，該測試同時對約400個基因、約425個基因、約450個基因、約475個基因、約500個基因、約525個基因、約550個基因、約575個基因、約600個基因、約625個基因、約650個基因、約675個基因、約700個基因、約725個基因、約750個基因、約775個基因、約800個基因、約825個基因、約850個基因、約875個基因、約900個基因、約925個基因、約950個基因、約975個基因、約1000個基因或大於1000個基因之編碼區進行測序。在一些情況下，該基因體包括表1中所述之至少兩個基因(例如癌症相關基因)。在一些情況下，該基因體係FOUNDATIONONE®面板之基因體。在一些情況下，該基因體係FOUNDATIONONE® CDx面板之基因體。在一些實施例中，該測試對個體基因體之大於約10 Mb進行測序，例如，大於約10 Mb、大於約15 Mb、大於約20 Mb、大於約25 Mb、大於約30 Mb、大於約35 Mb、大於約40 Mb、大於約45 Mb、大於約50 Mb、大於約55 Mb、大於約60 Mb、大於約65 Mb、大於約70 Mb、大於約75 Mb、大於約80 Mb、大於約85 Mb、大於約90 Mb、大於約95 Mb、大於約100 Mb、大於約200 Mb、大於約300 Mb、大於約400 Mb、大於約500 Mb、大於約600 Mb、大於約700 Mb、大於約800 Mb、大於約900 Mb、大於約1 Gb、大於約2 Gb、大於約3 Gb或約3.3 Gb。在一些情況下，bTMB評分係藉由全外顯子體測序來測定。在一些情況下，bTMB評分係藉由全基因體測序來測定。bTMB評分可獨立於基因一致性來計算。在一些情況下，每一覆蓋之測序讀段代表獨特的DNA片段，以使得能夠高度敏感且特異性地偵測由於腫瘤異質性、低腫瘤純度及小試樣體積而以低頻率發生之基因體改變。
測定步驟可包括測定自個體之試樣(例如全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)分離之細胞外游離DNA (cfDNA)及/或循環腫瘤DNA (ctDNA)中之體細胞突變之數量，以推導出bTMB評分。在一些實施例中，自試樣分離之cfDNA之量為至少約5 ng (例如，至少約5 ng、至少約10 ng、至少約15 ng、至少約20 ng、至少約25 ng、至少約30 ng、至少約35 ng、至少約40 ng、至少約45 ng、至少約50 ng、至少約75 ng、至少約100 ng、至少約200 ng、至少約300 ng、至少約400 ng或更多)。例如，在一些實施例中，自試樣分離之cfDNA之量為至少約20 ng cfDNA。在一些實施例中，自試樣分離之cfDNA之量為(例如)約5 ng至約100 ng (例如，約5 ng至約100 ng、約5 ng至約90 ng、約5 ng至約80 ng、約5 ng至約70 ng、約5 ng至約60 ng、約5 ng至約50 ng、約5 ng至約40 ng、約5 ng至約30 ng、約5 ng至約20 ng、約5 ng至約15 ng、約5 ng至約10 ng、約10 ng至約100 ng、約10 ng至約90 ng、約10 ng至約80 ng、約10 ng至約70 ng、約10 ng至約60 ng、約10 ng至約50 ng、約10 ng至約40 ng、約10 ng至約30 ng、約10 ng至約20 ng、約15 ng至約100 ng、約15 ng至約90 ng、約15 ng至約80 ng、約15 ng至約70 ng、約15 ng至約60 ng、約15 ng至約50 ng、約20 ng至約100 ng、約20 ng至約90 ng、約20 ng至約80 ng、約20 ng至約70 ng、約20 ng至約60 ng、約20 ng至約50 ng、約20 ng至約40 ng、約20 ng至約30 ng、約25 ng至約100 ng、約25 ng至約90 ng、約25 ng至約80 ng、約25 ng至約70 ng、約25 ng至約60 ng、約25 ng至約50 ng、約25 ng至約40 ng、約25 ng至約30 ng、約30 ng至約100 ng、約30 ng至約90 ng、約30 ng至約80 ng、約30 ng至約70 ng、約30 ng至約60 ng、約30 ng至約50 ng、約30 ng至約40 ng、約30 ng至約35 ng、約35 ng至約100 ng、約35 ng至約90 ng、約35 ng至約80 ng、約35 ng至約70 ng、約35 ng至約60 ng、約35 ng至約50 ng、約35 ng至約40 ng、約40 ng至約100 ng、約40 ng至約90 ng、約40 ng至約80 ng、約40 ng至約70 ng、約40 ng至約60 ng、約40 ng至約50 ng、約40 ng至約45 ng、約50 ng至約100 ng、約50 ng至約90 ng、約50 ng至約80 ng、約50 ng至約70 ng、約50 ng至約60 ng、約60 ng至約100 ng、約60 ng至約90 ng、約60 ng至約80 ng、約60 ng至約70 ng、約70 ng至約100 ng、約70 ng至約90 ng、約70 ng至約80 ng、約80 ng至約100 ng、約80 ng至約90 ng或90 ng至約100 ng)。在一些實施例中，自試樣分離之cfDNA之量為約100 ng或更多(例如，約100 ng或更多、約200 ng或更多、約300 ng或更多、約400 ng或更多、約500 ng或更多、約600 ng或更多、約700 ng或更多、約800 ng或更多、約900 ng或更多或更高)。
在任何前述方法之一些實施例中，分析中所評估之體細胞突變各自之等位基因頻率為約0.1%或更多，例如，約0.1%或更多、約0.2%或更多、約0.3%或更多、約0.4%或更多、約0.5%或更多、約0.6%或更多、約0.7%或更多、約0.8%或更多、約0.9%或更多、約1.0%或更多、約1.1%或更多、約1.2%或更多、約1.3%或更多、約1.4%或更多、約1.5%或更多、約1.6%或更多、約1.7%或更多、約1.8%或更多、約1.9%或更多、約2.0%或更多、約2.1%或更多、約2.2%或更多、約2.3%或更多、約2.4%或更多、約2.5%或更多、約2.6%或更多、約2.7%或更多、約2.8%或更多、約2.9%或更多、約3.0%或更多、約3.1%或更多、約3.2%或更多、約3.3%或更多、約3.4%或更多、約3.5%或更多、約3.6%或更多、約3.7%或更多、約3.8%或更多、約3.9%或更多、約4.0%或更多、約4.1%或更多、約4.2%或更多、約4.3%或更多、約4.4%或更多、約4.5%或更多、約4.6%或更多、約4.7%或更多、約4.8%或更多、約4.9%或更多、約5.0%或更多、約6.0%或更多、約7.0%或更多、約8.0%或更多、約9.0%或更多、約10.0%或更多、約11.0%或更多、約12.0%或更多、約13.0%或更多、約14.0%或更多、約15.0%或更多、約16.0%或更多、約17.0%或更多、約18.0%或更多、約19.0%或更多、約20.0%或更多或更高。例如，在一些實施例中，分析中所評估之體細胞突變各自之等位基因頻率為0.5%或更多。在任何前述方法中可使用任一適宜之試樣體積。例如，在一些情況下，試樣(例如，全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)之體積可為約1 mL至約50 mL，例如，約1 mL、約2 mL、約3 mL、約4 mL、約5 mL、約6 mL、約7 mL、約8 mL、約9 mL、約10 mL、約11 mL、約12 mL、約13 mL、約14 mL、約15 mL、約16 mL、約17 mL、約18 mL、約19 mL、約20 mL、約22 mL、約24 mL、約26 mL、約28 mL、約30 mL、約32 mL、約34 mL、約36 mL、約38 mL、約40 mL、約42 mL、約44 mL、約46 mL、約48 mL或約50 mL。在一些情況下，試樣(例如，全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)之體積可為約1 mL至約50 mL、約1 mL至約40 mL、約1 mL至約30 mL、約1 mL至約20 mL、約1 mL至約10 mL、約5 mL至約50 mL、約5 mL至約40 mL、約5 mL至約30 mL、約5 mL至約20 mL、約5 mL至約10 mL、約6 mL至約50 mL、約6 mL至約40 mL、約6 mL至約30 mL、約6 mL至約20 mL、約6 mL至約10 mL、約7 mL至約50 mL、約7 mL至約40 mL、約7 mL至約30 mL、約7 mL至約20 mL、約7 mL至約10 mL、約8 mL至約50 mL、約8 mL至約40 mL、約8 mL至約30 mL、約8 mL至約20 mL、約8 mL至約10 mL、約9 mL至約50 mL、約9 mL至約40 mL、約9 mL至約30 mL、約9 mL至約20 mL、約9 mL至約10 mL、約5 mL至約15 mL、約5 mL至約14 mL、約5 mL至約13 mL、約5 mL至約12 mL、約5 mL至約11 mL、約6 mL至約15 mL、約6 mL至約14 mL、約6 mL至約13 mL、約6 mL至約12 mL、約6 mL至約11 mL、約7 mL至約15 mL、約7 mL至約14 mL、約7 mL至約13 mL、約7 mL至約12 mL、約7 mL至約11 mL、約8 mL至約15 mL、約8 mL至約14 mL、約8 mL至約13 mL、約8 mL至約12 mL、約8 mL至約11 mL、約9 mL至約15 mL、約9 mL至約14 mL、約9 mL至約13 mL、約9 mL至約12 mL或約9 mL至約11 mL。在一些情況下，試樣(例如，全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)之體積為約10 mL。例如，在一些情況下，血漿試樣之體積為10 mL。測定步驟可包括自個體之試樣(例如全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)測定等位基因(亦即具有體細胞突變(例如編碼區中之鹼基取代及/或編碼區中之插入或缺失突變)之基因變異體)之最高相對頻率，以推導出MSAF。次最常發生突變之體細胞等位基因頻率亦可自個體之試樣來測定。在一些情況下，針對自個體之試樣偵測到之每一突變測定體細胞等位基因頻率。在一些情況下，具有多個體細胞突變之試樣將彼等突變呈現為體細胞等位基因頻率之分佈，其可能取決於其在癌症(例如腫瘤)中之原始選殖頻率。在一些情況下，棄去大於40% (例如，＞40%、≥50%、≥60%、≥70%、≥80%、≥90%或100%)之體細胞等位基因頻率，並且具有小於40% (例如，≤40%)之次最高體細胞等位基因頻率之變異體經確定為試樣之MSAF。在一些情況下，MSAF係根據試樣中小於20%之最大體細胞等位基因頻率來計算。可能發現種系突變之體細胞等位基因頻率分佈在約50%與約100%之間。
在任何前述情況下，個體可能患有選自以下之癌症：例如肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、Merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤。
在一些情況下，個體在利用含鉑方案(例如，包括基於鉑之化學治療劑之方案，例如，包括基於順鉑之化學療法之方案)治療癌症後取得了進展。在其他情況下，個體可能不適合利用含鉑方案(例如，包括基於鉑之化學治療劑之方案，例如，包括基於順鉑之化學療法之方案)之治療，及/或先前未曾接受針對癌症之治療。在一些情況下，個體先前未曾接受利用免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)之治療。
在任何前述方法中，自患者獲得之試樣(例如血液試樣)係選自由以下各項組成之群：全血、血漿、血清或其組合。在一些情況下，試樣係檔案血液試樣、新鮮血液試樣或冷凍血液試樣。
在任何前述情況下，參考bTMB評分可為患有癌症之參考個體群體中之bTMB評分(例如，肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、Merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤)，該個體群體由已用免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)治療之第一個體子集及已用非PD-L1軸結合拮抗劑療法治療之第二個體子集組成，其中非PD-L1軸結合拮抗劑療法不包含免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑。在一些情況下，基於對利用PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性相對於對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性的顯著差異，參考bTMB評分使第一個體子集及第二個體子集中之每一者顯著地分離。在一些情況下，對治療之反應性係無進展存活(PFS)之增加及/或總體存活(OS)之增加。在一些情況下，參考bTMB評分可為預分配之bTMB評分。參考bTMB評分可在4與30之間(例如，4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29及30，例如，在8與30之間，例如，在10與16之間，或例如在10與20之間)。在一些情況下，參考bTMB評分可在10與20之間(例如，10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20)。在其他情況下，參考bTMB評分可在16與20之間(例如，16、17、18、19或20)。在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於14之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於16之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於18之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)且具有大於或等於16之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於20之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於21之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於22之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於23之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於24之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於25之參考bTMB評分。
在任何前述情況下，試樣之bTMB評分可大於或等於4 (例如，4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更大)。例如，試樣之bTMB評分可在約8與約100之間(例如，8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90及100)。在一些情況下，試樣之bTMB評分可在約400與約1500之間(例如，bTMB評分為約400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200、1300、1400或1500)。在一些情況下，試樣之bTMB評分可小於4 (例如，0、1、2或3)或無法偵測。
在任何前述情況之一些實施例中，bTMB評分(例如，參考bTMB評分)表示為在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量。在一些實施例中，bTMB評分(例如，參考bTMB評分)係等效bTMB值，例如，如藉由全外顯子體測序所測定。
在一些情況下，參考群體中來自個體之試樣之bTMB評分之盛行率可大於或等於約5%，例如，盛行率在約5%與約75%之間(例如，盛行率在約5%與約15%之間、約15%與約30%之間、約30%與約45%之間、約45%與約60%之間或約60%與75%之間；例如，5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%或75%)。
在一些情況下，參考群體中bTMB評分大於或等於參考截止bTMB評分之盛行率為約5%，例如盛行率在約5%與約75%之間(例如，盛行率在約5%與約15%、約15%與約30%、約30%與約45%、約45%與約60%或約60%與75%之間；例如，5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%或75%)。
在一些情況下，測定為在基因體或外顯子體之子集(例如，預定之基因體)中在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量之bTMB評分自藉由全外顯子體測序測定之bTMB評分偏離小於約30% (例如，小於約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%、約4%、約3%、約2%、約1%或更少)。在一些實施例中，測定為在基因體或外顯子體之子集(例如，預定之基因體)中在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量之bTMB評分自藉由全外顯子體測序測定之bTMB評分偏離約1%至約30% (例如，約1%至約30%、約1%至約25%、約1%至約20%、約1%至約15%、約1%至約10%、約5%至約30%、約5%至約25%、約5%至約20%、約5%至約15%、約5%至約10%、約10%至約30%、約10%至約25%、約10%至約20%、約10%至約15%、約15%至約30%、約15%至約25%、約15%至約20%、約20%至約30%或約20%至約25%)。在一些實施例中，測定為在基因體或外顯子體之子集(例如，預定之基因體)中在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量之bTMB評分自藉由全外顯子體測序測定之bTMB評分偏離約10%至約20% (例如，約10%、約11%、約12%、約13%、約14%、約15%、約16%、約17%、約18%、約19%或約20%)。
在本文提供之任何方法中，來自包含免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)之治療之益處可為OS之增加、PFS之增加或OS及PFS之增加。
在任何前述方法中，PD-L1軸結合拮抗劑可為業內已知或本文在(例如)下文第IV章節中所闡述之任何PD-L1軸結合拮抗劑。
在一些實施例中，該方法進一步包含向患者或另一個人或實體、照護者、醫師、腫瘤學家、醫院、診所、第三方支付者、保險公司、醫藥或生物技術公司或政府機構生成報告，例如電子報告、基於網絡之報告或紙質報告。在一些實施例中，該報告包含來自包含評估bTMB評分之方法之輸出。 B. 治療方法
本發明亦提供治療患有癌症之個體之方法，該方法包括自該個體之試樣測定bTMB評分，其中該試樣之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分(例如，參考群體中之bTMB評分，例如，在約4與約30之間之參考bTMB評分，例如，約4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30之參考bTMB評分)，及向該個體投與有效量之免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如，阿替珠單抗(MPDL3280A))、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))，或其任一組合。在一些情況下，參考bTMB評分可在10與20之間(例如，10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20)。在其他情況下，參考bTMB評分可在16與20之間(例如，16、17、18、19或20)。在一些情況下，來自個體之試樣之bTMB評分小於參考bTMB評分(例如，在約4與約30之間之參考bTMB評分，例如，約4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30之參考bTMB評分)，且該方法進一步包括向該個體投與不同於免疫檢查點抑制劑或除其以外之抗癌療法，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))，或其任一組合。在一些情況下，來自個體之試樣之bTMB評分在約8與約100之間(例如，8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95或100)。
在特定情況下，本文提供之方法及分析可用於最佳化抗癌療法之治療功效，該抗癌療法可包括免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如抗LAG-3抗體))，或其任一組合，該方法包括在利用抗癌療法之治療期間(例如，在治療時段內)相對於參考bTMB評分監測來自該個體之試樣之bTMB評分。監測可包括(例如)在投與抗癌療法之前及/或之後之時間間隔自個體收集之試樣獲得並比較bTMB評分。在一些情況下，bTMB評分可在投與抗癌療法之前至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時；約1、2、3、4、5、6、7天；約1、2、3或4週；或約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個月自個體收集之試樣獲得。在一些情況下，bTMB評分可在投與抗癌療法之後至少約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小時；約1、2、3、4、5、6、7天；約1、2、3或4週；或約1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12個月自個體收集之試樣獲得。可對在投與抗癌療法之前及/或之後自個體收集之試樣之bTMB評分進行比較，其中在治療之前自個體收集之試樣之bTMB評分相對於在治療之後收集之試樣之bTMB評分之增加可指示所投與抗癌療法之治療功效之水準較低，並且其中在治療之前自個體收集之試樣之bTMB評分相對於在治療之後收集之試樣之bTMB評分之降低可指示所投與抗癌療法之治療功效。在一些情況下，參考bTMB評分可在用抗癌療法治療之前自個體獲得。在一些情況下，該方法包括在用抗癌療法治療期間(例如，在治療時段內)，相對於治療前之bTMB評分，監測來自個體之試樣之bTMB評分。
測定步驟可包括測定自個體之試樣(例如全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)分離之細胞外游離DNA (cfDNA)及/或循環腫瘤DNA (ctDNA)中之體細胞突變之數量，以推導出bTMB評分。在一些實施例中，自試樣分離之cfDNA之量為至少約5 ng (例如，至少約5 ng、至少約10 ng、至少約15 ng、至少約20 ng、至少約25 ng、至少約30 ng、至少約35 ng、至少約40 ng、至少約45 ng、至少約50 ng、至少約75 ng、至少約100 ng、至少約200 ng、至少約300 ng、至少約400 ng或更多)。例如，在一些實施例中，自試樣分離之cfDNA之量為至少約20 ng cfDNA。在一些實施例中，自試樣分離之cfDNA之量為(例如)約5 ng至約100 ng (例如，約5 ng至約100 ng、約5 ng至約90 ng、約5 ng至約80 ng、約5 ng至約70 ng、約5 ng至約60 ng、約5 ng至約50 ng、約5 ng至約40 ng、約5 ng至約30 ng、約5 ng至約20 ng、約5 ng至約15 ng、約5 ng至約10 ng、約10 ng至約100 ng、約10 ng至約90 ng、約10 ng至約80 ng、約10 ng至約70 ng、約10 ng至約60 ng、約10 ng至約50 ng、約10 ng至約40 ng、約10 ng至約30 ng、約10 ng至約20 ng、約15 ng至約100 ng、約15 ng至約90 ng、約15 ng至約80 ng、約15 ng至約70 ng、約15 ng至約60 ng、約15 ng至約50 ng、約20 ng至約100 ng、約20 ng至約90 ng、約20 ng至約80 ng、約20 ng至約70 ng、約20 ng至約60 ng、約20 ng至約50 ng、約20 ng至約40 ng、約20 ng至約30 ng、約25 ng至約100 ng、約25 ng至約90 ng、約25 ng至約80 ng、約25 ng至約70 ng、約25 ng至約60 ng、約25 ng至約50 ng、約25 ng至約40 ng、約25 ng至約30 ng、約30 ng至約100 ng、約30 ng至約90 ng、約30 ng至約80 ng、約30 ng至約70 ng、約30 ng至約60 ng、約30 ng至約50 ng、約30 ng至約40 ng、約30 ng至約35 ng、約35 ng至約100 ng、約35 ng至約90 ng、約35 ng至約80 ng、約35 ng至約70 ng、約35 ng至約60 ng、約35 ng至約50 ng、約35 ng至約40 ng、約40 ng至約100 ng、約40 ng至約90 ng、約40 ng至約80 ng、約40 ng至約70 ng、約40 ng至約60 ng、約40 ng至約50 ng、約40 ng至約45 ng、約50 ng至約100 ng、約50 ng至約90 ng、約50 ng至約80 ng、約50 ng至約70 ng、約50 ng至約60 ng、約60 ng至約100 ng、約60 ng至約90 ng、約60 ng至約80 ng、約60 ng至約70 ng、約70 ng至約100 ng、約70 ng至約90 ng、約70 ng至約80 ng、約80 ng至約100 ng、約80 ng至約90 ng或90 ng至約100 ng)。在一些實施例中，自試樣分離之cfDNA之量為約100 ng或更多(例如，約100 ng或更多、約200 ng或更多、約300 ng或更多、約400 ng或更多、約500 ng或更多、約600 ng或更多、約700 ng或更多、約800 ng或更多、約900 ng或更多或更高)。
在任何前述方法中可使用任一適宜之試樣體積。例如，在一些情況下，試樣(例如，全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)之體積可為約1 mL至約50 mL，例如，約1 mL、約2 mL、約3 mL、約4 mL、約5 mL、約6 mL、約7 mL、約8 mL、約9 mL、約10 mL、約11 mL、約12 mL、約13 mL、約14 mL、約15 mL、約16 mL、約17 mL、約18 mL、約19 mL、約20 mL、約22 mL、約24 mL、約26 mL、約28 mL、約30 mL、約32 mL、約34 mL、約36 mL、約38 mL、約40 mL、約42 mL、約44 mL、約46 mL、約48 mL或約50 mL。在一些情況下，試樣(例如，全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)之體積可為約1 mL至約50 mL、約1 mL至約40 mL、約1 mL至約30 mL、約1 mL至約20 mL、約1 mL至約10 mL、約5 mL至約50 mL、約5 mL至約40 mL、約5 mL至約30 mL、約5 mL至約20 mL、約5 mL至約10 mL、約6 mL至約50 mL、約6 mL至約40 mL、約6 mL至約30 mL、約6 mL至約20 mL、約6 mL至約10 mL、約7 mL至約50 mL、約7 mL至約40 mL、約7 mL至約30 mL、約7 mL至約20 mL、約7 mL至約10 mL、約8 mL至約50 mL、約8 mL至約40 mL、約8 mL至約30 mL、約8 mL至約20 mL、約8 mL至約10 mL、約9 mL至約50 mL、約9 mL至約40 mL、約9 mL至約30 mL、約9 mL至約20 mL、約9 mL至約10 mL、約5 mL至約15 mL、約5 mL至約14 mL、約5 mL至約13 mL、約5 mL至約12 mL、約5 mL至約11 mL、約6 mL至約15 mL、約6 mL至約14 mL、約6 mL至約13 mL、約6 mL至約12 mL、約6 mL至約11 mL、約7 mL至約15 mL、約7 mL至約14 mL、約7 mL至約13 mL、約7 mL至約12 mL、約7 mL至約11 mL、約8 mL至約15 mL、約8 mL至約14 mL、約8 mL至約13 mL、約8 mL至約12 mL、約8 mL至約11 mL、約9 mL至約15 mL、約9 mL至約14 mL、約9 mL至約13 mL、約9 mL至約12 mL或約9 mL至約11 mL。在一些情況下，試樣(例如，全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)之體積為約10 mL。例如，在一些情況下，血漿試樣之體積為10 mL。
在任何前述方法之一些實施例中，分析中所評估之體細胞突變各自之等位基因頻率為約0.1%或更多，例如，約0.1%或更多、約0.2%或更多、約0.3%或更多、約0.4%或更多、約0.5%或更多、約0.6%或更多、約0.7%或更多、約0.8%或更多、約0.9%或更多、約1.0%或更多、約1.1%或更多、約1.2%或更多、約1.3%或更多、約1.4%或更多、約1.5%或更多、約1.6%或更多、約1.7%或更多、約1.8%或更多、約1.9%或更多、約2.0%或更多、約2.1%或更多、約2.2%或更多、約2.3%或更多、約2.4%或更多、約2.5%或更多、約2.6%或更多、約2.7%或更多、約2.8%或更多、約2.9%或更多、約3.0%或更多、約3.1%或更多、約3.2%或更多、約3.3%或更多、約3.4%或更多、約3.5%或更多、約3.6%或更多、約3.7%或更多、約3.8%或更多、約3.9%或更多、約4.0%或更多、約4.1%或更多、約4.2%或更多、約4.3%或更多、約4.4%或更多、約4.5%或更多、約4.6%或更多、約4.7%或更多、約4.8%或更多、約4.9%或更多、約5.0%或更多、約6.0%或更多、約7.0%或更多、約8.0%或更多、約9.0%或更多、約10.0%或更多、約11.0%或更多、約12.0%或更多、約13.0%或更多、約14.0%或更多、約15.0%或更多、約16.0%或更多、約17.0%或更多、約18.0%或更多、約19.0%或更多、約20.0%或更多或更高。例如，在一些實施例中，分析中所評估之體細胞突變各自之等位基因頻率為0.5%或更多。在其中自個體之試樣測定之bTMB評分等於或高於參考bTMB評分之任何本文所述方法之一些情況下，該方法可進一步包括向個體投與有效量之免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))，或其任一組合。在一些情況下，自個體之試樣測定之bTMB評分低於參考bTMB評分。在一些情況下，該方法進一步包括自個體之試樣測定MSAF。在一些情況下，試樣之MSAF大於或等於1% (例如，≥1%、≥2%、≥3%、≥4%、≥5%、≥6%、≥7%、≥8%、≥9%或≥10%)。在一些情況下，試樣之MSAF小於1% (例如，＜1%、≤0.9%、≤0.8%、≤0.7%、≤0.6%、≤0.5%、≤0.4%、≤0.3%、≤0.2%或≤0.1%)。MSAF可在測定bTMB評分之前、同時或之後測定。
例如，當自個體之試樣測定bTMB評分等於或高於參考bTMB評分且MSAF大於或等於1% (例如，≥1%、≥2%、≥3%、≥4%、≥5%、≥6%、≥7%、≥8%、≥9%或≥10%)時，該方法可進一步包括向個體投與有效量之免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)。當自個體之試樣測定bTMB評分等於或高於參考bTMB評分且MSAF小於1% (例如，＜1%、≤0.9%、≤0.8%、≤0.7%、≤0.6%、≤0.5%、≤0.4%、≤0.3%、≤0.2%或≤0.1%)時，該方法可進一步包括向該個體投與有效量之免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如，阿替珠單抗)。類似地，當自個體之試樣測定bTMB評分低於參考bTMB評分且MSAF小於1% (例如，＜1%、≤0.9%、≤0.8%、≤0.7%、≤0.6%、≤0.5%、≤0.4%、≤0.3%、≤0.2%或≤0.1%)時，該方法可進一步包括向該個體投與有效量之免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如，阿替珠單抗)。然而，當自個體之試樣測定bTMB評分低於參考bTMB評分且MSAF大於或等於1% (例如，≥1%、≥2%、≥3%、≥4%、≥5%、≥6%、≥7%、≥8%、≥9%或≥10%)時，該方法可進一步包括投與有效量之不同於免疫檢查點抑制劑或除其以外之抗癌療法，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體，例如，阿替珠單抗)。在任何前述情況下，例如肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、Merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤。在一些情況下，肺癌可能係NSCLC，包括(但不限於)局部晚期或轉移性(例如，IIIB期、IV期或復發性) NSCLC。在一些情況下，肺癌(例如NSCLC)係不可切除/不可手術之肺癌(例如NSCLC)。在其他情況下，肺癌(例如NSCLC)可能在利用先前含鉑方案治療期間或之後有進展。
在一些情況下，個體在利用含鉑方案(例如，包括基於鉑之化學治療劑之方案，例如，包括基於順鉑之化學療法之方案)治療癌症之後取得了進展。在其他情況下，個體可能不適合利用含鉑方案(例如，包括基於鉑之化學治療劑之方案，例如，包括基於順鉑之化學療法之方案)之治療，及/或先前未曾接受針對癌症之治療。在一些情況下，個體先前未曾接受利用免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)之治療。
在任何前述方法中，自患者獲得之試樣(例如血液試樣)係選自由以下各項組成之群：全血、血漿、血清或其組合。在一些情況下，試樣係檔案血液試樣、新鮮血液試樣或冷凍血液試樣。測定步驟可包括測定在預定之基因體中發生之體細胞突變(例如，編碼區中之鹼基取代及/或編碼區中之插入或缺失突變)之總數，以推導出來自個體之試樣之bTMB評分。在一些實施例中，體細胞突變之數量係所計數之SNV之數量或SNV之數量與所計數之插入或缺失突變之數量之總和。
在任何前述情況下，參考bTMB評分可為患有癌症之參考個體群體中之bTMB評分(例如，肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、蕈狀肉芽腫、Merkel氏細胞癌、血液惡性病)，該個體群體由已用免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑療法)治療之第一個體子集及已用非PD-L1軸結合拮抗劑療法治療之第二個體子集組成，其中非PD-L1軸結合拮抗劑療法不包含免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑。在一些情況下，基於對利用PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性相對於對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性的顯著差異，參考bTMB評分使第一個體子集及第二個體子集中之每一者顯著地分離。在一些情況下，對治療之反應性係無進展存活(PFS)之增加及/或總體存活(OS)之增加。在一些情況下，參考bTMB評分可為預分配之bTMB評分。參考bTMB評分可在8與30之間(例如，8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29及30)。在一些情況下，參考bTMB評分可在10與20之間(例如，10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20)。在其他情況下，參考bTMB評分可在16與20之間(例如，16、17、18、19或20)。在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於14之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於16之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)且具有大於或等於18之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)且具有大於或等於16之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於20之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於21之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於22之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於23之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於24之參考bTMB評分。在一些情況下，參考個體群體患有黑色素瘤且具有大於或等於25之參考bTMB評分。
在任何前述情況下，試樣之bTMB評分可大於或等於8 (例如，8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更大)。例如，試樣之bTMB評分可在約8與約100之間(例如，8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90及100)。在一些情況下，試樣之bTMB評分可在約400與約1500之間(例如，bTMB評分為約400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200、1300、1400或1500)。在一些情況下，試樣之bTMB評分可能小於8 (例如，0、1、2、3、4、5、6或7)或無法偵測。
在任何前述情況之一些實施例中，bTMB評分(例如，參考bTMB評分)表示為在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量。在一些實施例中，bTMB評分(例如，參考bTMB評分)係等效bTMB值，例如，如藉由全外顯子體測序所測定。
在一些情況下，參考群體中來自個體之試樣之bTMB評分之盛行率可能大於或等於約5%，例如，盛行率在約5%與約75%之間(例如，5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%或75%)。
在一些情況下，參考群體中bTMB評分大於或等於參考截止bTMB評分之盛行率為約5%，例如盛行率在約5%與約75%之間(例如，盛行率在約5%與約15%、約15%與約30%、約30%與約45%、約45%與約60%或約60%與75%之間；例如，5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%或75%)。
在任何前述情況之一些實施例中，測定為在基因體或外顯子體之子集(例如，預定之基因體)中在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量之bTMB評分自藉由全外顯子體測序測定之bTMB評分偏離小於約30% (例如，小於約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%、約4%、約3%、約2%、約1%或更少)。在一些實施例中，測定為在基因體或外顯子體之子集(例如，預定之基因體)中在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量之bTMB評分自藉由全外顯子體測序測定之bTMB評分偏離約1%至約30% (例如，約1%至約30%、約1%至約25%、約1%至約20%、約1%至約15%、約1%至約10%、約5%至約30%、約5%至約25%、約5%至約20%、約5%至約15%、約5%至約10%、約10%至約30%、約10%至約25%、約10%至約20%、約10%至約15%、約15%至約30%、約15%至約25%、約15%至約20%、約20%至約30%或約20%至約25%)。在一些實施例中，測定為在基因體或外顯子體之子集(例如，預定之基因體)中在限定數量之測序鹼基(例如，約1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價)上計數之體細胞突變之數量之bTMB評分自藉由全外顯子體測序測定之bTMB評分偏離約10%至約20% (例如，約10%、約11%、約12%、約13%、約14%、約15%、約16%、約17%、約18%、約19%或約20%)。
在本文提供之任何方法中，來自包含免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)之治療之益處可為OS之增加、PFS之增加或OS及PFS之增加。
在任何前述方法中，PD-L1軸結合拮抗劑可為業內已知或本文在(例如)下文第IV章節中所闡述之任何PD-L1軸結合拮抗劑。
在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑係選自由以下各項組成之群：PD-L1結合拮抗劑、PD-1結合拮抗劑及PD-L2結合拮抗劑。在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑係PD-L1結合拮抗劑。在一些情況下，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與其配體結合搭配物中一或多者之結合。在其他情況下，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與PD-1之結合。在再其他情況下，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與B7-1之結合。在一些情況下，PD-L1結合拮抗劑抑制PD-L1與PD-1及B7-1之結合。在一些情況下，PD-L1結合拮抗劑係抗體。在一些情況下，該抗體係選自由以下各項組成之群：MPDL3280A (阿替珠單抗)、YW243.55.S70、MDX-1105、MEDI4736 (德瓦魯單抗)及MSB0010718C (阿維魯單抗)。在一些情況下，抗體包含重鏈，該重鏈包含SEQ ID NO: 19之HVR-H1序列、SEQ ID NO: 20之HVR-H2序列及SEQ ID NO: 21之HVR-H3序列；及輕鏈，該輕鏈包含SEQ ID NO: 22之HVR-L1序列、SEQ ID NO: 23之HVR-L2序列及SEQ ID NO: 24之HVR-L3序列。在一些情況下，抗體包括包含SEQ ID NO: 25之胺基酸序列之重鏈可變區及包含SEQ ID NO: 4之胺基酸序列之輕鏈可變區。
在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑係PD-1結合拮抗劑。例如，在一些情況下，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與其配體結合搭配物中之一或多者之結合。在一些情況下，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L1之結合。在其他情況下，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L2之結合。在再其他情況下，PD-1結合拮抗劑抑制PD-1與PD-L1及PD-L2之結合。在一些情況下，PD-1結合拮抗劑係抗體。在一些情況下，該抗體係選自由以下各項組成之群：MDX 1106 (尼魯單抗)、MK-3475 (派姆單抗)、CT-011 (匹利珠單抗)、MEDI-0680 (AMP-514)、PDR001、REGN2810及BGB-108。在一些情況下，PD-1結合拮抗劑係Fc融合蛋白。例如，在一些情況下，Fc融合蛋白係AMP-224。
在另一態樣中，本發明提供免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)在藥劑製造或製備中之用途。在一種情況下，該藥劑係用於治療癌症。在另一情況下，該藥劑係用於治療癌症之方法中，該方法包含向患有癌症之個體投與有效量之該藥劑(例如，肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、Merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤)。在一種該情況下，該方法進一步包含向個體投與有效量之至少一種額外治療劑，例如，如下文所闡述。
本文所述方法中利用之組合物(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可藉由任何適宜之方法來投與，包括(例如)靜脈內、肌內、皮下、真皮內、經皮、動脈內、腹膜內、病灶內、顱內、關節內、前列腺內、胸膜內、氣管內、鞘內、鼻內、陰道內、直腸內、局部、腫瘤內、經腹膜、結膜下、囊內、經黏膜、心包內、臍內、眼內、眶內、經口、局部、經皮、玻璃體內(例如，藉由玻璃體內注射)、藉由滴眼劑、藉由吸入、藉由注射、藉由植入、藉由輸注、藉由連續輸注、藉由直接局部灌注浸浴靶細胞、藉由導管、藉由灌洗、於乳霜中或於脂質組合物中。本文所述方法中使用之組合物亦可以全身或局部給藥。投與方法可端視各種因素(例如，所投與之化合物或組合物以及所治療病狀、疾病或病症之嚴重程度)而變化。在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑係藉由靜脈內、肌內、皮下、局部、經口、經皮、腹膜內、眶內、藉由植入、藉由吸入、鞘內、室內或鼻內來投與。給藥可藉由任何適宜途徑進行，例如藉由注射(例如靜脈內或皮下注射)進行，此部分地端視投與係短期抑或長期而定。本文考慮了各種給藥時間表，包括(但不限於)在各個時間點之單次或多次投與、濃注投與及脈衝輸注。
本文所闡述之PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗體、結合多肽及/或小分子) (任何額外治療劑)可以符合良好醫學實踐之方式來調配、給藥及投與。在此情況下需要考慮之因素包括所治療之特定病症、所治療之特定哺乳動物、個體患者之臨床病狀、病症之原因、藥劑之遞送位點、投與方法、投與時間表及開業醫師已知之其他因素。PD-L1軸結合拮抗劑不需要，但可視情況與一或多種目前用於預防或治療所述病症之藥物一起調配及/或同時投與。該等其他藥劑之有效量取決於調配物中存在之PD-L1軸結合拮抗劑之量、病症或治療之類型以及上述其他因素。該等藥劑通常以與本文所闡述相同之劑量及投與途徑使用，或以約為本文所闡述劑量之1%至99%使用，或以任何劑量且藉由經驗/臨床確定適當之任何途徑使用。
對於癌症(例如，肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、Merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤)之預防或治療，本文所闡述之免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))，或其任一組合) (在單獨使用或與一或多種其他額外治療劑組合使用時)之適當劑量將取決於欲治療疾病之類型、疾病之嚴重程度及病程、PD-L1軸結合拮抗劑係用於預防抑或治療目的、先前療法、患者之病史及對PD-L1軸結合拮抗劑之反應，以及主治醫師之判斷。PD-L1軸結合拮抗劑適於一次性或經由一系列治療來投與患者。一個典型日劑量可能在約1 μg/kg至100 mg/kg或更高之範圍內，此端視上述因素而定。對於幾天或更長時間(視病狀而定)之重複投與，治療通常會持續至疾病症狀出現期望之抑制。該等劑量可間歇性地投與，例如每週或每三週來投與(例如，使得患者接受(例如)約2至約20個劑量或(例如)約6個劑量之PD-L1軸結合拮抗劑)。可初始投與較高之載荷劑量，隨後投與一或多個較低之劑量。然而，可使用其他劑量方案。此療法之進展容易藉由習用技術及分析來監測。
例如，作為一般提議，投與人類之免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑抗體、抗CTLA-4抗體、抗TIM-3抗體或抗LAG-3抗體)之治療有效量將在約0.01至約50 mg/kg患者體重之範圍內，無論係藉由一次投與抑或多次投與。在一些情況下，所用抗體為約0.01 mg/kg至約45 mg/kg、約0.01 mg/kg至約40 mg/kg、約0.01 mg/kg至約35 mg/kg、約0.01 mg/kg至約30 mg/kg、約0.01 mg/kg至約25 mg/kg、約0.01 mg/kg至約20 mg/kg、約0.01 mg/kg至約15 mg/kg、約0.01 mg/kg至約10 mg/kg、約0.01 mg/kg至約5 mg/kg或約0.01 mg/kg至約1 mg/kg，其係(例如)每日、每週、每兩週、每三週或每月來投與。在一些情況下，抗體係以15 mg/kg來投與。然而，可使用其他劑量方案。在一種情況下，本文所闡述之抗PD-L1抗體係在21天週期(每三週，q3w)之第1天以如下劑量投與人類：約100 mg、約200 mg、約300 mg、約400 mg、約500 mg、約600 mg、約700 mg、約800 mg、約900 mg、約1000 mg、約1100 mg、約1200 mg、約1300 mg、約1400 mg、約1500 mg、約1600 mg、約1700 mg或約1800 mg。在一些情況下，抗PD-L1抗體MPDL3280A係每三週(q3w)以1200 mg靜脈內投與。該劑量可以單一劑量或多個劑量(例如，2個或3個劑量)來投與，例如輸注。與單一治療相比，以組合治療投與之抗體之劑量可降低。此療法之進展容易藉由習用技術來監測。
在一些情況下，該等方法包括向個體投與不同於免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)或除其以外之抗癌療法(例如抗瘤劑、化學治療劑、生長抑制劑、抗血管生成劑、放射療法或細胞毒性劑)。
在一些情況下，該等方法進一步涉及向患者投與有效量之額外治療劑。在一些情況下，額外治療劑係選自由以下各項組成之群：抗瘤劑、化學治療劑、生長抑制劑、抗血管生成劑、放射療法、細胞毒性劑及其組合。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與化學療法或化學治療劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與放射治療劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與靶向療法或靶向治療劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與免疫療法或免疫治療劑(例如單株抗體)聯合投與。在一些情況下，額外治療劑係針對共刺激分子之促效劑。在一些情況下，額外治療劑係針對共抑制分子之拮抗劑。在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑係作為單一療法來投與。
上述該等組合療法涵蓋組合給藥(其中兩種或更多種治療劑包括在相同或分開的調配物中)，及分開投與，在該情形下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)之投與可在投與一或多種額外治療劑之前、同時及/或之後進行。在一種情況下，PD-L1軸結合拮抗劑之投與及額外治療劑之投與係彼此在約一個月內或在約一週、兩週或三週內或在約一天、兩天、三天、四天、五天或六天內進行。
不希望限於理論，人們認為藉由促進共刺激分子或抑制共抑制分子來增強T細胞刺激可能會促進腫瘤細胞死亡，從而治療癌症或延遲癌症之進展。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與針對共刺激分子之促效劑聯合投與。在一些情況下，共刺激分子可包括CD40、CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127。在一些情況下，針對共刺激分子之促效劑係結合至CD40、CD226、CD28、OX40、GITR、CD137、CD27、HVEM或CD127之促效劑抗體。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與針對共抑制分子之拮抗劑聯合投與。在一些情況下，共抑制分子可包括CTLA-4 (亦稱為CD152)、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7 - H3、B7 - H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精胺酸酶。在一些情況下，針對共抑制分子之拮抗劑係結合至CTLA-4、TIM-3、BTLA、VISTA、LAG-3、B7 - H3、B7 - H4、IDO、TIGIT、MICA/B或精胺酸酶之拮抗劑抗體。
在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑可與針對CTLA-4 (亦稱為CD152)之拮抗劑(例如阻斷抗體)聯合投與。在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑可與伊匹單抗(亦稱為MDX-010、MDX-101或YERVOY®)聯合投與。在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑可與曲美目單抗(tremelimumab) (亦稱為替西木單抗(ticilimumab)或CP-675,206)聯合投與。在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑可與針對B7-H3 (亦稱為CD276)之拮抗劑(例如阻斷抗體)聯合投與。在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑可與MGA271聯合投與。在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑可與針對TGF-β之拮抗劑(例如美替木單抗(metelimumab) (亦稱為CAT-192)、夫蘇木單抗(fresolimumab) (亦稱為GC1008)或LY2157299)聯合投與。
在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與包含過繼性轉移表現嵌合抗原受體(CAR)之T細胞(例如，細胞毒性T細胞或CTL)之治療聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與包含過繼性轉移包含顯性負性TGFβ受體(例如，顯性負性TGFβ II型受體)之T細胞之治療聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與包含HERCREEM方案之治療聯合投與(例如參見，ClinicalTrials.gov Identifier NCT00889954)。
在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與針對CD137 (亦稱為TNFRSF9、4-1BB或ILA)之促效劑(例如活化抗體)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與烏瑞魯單抗(urelumab) (亦稱為BMS-663513)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與針對CD40之促效劑(例如活化抗體)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與CP-870893聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與針對OX40 (亦稱為CD134)之促效劑(例如活化抗體)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與抗OX40抗體(例如AgonOX)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與針對CD27之促效劑(例如活化抗體)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與CDX-1127聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與針對吲哚胺-2,3-雙加氧酶(IDO)之拮抗劑聯合投與。在一些情況下，IDO拮抗劑係1-甲基-D-色胺酸(亦稱為1-D-MT)。
在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與抗體-藥物偶聯物聯合投與。在一些情況下，抗體-藥物偶聯物包含莫登素或單甲基奧裡斯他汀E (MMAE)。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與抗NaPi2b抗體- MMAE偶聯物(亦稱為DNIB0600A或RG7599)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與曲妥珠單抗艾坦辛(trastuzumab emtansine) (亦稱為T-DM1，阿多-曲妥珠單抗艾坦辛(ado-trastuzumab emtansine)，或KADCYLA®，Genentech)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與DMUC5754A聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與靶向內皮素B受體(EDNBR)之抗體-藥物偶聯物(例如針對與MMAE偶聯之EDNBR之抗體)聯合投與。
在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與抗血管生成劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與針對VEGF之抗體(例如VEGF-A)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與貝伐珠單抗(亦稱為AVASTIN®，Genentech)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與針對血管生成素2 (亦稱為Ang2)之抗體聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與MEDI3617聯合投與。
在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與抗瘤劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與靶向CSF-1R (亦稱為M-CSFR或CD115)之藥劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與抗CSF-1R (亦稱為IMC-CS4)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與干擾素(例如干擾素α或干擾素γ)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與Roferon-A (亦稱為重組干擾素α-2a)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與GM-CSF (亦稱為重組人類顆粒球巨噬細胞群落刺激因子、rhu GM-CSF、沙格司亭或LEUKINE®)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與IL-2 (亦稱為阿地白介素(aldesleukin)或PROLEUKIN®)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與IL-12聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與靶向CD20之抗體聯合投與。在一些情況下，靶向CD20之抗體係奧妥珠單抗(obinutuzumab) (亦稱為GA101或GAZYVA®)或利妥昔單抗。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與靶向GITR之抗體聯合投與。在一些情況下，靶向GITR之抗體係TRX518。
在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與癌症疫苗聯合投與。在一些情況下，癌症疫苗係肽癌症疫苗，其在一些情況下係個人化之肽疫苗。在一些情況下，肽癌症疫苗係多價長肽、多肽、肽混合劑、雜交肽或肽脈衝樹突細胞疫苗(例如參見Yamada等人，Cancer Sci. 104:14-21, 2013)。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與佐劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與包含TLR促效劑(例如Poly-ICLC (亦稱為HILTONOL®)、LPS、MPL或CpG ODN)之治療聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與腫瘤壞死因子(TNF) α聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與IL-1聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與HMGB1聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與IL-10拮抗劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與IL-4拮抗劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與IL-13拮抗劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與HVEM拮抗劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與ICOS促效劑聯合投與，例如藉由投與ICOS-L或針對ICOS之促效劑抗體進行。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與靶向CX3CL1之治療聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與靶向CXCL9之治療聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與靶向CXCL10之治療聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與靶向CCL5之治療聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與LFA-1或ICAM1促效劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與選擇素促效劑聯合投與。
在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與靶向療法聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與B-Raf之抑制劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與威羅菲尼(vemurafenib) (亦稱為ZELBORAF®)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與達拉菲尼(dabrafenib) (亦稱為TAFINLAR®)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與厄洛替尼(亦稱為TARCEVA®)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與MEK之抑制劑(例如MEK1 (亦稱為MAP2K1)或MEK2 (亦稱為MAP2K2))聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與考比替尼(cobimetinib) (亦稱為GDC-0973或XL-518)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與曲美替尼(trametinib) (亦稱為MEKINIST®)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與K-Ras之抑制劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與c-Met之抑制劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與昂妥珠單抗(onartuzumab) (亦稱為MetMAb)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與Alk之抑制劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與AF802 (亦稱為CH5424802或阿雷替尼(alectinib))聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與磷脂醯肌醇3-激酶(PI3K)之抑制劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與BKM120聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與艾代拉里斯(idelalisib) (亦稱為GS-1101或CAL-101)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與哌立福辛(亦稱為KRX-0401)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與Akt之抑制劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與MK2206聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與GSK690693聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與GDC-0941聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與mTOR之抑制劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與西羅莫司(亦稱為雷帕黴素)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與替西羅莫司(亦稱為CCI-779或TORISEL®)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與依維莫司(everolimus) (亦稱為RAD001)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與地磷莫司(ridafolimus) (亦稱為AP-23573、MK-8669或地伏莫司(deforolimus))聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與OSI-027聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與AZD8055聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與INK128聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與雙PI3K/mTOR抑制劑聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與XL765聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與GDC-0980聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與BEZ235 (亦稱為NVP-BEZ235)聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與BGT226聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與GSK2126458聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與PF-04691502聯合投與。在一些情況下，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)可與PF-05212384 (亦稱為PKI-587)聯合投與。 C. 針對MSAF之偵測方法及分析
在一些態樣中，本文提供評估來自個體之試樣中之MSAF之方法。該方法包括(例如) a)提供個體之亞基因體間隔(例如編碼亞基因體間隔)之集合之序列(例如核苷酸序列)，其中亞基因體間隔來自預定之基因體；及b)測定MSAF之值，其中該值隨等位基因(亦即具有體細胞改變之亞基因體間隔之變異體)之頻率變化。
在一些實施例中，該值表示為等位基因(例如具有體細胞改變(例如，編碼區中之鹼基取代及/或編碼區中之插入或缺失突變)之亞基因體間隔(例如基因)變異體)之最高頻率，該最高頻率小於約40% (例如，小於40%、30%、20%、10%、5%或1%) (表示為分數或百分比)，其係自試樣偵測。
在一些實施例中，該值係藉由以下來測定：將指示體細胞改變之序列讀段之數量除以與亞基因體間隔比對之總讀段數，例如，藉由將指示體細胞突變之序列讀段之數量除以與人類基因體特定區比對之總讀段數。在一些實施例中，該值不包括大於40% (例如，＞ 40%、≥50%、≥60%、≥70%、≥80%、≥90%或100%)之頻率。在一些實施例中，該值不包括試樣中大於或等於20%之頻率。在一些實施例中，該值源自試樣中小於約20%之最大體細胞等位基因頻率。
在一些實施例中，該值係來自攜帶該等位基因之個體之試樣中所有cfDNA之分數。在一些實施例中，該值係來自攜帶該等位基因之個體之試樣中ctDNA之分數。在一些實施例中，該值用於估計試樣中腫瘤含量之總量。
在一些實施例中，該方法包含測定針對自試樣偵測到之每一體細胞改變之等位基因頻率。例如，具有多種體細胞改變之試樣可將彼等改變呈現為體細胞等位基因頻率之分佈，其可能取決於彼等改變在癌症(例如腫瘤)中之原始選殖頻率。
在一些實施例中，該值表示為隨預定基因體(例如預定基因體之編碼區)變化。在其他實施例中，該值表示為隨所測序之亞基因體間隔(例如所測序之編碼亞基因體間隔)而變化。
在某些實施例中，預定基因體不包含整個基因體或整個外顯子體。在其他實施例中，亞基因體間隔集不包含整個基因體或整個外顯子體。
在一些實施例中，預定基因體包含複數個基因，該等基因以突變形式與對細胞分裂、生長或存活之效應相關，或與癌症相關。在一些實施例中，預定基因體包含至少約50或更多、約100或更多、約150或更多、約200或更多、約250或更多、約300或更多、約350或更多、約400或更多、約450或更多或約500或更多個基因。
在某些實施例中，該值表示為隨預定基因體(例如預定基因體之編碼區)之預選數量之位置中之體細胞改變頻率變化。在其他實施例中，該值表示為隨所測序之亞基因體間隔(例如，編碼亞基因體間隔)之預選數量位置中之體細胞改變頻率變化。在一些實施例中，該值經外推至基因體之更大部分，例如，外推至整個外顯子體或整個基因體。
在某些實施例中，該值不包括亞基因體間隔中功能改變之頻率及/或亞基因體間隔中種系改變之頻率。
在一些實施例中，功能改變係本身藉由納入功能改變之資料庫(例如COSMIC資料庫)中來鑑別(cancer.sanger.ac.uk/cosmic；Forbes等人，Nucl. Acids Res. 2015；43 (D1): D805-D811)。在一些實施例中，功能改變係(例如)在COSMIC資料庫中作為已知體細胞改變存在之具有已知功能狀態之改變。在一些實施例中，功能改變係具有可能功能狀態之改變，例如抑瘤基因之截短。在一些實施例中，功能改變係驅動突變，例如藉由增加細胞存活或繁殖，使群落在其微環境中具有選擇性優點之改變。在一些實施例中，功能改變係能夠引起群落擴大之改變。在一些實施例中，功能改變係能夠引起以下中之一或多者之改變：(a)生長信號自給自足；(b)例如對反生長信號之不敏感性降低；(c)細胞凋亡減少；(d)複製潛力增加；(e)持續之血管生成；或(f)組織侵入或轉移。在一些實施例中，功能改變不為附隨突變，例如，為對群落適合性具有可偵測效應之改變。在一些實施例中，功能改變不為意義不明之變異體(VUS)，例如，不為其致病性既不能證實亦不能排除之改變。
在一些實施例中，排除預定基因體中預選基因(例如腫瘤基因)中之複數個(例如，10%、20%、30%、40%、50%或75%或更多)功能改變。在一些實施例中，排除預定基因體中預選基因(例如腫瘤基因)中之所有功能改變。在一些實施例中，排除預定基因體中複數個預選基因(例如腫瘤基因)中之複數個功能改變。在一些實施例中，排除預定基因體中所有基因(例如腫瘤基因)之所有功能改變。
在一些實施例中，種系改變係單核苷酸多型性(SNP)、鹼基取代、插入或缺失或沉默突變(例如同義突變)。
在一些實施例中，因使用不使用與匹配正常序列之比較之方法而排除種系改變。在一些實施例中，因包含使用SGZ算法之方法而排除種系改變(例如，如WO 2014/183078中所闡述)。在一些實施例中，種系改變係本身藉由納入種系改變之資料庫(例如dbSNP資料庫)中來鑑別(www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/index.html；Sherry等人，Nucleic Acids Res. 2001；29(1): 308-311)。在一些實施例中，種系改變係本身藉由納入ExAC資料庫之兩個或更多個計數中來鑑別(exac.broadinstitute.org；Exome Aggregation Consortium等人，「Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706 humans,」 bioRxiv preprint. 2015年10月30日)。在一些實施例中，種系改變係本身藉由納入1000基因體計劃資料庫中來鑑別(www.1000genomes.org；McVean等人，Nature. 2012；491, 56-65)。在一些實施例中，種系改變係本身藉由納入ESP資料庫中來鑑別(Exome Variant Server, NHLBI GO Exome Sequencing Project (ESP), Seattle, WA (evs.gs.washington.edu/EVS/)。
在一些實施例中，體細胞改變係沉默突變，例如同義改變。在一些實施例中，體細胞改變係附隨突變，例如，對群落之適合性無可偵測效應之改變。在一些實施例中，體細胞改變係意義不明之變異體(VUS)，例如，其致病性既不能證實亦不能排除之改變。在一些實施例中，體細胞改變係點突變。在一些實施例中，體細胞改變係短變異體(例如，短編碼變異體)，例如鹼基取代、插入或缺失、插入或缺失。在一些實施例中，體細胞改變係非同義單核苷酸變異體(SNV)。在一些實施例中，體細胞改變係剪接變異體。在一些實施例中，體細胞改變尚未鑑別為與癌症表型相關。在一些實施例中，體細胞改變不同於重排，例如不同於易位。
在一些實施例中，試樣包含一或多種癌前或惡性細胞；來自實體腫瘤、軟組織腫瘤或轉移性病灶之細胞；來自手術邊緣之組織或細胞；組織學上正常之組織；一或多種循環腫瘤細胞(CTC)；正常毗鄰組織(NAT)或FFPE試樣。
在一些實施例中，試樣係血液試樣。在一些實施例中，自個體獲得之試樣(例如血液試樣)係選自由以下各項組成之群：全血、血漿、血清或其組合。在一些實施例中，試樣係檔案血液試樣、新鮮血液試樣或冷凍血液試樣。在一些實施例中，試樣包含細胞外游離DNA (cfDNA)及/或循環腫瘤DNA (ctDNA)。
在一些實施例中，試樣係自帶有實體腫瘤、血液癌症或其轉移形式之患者獲取。
在某些實施例中，試樣來自患有癌症之個體，或正在接受或已接受療法之個體。
在一些實施例中，試樣係自患有選自以下之癌症之個體獲取：例如肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、Merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤。
在一些實施例中，個體在利用含鉑方案(例如，包括基於鉑之化學治療劑之方案，例如，包括基於順鉑之化學療法之方案)治療癌症後取得了進展。在其他實施例中，個體可能不適合用含鉑方案(例如，包括基於鉑之化學治療劑之方案，例如，包括基於順鉑之化學療法之方案)治療及/或先前未曾接受針對癌症之治療。在一些實施例中，個體先前未曾接受利用免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)之治療。在任何前述方法中，PD-L1軸結合拮抗劑可為業內已知或本文在(例如)下文第IV章節中所闡述之任何PD-L1軸結合拮抗劑。
在一些實施例中，MSAF值係獨立於bTMB評分自試樣獲得。在一些實施例中，MSAF值之測定係在測定試樣之bTMB評分之前、同時或之後進行。
在一些實施例中，該方法進一步包含自試樣獲取包含複數種核酸之庫。
在一些實施例中，該方法進一步包含使庫與誘餌集接觸以提供所選核酸，其中該誘餌集與核酸雜交，從而提供庫緩存。
在一些實施例中，該方法進一步包含藉由(例如)第二代測序方法獲取包含來自該庫或庫緩存之核酸之體細胞改變之亞基因體間隔之讀段，從而獲取亞基因體間隔之讀段。
在一些實施例中，該方法進一步包含藉由比對方法比對該讀段。
在一些實施例中，該方法進一步包含針對預選之核苷酸位置分配來自該讀段之核苷酸值。在一些實施例中，獲取亞基因體間隔之讀段包含對來自至少約50或更多、約100或更多、約150或更多、約200或更多、約250或更多、約300或更多個基因或基因產物之亞基因體間隔進行測序。在一些實施例中，獲取亞基因體間隔之讀段包含以大於約250倍、大於約500倍或大於約1,000倍之平均獨特覆蓋度進行測序。在一些實施例中，獲取亞基因體間隔之讀段包含以大於約250倍、大於約500倍或大於約1,000倍之平均獨特覆蓋度、以所測序基因(例如外顯子)之大於95%、大於約97%或大於約99%進行測序。
在一些實施例中，該方法進一步包含因應MSAF之評估，對試樣或從中獲得試樣之個體進行分類。
在一些實施例中，該方法進一步包含向患者或另一個人或實體、照護者、醫師、腫瘤學家、醫院、診所、第三方支付者、保險公司、醫藥或生物技術公司或政府機構生成報告，例如電子報告、基於網絡之報告或紙質報告。在一些實施例中，該報告包含來自包含評估MSAF之方法之輸出。 D. 測定tTMB評分之方法
任何前述方法可進一步包括自個體之腫瘤試樣測定tTMB評分。tTMB評分可使用闡述於國際專利申請公開案第WO 2017/151524號或國際專利申請案第PCT/US2017/055669號中之任何方法來測定，該兩個專利係以引用方式整體併入本文中。在一些實施例中，腫瘤試樣之tTMB評分等於或高於參考tTMB評分則將該個體鑑別為可受益於包含免疫檢查點抑制劑之治療之個體，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑、針對共抑制分子之拮抗劑(例如CTLA-4拮抗劑(例如抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如抗LAG-3抗體))，或其任一組合。在一些實施例中，自腫瘤試樣測定之tTMB評分等於或高於參考tTMB評分。在一些實施例中，自腫瘤試樣測定之tTMB評分低於參考tTMB。在任何前述態樣之一些實施例中，參考tTMB評分係患有癌症之參考個體群體中之tTMB評分，該個體群體由已用PD-L1軸結合拮抗劑療法治療之第一個體子集及已用非PD-L1軸結合拮抗劑療法治療之第二個體子集組成，其中該非PD-L1軸結合拮抗劑療法不包含免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體)或針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))。在一些實施例中，參考tTMB評分係患有癌症之參考個體群體中之tTMB評分，該個體群體由已用PD-L1軸結合拮抗劑療法治療之第一個體子集及已用非PD-L1軸結合拮抗劑療法治療之第二個體子集組成，其中非PD-L1軸結合拮抗劑療法不包含PD-L1軸結合拮抗劑。在一些實施例中，基於對利用PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性相對於對利用非PD-L1軸結合拮抗劑療法之治療之反應性的顯著差異，參考tTMB評分使第一個體子集及第二個體子集中之每一者顯著地分離。在一些實施例中，對治療之反應性係PFS之增加、OS之增加及/或總體反應率(ORR)之增加。在一些實施例中，相對於參考體細胞突變水準，已測定腫瘤試樣具有增加之體細胞突變水準。在一些實施例中，相對於表1中所述之至少一個基因之參考體細胞突變水準，已測定腫瘤試樣在表1中所述之該至少一個基因中具有增加之體細胞突變水準。在一些實施例中，體細胞突變係改變蛋白質之體細胞突變。在一些實施例中，體細胞突變係取代、缺失及/或插入。在一些實施例中，取代、缺失及/或插入係在編碼區中。在一些實施例中，缺失及/或插入係插入或缺失。
在任何前述方法中，在一些情況下，參考tTMB評分係預分配之tTMB評分。在一些情況下，參考tTMB評分在約5個突變/Mb (mut/Mb)與約100個突變/Mb (mut/Mb)之間，例如，約5、約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約13、約14、約15、約16、約17、約18、約19、約20、約21、約22、約23、約24、約25、約26、約27、約28、約29、約30、約31、約32、約33、約34、約35、約36、約37、約38、約39、約40、約41、約42、約43、約44、約45、約46、約47、約48、約49、約50、約51、約52、約53、約54、約55、約56、約57、約58、約59、約60、約61、約62、約63、約64、約65、約66、約67、約68、約69、約70、約71、約72、約73、約74、約75、約76、約77、約78、約79、約80、約81、約82、約83、約84、約85、約86、約87、約88、約89、約90、約91、約92、約93、約94、約95、約96、約97、約98、約99或約100 mut/Mb。例如，在一些情況下，參考tTMB評分在約8 mut/Mb與約30 mut/Mb之間(例如，約8、約9、約10、約11、約12、約13、約14、約15、約16、約17、約18、約19、約20、約21、約22、約23、約24、約25、約26、約27、約28、約29或約30 mut/Mb)。在一些情況下，參考tTMB評分在約10 mut/Mb與約20 mut/Mb之間(例如，約10、約11、約12、約13、約14、約15、約16、約17、約18、約19或約20 mut/Mb)。在特定情況下，參考tTMB評分可為10 mut/Mb、16 mut/Mb或20 mut/Mb。
在任何前述方法之一些情況下，患者之腫瘤試樣之tTMB評分大於或等於約5 mut/Mb。例如，在一些情況下，腫瘤試樣之tTMB評分在約5 mut/Mb與約100 mut/Mb之間(例如，約5、約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約13、約14、約15、約16、約17、約18、約19、約20、約21、約22、約23、約24、約25、約26、約27、約28、約29、約30、約31、約32、約33、約34、約35、約36、約37、約38、約39、約40、約41、約42、約43、約44、約45、約46、約47、約48、約49、約50、約51、約52、約53、約54、約55、約56、約57、約58、約59、約60、約61、約62、約63、約64、約65、約66、約67、約68、約69、約70、約71、約72、約73、約74、約75、約76、約77、約78、約79、約80、約81、約82、約83、約84、約85、約86、約87、約88、約89、約90、約91、約92、約93、約94、約95、約96、約97、約98、約99或約100 mut/Mb)。在一些情況下，來自患者之腫瘤試樣之tTMB評分大於或等於約5、約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約13、約14、約15、約16、約17、約18、約19、約20、約21、約22、約23、約24、約25、約26、約27、約28、約29、約30、約31、約32、約33、約34、約35、約36、約37、約38、約39、約40、約41、約42、約43、約44、約45、約46、約47、約48、約49或約50 mut/Mb。例如，在一些情況下，來自患者之腫瘤試樣之tTMB評分大於或等於約10 mut/Mb。在一些實施例中，參考tTMB評分為10 mut/Mb。在一些情況下，來自腫瘤試樣之tTMB評分在約10 mut/Mb與100 mut/Mb之間。在一些情況下，來自腫瘤試樣之tTMB評分在約10 mut/Mb與20 mut/Mb之間。在一些情況下，來自患者之腫瘤試樣之tTMB評分大於或等於約16 mut/Mb。在一些情況下，來自患者之腫瘤試樣之tTMB評分大於或等於約16 mut/Mb，並且參考tTMB評分為16 mut/Mb。在其他情況下，來自患者之腫瘤試樣之tTMB評分大於或等於約20 mut/Mb。在一些情況下，來自患者之腫瘤試樣之tTMB評分大於或等於約20 mut/Mb，並且參考tTMB評分為約20 mut/Mb。
在任何前述方法之一些情況下，tTMB評分或參考tTMB評分表示為每限定數量之測序鹼基計數之體細胞突變之數量。例如，在一些情況下，限定數量之測序鹼基在約100 kb至約10mb之間。在一些情況下，限定數量之測序鹼基為約為1.1 Mb (例如，約1.125 Mb)，例如，如藉由FOUNDATIONONE®面板所評價。在一些情況下，tTMB評分或參考tTMB評分係等效tTMB值。在一些情況下，等效tTMB值係藉由全外顯子體測序(WES)來測定。在任何前述方法中，所測定之tTMB評分可反映在表1中所列示之基因中偵測到之體細胞突變及/或重排之水準。在一些情況下，已經(或經)測定為至少約5 mut/Mb或更多(例如，約5 mut/Mb或更多、約6 mut/Mb或更多、約7 mut/Mb或更多、約8 mut/Mb或更多、約9 mut/Mb或更多、約10 mut/Mb或更多、約11 mut/Mb或更多、約12 mut/Mb或更多、約13 mut/Mb或更多、約14 mut/Mb或更多、約15 mut/Mb或更多、約16 mut/Mb或更多、約17 mut/Mb或更多、約18 mut/Mb或更多、約19 mut/Mb或更多、約20 mut/Mb或更多、約25 mut/Mb或更多、約30 mut/Mb或更多、約35 mut/Mb或更多、約40 mut/Mb或更多及約50 mut/Mb或更多)之tTMB評分預測對治療(例如，包括PD-L1軸結合拮抗劑之治療)之反應性。在一些情況下，預測對治療(例如，包括PD-L1軸結合拮抗劑之治療)之反應性的tTMB評分可在約7個突變/Mb至約20個突變/Mb之間。在一些情況下，預測對治療之反應性的tTMB評分可在約10個突變/Mb至約15個突變/Mb之間。在一些情況下，預測對治療之反應性的tTMB評分可在約11個突變/Mb至約13個突變/Mb之間。在一些情況下，預測對治療之反應性的tTMB評分可為約12.5個突變/Mb。在其他情況下，預測對治療之反應性的tTMB評分可為約10 mut/Mb或更多，例如約10 mut/Mb或更多、約11 mut/Mb或更多、約12 mut/Mb或更多、約13 mut/Mb或更多、約14 mut/Mb或更多、約15 mut/Mb或更多、約16 mut/Mb或更多、約17 mut/Mb或更多、約18 mut/Mb或更多、約19 mut/Mb或更多、約20 mut/Mb或更多。 E. 測定PD-L1表現之方法
任何前述方法可包括測定自個體獲得之試樣(例如腫瘤試樣)中PD-L1之表現水準。可使用任何適宜方法(例如，免疫組織化學(IHC))來測定PD-L1之表現水準。例如，在實例1中闡述例示性PD-L1 IHC分析，並且業內已知其他分析。
在一些實施例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之小於約1%之腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在其他情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之約1%或更多(例如，約1%或更多、2%或更多、3%或更多、5%或更多、6%或更多、7%或更多、8%或更多、9%或更多、10%或更多、11%或更多、12%或更多、13%或更多、14%或更多、15%或更多、16%或更多、17%或更多,18%或更多、19%或更多、20%或更多、21%或更多、22%或更多、23%或更多、24%或更多、25%或更多、26%或更多、27%或更多、28%或更多、29%或更多、30%或更多、31%或更多、32%或更多、33%或更多、34%或更多、35%或更多、36%或更多、37%或更多、38%或更多、39%或更多、40%或更多、41%或更多、42%或更多、43%或更多、44%或更多、45%或更多、46%或更多、47%或更多、48%或更多、49%或更多、50%或更多、51%或更多、52%或更多、53%或更多、54%或更多、55%或更多、56%或更多、57%或更多、58%或更多、59%或更多、60%或更多、61%或更多、62%或更多、63%或更多、64%或更多、65%或更多、66%或更多、67%或更多、68%或更多、69%或更多、70%或更多、71%或更多、72%或更多、73%或更多、74%或更多、75%或更多、76%或更多、77%或更多、78%或更多、79%或更多、80%或更多、81%或更多、82%或更多、83%或更多、84%或更多、85%或更多、86%或更多、87%或更多、88%或更多、89%或更多、90%或更多、91%或更多、92%或更多、93%或更多、94%或更多、95%或更多、96%或更多、97%或更多、98%或更多或99%或更多)之腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。例如，在一些情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之約1%至小於約5% (例如，1%至4.9%、1%至4.5%、1%至4%、1%至3.5%、1%至3%、1%至2.5%或1%至2%)之腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。
在其他情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之約5%或更多之腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。例如，在一些情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之約5%至小於50% (例如，5%至49.5%、5%至45%、5%至40%、5%至35%、5%至30%、5%至25%、5%至20%、5%至15%、5%至10%、5%至9%、5%至8%、5%至7%、5%至6%、10%至49.5%、10%至40%、10%至35%、10%至30%、10%至25%、10%至20%、10%至15%、15%至49.5%、15%至45%、15%至40%、15%至35%、15%至30%、15%至30%、15%至25%、15%至20%、20%至49.5%、20%至45%、20%至40%、20%至35%、20%至30%、20%至25%、25%至49.5%、25%至45%、25%至40%、25%至35%、25%至30%、30%至49.5%、30%至45%、30%至40%、30%至35%、35%至49.5%、35%至45%、35%至40%、40%至49.5%、40%至45%或45%至49.5%)之腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。
在再其他情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之約50%或更多(例如，約50%或更多、51%或更多、52%或更多、53%或更多、54%或更多、55%或更多、56%或更多、57%或更多、58%或更多、59%或更多、60%或更多、61%或更多、62%或更多、63%或更多、64%或更多、65%或更多、66%或更多、67%或更多、68%或更多、69%或更多、70%或更多、71%或更多、72%或更多、73%或更多、74%或更多、75%或更多、76%或更多、77%或更多、78%或更多、79%或更多、80%或更多、81%或更多、82%或更多、83%或更多、84%或更多、85%或更多、86%或更多、87%或更多、88%或更多、89%或更多、90%或更多、91%或更多、92%或更多、93%或更多、94%或更多、95%或更多、96%或更多、97%或更多、98%或更多或99%或更多)之腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在一些情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之約50%至約99% (例如，50%至99%、50%至95%、50%至90%、50%至85%、50%至80%、50%至75%、50%至70%、50%至65%、50%至60%、50%至55%、55%至99%、55%至95%、55%至90%、55%至85%、55%至80%、55%至75%、55%至70%、55%至65%、55%至60%、60%至99%、60%至95%、60%至90%、60%至85%、60%至80%、60%至75%、60%至70%、60%至65%、65%至99%、65%至95%、65%至90%、65%至85%、65%至80%、65%至75%、65%至70%、70%至99%、70%至95%、70%至90%、70%至85%、70%至80%、70%至75%、75%至99%、75%至95%、75%至90%、75%至85%、75%至80%、80%至99%、80%至95%、80%至90%、80%至85%、85%至99%、85%至95%、85%至90%、90%至99%或90%至95%)之腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。
在任何前述方法之一些實例中，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在佔腫瘤試樣小於約1%之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在其他情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在佔腫瘤試樣約1%或更多(例如，約1%或更多、2%或更多、3%或更多、5%或更多、6%或更多、7%或更多、8%或更多、9%或更多、10%或更多、11%或更多、12%或更多、13%或更多、14%或更多、15%或更多、16%或更多、17%或更多,18%或更多、19%或更多、20%或更多、21%或更多、22%或更多、23%或更多、24%或更多、25%或更多、26%或更多、27%或更多、28%或更多、29%或更多、30%或更多、31%或更多、32%或更多、33%或更多、34%或更多、35%或更多、36%或更多、37%或更多、38%或更多、39%或更多、40%或更多、41%或更多、42%或更多、43%或更多、44%或更多、45%或更多、46%或更多、47%或更多、48%或更多、49%或更多、約50%或更多、約60%或更多、約70%或更多、約80%或更多、約90%或更多、約95%或更多、約96%或更多、約97%或更多、約98%或更多、約99%或更多或100%)之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。例如，在一些情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在佔腫瘤試樣約1%至小於約5% (例如，1%至4.9%、1%至4.5%、1%至4%、1%至3.5%、1%至3%、1%至2.5%或1%至2%)之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。
在任何前述方法之一些情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之小於約1%之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。在其他情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之約1%或更多(例如，約1%或更多、2%或更多、3%或更多、5%或更多、6%或更多、7%或更多、8%或更多、9%或更多、10%或更多、11%或更多、12%或更多、13%或更多、14%或更多、15%或更多、16%或更多、17%或更多,18%或更多、19%或更多、20%或更多、21%或更多、22%或更多、23%或更多、24%或更多、25%或更多、26%或更多、27%或更多、28%或更多、29%或更多、30%或更多、31%或更多、32%或更多、33%或更多、34%或更多、35%或更多、36%或更多、37%或更多、38%或更多、39%或更多、40%或更多、41%或更多、42%或更多、43%或更多、44%或更多、45%或更多、46%或更多、47%或更多、48%或更多、49%或更多、約50%或更多、約60%或更多、約70%或更多、約80%或更多、約90%或更多、約95%或更多、約96%或更多、約97%或更多、約98%或更多、約99%或更多或100%)之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。例如，在一些情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之約1%至小於約5% (例如，1%至4.9%、1%至4.5%、1%至4%、1%至3.5%、1%至3%、1%至2.5%或1%至2%)之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。
在其他情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在佔腫瘤試樣約5%或更多之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。例如，在一些情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在佔腫瘤試樣約5%至小於約10% (例如，5%至9.5%、5%至9%、5%至8.5%、5%至8%、5%至7.5%、5%至7%、5%至6.5%、5%至6%、5%至5.5%、6%至9.5%、6%至9%、6%至8.5%、6%至8%、6%至7.5%、6%至7%、6%至6.5%、7%至9.5%、7%至9%、7%至7.5%、8%至9.5%、8%至9%或8%至8.5%)之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。
在再其他情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之約5%或更多之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。例如，在一些情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之約5%至小於約10% (例如，5%至9.5%、5%至9%、5%至8.5%、5%至8%、5%至7.5%、5%至7%、5%至6.5%、5%至6%、5%至5.5%、6%至9.5%、6%至9%、6%至8.5%、6%至8%、6%至7.5%、6%至7%、6%至6.5%、7%至9.5%、7%至9%、7%至7.5%、8%至9.5%、8%至9%或8%至8.5%)之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。
在再其他情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在佔腫瘤試樣約10%或更多(例如，10%或更多、11%或更多、12%或更多、13%或更多、14%或更多、15%或更多、16%或更多、17%或更多,18%或更多、19%或更多、20%或更多、21%或更多、22%或更多、23%或更多、24%或更多、25%或更多、26%或更多、27%或更多、28%或更多、29%或更多、30%或更多、31%或更多、32%或更多、33%或更多、34%或更多、35%或更多、36%或更多、37%或更多、38%或更多、39%或更多、40%或更多、41%或更多、42%或更多、43%或更多、44%或更多、45%或更多、46%或更多、47%或更多、48%或更多、49%或更多、50%或更多、60%或更多、70%或更多、80%或更多、90%或更多、95%或更多、96%或更多、97%或更多、98%或更多、99%或更多或100%)之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。
在再其他情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之約10%或更多(例如，10%或更多、11%或更多、12%或更多、13%或更多、14%或更多、15%或更多、16%或更多、17%或更多、18%或更多、19%或更多、20%或更多、21%或更多、22%或更多、23%或更多、24%或更多、25%或更多、26%或更多、27%或更多、28%或更多、29%或更多、30%或更多、31%或更多、32%或更多、33%或更多、34%或更多、35%或更多、36%或更多、37%或更多、38%或更多、39%或更多、40%或更多、41%或更多、42%或更多、43%或更多、44%或更多、45%或更多、46%或更多、47%或更多、48%或更多、49%或更多、50%或更多、60%或更多、70%或更多、80%或更多、90%或更多、95%或更多、96%或更多、97%或更多、98%或更多、99%或更多或100%)之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。
在再其他情況下，已測定自患者獲得之腫瘤試樣在腫瘤試樣之約50%或更多(例如，約50%或更多、51%或更多、52%或更多、53%或更多、54%或更多、55%或更多、56%或更多、57%或更多、58%或更多、59%或更多、60%或更多、61%或更多、62%或更多、63%或更多、64%或更多、65%或更多、66%或更多、67%或更多、68%或更多、69%或更多、70%或更多、71%或更多、72%或更多、73%或更多、74%或更多、75%或更多、76%或更多、77%或更多、78%或更多、79%或更多、80%或更多、81%或更多、82%或更多、83%或更多、84%或更多、85%或更多、86%或更多、87%或更多、88%或更多、89%或更多、90%或更多、91%或更多、92%或更多、93%或更多、94%或更多、95%或更多、96%或更多、97%或更多、98%或更多或99%或更多)之腫瘤細胞具有可偵測之PD-L1表現水準，及/或在佔腫瘤試樣約10%或更多(例如，10%或更多、11%或更多、12%或更多、13%或更多、14%或更多、15%或更多、16%或更多、17%或更多,18%或更多、19%或更多、20%或更多、21%或更多、22%或更多、23%或更多、24%或更多、25%或更多、26%或更多、27%或更多、28%或更多、29%或更多、30%或更多、31%或更多、32%或更多、33%或更多、34%或更多、35%或更多、36%或更多、37%或更多、38%或更多、39%或更多、40%或更多、41%或更多、42%或更多、43%或更多、44%或更多、45%或更多、46%或更多、47%或更多、48%或更多、49%或更多、50%或更多、60%或更多、70%或更多、80%或更多、90%或更多、95%或更多、96%或更多、97%或更多、98%或更多、99%或更多或100%)之腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準。
應理解，在任何前述方法中，腫瘤浸潤性免疫細胞佔腫瘤試樣之百分比可以自患者獲得之腫瘤試樣切片中由腫瘤浸潤性免疫細胞所覆蓋之腫瘤面積之百分比來表示，例如，如藉由使用抗PD-L1抗體(例如，SP142抗體)之IHC所評價。IV. 用於本發明方法中之 PD-L1 軸結合拮抗劑
本文提供用於治療患有癌症之個體之方法(例如，肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、Merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤)。任何前述方法可基於自個體之試樣測定bTMB評分。任何前述方法可進一步包括自個體之試樣測定MSAF值。任何前述方法可進一步包括自個體之試樣測定tTMB值。
例如，免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)包括PD-1結合拮抗劑、PD-L1結合拮抗劑及PD-L2結合拮抗劑。PD-1 (程式化死亡1)在業內中亦稱作「程式化細胞死亡1」、「PDCD1」、「CD279」及「SLEB2」。例示性之人類PD-1係以UniProtKB/Swiss-Prot登錄號Q15116顯示。PD-L1 (程式化死亡配體1)在業內中亦稱作「程式化細胞死亡1配體1」、「PDCD1LG1」 、「CD274」、「B7-H」及「PDL1」。例示性之人類PD-L1係以UniProtKB/Swiss-Prot登錄號Q9NZQ7.1顯示。PD-L2 (程式化死亡配體2)在業內中亦稱作「程式化細胞死亡1配體2」、「PDCD1LG2」、「CD273」、「B7-DC」、「Btdc」及「PDL2」。例示性之人類PD-L2係以UniProtKB/Swiss-Prot登錄號Q9BQ51顯示。在一些情況下，PD-1、PD-L1及PD-L2係人類PD-1、PD-L1及PD-L2。
在一些情況下，PD-1結合拮抗劑係抑制PD-1與其配體結合搭配物結合之分子。在特定態樣中，PD-1配體結合搭配物係PD-L1及/或PD-L2。在另一情況下，PD-L1結合拮抗劑係抑制PD-L1與其結合配體結合之分子。在特定態樣中，PD-L1結合搭配物係PD-1及/或B7-1。在另一情況下，PD-L2結合拮抗劑係抑制PD-L2與其配體結合搭配物結合之分子。在特定態樣中，PD-L2結合配體搭配物係PD-1。拮抗劑可為抗體、其抗原結合片段、免疫黏附素、融合蛋白或寡肽。
在一些情況下，PD-1結合拮抗劑係抗PD-1抗體(例如，人類抗體、人類化抗體或嵌合抗體)，如下文所闡述。在一些情況下，抗PD-1抗體係選自由以下各項組成之群：MDX-1106 (尼魯單抗)、MK-3475 (派姆單抗)、CT-011 (匹利珠單抗)、MEDI-0680 (AMP-514)、PDR001、REGN2810及BGB-108。MDX-1106亦稱為MDX- 1106-04、ONO-4538、BMS-936558或尼魯單抗，其係WO2006/121168中闡述之抗PD-1抗體。MK-3475亦稱為派姆單抗或蘭布魯珠單抗(lambrolizumab)，其係係WO 2009/114335中所闡述之抗PD-1抗體。CT-011亦稱為hBAT、hBAT-1或匹利珠單抗，其係WO 2009/101611中所闡述之抗PD-1抗體。在一些情況下，PD-1結合拮抗劑係免疫黏附素(例如，包含融合至恆定區(例如免疫球蛋白序列之Fc區)之PD-L1或PD-L2之細胞外或PD-1結合部分之免疫黏附素)。在一些情況下，PD-1結合拮抗劑係AMP-224。AMP-224亦稱為B7-DCIg，其係WO 2010/027827及WO 2011/066342中所闡述之PD-L2-Fc融合可溶性受體。
在一些情況下，抗PD-1抗體係MDX-1106。「MDX-1106」之替代名稱包括MDX-1106-04、ONO-4538、BMS-936558及尼魯單抗。在一些情況下，抗PD-1抗體係尼魯單抗(CAS登記號：946414-94-4)。在又一情況下，提供經分離之抗PD-1抗體，其包括包含SEQ ID NO: 1之重鏈可變區胺基酸序列之重鏈可變區及/或包含SEQ ID NO: 2之輕鏈可變區胺基酸序列之輕鏈可變區。在又一情況下，提供經分離之抗PD-1抗體，其包含重鏈及/或輕鏈序列，其中： (a) 重鏈序列與以下重鏈序列具有至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%序列一致性： QVQLVESGGGVVQPGRSLRLDCKASGITFSNSGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSKRYYADSVKGRFTISRDNSKNTLFLQMNSLRAEDTAVYYCATNDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK (SEQ ID NO: 1)，及 (b) 輕鏈序列與以下輕鏈序列具有至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%序列一致性： EIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQSSNWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID NO: 2)。
在一些情況下，PD-L1軸結合拮抗劑係PD-L2結合拮抗劑。在一些情況下，PD-L2結合拮抗劑係抗PD-L2抗體(例如，人類抗體、人類化抗體或嵌合抗體)。在一些情況下，PD-L2結合拮抗劑係免疫黏附素。
在一些情況下，PD-L1結合拮抗劑係抗PD-L1抗體，例如，如下文所闡述。在一些情況下，抗PD-L1抗體能夠抑制PD-L1與PD-1之間及/或PD-L1與B7-1之間之結合。在一些情況下，抗PD-L1抗體係單株抗體。在一些情況下，抗PD-L1抗體係選自由以下各項組成之群之抗體片段：Fab、Fab'-SH、Fv、scFv及(Fab')2 片段。在一些情況下，抗PD-L1抗體係人類化抗體。在一些情況下，抗PD-L1抗體係人類抗體。在一些情況下，抗PD-L1抗體係選自由以下各項組成之群：YW243.55.S70、MPDL3280A (阿替珠單抗)、MDX-1105及MEDI4736 (德瓦魯單抗)及MSB0010718C(阿維魯單抗)。抗體YW243.55.S70係WO 2010/077634中所闡述之抗PD-L1。MDX-1105亦稱為BMS-936559，其係WO2007/005874中所闡述之抗PD-L1抗體。MEDI4736 (德瓦魯單抗)係WO2011/066389及US2013/034559中所闡述之抗PD-L1單株抗體。可用於本發明方法中之抗PD-L1抗體及其製備方法之實例闡述於PCT專利申請案WO 2010/077634、WO 2007/005874、WO 2011/066389、美國專利第8,217,149號及US 2013/034559中，該等專利係以引用方式併入本文中。
闡述於WO 2010/077634 A1及US 8,217,149中之抗PD-L1抗體可用於本文所闡述之方法中。在一些情況下，抗PD-L1抗體包含SEQ ID NO : 3之重鏈可變區序列及/或SEQ ID NO : 4之輕鏈可變區序列。在又一情況下，提供經分離之抗PD-L1抗體，其包含重鏈可變區及/或輕鏈可變區序列，其中： (a) 重鏈序列與以下重鏈序列具有至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%序列一致性： EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 3)，及 (b) 輕鏈序列與以下輕鏈序列具有至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%序列一致性： DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (SEQ ID NO: 4)。
在一種情況下，抗PD-L1抗體包含重鏈可變區，該重鏈可變區包含HVR-H1、HVR-H2及HVR-H3序列，其中： (a) HVR-H1序列係GFTFSX1 SWIH (SEQ ID NO: 5)； (b) HVR-H2序列係AWIX2 PYGGSX3 YYADSVKG (SEQ ID NO: 6)； (c) HVR-H3序列係RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 7)； 另外其中：X1 係D或G；X2 係S或L；X3 係T或S。在一個特定態樣中，X1 係D；X2 係S且X3 係T。在另一態樣中，多肽進一步包含根據下式併置在HVR之間之可變區重鏈構架序列：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)。在又一態樣中，構架序列源自人類一致構架序列。在另一態樣中，構架序列係VH子組III一致構架。在又一態樣中，至少一個構架序列係如下： FR-H1係EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAAS (SEQ ID NO: 8) FR-H2係WVRQAPGKGLEWV (SEQ ID NO: 9) FR-H3係RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR (SEQ ID NO: 10) FR-H4係WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 11)。
在又一態樣中，重鏈多肽進一步與包含HVR-L1、HVR-L2及HVR-L3之可變區輕鏈組合，其中： (a) HVR-L1序列係RASQX4 X5 X6 TX7 X8 A (SEQ ID NO: 12)； (b) HVR-L2序列係SASX9 LX10 S (SEQ ID NO: 13)； (c) HVR-L3序列係QQX11 X12 X13 X14 PX15 T (SEQ ID NO: 14)； 其中：X4 係D或V；X5 係V或I；X6 係S或N；X7 係A或F；X8 係V或L；X9 係F或T；X10 係Y或A；X11 係Y、G、F或S；X12 係L、Y、F或W；X13 係Y、N、A、T、G、F或I；X14 係H、V、P、T或I；X15 係A、W、R、P或T。在又一態樣中，X4 係D；X5 係V；X6 係S；X7 係A；X8 係V；X9 係F；X10 係Y；X11 係Y；X12 係L；X13 係Y；X14 係H；X15 係A。
在又一態樣中，輕鏈進一步包含根據下式併置在HVR之間之可變區域輕鏈構架序列：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在又一態樣中，構架序列源自人類一致構架序列。在又一態樣中，構架序列係VL κ I一致構架。在又一態樣中，至少一個構架序列係如下： FR-L1係DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC (SEQ ID NO: 15) FR-L2係WYQQKPGKAPKLLIY (SEQ ID NO: 16) FR-L3係GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC (SEQ ID NO: 17) FR-L4係FGQGTKVEIKR (SEQ ID NO: 18)。
在另一情況下，提供經分離之抗PD-L1抗體或抗原結合片段，其包含重鏈及輕鏈可變區序列，其中： (a) 重鏈包含HVR-H1、HVR-H2及HVR-H3，其中另外： (i) HVR-H1序列係GFTFSX1 SWIH； (SEQ ID NO: 5) (ii) HVR-H2序列係AWIX2 PYGGSX3 YYADSVKG (SEQ ID NO: 6) (iii) HVR-H3序列係RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 7)，且 (b) 輕鏈包含HVR-L1、HVR-L2及HVR-L3，其中另外： (i) HVR-L1序列係RASQX4 X5 X6 TX7 X8 A (SEQ ID NO: 12) (ii) HVR-L2序列係SASX9 LX10 S (SEQ ID NO: 13)；且 (iii) HVR-L3序列係QQX11 X12 X13 X14 PX15 T (SEQ ID NO: 14)； 其中：X1 係D或G；X2 係S或L；X3 係T或S；X4 係D或V；X5 係V或I；X6 係S或N；X7 係A或F；X8 係V或L；X9 係F或T；X10 係Y或A；X11 係Y、G、F或S；X12 係L、Y、F或W；X13 係Y、N、A、T、G、F或I；X14 係H、V、P、T或I；X15 係A、W、R、P或T。在一個特定態樣中，X1 係D；X2 係S且X3 係T。在另一態樣中，X4 係D；X5 係V；X6 係S；X7 係A；X8 係V；X9 係F；X10 係Y；X11 係Y；X12 係L；X13 係Y；X14 係H；X15 係A。在又一態樣中，X1 係D；X2 係S且X3 係T，X4 係D；X5 係V；X6 係S；X7 係A；X8 係V；X9 係F；X10 係Y；X11 係Y；X12 係L；X13 係Y；X14 係H且X15 係A。
在另一態樣中，重鏈可變區包含一或多個併置在HVR之間之構架序列，如：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)，且輕鏈可變區包含一或多個併置在HVR之間之構架序列，如：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在又一態樣中，構架序列源自人類一致構架序列。在又一態樣中，重鏈構架序列源自Kabat子組I、II或III序列。在又一態樣中，重鏈構架序列係VH子組III一致構架。在又一態樣中，一或多個重鏈構架序列係如SEQ ID NO : 8、9、10及11所述。在又一態樣中，輕鏈構架序列源自Kabat κ I、II、II或IV子組序列。在又一態樣中，輕鏈構架序列係VL κ I一致構架。在又一態樣中，一或多個輕鏈構架序列被闡述為SEQ ID NO: 15、16、17及18。
在又一特定態樣中，抗體進一步包含人類或鼠類恆定區。在又一態樣中，人類恆定區係選自由IgG1、IgG2、IgG2、IgG3及IgG4組成之群。在又一特定態樣中，人類恆定區係IgG1。在又一態樣中，鼠類恆定區係選自由IgG1、IgG2A、IgG2B及IgG3組成之群。在又一態樣中，鼠類恆定區係IgG2A。在又一特定態樣中，抗體具有降低或最小之效應子功能。在又一特定態樣中，最小效應子功能由「無效應物Fc突變」或無醣基化產生。在又一情況下，無效應物Fc突變係恆定區中之N297A或D265A/N297A取代。
在又一情況下，提供包含重鏈及輕鏈可變區序列之抗PD-L1抗體，其中： (a) 重鏈進一步包含HVR-H1、HVR-H2及HVR-H3序列，其分別與GFTFSDSWIH (SEQ ID NO: 19)、AWISPYGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO: 20)及RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 21)具有至少85%序列一致性，或 (b) 輕鏈進一步包含HVR-L1、HVR-L2及HVR-L3序列，其分別與RASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 22)、SASFLYS (SEQ ID NO: 23)及QQYLYHPAT (SEQ ID NO: 24)具有至少85%序列一致性。
在一個特定態樣中，序列一致性為86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%。
在另一態樣中，重鏈可變區包含一或多個併置在HVR之間之構架序列，如：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)，且輕鏈可變區包含一或多個併置在HVR之間之構架序列，如：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在又一態樣中，構架序列源自人類一致構架序列。在又一態樣中，重鏈構架序列源自Kabat子組I、II或III序列。在又一態樣中，重鏈構架序列係VH子組III一致構架。在又一態樣中，一或多個重鏈構架序列係闡述為SEQ ID NO : 8、9、10及11。在又一態樣中，輕鏈構架序列源自Kabat κ I、II、II或IV子組序列。在又一態樣中，輕鏈構架序列係VL κ I一致構架。在又一態樣中，一或多個輕鏈構架序列被闡述為SEQ ID NO: 15、16、17及18。
在另一態樣中，重鏈可變區包含一或多個併置在HVR之間之構架序列，如：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)，且輕鏈可變區包含一或多個併置在HVR之間之構架序列，如：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在又一態樣中，構架序列源自人類一致構架序列。在又一態樣中，重鏈構架序列源自Kabat子組I、II或III序列。在又一態樣中，重鏈構架序列係VH子組III一致構架。在又一態樣中，一或多個重鏈構架序列係如下： FR-H1 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFS (SEQ ID NO: 27) FR-H2 WVRQAPGKGLEWVA (SEQ ID NO: 28) FR-H3 RFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAR (SEQ ID NO: 10) FR-H4 WGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 11)。
在又一態樣中，輕鏈構架序列源自Kabat κ I、II、II或IV子組序列。在又一態樣中，輕鏈構架序列係VL κ I一致構架。在又一態樣中，一或多個輕鏈構架序列係如下： FR-L1 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC (SEQ ID NO: 15) FR-L2 WYQQKPGKAPKLLIY (SEQ ID NO: 16) FR-L3 GVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYC (SEQ ID NO: 17) FR-L4 FGQGTKVEIK (SEQ ID NO: 26)。
在又一特定態樣中，抗體進一步包含人類或鼠類恆定區。在又一態樣中，人類恆定區係選自由IgG1、IgG2、IgG2、IgG3及IgG4組成之群。在又一特定態樣中，人類恆定區係IgG1。在又一態樣中，鼠類恆定區係選自由IgG1、IgG2A、IgG2B及IgG3組成之群。在又一態樣中，鼠類恆定區係IgG2A。在又一特定態樣中，抗體具有降低或最小之效應子功能。在又一特定態樣中，最小效應子功能由「無效應物Fc突變」或無醣基化產生。在又一情況下，無效應物Fc突變係恆定區中之N297A或D265A/N297A取代。
在又一情況下，提供包含重鏈及輕鏈可變區序列之抗PD-L1抗體，其中： (c) 重鏈進一步包含HVR-H1、HVR-H2及HVR-H3序列，其分別與GFTFSDSWIH (SEQ ID NO: 19)、AWISPYGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO: 20)及RHWPGGFDY (SEQ ID NO: 21)具有至少85%序列一致性，及/或 (d) 輕鏈進一步包含HVR-L1、HVR-L2及HVR-L3序列，其分別與RASQDVSTAVA (SEQ ID NO: 22)、SASFLYS (SEQ ID NO: 23)及QQYLYHPAT (SEQ ID NO: 24)具有至少85%序列一致性。
在一個特定態樣中，序列一致性為86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%。
在另一態樣中，重鏈可變區包含一或多個併置在HVR之間之構架序列，如：(FR-H1)-(HVR-H1)-(FR-H2)-(HVR-H2)-(FR-H3)-(HVR-H3)-(FR-H4)，且輕鏈可變區包含一或多個併置在HVR之間之構架序列，如：(FR-L1)-(HVR-L1)-(FR-L2)-(HVR-L2)-(FR-L3)-(HVR-L3)-(FR-L4)。在又一態樣中，構架序列源自人類一致構架序列。在又一態樣中，重鏈構架序列源自Kabat子組I、II或III序列。在又一態樣中，重鏈構架序列係VH子組III一致構架。在又一態樣中，一或多個重鏈構架序列係闡述為SEQ ID NO：8、9、10及WGQGTLVTVSSASTK (SEQ ID NO: 29)。
在又一態樣中，輕鏈構架序列源自Kabat κ I、II、II或IV子組序列。在又一態樣中，輕鏈構架序列係VL κ I一致構架。在又一態樣中，一或多個輕鏈構架序列被闡述為SEQ ID NO: 15、16、17及18。在又一特定態樣中，抗體進一步包含人類或鼠類恆定區。在又一態樣中，人類恆定區係選自由IgG1、IgG2、IgG2、IgG3及IgG4組成之群。在又一特定態樣中，人類恆定區係IgG1。在又一態樣中，鼠類恆定區係選自由IgG1、IgG2A、IgG2B及IgG3組成之群。在又一態樣中，鼠類恆定區係IgG2A。在又一特定態樣中，抗體具有降低或最小之效應子功能。在又一特定態樣中，最小效應子功能由「無效應物Fc突變」或無醣基化產生。在又一情況下，無效應物Fc突變係恆定區中之N297A或D265A/N297A取代。
在又一情況下，提供經分離之抗PD-L1抗體，其包含重鏈及輕鏈可變區序列，其中： (a) 重鏈序列與以下重鏈序列具有至少85%序列一致性： EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTK (SEQ ID NO: 25)，或 (b) 輕鏈序列與以下輕鏈序列具有至少85%序列一致性： DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR (SEQ ID NO: 4)。
在一些情況下，提供經分離之抗PD-L1抗體，其包含重鏈及輕鏈可變區序列，其中輕鏈可變區序列與SEQ ID NO: 4之胺基酸序列具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%序列一致性。在一些情況下，提供經分離之抗PD-L1抗體，其包含重鏈及輕鏈可變區序列，其中重鏈可變區序列與SEQ ID NO: 25之胺基酸序列具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%序列一致性。在一些情況下，提供經分離之抗PD-L1抗體，其包含重鏈及輕鏈可變區序列，其中輕鏈可變區序列與SEQ ID NO: 4之胺基酸序列具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%序列一致性，且重鏈可變區序列與SEQ ID NO: 25之胺基酸序列具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%或100%序列一致性。在一些情況下，重鏈及/或輕鏈之N末端之一個、兩個、三個、四個或五個胺基酸殘基可經缺失、取代或修飾。
在又一情況下，提供經分離之抗PD-L1抗體，其包含重鏈及輕鏈序列，其中： (a) 重鏈序列與以下重鏈序列具有至少85%序列一致性： EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (SEQ ID NO: 30)，及/或 (b) 輕鏈序列與以下輕鏈序列具有至少85%序列一致性： DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID NO: 31)。
在一些情況下，提供經分離之抗PD-L1抗體，其包含重鏈及輕鏈序列，其中輕鏈序列與SEQ ID NO: 31之胺基酸序列具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列一致性。在一些情況下，提供經分離之抗PD-L1抗體，其包含重鏈及輕鏈序列，其中重鏈序列與SEQ ID NO: 30之胺基酸序列具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列一致性。在一些情況下，提供經分離之抗PD-L1抗體，其包含重鏈及輕鏈序列，其中輕鏈序列與SEQ ID NO: 31之胺基酸序列具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列一致性，且重鏈序列與SEQ ID NO: 30之胺基酸序列具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%序列一致性。
在一些情況下，經分離之抗PD-L1抗體係無醣基化的。抗體之醣基化通常係N-連接或O-連接的。N-連接係指碳水化合物部分與天冬醯胺殘基之側鏈之附接。三肽序列天冬醯胺-X-絲胺酸及天冬醯胺-X-蘇胺酸(其中X係除脯胺酸以外之任何胺基酸)係碳水化合物部分酶附接至天冬醯胺側鏈之識別序列。因此，多肽中存在該等三肽序列中之任何一者產生潛在之醣基化位點。O-連接之醣基化係指糖N-乙醯半乳胺糖、半乳糖或木糖中之一者附接至羥基胺基酸上，最常見的係絲胺酸或蘇胺酸，但亦可使用5-羥脯胺酸或5-羥離胺酸。自抗體去除醣基化位點可方便地藉由改變胺基酸序列使得去除上述三肽序列中之一者(對於N-連接之醣基化位點)來實現。該改變可藉由用另一胺基酸殘基(例如甘胺酸、丙胺酸或保守取代)取代醣基化位點內之天冬醯胺、絲胺酸或蘇胺酸殘基來進行。
在本文之任何情況下，經分離之抗PD-L1抗體可結合至人類PD-L1(例如以UniProtKB/Swiss-Prot登錄號Q9NZQ7.1所顯示之人類PD-L1)或其變異體。
在又一情況下，提供編碼本文所述任何抗體之經分離核酸。在一些情況下，核酸進一步包含適合於表現編碼任何前述抗PD-L1抗體之核酸之載體。在又一特定態樣中，載體係在適於表現核酸之宿主細胞中。在又一特定態樣中，宿主細胞係真核細胞或原核細胞。在又一特定態樣中，真核細胞係哺乳動物細胞，例如中國倉鼠卵巢(CHO)細胞。
抗體或其抗原結合片段可使用業內已知之方法來製備，例如，藉由包含以下之製程來製備：在適於產生該抗體或片段之條件下以適於表現之形式培養含有編碼任何前述抗PD-L1抗體或抗原結合片段之核酸的宿主細胞，及回收該抗體或片段。
可明確預計，該等PD-L1軸結合拮抗劑抗體(例如，抗PD-L1抗體、抗PD-1抗體及抗PD-L2抗體)或本文所述用於上問列舉之任何情況中之其他抗體在單獨或組合時可具有下文第1-7章節中所述之任何特性。1. 抗體親和力
在某些情況下，本文提供之抗體(例如，抗PD-L1抗體或抗PD-1抗體)具有≤ 1μM、≤ 100 nM、≤ 10 nM、≤ 1 nM、≤ 0.1 nM、≤ 0.01 nM或≤ 0.001 nM (例如，10-8 M或更少，例如10-8 M至10-13 M，例如10-9 M至10-13 M)之解離常數(Kd)。
在一種情況下，Kd係藉由放射性標記之抗原結合分析(RIA)來量測。在一種情況下，RIA係用感興趣抗體之Fab型式及其抗原來實施。例如，Fab對抗原之溶液結合親和力係藉由以下來量測：在滴定系列之未標記抗原存在下，用最小濃度之(125 I)標記之抗原平衡Fab，然後用抗Fab抗體塗覆之板捕獲結合之抗原(例如參見Chen等人，J. Mol. Biol. 293:865-881(1999))。為建立分析條件，將MICROTITER®多孔板(Thermo Scientific)在50 mM碳酸鈉(pH 9.6)中用5 μg/ml捕獲抗Fab抗體(Cappel Labs)塗覆過夜，且隨後在室溫(約23℃)下在PBS中用2% (w/v)牛血清白蛋白封阻2至5小時。在非吸附板(Nunc編號269620)中，將100 pM或26 pM [125 I] -抗原與感興趣Fab之連續稀釋液混合(例如，與Presta等人，Cancer Res. 57:4593-4599 (1997)中之抗VEGF抗體Fab-12之評價一致)。然後將感興趣之Fab培育過夜；然而，培育可持續更長時間(例如，約65小時)，以確保達到平衡。此後，將混合物轉移至捕獲板中用於在室溫下培育(例如，1小時)。然後去除溶液，且用於PBS中之0.1%聚山梨醇酯20 (TWEEN-20®)將板洗滌八次。當板已乾燥之後，添加150 μl/孔閃爍劑(MICROSCINT-20™；Packard)，在TOPCOUNT™ γ計數器(Packard)上計數十分鐘。選擇給出小於或等於最大結合之20%之每一Fab之濃度，用於競爭性結合分析。
根據另一情況，使用BIACORE®表面電漿共振分析來量測Kd。例如，在25℃下用約10個反應單位(RU)之經固定抗原CM5晶片實施使用BIACORE®-2000或BIACORE®-3000 (BIAcore, Inc., Piscataway, NJ)之分析。在一種情況下，根據供應商之說明書，用N -乙基-N’ -(3-二甲基胺丙基)-碳二亞胺鹽酸鹽(EDC)及N -羥基琥珀醯亞胺(NHS)活化羧甲基化聚葡萄糖生物感測器晶片(CM5, BIACORE, Inc.)。在以5 μl/分鐘之流速注射之前，用10 mM乙酸鈉(pH 4.8)將抗原稀釋至5 μg/ml (約0.2 μM)，以達成約10個反應單位(RU)之偶聯蛋白。在注射抗原之後，注射1 M乙醇胺以阻斷未反應之基團。對於動力學量測，將Fab之兩倍連續稀釋液(0.78 nM至500 nM)在25℃下在具有0.05%聚山梨醇酯20 (TWEEN-20™)表面活性劑之PBS (PBST)中以約25 μl/min之流速注射。使用簡單的一對一Langmuir結合模型(BIACORE®評估軟體3.2版)藉由同時擬合締合及解離感測圖來計算締合速率(kon )及解離速率(koff )。平衡解離常數(Kd)係計算為比率koff /kon 。例如參見Chen等人，J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999)。若藉由上述表面電漿共振分析，締合速率超過106 M-1 s-1 ，則可藉由使用螢光淬滅技術來測定締合速率，該螢光淬滅技術在25℃下在增加濃度之抗原(如在光譜儀(例如配備停止流動之分光光度計(Aviv Instruments)或帶有攪拌比色管之8000系列SLM-AMINCO™分光光度計(ThermoSpectronic)中所量測)存在下量測於PBS (pH 7.2)中之20 nM抗抗原抗體(Fab形式)之螢光發射強度之增加或減少(激發= 295 nm；發射= 340 nm，16 nm帶通)。2. 抗體片段
在某些情況下，本文提供之抗體(例如，抗PD-L1抗體或抗PD-1抗體)係抗體片段。抗體片段包括(但不限於)Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2 、Fv及scFv片段，以及下文所闡述之其他片段。對於某些抗體片段之綜述，參見Hudson等人，Nat. Med. 9:129-134 (2003)。對於scFv片段之綜述，例如參見Pluckthün,The Pharmacology of Monoclonal Antibodies , 第113卷，Rosenburg及Moore編輯(Springer-Verlag, New York), 第269-315頁(1994)；亦參見WO 93/16185；及美國專利第5,571,894號及第5,587,458號。對於包含補救受體結合表位殘基且具有增加之活體內半衰期之Fab及F(ab’)2 片段之論述，參見美國專利第5,869,046號。
雙價抗體係具有兩個抗原結合位點之抗體片段，其可能係二價或雙特異性的。例如參見EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等人，Nat. Med. 9:129-134 (2003)；及Hollinger等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)。Hudson等人，Nat. Med. 9:129-134 (2003)亦闡述了三價抗體及四價抗體。
單結構域抗體係包含抗體之重鏈可變結構域之全部或一部分或輕鏈可變結構域之全部或一部分之抗體片段。在某些情況下，單結構域抗體係人類單結構域抗體(Domantis, Inc., Waltham, MA；例如參見美國專利第6,248,516 B1號)。
抗體片段可藉由各種技術來製備，包括(但不限於)完整抗體之蛋白水解消化以及重組宿主細胞(例如大腸桿菌(E. coli )或噬菌體)之產生，如本文所闡述。3. 嵌合抗體及人類化抗體
在某些情況下，本文提供之抗體(例如，抗PD-L1抗體或抗PD-1抗體)係嵌合抗體。某些嵌合抗體闡述於(例如)美國專利第4,816,567號中；及Morrison等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 81:6851-6855 (1984))中。在一個實例中，嵌合抗體包含非人類可變區(例如，源自小鼠、大鼠、倉鼠、兔或非人類靈長類動物(例如猴)之可變區)及人類恆定區。在另一實例中，嵌合抗體係「類別切換」抗體，其中該類別或亞類別已自親代抗體改變。嵌合抗體包括其抗原結合片段。
在某些情況下，嵌合抗體係人類化抗體。通常，非人類抗體經人類化以降低對人類之免疫原性，同時保持親代非人類抗體之特異性及親和力。一般而言，人類化抗體包含一或多個可變結構域，其中HVR(例如CDR (或其部分))源自非人類抗體，且FR (或其部分)源自人類抗體序列。人類化抗體視情況亦將包含人類恆定區之至少一部分。在一些情況下，人類化抗體中之一些FR殘基經非人類抗體(例如，HVR殘基來源之抗體)之相應殘基取代以(例如)恢復或改良抗體特異性或親和力。
人類化抗體及其製備方法綜述於(例如)Almagro及Fransson,Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)中，且進一步闡述於以下文獻中：例如Riechmann等人，Nature 332:323-329 (1988)；Queen等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)；美國專利第5, 821,337號、第7,527,791號、第6,982,321號及第7,087,409號；Kashmiri等人，Methods 36:25-34 (2005) (闡述特異性決定區(SDR)移植)；Padlan,Mol. Immunol. 28:489-498 (1991) (闡述「表面重修」)；Dall’Acqua等人，Methods 36:43-60 (2005) (闡述「FR改組」)；及Osbourn等人，Methods 36:61-68 (2005)及Klimka等人，Br. J. Cancer , 83:252-260 (2000) (闡述FR改組之「導向選擇」方法)。
可用於人類化之人類構架區域包括(但不限於)：使用「最佳擬合」方法選擇之構架區(例如參見Sims等人，J. Immunol. 151:2296 (1993))；源自特定輕鏈或重鏈可變區子組之人類抗體之一致序列之構架區(例如參見Carter等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 89:4285 (1992)；及Presta等人，J. Immunol. , 151:2623 (1993))；人類成熟(體細胞突變)之構架區或人類種系構架區(例如參見Almagro及Fransson,Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008))；及源自篩選FR庫之構架區(例如參見Baca 等人，J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997)及Rosok等人，J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996))。4. 人類抗體
在某些情況下，本文提供之抗體(例如，抗PD-L1抗體或抗PD-1抗體)係人類抗體。人類抗體可使用業內已知之各種技術來產生。人類抗體通常闡述於van Dijk及van de Winkel,Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001)及Lonberg,Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)中。
人類抗體可藉由向基因轉殖動物投與免疫原以響應抗原攻擊來製備，該基因轉殖動物已經修飾以產生完整的人類抗體或具有人類可變區之完整抗體。該等動物通常含有人類免疫球蛋白基因座之全部或一部分，該等基因座置換內源性免疫球蛋白基因座，或以染色體外方式存在，或隨機整合至動物染色體中。在該等基因轉殖小鼠中，內源性免疫球蛋白基因座通常經去活化。對於自基因轉殖動物獲得人類抗體之方法之綜述，參見Lonberg，Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)。亦參見(例如)美國專利第6,075,181號及第6,150,584號，其闡述XENOMOUSETM 技術；美國專利第5,770,429號，其闡述HUMAB®技術；美國專利第7,041,870號，其闡述K-M MOUSE®技術，及美國專利申請公開案第US 2007/0061900號，其闡述VELOCIMOUSE®技術。來自由該等動物生成之完整抗體之人類可變區可進一步經修飾，例如藉由與不同的人類恆定區組合來修飾。
人類抗體亦可藉由基於雜交瘤之方法來製備。已經闡述了用於產生人類單株抗體之人類骨髓瘤及小鼠-人類異源骨髓瘤細胞系。(例如參見，KozborJ. Immunol. , 133: 3001 (1984)；Brodeur等人，Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications , 第51-63頁(Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)；及Boerner等人，J. Immunol ., 147: 86 (1991))。經由人類B細胞雜交瘤技術生成之人類抗體闡述於Li等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 103:3557-3562 (2006)中。其他方法包括闡述於(例如)美國專利第7,189,826號(闡述自雜交瘤細胞系產生單株人IgM抗體)及Ni,Xiandai Mianyixue , 26(4):265-268 (2006) (闡述人類-人類雜交瘤)中之彼等。人類雜交瘤技術(三源雜交瘤技術)亦闡述於Vollmers及Brandlein,Histology and Histopathology , 20(3):927-937 (2005)以及Vollmers及Brandlein,Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology , 27(3):185-91 (2005)中。
亦可藉由分離選自人源噬菌體展示庫之Fv群落可變結構域序列生成人類抗體。然後可將該等可變結構域序列與期望之人類恆定結構域組合。下文闡述自抗體庫選擇人類抗體之技術。5. 庫源抗體
本發明之抗體(例如，抗PD-L1抗體及抗PD-1抗體)可藉由篩選組合庫以尋找具有一或多種期望活性之抗體來分離。例如，業內已知多種用於生成噬菌體展示庫及篩選該等庫中具有期望結合特徵之抗體之方法。該等方法綜述於例如Hoogenboom等人，Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O’Brien等人編輯，Human Press, Totowa, NJ, 2001)中，且進一步闡述於以下文獻中：例如McCafferty等人，Nature 348:552-554；Clackson等人，Nature 352: 624-628 (1991)；Marks等人，J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992)；Marks及Bradbury，Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo編輯，Human Press, Totowa, NJ, 2003)；Sidhu等人，J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)；Lee等人，J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004)；Fellouse,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)；及Lee等人，J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)。
在某些噬菌體展示方法中，藉由聚合酶鏈式反應(PCR)分開選殖VH及VL基因之庫，並在噬菌體庫中進行隨機重組，然後可如Winter等人，Ann. Rev. Immunol. , 12: 433-455 (1994)中所闡述來篩選抗原結合噬菌體。噬菌體通常以單鏈Fv (scFv)片段或Fab片段之形式展示抗體片段。來自經免疫來源之庫為免疫原提供高親和力抗體，而無需構築雜交瘤。或者，可選殖(例如，來自人類)幼稚庫，以提供針對眾多非自身抗原亦及自身抗原之單一抗體來源而無需任何免疫，如Griffiths等人，EMBO J, 12: 725-734 (1993)所闡述。最後，幼稚庫亦可藉由以下來合成製備：自幹細胞選殖未重排之V基因鏈段，並使用含有隨機序列之PCR引子來編碼高度可變之CDR3區並在活體外完成重排，如Hoogenboom及Winter，J. Mol. Biol. , 227: 381-388 (1992)所闡述。闡述人類抗體噬菌體庫之專利出版物包括例如：美國專利第5,750,373號及美國專利公開案第2005/0079574號、第2005/0119455號、第2005/0266000號、第2007/0117126號、第2007/0160598號、第2007/0237764號、第2007/0292936號及第2009/0002360號。
自人類抗體庫分離之抗體或抗體片段在本文中視為人類抗體或人類抗體片段。6. 多特異性抗體
在上述任一態樣中，本文提供之抗體(例如，抗PD-L1抗體或抗PD-1抗體)可為多特異性抗體，例如，雙特異性抗體。多特異性抗體係對至少兩個不同位點具有結合特異性之單株抗體。在某些情況下，本文提供之抗體係多特異性抗體，例如雙特異性抗體。在某些情況下，一種結合特異性係針對PD-L1的且另一種係針對任何其他抗原的。在某些情況下，雙特異性抗體可結合至PD-L1之兩個不同表位。雙特異性抗體亦可用於將細胞毒性劑定位至表現PD-L1之細胞。雙特異性抗體可製備為全長抗體或抗體片段。
製備多特異性抗體之技術包括(但不限於)具有不同特異性之兩種免疫球蛋白重鏈-輕鏈對之重組共表現(參見Milstein及Cuello，Nature 305: 537 (1983))、WO 93/08829及Traunecker等人，EMBO J. 10: 3655 (1991))及「結進孔」改造(例如參見美國專利第5,731,168號)。多特異性抗體亦可藉由以下來製備：改造靜電轉向效應來製備抗體Fc-異二聚體分子(例如參見WO 2009/089004A1)；使兩種或更多種抗體或片段交聯(例如參見美國專利第4,676,980號及Brennan等人，Science 229: 81 (1985))；使用白胺酸拉鏈產生雙特異性抗體(例如參見Kostelny等人，J. Immunol. 148(5): 1547-1553 (1992))；使用「雙價抗體」技術來製備雙特異性抗體片段(例如參見，Hollinger等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448 (1993))；使用單鏈Fv (sFv)二聚體(例如參見Gruber et al.,J. Immunol. 152:5368 (1994))；及如Tutt等人，J. Immunol. 147: 60 (1991)所闡述來製備三特異性抗體。
本文亦包括具有三個或更多個功能抗原結合位點之經改造抗體(包括「八抗體(Octopus antibody)」) (例如參見US 2006/0025576A1)。
本文中之抗體或片段亦包括「雙作用FAb」或「DAF」，其包含結合至PD-L1以及另一不同抗原之抗原結合位點。7. 抗體變異體
在某些情況下，涵蓋本發明抗體之胺基酸序列變異體(例如，抗PD-L1抗體及抗PD-1抗體)。例如，可能期望改良抗體之結合親和力及/或其他生物學性質。抗體之胺基酸序列變異體可藉由向編碼抗體之核苷酸序列中引入適當修飾或藉由肽合成來製備。該等修飾包括(例如)在抗體之胺基酸序列內缺失及/或插入及/或取代殘基。缺失、插入及取代之任一組合均可得到最終構築體，條件係最終構築體具有期望之特徵，例如抗原結合。I. 取代、插入及缺失變異體
在某些情況下，提供具有一或多個胺基酸取代之抗體變異體。取代誘變感興趣之位點包括HVR及FR。保守取代顯示於表2之「較佳取代」標題下。更顯著之變化提供於表2之「例示性取代」標題下，且如下文參考胺基酸側鏈類別進一步闡述。可將胺基酸取代引入感興趣之抗體中，並篩選產物以獲得期望之活性，例如保留/改良之抗原結合、降低之免疫原性或改良之抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)或補體依賴性細胞毒性(CDC)。表 2. 例示性及較佳胺基酸取代
胺基酸可根據常見的側鏈性質來分組： (1) 疏水：正白胺酸, Met, Ala, Val, Leu, Ile; (2) 中性親水性：Cys, Ser, Thr, Asn, Gln; (3) 酸性：Asp, Glu; (4) 鹼性：His, Lys, Arg; (5) 影響鏈定向之殘基：Gly, Pro; (6) 芳香族：Trp, Tyr, Phe。
非保守取代將需要將該等類別中之一者之成員換成另一個類別。
一種類型之取代變異體涉及取代親代抗體(例如人類化抗體或人類抗體)之一或多個高度變異區殘基。一般而言，選擇用於進一步研究之所得變異體相對於親代抗體將具有某些生物學性質(例如，增加之親和力及/或降低之免疫原性)之修飾(例如，改良)及/或將基本保留親代抗體之某些生物學性質。例示性取代變異體係親和力成熟的抗體，其可使用(例如)基於噬菌體展示之親和力成熟技術(例如本文所闡述之彼等)方便地生成。簡言之，使一或多個HVR殘基突變，且在噬菌體上展示變異體抗體，並針對特定生物活性(例如結合親和力)進行篩選。
可在HVR中進行改變(例如取代)以(例如)改良抗體親和力。該等改變可在HVR 「熱點」中進行，亦即在體細胞成熟過程期間經歷高頻突變之由密碼子編碼之殘基(例如參見Chowdhury,Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008))，及/或與抗原接觸之殘基，其中測試所得變異體VH或VL之結合親和力。藉由構築二級庫並自二級庫重新選擇來進行親和力成熟已闡述於(例如) Hoogenboom等人，Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien等人編輯，Human Press, Totowa, NJ, (2001))中。在親和力成熟之一些情況下，藉由多種方法(例如易錯PCR、鏈改組或寡核苷酸導向誘變)中之任何一者將多樣性引入選擇用於成熟之可變基因中。然後創建二級庫。然後篩選庫以鑑別任何具有期望親和力之抗體變異體。引入多樣性之另一方法涉及HVR導向之方法，其中若干HVR殘基(例如，一次4-6個殘基)經隨機化。參與抗原結合之HVR殘基可使用(例如)丙胺酸掃描誘變或建模進行特異性地鑑別。特別係CDR-H3及CDR-L3經常經靶向。
在某些情況下，取代、插入或缺失可發生在一或多個HVR內，只要該等改變不會顯著降低抗體結合抗原之能力即可。例如，可在HVR中進行保守改變(例如，本文提供之保守取代)，該等保守改變不會顯著降低結合親和力。例如，該等改變可能在HVR中之抗原接觸殘基之外。在上文提供之變異體VH及VL序列之某些情況下，每一HVR不改變或含有不超過一個、兩個或三個胺基酸取代。
可用於鑑別可為誘變靶向之抗體之殘基或區之方法稱為「丙胺酸掃描誘變」，如Cunningham及Wells (1989)Science , 244:1081-1085中所闡述。在此方法中，鑑別一個殘基或一組靶標殘基(例如帶電殘基，例如Arg、Asp、His、Lys及Glu)，並用中性或帶負電荷之胺基酸(例如丙胺酸或聚丙胺酸)置換，以確定抗體與抗原之相互作用是否受到影響。可在證明對初始取代之功能敏感性之胺基酸位置引入其他取代。或者，或另外，抗原-抗體複合物之晶體結構，以鑑別抗體與抗原之間之接觸點。該等接觸殘基及相鄰殘基可作為取代候選者被靶向或消除。可對變異體進行篩選以確定其是否含有期望之性質。
胺基酸序列插入包括長度在一個殘基至含有一百個或更多個殘基之多肽範圍內之胺基及/或羧基末端融合，以及單個或多個胺基酸殘基之序列內插入。末端插入之實例包括具有N末端甲硫胺醯基殘基之抗體。抗體分子之其他插入變異體包括與酶(例如，對於ADEPT)或多肽之抗體之N末端或C末端之融合，此增加了抗體之血清半衰期。II. 醣基化變異體
在某些情況下，可改變本發明之抗體以增加或減少抗體醣基化之程度。本發明抗體之醣基化位點之添加或缺失可藉由改變胺基酸序列從而產生或去除一或多個醣基化位點來方便地完成。
倘若抗體包含Fc區，則與其附接之碳水化合物可能會發生改變。哺乳動物細胞產生之天然抗體通常包含具支鏈之二天線寡醣，該寡醣通常藉由N鍵附接至Fc區CH2結構域之Asn297。例如參見Wright等人，TIBTECH 15:26-32 (1997)。寡醣可包括各種碳水化合物，例如甘露糖、N-乙醯基葡糖胺(GlcNAc)、半乳糖及唾液酸，以及在二天線寡醣結構之「主幹」中附接至GlcNAc之岩藻糖。在一些情況下，可以對本發明抗體中之寡醣進行修飾，以便產生具有某些改良性質之抗體變異體。
在一種情況下，提供具有缺乏附接(直接或間接)至Fc區域之岩藻糖之碳水化合物結構之抗體變異體。例如，該抗體中岩藻糖之量可為1%至80%、1%至65%、5%至65%或20%至40%。岩藻糖之量係藉由相對於附接至Asn297之所有糖結構(例如，複合、混合及高甘露糖結構)之總和(如藉由MALDI-TOF質譜所量測)，計算糖鏈內Asn297處之平均岩藻糖量來測定，如例如WO 2008/077546中所闡述。Asn297係指位於Fc區約297位處之天冬醯胺殘基(Fc區殘基之EU編號)；然而，由於抗體之微小序列變化，Asn297亦可位於297位之上游或下游約± 3個胺基酸處，亦即在294位與300位之間。該等岩藻糖基化變異體可具有改良之ADCC功能。例如參見美國專利公開案第US 2003/0157108號及第US 2004/0093621號。與「去醣基化」或「岩藻糖缺乏」抗體變異體相關之出版物之實例包括：US 2003/0157108；WO 2000/61739；WO 2001/29246；US 2003/0115614；US 2002/0164328；US 2004/0093621；US 2004/0132140；US 2004/0110704；US 2004/0110282；US 2004/0109865；WO 2003/085119；WO 2003/084570；WO 2005/035586；WO 2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等人，J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004)；Yamane-Ohnuki等人， Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)。能夠產生去醣基化抗體之細胞系之實例包括缺乏蛋白質岩藻糖基化之Lec13 CHO細胞(Ripka等人， Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986)；美國專利申請案第US 2003/0157108 A1號；及WO 2004/056312 A1，Adams等人，尤其實例11)及剔除細胞系，例如α-1,6-岩藻糖基轉移酶基因FUT8 、 剔除CHO細胞(例如參見Yamane-Ohnuki等人， Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)；Kanda, Y.等人, Biotechnol. Bioeng ., 94(4):680-688 (2006)；及WO2003/085107)。
抗體變異體亦提供有平分之寡醣，例如，其中連接到抗體Fc區之雙元寡醣被GlcNAc平分。該等抗體變異體可能具有降低之岩藻糖基化及/或改良之ADCC功能。該等抗體變異體之實例闡述於例如WO 2003/011878、美國專利第6,602,684號及US 2005/0123546中。亦提供寡醣中之至少一個半乳糖殘基附接至Fc區之抗體變異體。該等抗體變異體可能具有改良之CDC功能。該等抗體變異體闡述於(例如) WO 1997/30087、WO 1998/58964及WO 1999/22764中。III. Fc 區變異體
在某些情況下，可將一或多種胺基酸修飾引入本發明抗體之Fc區中，從而生成Fc區變異體。Fc區變異體可包含人類Fc區序列(例如，人類IgG1、IgG2、IgG3或IgG4 Fc區)，其在一或多個胺基酸位置包含胺基酸修飾(例如，取代)。
在某些情況下，本發明涵蓋抗體變異體，其具有一些但並非所有效應子功能，此使得其在如下應用中成為合意候選者：其中抗體活體內之半衰期係重要的，但某些效應子功能(例如補體及ADCC)係不必要的或有害的。可進行活體外及/或活體內細胞毒性分析以證實CDC及/或ADCC活性之降低/耗盡。例如，可進行Fc受體(FcR)結合分析，以確保抗體缺乏FcγR結合(因此可能缺乏ADCC活性)，但保留FcRn結合能力。介導ADCC之原代細胞NK細胞僅表現FcγRIII，而單核球表現FcγRI、FcγRII及FcγRIII。造血細胞上之FcR表現總結於Ravetch及Kinet，Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991)第464頁之表3中。用於評價感興趣分子之ADCC活性之活體外分析之非限制性實例闡述於以下文獻中：美國專利第5,500,362號(例如參見，Hellstrom，I .等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986))及Hellstrom, I等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985)；美國專利第5,821,337號(參見Bruggemann, M.等人，J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987))。或者，可採用非放射性分析方法(例如參見用於流式細胞術之ACTI™非放射性細胞毒性分析(CellTechnology, Inc. Mountain View, CA；及CYTOTOX 96®非放射性細胞毒性分析(Promega, Madison, WI)))。可用於該等分析之效應細胞包括外周血單核細胞(PBMC)及天然殺手(NK)細胞。或者，或另外，感興趣分子之ADCC活性可在活體內評價，例如在如(例如) Clynes等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:652-656 (1998)中揭示之動物模型中評價。亦可實施C1q結合分析以證實抗體不能結合C1q且因此缺乏CDC活性。例如參見WO 2006/029879及WO 2005/100402中之C1q及C3c結合ELISA。為評價補體活化，可實施CDC分析(例如參見Gazzano-Santoro等人，J. Immunol. Methods 202:163 (1996)；Cragg等人，Blood. 101:1045-1052 (2003)；及Cragg等人，Blood. 103:2738-2743 (2004))。FcRn結合及活體內清除/半衰期測定亦可使用業內已知之方法來實施(例如參見Petkova等人，Int’l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006))。
效應子功能降低之抗體包括Fc區殘基238、265、269、270、297、327及329中之一或多者經取代之彼等(美國專利第6,737,056號及第8,219,149號)。該等Fc突變異體包括在胺基酸位置265、269、270、297及327中之兩者或更多者處具有取代之Fc突變異體，包括殘基265及297經丙胺酸取代之所謂的「DANA」 Fc突變異體(美國專利第7,332,581號及第8,219,149號)。
闡述了與FcR之結合改良或減弱之某些抗體變異體。(例如參見美國專利第6,737,056號；WO 2004/056312及Shields等人，J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001))。
在某些情況下，抗體變異體包含具有一或多個胺基酸取代之Fc區，該等胺基酸取代改良ADCC，例如Fc區之298位、333位及/或334位(殘基之EU編號)之取代。
在一些情況下，在Fc區進行改變，該等改變導致C1q結合及/或補體依賴性細胞毒性(CDC)改變(亦即，改良或減弱)，例如，如美國專利第6,194,551號、WO 99/51642及Idusogie等人，J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)所闡述。
半衰期延長且與新生兒Fc受體(FcRn)之結合改良之抗體負責將母體IgG轉移至胎兒(Guyer等人，J. Immunol. 117:587 (1976)及Kim等人，J. Immunol. 24:249 (1994))，其闡述於US2005/0014934A1 (Hinton等人)中。彼等抗體包含其中具有一或多個改良Fc區與FcRn之結合之取代之Fc區。該等Fc變異體包括在如下Fc區殘基中之一或多者處具有取代之彼等：238、256、265、272、286、303、305、307、311、312、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424或434，例如Fc區殘基434之取代(美國專利第7,371,826號)。
亦參見Duncan及Winter,Nature 322:738-40 (1988)；美國專利第5,648,260號；美國專利第5,624,821號；及WO 94/29351，其關於Fc區域變異體之其他實例。IV. 半胱胺酸改造之抗體變異體
在某些情況下，可能期望產生半胱胺酸改造之抗體，例如「thioMAb」，其中抗體之一或多個殘基經半胱胺酸殘基取代。在特定情況下，取代之殘基出現在抗體之可及位點。藉由用半胱胺酸取代彼等殘基，反應性硫醇基團因此位於抗體之可及位點，且可用於將抗體與其他部分(例如藥物部分或連接體-藥物部分)偶聯，以產生免疫偶聯物，如本文進一步闡述。在某些情況下，下列殘基中之任何一者或多者可經半胱胺酸取代：輕鏈之V205 (Kabat編號)；重鏈之A118 (EU編號)；及重鏈Fc區之S400 (EU編號)。半胱胺酸改造之抗體可如美國專利第7,521,541號中所闡述來生成。V. 抗體衍生物
在某些情況下，本文提供之抗體可進一步經修飾，以含有業內已知且容易獲得之額外非蛋白質部分。適於衍生抗體之部分包括(但不限於)水溶性聚合物。水溶性聚合物之非限制性實例包括(但不限於)聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纖維素、聚葡萄糖、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯啶酮、聚-1, 3-二氧戊環、聚-1,3,6-三噁烷、乙烯/馬來酸酐共聚物、聚胺基酸(均聚物或隨機共聚物)及聚葡萄糖或聚(n-乙烯基吡咯啶酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、聚環氧丙烷/環氧乙烷共聚物、聚氧乙基化多元醇(如甘油)、聚乙烯醇及其混合物。聚乙二醇丙醛由於其在水中之穩定性而在製造中可能具有優點。聚合物可具有任何分子量，且可為具支鏈或無支鏈的。附接至抗體之聚合物之數量可能不同，且若附接一種以上聚合物，則該等聚合物可為相同或不同的分子。一般而言，用於衍生之聚合物之數量及/或類型可基於包括(但不限於)欲改良抗體之特定性質或功能、抗體衍生物是否將在限定條件下用於療法中等的考慮因素來確定。
在另一情況下，提供抗體及非蛋白質部分之偶聯物，該偶聯物可藉由曝露於輻射來選擇性地加熱。在一種情況下，非蛋白質部分係碳奈米管(Kam等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005))。輻射可為任何波長，且包括(但不限於)不會傷害普通細胞但會將非蛋白質部分加熱至殺死接近抗體-非蛋白質部分之細胞之溫度的波長。VI. 免疫偶聯物
本發明亦提供免疫偶聯物，其包含偶聯至一或多種細胞毒性劑之本文中之抗體(例如，抗PD-L1抗體或抗PD-1抗體)，該等細胞毒性劑例如化學治療劑或藥物、生長抑制劑、毒素(例如，蛋白質毒素、細菌、真菌、植物或動物來源之酶活性毒素或其片段)或放射性同位素。
在一種情況下，免疫偶聯物係抗體-藥物偶聯物(ADC)，其中抗體偶聯至一或多種藥物，包括(但不限於)類美登素(參見美國專利第5,208,020號、第5,416,064號及歐洲專利EP 0 425 235 B1)；奧里斯他汀，例如單甲基奧里斯他汀藥物部分DE及DF (MMAE及MMAF) (參見美國專利第5,635,483號及第5,780,588號及第7,498,298號)；尾海兔素；卡奇黴素或其衍生物(參見美國專利第5,712,374號、第5,714,586號、第5,739,116號、第5,767,285號、第5,770,701號、第5,770,710號、第5,773,001號及第5,877,296號；Hinman等人，Cancer Res. 53:3336-3342 (1993)；及Lode等人，Cancer Res. 58:2925-2928 (1998))；蒽環，如道諾黴素或多柔比星(參見Kratz等人，Current Med. Chem. 13:477-523 (2006)；Jeffrey等人，Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362 (2006)；Torgov等人，Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005)；Nagy等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000)；Dubowchik等人，Bioorg. & Med. Chem. Letters 12:1529-1532 (2002)；King等人，J. Med. Chem. 45:4336-4343 (2002)；及美國專利第6,630,579號)；胺甲喋呤；長春地辛；紫杉烷，例如多西他賽、太平洋紫杉醇、拉洛他賽(larotaxel)、替司他賽(tesetaxel)及奧他賽(ortataxel)；單端孢黴烯；及CC1065。
在另一種情況下，免疫偶聯物包含偶聯至酶活性毒素或其片段之如本文所述之抗體，該酶活性毒素或其片段包括(但不限於)白喉A鏈、白喉毒素之非結合活性片段、外毒素A鏈(來自綠膿桿菌(Pseudomonas aeruginosa))、蓖麻毒蛋白A鏈、相思子素A鏈、莫迪素A鏈(modeccin A chain)、α-八疊球菌、油桐(Aleurites fordii)蛋白、石竹素蛋白、美洲商路蛋白(PAPI、PAPII及PAP-S)、苦瓜抑制劑、瀉果素、巴豆毒素、肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制劑、白樹素、有絲分裂素、侷限麴菌素、酚黴素、伊諾黴素(enomycin)及新月毒素。
在另一種情況下，免疫偶聯物包含偶聯至放射性原子之如本文所述之抗體以形成放射性偶聯物。多種放射性同位素可用於產生放射性偶聯物。實例包括At211 、I131 、I125 、Y90 、Re186 、Re188 、Sm153 、Bi212 、P32 、Pb212 及Lu之放射性同位素。當放射性偶聯物用於偵測時，其可包含用於閃爍掃描研究之放射性原子(例如tc99m或I123)或用於核磁共振(NMR)成像(亦稱為磁共振成像，mri)之自旋標記(例如碘-123、碘-131、銦-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、釓、錳或鐵)。抗體及細胞毒性劑之偶聯物可使用多種雙功能蛋白質偶聯劑來製備，該等雙功能蛋白質偶聯劑例如3-(2-吡啶基二硫代)丙酸N-琥珀醯亞胺基酯(SPDP)、環己烷-1-甲酸琥珀醯亞胺基-4-(N-馬來醯亞胺甲基)酯(SMCC)、亞胺基硫雜環戊烷(IT)、亞胺酸酯之雙功能衍生物(例如己二酸二甲酯HCl)、活性酯(例如辛二酸二琥珀醯亞胺基酯)、醛(例如戊二醛)、雙疊氮化合物(例如雙(對疊氮苯甲醯基)己二胺)、雙重氮衍生物(例如雙-(對重氮苯甲醯基)-乙二胺)、二異氰酸酯(例如甲苯2,6-二異氰酸酯)及雙活性氟化合物(例如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)。例如，蓖麻毒蛋白免疫毒素可如Vitetta等人，Science 238:1098 (1987)中所述來製備。碳-14標記之1-異硫氰基苄基-3-甲基二伸乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)係用於放射性核苷酸與抗體偶聯之例示性螯合劑。參見WO94/11026。連接體可為促進細胞內細胞毒性藥物釋放之「可裂解連接體」。例如，可使用酸不穩定性連接體、肽酶敏感性連接體、光不穩定性連接體、二甲基連接體或含二硫化物之連接體(Chari等人，Cancer Res. 52:127-131 (1992)；美國專利第5,208,020號)。
本文中之免疫偶聯物或ADC明確涵蓋但不限於用交聯劑試劑製備之該等偶聯物，該等交聯劑試劑包括(但不限於) BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、磺基-EMCS、磺基-GMBS、磺基-KMUS、磺基-MBS、磺基-SIAB、磺基-SMCC、磺基-SMPB及SVSB (琥珀醯亞胺基-(4-乙烯基碸)苯甲酸酯)，其可自市面購得(例如，來自Pierce Biotechnology, Inc., Rockford, IL., U.S.A)。V. 醫藥調配物
根據本發明使用之免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體(例如，MPDL3280A))及針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體)))之治療調配物，係藉由將具有期望純度之拮抗劑與可選的醫藥學上可接受之載劑、賦形劑或穩定劑混合以凍乾調配物或水溶液之形式來製備以用於儲存。對於關於調配物之一般資訊，例如參見Gilman等人(編輯)The Pharmacological Bases of Therapeutics , 第8版, Pergamon Press, 1990；A. Gennaro (編輯),Remington’s Pharmaceutical Sciences, 第18版, Mack Publishing Co., Pennsylvania, 1990；Avis等人(編輯)Pharmaceutical Dosage Forms: Parenteral Medications Dekker, New York, 1993；Lieberman等人(編輯)Pharmaceutical Dosage Forms: Tablets Dekker, New York, 1990；Lieberman等人(編輯),Pharmaceutical Dosage Forms: Disperse Systems Dekker, New York, 1990；及Walters (編輯)Dermatological and Transdermal Formulations (Drugs and the Pharmaceutical Sciences), 第119卷, Marcel Dekker, 2002。
可接受之載劑、賦形劑或穩定劑在所用劑量及濃度下對接受者無毒，且包括緩衝劑，例如磷酸鹽、檸檬酸鹽及其他有機酸；抗氧化劑，包括抗壞血酸及甲硫胺酸；防腐劑(例如十八烷基二甲基苄基氯化銨；氯化六羥季銨；氯化苄烷銨、氯化本索寧；酚、丁基或苄醇；對羥基苯甲酸烷基酯，例如對羥基苯甲酸甲酯或對羥基苯甲酸丙酯；兒茶酚；間苯二酚；環己醇；3-戊醇；及間甲酚)；低分子量(少於約10個殘基)多肽；蛋白質，如血清白蛋白、明膠或免疫球蛋白；親水聚合物，例如聚乙烯吡咯啶酮；胺基酸，例如甘胺酸、麩醯胺酸、天冬醯胺、組胺酸、精胺酸或離胺酸；單醣、二醣，及其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合劑，例如EDTA；糖，例如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成鹽相對離子，例如鈉；金屬錯合物(例如，鋅蛋白質錯合物)；及/或非離子表面活性劑，例如TWEEN™、PLURONICS™或聚乙二醇(PEG)。
本文之調配物亦可含有一種以上活性化合物，較佳具有互補活性且不會彼此不利地影響之彼等。該等藥劑之類型及有效量取決於(例如)調配物中存在之拮抗劑之量及類型，以及個體之臨床參數。
活性成分亦可陷獲於分別藉由(例如)凝聚技術或界面聚合製備之微膠囊(例如羥甲基纖維素或明膠-微膠囊及聚(甲基丙烯酸甲酯)微膠囊)中、陷獲於膠體藥物遞送系統(例如脂質體、白蛋白微球、微乳液、奈米粒子及奈米膠囊)中或陷獲於巨乳液中。該等技術揭示於Remington's Pharmaceutical Sciences 第16版, Osol, A.編輯(1980)中。
可製備持續釋放之製劑。持續釋放製劑之適宜實例包括含有拮抗劑之固體疏水聚合物之半透性基質，該等基質呈成型物品(例如薄膜或微膠囊)之形式。持續釋放基質之實例包括聚酯、水凝膠(例如聚(2-羥乙基-甲基丙烯酸酯)或聚(乙烯醇))、聚乳酸(美國專利第3,773,919號)、L-麩胺酸及L-麩胺酸γ乙酯之共聚物、不可降解之乙烯-乙酸乙烯酯、可降解之乳酸-乙醇酸共聚物如LUPRON DEPOT™ (由乳酸-乙醇酸共聚物及乙酸柳培林(leuprolide acetate)組成之可注射微球)及聚-D-(-)-3-羥基丁酸。
用於活體內投與之調配物必須係無菌的。此容易藉由無菌過濾膜過濾來實現。
應瞭解，任何上述製造物品可包括本文所闡述之免疫偶聯物來代替或補充免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑。VI. 診斷套組及製 造物品
本文提供診斷及預後套組，其包括一或多種用於鑑別可受益於包括免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)之治療之患有癌症之個體之試劑，該癌症例如肺癌(例如，非小細胞肺癌(NSCLC))、腎癌(例如，腎尿路上皮癌)、膀胱癌(例如，膀胱尿路上皮(移行細胞)癌)、乳癌、結腸直腸癌(例如，結腸腺癌)、卵巢癌、胰腺癌、胃癌、食道癌、間皮瘤、黑色素瘤(例如，皮膚黑色素瘤)、頭頸癌(例如，頭頸鱗狀細胞癌(HNSCC))、甲狀腺癌、肉瘤(例如，軟組織肉瘤、纖維肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、骨原性肉瘤、骨肉瘤、軟骨肉瘤、血管肉瘤、內皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管內皮肉瘤、平滑肌肉瘤或橫紋肌肉瘤)、前列腺癌、神經膠母細胞瘤、子宮頸癌、胸腺癌、白血病(例如，急性淋巴細胞性白血病(ALL)、急性骨髓細胞性白血病(AML)、慢性骨髓細胞性白血病(CML)、慢性嗜酸性粒細胞白血病或慢性淋巴細胞性白血病(CLL))、淋巴瘤(例如，霍奇金氏淋巴瘤或非霍奇金氏淋巴瘤(NHL))、骨髓瘤(例如，多發性骨髓瘤(MM))、蕈狀肉芽腫、Merkel氏細胞癌、血液惡性病、血液組織癌、B細胞癌、支氣管癌、胃癌、腦或中樞神經系統癌、周圍神經系統癌、子宮或子宮內膜癌、口腔或咽喉癌、肝癌、睪丸癌、膽道癌、小腸或闌尾癌、唾液腺癌、腎上腺癌、腺癌、發炎性肌纖維母細胞瘤、胃腸基質瘤(GIST)、結腸癌、骨髓發育不良症候群(MDS)、骨髓增生性病症(MPD)、真性多血症、脊索瘤、滑膜瘤、尤恩氏腫瘤、鱗狀細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、乳頭狀癌、乳頭狀腺癌、髓樣癌、支氣管癌、腎細胞癌、肝細胞瘤、膽管癌、絨毛膜癌、精原細胞瘤、胚胎性癌、威爾姆氏瘤、膀胱癌、上皮癌、神經膠質瘤、星細胞瘤、髓母細胞瘤、顱咽管瘤、室管膜瘤、松果體瘤、血管母細胞瘤、聽神經瘤、寡樹突神經膠細胞瘤、腦脊髓膜瘤、神經胚細胞瘤、視網膜母細胞瘤、濾泡性淋巴瘤、瀰漫性大B細胞淋巴瘤、外套細胞淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺癌、小細胞癌、原發性血小板過多症、特發性骨髓樣化生、嗜伊紅性白血球增多症候群、全身肥大細胞增多症、家族性嗜伊紅性白過多症、神經內分泌癌或類癌瘤，該鑑別係藉由如本文所闡述自個體之試樣(例如，全血試樣、血漿試樣、血清試樣或其組合)測定血液腫瘤突變負荷(bTMB)評分或bTMB評分及最大體細胞等位基因頻率(MSAF)來進行。在一些實施例中，套組進一步包括一或多種用於自個體之試樣(例如腫瘤試樣)測定tTMB評分之試劑。
視情況，套組可進一步包括如下說明書：若自個體之試樣獲得之bTMB評分高於參考bTMB評分則使用該套組選擇藥劑(例如免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體，例如MPDL3280A))、針對共抑制分子之拮抗劑(例如CTLA-4拮抗劑(例如抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如抗LAG-3抗體)來治療癌症。在另一種情況下，該等說明書係若自個體之試樣獲得之bTMB評分低於參考bTMB評分，則使用套組來選擇不同於免疫檢查點抑制劑(例如PD-L1軸結合拮抗劑)或除其以外之抗癌療法。在一些情況下，套組可進一步包括如下說明書：基於自個體之試樣測定之bTMB評分及MSAF之組合，使用套組來選擇藥劑用於治療癌症。在一些情況下，套組可進一步包括如下說明書：基於自個體之試樣測定之bTMB評分及自個體之腫瘤試樣測定之tTMB評分之組合，使用套組選擇藥劑來治療癌症。
本文亦提供製造物品，其包括一起包裝於醫藥學上可接受之載劑中之免疫檢查點抑制劑，例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如，抗PD-L1抗體)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如，CTLA-4拮抗劑(例如，抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如，抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如，抗LAG-3抗體))或其任一組合，及包裝插頁，其指示基於體細胞突變之存在，該免疫檢查點抑制劑係用於治療患有如本文所闡述癌症之患者。治療方法包括本文所揭示之任何治療方法。本發明亦係關於製造物品之方法，其包含在包裝中組合以下各項：包含免疫檢查點抑制劑之醫藥組合物，該免疫檢查點抑制劑例如PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體)、針對共抑制分子之拮抗劑(例如CTLA-4拮抗劑(例如抗CTLA-4抗體)、TIM-3拮抗劑(例如抗TIM-3抗體)或LAG-3拮抗劑(例如抗LAG-3抗體))或其任一組合；及包裝插頁，其指示基於自個體之試樣獲得之bTMB評分，該醫藥組合物用於治療患有疾病或病症之患者。在一些實施例中，包裝插頁指示基於自個體之試樣獲得之bTMB評分及自個體之腫瘤試樣獲得之tTMB評分，醫藥組合物用於治療患有疾病或病症之患者。
製造物品可包括(例如)容器及於容器上或與容器結合之標記或包裝插頁。適宜容器包括(例如)瓶、小瓶、注射器及諸如此類。容器可由各種材料(例如玻璃或塑膠)形成。容器容納或含有包含癌症藥劑作為活性劑之組合物，且可具有無菌輸液埠(例如，容器可為靜脈內溶液袋或具有可藉由皮下注射針刺穿之塞子之小瓶)。
製造物品可進一步包括第二容器，該第二容器包含醫藥學上可接受之稀釋劑緩衝液，例如注射用抑菌水(BWFI)、磷酸鹽緩衝鹽水、林格氏溶液(Ringer's solution)及/或右旋糖溶液。自商業及使用者之角度來看，製造物品可進一步包括其他合意之材料，包括其他緩衝劑、稀釋劑、過濾器、針及注射器。
本發明之製造物品亦包括例如呈包裝插頁形式之資訊，其指示基於體細胞突變之存在及/或基於生物標記物之表現(例如，例如腫瘤細胞及/或腫瘤浸潤性免疫細胞中之PD-L1表現水準)，該組合物用於治療癌症。插頁或標記可採取任何形式，例如紙質或電子媒體，例如磁記錄媒體(例如軟碟)、CD-ROM、通用序列匯流排(USB)快閃驅動器及諸如此類。標記或插頁亦可包括關於套組或製造物品中醫藥組合物及劑型之其他資訊。實例
以下係本發明方法之實例。應瞭解，給定上文提供之一般闡述，可實踐各種其他實施例。實例 1. 方法
使用基於血液之分析來評估患有非小細胞肺癌(NSCLC)之患者中對阿替珠單抗(MPDL3280A)治療之臨床反應與血液腫瘤突變負荷(bTMB)評分之間的關聯，該患者入選兩項臨床試驗(II期臨床試驗POPLAR (臨床試驗ID編號：NCT01903993)及III期臨床試驗OAK (臨床試驗ID編號：NCT02008227))，其中阿替珠單抗係作為單一療法來投與。研究設計
評估來自入選POPLAR及/或OAK研究之患有NSCLC之患者之治療前血液試樣之bTMB評分及/或最大體細胞等位基因頻率(MSAF)，其中阿替珠單抗係作為單一療法來投與。
針對bTMB評分進行評估之POPLAR (臨床試驗ID編號：NCT01903993)患者群體由273名患者組成。若患者具有以下各項，則其適合入選POPLAR研究：局部晚期或轉移性(例如IIIB期、IV期或復發性)非小細胞肺癌(NSCLC)；在利用先前之含鉑方案治療局部晚期、不可切除/不可手術或轉移性NSCLC期間或之後之疾病進展，或在利用基於鉑之輔助/前導性方案治療6個月內之疾病復發；可量測疾病，如藉由RECIST v1.1所定義；及0或1之美國東岸癌症臨床研究合作組織(Eastern Cooperative Oncology Group，ECOG)之體能狀態。將參與者隨機化，以每三週靜脈內接受1200 mg劑量之阿替珠單抗或每三週靜脈內接受75 mg/平方米(mg/m2 )之多西他賽。只要參與者體驗到臨床益處(亦即不存在不可接受之毒性或歸因於疾病進展之症狀惡化)，即可繼續阿替珠單抗之治療。
針對bTMB評分進行評估之OAK (臨床試驗ID編號：NCT02008227)患者群體由583名患者組成。若患者具有以下各項，則其適合入選OAK研究：局部晚期或轉移性(如IIIB期、IV期或復發性) NSCLC；在利用先前之含鉑方案治療局部晚期、不可切除/不可手術或轉移性NSCLC期間或之後之疾病進展，或在利用基於鉑之輔助/前導性方案治療6個月內之疾病復發；可量測疾病，如藉由RECIST v1.1所定義；及0或1之ECOG體能狀態。將參與者隨機化，以每三週靜脈內接受1200 mg劑量之阿替珠單抗或每三週靜脈內接受75 mg/平方米(mg/m2 )之多西他賽。只要參與者體驗到臨床益處(亦即不存在不可接受之毒性或歸因於疾病進展之症狀惡化)，即可繼續阿替珠單抗之治療。
POPLAR及OAK均完全根據優良臨床試驗規範指南及赫爾辛基宣言(Declaration of Helsinki)來實施，且所有患者藉給出書面知情同意書。兩項研究之每一個參與地點均獲得了獨立倫理委員會之方案批准。
回溯性地實施bTMB之分析。無進展存活(PFS)定義為介於隨機化日期與首次記錄疾病進展日期之間之時間，如由研究者使用RECIST v.1.1或任何原因導致之死亡(以先發生者為準)進行評價。總體存活(OS)定義為介於隨機化日期至任何原因導致之死亡之間之時間。在生物標記物可評估群體(BEP)及其子組中使用無分層之單變量Cox回歸模型，或在ITT群體中使用分層(藉由隨機化分層因子)之Cox模型，個別地比較治療組之OS及PFS。未對p值或信賴區間(CI)應用多重性校正。使用卡普蘭-邁耶方法來估計中值OS及PFS並構建存活曲線。
構成每項研究之BEP之患者係定義如下：
在OAK ITT群體(N = 850)中，可用797個試樣進行分析。在該等試樣中，由於試樣污染＞1%，去除13個試樣；由於中值外顯子覆蓋度＜800倍，去除42個試樣；且由於低MSAF ＜1%，去除100個試樣。
OAK BEP (N = 642)包括59名具有EGFR突變或ALK重排之患者以及583名無已知改變之患者。
在POPLAR ITT群體(N = 287)中，可用273個試樣進行分析。其中，由於試樣污染＞1%，去除6個試樣；由於中值外顯子覆蓋度＜800倍，去除9個試樣；且由於低MSAF ＜1%，去除47個試樣。
POPLAR BEP (N = 211)包括15名具有EGFR突變或ALK重排之患者，以及196名無已知改變之患者。
該兩項試驗之功效結果總結於實施例2之表8及表9中。血漿分離及細胞外游離 DNA (cfDNA) 提取
以-80℃保存之冷凍血漿接收臨床試樣。使血漿解凍，並在4℃下以16,000 × g實施20 min之第二次離心，此後收集上清液作為血漿用於cfDNA提取。在60℃下用蛋白酶K將血漿處理20 min，並與1.25倍體積之cfDNA結合溶液(Thermo Scientific, Waltham MA)及500 ng/mL順磁性MYONE™矽烷珠粒(Thermo Scientific)混合。用cfDNA洗滌溶液(Thermo Scientific)將珠粒洗滌兩次，用80%乙醇洗滌兩次，且在cfDNA溶析溶液(Thermo Scientific)中溶析。使用D1000 ScreenTape分析在4200 TapeStation (Agilent Technologies)上藉由聚焦於介於100至700個鹼基對之間之片段來測定cfDNA濃度。使用20-100 ng cfDNA進行庫構築。庫構築
在BRAVO™ Benchbot (Agilent Technologies)自動化系統上利用含有用於末端修復、dA添加及連接之混合物之NEBNEXT®庫製備試劑(New England BioLabs Inc.)實施庫構築，該構築係使用「利用珠粒」之方案進行以使庫產量及複雜性達到最大。將一組特定設計之片段級索引接頭隨機連接至每一輸入雙鏈體cfDNA片段之兩端上。將連接之測序庫用通用PCR引子及索引PCR引子用高保真度聚合酶(Kapa Biosystems, Wilmington MA) PCR擴增10個循環，進行1.8x SPRI純化並藉由PICOGREEN® DNA定量溶液(Invitrogen)進行定量。產生500-2,000 ng測序庫之試樣繼續進行雜交捕獲。面板設計、雜交捕獲及測序
使用大於50倍莫耳過量之個別合成之5'生物素化ssDNA寡核苷酸「誘餌」(分析誘餌集型式T7) (Integrated DNA Technology)實施溶液雜交。該誘餌集靶向人類基因體中1.125編碼百萬鹼基(Mb)。誘餌設計及雜交捕獲係使用500-2,000 ng測序庫來實施，將該測序庫與人類Cot-1 DNA、經剪切鮭魚精子DNA及接頭特異性封阻寡核苷酸一起凍乾，再懸浮於水中，在95℃下熱變性5 min，在68℃下培育，且最後將誘餌集添加至雜交緩衝液中。將雜交反應在68℃培育12-24 h，且在順磁性MYONE™鏈黴抗生物素蛋白珠粒(Invitrogen)上捕獲庫-誘餌集雙鏈體。藉由在25℃下用1×鹽水-檸檬酸鈉(SSC)緩衝液洗滌一次且在55℃下用0.25× SSC洗滌4次來去除脫靶庫。將PCR混合母液(Kapa Biosystems)直接添加至珠粒中以擴增捕獲之庫。對試樣進行1.8x固相可逆固定(SPRI)純化，並藉由PICOGREEN® (Invitrogen)進行定量。將庫正規化為1.05 nM，彙集，並加載至Illumina cBot上以在流動細胞上直接進行模板延伸反應，該流動細胞係加載至具有2×151 bp之Illumina HISEQ® 4000 (Illumina)上。阿替珠單抗之 bTMB 評分及功效之分析
為鑑別體細胞突變並計算bTMB評分，藉由一系列旋轉處理自每一患者獲得之全血試樣(收集於EDTA或Streck管中)以分離血漿，自該血漿提取細胞外游離DNA (cfDNA)進行測序分析。特定而言，使用至少20 ng經純化cfDNA進行庫構築。使用片段條碼及雜交捕獲構築下一代測序庫，以分析覆蓋外顯子體之約1.125 Mb之394個基因之預定集並進行測序。特定而言，使用394個基因之誘餌集來雜交捕獲經純化庫，且然後進一步純化，彙集並加載於ILLUMINA® HISEQ® 4000測序系統上。對經測序庫進行比對及分選。為以低等位基因頻率準確地調用變異體，並使來自測序、PCR或DNA損害相關誤差之人工產物減至最少，藉由cfDNA計算線路處理測序庫，該cfDNA計算線路係經由使用片段條碼來校正誤差。簡言之，片段條碼誤差校正係藉由以下來實施：測序至足夠高之深度以獲得每一試樣中大多數DNA片段之多次觀測，並使用片段條碼來準確地偵測並排除庫製備及測序期間引入之誤差。將誤差經校正之讀段與hg19參考基因體進行比對，並調用鹼基取代。庫大小係基於根據Chalmers等人(Genome Medicine . 9(34), 2017)闡述之方法，使用來自癌症基因體圖譜(TCGA)之完整外顯子體序列(WES)資料計算之bTMB評分之比較分析。在此分析中，發現使用覆蓋外顯子體0.5 Mb或1.0 Mb之序列資料計算之bTMB評分10與使用WES資料計算之bTMB評分10僅分別偏離20%或10%。此分析顯示，與對整個外顯子體測序相比，靶向編碼基因體約0.5 Mb之測序庫可準確地評價bTMB。
bTMB評分係以體細胞、編碼、鹼基取代之數量來量測。在過濾之前，首先對靶標基因編碼區中之所有鹼基取代(包括同義改變)進行計數，如下文所闡述。未對非編碼改變進行計數。未對COSMIC資料庫中列為已知體細胞改變之改變(Forbes等人，(2014) Nucl. Acids Res. 43:D805-11)及抑瘤基因之截短進行計數。未對藉由體細胞-種系-接合子型式(SGZ)算法預測為種系之改變進行計數(Sun等人，Cancer Research 2014；74(19S):1893-1893)。SGZ方法利用全基因體拷貝數及腫瘤/正常混合物之統計模型來將變異體之狀態表徵為可能為體細胞或種系。其餘突變根據其預測之驅動狀態來進一步過濾，以最小化與捕獲所用基因相關之偏誤。未對在所評價之臨床樣本隊列中反復預測為種系之改變進行計數。未對dbSNP資料庫中列示之已知種系改變(Sherry等人，(2001) Nucleic Acids Res. 29(1):308-11)進行計數。未對外顯子體聚集聯盟(Exome Aggregation Consortium，ExAC)資料庫中以兩個或更多個計數發生之種系改變進行計數(Lek等人，Nature 2016；536:285-91)。另外，自bTMB計算去除被視為癌症中已知或可能的驅動突變之鹼基取代，以抵消與基因面板相關之偏誤。
為估計ctDNA之總量並計算MSAF，如上文所闡述鑑別自每一患者獲得之血液試樣中之體細胞突變。試樣中最常發生之等位基因(例如，具有體細胞突變之基因變異體)之頻率低於20%則經鑑別為MSAF。
BEP係定義為具有等於或高於參考bTMB評分之bTMB評分之患者。在以下實例中之一部分中，BEP係定義為具有等於或高於參考bTMB評分之bTMB評分及預定MSAF之患者，或定義為僅具有預定MSAF之患者。分析驗證
作為bTMB分析之分析驗證之一部分，使用藉由兩種分析分開及分析之非試驗試樣之獨立隊列(N=69)，在先前驗證之FOUNDATIONONE® TMB方法與本文闡述之bTMB方法之間實施一致性分析。
血液腫瘤突變負荷(bTMB)分析之分析驗證集中於建立分別bTMB計數及狀態之精密度及可靠性，以及MSAF。bTMB計數係藉由以下來測定：鑑別394個基因(約等於1.1 Mb)之編碼區內以≥0.5%之等位基因頻率存在之所有鹼基取代，並藉由與dbSNP及ExAC資料庫進行比較來過濾出種系事件。另外，使用體細胞種系接合子型式算法去除未見於該等資料庫中之罕見種系事件，該算法使用拷貝數建模來分配種系狀態機率(參見Sun等人，PLoS Computational Biology 14(2): e1005965, 2018)。其餘突變根據其預測之驅動狀態來進一步過濾，以最小化與捕獲所用基因相關之偏誤。藉由MSAF估計腫瘤分數係根據所證實之體細胞鹼基取代之最高等位基因分數＜ 20%來定義的，無論該等取代之驅動狀態如何。選擇此臨限值以最小化高度非整倍體腫瘤中罕見種系事件影響估計之概率。
bTMB中變異體等位基因頻率調用與先前分析驗證之FOUNDATIONACT®之一致性係如下來評價。陽性一致性百分比(PPA)或敏感度係藉由將藉由bTMB分析與FOUNDATIONACT®偵測到之變異體之數量除以藉由FOUNDATIONACT®分析偵測到之變異體之數量來量測。陽性預測值(PPV)係藉由將藉由bTMB分析及FOUNDATIONACT®偵測到之變異體之數量除以用bTMB分析偵測到之變異體之數量來量測。PPA與PPV限於兩種分析所靶向之區，該區係由FOUNDATIONACT®分析所覆蓋之區。
bTMB之準確度係相對於正交驗證之方法(FOUNDATIONONE® TMB)來評估，該方法先前顯示與TMB之全外顯子體測序量測結果充分相關。可比性係藉由評估PPA與陰性一致性百分比(NPA)來建立。另外，MSAF值之準確度係藉由將觀測值與稀釋系列中之預期值進行比較來評估。
bTMB計數(評分)之精密度係藉由量測23個組中總共77個試樣之平均變異係數(CV)來建立，其中bTMB計數跨越在患有非小細胞肺癌(NSCLC) (0至34個突變)之患者中觀測到之臨床上有意義之範圍。在每一重複組中，對照大多數調用來評估試樣，並根據≥16之bTMB評分來計算再現性。MSAF之精密度係自38個組中127個重複試樣類似地計算，且可靠性係在cfDNA試樣中根據≥1% MSAF之品質控制準則來測定，以作出可靠且準確的bTMB調用。
為評估MSAF值之準確度，將自六種不同的癌症參考細胞系提取之DNA稀釋至來自非腫瘤細胞系之DNA中，以反映0.1%至20%之MSAF值範圍。藉由自所有六種細胞系中之觀測值及期望值評估線性回歸來測定MSAF之準確度，並且針對每一各別細胞系計算決定係數(R2 )。根據所有六次量測結果來計算平均R2 值(表3)。表 3. 比較稀釋系列中六種細胞系中之預期值對觀測值之 MSAF 準確度 MSAF，最大體細胞等位基因頻率。a 皮爾遜相關平方。
在使用FoundationOne (F1)分析對來自POPLAR及OAK研究之福馬林固定、石蠟包埋(FFPE)之組織試樣實施全面基因體剖析之後，測定組織之腫瘤突變負荷(tTMB)，如Frampton等人，Nat. Biotechnol. 31:1023-1031, 2013中所闡述。腫瘤純度係基於跨基因體之覆蓋度(相對於對照)及單核苷酸多型性(SNP)等位基因頻率自拷貝數模型計算推導出(Frampton等人，見上文)。tTMB係定義為在去除已知及可能的致癌驅動事件及種系SNP之後，以≥5%之等位基因頻率偵測到之體細胞、編碼、單核苷酸變異體(SNV)及插入及缺失(插入或缺失)之數量，如先前所闡述(Chalmers等人，Genome Med. 9:34-017-0424-2, 2017)。藉由與來自正常、健康之FFPE組織之人工產物資料庫進行比較以及針對鏈偏誤之計算過濾來實施人工產物去除，如先前所闡述(Frampton等人，上文)。
基於血液之TMB (bTMB)分析使用與F1 TMB測試完全相同之雜交捕獲面板，該面板包括基因體中編碼區之1.1 Mb。此面板詳細闡述於Chalmers等人，上文中。儘管Chalmers等人提及315個基因，但此數值係指用於在F1測試中報告與癌症相關之特定改變之基因。Chalmers等人所闡述之技術中包括另外79個基因，該等基因被視為感興趣之探索性基因，其未包括於F1報告上，且因此未闡述於Chalmers參考文獻中。然而，Chalmers研究中所使用之誘餌集(1.1 Mb)與本文所闡述之誘餌集相同。在此研究中，使用完整之1.1 Mb來計算bTMB。
藉由使用正交驗證之方法評估調用TMB ≥10或≥16之一致性來建立bTMB評分之準確度，該正交驗證之方法係FOUNDATIONONE® (F1)工作流程之一部分。此方法使用與針對bTMB分析所闡述類似之實驗室工作流程，但該過程係針對福馬林固定、石蠟包埋之組織試樣(腫瘤含量≥20%)進行了最佳化。此外，bTMB計算分析與基於組織之TMB (tTMB)計算之不同之處在於以下兩個方面：首先，基於血液之分析僅使用單核苷酸變異體(SNV)調用來測定bTMB，而tTMB分析使用SNV及插入或確實；其次，與tTMB相比，bTMB計算線路以降低至低得多的等位基因頻率(0.5%)調用SNV。因此，藉助兩條線路分析之相同的下一代測序(NGS)資料將產生稍微不同的結果，此端視給定試樣中之遺傳變異體譜而定。在DNA提取階段後將總共69個試樣分開，並根據每一單獨過程進行分析。藉由將真陽性(定義為正交測定之TMB值≥16)之數量除以真陽性及偽陰性之總和來計算PPA。藉由將真陰性(定義為正交測定之TMB值＜16)之數量除以所有真陰性及偽陽性之總和來計算NPA。PPV亦藉由將真陽性之數量除以所有真陽性及偽陽性之總和來計算。對10之bTMB割點實施類似的分析。
PPV與bTMB計算之精密度均受cfDNA試樣內腫瘤含量(MSAF)之影響。因此，使用129個人工腫瘤細胞系DNA試樣來評估維持一致之bTMB生物標記物評分≥10或≥16所需之最小MSAF之評估，該等人工腫瘤細胞系DNA試樣具有一系列起始bTMB值，其在正常DNA中經連續稀釋以產生低至0.1%之一系列MSAF值。對於每一MSAF重複組，將≥16之bTMB狀態與未稀釋之試樣狀態進行比較，並自20% MSAF開始下降至0.1% MSAF計算所得累積狀態再現性。
另外，藉由使用8個臨床樣本之電腦下採樣評價bTMB評分與MSAF值之精密度，評估中值外顯子靶標覆蓋度之品質控制度量。藉由隨機減少一致讀段之總數以反映2000倍至800倍之中值外顯子覆蓋度來電腦實施覆蓋度下採樣。在每一各別覆蓋度下，評價10個電腦重複以便計算CV，且選擇在大多數試樣中產生bTMB評分及MSAF計算均＜30%之平均CV之最低覆蓋度。
藉由評估1,000個以上臨床試樣之輸入質量與序列覆蓋度之間之關係來確定達成至少800倍序列覆蓋度之最小cfDNA輸入質量。以100%頻率達成至少800倍覆蓋度之最低質量係選為最小cfDNA輸入質量。
使用由Microsoft EXCEL® (2016 MS Office)或JMP軟體(©SAS Institute, Inc.)提供之統計軟體，實施用於計算上文所提及之分析性能度量(包括皮爾遜及斯皮爾曼相關、變異係數、PPA、NPA、PPV及NPV)之統計方法。
TMB分析之模擬之敏感度及特異度係根據用於其計算之面板之大小顯示(圖15)。為生成該等值，對每一面板大小(自5 Mb下降至50 Kb)及整個外顯子體TMB (自100 mut/Mb下降至0.5 mut/Mb)總共實施2.5億次隨機採樣。將bTMB分析中維持≥或＜14 mut/Mb之TMB值或總共16個突變之採樣之分數與潛在之全外顯子體源性TMB值進行比較，並針對每一各別面板大小進行計算。將結果與使用Foundation Medicine資料庫(n=19,320)之源自患有NSCLC之患者之TMB值之真實分佈進行比較。敏感度計算為真陽性之分數除以所有真陽性及偽陰性之總和，且特異度計算為真陰性之數量除以所有真陰性及偽陽性之總和。所繪製之值代表此分析推導出之結果，且陰影區代表維持至少85%敏感度及特異度所需之面板大小。腫瘤試樣中 PD-L1 表現之免疫組織化學 (IHC) 分析
將福馬林固定、石蠟包埋之組織切片去石蠟，之後進行抗原修復、封阻且與一級抗PD-L1抗體一起培育。在與二級抗體一起培育及酶顯色之後，將切片複染並在一系列乙醇及二甲苯中進行脫水，之後封片。
IHC使用以下方案。使用Ventana Benchmark XT或Benchmark Ultra系統來使用以下試劑及材料實施PD-L1 IHC染色：一級抗體 ：抗PD-L1兔單株一級抗體(SP142)樣本類型： 腫瘤試樣之福馬林固定石蠟包埋(FFPE)之切片表位修復條件： 細胞調理，標準1 (CC1，Ventana，目錄號950-124)一級抗體條件： 1/100，6.5 μg/ml，在36℃下持續16分鐘稀釋劑： 抗體稀釋緩衝液(含載體蛋白及BRIJ™-35之Tris緩衝鹽水)陰性對照： 6.5 μg/ml幼稚兔IgG (Cell Signaling)或單獨稀釋劑偵測： 根據製造商之說明書(Ventana)，使用Optiview或ultraView Universal DAB偵測套組(Ventana)及擴增套組(若適用)。複染 ：Ventana蘇木素II (目錄號790-2208)/帶有發藍試劑(目錄號760-2037) (分別為4分鐘及4分鐘) Ventana Benchmark方案闡述於(例如)國際專利申請公開案第WO 2016/183326號中，該專利申請公開案係以引用方式整體併入本文中。
根據分別顯示於表4及表5中之診斷評價準則，針對腫瘤浸潤性免疫細胞及腫瘤細胞中之PD-L1陽性對腫瘤試樣進行評分。表 4. 腫瘤浸潤性免疫細胞 (IC) IHC 診斷準則 表 5. 腫瘤細胞 (TC) IHC 診斷準則 實例 2. bTMB 評分與患有 NSCLC 之患者對阿替珠單抗治療之臨床反應之間之相關性之分析
為評估bTMB評分是否可用作患者對阿替珠單抗治療之反應之預測性生物標記物，如實例1所闡述在POPLAR或OAK試驗中自患者獲得之治療前血液試樣中評價bTMB評分。基於bTMB評分等於或高於介於≥4至≥20之間及介於≥4至≥26之間之參考評分，在診斷陽性(Dx+)之患者中觀測到來自POPLAR及OAK試驗之總體存活(OS)及無進展存活(PFS) (圖1A、圖1B、圖2A及圖2B)。在POPLAR中，在介於≥10與≥20之間(例如，介於≥12與≥20之間)之所有bTMB評分截止點觀測到PFS及OS益處(圖1A及圖1B)。在POPLAR及OAK研究中發現bTMB評分大於或等於參考bTMB評分18之Dx+患者自阿替珠單抗治療獲得之PFS益處大於診斷陰性(Dx-)之患者(圖3A、圖3B、圖4A及圖4B)。在OAK研究中，在bTMB評分大於或等於參考bTMB評分16或14之Dx+患者中亦觀測到阿替珠單抗治療之PFS益處(圖5A、圖5B、圖6A及圖6B)。當組合POPLAR及OAK資料時發現bTMB評分與較佳PFS相關(圖7A及圖7B)。POPLAR及OAK患者群體之bTMB評分與功效終點之關聯呈現於下表8及表9中。該等結果證明，bTMB評分可用作患者對阿替珠單抗治療之反應之預測生物標記物。該等研究之結果將在下文另外進行詳細論述。POPLAR
在POPLAR之ITT群體中之287名患者中，273名患者之基線(第1週期第1天治療前)血漿試樣可用於回溯性bTMB分析。由於試樣體積次最佳，273個試樣中之211個(BEP)達成最小800倍之覆蓋度。在POPLAR研究中在ITT群體與BEP之間臨床病理及人口統計學變量係一致的(表6)。在POPLAR ITT群體中，觀測到與BEP之PFS (ITT HR, 0.92對BEP HR, 0.90)及OS (ITT HR, 0.69對BEP HR, 0.68)相比相當之臨床益處(圖1A及圖1B)。POPLAR中之中值bTMB係8個突變(四分位數下限：4個突變；四分位數上限：17個突變)。表 6. POPLAR 研究中 BEP 及 ITT 群體之特徵
吾人在一系列參考bTMB評分(亦稱作「bTMB割點」)內探索POPLAR中之bTMB與臨床結果之間之關聯，其中bTMB之整數值為≥4至≥20個突變。在≥10之bTMB評分割點處觀測到PFS及OS益處(圖1A及圖1B)。例如，在POPLAR研究中，相對於BEP及ITT群體，對於≥10、≥16及≥20之所有三個bTMB割點皆觀測到改良之PFS及OS益處(圖1A及圖1B)。對於PFS HR，≥10及≥20之95% CI之上界大於1，且對於OS HR，≥20之95% CI之上界亦大於1。在≥16之bTMB割點，PFS HR為0.57 (95% CI，0.33至0.99) (圖1A至圖1C)。在≥16之bTMB，阿替珠單抗組之中值PFS為4.2個月，且多西他賽組為2.9個月；各別中值OS值分別為13.0個月及7.4個月。與多西他賽(相互作用P =0.055)相比，具有≥16之bTMB之患者在利用阿替珠單抗時具有更長之PFS (圖1D)。在POPLAR研究之BEP中，bTMB≥16之盛行率為29.9%。圖1E及圖1F分別顯示bTMB≥16之子組及＜16之子組之總體存活之卡普蘭-邁耶估計值。
基於≥16之割點處bTMB分析之技術性能，以及與≥10或≥20相比更強之PFS治療效應，選擇≥16用於OAK研究中之證實性分析。OAK
在POPLAR中證明bTMB與功效相關之後，使用來自關鍵OAK試驗之血漿試樣實施bTMB分析。分析了具有臨床結果之797名患者之基線血漿試樣；583名(BEP)在≥1%之腫瘤含量(MSAF)下之cfDNA足以達成800倍之最小值。OAK研究中初級分析ITT群體(N=850)與BEP (N=583)之間之人口統計學在兩個治療組中係類似的，只是BEP不包括EGFR 及ALK 驅動突變(因為該等患者不會入選未來之癌症免疫療法試驗)。參見表7。在OAK中，與ITT (PFS: HR, 0.95；OS: HR, 0.73)中相比，BEP中之結果更好(PFS: HR, 0.87；OS: HR, 0.64) (圖5A及圖5B)。表 7. OAK 研究中 BEP 及 ITT 群體之特徵
在阿替珠單抗對多西他賽之情況下，bTMB ≥16之OAK患者具有顯著之PFS益處(HR, 0.65；95% CI, 0.47至0.92；P =0.013) (圖5A)。儘管生物標記物與PFS之關聯得到了獨立驗證，但與BEP相比，bTMB高的子組並未證明OS之進一步改良(HR, 0.64 [95% CI: 0.44, 0.92]；P = 0.017) (圖5C及圖5D)。在BEP中觀測到之OS益處在生物標記物陽性子組中得以保留。阿替珠單抗治療組中bTMB ≥16之患者之中值OS為13.5個月，相比之下多西他賽組為6.8個月。對於PFS，≥16之bTMB評分之間之相互作用係顯著的(相互作用p值：0.036)。OAK BEP中bTMB ≥16之盛行率為27%。無法驗證在POPLAR中觀測到之改良之OS益處可能歸因於OAK BEP中0.64之優良OS HR。該等結果表明，bTMB評分≥16可再現地鑑別受益於阿替珠單抗之患者，例如，PFS受益於阿替珠單抗治療。
使用多元自適應回歸樣條法(MARS；Friedman等人，Stat. Methods Med. Res. 4:197-217, 1995)，吾人對PFS HR與割點值之間之關係進行建模。OAK中此資料驅動之方法表明在12與18之間之「彎頭」區(圖2C)，此與自POPLAR資料分析結轉之16之割點值一致。
在bTMB之各個割點實施其他探索性分析。類似於在POPLAR中觀測到之情況，在低至10個突變之bTMB割點觀測到bTMB與PFS益處之關聯(圖2A)。總體而言，增加之bTMB評分與PFS結果之間存在明顯的單調關係(圖2A)。對於OS，觀測到類似、但較不引人注目之單調趨勢(圖2B)。值得注意地，僅在最高bTMB割點(bTMB ≥24及≥26)觀測到與OS之關聯(圖2B)。鑒於此子組之低盛行率，吾人無法評價POPLAR研究中此觀測之再現性。在bTMB ≥16之患者中，在阿替珠單抗(21%)對多西他賽(10%)之情況下，最佳總體反應率趨向於受益(圖8)。總結
該等資料一起顯示，bTMB評分可用作預測包括PD-L1結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)之治療之治療功效之預測性生物標記物。因此，bTMB評分之評估可用於(例如)鑑別患有癌症(例如NSCLC)之患者，該等患者自包括PD-L1結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體，例如阿替珠單抗)之治療獲得PFS益處、OS益處或PFS及OS二者益處。對於不適合生檢或者腫瘤組織不可用之患者而言，例如對於患有轉移性NSCLC之患者而言，使用血液試樣(例如血漿)代替組織作為DNA來源使得bTMB分析成為特別有吸引力的替代。將bTMB鑑別為預測治療功效(例如，以PFS表示)之生物標記物可為(例如)一線環境中針對免疫檢查點抑制劑(例如，PD-L1軸結合拮抗劑，例如抗PD-L1抗體(例如，阿替珠單抗))鑑別患者之重要分量。該等資料亦顯示bTMB可鑑別自阿替珠單抗獲得PFS益處並在二線環境中保留OS益處之藉由PD-L1 IHC鑑別不出之患者群體。類似於一線環境之應用可能適於(例如) 30%之缺乏用於分子測試之組織之NSCLC患者。表 8. POPLAR 患者群體中之功效終點 表 9. OAK 患者群體中之功效終點 實例 3 ： bTMB 係獨立於 PD-L1 IHC 及組織學
OAK中bTMB子組之臨床特徵顯示於表10及表11中。在OAK BEP內，陽性bTMB狀態(≥16)與吸菸相關(P =1.3e-10)，此與大量誘變劑暴露、基線時靶標病灶之SLD (P =4.8e-08)、轉移位點之數量(P =0.0055)及PD-L1表現(TC1/2/3或IC1/2/3 (P =0.0062))一致(表10)。高於≥16之bTMB割點之治療組之間之基線特徵係平衡的(表11)。具有非鱗狀組織學之患者中之平均bTMB值為11.22 (95% CI: 10.09, 12.36)且在具有鱗狀組織學之彼等患者中為12.4 (95% CI: 11, 13.8) (圖10)。表 10. OAK 研究中 bTMB ≥ 16 之子組之特徵 TC0及IC0，＜1%之TC及IC表現PD-L1；TC1/2/3或IC1/2/3，≥1%之TC或IC表現PD-L1；TC2/3或IC2/3，≥5%之TC或IC表現PD-L1；TC3或IC3，≥50%之TC或≥10%之IC表現PD-L1。a 「TC3或IC3」來自TC3IC3二元病理學家讀數，「TC2/3或IC2/3」及「TC2/3」來自TC2IC2病理學家讀數；「TC1/2/3或IC1/2/3」、「TC0及IC0」及「TC123」來自TC1IC1病理學家讀數。表 11. OAK 研究中各治療 組內 bTMB ＜16 及 bTMB ≥16 之子組之特徵 TC0及IC0，＜1%之TC及IC表現PD-L1；TC1/2/3或IC1/2/3，≥1%之TC或IC表現PD-L1；TC2/3或IC2/3，≥5%之TC或IC表現PD-L1；TC3或IC3，≥50%之TC或≥10%之IC表現PD-L1。a 「TC3或IC3」來自TC3IC3二元病理學家讀數，「TC2/3或IC2/3」及「TC2/3」來自TC2IC2病理學家讀數；「TC1/2/3或IC1/2/3」、「TC0及IC0」及「TC123」來自TC1IC1病理學家讀數。b 為進行比較，對於基於tTMB分析≥16而言中值基線SLD為78.4 (15, 281.6)且對於＜16而言為71.7 (0.1, 237.8)。
先前吾人顯示，OAK ITT具有顯著之OS益處，此在PD-L1陽性患者中有所改良(TC1/2/3或IC1/2/3，藉由VENTANA SP142 PD-L1 IHC分析)，但僅在PD-L1 IHC之最高截止點觀測到增強之PFS益處(TC3或IC3，≥50%之腫瘤細胞[TC]染色或≥10%之腫瘤浸潤性免疫細胞[IC]染色)，代表約16%之盛行率)。吾人評估bTMB及PD-L1 IHC是否鑑別類似之患者群體。比較OAK中之PD-L1表現及bTMB，吾人發現沒有顯著關聯(圖9A)；中值bTMB評分在相互排斥之IHC子組之間沒有不同(圖9A及圖9E)，並且所有子組中之最大值同樣類似(圖9E)。該等資料指示bTMB係獨立於PD-L1表現(藉由IHC)。
為確定在bTMB ≥16群體中觀測到之臨床益處是否可藉由PD-L1 TC3/IC3陽性群體之過表現來解釋，吾人檢查OAK中陽性患者群體(如藉由bTMB ≥16所定義)與若干PD-L1表現子組之間之重疊程度。吾人發現bTMB子組與PD-L1 IHC子組之間之重疊比例類似；中值及最大bTMB值亦類似(圖9E，表10)。對於bTMB或最高水準之PD-L1 IHC (TC3或IC3)總共229名患者呈陽性，而藉由兩種分析發現僅30名患者(bTMB ≥16之患者之19.2%；TC3或IC3患者之29.1%)為陽性(費雪精確測試(Fisher exact test)，P = 0.62) (圖9B)。亦檢查了其他IHC割點處之重疊程度(圖9C及圖9D；表10及表11)。
儘管在高PD-L1表現與bTMB之間未觀測到統計學上顯著之相關，但吾人使用兩種不同的方法進一步評估其對PFS益處之貢獻之獨立性：首先，吾人針對來自治療之PFS益處擬合Cox模型，該模型係針對PD-L1狀態(TC3或IC3，或非TC3及IC3)、bTMB狀態(≥16或不≥16)、PD-L1/治療相互作用及bTMB/治療相互作用來調整。交互作用HR對於PD-L1為0.73 (95% CI: 0.46, 1.13；P =0.160)且對於bTMB為0.66 (95% CI: 0.45, 0.97；P =0.035)。顯著之治療相互作用表明，bTMB狀態將影響PFS HR，同時控制PD-L1狀態及其與治療之相互作用。
其次，吾人檢查兩種生物標記物之間重疊及非重疊子集中之PFS益處。對於兩種生物標記物均為陽性之患者似乎自阿替珠單抗獲得了最多的臨床益處(PFS：HR，0.38 [95% CI, 0.17至0.85]；OS：HR, 0.23 [95% CI, 0.09至0.58)，而僅具有TC3或IC3或僅具有≥16之bTMB (對於其他標記物為陰性)之患者之PFS HR分別為0.71 (95% CI : 0.43，1.16)或0.70 (95% CI : 0.48，1.03) (表12)，相比之下，OAK中BEP中之HR為0.87 (95% CI : 0.73，1.04)。值得注意地，bTMB ≥16之TC0及IC0患者顯示朝向PFS益處之趨勢(HR, 0.68 [95% CI, 0.37至1.25]) (表12)。表 12. OAK 中生物標記物子組中之無進展存活
在OAK BEP內，陽性bTMB狀態與吸菸相關(P =1.3e-10)，此與大量誘變劑暴露、最長距離總和(SLD) (P =4.8e-08)以及轉移位點之數量(P =0.0055)一致。亦參見表13。此發現與較高之總體疾病負荷一致，其可能導致增加之ctDNA流失至血流中。偵測ctDNA之似然取決於總體腫瘤負荷。與此一致，在試樣通過序列覆蓋度及污染QC之OAK患者中，與MSAF ＞1%之彼等患者相比，MSAF ＜1%之彼等患者之平均基線SLD更低(分別為62.3 mm對80.4 mm)。在≥16之參考bTMB評分下，其他基線特徵均不與bTMB相關，且未觀測到明顯的預後效應。在非鱗狀組織學與鱗狀組織學之間似乎不存在bTMB值之平均分佈之差異(圖10)。表14顯示OAK BEP中具有有效的bTMB及PD-L1 IHC結果之OS HR及PFS HR之總結。表 13. OAK 之 bTMB 子組中之基線特徵之顯著差異 表 14. OAK BEP 中具有有效的 bTMB 及 PD-L1 IHC 結果之 OS HR 及 PFS HR 實例 4 ： bTMB 分析驗證
使用bTMB算法對FOUNDATIONONE® TMB算法對來自ctDNA試樣之同一組測序資料實施bTMB分析驗證研究，以比較TMB評分。
作為bTMB分析之發展之一部分，吾人將自具有足夠用於分析之組織之POPLAR (N=74)及OAK (N=244)之子集獲得的TMB之基於組織之分析之結果與自相同患者之預處理血漿獲得之相應bTMB結果進行比較。總體而言，觀測到tTMB評分與bTMB評分之間之正相關(斯皮爾曼相關= 0.59；95% CI，0.49至0.67) (圖11E)。在另一實驗中，觀測到tTMB評分與bTMB評分之間之正相關(斯皮爾曼相關= 0.64；95% CI，0.56至0.71) (圖11F)。儘管存在正相關，但若干因素可解釋tTMB與bTMB之間之相關為何不太高，該等因素包括腫瘤異質性(單次生檢相對於來自潛在多處病灶(例如轉移性腫瘤)之淨ctDNA輸出)、計算線路之差異(在≥5%等位基因頻率(AF)時，tTMB稱為單核苷酸變異體(SNV)，且包括插入與缺失(插入或缺失)，而在≥0.5% AF時bTMB僅稱為SNV)，或試樣特徵之差異(例如，FFPE組織源性DNA對ctDNA)、收集時間(例如，檔案腫瘤組織對治療前血漿)、試樣類型(例如，生檢對切除)、診斷階段、組織純度、ctDNA MSAF及細胞外游離DNA輸入，此可導致TMB之差異。
tTMB計算算法對插入或缺失與SNV進行計數，而bTMB計算算法僅對SNV進行計數。因此，吾人僅使用SNV比較兩種量測之間之相關。有趣地，此並沒有改變成對相關(斯皮爾曼秩相關= 0.65；95% CI: 0.57，0.71；圖11G)，可能係因為在此研究中，插入或缺失僅佔體細胞變異體之4%。
為區分哪些因素可解釋bTMB與tTMB計算線路之間之變化，使用非試驗ctDNA試樣之獨立同類群組(N=69)實施一致性分析，每一試樣均使用F1 tTMB或bTMB計算線路來分開及分析(圖11A、圖11B及圖11H)。在此分析中，斯皮爾曼相關為0.93 (95% CI，0.59至0.96)。斯皮爾曼秩相關係數在來自非試驗試樣之ctDNA之此比較中顯著高於自試驗患者獲得之組織源性DNA及血漿源性ctDNA之比較。該等資料以及本文闡述之廣泛分析驗證實驗表明，分析性能僅解釋自血液源性ctDNA或組織源性DNA計算之TMB之間所觀測到之變異數之一小部分。
為進一步驗證藉由bTMB分析產生之變異體調用係可靠的，吾人嘗試正交地驗證藉由bTMB分析產生之個別變異體調用。對於此分析，吾人使用臨床試樣及細胞系之組合，並比較重疊區中藉由bTMB分析偵測到之變異體調用及藉由FoundationACT (FACT)發現之彼等，該FoundationACT (FACT)係先前驗證之分析，其使用高深度測序來偵測血漿之cfDNA中之低豐度變異體(He等人，Blood 127:3004-3014, 2016)。藉由比較藉由FACT偵測到之體細胞變異體之分數來計算陽性一致性百分比(PPA)，該等體細胞變異體亦可藉由bTMB分析來偵測。PPA為93.4%。吾人藉由以下來量測陽性預測值(PPV)：將在bTMB中偵測到之變異體限於藉由FACT訊問之重疊基因體區中之彼等，並計算兩次測試之間一致之分數。PPV為93.5% (圖11I)。對於PPA與PPV，不一致之變異體調用係低AF (＜1%)或附近均聚物之結果(圖11I及圖IIJ)。為進一步評估該等分析之間之一致性，吾人針對每一匹配變異體比較變異體等位基因頻率(VAF)。藉由每一分析偵測到之VAF係高度一致的(R2 =1.00，圖11J，上圖)，然而，在低於1% VAF時一致性較低(R2=0.68，圖11J，下圖)。該等資料顯示，兩種分析偵測到相同的變異體。
NSCLC已顯示具有顯著的腫瘤內異質性(例如參見Abbosh等人，Nature 545:446-451, 2017及Jamal-Hanjani等人，N. Engl. J. Med. 376:2109-2121, 2017)，且因此，在任何單一之局部生檢中發現之變異體集與在藉由存在於患者中之腫瘤細胞釋放至血液中之DNA片段中發現之變異體的聚集集可能顯著不同。為確定該異質性是否可解釋本文闡述之血液試樣與組織試樣之間TMB值之差異，吾人評估存在於血液與組織樣本中之個別變異體之分數。在血液與組織中具有高TMB (＞30個突變)之患者中，平均三分之一之變異體對於血液試樣係獨特的，且四分之一之總變異體對於組織試樣係獨特的，且其餘變異體在二者中均被鑑別(圖11K)。在組織中具有＞ 30個突變之患者在bTMB與tTMB之間具有一系列一致性。22名中之7名在血液中偵測到極少突變，且因此與組織之重疊極少。相比之下，約68%之試樣在組織與血液之間一致大多數TMB變異體。此顯示不同變異體之存在可解釋組織與血液TMB之間之很大一部分差異。
為確定與試樣本身相關之因素是否促成在POPLAR及OAK中tTMB及bTMB之成對比較中觀測到之變化，吾人評估了一系列試樣特徵，包括試樣類型(生檢對切除)、診斷階段、為ctDNA之cfDNA之分數(如藉由在試樣中偵測到之最大體細胞等位基因頻率(MSAF)所量測)、試樣收集時間(血液對組織)、基線腫瘤負荷(如藉由RECIST v1.1測定)及腫瘤純度，以及其他因素。原始元資料之總結示於表15中。表 15. POPLAR 及 OAK 研究中血液對組織之元資料
對於每一情形，吾人測定了組織與血液變異體之間之Jaccard指數，其定義為一致SNV之數量除以所有組織及血液SNV之聯合，其為一致性之量度。然後，吾人訊問感興趣之變量如何影響每一血液對組織一致性組中之Jaccard指數：MSAF、基線最長距離總和(SLD)及試樣收集之間之時間基於概括統計量在一致性組之間有所不同(表15)。吾人發現，影響組織與血液間之一致性之最重要因素係低MSAF及試樣收集間之較長時間(以天數計之間隔) (在兩種情形下P ＜2 × 10-16 ) (圖11L及圖11M)。有趣地，吾人注意到在較老(≥約3個月)組織試樣中在試樣收集日與Jaccard指數之間存在負相關(斯皮爾曼秩相關及自助95% CI：-0.3 [95% CI：-0.42, -0.16])，該負相關在剛剛收集(＜100天)的組織中係不存在的(0.06 [95% CI：-0.18, 0.3]) (圖11L)。圖11N顯示藉由tTMB及bTMB分析觀測到之SNV之Venn圖。
作為bTMB分析驗證之一部分，bTMB之準確度係相對於正交驗證之方法(FOUNDATIONONE® TMB)來評估，該方法先前顯示與TMB之基於全外顯子體測序之量測結果充分相關。可比性係藉由評估一系列假定割點(bTMB≥10至≥20)之PPA與陰性一致性百分比(NPA)來建立。不同割點之PPA在85.7% (bTMB ≥15)至100% (bTMB ≥10)之範圍內(圖11C及圖11H)。NPA在81.8% (bTMB ≥19)至100% (bTMB ≥10, ≥16)之範圍內。該等結果顯示，就來自POPLAR研究之資料而言，在bTMB≥10、≥16及≥20之三個割點下，分析性能尤其有利。
表16顯示針對≥10及≥16兩個不同割點之bTMB分析之平均性能之總結。PPA及NPA以及PPV係藉由在相對於先前驗證之FOUNDATIONEONE® TMB分析使用上述bTMB分析進行處理時評估源自同一試樣之TMB評分來測定。精密度係評估為針對≥10及≥16之不同切割點之bTMB結果之可靠性。CV代表來自複製試樣之bTMB評分之可重複性。出於此實例之目的，偵測極限(LoD)定義為維持超過80%之可靠性所需之最小腫瘤含量(以MSAF表示)。應瞭解，當測序之基因體區更小時，預計LoD會更高，而預計基因體之更大部分之測序會產生更低之LoD。表 16. bTMB 分析之性能
bTMB ≥16之平均精密度為97.8% (6.3% CV)。MSAF ≥1%品質控制度量之精密度為99.3% (12.1% CV)。自6個細胞系稀釋系列中所觀測MSAF值對預期MSAF值之線性回歸分析推導出之斯皮爾曼相關為0.98。在129個試樣之稀釋系列中，91%之試樣維持≥16之正確bTMB生物標記物狀態，且腫瘤含量低至1%，如藉由MSAF所估計。當中值外顯子覆蓋度超過800倍時，一致地維持bTMB及MSAF值之精密度值(圖16及表17)。在1,076個臨床試樣之分析中，100.0%之試樣利用至少20 ng之cfDNA輸入達成了此目標深度(圖11A-11D)。圖13顯示根據針對≥10及≥16之兩個不同bTMB割點之分析之再現性以及1%循環腫瘤DNA (ctDNA) (如藉由MSAF估計)之品質控制度量評估之精密度分析。先前研究已顯示，腫瘤負荷係偵測血漿試樣中cfDNA或ctDNA之似然之重要決定因素。由於OAK及POPLAR研究中針對每名患者收集之血漿體積(平均4.2 ml)次最佳，吾人測試了所提取cfDNA之總質量(中值，29.3 ng)是否對通過品質控制之所有試樣之bTMB量測有影響。總的提取之cfDNA及bTMB評分之間存在小但統計上顯著之正斯皮爾曼相關(斯皮爾曼r = 0.15，[95% CI: 0.07, 0.23]，圖17)。bTMB與MSAF之間存在正相關(r2 = 0.2223)，而bTMB與SLD之間無正相關(r2 = 0.05373)，此表明MSAF變化解釋bTMB變化之一小部分，且SLD解釋bTMB變化之最小部分(圖18A及圖18B)。表 17. 在 bTMB 評分在 14 至 42 之範圍內且 MSAF 值在 1.1%-2.0% 之範圍內之 6 個試樣中之 bTMB 之變異數係數
儘管給定患者血液中ctDNA之絕對質量變化性之生物學基礎尚不清楚，但總體腫瘤負荷與增加之bTMB之間存在關聯並非出人意料。POPLAR研究與OAK研究均有強制性的組織要求，其可能對影響ctDNA偵測之因素(如腫瘤負荷)有影響。吾人發現，20 ng輸入ctDNA (其中≥1%源自cfDNA，如藉由MSAF所估計)容許準確且可再現地調用bTMB評分(圖12)。圖14顯示根據≥10及≥16之割點之bTMB分析之再現性，其隨試樣中之腫瘤含量變化，如藉由MSAF所估計。具有較少輸入材料或較低ctDNA含量(藉由MSAF估計)之試樣往往低估腫瘤突變負荷；然而，不存在偽陽性試樣(圖11A-11D)。此結果與其他基於血液之分析之性能一致，且表明無論是否滿足品質控制準則，高bTMB評分均可預測結果。
表18顯示bTMB與tTMB均可評估之患者之臨床特徵。總體而言，與BEP及ITT群體相比，該等患者具有類似的特徵。表 18. bTMB 與 tTMB 均可評估之患者之特徵 bTMB，基於血液之腫瘤突變負荷；ECOG，美國東岸癌症臨床研究合作組織；IC，腫瘤浸潤性免疫細胞；IHC，免疫組織化學；ITT，治療意向；PD-L1，程式化死亡配體1；SLD，最長直徑總和；TC，腫瘤細胞；TC0及IC0，＜ 1%之TC及IC表現PD-L1；TC1/2/3或IC1/2/3，≥1%之TC或IC表現PD-L1；TC2/3或IC2/3，≥5%之TC或IC表現PD-L1；TC3或IC3，≥50%之TC或≥10%之IC表現PD-L1。a 雙重BEP包括來自OAK ITT群體(N = 850)之患者，該等患者之基線試樣可在基於血液與組織之TMB分析中進行評估。b 「TC3或IC3」來自TC3IC3二元病理學家讀數，「TC2/3或IC2/3」及「TC2/3」來自TC2IC2病理學家讀數；「TC1/2/3或IC1/2/3」、「TC0及IC0」及「TC123」來自TC1IC1病理學家讀數。實例 5. 具有一線 (1L) 晚期或轉移性 NSCLC 之患者中之血液一線準備篩選試驗 (B-F1RST) 及血液首次分析篩選分析 (BFAST) 研究設計
為進一步評估及前瞻性地驗證量測bTMB評分及體細胞突變(例如，存在及/或不存在體細胞突變，例如致癌體細胞突變，例如ALK 或RET 改變)之基於血液之診斷分析，且為測定1L阿替珠單抗或阿雷替尼治療在NSCLC患者中之功效及安全性，正在實施兩項臨床試驗。
進行bTMB評分評估之B-F1RST (臨床試驗ID編號：NCT02848651)患者群體由20至25個研究位點處之約150名(N = 153)患者組成。若患者具有尚未接受治療、局部晚期或轉移性(例如IIIB-IVB期) NSCLC、可量測疾病(如藉由RECIST v1.1所定義)及0或1之ECOG體能狀態，則其適於入選B-F1RST研究。排除準則包括敏化EGFR 突變或ALK 重排；需要治療之活躍腦轉移；軟腦膜疾病；入選5年內之其他惡性病；HBV、HCV或HIV感染；或自體免疫病症史。參與者係基於bTMB評分分配至同類群組中，且每三週靜脈內接受1200 mg劑量之阿替珠單抗。所有患者皆在基線時進行腫瘤評價，且在第1週期、第1天之後的前12個月中每6週進行，且此後每9週進行。只要參與者體驗到臨床益處(亦即不存在不可接受之毒性或歸因於疾病進展之症狀惡化)，即可繼續阿替珠單抗之治療。腫瘤評價一直持續至疾病進展(根據RECIST v1.1)或失去臨床益處(研究者評價)、同意退出、研究中斷、研究完成或死亡。在基線、治療期間及進展時採集強制性血液試樣，以評估探索性生物標記物之變化。預先指定在50%之患者入選後6個月進行期中分析，其中預先指定之bTMB評分≥16。共同的主要終點係阿替珠單抗之臨床功效(如藉由研究者評價之ORR (根據RECIST v1.1)所評估)及bTMB與PFS益處之間之關係(如藉由研究者評價之PFS (根據RECIST v1.1)所評估)。次要目標係安全性及藉由研究者評估之反應持續時間(DOR)及OS對功效之評價。
正在評估BFAST (臨床試驗ID編號：NCT03178552)患者群體之bTMB評分及/或體細胞突變狀態(例如，存在及/或不存在體細胞突變，例如致癌體細胞突變，例如ALK 或RET 之突變)。若患者具有以下各項，則其適於入選BFAST研究：不適於利用組合模式化學輻射之治療之組織學或細胞學證實之局部晚期或轉移(如IIIB-IVB期) NSCLC；可量測疾病，如藉由RECIST v1.1所定義；0-2之ECOG體能狀態；足夠的器官功能；大於或等於12週之預期壽命；及對於有生育潛力之女性參與者及男性參與者，願意使用可接受之避孕方法；及血液試樣之提供。排除準則包括活躍、未經治療之腦轉移瘤；篩旋前之5年內其他惡性病史；或嚴重心血管疾病。參與者係基於bTMB評分及/或體細胞突變狀態(例如ALK 或RET 突變狀態，例如ALK 或RET 陰性)分配至同類群組中，且每三週靜脈內接受1200 mg劑量之阿替珠單抗，一天兩次經口接受600 mg劑量或900 mg與1200 mg間之遞增劑量之阿雷替尼(退行性變化淋巴瘤激酶(ALK)抑制劑)。同類群組1將具有合格ALK融合之患者隨機化以利用阿雷替尼進行治療，該等患者亦不具有ALK I1171N、ALK I1171S或ALK G1202R鹼基取代；同類群組2將具有合格RET融合之患者隨機化以利用阿雷替尼進行治療；且同類群組3將具有合格bTMB評分之患者隨機化以利用阿替珠單抗治療，該等患者不含任何先前鑑別之合格ALK或RET融合或者EGFR L858R或外顯子19非移碼缺失，並且先前未曾用CD137促效劑或免疫檢查點抑制劑(例如抗PD-1或抗PD-L1治療性抗體)治療。只要參與者體驗到臨床益處(亦即不存在不可接受之毒性或歸因於疾病進展之症狀惡化)，即可繼續阿替珠單抗或阿雷替尼之治療。將來可添加其他同類群組來解決其他體細胞突變(例如，除ALK 或RET 突變以外之體細胞突變)。患者在基線時進行腫瘤評價且在第1週期、第1天之後的48週中每6週進行，此後每9週進行。在基線時、治療期間(亦即每次腫瘤評價時)及疾病進展時收集強制性血液試樣，以評估探索性預後及/或預測性生物標記物。
該兩項試驗之期望功效終點總結於下表19中。表 19. B-F1RST 及 BFAST 研究細節 來自 B-F1RST 期中分析群體之結果
在來自B-F1RST研究之期中分析群體(IAP)中之78名經治療患者中，58名患者具有足夠的具有充足的循環腫瘤DNA偵測(MSAF≥1%)之血液試樣，並且構成生物標記物可評估個體群體(BEP)。IAP之一名患者從未經治療且因此不能評估安全性或功效。預先指定16之bTMB評分(盛行率，19% [11/58])來評估BEP中之臨床功效(bTMB高，≥16；bTMB低，＜ 16)。統計測試係以0.1水準及90%信賴區間進行之雙側測試。參見圖19。
IAP及BEP中之基線特徵係類似的(圖20)。在最短6個月之隨訪之情況下，bTMB高對低之中值PFS為9.5個月對2.8個月；HR，0.51 (90% CI, 0.24, 1.08；P =0.1315) (圖24及表20)。隨著bTMB評分增加，PFS HR改良(表21及圖25)。在BEP中，ORR為12.1% (7/58)，且疾病控制率為25.9% (15/58) (表22及圖21)。在bTMB高對低之組中，ORR為36.4% (4/11)對6.4% (3/47)；勝算比，8.38 (90% CI，2.02，34.79；p =0.02) (表22及圖21)。圖22顯示期中分析群體中bTMB子組相對於基線之最大SLD降低。該等資料指示，大多數bTMB高的患者具有臨床益處，如藉由降低之SLD所量測。圖23A及圖23B顯示bTMB子組腫瘤負荷隨時間之變化。該等資料顯示，bTMB高的子組在較高之PR數量及較低之PD數量方面具有改良之反應，且益處係持久的。治療相關之嚴重AE及治療相關之3/4級AE分別發生在14.1%及16.7%之患者中；15.4%經歷導致中斷之AE(表23)。表24顯示根據藥事管理的標準醫學術語集(MedDRA)之特別感興趣之AE。圖27顯示在≥10%之安全可評估期中分析群體中觀測到之AE。表 20 .bTMB ≥16 對 ＜16 子組中之無進展存活 a 根據方案，在0.1之顯著水準下測試bTMB高對低之子組之間之功效差異，且提供90% CI。表 21. 藉由 bTMB 截止評分計算之 PFS ( 月 ) (BEP, n=58) 表 22. 根據 RECIST v.1.1 之 ORR 表 23. 期中分析群體 (IAP) 之安全性總結 a 5級事件報告為『死亡』 (n = 1)、心跳停止(n = 1)及肺栓塞(n = 1)。b 報告治療相關之5級AE。表 24. 特別感興趣之 AE ALT，丙胺酸轉胺酶；AST，天冬胺酸轉胺酶；PT，優先項；SAE，嚴重不良事件。c 所有3級事件，結腸炎(4級)除外。結論
B-F1RST係評估bTMB為1L NSCLC中阿替珠單抗之預測性治療標記物之第一個前瞻性臨床試驗。期中資料指示，≥16之bTMB評分可預測用阿替珠單抗單一療法治療之患者中之PFS益處(bTMB高對低之子組之中值PFS，9.5個月對2.8個月；HR = 0.51，90% CI：0.24, 1.08；p = 0.1315)。在bTMB高分組及低分組中分別觀測到36.4%及6.4%之ORR，這表明bTMB高患者具有更高之ORR。阿替珠單抗耐受性良好，且未觀測到新的安全性信號。該等資料支持正在進行的第III階段BFAST試驗中患者之bTMB選擇。B-F1RST正在進行中，且已完成153名患者之入選。實例1-5中闡述之資料指示，高bTMB可用作與癌症無關之生物標記物，其可用於鑑別可能對PD-L1軸結合拮抗劑(例如抗PD-L1抗體阿替珠單抗)有反應之患者。其他實施例
儘管出於清楚理解之目的，已藉助說明及實例詳細闡述了前述發明，但該等闡述及實例不應解釋為限制本發明之範圍。本文引用之所有專利及科學文獻之揭示內容皆明確地以引用方式整體併入。
圖 1A 係顯示POPLAR研究(臨床試驗ID編號：NCT01903993)中基於等於或高於所指示參考bTMB評分之血液腫瘤突變負荷(bTMB)評分為診斷陽性(Dx+)之患者中針對無進展存活(PFS)之危險比(HR)的圖形。ITT，治療意向；BEP，生物標記物可評估群體。對於ITT顯示分層HR，而對於BEP及具有所指示參考bTMB評分之子組顯示未分層之HR。
圖 1B 係顯示POPLAR研究中基於等於或高於所指示參考bTMB評分之bTMB評分為Dx+之患者中針對總體存活(OS)之HR的圖形。此圖顯示未分層之危險比。
圖 1C 係帶有森林圖之表格，其顯示ITT、BEP、bTMB ＜16及bTMB ≥16子組中之OS。
圖 1D 係顯示阿替珠單抗及多西他賽(docetaxel)治療組中bTMB ＜16及bTMB ≥16子組中針對PFS之卡普蘭-邁耶曲線(Kaplan-Meier Curve)之圖形。
圖 1E 及圖 1F 係一系列圖形，其顯示POPLAR研究中bTMB ≥16之子組(圖1E)及bTMB ＜16之子組(圖1F) (P 相互作用= 0.34)中阿替珠單抗及多西他賽治療組中針對OS之卡普蘭-邁耶曲線。相互作用P 值係來自未分層之比例Cox模型(包括治療項、bTMB子組項及治療/子組相互作用項)。
圖 2A 係顯示OAK研究(臨床試驗ID編號：NCT02008227)中基於等於或高於所指示參考bTMB評分之血液腫瘤突變負荷(bTMB)評分為診斷陽性(Dx+)之患者中針對PFS之HR之圖形。
圖 2B 係顯示OAK研究中基於等於或高於所指示參考bTMB評分之血液腫瘤突變負荷(bTMB)評分為診斷陽性(Dx+)之患者中針對OS之HR的圖形。
圖 2C 係顯示PFS HR與bTMB評分值間之關係之多元自適應回歸樣條(MARS)分析之圖形(≥4：n=441名患者；≥5：n=403名患者；≥6：n=371名患者；≥7：n=340名患者；≥8：n=302名患者；≥9：n=272名患者；≥10：n=251名患者；≥11：n=235名患者；≥12：n=211名患者；≥13：n=200名患者；≥14：n=188名患者；≥15：n=166名患者；≥16：n=158名患者；≥17：n=147名患者；≥18：n=136名患者；≥19：n=121名患者；≥20：n=105名患者；≥21：n=97名患者；≥22：n=84名患者；≥23：n=76名患者；≥24：n=69名患者；≥25：n=62名患者；≥26：n=54名患者)。
圖 3A 係顯示POPLAR研究之阿替珠單抗(MPDL3280A)治療組(黑色)及多西他賽對照組(灰色)中患者(nBEP = 211名患者)之BEP之PFS之卡普蘭-邁耶曲線的圖形，每一組係根據bTMB評分來分層。bTMB評分大於或等於參考bTMB評分18之患者係用實線(Dx+)來指示，且bTMB小於參考bTMB評分18之患者係用虛線(Dx-)來指示。亦顯示列示在給定時間點在BEP之每一子組內沒有PFS事件之患者之數量的表格。每行之時間點對應於沿上圖x軸顯示之時間。大於或等於參考bTMB評分18之bTMB評分在此群體中之盛行率約為20% (nITT = 287，患者試樣(所有) = 273；患者試樣(不包括受實驗室誤差污染之試樣) = 265；nDx+ = 52；HR = 0.57；PFS之相互作用p值= 0.11)。分析不包括EGFR 或ALK 突變陽性之患者試樣。分析不包括最大體細胞等位基因頻率(MSAF)小於1%之患者試樣。序列覆蓋度大於或等於800。
圖 3B 係帶有森林圖之表格，其顯示POPLAR研究中與多西他賽(對照)相比，用阿替珠單抗治療之患者中針對PFS之HR。HR係在由大於或等於18之參考bTMB評分(「截止值」) (Dx+)且小於18之截止值(Dx-)之bTMB評分界定之患者子組中列示。
圖 4A 係顯示OAK研究之阿替珠單抗治療組(黑色)及多西他賽對照組(灰色)中之患者(nBEP = 583名患者)之BEP之PFS之卡普蘭-邁耶曲線的圖形，每一組係根據bTMB評分來分層。bTMB評分大於或等於參考bTMB評分18之患者係用實線(Dx+)來指示，且bTMB小於參考bTMB評分18之患者係用虛線(Dx-)來指示。亦顯示列示在給定時間點在BEP之每一子組內沒有PFS事件之患者之數量的表格。每行之時間點對應於沿上圖x軸顯示之時間。大於或等於參考bTMB評分18之bTMB評分在沒有EGFR 或ALK 突變之個體群體中具有約20%之盛行率(nITT = 850，患者試樣(所有) = 803；患者試樣(不包括受實驗室誤差污染之試樣) = 777；無EGFR 或ALK 突變之患者試樣= 697；nDx+ = 132；HR = 0.66；PFS之相互作用p值= 0.068)。分析不包括MSAF小於1%之患者試樣。序列覆蓋度大於或等於800。
圖 4B 係帶有森林圖之表格，其顯示OAK試驗中與多西他賽(對照)相比，用阿替珠單抗治療之患者中針對PFS之HR。HR係在由大於或等於18之參考bTMB評分(「截止值」) (Dx+)且小於18 (Dx-)之bTMB評分界定之患者子組中列示。
圖 5A 係顯示OAK研究之阿替珠單抗治療組(黑色)及多西他賽對照組(灰色)中之患者(nBEP = 583名患者)之BEP之PFS之卡普蘭-邁耶曲線的圖形，每一組係根據bTMB評分來分層。bTMB評分大於或等於參考bTMB評分16之患者係用實線(Dx+)來指示，且bTMB評分小於參考bTMB評分16之患者係用虛線(Dx-)來表示。亦顯示列示在給定時間點在BEP之每一子組內沒有PFS事件之患者之數量的表格。每行之時間點對應於沿上圖x軸顯示之時間。大於或等於參考bTMB評分16之bTMB評分在沒有EGFR 或ALK 突變之群體中之盛行率約為23% (nITT = 850，患者試樣(所有) = 803；患者試樣(不包括受實驗室誤差污染之試樣) = 777；無EGFR 或ALK 突變之患者試樣= 697；nDx+ = 158；HR = 0.65；PFS之相互作用p值= 0.036)。分析不包括MSAF小於1%之患者試樣。序列覆蓋度大於或等於800。
圖 5B 係帶有森林圖之表格，其顯示OAK研究中與多西他賽(對照)相比，用阿替珠單抗治療之患者中針對PFS之HR。HR係在由大於或等於16之參考bTMB評分(「截止值」) (Dx+)且小於16 (Dx-)之bTMB評分界定之患者子組中列示。
圖 5C 係顯示阿替珠單抗及多西他賽治療組中bTMB ＜ 16及bTMB ≥16子組中OS之卡普蘭-邁耶曲線之圖形。顯示來自未分層之比例cox模型(包括治療項、bTMB子組項及治療/子組相互作用項)之相互作用p值。
圖 5D 係帶有森林圖之表格，其顯示OAK研究中與ITT、BEP、bTMB ≥16及bTMB ＜ 16子組中之多西他賽(對照)相比，用阿替珠單抗治療之患者中針對OS之未分層HR。
圖 6A 係顯示OAK研究之阿替珠單抗治療組(黑色)及多西他賽對照組(灰色)中之患者(nBEP = 583名患者)之BEP之PFS之卡普蘭-邁耶曲線的圖形，每一組係根據bTMB評分來分層。bTMB評分大於或等於參考bTMB評分14之患者係用實線(Dx+)來指示，且bTMB評分小於參考bTMB評分14之患者係用虛線(Dx-)來指示。亦顯示列示在給定時間點在BEP之每一子組內沒有PFS事件之患者之數量的表格。每行之時間點對應於沿上圖x軸顯示之時間。大於或等於參考bTMB評分14之bTMB評分在沒有EGFR 或ALK 突變之群體中之盛行率約為27% (nITT = 850，患者試樣(所有) = 803；患者試樣(不包括受實驗室誤差污染之試樣) = 777；無EGFR 或ALK 突變之患者試樣= 697；nDx+ = 188；HR = 0.68；PFS之相互作用p值= 0.047)。分析不包括MSAF小於1%之患者試樣。序列覆蓋度大於或等於800。
圖 6B 係帶有森林圖之表格，其顯示OAK研究中與多西他賽(對照)相比，用阿替珠單抗治療之患者中針對PFS之HR。HR係在由大於或等於14之參考bTMB評分(「截止值」) (Dx+)且小於14 (Dx-)之bTMB評分界定之患者子組中列示。
圖 7A 係顯示POPLAR及OAK研究之阿替珠單抗治療組(黑色)及多西他賽對照組(灰色)中之患者(nBEP = 775名患者；HR = 0.62)之組合BEP之PFS之卡普蘭-邁耶曲線的圖形在，每一組係根據bTMB評分來分層。bTMB評分大於或等於參考bTMB評分14之患者係用實線(Dx+)來指示，且bTMB評分小於參考bTMB評分14之患者係用虛線(Dx-)來指示。亦顯示列示在給定時間點在BEP之每一子組內沒有PFS事件之患者之數量的表格。每行之時間點對應於沿上圖x軸顯示之時間。分析不包括MSAF小於1%之患者試樣。序列覆蓋度大於或等於800。
圖 7B 係帶有森林圖之表格，其顯示POPLAR及OAK研究中與多西他賽(對照)相比，用阿替珠單抗治療之患者中針對PFS之HR。HR係在由大於或等於14之參考bTMB評分(「截止值」) (Dx+)且小於14 (Dx-)之bTMB評分界定之患者子組中列示。
圖 8 係顯示OAK中BEP及bTMB子組中之最佳證實客觀反應率(ORR)之圖形。ORR之圖形係針對阿替珠單抗及多西他賽治療組中之BEP、bTMB ＜ 16及bTMB ≥16子組來繪製。
圖 9A 係顯示OAK中互斥之PD-L1 IHC子組之bTMB分位數之表格。
圖 9B 係Venn圖，其顯示在229名具有bTMB及IHC資料之患者中，30名具有≥16之bTMB及TC3或IC3 PD-L1表現(如藉由VentanaPD-L1 (SP142)分析所量測)；bTMB ≥16 (n=156)；TC3或IC3 (n=103)。
圖 9C 及圖 9D 係Venn圖，其顯示OAK研究中bTMB水準與各個PD-L1表現子組之間之重疊。該等Venn圖顯示高bTMB (≥16)與TC1/2/3或IC1/2/3 (圖9C)及TC2/3或IC2/3 (圖9D) PD-L1表現之間之重疊，如藉由VentanaPD-L1 SP142分析所量測。
圖 9E 係顯示根據PD-L1 IHC子組分組對每一試樣繪製之原始bTMB評分之圖形。盒及內部之線指示每一PD-L1子組之25%、50%及75%四分位數。個別觀測顯示為開放點。在每一互斥之IHC子組內，下鉸鏈及上鉸鏈對應於第一個四分位數及第三個四分位數；中間的條指示中值。上部須自鉸鏈延伸至最大值，該最大值距鉸鏈不超過1.5 *四分位距(IQR) (其中IQR係第一四分位數與第三四分位數之間之距離)。下部須自鉸鏈延伸至最小值，該最小值最大為鉸鏈之1.5 * IQR。
圖 10 係顯示OAK研究中具有非鱗狀及鱗狀腫瘤之患者之機率密度之圖形。此分析不包括EGFR及ALK突變腫瘤。具有非鱗狀組織學之腫瘤之平均bTMB計數為11.2個突變，且具有鱗狀組織學之腫瘤之平均bTMB計數為12.4個突變。
圖 11A 及圖 11B 係顯示相對於FOUNDATIONONE® (F1) TMB工作流程之≥10 (相當於約9 mut/Mb) (圖11A)及≥16 (相當於約14 mut/Mb) (圖11B)之bTMB臨限值之一致性分析的圖形。一致性係藉由在DNA提取之後分開試樣並在先前驗證之F1工作流程以及bTMB工作流程中進行評估來建立。每一工作流程利用不同的線路來計算後續TMB值。使用≥16之bTMB割點(在本文中可與「截止(cutoff或cut-off)」互換)，46個試樣中之41個係真陽性，且23個試樣中之23個係真陰性(圖11B)。4個偽陰性試樣皆具有插入或缺失，該等插入或缺失在F1 TMB中計數且在bTMB分析中省略，此隨後減少了bTMB計數。圖11A及圖11B中之圖形對應於同一散佈圖，其中覆蓋不同的象限。
圖 11C 係顯示各個割點之PPA及NPA之表格，其用於比較自在每一分析上運行之經分開ctDNA試樣(如圖11B所顯示)使用F1計算線路對bTMB計算線路計算之TMB。
圖 11D 係顯示4至20之bTMB割點範圍內針對bTMB之敏感度及1-特異度值之接受者操作曲線(ROC)分析之圖形。試樣係在DNA提取之後分開，並在先前驗證之F1工作流程以及bTMB工作流程中進行評估。每一工作流程利用不同的線路來計算後續TMB值。該圖顯示敏感度(PPA)對1-特異度(1-NPA)。1-特異度相當於偽陽性率，且特異度相當於真陽性率。TMB (如藉由F1分析所評價)並沒有全面地檢查免疫系統可能遇到之所有潛在新抗原。相反，藉由對非隨機、癌症特異性基因體之編碼區進行測序並鑑別單核苷酸變異體(SNV)，TMB可反映基因體中之突變率並用作新抗原負荷之替代。
圖 11E 係顯示POPLAR (N=74)及OAK (N=224)中組織TMB (tTMB)及bTMB之成對比較之圖形，該兩個平台之患者均有充足的資料。偵測到之突變之數量示於左圖之每一軸上：對於tTMB，突變計數包括AF ≥5%時之SNV及插入及缺失(插入或缺失)；對於bTMB，突變計數僅包括AF ≥0.5%時之SNV。斯皮爾曼相關(Spearman's correlation) = 0.59，(95% CI：0.49, 0.67)。虛線表示≥16之割點。PPA及NPA顯示於右圖之表格中。
圖 11F 係顯示來自POPLAR及OAK之患者中tTMB及bTMB之成對比較之圖形，該兩個平台(N=259)之患者均有充足的資料(SNP匹配，通過QC)。偵測到之突變之數量示於每一軸上：對於tTMB突變，計數包括AF ≥5%時之SNV及插入及缺失(插入或缺失)；對於bTMB突變，計數僅包括AF ≥0.5%時之SNV。斯皮爾曼秩相關= 0.64 (95% CI：0.56、071)。虛線表示≥16之割點。PPA為64% (95% CI：54、74)，且NPA為88% (95% CI：83、92)。出於演示目的，該圖省略了一個實例，乃因該實例具有非常高之bTMB (152)及tTMB (133)。
圖 11G 係顯示tTMB (僅SNV)及bTMB之成對比較之圖形。tTMB計算算法對插入或缺失及SNV進行計數，而bTMB計算算法僅對SNV進行計數。因此，僅使用SNV比較兩次量測之間之相關(N = 258；斯皮爾曼相關= 0.65；95% CI：0.57、0.71)。出於演示目的，該圖省略了一個實例，乃因該實例具有非常高之bTMB (152)及tTMB (133)。
圖 11H 係顯示自經分開ctDNA試樣(N=69)使用F1分析對bTMB分析計算之TMB (突變數)之比較之圖形。高於F1 TMB而非bTMB之臨限值之四個不一致試樣主要係由包括在F1 TMB計算中但在bTMB計算中省略之插入或缺失來解釋。
圖 11I 係顯示來自FOUNDATIONACT® (FACT)分析及bTMB分析之比較之PPA及PPV之表格。根據該兩種分析分開試樣並進行分析，並使用藉由bTMB分析亦偵測到之來自FACT分析之體細胞變異體之一致性來計算PPA。使用藉由FACT分析亦偵測到之存在於bTMB分析之FACT限制區中之體細胞變異體來計算PPV。根據藉由分析個別變異體獲得之總體一致性以及在兩種分析之間完全一致之所有評估試樣之百分比來繪製資料。兩種分析之間重疊誘餌區中一致變異體之百分比為93%。將等位基因頻率截止限制為至少1%將一致性提高至99%。
圖 11J 係一系列圖形，其顯示在FACT及bTMB之重疊區中偵測到之匹配變異體之變異體等位基因頻率(VAF)。對於未偵測到之變異體，VAF為0.0。不包括已知之人工產物。頂部圖(N=202)代表bTMB及FACT中匹配變異體之完整分佈；下部圖顯示低等位基因頻率變異體之特寫。
圖 11K 係顯示源自組織之總突變計數較高(＞30)之患者之組織試樣與血液試樣之間TMB計數之比較的圖形。試樣係以增加之tTMB之順序排列。
圖 11L 及圖 11M 係一系列圖形，其顯示血液/組織TMB一致性對試樣收集間之時間及MSAF之關係。顯示腫瘤組織試樣收集與血液試樣收集之間bTMB-tTMB一致性(作為一致變異體之百分比)與間隔(對數標度之天數) (圖11L)及MSAF (圖11M)之間之成對相關。在圖11L中，虛線指示100天；斯皮爾曼相關(自助95% CI)總體為-0.25 (-0.37, -0.13)；對於抽血前＜100天採集之組織試樣為0.06 (-0.18，0.3)；且對於抽血前≥100天採集之組織試樣為-0.3 (-0.42, -0.16)。在圖11M中，斯皮爾曼相關(自助)為0.30 (95% CI：0.19, 0.41)。
圖 11N 係顯示藉由tTMB及bTMB分析偵測之SNV之Venn圖。
圖 12 係顯示中值外顯子覆蓋度隨cfDNA輸入變化之圖形。在1,076個臨床試樣之分析中，當使用≥20 ng cfDNA作為庫構築之輸入時，100%達成＞800倍之中值外顯子覆蓋度。
圖 13A 及圖 13B 係顯示bTMB及MSAF之精密度分析之圖形。精密度係根據分析結果之再現性、根據≥10 (相當於約9 mut/Mb)及≥16 (相當於約14 mut/Mb)之兩個不同的bTMB臨限值以及藉由MSAF評估之1%循環腫瘤DNA (ctDNA)之品質控制度量來評估。對於bTMB精密度研究，將40個具有跨越一系列有臨床意義的bTMB值之至少一式三份試樣之重複組與大多數調用進行比較。對於MSAF精密度研究，將37個具有跨越一系列有臨床意義的值之至少一式三份試樣之重複組與大多數調用進行比較。每一資料點指示不同的重複。
圖 14 顯示根據≥10及≥16之臨限值之bTMB分析之再現性，該等臨限值隨試樣中之腫瘤含量變化，其係藉由MSAF來評估。對於≥10 (「bTMB 10」)及≥16 (「bTMB 16」)之bTMB割點，利用至少1% MSAF達成至少80%之再現性。
圖 15 係顯示模擬之分析性能對面板大小之圖形。TMB分析之模擬之敏感度及特異度係根據用於其計算之面板大小來顯示。為生成該等值，根據25個患者試樣之來自癌症基因體圖譜(Cancer Genome Atlas)之全外顯子體測序(WES)資料來計算TMB值。每名患者經選擇以代表一系列TMB值(自100 mut/Mb下降至1 mut/Mb)。另外，藉由將計數區限制為自5 Mb下降至50 Kb，自WES資料之隨機採樣計算TMB值。在每一限制之目標區內，總共實施2.5億次呈帕松分佈(Poisson distribution)之隨機採樣，以計算等效tTMB值。針對每一各別模擬之面板大小，使用14 mut/Mb之割點(bTMB分析中之16個總突變)來計算該等維持與WES衍生之TMB值一致之結果之目標受限TMB值之分數。使用基礎醫學資料庫(n=19,320)將該等結果與源自患有非小細胞肺癌之患者之TMB值之真實分佈進行比較。敏感度計算為真陽性之分數除以所有真陽性及偽陰性之總和，且特異度計算為真陰性之數量除以所有真陰性及偽陽性之總和。所繪製之值代表自此分析推導出之結果，且陰影區代表維持至少80%敏感度及特異度所需之面板大小。
圖 16 係顯示在各個覆蓋度水準下bTMB及MSAF變異係數(CV)之分佈之圖形。為評價維持精密度所需之最小覆蓋度，自bTMB評分≥10且MSAF ≥1%之8個不同試樣實施80次重複之電腦下採樣，以達成跨越800倍至2000倍之範圍之中值序列覆蓋度。bTMB及MSAF值之CV%係自各個序列覆蓋度下之下採樣樣本計算的。最小覆蓋度係定義為下採樣練習之下限，該下限仍然達成如藉由bTMB及MSAF值之≤30% CV所定義之精密度。維持bTMB及MSAF值之精密度之最小序列覆蓋度經證實為低至800倍。
圖 17 係顯示OAK研究中自血漿試樣提取之cfDNA之質量對bTMB評分之成對比較之圖形。bTMB評分之圖形係針對自血漿提取之總cfDNA來繪製。在總提取之cfDNA與bTMB評分之間存在小而統計顯著之正斯皮爾曼相關(斯皮爾曼r = 0.15、[95% CI：0.07、0.23])。
圖 18A 及圖 18B 係一系列圖形，其顯示bTMB與MSAF之間(圖18A)以及bTMB與最長直徑總和(SLD)之間(圖18B)之相關。
圖 19 係顯示來自BF1RST試驗之期中分析之患者群體之示意圖。
圖 20 係顯示來自B-F1RST試驗之期中分析群體之基線人口統計及臨床特徵之表格。
圖 21 係顯示BF1RST試驗之期中分析群體中bTMB子組之ORR之圖形。
圖 22 係顯示期中分析群體中bTMB子組中自基線之最大最長直徑總和(SLD)減少之圖形。a 15名患者之MSAF ＜ 1%；b 4名患者沒有有效試樣。該圖形中僅顯示具有基線後靶病灶量測之患者(n = 70)。
圖 23A 及圖 23B 係一系列圖形，其顯示B-F1RST試驗之期中分析群體之bTMB ＜16 (圖23A)及bTMB ≥16 (圖23B)子組之bTMB子組中隨時間流逝之腫瘤負荷變化。
圖 24 係顯示B-F1RST試驗之期中分析群體之bTMB ＜16及bTMB ≥16子組之PFS之卡普蘭-邁耶曲線之圖形。
圖 25 係顯示B-F1RST試驗之期中分析群體之PFS針對bTMB截止評分之森林圖。a 未分層之危險比(90% CI)。
圖 26A 係顯示B-F1RST試驗之期中分析群體之bTMB ＜16及bTMB ≥16子組之OS之卡普蘭-邁耶曲線之圖形。
圖 26B 係顯示B-F1RST試驗之期中分析群體之OS針對bTMB截止評分之森林圖之圖形。b 未分層之危險比(90% CI)。
圖 27 係顯示在B-F1RST試驗之≥10%之安全性可評估期中分析群體中觀測到之AE之圖形。
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<210> 1
<211> 440
<212> PRT
<213> 人工序列
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Figure 107125127-A0305-02-0245-1
Figure 107125127-A0305-02-0246-2
Figure 107125127-A0305-02-0247-3
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<212> PRT
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<220>
<223> 合成構築體
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Figure 107125127-A0305-02-0248-4
Figure 107125127-A0305-02-0249-5
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<212> PRT
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<220>
<223> 合成構築體
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Figure 107125127-A0305-02-0249-6
Figure 107125127-A0305-02-0250-7
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構築體
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構築體
<220>
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<221> MISC_FEATURE
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<212> PRT
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<220>
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<213> 人工序列
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Figure 107125127-A0305-02-0253-14
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<213> 人工序列
<220>
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Figure 107125127-A0305-02-0253-15
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<211> 11
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<220>
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<220>
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<220>
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<221> MISC_FEATURE
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<221> MISC_FEATURE
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<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (10)..(10)
<223> Xaa為Val或Leu
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<211> 7
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<220>
<223> 合成構築體
<220>
<221> MISC_FEATURE
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<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (6)..(6)
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<400> 13
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<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構築體
<220>
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<222> (3)..(3)
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<220>
<221> MISC_FEATURE
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<221> MISC_FEATURE
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<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> Xa為Ala,Trp,Arg,Pro，或Thr
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Figure 107125127-A0305-02-0255-18
<210> 15
<211> 23
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<213> 人工序列
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<223> 合成構築體
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<211> 15
<212> PRT
<213> 人工序列
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<223> 合成構築體
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<210> 17
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<212> PRT
<213> 人工序列
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<223> 合成構築體
<400> 17
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<210> 18
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構築體
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Figure 107125127-A0305-02-0256-22
<210> 19
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構築體
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Figure 107125127-A0305-02-0257-23
<210> 20
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成構築體
<400> 20
Figure 107125127-A0305-02-0257-24
<210> 21
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
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<223> 合成構築體
<400> 21
Figure 107125127-A0305-02-0257-25
<210> 22
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
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Figure 107125127-A0305-02-0257-26
Figure 107125127-A0305-02-0258-27
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Figure 107125127-A0305-02-0258-28
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<212> PRT
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<210> 25
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<223> 合成構築體
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Figure 107125127-A0305-02-0259-31
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<212> PRT
<213> 人工序列
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<212> PRT
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<223> 合成構築體
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Figure 107125127-A0305-02-0259-33
Figure 107125127-A0305-02-0260-34
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Claims (16)

  1. 一種阿替珠單抗(atezolizumab)之用途，其係用於製備治療患有局部晚期非小細胞肺癌(NSCLC)或轉移性NSCLC之個體之藥物，其中在向該個體投與阿替珠單抗之前，已從自該個體獲得之血液試樣中測定血液腫瘤突變負荷(bTMB)評分等於或高於參考bTMB評分，從而鑑別該個體為可自包含阿替珠單抗之治療受益之個體，其中該參考bTMB評分為16，其中該血液試樣包含由存在於該個體中之腫瘤細胞釋放至血液中之DNA片段之變異體集，其中該bTMB評分表示為在限定數量之測序鹼基上計數之體細胞突變之數量，其中該限定數量之測序鹼基係介於100kb至10Mb之間，且其中對於自包含阿替珠單抗之治療受益係無進展存活(PFS)之增加及/或總體存活(OS)之增加。
  2. 如請求項1之用途，其中該血液試樣包含來自於該個體中之二或多個異質腫瘤部位之DNA片段。
  3. 如請求項2之用途，其中該二或多個異質腫瘤部位包含至少一個轉移性腫瘤部位。
  4. 如請求項1之用途，其中該自包含阿替珠單抗之治療受益係OS之增加。
  5. 如請求項1之用途，其中該體細胞突變之數量為(i)所計數之單核苷酸變 異體(SNV)之數量，或(ii)所計數之SNV之數量及插入或缺失突變之數量之總和。
  6. 如請求項1之用途，其中最大體細胞等位基因頻率(MSAF)係經得自該個體之血液試樣而測定，其中得自該試樣之MSAF大於或等於1%。
  7. 如請求項1之用途，其中在投與阿替珠單抗之前，已測定得自該個體之血液試樣具有大於或等於1%之MSAF。
  8. 如請求項1之用途，其中MSAF係經得自該個體之血液試樣而測定，其中來自該試樣之MSAF小於1%。
  9. 如請求項1之用途，其中在投與阿替珠單抗之前，已測定得自該個體之血液試樣具有小於1%之MSAF。
  10. 如請求項1之用途，(i)其中得自該個體之腫瘤試樣經測定為在該腫瘤試樣中小於1%之腫瘤細胞具有可偵測之PD-L1表現水準；或(ii)其中得自該患者之腫瘤試樣經測定為在該腫瘤試樣中1%或更多之該等腫瘤細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準；或(iii)其中得自該患者之腫瘤試樣經測定為在腫瘤浸潤性免疫細胞中具有可偵測之PD-L1表現水準，該腫瘤浸潤性免疫細胞佔該腫瘤試樣之1%或更多。
  11. 如請求項1之用途，其中該包含阿替珠單抗之治療係單一療法。
  12. 如請求項1之用途，其中該藥物進一步包含額外治療劑，或係用於與額外治療劑併用。
  13. 如請求項12之用途，其中該額外治療劑係抗瘤劑、化學治療劑、生長抑制劑、抗血管生成劑、放射療法或細胞毒性劑。
  14. 如請求項1之用途，其中該體細胞突變為取代，且其中該取代在編碼區中。
  15. 如請求項1之用途，其中該試樣係獲取自該血液試樣之血漿試樣或血清試樣。
  16. 如請求項1之用途，其中該限定之測序鹼基數量為約1.1Mb或約0.8Mb。
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