本文中所提供之抗體及抗原結合片段能夠與嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒(例如SARS-CoV-2)結合。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段能夠與多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒(例如與如本文中所述之一或多種(例如一種、二種、三種、四種、五種、六種、或更多種)不同的嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒、視需要地包含在病毒粒子上及/或在受二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染之細胞之表面上表現之表面醣蛋白)結合。在某些實施例中,多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒包含一或多種演化支1b嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒。在某些實施例中,目前所揭示之抗體及抗原結合片段可在感染之體外模式中及/或在動物模式中及/或人類個體中中和由一或多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒(例如一種、二種、三種、四種、或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒)所致之感染。亦提供編碼抗體及抗原結合片段之多核苷酸、載體、宿主細胞、及相關組成物,以及使用抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞、及相關組成物來治療(例如減少、延遲、消除、或預防)個體之由二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒所致之感染之方法及/或用於製造用於治療個體中由二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病(例如一種、二種、三種、四種、或更多種)嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病所致之感染之藥物。亦提供二或更多種抗體或抗原結合片段之組合,例如用於療法及/或預防。
在更詳細闡述本揭露前,先提供本文中所使用之某些術語之定義可能有助於其理解。額外的定義闡述於整個本揭露中。
如本文中所使用,「抗嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒抗體或抗原結合片段(anti-sarbecovirus antibody or antigen-binding fragment)」特異性地結合至少一種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒且在一些具體實施例中,可結合二或更多種、三或更多種、四或更多種、或五或更多種的嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒。
如本文中所使用,「嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒(sarbecovirus)」係指在譜系B內之任何β冠狀病毒(betacoronavirus),且包括在演化支1a、演化支1b、演化支2、及演化支3中之譜系B病毒。演化支1a嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之實施例係SARS-CoV及蝙蝠SARS樣冠狀病毒(Bat SARS-like coronavirus)WIV1(WIV1)。演化支1b嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之實施例係SARS-CoV-2、RatG13、穿山甲-Guanxi-2017(PANG/GX)及穿山甲-Guangdon-2019(PANG/GD)。演化支1b之實施例亦包括SARS-CoV-2變體,例如具有以下任何突變之變體:A67V、Δ69-70、T95I、G142D、137-145de、143-145de、Y145H、N211I、Δ212、V213G、ins214TDR、ins215EPE、A222V、G339D、R346K、R346S、V367F、S371L、S373P、S375F、T376A、P384L、N394S、D405N、R408S、Q414K、K417N、K417V、K417T、N439K、N440K、G446S、Y449H、Y449N、L452R、L452Q、L452X(其中X係任何胺基酸)、Y453F、S477N、T478K、V483A、E484A、E484Q、E484K、E484X(其中X係任何胺基酸)、F490R、F486V、F490S、R493Q、Q493R、S494P、G496S、Q498R、N501Y、N501T、Y505H、E516Q、T547K、Q613H、D614G、A653V、H655Y、G669S、Q677H、N679K、ins679GIAL、P681H、P681R、A701V、N764K、D796Y、N856K、Q954H、N969K、L981F、或於以下譜系中之變體:B.1.1.7及Q譜系及後代譜系(Alpha);B.1.351及後代譜系(Beta);B.1.429及B.1.427及後代譜系(Epsilon);P.1及後代譜系(Gamma);B.1.1.222;C.37;B.1.617.2;AY.1、AY.2、其他AY譜系及後代譜系(Delta);B.1.525及後代譜系(Eta);B.1.526及後代譜系(Iota);B.1.617.1及後代譜系(Kappa);1.617.3;B.1.621、及B.1.621.1及後代譜系(Mu);P.2(Zeta);及B.1.1.529.1、BA.1、BA.2、BA.2.12、BA.3、BA.4、BA.5及後代譜系(Omicron)。演化支2嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之實施例係蝙蝠ZC45(ZC45)、蝙蝠ZXC21(ZXC21)、YN2013、RmYN02、Anlong112、SC2018、SX2011。演化支3嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之實施例係BtkY72、及BGR2008。
圖 1中亦說明嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒演化支且
圖 2中說明嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之間RBD之差異。
在一些具體實施例中,抗體或其抗原結合片段能夠與演化支1b之嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒結合,諸如SARS-CoV-2(包括本文中所述之所有變體)、RatG13、穿山甲-Guanxi-2017(PANG/GX)、穿山甲-Guangdon-209、或其任何組合。
在某些進一步具體實施例中,抗體或其抗原結合片段能夠與SARS-CoV-2變體結合;例如亦包括SARS-CoV-2變體之演化支1b之實施例,例如具有以下突變中任一者或多者的變體:A67V、Δ69-70、T95I、G142D、137-145de、143-145de、Y145H、N211I、Δ212、V213G、ins214TDR、ins215EPE、A222V、G339D、R346K、R346S、V367F、S371L、S373P、S375F、T376A、P384L、N394S、D405N、R408S、Q414K、K417N、K417V、K417T、N439K、N440K、G446S、Y449H、Y449N、L452R、L452Q、L452X(其中X係除L以外之任何胺基酸)、Y453F、S477N、T478K、V483A、E484A、E484Q、E484K、E484X(其中X係除E以外之任何胺基酸)、F490R、F486V、F490S、R493Q、Q493R、S494P、G496S、Q498R、N501Y、N501T、Y505H、E516Q、T547K、Q613H、D614G、A653V、H655Y、G669S、Q677H、N679K、ins679GIAL、P681H、P681R、A701V、N764K、D796Y、N856K、Q954H、N969K、L981F、或於以下譜系中之變體:B.1.1.7及Q譜系及後代譜系(Alpha);B.1.351及後代譜系(Beta);B.1.429及B.1.427及後代譜系(Epsilon);P.1及後代譜系(Gamma);B.1.1.222;C.37;B.1.617.2;AY.1、AY.2、其他AY譜系、及後代譜系(Delta);B.1.525及後代譜系(Eta);B.1.526及後代譜系(Iota);B.1.617.1及後代譜系(Kappa);1.617.3;B.1.621、及B.1.621.1及後代譜系(Mu);P.2(Zeta);及B.1.1.529.1、BA.1、BA.2、BA.2.12、BA.3、BA.4、BA.5及後代譜系(Omicron)、或其任何組合。在一些具體實施例中,SARS-Cov-2變體係Omicron變體,諸如BA.1、BA.2、BA.2.12、BA.3、BA.4、或BA.5。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3A3、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3A3或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3A3或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠以以下之IC50抑制在人類ACE2與嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒(例如SARS-CoV-2)受體結合結構域(RBD)之間的結合交互作用:在約0.5 ng/mL至約100 ng/mL、約1 ng/mL至約100 ng/mL、約2.0 ng/mL至約100 ng/mL、約2.5 ng/mL至約100 ng/mL、約5.0 ng/mL至約100 ng/mL、約7.5 ng/mL至約100 ng/mL、約8.0 ng/mL至約100 ng/mL、約9.0 ng/mL至約100 ng/mL、約10.0 ng/mL至約100 ng/mL、約12.5 ng/mL至約100 ng/mL、約15.0 ng/mL至約100 ng/mL、約17.5 ng/mL至約100 ng/mL、約20 ng/mL至約100 ng/mL、約25.0 ng/mL至約100 ng/mL、約27.5 ng/mL至約100 ng/mL、約30 ng/mL至約100 ng/mL、約0.5 ng/mL至約50 ng/mL、約1 ng/mL至約50 ng/mL、約2.0 ng/mL至約50 ng/mL、約2.5 ng/mL至約50 ng/mL、約5.0 ng/mL至約50 ng/mL、約7.5 ng/mL至約50 ng/mL、約8.0 ng/mL至約50 ng/mL、約9.0 ng/mL至約50 ng/mL、約10.0 ng/mL至約50 ng/mL、約12.5 ng/mL至約50 ng/mL、約15.0 ng/mL至約50 ng/mL、約17.5 ng/mL至約50 ng/mL、約20 ng/mL至約50 ng/mL、約25.0 ng/mL至約50 ng/mL、約27.5 ng/mL至50 ng/mL、或約30 ng/mL至約50 ng/mL之範圍內、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL、或至少約30 ng/mL至約50 ng/mL、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3A19、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3A19或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3A19或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠以以下之IC50抑制在人類ACE2與嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒(例如SARS-CoV-2)受體結合結構域(RBD)之間的結合交互作用:在約7.5 ng/mL至約100 ng/mL、約8.0 ng/mL至約100 ng/mL、約9.0 ng/mL至約100 ng/mL、約10.0 ng/mL至約100 ng/mL、約12.5 ng/mL至約100 ng/mL、約15.0 ng/mL至約100 ng/mL、約17.5 ng/mL至約100 ng/mL、約20 ng/mL至約100 ng/mL、約25.0 ng/mL至約100 ng/mL、約27.5 ng/mL至約100 ng/mL、約30 ng/mL至約100 ng/mL、約0.5 ng/mL至約50 ng/mL、約7.5 ng/mL至約50 ng/mL、約8.0 ng/mL至約50 ng/mL、約9.0 ng/mL至約50 ng/mL、約10.0 ng/mL至約50 ng/mL、約12.5 ng/mL至約50 ng/mL、約15.0 ng/mL至約50 ng/mL、約17.5 ng/mL至約50 ng/mL、約20 ng/mL至約50 ng/mL、約25.0 ng/mL至約50 ng/mL、約27.5 ng/mL至50 ng/mL、或約30 ng/mL至約50 ng/mL之範圍內、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL、或約至少約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3I2、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3I2或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3I2或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠以以下之IC50抑制在人類ACE2與嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒(例如SARS-CoV-2)受體結合結構域(RBD)之間的結合交互作用:在約0.5 ng/mL至約100 ng/mL、約1 ng/mL至約100 ng/mL、約2.0 ng/mL至約100 ng/mL、約2.5 ng/mL至約100 ng/mL、約5.0 ng/mL至約100 ng/mL、約7.5 ng/mL至約100 ng/mL、約8.0 ng/mL至約100 ng/mL、約9.0 ng/mL至約100 ng/mL、約10.0 ng/mL至約100 ng/mL、約12.5 ng/mL至約100 ng/mL、約15.0 ng/mL至約100 ng/mL、約17.5 ng/mL至約100 ng/mL、約20 ng/mL至約100 ng/mL、約25.0 ng/mL至約100 ng/mL、約27.5 ng/mL至約100 ng/mL、約30 ng/mL至約100 ng/mL、約0.5 ng/mL至約50 ng/mL、約1 ng/mL至約50 ng/mL、約2.0 ng/mL至約50 ng/mL、約2.5 ng/mL至約50 ng/mL、約5.0 ng/mL至約50 ng/mL、約7.5 ng/mL至約50 ng/mL、約8.0 ng/mL至約50 ng/mL、約9.0 ng/mL至約50 ng/mL、約10.0 ng/mL至約50 ng/mL、約12.5 ng/mL至約50 ng/mL、約15.0 ng/mL至約50 ng/mL、約17.5 ng/mL至約50 ng/mL、約20 ng/mL至約50 ng/mL、約25.0 ng/mL至約50 ng/mL、約27.5 ng/mL至50 ng/mL、或約30 ng/mL至約50 ng/mL之範圍內、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL、或至少約30 ng/mL至約50 ng/mL、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3O13、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3O13或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3O13或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠以以下之IC50抑制在人類ACE2與嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒(例如SARS-CoV-2)受體結合結構域(RBD)之間的結合交互作用:在約0.5 ng/mL至約100 ng/mL、約1 ng/mL至約100 ng/mL、約2.0 ng/mL至約100 ng/mL、約2.5 ng/mL至約100 ng/mL、約5.0 ng/mL至約100 ng/mL、約7.5 ng/mL至約100 ng/mL、約8.0 ng/mL至約100 ng/mL、約9.0 ng/mL至約100 ng/mL、約10.0 ng/mL至約100 ng/mL、約12.5 ng/mL至約100 ng/mL、約15.0 ng/mL至約100 ng/mL、約17.5 ng/mL至約100 ng/mL、約20 ng/mL至約100 ng/mL、約25.0 ng/mL至約100 ng/mL、約27.5 ng/mL至約100 ng/mL、約30 ng/mL至約100 ng/mL、約0.5 ng/mL至約50 ng/mL、約1 ng/mL至約50 ng/mL、約2.0 ng/mL至約50 ng/mL、約2.5 ng/mL至約50 ng/mL、約5.0 ng/mL至約50 ng/mL、約7.5 ng/mL至約50 ng/mL、約8.0 ng/mL至約50 ng/mL、約9.0 ng/mL至約50 ng/mL、約10.0 ng/mL至約50 ng/mL、約12.5 ng/mL至約50 ng/mL、約15.0 ng/mL至約50 ng/mL、約17.5 ng/mL至約50 ng/mL、約20 ng/mL至約50 ng/mL、約25.0 ng/mL至約50 ng/mL、約27.5 ng/mL至50 ng/mL、或約30 ng/mL至約50 ng/mL之範圍內、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL、或至少約30 ng/mL至約50 ng/mL、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3L17、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3L17或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3L17或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠以以下之IC50抑制在人類ACE2與嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒(例如SARS-CoV-2)受體結合結構域(RBD)之間的結合交互作用:在約0.5 ng/mL至約100 ng/mL、約1 ng/mL至約100 ng/mL、約2.0 ng/mL至約100 ng/mL、約2.5 ng/mL至約100 ng/mL、約5.0 ng/mL至約100 ng/mL、約7.5 ng/mL至約100 ng/mL、約8.0 ng/mL至約100 ng/mL、約9.0 ng/mL至約100 ng/mL、約10.0 ng/mL至約100 ng/mL、約12.5 ng/mL至約100 ng/mL、約15.0 ng/mL至約100 ng/mL、約17.5 ng/mL至約100 ng/mL、約20 ng/mL至約100 ng/mL、約25.0 ng/mL至約100 ng/mL、約27.5 ng/mL至約100 ng/mL、約30 ng/mL至約100 ng/mL、約0.5 ng/mL至約50 ng/mL、約1 ng/mL至約50 ng/mL、約2.0 ng/mL至約50 ng/mL、約2.5 ng/mL至約50 ng/mL、約5.0 ng/mL至約50 ng/mL、約7.5 ng/mL至約50 ng/mL、約8.0 ng/mL至約50 ng/mL、約9.0 ng/mL至約50 ng/mL、約10.0 ng/mL至約50 ng/mL、約12.5 ng/mL至約50 ng/mL、約15.0 ng/mL至約50 ng/mL、約17.5 ng/mL至約50 ng/mL、約20 ng/mL至約50 ng/mL、約25.0 ng/mL至約50 ng/mL、約27.5 ng/mL至50 ng/mL、或約30 ng/mL至約50 ng/mL之範圍內、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL、或至少約30 ng/mL至約50 ng/mL、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL。
如本文中所使用之「S2V29」包括本文中所揭示任何VH及VL變體。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S2V29、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S2V29或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S2V29或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠以以下之IC50抑制在人類ACE2與嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒(例如SARS-CoV-2)受體結合結構域(RBD)之間的結合交互作用:在約0.5 ng/mL至約100 ng/mL、約1 ng/mL至約100 ng/mL、約2.0 ng/mL至約100 ng/mL、約2.5 ng/mL至約100 ng/mL、約5.0 ng/mL至約100 ng/mL、約7.5 ng/mL至約100 ng/mL、約8.0 ng/mL至約100 ng/mL、約9.0 ng/mL至約100 ng/mL、約10.0 ng/mL至約100 ng/mL、約12.5 ng/mL至約100 ng/mL、約15.0 ng/mL至約100 ng/mL、約17.5 ng/mL至約100 ng/mL、約20 ng/mL至約100 ng/mL、約25.0 ng/mL至約100 ng/mL、約27.5 ng/mL至約100 ng/mL、約30 ng/mL至約100 ng/mL、約0.5 ng/mL至約50 ng/mL、約1 ng/mL至約50 ng/mL、約2.0 ng/mL至約50 ng/mL、約2.5 ng/mL至約50 ng/mL、約5.0 ng/mL至約50 ng/mL、約7.5 ng/mL至約50 ng/mL、約8.0 ng/mL至約50 ng/mL、約9.0 ng/mL至約50 ng/mL、約10.0 ng/mL至約50 ng/mL、約12.5 ng/mL至約50 ng/mL、約15.0 ng/mL至約50 ng/mL、約17.5 ng/mL至約50 ng/mL、約20 ng/mL至約50 ng/mL、約25.0 ng/mL至約50 ng/mL、約27.5 ng/mL至50 ng/mL、或約30 ng/mL至約50 ng/mL之範圍內、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL、或至少約30 ng/mL至約50 ng/mL、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL。
如本文中所使用,「SARS-CoV-2」原本亦稱為「武漢冠狀病毒(Wuhan coronavirus)」、「武漢海產食品市場肺炎病毒(Wuhan seafood market pneumonia virus)」、或「武漢CoV(Wuhan CoV)」、「新型CoV(novel CoV)」、或「nCoV」、或「2019 nCoV」、或「武漢nCoV(Wuhan nCoV)」、或其變體,係一種譜系B之β冠狀病毒(嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒)。在2019年末,於中國湖北省武漢市首次鑑別出SARS-CoV-2,並至2020年初,在中國境內及世界之其他地區傳播。SARS CoV-2感染可導致稱為COVID-19之疾病;COVID-19之症狀包括發燒或發冷、乾咳、呼吸困難、疲勞、身體疼痛、頭痛、新出現的味覺或嗅覺喪失、喉嚨痛、鼻塞或流鼻涕、噁心或嘔吐、腹瀉、胸部持續感到受壓或疼痛、新出現的混淆誤認、不能醒來或保持清醒、及嘴唇或臉部發青。
SARS-CoV-2分離株Wuhan-Hu-1之基因組序列提供於GenBank MN908947.3(2020年1月23日),且基因組之胺基酸轉譯提供於GenBank QHD43416.1(2020年1月23日)。此等GenBank序列及所有SARS-CoV-2變體之GenBank序列係以引用方式併入本文中,作為描述根據本揭露之抗體或其抗原結合片段特異性結合的嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒或SARS-CoV-2。如同其他冠狀病毒(例如SARS-CoV),SARS-CoV-2包含含有受體結合結構域(receptor binding domain, RBD)之「棘突」或表面(「S」)I型跨膜醣蛋白。咸信RBD藉由與細胞表面受體血管收縮素轉化酶2(angiotensin-converting enzyme 2, ACE2)結合來介導譜系B SARS冠狀病毒進入呼吸上皮細胞。特定而言,咸信病毒RBD中之受體結合模體(receptor binding motif, RBM)與ACE2交互作用。
Wuhan-Hu-1表面醣蛋白之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 1中。Wuhan-Hu-1 RBD之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 2中。Wuhan-Hu-1 S蛋白質與SARS-CoV具有大約73%胺基酸序列同一性。Wuhan-Hu-1 RBM之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 3中。
已出現許多SARS-CoV-2變體,該等變體在基因組及胺基酸序列方面,特別是表面醣蛋白或RBD方面可有所不同。一些SARS-CoV-2變體突變增加對ACE受體之親和力及/或病毒之感染性。SARS-CoV-2之重要變體包括亦包括SARS-CoV-2變體之演化支1b之實施例,例如具有以下任何突變之變體:A67V、Δ69-70、T95I、G142D、137-145de、143-145de、Y145H、N211I、Δ212、V213G、ins214TDR、ins215EPE、A222V、G339D、R346K、R346S、V367F、S371L、S373P、S375F、T376A、P384L、N394S、D405N、R408S、Q414K、K417N、K417V、K417T、N439K、N440K、G446S、Y449H、Y449N、L452R、L452Q、L452X(其中X係除L以外之任何胺基酸)、Y453F、S477N、T478K、V483A、E484A、E484Q、E484K、E484X(其中X係除E以外之任何胺基酸)、F490R、F486V、F490S、R493Q、Q493R、S494P、G496S、Q498R、N501Y、N501T、Y505H、E516Q、T547K、Q613H、D614G、A653V、H655Y、G669S、Q677H、N679K、ins679GIAL、P681H、P681R、A701V、N764K、D796Y、N856K、Q954H、N969K、L981F、或於以下譜系中之變體:B.1.1.7及Q譜系及後代譜系(Alpha);B.1.351及後代譜系(Beta);B.1.429及B.1.427及後代譜系(Epsilon);P.1及後代譜系(Gamma);B.1.1.222;C.37;B.1.617.2;AY.1、AY.2、其他AY譜系、及後代譜系(Delta);B.1.525及後代譜系(Eta);B.1.526及後代譜系(Iota);B.1.617.1及後代譜系(Kappa);1.617.3;B.1.621及B.1.621.1及後代譜系(Mu);P.2(Zeta);及B.1.1.529.1、BA.1、BA.2、BA.2.12、BA.3、BA.4、BA.5及後代譜系(Omicron)、或其任何組合。在一些具體實施例中,SARS-Cov-2變體係Omicron變體,諸如BA.1、BA.2、BA.2.12、BA.3、BA.4、或BA.5。在美國傳播的SARS-CoV-2變體被分類為受美國疾病控制與預防中心關注之變體(參見https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-info.html)。
在一些具體實施例中,提供用於治療嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染之抗體或抗原結合片段。在某些具體實施例中,嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染包含SARS-CoV-2感染。治療根據本揭露之SARS CoV-2感染包括治療由前述SARS-CoV-2病毒中任一者或多者所致之感染。在某些具體實施例中,治療SARS-CoV-2感染包含治療以下中任一者或多者:SARS CoV-2 Wuhan-Hu-1;亦包括SARS-CoV-2變體之演化支1b之實施例,例如具有以下任何突變之變體:A67V、Δ69-70、T95I、G142D、137-145de、143-145de、Y145H、N211I、Δ212、V213G、ins214TDR、ins215EPE、A222V、G339D、R346K、R346S、V367F、S371L、S373P、S375F、T376A、P384L、N394S、D405N、R408S、Q414K、K417N、K417V、K417T、N439K、N440K、G446S、Y449H、Y449N、L452R、L452Q、L452X(其中X係除L以外之任何胺基酸)、Y453F、S477N、T478K、V483A、E484A、E484Q、E484K、E484X(其中X係除E以外之任何胺基酸)、F490R、F486V、F490S、R493Q、Q493R、S494P、G496S、Q498R、N501Y、N501T、Y505H、E516Q、T547K、Q613H、D614G、A653V、H655Y、G669S、Q677H、N679K、ins679GIAL、P681H、P681R、A701V、N764K、D796Y、N856K、Q954H、N969K、L981F、D614、E340A、或於以下譜系中之變體:B.1.1.7及Q譜系及後代譜系(Alpha);B.1.351及後代譜系(Beta);B.1.429及B.1.427、及後代譜系(Epsilon);P.1及後代譜系(Gamma);B.1.1.222;C.37;B.1.617.2;AY.1、AY.2、其他AY譜系、及後代譜系(Delta);B.1.525及後代譜系(Eta);B.1.526及後代譜系(Iota);B.1.617.1及後代譜系(Kappa);1.617.3;B.1.621及B.1.621.1及後代譜系(Mu);P.2(Zeta);及B.1.1.529.1、BA.1、BA.2、BA.2.12、BA.3、BA.4、BA.5及後代譜系(Omicron)、BQ.1.1、XBB.1或其任何組合。在一些具體實施例中,SARS-CoV-2變體係Omicron變體,諸如BA.1、BA.2、BA.2.12、BA.3、BA.4、或BA.5。在一些具體實施例中,SARS-CoV-2變體係BQ.1.1。在一些具體實施例中,SARS-CoV-2係XBB.1。
在本說明書中,除非另有指示,否則任何濃度範圍、百分比範圍、比率範圍、或整數範圍均應理解為包括在所述範圍內之任何整數值、及(當適當時)其分數(諸如整數之十分之一及百分之一)。此外,除非另有指示,否則本文中所述之與任何物理特徵(諸如聚合物次單位、尺寸或厚度)相關之任何數值範圍應理解為包括所述範圍內之任何整數。如本文中所使用,除非另有指示,否則術語「約(about)」意指指定範圍、值或結構之±20%。應理解的是,如本文中所使用,術語「一(a/an)」係指所列舉組分中之「一或多者」。替代物(例如「或」)之使用應理解為意指替代物中之任一者、二者、或其任何組合。如本文中所使用,術語「包括(include)」、「具有(have)」、及「包含(comprise)」係同義地使用,該等術語及其變體意欲被解讀為非限制性。
術語「視需要的(optional)」或「視需要地(optionally)」意指隨後描述的要素、組分、事件、或狀況可能發生或可能不發生,且該說明書包括該要素、組分、事件、或狀況發生之情況及不發生之情況。
此外,衍生自本文中所述之結構或次單位之各種組合的個別構築體、或構築體之群組係由本申請案所揭示,其程度如同各構築體或構築體之群組個別地闡述一般。因此,特定結構或特定次單位之選擇係在本揭露之範疇內。
術語「基本上由…組成(consisting essentially of)」不等同於「包含(comprising)」,且係指申請專利範圍之指定材料或步驟,或實質上不影響所主張之標的物的基本特徵的材料或步驟。舉例而言,當結構域、區、模組、或蛋白質之胺基酸序列包括組合起來佔結構域、區、模組、或蛋白質之長度的最多20%(例如最多15%、10%、8%、6%、5%、4%、3%、2%或1%)且實質上不影響(亦即活性減少不超過50%,諸如不超過40%、30%、25%、20%、15%、10%、5%、或1%)一或多個結構域、一或多個區、一或多個模組、或一或多個蛋白質之活性(例如結合蛋白質之目標結合親和力)的延伸、刪除、突變、或其組合(例如在胺基或羧基末端處或在結構域之間的胺基酸)時,蛋白質結構域、區、或模組(例如結合結構域)或蛋白質「基本上由特定胺基酸序列組成」。
如本文中所使用,「胺基酸(amino acid)」係指天然存在的及合成的胺基酸,以及以類似於天然存在的胺基酸之方式起作用的胺基酸類似物及胺基酸擬似物。天然存在的胺基酸係由遺傳密碼子所編碼之胺基酸,以及之後經修飾之彼等胺基酸,例如羥基脯胺酸、γ-羧基麩胺酸、及O-磷酸絲胺酸。胺基酸類似物係指具有與天然存在的胺基酸相同的基本化學結構(亦即,與氫、羧基、胺基、及R基團結合的α-碳)的化合物,例如類絲胺酸、正白胺酸、甲硫胺酸亞碸、甲硫胺酸甲基鋶。此類類似物具有經修飾之R基團(例如正白胺酸)或經修飾之肽主鏈,但保有與天然存在的胺基酸相同的基本化學結構。胺基酸擬似物係指具有不同於一般胺基酸之化學結構的結構,但以類似於天然存在的胺基酸之方式起作用的化學化合物。
如本文中所使用,「突變」係指核酸分子或多肽分子之序列分別相較於參考或野生型核酸分子或多肽分子之變化。突變可導致若干不同類型的序列變化,包括一或多個核苷酸或胺基酸之取代、插入或刪除。
「保留取代」係指不會顯著影響或改變特定蛋白質之結合特性的胺基酸取代。通常而言,保留取代係其中將取代之胺基酸殘基置換為具有類似側鏈之胺基酸殘基。保留取代包括在以下群組中之一者中發現的取代:第1群組:丙胺酸(Ala或A)、甘胺酸(Gly或G)、絲胺酸(Ser或S)、蘇胺酸(Thr或T);第2群組:天冬胺酸(Asp或D)、麩胺酸(Glu或Z);第3群組:天冬醯胺(Asn或N)、麩醯胺(Gln或Q);第4群組:精胺酸(Arg或R)、離胺酸(Lys或K)、組胺酸(His或H);第5群組:異白胺酸(Ile或I)、白胺酸(Leu或L)、甲硫胺酸(Met或M)、纈胺酸(Val或V);及第6群組:苯丙胺酸(Phe或F)、酪胺酸(Tyr或Y)、色胺酸(Trp或W)。額外地或可替代地,胺基酸可藉由類似功能、化學結構、或組成(例如酸性、鹼性、脂族、芳族、或含硫)而分入保守取代群組。舉例而言,出於取代之目的,脂族群組可包括Gly、Ala、Val、Leu、及Ile。其他保留取代群組包括:含硫:Met及半胱胺酸(Cys或C);酸性:Asp、Glu、Asn、及Gln;小脂族、非極性或略微極性殘基:Ala、Ser、Thr、Pro、及Gly;極性、帶負電荷殘基及其醯胺:Asp、Asn、Glu、及Gln;極性、帶正電荷殘基:His、Arg、及Lys;大脂族、非極性殘基:Met、Leu、Ile、Val、及Cys;及大芳族殘基:Phe、Tyr、及Trp。額外資訊可見於Creighton(1984) Proteins, W.H.Freeman and Company。
如本文中所使用,「蛋白質」或「多肽」係指胺基酸殘基之聚合物。蛋白質適用於天然存在的胺基酸聚合物,以及適用於其中一或多個胺基酸殘基係對應天然存在的胺基酸之人工化學擬似物的胺基酸聚合物、及非天然存在的胺基酸聚合物。亦設想本揭露之蛋白質、肽、及多肽之變體。在某些具體實施例中,變體蛋白質、肽、及多肽包含下列者或由下列者組成:與如本文中所述之經定義之胺基酸序列或參考胺基酸序列至少70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或99.9%同一的胺基酸序列。
本揭露之任何多肽(例如VH、VL、Fab、Fd、抗體重鏈、抗體輕鏈)可由包含「訊息肽」(亦稱為前導序列、前導肽、或轉運肽)之多核苷酸序列所編碼。訊息肽將新合成之多肽靶向其在細胞內或外的適當位置。在定位或分泌完成期間或在定位或分泌完成之後,訊息肽可從多肽中整個移除或部分移除。具有(例如全長)訊息肽之多肽可被稱為「前蛋白質(pre-protein)」,而將其訊息肽移除-至少部分移除-之多肽可被稱為「成熟(mature)」蛋白質或多肽。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段係成熟蛋白質或前蛋白質。
「核酸分子」或「多核苷酸」或「多核酸」係指包括共價連接核苷酸之聚合化合物,該等核苷酸可由天然次單位(例如嘌呤或嘧啶鹼基)或非天然次單元(例如
啉環)構成。嘌呤鹼基包括腺嘌呤、鳥嘌呤、次黃嘌呤、及黃嘌呤,而嘧啶鹼基包括尿嘧啶、胸腺嘧啶、及胞嘧啶。核酸分子包括聚核糖核酸(RNA),其包括mRNA、微RNA、siRNA、病毒基因組RNA、及合成RNA;及聚去氧核糖核苷酸(DNA),其包括cDNA、基因組DNA、及合成DNA,其中之任一者可為單股或雙股。若為單股,則核酸分子可為編碼股或非編碼(反義)股。編碼胺基酸序列之核酸分子包括編碼相同胺基酸序列之所有核苷酸序列。核苷酸序列之一些型式亦可通過共轉錄或轉錄後機制移除一或多個內含子的程度來包括一或多個內含子。換言之,由於遺傳密碼之冗餘或簡併、或藉由剪接,不同核苷酸序列可編碼相同胺基酸序列。
亦設想本揭露之核酸分子之變體。變體核酸分子與如本文中所述之經定義之核酸分子或參考多核苷酸為至少70%、75%、80%、85%、90%、且較佳地95%、96%、97%、98%、99%、或99.9%同一,或在約65至68ºC下在0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉或在約42ºC下在0.015M氯化鈉、0.0015M檸檬酸鈉、及50%甲醯胺之嚴格雜交條件下與多核苷酸雜交。核酸分子變體保有編碼具有本文中所述之功能性,諸如結合目標分子之其結合結構域之能力。
「百分比序列同一性」係指藉由比較序列來判定二或更多個序列之間的關係。判定序列同一性之較佳方法經設計成在所比較之序列之間給出最佳匹配。舉例而言,出於最佳比較目的來比對序列(例如可將間隔引入第一及第二胺基酸或核酸序列中之一者或二者中以達最佳比對)。此外,出於比較目的,可忽略非同源序列。除非另有指示,否則本文中所提及之百分比序列同一性係根據參考序列之長度來計算。判定序列同一性及類似性之方法可見於公開可用的電腦程式中。可使用BLAST程式(例如BLAST 2.0、BLASTP、BLASTN、或BLASTX)進行序列比對及百分比同一性計算。用於BLAST程式中之數學演算法可見於Altschul
et al.,
Nucleic Acids Res.
25:3389-3402, 1997。在本揭露之上下文內,應理解,當將序列分析軟體用於分析時,分析結果係基於所提及之程式的「預設值」。「預設值」意指首次初始化時最初隨軟體加載之任何值或參數集。
其他實施例包括Clustal W, MAFFT、Clustal Omega、AlignMe、Praline、GAP、BESTFIT、Needle(EMBOSS)、Stretcher(EMBOSS)、GGEARCH2SEQ、Water(EMBOSS)、Matcher(EMBOSS)、LALIGN、及SSEARCH2SEQ。全局比對演算法(global alignment algorithm),諸如尼德曼(Needleman)及翁施(Wunsch)演算法可用於根據其整個長度比對二個序列,以使匹配數量最大化及間隔數量最小化。可使用預設值。
為了生成二個胺基酸序列之類似性評分,可使用對一些非相同之胺基酸(例如保留胺基酸取代、具有相似物理化學性質之胺基酸、及/或在異種同源物、同源物、或同種同源物中展現出頻繁取代之胺基酸)指派正分之評分矩陣。評分矩陣之非限制性實施例包括PAM30、PAM70、PAM250、BLOSUM45、BLOSUM50、BLOUM62、BLOSUM80、及BLOSUM90。
術語「單離(isolated)」意指將物質從其最初的環境(例如若其為天然存在的,則為天然環境)中移除。舉例而言,存在於活體動物中之天然存在的核酸或多肽不是經單離的,但從天然系統中之一些或所有共存材料中分離之相同核酸或多肽係經單離的。此種核酸可為載體之一部分及/或此種核酸或多肽可為組成物(例如細胞溶解物)之一部分,且仍為經單離的,在於此種載體或組成物不是該核酸或多肽之天然環境之一部分。
術語「基因(gene)」意指涉及產生多肽鏈之DNA或RNA鏈段;在某些上下文中,其包括在編碼區之前或之後的區域(例如5’非轉譯區(UTR)及3’UTR)以及在個別編碼鏈段(外顯子)之間的介入序列(內含子)。
「功能變體」係指結構上類似或結構實質上類似於本揭露之親本及參考化合物,但在組成方面略微不同(例如一個鹼基、原子或功能基團不同、經添加、或經移除),使得該多肽或編碼多肽能夠以至少50%效率、較佳地為該親本多肽之至少55%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%、或100%活性水平進行該親本多肽之至少一種功能。換言之,當相較於親本或參考多肽,功能變體在所選檢定(諸如用於測量結合親和力之檢定,例如測量締合(Ka)或解離(K
D)常數之Biacore®或四聚體染色)中展現出性能減少不超過50%時,本揭露之多肽或編碼多肽之該功能變體具有「類似結合」、「類似親和力」或「類似活性」。
如本文中所使用,「功能部分」或「功能片段」係指僅包含親本或參考化合物之結構域、部分或片段之多肽或多核苷酸,且該多肽或編碼多肽保有至少50%與親本或參考化合物之結構域、部分或片段相關的活性、較佳地至少該親本多肽之55%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.9%、或100%活性水平,或提供生物效益(例如效應子功能)。當相較於親本或參考多肽,該功能性部分或片段在所選檢定中展現出性能減少不超過50%(就親和力而論,如相較於親本或參考較佳地不超過20%或10%、或不超過對數差異)時,本揭露之多肽或編碼多肽之「功能部分」或「功能片段」具有「類似結合」或「類似活性」。
如本文中所使用,術語「經工程改造(engineered)」、「重組(recombinant)」、或「非天然(non-natural)」係指包括至少一個基因改變或已藉由引入外源性或異源性核酸分子來修飾之生物體、微生物、細胞、核酸分子、或載體,其中此類改變或修飾係由基因工程(亦即人為介入)來引入。基因改變包括例如引入編碼功能性RNA、蛋白質、融合蛋白質或酶之可表現的核酸分子的修飾,或其他核酸分子的添加、刪除、取代、或細胞之基因物質之其他功能性破壞。額外修飾包括例如非編碼調節區,其中該等修飾改變多核苷酸、基因、或操縱子之表現。
如本文中所使用,「異源性」或「非內源性」或「外源性」係指不是宿主細胞或個體原生之任何基因、蛋白質、化合物、核酸分子、或活性,或已被改變之宿主細胞或個體原生之任何基因、蛋白質、化合物、核酸分子、或活性。異源性、非內源性、或外源性包括已突變或以其他方式改變的基因、蛋白質、化合物、或核酸分子,使得結構、活性、或二者在原生與改變後之基因、蛋白質、化合物、或核酸分子之間係不同的。在某些具體實施例中,異源性、非內源性、或外源性基因、蛋白質、或核酸分子(例如受體、配體等)對宿主細胞或個體可能不為內源性,但編碼此類基因、蛋白質、或核酸分子之核酸可藉由接合、轉形、轉染、電穿孔等添加至宿主細胞中,其中該經添加之核酸分子可整合到宿主細胞基因組中或可作為染色體外基因物質(例如作為質體或其他自我複製載體)存在。術語「同源性(homologous」或「同源物(homolog)」係指在宿主細胞、物種、菌株找到或衍生自宿主細胞、物種、菌株之基因、蛋白質、化合物、核酸分子、或活性。舉例而言,異源性或外源性多核苷酸或編碼多肽之基因可與原生多核苷酸或基因同源,且編碼同源多肽或活性,但該多核苷酸或多肽可具有改變之結構、序列、表現水平、或其任何組合。非內源性多核苷酸或基因,以及編碼多肽或活性可來自相同物種、不同物種、或其組合。
在某些具體實施例中,若宿主細胞原生之核酸分子或其部分已被改變或突變,則該宿主細胞原生之核酸分子或其部分被視為與該宿主細胞異源,或若宿主細胞原生之核酸分子已被異源表現控制序列改變或已被與宿主細胞原生之核酸分子通常不相關的內源表現控制序列改變,則該宿主細胞原生之核酸分子被視為與該宿主細胞異源。此外,術語「異源性(heterologous)」可係指與宿主細胞不同、經改變、或不是內源之生物活性。如本文中所述,可將超過一個異源性核酸分子作為單獨核酸分子、作為複數個個別受控基因、作為多順反子核酸分子、作為編碼融合蛋白質之單一核酸分子、或其任何組合引入到宿主細胞中。
如本文中所使用,術語「內源性(endogenous)」或「原生(native)」係指正常存在於宿主細胞或個體中之多核苷酸、基因、蛋白質、化合物、分子、或活性。
如本文中所使用之術語「表現(expression)」係指基於核酸分子(諸如基因)之編碼序列產生多肽之過程。該等過程包括轉錄、轉錄後控制、轉錄後修飾、轉譯、轉譯後控制、轉譯後修飾、或其任何組合。表現之核酸分子一般可操作地連接至表現控制序列(例如啟動子)。
術語「可操作地連接(operably linked)」係指二個或更多個核酸分子締合在單一核酸片段上,使得一者之功能受另一者影響。舉例而言,當啟動子能夠影響編碼序列之表現時,該啟動子係與該編碼序列可操作地連接(亦即該編碼序列係在該啟動子之轉錄控制下)。「未連接(unlinked)」意指相關基因元件彼此不緊密締合,且一者之功能不影響另一者。
如本文中所述,可將超過一個異源性核酸分子作為單獨核酸分子、作為複數個個別受控基因、作為多順反子核酸分子、作為編碼蛋白質(例如抗體之重鏈)之單一核酸分子、或其任何組合引入到宿主細胞中。當將二或更多個異源性核酸分子引入到宿主細胞中時,應理解,可將二或更多個異源性核酸分子作為單一核酸分子(例如在單一載體上)在單獨載體上引入而整合至該宿主染色體中之單一位點或多個位點處、或其任何組合。所提及之異源性核酸分子或蛋白質活性之數目係指編碼核酸分子之數目或蛋白質活性之數目,而不是引入到宿主細胞中之單獨核酸分子之數目。
術語「構築體(construct)」係指含有重組核酸分子(或當上下文明確指示時,本揭露之融合蛋白)之任何多核苷酸。(多核苷酸)構築體可存在於載體中(例如細菌載體、病毒載體)或可整合到基因組中。「載體」是能夠運送另一個核酸分子的核酸分子。舉例而言,載體可為質體、黏質體、病毒、RNA載體或線性或環狀DNA或RNA分子,其可包括染色體、非染色體、半合成或合成核酸分子。本揭露之載體亦包括轉位子系統(例如Sleeping Beauty,參見例如
Geurts et al., Mol. Ther. 8:108, 2003: Mátés
et al., Nat. Genet.41:753, 2009)。例示性載體係能夠自主複製(附加型載體(episomal vector))、能夠將多核苷酸遞送至細胞基因組(例如病毒載體)或能夠表現其所連接之核酸分子(表現載體)者。
如本文中所使用,「表現載體」或「載體」係指含有核酸分子之DNA構築體,該核酸分子可操作地連接至能夠實現核酸分子在合適宿主中表現之合適控制序列。此類控制序列包括實現轉錄之啟動子、控制此種轉錄之視需要的操縱子序列、編碼合適mRNA核糖體結合位點之序列、及控制轉錄及轉譯終止之序列。載體可為質體、噬菌體顆粒、病毒、或僅潛在的基因組插入物。一旦轉形至合適宿主中,載體可獨立於宿主基因組複製並起作用,或可在一些情況下整合到基因組本身中或將載體中所含之多核苷酸遞送到不具有載體序列之基因組中。在本說明書中,「質體」、「表現質體」、「病毒」、及「載體」經常互換使用。
在將核酸分子插入到細胞之上下文中之術語「引入(introduced)」意指「轉染」、「轉形」、或「轉導」,並包括提及將核酸分子併入到真核細胞或原核細胞中,其中該核酸分子可併入到細胞之基因組(例如染色體、質體、色素體、或粒線體DNA)中、轉換成自主複製子、或瞬時表現(例如轉染之mRNA)。
在某些具體實施例中,本揭露之多核苷酸可以操作地連接至載體之某些元件。舉例而言,可將實現與其接合之編碼序列之表現及加工所需之多核苷酸序列可操作地連接。表現控制序列可包括適當的轉錄起始、終止、啟動子、及增強子序列;有效的RNA加工訊號,諸如剪接及多腺苷酸化訊號;穩定細胞質mRNA之序列;增強轉譯效率之序列(亦即Kozak共通序列);增強蛋白質穩定性之序列;及可能增強蛋白質分泌之序列。若表現控制序列與感興趣之基因鄰接且表現控制序列以反式或在一定距離下作用以控制感興趣之基因,則表現控制序列可為可操作地連接。
在某些具體實施例中,載體包含質體載體或病毒載體(例如慢病毒載體或γ-反轉錄病毒載體)。病毒載體包括反轉錄病毒;腺病毒;微小病毒(例如腺相關病毒);冠狀病毒;負股RNA病毒,諸如正黏液病毒(例如流感病毒)、棒狀病毒(例如狂犬病及水泡性口炎病毒)、副黏液病毒(例如麻疹及仙台(Sendai)病毒);正股RNA病毒,諸如微小RNA病毒及α病毒;及雙股DNA病毒,包括腺病毒、疱疹病毒(例如第1型及第2型單純疱疹病毒、埃-巴二氏病毒(Epstein-Barr virus)、細胞巨大病毒)、及痘病毒(例如牛痘、禽痘、及金絲雀痘)。其他病毒包括例如諾沃克病毒(Norwalk virus)、披衣病毒、黃病毒、里奧病毒(reovirus)、乳多泡病毒、嗜肝DNA病毒(hepadnavirus)及肝炎病毒。反轉錄病毒之實施例包括鳥類白血病性肉瘤、哺乳動物C型病毒、B型病毒、D型病毒、HTLV-BLV群、慢病毒、泡沫病毒(Coffin, J. M., Retroviridae: The viruses and their replication, In Fundamental Virology, Third Edition, B. N. Fields et al., Eds., Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, 1996)。
「反轉錄病毒」係具有RNA基因組之病毒,該RNA基因組係使用逆轉錄酶酵素逆轉錄成DNA,接著將該逆轉錄之DNA併入到宿主細胞基因組中。「γ反轉錄病毒(gammaretrovirus)」係指反轉錄病毒科家族中之一屬。γ反轉錄病毒之實施例包括小鼠幹細胞病毒、鼠類白血病病毒、貓白血病病毒、貓肉瘤病毒、及家禽網狀內皮症病毒。
「慢病毒載體」包括用於基因遞送之基於HIV之慢病毒載體,其可為整合型或未整合型,具有相對較大包裝能力,且可轉導一系列不同的細胞類型。慢病毒載體通常在三個(包裝、包膜及轉移)或更多個質體暫時轉染到生產細胞中後生成。如同HIV,慢病毒載體通過病毒表面醣蛋白與細胞表面上之受體的交互作用進入目標細胞中。在進入後,病毒RNA經歷逆轉錄,此係由病毒逆轉錄酶複合體所介導。逆轉錄之產物係雙股線性病毒DNA,其係用於將病毒整合到感染細胞之DNA中之受質。
在某些具體實施例中,病毒載體可係γ反轉錄病毒,例如莫洛尼鼠類白血病病毒(Moloney murine leukemia virus, MLV)衍生之載體。在其他具體實施例中,病毒載體可係更複雜的反轉錄病毒衍生之載體,例如慢病毒衍生之載體。HIV-1衍生之載體屬於此類別。其他實施例包括衍生自HIV-2、FIV、馬感染性貧血病毒、SIV、及馬迪-維斯納病毒(Maedi-Visna virus)(綿羊慢病毒)之慢病毒載體。使用反轉錄病毒及慢病毒病毒載體及包裝細胞供含有轉殖基因之病毒粒子轉導哺乳動物宿主細胞之方法係所屬技術領域中已知的且先前已描述於例如以下文獻中:美國專利第8,119,772號;Walchli
et al.,
PLoS One 6:327930, 2011; Zhao
et al.,
J. Immunol.174:4415, 2005;Engels
et al.,
Hum. Gene Ther. 14:1155, 2003;Frecha
et al.,
Mol.Ther.
18:1748, 2010;及Verhoeyen
et al.,
Methods Mol. Biol. 506:97, 2009。反轉錄病毒及慢病毒載體構築體及表現系統亦為可商購的。其他病毒載體亦可用於包括DNA病毒載體之多核苷酸遞送,該等DNA病毒載體包括例如基於腺病毒之載體及基於腺相關病毒(AAV)之載體;衍生自單純疱疹病毒(HSV)之載體,其包括擴增子載體、複製缺陷型HSV及減毒性HSV(Krisky
et al.,
Gene Ther.5:1517, 1998)。
可與本揭露之組成物及方法一起使用之其他載體包括衍生自桿狀病毒及α-病毒之載體。(Jolly, D J. 1999. Emerging Viral Vectors. pp 209-40 in Friedmann T. ed. The Development of Human Gene Therapy. New York: Cold Spring Harbor Lab),或質體載體(諸如睡美人載體(sleeping beauty)或其他轉位子載體)。
當病毒載體基因組包含待在宿主細胞中作為單獨轉錄物表現之複數個多核苷酸時,病毒載體亦可在二個(或更多個)轉錄物之間包含允許雙順反子或多順反子表現之額外序列。用於病毒載體之此類序列之實施例包括內部核糖體進入位點(internal ribosome entry site, IRES)、弗林蛋白酶裂解位點、病毒2A肽、或其任何組合。
本文中進一步描述質體載體,其包括用於向個體直接投予之編碼基於DNA之抗體或抗原結合片段之質體載體。
如本文中所使用,術語「宿主(host)」係指靶向用異源性核酸分子進行基因修飾以產生感興趣之多肽(例如本揭露內容之抗體)的細胞或微生物。
宿主細胞可包括可接受載體或併入核酸或表現蛋白質之任何個別的細胞或細胞培養物。該術語亦涵蓋宿主細胞之後代,不論在基因上或表型上相同或不同。合適宿主細胞可取決於載體,且可包括哺乳動物細胞、動物細胞、人類細胞、猿猴細胞、昆蟲細胞、酵母細胞、及細菌細胞。此等細胞可藉由使用病毒載體、經由磷酸鈣沉澱之轉形作用、DEAE-聚葡萄糖、電穿孔、顯微注射、或其他方法來誘導以併入載體或其他物質。參見例如Sambrook
et al.,
Molecular Cloning: A Laboratory Manual2d ed.(Cold Spring Harbor Laboratory, 1989)。
在嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染之上下文中,「宿主」係指感染嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之細胞或個體。
如本文中所使用,「抗原」或「Ag」係指引起免疫反應之免疫原性分子。此免疫反應可涉及抗體產生、特異性免疫學機能健全細胞之活化、補體之活化、抗體依賴性細胞毒性、或其任何組合。抗原(免疫原性分子)可為例如肽、醣肽、多肽、醣多肽、多核苷酸、多醣、脂質等。顯而易見,抗原可為合成、以重組方式產生、或衍生自生物樣本。可含有一或多個抗原之例示性生物樣本包括組織樣品、糞便樣品、細胞、生物流體、或其組合。抗原可藉由已經修飾或經基因工程改造以表現抗原之細胞產生。抗原亦可存在於嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒(表面醣蛋白或其部分)中,諸如存在於病毒粒子中,或在受嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染之細胞表面上表現或呈遞。
術語「表位(epitope)」或「抗原表位(antigenic epitope)」包括由諸如免疫球蛋白之同族結合分子、或其他結合分子、結構域、或蛋白質識別且特異性結合之任何分子、結構、胺基酸序列、或蛋白質決定位。表位決定位(epitopic determinant)通常含有化學活性表面分子基團(諸如胺基酸或糖側鏈),且可具有特定三維結構特性以及特定電荷特性。當抗原係或包含肽或蛋白質時,表位可包含連續胺基酸(例如線性表位);或可包含來自蛋白質之不同部分或區域之胺基酸,該等胺基酸藉由蛋白質摺疊而變得靠近(例如,不連續或構形表位);或與蛋白質摺疊無關的緊密靠近之非鄰接胺基酸。
抗體、抗原結合片段、及組成物 在一個態樣中,本揭露提供單離之抗體、或其抗原結合片段,其能夠與嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒(例如SARS-CoV-2)之表面醣蛋白結合。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段能夠與二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒、三或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒、四或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒、或五或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之表面醣蛋白結合。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含重鏈可變結構域(VH)及輕鏈可變結構域(VL),該重鏈可變結構域包含CDRH1、CDRH2、及CDRH3,該輕鏈可變結構域包含CDRL1、CDRL2、及CDRL3。
在一些具體實施例中,二或更多種、三或更多種、四或更多種、或五或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒包含或一或多種、或選自演化支1b嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒或其天然存在的變體、及其任何組合。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段能夠與二或更多種、三或更多種、四或更多種、或五或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之表面醣蛋白結合;例如能夠當嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒表面醣蛋白在宿主細胞之細胞表面及/或在嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒病毒粒子上表現時結合。在某些具體實施例中,二或更多種、三或更多種、四或更多種、或五或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒係選自SARS-CoV-2、PANG/GD、PANG/GX、RatG13、及其天然存在的變體。在一些具體實施例中,二或更多種、三或更多種、四或更多種、或五或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒包括SARS-CoV-2變體中之一或多者。在某些進一步具體實施例中,抗體或其抗原結合片段能夠與一或多種SARS-CoV-2變體結合。演化支1b之實施例亦包括SARS-CoV-2變體,例如具有以下任何突變之變體:A67V、Δ69-70、T95I、G142D、137-145de、143-145de、Y145H、N211I、Δ212、V213G、ins214TDR、ins215EPE、A222V、G339D、R346K、R346S、V367F、S371L、S373P、S375F、T376A、P384L、N394S、D405N、R408S、Q414K、K417N、K417V、K417T、N439K、N440K、G446S、Y449H、Y449N、L452R、L452Q、L452X(其中X係除L以外之任何胺基酸)、Y453F、S477N、T478K、V483A、E484A、E484Q、E484K、E484X(其中X係除E以外之任何胺基酸)、F490R、F486V、F490S、R493Q、Q493R、S494P、G496S、Q498R、N501Y、N501T、Y505H、E516Q、T547K、Q613H、D614G、A653V、H655Y、G669S、Q677H、N679K、ins679GIAL、P681H、P681R、A701V、N764K、D796Y、N856K、Q954H、N969K、L981F、D614、E340A、或於以下譜系中之變體:B.1.1.7及Q譜系及後代譜系(Alpha);B.1.351及後代譜系(Beta);B.1.429及B.1.427、及後代譜系(Epsilon);P.1及後代譜系(Gamma);B.1.1.222;C.37;B.1.617.2;AY.1、AY.2、其他AY譜系及後代譜系(Delta);B.1.525及後代譜系(Eta);B.1.526及後代譜系(Iota);B.1.617.1及後代譜系(Kappa);1.617.3;B.1.621及B.1.621.1及後代譜系(Mu);P.2(Zeta);及B.1.1.529.1、BA.1、BA.2、BA.2.12、BA.3、BA.4、BA.5及後代譜系(Omicron);BQ.1.1;XBB.1。
在一些具體實施例中,二或更多種、三或更多種、四或更多種、或五或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒包括具有以下S蛋白質突變之一或多種SARS-CoV-2變體:D614G、Q493R、G496S、Q498R、N501Y、Y453F、N439K、K417V、E484K、或其任何組合。在某些具體實施例中,二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒包括具有以下S蛋白質突變之一或多種SARS-CoV-2變體:K417N、Q493K、G496S、或其任何組合。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段與嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒表面醣蛋白表位或包含該表位之抗原締合或聯合,但與樣本中之任何其他分子或組分不顯著締合或聯合。在一些具體實施例中,表位係包含在S蛋白質之S1次單位中。在進一步具體實施例中,表位係包含在S蛋白質之RBD中。在一些具體實施例中,表位係構形表位或線性表位。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段與第一嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒表面醣蛋白表位締合或聯合(例如結合),且亦可與來自樣本中存在之另一種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之表位締合或聯合,但與樣本中之任何其他分子或組分不顯著締合或聯合。換言之,在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段針對二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒(例如針對SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1及其一或多種變體)具有交叉反應性並與其特異性結合。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段與嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒表面醣蛋白特異性結合。如本文中所使用,「特異性結合(specifically bind)」係指抗體或抗原結合片段與抗原締合或聯合的親和力或K
a(亦即特定結合交互作用之平衡常數,單位為1/M)等於或大於10
5M
-1(其等於此締合反應之締合速率(on-rate) [K
on]對解離速率(off rate) [K
off]之比率),但與樣品中之任何其他分子或組分不顯著締合或聯合。替代地,親和力可定義為特定結合交互作用之平衡解離常數(K
d),單位為M(例如10
-5M至10
-13M)。抗體可分類為「高親和力」抗體或為「低親和力」抗體。「高親和力」抗體係指具有至少10
7M
-1、至少10
8M
-1、至少10
9M
-1、至少10
10M
-1、至少10
11M
-1、至少10
12M
-1、或至少10
13M
-1之K
a的彼等抗體。「低親和力」抗體係指具有至多10
7M
-1、至多10
6M
-1、至多10
5M
-1之K
a的彼等抗體。替代地,親和力可定義為特定結合交互作用之平衡解離常數(K
d),單位為M(例如10
-5M至10
-13M)。
已知用於鑑別結合特定目標的本揭露之抗體,以及判定結合結構域或結合蛋白質親和力之多種檢定,諸如西方墨點法、ELISA(例如直接法、間接法、或三明治法)、分析型超速離心法、光譜法、及表面電漿子共振(Biacore®)分析(參見例如Scatchard
et al.,
Ann. N.Y. Acad. Sci. 51:660, 1949;Wilson,
Science 295:2103, 2002; Wolff
et al.,
Cancer Res.53:2560, 1993;及美國專利第5,283,173號、第5,468,614號、或等效物)。用於評定親和力或表觀親和力或相對親和力之檢定亦為已知。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段以以下之EC50結合一或多種、或二或更多種演化支1b之嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒:在約0.5 ng/mL至約100 ng/mL、約1 ng/mL至約100 ng/mL、約2.0 ng/mL至約100 ng/mL、約2.5 ng/mL至約100 ng/mL、約5.0 ng/mL至約100 ng/mL、約7.5 ng/mL至約100 ng/mL、約8.0 ng/mL至約100 ng/mL、約9.0 ng/mL至約100 ng/mL、約10.0 ng/mL至約100 ng/mL、約12.5 ng/mL至約100 ng/mL、約15.0 ng/mL至約100 ng/mL、約17.5 ng/mL至約100 ng/mL、約20 ng/mL至約100 ng/mL、約25.0 ng/mL至約100 ng/mL、約27.5 ng/mL至約100 ng/mL、約30 ng/mL至約100 ng/mL、約0.5 ng/mL至約50 ng/mL、約1 ng/mL至約50 ng/mL、約2.0 ng/mL至約50 ng/mL、約2.5 ng/mL至約50 ng/mL、約5.0 ng/mL至約50 ng/mL、約7.5 ng/mL至約50 ng/mL、約8.0 ng/mL至約50 ng/mL、約9.0 ng/mL至約50 ng/mL、約10.0 ng/mL至約50 ng/mL、約12.5 ng/mL至約50 ng/mL、約15.0 ng/mL至約50 ng/mL、約17.5 ng/mL至約50 ng/mL、約20 ng/mL至約50 ng/mL、約25.0 ng/mL至約50 ng/mL、約27.5 ng/mL至50 ng/mL、或約30 ng/mL至約50 ng/mL之範圍內、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL、或至少約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL,其可藉由ELISA測定。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段與來自一種、二種、三種、四種、或五種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之棘突(S)蛋白質RBD結合。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段能夠與各自獨立地選自演化支1b之第一及第二嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒結合,其中該抗體或抗原結合片段能夠以以下之EC50與第一嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒結合:約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL,且能夠以以下之EC50與第二嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒結合:約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3A3、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3A3或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3A3或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠以以下之KD與SARS-CoV-2 RBD結合:在約1.0 x 10
-09M與約1.0 x 10
-08M、約1.2 x 10
-09M與約1.0 x 10
-08M、約1.5 x 10
-09M與約1.0 x 10
-08M、約2.0 x 10
-09M與約1.0 x 10
-08M、約2.25 x 10
-09M與約1.0 x 10
-08M、約2.5 x 10
-09M與約1.0 x 10
-08M、約3.0 x 10
-09M與約1.0 x 10
-08M、約3.5 x 10
-09M與約1.0 x 10
-08M、約4.0 x 10
-09M與約1.0 x 10
-08M、約4.5 x 10
-09M與約1.0 x 10
-08M、或約5.0 x 10
-09M與約1.0 x 10
-08M之間的範圍內、約1.0 x 10
-09M、或約1.2 x 10
-09M、約1.5 x 10
-09M、約2.0 x 10
-09M、約2.25 x 10
-09M、約2.5 x 10
-09M、約3.0 x 10
-09M、約4.0 x 10
-09M、約4.5 x 10
-09M、或約5.0 x 10
-09M、或不大於約1.0 x 10
-09M、或約1.2 x 10
-09M、約1.5 x 10
-09M、約2.0 x 10
-09M、約2.25 x 10
-09M、約2.5 x 10
-09M、約3.0 x 10
-09M、約4.0 x 10
-09M、約4.5 x 10
-09M、或約5.0 x 10
-09M,如可藉由生物薄層干涉法(例如使用Octet)測定。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3A19、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3A19或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3A19或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠以以下之KD與SARS-CoV-2 RBD結合:在約1.0 x 10
-12M與約5.0 x 10
-08M、約1.5 x 10
-12M與約5.0 x 10
-08M、約2.0 x 10
-12M與約5.0 x 10
-08M、約2.25 x 10
-12M與約5.0 x 10
-08M、約2.5 x 10
-12M與約5.0 x 10
-08M、約1.0 x 10
-11M與約5.0 x 10
-08M、約1.0 x 10
-10M與約5.0 x 10
-08M、約1.0 x 10
-09M與約5.0 x 10
-08M、約1.0 x 10
-08M與約5.0 x 10
-08M之間的範圍內、約1.0 x 10
-12M、或約1.5 x 10
-12M、約2.0 x 10
-12M、約2.25 x 10
-12M、約2.5 x 10
-12M、約1.0 x 10
-11M、約1.0 x 10
-10M、約1.0 x 10
-09M、或不大於約1.0 x 10
-12M、或約1.5 x 10
-12M、約2.0 x 10
-12M、約2.25 x 10
-12M、約2.5 x 10
-12M、約1.0 x 10
-11M、約1.0 x 10
-10M、約1.0 x 10
-09M,如可藉由生物薄層干涉法(例如使用Octet)測定。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3I2、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3I2或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3I2或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠以在約1.0 x 10
-12M與約5.0 x 10
-08M之間的範圍內之KD與SARS-CoV-2 RBD結合。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3O13、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3O13或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3O13或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠以在約1.0 x 10
-12M與約5.0 x 10
-08M之間的範圍內之KD與SARS-CoV-2 RBD結合。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3L17、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3L17或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3L17或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠以在約1.0 x 10
-12M與約5.0 x 10
-08M之間的範圍內之KD與SARS-CoV-2 RBD結合。
在某些實施例中,結合可藉由在宿主細胞中以重組方式表現嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒抗原(例如藉由轉染)並將宿主細胞用抗體免疫染色(例如經固定,或經固定且預滲透化),並且藉由流式細胞測量術(例如使用ZE5細胞分析儀(BioRad®)及FlowJo軟體(TreeStar))分析來測定。在一些具體實施例中,陽性結合可藉由表現嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之細胞對比對照(例如模擬)細胞之抗體的差異染色來定義。
在一些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段與在宿主細胞(例如Expi-CHO細胞)之表面上表現之嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒棘蛋白(亦即來自二或更多種、三或更多種、四或更多種、或五或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒)結合,如藉由流式細胞測量術所測定。
在一些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段與嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒S蛋白結合,如使用生物薄層干涉法所測量。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體能夠中和由一或多種、或由二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒所致之感染。如本文中所使用,「中和抗體」係可中和,亦即預防、抑制、減少、阻礙或干擾病原體在宿主中引發及/或保持感染之能力的抗體。術語「中和抗體(neutralizing antibody)」及「中和...的抗體(an antibody that neutralizes/antibodies that neutralize)」在本文中可互換使用。在任何目前所揭示之具體實施例中,抗體或抗原結合片段能夠在感染之體外模式中及/或在感染之體內動物模式中及/或在人類中預防及/或中和由一或多種、或由二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒所致之感染。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3A3、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3A3或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3A3或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠以下列者中和由在假病毒系統(例如基於MLV-pp或基於VSV-pp)中之SARS-CoV-2所致之感染:約0.5 ng/mL至約100 ng/mL、約1 ng/mL至約100 ng/mL、約2.0 ng/mL至約100 ng/mL、約2.5 ng/mL至約100 ng/mL、約5.0 ng/mL至約100 ng/mL、約7.5 ng/mL至約100 ng/mL、約8.0 ng/mL至約100 ng/mL、約9.0 ng/mL至約100 ng/mL、約10.0 ng/mL至約100 ng/mL、約12.5 ng/mL至約100 ng/mL、約15.0 ng/mL至約100 ng/mL、約17.5 ng/mL至約100 ng/mL、約20 ng/mL至約100 ng/mL、約25.0 ng/mL至約100 ng/mL、約27.5 ng/mL至約100 ng/mL、約30 ng/mL至約100 ng/mL、約0.5 ng/mL至約50 ng/mL、約1 ng/mL至約50 ng/mL、約2.0 ng/mL至約50 ng/mL、約2.5 ng/mL至約50 ng/mL、約5.0 ng/mL至約50 ng/mL、約7.5 ng/mL至約50 ng/mL、約8.0 ng/mL至約50 ng/mL、約9.0 ng/mL至約50 ng/mL、約10.0 ng/mL至約50 ng/mL、約12.5 ng/mL至約50 ng/mL、約15.0 ng/mL至約50 ng/mL、約17.5 ng/mL至約50 ng/mL、約20 ng/mL至約50 ng/mL、約25.0 ng/mL至約50 ng/mL、約27.5 ng/mL至50 ng/mL、或約30 ng/mL至約50 ng/mL之範圍內、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL、或至少約30 ng/mL至約50 ng/mL、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3A19、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3A19或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3A19或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠以下列者中和由在假病毒系統(例如基於MLV-pp或基於VSV-pp)中之SARS-CoV-2所致之感染:在約7.5 ng/mL至約100 ng/mL、約8.0 ng/mL至約100 ng/mL、約9.0 ng/mL至約100 ng/mL、約10.0 ng/mL至約100 ng/mL、約12.5 ng/mL至約100 ng/mL、約15.0 ng/mL至約100 ng/mL、約17.5 ng/mL至約100 ng/mL、約20 ng/mL至約100 ng/mL、約25.0 ng/mL至約100 ng/mL、約27.5 ng/mL至約100 ng/mL、約30 ng/mL至約100 ng/mL、約0.5 ng/mL至約50 ng/mL、約7.5 ng/mL至約50 ng/mL、約8.0 ng/mL至約50 ng/mL、約9.0 ng/mL至約50 ng/mL、約10.0 ng/mL至約50 ng/mL、約12.5 ng/mL至約50 ng/mL、約15.0 ng/mL至約50 ng/mL、約17.5 ng/mL至約50 ng/mL、約20 ng/mL至約50 ng/mL、約25.0 ng/mL至約50 ng/mL、約27.5 ng/mL至50 ng/mL、或約30 ng/mL至約50 ng/mL之範圍內、約0.5 ng/mL、約0.9 ng/mL、約1.0 ng/mL、約1.25 ng/mL、約1.5 ng/mL、約1.75 ng/mL、約2.0 ng/mL、約2.25 ng/mL、約2.5 ng/mL、約3.0 ng/mL、約4.0 ng/mL、約5.0 ng/mL、約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL、或至少約7.5 ng/mL、約8.0 ng/mL、約9.0 ng/mL、約10.0 ng/mL、約12.5 ng/mL、約15.0 ng/mL、約17.5 ng/mL、約20.0 ng/mL、約22.5 ng/mL、約25.0 ng/mL、約27.5 ng/mL、或約30 ng/mL。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3I2、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3I2或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3I2或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠在約0.5 ng/mL至約100 ng/mL之間的範圍內中和由假病毒系統(例如基於MLV-pp或基於VSV-pp)中之SARS-CoV-2所致之感染。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3O13、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3O13或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3O13或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠在約0.5 ng/mL至約100 ng/mL之間的範圍內中和由假病毒系統(例如基於MLV-pp或基於VSV-pp)中之SARS-CoV-2所致之感染。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3L17、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S3L17或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S3L17或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠在約0.5 ng/mL至約100 ng/mL之間的範圍內中和由假病毒系統(例如基於MLV-pp或基於VSV-pp)中之SARS-CoV-2所致之感染。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S2V29、或抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之S2V29或變體之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與本文中所揭示之S2V29或變體足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且能夠在約0.5 ng/mL至約100 ng/mL之間的範圍內中和由假病毒系統(例如基於MLV-pp或基於VSV-pp)中之SARS-CoV-2所致之感染。
在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段(i)識別二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之棘蛋白中之表位;(ii)能夠阻斷在一或多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之棘蛋白與細胞表面受體之間的交互作用;(iii)識別在二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之棘蛋白中保留表位;(iv)針對二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒具有交叉反應性;或(v)(i)至(iv)之任何組合。
除非本文中有明確不同地定義,否則抗體技術領域中具有通常知識者所理解之術語各自具有所屬技術領域中給予的含義。舉例而言,術語「抗體(antibody)」係指包含藉由雙硫鍵所交互連結之至少二個重(H)鏈及二個輕(L)鏈之完整抗體,以及具有或保有與由完整抗體所識別之抗原目標分子結合之能力的完整抗體的任何抗原結合部分或片段,諸如scFv、Fab、或Fab'2片段。因此,本文中之術語「抗體(antibody)」係在最廣泛的意義上使用且包括多株及單株抗體、包括完整抗體及其功能性(抗原結合)抗體片段、包括片段抗原結合片段(Fab)片段、F(ab')2片段、Fab'片段、Fv片段、重組IgG(rIgG)片段、單鏈抗體片段,包括單鏈可變片段(scFv),及單結構域抗體(例如sdAb、sdFv、奈米抗體)片段。該術語涵蓋免疫球蛋白之經基因工程改造及/或以其他方式修飾之形式,諸如胞內抗體(intrabody)、肽體、嵌合抗體、全人抗體、人源化抗體,及異源結合抗體(heteroconjugate antibody)、多特異性(例如雙特異性)抗體、雙功能抗體、三功能抗體、四功能抗體、串聯二scFv及串聯三scFv。除非另有說明,否則術語「抗體」應理解為涵蓋其功能性抗體片段。該術語亦涵蓋完整或全長抗體,包括任何種類或子類之抗體,包括IgG及其子類(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgM、IgE、IgA、及IgD。
術語「V
L」或「VL」及「V
H」或「VH」分別係指來自抗體輕鏈及抗體重鏈之可變結合區。在某些具體實施例中,VL係κ類(在本文中亦為「VK」)。在某些具體實施例中,VL係λ類。可變結合區包含分散的定義明確之子區,稱為「互補決定區」(CDR)及「框架區」(FR)。術語「互補決定區(complementarity determining region)」及「CDR」與「高度變異區(hypervariable region)」或「HVR」同義,且係指抗體可變區內通常一起賦予抗原特異性及/或該抗體之結合親和力之胺基酸序列,其中在一級結構中,連續CDR(亦即,CDR1及CDR2、CDR2及CDR3)藉由框架區彼此分開。在各可變區中存在三個CDR(HCDR1、HCDR2、HCDR3;LCDR1、LCDR2、LCDR3;亦分別稱為CDRH及CDRL)。在某些具體實施例中,抗體VH包含如下四個FR及三個CDR:FR1-HCDR1-FR2-HCDR2-FR3-HCDR3-FR4,而抗體VL包含如下四個FR及三個CDR:FR1-LCDR1-FR2-LCDR2-FR3-LCDR3-FR4。通常,VH及VL通過其等個別的CDR一起形成抗原結合位點。
在任何目前所揭示之具體實施例中,抗體或抗原結合片段能夠在感染之體外模式中及/或在感染之體內動物模式中及/或在人類中預防及/或中和由一或多種、或由二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒所致之感染。
在某些具體實施例中,提供包含VH及VL之抗體或抗原結合片段,該VH及VL分別包含如下列之胺基酸序列或由如下列之胺基酸序列組成:1) SEQ ID NO: 23及27;2) SEQ ID NO: 23及37;3) SEQ ID NO: 31及27;4) SEQ ID NO: 31及37;5) SEQ ID NO: 35及27;6) SEQ ID NO: 35及37;7) SEQ ID NO: 36及27;8) SEQ ID NO: 36及37;9) SEQ ID NO: 43及27;10) SEQ ID NO: 43及37;11) SEQ ID NO: 83及87;12) SEQ ID NO: 83及193;13) SEQ ID NO: 179及87;14) SEQ ID NO: 179及193;15) SEQ ID NO: 181及87;16) SEQ ID NO: 181及193;17) SEQ ID NO: 183及87;18) SEQ ID NO: 183及193;18) SEQ ID NO: 185及87;19) SEQ ID NO: 185及193;20) SEQ ID NO: 188及87;21) SEQ ID NO: 188及193;22) SEQ ID NO: 190及87;23) SEQ ID NO: 190及193;24) SEQ ID NO: 93及97;25) SEQ ID NO: 93及225;26) SEQ ID NO: 93及228;27) SEQ ID NO: 93及231;28) SEQ ID NO: 197及97;29) SEQ ID NO: 197及225;30) SEQ ID NO: 197及228;31) SEQ ID NO: 197及231;32) SEQ ID NO: 201及97;33) SEQ ID NO: 201及225;34) SEQ ID NO: 201及228;35) SEQ ID NO: 201及231;36) SEQ ID NO: 204及97;37) SEQ ID NO: 204及225;38) SEQ ID NO: 204及228;39) SEQ ID NO: 204及231;40) SEQ ID NO: 207及97;41) SEQ ID NO: 207及225;42) SEQ ID NO: 207及228;43) SEQ ID NO: 207及231;44) SEQ ID NO: 210及97;45) SEQ ID NO: 210及225;46) SEQ ID NO: 210及228;47) SEQ ID NO: 210及231;48) SEQ ID NO: 212及97;49) SEQ ID NO: 212及225;50) SEQ ID NO: 212及228;51) SEQ ID NO: 212及231;52) SEQ ID NO: 214及97;53) SEQ ID NO: 214及225;54) SEQ ID NO: 214及228;55) SEQ ID NO: 214及231;56) SEQ ID NO: 216及97;57) SEQ ID NO: 216及225;58) SEQ ID NO: 216及228;59) SEQ ID NO: 216及231;60) SEQ ID NO: 218及97;61) SEQ ID NO: 218及225;62) SEQ ID NO: 218及228;63) SEQ ID NO: 218及231;64) SEQ ID NO: 220及97;65) SEQ ID NO: 220及225;66) SEQ ID NO: 220及228;67) SEQ ID NO: 220及231;68) SEQ ID NO: 222及97;69) SEQ ID NO: 222及225;70) SEQ ID NO: 222及228;71) SEQ ID NO: 222及231;72) SEQ ID NO: 102及105;73) SEQ ID NO: 102及254;74) SEQ ID NO: 102及257;75) SEQ ID NO: 102及260;76) SEQ ID NO: 235及105;77) SEQ ID NO: 235及254;78) SEQ ID NO: 235及257;79) SEQ ID NO: 235及260;80) SEQ ID NO: 238及105;81) SEQ ID NO: 238及254;82) SEQ ID NO: 238及257;83) SEQ ID NO: 238及260;84) SEQ ID NO: 241及105;85) SEQ ID NO: 241及254;86) SEQ ID NO: 241及257;87) SEQ ID NO: 241及260;88) SEQ ID NO: 243及105;89) SEQ ID NO: 243及254;90) SEQ ID NO: 243及257;91) SEQ ID NO: 243及260;92) SEQ ID NO: 245及105;93) SEQ ID NO: 245及254;94) SEQ ID NO: 245及257;95) SEQ ID NO: 245及260;96) SEQ ID NO: 247及105;97) SEQ ID NO: 247及254;98) SEQ ID NO: 247及257;99) SEQ ID NO: 247及260;100) SEQ ID NO: 249及105;101) SEQ ID NO: 249及254;102) SEQ ID NO: 249及257;103) SEQ ID NO: 249及260;104) SEQ ID NO: 251及105;105) SEQ ID NO: 251及254;106) SEQ ID NO: 251及257;107) SEQ ID NO: 251及260;108) SEQ ID NO: 111及115;109) SEQ ID NO: 111及121;110) SEQ ID NO: 111及157;111) SEQ ID NO: 111及272;112) SEQ ID NO: 111及277;113) SEQ ID NO: 111及279;114) SEQ ID NO: 111及282;115) SEQ ID NO: 111及286;116) SEQ ID NO: 111及290;117) SEQ ID NO: 125及115;118) SEQ ID NO: 125及121;119) SEQ ID NO: 125及157;120) SEQ ID NO: 125及272;121) SEQ ID NO: 125及277;122) SEQ ID NO: 125及279;123) SEQ ID NO: 125及282;124) SEQ ID NO: 125及286;125) SEQ ID NO: 125及290;126) SEQ ID NO: 128及115;127) SEQ ID NO: 128及121;128) SEQ ID NO: 128及157;129) SEQ ID NO: 128及272;129) SEQ ID NO: 128及279;130) SEQ ID NO: 128及282;131) SEQ ID NO: 128及286;132) SEQ ID NO: 128及290;133) SEQ ID NO: 131及115;134) SEQ ID NO: 131及121;135) SEQ ID NO: 131及157;136) SEQ ID NO: 131及272;137) SEQ ID NO: 131及277;138) SEQ ID NO: 131及279;139) SEQ ID NO: 131及282;140) SEQ ID NO: 131及286;141) SEQ ID NO: 131及290;142) SEQ ID NO: 134及115;143) SEQ ID NO: 134及121;144) SEQ ID NO: 134及157;145) SEQ ID NO: 134及272;146) SEQ ID NO: 134及277;147) SEQ ID NO: 134及279;148) SEQ ID NO: 134及282;149) SEQ ID NO: 134及286;150) SEQ ID NO: 134及290;151) SEQ ID NO: 137及115;152) SEQ ID NO: 137及121;153) SEQ ID NO: 137及157;154) SEQ ID NO: 137及272;155) SEQ ID NO: 137及277;156) SEQ ID NO: 137及279;157) SEQ ID NO: 137及282;158) SEQ ID NO: 137及286;159) SEQ ID NO: 137及290;160) SEQ ID NO: 141及115;161) SEQ ID NO: 141及121;162) SEQ ID NO: 141及157;162) SEQ ID NO: 141及272;162) SEQ ID NO: 141及277;163) SEQ ID NO: 141及279;164) SEQ ID NO: 141及282;165) SEQ ID NO: 141及286;166) SEQ ID NO: 141 290;167) SEQ ID NO: 145及115;168) SEQ ID NO: 145及121;169) SEQ ID NO: 145及157;170) SEQ ID NO: 145及272;171) SEQ ID NO: 145及277;172) SEQ ID NO: 145及279;173) SEQ ID NO: 145及282;174) SEQ ID NO: 145及282;175) SEQ ID NO: 145及286;176) SEQ ID NO: 145及290;177) SEQ ID NO: 149及115;178) SEQ ID NO: 149及121;179) SEQ ID NO: 149及157;180) SEQ ID NO: 149及272;181) SEQ ID NO: 149及277;182) SEQ ID NO: 149及279;及183) SEQ ID NO: 149及282;184) SEQ ID NO: 149及286;185) SEQ ID NO: 149及290;186) SEQ ID NO: 153及115;187) SEQ ID NO: 153及121;188) SEQ ID NO: 153及157;189) SEQ ID NO: 153及272;190) SEQ ID NO: 153及277;191) SEQ ID NO: 153及279;192) SEQ ID NO: 153及282;193) SEQ ID NO: 153及286;194) SEQ ID NO: 153及290;195) SEQ ID NO: 264及115;196) SEQ ID NO: 264及121;197) SEQ ID NO: 264及157;198) SEQ ID NO: 264及272;199) SEQ ID NO: 264及277;200) SEQ ID NO: 264及279;201) SEQ ID NO: 264及282;202) SEQ ID NO: 264及286;203) SEQ ID NO: 264及290;204) SEQ ID NO: 266及115;205) SEQ ID NO: 266及121;206) SEQ ID NO: 266及157;207) SEQ ID NO: 266及272;208) SEQ ID NO: 266及277;209) SEQ ID NO: 266及279;210) SEQ ID NO: 266及282;211) SEQ ID NO: 266及286;212) SEQ ID NO: 266及290;213) SEQ ID NO: 269及115;214) SEQ ID NO: 269及121;215) SEQ ID NO: 269及157;216) SEQ ID NO: 269及157;217) SEQ ID NO: 269及272;218) SEQ ID NO: 269及277;219) SEQ ID NO: 269及279;219) SEQ ID NO: 269及282;220) SEQ ID NO: 269及286;或221) SEQ ID NO: 269及290。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3A3、或抗體或抗原結合片段包含S3A3之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與S3A3足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且VH及VL分別包含如SEQ ID NO: 23及27之胺基酸序列或由如SEQ ID NO: 23及27之胺基酸序列組成。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3A19、或抗體或抗原結合片段包含S3A19之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與S3A19足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且VH及VL包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 分別為31及37;分別為35及37;分別為36及37;及分別為43及37中任一者之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3I2、或抗體或抗原結合片段包含S3I2之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與S3I2足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且VH及VL分別包含如SEQ ID NO: 83及87之胺基酸序列或由如SEQ ID NO: 83及87之胺基酸序列組成。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3O13、或抗體或抗原結合片段包含S3O13之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與S3O13足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且VH及VL分別包含如SEQ ID NO: 93及97之胺基酸序列或由如SEQ ID NO: 93及97之胺基酸序列組成。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S3L17、或抗體或抗原結合片段包含S3L17之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與S3L17足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且VH及VL分別包含如SEQ ID NO: 102及105之胺基酸序列或由如SEQ ID NO: 102及105之胺基酸序列組成。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S2V29a、或抗體或抗原結合片段包含S2V29a之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與S2V29a足夠的CDR、VH、及/或VL同一性(以賦予類似特異性結合)、或其片段,且VH及VL分別包含如SEQ ID NO: 111及115之胺基酸序列或由如SEQ ID NO: 111及115之胺基酸序列組成。
在一些具體實施例中,抗體係(或抗原結合片段係來自)S2V29b、或抗體或抗原結合片段包含S2V29b之CDR及視需要地VH及VL。在一些具體實施例中,抗體包含與S2V29b足夠的CDR、VH、及/或VL同一性以賦予類似特異性結合、或其片段,且VH及VL分別包含如SEQ ID NO: 111及121之胺基酸序列或由如SEQ ID NO: 111及121之胺基酸序列組成。
在某些具體實施例中,提供包含重鏈可變結構域(VH)之抗體或抗原結合片段,該重鏈可變結構域包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 23、31、35、36、43、83、93、102、111、125、128、131、137、141、145、149、453、179、181、183、185、188、190、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、222、235、238、241、243、245、247、249、251、264、266、或269中任一者之胺基酸序列。
在某些具體實施例中,提供包含輕鏈可變結構域(VL)之抗體或抗原結合片段,該輕鏈可變結構域包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 27、37、87、97、105、115、121、157、193、225、228、231、254、257、260、272、277、279、282、286、290中任一者之胺基酸序列。
如本文中所使用,CDR之「變體」係指具有至多1至3個胺基酸取代(例如,保留或非保留取代)、刪除、或其組合之CDR序列之功能性變體。
可根據任何已知方法或方案,諸如Kabat、Chothia、EU、IMGT、Contact、North、Martin、AbM、及AHo編號方案對CDR及框架區進行編碼(參見例如Kabat et al., "Sequences of Proteins of Immunological Interest, US Dept. Health and Human Services, Public Health Service National Institutes of Health, 1991, 5th ed.; Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917(1987));Lefranc et al., Dev. Comp. Immunol. 27:55, 2003; Honegger and Plückthun, J. Mol. Bio. 309:657-670(2001); North et al. J Mol Biol.(2011) 406:228-56; doi:10.1016/j.jmb.2010.10.030; Abhinandan and Martin, Mol Immunol.(2008)45:3832-9. 10.1016/j.molimm.2008.05. 022)。此等參考文獻之抗體及CDR編號系統以引用之方式併入本文中。等效殘基位置可使用抗原受體編號及受體分類(Antigen receptor Numbering And Receptor Classification, ANARCI)軟體工具(2016,Bioinformatics 15:298-300)來標註及比較不同分子。因此,根據一個編號方案鑑別出如本文中所提供之例示性可變區(VH或VL)序列之CDR不包括包含如使用不同編號方案判定之相同可變區之CDR的抗體。在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含下列VH序列中之一或多個CDR:如SEQ ID NO: 23、31、35、36、43、83、93、102、111、125、128、131、137、141、145、149、453、179、181、183、185、188、190、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、222、235、238、241、243、245、247、249、251、264、266、或269中任一者;及/或下列VL序列中之一或多個CDR:如SEQ ID NO: 27、37、87、97、105、115、121、157、193、225、228、231、254、257、260、272、277、279、282、286、290中任一者,其係根據任何已知的CDR編號方法,包括Kabat、Chothia、North、EU、IMGT、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、及AHo編號方法,或根據此等方法中之二或更多種之組合(例如包括屬於如由任一或所有編號方法所定義之CDR內之彼等殘基)。在某些具體實施例中,CDR係根據IMGT編號方法(視需要地使用CDR3胺基酸序列之接合定義)。在某些具體實施例中,CDR係根據由化學計算組(Chemical Computing Group, CCG)開發之抗體編號方法;例如使用分子操作環境(Molecular Operating Environment, MOE)軟體(chemcomp. com)。在一些具體實施例中,CDR係根據IMGT編號方法。
S3A3 抗體、抗原結合片段、及變體在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含如SEQ ID NO: 23之VH序列及如SEQ ID NO: 27之VL序列。
在一些具體實施例中,相對於SEQ ID NO: 23或SEQ ID NO: 27之胺基酸序列變化係分別限於相對於SEQ ID NO: 23或SEQ ID NO: 27之一或多個框架區(FR)之變化。
框架區可根據編號方案(例如IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo、或此等之二或更多者之組合)鑑別出。可根據編號方案或編號方案之組合在可變結構域內或在重鏈或輕鏈內鑑別出CDR,且較佳地,可使用相同的編號方案或編號方案之組合鑑別出FR。
在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含VH,其包含SEQ ID NO: 23中所述之VH胺基酸序列之FR1、FR2、FR3、及/或FR4(或包含一個、二個、三個、四個、或五個胺基酸取代、插入、及/或刪除之FR1、FR2、FR3、及/或FR4之變體);及VL,其包含SEQ ID NO: 27中所述之VL胺基酸序列之FR1、FR2、FR3、及/或FR4(或包含一個、二個、三個、四個、或五個胺基酸取代、插入、及/或刪除之FR1、FR2、FR3、及/或FR4之變體)。在一些具體實施例中,FR係根據IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo編號系統、或根據其任何組合定義。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其包含下列、基本上由下列組成、或由下列組成:SEQ ID NO: 23中所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其包含下列、基本上由下列組成、或由下列組成:SEQ ID NO: 27中所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其包含SEQ ID NO: 23中所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其包含SEQ ID NO: 27中所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其基本上由SEQ ID NO: 23中所述之胺基酸序列組成;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其基本上由SEQ ID NO: 27中所述之胺基酸序列組成。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其由SEQ ID NO: 23中所述之胺基酸序列組成;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其由SEQ ID NO: 27中所述之胺基酸序列組成。
在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含在如SEQ ID NO: 23之VH序列中及在如SEQ ID NO: 27之VL序列中鑑別出之CDR,其中,該等CDR係根據IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo編號系統、或根據其任何組合定義。
在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變結構域(VH)及輕鏈可變結構域(VL),該重鏈可變結構域包含CDRH1、CDRH2、及CDRH3,該輕鏈可變結構域包含CDRL1、CDRL2、及CDRL3,其中:(i) CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 24之胺基酸序列或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 25之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 26之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 28之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 29之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 30之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代,其中該抗體或抗原結合片段能夠與在宿主細胞之細胞表面上表現之一或多種或二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之表面醣蛋白結合。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段分別包含如SEQ ID NO: 24至26及28至30之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列。
S3A19 抗體、抗原結合片段、及變體在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含下列之VH序列:如SEQ ID NO: 31、35、36、及43中任一者及如SEQ ID NO: 37之VL序列。
在一些具體實施例中,相對於SEQ ID NO: 31、35、36、及43中任一者或SEQ ID NO: 37之胺基酸序列變化係分別限於相對於SEQ ID NO: 31、35、36、及43中任一者或SEQ ID NO: 37之一或多個框架區(FR)之變化。
框架區可根據編號方案(例如IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo、或此等之二或更多者之組合)鑑別出。可根據編號方案或編號方案之組合在可變結構域內或在重鏈或輕鏈內鑑別出CDR,且較佳地,可使用相同的編號方案或編號方案之組合鑑別出FR。
在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含VH,其包含下列者:SEQ ID NO: 31、35、36、及43中任一者所述之VH胺基酸序列之FR1、FR2、FR3、及/或FR4(或包含一個、二個、三個、四個、或五個胺基酸取代、插入、及/或刪除之FR1、FR2、FR3、及/或FR4之變體);及VL,其包含SEQ ID NO: 37中所述之VL胺基酸序列之FR1、FR2、FR3、及/或FR4(或包含一個、二個、三個、四個、或五個胺基酸取代、插入、及/或刪除之FR1、FR2、FR3、及/或FR4之變體)。在一些具體實施例中,FR係根據IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo編號系統、或根據其任何組合定義。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其包含下列者、基本上由下列者組成、或由下列者組成:SEQ ID NO: 31、35、36、及43中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其包含下列、基本上由下列組成、或由下列組成:SEQ ID NO: 37中所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其包含下列者:SEQ ID NO: 31、35、36、及43中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其包含SEQ ID NO: 37中所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其基本上由下列者組成:SEQ ID NO: 31、35、36、及43中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其基本上由SEQ ID NO: 37中所述之胺基酸序列組成。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其由下列者組成:SEQ ID NO: 31、35、36、及43中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其基本上由SEQ ID NO: 37中所述之胺基酸序列組成。
S3A19抗體可如表3中所述。
在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含在下列者中鑑別出之CDR:如SEQ ID NO: 31、35、36、及43中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 37之VL序列,其中,該等CDR係根據IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo編號系統、或根據其任何組合定義。
在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變結構域(VH)及輕鏈可變結構域(VL),該重鏈可變結構域包含CDRH1、CDRH2、及CDRH3,該輕鏈可變結構域包含CDRL1、CDRL2、及CDRL3,其中:(i) CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 32之胺基酸序列或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 33之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 34之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 38之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 39之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 40之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代,其中該抗體或抗原結合片段能夠與在宿主細胞之細胞表面上表現之一或多種或二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之表面醣蛋白結合。
在任何目前所揭示之具體實施例中,抗體或抗原結合片段分別包含如SEQ ID NO: 32至34及38至40之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列。
S3I2 抗體、抗原結合片段、及變體在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含下列之VH序列:如SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、188、190中任一者及如SEQ ID NO: 87或193中任一者之VL序列。
在一些具體實施例中,相對於SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、188、190中任一者或SEQ ID NO: 87或193中任一者之胺基酸序列變化係分別限於相對於SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、188、190中任一者或SEQ ID NO: 87或193中任一者之一或多個框架區(FR)之變化。
框架區可根據編號方案(例如IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo、或此等之二或更多者之組合)鑑別出。可根據編號方案或編號方案之組合在可變結構域內或在重鏈或輕鏈內鑑別出CDR,且較佳地,可使用相同的編號方案或編號方案之組合鑑別出FR。
在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含VH,其包含下列者:SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、188、190中任一者所述之VH胺基酸序列之FR1、FR2、FR3、及/或FR4(或包含一個、二個、三個、四個、或五個胺基酸取代、插入、及/或刪除之FR1、FR2、FR3、及/或FR4之變體);及VL,其包含SEQ ID NO: 87或193中任一者所述之VL胺基酸序列之FR1、FR2、FR3、及/或FR4(或包含一個、二個、三個、四個、或五個胺基酸取代、插入、及/或刪除之FR1、FR2、FR3、及/或FR4之變體)。在一些具體實施例中,FR係根據IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo編號系統、或根據其任何組合定義。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其包含下列者、基本上由下列者組成、或由下列者組成:SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、188、190中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其包含下列者、基本上由下列者組成、或由下列者組成:SEQ ID NO: 87或193中任一者所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其包含下列者:SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、188、190中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其包含SEQ ID NO: 87或193中任一者所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其基本上由下列者組成:SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、188、190中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其基本上由SEQ ID NO: 87或193中任一者所述之胺基酸序列組成。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其由下列者組成:SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、188、190中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其由SEQ ID NO: 87或193中任一者所述之胺基酸序列組成。
在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含在下列者中鑑別出之CDR:如SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、190中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 87或193之中任一者之VL序列,其中,該等CDR係根據IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo編號系統、或根據其任何組合定義。
在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變結構域(VH)及輕鏈可變結構域(VL),該重鏈可變結構域包含CDRH1、CDRH2、及CDRH3,該輕鏈可變結構域包含CDRL1、CDRL2、及CDRL3,其中:(i) CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 84之胺基酸序列或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 85之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 86或186中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 88或194中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 89之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 90之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代,其中該抗體或抗原結合片段能夠與在宿主細胞之細胞表面上表現之一或多種或二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之表面醣蛋白結合。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段分別包含如SEQ ID NO: 84至86或84、85及186及88至90或194、89、及90之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列。
S3O13 抗體、抗原結合片段、及變體在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含下列之VH序列:如SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者及下列之VL序列:如SEQ ID NO: 97、225、228、或231中任一者。
在一些具體實施例中,相對於SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者或SEQ ID NO: 97、225、228、或231中任一者之胺基酸序列變化係分別限於相對於SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者或SEQ ID NO: 97、225、228、或231中任一者之一或多個框架區(FR)之變化。
框架區可根據編號方案(例如IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo、或此等之二或更多者之組合)鑑別出。可根據編號方案或編號方案之組合在可變結構域內或在重鏈或輕鏈內鑑別出CDR,且較佳地,可使用相同的編號方案或編號方案之組合鑑別出FR。
在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含VH,其包含下列者:SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者所述之VH胺基酸序列之FR1、FR2、FR3、及/或FR4(或包含一個、二個、三個、四個、或五個胺基酸取代、插入、及/或刪除之FR1、FR2、FR3、及/或FR4之變體);及VL,其包含下列者:SEQ ID NO: 97、225、228、或231中任一者所述之VL胺基酸序列之FR1、FR2、FR3、及/或FR4(或包含一個、二個、三個、四個、或五個胺基酸取代、插入、及/或刪除之FR1、FR2、FR3、及/或FR4之變體)。在一些具體實施例中,FR係根據IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo編號系統、或根據其任何組合定義。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其包含下列者、基本上由下列者組成、或由下列者組成:SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其包含下列者、基本上由下列者組成、或由下列者組成:SEQ ID NO: 97、225、228、或231中任一者所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其包含下列者:SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其包含下列者:SEQ ID NO: 97、225、228、或231中任一者所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其基本上由下列者組成:SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其基本上由下列者組成:SEQ ID NO: 97、225、228、或231中任一者所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其由下列者組成:SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其由下列者組成:SEQ ID NO: 97、225、228、或231中任一者所述之胺基酸序列。
在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含在下列者中鑑別出之CDR:如SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 97、225、228、或231中任一者之VL序列,其中,該等CDR係根據IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo編號系統、或根據其任何組合定義。
在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變結構域(VH)及輕鏈可變結構域(VL),該重鏈可變結構域包含CDRH1、CDRH2、及CDRH3,該輕鏈可變結構域包含CDRL1、CDRL2、及CDRL3,其中:(i) CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 94、198、或208中任一者之胺基酸序列或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 95之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 96、199、202、或205中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 98、226、229、232中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 39之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 99之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代,其中該抗體或抗原結合片段能夠與在宿主細胞之細胞表面上表現之一或多種或二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之表面醣蛋白結合。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段分別包含下列之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列:如SEQ ID NO: 94至96;198、95及96;208、95及96;94、95、及199;198、95及199;208、95、及199;94、95、及202;198、95、及205;208、95、及199;205、95、及202;或208、95、及205、及98、39、及99;226、39、及99;或229、39、及232。
S3L17 抗體、抗原結合片段、及變體在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含下列之VH序列:如SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者及下列之VL序列:如SEQ ID NO: 105、254、257,或260中任一者。
在一些具體實施例中,相對於SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者或SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者之胺基酸序列變化係分別限於相對於SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者或SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者之一或多個框架區(FR)之變化。
框架區可根據編號方案(例如IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo、或此等之二或更多者之組合)鑑別出。可根據編號方案或編號方案之組合在可變結構域內或在重鏈或輕鏈內鑑別出CDR,且較佳地,可使用相同的編號方案或編號方案之組合鑑別出FR。
在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含VH,其包含下列者:SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者所述之VH胺基酸序列之FR1、FR2、FR3、及/或FR4(或包含一個、二個、三個、四個、或五個胺基酸取代、插入、及/或刪除之FR1、FR2、FR3、及/或FR4之變體);及VL,其包含下列者:SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者所述之VL胺基酸序列之FR1、FR2、FR3、及/或FR4(或包含一個、二個、三個、四個、或五個胺基酸取代、插入、及/或刪除之FR1、FR2、FR3、及/或FR4之變體)。在一些具體實施例中,FR係根據IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo編號系統、或根據其任何組合定義。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其包含下列者、基本上由下列者組成、或由下列者組成:SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其包含下列者、基本上由下列者組成、或由下列者組成:SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其包含下列者:SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其包含下列者:SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其基本上由下列者組成:SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其基本上由下列者組成:SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其由下列者組成:SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其由下列者組成:SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者所述之胺基酸序列。
在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含在下列者中鑑別出之CDR:如SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者之VL序列,其中,該等CDR係根據IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo編號系統、或根據其任何組合定義。
在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變結構域(VH)及輕鏈可變結構域(VL),該重鏈可變結構域包含CDRH1、CDRH2、及CDRH3,該輕鏈可變結構域包含CDRL1、CDRL2、及CDRL3,其中:(i) CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 103之胺基酸序列或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 85之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 104、236、或239中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 106或255中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 107之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 108或258中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代,其中該抗體或抗原結合片段能夠與在宿主細胞之細胞表面上表現之一或多種或二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之表面醣蛋白結合。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段分別包含下列之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列:如SEQ ID NO: 103、85、及104;103、85、及236;或103、85、及239、及106至108;106、107、及258;255、107、及108;或255、107、或258。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含如表3中所述之S3A3、S3A19 VH.1、S3A19 VH.2、S3A19 VH.3、S3A19 VH.1-VH.3共通抗體(consensus antibody)、S3I2、S3O13、或S3L17之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含與如表3中所述之S3A3、S3A19 VH.1、S3A19 VH.2、S3A19 VH.3、o3A19 VH.1-VH.3共通抗體、S3I2、S3O13、或S3L17之(各自)VH及VL胺基酸序列具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%同一性之VH及VL胺基酸序列,或包含如表3中所述之S3A3、S3A19 VH.1、S3A19 VH.2、S3A19 VH.3、o3A19 VH.1-VH.3共通抗體、S3I2、S3O13、或S3L17之(各自)VH及VL胺基酸序列。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含如表3中所述之S3A3、S3A19 VH.1、S3A19 VH.2、S3A19 VH.3、S3A19 VH.1-VH.3共通抗體、S3I2、S3O13、或S3L17之(各自)VH及VL胺基酸序列。
S2V29 抗體、抗原結合片段、及變體在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含下列之VH序列:如SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者及下列之VL序列:如SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者。
在一些具體實施例中,相對於SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者或SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者之胺基酸序列變化係分別限於相對於SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者或SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者之一或多個框架區(FR)之變化。
框架區可根據編號方案(例如IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo、或此等之二或更多者之組合)鑑別出。可根據編號方案或編號方案之組合在可變結構域內或在重鏈或輕鏈內鑑別出CDR,且較佳地,可使用相同的編號方案或編號方案之組合鑑別出FR。
在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含VH,其包含下列者:SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者所述之VH胺基酸序列之FR1、FR2、FR3、及/或FR4(或包含一個、二個、三個、四個、或五個胺基酸取代、插入、及/或刪除之FR1、FR2、FR3、及/或FR4之變體);及VL,其包含下列者:SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者所述之VL胺基酸序列之FR1、FR2、FR3、及/或FR4(或包含一個、二個、三個、四個、或五個胺基酸取代、插入、及/或刪除之FR1、FR2、FR3、及/或FR4之變體)。在一些具體實施例中,FR係根據IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo編號系統、或根據其任何組合定義。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其包含下列者、基本上由下列者組成、或由下列者組成:SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其包含下列者、基本上由下列者組成、或由下列者組成:SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其包含下列者:SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其包含下列者:SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其基本上由下列者組成:SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其基本上由下列者組成:SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者所述之胺基酸序列。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)重鏈可變結構域(VH),其由下列者組成:SEQ ID NO: 1 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者所述之胺基酸序列;及(ii)輕鏈可變結構域(VL),其由下列者組成:SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者所述之胺基酸序列。
在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含在下列者中鑑別出之CDR:如SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者之VL序列,其中,該等CDR係根據IMGT、Kabat、Chothia、North、EU、Martin(增強型Chothia)、Contact、AbM、CCG、或AHo編號系統、或根據其任何組合定義。
在某些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段,其包含重鏈可變結構域(VH)及輕鏈可變結構域(VL),該重鏈可變結構域包含CDRH1、CDRH2、及CDRH3,該輕鏈可變結構域包含CDRL1、CDRL2、及CDRL3,其中:(i) CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 112之胺基酸序列或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 113、126、129、132、135、138、142、146、150、154、267、或270中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 114、139、143、147、151、或155中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 116、273、或283中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 117、274、或287中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 118、122、158、275、280、284、288、或291中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代,其中該抗體或抗原結合片段能夠與在宿主細胞之細胞表面上表現之一或多種或二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之表面醣蛋白結合。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段分別包含下列之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列:如SEQ ID NO: 112至114;112、126、及114;112、129及114;112、132、及114;112、135、及114;112、138、及114;112、142、及114;112、146、及114;112、150、及114;112、154、及114;112、267、及114;112、270、及114;112、113、及139;112、126、及139;112、129及139;112、132、及139;112、135、及139;112、138、及139;112、142、及139;112、146、及139;112、150、及139;112、154、及139;112、267、及139;112、270、及139;112、113、及143;112、126、及143;112、129及143;112、132、及143;112、135、及143;112、138、及143;112、142、及143;112、146、及143;112、150、及143;112、154、及143;112、267、及143;112、270、及143;112、113、及147;112、126、及147;112、129及147;112、132、及147;112、135、及147;112、138、及147;112、142、及147;112、146、及147;112、150、及147;112、154、及147;112、267、及147;112、270、及147;112、113、及151;112、126、及151;112、129 及151;112、132、及151;112、135、及151;112、138、及151;112、142、及151;112、146、及151;112、150、及151;112、154、及151;112、267、及151;112、270、及151;112、113、及155;112、126、及155;112、129及155;112、132、及155;112、135、及155;112、138、及155;112、142、及155;112、146、及1551;112、150、及155;112、154、及155;112、267、及155;或112、270、及155;及116至118;116、274、及118;116、287、及118;116、117、及122;116、274、及122;116、287、及122;116、117、及158;116、274、及275;116、287、及275;116、117、及280;116、274、及280;116、287、及280;116、117、及284;116、274、及284;116、287、及284;116、117、及288;116、274、及288;116、287、及288;116、117、及291;116、274、及291;116、287、及291;273、117、及118;273、274、及118;273、287、及118;273、117、及122;273、274、及122;273、287、及122;273、117、及158;273、274、及275;273、287、及275;273、117、及280;273、274、及280;1273、287、及280;273、117、及284;273、274、及284;273、287、及284;273、117、及288;273、274、及288;273、287、及288;273、117、及291;273、274、及291;273、287、及291;283、117、118;283、274、及118;283、287、及118;283、117、及122;283、274、及122;283、287、及122;283、117、及158;283、274、及275;283、287、及275;283、117、及280;283、274、及280;283、287、及280;283、117、及284;283、274、及284;283、287、及284;283、117、及288;283、274、及288;283、287、及288;283、117、及291;283、274、及291;或283、287、及291。
在某些實施例中,抗體或抗原結合片段分別包含下列之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列:如SEQ ID NO: 分別為112至114及116至118(S2V29a);分別為112至114及116、117、及122(S2V29b)。
在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片包含VH或VL,其分別包含下列者或由下列者組成:SEQ ID NO: 111及157、或與此等序列具有至少85%、90%、或95%同一性,特別是具有如本文中所揭示之框架區突變。在仍進一步具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含如SEQ ID NO: 111及157之VH及VL中所述之CDR,其係根據如本文中所述之任何編號方案。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段分別包含如SEQ ID NO: 112至114及116至117、及158之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列。任何此等抗體可包括如本文中所述之Fc修飾,或可具有未經修飾之人類IgG1恆定區。具體而言,抗體可具有如SEQ ID NO: 111之VH、如SEQ ID NO: 44至80之CH、如SEQ ID NO: 157之VL及如SEQ ID NO: 292之CL。
在特定具體實施例中,抗體或抗原結合片段的重鏈包含下列者或由下列者組成:與SEQ ID NO: 293具有至少85%、90%、95%、或99%同一性之序列,且輕鏈包含下列者或由下列者組成:與SEQ ID NO: 294具有至少85%、90%、95%、或99%同一性之序列。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段的重鏈包含SEQ ID NO: 293之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 293之胺基酸序列組成且輕鏈包含SEQ ID NO: 294之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 294之胺基酸序列組成。
在特定具體實施例中,抗體或抗原結合片段的重鏈包含下列者或由下列者組成:與SEQ ID NO: 295具有至少85%、90%、95%、或99%同一性之序列,且輕鏈包含下列者或由下列者組成:與SEQ ID NO: 296具有至少85%、90%、95%、或99%同一性之序列。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段的重鏈包含SEQ ID NO: 295之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 295之胺基酸序列組成且輕鏈包含SEQ ID NO: 296之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 296之胺基酸序列組成。
術語「CL」係指「免疫球蛋白輕鏈恆定區」或「輕鏈恆定區」,亦即來自抗體輕鏈之恆定區。術語「CH」係指「免疫球蛋白重鏈恆定區」或「重鏈恆定區」,其可根據抗體同型進一步分成CH1、CH2、及CH3(IgA, IgD, IgG);或CH1、CH2、CH3、及CH4結構域(IgE, IgM)。在本文中進一步描述抗體重鏈之Fc區。在任何目前所揭示之具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含CL、CH1、CH2、及CH3中任一者或多者。在任何目前所揭示之具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段可包含CL、CH1、CH2、及CH3中任一者或多者。在某些實施例中,CL包含與SEQ ID NO: 292之胺基酸序列具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%、或100%同一性之胺基酸序列。在某些實施例中,CL包含與人類λ輕鏈恆定結構域具有至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%、或100%同一性之胺基酸序列。
術語「CH」係指「免疫球蛋白重鏈恆定區」或「重鏈恆定區」,其可根據抗體同型進一步分成CH1、CH2、及CH3(IgA, IgD, IgG);或CH1、CH2、CH3、及CH4結構域(IgE, IgM)。在本文中進一步描述抗體重鏈之Fc區。在任何目前所揭示之具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含CL、CH1、CH2、及CH3中任一者或多者。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含(例如人類)IgG(例如IgG1、IgG2、IgG3、或IgG4)、IgA、IgD、IgE、或IgM同型,或包含來自此等同型中之二或更多者之胺基酸序列。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含IgG1同型;應理解,此種抗體或抗原結合片段可包含在重鏈恆定結構域中之一或多個胺基酸取代且仍被視為「IgG1」同型。在一些具體實施例中,IgG1包含下列者或由下列者組成:與SEQ ID NO: 44至80中所述胺基酸序列具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%同一性之胺基酸序列,或包含SEQ ID NO: 44至80中所述之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 44至80中所述之胺基酸組成。
應理解,例如在哺乳動物細胞株中之生產可移除抗體重鏈之一或多個C端離胺酸(參見例如Liu et al. mAbs 6(5):1145-1154(2014))。因此,本揭露之抗體或抗原結合片段可包含其中C端離胺酸殘基或C端甘胺酸-離胺酸存在或不存在之重鏈、CH1-CH3、CH3、或Fc多肽;換言之,涵蓋其中重鏈、CH1-CH3、或Fc多肽之C端殘基不是離胺酸之具體實施例、及其中離胺酸係C端殘基之具體實施例。在某些具體實施例中,組成物包含本揭露之複數個抗體及/或抗原結合片段,其中一或多個抗體或抗原結合片段不包含在重鏈、CH1-CH3、或Fc多肽處之C端末端處之離胺酸殘基或C端甘胺酸-離胺酸,且其中一或多個抗體或抗原結合片段包含在重鏈、CH1-CH3、或Fc多肽之C端末端處之離胺酸殘基。
「Fab」(片段抗原結合)係抗體與抗原結合之部分,且包括經由鏈間雙硫鍵連接至輕鏈的重鏈之可變區及CH1。各Fab片段就抗原結合而言為單價,亦即其具有單一抗原結合位點。抗體之胃蛋白酶處理產出單一大型F(ab')2片段,其大致對應於二個雙硫鍵連接之Fab片段,具有二價抗原結合活性並仍能夠交聯抗體。Fab及F(ab')2兩者均為「抗原結合片段」之實施例。Fab'片段與Fab片段不同之處在於在CH1結構域之羧基端處具有額外少量殘基,該結構域包括來自抗體鉸鏈區之一或多個半胱胺酸。Fab'-SH係本文對其中恆定結構域之(一或多個)半胱胺酸殘基帶有游離硫醇基之Fab'的命名。F(ab')2抗體片段最初係作為具有絞鏈半胱胺酸在其間之成對的Fab'片段產生。亦已知抗體片段之其他化學偶合。
Fab片段可例如藉由肽連接子接合以形成單鏈Fab,本文中亦稱為「scFab」。在此等具體實施例中,存在於原生Fab中之鏈間雙硫鍵可能不存在,且連接子完全或部分用於連接或連結單一多肽鏈中之Fab片段。重鏈衍生之Fab片段(例如包含VH+CH1、由VH+CH1組成、或基本上由VH+CH1組成、或「Fd」)及輕鏈衍生之Fab片段(例如包含VL+CL、由VL+CL組成、或基本上由VL+CL組成)可以任何排列連接以形成scFab。舉例而言,scFab可以N端至C端之方向,根據(重鏈Fab片段-連接子-輕鏈Fab片段)或(輕鏈Fab片段-連接子-重鏈Fab片段)排列。本文中進一步詳細討論用於scFab之肽連接子及例示性連接子序列。
「Fv」係含有完整抗原辨識及抗原結合位點之小抗體片段。此片段通常由緊密、非共價締合之一個重鏈可變區及一個輕鏈可變區之二聚物組成。然而,即使單一可變結構域(或僅包含對抗原具有特異性之三個CDR之Fv之一半)亦具有辨識及結合抗原之能力,儘管一般親和力比整個結合位點低。
「單鏈Fv」亦縮寫為「sFv」或「scFv」,係包含連結成單一多肽鏈之V
H及V
L抗體結構域之抗體片段。在一些具體實施例中,scFv多肽包含設置在V
H與V
L結構域之間並連接該等結構域之多肽連接子,該多肽連接子使scFv能夠保有或形成抗原結合之所欲結構。此種肽連接子可使用所屬技術領域眾所周知之標準方法併入到融合多肽中。關於scFv之綜述,參見Pluckthun in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., Springer-Verlag, New York, pp. 269-315(1994); Borrebaeck 1995, 見下文。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含scFv,其包含VH結構域、VL結構域、及將VH結構域連接至VL結構域之肽連接子。在特定具體實施例中,scFv包含藉由肽連接子將VH結構域連接至VL結構域,該scFv可呈VH-連接子-VL位向或呈VL-連接子-VH位向。本揭露之任何scFv可經工程改造,使得VL結構域之C端末端藉由短的肽序列連接至VH結構域之N端末端,或反之亦然(亦即(N)VL(C)-連接子-(N)VH(C)或(N)VH(C)-連接子-(N)VL(C))。替代地,在一些具體實施例中,連接子可連接至VH結構域、VL結構域、或兩者之N端部分或末端。
肽連接子序列可例如基於以下進行選擇:(1)其呈現可撓性延伸構形(flexible extended conformation)之能力;(2)其不能或缺乏呈現可與第一及第二多肽上及/或目標分子上之功能性表位交互作用的二級結構的能力;及/或(3)缺乏或相對缺乏可能與多肽及/或目標分子反應之疏水性或帶電荷殘基。有關連接子設計(例如長度)之其他考量因素可包括其中VH及VL可能形成功能性抗原結合位點之構形或構形範圍。在某些具體實施例中,肽連接子序列含有例如Gly、Asn及Ser殘基。其他近乎中性之胺基酸(諸如Thr及Ala)亦可包括在連接子序列中。可有利地用作連接子之其他胺基酸序列包括揭示於以下者:Maratea et al., Gene 40:39 46(1985);Murphy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:8258 8262(1986);美國專利第4,935,233號、及美國專利第4,751,180號。連接子之其他說明性及非限制性實施例可包括當以單次疊代或重複1至5次或更多次、或更多存在時,例如Glu-Gly-Lys-Ser-Ser-Gly-Ser-Gly-Ser-Glu-Ser-Lys-Val-Asp(SEQ ID NO: 19)(Chaudhary et al., Proc. Natl. Acad. Sci.USA 87:1066-1070(1990))及Lys-Glu-Ser-Gly-Ser-Val-Ser-Ser-Glu-Gln-Leu-Ala-Gln-Phe-Arg-Ser-Leu-Asp(SEQ ID NO: 20)(Bird et al., Science 242:423-426 (1988))及五聚物Gly-Gly-Gly-Gly-Ser(SEQ ID NO: 21)。可使用任何合適的連接子,且通常可為約3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、50、60、70、80、90、100個胺基酸長、或小於約200個胺基酸長,且較佳地將包含可撓性結構(對藉由連接子連結之二個區域、結構域、模體、片段、或模組之間的構形運動可提供可撓性及空間),且較佳地將為具生物惰性及/或具有低的人類免疫原性風險。例示性連接子包括包含下列者或由下列者組成:SEQ ID NO: 4至13及連接子SEQ A及B中任一者或多者所述之胺基酸序列。在某些具體實施例中,連接子包含下列者或由下列者組成:與SEQ ID NO: 4至13及連接子SEQ A及B中任一者所述之胺基酸序列具有至少75%(亦即至少約75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或更多)同一性之胺基酸序列。
scFv可使用本文中所揭示之VH及VL序列之任何組合或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3序列之任何組合來構建。
在一些具體實施例中,不需要連接子序列;例如,當第一及第二多肽具有可用於分開功能性結構域並預防立體干擾之非必需N端(或C端)胺基酸區域時。
在抗體開發期間,在生殖系可變(V)、接合(J)、及多樣性(D)基因基因座中之DNA可能會重新排列,且在編碼序列中可能發生核苷酸之插入及/或刪除。體細胞突變可由所得序列編碼,且可由參考對應已知生殖系序列來鑑別。在一些情況下,對抗體之所欲性質(例如與SARS-CoV-2抗原結合)非至關重要、或會對抗體賦予非所欲性質(例如增加投予抗體之個體之免疫原性風險)、或兩者之體細胞突變可被對應生殖系編碼之胺基酸、或被不同的胺基酸置換,使得抗體之所欲性質得以改善或維持且抗體之非所欲性質減少或消除。因此,在一些具體實施例中,如相較於親代抗體或抗原結合片段,本揭露之抗體或抗原結合片段在可變區中包含至少一個另外的生殖系編碼之胺基酸,前提是該親代抗體或抗原結合片段包含一或多個體細胞突變。本揭露之例示性抗嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒抗體之可變區及CDR胺基酸序列提供於本文之表1、及表3中。
在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含胺基酸修飾(例如取代突變),以移除非所欲之氧化、去胺、及/或異構化之風險。
本文提供在可變區(例如VH、VL、框架或CDR)中包含一或多個胺基酸改變的變體,其係相較於目前揭示之S3A3、S3A19、S3I2、S3O13、S3L17、或S2V29(「親代」)抗體,其中該變體抗體能夠與SARS-CoV-2抗原結合。
在某些具體實施例中,VH包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 23之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之胺基酸序列,其中該變化視需要地限於一或多框架區及/或該變化包含對生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代;及/或(ii)VL包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 27之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之胺基酸序列,其中變化視需要地限於一或多框架區及/或變化包含對生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代。
在某些具體實施例中,VH包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 31、35、36、及43中之一或多者之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之胺基酸序列,其中該變化視需要地限於一或多框架區及/或該變化包含對生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代;及/或(ii)VL包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 37之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之胺基酸序列,其中該變化視需要地限於一或多框架區及/或該變化包含對生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代。
在某些具體實施例中,VH包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、188、及190中之一或多者之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之胺基酸序列,其中該變化視需要地限於一或多框架區及/或該變化包含對生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代;及/或(ii)VL包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 87及193中之一或多者之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之胺基酸序列,其中該變化視需要地限於一或多框架區及/或該變化包含對生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代。
在某些具體實施例中,VH包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、及222中之一或多者之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之胺基酸序列,其中該變化視需要地限於一或多框架區及/或該變化包含對生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代;及/或(ii)VL包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 97、225、228、及231中之一或多者之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之胺基酸序列,其中該變化視需要地限於一或多框架區及/或該變化包含對生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代。
在某些具體實施例中,VH包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、及251中之一或多者之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之胺基酸序列,其中該變化視需要地限於一或多框架區及/或該變化包含對生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代;及/或(ii)VL包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 105、254、257、及260中之一或多者之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之胺基酸序列,其中該變化視需要地限於一或多框架區及/或該變化包含對生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代。
在某些具體實施例中,VH包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、及269中之一或多者之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之胺基酸序列,其中該變化視需要地限於一或多框架區及/或該變化包含對生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代;及/或(ii)VL包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、及290中之一或多者之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之胺基酸序列,其中該變化視需要地限於一或多框架區及/或該變化包含對生殖系編碼之胺基酸的一或多個取代。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段係IgG(例如IgG1、IgG2、IgG3、或IgG4)、IgA、IgM、IgE、或IgD同型,或包含來自此等中之二或更多者之胺基酸序列。在一些具體實施例中,抗體或其抗原結合片段係人類的、人源化的、或嵌合的。
抗體或抗原結合片段可為任何同種異型或同種異型之組合。「同種異型」係指在IgG子類別之中發現的等位基因變異。舉例而言,同種異型可包含G1m1(或G1m(a))、G1m2(或G1m(x))、G1m3(或G1m(f))、G1m17(或Gm(z))m)、G1m27、及/或G1m28(G1m27及G1m28已被描述為「異構同種異型(alloallotype)」)。
G1m3及G1m17同種異型在CH1結構域中位在相同位置(根據EU編號,位置214)。G1m3包含R214(EU),而G1m17包含K214(EU)。G1m1同種異型位在CH3結構域(在位置356及358(EU))中且係指E356D及M358L之置換。G1m2同種異型係指在位置431(EU)之丙胺酸被甘胺酸置換。G1m同種異型、異構同種異型、及其特性係所屬技術領域已知的且描述於例如下列中:www.imgt.org/IMGTrepertoire/ Proteins/allotypes/human/IGH/IGHC/G1m_allotypes.html及Lefranc, M.-P. and Lefranc, G. Human Gm, Km and Am allotypes and their molecular characterization: a remarkable demonstration of polymorphism In: B. Tait, F. Christiansen (Eds.), Immunogenetics, chap. 34, Humana Press, Springer, New York, USA. Methods Mol. Biol. 2012; 882, 635-680. PMID: 22665258, LIGM: 406中,其內容及同種異型及同種異型之資訊係以引用方式併入本文中。
G1m1同種異型可例如與G1m3、G1m17、G1m27、G1m2、及/或G1m28同種異型組合。在一些具體實施例中,同種異型係G1m3,且無G1m1(G1m3,-1)。在一些具體實施例中,同種異型係G1m17,1同種異型。在一些具體實施例中,同種異型係G1m3,1。在一些具體實施例中,同種異型係G1m17,且無G1m1(G1m17,-1)。視需要地,此等同種異型可與G1m2、G1m27或G1m28同種異型組合(或不組合)。舉例而言,同種異型可為G1m17,1,2。
在一些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含G1m3同種異型或G1m3,1同種異型。在一些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含G1m3同種異型且包含M428L及N434S或M428L及N434A突變或增強與人類FcRn結合的任何其他一或多種突變,諸如本文中所述者。在一些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含G1m3,1同種異型且包含M428L及N434S或M428L及N434A突變或增強與人類FcRn結合的任何其他一或多種突變,諸如本文中所述者。在一些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含G1m17,1同種異型。在一些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含G1m17,1同種異型且包含M428L及N434S或M428L及N434A突變或增強與人類FcRn結合的任何其他一或多種突變,如本文進一步所述。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含人類抗體、單株抗體、純化抗體、單鏈抗體、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv、或scFab。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段係單特異性(例如與單個表位結合)或多特異性(例如與多個表位及/或目標分子結合)。抗體及抗原結合片段可以各種型式構建。例示性抗體型式揭示於Spiess et al., Mol. Immunol. 67(2):95(2015),及於Brinkmann and Kontermann, mAbs 9(2):182-212(2017)中,其型式及製造其之方法以引用方式併入本文中,且包括例如雙特異性T細胞銜接器(bispecific T cell engager, BiTEs)、DART、杵入臼(knobs-into-holes, KIH)組裝體、scFv-CH3-KIH組裝體、KIH共同輕鏈抗體、TandAb、三重體、TriBi微型體、Fab-scFv、scFv-CH-CL-scFv、F(ab')2-scFv2、四價HCab、內抗體、CrossMab、雙重作用Fab(dual action Fab, DAF)(二合一或四合一)、DutaMab、DT-IgG、電荷配對、Fab臂交換(Fab-arm exchange)、股交換工程改造體(SEEDbody)、三功能抗體(Triomab)、LUZ-Y組裝體、Fcab、κλ體、正交Fab、DVD-Igs(例如美國專利第8,258,268號,其型式以全文引用方式併入本文中)、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L,H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、scFv4-Ig、Zybody、及DVI-IgG(四合一)、以及所謂FIT-Ig(例如PCT公開案第WO 2015/103072號,其型式以全文引用方式併入本文中)、所謂WuxiBody形式(例如PCT公開案第WO 2019/057122號,其型式以全文引用方式併入本文中)、及所謂肘內插入(In-Elbow-Insert)Ig形式(IEI-Ig;例如PCT公開案號WO 2019/024979及WO 2019/ 025391,其型式以全文引用方式併入本文中)。
在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含二或更多個的VH結構域、二或更多個VL結構域、或兩者(亦即二或更多個VH結構域及二或更多個VL結構域)。在特定具體實施例中,抗原結合片段包含形式(N端至C端方向)VH-連接子-VL-連接子-VH-連接子-VL,其中二個VH序列可為相同或不同的且二個VL序列可為相同或不同的。此類連接之scFv可包括排列成結合至給定目標之VH及VL結構域之任何組合,且以包含二或更多個VH及/或二或更多個VL之形式,可結合一個、二個、或更多個不同的表位或抗原。應瞭解,併入多個抗原結合結構域之形式可包括任何組合或取向的VH及/或VL序列。舉例而言,抗原結合片段可包含形式VL-連接子-VH-連接子-VL-連接子-VH、VH-連接子-VL-連接子-VL-連接子-VH、或VL-連接子-VH-連接子-VH-連接子-VL。
所構建之本揭露之單特異性或多特異性抗體或抗原結合片段包含本文中所揭示之VH及VL序列之任何組合及/或CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3序列之任何組合。在一些具體實施例中,雙特異性或多特異性抗體或抗原結合片段可包含本揭露之一個、二個、或更多個抗原結合結構域(例如VH及VL)。可存在與相同或不同的SARS-CoV-2表位結合的二或更多個結合結構域,且在一些具體實施例中,如本文中所提供之雙特異性或多特異性抗體或抗原結合片段可包含另外的SARS-CoV-2結合結構域,及/或可包含與不同抗原或病原體共同結合的結合結構域。
在任何目前揭示之具體實施例中,抗體或抗原結合片段可為多特異性;例如雙特異性、三特異性等。
在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含:(i)第一VH及第一VL;及(ii)第二VH及第二VL,其中該第一VH及該第二VH係不同的。
在一些具體實施例中,第一VH及VL包含i)分別與SEQ ID NO: 23及27中所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列;ii)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為31、35、36、或43中任一者及37;分別為14及15;分別為16及17;分別為18及19;分別為20及21;分別為20及22;iii)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為83、179、181、183、185、188、或190中任一者及87或193中任一者;iv)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者及97、225、228、或231中任一者;v)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者及105、254、257、或260中任一者;或vi)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者及115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者;且其中該第二VH及VL包含i)分別與SEQ ID NO: 23及27中所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列;ii)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為31、35、36、或43中任一者及37;分別為14及15;分別為16及17;分別為18及19;分別為20及21;分別為20及22;iii)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為83、179、181、183、185、188、或190中任一者及87或193中任一者;iv)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者及97、225、228、或231中任一者;v)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者及105、254、257、或260中任一者;或vi)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者及115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者;其中該第一VH及第二VL不同於該第二VH及VL,且其中該第一VH及該第一VL一起形成第一抗原結合位點,且其中該第二VH及該第二VL一起形成第二抗原結合位點。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段可進一步包含Fc多肽或其片段,該Fc多肽或其片段包含下列者或由下列者組成:與SEQ ID NO: 44至80中所述胺基酸序列具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%同一性之胺基酸序列,或包含SEQ ID NO: 44至80中所述之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 44至80中所述之胺基酸組成。
在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含Fc多肽、或其片段。「Fc」片段或Fc多肽包含由雙硫鍵固持在一起之兩個抗體H鏈之羧基端部分(亦即IgG之CH2及CH3結構域)。Fc可包含由二個Fc多肽(亦即二個CH2-CH3多肽)構成之二聚物。抗體「效應子功能」係指可歸因於抗體之Fc區(原生序列Fc區或胺基酸序列變體Fc區)的彼等生物活性,且隨著抗體同型而變化。抗體效應子功能之實施例包括:C1q結合及補體依賴性細胞毒性;Fc受體結合;抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC);吞噬作用;細胞表面受體(例如B細胞受體)之下調;及B細胞活化。如本文中所討論,可對Fc結構域進行修飾(例如胺基酸取代),以便修飾(例如改善、減少、或切除)含Fc多肽(例如本揭露之抗體)之一或多種官能性。此類功能包括例如,Fc受體(FcR)結合、抗體半衰期調節(例如藉由與FcRn結合)、ADCC功能、蛋白質A結合、蛋白質G結合、及補體結合。修飾(例如改善、減少、或切除)Fc官能性之胺基酸修飾包括例如T250Q/M428L、M252Y/S254T/T256E、H433K/N434F、M428L/N434S、M428L/N434A、E233P/L234V/L235A/ G236+A327G/A330S/P331S、E333A、S239D/A330L/I332E、P257I/Q311、K326W/E333S、S239D/I332E/G236A、N297Q、K322A、S228P、L235E+E318A/K320A/K322A、L234A/L235A(本文亦稱為「LALA」)、及L234A/L235A/ P329G突變,該等突變係總結及註釋在由InvivoGen(2011)出版之"Engineered Fc Regions"中且可在網上獲得:invivogen.com/PDF/review/review-Engineered-Fc-Regions-invivogen.pdf?utm_source=review&utm_medium=pdf&utm_campaign=review&utm_content=Engineered-Fc-Regions,並以引用方式併入本文中。
舉例而言,為了活化補體級聯,當一或多個免疫球蛋白分子與抗原目標附接時,C1q蛋白質複合物可與至少二個IgG1分子或一個IgM分子結合(Ward, E. S., and Ghetie, V., Ther.Immunol.2(1995)77-94)。Burton, D. R.描述(Mol. Immunol. 22(1985)161-206)包含胺基酸殘基318至337之重鏈區涉及補體固定作用。Duncan, A. R.及Winter, G.(Nature 332(1988)738-740)使用定點誘變,報導Glu318、Lys320及Lys322形成與C1q之結合位點。Glu318、Lys320、及Lys322殘基在C1q之結合中的作用係藉由含有此等殘基之短合成肽抑制補體介導之裂解的能力來確認。
舉例而言,FcR結合可藉由(抗體之)Fc部分與Fc受體(FcR)的交互作用來介導,該Fc受體係在包括造血細胞之細胞上之特化細胞表面受體。Fc受體屬於免疫球蛋白超家族,並顯示出藉由免疫複合物之吞噬作用來介導移除經抗體包覆之病源體、及經由抗體依賴性細胞介導之細胞毒性裂解包覆有對應抗體之紅血球及各種其他細胞目標(例如腫瘤細胞)(ADCC; Van de Winkel, J. G., and Anderson, C. L., J. Leukoc.Biol.49(1991) 511-524)。FcR係藉由其對免疫球蛋白類之特異性來定義;IgG抗體之Fc受體稱為FcγR、IgE之Fc受體稱為FcεR、IgA之Fc受體稱為FcαR,依此類推,而新生兒Fc受體稱為FcRn。Fc受體結合係描述例如於Ravetch, J. V., and Kinet, J. P., Annu. Rev. Immunol. 9(1991)457-492;Capel, P. J., et al., Immunomethods 4(1994)25-34; de Haas, M., et al., J Lab. Clin. Med.126 (1995)330-341;及 Gessner, J. E., et al., Ann. Hematol. 76(1998)231-248中。
受體藉由原生IgG抗體(FcγR)之Fc結構域之交聯觸發各種效應子功能,包括吞噬作用、抗體依賴性細胞毒性、及發炎介質之釋放、以及免疫複合物清除及抗體產生之調節。本文設想提供受體(例如FcγR)之交聯的Fc部分。在人類中,迄今為止已定性三類的FcγR,該等為:(i) FcγRI (CD64),其以高親和力結合單體IgG,並在巨噬細胞、單核球、嗜中性球、及嗜酸性球上表現;(ii) FcγRII (CD32),其以中至低親和力結合複合型IgG,特別是在白血球上且廣泛地表現,據信為抗體介導之免疫力之中心參予者,且其可被分成FcγRIIA、FcγRIIB、及FcγRIIC,彼等在免疫系統中發揮不同功能,但以類似之低親和力與IgG-Fc結合,且此等受體之胞外結構域(ectodomain)係高度同源;及(iii) FcγRIII(CD16),其以中至低親和力結合IgG且已發現呈兩種形式:FcγRIIIA,其已在NK細胞、巨噬細胞、嗜酸性球、及一些單核球及T細胞上發現,且據信介導ADCC;及FcγRIIIB,其在嗜中性球上高度表現。
FcγRIIA在參予殺滅之許多細胞(例如巨噬細胞、單核球、嗜中性球)上發現且似乎能夠活化殺滅過程。FcγRIIB似乎在抑制過程中發揮作用並在B細胞、巨噬細胞上及在肥大細胞及嗜酸性球上發現。重要的是,已顯示在肝中發現所有FcγRIIB之75%(Ganesan, L. P. et al., 2012: "FcγRIIb on liver sinusoidal endothelium clears small immune complexes," Journal of Immunology 189: 4981-4988)。FcγRIIB在稱為LSEC之肝竇狀內皮細胞(liver sinusoidal endothelium)上及在肝中之庫弗氏細胞(Kupffer cell)中大量表現,且LSEC係小型免疫複合物清除之主要部位(Ganesan, L. P. et al., 2012: FcγRIIb on liver sinusoidal endothelium clears small immune complexes. Journal of Immunology 189: 4981-4988)。
在一些具體實施例中,本文中所揭示之抗體及其抗原結合片段包含與特別是Fc區之FcγRIIb結合之Fc多肽或其片段,諸如例如IgG類型抗體。再者,可以藉由引入突變S267E及L328F來工程改造Fc部分以增強FcγRIIB結合,如由 Chu, S. Y. et al., 2008: Inhibition of B cell receptor-mediated activation of primary human B cells by coengagement of CD19 and FcgammaRIIb with Fc-engineered antibodies. Molecular Immunology 45, 3926-3933所述。藉此,可增強免疫複合物之清除(Chu, S., et al., 2014: Accelerated Clearance of IgE In Chimpanzees Is Mediated By Xmab7195, An Fc-Engineered Antibody With Enhanced Affinity For Inhibitory Receptor FcγRIIb. Am J Respir Crit, American Thoracic Society International Conference Abstracts)。在一些具體實施例中,本揭露之抗體、或其抗原結合片段包含具有突變S267E及L328F之經工程改造之Fc部分,特別是如由Chu, S. Y. et al., 2008: Inhibition of B cell receptor-mediated activation of primary human B cells by coengagement of CD19 and FcgammaRIIb with Fc-engineered antibodies. Molecular Immunology 45, 3926-3933所述。
在B細胞上,FcγRIIB可作用為壓制進一步免疫球蛋白產生並將同型轉換成例如IgE類。在巨噬細胞上,FcγRIIB被認為抑制通過FcγRIIA所介導之吞噬作用。在嗜酸性球及肥大細胞上,該B形式是可有助於通過IgE與其獨立受體結合來壓制此等細胞之活化。
關於FcγRI結合,在E233至G236、P238、D265、N297、A327、及P329中之至少一者之原生IgG中之修飾減少與FcγRI的結合。將在位置233至236處之IgG2殘基取代到對應位置IgG1及IgG4中,使IgG1及IgG4與FcγRI的接合降低103倍並消除人類單核球對抗體敏化之紅血球細胞之反應(Armour, K. L., et al. Eur. J.Immunol.29(1999) 2613-2624)。
關於FcγRII結合,發現例如E233至G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、R292及K414中之至少一者之IgG突變減少與FcγRIIA的結合。
人類FcγRIIA之兩個等位基因形式係「H131」變體及「R131」變體,該H131以較高親和力與IgG1 Fc結合,且該R131以較低親和力與IgG1 Fc結合。參見例如Bruhns et al., Blood 113:3716-3725(2009)。
關於FcγRIII結合,發現例如E233至G236、P238、D265、N297、A327、P329、D270、Q295、A327、S239、E269、E293、Y296、V303、A327、K338、及D376中之至少一者之突變減少與FcγRIIIA的結合。在人類IgG1上定位用於Fc受體之結合位點、上文提及之突變位點、及用於測量與FcγRI及FcγRIIA結合之方法描述於Shields, R. L., et al., J. Biol.Chem.276(2001) 6591-6604中。
人類FcγRIIA之兩個等位基因形式係「F158」變體及「V158」變體,該F158以較低親和力與IgG1 Fc結合及,該V158以較高親和力與IgG1 Fc結合。參見例如Bruhns et al., Blood 113:3716-3725(2009)。
關於與FcγRII結合,原生IgG Fc之二個區域似乎參予在FcγRII與IgG之間的交互作用,即(i) IgG Fc之下鉸鏈位點,特別是胺基酸殘基L、L、G、G(234至237,EU標號),及(ii) IgG Fc之CH2結構域之相鄰區域,特別是在鄰近於下鉸鏈區域之上CH2結構域,例如在P331之區域中之環圈及股(Wines, B.D., et al., J. Immunol. 2000; 164: 5313 - 5318)。再者,FcγRI似乎與在IgG Fc上之相同位點結合,而FcRn及蛋白質A與IgG Fc上之不同位點結合,該等位點似乎位在CH2至CH3界面處(Wines, B.D., et al., J. Immunol. 2000; 164: 5313-5318)。
亦設想增加本揭露之Fc多肽或其片段與(亦即一或多個)Fcγ受體之結合親和力的突變(例如,如相較於參考Fc多肽或其片段或含有不包含一或多個突變之參考Fc多肽或其片段)。參見例如Delillo and Ravetch, Cell 161(5):1035-1045(2015)and Ahmed et al., J. Struc. Biol. 194(1):78 (2016),Fc突變及其技術以引用方式併入本文中。
在任何本文中所揭示之具體實施例中,抗體或抗原結合片段可包含Fc多肽或其片段,其包含選自以下之突變:G236A;S239D;A330L;及I332E;或該等突變中之任二或更多者之組合;例如S239D/I332E;S239D/A330L/ I332E;G236A/S239D/I332E;G236A/A330L/I332E(本文亦稱為「GAALIE」);或G236A/S239D/A330L/I332E。在一些具體實施例中,Fc多肽或其片段不包含S239D。在一些具體實施例中,Fc多肽或其片段在位置239處(EU編號)包含S。在一些具體實施例中,Fc多肽或其片段包含SEQ ID NO: 52至58中所述之胺基酸序列。
在某些具體實施例中,Fc多肽或其片段可包含參予FcRn結合之Fc多肽或其片段之至少一部分或由參予FcRn結合之Fc多肽或其片段之至少一部分組成。在某些具體實施例中,Fc多肽或其片段包含一或多個胺基酸修飾,其改善對(例如增強結合至)FcRn之結合親和力(例如在約6.0之pH下)且,在一些具體實施例中,藉此延長包含該Fc多肽或其片段之分子之體內半衰期(例如相較於在其他方面相同但不包含該(等)修飾之參考Fc多肽或其片段或抗體)。在某些具體實施例中,Fc多肽或其片段包含或衍生自IgG Fc且延長半衰期之突變包含下列中任一者或多者:M428L;N434S;N434H;N434A;N434S;M252Y;S254T;T256E;T250Q;P257I;Q311I;D376V;T307A;E380A(EU編號)。在某些具體實施例中,延長半衰期之突變包含M428L/N434S(本文亦稱為「MLNS」、「LS」、「_LS」、及「-LS」)。在某些具體實施例中,延長半衰期之突變係在包含SEQ ID NO: 59至64中所述之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 59至64中所述之胺基酸序列組成之Fc多肽或其片段中。在某些具體實施例中,半衰期延長之突變包含M252Y/S254T/T256E。在某些具體實施例中,半衰期延長之突變包含T250Q/M428L。在某些具體實施例中,半衰期延長之突變包含P257I/Q311I。在某些具體實施例中,半衰期延長之突變包含P257I/N434H。在某些具體實施例中,半衰期延長之突變包含D376V/N434H。在某些具體實施例中,半衰期延長之突變包含T307A/E380A/ N434A。在某些具體實施例中,延長半衰期之突變包含M428L/N434A(本文亦稱為「MLNA」、「LA」、「_LA」、及「-LA」)。在某些具體實施例中,延長半衰期之突變係在包含SEQ ID NO: 65至70中所述之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 65至70中所述之胺基酸序列組成之Fc多肽或其片段中。
在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包括包含取代突變M428L/N434S或M428L/N434A之Fc部分。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包括包含取代突變G236A/A330L/I332E之Fc多肽或其片段。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包括(例如IgG)Fc部分,其包含G236A突變、A330L突變、及I332E突變(GAALIE),且不包含S239D突變(例如在位置239處包含原生S)。在特定具體實施例中,抗體或抗原結合片段包括包含下列取代突變的Fc多肽或其片段:M428L/N434S及G236A/A330L/ I332E,(且可包含SEQ ID NO: 71至75中所述之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 71至75中所述之胺基酸序列組成),且視需要地不包含S239D(例如在239處包含S)。在特定具體實施例中,抗體或抗原結合片段包括包含下列取代突變的Fc多肽或其片段:M428L/N434A及G236A/A330L/I332E,(且可包含SEQ ID NO: 76至80中所述之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 76至80中所述之胺基酸序列組成),且視需要地不包含S239D(例如在239處包含S)。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包括包含下列取代突變的Fc多肽或其片段:M428L/N434S(或M428L/N434A)及G236A/S239D/ A330L/I332E。
在一些具體實施例中,提供抗體或抗原結合片段(本文進一步描述),其在(例如人類)IgG1重鏈中包含(i)至(xviii)中任一者中所述之一或多個胺基酸突變:(i) G236A、L328V、及Q295E;(ii) G236A、P230A、及Q295E;(iii) G236A、R292P、及I377N;(iv) G236A、K334A、及Q295E;(v) G236S、R292P、及Y300L;(vi) G236A及Y300L;(vii) G236A、R292P、及Y300L;(viii) G236S、G420V、G446E、及L309T;(ix) G236A及R292P;(x) R292P及Y300L;(xi) G236A及R292P;(xii) Y300L;(xiii) E345K、G236S、L235Y、及S267E;(xiv) E272R、L309T、S219Y、及S267E;(xv) G236Y;(xvi) G236W;(xvii) F243L、G446E、P396L、及S267E;(xviii) G236A、S239D、及H268E,其中胺基酸殘基之編號係根據如Kabat中所述之EU索引。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段經去岩藻醣基化(afucosylated)。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段進一步包含增強與人類FcRn結合的一或多個突變,諸如M428L及N434S突變或M428L及N434A突變(EU編號)或增強與人類FcRn結合的任何其他(一或多個)突變,諸如本文中所述者。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段經去岩藻醣基化。
在特定具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含I) VH及VL,其具有下列SEQ ID NO中任一者所述之胺基酸序列:分別為23及27;分別為31及37;分別為35及37;及分別為36及37;II) 在如具有下列中任一者所述之胺基酸序列的VH及VL中所述之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3:分別為1) SEQ ID NO: 23及27;2) SEQ ID NO: 23及37;3) SEQ ID NO: 31及27;4) SEQ ID NO: 31及37;5) SEQ ID NO: 35及27;6) SEQ ID NO: 35及37;7) SEQ ID NO: 36及27;8) SEQ ID NO: 36及37;9) SEQ ID NO: 43及27;10) SEQ ID NO: 43及37;11) SEQ ID NO: 83及87;12) SEQ ID NO: 83及193;13) SEQ ID NO: 179及87;14) SEQ ID NO: 179及193;15) SEQ ID NO: 181及87;16) SEQ ID NO: 181及193;17) SEQ ID NO: 183及87;18) SEQ ID NO: 183及193;18) SEQ ID NO: 185及87;19) SEQ ID NO: 185及193;20) SEQ ID NO: 188及87;21) SEQ ID NO: 188及193;22) SEQ ID NO: 190及87;23) SEQ ID NO: 190及193;24) SEQ ID NO: 93及97;25) SEQ ID NO: 93及225;26) SEQ ID NO: 93及228;27) SEQ ID NO: 93及231;28) SEQ ID NO: 197及97;29) SEQ ID NO: 197及225;30) SEQ ID NO: 197及228;31) SEQ ID NO: 197及231;32) SEQ ID NO: 201及97;33) SEQ ID NO: 201及225;34) SEQ ID NO: 201及228;35) SEQ ID NO: 201及231;36) SEQ ID NO: 204及97;37) SEQ ID NO: 204及225;38) SEQ ID NO: 204及228;39) SEQ ID NO: 204及231;40) SEQ ID NO: 207及97;41) SEQ ID NO: 207及225;42) SEQ ID NO: 207及228;43) SEQ ID NO: 207及231;44) SEQ ID NO: 210及97;45) SEQ ID NO: 210及225;46) SEQ ID NO: 210及228;47) SEQ ID NO: 210及231;48) SEQ ID NO: 212及97;49) SEQ ID NO: 212及225;50) SEQ ID NO: 212及228;51) SEQ ID NO: 212及231;52) SEQ ID NO: 214及97;53) SEQ ID NO: 214及225;54) SEQ ID NO: 214及228;55) SEQ ID NO: 214及231;56) SEQ ID NO: 216及97;57) SEQ ID NO: 216及225;58) SEQ ID NO: 216及228;59) SEQ ID NO: 216及231;60) SEQ ID NO: 218及97;61) SEQ ID NO: 218及225;62) SEQ ID NO: 218及228;63) SEQ ID NO: 218及231;64) SEQ ID NO: 220及97;65) SEQ ID NO: 220及225;66) SEQ ID NO: 220及228;67) SEQ ID NO: 220及231;68) SEQ ID NO: 222及97;69) SEQ ID NO: 222及225;70) SEQ ID NO: 222及228;71) SEQ ID NO: 222及231;72) SEQ ID NO: 102及105;73) SEQ ID NO: 102及254;74) SEQ ID NO: 102及257;75) SEQ ID NO: 102及260;76) SEQ ID NO: 235及105;77) SEQ ID NO: 235及254;78) SEQ ID NO: 235及257;79) SEQ ID NO: 235及260;80) SEQ ID NO: 238及105;81) SEQ ID NO: 238及254;82) SEQ ID NO: 238及257;83) SEQ ID NO: 238及260;84) SEQ ID NO: 241及105;85) SEQ ID NO: 241及254;86) SEQ ID NO: 241及257;87) SEQ ID NO: 241及260;88) SEQ ID NO: 243及105;89) SEQ ID NO: 243及254;90) SEQ ID NO: 243及257;91) SEQ ID NO: 243及260;92) SEQ ID NO: 245及105;93) SEQ ID NO: 245及254;94) SEQ ID NO: 245及257;95) SEQ ID NO: 245及260;96) SEQ ID NO: 247及105;97) SEQ ID NO: 247及254;98) SEQ ID NO: 247及257;99) SEQ ID NO: 247及260;100) SEQ ID NO: 249及105;101) SEQ ID NO: 249及254;102) SEQ ID NO: 249及257;103) SEQ ID NO: 249及260;104) SEQ ID NO: 251及105;105) SEQ ID NO: 251及254;106) SEQ ID NO: 251及257;107) SEQ ID NO: 251及260;108) SEQ ID NO: 111及115;109) SEQ ID NO: 111及121;110) SEQ ID NO: 111及157;111) SEQ ID NO: 111及272;112) SEQ ID NO: 111及277;113) SEQ ID NO: 111及279;114) SEQ ID NO: 111及282;115) SEQ ID NO: 111及286;116) SEQ ID NO: 111及290;117) SEQ ID NO: 125及115;118) SEQ ID NO: 125及121;119) SEQ ID NO: 125及157;120) SEQ ID NO: 125及272;121) SEQ ID NO: 125及277;122) SEQ ID NO: 125及279;123) SEQ ID NO: 125及282;124) SEQ ID NO: 125及286;125) SEQ ID NO: 125及290;126) SEQ ID NO: 128及115;127) SEQ ID NO: 128及121;128) SEQ ID NO: 128及157;129) SEQ ID NO: 128及272;129) SEQ ID NO: 128及279;130) SEQ ID NO: 128及282;131) SEQ ID NO: 128及286;132) SEQ ID NO: 128及290;133) SEQ ID NO: 131及115;134) SEQ ID NO: 131及121;135) SEQ ID NO: 131及157;136) SEQ ID NO: 131及272;137) SEQ ID NO: 131及277;138) SEQ ID NO: 131及279;139) SEQ ID NO: 131及282;140) SEQ ID NO: 131及286;141) SEQ ID NO: 131及290;142) SEQ ID NO: 134及115;143) SEQ ID NO: 134及121;144) SEQ ID NO: 134及157;145) SEQ ID NO: 134及272;146) SEQ ID NO: 134及277;147) SEQ ID NO: 134及279;148) SEQ ID NO: 134及282;149) SEQ ID NO: 134及286;150) SEQ ID NO: 134及290;151) SEQ ID NO: 137及115;152) SEQ ID NO: 137及121;153) SEQ ID NO: 137及157;154) SEQ ID NO: 137及272;155) SEQ ID NO: 137及277;156) SEQ ID NO: 137及279;157) SEQ ID NO: 137及282;158) SEQ ID NO: 137及286;159) SEQ ID NO: 137及290;160) SEQ ID NO: 141及115;161) SEQ ID NO: 141及121;162) SEQ ID NO: 141及157;162) SEQ ID NO: 141及272;162) SEQ ID NO: 141及277;163) SEQ ID NO: 141及279;164) SEQ ID NO: 141及282;165) SEQ ID NO: 141及286;166) SEQ ID NO: 141 290;167) SEQ ID NO: 145及115;168) SEQ ID NO: 145及121;169) SEQ ID NO: 145及157;170) SEQ ID NO: 145及272;171) SEQ ID NO: 145及277;172) SEQ ID NO: 145及279;173) SEQ ID NO: 145及282;174) SEQ ID NO: 145及282;175) SEQ ID NO: 145及286;176) SEQ ID NO: 145及290;177) SEQ ID NO: 149及115;178) SEQ ID NO: 149及121;179) SEQ ID NO: 149及157;180) SEQ ID NO: 149及272;181) SEQ ID NO: 149及277;182) SEQ ID NO: 149及279;及183) SEQ ID NO: 149及282;184) SEQ ID NO: 149及286;185) SEQ ID NO: 149及290;186) SEQ ID NO: 153及115;187) SEQ ID NO: 153及121;188) SEQ ID NO: 153及157;189) SEQ ID NO: 153及272;190) SEQ ID NO: 153及277;191) SEQ ID NO: 153及279;192) SEQ ID NO: 153及282;193) SEQ ID NO: 153及286;194) SEQ ID NO: 153及290;195) SEQ ID NO: 264及115;196) SEQ ID NO: 264及121;197) SEQ ID NO: 264及157;198) SEQ ID NO: 264及272;199) SEQ ID NO: 264及277;200) SEQ ID NO: 264及279;201) SEQ ID NO: 264及282;202) SEQ ID NO: 264及286;203) SEQ ID NO: 264及290;204) SEQ ID NO: 266及115;205) SEQ ID NO: 266及121;206) SEQ ID NO: 266及157;207) SEQ ID NO: 266及272;208) SEQ ID NO: 266及277;209) SEQ ID NO: 266及279;210) SEQ ID NO: 266及282;211) SEQ ID NO: 266及286;212) SEQ ID NO: 266及290;213) SEQ ID NO: 269及115;214) SEQ ID NO: 269及121;215) SEQ ID NO: 269及157;216) SEQ ID NO: 269及157;217) SEQ ID NO: 269及272;218) SEQ ID NO: 269及277;219) SEQ ID NO: 269及279;219) SEQ ID NO: 269及282;220) SEQ ID NO: 269及286;或221) SEQ ID NO: 269及290,其係如有本文中所揭示之任何CDL判定方案所判定;或(III)具有如其中下列之胺基酸序列之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3(i)分別為SEQ ID NO: 24至26或32至34及28至30或38至40;(ii)分別為SEQ ID NO: 32至34及38至40;(iii)分別為SEQ ID NO: 84至86或84、85及186及88至90或194、89、及90;(iv)分別為SEQ ID NO: 94至96;198、95及96;208、95及96;94、95、及199;198、95及199;208、95、及199;94、95、及202;198、95、及205;208、95、及199;205、95、及202;或208、95、及205、及98、39、及99;226、39、及99;或229、39、及232;(v)分別為*SEQ ID NO: 112至114;112、126、及114;112、129及114;112、132、及114;112、135、及114;112、138、及114;112、142、及114;112、146、及114;112、150、及114;112、154、及114;112、267、及114;112、270、及114;112、113、及139;112、126、及139;112、129及139;112、132、及139;112、135、及139;112、138、及139;112、142、及139;112、146、及139;112、150、及139;112、154、及139;112、267、及139;112、270、及139;112、113、及143;112、126、及143;112、129及143;112、132、及143;112、135、及143;112、138、及143;112、142、及143;112、146、及143;112、150、及143;112、154、及143;112、267、及143;112、270、及143;112、113、及147;112、126、及147;112、129及147;112、132、及147;112、135、及147;112、138、及147;112、142、及147;112、146、及147;112、150、及147;112、154、及147;112、267、及147;112、270、及147;112、113、及151;112、126、及151;112、129 及151;112、132、及151;112、135、及151;112、138、及151;112、142、及151;112、146、及151;112、150、及151;112、154、及151;112、267、及151;112、270、及151;112、113、及155;112、126、及155;112、129及155;112、132、及155;112、135、及155;112、138、及155;112、142、及155;112、146、及1551;112、150、及155;112、154、及155;112、267、及155;或112、270、及155;及116至118;116、274、及118;116、287、及118;116、117、及122;116、274、及122;116、287、及122;116、117、及158;116、274、及275;116、287、及275;116、117、及280;116、274、及280;116、287、及280;116、117、及284;116、274、及284;116、287、及284;116、117、及288;116、274、及288;116、287、及288;116、117、及291;116、274、及291;116、287、及291;273、117、及118;273、274、及118;273、287、及118;273、117、及122;273、274、及122;273、287、及122;273、117、及158;273、274、及275;273、287、及275;273、117、及280;273、274、及280;1273、287、及280;273、117、及284;273、274、及284;273、287、及284;273、117、及288;273、274、及288;273、287、及288;273、117、及291;273、274、及291;273、287、及291;283、117、118;283、274、及118;283、287、及118;283、117、及122;283、274、及122;283、287、及122;283、117、及158;283、274、及275;283、287、及275;283、117、及280;283、274、及280;283、287、及280;283、117、及284;283、274、及284;283、287、及284;283、117、及288;283、274、及288;283、287、及288;283、117、及291;283、274、及291;或283、287、及291;及(A) Fc部分,其包含下列之取代突變:(i) G236A、L328V、及Q295E;(ii) G236A、P230A、及Q295E;(iii) G236A、R292P、及I377N;(iv) G236A、K334A、及Q295E;(v) G236S、R292P、及Y300L;(vi) G236A 及Y300L;(vii) G236A、R292P、及Y300L;(viii) G236S、G420V、G446E、及L309T;(ix) G236A 及R292P;(x) R292P 及Y300L;(xi) G236A 及R292P;(xii) Y300L;(xiii) E345K、G236S、L235Y、及S267E;(xiv) E272R、L309T、S219Y、及S267E;(xv) G236Y;(xvi) G236W;(xvii) F243L、G446E、P396L、及S267E;(xviii) G236A、S239D、及H268E;(xix) M428L/ N434S;(xx) M428L/N434A;(xxi) G236A/A330L/I332E/ M428L/N434S;(xxii) G236A/A330L/I332E/M428L/N434A;或(xxiii)(i)至(xxii)中任二者或多者;或(B) Fc部分,其包含Fc多肽或其片段或由Fc多肽或其片段組成,該Fc多肽或其片段包含下列者或由下列者組成:與SEQ ID NO: 44至80具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%同一性之胺基酸序列,視需要地不是其天然存在的變體,或包含SEQ ID NO: 52至80中所述之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 52至80中所述之胺基酸序列組成。
在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含改變醣基化的突變,其中改變醣基化的該突變包含N297A、N297Q、或N297G,及/或該抗體或抗原結合片段係部分或完全去醣基化(aglycosylated)及/或部分或完全去岩藻醣基化。宿主細胞細胞系及製造部分或完全去醣基化或部分或完全去岩藻醣基化抗體及抗原結合片段之方法係已知的(參見例如PCT公開案號WO 2016/181357;Suzuki et al. Clin. Cancer Res.13(6):1875-82(2007);Huang et al.MAbs 6:1-12(2018))。
本揭露之抗體或抗原結合片段可為岩藻醣基化的(例如包含一或多個岩藻醣基部分,且一般包含原生(野生型)岩藻醣基化模式(fucosylation pattern)或相較於原生包括一或多個額外,或較少岩藻醣基部分的岩藻醣基化模式)、或可為去岩藻醣基化的。特別是,原生IgG1抗體在N297處攜帶聚醣位點,且此一般係在抗體中可找到核心岩藻醣部分之唯一位點,儘管一些聚醣位點可在抗體發展期間通過突變(例如在可變結構域中)而產生。Fc多肽或其片段、或抗體之岩藻醣基化可藉由引入胺基酸突變以引入或中斷岩藻醣基化位點(例如在N297處之突變,諸如N297Q或N297A,以中斷可包括核心岩藻醣部分的聚醣之形成)來實現,然而一般較佳的是維持N297及其聚醣,諸如藉由在已經基因工程改造而缺乏岩藻醣基化多肽之能力(或具有抑制能力或能力受損)的宿主細胞中表現多肽;藉由在其中宿主細胞岩藻醣基化多肽之能力受損之條件下(例如在2-氟-L-岩藻醣(2FF)存在下)、或類似條件下表現多肽。去岩藻醣基化多肽可包含無岩藻醣部分、或實質上無岩藻醣部分,及/或可藉由經基因工程改造而缺乏岩藻醣基化多肽之能力(或具有抑制能力或能力受損)的宿主細胞來表現及/或可在其中宿主細胞岩藻醣基化多肽之能力受損之條件下(例如在2-氟-L-岩藻醣(2FF)存在下)表現。在一些具體實施例中,多肽在Asn297處不包含核心岩藻醣部分。在一些具體實施例中,去岩藻醣基化多肽具有增加與FcγRIIIA的結合。在一些情況下,將2FF添加至包含表現抗體之宿主細胞之培養基中,產生約85%或更多的未攜帶岩藻醣部分之抗體。因此,當在2FF或類似試劑存在下產生複數個抗體時,該複數個抗體可被描述為「去岩藻醣基化」。在一些情況下,複數個多肽或抗體可被描述為例如去岩藻醣基化,意指該複數個多肽或抗體之約85%或更多的單一多肽或抗體分子不含岩藻醣部分。在某些較佳具體實施例中,去岩藻醣基化抗體或多肽或其群體或複數個抗體或多肽在EU位置297處包含天冬醯胺酸(N)。岩藻醣基化或缺乏岩藻醣基化可使用例如質譜法(例如電灑質譜法(ESI-MS))評定。在一些具體實施例中,提供包含複數個目前所揭示之多肽中任一者或多者的組成物,其中該組成物包含去岩藻醣基化多肽。
在某些具體實施例中,即使一旦在個體中沒有發現可偵測到的抗體或抗原結合片段(亦即當在投予後抗體或抗原結合片段已自個體中清除時)水平,該抗體或抗原結合片段亦能夠在個體中引發持續的保護。本文將此種保護稱為疫苗效應(vaccinal effect)。不希望受理論束縛,據信樹狀細胞可使抗體及抗原之複合物內化,然後誘導或促進針對抗原之內源性免疫反應。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含一或多個修飾,諸如例如Fc中之突變,其包含G236A、A330L、及I332E,該等突變能夠活化可誘導例如T細胞對抗原之免疫力的樹狀細胞。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段包含Fc變體,其選自表1中總結之Fc變體(亦參見PCT公開案號WO 2022/251119)。在某些具體實施例中,Fc變體、或抗體或抗原結合片段經岩藻醣基化。在其他具體實施例中,Fc變體、或抗體或抗原結合片段經去岩藻醣基化。
表1. Fc變體(岩藻醣基化,除非另有指示)及其性質
變體 (
一或多個取代突變 vs. 野生型人類 IgG1 Fc) | 所示之一或多個變體之某些性質,如相較於岩藻醣基化野生型人類 IgG1 |
G236A_L328V_Q295E
| 與人類FcγRIIa(H131等位基因及R131等位基因)的結合增加;與人類FcγRIIb的結合可相比或減少(例如由MSD檢定及/或表面電漿共振);與人類FcγRIIa(H131等位基因或R131等位基因)的結合對比與人類FcγRIIb的結合之比率增加;與人類FcRn的結合可相比;可相比的生產效價;在宿主細胞中經由FcγRIIa之訊號傳導增加及/或在宿主細胞中經由FcγRIIb之訊號傳導降低;Tm與野生型相差12
⸰C或更低;G236S_R292P_Y300L具有改善與C1q的結合
|
G236A_P230A_Q295E
|
G236A_R292P_I377N
|
G236A_K334A_Q295E
|
G236S_R292P_Y300L
|
G236A_Y300L
| 與人類FcγRIIa的結合增加(H131(超過18倍)及R131(超過4倍));與人類FcγRIIb的結合類似或與人類FcγRIIb的結合減少(例如由表面電漿共振所測量);與人類FcγRIIa(H131或R131)的結合對比與人類FcγRIIb的結合之比率增加;與人類FcRn的結合可相比;可相比的生產效價;在宿主細胞中經由FcγRIIa之訊號傳導增加及/或在宿主細胞中經由FcγRIIb之訊號傳導降低;Tm與野生型相差4.5
⸰C
|
G236A_R292P_Y300L
| 與人類FcγRIIa的結合增加(H131(超過14倍)及R131(超過2.7倍));與人類FcγRIIb的結合類似;與人類FcγRIIa(H131或R131)的結合對比與人類FcγRIIb的結合之比率增加;與人類FcγRIIIa (V158等位基因及F158等位基因)的結合增加;與人類FcRn的結合可相比;可相比的生產效價;在宿主細胞中經由FcγRIIa及/或FcγRIIIa之訊號傳導增加及/或在宿主細胞中經由FcγRIIb之訊號傳導降低;在宿主細胞中經由FcγRIIa之訊號傳導增加及/或在宿主細胞中經由FcγRIIb之訊號傳導降低;Tm與野生型相差4
⸰C;與人類C1q的結合可相比
|
G236S_G420V_G446E_L309T
| 與人類FcγRIIa的結合增加;與人類FcγRIIb的結合降低(小於0.5倍);與人類FcγRIIa(H131或R131)的結合對比與人類FcγRIIb的結合之比率增加;與人類FcRn的結合可相比;可相比的生產效價;在宿主細胞中經由FcγRIIa及/或FcγRIIIa之訊號傳導增加、及/或在宿主細胞中經由FcγRIIb之訊號傳導降低;Tm與野生型相差4
⸰C或更低
|
G236A_R292P
|
R292P_Y300L
| 與人類FcγRIIIa(V158及F158)的結合增加;與人類C1q的結合增加;Tm與野生型相差4
⸰C
|
Y300L
| 與人類C1q的結合增加
|
E345K_G236S_L235Y_S267E
|
E272R_L309T_S219Y_S267E
|
G236Y
|
G236W
|
F243L_G446E_P396L_S267E
|
G236A(去岩藻醣基化)
| 與人類FcγRIIa (H131)及小鼠FcγRIIa (R131)的結合增加,結合人類FcγRIIb降低,與人類FcγRIIIa (V158)及小鼠FcγRIIIa (F158)的結合增加,與人類FcγRIIIb的結合增加,與人類FcRn的結合有所降低,Tm與野生型相差0.15
⸰C或與野生型相差0.9
⸰C或野生型相差0.8
⸰C或野生型相差0.7
⸰C
|
S239D_H268E_G236A
| 與下列所有測試之人類FcγR的結合及經由所有測試之人類FcγR的訊號傳導增加:FcγRIIA (H131); FcγRIIA (R131);FcγRIIB;FcγRIIIA (V158);FcγRIIIA (F158);FcγRIIIB;此外,當帶有S239D_H268E_G236A_M428L_N434S之抗HBV抗體與hBsAg結合時,將由此形成之免疫複合物與MoDC一起培育;隨後將MoDC與供體CD4+ T細胞一起培育,如相較於僅帶有M428L_N434S之抗體,導致NFAT+CD69+ CD3+CD4+ T細胞之百分比增加。
|
在一些具體實施例中,提供抗微小病毒抗體或抗原結合片段,其在(例如人類)IgG1重鏈中包含下列(i)至(xviii)中任一者中所述之一或多個胺基酸突變:(i) G236A、L328V、及Q295E;(ii) G236A、P230A、及Q295E;(iii) G236A、R292P、及I377N;(iv) G236A、K334A、及Q295E;(v) G236S、R292P、及Y300L;(vi) G236A及Y300L;(vii) G236A、R292P、及Y300L;(viii) G236S、G420V、G446E、及L309T;(ix) G236A及R292P;(x) R292P及Y300L;(xi) G236A及R292P;(xii) Y300L;(xiii) E345K、G236S、L235Y、及S267E;(xiv) E272R、L309T、S219Y、及S267E;(xv) G236Y;(xvi) G236W;(xvii) F243L、G446E、P396L、及S267E;(xviii) G236A、S239D、及H268E,其中胺基酸殘基之編號係根據如Kabat中所述之EU索引。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段經去岩藻醣基化。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段進一步包含增強與人類FcRn結合的一或多個突變,諸如M428L及N434S突變或M428L及N434A突變(EU編號)或增強與人類FcRn結合的任何其他一或多個突變,諸如本文中所述者。在某些具體實施例中,抗體或抗原結合片段經去岩藻醣基化。
在任何目前所揭示之具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含Fc多肽或其片段,其包括CH2(或其片段)、CH3(或其片段)、或CH2及CH3,其中如分別相較於對應野生型CH2或CH3,該CH2、該CH3、或兩者可為任何同型且可含有胺基酸取代或其他修飾。在某些具體實施例中,本揭露之Fc包含締合形成二聚物的兩個CH2-CH3多肽。
在任何目前所揭示之具體實施例中,抗體或抗原結合片段包含Fc多肽或其片段,其包括CH2(或其片段)、CH3(或其片段)、或CH2及CH3,其中如分別相較於對應野生型CH2或CH3,該CH2、該CH3、或兩者可為任何同型且可含有胺基酸取代或其他修飾。在某些具體實施例中,本揭露之Fc包含締合形成二聚物的兩個CH2-CH3多肽。
在任何目前揭示之具體實施例中,抗體或抗原結合片段可為單株的。如本文中所使用之術語「單株抗體(monoclonal antibody)」(mAb)係指自實質上均質的抗體之群體中獲得之抗體,亦即包含該群體之個別抗體係相同的,除了可能存在之可能天然發生之突變(在一些情況下為少量)以外。單株抗體對導向單一抗原位點具有高度特異性。此外,與包括導向不同表位之不同抗體的多株抗體製劑相反,各單株抗體係導向抗原之單一表位。除了其特異性以外,單株抗體有利之處在於其可被合成而不被其他抗體所污染。術語「單株(monoclonal)」不應解讀為要求藉由任何特定方法來產生抗體。舉例而言,可用於本發明之單株抗體可藉由首先由Kohler
et al.,
Nature256:495 (1975)描述之融合瘤方法製備,或可使用重組DNA方法在細菌、真核動物、或植物細胞中製得(參見例如美國專利第4,816,567號)。單株抗體亦可使用描述於例如Clackson
et al.,
Nature,
352:624-628(1991)及Marks
et al.,
J. Mol. Biol.,
222:581-597(1991)中之技術自噬菌體抗體庫中單離。單株抗體亦可使用PCT公開案號WO 2004/076677A2中所揭示之方法獲得。
本揭露之抗體及抗原結合片段包含「嵌合抗體」,其中該重鏈及/或輕鏈之一部分與衍生自特定物種或屬於特定抗體類別或子類別之抗體中之對應序列同一或同源,而該(等)鏈之其餘部分與衍生自另一物種或屬於另一抗體類別或子類別之抗體中之對應序列同一或同源,以及此等抗體之片段,只要其展現所欲生物活性(參見美國專利第4,816,567號;第5,530,101號及第7,498,415號;及Morrison
et al., Proc.Natl.Acad.Sci.USA,
81:6851-6855(1984))。舉例而言,嵌合抗體可包含人類及非人類殘基。此外,嵌合抗體可包含在受體抗體中或在供體抗體中未發現的殘基。進行此等修飾進一步改良抗體性能。進一步細節,請參見Jones
et al.,
Nature321:522-525(1986); Riechmann
et al.,
Natur e332:323-329(1988); and Presta,
Curr. Op. Struct.Biol. 2:593-596(1992)。嵌合抗體亦包括靈長類化及人源化抗體。
「人源化抗體」通常被認為係具有自非人類來源引入一或多個胺基酸殘基到其中的人類抗體。此等非人類胺基酸殘基一般取自可變結構域。人源化可依照Winter及同事之方法(Jones
et al.,
Nature, 321:522-525(1986); Reichmann
et al.,
Nature, 332:323-327(1988); Verhoeyen
et al.,
Science, 239:1534-1536(1988)),藉由以非人類可變序列取代人類抗體之對應序列來進行。因此,此類「人源化」抗體係嵌合抗體(美國專利第4,816,567號;第5,530,101號及第7,498,415號),其中實質上少於完整的人類可變結構域已由來自非人類物種之對應序列所取代。在一些情況下,「人源化」抗體係由非人類細胞或動物所產生之抗體且包含人類序列,例如H
C結構域。
「人類抗體」係僅含有由人類所產生之抗體中存在的序列的抗體。然而,如本文中所使用,人類抗體可包含未在天然存在的人類抗體(譬如自人類單離之抗體)中發現的殘基或修飾,包括本文中所述之彼等修飾及變體序列。此等一般進一步改良或增強抗體性能。在一些情況下,人類抗體係由基因轉殖動物所產生。舉例而言,參見美國專利第5,770,429號;第6,596,541號及第7,049,426號。
在某些具體實施例中,本揭露之抗體或抗原結合片段係嵌合的、人源化的、或人類的。
多核苷酸、載體、及宿主細胞 在另一態樣中,本揭露提供單離之多核苷酸,其編碼任何目前所揭示之抗體或其抗原結合片段、或其部分(例如CDR、VH、VL、重鏈、或輕鏈)。在某些具體實施例中,多核苷酸序列經密碼子最佳化以在宿主細胞中表現。一旦知道或鑑別編碼序列,可使用已知技術及工具執行密碼子最佳化,例如使用GenScript®OptimiumGene
TM工具;亦參見Scholten
et al.,
Clin.Immunol.119:135, 2006)。密碼子最佳化之序列包括部分經密碼子最佳化的序列(亦即一或多個密碼子經最佳化以在宿主細胞中表現)及完全經密碼子最佳化的序列。
應瞭解,由於例如遺傳密碼之簡併性、剪接等,所以編碼本揭露之抗體及抗原結合片段之多核苷酸可擁有不同的核苷酸序列,同時仍編碼相同的抗體及抗原結合片段。
在一些具體實施例中,多核苷酸包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 81、82、91、92、100、101、109、110、119、120、123、127、130、133、136、140、144、148、152、156、159、180、182、184、187、189、191、192、195、196、200、203、206、209、211、213、215、217、219、221、223、224、227、230、233、234、237、240、242、244、246、248、250、252、253、256、259、261、262、263、265、268、271、276、278、281、285、及289中之一或多者,特別是SEQ ID NO: 123及159之核酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之核酸序列。在更特定具體實施例中,單一多核苷酸包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 81、91、100、109、119、123、127、130、133、136、140、144、152、180、182、184、187、189、191、196、200、203、206、209、211、213、215、217、219、221、223、262、263、265、及268中之一或多者及SEQ ID NO: 82、92、101、110、120、159、192、195、224、227、230、233、234、237、240、242、244、246、248、250、252、253、256、259、261、271、276、278、281、285、及289中之一或多者,特別是SEQ ID NO: 123及159之核酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之核酸序列。在其他更特定具體實施例中,提供至少二個多核苷酸,其中第一多核苷酸包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 81、91、100、109、119、123、127、130、133、136、140、144、152、180、182、184、187、189、191、196、200、203、206、209、211、213、215、217、219、221、223、262、263、265、及268中之一或多者,特別是SEQ ID NO: 123之核酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之核酸序列及第二多核苷酸包含下列者或由下列者組成:與SEQ ID NO: 82、92、101、110、120、159、192、195、224、227、230、233、234、237、240、242、244、246、248、250、252、253、256、259、261、271、276、278、281、285、及289中之一或多者,特別是SEQ ID NO: 159之核酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之核酸序列。
在一些具體實施例中,單一多核苷酸或多核苷酸之組合包含二個核酸序列之組合或由二個核酸序列之組合組成,該等二個核酸序列與如SEQ ID NO: i) 81及82;ii) 91、180、182、184、187、189、或191中任一者及92、192、或195中任一者;iii) 100、196、200、203、206、209、211、213、215、217、219、221、或223中任一者及101、224、227、230、或233中任一者;iv) 109及110、234、237、240、242、244、246、248、250、252、253、256、259、或261中任一者;或v) 119、123、127、130、133、136、140、144、148、152、156、262、263、265、或268中任一者及120、159、271、276、178、281、285、或289中任一者,特別是123及159之核酸序列均具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性。
在任何目前所揭示之具體實施例中,多核苷酸可包含去氧核糖核酸(DNA)及核糖核酸(RNA)。在一些具體實施例中,RNA包含傳訊RNA(mRNA)。
亦提供載體,其中載體包含或含有如本文中所揭示之多核苷酸(例如編碼與二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒結合的抗體或抗原結合片段的多核苷酸)。載體可包含本文中所揭示之任何一個或多個載體。在特定具體實施例中,提供包含編碼抗體或抗原結合片段、或其部分之DNA質體構築體的載體(例如所謂的「DMAb」,參見例如Muthumani
et al.,
J Infect Dis.214(3):369-378(2016);Muthumani
et al.,
Hum Vaccin Immunother 9:2253-2262 (2013)); Flingai
et al.,
Sci Rep.5:12616(2015); 及Elliott
et al.,
NPJ Vaccines18(2017),其編碼抗體之DNA構築體及相關使用之方法,包括其之投予係以引用方式併入本文中)。在某些具體實施例中,DNA質體構築體包含編碼抗體或抗原結合片段之重鏈及輕鏈(或VH及VL)之單一開放閱讀框,其中編碼重鏈之序列及編碼輕鏈之序列係視需要地被編碼蛋白酶切割位點之多核苷酸及/或被編碼自我剪切肽之多核苷酸隔開。在一些具體實施例中,抗體或抗原結合片段之取代基組分係由包含在單一質體中之多核苷酸所編碼。在其他具體實施例中,抗體或抗原結合片段之取代基組分係由包含在二或多個質體(譬如第一質體包含編碼重鏈、VH、或VH+CH之多核苷酸,第二質體包含編碼同族輕鏈、VL、或VL+CL之多核苷酸)中之多核苷酸所編碼。在某些具體實施例中,單一質體包含編碼來自本揭露之二或更多個抗體或抗原結合片段之重鏈及/或輕鏈之多核苷酸。例示性表現載體係pVax1,可得自Invitrogen®。本揭露之DNA質體可藉由例如電穿孔(例如肌內電穿孔)、或用適當的配方(例如玻尿酸酶)遞送至個體。
在另一個態樣中,本揭露亦提供表現根據本揭露之抗體或抗原結合片段之宿主細胞;或包含或含有根據本揭露之載體或多核苷酸。
此類細胞之實施例包括但不限於真核細胞,例如酵母細胞、動物細胞、昆蟲細胞、植物細胞;及原核細胞,包括大腸桿菌。在一些具體實施例中,細胞係哺乳動物細胞。在某些此類具體實施例中,細胞係哺乳動物細胞系,諸如CHO細胞(例如DHFR-CHO細胞(Urlaub
et al., PNAS 77:4216(1980))、人類胚胎腎細胞(例如HEK293T細胞)、PER.C6細胞、Y0細胞、Sp2/0細胞。NS0細胞、人類肝細胞,例如Hepa RG細胞、骨髓瘤細胞或融合瘤細胞。哺乳動物宿主細胞系之其他實施例包括小鼠塞特利氏細胞(sertoli cell)(例如TM4細胞);藉由SV40(COS-7)轉化之猴腎CV1系;幼齡倉鼠腎細胞(BHK);非洲綠猴腎細胞(VERO-76);猴腎細胞(CV1);人類子宮頸癌細胞(HELA);人類肺細胞(W138);人類肝細胞(Hep G2);犬腎細胞(MDCK;水牛鼠肝細胞(BRL 3A);小鼠乳腺腫瘤(MMT 060562);TRI細胞;
MRC5細胞;及FS4細胞。適用於抗體生產之哺乳動物宿主細胞系亦包括於例如Yazaki and Wu,
Methods in Molecular Biology, Vol. 248(B. K. C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, N.J.), pp. 255-268(2003)中所述者。
在某些具體實施例中,宿主細胞係原核細胞,諸如大腸桿菌。肽在諸如大腸桿菌之原核細胞中之表現係十分成熟的(參見例如Pluckthun, A.
Bio/Technology 9:545-551 (1991))。舉例而言,可在細菌中生產抗體,特別是當不需要醣基化及Fc效應子功能時。對於在細菌中表現抗體片段及多肽,參見例如美國專利第5,648,237號;第5,789,199號;及第5,840,523號。
在特定具體實施例中,細胞可用表現載體根據本說明以載體進行轉染。術語「轉染(transfection)」係是指將核酸分子(諸如DNA或RNA(例如mRNA)分子)引入細胞中,例如引入到真核細胞中。在本說明之上下文中,術語「轉染」涵蓋熟習此技藝者已知用於將核酸分子引入到細胞中,諸如引入到真核細胞中,包括引入到哺乳動物細胞中之任何方法。此類方法涵蓋,例如電穿孔、脂質轉染(例如基於陽離子脂質及/或脂質體)、磷酸鈣沉澱、基於奈米粒子之轉染、基於病毒之轉染、或基於陽離子聚合物(諸如DEAE-葡聚糖或聚乙烯亞胺)之轉染等。在某些具體實施例中,引入係非病毒的。
再者,本揭露之宿主細胞可用根據本揭露之載體穩定或暫時轉染,例如以用於根據本揭露表現抗體、或其抗原結合片段。在此類具體實施例中,細胞可用如本文中所述之載體穩定轉染。替代地,如本文中所揭示,細胞可用編碼抗體或抗原結合片段的根據本揭露之載體暫時轉染。在任何目前所揭示之具體實施例中,多核苷酸對於宿主細胞可為異源的。
因此,本揭露亦提供異源表現本揭露之抗體或抗原結合片段的重組宿主細胞。舉例而言,細胞可為與自其獲得完全或部分抗體之物種不同的物種(例如表現人類抗體或經工程改造之人類抗體的CHO細胞)。在一些具體實施例中,宿主細胞之細胞類型本質上不表現抗體或抗原結合片段。再者,宿主細胞可對抗體或抗原結合片段賦予不存在於抗體或抗原結合片段之原生狀態中(或於抗體或抗原結合片段工程改造自或衍生自之親代抗體之原生狀態中)之轉譯後修飾(PTM;例如醣基化或岩藻醣基化)。此種PTM可能導致功能上的差異(例如減少免疫原性)。因此,藉由如本文中所揭示之宿主細胞所生產之本揭露之抗體或抗原結合片段可包括一個或多個與其原生狀態之抗體(或親代抗體)不同的轉譯後修飾(例如由CHO細胞生產之人類抗體可包含更多的與當自人類中單離及/或由原生人類B細胞或血漿細胞所生產時的抗體不同的轉譯後修飾)。
可用於表現本揭露之結合蛋白質之昆蟲細胞為所屬技術領域已知的,且包括例如,草地貪夜蛾(
Spodoptera frugipera)Sf9細胞、BTI-TN5B1-4細胞中之粉紋夜蛾(Trichoplusia)、及草地貪夜蛾SfSWT01「Mimic
TM」細胞。參見例如Palmberger
et al.,
J. Biotechnol.152(3-4):160-166(2011)。已經鑑別出許多桿狀病毒株,該等可與昆蟲細胞搭配使用,特別是用於草地貪夜蛾細胞之轉染。
真核微生物(諸如絲狀真菌或酵母)亦是用於選殖或表現編碼蛋白質之載體的合適宿主,且包括具有「人源化」醣基化途徑之真菌及酵母菌株,導致生產具有部分或完全人類醣基化模式之抗體。參見Gerngross,
Nat. Biotech.22: 1409-1414(2004); Li
et al.,
Nat. Biotech.24:210-215 (2006)。
植物細胞亦可利用作為表現本揭露之結合蛋白之宿主。舉例而言,PLANTIBODIES™技術(描述於例如美國專利第5,959,177號;第6,040,498號;第6,420,548號;第7,125,978號;及第6,417,429號)採用基因轉殖植物來生產抗體。
在某些實施例中,宿主細胞包含哺乳動物細胞。在特定具體實施例中,宿主細胞係CHO細胞、HEK293細胞、PER.C6細胞、Y0細胞、Sp2/0細胞、NS0細胞、人類肝細胞、骨髓瘤細胞、或融合瘤細胞。
在相關態樣中,本揭露提供產生抗體或抗原結合片段之方法,其中該方法包含在足以產生抗體、或抗原結合片段之條件及時間下培養本揭露之宿主細胞。舉實例而言,可用於單離及純化重組產生的抗體之方法可包括自合適的宿主細胞/載體系統獲得上清液,該宿主細胞/載體系統將重組抗體分泌到培養基中,然後使用可商購的過濾器濃縮培養基。濃縮後,可將濃縮物施用於單一合適的純化基質或一系列合適的基質,例如親和力基質或離子交換樹脂。可採用一或多個逆相HPLC步驟來進一步純化重組多肽。當自其天然環境中單離免疫原時,亦可採用此等純化方法。大規模生產本文中所述之一或多個單離/重組抗體之方法包括批次細胞培養,其經監測及控制以維持適當的培養條件。可溶性抗體之純化可根據本文中所述及所屬技術領域中已知之方法執行,且與國內及國外監管機構之法律及準則相符。
組成物 本文亦提供組成物,其單獨或以任何組合包含目前所揭示之抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、或宿主細胞中任一者或多者,且可進一步包含醫藥上可接受之載體、賦形劑或稀釋劑。載體、賦形劑、及稀釋劑在本文中進一步詳細討論。
在某些具體實施例中,組成物包含根據本揭露之二或更多個不同的抗體或抗原結合片段。在某些具體實施例中,組合中使用之抗體或抗原結合片段各自獨立地具有下列特性中之一或多者:中和一種、二種、三種、四種、五種、或更多種天然存在的嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒變體;不與彼此競爭棘蛋白結合;結合不同的嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒棘蛋白表位;減少對嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之抗性的形成;當組合時,減少對嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之抗性的形成;有效地中和一種、二種、三種、四種、五種或更多種活的嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒;當組合使用時,對中和一種、二種、三種、四種、五種或更多種或更多種活的嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒展現加成效應或協同效應;展現效應子功能;在感染之一或多種相關動物模式中具有保護性;能夠足量產生以供大規模生產。
在某些具體實施例中,組成物包含根據本揭露之二或更多個不同的抗體或抗原結合片段。在某些具體實施例中,第一抗體或抗原結合片段及第二抗體或抗原結合片段可A)均為S3A3的抗體或抗原結合片段、與S3A3具有足夠的CDR、VH、及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 23之VH序列及如SEQ ID NO: 27之VL序列,ii)如於SEQ ID NO: 23及27中所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或iii)如於SEQ ID NO: 24至26(H1至H3)及28至30(L1至L3)中所述之CDR;B)均為S3A19的抗體或抗原結合片段、與S3A19具有足夠的CDR、VH,及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 31、35、36或43中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 37之VL序列,iii)如於SEQ ID NO: 31、35、36、或43中任一者及SEQ ID NO: 37所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或如於SEQ ID NO: 32至34(H1至H3)及37至40(L1至L3)中所述之CDR;C)均為S3I2的抗體或抗原結合片段、與S3I2具有足夠的CDR、VH、及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、188、或190中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 87或194中任一者之VL序列,ii)如於SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、188、或190中任一者,及SEQ ID NO: 87或193中任一者所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或iii)如於SEQ ID NO: 84(H1)、85(H2)、及86或186(H3),及88或194(L1)、89(L2)、及90(L3)中所述之CDR;D)均為S3O13的抗體或抗原結合片段、與S3O13具有足夠的CDR、VH、及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 97、225、228、或231中任一者之VL序列,ii)如於SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者及SEQ ID NO: 97、225、228、或231中任一者所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或iii)如於SEQ ID NO: 94、198、或208(H1)、95(H2)、及96、199、202、或205(H3),及98、226、229、或232(L1)、39(L2)、及99(L3)中所述之CDR;E)均為S3L17的抗體或抗原結合片段、與S3L17具有足夠的CDR、VH,及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者之VL序列,ii)如於SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者及SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或iii)如於SEQ ID NO: 103(H1)、85(H2)、及104、236、或239(H3),及106或255(L1)、107(L2)、及108或258(H3)中所述之CDR;F)均為S2V29(或S2V29a或S2V29b兩者)的抗體或抗原結合片段、與S2V29具有足夠的CDR、VH,及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者之VL序列,ii)如於SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者及SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或iii)如於SEQ ID NO: 112(H1)、113 126、129、132、135、138、142、146、150、154、267、或270(H2)、及114、139、143、147、151、或155(H3)及116、273、或283(L1)、117、274、或287(L2)、及118、122、158、275、280、284、288、或192(L3)中所述之CDR;G)為根據A)、B), C)、D)、E)、或F)之抗體或抗原結合片段及根據A)、B)、C)、D)、E)、或F)之不同的抗體或抗原結合片段。
在某些具體實施例中,組成物包含根據本揭露之二或更多個不同的抗體或抗原結合片段。在某些具體實施例中,第一抗體或抗原結合片可為A) S3A3的抗體或抗原結合片段、與S3A3具有足夠的CDR、VH,及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 23之VH序列及如SEQ ID NO: 27之VL序列,ii)如於SEQ ID NO: 23及27中所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或iii)如於SEQ ID NO: 24至26(H1至H3)及28至30(L1至L3)中所述之CDR;B) S3A19的抗體或抗原結合片段、與S3A19具有足夠的CDR、VH,及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 31、35、36或43中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 37之VL序列,iii)如於SEQ ID NO: 31、35、36、或43中任一者及SEQ ID NO: 37所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或如於SEQ ID NO: 32至34(H1至H3)及37至40(L1至L3)中所述之CDR;C) S3I2的抗體或抗原結合片段、與S3I2具有足夠的CDR、VH,及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、188、或190中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 87或194中任一者之VL序列,ii)如於SEQ ID NO: 83、179、181、183、185、188、或190中任一者,及SEQ ID NO: 87或193中任一者所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或iii)如於SEQ ID NO: 84(H1)、85(H2)、及86或186(H3)及88或194(L1)、89(L2)、及90(L3)中所述之CDR;D) S3O13的抗體或抗原結合片段、與S3O13具有足夠的CDR、VH,及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 97、225、228、或231中任一者之VL序列,ii)如於SEQ ID NO: 93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者及SEQ ID NO: 97、225、228、或231中任一者所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或iii)如於SEQ ID NO: 94、198、或208(H1)、95(H2)、及96、199、202、或205(H3),及98、226、229、或232(L1)、39(L2)、及99(L3)中所述之CDR;E) S3L17的抗體或抗原結合片段、與S3L17具有足夠的CDR、VH,及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者之VL序列,ii)如於SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者及SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或iii)如於SEQ ID NO: 103(H1)、85(H2)、及104、236、或239(H3),及106或255(L1)、107(L2)、及108或258(H3)中所述之CDR;F) S2V29(或S2V29a或S2V29b兩者)的抗體或抗原結合片段、與S2V29具有足夠的CDR、VH,及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者之VL序列,ii)如於SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者及SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或iii)如於SEQ ID NO: 112(H1)、113 126、129、132、135、138、142、146、150、154、267、或270(H2)、及114、139、143、147、151、或155(H3)及116、273、或283(L1)、117、274、或287(L2)、及118、122、158、275、280、284、288、或192(L3)中所述之CDR;且第二抗體或抗原結合片段可為索托韋單抗(sotrovimab)、S2K146、S2X259、S2X324、S2X324-v3.1、或S309或其抗原結合片段,特別是具有:具有SEQ ID NO: 14之胺基酸序列之VH及具有:具有SEQ ID NO: 15之胺基酸序列之VL的抗體或抗原結合片段、具有:具有SEQ ID NO: 16之胺基酸序列之VH及具有:具有SEQ ID NO: 17之胺基酸序列之VL的抗體或抗原結合片段、具有:具有SEQ ID NO: 18之胺基酸序列之VH及具有:具有SEQ ID NO: 19之胺基酸序列之VL的抗體或抗原結合片段、具有:具有SEQ ID NO: 20之胺基酸序列之VH及具有:具有SEQ ID NO: 22之胺基酸序列之VL的抗體或抗原結合片段、具有:具有SEQ ID NO: 21之胺基酸序列之VH及具有:具有SEQ ID NO: 22之胺基酸序列之VL的抗體或抗原結合片段、或具有:具有SEQ ID NO: 41之胺基酸序列之VH及具有:具有SEQ ID NO: 42之胺基酸序列之VL的抗體或抗原結合片段、或具有如根據本文中所揭示之任何編號系統之任何前述VH及VL組合中發現的CDR的抗體或抗原結合片段。在特定具體實施例中,第二抗體或其抗原結合片段可為索托韋單抗或S2K146。
在一些具體實施例中,組成物可包含或可包含:包含下列者或由下列者組成之抗體或抗原結合片段:A)第一抗體或抗原結合片段,其可為S3L17的抗體或抗原結合片段、與S3L17具有足夠的CDR、VH,及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者之VL序列,ii)如於SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者及SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或iii)如於SEQ ID NO: 103(H1)、85(H2)、及104、236、或239(H3),及106或255(L1)、107(L2)、及108或258(H3)中所述之CDR;及B)第二抗體或抗原結合片段,其可為S2V29(或S2V29a或S2V29b兩者)的抗體或抗原結合片段、與S2V29具有足夠的CDR、VH,及/或VH同一性以賦予類似特異性結合的抗體、或其片段,諸如包含下列者:i)如SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者之VH序列及如SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者之VL序列,ii)如於SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者及SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者所述之CDR,其係根據本文中所揭示之任何編號系統,或iii)如於SEQ ID NO: 112(H1)、113 126、129、132、135、138、142、146、150、154、267、或270(H2)、及114、139、143、147、151、或155(H3)及116、273、或283(L1)、117、274、或287(L2)、及118、122、158、275、280、284、288、或192(L3)中所述之CDR。
在一些具體實施例中,提供之組成物包含第一抗體或抗原結合片段及第二抗體或抗原結合片段(多特異性(例如雙特異性)抗體或抗原結合片段)或提供之組合療法包含第一抗體或抗原結合片段及第二抗體或抗原結合片段,其中該第一抗體或抗原結合片段及第二抗體或抗原結合片段分別包含、或該多特異性抗體或抗原結合片段包含CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3、及視需要地VH及VL,其係根據:(i)任何S3A3抗體及任何S3A19抗體;(ii)任何S3A3抗體及索托韋單抗;(iii)任何S3A3抗體及S2K146;(iv)任何S3A3抗體及S2X259;(v)任何S3A3抗體及任何S2X324抗體;(vi)任何S3A3抗體及S309;(vi)任何S3A19抗體及索托韋單抗;(vii)任何S3A19抗體及S2K146;(viii)任何S3A19抗體及S2X259;(ix)任何S3A19抗體及任何S2X324抗體;(x)任何S3A19抗體及S309;(xi)任何S3I2抗體及任何S3A3抗體;(xii)任何S3I2抗體及任何S3A19抗體;(xiii)任何S3I2抗體及索托韋單抗;(xiv)任何S3I2抗體及S2K146;(xv)任何S3I2抗體及S2X259;(xvi)任何S3I2抗體及任何S2X324抗體;(xvii)任何S3I2抗體及S309;(xviii)任何S3I2抗體及任何S3O13抗體;(xix)任何S3I2抗體及任何S3L17抗體;(xx)任何S3O13抗體及任何S3A3抗體;(xxi)任何S3O13抗體及任何S3A19抗體;(xxii)任何S3O13抗體及索托韋單抗;(xxiii)任何S3O13抗體及S2K146;(xxiv)任何S3O13抗體及S2X259;(xxv)任何S3O13抗體及任何S2X324抗體;(xxvi)任何S3O13抗體及S309;(xxvii)任何S3O13抗體及任何S3L17抗體;(xxviii)任何S3L17抗體及任何S3A3抗體;(xxix)任何S3L17抗體及任何S3A19抗體;(xxx)任何S3L17抗體及索托韋單抗;(xxxi)任何S3L17抗體及S2K146;(xxxii)任何S3L17抗體及S2X259;(xxxiii)任何S3L17抗體及任何S2X324抗體;(xxxiv)任何S3L17抗體及S309;(xxxv)任何S2V29抗體及任何S3A3抗體;(xxxvi)任何S2V29抗體及任何S3A19抗體;(xxxvii)任何S2V29抗體及索托韋單抗;(xxxviii)任何S2V29抗體及S2K146;(xxxix)任何S2V29抗體及S2X259;(xl)任何S2V29抗體及任何S2X324抗體;(xli)任何S2V29抗體及S309;(lxlii)任何S2V29抗體及任何S3L17抗體;及(xliii)任何S2V29抗體及任何S3O13抗體。
在某些具體實施例中,組成物包含第一載體、及第二載體,該第一載體包含第一質體及該第二載體包含第二質體,其中該第一質體包含編碼抗體或其抗原結合片段之重鏈、VH、或VH+CH之多核苷酸,且第二質體包含編碼抗體或其抗原結合片段之同源輕鏈、VL、或VL+CL之多核苷酸。在某些具體實施例中,組成物包含與合適的遞送媒劑或載劑偶合之多核苷酸(例如mRNA)。用於向人類個體投予之例示性媒劑或載劑包括脂質或脂質衍生之遞送媒劑,諸如脂質體、固體脂質奈米粒子、油性懸浮液、次微米脂質乳劑、脂質微氣泡(lipid microbubble)、逆相脂質微胞(inverse lipid micelle)、耳蝸脂質體(cochlear liposome)、脂質微管、脂質微柱(lipid microcylinder)、或脂質奈米粒子(LNP)或奈米級平台(參見例如Li
et al. Wilery Interdiscip Rev. Nanomed Nanobiotechnol. 11(2):e1530 (2019))。用於設計適當的mRNA及調配mRNA-LNP並遞送該mRNA-LNP之原理、試劑及技術係描述於例如Pardi
et al.(
J Control Release 217345-351(2015));Thess
et al.(
Mol Ther 23: 1456-1464(2015));Thran
et al.(
EMBO Mol Med 9(10):1434-1448(2017);Kose
et al.(
Sci. Immunol.4eaaw6647 (2019);及Sabnis
et al.(
Mol. Ther. 26:1509-1519(2018))中,該等技術包括加帽、密碼子最佳化、核苷修飾、mRNA之純化、將mRNA併入到穩定的脂質奈米粒子(例如可離子化陽離子脂質/磷脂醯膽鹼/膽固醇/PEG-脂質;可離子化脂質:二硬脂醯基PC:膽固醇:聚乙二醇脂質)中、及該mRNA-LNP之皮下、肌內、皮內、靜脈內、腹膜內、及氣管內投予,並以引用方式併入本文中。
方法及用途 本文亦提供將本揭露之抗體或抗原結合片段、核酸、載體、細胞、或組成物用於診斷嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染(例如在人類個體中、或自人類個體獲得之樣本中)之方法。
診斷方法(例如體外、離體)可包括使抗體、抗體片段(例如抗原結合片段)與樣本接觸。此類樣本可自個體中單離,例如取自下列之單離之組織樣本,例如:鼻道、鼻竇腔、唾液腺、肺、肝、胰、腎、耳朵、眼睛、胎盤、消化道、心、卵巢、腦下垂體、腎上腺、甲狀腺、腦、皮膚或血液。診斷之方法亦可包括偵測抗原/抗體複合物,特別是在抗體或抗體片段與樣品接觸後。此種偵測步驟可在工作台上執行,亦即不會與人體或動物身體有任何接觸。偵測方法之實施例係所屬技術領域中具有通常知識者眾所周知的且包括例如ELISA(酶聯免疫吸附檢定法),包括直接式、間接式及三明治式ELISA。
本文亦提供使用本揭露之抗體或抗原結合片段、或包含其之組成物治療個體之方法,其中該個體患有、據信患有由嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒所致之感染、或處於患有由嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒所致之感染之風險中。「治療(treat/treatment)」或「改善(ameliorate)」係指對個體(例如人類或非人類哺乳動物,諸如靈長類、馬、貓、狗、山羊、小鼠、或大鼠)之疾病、病症或病況之醫療管理。一般而言,包含本揭露之抗體或組成物之適當劑量或治療方案係以足以引發治療或預防效益之量投予。治療或預防(prophylactic/preventive)效益包含改善臨床預後;減少或減輕與疾病相關之症狀;降低症狀發生;改善生活品質;更長的無病狀態;減低疾病程度、穩定疾病狀態;延遲或預防疾病進展;緩解;存活;延長存活期;或其任何組合。在某些實施方式中,治療或預防效益包括減少或預防嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染之住院治療(亦即以統計學上顯著之方式)。在某些具體實施例中,治療或預防效益包括減少嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染之住院治療時間(亦即以統計學上顯著之方式)。在某些具體實施例中,治療或預防效益包括對呼吸干預,諸如插管及/或使用呼吸器裝置之需求減少或消除。在某些具體實施例中,治療或預防效益包括逆轉晚期疾病病理及/或減少死亡率。
本揭露之抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞、或組成物之「治療有效量」或「有效量」係指足以產生治療效果之組成物或分子之量,該治療效果包括以統計學上顯著之方式改善臨床預後;減少或減輕與疾病相關之症狀;降低症狀發生;改善生活質量;更長的無病狀態;減低疾病程度、穩定疾病狀態;延遲疾病進展;緩解;生存;或延長生存期。當提及單獨投予個別活性成分時,治療有效量係指該成分或單獨表現該成分之細胞之效應。當提及組合時,無論是連續、依序或同時投予,治療有效量係指產生治療效應之活性成分、或組合輔助活性成分與表現活性成分之細胞的組合量。組合可包含,例如特異性結合嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒抗原的兩種不同抗體,該等抗原在某些具體實施例中可為相同或不同的嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒抗原,及/或可包含相同或不同的表位。
因此,在某些具體實施例中,提供用於治療個體之嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染之方法,其中該等方法包含向個體投予有效量的本文中所揭示之抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞、或組成物。
可藉由本揭露所治療之個體通常係人類及其他靈長類個體,例如用於獸醫醫學目的之猴子及猿類。根據本揭露亦可治療其他模式生物,諸如小鼠及大鼠。在任何前述具體實例中,個體可為人類個體。個體可為男性或女性,且可為任何合適的年齡,包括嬰兒、少年、青少年、成人、及老年個體。
據信許多準則會造成與嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染相關之嚴重症狀或死亡之高風險。此等包括但不限於年齡、職業、一般健康狀況、既往健康狀況、及生活方式。在一些具體實施例中,根據本揭露治療之個體包含一或多個風險因子。
在某些具體實施例中,根據本揭露治療之人類個體係嬰兒、兒童、年輕人、中年人、或老年人。在某些具體實施例中,根據本揭露治療之人類個體係小於1歲、或係1至5歲、或在5至125歲之間(例如5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、或125歲,包括其中或其間之任何及所有年齡)。在某些具體實施例中,根據本揭露治療之人類個體係0至19歲、20至44歲、45至54歲、55至64歲、65至74歲、75至84歲、或85歲、或更老。中年人,且尤其是高齡者據信特別危險。在特定具體實施例中,人類個體係45至54歲、55至64歲、65至74歲、75至84歲、或85歲、或更老。在一些具體實施例中,人類個體係男性。在一些具體實施例中,人類個體係女性。
在某些具體實施例中,根據本揭露治療之人類個體係療養院或長期照護機構之住民、係安寧照護工作者、係醫療照護提供者或醫療照護工作者、係第一現場應急人員(first responder)、係經診斷有或疑似患有嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染之個體的家庭成員或有其他密切接觸者、係超重或臨床上肥胖者、係吸煙者或曾經係吸煙者、患有或曾經患有慢性阻塞性肺疾病(COPD)者、係氣喘(例如患有中度至重度氣喘)者、患有自體免疫疾病或病況(例如糖尿病)者、及/或患有免疫系統受損或耗竭(例如由於AIDS/HIV感染、癌症(諸如血症)、淋巴細胞耗竭(lymphodepleting)療法(例如化學療法)、骨髓或器官移植、或遺傳免疫病況)者、患有慢性肝病者、患有心血管疾病者、患有肺部或心臟缺陷者、工作或長時間與其他人緊密接觸(諸如在工廠、運輸中心、醫院環境等)者。
在某些實施方式中,根據本揭露治療之個體已接受嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒疫苗且該疫苗例如藉由個體之疫苗接種後感染或症狀、藉由臨床診斷或科學或監管準則被判定為無效的。
在某些具體實施例中,治療係作為暴露前後(peri-exposure)預防投予。在某些具體實施例中,治療係向患有輕度至中度疾病,可在門診環境中之個體投予。在某些具體實施例中,治療係向患有中度至重度疾病,諸如需要住院之個體投予。
投予目前所揭示之組成物之典型途徑因此包括但不限於口服、局部、經皮、吸入、腸胃外、舌下、口頰、直腸、陰道、及鼻內。如本文中所使用之術語「腸胃外(parenteral)」包括皮下注射、靜脈內、肌內、胸骨內注射或輸注技術。在某些具體實施例中,投予包含藉由選自下列的途徑投予:口服、靜脈內、腸胃外、胃內、胸膜內、肺內、直腸內、皮內、腹膜內、腫瘤內、皮下、局部、經皮、腦池內、鞘內、鼻內、及肌內。在特定具體實施例中,方法包含向個體口服投予抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞、或組成物。
調配根據本發明之某些具體實施例之醫藥組成物,以使含於其中之活性成分在向患者投予該組成物後為生物可用的。將向個體或患者投予之組成物可呈一或多個劑量單位之形式,其中例如錠劑可為單一劑量單位,且本文中所述之呈氣霧劑形式之抗體或抗原結合之容器可容納複數個劑量單位。製備此類劑型之實際方法對所屬技術領域中具有通常知識者為已知的或將顯而易見的;例如參見Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20th Edition(Philadelphia College of Pharmacy and Science, 2000)。待投予之組成物將在任何情況下含有有效量的本揭露之抗體或抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞、或組成物,以用於根據本文中之教示治療感興趣之疾病或病況。
組成物可呈固體或液體之形式。在一些具體實施例中,一或多種載劑係微粒,使得組成物例如呈錠劑或粉劑形式。一或多種載劑可為液體,且組成物為例如口服油、可注射液體或可用於例如吸入投予之氣霧劑。當意欲口服投予時,醫藥組成物較佳地呈固體或液體形式,其中半固體、半液體、懸浮液及凝膠形式係包括在本文中視為固體或液體之形式內。
作為用於口服投予之固體組成物,醫藥組成物可經調配成粉劑、顆粒劑、壓縮錠劑、丸劑、膠囊、口嚼錠、粉片等。此種固體組成物將一般含有一或多種惰性稀釋劑或可食用載劑。此外,可存在下列中之一或多者:黏合劑,諸如羧甲基纖維素、乙基纖維素、微晶纖維素、黃蓍膠或明膠;賦形劑,諸如澱粉、乳糖或糊精;崩解劑,諸如海藻酸、海藻酸鈉、澱粉羥基乙酸鈉(Primogel)、玉米澱粉等;潤滑劑,諸如硬脂酸鎂或氫化植物油(Sterotex);助滑劑,諸如膠態二氧化矽;甜味劑,諸如蔗糖或糖精;調味劑,諸如薄荷、水楊酸甲酯或柑橘調味劑;及著色劑。當組成物呈膠囊之形式,例如明膠膠囊時,除以上類型之材料之外,其亦可含有諸如聚乙二醇或油之液體載劑。
組成物可呈液體之形式,例如酏劑、糖漿、溶液、乳劑或懸浮液。作為二個實施例,液體可用於口服投予或用於藉由注射遞送。當意欲用於口服投予時,除本發明化合物之外,較佳的組成物亦含有甜味劑、防腐劑、染料/著色劑及增味劑中之一或多者。在意欲藉由注射投予之組成物中,可包括界面活性劑、防腐劑、濕潤劑、分散劑、懸浮劑、緩衝劑、穩定劑及等張劑中之一或多者。
液體醫藥組成物,無論其為溶液、懸浮液或其他類似形式,均可包括以下佐劑中之一或多者:無菌稀釋劑,諸如注射用水、鹽水溶液(較佳地為生理鹽水)、林格氏溶液(Ringer's solution)、等張氯化鈉、非揮發性油(諸如可充當溶劑或懸浮介質之合成單甘油酯或二甘油酯)、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其他溶劑;抗菌劑,諸如苯甲醇或對羥基苯甲酸甲酯;抗氧化劑,諸如抗壞血酸或亞硫酸氫鈉;螯合劑,諸如乙二胺四乙酸;緩衝劑,諸如乙酸鹽、檸檬酸鹽或磷酸鹽;及用於張力調節之劑,諸如氯化鈉或右旋糖。腸胃外製劑可封裝於由玻璃或塑膠製成之安瓿、拋棄式注射器或多劑量小瓶中。生理鹽水係較佳的佐劑。可注射醫藥組成物較佳地係無菌的。
意欲用於腸胃外或口服投予之液體組成物應含有一定量之如本文中所揭示之抗體或抗原結合片段以使得獲得合適的劑量。一般而言,此量係組成物中之至少0.01%的抗體或抗原結合片段。當意欲用於口服投予時,此量可在組成物之重量之0.1%與約70%之間變化。某些口服醫藥組成物含有在約4%與約75%之間的抗體或抗原結合片段。在某些具體實施例中,製備根據本發明之醫藥組成物及製劑以使腸胃外劑量單位在稀釋前含有在0.01至10重量%之間的抗體或抗原結合片段。
組成物可意欲用於局部投予,在該情況下,載劑可合適地包含溶液、乳劑、軟膏或凝膠基質。舉例而言,基質可包含以下中之一或多者:石蠟脂、羊毛脂、聚乙二醇、蜂蠟、礦物油、稀釋劑(諸如水及醇)、及乳化劑及穩定劑。增稠劑可存在於組成物中以用於局部投予。若意欲用於經皮投予,則組成物可包括經皮貼片或離子導入(iontophoresis)裝置。醫藥組成物可意欲用於呈例如栓劑之形式的直腸投予,該栓劑將在直腸中融化並釋放出藥物。用於直腸投予之組成物可含有油性基質作為合適的非刺激性賦形劑。合適的基質包括但不限於羊毛脂、可可豆脂及聚乙二醇。
組成物可包括改變固體或液體劑量單位之物理形式的各種材料。舉例而言,組成物可包括圍繞活性成分形成包覆殼體之材料。形成包覆殼體的材料一般為惰性,且可選自例如糖、蟲膠、及其他腸溶包覆劑。替代地,活性成分可包裝在明膠膠囊中。呈固體或液體形式之組成物可包括與本揭露之抗體或抗原結合片段結合且藉此幫助遞送化合物之劑。可起此能力作用的合適的劑包括單株或多株抗體、一或多種蛋白質或脂質體。組成物可基本上由可作為氣霧劑投予之劑量單位組成。術語氣霧劑(aerosol)用於表示範圍為膠體本質之彼等系統至由加壓封裝組成之系統的多種系統。可藉由液化或壓縮氣體或藉由施配活性成分的合適的泵系統來遞送。氣霧劑可以單相、雙相、或三相系統形式遞送,以便遞送一或多種活性成分。氣霧劑之遞送包括必需容器、活化劑、閥門、子容器等,其在一起可形成套組。所屬技術領域中具有通常知識者在無需過度實驗之情況下即可判定較佳的氣霧劑。
應理解,本揭露內容之組成物亦涵蓋用於如本文中所述之多核苷酸的載劑分子(例如脂質奈米粒子、奈米級遞送平台等)。
醫藥組成物可藉由所屬醫藥技術領域中眾所周知之方法製備。舉例而言,意欲藉由注射投予之組成物可藉由將包含如本文中所述之抗體、其抗原結合片段、或抗體結合物及視需要地,鹽、緩衝液及/或穩定劑中之一或多者的組成物與無菌蒸餾水組合以形成溶液來製備。可添加界面活性劑以促進形成均質溶液或懸浮液。界面活性劑係與肽組成物非共價交互作用以促進抗體或其抗原結合片段在水性遞送系統中之溶解或均質懸浮的化合物。
一般而言,適當劑量及治療方案以足以提供治療及/或預防效益(諸如本文中所述,包括改善臨床預後(例如,腹瀉或相關脫水、或發炎之頻率、持續時間、或嚴重程度降低,或更長的無疾病及/或總存活期,或減少症狀嚴重程度)之量提供一或多個組成物。對於預防用途,劑量應足以預防與疾病或病症相關之疾病、延遲其發作、或減低其嚴重程度。根據本文中所述之方法所投予之組成物之預防效益可藉由執行臨床前(包括體外及體內動物研究)及臨床研究,並藉由適當的統計、生物學、及臨床方法及技術對自其獲得之數據進行分析來判定,其等全部均可由所屬技術領域中具有通常知識者容易地實踐。
組成物係以有效量投予(例如以治療嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染),該有效量將視多種因素而變化,包括所採用之特定化合物之活性;化合物之代謝穩定性及作用時間長度;個體之年齡、體重、一般健康狀況、性別、及飲食;投予模式及時間;排泄速率;藥物組合;特定病症或病況之嚴重程度;及個體正經受的療法。在某些具體實施例中,在根據本揭露之配方及方法投予療法之後,如相較於安慰劑治療或其他合適的對照個體,測試個體將展現與所治療之疾病或病症相關之一或多種症狀之約10%到至多約99%減少。
一般而言,抗體或抗原結合片段之治療有效日劑量係(對於70 kg哺乳動物)約0.001 mg/kg(亦即0.07 mg)至約100 mg/kg(亦即7.0 g);較佳地,治療有效劑量係(對於70 kg哺乳動物)約0.01 mg/kg(亦即0.7 mg)至約50 mg/kg(亦即3.5 g);更佳地,治療有效劑量係(對於70 kg哺乳動物)約1 mg/kg(亦即70 mg)至約25 mg/kg(亦即1.75 g)。對於本揭露之多核苷酸、載體、宿主細胞及相關組成物,治療有效劑量可不同於抗體或抗原結合片段的治療有效劑量。
如本文中所述之S2V29-v1.2抗體或其片段,特別是S2V29-v1.2-IgG1m17_Lamda或S2V29-v1.2-IgG1m17,1-LS抗體之年齡及/或體重相稱劑量之單一肌內(IM)投予可足以治療SARS-CoV-2感染或具有在三至六個月之間或至多六個月之預防效益。
在某些具體實施例中,方法包含向個體投予抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞、或組成物2、3、4、5、6、7、8、9、10次、或更多次。
在某些具體實施例中,方法包含向個體投予抗體、抗原結合片段、或組成物複數次,其中第二次或連續投予係分別在第一次或前次投予後約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約24、約48、約74、約96小時、或更長時間執行。
在某些具體實施例中,方法包含在個體受嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染之前投予至少一次的抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞或組成物。
包含抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞之組成物、或本揭露之組成物亦可與一或多種其他治療劑之投予同時、在其之前、或在其之後投予。此種組合療法可包括投予含有本發明之化合物及一或多種額外活性劑之單一醫藥劑量配方,以及投予包含呈自身獨立劑量配方之本揭露之抗體或抗原結合片段及各活性劑之組成物。舉例而言,如本文中所述之抗體或其抗原結合片段及其他活性劑可以單一口服劑量組成物(諸如錠劑或膠囊)一起向患者投予,或各劑係以獨立口服劑量配方投予。類似地,如本文中所述之抗體或其抗原結合片段及其他活性劑可以單一腸胃外劑量組成物(諸如鹽水溶液或其他生理上可接受之溶液)一起向患者投予,或各劑係以獨立腸胃外劑量配方投予。在使用獨立劑量配方之情況下,包含抗體或抗原結合片段及一或多種額外活性劑之組成物可以基本上同時,亦即並行地投予,或以分開地交錯時間,亦即依序及按任何順序投予;組合療法應理解為包括所有此等方案。
在某些具體實施例中,提供組合療法,其包含一或多種本揭露之抗嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒抗體(或一或多種核酸、宿主細胞、載體、或組成物)及一或多種消炎劑及/或一或多種抗病毒劑。在特定具體實施例中,一或多種消炎劑包含皮質類固醇,諸如例如地塞米松(dexamethasone)、潑尼松(prednisone)等。在一些具體實施例中,一或多種消炎劑包含細胞介素拮抗劑,諸如例如結合至IL6(諸如司妥昔單抗(siltuximab)),或結合至IL-6R(諸如托珠單抗(tocilizumab)),或結合至IL-1β、IL-7、IL-8、IL-9、IL-10、FGF、G-CSF、GM-CSF、IFN-γ、IP-10、MCP-1、MIP-1A、MIP1-B、PDGR、TNF-α、或VEGF的抗體。在一些具體實施例中,使用消炎劑,諸如來羅利單抗(leronlimab)、盧佐替尼(ruxolitinib)及/或阿那白滯素(anakinra)。在一些具體實施例中,一或多種抗病毒劑包含核苷酸類似物或核苷酸類似物前藥,諸如例如瑞德西韋(remdesivir)、索非布韋(sofosbuvir)、阿昔洛韋(acyclovir)、及齊多夫定(zidovudine)。在特定具體實施例中,抗病毒劑包含洛匹那韋(lopinavir)、利托那韋(ritonavir)、法匹拉韋(favipiravir)、或其任何組合。用於本揭露之組合療法的其他消炎劑包括非類固醇消炎藥(NSAIDS)。應瞭解,在此種組合療法中,一或多種抗體(或一或多種核酸、宿主細胞、載體、或組成物)及一或多種消炎劑及/或一或多種抗病毒劑可以任何順序及任何次序投予、或一起投予。
在一些具體實施例中,抗體(或一或多種核酸、宿主細胞、載體、或組成物)係向先前已接受過一或多種消炎劑及/或一或多種抗病毒劑之個體投予。在一些具體實施例中,一或多種消炎劑及/或一或多種抗病毒劑係向先前已接受過抗體(或一或多種核酸、宿主細胞、載體、或組成物)之個體投予。
在某些具體實施例中,提供組合療法,其包含二或更多種本揭露之抗嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒抗體。方法可包含向已接受過第二抗體之個體投予第一抗體,或可包含一起投予二或更多種抗體。舉例而言,在特定具體實施例中,提供方法,其包含向個體投予(a)第一抗體或抗原結合片段,當該個體已接受過第二抗體或抗原結合片段時;(b)第二抗體或抗原結合片段,當該個體已接受過第一抗體或抗原結合片段時;或(c)第一抗體或抗原結合片段,及第二抗體或抗原結合片段。
在相關態樣中,提供目前所揭示之抗體、抗原結合片段、載體、宿主細胞、及組成物之用途。
本揭露進一步提供套組,其包含本文中所揭示之任何抗體、抗原結合片段、多核苷酸、核酸、載體、或其他組成物中之一或多者。套組可進一步包括容器(諸如試管、小瓶、或注射器)、活化劑、閥、子容器、或使用說明書(諸如向個體投予)中之一或多者。
在某些具體實施例中,提供抗體、抗原結合片段、多核苷酸、載體、宿主細胞、或組成物,其係用於治療個體之嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染之方法中。
在某些具體實施例中,提供抗體、抗原結合片段、或組成物,其係用於製造或製備用於治療個體之嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染之藥物之方法中。
本揭露提供以下特定具體實施例:
具體實施例1. 一種抗體、或其抗原結合片段,其包含重鏈可變結構域(VH)及輕鏈可變結構域(VL),該重鏈可變結構域包含CDRH1、CDRH2、及CDRH3,該輕鏈可變結構域包含CDRL1、CDRL2、及CDRL3,其中:(A)(i)該CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 24之胺基酸序列、或其功能變體,該功能變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 25之胺基酸序列、或其功能變體,該功能變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 26之胺基酸序列、或其功能變體,該功能變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 28之胺基酸序列、或其功能變體,該功能變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 29之胺基酸序列、或其功能變體,該功能變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 30之胺基酸序列、或其功能變體,該功能變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代,(B)(i)該CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 32之胺基酸序列或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 33之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 34之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 38之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 39之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 40之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代,(C)(i)該CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 84之胺基酸序列或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 85之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 86或186中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 88或194中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 89之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 90之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含具有一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(D)(i)該CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 94、198、或208中任一者之胺基酸序列或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 95之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 96、199、202、或205中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 98、226、229、232中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 39之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 99之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(E)(i)該CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 103之胺基酸序列或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 85之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 104、236、或239中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 106或255中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 107之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 258之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;或(F)(i)該CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 112之胺基酸序列或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 113、126、129、132、135、138、142、146、150、154、267、或270中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 114、139、143、147、151、或155中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 116、273、或283中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 117、274、或287中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 118、122、158、275、280、284、288、或291中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含具有一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代,
其中該取代視需要地係如表2或表3之取代,且其中該抗體或抗原結合片段能夠與嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之表面醣蛋白結合。
具體實施例2. 一種抗體、或其抗原結合片段,其包含重鏈可變結構域(VH)及輕鏈可變結構域(VL),該重鏈可變結構域包含CDRH1、CDRH2、及CDRH3,該輕鏈可變結構域包含CDRL1、CDRL2、及CDRL3,該CDRH1、CDRH2、及CDRH3及該CDRL1、CDRL2、及CDRL3具有如下列之胺基酸序列:(A)分別為SEQ ID NO: 24至26及28至30;(B)分別為SEQ ID NO: 32至34及38至40;(C)分別為SEQ ID NO: 84至86或84、85及186及88至90或194、89、及90;(D)分別為SEQ ID NO: 94至96;198、95及96;208、95及96;94、95、及199;198、95及199;208、95、及199;94、95、及202;198、95、及205;208、95、及199;205、95、及202;或208、95、及205、及98、39、及99;226、39、及99;或229、39、及232;(E)分別為SEQ ID NO: 103、85、及104;103、85、及236;或103、85、及239、及106至108;106、107、及258;255、107、及108;或255、107、或258;及(F)分別為SEQ ID NO: 112至114;112、126、及114;112、129及114;112、132、及114;112、135、及114;112、138、及114;112、142、及114;112、146、及114;112、150、及114;112、154、及114;112、267、及114;112、270、及114;112、113、及139;112、126、及139;112、129及139;112、132、及139;112、135、及139;112、138、及139;112、142、及139;112、146、及139;112、150、及139;112、154、及139;112、267、及139;112、270、及139;112、113、及143;112、126、及143;112、129及143;112、132、及143;112、135、及143;112、138、及143;112、142、及143;112、146、及143;112、150、及143;112、154、及143;112、267、及143;112、270、及143;112、113、及147;112、126、及147;112、129及147;112、132、及147;112、135、及147;112、138、及147;112、142、及147;112、146、及147;112、150、及147;112、154、及147;112、267、及147;112、270、及147;112、113、及151;112、126、及151;112、129 及151;112、132、及151;112、135、及151;112、138、及151;112、142、及151;112、146、及151;112、150、及151;112、154、及151;112、267、及151;112、270、及151;112、113、及155;112、126、及155;112、129及155;112、132、及155;112、135、及155;112、138、及155;112、142、及155;112、146、及1551;112、150、及155;112、154、及155;112、267、及155;或112、270、及155;及116至118;116、274、及118;116、287、及118;116、117、及122;116、274、及122;116、287、及122;116、117、及158;116、274、及275;116、287、及275;116、117、及280;116、274、及280;116、287、及280;116、117、及284;116、274、及284;116、287、及284;116、117、及288;116、274、及288;116、287、及288;116、117、及291;116、274、及291;116、287、及291;273、117、及118;273、274、及118;273、287、及118;273、117、及122;273、274、及122;273、287、及122;273、117、及158;273、274、及275;273、287、及275;273、117、及280;273、274、及280;1273、287、及280;273、117、及284;273、274、及284;273、287、及284;273、117、及288;273、274、及288;273、287、及288;273、117、及291;273、274、及291;273、287、及291;283、117、118;283、274、及118;283、287、及118;283、117、及122;283、274、及122;283、287、及122;283、117、及158;283、274、及275;283、287、及275;283、117、及280;283、274、及280;283、287、及280;283、117、及284;283、274、及284;283、287、及284;283、117、及288;283、274、及288;283、287、及288;283、117、及291;283、274、及291;或283、287、及291。
具體實施例3. 如具體實施例1或2之抗體或抗原結合片段,其中該嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒係演化支1b(Clade 1b)嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒。
具體實施例4. 如具體實施例3之抗體或抗原結合片段,其中該嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒係SARS-CoV-2 WT、SARS-CoV-2 BA.1、RATG13、PANG/GD、或PAND/GX。
具體實施例5. 如具體實施例1至4中任一者之抗體或抗原結合片段,其中當表面醣蛋白在宿主細胞之細胞表面上表現及/或包含在病毒粒子上時,該抗體或抗原結合片段能夠與該表面醣蛋白結合。
具體實施例6. 如具體實施例1至5中任一者之抗體或抗原結合片段,其能夠與來自二或更多種(例如二種、三種、四種、五種、或更多種)嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之表面醣蛋白結合。
具體實施例7. 如具體實施例1至6中任一者之抗體或抗原結合片段,其能夠在感染之體外模式中及/或在感染之體內動物模式中及/或在人類中中和由一或多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒所致之感染。
具體實施例8. 如具體實施例1至7中任一者之抗體或抗原結合片段,其能夠在感染之體外模式中及/或在感染之體內動物模式中及/或在人類中中和由二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒所致之感染。
具體實施例9. 如具體實施例1至8中任一者之抗體或抗原結合片段,其中該VH及該VL分別包含下列者或由下列者組成:與以下所述之胺基酸序列具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%同一性之胺基酸序列;或分別包含以下所述之胺基酸序列或由以下所述之胺基酸序列組成:(I) 1) SEQ ID NO: 23及27;2) SEQ ID NO: 23及37;3) SEQ ID NO: 31及27;4) SEQ ID NO: 31及37;5) SEQ ID NO: 35及27;6) SEQ ID NO: 35及37;7) SEQ ID NO: 36及27;8) SEQ ID NO: 36及37;9) SEQ ID NO: 43及27;10) SEQ ID NO: 43及37;11) SEQ ID NO: 83及87;12) SEQ ID NO: 83及193;13) SEQ ID NO: 179及87;14) SEQ ID NO: 179及193;15) SEQ ID NO: 181及87;16) SEQ ID NO: 181及193;17) SEQ ID NO: 183及87;18) SEQ ID NO: 183及193;18) SEQ ID NO: 185及87;19) SEQ ID NO: 185及193;20) SEQ ID NO: 188及87;21) SEQ ID NO: 188及193;22) SEQ ID NO: 190及87;23) SEQ ID NO: 190及193;24) SEQ ID NO: 93及97;25) SEQ ID NO: 93及225;26) SEQ ID NO: 93及228;27) SEQ ID NO: 93及231;28) SEQ ID NO: 197及97;29) SEQ ID NO: 197及225;30) SEQ ID NO: 197及228;31) SEQ ID NO: 197及231;32) SEQ ID NO: 201及97;33) SEQ ID NO: 201及225;34) SEQ ID NO: 201及228;35) SEQ ID NO: 201及231;36) SEQ ID NO: 204及97;37) SEQ ID NO: 204及225;38) SEQ ID NO: 204及228;39) SEQ ID NO: 204及231;40) SEQ ID NO: 207及97;41) SEQ ID NO: 207及225;42) SEQ ID NO: 207及228;43) SEQ ID NO: 207及231;44) SEQ ID NO: 210及97;45) SEQ ID NO: 210及225;46) SEQ ID NO: 210及228;47) SEQ ID NO: 210及231;48) SEQ ID NO: 212及97;49) SEQ ID NO: 212及225;50) SEQ ID NO: 212及228;51) SEQ ID NO: 212及231;52) SEQ ID NO: 214及97;53) SEQ ID NO: 214及225;54) SEQ ID NO: 214及228;55) SEQ ID NO: 214及231;56) SEQ ID NO: 216及97;57) SEQ ID NO: 216及225;58) SEQ ID NO: 216及228;59) SEQ ID NO: 216及231;60) SEQ ID NO: 218及97;61) SEQ ID NO: 218及225;62) SEQ ID NO: 218及228;63) SEQ ID NO: 218及231;64) SEQ ID NO: 220及97;65) SEQ ID NO: 220及225;66) SEQ ID NO: 220及228;67) SEQ ID NO: 220及231;68) SEQ ID NO: 222及97;69) SEQ ID NO: 222及225;70) SEQ ID NO: 222及228;71) SEQ ID NO: 222及231;72) SEQ ID NO: 102及105;73) SEQ ID NO: 102及254;74) SEQ ID NO: 102及257;75) SEQ ID NO: 102及260;76) SEQ ID NO: 235及105;77) SEQ ID NO: 235及254;78) SEQ ID NO: 235及257;79) SEQ ID NO: 235及260;80) SEQ ID NO: 238及105;81) SEQ ID NO: 238及254;82) SEQ ID NO: 238及257;83) SEQ ID NO: 238及260;84) SEQ ID NO: 241及105;85) SEQ ID NO: 241及254;86) SEQ ID NO: 241及257;87) SEQ ID NO: 241及260;88) SEQ ID NO: 243及105;89) SEQ ID NO: 243及254;90) SEQ ID NO: 243及257;91) SEQ ID NO: 243及260;92) SEQ ID NO: 245及105;93) SEQ ID NO: 245及254;94) SEQ ID NO: 245及257;95) SEQ ID NO: 245及260;96) SEQ ID NO: 247及105;97) SEQ ID NO: 247及254;98) SEQ ID NO: 247及257;99) SEQ ID NO: 247及260;100) SEQ ID NO: 249及105;101) SEQ ID NO: 249及254;102) SEQ ID NO: 249及257;103) SEQ ID NO: 249及260;104) SEQ ID NO: 251及105;105) SEQ ID NO: 251及254;106) SEQ ID NO: 251及257;107) SEQ ID NO: 251及260;108) SEQ ID NO: 111及115;109) SEQ ID NO: 111及121;110) SEQ ID NO: 111及157;111) SEQ ID NO: 111及272;112) SEQ ID NO: 111及277;113) SEQ ID NO: 111及279;114) SEQ ID NO: 111及282;115) SEQ ID NO: 111及286;116) SEQ ID NO: 111及290;117) SEQ ID NO: 125及115;118) SEQ ID NO: 125及121;119) SEQ ID NO: 125及157;120) SEQ ID NO: 125及272;121) SEQ ID NO: 125及277;122) SEQ ID NO: 125及279;123) SEQ ID NO: 125及282;124) SEQ ID NO: 125及286;125) SEQ ID NO: 125及290;126) SEQ ID NO: 128及115;127) SEQ ID NO: 128及121;128) SEQ ID NO: 128及157;129) SEQ ID NO: 128及272;129) SEQ ID NO: 128及279;130) SEQ ID NO: 128及282;131) SEQ ID NO: 128及286;132) SEQ ID NO: 128及290;133) SEQ ID NO: 131及115;134) SEQ ID NO: 131及121;135) SEQ ID NO: 131及157;136) SEQ ID NO: 131及272;137) SEQ ID NO: 131及277;138) SEQ ID NO: 131及279;139) SEQ ID NO: 131及282;140) SEQ ID NO: 131及286;141) SEQ ID NO: 131及290;142) SEQ ID NO: 134及115;143) SEQ ID NO: 134及121;144) SEQ ID NO: 134及157;145) SEQ ID NO: 134及272;146) SEQ ID NO: 134及277;147) SEQ ID NO: 134及279;148) SEQ ID NO: 134及282;149) SEQ ID NO: 134及286;150) SEQ ID NO: 134及290;151) SEQ ID NO: 137及115;152) SEQ ID NO: 137及121;153) SEQ ID NO: 137及157;154) SEQ ID NO: 137及272;155) SEQ ID NO: 137及277;156) SEQ ID NO: 137及279;157) SEQ ID NO: 137及282;158) SEQ ID NO: 137及286;159) SEQ ID NO: 137及290;160) SEQ ID NO: 141及115;161) SEQ ID NO: 141及121;162) SEQ ID NO: 141及157;162) SEQ ID NO: 141及272;162) SEQ ID NO: 141及277;163) SEQ ID NO: 141及279;164) SEQ ID NO: 141及282;165) SEQ ID NO: 141及286;166) SEQ ID NO: 141 290;167) SEQ ID NO: 145及115;168) SEQ ID NO: 145及121;169) SEQ ID NO: 145及157;170) SEQ ID NO: 145及272;171) SEQ ID NO: 145及277;172) SEQ ID NO: 145及279;173) SEQ ID NO: 145及282;174) SEQ ID NO: 145及282;175) SEQ ID NO: 145及286;176) SEQ ID NO: 145及290;177) SEQ ID NO: 149及115;178) SEQ ID NO: 149及121;179) SEQ ID NO: 149及157;180) SEQ ID NO: 149及272;181) SEQ ID NO: 149及277;182) SEQ ID NO: 149及279;及183) SEQ ID NO: 149及282;184) SEQ ID NO: 149及286;185) SEQ ID NO: 149及290;186) SEQ ID NO: 153及115;187) SEQ ID NO: 153及121;188) SEQ ID NO: 153及157;189) SEQ ID NO: 153及272;190) SEQ ID NO: 153及277;191) SEQ ID NO: 153及279;192) SEQ ID NO: 153及282;193) SEQ ID NO: 153及286;194) SEQ ID NO: 153及290;195) SEQ ID NO: 264及115;196) SEQ ID NO: 264及121;197) SEQ ID NO: 264及157;198) SEQ ID NO: 264及272;199) SEQ ID NO: 264及277;200) SEQ ID NO: 264及279;201) SEQ ID NO: 264及282;202) SEQ ID NO: 264及286;203) SEQ ID NO: 264及290;204) SEQ ID NO: 266及115;205) SEQ ID NO: 266及121;206) SEQ ID NO: 266及157;207) SEQ ID NO: 266及272;208) SEQ ID NO: 266及277;209) SEQ ID NO: 266及279;210) SEQ ID NO: 266及282;211) SEQ ID NO: 266及286;212) SEQ ID NO: 266及290;213) SEQ ID NO: 269及115;214) SEQ ID NO: 269及121;215) SEQ ID NO: 269及157;216) SEQ ID NO: 269及157;217) SEQ ID NO: 269及272;218) SEQ ID NO: 269及277;219) SEQ ID NO: 269及279;219) SEQ ID NO: 269及282;220) SEQ ID NO: 269及286;或221) SEQ ID NO: 269及290,或(II)與表2及表3中所述相同的抗體類型之任何其他組合。
具體實施例10. 如具體實施例1至9中任一者之抗體或抗原結合片段,其中該VH及該VL分別包含以下所述之胺基酸序列或由以下所述之胺基酸序列組成:1) SEQ ID NO: 23及27;2) SEQ ID NO: 23及37;3) SEQ ID NO: 31及27;4) SEQ ID NO: 31及37;5) SEQ ID NO: 35及27;6) SEQ ID NO: 35及37;7) SEQ ID NO: 36及27;8) SEQ ID NO: 36及37;9) SEQ ID NO: 43及27;10) SEQ ID NO: 43及37;11) SEQ ID NO: 83及87;12) SEQ ID NO: 83及193;13) SEQ ID NO: 179及87;14) SEQ ID NO: 179及193;15) SEQ ID NO: 181及87;16) SEQ ID NO: 181及193;17) SEQ ID NO: 183及87;18) SEQ ID NO: 183及193;18) SEQ ID NO: 185及87;19) SEQ ID NO: 185及193;20) SEQ ID NO: 188及87;21) SEQ ID NO: 188及193;22) SEQ ID NO: 190及87;23) SEQ ID NO: 190及193;24) SEQ ID NO: 93及97;25) SEQ ID NO: 93及225;26) SEQ ID NO: 93及228;27) SEQ ID NO: 93及231;28) SEQ ID NO: 197及97;29) SEQ ID NO: 197及225;30) SEQ ID NO: 197及228;31) SEQ ID NO: 197及231;32) SEQ ID NO: 201及97;33) SEQ ID NO: 201及225;34) SEQ ID NO: 201及228;35) SEQ ID NO: 201及231;36) SEQ ID NO: 204及97;37) SEQ ID NO: 204及225;38) SEQ ID NO: 204及228;39) SEQ ID NO: 204及231;40) SEQ ID NO: 207及97;41) SEQ ID NO: 207及225;42) SEQ ID NO: 207及228;43) SEQ ID NO: 207及231;44) SEQ ID NO: 210及97;45) SEQ ID NO: 210及225;46) SEQ ID NO: 210及228;47) SEQ ID NO: 210及231;48) SEQ ID NO: 212及97;49) SEQ ID NO: 212及225;50) SEQ ID NO: 212及228;51) SEQ ID NO: 212及231;52) SEQ ID NO: 214及97;53) SEQ ID NO: 214及225;54) SEQ ID NO: 214及228;55) SEQ ID NO: 214及231;56) SEQ ID NO: 216及97;57) SEQ ID NO: 216及225;58) SEQ ID NO: 216及228;59) SEQ ID NO: 216及231;60) SEQ ID NO: 218及97;61) SEQ ID NO: 218及225;62) SEQ ID NO: 218及228;63) SEQ ID NO: 218及231;64) SEQ ID NO: 220及97;65) SEQ ID NO: 220及225;66) SEQ ID NO: 220及228;67) SEQ ID NO: 220及231;68) SEQ ID NO: 222及97;69) SEQ ID NO: 222及225;70) SEQ ID NO: 222及228;71) SEQ ID NO: 222及231;72) SEQ ID NO: 102及105;73) SEQ ID NO: 102及254;74) SEQ ID NO: 102及257;75) SEQ ID NO: 102及260;76) SEQ ID NO: 235及105;77) SEQ ID NO: 235及254;78) SEQ ID NO: 235及257;79) SEQ ID NO: 235及260;80) SEQ ID NO: 238及105;81) SEQ ID NO: 238及254;82) SEQ ID NO: 238及257;83) SEQ ID NO: 238及260;84) SEQ ID NO: 241及105;85) SEQ ID NO: 241及254;86) SEQ ID NO: 241及257;87) SEQ ID NO: 241及260;88) SEQ ID NO: 243及105;89) SEQ ID NO: 243及254;90) SEQ ID NO: 243及257;91) SEQ ID NO: 243及260;92) SEQ ID NO: 245及105;93) SEQ ID NO: 245及254;94) SEQ ID NO: 245及257;95) SEQ ID NO: 245及260;96) SEQ ID NO: 247及105;97) SEQ ID NO: 247及254;98) SEQ ID NO: 247及257;99) SEQ ID NO: 247及260;100) SEQ ID NO: 249及105;101) SEQ ID NO: 249及254;102) SEQ ID NO: 249及257;103) SEQ ID NO: 249及260;104) SEQ ID NO: 251及105;105) SEQ ID NO: 251及254;106) SEQ ID NO: 251及257;107) SEQ ID NO: 251及260;108) SEQ ID NO: 111及115;109) SEQ ID NO: 111及121;110) SEQ ID NO: 111及157;111) SEQ ID NO: 111及272;112) SEQ ID NO: 111及277;113) SEQ ID NO: 111及279;114) SEQ ID NO: 111及282;115) SEQ ID NO: 111及286;116) SEQ ID NO: 111及290;117) SEQ ID NO: 125及115;118) SEQ ID NO: 125及121;119) SEQ ID NO: 125及157;120) SEQ ID NO: 125及272;121) SEQ ID NO: 125及277;122) SEQ ID NO: 125及279;123) SEQ ID NO: 125及282;124) SEQ ID NO: 125及286;125) SEQ ID NO: 125及290;126) SEQ ID NO: 128及115;127) SEQ ID NO: 128及121;128) SEQ ID NO: 128及157;129) SEQ ID NO: 128及272;129) SEQ ID NO: 128及279;130) SEQ ID NO: 128及282;131) SEQ ID NO: 128及286;132) SEQ ID NO: 128及290;133) SEQ ID NO: 131及115;134) SEQ ID NO: 131及121;135) SEQ ID NO: 131及157;136) SEQ ID NO: 131及272;137) SEQ ID NO: 131及277;138) SEQ ID NO: 131及279;139) SEQ ID NO: 131及282;140) SEQ ID NO: 131及286;141) SEQ ID NO: 131及290;142) SEQ ID NO: 134及115;143) SEQ ID NO: 134及121;144) SEQ ID NO: 134及157;145) SEQ ID NO: 134及272;146) SEQ ID NO: 134及277;147) SEQ ID NO: 134及279;148) SEQ ID NO: 134及282;149) SEQ ID NO: 134及286;150) SEQ ID NO: 134及290;151) SEQ ID NO: 137及115;152) SEQ ID NO: 137及121;153) SEQ ID NO: 137及157;154) SEQ ID NO: 137及272;155) SEQ ID NO: 137及277;156) SEQ ID NO: 137及279;157) SEQ ID NO: 137及282;158) SEQ ID NO: 137及286;159) SEQ ID NO: 137及290;160) SEQ ID NO: 141及115;161) SEQ ID NO: 141及121;162) SEQ ID NO: 141及157;162) SEQ ID NO: 141及272;162) SEQ ID NO: 141及277;163) SEQ ID NO: 141及279;164) SEQ ID NO: 141及282;165) SEQ ID NO: 141及286;166) SEQ ID NO: 141 290;167) SEQ ID NO: 145及115;168) SEQ ID NO: 145及121;169) SEQ ID NO: 145及157;170) SEQ ID NO: 145及272;171) SEQ ID NO: 145及277;172) SEQ ID NO: 145及279;173) SEQ ID NO: 145及282;174) SEQ ID NO: 145及282;175) SEQ ID NO: 145及286;176) SEQ ID NO: 145及290;177) SEQ ID NO: 149及115;178) SEQ ID NO: 149及121;179) SEQ ID NO: 149及157;180) SEQ ID NO: 149及272;181) SEQ ID NO: 149及277;182) SEQ ID NO: 149及279;及183) SEQ ID NO: 149及282;184) SEQ ID NO: 149及286;185) SEQ ID NO: 149及290;186) SEQ ID NO: 153及115;187) SEQ ID NO: 153及121;188) SEQ ID NO: 153及157;189) SEQ ID NO: 153及272;190) SEQ ID NO: 153及277;191) SEQ ID NO: 153及279;192) SEQ ID NO: 153及282;193) SEQ ID NO: 153及286;194) SEQ ID NO: 153及290;195) SEQ ID NO: 264及115;196) SEQ ID NO: 264及121;197) SEQ ID NO: 264及157;198) SEQ ID NO: 264及272;199) SEQ ID NO: 264及277;200) SEQ ID NO: 264及279;201) SEQ ID NO: 264及282;202) SEQ ID NO: 264及286;203) SEQ ID NO: 264及290;204) SEQ ID NO: 266及115;205) SEQ ID NO: 266及121;206) SEQ ID NO: 266及157;207) SEQ ID NO: 266及272;208) SEQ ID NO: 266及277;209) SEQ ID NO: 266及279;210) SEQ ID NO: 266及282;211) SEQ ID NO: 266及286;212) SEQ ID NO: 266及290;213) SEQ ID NO: 269及115;214) SEQ ID NO: 269及121;215) SEQ ID NO: 269及157;216) SEQ ID NO: 269及157;217) SEQ ID NO: 269及272;218) SEQ ID NO: 269及277;219) SEQ ID NO: 269及279;219) SEQ ID NO: 269及282;220) SEQ ID NO: 269及286;或221) SEQ ID NO: 269及290。
具體實施例11. 如具體實施例1至10中任一者之抗體或抗原結合片段,其中:
i) 該VH及該VL包含下列者或由下列者組成:分別與SEQ ID NO: 111及157中所述胺基酸序列具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%同一性之胺基酸序列,或分別包含SEQ ID NO: 111及157中所述之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 111及157中所述之胺基酸組成。
ii) 該VH及該VL分別包含SEQ ID NO: 111及157中所述之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 111及157中所述之胺基酸組成;
iii) i)或ii)之該VH包含CDRH1、CDRH2、及CDRH3,且i)或ii)之該VL包含CDRL1、CDRL2、及CDRL3,其具有由任何VH及VL編號方案所判定之胺基酸序列;
iii) 該VH包含CDRH1、CDRH2、及CDRH3,且VL包含CDRL1、CDRL2、及CDRL3,其分別具有如SEQ ID NO: 112至114、116、117、及158之胺基酸序列;
iv) 該抗體或抗原結合片段包含i)至iv)中任一者與具有如SEQ ID NO: 44至80中任一者之序列的重鏈恆定區及具有如SEQ ID NO: 292之序列的輕鏈恆定區的組合;
v) 該抗體或抗原結合片段包含具有如SEQ ID NO: 293之序列的重鏈及具有如SEQ ID NO: 294之序列的輕鏈;
或
vi) 該抗體或抗原結合片段包含具有如SEQ ID NO: 295之序列的重鏈及具有如SEQ ID NO: 296之序列的輕鏈。
具體實施例12. 如具體實施例1至11中任一者之抗體或抗原結合片段,其中:(i)識別二或更多種、三或更多種、四或更多種、或五或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之棘蛋白中之表位;(ii)能夠阻斷在二或更多種、三或更多種、四或更多種、或五或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之棘蛋白與其對應的一或多種細胞表面受體之間的交互作用,其中,視需要地,細胞表面受體包含人類ACE2;(iii)識別在二或更多種、三或更多種、四或更多種、或五或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒之棘蛋白中保留表位;(iv)針對二或更多種、三或更多種、四或更多種、或五或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒、視需要地包含一或多種演化支1b嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒具有交叉反應性;或(v)(i)至(iv)之任何組合。
具體實施例13. 如具體實施例1至12中任一者之抗體或抗原結合片段,其係IgG、IgA、IgM、IgE、或IgD同型。
具體實施例14. 如具體實施例13之抗體或抗原結合片段,其係選自IgG1、IgG2、IgG3、及IgG4之IgG同型,且較佳地係IgG1同型。
具體實施例15. 如具體實施例1至14中任一者之抗體或抗原結合片段,其係人類的、人源化的、或嵌合的。
具體實施例16. 如具體實施例1至15中任一者之抗體或抗原結合片段,其中該抗體、或該抗原結合片段包含人類抗體、單株抗體、純化抗體、單鏈抗體、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv、scFv、或scFab。
具體實施例17. 如具體實施例16之抗體或抗原結合片段,其中該scFv包含多於一個VH結構域及多於一個VL結構域。
具體實施例18. 如具體實施例1至17中任一者之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段係多特異性抗體或抗原結合片段。
具體實施例19. 如具體實施例18之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段係雙特異性抗體或抗原結合片段。
具體實施例20. 如具體實施例19之抗體或抗原結合片段,其包含:第一VH及第一VL;及第二VH及第二VL,其中該第一VH及VL包含i)分別與SEQ ID NO: 23及27中所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列;ii)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為31、35、36、或43中任一者及37;分別為14及15;分別為16及17;分別為18及19;分別為20及21;分別為20及22;iii)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為83、179、181、183、185、188、或190中任一者及87或193中任一者;iv)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者及97、225、228、或231中任一者;v)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者及105、254、257、或260中任一者;或vi)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者及115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者;且其中該第二VH及VL包含i)分別與SEQ ID NO: 23及27中所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列;ii)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為31、35、36、或43中任一者及37;分別為14及15;分別為16及17;分別為18及19;分別為20及21;分別為20及22;iii)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為83、179、181、183、185、188、或190中任一者及87或193中任一者;iv)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為93、197、201、204、207、210、212、214、216、218、220、或222中任一者及97、225、228、或231中任一者;v)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者及105、254、257、或260中任一者;或vi)與下列SEQ ID NO.所述之胺基酸序列具有至少85%(亦即85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%)同一性之胺基酸序列:分別為111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者及115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者;其中該第一VH及第二VL不同於該第二VH及VL,且其中該第一VH及該第一VL一起形成第一抗原結合位點,且其中該第二VH及該第二VL一起形成第二抗原結合位點。
具體實施例21. 如具體實施例1至20中任一者之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段包含Fc多肽或其片段。
具體實施例22. 如具體實施例21之抗體或抗原結合片段,其中該Fc多肽或其片段包含:(i)增強與FcRn的結合的突變,其係如相較於不包含該突變的參考Fc多肽;(ii)增強與FcγR的結合的突變,其係如相較於不包含該突變的參考Fc多肽;(iii)增強與人類FcγRIIa的結合及/或降低與人類FcγRIIb的結合的突變,其係如相較於不包含該突變的參考Fc多肽;及/或(iv)增強與人類C1q的結合的突變,其係相較於不包含該突變的參考Fc多肽。
具體實施例23. 如具體實施例22之抗體或抗原結合片段,其中該Fc多肽包含該等取代突變M428L/N434S、M428L/N434A、G236A/A330L/I332E/M428L/N434S、或G236A/A330L/I332E/M428L/N434A,其中,視需要地,該抗體或抗原結合片段係IgG1同型,且包含Fc多肽或其片段或由Fc多肽或其片段組成,該Fc多肽或其片段包含下列者或由下列者組成:與SEQ ID NO: 44至80具有至少85%、至少86%、至少87%、至少88%、至少89%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%同一性之胺基酸序列,視需要地為其天然存在的變體以外者;或該Fc多肽或其片段包含SEQ ID NO: 52至80中所述之胺基酸序列或由SEQ ID NO: 52至80中所述之胺基酸序列組成。
具體實施例24. 一種單離之多核苷酸,其編碼如具體實施例1至23中任一者之抗體或抗原結合片段。
具體實施例25. 如具體實施例24之多核苷酸,其中該多核苷酸包含下列者或由下列者組成:與如SEQ ID NO: 81、82、91、92、100、101、109、110、119、120、123、127、130、133、136、140、144、148、152、156、159、180、182、184、187、189、191、192、195、196、200、203、206、209、211、213、215、217、219、221、223、224、227、230、233、234、237、240、242、244、246、248、250、252、253、256、259、261、262、263、265、268、271、276、278、281、285、或289中之一或多者之核酸序列具有至少85%(亦即85%、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、或100%)同一性之核酸序列。
具體實施例26. 如具體實施例24或具體實施例25之多核苷酸,其中該多核苷酸包含去氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA),其中該RNA視需要地包含傳訊RNA(mRNA)。
具體實施例27. 如具體實施例24至26中任一者之多核苷酸,其經密碼子最佳化以在宿主細胞中表現。
具體實施例28. 一種重組載體,其包含如具體實施例24至27中任一者之多核苷酸。
具體實施例29. 一種宿主細胞,其包含如具體實施例24至27中任一者之多核苷酸及/或如具體實施例28之載體,其中該多核苷酸對該宿主細胞係異源的。
具體實施例30. 一種人類B細胞,其包含如具體實施例24至27中任一者之多核苷酸及/或如具體實施例28之載體,其中多核苷酸對該人類B細胞係異源的及/或其中該人類B細胞係永生化的。
具體實施例31. 一種組成物,其包含:(i)如具體實施例1至23中任一者之抗體或抗原結合片段;(ii)如具體實施例24至27中任一者之多核苷酸;(iii)如具體實施例28之重組載體;(iv)如具體實施例29之宿主細胞;及/或(v)如具體實施例30之人類B細胞,及醫藥上可接受之賦形劑、載劑、或稀釋劑。
具體實施例32. 如具體實施例31之組成物,其包含二或更多種抗體或抗原結合片段,其中該第一抗體或抗原結合片段及第二抗體或抗原結合片段分別包含、或該多特異性抗體或抗原結合片段包含CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3、及視需要地VH及VL,其係根據:(i)任何S3A3抗體及任何S3A19抗體;(ii)任何S3A3抗體及索托韋單抗(sotrovimab);(iii)任何S3A3抗體及S2K146;(iv)任何S3A3抗體及S2X259;(v)任何S3A3抗體及任何S2X324抗體;(vi)任何S3A3抗體及S309;(vi)任何S3A19抗體及索托韋單抗;(vii)任何S3A19抗體及S2K146;(viii)任何S3A19抗體及S2X259;(ix)任何S3A19抗體及任何S2X324抗體;(x)任何S3A19抗體及S309;(xi)任何S3I2抗體及任何S3A3抗體;(xii)任何S3I2抗體及任何S3A19抗體;(xiii)任何S3I2抗體及索托韋單抗;(xiv)任何S3I2抗體及S2K146;(xv)任何S3I2抗體及S2X259;(xvi)任何S3I2抗體及任何S2X324抗體;(xvii)任何S3I2抗體及S309;(xviii)任何S3I2抗體及任何S3O13抗體;(xix)任何S3I2抗體及任何S3L17抗體;(xx)任何S3O13抗體及任何S3A3抗體;(xxi)任何S3O13抗體及任何S3A19抗體;(xxii)任何S3O13抗體及索托韋單抗;(xxiii)任何S3O13抗體及S2K146;(xxiv)任何S3O13抗體及S2X259;(xxv)任何S3O13抗體及任何S2X324抗體;(xxvi)任何S3O13抗體及S309;(xxvii)任何S3O13抗體及任何S3L17抗體;(xxviii)任何S3L17抗體及任何S3A3抗體;(xxix)任何S3L17抗體及任何S3A19抗體;(xxx)任何S3L17抗體及索托韋單抗;(xxxi)任何S3L17抗體及S2K146;(xxxii)任何S3L17抗體及S2X259;(xxxiii)任何S3L17抗體及任何S2X324抗體;(xxxiv)任何S3L17抗體及S309;(xxxv)任何S2V29抗體及任何S3A3抗體;(xxxvi)任何S2V29抗體及任何S3A19抗體;(xxxvii)任何S2V29抗體及索托韋單抗;(xxxviii)任何S2V29抗體及S2K146;(xxxix)任何S2V29抗體及S2X259;(xl)任何S2V29抗體及任何S2X324抗體;(xli)任何S2V29抗體及S309;(lxlii)任何S2V29抗體及任何S3L17抗體;及(xliii)任何S2V29抗體及任何S3O13抗體、或其任何抗原結合片段。
具體實施例33. 如具體實施例31之組成物,其中該第一抗體或抗原結合片段包含S3L17抗體或抗原結合片段且該第二抗體或抗原結合片段包含S2V29抗體。
具體實施例34. 一種如具體實施例33之組成物,其中該第一抗體或抗原結合片段分別包含下列之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列:如SEQ ID NO: 103、85、及、104;103、85、及236;或103、85、及239、及106至108;106、107、及258;255、107、及108;或255、107、或258,且該第二抗體或抗原結合片段分別包含下列之CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRL1、CDRL2、及CDRL3胺基酸序列:如SEQ ID NO: 112至114;112、126、及114;112、129 及114;112、132、及114;112、135、及114;112、138、及114;112、142、及114;112、146、及114;112、150、及114;112、154、及114;112、267、及114;112、270、及114;112、113、及139;112、126、及139;112、129 及139;112、132、及139;112、135、及139;112、138、及139;112、142、及139;112、146、及139;112、150、及139;112、154、及139;112、267、及139;112、270、及139;112、113、及143;112、126、及143;112、129及143;112、132、及143;112、135、及143;112、138、及143;112、142、及143;112、146、及143;112、150、及143;112、154、及143;112、267、及143;112、270、及143;112、113、及147;112、126、及147;112、129及147;112、132、及147;112、135、及147;112、138、及147;112、142、及147;112、146、及147;112、150、及147;112、154、及147;112、267、及147;112、270、及147;112、113、及151;112、126、及151;112、129及151;112、132、及151;112、135、及151;112、138、及151;112、142、及151;112、146、及151;112、150、及151;112、154、及151;112、267、及151;112、270、及151;112、113、及155;112、126、及155;112、129及155;112、132、及155;112、135、及155;112、138、及155;112、142、及155;112、146、及1551;112、150、及155;112、154、及155;112、267、及155;或112、270、及155;及116至118;116、274、及118;116、287、及118;116、117、及122;116、274、及122;116、287、及122;116、117、及158;116、274、及275;116、287、及275;116、117、及280;116、274、及280;116、287、及280;116、117、及284;116、274、及284;116、287、及284;116、117、及288;116、274、及288;116、287、及288;116、117、及291;116、274、及291;116、287、及291;273、117、及118;273、274、及118;273、287、及118;273、117、及122;273、274、及122;273、287、及122;273、117、及158;273、274、及275;273、287、及275;273、117、及280;273、274、及280;1273、287、及280;273、117、及284;273、274、及284;273、287、及284;273、117、及288;273、274、及288;273、287、及288;273、117、及291;273、274、及291;273、287、及291;283、117、118;283、274、及118;283、287、及118;283、117、及122;283、274、及122;283、287、及122;283、117、及158;283、274、及275;283、287、及275;283、117、及280;283、274、及280;283、287、及280;283、117、及284;283、274、及284;283、287、及284;283、117、及288;283、274、及288;283、287、及288;283、117、及291;283、274、及291;或283、287、及291。
具體實施例35. 如具體實施例33之組成物,其中該第一抗體或抗原結合片段包含重鏈可變結構域(VH)及輕鏈可變結構域(VL),該重鏈可變結構域包含CDRH1、CDRH2、及CDRH3,該輕鏈可變結構域包含CDRL1、CDRL2、及CDRL3,其中:(i)該CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 103之胺基酸序列或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 85之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 104、236、或239中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 106或255任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 107之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 108或258中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代,且其中該第二抗體或抗原結合片段包含重鏈可變結構域(VH)及輕鏈可變結構域(VL),該重鏈可變結構域包含CDRH1、CDRH2、及CDRH3,該輕鏈可變結構域包含CDRL1、CDRL2、及CDRL3,其中:(i)該CDRH1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 112之胺基酸序列或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(ii)該CDRH2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 113、126、129、132、135、138、142、146、150、154、267、或270中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iii)該CDRH3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 114、139、143、147、151、或155中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(iv)該CDRL1包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 116、273、或283中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;(v)該CDRL2包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 117、274、或287中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代;及/或(vi)該CDRL3包含下列者或由下列者組成:如SEQ ID NO: 118、122、158、275、280、284、288、或291中任一者之胺基酸序列、或其序列變體,該序列變體包含具有一個、二個、或三個胺基酸取代,該等取代之一或多者視需要地係保留取代及/或係對生殖系編碼之胺基酸的取代。
具體實施例36. 如具體實施例33之組成物,其中該第一抗體或抗原結合片段包含下列之VH序列:如SEQ ID NO: 102、235、238、241、243、245、247、249、或251中任一者及下列之VL序列:如SEQ ID NO: 105、254、257、或260中任一者,其中該第二抗體或抗原結合片段包含下列之VH序列:如SEQ ID NO: 111、125、128、131、134、137、141、145、149、153、264、266、或269中任一者及下列之VL序列:如SEQ ID NO: 115、121、157、272、277、279、282、286、或290中任一者。
具體實施例37. 一種組成物,其包含包覆在載劑分子中之如具體實施例24至27中任一者之多核苷酸,其中該載劑分子視需要地包含脂質、脂質衍生之遞送媒劑,諸如脂質體、固體脂質奈米粒子、油性懸浮液、次微米脂質乳劑、脂質微氣泡、逆脂質微胞、耳蝸脂質體、脂質微管、脂質微柱、脂質奈米粒子(LNP)、或奈米級平台。
具體實施例38. 一種治療個體之嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染(例如由SARS-CoV-2所致之感染)之方法,該方法包含向該個體投予有效量的(i)如具體實施例1至23中任一者之抗體或抗原結合片段;(ii)如具體實施例24至27中任一者之多核苷酸;(iii)如具體實施例28之重組載體;(iv)如具體實施例29之宿主細胞;及/或(v)如具體實施例30之人類B細胞,及/或(vi)如具體實施例31至37中任一者之組成物。
具體實施例39. 如具體實施例1至23中任一者之抗體或抗原結合片段、如具體實施例24至27中任一者之多核苷酸、如具體實施例28之重組載體、如具體實施例29之宿主細胞、如具體實施例30之人類B細胞、及/或如具體實施例31至37中任一者之組成物,其係用於治療個體之嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染(例如由SARS-CoV-2所致之感染)之方法。
具體實施例40. 如具體實施例1至23中任一者之抗體或抗原結合片段、如具體實施例24至27中任一者之多核苷酸、如具體實施例28之重組載體、如具體實施例29之宿主細胞、如具體實施例30之人類B細胞、及/或如具體實施例31至37中任一者之組成物,其係用於製備用於治療個體之嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染(例如由SARS-CoV-2所致之感染)之藥物。
具體實施例41. 如具體實施例1至23或39至40中任一者之抗體或抗原結合片段,其中該抗體或抗原結合片段與二或更多種嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒S蛋白質結合,如使用生物薄層干涉法所測量。
具體實施例42. 一種套組,其包含液體組成物及其在治療個體之SARS-CoV-2感染中之使用說明書,該液體組成物包含如具體實施例1至23或39至40中任一者之抗體或抗原結合片段。
具體實施例43. 如具體實施例42之套組,其中該使用說明書係針對如具體實施例38之方法或如具體實施例39至40中任一者之用途。
具體實施例44. 一種用於體外診斷嚴重急性呼吸道症候群β型冠狀病毒感染(例如由SARS-CoV-2所致之感染)之方法,該方法包含:(i)使來自個體之樣本與如具體實施例1至23中任一者之抗體或抗原結合片段接觸;及(ii)偵測複合物,其包含抗原及該抗體、或包含抗原及該抗原結合片段。
具體實施例45. 一種用於生產如具體實施例1至23或具體實施例39至40中任一者之抗體或抗原結合片段之方法,其中該方法包含在足以生產該抗體或抗原結合片段之條件及時間下培養表現該抗體或抗原結合片段之宿主細胞。
具體實施例46. 如具體實施例45之用於生產抗體或抗原結合片段之方法,其中該宿主細胞包含如具體實施例28之重組載體。
具體實施例47. 如具體實施例46之用於生產抗體或抗原結合片段之方法,其中該宿主細胞係哺乳動物細胞。
*表2在各對應VH序列中以粗體字按順序指示CDRH1、CDRH2及CDRH3d(IMGT定義);及在各對應VL序列中以粗體字按順序指示CDRL1、CDRL2、CDRL3。