JP6942467B2 - タグ化キメラエフェクター分子およびそのレセプター - Google Patents
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Description
この出願は、米国特許法§119(e)の下、2013年12月20日に出願された米国仮出願第61/919,201号(この出願は、その全体が参考として本明細書に援用される)に対する利益を主張する。
本発明は、国立衛生研究所により授与された助成金/契約番号CA136551の下で、政府支援によって行われた。政府は、本発明において一定の権利を有する。
本願に関する配列表は、紙コピーの代わりにテキスト形式で提供され、本明細書に参考として援用される。この配列表を含むテキストファイルの名称は、360056_426WO_SEQUENCE_LISTING.txtである。このテキストファイルは、32.3KBであり、2014年12月22日に作成されたものであり、EFS−Webを通じて電子的に提出されている。
(技術分野)
本開示は、タグカセットを含む融合タンパク質、ならびにより具体的には、タグ化キメラエフェクター分子(Key−ChEM)およびタグ化キメラ抗原レセプター分子(T−ChARM)、ならびにこのような融合タンパク質を生成する組換え宿主細胞であって、ここで上記組換え宿主細胞は、同定され得、単離され得、ソートされ得、増殖するように誘発され得、追跡され得、除去され得、および/または治療剤(例えば、養子免疫療法において)として使用され得るものに関する。
T細胞ベースの免疫療法は、腫瘍反応性T細胞が腫瘍浸潤リンパ球(TIL)の集団の中で見出されたときに開発され始めた(Clark et al., Cancer Res. 29:705, 1969)。1つのストラテジー(養子T細胞移入として公知)は、腫瘍反応性に関して予備選択される腫瘍浸潤リンパ球の単離、IL−2の存在下で抗CD3抗体および抗CD28抗体によって誘発される上記腫瘍反応性T細胞のクローン性増殖、および上記増殖させた細胞集団を上記腫瘍を有する患者に最終的に注入し戻すこと(化学療法およびIL−2の反復投与とともに)を包含する(Dudley et al., Science 298:850, 2002)。腫瘍浸潤リンパ球での養子T細胞療法のこの形態は、技術的に扱いづらく、黒色腫を有する患者のうちのごく僅かな割合においてのみ完全な寛解をもたらし、他の癌において有効なのは希である(Besser et al., Clin. Cancer Res. 16:2646, 2010)。
ある種の局面において、本開示は、疎水性部分によって接続された細胞外成分および細胞内成分を含む単鎖融合タンパク質であって、ここで上記細胞外成分は、標的を特異的に結合する結合ドメイン、タグカセット、およびヒンジを含むコネクター領域を含み、上記細胞内成分は、エフェクタードメインを含むものに関する。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される:
(項目1)
疎水性部分によって接続された細胞外成分および細胞内成分を含む単鎖融合タンパク質であって、ここで前記細胞外成分は、標的を特異的に結合する結合ドメイン、タグカセット、およびヒンジを含むコネクター領域を含み、そして前記細胞内成分は、エフェクタードメインを含む、単鎖融合タンパク質。
(項目2)
前記結合ドメインは、scFv、scTCR、レセプターエクトドメイン、もしくはリガンドである、項目1に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目3)
前記標的は、CD3、CEACAM6、c−Met、EGFR、EGFRvIII、ErbB2、ErbB3、ErbB4、EphA2、IGF1R、GD2、O−アセチルGD2、O−アセチルGD3、GHRHR、GHR、FLT1、KDR、FLT4、CD44v6、CD151、CA125、CEA、CTLA−4、GITR、BTLA、TGFBR2、TGFBR1、IL6R、gp130、Lewis A、Lewis Y、TNFR1、TNFR2、PD1、PD−L1、PD−L2、HVEM、MAGE−A、メソセリン、NY−ESO−1、PSMA、RANK、ROR1、TNFRSF4、CD40、CD137、TWEAK−R、HLA、HLAに結合される腫瘍もしくは病原体関連ペプチド、HLAに結合されるhTERTペプチド、HLAに結合されるチロシナーゼペプチド、HLAに結合されるWT−1ペプチド、LTβR、LIFRβ、LRP5、MUC1、OSMRβ、TCRα、TCRβ、CD19、CD20、CD22、CD25、CD28、CD30、CD33、CD52、CD56、CD80、CD81、CD86、CD123、CD171、CD276、B7H4、TLR7、TLR9、PTCH1、WT−1、Robo1、α−フェトプロテイン(AFP)、Frizzled、OX40、またはCD79bを含む、項目1または2に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目4)
前記コネクター領域は、リンカーモジュールをさらに含む、項目1〜3のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目5)
前記リンカーモジュールは、(Gly x Ser y ) n であり、ここでnは、1〜10の整数であり、xおよびyは、独立して0〜10の整数であるが、ただしxおよびyは、両方が0ではない、項目4に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目6)
前記リンカーモジュールは、CH2CH3もしくはCH3である、項目4に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目7)
前記コネクター領域は、前記タグカセットのうちの1以上を含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目8)
前記コネクター領域は、1〜5個のタグカセットを含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目9)
前記コネクター領域は、1〜5個のタグカセットを含み、ここで各タグカセットは、(Gly x Ser y ) n を含む1もしくは2個のリンカーモジュールに接続され、ここでnは、1〜10の整数であり、xおよびyは、独立して、0〜10の整数であるが、ただしxおよびyは、両方が0ではない、項目7または8に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目10)
前記リンカーモジュールは、アミノ酸配列 Gly−Gly−Gly−Gly−Ser(配列番号10)、(Gly−Gly−Gly−Gly−Ser) 2 (配列番号11)、(Gly−Gly−Gly−Ser) 2 −Gly−Gly−Ser(配列番号12)、もしくはこれらの任意の組み合わせを有する、項目9に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目11)
前記結合ドメインは、1個以上のタグカセットを含む、項目1〜10のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目12)
前記タグカセットは、前記結合ドメインに対してアミノ末端側に、前記結合ドメインに対してカルボキシ末端側に、もしくは両方に位置する、項目1〜10のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目13)
前記結合ドメインは、可変領域リンカーを含む、scFvもしくはscTCRであり、ここで前記可変領域リンカーは、1個以上のタグカセットを含む、項目11に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目14)
前記タグカセットは、Strepタグ、Hisタグ、Flagタグ、Xpressタグ、Aviタグ、カルモジュリンタグ、ポリグルタメートタグ、HAタグ、Mycタグ、Nusタグ、Sタグ、Xタグ、SBPタグ、Sofタグ、V5タグ、CBP、GST、MBP、GFP、チオレドキシンタグ、もしくはこれらの任意の組み合わせであるかまたはこれらを含む、項目1〜13のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目15)
前記タグカセットは、アミノ酸配列 Trp−Ser−His−Pro−Gln−Phe−Glu−Lys(配列番号1)もしくはTrp−Arg−His−Pro−Gln−Phe−Gly−Gly(配列番号2)を有するStrepタグであるかまたはこれを含む、項目14に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目16)
前記コネクター領域は、1個以上のタグカセットに隣接するリンカーモジュールをさらに含み、ここで前記リンカーモジュールおよび隣接するタグカセットはまとめて、アミノ酸配列
を有する、項目1〜15のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目17)
前記疎水性部分は、膜貫通ドメインである、項目1〜16のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目18)
前記膜貫通ドメインは、CD4、CD8、CD28もしくはCD27膜貫通ドメインである、項目17に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目19)
前記エフェクタードメインもしくはそのエフェクター部分は、4−1BB(CD137)、CD3ε、CD3δ、CD3ζ、CD25、CD27、CD28、CD79A、CD79B、CARD11、DAP10、FcRα、FcRβ、FcRγ、Fyn、HVEM、ICOS、Lck、LAG3、LAT、LRP、NKG2D、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、OX40(CD134)、ROR2、Ryk、SLAMF1、Slp76、pTα、TCRα、TCRβ、TRIM、Zap70、PTCH2、もしくはこれらの任意の組み合わせである、項目1〜18のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目20)
前記エフェクタードメインもしくはそのエフェクター部分は、CD3ζならびに4−1BB(CD137)、CD27、CD28およびOX40(CD134)のうちの1以上を含む、項目1〜19のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目21)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:細胞外結合ドメイン、タグカセット、ヒンジを含むコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目1〜20のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目22)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:細胞外結合ドメイン、第1のコネクター領域、タグカセット、ヒンジを含む第2のコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目1〜20のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目23)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:細胞外結合ドメイン、第1のタグカセット、第1のコネクター領域、第2のタグカセット、ヒンジを含む第2のコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目1〜20のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目24)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:細胞外結合ドメイン、第1のタグカセット、第1のコネクター領域、第2のタグカセット、第2のコネクター領域、第3のタグカセット、ヒンジを含む第3のコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目1〜20のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目25)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:タグカセット、細胞外結合ドメイン、ヒンジを含むコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目1〜20のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目26)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:細胞外結合ドメイン、2〜5個のタグカセット、ヒンジを含むコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目1〜20のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目27)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:前記可変領域の間に配置されかつタグカセットを含む可変領域リンカーを含む細胞外scFvもしくはscTCR結合ドメイン、ヒンジを含むコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目1〜20のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目28)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:細胞外scFvもしくはscTCR結合ドメイン、タグカセット、IgGヒンジを含むコネクター領域、膜貫通ドメイン、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含み、ここで前記エフェクタードメインは、4−1BBおよびCD3ζ、CD27およびCD3ζ、CD28およびCD3ζ、OX40およびCD3ζ、CD28、4−1BBおよびCD3ζ、OX40、4−1BBおよびCD3ζ、またはCD28、OX40およびCD3ζを含む、項目1〜20のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目29)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:レセプターエクトドメインを含む細胞外結合ドメイン、タグカセット、ヒンジを含むコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含み、ここで前記エフェクタードメインは、4−1BB、CD27、CD28、もしくはOX40を含む、項目1〜20のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目30)
抗原に対して特異的に結合する細胞外結合ドメインとエフェクタードメインを含む細胞内成分との間に配置されかつこれらを接続する1個以上の細胞外タグカセットを有する融合タンパク質を含む、キメラ抗原レセプター分子。
(項目31)
前記1個以上のタグカセットは、1個のタグカセットを含む、項目30に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目32)
前記1個以上のタグカセットは、2〜5個のタグカセットを含む、項目30に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目33)
前記キメラ抗原レセプター分子は、(Gly x Ser y ) n を含む1個以上のリンカーモジュールをさらに含み、ここでnは、1〜10の整数であり、xおよびyは、独立して0〜10の整数であるが、ただしxおよびyは、両方が0ではない、項目30〜32のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目34)
前記融合タンパク質は、前記結合ドメインと前記1個以上のタグカセットとの間に配置された(Gly x Ser) n リンカーモジュールをさらに含み、ここでxは、2〜4の整数であり、nは、1〜3の整数である、項目30〜32のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目35)
前記融合タンパク質は、前記1個以上のタグカセットとエフェクタードメインを含む前記細胞内成分との間に配置された細胞外(Gly x Ser) n リンカーモジュールをさらに含み、ここでxは、2〜4の整数であり、nは、1〜3の整数である、項目30〜32のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目36)
前記融合タンパク質は、2個の細胞外(Gly x Ser) n リンカーモジュールをさらに含み、ここでxは、2〜4の整数であり、nは、1〜3の整数であり、第1の前記リンカーモジュールは、前記1個以上のタグカセットのうちの少なくとも1個に対してアミノ末端側にあり、第2の前記リンカーモジュールは、前記1個以上のタグカセットのうちの少なくとも1個に対してカルボキシ末端側にある、項目30〜32のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目37)
前記1個以上のタグカセットは、2個のタグカセットを含み、前記分子は、2個の細胞外(Gly x Ser) n リンカーモジュールをさらに含み、ここでxは、2〜4の整数であり、nは、1〜3の整数であり、ここで第1のタグカセットは、前記結合ドメインと第1の前記リンカーモジュールとの間に配置され、第2のタグカセットは、第1の前記リンカーモジュールと第2の前記リンカーモジュールとの間に配置され、第2の前記リンカーモジュールは、前記第2のタグカセットと前記エフェクタードメインとの間に配置される、項目30に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目38)
前記融合タンパク質は、第3のタグカセットおよび第3の細胞外(Gly x Ser) n リンカーモジュールをさらに含み、ここで前記第3のタグカセットは、第2の前記リンカーモジュールと第3の前記リンカーモジュールとの間に配置され、第3の前記リンカーモジュールは、前記第3のタグカセットと前記エフェクタードメインとの間に配置される、項目37に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目39)
前記融合タンパク質は、細胞外ヒンジおよび細胞外CH2CH3リンカーモジュールをさらに含み、ここで前記ヒンジは、前記結合ドメインに隣接し、前記CH2CH3リンカーモジュールは、エフェクタードメインを含む前記細胞内成分に隣接し、前記1個以上のタグカセットのうちの少なくとも1個は、前記ヒンジと前記CH2CH3リンカーモジュールとの間に配置される、項目30〜38のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目40)
前記融合タンパク質は、細胞外ヒンジおよび細胞外CH3リンカーモジュールをさらに含み、ここで前記ヒンジは、前記結合ドメインに隣接し、前記CH3リンカーモジュールは、エフェクタードメインを含む前記細胞内成分に隣接し、前記1個以上のタグカセットのうちの少なくとも1個および/もしくは各々は、前記ヒンジと前記CH3リンカーモジュールとの間に配置される、項目30〜38のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目41)
前記1個以上のタグカセットのうちの少なくとも1個は、Strepタグ、Hisタグ、Flag(登録商標)タグ、Xpress(登録商標)タグ、Aviタグ、カルモジュリンタグ、ポリグルタメートタグ、HAタグ、Mycタグ、Nusタグ、Sタグ、Xタグ、SBPタグ、Softag、V5タグ、CBP、GST、MBP、GFP、チオレドキシンタグ、もしくはこれらの任意の組み合わせであるかまたはこれらを含む、項目30〜40のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目42)
前記1個以上のタグカセットのうちの少なくとも1個は、アミノ酸配列 Trp−Ser−His−Pro−Gln−Phe−Glu−Lys(配列番号1)もしくはTrp−Arg−His−Pro−Gln−Phe−Gly−Gly(配列番号2)を有するStrepタグであるかまたはこれを含む、項目41に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目43)
前記結合ドメインは、scFv、scTCR、レセプターエクトドメイン、もしくはリガンドである、項目30〜40のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目44)
前記抗原は、CD3、CEACAM6、c−Met、EGFR、EGFRvIII、ErbB2、ErbB3、ErbB4、EphA2、IGF1R、GD2、O−アセチルGD2、O−アセチルGD3、GHRHR、GHR、FLT1、KDR、FLT4、CD44v6、CD151、CA125、CEA、CTLA−4、GITR、BTLA、TGFBR2、TGFBR1、IL6R、gp130、Lewis A、Lewis Y、TNFR1、TNFR2、PD1、PD−L1、PD−L2、HVEM、MAGE−A、メソセリン、NY−ESO−1、PSMA、RANK、ROR1、TNFRSF4、CD40、CD137、TWEAK−R、HLA、HLAに結合される腫瘍もしくは病原体関連ペプチド、HLAに結合されるhTERTペプチド、HLAに結合されるチロシナーゼペプチド、HLAに結合されるWT−1ペプチド、LTβR、LIFRβ、LRP5、MUC1、OSMRβ、TCRα、TCRβ、CD19、CD20、CD22、CD25、CD28、CD30、CD33、CD52、CD56、CD80、CD81、CD86、CD123、CD171、CD276、B7H4、TLR7、TLR9、PTCH1、WT−1、Robo1、α−フェトプロテイン(AFP)、Frizzled、OX40、もしくはCD79bであるかまたはこれを含む、項目30〜43のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目45)
前記エフェクタードメインは、4−1BB、CD3ε、CD3δ、CD3ζ、CD27、CD28、CD79A、CD79B、CARD11、DAP10、FcRα、FcRβ、FcRγ、Fyn、HVEM、ICOS、Lck、LAG3、LAT、NKG2D、OX40、SLAMF1、Slp76、pTα、TCRα、TCRβ、TRIM、Zap70、PTCH2、もしくはこれらの任意の組み合わせである、項目30〜44のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目46)
前記エフェクタードメインは、CD3ζならびに4−1BB、CD27、CD28、およびOX40のうちの1種以上を含む、項目30〜45のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目47)
前記エフェクタードメインは、4−1BBおよびCD3ζ、CD27およびCD3ζ、CD28およびCD3ζ、またはCD28、4−1BBおよびCD3ζを含む、項目30〜45のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目48)
前記結合ドメインは、レセプターエクトドメインを含み、前記エフェクタードメインは、4−1BB、CD27、CD28、もしくはOX40を含む、項目30〜45のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目49)
前記タグカセットは、前記レセプターエクトドメインに対してカルボキシ末端側に位置する、項目48に記載のキメラ抗原レセプター分子。
(項目50)
細胞外成分と細胞内成分との間に配置された疎水性部分を含む単鎖融合タンパク質であって、ここで前記細胞外成分は、タグカセットとヒンジを含むコネクター領域とを含み、前記細胞内成分は、エフェクタードメインを含む、単鎖融合タンパク質。
(項目51)
前記コネクター領域は、リンカーモジュールをさらに含む、項目50に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目52)
前記リンカーモジュールは、(Gly x Ser) n であり、ここでxは、1〜5の整数であり、nは、1〜10の整数である、項目51に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目53)
前記リンカーモジュールは、CH2CH3もしくはCH3である、項目51に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目54)
1個以上のタグカセットは、前記コネクター領域に対してアミノ末端側にある、項目50〜53のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目55)
前記融合タンパク質は、1〜5個のタグカセットを含む、項目50〜54のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目56)
各タグカセットは、(Gly x Ser y ) n を含む1もしくは2個のリンカーモジュールに接続され、ここでnは、1〜10の整数であり、xおよびyは、独立して0〜10の整数であるが、ただしxおよびyは、両方が0ではない、項目55に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目57)
前記リンカーモジュールは、アミノ酸配列 Gly−Gly−Gly−Gly−Ser(配列番号10)、(Gly−Gly−Gly−Gly−Ser) 2 (配列番号11)、(Gly−Gly−Gly−Ser) 2 −Gly−Gly−Ser(配列番号12)、もしくはこれらの任意の組み合わせを有する、項目56に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目58)
1個以上のタグカセットは、リンカーモジュールによって前記コネクター領域に連結される、項目50〜57のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目59)
前記リンカーモジュールは、(Gly x Ser) n であるかまたはこれを含み、ここでxは、1〜5の整数であり、nは、1〜10の整数である、項目58に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目60)
前記リンカーモジュールは、(Gly−Gly−Gly−Gly−Ser) 2 (配列番号11)であるかまたはこれを含む、項目58に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目61)
1個以上のタグカセットは、Strepタグ、Hisタグ、Flag(登録商標)タグ、Xpress(登録商標)タグ、Aviタグ、カルモジュリンタグ、ポリグルタメートタグ、HAタグ、Mycタグ、Nusタグ、Sタグ、Xタグ、SBPタグ、Softag、V5タグ、CBP、GST、MBP、GFP、チオレドキシンタグ、もしくはこれらの任意の組み合わせであるかまたはこれらを含む、項目50〜60のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目62)
1個以上のタグカセットは、アミノ酸配列 Trp−Ser−His−Pro−Gln−Phe−Glu−Lys(配列番号1)もしくはTrp−Arg−His−Pro−Gln−Phe−Gly−Gly(配列番号2)を有するStrepタグであるかまたはこれを含む、項目61に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目63)
前記融合タンパク質は、1個以上のタグカセットに隣接するリンカーモジュールをさらに含み、ここで前記リンカーモジュールおよび隣接する前記タグカセットは、アミノ酸配列
を有する、項目50〜62のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目64)
前記疎水性部分は、膜貫通ドメインである、項目50〜63のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目65)
前記膜貫通ドメインは、CD4、CD8、CD28もしくはCD27膜貫通ドメインである、項目64に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目66)
前記エフェクタードメインは、CD3ε、CD3δ、CD3ζ、CD27、CD28、CD79A、CD79B、CD134、CD137、CARD11、DAP10、FcRα、FcRβ、FcRγ、Fyn、HVEM、ICOS、Lck、LAG3、LAT、LRP、NKG2D、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、ROR2、Ryk、SLAMF1、Slp76、pTα、TCRα、TCRβ、TRIM、Zap70、PTCH2、もしくはこれらの任意の組み合わせである、項目1〜18のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目67)
前記エフェクタードメインは、CD3ζならびに4−1BB(CD137)、CD27、CD28、およびOX40(CD134)のうちの1種以上を含む、項目50〜66のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目68)
前記エフェクタードメインは、LRP、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、ROR2、もしくはRykを含む、項目50〜66のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目69)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:タグカセット、ヒンジを含むコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目50〜68のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目70)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:第1のコネクター領域、タグカセット、ヒンジを含む第2のコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目50〜68のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目71)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:第1のタグカセット、第1のコネクター領域、第2のタグカセット、ヒンジを含む第2のコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目50〜68のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目72)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:第1のタグカセット、第1のコネクター領域、第2のタグカセット、第2のコネクター領域、第3のタグカセット、ヒンジを含む第3のコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目50〜68のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目73)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:2〜5個のタグカセット、ヒンジを含むコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目50〜68のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目74)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:タグカセット、IgGヒンジを含むコネクター領域、膜貫通ドメイン、ならびに4−1BBおよびCD3ζ、CD27およびCD3ζ、CD28およびCD3ζ、またはCD28、4−1BBおよびCD3ζを含むエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目50〜68のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目75)
前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと:タグカセット、ヒンジを含むコネクター領域、疎水性部分、およびLRP、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、ROR2、もしくはRykを含むエフェクタードメインを含む細胞内成分を含む、項目50〜68のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目76)
前記融合タンパク質は、非共有結合的に会合した結合ドメインをさらに含む、項目50〜75のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目77)
前記非共有結合的に会合した結合ドメインは、タグカセットと会合する、項目76に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目78)
前記非共有結合的に会合した結合ドメインは、scFv、scTCR、レセプターエクトドメイン、もしくはリガンドである、項目76または77に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目79)
前記非共有結合的に会合した結合ドメインは、二重特異的であり、ここでその第1の結合末端は、前記タグカセットに対して特異的であり、その第2の結合末端は、前記タグカセット以外の標的に対して特異的である、項目76〜78のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目80)
前記非共有結合的に会合した結合ドメインは、CD3、CEACAM6、c−Met、EGFR、EGFRvIII、ErbB2、ErbB3、ErbB4、EphA2、IGF1R、GD2、O−アセチルGD2、O−アセチルGD3、GHRHR、GHR、FLT1、KDR、FLT4、CD44v6、CD151、CA125、CEA、CTLA−4、GITR、BTLA、TGFBR2、TGFBR1、IL6R、gp130、Lewis A、Lewis Y、TNFR1、TNFR2、PD1、PD−L1、PD−L2、HVEM、MAGE−A、メソセリン、NY−ESO−1、PSMA、RANK、ROR1、TNFRSF4、CD40、CD137、TWEAK−R、HLA、HLAに結合される腫瘍もしくは病原体関連ペプチド、HLAに結合されるhTERTペプチド、HLAに結合されるチロシナーゼペプチド、HLAに結合されるWT−1ペプチド、LTβR、LIFRβ、LRP5、MUC1、OSMRβ、TCRα、TCRβ、CD19、CD20、CD22、CD25、CD28、CD30、CD33、CD52、CD56、CD80、CD81、CD86、CD123、CD171、CD276、B7H4、TLR7、TLR9、PTCH1、WT−1、Robo1、α−フェトプロテイン(AFP)、Frizzled、OX40、もしくはCD79bに対して特異的である、項目79に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目81)
前記結合ドメインは、二重特異的であり、ここでその第1の結合末端および第2の結合末端は、前記タグカセットに対して特異的である、項目76〜78のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目82)
前記結合ドメインは、多重特異的であり、ここで第1の末端は、前記タグカセットに結合し、第2の末端は、前記タグカセット以外の1個以上の標的に対して特異的である、項目76〜78のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目83)
少なくとも1個の結合ドメインは、CD3、CEACAM6、c−Met、EGFR、EGFRvIII、ErbB2、ErbB3、ErbB4、EphA2、IGF1R、GD2、O−アセチルGD2、O−アセチルGD3、GHRHR、GHR、FLT1、KDR、FLT4、CD44v6、CD151、CA125、CEA、CTLA−4、GITR、BTLA、TGFBR2、TGFBR1、IL6R、gp130、Lewis A、Lewis Y、TNFR1、TNFR2、PD1、PD−L1、PD−L2、HVEM、MAGE−A、メソセリン、NY−ESO−1、PSMA、RANK、ROR1、TNFRSF4、CD40、CD137、TWEAK−R、HLA、HLAに結合される腫瘍もしくは病原体関連ペプチド、HLAに結合されるhTERTペプチド、HLAに結合されるチロシナーゼペプチド、HLAに結合されるWT−1ペプチド、LTβR、LIFRβ、LRP5、MUC1、OSMRβ、TCRα、TCRβ、CD19、CD20、CD22、CD25、CD28、CD30、CD33、CD52、CD56、CD80、CD81、CD86、CD123、CD171、CD276、B7H4、TLR7、TLR9、PTCH1、WT−1、Robo1、α−フェトプロテイン(AFP)、Frizzled、OX40、もしくはCD79bに対して特異的である、項目82に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目84)
前記結合ドメインは、抗体である、項目76に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目85)
前記タグカセットは、アミノ酸配列 Trp−Ser−His−Pro−Gln−Phe−Glu−Lys(配列番号1)もしくはTrp−Arg−His−Pro−Gln−Phe−Gly−Gly(配列番号2)を有するStrepタグであり、前記会合した結合ドメインは、ビオチン結合タンパク質である、項目76に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目86)
前記結合ドメインは、細胞傷害性薬剤、放射性同位体、放射性金属、もしくは検出可能な因子をさらに含む、項目76〜85のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。
(項目87)
前記融合タンパク質は、細胞傷害性薬剤、放射性同位体、放射性金属、もしくは検出可能な因子をさらに含む、項目1〜85のいずれか1項に記載の融合タンパク質。
(項目88)
項目1〜85または50〜87のいずれか1項に記載の融合タンパク質あるいは項目30〜49のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプターをコードする核酸分子。
(項目89)
項目88に記載の核酸分子を含むベクター。
(項目90)
前記ベクターは、ウイルスベクターである、項目89に記載のベクター。
(項目91)
前記ウイルスベクターは、レトロウイルスベクターもしくはレンチウイルスベクターである、項目90に記載のベクター。
(項目92)
項目1〜85のいずれか1項に記載の融合タンパク質もしくはキメラ抗原レセプターをコードする核酸分子を含む宿主細胞。
(項目93)
前記宿主細胞は、T細胞である、項目92に記載の宿主細胞。
(項目94)
細胞を活性化するための方法であって、前記方法は、項目1〜85のいずれか1項に記載の融合タンパク質もしくはキメラ抗原レセプターおよび/または項目88に記載の核酸分子を含む細胞と、タグカセットに対して特異的な結合ドメインとを接触させる工程を包含する、方法。
(項目95)
前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、固体表面に結合され、そして/または前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、同系レセプター、抗タグ抗体、および/もしくは抗タグscFvである、項目94に記載の方法。
(項目96)
前記タグカセットは、アミノ酸配列 Trp−Ser−His−Pro−Gln−Phe−Glu−Lys(配列番号1)もしくはTrp−Arg−His−Pro−Gln−Phe−Gly−Gly(配列番号2)を有するStrepタグである、項目94または95に記載の方法。
(項目97)
前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、ビオチン結合タンパク質もしくは抗Strepタグ抗体である、項目94〜96のいずれか1項に記載の方法。
(項目98)
前記結合ドメインは、平らな表面、アガロース、樹脂、3Dファブリックマトリクス、もしくはビーズに結合される、項目94〜97のいずれか1項に記載の方法。
(項目99)
前記結合ドメインは、マイクロビーズもしくはナノビーズに結合される、項目94〜98のいずれか1項に記載の方法。
(項目100)
前記活性化は、インビボもしくはエキソビボで行われる、項目94〜99のいずれか1項に記載の方法。
(項目101)
前記細胞は、T細胞であり、そして/またはヒトT細胞である、項目94〜100のいずれか1項に記載の方法。
(項目102)
細胞増殖を促進するための方法であって、前記方法は、項目1〜85のいずれか1項に記載の融合タンパク質もしくはキメラ抗原レセプターおよび/または項目88に記載の核酸分子を含む非天然の細胞と、タグカセットに対して特異的な結合ドメインおよび増殖因子サイトカインとを、細胞増殖を可能にするために十分な時間にわたって接触させる工程を包含する、方法。
(項目103)
前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、固体表面に結合され、そして/または前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、同系レセプター、抗タグ抗体、もしくは抗タグscFvである、項目102に記載の方法。
(項目104)
前記タグカセットは、アミノ酸配列 Trp−Ser−His−Pro−Gln−Phe−Glu−Lys(配列番号1)もしくはTrp−Arg−His−Pro−Gln−Phe−Gly−Gly(配列番号2)を有するStrepタグである、項目102または103に記載の方法。
(項目105)
前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、ビオチン結合タンパク質もしくは抗Strepタグ抗体である、項目102〜104のいずれか1項に記載の方法。
(項目106)
前記結合ドメインは、平らな表面、アガロース、樹脂、3Dファブリックマトリクス、もしくはビーズに結合される、項目102〜105のいずれか1項に記載の方法。
(項目107)
前記結合ドメインは、マイクロビーズもしくはナノビーズに結合される、項目102〜106のいずれか1項に記載の方法。
(項目108)
前記増殖因子サイトカインは、IL2、IL15、もしくは両方である、項目102〜107のいずれか1項に記載の方法。
(項目109)
前記方法は、前記細胞を、抗CD27結合ドメイン、抗CD28結合ドメイン、抗CD137結合ドメイン、抗OX40結合ドメインもしくはこれらの任意の組み合わせとともにインキュベートする工程をさらに包含し、ここで前記結合ドメインは、固体表面に結合されている、項目102〜108のいずれか1項に記載の方法。
(項目110)
前記抗CD27結合ドメイン、前記抗CD28結合ドメイン、前記抗CD137結合ドメイン、前記抗OX40結合ドメインもしくはこれらの任意の組み合わせは、平らな表面、アガロース、樹脂、3Dファブリックマトリクス、もしくはビーズに結合されている、項目109に記載の方法。
(項目111)
前記増殖は、インビボもしくはエキソビボで誘発される、項目102〜110のいずれか1項に記載の方法。
(項目112)
前記細胞は、T細胞であり、そして/または前記細胞は、ヒトT細胞である、項目102〜111のいずれか1項に記載の方法。
(項目113)
前記T細胞は、機能的T細胞である、項目112に記載の方法。
(項目114)
前記機能的T細胞は、ウイルス特異的T細胞、腫瘍抗原特異的細胞傷害性T細胞、メモリーステムT細胞、セントラルメモリーT細胞、もしくはCD4+ CD25+調節性T細胞である、項目113に記載の方法。
(項目115)
前記増殖は、項目1〜85のいずれか1項に記載の融合タンパク質もしくはキメラ抗原レセプターの結合ドメインが標的細胞リガンドを結合する場合にインビボで誘発される、項目102〜114のいずれか1項に記載の方法。
(項目116)
前記標的細胞リガンドは、T細胞サプレッサー細胞リガンドである、項目115に記載の方法。
(項目117)
前記T細胞サプレッサー細胞リガンドは、PD−L1もしくはPD−L2である、項目116に記載の方法。
(項目118)
細胞を同定するための方法であって、前記方法は、
項目1〜85のいずれか1項に記載の融合タンパク質もしくはキメラ抗原レセプターおよび/または項目88に記載の核酸分子を含む細胞を含むサンプルと、タグカセットに対して特異的な結合ドメインとを接触させる工程であって、ここで前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、検出可能な部分を含む、工程、ならびに
前記サンプル中の細胞の存在を検出する工程、
を包含する、方法。
(項目119)
細胞もしくは細胞集団をソートもしくは選択するための方法であって、前記方法は、
項目1〜85のいずれか1項に記載の融合タンパク質もしくはキメラ抗原レセプターおよび/または項目88に記載の核酸分子を含むT細胞を含むサンプルと、タグカセットに対して特異的な結合ドメインとを接触させる工程、ならびに
前記結合ドメインによって特異的に結合される細胞を、他の細胞から選択もしくはソートし、それによって、前記細胞もしくは前記細胞集団を他の細胞から選択もしくはソートする工程、
を包含する、方法。
(項目120)
前記結合ドメインは、検出可能な部分を含み、前記部分は、蛍光マーカーである、項目118または119に記載の方法。
(項目121)
前記結合ドメインは、検出可能な部分を含み、前記部分は、APCもしくはFITCである、項目118〜120のいずれか1項に記載の方法。
(項目122)
前記サンプルは血液である、項目118〜121のいずれか1項に記載の方法。
(項目123)
前記細胞は、フローサイトメトリーを使用して検出もしくはソートされる、項目118〜122のいずれか1項に記載の方法。
(項目124)
前記細胞は、非天然の細胞であるか、T細胞であるか、そして/またはヒトT細胞である、項目118〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目125)
細胞もしくはその集団を富化するかもしくは単離するための方法であって、前記方法は、
項目88に記載の核酸分子および/または項目1〜85のいずれか1項に記載のタンパク質もしくはレセプターを含む前記細胞を含むサンプルと、タグカセットに対して特異的な結合ドメインとを接触させる工程、ならびに
前記サンプルにおいて、前記細胞を、前記融合タンパク質もしくは前記レセプターを発現しない他の細胞から富化もしくは単離する工程、
を包含する、方法。
(項目126)
前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、同系レセプター、抗タグ抗体、もしくは抗タグscFvである、項目125に記載の方法。
(項目127)
前記タグカセットは、アミノ酸配列 Trp−Ser−His−Pro−Gln−Phe−Glu−Lys(配列番号1)もしくはTrp−Arg−His−Pro−Gln−Phe−Gly−Gly(配列番号2)を有するStrepタグである、項目125または126に記載の方法。
(項目128)
前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、ビオチン結合タンパク質もしくは抗Strepタグ抗体である、項目125〜127のいずれか1項に記載の方法。
(項目129)
前記結合ドメインは、平らな表面、アガロース、樹脂、3Dファブリックマトリクス、もしくはビーズに結合される、項目125〜128のいずれか1項に記載の方法。
(項目130)
前記結合ドメインは、マイクロビーズもしくはナノビーズに結合される、項目125〜129のいずれか1項に記載の方法。
(項目131)
活性化は、エキソビボで行われる、項目125〜130のいずれか1項に記載の方法。
(項目132)
富化もしくは単離の前に、項目102〜117のいずれか1項に記載のサンプルにおいて前記細胞集団を増殖させる工程をさらに包含する、項目125〜131のいずれか1項に記載の方法。
(項目133)
前記細胞は、非天然の細胞であり、T細胞であり、そして/またはヒトT細胞である、項目125〜132のいずれか1項に記載の方法。
(項目134)
前記細胞は、前記サンプルの他の成分から、磁性カラムクロマトグラフィーによって富化もしくは単離される、項目125〜132のいずれか1項に記載の方法。
(項目135)
富化もしくは単離された前記細胞もしくは前記細胞集団を同定する工程をさらに包含し、ここで前記同定する工程は、前記細胞と、前記タグカセットに対して特異的であり、かつ検出可能な部分を有する結合ドメインとを接触させることを包含する、項目125〜134のいずれか1項に記載の方法。
(項目136)
前記検出可能な部分は、蛍光マーカーである、項目135に記載の方法。
(項目137)
前記検出可能な部分は、APC、PE、パシフィックブルー、Alex fluor、もしくはFITCである、項目135または136に記載の方法。
(項目138)
細胞もしくは集団は、フローサイトメトリーを使用して検出される、項目135〜137のいずれか1項に記載の方法。
(項目139)
前記サンプルは、血液もしくは血液由来サンプルである、項目125〜138のいずれか1項に記載の方法。
(項目140)
細胞を枯渇させるための方法であって、前記方法は、
項目88に記載の核酸分子または項目1〜85のいずれか1項に記載のタンパク質もしくはレセプターを含む細胞と、タグカセットに対して特異的な結合ドメインとを接触させる工程であって、ここで前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインの結合は、前記融合タンパク質もしくは前記キメラレセプターを発現する前記細胞の細胞死をもたらす、工程、
を包含する、方法。
(項目141)
前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、同系レセプター、抗タグ抗体、抗タグscFv、または抗タグ結合ドメインをその細胞表面に有する細胞である、項目140に記載の方法。
(項目142)
前記タグカセットは、アミノ酸配列 Trp−Ser−His−Pro−Gln−Phe−Glu−Lys(配列番号1)もしくはTrp−Arg−His−Pro−Gln−Phe−Gly−Gly(配列番号2)を有するStrepタグである、項目140または141に記載の方法。
(項目143)
前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、ビオチン結合タンパク質、抗Strepタグ抗体、または抗Strepタグ結合ドメインをその細胞表面に発現する細胞である、項目140〜142のいずれか1項に記載の方法。
(項目144)
前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、二重特異的結合ドメインであり、ここで第1の結合ドメインは、前記タグカセットに対して特異的であり、その第2の結合ドメインは、CD3に対して特異的である。項目140〜143のいずれか1項に記載の方法。
(項目145)
前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、細胞傷害性薬剤、放射性同位体、放射性金属、もしくは検出可能な因子をさらに含む、項目140〜143のいずれか1項に記載の方法。
(項目146)
非天然のT細胞をインビボで追跡する工程をさらに包含し、ここで前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、検出可能な因子を含む、項目145に記載の方法。
(項目147)
タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、被験体に投与される、項目140〜146のいずれか1項に記載の方法。
(項目148)
前記被験体はヒトである、項目147に記載の方法。
(項目149)
前記方法は、前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインを投与した後に、前記被験体におけるサイトカインレベルをモニターする工程をさらに包含する、項目147または148に記載の方法。
(項目150)
前記方法は、前記被験体において前記細胞を追跡する工程をさらに包含する、項目147〜149のいずれか1項に記載の方法。
(項目151)
前記インビボで追跡する工程は、磁性粒子、超常磁性酸化鉄(SPIO)、フルオロデオキシグルコース(18F)、蛍光化合物、またはこれらの任意の組み合わせに結合体化した前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインの使用を含む、項目150に記載の方法。
(項目152)
前記インビボで追跡する工程は、MRI、PET、もしくは近赤外線画像化の使用を含む、項目150または151に記載の方法。
(項目153)
望ましい細胞集団を生成するための方法であって、前記方法は、非天然の前駆細胞を含むサンプルと、タグカセットに対して特異的な結合ドメインおよび増殖因子とを、細胞増殖および分化を可能にするために十分な時間にわたって接触させる工程であって、ここで前記非天然の前駆細胞は、項目50〜85のいずれか1項に記載の融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、前記タグカセットに対して特異的な前記結合ドメインは、固体表面に結合される、工程を包含する、方法。
(項目154)
前記前駆細胞は、幹細胞である、項目153に記載の方法。
(項目155)
増殖させた前記前駆細胞集団は、項目125〜139のいずれか1項に記載の方法を使用してさらに単離もしくは富化される、項目153に記載の方法。
(項目156)
被験体における疾患を処置する方法であって、前記方法は、項目92または93に記載の宿主細胞を被験体に投与する工程を包含する、方法。
(項目157)
前記疾患は、ウイルス疾患、細菌疾患、癌、炎症性疾患、免疫疾患、もしくは加齢関連疾患である、項目156に記載の方法。
(項目158)
前記被験体はヒトである、項目156または157に記載の方法。
(項目159)
前記宿主細胞は、T細胞もしくは自己由来T細胞である、項目156〜158のいずれか1項に記載の方法。
(項目160)
前記T細胞は、調節性T細胞である、項目159に記載の方法。
(項目161)
前記T細胞は、CD8 + T細胞もしくはCD4 + T細胞である、項目159に記載の方法。
(項目162)
前記宿主細胞は、幹細胞である、項目156〜158のいずれか1項に記載の方法。
(項目163)
免疫細胞の局所活性化のためのインビボでの方法であって、前記方法は、被験体に、タグカセットに対する結合ドメインおよび共刺激分子に対する結合ドメインを含むマトリクス組成物を投与する工程、ならびに項目92に記載の宿主細胞を投与する工程を包含し、ここで前記マトリクス組成物中の前記結合ドメインと、前記宿主細胞との会合は、前記
宿主細胞を活性化する、方法。
(項目164)
局所活性化のためのインビボでの方法であって、ここでマトリクス組成物は、アルギネート、基底膜マトリクス、もしくはバイオポリマーを含む、方法。
(項目165)
局所活性化のためのインビボでの方法であって、ここで免疫細胞はT細胞である、方法。
(項目166)
免疫細胞の局所活性化のためのインビボでの方法であって、前記方法は、被験体に、タグカセットに対する結合ドメインおよび共刺激分子に対する結合ドメインを含むデバイスを投与する工程、ならびに項目92に記載の宿主細胞を投与する工程を包含し、ここでマトリクス組成物中の前記結合ドメインと、前記宿主細胞との会合は、前記宿主細胞を活性化する、方法。
(項目167)
局所活性化のためのインビボでの方法であって、ここでデバイスは、平らな表面、アガロースビーズ、樹脂、3Dファブリックマトリクス、もしくはビーズを含む、方法。
(項目168)
局所活性化のためのインビボでの方法であって、ここで免疫細胞は、T細胞である、方法。
(項目169)
細胞を追跡する方法であって、前記方法は、被験体に、検出可能な部分を含む結合分子を投与する工程であって、ここで前記被験体は、項目92もしくは93に記載の細胞を投与されたか、または前記方法は、項目92もしくは93に記載の細胞の投与をさらに包含し、前記結合分子は、融合タンパク質もしくはキメラレセプター内に含まれるタグカセットに特異的に結合する、工程、ならびに前記投与の後に、前記被験体においてインビボで、または前記被験体から得られたサンプル中で、前記分子の存在を検出し、それによって前記被験体またはその組織もしくは体液中で前記細胞を検出する工程を包含する、方法。
(項目170)
前記方法は、前記細胞の前記投与をさらに含み、ここで前記細胞および前記結合分子は、同時に投与される、項目169に記載の方法。
(項目171)
前記結合分子および前記細胞は、複合体として投与される、項目170に記載の方法。
(項目172)
前記結合分子は、磁性粒子、超常磁性酸化鉄(SPIO)、フルオロデオキシグルコース(18F)、蛍光化合物、もしくはこれらの任意の組み合わせに結合体化される、項目150に記載の方法。
(項目173)
前記追跡する工程は、インビボで実行され、MRI、PET、もしくは近赤外線画像化の使用を含む、項目150または151に記載の方法。
(項目174)
タグカセットに対する結合ドメインおよび免疫細胞共刺激分子に対する結合ドメインを含む、マトリクス組成物。
(項目175)
アルギネート、基底膜マトリクス、もしくはバイオポリマーをさらに含む、項目174に記載のマトリクス組成物。
(項目176)
タグカセットに対する結合ドメインおよび免疫細胞共刺激分子に対する結合ドメインを含む、デバイス。
(項目177)
前記結合ドメインのうちの一方もしくは両方は、表面、アガロースビーズ、樹脂、3Dファブリックマトリクス、もしくはビーズに配置される、項目176に記載のデバイス。
本開示は、1個以上のアフィニティータグカセットを含む種々の融合タンパク質(これは、「鍵」のように機能して、種々の生物学的経路のうちのいずれかにアクセスしこれを操作する(すなわち、スイッチを入れるもしくは切るまたは調節する)キメラエフェクター分子(ChEM)である)を生成するための組成物および方法を提供する。これらキメラエフェクター分子は、本明細書でKey−ChEMといわれる。このような融合タンパク質をコードする核酸分子は、特異的細胞応答(例えば、増殖もしくは死滅)が誘発されるか、制御されるかもしくはその両方である、改変された宿主細胞を生成するために使用され得る。例えば、あるタイプの前駆細胞は、被験体から得られ得、タグカセットを含む融合タンパク質を発現するように改変され得、増殖するように誘発され得、次いで、具体的治療効果(例えば、被験体の消耗した免疫系を再構成する)のために被験体へと注入し戻され得る。あるいは、タグを含むこのような融合タンパク質は、特定の標的(例えば、腫瘍抗原)に対して特異的な結合ドメインをさらに有し得る。このような例では、これら融合タンパク質は、特定の細胞へ導入され得、次いでその改変された細胞を同定、ソート、活性化、もしくは増殖するために使用され得るタグ化キメラ抗原レセプター分子(T−ChARM)である。ある種の実施形態において、このようなタグ化キメラ分子は、細胞(例えば、免疫細胞(例えば、T細胞))へと形質導入され、発現される。
「T細胞レセプター」(TCR)とは、CD3と会合して、主要組織適合遺伝子複合体(MHC)分子に結合した抗原の認識を概して担う、T細胞(もしくはTリンパ球)の表面に見出される分子をいう。上記TCRは、大部分のT細胞において非常に可変性のα鎖およびβ鎖(それぞれ、TCRαおよびTCRβとしても公知)のジスルフィド結合したヘテロダイマーを有する。T細胞の小さな部分セットにおいて、上記TCRは、可変性のγ鎖およびδ鎖(それぞれ、TCRγおよびTCRδとしても公知)のヘテロダイマーから構成される。上記TCRの各鎖は、免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーであり、1個のN末端免疫グロブリン可変ドメイン、1個の免疫グロブリン定常ドメイン、膜貫通領域、およびC末端に短い細胞質テールを有する(Janeway et al.,Immunobiology:The Immune System in Health and Disease, 3rd Ed., Current Biology Publications, p. 4:33, 1997を参照のこと)。TCRは、本開示で使用される場合、種々の動物種(ヒト、マウス、ラット、ネコ、イヌ、ヤギ、ウマ、もしくは他の哺乳動物が上げられる)に由来し得る。TCRは、細胞結合している(すなわち、膜貫通領域もしくはドメインを有する)か、または可溶性形態にあり得る。
ある種の局面において、本開示は、単鎖融合タンパク質(Key−ChEMといわれ、疎水性部分によって接続された細胞外成分および細胞内成分を含み、ここで上記細胞外成分は、タグカセットとヒンジを含むコネクター領域とを含み、上記細胞内成分は、エフェクタードメインを含む)を提供する。ある種の実施形態において、コネクター領域は、リンカーモジュールをさらに含むか、または1個以上のタグカセットは、上記コネクター領域内に位置する。ある種の他の実施形態において、1個以上のタグカセットは、リンカーモジュールによって上記コネクター領域に連結される。
本開示に従う単鎖融合タンパク質(例えば、Key−ChEMもしくはT−ChARM)に含まれるタグカセットは、高アフィニティーもしくはアビディティーで同系レセプターもしくは結合パートナー(例えば、抗体)に特異的に結合し得る細胞外成分であり、ここで上記同系レセプターもしくは結合パートナーは、Key−ChEMもしくはT−ChARMを発現する宿主もしくは細胞に対して異種もしくは非内因性である。単鎖融合タンパク質構造内では、タグカセットは、(a)コネクター領域に対してすぐアミノ末端側に、(b)リンカーモジュール間に配置されかつリンカーモジュールを接続して、(c)結合ドメインに対してすぐカルボキシ末端側に、(d)結合ドメイン(例えば、scFv)とエフェクタードメインとの間に挿入されかつ結合ドメインをエフェクタードメインに接続して、(e)結合ドメインのサブユニット間に挿入されかつ接続して、または(f)本開示の単鎖融合タンパク質のアミノ末端に、位置し得る。ある種の実施形態において、1個以上の接合部アミノ酸が、タグカセットと疎水性部分との間に配置されてかつこれらを接続し得るか、またはタグカセットとコネクター領域との間に配置されてかつこれらを接続し得るか、またはタグカセットとリンカーモジュールとの間に配置されてかつこれらを接続し得るか、またはタグカセットと結合ドメインとの間に配置されてかつこれらを接続し得る。
本開示に従う単鎖融合タンパク質の中のヒンジを含むコネクター領域は、(a)疎水性部分に対して直ぐアミノ末端側に、(b)タグカセット(例えば、Strepタグ)とエフェクタードメインとの間に挿入されかつ接続して、(c)結合ドメインに対して直ぐカルボキシ末端側に、または(d)リンカーモジュールとエフェクタードメインとの間に挿入されかつ接続して、位置し得る。本明細書で記載されるとおりの、ヒンジを有するコネクター領域を含む単鎖融合タンパク質は、もう1つの単鎖融合タンパク質と会合して、ダイマー(例えば、ホモダイマーもしくはヘテロダイマー)を形成し得、ここでKey−ChEMもしくはT−ChARMダイマーは、同系結合パートナーを結合し得る1個以上のタグカセットを含み、T−ChARMダイマーは、その標的特異性もしくはその特異的標的結合アフィニティーを保持する結合ドメインをさらに含む。
本開示の単鎖融合タンパク質(例えば、Key−ChEMもしくはT−ChARM)に含まれる疎水性部分は、本開示の融合タンパク質が細胞膜と会合し、その結果、上記融合タンパク質の一部が細胞外に位置し(例えば、タグカセット、コネクタードメイン、結合ドメイン)、一部が細胞内に位置する(例えば、エフェクタードメイン)ことを可能にする。疎水性部分は一般に、細胞膜リン脂質二重層内に配置される。ある種の実施形態において、1個以上の接合部アミノ酸は、疎水性部分とエフェクタードメインとの間に配置されてかつこれらを接続し得るか、または疎水性部分とコネクター領域との間に配置されてかつこれらを接続し得るか、または疎水性部分とタグカセットとの間に配置されてかつこれらを接続し得る。
本開示の単鎖融合タンパク質(例えば、Key−ChEMもしくはT−ChARM)に含まれるエフェクタードメインは、細胞内成分であり、機能的シグナルを細胞に伝達し得る。ある種の実施形態において、単鎖Key−ChEMもしくはT−ChARMは、それぞれ、第2の単鎖Key−ChEMもしくはT−ChARMとダイマー化し、ここで上記ダイマー化は、エフェクタードメインを含む上記細胞内成分が近位に存在し、かつ適切なシグナルに曝される場合にシグナル伝達を促進することを可能にする。このようなダイマータンパク質複合体を形成することに加えて、上記エフェクタードメインは、他のシグナル伝達因子(例えば、共刺激因子)とさらに会合して、細胞内シグナルを生成する多重タンパク質複合体を形成し得る。ある種の実施形態において、エフェクタードメインは、細胞応答を直接的に促進する1個以上の他のタンパク質と会合することによって、細胞応答を間接的に促進する。エフェクタードメインは、1個、2個、3個もしくはより多くのレセプターシグナル伝達ドメイン、共刺激ドメイン、もしくはこれらの組み合わせを含み得る。種々のシグナル伝達分子(例えば、シグナル伝達レセプター)のうちのいずれかに由来するエフェクタードメイン、共刺激ドメインもしくはその両方を含む任意の細胞内成分は、本開示の融合タンパク質において使用され得る。
本明細書で記載される場合、本開示のT−ChARM単鎖融合タンパク質は、標的を特異的に結合する結合ドメインを含む。上記結合ドメインによる標的の結合は、上記標的(例えば、レセプターもしくはリガンド)と別の分子との間の相互作用をブロックし得、例えば、上記標的のある種の機能(例えば、シグナル伝達)に干渉、低減もしくは除去し得るか、または標的の結合は、ある種の生物学的経路を誘発し得るか、または除去のための標的を同定し得る。
ある種の局面において、本開示は、本明細書で記載されるKey−ChEMもしくはT−ChARMのうちのいずれか1以上をコードする核酸分子を提供する。このような核酸分子は、目的の宿主細胞(例えば、造血前駆細胞、T細胞)の中に導入するために、適切なベクター(例えば、ウイルスベクターもしくは非ウイルスプラスミドベクター)へと挿入され得る。
本開示で記載されるとおりのKey−ChEMもしくはT−ChARMを発現する細胞で処置され得る疾患としては、癌、感染性疾患(ウイルス、細菌、原生動物の感染)、免疫疾患(例えば、自己免疫)、または加齢関連疾患(例えば、老化)が挙げられる。養子免疫および遺伝子治療は、種々のタイプの癌(Morgan et al., Science 314:126, 2006; Schmitt et al., Hum. Gene Ther. 20:1240, 2009; June, J. Clin. Invest. 117:1466, 2007)および感染性疾患(Kitchen et al., PLoS One 4:38208, 2009; Rossi et al., Nat. Biotechnol. 25:1444, 2007; Zhang et al., PLoS Pathog. 6:e1001018, 2010; Luo et al., J. Mol. Med. 89:903, 2011)のための有望な処置である。
1個以上のアフィニティータグカセットを含む例示的キメラ融合タンパク質は、図1に図示される。上記タグカセットは、概して小さく(すなわち、最小限に免疫原性もしくは非免疫原性)、宿主もしくは宿主細胞に対して内因性のいかなる分子とも会合も結合もしない。上記タグは、異種の同系レセプター(例えば、リガンド、抗体、もしくは他の結合パートナー)に特異的に結合し、その結合は、種々の細胞経路のうちのいずれかにアクセスしかつこれを操作する(すなわち、スイッチを入れるかもしくは切るかまたは調節する)ための「鍵」(本明細書ではKey−ChEMともいわれる)として、これらキメラエフェクター分子(ChEM)の状況において使用され得る。これらタグ化キメラ融合タンパク質は、特定の標的(例えば、腫瘍抗原)に特異的な結合ドメインをさらに含み得る。例えば、上記タグ化キメラ融合タンパク質は、キメラ抗原レセプター分子(本明細書ではT−ChARMともいわれる)を含む。
CD8+およびCD4+を、CD8+/CD4+ T細胞単離キット(Miltenyi Biotec)を使用して正常なドナーのPBMCから単離し、抗CD3/CD28ビーズ(Life Technologies)で製造業者の説明に従って活性化し、0.8μg/mL ポリブレン(Millipore, Bedford, MA)を補充したレンチウイルス上清(各実施例に記載されるとおり)(MOI=3)で、2,100rpmにおいて45分間、32℃での遠心分離による活性化後3日目に、形質導入した。T細胞を、組換えヒト(rh)IL−2を終濃度50U/mLまで48時間毎に補充した、RPMI、10% ヒト血清、2mM L−グルタミンおよび1% ペニシリン−ストレプトマイシン(CTL培地)中で増殖させた。増殖後、各形質導入したT細胞系統のアリコートを、ビオチン結合体化抗EGFR抗体およびストレプトアビジン−PE(Miltenyi, Auburn, CA)で染色した。上記tEGFR+ T細胞を、FACS−Aria細胞ソーター(Becton Dickinson)でソートすることによって単離した。上記tEGFR+ T細胞部分セットを、その後、T細胞:LCL比 1:7の照射した(8,000ラド) CD19+ B−LCLで刺激し、48時間毎に50 U/mL rh IL−2を追加しながら8日間にわたってCTL培地中で、またはR12 T−ChARMのための迅速増殖プロトコル(Riddell and Greenberg, J. Immunol. Methods 128:189, 1990)を使用して増殖させた。
抗CD19(scFv) T−ChARM1、T−ChARM2、もしくはT−ChARM3を発現するように操作されたCD8+ バルクT細胞のインビトロエフェクター機能を、クロム放出アッセイにおいて、それぞれ、種々の長さ、すなわち、IgG4ヒンジのみ(短)、IgG4 CH3およびヒンジ(中間)、およびIgG4 CH2CH3とヒンジ(長)のコネクター領域を含む抗CD19 CARを発現するように操作されたT細胞のエフェクター機能と比較した。簡潔には、標的細胞を51Cr(PerkinElmer, Norwalk, CT)で一晩標識し、洗浄し、1〜2×103 細胞/ウェルにおいてエフェクターT細胞とともに、種々のエフェクター 対 標的(E:T)比で、三連でインキュベートした。上清を、4時間インキュベートした後、γカウントのために採取し、標準式を使用して特異的溶解(specific lysis)を計算した。上記使用した標的細胞は、Raji/ROR1(天然にはCD19+、関係ない抗原ROR1を発現するように形質導入した)およびK562/CD19(CD19を発現するように形質導入した)であり、K562/ROR1(天然にはCD19−、関係ない抗原ROR1を発現するように形質導入した)を陰性コントロールとして使用し、LCL−OKT3細胞(細胞表面抗CD3を発現するように形質導入した)を陽性コントロールとして使用した。膜結合した抗CD3 scFvを発現するように操作したリンパ芽球様細胞株(LCL)細胞(LCL−OKT3)を、T細胞系統の最大活性化能力の参照標準として使用した。なぜならこれらOKT3発現細胞は、CD3複合体を結合することによってT細胞を活性化するからである。
サイトカイン分泌の分析のために、エフェクター(E)細胞(抗CD19 T−ChARMおよびCARを発現するT細胞)および標的(T)細胞(K562/CD19およびK562/ROR1、陰性コントロール)を、E:T比4:1において三連で共培養し、24時間インキュベートし、次いで、その上清を、多重サイトカインイムノアッセイ(Luminex(登録商標))を使用して、GM−CSF、IFN−γ、IL−2、およびTNF−αレベルについて測定した。
種々の抗CD19 T−ChARMもしくはCARを発現するT細胞を、CD19+ Raji細胞とともに24時間共培養し、その上清を、多重サイトカインアッセイ(Luminex(登録商標))で試験した。サイトカイン分泌の分析のために、エフェクター(E)細胞(抗CD19 T−ChARMおよびCARを発現するT細胞)および標的(T)細胞(Raji)を、E:T比 2:1において三連で共培養し、24時間インキュベートし、次いで、その上清を、多重サイトカインイムノアッセイ(Luminex(登録商標))を使用して、GM−CSF、IFN−γ、IL−2、およびTNF−αレベルについて測定した。
細胞増殖の分析のために、抗CD19 T−ChARMもしくはCARを発現するT細胞を、0.2μM カルボキシフルオレセインスクシンイミジルエステル(CFSE, Invitrogen)で標識した。これは細胞内タンパク質に結合し、上記細胞をFITCチャネルにおいてフローサイトメトリーによって可視化する。標識後、上記細胞を洗浄し、外因性サイトカインなしのCTL培地の中で刺激細胞とともに比 4:1(K562/CD19もしくはK562/ROR1、陰性コントロール)で三連でプレートした。72時間インキュベートした後、細胞をPIで標識して、上記分析から死細胞を排除した。サンプルをフローサイトメトリーによって分析し、生きているCD3+ T細胞の細胞分裂を、CFSE希釈の程度によって評価した(すなわち、色素希釈は、増殖のインジケーターである。なぜなら標識の強度は、各々の細胞分裂で半分に希釈されるからである)。
6〜8週齢の雌性NOD.CB17−Prkdcscid/J(NOD/SCID)もしくはNOD.Cg−PrkdcscidIl2rgtm1Wjl/SzJ(NSG)マウスを、Jackson Laboratoryから得たか、または施設内で繁殖させた。マウスに、ホタルルシフェラーゼ(Raji−ffluc)でトランスフェクトした0.5×106 Rajiリンパ腫腫瘍細胞を尾静脈を介して静脈内(i.v.)注射し、腫瘍の生着を6日間行った。7日目に、マウスに、抗CD19(scFv)T−ChARM1、T−ChARM2、T−ChARM3、CAR(短)、CAR(中間)、およびCAR(長)ヒトT細胞のうちの1つでトランスフェクトした5×106のT細胞の単回静脈内(i.v.)注射を与えた。腫瘍の生着を確認するために、Raji−ffluc接種後6日目に生体発光画像化を行った(図6A)。養子T細胞治療の抗腫瘍活性をモニターするために、生体発光画像化を、T細胞投与後の7日目(図6B)、11日目(図6C)、18日目(図6D)、および26日目(図6E)に行った。
Raji腫瘍を有するNSGマウスのコホートを、5×106 抗CD19 CAR/huEGFRtもしくはT−ChARM/huEGFRt発現ヒトT細胞で処置し、3週間後に、末梢血(眼の出血)を、抗huEGFR、抗ヒトCD8、および抗ヒトCD45モノクローナル抗体を使用してフローサイトメトリーによって分析した。CD8+ huEGFRt+(Wang et al., 2011) T細胞の頻度は、図7において生きている末梢血球のパーセンテージとして示される。検出可能なhuEGFRtのレベルは、T−ChARM発現T細胞のレベルに相関する。
抗CD19 T−ChARM/huEFRt発現T細胞を、EGFR Ab−ビオチン/StrepTavidin−PE、抗StrepタグII−FITC、Strep−Tactin(登録商標)−APC(アロフィコシアニン)で染色し、次いで、フローサイトメトリーによって分析した。抗CD19 CAR(短)形質導入T細胞を、コントロールとして使用した。形質導入したT−ChARMおよび抗CD19 CAR(短)T細胞は全て、抗EGFR mAbで陽性に染色された。このことは、それらが形質導入され、huEGFRTを発現したことを示す(図8A)。
T−ChARM2形質導入T細胞を、抗Strepタグ−FITC標識抗体で染色し、次いで、卓上型FACSセルソーター(BD FACSAria IIセルソーター、BD Biosciences, San Jose, CA)を使用してソートした。図9は、ソート前(上の行)およびソート後(下の行)の細胞集団を示す。もっとも右のパネル(ソート後)は、T−ChARM2発現T細胞が、15.8%の細胞集団から、99%超のT−ChARM2 T細胞である細胞集団まで富化されたことを示す。
細胞を、Streptactin−マイクロビーズもしくはナノビーズ(IBA, Goettingen, Germany)とともにインキュベートし、次いで、マグネティックセパレーターの中でMACSカラム(Miltenyi Biotec)にロードした。カラムを3ml MACS緩衝液で3回洗浄した。次いで、カラムを上記セパレーターから外し、Strepタグを発現するT細胞が結合したStreptactin(登録商標)磁性ビーズを、プランジャーをカラムの中へとしっかりと押し込むことによって流し出した。コントロールT細胞と混合したT−ChARM3形質導入T細胞を、以下のビーズタイプのうちの1つ:Strep−Tactinマイクロビーズ1#(一般にタンパク質精製のために使用され、サイズは約0.5〜1.5μm);Strep−Tactinマイクロビーズ2#(一般にFab Streptamers(登録商標)[Strepタグ化Fabフラグメント]での細胞単離のために使用され、サイズは約0.5μm);Strep−Tactinナノビーズ3#(一般にMHC I Streptamers[Strepタグ化MHCIモノマー]での細胞単離のために使用され、サイズは約100nm)で標識し;MACS(登録商標)カラム(Miltenyi)にロードし、マグネティックセパレーターへと挿入した。直接流出液および保持された画分を、抗Strepタグ−FITC標識固体で個々に染色し、フローサイトメトリーによって分析した。
T細胞活性化および増殖は、T細胞抗原特異的レセプター(TCR)の結合を通じて媒介される2つのシグナルおよび共刺激シグナル、最も代表的には、CD80およびCD86によるCD28の結合を要する(Ledbetter et al., Blood 75:1531, 1990)。よって、抗CD3/CD28 mAb被覆マイクロビーズを開発して、両方の必須のシグナルを提供し、臨床適用のためにT細胞を非特異的に活性化および増殖させた(Riddell and Greenberg, 1990)。T細胞の抗CD3/CD28刺激はまた、CARをコードするレトロウイルスもしくはレンチウイルスベクターでの形質導入を促進するが、形質導入したT細胞を選択的に増殖させない。
抗CD19 T−ChARM1、T−ChARM2、T−ChARM3およびCAR(長)(陰性コントロール)形質導入T細胞を、Strep−Tactin(登録商標)マイクロビーズおよび50U/ml IL2を有するCTL培地中で個々に培養した。5日目の顕微鏡画像化から、T−ChARM2およびT−ChARM3発現T細胞が、上記ビーズの周りに大きなクラスターを驚くべきことに発生させたことが明らかになり、このことは、Strep−Tactinビーズ上での細胞増殖を示し、抗CD19 CAR(長)発現T細胞では明らかにならなかった(図11)。上記T−ChARM1発現T細胞は、それほど大きくない細胞クラスターを示したが、陰性コントロールと比較すると、プレート上で目に見える細胞がより多く存在したので、細胞増殖は明らかにあった。さらなる実験において、種々の異なるChARM発現T細胞(N1ChARMおよびCh1ARMを含む)は、StrepTactinマイクロビーズもしくは抗Strepタグ抗体マイクロビーズのいずれかでの刺激後ちょうど48時間以内に出現する増殖クラスターを有した(図28)。従来の短いスペーサーのCAR T細胞(CD19−Hi)を、陰性コントロールとして使用した。
合計で約5×105 ヒトCD8+ T細胞を、抗CD3/抗CD28ビーズで刺激した。2日目に、上記処理した細胞を、抗CD19 T−ChARM1/huEGFRtをコードする核酸分子を含むレンチウイルスで形質導入した。5日目に、上記抗CD3/抗CD28ビーズを除去した。この時点で、上記処理した細胞を2群に分け、一方の群にはいかなる処置もさらには行わず、他方の群は、Strep−Tactin(登録商標)マイクロビーズ(約0.5μm〜約1.5μm)で処理した。10日目に、各群の細胞を採取し、免疫蛍光抗Strepタグ抗体で染色し、フローサイトメトリーによって分析した。その増殖曲線は、上記抗CD3/抗CD28ビーズの除去後に、Strep−Tactinマイクロビーズを添加すると、有意なT細胞増殖を促進し続けたことを示す(図17A)。フローサイトメトリー分析からは、コントロール群(上のパネル)と比較して、Strep−Tactinマイクロビーズ処理群(下のパネル)において、T−ChARM発現T細胞が有意により高いパーセンテージで存在していたので(huEGFRt染色によって測定される場合)、増殖していた細胞は実際に、T−ChARM発現T細胞であったことが示される(図17B)。次いで、各群の細胞を、huEGFRtマーカーを使用してさらにソートし、次いで、5.0×105細胞を、CD19+ TM−LCLでの刺激によって増殖させた。StrepTactinマイクロビーズで予め処理した細胞は、コントロール群のわずか4.0×106細胞と比較して、7日間で約8.0×107細胞のレベルへと有意かつ迅速な増殖をおこした。このことは、T−ChARMのタグ配列を介するStrep−Tactinマイクロビーズ刺激後に、T−ChARMの抗CD19 scFv成分を介する次の再刺激が、非常に有効であることを実証する。
抗CD19 CAR(短)発現T細胞(TM−LCL刺激によって増殖)もしくはT−ChARM1発現T細胞(TM−LCLもしくはStrepTactinマイクロビーズ刺激によって増殖)を、24時間にわたってRaji細胞(図19C)、またはCD19(図19A)もしくはROR1(陰性コントロール)(図19B)のいずれかを発現するK562細胞とともに共培養した。PMA/イオノマイシンを、陽性コントロールとして使用した(図19D)。上清を採取し、多重サイトカインアッセイ(Luminex(登録商標))を使用して分析した。Strep−Tactinマイクロビーズで培養した抗CD19 T−ChARM1発現T細胞によるサイトカイン放出のレベルは、TM−LCL細胞で刺激したT−ChARM1発現T細胞について観察されたものより(IFN−γを除いて)高かった(図19A、図19C、および図19D)。条件に拘わらず、K562/ROR1細胞共培養群(陰性コントロール)は、いかなる検出可能なサイトカインをも生じなかった(図19B)。興味深いことに、TM−LCL刺激群と比較して、Strep−Tactinビーズ誘発培養物においてIL2生成は有意に高いレベルであった(10倍より高い増大)。
精製抗CD19 T−ChARM3発現T細胞(5×105)を、0日目に、CTL培地と50U/ml IL2中に入れ、次いで、2μg Gプロテイン磁性ビーズ(NEB)、抗StrepタグII(0.5μg)/抗CD27抗体(0.5μg)結合体化Gプロテインビーズ、もしくは抗StrepタグII(0.5μg)/抗CD28抗体(0.5μg)結合体化Gプロテインビーズを、上記細胞培養物に添加した。上記培養培地のみの中の細胞を、陰性コントロールとして使用した。5日目に、上記細胞を顕微鏡下で検査した。
Claims (32)
- 疎水性部分によって接続された細胞外成分および細胞内成分を含む単鎖融合タンパク質であって、ここで前記細胞外成分は、細胞外結合ドメイン、複数のタグカセット、およびヒンジを含むコネクター領域を含み、前記細胞内成分は、エフェクタードメインを含み、前記複数のタグカセットの各々は、Strep(登録商標)タグを含み、前記複数のタグカセットは、抗タグ結合パートナーに結合でき、前記細胞外結合ドメインは、細胞外scFv結合ドメインを含み、前記scFv結合ドメインはその標的抗原に結合でき、前記複数のタグカセットは、2または3個のタグカセットを含み、そして前記複数のタグカセットは、前記scFv結合ドメインと前記ヒンジの間に位置する、単鎖融合タンパク質。
- 前記コネクター領域は、リンカーモジュールをさらに含む、請求項1に記載の単鎖融合タンパク質。
- 前記リンカーモジュールは、(GlyxSery)nであり、ここでnは、1〜10の整数であり、xおよびyは、独立して0〜10の整数であるが、ただしxおよびyは、両方が0ではない;あるいは
前記リンカーモジュールは、CH2CH3もしくはCH3を含む、請求項2に記載の単鎖融合タンパク質。 - 前記複数のタグカセットのうちの1以上が前記コネクター領域内に位置する;あるいは
前記複数のタグカセットのうちの1以上が前記コネクター領域内に位置し、ここで各タグカセットは、(GlyxSery)nを含む1もしくは2個のリンカーモジュールに接続され、ここでnは、1〜10の整数であり、xおよびyは、独立して、0〜10の整数であるが、ただしxおよびyは、両方が0ではない;あるいは
前記複数のタグカセットのうちの1以上が前記コネクター領域内に位置し、ここで各タグカセットは、アミノ酸配列 Gly−Gly−Gly−Gly−Ser(配列番号10)、(Gly−Gly−Gly−Gly−Ser)2(配列番号11)、(Gly−Gly−Gly−Ser)2−Gly−Gly−Ser(配列番号12)、もしくはこれらの任意の組み合わせを有する1もしくは2個のリンカーモジュールに接続されている、
請求項1に記載の単鎖融合タンパク質。 - 前記単鎖融合タンパク質は、Hisタグ、Flagタグ、Xpressタグ、Aviタグ、カルモジュリンタグ、ポリグルタメートタグ、HAタグ、Mycタグ、Nusタグ、Sタグ、Xタグ、SBPタグ、Sofタグ、V5タグ、CBP、GST、MBP、GFP、チオレドキシンタグ、もしくはこれらの任意の組み合わせをさらに含む、請求項1に記載の単鎖融合タンパク質。
- 前記複数のタグカセットのStrep(登録商標)タグが、アミノ酸配列 Trp−Ser−His−Pro−Gln−Phe−Glu−Lys(配列番号1)もしくはTrp−Arg−His−Pro−Gln−Phe−Gly−Gly(配列番号2)を有する、請求項5に記載の単鎖融合タンパク質。
- 前記疎水性部分は、膜貫通ドメインであり、前記膜貫通ドメインは、CD4、CD8、CD28もしくはCD27の膜貫通ドメインを含む、請求項1に記載の単鎖融合タンパク質。
- 前記エフェクタードメインもしくはそのエフェクター部分は、4−1BB(CD137)、CD3ε、CD3δ、CD3ζ、CD25、CD27、CD28、CD79A、CD79B、CARD11、DAP10、FcRα、FcRβ、FcRγ、Fyn、HVEM、ICOS、Lck、LAG3、LAT、LRP、NKG2D、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、OX40(CD134)、ROR2、Ryk、SLAMF1、Slp76、pTα、TCRα、TCRβ、TRIM、Zap70およびPTCH2からなる群のうちの1個以上であるか、またはこれらのもののエフェクタードメインである、請求項1に記載の単鎖融合タンパク質。
- 前記エフェクタードメインもしくはそのエフェクター部分は、(a)CD3ζならびに(b)4−1BB(CD137)、CD27、CD28およびOX40(CD134)のうちの1以上を含むかまたはこれらのもののエフェクタードメインを含む、請求項1に記載の単鎖融合タンパク質。
- 前記融合タンパク質は、アミノ末端からカルボキシ末端へと以下を含む:
(a)細胞外結合ドメイン、第1のタグカセット、第1のコネクター領域、第2のタグカセット、ヒンジを含む第2のコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分;あるいは
(b)細胞外結合ドメイン、第1のタグカセット、第1のコネクター領域、第2のタグカセット、第2のコネクター領域、第3のタグカセット、ヒンジを含む第3のコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分;あるいは
(c)細胞外結合ドメイン、2〜3個のタグカセット、ヒンジを含むコネクター領域、疎水性部分、およびエフェクタードメインを含む細胞内成分
請求項1〜9のいずれか1項に記載の単鎖融合タンパク質。 - 前記融合タンパク質が、非共有結合的に結合ドメインと会合している、請求項1に記載の単鎖融合タンパク質。
- 前記非共有結合的に会合した結合ドメインが前記融合タンパク質の前記複数のタグカセットのうちの1個以上と会合している;および/または
前記非共有結合的に会合した結合ドメインは、少なくとも第1の結合末端および第2の結合末端と多重特異的であり、必要に応じて二重特異的であり、ここで、(i)前記第1の結合末端が、前記融合タンパク質の前記複数のタグカセットのうちの1個以上に特異的であり、前記第2の結合末端は、前記複数のタグカセット以外の標的である、前記標的に特異的であり、ならびに/あるいは(ii)前記第1の結合末端および前記第2の結合末端は、前記複数のタグカセットのうちの1個以上に特異的である;ならびに/あるいは
前記非特異的に会合した結合ドメインは、多重特異的であり、第1の末端が前記複数のタグカセットのうちの1個以上に結合し、1個以上のさらなる末端が前記複数のタグカセット以外の1個以上の標的に特異的である、請求項11に記載の単鎖融合タンパク質。 - 前記標的は、CD3、CEACAM6、c−Met、EGFR、EGFRvIII、ErbB2、ErbB3、ErbB4、EphA2、IGF1R、GD2、O−アセチルGD2、O−アセチルGD3、GHRHR、GHR、FLT1、KDR、FLT4、CD44v6、CD151、CA125、CEA、CTLA−4、GITR、BTLA、TGFBR2、TGFBR1、IL6R、gp130、Lewis A、Lewis Y、TNFR1、TNFR2、PD1、PD−L1、PD−L2、HVEM、MAGE−A、メソセリン、NY−ESO−1、PSMA、RANK、ROR1、TNFRSF4、CD40、CD137、TWEAK−R、HLA、HLAに結合される腫瘍もしくは病原体関連ペプチド、HLAに結合されるhTERTペプチド、HLAに結合されるチロシナーゼペプチド、HLAに結合されるWT−1ペプチド、LTβR、LIFRβ、LRP5、MUC1、OSMRβ、TCRα、TCRβ、CD19、CD20、CD22、CD25、CD28、CD30、CD33、CD52、CD56、CD80、CD81、CD86、CD123、CD171、CD276、B7H4、TLR7、TLR9、PTCH1、WT−1、Robo1、α−フェトプロテイン(AFP)、Frizzled、OX40、もしくはCD79bを含む、請求項11に記載の単鎖融合タンパク質。
- 前記融合タンパク質は、さらに以下を含む:(i)(GlyxSery)nを含む1個以上のリンカーモジュール、ここでnは、1〜10の整数であり、xおよびyは、独立して0〜10の整数であるが、ただしxおよびyは、両方が0ではない;(ii)前記細胞外結合ドメインと前記複数のタグカセットのうち1個以上との間に配置された(GlyxSer)nリンカーモジュール、ここでxは、2〜4の整数であり、nは、1〜3の整数である;(iii)前記複数のタグカセットのうちの1個以上とエフェクタードメインを含む前記細胞内成分との間に配置された細胞外(GlyxSer)nリンカーモジュール、ここでxは、2〜4の整数であり、nは、1〜3の整数である;および/または(iv)2個の細胞外(GlyxSer)nリンカーモジュール、ここでxは、2〜4の整数であり、nは、1〜3の整数であり、第1の前記リンカーモジュールは、前記複数のタグカセットのうちの少なくとも1個のタグカセットに対してアミノ末端側にあり、第2の前記リンカーモジュールは、前記複数のタグカセットのうちの少なくとも1個に対してカルボキシ末端側にある;ならびに/あるいは
前記細胞外成分は、2個のタグカセットを含み、前記融合タンパク質は、2個の細胞外(GlyxSer)nリンカーモジュールをさらに含み、ここでxは、2〜4の整数であり、nは、1〜3の整数であり、ここで前記2個のタグカセットのうちの第1のタグカセットは、前記細胞外結合ドメインと第1の前記リンカーモジュールとの間に配置され、前記2個のタグカセットのうちの第2のタグカセットは、第1の前記リンカーモジュールと第2の前記リンカーモジュールとの間に配置され、第2の前記リンカーモジュールは、前記第2のタグカセットと前記エフェクタードメインとの間に配置され、必要に応じて前記融合タンパク質は、第3のタグカセットおよび第3の細胞外(GlyxSer)nリンカーモジュールをさらに含み、ここでxは、2〜4の整数であり、nは、1〜3の整数であり、ここで前記第3のタグカセットは、第2の前記リンカーモジュールと第3の前記リンカーモジュールとの間に配置され、第3の前記リンカーモジュールは、前記第3のタグカセットと前記エフェクタードメインとの間に配置される、請求項1に記載の単鎖融合タンパク質。 - 抗原に対して特異的に結合する細胞外結合ドメインとエフェクタードメインを含む細胞内成分との間に配置されかつこれらを接続する複数の細胞外タグカセットを含む細胞外成分を有する融合タンパク質を含む、キメラ抗原レセプター分子であって、ここで、前記複数のタグカセットの各々が、Strep(登録商標)タグを含み、前記キメラ抗原レセプター分子は、疎水性部分を含み、前記細胞外成分はさらに、ヒンジを含むコネクター領域を含み、前記複数の細胞外タグカセットは、抗タグ結合パートナーに結合でき、前記細胞外結合ドメインは、細胞外scFv結合ドメインを含み、前記scFv結合ドメインはその標的抗原に結合でき、前記疎水性部分が前記ヒンジを含む前記コネクター領域と前記エフェクタードメインを含む前記細胞内成分との間に位置し、前記複数のタグカセットは、2または3個のタグカセットを含み、そして前記複数のタグカセットは、前記scFv結合ドメインと前記ヒンジの間に位置する、キメラ抗原レセプター分子。
- 前記コネクター領域が以下をさらに含む請求項15に記載のキメラ抗原レセプター分子:
エフェクタードメインを含む前記細胞内成分に隣接する細胞外CH2CH3リンカーモジュール;ならびに/あるいは
エフェクタードメインを含む前記細胞内成分に隣接する細胞外CH3リンカーモジュール。 - 前記エフェクタードメインは、4−1BB、CD27、CD28、もしくはOX40のエフェクタードメインを含む、請求項15または16に記載のキメラ抗原レセプター分子。
- 請求項15〜17のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子であって、前記キメラ抗原レセプター分子がさらに、2つのリンカーモジュールを含み、前記複数のタグカセットのうちの第1のタグカセットが、前記結合ドメインと第1のリンカーモジュールの間に配置され、前記複数のタグカセットのうちの第2のタグカセットが、前記第1のリンカーモジュールと第2のリンカーモジュールの間に配置され、前記第2のリンカーモジュールが、前記第2のタグカセットと前記エフェクタードメインの間に配置され、前記キメラ抗原レセプター分子が、前記成分を、前記細胞外結合ドメイン、前記第1のタグカセット、前記第1のリンカーモジュール、前記第2のタグカセット、前記第2のリンカーモジュール、前記疎水性部分、および前記エフェクタードメインを含む前記細胞内成分の順に含む、キメラ抗原レセプター分子。
- 請求項18に記載のキメラ抗原レセプター分子であって、前記キメラ抗原レセプター分子がさらに、前記複数のタグカセットのうちの第3のタグカセットおよび第3のリンカーモジュールを含み、前記第3のタグカセットが、前記第2のリンカーモジュールと前記第3のリンカーモジュールの間に配置され、前記第3のリンカーモジュールが、前記第3のタグカセットと前記エフェクタードメインの間に配置され、前記キメラ抗原レセプター分子が、前記成分を、前記細胞外結合ドメイン、前記第1のタグカセット、前記第1のリンカーモジュール、前記第2のタグカセット、前記第2のリンカーモジュール、前記第3のタグカセット、前記第3のリンカーモジュール、前記疎水性部分、および前記エフェクタードメインを含む前記細胞内成分の順に含む、キメラ抗原レセプター分子。
- 請求項1〜14のいずれか1項に記載の融合タンパク質あるいは請求項15〜19のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子をコードする核酸分子。
- 請求項20に記載の核酸分子を含むベクター。
- 前記ベクターは、ウイルスベクターである、請求項21に記載のベクター。
- 前記ウイルスベクターは、レトロウイルスベクターもしくはレンチウイルスベクターである、請求項22に記載のベクター。
- 請求項1〜14のいずれか1項に記載の融合タンパク質もしくは請求項15〜19のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子をコードする核酸分子を含む宿主細胞。
- 前記宿主細胞は、T細胞である、請求項24に記載の宿主細胞。
- 細胞を活性化するためおよび/または細胞増殖を促進するための組成物であって、請求項20に記載の核酸分子を含む、組成物。
- 前記細胞が、増殖因子サイトカインと、細胞増殖を可能にするために十分な時間にわたって接触される、請求項26に記載の組成物。
- サンプル中もしくは被験体中の細胞もしくは細胞集団を同定するための組成物であって、請求項24もしくは25に記載の宿主細胞および/または請求項20に記載の核酸分子を含む、組成物。
- サンプルにおいて細胞もしくはその集団を富化するかもしくは単離するための組成物であって、請求項24もしくは25に記載の宿主細胞を含む、組成物。
- サンプルにおいて細胞を枯渇させるための組成物であって、請求項24もしくは25に記載の宿主細胞、または請求項1〜14のいずれかに記載の融合タンパク質、または請求項15〜19のいずれか1項に記載のキメラ抗原レセプター分子を含む、組成物。
- 被験体における疾患を処置するための組成物であって、請求項24または25に記載の宿主細胞を含む、組成物。
- 前記結合ドメインは、前記融合タンパク質もしくは前記キメラ抗原レセプター分子内に含まれる前記タグカセットに特異的に結合し、前記組成物の投与の後に、前記被験体においてインビボで、または前記被験体から得られたサンプル中で、前記結合ドメインの存在が検出され、それによって前記被験体またはその組織もしくは体液中での前記細胞が検出される、請求項28に記載の組成物。
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