JP5337801B2

JP5337801B2 - 質量分析計、質量分析方法および媒体

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Publication number: JP5337801B2
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Inventors: グリーン・マーティン・レイマンド; ワイルドグース・ジェイソン・リー
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Description

本発明は、質量分析計および質量分析法に関する。好適な実施形態は、タンデムイオントラップを備える質量分析計に関する。

質量分析の分野では、さまざまなイオントラッピング手法が知られている。たとえば、周知のように、市販の３次元またはポール（Ｐａｕｌ）型イオントラップは、中央リング電極と二つのエンドキャップ電極とを備える。また、周知のように、リニアジオメトリーまたは２次元リニア・イオントラップ（ＬＩＴ）は、四重極棒電極群と二つの端電極とを備え、イオントラップ内部で軸方向にイオンを閉じ込めるように構成される。

周知のように、無線周波数で調節した不均一場をイオントラップを構成する電極に印加することにより、イオントラップ内部にイオンをトラップまたは閉じ込めることができる。また、ＤＣ（直流）トラッピング電位を電極の一部に印加することにより、イオントラップ内部で軸方向にイオンを閉じ込めることができる。また、周知のように、さまざまな手法を用いて、放射方向あるいは軸方向のいずれかに、イオントラップからイオンを質量選択的に放出させることができる。

しかし、上述したような従来のイオントラップには、ダイナミックレンジが比較的限られているという問題があった。ダイナミックレンジが比較的限られてしまう原因としては、イオントラップ内に比較的高密度でイオン集団が同時に貯蔵される場合に生じる空間電荷密度の飽和が挙げられる。分析用イオントラップにおける空間電荷密度の飽和により、分析性能が損なわれてしまう。特に、質量分解能、質量測定精度、並びに定量精度が低下する。さらに、上述したように、空間電荷密度の飽和の影響により、イオントラップを用いて作成される質量スペクトルのダイナミックレンジが狭くなる。

このような状況に鑑みて、質量分析計および質量分析法の改良が求められてきた。

本発明の一態様は、質量分析計であって、
第１の複数の電極を有する第１の質量選択的イオントラップと、
第２の複数の電極を有する第２の質量選択的イオントラップで、第１の質量選択的イオントラップの下流側に配置される第２の質量選択的イオントラップと、を備える。
動作モード下で、第１のイオントラップ中に、あるいは、第１のイオントラップ内部に、初期時間Ｔ０において、貯蔵またはトラップされるように、イオン群を設定する。
質量分析計は、さらに、制御システムであって、
（ｉ）第１スキャンの間、第１のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、第１のイオントラップを制御し、第１のイオントラップから質量選択的に放出される、および／あるいは、第１のイオントラップから出現するイオンの少なくとも一部を、次に、第２のイオントラップが受け取り、第２のイオントラップ中に、あるいは、第２のイオントラップ内部に貯蔵またはトラップするように、第１のイオントラップを制御し、
（ｉｉ）第２スキャンの間、第２のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、第２のイオントラップを制御する、ように構成される制御システムを備える。

「質量選択的な放出」および「質量選択的に放出される」という表現は、特定の質量あるいは質量対電荷比または所定範囲内の質量あるいは質量対電荷比を有するイオンをイオントラップから放出させる、または、イオントラップ内で特定の質量あるいは質量対電荷比または所定範囲内の質量あるいは質量対電荷比を有するイオンを不安定化し、その結果として、イオントラップから出現するようにする、という実施形態を網羅するものである。

さまざまな実施形態において、質量選択的不安定性、共鳴放出、パラメトリックまたは非線形共鳴励起、あるいは非共鳴放出を含むさまざまな手法により、第１のイオントラップから、および／あるいは、第２のイオントラップから、質量選択的に、または、質量対電荷比選択的に、イオンを放出させることができる。３以上のイオントラップを、望ましくは、直列配置で、備える構成も可能である。後者の構成では、追加のイオントラップからも、質量選択的不安定性、共鳴放出、パラメトリックまたは非線形共鳴励起、あるいは非共鳴放出のいずれかの手法でイオンを放出させることができる。

一実施形態において、第１のイオントラップから、および／あるいは、第２のイオントラップから、質量選択的に、または、質量対電荷比選択的に、軸方向または軸上に、および／あるいは、放射方向または放射状に、イオンを放出させるようにしてもよい。

一実施形態において、第１の複数の電極および／あるいは第２の複数の電極に印加されるＡＣ電圧（交流電圧）またはＲＦ電圧（高周波電圧）の周波数および／あるいは振幅を調節することによって、質量選択的不安定性手法により、第１のイオントラップから、および／あるいは、第２のイオントラップから、イオンを放出させるように、制御システムを構成してもよい。

第１スキャンの間、および／あるいは、第２またはそれに続くスキャンの間、質量選択的不安定性パラメータ（たとえば、印加されるＡＣ電圧またはＲＦ電圧の周波数および／あるいは振幅）が変動、スキャン、増大、あるいは減少されるものでもよい。ここで、パラメータを、漸次、規則的、不規則的、線形、非線形、連続的、または、不連続的のいずれの方法で、変動、スキャン、増大、あるいは減少させるものでもよい。

一実施形態において、第１の複数の電極および／あるいは第２の複数の電極に、ＡＣ補助波形または補助電圧またはティックル電圧あるいはＲＦ補助波形または補助電圧またはティックル電圧を印加および／あるいは重畳することによって、共鳴放出手法により、第１のイオントラップから、および／あるいは、第２のイオントラップから、イオンを放出させるように、制御システムを構成してもよい。

第１スキャンの間、および／あるいは、第２またはそれに続くスキャンの間、共鳴放出パラメータ（たとえば、印加されるＡＣ補助波形または補助電圧またはティックル電圧あるいはＲＦ補助波形または補助電圧またはティックル電圧の周波数および／あるいは振幅）が変動、スキャン、増大、あるいは減少されるものでもよい。ここで、パラメータを、漸次、規則的、不規則的、線形、非線形、連続的、または、不連続的のいずれの方法で、変動、スキャン、増大、あるいは減少させるものでもよい。

一実施形態において、第１の複数の電極および／あるいは第２の複数の電極に、ＤＣバイアス電圧を印加および／あるいは重畳することによって、質量選択的手法により、第１のイオントラップから、および／あるいは、第２のイオントラップから、イオンを放出させるように、制御システムを構成してもよい。

第１スキャンの間、および／あるいは、第２またはそれに続くスキャンの間、質量選択的パラメータ（たとえば、印加されるＤＣバイアス電圧の振幅）が変動、スキャン、増大、あるいは減少されるものでもよい。ここで、パラメータを、漸次、規則的、不規則的、線形、非線形、連続的、または、不連続的のいずれの方法で、変動、スキャン、増大、あるいは減少させるものでもよい。

一実施形態において、第１の複数の電極および／あるいは第２の複数の電極に、補助ＡＣ電圧または電位あるいは補助ＲＦ電圧または電位を印加および／あるいは重畳することによって、第１のイオントラップ内部で、および／あるいは、第２のイオントラップ内部で、少なくとも一部のイオンをパラメトリックあるいは非線形的に励起するように、制御システムを構成してもよい。ここで、補助ＡＣ電圧または電位あるいは補助ＲＦ電圧または電位は、パラメトリックな励起の標的イオンの基本周波数または共鳴周波数ωとは実質的に異なる周波数σを有することが望ましい。一実施形態において、補助ＡＣ電圧または電位あるいは補助ＲＦ電圧または電位は、＞２ω、２ω、＞１．２ω、＞１ω、＜１ω、＜０．８ω、０．６６７ω、０．５ω、０．４ω、０．３３ω、０．２８６ω、０．２５ω、あるいは、＜０．２５ωのいずれかに等しい周波数σを有し、ここで、ωはパラメトリックな励起の標的イオンの基本周波数または共鳴周波数である。

第１スキャンの間、および／あるいは、第２またはそれに続くスキャンの間、パラメトリックな励起パラメータあるいは非線形共鳴パラメータ（たとえば、補助ＡＣ電圧または補助ＲＦ電圧の周波数および／あるいは振幅）が変動、スキャン、増大、あるいは減少されるものでもよい。ここで、パラメータを、漸次、規則的、不規則的、線形、非線形、連続的、または、不連続的のいずれの方法で、変動、スキャン、増大、あるいは減少させるものでもよい。

一実施形態において、第１の複数の電極および／あるいは第２の複数の電極に、一つあるいは複数のＡＣ電圧および／あるいはＤＣ電圧を印加することによって、非共鳴手法により、第１のイオントラップから、および／あるいは、第２のイオントラップから、イオンを放出させるように、制御システムを構成してもよい。

第１スキャンの間、および／あるいは、第２またはそれに続くスキャンの間、非共鳴放出パラメータ（たとえば、印加されるＡＣ電圧またはＲＦ電圧および／あるいは印加されるＤＣ電圧の周波数および／あるいは振幅）が変動、スキャン、増大、あるいは減少されるものでもよい。ここで、パラメータを、漸次、規則的、不規則的、線形、非線形、連続的、または、不連続的のいずれの方法で、変動、スキャン、増大、あるいは減少させるものでもよい。

質量選択的不安定性パラメータ、共鳴放出パラメータ、パラメトリックまたは非線形共鳴放出パラメータ、非共鳴放出パラメータ、ＡＣ電圧またはＲＦ電圧および／あるいはＤＣ電圧の振幅（あるいは適当な場合には周波数）および／あるいは周波数を、望ましくはＸｓｃａｎボルトだけ、漸次増大させる、漸次減少させる、漸次変動させる、スキャンする、直線的に増加させる、直線的に減少させる、段階的、漸進的または他の方法で増大させる、段階的、漸進的または他の方法で減少させるように、質量分析計を構成するものでもよい。パラメータ（振幅および／あるいは周波数）を、時間Ｔｓｃａｎの間、スキャンすることが望ましい。

ここで、望ましくは、Ｘｓｃａｎは、（ｉ）５０Ｖより小さいピークピーク値（ｐｅａｋｔｏｐｅａｋ）、（ｉｉ）５０Ｖから１００Ｖの範囲、（ｉｉｉ）１００Ｖから１５０Ｖの範囲、（ｉｖ）１５０Ｖから２００Ｖの範囲、（ｖ）２００Ｖから２５０Ｖの範囲、（ｖｉ）２５０Ｖから３００Ｖの範囲、（ｖｉｉ）３００Ｖから３５０Ｖの範囲、（ｖｉｉｉ）３５０Ｖから４００Ｖの範囲、（ｉｘ）４００Ｖから４５０Ｖの範囲、（ｘ）４５０Ｖから５００Ｖの範囲、（ｘｉ）５００Ｖから５５０Ｖの範囲、（ｘｘｉｉ）５５０Ｖから６００Ｖの範囲、（ｘｘｉｉｉ）６００Ｖから６５０Ｖの範囲、（ｘｘｉｖ）６５０Ｖから７００Ｖの範囲、（ｘｘｖ）７００Ｖから７５０Ｖの範囲、（ｘｘｖｉ）７５０Ｖから８００Ｖの範囲、（ｘｘｖｉｉ）８００Ｖから８５０Ｖの範囲、（ｘｘｖｉｉｉ）８５０Ｖから９００Ｖの範囲、（ｘｘｉｘ）９００Ｖから９５０Ｖの範囲、（ｘｘｘ）９５０Ｖから１０００Ｖの範囲、および（ｘｘｘｉ）１０００Ｖより大きいピークピーク値、からなる群から選択される。

また、望ましくは、Ｔｓｃａｎは、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。

初期時間Ｔ０において、および／あるいは、その後の時間ΔＴの間、第２のイオントラップに実質上イオンが存在しない。時間ΔＴは、望ましくは、（ｉ）０．１マイクロ秒より短い値、（ｉｉ）０．１から０．５マイクロ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）０．５から１マイクロ秒の範囲の値、（ｉｖ）１から５マイクロ秒の範囲の値、（ｖ）５から１０マイクロ秒の範囲の値、（ｖｉ）１０から５０マイクロ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から１００マイクロ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）１００から５００マイクロ秒の範囲の値、（ｉｘ）５００から１０００マイクロ秒の範囲の値、（ｘ）１から５ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）５から１０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）５０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）１００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）５００から１０００ミリ秒の範囲の値、および（ｘｖｉ）１秒より長い値、からなる群から選択される。

第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップは、望ましくは、
（ｉ）２次元またはリニア四重極イオントラップと、
（ｉｉ）複数の棒電極を備える２次元またはリニア四重極イオントラップで、複数の棒電極にＡＣ（交流）電圧またはＲＦ（高周波）電圧を印加することにより、イオントラップ内部で半径方向にイオンを閉じ込め、一つあるいは複数の電極にＤＣ（直流）電圧および／あるいはＡＣ電圧またはＲＦ電圧を印加することにより、イオントラップ内部で少なくとも一つの軸方向にイオンを閉じ込める、２次元またはリニア四重極イオントラップと、
（ｉｉｉ）３次元四重極またはポール（Ｐａｕｌ）型イオントラップと、
（ｉｖ）中央リング電極と二つの双曲線エンドキャップ電極とを備える３次元またはポール（Ｐａｕｌ）型イオントラップで、中央リング電極および／あるいは一つあるいは複数の双曲線エンドキャップ電極にＡＣ電圧またはＲＦ電圧を印加することにより、イオントラップ内部にイオンを閉じ込める、３次元またはポール（Ｐａｕｌ）型イオントラップと、
（ｖ）円筒形イオントラップと、
（ｖｉ）円筒電極と一つあるいは複数の平面エンドキャップ電極とを備える円筒形イオントラップと、
（ｖｉｉ）立方体イオントラップと、
（ｖｉｉｉ）６個の平面電極を備える立方体イオントラップと、
（ｉｘ）ペニング（Ｐｅｎｎｉｎｇ）型イオントラップと、
（ｘ）イオンが円形軌道上にある場合に半径方向にイオンを閉じ込める磁界を備えるペニング（Ｐｅｎｎｉｎｇ）型イオントラップと、
（ｘｉ）静電またはオービトラップ型質量分析器と、
からなる群から選択される。

一実施形態において、第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップが、使用時にイオンを透過させる少なくとも一つの孔を有する複数の分割棒電極あるいは複数の電極を備えるものでもよい。ここで、一つあるいは複数の過渡ＤＣ電圧または電位、あるいは、一つあるいは複数の過渡ＤＣ電圧波形または電位波形を電極に印加することによって、質量対電荷比に応じて、少なくとも一部のイオンが分離されることが望ましい。

一実施形態において、第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップが、
複数の電極を備えるイオンガイドと、
複数の電極の少なくとも一部にＡＣ電圧またはＲＦ電圧を印加する装置であって、使用時に、イオンガイドの軸長の少なくとも一部に沿って、複数の軸方向時間平均障壁、コルゲーションまたはウェル、あるいは、複数の疑似電位障壁、コルゲーションまたはウェルを形成する装置と、
イオンガイドの軸長の少なくとも一部に沿って、および／あるいは、イオンガイドの軸長の少なくとも一部を通過するように、イオンを起動・駆動する装置であって、動作モード下で、第１の範囲の質量対電荷比を有するイオンをイオンガイドから抜け出させる一方で、複数の軸方向時間平均障壁、コルゲーションまたはウェル、あるいは、複数の疑似電位障壁、コルゲーションまたはウェルにより、第１の範囲とは異なる第２の範囲の質量対電荷比を有するイオンをイオンガイド内部で軸方向にトラップする、または、閉じ込める装置と、
を備える構成でもよい。

ここで、イオンを起動・駆動する装置は、電極の少なくとも１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％あるいは１００％に、一つあるいは複数の過渡ＤＣ電圧または電位、あるいは、一つあるいは複数の過渡ＤＣ電圧波形または電位波形を印加する装置を備える。

一実施形態において、第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップが、
一つあるいは複数の第１の電極を備えるイオンガイドまたはイオントラップと、
第１の電極の下流側に配置される一つあるいは複数の出口電極と、
動作モード下で、イオンガイドまたはイオントラップ内部にイオンをトラップし、また、複数サイクルの操作を実行するように構成される制御手段であって、各操作サイクルにおいて、第１の時間Ｔｅの間、少なくとも一部のイオンを活性化して、イオンガイドまたはイオントラップから抜け出させ、その後、第２の時間Ｔｃの間、イオンガイドまたはイオントラップからイオンが抜け出るのを実質的に防ぐように構成される制御手段と、
を備える構成でもよい。

ここで、制御手段が、さらに、複数サイクルの操作が実行されている間、イオンガイドまたはイオントラップへのイオンの実質的な侵入を防ぎ、それに続く操作サイクルにおいて第１の時間Ｔｅの長さあるいは幅を変動させるように構成されることが望ましい。

一実施形態において、第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップが、
第１の配向に配列される第１の複数の電極と、
第１の配向とは異なる第２の配向に配列される第２の複数の電極と、
を備える構成でもよい。

ここで、第１の複数の電極にＤＣ電圧を印加することにより、第１の半径方向にイオンを閉じ込める構成が望ましい。また、第２の複数の電極にＡＣ電圧またはＲＦ電圧を印加することにより、第１の半径方向とは異なる第２の半径方向にイオンを閉じ込める構成が望ましい。

一実施形態において、第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップが、
第１の複数の電極を備える第１電極群と、
第２の複数の電極を備える第２電極群と、
第１の複数の電極のいずれか一つあるいは複数に、および／あるいは、第２の複数の電極のいずれか一つあるいは複数に、一つあるいは複数のＤＣ電圧を印加するように構成される第１の装置であって、
（ａ）第１の範囲内の半径方向変位を有するイオンを、イオントラップ内部で少なくとも一つの軸方向にイオンの少なくとも一部を閉じ込めるように作用するＤＣトラップ場、ＤＣ電位障壁、または、障壁場にさらし、
（ｂ）第１の範囲と異なる第２の範囲内の半径方向変位を有するイオンを、（ｉ）イオンの少なくとも一部がイオントラップ内部で少なくとも一つの軸方向に閉じ込められないように、実質上ゼロのＤＣトラップ場、実質的に存在しないＤＣ電位障壁、または、実質的に存在しない障壁場にさらす、および／あるいは、（ｉｉ）少なくとも一つの軸方向に、および／あるいは、イオントラップから外に、イオンの少なくとも一部を抽出または加速するように作用するＤＣ抽出場、加速ＤＣ電位差、または、抽出場にさらす、ように構成される第１の装置と、
イオントラップ内部において、少なくとも一部のイオンの半径方向変位を変化、増加、減少、変動させるように構成される第２の装置と、
を備える構成でもよい。

一実施形態において、第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップが、
複数の電極を備えるイオンガイドと、
複数の電極の少なくとも一部に第１のＡＣ電圧またはＲＦ電圧を印加する装置であって、使用時に、イオンガイドの軸長の少なくとも一部に沿って、第１の振幅を有する複数の第１の軸方向時間平均障壁、コルゲーションまたはウェル、あるいは、複数の第１の疑似電位障壁、コルゲーションまたはウェルを形成する装置と、
イオンガイドの軸長の少なくとも一部に沿ってイオンを起動・駆動する装置と、
複数の電極のうち一つあるいは複数に第２のＡＣ電圧またはＲＦ電圧を印加する装置であって、使用時に、イオンガイドの軸長の少なくとも一部に沿って、第２の振幅を有する一つあるいは複数の第２の軸方向時間平均障壁、コルゲーションまたはウェル、あるいは、複数の第２の疑似電位障壁、コルゲーションまたはウェルを形成する装置と、
を備える構成でもよい。ここで、第２の振幅は、第１の振幅と異なる。

好適な実施形態において、第１のイオントラップが、第２のイオントラップよりも、使用時のイオン貯蔵能力が高い、または、イオン電荷が大きい、あるいは、使用時のイオン貯蔵能力が高くなるように、または、イオン電荷が大きくなるように運転される。動作モード下で、第２のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数が、第１のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数よりも実質的に低くなるように構成されることが望ましい。

また、第２のイオントラップから質量選択的にイオンが放出される一つあるいは複数の瞬間において、第２のイオントラップ中の、または、第２のイオントラップ内部のイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数が、
（ｉ）第１のイオントラップ中の、または、第１のイオントラップ内部のイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数よりも低くなるように、および／あるいは、
（ｉｉ）第１のイオントラップ中に、または、第１のイオントラップ内部に、初期時間Ｔ０において貯蔵またはトラップされたイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数よりも低くなるように、および／あるいは、
（ｉｉｉ）第１のイオントラップと第２のイオントラップの両方に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数よりも低くなるように、
構成されることが望ましい。

好適な実施形態において、一つあるいは複数の瞬間において、第１のイオントラップ内部および／あるいは第２のイオントラップ内部のイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数が、（ｉ）０から１０００の範囲の値、（ｉｉ）１０００から２０００の範囲の値、（ｉｉｉ）２０００から３０００の範囲の値、（ｉｖ）３０００から４０００の範囲の値、（ｖ）４０００から５０００の範囲の値、（ｖｉ）５０００から１００００の範囲の値、（ｖｉｉ）１００００から１５０００の範囲の値、（ｖｉｉｉ）１５０００から２００００の範囲の値、（ｉｘ）２００００から２５０００の範囲の値、（ｘ）２５０００から３００００の範囲の値、（ｘｉ）３００００から３５０００の範囲の値、（ｘｉｉ）３５０００から４００００の範囲の値、（ｘｉｉｉ）４００００から４５０００の範囲の値、（ｘｉｖ）４５０００から５００００の範囲の値、および（ｘｖ）５００００より大きい値、からなる群から選択される。

動作モード下で、第２トラップの質量分解能あるいは質量対電荷比分解能Ｒ２は、第１トラップの質量分解能あるいは質量対電荷比分解能Ｒ１よりも実質的に高い、あるいは、実質的に高くなるように構成されることが望ましい。ここで、Ｒ２／Ｒ１の比は、（ｉ）１より大きい値、（ｉｉ）１から２の範囲の値、（ｉｉｉ）２から３の範囲の値、（ｉｖ）３から４の範囲の値、（ｖ）４から５の範囲の値、（ｖｉ）５から６の範囲の値、（ｖｉｉ）６から７の範囲の値、（ｖｉｉｉ）７から８の範囲の値、（ｉｘ）８から９の範囲の値、（ｘ）９から１０の範囲の値、（ｘｉ）１０から１５の範囲の値、（ｘｉｉ）１５から２０の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２０から２５の範囲の値、（ｘｉｖ）２５から３０の範囲の値、（ｘｖ）３０から３５の範囲の値、（ｘｖｉ）３５から４０の範囲の値、（ｘｖｉｉ）４０から４５の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）４５から５０の範囲の値、および（ｘｉｘ）５０より大きい値、からなる群から選択されるように構成されることが望ましい。

第１の質量対電荷比を有するイオンが、第１時間窓（第１タイムウィンドウ）以内に、第１のイオントラップから出現するように、あるいは、出現する可能性があるように、動作モード下で第１のイオントラップを操作することが望ましい。この場合、同じ第１の質量対電荷比を有するイオンは、次に続く第２時間窓（第２タイムウィンドウ）以内に、第２のイオントラップから出現する、あるいは、出現する可能性がある。ここで、望ましくは、第１時間窓は第１の幅を有し、第２時間窓は第２の幅を有する。第２の幅が、第１の幅よりも実質的に狭いことが望ましい。第２の幅に対する第１の幅の比が、（ｉ）１から２の範囲の値、（ｉｉ）２から３の範囲の値、（ｉｉｉ）３から４の範囲の値、（ｉｖ）４から５の範囲の値、（ｖ）５から６の範囲の値、（ｖｉ）６から７の範囲の値、（ｖｉｉ）７から８の範囲の値、（ｖｉｉｉ）８から９の範囲の値、（ｉｘ）９から１０の範囲の値、（ｘ）１０から１５の範囲の値、（ｘｉ）１５から２０の範囲の値、（ｘｉｉ）２０から２５の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２５から３０の範囲の値、（ｘｉｖ）３０から３５の範囲の値、（ｘｖ）３５から４０の範囲の値、（ｘｖｉ）４０から４５の範囲の値、（ｘｖｉｉ）４５から５０の範囲の値、および（ｘｖｉｉｉ）５０より大きい値、からなる群から選択されることが望ましい。

第１の質量対電荷比を有するイオンが、第１時間Ｔ１±ΔＴ１において、第１のイオントラップから出現するように、あるいは、出現する可能性があるように、動作モード下で第１のイオントラップを操作することが望ましい。この場合、同じ第１の質量対電荷比を有するイオンが、次に続く第２時間Ｔ２±ΔＴ２において、第２のイオントラップから出現する、あるいは、出現する可能性がある。ここで、好適な実施形態において、ΔＴ２＜ ΔＴ１である。

ΔＴ１／ΔＴ２の比が、（ｉ）１から２の範囲の値、（ｉｉ）２から３の範囲の値、（ｉｉｉ）３から４の範囲の値、（ｉｖ）４から５の範囲の値、（ｖ）５から６の範囲の値、（ｖｉ）６から７の範囲の値、（ｖｉｉ）７から８の範囲の値、（ｖｉｉｉ）８から９の範囲の値、（ｉｘ）９から１０の範囲の値、（ｘ）１０から１５の範囲の値、（ｘｉ）１５から２０の範囲の値、（ｘｉｉ）２０から２５の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２５から３０の範囲の値、（ｘｉｖ）３０から３５の範囲の値、（ｘｖ）３５から４０の範囲の値、（ｘｖｉ）４０から４５の範囲の値、（ｘｖｉｉ）４５から５０の範囲の値、および（ｘｖｉｉｉ）５０より大きい値、からなる群から選択されることが望ましい。

望ましくは、第１の質量対電荷比を、（ｉ）５０、（ｉｉ）１００、（ｉｉｉ）１５０、（ｉｖ）２００、（ｖ）２５０、（ｖｉ）３００、（ｖｉｉ）３５０、（ｖｉｉｉ）４００、（ｉｘ）４５０、（ｘ）５００、（ｘｉ）５５０、（ｘｉｉ）６００、（ｘｉｉｉ）６５０、（ｘｉｖ）７００、（ｘｖ）７５０、（ｘｖｉ）８００、（ｘｖｉｉ）８５０、（ｘｖｉｉｉ）９００、（ｘｉｘ）９５０、（ｘｘ）１０００、（ｘｘｉ）１１００、（ｘｘｉｉ）１２００、（ｘｘｉｉｉ）１３００、（ｘｘｉｖ）１４００、（ｘｘｖ）１５００、（ｘｘｖｉ）１６００、（ｘｘｖｉｉ）１７００、（ｘｘｖｉｉｉ）１８００、（ｘｘｉｘ）１９００、および（ｘｘｘ）２０００、からなる群から選択する。

第１スキャンが時間Ｔ１ｓｔａｒｔで開始され、その後の時間Ｔ１ｅｎｄで完了することが望ましい。また、第２スキャンが時間Ｔ２ｓｔａｒｔで開始され、その後の時間Ｔ２ｅｎｄで完了することが望ましい。ここで、（ｉ）Ｔ２ｅｎｄ＞Ｔ１ｅｎｄ＞Ｔ２ｓｔａｒｔ＞Ｔ１ｓｔａｒｔあるいは（ｉｉ）Ｔ２ｅｎｄ＞Ｔ２ｓｔａｒｔ＞Ｔ１ｅｎｄ＞Ｔ１ｓｔａｒｔのいずれかの関係が満たされることが望ましい。

好適な実施形態において、（ａ）第１スキャンの持続時間Ｔ１ｅｎｄ−Ｔ１ｓｔａｒｔが、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。および／あるいは、（ｂ）第２スキャンの持続時間Ｔ２ｅｎｄ−Ｔ２ｓｔａｒｔが、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。および／あるいは、（ｃ）第１スキャンの開始から第２スキャンの完了までを測定した第１スキャンと第２スキャンとの合計持続時間Ｔ２ｅｎｄ−Ｔ１ｓｔａｒｔが、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。

第１トラップと第２トラップとが、（ｉ）第１スキャンの持続時間Ｔ１ｅｎｄ−Ｔ１ｓｔａｒｔ、および／あるいは、（ｉｉ）第２スキャンの持続時間Ｔ２ｅｎｄ−Ｔ２ｓｔａｒｔ、および／あるいは、（ｉｉｉ）第１スキャンの開始から第２スキャンの完了までを測定した第１スキャンと第２スキャンとの合計持続時間Ｔ２ｅｎｄ−Ｔ１ｓｔａｒｔ、のいずれかの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、あるいは９５％の間、同時にスキャンされることが望ましい。

望ましくは、質量分析計が、さらに、第１の複数の電極の少なくとも一部に対して第１のＡＣ電圧またはＲＦ電圧を印加する第１のＡＣ電圧またはＲＦ電圧源を備える。ここで、（ａ）第１のＡＣ電圧またはＲＦ電圧は、（ｉ）５０Ｖより小さいピークピーク値（ｐｅａｋｔｏｐｅａｋ）、（ｉｉ）５０Ｖから１００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｉｉｉ）１００Ｖから１５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｉｖ）１５０Ｖから２００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖ）２００Ｖから２５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖｉ）２５０Ｖから３００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖｉｉ）３００Ｖから３５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖｉｉｉ）３５０Ｖから４００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｉｘ）４００Ｖから４５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘ）４５０Ｖから５００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｉ）５００Ｖから５５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｉ）５５０Ｖから６００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｉｉ）６００Ｖから６５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｖ）６５０Ｖから７００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖ）７００Ｖから７５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖｉ）７５０Ｖから８００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖｉｉ）８００Ｖから８５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖｉｉｉ）８５０Ｖから９００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｘ）９００Ｖから９５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｘ）９５０Ｖから１０００Ｖの範囲のピークピーク値、および（ｘｘｘｉ）１０００Ｖより大きいピークピーク値、からなる群から選択される振幅を有する。および／あるいは、（ｂ）第１のＡＣ電圧またはＲＦ電圧は、（ｉ）１００ｋＨｚより小さな値、（ｉｉ）１００から２００ｋＨｚの範囲の値、（ｉｉｉ）２００から３００ｋＨｚの範囲の値、（ｉｖ）３００から４００ｋＨｚの範囲の値、（ｖ）４００から５００ｋＨｚの範囲の値、（ｖｉ）０．５から１．０ＭＨｚの範囲の値、（ｖｉｉ）１．０から１．５ＭＨｚの範囲の値、（ｖｉｉｉ）１．５から２．０ＭＨｚの範囲の値、（ｉｘ）２．０から２．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘ）２．５から３．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｉ）３．０から３．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｉｉ）３．５から４．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｉｉｉ）４．０から４．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｉｖ）４．５から５．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｖ）５．０から５．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｖｉ）５．５から６．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｖｉｉ）６．０から６．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）６．５から７．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｉｘ）７．０から７．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｘ）７．５から８．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｘｉ）８．０から８．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｘｉｉ）８．５から９．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）９．０から９．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｘｉｖ）９．５から１０．０ＭＨｚの範囲の値、および（ｘｘｖ）１０．０ＭＨｚより大きな値、からなる群から選択される周波数を有する。および／あるいは、（ｃ）第１のＡＣ電圧またはＲＦ電圧源は、複数の第１の電極の少なくとも１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％に、および／あるいは、第１の複数の電極のうち少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、あるいは５０個の電極に、または５０個より多い電極に、第１のＡＣ電圧またはＲＦ電圧を印加するように構成される。および／あるいは、（ｄ）第１のＡＣ電圧またはＲＦ電圧源は、第１の複数の電極のうち軸方向に隣接する電極または軸方向に隣接する電極群に、逆位相の第１のＡＣ電圧またはＲＦ電圧を印加するように構成される。

望ましくは、質量分析計が、さらに、時間ｔ１の間に、第１のＡＣ電圧またはＲＦ電圧の振幅を、ｘ１ボルトだけ、漸次増大させる、漸次減少させる、漸次変動させる、スキャンする、直線的に増加させる、直線的に減少させる、段階的、漸進的または他の方法で増大させる、段階的、漸進的または他の方法で減少させるように構成される第１の装置を備える。

ここで、ｘ１が、（ｉ）５０Ｖより小さいピークピーク値（ｐｅａｋｔｏｐｅａｋ）、（ｉｉ）５０Ｖから１００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｉｉｉ）１００Ｖから１５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｉｖ）１５０Ｖから２００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖ）２００Ｖから２５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖｉ）２５０Ｖから３００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖｉｉ）３００Ｖから３５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖｉｉｉ）３５０Ｖから４００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｉｘ）４００Ｖから４５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘ）４５０Ｖから５００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｉ）５００Ｖから５５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｉ）５５０Ｖから６００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｉｉ）６００Ｖから６５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｖ）６５０Ｖから７００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖ）７００Ｖから７５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖｉ）７５０Ｖから８００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖｉｉ）８００Ｖから８５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖｉｉｉ）８５０Ｖから９００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｘ）９００Ｖから９５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｘ）９５０Ｖから１０００Ｖの範囲のピークピーク値、および（ｘｘｘｉ）１０００Ｖより大きいピークピーク値、からなる群から選択されることが望ましい。

また、ｔ１が、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択されることが望ましい。

好適な実施形態において、使用時に、第１のイオントラップの軸長の少なくとも１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、あるいは９５％に沿って、一つあるいは複数の第１軸方向時間平均障壁、コルゲーションまたはウェル、あるいは、一つあるいは複数の第１疑似電位障壁、コルゲーションまたはウェルが形成される。

望ましくは、質量分析計が、さらに、第２の複数の電極の少なくとも一部に対して第２のＡＣ電圧またはＲＦ電圧を印加する第２のＡＣ電圧またはＲＦ電圧源を備える。ここで、（ａ）第２のＡＣ電圧またはＲＦ電圧は、（ｉ）５０Ｖより小さいピークピーク値（ｐｅａｋｔｏｐｅａｋ）、（ｉｉ）５０Ｖから１００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｉｉｉ）１００Ｖから１５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｉｖ）１５０Ｖから２００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖ）２００Ｖから２５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖｉ）２５０Ｖから３００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖｉｉ）３００Ｖから３５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖｉｉｉ）３５０Ｖから４００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｉｘ）４００Ｖから４５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘ）４５０Ｖから５００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｉ）５００Ｖから５５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｉ）５５０Ｖから６００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｉｉ）６００Ｖから６５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｖ）６５０Ｖから７００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖ）７００Ｖから７５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖｉ）７５０Ｖから８００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖｉｉ）８００Ｖから８５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖｉｉｉ）８５０Ｖから９００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｘ）９００Ｖから９５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｘ）９５０Ｖから１０００Ｖの範囲のピークピーク値、および（ｘｘｘｉ）１０００Ｖより大きいピークピーク値、からなる群から選択される振幅を有する。および／あるいは、（ｂ）第２のＡＣ電圧またはＲＦ電圧は、（ｉ）１００ｋＨｚより小さな値、（ｉｉ）１００から２００ｋＨｚの範囲の値、（ｉｉｉ）２００から３００ｋＨｚの範囲の値、（ｉｖ）３００から４００ｋＨｚの範囲の値、（ｖ）４００から５００ｋＨｚの範囲の値、（ｖｉ）０．５から１．０ＭＨｚの範囲の値、（ｖｉｉ）１．０から１．５ＭＨｚの範囲の値、（ｖｉｉｉ）１．５から２．０ＭＨｚの範囲の値、（ｉｘ）２．０から２．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘ）２．５から３．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｉ）３．０から３．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｉｉ）３．５から４．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｉｉｉ）４．０から４．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｉｖ）４．５から５．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｖ）５．０から５．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｖｉ）５．５から６．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｖｉｉ）６．０から６．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）６．５から７．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｉｘ）７．０から７．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｘ）７．５から８．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｘｉ）８．０から８．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｘｉｉ）８．５から９．０ＭＨｚの範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）９．０から９．５ＭＨｚの範囲の値、（ｘｘｉｖ）９．５から１０．０ＭＨｚの範囲の値、および（ｘｘｖ）１０．０ＭＨｚより大きな値、からなる群から選択される周波数を有する。および／あるいは、（ｃ）第２のＡＣ電圧またはＲＦ電圧源は、複数の第２の電極の少なくとも１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％に、および／あるいは、第２の複数の電極のうち少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、あるいは５０個の電極に、または５０個より多い電極に、第２のＡＣ電圧またはＲＦ電圧を印加するように構成される。および／あるいは、（ｄ）第２のＡＣ電圧またはＲＦ電圧源は、第２の複数の電極のうち軸方向に隣接する電極または軸方向に隣接する電極群に、逆位相の第２のＡＣ電圧またはＲＦ電圧を印加するように構成される。

望ましくは、質量分析計が、さらに、時間ｔ２の間に、第２のＡＣ電圧またはＲＦ電圧の振幅を、ｘ２ボルトだけ、漸次増大させる、漸次減少させる、漸次変動させる、スキャンする、直線的に増加させる、直線的に減少させる、段階的、漸進的または他の方法で増大させる、段階的、漸進的または他の方法で減少させるように構成される第２の装置を備える。

ここで、ｘ２が、（ｉ）５０Ｖより小さいピークピーク値（ｐｅａｋｔｏｐｅａｋ）、（ｉｉ）５０Ｖから１００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｉｉｉ）１００Ｖから１５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｉｖ）１５０Ｖから２００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖ）２００Ｖから２５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖｉ）２５０Ｖから３００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖｉｉ）３００Ｖから３５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｖｉｉｉ）３５０Ｖから４００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｉｘ）４００Ｖから４５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘ）４５０Ｖから５００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｉ）５００Ｖから５５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｉ）５５０Ｖから６００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｉｉ）６００Ｖから６５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｖ）６５０Ｖから７００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖ）７００Ｖから７５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖｉ）７５０Ｖから８００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖｉｉ）８００Ｖから８５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｖｉｉｉ）８５０Ｖから９００Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｉｘ）９００Ｖから９５０Ｖの範囲のピークピーク値、（ｘｘｘ）９５０Ｖから１０００Ｖの範囲のピークピーク値、および（ｘｘｘｉ）１０００Ｖより大きいピークピーク値、からなる群から選択されることが望ましい。

また、ｔ２が、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択されることが望ましい。

好適な実施形態において、使用時に、第２のイオントラップの軸長の少なくとも１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、あるいは９５％に沿って、一つあるいは複数の第２軸方向時間平均障壁、コルゲーションまたはウェル、あるいは、一つあるいは複数の第２疑似電位障壁、コルゲーションまたはウェルが形成される。

第１のＡＣ電圧またはＲＦ電圧および第２のＡＣ電圧またはＲＦ電圧は、第１のイオントラップおよび第２のイオントラップの内部に少なくとも放射方向にイオンを閉じ込めるための放射状疑似電位ウェルあるいは障壁を形成するように作用することが望ましい。

好適な実施形態において、第１スキャンの間、Ｍ１ｍｉｎからＭ１ｍａｘの範囲の質量対電荷比を有するイオンが、（ｉ）第１スキャンの間の一つあるいは複数の瞬間において、第１のイオントラップから同時に放出される。および／あるいは、（ｉｉ）第１スキャンの間の一つあるいは複数の瞬間において、第１のイオントラップ内部に閉じ込められない。および／あるいは、（ｉｉｉ）第１スキャンの間の一つあるいは複数の瞬間において、第１のイオントラップから少なくとも一つの方向に自由に抜け出る。および／あるいは、（ｉｖ）第１スキャンの間の一つあるいは複数の瞬間において、第１のイオントラップから出現する可能性がある。

好適な実施形態において、第２スキャンの間、Ｍ２ｍｉｎからＭ２ｍａｘの範囲の質量対電荷比を有するイオンが、（ｉ）第２スキャンの間の一つあるいは複数の瞬間において、第２のイオントラップから同時に放出される。および／あるいは、（ｉｉ）第２スキャンの間の一つあるいは複数の瞬間において、第２のイオントラップ内部に閉じ込められない。および／あるいは、（ｉｉｉ）第２スキャンの間の一つあるいは複数の瞬間において、第２のイオントラップから少なくとも一つの方向に自由に抜け出る。および／あるいは、（ｉｖ）第２スキャンの間の一つあるいは複数の瞬間において、第２のイオントラップから出現する可能性がある。

第１スキャンの開始から第２スキャンの完了までを測定した第１スキャンと第２スキャンとの合計持続時間の少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％の間、Ｍ１ｍａｘ−Ｍ１ｍｉｎ＞Ｍ２ｍａｘ−Ｍ２ｍｉｎの関係を満たすことが望ましい。

好適な実施形態において、（ｉ）第１スキャンとしばらくの間同時になるように、第２スキャンが開始される。および／あるいは、（ｉｉ）第１スキャンが完了する前に、あるいは、完了した後に、第２スキャンが開始される。および／あるいは、（ｉｉｉ）第２スキャンと同時に、第１スキャンが完了する。および／あるいは、（ｉｖ）第２スキャンが完了する前に、あるいは、完了した後に、第１スキャンが完了する。

好適な実施形態において、第１スキャンの開始と第２スキャンの開始との間に遅延時間ΔＴｄｅｌａｙ１が存在し、また、第１スキャンの完了と第２スキャンの完了との間に遅延時間ΔＴｄｅｌａｙ２が存在する。ここで、遅延時間ΔＴｄｅｌａｙ１および／あるいは遅延時間ΔＴｄｅｌａｙ２は、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。

好適な実施形態において、（ｉ）Ｍ１ｍｉｎからＭ１ｍａｘの範囲内の質量対電荷比を有するイオンが、１回のスキャンにより、および／あるいは、実質上連続的に、第１のイオントラップから放出される。および／あるいは、（ｉｉ）Ｍ２ｍｉｎからＭ２ｍａｘの範囲内の質量対電荷比を有するイオンが、１回のスキャンにより、および／あるいは、実質上連続的に、第２のイオントラップから放出される。

第１スキャンの開始後に、および／あるいは、第１スキャンの完了後に、第２スキャンが開始されることが望ましい。

好適な実施形態において、（ｉ）Ｍ１ｍｉｎからＭ１ｍａｘの範囲内の質量対電荷比を有するイオンが、複数回のスキャンにより、および／あるいは、実質上不連続的に、第１のイオントラップから放出される。および／あるいは、（ｉｉ）Ｍ２ｍｉｎからＭ２ｍａｘの範囲内の質量対電荷比を有するイオンが、複数回のスキャンにより、および／あるいは、実質上不連続的に、第２のイオントラップから放出される。

望ましくは、Ｍ１ｍｉｎからＭ１ｍａｘの範囲内および／あるいはＭ２ｍｉｎからＭ２ｍａｘの範囲内の質量対電荷比を有するイオンが、少なくとも２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、１６回、１７回、１８回、１９回、あるいは２０回の別々のすなわち不連続的なスキャンにより、第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップから放出される。

望ましくは、制御システムが、さらに、（ｉ）第３スキャンの間、第１のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、第１のイオントラップを制御し、第１のイオントラップから質量選択的に放出される、および／あるいは、第１のイオントラップから出現するイオンの少なくとも一部を、次に、第２のイオントラップが受け取り、第２のイオントラップ中に、あるいは、第２のイオントラップ内部に貯蔵またはトラップするように制御し、（ｉｉ）第４スキャンの間、第２のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように第２のイオントラップを制御するように、構成される。

第３スキャンが時間Ｔ３ｓｔａｒｔで開始され、その後の時間Ｔ３ｅｎｄで完了することが望ましい。また、第４スキャンが時間Ｔ４ｓｔａｒｔで開始され、その後の時間Ｔ４ｅｎｄで完了することが望ましい。ここで、（ｉ）Ｔ４ｅｎｄ＞Ｔ３ｅｎｄ＞Ｔ４ｓｔａｒｔ＞Ｔ３ｓｔａｒｔあるいは（ｉｉ）Ｔ４ｅｎｄ＞Ｔ４ｓｔａｒｔ＞Ｔ３ｅｎｄ＞Ｔ３ｓｔａｒｔのいずれかの関係が満たされることが望ましい。

好適な実施形態において、（ａ）第３スキャンの持続時間Ｔ３ｅｎｄ−Ｔ３ｓｔａｒｔが、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。および／あるいは、（ｂ）第４スキャンの持続時間Ｔ４ｅｎｄ−Ｔ４ｓｔａｒｔが、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。および／あるいは、（ｃ）第３スキャンの開始から第４スキャンの完了までを測定した第３スキャンと第４スキャンとの合計持続時間Ｔ４ｅｎｄ−Ｔ３ｓｔａｒｔが、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。

第１トラップと第２トラップとが、（ｉ）第３スキャンの持続時間Ｔ３ｅｎｄ−Ｔ３ｓｔａｒｔ、および／あるいは、（ｉｉ）第４スキャンの持続時間Ｔ４ｅｎｄ−Ｔ４ｓｔａｒｔ、および／あるいは、（ｉｉｉ）第３スキャンの開始から第４スキャンの完了までを測定した第３スキャンと第４スキャンとの合計持続時間Ｔ４ｅｎｄ−Ｔ３ｓｔａｒｔ、のいずれかの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、あるいは９５％の間、同時にスキャンされることが望ましい。

望ましくは、制御システムが、さらに、（ｉ）第５スキャンの間、第１のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、第１のイオントラップを制御し、第１のイオントラップから質量選択的に放出される、および／あるいは、第１のイオントラップから出現するイオンの少なくとも一部を、次に、第２のイオントラップが受け取り、第２のイオントラップ中に、あるいは、第２のイオントラップ内部に貯蔵またはトラップするように制御し、（ｉｉ）第６スキャンの間、第２のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように第２のイオントラップを制御するように、構成される。

第５スキャンが時間Ｔ５ｓｔａｒｔで開始され、その後の時間Ｔ５ｅｎｄで完了することが望ましい。また、第６スキャンが時間Ｔ６ｓｔａｒｔで開始され、その後の時間Ｔ６ｅｎｄで完了することが望ましい。ここで、（ｉ）Ｔ６ｅｎｄ＞Ｔ５ｅｎｄ＞Ｔ６ｓｔａｒｔ＞Ｔ５ｓｔａｒｔあるいは（ｉｉ）Ｔ６ｅｎｄ＞Ｔ６ｓｔａｒｔ＞Ｔ５ｅｎｄ＞Ｔ５ｓｔａｒｔのいずれかの関係が満たされることが望ましい。

好適な実施形態において、（ａ）第５スキャンの持続時間Ｔ５ｅｎｄ−Ｔ５ｓｔａｒｔが、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。および／あるいは、（ｂ）第６スキャンの持続時間Ｔ６ｅｎｄ−Ｔ６ｓｔａｒｔが、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。および／あるいは、（ｃ）第５スキャンの開始から第６スキャンの完了までを測定した第５スキャンと第６スキャンとの合計持続時間Ｔ６ｅｎｄ−Ｔ５ｓｔａｒｔが、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。

第１トラップと第２トラップとが、（ｉ）第５スキャンの持続時間Ｔ５ｅｎｄ−Ｔ５ｓｔａｒｔ、および／あるいは、（ｉｉ）第６スキャンの持続時間Ｔ６ｅｎｄ−Ｔ６ｓｔａｒｔ、および／あるいは、（ｉｉｉ）第５スキャンの開始から第６スキャンの完了までを測定した第５スキャンと第６スキャンとの合計持続時間Ｔ６ｅｎｄ−Ｔ５ｓｔａｒｔ、のいずれかの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、あるいは９５％の間、同時にスキャンされることが望ましい。

望ましくは、制御システムが、さらに、（ｉ）第７スキャンの間、第１のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、第１のイオントラップを制御し、第１のイオントラップから質量選択的に放出される、および／あるいは、第１のイオントラップから出現するイオンの少なくとも一部を、次に、第２のイオントラップが受け取り、第２のイオントラップ中に、あるいは、第２のイオントラップ内部に貯蔵またはトラップするように制御し、（ｉｉ）第８スキャンの間、第２のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように第２のイオントラップを制御するように、構成される。

第７スキャンが時間Ｔ７ｓｔａｒｔで開始され、その後の時間Ｔ７ｅｎｄで完了することが望ましい。また、第８スキャンが時間Ｔ８ｓｔａｒｔで開始され、その後の時間Ｔ８ｅｎｄで完了することが望ましい。ここで、（ｉ）Ｔ８ｅｎｄ＞Ｔ７ｅｎｄ＞Ｔ８ｓｔａｒｔ＞Ｔ７ｓｔａｒｔあるいは（ｉｉ）Ｔ８ｅｎｄ＞Ｔ８ｓｔａｒｔ＞Ｔ７ｅｎｄ＞Ｔ７ｓｔａｒｔのいずれかの関係が満たされることが望ましい。

好適な実施形態において、（ａ）第７スキャンの持続時間Ｔ７ｅｎｄ−Ｔ７ｓｔａｒｔが、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。および／あるいは、（ｂ）第８スキャンの持続時間Ｔ８ｅｎｄ−Ｔ８ｓｔａｒｔが、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。および／あるいは、（ｃ）第７スキャンの開始から第８スキャンの完了までを測定した第７スキャンと第８スキャンとの合計持続時間Ｔ８ｅｎｄ−Ｔ７ｓｔａｒｔが、（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される。

第１トラップと第２トラップとが、（ｉ）第７スキャンの持続時間Ｔ７ｅｎｄ−Ｔ７ｓｔａｒｔ、および／あるいは、（ｉｉ）第８スキャンの持続時間Ｔ８ｅｎｄ−Ｔ８ｓｔａｒｔ、および／あるいは、（ｉｉｉ）第７スキャンの開始から第８スキャンの完了までを測定した第７スキャンと第８スキャンとの合計持続時間Ｔ８ｅｎｄ−Ｔ７ｓｔａｒｔ、のいずれかの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、あるいは９５％の間、同時にスキャンされることが望ましい。

一実施形態において、（ａ）第１の時間Ｔ０からＴ１の間に、Ｍ０からＭ１の範囲内のイオンが第１のイオントラップから放出される。および／あるいは、（ｂ）第２の時間Ｔ２からＴ３の間に、Ｍ０からＭ１の範囲内のイオンが第２のイオントラップから放出される。および／あるいは、（ｃ）第３の時間Ｔ４からＴ５の間に、Ｍ１からＭ２の範囲内のイオンが第１のイオントラップから放出される。および／あるいは、（ｄ）第４の時間Ｔ６からＴ７の間に、Ｍ１からＭ２の範囲内のイオンが第２のイオントラップから放出される。および／あるいは、（ｅ）第５の時間Ｔ８からＴ９の間に、Ｍ２からＭ３の範囲内のイオンが第１のイオントラップから放出される。および／あるいは、（ｆ）第６の時間Ｔ１０からＴ１１の間に、Ｍ２からＭ３の範囲内のイオンが第２のイオントラップから放出される。ここで、Ｔ１１＞Ｔ１０＞Ｔ９＞Ｔ８＞Ｔ７＞Ｔ６＞Ｔ５＞Ｔ４＞Ｔ３＞Ｔ２＞Ｔ１＞Ｔ０の関係、および／あるいは、Ｍ３＞Ｍ２＞Ｍ１＞Ｍ０の関係が満たされる。

一実施形態において、第１スキャンおよび／あるいは第２スキャンおよび／あるいは第３スキャンおよび／あるいは第４スキャンおよび／あるいは第５スキャンおよび／あるいは第６スキャンおよび／あるいは第７スキャンおよび／あるいは第８スキャンの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％の間、第２のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数が、（ｉ）第１のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数よりも実質的に低くなる、および／あるいは、（ｉｉ）第１のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数の５％以下、１０％以下、１５％以下、２０％以下、２５％以下、３０％以下、３５％以下、４０％以下、４５％以下、５０％以下、５５％以下、６０％以下、６５％以下、７０％以下、７５％以下、８０％以下、８５％以下、９０％以下、または９５％以下である。

望ましくは、質量分析計が、さらに、第１のイオントラップから放出される少なくとも一部のイオンの透過を変化させる、調節する、変更する、増大させる、または減少させることにより、第２のイオントラップに伝達される、および／あるいは、第２のイオントラップが受け取るイオンを制御、限定、または制限するように構成される装置を備える。

この装置が、（ｉ）減衰レンズであって、第１の度合いまで減衰レンズがイオンビームをフォーカスする（焦点を合わせる）あるいはデフォーカスする（焦点をずらす）比較的高い透過率の第１動作モードと、第１の度合いとは異なる第２の度合いまで減衰レンズが実質的にイオンビームをフォーカスする（焦点を合わせる）あるいはデフォーカスする（焦点をずらす）比較的低い透過率の第２動作モードとの間で規則的に交互に切り替えられる減衰レンズ、および／あるいは、（ｉｉ）一つあるいは複数の前面電極、および／あるいは、一つあるいは複数の中間電極、および／あるいは、一つあるいは複数の背面電極を有するアインツェル（Ｅｉｎｚｅｌ）レンズを備える減衰レンズであって、（ａ）一つあるいは複数の前面電極が、使用時に、実質的に同一のＤＣ電圧に維持されるように配列される、および／あるいは、（ｂ）一つあるいは複数の中間電極に可変ＤＣ電圧を印加することにより、フォーカス（合焦）の度合いあるいはデフォーカス（焦点ずれ）の度合いを変動させるように配列される、および／あるいは、（ｃ）一つあるいは複数の背面電極が、使用時に、実質的に同一のＤＣ電圧に維持されるように配列される、減衰レンズ、を備える構成でもよい。

また、この装置が、（ｉ）イオンビームを透過させて、減衰するイオンビーム減衰器であって、使用時に、イオン透過がほぼ０％である時間ΔＴ１の第１動作モードと、イオン透過が０％より大きい時間ΔＴ２の第２動作モードとの間で繰り返し切り替えられるイオンビーム減衰器で、マークスペース比（ｍａｒｋｓｐａｃｅｒａｔｉｏ）ΔＴ２／ΔＴ１を調節することにより、イオンビーム減衰器の透過率あるいは減衰率を調節または変動可能なイオンビーム減衰器、および／あるいは、（ｉｉ）ｘ％の平均透過率または総透過率を持つように構成されるイオンビーム減衰器であって、ここで、ｘが、（ｉ）０．０１より小さい値、（ｉｉ）０．０１から０．０５の範囲の値、（ｉｉｉ）０．０５から０．１の範囲の値、（ｖ）０．１から０．５の範囲の値、（ｖｉ）０．５から１．０の範囲の値、（ｖｉｉ）１から５の範囲の値、（ｖｉｉｉ）５から１０の範囲の値、（ｉｘ）１０から１５の範囲の値、（ｘ）１５から２０の範囲の値、（ｘｉ）２０から２５の範囲の値、（ｘｉｉ）２５から３０の範囲の値、（ｘｉｉｉ）３０から３５の範囲の値、（ｘｉｖ）３５から４０の範囲の値、（ｘｖ）４０から４５の範囲の値、（ｘｖｉ）４５から５０の範囲の値、（ｘｖｉｉ）５０から５５の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）５５から６０の範囲の値、（ｘｉｘ）６０から６５の範囲の値、（ｘｘ）６５から７０の範囲の値、（ｘｘｉ）７０から７５の範囲の値、（ｘｘｉｉ）７５から８０の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）８０から８５の範囲の値、（ｘｘｉｖ）８５から９０の範囲の値、（ｘｘｖ）９０から９５の範囲の値、および（ｘｘｖｉ）９５より大きい値、からなる群から選択されるイオンビーム減衰器、および／あるいは、（ｉｉｉ）第１動作モードと第２動作モードとの間で切り替えられるイオンビーム減衰器であって、（ｉ）１Ｈｚより小さい値、（ｉｉ）１から１０Ｈｚの範囲の値、（ｉｉｉ）１０から５０Ｈｚの範囲の値、（ｉｖ）５０から１００Ｈｚの範囲の値、（ｖ）１００から２００Ｈｚの範囲の値、（ｖｉ）２００から３００Ｈｚの範囲の値、（ｖｉｉ）３００から４００Ｈｚの範囲の値、（ｖｉｉｉ）４００から５００Ｈｚの範囲の値、（ｉｘ）５００から６００Ｈｚの範囲の値、（ｘ）６００から７００Ｈｚの範囲の値、（ｘｉ）７００から８００Ｈｚの範囲の値、（ｘｉｉ）８００から９００Ｈｚの範囲の値、（ｘｉｉｉ）９００から１０００Ｈｚの範囲の値、（ｘｉｖ）１から２ｋＨｚの範囲の値、（ｘｖ）２から３ｋＨｚの範囲の値、（ｘｖｉ）３から４ｋＨｚの範囲の値、（ｘｖｉｉ）４から５ｋＨｚの範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）５から６ｋＨｚの範囲の値、（ｘｉｘ）６から７ｋＨｚの範囲の値、（ｘｘ）７から８ｋＨｚの範囲の値、（ｘｘｉ）８から９ｋＨｚの範囲の値、（ｘｘｉｉ）９から１０ｋＨｚの範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）１０から１５ｋＨｚの範囲の値、（ｘｘｉｖ）１５から２０ｋＨｚの範囲の値、（ｘｘｖ）２０から２５ｋＨｚの範囲の値、（ｘｘｖｉ）２５から３０ｋＨｚの範囲の値、（ｘｘｖｉｉ）３０から３５ｋＨｚの範囲の値、（ｘｘｖｉｉｉ）３５から４０ｋＨｚの範囲の値、（ｘｘｉｘ）４０から４５ｋＨｚの範囲の値、（ｘｘｘ）４５から５０ｋＨｚの範囲の値、（ｘｘｘｉ）５０ｋＨｚより大きい値、のいずれかの周波数を有するイオンビーム減衰器、を備える構成でもよい。

一実施形態において、（ｉ）ΔＴ１＞ΔＴ２またはΔＴ１≦ΔＴ２である。および／あるいは、（ｉｉ）時間ΔＴ１が、（ｉ）０．１マイクロ秒より短い値、（ｉｉ）０．１から０．５マイクロ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）０．５から１マイクロ秒の範囲の値、（ｉｖ）１から５０マイクロ秒の範囲の値、（ｖ）５０から１００マイクロ秒の範囲の値、（ｖｉ）１００から１５０マイクロ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）１５０から２００マイクロ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）２００から２５０マイクロ秒の範囲の値、（ｉｘ）２５０から３００マイクロ秒の範囲の値、（ｘ）３００から３５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｉ）３５０から４００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）４００から４５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）４５０から５００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）５００から５５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｖ）５５０から６００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）６００から６５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６５０から７００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から７５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）７５０から８００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｘ）８００から８５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）８５０から９００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）９００から９５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）９５０から１０００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）１から１０ミリ秒の範囲、（ｘｘｖ）１０から５０ミリ秒の範囲、（ｘｘｖｉ）５０から１００ミリ秒の範囲、および（ｘｘｖｉｉ）１００ミリ秒より長い値、からなる群から選択される。および／あるいは、（ｉｉｉ）時間ΔＴ２が、（ｉ）０．１マイクロ秒より短い値、（ｉｉ）０．１から０．５マイクロ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）０．５から１マイクロ秒の範囲の値、（ｉｖ）１から５０マイクロ秒の範囲の値、（ｖ）５０から１００マイクロ秒の範囲の値、（ｖｉ）１００から１５０マイクロ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）１５０から２００マイクロ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）２００から２５０マイクロ秒の範囲の値、（ｉｘ）２５０から３００マイクロ秒の範囲の値、（ｘ）３００から３５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｉ）３５０から４００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）４００から４５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）４５０から５００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）５００から５５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｖ）５５０から６００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）６００から６５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６５０から７００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から７５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）７５０から８００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｘ）８００から８５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）８５０から９００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）９００から９５０マイクロ秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）９５０から１０００マイクロ秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）１から１０ミリ秒の範囲、（ｘｘｖ）１０から５０ミリ秒の範囲、（ｘｘｖｉ）５０から１００ミリ秒の範囲、および（ｘｘｖｉｉ）１００ミリ秒より長い値、からなる群から選択される。

望ましくは、質量分析計が、さらに、（ｉ）イオン検出器により測定されるイオン電流、および／あるいは、（ｉｉ）一つあるいは複数の質量ピークの強度、および／あるいは、（ｉｉｉ）第１のイオントラップと第２のイオントラップとの間に配置される検知装置またはイオン検出器、に基づいて、時間ΔＴ１および／あるいは時間ΔＴ２を調節または変動させるように構成される制御装置を備える。

好適な実施形態において、（ａ）一つあるいは複数の質量スペクトルにおける一つあるいは複数の質量ピークが飽和の影響を受けていると判定される場合に、または、飽和に近付いていると判定される場合に、時間ΔＴ１および／あるいは時間ΔＴ２を調節または変動させる。および／あるいは、（ｂ）質量データあるいは質量スペクトルデータが飽和の影響を受けていると判定される場合に、または、飽和に近付いていると判定される場合に、時間ΔＴ１および／あるいは時間ΔＴ２を調節または変動させる。および／あるいは、（ｃ）イオン電流または検知装置からの出力が所定レベルまたは所定の閾値を超えていると判定される場合に、時間ΔＴ１および／あるいは時間ΔＴ２を調節または変動させる。

この装置が、一つあるいは複数の静電レンズを備え、第１動作モード下で、この装置の一つあるいは複数の電極に電圧を印加することにより、イオンビームを妨害する、および／あるいは、イオンビームを偏向させる、および／あるいは、イオンビームを反射する、および／あるいは、イオンビームをそらす電場が生じるような構成でもよい。

質量分析計が、さらに、第１のイオントラップと第２のイオントラップとの間に配置されるイオン移動度分離器または分光器を備える構成も望ましい。また、別の実施形態として、イオン移動度分離器または分光器を、第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップの上流側および／あるいは下流側に配置するようにしてもよい。

制御システムが、ある瞬間において、第１上限閾値Ｍ１ｍａｘおよび第１下限閾値Ｍ１ｍｉｎとの間の質量または質量対電荷比を有するイオンを質量選択的に放出させるような構成も望ましい。また、制御システムが、ある瞬間において、第２上限閾値Ｍ２ｍａｘおよび第２下限閾値Ｍ２ｍｉｎとの間の質量または質量対電荷比を有するイオンを質量選択的に放出させるような構成も望ましい。ここで、Ｍ１ｍａｘ−Ｍ１ｍｉｎ＞Ｍ２ｍａｘ−Ｍ２ｍｉｎの関係が満たされることが望ましい。

動作モード下で、第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップの一つあるいは複数の上流領域および／あるいは中間領域および／あるいは下流領域で、少なくとも一部のイオンをフラグメンテーションする構成が望ましい。

動作モード下で、（ｉ）衝突誘起解離（ＣｏｌｌｉｓｉｏｎａｌＩｎｄｕｃｅｄＤｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ：ＣＩＤ）と、（ｉｉ）表面誘起解離（ＳｕｒｆａｃｅＩｎｄｕｃｅｄＤｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ：ＳＩＤ）と、（ｉｉｉ）電子移動解離（ＥｌｅｃｔｒｏｎＴｒａｎｓｆｅｒＤｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ：ＥＴＤ）と、（ｉｖ）電子捕獲解離（ＥｌｅｃｔｒｏｎＣａｐｔｕｒｅＤｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ：ＥＣＤ）と、（ｖ）電子衝突または衝撃解離と、（ｖｉ）光誘起解離（ＰｈｏｔｏＩｎｄｕｃｅｄＤｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ：ＰＩＤ）と、（ｖｉｉ）レーザー誘起解離と、（ｖｉｉｉ）赤外線誘起解離と、（ｉｘ）紫外線誘起解離と、（ｘ）熱解離または温度解離と、（ｘｉ）電場誘起解離と、（ｘｉｉ）磁場誘起解離と、（ｘｉｉｉ）酵素消化または酵素分解解離と、（ｘｉｖ）イオン−イオン反応解離と、（ｘｖ）イオン−分子反応解離と、（ｘｖｉ）イオン−原子反応解離と、（ｘｖｉｉ）イオン−準安定イオン反応解離と、（ｘｖｉｉｉ）イオン−準安定分子反応解離と、（ｘｉｘ）イオン−準安定原子反応解離と、（ｘｘ）電子イオン化解離（ＥｌｅｃｔｒｏｎＩｏｎｉｚａｔｉｏｎＤｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ：ＥＩＤ）と、のいずれかの手法により、第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップの内部でイオンをフラグメンテーションする構成が望ましい。

動作モード下で、（ｉ）１００ミリバールより高い値、（ｉｉ）１０ミリバールより高い値、（ｉｉｉ）１ミリバールより高い値、（ｉｖ）０．１ミリバールより高い値、（ｖ）１０^-2ミリバールより高い値、（ｖｉ）１０^-3ミリバールより高い値、（ｖｉｉ）１０^-4ミリバールより高い値、（ｖｉｉｉ）１０^-5ミリバールより高い値、（ｉｘ）１０^-6ミリバールより高い値、（ｘ）１００ミリバールより低い値、（ｘｉ）１０ミリバールより低い値、（ｘｉｉ）１ミリバールより低い値、（ｘｉｉｉ）０．１ミリバールより低い値、（ｘｉｖ）１０^-2ミリバールより低い値、（ｘｖ）１０^-3ミリバールより低い値、（ｘｖｉ）１０^-4ミリバールより低い値、（ｘｖｉｉ）１０^-5ミリバールより低い値、（ｘｖｉｉｉ）１０^-6ミリバールより低い値、（ｘｉｘ）１０から１００ミリバールの範囲の値、（ｘｘ）１から１０ミリバールの範囲の値、（ｘｘｉ）０．１から１ミリバールの範囲の値、（ｘｘｉｉ）１０^-2から１０^-1ミリバールの範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）１０^-3から１０^-2ミリバールの範囲の値、（ｘｘｉｖ）１０^-4から１０^-3ミリバールの範囲の値、および（ｘｘｖ）１０^-5から１０^-4ミリバールの範囲の値、からなる群から選択される圧力に第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップを維持する構成が望ましい。

動作モード下で、第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップの長さの少なくとも一部に沿ってイオンが伝達される際に、電界強度に応じたイオン移動度またはイオン移動度の変化率に従って、少なくとも一部のイオンを一時的に分離する構成が望ましい。

望ましくは、質量分析計が、さらに、（ｉ）第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップ内でイオンをパルス状にする装置またはイオンゲート、および／あるいは、（ｉｉ）ほぼ連続的なイオンビームをパルス状のイオンビームに変換する装置、を備える。

望ましくは、質量分析計が、さらに、（ａ）第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップの上流側に配置されるイオン源で、（ｉ）電気スプレーイオン化（Ｅｌｅｃｔｒｏｓｐｒａｙｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＥＳＩ）イオン源と、（ｉｉ）大気圧光イオン化（ＡｔｍｏｓｐｈｅｒｉｃＰｒｅｓｓｕｒｅＰｈｏｔｏＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＡＰＰＩ）イオン源と、（ｉｉｉ）大気圧化学イオン化（ＡｔｍｏｓｐｈｅｒｉｃＰｒｅｓｓｕｒｅＣｈｅｍｉｃａｌＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＡＰＣＩ）イオン源と、（ｉｖ）マトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＭａｔｒｉｘＡｓｓｉｓｔｅｄＬａｓｅｒＤｅｓｏｒｐｔｉｏｎＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＭＡＬＤＩ）イオン源と、（ｖ）レーザー脱離イオン化（ＬａｓｅｒＤｅｓｏｒｐｔｉｏｎＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＬＤＩ）イオン源と、（ｖｉ）大気圧イオン化（ＡｔｍｏｓｐｈｅｒｉｃＰｒｅｓｓｕｒｅＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＡＰＩ）イオン源と、（ｖｉｉ）シリコンを用いた脱離イオン化（ＤｅｓｏｒｐｔｉｏｎＩｏｎｉｚａｔｉｏｎｏｎＳｉｌｉｃｏｎ：ＤＩＯＳ）イオン源と、（ｖｉｉｉ）電子衝撃（ＥｌｅｃｔｒｏｎＩｍｐａｃｔ：ＥＩ）イオン源と、（ｉｘ）化学イオン化（ＣｈｅｍｉｃａｌＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＣＩ）イオン源と、（ｘ）フィールドイオン化（ＦｉｅｌｄＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＦＩ）イオン源と、（ｘｉ）フィールド解離（ＦｉｅｌｄＤｅｓｏｒｐｔｉｏｎ：ＦＤ）イオン源と、（ｘｉｉ）誘導結合プラズマ（ＩｎｄｕｃｔｉｖｅｌｙＣｏｕｐｌｅｄＰｌａｓｍａ：ＩＣＰ）イオン源と、（ｘｉｉｉ）高速原子衝撃（ＦａｓｔＡｔｏｍＢｏｍｂａｒｄｍｅｎｔ：ＦＡＢ）イオン源と、（ｘｉｖ）液体二次イオン質量分析（ＬｉｑｕｉｄＳｅｃｏｎｄａｒｙＩｏｎＭａｓｓＳｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ：ＬＳＩＭＳ）イオン源と、（ｘｖ）脱離電気スプレーイオン化（ＤｅｓｏｒｐｔｉｏｎＥｌｅｃｔｒｏｓｐｒａｙＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＤＥＳＩ）イオン源と、（ｘｖｉ）ニッケル６３放射性イオン源と、（ｘｖｉｉ）大気圧マトリックス支援レーザー脱離イオン化イオン源と、（ｘｖｉｉｉ）サーモスプレーイオン源と、からなる群から選択されるイオン源、および／あるいは、（ｂ）第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップの上流側および／あるいは下流側に配置される、一つあるいは複数のイオンガイド、および／あるいは、（ｃ）第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップの上流側および／あるいは下流側に配置される、一つあるいは複数のイオン移動度分離装置および／あるいはフィールド非対称型イオン移動度分光計装置、および／あるいは、（ｄ）第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップの上流側および／あるいは下流側に配置される、一つあるいは複数のイオントラップまたは一つあるいは複数のイオントラッピング領域、および／あるいは、（ｅ）第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップの上流側および／あるいは下流側に配置される、一つあるいは複数の衝突セル、フラグメンテーションセル、または反応セルで、（ｉ）衝突誘起解離（ＣｏｌｌｉｓｉｏｎａｌＩｎｄｕｃｅｄＤｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ：ＣＩＤ）フラグメンテーション装置と、（ｉｉ）表面誘起解離（ＳｕｒｆａｃｅＩｎｄｕｃｅｄＤｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ：ＳＩＤ）フラグメンテーション装置と、（ｉｉｉ）電子移動解離（ＥｌｅｃｔｒｏｎＴｒａｎｓｆｅｒＤｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ：ＥＴＤ）フラグメンテーション装置と、（ｉｖ）電子捕獲解離（ＥｌｅｃｔｒｏｎＣａｐｔｕｒｅＤｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ：ＥＣＤ）フラグメンテーション装置と、（ｖ）電子衝突または電子衝撃解離フラグメンテーション装置と、（ｖｉ）光誘起解離（ＰｈｏｔｏＩｎｄｕｃｅｄＤｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ：ＰＩＤ）フラグメンテーション装置と、（ｖｉｉ）レーザー誘起解離フラグメンテーション装置と、（ｖｉｉｉ）赤外線誘起解離装置と、（ｉｘ）紫外線誘起解離装置と、（ｘ）ノズル・スキマー・インターフェース・フラグメンテーション装置と、（ｘｉ）インソースフラグメンテーション装置と、（ｘｉｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーション装置と、（ｘｉｉｉ）熱源または温度源フラグメンテーション装置と、（ｘｉｖ）電場誘起フラグメンテーション装置と、（ｘｖ）磁場誘起フラグメンテーション装置と、（ｘｖｉ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーション装置と、（ｘｖｉｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーション装置と、（ｘｖｉｉｉ）イオン−分子反応フラグメンテーション装置と、（ｘｉｘ）イオン−原子反応フラグメンテーション装置と、（ｘｘ）イオン−準安定イオン反応フラグメンテーション装置と、（ｘｘｉ）イオン−準安定分子反応フラグメンテーション装置と、（ｘｘｉｉ）イオン−準安定原子反応フラグメンテーション装置と、（ｘｘｉｉｉ）イオンの反応により付加イオンあるいはプロダクトイオンを形成するイオン−イオン反応装置と、（ｘｘｉｖ）イオンの反応により付加イオンあるいはプロダクトイオンを形成するイオン−分子反応装置と、（ｘｘｖ）イオンの反応により付加イオンあるいはプロダクトイオンを形成するイオン−原子反応装置と、（ｘｘｖｉ）イオンの反応により付加イオンあるいはプロダクトイオンを形成するイオン−準安定イオン反応装置と、（ｘｘｖｉｉ）イオンの反応により付加イオンあるいはプロダクトイオンを形成するイオン−準安定分子反応装置と、（ｘｘｖｉｉｉ）イオンの反応により付加イオンあるいはプロダクトイオンを形成するイオン−準安定原子反応装置と、（ｘｘｉｘ）電子イオン化解離（ＥｌｅｃｔｒｏｎＩｏｎｉｓａｔｉｏｎＤｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ：ＥＩＤ）フラグメンテーション装置と、からなる群から選択される一つあるいは複数の衝突セル、フラグメンテーションセル、または反応セル、および／あるいは、（ｆ）（ｉ）四重極質量分析器と、（ｉｉ）２次元またはリニア四重極質量分析器と、（ｉｉｉ）ポール（Ｐａｕｌ）トラップ型または３次元四重極質量分析器と、（ｉｖ）ペニング（Ｐｅｎｎｉｎｇ）トラップ型質量分析器と、（ｖ）イオントラップ型質量分析器と、（ｖｉ）磁場型質量分析器と、（ｖｉｉ）イオンサイクロトロン共鳴（ＩｏｎＣｙｃｌｏｔｒｏｎＲｅｓｏｎａｎｃｅ：ＩＣＲ）質量分析器と、（ｖｉｉｉ）フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＦｏｕｒｉｅｒＴｒａｎｓｆｏｒｍＩｏｎＣｙｃｌｏｔｒｏｎＲｅｓｏｎａｎｃｅ：ＦＴＩＣＲ）質量分析器と、（ｉｘ）静電またはオービトラップ型質量分析器と、（ｘ）フーリエ変換静電またはオービトラップ型質量分析器と、（ｘｉ）フーリエ変換質量分析器と、（ｘｉｉ）飛行時間型質量分析器と、（ｘｉｉｉ）直交加速飛行時間型質量分析器と、（ｘｉｖ）線形加速飛行時間型質量分析器と、からなる群から選択される質量分析器、および／あるいは、（ｇ）第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップの上流側および／あるいは下流側に配置される、一つあるいは複数のエネルギー分析器または静電エネルギー分析器、および／あるいは、（ｈ）第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップの上流側および／あるいは下流側に配置される、一つあるいは複数のイオン検出器、および／あるいは、（ｉ）第１のイオントラップおよび／あるいは第２のイオントラップの上流側および／あるいは下流側に配置される、一つあるいは複数のマスフィルターであって、（ｉ）四重極マスフィルターと、（ｉｉ）２次元またはリニア四重極イオントラップと、（ｉｉｉ）ポール（Ｐａｕｌ）型または３次元四重極イオントラップと、（ｉｖ）ペニング（Ｐｅｎｎｉｎｇ）型イオントラップと、（ｖ）イオントラップと、（ｖｉ）磁場型マスフィルターと、（ｖｉｉ）飛行時間型マスフィルターと、からなる群から選択される一つあるいは複数のマスフィルター、を備える。

一実施形態において、質量分析計が、さらに、Ｃトラップと、オービトラップ型質量分析器と、を備えるようにしてもよい。この構成において、第１動作モード下で、イオンがＣトラップに伝達され、その後、オービトラップ型質量分析器に注入される。また、第２動作モード下で、イオンがＣトラップに、さらに衝突セルに伝達され、少なくとも一部のイオンがフラグメントイオンにフラグメンテーションされ、得られたフラグメントイオンがオービトラップ型質量分析器に注入される前に、Ｃトラップに伝達される。

本発明の一態様は、質量分析法であって、第１の複数の電極を有する第１の質量選択的イオントラップと、第２の複数の電極を有する第２の質量選択的イオントラップで、第１の質量選択的イオントラップの下流側に配置される第２の質量選択的イオントラップと、を準備する工程と、第１のイオントラップ中に、あるいは、第１のイオントラップ内部に、初期時間Ｔ０において、貯蔵またはトラップされるようにイオン群を設定する工程と、第１スキャンの間、第１のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、第１のイオントラップを制御し、第１のイオントラップから質量選択的に放出される、および第１のイオントラップから出現するイオンの少なくとも一部を、次に、第２のイオントラップが受け取り、第２のイオントラップ中に、あるいは、第２のイオントラップ内部に貯蔵またはトラップするように、第１のイオントラップを制御する工程と、第２スキャンの間、第２のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、第２のイオントラップを制御する工程と、を備える。

本発明の一態様は、第１の質量選択的イオントラップと第１の質量選択的イオントラップの下流側に配置される第２の質量選択的イオントラップとを備える質量分析計の制御システムにより実行されるコンピュータプログラムである。コンピュータプログラムは、制御システムにより、（ｉ）第１のイオントラップ中に、あるいは、第１のイオントラップ内部に、初期時間Ｔ０において、貯蔵またはトラップされるようにイオン群を設定し、（ｉｉ）第１スキャンの間、第１のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、第１のイオントラップを制御し、第１のイオントラップから質量選択的に放出される、および第１のイオントラップから出現するイオンの少なくとも一部を、次に、第２のイオントラップが受け取り、第２のイオントラップ中に、あるいは、第２のイオントラップ内部に貯蔵またはトラップするように、第１のイオントラップを制御し、（ｉｉｉ）第２スキャンの間、第２のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、第２のイオントラップを制御する。

本発明の一態様は、コンピュータにより実行可能な命令が記憶されるコンピュータ読み取り可能な媒体である。第１の質量選択的イオントラップと第１の質量選択的イオントラップの下流側に配置される第２の質量選択的イオントラップとを備える質量分析計の制御システムにより、命令が実行可能なように構成される。この命令に従って、制御システムが、（ｉ）第１のイオントラップ中に、あるいは、第１のイオントラップ内部に、初期時間Ｔ０において、貯蔵またはトラップされるようにイオン群を設定し、（ｉｉ）第１スキャンの間、第１のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、第１のイオントラップを制御し、第１のイオントラップから質量選択的に放出される、および第１のイオントラップから出現するイオンの少なくとも一部を、次に、第２のイオントラップが受け取り、第２のイオントラップ中に、あるいは、第２のイオントラップ内部に貯蔵またはトラップするように、第１のイオントラップを制御し、（ｉｉｉ）第２スキャンの間、第２のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、第２のイオントラップを制御する。

望ましくは、コンピュータ読み取り可能な媒体が、（ｉ）ＲＯＭ、（ｉｉ）ＥＡＲＯＭ、（ｉｉｉ）ＥＰＲＯＭ、（ｉｖ）ＥＥＰＲＯＭ、（ｖ）フラッシュメモリ、および（ｖｉ）光ディスクからなる群から選択される。

本発明の一態様は、質量分析計であって、第１のイオントラップと、第２の質量選択的イオントラップと、制御システムであって、（ｉ）第１のイオントラップ中にイオンを貯蔵することによって、一つあるいは複数の瞬間において、第２のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数を抑制および／あるいは限定および／あるいは制限し、（ｉｉ）第１のイオントラップと第２のイオントラップとからの少なくとも一部のイオンを同時にスキャンする一方で、一つあるいは複数の瞬間において、第２のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数を確実に抑制および／あるいは限定および／あるいは制限する、ように構成される制御システムと、を備える。

本発明の一態様は、質量分析法であって、第１のイオントラップと、第２の質量選択的イオントラップと、を準備する工程と、第１のイオントラップ中にイオンを貯蔵することによって、一つあるいは複数の瞬間において、第２のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数を抑制および／あるいは限定および／あるいは制限する工程と、第１のイオントラップと第２のイオントラップとからの少なくとも一部のイオンを同時にスキャンする一方で、一つあるいは複数の瞬間において、第２のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数を確実に抑制および／あるいは限定および／あるいは制限する工程と、を備える。

本発明の一態様は、質量分析計であって、第１のイオントラップと、第２の質量選択的イオントラップと、制御システムであって、（ｉ）第１のイオントラップ中にイオンを貯蔵することによって、一つあるいは複数の瞬間において、第２のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数を抑制および／あるいは限定および／あるいは制限し、（ｉｉ）第１の時間の間に第１のイオントラップからの少なくとも一部のイオンをスキャンし、第２のイオントラップ内にスキャンされたイオンの少なくとも一部を受け入れる一方で、第２のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数を確実に抑制および／あるいは限定および／あるいは制限し、（ｉｉｉ）第１の時間に続く第２の時間の間に第２のイオントラップからの少なくとも一部のイオンをスキャンするように構成される制御システムと、を備える。ここで、第１の時間と第２の時間との間には、ゼロではない遅延時間が存在する。

本発明の一態様は、質量分析法であって、第１のイオントラップと、第２の質量選択的イオントラップと、を準備する工程と、第１のイオントラップ中にイオンを貯蔵することによって、一つあるいは複数の瞬間において、第２のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数を抑制および／あるいは限定および／あるいは制限する工程と、第１の時間の間に第１のイオントラップからの少なくとも一部のイオンをスキャンし、第２のイオントラップ内にスキャンされたイオンの少なくとも一部を受け入れる一方で、第２のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数を確実に抑制および／あるいは限定および／あるいは制限する工程と、第１の時間に続く第２の時間の間に第２のイオントラップからの少なくとも一部のイオンをスキャンする工程と、を備える。ここで、第１の時間と第２の時間との間には、ゼロではない遅延時間が存在する。

好適な実施形態は、イオントラップからのイオンをスキャンすることにより形成される質量スペクトルのダイナミックレンジを大幅に拡大した質量分析計および質量分析法に関する。

一実施形態において、任意の瞬間にイオントラップ中に存在するように配列されたイオンの質量対電荷比の範囲を限定、抑制、あるいは制限することが望ましい。これにより、制限された質量対電荷比を有するイオンのみをイオントラップ中に存在させて、解析を行い、最終的な質量スペクトルを生成することが可能になる。イオントラップからのイオンの分析あるいはスキャン中の任意の瞬間における分析用イオントラップ内部のイオン集団を限定することにより、分析用イオントラップのダイナミックレンジを拡大することができる。

一実施形態において、望ましくは分析用の高性能（第２の）イオントラップの上流側および／あるいは下流側に配置される一つあるいは複数の高容量（第１の）イオントラップから、質量選択的等の方法でイオンを放出させる。一つあるいは複数の高容量（第１の）イオントラップは、一つあるいは複数の３次元またはポール（Ｐａｕｌ）型イオントラップおよび／あるいは一つあるいは複数の２次元またはリニアイオントラップを含むものでもよい。

一実施形態において、貯蔵用の高容量（第１の）イオントラップから分析用の高性能（第２の）イオントラップにイオンが透過する際に、減衰係数に従って、イオンを減衰させるようにしてもよい。質量スペクトルの生成中あるいは実験中に、減衰係数を変動させるものとしてもよい。たとえば、制限的開口部を用いてイオン透過を変化させることにより、および／あるいは、マークスペース比（ｍａｒｋｓｐａｃｅｒａｔｉｏ）を変更可能なイオンゲートのイオン透過をオン・オフすることにより、イオンの透過を減衰させることができる。

一実施形態において、イオン移動度分光計あるいはイオン移動度分離装置を、分析用の高性能（第２の）イオントラップの上流側および／あるいは下流側に配置するものでもよい。イオン移動度分光計あるいはイオン移動度分離装置を、バッファガス（緩衝ガス）におけるイオン移動度に応じて一時的にイオンを分離するように構成することが望ましい。分析用（第２の）イオントラップ内へのイオン注入の順序あるいは分析用（第２の）イオントラップへのイオン到達の順序は、気相におけるイオンの移動度により決まる。

分析用の高性能（第２の）イオントラップは、３次元またはポール型イオントラップおよび／あるいは２次元またはリニアイオントラップを備えることが望ましい。

貯蔵用の高容量（第１の）イオントラップから、および／あるいは分析用の高性能（第２の）イオントラップから、放射状に、および／あるいは、軸方向にイオンを放出させることができる。

ＲＦ閉じ込め（高周波閉じ込め）により、あるいは、貯蔵用の高容量（第１の）イオントラップおよび／あるいは分析用の高性能（第２の）イオントラップを含む電極の少なくとも一部に印加可能なＲＦ電圧（高周波電圧）とＤＣ電圧（直流電圧）とを組み合わせることにより、貯蔵用の高容量（第１の）イオントラップ内部に、および／あるいは分析用の高性能（第２の）イオントラップ内部に、イオンを閉じ込めることが望ましい。

以下、添付の図面を参照して、本発明の実施例を説明する。

高性能の分析用すなわち第２のイオントラップの上流側に貯蔵用すなわち第１のイオントラップを配置した本発明の実施例の構成を示す説明図。一実施態様に従い、貯蔵用（第１の）イオントラップと分析用（第２の）イオントラップの両方から質量選択的にイオンが連続的かつ同期して放出される際に、貯蔵用イオントラップおよび分析用イオントラップからスキャンしたイオンの質量対電荷比を時間の関数としてプロットしたグラフ。別の実施態様に従い、貯蔵用（第１の）イオントラップと分析用（第２の）イオントラップの両方から質量選択的にイオンが不連続的に放出される際に、貯蔵用イオントラップおよび分析用イオントラップからスキャンしたイオンの質量対電荷比を時間の関数としてプロットしたグラフ。貯蔵用（第１の）イオントラップから放出されたイオンを減衰装置を用いて選択的に減衰することにより、高性能の分析用（第２の）イオントラップに到達する電荷量すなわちイオンの数を制御・制限する実施例の構成を示す説明図。

本発明の好適な一実施例を、図１を参照して以下に説明する。好適な実施例の構成において、イオンビームあるいはパルス１は、第１のイオントラップ２内に導入される、あるいは、第１のイオントラップ２に伝送される。第１のイオントラップ２は、比較的高容量で、少なくとも一つの動作モードで貯蔵用イオントラップとして利用・動作可能なものが望ましい。レーザー脱離イオン化（ＬａｓｅｒＤｅｓｏｒｐｔｉｏｎＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＬＤＩ）イオン源、マトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＭａｔｒｉｘＡｓｓｉｓｔｅｄＬａｓｅｒＤｅｓｏｒｐｔｉｏｎＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＭＡＬＤＩ）イオン源、シリコンを用いた脱離イオン化（ＤｅｓｏｒｐｔｉｏｎＩｏｎｉｚａｔｉｏｎｏｎＳｉｌｉｃｏｎ：ＤＩＯＳ）イオン源等のパルスイオン源を用いて、イオンビームあるいはパルス１を生成するようにしてもよい。

あるいは、連続イオン源を用いて、イオンビームあるいはパルス１を生成するようにしてもよい。連続イオン源を用いる場合には、第１のイオントラップ２の上流側に（図示しない）別のイオントラップを設けるようにしてもよい。この場合、別のイオントラップがイオン源から放出されるイオンを受け取り、受け取ったイオンをイオントラップ内に貯蔵する構成が望ましい。さらに、別のイオントラップが定期的にイオンを放出し、第１のイオントラップ２に対して、一つあるいは複数のイオンパルスを伝送する構成が望ましい。連続イオン源としては、たとえば、電気スプレーイオン化（Ｅｌｅｃｔｒｏｓｐｒａｙｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＥＳＩ）イオン源、大気圧化学イオン化（ＡｔｍｏｓｐｈｅｒｉｃＰｒｅｓｓｕｒｅＣｈｅｍｉｃａｌＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＡＰＣＩ）イオン源、電子衝撃（ＥｌｅｃｔｒｏｎＩｍｐａｃｔ：ＥＩ）イオン源、大気圧光イオン化（ＡｔｍｏｓｐｈｅｒｉｃＰｒｅｓｓｕｒｅＰｈｏｔｏＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＡＰＰＩ）イオン源、化学イオン化（ＣｈｅｍｉｃａｌＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＣＩ）イオン源、脱離電気スプレーイオン化（ＤｅｓｏｒｐｔｉｏｎＥｌｅｃｔｒｏｓｐｒａｙＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＤＥＳＩ）イオン源、大気圧マトリックス支援レーザー脱離イオン化（ＡｔｍｏｓｐｈｅｒｉｃＰｒｅｓｓｕｒｅＭＡＬＤＩ：ＡＰ−ＭＡＬＤＩ）イオン源、高速原子衝撃（ＦａｓｔＡｔｏｍＢｏｍｂａｒｄｍｅｎｔ：ＦＡＢ）イオン源、液体二次イオン質量分析（ＬｉｑｕｉｄＳｅｃｏｎｄａｒｙＩｏｎＭａｓｓＳｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ：ＬＳＩＭＳ）イオン源、フィールドイオン化（ＦｉｅｌｄＩｏｎｉｚａｔｉｏｎ：ＦＩ）イオン源、フィールド解離（ＦｉｅｌｄＤｅｓｏｒｐｔｉｏｎ：ＦＤ）イオン源等を用いることができる。これ以外の連続イオン源や疑似連続イオン源を用いることもできる。

上流側の貯蔵用イオントラップ２内にイオンを十分な時間保持することにより、第１のイオントラップ２内に望ましくは存在するバッファーガス（緩衝ガス）分子との衝突による熱エネルギー近傍まで冷却する構成が望ましい。

別の実施形態において、第１のイオントラップ２の上流側に配置される別個の分析装置から、あるいは、フラグメンテーション装置から、イオンを放出あるいは伝達するようにしてもよい。分析装置あるいはフラグメンテーション装置から放出されたイオンを、第１のイオントラップ２が受け取る。

第１のイオントラップ２内に貯蔵されるイオンの一部は、第１のイオントラップ２から、たとえば、質量選択的に、放出され、望ましくは第１のイオントラップ２の下流側に配置される第２のイオントラップ３に伝達される。第２のイオントラップ３が、分析用の高性能イオントラップを備える構成が望ましい。一実施形態において、第１のイオントラップ２よりも実質的に高い質量分解能あるいは高い質量対電荷比分解能を有するように、第２のイオントラップ３を構成・操作するものでもよい。任意の瞬間において第１のイオントラップ２から放出されるイオンあるいは第１のイオントラップ２から出現するイオンが比較的広範囲あるいは比較的広い幅の質量対電荷比を有するものでもよい。第１のイオントラップ２から放出されるイオンあるいは第１のイオントラップ２から出現するイオンは、下流側の分析用の第２のイオントラップ３に対して放出される、あるいは、伝達されることが望ましい。一実施形態において、第２のイオントラップ３の分析性能よりも低い分析性能を有するように、第１のイオントラップ２を構成・操作するものでもよい。

一実施形態において、第２のイオントラップ３がスキャンされる際に第２のイオントラップ３内に保持可能な電荷量よりも、第１のイオントラップ２がスキャンされる際に第１のイオントラップ２内に保持可能な電荷量が多い構成が望ましい。

第１のイオントラップ２から第２のイオントラップ３に注入されるイオンは、第２のイオントラップ３から、たとえば質量選択的に、放出される、あるいは、第２のイオントラップ３から出現する前に、第２のイオントラップ３内に存在するバッファーガス（緩衝ガス）分子との衝突による熱エネルギー近傍まで冷却されるのに十分な時間、第２のイオントラップ３内に保持される構成が望ましい。第２のイオントラップ３内部のイオンは、望ましくは質量選択的に第２のイオントラップ３から放出され、あるいは、第２のイオントラップ３から出てきて、放出されたイオン４は、後段の処理を行うために、第２のイオントラップ３の下流側に配置される（図示しない）イオン検出器等のイオン光学装置に向けられる、あるいは、伝送される構成が望ましい。一実施形態において、第２のイオントラップ３から飛行時間型質量分析器やフーリエ変換型質量分析器等の分析装置あるいはフラグメンテーション装置にイオンを伝達するようにしてもよい。

好適な実施例において、動作モード下で、ほぼ連続的に２つの質量選択的イオントラップ２および３からイオンが放出される、あるいは、イオンが出現する構成も望ましい。図２に、動作モード下で、異なった範囲の質量電荷比を有するイオンがほぼ連続的に、かつ、同時に、２つの質量選択的イオントラップ２および３から放出される、あるいは、２つの質量選択的イオントラップ２および３から出現する実施形態を示す。

図２の広い網掛け領域５は、第１のイオントラップ２のスキャンを実行する間に、比較的広い第１範囲の質量対電荷比を有するイオンが、第１のイオントラップ２から放出される、あるいは、第１のイオントラップ２から出現する期間を示す。上部境界線６は、第１のイオントラップ２の性能特性および第１のイオントラップ２内部に同時に存在する過剰な電荷数に起因する空間電荷効果による歪みの影響を考慮に入れて、所定の質量対電荷比を有するイオンが第１のイオントラップ２から放出される、あるいは、第１のイオントラップ２から出現する最も早い時間を示す。下部境界線７は、第１のイオントラップ２の性能特性および第１のイオントラップ２内部に同時に存在する過剰な電荷数に起因する空間電荷効果による歪みの影響を考慮に入れて、所定の質量対電荷比を有するイオンが第１のイオントラップ２から放出される、あるいは、第１のイオントラップ２から出現する最も遅い時間を示す。

所定の質量対電荷比を有するイオンの正確な放出時間あるいは出現時間は、第１のイオントラップ２内部の空間電荷歪みの影響により、２つの境界線６および７により規定される時間境界内で変動する。

一方、狭い網掛け領域８は、分析用の第２のイオントラップ３の分析スキャンを実行する間に、所定の質量対電荷比を有するイオンが第２のイオントラップ３から放出される、あるいは、第２のイオントラップ３から出現する期間を示す。所定の質量対電荷比を有するイオンが第２のイオントラップ３から放出される、あるいは、第２のイオントラップ３から出現する期間は、所定の質量対電荷比を有するイオンが第１のイオントラップ２から放出される、あるいは、第１のイオントラップ２から出現する、これと対応する期間と比較して、狭く、短い一方で、より明瞭に定義可能である。第２のイオントラップ３内の電荷数は、空間電荷効果により有意の歪みが生じるには十分でないと考えられる。その結果、所定の質量対電荷比を有するイオンが第２のイオントラップ３から放出される、あるいは、第２のイオントラップ３から出現する時間に関しては、不確実性が全くない、あるいは、ほとんどない。

望ましい動作モードの一例を、図２を参照して詳述する。イオン源から放出されるイオンを、まず、望ましくは貯蔵用イオントラップとして働く上流側の第１のイオントラップ２に集めて貯蔵する。この際、第２のイオントラップ３にはイオンが存在しないことが望ましい。最初の時間Ｔ０において、第１のイオントラップ２の分析スキャンが開始される。比較的広い第１の質量対電荷比の範囲内の質量対電荷比を有するイオンは、任意の瞬間に、第１のイオントラップ２から放出され、あるいは、第１のイオントラップ２から出現して、下流側の分析用の第２のイオントラップ３に入る、あるいは、受け取られる。第１の質量対電荷比Ｍ１を有するイオンの場合を例にとって考える。時間Ｔ１と時間Ｔ２の間のいつでも、Ｍ１に等しい質量対電荷比を有するイオンが、第１のイオントラップ２から放出される、あるいは、第１のイオントラップ２から出現する（その後、分析用の第２のイオントラップ３に注入される、あるいは、受け取られる）。このような放出時間の不確実性は、空間電荷歪みの影響によるものである。

次の時間Ｔ３において、第２のイオントラップ３の分析スキャンが開始される。次の時間Ｔ４において、Ｍ１に等しい質量対電荷比を有するイオンが、分析用の第２のイオントラップ３から質量選択的に放出される。時間差Ｔ４−Ｔ２の存在により、第１のイオントラップ２から放出されたイオンが分析用の第２のイオントラップ３に受け取られ、かつ、分析用の第２のイオントラップ３から質量選択的にイオンが放出される前に、分析用の第２のイオントラップ３内部に存在するバッファーガス（緩衝ガス）との衝突による熱エネルギー近傍まで冷却されるのに十分な時間が確保される。第２のイオントラップ３は、空間電荷歪みの影響を受けないため、放出時間Ｔ４に関しては不確実性が全くない、あるいは、ほとんどない。

Ｍ１に等しい質量対電荷比を有するイオンが分析用の第２のイオントラップ３から放出される、あるいは第２のイオントラップ３から出現する時間Ｔ４において、理論的には、Ｍ１からＭ２の範囲内の質量対電荷比を有するイオンが分析用の第２のイオントラップ３内部に存在する。Ｍ２よりも大きな質量対電荷比を有するイオンは、第１のイオントラップ２からの放出・出現がまだ行われていないため、第１のイオントラップ２内部に留まっている。Ｍ１未満の質量対電荷比を有するイオンは、既に第２のイオントラップ３から放出された、あるいは、第２のイオントラップ３から出現したため、第１のイオントラップ２内部にも第２のイオントラップ３内部にも存在していない。したがって、質量対電荷比Ｍ１を有するイオンが第２のイオントラップ３から放出される時間Ｔ４において、Ｍ２よりも大きな質量対電荷比を有するイオンおよびＭ１未満の質量対電荷比を有するイオンは、第２のイオントラップ内部に存在する電荷の密度には寄与しない。このため、第２のイオントラップ３の分析性能特性が空間電荷飽和の悪影響を受けることはない。当業者には自明のことであるが、空間電荷飽和の影響により、イオントラップの質量選択的パラメータのスキャンの間の正確にいつの時点で、所定の質量あるいは所定の質量対電荷比を有するイオンが実際に出現するかが、不確実になる。空間電荷飽和の影響により、たとえば、イオンの放出が早くなったり、逆に遅くなったりする。

時間Ｔ５までに、分析対象となる最も高い質量対電荷比Ｍ３を有するイオンがすべて、第１のイオントラップ２から移動・放出され、第２のイオントラップ３に伝達される。この結果、時間Ｔ５に、上流側のイオントラップ２の分析スキャンが終了する。一方、第２のイオントラップ３の分析スキャンは、Ｍ３に等しい質量対電荷比を有するイオンがすべて第２のイオントラップ３から放出される、あるいは、第２のイオントラップから出現する時間Ｔ６まで継続される。

第１のイオントラップ２および第２のイオントラップ３から不連続的にイオンが放出される段階的動作モードを、本発明の別の実施形態として図３に示す。以下に詳述する図３に示す例では、質量対電荷比の小さい順に第１のイオントラップ２および第２のイオントラップ３からイオンが放出されることが望ましい。ただし、他の任意の順序で第１のイオントラップ２から分析用の第２のイオントラップ３にイオンが伝達されるようにしてもよい。イオンは、その後、後段の処理のために、分析用の第２のイオントラップ３から放出される。

図３の広い網掛け領域あるいは網掛け部分９、１０および１１は、３回の別個の分析スキャンからなる一連のスキャンを実行する間に、所定の質量対電荷比を有するイオンが、第１のイオントラップ２から放出される、あるいは、第１のイオントラップ２から出現する期間を示す。３つの網掛け領域あるいは網掛け部分９、１０および１１の斜め境界線は、第１のイオントラップ２の性能特性および第１のイオントラップ２内部に存在する過剰な電荷数に起因する空間電荷効果による歪みの影響を考慮に入れて、所定の質量対電荷比を有するイオンが第１のイオントラップ２から放出される、あるいは、第１のイオントラップ２から出現する最も早い時間および最も遅い時間を示す。所定の質量対電荷比を有する個々のイオンの放出あるいは出現時間は、空間電荷飽和の影響により、境界線内で変動する。

一方、狭い網掛け領域あるいは網掛け部分１２、１３および１４は、分析用の第２のイオントラップ３の分析スキャンを実行する間に、所定の質量対電荷比を有するイオンが第２のイオントラップ３から放出される、あるいは、第２のイオントラップ３から出現する期間を示す。所定の質量対電荷比を有するイオンが分析用の第２のイオントラップ３から放出される、あるいは、第２のイオントラップ３から出現する期間は、所定の質量対電荷比を有するイオンが第１のイオントラップ２から放出される、これと対応する期間と比較して、狭い一方で、より明瞭に定義可能である。分析用の第２のイオントラップ３内の電荷数は、どの時点においても、空間電荷効果により歪みが生じるには十分でないと考えられる。したがって、所定の質量対電荷比を有するイオンの正確な放出時間に関しては、不確実性が全くない、あるいは、ほとんどない。

図３の太い実線１５は、第１のイオントラップ２からのイオン放出あるいはイオン出現を支配する一つ以上のパラメータが一連のスキャンの間に変化する様子を示す。図３の太い点線１６は、分析用の第２のイオントラップ３からのイオン放出あるいはイオン出現を支配する一つ以上のパラメータが一連のスキャンの間に変化する様子を示す。パラメータは、たとえば、第１のイオントラップ２および／あるいは第２のイオントラップ３の電極に印加されるＡＣ電圧および／あるいはＤＣ電圧の振幅あるいは周波数に関するものでもよい。共鳴放出、質量選択的不安定性、パラメトリックまたは非線形共鳴、あるいは、非共鳴放出等の手法によりイオンを放出可能である。

時間Ｔ０において、第１のイオントラップ２内の条件が変化して、イオン放出あるいはイオン出現を支配する一つ以上のパラメータが所定値まで迅速にスキャンされ、Ｍ０からＭ１の範囲内の質量対電荷比を有するイオンが、第１のイオントラップ２から放出される、あるいは、第１のイオントラップから出現する。第１のイオントラップ２内の条件は、時間Ｔ１まで同じ条件に保たれる。時間Ｔ１において、第１のイオントラップ２内の条件が所定レベルまで変化することにより、第１のイオントラップ２内部に残ったイオンがすべて安定化されて、所定の期間中に第１のイオントラップ２からこれ以上イオンが放出されなくなる。

Ｔ０からＴ１までの期間に、Ｍ０からＭ１の範囲内の質量対電荷比を有するイオンがすべて第１のイオントラップ２から放出される、あるいは、第１のイオントラップ２から出現する。時間Ｔ１において、Ｍ１よりもわずかに大きな質量対電荷比を有するイオンも第１のイオントラップ２から放出される可能性がある。このような放出が生じるかどうかは、第１のイオントラップ２の特性、並びに、第１のイオントラップ２内部に存在する過剰な数のイオンの存在およびその影響に依存する。

時間Ｔ２において、分析用の第２のイオントラップ３の１回目の分析スキャンが開始される。第２のイオントラップ３の１回目の分析スキャンは、次の時間Ｔ３まで続けられる。時間Ｔ３において、分析用の第２のイオントラップ３内部に存在する全イオン集団が分析用の第２のイオントラップ３から放出される。時間差Ｔ２−Ｔ１の存在により、分析用の第２のイオントラップ３内部に存在するＭ０からＭ１の範囲内の質量対電荷比を有するイオンが、分析用の第２のイオントラップ３からのイオンの放出・出現前に、第２のイオントラップ３内部に存在するバッファーガス（緩衝ガス）との衝突による熱エネルギー近傍まで冷却されるのに十分な時間が確保される。

次の時間Ｔ３において、第２のイオントラップ３内部の条件が変化して、Ｍ１よりも大きな質量対電荷比を有するイオンが安定化して、第２のイオントラップ３内に留まる。

次の時間Ｔ４において、第１のイオントラップ２内の条件が変化して、イオン放出あるいはイオン出現を支配する一つ以上のパラメータが所定値まで迅速にスキャンされ、Ｍ１からＭ２の範囲内の質量対電荷比を有するイオンが、第１のイオントラップ２から放出される、あるいは、第１のイオントラップから出現する。第１のイオントラップ２内の条件は、次の時間Ｔ５まで同じ条件に保たれる。時間Ｔ５において、第１のイオントラップ２内の条件が所定レベルまで変化することにより、第１のイオントラップ２内部に残ったイオンがすべて安定化されて、所定の期間中にこれ以上イオンが第１のイオントラップ２から放出されなくなる、あるいは、第１のイオントラップ２から出現しなくなる。

次の時間Ｔ６において、分析用の第２のイオントラップ３の２回目の分析スキャンが開始される。第２のイオントラップ３の２回目の分析スキャンは、次の時間Ｔ７まで続けられる。時間Ｔ７において、分析用の第２のイオントラップ３内部に存在する全イオン集団が分析用の第２のイオントラップ３から放出される。時間差Ｔ６−Ｔ５の存在により、分析用の第２のイオントラップ３内部に存在するＭ１からＭ２の範囲内の質量対電荷比を有するイオンが、分析用の第２のイオントラップ３からのイオンの放出・出現前に、第２のイオントラップ３内部に存在するバッファーガス（緩衝ガス）との衝突による熱エネルギー近傍まで冷却されるのに十分な時間が確保される。

次の時間Ｔ７において、第２のイオントラップ３内部の条件が変化して、Ｍ２よりも大きな質量対電荷比を有するイオンが安定化して、第２のイオントラップ３内に留まる。

次の時間Ｔ８において、第１のイオントラップ２内の条件が変化して、イオン放出あるいはイオン出現を支配する一つ以上のパラメータが所定値まで迅速にスキャンされ、Ｍ２からＭ３の範囲内の質量対電荷比を有するイオンが、第１のイオントラップ２から放出される、あるいは、第１のイオントラップから出現する。第１のイオントラップ２内の条件は、次の時間Ｔ９まで同じ条件に保たれる。時間Ｔ９において、分析対象となる最も高い質量電荷比Ｍ３を有するイオンがすべて上流側の貯蔵用の第１のイオントラップ２から放出される、あるいは、第１のイオントラップ２から出現する。

次の時間Ｔ１０において、分析用の第２のイオントラップ３の最後となる３回目の分析スキャンが開始される。第２のイオントラップ３の３回目の分析スキャンは、次の時間Ｔ１１まで続けられる。時間Ｔ１１において、分析用の第２のイオントラップ３内部に存在する全イオン集団が分析用の第２のイオントラップ３から放出される。これにより、分析対象となる全範囲の質量対電荷比の分析が完了する。時間差Ｔ１０−Ｔ９の存在により、分析用の第２のイオントラップ３内部に存在するＭ２からＭ３の範囲内の質量対電荷比を有するイオンが、分析用の第２のイオントラップ３からのイオンの放出・出現前に、第２のイオントラップ３内部に存在するバッファーガス（緩衝ガス）との衝突による熱エネルギー近傍まで冷却されるのに十分な時間が確保される。

図３に示した実施形態では、第１のイオントラップ２および第２のイオントラップ３のスキャンは３回ずつ実行されている。ただし、第１のイオントラップ２および第２のイオントラップ３のスキャンを実行する回数は３回でなくてもよく、他の回数でもよい。たとえば、第１のイオントラップ２および第２のイオントラップ３のスキャンを２回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、１１回、１２回、１３回、１４回、１５回、１６回、１７回、１８回、１９回、２０回、あるいはそれ以上の回数、実行してもよい。

分析用の第２のイオントラップ３から質量選択的にイオンが放出・スキャンされる際に、分析用の第２のイオントラップ３内部に存在するイオンの質量対電荷比の範囲および／あるいはイオンの数を限定する実施形態が望ましい。これにより、分析スキャンの際のイオン集団が、全分析スキャン期間に分析される総イオン数に比べて、小さくなる。この手法では、大きなイオン集団全体が分析できると同時に空間電荷の影響により第２のイオントラップ３の分析性能が劣化することがないため、分析用の第２のイオントラップ３のダイナミックレンジを拡大することができる。

以下に図４を参照して説明する他の実施形態において、第１のイオントラップ２からの質量選択的なイオンの放出の際に、第１のイオントラップ２から分析用の第２のイオントラップ３へのイオンの透過を変化させたり、制御・制限したりするようにしてもよい。これにより、分析用の第２のイオントラップ３の分析スキャンの際に、あるいは、分析スキャンの前に、第２のイオントラップ３に入るイオン集団を、質量対電荷比に依存して、制御、限定、制限することができる。たとえば、比較的存在度が高い質量対電荷比を有するイオンを区別することにより、分析用の第２のイオントラップ３のダイナミックレンジをさらに拡大することが可能である。この場合には、存在度が高いイオンの上流側イオントラップ２から分析用の第２のイオントラップ３への透過率を、存在度が低いイオンの透過率よりも低く設定するようにしてもよい。

質量あるいは質量対電荷比に依存して上流側のイオントラップ２から放出されるイオン集団の減衰を、不連続的な段階的動作モードで実行するようにしてもよいし、あるいは、連続的なスキャン動作モードで実行するようにしてもよい。

一つの実施形態において、減衰レンズ１７あるいはそれに類する装置を第１のイオントラップ２と分析用の第２のイオントラップ３との間に備えるようにしてもよい。減衰レンズ１７あるいはそれに類する装置を用いることにより、分析スキャンの際に、第１のイオントラップ２から放出され、あるいは、出現して、第２のイオントラップ３に伝達されるイオンの透過を連続的に調節することが可能である。

減衰レンズ１７あるいはそれに類する装置の一つの実施例として、たとえば米国特許ＵＳ−６８７８９２９に開示されるような偏向静電レンズあるいはフォーカス（合焦）／デフォーカス（焦点ずらし）静電レンズを備える構成でもよい。

減衰レンズ１７あるいはそれに類する装置の別の実施例として、第１のイオントラップと第２のイオントラップ３との間に、比較的高速の静電ゲートあるいはシャッターを配置して、ゲートあるいはシャッターのスイッチが入っている比較的短い期間、第２のイオントラップ３へのイオンの入射を停止する構成でもよい。静電ゲートあるいはシャッターのスイッチが切られている比較的短い期間、第２のイオントラップ３へのイオンの入射が可能になる。ゲートあるいはシャッターのマークスペース比（ｍａｒｋｓｐａｃｅｒａｔｉｏ）を１００％（イオンをすべて透過させる）と０％（実質的にイオンを透過させない）の間で変更可能である。ゲートあるいはシャッターを用いることにより、分析スキャンの際に各範囲の質量対電荷比に対するイオントラップの総充填時間の動的制御が可能になる。

第２のイオントラップ３の下流にイオン検出器１８を配置するようにしてもよい。第２のイオントラップ３の分析スキャンを実行する前に、第１のイオントラップ２をスキャンして、実験の際に存在している可能性が高い総電荷量を確認するようにしてもよい。動作モードにおいて、第１のイオントラップ２から質量選択的にイオンを放出させて、イオン検出器１８に直接入射させることにより、初期質量スペクトルを得ることができる、および／あるいは、初期定量を実行することができる。この動作モードで、高透過率のリニアイオンガイドとして第２のイオントラップ３を作動させる。質量スペクトルにより、第１のイオントラップ２および第２のイオントラップ３の分析スキャンの際に第２のイオントラップ３内部にトラップするべき所望の最大イオン集団を推定することが可能になる。この情報を利用して、第２のイオントラップ３が空間電荷飽和の影響を受けることがないように、分析スキャンの際の、第１のイオントラップ２と第２のイオントラップ３との間のイオン透過を調節することも可能である。

また、他の方法を用いて、第１のイオントラップ２により生成される質量スペクトルを記録するようにしてもよい。たとえば、第１のイオントラップ２の望ましくは下流に配置される飛行時間型質量分析器を含むハイブリッド質量分析計の一部として、第１のイオントラップ２を構成するようにしてもよい。この構成では、第１のイオントラップ２から放出されるイオンを下流の質量分析器に向かわせて分析を実行するようにしてもよい。

他にもさまざまな実施形態が考えられる。一つの実施形態として、第１のイオントラップ２と第２のイオントラップ３との間に、非破壊あるいは主に非破壊のイオン検出器あるいはセンサー装置を配置させる構成も可能である。２つのイオントラップ２および３の間に配置される高透過性のグリッド等に入射されるイオンの割合に応じて生成される信号、あるいは、センサー装置からの信号を用いて、分析用の第２のイオントラップ３のスキャンの前に、あるいは、スキャンの際に、第１のイオントラップ２から放出されるイオン集団をモニターするようにしてもよい。この情報を利用して、分析用の第２のイオントラップ３に入射されるイオン集団を、時間の関数として調節することも可能である。

本発明の別の実施形態として、質量選択的不安定性、共鳴放出、パラメトリックまたは非線形共鳴励起、非共鳴放出など、さまざまな手法により、第１のイオントラップ２および／あるいは第２のイオントラップ３から質量選択的にイオンを放出するものとしてもよい。イオンは、第１のイオントラップ２および／あるいは第２のイオントラップ３から、軸方向および／あるいは放射方向に放出されるものでもよい。さらに別の実施形態として、一つあるいは複数のティックル電圧を第１のイオントラップ２および／あるいは第２のイオントラップ３の少なくとも一部の電極に印加して、第１のイオントラップ２および／あるいは第２のイオントラップ３から質量選択的にイオンを放出するものとしてもよい。

直列に配置される２個のイオントラップ２および３を備える構成を本発明の実施例として説明したが、直列および／あるいは並列に配置される３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、あるいはそれ以上の数のイオントラップを備える構成としてもよい。

以上、本発明をその好適な実施例を参照して詳述したが、本発明は上記の実施例や実施形態に限られるものではなく、当業者には自明のことであるが、特許請求の範囲に記載される本発明の要旨を逸脱しない範囲において、種々の形態および態様において実施することが可能である。

Claims

質量分析計であって、
第１の複数の電極を有する第１の質量選択的イオントラップと、
第２の複数の電極を有する第２の質量選択的イオントラップで、前記第１の質量選択的イオントラップの下流側に配置される第２の質量選択的イオントラップと、
前記第１のイオントラップ内へのイオンをパルス状にする装置であるイオンゲートであって、当該イオンは、使用に際して、前記第１のイオントラップ内に存在するバッファガス分子との衝突による熱エネルギー近傍まで冷却するために、前記第１のイオントラップ内に存在するように配置されている装置であるイオンゲートと、
を備え、
動作モード下で、前記第１のイオントラップ中に、あるいは、前記第１のイオントラップ内部に、初期時間Ｔ０において、貯蔵またはトラップされるようにイオン群を設定し、
さらに、
制御システムであって、
（ｉ）第１スキャンの間、前記第１のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、前記第１のイオントラップを制御し、前記第１のイオントラップから質量選択的に放出される、および／あるいは、前記第１のイオントラップから出現する前記イオンの少なくとも一部を、次に、前記第２のイオントラップが受け取り、前記第２のイオントラップ中に、あるいは、前記第２のイオントラップ内部に貯蔵またはトラップするように、前記第１のイオントラップを制御し、
（ｉｉ）第２スキャンの間、前記第２のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、前記第２のイオントラップを制御し、
かつ、前記第２のスキャンは、前記第１のスキャンが完了してから開始されるように構成される制御システムを備える、
質量分析計。
請求項１に記載の質量分析計であって、
前記第１スキャンが時間Ｔ１ｓｔａｒｔで開始され、その後の時間Ｔ１ｅｎｄで完了し、また、前記第２スキャンが時間Ｔ２ｓｔａｒｔで開始され、その後の時間Ｔ２ｅｎｄで完了し、
Ｔ２ｅｎｄ＞Ｔ２ｓｔａｒｔ＞Ｔ１ｅｎｄ＞Ｔ１ｓｔａｒｔ
の関係を満たす質量分析計。
請求項１に記載の質量分析計であって、
前記制御システムが、さらに、
（ｉ）第３スキャンの間、前記第１のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、前記第１のイオントラップを制御し、前記第１のイオントラップから質量選択的に放出される、および／あるいは、前記第１のイオントラップから出現する前記イオンの少なくとも一部を、次に、前記第２のイオントラップが受け取り、前記第２のイオントラップ中に、あるいは、前記第２のイオントラップ内部に貯蔵またはトラップするように制御し、
（ｉｉ）第４スキャンの間、前記第２のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように前記第２のイオントラップを制御するように、構成される、
質量分析計。
請求項３記載の質量分析計であって、
前記第３スキャンが時間Ｔ３ｓｔａｒｔで開始され、その後の時間Ｔ３ｅｎｄで完了し、また、前記第４スキャンが時間Ｔ４ｓｔａｒｔで開始され、その後の時間Ｔ４ｅｎｄで完了し、
Ｔ４ｅｎｄ＞Ｔ４ｓｔａｒｔ＞Ｔ３ｅｎｄ＞Ｔ３ｓｔａｒｔ
の関係を満たし、
（ａ）前記第３スキャンの持続時間Ｔ３ｅｎｄ−Ｔ３ｓｔａｒｔが、
（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される、および／あるいは、
（ｂ）前記第４スキャンの持続時間Ｔ４ｅｎｄ−Ｔ４ｓｔａｒｔが、
（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される、および／あるいは、
（ｃ）前記第３スキャンの開始から前記第４スキャンの完了までを測定した前記第３スキャンと前記第４スキャンとの合計持続時間Ｔ４ｅｎｄ−Ｔ３ｓｔａｒｔが、
（ｉ）１ミリ秒より短い値、（ｉｉ）１から１０ミリ秒の範囲の値、（ｉｉｉ）１０から２０ミリ秒の範囲の値、（ｉｖ）２０から３０ミリ秒の範囲の値、（ｖ）３０から４０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉ）４０から５０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉ）５０から６０ミリ秒の範囲の値、（ｖｉｉｉ）６０から７０ミリ秒の範囲の値、（ｉｘ）７０から８０ミリ秒の範囲の値、（ｘ）８０から９０ミリ秒の範囲の値、（ｘｉ）９０から１００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉ）１００から２００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｉｉ）２００から３００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｖ）３００から４００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖ）４００から５００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉ）５００から６００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉ）６００から７００ミリ秒の範囲の値、（ｘｖｉｉｉ）７００から８００ミリ秒の範囲の値、（ｘｉｘ）８００から９００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘ）９００から１０００ミリ秒の範囲の値、（ｘｘｉ）１から２秒の範囲の値、（ｘｘｉｉ）２から３秒の範囲の値、（ｘｘｉｉｉ）３から４秒の範囲の値、（ｘｘｉｖ）４から５秒の範囲の値、および（ｘｘｖ）５秒より長い値、からなる群から選択される、
質量分析計。
請求項１ないし請求項４のいずれか一項に記載の質量分析計であって、
（ａ）第１の時間Ｔ０からＴ１の間に、Ｍ０からＭ１の範囲内のイオンが前記第１のイオントラップから放出される、および／あるいは、
（ｂ）第２の時間Ｔ２からＴ３の間に、Ｍ０からＭ１の範囲内のイオンが前記第２のイオントラップから放出される、および／あるいは、
（ｃ）第３の時間Ｔ４からＴ５の間に、Ｍ１からＭ２の範囲内のイオンが前記第１のイオントラップから放出される、および／あるいは、
（ｄ）第４の時間Ｔ６からＴ７の間に、Ｍ１からＭ２の範囲内のイオンが前記第２のイオントラップから放出される、および／あるいは、
（ｅ）第５の時間Ｔ８からＴ９の間に、Ｍ２からＭ３の範囲内のイオンが前記第１のイオントラップから放出される、および／あるいは、
（ｆ）第６の時間Ｔ１０からＴ１１の間に、Ｍ２からＭ３の範囲内のイオンが前記第２のイオントラップから放出され、
ここで、Ｔ１１＞Ｔ１０＞Ｔ９＞Ｔ８＞Ｔ７＞Ｔ６＞Ｔ５＞Ｔ４＞Ｔ３＞Ｔ２＞Ｔ１＞Ｔ０の関係、および／あるいは、
Ｍ３＞Ｍ２＞Ｍ１＞Ｍ０の関係を満たす、
質量分析計。
請求項１ないし請求項５のいずれか一項に記載の質量分析計であって、
前記初期時間Ｔ０において、および／あるいは、その後の所定時間ΔＴの間に、前記第２のイオントラップに実質上イオンが存在しない質量分析計。
請求項１ないし請求項６のいずれか一項に記載の質量分析計であって、
前記第１のイオントラップおよび前記第２のイオントラップのうち、少なくとも一方が、
一つあるいは複数の第１の電極を備えるイオンガイドまたはイオントラップと、
前記第１の電極の下流側に配置される一つあるいは複数の出口電極と、
動作モード下で、前記イオンガイドまたはイオントラップ内部にイオンをトラップし、また、複数サイクルの操作を実行するように構成される制御手段であって、各操作サイクルにおいて、第１の時間Ｔｅの間、少なくとも一部のイオンを活性化して、前記イオンガイドまたはイオントラップから抜け出させ、その後、第２の時間Ｔｃの間、前記イオンガイドまたはイオントラップからイオンが抜け出るのを実質的に防ぐように構成される制御手段と、
を備え、
前記制御手段は、さらに、前記複数サイクルの操作が実行されている間、前記イオンガイドまたはイオントラップへのイオンの実質的な侵入を防ぎ、それに続く操作サイクルにおいて前記第１の時間Ｔｅの長さあるいは幅を変動させるように構成される
質量分析計。
請求項１ないし請求項７のいずれか一項に記載の質量分析計であって、
前記第１のイオントラップが、前記第２のイオントラップよりも、使用時のイオン貯蔵能力が高い、または、イオン電荷が大きい、あるいは、使用時のイオン貯蔵能力が高くなるように、または、イオン電荷が大きくなるように運転される
質量分析計。
請求項１ないし請求項８のいずれか一項に記載の質量分析計であって、
動作モード下で、前記第２のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数が、前記第１のイオントラップ内部に存在するイオンの総電荷および／あるいはイオンの総数よりも実質的に低くなるように構成される
質量分析計。
請求項１ないし請求項９のいずれか一項に記載の質量分析計であって、
動作モード下で、前記第２トラップの質量分解能あるいは質量対電荷比分解能Ｒ２は、前記第１トラップの質量分解能あるいは質量対電荷比分解能Ｒ１よりも実質的に高い、あるいは、実質的に高くなるように構成される
質量分析計。
請求項１ないし請求項１０のいずれか一項に記載の質量分析計であって、
前記動作モード下で前記第１のイオントラップを操作することにより、第１の質量対電荷比を有するイオンが、第１時間窓以内に、前記第１のイオントラップから出現するように構成される、あるいは、出現する可能性があり、また、同じ第１の質量対電荷比を有するイオンが、次に続く第２時間窓以内に、前記第２のイオントラップから出現するように構成される、あるいは、出現する可能性があり、
前記第１時間窓が第１の幅を有し、前記第２時間窓が第２の幅を有し、前記第２の幅が前記第１の幅よりも実質的に狭い
質量分析計。
請求項１ないし請求項１１のいずれか一項に記載の質量分析計であって、
前記制御システムは、ある瞬間において、第１上限閾値Ｍ１ｍａｘおよび第１下限閾値Ｍ１ｍｉｎとの間の質量または質量対電荷比を有するイオンを質量選択的に放出させるように構成され、また、前記制御システムは、ある瞬間において、第２上限閾値Ｍ２ｍａｘおよび第２下限閾値Ｍ２ｍｉｎとの間の質量または質量対電荷比を有するイオンを質量選択的に放出させるように構成され、Ｍ１ｍａｘ−Ｍ１ｍｉｎ＞Ｍ２ｍａｘ−Ｍ２ｍｉｎの関係を満たす
質量分析計。
請求項１ないし請求項１２のいずれか一項に記載の質量分析計であって、
質量選択的不安定性、共鳴放出、パラメトリックまたは非線形共鳴励起、あるいは非共鳴放出のいずれかの手法により、前記第１のイオントラップから、および／あるいは、前記第２のイオントラップから、質量選択的に、または、質量対電荷比選択的に、イオンを放出させる、
質量分析計。
質量分析法であって、
第１の複数の電極を有する第１の質量選択的イオントラップと、第２の複数の電極を有する第２の質量選択的イオントラップで、前記第１の質量選択的イオントラップの下流側に配置される第２の質量選択的イオントラップと、を準備する工程と、
前記第１のイオントラップ内に存在するバッファガス分子との衝突による熱エネルギー近傍まで冷却するために、前記第１のイオントラップ内にイオンが存在するように、前記第１のイオントラップ内へのイオンをパルス状に放出する工程と、
前記第１のイオントラップ中に、あるいは、前記第１のイオントラップ内部に、初期時間Ｔ０において、貯蔵またはトラップされるようにイオン群を設定する工程と、
第１スキャンの間、前記第１のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、前記第１のイオントラップを制御し、前記第１のイオントラップから質量選択的に放出される、および前記第１のイオントラップから出現する前記イオンの少なくとも一部を、次に、前記第２のイオントラップが受け取り、前記第２のイオントラップ中に、あるいは、前記第２のイオントラップ内部に貯蔵またはトラップするように、前記第１のイオントラップを制御する工程と、
前記第１のスキャンが完了してから開始される第２スキャンの間、前記第２のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、前記第２のイオントラップを制御する工程と
を備える質量分析法。
コンピュータにより実行可能な命令が記憶されるコンピュータ読み取り可能な媒体であって、
第１の質量選択的イオントラップと前記第１の質量選択的イオントラップの下流側に配置される第２の質量選択的イオントラップとを備える質量分析計の制御システムにより、前記命令が実行可能なように構成され、
前記命令に従って、制御システムが、
（ｉ）前記第１のイオントラップ内に存在するバッファガス分子との衝突による熱エネルギー近傍まで冷却するために、前記第１のイオントラップ内にイオンが存在するように、前記第１のイオントラップ内へのイオンをパルス状に放出し、
（ｉｉ）前記第１のイオントラップ中に、あるいは、前記第１のイオントラップ内部に、初期時間Ｔ０において、貯蔵またはトラップされるようにイオン群を設定し、
（ｉｉｉ）
第１スキャンの間、前記第１のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、前記第１のイオントラップを制御し、前記第１のイオントラップから質量選択的に放出される、および前記第１のイオントラップから出現する前記イオンの少なくとも一部を、次に、前記第２のイオントラップが受け取り、前記第２のイオントラップ中に、あるいは、前記第２のイオントラップ内部に貯蔵またはトラップするように、前記第１のイオントラップを制御し、
（ｉｖ）前記第１のスキャンが完了してから開始される第２スキャンの間、前記第２のイオントラップから外に少なくとも一部のイオンが質量選択的に放出されるように、前記第２のイオントラップを制御する
よう動作するコンピュータ読み取り可能な媒体。