JP2022530537A - レニウムキレート化mag3オリゴヌクレオチドを調製するための新規の方法 - Google Patents
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Abstract
Description
「カップリング試薬」という用語は、カルボン酸と、アミン、アルコール、又はチオールなどとの2つの有機分子の共有結合を可能にする化合物を意味する。さらに本発明の文脈において、カップリング試薬は、カルボン酸がアミンにカップリングするカップリング反応を補助することができる化合物を意味する。カップリング試薬は、水溶性HCl塩として使用することができる。EDCは、他のカルボジイミドの例である。EDCの副産物は水溶性であり、水性ワークアップによって簡単に除去することができる。他のカップリング試薬の例は、DCC(N,N’-ジシクロヘキシルカルボジイミド)、DIC(N,N’-ジイソプロピルカルボジイミド)、EDC(1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド)、EDC-HCl(1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド-HCl)、BOP、PyBOP((ベンゾトリアゾール-1-イル-オキシトリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスファート)、PyBrOP(ブロモトリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスファート)、TBTU(2-(1H-ベンゾトリアゾール-1-イル)-1,1,3,3-テトラメチルアミニウムテトラフルオロボレート)、TSTU(N,N,N’,N’-テトラメチル-O-(N-スクシンイミジル)ウロニウムテトラフルオロボレート)、TNTU(O-(ビシクロ[2.2.1]ヘプタ-5-エン-2,3-ジカルボキシイミド)-N,N,N’,N’-テトラメチルウロニウムテトラフルオロボレート)、T3P(2,4,6-トリプロピル-1,3,5,2,4,6-トリオキサトリホスホリナン-2,4,6-トリオキシド)、HCTU(O-(6-クロロベンゾトリアゾール-1-イル)-N,N,N’,N’-テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスファート)、TATU、HATU(N-[(ジメチルアミノ)-1H-1,2,3-トリアゾロ-[4,5-b]ピリジン-1-イルメチレン]-N-メチルメタンアミニウムヘキサフルオロホスファートN-オキシド)、DMTMM(4-(4,6-ジメトキシ-1,3,5-トリアジン-2-イル)-4-メチルモルホリニウムクロリド)、CDI(1,1’-カルボニルジイミダゾール)などである。
本明細書で用いられる「オリゴヌクレオチド」という用語は、2つ以上の共有結合したヌクレオシドを含む分子として当業者に一般に理解されるように定義される。このような共有結合したヌクレオシドはまた、核酸分子又はオリゴマーとも称されうる。オリゴヌクレオチドは、通常、固相化学合成と、その後の精製によって研究室内で作製される。オリゴヌクレオチドの配列に言及する場合には、共有結合したヌクレオチド又はヌクレオシドの核酸塩基部分の配列又は順序、若しくはその修飾が言及される。本発明のオリゴヌクレオチドは、人工のものであり、化学的に合成され、通常は精製又は単離される。本発明のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾ヌクレオシド又はヌクレオチドを含みうる。
本明細書で用いられる「アンチセンスオリゴヌクレオチド」という用語は、標的核酸、特に標的核酸上の連続配列にハイブリダイズすることによって標的遺伝子の発現を調節することができるオリゴヌクレオチドとして定義される。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、本質的に二本鎖ではなく、したがってsiRNA又はshRNAではない。好ましくは、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは一本鎖である。本発明の単鎖オリゴヌクレオチドは、自己内又は自己間の相補性の程度がオリゴヌクレオチドの全長にわたって50%未満である限り、ヘアピン又は分子間二重構造(同じオリゴヌクレオチドの2つの分子間の二重鎖)を形成することができるものと理解される。
本発明のオリゴマーは、修飾された糖部分、すなわち、DNA及びRNAに見られるリボース糖部分と比較して、糖部分が修飾された1つ以上のヌクレオシドを含みうる。
2’糖修飾ヌクレオシドは、2’位にH又は-OH以外の置換基を有するか(2’置換ヌクレオシド)、又は2’炭素とリボース環上の第2の炭素との間に架橋を形成することができる2’結合ビラジカルを含むヌクレオシド、例えばLNA(2’-4’ビラジカル架橋)ヌクレオシドである。
「LNAヌクレオシド」は、前記ヌクレオシドのリボース糖環のC2’及びC4’を結合するビラジカル結合(「2’-4’架橋」とも呼ばれる)を含む、2’-修飾ヌクレオシドであり、これはリボース環の立体配座を制限又は固定する。これらのヌクレオシドはまた、文献において、架橋核酸又は二環式核酸(BNA)とも称されている。リボースの立体配座の固定は、LNAが相補的RNA又はDNA分子のオリゴヌクレオチドに組み込まれる場合、ハイブリダイゼーションの親和性の向上(二重鎖の安定化)に関連している。これは、オリゴヌクレオチド/相補二重鎖の融解温度を測定することによって、日常的に決定することができる。
一態様では、本発明は、式(III)の化合物の調製方法に関し、該方法は、
a)式(I)の化合物:
[式中、RはH又はチオール保護基である]
を、溶媒中でレニウム錯体の前駆体と反応させて、式(II)の化合物:
を得るステップ、
b)N-ヒドロキシスクシンイミドをカップリング試薬とともに加えて、式(III)の化合物:
を得るステップ
を含み、
ここで、ステップa)及びb)は、ワンポット反応で行われる。
c)式(I)の化合物:
[式中、Rは、Hであるか、又はアセチル(Ac)及びベンゾイル(Bz),からなる群より選択されるチオール保護基である]
を、ReOCl3(PPh3)2と、
体積比約1:1のDMF:MeOH中で反応させて、式(II)の化合物:
を得るステップ、
d)N-ヒドロキシスクシンイミドをEDC-HClとともに加えて、式(III)の化合物を得るステップ:
c)アミノオリゴヌクレオチドを塩基とともに加えて、式(IV)の化合物:
を得るステップ
を含み、
ここで、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの2’糖修飾ヌクレオシド又はLNAヌクレオシドを含む。
[式中、RはH又はチオール保護基である]
を、溶媒中でレニウム錯体の前駆体と反応させて、式(II)の化合物:
を得るステップ、
b)N-ヒドロキシスクシンイミドをカップリング試薬とともに加えて、式(III)の化合物:
を得るステップ
を含み、
ここで、ステップa)及びb)はワンポット反応で行われる、
式(III)の化合物の調製方法。
[式中、Rは、アセチル(Ac)及びベンゾイル(Bz)からなる群より選択されるチオール保護基である]
を、ReOCl3(PPh3)2と、
体積比約1:1のDMF:MeOH中で反応させて、式(II)の化合物:
を得るステップ、
b)N-ヒドロキシスクシンイミドをEDC-HClとともに加えて、式(III)の化合物:
を得るステップ、
c)アミノオリゴヌクレオチドを塩基とともに加えて、式(IV)の化合物:
を得るステップ
を含み、
ここで、オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つの2’糖修飾ヌクレオシド又はLNAヌクレオシドを含み、かつ、ステップa)、b)、及びc)がワンポット反応で行われる、
実施態様1から12のいずれかに記載の方法。
Claims (17)
- ステップa)、b)、及びc)がワンポット反応で行われる、請求項2に記載の方法。
- レニウム錯体の前駆体が、ReOCl3(PPh3)2、Re(NPh)Cl3(PPh3)2、ReO2(PPh3)2I、及びRe(NPh)Cl3(PPh3)2からなる群より選択される、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
- レニウム錯体の前駆体がReOCl3(PPh3)2である、請求項4に記載の方法。
- Rが、アセチル(Ac)、ベンゾイル(Bz)、ベンジル(Bn)、β-メトキシエトキシメチルエーテル(MEM)、ジメトキシトリチル(又はビス-(4-メトキシフェニル)フェニルメチル)(DMT)、トリメトキシトリチル(又はトリス-(4-メトキシフェニル)フェニルメチル)(TMT)、メトキシメチルエーテル(MOM)、メトキシトリチル[(4-メトキシフェニル)ジフェニルメチル(MMT)、p-メトキシベンジルエーテル(PMB)、メチルチオメチルエーテル、ピバロイル(Piv)、テトラヒドロピラニル(THP)、テトラヒドロフラン(THF)、トリチル又はトリフェニルメチル(Tr)、シリルエーテル(例えば、トリメチルシリル(TMS)、tert-ブチルジメチルシリル(TBDMS)、トリ-イソ-プロピルシリルオキシメチル(TOM)及びトリイソプロピルシリル(TIPS)エーテル)、並びにメチルエーテル及びエトキシエチルエーテル(EE)からなる群より選択されるチオール保護基である、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。
- Rが、アセチル(Ac)及びベンゾイル(Bz)からなる群より選択されるチオール保護基である、請求項6に記載の方法。
- ステップa)の溶媒が、極性非プロトン性溶媒と極性プロトン性溶媒との混合物である、請求項1から7のいずれか一項に記載の方法。
- DMF:MeOHが約1:1の体積比である、請求項8に記載の方法。
- 塩基がステップa)でさらに用いられる、請求項1から9のいずれか一項に記載の方法。
- 塩基がNaOMeである、請求項10に記載の方法。
- a)式(I)の化合物:
[式中、Rは、Hであるか、アセチル(Ac)及びベンゾイル(Bz)からなる群より選択されるチオール保護基である]
を、ReOCl3(PPh3)2と、
体積比約1:1のDMF:MeOH中で反応させて、式(II)の化合物:
を得るステップ、
b)N-ヒドロキシスクシンイミドをEDC-HClとともに加えて、式(III)の化合物:
を得るステップ、
c)アミノオリゴヌクレオチドを塩基とともに加えて、式(IV)の化合物:
を得るステップ
を含み、
ここで、オリゴヌクレオチドが、少なくとも1つの2’糖修飾ヌクレオシド又はLNAヌクレオシドを含み、かつ、ステップa)、b)、及びc)がワンポット反応で行われる、
請求項1から11のいずれか一項に記載の方法。 - オリゴヌクレオチドがアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項1から12のいずれか一項に記載の方法。
- アンチセンスオリゴヌクレオチドが、少なくとも1つの2’糖修飾ヌクレオシド又はLNAヌクレオシドを含む、請求項13に記載の方法。
- カップリング試薬が、DCC(N,N’-ジシクロヘキシルカルボジイミド)、DIC(N,N’-ジイソプロピルカルボジイミド)、EDC(1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド)、EDC-HCl(1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド-HCl)、BOP、PyBOP((ベンゾトリアゾール-1-イル-オキシトリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスファート)、PyBrOP(ブロモトリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスファート)、TBTU(2-(1H-ベンゾトリアゾール-1-イル)-1,1,3,3-テトラメチルアミニウムテトラフルオロボレート)、TSTU(N,N,N’,N’-テトラメチル-O-(N-スクシンイミジル)ウロニウムテトラフルオロボレート)、TNTU(O-(ビシクロ[2.2.1]ヘプタ-5-エン-2,3-ジカルボキシイミド)-N,N,N’,N’-テトラメチルウロニウムテトラフルオロボレート)、T3P(2,4,6-トリプロピル-1,3,5,2,4,6-トリオキサトリホスホリナン-2,4,6-トリオキシド)、HCTU(O-(6-クロロベンゾトリアゾール-1-イル)-N,N,N’,N’-テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスファート)、TATU、HATU(N-[(ジメチルアミノ)-1H-1,2,3-トリアゾロ-[4,5-b]ピリジン-1-イルメチレン]-N-メチルメタンアミニウムヘキサフルオロホスファートN-オキシド)及びDMTMM(4-(4,6-ジメトキシ-1,3,5-トリアジン-2-イル)-4-メチルモルホリニウムクロリド)、CDI(1,1’-カルボニルジイミダゾール)であるカップリング試薬からなる群より選択される、請求項1から14のいずれか一項に記載の方法。
- カップリング試薬が、EDC-HCl(1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド-HCl)である、請求項15に記載の方法。
- 前述の発明。
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