JP2022528030A - 多機能性融合タンパク質及びその使用 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2019年1月7日に出願された米国仮特許出願第62/789212号の米国特許法第119条(e)に基づく優先権を主張するものであり、その仮特許出願の全体は参照により本明細書に援用される。
別途定義されない限り、本明細書において使用される全ての技術用語と科学用語は本発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解される意味と同じ意味を有する。本明細書に記載される方法及び材料と類似又は同等のどの方法及び材料も本発明の試験の実施に使用可能であるが、本明細書に記載される材料及び方法は好ましい材料及び方法である。本発明の説明と請求では以下の用語が使用される。
本開示を通じて、範囲形式で本発明の様々な態様が提示され得る。範囲形式での記述は、単に簡便性及び簡潔性を理由としていることが理解されるべきであり、その記述は本発明の範囲を確固として限定することと解釈されるべきではない。よって、範囲の記述は、その範囲内の個々の数値と同様に全ての可能な小範囲を具体的に開示していると考えられるべきである。例えば、1~6などの範囲の記述は、1~3、1~4、1~5、2~4、2~6、3~6等のような小範囲、並びにその範囲内の個々の数(例えば1、2、2.7、3、4、5、5.3、及び6)を具体的に開示していると考えられるべきである。このことは、範囲の大きさと無関係に適用される。
融合タンパク質が提供される。幾つかの例示的な実施形態では、融合タンパク質の上記第1構成要素は(融合タンパク質内のvMIPIIペプチド又はV1ペプチド又はそれらの誘導体の結合を介して)ケモカイン受容体(例えば、CXCR4及び/又はCXCR7)を妨害し、この妨害が腫瘍細胞を動けないようにし、その移動性、浸潤性、転移性、及び他の腫瘍原性特性に支障をきたすように働く。上記融合タンパク質の上記第2構成要素は(融合タンパク質内のPD1又はその誘導体の結合を介して)上記腫瘍細胞上のチェックポイント阻害因子(例えば、PD-L1及び/又はPD-L2)を妨害し、この妨害が腫瘍指向性免疫エフェクター細胞、例えばNK細胞の阻害に支障をきたすように働く。上記融合タンパク質の上記第3構成要素は、(融合タンパク質内のFcγ又はその誘導体の結合を介して)同じ免疫エフェクター細胞上の活性化受容体、例えばFcγRIIIa受容体を刺激し、それによりNK細胞の活性化を引き起こし、ADCC及びADCPを促進する。
構成要素A及び/又は構成要素Bを含む融合タンパク質であって、
構成要素Aが、構成要素Y、構成要素Z2、及び構成要素Z3を含み、
構成要素Bが、構成要素X’、構成要素Z2’、及び構成要素Z3’を含む上記融合タンパク質が提供される。幾つかの実施形態では、構成要素Bは構成要素Z1’をさらに含む。したがって、幾つかの実施形態では、構成要素Bは、構成要素X’、構成要素Z1’、構成要素Z2’、及び構成要素Z3’を含む。
構成要素Aは、構成要素Y、構成要素Z2、及び構成要素Z3を含む。
幾つかの実施形態では、構成要素Yは、リガンドドメイン、受容体ドメイン、scFvドメイン、又はリポカリンドメインを含む。その他の実施形態では、構成要素Yは、PD-1、TIGIT、CD96、CD112R、CD113、CD155、CD111、CD112、MHC-Iポリペプチド関連配列A(MICA)、NKG2A(CD94)、MICB、ULBP1~5、TIM-3、CD226、NECL2、CRTAM、CD80、CTLA-4、KIR2DL1/2/3、又はCD48の少なくとも一部を含む。
GWFLDSPDRPWNPPTFSPALLVVTEGDNATFTCSFSNTSESFVLNWYRMSPSNQTDKLAAFPEDRSQPGQDCRFRVTQLPNGRDFHMSVVRARRNDSGTYLCGAISLAPKAQIKESLRAELRVTERRAEVPTAHPSPSPRPAGQ
(配列番号1)ヒトPD-1細胞外ドメイン、GENBANK(登録商標)受入番号NM_005018.3
GWFLDSPDRPWNPPTFSPALLVVTEGDNATFTCSFSNTSESFHVVWHRESPSGQTDTLAAFPEDRSQPGQDCRFRVTQLPNGRDFHMSVVRARRNDSGTYVCGVISLAPKIQIKESLRAELRVTERRAEVPTAHPSPSPRPAGQ
(配列番号2)高親和性ヒトPD-1細胞外ドメイン
MMTGTIETTGNISAEKGGSIILQCHLSSTTAQVTQVNWEQQDQLLAICNADLGWHISPSFKDRVAPGPGLGLTLQSLTVNDTGEYFCIYHTYPDGTYTGRIFLEVLESSVAEHGARFQIP
(配列番号3)ヒトTIGIT細胞外ドメイン、GENBANK(登録商標)受入番号NM_173799.4
VWEKTVNTEENVYATLGSDVNLTCQTQTVGFFVQMQWSKVTNKIDLIAVYHPQYGFYCAYGRPCESLVTFTETPENGSKWTLHLRNMSCSVSGRYECMLVLYPEGIQTKIYNLLIQTHVTADEWNSNHTIEIEINQTLEIPCFQNSSSKISSEFTYAWSVENSSTDSWVLLSKGIKEDNGTQETLISQNHLISNSTLLKDRVKLGTDYRLHLSPVQIFDDGRKFSCHIRVGPNKILRSSTTVKVFAKPEIPVIVENNSTDVLVERRFTCLLKNVFPKANITWFIDGSFLHDEKEGIYITNEERKGKDGFLELKSVLTRVHSNKPAQSDNLTIWCMALSPVPGNKVWNISSEKITFLLGSEISSTDPPLSVTESTLDTQPSPASSVSPARYPATSSVTLVDVSALRPNTTPQPSNSSMTTRGFNYPWTSSGTDTKKSVSRIPSETYSSSPSGAGSTLHDNVFTSTARAFSEVPTTANGSTKTNHVHITGIVVNKPKDGM
(配列番号4)ヒトCD96細胞外ドメイン、GENBANK(登録商標)受入番号NM_198196.2
MGHRTLVLPWVLLTLCVTAGTPEVWVQVRMEATELSSFTIRCGFLGSGSISLVTVSWGGPNGAGGTTLAVLHPERGIRQWAPARQARWETQSSISLILEGSGASSPCANTTFCCKFASFPEGSWEACGSLPPSSDPGLSAPPTPAPILRAD
(配列番号5)ヒトCD112R細胞外ドメイン、GENBANK(登録商標)受入番号NM_024070.3
EEVLWHTSVPFAENMSLECVYPSMGILTQVEWFKIGTQQDSIAIFSPTHGMVIRKPYAERVYFLNSTMASNNMTLFFRNASEDDVGYYSCSLYTYPQGTWQKVIQVVQSDSFEAAVPSNSHIVSEPGKNVTLTCQPQMTWPVQAVRWEKIQPRQIDLLTYCNLVHGRNFTSKFPRQIVSNCSHGRWSVIVIPDVTVSDSGLYRCYLQASAGENETFVMRLTVAEGKTDNQYTLFVA
(配列番号6)ヒトCD226細胞外ドメイン、GENBANK(登録商標)受入番号NM_006566.3
QNLFTKDVTVIEGEVATISCQVNKSDDSVIQLLNPNRQTIYFRDFRPLKDSRFQLLNFSSSELKVSLTNVSISDEGRYFCQLYTDPPQESYTTITVLVPPRNLMIDIQKDTAVEGEEIEVNCTAMASKPATTIRWFKGNTELKGKSEVEEWSDMYTVTSQLMLKVHKEDDGVPVICQVEHPAVTGNLQTQRYLEVQYKPQVHIQMTYPLQGLTREGDALELTCEAIGKPQPVMVTWVRVDDEMPQHAVLSGPNLFINNLNKTDNGTYRCEASNIVGKAHSDYMLYVYDPPTTIPPPTTTTTTTTTTTTTILTIITDSRAGEEGSIRAVDH
(配列番号7)ヒトNECL2細胞外ドメイン、GENBANK(登録商標)受入番号NM_014333.3
PIIVEPHVTAVWGKNVSLKCLIEVNETITQISWEKIHGKSSQTVAVHHPQYGFSVQGEYQGRVLFKNYSLNDATITLHNIGFSDSGKYICKAVTFPLGNAQSSTTVTVLVEPTVSLIKGPDSLIDGGNETVAAICIAATGKPVAHIDWEGDLGEMESTTTSFPNETATIISQYKLFPTRFARGRRITCVVKHPALEKDIRYSFILDIQYAPEVSVTGYDGNWFVGRKGVNLKCNADANPPPFKSVWSRLDGQWPDGLLASDNTLHFVHPLTFNYSGVYICKVTNSLGQRSDQKVIYISDPPTTTTLQPTIQWHPSTADIEDLATEPKKLPFPLSTLATIKDD
(配列番号8)ヒトCD113細胞外ドメイン、GENBANK(登録商標)受入番号NM_015480.3
AEPHSLRYNLTVLSWDGSVQSGFLTEVHLDGQPFLRCDRQKCRAKPQGQWAEDVLGNKTWDRETRDLTGNGKDLRMTLAHIKDQKEGLHSLQEIRVCEIHEDNSTRSSQHFYYDGELFLSQNLETKEWTMPQSSRAQTLAMNVRNFLKEDAMKTKTHYHAMHADCLQELRRYLKSGVVLRRTVPPMVNVTRSEASEGNITVTCRASGFYPWNITLSWRQDGVSLSHDTQQWGDVLPDGNGTYQTWVATRICQGEEQRFTCYMEHSGNHSTHPVPSGKVLVLQSHW
(配列番号9)ヒトMICA(MHC-Iポリペプチド関連配列A)細胞外ドメイン、GENBANK(登録商標)受入番号NM_000247.3
リーダー配列の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
MKWVTFISLLFLFSSAYS
(配列番号10)ヒトアルブミンリーダー配列
ヒンジの例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
EPKSSDKTHTCPPCPAPELLGG
(配列番号11)ヒトIgGヒンジ
構成要素Z2の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
PSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCAVSNKALPAPIEKTISKAK
(配列番号12)IgG1
構成要素Z3の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
GQPREPQVCTLPPSRDELTKNQVSLWCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPGK
(配列番号13)IgG1
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:ヒトPD-1細胞外ドメイン;Yドメイン
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z2ドメイン
太線:IgG1 Z3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:高親和性ヒトPD-1細胞外ドメイン;Yドメイン
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z2ドメイン
太線:IgG1 Z3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:ヒトCD112R細胞外ドメイン;Yドメイン
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z2ドメイン
太線:IgG1 Z3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:高親和性ヒトTIGIT細胞外ドメイン;Yドメイン
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z2ドメイン
太線:IgG1 Z3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:ヒトCD96細胞外ドメイン;Yドメイン
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z2ドメイン
太線:IgG1 Z3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:ヒトCD226細胞外ドメイン;Yドメイン
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z2ドメイン
太線:IgG1 Z3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:ヒトNECL2細胞外ドメイン;Yドメイン
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z2ドメイン
太線:IgG1 Z3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:ヒトCD113細胞外ドメイン;Yドメイン
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z2ドメイン
太線:IgG1 Z3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:ヒトMICA細胞外ドメイン;Yドメイン
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z2ドメイン
太線:IgG1 Z3ドメイン
構成要素Bは、構成要素X’、構成要素Z2’、及び構成要素Z3’を含む。幾つかの実施形態では、構成要素X’は、ウイルス由来ペプチド、リガンド由来ペプチド、受容体由来ペプチド、又はHTS選択ペプチドを含む。幾つかの実施形態では、構成要素X’は、PD-1、TIGIT、CD96、CD112R、CD113、CD155、CD111、CD112、MHC-Iポリペプチド関連配列A(MICA)、NKG2A(CD94)、MICB、ULBP1~5、TIM-3、CD226、NECL2、CRTAM、CD80、CTLA-4、KIR2DL1/2/3、又はCD48の少なくとも一部を含む。
構成要素X’の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
WPPPGTGDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTHVSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPSEHSGMSRN
(配列番号24)ヒトCD155(ポリオウイルス受容体、PVR)細胞外ドメイン、GENBANK(登録商標)受入番号NM_006505.5
MMTGTIETTGNISAEKGGSIILQCHLSSTTAQVTQVNWEQQDQLLAICNADLGWHISPSFKDRVAPGPGLGLTLQSLTVNDTGEYFCIYHTYPDGTYTGRIFLEVLESSVAEHGARFQIP
(配列番号25)ヒトTIGIT(Igドメイン・ITIMドメイン含有T細胞免疫受容体)細胞外ドメイン、GENBANK(登録商標)受入番号NM_173799.4
LEDGYKVEVGKNAYLPCSYTLPTSGTLVPMCWGKGFCPWSQCTNELLRTDERNVTYQKSSRYQLKGDLNKGDVSLIIKNVTLDDHGTYCCRIQFPGLMNDKKLELKLDIKAAKVTPAQTAHGDSTTASPRTLTTERNGSETQTLVTLHNNNGTKISTWADEIKDSGETIR
(配列番号26)マウスTim-3細胞外ドメイン、GENBANK(登録商標)受入番号NM_134250.2
マウスTIM-3はヒトガラクチン-9に対して良好な結合性を有する。
PIIVEPHVTAVWGKNVSLKCLIEVNETITQISWEKIHGKSSQTVAVHHPQYGFSVQGEYQGRVLFKNYSLNDATITLHNIGFSDSGKYICKAVTFPLGNAQSSTTVTVLVEPTVSLIKGPDSLIDGGNETVAAICIAATGKPVAHIDWEGDLGEMESTTTSFPNETATIISQYKLFPTRFARGRRITCVVKHPALEKDIRYSFILDIQYAPEVSVTGYDGNWFVGRKGVNLKCNADANPPPFKSVWSRLDGQWPDGLLASDNTLHFVHPLTFNYSGVYICKVTNSLGQRSDQKVIYISDPPTTTTLQPTIQWHPSTADIEDLATEPKKLPFPLSTLATIKDD
(配列番号27)ヒトCD113細胞外ドメイン、GENBANK(登録商標)受入番号NM_015480.3
リーダー配列の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
MKWVTFISLLFLFSSAYS
(配列番号10)ヒトアルブミンリーダー配列
ヒンジの例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
EPKSSDKTHTCPPCPAPELLGG
(配列番号11)ヒトIgGヒンジ
構成要素Z2’の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
PSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCAVSNKALPAPIEKTISKAK
(配列番号12)IgG1
構成要素Z3’の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
GQPREPQVCTLPPSRDELTKNQVSLWCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPGK
(配列番号13)IgG1
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:ヒトCD155(ポリオウイルス受容体、PVR)細胞外ドメイン;X’ドメイン
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z’2ドメイン
太線:IgG1 Z’3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:ヒトTIGIT(Igドメイン・ITIMドメイン含有T細胞免疫受容体)細胞外ドメイン;X’ドメイン
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z’2ドメイン
太線:IgG1 Z’3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:マウスTIM-3細胞外ドメイン;X’ドメイン
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z’2ドメイン
太線:IgG1 Z’3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:ヒトCD113細胞外ドメイン;X’ドメイン
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z’2ドメイン
太線:IgG1 Z’3ドメイン
幾つかの実施形態では、構成要素Bは構成要素Z1’をさらに含む。したがって、幾つかの実施形態では、構成要素Bは、構成要素X’、構成要素Z1’、構成要素Z2’、及び構成要素Z3’を含む。
構成要素X’の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
LGASWHRPDKCCLGYQKRPLPQVLLSSWYPTSQLCSKPGVIFLTKRGRQVCADKSKDWVKKLMQQLPVTAR
(配列番号37)vMIPII、GENBANK(登録商標)受入番号YP_001129362
LGASWHRPDKCCLGYQKRPLP
(配列番号38)V1
LGASWHRPDKCALGYQKRPLP
(配列番号39)V1Δ
LGASWHRPDACALGYQKRPLP
(配列番号40)V1Δmut
LGASWHRPDKCCLGYQKRPLPQVLLSSWYPTSQL
(配列番号41)Vp1
LGASWHRPDKCALGYQKRPLPQVLLSSWYPTSQL
(配列番号42)Vp1Δ
LGASWHRPDACALGYQKRPLPQVLLSSWYPTSQL
(配列番号43)Vp1Δmut
リーダー配列の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
MKWVTFISLLFLFSSAYS
(配列番号10)ヒトアルブミンリーダー配列
構成要素Z1’の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
SSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVX
(配列番号45)
ヒンジの例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
EPKSSDKTHTCPPCPAPELLGG
(配列番号11)
構成要素Z2’の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
PSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCAVSNKALPAPIEKTISKAK
(配列番号12)
構成要素Z3’の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
GQPREPQVYTLPPSRCELTKNQVSLSCAVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLVSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVLHEALHSHYTQKSLSLSPGK
(配列番号48)
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:vMIPII
太波線:V1、V1Δ、及びV1Δmut間のアミノ酸の違い
太線:CH’
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z’2ドメイン
太線:IgG1 Z’3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:V1(V1はVMIPIIの最初の21アミノ酸である)
太波線:V1、V1Δ、及びV1Δmut間のアミノ酸の違い
太線:CH’
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z’2ドメイン
太線:IgG1 Z’3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:V1Δ(V1Δは、2つのV1ペプチドの二量体化を増強するアミノ酸11におけるCからAへの変異を有するV1である)
太波線:V1、V1Δ、及びV1Δmut間のアミノ酸の違い
太線:CH’
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z’2ドメイン
太線:IgG1 Z’3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:V1Δmut(V1ΔmutはV1と同じアミノ酸11におけるCからAへの変異を有するが、受容体結合を防止するアミノ酸9におけるKからAへの変異が加えられている)
太波線:V1、V1Δ、及びV1Δmut間のアミノ酸の違い
太線:CH’
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z’2ドメイン
太線:IgG1 Z’3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:Vp1(Vp1はvMIPIIの最初の34アミノ酸である)
太波線:V1、V1Δ、及びV1Δmut間のアミノ酸の違い
太線:CH’
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z’2ドメイン
太線:IgG1 Z’3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:Vp1Δ
太波線:V1、V1Δ、及びV1Δmut間のアミノ酸の違い
太線:CH’
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z’2ドメイン
太線:IgG1 Z’3ドメイン
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:Vp1Δmut
太波線:V1、V1Δ、及びV1Δmut間のアミノ酸の違い
太線:CH’
太字:IgG1ヒンジ領域
二重下線:IgG1 Z’2ドメイン
太線:IgG1 Z’3ドメイン
幾つかの実施形態では、融合タンパク質は構成要素Cをさらに含み、構成要素Cは構成要素X及び構成要素CL’を含む。
構成要素Xの例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
LGASWHRPDKCCLGYQKRPLPQVLLSSWYPTSQLCSKPGVIFLTKRGRQVCADKSKDWVKKLMQQLPVTAR
(配列番号37)vMIPII、GENBANK(登録商標)受入番号YP_001129362
LGASWHRPDKCCLGYQKRPLP
(配列番号38)V1
LGASWHRPDKCALGYQKRPLP
(配列番号39)V1Δ
LGASWHRPDACALGYQKRPLP
(配列番号40)V1Δmut
LGASWHRPDKCCLGYQKRPLPQVLLSSWYPTSQL
(配列番号41)Vp1
LGASWHRPDKCALGYQKRPLPQVLLSSWYPTSQL
(配列番号42)Vp1Δ
LGASWHRPDACALGYQKRPLPQVLLSSWYPTSQL
(配列番号43)Vp1Δmut
リーダー配列の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
MKWVTFISLLFLFSSAYS
(配列番号10)ヒトアルブミンリーダー配列
構成要素CL’の例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
KRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
(配列番号64)
斜体:ヒトアルブミンリーダー配列
波線:Vp1Δmut
太波線:V1、V1Δ、及びV1Δmut間のアミノ酸の違い
太線:CL’
幾つかの実施形態では、融合タンパク質は構成要素Dをさらに含み、構成要素Dは構成要素Q及び構成要素CLを含む。幾つかの実施形態では、構成要素Qは、PD-1、TIGIT、CD96、CD112R、CD113、CD155、CD111、CD112、MHC-Iポリペプチド関連配列A(MICA)、NKG2A(CD94)、MICB、ULBP1~5、TIM-3、CD226、NECL2、CRTAM、CD80、CTLA-4、KIR2DL1/2/3、又はCD48の少なくとも一部を含む。
構成要素CLの例示的な配列は、以下の配列を含むか、又は以下の配列から成る。
KRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
(配列番号64)
本発明の融合タンパク質の幾つかの実施形態では、本明細書の別の箇所に記載される組換え技法により調製される場合、構成要素Aの構成要素のコード配列は直接的に、又はリンカーを介してインフレームで共に融合される。本明細書において使用される場合、「直接的に」という用語は、間にペプチドリンカーを含まずに2つの構成要素を融合することを指す(すなわち、発現コンストラクト内で構成要素Y、構成要素Z2、及び構成要素Z3をコードするコドンが連続する)。本明細書において使用される場合、「インフレームで融合される」とは、融合コード配列の発現の結果として、ポリペプチド構成要素の全てを含む融合タンパク質が生じることを意味し、例えば、幾つかの実施形態では、構成要素Aは構成要素Y、構成要素Z2、及び構成要素Z3のポリペプチド構成要素の全てをインフレームで含む。
波線:IgG1 Z1ドメイン(配列番号67)(例えば図1a参照)
太字:IgG1ヒンジ領域(配列番号68)
S*:野生型と比較して異なる別のシステインとの結合を行う可能性がある非対システイン(C)を除去するためにこの変異をヒンジ領域に付加した。
二重下線:IgG1 Z2ドメイン(配列番号69)
A**:C1q結合を減少させるために付加された変異(例えば図1a参照)
太線:IgG1 Z3ドメイン(配列番号44)
L***及びS***:FcRn結合を増加させるために付加された変異(例えば図1a参照)
幾つかの実施形態では、本発明の融合タンパク質の構成要素はvMIP-II又はその変異体を含み得る。ウイルスマクロファージ炎症タンパク質-II(vMIP-II)は、CCR5ケモカイン受容体及びCXCR4ケモカイン受容体を含むCCケモカイン受容体及びCXCケモカイン受容体と相互作用するケモカインである。CCR5及びCXCR4は、ヒト免疫不全ウイルス(HIV-1)の細胞侵入に必要とされる主要な共受容体である。CXCR4はがん細胞上、例えば腫瘍細胞上に見られる場合もある。ヒトヘルペスウイルス8(HHV-8)がコードするケモカインであるvMIP-II(Moore, P.S.ら著、Science誌、第274巻:1739~1744頁、1996年)は、CCケモカイン受容体及びCXCケモカイン受容体の両方との多様な相互作用を示し、CCR3、CCR5、及びCXCR4を介したHIV-1侵入を妨害する。参照により全体が本明細書に援用される米国特許出願公開第2003/0220482号明細書を参照されたい。vMIP-IIはCXCR7にも結合し、これはCXCR4のように腫瘍形成に関係するとされている。V1(vMIP-IIのアミノ酸1~アミノ酸21)及びその関連のDV1(Dアミノ酸異性体)はCXCR4及びCXCR7に対してアンタゴニスト活性を示すが、CCR5に対してはアンタゴニスト活性を示さない。
幾つかの実施形態では、本発明の融合タンパク質の構成要素はPD-1又はその変異体を含み得る。PD-1(プログラム細胞死タンパク質1)はCD279としても知られており、細胞に対する免疫系の応答を制御する役割を有する当該細胞の表面上のタンパク質である。PD-1は免疫系を下方制御し、T細胞炎症活性を抑制することにより自己免疫寛容を助長する。理論に捉われることを望むものではないが、PD-1は少なくとも2つの機序を通して免疫チェックポイントとして作用する。PD-1はリンパ節において抗原特異的T細胞のアポトーシスを促進する。PD-1はまた調節性T細胞のアポトーシスを減少させる。PD-1はB7ファミリーメンバーであるリガンドPD-L1及びPD-L2に結合する。PD-L1及びPD-L2は幾つかの腫瘍細胞の表面上に発現する。腫瘍細胞上に発現したPD-L1はエフェクターT細胞上及びNK細胞上のPD-1と結合し、これらの細胞の機能を阻害する。したがって、腫瘍細胞上に発現したPD-L1はエフェクターT細胞の抗腫瘍活性を阻害する。
幾つかの実施形態では、本発明の融合タンパク質の構成要素はCD112R又はその変異体を含み得る。CD112RはT細胞上及びNK細胞上に発現し、活性化応答を抑制する。抗原提示細胞上及び腫瘍細胞上に広く発現するCD112はCD112Rのリガンドである。CD112Rは共抑制性受容体であるCD226とCD112への結合について競合する。理論に捉われることを望むものではないが、CD112R-CD112間の相互作用の破壊がT細胞応答を増加させる可能性がある。ヒトCD112Rは単一の細胞外IgVドメインを含む。本明細書に記載されるCD112R融合タンパク質変異体は、ヒトIgG1のヒンジドメイン、CH2ドメイン、及びCH3ドメインに結合しているヒトCD112Rのエクトドメイン全体から構成される。CD112R及び変異体はそのリガンドであるCD112に結合し、NK細胞上及びT細胞上の天然CD112Rに対する競合的アンタゴニストとして作用して抑制性シグナル伝達を阻害する可能性がある。
幾つかの実施形態では、本発明の融合タンパク質の構成要素はCD113又はその変異体を含み得る。CD113はポリオウイルス受容体関連タンパク質3(PVRL3)又はネクチン-3としても知られており、接着結合部を形成する免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーである。CD113は、限定されないが、MLLT4、PARD3、及びPTPRMと相互作用することが示されている。また、CD113はTIGIT、CD111、CD112、CD155、及び自分自身と結合する。本明細書に記載されるCD113融合タンパク質変異体は、ヒトIgG1のヒンジドメイン、CH2ドメイン、及びCH3ドメインに結合している天然ヒトCD113の細胞外ドメイン全体から構成される。CD113含有融合タンパク質はNK細胞上及びT細胞上の天然TIGITに対する競合的アンタゴニストとして作用して抑制性シグナル伝達を阻害する可能性がある。あるいは、CD113融合タンパク質はCD112、CD155、及び/又はCD111に結合し、抑制性受容体CD112R、TIGIT、及びCD96とそれらの結合をそれぞれ妨害してNK細胞及びT細胞の細胞傷害性及びサイトカイン生産を回復させる可能性がある。
幾つかの実施形態では、本発明の融合タンパク質の構成要素はMHCクラスIポリペプチド関連配列A(MICA)又はその変異体を含み得る。MICAはMHC座位内に位置するMICA遺伝子がコードする細胞表面糖タンパク質である。MICAはβ2マイクログロブリンにも従来のMHCクラスI分子が結合するようなペプチドにも結合しない。理論に捉われることを望むものではないが、MICAはNKG2D受容体のストレス誘導性リガンドとして作用する可能性がある。MICAは細胞表面上にNKG2Dを発現するNK細胞、γδT細胞、及びCD8+αβT細胞によって大まかに認識される。MICAを発現する腫瘍細胞に対するT細胞及びNK細胞のエフェクター細胞溶解反応はNKG2D-MICA間の結合の結果として開始される。幾つかの実施形態では、MICA変異体は、ヒトIgG1のヒンジドメイン、CH2ドメイン、及びCH3ドメインに結合しているMICAエクトドメイン全体から構成される。NK細胞上及び細胞傷害性T細胞上でのNKG2Dシグナル伝達のMICA刺激は抗腫瘍活性の重要な介在因子である。
幾つかの実施形態では、本発明の融合タンパク質の構成要素はCD155又はその変異体を含み得る。CD155は免疫グロブリンスーパーファミリーのI型経膜糖タンパク質である。ヒトではCD155はポリオウイルス受容体(PVR)遺伝子によってコードされる。CD155は上皮細胞間の細胞間接着結合の構築に関与する。CD155の外部ドメインは細胞外マトリックス分子であるビトロネクチンへの細胞接着に関係する一方、その細胞内ドメインはダイニン軽鎖Tctex-1/DYNLT1と相互作用する。また、CD155はNK細胞抑制性受容体であるTIGIT及びCD96と結合し、NK細胞の細胞傷害性及び活性化受容体CD226(DNAM-1)を制限する。CD155細胞外ドメイン含有融合タンパク質はNK細胞上及びT細胞上のTIGIT又はCD96に結合し、腫瘍細胞又は抗原提示細胞(APC)が発現した内在性CD155に対する競合的アンタゴニストとして作用する可能性がある。CD155含有融合タンパク質は共刺激受容体であるCD226に結合し、腫瘍標的のNK細胞介在性溶解を誘導する可能性もある。
幾つかの実施形態では、本発明の融合タンパク質の構成要素はTIGIT又はその変異体を含み得る。幾つかの実施形態では、TIGITはマウスTIGITである。その他の実施形態では、TIGITはヒトTIGITである。幾つかの実施形態では、TIGIT変異体は、ヒトIgG1のヒンジドメイン、CH2ドメイン、及びCH3ドメインに結合しているTIGIT細胞外IgV様ドメイン全体を含む。
幾つかの実施形態では、本発明の融合タンパク質の構成要素はTIM-3又はその変異体を含み得る。T細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質-3(TIM-3)はA型肝炎ウイルス細胞性受容体2(HAVCR2)としても知られており、ヒトではHAVCR2遺伝子によってコードされるタンパク質である。HAVCR2はIFNγ産生CD4+Th1細胞上及びCD8+Tc1細胞上に発現する細胞表面分子である。TIM-3の発現はTh17細胞、調節性T細胞、及び先天的免疫細胞(樹状細胞、NK細胞、単球)でも検出されている。TIM-3は免疫チェックポイントであり、T細胞疲弊に関係する。理論に捉われることを望むものではないが、TIM-3は、肺がん、胃がん、頭頚部がん、シュワン細胞腫、黒色腫、及び濾胞B細胞非ホジキンリンパ腫を含むがこれらに限定されない数種類のがんの中の腫瘍浸潤リンパ球(TIL)において発現上昇している。幾つかの実施形態では、TIM-3変異体は、N末端IgV様ドメインを含み、ヒトIgG1のヒンジドメイン、CH2ドメイン、及びCH3ドメインに結合しているTIM-3エクトドメイン全体を含む。TIM-3含有融合タンパク質はその天然のリガンドであるガレクチン-9、セアカム-1、及びホスファチジルセリンに結合し、NK細胞上、T細胞上、及びAPC上に発現した内在性TIM-3とのそれらの相互作用を妨害してT細胞疲弊を元に戻し、NK細胞の細胞傷害性及びサイトカイン生産を回復させる可能性がある。
幾つかの実施形態では、融合タンパク質又はその1以上の構成要素は、腫瘍細胞受容体標的に結合する。幾つかの実施形態では、融合タンパク質又はその1以上の構成要素はリガンドの腫瘍細胞受容体標的への結合を妨害する。幾つかの実施形態では、腫瘍細胞受容体標的は、限定されないが、ケモカイン受容体、ノッチ受容体、免疫チェックポイント阻害因子、並びに腫瘍血管系リガンド及び受容体を含む。幾つかの実施形態では、ケモカイン受容体は、CXCR4、CCR10、又はCCR7を含む。幾つかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害因子はPD-L1又はPD-L2を含む。幾つかの実施形態では、腫瘍血管系標的はανβ3、ανβ5、CD13(アミノペプチダーゼN)、NGFモチーフペプチドの標的、又はTie2(アンジオポエチン-2の受容体)を含む。
幾つかの実施形態では、免疫細胞受容体標的はCD40である。幾つかの実施形態では、融合タンパク質又はその1以上の構成要素はアゴニストCD40 scFvを含む。その他の実施形態では、免疫細胞受容体標的はSIRPαである。幾つかの実施形態では、融合タンパク質又はその1以上の構成要素はアンタゴニストSIRPαペプチドを含む。幾つかの実施形態では、免疫細胞受容体標的は4-1BBである。幾つかの実施形態では、融合タンパク質又はその1以上の構成要素はアゴニスト4-1BB scFv又はアゴニスト4-1BBペプチドを含む。
幾つかの実施形態では、融合タンパク質又はその1以上の構成要素は免疫細胞受容体又はリガンドに結合する。幾つかの実施形態では、免疫細胞受容体又はリガンドへの結合によって、NK細胞の活性化(サイトカイン(IFNγ及びTNF)生産、抗体依存性細胞傷害(ADCC)、及び抗体依存性細胞貪食(ADCP))が起こる。幾つかの実施形態では、受容体はFc受容体である。幾つかの実施形態では、Fc受容体への結合によってNK細胞の活性化(ADCC及びADCP)が起こる。幾つかの実施形態では、Fc受容体は、Fcγ受容体、Fcε受容体、Fcα受容体、Fcμ受容体、又はFcδ受容体である。幾つかの実施形態では、免疫細胞受容体又はリガンドはTNFスーパーファミリーメンバー若しくはその受容体、TNF-Lスーパーファミリーメンバー若しくはその受容体、トランスフェリン若しくはその受容体、ヒト血清アルブミン若しくはその受容体、又はリポカリン構造ファミリーメンバー若しくはその受容体である。
幾つかの実施形態では、本発明の融合タンパク質の構成要素は、任意選択的にペプチドリンカーを介して接続されていてよい。リンカーの残基は、天然アミノ酸、非天然アミノ酸、及び修飾型アミノ酸から選択され得る。リンカーによって、第1構成要素のカルボキシ末端が第2構成要素のアミノ末端に接続されることが典型的である。リンカーによって、融合タンパク質の2つの構造的構成要素間の距離が変えられ、また、この領域の柔軟性(flexibility)が変化し得る。リンカーは任意の数のアミノ酸を含んでよい。したがって、リンカーは、例えば、1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個、31個、32個、33個、34個、35個、36個、37個、38個、39個、40個、41個、42個、43個、44個、45個、46個、47個、48個、49個、50個、51個、52個、53個、54個、55個、56個、57個、58個、59個、60個、又はそれより多くのアミノ酸を含んでよい。幾つかの実施形態では、リンカーは、3~60個のアミノ酸残基、3~40個のアミノ酸残基、3~30個のアミノ酸残基、3~24個のアミノ酸残基、3~18個のアミノ酸残基、又は3~15個のアミノ酸残基から構成されてよい。リンカーは、例えば、2個、3個、4個、5個、又はそれより多くのアミノ酸残基から成る反復小配列を含んでよく、2単位、3単位、4単位、5単位、6単位、7単位、8単位、9単位、10単位、11単位、12単位、又はそれより多くの単位のこの反復小配列を含んでよい。
融合タンパク質は、任意選択的に、構成要素A、構成要素B、構成要素C、及び/又は構成要素Dとは異なる要素をさらに含んでもよい。そのような追加要素は、開始メチオニン、シグナルペプチド、抗原ポリペプチド、三量体化ドメイン、高次多量体化ドメイン、及びHis-6などの精製タグを含む場合があるが、これらに限定されない。例示的な精製タグはASHHHHHHM(配列番号46)である。一実施形態では、本発明の融合タンパク質は、任意選択的に三量体化ドメインを含む。
三量体化ドメインは当技術分野においてよく知られている。本発明の融合タンパク質中の異種三量体化ドメインとして適切な三量体化ドメインの非限定的な例には、GCN4ロイシンジッパー(Harburyら著、1993年、「A switch between two-, three-, and four-stranded coiled coils in GCN4 leucine zipper mutants」、Science誌、第262巻(第5138号):1401~7頁)、肺サーファクタントタンパク質由来35アミノ酸配列(Hoppeら著、1994年、「A parallel three stranded alpha helical bundle at the nucleation site of collagen triple-helix formation」、FEBS letters誌、第344巻(第2~3号):191~5頁)、コラーゲン由来短反復ヘプタッド配列(McAlindenら著、2003年、「Alpha-helical coiled-coil oligomerization domains are almost ubiquitous in the collagen superfamily」、J Biol Chem.誌、第278巻(第43号):42200-7頁、2003年8月14日電子出版)、及びバクテリオファージT4フィブリチン「フォールドン」(例えば、Miroshnikovら著、1998年、「Engineering trimeric fibrous proteins based on bacteriophage T4 adhesins」、Protein Eng.誌、第11巻(第4号):329~32頁参照)が挙げられる。例示的な三量体化ドメインは、米国特許第6911205号明細書及び同第8147843号明細書及び米国特許出願公開第2010/0136032号明細書にも開示されている。例示的な三量体化配列は、GYIPEAPRDGQAYVRKRGEWVLLSTFL(配列番号47)という配列を有するT4「フォールドン」である。別の例示的な三量体化ドメインはトロンボスポンジン-1に由来し、VTTLQDSIRKVTEENKELANELRR(配列番号56)という配列を有する。
本発明は、本明細書に記載される融合タンパク質の変異体を包含する。変異体は概して所与の分子への結合能の強化を示すことが望ましいが、幾つかの実施形態では、例えば活性の減弱化が意図的に望まれている場合では、本発明の他の融合タンパク質と比較してわずかに低下した活性を有する変異体が設計されてもよい。さらに、多量体化特性が改変された変異体又は誘導体を生成することも可能である。
一実施形態では、本発明の融合タンパク質は、事実上腫瘍細胞を不動化して、この細胞が移動すること、近隣の組織に浸潤すること、及び/又は離れた部位まで転移することを抑制又は防止する。別の実施形態では、本発明の融合タンパク質は、腫瘍細胞がマクロファージなどの食細胞による食作用から逃れることを抑制又は防止する一方、腫瘍細胞のアポトーシス及び/又は免疫破壊を促進する。他の実施形態では、本発明の融合タンパク質は、腫瘍細胞が食細胞による食作用から逃れることを抑制又は防止する一方、近隣の腫瘍細胞のアポトーシスを促進する。こうして本発明の融合タンパク質は、多数の機序のうちのいずれか1つによる腫瘍細胞破壊を促進する。
血管肉腫、線維肉腫、横紋筋肉腫、及び脂肪肉腫などの肉腫、粘液腫、横紋筋腫、線維腫、脂肪腫、並びに奇形腫等を含む噴門がん、
扁平上皮がん、未分化小細胞がん、未分化大細胞がん、及び腺がんなどの気管支原性がん、細気管支肺胞上皮がん、気管支腺腫、肉腫、リンパ腫、軟骨性過誤腫、並びに中皮腫等を含む肺がん、
扁平上皮がん、腺がん、平滑筋肉腫、及びリンパ腫などの食道がん、がん腫、リンパ腫、及び平滑筋肉腫などの胃がん、膵管腺がん、インスリノーマ、グルカゴノーマ、ガストリノーマ、カルチノイド腫瘍、及びビポーマなどの膵臓がん、腺がん、リンパ腫、カルチノイド腫瘍、カポジ肉腫、平滑筋腫、血管腫、脂肪腫、神経線維腫、及び線維腫などの小腸がん、並びに腺がん、管状腺腫、絨毛腺腫、過誤腫、及び平滑筋腫などの大腸がん等を含む胃腸がん、
腺がん、ウィルムス腫瘍(腎芽腫)、リンパ腫、及び白血病などの腎臓がん、扁平上皮がん、移行上皮がん、及び腺がんなどの膀胱尿路がん、腺がん及び肉腫などの前立腺がん、並びに精上皮腫、奇形腫、胎生期がん、奇形がん腫、絨毛がん、肉腫、間質細胞がん、線維腫、線維腺腫、類腺腫瘍、及び脂肪腫などの精巣がん等を含む泌尿生殖路がん、
原発性肝細胞がんなどの肝細胞がん、胆管がん、肝芽腫、血管肉腫、肝細胞腺腫、及び血管腫等を含む肝臓がん、
骨原性肉腫(骨肉腫)、線維肉腫、悪性線維性組織球腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫、悪性リンパ腫(細網肉腫)、多発性骨髄腫、悪性巨細胞腫軟骨腫、骨軟骨腫(骨軟骨性外骨症)、良性軟骨腫、軟骨芽細胞腫、軟骨粘液線維腫、類骨骨腫、及び巨細胞腫瘍等を含む骨がん、
骨腫、血管腫、肉芽腫、黄色腫、及び変形性骨炎などの頭骨がん、髄膜腫、髄膜肉腫、及び神経膠腫症などの髄膜がん、星状細胞腫、髄芽腫、神経膠腫、上衣腫、胚細胞腫(松果体腫)、多形膠芽腫、希突起神経膠腫、シュワン細胞腫、網膜芽細胞腫、及び先天性腫瘍などの脳がん、並びに神経線維腫、髄膜腫、神経膠腫、及び肉腫などの脊髄がん等を含む神経系がん、
子宮内膜がんなどの子宮がん、子宮頸部がん腫及び前がん子宮頸部異形成症などの子宮頸部がん、漿液性嚢胞腺がん、粘液性嚢胞腺がん、非分類がん、顆粒膜卵胞膜細胞腫、セルトリ・ライディッヒ細胞腫、未分化胚細胞腫、及び悪性奇形腫を含む卵巣がん腫などの卵巣がん、扁平上皮がん、上皮内がん、腺がん、線維肉腫、及び黒色腫などの陰門がん、明細胞がん、扁平上皮がん、ブドウ状肉腫、及び胎児型横紋筋肉腫などの膣がん、並びにがん腫などの卵管がん等を含む婦人科がん、
急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ球性白血病、骨髄増殖性疾患、多発性骨髄腫、及び骨髄異型性症候群、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫(悪性リンパ腫)及びワルデンシュトレームマクログロブリン血症、血管免疫芽球性T細胞リンパ腫(AITL)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、急性非リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性顆粒球性白血病、慢性顆粒球性白血病、単球性白血病、骨髄芽球性白血病、骨髄球性白血病、骨髄性顆粒球性白血病、骨髄単球性白血病、ネーゲリ白血病、形質細胞白血病、形質細胞性白血病、前骨髄球性白血病、リーダー細胞白血病、シリング白血病、幹細胞白血病、亜白血性白血病、急性前骨髄球性白血病、成人T細胞白血病、無白血性白血病、無白血球症性白血病、好塩基球性白血病、芽細胞白血病、ウシ白血病、慢性骨髄球性白血病、皮膚白血病、胎児細胞白血病、未分化細胞白血病、好酸球性白血病、グロス白血病、ヘアリー細胞白血病、血芽球性白血病、血球芽細胞性白血病、組織球白血病、幹細胞白血病、急性単球性白血病、白血球減少性白血病、リンパ性白血病、リンパ芽球性白血病、リンパ球性白血病、リンパ性白血病、リンパ性白血病、リンパ肉腫細胞性白血病、肥満細胞白血病、巨核球性白血病、並びに小骨髄芽球性白血病などの血液のがんを含む血液がん、
悪性黒色腫、基底細胞がん、扁平上皮がん、カポジ肉腫、異形性母斑、脂肪腫、血管腫、皮膚線維腫、ケロイド、及び乾癬等を含む皮膚がん、並びに
神経芽細胞腫等を含む副腎がん。
典型的には、本発明の組成物の投与は非経口投与であり、皮下注射、静脈内注射、筋肉内投与、又は腹腔内注射による投与であり、又は輸液若しくは他のあらゆる許容可能な全身投与方法による投与である。好ましい実施形態では、投与は皮下注射による投与である。別の好ましい実施形態では、投与は静脈内輸液による投与であり、通常ではこの投与は約1~5時間にわたって行われ得る。また、治療用タンパク質の投与には様々な経口送達方法が存在し、これらの方法は本発明の治療用融合タンパク質に適用可能である。
融合タンパク質コンストラクトと発現
A鎖又はB鎖のどちらかのヒンジドメイン、CH2ドメイン、及びCH3ドメイン(すなわち、Z2ドメイン、Z3ドメイン、Z2’ドメイン、又はZ3’ドメイン)の合成遺伝子断片に連結された、所望のリガンド/受容体構成要素の各々の新規に合成された遺伝子断片(サーモフィッシャー・サイエンティフィック社)を使用して、これらの融合タンパク質の発現プラスミドコンストラクトを生成した。高コピー数で染色体外複製するEBVエピソーム性発現ベクター(元はチクチンスキー研究室において開発された)であるpCEP4発現プラスミドにクローニングするための制限部位を末端に含むプライマーを使用するポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によっ、て個々の構成要素を接ぎ合わせた。遺伝子合成の際に、チャイニーズハムスター卵巣懸濁液(CHO-S)細胞での発現用にコドン最適化をDNA断片に対して実施する。TransIT-Pro試薬(MIRUS社)を37℃で使用して24時間にわたってExpiCHO-S振盪フラスコ培養物中にA鎖コンストラクト及びB鎖コンストラクトを一時的に共形質移入した後で、これらの培養物を全体で8~10日間にわたって32℃で培養することで、融合タンパク質を作製した。調整済み培養上清を6℃で一晩にわたってプロテインAアガロース樹脂と混合した後に回収し、非変性中性pH溶出緩衝液(PIERCE社)を使用して溶出することにより、この調整済み培養上清からタンパク質を精製した。ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS-PAGE)により各融合タンパク質を大きさ及び品質について検証した。
ヒトCD155、免疫グロブリンドメイン・ITIMドメイン含有T細胞免疫受容体(TIGIT)、CD112、及びCD16(FcγRIIIa)の全長cDNAを発現するリガンドコンストラクトをPCRによって生成し、pcDNA3.1+(サーモフィッシャー・サイエンティフィック社)発現プラスミドにクローン化した。リポフェクタミン3000(サーモフィッシャー社)を使用して各発現コンストラクトをCHO-S細胞に形質移入し、G418を添加することで安定形質移入体を選択した。適切なフルオロクローム結合抗リガンド抗体(黒色線)又は適切なフルオロクローム結合アイソタイプ対照抗体(灰色の線と塗りつぶし)を使用する免疫染色後のフローサイトメトリーによってリガンドの発現を判定した。FCSalyzerソフトウェアを使用してデータを分析した。融合タンパク質結合試験のために対照としての形質移入されていないCHO-S細胞(灰色の線と塗りつぶし)又は対応するリガンドを発現するCHO-S形質移入体のどちらかに融合タンパク質を添加し、6℃で1時間にわたってインキュベートし、その後で洗浄し、Cy5結合抗ヒトIgG-Fcγ特異的抗体(黒色の線)で免疫染色し、そしてフローサイトメトリーにより分析した。図18~図20を参照されたい。CD16結合試験については融合タンパク質を含有するTIGIT又はCD155を対照としての形質移入されていないCHO-S細胞(灰色の線と塗りつぶし)又はCD16発現性CHO-S形質移入体のどちらかと共にインキュベートし、それぞれTIGIT又はCD155を認識するAPC結合抗体又はPE結合抗体を使用する免疫染色によって検出を行った(黒色の線)。図21を参照されたい。
タンパク質ゲル分析
融合タンパク質を、12%SDS-PAGEゲル上で還元するか(R)、又は還元せずに(NR)分離し、そしてPageBlueタンパク質染色液(サーモ・サイエンティフィック社)中で12時間にわたって染色した。図22を参照されたい。
その後、融合タンパク質をピアースBCAタンパク質アッセイキット(サーモフィッシャー社)によって定量し、12%SDS-PAGEゲルに負荷した。タンパク質をImmobilon-Pメンブレン(EMDミリポア社、ビレリカ、マサチューセッツ州)に電気泳動転写し、オデッセイ・ブロッキング緩衝液(Licor社、リンカーン、ネブラスカ州)中で(A)抗PD1一次抗体及び(B)抗IgG軽鎖一次抗体と共に12時間にわたってインキュベートした。対応する二次抗体(Santa Cruz社)を1:10,000の希釈率で使用した。オデッセイ・インフレア・イメージングシステム(LI-CORバイオサイエンス社、モデル番号9120)を使用してイムノブロットをスキャニングした。図23を参照されたい。
図24に示されているように、CXCR4/7及びPD1+黒色腫細胞株である(A)YUMMER1.7細胞又は(B)B16細胞は表示融合タンパク質と共に6℃で1時間にわたってインキュベートされ、その後で洗浄され、Cy5結合抗ヒトIgG-Fcγ特異的抗体を使用して免疫染色され、そしてフローサイトメトリーにより分析され(黒色の実線)、対照試料は融合タンパク質を抜いてインキュベートされた(塗りつぶされた灰色の線)。
トランスウェル挿入物を24ウェルコンパニオンプレート(Corning社、カタログ番号353504)中に差し込んだ。細胞懸濁液を上部細胞浸潤チャンバーに25,000細胞/チャンバーの割合で播種した。下部の各ウェルに100ng/mLのCXCL12を含むDMEMを化学誘引物質として添加した。試料を37℃で24時間にわたってインキュベートして細胞移動させた。コットンスワブを使用して上記挿入物の先端面上の非浸潤細胞を取り除き、2%クリスタルバイオレットを使用して上記支持体の下面まで移動した細胞を染色した。図25を参照されたい。
腫瘍増殖の抑制が、インビボでTriTouch-101 PD1hFcA*vMIPIICH-hFcB*CL(FP)によって誘導された。B16F10黒色腫皮下モデルを使用して、PD1hFcA*vMIPIICH-hFcB*CL(FP)による黒色腫退縮の誘導を実証した。簡単に説明すると、1×105個のB16F10細胞の皮下接種後13日目、14日目、15日目、16日目、及び21日目の5回にわたってBL16マウスを100μlの(10ug/mLの)FP(マウスR、マウス2L、及びマウス2R)又はPBS(マウスX又はマウスL)で処理した。腫瘍サイズを測定した(図26A)。図26Bに各処理群の1匹のマウスの代表的画像(上パネルにはX、下パネルには2R)が示されている。TriTouch-101が黒色腫退縮を誘導することを示しているこれらのインビボデータは移動アッセイにおいてこの融合タンパク質が黒色腫細胞を抑制することを示している以前のデータ(図25)と合う。
ADCCは多機能性融合タンパク質の添加により増大した(図27)。SKOV-3卵巣細胞株を96ウェルプレート中に3000細胞/ウェルの割合で播種して接着させ、そしてセルトラッカー・レッドCMTPX試薬を使用して標識した。その後、緑色蛍光カスパーゼ-3試薬を使用して上記SKOV-3細胞を標識した。CD16.NK-92細胞株(V158変異体)を5:1のエフェクター:標的比率で上記ウェルに25mg/mlの濃度の様々な融合タンパク質と共に添加するか、又はタンパク質無しで添加し、Incucyte生細胞分析システムを使用して蛍光二重陽性(赤色+緑色)細胞の数を測定して分析した。示されている結果は20時間の時点での結果を示している(図27)。
本明細書における変数の定義において複数の要素の記載を取り上げることは、記載される要素のうちのいずれか単数の要素としての、又は記載される要素の組合せ(又は部分的組合せ)としてのその変数の定義を含む。本明細書において一実施形態として取り上げることは、いずれか1つの実施形態としての、又は他のあらゆる実施形態又はその部分との組合せとしてその実施形態を含む。
Claims (53)
- 構成要素A及び/又は構成要素Bを含む融合タンパク質であって、
構成要素Aが、構成要素Y、構成要素Z2、及び構成要素Z3を含み、且つ
構成要素Bが、構成要素X’、構成要素Z2’、及び構成要素Z3’を含む、
前記融合タンパク質。 - 構成要素Bが構成要素Z1’をさらに含む、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Aが構成要素Z1をさらに含む、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Cをさらに含み、
構成要素Cが、構成要素X及び構成要素CL’を含む、請求項1~請求項3のいずれか一項に記載の融合タンパク質。 - 構成要素Dをさらに含み、
構成要素Dが、構成要素Q及び構成要素CLを含む、請求項1~請求項4のいずれか一項に記載の融合タンパク質。 - 構成要素Yが、リガンドドメイン、受容体ドメイン、scFvドメイン、又はリポカリンドメインを含む、請求項1~請求項5のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Yが、PD-1、CD112R、CD113、又はMHC-Iポリペプチド関連配列A(MICA)の少なくとも一部を含む、請求項6に記載の融合タンパク質。
- 前記融合タンパク質がPD-L1又はPD-L2に結合する、請求項7に記載の融合タンパク質。
- 構成要素X’が、ウイルス由来ペプチド、リガンド由来ペプチド、受容体由来ペプチド、又はHTS選択ペプチドを含む、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 構成要素X’が、vMIP-IIの少なくとも一部を含む、請求項9に記載の融合タンパク質。
- 構成要素X’が、V1又はV1Δを含む、請求項10に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Xが、ウイルス由来ペプチド、リガンド由来ペプチド、受容体由来ペプチド、又はHTS選択ペプチドを含む、請求項4に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Xが、V1又はV1Δを含む、請求項12に記載の融合タンパク質。
- 前記融合タンパク質がCXCR4に結合する、請求項9~請求項13のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Yと構成要素Z2とがヒンジを介して接続されている、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Z1’と構成要素Z2’とがヒンジを介して接続されている、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 構成要素X’と構成要素Z1’とがリンカーを介して接続されている、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Xと構成要素CLとがリンカーを介して接続されている、請求項4に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Qと構成要素CLとがリンカーを介して接続されている、請求項5に記載の融合タンパク質。
- 前記融合タンパク質が、免疫細胞上の受容体又はリガンドに結合する、請求項1~請求項19のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
- 前記受容体がFc受容体である、請求項20に記載の融合タンパク質。
- 構成要素X’が、PD-1、TIGIT、CD96、CD112R、CD113、CD155、CD111、CD112、MHC-Iポリペプチド関連配列A(MICA)、NKG2A(CD94)、MICB、ULBP1~5、TIM-3、CD226、NECL2、CRTAM、CD80、CTLA-4、KIR2DL1/2/3、又はCD48の少なくとも一部を含む、請求項1~請求項21のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Yが、PD-1、TIGIT、CD96、CD112R、CD113、CD155、CD111、CD112、MHC-Iポリペプチド関連配列A(MICA)、NKG2A(CD94)、MICB、ULBP1~5、TIM-3、CD226、NECL2、CRTAM、CD80、CTLA-4、KIR2DL1/2/3、又はCD48の少なくとも一部を含む、請求項1~請求項22のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Xが、PD-1、TIGIT、CD96、CD112R、CD113、CD155、CD111、CD112、MHC-Iポリペプチド関連配列A(MICA)、NKG2A(CD94)、MICB、ULBP1~5、TIM-3、CD226、NECL2、CRTAM、CD80、CTLA-4、KIR2DL1/2/3、又はCD48の少なくとも一部を含む、請求項4に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Qが、PD-1、TIGIT、CD96、CD112R、CD113、CD155、CD111、CD112、MHC-Iポリペプチド関連配列A(MICA)、NKG2A(CD94)、MICB、ULBP1~5、TIM-3、CD226、NECL2、CRTAM、CD80、CTLA-4、KIR2DL1/2/3、又はCD48の少なくとも一部を含む、請求項5に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Aが、配列番号14~配列番号22のいずれか1つのアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Bが、配列番号32~配列番号35のいずれか1つのアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Aが、配列番号14~配列番号22のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、構成要素Bが配列番号32~配列番号35のいずれか1つのアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Bが、配列番号49~配列番号55のいずれか1つのアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Cが、配列番号57~配列番号63のいずれか1つのアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Bが、配列番号49~配列番号55のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、構成要素Cが、配列番号57~配列番号63のいずれか1つのアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 構成要素A、構成要素B、及び構成要素Cを含む融合タンパク質であって、
構成要素Aが、構成要素Y、構成要素Z2、及び構成要素Z3を含み、
構成要素Bが、構成要素X’、構成要素Z2’、及び構成要素Z3’を含み、
構成要素Cが、構成要素X及び構成要素C’Lを含み、
構成要素YがPD-1の少なくとも一部を含み、
構成要素Z2及び構成要素Z2’がヒトFcのCH2ドメインを含み、
構成要素Z3及び構成要素Z3’がヒトFcのCH3ドメインを含み、
構成要素X’及び構成要素XがvMIP-IIの少なくとも一部を含み、且つ
構成要素CL’がヒトIgG1κの少なくとも1つのCH1ドメインを含む、
前記融合タンパク質。 - 前記融合タンパク質が、(i)PD-L1又はPD-L2、(ii)CXCR4、及び(iii)免疫細胞上のFc受容体又はリガンドに結合可能である、請求項32に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Aが配列番号29のアミノ酸配列を含み、構成要素Bが配列番号30のアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Yが配列番号1又は配列番号2のアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Z2が配列番号12のアミノ酸配列を含み、且つ/又は構成要素Z3が配列番号13のアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Aが配列番号14又は配列番号15のアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Bが配列番号49のアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の融合タンパク質。
- 構成要素X’が配列番号37のアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Z2’が配列番号12を含み、且つ/又は構成要素Z3’が配列番号48を含む、請求項32に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Xが配列番号37のアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の融合タンパク質。
- 構成要素CL’が配列番号64のアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Bが配列番号53のアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Cが配列番号61のアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の融合タンパク質。
- 構成要素Aが配列番号14のアミノ酸配列を含み、構成要素Bが配列番号53のアミノ酸配列を含み、構成要素Cが配列番号61のアミノ酸配列を含む、請求項32に記載の融合タンパク質。
- ヒトPD-1-hFcAをコードする第1核酸、vMIPII-CH’-hFcBをコードする第2核酸、及びvMIPII-CL’をコードする第3核酸を細胞に投与することを含む、融合タンパク質を生成する方法。
- 前記第1核酸が配列番号14のアミノ酸配列をコードし、且つ/又は前記第2核酸が配列番号49のアミノ酸配列をコードし、且つ/又は前記第3核酸が配列番号57のアミノ酸配列をコードする、請求項46に記載の方法。
- 薬学的に許容可能な担体と、請求項1~請求項45のいずれか一項に記載の融合タンパク質と、を含む、医薬組成物。
- 治療が必要な患者に請求項1~請求項45のいずれか一項に記載の融合タンパク質の治療有効量を投与することを含む、患者の増殖性障害を治療する方法。
- 前記増殖性障害ががんである、請求項49に記載の方法。
- 前記がんが固形腫瘍である、請求項50に記載の方法。
- 前記がんが、膵臓がん、乳がん、卵巣がん、膀胱がん、黒色腫、神経膠芽腫、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、多発性骨髄腫、又は結腸がんである、請求項50に記載の方法。
- 配列番号14、配列番号49、及び配列番号57のアミノ酸配列を含む、融合タンパク質。
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