JP2018527012A5

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Publication number: JP2018527012A5
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Filing date: 2016-09-16
Publication date: 2019-10-24
Anticipated expiration: 2036-09-16

Description

本開示の方法及び組成物の更なる利点は、一部が以下の説明に示され、及び一部がこの説明から理解されることになるか、又は本開示の方法及び組成物の実施によって知ることができる。本開示の方法及び組成物の利点は、特に添付の特許請求の範囲に指摘される要素及び組み合わせを用いて実現及び達成されるであろう。前述の概要及び以下の詳細な説明は両方ともに例示的且つ説明的なものに過ぎず、特許請求されるとおりの本発明を限定するものではないことが理解されるべきである。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
核酸断片の混合物から１つ以上の核酸断片を選択的にエンリッチする方法であって、
（ａ）２つ以上のペプチド核酸（ＰＮＡ）ハイブリダイゼーションプローブの１つ以上のセットを第１の核酸試料に接触させて反応混合物を形成するステップであって、２つ以上のＰＮＡプローブの同じセット中の前記ＰＮＡプローブが同じ核酸断片内の異なる配列を標的化するように設計され、２つ以上のＰＮＡプローブの異なるセット中の前記ＰＮＡプローブが異なる核酸断片を標的化するように設計され、前記ＰＮＡプローブがそれぞれ１つ以上のキャプチャタグを含み、前記ＰＮＡプローブの少なくとも１つが、アルファ炭素、ベータ炭素、ガンマ炭素、又はこれらの組み合わせで荷電部分によって誘導体化されている１個以上のペプチド核酸残基と、前記アルファ炭素、ベータ炭素、ガンマ炭素、又はこれらの組み合わせで中性部分によって誘導体化されている１個以上のペプチド核酸残基とを含む、ステップ；
（ｂ）前記ＰＮＡプローブによる核酸断片内のその標的配列への標的特異的ストランドインベージョン結合を可能にする条件下で前記反応混合物をインキュベートし、それによりインベージョンＰＮＡプローブ結合核酸断片を形成するステップ；
（ｃ）前記キャプチャタグによって前記ＰＮＡプローブ結合核酸断片をキャプチャし、且つ前記キャプチャされたＰＮＡプローブ結合核酸断片から前記反応混合物のキャプチャされなかった成分を取り除くステップ；
（ｄ）前記ＰＮＡプローブから前記キャプチャされた核酸断片を溶出させてエンリッチ核酸試料を形成するステップであって、前記第１の核酸試料と比較したとき、前記エンリッチ核酸試料では前記ＰＮＡプローブの標的とされる核酸断片がエンリッチされている、ステップ
を含む方法。
（項目２）
前記２つ以上のＰＮＡプローブのセットの少なくとも１つにおける前記ＰＮＡプローブが１８又は１９個のペプチド核酸残基を有し、前記２つ以上のＰＮＡプローブのセットの前記少なくとも１つにおける前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の３個以上５個以下が前記荷電部分によって誘導体化されており、前記荷電部分が、ガンマ−Ｌ−リジンＰＮＡ、ガンマ−Ｌ−チアリジンＰＮＡ、及びこれらの組み合わせからなる群から選択され、前記荷電部分によって誘導体化されていない前記２つ以上のＰＮＡプローブのセットの前記少なくとも１つにおける前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の２個以上６個以下がジエチレングリコールによって誘導体化されており、前記２つ以上のＰＮＡプローブのセットの少なくとも１つにおける前記ＰＮＡプローブの前記キャプチャタグがビオチンである、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、独立に、荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に荷電部分によって誘導体化されていない１個以上３個以下のペプチド核酸残基がある、項目１又は２に記載の方法。
（項目４）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、独立に、荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に荷電部分によって誘導体化されていない１個以上３個以下のペプチド核酸残基がある、項目１〜３のいずれか一項に記載の方法。
（項目５）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に荷電部分によって誘導体化されていない平均１．０個以上５．０個以下のペプチド核酸残基がある、項目１又は２に記載の方法。
（項目６）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に荷電部分によって誘導体化されていない平均１．０個以上５．０個以下のペプチド核酸残基がある、項目１〜５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、独立に、部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に部分によって誘導体化されていない０個以上２個以下のペプチド核酸残基がある、項目１〜６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、独立に、部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に部分によって誘導体化されていない０個以上２個以下のペプチド核酸残基がある、項目１〜７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に部分によって誘導体化されていない平均０．５個以上１．５個以下のペプチド核酸残基がある、項目１〜８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に部分によって誘導体化されていない平均０．５個以上１．５個以下のペプチド核酸残基がある、項目１〜９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
１０個以上２６個以下のペプチド核酸残基を含むペプチド核酸（ＰＮＡ）ハイブリダイゼーションプローブであって、
核酸断片内の配列を標的化するように設計され、
アルファ、ベータ、若しくはガンマ炭素、又はこれらの組み合わせで荷電部分によって誘導体化されている１個以上のペプチド核酸残基と、前記アルファ、ベータ、若しくはガンマ炭素、又はこれらの組み合わせで中性部分によって誘導体化されている１個以上のペプチド核酸残基とを含み、
１つ以上のキャプチャタグを含む、ペプチド核酸（ＰＮＡ）ハイブリダイゼーションプローブ。
（項目１２）
１６個以上２２個以下のペプチド核酸残基を含む、項目１１に記載のＰＮＡプローブ。
（項目１３）
１８又は１９個のペプチド核酸残基を含む、項目１１又は１２に記載のＰＮＡプローブ。
（項目１４）
前記ペプチド核酸残基の３個以上５個以下が前記荷電部分によって誘導体化されており、前記荷電部分が、ガンマ−Ｌ−リジンＰＮＡ、ガンマ−Ｌ−チアリジンＰＮＡ、及びこれらの組み合わせからなる群から選択され、前記荷電部分によって誘導体化されていない前記ペプチド核酸残基の２個以上６個以下がジエチレングリコールによって誘導体化されており、前記キャプチャタグがビオチンである、項目１１〜１３のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目１５）
前記ペプチド核酸残基の４個がガンマ−Ｌ−リジンＰＮＡであり、ジエチレングリコールによって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の４個であり、前記キャプチャタグがビオチンである、項目１１〜１３のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目１６）
前記ペプチド核酸残基の４個がガンマ−Ｌ−チアリジンＰＮＡであり、ジエチレングリコールによって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の４個であり、前記キャプチャタグがビオチンである、項目１１〜１３のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目１７）
独立に、荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間の荷電部分によって誘導体化されていない１個以上３個以下のペプチド核酸残基である、項目１１〜１６のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目１８）
荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に荷電部分によって誘導体化されていない平均１．８個以上４．０個以下のペプチド核酸残基がある、項目１１〜１７のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目１９）
独立に、部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に部分によって誘導体化されていない０個以上２個以下のペプチド核酸残基がある、項目１１〜１８のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目２０）
部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に部分によって誘導体化されていない平均０．４個以上１．５個以下のペプチド核酸残基がある、項目１１〜１９のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目２１）
あらゆるペプチド核酸残基が部分によって誘導体化されている、項目１１〜２０のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目２２）
（ｉ）前記アルファ炭素、ベータ炭素、ガンマ炭素、又はこれらの組み合わせで荷電部分によって誘導体化されている１個以上のペプチド核酸残基と、（ｉｉ）前記アルファ炭素、ベータ炭素、ガンマ炭素、又はこれらの組み合わせで中性部分によって誘導体化されている１個以上のペプチド核酸残基とを含む、項目１１〜２１のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目２３）
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１５％以上２８％以下が荷電部分によって誘導体化されている、項目１１〜２２のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目２４）
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の２個以上７個以下が荷電部分によって誘導体化されている、項目１１〜２２のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目２５）
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の３、４、５、又は６個が荷電部分によって誘導体化されている、項目２４に記載のＰＮＡプローブ。
（項目２６）
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の４又は５個が荷電部分によって誘導体化されている、項目２５に記載のＰＮＡプローブ。
（項目２７）
荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に荷電部分によって誘導体化されていない少なくとも２個のペプチド核酸残基がある、項目１１〜２６のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目２８）
前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上が、独立に、前記アルファ、ベータ、若しくはガンマ炭素、又はこれらの組み合わせで前記荷電部分によって誘導体化されている、項目１１〜２７のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目２９）
前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上が前記ガンマ炭素で前記荷電部分によって誘導体化されている、項目１１〜２８のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目３０）
前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てが前記ガンマ炭素で前記荷電部分によって誘導体化されている、項目１１〜２９のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目３１）
前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上がＬ−又はＤ−リジンペプチド核酸残基である、項目１１〜３０のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目３２）
前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上がＬ−チアリジンペプチド核酸残基である、項目１１〜３１のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目３３）
前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てがＬ−又はＤ−リジンペプチド核酸残基である、項目１１〜３１のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目３４）
前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てがＬ−チアリジンペプチド核酸残基である、項目１１〜３０のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目３５）
前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１つ以上がＬ−リジンペプチド核酸残基である、項目１１〜３３のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目３６）
前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てがＬ−リジンペプチド核酸残基である、項目１１〜３１のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目３７）
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の４％以上８５％以下が中性部分によって誘導体化されている、項目１１〜３６のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目３８）
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の４％以上５０％以下が中性部分によって誘導体化されている、項目１１〜３７のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目３９）
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の４％以上３５％以下が中性部分によって誘導体化されている、項目１１〜３８のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目４０）
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１個以上１９個以下が中性部分によって誘導体化されている、項目１１〜３７のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目４１）
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１個以上１５個以下が中性部分によって誘導体化されている、項目１１〜３７のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目４２）
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１個以上１０個以下が中性部分によって誘導体化されている、項目１１〜３７のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目４３）
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１、２、３、又は４個が中性部分によって誘導体化されている、項目１１〜３７のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目４４）
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１又は２個が中性部分によって誘導体化されている、項目１１〜３７のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目４５）
中性部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上が前記アルファ、ベータ、又はガンマ炭素で誘導体化されている、項目１１〜４４のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目４６）
中性部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てが前記アルファ、ベータ、又はガンマ炭素で誘導体化されている、項目１１〜４５のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目４７）
中性部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上が前記ガンマ炭素で誘導体化されている、項目１１〜４６のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目４８）
中性部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てが前記ガンマ炭素で誘導体化されている、項目１１〜４７のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目４９）
前記中性部分の１個以上が短鎖オリゴエチレン部分である、項目１１〜４８のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目５０）
前記中性部分の全てが短鎖オリゴエチレン部分である、項目１１〜４９のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目５１）
前記短鎖オリゴエチレン部分の１個以上がジエチレングリコールである、項目４９又は５０に記載のＰＮＡプローブ。
（項目５２）
前記短鎖オリゴエチレン部分の全てがジエチレングリコールである、項目４９〜５１のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目５３）
前記キャプチャタグがビオチン又はストレプトアビジンである、項目１１〜５２のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目５４）
末端ペプチド核酸残基の少なくとも１つで１個以上のアミノ酸によって誘導体化されている、項目１１〜５３のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目５５）
前記末端ペプチド核酸残基の少なくとも１つで２個以上のリジン残基によって誘導体化されている、項目５４に記載のＰＮＡプローブ。
（項目５６）
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１個以上１５個以下が中性部分によって誘導体化されている、項目１１〜５５のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目５７）
１個以上のペプチド核酸残基が前記ペプチド核酸残基の塩基部分として擬似相補的核酸塩基を有する、項目１１〜５６のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目５８）
前記擬似相補的核酸塩基が、プソイドウリジン（５−リボシルウラシル）；７−デアザ−２’−デオキシグアノシン；２，６−ジアミノプリン−２’−デオキシリボシド；Ｎ４−エチル−２’−デオキシシチジン；２−チオチミジン；２−アミノアデニン；２−アミノプリン−リボシド；２，６−ジアミノプリン−リボシド；２’−デオキシイソグアノシン；及び５−ヒドロキシメチル−２’−デオキシシチジンからなる群から独立に選択される、項目５７に記載のＰＮＡプローブ。
（項目５９）
６番染色体のＭＨＣ領域に位置するヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する、項目１１〜５８のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目６０）
１つ以上の疾患若しくは病態に関連するか、又は１つ以上の疾患若しくは病態の発症と既知の相関を有するヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化し、前記疾患又は病態が、自己免疫疾患、糖尿病、及びメタボリックシンドローム、並びに癌からなる群から選択される、項目１１〜５８のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目６１）
自己免疫疾患の疾患リスクに関連する複数のエンハンサーエレメントにマッピングされる異なる位置にあるヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する、項目１１〜５８のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目６２）
糖尿病及びメタボリックシンドロームの疾患リスクに関連する複数のエンハンサーエレメントにマッピングされる異なる位置にあるヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する、項目１１〜５８のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目６３）
異なる白血球サブセットの分化に関連する複数のエンハンサーエレメントにマッピングされる異なる位置にあるヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する、項目１１〜５８のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目６４）
ヒトミトコンドリアＤＮＡ内の配列を標的化する、項目１１〜５８のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目６５）
イヌミトコンドリアＤＮＡ内の配列を標的化する、項目１１〜５８のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目６６）
細菌、古細菌、真菌、原虫、又はこれらの混合物からなる群から選択される１つ以上の寄生虫のゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する、項目１１〜５８のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
（項目６７）
前記寄生虫が、ヒト口腔、ヒト気道、ヒト泌尿生殖器管、ヒト血液、又はヒト糞便に存在する細菌の１つ以上の種である、項目６６に記載のＰＮＡプローブ。
（項目６８）
２つ以上のＰＮＡプローブのセットであって、前記ＰＮＡプローブの少なくとも１つが項目１１〜６７のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブであり、２つ以上のＰＮＡプローブの同じセット中の前記ＰＮＡプローブが同じ核酸断片内の異なる配列を標的化するように設計され、２つ以上のＰＮＡプローブの異なるセット中の前記ＰＮＡプローブが異なる核酸断片を標的化するように設計される、セット。
（項目６９）
前記ＰＮＡプローブの全てが、独立に、項目１１〜４９のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブである、項目６８に記載のセット。
（項目７０）
前記ＰＮＡプローブの少なくとも１つが、（ｉ）アルファ炭素、ベータ炭素、ガンマ炭素、若しくはこれらの組み合わせで荷電部分によって誘導体化されている１個以上のペプチド核酸残基、（ｉｉ）前記アルファ炭素、ベータ炭素、ガンマ炭素、若しくはこれらの組み合わせで中性部分によって誘導体化されている１個以上のペプチド核酸残基、又は（ｉｉｉ）これらの組み合わせを含む、項目６８又は６９に記載のセット。
（項目７１）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、独立に、荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に荷電部分によって誘導体化されていない１個以上３個以下のペプチド核酸残基がある、項目６８〜７０のいずれか一項に記載のセット。
（項目７２）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、独立に、荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に荷電部分によって誘導体化されていない１個以上３個以下のペプチド核酸残基がある、項目６８〜７１のいずれか一項に記載のセット。
（項目７３）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に荷電部分によって誘導体化されていない平均１．０個以上５．０個以下のペプチド核酸残基がある、項目６８〜７２のいずれか一項に記載のセット。
（項目７４）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に荷電部分によって誘導体化されていない平均１．０個以上５．０個以下のペプチド核酸残基がある、項目６８〜７３のいずれか一項に記載のセット。
（項目７５）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、独立に、部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に部分によって誘導体化されていない０個以上２個以下のペプチド核酸残基がある、項目６８〜７４のいずれか一項に記載のセット。
（項目７６）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、独立に、部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に部分によって誘導体化されていない０個以上２個以下のペプチド核酸残基がある、項目６８〜７５のいずれか一項に記載のセット。
（項目７７）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に部分によって誘導体化されていない平均０．５個以上１．５個以下のペプチド核酸残基がある、項目６８〜７６のいずれか一項に記載のセット。
（項目７８）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に部分によって誘導体化されていない平均０．５個以上１．５個以下のペプチド核酸残基がある、項目６８〜７７のいずれか一項に記載のセット。
（項目７９）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上が、独立に、前記アルファ、ベータ、又はガンマ炭素で前記荷電部分によって独立に誘導体化されている２個以上６個以下のペプチド核酸残基を含む、項目６８〜７８のいずれか一項に記載のセット。
（項目８０）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上が、独立に、前記アルファ、ベータ、又はガンマ炭素で前記荷電部分によって独立に誘導体化されている３個以上５個以下のペプチド核酸残基を含む、項目６８〜７８のいずれか一項に記載のセット。
（項目８１）
前記ＰＮＡプローブの全てが、独立に、前記アルファ、ベータ、又はガンマ炭素で前記荷電部分によって独立に誘導体化されている２個以上６個以下のペプチド核酸残基を含む、項目６８〜７９のいずれか一項に記載のセット。
（項目８２）
前記ＰＮＡプローブの全てが、独立に、前記アルファ、ベータ、又はガンマ炭素で前記荷電部分によって独立に誘導体化されている３個以上５個以下のペプチド核酸残基を含む、項目６８〜８１のいずれか一項に記載のセット。
（項目８３）
独立に、前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上が前記ガンマ炭素で前記荷電部分によって誘導体化されている、項目６８〜８２のいずれか一項に記載のセット。
（項目８４）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てが前記ガンマ炭素で前記荷電部分によって誘導体化されている、項目６８〜８３のいずれか一項に記載のセット。
（項目８５）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上が前記ガンマ炭素で前記荷電部分によって誘導体化されている、項目６８〜８４のいずれか一項に記載のセット。
（項目８６）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てが前記ガンマ炭素で前記荷電部分によって誘導体化されている、項目６８〜８５のいずれか一項に記載のセット。
（項目８７）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上がＬ−又はＤ−リジンペプチド核酸残基である、項目６８〜８６のいずれか一項に記載のセット。
（項目８８）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上がＬ−チアリジンペプチド核酸残基である、項目６８〜８７のいずれか一項に記載のセット。
（項目８９）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てがＬ−又はＤ−リジンペプチド核酸残基である、項目６８〜８７のいずれか一項に記載のセット。
（項目９０）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てがＬ−チアリジンペプチド核酸残基である、項目６８〜８６のいずれか一項に記載のセット。
（項目９１）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上がＬ−リジンペプチド核酸残基である、項目６８〜８９のいずれか一項に記載のセット。
（項目９２）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てがＬ−リジンペプチド核酸残基である、項目６８〜８７、８９、又は９１のいずれか一項に記載のセット。
（項目９３）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上がＬ−又はＤ−リジンペプチド核酸残基である、項目６８〜８６のいずれか一項に記載のセット。
（項目９４）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上がＬ−チアリジンペプチド核酸残基である、項目６８〜８６又は９３のいずれか一項に記載のセット。
（項目９５）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てがＬ−又はＤ−リジンペプチド核酸残基である、項目６８〜８６又は９３のいずれか一項に記載のセット。
（項目９６）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てがＬ−チアリジンペプチド核酸残基である、項目６８〜８６のいずれか一項に記載のセット。
（項目９７）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上がＬ−リジンペプチド核酸残基である、項目６８〜８６又は９３〜９５のいずれか一項に記載のセット。
（項目９８）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てがＬ−リジンペプチド核酸残基である、項目６８〜８６、９３、９５、又は９７のいずれか一項に記載のセット。
（項目９９）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上が、独立に、前記アルファ、ベータ、又はガンマ炭素で短鎖オリゴエチレン部分によって誘導体化されている１個以上のペプチド核酸残基を含む、項目６８〜９８のいずれか一項に記載のセット。
（項目１００）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上が、独立に、前記アルファ、ベータ、又はガンマ炭素で前記短鎖オリゴエチレン部分によって独立に誘導体化されている１個以上１９個以下のペプチド核酸残基を含む、項目６８〜９９のいずれか一項に記載のセット。
（項目１０１）
前記ＰＮＡプローブの全てが、独立に、前記アルファ、ベータ、又はガンマ炭素で前記短鎖オリゴエチレン部分によって独立に誘導体化されている１個以上１９個以下のペプチド核酸残基を含む、項目９９又は１００に記載のセット。
（項目１０２）
独立に、前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、前記短鎖オリゴエチレン部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上が前記ガンマ炭素で前記短鎖オリゴエチレン部分によって誘導体化されている、項目９９〜１０１のいずれか一項に記載のセット。
（項目１０３）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、前記短鎖オリゴエチレン部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てが前記ガンマ炭素で前記短鎖オリゴエチレン部分によって誘導体化されている、項目９９〜１０２のいずれか一項に記載のセット。
（項目１０４）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、前記短鎖オリゴエチレン部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上が前記ガンマ炭素で前記短鎖オリゴエチレン部分によって誘導体化されている、項目９９〜１０３のいずれか一項に記載のセット。
（項目１０５）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、前記短鎖オリゴエチレン部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てが前記ガンマ炭素で前記短鎖オリゴエチレン部分によって誘導体化されている、項目９９〜１０４のいずれか一項に記載のセット。
（項目１０６）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、前記短鎖オリゴエチレン部分の１個以上がジエチレングリコールである、項目９９〜１０５のいずれか一項に記載のセット。
（項目１０７）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上において、前記短鎖オリゴエチレン部分の全てがジエチレングリコールである、項目９９〜１０６のいずれか一項に記載のセット。
（項目１０８）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、前記短鎖オリゴエチレン部分の１個以上がジエチレングリコールである、項目９９〜１０７のいずれか一項に記載のセット。
（項目１０９）
前記ＰＮＡプローブの全てにおいて、前記短鎖オリゴエチレン部分の全てがジエチレングリコールである、項目９９〜１０８のいずれか一項に記載のセット。
（項目１１０）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上が、独立に、前記ペプチド核酸残基の塩基部分として擬似相補的核酸塩基を有する１個以上のペプチド核酸残基を含む、項目６８〜１０９のいずれか一項に記載のセット。
（項目１１１）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上が、独立に、前記ペプチド核酸残基の前記塩基部分として擬似相補的核酸塩基を有する１個以上２２個以下のペプチド核酸残基を含む、項目６８〜１１０のいずれか一項に記載のセット。
（項目１１２）
前記ＰＮＡプローブの全てが、独立に、前記ペプチド核酸残基の前記塩基部分として擬似相補的核酸塩基を有する１個以上２２個以下のペプチド核酸残基を含む、項目６８〜１１１のいずれか一項に記載のセット。
（項目１１３）
前記擬似相補的核酸塩基が、プソイドウリジン（５−リボシルウラシル）；７−デアザ−２’−デオキシグアノシン；２，６−ジアミノプリン−２’−デオキシリボシド；Ｎ４−エチル−２’−デオキシシチジン；２−チオチミジン；２−アミノアデニン；２−アミノプリン−リボシド；２，６−ジアミノプリン−リボシド；２’−デオキシイソグアノシン；及び５−ヒドロキシメチル−２’−デオキシシチジンからなる群から独立に選択される、項目１１０〜１１２のいずれか一項に記載のセット。
（項目１１４）
前記ペプチド核酸残基の前記塩基部分として擬似相補的核酸塩基を有する１個以上のペプチド核酸残基を含む前記ＰＮＡプローブの前記１つ以上が、前記１つ以上のＰＮＡプローブのセット中の前記ＰＮＡプローブのサブセットである、項目１１０〜１１３のいずれか一項に記載のセット。
（項目１１５）
前記１つ以上のＰＮＡプローブのセット中の前記ＰＮＡプローブの前記サブセットが、前記１つ以上のＰＮＡプローブのセット中の他のＰＮＡプローブの１つ以上との相互作用能を有すると予想される前記１つ以上のＰＮＡプローブのセット中の前記ＰＮＡプローブのサブセットを含む、項目１１４に記載のセット。
（項目１１６）
前記１つ以上のＰＮＡプローブのセット中の前記ＰＮＡプローブの前記サブセットが、前記１つ以上のＰＮＡプローブのセット中の他のＰＮＡプローブの１つ以上との相互作用能を有すると予想される前記１つ以上のＰＮＡプローブのセット中の前記ＰＮＡプローブのサブセットからなる、項目１１４に記載のセット。
（項目１１７）
前記キャプチャタグがビオチン又はストレプトアビジンである、項目６８〜１１６のいずれか一項に記載のセット。
（項目１１８）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上が末端ペプチド核酸残基の少なくとも１つで１個以上のアミノ酸によって誘導体化されている、項目６８〜１１７のいずれか一項に記載のセット。
（項目１１９）
前記ＰＮＡプローブの１つ以上が前記末端ペプチド核酸残基の少なくとも１つで２個以上のリジン残基によって誘導体化されている、項目１１８に記載のセット。
（項目１２０）
前記ＰＮＡプローブが、６番染色体のＭＨＣ領域に位置するヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する、項目６８〜１１９のいずれか一項に記載のセット。
（項目１２１）
前記ＰＮＡプローブが、１つ以上の疾患若しくは病態に関連するか、又は１つ以上の疾患若しくは病態の発症と既知の相関を有するヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化し、前記疾患又は病態が、自己免疫疾患、糖尿病、及びメタボリックシンドローム、並びに癌からなる群から選択される、項目６８〜１１９のいずれか一項に記載のセット。
（項目１２２）
前記ＰＮＡプローブが、自己免疫疾患の疾患リスクに関連する複数のエンハンサーエレメントにマッピングされる異なる位置にあるヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する、項目６８〜１１９のいずれか一項に記載のセット。
（項目１２３）
前記ＰＮＡプローブが、糖尿病及びメタボリックシンドロームの疾患リスクに関連する複数のエンハンサーエレメントにマッピングされる異なる位置にあるヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する、項目６８〜１１９のいずれか一項に記載のセット。
（項目１２４）
前記ＰＮＡプローブが、異なる白血球サブセットの分化に関連する複数のエンハンサーエレメントにマッピングされる異なる位置にあるヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する、項目６８〜１１９のいずれか一項に記載のセット。
（項目１２５）
前記ＰＮＡプローブがヒトミトコンドリアＤＮＡ内の配列を標的化する、項目６８〜１１９のいずれか一項に記載のセット。
（項目１２６）
前記ＰＮＡプローブがイヌミトコンドリアＤＮＡ内の配列を標的化する、項目６８〜１１９のいずれか一項に記載のセット。
（項目１２７）
前記ＰＮＡプローブが、細菌、古細菌、真菌、原虫、又はこれらの混合物からなる群から選択される１つ以上の寄生虫のゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する、項目６８〜１１９のいずれか一項に記載のセット。
（項目１２８）
前記寄生虫が、ヒト口腔、ヒト気道、ヒト泌尿生殖器管、ヒト血液、又はヒト糞便に存在する細菌の１つ以上の種である、項目１２７に記載のセット。
（項目１２９）
核酸断片の混合物から１つ以上の核酸断片を選択的にエンリッチする方法であって、
（ａ）項目６８〜１２８のいずれか一項に記載の２つ以上のＰＮＡプローブの１つ以上のセットを第１の核酸試料に接触させて反応混合物を形成するステップ；
（ｂ）前記ＰＮＡプローブによる核酸断片内のその標的配列への標的特異的ストランドインベージョン結合を可能にする条件下で前記反応混合物をインキュベートし、それによりインベージョンＰＮＡプローブ結合核酸断片を形成するステップ；
（ｃ）前記キャプチャタグによって前記ＰＮＡプローブ結合核酸断片をキャプチャし、且つ前記キャプチャされたＰＮＡプローブ結合核酸断片から前記反応混合物のキャプチャされなかった成分を取り除くステップ；
（ｄ）前記ＰＮＡプローブから前記キャプチャされた核酸断片を溶出させてエンリッチ核酸試料を形成するステップであって、前記第１の核酸試料と比較したとき、前記エンリッチ核酸試料では前記ＰＮＡプローブの標的とされる核酸断片がエンリッチされている、ステップ
を含む方法。
（項目１３０）
前記反応混合物が一本鎖結合タンパク質を更に含む、項目１２９に記載の方法。
（項目１３１）
前記第１の核酸試料が高い配列複雑度を有する、項目１２９又は１３０に記載の方法。
（項目１３２）
前記第１の核酸試料が二本鎖ＤＮＡを含む、項目１２９〜１３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３３）
前記二本鎖ＤＮＡが完全に変性されたことがないか、又は実質的に変性されたことがない、項目１３２に記載の方法。
（項目１３４）
前記第１の核酸試料がゲノムＤＮＡを含む、項目１２９〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３５）
前記エンリッチ核酸断片が少なくとも２，０００塩基対の平均長さを有する、項目１２９〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３６）
前記エンリッチ核酸断片が少なくとも１０，０００塩基対の平均長さを有する、項目１２９〜１３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３７）
前記エンリッチ核酸断片が少なくとも１５，０００塩基対の平均長さを有する、項目１２９〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３８）
前記エンリッチ核酸断片の各々が少なくとも２，０００塩基対の長さを有する、項目１２９〜１３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３９）
前記エンリッチ核酸断片の各々が少なくとも１０，０００塩基対の長さを有する、項目１２９〜１３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４０）
前記エンリッチ核酸断片の各々が少なくとも１５，０００塩基対の長さを有する、項目１２９〜１３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４１）
前記ＰＮＡプローブの標的とされる前記核酸断片が前記エンリッチ核酸試料中の前記核酸断片の少なくとも９０％を占める、項目１２９〜１４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４２）
前記エンリッチ核酸試料が５０：１〜１５０：１の標的対非標的核酸断片のモル比を含む、項目１２９〜１４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４３）
ステップ（ｂ）の後及びステップ（ｃ）の前に前記反応混合物から未結合ＰＮＡプローブを取り除くステップを更に含む、項目１２９〜１４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４４）
前記ＰＮＡプローブ結合核酸断片をキャプチャするステップと同時に、前記キャプチャタグによって未結合ＰＮＡプローブをキャプチャするステップを更に含む、項目１２９〜１４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４５）
ステップ（ｄ）において前記結合した核酸断片を溶出させるステップが、ＨｅｒｃｕｌａｓｅＩＩＤＮＡポリメラーゼを使用して行われる、項目１２９〜１４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４６）
ステップ（ｄ）において前記結合した核酸断片を溶出させるステップが、ｐＨを上昇させることによる前記荷電部分の脱プロトン化によって行われる、項目１２９〜１４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４７）
前記エンリッチ核酸試料中の前記核酸断片の１つ以上を増幅するステップを更に含む、項目１２９〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４８）
前記エンリッチ核酸試料中の前記核酸断片の実質的に全てが増幅される、項目１４７に記載の方法。
（項目１４９）
前記核酸断片が全ゲノム増幅によって増幅される、項目１４７又は１４８に記載の方法。
（項目１５０）
前記核酸試料がＩＬＬＵＭＩＮＡ−ＭＯＬＥＣＵＬＯ（登録商標）アダプターがライゲートされた核酸断片を含む、項目１２９〜１４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５１）
前記核酸試料が、ＰＡＣＩＦＩＣＢＩＯＳＣＩＥＮＣＥＳ（登録商標）ライブラリ調製のための１つ以上のプロトコルに従って末端修復及び精製された核酸断片を含む、項目１２９〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５２）
前記核酸試料がＰＡＣＢＩＯ（登録商標）ヘアピンアダプターがライゲートされた核酸断片を含む、項目１２９〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５３）
ステップ（ｃ）の後及びステップ（ｄ）の前に、ＰＡＣＢＩＯ（登録商標）ヘアピンアダプターを前記キャプチャされた核酸にライゲートするステップを更に含む、項目１２９〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５４）
（ａ）項目６８〜１２８のいずれか一項に記載のセット；及び
（ｂ）項目１２９〜１５３のいずれか一項に記載の方法の実施に関する説明書
を含むキット。
（項目１５５）
前記方法における１つ以上のステップを実施するための１つ以上の酵素又はタンパク質を更に含む、項目１５４に記載のキット。

Claims

１０個以上２６個以下のペプチド核酸残基を含むペプチド核酸（ＰＮＡ）ハイブリダイゼーションプローブであって、
核酸断片内の配列を標的化するように設計され、
アルファ、ベータ、若しくはガンマ炭素、又はこれらの組み合わせで荷電部分によって誘導体化されている２個以上のペプチド核酸残基と、前記アルファ、ベータ、若しくはガンマ炭素、又はこれらの組み合わせで中性部分によって誘導体化されている１個以上のペプチド核酸残基とを含み、
荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に荷電部分によって誘導体化されていない平均１．８個以上４．０個以下のペプチド核酸残基があり、
１つ以上のキャプチャタグを含む、ペプチド核酸（ＰＮＡ）ハイブリダイゼーションプローブ。
１５個以上２５個以下のペプチド核酸残基、好ましくは、１６個以上２２個以下のペプチド核酸残基を含む、請求項１に記載のＰＮＡプローブ。
１８、１９又は２０個のペプチド核酸残基を含む、請求項１又は２に記載のＰＮＡプローブ。
独立に、荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間の荷電部分によって誘導体化されていない１個以上３個以下のペプチド核酸残基がある、及び／又は
独立に、部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に部分によって誘導体化されていない１、２又は３個のペプチド核酸残基があり、好ましくは、部分によって誘導体化されているあらゆる残基間に部分によって誘導体化されていない２個の残基がある、及び／又は
部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に部分によって誘導体化されていない平均０．４個以上１．５個以下のペプチド核酸残基がある、若しくは部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に部分によって誘導体化されていない平均０．８個以上２．０個以下のペプチド核酸残基がある、及び／又は
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１５％以上５２％以下が部分によって誘導体化されており、好ましくは、前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の３１％以上５０％以下が部分によって誘導体化されている、及び／又は
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１５％以上３２％以下が荷電部分によって誘導体化されている、
請求項１〜３のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の２個以上７個以下が荷電部分によって誘導体化されており、好ましくは、前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の３、４、５、又は６個が荷電部分によって誘導体化されており、より好ましくは、前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の４、５又は６個が荷電部分によって誘導体化されている、及び／又は
荷電部分によって誘導体化されているあらゆるペプチド核酸残基間に荷電部分によって誘導体化されていない少なくとも２個のペプチド核酸残基がある、及び／又は
前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上が前記ガンマ炭素で前記荷電部分によって誘導体化されており、好ましくは、前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てが前記ガンマ炭素で前記荷電部分によって誘導体化されている、及び／又は
前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上がＬ−リジンペプチド核酸残基である、及び／又は
前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上がＬ−チアリジンペプチド核酸残基である、及び／又は
荷電部分によって誘導体化されている１個以上の前記ペプチド核酸残基が負電荷部分によって誘導体化されており、好ましくは、荷電部分によって誘導体化されている１個以上の前記ペプチド核酸残基がグルタミン酸又はこれらの誘導体及び変異体であり、より好ましくは、荷電部分によって誘導体化されている１個以上の前記ペプチド核酸残基がグルタミン酸ペプチド核酸残基である、及び／又は
前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てがＬ−リジンペプチド核酸残基である、若しくは前記荷電部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てがＬ−チアリジンペプチド核酸残基である、
請求項１〜４のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
前記ペプチド核酸残基の３、４、５又は６個が前記荷電部分によって誘導体化されており、
１個以上の前記ペプチド核酸残基が、ガンマ−Ｌ−リジンＰＮＡ、ガンマ−Ｌ−チアリジンＰＮＡ、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される前記荷電部分によって誘導体化されており、
前記荷電部分によって誘導体化されていない前記ペプチド核酸残基の１個以上６個以下がジエチレングリコールによって誘導体化されており、前記キャプチャタグがビオチンであり、好ましくは、前記ペプチド核酸残基の４個が、ガンマ−Ｌ−リジンＰＮＡ又はガンマ−Ｌ−チアリジンＰＮＡであり、前記ペプチド核酸残基の４個が、ジエチレングリコールによって誘導体化されており、前記キャプチャタグがビオチンである、請求項１〜５のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の４％以上８５％以下が中性部分によって誘導体化されており、好ましくは、前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の４％以上５０％以下が中性部分によって誘導体化されており、より好ましくは、前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の４％以上３５％以下が中性部分によって誘導体化されている、又は
前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１個以上１２個以下が中性部分によって誘導体化されており、好ましくは、前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１個以上９個以下が中性部分によって誘導体化されており、より好ましくは、前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１個以上６個以下が中性部分によって誘導体化されており、より好ましくは、前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１、２、３、又は４個が中性部分によって誘導体化されており、最も好ましくは、前記ＰＮＡプローブの前記ペプチド核酸残基の１又は２個が中性部分によって誘導体化されている、請求項１〜６のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
中性部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の１個以上が前記ガンマ炭素で誘導体化されており、好ましくは、中性部分によって誘導体化されている前記ペプチド核酸残基の全てが前記ガンマ炭素で誘導体化されている、及び／又は
前記中性部分の１個以上が短鎖オリゴエチレン部分であり、好ましくは、前記中性部分の全てが短鎖オリゴエチレン部分であり、より好ましくは、前記短鎖オリゴエチレン部分の１個以上がジエチレングリコールである、又は前記短鎖オリゴエチレン部分の全てがジエチレングリコールである、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
末端ペプチド核酸残基の少なくとも１つで１個以上のアミノ酸によって誘導体化されており、好ましくは、前記末端ペプチド核酸残基の少なくとも１つで２個以上のリジン残基によって誘導体化されている、請求項１〜８のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
１個以上のペプチド核酸残基が前記ペプチド核酸残基の塩基部分として擬似相補的核酸塩基を有し、好ましくは、前記擬似相補的核酸塩基が、プソイドウリジン（５−リボシルウラシル）；７−デアザ−２’−デオキシグアノシン；２，６−ジアミノプリン−２’−デオキシリボシド；Ｎ４−エチル−２’−デオキシシチジン；２−チオチミジン；２−アミノアデニン；２−アミノプリン−リボシド；２，６−ジアミノプリン−リボシド；２’−デオキシイソグアノシン；及び５−ヒドロキシメチル−２’−デオキシシチジンからなる群から独立に選択される、請求項１〜９のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
前記ＰＮＡプローブが、（ａ）６番染色体のＭＨＣ領域に位置するヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する；（ｂ）１つ以上の疾患若しくは病態に関連するか、又は１つ以上の疾患若しくは病態の発症と既知の相関を有するヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化し、前記疾患又は病態が、自己免疫疾患、糖尿病、メタボリックシンドローム、並びに癌からなる群から選択される；（ｃ）自己免疫疾患の疾患リスクに関連する複数のエンハンサーエレメントにマッピングされる異なる位置にあるヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する；（ｄ）糖尿病及びメタボリックシンドロームの疾患リスクに関連する複数のエンハンサーエレメントにマッピングされる異なる位置にあるヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する；（ｅ）異なる白血球サブセットの分化に関連する複数のエンハンサーエレメントにマッピングされる異なる位置にあるヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する；（ｆ）ヒトミトコンドリアＤＮＡ内の配列を標的化する；（ｇ）イヌミトコンドリアＤＮＡ内の配列を標的化する；又は（ｈ）細菌、古細菌、真菌、原虫、又はこれらの混合物からなる群から選択される１つ以上の寄生虫のゲノムＤＮＡ内の配列を標的化し、好ましくは、前記寄生虫が、ヒト口腔、ヒト気道、ヒト泌尿生殖器管、ヒト血液、又はヒト糞便に存在する細菌の１つ以上の種である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブ。
２つ以上のＰＮＡプローブのセットであって、前記ＰＮＡプローブの少なくとも１つが請求項１〜１１のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブであり、２つ以上のＰＮＡプローブの同じセット中の前記ＰＮＡプローブが同じ核酸断片内の異なる配列を標的化するように設計され、２つ以上のＰＮＡプローブの異なるセット中の前記ＰＮＡプローブが異なる核酸断片を標的化するように設計され、好ましくは、前記ＰＮＡプローブの全てが、独立に、請求項１〜１１のいずれか一項に記載のＰＮＡプローブである、セット。
前記ＰＮＡプローブの１つ以上が、独立に、前記ペプチド核酸残基の塩基部分として擬似相補的核酸塩基を有する１個以上のペプチド核酸残基を含み、
前記ペプチド核酸残基の前記塩基部分として擬似相補的核酸塩基を有する１個以上のペプチド核酸残基を含む前記ＰＮＡプローブの前記１つ以上が、前記１つ以上のＰＮＡプローブのセット中の前記ＰＮＡプローブのサブセットであり、
前記１つ以上のＰＮＡプローブのセット中の前記ＰＮＡプローブの前記サブセットが、前記１つ以上のＰＮＡプローブのセット中の他のＰＮＡプローブの１つ以上との相互作用能を有すると予想される前記１つ以上のＰＮＡプローブのセット中の前記ＰＮＡプローブのサブセットを含む、請求項１２に記載のセット。
前記ＰＮＡプローブが、（ａ）６番染色体のＭＨＣ領域に位置するヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する；（ｂ）１つ以上の疾患若しくは病態に関連するか、又は１つ以上の疾患若しくは病態の発症と既知の相関を有するヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化し、前記疾患又は病態が、自己免疫疾患、糖尿病、及びメタボリックシンドローム、並びに癌からなる群から選択される；（ｃ）自己免疫疾患の疾患リスクに関連する複数のエンハンサーエレメントにマッピングされる異なる位置にあるヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する；（ｄ）糖尿病及びメタボリックシンドロームの疾患リスクに関連する複数のエンハンサーエレメントにマッピングされる異なる位置にあるヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する；（ｅ）異なる白血球サブセットの分化に関連する複数のエンハンサーエレメントにマッピングされる異なる位置にあるヒトゲノムＤＮＡ内の配列を標的化する；（ｆ）ヒトミトコンドリアＤＮＡ内の配列を標的化する；（ｇ）イヌミトコンドリアＤＮＡ内の配列を標的化する；又は（ｈ）細菌、古細菌、真菌、原虫、又はこれらの混合物からなる群から選択される１つ以上の寄生虫のゲノムＤＮＡ内の配列を標的化し、好ましくは、前記寄生虫が、ヒト口腔、ヒト気道、ヒト泌尿生殖器管、ヒト血液、又はヒト糞便に存在する細菌の１つ以上の種である、請求項１２又は１３に記載のセット。
核酸断片の混合物から１つ以上の核酸断片を選択的にエンリッチする方法であって、
（ａ）請求項１２〜１４のいずれか一項に記載の２つ以上のＰＮＡプローブの１つ以上のセットを第１の核酸試料に接触させて反応混合物を形成するステップ；
（ｂ）前記ＰＮＡプローブによる核酸断片内のその標的配列への標的特異的ストランドインベージョン結合を可能にする条件下で前記反応混合物をインキュベートし、それによりインベージョンＰＮＡプローブ結合核酸断片を形成するステップ；
（ｃ）前記キャプチャタグによって前記ＰＮＡプローブ結合核酸断片をキャプチャし、且つ前記キャプチャされたＰＮＡプローブ結合核酸断片から前記反応混合物のキャプチャされなかった成分を取り除くステップ；
（ｄ）前記ＰＮＡプローブから前記キャプチャされた核酸断片を溶出させてエンリッチ核酸試料を形成するステップであって、前記第１の核酸試料と比較したとき、前記エンリッチ核酸試料では前記ＰＮＡプローブの標的とされる核酸断片がエンリッチされている、ステップ
を含む方法。
前記反応混合物が一本鎖結合タンパク質を更に含む、及び／又は
前記第１の核酸試料が高い配列複雑度を有する、及び／又は
前記第１の核酸試料が二本鎖ＤＮＡを含み、好ましくは、前記二本鎖ＤＮＡが完全に変性されたことがないか、又は実質的に変性されたことがない、及び／又は
前記第１の核酸試料がゲノムＤＮＡを含む、及び／又は
前記エンリッチ核酸断片が少なくとも２，０００塩基対の平均長さを有し、好ましくは、前記エンリッチ核酸断片が少なくとも１０，０００塩基対の平均長さを有し、より好ましくは、前記エンリッチ核酸断片が少なくとも１５，０００塩基対の平均長さを有する、及び／又は
前記ＰＮＡプローブの標的とされる前記核酸断片が前記エンリッチ核酸試料中の前記核酸断片の少なくとも９０％を占める、及び／又は
前記エンリッチ核酸試料が５０：１〜１５０：１の標的対非標的核酸断片のモル比を含む、請求項１５に記載の方法。
（ａ）請求項１２〜１４のいずれか一項に記載のセット；及び
（ｂ）請求項１５〜１６のいずれか一項に記載の方法の実施に関する説明書
を含むキットであって、前記キットが、好ましくは、前記方法における１つ以上のステップを実施するための１つ以上の酵素又はタンパク質を更に含む、キット。