Aufgabe
der Erfindung war es daher, Promotoren mit verbesserter Effektivität bereitzustellen,
die die Expression von Proteinen und Peptiden in Hefezellen steuern
können.
Eine weitere Aufgabe war es, Vektoren zur Verfügung zu stellen, mit denen
Polypeptide und Proteine exprimiert und die exprimierten Produkte
aus der Zelle ausgeschleust werden können.
Diese
Aufgaben werden mit den erfindungsgemäß bereitgestellten DNA-Sequenzen,
Expressionskassetten und -vektoren, Plasmiden und Verfahren, die
in den Ansprüchen
definiert sind, gelöst.
Gegenstand
der Erfindung ist daher die Bereitstellung einer neuen DNA-Sequenz,
neuer regulatorischer Elemente, eines Verfahrens zum Ausschleusen
von Proteinen aus der Zelle sowie die Bereitstellung geeigneter
Expressionskassetten, Plasmide und Mikroorganismen.
Gemäß einem
ersten Aspekt der Erfindung wird die DNA-Sequenz gemäß SEQ ID
Nr. 1 zur Verfügung gestellt:
Die
DNA-Sequenz gemäß SEQ ID
Nr. 1 ist eine Nucleinsäuresequenz,
die die regulatorischen Regionen und den offenen Leserahmen für das Enzym
Triosephosphatisome rase codiert. Im Bereich der Nucleotide 1 bis 1112
finden sich als Promotor aktive regulatorische Regionen dieses Gens.
Das
Enzym Triosephosphatisomerase (im Folgenden auch als TPI bezeichnet)
ist ein glycolytisches Enzym, das an dem Abbau von Glucose und Fructose,
der zur Energiegewinnung in Zellen stattfindet, beteiligt und daher
weit verbreitet ist. Die Triosephosphatisomerase dient dazu, das
bei der Spaltung von Fructose-1,6-biphosphat neben dem Glycerinaldehyd-3-phosphat
entstehende Dihydroxyacetonphosphat ebenfalls zu Glycerinaldehyd-3-phosphat
zu isomerisieren, das dann schließlich über mehrere Stufen unter Energiegewinnung
in Pyruvat umgewandelt wird. Das Enzym ist auch am Metabolismus
komplexer Lipide beteiligt. Es ist ein Homodimer, dessen Untereinheiten
aus etwa 250 Aminosäuren
bestehen.
Die
Aminosäure-
und Nucleotidsequenz des Enzyms Triosephosphatisomerase (EC 5.3.1.1)
aus der Hefeart Kluyveromyces marxianus var. marxianus wurde von
den Erfindern aufgeklärt
und letztere ist in SEQ ID Nr. 1 angegeben. Sequenzen des En zyms
TPI in anderen Organismen sind bekannt; die Sequenz für TPI in
S.cerevisiae wurde aufgeklärt
und mit der Nummer YDR050CCDS bezeichnet. Bei einem Sequenzvergleich wurde
gefunden, dass die Übereinstimmung
der TPI codierenden DNA-Sequenzen
in verschiedenen Mikroorganismen im Hinblick auf den offenen Leserahmen
hoch ist, im Hinblick auf die regulatorischen Sequenzen jedoch gering.
Bei
der Untersuchung der Expression dieses Enzyms in dem speziellen
Organismus K. marxianus wurde gefunden, dass der die Expression
von TPI steuernde Promotor ein sehr starker Promotor ist und sowohl
in funktioneller Verbindung mit Fremdproteinen als auch in Zellen
von anderen Hefearten und -stämmen effizient
ist.
Ein
weiterer Aspekt der Erfindung betrifft daher die Bereitstellung
eines neuen Promotors, der die Nucleotide 1 bis 1112 von SEQ ID
Nr. 1 oder Teile davon, die als Promotor aktiv sind, aufweist. Der
erfindungsgemäße Promotor
kann in an sich bekannter Weise in funktioneller Verbindung mit
Fremdgenen eingesetzt werden.
Eine
DNA-Sequenz mit den Nucleotiden 1 bis 1112 von SEQ ID Nr. 1 wird
im folgenden auch als Promotor-Sequenz bezeichnet.
Erfindungsgemäß wird ein
Promoter zur Verfügung
gestellt, der in Hefen aktiv ist und ein Expressionssystem liefert,
das sehr variabel ist. Es ist unter anderem für Kluyveromyces und andere
Hefearten geeignet und kann z.B. für Hefearten wie Saccharomyces
cerevisiae und Kluyveromyces lactis eingesetzt werden. Versuche,
die im experimentellen Teil beschrieben werden, haben gezeigt, dass
unter der Kontrolle des erfindungsgemäßen Promotors eine hocheffektive
Expression von Fremdprotein erfolgt.
Der
neue erfindungsgemäß bereitgestellte
konstitutive Promotor ist für
die Expression von rekombinanten Proteinen in Hefezellen geeignet.
Unter Promotor wird hier eine DNA-Sequenz verstanden, von der aus die
Transkription eines Genes gesteuert wird. Die Bezeichnung "als Promotor aktiver
Teil" bedeutet eine
Teilsequenz des Promotors, die in Verbindung mit einem offenen Leserahmen
zur Expression des von dem Leserahmen codierten Polypeptids führt.
Es
wurde festgestellt, dass der Promotor, der in K.marxianus die Expression
von TPI reguliert, im Folgenden auch als KmTPI-Promotor bezeichnet,
sieben mögliche
Transkriptionsstartstellen aufweist. Diese sind in der Sequenz von
SEQ ID Nr. 1 als Transkriptionsstart #1 bis #7 bezeichnet. Es wurde
auch gefunden, dass zur Expression verschiedene Mikroorganismen
verschiedene Sequenzmotive als Transkriptionsstartpunkt nutzen.
Die Leistung des Promotors hängt
unter anderem davon ab, welche der Transkriptionsstartpunkte bei
der Expression verfügbar
sind und daher läßt sich
die Stärke
des Promotors durch Auswahl der Sequenzteilstücke jeweils maßgenau für den Mikroorganismus,
in dem die Expression erfolgen soll, einstellen.
Zum
Beispiel wirkt der KmTPI-Promotor in Kluyveromyces marxianus so
stark, dass schon ein Teilbereich der Promotor-DNA mit nur einer
Transkriptionsstartstelle zur Expression eines Polypeptides führt. In
anderen Kluyveromyces-Arten, wie z.B. K. lactis, ist es vorteilhaft,
wenn mindestens drei, bevorzugter mindestens fünf Transkriptionsstartpunkte
in der Sequenz enthalten sind. Daher wird für die Expression in Kluyveromyces-Arten,
wie K. lactis bevorzugt als Promotor eine Sequenz verwendet, die
mindestens fünf
Transkriptionsstartstellen umfasst, z.B. eine Sequenz mindestens
mit den Nukleotiden 352 bis 1112 von SEQ ID Nr. 1.
Der
erfindungsgemäß bereitgestellte
KmTPI-Promotor ist auch in Saccharomyces funktionell. Um eine zufriedenstellende
Expression zu erreichen, wird allerdings empfohlen, in Organismen
dieser Gattung den KmTPI-Maximalpromotor mit den Nucleotiden 1 bis
1112 von SEQ ID Nr. 1 zu verwenden.
Die
beschriebenen Nucleinsäuresequenzen
mit Promotor-Aktivität
schließen
solche Sequenzen ein, die durch Modifikation, Substitution, Deletion
oder Insertion oder Kombinationen hiervon entstanden sind. Hierzu
kann auch die Promotor-Sequenz mit weiteren regulatorischen Upstream-Sequenzen
mit Enhancer-, Aktivator- und/oder Repressorfunktionen versehen
sein. Als Sequenz mit Promotor-Aktivität werden solche Sequenzen angesehen,
die einen Teil der beanspruchten Sequenz oder ein Derivat davon
umfassen, das noch als Promotor für die Expression von Proteinen
wirkt.
Erfindungsgemäß werden
weiterhin auch solche Sequenzen inbetracht gezogen, die mit der
beanspruchten Nucleotidsequenz bzw. den beanspruchten Teilen davon,
z.B. der Promotorsequenz, eine Homologie von mindestens 70%, bevorzugter
mindestens 90% und insbesondere mindestens 95% aufweisen, solange
die jeweiligen Sequenzen auch eine vergleichbare biologische Funktion
haben. Für
die Zwecke der vorliegenden Erfindung wird die Homologie dabei in üblicher
Weise unter Verwendung der üblichen
Algorithmen bestimmt. Teil der Erfindung sind auch solche Sequenzen,
die unter stringenten Bedingungen mit den erfindungsgemäßen Sequenzen
hybridisieren.
Erfindungsgemäß werden
darüberhinaus
auch solche Nucleinsäuren
inbetracht gezogen, die zu TPI homologe Polypeptide codieren, insbesondere
solche mit mindestens 80% Homologie. Der Ausdruck "homologes Polypeptid" umfasst in der vorliegenden Beschreibung
ein Polypeptid, das im wesentlichen die gleiche Aminosäuresequenz
und im wesentlichen die gleiche biologische Aktivität aufweist,
wie das beanspruchte Polypeptid. Ein Homolog kann sich von dem Ausgangspolypeptid
dadurch unterscheiden, dass es mehr, weniger oder andere Aminosäuren aufweist,
wobei die Funktion aber erhalten bleibt. Der Fachmann kennt Verfahren, um
entsprechend modifizierte Polypeptide zu erzeugen.
Die
Bereitstellung des erfindungsgemäßen Promotors
erfolgt in an sich bekannter Weise, indem entweder die natürlich vorkommende
Sequenz isoliert wird, was bevorzugt ist, oder die Sequenz gentechnisch hergestellt
oder chemisch synthetisiert wird. Verfahren zur Gewinnung oder Synthese
sind dem Fachmann bekannt und bedürfen hier keiner näheren Erläuterung.
Wesentlich ist nur, dass der Promotor der Triosephosphatisomerase
aus K. marxianus, mit den Nucleotiden bis einschließlich 1112
von SEQ ID Nr. 1, oder ein aktiver Teil davon verwendet wird.
Um
die Verwendung des erfindungsgemäßen Promotors
zu erleichtern, wird weiterhin ein Expressionssystem bzw. eine Expressionskassette
zur Verfügung
gestellt, die die Promotor-Sequenz, wie oben definiert, oder einen
als Promotor aktiven Teil davon, einen Terminator und gegebenenfalls
weitere regulatorische Sequenzen, wie Enhancer, und einen Insertionsklonierungsort
aufweist. In den Insertionsklonierungsort kann das gewünschte zu
exprimierende Gen oder die DNA für
ein zu exprimierendes Fremdprotein eingesetzt werden, die unter
der Kontrolle des erfindungsgemäßen Promotors
transkribiert werden kann.
Die
erfindungsgemäße Expressionskassette
umfaßt
in ihrer einfachsten Form eine Promotorsequenz oder einen als Promotor
aktiven Teil davon, einen Insertionsklonierungsort, in den das Polynucleotid
für das
zu exprimierende Protein einkloniert werden kann, und eine als Terminator
wirksame Nucleotidsequenz. Als Insertionsklonierungsort geeignete
Sequenzen sind dem Fachmann bekannt und bedürfen hier keiner näheren Erläuterung.
Als Terminator kann z.B. die bei der Expression von TPI als Terminator
wirkende Sequenz verwendet werden. Letzere umfasst die Nucleotide
1860 bis 2163 von SEQ ID Nr. 1 oder als Terminator aktive Teile
davon. Gute Ergebnisse wurden auch erzielt bei Verwendung der Terminatorregion
des Endopolygalacturonasegens aus Kluyveromyces marxianus.
Die
erfindungsgemäße Expressionskassette
kann vielfältig
verwendet werden. Der Insertionsklonierungsort ist eine Schnittstelle,
an der die Sequenz aufgeschnitten werden kann und das Polynucleotid
für das gewünschte Protein
oder Peptid einligiert werden kann. In dieser einfachsten Form wird
bei der Expression das Protein intrazellulär produziert und nicht aus
der Zelle ausgeschleust. Es kann dann nach Aufschluß der Zelle in
an sich bekannter Weise gewonnen werden. Diese Ausführungsform
eignet sich sowohl für
kleine Peptide und Proteine, die außerhalb der Zelle instabil
sind als auch für
Proteine, die generell intrazellulär lokalisiert sind.
Die
erfindungsgemäßen Expressionskassetten
können
zur Expression von DNA-Sequenzen
in Zellen, insbesondere Hefezellen, verwendet werden. Besonders
geeignet sind die erfindungsgemäßen Expressionskassetten
zur Expression in Hefezellen der Gattungen Saccharomyces und Kluyveromyces,
z.B. S. cerevisieae, K. lactis, K. marxianus und andere.
Die
erfindungsgemäße Expressionskassette
eignet sich sowohl zum Einbau in sich autonom replizierende Plasmide
als auch zum Einbau in Hefechromosomen über integrative Vektoren.
Es
ist jedoch bevorzugt, eine Expressionskassette, in die das gewünschte Polynucleotid
zur Expression eines Peptids oder Proteins einligiert wurde, in
einem E.coli-Plasmid zu amplifizieren und dann die E.coli-Plasmide
zu gewinnen, die Expressionskassette mit geeigneten Restriktionsendonucleasen,
für die
Schnittstellen an den Rändern
der Expressionskassette vorgesehen sind, auszuschneiden und die
Expressionskassette in einen Hefevektor einzuligieren. Die Vektoren
enthalten üblicherweise
Selektionsmarker, um erfolgreich transformierte Zellen in an sich
bekannter Weise selektieren zu können.
Die
Plasmide können
gegebenenfalls in E. coli vermehrt und dann in Kluyveromyces- marxianus
oder einen anderen Kluyveromyces-Stamm oder auch einen anderen Hefestamm
eingesetzt werden. Als Transformationssystem können beispielsweise bekannte
Plasmide auf Basis des Kluyveromyces drosophilarum-Plasmides pKD1
verwendet werden. Abkömmlinge
dieses Plasmids eignen sich zur Verwendung in Kluyveromyces marxianus
und führen
bei Verwendung des erfindungsgemäßen Expressionssystems
zu einer effektiven Expression von Fremdproteinen im entsprechenden
Wirt.
In
einer anderen Ausführungsform
kann aus den erfindungsgemäßen, wie
oben vorbereiteten Plasmiden die Expressionskassette einschließlich des
zu exprimierenden Polynucleotids herausgeschnitten und als lineare
oder zirkularisierte DNA als Integrationskassette direkt mit Hefezellen
in Kontakt gebracht werden, um von diesen aufgenommen zu werden.
Ein stabiler Einbau in die Wirtszelle kann dann über homologe Rekombination
erfolgen, sofern ein Teil der Nucleinsäuren für die Wirtszelle homolog ist.
Aufgrund einer Homologie von Teilen der Expressionskassette, z.B.
des TPI-Gens oder der regulatorischen Sequenzen davon, mit dem Genom
der Hefe wird dann in einem Teil der behandelten Zellen die DNA
in die entsprechenden Chromosomen durch Austausch mit den entsprechenden
Sequenzen aufgenommen.
Die
erfindungsgemäße Expressionskassette
wird stabil in Chromosomen eingebaut und führt, wenn die Zellen unter
optimalen Bedingungen gezüchtet
werden, zu einer guten Ausbeute des gewünschten Proteins. Abhängig von
der Art des zu exprimierenden Proteins oder Peptids kann die Kopienzahl
des Systems eingestellt werden. Falls eine höhere Kopienzahl erwünscht ist,
werden in an sich bekannter Weise an die Enden der Expressionskassette
Sequenzen eines in größerer Kopienzahl
in dem Chromosomensatz vorliegenden Gens, z.B. für rDNA, anligiert, um eine
höhere
Anzahl an Austauschereignissen zu bewirken.
In
an sich bekannter Weise kann zusätzlich
noch ein Markergen in die Sequenz miteingebaut werden, damit die
erfolgreich transformierten Zellen selektiert werden kön nen. Verfahren
und hierzu geeignete Marker sind dem Fachmann bekannt und bedürfen hier
keiner näheren
Erläuterung.
Das
erfindungsgemäße Expressionssystem
ist geeignet zur Expression verschiedener heterologer und homologer
Proteine. Vorteilhaft ist die Expression homologer Proteine dann,
wenn die Expression eines in dem verwendeten Organismus vorhandenen
Proteins verstärkt
werden soll, da der erfindungsgemäße Promotor die Menge an produziertem
Protein stark verbessern kann. Bevorzugt wird das System verwendet
zur Expression von Hormonen, z.B. Wachstumshormonen und Wachstumsfaktoren,
immunmodulierenden Faktoren, z.B. Interferonen und Interleukinen,
Enzymen, z.B. Endopolygalacturonase, Reportergenen, z.B. EGFP, oder
Antigenen, z.B. Oberflächenantigenen
von Viren, unter anderem S-Antigene von Hepatitis-B-Virus oder Virusprotein
1 aus Polyoma-Virus. Letztere Proteine können besonders vorteilhaft
als Impfstoffe eingesetzt werden.
Die
erfindungsgemäße Expressionskassette
ist unter anderem für
Hefen der Stämme
Kluyveromyces und Saccharomyces geeignet und wird bevorzugt in Hefestämmen der
Art Kluyveromyces marxianus var. marxianus verwendet.
TPI
ist ein intrazellulär
wirkendes Enzym und katalysiert Stoffwechselvorgänge, die normalerweise innerhalb
der Zelle ablaufen. TPI wird daher üblicherweise nicht in dem die
Zelle umgebenden Medium erwartet und auch nicht gefunden. Wie nicht
anders bei einem Enzym mit intrazellulärer Wirkung zu erwarten, wurde daher
auch keine Signalsequenz gefunden.
Überraschenderweise
wurde nun bei einem speziellen Mikroorganismus, nämlich Kluyveromyces marxianus,
TPI im Zellüberstand
nachgewiesen. Daraufhin wurde im offenen Leserahmen, der TPI codiert, nach
Signalsequenzen gesucht, es konnten aber keine typischen Sequenzen
gefunden werden. Die Ausschleusung dieses Enzyms, das im folgenden
auch als KmTPI bezeichnet wird, scheint daher auf anderen, Golgi unabhängigen Mechanismen
zu beruhen. Die Eigenschaft des Enzyms KmTPI, die Zelle zu verlassen, macht
sich die vorliegende Erfindung zunutze.
Natürlicherweise
werden Peptide und Proteine dann aus der Zelle ausgeschleust, wenn
sie über
eine Signalsequenz verfügen.
Diese Signalsequenz erzeugt bei der Translation einen Abschnitt,
der für
den Membranenkontakt und den Durchtritt des auszuschleusenden Proteins
sorgt. Dieser Mechanismus liegt bei KmTPI aber offensichtlich nicht
vor, sondern die spezielle Triosephosphatisomerase aus K. marxianus
weist Eigenschaften auf, die ein Durchdringen der Zellmembranen
ermöglichen.
Darüberhinaus
wurde festgestellt, dass auch ein durch Fusion angehängtes Peptid
oder Protein zusammen mit der Triosephosphatisomerase aus der Zelle
ausgebracht wird.
Die
Erfinder der vorliegenden Erfindung haben festgestellt, dass einerseits
KmTPI nicht nur in K. marxianus nach der Expression aus der Zelle
ausgeschleust wird, sondern dass es nach Transformation von anderen
Hefestämmen
mit autonom replizierenden Plasmiden, die das KmTPI-Gen exprimieren
können,
zu einer Überexpression
und Ausschüttung
von TPI in das Kulturmedium kommt, und dass es andererseits möglich ist, durch
Bildung von Fusionsproteinen mit TPI, Fremdproteine nach der Transkription
und Translation als Fusionsproteine in das umgebende Zellmedium
auszuschleusen.
Ein
weiterer Gegenstand der Erfindung ist daher ein Verfahren zum Ausschleusen
eines Fremdproteins in Form eines Fusionsproduktes mit Triosephosphatisomerase,
bei dem man eine Sequenz, die mindestens regulatorische Sequenzen
und eine Fusions-DNA,
die für
Triosephosphatisomerase und das gewünschte Peptid oder Protein
codiert, zur Expression bringt, das gebildete Fusionsprotein isoliert
und das Fremdprotein abtrennt.
Auf
diese Weise ist es möglich,
ein Fusionsprodukt im Zellüberstand
zu erhalten. Das Fusionsprodukt kann sowohl ein Hybridmolekül sein,
d.h. aus einem homologen und einem heterologen Anteil bestehen,
als auch ein Fusionsprotein sein, das aus zwei, oder gegebenenfalls
mehr, heterologen Teilen besteht. Bei dem Fusionsprotein kann der
TPI-Teil an dem Fremdprotein sowohl N-terminal als auch C-terminal
vorhanden sein. Für
die Ausschleusung aus der Zelle ist der TPI-Teil am N-terminalen
Ende des Fremdproteins bevorzugt. Das Fusionsprodukt kann anschließend in
an sich bekannter Weise getrennt werden.
Um
die Trennung des Fusionsproduktes zu erleichtern, wird bevorzugt
zwischen die beiden die Proteine codierenden DNA-Sequenzen noch
eine DNA-Sequenz, die einen Abstandshalter codiert, in an sich bekannter
Weise eingefügt.
Der Abstandshalter zwischen beiden Molekülteilen sollte groß genug
sein, um ein leichtes Auftrennen zu ermöglichen und stellt in einer
besonders bevorzugten Ausführungsform
eine Schnittstelle für
Enzyme bereit.
Es
wurde überraschenderweise
festgestellt, dass durch Ankopplung an Triosephosphatisomerase sogar
hydrophobe Peptide oder Proteine aus Zellen ausgeschleust werden,
die bei Verwendung üblicher
Signalsequenzen nicht oder nur in geringem Maße im Überstand zu finden sind. Dies
wurde gezeigt für
das Oberflächenantigen
von Hepatitis B, (Hbs), das mit den üblichen Verfahren nicht aus
der Zelle ausgebracht werden kann.
Das
Ausschleusen von Proteinen über
die Fusion mit TPI ist daher besonders geeignet für solche
Proteine, die aufgrund ihrer Hydrophobizität oder fehlender Signalpeptide
normalerweise nicht aus der Zelle ausgeschleust werden.
Im
experimentellen Teil werden Expressionsversuche gezeigt, die bei
Verwendung dieser erfindungsgemäßen Kombinationen
zu hohen Ausbeuten führen.
Wenn
es erwünscht
ist, ein Polypeptid oder Protein nach der Expression aus der Zelle
auszuschleusen, wird dies daher bewirkt, indem ein Fusionsprodukt
aus KmTPI und dem gewünschten
Fremdprotein erzeugt wird. Dazu kann in den Insertionsklonierungsort
der oben beschriebenen Expressionskassette z. B. ein ein Fusionsprotein
co dierendes Polynucleotid mit N-terminaler oder C-terminaler TPI,
einligiert werden. Bevorzugt wird zwischen den Sequenzen für die beiden
Proteine noch eine einen Linker codierende DNA-Sequenz vorgesehen,
um später
die Spaltung des Fusionsproduktes zu erleichtern. Das Fremdprotein
wird dann nach der Expression aufgrund der "Ausschleusungsfähigkeit" von KmTPI zusammen mit diesem als Fusionsprodukt aus
der Zelle ausgetragen und kann dann nach Abtrennung aus dem Zellmedium
und durch Abspaltung von KmTPI in eleganter Weise gewonnen werden.
Natürlich kann
zum Ausschleusen eines exprimierten Proteins auch eine an sich bekannte
Signalsequenz eingesetzt werden. Diese wird zwischen den Promotor
und das zu exprimierende Fremdgen in an sich bekannter Weise einligiert.
Bevorzugt wird als Signalsequenz eine solche, die für den verwendeten
Organismus homolog ist, verwendet. Besonders gute Ergebnisse wurden
erzielt mit einer Kombination aus dem Promotor der Triosephosphatisomerase,
bzw. einem als Promotor wirksamen Teil davon, und der Signalsequenz des
Endopolygalacturonase-Gens aus Kluyveromyces marxianus.
Eine
weitere Verbesserung der Expression und Sekretion wird erhalten,
wenn die ausschleusende Wirkung von TPI durch die Bereitstellung
einer Signalsequenz verstärkt
wird. Erfindungsgemäß kann daher auch
die oben beschriebene Ausführungsform,
in der eine DNA-Sequenz, die ein Fusionsprodukt aus KmTPI mit dem
gewünschten
Fremdprotein codiert, in Kombination mit einer bekannten Signalsequenz,
wie im vorhergehenden Abschnitt beschrieben, verwendet werden. Auch
diese Kombination ist Teil der vorliegenden Erfindung.
In
einer weiteren Ausführungsform
der Erfindung wird daher ein Expressions- und Sekretionssystem bereitgestellt,
das in operativer Verbindung die oben definierte Promotorsequenz
oder einen als Promotor aktiven Teil davon, eine als Terminator
aktive Sequenz, und, zwischen diesen beiden Sequenzen eine Signalsequenz
aufweist. Bevorzugt wird als Signalsequenz eine bekannte Sequenz
eingesetzt. Dabei handelt es sich um die Signalsequenz des Enzyms
Endopolygalacturonase (EPG) aus K. marxia nus. Bevorzugt wird daher
die Signalsequenz des Enzyms EPG aus K. marxianus verwendet.
Bei
beiden eben erwähnten
Ausführungsformen
erfolgt die Züchtung
in an sich bekannter Weise, wobei entweder in einem kontinuierlichen
Verfahren das Protein ständig
ins Medium abgegeben wird und aus der Fermentationsbrühe kontinuierlich
gewonnen werden kann oder in einem diskontinuierlichen Verfahren
die Zellen gezüchtet,
geerntet und dann das Protein aus der Brühe gewonnen werden kann.
Das
erfindungsgemäße System
ist sehr variabel. So kann z.B. nur die oben definierte erfindungsgemäße Promotor-Sequenz
oder ein als Promotor aktiver Teil davon zusammen mit anderen Nucleinsäuresequenzen,
die weitere regulatorische Sequenzen bereitstellen, und mit einer
heterologen Nucleotidsequenz kombiniert werden. Es kann die erfindungsgemäß definierte
Promotor-Sequenz oder ein als Promotor aktiver Teil davon mit einer
Terminator-Sequenz, zum Beispiel der oben definierten, kombiniert
werden, um ein für Kluyveromyces
marxianus homologes System bereitzustellen, in das das Polynucleotid
für das
zu exprimierende Protein eingesetzt wird, oder aber es kann ein
System aus dem erfindungsgemäßen Promotor,
einer Signalsequenz und einem Terminator zusammen mit einem zu exprimierenden
Gen, das ein gewünschtes
Protein codiert, kombiniert werden, um ein in die Kultur abzugebendes
Protein zu erzeugen. Schließlich
kann die erfindungsgemäße Promotorsequenz
oder ein als Promotor aktiver Teil davon mit einer Terminator-Sequenz und
einer Nucleinsäure
aus Km-TPI und dem
gewünschten
Fremdgen kombiniert werden.
Ein
weiterer Gegenstand der Erfindung sind Plasmide, die erfindungsgemäße Expressionssysteme enthalten,
insbesondere Plasmide, die den Promotor, das TPI-Gen und den Terminator
von TPI aus K. marxianus enthalten. Beispiele sind die in den 1 bis 4 näher erläuterten
Plasmide R64, R53, R48 und R11. Diese Plasmide sind rekombinante
Plasmide und können
in der vorliegenden Form zur Amplifikation der Expressionskassetten
und zur Erzeugung der von der einligierten DNA codierten Proteine
in Hefen verwendet werden.
Das
Plasmid pD1, das die Sequenz gemäß SEQ ID
Nr. 1 enthält,
wurde in E.coli DH5α als
Wirtszelle bei der Deutschen Sammlung von Mikroorganismen (DSMZ)
mit der Hinterlegungsnr. DSM 13973 hinterlegt.
Da
Kluyveromyces marxianus-Zellen mit vielen verschiedenen C-Quellen
wachsen können
und bezüglich
weiterer Nährstoffe
nicht sehr anspruchsvoll sind, darüber hinaus temperaturunempfindlich
sind, wird hier ein sehr effektives System bereitgestellt. Die zuverlässige Expression
der Fremdproteine wird durch die erfindungsgemäß bereitgestellte regulatorische
Sequenz der Erfindung erreicht.
Erfindungsgemäß wird ein
System bereitgestellt, das es zuläßt, die aufgrund ihrer außergewöhnlichen physiologischen
Leistungen als Wirt vielversprechende Hefeart Kluyveromyces marxianus
zu nutzen.
Das
erfindungsgemäße System
eignet sich zur Expression von RNA, Peptiden, Polypeptiden, Proteinen
und Hybridmolekülen
einschließlich
glycosylierter Proteine.
Im
folgenden werden einige Definitionen für Begriffe angegeben, die in
der Beschreibung verwendet werden.
Als "Expressionsvektor" wird ein DNA-Molekül bezeichnet,
das linear oder ringförmig
sein kann und ein Segment enthält,
das eine Sequenz für
ein interessierendes Protein oder Peptid codiert, das operativ verbunden
ist mit regulatorischen Sequenzen. Diese regulatorischen Sequenzen
schließen
mindestens Promotor- und Terminatorsequenzen ein. Der Expressionsvektor
kann zusätzlich
selektierbare Marker und weitere regulatorische Elemente enthalten
und muß die Übertragung
und Vermehrung in Wirtszellen ermöglichen. Die Replikation der
Expressionsvektoren kann autonom oder durch Integration in das Wirtsgenom
erfolgen.
Der
Ausdruck "DNA" oder "Polynucleotid" schließt polymere
Formen von Desoxyribonucleotiden beliebiger Länge und beliebiger Modifikation
in einzel- und doppelsträngiger
Form ein.
"Sekretionsvektor" bezeichnet in dieser
Beschreibung einen Expressionsvektor der zusätzlich zur Expression eines
Polypeptids auch die Ausschleusung des Polypeptids in Form eines
Fusionsproteins bzw. durch die Signalsequenz bewirkt.
Der
Ausdruck "operativ
verbunden" bedeutet,
dass die einzelnen Segmente so angeordnet sind, dass sie dem vorgesehenen
Zweck dienen, d.h. die Transkription initiieren und terminieren
können
und die Expression fördern
können
bzw. die Expression und Sekretion ermöglichen.
Die
beanspruchten Sequenzen können
weitere kurze Sequenzen aufweisen, die die biologische Aktivität des Moleküls nicht
stören.
Weiterhin umfassen die beanspruchten Sequenzen auch allelische Varianten der
Sequenz, d.h. alternative Formen des Gens, die durch Mutation entstanden
sind.
Der
Begriff "Protein
oder Peptid" bezieht
sich auf eine molekulare Kette von Aminosäuren mit biologischer Aktivität. Der Ausdruck
Polypeptid bezeichnet üblicherweise
Aminosäuresequenzen
mit bis zu 200 Aminosäuren,
während
längere
Ketten in der Regel als Proteine bezeichnet werden. In der vorliegenden
Beschreibung soll der Ausdruck Polypeptid auch Proteine umfassen
bzw. umgekehrt der Ausdruck Proteine auch Polypeptide mitumfassen.
Die Proteine und/oder Polypeptide können in vivo oder in vitro
modifiziert werden, z.B. durch. Glycosylierung und Phosphorylierung.
Als
unter der Kontrolle des erfindungsgemäßen Promotors zu exprimierendes
Gen wird jede DNA verstanden, deren Expression gewünscht wird. "Fremd-DNA" ist dabei jede DNA,
die normalerweise nicht unter der Kontrolle des TPI-Promotors exprimiert
wird. Fremd-DNA kann Gene, Teile von Genen, fusionierte Gene, cDNA
oder andere DNA-Sequenzen umfassen, sowie DNA, die Polypeptide oder
Proteine oder auch RNA oder anti-sense-RNA codiert. Fremd-DNA kann
auch ein Reportergen sein. Die Fremd-DNA kann eine natürlich vorkommende, gentechnisch
hergestellte oder chemisch synthetisierte Sequenz oder eine Kombination davon
sein. Die verwendete Nucleotidsequenz und das Verfahren ihrer Herstellung
sind nicht kritisch.
Ein
weiterer Gegenstand der Erfindung ist ein Verfahren zur Herstellung
eines rekombinanten Proteins, das dadurch gekennzeichnet ist, dass
man eine Hefezelle mit einem sich autonom replizierenden Plasmid transformiert,
das eine erfindungsgemäße Expressionskassette
und ein Polynucleotid, das ein Fremdprotein kodiert, umfaßt, die
Hefezelle unter Bedingungen, die zur Expression des Fremdproteins
geeignet sind, züchtet
und das Protein gewinnt.
Gegenstand
der Erfindung ist auch ein Verfahren zur Herstellung eines rekombinanten
Proteins, das dadurch gekennzeichnet ist, dass man eine erfindungsgemäße Expressionskassette
in eine Hefezelle bringt, wo die Expressionskassette in das Genom
der Wirtszelle eingebaut wird, die Zelle züchtet und anschließend das
Protein gewinnt. Besonders bevorzugt wird die erfindungsgemäße Expressionskassette
als Modul eingesetzt das die Konstruktion von episomalen oder integrativen
Expressionsvektoren, die die erfindungsgemäßen regulatorischen Sequenzen
und ggf. Signalsequenzen enthalten, ermöglicht.
Wie
in den Figuren und den Beispielen gezeigt, führt die Verwendung des erfindungsgemäßen Promotors
in Kombination mit einer Sequenz für ein gewünschtes Protein und mit einem
Terminator zur Expression des gewünschten Proteins, insbesondere
in Hefezellen. Um zu prüfen,
wie stark der erfindungsgemäß bereitgestellte
Promotor ist, wurde die Expression des Gens EGFP (enhanced green
fluorescent protein) unter Kontrolle des CMV-(Cytomegalie-Virus)-Promotors
mit der des EGFP-Gens unter der Steuerung des TPI-Promotors verglichen.
Dabei wurde gefunden, dass die Expression unter dem erfindungsgemäßen TPI-Promotor etwa
das 50-fache der Expression des CMV-Promotors bewirkt, was zeigt,
dass der erfindungsgemäße Promotor
zu einer Verstärkung
der Expression von Fremdproteinen führt.
Die
Erfindung wird durch die folgenden Figuren und Beispiele näher erläutert.
In
den Figuren zeigt
1 eine
schematische Darstellung einer erfindungsgemäßen Expressionskassette (R64),
in der ein funktioneller Teil des Km-TPI-Maximalpromotors (Position
21 bis 1115 entsprechend SEQ ID Nr.1), der Leserahmen des EGFP-Gens
und ein funktioneller Teil des Km-TPI-Terminators (Position 1860
bis 2127 entsprechend SEQ ID Nr.1) operativ miteinander verbunden
sind.
2 die
erfindungsgemäße Expressionskassette
R53, in der ein funktioneller Teil des Km-TPI-Maximalpromotors (Position
21 bis 1115 entsprechend SEQ ID Nr.1), der Leserahmen des Hepatitis-B-Virus
S-Antigens und ein funktioneller Teil des Km-TPI-Terminators (Position 1860 bis 2127
entsprechend SEQ ID Nr.1) operativ miteinander verbunden sind.
3 die
erfindungsgemäße Expressionskassette
R48, in der ein funktioneller Teil des Km-TPI-Maximalpromotors (Position
21 bis 1115 entsprechend SEQ ID Nr.1), der Leserahmen des Hepatitis-B-Virus
S-Antigens, der Leserahmen für
Triosephosphatisomerase ohne Start-Methionin (Position 1116 bis
1859 entsprechend SEQ ID Nr.1) und ein funktioneller Teil des Km-TPI-Terminators
(Position 1860 bis 2127 entsprechend SEQ ID Nr.1) operativ miteinander
verbunden sind.
4 die
erfindungsgemäße Expressionskassette
R11, in der ein funktioneller Teil des Km-TPI-Maximalpromotors (Position
21 bis 1112 entsprechend SEQ ID Nr.1), der Leserahmen für Triosephosphatisomerase
(Position 1113 bis 1856 entsprechend SEQ ID Nr.1) der Leserahmen
des Hepatitis-B-Virus S-Antigens, und ein funktioneller Teil des
Km-TPI-Terminators (Position 1857 bis 2037 entsprechend SEQ ID Nr.1)
operativ miteinander verbunden sind.
5 den
Vergleich der Expression des TPI-Gens im K. marxianus Ausgangsstamm
und nach Transformation mit dem Plasmid pKmarTI, das aus der Sequenz
entsprechend SEQ ID Nr.1 und dem K. marxianus-Vektor pKDU8 besteht.
Neben den Kulturüberständen der
K. marxianus Stämme
wurden Kulturüberstände nicht
transformierter Stämme
von K. lactis und S. cerevisiae in gleicher Menge aufgetragen.
6 den
Vergleich der Sekretierbarkeit von HBs Antigen nach Expression mittels
verschiedener Expressionskassetten.
7 den
Vergleich der Expression von HBs-Antigen mit Hilfe verschiedener
Expressionskassetten.