CN111492246A - 用于预测对napi2b靶向疗法的响应的组合物和方法 - Google Patents

Abstract

本公开内容提供了预测患者对靶向NaPi2b的抗体‑药物缀合物（例如，靶向NaPi2b的抗体‑聚合物‑药物缀合物）的响应性的试剂和方法。

Description

用于预测对NAPI2B靶向疗法的响应的组合物和方法

相关申请

本申请要求享有以下的权益和优先权：于2017年9月20日提交的U.S.S.N. 62/561,107，于2017年10月12日提交的U.S.S.N. 62/571,397，以及于2018年8月14日提交的U.S.S.N. 62/718,692；其各自的内容在此整体引入作为参考。

发明领域

本发明一般地涉及用于对用NaPi2b靶向抗体-聚合物-药物缀合物治疗的应答者和非应答者进行分层的组合物和方法。还提供的是对非小细胞肺癌进行亚型分型的方法。

发明背景

NaPi2b（SLC34A2、NaPiIIb、Npt2），多次跨膜、钠依赖性磷酸盐转运蛋白（Xu等人Genomics 62：281−284（1999）），通常在哺乳动物小肠的刷状缘膜处表达，并且参与跨细胞无机磷酸盐（Pi）吸收，促成体内磷稳态的维持。已在肝脏中，在乳腺、唾液腺的上皮细胞的顶端表面处，以及在肺、睾丸、唾液腺、甲状腺、小肠和子宫中，检测到在蛋白质水平下的NaPi2b表达。NaPi2b中的突变已与肺泡和睾丸微石症的临床综合征相关。NaPi2b在非鳞状非小细胞肺癌（NSCLC）、非粘液性卵巢癌和乳头状甲状腺癌中是高度表达的。NaPi2b阳性组织免疫反应性存在于61%的NSCLC和92%的卵巢癌样本中。

卵巢癌是女性中最常见的妇科恶性肿瘤之一和第五大最常见的癌症死亡原因。高死亡率部分起因于卵巢癌经常在晚期时诊断，并且死亡率为发病率的大约65%。卵巢上皮性肿瘤占所有卵巢赘生物的58%和卵巢恶性肿瘤的超过90%。瘤体减灭术和基于铂的组合化学疗法（包括紫杉烷）是目前的治疗模式；然而，患有复发性上皮性卵巢癌的大多数患者最终都死于该疾病。在卵巢癌中需要新型治疗模式，包括靶向疗法，例如用单克隆抗体的免疫疗法或基于癌症疫苗的方法。

NSCLC是除小细胞肺癌（SCLC）外的任何类型的上皮肺癌。NSCLC占所有肺癌的约85%。作为一个类别，与小细胞癌相比，NSCLC对化学疗法相对不敏感。当可能时，尽管化学疗法越来越多地既在手术前（新辅助化学疗法）又在手术后（辅助化学疗法）使用，但它们主要通过以治愈意图的手术切除进行治疗。在转移性或无法手术的背景下，使用化学疗法和/或免疫疗法，尽管处于这一阶段的疾病在很大程度上是无法治愈的，并且存活时间仍然很短。在NSCLC中需要新型治疗模式，包括靶向疗法，例如用单克隆抗体的免疫疗法或基于癌症疫苗的方法。

另外，需要预测对靶向NaPi2b生物活性的疗法的响应的诊断方法和试剂盒。

发明概述

在各个方面，本发明提供了预测癌症患者对用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物的治疗的响应性的方法，其通过使肿瘤样品与抗NaPi2b抗体接触，来检测从患者获得的肿瘤样品中是否存在NaPi2b；检测NaPi2b与抗体之间的结合；并且当检测到肿瘤样品中存在NaPi2b时，预测患者响应治疗。

在另一个方面，本发明提供了通过以下预测癌症患者对用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物的治疗的响应性的方法：通过使肿瘤样品与抗NaPi2b抗体接触，来检测从患者获得的肿瘤样品中是否存在NaPi2b；检测NaPi2b与抗体之间的结合；并且对检测进行病理评分。病理评分与对治疗的响应性相关联。

在再进一步的方面，本发明提供了通过以下预测癌症患者对用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物的治疗的响应性的方法：通过使肿瘤样品与抗NaPi2b抗体接触，来测量从患者获得的肿瘤样品中NaPi2b的表达水平，并且当肿瘤样品中NaPi2b的表达水平高于预定的截止点时，预测患者响应治疗。

在本发明的方法的各个方面，该方法进一步包括向预测为响应治疗的受试者施用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物。

在另一个方面，本发明提供了通过以下用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物治疗受试者中的癌症的方法：通过使肿瘤样品与抗NaPi2b抗体接触，来检测从患者获得的肿瘤样品中是否存在NaPi2b；检测NaPi2b与抗体之间的结合；当检测到肿瘤样品中存在NaPi2b时，预测患者响应用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物的治疗，并且向预测为响应的受试者施用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物。

在各种方法中，通过对NaPi2b蛋白的检测进行病理评分来完成预测。病理评分与对治疗的响应性相关联。病理评分是定量或半定量评分。例如，通过光学显微镜检查或图像分析来测定病理评分。

可替代地，通过测定肿瘤样品中NaPi2b的表达水平高于预定的截止点来完成预测。预定的截止点通过例如H评分法进行计算。

在一个进一步方面，本发明提供了通过以下将非小细胞肺癌亚型分型为腺癌的方法：通过使样品与抗NaPi2b抗体接触，来检测非小细胞肺癌样品中是否存在NaPi2b，且检测NaPi2b与抗体之间的结合；并且当检测到样品中存在NaPi2b时，将非小细胞肺癌亚型分型为腺癌。任选地，该方法进一步包括在非小细胞肺癌样品中检测TTF-1、NapsinA、p63、p40或CK5/6中的一种或多种。

癌症是表达NaPi2b的癌症。实例包括但不限于肺癌、卵巢癌、乳腺癌、结肠直肠癌、肾癌、甲状腺癌、肾癌、唾液管腺癌、子宫内膜癌、胆管癌、乳头状甲状腺癌或乳头状肾癌。肺癌是例如非小肺癌（NSCLC）。在某些方面，NSCLC是非鳞状NSCLC。在一些方面，NSCLC被亚型分型为腺癌。卵巢癌是例如上皮性卵巢癌。卵巢癌是例如铂敏感性卵巢癌。卵巢癌是例如铂难治性卵巢癌。

靶向NaPi2b的抗体药物缀合物的抗体是XMT-1535。优选地，靶向NaPi2b的抗体药物缀合物的抗体包括：包含氨基酸序列GYTFTGYNIH（SEQ ID NO：3）的可变重链互补决定区1（CDRH1），包含氨基酸序列AIYPGNGDTSYKQKFRG（SEQ ID NO：4）的可变重链互补决定区2（CDRH2），包含氨基酸序列GETARATFAY（SEQ ID NO：5）的可变重链互补决定区3（CDRH3），包含氨基酸序列SASQDIGNFLN（SEQ ID NO：6）的可变轻链互补决定区1（CDRL1），包含氨基酸序列YTSSLYS（SEQ ID NO：7）的可变轻链互补决定区2（CDRL2），包含氨基酸序列QQYSKLPLT（SEQ ID NO：8）的可变轻链互补决定区3（CDRL3）。

靶向NaPi2b的抗体药物缀合物是例如基于澳瑞他汀的靶向NaPi2b的抗体药物缀合物。

靶向NaPi2b的抗体药物缀合物具有下式：

其中：

m是1至约300的整数，

m₁是1至约140的整数，

m₂是1至约40的整数，

m_3a是0至约17的整数

m_3b是1至约8的整数；

m_3a和m_3b的总和范围为1至约18；和

m、m₁、m₂、m_3a和m_3b的总和范围为15至约300；

末端

表示一个或多个聚合物支架与靶向NaPi2b的抗体XMT-1535的附接。

检测例如以免疫组织化学执行。优选地，使用标记的二级抗体检测抗NaPi2b抗体。

抗NaPi2b抗体是嵌合抗体。嵌合抗体包含人可变区和非人恒定区。嵌合抗体包含抗体XMT-1535的可变区。非人恒定区是兔。

样品是例如但不限于福尔马林固定的石蜡包埋的样品。

本发明进一步提供了包含以下的嵌合抗体：包含氨基酸序列GYTFTGYNIH（SEQ IDNO：3）的可变重链互补决定区1（CDRH1），包含氨基酸序列AIYPGNGDTSYKQKFRG（SEQ ID NO：4）的可变重链互补决定区2（CDRH2），包含氨基酸序列GETARATFAY（SEQ ID NO：5）的可变重链互补决定区3（CDRH3），包含氨基酸序列SASQDIGNFLN（SEQ ID NO：6）的可变轻链互补决定区1（CDRL1），包含氨基酸序列YTSSLYS（SEQ ID NO：7）的可变轻链互补决定区2（CDRL2），包含氨基酸序列QQYSKLPLT（SEQ ID NO：8）的可变轻链互补决定区3（CDRL3）。在一些方面，嵌合抗体包括SEQ ID No：1的可变重链和SEQ ID No：2的可变轻链。恒定区例如是但不限于兔恒定区。例如，嵌合抗体包括兔IgG1重链恒定区和兔κ恒定区轻链。在优选的实施方案中，嵌合抗体具有SEQ ID No：11的重链恒定区和SEQ ID NO：12的轻链恒定区。

在本发明中还包括的是含有SEQ ID NO：17和/或SEQ ID NO：18的核酸的质粒和含有该质粒的细胞。

在本发明中还包括的是治疗乳头状甲状腺癌、乳头状肾癌、唾液管腺癌、子宫内膜癌或胆管癌的方法，其包括以足以减轻癌症症状的量，向受试者施用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物。靶向NaPi2b的抗体药物缀合物是例如WO 2017/160754中公开的任何缀合物。例如，靶向NaPi2b的抗体药物缀合物是：

其中：

m是1至约300的整数，

m₁是1至约140的整数，

m₂是1至约40的整数，

m_3a是0至约17的整数

m_3b是1至约8的整数；

m_3a和m_3b的总和范围为1至约18；

m、m₁、m₂、m_3a和m_3b的总和范围为15至约300；和

末端

表示一个或多个聚合物支架与靶向NaPi2b的抗体XMT-1535的附接。

除非另有定义，否则本文中使用的所有技术和科学术语都具有与本公开内容所属领域的普通技术人员通常理解相同的含义。在说明书中，单数形式也包括复数，除非上下文另有明确说明。尽管下文描述了合适的方法和材料，但与本文描述的那些类似或等价的方法和材料可以用于本发明的实践或测试中。在冲突的情况下，以本说明书包括定义为准。另外，材料、方法和实施例仅是说明性的，并不预期是限制性的。

根据下述详细描述和权利要求，本发明的其它特点和优点将是显而易见的。

附图简述

图1示出了基于人源化抗NaPi2b抗体XMT-1535的嵌合抗体的设计。该嵌合抗体在本文中称为MERS67。

图2是显示了Mers67抗体的SDS-PAGE和蛋白质印迹分析的照片。

图3A显示了在一步纯化后MERS67的SEC-HPLC分析。

图3B显示了在两步纯化后MERS67的SEC-HPLC分析

图4是显示了OVCAR3和JIMT-1异种移植物中的代表性免疫组织化学染色的照片。

图5显示了两种人肺腺癌中的免疫组织化学染色。

图6是条形图，其显示了使用WO 2017/160754中公开的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物，来自小鼠卵巢临床试验的中值最佳响应，n = 3，3 mg/kg q周x3。y轴显示了中值最佳响应；x轴显示了模型编号。深色条指示原初肿瘤，而较浅色的条指示治疗后的肿瘤。

图7是显示了START卵巢模型的条形图，所述START卵巢模型按中值最佳响应排序；并且按H评分着色（所有模型）。颜色越深，H评分越大。y轴显示了中值最佳响应；x轴显示了模型编号。

图8是显示了肺和卵巢人肿瘤和异种移植物的散点图。通过H评分（y轴）和组织类型（x轴）进行作图，并且通过关于异种移植物的中值最佳响应进行着色。更浅的颜色对应于更多的抗肿瘤效应；深色对应于更少的抗肿瘤效应。

图9是显示了从TCGA提取的RNAseq数据的箱形图，其显示了NaPi2b、Napsin A、CK5和TTF1在肺SCC和ACC中的差异表达。检测来自实验对象组例如Napsin A、CK5和TTF1的蛋白质表达的免疫组织化学实验对象组可以用于鳞状细胞肺癌和肺腺癌的分类中。NaPi2b表达的检测可以用于补充当前使用的实验对象组。

图10是显示了从TCGA提取的RNAseq数据的散点图。NaPi2b显示在x轴上，而NapsinA显示在y轴上。细胞角蛋白5的表达通过颜色指示，其中最暗的是最高的表达水平。注释为鳞状细胞癌（圆形形状）的大多数组织包含在实线椭圆形内。注释为腺癌（正方形形状）的大多数组织位于图形的右上象限中。分类为鳞状细胞癌区域的一些肿瘤也位于右上象限中，用虚线圆圈标记，并且是细胞角蛋白的低表达者。使用蛋白质标记物例如NaPi2b可能改善肿瘤如虚线圆圈中的那些的分类。

图11显示了截至2018年5月21日的从cBioPortal提取的肺SCC和ACA的TCGA临时数据，并且进行作图以显示与TTF-1、Napsin A、CK5和p63基因（其蛋白质产物经常用于区分SCC和ACA的一些基因）相比，NaPi2b RNA表达的关系。上面一行显示了ACA RNA结果，而下面一行显示了SCC RNA结果。NaPi2b显示在x轴上。

图12显示了截至2018年5月21日的从cBioPortal提取的肺SCC和ACA的TCGA临时RNAseq数据，并且个别地进行作图以显示关于ACA和SCC的SCL34A2、TTF-1、Napsin-A、CK5和p63基因的关系。在每个图中，ACA结果在左侧，且SCC数据在右侧。y轴是RNA表达的量度，如通过RNAseq测定的。

图13显示了从SCC和ACA肿瘤的组织微阵列的NaPi2B IHC评估获得的H评分。

图14是当使用p40和TTF-1 IHC染色进一步表征组织学亚型时，来自同一组织集合的H评分的箱形图。

发明详述

本发明提供了鉴定响应靶向NaPi2b的抗体-药物缀合物（例如NaPi2b抗体-聚合物-药物缀合物）的受试者的组合物和方法。

本发明部分基于以下发现：由针对NaPi2b的完全人源化IgG1抗体XMT-1535组成的NaPi2b抗体-聚合物-药物缀合物（ADC），已在肺癌和卵巢癌两者的模型中显示抗肿瘤效应。（参见WO 2017/160754，其内容整体引入作为参考）。ADC的功效至少部分归于肿瘤或肿瘤模型中的靶表达程度或模式。为了准确地描述人肿瘤模型和原发性人肿瘤中NaPi2b表达的模式，开发了试剂MERS67（又名MER67），并且对于免疫组织化学（IHC）进行验证。了解人肿瘤中的NaPi2b表达将为患有表达NaPi2b的癌症的患者提供更合理和个体化的疗法。

MERS67是基于人源化抗NaPi2b抗体XMT-1535的人兔嵌合抗体。XMT-1535是WO2017/160754中公开的ADC的抗体部分。具体地，MERS67含有分别与兔IgG1恒定区或兔Igκ-b4链C区相连的XMT-1535的人重链和轻链区。

相应地，本发明部分地提供了NaPi2b嵌合抗体。更具体地，本发明提供了基于XMT-1535的可变区的NaPi2b嵌合抗体。本发明进一步提供了通过测定肿瘤样品的NaPi2b表达水平，来预测癌症患者对用WO 2017/160754中公开的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物的治疗的响应性的方法。在具体的实施方案中，使用MERS67免疫组织化学测定肿瘤样品的NaPi2b表达水平。

本发明还部分地提供了通过以下鉴定获益于用WO 2017/160754中公开的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物的治疗的患者的方法：（i）如使用MERS67免疫组织化学测定的，测定肿瘤样品的NaPi2b表达水平，并且（ii）告知患者他们将获益于用靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物的治疗。

本发明还部分地提供了预测癌症患者对用靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物的治疗的响应性的方法，其包括以下步骤：（i）如使用MERS67免疫组织化学测定的，测定肿瘤样品的NaPi2b表达水平，并且（ii）将患者分类为具有响应治疗的高可能性，其中从患者获得的肿瘤样品中的NaPi2b水平处于或高于预定的截止点，指示患者具有增加的从用靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物的治疗获益的可能性。本发明还部分地提供了用于测定癌症患者显示出从用靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物的治疗获益的可能性的方法，该方法包括：测定从患者获得的样品中的NaPi2b表达水平，其中从患者获得的样品中的NaPi2b水平处于或高于预定的截止点，指示患者具有增加的从抗癌治疗获益的可能性。

本发明还部分地提供了用于优化抗癌疗法的治疗功效的方法，所述抗癌疗法包含靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物，该方法包括：测定从患者获得的肿瘤样品中的NaPi2b表达水平，其中从患者获得的样品中的NaPi2b水平处于或高于预定的截止点，指示患者具有增加的从靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物疗法获益的可能性。

本发明还部分地提供了用于治疗患者中的癌症的方法，该方法包括测定从患者获得的肿瘤样品具有的NaPi2b水平处于或高于参考样品中的NaPi2b水平，并且向所述患者施用有效量的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物，由此治疗癌症。

本发明还部分地提供了用于监测治疗患者中的癌症的有效性的方法，该方法包括测定从患者获得的肿瘤样品具有的NaPi2b水平处于或高于参考样品中的NaPi2b水平，并且向所述患者施用有效量的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物，由此治疗癌症。

本发明使得肿瘤学家能够增加对患者的特定子集的监测和/或对患者的特定子集提供更积极和最佳的预防性干预或治疗。

嵌合NaPi2b抗体

本发明提供了具有人可变区和非人恒定区的嵌合抗体。具体地，本文所述的嵌合抗体特异性识别NaPi2b表达。在本文公开的嵌合抗体中使用的示例性人可变区包括例如，WO2017/160754中描述且称为XMT-1535的抗NaPi2b抗体的可变区。XMT-1535抗体显示了对于人NaPi2b的特异性，并且它们已显示在体外抑制NaPi2b的功能活性。

根据本发明的特异性嵌合NaPi2b抗体包括重链可变区（VH）和轻链可变区（VL），如下文呈现的氨基酸序列和核酸序列中所示。

重链和轻链的互补决定区（CDR）在下文呈现的氨基酸序列中是加下划线的。涵盖关于XMT-1535抗体的互补决定区（CDR）的氨基酸如由E.A. Kabat等人定义的（参见Kabat，E.A.等人，Sequences of Protein of immunological interest，第五版，US Departmentof Health and Human Services，US Government Printing Office（1991）），并且公开于美国专利8,603,474中，并且涵盖关于10H1.11.4B抗体的CDR的氨基酸如美国专利号8,535,675中定义的。

XMT-1535重链可变区氨基酸序列

XMT-1535重链可变区核酸序列

XMT-1535轻链可变区氨基酸序列

XMT-1535轻链可变区核酸序列

根据本发明的嵌合抗体的恒定区可以衍生自除人外的任何物种。例如，重链和轻链恒定区衍生自例如但不限于兔、小鼠、大鼠、马、牛或鸡。

在一些方面，根据本发明的嵌合抗体包括兔重链恒定区和兔轻链恒定区。例如，根据本发明的嵌合抗体包括兔IgG1恒定区和兔IGκ恒定区。

在一个优选的实施方案中，根据本发明的嵌合抗体包括兔重链恒定区（VH）和轻链可变区（VL），如下文呈现的氨基酸序列和核酸序列中所示。

兔IgG1恒定区氨基酸序列

兔Igκ-b4恒定区氨基酸序列

兔IgG1恒定区核酸序列

兔Ig κ-b4恒定区核酸序列

在一个更优选的实施方案中，嵌合NaPi2b抗体MERS67包括下文呈现的重链和轻链氨基酸序列和核酸序列。

嵌合NaPi2b抗体重链氨基酸序列

嵌合NaPi2b抗体轻链氨基酸序列

嵌合NaPi2b抗体重链核酸序列

嵌合NaPi2b抗体轻链核酸序列

在一些实施方案中，嵌合NaPi2b抗体包括可变重链互补决定区1（CDRH1），其包含与氨基酸序列GYTFTGYNIH（SEQ ID NO：3）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；可变重链互补决定区2（CDRH2），其包含与氨基酸序列AIYPGNGDTSYKQKFRG（SEQ ID NO：4）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；以及可变重链互补决定区3（CDRH3），其包含与氨基酸序列GETARATFAY（SEQ ID NO：5）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列。

在一些实施方案中，嵌合NaPi2b抗体包括可变轻链互补决定区1（CDRL1），其包含与氨基酸序列SASQDIGNFLN（SEQ ID NO：6）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；可变轻链互补决定区2（CDRL2），其包含与氨基酸序列YTSSLYS（SEQ ID NO：7）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；以及可变轻链互补决定区3（CDRL3），其包含与氨基酸序列QQYSKLPLT（SEQ IDNO：8）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列。

在一些实施方案中，嵌合NaPi2b抗体包括CDRH1，其包含与氨基酸序列GYTFTGYNIH（SEQ ID NO：3）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；CDRH2，其包含与氨基酸序列AIYPGNGDTSYKQKFRG（SEQ ID NO：4）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；CDRH3，其包含与氨基酸序列GETARATFAY（SEQ ID NO：5）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；CDRL1，其包含与氨基酸序列SASQDIGNFLN（SEQ ID NO：6）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；CDRL2，其包含与氨基酸序列YTSSLYS（SEQ ID NO：7）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；以及CDRL3，其包含与氨基酸序列QQYSKLPLT（SEQ ID NO：8）至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列。

在一些实施方案中，嵌合NaPi2b抗体包括可变重链（VH）区，其包含与SEQ ID NO：1的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列。在一些实施方案中，嵌合NaPi2b抗体包括可变轻链（VL）区，其包含与SEQ ID NO：2的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列。

在一些实施方案中，嵌合NaPi2b抗体包括VH区，其包含与SEQ ID NO：15的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列，以及VL区，其包含与SEQ ID NO：16的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列。

在一些实施方案中，嵌合NaPi2b抗体包括可变重链互补决定区1（CDRH1），其包含与氨基酸序列GYTFTGYNIH（SEQ ID NO：3）至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；可变重链互补决定区2（CDRH2），其包含与氨基酸序列AIYPGNGDTSYKQKFRG（SEQ ID NO：4）至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；以及可变重链互补决定区3（CDRH3），其包含与氨基酸序列GETARATFAY（SEQ ID NO：5）至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列。

在一些实施方案中，嵌合NaPi2b抗体包括可变轻链互补决定区1（CDRL1），其包含与氨基酸序列SASQDIGNFLN（SEQ ID NO：6）至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；可变轻链互补决定区2（CDRL2），其包含与氨基酸序列YTSSLYS（SEQ ID NO：7）至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；以及可变轻链互补决定区3（CDRL3），其包含与氨基酸序列QQYSKLPLT（SEQ ID NO：8）至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列。

在一些实施方案中，嵌合NaPi2b抗体包括CDRH1，其包含与氨基酸序列GYTFTGYNIH（SEQ ID NO：3）至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；CDRH2，其包含与氨基酸序列AIYPGNGDTSYKQKFRG（SEQ ID NO：4）至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；CDRH3，其包含与氨基酸序列GETARATFAY（SEQ ID NO：5）至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；CDRL1，其包含与氨基酸序列SASQDIGNFLN（SEQ ID NO：6）至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；CDRL2，其包含与氨基酸序列YTSSLYS（SEQ ID NO：7）至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列；以及CDRL3，其包含与氨基酸序列QQYSKLPLT（SEQ IDNO：8）至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列。

在一些实施方案中，嵌合NaPi2b抗体包括可变重链（VH）区，其包含与SEQ ID NO：1的氨基酸序列至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列。在一些实施方案中，嵌合NaPi2b抗体包括可变轻链（VL）区，其包含与SEQ ID NO：2的氨基酸序列至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列。

在一些实施方案中，嵌合NaPi2b抗体包括VH区，其包含与SEQ ID NO：15的氨基酸序列至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列，以及VL区，其包含与SEQ ID NO：16的氨基酸序列至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或以上相同的氨基酸序列。

本领域技术人员将认识到，无需过多实验，能够通过以下测定嵌合抗体是否具有与本文公开的嵌合抗体（例如，MERS67）相同的特异性：测定前者是否阻止后者结合天然结合配偶体或已知与NaPi2b结合的其它分子。如果待测试的抗体与本文公开的嵌合抗体竞争，如通过本文公开的嵌合抗体的结合降低所显示的，则两种抗体与相同或紧密相关的表位结合。

用于测定单克隆抗体是否具有本文公开的单克隆抗体的特异性的替代方法是：使本文公开的嵌合抗体与可溶性NaPi2b（它通常与之反应）预温育，然后加入待测试的抗体，以测定待测试的抗体在其结合NaPi2b的能力方面是否被抑制。如果待测试的抗体被抑制，则极有可能，它具有与本文公开的嵌合抗体相同或功能上等价的表位特异性。

还可以例如通过测量NaPi2b介导的活性，并且测定测试嵌合抗体是否能够调节、阻断、抑制、减少、拮抗、中和或以其它方式干扰NaPi2b活性，来进行本文公开的嵌合抗体的筛选。

嵌合抗体可以通过重组DNA方法，例如在美国专利号4,816,567中描述的那些来制备。编码本文公开的单克隆抗体的DNA可以使用常规程序容易地分离且测序（例如，通过使用能够与编码鼠抗体重链和轻链的基因特异性结合的寡核苷酸探针）。本文公开的杂交瘤细胞充当此类DNA的优选来源。分离后，可以将DNA置于表达载体内，然后将所述表达载体转染到宿主细胞内，所述宿主细胞例如猿COS细胞、HEK293细胞、中国仓鼠卵巢（CHO）细胞或否则不产生免疫球蛋白的骨髓瘤细胞，以获得重组宿主细胞中单克隆抗体的合成。还可以例如通过用人重链和轻链恒定结构域的编码序列代替同源鼠序列（参见美国专利号4,816,567；Morrison，Nature 368，812-13（1994）），或者通过将免疫球蛋白编码序列与非免疫球蛋白多肽的全部或部分编码序列共价相连，来修饰DNA。此类非免疫球蛋白多肽可以取代本文公开的抗体的恒定结构域，或可以取代本文公开的抗体的一个抗原结合位点的可变结构域，以产生嵌合二价抗体。

例如，使用下文提供的实施例中描述的程序生成嵌合NaPi2b抗体。

本文公开的嵌合NaPi2b抗体可以由含有编码上述抗体的DNA区段的质粒或载体表达。质粒或载体可以在细胞中转染用于表达。例如，细胞是HEK293细胞或CHO细胞。

这些载体、质粒和细胞可以用于表达可以以各种方式使用的大数量的抗体。例如，以检测样品中NaPi2b的存在。

通过众所周知的技术纯化抗体，所述技术例如使用蛋白A或蛋白G的亲和层析，其主要提供免疫血清的IgG级分。随后或可替代地，其为所寻求的免疫球蛋白的靶的特异性抗原或其表位可以固定到柱上，以通过免疫亲和层析纯化免疫特异性抗体。免疫球蛋白的纯化例如由D.Wilkinson（The Scientist，由The Scientist，Inc.，Philadelphia PA出版，第14卷，第8期（2000年4月17日），第25-28页）讨论。

本文公开的嵌合抗体也可用于检测患者样品中的NaPi2b，并且相应地可用作诊断学。例如，本文公开的NaPi2b抗体用于体外测定，例如IHC、ELISA中，以检测患者样品中的NaPi2b水平。

靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物

在一些实施方案中，靶向NaPi2b的抗体XMT-1535可以与试剂连接，以形成缀合物。在一些实施方案中，试剂是治疗剂。在一些实施方案中，该试剂是抗肿瘤剂。在一些实施方案中，试剂是毒素或其片段。在一些实施方案中，试剂是（a）澳瑞他汀化合物；（b）卡奇霉素化合物；（c）多卡米星化合物；（d）SN38，（e）吡咯并苯并二氮杂卓；（f）长春花化合物；（g）微管溶素（tubulysin）化合物；（h）非天然喜树碱化合物；（i）美登木素（maytansinoid）化合物；（j）DNA结合药物；（k）激酶抑制剂；（l）MEK抑制剂；（m）KSP抑制剂；（n）拓扑异构酶抑制剂；（o）DNA烷基化药物；（p）RNA聚合酶抑制剂；或其类似物。在一些实施方案中，试剂经由接头缀合至靶向NaPi2b的抗体。在一些实施方案中，接头是可切割的接头。在一些实施方案中，接头是不可切割的接头。在一些实施方案中，试剂是本文所述的任何毒素。

在一个方面，本文描述的靶向NaPi2b的抗体缀合物包括直接或间接连接至一个或多个治疗剂或诊断剂（“D”）的分离的NaPi2b靶向抗体，XMT-1535。在一些实施方案中，靶向NaPi2b的抗体缀合物还包括连接至抗体的一个或多个聚合物支架，其中一个或多个D各自经由一种或多种聚合物支架独立地连接至抗体。在一些实施方案中，一个或多个D是AF-HPA。

在一些实施方案中，连接至XMT-1535的一个或多个聚合物支架各自包含聚（1-羟甲基亚乙基羟甲基-缩甲醛）（PHF），例如分子量范围为约2 kDa至约40 kDa的PHF。在其它实施方案中，分子量范围为约2 kDa至约20 kDa的PHF。在一些实施方案中，分子量范围为约3kDa至约15 kDa的PHF。在其它实施方案中，分子量范围为约5 kDa至约10 kDa的PHF。

在一些实施方案中，PHF具有范围为约6 kDa至约8 kDa的分子量。

在一些实施方案中，PHF具有范围为约6 kDa至约7 kDa的分子量。

在一些实施方案中，一个或多个聚合物支架各自独立地具有式（I）：

其中：

L^D1是含有羰基的部分；

中的

的每次出现独立地是第一接头，其含有生物可降解的键，使得当键断裂时，D以对于其预期的疗效活性的形式释放；并且L^D1和D之间的

中的

表示D与L^D1的直接或间接附接；

的每次出现独立地是尚未与分离抗体连接的第二接头，其中L^P2是含有尚未与分离抗体的官能团形成共价键的官能团的部分，并且L^D1和L^P2之间的

表示L^P2与L^D1的直接或间接附接，并且第二接头的每次出现与第一接头的每次出现不同；

的每次出现独立地是第三接头，其将每个携带D的聚合物支架连接到分离抗体，其中附接至L^P2的末端

表示在L^P2的官能团和分离抗体的官能团之间的共价键形成后，L^P2与分离抗体的直接或间接附接；并且第三接头的每次出现与第一接头的每次出现不同；

m是1至约300的整数，

m₁是1至约140的整数，

m₂是1至约40的整数，

m₃是0至约18的整数

m₄是1至约10的整数；

m、m₁、m₂、m₃和m₄的总和范围为15至约300；和

与分离抗体连接的L^P2的总数为10或更小。

本文所述的缀合物可以包括下述特点中的一个或多个：例如，在式（I）中，m₁是1至约120（例如，约1-90）的整数和/或m₃是1至约10（例如，约1-8）的整数。

例如，当式（I）中的PHF具有范围为约6 kDa至约20 kDa的分子量（即，m、m₁、m₂、m₃和m₄的总和范围为约45至约150）时，m₂是2至约20的整数，m₃是0至约9的整数，m₄是1至约10的整数，和/或m₁是1至约75的整数（例如m₁是约4-45）。

例如，当式（I）中的PHF具有范围为约8 kDa至约15 kDa的分子量（即，m、m₁、m₂、m₃和m₄的总和范围为约60至约110）时，m₂是2至约15的整数，m₃是0至约7的整数，m₄是1至约10的整数，和/或m₁是1至约55的整数（例如m₁是约4-30）。

例如，当式（I）中的PHF具有范围为约2 kDa至约20 kDa的分子量（即，m、m₁、m₂、m₃和m₄的总和范围为约15至约150）时，m₂是1至约20的整数，m₃是0至约10的整数（例如，m₃范围为0至约9），m₄是1至约8的整数，和/或m₁是1至约70的整数，并且与分离抗体连接的L^P2的总数范围为约2至约8（例如，约2、3、4、5、6、7或8）。

例如，与分离抗体连接的L^P2的总数范围为约2至约6（例如，约2、3、4、5或6）。

例如，与分离抗体连接的L^P2的总数范围为约3至约6（例如约3、4、5或6）。

例如，与分离抗体连接的L^P2的总数范围为约3至约5（例如，约3、4或5）。

例如，与分离抗体连接的L^P2的总数范围为约2至约4（例如，约2、3或4）。

例如，与分离抗体连接的L^P2的总数范围为约3至约4（例如约3或4）。

例如，当式（I）中的PHF具有范围为约3 kDa至约15 kDa的分子量（即，m、m₁、m₂、m₃和m₄的总和范围为约20至约110）时，m₂是2至约15的整数，m₃是0至约8的整数（例如，m₃范围为0至约7），m₄是1至约8的整数，和/或m₁是2至约50的整数，并且与分离抗体连接的L^P2的总数范围为约2至约8（例如，约2、3、4、5、6、7或8）。

例如，当式（I）中的PHF具有范围为约5 kDa至约10 kDa的分子量（即，m、m₁、m₂、m₃和m₄的总和范围为约40至约75）时，m₂是约2至约10的整数（例如，m₂是约3-10），m₃是0至约5的整数（例如，m₃范围为0至约4），m₄是1至约8的整数（例如，m₄范围为1至约5），和/或m₁是约2至约35的整数（例如，m₁是约5-35），并且与分离抗体连接的L^P2的总数范围为约2至约8（例如，约2、3、4、5、6、7或8）。

例如，D的每次出现独立地是例如分子量≤ 5 kDa的治疗剂。

例如，D的每次出现独立地是诊断剂或标记。

例如，D的一些出现独立地是治疗剂（例如，具有≤ 5 kDa的分子量），而D的其它出现是诊断剂或标记。

例如，D的每次出现独立地是抗癌药物，例如选自长春花生物碱、澳瑞他汀、微管溶素、多卡米星、非天然喜树碱化合物、美登木素、卡奇霉素化合物、拓扑异构酶抑制剂、吡咯并苯并二氮杂卓、DNA结合药物、DNA烷基化药物、RNA聚合酶抑制剂、激酶抑制剂、MEK抑制剂、KSP抑制剂及其类似物。

例如，澳瑞他汀化合物的每次出现是澳瑞他汀、多拉司他汀（例如多拉司他汀10或多拉司他汀15）、单甲基澳瑞他汀E（MMAE）、单甲基澳瑞他汀F（MMAF）、奥他斯汀F羟丙基酰胺（AF HPA）、单甲基澳瑞他汀F羟丙基酰胺（AF HPA）或澳瑞他汀F苯二胺（AFP）。

例如，多卡米星或其类似物的每次出现是多卡米星A、多卡米星B1、多卡米星B2、多卡米星C1、多卡米星C2、多卡米星D、多卡米星SA、CC-1065、阿多来新、比折来新或卡折来新。

例如，喜树碱化合物的每次出现是喜树碱、CPT-11（伊立替康）、SN-38或托泊替康。

例如，吡咯并苯并二氮杂卓化合物的每次出现是吡咯并苯并二氮杂卓单体、对称的吡咯并苯二氮杂卓二聚体或不对称的吡咯并苯二氮杂卓二聚体。

例如，当不与分离抗体连接时，每个

各自独立地包含末端基团W^P，其中每个W^P独立地是：

其中

环A是环烷基或杂环烷基；

环B是环烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基；

R^1K是离去基团；

R^1A是硫保护基团；

R^1J是氢、脂肪族、杂脂肪族、碳环或杂环烷基部分；

R^2J是氢、脂肪族、芳基、杂脂肪族或碳环部分；

R^3J是C_1-6烷基，并且Z₁、Z_2、Z₃和Z₇各自独立地是碳或氮原子；

R^4j是氢、卤素、OR、-NO₂、-CN、-S(O)₂R、C_1-24烷基（例如C_1-6烷基）、或者6-24元芳基或杂芳基，其中C_1-24烷基（例如C_1-6烷基）、或者6-24元芳基或杂芳基，任选地被一个或多个芳基或杂芳基取代；或者两个R^4j一起形成增环的（annelated）环烷基、杂环烷基、芳基或杂芳基；R是氢、烷基、杂烷基、环烷基或杂环烷基；

R^5j是C(R^4j)₂、O、S或NR；和

z₁是1、2、3、4、5、6、7、8、9或10的整数。

例如，每个R^1A独立地是

、

、

或

，其中r是1或2，并且R^s1、R^s2和R^s3各自是氢、脂肪族、杂脂肪族、碳环或杂环烷基部分。

例如，环A可以是

；

或

；其中R^6j是氢、卤素、C_1-24烷基（例如C_1-6烷基）、或者6-24元芳基或杂芳基，其中所述C_1-24烷基（例如C_1-6烷基）、或者6-24元芳基杂芳基或杂芳基，任选地被一个或多个芳基或杂芳基取代。

例如，环A可以是

。

例如，尚未与分离抗体的官能团（例如抗体的氨基酸残基上的官能团或反应性部分，例如抗体的半胱氨酸残基或赖氨酸残基上的官能团）形成共价键的L^P2的官能团选自–SR^p、-SS-LG、

和卤素，其中LG是离去基团，R^p是H或硫保护基团，并且X_a和X_b之一是H，且另一个是水溶性马来酰亚胺封闭基团，或X_a和X_b连同它们与之附接的碳原子一起形成碳-碳双键。例如，尚未形成共价键的L^P2的官能团是不与分离抗体的官能团反应的官能团，例如作为L^P2的官能团的

，其中X_a和X_b之一是H，且另一个是水溶性马来酰亚胺封闭基团，或X_a和X_b。

例如，L^D1包含—X-(CH₂)_v-C(=O)—，其中X直接连接到

的羰基，其中X是CH₂、O或NH，并且v是1至6的整数。

例如，

的每次出现独立地是—C(=O)-X-(CH₂)_v-C(=O)-NH-(CH₂)_u-NH-C(=O)-(CH₂)_w-(OCH₂)_x-NHC(=O)-(CH₂)_y—M，其中X是CH₂、O或NH，v、u、w、x和y各自独立地是1至6的整数，并且M是

，其中X_a和X_b之一是H，且另一个是水溶性马来酰亚胺封闭基团，或X_a和X_b连同它们与之附接的碳原子一起形成碳-碳双键。

例如，v、u、w、x和y各自是2。

例如，D与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为约25:1、24:1、23:1、22:1、21:1、20:1、19:1、18:1、17:1、16:1、15:1、14:1、13:1、12:1、11:1、10:1、9:1、8:1、7:1、6；1、5:1、4:1、3:1、2:1或1:1。

例如，D与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为约20:1、15:1、10:1、5:1、2:1或1:1。

例如，D与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为约16:1、15:1、14:1、13:1、12:1、11:1或10:1。

例如，D与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为约15:1、14:1、13:1、12:1或11:1。

例如，D与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为约15:1、14:1、13:1或12:1。

例如，D与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为约14:1、13:1或12:1。

例如，D与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为约13:1或12:1。

例如，D与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为约12:1。

例如，D与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为约14:1、13:1、12:1、11:1、10:1或9:1。

例如，D与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为约13:1、12:1、11:1、10:1或9:1。

例如，D与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为约12:1、11:1、10:1或9:1。

例如，D与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为约11:1、10:1或9:1。

例如，一个或多个携带D的聚合物支架各自独立地具有式（II）：

其中：

m_3a是0至约17的整数

m_3b是1至约8的整数，和

末端

表示一个或多个聚合物支架与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535的直接附接。式（II）的支架可以包括下述特点中的一个或多个：

m_3a和m_3b的总和为1至18。

当式（II）中的PHF具有范围为约2 kDa至约40 kDa的分子量时，m、m₁、m₂、m_3a和m_3b的总和范围为约15至约300，m₁是1至约140的整数，m₂是1至约40的整数，m_3a是0至约17的整数，m_3b是1至约8的整数，m_3a和m_3b的总和范围为1至约18，并且PHF与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为10或更小。

当式（II）中的PHF具有范围为约2 kDa至约20 kDa的分子量时，m、m₁、m₂、m_3a和m_3b的总和范围为约15至约150，m₁是1至约70的整数，m₂是1至约20的整数，m_3a是0至约9的整数，m_3b是1至约8的整数，m_3a和m_3b的总和范围为1至约10，并且PHF与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为2至约8（例如，约2至约6或约2至约4）的整数。

当式（II）中的PHF具有范围为约3 kDa至约15 kDa的分子量时，m、m₁、m₂、m_3a和m_3b的总和范围为约20至约110，m₁是2至约50的整数，m₂是2至约15的整数，m_3a是0至约7的整数，m_3b是1至约8的整数，m_3a和m_3b的总和范围为1至约8，并且PHF与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为2至约8（例如，约2至约6或约2至约4）的整数。

当式（II）中的PHF具有范围为约5 kDa至约10 kDa的分子量时，m、m₁、m₂、m_3a和m_3b的总和范围为约40至约75，m₁是2至约35的整数，m₂是约2至约10的整数，m_3a是0至约4的整数，m_3b是1至约5的整数，m_3a和m_3b的总和范围为1至约5，并且PHF与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率为2至约8（例如，约2至约6或约2至约4）的整数。

在某些实施方案中，澳瑞他汀F羟丙基酰胺（“AF HPA”）与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率可以为约30:1、29:1、28:1、27:1、26:1、25:1、24:1、23:1、22:1、21:1、20:1、19:1、18:1、17:1、16:1、15:1、14:1、13:1、12:1、11:1、10:1、9:1、8:1、7:1或6:1。

在某些实施方案中，AF HPA与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率可以为约25:1、24:1、23:1、22:1、21:1、20:1、19:1、18:1、17:1、16:1、15:1、14:1、13:1、12:1、11:1、10:1、9:1、8:1、7:1或6:1。

在其它实施方案中，AF HPA与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535之间的比率可以为约20:1、19:1、18:1、17:1、16:1、15:1、14:1、13:1、12:1、11:1、10:1、9:1、8:1、7:1或6:1。

在一些实施方案中，AF HPA与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约16:1、15:1、14:1、13:1、12:1、11:1或10:1。

在一些实施方案中，AF HPA与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约15:1、14:1、13:1、12:1或11:1。

在一些实施方案中，AF HPA与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约15:1、14:1、13:1或12:1。

在一些实施方案中，AF HPA与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约14:1、13:1或12:1。

在一些实施方案中，AF HPA与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约13:1或12:1。

在一些实施方案中，AF HPA与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约12:1。

在一些实施方案中，AF HPA与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约14:1、13:1、12:1、11:1、10:1或9:1。

在一些实施方案中，AF HPA与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约13:1、12:1、11:1、10:1或9:1。

在一些实施方案中，AF HPA与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约12:1、11:1、10:1或9:1。

在一些实施方案中，AF HPA与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约11:1、10:1或9:1。

在某些实施方案中，PHF与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1或1:1。

在某些实施方案中，PHF与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1或2:1。

在其它实施方案中，PHF与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约6:1、5:1、4:1、3:1、2:1或1:1。

在其它实施方案中，PHF与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约6:1、5:1、4:1、3:1或2:1。

在其它实施方案中，PHF与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约6:1、5:1、4:1或3:1。

在一些实施方案中，PHF与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约5:1、4:1或3:1。

在一些实施方案中，PHF与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约4:1、3:1或2:1。

在一些实施方案中，PHF与分离的NaPi2b靶向抗体之间的比率可以为约4:1或3:1。

水溶性马来酰亚胺封闭基团（例如，X_a或X_b）是这样的部分，在马来酰亚胺基团与式（II）的含硫醇化合物反应后，所述部分可以共价附接至两个烯烃碳原子之一：

其中：

R₉₀是NHR₉₁、OH、COOR₉₃、CH(NHR₉₁)COOR₉₃或取代的苯基；

R₉₃是氢或C_1-4烷基；

R₉₁是氢、CH₃或CH₃CO，和

d是1至3的整数。

在一个实施方案中，式（II）的水溶性马来酰亚胺封闭化合物可以是半胱氨酸、N-乙酰基半胱氨酸、半胱氨酸甲酯、N-甲基半胱氨酸、2-巯基乙醇、3-巯基丙酸、2-巯基乙酸、巯基乙醇（即HOCH₂SH）、其中苯基被一个或多个亲水取代基取代的苄基硫醇、或3-氨基丙烷-1-硫醇。苯基上的一个或多个亲水取代基包含OH、SH、甲氧基、乙氧基、COOH、CHO、COC_1-4烷基、NH₂、F、氰基、SO₃H、PO₃H等等。

在另一个方面，水溶性马来酰亚胺基封闭基团是-S-(CH₂)_d-R₉₀，其中，

R₉₀是OH、COOH或CH(NHR₉₁)COOR₉₃；

R₉₃是氢或CH₃；

R₉₁是氢或CH₃CO；和

d是1或2。

在另一个实施方案中，水溶性马来酰亚胺基封闭基团是-S-CH₂-CH(NH₂)COOH。

在某些实施方案中，本文所述的缀合物包含一个或多个携带D的PHF，其各自独立地具有式（III），其中所述PHF具有范围为约2 kDa至约40 kDa的分子量：

其中：

m是1至约300的整数，

m₁是1至约140的整数，

m₂是1至约40的整数，

m_3a是0至约17的整数

m_3b是1至约8的整数；

m_3a和m_3b的总和范围为1至约18；

m、m₁、m₂、m_3a和m_3b的总和范围为约15至约300；和

末端

表示一个或多个PHF聚合物支架与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535的附接，

PHF与抗体之间的比率为10或更小。

式（III）的支架可以包括下述特点中的一个或多个：

当式（III）中的PHF具有范围为约2 kDa至约20 kDa的分子量时，m、m₁、m₂、m_3a和m_3b的总和范围为约15至约150，m₁是1至约70的整数，m₂是1至约20的整数，m_3a是0至约9的整数，m_3b是1至约8的整数，m_3a和m_3b的总和范围为1至约10，并且PHF与抗体之间的比率是2至约8的整数。

当式（III）中的PHF具有范围为约3 kDa至约15 kDa的分子量时，m、m₁、m₂、m_3a和m_3b的总和范围为约20至约110，m₁是2至约50的整数，m₂是2至约15的整数，m_3a是0至约7的整数，m_3b是1至约8的整数，m_3a和m_3b的总和范围为1至约8；并且PHF与抗体之间的比率是2至约8（例如约2至约6或约2至约4）的整数。

当式（III）中的PHF具有范围为约5 kDa至约10 kDa的分子量时，m、m₁、m₂、m_3a和m_3b的总和范围为约40至约75，m₁是2至约35的整数，m₂是约2至约10的整数，m_3a是0至约4的整数，m_3b是1至约5的整数，m_3a和m_3b的总和范围为1至约5；并且PHF与抗体之间的比率是2至约8（例如约2至约6或约2至约4）的整数。

在某些实施方案中，澳瑞他汀F羟丙基酰胺（“AF HPA”）与抗体之间的比率可以为约30:1、29:1、28:1、27:1、26:1、25:1、24:1、23:1、22:1、21:1、20:1、19:1、18:1、17:1、16:1、15:1、14:1、13:1、12:1、11:1、10:1、9:1、8:1、7:1或6:1。

在某些实施方案中，AF HPA与抗体之间的比率可以为约25:1、24:1、23:1、22:1、21:1、20:1、19:1、18:1、17:1、16:1、15:1、14:1、13:1、12:1、11:1、10:1、9:1、8:1、7:1或6:1。

在其它实施方案中，AF HPA与抗体之间的比率可以为约20:1、19:1、18:1、17:1、16:1、15:1、14:1、13:1、12:1、11:1、10:1、9:1、8:1、7:1或6:1。

在一些实施方案中，AF HPA与抗体之间的比率可以为约16:1、15:1、14:1、13:1、12:1、11:1或10:1。

在一些实施方案中，AF HPA与抗体之间的比率可以为约15:1、14:1、13:1、12:1或11:1。

在一些实施方案中，AF HPA与抗体之间的比率可以为约15:1、14:1、13:1或12:1。

在一些实施方案中，AF HPA与抗体之间的比率可以为约14:1、13:1或12:1。

在一些实施方案中，AF HPA与抗体之间的比率可以为约13:1或12:1。

在一些实施方案中，AF HPA与抗体之间的比率可以为约12:1。

在一些实施方案中，AF HPA与抗体之间的比率可以为约14:1、13:1、12:1、11:1、10:1或9:1。

在一些实施方案中，AF HPA与抗体之间的比率可以为约13:1、12:1、11:1、10:1或9:1。

在一些实施方案中，AF HPA与抗体之间的比率可以为约12:1、11:1、10:1或9:1。

在一些实施方案中，AF HPA与抗体之间的比率可以为约11:1、10:1或9:1。

在某些实施方案中，PHF与抗体之间的比率可以为约10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1或1:1。

在某些实施方案中，PHF与抗体之间的比率可以为约8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1或2:1。

在其它实施方案中，PHF与抗体之间的比率可以为约6:1、5:1、4:1、3:1、2:1或1:1。

在其它实施方案中，PHF与抗体之间的比率可以为约6:1、5:1、4:1、3:1或2:1。

在其它实施方案中，PHF与抗体之间的比率可以为约6:1、5:1、4:1或3:1。

在一些实施方案中，PHF与抗体之间的比率可以为约5:1、4:1或3:1。

在一些实施方案中，PHF与抗体之间的比率可以为约4:1、3:1或2:1。

在一些实施方案中，PHF与抗体之间的比率可以为约4:1或3:1。

在某些实施方案中，在本文所述的缀合物中，式（III）的携带D的聚合物支架具有式（IV），其中所述聚合物是分子量范围为约5 kDa至约10 kDa的PHF：

其中：

m是30至约35的整数，

m₁是8至约10的整数，

m₂是2至约5的整数，

m_3a是0至约1的整数

m_3b是1至约2的整数；

m_3a和m_3b的总和范围为1至约4；

末端

表示一个或多个PHF聚合物支架与分离的NaPi2b靶向抗体XMT-1535的附接，

PHF与抗体之间的比率为约3至5。

本发明的诊断、预测和预后方法

在各个方面，本发明提供了通过以下用于鉴定顺应NaiPi2b靶向疗法的癌症患者的方法：测量从患者获得的肿瘤样品中的NaPi2b表达状态，并且基于肿瘤样品中的NaPi2b表达，来鉴定用于治疗的患者。

具体地，本发明提供了基于NaPi2b的表达水平，来区别响应例如用WO2017/160754中公开的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物的NaPi2b靶向治疗的癌症患者与不对其响应的癌症患者的方法。NaPi2b表达概况与对治疗具有良好响应或弱响应的患者相关联（并且因此能够区别患者）。

在其它实施方案中，本发明包括将来自患者的癌细胞样品中的NaPi2b表达与对照NaPi2b概况进行比较，以确定关于患者的可能临床或治疗结果、或者天然生物学结果的方法。本发明的这些实施方案可以有利地用于满足关于以下能力的重要的未满足的诊断需要：预测患者是否可能获益于给定的治疗类型，或者患者用另一种类型的治疗是否更好。例如，高NaPi2b表达水平值可能与对WO 2017/160574中公开的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物的响应强相关。

本发明的方法提供了客观的蛋白质表达模式，其可以单独使用或与主观标准组合使用，以提供患者结果包括存活和癌症复发的更准确评价。

在各个方面，本发明提供了通过测量从患者获得的肿瘤样品中的NaPi2b表达，用于鉴定和/或治疗与异常NaPi2b表达有关的疾病或病症的方法。

本发明的方法提供了客观的蛋白质表达模式，其可以单独使用或与主观标准组合使用，以提供NSCLC的更准确诊断。例如，本发明提供了通过测量从患者获得的肿瘤样品中的NaPi2b表达，来诊断患者中的NSCLC的方法。具体地，本发明提供了通过以下用于将NSCLC亚型分型的方法：测量从患者获得的肿瘤样品中的NaPi2b表达，并且基于肿瘤样品中的NaPi2b表达，将NSCLC鉴定为腺癌。任选地，进一步测定TTF-1、Napsin A、p63、p40或CH5/6中的一种或多种的表达水平。

癌症患者患有与异常的NaPi2b活性和/或表达有关的疾病或病症。与异常的NaPi2b活性和/或表达有关的疾病或病症包括但不限于癌症。癌症可以是卵巢癌例如上皮性卵巢癌、甲状腺癌、结肠直肠癌、肺癌、非小细胞肺癌（NSCLC）例如非鳞状NSCLC、乳腺癌、肾癌、唾液管癌、乳头状甲状腺癌、乳头状肾癌、唾液管腺癌、子宫内膜癌和胆管癌。

受试者对化学疗法包括标准的一线化学疗法剂是难治的。在一些实施方案中，受试者患有铂敏感性卵巢癌。在一些实施方案中，所述受试者患有铂难治性卵巢癌。在一些实施方案中，受试者患有晚期卵巢癌，并且没有接受任何先前的用于治疗癌症（例如，卵巢癌）的疗法。在一些实施方案中，受试者患有晚期卵巢癌，并且没有接受任何先前的用于治疗癌症（例如，卵巢癌）的化学疗法。

样品衍生自患有或怀疑患有癌症的受试者。从受试者取出或获得的组织中解剖癌细胞的样品。

在一些实施方案中，测试细胞群体衍生自来自活组织检查样品的新鲜的、未冷冻的组织。在其它实施方案中，测试细胞群体衍生自原发性或转移性部位。在一些实施方案中，测试细胞群体衍生自来自活组织检查或手术样品的新鲜或冷冻组织、或者腹水或胸膜液。在一些实施方案中，测试细胞群体衍生自来自活组织检查或手术样品的固定组织（例如福尔马林固定或福尔马林固定的石蜡包埋（FFPE））、或衍生自流体样本的细胞块。组织样品可以是冷冻的或新鲜的。

靶向NaPi2b的疗法包括靶向NaPi2b的抗体药物缀合物（ADC）疗法。例如，如WO2017/160754中所述的此类靶向NaPi2b的抗体药物缀合物（ADC）疗法。

NaPi2b表达的必需水平可以是通过本领域已知的任何方法，且更具体地通过本文所述的方法鉴定的水平。

例如，可以通过使用特异性识别NaPi2b的抗体（例如，根据本发明的嵌合抗体），进行已知的免疫学测定来测量NaPi2b表达的水平，所述免疫学测定例如酶免疫测定、放射免疫测定、竞争性免疫测定、双抗体夹心测定、荧光免疫测定、ELISA、蛋白质印迹技术、凝集测定、细胞荧光测定术（例如，流式细胞术）、或免疫组织化学染色测定。基于细胞的测定，例如流式细胞术（FC）、免疫组织化学（IHC）或免疫荧光（IF）在实践本发明的方法中是特别期望的，因为此类测定形式是临床上合适的。相应地，在一些实施方案中，本发明的方法以流式细胞术（FC）、免疫组织化学（IHC）或免疫荧光（IF）测定形式实施。优选地，方法以IHC形式实施。

流式细胞术（FC）可以用于测定在用靶向抑制NaPi2b表达的药物治疗之前、期间和之后，肿瘤样品中NaPi2b的细胞表面表达。例如，如果有需要，则可以通过流式细胞术分析肿瘤细胞的NaPi2b、以及用于鉴定癌细胞类型的标记物等。流式细胞术可以根据标准方法进行。参见例如，Chow等人，Cytometry（Communications in Clinical Cytometry）46：72-78（2001）。简要地且作为实例，可以采用用于细胞计数分析的下述方案：细胞在37℃下用2%多聚甲醛固定10分钟，随后为在冰上在90%甲醇中渗透化30分钟。然后可以将细胞用NaPi2b特异性抗体染色，洗涤并用荧光标记的二级抗体标记。然后根据所使用的仪器的具体方案，在流式细胞仪（例如Beckman Coulter FC500）上分析细胞。此类分析将鉴定肿瘤中表达的NaPi2b的水平。

免疫组织化学（IHC）染色也可以用于测定在用靶向抑制活性的药物治疗之前、期间和之后，肿瘤样品中NaPi2b的表达。IHC可以根据众所周知的技术进行。参见例如，ANTIBODIES；A LABORATORY MANUAL，第10章，Harlow & Lane编辑，Cold Spring HarborLaboratory（1988）。简要地且作为实例，通过以下制备石蜡包埋的组织（例如来自活组织检查的肿瘤组织），用于免疫组织化学染色：用二甲苯随后为乙醇使组织切片脱蜡；在水中然后在PBS中水合；通过在柠檬酸钠缓冲液中加热载玻片来揭露抗原；在过氧化氢中温育切片；在封闭溶液中封闭；在第一多肽抗体和二级抗体中温育载玻片；并且最后根据制造商的说明书，使用ABC抗生物素蛋白/生物素方法检测。

免疫荧光（IF）测定还可以用于测定在用靶向抑制活性的药物治疗之前、期间和之后，肿瘤样品中NaPi2b的表达。IF可以根据众所周知的技术进行。参见例如，J. M. Polak和S. Van Noorden（1997）INTRODUCTION TO IMMUNOCYTOCHEMISTRY，第2版；ROYALMICROSCOPY SOCIETY MICROSCOPY HANDBOOK 37，BioScientific/Springer-Verlag。简要地且作为实例，患者样品可以在多聚甲醛随后为甲醇中固定，用封闭溶液例如马血清封闭，与针对多肽的一级抗体，随后为用荧光染料例如Alexa 488标记的二级抗体一起温育，并且用表面荧光显微镜进行分析。

在上述测定中采用的抗体可以有利地与荧光染料（例如Alexa488、PE）、或其它标记（例如量子点）缀合，用于连同其它信号转导（磷酸化AKT、磷酸化Erk 1/2）和/或细胞标记物（细胞角蛋白）抗体一起用于多参数分析中。

在一个优选的实施方案中，免疫组织化学测定来自肿瘤的样品中NaPi2b的表达。在一个甚至更优选的实施方案中，使用本文所述的嵌合抗体，免疫组织化学（IHC）测定来自肿瘤的样品中NaPi2b的表达。

可替代地，该测定可以包括从样品制备RNA，任选地用于PCR（聚合酶链反应）或其它分析方法中。PCR方法任选地是例如RT-PCR（逆转录PCR）或定量PCR，例如实时RT-PCR，RNAseq等等。可替代地，可通过使用阵列，例如，如相关领域中已知的微阵列来进行测定。

患者鉴定为响应治疗，其中通过检测和/或测量样品中NaPi2b的表达水平来监测治疗或检测癌症。

通过计算NaPi2b评分来确定NaPi2b表达水平的检测/测量。NaPi2b评分是定量或半定量的。例如，对检测进行病理评分，以得出病理评分。考虑本领域中已知的任何评分方法都可以用于本发明的方法中。特别地，本领域已知的任何组织学评分方法。

用于评价通过免疫组织化学染色测定获得的测量结果的方法包括例如H评分法。H评分由下述计算式进行测定（Am J Clin Pathol. 1988；90（3）：233-9）。H评分=（（在<1+时的%）X 0）+（（在1+时的%）X 1）+（（在2+时的%）X 2）+（（在3+时的%）X3），其中染色强度0是未染色的；染色强度1是弱染色；染色强度2是中等染色；且染色强度3是强染色。

在一些实施方案中，H评分可以是0至300的值，并且当H评分高于截止点时，可以在使用本发明的靶向NaPi2b的抗体药物缀合物的化学疗法中观察到抗肿瘤效应。例如，当受试者具有50、60、70、80、90、100、110、120、130或更高的H评分时，受试者响应用如本文和WO2017/160754中描述的靶向NaPi2b的抗体药物缀合物（ADC）的治疗。

在通过H评分的评价中，仅使用癌细胞部分。关于用于染色强度的阴性或阳性对照，可以采用福尔马林固定的石蜡包埋的细胞系或异种移植物（其蛋白表达水平是预先已知的系）。当不存在对照样本时，同时评价多个样本，以确认样本染色强度的总体分布，然后可以设定染色强度。

除H评分法之外，还可以使用其它评分方法，例如Allred方法（Harvey等人，Journal of Clinical Oncology 17，第5期（1999年5月）1474-1474）。截止点需要在每种方法中进行设定。Allred评分=阳性细胞百分比的评分+染色强度评分。样本也可以半定量地评分为对于NaPi2b表达具有1+或2+或3+的评分。

本发明的性能和准确性度量

如上文指出的，可以以多重方式评价本发明的性能以及因此的绝对和相对临床有用性。在各种性能评价中，本发明预期提供临床诊断和预后中的准确性。诊断、预测或预后测试、测定或方法的准确性涉及该测试、测定或方法区分响应化学治疗处理的受试者和不响应的那些的能力，其基于受试者是否具有NaPi2b水平的“有效量”或“显著改变”。“有效量”或“显著改变”意指测量NaPi2b不同于预定的截止点（或阈值），且因此指示对于其NaPi2b是决定因素的受试者对疗法的响应性或无疾病/总体存活。

在疾病状态的类别诊断中，改变测试（或测定）的切割点或阈值通常改变灵敏度和特异性，但在质量上成反比关系。因此，在评价所提议的医学测试、测定或方法用于评价受试者的状况的准确性和有用性时，应该始终考虑灵敏度和特异性两者，并且注意在其下报告灵敏度和特异性的切割点，因为灵敏度和特异性可能在切割点的范围内显著变化。

临床算法的构建

任何式可以用于将NaPi2b结果合并为可用于本发明的实践中的指数。如上文指示的且非限制性地，在各种其它指示中，此类指数可以指示响应例如化学疗法或化学放射疗法，即NaPi2b靶向疗法，例如用在本文中描述且在WO 2017/160754中公开的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物的治疗的概率、可能性、绝对或相对机会。这可以用于特定时间段或范围，或用于剩余的终生风险，或仅提供作为相对于另一个参考受试者群体的指数。

尽管此处描述了各种优选的式，但本文和上述定义中提及的那些之外的几种其它模型和式类型是本领域技术人员众所周知的。所使用的实际模型类型或式本身可以基于其在训练群体中的结果的性能和诊断准确性特征，而从潜在模型的领域中进行选择。式本身的细节通常可以衍生自NaPi2b，导致相关的训练群体。在其它用途中，此类式可能预期将衍生自一个或多个输入的特点空间映射到受试者类别集合（例如，可用于将受试者的类别成员身份预测为正常、响应者和非响应者），以得出使用贝叶斯方法的风险概率函数的估计量（例如，癌症或转移性事件的风险），或估计类别条件概率，然后使用贝叶斯法则来产生如先前情况的类别概率函数。

治疗方法

一旦选择用于治疗，患者就接受治疗有效量的NaPi2b抗体缀合物（例如，在本文中描述或在WO 2017/160754中公开的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物）。

相应地，本发明还提供了通过向通过本文描述的方法鉴定的受试者施用NaPi2b抗体缀合物（例如在本文中描述或在WO 2017/160753中公开的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物），来治疗癌症、预防癌症、延迟癌症的进展或以其它方式改善癌症的症状的方法，所述癌症选自上皮性卵巢癌、甲状腺癌、结肠直肠癌、肺癌、非小细胞肺癌（NSCLC）例如非鳞状NSCLC、腺癌、乳腺癌、肾癌、唾液管癌、乳头状甲状腺癌、乳头状肾癌、唾液管腺癌、子宫内膜癌和胆管癌。待治疗的受试者是例如人。缀合物以足以治疗、预防或减轻与病理状况相关的症状的量施用。

治疗有效量一般涉及达到治疗目的所需的量。此外，待施用的所需量取决于抗体对于其特异性抗原的结合亲和力，并且还取决于所施用的抗体在其下从它施用于其的其它受试者的自由体积中耗尽的速率。还根据各种其它因素选择利用本文公开的缀合物的剂量方案，所述其它因素包括患者的类型、物种、年龄、重量、性别和医学状况；以及待治疗状况的严重程度；施用途径；患者的肾功能和肝功能；以及采用的特定缀合物。普通技术的医师或兽医可以容易地确定并且开出预防、抵抗或阻止疾病进展所需的缀合物的有效量。

作为非限制性实例，关于本文公开的NaPi2b抗体缀合物的治疗有效剂量的通用范围可以为约0.1 mg/kg体重至约50 mg/kg体重、约0.1 mg/kg体重至约100 mg/kg体重、或约0.1 mg/kg体重至约150 mg/kg体重。本文公开的范围表示为基于受试者重量的施用量，并且本领域技术人员可以容易地将其表示为施用量/受试者的体表面积。例如，对于人类成年人，1 mg/kg体重等价于约37 mg/m²，并且对于人类儿童，1 mg/kg体重等价于约25 mg/m²。

常见的给药频率范围可以为例如每天两次至每月一次（例如每天一次、每周一次；每隔一周一次；每三周一次、每四周一次或每月一次）。例如，本文公开的XMT-1535的缀合物可以以约0.1 mg/kg至约20 mg/kg（例如，0.2 mg/kg、0.4 mg/kg、0.5 mg/kg、0.67 mg/kg、0.8 mg/kg、1 mg/kg、1.25 mg/kg、1.67 mg/kg、2 mg/kg、2.5 mg/kg、3 mg/kg、4 mg/kg、5mg/kg、6 mg/kg、7 mg/kg、8 mg/kg、9 mg/kg、10 mg/kg、11 mg/kg、12 mg/kg、13 mg/kg、14mg/kg、15 mg/kg、16 mg/kg、17 mg/kg、18 mg/kg、19 mg/kg或20 mg/kg）进行施用（例如，作为每周、每2周、每3周、每4周或每月一次的单个剂量）。例如，本文公开的XMT-1535的缀合物可以以约0.1 mg/kg至约20 mg/kg（例如，0.2 mg/kg、0.4 mg/kg、0.5 mg/kg、0.67 mg/kg、0.8 mg/kg、1 mg/kg、1.25 mg/kg、1.67 mg/kg、2 mg/kg、2.5 mg/kg、3 mg/kg、4 mg/kg、5mg/kg、6 mg/kg、7 mg/kg、8 mg/kg、9 mg/kg、10 mg/kg、11 mg/kg、12 mg/kg、13 mg/kg、14mg/kg、15 mg/kg、16 mg/kg、17 mg/kg、18 mg/kg、19 mg/kg或20 mg/kg）进行施用（例如，作为每周、每2周、每3周、每4周或每月一次的单个剂量），用于治疗表达NaPi2b的卵巢癌或表达NaPi2b的NSCLC癌症。

常见的给药频率范围可以为例如每天两次至每月一次（例如每天一次、每周一次；每隔一周一次；每三周一次、每四周一次或每月一次）。例如，本文公开的XMT-1535的缀合物可以以约3 mg/m²至约53 m²（例如，3 mg/m²、6 mg/m²、12 mg/m²、20 mg/m²、25 mg/m²、30 mg/m²、35 mg/m²、40 mg/m²或53 mg/m²）进行施用（例如，作为每周、每2周、每3周、每4周或每月一次的单个剂量）。例如，本文公开的XMT-1535的缀合物可以以约3 mg/m²至约53 mg/m²（例如，3 mg/m²、6 mg/m²、12 mg/m²、20 mg/m²、25 mg/m²、30 mg/m²、35 mg/m²、40 mg/m²或53 mg/m²）进行施用（例如，作为每周、每2周、每3周、每4周或每月一次的单个剂量），用于治疗表达NaPi2b的卵巢癌或表达NaPi2b的NSCLC癌症。

与用于诊断或治疗特定的NaPi2b有关病症的任何已知方法结合来测定治疗的有效性。NaPi2b有关病症的一种或多种症状的减轻指示该抗体赋予临床益处。

试剂盒

本发明提供了试剂盒，其包含检测患者样品中的NaPi2b表达水平（例如，每个细胞的抗原数目）的嵌合NaPi2b抗体（例如，MERS67）、以及包含有效量的如本文描述或WO 2017/160754中公开的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物的治疗组合物。需要时，试剂盒进一步包含用于检测NaPi2b表达水平，且测定如果施用于患者，WO 2017/160754中公开的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物是否有效的指导。优选地，试剂盒是免疫组织化学测试试剂盒。任选地，试剂盒进一步包含用于向选择接受此类治疗的患者施用如本文描述或WO2017/160754中公开的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物的说明书。

定义

除非另有定义，否则与本公开内容结合使用的科学和技术术语应该具有本领域普通技术人员通常理解的含义。此外，除非上下文另有要求，否则单数术语应该包括复数，且复数术语应该包括单数。一般地，本文描述的与细胞和组织培养、分子生物学、以及蛋白质和寡核苷酸或多核苷酸化学和杂交结合利用的命名法和技术是本领域众所周知且常用的那些。标准技术用于重组DNA，寡核苷酸合成，以及组织培养和转化（例如电穿孔、脂转染）。酶促反应和纯化技术根据制造商的说明书，或者如本领域通常完成的或如本文所述的执行。前述技术和程序一般根据本领域众所周知的常规方法，并且如本说明书自始至终引用且讨论的各种一般性和更具体的参考文献中所述的执行。参见例如，Sambrook等人MolecularCloning：A Laboratory Manual（第2版，Cold Spring Harbor Laboratory Press，ColdSpring Harbor，N.Y.（1989））。本文描述的与分析化学、合成有机化学、以及医学和药物化学结合利用的命名法、以及实验室程序和技术是本领域众所周知且常用的那些。标准技术用于化学合成、化学分析、药物制备、配制和递送、以及患者的治疗。

如根据本公开内容利用的，除非另有说明，否则下述术语应该理解为具有下述含义：

如本文使用的，术语“NaPi2b”（也称为钠依赖性磷酸盐转运蛋白2B、SLC34A2、NaPiIIb、Npt2、Na（+）依赖性磷酸盐共转运蛋白2B；钠/磷酸盐共转运蛋白2B；Na（+）/Pi共转运蛋白2B；NaPi3b；溶质载体家族34成员2），当在本文中使用时，指人NaPi2b（例如，GenBank登录号O95436.3），并且包括NaPi2b的任何变体、同种型和物种同系物，其由细胞包括肿瘤细胞天然表达，或在用NaPi2b基因转染的细胞上表达。这些术语是同义词，且可以互换使用。

如本文使用的，术语“NaPi2b抗体”或“抗NaPi2b抗体”是与抗原NaPi2b特异性结合的抗体。

当本文在两种或更多种抗体的上下文中使用时，术语“与……竞争”或“与……交叉竞争”指示两种或更多种抗体竞争结合NaPi2b，例如，在任何领域公认的测定中竞争NaPi2b结合。如果抗体与一种或多种其它抗体竞争25%或更多，则抗体“阻断”或“交叉阻断”一种或多种其它抗体与NaPi2b的结合，其中25%-74%代表“部分阻断”，而75%-100%代表“完全阻断”，如使用任何领域公认的测定确定的。对于某些抗体对，只有在将一种抗体包被在平板上并且将另一种抗体用于竞争时，才观察到在任何领域公认的测定中的竞争或阻断，并且并非反之亦然。除非上下文另外定义或否定，否则在本文中使用时，术语“与……竞争”、“与……交叉竞争”、“阻断”或“交叉阻断”也预期涵盖此类抗体对。

如本文使用的，术语“抗体”指免疫球蛋白分子和免疫球蛋白（Ig）分子的免疫活性部分，即，含有与抗原特异性结合（与之免疫反应）的抗原结合位点的分子。“特异性结合”或“与……免疫反应”或“针对”意指抗体与所需抗原的一个或多个抗原决定簇反应，而不与其它多肽反应或以低得多的亲和力（K_d > 10^-6）结合。抗体包括但不限于多克隆抗体、单克隆抗体和嵌合抗体。

已知基本抗体结构单元包含四聚体。每个四聚体由两对相同的多肽链组成，每对具有一条“轻”链（约25 kDa）和一条“重”链（约50-70 kDa）。每条链的氨基末端部分包括主要负责抗原识别，约100至110个或更多个氨基酸的可变区。每条链的羧基末端部分定义主要负责效应子功能的恒定区。一般而言，从人获得的抗体分子涉及类别IgG、IgM、IgA、IgE和IgD中的任一种，其通过分子中存在的重链性质而彼此不同。某些类别也具有子类别，例如IgG₁、IgG₂及其它。此外，在人中，轻链可以是κ链或λ链。

如本文使用的，术语“单克隆抗体”（mAb）或“单克隆抗体组合物”，指仅含有由独特的轻链基因产物和独特的重链基因产物组成的抗体分子的一个分子种类的抗体分子群体。特别地，单克隆抗体的互补决定区（CDR）在群体的所有分子中都是等同的。单克隆抗体（mAb）含有能够与抗原的特定表位免疫反应的抗原结合位点，其特征在于对于其独特的结合亲和力。

如本文使用的，术语“嵌合”意指抗体或抗原结合部分包括来自两个不同物种的序列。嵌合抗体是包含人和非人部分的免疫球蛋白分子。更具体地，嵌合抗体的抗原结合区（可变区）衍生自人来源，而对免疫球蛋白赋予生物学效应子功能的嵌合抗体的恒定区衍生自非人来源。嵌合抗体应该具有人抗体分子的抗原结合特异性，以及由非人抗体分子赋予的效应子功能。产生根据本发明的嵌合抗体的方法是本领域技术人员熟悉的，参见例如，美国专利号4,816,567、美国专利号5,585,089和US 20030039649，其整体引入本文作为参考。此类方法需要使用标准重组技术。

一般而言，从人获得的抗体分子涉及类别IgG、IgM、IgA、IgE和IgD中的任一种，其通过分子中存在的重链性质而彼此不同。某些类别也具有子类别，例如IgG₁、IgG₂及其它。此外，在人中，轻链可以是κ链或λ链。

术语“抗原结合位点”或“结合部分”指免疫球蛋白分子中参与抗原结合的部分。抗原结合位点由重（“H”）链和轻（“L”）链的N末端可变（“V”）区的氨基酸残基形成。称为“高变区”、在重链和轻链的V区内的三个高度趋异的段间插在称为“构架区”或“FR”的更保守的侧翼段之间。因此，术语“FR”指在免疫球蛋白中的高变区之间天然发现且与之邻近的氨基酸序列。在抗体分子中，轻链的三个高变区和重链的三个高变区在三维空间中相对于彼此设置，以形成抗原结合表面。抗原结合表面与结合抗原的三维表面互补，并且每条重链和轻链的三个高变区称为“互补决定区”或“CDR”。氨基酸对每个结构域的分配根据具有KabatSequences of Proteins of Immunological Interest（National Institutes ofHealth，Bethesda，Md.（1987和1991）），或Chothia & Lesk J. Mol. Biol. 196：901-917（1987），Chothia等人Nature 342：878-883（1989）的定义。

如本文使用的，术语“表位”包括能够特异性结合免疫球蛋白或其片段或T细胞受体的任何蛋白质决定簇。术语“表位”包括能够特异性结合免疫球蛋白或T细胞受体的任何蛋白质决定簇。抗原决定簇通常由分子的化学活性表面分组例如氨基酸或糖侧链组成，且通常具有特定的三维结构特征以及比电荷特征。当解离常数≤ 1 µM，例如≤ 100 nM，优选≤ 10 nM，且更优选≤ 1 nM时，抗体被认为特异性结合抗原。

如本文使用的，术语“免疫结合”和“免疫结合特性”指在免疫球蛋白分子和免疫球蛋白对于其特异性的抗原之间发生的类型的非共价相互作用。免疫结合相互作用的强度或亲和力可以按照相互作用的解离常数（K_d）表示，其中较小的K_d代表较大的亲和力。所选多肽的免疫结合特性可以使用本领域众所周知的方法进行定量。一种此类方法需要测量抗原结合位点/抗原复合物形成和解离的速率，其中那些速率取决于复合物配偶体的浓度、相互作用的亲和力、以及在两个方向上相等地影响速率的几何参数。因此，“结合速率常数”（K_on）和“离开速率常数”（K_off）两者均可以通过浓度的计算以及结合和解离的实际速率来确定。（参见Nature 361：186-87（1993））。K_off/K_on的比率使得能够取消与亲和力无关的所有参数，并且等于解离常数K_d。（一般参见Davies等人（1990）Annual Rev Biochem 59：439-473）。当如通过测定如放射性配体结合测定或本领域技术人员已知的类似测定测量的，平衡解离常数（K_d或K_D）≤1 μM，优选≤ 100 nM，更优选≤ 10 nM，且最优选≤ 100 pM至约1 pM时，本公开内容的抗体被认为特异性结合NaPi2b。

如本文使用的，术语“分离的多核苷酸”应该意指基因组、cDNA或合成起源或其某种组合的多核苷酸，由于其起源，所述“分离的多核苷酸”（1）不与其中“分离的多核苷酸”在自然界中发现的多核苷酸的全部或一部分结合，（2）可操作地连接至它在自然界中未与之连接的多核苷酸，或（3）不作为较大序列的部分存在于自然界中。

如本文使用的，术语“分离的蛋白质”意指cDNA、重组RNA或合成起源或其某种组合的蛋白质，由于其起源或衍生来源，所述“分离的蛋白质”（1）不与自然界中发现的蛋白质结合，（2）不含来自同一来源的其它蛋白质，（3）由来自不同物种的细胞表达，或（4）不存在于自然界中。

术语“多肽”在本文中用作通用术语，以指多肽序列的天然蛋白质、片段或类似物。因此，天然蛋白质片段和类似物是多肽属的种类。

如本文使用的，术语“天然存在的”当应用于物体时，指物体可以在自然界中发现的事实。例如，存在于生物（包括病毒）中的多肽或多核苷酸序列是天然存在的，所述多肽或多核苷酸序列可以从自然界中的来源分离，并且未在实验室中人为地或以其它方式有意地进行修饰。

如本文使用的，术语“可操作地连接的”指如此描述的组分的位置处于允许它们以其预期方式起作用的关系中。与编码序列“可操作地连接的”以这样的方式连接，使得在与控制序列相容的条件下实现编码序列的表达。

如本文使用的，术语“控制序列”指实现它们与之连接的编码序列的表达和加工所需的多核苷酸序列。此类控制序列的性质取决于原核生物中的宿主生物而不同，此类控制序列一般包括启动子、核糖体结合位点和真核生物中的转录终止序列，一般地，此类控制序列包括启动子和转录终止序列。术语“控制序列”预期至少包括其存在对于表达和加工必需的所有组分，并且还可以包括其存在是有利的另外组分，例如前导序列和融合配偶体序列。如本文提及的，术语“多核苷酸”意指长度至少10个碱基的核苷酸的聚合硼，或核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸或任一类核苷酸的修饰形式。该术语包括DNA的单链和双链形式。

如本文提及的，术语“寡核苷酸”包括通过天然存在的和非天然存在的寡核苷酸键合连接在一起的天然存在和修饰的核苷酸。寡核苷酸是一般包含长度200个碱基或更少的多核苷酸子集。优选地，寡核苷酸为长度10至60个碱基、且最优选地，长度12、13、14、15、16、17、18、19或20至40个碱基。寡核苷酸通常是单链的，例如用于探针，尽管寡核苷酸可以是双链的，例如用于在基因突变体的构建中使用。本文公开的寡核苷酸是有义或反义寡核苷酸。

下述术语用于描述两个或更多个多核苷酸或氨基酸序列之间的序列关系：“参考序列”、“比较窗”、“序列同一性”、“序列同一性的百分比”和“基本同一性”。“参考序列”是用作用于序列比较的基础的限定序列，参考序列可以是更大序列的子集，例如，作为序列表中给出的全长cDNA或基因序列的区段，或者可以包含完整的cDNA或基因序列。一般地，参考序列为长度至少18个核苷酸或6个氨基酸，通常为长度至少24个核苷酸或8个氨基酸，并且经常为长度至少48个核苷酸或16个氨基酸。由于两个多核苷酸或氨基酸序列可以各自（1）包含在两个分子之间相似的序列（即，完整的多核苷酸或氨基酸序列的一部分），并且（2）可以进一步包含在两个多核苷酸或氨基酸序列之间趋异的序列，两个（或更多个）分子之间的序列比较通常通过在“比较窗”中比较两个分子的序列，以鉴定且比较序列相似性的局部区域来执行。如本文使用的，“比较窗”指至少18个邻接核苷酸位置或6个氨基酸的概念性区段，其中多核苷酸序列或氨基酸序列可以与至少18个邻接核苷酸或6个氨基酸序列的参考序列进行比较，并且其中比较窗中的多核苷酸序列部分可以包含与参考序列（其不包含添加或缺失）相比，20百分比或更少的添加、缺失、取代等等（即，缺口），用于两个序列的最佳比对。用于比对比较窗的序列的最佳比对可以通过以下进行：Smith和Waterman Adv. Appl.Math. 2：482（1981）的局部同源性算法，Needleman和Wunsch J. Mol. Biol. 48：443（1970）的同源性比对算法，Pearson和Lipman Proc. Natl. Acad. Sci.（U.S.A.）85：2444（1988）的相似性搜索方法，这些算法的计算机化实现（Wisconsin Genetics SoftwarePackage Release 7.0（Genetics Computer Group，575 Science Dr.，Madison，Wis.）、Geneworks或MacVector软件包中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA），或检查，并且选择由各种方法生成的最佳比对（即，在比较窗中导致最高的同源性百分比）。

术语“序列同一性”意指两个多核苷酸或氨基酸序列在比较窗中是等同的（即，在逐个核苷酸或逐个残基的基础上）。术语“序列同一性的百分比”通过以下进行计算：在比较窗中比较两个最佳比对的序列，测定在其下等同的核酸碱基（例如A、T、C、G、U或I）或残基在两个序列中均出现的位置数目，以得到匹配位置的数目，将匹配位置的数目除以比较窗中的位置总数（即，窗口大小），然后将结果乘以100，以得出序列同一性的百分比。如本文使用的，术语“基本同一性”指示多核苷酸或氨基酸序列的特征，其中多核苷酸或氨基酸包含这样的序列，在至少18个核苷酸（6个氨基酸）位置的比较窗中，通常在至少24-48个核苷酸（8-16个氨基酸）位置的窗口中，与参考序列相比，所述序列具有至少85百分比的序列同一性，优选至少90至95百分比的序列同一性，更通常至少99百分比的序列同一性，其中通过将参考序列与可能在比较窗中包括总共为参考序列的20百分比或更少的缺失或添加的序列进行比较，来计算序列同一性的百分比。参考序列可以是较大序列的子集。

如本文使用的，二十种常规氨基酸及其缩写遵循常规用法。参见Immunology - ASynthesis（第2版，E.S. Golub和D.R. Green，编辑，Sinauer Associates，Sunderland7Mass.（1991））。二十种常规氨基酸、非天然氨基酸（例如α-,α-二取代氨基酸、N-烷基氨基酸、乳酸和其它非常规氨基酸）的立体异构体（例如D-氨基酸）也可以是关于本公开内容的多肽的合适组分。非常规氨基酸的实例包括：4-羟基脯氨酸、γ-羧基谷氨酸、ε-N,N,N-三甲基赖氨酸、ε-N-乙酰赖氨酸、O-磷酸丝氨酸、N-乙酰丝氨酸、N-甲酰基甲硫氨酸、3-甲基组氨酸、5-羟基赖氨酸、σ-N-甲基精氨酸、以及其它类似的氨基酸和亚氨酸（例如4-羟基脯氨酸）。在本文中使用的多肽记号中，根据标准用法和惯例，左手方向是氨基末端方向，而右手方向是羧基末端方向。

类似地，除非另有说明，否则单链多核苷酸序列的左手末端是5'末端，而双链多核苷酸序列的左手方向被称为5'方向。新生RNA转录物的5'至3'添加方向被称为DNA链上的转录方向序列区域，其具有与RNA相同的序列，并且位于RNA转录物的5'末端的5'被称为“上游序列”，DNA链上具有与RNA相同的序列，并且位于RNA转录物的3'末端的3'的序列区域被称为“下游序列”。

当应用于多肽时，术语“基本同一性”意指当例如通过使用缺省缺口权重的程序GAP或BESTFIT进行最佳比对时，两个肽序列共享至少80百分比的序列同一性，优选至少90百分比的序列同一性，更优选至少95百分比的序列同一性，且最优选至少99百分比的序列同一性。

优选地，并不等同的残基位置通过保守氨基酸取代而不同。

保守氨基酸取代指具有相似侧链的残基的可互换性。例如，具有脂肪族侧链的一组氨基酸是甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸；具有脂肪族羟基侧链的一组氨基酸是丝氨酸和苏氨酸；具有含酰胺侧链的一组氨基酸是天冬酰胺和谷氨酰胺；具有芳族侧链的一组氨基酸是苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸；具有碱性侧链的一组氨基酸是赖氨酸、精氨酸和组氨酸；并且具有含硫侧链的一组氨基酸是半胱氨酸和甲硫氨酸。优选的保守氨基酸取代组是：缬氨酸-亮氨酸-异亮氨酸、苯丙氨酸-酪氨酸、赖氨酸-精氨酸、丙氨酸-缬氨酸、谷氨酸-天冬氨酸和天冬酰胺-谷氨酰胺。

如本文讨论的，抗体或免疫球蛋白分子的氨基酸序列中的微小变化考虑由本公开内容涵盖，条件是氨基酸序列中的变化维持至少75%，更优选至少80%、85%、90%、95%，且最优选99%。特别地，考虑了保守氨基酸替换。保守替换是在其侧链中有关的氨基酸家族内发生的那些替换。遗传编码的氨基酸一般分成以下家族：（1）酸性氨基酸是天冬氨酸、谷氨酸；（2）碱性氨基酸是赖氨酸、精氨酸、组氨酸；（3）非极性氨基酸是丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸，并且（4）不荷电的极性氨基酸是甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸。亲水性氨基酸包括精氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、谷氨酰胺、谷氨酸、组氨酸、赖氨酸、丝氨酸和苏氨酸。疏水性氨基酸包括丙氨酸、半胱氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、色氨酸、酪氨酸和缬氨酸。其它氨基酸家族包括（i）丝氨酸和苏氨酸，其为脂肪族羟基家族；（ii）天冬酰胺和谷氨酰胺，其为含酰胺家族；（iii）丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸，其为脂肪族家族；以及（iv）苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸，其为芳香族家族。例如，合理地预期，用异亮氨酸或缬氨酸分别替换亮氨酸，用谷氨酸替代天冬氨酸，用丝氨酸替代苏氨酸，或用结构上有关的氨基酸类似替换氨基酸，对所得到的分子的结合或特性没有重大影响，尤其是当替换不涉及构架位点内的氨基酸时。氨基酸改变是否导致功能肽可以通过测定多肽衍生物的比活性容易地确定。测定在本文中详细描述。抗体或免疫球蛋白分子的类似物可以由本领域普通技术人员容易地制备。类似物的优选氨基和羧基末端出现在功能结构域的边界附近。可以通过核苷酸和/或氨基酸序列数据与公共或有专利权的序列数据库的比较，来鉴定结构和功能结构域。优选地，计算机化的比较方法用于鉴定在已知结构和/或功能的其它蛋白质中出现的序列基序或预测的蛋白质构象结构域。鉴定折叠成已知三维结构的蛋白质序列的方法是已知的。Bowie等人Science 253：164（1991）。因此，前述实例证实，根据本公开内容，本领域技术人员可以识别可以用于限定结构和功能结构域的序列基序和结构构象。

优选的氨基酸取代是这样的，其：（1）减少对蛋白酶解的敏感性，（2）减少对氧化的敏感性，（3）改变用于形成蛋白质复合物的结合亲和力，（4）改变结合亲和力，并且（4）赋予或修饰此类类似物的其它物理化学或功能特性。类似物可以包括除天然存在的肽序列外的序列的各种突变蛋白。例如，可以在天然存在的序列中（优选在形成分子间接触的结构域外部的多肽部分中）制备单个或多重氨基酸取代（优选保守氨基酸取代）。保守氨基酸取代应该基本上不改变亲本序列的结构特征（例如，替换氨基酸应该不趋于破坏亲本序列中出现的螺旋，或破坏表征亲本序列的其它类型的二级结构）。领域公认的多肽二级结构和三级结构的实例在以下中描述：Proteins，Structures and Molecular Principles（Creighton，编辑，W. H. Freeman and Company，New York（1984））；Introduction to ProteinStructure（C. Branden和J. Tooze，编辑，Garland Publishing，New York，N.Y.（1991））；以及Thornton等人Nature 354：105（1991）。

术语“试剂”在本文中用于表示化学化合物、化合物的混合物、生物大分子、或由生物材料制备的提取物。

如本文使用的，术语“标记”或“标记的”指可检测标记物的掺入，例如，通过掺入放射性标记的氨基酸、或附接至可以通过标记的抗生物素蛋白检测的生物素基部分的多肽（例如，含有可以通过光学方法或量热法检测的荧光标记物或酶促活性的链霉抗生物素蛋白）。在某些情况下，标记或标记物也可以是治疗的。标记多肽和糖蛋白的各种方法是本领域已知的并且可以使用。用于多肽的标记的实例包括但不限于下述：放射性同位素或放射性核素（例如³H、¹⁴C、¹⁵N、³⁵S、⁹⁰Y、⁹⁹Tc、¹¹¹In、¹²⁵I、¹³¹I）、荧光标记（例如FITC、若丹明、镧系元素磷光体）、酶促标记（例如辣根过氧化物酶、p-半乳糖苷酶、萤光素酶、碱性磷酸酶）、化学发光、生物素基、由次级报道物识别的预定多肽表位（例如亮氨酸拉链对序列、关于二级抗体的结合位点、金属结合结构域、表位标签）。在一些实施方案中，标签通过各种长度的间隔臂附接，以减少潜在的立体阻碍。如本文使用的，术语“药学试剂或药物”指当适当施用于患者时，能够诱导所需疗效的化学化合物或组合物。

本文中的其它化学术语根据本领域的常规用法使用，如通过The McGraw-HillDictionary of Chemical Terms（Parker，S.，编辑，McGraw-Hill，San Francisco（1985））例证的。

如本文使用的，“基本上纯的”意指目标种类是存在的占优势种类（即，在摩尔基础上，它比组合物中的任何其它各个种类更丰富），并且优选地，基本上纯化的级分是其中目标种类包含存在的所有大分子种类的至少约50百分比（在摩尔基础上）的组合物。

一般地，基本上纯的组合物包含存在于组合物中的所有大分子种类的大于约80百分比，更优选大于约85%、90%、95%和99%。最优选地，将目标种类纯化至基本同质性（通过常规检测方法无法在组合物中检测到污染种类），其中组合物基本上由单个大分子种类组成。

在下述描述和权利要求两者中，冠词“一个”、“一种”和“该/所述”的使用应解释为涵盖单数和复数两者，除非本文另有说明或与上下文明显矛盾。如“具有化学式”、“包括”和“含有”中的术语“包含”、“含有”、“具有”应解释为开放术语（即，意指“包括但不限于”），除非另有说明。例如，某一式的聚合物支架包括式中所示的所有单体单元，并且还可以包括式中未示出的另外单体单元。另外，每当“包含”或另一个开放式术语在一个实施方案中使用时，应理解，使用中间术语“基本上由……组成”或封闭术语“由……组成”，可以更狭窄地请求保护同一实施方案。

当与数值结合使用时，术语“约”、“大致”或“大约”意指包括值的集合或范围。例如，“约X”包括其为X的±20%、±10%、±5%、±2%、±1%、±0.5%、±0.2%或±0.1%的范围，其中X是数值。在一个实施方案中，术语“约”指比指定值大或小于5%的值的范围。在另一个实施方案中，术语“约”指比指定值大或小2%的值的范围。在另一个实施方案中，术语“约”指比指定值大或小1%的值的范围。

值的范围的叙述仅仅预期充当个别地提及落入该范围内的每个分开值的简写方法，除非本文另有说明，并且每个分开值并入说明书内，如同它在本文中个别地叙述一样。除非另有说明，否则本文使用的范围包括该范围的两个端点。例如，表达“x是1和6之间的整数”和“x是1至6的整数”均意指“x是1、2、3、4、5或6”，即术语“X和Y之间的整数”和“从X到Y的范围”，包括X和Y以及两者之间的整数在内。

“药物”：如本文使用的，术语“药物”指其为生物活性的，并且在施用于有此需要的受试者后，提供所需的生理效应的化合物（例如活性药物成分）。

“抗血管生成剂”或“血管生成抑制剂”指小分子量物质、多核苷酸、多肽、分离的蛋白质、重组蛋白、抗体或其缀合物或融合蛋白，其直接或间接地抑制血管生成、血管发生或不希望的血管通透性。血管生成抑制剂包括结合并阻断血管生成因子或其受体的血管生成活性的那些试剂。例如，抗血管生成剂是血管生成剂的抗体或其它拮抗剂，如包括但不限于针对VEGF-A或VEGF-A受体（例如，KDR受体或Flt-1受体）的抗体、VEGF-陷阱、抗PDGFR抑制剂例如Gleevec™（甲磺酸伊马替尼）。抗血管生成剂还包括天然血管生成抑制剂，例如血管他丁、内皮他丁等等。

“细胞毒性”：如本文使用的，术语“细胞毒性”意指对细胞或选择的细胞群体（例如癌细胞）毒性的。毒性效应可以导致细胞死亡和/或裂解。在某些情况下，毒性效应可以是对细胞的亚致死性破坏作用，例如减慢或阻止细胞生长。为了达到细胞毒性效应，药物或前药可以尤其选自DNA损伤剂、微管破坏剂、或细胞毒性蛋白或多肽。

“细胞生长抑制剂”：如本文使用的，术语“细胞生长抑制剂”指抑制或停止细胞生长和/或增殖的药物或其它化合物。

“小分子”：如本文使用的，术语“小分子”指具有相对低分子量的分子，无论是天然存在的还是人工产生的（例如，经由化学合成）。优选的小分子是生物活性的，因为它们在动物，优选哺乳动物，更优选人中产生局部或全身效应。在某些优选的实施方案中，小分子是药物，并且小分子被称为“药物分子”或“药物”或“治疗剂”。在某些实施方案中，药物分子具有小于或等于约5 kDa的MW。在其它实施方案中，药物分子具有小于或等于约1.5 kDa的MW。在实施方案中，药物分子选自长春花生物碱、澳瑞他汀、多卡米星、微管溶素、非天然喜树碱化合物、拓扑异构酶抑制剂、DNA结合药物、激酶抑制剂、MEK抑制剂、KSP抑制剂、卡奇霉素、SN38、吡咯并苯并二氮杂卓及其类似物。优选地，尽管不是必须的，药物是已经被适当的政府机构或机构例如FDA认为对于使用安全有效的药物。例如，引入本文作为参考，由FDA在21C.F.R. §§ 330.5，331直到361、以及440直到460下列出的用于人使用的药物；由FDA在21C.F.R. §§ 500直到589下列出的用于兽医学使用的药物，都视为适合于与本文的亲水性聚合物一起使用。

如本文使用的，“药物衍生物”或“修饰的药物”等等，指包含预期通过本文公开的缀合物递送的药物分子、以及能够将药物分子附接至聚合物载体的官能团的化合物。

如本文使用的，“活性形式”指在体内或体外显示出预期的药物功效的化合物形式。特别地，当预期通过本文公开的缀合物递送的药物分子从缀合物中释放时，活性形式可以是药物本身或其衍生物，其显示出预期的治疗特性。药物从缀合物中的释放可以通过切割接头的生物可降解键来实现，所述接头将药物附接至聚合物载体。相应地，活性药物衍生物可以包含接头的一部分。

“PHF”指聚（1-羟甲基亚乙基羟甲基-缩甲醛）。

如本文使用的，术语“聚合物单元”、“单体单元”、“单体”、“单体单元”、“单元”都指聚合物中的可重复结构单元。

如本文使用的，聚合物或聚合物载体/支架或聚合物缀合物的“分子量”或“MW”指未修饰的聚合物的重量平均分子量，除非另有说明。

如本文使用的，“治疗（treating）”或“治疗（treat）”描述了用于对抗疾病、状况或病症的目的的患者管理和护理，并且包括本公开内容的缀合物或其药物组合物的施用，以减轻疾病、状况或病症的症状或并发症，或者消除疾病、状况或病症。

如本文使用的，“预防”或“防止”指减少发展疾病或状况的风险，或者减少或消除疾病、状况或病症的症状或并发症的发作。

当术语“有效量”或“足够量”指活性剂时，它指引发所需生物应答所需的量。如本文使用的，“治疗有效量”或“治疗有效剂量”指至少足以产生可检测疗效的试剂、化合物、材料或含有化合物的组合物的量或数量。可以通过本领域已知的任何测定方法来检测效应。关于受试者的精确有效量取决于受试者的体重、大小和健康；状况的性质和程度；以及选择用于施用的治疗剂。

“受试者”包括处于任何发育阶段的人以及非人动物，包括例如任何哺乳动物、人、灵长类动物、鸟类、小鼠、大鼠、禽类、犬、猫、牛、马、山羊、骆驼、绵羊或猪。优选地，非人动物是哺乳动物（例如，啮齿类动物、小鼠、大鼠、兔、猴、犬、猫、灵长类动物或猪）。动物可以是转基因动物或人体克隆。优选地，哺乳动物是人。术语“受试者”涵盖动物。

如本文使用的，“试剂盒”指组分的组合，例如本文的组合物与用于包括但不限于以下目的的另一物品的组合：重构、激活和用于递送、施用、诊断和评价生物活性或特性的器械/装置。试剂盒任选地包括使用说明书。

如本文使用的，“接触”指使肿瘤样品或样本与抗NaPi2b抗体反应、暴露、温育。

如本文使用的，可以使用指示对患者的益处的任何终点来评价来自治疗的“患者响应”或“响应”或“益处”，所述终点包括但不限于（1）在某种程度上抑制疾病进展，包括但不限于疾病进展，包括减慢和完全阻止，（2）减少疾病发作次数和/或症状数量，（3）减少肿瘤大小，（4）抑制（即减少、减慢或完全停止）疾病发展，（5）在某种程度上缓解与疾病相关的一种或多种症状，（6）在治疗后的给定时间点降低死亡率。

如本文使用的，“组织样品”意指从受试者或个体的组织获得的相似细胞的集合。组织的来源可以是如来自新鲜的、冷冻的和/或保存的器官、组织样品、活组织检查和/或抽吸物的实体组织；血液或任何血液组成成分，例如血浆；体液，例如脑脊髓液、羊水、腹膜液或间质液；来自受试者的妊娠或发育中的任何时间的细胞。组织样品也可以是原代或培养的细胞或细胞系。任选地，组织样品得自疾病组织/器官。例如，“肿瘤样品”是从肿瘤或其它癌组织获得的组织样品。组织样品可以含有细胞类型的混合群体（例如，肿瘤细胞和非肿瘤细胞、癌细胞和非癌细胞）。组织样品可以含有天然地不与组织自然混合的化合物，例如防腐剂、抗凝剂、缓冲剂、固定剂、营养素、抗生素等等。

本文使用的术语“预测（prediction）”或“预测（predicting）”指患者有利地或不利地响应药物（治疗剂）或药物集合或治疗方案的可能性。在一个实施方案中，预测涉及那些响应的程度。在一个实施方案中，预测涉及患者在治疗（例如用特定治疗剂治疗）后存活或改善与否和/或存活或改善的概率、或对于一段时间没有疾病复发。通过对于任何特定患者选择最适当的治疗模式，本发明的预测方法可以在临床上用于做出治疗决定。本发明的预测方法是预测患者是否可能有利地响应治疗方案（例如给定治疗方案，包括例如给定治疗剂或组合的施用、手术干预、类固醇治疗等），或者在治疗方案后患者的长期存活是否可能的有价值的工具。

“临床参数”涵盖受试者健康状况的所有非样品或非NaPi2b状态或其它特征，例如但不限于年龄（Age）、种族（RACE）、性别（Sex）或家族史（FamHX）。

“FN”是假阴性，对于疾病状态测试，其意指将疾病受试者错误地分类为非疾病、不响应治疗或正常。

“FP”是假阳性，对于疾病状态测试，其意指将正常受试者错误地分类为患有疾病或响应治疗。

“式”、“算法”或“模型”是任何数学方程式、算法、分析或程序化过程或统计技术，其采取一个或多个连续或分类输入（本文称为“参数”），并且计算输出值，有时也称为“指数”或“指数值”。“式”的非限制性实例包括总和、比率和回归算子，例如系数或指数、生物标记物值转换和归一化（包括但不限于基于临床参数例如性别、年龄或种族的那些归一化方案）。所得到的预测模型可以在其它研究中进行验证，或在它们最初进行训练的研究中进行交叉验证，使用此类技术如Bootstrap、Leave-One-Out（LOO）和10折交叉验证（10折CV）。在各个步骤，可以根据本领域已知的技术，通过值排列来估计假发现率。

“健康经济效用函数”是这样的式，其衍生自在将诊断或治疗干预引入护理标准内之前和之后，理想化的适用患者群体中的一系列临床结果的预期概率的组合。它涵盖了此类干预的准确性、有效性和性能特征的估计，以及与每个结果相关的成本和/或价值测量（效用），其可以衍生自实际的卫生系统护理成本（服务、用品、装置和药物等）和/或作为导致每个结果的估计可接受价值/质量调整寿命年（QALY）。在所有预测结果中，关于结果的预期人口规模乘以分别结果的预期效用的乘积之和为给定护理标准的总体健康经济效用。（i）对于具有干预的护理标准计算的总体健康经济效用相对于（ii）不含干预的护理标准的总体健康经济效用之间的差异，导致干预的健康经济成本或价值的总体度量。这本身可以划分在待分析的整个患者组中（或仅在干预组中），以得出成本/单位干预，并且指导此类决策如市场定位、定价和卫生系统接受的假设。此类健康经济效用函数通常用于比较干预的成本效益，但也可以进行转换以估计卫生保健系统愿意支付的可接受价值/QALY、或新干预所需的可接受的成本效益临床性能特征。

对于本发明的诊断（或预后）干预，因为每个结果（其在疾病分类诊断测试中可以是TP、FP、TN或FN）承担不同的费用，所以基于临床情况以及个体结果成本和价值，健康经济效用函数可能优先有利于灵敏度超过特异性、或优先PPV超过NPV，并且因此提供了健康经济性能和价值的另一种度量，其可能不同于更直接的临床或分析性能度量。这些不同的测量和相对的权衡一般只有在具有零错误率（也称为，预测的受试者结果错误分类或FP和FN为零）的完美测试的情况下才会聚，其中所有性能度量都优于缺陷，但为不同程度。

“测量（measuring）”或“测量（measurement）”、或可替代地“检测（detecting）”或“检测（detection）”，意指评价临床或受试者衍生的样品内给定物质的存在、不存在、数量或量（其可以是有效量），包括此类物质的定性或定量浓度水平的推导，或以其它方式评估受试者的非分析物临床参数的值或分类。

通过TN/（TN+FN）或所有阴性测试结果的真阴性分数来计算“阴性预测值”或“NPV”。它也固有地受疾病的流行率和预期测试的群体的测试前概率影响。参见例如，O'Marcaigh A S，Jacobson R M，"Estimating The Predictive Value Of A DiagnosticTest，How To Prevent Misleading Or Confusing Results," Clin. Ped. 1993，32（8）：485-491，其讨论了测试例如临床诊断测试的特异性、灵敏度、以及阳性和阴性预测值。通常，对于使用连续诊断测试测量的二元疾病状态分类方法，根据Pepe等人，"Limitationsof the Odds Ratio in Gauging the Performance of a Diagnostic，Prognostic，orScreening Marker," Am. J. Epidemiol 2004，159（9）：882-890，通过接受者操作特征（ROC）曲线来概括灵敏度和特异性，并且通过曲线下面积（AUC）或c统计量（允许表示测试、测定或方法在仅具有单个值的测试（或测定）切割点的整个范围内的灵敏度和特异性的指标）进行概括。还参见例如，Shultz，"Clinical Interpretation Of LaboratoryProcedures"，Teitz，Fundamentals of Clinical Chemistry中的第14章，Burtis和Ashwood（编辑），第4版，1996，W.B. Saunders Company，第192-199页；以及Zweig等人，"ROCCurve Analysis：An Example Showing The Relationships Among Serum Lipid AndApolipoprotein Concentrations In Identifying Subjects With Coronory ArteryDisease," Clin. Chem.，1992，38（8）：1425-1428。根据Cook，"Use and Misuse of theReceiver Operating Characteristic Curve in Risk Prediction," Circulation2007，115：928-935，概括了使用似然函数、优势比、信息论、预测值、校准（包括拟合优度）和重新分类测量的替代方法。最后，通过测试定义的受试者队列内的风险比以及绝对和相对风险比是临床准确性和效用的进一步测量。多重方法经常用于定义异常或疾病值，包括参考限、区别限和风险阈值。

“分析准确性”指测量过程本身的可再现性和可预测性，并且可以在此类测量中概括为变异系数，以及具有不同时间、用户、设备和/或试剂的相同样品或对照的一致性和校准测试。评估新生物标记物中的这些和其它考虑因素也概括于Vasan，2006年中。

“性能”是涉及诊断或预后测试的总体有用性和质量的术语，尤其包括临床和分析准确性、其它分析和过程特征例如使用特征（例如，稳定性、易用性）、健康经济价值、以及测试组分的相对成本。这些因素中的任一种都可以是优越性能的来源，并且因此可以是测试的有用性的来源，并且可以通过如有关的适当的“性能量度”（例如AUC、得到结果的时间、贮存期限等）进行测量。

通过TP/（TP+FP）或所有阳性测试结果的真阳性分数来计算“阳性预测值”或“PPV”。它固有地受疾病的流行率和预期测试的群体的测试前概率影响。

通过TP/（TP+FN）或受试者的真阳性分数来计算“灵敏度”。

通过TN/（TN+FP）或正常受试者的真阴性分数来计算“特异性”。

“统计上显著的”意指该改变大于仅偶然地可能预期发生的改变（其可能是“假阳性”）。统计显著性可以通过本领域已知的任何方法来测定。常用的重要性度量包括p值，其表示获得至少与给定数据点一样极端的结果的概率，假设该数据点仅是偶然的结果。结果在0.05或更小的p值下视为高度显著的。优选地，p值为0.04、0.03、0.02、0.01、0.005、0.001或更小。

“传统实验室风险因素”对应于这样的生物标记物，其从受试者样品中分离或衍生，并且目前在临床实验室中进行评估，且用于传统的全球风险评价算法中。关于肿瘤复发的传统实验室风险因素包括例如增殖指数，肿瘤浸润淋巴细胞。本领域技术人员已知的关于肿瘤复发的其它传统实验室风险因素。

除非本文另外指出或上下文明显矛盾，否则本文描述的所有方法都可以以任何合适的次序执行。本文提供的任何和所有实例或示例性语言（如，“例如”）的使用仅仅预期更好地说明本公开内容，并且不应解释为对权利要求范围的限制，除非另有明确要求。说明书中的语言都不应被解释为指示任何未请求保护的要素对于请求保护的要素是必需的。

实施例

实施例1：MERS67的克隆、生产和纯化

MERS67是基于人源化的抗NaPi2b抗体XMT-1535（又名RebMab200（Lopes dos Santos，2013））设计的人-兔嵌合抗体。它由分别与兔IgG1恒定区或兔Igκ-b4链C区相连的人重链和轻链可变序列组成。从人源化可变重链区和轻链区以及兔恒定区的氨基酸序列中，用密码子优化设计靶DNA序列。基因合成、表达载体构建、质粒制备和瞬时表达在GenScript®处执行。关于嵌合重链和轻链的DNA序列在图1中提供。为了生产，ExpiCHO-S细胞在无血清ExpiCHO^TM Expression Medium（Thermo Fisher Scientific）中生长。在锥形瓶（CorningInc.，Acton，MA）中，在37℃与8% CO₂下，在定轨振荡器（VWR Scientific）上维持细胞。在转染前一天，细胞以适当的密度接种在Corning锥形瓶中。在转染当天，将DNA和转染试剂以最佳比率混合，然后与准备用于转染的细胞一起加入烧瓶内。将编码Mers67的重链和轻链的重组质粒瞬时共转染到悬浮ExpiCHO-S细胞培养物内。在转染后第1天时，将细胞转移至具有5% CO₂的32℃培养箱用于剩余培养。在转染后第1天时添加增强剂和饲料（ThermoFisher Scientific），并且在第5天时添加饲料。在第14天时收集的细胞培养上清液用于纯化。

将细胞培养液离心，且随后为过滤。将过滤的上清液以3 mL/分钟加载到蛋白A柱（GenScript，目录号L00433）上。在用适当的缓冲液洗涤和洗脱后，将洗脱的级分缓冲液交换为PBS。经由HiLoad Superdex 200 16/600 pg柱（GE Healthcare，Uppsala，瑞典）进一步纯化靶蛋白，以去除高分子量聚集体。通过使用如图2以及图3A（在一步纯化后，批次U0859BH）和图3B（在两步纯化后，批次U5696BL）中所示的，用于分子量、产率和纯度测量的标准方案，通过SDS-PAGE、蛋白质印迹和SEC-HPLC分析纯化的蛋白质。将5 μg样品加载到SDS-PAGE上，并且将0.3 μg总蛋白加载到蛋白质印迹上。用于蛋白质印迹的一级抗体是山羊抗兔IgG–HRP（GenScript，目录号A00131）。

实施例2：MERS67与人NaPi2b肽的结合。

MERS67的结合与亲本抗体XMT-1535的结合相比进行评估。

生成人环化的NaPi2b肽并且冻干，其覆盖在XMT-1535表位（New EnglandPeptide，Gardner，MA）中鉴定的氨基酸。对于ELISA，在DMSO中重构冻干的NaPi2b肽。人NaPi2b肽用于在碳酸钠缓冲液，pH 9中以1 µg/mL包被96孔高结合的透明ELISA板（Corning，3369）至100 µl/孔的总体积。在2小时温育后，将板用100 μl/孔的TBS-Tween 20洗涤4次，用在TBS-Tween 20中的3% BSA（100 μl/孔）封闭1小时，并且再次洗涤。使用以100μl/孔在TBS-Tween 20缓冲液中的8点3倍系列稀释，将测试物品MERS67（批次U0859BH和批次U5569BL）、XMT-1535和非结合对照（曲妥珠单抗）以100 nM至0.002 nM的剂量浓度范围加入孔中。使板伴随摇动温育1小时，然后如上洗涤。过氧化物酶缀合的AffiniPure山羊抗人IgG F（ab'）2片段特异性二级抗体（Jackson ImmunoResearch，109-035-097）对XMT-1535和曲妥珠单抗以100 µl/孔在TBS-Tween 20缓冲液中5000x使用，并且山羊抗兔HRP二级抗体（Abcam，ab6721）用于MERS67。使板再次伴随摇动温育1小时，随后为如上的洗涤。TMB底物（Bethyl Lab，E102）以50 µl/孔加入，并且温育直至出现颜色，然后用等量的0.2N H₂SO₄淬灭反应。用SpectraMax M5微板阅读器（Molecular Devices，Sunnyvale，CA）在450 nm下测量光密度（O.D.）。关于每种处理的O.D.进行作图，并且使用一个位点特异性结合模型，通过非线性回归，用GraphPad Prism软件（GraphPad Software Inc.，La Jolla，CA），对于每种抗体计算K_d。

在检查的两个批次（批次U0859BH和批次U5696BL）中，MERS67分别以0.2561 nM和0.1045 nM的K_d结合人NaPi2b；XMT-1535以0.536 nM的K_d结合人NaPi2b。阴性对照抗体未显示结合。

实施例3 MERS67可以以FFPE免疫组织化学形式检测NaPi2b

通过流式细胞术确认NaPi2b的细胞表面表达水平。使100 µl 1x10⁶的OVCAR3或JIMT-1细胞在冰中与以5 µg/ml的藻红蛋白缀合的RebMAB200一起温育1小时。使用QuantibritePE荧光校准试剂盒（BD BioSciences）和MACS Quant仪器（Miltenyi Biotec，BergischGladbach，德国），相对于标准曲线，细胞表面受体数目对于OVCAR3和JIMT-1分别计算为1.95 x10⁵和120。

使用标准方法，从OVCAR3和JIMT-1细胞系制备细胞团块和异种移植物福尔马林固定的石蜡包埋块。

对于手动免疫组织化学分析，根据制造商的指导，使用DAKO Envision+System-HRP（DAB）试剂盒（K4010，Agilent，Santa Clara，CA）。简言之，载玻片以5 µ进行切片，在56℃下烘烤15分钟，然后通过二甲苯和梯度醇再水合。在过氧化物酶封闭之前，载玻片在pH6.0溶液（Vector Laboratories，Burlingame，CA）中在99℃下进行抗原回收。对于一级抗体温育步骤，最初在具有背景还原组分的DAKO稀释剂（S3022，Agilant，Santa Clara，CA）中的一系列稀释度中滴定MERS67。在一些实验运行中包括“无第一”抗体对照，以评估该方法的非特异性背景。载玻片用Mayer’s苏木精进行复染，脱水并且固定用于通过光学显微镜检查的检查。如WO 2017/160754中公开的，在体内对靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物具有已知响应的一系列异种移植物中，比较了各种滴定，并且选择产生IHC染色的滴定，所述IHC染色通过可见光显微镜读数最佳地区分一系列临床前异种移植模型中的应答者和无应答者。关于对照OVCAR3和JIMT1异种移植物染色的结果显示于图4中。还使用自动化TechMate500或TechMate 1000（BioTek Solutions/Ventana medical Systems）平台建立了免疫组织化学，在所述平台中测试了各种抗原回收条件和一级抗体滴定，以开发较高流通量的方案。基于对照材料的染色和对ADC治疗具有已知应答的临床前材料的染色来选择方案。简言之，对于建立的方案，切割4 µ切片，脱蜡并且通过二甲苯和一系列醇进行再水合。载玻片在标准蒸锅中使用BioGenex AR-10回收溶液进行抗原回收。在TechMate平台上，用蛋白酶K（DAKO）执行进一步回收。在血清封闭后：在室温下施加一级抗体30分钟，然后使用内源性过氧化物酶封闭和基于非生物素聚合物的检测（兔Polink-2 Plus检测系统，GBI），以及最后短暂的苏木精复染。

实施例4：MERS67用于检测人肿瘤和人原代异种移植模型中的免疫反应性。

使用对于IHC开发的手动方法，由37个肿瘤组成的人肺肿瘤组织微阵列用MERS67进行染色。21/37（57%）的组织核具有可检测的膜免疫反应性。两种人肺腺癌的免疫组织化学染色显示于图5中。

还评估了具有各种肿瘤类型的另外的组织微阵列，并且在卵巢癌中以及在胆管癌中非常集中地注意到免疫反应性。在唾液管癌的人原发性异种移植模型中也可以检测到免疫反应性。

实施例5：对靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物的施用的肿瘤生长应答

卵巢原发癌异种移植模型来自衍生自浆液性卵巢癌或输卵管癌的肿瘤模型集合，并且植入免疫受损的小鼠中，一旦肿瘤达到125-250 mm³的分层平均体积，所述小鼠就以n=3的组，用公开于WO 2017/160754中的靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物以3 mg/kg每周治疗一次，共三周。包括以n=2-4的组的未处理动物作为对照。计划的研究终点是1 cm³的肿瘤体积或45天。在完全响应的情况下，小鼠追踪更长的时间过程，以评估肿瘤的再生长。图6是条形图，其显示了关于每只动物在每个时间点相对于第0天计算的中值最佳响应，然后表示为关于每种模型的最佳响应的中值。y轴显示了中值最佳响应；x轴显示了模型编号。模型衍生自接受先前治疗的患者以及未接受过治疗的患者两者。在两个肿瘤类别中均可见靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物的抗肿瘤效应。条着色为衍生自未接受过治疗的（深色条）肿瘤或治疗后的（浅色条）肿瘤。在显示-50和-100之间的中值最佳响应的10个模型中，5个衍生自未接受过治疗的肿瘤，且5个衍生自先前治疗的肿瘤。

其中可见持续的抗肿瘤生长效应的模型ST206持续了延长的时间过程。在研究结束时（第73天），在具有不完全响应的肿瘤中获得的组织通过IHC评估了NaPi2b表达，并且显示了NaPi2b表达。

评估了来自未治疗的研究动物的肿瘤块，以确定功效/染色模式关系。将卵巢癌模型中可见的染色模式与人原发性肿瘤中可见的染色进行比较。图7是显示了START卵巢模型的条形图，所述START卵巢模型按中值最佳响应排序；按H评分着色（所有模型）。颜色越深，H评分越大。当以3 mg/kg的剂量每周施用一次共3周时，在10/20（50%）模型中，靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物相对于基线诱导肿瘤体积的至少50%减少。在未接受过治疗和暴露于治疗的肿瘤模型之间，在回归率中不存在显著差异（分别为5/8、5/12）。相对于具有H评分<70的0/7（0%）模型，在具有H评分≥70的异种移植肿瘤中，在用靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物治疗后，10/13（76%）模型实现肿瘤体积的50%或更多减少。将相同的IHC测定应用于原发性人卵巢肿瘤，12/20（60%）的测试肿瘤具有H评分≥70。在靶向NaPi2b的聚合物抗体-药物缀合物治疗后，在NaPi2b IHC H评分与肿瘤体积变化之间存在关联（斯皮尔曼秩系数0.76）。

使用自动化IHC方法，检查了一系列20种人肺腺癌、20种卵巢癌和20种人原发性卵巢癌异种移植模型，并且使用“H评分”法加以解释。H评分并入染色强度（通过将强度从0增加到3+进行测定），以及在肿瘤细胞膜上检测到的阳性细胞百分比。H评分=（在<1+时的% X0）+（（在1+时的%）X 1）+（（在2+时的%）X 2）+（（%3+）X3）。H评分对于肺、卵巢和异种移植组织范围分别为1-220、1-250和0-290，如图8中的散点图中所示，其中作图的H评分（y轴）和组织类型（x轴），按关于异种移植物的中值最佳响应进行着色。

实施例6：肺癌的分类

肺癌的组织病理学分类基于形态学特点，但可能需要辅助免疫组织化学染色用于准确诊断。非小细胞癌可以分为许多亚型，包括鳞状细胞癌（SCC）和腺癌（ACA）。特定治疗剂的使用可以在不同的肺癌亚型中指明或禁忌（参见例如，Am J Surg Pathol.，第35卷，第1期，2011年1月。目前，免疫组织化学染剂的实验对象组用于分类肿瘤，例如细胞角蛋白5/6、TTF-1、Napsin A、p40和p63。通过MERS67检测的NaPi2b蛋白具有在正常肺组织中，包括在可能是肺ACA前体的细胞类型（即II型肺泡细胞）中的表达，并且可以是关于腺癌的标记物。它可以用作单染剂标记物或用于改善目前的免疫组织化学实验对象组。

另外，来自公众可获得的数据来源的数据，通常以IHC格式在蛋白质水平上测定的基因的RNA表达值，在群体基础上，模拟了腺癌和鳞状细胞癌的IHC概况特征。查看各个肿瘤基础上的大规模表达数据还提示，了解NaPi2b的表达水平可以帮助细化腺癌和鳞状细胞癌的分类。

图9是显示了从癌症基因组图谱（TCGA）提取的RNAseq数据的箱形图，其显示了NaPi2b、Napsin A、CK5和TTF1在肺SCC和ACC中的差异表达。检测来自实验对象组例如Napsin A、CK5和TTF1的蛋白质表达的免疫组织化学实验对象组可以用于鳞状细胞肺癌和肺腺癌的分类中。NaPi2b表达的检测可以用于补充当前使用的实验对象组。

图10是显示了从TCGA提取的RNAseq数据的散点图。NaPi2b显示在x轴上，而NapsinA显示在y轴上。细胞角蛋白5的表达通过颜色指示，其中最暗的是最高的表达水平。注释为鳞状细胞癌（圆形形状）的大多数组织包含在实线椭圆形内。注释为腺癌（正方形形状）的大多数组织位于图形的右上象限中。分类为鳞状细胞癌区域的一些肿瘤也位于右上象限中，用虚线圆圈标记，并且是细胞角蛋白的低表达者。使用蛋白质标记物例如NaPi2b可能改善肿瘤如虚线圆圈中的那些的分类。

图11显示了截至2018年5月21日的从cBioPortal提取的关于肺SCC和ACA的TCGA临时数据（Cerami等人Cancer Discov May 1 2012（2）（5）401-404；Gao等人，Sci Signal.2013 Apr 2；6（269）：pl），并且进行作图以显示与基因TTF-1、Napsin A、CK5、p63（其更常规地通过IHC评估，以在临床环境中区分SCC和ACA）的RNA表达值相比，NaPi2b RNA表达的关系。上面一行显示了ACA RNA结果，而下面一行显示了SCC RNA结果。NaPi2b显示在x轴上，而目的基因显示在y轴上。NaPi2b RNA表达与关于ACA的Napsin A基因之间似乎存在相关性，而其它基因似乎不太相关或不相关。

图12显示了截至2018年5月21日的从cBioPortal提取的关于肺SCC和ACA的TCGA临时数据（Cerami等人，Cancer Discov May 1 2012（2）（5）401-404；Gao等人，Sci Signal.2013 Apr 2；6（269）：pl），并且进行作图以显示ACA和SCC中的SCL34A2、TTF-1、Napsin-A、CK5和p63基因的表达。在每个图中，ACA结果在左侧。y轴是RNA表达的量度，如通过RNAseq测定的。结果显示，总体而言，相对于鳞状细胞癌，SLC34A2表达在腺癌中似乎更高。

尽管基于RNA表达作出的区别略微重叠了通过IHC在临床上评估的蛋白质，但基于常用基因的基于RNA的分类尚未进行验证。发现肺癌中最差异表达的基因的公开的无偏尝试仅在SCC相对于ACA基因的列表中返回了TTF1/TITF1（Wilkerson等人，Journal ofMoledular Diagnostics，2013 15：4，485-497），提示基于用于通过IHC区分的基因的RNA概况分析并非作出ACA相对于SCC区别的最佳方式。

实施例7：使用NaPi2b蛋白表达区分ACA与SCC

在Leica BondRx Instrument上建立了用于MERS67的免疫组织化学测定。该测定在组织微阵列（TMA）上执行，所述组织微阵列包括NSCLC和小细胞肺癌（SCLC）细胞系阵列，以及NSCLC人肿瘤阵列。NSCLC阵列中的肿瘤先前仅基于形态学特点进行分类。所有阵列都基于H评分法进行评分。

为了进一步表征原发性肿瘤，肿瘤TMA分别用TTF-1和p40（ACA和鳞状细胞癌（SCC）的标记物）进行染色。将这种染色的结果与MERS67染色模式进行比较。NSCLC细胞系TMA中的H评分范围为0-260，并且在小细胞肺癌（SCLC）TMA中范围为0-100。在组织微阵列内，99个个体病例是可评估的。按形态分类法，63个病例为SCC，且23个病例为ACA。使用H=50的任意切割点，NaPi2b阳性ACA病例（19/23）相对于SCC（3/63）数目中存在统计学显著差异。图13是当仅通过形态对这些肿瘤进行分类时，衍生自比较SCC相对于ACA的MERS67 IHC的H评分的箱形图。

图14显示了仅在其中通过组织学ACA相对于SCC的分类和TTF-1/p40 IHC一致的那些样本中，基于关于NSCLC组群的组织学的NaPi2b染色结果。如通过IHC测定的NaPi2b H评分在Y轴上绘制，且组织学亚型在X轴上表征。在其中p40和TTF-1可评估且与形态学诊断一致的43个病例中，7/7个ACA病例对于NaPi2b为阳性，而0/36个SCC病例为阳性。

其它实施方案

虽然本发明已结合其详细描述进行描述，但前述描述预期说明而不是限制本发明的范围，所述本发明的范围由所附权利要求的范围限定。其它方面、优点和修改在下述权利要求的范围内。

Claims (38)

1.一种预测癌症患者对用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物的治疗的响应性的方法，其包括：

a. 通过使肿瘤样品与抗NaPi2b抗体接触，来检测从患者获得的肿瘤样品中是否存在NaPi2b；

b. 检测NaPi2b与所述抗体之间的结合；和

c. 当检测到所述肿瘤样品中存在NaPi2b时，预测所述患者响应治疗。

2.一种预测癌症患者对用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物的治疗的响应性的方法，其包括：

a. 通过使肿瘤样品与抗NaPi2b抗体接触，来检测从患者获得的肿瘤样品中是否存在NaPi2b；

b. 检测NaPi2b与所述抗NaPi2b抗体之间的结合；和

c. 对检测进行病理评分，其中病理评分与对治疗的响应性相关联。

3.预测癌症患者对用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物的治疗的响应性的方法，其包括：

a. 通过使肿瘤样品与抗NaPi2b抗体接触，来测量从患者获得的肿瘤样品中NaPi2b的表达水平；和

b. 当所述肿瘤样品中NaPi2b的表达水平高于预定的截止点时，预测所述患者响应治疗。

4.前述权利要求中任一项的方法，其进一步包括向预测为响应的受试者施用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物。

5.一种用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物治疗受试者中的癌症的方法，其包括：

a. 通过使肿瘤样品与抗NaPi2b抗体接触，来检测从患者获得的肿瘤样品中是否存在NaPi2b；

b. 检测NaPi2b与所述抗NaPi2b抗体之间的结合；

c. 当检测到所述肿瘤样品中存在NaPi2b时，预测所述患者响应用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物的治疗；和

d. 向预测为响应的受试者施用所述靶向NaPi2b的抗体药物缀合物。

6.权利要求1、4或5的方法，其中通过对步骤（b）的检测进行病理评分来完成所述预测，其中病理评分与对治疗的响应性相关联。

7.权利要求1、4或5的方法，其中通过测定所述肿瘤样品中NaPi2b的表达水平高于预定的截止点来完成所述预测。

8.权利要求3或7的方法，其中所述预定截止点通过H评分法进行计算。

9.权利要求2或6的方法，其中所述病理评分是定量或半定量评分。

10.权利要求2、6或9的方法，其中通过光学显微镜检查或图像分析来测定所述病理评分。

11.前述权利要求中任一项的方法，其中所述癌症是表达NaPi2b的癌症。

12.权利要求11的方法，其中所述表达NaPi2b的癌症是肺癌、卵巢癌、乳腺癌、结肠直肠癌、肾癌、甲状腺癌、肾癌、唾液管腺癌、子宫内膜癌、胆管癌、乳头状甲状腺癌或乳头状肾癌。

13.权利要求12的方法，其中所述肺癌是非小肺癌（NSCLC）。

14.权利要求13的方法，其中所述NSCLC是非鳞状NSCLC。

15.权利要求13的方法，其中所述NSCLC是腺癌。

16.权利要求12的方法，其中所述卵巢癌是上皮性卵巢癌。

17.权利要求12的方法，其中所述卵巢癌是铂难治性卵巢癌。

18.前述权利要求中任一项的方法，其中所述靶向NaPi2b的抗体药物缀合物的抗体是XMT-1535。

19.前述权利要求中任一项的方法，其中所述靶向NaPi2b的抗体药物缀合物的抗体包含：包含氨基酸序列GYTFTGYNIH（SEQ ID NO：3）的可变重链互补决定区1（CDRH1），包含氨基酸序列AIYPGNGDTSYKQKFRG（SEQ ID NO：4）的可变重链互补决定区2（CDRH2），包含氨基酸序列GETARATFAY（SEQ ID NO：5）的可变重链互补决定区3（CDRH3），包含氨基酸序列SASQDIGNFLN（SEQ ID NO：6）的可变轻链互补决定区1（CDRL1），包含氨基酸序列YTSSLYS（SEQ ID NO：7）的可变轻链互补决定区2（CDRL2），包含氨基酸序列QQYSKLPLT（SEQ ID NO：8）的可变轻链互补决定区3（CDRL3）。

20.前述权利要求中任一项的方法，其中所述靶向NaPi2b的抗体药物缀合物是：

其中：

m是1至约300的整数，

m₁是1至约140的整数，

m₂是1至约40的整数，

m_3a是0至约17的整数

m_3b是1至约8的整数；

m_3a和m_3b的总和范围为1至约18；和

m、m₁、m₂、m_3a和m_3b的总和范围为15至约300；

末端

表示一个或多个聚合物支架与所述靶向NaPi2b的抗体XMT-1535的附接。

21.一种将非小细胞肺癌亚型分型为腺癌的方法，其包括：通过使样品与抗NaPi2b抗体接触，来检测非小细胞肺癌样品中是否存在NaPi2b，且检测NaPi2b与所述抗体之间的结合；并且当在所述样品中检测到存在NaPi2b时，将非小细胞肺癌亚型分型为腺癌。

22.权利要求18的方法，其进一步包括在所述非小细胞肺癌样品中检测TTF-1、NapsinA、p63、p40或CK5/6中的一种或多种。

23.前述权利要求中任一项的方法，其中所述检测以免疫组织化学执行。

24.前述权利要求中任一项的方法，其中所述抗NaPi2b抗体是嵌合抗体。

25.权利要求24的方法，其中所述嵌合抗体包含人可变区和非人恒定区。

26.权利要求24的方法，其中所述嵌合抗体包含抗体XMT-1535的可变区。

27.权利要求24的方法，其中所述非人恒定区是兔。

28.前述权利要求中任一项的方法，其中所述组织样品是福尔马林固定的石蜡包埋的样品。

29.前述权利要求中任一项的方法，其中用标记的二级抗体检测所述抗体。

30.一种嵌合抗体，其包含：包含氨基酸序列GYTFTGYNIH（SEQ ID NO：3）的可变重链互补决定区1（CDRH1），包含氨基酸序列AIYPGNGDTSYKQKFRG（SEQ ID NO：4）的可变重链互补决定区2（CDRH2），包含氨基酸序列GETARATFAY（SEQ ID NO：5）的可变重链互补决定区3（CDRH3），包含氨基酸序列SASQDIGNFLN（SEQ ID NO：6）的可变轻链互补决定区1（CDRL1），包含氨基酸序列YTSSLYS（SEQ ID NO：7）的可变轻链互补决定区2（CDRL2），包含氨基酸序列QQYSKLPLT（SEQ ID NO：8）的可变轻链互补决定区3（CDRL3）。

31.权利要求30的嵌合抗体，其中所述抗体包含SEQ ID No：1的可变重链和SEQ ID No：2的可变轻链。

32.权利要求30或31的嵌合抗体，其中所述恒定区是兔恒定区。

33.权利要求30-32中任一项的嵌合抗体，其包含兔IgG1重链恒定区和兔κ恒定区轻链。

34.权利要求33的嵌合抗体，其中所述抗体包含SEQ ID No：11的重链恒定区和SEQ IDNO：12的轻链恒定区。

35.一种质粒，其包含SEQ ID NO：17和/或SEQ ID NO：18的核酸。

36.一种细胞，其包含权利要求35的质粒。

37.一种治疗乳头状甲状腺癌、乳头状肾癌、唾液管腺癌、子宫内膜癌或胆管癌的方法，其包括以足以减轻癌症症状的量，向所述受试者施用靶向NaPi2b的抗体药物缀合物。

38.权利要求37的方法，其中所述靶向NaPi2b的抗体药物缀合物是：

其中：

m是1至约300的整数，

m₁是1至约140的整数，

m₂是1至约40的整数，

m_3a是0至约17的整数

m_3b是1至约8的整数；

m_3a和m_3b的总和范围为1至约18；和

m、m₁、m₂、m_3a和m_3b的总和范围为15至约300；和

末端

表示一个或多个聚合物支架与所述靶向NaPi2b的抗体XMT-1535的附接。

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