CN107864654B

CN107864654B - 用于免疫治疗的新型肽和肽组合物以及用于胰腺癌和其他癌症的支架产生方法

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Publication number: CN107864654B
Application number: CN201680035512.9A
Authority: CN
Inventors: 安德烈·马尔; 托尼·温斯切尼克; 奥利弗·施尔; 延斯·弗里切; 哈普瑞特·辛格
Original assignee: Immatics Biotechnologies GmbH
Current assignee: Immatics Biotechnologies GmbH
Priority date: 2015-06-19
Filing date: 2016-06-17
Publication date: 2022-03-15
Anticipated expiration: 2036-06-17
Also published as: MX2020012777A; TW202231659A; AU2020223658A1; TWI747525B; CL2022003377A1; US20230220045A1; HK1253531A1; MX2017016213A; US20190315833A1; PH12021550911A1; JP2021073998A; JP2022000007A; CR20200526A; CR20200525A; JP2021101700A; MX2020012778A; IL307401A; PH12017502279A1; CR20200523A; AU2020223657A1

Abstract

本发明涉及用于免疫治疗方法的肽、蛋白质、核酸和细胞。特别是，本发明涉及癌症的免疫疗法。本发明还涉及单独使用或与其他肿瘤相关肽(刺激抗肿瘤免疫反应或体外刺激T细胞和转入患者的疫苗复合物的活性药物成分)联合使用的肿瘤相关T细胞(CTL)肽表位。与主要组织兼容性复合体(MHC)分子结合的肽或与此同类的肽也可能是抗体、可溶性T细胞受体和其他结合分子的靶标。

Description

用于免疫治疗的新型肽和肽组合物以及用于胰腺癌和其他癌症的支架产生方法

本发明涉及数种新型肽序列及其变体，它们源自人肿瘤细胞的HLA-I类分子，可用于引发抗肿瘤免疫反应的疫苗组合物中或作为开发药物/免疫活性化合物和细胞的目标。

发明背景

胰腺癌是世界上侵袭性和致死性最高的癌症之一。2012年，它是男性中第12大常见癌症，全世界有178,000名病例，女性中第11大常见癌症，全世界有160,000名病例。同年，报告了330,000万例死亡病例，使胰腺癌成为第七大最常见癌症死因(World CancerReport，2014)。

胰腺癌并非单一癌症实体，而是若干不同亚型必须加以区别。外分泌肿瘤占所有胰腺癌的95％左右，包括导管癌和腺泡状腺癌、导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)、假乳头状实体瘤、囊性黏液腺瘤和浆液性囊腺瘤。其余5％的胰腺癌属于胰腺神经内分泌肿瘤的亚组(World Cancer Report，2014)。

浸润性导管腺癌代表最侵袭形式的胰腺癌，由于其高发频率(90％的胰腺癌)，流行病学资料主要反映这一特定亚型(World Cancer Report，2014)。

2012年，68％的所有新病例发生在发达国家，以欧洲中部和东部、北美、阿根廷、乌拉圭和澳大利亚发病率最高。相反，非洲和东亚大多数国家显示发病率较低。在全球范围内，随着时间变化两性中的发病率似乎相当稳定(World Cancer Report，2014)。

由于缺乏特异性症状，胰腺癌通常在确诊时已是晚期，往往已经处于转移期。一经诊断，预后很差，5年生存率为5％，死亡率与发病率比例为0.98(World Cancer Report，2014)。

据报告，几个因素可增加发生胰腺癌的风险，包括较大年龄(因为大多数患者在诊断时均为65岁以上)和种族(如，在美国，黑种人口与白种人口相比风险增加1.5倍)。进一步的风险因素为吸烟、身体肥胖、糖尿病、非O型ABO血型、胰腺炎和胰腺癌家族史(WorldCancer Report，2014)。

高达10％的所有胰腺癌病例被认为有家族基础。下列基因胚系突变与发生胰腺癌的风险增加有关：P16/CDKN2A、BRCA2、PALB2、PRSS1、STK11、ATM和DNA错配修复基因。此外，胰腺癌散发病例的特征还在于不同原癌基因和肿瘤抑制基因的突变。导管腺癌最常见的基因突变发生于癌基因KRAS(95％)和AIB1(高达60％)和肿瘤抑制基因TP53(75％)、p16/CDKN2A(95％)和SMAD4(55％)内(World Cancer Report，2014)。

胰腺癌患者的治疗选择非常有限。有效治疗的一个主要问题是在确诊时通常处于肿瘤晚期。此外，胰腺癌对化疗药物相当耐药，这可能是由致密和少血管结缔组织增生肿瘤间质引起的。

根据德国抗癌协会、德国癌症援助组织和德国科学医学协会发布的指导方针，切除肿瘤是唯一可用的有效治疗选择。如果肿瘤局限于胰腺或如果只转移到邻近器官，则建议切除。如果肿瘤已经扩散到远处部位，则不建议手术切除。切除后，用吉西他滨或5-氟尿嘧啶+/-亚叶酸进行六个月的辅助化疗(S3-Leitlinie Exokrines Pankreaskarzinom，2013)。

晚期不能手术的肿瘤患者可以透过化疗与放化疗联合治疗(S3-LeitlinieExokrines Pankreaskarzinom，2013)。

姑息化疗标准方案为吉西他滨单药疗法或与表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂厄洛替尼联合治疗。替代方案是5-氟尿嘧啶、甲酰四氢叶酸、依立替康和奥沙利铂联合(也称为FOLFIRINOX方案)，或吉西他滨与白蛋白结合型紫杉醇联合(在MPACT研究中与吉西他滨单一疗法相比显示具有较优的疗效(Von Hoff et al.，2013；S3-LeitlinieExokrines Pankreaskarzinom，2013)。

死亡率与发病率高比例反映了实施更有效胰腺癌治疗策略的迫切需要。

靶向治疗已经在其他几种癌症中显示出效果，代表着一个令人关注的选项。因此，已经完成了一些研究来评估靶向治疗对晚期胰腺癌的利益，遗憾的是，成果非常有限(Walker and Ko，2014)。尽管如此，胰腺癌的遗传多样性可能带来个性化疗法的可能性，因为BRCA2或PALB2等位基因失活的浸润性导管腺癌被证明对聚(ADP-核糖)聚合酶抑制剂和丝裂霉素C治疗更为敏感(World Cancer Report，2014)。

靶向作用于肿瘤间质构成了开发胰腺癌新疗法的替代方法。典型的致密和少血管间质可能充当化疗剂的屏障，并且显示可传送促进肿瘤细胞增殖、侵袭和癌症干细胞维持的信号。因此，不同的临床前和临床研究旨在分析基质消耗和失活的影响(Rucki andZheng，2014)。

疫苗接种策略进行了研究，其作为胰腺癌治疗的进一步创新和有前途的替代方法。基于肽的疫苗靶向作用于KRAS突变、活性端粒酶、胃泌素、存活蛋白、CEA和MUC1已经在临床试验中进行评估，部分显示有希望的结果。此外，针对胰腺癌患者的基于树突状细胞的疫苗、异基因GM-CSF分泌疫苗和algenpantucel-L临床试验还显示了免疫疗法的有益效果。进一步研究不同疫苗接种方案效率的临床试验目前正在进行中(Salman et al.，2013)。

考虑到治疗癌症相关的严重副作用和费用，通常有必要确定可用于治疗癌症的因子，尤其是胰腺癌。通常也有必要确定代表癌症生物标志物的因子，尤其是胰腺癌，从而更好地诊断癌症、评估预后和预测治疗成功性。

癌症免疫治疗代表了癌症细胞特异性靶向作用的一个选项，同时最大限度地减少副作用。癌症免疫疗法利用存在的肿瘤相关抗原。

肿瘤相关抗原(TAA)的目前分类主要包括以下几组：

a)癌-睾丸抗原：T细胞能够识别的最先确认的TAA属于这一类抗原，由于其成员表达于组织学相异的人肿瘤中、正常组织中、仅在睾丸的精母细胞/精原细胞中、偶尔在胎盘中，因此，它最初被称为癌-睾丸(CT)抗原。由于睾丸细胞不表达HLA I类和II类分子，所以，在正常组织中，这些抗原不能被T细胞识别，因此在免疫学上可考虑为具有肿瘤特异性。CT抗原大家熟知的例子是MAGE家族成员和NY-ESO-1。

b)分化抗原：肿瘤和正常组织(肿瘤源自该组织)都含有TAA。大多数已知的分化抗原发现于黑色素瘤和正常黑色素细胞中。许多此类黑色素细胞谱系相关蛋白参与黑色素的生物合成，因此这些蛋白不具有肿瘤特异性，但是仍然被广泛用于癌症的免疫治疗。例子包括，但不仅限于，黑色素瘤的酪氨酸酶和Melan-A/MART-1或前列腺癌的PSA。

c)过量表达的TAA：在组织学相异的肿瘤中以及许多正常组织中都检测到了基因编码被广泛表达的TAA，一般表达水平较低。有可能许多由正常组织加工和潜在提呈的表位低于T细胞识别的阈值水平，而它们在肿瘤细胞中的过量表达能够通过打破先前确立的耐受性而引发抗癌反应。这类TAA的典型例子为Her-2/neu、生存素、端粒酶或WT1。

d)肿瘤特异性抗原：这些独特的TAA产生于正常基因(如β-catenin、CDK4等)的突变。这些分子变化中有一些与致瘤性转化和/或进展相关。肿瘤特异性抗原一般可在不对正常组织带来自体免疫反应风险的情况下诱导很强的免疫反应。另一方面，这些TAA在多数情况下只与其上确认了有TAA的确切肿瘤相关，并且通常在许多个体肿瘤之间并不都共享TAA。在含有肿瘤特定(相关)同种型蛋白的情况下，如果肽源自肿瘤(相关)外显子也可能出现肽肿瘤特异性(或相关性)。

e)由异常翻译后修饰产生的TAA：此类TAA可能由肿瘤中既不具有特异性也不过量表达的蛋白产生，但其仍然具有肿瘤相关性(该相关性由主要对肿瘤具有活性的翻译后加工所致)。此类TAA产生于变糖基化模式的改变，导致肿瘤产生针对MUC1的新型表位或在降解过程中导致诸如蛋白拼接的事件，这可能具有也可能不具有肿瘤特异性。

f)肿瘤病毒蛋白：这些TTA是病毒蛋白，可在致癌过程中发挥关键作用，并且由于它们是外源蛋白(非人源蛋白)，所以能够激发T细胞反应。这类蛋白的例子有人乳头状瘤16型病毒蛋白、E6和E7，它们在宫颈癌中表达。

基于T细胞的免疫治疗靶向作用于主要组织兼容性复合体(MHC)分子提呈的来源于肿瘤相关蛋白或肿瘤特异性蛋白的肽表位。肿瘤特异性T淋巴细胞所识别的抗原，即其表位，可以是源自所有蛋白类型的分子，如酶、受体、转录因子等，它们在相应肿瘤的细胞中被表达，并且与同源未变的细胞相比，其表达通常上调。

MHC分子有两类：MHC I类和MHC II类。MHC I类分子由一条α重链和β-2-微球蛋白，MHC II类分子由一条α和一条β链组成。其三位构造形成一个结合槽，用于与肽进行非共价相互作用。

大部分有核细胞上都可发现MHC-I类分子。他们提呈主要为内源性的蛋白、缺陷核糖体产物(DRIP)和较大肽裂解生成的肽。然而，源自内体结构或外源性来源的肽也经常在MHC-I类分子上发现。这种I-类分子非经典提呈方式在文献中被称为交叉提呈(Brossartand Bevan，1997；Rock et al.，1990)。MHC II类分子主要发现于专业抗原提呈细胞(APC)上，并且主要提呈，例如，在内吞作用过程中由APC占据并且随后被加工的外源性或跨膜蛋白的肽。

肽和MHC I类的复合体由负载相应T细胞受体(TCR)的CD8阳性T细胞进行识别，而肽和MHC II类分子的复合体由负载相应TCR的CD4阳性辅助T细胞进行识别。因此，TCR、肽和MHC按照1∶1∶1的化学计量呈现，这一点已是共识。

CD4阳性辅助T细胞在诱导和维持CD8阳性细胞毒性T细胞的有效反应中发挥重要作用。肿瘤相关抗原(TAA)衍生的CD4阳性T细胞表位的识别对开发能引发抗肿瘤免疫反应的药物产品可能非常重要(Gnjatic et al.，2003)。在肿瘤部位，T辅助细胞维持着对细胞毒性T细胞(CTL)友好的细胞因子环境(Mortara et al.，2006)并吸引效应细胞，如CTL、天然杀伤(NK)细胞、巨噬细胞和粒细胞(Hwang et al.，2007)。

在没有炎症的情况下，MHC II类分子的表达主要局限于免疫系统细胞，尤其是专业抗原提呈细胞(APC)，例如，单核细胞、单核细胞源性细胞、巨噬细胞、树突状细胞。在癌症患者的肿瘤细胞中发现有MHC II类分子的表达(Dengjel et al.，2006)。

本发明的拉长肽可作为MHC-II类活性表位。

MHC-II类表位活化的辅助T细胞在编排抗肿瘤免疫的CTL效应子功能中发挥着重要作用。触发T_H1细胞反应的辅助T细胞表位支援CD8阳性杀伤T细胞的效应子功能，其中包括直接作用于肿瘤细胞的细胞毒性功能(该类肿瘤细胞表面显示有肿瘤相关肽/MHC复合体)。这样，肿瘤相关T辅助细胞表位单独使用或与其他肿瘤相关肽结合使用可作为刺激抗肿瘤免疫反应的疫苗化合物的活性药物成分。

哺乳动物(如小鼠)模型显示，即使没有CD8阳性T淋巴细胞，CD4阳性T细胞也能通过分泌干扰素-γ(IFNγ)抑制血管生成而足以抑制肿瘤的表现(Beatty and Paterson，2001；Mumberg et al.，1999)。没有CD4 T细胞作为直接抗肿瘤效应因子的证据(Braumuller et al.，2013；Tran et al.，2014)。

由于HLA II类分子的组成性表达通常仅限于免疫细胞，因此，直接从原发肿瘤中分离II类肽之前被认为是不可能的事。然而，Dengjel等人成功地在肿瘤中直接识别了多个MHC II类表位(WO 2007/028574，EP 1 760 088 B1)。

由于CD8依赖型和CD4依赖型这两种反应共同并协同地促进抗肿瘤作用，因此，确定和表征由CD8+ T细胞(配体：MHC I类分子+肽表位)或CD4阳性T辅助细胞(配体：MHC II类分子)识别的肿瘤相关抗原对开发肿瘤疫苗非常重要。

对于MHC I类肽触发(引发)细胞免疫反应的肽，它也必须与MHC分子结合。这一过程依赖于MHC分子的等位基因以及肽氨基酸序列的特异性多态性。MHC-I类-结合肽的长度通常为8-12个氨基酸残基，并且在其与MHC分子相应结合沟槽相互作用的序列中通常包含两个保守残基(“锚”)。这样，每个MHC的等位基因都有“结合基序”，从而确定哪些肽能与结合沟槽特异性结合。

在MHC-I类依赖性免疫反应中，肽不仅能与肿瘤细胞表达的某些MHC-I类分子结合，而且它们之后还必须能被T细胞负载的特异性T细胞受体(TCR)识别。

对于被T淋巴细胞识别为肿瘤特异性抗原或相关性抗原以及用于治疗的蛋白质，必须具备特殊的条件。该抗原应主要由肿瘤细胞表达，而不由正常健康组织表达，或表达数量相对较少。在一个优选的实施方案中，与正常健康组织相比，所述肽应在肿瘤细胞中过度提呈。更为适宜的情况是，该相应抗原不仅出现于一种肿瘤中，而且浓度(即每个细胞的相应肽拷贝数目)高。肿瘤特异性抗原和肿瘤相关抗原往往是源自直接参与因细胞周期控制或凋亡抑制中的其功能而发生的正常细胞向肿瘤细胞转化的蛋白。另外，这些直接导致转化事件的蛋白的下游靶标可能会被上调，因此可能与肿瘤间接相关。这些间接肿瘤相关抗原也可能是预防接种方法的靶标(Singh-Jasuja et al.，2004)。至关重要的是，表位存在于抗原氨基酸序列中，以确保这种来自肿瘤相关抗原的肽(“免疫原性肽”)可导致体外或体内T细胞反应。

基本上，任何能与MHC分子结合的肽都可能充当一个T细胞表位。诱导体外或体内T细胞反应的前提是存在具有相应TCR的T细胞并且不存在对该特定表位的免疫耐受性。

因此，TAA是基于T细胞疗法(包括但不限于肿瘤疫苗)研发的起点。识别和表征TAA的方法通常基于对患者或健康受试者T细胞的使用情况，或基于肿瘤与正常组织肽之间差别转录特性或差别表达模式的产生。然而，对肿瘤组织或人肿瘤细胞株中过量表达或选择性表达的基因的识别并不提供在免疫疗法中使用这些基因所转录抗原的准确信息。这是因为，有着相应TCR的T细胞必须要存在而且对这个特定表位的免疫耐受性必须不存在或为最低水平，因此，这些抗原的表位只有一部分适合这种应用。因此，在本发明的一非常优选的实施例中，只选择那些针对可发现功能性和/或增殖性T细胞情况的过量提呈或选择性提呈肽，这一点非常重要。这种功能性T细胞被定义为在以特异性抗原刺激后能够克隆地扩展并能够执行效应子功能(”效应子T细胞”)的T细胞。

在通过根据本发明的特定TCR(例如可溶性TCR)和抗体或其他结合分子(支架)靶向作用于肽-MHC的情况下，潜在肽的免疫原性是次要的。在这些情况下，提呈是决定因素。

发明简介

在本发明的第一方面，本发明涉及一种肽，包含选自包括SEQ ID NO：1至SEQ IDNO：161的组的一个氨基酸序列、或该序列的与SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161具有至少77％，优选至少88％同源(优选至少77％或至少88％相同)的一种变体序列(其中所述变体与MHC结合和/或诱导T细胞与所述肽发生交叉反应)，或其药用盐(其中所述肽不是潜在全长多肽)。

本发明进一步涉及本发明的一种肽，包含选自包括SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161的组的一个序列、或与SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161具有至少77％、优选至少88％同源性(优选为至少77％或至少88％相同)的一种变体，其中所述肽或其变体的总长度为8至100个、优选为8至30个、最优选为8至14个氨基酸。

下表显示了根据本发明的肽、它们各自的SEQ ID NO、以及这些肽的可能源(潜在)基因。表1和表2中的所有肽均与HLA-A*02结合。表2中的肽之前在大型列表中披露，作为高通量筛查结果，错误率高，或使用算法计算出，但之前与癌症毫无关联。表3中的肽是可与本发明其他肽组合使用的其他肽。表4中的肽还可用于诊断和/或治疗各种其他恶性疾病，这些疾病涉及过量表达或过度提呈各潜在多肽。

表1：本发明中的肽

表2：本发明中的其他肽，之前与癌症无已知的关联

表3：用于例如个性化癌症疗法的其他肽

本发明还一般涉及本发明的肽用于治疗增殖性疾病，例如，肺癌、肾癌、脑癌、胃癌、结肠或直肠癌、肝癌、前列腺癌、白血病、乳腺癌、梅克尔细胞癌(MCC)、黑色素瘤、卵巢癌、食管癌、膀胱癌、子宫内膜癌、胆囊癌和胆管癌。

特别优选的是本发明的肽(单独或组合)，其选自包括SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161的组。更优选的是所述肽(单独或组合)选自包括SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：79(见表1)的组，并且其用于胰腺癌、肺癌、肾癌、脑癌、胃癌、结肠或直肠癌、肝癌、前列腺癌、白血病、乳腺癌、梅克尔细胞癌(MCC)、黑色素瘤、卵巢癌、食管癌、膀胱癌、子宫内膜癌、胆囊癌和胆管癌、优选为胰腺癌的免疫治疗。

如示下面的表4所示，其中本发明的许多肽也发现于其他肿瘤中，因此也可用于其他适应症的免疫治疗。另请参阅图1和实例1。

表4：本发明的肽及其在其他增殖性疾病(特别是其他癌性疾病)中的特定用途。

该表显示，对于其他肿瘤类型的选定肽，发现他们过量提呈(特定提呈)于5％以上测定的肿瘤样本，或提呈于5％以上测定的肿瘤样本且几何学平均值肿瘤与正常组织的比值大于3。过度提呈定义为与最高提呈的正常样本相比，肿瘤样本中的提呈更高。

表4B：本发明的肽及其在其他增殖性疾病(特别是其他癌性疾病)中的特定用途(表4修订版)。该表(如表4)显示，对于其他肿瘤类型的选定肽，发现他们过量提呈(特定提呈)于5％以上测定的肿瘤样本，或提呈于5％以上测定的肿瘤样本且几何学平均值肿瘤与正常组织的比值大于3。过度提呈定义为与最高提呈的正常样本相比，肿瘤样本中的提呈更高。经过度提呈的正常组织有：脂肪组织、肾上腺、血细胞、血管、骨髓、脑、食道、眼、胆囊、心脏、肾、大肠、肝、肺、淋巴结、神经、胰腺、甲状旁腺、腹膜、垂体、胸膜、唾液腺、骨骼肌、皮肤、小肠、脾、胃、甲状腺、气管、输尿管、膀胱。

NSCLC＝非小细胞肺癌、SCLC＝小细胞肺癌，RCC＝肾癌，CRC＝结肠或直肠癌，GC＝胃癌，HCC＝肝癌，PC＝胰腺癌，PrC＝前列腺癌，BRCA＝乳腺癌，MCC＝梅克尔细胞癌，OC＝卵巢癌，NHL＝非霍奇金淋巴瘤，AML＝急性骨髓性白血病，CLL＝慢性淋巴细胞白血病。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号4、5、8、14、19、22、29、30、31、35、37、46、60、69、70、79、85、90、92、95、101、102、118、123、124、125、128、131、136、138、142、147、149、150、151、154、158、160、167、6、9、21、84、85、94、96、99、111、113、114、116、129、134、152、159和169中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗非小细胞肺癌(NSCLC)。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号14、19、35、46、52、59、60、62、64、75、79、80、81、90、95、102、110、114、124、125、128、129、131、136、138、143、144、145、147、148、149、150、158、160、162、163、165、167、169、4、6、23、37、94、104和155中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗非小细胞肺癌(NSCLC)。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号13、14、29、46、84、115、147、162、175、12、30、38、75、95、99、111、130和160中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗肾癌。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号16、17、29、34、39、63、67、81、93、94、98、102、104、106、113、114、115、116、122、129、138、146、151、159、161、166、167、169、172、11、14、19、70、71、83、87、99、112、123、126、132、152和160中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗脑癌。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号31、32、68、84、88、95、97、117、120、121、147、174、4、9、41、77、149和160中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗胃癌。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号5、28、29、30、31、37、40、41、60、85、90、92、93、94、99、114、115、120、124、125、128、131、137、142、145、148、151、152、154、157、158、159、165、4、34、84、111、146、149和160中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗结肠和直肠癌。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号4、5、14、19、31、35、37、48、50、51、60、64、70、73、80、85、86、96、99、100、101、102、103、104、111、114、115、116、120、123、124、125、129、131、132、135、136、137、142、145、146、148、149、150、155、158、159、160、161、165、167、169、174和176中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗肝癌。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号2、8、10、22、31、39、46、79、86、104、111、123、130、142、156和167中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗胰腺癌。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号98、102、109、111、115、142、148、151和167中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案中的肽联合用于治疗前列腺癌。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号7、22、48、62、71、81、83、94、95、104、110、122、144、145、147、149、150、152、154、159、160、161、171和176中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗白血病。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号3、4、21、29、30、32、52、57、65、67、84、93、99、102、103、106、108、111、114、117、120、123、126、127、128、139、140、142、143、148、151和158中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗AML。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号4、6、84、91、99、107、114、118、127、130、142、155和158中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗CLL。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号2、4、8、9、16、22、26、31、35、37、41、59、77、79、84、90、93、99、110、137、142、150、169、175、29、42、60、69、70、75、80、82、86、95、111、120、124、127、128、129、138、144、149、151、155、158和160中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗乳腺癌。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号149、81、101、116和124中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案中的肽联合用于治疗梅克尔细胞癌(MCC)。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号14、17、19、34、37、45、46、52、85、92、95、96、107、113、114、115、118、124、131、138、146、149、150、155、157、158、161、165、169、1、5、6、9、12、16、18、21、22、23、25、28、29、31、32、44、55、56、57、58、60、61、65、66、67、68、75、84、87、88、90、93、94、97、99、106、111、116、117、120、121、123、127、128、129、130、132、133、134、135、137、139、142、143、156、159和160中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗黑色素瘤。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号4、14、35、37、46、52、60、70、81、85、92、94、95、101、120、124、125、129、131、132、134、136、142、146、147、149、150、154、157、158、160、162、165、167、3、47、57、84、89、99、111、138和148中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗卵巢癌。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号1、2、4、5、8、9、11、12、14、19、29、35、37、40、46、50、51、52、57、58、62、63、67、70、75、77、79、85、91、92、94、95、106、114、118、120、124、129、131、132、135、136、137、142、147、148、149、154、158、165、169、1、2、4、5、8、9、11、12、14、19、29、35、37、40、46、50、51、52、57、58、62、63、67、70、75、77、79、85、91、92、94、95、106、114、118、120、124、129、131、132、135、136、137、142、147、148、149、154、158、165和169中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗食管癌。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号3、4、20、29、37、41、42、59、60、64、82、88、91、93、95、97、99、101、104、106、114、115、120、122、131、135、137、142、150、151、152、154、156、157、160、166、169、170、171、175、1、5、6、12、14、15、19、30、31、38、46、52、57、65、67、70、71、74、84、86、89、92、94、100、103、107、109、111、113、118、123、126、127、128、129、130、138、148、149、158和159中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗膀胱癌。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号41、85、94、116、120、130、143、162、165和166中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗子宫内膜癌。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号8、10、19、31、73、75、94、102、115、116、122、125、131、149、4、21、22、30、46、50、69、70、80、90、95、96、103、111、120、129、142、144、145、147、152、154、156和160中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗胆囊癌和胆管癌。

因此，本发明的另一个方面涉及根据SEQ序列号4、5、6、12、14、15、19、29、37、38、39、42、46、50、56、57、60、70、74、82、84、91、95、101、103、104、106、110、111、118、123、129、132、135、146、148、149、151、156、157、158、159、160和161中任一项所述的本发明的至少一种肽与一种优选实施方案的肽联合用于治疗子宫癌。

因此，本发明的另一个方面涉及本发明中肽的用途-优选联合用于治疗选自胰腺癌、肺癌、肾癌、脑癌、胃癌、结肠或直肠癌、肝癌、前列腺癌、白血病、乳腺癌、梅克尔细胞癌(MCC)、黑色素瘤、卵巢癌、食管癌、膀胱癌、子宫内膜癌、胆囊癌和胆管癌组中的增殖性疾病。

本发明还涉及本发明的肽，其具有与主要组织兼容性复合体(MHC)I或以拉长形式存在的例如长度变化的-MHC-II类分子结合的能力。

本发明进一步涉及本发明中的肽，其中所述肽(每种肽)系由或基本系由根据SEQID NO：1至SEQ ID NO：161的一个氨基酸序列组成。

本发明进一步涉及本发明的肽，其中所述肽被修饰和/或包含非肽键。

本发明进一步涉及本发明的肽，其中所述肽为融合蛋白的一部分，特别是与HLA-DR抗原相关不变链(Ii)的N-端氨基酸融合，或与抗体(例如，树突状细胞特定抗体)或抗体的序列融合。

本发明进一步涉及一种核酸，其编码本发明的肽。本发明进一步涉及一种本发明的核酸，为DNA、cDNA、PNA、RNA，也可能为其组合物。

本发明进一步涉及一种能表达和/或表达本发明核酸的表达载体。

本发明进一步涉及本发明的一种肽、本发明的一种核酸或本发明的一种治疗疾病的药用表达载体，特别是用于治疗癌症。

本发明进一步涉及本发明中肽或本发明中所述肽复合体(含有MHC)的特定抗体以及制造这些抗体的方法。

本发明进一步涉及本发明的T细胞受体(TCR)，特别是可溶性TCR(sTCRs)和加工为自体或异体T细胞的克隆TCR，以及制造这些TCR的方法和载有所述TCR或所述TCR交叉反应的NK细胞的制造方法。

抗体和TCR是根据本发明的肽现有免疫治疗用途的另外实施方案。

本发明进一步涉及含本发明核酸或前述表达载体的一种宿主细胞。本发明进一步涉及本发明的宿主细胞，其为抗原提呈细胞，优选为树突细胞。

本发明进一步涉及配制本发明一种肽的一种方法，所述方法包括培养本发明的宿主细胞和从所述宿主细胞或其培养基中分离肽。

本发明进一步涉及本发明中的所述方法，其中抗原通过与足够量的含抗原提成细胞的抗原结合被载入表达于合适抗原提呈细胞或人工抗原呈递细胞表面的I或II类MHC分子。

本发明进一步涉及本发明的方法，其中抗原提呈细胞由能表达含SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.161、优选为含SEQ ID No.1至SEQ ID No.79所述肽的一个表达载体、或一个变体氨基酸序列组成。

本发明进一步涉及以本发明方法制造的启动T细胞，其中所述T细胞有选择性地识别一种细胞，该细胞表达含一种本发明氨基酸序列的多肽。

本发明进一步涉及一种杀伤患者靶细胞的方法，其中患者的靶细胞异常表达含本发明任何氨基酸序列的多肽，该方法包括给予患者按本发明方法制造的有效量T细胞。

本发明进一步涉及任何所述肽、本发明的核酸、本发明的表达载体、本发明的细胞、本发明的作为药剂或制造药剂的启动T淋巴细胞、T细胞受体或抗体或其他肽-和/或肽-MHC结合分子的用途。所述药剂优选为具有抗癌活性。

优选情况为，所述药剂为基于可溶性TCR或抗体的细胞治疗药物、疫苗或蛋白质。

本发明还一般涉及本发明的用途，其中所述癌细胞为胰腺癌、肺癌、肾癌、脑癌、胃癌、结肠或直肠癌、肝癌、前列腺癌、白血病、乳腺癌、梅克尔细胞癌(MCC)、黑色素瘤、卵巢癌、食管癌、膀胱癌、子宫内膜癌、胆囊癌和胆管癌，优选为胰腺癌细胞。

本发明进一步涉及一种基于本发明肽的生物标志物，在此成为“靶标“，其可用于诊断癌症，优选为胰腺癌。所述标志物可以肽本身过度提呈或相应基因过度表达。标志物也可以用于预测治疗成功的可能性，优选为免疫疗法，最优选为靶向作用于该生物标志物识别的相同靶目标免疫疗法。例如，抗体或可溶性TCR可用于染色肿瘤切片以检测是否存在相关肽与MHC复合。

或者，抗体具有进一步的效应子功能，如免疫刺激域或毒素。

本发明还涉及这些癌症治疗中新靶点的用途。

AAGAB编码与一种参与网格蛋白包被的小泡运输复合物γ-衔接蛋白和α-衔接蛋白亚基相互作用的蛋白质。这种基因的突变与I型点状掌跖角化病相关(RefSeq，2002)。AAGAB是miR-205的一个靶基因，miR-205在子宫颈癌中过度表达(Xie et al.，2012)。AAGAB敲除导致细胞分裂和增殖增加(Pohler et al.，2012)。

ACTR2编码ARP2肌动蛋白相关蛋白2同源物，其是ARP2/3复合体的主要成分。这种复合体透过片状伪足肌动蛋白的装配和突出对细胞形状和运动性具有必不可少的作用(RefSeq，2002)。ARP2/3与其他蛋白质的复合显示在肿瘤细胞侵袭和迁移中起着至关重要的作用(Nurnberg et al.，2011；Feldner and Brandt，2002；Frugtniet et al.，2015；Kurisu and Takenawa，2010；Kirkbride et al.，2011)。ARP2/3复合体与WASP/WAVE蛋白家族成员促使乳腺癌细胞侵袭和转移(Frugtniet et al.，2015)。当胰腺癌细胞的黏附和迁移被限制时，ARP2/3复合体与ArgBP2被赋予抗肿瘤功能(Roignot and Soubeyran，2009)。

ADAM9编码ADAM(解联蛋白和金属蛋白酶结构域)家族的一员(第9成员)。该家族的成员参与细胞-细胞和细胞-基质的相互作用(RefSeq，2002)。ADAM9基因沉寂降低食管鳞状细胞癌(ESCC)的癌增殖(Liu et al.，2015b)。ADAM9在黑色素瘤增殖和侵袭中起着重要作用(Ebrahimi et al.，2014)。ADAM9被证明在骨肉瘤细胞、肌层浸润性(MI)膀胱癌细胞、非小细胞肺癌、胰腺癌、结肠癌、口腔鳞状细胞癌、宫颈癌、前列腺癌、肾癌、胃癌、淋巴结癌和乳腺癌中上调(Shaker et al.，2011；Vincent-Chong et al.，2013；Li et al.，2013；Ebrahimi et al.，2014；Zhang et al.，2014a；Jia et al.，2014；O′Shea et al.，2003；Jiang et al.，2014a；Zubel et al.，2009)。ADAM9牵涉肺癌转移到大脑(Sher et al.，2014；Lin et al.，2014a；Shintani et al.，2004)。

AGAP9编码具有GTP酶结构域，锚蛋白重复和PH结构域9的ArfGAP，位于染色体10q11.22上(RefSeq，2002)。

AHCY编码腺苷高半胱氨酸酶。它调节细胞内S-腺苷高半胱氨酸(SAH)浓度，被认为对于转甲基作用反应是重要的(RefSeq，2002)。AHCY下调有助于肿瘤发生(Leal et al.，2008)。AHCY能促进细胞凋亡。它能抑制食管鳞状细胞癌的黏附和迁移，提示具有食管致癌作用(Li et al.，2014b)。AHCY蛋白表达在结肠癌中上调(Kim et al.，2009；Watanabe etal.，2008；Fan et al.，2011)。AHCY可能是卵巢癌的潜在生物标志物(Peters et al.，2005)。

AK2编码腺苷酸激酶2。AK2位于线粒体膜间隙，可能在凋亡中发挥作用(RefSeq，2002)。AK2介导可能参与肿瘤发生的新内在凋亡途径(Lee et al.，2007)。

ANKLE2编码锚蛋白重复和含LEM域蛋白2。ANKLE2是LEM内核膜蛋白LEM家族的一员。所编码的蛋白透过核膜的有丝分裂后形成而充当有丝分裂调节蛋白(RefSeq，2002)。

ANKRD1编码锚蛋白重复域1。它位于内皮细胞的细胞核，由IL-1和TNF-α刺激诱导。该蛋白质与肌节蛋白肌钯蛋白和肌联蛋白之间的相互作用表明，它也可能参与肌原纤维拉伸传感器系统(RefSeq，2002)。ANKRD1的异位表达导致集落形成减少，并增强肝癌细胞凋亡(Park et al.，2005)。卵巢癌中ANKRD1的高表达与不良预后相关(Lei et al.，2015)。

ANLN编码一种在细胞生长和迁移以及胞质分裂中发挥作用的肌动蛋白结合蛋白。ANLN被认为可调节足细胞(肾小球的组成部分)的肌动蛋白骨架动力学。这种基因的突变与局灶节段性肾小球硬化8(RefSeq，2002)。ANLN被发现在乳腺癌组织以及头颈部鳞状细胞癌中高表达。ANLN的敲除明显抑制乳腺癌细胞的增殖率、集落形成能力和迁移(Zhou et al.，2015b)。ANLN在增殖性胃肿瘤、胰腺癌和激素难治性前列腺癌中过度表达(Pandi et al.，2014；Tamura et al.，2007；Shimizu et al.，2007；Olakowski et al.，2009)。ANLN是肝细胞癌的一种生物标志物(Kim et al.，2013a)。ANLN表达是肾细胞癌患者预后良好的标志(Ronkainen et al.，2011)。

APOL6编码载脂蛋白L，6。APOL6是载脂蛋白L基因家族的一员。所编码的蛋白存在于细胞质中，在那里它可能会影响脂质的运动或让脂质结合至细胞器(RefSeq，2002)。APOL6在癌细胞中诱导线粒体介导的凋亡(Liu et al.，2005)。

ARMC9(也称为KU-MEL-1)编码含犰狳重复基因蛋白，这是在黑色素细胞中优先表达的先前分离的黑色素瘤抗原。它与沃格特-小柳-原田(Vogt-Koyanagi-Harada)疾病相关(Otani et al.，2006)。ARMC9在黑色素瘤细胞系和组织样本中强烈表达。抗ARMC9抗原在接受脑、结肠和食道癌治疗的患者血清中检测到(Kiniwa et al.，2001)。

ASNS编码天冬酰胺合成酶。ASNS基因补足温度敏感型仓鼠突变tsll的突变，这在非容许温度下阻断其进展至细胞周期的G1期(RefSeq，2002)。ASNS表达由葡萄糖剥夺诱导，保护胰腺癌细胞免于凋亡(Cui et al.，2007)。ASNS与白血病和子宫癌的耐药性相关(Linet al.，2012；Zhang et al.，2013a)。A375细胞中的ASNS敲除下调CDK4、CDK6和细胞周期蛋白D1的表达水平，上调p21的表达(Li et al.，2015a)。ASNS下调诱导细胞周期停滞，抑制乳腺癌的细胞增殖(Yang et al.，2014a)。ASNS在神经胶质瘤中高表达(Panosyan et al.，2014)。ASNS是卵巢癌的潜在生物标志物(Lorenzi et al.，2006；Lorenzi et al.，2008；Lorenzi and Weinstein，2009)。

ATP5F1编码ATP合成酶，H+转运，线粒体Fo复合物，亚基B1，这是线粒体ATP合成酶的亚基(RefSeq，2002)。ATP5F1在乙型肝炎病毒相关肝细胞癌中上调(Lee et al.，2008a)。

BMS1编码BMS1核糖体生物合成因子，位于染色体10q11.21上。酵母中的一种类似蛋白在35S-rRNA加工中发挥功能，其中包括一系列对于40S核糖体形成关键的分裂步骤(RefSeq，2002；Perez-Fernandez et al.，2011)。

BMS1P5编码BMS1核糖体生物合成假因子5，位于染色体10q11.22上(RefSeq，2002)。

BRK1(也称为C3orf10或HSPC300)编码Wave复合体的最小亚基，是胚胎发育和细胞转化过程中参与肌动蛋白细胞骨架动力学的Wave/Scar途径的重要调节基因(Derivery etal.，2008；Escobar et al.，2010)。BRK1在不同癌症类型中均具有致癌可能性，包括肺癌和肾细胞癌(Cascon et al.，2007；Cai et al.，2009；Escobar et al.，2010)。BRK1由转录因子Sp1及NRF-1调节。它参与Arp2/3调节之后的Wave/Scar途径，是细胞增殖和转化需要的(Li et al.，2014a；van′t Veer et al.，2006；Escobar et al.，2010；Wang et al.，2013c)。

BTBD1编码含BTB(POZ)结构域蛋白1。该蛋白的C末端结合拓扑异构酶I。N-末端包含脯氨酸富含区域和BTB/POZ结构域，这两者通常参与蛋白-蛋白的相互作用(RefSeq，2002)。

BUB1B编码参与纺锤体步骤功能的激酶。该蛋白位于着丝点，在细胞分裂后期促进复合体/细胞周期体(APC/C)的抑制中发挥作用，从而推迟细胞分裂后期的发作并确保正确的染色体分离。受损纺锤体检验点存在于许多类型的癌症中(RefSeq，2002)。BUB1B是一种肿瘤抑制蛋白。BUB1B调节纺锤体装配步骤。BUB1B在肿瘤中失活或下调。BUB1B基因突变也与肿瘤的发展相关(Aylon and Oren，2011；Fagin，2002；Malumbres and Babacid，2007；Rao et al.，2009)。BUB1B透过启动癌基因而与胃癌发生有关(Resende et al.，2010)。BUB1B突变是结直肠癌的原因之一(Karess et al.，2013；Grady，2004)。

Cllorf70编码具有未表征功能的蛋白，但与导致肌萎缩性侧索硬化的突变蛋白相关(Wang et al.，2015i)。相比于正常睾丸组织，Cllorf70在睾丸生殖细胞肿瘤中下调(Gonzalez-Exposito et al.，2015；Alagaratnam et al.，2009)。口腔鳞状细胞癌中Cllorf70的遗传区域显示DNA拷贝数畸变，这与口腔癌特定的死亡率相关(Chen et al.，2015a)。

Cllorf80编码染色体11开放阅读框80，位于染色体11q13.2上(RefSeq，2002)。

Clorf198编码染色体1开放阅读框198，位于染色体1q42.2上(RefSeq，2002)。

C20orf24编码染色体20开放阅读框24，位于染色体20q11.23上(RefSeq，2002)。C20orf24在从腺瘤到癌症的染色体不稳定相关进展中起重要作用。与腺瘤相比，C20orf24在癌症中显著过度表达。C20orf24可作为结直肠癌的一种高特异性生物标志物(Carvalhoet al.，2009)。

CAD编码三功能蛋白质氨甲酰合成酶2、天门冬氨酸转移酶和二氢乳清酸酶，其催化嘧啶生物合成途径的前三次反应(RefSeq，2002)。CAD活性在不同癌症类型中增加，包括肝细胞瘤、肉瘤、肾腺癌，并且非常频繁地与CAD基因的扩增有关(Smith et al.，1990；Aokiand Weber，1981；Smith et al.，1997)。CAD是不同癌基因和肿瘤生成的靶标，其调节MAPK、mTORC1和c-Myc等通路(Mac and Farnham，2000；Graves et al.，2000；Sharma et al.，2014)。CAD促进雄激素受体易位进入细胞核并刺激前列腺肿瘤细胞的转录活性。前列腺癌根治术后，较高的CAD mRNA水平与肿瘤局部扩大和癌症复发有关(Morin et al.，2012)。

CARM1编码共启动因子相关精氨酸甲基转移酶1。CARM1属于蛋白质精氨酸甲基转移酶(PRMT)家族。所编码的酶催化蛋白质精氨酰残基的胍基氮的甲基化。所述酶参与基因表达(RefSeq，2002)。CARM1已经表明在结直肠癌和前列腺癌、黑色素瘤和乳腺癌中失调。CARM1不仅在前列腺肿瘤中而且也在前列腺上皮内瘤(PIN)中过度表达。CARM1在非小细胞肺癌(NSCLC)中显著过度表达。肝细胞癌变过程中，CARM1表达在腺瘤中升高，在癌症中异常(Limm et al.，2013；Osada et al.，2013；Elakoum et al.，2014；Baldwin et al.，2014)。CARM1甲基化染色质重塑因子BAF 155，以增强肿瘤进展和转移(Wang et al.，2014a；Stefansson and Esteller，2014)。

CCNA2编码细胞周期蛋白A2，这是高度保守的细胞周期蛋白家族的一员。CCNA2结合和启动CDC2或CDK2激酶，从而促进细胞周期G1/S和G2/M过渡(RefSeq，2002)。CCNA2的过度表达抑制肝细胞癌细胞的增殖。CCNA2在子宫内膜腺癌细胞中的过度表达降低细胞生长并增加细胞凋亡。CCNA2在黑色素瘤细胞中的过度表达降低肿瘤生长和转移，同时增加肿瘤细胞凋亡(Lau，2011)。CCNA2可促进癌细胞增殖、侵袭、黏附、分化、存活和转移。它在血管生成和细胞外基质的产生中起着重要作用。当在胃癌细胞中过度表达时，CCNA2促进肿瘤生长并增加肿瘤血管形成。CCNA2的沉寂降低胰腺癌细胞的肿瘤生长。CCNA2可促进前列腺癌细胞的增殖(Lau，2011；Chen and Du，2007)。CCNA2过度表达诱导上皮-间质转化，导致咽喉肿瘤的侵袭和转移(Liu et al.，2015e)。CCNA2在结直肠癌失调(Chang et al.，2014)。CCNA2在前列腺癌、神经胶质瘤、胰腺癌和乳腺癌中过度表达。

CCNA2与乳腺癌的侵袭性增加、血管化和雌激素非依赖性相关，这表明CCNA2在乳腺癌进展中的主要作用(Zuoet al.，2010)。

CCND1编码细胞周期蛋白D1。它属高度保守的细胞周期蛋白家族，其成员的特点是在整个细胞周期中都富含蛋白。改变细胞周期进程的CCND1之突变、扩增和过度表达经常可在各种肿瘤中观察到，并可能有助于肿瘤癌变(RefSeq，2002)。CCND1在口腔鳞状细胞癌、胃肠间质瘤、非小细胞肺癌、垂体瘤与乳腺癌淋巴结转移患者中扩增和过度表达(Noorlag etal.，2015；Dworakowska，2005；Gautschi et al.，2007；Lambros et al.，2007；Yang etal.，2008；Yu and Melmed，2001)。CCND1在套细胞淋巴瘤、胰腺神经内分泌肿瘤、甲状旁腺腺瘤和尤因肉瘤中过度表达(Navarro et al.，2011；Sander，2011；Capurso et al.，2012；Delas et al.，2013；Setoodeh et al.，2013；Sanchez et al.，2008；Westin et al.，2009)。CCND1可增加结直肠癌的风险(Yang et al.，2012b；Andersen et al.，2013)。CCND1基因改变可导致膀胱癌(Zhang et al.，2003；Baffa et al.，2006)。

CCT3编码含TCP1伴侣蛋白，亚基3(γ)，一种分子伴侣(RefSeq，2002)。CCT3在肝细胞癌中升高(Midorikawa et al.，2002；Skawran et al.，2008)。CCT3是卵巢癌的一种潜在新颖的生物标志物(Peters et al.，2005)。

CCT4编码含TCP1伴侣蛋白，亚基4。透过多轮ATP驱动的释放和重新结合部分折迭的中间形式，CCT4辅助新翻译多肽底物的折迭(RefSeq，2002)。CCT4失调形成食管鳞状细胞癌和肺腺癌(Wang et al.，2015j；Tano et al.，2010)。CCT4在胃癌中上调(Malta-Vacaset al.，2009)。

CDC27编码细胞分裂周期27。由该基因编码的蛋白质是后期促进复合体(APC)的一个组件。该蛋白可能参与有丝分裂时点的控制(RefSeq，2002)。CDC27在下调时，增加三阴性乳腺癌细胞和鳞状细胞宫颈癌的放射抵抗性(Rajkumar et al.，2005；Ren et al.，2015)。CDC27在肝细胞癌的进展中起着至关重要的作用，并与食管鳞状细胞癌和胰腺癌预后较差相关(Ahn et al.，2014；Wang et al.，2015h)。CDC27多态性可能透过影响细胞的有丝分裂进程而有助于乳腺癌的易感性形成(Guo et al.，2015)。CDC27突变牵涉前列腺癌(Lindberg et al.，2013)。CDC27突变和下调牵涉几个乳腺癌和结肠癌细胞系(Fan etal.，2004；Roy et al.，2010；Pawar et al.，2010)。

CDK12编码细胞周期蛋白依赖性激酶12，位于染色体17q12上(RefSeq，2002)。CDK12突变在多种肿瘤中发现，包括卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌和肠道肿瘤(Vrabel et al.，2014)。

CDK13编码细胞周期蛋白依赖性激酶13，其是细胞周期蛋白依赖性丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族的一员。已知本家族的成员在细胞周期调控的主开关中起着重要作用。它们可能在mRNA加工中起作用，并可能参与造血作用的调节(RefSeq，2002)。CDK13与胰腺癌和皮肤癌有关(Ansari et al.，2015；Nelson et al.，1999；Chandramouli et al.，2007)。CDK13在肝细胞癌中扩增(Kim et al.，2012b)。

CDK2编码细胞周期蛋白依赖性激酶2，即参与细胞周期调控的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。该蛋白质的活性在G1向S期转变期间尤为重要(RefSeq，2002)。CDK2过度表达提示细胞周期调节异常，这与癌细胞过度增殖直接相关(Chohan et al.，2015)。CDK2与白血病、结直肠癌、黑色素瘤、人乳头状瘤病毒相关宫颈瘤、肺癌、乳腺癌和前列腺癌有关(Foster etal.，2001；Zajac-Kaye，2001；Raso et al.，2013；He et al.，2013；Duensing and Munger，2002；Hu and Zuckerman，2014；Agarwal，2000)。CDK2在套细胞淋巴瘤中高表达(Rummel etal.，2004)。

CDK5RAP3编码CDK5调节亚基相关蛋白3。CDK5RAP3在负责转录调控和细胞周期进程的信号途径中起作用。它可能在肿瘤发生和转移中起作用(RefSeq，2002)。CDK5RAP3在肝细胞癌中过度表达并促进转移(Mak et al.，2011；Mak et al.，2012)。

CDK7编码细胞周期蛋白依赖性激酶7，其是细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶家族的一员。它是转录因子TFIIH(其参与转录启动和DNA修复)的一个重要组成部分。该蛋白质被认为可作为转录调节和细胞周期之间的直接联系(RefSeq，2002)。CDK7基因多态性可让患者透过基因-环境或基因-基因相互作用而罹患乳腺癌(Yoo and Kang，2003)。CDK7与胰腺癌风险增加有关(Efthimiou et al.，2001)。CDK7与乳腺癌有关(Cance and Liu，1995)。

CDK9编码细胞周期蛋白依赖性激酶9，其是细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶家族的一员。该蛋白质形成一种复合体，由其亚基细胞周期蛋白T或细胞周期蛋白K调节(RefSeq，2002)。CDK9似乎参与几种细胞类型的分化程序，如肌细胞、单核细胞和神经元。CDK9似乎在单核细胞中具有抗凋亡作用。CDK9在细胞的几个生理过程的参与可能导致癌症发生(Deand Giordano，2002)。

CELSR3编码钙黏蛋白，EGF LAG七通G型受体3。所编码的蛋白可能参与接触依赖性神经突生长的调节，并且可能在肿瘤形成中起作用(RefSeq，2002)。微列阵筛查发现，与正常口腔黏膜相比，CELSR3在原发口腔鳞状细胞癌中超甲基化(Khor et al.，2014)。CELSR3与卵巢癌和脑肿瘤有关(Asad et al.，2014；Katoh and Katoh，2007)。CELSR3在胰腺和肝肿瘤星状细胞中上调(Erkan et al.，2010)。

CEP97编码中心体蛋白97kDa，位于染色体3q12.3上(RefSeq，2002)。CEP97与乳腺癌有关(Rappa et al.，2014)。

CFL1编码丝切蛋白1。其参与从细胞质到细胞核的肌动蛋白-丝切蛋白复合体易位(RefSeq，2002)。CFL1突变与多发性内分泌肿瘤类型4和胶质母细胞瘤相关(Solomon etal.，2008；Georgitsi，2010)。CFL1在淋巴瘤、白血病、神经母细胞瘤、卵巢癌、前列腺癌、乳腺癌、肺癌和间皮瘤中过度表达(Rana et al.，2008)。CFL1在睾丸生殖细胞肿瘤中下调(von Eyben，2004)。

CHD3编码染色质解旋酶DNA结合蛋白3。该蛋白是一种称为Mi-2/NuRD复合体的组蛋白脱乙酰基酶复合体的组分之一，其透过脱乙酰化组蛋白参与染色质重塑(RefSeq，2002)。CHD3在胰腺上皮内瘤变和胰腺癌中上调(Wang et al.，2011)。CHD3突变与胃癌和结直肠癌有关(Kim et al.，2011a)。CHD3在急性髓细胞白血病中过度表达(Camos et al.，2006)。

CHD4编码染色质解旋酶DNA结合蛋白4。它代表了核小体重构和脱乙酰基酶复合体的主要成分，并在后生转录抑制中起着重要作用。该基因的体细胞突变与浆液性子宫内膜肿瘤有关(RefSeq，2002)。CHD4是急性骨髓性白血病的新型治疗靶标(Sperlazza et al.，2015)。CHD4从表观遗传学上在EpCAM+肝癌干细胞中控制基因调控以及DNA损伤应答(Nioet al.，2015)。CHD4调制BRCA2基因突变癌细胞的治疗反应(Guillemette et al.，2015)。CHD4与胶质母细胞瘤和结肠癌有关(Cai et al.，2014；Chudnovsky et al.，2014)。

CHD5编码染色质解旋酶DNA结合蛋白5。CHD5是一个潜在的肿瘤抑制因子，可能在神经母细胞瘤的发展中发挥作用(RefSeq，2002)。CHD5作为神经胶质瘤和多种其他类型肿瘤(包括乳腺癌、结肠癌、肺癌、卵巢癌和前列腺癌)的一种抑制基因(Kolla et al.，2014)。

CIRH1A(也称为Cirhin)编码肝硬化常染色体隐性1A，这是一种位于核仁的含蛋白的WD40重复蛋白。它会导致北美印第安人儿童肝硬化(NAIC)(RefSeq，2002)。CIRH1A可上调标准NF-κB组件，可能参与在含NF-κB元素的其他基因调控。这表明，CIRH1A可影响癌症相关NF-κ B通路(Yu et al.，2009)。

COL1A1编码胶原蛋白，1型，α1。1型是存在于大多数结缔组织中的纤维性胶原蛋白，在骨、角膜、真皮和肌腱中富含。染色体17和22之间(该基因和血小板衍生生长因子β基因所在位置)的相互易位与称为隆突性皮肤纤维肉瘤的的特定皮肤肿瘤类型相关，其由生长因子未经调节的表达产生(RefSeq，2002)。COL1A1在胃癌中差异性表达(Yasui et al.，2004)。COL1A1色素隆突性皮肤纤维肉瘤有关(Zhang et al.，2013c)。

COL1A2编码胶原蛋白，1型，α2。1型是存在于大多数结缔组织中的纤维性胶原蛋白，在骨、角膜、真皮和肌腱中富含(RefSeq，2002)。COL1A2与胃癌有关(Yasui et al.，2004；Yasui et al.，2005)。

COL6A1编码胶原蛋白，6型，α1。胶原蛋白VI是微纤维的主要结构成分。编码胶原VI亚基的基因突变导致常染色体显性遗传疾病Bethlem肌病(RefSeq，2002)。COL6A1在去势抵抗前列腺癌的反应基质中上调，促进肿瘤生长(Zhu et al.，2015c)。COL6A1在CD166-胰腺癌细胞中过度表达，这些细胞比CD166+癌细胞显示出更强的侵袭和迁移活性(Fujiwara etal.，2014)。COL6A1在骨转移癌中高表达(Blanco et al.，2012)。COL6A1被发现在宫颈癌和卵巢癌中上调(Zhao et al.，2011；Parker et al.，2009)。COL6A1在星形细胞瘤和胶质母细胞瘤中中差异性表达(Fujita et al.，2008)。

COL6A3编码胶原蛋白、VI型、α3，即VI型胶原蛋白的三种α链之一，这是在大多数结缔组织中发现的一种珠状丝胶原，对于基质组分组织很重要(RefSeq，2002)。COL6A3编码VI型胶原蛋白的α-3链，这是在大多数结缔组织中发现的一种珠状丝胶原，在基质组分的组织中起着重要作用(RefSeq，2002)。COL6A3在结肠癌、膀胱癌和前列腺癌中可变剪接。COL6A3的长同种型几乎在癌症样本中特有表达，可潜在地作为新的癌症标志物(Thorsen et al.，2008)。COL6A3在胰腺导管腺癌组织中高度表达，并进行肿瘤特异性选择性剪接(Kang etal.，2014)。COL6A3已被证明与高级别的卵巢癌相关，并有助于顺铂抗性的形成。COL6A3被观察到在胃癌组织中频繁过度表达(Xie et al.，2014)。COL6A3突变可明显预测结直肠癌患者具有更好的整体生存率，与肿瘤分化和TNM分期无关(Yu et al.，2015b)。据报告，COL6A3表达在胰腺癌、结肠癌、胃癌、黏液表皮样癌和卵巢癌中增加。在结肠癌、膀胱癌、前列腺癌和胰腺癌中检测到包括外显子3、4和6的癌症相关转录物变体(Arafat et al.，2011；Smith et al.，2009；Yang et al.，2007；Xie et al.，2014；Leivo et al.，2005；Sherman-Baust et al.，2003；Gardina et al.，2006；Thorsen et al.，2008)。在卵巢癌中，COL6A3水平与较高的肿瘤分级相关，在胰腺癌中，COL6A3被证明可提呈一种合适的诊断血清生物标志物(Sherman-Baust et al.，2003；Kang et al.，2014)。

COPG1(也称为COPG)编码套体素蛋白复合体(COPI)的γ亚基，其介导逆行运输(从高尔基体返回至ER)和高尔基体内运输。COPG1结合至ARF-GAP(Waters et al.，1991；Watson et al.，2004)。COPG1与患者年龄以及恶性肿瘤的较高等级以及神经胶质肉瘤的等级相关(Coppola et al.，2014)。COPG1被发现在肺癌和肺癌相关内皮细胞中大量表达(Park et al.，2008)。

CREB3L1编码cAMP反应组件结合蛋白3样1。为了响应ER应激，CREB3L1被裂解，释放的胞质转录因子结构域易位至细胞核。在那里，它透过结合至框-B组件启动靶基因的转录(RefSeq，2002)。CREB3L1突变经常发现于硬化性上皮样纤维肉瘤(SEF)(Prieto-Granadaet al.，2015)。CREB3L1由人类神经胶质瘤细胞系中的ER应激诱导，促进未折迭蛋白应答、细胞外基质产生和细胞迁移(Vellanki et al.，2013)。CREB3L1在膀胱癌中从表观遗传学上沉寂，促进肿瘤细胞的扩散和迁移(Rose et al.，2014)。CREB3L1在乳腺癌的抑制肿瘤发生中起着重要作用。表达损失是出现转移性表型所需的(Mellor et al.，2013)。

CSTF1编码裂解刺激因子，3′前RNA，亚基1，50kDa。它参与前mRNA的多聚腺苷酸化和3′端部裂解(RefSeq，2002)。CSTF1变异被发现与BRCA2突变携带者的乳腺癌风险相关(Blanco et al.，2015)。

CTHRC1编码含胶原三股螺旋重复蛋白1。CTHRC1可能透过参与血管重构对动脉损伤的细胞反应中可能发挥作用。这个位点突变与Barrett食管和食管腺癌相关(RefSeq，2002)。CTHRC1显示在胃癌和乳腺导管癌中表达增加(Kim et al.，2013b；Yu et al.，2015a；Song et al.，2015)。CTHRC1在结直肠癌中上调(Yan et al.，2015a；Yan et al.，2015b)。CTHRC1表达在感染乙肝病毒患者的肝细胞癌进展高度相关。CTHRC1增强集落形成、迁移和肝癌细胞的侵袭(Tameda et al.，2014；Zhang et al.，2015b)。CTHRC1在非小细胞肺癌中过度表达。过度表达与肿瘤侵袭性和预后不良相关(Ke et al.，2014b)。CTHRC1在食管鳞状细胞癌和Barrett腺癌中上调(Timme et al.，2014)。CTHRC1促进黑色素瘤的细胞黏附和存活(Ip et al.，2011)。

CXCL5编码趋化因子C-X-C基序配体5。这种蛋白质拟结合G蛋白偶联受体趋化因子C-X-C基序受体2以招募中性粒细胞，促进血管生成和重塑结缔组织。该蛋白被认为在癌细胞增殖、迁移和侵袭中起作用(RefSeq，2002)。CXCL5在肾细胞癌的存活、生长和转移中发挥至关重要的作用(Parihar and Tunuguntla，2014)。CXCL5参与食管癌和胃癌的慢性炎症过渡(Verbeke etal.，2012)。CXCL5与急性骨髓性白血病有关(Kittang et al.，2010)。

DCBLD2编码盘基蛋白、含CUB和LCCL结构域蛋白2(也被称为内皮细胞和平滑肌细胞来源的神经毡蛋白样蛋白)，这是一种跨膜共受体蛋白(RefSeq，2002)。DCBLD2在胶质母细胞瘤和头颈部癌症(HNCS)中上调，是EGFR刺激肿瘤发生所需要的(Feng et al.，2014)。此外，DCBLD2在高度转移性肺癌亚系和组织样本中上调(Koshikawa et al.，2002)。与此相反，在胃癌中，DCBLD2的表达透过其启动子的甲基化而沉寂(Kim et al.，2008)。

DDX43编码DEAD(Asp-Glu-Ala-Asp)框多肽43。DDX43是一种ATP依赖性RNA解旋酶，并呈现出肿瘤特异性表达(RefSeq，2002)。DDX43在葡萄膜黑色素瘤细胞和急慢性髓细胞性白血病中过度表达(Chen et al.，2011a；Lin et al.，2014b；Ambrosini et al.，2014)。DDX43是乳腺癌预后的一种生物标志物(Wiese and Pajeva，2014)。DDX43在胶质瘤细胞系中表达(Akiyama et al.，2014)。

DDX53编码DEAD(Asp-Glu-Ala-Asp)框多肽53。DDX53包含在DEAD框解旋酶蛋白家族成员中发现的多个结构域(RefSeq，2002)。癌症/睾丸抗原DDX53透过HDAC2实施p53表达的负面调控，并产生对抗癌药物的耐药性(Kim et al.，2010b)。miR-200B和癌症/睾丸抗原DDX53形成回馈环路，以对微管靶向药物调节癌细胞系的侵袭、致瘤和血管生成反应(Kimet al.，2013c)。miR-217和DDX53形成回馈环路，以透过EGFR和HER2调节对抗癌药物的反应(Kim et al.，2016)。DDX53是子宫肌瘤中具备异常DNA低甲基化状态的几个基因之一(Maekawa et al.，2011)。从21个B细胞和4个T细胞恶性肿瘤中来源的细胞系中，观察到了针对DDX53的广泛mRNA表达谱(Liggins et al.，2010)。

DNAJC7编码DnaJ(HSP40)同源物，亚家族C，成员7，DNAJ热休克蛋白(HSP)40蛋白质家族的一员。该蛋白质以ATP依赖性方式结合伴侣蛋白HSP70和HSP90，可能充当共伴侣蛋白(RefSeq，2002)。DNAJC7透过阻断p53和MDM2之间的复合体形成而增强了p53的稳定性和活性(Kubo et al.，2013)。

DPP9编码二肽基肽酶9。DPP9似乎参与其底物活性的调控，并与多种疾病(包括2型糖尿病、肥胖和癌症)相关联(RefSeq，2002)。DPP9在乳腺癌和卵巢癌中发挥着潜在作用(Wilson and Abbott，2012)。DPP9在细胞存活和增殖途径的调节中起着重要的信号传导作用(Yao et al.，2011)。DPP9 mRNA水平在睾丸肿瘤中升高(Yu et al.，2010)。DPP9在脑膜瘤中过度表达(Stremenova et al.，2010)。

DPYD(也称为DPD)编码二氢嘧啶脱氢酶，是尿嘧啶和胸腺嘧啶分解代谢途径中的嘧啶分解酶以及初始和限速因子。此基因的突变导致二氢嘧啶脱氢酶缺乏(胸腺嘧啶-尿嘧啶尿症相关嘧啶代谢错误)并导致接收5-氟尿嘧啶化疗的癌症患者的毒性风险增加(RefSeq，2002)。DPYD表达水平可作为胃癌化疗疗效的预测因子(Wan et al.，2016)。在接受基于氟尿嘧啶的辅助联合化疗治疗的患者中，发现DPYD变体与3级或更高级别氟尿嘧啶相关的不良事件增加之间存在着显著关联性(Cavalcante et al.，2015；Lee et al.，2016；Boige et al.，2016)。在结直肠癌中，DPYD多态性与KRAS野生型表达之间存在着相关性(Kleist et al.，2015)。在结直肠癌中，DPYD基因表达的上调导致氟尿嘧啶毒性(Chaiet al.，2015；Falvella et al.，2015；van Staveren et al.，2015；Nakamura et al.，2015；Chen et al.，2015c；Hu et al.，2015b)。DPYD的多态性表达可能在确定头颈部癌、胰腺癌、食管鳞状细胞癌、消化道癌、胃癌、肝细胞癌和结直肠癌患者的治疗反应很重要(Kimet al.，2015；Toffoli et al.，2015；Ishizuka et al.，2015；Baba et al.，2015；Launayet al.，2016；Kikuchi et al.，2015；Li et al.，2016；Shimamoto et al.，2016；Bai etal.，2015；Dhawan et al.，2016)。

DROSHA是微小RNA生物合成中的两个关键酶之一，在许多癌症中过量表达，包括胃肠道肿瘤、乳腺癌和宫颈癌，并且似乎增强增殖、集落形成和肿瘤细胞迁移(Avery-Kiejdaet al.，2014；Havens et al.，2014；Zhou et al.，2013)。

DSEL编码硫酸皮肤素异构酶样蛋白，位于染色体18q22.1上(RefSeq，2002)。DSE是DSEL的重要旁系。DSE是肝细胞癌和结直肠癌免疫治疗的免疫原性靶标(Mizukoshi etal.，2011；Sasatomi et al.，2002)。

DST(也称为大疱性类天疱疮抗原I(BPAG1))编码肌张力异常蛋白，这是黏附连接斑块蛋白质的血小板溶素蛋白家族的一员。全长同工型没有定义，但是，在神经和肌肉组织或上皮组织中表达几种同工型，把神经中间丝固定至肌动蛋白细胞骨架或含角蛋白中间丝固定至半桥粒(RefSeq，2002；Bouameur et al.，2014；Li et al.，2007)。DST可能与乳腺癌转移有关(Sun et al.，2006)。针对DST的自身抗体可在淋巴细胞性白血病和滤泡性淋巴瘤中发现到(Aisa et al.，2005；Taintor et al.，2007)。在鼻咽癌中，DST在5-8F细胞(高致瘤和转移能力)中相较于6-10B细胞(具备致瘤能力但无转移能力)上调(Fang et al.，2005)。DST在头颈部鳞状细胞癌中高表达(Lin et al.，2004)。在副肿瘤性天疱疮中存在针对DST的自身抗体，这与肿瘤相关(Yong and Tey，2013；Wang et al.，2005；Preisz andKarpati，2007；Zhu and Zhang，2007)。前列腺癌中的DST表达与疾病进展呈强烈逆相关(Vanaja et al.，2003)。抗DST自身抗体是黑色素瘤诊断的一个有前景的标志物(Shimboet al.，2010)。DST可发现于恶病质癌症患者的尿液(Skipworth et al.，2010)。DST在肺腺癌和鳞状细胞癌中差异表达(McDoniels-Silvers et al.，2002)。DST明显上调，伴随浸润性细胞生长(Herold-Mende et al.，2001)。

DYNC1H1编码动力蛋白重链1，它是沿微管逆行运输的主马达蛋白的一个亚基。整个外显子测序研究发现胰腺内导管内乳头状黏液性肿瘤患者的DYNC1H1基因内有体细胞突变(Furukawa et al.，2011)。

EIF3C编码真核翻译起始因子3，亚基C，位于染色体16p11.2上(RefSeq，2002)。EIF3C在人U-87MG细胞中过度表达，并促进细胞增殖(Hao et al.，2015)。EIF3C在结肠癌中高表达(Song et al.，2013)。EIF3C mRNA在睾丸精原细胞瘤中过度表达(Rothe et al.，2000)。

EIF3CL编码真核翻译起始因子3，亚基C样蛋白。它位于染色体16p11.2上(RefSeq，2002)。

EIF3E编码真核翻译起始因子3，亚基E，位于染色体8q22-q23上(RefSeq，2002)。EIF3E可能在口腔鳞状细胞癌的癌变中起着一定的作用(Yong et al.，2014)。EIF3E是胶质母细胞瘤的增殖和存活所必需的(Sesen et al.，2014)。EIF3E在乳腺癌进展中具有致癌作用。EIF3E表达降低导致乳腺上皮细胞从上皮至间质细胞转化(Gillis and Lewis，2013；Grzmil et al.，2010)。EIF3E表达水平在膀胱癌中显著增加(Chen et al.，2011b)。EIF3E牵涉非小细胞肺癌(Marchetti et al.，2001)。

EXT2编码骨疣蛋白糖基转移酶2，这是参与硫酸肝素生物合成链延伸步骤的二个糖基转移酶之一。这种基因的突变导致II型多发性外生骨疣(RefSeq，2002)。EXT2突变在软骨肉瘤中发挥作用(Samuel et al.，2014)。EXT2突变引起多发性骨软骨瘤征候群(Jochmann et al.，2014)。EXT2突变引起遗传性多发外生性骨疣，导致硫酸乙酰肝素缺乏(Huegel et al.，2013)。

F2R(也称为PAR1)编码凝血因子II凝血酶受体，这是一种参与血栓形成响应调节的跨膜受体(RefSeq，2002)。F2R结合至Etk/Bmx的普列克底物蛋白同源(PH)结构域。F2R变体(无法结合PH结构域)减少乳腺肿瘤以及绒毛外滋养细胞浸润(Kancharla et al.，2015)。F2R被认为可透过促进肿瘤细胞的迁移、血管生成和宿主血管细胞互动，从而促进癌细胞的侵袭和转移(Wojtukiewicz et al.，2015)。F2R下调导致癌细胞死亡(Burns andThevenin，2015)。F2R多态性与直肠癌患者的急性损伤有关(Zhang et al.，2015a)。F2R与预后不良(特别是ER阴性乳腺癌患者)相关(Lidfeldt et al.，2015)。F2R缺乏的小鼠显示结肠腺癌生长下降(Adams et al.，2015)。基质金属蛋白酶(MMP)-1启动F2R诱导血管生成(Fan et al.，2015)。F2R参与了肺癌的PTEN下调(Xu et al.，2015)。F2R启动诱导与上皮间质转变相关的Hippo-YAP通路(Jia et al.，2015；Owens et al.，2015；Yang et al.，2015a；Fujimoto et al.，2015)。F2R启动抑制降低HER-2阴性乳腺癌、肝细胞癌和胃癌的癌细胞迁移和侵袭(Mussbach et al.，2015；Wang et al.，2015g；Gonda et al.，2015)。

FADS2编码脂肪酸去饱和酶2，这是脂肪酸去饱和酶基因家族的一员。去饱和酶透过引入脂肪酰基链定义碳之间的双键来调节脂肪酸的不饱和度(RefSeq，2002)。FADS2在肝细胞癌中上调(Muir et al.，2013)。FADS2活性在乳腺癌组织中增加(Pender-Cudlip etal.，2013)。FADS2表达与乳腺癌侵袭性有关(Lane et al.，2003)。FADS2抑制阻碍肠肿瘤发生(Hansen-Petrik et al.，2002)。

FADS2编码脂肪酸去饱和酶3。去饱和酶透过引入脂肪酰基链定义碳之间的双键来调节脂肪酸的不饱和度(RefSeq，2002)。

FAM83D编码具有序列相似性的家族83，成员D，位于染色体20q11.23上(RefSeq，2002)。

FAM83D的上调影响肝细胞癌细胞的增殖和侵袭(Wang et al.，2015a；Liao etal.，2015)。

FAM83D在乳腺癌细胞系和原发性人类乳腺癌中显著升高(Wang et al.，2013e)。

FN1编码纤连蛋白1，这是一种糖蛋白，以可溶二聚体形式存在于血浆、以二聚体或多聚体形式存在于细胞表面并存在于细胞外基质。它参与细胞的黏附和迁移过程，包括胚胎发育、伤口愈合、血液凝固、宿主防御和转移(RefSeq，2002)。FN1是一个重要的肿瘤相关血管生成靶向剂(Sollini et al.，2015)。FN1是胰腺癌的几个生物标志物之一(Ansari etal.，2014)。FN1是负责乳腺癌内分泌抗性的众多因子之一。FN1在乳腺癌中显著失调，促进肿瘤进展和转移扩散(Oskarsson，2013；Zheng et al.，2014)。它是鳞状细胞癌中上皮-间质转变的一种生物标志物(Scanlon et al.，2013)。FN1在多发性骨髓瘤中起重要作用(Neri and Bahlis，2012)。

FUCA2，分泌人α-L-岩藻糖苷酶2，被确定为负责L-岩藻糖转移的关键酶。水解酶被发现对幽门螺杆菌黏附于人胃癌细胞至关重要，显示出具有巨大潜力作为幽门螺旋杆菌相关胃癌症的诊断标志物和治疗靶标(Liu et al.，2009)。

GCG编码胰高血糖素。它是一种胰腺激素，透过刺激糖原分解和糖原异生抵消胰岛素的葡萄糖降低作用。它是特定G蛋白偶联受体的一种配体，其信号通路控制细胞增殖(RefSeq，2002)。GCG受体成像似乎是评估胰腺β细胞质量的潜在工具。它也可能成为其他肿瘤(如胃泌素瘤、嗜铬细胞瘤和甲状腺髓样癌)成像的靶标(Hubalewska-Dydejczyk etal.，2015)。GCG在结肠癌变中起着关键作用(Kannen et al.，2013)。GCG是神经内分泌肿瘤的一个新出现的示踪剂(Reubi and Maecke，2008)。

GFPT2编码谷氨酰胺果糖-6-磷酸转氨酶2，位于染色体5q34-q35上(RefSeq，2002)。GFPT2在乳腺癌和淋巴细胞性白血病中起着重要作用(Kuang et al.，2008；Simpsonet al.，2012)。

GPN1编码GPN环GTP酶1，位于染色体2p23.3上(RefSeq，2002)。GPN1是参与DNA修复基因XPA(控制核苷酸切除修复信号通路的一个关键因子)的核局部化的一种细胞质GTP酶。

GRIK2编码谷氨酸受体，离子型，钾盐镁矾2。此基因的突变与常染色体隐性精神发育迟滞相关(RefSeq，2002)。TRMT11-GRIK2是在前列腺癌中发现的几个融合基因之一，与肿瘤侵袭性相关(Yu et al.，2014)。GRIK2 SNP与口腔癌风险或易感性增加有关(Bhatnagaret al.，2012)。GRIK2是肺癌的潜在生物标志物(Rauch et al.，2012)。染色体缺失导致的GRIK2失活可有助于促成T细胞淋巴瘤的发病。GRIK2失活在胃癌变中发挥作用(Resende etal.，2011；Lopez-Nieva et al.，2012)。

GRIK3编码谷氨酸受体，离子型，钾盐镁矾3。它属于谷氨酸受体家族，是哺乳动物大脑中主要的兴奋性神经递质受体，在各种正常神经生理过程中被启动(RefSeq，2002)。GRIK3与肺腺癌(甲基化、功能修饰)、儿童中枢神经系统肿瘤、淋巴细胞性白血病和神经母细胞瘤相关(Pradhan et al.，2013)。GRIK3在中枢神经系统的几个儿科肿瘤中差异表达(Brocke et al.，2010)。

GSK3B编码糖原合酶激酶3β。它参与能量代谢、神经细胞发育和身体模式形成(RefSeq，2002)。GSK3B的异常调节显示出可促进一些癌症的细胞生长，而在另一些癌症中抑制细胞生长，并可能在食管癌中起重要作用(Gao et al.，2014b)。GSK3B在多形性胶质母细胞瘤中失调(Atkins et al.，2013)。GSK3B失调促进胃肠癌、胰腺癌和肝癌生长(Miyashita et al.，2009)。

HLA-A编码1A类主要组织兼容性复合体，透过提呈内质网腔衍生的肽在免疫系统中发挥中心作用(RefSeq，2002)。HLA-A抗原的损失是人类肿瘤的共同特征。对于黑色素瘤、癌症、淋巴瘤、神经母细胞瘤和急性白血病，记录了HLA-A、HLA-B和HLA-C阳性细胞百分比下降、特别抗原的选择性丧失和1类分子表达的全部损失(Garrido and Ruiz-Cabello，1991；Salerno et al.，1990)。在胃癌和食管癌中，HLA-A表达主要由MAPK通路调节，部分受Akt通路影响，在临床肿瘤样本中，p-Erk表达和HLA 1类表达之间存在着很强的负相关性(Mimuraet al.，2013)。

HNRNPU(也称为SAF-A)编码属于异质核糖核蛋白RNA结合亚家族(hnRNP)的异质核糖核蛋白U，其与前体mRNA加工以及细胞核中的mRNA代谢和运输相关。HNRNPU被认为参与将hnRNA包装成大型核糖核蛋白复合体(RefSeq，2002)。抑制肺癌转移的miR-193a-3p上调会下调HNRNPU的表达(Deng et al.，2015b)。长非编码RNA H19可以透过与HNRNPU/PCAF/RNAPol II蛋白复合体的关联性启动miR-200的途径，从而促进肝细胞癌中间充质至上皮细胞转变以及肿瘤转移的抑制(Zhang et al.，2013d)。HNRNPU与SOX2相互作用，SOX2是维持胚胎和成体干细胞干性的关键基因，似乎在几种人类癌症中被重新启动(Fang et al.，2011)。

HSPA2编码睾丸特异性热休克蛋白70-2，对于精母细胞和癌细胞的生长是必不可少的。不同的研究表明，HSPA2在宫颈癌、肾细胞癌和膀胱癌的疾病进展中起着重要作用。基因内多态性与胃癌的发生有关(Ferrer-Ferrer et al.，2013；Garg et al.，2010a；Garget al.，2010b；Singh and Suri，2014)。

HSPA8被证明在食管鳞状细胞癌中过量表达。HSPA8在食管癌细胞中的高表达在体外抵消这些细胞的氧化应激诱导的细胞凋亡。此外，HSPA8在多发性骨髓瘤和结肠癌中过量表达，HSPA8的BCR-ABL1-诱导表达促进慢性髓性白血病细胞的存活(Chaterjee et al.，2013；Dadkhah et al.，2013；Jose-Eneriz et al.，2008；Kubota et al.，2010；Wang etal.，2013a)。

HSPA8P8是一种假基因(RefSeq，2002)。

HSPA9编码热休克70kDa蛋白9。该蛋白在细胞增殖、应激反应和线粒体维持中发挥作用(RefSeq，2002)。HSPA9调节细胞过程，从病毒感染至神经变性，其中还包括癌变(Flachbartova and Kovacech，2013)。HSPA9在肝细胞癌和结直肠癌中上调(Rozenberg etal.，2013；Chen et al.，2014a；Kuramitsu and Nakamura，2005)。HSPA9在胃癌发展中发挥作用(Ando et al.，2014)。HSPA9是改善耐药卵巢癌治疗的潜在治疗靶标(Yang et al.，2013)。

IGDCC4编码免疫球蛋白超家族，DCC子类，成员4，位于染色体15q22.31上(RefSeq，2002)。GDCC4在肝细胞癌中表达(Joy and Burns，1988；Marquardt et al.，2011)。GDCC4在急性淋巴细胞白血病中起作用(Taylor et al.，2007)。

IGF2BP3编码胰岛素样生长因子II mRNA结合蛋白3，这是一种癌胚蛋白，其压制胰岛素样生长因子II的翻译(RefSeq，2002)。几项研究表明，IGF2BP3在细胞功能的各个重要方面发挥作用，例如细胞极化、迁移、形态、代谢、增殖和分化。体外研究表明，IGF2BP3促进肿瘤细胞的增殖、黏附和侵袭。此外，IGF2BP3已经显示与侵袭性和晚期癌症相关(Bell etal.，2013；Gong et al.，2014)。IGF2BP3过度表达在许多肿瘤类型中已有描述，并与预后较差、肿瘤期别高和转移相关，例如在神经母细胞瘤、结直肠癌、肝内胆管癌、肝细胞癌、前列腺癌和肾细胞癌中过度表达(Bell et al.，2013；Findeis-Hosey and Xu，2012；Hu etal.，2014a；Szarvas et al.，2014；Jeng et al.，2009；Chen et al.，2011c；Chen et al.，2013；Hoffmann et al.，2008；Lin et al.，2013b；Yuan et al.，2009)。

IPO5编码输入蛋白5，是输入蛋白β家族的一员。输入蛋白是透过核孔复合体的蛋白易位必不可少的(RefSeq，2002)。

IPO7编码输入蛋白7。输入蛋白α/β复合体和GTP酶Ran介导具有经典核定位信号的蛋白质的核输入(RefSeq，2002)。IPO7经常在癌症中过度表达(Golomb et al.，2012)。IPO7在胶质母细胞瘤、霍奇金淋巴瘤和乳腺癌中失调(Jung et al.，2013；Ju et al.，2013；Nagel et al.，2014；Xue et al.，2015)。IPO7是在前列腺癌中下调的微RNA靶标(Szczyrbaet al.，2013)。结直肠癌中IPO7 mRNA表达水平升高与增殖增加有关(Liet al.，2000)。

IQGAP3编码含有IQ基序的GAP家族的一员，其在细胞信号传导和细胞骨架之间的接口起作用。IQGAP3调节Racl/Cdc42促进的神经突向外生长，并直接与钙调蛋白和肌球蛋白轻链相互作用(Wang et al.，2007；Atcheson et al.，2011)。IQGAP3在肺癌中过度表达，与肿瘤细胞生长、迁移和侵袭相关。此外，它在肝细胞癌中由染色体扩增上调，IQGAP3表达在p53突变预后差的结直肠癌患者中增加(Katkoori et al.，2012；Yang et al.，2014b；Skawran et al.，2008)。IQGAP3调制所述EGFR/Ras/ERK信号级联，并与Rac/Cdc42相互作用(Yang et al.，2014b；Kunimoto et al.，2009)。

KDELR1编码KDEL(赖氨酸-天冬氨酸-谷氨酸-亮氨酸)内质网蛋白质保留受体1。KDELR1在结构上和功能上类似于酵母ERD2基因产物(RefSeq，2002)。KDELR1在肿瘤发生中发挥作用(Yi et al.，2009)。在肝癌细胞中发现KDELR1水平降低(Hou et al.，2015)。KDELR1下调见于急性髓细胞白血病(Caldarelli et al.，2013)。

KPNA2编码核转运蛋白α2。KPNA2可能参与蛋白质的核运输(RefSeq，2002)。KPNA2表达在上皮性卵巢癌中失调(Lin et al.，2015)。KPNA2在大口腔鳞状细胞癌肿瘤中相比于在小肿瘤中下调(Diniz et al.，2015)。KPNA2有助于关键蛋白的异常局部化，并导致乳腺癌的预后较差(Alshareeda et al.，2015)。KPNA2表达在上尿路上皮癌和子宫内膜癌中显著上调(Ikenberg et al.，2014；Shi et al.，2015)。KPNA2促进肝细胞癌肿瘤生长(Hu etal.，2014b)。

KRT19编码角蛋白家族的一员。角蛋白是负责上皮细胞结构完整性的中间丝蛋白，细分为细胞角蛋白和毛发角蛋白。KRT19在周皮中特异性表达，周皮是包裹发育中表皮的暂时表层(RefSeq，2002)。肿瘤细胞中KRT19的表达是几种肿瘤实体(如乳腺癌、肺癌、卵巢癌和肝细胞癌)的预后标志物(Skondra et al.，2014；Gao et al.，2014a；Liu et al.，2013a；Lee et al.，2013)。KRT19已被证明是胰腺神经内分泌肿瘤(尤其是胰岛素阴性肿瘤)的独立预后因素。KRT19阳性肿瘤与预后较差相关，不论既定病理参数怎样，如大小、有丝分裂、淋巴管浸润、坏死(Jain et al.，2010)。

KRT8(也称为CK8)编码II型角蛋白家族的一员，与角蛋白18二聚化以形成单层上皮细胞的中间丝。KRT8在维持细胞结构完整性中起作用，并且还具有信号转导和细胞分化的功能(RefSeq，2002)。KRT8上调，并从不同癌细胞(包括肺癌、前列腺癌和乳腺癌)中分泌。高水平KRT8与迁移和侵袭增加(Gonias et al.，2001；Kuchma et al.，2012；Fukunaga etal.，2002；Takei et al.，1995)。MEK/ERK途径在Ser431调节鞘氨醇磷脂胆碱诱导的KRT8磷酸化。这导致角蛋白细胞骨架重组织，从而增强肿瘤细胞的迁移(Busch et al.，2012)。肿瘤抑制因子SMAR下调KRT8的表达，这导致细胞迁移和侵袭性降低(Pavithra et al.，2009；Mukhopadhyay and Roth，1996)。

KRT8P44编码角蛋白8假基因44，这位于染色体6q26上(RefSeq，2002)。

MACC1编码涉及细胞生长、上皮-间质转变、血管生成、细胞运动性、侵袭性和转移的肝细胞生长因子(HGF)受体途径的关键调节因子。MACC1在许多癌症实体中，包括胃癌、结直肠癌、肺癌和乳腺癌中过度表达，并与癌症的进展、转移和患者生存期差有关(Huang etal.，2013b；Ma et al.，2013；Stein，2013；Wang et al.，2015b；Wang etal.，2015m；Ilm etal.，2015)。MACC1透过靶向作用于β-连环蛋白和PI3K/AKT信号通路促进致癌作用，从而导致增加c-Met和β-连环蛋白和其下游靶基因包括c-Myc、细胞周期蛋白D1、胱天蛋白酶9、BAD和MMP9(Zhen et al.，2014；Yao et al.，2015)。

MAGED2编码黑色素瘤抗原家族D，2，是Xp11.2(X连锁智力低下的热点)中一个新定义的MAGE-D集群成员。MAGED2在特定脑区和在睾丸间质普遍呈高水平表达。MAGED2是野生型p53活性的潜在负调节因子(Langnaese et al.，2001；Papageorgio et al.，2007)。MAGED2过度表达与黑素瘤、乳腺癌和结肠癌有关(Li et al.，2004；Strekalova et al.，2015)。

MAN2A1编码甘露α类2A，成员1，这位于高尔基体内，催化天冬酰胺连接的寡糖成熟途径的最后水解步骤(RefSeq，2002)。苦马豆素抑制MAN2A1，造成β1，6-支链N-连接聚糖产生抑制，这些聚糖与肿瘤细胞的恶性表型相关(Yagel et al.，1990；Gerber-Lemaire andJuillerat-Jeanneret，2010；Santos et al.，2011；Przybylo et al.，2005；Dennis andLaferte，1987；Baptista et al.，1994；Goss et al.，1994；Fujieda et al.，1994；Korczak and Dennis，1993；Roberts et al.，1998；Goss et al.，1997；Goss et al.，1995；Seftor et al.，1991)。MAN2A1的SNP与儿童急性淋巴细胞白血病强烈有关(Han etal.，2010)。

MAP1A编码参与微管组装(神经形成中的必要步骤)的微管相关蛋白1A。MAP1A积聚在视黄酸诱导的P19胚胎癌细胞中(Vaillant and Brown，1995)。MAP1A在前列腺癌的肿瘤相邻基质中下调(Zhu et al.，2015b)。MAP1A可能在细胞增殖中发挥作用(Matsuno etal.，2004)。Danusertib显著增加乳腺癌膜结合MAP1A的表达水平(Li et al.，2015c)。黄芩素上调在肝癌细胞系HepG2中的MAP1A(Wang et al.，20151)。MAP1A在皮肤鳞状细胞癌中与p62呈负相关(Yoshihara et al.，2014)。γ-生育三烯酚诱导MAP1A从其胞质增加转化为其脂化同种型(Tiwari et al.，2014)。

MAT2A编码腺苷蛋氨酸2A，催化从蛋氨酸和ATP产生S-腺苷甲硫氨酸(RefSeq，2002)。MAT2A在耐他莫昔芬MCF-7乳腺癌细胞中上调(Phuong et al.，2015)。结肠癌中SUMO化和总MAT2A水平更高。UBC9、Bcl2和MAT2A之间的相互作用增强了癌细胞的生长和存活(Tomasi et al.，2015)。MAT2A表达在肾细胞癌以及S-腺苷甲硫氨酸治疗的肝癌细胞系WCH17中下调(Kuang et al.，2014；Wang et al.，2014b)。MAT1A：MAT2A开关与肝细胞癌中的普遍DNA甲基化、降低的DNA修复、基因组不稳定性和信令失调相关(Woodburn et al.，2013；Frau et al.，2013)。MAT2A在肝癌细胞癌、胃癌和结肠癌中上调(Frau et al.，2012；Zhang et al.，2013e；Tomasi et al.，2013；Frau et al.，2013；Lo et al.，2013)。MAT2A与胃癌患者的肿瘤分级、淋巴结转移、肿瘤分化差相关(Liu et al.，2011b；Zhang et al.，2013e)。MAT2A是癌蛋白Mafk的转录共抑制物(Katoh et al.，2011)。MAT2A与肝癌的肿瘤生长和进展有关联(Vazquez-Chantada et al.，2010；Liu et al.，2011a；Lu and Mato，2008)。

MBTPS2是一种膜嵌入锌金属蛋白酶，其启动参与转录固醇控制的蛋白信号传导，在ER应激反应中发挥作用(Oeffher et al.，2009)。

MCM4编码微小染色体维持复合体组件4，其为真核细胞基因组复制的启动所必不可少的(RefSeq，2002)。MCM4表达与上调的碳酸酐IX相关，碳酸酐IX是一种跨膜糖蛋白，其与几种实体(包括食管癌)的生存和癌症进展有关(Huber et al.，2015)。Has-miR-615-3p可能透过调节MCM4牵涉鼻咽癌(Chen et al.，2015b)。MCM4可能在膀胱癌发展中发挥作用(Zekri et al.，2015)。p53获取功能的突变增加MCM4在乳腺癌中的表达(Polotskaia etal.，2015)。MCM4在人类皮肤癌中有突变，显示降低的DNA解旋酶的活性(Ishimi and Irie，2015)。MCM4过度表达只与乳腺癌较短生存弱相关。MCM复合体所有六个部分的过度表达与较短生存强烈相关(Kwok et al.，2015)。MCM4在肺腺癌和喉鳞状细胞癌中差异表达(Lianet al.，2013；Zhang et al.，2014c)。MCM4在宫颈癌中显著过度表达(Das et al.，2013；Das et al.，2015)。MCM4可用作结直肠癌的一种生物标志物(Fijneman et al.，2012)。

MIER1(也称为MI-ER1)编码一种首先在非洲爪蟾中确定的转录调节因子(RefSeq，2002)。MIER1在慢性骨髓性白血病(CML)和乳腺癌中上调，其中所述核转录变体α的损失与癌症进展和增殖相关(McCarthy et al.，2008；Ding et al.，2003；Mascarenhas et al.，2014)。转录抑制因子MIER1由于与HDAC1的相互作用发挥功能(Ding et al.，2003)。

MIR2861是一种短的非编码RNA，其透过影响mRNA稳定性和翻译参与基因表达的转录后调控(RefSeq，2002)。MIR2861表达在伴淋巴结转移的甲状腺乳头状癌(PTC)中相比于无淋巴结转移的PTC上调(Wang et al.，2013f)。

MLEC编码malectin蛋白，这是I型膜锚定ER蛋白。MLEC对Glc2Man9GlcNAc2(G2M9)N-聚糖具有亲和力，并参与ER的调节糖基化。MLEC也被证明可与核糖体结合糖蛋白I相互作用，并可能参与针对错误折迭蛋白的降解(RefSeq，2002；Pierce and Taniguchi，2009)。MLEC在结直肠癌中失调，在胶质母细胞瘤中增强(Sethi et al.，2015；Demeure et al.，2016)。MLEC可能是甲状腺乳头状癌的一种生物标志物(Ban et al.，2012)。

MVP编码拱顶复合体的主要隔室，该蛋白质可透过调节MAPK、JAK/STAT和PI3K/Akt的信号途径而在多种细胞过程中发挥作用。它还在多药耐药性、先天免疫、细胞存活和分化中发挥作用，该基因的表达可能是几种类型癌症的预后标志物(RefSeq，2002；Tucci etal.，2009；Lara et al.，2011；Scagliotti et al.，1999；van den Heuvel-Eibrink MM etal.，2000；Perez-Tomas，2006；Scheffer et al.，2000；Ramachandran，2007；Sekine etal.，2007；Lu and Shervington，2008)。

MVP在几种中枢神经系统肿瘤中高表达(Yang et al.，2012a)。MVP在癌症以及几种化疗耐药癌细胞系中高表达(Szaflarski et al.，2011；Mossink et al.，2003)。MVP表达水平随着年龄的增加而增加，并促进凋亡抗性(Ryu and Park，2009)。

MYBBP1A(也称为p160)编码因其可与Myb原癌基因蛋白结合而被确定的一种核仁转录调节因子。MYBBP1A可能在许多细胞过程，包括响应于核仁应力、肿瘤抑制和核糖体DNA合成中发挥作用(RefSeq，2002)。MYBBP1A在不同的癌症实体(包括肺癌、乳腺癌和头颈癌)中失调。它与细胞增殖和转移相关(Bidkhori et al.，2013；George et al.，2015；AcunaSanhueza et al.，2012；Akaogi et al.，2013)。MYBBP1A透过p53活化以及Myb的结合促进转录活性，并透过影响染色体分离的控制导致G2/M阻滞或异常有丝分裂的细胞周期和有丝分裂(Tavner et al.，1998；Tsuchiya et al.，2011；Mori et al.，2012；Ono et al.，2013)。

NCAPD2(也称为CNAP1)编码非SMC缩合蛋白I复合体亚基D2，其参与染色体缩合，并与阿尔茨海默氏病相关(Ball，Jr.et al.，2002；Zhang et al.，2014b)。NCAPD2过度表达发现于卵巢癌发展及肿瘤进展过程中的扩增和突变(Emmanuel et al.，2011)。

NCAPG编码非SMC缩合I复合体亚基G，其负责有丝分裂和减数分裂期间染色体的缩合和稳定(RefSeq，2002)。NCAPG在多发性骨髓瘤、急性骨髓性白血病患者中以及来自血液的白血病细胞或骨髓瘤细胞中下调(Cohen et al.，2014)。NCAPG可能是结直肠癌的多重抗药性基因(Li et al.，2012)。NCAPG在嫌色亚型人类细胞癌中高度上调，但在常规人类肾细胞癌中不是这样(Kim et al.，2010a)。NCAPG上调与黑色素瘤进展相关(Ryu et al.，2007)。NCAPG与葡萄膜黑色素瘤相关相关(Van Ginkel et al.，1998)。NCAPG在不同肿瘤细胞中表现出不同表达(Jager et al.，2000)。

NLE1编码WD40重复蛋白家族的一个notchless同源物和成员，其透过不同信号通路参与胚胎发育，并似乎在核糖体的成熟中发挥作用(Beck-Cormier et al.，2014；Romeset al.，2016；Lossie et al.，2012)。

NOMO1(也称为PM5)编码Nodal调节剂1，这是可能属于一种蛋白复合体的一种蛋白，该复合体参与脊椎动物发育过程中的Nodal信号传导途径(RefSeq，2002)。NOMO1在前列腺癌和T细胞淋巴瘤细胞中失调(Stubbs et al.，1999；Lange et al.，2009)。

NOMO2编码Nodal调节剂2，这是可能属于一种蛋白复合体的一种蛋白，该复合体参与脊椎动物发育过程中的Nodal信号传导途径(RefSeq，2002)。NOMO2在上皮/间质细胞界面上调，以过渡到宫颈上皮内瘤变(CIN)3和宫颈癌作为促侵袭基因组标记的一部分，这可能是上皮性肿瘤细胞过度拥挤的反应(Gius et al.，2007)。

NOMO3编码Nodal调节剂3，这是可能属于一种蛋白复合体的一种蛋白，该复合体参与脊椎动物发育过程中的Nodal信号传导途径(RefSeq，2002)。NOMO3被非小细胞肺癌的DNA甲基化失调(Mullapudi et al.，2015)。NOMO3是与卵巢癌组织糖基化相关的一种富集膜蛋白(Allam et al.，2015)。

NONO(也称为p54nrb)编码含非POU结构域、与八聚体结合的蛋白。NONO是一种RNA结合蛋白，在细胞核中发挥各种作用，包括转录调控和RNA剪接。此基因和转录因子E3之间的重新排列在乳头状肾细胞癌中观察到(RefSeq，2002；Macher-Goeppinger et al.，2012)。NONO表达与血管侵犯和存活降低强烈相关(Barboro et al.，2008)。角骨海绵萜可能透过直接结合至NONO选择性抑制适低氧癌细胞的生长(Arai et al.，2016)。NONO介导MIA/CD-RAP的行为，以促进恶性黑色素瘤的软骨形成和进展(Schmid et al.，2013)。NONO表达与c-Myc、细胞周期蛋白D1和CDK4的表达相关(Nelson et al.，2012)。NONO在YB-1过度表达的结直肠癌中的敲除可使它们对奥沙利铂敏感(Tsofack et al.，2011)。辛伐他汀强烈下调NONO，并减少黑色素瘤进展(Schiffner et al.，2011；Zanfardino et al.，2013)。NONO在乳腺癌和黑色素瘤中过度表达(Schiffner et al.，2011；Zhu et al.，2015d)。

NPC1编码尼曼-皮克病，C1型，这是一种大蛋白，其驻留在内涵体和溶酶体界膜中，并透过把胆固醇结合至它的N-末端结构域介导细胞内胆固醇转运(RefSeq，2002)。NPCI的启动子被低甲基化，NPC1表达在食管癌中上调(Singh et al.，2015)。NPC1在同基因转移癌细胞系、人胚胎干细胞和人胚胎癌细胞中差异表达(Lund et al.，2015；Dormeyer et al.，2008)。NPC1降解由Akt调节。因此，NPC1与宫颈癌的细胞增殖和迁移相关联(Du et al.，2015)。西地那非治疗减少NPC1表达并杀死脑肿瘤干细胞(Booth et al.，2015)。胆固醇代谢的抑制剂，包括进行胆固醇吸收的NPC1，被认为对治疗癌症有益(Ali-Rahmani et al.，2014)。NPC1在TNF-α抗MCF-7乳腺癌细胞中上调(Vincent et al.，2010；Moussay et al.，2011)。

NPC2编码具有脂质识别结构域的蛋白质，可能透过晚期胞内体/溶酶体系统调节胆固醇的运输。此基因的突变与尼曼-皮克病和额叶萎缩相关(RefSeq，2002)。NPC2在不同癌症实体(包括乳腺癌、结肠癌、肺癌、肾癌和肝癌)中失调(McDonald et al.，2004；Garcia-Lorenzo et al.，2012；Liao et al.，2013)。NPC相关胆固醇扰动引导异常信号传导途径，导致p38MAPK活化、Mdm2介导的p53降解、ROCK启动和RhoA合成增加(Qin et al.，2010)。

NUP160编码160kDa的核孔蛋白，这是介导核质运输的核孔复合体的一部分(RefSeq，2002)。NUP160-SLC43A3是血管肉瘤中的一种复发融合癌基因，并与肿瘤进展相关(Shimozono et al.，2015)。

NUP205编码核孔蛋白205kDa(RefSeq，2002)。NUP205被TMEM209稳定。这种相互作用是肺癌细胞增殖的关键驱动因子(Fujitomo et al.，2012)。

NUP98编码核孔蛋白98kDa，其参与许多细胞过程，包括核输入、核输出、有丝分裂进展和基因表达调控。这种基因与许多其他伙伴基因之间的基因易位已在不同的白血病中观察到。重新排列通常形成该基因的N-末端GLGF结构域与伙伴基因C末端的嵌合体(RefSeq，2002)。NUP98重新排列诱导小鼠的白血病。它增强增殖并破坏原发性人类造血前体的分化(Takeda and Yaseen，2014)。导致NUP98重新排列的同源基因的失调导致白血病转化(Gough et al.，2011；De et al.，2014；Slape and Aplan，2004；Grier et al.，2005；Abramovich et al.，2005；Nakamura，2005；Shimada et al.，2000；Argiropoulos andHumphries，2007)。NUP98与造血系统恶性肿瘤(包括急性骨髓性白血病、原始细胞危象中慢性骨髓性白血病、骨髓增生异常征候群、急性淋巴细胞性白血病和双系列/双表型白血病)中的几个伙伴基因重新排列(Tosic et al.，2009；Haznedaroglu and Beyazit，2010；Shiet al.，2011；Gough et al.，2011；Panagopoulos et al.，2003；Morerio et al.，2006；Moore et al.，2007；Ahuja et al.，2001；McCormack et al.，2008；Lam and Aplan，2001)。NUP98与肿瘤发生相关联(Xu and Powers，2009；Simon and Rout，2014)。NUP98是基因组稳定性的调节因子，并且是肿瘤发展的抑制因子(Rao et al.，2009)。

OXSR1编码丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，其调节响应于氧化应激的下游激酶并且可能在调节肌动蛋白细胞骨架中起到作用(RefSeq，2002)。OXSR1在人类乳腺癌患者的肿瘤基质中上调，并且与复发有关(Pavlides et al.，2010)。

PCSK9编码枯草杆菌蛋白酶类前蛋白转化家族的一员，其包括透过分泌途径的调控或组成分支处理蛋白质和肽前体转运的蛋白酶。它在胆固醇和脂肪酸代谢中发挥作用(RefSeq，2002)。PCSK9在不同癌症实体(包括肝癌、肺癌和胃癌)中失调(Bhat et al.，2015；Marimuthu et al.，2013；Demidyuk et al.，2013)。PCSK9缺乏透过其降低胆固醇水平的能力并透过增强TNFα介导的细胞凋亡而减少肝转移。相反，其他研究显示，胆固醇水平对癌症风险无影响(Folsom et al.，2007；Sun et al.，2012)。

PDAP1编码磷蛋白，其可能上调成纤维细胞的PDGFA刺激生长，还下调PDGFB的促有丝分裂(RefSeq，2002)。PDAP1在不同癌症类型(包括胃癌和直肠癌)中过度表达，并可能由此作为一种生物标志物(Choi et al.，2011；Marimuthu et al.，2013)。

PDIA3(也称为ERp57)编码蛋白二硫键异构酶家族成员3，这是一种内质网蛋白质，与外源凝集素分子伴侣、钙网蛋白和钙联接蛋白相互作用以调节新合成糖蛋白的折迭(RefSeq，2002；Coe and Michalak，2010)。PDIA3可用作生物标志物和用于肿瘤诊断(Shishkin et al.，2013)。PDIA3在神经胶质瘤中分化表达(Deighton et al.，2010)。PDIA3牵涉人体病理，包括癌症和阿尔茨海默氏病(Coe and Michalak，2010)。PDIA3是在MHC I类分子上加载病毒和自我肽的TAP辅助因子(Coe and Michalak，2010；Abele andTampe，2011)。

PFDN1编码前折迭蛋白亚基1，是折迭蛋白的六个亚基之一，是一种分子伴侣复合体，其结合并稳定新合成的多肽，从而使他们能够正确地折迭(RefSeq，2002)。PFDN1参与结肠直肠癌进展，并与肿瘤大小和浸润呈正相关(Wang et al.，2015e)。PFDN1在包括结直肠癌的几种癌症中上调(Wang et al.，2015e)。PFDN1作为鼻咽癌的参考基因(Guoet al.，2010)。

PHB编码拟在人类细胞衰老及抑制肿瘤中发挥作用的抑制素(RefSeq，2002；Mishra et al.，2010；Theiss and Sitaraman，2011；Zhou and Qin，2013；Mishra et al.，2005；McClung et al.，1995；Rajalingam and Rudel，2005)。PHB启动参与细胞生长和恶性转化的Raf/MEK/ERK通路(Rajalingam and Rudel，2005)。PHB是鼻咽癌的一种潜在生物标志物，可预测对放射疗法的治疗反应(Chen et al.，2015e)。PHB在耐药癌细胞、药物作用和疾病状态组织的蛋白质组分析中被确定(Guo et al.，2013)。PHB在许多癌症实体中过度表达(Zhou and Qin，2013)。丙型肝炎病毒的核心蛋白是肝细胞癌的主要危险因素，其透过削弱抑制素诱导过度产生氧化应激(Theiss and Sitaraman，2011；Schrier and Falk，2011；Koike，2014)。PHB在神经胶质瘤中分化表达(Deighton et al.，2010)。

PKM2编码参与糖酵解的丙酮酸激酶、肌肉、蛋白质。PKM2与甲状腺激素相互作用，因此可能介导甲状腺激素诱导的细胞代谢作用。这也被认为参与细菌性发病(RefSeq，2002；Israelsen and Vander Heiden，2015)。PKM2被证明对癌细胞增殖和肿瘤生长很关键(Chen et al.，2014b；Li et al.，2014c；DeLaBarre et al.，2014)。N-myc基因作为髓母细胞瘤中PKM2的转录调节因子(Tech et al.，2015)。PKM2似乎在肝癌发病、上皮间质转变和血管生成中发挥作用(Nakao et al.，2014)。PKM2是肿瘤学中Warburg效应的两个关键因子之一(Tamada et al.，2012；Warner et al.，2014；Ng et al.，2015)。PKM2表达在癌细胞中上调(Chaneton and Gottlieb，2012；Luo and Semenza，2012；Wu and Le，2013)。在恶性细胞中，PKM2具有糖酵解功能，作为转录辅启动物和蛋白激酶。在后一种功能中，它易位至细胞核并磷酸化组蛋白3，最终导致胶质母细胞瘤的细胞周期进展(Semenza，2011；Luo andSemenza，2012；Tamada et al.，2012；Venneti and Thompson，2013；Yang and Lu，2013；Gupta et al.，2014；Iqbal et al.，2014；Chen et al.，2014b；Waner et al.，2014)。低活性二聚体PKM2不是活性四聚体形式可能在癌症中发挥作用(Mazurek，2011；Wong et al.，2015；Iqbal et al.，2014；Mazurek，2007)。

PKP3编码桥粒斑菲素蛋白3，是臂重复和桥粒斑菲素蛋白家族的一员，它位于桥粒和细胞核，并参与细胞骨架中钙黏连接到中间丝。PKP3可能在细胞桥粒依赖性黏附和信号传导途径中发挥作用(RefSeq，2002)。PKP3mRNA在胃肠道肿瘤患者的血液中增加可作为生物标志物和疾病预后预测因素(Valladares-Ayerbes et al.，2010)。PKP3过度表达与乳腺癌、肺癌和前列腺癌的预后不良相关，而膀胱癌的下调与侵袭性行为有关(Furukawa etal.，2005；Breuninger et al.，2010；Demirag et al.，2012；Takahashi et al.，2012)。PKP3丧失导致MMP7和PRL3蛋白质水平增加，这是细胞迁移和肿瘤形成所需要的(Khapareet al.，2012；Basu et al.，2015b)。

PLEC编码血小板溶素家族成员网蛋白，这是一种参与细胞骨架和黏附复合体交联和组织的蛋白(Bouameur et al.，2014)。PLEC在结直肠腺癌、头颈部鳞状细胞癌和胰腺癌中过度表达(Lee et al.，2004；Katada et al.，2012；Bausch et al.，2011)。

PLXNA2编码丛蛋白A2，其为信号蛋白共受体。PLXNA2被认为可转导来自信号蛋白3A和3C的信号(RefSeq，2002)。KIAA1199结合至PLXNA2，导致透过EGFR稳定和信号传导抑制信号蛋白3A介导的细胞死亡(Shostak et al.，2014)。PLXNA2在TMPRSS2-ERG阳性前列腺癌和转移性前列腺癌中上调，从而增强细胞的迁移和侵袭(Tian et al.，2014)。PLXNA2在侵袭性更高的乳腺癌中表达水平更高，并与肿瘤发生有关(Gabrovska et al.，2011)。

POLA2编码DNA聚合酶α的辅助亚基(也称为0/68kDa或B亚基)，透过束缚催化亚基A和引发酶复合体在DNA复制启动中起重要作用(Collins et al.，1993；Pollok et al.，2003)。POLA2在不同癌症类型(包括胃肠道间质瘤和非小细胞肺癌)中失调(Mah et al.，2014；Kang et al.，2015)。在S期，POLA2附着到端粒。它与端粒酶活性相关，对于透过填充合成进行正确的端粒悬垂处理很重要(Diotti et al.，2015)。

PPM1G编码蛋白磷酸酶，Mg2+/Mn2+依赖性，1G。这种蛋白被发现负责前mRNA剪接因子的磷酸化，这对功能性剪接体形成非常重要(RefSeq，2002)。PPM1G调节E3连接酶WWP2，其差异性调节细胞p73和δNp73(Chaudhary and Maddika，2014)。PPM1G能够结合p53的凋亡刺激蛋白，它们在各种实体中独特地过度表达(Skene-Arnold et al.，2013)。PPM1G透过去磷酸化下调USP7S，导致p53蛋白累积(Khoronenkova et al.，2012)。

PPP1R15B编码蛋白磷酸酶1(PP1)相互作用蛋白。PPP1R15B透过PP1催化亚基的招募促进转录起始因子EIF2-α的去磷酸化(RefSeq，2002)。由于细胞周期从G1到S期的不成功过渡、透过增加胱天蛋白酶3/7活性诱导凋亡和ERα活性的调节，PPP1R15B的下调导致增殖受损(Shahmoradgoli et al.，2013)。

PPY编码一种蛋白，在郎格罕氏胰岛中合成为一个95氨基酸多肽前体。它被裂解成两个肽产物；36个氨基酸的活性激素和未知功能的一个二十肽。该激素作为胰腺和胃肠功能的调节因子，可能在食物摄入量的调节中非常重要(RefSeq，2002)。继发于胰腺癌的糖尿病患者与2型糖尿病患者相比，对混合膳餐具有迟钝的PPY回应。然而，迟钝的PPY响应仅在那些肿瘤位于胰头部位的胰腺癌患者中观察到(Hart et al.，2015)。

PRKDC编码DNA依赖性蛋白激酶(DNA-PK)的催化亚基(RefSeq，2002)。PRKDC是子宫内膜异位症相关卵巢癌和乳腺癌中常见的突变基因(Er et al.，2016；Wheler et al.，2015)。在结直肠癌中，与正常组织相比，PRKDC在癌组织中上调。PRKDC高表达的患者表现出较差的总生存期(Sun et al.，2016b)。

PSEN1编码早老素1，这与阿尔茨海默氏病相关联。它是Notch启动所需γ-分泌复合体的一部分(RefSeq，2002；Ponnurangam et al.，2015)。小干扰RNA过度表达PSEN1使得化疗耐药膀胱癌细胞对药物触发细胞死亡敏感(Deng et al.，2015a)。PSEN1透过下调E-钙黏蛋白在上皮-间质转化和化学耐药中起关键作用(Sehrawat et al.，2014；Dinicola etal.，2016)。TRAF6介导的PSEN1启动导致促进肿瘤的侵袭性(Gudey et al.，2014；Sundaret al.，2015)。γ-分泌复合体的下调表达被认为是乳腺癌特异性死亡的危险因素(Peltonen et al.，2013)。PSEN1在Notch1失调引起的T细胞急性淋巴细胞白血病中差异表达(Paryan et al.，2013)。PSEN1在口腔鳞癌细胞系和分离自口腔鳞状细胞癌组织的原发性口腔角质形成细胞中过度表达。PSEN1过度表达透过影响P-钙黏蛋白导致口腔鳞状细胞癌的细胞黏附减少(Bauer et al.，2013)。内源性大麻素花生四烯酸增加PSEN1在胆管癌中的表达和招募(Frampton et al.，2010)。p53能够调节PSEN1的表达(Checler et al.，2010)。PSEN1参与肿瘤逆转(Telerman and Amson，2009)。

PSEN2编码早老素2，这与阿尔茨海默氏病相关联。它是Notch启动所需γ-分泌复合体的一部分(RefSeq，2002)。氧化应激和p53表达水平在携带突变PSEN2基因的PC12细胞中增加(Nguyen et al.，2007)。PSEN2是乳腺癌的一种有用的预后因子。新型PSEN2等位基因R62H和R71W影响PSEN2的功能，并且可能对乳腺癌易患性产生中度风险(To et al.，2006；Xu et al.，2006)。PSEN2是10个基因标记集的一部分，其与卵巢癌无复发生存期有关，但与总体生存时间无关(Chen and Liu，2015)。PSEN2缺失可能透过iPLA2导致肺肿瘤发生(Yun et al.，2014)。γ-分泌复合体的下调表达被认为是乳腺癌特异性死亡的危险因素(Peltonen et al.，2013)。PSEN2在巨核细胞白血病和胃癌中差异表达。PSEN2表达与肿瘤类型、UICC肿瘤分期、肿瘤分级和患者生存相关(Warneke et al.，2013；Hao et al.，2006)。PSEN2激活子在神经胶质瘤组织被去甲基化，引起PSEN2过度表达(Liu et al.，2012)。在胆管癌中，2-花生酰基甘油增加PSEN2的表达和募集(Frampton et al.，2010)。在大鼠胰腺癌中，PSEN2透过裂解EpC引起肿瘤细胞增殖(Maetzel et al.，2009；Thuma andZoller，2013)。

PTGS1(也称为COX1)编码前列腺素内过氧化物合酶1(前列腺素G/H合酶和环加氧酶)。PTGS1组成型表达并催化花生四烯酸酯转化为前列腺素。所编码的蛋白质调节内皮细胞的血管生成，并且被非甾体抗炎药物(如阿司匹林)抑制。根据其既可作为环氧合酶也可作为过氧化物酶的能力，PTGS1已被确定为一个兼职功能蛋白质。该蛋白质可在肿瘤进展过程中促进细胞增殖(RefSeq，2002；Tietz et al.，2013)。PTGS1可能参与肿瘤发生(Rouzerand Marnett，2009)。增强肿瘤生长透过在前列腺素和VEGF产生中发挥作用的PTGS1上调得到支持(Campione et al.，2015)。PTGS1与复发性小唾液腺癌生存率降低相关(Haymerleet al.，2015)。PTGS1与乳腺癌的发生有关(Basu et al.，2015a；Serra et al.，2016)。PTGS1经常在癌症进展中失调节(Karnezis et al.，2012)。PTGS1的缺失导致基底细胞癌的大量减少(Arbiser，2010)。阿司匹林抑制PTGS1诱导的血小板活化，这被认为参与炎症和癌症的发展，包括结直肠癌、头颈癌、胃肠癌和胰腺癌(Pereira et al.，2009；Perone etal.，2010；Schror，2011；Garcia Rodriguez et al.，2013；Bruno et al.，2012；Yue etal.，2014；Sostres et al.，2014；Schror and Rauch，2013；Guillem-Llobat et al.，2014；Patrignani and Patrono，2015；Patrono，2015；Dovizio et al.，2015；Jimenez etal.，2007；Klass and Shin，2007)。

PTGS2(也称为COX-2)编码前列腺素内过氧化物合酶2(环氧合酶)，这是前列腺素生物合成中充当双加氧酶和过氧化物酶的关键酶(RefSeq，2002)。PTGS2和前列腺素的表达与多种癌症类型相关，包括乳腺癌、肺癌、胃癌、胰腺癌、结直肠癌和前列腺癌。表达水平也与肿瘤侵袭性(包括转移)成正比(Shao et al.，2012；Kunzmann et al.，2013；Misra andSharma，2014；Aziz and Qiu，2014；Thill et al.，2014；Knab et al.，2014；Huang andHuang，2014；Wang et al.，2014c)。具有抗PTGS2活性的抗炎剂对癌症的化学预防具有巨大潜力(Harris，2009；Ghosh et al.，2010)。

PTPN14编码蛋白酪氨酸磷酸酶，非受体型14，其显示可调节哺乳动物的淋巴发育。在淋巴水肿-后鼻孔闭锁的亲属中发现失功能突变(RefSeq，2002)。PTPN14诱导TGF-β信号传导，调节内皮间质转变和器官形成(Wyattand Khew-Goodall，2008)。PTPN14在胆管癌中下调，并与临床病理特征和生存呈负相关(Wang et al.，2015d；Wang et al.，2015c)。PTPN14抑制可溶性和膜结合蛋白的转运，从而阻止转移(Belle et al.，2015)。PTPN14负调节癌蛋白Yes相关蛋白(YAP)，这是河马途径中的关键蛋白质，其负责器官大小和肿瘤发生(Liu et al.，2013b；Huang et al.，2013a；Lin et al.，2013a)。PTPN14的失功能突变牵涉神经母细胞瘤复发、乳腺癌和结直肠癌(Laczmanska and Sasiadek，2011；Wang et al.，2004；Schramm et al.，2015；Wyatt and Khew-Goodall，2008)。

RABGGTB是Rab异戊二烯基转移酶的β亚基，其催化Rab GTP酶的翻译后四异戊二烯化(Pylypenko et al.，2003)。RABGGTB在化疗难治性弥漫性大B细胞淋巴瘤中过度表达(Linderoth et al.，2008)。

RAC1编码ras相关C3肉毒杆菌毒素底物1(rho家族，小GTP结合蛋白Rac1)，是一种属于小GTP结合蛋白的RAS超家族的GTP酶。该超家族的成员似乎调节多样化的细胞活动，包括细胞生长的控制、细胞骨架重组以及蛋白激酶的启动(RefSeq，2002)。RAC1对于神经脊发育很重要，可防止黑色素瘤的形成(Shakhova，2014)。RAC1可被肝细胞生长因子和蛋氨酸酪氨酸激酶受体启动，从而导致内皮细胞的增殖和迁移(Barrow-McGee and Kermorgant，2014；Gallo et al.，2015)。RAC1在卡波西肉瘤病毒癌变中诱导ROS(Mesri et al.，2013)。RAC1参与黑色素瘤发生和发展，并牵涉乳腺癌和头颈部肿瘤(Alan and Lundquist，2013；Imianitov，2013；Meierjohann，2014)。Tiam1能够调节RAC1，这反过来又参与细胞骨架活性、细胞极性、内吞作用和膜运输、细胞迁移、黏附和侵袭、细胞生长和存活、转移、血管生成和致癌作用的信号途径(Bid et al.，2013；Boissier and Huynh-Do，2014)。RAC1被认为是一种致癌基因(Kunz，2013；Kunz，2014)。RAC1突变可以引起多种疾病，包括恶性转化(Read，2013；Chi et al.，2013)。Rac1启动导致肌动蛋白应力纤维、膜皱褶、板状伪足和丝状伪足的形成(Klopocka et al.，2013；van and van Buul，2012；Lane et al.，2014)。RAC1在星形细胞瘤中下调，但在髓母细胞瘤中过度表达(Khalil and El-Sibai，2012)。

RAC3编码ras相关C3肉毒杆菌毒素底物3(rho家族，小GTP结合蛋白Rac3)，是一种属于小GTP结合蛋白的RAS超家族的GTP酶。该超家族的成员似乎调节多样化的细胞活动，包括细胞生长的控制、细胞骨架重组以及蛋白激酶的启动(RefSeq，2002)。RAC3的过度表达与子宫内膜癌预后不良有关(Balmer et al.，2006)。RAC3是ARHGAP6的一个靶标，其充当宫颈癌的肿瘤抑制因子(Li et al.，2015b)。RAC3参与细胞骨架的组织、细胞迁移和侵袭(Liuet al.，2015c)。RAC3在白血病和非小细胞肺癌中差异表达，并参与肿瘤的生长(Tan andChen，2014；Liu et al.，2015c；Koldehoff et al.，2008)。RAC3在食管癌中参与E-钙黏蛋白的TGF-β诱导的下调(Dong et al.，2014；Xu et al.，2007)。Rac3诱导触发乳腺癌细胞侵袭性的Rac3/ERK-2/NF-κB信号通路。内源性Rac活性与乳腺癌细胞中的高转移相关(Gestet al.，2013；Baugher et al.，2005)。RAC3在数种癌症(包括白血病、前列腺癌和乳腺癌)中上调(Fernandez Larrosa et al.，2012；Liu et al.，2015c；Culig and Bartsch，2006；Calaf and Roy，2007；Engers et al.，2007；Colo et al.，2007a；Colo et al.，2007b)。RAC3是一种NF-κB共启动因子，其调节细胞周期蛋白D1的表达(Rubio et al.，2012；Coloet al.，2007b)。RAC3在ERα阳性乳腺癌中过度表达导致细胞迁移增强(Walker et al.，2011；Rubio et al.，2006)。

RAD54编码属于DEAD样解旋酶家族的一种蛋白质。酿酒酵母RAD54和RDH54具有相似性，两者均参与DNA同源重组和修复。该蛋白结合至双链DNA，并在存在DNA时显示ATP酶活性。该基因在睾丸和脾脏中高度表达，这表明在减数分裂和有丝分裂重组中具有活性作用(RefSeq，2002)。在原发性淋巴瘤和结肠癌中观察到了RAD54B的纯合突变(Hiramoto etal.，1999)。RAD54B抵消了人类肿瘤细胞中RAD51直接结合至dsDNA的基因组不稳定影响(Mason et al.，2015)。

RAI14(也称为NORPEG)编码视黄酸诱导14。该基因在视网膜色素上皮细胞中检测到，在人组织中普遍表达的全反式-视黄酸可诱导，可能在人睾丸发育和精子发生中发挥作用(Kutty et al.，2001；Yuan et al.，2005)。RAI14在胃癌中失调，并与细胞增殖相关。它是肺癌和乳腺癌患者的无复发生存的预后标志物(Zhou et al.，2015a；Hsu et al.，2013)。

RBM19编码包含六个RNA结合基序的核仁蛋白，并且可能参与核糖体生物合成(RefSeq，2002)。RBM19在人结直肠癌中广泛表达(Lorenzen et al.，2005)。RBM19突变失活在小鼠中导致p53活性升高和细胞凋亡增加(Zhang et al.，2008；Deisenroth and Zhang，2010)。

RPF1(也称为BXDC5)编码包含一个∑(70)样基序以及核糖体生物合成所需的核仁RNA结合蛋白(Wehner and Baserga，2002)。

RPL13A编码核糖体蛋白L13P家族的一员，其是60S核糖体亚基的一个组成部分。所编码的蛋白还作为翻译IFN-γ启动抑制剂(GAIT)复合体的一个组成部分而在抑制炎症基因中发挥作用(RefSeq，2002)。RPL13A在不同癌症类型(包括前列腺癌、肝癌和结直肠癌)中失调(Kasai et al.，2003；Ohl et al.，2005；Yoon et al.，2006)。RPL13A耗竭导致核糖体RNA甲基化以及衍生自p27、p53和SNAT2mRNA的IRES元素介导的帽非依赖性翻译显著减少(Chaudhuri et al.，2007)。

RPL13AP20编码核糖体蛋白L13a假基因，其位于染色体12p13.1上(Balasubramanian et al.，2009)。

RPL13AP5编码核糖体蛋白L13a假基因，其位于染色体10q24.1上(Balasubramanian et al.，2009)。

RPL34编码核糖体蛋白L34，其是60S亚基的组成部分。该基因的过度表达已在某些癌细胞中观察到(RefSeq，2002)。RPL34过度表达可促进非小细胞肺癌的恶性增殖(Yang etal.，2016)。RPL34在细胞增殖、细胞周期分布和人胃恶性细胞凋亡中起着关键作用(Liu etal.，2015a)。

RPTOR(也称为RAPTOR)编码mTOR调控相关蛋白，复合体1。该蛋白是调节细胞生长以响应营养素和胰岛素水平的信号传导途径的一个隔室。蛋白质正调节下游效应核糖体蛋白S6激酶，并负调节mTOR激酶(RefSeq，2002)。在无结节性硬化症复合体1或2时，mTOR-RPTOR信令被组成性启动，从而增强和去调节蛋白合成和细胞生长(Avruch et al.，2005；Kwiatkowski and Manning，2005)。mTOR主要透过与RPTOR直接相互作用而正向调节细胞生长和存活(Sun，2013)。与mTOR络合时，RPTOR控制帽依赖性翻译，并且此功能对PI3K启动的肿瘤发生是必要的(Vogt et al.，2010)。雷帕霉素和类似物是主要抑制mTOR-RPTOR复合体1(mTORC1，雷帕霉素敏感型)的药物，用于乳腺癌治疗(Wysocki，2009；De et al.，2013；Vinayak and Carlson，2013；Le et al.，2008)。

SEC24D编码SEC24同源物D，COPII套体复合体组件。SEC24D与COPII的酵母Sec24p组成部分具有相似性。COPII是负责囊泡从ER出芽的外壳蛋白复合体。该基因产物牵涉囊泡的形成，也牵涉运输物的选择和浓度。这种基因突变与Cole-Carpenter征候群(一种影响骨形成的病症)有关，导致颅面畸形和骨骼容易折断(RefSeq，2002)。SEC24D的诱导比在人前列腺癌细胞系LNCaP中增加(DePrimo et al.，2002；Zhao et al.，2004)。SEC24D可透过Akt被磷酸化(Shape et al.，2011)。

SEPT10编码单丝形成骨架GTP酶septin家族的一员。它位于细胞质和细胞核，显示具有GTP结合和GTP酶活性(RefSeq，2002)。SEPT10在不同癌症类型，包括膀胱癌、乳腺癌、肝癌、肺癌、胰腺癌和前列腺癌以及恶性黑色素瘤和白血病中下调。它与生存不良预后相关(Kienle et al.，2010；Liu et al.，2010b)。

SEPT11编码参与各种细胞功能(包括细胞分裂和囊泡运输)的单丝形成骨架GTP酶保守septin家族的一员(RefSeq，2002)。SEPT11在不同癌症实体，包括脑癌、宫颈癌、胰腺癌、前列腺癌、黑色素瘤、白血病中过度表达(Liu et al.，2010b)。SEPT11的杂合性丢失(LOH)与肝细胞癌预后差有关。与MLL的融合转录物已在骨髓瘤中发现(Huang et al.，20l0；Cerveira et al.，2011)。

SEPT8编码核苷酸结合蛋白septin家族的一员，其高度保守，并在细胞骨架组织和胞质分裂调节中发挥作用(RefSeq，2002)。SEPT8在不同癌症类型，包括膀胱癌、肝癌、胰腺癌、肺癌以及白血病中上调(Liu et al.，2010b)。

SERPINB2(也称为PAI2)编码丝氨酸蛋白酶抑制剂，分化体B(卵清蛋白)，成员2，位于染色体18q21.3上。它是一种非传统的丝氨酸蛋白酶抑制剂(SERPIN)，其影响基因表达、细胞增殖和分化以及凋亡(RefSeq，2002；Medcalf and Stasinopoulos，2005)。SERPINB2编码丝氨酸蛋白酶抑制剂，分化体B(卵清蛋白)成员2，这是一种胞外蛋白酶尿激酶纤溶酶原激活物和组织纤维蛋白溶酶原激活物的抑制剂(Schroder et al.，2014)。SERPINB2在许多不同的肿瘤中表达。SERPINB2表达与乳腺癌和胰腺癌预后良好有关，但与子宫内膜癌、卵巢癌和结直肠癌的预后不良有关(Schroder et al.，2014)。SERPINB2是一种侵袭和转移相关基因(Pucci et al.，2016)。SERPINB2调节尿激酶型纤溶酶原启动剂(uPA)，其触发纤溶酶原至纤溶酶的转换。纤溶酶能够降解细胞外基质(ECM)，这是肿瘤进展的一个重要过程(Gershtein and Kushlinskii，1999；Ulisse et al.，2009；Berger，2002；Baldini etal.，2012；Mekkawy et al.，2014；Andreasen et al.，2000)。ECM降解导致肿瘤进展、肿瘤大量扩展、肿瘤生长因子释放、细胞因子活化、肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭(Hildenbrand etal.，2010；Magdolen et al.，2003；Halamkova et al.，2012；Duffy，2004；Mekkawy etal.，2014；Dass et al.，2008)。许多肿瘤显示uPA系统组件与肿瘤侵袭性和存活之间存在相关性(Mekkawy et al.，2014；Duffy and Duggan，2004；Han et al.，2005)。高水平SERPINB2减少肿瘤生长和转移(Croucher et al.，2008)。

SH3BP4编码SH3结构域结合蛋白4，其参与网格蛋白介导的内吞作用的运输特定控制，具体来说是特定蛋白受体的内化控制(RefSeq，2002)。SH3BP4表达在成视网膜细胞瘤细胞系Y79增加7倍(Khanobdee et al.，2004)。SH3BP4耗尽细胞中的成纤维细胞生长因子受体10刺激导致乳腺癌细胞中细胞迁移减少以及小鼠肺外植体上皮分枝的抑制(Francavilla et al.，2013)。

SHCBP1编码与人类中枢纺锤体蛋白相关的一种蛋白，是参与中间体组织和胞质分裂完成的关键因素之一(Asano et al.，2014)。SHCBP1在人肝细胞癌中上调。靶向作用于SHCBP1抑制肝细胞癌细胞系增殖(Tao et al.，2013)。在具有伴随基因组改变的16个基因中，SHCBP1可能参与肿瘤发生以及侵袭和从侵袭前导管原位癌进展到浸润性导管癌的过程(Colak et al.，2013)。

SIGMAR1(也称为OPRS1或SIG-1R)编码一种与多种精神病药物(包括可卡因和安非他明)相互作用的∑非阿片类细胞内受体。这种基因的突变与少年肌萎缩性侧索硬化症相关(RefSeq，2002)。SIGMAR1在肿瘤细胞系以及各种癌组织的肿瘤(包括肺癌、结肠癌、皮肤癌和乳腺癌)中过度表达。SIGMAR1过度表达与细胞增殖相关(Vilner et al.，1995；Aydaret al.，2004；Aydar et al.，2006；Bem et al.，1991；Skrzycki and Czeczot，2013)。SIGMAR1促进hERG/bet1整联蛋白信令，触发PI3K/Akt通路的启动，并诱导翻译调节蛋白样p70S6K、S6和4E-BP1的磷酸化。SIGMAR1增加运动性和VEGF分泌，从而提高肿瘤细胞的侵袭性(Crottes et al.，2016；Kim et al.，2012a)。

SLC16A3编码溶质载体家族16成员3，这是一种质子连接的单羧酸转运蛋白(RefSeq，2002)。已知大多数实体瘤依靠糖酵解产生能量。高糖酵解率导致乳酸产生增加，这与不良临床结果有关，并直接有助于肿瘤生长和进展。SLC16A3是其促进癌细胞乳酸输出的少数单羧酸转运蛋白之一(Dhup et al.，2012；Draoui and Feron，2011)。SLC16A3表达与肝细胞癌患者较差预后有关，在细胞系实验中，可增加细胞增殖、迁移和侵袭(Gao etal.，2015)。在胰腺癌子集中，SLC16A3显示在肿瘤发生中有功能性参与(Baek et al.，2014)。

SLC1A4(也称为ASCT1)编码溶质载体家族(谷氨酸/中性氨基酸转运体)，成员4，其位于染色体2p15-p13上(RefSeq，2002)。肝细胞癌细胞系C3A在半胱氨酸丧失后增强SLC1A4的表达(Lee et al.，2008b)。SLC1A4在食管腺癌中充当氨基酸的募集因子(Younes etal.，2000)。人肝癌细胞中ASCT2的敲除提高了SLC1A4mRNA水平(Fuchs et al.，2004)。v-myc髓细胞增生病毒癌基因同源基因的活化导致人脑胶质瘤细胞系Hs683中SLC1A4的上调(Jiang et al.，2012)。谷氨酰胺丧失不会导致神经母细胞瘤中SLC1A4的上调(Wasa etal.，2002)。

SLC1A5(也称为ASCT2)编码溶质载体家族(谷氨酸/中性氨基酸转运体)，成员5，这是可充当RD114/D型逆转录病毒的受体的一个钠依赖性中性氨基酸转运蛋白(RefSeq，2002)。c-Myc启动增加SLC1A5表达(Perez-Escuredo et al.，2016)。SLC1A5过度表达与透明细胞肾细胞癌的预后不良相关(Liu et al.，2015d)。CD147的高表达与胰腺癌患者的SLC1A5显著相关(Kaira et al.，2015)。SLC1A5可能是非小细胞肺癌的一种生物标志物(Hassanein et al.，2015；Hassanein et al.，2016)。泛素连接酶RNF5调节乳腺癌的SLC1A5(Jeon et al.，2015)。SLC1A5在几个肿瘤实体，包括晚期喉癌、前列腺癌和腺样囊性癌中过度表达(Koo and Yoon，2015；Wang et al.，2015f；Bhutia et al.，2015；Nikkuniet al.，2015；Ganapathy et al.，2009)。乳腺癌中SLC1A5的抑制导致谷氨酰胺摄取和增殖下降(Chen et al.，2015d；van et al.，2015)。SLC1A5可透过调节mTOR刺激肿瘤生长(Nakanishi and Tamai，2011；Fuchs and Bode，2005；Corbet et al.，2016；McGivan andBungard，2007)。

SLC26A6编码溶质载体家族26的一员，该家族包含阴离子转运蛋白。SLC26A6参与运送氯化物、草酸盐、硫酸盐和碳酸氢根离子(RefSeq，2002)。SLC26A6的突变已在不同的结直肠癌细胞系中得到确认(Donnard et al.，2014)。SLC26A6基因表达和启动子活性受IFN-γ抑制(Saksena et al.，2010)。

SLC52A3(也称为RFT2或C20orf54)编码溶质载体家族52的一员。它是一个核黄素转运蛋白，可能在核黄素肠道吸收中起作用(RefSeq，2002)。SLC52A3在不同癌症实体，包括胃癌、食管鳞状细胞癌和宫颈癌中失调。SLC52A3的单核苷酸多态性与食管鳞状细胞癌及贲门腺癌的癌症风险相关(Jiang et al.，2014b；Duan et al.，2015；Matnuri et al.，2015；Eli et al.，2012；Aili et al.，2013)。SLC52A3敲除增加p21和p27的蛋白水平并减少其下游靶向细胞周期蛋白E1和Cdk2，导致细胞周期停滞在G1-G1/S期。SLC52A3敲除还导致半胱天冬酶-3和细胞凋亡的启动(Jiang et al.，2014b)。

SLC6A15编码溶质载体家族6的一员，其转运中性氨基酸。SLC6A15可能在神经元氨基酸转运中起作用，并可能与重性抑郁症相关(RefSeq，2002)。SLC6A15被超甲基化从而在结直肠癌中下调，可能是基于粪便测定法的候选生物标志物(Kim et al.，2011b；Mitchellet al.，2014)。

SMIM10(也称为CXorf69或LOC644538)编码位于染色体Xq26.3上的小整合膜蛋白(RefSeq，2002)。

SNX14编码分拣连接蛋白家族的一员，并含有G蛋白信号(RGS)结构域调节因子(RefSeq，2002)。SNX14在小鼠胚胎成纤维细胞rasV12/E1A转换后下调，并且可能与肿瘤发展有关(Vasseur et al.，2005)。

SSH1(也称为SSH1L)编码磷酸酶弹弓同源物(SSH)家族的一员。SSH家族似乎透过重新启动丝切蛋白在肌动蛋白动力学中发挥作用(RefSeq，2002)。SSH1在胰腺癌中过度表达，与肿瘤细胞的迁移有关(Wang et al.，2015k)。透过神经调节蛋白抑制PKD1导致SSH1位于F-肌动蛋白、增加丝切蛋白活性并增强细胞骨架和细胞迁移的重组。丝切蛋白的SSH1依赖性启动由PI3K/Akt信号途径诱导(Wang et al.，2010；Doppler et al.，2013)。

STAT2在干扰素引发的转录启动响应中作为一个正调节因子(Steen and Gamero，2012)。STAT2可调节对干扰素的肿瘤细胞应答(Shodeinde et al.，2013)。在大脑中缺乏STAT2(Yue et al.，2015)或组成性表达IFN-α(Wang et al.，2003)的转基因小鼠中观察到了STAT2与肿瘤发生之间的联系。

SUPT16H编码FACT(促进染色质转录)的一个亚基，这是包装至染色质的DNA转录所需要的辅助因子(RefSeq，2002)。SUPT16H在鼻咽血管纤维瘤(JNA)的内皮细胞和间质成分中被失调，并可能由此作为一个潜在的分子标志物发挥作用(Silveira et al.，2012)。SUPT16H透过染色质重塑参与DNA双链断裂修复。SUPT16H透过与CK2形成一个复合体启动p53(Keller et al.，2001；Kari et al.，2011)。

SUSD1编码含有sushi结构域的蛋白，并与静脉血栓栓塞风险增加相关(Tang etal.，2013)。杂合SUSD1-ROD1/PTBP3融合转录物在人乳腺癌细胞系中表达(Newman et al.，2013)。

TAF6L编码与组蛋白样TATA盒结合蛋白相关因子6(TAF6)结构相似的蛋白。它是PCAF组蛋白乙酰化酶复合体的一个组成部分，是生肌转录和分化所需的(RefSeq，2002)。miR-145和miR-196A的表达与TAF6L的表达呈负相关(Havelange et al.，2011)。TAF6L在小细胞肺癌细胞系H187中透过形成融合转录物TAF6L-GNG3而被灭活(Fernandez-Cuesta etal.，2015)。

TEP1编码端粒酶相关蛋白1，它是负责端粒酶活性的核糖核蛋白复合体的一个组成部分，其催化在染色体末端上增加新的端粒(RefSeq，2002；Szafarski et al.，2011)。TEP1是拱顶蛋白的主要部分，主要的拱顶蛋白(MVP)也属于该拱顶蛋白(Lara et al.，2011；Mossink et al.，2003)。TEP1在甲状腺癌中表达(Hoang-Vu et al.，2002)。

TFPI编码组织因子途径抑制剂，这是调节凝血的组织因子(TF)依赖性途径的一种蛋白酶抑制剂(RefSeq，2002)。TFPI在乳腺癌、结直肠癌和胰腺癌细胞系中表达(Kurer，2007)。TFPI在乳腺癌中诱导HIF1α、c-Myc、c-SRC和HDAC2(Davies et al.，2014)。与非恶性病变相比，TFPI表达水平在肉瘤中降低(Savitskaya et al.，2012)。TFPI抑制TF-VIIa复合体的蛋白酶活性，其参与转移(Fischer et al.，1999；Sandset and Abildgaard，1991；Lindahl et al.，1991)。

TFPI2编码组织因子途径抑制物2，其能抑制多种丝氨酸蛋白酶，包括凝血因子VIIa/组织因子、因子Xa、纤溶酶、胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶和血浆激肽释放酶。该基因在几种癌症类型中被确定为肿瘤抑制基因(RefSeq，2002；Sierko et al.，2007)。TFPI2可作为胰腺癌复发预测的一种生物标志物(Zhai et al.，2015c)。TFPI2的DNA甲基化在粪便潜血检查可用作结直肠癌的一种生物标志物(Koga et al.，2015)。TFPI2诱导细胞凋亡，并抑制肿瘤的侵袭、生长、转移和血管生成(Ghilardi et al.，2015；Amirkhosravi et al.，2007；Sierko et al.，2007)。TFPI2在癌症中被超甲基化和下调，表达与癌症程度、早期肿瘤复发和预后不良相关(Sun et al.，2016a；Sierko et al.，2007)。TFPI2在胰腺癌和胆管癌中下调(Chu et al.，2015；Zhai et al.，2015a；Zhai et al.，2015b)。TFPI2在胃癌、犬弥漫性大B细胞淋巴瘤、急性骨髓性白血病、非小细胞肺癌、宫颈癌、口腔鳞状细胞癌、炎症相关结肠癌和肝细胞癌中被甲基化(Qu et al.，2013；Ferraresso et al.，2014；Liu et al.，2014b；Shao et al.，2014；Lai et al.，2014；Hamamoto et al.，2015；Li et al.，2015d；Gerecke et al.，2015；Dong et al.，2015；Sun et al.，2016a)。TFPI2是癌症中经充分验证的DNA甲基化生物标志物(Fukushige and Horii，2013；Huisman et al.，2015)。

TGFBI编码含RGD蛋白，其结合至I、II和IV型胶原，并由转化生长因子-β诱导，在细胞-胶原相互作用中发挥作用并可抑制细胞黏附(RefSeq，2002)。TGFBI表达被证明在胆管癌、肝癌、胃癌、食管癌和肾透明细胞癌中升高。此外，TGFBI被证明与结直肠癌有关(Lebdaiet al.，2015；Ozawa et al.，2014；Zhu et al.，2015a；Han et al.，2015)。

TGIF2-C20orf24编码与TGIF2和C20orf24具有序列同一性的融合蛋白(RefSeq，2002)。

TMEM154编码与2型糖尿病风险增加相关其似乎在β细胞功能中发挥作用的跨膜蛋白(Harder et al.，2015)。

TRAM2编码易位相关膜蛋白2。它是易位子的一个组成部分，即在内质网(ER)膜控制初生分泌蛋白和膜蛋白的翻译后处理的门控大分子通道(RefSeq，2002)。Runx2可调节TRAM2表达(Pregizer et al.，2007)。TRAM2中的SNP可增加ER阳性乳腺癌患者的骨折风险(Liu et al.，2014a)。

TRPV2编码被高于52摄氏度的温度活化的离子通道。它可能参与感觉神经节中高温热响应的转导(RefSeq，2002)。TRPV2在不同癌症类型(包括食管癌、前列腺癌、肝癌、膀胱癌和白血病)中失调。TRPV2的损失或改变导致不受控制的增殖和凋亡刺激物的抗性(Liberati et al.，2014a；Zhou et al.，2014；Liberati et al.，2014b；Liu et al.，2010a；Morelli et al.，2013)。神经胶质瘤细胞中TRPV2的沉寂导致下调Fas和亲蛋白酶8，以及上调细胞周期蛋白E1、CDK2 E2F1和Bcl-2相关X蛋白。膀胱癌细胞中TRPV2过度表达导致细胞迁移和侵袭增强(Nabissi et al.，2010；Liu and Wang，2013)。

TSEN15编码tRNA剪接核酸内切酶亚基15。此内切酶催化将内合子从tRNA前体中去除(RefSeq，2002；Trotta et al.，2006)。TSEN15是miRNA-449A的一个靶标，其功能是作为神经母细胞瘤的肿瘤抑制因子。TSEN15在介导miRNA-449A分化诱导功能中起重要作用(Zhao et al.，2015)。TSEN15与人胎儿股骨来源的细胞的细胞分化潜能相关(Mirmalek-Sani et al.，2009)。

UBE2C(也称为UBCH10)编码E2泛素结合酶家族的一员。它是有丝分裂细胞周期蛋白和细胞周期进展破坏所需要的(RefSeq，2002)。根据在乳腺癌、肺癌和结直肠癌患者中的观察，UBE2C往往透过基因扩增上调。BE2C上调与预后差和肿瘤进展相关(Okamoto et al.，2003；Wagner et al.，2004；Fujita et al.，2009；Chen et al.，2010；Hao et al.，2012)。UBE2C在U251胶质瘤细胞以及来自于结直肠癌(CRC)患者的组织中上调。UBE2C敲除透过诱导Bax和p53、下调Bcl-2和G2/M细胞周期阻滞而诱导细胞凋亡。UBE2C的抑制导致CRC中细胞周期蛋白B和ERK1失调(Cacciola et al.，2015；Jiang et al.，2010)。

UBIAD1(也称为TERE1)编码包含可能参与胆固醇和磷脂代谢的UbiA异戊烯转移酶结构域的一个蛋白质(RefSeq，2002)。肿瘤抑制因子UBIAD1在不同癌症实体(包括膀胱癌、前列腺癌和肾癌)中下调，并与生长调节有关(McGarvey et al.，2001；Fredericks etal.，2011；McGarvey et al.，2003；Fredericks et al.，2013)。UBIAD1调节生长因子相关p42/44MAP激酶的磷酸化。UBIAD1的高尔基体适当定位影响其肿瘤抑制因子活性，包括细胞凋亡(McGarvey et al.，2005；Wang et al.，2013d)。

UBR1编码泛素蛋白连接酶E3组件N-识别子1。它结合于底物蛋白质的不稳定N-端残基，并参与底物连接的多泛素链的形成，选择该蛋白为泛素系统的蛋白水解通路(RefSeq，2002)。UBR1表达的丧失或减少与自发B细胞淋巴瘤和T细胞急性淋巴细胞性白血病相关(Chen et al.，2006)。UBR1调节MGMT(保护细胞免受烷化剂的致癌作用的DNA修复酶)的动态平衡(Leng et al.，2015)。

UBR2编码N-端规则蛋白水解途径的E3泛素连接酶，靶向作用于含有不稳定N端残基的蛋白以进行多泛素化以及蛋白酶体介导的降解(RefSeq，2002)。针对UBR2的自身抗体在自身免疫性胰腺炎和胰腺癌患者的血清中检测到(Frulloni et al.，2009)。UBR2透过p38beta/MAPK的启动、C/EBPβ的磷酸化以及结合到UBR2启动子由肿瘤细胞诱导的恶病质刺激物上调(Zhang et al.，2013b)。

URB1是60S核糖体亚基早期成熟过程中核糖体合成所需的(Rosado and de laCruz，2004)。

USP11编码泛素特异性肽酶11。蛋白的泛素化控制许多细胞内过程，包括细胞周期进程、转录启动和信号转导(RefSeq，2002)。USP11是p53的一种新型调节因子，这是p53活化响应于DNA损伤所需要的(Ke et al.，2014a)。USP11在早幼粒细胞白血病和胰腺癌起着主要作用(Burkhart et al.，2013；Wu et al.，2014)。

USP22编码泛素特定肽酶22，位于染色体17p11.2上(RefSeq，2002)。在肝细胞癌、结肠癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、神经胶质瘤、涎腺腺样囊性癌和甲状腺乳头状癌中观察到了USP22高表达(Wang et al.，2013b；Dai et al.，2014；Liang et al.，2014a；Liang etal.，2014b；Ji et al.，2015；He et al.，2015；Wang et al.，2015n；Tang et al.，2015)。USP22促进肿瘤进展，并诱导肺腺癌上皮间质转变(Hu et al.，2015a)。USP22透过调节非小细胞肺癌环氧合酶2的稳定性而充当致癌基因(Xiao et al.，2015)。USP22在鼻咽癌的病理过程中起着关键调节作用，它可能是一种潜在的治疗靶标(Zhuang et al.，2015)。USP22的过度表达可能有助于促进乳腺癌进展(Zhang et al.，2011)。

UTP20是U3小核仁RNA蛋白复合体的组分，并参与18s rRNA的加工(RefSeq，2002)。

UTP20表达在转移性人乳腺肿瘤细胞系中降低(Schwirzke et al.，1998；Goodison et al.，2003)。

UTP20在胃癌组织和癌前病变中高水平表达，暗示UTP20参与细胞转化(Xmg etal.，2005)。

WLS(也称为EVI或GPR177)编码Wntless Wnt配体分泌介导因子。WLS代表致力于促进其分泌到细胞外环境的Wnt一个古老的伙伴(Banziger et al.，2006)。WLS在不同癌症实体(包括乳腺癌、胃癌、卵巢癌和结直肠癌以及白血病)中过度表达，并与不良预后相关(Chiou et al.，2014；Stewart et al.，2015；Lu et al.，2015；Voloshanenko et al.，2013)。WLS对于分泌所有Wnt蛋白很重要。它调节β-连环蛋白和细胞周期蛋白D1的表达，从而影响细胞增殖(Yang et al.，2015b；Banziger et al.，2006)。

YIF1A编码Yip1相互作用因子同源物A，位于染色体11q13上(RefSeq，2002)。在肝细胞癌的YIF1A基因中已检测到多个突变(扩增和缺失)(Nalesnik et al.，2012)。YIF1A表达显示正常和鳞状细胞癌样本之间存在显著差异(Sugimoto et al.，2009)。

ZRANB3编码锌指蛋白、含RAN结合结构域3，位于染色体2q21.3上(RefSeq，2002)。ZRANB3编码锌指蛋白，这是一种结构特异性ATP依赖性核酸内切酶。它参与复制应激反应以保持基因组的完整性(Ciccia et al.，2012；Weston et al.，2012)。单核苷酸多态性rs4954256，位于染色体2q21.3上的ZRANB3内，与食管癌治疗中的同步放化疗病理完全反应3.93倍增加有关(Chen et al.，2012)。ZRANB3在子宫内膜癌中常突变(Lawrence et al.，2014)。

发明的详细说明

是否能刺激免疫反应取决于是否存在被宿主免疫系统视为异物的抗原。发现肿瘤相关抗原的存在增加了运用宿主免疫系统干预肿瘤生长的可脂性。目前，针对癌症免疫治疗，正在探索利用免疫系统的体液和细胞进行免疫的各种机制。

细胞免疫反应的特定元素能特异性地识别和破坏肿瘤细胞。从肿瘤浸润细胞群或外周血中分离出的T-细胞表明，这些细胞在癌症的天然免疫防御中发挥了重要作用。特别是CD8阳性T细胞在这种反应中发挥重要作用，TCD8⁺能识别通常8至10个源自蛋白或位于细胞质的缺损核糖体产物(DRIP)的氨基酸残基的主要组织兼容性复合体(MHC)所载的肽中所含的I类分子。人MHC分子也称为人白细胞-抗原(HLA)。

术语”T细胞反应”是指由一种肽在体外或体内诱导的效应子功能的特异性扩散和启动。对于MHC I类限制性细胞毒性T细胞，效应子功能可能为溶解肽脉冲的、肽前体脉冲的或天然肽提呈的靶细胞、分泌细胞因子，优选为肽诱导的干扰素-γ，TNF-α或IL-2，分泌效应分子，优选为肽诱导的颗粒酶或穿孔素，或脱颗粒。

本文所用”肽”这一术语，系指一系列氨基酸残基，通常通过相邻氨基酸的α-氨基和羰基之间的肽键来连接。这些肽的长度优选为9个氨基酸，但至短可为8个氨基酸长度，至长可为10、11、12或13个氨基酸长度或更长，如果为MHC-II类肽时(本发明肽的拉长变体)，至长可为14、15、16、17、18、19或20个氨基酸长度或更长。

因此，”肽”这一术语应包括一系列氨基酸残基的盐，通常通过相邻氨基酸的α-氨基和羰基之间的肽键来连接。优选的情况是，盐为肽的药用盐，例如：氯化物或乙酸(三氟乙酸)盐。必须注意的是，本发明肽的盐与其体内状态的肽基本上不同，因为该不是体内的盐。

术语“肽“应也包括“寡肽“。本文使用的术语”寡肽”是指一系列氨基酸残基，通常通过相邻氨基酸的α-氨基和羰基之间的肽键来连接。寡肽的长度对于本发明来说并不十分关键，只要在寡肽中保持正确的表位即可。通常，寡肽长度约小于30个氨基酸残基，约长于15个氨基酸。

“多肽”这一术语是指一系列氨基酸残基，通常通过相邻氨基酸的α-氨基和羰基之间的肽键来连接。多肽的长度对于本发明来说并不十分关键，只要保持正确的表位即可。与术语肽或寡肽相对，“多肽”这一术语是指包含多于约30个氨基酸残基的分子。

一种肽、寡肽、蛋白质或编码该分子的核苷酸如果能诱导免疫反应，则具有“免疫原性”(因此是本发明中的一种“免疫原”)。在本发明的情况下，免疫原性的更具体定义是诱导T细胞反应的能力。因此，“免疫原”是一种能够诱导免疫反应的分子，并且在本发明的情况下，是一种能诱导T细胞反应的分子。在另一方面，所述免疫原可以是肽，肽与MHC的复合体、和/或用于提高特异性抗体或TCR抗性的蛋白。

I类T细胞“表位”要求的是一种结合至MHC I类受体上的短肽，从而形成一种三元复合体(MHC I类α链、β-2-微球蛋白和肽)，其可以通过T细胞负载匹配T细胞受体与具有适当亲和力的MHC/肽复合物结合来识别。结合至MHC I类分子的肽的典型长度为8-14个氨基酸，最典型为9个氨基酸长度。

在人类中，有三种编码MHC I类分子的不同基因位点(人MHC分子也是指定的人白细胞抗原(HLA))：HLA-A、HLA-B和HLA-C。HLA-A*01、HLA-A*02和HLA-B*07是可从这些基因位点表达的不同MHC I类等位基因的实例。

表5：HLA-A*02和HLA-A*24和最常见HLA-DR血清类型的表达频率F。频率根据Mori等人(Mori et al.，1997)使用的Hardy-Weinberg公式F＝1-(1-Gf)²改编，从美国人群范围内的单体型频率中推导出。由于连锁不平衡，某些HLA-DR等位基因内的A*02或A*24组合与其预期单一频率相比，可能是浓缩的或频率较低。有关详细信息，请参阅Chanock等人的文献(Chanock et al.，2004)。

本发明的肽，优选当如本文描述纳入本发明的疫苗时与A*02。疫苗还可能包括泛结合MHC II类肽。因此，本发明的疫苗可用于治疗A*02阳性患者中的癌症，但不因为这些肽的广泛结核性而必须选择II类MHC同种异型。

如果本发明的A*02肽与结合至另一等位基因例如A*24的肽组合，与单独的MHC I类等位基因相比，可治疗更高比例的患者群体。虽然在大多数人群中，低于50％的患者可由单独的等位基因来解决问题，但是本发明中一种含HLA-A*24和HLA-A*02表位的疫苗可以治疗任何相关人群中至少60％的患者。具体来说，各区域中，以下比例的患者这些等位基因中的至少一个有肯定效果：美国61％、西欧62％、中国75％、韩国77％、日本86％(根据www.allelefrequencies.net计算)。

在一项优选的实施方案中，术语“核苷酸序列”系指脱氧核苷酸的杂聚物。

编码特定肽、寡肽或多肽的核苷酸序列可为天然核苷酸序列，也可为合成核苷酸序列。一般来说，编码肽、多肽以及本发明蛋白的DNA片段由cDNA片段和短寡核苷酸衔接物，或一系列寡核苷酸组成，以提供一种合成基因，该基因能够在包含源自微生物或病毒操纵子的调节元素的重组转录单元中被表达。

如本文所用的术语“肽的核苷酸编码“系指对肽进行核苷酸序列编码，其中该肽包括与将由用于产生TCR的树突细胞或另一细胞系统所表达该序列的生物系统兼容的人工(人造)启动和停止密码子。

本文提到的核酸序列既包括单链核酸也包括双链核酸。因此，除非本文另有所指，否则，例如对于DNA，具体的序列是该序列的单链DNA、该序列与其互补序列的双工(双链DNA)以及该序列的互补序列。

“编码区”这一术语是指在基因的天然基因组环境中天然或正常编码该基因的表达产物的那部分基因，即，体内编码该基因的天然表达产物的区域。

编码区可来自非突变(“正常”)基因、突变基因或异常基因，甚至还可以来自DNA序列，完全可在实验室中使用本领域熟知的DNA合成方法合成。

“表达产物”这一术语是指多肽或蛋白，它是基因和遗传码退化并因而编码同样的氨基酸所造成的任何核酸序列编码同等物的翻译产物。

“片断”这一术语，当指的是一种编码序列时，表示包含非完整编码区的DNA的一部分，其表达产物与完整编码区表达产物基本上具有相同的生物学功能或活性。

“DNA片段”这一术语是指一种DNA聚合物，以单独的片段形式或一种较大DNA结构的组分形式存在，它们从至少分离过一次的DNA中以基本纯净的形式获得，即不含污染性内源性材料，并且获得的数量或浓度能够使用标准生化方法，例如使用克隆载体，进行识别、操纵和回收该片段及其组分核苷酸序列。此类片段以开放阅读框架(未被内部未翻译序列打断)或内含子(通常提呈于真核基因中)的形式存在。未翻译DNA序列可能存在于开放阅读框架的下游，在那里其不会干预编码区的操纵或表达。

“引物”这一术语表示一种短核酸序列，其可与一个DNA链配对，并在DNA聚合酶开始合成脱氧核糖核酸链之处提供一个游离的3′-OH末端。

“启动子”这一术语表示参与RNA聚合酶的结合从而启动转录的DNA区域。

术语“分离”表示一种物质从其原来的环境(例如，如果是天然发生的则是天然环境)中被移走。例如，活体动物中的天然核苷酸或多肽不是分离的，但是，从天然系统中一些或所有共存物质中分离出来的核苷酸或多肽是分离的。此类多核苷酸可能是载体的一部分和/或此类多核苷酸和多肽可能是一种组合物的一部分，并且由于该载体或组合物不是其天然环境的一部分，因此它仍然是分离的。

本发明中披露的多核苷酸和重组或免疫原性多肽也可能以“纯化”的形式存在。术语“纯化”并非要求绝对的纯度；它只是一个相对的定义，可以包括高度纯化或部分纯化的制剂，相关领域技术人员能理解这些术语。例如，各个从已用传统方法纯化为具有电泳同构型的cDNA库中分离出的各种克隆物。明确考虑到将起始材料或天然物质纯化至少一个数量级，优选为两或三个数量级，更优选为四或五个数量级。此外，明确涵盖所述多肽的纯度优选为99.999％，或至少为99.99％或99.9％；甚而适宜为以重量计99％或更高。

根据本发明公开的核酸和多肽表达产物，以及包含此类核酸和/或多肽的表达载体可能以“浓缩的形式”存在。本文使用的术语“浓缩”是指材料的浓度至少是其自然浓度的大约2、5、10、100或1000倍，有优势的是，按重量计为0.01％，优选为至少0.1％。也明确考虑到，按重量计约为0.5％、1％、5％、10％和20％的浓缩制剂。序列、构型、载体、克隆物以及包含本发明的其他材料可有优势地以浓缩或分离的形式存在。“活性片段”这一术语是指产生免疫反应的片段(即具有免疫原性活性)，通常是一种肽、多肽或核酸序列的片段，不论是单独或可选地与合适的佐剂一起或在载体中给予一种动物，比如哺乳动物，例如兔子或小鼠，也包括人；这种免疫反应采用的形式是在接受动物(如：人)体内刺激T细胞反应。或者，“活性片段”也可用于诱导体外T细胞反应。

本文使用的“部分”(portion)、“节段”(segment)、“片段”(fragment)这几个术语，当与多肽相关地使用时是指残基的连续序列，比如氨基酸残基，其序列形成一个较大序列的子集。例如，如果一个多肽以任一种肽链内切肽酶(如胰蛋白酶或糜蛋白酶)进行处理，则该处理获得的寡肽会代表起始多肽的部分、节段或片段。当与多核苷酸相关地使用时，这些术语系指用任何核酸内切酶处理所述多核苷酸产生的产物。

根据本发明，术语“等同度百分比”或“等同百分比”，如果指的是序列，则表示在待对比序列(“被对比序列”)与所述序列或权利要求的序列(“参考序列”)对准之后将被对比序列与所述序列或权利要求的序列进行比较。然后根据下列公式计算等同度百分比：等同度百分比＝100[1-(C/R)]

其中C是参考序列与被对比序列之间对准长度上参考序列与被对比序列之间的差异数量，其中

(i)参考序列中每个碱基或氨基酸序列在被对比序列中没有对应的对准碱基或氨基酸；

(ii)参考序列中每个空隙，以及

(iii)参考序列中每个对准碱基或氨基酸与被比对比序列中对准碱基或氨基酸不同，即构成一个差异以及

(iiii)必须在对准序列的第1位置开始对准；

并且R是参考序列与被对比序列对准长度上在参考序列中产生任何空隙也计算为一个碱基或氨基酸的参考序列中的碱基或氨基酸数目。

如果“被对比序列”和“参考序列“之间存在的一个对准按上述计算的等同度百分比大致等于或大于指定的最低等同度百分比，则被对比序列与参考序列具有指定的最低等同度百分比，虽然可能存在按本文上述计算的等同度百分比低于指定等同度百分比的对准。

因此，如上所述，本发明提出了一种肽，其包括选自SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161群组的一个序列、或与SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161具有88％同源性的其变体、或诱导与该肽发生T细胞交叉反应的一个变体。本发明所述的肽具有与主要组织兼容性复合体(MHC)I或所述肽拉长版本的II类分子结合的能力。

在本发明中，“同源性”一词系指两个氨基酸序列之间的同一度(参见上文的等同度百分比，如肽或多肽序列。前文所述的“同源”是通过将理想条件下调整的两个序列与待比较序列进行比对后确定的。此类序列同源性可通过使用ClustalW等算法创建一个排列而进行计算。也可用使用一般序列分析软件，更具体地说，是Vector NTI、GENETYX或由公共数据库提供的其他工具。

本领域技术人员能评估特定肽变体诱导的T细胞是否可与该肽本身发生交叉反应(Appay et al.，2006；Colombetti et al.，2006；Fong et al.，2001；Zaremba et al.，1997)。

发明人用给定氨基酸序列的“变体”表示，一个或两个氨基酸残基等的侧链通过被另一个天然氨基酸残基的侧链或其他侧链取代而发生改变，这样，这种肽仍然能够以含有给定氨基酸序列(由SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161组成)的肽大致同样的方式与HLA分子结合。例如，一种肽可能被修饰以便至少维持(如没有提高)其能与HLA-A*02或-DR等合适MHC分子的结合槽相互作用和结合，以及至少维持(如没有提高)其与启动T细胞的TCR结合的能力。

随后，这些T细胞可与细胞和杀伤细胞发生交叉反应，这些细胞表达多肽(其中包含本发明中定义的同源肽的天然氨基酸序列)。正如科学文献和数据库(Rammensee etal.，1999；Godkin et al.，1997)中所述，HLA-A结合肽的某些位点通常为锚定残基，可形成一种与HLA结合槽的结合模序相称的核心序列，其定义由构成结合槽的多肽链的极性、电物理、疏水性和空间特性确定。因此，本领域技术人员能够通过保持已知的锚残基来修饰SEQID No：1至SEQ ID NO：161提出的氨基酸序列，并且能确定这些变体是否保持与MHC I或II类分子结合的能力。本发明的变体保持与启动T细胞的TCR结合的能力，随后，这些T细胞可与表达一种包含本发明定义的同源肽的天然氨基酸序列的多肽的细胞发生交叉反应并杀死该等细胞。

如果无另有说明，那么本文公开的原始(未修饰)肽可以通过在肽链内的不同(可能为选择性)位点上取代一个或多个残基而被修饰。优选情况是，这些取代位于氨基酸链的末端。此取代可能是保守性的，例如，其中一个氨基酸被具有类似结构和特点的另一个氨基酸所取代，比如其中一个疏术性氨基酸被另一个疏水性氨基酸取代。更保守的取代是具有相同或类似的大小和化学性质的氨基酸间的取代，例如，亮氨酸被异亮氨酸取代。在天然同源蛋白质家族序列变异的研究中，某些氨基酸的取代往往比其他氨基酸更具有耐受性，这些氨基酸往往表现出与原氨基酸的大小、电荷、极性和疏水性之间的相似性相关，这是确定“保守取代”的基础。

在本文中，保守取代定义为在以下五种基团之一的内部进行交换：基团1-小脂肪族、非极性或略具极性的残基(Ala，Ser，Thr，Pro，Gly)；基团2-极性、带负电荷的残基及其酰胺(Asp，Asn，Glu，Gln)；基团3-极性、带正电荷的残基(His，Arg，Lys)；基团4-大脂肪族非极性残基(Met，Leu，Ile，Val，Cys)以及基团5-大芳香残基(Phe，Tyr，Trp)。

较不保守的取代可能涉及一个氨基酸被另一个具有类似特点但在大小上有所不同的氨基酸所取代，如：丙氨酸被异亮氨酸残基取代。高度不保守的取代可能涉及一个酸性氨基酸被另一个具有极性或甚至具有碱性性质的氨基酸所取代。然而，这种“激进”取代不能认为是无效的而不予考虑，因为化学作用是不完全可预测的，激进的取代可能会带来其简单化学原理中无法预见的偶然效果。

当然，这种取代可能涉及普通L-氨基酸之外的其他结构。因此，D-氨基酸可能被本发明的抗原肽中常见的L-氨基酸取代，也仍在本公开的范围之内。此外，非标准氨基酸(即，除了常见的天然蛋白原氨基酸)也可以用于取代之目的，以生产根据本发明的免疫原和免疫原性多肽。

如果在一个以上位置上的取代发现导致肽的抗原活性基本上等于或大于以下定义值，则对这些取代的组合进行测试，以确定组合的取代是否产生对肽抗原性的迭加或协同效应。肽内被同时取代的位置最多不能超过4个。

基本上由本文所指氨基酸序列组成的一种肽可能有一个或两个非锚定氨基酸(见下面锚基序相关内容)被交换，而不存在这种情况，即相比于未修饰的肽，与人类主要组织兼容性复合体(MHC)-I或II类分子的能力基本上被改变或受到不利影响。在另一实施方案中，在基本上由本文所述氨基酸序列组成的肽中，一个或两个氨基酸可与其保守交换伙伴交换(见下文)，而不存在这种情况，即相比于未修饰的肽，与人类主要组织兼容性复合体(MHC)-I或II类分子的能力基本上被改变或受到不利影响。

这些基本不与T细胞受体互动的氨基酸残基可通过取代其他几乎不影响T细胞反应并不妨碍与相关MHC结合的氨基酸而得到修饰。因此，除了特定限制性条件外，本发明的肽可能为任何包括给定氨基酸序列或部分或其变体的肽(发明人所用的这个术语包括寡肽或多肽)。

表6：根据SEQ ID NO：7、32、46和76的肽的优选变体和基序

较长(拉长)的肽也可能适合。MHC I类表位(通常长度为8至11个氨基酸)可能由肽从较长的肽或包含实际表位的蛋白中加工而产生。两侧有实际表位的残基优选为在加工过程中几乎不影响暴露实际表位所需蛋白裂解的残基。

本发明的肽可被拉长多达四个氨基酸，即1、2、3或4个氨基酸，可按照4：0与0：4之间的任何组合添加至任意一端。本发明的拉长组合可见表7。

表7：本发明肽的拉长组合

C-端	N-端
		4	0
3	0或1
		2	0或1或2
1	0或1或2或3
		0	0或1或2或3或4
N-端	C-端
		4	0
3	0或1
		2	0或1或2
1	0或1或2或3
		0	0或1或2或3或4

拉伸/延长的氨基酸可以是所述蛋白或任何其他氨基酸的原序列肽。拉长可用于增强所述肽的稳定性或溶解性。

因此，本发明所述的表位可能与天然肿瘤相关表位或肿瘤特异性表位相同，也可能包括来自参考肽的不超过四个残基的不同肽，只要它们有基本相同的抗原活性即可。

在一项替代实施方案中，肽的一边或双边被拉长4个以上的氨基酸，优选最多30个氨基酸的总长度。这可形成MHC-II类结合肽。结合至MHC II类肽可通过本领域中已知的方法进行测试。

因此，本发明提出了MHC I类表位的肽和变体，其中所述肽或抗体的总长度为8至100个、优选为8至30个、最优选为8至14个氨基酸长度(即10、11、12、13、14个氨基酸，如果为拉长II类结合肽时，长度也可为15、16、17、18、19、20、21或22个氨基酸)。

当然，本发明的肽或变体能与人主要组织兼容性复合体(MHC)I或II类分子结合。肽或变体与MHC复合物的结合可用本领域内的已知方法进行测试。

优选情况是，当本发明的肽特异性T细胞相比于取代肽受到检测时，如果取代肽在相对于背景肽溶解度增加达到最大值的一半，则该肽浓度不超过约1mM，优选为不超过约1μM，更优选为不超过约1nM，再优选为不超过约100pM，最优选为不超过约10pM。也优选为，取代肽被一个以上的T细胞识别，最少为2个，更优选为3个。

在本发明的一个特别优选实施方案中，肽系由或基本系由根据SEQ ID NO：1至SEQID NO：161所选的氨基酸序列组成。

基本由“...组成”系指本发明的肽，除了根据SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161中的任一序列或其变体组成外，还含有位于其他N和/或C端延伸处的氨基酸，而它们不一定能形成作为MHC分子表位的肽。

但这些延伸区域对有效将本发明中的肽引进细胞具有重要作用。在本发明的一实施例中，该肽为融合蛋白的一部分，含来自NCBI、GenBank登录号X00497的HLA-DR抗原相关不变链(p33，以下称为“Ii”)的80个N-端氨基酸等。在其他的融合中，本发明的肽可以被融合到本文所述的抗体、或其功能性部分，特别是融合入抗体的序列，以便所述抗体进行特异性靶向作用，或者，例如进入本文所述的树突状细胞特异性抗体。

此外，该肽或变体可进一步修饰以提高稳定性和/或与MHC分子结合，从而引发更强的免疫反应。肽序列的该类优化方法是本领域内所熟知的，包括，例如，反式肽键和非肽键的引入。

在反式肽键氨基酸中，肽(-CO-NH-)并未连接其残基，但是其肽键是反向的。这种逆向反向模拟肽(retro-inverso peptidomimetics)可通过本领域已知的方法制备，例如：Meziere等人在(Meziere et al.，1997)中所述的方法，以引用的方式并入本文。这种方法涉及制备包含骨架(而并非侧链)改变的模拟肽。Meziere等人(Meziere et al.，1997)的研究显示，这些模拟肽有利于MHC的结合和辅助性T细胞的反应。以NH-CO键替代CO-NH肽键的逆向反向肽大大地提高了抗水解性能。

非肽键为-CH₂-NH、-CH₂S-、-CH₂CH₂-、-CH＝CH-、-COCH₂-、-CH(OH)CH₂-和-CH₂SO-等。美国4897445号专利提出了多肽链中非肽键(-CH₂-NH)的非固相合成法，该方法涉及按标准程序合成的多肽以及通过氨基醛和一种含NaCNBH₃的氨基酸相互作用而合成的非肽键。

含上述序列的肽可与其氨基和/或羧基末端的其他化学基团进行合成，从而提高肽的稳定性、生物利用度、和/或亲和力等。例如，苄氧羰基、丹酰基等疏水基团或叔丁氧羰基团可加入肽的氨基末端。同样，乙酰基或9-芴甲氧羰基可能位于肽的氨基末端。此外，疏水基团、叔丁氧羰基团或氨基团都可能被加入肽的羧基末端。

另外，本发明中的所有肽都可能经合成而改变其空间构型。例如，可能使用这些肽的一个或多个氨基酸残基的右旋体，通常不是其左旋体。更进一步地，本发明中肽的至少一个氨基酸残基可被熟知的一个非天然氨基酸残基取代。诸如此类的改变可能有助于增加本发明肽的稳定性、生物利用度和/或结合作用。

同样，本发明中的肽或变体可在合成肽之前或之后通过特异氨基酸的反应而进行化学修饰。此类修饰的实施例为本领域所熟知，例如，在R.Lundblad所著的《ChemicalReagents for Protein Modification》(3rd ed.CRC Press，2004)(Lundblad，2004)中有概述，以参考文献的方式并入本文。虽然氨基酸的化学修饰方法无限制，但其包括(但不限于)通过以下方法修饰：酰基化、脒基化、赖氨酸吡哆基化、还原烷基化、以2，4，6-三硝基苯磺酸(TNBS)三硝基苯基化氨基团、通过将半胱氨酸过甲酸氧化为磺基丙氨酸而对羧基团和巯基进行氨基修饰、形成易变衍生物、与其他巯基化合物形成混合二硫化合物、与马来酰亚胺反应，与碘乙酸或碘乙酰胺羧甲基化、在碱性pH值下与氰酸盐甲氨酰化。在这方面，技术人员参考了《Current Protocols In Protein Science》(Eds.Coligan et al.(JohnWiley and Sons NY 1995-2000))(Coligan et al.，1995)中第15章所述的在蛋白质化学修饰相关的广泛方法。

简言之，修饰蛋白质的精氨酰残基等往往基于于邻二羰基化合物(如苯甲酰甲醛、2，3丁二酮以及1，2-烯巳二酮)的反应而形成加合物。另一个实施例是丙酮醛与精氨酸残基的反应。半胱氨酸可在赖氨酸和组氨酸等亲核位点不作随同修饰的情况下就得到修饰。因此，有大量试剂可进行半胱氨酸的修饰。Sigma-Aldrich(http：//www.sigma-aldrich.com)等公司的网站含有具体试剂的信息。

蛋白质中二硫键的选择性还原也很普遍。二硫键可在生物制药热处理中形成和氧化。伍德沃德氏试剂K可用于修饰特定的谷氨酸残基。N-(3-二甲氨基丙基)-N′-乙基-碳二亚胺可用于形成赖氨酸残基和谷氨酸残基的分子内交联。例如：焦碳酸二乙酯是修饰蛋白质组氨酸残基的试剂。组氨酸也可使用4-羟基-2-壬烯醛进行修饰。赖氨酸残基与其他α-氨基团的反应，例如，有利于肽结合到蛋白/肽的表面或交联处。赖氨酸聚是多(乙烯)乙二醇的附着点，也是蛋白质糖基化的主要修饰位点。蛋白质的蛋氨酸残基可通过碘乙酰胺、溴乙胺、氯胺T等被修饰。

四硝基甲烷和N-乙酰基咪唑可用于酪氨酸残基的修饰。经二酪氨酸形成的交联可通过过氧化氢/铜离子完成。

对色氨酸修饰的最近研究中使用了N-溴代琥珀酰亚胺、2-羟基-5-硝基苄溴或3-溴-3-甲基-2-(2-硝苯巯基)-3H-吲哚(BPNS-粪臭素)。

当蛋白与戊二醛、聚乙二醇二丙烯酸酯和甲醛的交联用于配制水凝胶时，治疗性蛋白和含聚乙二醇的肽的成功修饰往往可延长循环半衰期。针对免疫治疗的变态反应原化学修饰往往通过氰酸钾的氨基甲酰化实现。

一种肽或变体，其中肽被修饰或含非肽键，优选为本发明的实施例。一般来说，肽和变体(至少含氨基酸残基之间的肽联接)可使用Lukas等人(Lukas et al.，1981)以及此处引用的参考文献所披露的固相肽合成Fmoc-聚酰胺模式进行合成。芴甲氧羰基(Fmoc)团对N-氨基提供临时保护。使用N，N-二甲基甲酰胺中的20％二甲基呱啶中对这种碱高度敏感的保护基团进行重复分裂。由于它们的丁基醚(在丝氨酸苏氨酸和酪氨酸的情况下)、丁基酯(在谷氨酸和天门冬氨酸的情况下)、叔丁氧羰基衍生物(在赖氨酸和组氨酸的情况下)、三苯甲基衍生物(在半胱氨酸的情况下)及4-甲氧基-2，3，6-三甲基苯磺酰基衍生物(在精氨酸的情况下)，侧链功能可能会受到保护。只要谷氨酰胺和天冬酰胺为C-末端残基，侧链氨基功能保护所使用的是由4，4′-二甲氧基二苯基团。固相支撑基于聚二甲基丙烯酰胺聚合物，其由三个单体二甲基丙烯酰胺(骨架单体)、双丙烯酰乙烯二胺(交联剂)和N-丙烯酰肌胺酸甲酯(功能剂)构成。使用的肽-树脂联剂为酸敏感的4-羟甲基苯氧乙酸衍生物。所有的氨基酸衍生物均作为其预制对称酸酐衍生物加入，但是天冬酰胺和谷氨酰胺除外，它们使用被逆转的N，N-二环己基碳二亚胺/1-羟基苯并三唑介导的耦合程序而加入。所有的耦合和脱保护反应用茚三酮、硝基苯磺酸或isotin测试程序监测。合成完成后，用浓度为95％含50％清道夫混合物的三氟醋酸，从伴随去除侧链保护基团的树脂支承物中裂解肽。常用的清道夫混合物包括乙二硫醇、苯酚、苯甲醚和水，准确的选择依据合成肽的氨基酸组成。此外，固相和液相方法结合使用对肽进行合成是可能的(例如，请参阅(Bruckdorfer etal.，2004)以及本文引用的参考文献)

三氟乙酸用真空中蒸发、随后用承载粗肽的二乙基乙醚滴定进行去除。用简单萃取程序(水相冻干后，该程序制得不含清道夫混合物的肽)清除任何存在的清道夫混合物。肽合成试剂一般可从Calbiochem-Novabiochem(英国诺丁汉)获得。

纯化可通过以下技术的任何一种或组合方法进行，如：再结晶法、体积排阻色谱法、离子交换色谱法、疏水作用色谱法以及(通常)反相高效液相色谱法(如使用乙腈/水梯度分离)。

可以使用薄层色谱法、电泳特别是毛细管电泳、固相萃取(CSPE)、反相高效液相色谱法、酸解后的氨基酸分析、快原子轰击(FAB)质谱分析以及MALDI和ESI-Q-TOF质谱分析进行肽分析。

为了选择过度提呈的肽，计算了提呈图，其显示样本中位提呈量以及复制变化。该特点使相关肿瘤实体的样本与正常组织样本的基线值并列。可通过计算调节线性混合效应模型(Pinheiro et al.，2015)的p值将以上每个特点并入过度提呈分数中，从而通过假发现率(Benjamini and Hochberg，1995)调整多项检验。

对于通过质谱法对HLA配体的识别和相对定量，对来自冲击冷冻组织样本的HLA分子进行纯化并对HLA相关肽进行分离。分离的肽分开，并通过在线纳米-电喷雾-电离(nanoESI)液相色谱-谱(LC-MS)实验进行鉴定。由此产生的肽序列的验证方法是，将胰腺癌样本(N＝20个A*02阳性样本)中记录的TUMAP的片段模式与相同序列相应合成参考肽的片段模式进行比较。由于这些肽被直接鉴定为肿瘤细胞HLA分子的配体，因此这些结果为胰腺癌上确定肽的加工和提呈提供了直接证据。

发现管道

(例如，参见US 2013-0096016，并在此通过引用将其整体并入本文)考虑到识别和选择相关过量提呈的候选肽疫苗，这基于与几种不同的非癌组织和器官相比癌症或其他受感染组织的HLA限制肽水平直接相对定量结果。这通过以下方法实现：使用专有数据分析管道处理的LC-MS采集数据、结合序列识别算法、谱聚类、计算离子、保留时间调整、充电状态卷积以及正态化而开发无标记差异化定量方法。

为每种肽和样本确立了提呈水平，包括误差估计值。肿瘤组织大量提呈的肽以及肿瘤与非肿瘤组织和器官中过量提呈的肽已经得到确定。

对来自胰腺癌样本的HLA肽复合物进行纯化，并且对HLA相关肽使用LC-MS进行分离和分析(见实施例)。本申请中包含的所有TUMAP使用胰腺癌样本的方法进行鉴定，确认其在胰腺癌上的提呈。

在多个胰腺癌和正常组织上确定的TUMAP用无标记LC-MS数据的离子计数方法进行量化。该方法假定肽的LC-MS信号区域与样本中其丰度相关。各种LC-MS实验中肽的所有量化信号在集中趋势基础上进行正常化，根据每个样品进行平均，并合并入柱状图(被称为提呈图)。提呈图整合了不同分析方法，如：蛋白数据库检索、谱聚类、充电状态卷积(除电)和保留时间校准和正态化。

本发明提出了有利于治疗癌肿/肿瘤，优选为治疗过量提呈或只提呈本发明肽的胰腺癌。这些肽由质谱分析法直接显示出，而由HLA分子自然提呈于人胰腺癌样本中。

与正常组织相比，癌症中高度过量表达肽来源的许多源基因/蛋白质(也指定为“全长蛋白”或“潜在蛋白”)-本发明相关的“正常组织”是来自大肠(结肠或直肠)健康胰腺细胞或其他正常组织细胞，这表明肿瘤与这些源基因的高度关联性(见实施例2)。此外，这些肽本身也在肿瘤组织中过度提呈(本发明相关的“肿瘤组织”是指胰腺癌样本)，但不在正常组织中过度提呈(见实施例1)。

HLA结合肽能够被免疫系统识别，特别是T淋巴细胞。T细胞可破坏提呈被识别HLA/肽复合体的细胞(如：提呈衍生肽的胰腺癌细胞)。

本发明的所有肽已被证明具有刺激T细胞反应的能力，并过量提呈，因而可用于制备本发明的抗体和/或TCR，例如可溶性TCR(参见实施例3和实施例4)。此外，肽与相应的MHC组合时，也可用于制备本发明的抗体和/或TCR，特别是sTCR。各个方法均为技术人员所熟知，并在各个文献中可找到。因此，本发明的肽可用于在患者中产生免疫反应，从而能够毁灭肿瘤细胞。患者的免疫反应能够通过直接给予患者所述肽或前体物质(如，加长肽、蛋白或编码这些肽的核酸)，较理想是与加强免疫原性的制剂相结合，而进行诱导。源自该治疗性疫苗的免疫反应预期能够高度特异性地对抗肿瘤细胞，因为本发明的目标肽在正常组织上提呈的复制数目较少，防止患者发生对抗正常细胞的不良自体免疫反应的风险。

本说明书还涉及包含一个α链和一个β链(“α/βTCR”)的T细胞受体(TCR)。还提供了由MHC分子提呈时可与TCR和抗体结合的HAVCR1-001肽。本说明书还涉及核酸、载体和用于表达TCR的宿主细胞和本说明书的肽；以及使用它们的方法。

术语“T细胞受体”(缩写TCR)是指一种异二聚体分子，其包含一个α多肽链(α链)和一个β多肽链(β链)，其中所述异二聚体受体能够结合由HLA分子提呈的肽抗原。该术语还包括所谓的γ/δTCR。

在一个实施方案中，本说明书提供了如本文中所描述的产生TCR的方法，该方法包括在适于促进TCR表达的条件下培养能够表达TCR的宿主细胞。

另一个方面，本说明书涉及一种根据本说明书的方法，其中所述抗原透过与足够量的含抗原提成细胞的抗原结合被载入表达于合适抗原提呈细胞或人工抗原呈递细胞表面的I或II类MHC分子，或该抗原透过四聚化被加载I或II类MHC四聚体/I或II类MHC复合单体。

α/βTCR的α和β链和γ/δTCR的γ和δ链通常被视为各自有两个“结构域”，即可变和恒定结构域。可变结构域由可变区(V)和连接区(J)的组合。可变结构域还可能包括一个前导区(L)。β和δ链还可能包括一个多样区(D)。α和β恒定结构域还可能包括锚定α和β链至细胞膜的C末端跨膜(TM)结构域。

相对于γ/δ的TCR，如本文所用的术语“TCRγ可变域”是指无前导区(L)的TCRγV(TRGV)区与TCRγ(TRGJ)区的组合，术语TCRγ恒定结构域是指细胞外TRGC区域，或C-末端截短TRGC序列。同样地，“TCRδ可变域”是指无前导区(L)的TCRδV(TRDV)区与TCRδD/J(TRDD/TRDJ)区的组合，术语“TCRδ恒定结构域”是指细胞外TRDC区域，或C-末端截短TRDC序列。

本说明书的TCR优选结合至HAVCR1-001肽HLA分子复合体，其具有约100μM或更小、约50μM或更小、约25μM或更小或约10μM或更小的结合亲和力(KD)。更为优选的情况是具有约1μM或更小、约100nM或更小、约50nM或更小或约25nM或更小结合亲和力的高亲和力TCR。本发明TCR优选结合亲和力范围的非限制性示例包括约1nM至约10nM；约10nM至约20nM；约20nM至约30nM；约30nM至约40nM；约40nM至约50nM；约50nM至约60nM；约60nM至约70nM；约70nM至约80nM；约80nM至约90nM；以及约90nM至约100nM。

与本说明书TCR相关，本文使用的“特异性结合”及其语法变体用于表示对100μM或更小的HAVCR1-001肽-HLA分子复合体有结合亲和力(KD)的TCR。

本说明书的α/β异二聚体TCR可能具有其恒定结构域之间的引入二硫键。这种类型的优选TCR包括那些具有一个TRAC恒定域序列和TRBC1或TRBC2恒定域序列的TCR，除非TRAC的苏氨酸48和TRBC1或TRBC2的丝氨酸57被半胱氨酸残基取代，所述半胱氨酸形成TRAC恒定域序列和TCR的TRBC1或TRBC2恒定区序列之间的二硫键。

不论具有或不具有上述的引入链间键，本说明书的α/β杂二聚体TCR可能具有一个TRAC恒定域序列和一个TRBC1或TRBC2恒定结构域序列，并且TRAC恒定结构域序列和TCR的TRBC1或TRBC2恒定结构域序列可能透过TRAC外显子2的Cys4和TRBC1或TRBC2外显子2的Cys4之间的天然二硫键相连。

本说明书的TCR可能包括选自由放射性核素、荧光团和生物素组成组中的可检测标记。本说明书的TCR可能共轭至治疗活性剂，如放射性核素、化学治疗剂或毒素。

在一个实施方案中，具有在α链中至少一个突变和/或具有在β链中至少一个突变的TCR与未突变的TCR相比，已经修改了糖基化。

在一个实施方案中，在TCRα链和/或TCRβ链中包括至少一个突变的TCR对HAVCR1-001肽HLA分子复合体有结合亲和力和/或结合半衰期，其是包含未突变TCRα链和/或未突变TCRβ链的TCR的结合亲和力的至少两倍。肿瘤特异性TCR亲和力增强及其开发依赖于存在最佳TCR亲和力的窗口。这样窗口的存在是根据观察结果：HLA-A2限制性病原体特异性TCR与HLA-A2限制性肿瘤相关自身抗原特异性TCR相比，KD值通常大约低10倍。现已知，尽管肿瘤抗原可能具有免疫原性，但是因为肿瘤来自个体自身的细胞，因此仅突变蛋白质或翻译加工改变的蛋白将被免疫系统视为外来物质。上调或过度表达(所谓的自体抗原)的抗原不一定诱导针对肿瘤的功能免疫应答：表达对这些抗原具有高度反应性的TCR的T细胞会在一种称为中枢耐受的程序中在胸腺内被不利选择，也就是说只有对自身抗原具有低亲和力TCR的细胞才仍然存在。因此，本说明书的TCR或变体对HAVCR1-001的亲和力可透过本领域熟知的方法来增强。

本说明书还涉及一种识别和分离本发明TCR的一种方法，所述方法包括：用

A2/HAVCR1-001肽单体从HLA-A*02阴性健康供体孵育PBMC，用四聚体-藻红蛋白(PE)孵育PBMC并透过荧光启动细胞分选(FACS)-Calibur方法分析分离高亲和力T细胞。本说明书还涉及一种识别和分离本发明TCR的一种方法，所述方法包括：获得含整个人体TCRαβ基因位点(1.1and 0.7Mb)的转基因小鼠(其T细胞表达多样化人类TCR，用于补偿小鼠TCR缺乏)，用HAVCR1-001对小鼠进行免疫处理，用四聚体-藻红蛋白(PE)孵育从转基因小鼠中获得的PBMC，并透过荧光启动细胞分选(FACS)-Calibur方法分析分离高亲和力T细胞。

一方面，为了获得表达本说明书TCR的T细胞，编码本说明书TCR-α和/或TCR-β链的核酸被克隆入表达载体，诸如γ反转录病毒或慢病毒。重组病毒产生，然后测试功能，如抗原专一性和功能性亲合力。然后，最终产品的等分试样被用于转导靶T细胞群体(一般纯化自患者的PBMC)，在输入患者前展开。另一方面，为了获得表达本说明书TCR的T细胞，TCRRNA透过本领域中已知的技术(例如，体外转录系统)合成。然后，体外合成的TCR RNA透过电穿孔来重新表达肿瘤特异性TCR-α和/或TCR-β链被引入获得自健康供体的初级CD8+ T细胞。

为了增加表达，编码本说明书TCR的核酸在操作上可连接到强启动子，例如逆转录病毒长末端重复序列(LTR)、巨细胞病毒(CMV)、鼠干细胞病毒(MSCV)U3、磷酸甘油酸激酶(PGK)、β肌动蛋白、泛素蛋白和猿猴病毒40(SV40)/CD43复合启动子、延伸因子(EF)-1a和脾脏病灶形成病毒(SFFV)启动子。在一优选实施方案中，启动子与被表达的核酸异源。除了强启动子外，本说明书的TCR表达盒可能含有附加的元素，可提高转基因表达，包括中枢多聚嘌呤区(CPPT)，其促进了慢病毒构建体的核易位(Follenzi et al.，2000)，和土拨鼠肝炎病毒转录后调控元素(WPRE)，其透过提高RNA稳定性增加转基因表达水平(Zufferey etal.，1999)。

本发明TCR的α和β链可由位于分开的载体核酸进行编码，或者可透过位于同一载体的多核苷酸编码。

实现高水平的TCR表面表达需要引入TCR的TCR-α和TCR-β链高水平转录。为了实现它，本说明书的TCR-α和TCR-β链可在单一的载体中被克隆入双顺反子构建体，

其已被证明能够克服这一障碍。使用TCR-α和TCR-β链在之间的病毒核糖体间进入位点(IRES)导致两链的协同表达，因为TCR-α和TCR-β链均由在翻译过程中分成两个蛋白质的单一转录物产生，从而确保了产生TCR-α和TCR-β链的相等摩尔比。(Schmitt etal.2009)。

编码本说明书TCR的核酸可以是被优化以从宿主细胞增加表达的密码子。遗传密码冗余让一些氨基酸被一个以上的密码子编码，但某些密码子没有其他密码子“优化”，因为匹配tRNA以及其他因子的相对可用性(Gustafsson et a1.，2004)。修改TCR-α和TCR-β基因序列使得每个氨基酸被用于哺乳动物基因表达的最佳密码子编码，以及消除mRNA不稳定性基序或隐蔽剪接位点，已显示可显著提高TCR-α和TCR-β基因表达(Scholten et al.，2006)。

此外，引入的和内源性TCR链之间的错配可能会导致获得特异性，其构成自身免疫的显著风险。例如，混合TCR二聚体的形成可能会减少可用以形成正确配对TCR复合体的CD3分子数目，因此，可以显著降低表达所引入TCR的细胞的功能性亲合力(Kuball et al.，2007)。

为了减少错配，本说明书引入的TCR链的C-末端结构域可以进行修改以促进链间亲和力，同时降低引入链与内源TCR配对的能力。这些策略可能包括用鼠配对物取代人类TCR-α和TCR-βC端结构域(鼠化C端结构域)；透过引入第二个半胱氨酸残基到引入TCR的TCR-α和TCR-β链产生C末端结构域的第二个链间二硫键(半胱氨酸修饰)；交换TCR-α和TCR-β链C端结构域的相互作用残基(“杵臼结构”)；直接融合TCR-α和TCR-β链可变结构域至CD3ζ(CD3ζ融合)(Schmitt et al.2009)。

在一实施方案中，宿主细胞被改变结构以表达本说明书的TCR。在一优选实施方案中，

宿主细胞为人T细胞或T细胞祖细胞。在一些实施方案中，T细胞或T细胞祖细胞从癌症患者中获得。在另一些实施方案中，T细胞或T细胞祖细胞从健康供体中获得。本说明书的宿主细胞相对于待治疗的患者可以为同种异体或自体的。在一实施方案中，宿主是被转化以表达α/βTCR的γ/δT细胞。

“药物组合物”是指适合在医疗机构用于人体的组合物。优选地，药物组合物为无菌状态，并根据GMP指南生产。

药物组合物包括游离形式或以一种药用盐形式存在的肽(也参见上文)。此处使用的“药用盐”系指所公开的肽的一种衍生物，其中该肽由制酸或药剂的碱盐进行改性。例如，用与适合的酸反应的游离碱(通常其中的中性药物有一个中性-NH₂基团)制备酸式盐。适合制备酸盐的酸包括有机酸，如：乙酸、丙酸、羟基酸、丙酮酸、草酸、苹果酸、丙二酸、丁二酸、马来酸、富马酸、酒石酸、柠檬酸、苯甲酸酸、肉桂酸、扁桃酸、甲磺酸、甲磺酸、苯磺酸、水杨酸等等、以及无机酸，如：盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸和磷酸等。相反，可在一种肽上提呈的酸性基团的碱盐制剂使用药用碱基进行制备，如氢氧化钠、氢氧化钾、氢氧化铵、氢氧化钙、三甲胺等等。

在特别优选的实施方案中，药物组合物包括乙酸(醋酸盐)，三氟乙酸盐或盐酸(氯化物)形式的肽。

本发明中所述的药剂优选为一种免疫治疗药剂，例如，一种疫苗。该疫苗可直接给到患者的受影响器官，也可i.d.、i.m.、s.c.、i.p.和i.v.注射方式全身给药，或体外应用到来自患者或其细胞株的细胞(随后再将这些细胞注入到患者中)，或体外用于从来自患者的免疫细胞的一个细胞亚群(然后再将细胞重新给予患者)。如果核酸体外注入细胞，可能有益于细胞转染，以共同表达免疫刺激细胞因子(如白细胞介素-2)。肽可完全单独给药，也可与免疫刺激佐剂相结合(见下文)、或与免疫刺激细胞因子联合使用、或以适当的输送系统给药(例如脂质体)。该肽也可共轭形成一种合适的载体(如钥孔虫戚血蓝蛋白(KLH)或甘露)到合适的载体(参阅WO 95/18145及(Longenecker et al.，1993))。肽也可能被标记，可能是融合蛋白，或可能是杂交分子。在本发明中给出序列的肽预计能刺激CD4或CD8 T细胞。然而，在有CD4 T-辅助细胞的帮助时，CD8 T细胞刺激更加有效。因此，对于刺激CD8 T细胞的MHC-I类表位，一种杂合分子的融合伙伴或片段提供了刺激CD4阳性T细胞的适当表位。CD4-和CD8刺激表位为本领域所熟知、并包括本发明中确定的表位。

一方面，疫苗包括至少含有SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161中提出的一种肽以及至少另外一种肽，优选为2至50个、更优选为2至25个、再优选为2至20个、最优选为2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个肽。肽可能从一个或多个特定TAA中衍生，并且可能与MHC I类分子结合。

另一方面，本发明提出了一种编码本发明中肽或肽变体的核酸(如多聚核苷酸)。多聚核苷酸可能为，例如，DNA、cDNA、PNA、RNA或其组合物，它们可为单链和/或双链、或多聚核苷酸的原生或稳定形式(如：具有硫代磷酸骨架的多聚核苷酸)，并且只要它编码肽，就可能包含也可能不包含内含子。当然，多聚核苷酸只能编码加入天然肽键并含有天然氨基酸残基的肽。另一个方面，本发明提出了一种可根据本发明表达多肽的表达载体。

对于连接多核苷酸，已经开发出多种方法，尤其是针对DNA，可通过向载体补充可连接性末端等方法进行连接。例如，可向DNA片段加入补充性均聚物轨道，之后DNA片段被插入到载体DNA。然后，通过补充性均聚物尾巴的氢键结合，将载体和DNA片段结合，从而形成重组DNA分子。

含有一个或多个酶切位点的合成接头为DNA片段与载体连接提供了另一种方法。含各种限制性核酸内切酶的合成接头可通过多种管道购得，其中包括从国际生物技术公司(International Biotechnologies Inc，New Haven，CN，美国)购得。

编码本发明多肽的DNA理想修饰方法是使用Saiki等人(Saiki et al.，1988)所采用的聚合酶链反应方法。此方法可用于将DNA引入合适的载体(例如，通过设计合适的酶切位点)，也可用于本领域已知的其他有用方法修饰DNA。如果使用病毒载体，痘病毒载体或腺病毒载体为优选。

之后，DNA(或在逆转录病毒载体情况下，RNA)可能表达于合适的宿主，从而制成含本发明肽或变体的多肽。因此，可根据已知技术使用编码本发明肽或变体的DNA，用本文所述方法适当修饰后，构建表达载体，然后表达载体用于转化合适宿主细胞，从而表达和产生本发明中的多肽。此类技术包括那些公开于，例如，美国专利4,440,859、4,530,901、4,582,800、4,677,063、4,678,751、4,704,362、4,710,463、4,757,006、4,766,075和4,810,648。

编码含本发明化合物多肽的DNA(或在逆转录病毒载体情况下，RNA)可能被加入到其他多种DNA序列，从而引入到合适的宿主中。同伴DNA将取决于宿主的性质、DNA引入宿主的方式、以及是否需要保持为游离体还是要相互结合。

一般来说，DNA可以适当的方向和正确的表达阅读框架附着到一种表达载体(如质粒)中。如有必要，该DNA可能与所需宿主所识别的相应转录和翻译调节控制核苷酸序列连接，尽管表达载体中一般存在此类控制功能。然后，该载体通过标准方法被引入宿主。一般来说，并不是所有的宿主都会被载体转化。因此，有必要选择转化过的宿主细胞。选择方法包括用任何必要的控制元素向表达载体插入一个DNA序列，该序列对转化细胞中的可选择性属性(如抗生素耐药性)进行编码。

另外，有这种选择属性的基因可在另外一个载体上，该载体用来协同转化所需的宿主细胞。

然后，本发明中的重组DNA所转化的宿主细胞在本文中所述本领域技术人员熟悉的合适条件下培养足够长的时间，从而表达之后可回收的肽。

有许多已知的表达系统，包括细菌(如大肠杆菌和枯草芽孢杆菌)、酵母(如酵母菌)、丝状真菌(如曲霉菌)、植物细胞、动物细胞及昆虫细胞。该系统可优选为哺乳动物细胞，如来自ATCC细胞生物学库(Cell Biology Collection)中的CHO细胞。

典型的哺乳动物细胞组成型表达载体质粒包括CMV或含一个合适的多聚A尾巴的SV40启动子以及抗性标志物(如新霉素)。一个实例为从Pharmacia公司(Piscataway，新泽西，美国)获得的pSVL。一种可诱导型哺乳动物表达载体的例子是pMSG，也可以从Pharmacia公司获得。有用的酵母质粒载体是pRS403-406和pRS413-416，一般可从StratageneCloning Systems公司(La Jolla，CA 92037，美国)获得。质粒pRS403、pRS404、pRS405和pRS406是酵母整合型质粒(YIp)，并插入了酵母可选择性标记物HIS3、TRP1、LEU2和URA3。pRS413-416质粒为酵母着丝粒质粒(Ycp)。基于CMV启动子的载体(如，来自于Sigma-Aldrich公司)提供了瞬时或稳定的表达、胞浆表达或分泌，以及FLAG、3xFLAG、c-myc或MATN不同组合物中的N-端或C-端标记。这些融合蛋白可用于检测、纯化及分析重组蛋白。双标融合为检测提供了灵活性。

强劲的人巨细胞病毒(CMV)启动子调控区使得COS细胞中的组成蛋白表达水平高达1 mg/L。对于较弱的细胞株，蛋白水平一般低于0.1mg/L。SV40复制原点的出现将导致DNA在SV40复制容纳性COS细胞中高水平复制。例如，CMV载体可包含细菌细胞中的pMB1(pBR322的衍生物)复制原点、细菌中进行氨苄青霉素抗性选育的钙-内酰胺酶基因、hGH polyA和f1的原点。合前胰岛素原引导(PPT)序列的载体可使用抗FLAG抗体、树脂和板引导FAG融合蛋白分泌到进行纯化的培养基中。其他与各种宿主细胞一起应用的载体和表达系统是本领域熟知众所周知的。

在另一个实施方案中，对本发明的两个或更多的肽或肽变体进行编码，因此，以一个连续顺序(类似于“一串珠子”的构建体)表达。在达到目标，所述肽或肽变体可能通过连接符氨基酸的延伸处(例如LLLLLL)连接或融合一起，也可能他们之间没有任何附加的肽而被连接。这些构建体也可用于癌症治疗，可诱导涉及MHCI和MHC II类分子的免疫应答。

本发明还涉及一种宿主细胞，其以本发明的多核苷酸载体构建转化而来。宿主细胞可为原核细胞，也可为真核细胞。在有些情况下，细菌细胞为优选原核宿主细胞，典型为大肠杆菌株，例如，大肠杆菌菌株DH5(从Bethesda Research Laboratories公司(Bethesda，MD，美国)获得)和RR1(从美国菌种保藏中心(ATCC，Rockville，MD，美国)，ATCC编号31343获得)。首选的真核宿主细胞包括酵母、昆虫和哺乳动物细胞，优选为脊椎动物细胞，如：小鼠、大鼠、猴子或人成纤维细胞和结肠癌细胞株中的细胞。酵母宿主细胞包括YPH499、YPH500和YPH501，一般可从Stratagene Cloning Systems公司(La Jolla，CA92037，美国)获得。首选哺乳动物宿主细胞包括中国仓鼠卵巢(CHO)细胞为ATCC中的CCL61细胞、NIH瑞士小鼠胚胎细胞NIH/3T3为ATCC中的CRL 1658细胞、猴肾源性COS-1细胞为ATCC中的CRL 1650细胞以及人胚胎肾细胞的293号细胞。首选昆虫细胞为Sf9细胞，可用杆状病毒表达载体转染。有关针对表达选择合适宿主细胞的概要，可从教科书(Paulina Balbásand Argelia Lorence《Methods in Molecular Biology Recombinant Gene Expression，Reviews and Protocols》Part One，Second Edition，ISBN 978-1-58829-262-9)和技术人员知道的其他文献中查到。

含本发明DNA结构的适当宿主细胞的转化可使用大家熟知的方法完成，通常取决于使用载体的类型。关于原核宿主细胞的转化，请参见，例如，Cohen等人的文献(Cohen etal.，1972)和(Green and Sambrook，2012)。酵母细胞的转化在Sherman等人的文章(Sherman et al.，1986)中进行了描述。Beggs(Beggs，1978)中所述的方法也很有用。对于脊椎动物细胞，转染这些细胞的试剂等，例如，磷酸钙和DEAE-葡聚糖或脂质体配方，可从Stratagene Cloning Systems公司或Life Technologies公司(Gaithersburg，MD 20877，美国)获得。电穿孔也可用于转化和/或转染细胞，是本领域用于转化酵母细胞、细菌细胞、昆虫细胞和脊椎动物细胞大家熟知的方法。

被成功转化的细胞(即含本发明DNA结构的细胞)可用大家熟知的方法(如PCR)进行识别。另外，上清液存在的蛋白可使用抗体进行检测。

应了解，本发明中的某些宿主细胞用于制备本发明中的肽，例如细菌细胞、酵母细胞和昆虫细胞。但是，其他宿主细胞可能对某些治疗方法有用。例如，抗原提呈细胞(如树突状细胞)可用于表达本发明中的肽，使他们可以加加载相应的MHC分子中。因此，本发明提出了含本发明中核酸或表达载体的一种宿主细胞。

在一个优选实施方案中，宿主细胞为抗原提呈细胞，尤其是树突状细胞或抗原提呈细胞。2010年4月29日，美国食品和药物管理局(FDA)批准载有含前列腺酸性磷酸酶(PAP)的重组融合蛋白可用于治疗无症状或症状轻微的转移性HRPC(Rini et al.，2006；Smallet al.，2006)。

另一方面，本发明提出了一种配制一种肽及其变体的方法，该方法包括培养宿主细胞和从宿主细胞或其培养基中分离肽。

在另一个实施方案中，本发明中的肽、核酸或表达载体用于药物中。例如，肽或其变体可制备为静脉(i.v.)注射剂、皮下(s.c.)注射剂、皮内(i.d.)注射剂、腹膜内(i.p.)注射剂、肌肉(i.m.)注射剂。肽注射的优选方法包括s.c.、i.d.、i.p.、i.m.和i.v.注射。DNA注射的优选方法为i.d.、i.m.、s.c.、i.p.和i.v.注射。例如，给予50μg至1.5mg，优选为125μg至500μg的肽或DNA，这取决于具体的肽或DNA。上述剂量范围在以前的试验中成功使用(Walter et al.，2012)。

用于主动免疫接种的多聚核苷酸可为基本纯化形式，也可包被于载体或输送系统。核酸可能为DNA、cDNA、PNA、RNA，也可能为其组合物。这种核酸的设计和引入方法为本领域所熟知。例如，文献中有其概述(Teufel et al.，2005)。多核苷酸疫苗很容易制备，但这些载体诱导免疫反应的作用模式尚未完全了解。合适的载体和输送系统包括病毒DNA和/或RNA，如基于腺病毒、牛痘病毒、逆转录病毒、疱疹病毒、腺相关病毒或含一种以上病毒元素的混合病毒的系统。非病毒输送系统包括阳离子脂质体和阳离子聚合物，是DNA输送所属领域内熟知的系统。也可使用物理输送系统，如通过“基因枪”。肽或核酸编码的肽可以是一种融合蛋白，例如，含刺激T细胞进行上述CDR的表位。

本发明的药剂也可能包括一种或多种佐剂。佐剂是那些非特异性地增强或加强免疫反应的物质(例如，通过CD8-阳性T细胞和辅助T(T_H)细胞介导的对一种抗原的免疫应答，因此被视为对本发明的药剂有用。适合的佐剂包括(但不仅限于)1018ISS、铝盐、

、AS15、BCG、CP-870,893、CpG7909、CyaA、dSLIM、鞭毛蛋白或鞭毛蛋白衍生的TLR5配体、FLT3配体、GM-CSF、IC30、IC31、咪喹莫特

、resiquimod、ImuFactIMP321、白细胞介素IL-2、IL-13、IL-21、干扰素α或β，或其聚乙二醇衍生物、IS Patch、ISS、ISCOMATRIX、ISCOMs、

、LipoVac、MALP2、MF59、单磷酰脂A、Montanide IMS 1312、Montanide ISA 206、Montanide ISA 50V、Montanide ISA-51、水包油和油包水乳状液、OK-432、OM-174、OM-197-MP-EC、ONTAK、OspA、

载体系统、基于聚丙交酯复合乙交酯[PLG]和右旋糖苷微粒、重组人乳铁传递蛋白SRL172、病毒颗粒和其他病毒样颗粒、YF-17D、VEGF trap、R848、β-葡聚糖、Pam3Cys、源自皂角苷、分支杆菌提取物和细菌细胞壁合成模拟物的Aquila公司的QS21刺激子，以及其他专有佐剂，如：Ribi′s Detox、Quil或Superfos。优选佐剂如：弗氏佐剂或GM-CSF。前人对一些树突状细胞特异性免疫佐剂(如MF59)及其制备方法进行了描述(Allison and Krummel，1995)。也可能使用细胞因子。一些细胞因子直接影响树突状细胞向淋巴组织迁移(如，TNF-)，加速树突状细胞成熟为T淋巴细胞的有效抗原提呈细胞(如，GM-CSF、IL-1和IL-4)(美国5849589号专利，特别以其完整引用形式并入本文)，并充当免疫佐剂(如IL-12、IL-15、IL-23、IL-7、IFN-α、IFN-β)(Gabrilovich et al.，1996)。

据报告，CpG免疫刺激寡核苷酸可提高佐剂在疫苗中的作用。如果没有理论的约束，CpG寡核苷酸可通过Toll样受体(TLR)(主要为TLR9)启动先天(非适应性)免疫系统从而起作用。CpG引发的TLR9活化作用提高了对各种抗原的抗原特异性体液和细胞反应，这些抗原包括肽或蛋白抗原、活病毒或被杀死的病毒、树突状细胞疫苗、自体细胞疫苗以及预防性和治疗性疫苗中的多糖结合物。更重要的是，它会增强树突状细胞的成熟和分化，导致T_H1细胞的活化增强以及细胞毒性T淋巴细胞(CTL)生成加强，甚至CD4T细胞说明的缺失。甚至有疫苗佐剂的存在也能维持TLR9活化作用诱发的T_H1偏移，这些佐剂如：正常促进T_H2偏移的明矾或弗氏不完全佐剂(IFA)。CpG寡核苷酸与以下其他佐剂或配方一起制备或联合给药时，表现出更强的佐剂活性，如微粒、纳米粒子、脂肪乳或类似制剂，当抗原相对较弱时，这些对诱发强反应尤为必要。他们还能加速免疫反应，使抗原剂量减少约两个数量级，在有些实验中，对不含CpG的全剂量疫苗也能产生类似的抗体反应(Krieg，2006)。美国6406705B1号专利对CpG寡核苷酸、非核酸佐剂和抗原结合使用促使抗原特异性免疫反应进行了描述。一种CpG TLR9拮抗剂为Mologen公司(德国柏林)的dSLIM(双干环免疫调节剂)，这是本发明药物组合物的优选成分。也可使用其他如TLR结合分子，如：RNA结合TLR7、TLR8和/或TLR9。

其他有用的佐剂例子包括(但不限于)化学修饰性CpG(如CpR、Idera)、dsRNA模拟物，如，Poly(I：C)及其衍生物(如：AmpliGen、Hiltonol、多聚-(ICLC)、多聚(IC-R)、多聚(I：C12U))、非CpG细菌性DNA或RNA以及免疫活性小分子和抗体，如：环磷酰胺、舒尼替单抗、

、西乐葆、NCX-4016、西地那非、他达拉非、伐地那非、索拉非尼、替莫唑胺、temsirolimus、XL-999、CP-547632、帕唑帕尼、VEGF Trap、ZD2171、AZD2171、抗-CTLA4、免疫系统的其他抗体靶向性主要结构(如：抗-CD40、抗-TGFβ、抗-TNFα受体)和SC58175，这些药物都可能有治疗作用和/或充当佐剂。技术人员无需过度进行不当实验就很容易确定本发明中有用的佐剂和添加剂的数量和浓度。

首选佐剂是抗-CD40、咪喹莫特、瑞喹莫德、GM-CSF、环磷酰胺、舒尼替尼、贝伐单抗、干扰素α、CpG寡核苷酸及衍生物、多聚(I：C)及衍生物、RNA、西地那非和PLG或病毒颗粒的微粒制剂。

本发明药物组合物的一个优选实施方案中，佐剂从含集落刺激因子制剂中选择，如粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF，沙格司亭)、环磷酰胺、咪喹莫特、resiquimod和干扰素-α。

本发明药物组合物的一个优选实施方案中，佐剂从含集落刺激因子制剂中选择，如粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF，沙格司亭)、环磷酰胺、咪喹莫特和resimiquimod。在本发明药物组合物的一个优选实施方案中，佐剂为环磷酰胺、咪喹莫特或resiquimod。更优选的佐剂是Montanide IMS 1312、Montanide ISA 206、Montanide ISA50V、Montanide ISA-51、聚-ICLC

和抗CD40 mAB或其组合物。

此组合药物为非肠道注射使用，如皮下、皮内、肌肉注射，也可口服。为此，肽和其他选择性分子在药用载体中分解或悬浮，优选为水载体。此外，组合物可包含辅料，如：缓冲剂、结合剂、冲击剂、稀释剂、香料、润滑剂等。这些肽也可与免疫刺激物质合用，如：细胞因子。可用于此类组合物的更多辅料可在从A.Kibbe所著的Handbook of PharmaceuticalExcipients(Kibbe，2000)等书中获知。此组合药物可用于阻止、预防和/或治疗腺瘤或癌性疾病。例如，EP2112253中有示例制剂。

重要的是要认识到，通过本发明的疫苗引发的免疫应答在不同的细胞阶段和开发的不同阶段攻击癌症。而且不同的癌症相关信号通路被攻击。这相对于其他疫苗的优势，这些疫苗只针对一个或几个靶标，这可能会导致肿瘤很容易适应于攻击(肿瘤逃逸)。此外，并非所有的个体肿瘤都表达相同模式的抗原。因此，几个肿瘤相关肽的组合确保了每个肿瘤都承担至少一些靶标。该组合物以这样的方式设计，预期每个肿瘤可表达几种抗原并覆盖肿瘤生长和维持所需要的几种独立的途径。因此，疫苗可易于“现成的”用于较大患者群体。这意味着，预选择接受疫苗治疗的患者可限制为HLA分型，无需抗原表达的任何额外的生物标志物评估，但仍然确保多个靶标同时被诱导的免疫应答攻击，这对于疗效很重要(Banchereau et al.，2001；Walter et al.，2012)。

本文所用的“支架”一词是指与(如抗原)决定因子特异性结合的分子。在一项实施方案中，支架是能够引导其所连接的实体(例如，(第二)抗原结合部分)至目标靶点，例如，至特定类型的肿瘤细胞或承载抗原决定簇的肿瘤基质(如根据目前申请中肽和MHC的复合体)。在另一项实施例中，支架能够通过其靶抗原(例如T细胞受体复合体抗原)启动信号通路。支架包括但不限于抗体及其片段，抗体的抗原结合区，其包含抗体重链可变区和抗体轻链可变区，结合的蛋白包括至少一个锚蛋白重复序列基元和单域抗原结合(SDAB)分子、适体、(可溶)TCR和(经修饰的)细胞，例如同种异体或自体T细胞。为了评估某个分子是否是结合至靶点的支架，可进行结合测定。

“特定”结合系指，与其他天然肽-MHC复合体相比，该支架与感兴趣的肽-MHC复合体更好地结合，结合程度为，拥有能够杀死承载特定靶点细胞的活性分子的支架不能够杀死无特定靶点但提呈一个或多个其他肽-MHC复合体的另一细胞。如果交叉反应性肽-MHC的肽并不是天然的，即，并非来自人HLA-多肽组，则结合至其他肽-MHC复合体是无关紧要的。评估靶细胞杀伤的测试在本领域中是公知的。它们应该含有未改变的肽-MHC提呈的靶细胞(原发细胞或细胞系)或载有肽的细胞进行，以便达到天然肽-MHC的水平。

各支架可包括一个标记，其通过确定是否存在或不存在卷标所提供的信号可检测到结合支架。例如，该支架可用荧光染料或任何其他适用的细胞标记分子进行标记。此类标记分子是本领域中公知的。例如，通过荧光染料进行的荧光标记可通过荧光或激光扫描显微术或流式细胞术提供结合适体的可视化。

各支架可与第二个活性分子(例如IL-21、抗CD3、抗CD28)共轭。

关于多肽支架的进一步信息，可参阅，例如，在WO 2014/071978A1背景技术部分，并作为参考文献引用。

本发明还涉及适体。适体(例如，参见WO 2014/191359及其中引用的文献)是短的单链核酸分子，其可以折迭为所定义的三维结构并识别特定的靶标结构。它们似乎是开发靶向治疗的合适替代方法。适体已显示可选择性与具有高亲和力和特异性的复合体靶标相结合。

识别细胞表面分子的适体在过去十年内已经确定，并为开发诊断和治疗方法提供了手段。由于适体已显示几乎无毒性和免疫原性，因此，它们是生物医学应用中有前景的候选物质。事实上适体，例如前列腺特异性膜抗原识别适体，已被成功地用于靶向治疗并在体内模型的异种移植物中显示出功能。此外，认识到特定肿瘤细胞系的适体也已确定。

可选择DNA适体来揭示各种癌细胞的广谱标识属性，特别是那些来自于实体瘤的细胞，而非致瘤和主要健康细胞不被识别。如果所识别的适体不仅识别肿瘤特异性子类型，而且与一系列肿瘤相互作用，这使适体适用于作为所谓的广谱诊断和治疗手段。

此外，用流式细胞仪对细胞结合行为的研究显示，适体在纳摩尔范围内显示出很好的亲和力。

适体用于诊断和治疗目的。此外，也可能显示，一些适体被肿瘤细胞吸取，因而可作为抗癌剂靶向递送的分子赋形剂，例如siRNA进入肿瘤细胞。

可选择适体针对复合体的靶标，如细胞和组织以及包含、优选包括根据任何SEQID NO 1至SEQ ID NO 161的一个序列、根据当前发明的肽复合体与MHC分子，使用细胞SELEX(通过指数富集的配体系统进化)技术。

本发明中的肽可用于生成和开发出针对MHC/肽复合物的特定抗体。这些抗体可用于治疗，将毒素或放射性物质靶向病变组织。这些抗体的另一用途是为了成像之目的(如PET)将放射性核素靶向病变组织。这可有助于检测小转移灶或确定病变组织的大小和准确位置。

因此，本发明的另一方面是提出产生特异性结合至与HLA限制性抗原络合的I或II类人主要组织兼容性复合体(MHC)的一种重组抗体的方法，该方法包括：用可溶形式的与HLA限制性抗原络合的(MHC)I或II类分子对包含表达所述主要组织兼容性说复合体(MHC)I或II类的基因工程非人哺乳动物进行免疫；将mRNA分子与产生所述非人哺乳动物细胞的抗体分离；产生一个噬菌体显示库，显示由所述mRNA分子编码的蛋白分子；以及将至少一个噬菌体与所述噬菌体显示库分离，所述的至少一个噬菌体显示所述抗体特异性地结合至与HLA限制性抗原络合的所述人主要组织兼容性说复合体(MHC)I或II类。

本发明的另一方面提出一种抗体，其特异性结合至与一种HLA限制性抗原络合的I或II类人主要组织兼容性说复合体(MHC)，其中该抗体优选为多克隆抗体、单克隆抗体、双特异性抗体和/或嵌合抗体。

产生这种抗体和单链I类主要组织兼容性复合物的相应方法，以及产生这些抗体的其他工具在WO 03/068201、WO 2004/084798、WO 01/72768、WO 03/070752以及出版物(Cohen et al.，2003a；Cohen et al.，2003b；Denkberg et al.，2003)中进行了披露，为了本发明之目的，所有参考文献通过引用被完整地并入本文。

优选地，该抗体与复合体的结合亲和力低于20纳摩尔，优选为低于10纳摩尔，这在本发明情况下也被视为具有“特异性”。

本发明涉及一种肽，包含选自SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161组成的组的一个序列或该序列的与SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161具有88％同源性(优选为相同)的一种变体，或诱导与所述变异肽发生T细胞交叉反应的一种变体，其中，所述肽不是基本的全长多肽。

本发明进一步涉及一种肽，包含选自SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161组成的组的一个序列、或与SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161具有至少88％同源性(优选为相同)的一种变体，其中所述肽或变体的总长度为8至100个、优选为8至30个、最优选为8至14个氨基酸。

本发明进一步涉及本发明的肽，其具有与主要组织兼容性复合体(MHC)I或II类分子结合的能力。

本发明进一步涉及本发明中的肽，其中肽系由或基本系由根据SEQ ID NO：1至SEQID NO：161的一个氨基酸序列组成。

本发明进一步涉及本发明的肽，其中该肽(在化学上)被修饰和/或包含非肽键。

本发明进一步涉及本发明的肽，其中该肽为融合蛋白的一部分，特别包括HLA-DR抗原相关不变链(Ii)的N-端氨基酸，或其中该肽与一种抗体(例如，树突状细胞特定抗体)融合。

本发明进一步涉及一种核酸，其编码本发明所述肽，前提是该肽并非完整(完全)的人蛋白。

本发明进一步涉及一种本发明的核酸，为DNA、cDNA、PNA、RNA，也可能为其组合物。

本发明进一步涉及一种能表达本发明核酸的表达载体。

本发明进一步涉及本发明的一种肽、本发明的一种核酸或本发明的一种药用表达载体，特别是用于治疗胰腺癌。

本发明进一步涉及含本发明核酸或本发明表达载体的一种宿主细胞。

本发明进一步涉及本发明的宿主细胞，其为抗原提呈细胞，优选为树突细胞。

本发明进一步涉及本发明中的方法，其中抗原通过与足够量的含抗原提成细胞的抗原结合被载入表达于合适抗原提呈细胞表面的I或II类MHC分子。

本发明进一步涉及本发明的方法，其中该抗原提呈细胞包括一个表达载体，该载体有能力表达含SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161的肽或所述变体氨基酸序列。

本发明进一步涉及以本发明方法制造的启动T细胞，其中所述T细胞有选择性地识别一种细胞，该细胞异常表达含一种本发明氨基酸序列的多肽。

本发明进一步涉及一种杀伤患者靶细胞的方法，其中患者的靶细胞异常表达含本发明任何氨基酸序列的多肽，该方法包括给予患者本发明的有效量T细胞。

本发明进一步涉及任何所述肽、本发明的一种核酸、本发明的一种表达载体、本发明的一种细胞、本发明一种作为药剂或制造药剂的启动细胞毒性T淋巴细胞的用途。本发明进一步涉及一种本发明的用途，其中药剂可有效抗癌。

本发明进一步涉及一种本发明的用途，其中该药剂为一种疫苗。本发明进一步涉及一种本发明的用途，其中药剂可有效抗癌。

本发明还一般涉及本发明的用途，其中所述癌细胞为胰腺癌细胞或其他实体或血液肿瘤细胞，如：肺癌、肾癌、脑癌、胃癌、结肠或直肠癌、肝癌、前列腺癌、白血病、乳腺癌、梅克尔细胞癌(MCC)、黑色素瘤、卵巢癌、食管癌、膀胱癌、子宫内膜癌、胆囊癌和胆管癌。

本发明进一步涉及一种基于本发明肽的特定标志物蛋白和生物标志物，在此成为“靶标”，其可用于诊断和/或判断胰腺癌的预后。本发明还涉及这些供癌症治疗使用的新靶点。

本文中术语“抗体”为广义上的定义，既包括多克隆也包括单克隆抗体。除了完整或“全部”的免疫球蛋白分子，“抗体”这一术语还包括这些免疫球蛋白分子和人源化免疫球蛋白分子的片段(如，CDR、Fv、Fab和Fc片段)或聚合物，只要它们表现出本发明的任何期望属性(例如，胰腺癌标志物(多)肽的特异性结合、将毒素传递给癌症标志物基因表达水平增加时的胰腺癌细胞和/或抑制胰腺癌标志物多肽的活性)。

只要有可能，本发明的抗体可从商业来源购买。本发明的抗体也可能使用已知的方法制得。技术人员会了解全长胰腺癌标志物多肽或其片段可用于制备本发明的抗体。用于产生本发明抗体的多肽可部分或全部地由天然源经纯化而得，也可利用重组DNA技术生产。

例如，本发明的编码肽的cDNA，例如，该肽为根据SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161多肽的肽，或其中一个变体或片段，可在原核细胞中(如：细菌)或真核细胞(如：酵母、昆虫或哺乳动物细胞)中表达，之后，可纯化重组蛋白，并用于产生一种特异性结合用于产生本发明抗体的胰腺癌标志物多肽的单克隆或多克隆抗体制剂。

本领域的技术人员会认识到，两种或两种以上不同集合的单克隆抗体或多克隆抗体能最大限度地增加获得一种含预期用途所需的特异性和亲和力(例如，ELISA法、免疫组织化学、体内成像、免疫毒素疗法)的抗体的可能性。根据抗体的用途，用已知的方法对其期望活性进行测试(例如，ELISA法、免疫组织化学、免疫治疗等；要获取产生和测试抗体的进一步指导，请参阅，例如，Greenfeld，2014(Greenfield，2014))。例如，该抗体可用ELISA法或免疫印迹法、免疫组织化学染色福尔马林固定的癌组织或冰冻的组织切片进行检测。在初次体外表征后，用于治疗或体内诊断用途的抗体根据已知的临床测试方法进行检测。

此处使用的术语“单克隆抗体”系指从大量同质抗体中获得的一种抗体，即，由相同的抗体组成的抗体群，但可能少量提呈的自然突变除外。此处所述的单克隆抗体具体包括“嵌合”抗体，其中一部分重链和/或轻链与从特定物种中获得的抗体或属于特定抗体类型和分类型抗体的相应序列相同(同质)，同时，剩余链与从其他物种中获得的抗体或属于特定抗体类型和子类型抗体的相应序列以及这些抗体的片段相同(同质)，只要他们表现出预期的拮抗活性(美国4816567号专利，其在此以其整体并入)。

本发明的单克隆抗体可能使用杂交瘤方法制得。在杂交瘤方法中，老鼠或其他适当的宿主动物，通常用免疫制剂以引发产生或能产生将特异性结合至免疫制剂的抗体。或者，淋巴细胞可在体外进行免疫。

单克隆抗体也可由DNA重组方法制得，如：美国4816567号专利所述。编码本发明单克隆抗体的DNA可很容易地使用传统程序进行分离和测序(例如：通过使用能与编码鼠抗体重链和轻链的基因特异性结合的寡核苷酸探针)。

体外方法也适用于制备单价抗体。抗体消化以产生抗体的片段，尤其是Fab片段，可以通过使用本领域已知的常规技术完成。例如，可以通过使用木瓜蛋白酶完成消化。木瓜蛋白酶消化的实施例在WO 94/29348和美国4342566号专利中有描述。抗体的木瓜蛋白酶消化通常产生两种相同的抗原结合性片段，称为Fab片段(每个片段都有一个抗原结合点)和残余Fc片段。胃蛋白酶处理产生一个F(ab′)₂片段和一个pFc′片段。

抗体片段，不论其是否附着于其他序列，均可包括特定区域或特定氨基酸残基的插入、删除、替换、或其他选择性修饰，但前提是，片段的活性与非修饰的抗体或抗体片段相比没有显著的改变或损害。这些修饰可提供一些额外的属性，如：删除/添加可与二硫键结合的氨基酸，以增加其生物寿命、改变其分泌特性等。在任何情况下，抗体片段必须拥有生物活性的特性，如：结合活性、调节结合域的结合力等。抗体的功能性或活性区域可通过蛋白特定区域的基因突变、随后表达和测试所表达的多肽进行确定。这些方法为本行业技术人员所熟知，可包括编码抗体片段的核酸的特定位点基因突变。

本发明的抗体可进一步包括人源化抗体或人抗体。非人(如：鼠)抗体的人源化形式为嵌合抗体免疫球蛋白、免疫球蛋白链或其片段(如：Fv、Fab、Fab′或抗体的其他抗原结合序列)，其中包含从非人免疫球蛋白中获得的最小序列。人源化抗体包括人免疫球蛋白(受体抗体)，其中来自受体互补决定区(CDR)的残基被来自非人物种(供体抗体)(如具有与其特异性、亲和力和能力的小鼠、大鼠或兔子)CDR的残基取代。在某些情况下，人类免疫球蛋白的Fv框架(FR)残基被相应的非人残基取代。人源化抗体可能还包括既非受体抗体、也非输入CDR或框架序列中发现的残基。一般来说，人源化抗体将包括几乎所有的至少一个、通常为二个可变域，其中，全部或几乎全部的CDR区域均对应于非人免疫球蛋白的区域并且全部或几乎全部的FR区域均为人免疫球蛋白相同序列的区域。理想情况是，人源化抗体还将包括至少免疫球蛋白恒定区(Fc)的一部分，通常是人免疫球蛋白的恒定区的一部分。

人源化非人抗体的方法为本行业所熟知。一般来说，人源化抗体具有一个或多个从非人源头引入的氨基酸残基。这些非人氨基酸残基往往被称为“输入”残基，通常从“输入”可变域中获得。人源化基本上可以通过将啮齿动物CDR或CDR序列取代为相应的人抗体序列而完成。因此，这种“人源化”抗体为嵌合抗体(美国4816567号专利)，其中大大少于完整的人可变域被来自于非人物种的相应序列取代。在实践中，人源化抗体通常为人抗体，其中有些CDR残基以及可能的一些FR残基被来自啮齿动物抗体中的类似位点的残基取代。

可使用免疫后在内源性免疫球蛋白产生缺失时能产生完整人抗体的转基因动物(如：小鼠)。例如，它被描述为，嵌合和种系突变小鼠中的抗体重链连接区域基因的纯合性缺失导致内源性抗体生成的完全抑制。在此种系变种小鼠中人种系免疫球蛋白基因数组的转移在抗原挑战后将导致人抗体的生成。人抗体也可在噬菌体展示库中产生。

本发明的抗体优选为通过药用载体的形式给予受试者。通常，在制剂中使用适量的药用盐，以使制剂等渗。药用载体的例子包括生理盐水、林格氏液和葡萄糖溶液。溶液的pH值优选为约5至8，更优选为约7至7.5。此外，载体还包括缓释制剂，如：含有抗体的固体疏水性聚合物半透性基质，其中基质为有形物品形式，如：薄膜、脂质体或微粒。本行业的技术人员熟知，某些载体可能为更优选，取决于例如，抗体的给药途径和浓度。

该抗体可通过注射(如：静脉内、腹腔内、皮下、肌肉内)或通过输注等其他方法给予受试者、患者或细胞，确保其以有效的形式传输到血液中。这些抗体也可以通过瘤内或瘤周途径给予，从而发挥局部和全身的治疗作用。局部或静脉注射为优选。

抗体给药的有效剂量和时间表可根据经验确定，并且作出此类决定属本行业的技术范围内。本行业的技术人员会明白，必须给予的抗体剂量根据以下因素会有所不同，例如：接受抗体的受试者、给药途径、使用的抗体以及其他正在使用的药物的特定类型。单独使用的抗体的通常日剂量可能为约1μg/kg至最多100mg/kg体重或更多，这取决于上述因素。给予抗体，优选为治疗胰腺癌后，治疗抗体的疗效可通过技术人员熟知的不同方法评估。例如：接受治疗的受试者癌症的大小、数量和/或分布可使用标准肿瘤成像技术进行监测。因治疗而给予的抗体与不给予抗体时的病程相比，可阻止肿瘤生长、导致肿瘤缩小、和/或阻止新肿瘤的发展，这样的抗体是一种有效治疗癌症的抗体。

本发明的另一方面提出了制备识别特异性肽-MHC复合物的可溶性T细胞受体(sTCR)的一种方法。这种可溶性T细胞受体可从特异性T细胞克隆中产生，并且它们的亲和力可以通过互补决定区靶向诱变而增加。为了T细胞受体选择之目的，可以使用噬菌体展示(美国2010/0113300，(Liddy et al.，2012))。为了在噬菌体展示期间以及实际使用为药物时稳定T细胞受体之目的，可通过非天然二硫键、其他共价键(单链T细胞受体)或通过二聚化结构域连接α和β链(Boulter et al.，2003；Card et al.，2004；Willcox et al.，1999)。T细胞受体可以连接到毒素、药物、细胞因子(参见US 2013/0115191)、域招募效应细胞，如抗CD3域等，以便对靶细胞执行特定的功能。此外，它可能表达于用于过继转移的T细胞。进一步的信息可在WO 2004/033685A1和WO 2004/074322A1中找到。sTCR的组合在WO 2012/056407A1中进行了描述。WO 2013/057586A1中公开了制备的进一步的方法。

此外，可用本发明的肽和/或TCR或抗体或其他结合分子在活检样本的基础上验证病理师对癌症的诊断。

该抗体或TCR也可用于体内诊断实验。一般来说，抗体用放射性核素标记(如：¹¹¹In、⁹⁹Tc、¹⁴C、¹³¹I、³H、³²P或³⁵S)，从而可免疫闪烁扫描法使肿瘤局限化。在一实施方案中，其中的抗体或片段与两个或两个以上选自包括上述蛋白的组的蛋白质靶目标细胞外域结合，并且亲和力值(Kd)低于1 x 10μM。

诊断用抗体可通过各种影像学方法使用适合检测的探针进行标记。探针检测方法包括但不限于，荧光、光、共聚焦和电镜方法；磁共振成像和光谱学技术；透视、计算机断层扫描和正电子发射断层扫描。合适的探针包括但不限于，荧光素、罗丹明、曙红及其它荧光团、放射性同位素、黄金、钆和其他稀土、顺磁铁、氟-18和其他正电子发射放射性核素。此外，探针可能是双功能或多功能的，并且用一种以上的上述方法可进行检测。这些抗体可用所述的探针直接或间接进行标记。抗体探针的连接，包括探针的共价连接、将探针融合入抗体、以及螯合化合物的共价连接从而结合探针、以及其他本行业熟知的方法。对于免疫组织化学方法，疾病组织样本可能是新鲜或冷冻或可能包埋于石蜡中以及用福尔马林等防腐剂固定。固定或包埋的切片包括与标记一抗和二抗接触的样本，其中该抗体用于检测原位蛋白的表达。

本发明的另一方面包括一种体外制备启动的T细胞的方法，该方法包括将T细胞与载有抗原的人MHC分子进行体外连接，这些分子在合适的抗原提呈细胞表面表达足够的一段时间从而以抗原特异性方式启动T细胞，其中所述抗原为根据本发明所述的一种肽。优选情况是足够量的抗原与抗原提呈细胞一同使用。

优选情况是，哺乳动物细胞的TAP肽转运载体缺乏或水平下降或功能降低。缺乏TAP肽转运载体的适合细胞包括T2、RMA-S和果蝇细胞。TAP是与抗原加工相关的转运载体。

人体肽载入的缺陷细胞株T2从属美国菌种保藏中心(ATCC，12301 ParklawnDrive，Rockville，Maryland 20852，美国)目录号CRL1992；果蝇细胞株Schneider 2号株从属ATCC目录CRL 19863；小鼠RMA-S细胞株Ljunggren等人描述过(Ljunggren and Kare，1985)。

优选情况是，宿主细胞在转染前基本上不表达MHC I类分子。刺激因子细胞还优选为表达对T细胞共刺激信号起到重要作用的分子，如，B7.1、B7.2、ICAM-1和LFA 3中的任一种分子。大量MHC I类分子和共刺激分子的核酸序列可从GenBank和EMBL数据库中公开获得。

当MHC I类表位用作一种抗原时，T细胞为CD8阳性T细胞。

如果抗原提呈细胞受到转染而表达这种表位，则优选的细胞包括一个表达载体，该载体有能力表达含SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：161的肽或变体氨基酸序列。

可使用其他一些方法来体外生成T细胞。例如，自体肿瘤浸润性淋巴细胞可用于生成CTL。Plebanski等人在(Plebanski et al.，1995)使用自体外周血淋巴细胞(PLB)制得T细胞。

另外，也可能用肽或多肽脉冲处理树突状细胞或通过与重组病毒感染而制成自体T细胞。此外，B细胞可用于制备自体T细胞。此外，用肽或多肽脉冲处理或用重组病毒感染的巨噬细胞可用于配制自体T细胞。S.Walter等人在(Walter et al.，2003)中描述了通过使用人工抗原提呈细胞(aAPC)体外启动T细胞，这也是生成作用于所选肽的T细胞的一种合适方法。在本发明中，根据生物素：链霉素生物化学方法通过将预制的MHC：肽复合物耦合到聚苯乙烯颗粒(微球)而生成aAPC。该系统实现了对aAPC上的MHC密度进行精确调节，这使得可以在血液样本中选择地引发高或低亲合力的高效抗原特异性T细胞反应。除了MHC：肽复合物外，aAPC还应携运含共刺激活性的其他蛋白，如耦合至表面的抗-CD28抗体。此外，此类基于aAPC的系统往往需要加入适当的可溶性因子，例如，诸如白细胞介素12的细胞因子。

也可用同种异体细胞制得T细胞，在WO 97/26328中详细描述了一种方法，以参考文献方式并入本文。例如，除了果蝇细胞和T2细胞，也可用其他细胞来提呈肽，如CHO细胞、杆状病毒感染的昆虫细胞、细菌、酵母、牛痘感染的靶细胞。此外，也可使用植物病毒(例如，参阅Porta等人在(Porta et al.，1994)中描述了将豇豆花叶病毒开发为一种提呈外来肽的高产系统。

被启动的T细胞直接针对本发明中的肽，有助于治疗。因此，本发明的另一方面提出了用本发明前述方法制得的启动T细胞。

按上述方法制成的启动T细胞将会有选择性地识别异常表达含SEQ ID NO：1至SEQID NO 161氨基酸序列的多肽。

优选情况是，T细胞通过与其含HLA/肽复合物的TCR相互作用(如，结合)而识别该细胞。T细胞是杀伤患者靶细胞方法中有用的细胞，其靶细胞异常表达含本发明中氨基酸序列的多肽。此类患者给予有效量的启动T细胞。给予患者的T细胞可能源自该患者，并按上述方法启动(即，它们为自体T细胞)。或者，T细胞不是源自该患者，而是来自另一个人。当然，优选情况是该供体为健康人。发明人使用“健康个人”系指一个人一般状况良好，优选为免疫系统合格，更优选为无任何可很容易测试或检测到的疾病。

根据本发明，CD8-阳性T细胞的体内靶细胞可为肿瘤细胞(有时表达MHC-II类抗原)和/或肿瘤周围的基质细胞(肿瘤细胞)(有时也表达MHC-II类抗原；(Dengjel et al.，2006))。

本发明所述的T细胞可用作治疗性组合物中的活性成分。因此，本发明也提出了一种杀伤患者靶细胞的方法，其中患者的靶细胞异常表达含本发明中氨基酸序列的多肽，该方法包括给予患者上述有效量的T细胞。

发明人所用的“异常表达”的意思还包括，与正常表达水平相比，多肽过量表达，或该基因在源自肿瘤的组织中未表达，但是在该肿瘤中却表达。“过量表达”系指多肽水平至少为正常组织中的1.2倍；优选为至少为正常组织中的2倍，更优选为至少5或10倍。

T细胞可用本领域已知的方法制得(如，上述方法)。

T细胞继转移方案为本领域所熟知的方案。综述可发现于：Gattioni et al.和Morgan et al.(Gattinoni et al.，2006；Morgan et al.，2006)。

本发明的另一个方面包括使用与MHC复合的肽，以生成T细胞受体，其核酸被克隆并被引入至宿主细胞，优选为T细胞。然后，该通过基因工程改变的T细胞可转给患者用于癌症治疗。

本发明的任一分子(即肽、核酸、抗体、表达载体、细胞，启动T细胞、T细胞受体或编码核酸)都有益于治疗疾病，其特点在于细胞逃避免疫反应的打击。因此，本发明的任一分子都可用作药剂或用于制造药剂。这种分子可单独使用也可与本发明中的其他分子或已知分子联合使用。

本发明还涉及一种套件，其包括：

(a)一个容器，包含上述溶液或冻干粉形式的药物组合物；

(b)可选的第二个容器，其含有冻干粉剂型的稀释剂或重组溶液；和

(c)可选的(i)溶液使用或(ii)重组和/或冻干制剂使用的说明。

该套件还步包括一个或多个(iii)缓冲剂，(iv)稀释剂，(v)过滤液，(vi)针，或(v)注射器。容器最好是瓶子、小瓶、注射器或试管，可以为多用途容器。药物组合物最好是冻干的。

本发明中的套件优选包含一种置于合适容器中的冻干制剂以及重组和/或使用说明。适当的容器包括，例如瓶子、西林瓶(如双室瓶)、注射器(如双室注射器)和试管。该容器可能由多种材料制成，如玻璃或塑料。试剂盒和/或容器最好有容器或关于容器的说明书，指明重组和/或使用的方向。例如，标签可能表明冻干剂型将重组为上述肽浓度。该标签可进一步表明制剂用于皮下注射。

存放制剂的容器可使用多用途西林瓶，使得可重复给予(例如，2-6次)重组剂型。该套件可进一步包括装有合适稀释剂(如碳酸氢钠溶液)的第二个容器。

稀释液和冻干制剂混合后，重组制剂中的肽终浓度优选为至少0.15mg/mL/肽(＝75μg)，不超过3mg/mL/肽(＝1500μg)。该套件还可包括商业和用户角度来说可取的其他材料，包括其他缓冲剂、稀释剂，过滤液、针头、注射器和带有使用说明书的包装插页。

本发明中的套件可能有一个单独的容器，其中包含本发明所述的药物组合物制剂，该制剂可有其他成分(例如，其他化合物或及其药物组合物)，也可无其他成分，或者每种成分都有其不同容器。

优选情况是，本发明的套件包括与本发明的一种制剂，包装后与第二种化合物(如佐剂(例如GM-CSF)、化疗药物、天然产品、激素或拮抗剂、抗血管生成剂或抑制剂、凋亡诱导剂或螯合剂)或其药物组合物联合使用。该套件的成分可进行预络合或每种成分在给予患者之前可放置于单独的不同容器。该套件的成分可以是一种或多种溶液，优选为水溶液，更优选为无菌水溶液。该套件的成分也可为固体形式，加入合适的溶剂后转换为液体，最好放置于另一个不同的容器中。

治疗套件的容器可能为西林瓶、试管、烧瓶、瓶子、注射器、或任何其他盛装固体或液体的工具。通常，当成分不只一种时，套件将包含第二个西林瓶或其他容器，使之可以单独定量。该套件还可能包含另一个装载药用液体的容器。优选情况是，治疗套件将包含一个设备(如，一个或多个针头、注射器、滴眼器、吸液管等)，使得可注射本发明的药物(本套件的组合物)。

本发明的药物配方适合以任何可接受的途径进行肽给药，如口服(肠道)、鼻内、眼内、皮下、皮内、肌内，静脉或经皮给药。优选为皮下给药，最优选为皮内给药，也可通过输液泵给药。

由于本发明的肽从胰腺癌中分离而得，因此，本发明的药剂优选用于治疗胰腺癌。

本发明进一步涉及为个体患者制备个体化药物的一种方法，其中包括：制造含选自预筛选TUMAP存储库至少一种肽的药物组合物，其中药物组合物中所用的至少一种肽选择为适合于个体患者。在一项实施方案中，药物组合物为一种疫苗。该方法也可以改动以产生下游应用的T细胞克隆物，如：TCR隔离物或可溶性抗体和其他治疗选择。

“个体化药物”系指专门针对个体患者的治疗，将仅用于该等个体患者，包括个体化活性癌症疫苗以及使用自体组织的过继细胞疗法。

如本文所述，“存储库”应指已经接受免疫原性预筛查和/或在特定肿瘤类型中过量提呈的一组或一系列肽。“存储库”一词并不暗示，疫苗中包括的特定肽已预先制造并储存于物理设备中，虽然预期有这种可能性。明确预期所述肽可以用于新制造每种个体化疫苗，也可能被预先制造和储存。存储库(例如，数据库形式)由肿瘤相关肽组成，其在各种HLA-A HLA-B和HLA-C等位基因胰腺癌患者的肿瘤组织中高度过度表达。其可能含有包括MHC I类和MHC II类肽或拉长的MHC I类肽。除了从几种胰腺癌样本中采集的肿瘤相关肽外，存储库还可能包含HLA-A*02和HLA-A*24标记肽。这些肽可对TUMAP诱导的T细胞免疫进行量化比较，从而可得出疫苗抗肿瘤反应能力的重要结论。其次，在没有观察到来自患者“自身”抗原TUMAP的任何疫苗诱导的T细胞反应时，它们可作为来自“非自身”抗原的重要阳性对照肽。第三，它还可对患者的免疫功能状态得出结论。

存储库的TUMAP通过使用一种功能基因组学方法进行鉴定，该方法结合了基因表达分析、质谱法和T细胞免疫学

。该方法确保了只选择真实存在于高百分比肿瘤但在正常组织中不表达或仅很少量表达的TUMAP用于进一步分析。对于初始肽的选择，胰腺癌样本和健康供体的血液以循序渐进的方法进行分析：

1.恶性材料的HLA配体用质谱法确定

2.使用全基因组信使核糖核酸(mRNA)表达分析法用于确定恶性肿瘤组织(胰腺癌)与一系列正常器官和组织相比过度表达的基因。

3.确定的HLA配体与基因表达数据进行比较。肿瘤组织上过度提呈或选择性提呈的肽，优选为第2步中检测到的选择性表达或过量表达基因所编码的考虑为多肽疫苗的合适候选TUMAP。

4.文献检索以确定更多证据以支持确认为TUMP的肽的相关性

5.过度表达在mRNA水平的相关性由肿瘤组织第3步选定的TUMAP重新检测而确定，并且在健康组织上缺乏(或不经常)检测。

6.为了评估通过选定的肽诱导体内T细胞反应是否可行，使用健康供体以及胰腺癌患者的人T细胞进行体外免疫原性测定。

一方面，在将所述肽加入存储库之前，对其进行筛查以了解免疫原性。举例来说(但不限于此)，纳入存储库的肽的免疫原性的确定方法包括体外T细胞启动，具体为：用装载肽/MHC复合物和抗CD28抗体的人工抗原提呈细胞反复刺激来自健康供体的CD8+ T细胞。

这种方法优选用于罕见癌症以及有罕见表达谱的患者。与含目前开发为固定组分的多肽鸡尾酒相反的是，存储库可将肿瘤中抗原的实际表达于疫苗进行更高程度的匹配。在多目标方法中，每名患者将使用几种“现成”肽的选定单一肽或组合。理论上来说，基于从50抗原肽库中选择例如5种不同抗原肽的一种方法可提供大约170万种可能的药物产品(DP)组分。

在一方面，选择所述肽用于疫苗，其基于个体患者的适合性，并使用本发明此处或后文所述的方法。

HLA表型、转录和肽组学资料从患者的肿瘤材料和血液样本中收集，以确定最合适每名患者且含有“存储库”和患者独特(即突变)TUMAP的肽。将选择的那些肽选择性地或过度表达于患者肿瘤中，并且可能的情况下，如果用患者个体PBMC进行检测，则表现出很强的体外免疫原性。

优选的情况是，疫苗所包括的肽的一种确定方法包括：(a)识别由来自个体患者肿瘤样本提呈的肿瘤相关肽(TUMAP)；(b)将(a)中鉴定的肽与上述肽的存储库(数据库)进行比对；且(c)从与患者中确定的肿瘤相关肽相关的存储库(数据库)中选择至少一种肽。例如，肿瘤样本提呈的TUMAP的鉴定方法有：(a1)将来自肿瘤样本的表达数据与所述肿瘤样本组织类型相对应的正常组织样本的表达数据相比对，以识别肿瘤组织中过量表达或异常表达的蛋白；以及(a2)将表达数据与结合到肿瘤样本中I类MHC和/或II类分子的MHC配体序列想关联，以确定来源于肿瘤过量表达或异常表达的蛋白质的MHC配体。优选情况是，MHC配体的序列的确定方法是：洗脱来自肿瘤样本分离的MHC分子结合肽，并测序洗脱配体。优选情况是，肿瘤样本和正常组织从同一患者获得。

除了使用存储库(数据库)模型选择肽以外，或作为一种替代方法，TUMAP可能在新患者中进行鉴定，然后列入疫苗中。作为一种实施例，患者中的候选TUMAP可通过以下方法进行鉴定：(a1)将来自肿瘤样本的表达数据与所述肿瘤样本组织类型相对应的正常组织样本的表达数据相比对，以识别肿瘤组织中过量表达或异常表达的蛋白；以及(a2)将表达数据与结合到肿瘤样本中I类MHC和/或II类分子的MHC配体序列想关联，以确定来源于肿瘤过量表达或异常表达的蛋白质的MHC配体。作为另一实施例，蛋白的鉴定方法为可包含突变，其对于肿瘤样本相对于个体患者的相应正常组织是独特的，并且TUMAP可通过特异性靶向作用于变异来鉴定。例如，肿瘤以及相应正常组织的基因组可通过全基因组测序方法进行测序：为了发现基因蛋白质编码区域的非同义突变，从肿瘤组织中萃取基因组DNA和RNA，从外周血单核细胞(PBMC)中提取正常非突变基因组种系DNA。运用的NGS方法只限于蛋白编码区的重测序(外显子组重测序)。为了这一目的，使用供货商提供的靶序列富集试剂盒来捕获来自人样本的外显子DNA，随后使用HiSeq2000(Illumina公司)进行测序。此外，对肿瘤的mRNA进行测序，以直接定量基因表达，并确认突变基因在患者肿瘤中表达。得到的数以百万计的序列读数通过软件算法处理。输出列表中包含突变和基因表达。肿瘤特异性体突变通过与PBMC衍生的种系变化比较来确定，并进行优化。然后，为了存储库可能测试新确定的肽了解如上所述的免疫原性，并且选择具有合适免疫原性的候选TUMAP用于疫苗。

在一个示范实施方案中，疫苗中所含肽通过以下方法确定：(a)用上述方法识别由来自个体患者肿瘤样本提呈的肿瘤相关肽(TUMAP)；(b)将(a)中鉴定的肽与进行肿瘤(与相应的正常组织相比)免疫原性和过量提呈预筛查肽的存储库进行比对；(c)从与患者中确定的肿瘤相关肽相关的存储库中选择至少一种肽；及(d)可选地在(a)中选择至少一种新确定的肽，确认其免疫原性。

在一个示范实施方案中，疫苗中所含肽通过以下方法确定：(a)识别由来自个体患者肿瘤样本提呈的肿瘤相关肽(TUMAP)；以及(b)在(a)中选择至少一种新确定的肽，并确认其免疫原性。

一旦选定了用于个体化肽疫苗的肽时，则产生疫苗。该疫苗优选为一种液体制剂，包括溶解于20-40％DMSO之间，优选为约30-35％DMSO，例如，约33％DMSO中的个体肽。

列入产品的每种肽都溶于DMSO中。单个肽溶液浓度的选择取决于要列入产品中的肽的数量。单肽-DMSO溶液均等混合，以实现一种溶液中包含所有的肽，且浓度为每肽～2.5mg/ml。然后该混合溶液按照1∶3比例用注射用水进行稀释，以达到在33％DMSO中每肽0.826mg/ml的浓度。稀释的溶液通过0.22μm无菌筛检程序进行过滤。从而获得最终本体溶液。

最终本体溶液填充到小瓶中，在使用前储存于-20℃下。一个小瓶包含700μL溶液，其中每种肽含有0.578mg。其中的500μL(每种肽约400μg)将用于皮内注射。

本发明的肽除了用于治疗癌症，也可用于诊断。由于肽由胰腺癌样本产生，并且已确定这些肽在正常组织中不存在或水平较低，因此这些肽可用于诊断癌症是否存在。

血液样本中组织活检物含权利要求的肽，可有助于病理师诊断癌症。用抗体、质谱或其他本领域内已知的方法检测某些肽可使病理师判断该组织样本为恶性的还是炎症或一般病变，也可用作胰腺癌的生物标志物。肽基团的提呈使得能对病变组织进行分类或进一步分成子类。

对病变标本中肽的检测使得能对免疫系统治疗方法的利益进行判断，特别是如果T-淋巴细胞已知或预计与作用机制有关。MHC表达的缺失是一种机制，充分说明了哪些受感染的恶性细胞逃避了免疫监视。因此，肽的提呈表明，分析过的细胞并没有利用这种机制。

本发明的肽可用于分析淋巴细胞对肽的反应(如T细胞反应)，或抗体对肽或MHC分子络合的肽发生的反应。这些淋巴细胞反应可以作为预后指标，决定是否采取进一步的治疗。这些反应也可以用作免疫疗法中的替代反应指标，旨在以不同方式诱导淋巴细胞反应，如接种蛋白疫苗、核酸、自体材料、淋巴细胞过继转移。基因治疗中，淋巴细胞对肽发生的反应可以在副作用的评估中考虑。淋巴细胞反应监测也可能成为移植疗法随访检查中的一种有价值的工具，如，用于检测移植物抗宿主和宿主抗移植物疾病。

下列描述优选方案的实施例将对本发明进行说明，并参照随附图表(但是不仅限于此)。考虑到本发明的目的，文中引用的所有参考文献通过引用的方式并入在本文中。

图表

图1A至AF显示了正常组织(白色柱)和胰腺癌(黑色柱)中各种肽的过量提呈。图1A)基因符号：PTGS1，PTGS2，肽：ILIGETIKI(SEQ ID NO.：3)，从左至右的组织：1脂肪组织，3肾上腺，6动脉，5骨髓，7大脑，3乳房，1神经，13结肠，1卵巢，8食管，2胆囊，5心脏，16肾脏，21肝脏，46肺，3淋巴结，4白细胞样本，3卵巢，4末梢神经，1腹膜，3脑垂体，2胎盘，3胸膜，3前列腺，6直肌，7唾液腺，3骨骼肌，5皮肤，2小肠，4脾，7胃，4睾丸，3胸腺，4甲状腺，7气管，3输尿管，6膀胱，2子宫，2静脉，7胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还在4/91肺癌，1/20卵巢癌，1/24结直肠癌，1/18肾癌症和1/4膀胱癌中检测出(未列出)。图1B)基因符号：COL1A2，肽：FVDTRTLL(SEQ ID NO.：1)，从左至右的组织：1脂肪组织，3肾上腺，6动脉，5骨髓，7大脑3乳房，1神经，13结肠，1卵巢，8食管，2胆囊，5心脏，16肾脏，21肝脏，46肺，3淋巴结，4白细胞样本，3卵巢，4末梢神经，1腹膜，3脑垂体，2胎盘，3胸膜，3前列腺，6直肌，7唾液腺，3骨骼肌，5皮肤，2小肠，4脾，7胃，4睾丸，3胸腺，4甲状腺，7气管，3输尿管，6膀胱，2子宫，2静脉，7胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还在3/91肺癌和1/17食管癌中检测出。图1C)基因符号：PTPN14，肽：AQYKFVYQV(SEQ ID NO.：12)，从左至右的组织：1脂肪组织，3肾上腺，6动脉，5骨髓，7大脑3乳房，1神经，13结肠，1卵巢，8食管，2胆囊，5心脏，16肾脏，21肝脏，46肺，3淋巴结，4白细胞样本，3卵巢，4末梢神经，1腹膜，3脑垂体，2胎盘，3胸膜，3前列腺，6直肌，7唾液腺，3骨骼肌，5皮肤，2小肠，4脾，7胃，4睾丸，3胸腺，4甲状腺，7气管，3输尿管，6膀胱，2子宫，2静脉，7胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还在1/20卵巢癌，2/17食道癌，1/46胃癌，1/91肺癌和1/18肾癌中检测出。图1D)基因符号：UBR1，肽：SLMDPNKFLLL(SEQ ID NO.：115)，从左至右的组织：13胰腺细胞系，2PBMC培养物，1前列腺细胞培养物，3皮肤细胞系，7正常组织(1肝，2肺，2脾脏，1胃，1气管)，62癌组织(8脑癌，2乳腺癌，2结肠癌，1食道癌，1胆囊癌，5肾癌，3白血病，6肝癌，19肺癌，5卵巢癌，1胰腺癌，3前列腺癌，3直肠癌，1皮肤癌，2膀胱癌)。正常组织系列(无病)和癌症细胞系和测试的异种移植物与图1A-C相同，包括1脂肪组织，3肾上腺，6动脉，5骨髓，7大脑3乳房，1神经，13结肠，1卵巢，8食管，2胆囊，5心脏，16肾脏，21肝脏，46肺，3淋巴结，4白细胞样本，3卵巢，4末梢神经，1腹膜，3脑垂体，2胎盘，3胸膜，3前列腺，6直肌，7唾液腺，3骨骼肌，5皮肤，2小肠，4脾，7胃，4睾丸，3胸腺，4甲状腺，7气管，3输尿管，6膀胱，2子宫，2静脉，7胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还在1/6乳腺癌，5/24结直肠癌，1/2胆囊/胆道癌，6/16肝癌，1/2黑色素瘤，5/20卵巢癌，1/17食管癌，3/12白血病，7/29脑癌，16/91非小细胞肺癌，3/33前列腺癌，3/18肾癌，3/14小细胞肺癌和1/4膀胱癌上检测到。图1D和表4之间的肿瘤类型相关的差异可能是由于表4采用更严格的选择标准所致(详情请参照表4)。图1D显示了可检测提呈肽Y的所有样本，无论过度提呈参数和技术样本质量测试如何。图1E)基因符号：NUP205，肽：ALLTGIISKA(SEQ ID NO.：5)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于2/34脑癌，1/18乳腺癌，2/29结肠或直肠癌，1/18食管癌，1/8头颈部癌，1/21肝癌，8/107肺癌，1/20淋巴结癌，1/20卵巢癌，1/18皮肤癌，2/15膀胱癌，1/16子宫癌。图1F)基因符号：NUP160，肽：ALWHDAENQTVV(SEQ ID NO.：19)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于2/17胆囊或胆管癌，2/34脑癌，1/18乳腺癌，1/18食管癌，1/21肝癌，8/107肺癌，2/18皮肤癌，2/15膀胱癌，1/16子宫癌。图1G)基因符号：Cllorf80，肽：ILSTEIFGV(SEQ ID NO.：22)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于3/18乳腺癌，1/17胆囊癌，1/8头颈部癌，5/17白细胞白血病，6/107肺癌，4/20淋巴结癌，1/20卵巢癌，1/19胰腺癌，1/18皮肤癌，1/21胃癌。图1H)基因符号：FAM83D，肽：FLNPDEVHAI(SEQ ID NO.：37)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于2/17胆囊或胆管癌，2/34脑癌，3/18乳腺癌，6/29结肠或直肠癌，2/18食管癌，2/8头颈部癌，1/23肾癌，5/21肝癌，25/107肺癌，4/20淋巴结癌，7/20卵巢癌，1/87前列腺癌，2/18皮肤癌，2/45胃癌，6/15膀胱癌，3/16子宫癌。图1I)基因符号：DCBLD2，肽：TMVEHNYYV(SEQ ID NO.：46)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于1/18食管癌，1/17胆囊癌，1/8头颈部癌，3/23肾癌，9/107肺癌，7/20卵巢癌，1/19胰腺癌，1/18皮肤癌，1/45胃癌，2/15膀胱癌，1/16子宫癌。图1J)基因符号：SHCBP1，肽：RLSELGITQA(SEQ ID NO.：57)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于1/34脑癌，1/18乳腺癌，2/18食管癌，2/8头颈部癌，1/21肝癌，8/107肺癌，4/20淋巴结癌，1/18骨髓细胞癌，4/20卵巢癌，4/18皮肤癌，2/15膀胱癌，1/16子宫癌。图1K)基因符号：CTHRC1，肽：VLFSGSLRL(SEQ ID NO.：69)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于2/18乳腺癌，1/18食管癌，1/17胆囊癌，9/107肺癌，1/20卵巢癌。图1L)基因符号：CDC27，肽：KISTITPQI(SEQ IDNO.：123)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于2/34脑癌，2/8头颈部癌，1/23肾癌，1/17白细胞白血病，2/21肝癌，7/107肺癌，2/20淋巴结癌，1/18髓样细胞癌，1/18皮肤癌，1/45胃癌，2/15膀胱癌，3/16子宫癌。图1M)基因符号：UBE2C，肽：ALYDVRTILL(SEQ ID NO.：128)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于2/18乳腺癌，3/29结肠或直肠癌，1/17白细胞白血病，18/107肺癌，1/20淋巴结癌，1/20卵巢癌，1/15膀胱癌。图1N)基因符号：MBTPS2，肽：VLISGVVHEI(SEQ ID NO.：146)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于7134脑癌，1/18乳腺癌，2/29结肠或直肠癌，1/18食管癌，1/23肾癌，3/21肝癌，5/107肺癌，1/20淋巴结癌，2/20卵巢癌，1/87前列腺癌，3/18皮肤癌，1/16子宫癌。图1O)基因符号：PFDN1，肽：KLADIQIEQL(SEQ ID NO.：89)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于2/29结肠或直肠癌，1/17白细胞白血病，4/107肺癌，4/20卵巢癌，4/16膀胱癌。图1P)基因符号：PKP3，肽：ALVEENGIFEL(SEQ ID NO.：101)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于1/17胆管癌，2/18乳腺癌，2/29结肠或直肠癌，2/18食管癌，2/8头颈部癌，1/21肝癌，7/107肺癌，6/20卵巢癌，3/87前列腺癌，4/15膀胱癌，1/16子宫癌。图1Q)基因符号：GFPT2，肽：LMMSEDRISL(SEQ ID NO.：113)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于3/17胆囊或胆管癌，5/34脑癌，3/18乳腺癌，2/29结肠或直肠癌，2/18食管癌，1/8头颈部癌，1/21肝癌，18/107肺癌，3/20淋巴结癌，1/19胰腺癌，1/87前列腺癌，2/18皮肤癌，2/15膀胱癌，1/16子宫癌。图1R)基因符号：CCT4，肽：ALSDLALHFL(SEQ ID NO.：127)，从左至右的组织：6脂肪组织，8肾上腺，24血细胞，15血管，10骨髓，14大脑，7乳房，9食管，2眼，3胆囊，16心脏，17肾脏，23大肠，23肝，49肺，7淋巴结，12神经，2卵巢，6甲状旁腺，1腹膜，6脑垂体，7胎盘，1胸膜，3前列腺，7唾液腺，10骨骼肌，11皮肤，8小肠，12脾，7胃，5睾丸，3胸腺，3甲状腺，15气管，7输尿管，8膀胱，6子宫，10胰腺，20胰腺癌细胞系和异种移植物样本。该肽还发现于1/34脑癌，2/18乳腺癌，2/8头颈部癌，3/17白细胞白血病，1/21肝癌，3/107肺癌，4/20淋巴结癌，2/18髓样细胞癌，1/20卵巢癌，3/18皮肤癌，4/15膀胱癌。图1S)基因符号：NUP205，肽：ALLTGIISKA(SEQ ID NO.：5)，从左至右的组织：12癌细胞系，1正常组织(1脾)，22癌组织(2脑癌，1乳腺癌，1结肠癌，1食管癌，1头颈癌，1肝癌，8肺癌，1淋巴结癌，1卵巢癌，1直肠癌，1皮肤癌，2膀胱癌，1子宫癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。图1T)基因符号：NUP160，肽：ALWHDAENQTVV(SEQ IDNO.：19)，从左至右的组织：13癌细胞系，1原代培养物，1正常组织(1脾)，20癌组织(1胆管癌，2脑癌，1乳腺癌，1食管癌，1胆囊癌，1肝癌，8肺癌，2皮肤癌，2膀胱癌，1子宫癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。图1U)基因符号：Cllorf80，肽：ILSTEIFGV(SEQ ID NO.：22)，从左至右的组织：1癌细胞系，3原代培养物，1正常组织(1淋巴结)，24癌组织(3乳腺癌，1胆囊癌，1头颈癌，5白细胞白血病，6肺癌，4淋巴结癌，1卵巢癌，1胰腺癌，1皮肤癌，1胃癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。图1V)基因符号：FAM83D，肽：FLNPDEVHAI(SEQ IDNO.：37)，从左至右的组织：16癌细胞系，3原代培养物，1正常组织(1气管)，73癌组织(1胆管癌，2脑癌，3乳腺癌，4结肠癌，2食管癌，1胆囊癌，2头颈癌，1肾癌，5肝癌，25肺癌，4淋巴结癌，7卵巢癌，1前列腺癌，2直肠癌，2皮肤癌，2胃癌，6膀胱癌，3子宫癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。图1W)基因符号：DCBLD2，肽：TMVEHNYYV(SEQ ID NO.：46)，从左至右的组织：4癌细胞系，1原代培养物，28癌组织(1食管癌，1胆囊癌，1头颈癌，3肾癌，9肺癌，7卵巢癌，1胰腺癌，1皮肤癌，1胃癌，2膀胱癌，1子宫癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。图1X)基因符号：SHCBP1，肽：RLSELGITQA(SEQ ID NO.：57)，从左至右的组织：20癌细胞系，2原代培养物，2正常组织(1骨髓，1胎盘)，31癌组织(1脑癌，1乳腺癌，2食管癌，2头颈癌，1肝癌，8肺癌，4淋巴结癌，1骨髓细胞癌，4卵巢癌，4皮肤癌，2膀胱癌，1子宫癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。图1Y)基因符号：CTHRC1，肽：VLFSGSLRL(SEQ ID NO.：69)，从左至右的组织：5癌细胞系，14癌组织(2乳腺癌，1食管癌，1胆囊癌，9肺癌，1卵巢癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。图1Z)基因符号：CDC27，肽：KISTITPQI(SEQ ID NO.：123)，从左至右的组织：19癌细胞系，2原代培养物，3正常组织(1肾上腺，1肝脏，1胎盘)，25癌组织(2脑癌，2头颈癌，1肾癌，l白细胞白血病，2肝癌，7肺癌，2淋巴结癌，1骨髓细胞癌，1皮肤癌，1胃癌，2膀胱癌，3子宫癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。图1AA)基因符号：UBE2C，肽：ALYDVRTILL(SEQ ID NO.：128)，从左至右的组织：10癌细胞系，17癌组织(2乳腺癌，1盲肠癌，2结肠癌，1白细胞白血病，8肺癌，1淋巴结癌，1卵巢癌，1膀胱癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。图1AB)基因符号：MBTPS2，肽：VLISGVVHEI(SEQ ID NO.：146)，从左至右的组织：16癌细胞系，2原代培养物，2正常组织(1脾脏，1子宫)，28癌组织(7脑癌，1乳腺癌，2结肠癌，1食管癌，1肾癌，3肝癌，5肺癌，1淋巴结癌，2卵巢癌，1前列腺癌，3皮肤癌，1子宫癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。图1AC)基因符号：PFDN1，肽：KLADIQIEQL(SEQ IDNO.：89)，从左至右的组织：11癌细胞系，2正常组织(2肾上腺)，15癌组织(2结肠癌，1白细胞白血病，4肺癌，4卵巢癌，4膀胱癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。图1AD)基因符号：PKP3，肽：ALVEENGIFEL(SEQ ID NO.：101)，从左至右的组织：3癌细胞系，3原代培养物，2正常组织(2结肠)，31癌组织(1胆管癌，2乳腺癌，1盲肠癌，1结肠癌，2食管癌，2头颈癌，1肝癌，7肺癌，6卵巢癌，3前列腺癌，4膀胱癌，1子宫癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。图1AE)基因符号：GFPT2，肽：LMMSEDRISL(SEQ ID NO.：113)，从左至右的组织：8癌细胞系，1正常组织(1眼)，45癌组织(1胆管癌，5脑癌，3乳腺癌，1结肠癌，2食管癌，2胆囊癌，1头颈癌，1肝癌，18肺癌，3淋巴结癌，1胰腺癌，1前列腺癌，1直肠癌，2皮肤癌，2膀胱癌，1子宫癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。图1AF)基因符号：CCT4，肽：ALSDLALHFL(SEQ ID NO.：127)，从左至右的组织：9癌细胞系，26癌组织(1骨髓癌，1脑癌，2乳腺癌，2头颈癌，3白细胞白血病，1肝癌，3肺癌，4淋巴结癌，1骨髓细胞癌，1卵巢癌，3皮肤癌，4膀胱癌)。测试的正常组织系列与图1E-R中相同。

图2A至C显示了本发明的源基因的代表性表达特征(与正常胰腺相比的相对表达)，这些基因在一系列正常组织(白色柱)胰腺癌中以及9份胰腺癌样本(黑色柱)中高度过度表达或专门表达。从左到右的组织：肾上腺、动脉、骨髓、脑(全部)、乳腺、结肠、食管、心脏、肾(三份)、白细胞、肝、肺、淋巴结、卵巢、胰腺、胎盘、前列腺、唾液腺腺、骨骼肌、皮肤、小肠、脾、胃、睾丸、胸腺、甲状腺、膀胱、宫颈、子宫、静脉、9个胰腺癌样本。图2A)SHCBP1；图2B)FN1；和图2C)PLEC。

图3A至D显示了示例性的免疫原性资料：肽特定多聚体染色后流式细胞仪结果。CD8+ T细胞制备的方法为：使用抗CD28 mAb和HLA-A*02涂层的人工APC分别与SeqID No125肽(A，左图)、SeqID No 148肽(B，左图)、SeqID No 156肽(C，左图)、SeqID No 178肽(D，左上图)和SeqID No 177肽(D，左下图)合成。经过3个周期的刺激后，用A*02/SeqID No 125(A)、A*02/SeqID No 148(B)或A*02/SeqID No 156(C)的2D多聚体染色法对肽反应性细胞进行检测。右图(A、B、C和D)显示用不相关A*02/肽复合体刺激的细胞对照染色。活单细胞在CD8+淋巴细胞上得到门控。Boolean门控帮助排除用不同肽特定的多聚体检测的假阳性事件。提示了特异性多聚体+细胞和CD8+淋巴细胞的频率。

实施例

实施例1

细胞表面提呈的肿瘤相关肽的识别和定量

组织样本

患者的肿瘤组织和细胞系获得自德国蒂宾根大学医院、德国海德堡大学医院、德国NMI Reutlingen、MD Anderson癌症中心，Houston，TX，USA。正常组织获得自Asterand，Detroit，USA和Royston，Herts，UK、Bio-Options Inc.，CA，USA、BioServe，Beltsville，MD，USA、Capital BioScience Inc.，Rockville，MD，USA、Geneticist Inc.，Glendale，CA，USA、Tissue Solutions Ltd，Glasgow，Scotland，UK、日内瓦大学医院、海德堡大学医院、京都府立医科大学(KPUM)、慕尼黑大学医院、ProteoGenex Inc.，Culver City，CA，USA、德国蒂宾根大学医院。所有供体在手术或尸检前都获得了书面知情同意。切除后组织立即进行冷休克处理，在分离TUMAP前储存于-70℃或以下。

从组织样本中分离HLA肽

根据方案(Falk et al.，1991；Seeger et al.，1999)略加修改，使用HLA-A*02特异性抗体BB7.2、HLA-A、HLA-B、HLAC特异性抗体W6/32、CNBr活化的琼脂糖凝胶、酸处理和超滤方法以免疫沉淀法获得了冷冻组织样本的HLA肽库。

质谱分析

获得的HLA肽库根据其疏水性用反相色谱(nanoAcquity UPLC system，Waters)分离，洗脱肽用装有电喷雾源的LTQ-velos融合杂交质谱(ThermoElectron)进行了分析。肽库被直接加载填充有1.7μm C18反相材料(Waters)的分析用熔炼石英微毛细管柱(75μm内径x250mm)，应用流速为400nL每分钟。随后，使用来自流速为300nL每分钟、浓度为10％至33％溶剂B中的两步180分钟二元梯度法对肽进行分离。梯度由溶剂A(含0.1％甲酸的水)和溶剂B(含0.1％甲酸的乙腈)。金镀膜玻璃毛细管(PicoTip，New Objective)用于引入到纳升电喷雾源。使用前5(TOP5)策略在数据依赖模式下操作LTQ-Orbitrap质谱仪。简言之，首先以高精确质量完全扫描在orbitrap开始一个扫描周期(R＝30000)，之后用先前选定离子的动态排除技术在orbitrap中对5种含量最为丰富的前体离子进行MS/MS扫描(R＝7500)。串联质谱以SEQUEST和另一种手动控制器进行解读。生成的自然肽破碎模式与合成序列相同参考肽的破碎模式进行比较后，确保了被识别的肽序列。

无标记相对LC-MS定量通过离子计数(即通过LC-MS功能提取和分析)来进行(Mueller et al.，2007)。该方法假定肽的LC-MS信号区域与样本中其丰度相关。提取的特征通过充电状态去卷积和保留时间校准进行进一步处理(Mueller et al.，2008；Sturm etal.，2008)。最后，所有的LC-MS特征与序列鉴定结果交叉引用，以将不同样本和组织的定量数据与肽呈递特征结合。定量数据根据集中数据以两层方式进行正态化处理，以说明技术和生物学复制变异。因此，每个被识别的肽均可与定量资料相关，从而可得出样本和组织之间的相对定量。此外，对候选肽获得的所有定量数据进行手动检查，以确保数据的一致性，并验证自动化分析的准确度。对于每种肽，计算了提呈图，其显示样本平均提呈量以及复制变化。这些特征使胰腺癌样本与正常组织样本的基线值并列。示范性过度提呈肽的提呈谱示于图1中。示范性肽的提呈分数见表8。

表8：提呈分数。该表列出了与一系列正常组织相比在肿瘤上非常高度过量提呈(+++)、与一系列正常组织相比在肿瘤上高度过量提呈(++)或与一系列正常组织相比在肿瘤上过量提呈(+)的肽。

实施例2

编码本发明肽的基因的表达谱

与正常细胞相比在肿瘤细胞上一种肽过度提呈或特定提呈足够其在免疫治疗中有效使用，一些肽为肿瘤特异性的，尽管存在其源蛋白也存在于正常组织中。但是，mRNA表达谱增加了免疫治疗目标肽选择中其他级别的安全性。特别是对于具有高安全性风险的治疗选择，诸如亲和力成熟的TCR，理想的目标肽将来源于对该肿瘤独一无二且不出现于正常组织中的蛋白。

RNA来源与制备

手术切除组织标本按如上所述(参见实施例1)在获得每名患者的书面知情同意后提供。手术后立即速冻肿瘤组织标本，之后在液态氮中用杵臼匀浆。使用TRI试剂(Ambion公司，Darmstadt，德国)之后用RNeasy(QIAGEN公司，Hilden，德国)清理从这些样本中制备总RNA；这两种方法都根据制造商的方案进行。

健康人体组织中的总RNA从商业途径获得(Ambion公司，Huntingdon，英国；Clontech公司，海德堡，德国；Stratagene公司，阿姆斯特丹，荷兰；BioChain公司，Haywad，CA，美国)。混合数个人(2至123个人)的RNA，从而使每个人的RNA得到等加权。

所有RNA样本的质量和数量都在Agilent 2100 Bioanalyzer分析仪(Agilent公司，Waldbronn，德国)上使用RNA 6000 Pico LabChip Kit试剂盒(Agilent公司)进行评估。

微数组实验

所有肿瘤和正常组织的RNA样本都使用Affymetrix Human Genome(HG)U133A或HG-U133Plus 2.0Affymetrix寡核苷酸芯片(Affymetrix公司，Santa Clara，CA，美国)进行基因表达分析。所有步骤都根据Affymetrix手册进行。简言之，如手册中所述，使用SuperScript RTII(Invitrogen公司)以及oligo-dT-T7引物(MWG Biotech公司，Ebersberg，德国)从58μg RNA中合成双链cDNA。用BioArray High Yield RNA TranscriptLabelling Kit(ENZO Diagnostics公司，Farmingdale，NY，美国)进行U133A测定或用GeneChip IVT Labelling Kit(Affymetrix公司)进行U133 Plus 2.0测定，之后用链霉亲和素-藻红蛋白和生物素化抗链霉素蛋白抗体(Molecular Probes公司，Leiden，荷兰)进行破碎、杂交和染色，这样完成体外转录。用Agilent 2500A GeneArray Scanner(U133A)或Affymetrix Gene-Chip Scanner 3000(U133Plus 2.0)对图像进行扫描，用GCOS软件(Affymetrix公司)在所有参数默认设置情况下对数据进行分析。为了实现标准化，使用了Affymetrix公司提供的100种管家基因(housekeeping gene)。相对表达值用软件给定的signal log ratio进行计算，正常肾组织样本的值任意设置为1.0。本发明的代表性源基因在胰腺癌中高度过量表达的表达谱如图2所示。进一步代表性基因的表达分数见表9。

表9：表达分数。

该表列出了与一系列正常组织相比在肿瘤上非常高度过量表达(+++)、与一系列正常组织相比在肿瘤上高度过量表达(++)或与一系列正常组织相比在肿瘤上过量表达(+)的基因的肽。

实施例3

MHC-I类提呈肽的体外免疫原件

为了获得关于本发明TUMAP的免疫原性信息，发明人使用体外T细胞扩增分析方法进行了研究，其中该分析方法基于使用装载肽/MHC复合物和抗CD28抗体的人工抗原提呈细胞(aAPC)进行反复刺激。用这种方法，发明人可显示出本发明目前为止22种HLA-A*0201限制TUMAP具有免疫原性，这表明这些肽为对抗人CD8+前体T细胞的T细胞表位(表10)。

CD8+ T细胞体外启动

为了用载有肽-MHC复合物(pMHC)和抗CD28抗体的人工抗原提呈细胞进行体外刺激，发明人首先从University clinics Mannheim，Germany中获取健康供体CD8微珠(Miltenyi Biotec，Bergisch-Gladbach，Germany)通过积极选择白细胞清除术后新鲜HLA-A*02产物而分离出CD8+ T细胞。

PBMC和分离出的CD8+淋巴细胞使用前在T细胞培养基(TCM)中培养，培养基包括RPMI-Glutamax(Invitrogen公司，Karlsruhe，德国)并补充10％热灭活人AB血清(PAN-Biotech公司，Aidenbach，德国)、100U/ml青霉素/100μg/ml链霉素(Cambrex公司，Cologne，德国)，1mM丙酮酸钠(CC Pro公司，Oberdorla，德国)和20μg/ml庆大霉素(Cambrex公司)。在此步骤，2.5ng/ml的IL-7(PromoCell公司，Heidelberg，德国)和10U/ml的IL-2(NovartisPharma公司，Nürnberg，德国)也加入TCM。

对于pMHC/抗-CD28涂层珠的生成、T细胞的刺激和读出，使用每刺激条件四个不同pMHC分子以及每个读出条件8个不同的pMHC分子在高度限定的体外系统中进行。

纯化的共刺激小鼠IgG2a抗人CD28抗体9.3(Jung et al.，1987)使用制造商(Perbio公司，波恩，德国)推荐的N-羟基琥珀酰亚胺生物素进行化学生物素化处理。所用珠为5.6μm的链霉抗生物素蛋白包裹的多聚苯乙烯颗粒(Bangs Labooratories，伊利诺伊州，美国)。

用于阳性和阴性对照刺激物的pMHC分别为A*0201/MLA-001(从Melan-A/MART-1中修饰制得的肽ELAGIGILTV(SEQ ID NO.179))和A*0201/DDX5-001(从DDX5中获得的YLLPAIVHI(SEQ ID NO.180))。

800.000珠/200μl包裹于含有4x 12.5ng不同生物素-pMHC的96孔板、进行洗涤，随后加入体积为200μl的600ng生物素抗-CD28。在37℃下，在含5ng/ml IL-12(PromoCell)的200μlTCM中共培养1x10⁶CD8+T细胞与2x10⁵的清洗涂层珠3天，从而启动刺激。之后，一半培养基与补充80U/ml IL-2的新鲜TCM进行交换，并且培养在37℃下持续4天。这种刺激性周期总共进行3次。对于使用每条件8种不同pMHC分子的pMHC多聚体读出，二维组合编码方法如前述使用(Andersen et al.，2012)，稍作修饰，涵盖耦合至5种不同的荧光染料。最后，用Live/dead near IR染料(Invitrogen公司，Kalsruhe，德国)、CD8-FITC抗体克隆SK1(BD公司，Heidelberg，德国)和荧光pMHC多聚体而执行多聚体分析。对于分析，使用了配有合适激光仪和筛检程序的BD LSRII SORP细胞仪。肽特异性细胞以占总CD8+细胞的百分比形式进行计算。多聚体分析结果使用FlowJo软件(Tree Sta公司，Oregon，美国)进行评估。特定多聚体+CD8+淋巴细胞的体外填装用与阴性对照刺激组比较而进行检测。如果健康供体中的至少一个可评价的体外刺激孔在体外刺激后发现含有特异性CD8+ T细胞株(即该孔包含至少1％特定多聚体+CD8+ T细胞，并且特定多聚体+的百分比至少为阴性对照刺激中位数的10倍)，则检测给定抗原的免疫原性。

胰腺癌肽体外免疫原件

对于受到测试的HLA-I类肽，可通过肽特异性T细胞株的生成证明其体外免疫原性。TUMAP特异性多聚体对本发明的2种肽染色后流式细胞仪检测的典型结果如图3所示，同时也含有相应的阴性对照信息。本发明4种肽的结果汇总于表10A。

表10：本发明中HLAI类肽的体外免疫原性。

申请人对本发明的HLA-A*02限制肽所做的体外免疫原性实验的示例性结果。提示了体外免疫原性实验的结果。阳性孔和供体(其他可评价)的百分比概括为＜20％＝+；20％-49％＝++；50％-69％＝+++；＞＝70％＝++++

实施例4

肽的合成

所有的肽通过使用Fmoc策略以标准、广为接受的固相肽合成法合成。每个肽的身份和纯度已使用质谱和RP-HPLC分析法确定。用冻干法(三氟乙酸盐)获得白色至类白色的肽，纯度为＞50％。所有的TUMAP优选作为三氟乙酸盐或乙酸盐进行给药，其他药用盐形式也可以。

实施例5

MHC结合测定

本发明基于T细胞疗法的候选肽进一步测试其MHC结合能力(亲和性)。单个肽-MHC复合体通过UV-配体交换产生，其中，紫外线敏感肽经紫外线照射后裂解，与分析的相关肽交换。只有能够有效地结合并稳定肽接受MHC分子的候选肽才能阻止MHC复合物的解离。为了确定交换反应的产率，将基于稳定MHC复合物轻链(β2m)的检测结果进行ELISA测定。检测总体上按照Rodenko等人在(Rodenko et al.，2006)中描述的方法进行。

96孔Maxisorp板(NUNC)在室温下在PBS中以2ug/ml链霉包被过夜，用4倍洗涤并在37。C下在含封闭缓冲液的2％BSA中封闭1小时。折迭的HLA-A*02：01/MLA-001单体作为标准品，涵盖15-500ng/ml的范围。紫外线交换反应的肽-MHC单体在封闭缓冲液中稀释100倍。样本在37℃下孵育1小时，洗涤四次，在37℃下以2ug/ml HRP缀合抗-β2m温育1小时，再次洗涤，并以NH₂SO₄封堵的TMB溶液进行检测。在450nm处测量吸收。在生成和产生抗体或其片段时和/或T细胞受体或其片段时，通常优选显示为高交换产率(优选为高于50％，最优选为高于75％)的候选肽，这是因为它们对MHC分子表现出足够的亲合力，并能防止MHC复合物的解离。

MHC-I类结合分数。HLA-I类限制肽与HLA-A*02：01的结合根据肽交换产量分类：≥10％＝+；≥20％＝++；≥50＝+++；≥75％＝++++

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<120> 用于免疫治疗的新型肽和肽组合物以及用于胰腺癌和其他癌症的支架产生方法

<130> I32845WO

<150> GB1510771.7

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<150> US62/182,026

<151> 2015-06-19

<160> 180

<170> PatentIn 版本 3.5

<210> 1

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<213> 智人（Homo sapiens）

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Ala Leu Asp Asp Met Ile Ser Thr Leu

1 5

<210> 98

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 98

Ala Leu Asp Gln Lys Val Arg Ser Val

1 5

<210> 99

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 99

Ala Leu Glu Ser Phe Leu Lys Gln Val

1 5

<210> 100

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 100

Ala Leu Phe Gly Ala Gly Pro Ala Ser Ile

1 5 10

<210> 101

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 101

Ala Leu Val Glu Glu Asn Gly Ile Phe Glu Leu

1 5 10

<210> 102

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 102

Ala Leu Tyr Pro Gly Thr Asp Tyr Thr Val

1 5 10

<210> 103

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 103

Ala Val Ala Ala Val Leu Thr Gln Val

1 5

<210> 104

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 104

Phe Leu Gln Pro Asp Leu Asp Ser Leu

1 5

<210> 105

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 105

Phe Leu Ser Glu Val Phe His Gln Ala

1 5

<210> 106

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 106

Phe Val Trp Ser Gly Thr Ala Glu Ala

1 5

<210> 107

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 107

Phe Val Tyr Gly Gly Pro Gln Val Gln Leu

1 5 10

<210> 108

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 108

Ile Ala Asp Gly Gly Phe Thr Glu Leu

1 5

<210> 109

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 109

Ile Leu Ala Ser Val Ile Leu Asn Val

1 5

<210> 110

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 110

Ile Leu Leu Thr Gly Thr Pro Ala Leu

1 5

<210> 111

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 111

Leu Leu Leu Ala Ala Ala Arg Leu Ala Ala Ala

1 5 10

<210> 112

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 112

Leu Leu Ser Asp Val Arg Phe Val Leu

1 5

<210> 113

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 113

Leu Met Met Ser Glu Asp Arg Ile Ser Leu

1 5 10

<210> 114

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 114

Ser Leu Phe Pro His Asn Pro Gln Phe Ile

1 5 10

<210> 115

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 115

Ser Leu Met Asp Pro Asn Lys Phe Leu Leu Leu

1 5 10

<210> 116

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 116

Ser Met Met Asp Pro Asn His Phe Leu

1 5

<210> 117

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 117

Ser Val Asp Gly Val Ile Lys Glu Val

1 5

<210> 118

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 118

Thr Leu Trp Tyr Arg Pro Pro Glu Leu

1 5

<210> 119

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 119

Val Leu Gly Asp Asp Pro Gln Leu Met Lys Val

1 5 10

<210> 120

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 120

Val Leu Val Asn Asp Phe Phe Leu Val

1 5

<210> 121

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 121

Tyr Leu Asp Glu Asp Thr Ile Tyr His Leu

1 5 10

<210> 122

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 122

Met Gln Ala Pro Arg Ala Ala Leu Val Phe Ala

1 5 10

<210> 123

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 123

Lys Ile Ser Thr Ile Thr Pro Gln Ile

1 5

<210> 124

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 124

Ala Leu Phe Glu Glu Ser Gly Leu Ile Arg Ile

1 5 10

<210> 125

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 125

Ala Leu Leu Gly Lys Leu Asp Ala Ile Asn Val

1 5 10

<210> 126

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 126

Ala Leu Leu Ser Leu Asp Pro Ala Ala Val

1 5 10

<210> 127

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 127

Ala Leu Ser Asp Leu Ala Leu His Phe Leu

1 5 10

<210> 128

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 128

Ala Leu Tyr Asp Val Arg Thr Ile Leu Leu

1 5 10

<210> 129

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 129

Ala Leu Tyr Glu Lys Asp Asn Thr Tyr Leu

1 5 10

<210> 130

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 130

Phe Leu Phe Gly Glu Glu Pro Ser Lys Leu

1 5 10

<210> 131

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 131

Phe Leu Ile Glu Glu Gln Lys Ile Val Val

1 5 10

<210> 132

<211> 12

<212> PRT

<213> 智人

<400> 132

Phe Leu Trp Ala Gly Gly Arg Ala Ser Tyr Gly Val

1 5 10

<210> 133

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 133

Ile Leu Asp Asp Val Ser Leu Thr His Leu

1 5 10

<210> 134

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 134

Ile Leu Leu Ala Glu Gly Arg Leu Val Asn Leu

1 5 10

<210> 135

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 135

Lys Leu Asp Asp Thr Tyr Ile Lys Ala

1 5

<210> 136

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 136

Lys Leu Phe Pro Gly Phe Glu Ile Glu Thr Val

1 5 10

<210> 137

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 137

Lys Leu Gly Pro Glu Gly Glu Leu Leu

1 5

<210> 138

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 138

Asn Ile Phe Pro Asn Pro Glu Ala Thr Phe Val

1 5 10

<210> 139

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 139

Ser Ile Asp Arg Asn Pro Pro Gln Leu

1 5

<210> 140

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 140

Ser Leu Leu Asn Pro Pro Glu Thr Leu Asn Leu

1 5 10

<210> 141

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 141

Ser Leu Thr Glu Gln Val His Ser Leu

1 5

<210> 142

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 142

Ser Leu Tyr Gly Tyr Leu Arg Gly Ala

1 5

<210> 143

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 143

Thr Ala Asp Pro Leu Asp Tyr Arg Leu

1 5

<210> 144

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 144

Thr Ala Val Ala Leu Leu Arg Leu Leu

1 5

<210> 145

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 145

Thr Thr Phe Pro Arg Pro Val Thr Val

1 5

<210> 146

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 146

Val Leu Ile Ser Gly Val Val His Glu Ile

1 5 10

<210> 147

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 147

Tyr Ala Phe Pro Lys Ala Val Ser Val

1 5

<210> 148

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 148

Tyr Leu His Asn Gln Gly Ile Gly Val

1 5

<210> 149

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 149

Ile Leu Gly Thr Glu Asp Leu Ile Val Glu Val

1 5 10

<210> 150

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 150

Ala Leu Phe Gln Pro His Leu Ile Asn Val

1 5 10

<210> 151

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 151

Ala Leu Leu Asp Ile Ile Arg Ser Leu

1 5

<210> 152

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 152

Ala Leu Leu Glu Pro Glu Phe Ile Leu Lys Ala

1 5 10

<210> 153

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 153

Ala Leu Pro Lys Glu Asp Pro Thr Ala Val

1 5 10

<210> 154

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 154

Lys Val Ala Asp Leu Val Leu Met Leu

1 5

<210> 155

<211> 12

<212> PRT

<213> 智人

<400> 155

Leu Leu Leu Asp Pro Asp Thr Ala Val Leu Lys Leu

1 5 10

<210> 156

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 156

Leu Leu Leu Pro Pro Pro Pro Cys Pro Ala

1 5 10

<210> 157

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 157

Met Leu Leu Glu Ile Pro Tyr Met Ala Ala

1 5 10

<210> 158

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 158

Ser Leu Ile Glu Lys Tyr Phe Ser Val

1 5

<210> 159

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 159

Ser Leu Leu Asp Leu His Thr Lys Val

1 5

<210> 160

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 160

Val Leu Leu Pro Asp Glu Arg Thr Ile Ser Leu

1 5 10

<210> 161

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 161

Tyr Leu Pro Asp Ile Ile Lys Asp Gln Lys Ala

1 5 10

<210> 162

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 162

Asn Ala Asp Pro Gln Ala Val Thr Met

1 5

<210> 163

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 163

Val Met Ala Pro Arg Thr Leu Val Leu

1 5

<210> 164

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 164

Tyr Leu Gly Arg Leu Ala His Glu Val

1 5

<210> 165

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 165

Tyr Leu Leu Ser Tyr Ile Gln Ser Ile

1 5

<210> 166

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 166

Ser Leu Phe Pro Gly Gln Val Val Ile

1 5

<210> 167

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 167

Met Leu Phe Gly His Pro Leu Leu Val Ser Val

1 5 10

<210> 168

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 168

Ser Glu Trp Gly Ser Pro His Ala Ala Val Pro

1 5 10

<210> 169

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 169

Phe Met Leu Pro Asp Pro Gln Asn Ile

1 5

<210> 170

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 170

Ile Leu Ala Pro Ala Gly Ser Leu Pro Lys Ile

1 5 10

<210> 171

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 171

Leu Leu Leu Asp Val Thr Pro Leu Ser Leu

1 5 10

<210> 172

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 172

Thr Met Met Ser Arg Pro Pro Val Leu

1 5

<210> 173

<211> 11

<212> PRT

<213> 智人

<400> 173

Ser Leu Ala Gly Asp Val Ala Leu Gln Gln Leu

1 5 10

<210> 174

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 174

Thr Leu Asp Pro Arg Ser Phe Leu Leu

1 5

<210> 175

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 175

Ala Leu Leu Glu Ser Ser Leu Arg Gln Ala

1 5 10

<210> 176

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 176

Tyr Leu Met Pro Gly Phe Ile His Leu

1 5

<210> 177

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 177

Ser Leu Tyr Lys Gly Leu Leu Ser Val

1 5

<210> 178

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 178

Lys Ile Gln Glu Ile Leu Thr Gln Val

1 5

<210> 179

<211> 10

<212> PRT

<213> 智人

<400> 179

Glu Leu Ala Gly Ile Gly Ile Leu Thr Val

1 5 10

<210> 180

<211> 9

<212> PRT

<213> 智人

<400> 180

Tyr Leu Leu Pro Ala Ile Val His Ile

1 5

Claims

1.一种肽，其由SEQ ID No.5组成，其中所述肽与主要组织兼容性复合体(MHC)的分子结合和/或诱导与该肽发生T细胞交叉反应，及其一种药用盐，其中所述肽不是一种全长多肽。

2.根据权利要求1所述的肽，其中所述肽有能力与MHC-I或-II类分子结合，并且其中所述肽与MHC结合时能够被CD4和/或CD8T细胞识别。

3.根据权利要求1或2所述的肽，其中所述肽为融合蛋白的一部分。

4.根据权利要求3所述的肽，其中所述融合蛋白包含HLA-DR抗原相关不变链(Ii)的N-端氨基酸。

5.一种核酸，其编码根据权利要求1至4中任一项所述的肽。

6.根据权利要求5所述的核酸，其中所述核酸连接到异源启动子序列。

7.一种表达载体，其能够表达根据权利要求5或6所述的核酸。

8.一种重组宿主细胞，其包含根据权利要求1至4中任一项所述的肽、根据权利要求5或6中所述的核酸或根据权利要求7中所述的表达载体。

9.根据权利要求8所述的重组宿主细胞，其中所述宿主细胞为抗原提呈细胞。

10.根据权利要求9所述的重组宿主细胞，其中所述宿主细胞是树突状细胞。

11.一种制备根据权利要求1至4中任一项所述的肽的方法，该方法包括培养根据权利要求8-10中任一项所述的重组宿主细胞，所述宿主细胞提呈根据权利要求1至4所述的肽或表达根据权利要求5或6所述的核酸或包含根据权利要求7所述的表达载体，以及从该宿主细胞或其培养基中分离出所述肽。

12.一种体外制备激活的T淋巴细胞的方法，该方法包括将T细胞与在合适的抗原提呈细胞或模拟抗原提呈细胞的人工构建体的表面上表达的载有抗原的人I或II类MHC分子进行体外接触足够的一段时间从而以抗原特异性方式激活所述T细胞，其中所述抗原为根据权利要求1至4中任一项所述的肽。

13.根据权利要求12中所述的方法制备的激活的T细胞，其选择性地识别一种细胞，该细胞提呈包含权利要求1或2给定的氨基酸序列的多肽。

14.根据权利要求13所述的激活的T细胞在制备用于杀灭患者中靶细胞的药物中的用途，其中所述靶细胞提呈一种多肽，该多肽包含权利要求1或2给定的氨基酸序列，其中给予患者有效量的权利要求13中定义的激活的T细胞。

15.根据权利要求1至4任一项中所述的肽、根据权利要求5或6中所述的核酸、根据权利要求7中所述的表达载体、根据权利要求8-10中任一项所述的重组宿主细胞或根据权利要求13所述的激活的T细胞在制备用于抗黑色素瘤、尿膀胱癌、子宫内膜癌、非小细胞肺癌、肝癌、结肠或直肠癌、食管癌和过表达包含SEQ ID No.5的肽序列的蛋白质的其他肿瘤的癌症的药物中的用途。

16.一种套件，其包括：

(a)一个容器，其包含溶液或冻干形式的药物组合物，所述药物组合物含有根据权利要求1至4任一项所述的肽、根据权利要求5或6所述的核酸、根据权利要求7所述的表达载体、根据权利要求8-10中任一项所述的宿主细胞或根据权利要求13所述的激活的T细胞。

17.根据权利要求16所述的套件，其中所述套件还包括(b)第二容器，其含有用于冻干粉剂型的稀释剂或重组溶液。

18.根据权利要求16或17所述的套件，其中所述套件还包括(c)至少一种另外的肽，其选自由SEQ ID No.1至SEQ ID No.4和SEQ ID No.6至SEQ ID No.178组成的组。

19.根据权利要求16或17所述的套件，其中所述套件还包括(d)(i)使用溶液或(ii)重组和/或使用冻干粉剂型的说明书。

20.根据权利要求16或17所述的套件，进一步包括以下中的一个或多个：(iii)缓冲剂，(iv)稀释剂，(v)过滤器，(vi)针头，或(v)注射器。

21.根据权利要求16或17所述的套件，其中所述肽为SEQ ID No.5。

22.一种药物组合物，其包括至少一种活性成分，该成分选自以下项组成的组

a)由SEQ ID No.5组成的肽；

b)包含根据a)中所述的肽以及HLA-DR抗原相关不变链(Ii)的N-端第1至80氨基酸的融合蛋白，

c)编码a)或b)的核酸，或包含所述核酸的表达载体，

d)包括c)中表达载体的宿主细胞，

e)激活的T淋巴细胞，通过一种方法获得，该方法包括将T细胞与在合适的抗原提呈细胞表面表达的a)中所述的肽进行体外接触足够的一段时间从而以抗原特异性方式激活所述T细胞；以及将这些激活的T细胞转入自体或其他患者的方法，

f)缀合的或标记的根据a)至e)任一项的肽或支架以及药用载体。

23.根据权利要求22所述的药物组合物，其中f)包含药用赋形剂和/或稳定剂。