CN103649329A

CN103649329A - 诊断和/或筛选剂及其用途

Info

Publication number: CN103649329A
Application number: CN201180066193.5A
Authority: CN
Inventors: 理查德·布鲁斯·布兰登; 默文·里斯·托马斯; 格伦·斯通
Original assignee: Immunexpress Pty Ltd
Current assignee: ImmuneXpress; Immunexpress Pty Ltd
Priority date: 2010-11-26
Filing date: 2011-11-24
Publication date: 2014-03-19
Also published as: AU2011334548A1; US20140037649A1; EP2643483A4; EP2643483A1; CA2818887A1; AU2011334548B2; WO2012068642A1

Abstract

本发明公开了用于哺乳动物中败血症、感染阴性系统性炎性反应综合征(SIRS)和手术后炎症的诊断、宿主响应检测、监测、治疗或管理的方法和装置。更具体地，本发明公开了用于区分败血症和感染阴性SIRS，包括手术后炎症的标记基因和它们的剪接变体以及它们的表达产物，以及这些标记在这些病况的分级、监测、治疗和管理中的用途。

Description

诊断和/或筛选剂及其用途

技术领域

本发明一般涉及用于哺乳动物中败血症、感染阴性系统性炎性反应综合征(SIRS)和手术后炎症的诊断、宿主响应检测、监测、治疗或管理的方法和装置。更具体地，本发明涉及用于区分败血症和感染阴性SIRS、包括手术后炎症的标记基因和它们的剪接变体以及它们的表达产物，以及这些标记在这些病况的分级、监测、治疗和管理中的用途。本发明可实际应用于轻微或亚临床状态的败血症或感染阴性SIRS或手术后炎症的早期诊断和诊断，检测作为活动性或进行性疾病的一部分的特定细胞免疫响应，监测临床感染受试者，以及对临床和亚临床感染受试者制定更好的治疗和管理决策。另外，本发明还可实际用于对重症监护病房或加强监护病房的患者进行败血症或感染阴性SIRS或手术后炎症的监测和分级，以及临床结果的预测。

背景技术

系统性炎性反应综合征(SIRS)的表征为发热或低体温，白细胞增多或白细胞减少症，呼吸急促和心动过速。SIRS可具有感染性或非感染性病因并据描述与包括胰腺炎、局部缺血、多重创伤和严重组织损伤在内的危重病况有关。大型开放性的外科手术是一种受控形式的物理损伤，其可引起不同程度的系统性炎症。事实上，已有人报道心脏搭桥手术(Chello et al.，2006，Critical CareMedicine34(3)：660-667)、开放性的腹部大动脉修复术(Btown et al.，2003，Journalof Vascular Surgery37(3)：600-606)以及开放性的结直肠切除术(Haga et al.，1997，Critical Care Medicine25(12)：1994-2000)后的SIRS的发生是非常常见的并且是引起包括死亡在内的术后并发症的重要原因。由Michalopoulos和他的同事们公开的调查结果显示在他们的病房中100％的心脏外科手术患者(n＝2615；平均年龄60.8.7岁)在手术后前12小时的护理中发展了SIRS(Michalopoulos et al.，2005，Intensive Care Medicine22(1)：S134)。近来的研究表明，基于来自重大身体伤害和创伤的细胞损伤(坏死)的量，线粒体蛋白释放入血液循环并激发损伤相关分子模式(DAMP)。值得注意的是，线粒体是一种细胞器，通过一种称为内共生进化的过程最初来源于细菌。正是这些DAMP通过固有免疫系统激发急性期反应，其生物学上与感染期释放的病原相关分子模式(PAMP)一致(Zhang et al，2010，Nature464：104-107)。

如果除了所有上述SIRS临床表现外还怀疑感染，那么将使用术语败血症。可将败血症定义为一种针对感染的系统炎性响应；通常为革兰氏阴性菌或革兰氏阳性菌或真菌感染。然而，血液循环病原体的微生物证据对于确认败血症的诊断来说不是必要的。严重败血症可包括低血压和器官功能不全的迹象。当不能用静脉内液来管理低血压时，可诊断为感染性休克(Bone et al，1992，Chest101：1644-55；American College of Chest Physicians/Society of Critical CareMedicine Consensus Conference.Definitions of sepsis and organ failure andguidelines for the use of innovative therapies in sepsis.1992，Crit Care Med.20(6)：864-874；Bernard et al，(PROWESS Study Group)，2001，N Engl J Med.344(10)：699-709.)。因此，1991年的协商会议中推荐，当患者被鉴定为患有SIRS或多器官功能障碍综合征(MODS)时，应采用连续的(即，每日或更频繁地)风险分级或可能性评估技术来描述该综合征的进程(Bone et al，1992，supra；American College of Chest Physicians/Society of Critical Care Medicine ConsensusConference，1992，supra)。

败血症是一种威胁生命的病症，是成年加护病房18％到50％之间的患者死亡率的主要原因(Sundararaian et al，2005，Crit Care Med.33：71-80；Finfer et al，2004，Care Med.30：589-596；Martin et al，2003，N Engl J Med.348：1546-1554；Australian Institute of Health＆Welfare，Canberra(2006).Mortality over thetwentieth century in Australia.Trends and pattems in maj or causes of death.Mortality Surveillance Series，Number4，p49)。在发达国家，由于老龄化人群、免疫受损患者(如接受化疗的患者，或者进行器官移植的患者，或者长期服用皮质类固醇的患者)、慢性疾病患者寿命的增加、抗微生物剂耐受特别是年轻人群的抗微生物剂耐受以及病毒性疾病如AIDS，败血症的发病率预计将上升。

抗微生物剂耐受，特别是革兰氏阴性杆菌的抗微生物剂耐受，已成为重症监护患者管理中的一个重要问题(Hotchkiss and Donaldson.2006，Nature ReviewsImmunology6：813-822；Eber et al.，2010，Arch Intern Med.170(4)：374-353)。近来的证据表明，滥用抗生素可导致耐药性，因此，为减少三级医疗监护室中的消耗，抗生素治疗期间的指导是必不可少的(Hanberger et al，1999，JAMA.281：61-71)。

每年全球发生大约2000万例严重败血症，这也解释了欧洲达135,000的死亡数和美国达215,000的死亡数(Neuhauser et al.，2003，JAMA.289：885-888)。

在美国，虽然这些传染病的一半估计是社区感染获得的，但是研究表明另外一半与医院获得性感染(HAI)有关，这也解释了多达14天每个患者平均消费46,000美元的增加的住院患者入院，(Goldmann et al，1996，JAMA.275：234-40)。不仅在重症监护方面，而且对于血液科、器官移植、内科肿瘤和手术后住院患者来说，细菌性和真菌性败血症都是重大的医学挑战。

败血症可引发复杂的免疫反应，所述免疫反应随时间变化且依赖于已有的并发病。虽然近来的研究表明该病况中炎症反应和抗炎反应都有发生，但是在宿主对微生物入侵的反应早期，普遍存在一种超炎性信号。也就是说，大多数败血症病例都是由在具有免疫能力的宿主中通常不引起系统性疾病的细菌和真菌引起的。局部的固有免疫机制主要刺激细胞因子、趋化因子、前列腺素和白三烯的释放，其可增加局部感染源的血流量并引起白细胞的涌入。在这个过程中，作为先天免疫响应的一部分，toll样受体(TLR)也被激活并具有除了影响抗原特异的适应性响应之外直接的抗微生物活性。TLR是一种模式识别受体，一旦微生物破坏皮肤或肠屏障，TLR即可识别PAMP(Hotchkiss et al，2009，NatureMedicine.15(5)：496-497)。然而，宿主固有防御能力的薄弱以及内毒素或其它毒力因子的释放可在强烈的炎性反应后迅速地引起严重的败血症。

几十年来，败血症诊断和治疗的基石已确定了致病性血液循环病原体，并定量了单一免疫相关的血液分析物——未必是特异针对败血症但是常用来评估患者对病原体的生理响应的医学决定因素。目前，细菌和真菌检测的黄金标准是在微生物培养基上的血液培养，其目的是为了使致病微生物得以生长。这种方法在鉴定出微生物以及提供抗生素的敏感性通常之前需要48-72小时的孵育如此便可实现与初始经验性治疗相对照的基于证据的治疗。与此相反，近来Hotchkiss等人(Adib-Conquy et al，2009，Thromb Haemast.101(1)：36-47)提出，败血症的发展表明过剩的固有免疫响应的有害后果。尽管大多数患者在该“超炎症期”存活，但也有人提出接下来将是称为免疫麻痹的延长的免疫抑制阶段(Monneret et al，2008，Mol Med.14(1-2)：64-78；Wade et al，2009，Science326：865-876)。这种继发性免疫抑制被表征为针对阳性对照抗原的迟发型超敏反应的丧失，不能清除原发感染和可能包括正常潜伏病毒如CMV或HHV激活的继发感染的发生。总之，这意味着目前的临床焦点应放在加强/维持危重患者的免疫能力上。因此，为达到这一临床目标，需要一种监测免疫系统状态的方法，以便在恰当的时间进行免疫治疗。

根据治疗和管理计划，SIRS(本文也称为“感染阴性SIRS”)和败血症是非常不同的。在最初出现在急诊室时，即使只是疑似感染，表现两个或更多SIRS诊断标准的患者也将用同静脉注射糖皮质激素(GCS)和抗生素治疗。经验性治疗会持续，直到获知阳性的微生物学结果，既往病史被证实和/或对早期管理已经出现了积极的临床反应。如果基于临床表现和入院原因，所述SIRS响应与急性创伤如机动车伤害或急性炎性病况如过敏反应有关是明确的，当有指征时(where indicated)，将给予患者其它静脉内液，血液制剂或肾上腺素。然而，对具有真正SIRS响应的患者来说尽早进行明确的处理以保存抗生素的疗效是很重要的。同样地，给予有细菌或真菌感染的患者以抗生素而不是类固醇以使得免疫功能不被损害也是必要的。当除了发热外还具有生命体征如心率和血压临床显著变化的患者进入急诊室时，鉴别诊断难度指数级增加。这些是感染阴性SIRS和感染性SIRS早期阶段的体征和症状且不可能从临床上区分这两种疾病。然而，虽然可以根据生理端点(physiological endpoints)来区分这两种疾病，但是分子生物学仍被认为是唯一能识别发展严重感染时所出现的化学特征变化的。

目前，由于新的分子表达谱为几小时内甚至几分钟内评估出多种生物学标记物的不连续而独特的变化提供了机会，临床病理学诊断实践正朝着基因-蛋白-代谢物靶向途径发展。高特异性和高灵敏性、低污染风险以及低血液收集和处理速度的结合，使得分子技术如实时定量PCR(qRT PCR)技术成为相对于微生物培养而言更有效的选择。

鉴于进入三级医疗监护室的大多数患者(＞80％)均有不同病因引起的SIRS，包括重大外科手术后的SIRS，因此，对疑似感染或有高感染风险的那些患者进行早期鉴别、分级和监测，以启动基于证据且目标导向的医学治疗具有重大的临床意义。这是很关键的，因为对于感染和未感染的SIRS的紧急处理计划是非常不同的。由于还未鉴定出清楚的感染位点，依赖于经验性治疗意味着一些患者可能接受着过量的抗生素，而另一些患者则在接受免疫抑制性治疗(如皮质类固醇)。而且，一旦患者被鉴定出患有败血症，那么临床医生有必要考虑使用常规的免疫系统监测以调整依赖于免疫系统状态、感染类型和可能与败血症相关的多器官并发症的治疗。

发明内容

本发明源于对败血症患者、感染阴性SIRS(本文也称为“inSIRS”)患者和重大外科手术后患者的外周血中某些单个基因表达的转录物范围不同的意外发现。具体地，本发明人发现，在这些病况之间单个基因的某些外显子(本文也称为“病况区分外显子(condition-separating exons)”)在外周血中存在差异表达，而来自相同基因的其它外显子不存在这种差异表达。基于这个发现，本发明人开发了利用病况区分外显子检测败血症、inSIRS和重大外科手术后的系统性炎症存在、不存在或发展风险的各种各样的方法和试剂盒。在某些实施方案中，与现有技术的检测方法和试剂盒相比，这些检测方法和试剂盒显示出超越不能区分重大外科手术后的系统性炎症和感染阴性的SIRS的现有技术的检测方法和试剂盒的重大进步。相应地，在这些实施方案中，本发明提供了区分这两组自身以及这两组与败血症的方法以允许炎性响应的定性或定量分级，如同存在从手术后炎症直到败血症的炎性响应的严重程度的“连续谱”。

因此，本发明显示了超越败血症、感染阴性SIRS和手术后炎症的现有管理技术的重大的进步。在某些优选实施方案中，它取决于对宿主细胞中、尤其是宿主的血液循环白细胞中某些标记物水平的检测。在一些以血液循环白细胞为分析对象的实施方案中，一般认为，在广泛的组织损伤发生前的病程的非常早期阶段检测败血症及其相关疾病(本文也称为“败血症相关疾病”)的宿主响应存在与否的将是切实可行的。

本发明通过检测宿主细胞中可以被测量的宿主响应，解决了区分败血症、感染阴性SIRS和手术后炎症的问题。优选的实施方案包含监测免疫系统外周血白细胞中的特定基因转录物的表达，这种监测可能体现在与活动性疾病或疾病响应存在有关的RNA水平或蛋白产物模式改变上。

因此，在一个方面，本发明提供了评估受试者是否患有或者有风险发展选自败血症、感染阴性SIRS(以下称为“inSIRS”)和手术后炎症的多种病况中的一种的方法。这些方法一般包括：将该受试者中产生多转录物的基因(multi-transcript-producing gene)的至少一种表达产物(本文也称为“炎性响应连续谱”(inflammatory response continuum，IRC)标记表达产物)的水平与选自手术后炎症阳性受试者、inSIRS阳性受试者、败血症阳性受试者和正常受试者的至少一种对照受试者的相应IRC标记表达产物的水平进行比较，其中，所述至少一种IRC标记表达产物的水平与相应IRC标记表达产物水平的差异表明了该受试者是否患有或者有风险发展所述病况中的一种，其中预先确定所述至少一种IRC标记表达产物在所述疾病的至少两种疾病之间存在差异表达，以及其中预先确定来自该产生多转录物的基因的至少另外一种表达产物不存在这种差异表达。所述至少一种ICR标记表达产物可相应选自ICR标记转录物或ICR标记多肽。

在一些实施方案中，所述产生多转录物的基因选自由下列组成的组：含锚蛋白重复序列和死亡结构域1A(ANKDD1A)基因、rho2(GABRR2)基因、正小齿同源物1(OTX1)基因、泛连接蛋白2(PANX2)基因、扁菱形蛋白5同系物2(Drosophila)(RHBDF2)基因、SLAM家族成员7(SLAMF7)基因、自噬/beclin-1调节子1(AMBRAl)基因、羧酸酯酶2(肠，肝)(CES2)基因、酪蛋白水解肽酶B同系物(E.coli)(CLPB)基因、同源结构域相互作用蛋白激酶2(HIPK2)基因和染色体1开放读码框91(C10RF91)基因、N-去乙酰酶N-磺基转移酶(类肝素葡糖胺基)1(NDSTI)基因、溶质载体家族36(质子/氨基酸同向转运体)(成员1(SLC36A1)基因、ADAM金属肽酶结构域19(解链蛋白酶β)(ADAM19)基因、cullin7(CUL7)基因、甲状腺球蛋白(TG)基因、程序化细胞死亡1配体2(PDCD1LG2)基因、谷氨酸受体(离子型(N-甲基D-天冬氨酸样1A(GRINL1A)基因、红褐蛋白(环指1(MGRN1)基因、互养蛋白(β2(抗肌萎缩蛋白结合蛋白A1(59kDa(碱性组分2)(SNTB2)基因、周期蛋白依赖性激酶5(调节亚基1(p35)(CDK5R1)基因、葡萄糖苷酶(α；酸性(GAA)基因，剑蛋白p60亚基A样2(KATNAL2)基因、癌胚抗原相关的细胞粘附分子4(CEACAM4)基因、锌指蛋白335(ZNF335)基因、含天冬氨酸β-羟化酶结构域2(ASPHD2)基因、含酸性重复序列(ACRC)基因、嗜乳脂蛋白样3/嗜乳脂蛋白样8(BTNL3，BTLN8)基因、莫罗尼(Moloney)白血病病毒10同系物(小鼠)(MOV10)基因、中介复合体亚基12样(MED12L)基因、kelch样6(Drosophila)(KLHL6)基因、PDZ和LIM结构域5(PDLIM5)基因、UDP-N-乙酰基-α-D-半乳糖胺：多肽N-乙酰基半乳糖胺基转移酶10(GALNT10)基因、分离蛋白1(SCRN1)基因、泡状(癌症过表达(促存活蛋白1(VOPP1、RP11-289110.2)基因、FK506结合蛋白9，63kDa(FKBP9，FKBP9，FKBP9L，AC091812.2)基因、驱动蛋白家族成员27(KIF27)基因、piwi样4(Drosophila)(PIWIL4)基因、端粒酶相关蛋白1(TEP1)基因、GTP环化水解酶1、(GCH1)基因、富含脯氨酸11、(PRR11)基因、钙粘蛋白2，1型，N-钙粘蛋白(神经元的)(CDH2)基因、蛋白磷酸酶1B样(FLJ40125，AC138534.1)(PPM1N)基因、相关RAS病毒(r-ras)癌基因同系物，(RRAS)基因、多萜基二磷酸寡聚糖蛋白葡糖基转移酶，(DDOST)基因、前咽缺陷1同系物A(C.elegans)(APH1A)基因、微管蛋白酪氨酸连接酶(TTL)基因、睾丸表达261，(TEX261)基因、辅酶Q2同系物、异戊二烯基转移酶(酵母)(COQ2)基因、FCH和双SH3结构域1，(FCHSD1)基因、BCL2-拮抗剂/杀伤(BCL2-antagonist/killer)1，(BAK1)基因、溶质载体家族25(线粒体载体；磷酸盐载体)成员25，(SLC25A25)基因、RELT肿瘤坏死因子受体，(RELT)基因、酸性磷酸酶2，溶酶体的，(ACP2)基因、TBC1结构域家族，成员2B，(TBC1D2B)基因、范科尼贫血(Fanconi anemia)，互补组A，(FANCA)基因，溶质载体家族39(金属离子转运体)成员11，(SLC39A11)基因。

在一些实施方案中，所述方法包括将至少一种IRC标记转录物水平与相应IRC标记转录物水平进行比较，其中所述IRC标记转录物选自由下列组成的组：(a)包含与SEQ ID NO：1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、455、457、459、461、463、465、467、469、471、473、475、477、479、481、483、485、487、489、491、493、495、497、499、501、503、505、507、509、511、513或515中任一个所展示的序列或其互补物共有至少70％(或至少71％到至少99％以及其间的所有整数百分比)序列同一性的核苷酸序列的多核苷酸；(b)包含编码含SEQID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514或516中任一个所展示的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列的多核苷酸；(c)包含编码与SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、4、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514或516中所展示的序列的至少一部分共有至少70％(或至少71％到至少99％和其间的所有整数百分比)序列相似性或同一性的多肽的核苷酸序列的多核苷酸；(d)包含能够在至少中等或高严格度条件下与(a)、(b)、(c)或其互补物杂交的核苷酸序列的多核苷酸表达产物。

在一些实施方案中，所述方法包括将至少一种IRC标记多肽的水平与相应IRC标记多肽的水平进行比较，其中所述IRC标记多肽选自由下列组成的组：(i)包含SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514或516中任一个所展示的氨基酸序列的多肽；和(ii)包含与SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514或516中任一个所展示的氨基酸序列共有至少70％(或至少71％到至少99％及其间的所有整数百分比)序列相似性或同一性的氨基酸序列的多肽。

在一些实施方案中，所述方法包括：(1)测量从所述受试者获得的生物样本中至少一种IRC标记表达产物的水平，和(2)将测得的每个IRC标记表达产物的水平与从所述至少一个对照受试者获得的参考样本中相应IRC标记表达产物的水平进行比较。在这种类型的示例性说明的实例中，所述方法包括：当所测量的某个或每个IRC标记表达产物水平与所测量的某个或每个相应IRC标记表达产物水平不同时，评估所述受试者是否患有或者有风险发展所述多种病况中的一种。在某些实施方案中，单个IRC标记表达产物水平至少是单个相应的IRC表达产物水平的至少110％、120％、130％、140％、150％、160％、170％、180％、190％、200％、300％、400％、500％、600％、700％、800％、900％或1000％，或者不超过单个相应的IRC表达产物水平的大约95％、90％、80％、70％、60％、50％、40％、30％、20％、10％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.01％、0.001％或者0.0001％，这在下文称为“差异表达”。

在一些实施方案中，通过在所述受试者中检测到来自选自由KIF27、OTX1，CDK5R1、FKBP9、CDH2、ADAM19、BTNL3/8和PANX2(以下称为“名单A”)组成的组的产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47或48个IRC标志表达产物的水平与手术后炎症阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比降低来确定为败血症的存在或者发展败血症的风险。在一些实施方案中，通过在所述受试者中检测到来自选自由KIF27、OTX1、CDK5R1、FKBP9、CDH2、ADAM19、BTNL3/8和PANX2(即，名单A)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47或48个IRC标志表达产物水平与败血症对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比增高来确定手术后炎症的存在或者发展手术后炎症的风险。在这些实施方案的示例性说明的实例中，所述KIF27IRC标记表达产物包含相应于选自KIF27外显子4和外显子7的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的KIF27IRC转录物如SEQ ID NO：1，3，5，7和9中所示，代表性的KIF27IRC多肽如SEQ ID NO：2，4，6，8和10中所示。在另外的示例性说明的实例中，所述OTX1IRC标记表达产物包含相应于OTX1外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的OTX1IRC转录物如SEQ ID NO：11和13中所示，代表性的OTX1IRC多肽如SEQ ID NO：12和14所示。在另外的示例性说明的实例中，所述CDK5R1IRC标记表达产物包含相应于CDK5R1外显子2的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的CDK5R1IRC转录物如SEQ ID NO：15所示，代表性的CDK5R1IRC多肽如SEQ ID NO：16所示。在另外的示例性说明的实例中，所述FKBP9IRC标记表达产物包含相应于FKBP9外显子10的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的FKBP9IRC转录物如SEQ ID NO：17所示，代表性的FKBP9IRC多肽如SEQ ID NO：18所示。在另外的示例性说明的实例中，所述CDH2IRC标记表达产物包含相应于CDH2外显子10的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的CDH2IRC转录物如SEQ ID NO：19和21所示，代表性的CDH2IRC多肽如SEQ ID NO：20和22所示。在另外的示例性说明的实例中，所述ADAM19IRC标记表达产物包含相应于ADAM19外显子10的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的ADAM19IRC转录物如SEQ ID NO：23、25、27和29所示，代表性的ADAM19IRC多肽如SEQ ID NO：24、26、28和30所示。在另外的示例性说明的实例中，所述BTNL8/3IRC标记表达产物包含相应于BTNL8/3外显子6的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的BTNL8/3IRC转录物如SEQ ID NO：31、33、35、37、39和41所示，代表性的BTNL8/3IRC多肽如SEQ ID NO：32、34、36、38、40和42所示。在另外的示例性说明的实例中，所述PANX2IRC标记表达产物包含相应于选自PANX2外显子1和外显子2的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的PANX2IRC转录物如SEQ ID NO：43、45和47所示，代表性的PANX2IRC多肽如SEQ ID NO：44、46和48所示。关于名单A中各基因的剪接变异和确定败血症和手术后炎症存在或风险的能力，相应的序列号，log倍数变化(和方向)，T调节的P值，基因中相关的外显子数目和可能的外显子数目的信息见表7。

在一些实施方案中，通过在所述受试者中检测到来自选自由PDLIM5、SCRN1、ASPHD2、VOPP1、ACRC、GALNT10、AC1385341、MED12L、RHBDF2、KLHL6、TEP1、PIWIL6、PRR1、RRAS、TG、ANKDD1A、GABRR2、MOV10、SLAMF7、PDCDILG2和GCH1(以下称为“名单B”)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157或158个IRC标志表达产物的水平与手术后炎症阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比增高来确定败血症的存在或者发展败血症的风险。在一些实施方案中，通过在所述受试者中检测到来自选自由PDLIM5、SCRN1、ASPHD2、VOPP1、ACRC、GALNT10、AC1385341、MED12L、RHBDF2、KLHL6、TEP1、PLWIL6、PRR1、RRAS、TG、ANKDD1A、GABRR2、MOV10、SLAMF7、PDCDILG2和GCH1(即，名单B)组成的组的至少一个产生多转录物的基因中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157或158个IRC标志表达产物的水平与败血症对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比降低来确定手术后炎症的存在或者发展手术后炎症的风险。在这些实施方案的示例性说明的实例中，所述PDLIM5IRC标记表达产物包含相应于PDLIM5外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的PDLIM5IRC转录物如SEQ ID NO：49所示，非限制性的PDLIM5IRC多肽如SEQ IDNO：50所示。在另外的示例性说明的实例中，所述SCRN1IRC标记表达产物包含相应于SCRN1外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的SCRN1IRC转录物如SEQ ID NO：51、53、55、57、59、61和63所示，代表性的SCRN1IRC多肽如SEQ ID NO：52、54、56、58、60、62和64所示。在另外的示例性说明的实例中，所述ASPHD2IRC标记表达产物包含相应于ASPHD2外显子4的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的ASPHD2IRC转录物如SEQ ID NO：65、67和69所示，代表性的ASPHD2IRC多肽如SEQ ID NO：66、68和70所示。在另外的示例性说明的实例中，所述VOPP1 IRC标记表达产物包含相应于VOPP1外显子3的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的VOPP1IRC转录物如SEQ ID NO：71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91和93所示，代表性的VOPP1IRC多肽如SEQ ID NO：72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92和94所示。在另外的示例性说明的实例中，所述ACRC IRC标记表达产物包含相应于选自ACRC外显子3和外显子5的一个或两个外显子的核苷酸序列或者由该一个或两个外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的ACRC IRC转录物如SEQ ID NO：95和97所示，非限制性的ACRC IRC多肽如SEQ ID NO：96和98所示。在另外的示例性说明的实例中，所述GALNT10IRC标记表达产物包含相应于GALNT10外显子6的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的GALNT10IRC转录物如SEQ ID NO：99和101所示，代表性的GALNT10IRC多肽如SEQ ID NO：100和102所示。在另外的示例性说明的实例中，所述AC1385341IRC标记表达产物包含相应于AC1385341外显子3的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的AC1385341IRC转录物如SEQ IDNO：103，105，107、109、111、113、115、117、119、121和123所示，代表性的AC1385341IRC多肽如SEQ ID NO：104、106、108、110、112、114、116、118、120、122和124所示。在另外的示例性说明的实例中，所述MED12L IRC标记表达产物包含相应于MED12L外显子17的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的MED12L IRC转录物如SEQ ID NO：125和127所示，代表性的MED12L IRC多肽如SEQ ID NO：126和128所示。在另外的示例性说明的实例中，所述RHBDF2IRC标记表达产物包含相应于RHBDF2外显子6、9、10、11、14、17、18或19的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的RHBDF2IRC转录物如SEQ ID NO：129、131和133所示，代表性的RHBDF2IRC多肽如SEQ ID NO：130、132和134所示。在另外的示例性说明的实例中，所述KLHL6IRC标记表达产物包含相应于KLHL6外显子7的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的KLHL6IRC转录物如SEQ ID NO：135所示，代表性的KLHL6IRC多肽如SEQ ID NO：136所示。在另外的示例性说明的实例中，所述TEP1IRC标记表达产物包含相应于TEP1外显子49的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的TEP1IRC转录物如SEQ ID NO：137和139所示，非限制性的TEP1IRC多肽如SEQ ID NO：138和140所示。在另外的示例性说明的实例中，所述PIWIL6IRC标记表达产物包含相应于选自PIWIL6外显子2和外显子14的一个或两个外显子的核苷酸序列或者由该一个或两个外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的PIWIL6IRC转录物如SEQ ID NO：141和143所示，非限制性的PIWIL6IRC多肽如SEQ ID NO：142和144所示。在另外的示例性说明的实例中，所述PRR11IRC标记表达产物包含相应于选自PRR11外显子4和外显子5的一个或两个外显子的核苷酸序列或者由该一个或两个外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的PRR11IRC转录物如SEQ ID NO：145所示，非限制性的PRR11IRC多肽如SEQ ID NO：146所示。在另外的示例性说明的实例中，所述RRAS IRC标记表达产物包含相应于RRAS外显子1的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的RRASIRC转录物如SEQ ID NO：147所示，代表性的RRAS IRC多肽如SEQ ID NO：148所示。在另外的示例性说明的实例中，所述TG IRC标记表达产物包含相应于TG外显子6的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的TG IRC转录物如SEQ ID NO：149和151所示，非限制性的TG IRC多肽如SEQ ID NO：150和152所示。在另外的示例性说明的实例中，所述ANKDD1AIRC标记表达产物包含相应于ANKDD1A外显子7的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的ANKDD1A IRC转录物如SEQID NO：153、155、157、159和161所示，非限制性的ANKDD1A IRC多肽如SEQ ID NO：154、156、158、160和162所示。在另外的示例性说明的实例中，所述GABRR2IRC标记表达产物包含相应于GABRR2外显子7、8或9的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的GABRR2IRC转录物如SEQID NO：163和165所示，示例性的GABRR2IRC多肽如SEQ ID NO：164和166所示。在另外的示例性说明的实例中，所述MOV10IRC标记表达产物包含相应于MOV10外显子6的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的MOV10IRC转录物如SEQ ID NO：167、169、171、173、175和177所示，代表性的MOV10IRC多肽如SEQ ID NO：168、170、172、174、176和178所示。在另外的示例性说明的实例中，所述SLAMF7IRC标记表达产物包含相应于SLAMF7外显子2、3、4或5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的SLAMF7IRC转录物如SEQ ID NO：179、181、183、185、187、189、191和193所示，非限制性的SLAMF7IRC多肽如SEQ ID NO：180、182、184、186、188、190、192和194所示。在另外的示例性说明的实例中，所述PDCD1LG2IRC标记表达产物包含相应于PDCD1LG2外显子1和2中的一个或两个外显子的核苷酸序列或者由该一个或两个外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的PDCD1LG2IRC转录物如SEQ ID NO：195和197所示，非限制性的PDCD1LG2IRC多肽如SEQ ID NO：196和198所示。在另外的示例性说明的实例中，所述GCH1IRC标记表达产物包含相应于GCH1外显子2的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的GCH1IRC转录物如SEQ ID NO：199、201、203和205所示，代表性的GCH1IRC多肽如SEQ ID NO：1200、202、204和206所示。关于名单B中各基因的剪接变异和确定败血症和手术后炎症存在或风险的能力，相应的序列号，log倍数变化(和方向)，T调节的P值，基因中相关的外显子数目和可能的外显子数目的信息见表7。

在一些实施方案中，通过在所述受试者中检测到来自选自由RELT、ACP2、FCHSD1、CLPB、SLC39A1、TBC1D2B、APH1A、DDOST、BAK1、SLC25A25A、COQ2、FANCA、PIWIL4、ZNF335、TEX261、GABRR2、VOPP1、ITL、CES2、GALNT10、C1ORF91、AMBRA1和SCRN1(以下称为“名单C”)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155或156个IRC标志表达产物的水平与inSIRS阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比增高来确定败血症的存在或者发展患败血症的风险。在一些实施方案中，通过在所述受试者中检测到来自选自由RELT、ACP2、FCHSD1、CLPB、SLC39A1、TBC1D2B、APH1A、DDOST、BAK1、SLC25A25A、COQ2、FANCA、PIWIL4、ZNF335、TEX261、GABRR2、VOPP1、ITL、CES2、GALNT10、C1ORF91、AMBRA1和SCRN1(即，名单C)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、7、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155或156个IRC标志表达产物的水平与败血症阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比降低来确定inSIRS的存在或者发展inSIRS的风险。在这些实施方案的示例性说明的实例中，所述RELTIRC标记表达产物包含相应于RELT外显子4的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的RELT IRC转录物如SEQ ID NO：307和209所示，示例性的RELT IRC多肽如SEQ ID NO：208和210所示。在另外的示例性说明的实例中，所述ACP2IRC标记表达产物包含相应于ACP2外显子7的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的ACP2IRC转录物如SEQ ID NO：211所示，非限制性的ACP2IRC多肽如SEQ ID NO：212所示。在另外的示例性说明的实例中，所述FCHSD1IRC标记表达产物包含相应于FCHSD1外显子14的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示范性的FCHSD1IRC转录物如SEQ ID NO：213和215所示，示范性的FCHSD1IRC多肽如SEQ ID NO：214和216所示。在另外的示例性说明的实例中，所述CLPB IRC标记表达产物包含相应于CLPB外显子10的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的CLPB IRC转录物如SEQ ID NO：217、219和221所示，代表性的CLPB IRC多肽如SEQ ID NO：218、220和222所示。在另外的示例性说明的实例中，所述SLC39A11IRC标记表达产物包含相应于SLC39A11外显子2的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的SLC39A11IRC转录物如SEQ ID NO：223所示，非限制性的SLC39A11IRC多肽如SEQ ID NO：224所示。在另外的示例性说明的实例中，所述TBC1D2BIRC标记表达产物包含相应于TBC1D2B外显子13的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的TBC1D2B IRC转录物如SEQ ID NO：225、227和229所示，示例性的TBC1D2B IRC多肽如SEQ ID NO：226、228和230所示。在另外的示例性说明的实例中，所述APH1AIRC标记表达产物包含相应于APH1A外显子1的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的APH1A IRC转录物如SEQ ID NO：231、233、235、237、239和241所示，示例性的APH1A IRC多肽如SEQ ID NO：232、234、236、238、240和242所示。在另外的示例性说明的实例中，所述DDOST IRC标记表达产物包含相应于DDOST外显子2的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的DDOST IRC转录物如SEQ ID NO：243所示，非限制性的DDOST IRC多肽如SEQ ID NO：244所示。在另外的示例性说明的实例中，所述BAK1 IRC标记表达产物包含相应于BAK1外显子7的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的BAK1 IRC转录物如SEQ ID NO：245和247所示，示例性的BAK1 IRC多肽如SEQ ID NO：246和248所示。在另外的示例性说明的实例中，所述SLC25A25A IRC标记表达产物包含相应于SLC25A25A外显子10的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的SLC25A25A IRC转录物如SEQ ID NO：249、251、253、255、257、259和261所示，示例性的SLC25A25AIRC多肽如SEQ ID NO：250、252、254、256、258、260和262所示。在另外的示例性说明的实例中，所述COQ1 IRC标记表达产物包含相应于COQ1外显子1的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的COQ1 IRC转录物如SEQ ID NO：263、265和267所示，示例性的COQ1IRC多肽如SEQ ID NO：264、266和268所示。在另外的示例性说明的实例中，所述FANCA IRC标记表达产物包含相应于FANCA外显子35的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的FANCA IRC转录物如SEQ ID NO：269和271所示，示例性的FANCA IRC多肽如SEQ ID NO：270和272所示。在另外的示例性说明的实例中，所述PIWIL4 IRC标记表达产物包含相应于选自PIWIL4外显子2或14的一个或两个外显子的核苷酸序列或者由该一个或两个外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的PIWIL4 IRC转录物如SEQ ID NO：273和275，非限制性的PIWIL4 IRC多肽如SEQ ID NO：274和276所示。在另外的示例性说明的实例中，所述ZNF335 IRC标记表达产物包含相应于ZNF335外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的ZNF335 IRC转录物如SEQ IDNO：277、279和281所示，示例性的ZNF335 IRC多肽如SEQ ID NO：278、280和282所示。在另外的示例性说明的实例中，所述TEX261 IRC标记表达产物包含相应于TEX261外显子3的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的TEX261 IRC转录物如SEQ ID NO：283和285所示，示例性的TEX261IRC多肽如SEQ ID NO：284和286所示。在另外的示例性说明的实例中，所述GABRR2 IRC标记表达产物包含相应于选自GABRR2外显子7、8或9的1个、2个或每个外显子的核苷酸序列或者由该1个、2个或每个外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的GABRR2 IRC转录物如SEQ ID NO：287和289所示，非限制性的GABRR2 IRC多肽如SEQ ID NO：288和290所示。在另外的示例性说明的实例中，所述VOPP1 IRC标记表达产物包含相应于VOPP1外显子3的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的VOPP1 IRC转录物如SEQ ID NO：291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311和313所示，示例性的VOPP1 IRC多肽如SEQ ID NO：292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312和314所示。在另外的示例性说明的实例中，所述TTL IRC标记表达产物包含相应于TTL外显子7的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。一个非限制性的TTL IRC转录物如SEQ ID NO：315所示，一个非限制性的TTL IRC多肽如SEQ ID NO：316所示。在另外的示例性说明的实例中，所述CES2 IRC标记表达产物包含相应于CES2外显子1的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的CES2 IRC转录物如SEQID NO：317和319所示，示例性的CES2IRC多肽如SEQ ID NO：318和320所示。在另外的示例性说明的实例中，所述GALNT10IRC标记表达产物包含相应于GALNT10外显子6的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的GALNT10IRC转录物如SEQ ID NO：321和323所示，示例性的GALNT10IRC多肽如SEQ ID NO：322和324所示。在另外的示例性说明的实例中，所述C1ORF91 IRC标记表达产物包含相应于C1ORF91外显子2的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的C1ORF91 IRC转录物如SEQ ID NO：325、327、329、331、333和335所示，示例性的C1ORF91 IRC多肽如SEQ IDNO：326、328、330、332、334和336所示。在另外的示例性说明的实例中，所述AMBRA1 IRC标记表达产物包含相应于选自AMBRA1外显子2或4的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的AMBRA1 IRC转录物如SEQ ID NO：337、339、341、343、345和347所示，非限制性的AMBRA1IRC多肽如SEQ ID NO：338、340、342、344、346和348所示。在另外的示例性说明的实例中，所述SCRN1 IRC标记表达产物包含相应于SCRN1外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的SCRN1IRC转录物如SEQ ID NO：349、351、353、355、357、359和361所示，示例性的SCRN1IRC多肽如SEQ ID NO：350、352、354、356、358、360和362所示。关于名单C中各基因的剪接变异和确定败血症和手术后炎症存在或风险的能力，相应的序列号，log倍数变化(和方向)，T调节的P值，基因中相关的外显子数目和可能的外显子数目的信息见表8。

在一些实施方案中，通过在所述受试者中检测到来自选自由GRINL1A和KATNAL2(以下称为“名单D”)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个IRC标志表达产物的水平与inSIRS阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比降低来确定败血症的存在或者发展败血症的风险。在一些实施方案中，通过在所述受试者检测到来自选自由GRINL1A和KATNAL2(即，名单D)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个IRC标志表达产物的水平与败血症阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比增高来确定inSIRS的存在或者发展inSIRS的风险。在这些实施方案的示例性说明的实例中，所述GRINL1IRC标记表达产物包含相应于GRINL1外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的GRINL1IRC转录物如SEQ ID NO：363、365、367、369、371、373、375和377所示，非限制性的GRINL1 IRC多肽如SEQ ID NO：364、366、368、370、372、374、376和378所示。在另外的示例性说明的实例中，所述KATNAL2 IRC标记表达产物包含相应于KATNAL2外显子3的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的KATNAL2 IRC转录物如SEQ ID NO：379和381所示，示例性的KATNAL2 IRC多肽如SEQ ID NO：380和382所示。关于名单D中各基因的剪接变异和确定败血症和手术后炎症的存在或风险的能力，相应的序列号，log倍数变化(和方向)，T调节的P值，基因中相关的外显子数目和可能的外显子数目的信息见表8。

在一些实施方案中，通过在所述受试者中检测到来自选自由PDCD1LG2、KATLNAL2、GRINL1A、ACRC、TG和ASPHD2(以下称为“名单E”)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37或38个IRC标志表达产物的水平与手术后炎症阳性的对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比增高来确定inSIRS的存在或者发展inSIRS的风险。在一些实施方案中，通过在所述受试者中检测来自选自由PDCD1LG2、KATLNAL2、GRINL1A、ACRC、TG和ASPHD2(即，名单E)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37或38个IRC标志表达产物的水平与inSIRS阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比降低来确定手术后炎症的存在或者发展手术后炎症的风险。在这些实施方案的示例性说明的实例中，所述PDCD1LG2 IRC标记表达产物包含相应于PDCD1LG2外显子1或外显子2的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的PDCD1LG2 IRC转录物如SEQ ID NO：383和385所示，非限制性的PDCD1LG21 IRC多肽如SEQ ID NO：384和386所示。在另外的示例性说明的实例中，所述KATNAL2 IRC标记表达产物包含相应于KATNAL2外显子3的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的KATNAL2 IRC转录物如SEQ ID NO：387和389所示，示例性的KATNAL2 IRC多肽如SEQ ID NO：388和390所示。在另外的示例性说明的实例中，所述GRINL1 IRC标记表达产物包含相应于GRINL1外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的GRINL1 IRC转录物如SEQ ID NO：391、393、395、397、399、401、403和405所示，非限制性的GRINL1 IRC多肽如SEQ ID NO：392、394、396、398、400、402、404和406所示。在另外的示例性说明的实例中，所述ACRC IRC标记表达产物包含相应于选自ACRC外显子3或5的一个或两个外显子的核苷酸序列或者由该一个或两个外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的ACRC IRC转录物如SEQ ID NO：407和409所示，非限制性的ACRC IRC多肽如SEQ ID NO：408和410所示。在另外的示例性说明的实例中，所述TG IRC标记表达产物包含相应于TG外显子6的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。非限制性的TG IRC转录物如SEQ ID NO：411和413所示，非限制性的TG IRC多肽如SEQ ID NO：412和414所示。在另外的示例性说明的实例中，所述ASPHD2 IRC标记表达产物包含相应于ASPHD2外显子4的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的ASPHD2 IRC转录物如SEQID NO：415、417和419所示，代表性的ASPHD2 IRC多肽如SEQ ID NO：416、418和420所示。关于名单E中各基因的剪接变异和确定败血症和手术后炎症存在或风险的能力，相应的序列号，log倍数变化(和方向)，T调节的P值，基因中相关的外显子数目和可能的外显子数目的信息见表9。

在一些实施方案中，其中通过在所述受试者中检测到来自选自由CUL7、BTNL8/3、PANX2、C1ORF91、ZNF335、MGRN1、GAA、CDK5R1、SNTB2、CLPB、ADAM19、SLC36A1、FKBP9、NDST1、HIPK2和CEACAM4(下文称为“名单F”)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95或96个IRC标志表达产物的水平与手术后炎症阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比的降低来确定inSIRS的存在或者发展inSIRS的风险。在一些实施方案中，通过在所述受试者中检测到来自选自由CUL7、BTNL8/3、PANX2、C1ORF91、ZNF335、MGRN1、GAA、CDK5R1、SNTB2、CLPB、ADAM19、SLC36A1、FKBP9、NDST1、HIPK2 and CEACAM4(即，名单F)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95或96个IRC标志表达产物的水平与inSIRS阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比增高来确定手术后炎症的存在或者发展手术后炎症的风险。在这些实施方案的非限制性的实施例中，所述CUL7 IRC标记表达产物包含相应于CUL7外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示范性的CUL7 IRC转录物如SEQ ID NO：421所示，示范性的CUL7 IRC多肽如SEQ ID NO：422所示。在示例性说明的实例中，所述HIPK2 IRC标记表达产物包含相应于HIPK2外显子11的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。在另外的示例性说明的实例中，所述BTNL8/3 IRC标记表达产物包含相应于BTNL8/3外显子6的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的BTNL8/3 IRC转录物如SEQ ID NO：423、425、427、429、431和433所示，代表性的BTNL8/3 IRC多肽如SEQ ID NO：424、426、428、430、432和434所示。在另外的示例性说明的实例中，所述PANX2 IRC标记表达产物包含相应于选自PANX2外显子1或2的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的PANX2 IRC转录物如SEQ ID NO：435、437和439所示，示例性的PANX2 IRC多肽如SEQ ID NO：436、438和440所示。在另外的示例性说明的实例中，所述C1ORF91 IRC标记表达产物包含相应于C1ORF91外显子2的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的C1ORF91 IRC转录物如SEQ ID NO：441、443、445、447、449和451所示，示例性的C1ORF91IRC多肽如SEQ ID NO：442、444、446、448、450和452所示。在另外的示例性说明的实例中，所述ZNF335 IRC标记表达产物包含相应于ZNF335外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的ZNF335 IRC转录物如SEQ ID NO：453、455和457所示，示例性的ZNF335 IRC多肽如SEQ ID NO：454、456和458所示。在另外的示例性说明的实例中，所述MGRN1 IRC标记表达产物包含相应于MGRN1外显子4的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的MGRN1 IRC转录物如SEQ ID NO：459、461和463所示，示例性的MGRN1 IRC多肽如SEQ ID NO：460、462和464所示。在另外的示例性说明的实例中，所述GAA IRC标记表达产物包含相应于GAA外显子3的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的GAA IRC转录物如SEQ ID NO：465、467和469所示，示例性的GAA IRC多肽如SEQ ID NO：466、468和470所示。在另外的示例性说明的实例中，所述CDK5R1 IRC标记表达产物包含相应于CDK5R1外显子2的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的CDK5R1 IRC转录物如SEQ ID NO：471所示，示例性的CDK5R1 IRC多肽如SEQ ID NO：472所示。在另外的示例性说明的实例中，所述SNTB2 IRC标记表达产物包含相应于SNTB2外显子4的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。示例性的SNTB2 IRC转录物如SEQ ID NO：473所示，示例性的SNTB2 IRC多肽如SEQ ID NO：474所示。在另外的示例性说明的实例中，所述CLPB IRC标记表达产物包含相应于CLPB外显子10的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的CLPB IRC转录物如SEQ IDNO：475、477和479所示，代表性的CLPB IRC多肽如SEQ ID NO：476，478和480所示。在另外的示例性说明的实例中，所述ADAM19 IRC标记表达产物包含相应于ADAM19外显子10的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的ADAM19 IRC转录物如SEQ ID NO：481、483、485和487所示，代表性的ADAM19 IRC多肽如SEQ ID NO：482、484、486和488所示。在另外的示例性说明的实例中，所述SLC36A1 IRC标记表达产物包含相应于SLC36A1外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的SLC36A1 IRC转录物如SEQ ID NO：489、491、493和495所示，代表性的SLC36A1 IRC多肽如SEQ ID NO：490、492、494和496所示。在另外的示例性说明的实例中，所述FKBP9 IRC标记表达产物包含相应于FKBP9外显子10的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。代表性的FKBP9 IRC转录物如SEQ ID NO：497和499所示，代表性的FKBP9 IRC多肽如SEQ ID NO：498和500所示。在另外的示例性说明的实例中，所述CEACAM4 IRC标记表达产物包含相应于选自CEACAM4外显子5、7或23的1个、2个或每个外显子的核苷酸序列或者由该1个、2个或每个外显子所编码的氨基酸序列。示例性的CEACAM4 IRC转录物如SEQ ID NO：501和503所示，示例性的CEACAM4 IRC多肽如SEQ ID NO：502和504所示。示例性的HIPK2 IRC转录物如SEQ ID NO：505、507、509和511所示，示例性的HIPK2 IRC多肽如SEQ ID NO：506、508、510和512所示。关于名单F中各基因的剪接变异和确定败血症和手术后炎症的存在或风险的能力，相应的序列号，log倍数变化(和方向)，T调节的P值，基因中相关的外显子数目和可能的外显子数目的信息见表9。

在一些实施方案中，所述方法包括检测1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56或57个产生多转录物的基因(本文也称为“IRC产生多转录物的基因”)中每一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个单个IRC表达产物的水平。例如，所述方法可能包括测量选自ANKDD1A、GABRR2、OTX1、PANX2、RHBDF2、SLAMF7、AMBRA1、CES2、CLPB、HIPK2、C1ORF91、NDST1、SLC36A1、ADAM19、CUL7、TG、PDCD1LG2、GRINL1A、MGRN1、SNTB2、CDK5R1、GAA、KATNAL2、CEACAM4、ZNF335、ASPHD2、ACRC、BTNL8、MOV10、MED12L、KLHL6、PDLIM.5、GALNT10、SCRN1、VOPP1、FKBP9、KIF27、PIWIL4、TEP1、GCH1、PRR11、CDH2、PPM1N、RRAS、DDOST、APH1A、TTL、TEX261、COQ2、FCHSD1、BAK1、SLC25A25、RELT、ACP2、TBC1D2B、FANCA或SLC39A11的IRC产生多转录物的基因的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个IRC标记多核苷酸的水平，单独或与来自56、55、54、53、52、51、50、49、48、47、46、45、44、43、42、41、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3或2个ICR产生多转录物的基因中的每一个或者或1个其他的IRC产生多转录物的基因的多达1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个单个IRC标记多核苷酸组合。在其他实施方案中，所述方法包括测量来自上文定义的IRC产生多转录物的基因的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个IRC标记多肽的水平，单独或与来自56、55、54、53、52、51、50、49、48、47、46、45、44、43、42、41、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2个另外的IRC产生多转录物的基因中的每一个或者1个其他的IRC产生多转录物的基因的多达1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个单个IRC标记多肽组合。

在该类示例性说明的实例中，所述方法进一步包括检测分别来自名单A、B、C、D、E和F中的两个或更多个名单的至少一个IRC标记表达产物的水平。在具体的实施方案中，所述方法包括检测来自所述名单中的一个的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自所述名单中的另一个的至少一个不同的IRC标记表达产物的水平。在这一类型示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单C的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单C的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单C的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单D的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单D的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单E的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

在其它实施方案中，所述方法包括检测来自选自名单A、B、C、D、E和F的三个名单中的每一个的至少一个IRC标记表达产物的水平。在这一类型示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单C的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单C的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单D的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

在其它实施方案中，所述方法包括检测来自选自名单A、B、C、D、E和F的四个名单中的每一个的至少一个IRC标记表达产物的水平。在这一类型示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单C的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

在其它实施方案中，所述方法包括检测来自选自名单A、B、C、D、E和F的五个名单中的每一个的至少一个IRC标记表达产物的水平。在这一类型示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。在另外的示例性说明的实例中，所述方法包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单A的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

在其它实施方案中，所述方法包括检测来自名单A、B、C、D、E和F中每一个的至少一个IRC标记表达产物的水平。

在一些实施方案中，所述方法进一步包括：当所测量所述或每个IRC表达产物的水平或功能活性与对照受试者是正常受试者时所测量的所述或每个相应表达产物的水平或功能活性相同或相似时，诊断不存在败血症、inSIRS或手术后炎症。在这些实施方案中，所测量的单个IRC表达产物的水平或功能活性相对于所测量的单个相应表达产物的水平或功能活性的变化不超过约20％、18％，16％，14％、12％、10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％或0.1％，这在下文称为“正常表达”。

在某些实施方案中，选择一组IRC标记表达产物来区分败血症与inSIRS、败血症与手术后炎症、败血症与正常、inSIRS与手术后炎症、inSIRS与正常或手术后炎症与正常，以至少约70％、80％、85％、90％或95％的灵敏性，适当结合至少约70％、80％、85％、90％或95％的特异性。在一些实施方案中，灵敏性和特异性都至少为约75％、80％、85％、90％或95％。

优选地，所述生物样本包括血液，尤其是适当包含白细胞的外周血。适合地，所述表达产物选自RNA分子或多肽。在一些实施方案中，所述表达产物与相应表达产物相同。在另外的实施方案中，所述表达产物是相应表达产物的变体(如等位基因变体)。

在某些实施方案中，所述表达产物或相应表达产物是靶RNA(如mRNA)或该靶RNA的DNA拷贝，其水平可使用在至少低度、中度或高度严格条件下与所述靶RNA或DNA拷贝进行杂交的至少一个核酸探针测量，其中所述核酸探针包含IRC标记多核苷酸上的至少15个连续核苷酸。在这些实施方案中，所测量的所述靶RNA或其DNA拷贝的水平或丰度以同一样品中的参考RNA或该参照RNA的DNA拷贝的水平或丰度为参考进行标准化。适合地，所述核酸探针被固定在固体或半固体支持物上。在这一类型的示例性说明的实例中，所述核酸探针成为核酸探针空间阵列(spatial array)的一部分。在一些实施方案中，结合到所述靶RNA或DNA拷贝的核酸探针的水平可通过杂交(如，使用核酸阵列)进行测量。在另外的实施方案中，结合所述靶RNA或DNA拷贝的核酸探针的水平可通过核酸扩增(如，使用聚合酶链反应(PCR))进行测量。在另外的实施方案中，结合所述靶RNA或DNA拷贝的核酸探针的水平可通过核酸酶保护试验进行测量。

在另外的实施方案中，所述表达产物或相应表达产物是靶多肽，其水平可使用与该靶多肽具有免疫相互作用的至少一种抗原结合分子进行测量。在这些实施方案中，所测量的所述靶多肽的水平以同一样品中的参考多肽的水平为参考进行标准化。适合地，所述抗原结合分子被固定在固体或半固体支持物上。在这一类型的示例性说明的实例中，所述抗原结合分子成为抗原结合分子空间阵列(spatial array)的一部分。在一些实施方案中，结合所述靶多肽的抗原结合分子的水平可通过免疫试验(如，使用ELISA)进行测量。

在另外的实施方案中，所述表达产物或相应表达产物是靶多肽，其水平可使用该靶多肽的至少一种底物进行测量，该底物可与该靶多肽反应生成反应产物。在这些实施方案中，所测量的所述靶多肽的功能活性以同一样品中的参考多肽的功能活性为参考进行标准化。

在一些实施方案中，一种系统可用于实施如上文广泛定义的诊断方法，该系统适当包括与基站偶联的至少一个终端站。所述基站可适当用于(a)通过通讯网络从终端站接收受试者数据(subject data)，其中所述受试者数据表示与所述生物样本中至少一个表达产物的测量的或标准化的水平或功能活性相对应的参数值，和(b)将所述受试者数据与表示所述参考样本的至少一种相应表达产物的测量的或标准化饿水平或功能活性的预定数据进行比较，从而确定所述生物样本中的所述表达产物的水平或功能活性与所述参考样本的相应表达产物的水平或功能活性的差异。理想地，所述基站可进一步用于提供对于手术后炎症、inSIRS或败血症的存在、不存在或者程度的诊断。在这些实施方案中，所述基站可进一步通过通讯网络将诊断指示传送至终端站。

另一方面，本发明涉及如上文广泛定义的方法在手术后炎症或者能引起败血症或inSIRS的病症的监测、治疗或管理中的用途，其示例性说明的实例包括胎盘滞留，脑膜炎，子宫内膜异位，休克，中毒性休克(即，使用棉条的后遗症)，肠胃炎，盲肠炎，溃疡性结肠炎，Crohn氏病，炎性肠病，酸肠综合征(acidgut syndrome)，肝功能衰竭和肝硬化，新生儿初乳传递失败(failure ofcolostrumtransfer in neonates)，局部缺血(任何器官的)，菌血症，体腔如腹膜腔、心包腔、腱鞘(thecal)和胸膜腔内感染，烧伤，严重创伤，过度运动或刺激，血液透析，带有无法忍受的疼痛的疾病(如，胰腺炎、肾结石)，外科手术和非愈合性损伤。对于这些应用，本发明的诊断方法通常以有效监测败血症、inSIRS或手术后炎症早期发展的频率使用以使这些病况的早期治疗性干预和治疗成为可能。在示例性说明的实例中，所述诊断方法以至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小时的间隔或至少1、2、3、4、5或6天的间隔，或至少每周，每两周或每月的间隔进行使用。

因此，在一个相关的方面，本发明提供了用于治疗、预防或抑制受试者发展败血症、inSIRS或手术后炎症中至少一种病况的方法。所述方法包括：

-将所述受试者的产生多转录物的基因的至少一种IRC表达产物的水平与选自手术后炎症阳性受试者、inSIRS阳性受试者和败血症阳性受试者的至少一种对照受试者的相应IRC标记表达产物的水平进行比较，其中所述至少一种IRC标记表达水平与所述相应IRC标记表达产物水平的差异表明所述受试者是否患有或者有风险发展所述病况中的一种，其中预先确定所述至少一种IRC标记表达产物在所述疾病的至少两种疾病之间存在差异表达，以及其中预先确定来自所述产生多转录物的基因的至少一种其他表达产物并未这样差异表达；以及

-在所述受试者败血症检测呈阳性的基础上，向所述受试者施用有效量的治疗或改善败血症的症状或者逆转或抑制败血症发展的剂，或者

-在所述受试者inSIRS检测呈阳性的基础上，向所述受试者施用有效量的治疗或改善inSIRS的症状或者逆转或抑制inSIRS发展的剂，或者

-在所述受试者手术后炎症检测呈阳性的基础上，向所述受试者施用有效量的治疗或改善症状或者逆转或抑制手术后炎症发展的剂。

败血症的治疗或药剂的代表性的例子包括但不限于抗生素，静脉内液，血管活性剂，用于损害或受损器官的姑息性支撑(如用于呼吸窘迫的氧气，用于血容量减少的液体)和对要害器官的密切监测。

这种inSIRS的治疗或药剂的非限制性的例子包括但不限于抗生素，类固醇，静脉内液，糖皮质激素，血管活性剂，用于损害或受损器官的姑息性支撑(如用于呼吸窘迫的氧气，用于血容量减少的液体)和对要害器官的密切监测。

这种手术后炎症的治疗或药剂的示范性例子包括但不限于抗生素，静脉内液和抗炎药剂。

本发明的另一方面在用于评估或诊断败血症、inSIRS或手术后炎症的存在或发展风险、或区分败血症、inSIRS或手术后炎症的试剂盒的说明书中，提供如上文广泛定义的至少一种IRC标记多核苷酸、或如上文广泛定义的至少一种IRC标记多肽、或包括与编码如上文广泛定义的IRC标记多肽的核苷酸序列的至少一部分一致或互补的核苷酸序列或者主要由与编码如上文广泛定义的IRC标记多肽的核苷酸序列的至少一部分一致或互补的核苷酸序列组成的至少一种探针的用途，或者与如上文广泛定义的IRC标记多肽具有免疫相互作用的至少一种抗原结合分子的用途。

具体实施方案

除非另有指明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所属领域普通技术人员通常理解的相同含义。虽然与本文描述的相似或等同的任何方法和材料均可用于实施或测试本发明，但是描述了优选的方法和材料。为了本发明的目的，下文定义了下列术语。

如本文所用的，冠词“一(a)”和“一(an)”是指一个或多于一个(即，至少一个)该冠词的语法客体。举例来讲，“一个元件”意指一个元件或多于一个元件。

本文用于描述IRC表达的术语“异常表达”是指IRC标记表达产物(例如转录物或多肽)相对于如本文所定义的对照受试者中相应IRC标记表达产物表达水平取的过度表达(上调)或表达不足(下调)并且涵盖相对于参考样品组织样品或体液中IRC标记表达产物(例如转录物或多肽)的较高或较低水平。在某些实施方案中如果在从测试受试者中获得的生物样品中IRC标记表达产物的水平是从如本文所定义的对照受试者中相应IRC标记基因表达产物表达水平至少110％、120％、130％、140％、150％、160％、170％、180％、190％、200％、300％、400％、500％、600％、700％、800％、900％或1000％，或不多于约95％、90％、80％、70％、60％、50％、40％、30％、20％、10％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.01％、0.001％或0.0001％，那么IRC标记表达产物为异常表达。

“约”意指测量结果、数量、水平、数值、数字、频率、百分比、尺寸、大小、量、重量或长度比参考测量结果、数量、水平、数值、数字、频率、百分比、尺寸、大小、量、重量或长度变化10、9、8、7、6、5、4、3、2或1％。

术语“扩增子”是指扩增的靶序列和/或扩增的靶序列的扩增产物。在某些其它实施方案中，“扩增子”可包含用于扩增的探针或引物序列。

“抗原结合分子”是指对靶抗原具有结合亲和性的分子。应当理解的是该术语可扩展至表现出抗原结合活性的免疫球蛋白、免疫球蛋白片段和非免疫球蛋白衍生的蛋白质框架。

如本文所用的，术语“特异性结合”、“特异性免疫相互作用”等指某抗原结合分子时是指能确定在蛋白质和其它生物制品的异质群体中存在该抗原的结合反应。因此，在所指定的免疫测定条件下，所述抗原结合分子与其特定抗原相结合而不以明显量与样品中存在的其它蛋白质或抗原相结合。在这种条件下与某抗原特异性结合可能需要选择对该特定抗原有特异性的抗原结合分子。例如，可针对所选蛋白质抗原制备抗原结合分子，该分子能与该抗原而非样品中其它蛋白质抗原相结合。可使用各种免疫测定方式来选择能与特定蛋白质起特异性免疫相互作用的抗原结合分子。例如，通常采用固相ELISA免疫测定来选择能与蛋白质发生特异性免疫相互作用的单克隆抗体。可用于测定特异性免疫反应的免疫测定方式和条件可参见Harlow和Lane(1988)Antibodies，ALaboratory Manual，Cold Spring Harbor Publications，New York。

本文所用的术语“生物学样品”是指从动物提取的、未处理、处理、稀释或浓缩的样品。生物学样品可包括生物学液体，例如全血、血清、血浆、唾液、尿、汗液、腹水、腹膜液、滑膜液、羊水、脑脊液、组织活检样品等。在某些实施方案中，生物学样品是血液、特别是外周血。

整个说明书中，除非上下文另有要求，否则词语“包括(comprise)”、“包括(comprises)”“包括(comprising)”将被理解为意指包括所述的步骤或元素或步骤或元素的组，但不排除任何其它的步骤或元素或步骤或元素的组。

“对应于(corresponds to)”或“对应于(corresponding to)”是指以下的多核苷酸：(a)具有与参考多核苷酸序列的全部或一部分基本上相同或互补的核苷酸序列，或(b)编码与肽或蛋白质中的氨基酸序列相同的氨基酸序列。该短语的范围也包括具有与参考肽或蛋白质的氨基酸序列基本上相同的氨基酸序列的肽或多肽。

在治疗或预防某疾病的背景中，“有效量”是指将该用量的活性物以单次剂量或连续剂量的一部分施用于需要这种治疗或预防的个体，其可有效防止该疾病的症状发生、抑制该疾病的这种症状和/或治疗该疾病的已有症状。有效量取决于待治疗个体的健康和身体状况、待治疗个体的分类学组、组合物的剂型、医学状况的评估和其它相关因素而变化。预期该用量将落入可用常规试验测定的相对宽的范围内。

术语“表达”或“基因表达”是指产生信使RNA或信使RNA翻译为蛋白质或多肽或两者。本发明涵盖采用本文所述方法对任一种类型基因表达的检测。

“表达载体”是指能指导该载体所含的多核苷酸转录并适当地合成该多核苷酸所编码的肽或多肽的任何自主遗传元件。这种表达载体是本领域技术人员已知的。

如本文所用的，术语“功能活性”是指分子(例如转录物或多肽)行使其所设定的功能包括生物学的、酶的或治疗功能的能力。在某些实施方案中，分子的功能活性对应于其通过本领域已知的任何适合的测定所确定的特异性活性。

本文所用的术语“基因”是指细胞基因组的任何和所有的不连续编码区及其相关的非编码调节区。基因也指编码具体多肽的开放读框、内含子、参与表达调节的邻近的5’和3’非编码核苷酸序列。就此而言，基因还可包含与给定基因天然相关的控制信号例如启动子、增强子、终止和/或聚腺苷酸化信号，或异源控制信号。DNA序列可以是cDNA或基因组DNA或其片段。可将基因引入合适的载体中以便维持于染色体外或整合入宿主。

“高密度多核苷酸阵列”等意指含有每cm²至少400个不同特征的那些阵列。.

短语“高分辨杂交条件”是指可测定单个碱基错配的杂交条件。

“管家基因”是指由于其对于任何细胞功能来说都是重要的而在几乎所有细胞中表达的基因(例如必需蛋白质和RNA分子)。

“杂交”在本文中用于表示互补性核苷酸序列的配对以产生DNA-DNA杂交体或DNA-RNA杂交体。互补的碱基序列是因碱基配对规则而相关的那些序列。在DNA中，A与T配对；C与G配对。在RNA中，U与A配对；C与G配对。在这个意义上，本文使用的术语“匹配”和“错配”是指互补性核酸链中配对的核苷酸的杂交潜力。匹配的核苷酸有效地杂交，例如如上所述的经典的A-T和G-C碱基对。错配是未有效杂交的核苷酸的其它组合。

短语“特异性杂交”等指在严格条件下，当特定核苷酸序列存在于复杂的DNA或RNA(例如，总细胞的)混合物中时，分子只与该序列结合、形成双螺旋或杂交。

本文中引用“免疫相互作用”包括引用分子之间的任何相互作用、反应或其他形式的关联并且尤其是当分子中的一个是或模拟免疫系统中的组分时。

“分离的”是指实质上或基本上不含在其天然状态中通常伴随其的成分的材料。例如，本文使用的“分离的多核苷酸”是指已经从天然存在状态中其两侧的序列纯化而来的多核苷酸，例如，已经从通常临近片段的序列中移出的DNA片段。可选择地，本文使用的“分离的肽”或“分离的多肽”以及类似术语是指在从天然细胞环境或从与细胞的其它成分的结合中体外分离和/或纯化的肽或多肽分子，即，其不与体内物质结合。

本文所用的“天然存在的”核酸分子指具有天然存在的核苷酸序列的RNA或DNA分子。例如，天然存在的核酸分子能编码天然存在的蛋白质。

“从......获得”是指得到某物。这种获得的生物学或参照样品，诸如例如多核苷酸提取物或多肽提取物，是从特定来源分离或获得的。例如，可直接从受试者的生物学液体或组织中分离提取物。

本文使用的术语“寡核苷酸”是指由经由磷酸二酯键连接的多个核苷酸残基(脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸，或其相关的结构变体或合成类似物，包括带有修饰或取代糖基的核苷酸等)组成的聚合物(或其相关的结构变体或合成类似物)。因此，虽然术语“寡核苷酸”通常是指其中的核苷酸残基和残基之间的键是天然存在的核苷酸聚合物，但是应该理解的是该术语在其范围内还包括各种类似物，包括但不限于，肽核酸(PNA)、氨基磷酸酯、硫代磷酸酯(phosphorothioate)、甲基磷酸酯、2-O-甲基核糖核酸等等。分子的精确大小可以根据特定的应用而变化。寡核苷酸是长度上200个碱基更少以下碱基的多核苷酸亚组。优选地，寡核苷酸长度为10-60个碱基且最优选长度为12、13、14、15、16、17、18、19或20-40个碱基。虽然寡核苷酸可以是双链，例如用于构建不同核酸序列，但寡核苷酸通常是单链的，例如探针。本发明的寡核苷酸可以是有义或反义寡核苷酸。

术语“寡核苷酸阵列”是指在其表面的不连续已知位置沉积了具有不同的已知序列寡核苷酸探针的基质。例如，基质可以是如美国专利号5,424,186所述的两维基质形式。这种基质可用于合成两维空间寻址的寡核苷酸(矩阵)阵列。可选择地，该基质的特征在于其形成管状阵列，其中两维平面的薄片被卷成三维管状构型。该基质也可采取与光纤表面相连的微球或珠的形式，例如Chee等在WO00/39587中所述的那样。寡核苷酸阵列具有至少两种不同的特征元件，其密度为每cm²至少400个元件。在某些实施方案中，这些阵列的密度可以是每cm²约500、至少一千、至少一万、至少十万、至少一百万或至少一千万个特征元件。例如，该基质可以是硅或玻璃并且具有载玻片或盖玻片的厚度，或者可由其它合成聚合物构成。当在该基质上进行试验的方法包括光检测时，可用透光的基质。该术语也指探针阵列和与其相连形成晶片一部分的基质。

本文所用的术语“可操作地相连”或“可操作地连接”是指将结构基因置于启动子的调控下，然后所述调控元件控制基因的转录和任选的翻译。在异源启动子/结构基因组合的构建体中，一般优选使遗传序列或启动子与基因转录起始点的距离大体上等于天然环境即该遗传序列或启动子所源自的基因中遗传序列或启动子与其控制的基因之间的距离。如本领域中熟知的，可以接受该距离的一些变化而不丧失功能。类似地，调控序列元件相对于有待置于其控制之下的异源基因的优选位置由天然环境即该元件所源自的基因中元件的位置定义。

本文以其最广泛的意义使用术语“病原体”以指其可行的动物组织的细胞的感染表现出疾病响应的生物体或感染剂。

本文所用的术语“多核苷酸”或“核酸”是指mRNA、RNA、cRNA、cDNA或DNA。该术语通常指长度上至少10个碱基的核苷酸的聚合形式，无论是核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸或任一种类型核苷酸的修饰形式。该术语包括DNA的单链或双链形式。

术语“多核苷酸变体”和“变体”是指显示出与参考多核苷酸序列的基本上的序列同一性的多核苷酸或在下文定义的严格条件下可与参考序列杂交的多核苷酸。这些术语也涵盖其中有一个或多个核苷酸添加或删除，或用不同的核苷酸取代的多核苷酸。就此而言，本领域熟知可对参考多核苷酸作出某些改变，包括突变、添加、缺失和取代，由此使改变的多核苷酸仍保留该参考多核苷酸的生物学功能或活性。术语“多核苷酸变体”和“变体”也包括天然存在的等位变体。

“多肽”、“肽”和“蛋白”在本文中可互换使用，是指氨基酸残基的聚合物及其变体和合成类似物。因此，这些术语适用于其中一个或多个氨基酸残基是合成的非天然存在的氨基酸(例如相应的天然存在的氨基酸的化学类似物)的氨基酸聚合物以及天然存在的氨基酸聚合物。

术语“多肽变体”是指因至少一个氨基酸残基的添加、缺失或取代而与参考多肽不同的多肽。在某些实施方案中，参考多肽的一个或多个氨基酸残基可用不同的氨基酸所取代。如下文所述，本领域熟知一些氨基酸可以改变为具有大体上相似性质的其它氨基酸而不改变多肽活性的性质(保守取代)。

如本文所用的，“手术后炎症”是指由于对与手术创伤有关的刺激的免疫响应而出现的病况。手术后炎症可以是局部或系统的并且常常以肿胀、发烧、疼痛和/或发红为表征。炎症涉及液体和细胞(例如白细胞或粒细胞、嗜中性细胞、单核细胞以及T和B细胞)向受影响的区域、位点或组织的移动。手术导致的过度的、指向错误的和.或不适当的免疫炎性响应可引起SIRS和正常的健康的身体组织的损害。

“引物”是当与DNA的一条链配对时，在合适的聚合剂存在的情况下，能够启动引物延伸产物的合成的寡核苷酸。引物优选是单链的以获得最大扩增效率，但也可以是双链的。引物必须足够长以在聚合剂存在的情况下启动延伸产物的合成。引物的长度取决于很多因素，包括应用、要使用的温度、模板反应条件、其它试剂和引物来源。例如，取决于靶序列的复杂程度，例如，取决于靶序列的复杂性，引物可以在引物的3’末端在长度上比模板序列短至少约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、50、75、100、150、200、300、400、500到1个碱基以允许核酸链的延伸，尽管引物5’末端长度上可延伸超出模板序列的3’末端。在某些实施方案中，引物可以是大的多核苷酸，例如从约35个核苷酸残基至几千个碱基或更多。可以将引物选择为与该引物设计用于杂交的模板上的序列“基本上互补”，并且作为合成的起始位点。“基本上互补”意指引物互补性足以与靶多核苷酸杂交。理想地，引物不含有与该引物设计用于杂交的模板的错配，但这不是必须的。例如，非互补性核苷酸残基可以与引物的5’末端连接，而引物序列的其余部分与模板是互补的。或者，非互补性核苷酸残基或非互补性核苷酸残基的一段序列可以散布于引物内，只要引物序列与其要杂交的模板序列具有足够的互补性，从而与其杂交并由此形成用于合成引物的延伸产物的模板。

“探针”是指与另一个分子的特定序列或亚序列或其它部分结合的分子。除非另有指明，否则术语“探针”通常是指通过互补性碱基配对与另一个多核苷酸(通常称为“靶多核苷酸”)结合的多核苷酸探针。探针可以与缺少与探针完全序列互补性的靶多核苷酸结合，这取决于杂交条件的严格度。探针可以进行直接或间接标记，其范围包括引物。

本文使用的术语“重组的多核苷酸”是指在体外通过操作核酸成为自然中正常情况下不存在的形式而形成的多核苷酸。例如，重组多核苷酸可以是表达载体的形式。通常，这样的表达载体包括与核苷酸序列可操作连接的转录和翻译调控核酸。

“重组的多肽”意思是使用重组技术，即通过表达重组或合成的多核苷酸制备的多肽。

“调控元件”或“调控序列”意指在特定宿主细胞中表达可操作连接的编码序列所必需的核酸序列(例如DNA)。适合于原核细胞的调控序列例如包括启动子和任选的顺式作用序列，例如操纵子序列和核糖体结合位点。适合于真核细胞的控制序列包括启动子、多腺苷化信号、转录增强子、翻译增强子、调节mRNA稳定性的引导或尾随序列以及将转录的多核苷酸编码的产物靶向细胞中的细胞内腔室或细胞外环境的靶向序列。

如本文所用的，“败血症”被定义为具有推定或确认的系统感染过程的SIRS。感染过程的确认可使用微生物培养或感染剂分离来确定。从免疫区别力来说，败血症可被看作对系统性活的微生物或系统性感染的系统响应。

本文使用的术语“序列同一性”是指在比较窗口中序列基于一个核苷酸一个核苷酸或基于一个氨基酸一个氨基酸的相同程度。因此，“序列同一性百分比”通过在比较窗口比较两个最佳比对的序列，确定两个序列中存在相同核酸碱基(例如，A、T、C、G、I)或相同氨基酸残基(例如，Ala、Pro、Ser、Thr、Gly、Val、Leu、Ile、Phe、Tyr、Trp、Lys、Arg、His、Asp、Glu、Asn、Gln、Cys和Met)的位点的数目以生成配对位点的数目，将配对位点的数目除以比较窗口中总的位点数目(即窗口大小)并且将结果乘以100以产生序列同一性百分比来计算。为本发明的目的，“序列同一性”应理解为用DNASIS计算机程序(适用于windows的2.5版；购自Hitachi Software engineering Co.，Ltd.，South SanFrancisco，加利福尼亚，美国)，使用该软件所附参考手册中使用的缺省条件计算的“匹配百分比”。

术语“相似性”是指相同的或如下文表A中定义的组成型保守取代的氨基酸数目的百分比。可以使用序列比对程序例如GAP(Deveraux et al.1984，NucleicAcids Research12：387-395)来确定相似性。按照这个方式，可以通过将空位插入比对中而进行与本文所列的那些相似或实质上不同长度的序列的比较，这样的空位通过例如GAP所用的比较算法确定。

用于描述两个或两个以上多核苷酸或多肽之间的序列关系的术语包括“参考序列”、“比较窗口”、“序列同一性”、“序列同一性百分比”和“基本上相同”。“参考序列”的长度为至少12个但通常为15-18个，常常为至少25个单体单元，包括核苷酸和氨基酸残基。因为两个多核苷酸每个可以包含(1)在两个多核苷酸之间相似的序列(即，仅仅全部多核苷酸序列的一部分)，和(2)在两个多核苷酸之间不同的序列，所以，两个(或两个以上)多核苷酸之间的序列比较通常通过将两个多核苷酸的序列与“比较窗口”进行比较以鉴别并比较序列相似性的局部区域。“比较窗口”是指概念上的至少6个，通常为约50至约100个，更通常为约100至约150个连续位点的片段，其中，在将两个序列优化比对之后，将一个序列与具有相同数目的连续位点的参考序列进行比较。比较窗口与参考序列(参考序列不包含添加或缺失)相比可以包含约20％或更少的添加或缺失(即空位)，以进行两个序列的优化比对。可以通过算法(WisconsinGeneticsSoftware Package Release7.0中的GAP，BESTFIT，FASTA和TFASTA，Genetics Computer Group，575Science Drive Madison，WI，USA)的计算机执行或通过检验和所选的不同方法中的任意一个所产生的最佳比对(即，在对比窗口产生最高的同源性百分比)来进行用于比对对比窗口的序列的优化比对。还可以参考BLAST程序家族，如例如由Altschul et al.，1997，Nucl.Acids Res.25：3389公开的。可以在Ausubel et al.，“Current Protocols in Molecular Biology”，John Wiley&Sons Inc，1994-1998，Chapter15中找到序列分析的详细讨论。

在本文可互换使用的术语“受试者”、“个体”或“患者”是指需要治疗或预防的任何对象，特别是脊椎动物受试者，更特别指脊椎动物受试者。落入本发明范围中的合适脊椎动物包括但不限于：灵长类动物、鸟类、家畜动物(例如，绵羊、母牛、马、驴、猪)、实验室试验动物(例如，家兔、小鼠、大鼠、豚鼠、仓鼠)、陪伴动物(例如，猫、狗)和捕获的野生动物(例如，狐、鹿、野狗)。优选的受试者是需要治疗或预防败血症的马科动物。然而，应当理解的是以上术语并未暗示有症状存在。

本文的短语“基本上相似的亲和性”是指靶序列在所选择的一组严格度条件下与它们的互补或基本上互补的寡核苷酸探针具有相似的可检测杂交强度。

如本文所用的，“系统性炎性响应综合征(SIRS)”是指由非特异性创伤引起的具有下列可测量的临床表征中的两个或更多个的临床响应：体温高于38℃或低于36℃、心率高于90下每分钟、呼吸频率高于20次每分钟、白细胞计数(总的白细胞)高于10％。从免疫区别力来说，其可被看作表示对创伤(例如大型手术)或系统性炎症的系统响应。因此，如本文所用的，“感染阴性SIRS(inSIRS)”包括上文提到的临床响应但是不存在系统性感染过程。

本文所用的术语“模板”是指用于产生与该“模板”链互补的核酸链的核酸。模板可以是RNA和/或DNA，其互补链也可以是RNA和/或DNA。在某些实施方案中，互补链可包括该“模板”的所有或部分互补序列，和/或可包含突变，因而其与该“模板”并不精确互补。在本文所述的检测测定以及本领域已知的其它测定中，不与模板链精确互补的链可以与模板链特异性杂交，并且这种可用于检测测定中的互补链是本发明的一部分。

术语“转化”表示通过引入外来或内源性核酸而改变某生物体，例如细菌、酵母、哺乳动物、鸟类、爬行动物、鱼或植物的基因型。

术语“治疗”意指包括治疗性和预防性治疗两者。

“载体”是可以插入或克隆入多核苷酸的多核苷酸分子，适合地来自例如质粒、噬菌体、酵母、病毒、哺乳动物、鸟类、爬行动物或鱼的DNA分子。载体优选含有一个或多个独特的限制性位点，并且能够在确定的宿主细胞(包括靶细胞或组织或其前体细胞或组织)中自主复制，或可以整合进入确定的宿主基因组中以使所克隆的序列可以复制。因此，载体可以是自主复制的载体，即以染色体外实体存在的载体，其复制独立于染色体的复制，例如线性或闭合环状质粒、染色体外元件、微小染色体或人工染色体。载体可以包含任意确保自我复制的方式。或者，载体可以是在被引入宿主细胞时整合进入基因组中并且与其所整合进入的基因组一起复制的载体。载体系统可以包含单一载体或质粒、两个或两个以上载体或质粒(其一起包含需要引入宿主细胞基因组的总DNA)或转位子。载体的选择通常取决于载体与该载体要被引入的宿主细胞的相容性。载体还可以包括选择性标记，例如可用于选择合适的转化子的抗生素抗性基因。这样的抗性基因的例子是本领域技术人员已知的。

术语“野生型”和“正常的”可互换使用，指天然存在的物种的大多数成员的特征性表型并且与例如突变体表型相对。

2.缩写

整个说明书中使用了下列缩写：

nt＝核苷酸

nts＝多个核苷酸

aa＝氨基酸

kb＝千碱基或千碱基对

kDa＝千道尔顿

d＝日

h＝小时

s＝秒

3.败血症，inSIRS和手术后炎症的标记及其用途

本发明部分基于对显示剪接变体证据的235个基因的鉴定，其中个别基因仅特定剪接变体在败血症阳性患者、inSIRS阳性患者和手术后患者之间在表达上不同。这235个产生多转录物的基因中仅发现有限数目(57个)表达特异性剪接变体，其包含“病况区分外显子”并且其被用作分类器以区别这些患者群。这些产生多转录物的基因列于表1中。

因此，根据本发明，上文的产生多转录物的基因的特异性剪接变体和它们的多肽产物提供将败血症、inSIRS和手术后炎症分开的工具，允许定性或定量分级免疫响应，就如同具有从手术后炎症直到败血症的免疫响应严重度的“连续谱”。因此本文将这些标记称为“免疫响应连续谱”或“IRC”标记表达产物，其列于表2、3和4中。

因此，本发明的IRC标记表达产物可用于诊断、检测宿主响应，确定宿主响应程度，检测哺乳动物中感染阴性的系统免疫响应综合征(inSIRS)和败血症以及手术后炎症的监测、治疗或管理或者区分inSIRS和败血症以及手术后炎症的方法中。更特别地，本发明涉及来自产生多转录物的基因的特定表达产物用于区分inSIRS和败血症和手术后炎症的用途。

在特定的实施方案中，公开了IRC标记在患有或易感败血症/inSIRS/手术后炎症的受试者的细胞特别是血液细胞并且更特别是外周血细胞中的特定序列的RNA分子的形式或从这些RNA分子转录的多肽的形式。这些标记指示败血症/inSIRS/手术后炎症并且当与它们在选自败血症阳性受试者、inSIRS阳性受试者、手术后炎症阳性受试者和正常受试者以及未患有这些病况中的任一个的受试者的对照受试者中的表达相比差异表达时，它们在测试的受试者中区分这些病况并且诊断这些病况的存在或不存在。这些标记提供超过本领域中的现有技术的相当可观的优点。在某些白细胞(例如外周血细胞)被用于分析的优选的实施方案中，在检测内毒素或致内毒素剂的血清抗体之前诊断败血症是可能的。

显而易见的是本文公开的核酸序列(本文也称为“IRC标记多核苷酸”)在败血症、inSIRS和手术后炎症的检测、诊断、预后和治疗的多种应用中有用。本发明范围内的这些应用的实例包括使用特异性探针扩征IRC标记多核苷酸、通过与寡核苷酸探针杂交检测IRC标记多核苷酸、将分离的核酸掺入载体、将插入核酸的载体表达为RNA和蛋白以及开发相应于标记编码产物的免疫/检测/诊断/预后试剂。

所鉴定的IRC标记多核苷酸反过来可用于设计特异性寡核苷酸探针和引物。这些探针和引物可以是任意长度的，其与所鉴定的IRC标记多核苷酸特异性杂交并且长度上可以是至少约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、50、75、100、150、200、300、400、500个核苷酸。并且在探针的情况下多达IRC标记多核苷酸中含有的因条件而不同的外显子中的一个或多个的序列的全长或多达如本文所鉴定的IRC标记多核苷酸的全长。探针在其5’和/或3’端还可以包括另外的序列以使它们的长度超过它们与其杂交的靶序列。

当与核酸扩增程序组合使用时，这些探针和引物能够快速分析生物样品(例如外周血样品)以便检测或定量IRC标记多核苷酸(例如转录物)。这些程序包括本领域中已知的或本文描述的用于复制或增加靶核酸或其补体的拷贝数或量的任何方法或技术。

本领域一名技术人员可以从所鉴定的IRC标记多核苷酸和它们编码的多肽产物(本文也称为“IRC标记多肽”)选择片段用于不同的检测、诊断或预后方法，载体构建、抗原结合分子生产、试剂盒和/作为本发明的一部分在本文描述的任一实施方案。对于本领域中的用途来说理想的代表性的序列是SEQ ID NO：1-88中所展示的那些(参见表2、3和4)。

4.本发明的核酸分子

如实施例和表1-4中所描述的，本公开内容提供了包含来自选自ANKDD1A、GABRR2、OTX1、PANX2、RHBDF2、SLAMF7、AMBRA1、CES2、CLPB、HIPK2、CWRF91、NDST1、SLC36A1、ADAM19、CUL7、TG、PDCD1LG2、GRINL1A、MGRN1、SNTB2、CDK5R1、GAA、KATNAL2、CEACAM4、ZNF335、ASPHD2、ACRC、BTNL8、MOV10、MED12L、KLHL6、PDLIM5、GALNTIO、SCRN1、VOPP1、FKBP9、KIF27、PIWIL4、TEP1、GCH1、PRR11、CDH2、PPM1N、RRAS、DDOST、APH1A、TTL、TEX261、COQ2、FCHSD1、BAK1、SLC25A25、RELT、ACP2、TBC1D2B、FANCA或SLC39A11的57个产生多转录物基因的病况区分外显子的IRC标记多核苷酸。代表性的IRC标记多核苷酸已经通过从具有败血症或inSIRS或手术后炎症的临床证明的患者获得的血液的外显子阵列分子鉴定并且它们展示于SEQ ID NO：1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、455、457、459、461、463、465、467、469、471、473、475、477、479、481、483、485、487、489、491、493、495、497、499、501、503、505、507、509、511、513或515中。列于表2-4中的这些序列可诊断败血症或inSIRS或手术后炎症的存在或不存在。

根据本发明，本文所公开的分离的核酸的序列本身可用作杂交探针或扩增引物。在某些实施方案中，这些探针和引物提供了长度足以和自生物学样品提取的RNA或DNA样品特异性杂交的寡核苷酸。这些序列通常约10-20个核苷酸长，但可以更长。某些实施方案需要较长的序列，例如病况区分外显子或IRC标记多核苷酸的约30、40、50、100、500个核苷酸以及甚至多达全长。

考虑了具有SEQ ID NO：1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、455、457、459、461、463、465、467、469、471、473、475、477、479、481、483、485、487、489、491、493、495、497、499、501、503、505、507、509、511、513或515中任一个中所展示的序列的约10、15、17、20、30、40、50、60、75或100或500个核苷酸的连续延伸段的核酸分子。也考虑了与上文提及的序列互补且能在高严格度条件下与这些序列结合的分子。这些探针可用于各种杂交实施方案，例如RNA和DNA印迹。在一些例子中，考虑到可使用与多种靶序列杂交而不损伤它们有效诊断败血症、inSIRS和手术后炎症的存在或不存在或区分败血症、inSIRS和手术后炎症能力的探针。总之，考虑了本文所述杂交探针既可用作溶液杂交(如PCR中)的试剂来检测相应基因的表达以及可用于使用固相的实施方案中。

可围绕所公开的核苷酸序列设计各种探针和引物。例如，在某些实施方案中，用于设计探针和引物的序列可包括通常连接于所鉴定标记基因的RNA两末端的腺嘌呤核苷酸的重复延伸段(poly-A尾部)。在其它实施方案中，由于本领域普通技术人员可能认为某些区段更适用于所述检测方法，因此可将探针和引物专门设计为不包括所鉴定标记基因的这些或其它区段。在任何情况中，普通技术人员均能为所选的应用选择引物或探针序列。用于检测IRC标记多核苷酸的示例性说明的引物/探针序列见表5。

引物可以是双链或单链形式，虽然单链形式是期望的。可将探针(同时可能能作为引物)设计为能与靶DNA或RNA结合而无需用于扩增方法中。在某些实施方案中，可用放射性物质(³²P、¹⁴C、³⁵S、³H或其它标记物)、荧光团(例如罗丹明、荧光素)或化学发光标记物(例如，萤光素酶)标记这些探针或引物。

本发明提供可用作败血症、inSIRS和手术后炎症的标记的基本上全长的cDNA序列。然而，应当理解的是本文不限于这些公开的序列并且特别预期至少涵盖能与包含所公开的序列或这些核酸的变体杂交的分离的核酸。例如，可用核酸的部分序列来鉴定结构相关的基因或其所衍生的全长基因组或cDNA克隆。产生可用作上述探针的靶的cDNA和基因组文库的方法是本领域已知的(参见，例如Sambrook et ah，1989，supra and Ausubel et al.，1994，同上)。所有这种核酸以及本文所公开的特异性核酸分子统称为“IRC标记多核苷酸”。此外，本发明的范围包括IRC标记多核苷酸的分离或纯化的多肽产物。

如此，本发明涵盖分离的或基本上纯化的核酸或蛋白质组合物。“分离的”或“纯化的”核酸分子或蛋白质或其生物学活性部分是基本上或本质上不含有在所述核酸分子或蛋白质天然存在环境中发现的与通常伴随所述核酸分子或蛋白质天然存在环境或与所述核酸分子或蛋白质天然存在环境相互作用的组分。因此，当分离或纯化的多核苷酸或多肽在通过重组技术产生时基本上不含其它细胞物质或培养基成分或者在化学合成时基本上不含化学前体或其它化学物质。适合地“分离的”多核苷酸不含产生该多核苷酸的生物体的基因组DNA中天然侧接该多核苷酸的序列(即，位于该多核苷酸的5’和3’末端的序列)。例如，在各种实施方案中，分离的IRC标记多核苷酸可含有少于约5kb、4kb、3kb、2kb、lkb、0.5kb或0.1kb的产生该多核苷酸的细胞的基因组DNA中天然侧接该多核苷酸的核苷酸序列。基本上不合细胞物质的多肽包括含有少于约30％、20％、10％、5％(以干重计)的污染蛋白质的蛋白质制剂。当IRC标记多肽重组制备时，培养基成分宜少于约30％、20％、10％或5％(以干重计)的化学前体或非感兴趣蛋白质的化学物质。

本发明也考虑了IRC标记核苷酸序列的变体。核酸变体可以是天然存在的，例如等位变体(同一基因座)、同源物(不同基因座)和直向同源物(不同生物体)或者可以是非天然存在的。可采用熟知的分子生物学技术，例如本领域已知的聚合酶链式反应(PCR)和杂交技术鉴定天然产生在的变体，例如这些变体。可通过诱变技术包括适用于多核苷酸、细胞或生物体的那些来制备非天然存在的变体。这些变体可含有核苷酸取代、缺失、倒位和插入。编码和/或非编码区都可发生变异。变异既可导致保守的和非保守的氨基酸取代(与编码产物相比)。就核苷酸序列而言，保守性变体包括因遗传密码子的简并性而编码本发明IRC标记多肽之一的氨基酸序列的那些序列。变体核苷酸序列也包括合成衍生但仍能编码本发明IRC标记多肽的核苷酸序列，例如通过定点诱变产生的那些序列。总体上，如通过本文其他地方所述的序列比对程序使用缺省参数所测定的，本发明特定核苷酸序列的变体与该特定核苷酸序列具有至少约70％、75％、80％、85％，理想地约90％、91％、92％、93％、94％至95％或更高，更适合地约96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性。

本发明的IRC标记多核苷酸可用于分离来自其它生物体，特别是其它哺乳动物的相应序列与等位变体。核酸序列的杂交方法是本领域中容易获得的。其它生物体的编码序列可基于其与本文所述编码序列的序列同一性根据熟知技术分离。在这些技术中，可将所有或部分的已知编码序列用作与所选生物体的克隆的cDNA片段群(即cDNA文库)中存在的其它IRC标记编码序列选择性杂交的探针。因此，本发明也考虑了在下述严格度条件下与所述IRC核苷酸序列或其互补序列杂交的多核苷酸。本文使用的术语“在低度严格、中度严格、高度严格或非常高度严格的条件下杂交”描述了用于杂交和洗涤的条件。可以在Ausubel et al.，(1998，同上)，6.3.1-6.3.6部分中找到进行杂交反应的指导。在该参考文献中描述了水性和非水性的方法，每个都可以使用。本文中提及的低度严格条件包括并包含：在42℃以至少大约1％v/v至至少大约15％v/v甲酰胺和至少大约1M至至少大约2M的盐进行杂交，在42℃以至少大约1M至至少大约2M的盐进行洗涤。低度严格条件还可以包括在65℃以1％牛血清白蛋白(BSA)、1mM EDTA、0.5M NaHPO₄(pH7.2)、7％SDS进行杂交，和在室温以(i)2×SSC、0.1％SDS；或(ii)0.5％BSA、1mM EDTA、40mM NaHPO₄(pH7.2)、5％SDS进行洗涤。低度严格条件的一个具体实施方案包括：在大约45℃以6x氯化钠/柠檬酸钠(SSC)进行杂交，然后在至少50℃以0.2×SSC、0.1％SDS洗涤两次(对于低度严格条件洗涤温度可以升高至55℃)。中度严格条件包括并包含：在42℃以至少大约16％v/v至至少大约30％v/v甲酰胺和至少大约0.5M至至少大约0.9M的盐进行杂交，在55℃以至少大约0.1M至至少大约0.2M的盐进行洗涤。中度严格条件还可以包括在65℃以1％牛血清白蛋白(BSA)、1mMEDTA、0.5M NaHPO₄(pH7.2)、7％SDS进行杂交，和在60-65℃以(i)2×SSC、0.1％SDS；或(ii)0.5％BSA、1mM EDTA、40mM NaHPO₄(pH7.2)、5％SDS进行洗涤。中度严格条件的一个具体实施方案包括：在大约45℃以6x SSC进行杂交，然后在60℃以0.2×SSC、0.1％SDS洗涤一次或多次。高度严格条件包括并包含：在42℃以至少大约31％v/v至至少大约50％v/v甲酰胺和大约0.01M至大约0.15M的盐进行杂交，在55℃以大约0.01M至大约0.02M的盐进行洗涤。高度严格条件还可以包括在65℃以1％BSA、1mM EDTA、0.5M NaHPO4(pH7.2)、7％SDS进行杂交，和在65℃以上的温度以(i)0.2×SSC、0.1％SDS；或(ii)0.5％BSA、1mM EDTA、40mM NaHPO₄(pH7.2)、1％SDS进行洗涤。高度严格条件的一个具体实施方案包括：在大约45℃以6x SSC进行杂交，然后在65℃以0.2×SSC、0.1％SDS洗涤一次或多次。

在一些实施方案中，本发明的IRC标记多核苷酸由在非常高度严格的条件下与公开的核苷酸序列杂交的多核苷酸所编码并且适合地包含如本文所定义的因条件而不同的外显子。非常高度严格的条件的一个具体实施方案包括：在65℃以0.5M磷酸钠、7％SDS进行杂交，然后在65℃以0.2×SSC、1％SDS洗涤一次或多次。

其它的严格条件在本领域是熟知的，技术人员将认识到可以操作各种因素以使杂交的特异性优化。最终洗涤的严格度的优化可用于确保高程度的杂交。对于具体的例子，参见上文提及的Ausubel et al.，第2.10.1页至2.10.16页，和Sambrook et al.(1989，见上文)1.101至1.104部分。

尽管严格洗涤通常在约42℃至68℃的温度下进行，但是本领域技术人员应当理解，其他温度可以适用于严格条件。最大杂交速率通常发生在低于Tm约20℃至25℃下以形成DNA-DNA杂交体。本领域公知，Tm是解链温度，或者是两条互补的多核苷酸序列分离的温度。用于估算Tm的方法是本领域熟知的(参见Ausubel et al.，supra at page2.10.8))。通常，完美匹配的DNA双链的T_m可以根据以下公式近似预测：

T_m＝81.5+16.6(log₁₀M)+0.41(％G+C)-0.63(％甲酰胺)-(600/长度)，

其中：M是Na⁺的浓度，范围优选为0.01摩尔至0.4摩尔；％G+C是鸟嘌呤和胞嘧啶碱基之和占碱基总数的百分比，在30％至75％G+C的范围内；％甲酰胺是甲酰胺浓度的体积百分比；长度是DNA双螺旋中碱基对的数目。随机错配的碱基对的数目每增加1％，双链DNA的T_m降低约1℃。对于高严格条件，一般在T_m-15℃下进行洗涤，或对于中等严格条件，在T_m-30℃下进行洗涤。

在杂交方案的一个实例中，将包含固定的DNA的膜(例如，硝酸纤维素膜或尼龙膜)在含有标记的探针的杂交缓冲液(50％去离子甲酰胺、5×SSC、5×Denhardt’s溶液(0.1％聚蔗糖、0.1％聚乙烯吡咯烷酮和0.1％牛血清白蛋白)、0.1％SDS和200mg/mL变性的鲑鱼精子DNA)中于42℃下过夜杂交。然后将膜进行两次相继的中等严格洗涤(即，用2×SSC、0.1％SDS，在45℃下进行15分钟；随后是用2×SSC、0.1％SDS，在50℃下进行15分钟)，随后是两次相继的更高严格洗涤(即，用0.2×SSC、0.1％SDS，在55℃下进行12分钟；随后是用0.2×SSC和0.1％SDS溶液，在65-68℃下进行12分钟)。

5.本发明的多肽

本发明也考虑了本发明的IRC标记多核苷酸编码的全长多肽以及它们的片段，统称为“IRC标记多肽”，在本发明的方法中用作阳性对照的用途。全长IRC标记多肽的片段包括由本文定义的病况区分外显子编码的氨基酸序列并且长度上可包括6、8、10、12、14、16、18、20、25、30、40、50、60个氨基酸残基。例如，本发明所考虑的片段长度上为至少6个，优选至少8个氨基酸残基，其能在动物中引发免疫应答从而产生能与本发明的IRC标记多肽发生免疫相互作用的抗原结合分子。这种抗原结合分子可用于筛选脊椎动物，特别是哺乳动物的结构和/或功能上相关的IRC标记多肽。全长IRC标记多肽的片段包括含有与某(假定的)全长IRC标记多肽的氨基酸序列，例如SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、·186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514或516中所展示的氨基酸序列足够相似或衍生自所述氨基酸序列的氨基酸序列的肽，这些序列含有少于全长IRC标记多肽的氨基酸。全长IRC标记多肽的片段可以是长度上例如5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、50、60、70、80、90、100、120、150、300、400、500、600、700、800、900或1000，或者甚至至少约2000、3000，或者更多个氨基酸残基的多肽。

本发明也考虑了在本发明的方法中检测IRC标记多肽的变体，其包含由因条件变化的外显子编码的氨基酸序列或其变体。“变体”多肽包括通过在该天然蛋白质的N-末端和/或C-末端缺失(称为截短)或添加一个或多个氨基酸；在该天然蛋白质的一个或多个位点处缺失或添加一个或多个氨基酸；或者在该天然蛋白质的一个或多个位点处取代一个或多个氨基酸从天然蛋白质中衍生的蛋白质。本发明涵盖的变体蛋白质是生物学活性的，即它们继续具有所述天然蛋白质的所需生物学活性。例如，遗传多态性或人为操作可形成这种变体。如通过本文其他地方所述的序列比对程序使用缺省参数测定的，IRC标记多肽变体与参考IRC多肽的氨基酸序列具有至少40％、50％、60％、70％，一般至少75％、80％、85％，优选约90％至95％或更多，更优选约98％或更多的序列相似性。本发明IRC多肽的变体与该蛋白质通常可因多达200、100、50或20个氨基酸残基，或者适合地少至1-15个氨基酸残基、少至1-10个(例如6-10个)、少至5个、少至4、3、2或者甚至1个氨基酸残基而不同。

与参考IRC标记氨基酸序列相比，变体IRC标记多肽可沿它们的序列在不同位点含有保守氨基酸取代。“保守氨基酸取代”是氨基酸残基被具有相似侧链的氨基酸残基代替的一种取代。本领域中已经定义了具有相似侧链氨基酸残基的家族，其通常可如下再细分类：

酸性的：残基由于在生理pH时丧失H离子而带有负电荷，并且当肽处于生理pH的水性介质中时，残基被水溶液吸引从而寻找包含该残基的肽的构象中的表面位置。具有酸性侧链的氨基酸包括谷氨酸和天冬氨酸。

碱性的：残基由于在生理pH或其一个或两个pH单位之内(例如组氨酸)与H离子结合而带有正电荷，并且当肽处于生理pH的水性介质中时，残基被水溶液吸引从而寻找包含该残基的肽的构象中的表面位置。具有碱性侧链的氨基酸包括精氨酸、赖氨酸和组氨酸。

带电的：残基在生理pH时是带电的，因此，包括具有酸性或碱性侧链的氨基酸(即，谷氨酸、天冬氨酸、精氨酸、赖氨酸和组氨酸)。

疏水性的：残基在生理pH时是不带电的，当肽处于水性介质中时，残基被水溶液排斥从而寻找包含该残基的肽的构象中的内部位置。具有疏水性侧链的氨基酸包括酪氨酸、缬氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸和色氨酸。

中性的/极性的：残基在生理pH时是不带电的；但是，当肽处于水性介质中时，残基未被水溶液足够地排斥从而它将寻找包含该残基的肽的构象中的内部位置。具有中性/极性侧链的氨基酸包括天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、组氨酸、丝氨酸和苏氨酸。

本说明书还将某些氨基酸描述为“小的”，因为它们的侧链不够大(即使缺少极性基团)，不能赋予疏水性。除了脯氨酸之外，“小的”氨基酸是指当至少一个极性基团位于侧链时具有四个或四个以下碳以及当侧链上无极性基团时具有三个或三个以下碳的那些。具有小的侧链的氨基酸包括甘氨酸、丝氨酸、丙氨酸和苏氨酸。基因编码的二级氨基酸脯氨酸是特殊情况，归因于其已知的对肽链的二级构象的影响。脯氨酸的结构与所有其它天然存在的氨基酸的不同之处在于其侧链与α-氨基基团的氮以及α-碳结合。但是，几个氨基酸相似性矩阵(例如，Dayhoff et al.，(1978)，A model of evolutionary change in proteins.Matrices for determining distance relationships In M.O.Dayhoff，(ed.)，Atlas ofprotein sequence和structure，Vol.5，pp.345-358，National Biomedical ResearchFoundation，Washington DC和Gonnet et al.，(1992，Science，256(5062)：144301445公开的PAM120矩阵和PAM250矩阵)将脯氨酸与甘氨酸、丝氨酸、丙氨酸和苏氨酸包括在相同的组中。因此，为了本发明的目的，脯氨酸被分类为“小的”氨基酸。

分类为极性或非极性所需的吸引或排斥程度是人为设定的，因此，本发明特别预期的氨基酸被分类为一类或另一类。多数没有经过特别命名的氨基酸可以基于其已知行为进行分类。

氨基酸残基可以进一步被再细分为环形或非环形的、以及芳香族或非芳香族的(一看即知是根据残基的侧链取代基团进行的分类)以及小的或大的。如果残基含有总共4个或4个以下碳原子(包括羧基碳)则认为该残基是小的，只要存在另一个极性取代基；如果不存在，则为3个或3个以下。当然，小的残基一定是非芳香族的。取决于其结构特征，氨基酸残基可以被分成两类或更多类。对于天然存在的蛋白氨基酸，根据该方案进行的再细分显示于表6。

因此，本发明也考虑了参考IRC标记多肽序列的变体或它们的片段，其中所述变体因一个或多个氨基酸残基的添加、缺失或取代而与参照序列相区别。总体上，变体可显示与如例如SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514或516中任一个所展示的参照IRC标记多肽序列的至少约70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99％的相似性。理想地，变体应与如例如SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、24、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514或516中任一个所展示的参考IRC标记多肽序列具有至少70、75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99％的序列同一性。而且，考虑了因添加、缺失或取代1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、500或更多个氨基酸而与天然或参考序列不同但仍包含如本文定义的因条件而不同的外显子的序列。IRC标记多肽也包括能在本文所定义的严格条件下，特别是高严格条件下与本文描述的本发明IRC标记多核苷酸序列或其非编码链杂交的多核苷酸编码的多肽。

在一些实施方案中，变体多肽与IRC标记序列有至少一个但少于50、40、30、20、15、10、8、6、5、4、3或2个氨基酸残基的不同。在其他实施方案中，变体多肽与SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514或516中任一个中的相应序列有至少1％但低于20％、15％、10％或5％的残基不同。(如果这一比较需要比对，则应比对这些序列的最大相似性)。

在其他的实施方案中，变体IRC多肽包括与如例如SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514or516中的任一个展示的IRC标记多肽的相应序列具有至少约50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％95％、96％、97％、98％或更多相似性的氨基酸序列并且其具有因条件而不同的外显子所编码的氨基酸序列。

可通过本领域技术人员已知的任何合适方法制备本发明的IRC标记多肽。例如，可通过包括以下步骤的程序制备所述多肽：(a)制备含有至少编码IRC标记多核苷酸的一部分并与调控元件可操作地连接的核苷酸序列的嵌合构建体；(b)将所述嵌合构建体引入宿主细胞；(c)培养该宿主细胞表达所述IRC标记多肽；和(d)从宿主细胞中分离所述IRC标记多肽。在示例性说明的实例中，所述核苷酸序列编码SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514或516中任一个所展示的序列的至少一部分，或其变体。

嵌合构建体通常是表达载体的形式，适合地选自自身复制的染色体外载体(例如质粒)和能整合入宿主基因组中的载体。

调控元件一般应适合于表达IRC标记多肽所用的宿主细胞。本领域已知各种宿主细胞的许多类型的表达载体和调控元件。这一类型的示例性说明的元件包括但不限于：启动子序列(例如可以是天然存在的或不止一种启动子的组合元件的组成型或可诱导启动子)、前导或信号序列、核糖体结合位点、转录起始和终止序列、翻译起始和终止序列以及增强子或激活序列。

在一些实施方案中，所述表达载体包含可选择的标记基因以能够选择转化的宿主细胞。可选择标记基因是本领域熟知的并随所用的宿主细胞而不同。

所述表达载体也可包含融合伴侣(通常由该表达载体提供)以便可将IRC标记多肽表达制备为具有融合伴侣的融合多肽。

可通过包括“转导”和“转染”的适当方法将本发明的嵌合构建体引入宿主中，这在技术上被认为意味着通过核酸介导的基因转移将核酸例如表达载体引入受体细胞中。然而，“转化”是指宿主的基因型作为细胞摄入外源性DNA或RNA的结果而改变的过程，并且例如转化的细胞含有本发明的表达系统。有许多方法将嵌合构建体引入细胞。通常，所用的方法取决于对宿主细胞的选择。本领域技术人员熟知将嵌合构建体引入宿主细胞的技术。已描述了四类将核酸分子递送入细胞的方法：(1)化学方法，例如磷酸钙沉淀、聚乙二醇(PEG)-介导的沉淀和脂质转染；(2)物理方法，例如显微注射、电穿孔、加速方法和真空渗入；(3)基于载体的方法，例如细菌和病毒载体介导的转化；和(4)受体介导的转化。本领域技术人员熟知这些和其它类型的转化技术，而新的技术也不断涌现。转化技术的具体选择取决于所述技术转化特定宿主物种的效率以及采用具体选择的方法实施本发明的人的经验和偏好。对于技术人员来说显而易见的是将嵌合构建体引入细胞中的转化系统的具体选择对本发明不是实质性的或对本发明的限制，只要所述系统能实现可接受水平的核酸转移。

可通过培养用嵌合构建体转化的宿主细胞来制备重组IRC标记多肽。适合表达IRC标记多肽的条件随着对表达载体和宿主细胞的选择而不同并且可由本领域技术人员通过常规实验容易地确定。适合表达的宿主细胞可以是原核或真核的。表达本发明多肽的示例性说明的宿主细胞是细菌。所用的细菌可以是大肠杆菌(Escherichia coli)。可选择地，宿主细胞可以是酵母菌细胞或昆虫细胞，例如利用杆状病毒表达系统的SF9细胞。

可使用如Sambrook，et al.，(1989，同上)，特别是第16和17部分；Ausubelet al，(1994，同上)，特别是第10和16章；和Coligan et al.，CURRENTPROTOCOLS IN PROTEIN SCIENCE(John Wiley&Sons，Inc.1995-1997)，特别是第1、5和6章中所述的标准方法常规制备含有由病况区分外显子编码的氨基酸序列的重组IRC标记多肽或其片段，及其变体。可选择地，可通过化学合成，例如使用如Atherton和Shephard，(同上)第9章和Roberge et al(1995，Science269：202)中所述的液相合成或固相合成来化学合成IRC标记多肽。

6.阈值

在一些实施方案中，所述方法包括将各个表达产物的水平或功能活性与一个或多个预先选定的或阈值水平或功能活性相比较。可以选择提供可接受的预测诊断、预兆风险、治疗成功等的能力的阈值。在示例性说明的实例中，接受者操作特性(ROC)曲线通过将变量的值对其在两个群体(所谓随意性，例如，“败血症”和“inSIRS”、“败血症”和“手术后炎症”、“败血症”和“正常的”、“inSIRS”和“手术后炎症”、“inSIRS”和“正常的”、“手术后炎症”和“正常的”或者简单地“疾病”和“正常的”或“低风险”和“高风险”)中的相对频率作图来计算。

对于任何特定的IRC标记表达产物，对于患有或未患有疾病受试者来说表达产物水平或功能活性的分布将可能重叠。在这样的情况下，测试并未100％准确地将“疾病”和“正常的”彻底区分开，而重叠的区域表示测试未能将“疾病”和“正常的”区分开。选择一个阈值，高于其(或低于其，取决于IRC标记表达产物如何随疾病或预后而变化)的测试被认为是“阳性的”而低于其的测试被认为是“阴性的”。ROC曲线下面积是所接受的测量将允许正确鉴定病况的可能性的度量(参见例如Hanley et al，Radiology143：29-36(1982)。可选择地，或另外，阈值可以通过从同一个患者获得可与较晚的结果相比较的较早的标记基因表达产物结果来建立。在这些实施方案中，受影响的个体作为他们自己的“对照组”。在随着疾病严重度或预后风险增加的标记中，同一个患者中随时间的增加可表明疾病的恶化或治疗方案失败，而随时间的降低可表明疾病的减轻或治疗方案成功。

在某些实施方案中，选择一组IRC标记表达产物以将选自“败血症”和“inSIRS”、“败血症”和“手术后炎症”、“败血症”和“正常的”、“inSIRS”和“手术后炎症”、“inSIRS”和“正常的”、“手术后炎症”和“正常的”、“疾病”和“正常的”或“低风险”和“高风险”的任一对组区分开，以至少70％、80％、85％、90％或95％的敏感度，适合地与至少约70％、80％、85％、90％或95％的特异性组合。

在某些实施方案中，阳性似然比、阴性似然比、比值比或危险比被用作本发明的方法预测疾病、预后风险或治疗结果的能力的度量。在阳性似然比的实例中，1的值表示阳性结果在患病组(例如败血症、inSIRS或手术后炎症中的一个)和对照组(例如不同于患病组的败血症、inSIRS或手术后炎症中的一个，或者是正常的)两者的受试者中是可能性相等的；大于1的值表示在患病组中阳性结果更有可能而小于1的值表示在对照组中阳性结果更有可能。在阴性似然比的实例中，1的值表示阴性结果在两组中的受试者中是可能性相等的；大于1的值表示在患病组中阴性结果更有可能而小于1的值表示在对照组中阴性结果更有可能。在某些实施方案中，选择IRC标记和或IRC标记组以显示出至少约1.5或更多或约0.67或更少、至少约2或更多或约0.5或更少、至少约5或更多或约0.2或更少、至少约10或更多或约0.1或更少或者至少约20或更多或约0.05或更少的阳性或阴性似然比。

在比值比的实例中，1的值表示阳性结果在疾病组和对照组两组中的受试者中是可能性相等的；大于1的值表示在患病组中阳性结果更有可能而小于1的值表示在对照组中阳性结果更有可能。在某些实施方案中，选择IRC标记和或IRC标记组以显示出至少约2或更多或约0.5或更少、至少约3或更多或约0.33或更少、至少约4或更多或约0.25或更少、至少约5或更多或约0.2或更少或者至少约10或更多或约0.1或更少的比值比。

在危险比的实例中，1的值表示在疾病组和对照组两组中的受试者中相对风险是可能性相等的；大于1的值表示在患病组中风险较高而小于1的值表示在对照组中风险较高。在某些实施方案中，选择IRC标记和或IRC标记组以显示出至少约1.1或更多或约0.91或更少、至少约1.25或更多或约0.8或更少、至少约1.5或更多或约0.67或更少、至少约2或更多或约0.5或更少或至少约2.5或更多或约0.4或更少的风险比。

在某些实例中，可在所谓的“三分位”、“四分位”或“五分位”分析中确定多重阈值。在这些方法中，“患病的”和“对照组”(或“低风险”和“高风险”)的组一起被认为是单一的群并且被分为具有相同数目个体的3、4或5(或更多的)“份(bin)”。这些“份”中的两个之间的边界可被认为是“阈值”。(例如特定诊断或预后的)风险可根据测试受试者落入哪一“份”来分配。

在其他的实施方案中，所测量的IRC标记的特定的阈值并不依赖于确定从受试者获得的标记水平是否与特定的诊断或预后相关联。例如，标记的暂时性变化可被用于确定或排除一种或多种特定的诊断和/或预后。可选择地，IRC标记因在特定测定形式中存在或不存在与病况、疾病、预后等相关。在IRC标记组的实例中，本发明可利用对IRC标记的整个概况的评估提供单个结果值(例如表示为数目得分或百分比风险的“组响应”值)。在这样的实施方案中，特定亚组的IRC标记的增加、降低或其他变化(例如随时间的斜率)可足以表明一名患者中的特定病况或未来结果，而不同亚组的IRC标记的增加、降低或其他变化可足以表明另一名患者中相同或不同的病况或结果。

7.检测不正常IRC标记基因表达的方法

本发明部分基于具有败血症、inSIRS和手术后炎症的临床证据的受试者与选自正常(即健康受试者)受试者、败血症-阴性受试者、inSIRS-阴性受试者、手术后炎症-阴性受试者、败血症阴性、inSIRS-阴性受试者、败血症阴性、手术后炎症-阴性受试者、inSIRS-阴性、手术后炎症-阴性受试者、败血症-阳性受试者、inSIRS阳性受试者和手术后炎症-阳性受试者的一个或多个对照受试者相比具有某些基因(本文称为“IRC标记基因”)的不正常表达，所述基因的转录物包括但不限于SEQ ID NO：1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99；101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、455、457、459、461、463、465、467、469、471、473、475、477、479、481、483、485、487、489、491、493、495、497、499、501、503、505、507、509、511、513或515。在某些实施方案中，至少两个受试者形成的对照或参考群被用于比较。例如，对照或参考群可选自未患有手术后炎症(“手术后炎症-阴性”)的个体、未患有inSIRS(“inSIRS-阴性”)的个体、未患有inSIRS但患有感染过程的个体、患有手术后炎症但无inSIRS或败血症存在(“手术后炎症-阳性”)的个体、患有inSIRS但无败血症存在(“inSIRS-阳性”)的个体、患有败血症发作的个体、败血症阳性且患有败血症进行中的一个阶段的个体或具有增加发展败血症的风险的生理损伤的个体。对照或参考群可以是手术后炎症阳性的并且随后通过常规技术诊断患有inSIRS。例如，用来产生参考概况的手术后炎症阳性的患者群可在为了生成参考IRC标记概况而从他们获取生物样品后24、48、72、96或更多小时诊断患有inSIRS。在一些实施方案中，手术后炎症阳性的个体群在获取生物样品后约0-36小时、约36-60小时、约60-84小时或约84-108小时使用常规技术诊断患有inSIRS。如果标记概况表明inSIRS或其进行的一个阶段，那么临床医师可在临床症状显示之前开始治疗。

在其他的实施方案中，对照或参考群可以是inSIRS阳性的并且随后通过常规技术诊断患有败血症。例如，用来产生参考概况的inSIRS阳性的患者群可在为了生成参考IRC标记概况而从他们获取生物样品后24、48、72、96或更多小时诊断患有败血症。在一些实施方案中，inSIRS阳性的个体群在获取生物样品后约0-36小时、约36-60小时、约60-84小时或约84-108小时使用常规技术诊断患有败血症。如果标记概况表明败血症或其进行的一个阶段，那么临床医师可在败血症的临床症状显示之前开始治疗。治疗通常包括检查患者以确定感染的来源。一旦定位来源，临床医生通常将从感染位点获得培养物，适合地在开始相关的经验性抗微生物治疗以及可能的另外辅助的治疗措施例如排光脓肿或移除被感染的导尿管之前。

根据本发明，将受试者中一个IRC标记表达产物的水平与选自正常受试者、败血症阳性受试者、inSIRS阳性受试者和手术后炎症阳性受试者的对照受试者中相应IRC标记表达产物的水平相比较表明测试下的受试者是正常的还是患有或处于发展手术后炎症、inSIRS或败血症的风险中。

因此，在某些实施方案中，本发明特征在于诊断选自手术后炎症、inSIRS或败血症的多种病况或通过检测测试受试者和对照受试者中IRC标记表达产物的差异表达区分受试者中这些病况的方法。因此，为了做出这样的诊断，理想的是定性活性两确定IRC标记转录物的水平或IRC标记多肽的水平或功能活性。在某些实施方案中，手术后炎症、inSIRS或败血症或者手术后炎症、inSIRS和败血症之间的差异存在或不存在是在IRC标记表达产物在从测试受试者获得的生物样品中以比在从对照受试者获得的参考样品中相应IRC表达产物表达水平可检测地更低的水平表达时确定的。通常，在生物样品中的IRC标记表达产物的水平或功能活性与参考样品中相应IRC标记表达产物的水平或功能活性相差至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、92％、94％、96％、97％、98％或99％或者甚至至少约99.5％、99.9％、99.95％、99.99％、99.995％或99.999％或者甚至至少约100％、200％、300％、400％、500％、600％、700％、800％、900％或1000％时做出这样的诊断。相应的IRC标记表达产物通常选自在生物样品中存在的相同的IRC标记表达产物、从变体基因(例如同源的或直向同源的基因)表达的IRC表达产物包括等位变体或剪接变体或其蛋白质产物。在某些实施方案中，所述方法包括测量来自选自ANKDD1A、GABRR2、OTX1、PANX2、RHBDF2、SLAMF7、AMBRA1、CES2、CLPB、HIPK2、C1ORF91、NDSTl、SLC36A1、ADAM19、CUL7、TG、PDCD1LG2、GRINLIA、MGRNl、SNTB2、CDK5R1、GAA、KATNAL2、CEACAM4、ZNF335、ASPHD2、ACRC、BTNL8、MOV10、MED12L、KLHL6、PDLIM5、GALNT10、SCRNl、VOPP1、FKBP9、KIF27、PIWIL4、TEP1、GCH1、PRR11、CDH2、PPM1N、RRAS、DDOST、APH1A、TTL、TEX261、COQ2、FCHSD1、BAK1、SLC25A25、KELT、ACP2、TBC1D2B、FANCA或SLC39A11的IRC产生多转录物基因的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24种IRC标记表达产物的水平，单独或与来自56、55、54、53、52、51、50、49、48、47、46、45、44、43、42、41、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3或2个IRC产生多转录物基因中的每一个或1个其他的IRC产生多转录物基因的多达1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个单个IRC标记表达产物组合。

在其他的实施方案中，所述方法包括测量来自如本文定义的至少一个IRC产生多转录物基因的一个或多个IRC标记多肽的水平，单独或与从56、55、54、53、52、51、50、49、48、47、46、45、44、43、42、41、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个其他IRC产生多转录物基因表达的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个单个IRC标记多肽组合。

一般来说，生物样品含有血液，尤其是外周血或者其部分或提取物。通常，生物样品包含血细胞例如成熟的、不成熟的和发育中的白细胞，包括淋巴细胞，中性粒细胞，中性粒细胞，单核细胞，网织红细胞，嗜碱性粒细胞，嗜酸性粒细胞，血细胞，体腔细胞，巨核细胞，巨噬细胞，树突状细胞，自然杀伤细胞，或这些细胞的部分(例如，核酸或蛋白部分)。在特定的实施方案中，生物样品包含白细胞，包括外周血单核细胞(PBMC)。

7.1基于核酸的诊断

可按照标准方法(Sambrook，et al，1989，同上；Ausubel et al.，1994，同上)从生物学样品所含细胞中分离多核苷酸试验中所用的核酸。所述核酸一般是分级的(例如，poly A⁺RNA)或全细胞RNA。当将RNA作为检测对象时，需要将RNA转化为互补DNA。在一些实施方案中，采用模板依赖性核酸扩增技术扩增所述核酸。可采用许多模板依赖性方法来扩增给定模板样品中存在的IRC标记序列。示例性说明的核酸扩增技术是详述于美国专利号4,683,195；4,683,202和4,800,159；Ausubel et al.(同上)和Innis et al.，(PCR Protocols，Academic Press，Inc.，San Diego Calif.，1990)中的聚合酶链式反应(称为PCR)。简单地说，在PCR中，制备与所述标记序列的相对互补链上区域互补的两条引物序列。向反应混合物中加入过量的脱氧核苷三磷酸和DNA聚合酶，例如Taq聚合酶。如果样品中存在同源IRC标记序列，这些引物将与所述标记结合且聚合酶可通过添加核苷酸使该引物沿着标记序列延伸。通过升高或降低反应混合物的温度，延伸的引物可与标记解离形成反应产物，过量的引物可与标记和反应产物结合而反复进行该过程。为定量测定所扩增的mRNA含量，可进行逆转录酶PCR扩增程序。将RNA逆转录为cDNA的方法是熟知的，其描述于Sambrook et al，1989，同上。可选择的逆转录方法利用热稳定的RNA依赖性DNA聚合酶。WO90/07641描述了这些方法。聚合酶链式反应方法是本领域熟知的。

在某些优选实施方案中，模板依赖性扩增包括实时定量测定转录物。例如，可采用实时PCR技术(Higuchi，1992，et al.，Biotechnology10：413-417)定量测定RNA或DNA。通过测定PCR反应中完成相同数目扩增轮次并处于其线性范围内的靶DNA扩增产物的浓度，可以测定原始DNA混合物中特异性靶序列的相对浓度。如果DNA混合物是从分离自不同组织或细胞的RNA合成的cDNA，则可测定各组织或细胞的产生靶序列的特异性mRNA的相对丰度。PCR产物的浓度与mRNA相对丰度之间的这种直接正比例关系只在PCR反应的线性范围内才正确。曲线平台部分靶DNA的终浓度可通过反应混合物中试剂的利用率测定且独立于所述靶DNA的原始浓度。在特定的实施方案中，使用多重串联，其采用两步骤工艺从少量RNA或DNA概括基因表达，如例如美国申请公开第20070190540号中所描述的。在第一步中，将RNA转化为cDNA并且使用多种基因特异性引物扩增。在第二步中，每种单个基因通过实时PCR定量测量。

另一扩增方法是EPO第320308号所公开的连接酶链式反应(“LCR”)。在LCR中，制备两对互补探针，并且在靶序列存在下每对与靶序列的相反互补链结合从而使它们邻接。在连接酶存在下，此两对探针可相连形成单个单位。与PCR中一样，通过温度循环，结合的连接单位从靶序列上解离，然后用作连接过量探针对的“靶序列”。美国专利号4,883,750描述了与LCR相似的将探针对和靶序列结合的方法。

也可使用PCT申请号PCT/US87/00880所述的Qβ复制酶。在这一方法中，在RNA聚合酶存在时将具有与靶序列区域互补的区域的RNA复制序列加入样品中。聚合酶可拷贝所述复制序列，然后可检测复制序列。

使用限制性核酸内切酶和连接酶实现对在一条链的限制性位点含有核苷酸5′α-硫代-三磷酸的靶分子的扩增的恒温扩增方法也可用于扩增本发明的核酸扩增，Walker et al，(1992，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A89：392-396)。

链置换扩增(SDA)是进行核酸恒温扩增的另一种方法，该方法包括多轮链置换与合成，即切口平移。称为修复链式反应(RCR)的相似方法包括使几种探针与扩增的整个靶区域上退火，之后是其中只存在四种碱基中的两种的修复反应。为便于检测将另两种碱基作为生物素化衍生物加入。SDA中使用了类似的方法。也可采用循环探针反应(CPR)检测靶特异性序列。在CPR中，具有非特异性DNA3’和5’序列与特异性RNA中段序列的探针与样品中存在的DNA杂交。杂交时，用RNA酶H处理反应物，探针的产物鉴定为消化后释放的不同产物。使原始模板与另一循环探针退火并且重复进行所述反应。

还可使用英国专利申请号2202328和PCT申请号PCT/US89/01025所述的还有另一种扩增方法。在前一申请中，将“修饰的”引物用于类似PCR的模板和酶依赖性合成中。可用捕获部分(例如，生物素)和/或检测部分(例如，酶)标记修饰这些引物。在后一申请中，将过量的标记探针加入样品。在靶序列存在下，探针结合并被酶催化切割。切割后，靶序列完整释放进而与过量探针结合。标记探针的切割是靶序列存在的信号。

其它核酸扩增方法包括转录扩增系统(TAS)，包括核酸序列扩增(NASBA)和3SR(Kwoh etal.，1989，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.，86：1173；Gingeras et al，PCT申请WO88/10315)。在NASBA中，可通过临床样品的标准苯酚/氯仿提取、热变性、裂解缓冲液处理和微量离心(minispin)柱分离DNA和RNA或通过氯化胍提取RNA来制备用于扩增的核酸。这些扩增技术包括使具有靶特异性序列的引物退火。聚合后，用RNA酶H消化杂交的DNA/RNA杂交物，同时对双链DNA分子再进行热变性。在任一情况中，通过加入第二条靶特异性引物然后聚合从而将单链DNA制成完全双链。然后用RNA聚合酶，例如T7或SP6多次转录该双链DNA分子。在恒温循环反应中，将RNA逆转录为单链DNA(其之后转变为双链DNA)接着用RNA聚合酶，例如T7或SP6再一次转录。得到的产物无论是截短的还是完整的均显示为靶特异性序列。

Vincent和Kong公开了称为解螺旋酶依赖性等温DNA扩增(HAD)的方法(Vincent and Kong，EMBO Reports，5(8)：795-800，2004)。这一方法使用DNA解螺旋酶将DNA链分开并且因此不需要热循环。整个反应可在一个温度进行并且这一方法应在即时DNA诊断上具有广泛应用。

Davey et al，EPO第329822号公开了核酸扩增工艺，包括循环合成单链RNA(“ssRNA”)、ssDNA和双链DNA(dsDNA)，其根据本发明可使用。ssRNA是逆转录酶(RNA依赖性DNA聚合酶)延伸的第一引物寡核苷酸的模板。然后通过核糖核酸酶H(RNA酶H，对含DNA或RNA的双螺旋中RNA特异性RNA酶)的作用除去得到的DNA：RNA双螺旋中的RNA。得到的ssDNA是第二引物的模板，该引物在5’也含有与该模板同源的RNA聚合酶(例如T7RNA聚合酶)的启动子序列。然后用DNA聚合酶(例如大肠杆菌DNA聚合酶I的大“Klenow”片段)延伸这一引物，得到双链DNA(“dsDNA”)分子，其具有与引物之间的与原始RNA相同的序列并且在一末端还含有启动子序列。合适的RNA聚合酶可利用这一引物序列制备所述DNA的多份RNA拷贝。然后这些拷贝可再进入循环从而导致快速扩增。适当地选择酶，可恒温进行这一扩增而无需在每轮加入酶。由于这一方法的循环性质，可选择DNA或RNA形式的起始序列。

Miller等在PCT申请WO89/06700中公开的核酸序列扩增方案基于启动子/引物序列与单链靶DNA(“ssDNA”)的杂交以及之后该序列的多份RNA拷贝转录。这一方案不是循环性的，即得到的RNA转录物不会产生新模板。其它扩增方法包括“RACE”和“单边PCR”(Frohman，M.A.，In：″PCR Protocols：A Guideto Methods and Applications"，Academic Press，N.Y.，1990；Ohara et al.，1989，Proc.Natl Acad.Sci.U.S.A..86：5673-567)。

也可使用基于在含有所产生的“二-寡核苷酸”序列的核酸存在下两条(或更多条)寡核苷酸的连接从而扩增所述“二-寡核苷酸”的方法来扩增靶核酸序列。Wu et al.，(1989，Genomics4：560)。

取决于所用的方式，扩增后使用如例如上文所述的模板依赖性扩增或用第二种已知的核酸直接鉴定样品中感兴趣的IRC标记核酸。然后，检测所鉴定的产物。在某些应用中，可通过目测方法进行检测(例如，凝胶溴化乙锭染色)。可选择地，检测可包括通过化学发光、放射性标记的放射性闪烁照相术或荧光标记物或甚至通过利用电或热脉冲信号的系统来间接鉴定产物(AffymaxTechnology；Bellus，1994，J Macromol.Sci.Pure，Appl.Chem.，A31(1)：1355-13766)。

在一些实施方案中，可目测扩增产物或“扩增子”以证实IRC标记序列的扩增。一种典型的目测方法包括用溴化乙锭染色凝胶并在UV光下观察。可选择地，如果扩增产物整体用放射性或荧光标记的核苷酸作了标记，则可在分离后使这些扩增产物曝光x-射线胶片或在合适的激发光谱下目测。在一些实施方案中，可间接进行目测。扩增产物分离后，使标记的核酸探针与扩增的IRC标记序列接触。探针优选与生色团偶联但也可放射性标记。可选择地，探针可与结合伴侣例如抗原结合分子或生物素偶联，而结合对的另一成员携带可检测部分或报导分子。所涉及的技术是本领域技术人员熟知的，可在许多分子方法的标准教科书(例如，参见Sambrook el al.，1989，同上和Ausubel et al.，1994，同上)中找到。例如，用生色团或放射性标记的探针或引物可在扩增期间或其后鉴定靶标。

在某些实施方案中，使用本领域技术人员熟知的印迹技术定量测定靶核酸。Sourthern印迹用DNA作为靶，而Northern印迹用RNA作为靶。虽然cDNA印迹在许多方面与印迹或RNA类相似，但各方法可提供不同类型的信息。简单地说，探针用于靶向固定于合适的基质往往是硝酸纤维素膜上的DNA或RNA。不同类核酸在空间上应分开以便分析。这一般通过核酸的凝胶电泳，然后“印迹”到膜上来实现。随后，在有利于变性和再杂交的条件下共同培育印迹的靶与探针(通常是标记的)。因为探针设计为可与靶碱基配对，因此探针可在复性条件下与靶序列的一部分结合。然后除去未结合的探针，如上所述进行检测。

检测/定量测定后，可将给定受试者中观察到的结果与本文定义的对照反应或正常受试者或无IRC受试者的统计学上显著的参考组作比较。以这样的方式可使所检测的IRC标记核酸含量与疾病的进程或严重性相关联。

本发明也考虑了如Kristensen et al.(Biotechniques30(2)：318-322)所述的基因分型方法和等位基因鉴别方法和技术，包括采用单一核苷酸多态性分析、高效液相层析、TaqManTM、液相层析和质谱。

本发明也考虑了生物芯片技术，例如Hacia et al.(1996，Nature Genetics14：441-447)和Shoemaker et al.(1996，Nature Genetics14：450-456)所述的技术。简单地说，这些技术包括快速而精确地分析大量基因的定量测定方法。通过寡核苷酸给基因加标签或者使用固定的探针阵列，可用生物芯片技术将靶分子分隔成高密度阵列并根据杂交筛选这些分子。也参见Pease et al.(1994，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.91：5022-5026)；Fodor et al.(1991，Science251：767-773)。简单地说，如本文所概述的，制备IRC标记多核苷酸的核酸探针，将其与用于筛选和诊断方法的生物芯片相连。可将连接生物芯片的核酸探针设计为基本上与特异性表达的IRC标记核酸即靶序列(无论是样品的靶序列还是其它探针序列，例如三明治测定中的序列)互补，从而使得靶序列与本发明的探针发生杂交。这一互补性无需完美；可存在干扰靶序列与本发明的核酸探针之间的杂交的任意数目的碱基对错配。然而，如果错配的数量太大以致于即使在最低严格度杂交条件下也不发生杂交，则该序列不是靶序列的互补序列。在某些实施方案中，每条序列可使用不止一种探针，可使用重叠的探针或针对靶序列不同部分的探针。即，可用两种、三种、四种以上的探针(优选三种)构建具体靶的冗余度。这些探针可以是重叠的(即某些序列相同)或分离的。

本领域普通技术人员应当理解的是，可以各种方式将核酸连接于或固定于固体支持物。本文的“固定的”或其语法等价体表示核酸探针与固体支持物之间的连接或结合在下述的结合、洗涤、分析和去除条件下足够稳定。结合可以是共价或非共价的。本文的“非共价结合”与其语法等价体表示静电性、亲水性和疏水性相互作用的一种或多种。非共价结合包括分子例如链霉亲和素与支持物的共价连接和生物素化探针与链霉亲和素的非共价结合。本文的“共价结合”及其语法等价体表示两部分，固体支持物与探针，至少通过一根键，包括σ键、π键和配位键相连。探针与固体支持物之间可直接形成共价键，或者可通过交联接头或通过固体支持物或探针或这两种分子上所含的特异性反应活性基团来形成共价键。固定化也可包括共价和非共价相互作用的组合。

总之，本领域技术人员应理解可以各种方式使探针与生物芯片相连。如本文所述，可先合成核酸，然后与生物芯片相连，或者可直接在生物芯片上合成。

生物芯片包含合适的固体或半固体基质或固体支持物。“基质”或“固体支持物”表示可经修饰而含有适合与核酸探针相连或结合的多个不连续位点并适用于至少一种检测方法的任何材料。本领域技术人员应理解可用的基质很多，包括但不限于：玻璃与改性或功能化玻璃，塑料(丙烯酸、聚苯乙烯与苯乙烯和其它材料的共聚物、聚丙烯、聚乙烯、聚丁烯、聚氨酯、Teflon^TM等)，多糖，尼龙或硝酸纤维素，树脂，二氧化硅或含硅与修饰的硅、碳、金属、无机玻璃、塑料的二氧化硅材料等。总之，这些基质可用光学方法检测并且不带荧光。

所述基质一般是平的，虽然本领域技术人员应理解也可使用其它构型的基质。例如，为对流通样品进行分析而尽可能降低样品体积，可将探针置于试管的内表面。类似地，所述基质可以是可弯曲的，例如可弯曲的泡沫塑料，包括特定塑料制成的闭孔泡沫塑料。

在某些实施方案中，如本领域已知的可在基质上合成寡核苷酸探针。例如，可使用利用光聚合化合物和技术的光活化技术。在示例性说明的实例中，使用熟知的光版印刷技术，例如WO95/25116；WO95/35505；美国专利号5,700,637和5,445,934及其引用的参考文献中所述的技术原位合成核酸；这些连接方法构成Affymetrix GeneChip^TM技术的基础。

在示例性说明的实例中，使生物芯片上的寡核苷酸探针在有助于特异性杂交的条件下暴露于或接触含有一种或多种IRC多核苷酸的核酸样品。可从生物材料的悬液中，或者研碎生物材料，或者按照细胞裂解步骤制备样品的DNA或RNA提取物(无论单链或双链)，所述步骤包括但不限于：用SDS(或其它去污剂)、渗透压冲击、异硫氰酸胍和溶菌酶处理进行裂解。可用于本发明方法的合适DNA包括cDNA。可使用多种常用程序中的任一种制备这种DNA，例如如Ausubel，et al.，1994，同上；和Sambrook，et al.，1989，同上中所述。

可用于本发明方法的合适RNA包括信使RNA、DNA转录的互补RNA(cRNA)或基因组RNA或次基因组RNA。可使用标准程序制备这些RNA，例如如Ausubel，et al.，1994，同上；和Sambrook，et al.，1989，同上中的相关章节中所述。

可通过例如超声波处理或用限制性核酸内切酶处理使cDNA片段化。优选使cDNA片段化从而使得到的DNA片段长于固定的寡核苷酸探针，但足够小而可在合适的杂交条件下快速接触固定的探针。可选择地，可使用如例如上文所述的合适的核苷酸扩增技术来选择并扩增cDNA片段，涉及合适的随机或特异性引物。

通常可检测地标记靶IRC标记多核苷酸以使得可以测定它们与各探针的杂交。通常用报导分子可检测地标记靶多核苷酸，所述报导分子的示例性说明的实例包括色原、催化剂、酶、荧光染料、化学发光分子、生物发光分子、镧系离子(例如，Eu³⁴)、放射性同位素和直接可见标记物。在直接可见标记物的实例中，可使用胶体金属颗粒或非金属颗粒、染料颗粒、酶或底物、有机聚合物、乳胶颗粒、脂质体或含有信号产生物质的其它载体等。这一类型的示例性说明标记物包括大胶体，例如金属胶体，如金、硒、银、锡和钛氧化物胶体。在一些将酶用作直接可见标记物的实施方案中，将生物素化的碱基掺入靶多核苷酸中。通过与链霉亲和素-报导分子一起孵育来检测杂交。

合适的荧光染料包括但不限于：异硫氰酸荧光素(FITC)、异硫氰酸四甲基罗丹明(TRITC)、R-藻红蛋白(RPE)和得克萨斯红(Texas Red)。其它示例性说明荧光染料包括Dower et al.(国际公布WO93/06121)中所讨论的。荧光染料也可参考美国专利5,573,909(Singer et al)；5,326,692(Brinkley et al)。可选择地，荧光染料可参考美国专利号5,227,487；5,274,113；5,405,975；5,433,896；5,442,045；5,451,663；5,453,517；5,459,276；5,516,864；5,648,270和5,723,218中所述。可购得的荧光标记物包括，例如荧光素亚磷酰胺，诸如Fluoreprime^TM(Pharmacia)、Fluoredite^TM(Millipore)和FAM(Applied BiosystemsInternational)。

放射性报导分子包括，例如可通过X-射线或磷酸成像(phosphoimager)技术检测的³²P。

可在适合于寡核苷酸探针与测试核酸(包括DNA或RNA)杂交的条件下进行杂交物形成步骤。就此而言，可参考例如《核酸杂交，一种实用方法》(NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION，A PRACTICAL APPROACH)，(Homes和Higgins编)，(IRL press，Washington D.C.，1985)。一般来说，杂交是否发生受寡核苷酸探针和所测试寡核苷酸序列的长度、pH、温度、一价和二价阳离子的浓度、杂交物形成区中G和C核苷酸的比例、介质粘度和可能存在的变性剂的影响。这些变量也影响杂交所需时间。因此，优选的条件取决于具体应用。然而，可用常规方法确定这些经验性条件而无需过多实验。

某些优选实施方案使用高度鉴别性杂交条件。例如，可参考Wallace et al.(1979，Nucl.Acids Res.6：3543)，他描述了与含有一个内部碱基对错配的相似寡核苷酸探针作比较，可区别与靶序列完美匹配且完全同源的11-17个碱基长的寡核苷酸探针的杂交条件。也可参考Wood et al.(1985，Proc.Natl.Acid.Sci.USA82：1585)，他描述了使用3M氯化四甲铵使11-20个碱基长的寡核苷酸杂交的条件，其中杂交物的解链温度只取决于寡核苷酸探针的长度，而不考虑其GC含量。此外，Drmanac et al.(同上)描述了6-10个核苷酸长的寡聚物的严格杂交条件，使用核苷酸类似物，例如“锁定核酸”最容易获得相似的条件(Christensen et al.，2001，Biochem J354：481-4)。

杂交反应一般可在有杂交缓冲液存在下进行，所述缓冲液任选含有杂交优化试剂，例如稳定剂(isostabilising agent)、变性剂和/或复性加速剂。稳定剂的实例包括但不限于：甜菜碱和低级四烷基铵盐。变性剂是通过干扰双链核酸碱基之间的氢键或核酸分子的水合作用来降低双链核酸分子解链温度的组合物。变性剂包括但不限于：甲酰胺、甲醛、二甲基亚砜、四乙基乙酸酯(tetraethylacetate)、脲、异硫氰酸胍(guanidium isothiocyanate)、甘油和离液盐。杂交加速剂包括核内不均一核糖蛋白(hnRP)A1和阳离子去污剂，如十六烷基三乙基溴化铵(CTAB)和十二烷基三甲基溴化铵(DTAB)、聚赖氨酸、精胺、亚精胺、单链结合蛋白(SSB)、噬菌体T4基因32蛋白和乙酸铵与乙醇的混合物。杂交缓冲液可含有浓度为约0.005nM和约50nM之间、优选约0.5nM和5nM之间、更优选约lnM和2nM之间的靶多核苷酸。

使含有靶IRC标记多核苷酸的杂交混合物与探针阵列接触并在室温孵育适当时间以使靶多核苷酸中的靶序列与任何互补探针杂交。接触可发生在任何合适的容器中，例如设计用于盛放其上连接有探针的固体支持物的碟或小室。孵育温度通常为核酸杂交所用的温度，例如约20℃和约75℃之间、如约25℃、约30℃、约35℃、约40℃、约45℃、约50℃、约55℃、约60℃，或约65℃。对于长度超过14个核苷酸的探针来说优选20℃至50℃。对较短的探针而言，优选较低温度。将靶多核苷酸样品与探针孵育足够时间使靶多核苷酸中的靶序列与任何互补探针之间达到所需杂交水平。例如，可在约45℃+/-10℃在甲酰胺中杂交1-2天。

杂交物形成步骤后，用含有与杂交步骤所用相同浓度范围的杂交优化剂的杂交缓冲液清洗探针以除去任何未结合的核酸。这一清洗步骤只留下结合的靶多核苷酸。然后可检测探针以鉴定哪种探针与靶多核苷酸杂交。

然后可检测杂交反应物以确定哪种探针与相应的靶序列杂交。取决于和靶多核苷酸连接的报导分子的性质，可通过以下方式用仪器检测信号：用光照射荧光标记物并用荧光计检测荧光；提供酶系统以产生可用分光光度计检测的染料；或者使用光反射仪检测染料颗粒或有色的胶体金属颗粒或非金属颗粒；使用放射性标记物或化学发光分子的情况下采用辐射计数器或放射自显影术。因此，检测装置应适用于检测或扫描标记物相关的光，所述光可包括荧光、冷光、聚焦光束或激光。在这样的实例中，可用电荷耦合器件(CCD)或光电池来扫描微阵列中各位置探针：靶多核苷酸杂交物发射的光并直接在数字计算机上记录数据。在一些情况下，无需检测电子信号。例如，在酶促产生与核酸阵列模式相关的颜色斑点时，目测该阵列就可解释阵列上的模式。在核酸阵列的实例中，检测装置适合地与模式识别软件接口从而将阵列的信号模式转化为普通语言遗传分布模式。在某些实施方案中，不同IRC产物的特异性寡核苷酸探针采取核酸阵列形式并使用“芯片阅读器”检测阵列上报导分子所产生的信号。可使用“芯片阅读器”的检测系统如Pirrung et al(美国专利号5,143,854)所述。芯片阅读器通常也包括一些信号加工过程来确定具体阵列位置或特征处的信号是否是真阳性或者可能是假信号。示例性芯片阅读器例如Fodor et al(美国专利号5,925,525)所述。可选择地，当阵列是由各种可寻址型标记的微珠混合物制成时，可使用流式细胞术检测该反应。

7.2基于蛋白的诊断

与本发明一致的是，测试受试者或样品和对照受试者或参考样品之间IRC标记蛋白浓度上的差异表明败血症或inSIRS的存在或不存在或将败血症和inSIRS区分开。可使用本领域已知的任何合适方法检验生物学样品中IRC标记蛋白质的水平。例如，当IRC标记蛋白质是酶时，可根据其催化活性或根据样品所含该蛋白质分子数来定量测定所述蛋白质。可使用抗体技术，例如免疫组织学和免疫组织化学方法来检测组织样品中感兴趣蛋白质的水平。例如，用初级抗体(多克隆或单克隆)提供特异性识别并且用第二检测系统检测初级抗体的存在(或结合)情况。可将可检测标记物，例如荧光标记物、放射性标记物或能产生可定量测定(如有色的)的产物的酶(如，碱性磷酸酶、辣根过氧化物酶)与二级抗体相轭合。在另一合适的方法中，可检测性标记初级抗体本身。因此可对组织切片进行免疫组织学标记。在一些实施方案中，从生物学样品(例如，组织、细胞)中制备分析用蛋白提取物。可使用常规免疫印迹方法(Jalkanenet al.，1985，J.Cell.Biol.101：976-985；Jalkanen et al，1987，J.Cell.Biol.105：3087-3096)使这些提取物(例如，去污剂提取物)经手western-印迹或感兴趣蛋白质的水平的斑点/狭线测定。

其它有用的基于抗体方法包括免疫测定，例如酶联免疫吸附测定(ELISA)和放射免疫测定(RIA)。例如，蛋白质特异性单克隆抗体可用作免疫吸附剂和酶标记探针以检测和定量测定感兴趣的IRC标记蛋白质。可采用线性回归计算机算法(参见，Lacobilli et al.，1988，Breast Cancer Research and Treatment11：19-30)，参考标准制剂中存在的量来计算样品中这种蛋白质的量。在其它实施方案中，可用针对感兴趣蛋白质的两种不同单克隆抗体，一种作为免疫吸附剂，另一种作为酶标记探针。

此外，蛋白质捕获阵列领域的最新进展使得能同时检测和/或定量测定大量蛋白质。例如，滤膜上的低密度蛋白质阵列，如通用蛋白质阵列系统(Ge，2000，Nucleic Acids Res.，28(2)：e3)允许采用标准ELISA技术和扫描电荷耦联器件(CCD)检测器拍摄组成阵列的抗原图像。也开发了能同时检测临床分析物的免疫传感器阵列。目前用蛋白质阵列来获得体液，例如健康或患病受试者以及药物治疗前后受试者血清，中的蛋白质表达概况是可能的。

蛋白质捕获阵列一般包含多种蛋白质捕获剂，它们各自确定了该阵列上空间位置不同的特征。蛋白质捕获剂可以是能结合蛋白质并将其固定在阵列上的蛋白质捕获剂位点的任何分子或分子复合物。蛋白质捕获剂可以是一种蛋白质，其在细胞中的天然功能是能特异性结合另一种蛋白质，例如抗体或受体。可选择地，蛋白质捕获剂可以替代为能特异性结合某蛋白质的部分合成或全合成或重组的蛋白质。可选择地，蛋白质捕获剂可以是在体外根据对特异性蛋白质或肽靶的结合亲和力选自诱变、随机或完全随机化与合成文库的蛋白质。所用的选择方法任选可以是本领域已知的展示方法，例如核糖体展示或噬菌体展示。可选择地，经体外选择得到的蛋白质捕获剂可以是能特异性结合蛋白质靶的DNA或RNA适体(参见，Potyrailo et al，1998Anal.Chem.70：3419-3425；Cohen etal，1998，Proc.Natl.Acad.Sci.USA95：14272-14277；Fukuda，et al.，1997NucleicAcids Symp.Ser.37：237-238；可从SomaLogic获得)。例如，通过Selex^TM工艺从寡核苷酸文库中选择适体并且可通过共价连接，经由掺入溴化脱氧尿苷和紫外光活化的交联(光适体)来增强它们与蛋白质的相互作用。适体具有易通过自动寡核苷酸合成来制备和DNA的稳定性和强度优良的优点；可采用通用荧光蛋白质染色技术来检测结合。可选择地，体外选择的蛋白质捕获剂可以是多肽(例如，抗原)(参见，例如Roberts and Szostak，1997Proc.Natl.Acad.Sci.USA94：12297-12302)。

捕获分子的阵列的可替代方案是通过“分子印刷”技术制成的阵列，其中的肽(例如，来自蛋白质的C-末端区域)用作模板以在可聚合基质中产生结构互补的序列特异性空隙；然后这些空隙能特异性捕获具有合适的一级氨基酸序列的(变性的)蛋白质(例如，可从ProteinPrint^TM和Aspira Biosystems获得)。

示例性蛋白质捕获阵列包括通常称为抗体阵列的空间上包含可寻址的抗原结合分子的阵列，其有助于大量蛋白质的大规模平行分析，限定蛋白质组或蛋白质亚组。抗体阵列显示具有所需的特异性性质和可接受的背景，并且一些阵列商业上可得(例如，BD Biosciences，Clontech，BioRad和Sigma)。制备抗体阵列的各种方法已有报道(参见，例如Lopez et al.，2003J.Chromatogr.B787：19-27；Cahill，2000Trends in Biotechnology7：47-51；美国专利申请公布2002/0055186；美国专利申请公布2003/0003599；PCT公布WO03/062444；PCT公布WO03/077851；PCT公布WO02/59601；PCT公布WO02/39120；PCT公布WO01/79849；PCT公布WO99/39210)。这些阵列的抗原结合分子至少可识别细胞或细胞群所表达蛋白质的亚组，其示例性说明的实例包括生长因子受体、激素受体、神经递质受体、儿茶酚胺受体、氨基酸衍生物受体、细胞因子受体、胞外基质受体、抗体、凝集素、细胞因子、丝抑蛋白、蛋白酶、激酶、磷酸酶、ras-样GTP酶、水解酶、类固醇激素受体、转录因子、热激转录因子、DNA-结合蛋白、锌指蛋白、亮氨酸拉链蛋白、同源域蛋白、胞内信号转导调节剂和效应物、凋亡相关因子、DNA合成因子、DNA修复因子、DNA重组因子、细胞表面抗原、丙型肝炎病毒(HCV)蛋白酶和HIV蛋白酶。

在噬菌体展示或核糖体展示文库(例如，得自Cambridge AntibodyTechnology，BioInvent，Affitech和Biosite)中选择后可通过常规免疫方法(例如，多克隆血清和杂交瘤)，或作为通常在大肠杆菌中表达的重组片段制备抗体阵列的抗原结合分子。可选择地，可以从产生双抗体的细菌克隆的组合生成的矩阵形式产生含有非共价缔合的VH和VL结构域的“混合体(combibody)”(例如，可从Domantis获得)。用作蛋白质捕获剂的示例性抗原结合分子包括单克隆抗体、多克隆抗体、Fv、Fab、Fab′和F(ab′)₂免疫球蛋白片段、合成的稳定Fv片段(如单链Fv片段(scFv)、二硫键稳定的Fv片段(dsFv))、单可变区结构域(dAb)小抗体(minibody)、混合体和多价抗体(如双抗体和多-scFv)、camelid的单个结构域或工程改造的人等同物。

空间位置不同的各蛋白质捕获剂通常连接在一般是平的或有起伏的支持物表面。常规物理支持物包括载玻片、硅、微孔、硝酸纤维素或PVDF膜与磁性微珠和其它微珠。

虽然广泛使用的是将蛋白质微滴递送到板上，但有关的可代替的构造包括基于微流体学进展开发的CD离心装置(例如，可从Gyros获得)和专门化的芯片设计，例如板中工程改造的微通道(例如，The Living Chip^TM，可从Biotrove获得)和硅表面的微小3D柱(例如，可从Zyomyx获得)。

也可将悬浮液中的颗粒用作阵列的基础，只要它们有身份编码；这些系统包括用颜色编码的微珠(例如，可从Luminex、Bio-Rad和Nanomics Biosystems获得)和半导体纳米晶体(例如，Qdots^TM，可从Quantum Dots获得)和带条形码的珠(UltraPlex^TM，可从Smartbeads获得)和多金属微杆(Nanobarcodes^TM颗粒，可从Surromed获得)。也可将这些珠在半导体芯片上组装成平面阵列(例如，可从LEAPS technology和BioArray Solutions获得)。当用颗粒时，各蛋白质捕获剂通常连接于各颗粒以为阵列提供空间确定限定或分隔。然后分别(但同时)以隔离方式，例如在微滴定板的孔中或不同试管中检测这些颗粒。

在操作中，将任选片段化形成肽片段的蛋白质样品(参见，例如美国专利申请公布2002/0055186)在适合于蛋白质或肽结合的条件下递送到蛋白质捕获阵列并清洗该阵列以将样品中未结合或非特异性结合的组分从阵列除去。然后，使用合适的检测系统检测与阵列上各特征相结合的蛋白质或肽的存在或量。与阵列上一个特征相结合的蛋白质的量可相对于与该阵列第二特征相结合的第二蛋白质的量来测定。在某些实施方案中，样品中第二蛋白质的量已知或已知是不变的。

为分析两种细胞或细胞群之间蛋白质表达的差异，将第一种细胞或细胞群的蛋白质样品在适合于蛋白质结合的条件下递送到该阵列。将第二种细胞或细胞群的蛋白质样品以类似方式递送到与第一阵列相同的第二阵列。然后清洗两个阵列将样品中未结合或非特异性结合的组分从阵列除去。在最后步骤中，将维持与第一阵列特征相结合的蛋白质的量和维持与第二阵列的相应特征相结合的蛋白质的量作比较。为测定两种细胞或细胞群之间蛋白质表达模式的差异，将与第一阵列各特征相结合的蛋白质的量从与第二阵列的相应特征相结合的蛋白质的量中扣除。

在一个示例性的实施中，可使用荧光标记检测与阵列结合的蛋白质。与读取DNA微阵列所用相同的仪器可应用于蛋白质捕获阵列。为了差别展示，可用得自两种不同状态细胞的荧光标记蛋白质探测捕获阵列(例如，抗体阵列)，两种状态中细胞裂解物用不同荧光团(例如，Cy-3和Cy-5)标记并混合以使可将颜色作为靶丰度改变的读数。通过酪酰胺信号扩增(TSA)(例如，可从PerkinElmer Lifesciences获得)可将荧光读数灵敏度提高10-100倍。平面波导技术(例如，可从Zeptosens获得)能进行超灵敏的荧光检测，并具有另外的无需清洗的优点。使用藻红蛋白作标记物(例如，可从Luminex获得)或利用半导体纳米晶体(例如，可从Quantum Dot获得)性能的悬浮珠和颗粒也能实现高灵敏度。已采纳荧光共振能量转移来检测可用于阵列的未标记配体的结合(例如，可从自Affibody获得)。已开发了几种其它读出装置，包括以下方法的改进装置：表面等离振子共振(例如，可从HTS Biosystems和Intrinsic Bioprobes获得)、滚动循环DNA扩增(例如，可从Molecular Staging获得)、质谱(例如，可从Sense Proteomic，Ciphergen，Intrinsic和Bioprobes获得)、共振光散射(例如，可从Genicon Sciences获得)和原子力显微镜(例如，可从BioForceLaboratories获得)。NextGen和Perkin Elmer Life Sciences已经共同开发了用于样品与载玻片上的阵列自动孵育和清洗的微流体系统。

在某些实施方案中，用于检测IRC标记表达产物的技术包括内部或外部标准品以定量或半定量测定那些产物，由此能将生物学样品中这些表达产物的水平或功能活性与参比样品中相应表达产物进行有效比较。技术人员采用标准程序可以确定这样的标准品。具体实施例中，测定了各表达产物的水平或功能活性的绝对值。

在特定的实施方案中，使用如例如在国际公开第WO02/090579号以及在2003年11月14日提交的共同未决的PCT申请第PCT/AU03/01517号中所公开的系统实施诊断方法，所述系统包括与基站偶联的至少一个终端站。基站通常与一个或多个数据库偶联，所述数据库包含来自许多个体的代表IRC标记表达产物的水平或功能活性的预先确定的数据以及收集预先确定的数据时个体实际状态的指示(例如败血症或inSIRS或手术后炎症的存在、不存在)。在操作中，基站一般通过通信网络从终端站接受受试者数据，并将所述受试者数据与存储在数据库中的预定数据作比较，所述受试者数据代表从取自受试者的生物学样品中至少一种表达产物的检测或标准化水平或功能活性。将该受试者数据与预定数据作比较使基站能根据比较结果确定受试者的状态。因此，基站试图鉴定与测试受试者具有相似参数值的个体并且一旦根据该鉴定确定了状态，那么基站会将诊断指示送至终端站。

7.3试剂盒

检测和定量IRC标记表达产物的所需的所有必需材料和试剂可一起组装在试剂盒中。试剂盒还可任选地包括检测标记的适合的试剂、阳性对照和阴性对照、清洗溶液、印迹膜、微量滴定板稀释缓冲液以及类似物。例如，基于核酸的检测试剂盒可包括(i)IRC标记多核苷酸(其可被用做阳性对照)，(ii)与IRC标记多核苷酸特异性杂交的引物或探针。还可以包括的是适于扩增核酸的酶，包括各种聚合酶(逆转录酶、Taq、Sequenase^TM DNA连接酶等，取决于所使用的核酸扩增技术)、脱氧核苷酸以及缓冲液以便为扩增提供必需的反应混合物。这些试剂盒通常也将包含，以适合的形式，用于每种单独试剂和酶以及用于每种引物或探针的不同容器。可选择地，基于蛋白质的检测试剂盒可包括(i)IRC标记多肽(其可用做阳性对照)，(ii)与IRC标记多肽免疫反应的抗原结合分子。试剂盒还可以用于实现本文所描述的测定中的一个的各种装置和试剂以及使用所属试剂盒定量败血症标记基因表达的打印说明书为特征。

8.治疗或预防的方法

本发明还扩展至受试者中手术后炎症、inSIRS和败血症的管理，或手术后炎症、inSIRS和败血症的进一步进行的预防，或阳性诊断手术后炎症、inSIRS和败血症存在后受试者中治疗效力的评估。手术后炎症通常使用静脉内液、抗炎剂、抗生素或免疫治疗来管理。然而，败血症或inSIRS病况的管理通常是高强度的并且可包括潜在病因的鉴定和缓解以及治疗化合物例如抗生素、类固醇、抗内毒素抗体、抗肿瘤坏死因子制剂、重组蛋白C的强力使用。此外，可使用Cohen和Glauser(1991，Lancet338：736-739)中描述的目的为恢复和保护器官功能的姑息性治疗，例如静脉内液和氧气以及严格的血糖控制。败血症的治疗综述于Healy(2002，Ann.Pharmacother.36(4)：648-54)and Brindley(2005，CJEM.7(4)：227)和Jenkins(2006，J Hosp Med.1(5)：285-295)中。

通常，治疗剂在药物(或兽药)组合物中与药学上可接受的载体一起以达到它们的预期目的的有效量施用。施用于受试者的活性化合物的剂量应在一段时间内足以在受试者中实现有益响应，例如降低或减轻手术后炎症、败血症或inSIRS的症状。有待施用药学活性化合物的用量可以取决于有待治疗的受治疗者，包括其年龄、性别、体重和一般健康状况。就此而言，所施用的活性化合物的精确用量取决于从业医师的判断。在确定治疗或预防手术后炎症、败血症或inSIRS中有待施用的活性化合物的有效量时，医师或兽医可评估与手术后炎症、败血症或inSIRS的存在相关的症状的严重性，包括炎症、血压异常、心动过速、呼吸急促、发烧、发冷、呕吐、腹泻、皮疹、头痛、意识错乱、肌肉疼痛、癫痫发作。在任何情况中，本领域技术人员可容易地确定治疗剂的适合剂量与适合的治疗方案而无需过多实验。

治疗剂可与辅助(姑息)治疗协同施用以增加对主要器官的氧供应、增加对主要器官的血流量和/或减少炎性响应。这些辅助治疗的说明性实例包括非甾体抗炎药物(NSAID)、静脉盐水和氧气。

为便于理解本发明和付诸实施，通过以下非限制性实施例描述了特别优选的实施方案

实施例

实施例1

手术后炎症、败血症和inSIRS之间不同的诊断基因的鉴定

实验性疾病试验设计

进行临床试验以确定基因的转录物是否可以区别患有败血症、inSIRS和手术后炎症的患者。

在不同时间点收集血液样品以提供时间过程数据并且使用这些数据的Affymetrix外显子测定(Affymetrix HuEx-1.0)分析(参见下文“诊断标记基因的鉴定”)来分析基因表达，显示235个特定基因显示出剪接变化的证据，其同样在败血症阳性患者、inSIRS阳性患者和手术后患者之间在表达上不同。这235当中仅有限数目(57个)被鉴定可以用作区别这些患者组的分类器，所述57个基因产生在手术后炎症和inSIRS之间、手术后炎症和败血症之间、败血症和inSIRS之间差异表达的258个转录物。可以设计核酸阵列测量样品中相应于至少一种以及理想地至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、3839、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、64、55、56、57种IRC标记转录物的RNA水平，其代表性转录物序列展示于SEQ ID NO：1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、455、457、459、461、463、465、467、469、471、473、475、477、479、481、483、485、487、489、491、493、495、497、499、501、503、505、507、509、511、513或515中。可选择地，或者另外，可以设计测量样品中相应于至少一种且理想地至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、3839、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、64、55、56、57种IRC标记多肽的蛋白水平的阵列，所述IRC标记多肽的示例性氨基酸序列展示于SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486，488，490，492，494，496，498，500，502，504，506，508，510，512，514或516中。

材料和方法

研究设计

在败血症临床研究项目的I期中，在单个三级医疗中心进行试验。预先加入重症监护败血症患者以及健康对照并且进行单次探视，收集5mL血液以使用Affymetrix外显子测定进行基因表达分析。

将患者加入II期研究中时不可能知道对败血症的确切诊断并且因此败血症诊断的确认和对患者败血症群组的评估都是回顾进行的。从未被诊断为inSIRS或败血症的患者收集的数据仅用于测定不良事件的频率。

直到外科手术后在他们手术后进入ICU期间才收集临床数据收集和血液样本。在他们已经被鉴定之后，尽快同意并将具有败血症或inSIRS的临床征象和/或症状的患者加入研究，在大多数实例中，在入院的24小时之内。参与者是否患有inSIRS或败血症或手术后炎症的最终测定是随着临床信息逐渐可得而回顾进行的。

研究人群

在I期临床试验中，加入来自ICU的表现出败血症的临床征象和症状(SIRS标准以及可疑的感染)的12名患者。同时加入来自内部的两外10名男性和10名女性对照参与者。研究参与者均超过18岁并且他们或他们的代替决策人签署了临床试验信息单和同意书并注明日期。基于由首席研究员进行的简单的体检，所有的对照参与者都被认为处于良好的健康状况，并已知临床试验登记时的医疗史。

这一临床研究项目的II期由两个患者群组构成并且包括具有与inSIRS一致的临床征象和症状的36名inSIRS患者的群组和具有与败血症一致的临床征象和症状的17名患者。

如果患者在进入ICU时表现出inSIRS或败血症的征象和症状，那么为患者或他们的代理决策人提供参与这一研究的机会。所有的inSIRS和败血症参与者都显示出发烧、低血压、白细胞增多或白细胞生成以及降低的外周血管阻力的临床征象。这些标准基于American College of Physicians and the Society of CriticalCare Medicine对败血症的标准定义。也就是说在24小时内inSIRS和败血症参与者需要包括下列中的两种或更多种的临床病况的可变化的组合＞38℃或＜36℃的温度；心率＞90下/分钟；呼吸频率＞20次呼吸/分钟或＜4.3kPa的PaCO₂(＜32mm HR)以及白血细胞计数＜4,000个细胞/mm³(＜4x10⁹个细胞/L)或＞12,000个细胞/mm³(＞12x10⁹个细胞/L)或＞10％的未成熟中性白细胞(带型)的证据。如果参与者患有任何慢性系统性免疫炎性病症包括SLE、克隆病、IDDM；是移植患者或目前接受对癌症的化疗治疗，那么将参与者排除。大多数患者患有其他潜在的并存病。允许所计划的大型开放手术的患者在手术程序之前着手处理并同意，并且他们的研究血液样品在手术之后在他们进入ICU期间内抽取。所有的研究参与者均为18岁或更年长并且具有低于40的体重指数。

数据收集

记录人口统计学，生命征象测量(血压、心率、呼吸频率、氧饱和度、温度)，血液学(全血计数)，临床化学(尿素、电解质、肝功能酶、血糖)以及微生物状态。将血液抽取至最大6个PAXgene管中用于使用RT-PCT进行基因表达分析。

血液收集

为了提取高质量的RNA或蛋白质的目的收集血液。适用于收集、保藏、转运和分离RNA的血液收集试管包括PAXgene^TM试管(PreAnalytix Inc.，Valencia，CA，USA)。可选择地，可将血液采集入含有设计用于保藏核酸的溶液(可从Roche，Ambion，Invitrogen和ABI获得)的试管中。为测定蛋白质水平，将50ml血液收集入含有4ml的4％柠檬酸钠的试管中防止凝结。分离白细胞和血浆，冷冻保藏用于随后特定蛋白质的分析与检测。提取RNA之前将PAXgene试管维持于室温。以标准格式记录临床体征。

总RNA提取

可从Qiagen Inc(Valencia，CA，USA)获取的试剂盒装有用于从收集在PAXgene血液RNA试管中2.5ml血液分离总RNA的试剂和使用说明书。分离从将PAXgene血液RNA试管的核酸成团的离心步骤开始。将团块清洗并重悬并且用优化的缓冲液与蛋白酶K一起孵育以进行蛋白消化。进行另一次离心以除去残留的细胞碎片并将上清液转移至新的微离心管中。加入乙醇调节结合条件，将裂解物加到PAXgene RNA旋转柱上。在简单离心期间，RNA选择性地与硅胶膜结合，而污染物流出。经三次有效清洗步骤除去残留的污染物，然后用缓冲液BR5洗脱RNA。

进行程序前必须定量和定性测定RNA并可用Agilent生物分析仪和使用分光光度计的吸光度260/280比值来完成。

选择方法

可采用各种技术实现对组织样品中特定RNA水平的测量。本领域熟知的两种常规且易于使用的技术是：

●采用Affymetrix技术的

分析；

●实时聚合酶链式反应(例如，Applied Biosystems的TaqMan^TM)。

通过检测与构建在硅基板上的短寡核苷酸杂交的标记cRNA来定量测定RNA。该技术和方法详见www.affymetrix.com。

实时聚合酶链式反应(RT-PCR)使用两种PCR引物、标记的探针和热稳定的DNA聚合酶来定量测定RNA。PCR产物产生时将一种染料释放至溶液并被检测。内部对照例如18S RNA探针常用于测定样品中总RNA的起始水平。分别运行各基因与内部对照。该技术和方法详见www.appliedbiosytems.com或www.qiagen.com or www.biorad..com。Applied Biosystems提供以下服务：即客户提供DNA序列信息并负费，作为回馈该公司提供对各基因进行RT-PCR所需的全部试剂。

分析的优点在于一次能分析数千个基因。然而，该分析花费大且进行一次试验要花费3天以上。RT-PCR一般一次只能分析一种基因，但廉价并且能在一天内完成。

如果待分析的具体基因数量少于20，则RT-PCR是所选的基因表达分析方法。当需要同时分析许多基因时，

或其它基因表达分析技术(例如Illumina珠阵列)是所选的方法。

用于数据生成和分析以及实时PCR的方法概述于下文。

数据生成

制备cDNA和cRNA

以下用于从总RNA制备cDNA和cRNA的方法采用Affymetrix(www.affymetrix.com)提供和推荐的程序。

步骤是：

●将总共3μg的总RNA用作模板来生成双链cDNA。

●生成cRNA并用生物素化尿嘧啶(dUTP)作标记。

●纯化生物素标记的cRNA并使用分光光度计和MOPS凝胶分析定量测定。

●将标记的cRNA片段化为～300bp大小。

●在Agilent“Lab-on-a-Chip”系统(Agilent Technologies)上测定RNA含量。

杂交、清洗和染色

步骤是：

●制备含有0.05μg/μL标记和片段化的cRNA、spike-in阳性杂交对照和Affymetrix寡核苷酸B2、bioB、bioC、bioD和cre的杂交混合物。

●将终体积(80μL)的杂交混合物加入药盒中。

●将该药盒置于恒定转速的杂交炉中16小时。

●去除的液体并保存。

●将

置于流体站中。

●将各的实验条件以.EXP文件记录。

●加入适合的溶液后，Affymetrix流体站执行所有的清洗和染色过程。

●将清洗，用链霉亲和素-藻红蛋白染料染色并且之后用低盐溶液再次清洗。

●清洗程序完成后，用激光“激发”探针阵列上的染料并用Affymetrix扫描仪(Agilent制造)通过CCD照相机获取图像。

扫描和数据文件生成

扫描仪和MAS5软件单个

生成图像文件，称为.DAT文件。

之后在任何统计学分析之前预处理.DAT文件。

数据的预处理步骤(在任何统计学分析之前)包括：

●.DAT文件的质量控制(QC)。

●.CEL文件生成。

●定标和标准化。

.DAT文件的质量控制

.DAT文件是一种图像。手工检查这些图像的假象(artifact)(例如，高/低强度斑点，划痕，高局部或总体背景)。(通过改变产生边界的强度模式和阵列名称容易鉴定B2寡核苷酸阵列的杂交性能)。MAS5软件使用B2寡核苷酸边界来比对图像上的栅格从而可集中和鉴定各方块的寡核苷酸。

使用其它掺入的杂交对照(bioB、bioC、bioD和cre)通过读取具有增加的信号值的“存在”基因检测，反映它们相对浓度的来评估样品的杂交效率。(如果.DAT文件具有适合的质量，那么用Affymetrix MAS5软件将其转化为强度数据文件(.CEL文件))。

.CEL文件生成

用MAS5软件从.DAT文件生成的.CEL文件包含计算的该探针组的原始强度。从各细胞值中扣除计算的背景得到基因表达数据。为除去负的强度值，应用基于最低2％背景的标准偏差的局部噪声值的噪声校正组分。

将

生成的所有.CEL文件应用于特定的质量度量参数。

一些度量由Affymetrix常规推荐，可从作为

的一部分提供的Affymetrix内部对照测定。其它度量根据经验和包括许多

的处理加工。

数据分析

可用于数据标准化的两种标准方法是：

●Affymetrix MAS5算法。

●Irizarry的鲁棒多芯片分析(RMA)算法(Irizarray et a1.，2002，Biostatistics(印刷中))。

本领域技术人员应知道可采用许多其它方法而不会对本发明有实质影响。

预处理

使用Affymetrix Power Tool(APT)apt-探测器-概要程序(apt-probeset-summarize program)对阵列进行预处理。所述分析使用此时当前的阵列描述文件(\HuEx-10-st-v2.r2.pgf′和\HuEx-10-st-v2.r2.clf′)，背景的反基因链探针(\HuEx-10-st-v2.r2.antigenomic.bgp′′)和标准QC探针(\HuEx-10-st-v2.r2.qcc′′)。此外，在所有的分析物中，使用了鲁棒多芯片平均(RMA)法。

使用多种Affymetrix映射文件，可以在外显子水平或基因水平计算机计算表达度量并且用于标题外显子或基因的子集，核心的、延伸的或全部的。迄今为止在随后的分析中，焦点在于外显子和基因的核心集合，因为它们是了解并且注释得最好的子集。对于R统计学软件包(www.r-project.org)来说可获得被称为exonmap的外显子分析包。其由X：Map genome browser project(http：//xmap.picr.man.ac.uk)提供。exonmap提供了可选择的芯片描述\exon.pmcdf′，其可用于产生外显子核心集合的表达的外显子水平RMA标准化测量。与APT应用程序的结果相比，发现差异是很小的。由于APT应用程序同样提供基因水平的测量，因此这些版本被广泛使用。

质检

APT应用程序提供多种质量控制概述，包括阳性和阴性对照的平均表达水平的箱线图的使用。

数据模型

使用R.1imma的limma包中示例的线性模型法分析数据以鉴定不同的特征(外显子或基因)，通过评估每个特征的系数并且计算机计算每个感兴趣的对比的中等t统计来进行。此外，计算机计算3个在一起的对比的整体F统计。之后可以不同方式为多个测试调整等效p-值。在这一实例中，Holm的调整方法和Benjamini&Hochberg的错误发现率(FDR)

Affyrmetrix MAS5算法

通过Affymetrix MAS5软件使用.CEL文件来标准化或定标数据。将一块芯片的测量数据与来自其他芯片的相似测量数据作比较。

通过对.CEL文件应用MAS5算法的缺省“球形定标”选项来实现AffymetrixMAS5标准化。这一程序扣除了探针值的分布中心的鲁棒估计值，再除以探针可变性的鲁棒估计值。这产生了在探针水平具有共同定位和规模的一组芯片。

通过对给定基因的所有探针对采用鲁棒求平均程序产生基因表达指数。将结果强制定为非阴性。

鉴于在探针水平而不是在基因水平进行定标，即使标准化后在总体基因表达水平上也可能存在芯片与芯片的差异。标准MAS5标准化后，根据芯片强度中值使各基因值去趋势(de-trend)。即，各基因值根据芯片强度中值回归并计算残差。取这些残差作为各基因表达去趋势的估计值。

用Affymetrix MAS5算法计算中值芯片强度，但定标因子固定为一。

RMA算法

这一算法定量一组芯片而不是单一芯片的表达。其使用用以完美配对探针信息的鲁棒统计模型评估基线信号强度。其不能使用错配的探针数据。强制背景校准之后，将使用Quantile Quantile normalization(Rizarray et a1，2002，Biostatistics(印刷中))处理芯片。

DNA提取

可从Qiagen Inc(Valencia，CA，USA)获得的试剂盒装有用于从收集在PAXgene血液DNA试管中8.5ml血液分离总DNA的试剂和使用说明书。分离从加入额外的裂解溶液开始，然后是离心步骤。将团块清洗并重悬并且用优化的缓冲液与蛋白酶K一起孵育以进行蛋白消化。乙醇沉淀DNA并进行另一次离心使核酸成团。在清洗步骤中除去残留污染物并且之后将DNA重悬于缓冲液BG4中。

进行程序前必须定量和定性测定DNA并可用分光光度计或琼脂糖凝胶电泳来完成。

基因分型分析

许多方法可用于DNA的基因型。等位基因鉴别方法的综述见Kristensen等(Biotechniques，30(2)：318-322，(2001))。本文描述了使用等位基因特异性PCR法的示例性基因分型方法。

引物设计

可使用随意得到的计算机程序，例如Primer3(http：//frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html)来设计具体等位基因的特异性上游和下游PCR引物。可选择地，可使用程序诸如ClustalW(http：//www.ebi.ac.uk/clustalw/)比对各等位基因的DNA序列并针对存在DNA序列差异但保持留足够特异性的区域设计特异性引物以确保扩增正确扩增子。优选将PCR扩增子设计为在一个等位基因中具有限制性酶切位点，而在其它等位基因中没有。引物通常长18-25个碱基对，具有相似的解链温度。

PCR扩增

别处已经描述了PCR反应的组合物(Clinical Applications of PCR，Dennis Lo(Editor)，Blackwell Publishing，1998)。简单地说，此反应含有引物、DNA、缓冲液和热稳定性聚合酶。反应在热循环仪，例如PTC-96V型MJ Research热循环仪上通过变性、杂交和DNA延伸的温度步骤进行循环(最多50次)。.

DNA分析

可用各种方法包括尺寸差异使用质谱、毛细管凝胶电泳和琼脂糖凝胶电泳来分析PCR产物。如果已经将PCR扩增子设计为含有不同的限制性酶切位点，可用DNA-结合柱或沉淀和用水重悬，然后用合适的限制性酶进行限制性切割来纯化PCR反应中的DNA。然后将限制性切割的DNA在琼脂糖凝胶上运行，其中使用电流以打大小对DNA进行。基因的各种等位基因将取决于是否含有限制性位点而具有不同大小。

产生实时PCR数据

在例如http：//dorakmt.tripod.com/genetics/realtime.html和Bustin SA的综述(2000，J Mol Endocrinol，25：169-193)中可获得进行实时PCR的背景信息。

TaoMan^TM引物和探针设计指南

1.Primer Express^TM(ABI)软件设计了解链温度(Tm)为58-60℃的引物和Tm值为10℃以上的探针。两种引物的Tm应该相同；

2.引物应长15-30个碱基；

3.G+C含量理想应为30-80％。如果无法避免更高的G+C含量，则需要采用高退火和解链温度，共溶剂例如甘油、DMSO或7-脱氮杂-dGTP；

4.应避免成串的相同核苷酸。这对G而言尤其重要，不可以有4个或更多个G成串；

5.引物3’末端的最后5个核苷酸中G和C的总数应不超过2个(较新版本的该软件具有自动执行此功能的选项)。这有助于在引物的3’末端引入相对不稳定性从而减少非特异性引发。引物条件与SYBR Green测定的相同；

6.最大扩增子的长度不应超过400bp(理想地50-150个碱基)。较小的扩增子能得到更一致的结果，因为PCR更有效且对反应条件更耐受(长度短的需求与5’核酸酶活性的功能无关)；

7.该探针不应含有成串的相同核苷酸(特别是4个或更多个连续的G)，G+C含量应为30-80％，C应比G多，5’末端不应是G。C的数量越多，产生的ΔRn越高。应先选择探针；

8.为避免因扩增了cDNA制剂中污染性基因组DNA所致的假阳性，使得引物跨越外显子-外显子连接区是优选的。这样不会扩增基因组DNA(用于人GAPDH扩增的PDAR试剂盒具有这样的引物)；

9.如果设计TaqMan^TM探针用来区别等位基因，错配的核苷酸(多态性位点)应在探针中间而不是两端；

10.可使用3’末端附近含有dA核苷酸的引物以使AmpEraseTMUNG有效地降解所产生的任何引物二聚体(见EZ RT-PCR试剂盒手册的第9页；P/N402877)。如果不能选择在这些末端附近含有dA核苷酸的引物，则应考虑使用具有3’末端dU-核苷酸的引物。

(也可参见Invitrogen的PCR引物设计的普遍原理(the general principles ofPCR Primer Design))。

通用方法：

1.用随机六聚体(不含有寡聚-dT)将总RNA逆转录为cDNA。如果不得不用寡聚-dT，则应避免上游大于两千碱基的长mRNA转录产物或扩增子，18SRNA不能用作标准品；

2.多重PCR只在对照引物有限时正确进行(ABI对照试剂不限制它们的引物)；

3所使用的靶cDNA的范围是10ng-1μg。如果用DNA(主要用于等位基因鉴别研究)，最佳用量是100ng-1μg；

4.理想地是用不含RNA酶的DNA酶处理各RNA制品以避免基因组DNA污染。即使是最佳的RNA提取方法也会产生一些基因组DNA。当然理想的是有根本不扩增基因组DNA的引物，但有时这不可能；

5.为得到最佳结果，试剂(在制备PCR混合物之前)和PCR混合物本身(加样之前)应充分振荡与混合。否则在PCR的前几轮(0-5)中Rn值可能会有漂移。在配制试剂混合物之前将探针加入缓冲液组分并使其在室温下平衡也很重要。

TaqMan^TM引物和探针：

定购自ABI的中等规模(midi-scale)TaqMan^TM探针收到时已经以100μM重悬。如果制备1/20稀释液，则得到5μM溶液。此储备溶液应分为等份、冷冻并避光保存。在50μL反应体积中其用量为1μL，得到推荐的100nM终浓度。

引物收到时是冻干的，含量以pmol标在试管上(例如150.000pmol等于150nmol)。如果将xnmol的引物重悬在XμL水中，得到的溶液是1mM。最好将此储备液分成等份冷冻。当将1mM储备液1/100稀释时，得到的工作溶液是10μM。为了再50μL反应体积中得到推荐的50-900nM的最终引物浓度，每次反应应用0.25-4.50μL(500nM终浓度用2.5μL)。

PDAR引物和探针以一个试管中的混合物提供。它们在50μL反应体积中用量为2.5μL。

设置一步TaqMan^TM反应：

一步实时PCR将RNA(与cDNA相反)用作模板。如果RNA溶液浓度低则优选此方法，但只是在进行单重反应时。缺点是RNA去除酶AmpErase不能用于一步反应。在这一方法中，逆转录和实时PCR发生在同一试管中。下游PCR引物的作用也是逆转录酶的引物(随机六聚体或寡聚-dT不能用于一步RT-PCR中的逆转录)。一步反应需要较高的dNTP浓度(大于或等于300mM与200mM)，因为该反应合并了各自需要dNTP的两种反应。Gold RT-PCR试剂盒的一步PCR所用的典型反应混合物如下：

如果用PDAR，则用2.5μL的引物+探针。

理想地这一反应使用10pg-100ng RNA。注意将模板用量从100ng降低至50ng将使CT值增加1。为使CT值降低3，起始的模板用量应增加8倍。ABI宣称此系统可检测到2皮克的RNA且RNA的最大用量可以是1微克。为进行常规分析，可用10pg-100ng的RNA和100pg-1μg基因组DNA。

一步PCR的循环参数：

逆转录(通过MuLV)，48℃30分钟。

AmpliTaq活化，95℃10分钟。

PCR：95℃变性15秒，60℃退火/延伸1分钟(重复40次)(在ABI7700上，最低维持时间是15秒)。

最新介绍的EZ one-step^TM RT-PCR试剂盒允许使用UNG，因为使用了热稳定性逆转录酶使得逆转录的培育时间是60℃。此温度也是避免48℃形成引物二聚体和非特异性结合的较好选择。

操作ABI7700：

开始运行前应确认以下事项：

1.运行的循环参数正确；

2.光谱补偿的选择正确(单重反应选off，多重反应选on)；

3.Analysis Options box(分析选项框)(Analysis(分析)/Options(选项))中的“Number of PCR Stages(PCR阶段数)”选择正确。如果扩增图中没有数据，但在平面图中可见，并且扩增图的X-轴显示0-1轮，则在运行一次后必须手动设定该参数。

4.模板对照不这样标记(为精确计算ΔRn)；

5.数据分析前应正确选择染料组分；

6.你必须在运行开始前给予名称(不能维持未命名)并保存；同样在运行结束时，先保存数据再开始分析；

7.使用ABI软件需要极其谨慎。按下Run按钮后不要试图停止运行。你有问题并如果需要开关机器时，必须等至少1小时才能重新启动运行。

当分析数据时，记住默认的基线设置是3-5。如果任何CT值＜15，基线应相应改变(基线停止值应比最小的CT值小1-2)。此问题的有用讨论参见ABITutorial on Setting Baselines and Thresholds。(有趣的是，此问题的最佳讨论在TaqMan^TM Human Endogenous Control Plate的使用手册中)。

如果结果没有意义，检查原始光谱看运行期间CDC照相机(是否)可能饱和。使用光学盖而不是光学粘性罩可防止CDC照相机饱和。当使用SYBR GreenI、多重(反应)和高浓度探针时，更可能发生CDC照相机饱和。

结果的解释：

每次反应结束时，所记录的荧光强度用于以下计算：

Rn+是含所有组分的反应的Rn值；Rn-是未反应样品的Rn值(基线值或NTC中检测的值)。ΔRn是Rn+与Rn-之间的差异。它是PCR产生的信号数量级指标。

定量测定模板含量有三种示例性说明的方法：

1.绝对标准方法：在这一方法中，用含量已知的标准品，例如体外翻译的RNA(cRNA)。

2.相对标准：每次运行的试验设计中包括已知量的靶核酸；

3.比较性CT方法：这一方法不用含量已知的标准品，而是将靶序列的相对量与选择的任何参比值相比较，结果以相对于参比值(例如静息淋巴细胞或标准细胞系的表达水平)给出。

基因表达的相对定量测定的比较性CT方法(ΔΔCT)：

这一方法在观察相对于活性参比对照物(标准品)的表达水平时能够无需制作标准曲线而相对地定量测定模板并增加样品通量。为成功实行这一方法，应使靶标和参比物两者的动态范围相似。控制动态范围的灵敏方法是观察ΔCT(同一起始模板用量的两次PCR的两个C_T值之间的差异)如何随模板的稀释度而变化。如果这两种扩增子的效率大致相等，将输入量的对数与ΔC_T作图得到接近水平的线(斜率＜0.10)。这表示在起始模板用量范围内效率相同进行了两次PCR。如果该图显示效率不相等，应采用标准曲线方法来定量测定基因表达。应测定一下二者的动态范围(1)靶标的最低和最高浓度，其结果是精确的；和(2)两种基因含量的最低和最高比例，其结果是精确的。在常规竞争性RT-PCR中，该动态范围限制在靶标-竞争物比例约为10∶1-1∶10(1∶1的比例可获得最佳精确性)。实时PCR能实现更广泛的动态范围。

在不同试管中并采用标准曲线方法运行靶标和内源对照物扩增几乎不需要优化和验证。采用比较性C_T方法的优点在于无需标准曲线(样品可使用更多的孔)。该方法也消除了制作标准曲线样品可能产生的任何稀释误差的不良影响。

只要靶标和标准品具有相似的动态范围，比较性C_T方法(ΔΔC_T方法)是就最实用的方法。预期标准品具有比靶标高的表达水平(因此，C_T值较小)。从得到靶标和标准品的C_T值之间的差异(ΔC_T)开始定量计算：

ΔC_T＝C_T(靶标)-C_T(标准品)

对待定量的各样品计算这一值(除非靶标以高于标准品的水平表达，此值应为正值。如果是负的也无影响)。每次进行比较时选择这些样品中的一种作为参照品(基线)。比较性ΔΔC计算包括获得各样品ΔC_T与基线ΔC_T之间的差异。如果基线值表示最低表达水平，则预期ΔΔC_T值是负的(因为基线样品因具有最大C_T值而ΔC_T最大)。如果一些样品中表达增加，而另一些中减少，ΔΔC_T值将是正的和负的数值的混合值。定量测定的最后一步是将这些数值转化为绝对值。此计算公式是：

比较性表达水平＝2-ΔΔC_T

与基线水平相比，增加的表达增加将为约2³＝8倍，而降低的表达约为参比品水平的2^-3＝1/8。通过简单地输入CT值用微软Excel进行这些计算(ABI在http：//www.appliedbiosystems.corn/support/tutorials/7700amp/有关于使用spreadsheet program来产生扩增图的在线指南；TaqMan^TM Human Endogenous ControlPlate方法也包括有关用MS Excel进行实时PCR数据分析的详细说明)。

其它(绝对)定量方法概述于ABI用户公告(http：//docs.appliedbiosystems.com/search.taf？_UserReference＝A8658327189850A13A0C598E)。公告#2和#5对全面理解实时PCR和定量是最有用的。

推荐方法：

1.使用正位移移液管(positive-displacement pipette)以避免移液不精确。

2.实时PCR的灵敏度允许检测2pg总RNA中的靶标。反应中总RNA的拷贝数理想地应足以通过25-30轮产生信号(优选低于100ng)。为实现这一目的应降低或增加用量。

3.试剂的最佳浓度如下：

i.氯化镁的浓度应是4-7mM。对用Primer Express software设计的引物/探针来说最佳为5.5mM。

ii.除dUTP外(如果使用的话)，各dNTP的浓度应平衡。用dUTP取代dTTP来控制PCR产物残留需要dUTP浓度是其它dNTP的两倍。虽然dNTP浓度的最佳范围是500μM-1mM(一步RT-PCR)，但典型的TaqMan反应(只是PCR)，使用200μM的各dNTP(400μM的dUTP)。

iii.通常向每50μL反应中加入0.25μL(1.25U)AmpliTaq DNA聚合酶(5.0U/μL)。这是最低要求。如果需要，可将这一量以0.25U增量增加进行最优化。

iv.最佳探针浓度是50-200nM，引物浓度是100-900nM。理想地，应以三种不同温度(对于TaqMan引物的58、60和62℃)和三种浓度(50、300、900nM)的各种组合对每个引物进行优化。这意味着设置了不同的三组(三种温度)，每组有使用固定量的靶模板的九种反应(50/50mM、50/300mM、50/900、300/50、300/300、300/900、900/50、900/300、900/900mM)。如果需要，可(进行)第二轮优化来改善结果。可通过选择可提供最低CT和最高ΔRn的引物浓度来实现最佳性能。类似地，应将探针浓度优化为25-225nM。

4.如果使用AmpliTaq Gold DNA聚合酶，为实现此目的需要在PCR前于92-95℃加热9-12分钟。如果用AmpliTaq Gold DNA聚合酶，无需将在冰上设置反应。典型的TaqMan反应由50℃2分钟UNG(参见下文)孵育；95℃10分钟聚合酶活化；和95℃15秒(变性)40轮与60℃1分钟(退火与延伸)组成。如果起始材料是总RNA，在TaqMan反应之前应进行典型的逆转录循环(用于cDNA合成)，该循环由25℃10分钟(引物孵育)，48℃30分钟(使用常规逆转录酶进行逆转录)和95℃5分钟(灭活逆转录酶)组成。

5.向该反应中加入AmpErase尿嘧啶-N-糖基化酶(UNG)来除去掺入扩增子中的任何尿嘧啶防止残留的PCR产物再扩增。这是PCR反应中为何使用dUTP而不是dTTP的原因。UNG在55℃以上不起作用并且不切割含末端dU核苷酸的单链DNA。除非逆转录和PCR使用rTth DNA聚合酶，否则含UNG的主混合物不应与一步RT-PCR联用(TaqMan EZ RT-PCR试剂盒)。

6.每块反应平板中必需包含至少三种非扩增对照(NAC)以及三种非模板对照(NTC)(为在靶标扩增的+/-阈值的限定中达到99.7％的置信水平，必须进行一式六份NTC)。NAC加样板含有样品且不含酶。需要排除样品中或热循环仪的加热块(heating block)中荧光污染物的存在(这些污染物可导致假阳性)。如果PCR后NAC的绝对荧光大于NTC的，样品中或热循环仪的加热块中可能存在荧光污染物。

7.如果要将ΔΔCT方法用于相对定量测定，应检测引物/探针系统及其标准品的动态范围。通过以5种RNA浓度(例如，0、80pg/μL、400pg/μL、2ng/μL和50ng/μL)运行(一式三份)反应来完成这一检测。相同的总RNA浓度范围的靶标和标准品两者的实时RT-PCR得到的起始含量的对数与CT值所得到的作图(标准曲线)应该是(接近)直线。

8.消极参照物是加入反应中的染料(ROX)(存在于TaqMan通用PCR主混合物中)。它不参与5’核酸酶反应。它提供了背景荧光发射的内部参照物。可用来标准化受体-染料信号。这一标准化用于孔与孔之间(浓度或体积差异)或随时间变化发生的非PCR相关荧光波动并且与对cDNA用量或PCR效率进行的标准化不同。将报导染料的发射光强度除以消极参照物的发射光强度实现标准化。得到定义为Rn的比值。

9.如果进行多重(反应)，更丰富的靶标将在其它靶标得到扩增机会之前耗尽所有的反应成分。为避免此种情况，对更丰富靶物质应限制引物的浓度；

10.TaqMan通用PCR主混合物应保存于2-8℃(不是-20℃)。

11.用JOE报导染料标记TaqMan Gold RT-PCR试剂盒提供的GAPDH探针，用VIC标记Pre-Developed TaqManTM Assay Reagents(PDAR)试剂盒提供的同一探针。这些人GAPDH测定的引物是设计不会扩增基因组DNA的。

12.需要在48℃培育的一步RT-PCR法不能使用残留去除酶AmpErase UNG，但EZ RT-PCR试剂盒中可用。

13.一步RT-PCR只能用于法单重反应，而逆转录法只能选择下游引物(非随机六聚体或寡聚-dT)。

14.理想的是一式两份进行来控制移液误差，但这不可避免会增加成本。

15.如果进行多重反应，在运行前应核查光谱补偿选项(在Advanced Options中)。

16.反应中使用消极参照物(ROX)将荧光波动标准化和用内源性对照物(例如GAPDH，活性参照物)将cDNA/PCR用量的效率标准化是不同的方法。

17.ABI7700不仅可用于定量RT-PCR也可用于终点PCR。后者包括存在/不存在测定或等位基因鉴别试验(例如SNP分型)。

18.PCR的早期轮次(0-5轮)中漂移的Rn值意味着反应组分最初不平衡，但不影响最终结果，只要重新设置基线范围的下限值。

19.如果注意到异常的扩增图(C_T值＜15，在早期轮次中检测到扩增信号)，应降低基线范围的上限值并应稀释样品以提高C_T值(高C_T值也可归因于污染)。

20.小的ΔRn值(或高于预计的C_T值)表明PCR效率不佳或者靶标的拷贝数低。

21.C_T值的标准偏差＞0.16表明移液不精确。

22.Pure Dye Setup中的SYBR Green entry以大写字母缩写为“SYBR”。任何其它缩写或小写字母会产生问题；

23.ABI7700的SDS软件与8.1版的Macintosh操作系统有冲突。不应在这样的计算机上分析数据。

24.ABI7700不应长期停用。如果将其关闭，在运行前应预热至少1小时。推荐将仪器随时开着，这对激光有益。如果运行前刚开机，可能会出现显示操作系统版本冲突的出错框。如果发生此情况，选择“Auto Download”选项。

25.ABI7700只是可得到的实时PCR系统中的一种，其它包括BioRad、Cepheid、Corbett Research、Roche和Stratagene的系统。

实施例2

确定剪接变体

对于给定的基因，使用方差分析检测剪接变体。所采用的方法与AffymetrixMIDAS法相似。在外显子水平数据中，对于每个受试者来说，有每个探针组的强度。强度的样品模型将是总体的基因平均值，加上探针组影响加上受试者影响加上误差。其中i为探针组索引而j为受试者索引。

Yij＝α+βi+γj+εij

这一模型仅在没有交替剪接时适用。如果探针组i映射至外显子e(i)并且受试者j在类别c(j)中，那么交替剪接在模型中将通过术语δe(i)c(j)的存在来表示。在X：Map注释中，探针组与多个外显子匹配。这与基因中交替外显子布局有关，因此进行对于δic(j)的测试，其为经典反应的探针组。为了简单性，忽略了受试者影响(这一变化成为噪音的一部分)。

实施例3

基因转录物将败血症与手术后炎症区分

表7中的基因转录物中的任一个能够将败血症与手术后炎症区分(列logFC中的值上的符号指示竞争性上调或下调。例如，ankddla的转录物预期相对于手术后在败血症中相对上调而OXT1的转录物预期相对于手术后在败血症中相对下调)。

实施例4

基因转录物将败血症与inSIRS区分

表8中的基因转录物中的任一个能够将败血症与inSIRS区分(列logFC中的值上的符号指示竞争性上调或下调)。

实施例7

基因转录物将inSIRS与手术后区分

表9中的基因转录物中的任一个能够将inSIRS与手术后炎症区分（列logFC中的值上的符号指示竞争性上调或下调)。.

实施例8

使用几种统计法使用来自剪接变体的外显子将各组分开的分类器的曲线下面积

(AUC)

表10将ROC曲线下的面积(AAUC)概述为百分比。越接近100％，分类器越好。

可见到通过观察不同统计法(手术后炎症对比败血症、败血症对比inSIRS、手术后炎症和inSIRS对比败血症以及手术后对比炎症败血症和inSIRS)的百分比AUC提供良好的分类器。

实施例9

手术后患者的监测

所有手术都导致急性期响应和炎症并且响应的严重度与损伤的水平成正比。许多心外科手术和腹部外科手术患者发展若不适当控制可导致器官衰竭和死亡的细菌移位和内毒素血症。事实上，已经证明具有预存的高血浆浓度的抗内毒素抗体的患者与具有低抗内毒素血浆抗体的那些患者相比具有较好的存活率，证明在这些患者中内毒素和对内毒素的免疫响应在存活上起到关键作用。这一手术后免疫响应临床上常常表现为发烧。因此处理患有发烧的手术后患者的护士和重症监护医生必须确定发烧的原因是否和细菌感染有关。因此能够区分手术后炎症、SIRS和败血症的本发明的IRC生物标记可用于确定这些患者中适当的作用过程，其可包括抗生素、退热剂、免疫调节剂和/或抗炎剂的使用。监测具有这些生物标记的患者将允许对何时撤销这样的处理作出明智决定。

实施例10

监测创伤和烧伤患者

严重创伤(尤其是脑部创伤)和烧伤患者具有高水平的组织损伤以及作为结果的急性期响应，并且炎症常常导致肿胀、发烧和对重要器官例如脑部和皮肤的损伤。这样的患者往往用类固醇(或其他抗炎剂)处理以降低炎症的水平，这使其之后易感细菌感染。脑部受损的患者还常常发烧。因此在这些患者中产生了抗炎剂、免疫调节剂和抗生素的使用之间的治疗平衡作用。因此能将无菌炎症和由细菌感染导致的炎症区分的本发明的IRC生物标记可以是能够帮助执业医师确定适合的治疗以便在这些患者中获得最好的结果的有用的监测工具。

实施例11

监测重症监护患者

通常对重症监护患者施用多种治疗化合物，其中许多对免疫系统具有相反的作用。而且，重症监护患者常常患有或发展可导致多重器官衰竭和死亡的inSIRS。还有另外，重症监护患者常常因医院获得性感染发展败血症。然而，重症监护的根本目的在于确保患者存活并且被尽快转移至普通病房。上文的因素妨碍了这一目的。用本发明的IRC生物标记例行监测重症监护患者将允许执业医师确定炎症的水平，确定患者是否患有医院获得性感染并且确定对治疗的响应。这些生物标记提供的信息将因此允许执业医师制定并调整治疗以确保患者存活并且在重症监护室中花费更少的时间。重症监护中的时间较少可带来医疗花费上可观的节约。此外，明智地使用抗生素带来较少的使用和医疗花费上更多的节约。适当并且明智的使用抗生素还导致较少的抗生素耐受。

实施例12

发烧的患者-区分炎症、inSIRS和败血症

许多患者因未知原因的发烧到医院就医或住院。发烧可由无菌炎症或微生物感染而导致。能够区分炎症、SIRS和败血症的本发明的IRC生物标记将可用于筛选、分层、诊断和确定这些患者中适当的治疗。

实施例13

确定对损伤的免疫响应的严重度

本文公开的IRC生物标记能够确定从手术后较不严重的炎性响应到对细菌感染的严重炎性响应(败血症)的炎性响应连续谱。确定患者位于这一连续谱的何处对于决定应施用什么治疗(如有有的话)是重要的。

实施例14

预后准备

本发明的IRC生物标记允许将炎性响应定性和定量分级并提供将败血症、inSIRS和手术后炎症彼此分开的方法。反过来，这允许确定已经确定患有败血症、inSIRS或手术后炎症中的任一种的患者中的预后。已经证实患有inSIRS的患者具有比不患有SIRS的那些高6.9倍的28天死亡率(Comstedt et al.，2007，Scand.J Trauma Resusc.Emerg.Med.27：17-67.2009；Esteban et a1.，2007，Crit.Care Med.35(5)：1284-1289)。而且，就死亡风险而言，从inSIRS到败血症、严重的败血症和败血症休克有分级的严重度，分别具有大约10％、20％、20-40％和40-60％的相关的28天死亡率(Brun-Buisson，C.，2000，Intensive Care Medicine26，Suppl1：S64-74)。这些信息使得可以对治疗的选择和如何渐进治疗作出明智的决定。

本文引用的每篇专利、专利申请和出版物的公开内容通过引用全文并入本文。

本文对任何参考文献的引用不应理解为承认该参考文献是本申请可用的“现有技术”。

整篇说明书的目的是描述本发明的优选实施方案而不是将本发明限制于任一实施方案或特征的特定组合。因此，本领域技术人员应当理解的是就本公开内容而言可对示例性具体实施方案作出各种改进与改变而不脱离本发明的范围。所有这种改进与改变预期包括在随附的权利要求书的范围内。

表6

氨基酸再细分

表7

将败血症与手术后炎症区分开的基因转录物

表8

将败血症与INSIR区分开的基因转录物

表9

将INSIRS与手术后炎症区分开的基因转录物

表10

使用集中统计学技术使用来自剪接变体的外显子的分类器分离的组的曲线下面积(AUC)

Claims

1.一种评估受试者是否患有或者有风险发展选自败血症、感染阴性SIRS(“inSIRS”)和手术后炎症的多种病况中的一种的方法，所述方法包括：将所述受试者中产生多转录物的基因的至少一种炎性响应连续谱(IRC)标记表达产物的水平，与选自手术后炎症阳性受试者、inSIRS阳性受试者、败血症阳性受试者和正常受试者的至少一个对照受试者的相应IRC标记表达产物的水平进行比较，其中，所述至少一种IRC标记表达产物的水平与所述相应IRC标记表达产物水平之间的差异表明所述受试者是否患有或者有风险发展所述病况中的一种，其中预先确定所述至少一种IRC标记表达产物在所述疾病的至少两种病况之间差异表达，以及其中预先确定来自所述产生多转录物的基因的至少另外一种表达产物并未这样差异表达。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述产生多转录物的基因选自由下列组成的组：含锚蛋白重复序列和死亡结构域1A(ANKDD1A)基因、rho2(GABRR2)基因、正小齿同源物1(OTX1)基因、泛连接蛋白2(PANX2)基因、扁菱形蛋白5同系物2(Drosophila)(RHBDF2)基因、SLAM家族成员7(SLAMF7)基因、自噬/beclin-1调节子1(AMBRAl)基因、羧酸酯酶2(肠，肝)(CES2)基因、酪蛋白水解肽酶B同系物(E.coli)(CLPB)基因、同源结构域相互作用蛋白激酶2(HIPK2)基因和染色体1开放读码框91(C10RF91)基因、N-去乙酰酶/N-磺基转移酶(类肝素葡糖胺基)1(NDSTI)基因、溶质载体家族36(质子/氨基酸同向转运体)(成员1(SLC36A1)基因、ADAM金属肽酶结构域19(解链蛋白酶β)(ADAM19)基因、cullin7(CUL7)基因、甲状腺球蛋白(TG)基因、程序化细胞死亡1配体2(PDCD1LG2)基因、谷氨酸受体(离子型(N-甲基D-天冬氨酸样1A(GRINL1A)基因、红褐蛋白(环指1(MGRN1)基因、互养蛋白(β2(抗肌萎缩蛋白结合蛋白A1(59kDa(碱性组分2)(SNTB2)基因、周期蛋白依赖性激酶5(调节亚基1(p35)(CDK5R1)基因、葡萄糖苷酶(α；酸性(GAA)基因，剑蛋白p60亚基A样2(KATNAL2)基因、癌胚抗原相关的细胞粘附分子4(CEACAM4)基因、锌指蛋白335(ZNF335)基因、含天冬氨酸β-羟化酶结构域2(ASPHD2)基因、含酸性重复序列(ACRC)基因、嗜乳脂蛋白样3/嗜乳脂蛋白样8(BTNL3，BTLN8)基因、莫罗尼白血病病毒10同系物(小鼠)(MOV10)基因、中介复合体亚基12样(MED12L)基因、kelch样6(Drosophila)(KLHL6)基因、PDZ和LIM结构域5(PDLIM5)基因、UDP-N-乙酰基-α-D-半乳糖胺：多肽N-乙酰基半乳糖胺基转移酶10(GALNT10)基因、分离蛋白1(SCRN1)基因、泡状(癌症过表达(促存活蛋白1(VOPP1、RP11-289110.2)基因、FK506结合蛋白9，63kDa(FKBP9，FKBP9，FKBP9L，AC091812.2)基因、驱动蛋白家族成员27(KIF27)基因、piwi样4(Drosophila)(PIWIL4)基因、端粒酶相关蛋白1(TEP1)基因、GTP环化水解酶1、(GCH1)基因、富含脯氨酸11、(PRR11)基因、钙粘蛋白2，1型，N-钙粘蛋白(神经元的)(CDH2)基因、蛋白磷酸酶1B样(FLJ40125，AC138534.1)(PPM1N)基因、相关RAS病毒(r-ras)癌基因同系物，(RRAS)基因、多萜基二磷酸寡聚糖蛋白葡糖基转移酶，(DDOST)基因、前咽缺陷1同系物A(C.elegans)(APH1A)基因、微管蛋白酪氨酸连接酶(TTL)基因、睾丸表达261，(TEX261)基因、辅酶Q2同系物、异戊二烯基转移酶(酵母)(COQ2)基因、FCH和双SH3结构域1，(FCHSD1)基因、BCL2-拮抗剂/杀伤(BCL2-antagonist/killer)1，(BAK1)基因、溶质载体家族25(线粒体载体；磷酸盐载体)成员25，(SLC25A25)基因、RELT肿瘤坏死因子受体，(RELT)基因、酸性磷酸酶2，溶酶体的，(ACP2)基因、TBC1结构域家族，成员2B，(TBC1D2B)基因、范科尼贫血，互补组A，(FANCA)基因，溶质载体家族39(金属离子转运体)成员11，(SLC39A11)基因。

3.根据权利要求1所述的方法，包括将至少一种IRC标记转录物的水平与相应IRC标记转录物的水平进行比较，其中所述IRC标记转录物选自由下列组成的组：(a)包含与SEQ ID NO：1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、195、197、199、201、203、205、207、209、211、213、215、217、219、221、223、225、227、229、231、233、235、237、239、241、243、245、247、249、251、253、255、257、259、261、263、265、267、269、271、273、275、277、279、281、283、285、287、289、291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311、313、315、317、319、321、323、325、327、329、331、333、335、337、339、341、343、345、347、349、351、353、355、357、359、361、363、365、367、369、371、373、375、377、379、381、383、385、387、389、391、393、395、397、399、401、403、405、407、409、411、413、415、417、419、421、423、425、427、429、431、433、435、437、439、441、443、445、447、449、451、453、455、457、459、461、463、465、467、469、471、473、475、477、479、481、483、485、487、489、491、493、495、497、499、501、503、505、507、509、511、513或515中任一个所展示的序列或其互补物共有至少80％(或至少81％到至少99％以及其间的所有整数百分比)序列同一性的核苷酸序列的多核苷酸；(b)包含编码含SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514或516中任一个所展示的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列的多核苷酸；(c)包含编码与SEQID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、4、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514或516中所展示的序列的至少一部分共有至少80％(或至少81％到至少99％和其间的所有整数百分比)序列相似性或同一性的多肽的核苷酸序列的多核苷酸；(d)包含能够在至少中等或高严格度条件下与(a)、(b)、(c)或其互补物杂交的核苷酸序列的多核苷酸表达产物。

4.根据权利要求1所述的方法，包括将至少一种IRC标记多肽的水平与相应IRC标记多肽的水平进行比较，其中所述IRC标记多肽选自由下列组成的组：(i)包含SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514或516中任一个所展示的氨基酸序列的多肽；和(ii)包含与SEQ ID NO：2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、180、182、184、186、188、190、192、194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502、504、506、508、510、512、514或516中任一个所展示的氨基酸序列共有至少80％(或至少81％到至少99％及其间的所有整数百分比)序列相似性或同一性的氨基酸序列的多肽。

5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，包括：(1)测量从所述受试者获得的生物样本中至少一种IRC标记表达产物的水平，和(2)将测得的每个IRC标记表达产物的水平与从所述至少一个对照受试者获得的参考样本中相应IRC标记表达产物的水平进行比较。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，包括：当所测量的某个或每个IRC标记表达产物水平与所测量的某个或每个相应IRC标记表达产物水平不同时，评估所述受试者是否患有或者有风险发展所述多种病况中的一种。

7.根据权利要求6所述的方法，其中单个IRC标记表达产物水平是单个相应IRC表达产物水平的至少110％。

8.根据权利要求6所述的方法，其中单个IRC标记表达产物水平不超过单个相应的IRC表达产物水平的大约95％。

9.根据权利要求1-6中任一项或权利要求8所述的方法，其中通过在所述受试者中检测到来自选自由KIF27、OTX1、CDK5R1、FKBP9、CDH2、ADAM19、BTNL8/3和PANX2(以下称为“名单A”)组成的组的产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47或48个IRC标志表达产物的水平与手术后炎症阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比降低来确定为败血症的存在或者发展败血症的风险。

10.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中通过在所述受试者中检测到来自选自由KIF27、OTX1、CDK5R1、FKBP9、CDH2、ADAM19、BTNL8/3和PANX2(即，名单A)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47或48个IRC标志表达产物水平与败血症对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比增高来确定手术后炎症的存在或者发展手术后炎症的风险。

11.根据权利要求9或权利要求10所述的方法，其中所述KIF27IRC标记表达产物包含相应于KIF27外显子4和外显子7的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述KIF27IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：1、3、5、7或9中任一个所展示的KIF27IRC标记转录物。

13.根据权利要求11所述的方法，其中所述KIF271IRC标志表达产物是如SEQ ID NO：2、4、6、8或10中的任一个所展示的KIF27IRC标记多肽。

14.根据权利要求9或10所述的方法，其中所述OTX1IRC标记表达产物包含与相应于OTX1外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述OTX1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：11或13中的任一个所展示的OTX1IRC标记转录物。

16.根据权利要求14所述的方法，其中所述OTX1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：12或14中的任一个所展示的OTX1IRC标记多肽。

17.根据权利要求9或10所述的方法，其中所述CDK5R1IRC标记表达产物包含相应于CDK5R1外显子2的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

18.根据权利要求17所述的方法，其中所述CDK5R1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：15中的任一个所展示的CDK5R1IRC标记转录物。

19.根据权利要求17所述的方法，其中所述CDK5R1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：16中的任一个所展示的CDK5R1IRC标记多肽。

20.根据权利要求9或10的方法，其中所述FKBP9IRC标记表达产物包含相应于FKBP9外显子10的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

21.根据权利要求20所述的方法，其中所述IRC标记表达产物是如SEQ IDNO：17中的任一个所展示的FKBP9IRC标记转录物。

22.根据权利要求20所述的方法，其中所述FKBP9IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：18中的任一个所展示的FKBP9IRC标记多肽。

23.根据权利要求9或权利要求10所述的方法，其中所述CDH2IRC标记表达产物包含相应于CDH2外显子10的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

24.根据权利要求23所述的方法，其中所述CDH2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：19和21中的任一个所展示的CDH2IRC标记转录物。

25.根据权利要求23所述的方法，其中所述CDH2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：19和21中的任一个所展示的CDH2IRC标记多肽。

26.根据权利要求9或权利要求10所述的方法，其中所述ADAM19IRC标记表达产物包含相应于ADAM19外显子10的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

27.根据权利要求26所述的方法，其中所述ADAM19IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：23、25、27和29中的任一个所展示的ADAM19IRC标记转录物。

28.根据权利要求26所述的方法，其中所述ADAM19IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：24、26、28和30中的任一个所展示的ADAM19IRC标记多肽。

29.根据权利要求9或10所述的方法，其中所述BTNL8/3IRC标记表达产物包含相应于BTNL8/3外显子6的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

30.根据权利要求29所述的方法，其中所述BTNL8/3IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：31、33、35、37、39和41中的任一个所展示的BTNL8/3IRC标记转录物。

31.根据权利要求29所述的方法，其中所述BTNL8/3IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：32、34、36、38、40和42中的任一个所展示的BTNL8/3IRC标记多肽。

32.根据权利要求9或权利要求10所述的方法，其中所述PANX2IRC标记表达产物包含相应于选自PANX2外显子1和外显子2的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

33.根据权利要求32所述的方法，其中所述PANX2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：43、45或47中的任一个所展示的PANX2IRC转录物。

34.根据权利要求32所述的方法，其中所述PANX2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：44、46或48中的任一个所展示的PANX2IRC多肽。

35.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中通过在所述受试者中检测到来自选自由PDLIM5、SCRN1、ASPHD2、VOPP1、ACRC、GALNT10、AC1385341、MED12L、RHBDF2、KLHL6、TEP1、PIWIL6、PRR1、RRAS、TG、ANKDD1A、GABRR2、MOV10、SLAMF7、PDCDILG2和GCH1(以下称为“名单B”)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157或158个IRC标志表达产物的水平与手术后炎症阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比增高来确定败血症的存在或者发展败血症的风险。

36.根据权利要求1-6中任一项或权利要求8所述的方法，其中通过在所述受试者中检测到来自选自由PDLIM5、SCRN1、ASPHD2、VOPP1、ACRC、GALNT10、AC1385341、MED12L、RHBDF2、KLHL6、TEP1、PLWIL6、PRR1、RRAS、TG、ANKDD1A、GABRR2、MOV10、SLAMF7、PDCDILG2和GCH1(即，名单B)组成的组的至少一个产生多转录物的基因中的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157或158个IRC标志表达产物的水平与败血症对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比降低来确定手术后炎症的存在或者发展手术后炎症的风险。

37.根据权利要求35或36所述的方法，其中所述PDLIM5IRC标记表达产物包含相应于PDLIM5外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

38.根据权利要求37所述的方法，其中所述PDLIM5IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：49中的任一个所展示的PDLIM5IRC转录物。

39.根据权利要求37所述的方法，其中所述PDLIM5IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：50中的任一个所展示的PDLIM5IRC多肽。

40.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述SCRN1IRC标记表达产物包含相应于SCRN1外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

41.根据权利要求40所述的方法，其中所述SCRN1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：51、53、55、57、59、61或63中的任一个所展示的SCRN1IRC转录物。

42.根据权利要求40所述的方法，其中所述SCRN1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：52、54、56、58、60、62或64中的任一个所展示的SCRN1IRC多肽。

43.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述ASPHD2IRC标记表达产物包含相应于ASPHD2外显子4的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

44.根据权利要求43所述的方法，其中所述ASPHD2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：65、67或69的中的任一个所展示的ASPHD2IRC转录物。

45.根据权利要求43所述的方法，其中所述ASPHD2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：66、68或70的中的任一个所展示的ASPHD2IRC多肽。

46.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述VOPP1IRC标记表达产物包含相应于VOPP1外显子3的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

47.根据权利要求46所述的方法，其中所述VOPP1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91或93的中的任一个所展示的VOPP1IRC转录物。

48.根据权利要求46所述的方法，其中所述VOPP1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92或94的中的任一个所展示的VOPP1IRC多肽。

49.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述ACRC IRC标记表达产物包含相应于ACRC外显子3和外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

50.根据权利要求49所述的方法，其中所述ACRC IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：95或97的中的任一个所展示的ACRC IRC转录物。

51.根据权利要求49所述的方法，其中所述ACRC IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：96或98的中的任一个所展示的ACRC IRC多肽。

52.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述GALNT10IRC标记表达产物包含相应于GALNT10外显子6的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

53.根据权利要求52所述的方法，其中所述GALNT10IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：99或101中的任一个所展示的GALNT10IRC转录物。

54.根据权利要求52所述的方法，其中所述GALNT10IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：100或102中的任一个所展示的GALNT10IRC多肽。

55.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述PPM1N IRC标记表达产物包含相应于PPM1N外显子3的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

56.根据权利要求55所述的方法，其中所述PPM1N IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：107、109、111、113、115、117、119、121或123中的任一个所展示的PPM1NIRC转录物。

57.根据权利要求55所述的方法，其中所述PPM1N IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：108、110、112、114、116、118、120、122或124中的任一个所展示的PPM1N IRC多肽。

58.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述MED12L IRC标记表达产物包含相应于MED12L外显子17的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

59.根据权利要求58所述的方法，其中所述MED12L IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：125或127中的任一个所展示的MED12L IRC转录物。

60.根据权利要求58所述的方法，其中所述MED12L IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：126或128中的任一个所展示的MED12L IRC多肽。

61.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述RHBDF2IRC标记表达产物包含相应于RHBDF2外显子6、9、10、11、14、17、18或19的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

62.根据权利要求61所述的方法，其中所述RHBDF2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：129、131或133中的任一个所展示的RHBDF2IRC转录物。

63.根据权利要求61所述的方法，其中所述RHBDF2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：130、132或134中的任一个所展示的RHBDF2IRC多肽。

64.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述KLHL6IRC标记表达产物包含相应于KLHL6外显子7的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

65.根据权利要求64所述的方法，其中所述KLHL6IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：135中的任一个所展示的KLHL6IRC转录物。

66.根据权利要求64所述的方法，其中所述KLHL6IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：136中的任一个所展示的KLHL6IRC多肽。

67.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述TEP1IRC标记表达产物包含相应于TEP1外显子49的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

68.根据权利要求67所述的方法，其中所述TEP1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：137或139中的任一个所展示的TEP1IRC转录物。

69.根据权利要求67所述的方法，其中所述TEP1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：138或140中的任一个所展示的TEP1IRC多肽。

70.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述PIWIL4IRC标记表达产物包含相应于PIWIL4外显子2和外显子14的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

71.根据权利要求70所述的方法，其中所述PIWIL4IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：141或143中的任一个所展示的PIWIL4IRC转录物。

72.根据权利要求70所述的方法，其中所述PIWIL4IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：142或144中的任一个所展示的PIWIL4IRC多肽。

73.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述PRR11IRC标记表达产物包含相应于PRR11外显子4和外显子5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

74.根据权利要求73所述的方法，其中所述PRR11IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：145中的任一个所展示的PRR11IRC转录物。

75.根据权利要求73所述的方法，其中所述PRR11IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：146中的任一个所展示的PRR11IRC多肽。

76.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述RRAS IRC标记表达产物包含相应于RRAS外显子1的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

77.根据权利要求76所述的方法，其中所述RRAS IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：147中的任一个所展示的RRAS IRC转录物。

78.根据权利要求76所述的方法，其中所述RRAS IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：148中的任一个所展示的RRAS IRC多肽。

79.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述TG IRC标记表达产物包含相应于TG外显子6的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

80.根据权利要求79所述的方法，其中所述TG IRC标记表达产物是如SEQID NO：149或151中的任一个所展示的TG IRC转录物。

81.根据权利要求79所述的方法，其中所述TG IRC标记表达产物是如SEQID NO：150或152中的任一个所展示的TG IRC多肽。

82.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述ANKDD1A IRC标记表达产物包含相应于ANKDD1A外显子7的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

83.根据权利要求82所述的方法，其中所述ANKDD1A IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：153、155、157、159或161中的任一个所展示的ANKDD1A IRC转录物。

84.根据权利要求82所述的方法，其中所述ANKDD1A IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：154、156、158、160或162中的任一个所展示的ANKDD1AIRC多肽。

85.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述GABRR2IRC标记表达产物包含相应于GABRR2外显子7、8或9的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

86.根据权利要求85所述的方法，其中所述GABRR2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：163或165中的任一个所展示的GABRR2IRC转录物。

87.根据权利要求85所述的方法，其中所述GABRR2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：164或166中的任一个所展示的GABRR2IRC多肽。

88.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述MOV10IRC标记表达产物包含相应于MOV10外显子6的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

89.根据权利要求88所述的方法，其中所述MOV10IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：167、169、171、173、175或177中的任一个所展示的MOV10IRC转录物。

90.根据权利要求85所述的方法，其中所述MOV10IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：168、170、172、174、176或178中的任一个所展示的MOV10IRC多肽。

91.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述SLAMF7IRC标记表达产物包含相应于SLAMF7外显子2、3、4或5的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

92.根据权利要求91所述的方法，其中所述SLAMF7IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：179、181、183、185、187、189、191或193中的任一个所展示的SLAMF7IRC转录物。

93.根据权利要求91所述的方法，其中所述SLAMF7IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：180、182、184、186、188、190、192或194中的任一个所展示的SLAMF7IRC多肽。

94.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述PDCD1LG2IRC标记表达产物包含相应于PDCD1LG2外显子1或2的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

95.根据权利要求94所述的方法，其中所述PDCD1LG2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：195或197中的任一个所展示的PDCD1LG2IRC转录物。

96.根据权利要求94所述的方法，其中所述PDCD1LG2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：196或198中的任一个所展示的PDCD1LG2IRC多肽。

97.根据权利要求35或权利要求36所述的方法，其中所述GCH1IRC标记表达产物包含相应于GCH1外显子2的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

98.根据权利要求97所述的方法，其中所述GCH1IRC标记表达产物是由SEQ ID NO：199、201、203或205中的任一个所展示的GCH1IRC转录物。

99.根据权利要求97所述的方法，其中所述GCH1IRC标记表达产物是由SEQ ID NO：200、202、204或206中的任一个所展示的GCH1IRC多肽。

100.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中通过在所述受试者中检测到来自选自由RELT、ACP2、FCHSD1、CLPB、SLC39A1、TBC1D2B、APH1A、DDOST、BAK1、SLC25A25A、COQ2、FANCA、PIWIL4、ZNF335、TEX261、GABRR2、VOPP1、TTL、CES2、GALNT10、CQORF91、AMBRA1和SCRN1(以下称为“名单C”)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155或156个IRC标志表达产物的水平与inSIRS阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比增高来确定败血症的存在或者发展患败血症的风险。

101.根据权利要求1-6中任一项或权利要求8所述的方法，其中通过在所述受试者中检测到来自选自由RELT、ACP2、FCHSD1、CLPB、SLC39A1、TBC1D2B、APH1A、DDOST、BAK1、SLC25A25A、COQ2、FANCA、PIWIL4、ZNF335、TEX261、GABRR2、VOPP1、TTL、CES2、GALNT10、CQORF91、AMBRA1和SCRN1(即，名单C)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、7、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155或156个IRC标志表达产物的水平与败血症阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比降低来确定inSIRS的存在或者发展inSIRS的风险。

102.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述RELT IRC标记表达产物包含相应于选自RELT外显子4的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

103.根据权利要求102所述的方法，其中所述RELT IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：207或209中的任一个所展示的RELTIRC转录物。

104.根据权利要求102所述的方法，其中所述RELT IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：208或210中的任一个所展示的RELT IRC多肽。

105.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述ACP2IRC标记表达产物包含相应于选自ACP2外显子7的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

106.根据权利要求105所述的方法，其中所述ACP2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：211中的任一个所展示的ACP2IRC转录物。

107.根据权利要求105所述的方法，其中所述ACP2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：212中的任一个所展示的ACP2IRC多肽。

108.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述FCHSD1IRC标记表达产物包含相应于选自FCHSD1外显子14的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

109.根据权利要求108所述的方法，其中所述FCHSD1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：213或215中的任一个所展示的FCHSD1IRC转录物。

110.根据权利要求108所述的方法，其中所述FCHSD1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：214或216中的任一个所展示的FCHSD1IRC多肽。

111.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述CLPB IRC标记表达产物包含相应于选自CLPB外显子10的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

112.根据权利要求111所述的方法，其中所述CLPB IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：217、219或221中的任一个所展示的CLPB IRC转录物。

113.根据权利要求111所述的方法，其中所述CLPB IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：218、220或222中的任一个所展示的CLPB IRC多肽。

114.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述SLC39A11IRC标记表达产物包含相应于选自SLC39A11外显子2的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

115.根据权利要求114所述的方法，其中所述SLC39A11IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：223中的任一个所展示的SLC39A11IRC转录物。

116.根据权利要求114所述的方法，其中所述SLC39A11IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：224中的任一个所展示的SLC39A11IRC多肽。

117.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述TBC1D2B IRC标记表达产物包含相应于选自TBC1D2B外显子13的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

118.根据权利要求117所述的方法，其中所述TBC1D2B IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：225、227或229中的任一个所展示的TBC1D2B IRC转录物。

119.根据权利要求117所述的方法，其中所述TBC1D2B IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：226、228或230中的任一个所展示的TBC1D2B IRC多肽。

120.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述APH1A IRC标记表达产物包含相应于选自APH1A外显子1的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

121.根据权利要求120所述的方法，其中所述APH1A IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：231、233、235、237、239或241中的任一个所展示的APH1AIRC转录物。

122.根据权利要求120所述的方法，其中所述APH1A IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：232、234、236、238、240或242中的任一个所展示的APH1AIRC多肽。

123.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述DDOST IRC标记表达产物包含相应于选自DDOST外显子2的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

124.根据权利要求123所述的方法，其中所述DDOST IRC标记表达产物是由SEQ ID NO：243中的任一个所展示的DDOSTIRC转录物。

125.根据权利要求123所述的方法，其中所述DDOST IRC标记表达产物是由SEQ ID NO：244中的任一个所展示的DDOST IRC多肽。

126.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述BAK1IRC标记表达产物包含相应于选自BAK1外显子7的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

127.根据权利要求126所述的方法，其中所述BAK1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：245或247中的任一个所展示的BAK1IRC转录物。

128.根据权利要求126所述的方法，其中所述BAK1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：246或248中的任一个所展示的BAK1IRC多肽。

129.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述SLC25A25AIRC标记表达产物包含相应于选自SLC25A25A外显子10的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

130.根据权利要求129所述的方法，其中所述SLC25A25A IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：249、251、253、255、257、259或261中的任一个所展示的SLC25A25A IRC转录物。

131.根据权利要求129所述的方法，其中所述SLC25A25A IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：250、252、254、256、258、260或262中的任一个所展示的SLC25A25A IRC多肽。

132.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述COQ2IRC标记表达产物包含相应于选自COQ2外显子1的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

133.根据权利要求132所述的方法，其中所述COQ2IRC标记表达产物是由SEQ ID NO：263、265或267中的任一个所展示的COQ2IRC转录物。

134.根据权利要求132所述的方法，其中所述COQ2IRC标记表达产物是由SEQ ID NO：264、266或268中的任一个所展示的COQ2IRC多肽。

135.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述FANCA IRC标记表达产物包含相应于选自FANCA外显子35的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

136.根据权利要求135所述的方法，其中所述FANCA IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：269或271中的任一个所展示的FANCA IRC转录物。

137.根据权利要求135所述的方法，其中所述FANCA IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：270或272中的任一个所展示的FANCAIRC多肽。

138.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述PIWIL4IRC标记表达产物包含相应于选自PIWIL4外显子2、14的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

139.根据权利要求138所述的方法，其中所述PIWIL4IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：273或275中的任一个所展示的PIWIL4IRC转录物。

140.根据权利要求138所述的方法，其中所述PIWIL4IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：274或276中的任一个所展示的PIWIL4IRC多肽。

141.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述ZNF335IRC标记表达产物包含相应于选自ZNF335外显子5的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

142.根据权利要求141所述的方法，其中所述ZNF335IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：277、279或281中的任一个所展示的ZNF335IRC转录物。

143.根据权利要求141所述的方法，其中所述ZNF335IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：278、280或282中的任一个所展示的ZNF335IRC多肽。

144.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述TEX261IRC标记表达产物包含相应于选自TEX261外显子3的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

145.根据权利要求144所述的方法，其中所述TEX261IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：283或285中的任一个所展示的TEX261IRC转录物。

146.根据权利要求144所述的方法，其中所述TEX261IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：284或286中的任一个所展示的TEX261IRC多肽。

147.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述GABRR2IRC标记表达产物包含相应于选自GABRR2外显子7、8或9的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

148.根据权利要求147所述的方法，其中所述GABRR2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：287或289中的任一个所展示的GABRR2IRC转录物。

149.根据权利要求147所述的方法，其中所述GABRR2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：288或290中的任一个所展示的GABRR2IRC多肽。

150.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述VOPP1IRC标记表达产物包含相应于选自VOPP1外显子3的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

151.根据权利要求150所述的方法，其中所述VOPP1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：291、293、295、297、299、301、303、305、307、309、311或313中的任一个所展示的VOPP1IRC转录物。

152.根据权利要求150所述的方法，其中所述VOPP1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：292、294、296、298、300、302、304、306、308、310、312或314中的任一个所展示的VOPP1IRC多肽。

153.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述TTL IRC标记表达产物包含相应于选自TTL外显子7的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

154.根据权利要求153所述的方法，其中所述TTL IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：315中的任一个所展示的TTL IRC转录物。

155.根据权利要求153所述的方法，其中所述TTL IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：316中的任一个所展示的TTL IRC多肽。

156.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述CES2IRC标记表达产物包含相应于选自CES2外显子1的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

157.根据权利要求156所述的方法，其中所述CES2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：317或319中的任一个所展示的CES2IRC转录物。

158.根据权利要求156所述的方法，其中所述CES2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：318或320中的任一个所展示的CES2IRC多肽。

159.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述GALNT10IRC标记表达产物包含相应于选自GALNT10外显子6的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

160.根据权利要求159所述的方法，其中所述GALNT10IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：321或323中的任一个所展示的GALNT10IRC转录物。

161.根据权利要求159所述的方法，其中所述GALNT10IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：322或324中的任一个所展示的GALNT10IRC多肽。

162.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述Clorf91IRC标记表达产物包含相应于选自Clorf91外显子2的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

163.根据权利要求162所述的方法，其中所述Clorf91IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：325、327、329、331、333或335中的任一个所展示的Clorf91IRC转录物。

164.根据权利要求162所述的方法，其中所述Clorf91IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：326、328、330、332、334或336中的任一个所展示的Clorf91IRC多肽。

165.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述AMBRA1IRC标记表达产物包含相应于选自AMBRA1外显子2、4的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

166.根据权利要求165所述的方法，其中所述AMBRA1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：337、339、341、343、345或347中的任一个所展示的AMBRA1IRC转录物。

167.根据权利要求165所述的方法，其中所述AMBRA1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：338、340、342、344、346或348中的任一个所展示的AMBRA1IRC多肽。

168.根据权利要求100或权利要求101所述的方法，其中所述SCRN IRC标记表达产物包含相应于选自SCRN外显子5的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

169.根据权利要求168所述的方法，其中所述SCRN IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：349、3512、353、355、357、359或361中的任一个所展示的SCRNIRC转录物。

170.根据权利要求168所述的方法，其中所述SCRN IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：350、352、354、356、358、360或362中的任一个所展示的SCRNIRC多肽。

171.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中通过在所述受试者检测到来自选自由GRINL1A和KATLNAL2(即，名单D)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个IRC标志表达产物的水平与败血症阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比增高来确定inSIRS的存在或者发展inSIRS的风险。

172.根据权利要求1-6中任一项或权利要求8所述的方法，其中通过在所述受试者中检测到来自选自由GRINL1A和KATLNAL2(以下称为“名单D”)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个IRC标志表达产物的水平与inSIRS阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比降低来确定败血症的存在或者发展败血症的风险。

173.根据权利要求171或权利要求172所述的方法，其中所述GRINL1A标志表达产物包含相应于选自GRINL1A外显子5的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

174.根据权利要求173所述的方法，其中所述GRINL1A IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：363、365、367、369、371、373、375或377中的任一个所展示的GRINL1A IRC转录物。

175.根据权利要求173所述的方法，其中所述GRINL1A IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：364、366、368、370、372、374、376或378中的任一个所展示的GRINL1AIRC多肽。

176.根据权利要求171或权利要求172所述的方法，其中所述KATNAL2标志表达产物包含相应于选自KATNAL2外显子3的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

177.根据权利要求176所述的方法，其中所述KATNAL2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：379或381中的任一个所展示的KATNAL2IRC转录物。

178.根据权利要求176所述的方法，其中所述KATNAL2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：380或382中的任一个所展示的KATNAL2IRC多肽。

179.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中通过在所述受试者中检测到来自选自由KATLNAL2、GRINL1A、ACRC、TG和ASPHD2(以下称为“名单E”)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37或38个IRC标志表达产物的水平与手术后炎症阳性的对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比增高来确定inSIRS的存在或者发展inSIRS的风险。

180.根据权利要求1-6中任一项或权利要求8所述的方法，其中通过在所述受试者中检测到来自选自由KATLNAL2、GRINL1A、ACRC、TG和ASPHD2(即，名单E)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37或38个IRC标志表达产物的水平与inSIRS阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比降低来确定手术后炎症的存在或者发展手术后炎症的风险。

181.根据权利要求179或权利要求180所述的方法，其中所述KATLNAL2IRC标记表达产物包含相应于选自KATLNAL2外显子3的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

182.根据权利要求181所述的方法，其中所述KATLNAL2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：387或389中的任一个所展示的KATLNAL2IRC转录物。

183.根据权利要求181所述的方法，其中所述KATLNAL2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：388或390中的任一个所展示的KATLNAL2IRC多肽。

184.根据权利要求179或权利要求180所述的方法，其中所述GRINL1A IRC标记表达产物包含相应于选自GRINL1A外显子5的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

185.根据权利要求184所述的方法，其中所述GRINL1A IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：391、393、395、397、399、401、403或405中的任一个所展示的GRINL1A IRC转录物。

186.根据权利要求184所述的方法，其中所述GRINL1A IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：392、394、396、398、400、402、404或406中的任一个所展示的GRINL1A IRC多肽。

187.根据权利要求179或权利要求180所述的方法，其中所述ACRC IRC标记表达产物包含相应于选自ACRC外显子3、5的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

188.根据权利要求187所述的方法，其中所述ACRC IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：407或409中的任一个所展示的ACRC IRC转录物。

189.根据权利要求187所述的方法，其中所述ACRC IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：408或410中的任一个所展示的ACRC IRC多肽。

190.根据权利要求179或权利要求180所述的方法，其中所述TG IRC标记表达产物包含相应于选自TG外显子6的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

191.根据权利要求190所述的方法，其中所述TG IRC标记表达产物是由SEQ ID NO：411或413中的任一个所展示的TG IRC转录物。

192.根据权利要求190所述的方法，其中所述TG IRC标记表达产物是由SEQ ID NO：412或414中的任一个所展示的TG IRC多肽。

193.根据权利要求179或权利要求180所述的方法，其中所述ASPHD2IRC标记表达产物包含相应于选自ASPHD2外显子4的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

194.根据权利要求193所述的方法，其中所述ASPHD2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：415、417或419中的任一个所展示的ASPHD2IRC转录物。

195.根据权利要求193所述的方法，其中所述ASPHD2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：416、418或420中的任一个所展示的ASPHD2IRC多肽。

196.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中通过在所述受试者中检测到来自选自由CUL7、BTNL8/3、PANX2、Clorff91、ZNF335、MGRN1、GAA、CDK5R1、SNTB2、CLPB、ADMA19、SLC36A1、FKBP9、NDST1、HIPK2和CEACAM4(即，名单F)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95或96个IRC标志表达产物的水平与inSIRS阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比增高确定手术后炎症的存在或者发展手术后炎症的风险。

197.根据权利要求1-6中任一项或权利要求8所述的方法，其中通过在所述受试者中检测到来自选自由CUL7、BTNL8/3、PANX2、Clorf91、ZNF335、MGRN1、GAA、CDK5R1、SNTB2、CLPB、ADMA19、SLC36A1、FKBP9、NDST1、HIPK2和CEACAM4(以下称为“名单F”)组成的组的至少一个产生多转录物的基因的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95或96个IRC标志表达产物的水平与手术后炎症阳性对照受试者的相应IRC标记表达产物水平相比降低来确定inSIRS的存在或者发展inSIRS的风险。

198.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述CUL7IRC标记表达产物包含相应于选自CUL7外显子5的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

199.根据权利要求198所述的方法，其中所述CUL7IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：421中的任一个所展示的CUL7IRC转录物。

200.根据权利要求198所述的方法，其中所述CUL7IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：422中的任一个所展示的CUL7IRC多肽。

201.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述BTNL8/3IRC标记表达产物包含相应于选自BTNL8/3外显子6的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

202.根据权利要求201所述的方法，其中所述BTNL8IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：423、425、427、429、431或433中的任一个所展示的BTNL8/3IRC转录物。

203.根据权利要求201所述的方法，其中所述BTNL8IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：424、426、428、430、432或434中的任一个所展示的BTNL8/3IRC多肽。

204.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述PANX2IRC标记表达产物包含相应于选自PANX2外显子1、2的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

205.根据权利要求204所述的方法，其中所述PANX2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：435、437或439中的任一个所展示的PANX2IRC转录物。

206.根据权利要求204所述的方法，其中所述PANX2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：436、438或440中的任一个所展示的PANX2IRC多肽。

207.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述Clorf91IRC标记表达产物包含相应于选自Clorf91外显子2的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

208.根据权利要求207所述的方法，其中所述Clorf91IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：441、443、445、447、449或451中的任一个所展示的Clorf91IRC转录物。

209.根据权利要求207所述的方法，其中所述Clorf91IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：442、444、446、448、450或452中的任一个所展示的Clorf91IRC多肽。

210.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述ZNF335IRC标记表达产物包含相应于选自ZNF335外显子5的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

211.根据权利要求210所述的方法，其中所述ZNF335IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：453、455或457的中的任一个所展示的ZNF335IRC转录物。

212.根据权利要求210所述的方法，其中所述ZNF335IRC标记表达产物是由SEQ ID NO：454、456或458的中的任一个所展示的ZNF335IRC多肽。

213.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述MGRN1IRC标记表达产物包含相应于选自MGRN1外显子4的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

214.根据权利要求213所述的方法，其中所述MGRN1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：459、461或463中的任一个所展示的MGRN1IRC转录物。

215.根据权利要求213所述的方法，其中所述MGRN1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：460、462或464中的任一个所展示的MGRN1IRC多肽。

216.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述GAA IRC标记表达产物包含相应于选自GAA外显子3的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

217.根据权利要求216所述的方法，其中所述GAA IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：465、467或469中的任一个所展示的GAA IRC转录物。

218.根据权利要求216所述的方法，其中所述GAA IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：466、468或470中的任一个所展示的GAAIRC多肽。

219.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述CDK5R1IRC标记表达产物包含相应于选自CDK5R1外显子2的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

220.根据权利要求219所述的方法，其中所述CDK5R1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：471中的任一个所展示的CDK5R1IRC转录物。

221.根据权利要求219所述的方法，其中所述CDK5R1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：472中的任一个所展示的CDK5R1IRC多肽。

222.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述SNTB2IRC标记表达产物包含相应于选自SNTB2外显子4的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

223.根据权利要求222所述的方法，其中所述SNTB2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：473中的任一个所展示的SNTB2IRC转录物。

224.根据权利要求222所述的方法，其中所述SNTB2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：474中的任一个所展示的SNTB2IRC多肽。

225.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述CLPB IRC标记表达产物包含相应于选自CLPB外显子10的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

226.根据权利要求225所述的方法，其中所述CLPB IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：475、477或479中的任一个所展示的CLPB IRC转录物。

227.根据权利要求225所述的方法，其中所述CLPB IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：478或480中的任一个所展示的CLPB IRC多肽。

228.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述ADAM19IRC标记表达产物包含相应于选自ADAM19外显子10的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

229.根据权利要求228所述的方法，其中所述ADAM19IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：481、483、485或487中的任一个所展示的ADAM19IRC转录物。

230.根据权利要求228所述的方法，其中所述ADAM19IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：482、484、486或488中的任一个所展示的ADAM19IRC多肽。

231.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述SLC36A1IRC标记表达产物包含相应于选自SLC36A1外显子5的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

232.根据权利要求231所述的方法，其中所述SLC36A1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：489、491、493或495中的任一个所展示的SLC36A1IRC转录物。

233.根据权利要求231所述的方法，其中所述SLC36A1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：490、492、494或496中的任一个所展示的SLC36A1IRC多肽。

234.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述FKBP9IRC标记表达产物包含相应于选自FKBP9外显子10的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

235.根据权利要求234所述的方法，其中所述FKBP9IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：497或499中的任一个所展示的FKBP9IRC转录物。

236.根据权利要求234所述的方法，其中所述FKBP9IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：498或500中的任一个所展示的FKBP9IRC多肽。

237.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述NDST1IRC标记表达产物包含相应于选自NDST1外显子3的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

238.根据权利要求237所述的方法，其中所述NDST1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：501或503中的任一个所展示的NDST1IRC转录物。

239.根据权利要求237所述的方法，其中所述NDST1IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：502或504中的任一个所展示的NDST1IRC多肽。

240.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述HIPK2IRC标记表达产物包含相应于选自HIPK2外显子11的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

241.根据权利要求240所述的方法，其中所述HIPK2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：505、507、509或511中的任一个所展示的HIPK2IRC转录物。

242.根据权利要求240所述的方法，其中所述HIPK2IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：506、508、510或512中的任一个所展示的HIPK2IRC多肽。

243.根据权利要求196或权利要求197所述的方法，其中所述CEACAM4IRC标记表达产物包含相应于选自CEACAM4外显子5、7、23的外显子的核苷酸序列或者由该外显子所编码的氨基酸序列。

244.根据权利要求243所述的方法，其中所述CEACAM4IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：513或515中的任一个所展示的CEACAM4IRC转录物。

245.根据权利要求243所述的方法，其中所述CEACAM4IRC标记表达产物是如SEQ ID NO：514或516中的任一个所展示的CEACAM4IRC多肽。

246.根据权利要求1-245中任一项所述的方法，包括检测分别来自名单A、B、C、D、E和F中的两个或更多个名单的至少一个IRC标记表达产物的水平。

247.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

248.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C至少另外一个的IRC标记表达产物的水平。

249.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

250.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

251.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

252.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

253.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

254.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

255.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

256.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单C的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

257.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单C的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

258.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单C的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

259.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单D的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

260.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单D的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

261.根据权利要求246所述的方法，包括检测来自名单E的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少另外一个IRC标记表达产物的水平。

262.根据权利要求1-245中任一项所述的方法，包括检测来自选自名单A、B、C、D、E和F的三个名单中的每一个的至少一个IRC标记表达产物的水平。

263.根据权利要求262所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

264.根据权利要求262所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

265.根据权利要求262所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

266.根据权利要求262所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

267.根据权利要求262所述的方法，包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

268.根据权利要求262所述的方法，包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

269.根据权利要求262所述的方法，包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

270.根据权利要求262所述的方法，包括检测来自名单C的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

271.根据权利要求262所述的方法，包括检测来自名单C的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

272.根据权利要求262所述的方法，包括检测来自名单D的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

273.根据权利要求1-245中任一项所述的方法，包括检测来自选自名单A、B、C、D、E和F的四个名单中的每一个的至少一个IRC标记表达产物的水平。

274.根据权利要求273所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

275.根据权利要求273所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

276.根据权利要求273所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

277.根据权利要求273所述的方法，包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

278.根据权利要求273所述的方法，包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

279.根据权利要求273所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

280.根据权利要求273所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

281.根据权利要求273所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

282.根据权利要求273所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

283.根据权利要求273所述的方法，包括检测来自名单C的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E至少一个其他的IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

284.根据权利要求1-245中任一项所述的方法，包括检测分别来自名单A、B、C、D、E和F的五个名单中的每一个的至少一个IRC标记表达产物的水平。

285.根据权利要求284所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

286.根据权利要求284所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

287.根据权利要求284所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

288.根据权利要求284所述的方法，包括检测来自名单B的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单C的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

289.根据权利要求284所述的方法，包括检测来自名单A的至少一个IRC标记表达产物的水平和来自名单B的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单D的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单E的至少一个其他IRC标记表达产物的水平和来自名单F的至少一个其他IRC标记表达产物的水平。

290.根据权利要求1-245中任一项所述的方法，包括检测分别来自名单A、B、C、D、E和F中的每一个的至少一个IRC标记表达产物的水平。

291.根据权利要求5所述的方法，包括当所测量所述或每个IRC表达产物的水平或功能活性与对照受试者是正常受试者时所测量的所述或每个相应表达产物的水平或功能活性相同或相似时，诊断不存在败血症、inSIRS或手术后炎症。

292.根据权利要求291所述的方法，其中所测量的单个IRC表达产物的水平相对于所测量的单个相应表达产物的水平变化不超过约20％。

293.根据权利要求5所述的方法，其中所述生物样本包括血液，尤其是适当包含白细胞的外周血。

294.一种治疗、预防或抑制受试者中选自败血症、inSIRS或手术后炎症中的至少一种病况发展的方法，所述方法包括：

295.根据权利要求294所述的方法，其中所述败血症的治疗或药剂选自抗生素，静脉内液，血管活性剂，用于损害或受损器官的姑息性支撑和对要害器官的密切监测。

296.根据权利要求294所述的方法，其中所述inSIRS的治疗或药剂选自抗生素，类固醇，静脉内液，糖皮质激素，血管活性剂，用于损害或受损器官的姑息性支撑(如用于呼吸窘迫的氧气，血容量减少的液体)和对要害器官的密切监测。

297.根据权利要求294所述的方法，其中所述手术后炎症的治疗或药剂选自抗生素，静脉内液和抗炎药剂。