REPUBLIQUE DE COTE D’IVOIRE

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Union – Discipline – Travail
Ministère de l’enseignement supérieur et de
la recherche scientifique
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LICENCE PROFESSIONNELLE
UFR/ AGROFORESTERIE NOUVELLES TECHNOLOGIES D’AGRICULTURE

PHYTOPATHOLOGIE

Dr. KOFFI AHEBE MARIE HELENE

Maître de Conférences en Phytopathologie

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INTRODUCTION

Les plantes (arbres, herbes, fleurs, ...) constituent la majorité des ressources énergétiques
dont dépendent directement ou indirectement les hommes et les animaux. Elles sont également
les seuls organismes supérieurs à pouvoir convertir et stocker l'énergie lumineuse sous forme
de glucides, lipides et protéines (énergie chimique).
Les plantes ne peuvent pas se déplacer d’un endroit à un autre sauf se faire osciller d’un
côté à l'autre sous l’influence du vent. Les maladies et les organismes nuisibles qui affectent les
plantes doivent donc être transportés pour infecter ou infester (inoculation primaire). Les
maladies et les organismes nuisibles doivent avoir un moyen de se déplacer d’une plante à une
autre à l’intérieur du champ (infection secondaire).
Les maladies des plantes occupent une place centrale dans l’économie d’un pays.
Malheureusement, lorsqu'une plante est atteinte d'une maladie, sa croissance, sa fertilité et sa
productivité sont affectées. Bien qu’on mette en œuvre de nombreuses méthodes de lutte, ces
maladies constituent toujours une cause importante de pertes aussi bien dans les pays
industrialisés que les pays en développement. Les connaissances des causes et des raisons de
développement des maladies des plantes sont d’une importance majeure afin d’établir un
diagnostic adéquat qui permettra la mise en place des méthodes de protection efficaces.
Toutes les parties de la plante peuvent être affectées et le potentiel génétique est mis en
mal. Il s’agit des graines, des racines, les tiges, les feuilles et les fruits. Lorsque les plantes sont
affectées, il y a une réduction de la vigueur de la plante et, dans certains cas, la mort de la plante,
et la perte de la culture survient.
La Phytoprotection a pour but de réduire les maladies et d'éviter les dommages causés
aux plantes cultivées. L’absence de contrôle sur une maladie de plante peut avoir des
conséquences dramatiques sur la production et la qualité des produits.
Ce cours traite des agents biotiques, causes des maladies des plantes, les bases
physiologiques de l'infection, la réaction de la plante malade. Quelques maladies des plantes
cultivées seront décrites ainsi que les méthodes utilisées pour leur protection.

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CHAPITRE I : MALADIES BIOTIQUES

1-1- NOTION DE MALADIE

La maladie est une anomalie dans la structure ou la fonction d'une plante causée par un
facteur irritant continu (agent causal ou agent pathogène) ou par un facteur physiologique. II
s'agit d'un processus qui ne se présente donc pas instantanément comme c'est le cas pour une
lésion. Les maladies peuvent être divisées en deux principaux groupes : infectieuses (ou
biotiques) et non infectieuses (ou abiotiques).
NB : Pour dire qu'une plante est malade, il faut avant tout la comparer avec
d'autres plantes de la même espèce dont le développement est bon. Certaines maladies
sont dues à des attaques extérieures. D'autres se manifestent sans qu'il n'y ait d'attaque.

1-1-1- Quelques définitions

Phytopathologie ou phytiatrie : La science qui étudie des micro-organismes et les facteurs

environnementaux qui induisent des maladies chez les plantes, des mécanismes
par lesquels ces différents éléments agissent et des méthodes de prévention ou
de contrôle de ces maladies.

NB : En général, les maladies causées par les insectes et les animaux supérieurs ne
font pas partie de la phytopathologie.

Sciences phytosanitaires : ce sont la pathologie végétale, la malherbologie, la phytopharmacie,

l’entomologie.
Lutte : utilisation des méthodes de protection et de guérison ayant pour but l’amélioration de
la production végétale.
Etiologie: étude des causes des maladies (infectieuses et non infectieuses) et l’ensemble de ces
causes elles-mêmes.
Epidémiologie : extension dans le temps et dans l’espace de la maladie au sein d’une
population de plantes saines.
Phénotype : apparence visible externe d’un organisme
Symptômes : anomalie du phénotype par rapport à la normale ; manifestation visible d’une
maladie.
Pathogénèse : ensemble des processus inducteurs de la maladie aboutissant à l’expression des
symptômes.

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Pathogénécité : la capacité du parasite à interférer sur une ou plusieurs fonctions essentielles
de la plante
Parasites : un organisme qui vit sur ou à l’intérieur d’un autre et qui obtient sa nourriture de ce
dernier.
Saprophytes : organisme qui utilise comme base alimentaire la matière organique morte.
Syndrome : ensemble des symptômes au cours d’une infection

1-1-2- Concept des maladies des plantes

Tous les organismes vivants ont certaines fonctions biologiques nécessaires à la santé.
Pour les plantes, ces fonctions biologiques comprennent :
 Absorption d’eau et d’éléments minéraux par les racines.
Transport d’eau et éléments minérales dans la plante.
 La photosynthèse.
 Transport des produits de la photosynthèse (sucres) tout au long de la plante.
 Métabolisme et croissance.
 Stockage de la nourriture.
 Reproduction.

Tous les agents pathogènes des plantes interfèrent avec une ou plusieurs de ces fonctions
biologiques. Par exemple, un agent pathogène qui s'attaque aux feuilles réduira la capacité de
la plante à mener la photosynthèse. Un champignon qui attaque les racines de la plante réduit
l’absorption d’eau et des éléments minéraux, et aussi leur transport.

1-1-3- Types de maladies de plantes

En agriculture, une maladie de plante peut être définie par une succession de réponses
invisibles et visibles des cellules et des tissus d'une plante. Les maladies peuvent être d’origine :
 biotique, où c'est un organisme vivant (microorganisme ou organismes pathogènes)
qui intervient dans l'attaque (champignons, virus, nématodes, bactéries, plantes
parasites…..). Ces organismes pathogènes sont souvent présents en grande quantité
dans leur environnement ;
 abiotiques où ce sont des facteurs du milieu, en excès ou en carence (facteurs
environnementaux) qui modifient le développement de la plante. Ces modifications
défavorables à la plante provoquent des bouleversements de forme, de fonction ou
d'intégrité de la plante.

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 Ces réponses peuvent induire une altération partielle voire la mort de la plante ou de
certaines de ses parties. Des milliers de maladies affectent les plantes. En moyenne, chaque
type de plante peut être affecté par une centaine de maladies. Cependant, la distinction entre
une maladie causée par un pathogène et une maladie physiologique n'est pas toujours facile à
faire.

1-1-3-1- Maladies non parasitaires

Les maladies non parasitaires, non infectieuses ou physiologiques sont provoquées par
une diversité de facteurs d'environnement défavorables, nutritionnels, mécaniques ou autres (ex
: tassement du sol, pollution de l’air, arrière-effet d’herbicide, fumure inadaptée, carences
nutritionnelles, excès d’engrais, irrigation inadaptée - ex : pourriture apicale sur tomates -,
coups de soleil – fréquents sur le melon par exemple -, …), et ne peuvent être transmises à des
plantes saines.
Parmi les maladies non infectieuses qui nuisent au développement des plantes et à la
production, en affectant la qualité des produits, les carences en éléments nutritifs majeurs (N,
P, K, Ca, Mg) ou mineurs (les « oligoéléments ») jouent un grand rôle.

1-1-3-2- Maladies parasitaires

Les maladies parasitaires, infectieuses ou non physiologiques sont des mauvais
fonctionnements d’une cellule, d’un tissu ou d’un organe d’une plante dû à un agent pathogène
(virus, nématode, champignon, bactérie, protozoaire, les plantes parasites etc...).
Cet agent pathogène doit être la cause de la maladie, c’est-à-dire lorsqu’isolé sur la plante
malade et inoculé à une plante ou à une partie d’une plante saine, il reproduit les mêmes
symptômes que sur le plant malade initial (Postulat de KOCH).

1-1-4- Regroupement des maladies des plantes

Les organismes vivant (biotiques) qui causent les maladies des plantes sont les mêmes
que ceux causant les maladies chez les humains. Ce sont pour la plus part des organismes
microscopiques (qu’on ne peut voir à l’œil nu), leur taille différant d’un agent à l’autre. Elle
part de l’ordre du nanomètre (10-9 : virus et viroïde) à quelques millimètre (nématode) voire
des organismes entiers (plantes parasites).
Les pathogènes peuvent avoir comme spectre d'hôte quelque dizaines voire centaines d'espèces
végétales. Les maladies des plantes sont parfois regroupées en fonction du :
 type de symptômes occasionné (pourriture racinaire, flétrissements, taches foliaires,
rouilles, brouissures, niellure, mosaïque….) ;

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  type d'organes l’organe de la plante infecté (maladies racinaires, maladies des tiges,
maladies foliaires) ;
 type de cultures (maladies des cultures maraîchères, des cultures céréalières, des arbres
fruitiers, des plantes ornementales, etc.) ;
 mode de transmission (pathogène du sol, de l’air, des semences, de l’eau).
 pathogène responsable de la maladie (maladies bactériennes, maladies virales,
maladies cryptogamiques ou fongiques, maladies à phytoplasmes, maladies à nématodes).

NB : Le critère de regroupement le plus fréquent est celui qui est fait en fonction de
la nature de l’agent pathogène en cause.
L'avantage de ce regroupement réside dans le fait qu'il permet de déterminer la cause de la
maladie, son probable développement, les risques d’épidémie et les mesures de contrôle à
prendre.

1-1-5-Importance des maladies des plantes

Les maladies de plantes diminuent la valeur sélective des plantes mais aussi leur
rendement agricole. Les ravageurs et maladies représentent de grandes pertes de récoltes à
travers le monde. Les mauvaises herbes, les insectes ravageurs et les maladies des plantes
représentent chacune une moyenne d'environ 15 pour cent de la perte de la récolte chaque année.
Les maladies des plantes peuvent être :
− des maladies désastreuses, par exemple le mildiou des pommes de terre, la fusariose de
bananier ;
− des maladies limitant le rendement, comme la pourriture des racines ;
− des cultures de mauvaise qualité, qui ne peuvent être facilement remarqués.
En outre, en particulier dans les pays tropicaux, les maladies des plantes causent des pertes post-
récolte des fruits et légumes.

1-1-6- Agents responsables des maladies biotiques

Les maladies biotiques sont très fréquentes dans les cultures et peuvent se manifester
seules ou en même temps que des maladies abiotiques que l'on a tendance à sous-estimer.
De plus, de nombreux facteurs à l'origine des maladies abiotiques influencent le développement
des agents pathogènes et/ou sensibilisent les plantes. Les principaux agents pathogènes
responsables des maladies chez les plantes sont les champignons, les bactéries, les virus et les
nématodes. Les champignons représentent plus de 50 % des maladies des plantes, suivis par les
virus, les bactéries et les nématodes.

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Ces mêmes agents pathogènes sont également présents dans le sol et provoquent la maladie
chez les nouveaux hôtes sensibles.
Les principaux agents pathogènes responsables des maladies chez les plantes sont
les champignons, les bactéries, les virus et les nématodes.
Un ou plusieurs agents pathogènes peuvent infecter une même plante et un même
agent pathogène peut infecter plusieurs espèces de plantes.
Un germe pathogène est donc un organisme vivant, éventuellement virulent c’est-à-dire
qui peut provoquer une maladie chez la plante. Ainsi, lors de l'infection d'une plante par un
agent pathogène, la plante peut réagir à l'infection conduisant à des changements détectables
dans son évolution et ceci aboutit au développement des symptômes chez la plante infectée et
les signes de l'agent pathogène seront visibles.
Cependant, les maladies infectieuses des plantes ne se développent que si les 3
conditions suivantes sont remplies :
 la plante doit être susceptible d'être hôte (sensible);
 l'agent pathogène doit être virulent et capable d'attaquer la plante ;
 l'environnement doit favoriser le développement de la maladie (c'est-à-dire favoriser la
sensibilité et la virulence).

1-2- NOTION DU « TRIANGLE DE LA MALADIE »

Il est important de se rappeler qu'une « maladie » n'est pas exactement la même chose
qu'un « agent pathogène ». Une façon d'envisager cela, est de penser à la maladie comme une
interaction avec trois pièces nécessaires :
1) Tout d'abord, il doit y avoir un hôte qui est susceptible (prédisposé) à devenir malade. Par
exemple, certains champignons pathogènes des plantes principalement attaquent les jeunes
racines et plants, donc nous pouvons dire que les plantes plus âgées ne sont pas susceptibles à
la maladie.
2) Deuxièmement, il doit y avoir un agent pathogène, que nous appelons parfois «l'agent
causal", qui est capable d'attaquer la plante.
3) Troisièmement, l'interaction entre l'agent causal et la plante doit se produire dans un
environnement qui est favorable (propice). Par exemple, certains agents pathogènes des
plantes dans le sol ne peut attaquer quand il ya beaucoup d'eau dans le sol, tandis que d'autres
sont plus actifs dans le sol sec. De nombreux champignons qui attaquent les feuilles des plantes
nécessitent une pellicule d'eau sur la surface des feuilles en vue de pénétrer dans la plante. Nous

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pouvons illustrer l'importance de ces trois facteurs avec un modèle appelé le «Triangle de la
maladie»

Triangle de la maladie

Exemple :
- Pour un champignon pathogène, l'application d'un fongicide peut tuer l'agent
pathogène et éliminer le côté du triangle "pathogène virulent".
- Si nous plantons des cultures avec une résistance génétique à un agent pathogène
(«résistance» qui est le contraire de «susceptibilité»), nous pouvons éliminer ou réduire le côté
du triangle de la maladie étiqueté «hôte sensible".
- Certains agents pathogènes des plantes ont besoin d'eau pour attaquer les racines des
plantes, nous pouvons éliminer « environnement favorable » en drainant l'eau du sol, ou par
planter lorsque le sol est sec.

NB : Pour toutes les maladies des plantes, nous pouvons penser à des façons d'utiliser le
triangle de la maladie pour découvrir des mesures de lutte contre la maladie.

 Sensibilité de la plante hôte

La sensibilité d'une plante vis-à-vis d’un agent pathogène désigne la capacité d’une plante
à être infectée et endommagée par un micro-organisme. Cette sensibilité varie en fonction de
plusieurs facteurs :
 La plante elle-même : la sensibilité varie d’une espèce végétale à une autre, où d’une
variété à l’autre au sein d’une même espèce. Certaines variétés de plantes sont plus
résistantes que d’autres grâce à des mécanismes de défenses naturelles.
 Age de la plante : les jeunes plantules sont souvent plus sensibles aux maladies que les
plantes adultes.

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  Nutrition : Une carence en certains éléments nutritifs peut affaiblir les défenses
naturelles de la plante.
Une plante sensible à un agent pathogène peut :
 Voir sa croissance ralentir, dans ce cas, la pathogène détourne les ressources de la
plante pour son propre développement
 Produire moins de fruits et graines réduisant ainsi la quantité de la récolte
 La plante, dans les cas les plus graves, peut dépérir et mourir.

 Virulence de l’agent pathogène

La virulence d'un agent pathogène est sa capacité à provoquer une maladie et à causer des
dommages à son hôte. Pour ce faire, les agents pathogènes produisent des enzymes et des
toxines et les transmettent à la plante. Selon le type de maladie, l'infection peut avoir lieu:
 soit à travers la cuticule intacte,
 soit par pénétration mécanique,
 soit par des blessures,
 soit par les orifices naturels existants à la surface de la plante: stomates de l'épiderme,
lenticelles du suber (liège), hydatodes (stomates aquifères) du bord de la feuille.

 L’influence du milieu
Les facteurs environnementaux (la température, l'humidité relative, la lumière, les
éléments nutritifs, l'humidité du sol, la fertilité du sol pendant la croissance des cultures, le ph
du sol, le type de sol ; densité, port des plantes, etc.) sont importants dans l’évolution des
maladies des plantes et déterminent si les maladies deviennent épidémiques. Ces facteurs
peuvent
 favoriser ou inhiber la croissance des agents pathogènes.
 modifier la sensibilité de la plante et influencer l’apparition et la gravité des
maladies.
NB : Aucun de ces facteurs n'influence toutes les plantes de la même manière. C'est pourquoi
il est important de se familiariser avec ces effets d'environnement favorables au développement
d'une maladie spécifique considérée comme importante dans la région considérée.

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1-3-DIAGNOSTIC DES MALADIES DES PLANTES
Souvent, les pathologistes végétales doivent compter sur des symptômes pour
l'identification d'un problème de maladie. Il est important de connaître l'aspect normal des
espèces de plantes que nous étudions. Chaque espèce végétale a des habitudes de croissance
spécifiques, les couleurs et les taux de croissance. Si on ne sait pas à quoi s'attendre de la
plante, on ne peut pas reconnaître quand quelque chose ne va pas. Aussi, le diagnostic des
maladies physiologiques est rendu difficile par le manque de spécificité des symptômes
qu'elles induisent.
Le diagnostic est une démarche qui permet par l’observation et le raisonnement
d’identifier chez une plante ou une culture, la cause précise d’une maladie l’affectant.
C'est aussi, le préalable indispensable à la mise en œuvre de moyens de lutte appropriés contre
la maladie.
Pour cela il est nécessaire de recueillir différents types d'informations. Le but visé par la
phytopathologie étant d’utiliser la lutte préventive ou curative pour éviter les dégâts sur les
plantes, un diagnostic correct est l’étape essentielle de sa mission.

1-3-1- Observation des symptômes et interprétation des circonstances de leur

développement
Pour diagnostiquer une maladie, il faut pouvoir observer avec précision les symptômes et
leur évolution, gage de la première étape du diagnostic. Les symptômes sont suffisamment
définis et spécifiques dans certains cas pour permettre d’identifier correctement la cause de la
maladie sans recourir à une autre analyse. C’est le cas des affections fongiques classiques telles
que les attaques de rouille, le charbon, le Cercospora ou certaines bactéries. Le plus souvent,
certaines situations rencontrées sont complexes et nécessite une certaine expérience et des
analyses complémentaires.
En effet, les symptômes visibles sur une plante ne s’expriment pas souvent au site initial
de l’action de l’agent causal.
Exemple : un flétrissement peut avoir plusieurs causes au niveau d’une plante. Il est nécessaire
d’étudier toutes les circonstances qui entourent l’apparition et le développement des symptômes
pour pouvoir poser un diagnostic correct.

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1-3-2- Diagnostic des maladies non parasitaires
Le diagnostic des maladies non parasitaires se fait sur le terrain. Un certain nombre de
questions doivent être posées afin d’orienter la décision finale. Il faut recueillir le maximum de
données sur :
 l’espèce végétale ;
 son écologie ;
 son milieu d’évolution ;
 les agents pathogènes susceptibles de l’attaquer ;
 l’époque d’apparition de la maladie ;
 les circonstances climatiques présentes ;
 les précédents culturaux ;
 l’historique de la culture ;
 la topographie de la région ;
 les différentes opérations effectuées dans la culture ;
Tous ces éléments peuvent interférer avec le développement des symptômes.
Les questions sont les suivantes peuvent être posées:
1. Quelle partie de la plante présente des symptômes ?
2. Quelle est la distribution (ou la localisation) des plantes atteintes ?
3. Quelles sont les conditions locales ?
4. Quelle est l’histoire des cultures ou de la forêt atteinte par les dégâts ?
5. Les plantes présentent sont-elles toutes atteintes ?
6. Quels moyens préventifs ou curatifs peuvent être envisagés ?

Après l’observation de la culture et des dégâts, il faut prélever les échantillons à plusieurs stades
d’évolution de la maladie c’est-à-dire les plantes présentant un début de symptôme en vue
d’isoler l’agent pathogène et d’observer ses fructifications à un stade avancé pour voir ses
organes de conservations.

1-3-3- Diagnostic des maladies parasitaires

Les symptômes des maladies parasitaires peuvent être visibles ou non visibles à l’œil nu.
Les critères utilisés pour poser un diagnostic sont de deux ordres : les uns immédiatement
utilisables portent sur l’analyse des symptômes et sur les circonstances de l’apparition et du
développement de la maladie sur terrain Les autres s’appuient sur les techniques de laboratoire
spécifique comme l’isolement et la culture sur milieu artificiel des agents pathogènes,

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 l’observation au microscope après coloration des organes et la sérologie qui est une technique
beaucoup plus poussée.

1-3-3-1- Diagnostic sur le terrain

L'observation de symptômes spécifiques et leur évolution dans le temps et l'espace est
la première étape dans le diagnostic des maladies des plantes. L'état des cultures sur le terrain
sont complexes ainsi que différents agents peuvent produire des symptômes semblables. Aussi
un seul agent peut produire des symptômes variables selon les circonstances de croissance
et de l’environnement. Le diagnostic sera facilité par l'obtention de toutes les informations
possibles sur les circonstances entourant l'apparition des symptômes :
 espèces cultivées et le cultivar ;
 pratiques culturelles ;
 heure des premiers symptômes ;
 stade de croissance de la plante ;
 distribution des plantes malades sur le terrain, etc…
Concernant la distribution des plantes malades sur le terrain, différentes situations
correspondant à des contextes pathologiques particuliers pourront être rencontrées :
 culture saine
 Plantes dispersées
 Plantes reparties en foyers
 Toutes les plantes de la culture
 Un secteur de plante dans la culture
 Des lignes de plantes

1-3-3-2- Diagnostic au laboratoire

Il y a trois générales approches diagnostiques au laboratoire :
 la détection de l'agent pathogène par isolement sur milieux de culture spécifiques ;
 les tests moléculaires par identification précise de l’agent pathogène par PCR ;
 les tests sérologiques par la détection des séquences d'acides nucléiques spécifiques au
génome de l'agent pathogène.

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1-4-POSTULAT DE KOCH
Robert Koch a formulé à la fin du XIXe siècle le postulat de Koch qui est un ensemble
de critères établis pour déterminer si un agent pathogène donné est la cause d’une maladie.
Ce postulat constitue une méthode d’isolement des bactéries et des champignons précise les
étapes successives auxquelles il doit être satisfait pour pouvoir établir une relation causale entre
une maladie et un agent pathogène.
Les étapes du postulat de Koch s’énoncent en quatre étapes comme suit :
 Etape 1. L’agent pathogène doit être présent chez les plantes malades et absent
chez les plantes saines ;
 Etape 2. L’agent pathogène doit pouvoir être isolé des plantes malades et multiplié
sur milieu de culture artificielle et pure;
 Etape 3. L’agent pathogène isolé en culture pure doit pouvoir induire la même
maladie de départ lorsqu’il est inoculé à une plante saine de la même espèce ;
 Etape 4. l’agent pathogène initial doit pouvoir être réisolé des plantes nouvellement
infectées et identifié comme étant le même que celui initialement isolé.

 Limites du postulat de Koch

Le postulat de Koch a été un point de départ essentiel pour l'étude des maladies infectieuses.
Cependant, il n’est plus suffisant pour comprendre la complexité des interactions entre les
micro-organismes et leurs hôtes. En effet :
 les maladies infectieuses peuvent être multifactorielles :
 de nombreuses maladies infectieuses sont le résultat d'une interaction complexe entre
l'agent pathogène, l'hôte et l'environnement ;
 des facteurs génétiques, nutritionnels et environnementaux peuvent influencer la
susceptibilité à une maladie ;
 les micro-organismes peuvent être présents sans causer de maladie ;
 la présence d'un micro-organisme ne signifie pas toujours qu'il est la cause d'une
maladie ;
 certains micro-organismes peuvent être des commensaux ou des opportunistes, ne
causant des problèmes que dans certaines conditions.

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