Replicación Del DNA 2022
Replicación Del DNA 2022
PROCARIOTAS
Dr. Ronald Navarro Oviedo
Facultad de Ciencias Biológicas
Departamento Académico de Biología
Cátedra de Biología Molecular
Competencias
• Relaciona la estructura del DNA con el mecanismo de replicación de la
información genética
• Conoce los métodos utilizados para establecer las características
generales de la replicación del DNA
Propósito de la replicación: sintetizar
2 molec. de DNA con la misma
información genética que el DNA
original
Es muy precisa: puentes de H,
geometría de pares A= T y G≡C,
actividad 3’ → 5’exonucleasa de las
DNA polimerasas
Es un proceso complejo: se requiere:
Helicasas,
SSB,
DNA ligasas,
Salvaguardas,
Emparejamiento de bases en la
topoisomerasas y cavidad del sitio activo Pol I. Forma
del sitio activo en la conformación
factores proteicos de inicio y de cerrada. (a) Los pares de bases
finalización correctos G ≡ C y A ꓿ T encajan en el
sitio activo. (b) Los pares de bases
incorrectos no encajan.
Características generales de la replicación del
DNA
1. Es semiconservativa
2. Empieza en un origen y procede bidireccionalmente
3. Procede en la dirección 5´→ 3´y es semidiscontinua
4. Las polimerasas sintetizan ácidos nucleicos: DNA polimerasas y
RNA polimerasas
5. Sólo las RNA polimerasas inician la síntesis de ácidos nucleicos:
primer
6. El DNA se utiliza como plantilla para la síntesis de ácidos
nucleicos
VISIÓN ESTRUCTURAL DE
LA REPLICACIÓN DEL ADN
- Se conoce estructura del DNA
- ¿Cuál es el mecanismo mediante el cual se replica?
La replicación del DNA
es semiconservativa
[15N]NH4Cl
[14N]NH4Cl
Descarta la hipótesis
dispersiva
La replicación del DNA bacteriano y eucariótico es bidireccional
Estos resultados demuestran que la replicación es discontinua. Fue una sorpresa, pues se esperaba que la hebra que crece en dirección 5’ ---3’ lo haga de modo continuo.
En efecto esta hebra crece en forma continua y es fragmentada después de la síntesis. La razón es que E. coli sintetiza pequeñas cantidades de dUTP. Aun cuando E. coli
tiene una dUTPasa, que convierte dUTP en dUMP, quedan trazas de dUTP. Puesto que la maquinaria de replicación no distingue entre TTP y dUTP, algunos uracilos
terminan en el DNA. Luego la uracil N-glicosilasa elimina el uracilo. Luego, la hebra de DNA modificada es cortada en el sito que carece de pirimidina y la región dañada es
eliminada y el nucleótido eliminado es reemplazado por una nuevo. Además, una vez que es eliminado el uracilo, el enlace fosfodiester es fragmentado por álcali (solución
de sucrosa)
Las micrografías electrónicas de alta resolución de las moléculas del DNA del fago lambda, que muestran
una corta región de hebra simple en un lado de la horquilla de replicación, también apoyan el modelo
semidiscontinuo de la replicación
Replicación
del DNA
bacteriano
Pirofosfatasa
(b) La actividad de la ADN polimerasa I también requiere una única hebra no apareada para actuar como molde y una hebra cebadora para proporcionar el grupo hidroxilo libre en el extremo 3
'al que se añade la nueva unidad de nucleótidos. Cada nucleótido entrante se selecciona en parte por apareamiento de bases con el nucleótido apropiado en la hebra molde. El producto de
reacción tiene un nuevo hidroxilo 3 'libre, lo que permite la adición de otro nucleótido. El par de bases recién formado se transloca para hacer que el sitio activo esté disponible para el
siguiente par que se formará. (c) El núcleo de la mayoría de las ADN polimerasas tiene la forma de una mano humana que envuelve el sitio activo. La estructura que se muestra aquí es la ADN
polimerasa I de Thermus aquaticus, unida al ADN. (d) Una interpretación de dibujos animados de la estructura de la polimerasa muestra las partes de inserción y posinserción del sitio activo.
El sitio de inserción es donde se produce la adición de nucleótidos y el sitio de posinserción es el sitio al que se trasloca el par de bases recién formado. [Fuente: (c) PDB ID 4KTQ, Y. Li et al.,
EMBO J. 17: 7514, 1998.]
Nick translation. La ADN polimerasa bacteriana I
tiene tres dominios, que catalizan sus actividades de
ADN polimerasa, exonucleasa 5 '→ 3' y exonucleasa
3 '→ 5'. El dominio exonucleasa 5 ′ → 3 ′ está
delante de la enzima a medida que se mueve a lo
largo del ADN. Al degradar la hebra de ADN delante
de la enzima y sintetizar una nueva hebra detrás, la
ADN polimerasa I puede promover una reacción
llamada traslado de muescas, en la que una ruptura o
muesca en el ADN se mueve efectivamente junto con
la enzima. Este proceso tiene un papel en la
reparación del ADN y en la eliminación de cebadores
de ARN durante la replicación. La hebra de ácido
nucleico que se va a eliminar (ya sea ADN o ARN) se
muestra en púrpura, la hebra de reemplazo en rojo.
La síntesis de ADN comienza en una muesca (un
enlace fosfodiéster roto, dejando un hidroxilo 3 ′ libre
y un fosfato 5 ′ libre). Una muesca permanece donde
la ADN polimerasa I finalmente se disocia, y la
muesca es sellada más tarde por otra enzima.
DNA replication
DNA polimerasa III
(aeq)
τ3δδ'
PHP: Dominio
histidinol fosfato
INICIACIÓN DE LA
REPLICACIÓN
DNA replication
Iniciación en bacterias
• El origen de replicación de E.coli , oriC, consta de 245bp; esta secuencia de DNA contiene elementos que están altamente
conservados entre los orígenes de replicación bacterianos
5’-TTATNCACA
I. Ayuda a reclutar DnaB y a la oligomerización de DnaA, II. Se une transitoriamente a DnaB, III. Se une a ATP y ADP y ayuda a la oligomerización
de DnaA, IV. Se une al DNA y a glicerofosfolípidos aniónicos de la membrana celular (cardiolipina).
Modelo de la
proteína de
asociación al
iniciador DnaA (DiaA)
asistiendo la
agregación de DnaA-
ATP al OriC. Un
tetrámero DiaA
estimula la unión
cooperativa al oriC
haciendo puente
entre las moléculas de
DnaA. Los dominios
de DnaA están
indicados en números
romanos. El ATP se
representa por un
círculo rojo.
(Adaptado de T.
Un modelo para el mecanismo de formación del complejo de iniciación y las funciones del dedo
Katayama, Biochem.
de arginina DnaA y el tetrámero DiaA. La región oriC lleva cajas DnaA de alta afinidad y sitios
Soc. Trans. 36 específicos de ATP-DnaA de baja afinidad (sitio ATP). Cuando una molécula de ATP-DnaA se une a
[2008]:78-82). una caja de DnaA, un tetrámero de DiaA mejora y estabiliza la unión de otra molécula de ATP-DnaA
a un sitio específico de ATP-DnaA. Se requiere la asociación entre ATP y el dedo de arginina para la
formación de una conformación competente para la iniciación de un multímero de DnaA en oriC. La
interacción Inter-DnaA también es estimulada por la interacción directa del dominio I.
Un ensayo para determinar la dirección de la actividad de la ADN helicasa. (a) La helicasa DnaB se agrega a un ADN monocatenario largo que tiene cadenas cortas de ADN
marcadas con 32P de diferentes tamaños aparejadas en sus extremos (aquí se muestran un 796-mer y 722-mer). Cada hebra de ADN asociado tiene una cola corta de una sola hebra
para imitar una horquilla de replicación. La DnaB se une inicialmente a la región de ADN monocatenario, luego se transloca en una dirección para desenrollar uno de los dos dúplex
de ADN hibridado. (b) Los productos de desenrollado del ADN se analizan en un gel de poliacrilamida. El resultado aquí muestra que DnaB desplazó solo el 722-mer, revelando que
DnaB se transloca en la dirección 5'-3'a lo largo del ADN monocatenario.
Tres dominios en DnaG (primasa). (Reprinted from J.Mol. Biol. Vol. 300, M. Podobnik, et al., A TOPRIM domain in the crystal structure …, pp. 353-362, copy
rigth 2000, with permission fron Elsevier [http://www. Sciencedirect.com/science/journal/00222836].)
Un primer (11 a 13 nucleótidos): para la hebra líder y uno para cada uno de los 4,000 fragmentos de Okazaki de la
hebra tardía sintetizados durante la replicación.
REGULACIÓN DE LA INICIACION DE LA REPLICACIÓN
1. SeqA: Impide el inicio de la replicación. Se une a las secuencias GATC hemimetiladas del OriC. Asi, secuestra al oriC
recientemente replicado evitando que se una la DnaA para reiniciar la replicación.
2. El estado del nucleótido asociado a DnaA. DnaA hidroliza el ATP unido, a ADP, después de la iniciación, y aun cuando ADP-
DnaA pueda unirse al origen, es incapaz de formar el complejo abierto, previniendo así la reiniciación.
3. Hda. Después que la horquilla de replicación empieza a moverse, Hda se une a las subunidades β e interactúa con DnaA
para estimular la hidrólisis de su ATP unido. Se desensambla el complejo DnaA en el origen.
4. RNA polimerasa. Promueve la separación de las hebras del DNA a nivel del DUE
5. El número de sitios DnaA. Conforme procede la duplicación del cromosoma, se duplica el número total de sitios de unión
para DnaA, y estos sitios pueden actuar como un sumidero para disminuir la cantidad de DnaA libre disponible para unirse
al oriC. Puesto que DnaA también es un factor de transcripción, puede unirse a los sitios DnaA que hay en diversos
promotores
6. Dam metilasa, trabajando entre los ciclos de disociación-asociación de SeqA, eventualmente metila los sitios GATC del oriC,
y esto bloquea la unión de SeqA y permite que la DnaA se una una vez más al origen.
7. Regulación de la actividad de la DnaA por fosfolípidos ácidos. Cardiolipina y fosfatidilglicerol, activan DnaA porque
catalizan la unión del ATP y desplazan el ADP.
8. Unión del OriC hemimetilado a la membrana externa. La metilación del OriC hemimetilado se retarda con respecto al
tiempo de metilación de los sitios GATC de otros sitios del cromosoma, lo cual indica que los orígenes recién sintetizados
son secuestrados en forma específica de la Dam metilasa. El tiempo entre iniciaciones sucesivas en el mismo origen
depende de los niveles de Dam metilasa. El secuestro del OriC hemimetilado es la primera línea de defensa contra la re-
iniciación.
Regulación del origen de E. coli. La iniciación en el origen
de E. coli, oriC, está regulada de varias formas. (a) La
proteína SeqA se une al ADN hemimetilado y secuestra el
origen recién replicado, evitando la unión del DnaA. (b)
DnaA-ADP, formado cuando DnaA hidroliza su ATP, no puede
desestabilizar la región rica en A = T para mantener el
complejo abierto que contiene una burbuja de ADN
monocatenario, formando así un complejo cerrado en el que
la burbuja se ha colapsado. (c) La proteína Hda se une a la
abrazadera β en el ADN, lo que hace que la DnaA hidrolice
su ATP y se vuelva inactiva (DnaAADP). (d) La ARN
polimerasa produce una tensión superhelical que promueve
la fusión inducida por DnaA de la región rica en A = T.
La replicación del DNA metilado da lugar a DNA hemimetilado, el cual mantiene este estado en los sitios GATC hasta que la Dam metilasa restaura la condición totalmente
metilada.
Etapa de elongación
en bacterias
Replisoma
• Complejo proteico responsable de
la síntesis coordinada del DNA en la
horquilla de replicacion.
• Promueve la rápida síntesis del
DNA, añadiendo ~1,000
nucleótidos/segundo a cada hebra
(lider y rezagada)
The attachment of a nucleotide to a DNA strand. An
incoming deoxyribonucleoside triphosphate (dNTP) is
cleaved to form a deoxyribonucleoside monophosphate
and pyrophosphate (PPi). The energy released from this
exergonic reaction allows the deoxyribonucleoside
monophosphate to form a covalent (ester) bond at the
3ʹ end of the growing strand. This reaction is catalyzed
by DNA polymerase. PPi is released.
Pregunta: El oxígeno del nuevo enlace éster formado
proviene del fosfato o del azúcar?
Elongación
Síntesis de fragmentos de Okazaki. (a) A intervalos, la primasa
sintetiza un cebador de ARN para un nuevo fragmento de
Okazaki. Si consideramos que las dos hebras de la plantilla
yacen una al lado de la otra, la síntesis de la hebra rezagada
procede formalmente en la dirección opuesta al movimiento
de la horquilla. Cada cebador se extiende por la ADN
polimerasa III. La síntesis de ADN continúa hasta que el
fragmento se extiende hasta el cebador del fragmento de
Okazaki agregado previamente. Se sintetiza un nuevo cebador
cerca de la horquilla de replicación para comenzar de nuevo el
proceso. (b) En el complejo replisoma, la síntesis de ADN en las
hebras principal y rezagada está estrechamente coordinada.
Cada holoenzima de ADN polimerasa III tiene tres conjuntos de
subunidades centrales (amarillas), unidas entre sí con un solo
complejo de carga de abrazadera, por lo que se pueden
sintetizar uno o dos fragmentos de Okazaki simultáneamente,
junto con la hebra principal.
Las 4-quinolonas son
antibióticos que inhiben a la
DNA girasa. El ácido nalidíxico
(una 4-quinolona) se usa para
tratar infecciones urinarias.
DNA replication
DNA synthesis on the
leading and lagging strands
RNA primer
RNaseH can also remove RNA
that is base-paired to DNA, but
it cannot remove the last
rNMP attached to the DNA.
(5’3’ exonuclease activity) Hence, in E. coli, RNaseH may
help remove RNA, but another
enzyme (e.g., Pol I) is needed
to complete the task.
Pasos finales en la síntesis de segmentos de cadena rezagados. Los cebadores de ARN en la hebra rezagada se eliminan mediante la actividad
exonucleasa 5′→3′ de la ADN polimerasa I o la ARNasa H1, y luego se reemplazan con ADN mediante la ADN polimerasa I. La muesca restante se
sella con la ADN ligasa. El papel de ATP o NAD+ se muestra luego.
(Virus y eucariotas)
(E.
coli)
Mecanismo de reacción de la DNA ligasa. En cada una de las tres etapas, se forma un enlace fosfodiéster a expensas de otro. Las etapas 1 y 2 conducen a la activación del
fosfato 5´en la mella. Primero se transfiere un grupo AMP a un residuo de Lys de la enzima y luego al fosfato 5´de la mella. En la etapa 3, el grupo hidroxilo 3´ataca este
fosfato y desplaza AMP, produciendo un enlace fosfodiéster para sellar la brecha. En la reacción de la DNA ligasa de E. coli, el AMP se deriva del NAD +. Las DNA ligasas
aisladas de virus y eucariotas usan ATP en lugar de NAD+, y liberan pirofosfato en lugar de nicotinamida mononucleótido (NMN) en la etapa 1.
The termination of DNA replication
• Topoisimerasa IV
• Recombinasa
Terminación de la replicación del cromosoma en E. coli. (a) Las
secuencias Ter están posicionadas en el cromosoma en dos
agrupamientos con orientaciones opuestas. (b) La replicación del
DNA que separa las horquillas de replicación opuestas deja los
cromosomas completos unidos como catenanos, o topológicamente
como círculos entrelazados. Los círculos no están unidos
covalentemente, pero debido a que están entrelazados y que cada
uno está cerrado covalentemente, no se pueden separar –excepto
por la acción de topoisomerasas. En E. coli, un tipo de
topoisomerasa II conocida como DNA topoisomerasa IV juega el
principal rol en la separación de los cromosomas catenados,
rompiendo en forma transitoria ambas hebras del DNA de un
cromosoma y permitiendo que el otro cromosoma pase a través de
la brecha.
Acción de la recombinasa en la terminación
Estructura de los replicadores. Se muestran los elementos del DNA que integran tres replicadores bien caracterizados. Para cada diagrama:
(verde) sitio de unión al DNA iniciador; (azul) elementos que facilitan el desenrrollamiento del DNA; (rojo) sitio de la síntesis inicial del DNA.
(a) El OriC está compuesto de cinco sitios de unión a DNA de “9 pb” y tres elementos repetidos de “13 pb” que son el sitio del
desenrrollamiento inicial del DNA. (El sitio de inicio para OriC está fuera de la secuencia mostrada). (b) El origen del virus eucariótico SV40 está
compuesto de cuatro sitios de unión pentaméricos (P) para la proteína iniciadora llamada antígeno T largo y un palindrome previo de 20 pb (EP)
que es el sitio de desenrrollamiento del DNA. ( C) En los replicadores de S. cerivisiae por lo general se encuentran tres elementos. Los
elementos A y B1 se unen al iniciador ORC. El elemento B2 facilita la unión de la DNA helicasa al origen.
Características de los orígenes de la replicación del ADN. Resumen de las características observadas en los orígenes de la replicación del ADN en eucariotas. Se han
descrito varias características en los orígenes de la replicación de los metazoos, pero no están presentes en todos los orígenes. Más bien, representan diferentes marcas o
módulos que pueden contribuir a la selección de un origen determinado. A nivel de secuencia, se han informado elementos ricos en AT e islas CpG, así como regiones de
ADN que se desenrollan fácilmente (elementos de desenrollado de ADN (DUE)), pero su importancia o función sigue siendo difícil de alcanzar. A nivel de la estructura del
ADN, se ha descrito el ADN doblado (o ADN cruciforme) y la formación de bucles. A nivel de la chomatina, se han observado regiones libres de nucleosomas, acetilación de
histonas y sitios sensibles a la ADNasa, pero su participación directa en el reconocimiento del origen en lugar de ser una consecuencia de la organización de la cromatina
para la transcripción es a veces difícil de estimar. Se han descrito los posibles vínculos de las características de la transcripción con el reconocimiento del origen de la
replicación, pero la evidencia de interacciones directas entre los factores del origen de la replicación y los factores de transcripción sigue siendo escasa. MAR, región de
unión a la matriz.
La existencia de replicadores definidos genéticamente y según su secuencia en los metazoos parece cuestionable y se consideran
otros mecanismos para determinar la unión de ORC al ADN, como elementos de ADN específicos (es decir, secuencias ricas en AT,
islas CpG, regiones promotoras, repeticiones de dinucleótidos, regiones de unión a la matriz) , la estructura general de la
cromatina, la metilación y topología del ADN, el entorno epigenético local y las chaperonas de ORC que funcionan como factores
auxiliares de orientación de ORC
Las células de levadura tienen unas 400 ARS
Orígenes de replicación de S. cerevisiae. Los elementos encontrados en los orígenes de S. cerevisiae están representados,
incluidos los elementos B y ACS. Se indican las principales proteínas que se unen a estos elementos y que constituyen el
pre-RC.
12.000 ACS presentes en este genoma, solo unos pocos de ellos (400) se utilizan en
condiciones normales.
Orígenes de la replicación. a | En cada origen de replicación, la síntesis de ADN comienza con cebadores de ARN cortos que son sintetizados por la ADN
polimerasa-α. Como la síntesis de ADN siempre ocurre en la dirección 5′-3 ′, una hebra del ADN (la hebra lider) se sintetizará continuamente, mientras que la
otra hebra (la hebra retrasada) se sintetizará de manera discontinua por fragmentos cortos de ADN cebados con ARN. Se reclutan otras dos ADN polimerasas
(δ y ε) para el alargamiento de las hebras rezagada y lider, respectivamente.
b | Activación de los orígenes de la replicación durante la fase S. Los complejos de prerreplicación (preRC) se ensamblan en los orígenes de replicación durante la
fase G1. La activación de los orígenes de replicación ocurre a lo largo de la fase S, algunos durante la fase S temprana (1 y 2), y algunos en la fase S media (3) o
tardía (4).
Diferentes tipos de orígenes de replicación del ADN. Los orígenes potenciales de la replicación del ADN se establecen durante la fase de mitosis-G1 mediante el ensamblaje de proteínas
del complejo de prerreplicación (preRC). La selección de los orígenes que se activarán en la siguiente fase S ocurre en la fase G1 y puede variar según el destino de la célula o las
condiciones ambientales. Se muestran cuatro ejemplos de posiciones de origen de replicación del ADN en diferentes células en una población celular en crecimiento. Un grupo de orígenes
flexibles contiene orígenes que se pueden usar de manera diferente en diferentes células. Su uso podría aumentar o disminuir según las condiciones fisiológicas o anormales de crecimiento.
Los orígenes inactivos o latentes rara vez se utilizan o no se utilizan en absoluto. Los orígenes constitutivos son orígenes fijos que siempre se establecen en la misma posición por
cromatina o restricciones transcripcionales. El estrés de replicación puede activar orígenes inactivos o aumentar el uso de orígenes flexibles, lo que da como resultado un mayor número de
orígenes por grupo de replicación.
Estructura del complejo Mcm2–7. (A) Las proteínas Mcm2–7 se ensamblan en un toroide hexámero. Cada complejo Mcm2–7 incluye una copia
de las proteínas Mcm2–7 que están dispuestas en el orden indicado alrededor de un canal central. (B) Direccionalidad del movimiento Mcm2–7.
Las proteínas Mcm2–7 se mueven en una dirección de 3 ' 5' a lo largo del ssDNA. Por analogía con los homólogos de arqueas, el motivo AAA
+ carboxi-terminal está próximo a la horquilla de replicación.
Modelo para la carga de helicasa de ADN
replicativo eucariota. Después de la localización del
origen en el ADN, el ORC unido a ATP recluta Cdc6
unido a ATP. El complejo ORC-Cdc6 resultante luego
recluta dos complejos Cdt1 / Mcm2–7 a través de
interacciones entre Cdt1 y Orc6. Aunque esta
ilustración sugiere que los complejos Mcm2–7 han
iniciado interacciones en sus extremos amino en esta
etapa, también es posible que estas interacciones solo
ocurran durante o después de la carga de helicasa. Se
propone que las interacciones entre ORC, Cdc6, Cdt1
y Mcm2–7 dan como resultado la apertura del anillo
Mcm2–7 en la puerta Mcm2/5. La hidrólisis de ATP
de Cdc6 da como resultado la carga de un doble
hexámero Mcm2–7 alrededor del ADN de origen
bicatenario y la liberación de Cdt1. Se desconoce si el
ADN ingresa al canal central de Mcm2–7 antes (en la
apertura inicial del anillo) o después (como se ilustra)
de la hidrólisis de ATP de Cdc6. Se propone que la
hidrólisis del ATP del ORC conduce a la liberación de
Cdc6 – ADP y de Mcm2–7 a partir del ORC. El
intercambio ADP/ATP del ORC conduce al reinicio de
la maquinaria de carga, lo que permite que se inicie
una nueva ronda de carga de helicasa.
Figura 1. La horquilla de replicación. La síntesis de la cadena principal procede continuamente en la dirección 5‘ a 3'. La síntesis de hebras rezagadas también
se produce en la dirección 5‘ a 3', pero de manera discontinua. Un cebador de ARN/ADN (marcado en verde) inicia la síntesis de la hebra principal y de cada
fragmento de Okazaki en la hebra rezagada.
(Sld5/Psf1 and Psf2/Psf3)
El complejo replisoma eucariota coordina la replicación del ADN. Pol y Pol , respectivamente, realizan la replicación en las hebras líder y tardía. Muchos factores
replisomas (incluido el FPC [complejo de protección de horquilla], Claspin, And1 y RFC [el factor C de replicación cargador de la abrazadera) se encargan de regular las
funciones de la polimerasa y coordinar la síntesis de ADN con el desenrollado de la hebra de plantilla mediante Cdc45-MCM [mantenimiento de mini cromosomas]-GINS
[go-ichi-ni-san]. El replisoma también se asocia con proteínas de puntos de control (ATM y ATR) como mecanismos de vigilancia de la replicación del ADN y de la integridad
del genoma.
Ctf4/And1, es requerida para la unión de la Pol α y estimula
su función
Composición del
replisoma
eucariótico
Control de la replicación del DNA en la horquilla
de replicación
Complejo de pre-replicación
Orígenes licenciados para la replicación.
Luego se “encienden” por fosforilación
Mcm2-7 se carga en el ADN en los orígenes de replicación durante G1 y desenrolla el ADN antes que las polimerasas replicativas. (A) Las actividades
combinadas de Cdc6 y Cdt1 llevan los complejos MCM a los orígenes de replicación. (B) La fosforilación dependiente de CDK/DDK de los componentes pre-
RC conduce al ensamblaje del replisoma y la activación del origen. Cdc6 y Cdt1 ya no son necesarios y se eliminan del núcleo o los MCM degradados (C) y
las proteínas asociadas (se muestran GINS y Cdc45) desenrollan el ADN para exponer el ADN molde. En este punto, se puede completar el ensamblaje del
replisoma y se puede iniciar la replicación. “p” indica fosforilación.
Cómo se impide la
re-replicación del
DNA:
el factor de
licencia MCM
La fosforilación de Orc2 conduce a la
disociación de Orc2-6 de la cromatina para
prohibir la re-replicación
(Proteasoma)
Modificaciones de PCNA:
Si el DNA se daña, PCNA es monoubiquitinado, lo cual cambia la afinidad de PCNA por polimerasas replicativas a polimerasas TLS tolerantes al daño.
Puede ser poliubiquitinada, dirige a bypass del daño a DNA por un mecanismo libre de error.
Puede ser SUMOilado (small ubiquitin-like modifier), lo cual suprime su ubiquitinación, e inhibe la TLS y otras rutas de reparación, lo cual es peligroso para
la célula pues ello introduce mutaciones y reacomodos del genoma.
La acetilación, mejora la procesividad de las polimerasas asociadas.
RFC: Rfc1, Rfc2, Rfc3, Rfc4,, Rfc5
3. Control: Cargadores
de la abrazadera (RFC)
RFC canónico también puede descargar PCNA a partir del
DNA, lo cual permite la terminación de la replicación.
Complejos semejantes a RFC:
RFCCtf18: contiene Ctf18 en lugar de Rfc1. Promueve la
cohesión de cromátidas hermanas y regula la velocidad de
replicación.
RFCElg1: contienen Elg1. Descarga PCNA SUMOilado en
presencia de DNA dañado para permitir el progreso de la
replicación a través de las plantillas dañadas del DNA.
RFCRad17/Rad24: no carga PCNA, pero carga el complejo 9-1-1
a los sitios dañados del DNA durante la respuesta de
replicación al punto de control.
Maduración del fragmento de Okazaki. Durante la maduración del fragmento de Okazaki, (i) Pol desplaza un segmento corto del cebador iniciador
en una aleta 5'; (ii) FEN1 reconoce la aleta desplazada, se une a la base de la aleta y corta la aleta; (iii) la ADN ligasa sella la muesca; (iv) ciertas
aletas se alargan por la acción de la helicasa 5'-3', Pif1; (v) las aletas largas están recubiertas de manera estable por RPA; y (vi) Dna2 desplaza RPA
y divide la aleta en múltiples sitios dejando un producto terminal de 5 a 6 nt de longitud.
5. Control: Unión de la helicasa y funciones de la polimerasa
Las DNA helicasas y las polimerasas deben permanecer en estrecho contacto en la horquilla de replicación. Si ocurre un desenrrollamiento demasiado alejado de la
síntesis se exponen largos tramos de ssDNA.
El replisoma eucariótico contiene proteínas especcializadas (Cdc45, GINS, ATM y ATR)que regulan la actividad de la helicasa. No se deben exponer segmentos muy
largos de ssDNA.
Cdc45 coordina la progresión de MCM con el replisoma. Antes que se inicie la replicación del DNA, la kinasa DDk fosforila Mcm4, lo cual permite la formación de un
complejo Cdc45-MCM estable
Ctf4/And1 interactúa con el complejo CMG y con Pol α en la hebra rezagada
Mrc1/Claspin interactúa con Pol ε y con el complejo CMG en la hebra líder
FPC es un componente del replisoma y mantiene o estabiliza el replisoma durante la replicación
Psf1 Psf2
Sld5
Psf3
Conformational change of CMG. The CMG complex changes its conformation dynamically dependent on the presence of ATP. (A) In the absence of ATP, Mcm2 and
Mcm5 disconnect and generate a big channel. (B) The binding of ATP leads to Mcm2 and Mcm5 closing the Mcm2–7 hexameric ring in assistance with Cdc45 and GINS.
GINS: Regula la interacción de las subunidades de MCM con Cdc45.
Cdc45-MCM-GINS: maquinaria functional de la DNA helicase en eucariotas
ATM y ATR: Kinasas de señalización de daño al DNA, fosforilan la subunidad Psf3
6. Control. Proteínas de punto de control de la replicación
Para preservar la información genética cada vez que la célula se divide, la replicación del ADN debe completarse con alta fidelidad. Para lograr esta tarea, las células eucariotas están
equipadas con sistemas de vigilancia del genoma que detectan errores o problemas durante la replicación del ADN.
(homólogo de ATR)
Regulación de puntos de control de daños y replicación del ADN. El estrés por replicación o el bloqueo o el daño del ADN inducen la activación de una vía de
transducción de señales de muchas proteínas diferentes. Las proteínas están en diferentes clases indicadas como sensores, mediadores, transductores y dianas
efectoras. Por ejemplo, si se bloquea la replicación del ADN, el ssDNA recubierto por RPA envía una señal para activar la proteína quinasa Mec1. Mec1 se une a Mrc1,
que amplifica la señal uniéndose y activando la proteína quinasa Chk2 (Rad53). Chk2, a su vez, inhibe la activación de la helicasa Cdc45 y la carga del replisoma .
7. Control: Replicación a través de los nucleosomas
(Heterodímero)
Chaperona
de histona
Chaperona de deposición
de de histonas
Desplazamiento y depósito de nucleosomas durante la replicación del ADN. Las histonas se eliminan de la cromatina antes de la horquilla de replicación. FACT puede
facilitar este proceso. Asf1 recluta dímeros de histona H3-H4 en la bifurcación de replicación. CAF-1 y Rtt106 cargan histonas recién sintetizadas (violeta claro) para
establecer la cromatina detrás de la bifurcación. Las histonas previamente cargadas (púrpura oscuro) también se depositan en ambas cadenas de ADN hijas. Las chaperonas
de histonasimplicadas en estos procesos están asociadas con las proteínas del replisoma: CAF-1 / Rtt106 con PCNA y FACT / Asf1 con MCM.
TELOMEROS Y TELOMERASA
● La replicación del DNA eucariótico acorta la hebra lider.
● Los cromosomas eucarióticos terminan en los telómeros que
tienen una hebra rica en guaninas 3’ protuberante.
Figura 1. Representación esquemática de la estructura de los telómeros. Los telómeros se encuentran en los extremos del ADN de los cromosomas.
El extremo telomérico 3 'termina como un saliente monocatenario rico en G capaz de formar el t-loop, en el que el saliente invade la doble hélice
telomérica, remodelando el ADN en un círculo. Los telómeros están cubiertos por al menos 6 proteínas (TRF1, TRF2, TPP1, POT1, TIN2 y Rap1),
conocidas colectivamente como shelterina (refugio), que protegen físicamente el ADN. TRF1, TRF2 y TPP1 reconocen y se unen específicamente a
repeticiones de TTAGGG bicatenarias; POT1 se une al saliente telomérico monocatenario; TIN2 y Rap1 completan el complejo shelterina. Shelterin
permite la discriminación de los telómeros de las roturas del ADN de doble hebra; La falta de shelterina permite que los telómeros se identifiquen
como roturas de ADN de doble hebra y desencadenan vías de daño del ADN.
G
C
(b) Modelo hipotético para mostrar lo que sucedería si los primers simplemente se eliminaran del extremo 5’ de las hebras de ADN lineal sin acción de la telomerasa. Los huecos en
los extremos de los cromosomas se alargarían cada vez que se replicara el ADN. (c) Cómo la telomerasa puede resolver el problema. En el primer paso, los primers (rosas) se quitan
de los extremos 5’de las hebras hijas, dejando espacios. En el segundo paso, la telomerasa agrega ADN telomérico adicional (recuadros verdes) a los extremos 3’ de las otras hebras
hijas. En el tercer paso, se produce la síntesis de ADN, utilizando el ADN telomérico recién creado como plantilla. En el cuarto paso, se eliminan los cebadores utilizados en el paso
tres. Esto deja lagunas, pero la acción de la telomerasa ha asegurado que no se haya producido una pérdida neta de ADN. Los telómeros representados aquí no están dibujados a
escala con los cebadores. En realidad, los telómeros humanos tienen miles de nucleótidos de largo.
El problema de la hebra líder. (a) La
hebra telomérica rica en G (azul)
termina en una hebra 3´ que sobresale
sobre la hebra rica en C (en negro). (b)
La replicación semiconservativa se
inicia en orígenes internos a las
repeticiones teloméricas y las
horquillas de replicación se mueven
hacia el extremo del cromosoma. (c )
La síntesis de las hebras tardías no es
un problema para la maquinaria de
replicación debido a que el RNA primer
del extremo del último fragmento de
Okazaki puede ser eliminado sin
pérdida de información. (d) La síntesis
de las hebras líder introduce un
problema debido a que la replicación
se detiene en el extremo 5´ de la hebra
plantilla rica en C para producir un
extremo romo con pérdida de
secuencias informativas.
Regulación de la telomerasa: El gen TERT es reprimido por Rb y por p21
(inhibidor de CDK) y su expresión es activada por c-Myc. Estrógenos y
andrógenos activan a la telomerasa. El promotor de TERT contiene
elementos receptores de estrógeno.
Estructura y función del complejo de telomerasa. (A) TERT agrega enzimáticamente repeticiones de nucleótidos TTAGGG al extremo 3‘ de la cadena principal del telómero
utilizando TERC como plantilla. Otras proteínas (disquerina, NOP10, NHP2 y GAR) también se unen a TERC y estabilizan el complejo. (B) Estructura lineal de TERT, que está
altamente conservada entre eucariotas y consta de motivos centrales de transcriptasa inversa (RT) (1, 2, A, B, C, D y E), una gran región N-terminal, y una región C-terminal
corta, necesaria para la función enzimática de la telomerasa. La región N-terminal comprende un dominio N-terminal esencial para la telomerasa (TEN), los dominios CP y QFP,
necesarios para la interacción del ARN, y un motivo T específico de la telomerasa. La región C-terminal contiene 4 dominios conservados (E-I a E-IV).
(C) Estructura secundaria de TERC humano, que contiene 7 regiones conservadas (CR), un pseudonudo importante para la interacción con TERT
(CR2/CR3) y una plantilla utilizada por TERT para elongación de telómeros (CR1). TERC también encierra un pequeño motivo nucleolar H/ACA; El
recuadro H/ACA se refiere a una región de cola de pequeños ARN nucleolares (snoRNA) que llevan un motivo H conservado (AnAnnA) y un triplete
ACA consenso colocado 3 nucleótidos antes del extremo 3 'del ARN que caracteriza a una importante familia de snoRNA implicada en la
pseudouridilación de pre-rRNA. TERC se une a otras proteínas, como disquerina, GAR, NHP2 y NOP10, a través de la caja H/ACA.
Shelterina: complejo multiproteico que se une a los telómeros