WO2023176863A1 - RNAi活性を有する化学修飾オリゴヌクレオチド - Google Patents
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Definitions
- siRNA is useful for identifying gene functions, screening cell lines suitable for producing useful substances, regulating genes involved in diseases, etc.
- it is difficult to maintain its activity in the body because it is easily degraded by RNA degrading enzymes. , has the disadvantage of high synthesis cost. Therefore, various chemical modifications have been attempted to develop oligonucleotides that retain RNAi activity and are highly stable against RNA degrading enzymes and can be produced at low cost.
- Double-stranded oligonucleotides combining DNA, 2'-O-methyl RNA, and 2'-F have been reported, and siRNA in which the 14th position from the 5' end of the antisense strand is 2'-F has been reported. It has been reported (for example, see Patent Documents 1 and 2).
- double-stranded oligonucleotides that combine DNA, 2'-O-methyl RNA, 2'-F RNA, and LNA (2'-O,4'-C-methylene-bridged nuclear acids) have been reported.
- the RNAi activity of siRNA in which the second or 14th position from the 5' end of the antisense strand is 2'-F, DNA, or LNA has been reported (for example, Patent Document 1, Patent Document 3). reference.).
- a 11 -A 12 -A 13 -A 14 -A 15 is any of the following; A11 (2'-OMe RNA) -A12 (2'-OMe RNA) -A13 (ENA) -A14 (RNA) -A15 (2'-OMe RNA), A11 (2'-F RNA) -A12 (2'-OMe RNA) -A13 (ENA) -A14 (RNA) -A15 (2'-OMe RNA), A11 (2'-OMe RNA) -A12 (2'-F RNA) -A13 (ENA) -A14 (RNA) -A15 (2'-OMe RNA), A11 (2'-OMe RNA) -A12 (2'-OMe RNA) -A13 (LNA) -A14 (RNA) -A15 (2'-OMe RNA), A11 (2'-F RNA) -A12 (2'-OMe RNA) -A13 (LNA) -A14 (RNA)
- a 12 is DNA and A 14 is a 2'-O,4'-C-bridged modified nucleoside, or the oligonucleotide according to [6] or a pharmaceutically acceptable oligonucleotide thereof. salt.
- each internucleoside bond in 2 to 5 nucleotides from the 5' end and 3' end of the oligonucleotide is a phosphorothioate bond.
- oligonucleotide or a pharmaceutically acceptable salt thereof [18] The oligonucleotide or a pharmaceutically acceptable salt thereof according to any one of [1] to [17], wherein the number of nucleosides of S O3 , S O5 , A O5 and A O3 is 0 to 2.
- the present invention provides an oligonucleotide with a novel modification pattern that has a sustained RNA interference effect and/or gene expression suppressing effect in an animal body. Similar effects were confirmed when this modification pattern was applied to oligonucleotides for multiple target sequences, making it possible to analyze the functions of various genes using this oligonucleotide. Medicines for diseases are provided.
- FIG. 7 is a diagram showing the hepatic hTfR2 mRNA expression level in hTfR2 Tg mice 7 days after treatment with GalNAc-conjugated TfR2 siRNA.
- FIG. 2 is a diagram showing the base sequence of mRNA of the gene encoding human transferrin receptor 2 (hTfR2) (SEQ ID NO: 1). The underlined sequence (sequences 2847th to 2865th) indicates the target sequence of TfR2-019, and the double underlined sequence (sequence 1536th to 1554th) indicates the target sequence of TfR2-039.
- 14-1 is a diagram showing a continuation of FIG. 14-1.
- the transfectant may be introduced, or it may be exogenous, introduced by a technique such as gene transfer.
- the gene may be a gene existing on a chromosome or an extrachromosomal gene. Exogenous genes include, but are not limited to, those derived from viruses, bacteria, fungi, or protozoa that can infect the recipient. The function of the gene may be known or unknown.
- TTR proprotein convertase subtilisn/kexin type 9
- PCSK9 proprotein convertase subtilisn/kexin type 9
- PKA polo-like kinase
- RRM2 ribonucleotide reductase M2 subunit
- Hsp27 heat shock pro tein 27
- survivin eukaryotic initiation factor-4E (eIF-4E), intercellular adhesion molecule 1 (ICAM-1), alpha subunit of the interleukin 4 receptor (IL-4R-alpha), Factor XI, Factor VII, N-ras, H-ras, K-ras, bcl-2, bcl-xL, Her -1, Her-2, Her-3, Her-4, MDR-1, human ⁇ -catenin gene, DDX3 (DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 3, X-linked), Myeloid Cell Le ukemia Sequence 1 (MCL1)
- 2'-deoxyadenosine is A(D) or a
- 2'-deoxyguanosine is G(D) or g
- 2'-deoxycytidine is C(D) or c
- thymidine is T(D) or t
- 2'-deoxy-5-methylcytidine may be written as 5C(D) or 5c
- 2'-deoxyuridine may be written as U(D) or u.
- 2'-deoxynucleoside whose base is not specified may be expressed as N(D).
- a phosphodiester bond that may be chemically modified means a phosphodiester bond employed as a natural internucleoside bond or a chemically modified phosphodiester bond.
- a natural internucleoside bond is a phosphodiester bond represented by the following formula (P), and when displaying a base sequence, it is displayed without any letters or symbols between nucleosides.
- chemically modified phosphodiester bond means a bonding mode in which the phosphorus atom contained in the phosphodiester bond is chemically modified.
- Examples of chemically modified phosphodiester bonds include phosphorothioate bonds represented by the following formula (PS), phosphoroamidate bonds that are modified bonds in which a nitrogen atom is added to a phosphorus atom, and alkyl that can be substituted for a phosphorus atom.
- An alkylphosphonate bond is a modified bond with a group added (for example, in the case of a methyl group, it becomes a methylphosphonate bond), and a modified bond is a modified bond with a substitutable alkyl group added to the non-covalently bonded oxygen atom of a phosphate group.
- Examples include phosphotriester bonds. When a phosphorothioate bond is employed, " ⁇ " is displayed between nucleosides in the base sequence display.
- sugar-modified nucleoside refers to a nucleoside in which the sugar moiety of the nucleoside is modified.
- Sugar-modified nucleosides include all modes of sugar modification known in the art to which the present invention pertains. Examples of sugar-modified nucleosides include 2'-modified nucleosides, 3'-modified nucleosides, 4'-thio-modified nucleosides, 4'-thio-2'-modified nucleosides and 2'-O,4'-C-crosslinked nucleosides. Examples include modified nucleosides.
- 2'-O-alkoxyalkylation modifications include 2'-O-methoxyethyl nucleoside ("2'-MOE RNA", “2'-O-methoxyethyl RNA” or "2'-O-methoxyethyl RNA”). It may also be expressed as ⁇ methoxyethoxy RNA.'' The symbol representing the sugar moiety is (m).).
- the 2'-O-methoxyethyl nucleoside corresponding to each base has a structure represented by the following formula, where 2'-O-methoxyethyladenosine is A(m) and 2'-O-methoxyethylguanosine is A(m).
- the 2'-deoxy-2'-fluoronucleoside corresponding to each base has a structure represented by the following formula, and 2'-deoxy-2'-fluoroadenosine is converted into A(F), 2'-deoxy- 2'-fluoroguanosine is G(F), 2'-deoxy-2'-fluorocytidine is C(F), 2'-deoxy-2'-fluoro-5-methylcytidine is 5mC(F), 2'- Deoxy-2'-fluorouridine is sometimes written as U(F), and 2'-deoxy-2'-fluoro-5-methyluridine is sometimes written as T(F). Furthermore, 2'-deoxy-2'-fluoronucleoside whose base is not specified may be expressed as N(F).
- 3'-O-methoxyethylcytidine 3'-O- Methoxyethyl uridine is sometimes written as U (3m), and 3'-O-methoxyethyl-5-methyl uridine is sometimes written as T (3m).
- 3'-O-methoxyethyl nucleoside which does not specify the base, may be expressed as N(3m).
- the manner of linking the sense strand region and the antisense strand region is particularly limited as long as the oligonucleotide of the present invention has an RNA interference effect and/or a gene expression suppressing effect.
- the desired chemical linker or Examples include linking by oligonucleotide linkers.
- Such bases include, for example, chemically modified bases that have base pairing ability equal to or higher than the original base (for example, C and 5C, U and T (5U)), which are the same bases. regarded as.
- sequence identity preferably 80% or more, more preferably 90% or more, even more preferably 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, Refers to sequences having 97%, 98% or 99% identity, or a mismatch of 3 bases, 2 bases or 1 base.
- Nucleotide sequence identity can be calculated using known genetic analysis software such as BLAST (registered trademark).
- S 1 to S 19 each represent one nucleoside, and S a is 0 to 5, preferably 0 to 4, more preferably 0 to 3, 0 to 2, or 0 to 1. Represents a nucleoside. Furthermore, regarding the overhang structure of the sense strand region, the one added to the 5' end is indicated as SO5 , and the one added to the 3' end is indicated as S O3 , and each has 0 to 5, preferably 0 to 4, or more. Preferably, it represents 0 to 3, 0 to 2, or 0 to 1 nucleosides.
- the S3M-oligonucleotide is characterized in that the nucleoside located at the 3' end of the complementary region in the sense strand region (ie, S 1 in formula (I) above) is a 3'-modified nucleoside.
- Such 3'-modified nucleosides are not particularly limited as long as the S3M-oligonucleotide has an RNA interference effect and/or a gene expression suppressing effect, but preferably 3'-deoxy-3'-fluoroRNA (3' -F RNA), 3'-OMe RNA, or 3'-MOE RNA, more preferably 3'-OMe RNA.
- One embodiment of the complementary region in the sense strand region of the S3M-oligonucleotide is the 11th, 12th, 13th, and 15th nucleoside from the 3' end (i.e., S 11 , S 12 , S 13 and S in formula (I) above). At least one of 15 ) is 2'-F RNA, and the other nucleosides are 2'-OMe RNA, 2'-F RNA, DNA, or a combination thereof.
- S 11 , S 12 , S 13 and S 15 are all 2'-F RNA.
- the antisense strand region of the S3M-oligonucleotide refers to the region represented by the above formula (II), ie, A O5 to A O3 .
- the complementary regions in the antisense strand region of the S3M-oligonucleotide are indicated as A 1 to A 19 numbered from the 5'-terminal nucleoside, and A a located on the 3' side of the complementary region. That is, the complementary region of the antisense strand is the region A 1 to A a in the above formula (II).
- a 12 is DNA.
- the modification pattern of A 11 -A 12 -A 13 -A 14 -A 15 in the antisense strand complementary region is preferably one of the following formulas (IIIi) to (IIIl). .
- 2'-O-methoxyethylguanosine, 2'-O-methoxyethyladenosine, 2'-O-methoxyethyl-5-methylcytidine, 2'-O-methoxyethyl-5-methyluridine can synthesize the corresponding phosphoramidite reagent according to the patent (US6261840) or the literature (Martin, P. Helv. Chim. Acta. (1995) 78, 486-504.), using commercially available phosphoramidite reagents. You can also do that.
- thioating oligonucleotide analogs in addition to sulfur, tetraethylthiuram disulfide (TETD, Applied Biosystems), Beaucage reagent, phenylacetyl disulfide/pyridine-acetonitrile (1:1 v/v) solution (Ravikumar, Using reagents such as V.T. et al. Bioorg. Med. Chem. . Chem. The thioate derivative can be obtained according to the method described in Soc., 112, 1253 (1990).
- the oligonucleotide of the present invention includes an oligonucleotide bound to a transport unit for transporting the oligonucleotide to a target tissue or target cell.
- a transport unit for transporting the oligonucleotide to a target tissue or target cell.
- a unit having an aminoalkyl phosphate group for example, the alkyl has 3 to 9 carbon atoms
- an oligonucleotide to which such a transport unit is bound for example, a unit having an aminoalkyl phosphate group (for example, the alkyl has 3 to 9 carbon atoms) introduced into the desired chemical structure can be used as an oligonucleotide.
- oligonucleotides in which an aptamer, which is a nucleic acid molecule that binds to a protein, is attached to the end of the oligonucleotide.
- metal salts such as iron salts, zinc salts, copper salts, nickel salts, cobalt salts; inorganic salts such as ammonium salts, t-octylamine salts, dibenzylamine salts, morpholine salts, glucosamine salts, phenylglycine alkyl ester salts , ethylenediamine salt, N-methylglucamine salt, guanidine salt, diethylamine salt, triethylamine salt, dicyclohexylamine salt, N,N'-dibenzylethylenediamine salt, chloroprocaine salt, procaine salt, diethanolamine salt, N-benzyl-phenethylamine salt , amine salts such as organic salts such as piperazine salts, tetramethylammonium salts, tris(hydroxymethyl)aminomethane salts; such as hydrofluoride, hydrochloride, hydrobromide, hydroiodide.
- colloidal dispersion systems are expected to have the effect of increasing the stability of compounds in vivo, and the effect of efficiently transporting compounds to specific organs, tissues, or cells.
- Colloidal dispersions include, but are not limited to, commonly used lipid-based polymer complexes, nanocapsules, microspheres, beads, and oil-in-water emulsifiers, micelles, mixed micelles, and liposomes.
- Representative phospholipids include phosphatidylcholine, dipalmitoylphosphatidylcholine, and distearoylphosphatidylcholine.
- active targeting includes, for example, viral protein coat (Morishita et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.), 1993, 90, p. 8474-), monoclonal antibodies, (or suitable binding moieties thereof), sugars, glycolipids or proteins (or suitable oligopeptide fragments thereof) to liposomes, or organs and cells other than their naturally occurring localized sites.
- viral protein coat Menishita et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.), 1993, 90, p. 8474-
- monoclonal antibodies or suitable binding moieties thereof
- sugars or glycolipids or proteins (or suitable oligopeptide fragments thereof)
- liposomes or organs and cells other than their naturally occurring localized sites.
- examples include techniques for modifying liposomes by changing their composition in order to achieve distribution in different types.
- compositions and formulations for topical administration include transdermal patches, ointments, lotions, creams, gels, lozenges, suppositories, sprays, liquids, and powders.
- Examples 1 to 52 and Reference Examples 1 to 3 This compound was synthesized using the phosphoramidite method (Nucleic Acids Research, 12, 4539 (1984), Nature Communications 6, Article number: 6317 (2015)). Specific sequences and structures are listed in Tables 1-1 to 1-10.
- the compounds of Examples 1 to 17, Examples 48 to 52, Reference Example 2, and Reference Example 3 are siRNAs that target mRNA for the gene encoding human transferrin receptor 2 (TfR2). It is. Furthermore, the compounds of Examples 1 to 4 and Reference Example 2 are located at positions 1536 to 1554 in the base sequence of human TfR2 (hTfR2) mRNA shown in SEQ ID NO: 1, and the compounds of Examples 5 to 17 and Reference Example 3 are located at positions 2847 to 2865.
- Example 48 TfR2-019.94DUG.s1 and Example 49 (TfR2-019.94DUG.s2) have the 3' end of the antisense strand region in the compound of Example 16 (TfR2-019.94DUG). siRNA in which each overhang structure is one nucleotide or is absent.
- the compounds of Example 50 TfR2-019.94DUG.e1) and Example 51 (TfR2-019.94DUG.e2) have the target sequence of the compound of Example 16 (TfR2-019.94DUG) on the 5' end side.
- Sequences each having a length of 1 or 2 nucleotides were used as target sequences, and the lengths of the complementary regions were 20 bp and 21 bp, respectively. It is a certain siRNA.
- the compound of Example 52 (TfR2-019.94DUG.e3) has the overhang structure of the 3' end of the antisense strand region in the compound of Example 16 (TfR2-019.94DUG) as G(M)U(M). This is siRNA.
- the "2'-O-methyl nucleoside” portion was synthesized using the phosphoramidite described in Nucleic Acids Research 17, 3373 (1989).
- the "DNA” portion was synthesized using the phosphoramidite described in Nucleic Acids Research 11, 4539 (1984).
- the 5'-position of the 5'-terminal nucleotide and the 3'-position of the 3'-terminal nucleotide of each oligonucleotide are hydrogen atoms, as shown in the structural diagram of each nucleoside described above. It is a hydroxyl group bonded to the oxygen atom inside. However, if "GN" is the terminal, no hydrogen atom bond is required.
- Test Example 1 Screening of TfR2 siRNA on HepG2 cells by reverse transfection method siRNA was screened as follows by reverse transfection method. On the day of transfection, 2 wells of siRNA samples per type, 2 wells of negative control (NT) using distilled water instead of siRNA, and siRNA against hTfR2, which is the compound of Reference Example 2 or 3, as a positive control. A chemically modified compound (TfR2-039.23DUG or TfR2-019.22DUG) was prepared in two wells.
- HepG2 cells (2 x 10 ⁇ 4 cells/mL) prepared using DMEM containing 10% FBS pre-warmed to 37°C were seeded at 80 ⁇ L per well.
- the final concentration of siRNA was adjusted to a 10-fold or 50-fold common ratio from 10 nM.
- cDNA was synthesized by performing RNA extraction and reverse transcription reaction according to the protocol of the kit. Using the obtained cDNA, the amount of endogenous hTfR2 mRNA expression was measured by quantitative PCR. As a housekeeping gene, the mRNA expression level of h18S was measured.
- Quantitative PCR was performed as follows using IDT Prime Time Gene Expression Master Mix (manufactured by Integrated DNA Technologies). The obtained cDNA was used as a stock solution. Per well of a 384-well PCR plate (manufactured by Applied Biosystems), 5 ⁇ L of IDT Prime Time Gene Expression Master Mix, 0.25 ⁇ L of hTfR2 primer (Hs.PT.58.20599 434, Integrated DNA Technologies) or 0. Mix 25 ⁇ L of h18S primer (Hs.PT.39a.22214856.g, Integrated DNA Technologies), 2.75 ⁇ L of distilled water, and 2 ⁇ L of cDNA (10 ⁇ L in total), and add 2 wells for each cDNA.
- Test Example 1-1 hTfR2 knockdown activity using HepG2 cells Evaluation of hTfR2 mRNA expression level 2 days after introducing siRNA into HepG2 cells using the reverse transfection method in the same manner as Test Example 1 I did it.
- TfR2-019 and TfR2-019.94DUG were used as siRNA.
- TfR2-019 is a double-stranded oligonucleotide consisting of a sense strand region and an antisense strand region, each of which is an independent oligonucleotide, and the complementary regions of the sense strand region and antisense strand region are all naturally occurring oligonucleotides.
- the relative hTfR2 mRNA expression level of the specimen treated with each siRNA was calculated and expressed as a relative value when the hTfR2 mRNA expression level in the negative control (NT) was set as 1.0. The results are shown in FIG.
- the mRNA expression levels of mTfR2 and h18S were measured as the average value between 2 wells.
- the mRNA expression level of mTfR2 was normalized with the mRNA expression level of h18S, a housekeeping gene.
- the relative mTfR2 mRNA expression levels of the samples treated with each siRNA were calculated as relative values when the mTfR2 mRNA expression level in the negative control was set to 1.0, and are shown in Tables 5 to 8, respectively.
- Test Example 3 Pharmaceutical efficacy evaluation test of GalNAc-conjugated TfR2 siRNA in normal mice TfR2 siRNA conjugated with GalNAc is known to increase plasma iron concentration in normal mice (WO2012/177921), and therefore, this document The compound of Reference Example 1 (AD47882.23DUG) and the compounds of Examples 18 to 25 (AD47882 The following tests were conducted using .41DUG to 48DUG).
- mouse ⁇ -actin (mActb) primer (Mm.PT.39a.22214843.g, manufactured by Integrated DNA Technologies) was used, mixed in the proportions described above, and Two wells were prepared and quantitative PCR was performed.
- the mRNA amounts of mTfR2 and mActb were measured as the average value between two wells.
- the mRNA expression level of mTfR2 was normalized with the mRNA expression level of mActb, a housekeeping gene.
- the relative mRNA amount in the siRNA treatment group was calculated and expressed as a relative value when the mRNA amount in the vehicle group was set to 1.0 (mean value ⁇ standard error).
- the results of the mTfR2 mRNA expression level are shown in FIG. 9F.
- Test Example 9 Drug efficacy evaluation test of GalNAc conjugate TfR2 siRNA in human TfR2-expressing mice Using male or female TfR2 humanized mice having the human TfR2 gene locus, which were created at Special Immunology Research Institute Co., Ltd., In order to verify the effect of GalNAc-conjugated TfR2 siRNA, the following experiment was performed. As TfR2 siRNA conjugated with GalNAc, TfR2-019.88DUG (Example 9), TfR2-019.92DUG (Example 14), TfR2-019.93DUG (Example 15), TfR2-019.94DUG (Example 16) was used.
- mice Seven days after the start of drug treatment, the mice were euthanized by exsanguination under isoflurane anesthesia, the livers were collected, and the amount of hTfR2 mRNA expression was measured. RNA extraction and quantitative PCR were performed as described in Test Example 5. The mRNA expression level of hTfR2 was normalized with the mRNA expression level of mActb, a housekeeping gene. The primers for hTfR2 described in Test Examples 1 and 2 were used. The results of hTfR2 mRNA expression level are shown in FIG. 13. Relative mRNA amounts in other groups were calculated and expressed as relative values when the mRNA amount in the vehicle group was set to 1.0 (mean value ⁇ standard error).
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Abstract
Description
天然型のRNAを修飾RNAに置換することによって安定なsiRNAを取得する試みもなされている。例えば、RNAの2’-OH基をアルキル化しRNaseの基質にならないようにした2’-O-アルキルヌクレオシドとした数多くの誘導体が報告されている。2’-O-メチルヌクレオチドはtRNAの中にも見られる天然に存在する修飾ヌクレオチドで、アンチセンス研究の初期の頃から研究されている(例えば、非特許文献3参照。)。
[1] センス鎖領域及びアンチセンス鎖領域を含むオリゴヌクレオチドであって、
前記センス鎖領域が以下の式(I)に示すオリゴヌクレオチドからなり、前記アンチセンス鎖領域が以下の式(II)に示すオリゴヌクレオチドからなり、さらに以下の(a)乃至(g)に示される特徴を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩:
センス鎖領域:5’ SO5-Sa-S19-S18-S17-S16-S15-S14
-S13-S12-S11-S10-S9-S8-S7-S6-S5-S4-S3-S2
-S1-SO3 3’(I)
アンチセンス鎖領域:5’ AO5-A1-A2-A3-A4-A5-A6-A7-A8-A9-A10-A11-A12-A13-A14-A15-A16-A17-A18-
A19-Aa-AO3 3’(II)
(a)S1は3’-修飾ヌクレオシドであり、S2~S19は1個のヌクレオシドを示し、それぞれ独立して、2’-OMe RNA、2’-F RNA又はDNAであり、Saは0~5個のヌクレオシドを示し、それぞれのヌクレオシドは独立して、2’-OMe RNA、2’-F RNA又はDNAを示し、SO3及びSO5はそれぞれ独立して、0~5個のヌクレオシドを示し、それぞれのヌクレオシドは独立して、2’-OMe RNA、2’-F RNA、DNA又は2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシドを示す。各ヌクレオシド間の結合は、化学修飾されていてもよいリン酸ジエステル結合を示す;
(b)A11、A12、A13、A14及びA15は1個のヌクレオシドを示し、そのうち少なくとも1つはDNA、RNA、2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシド又は2’-MOE RNAであり、それ以外は2’-OMe RNA又は2’-F RNAであり、A1~A10及びA16~A19は1個のヌクレオシドを示し、それぞれ独立して、2’-OMe RNA、2’-F RNA又はDNAを示し、Aaは0~5個のヌクレオシドを示し、それぞれのヌクレオシドは独立して、2’-OMe RNA、2’-F RNA又はDNAを示し、AO3及びAO5はそれぞれ独立して、0~5個のヌクレオシドを示し、それぞれのヌクレオシドは独立して、2’-OMe RNA、2’-F RNA、DNA又は2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシドを示す。各ヌクレオシド間の結合は、化学修飾されていてもよいリン酸ジエステル結合を示す;
(c)A2~Aaの間のヌクレオチド配列は、標的配列と実質的に相補的なヌクレオチド配列からなり、A1は標的配列の対応するヌクレオシドと相補的な塩基を有するヌクレオシド、アデニンを有するヌクレオシド、チミンを有するヌクレオシド、又はウラシルを有するヌクレオシドであり、AO3とAO5が存在する場合、そのヌクレオチド配列は、それぞれ独立して、標的配列の対応するヌクレオシドとは独立に選択されるヌクレオチド配列である;
(d)S1~Saの間のヌクレオチド配列と、A1~Aaの間のヌクレオチド配列とは、互いに実質的に相補的なヌクレオチド配列であり、かつ、2本鎖構造を形成している;
(e)SO5とAO3の両方が存在する場合、SO5及びAO3は、互いに相補的ではないヌクレオチド配列である;
(f)SO3とAO5の両方が存在する場合、SO3及びAO5は、互いに相補的ではないヌクレオチド配列である;並びに、
(g)センス鎖領域及び/又はアンチセンス鎖領域の、5’末端のヌクレオシドの5’位及び/又は3’末端のヌクレオシドの3’位もしくは3’末端のヌクレオシドが3’-修飾ヌクレオシドである場合はその2’位、が化学修飾されていてもよい。
[2] 式(II)において、S1が3’-OMe RNAである[1]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[3] センス鎖領域及びアンチセンス鎖領域が、それぞれ独立したオリゴヌクレオチドとして2本鎖オリゴヌクレオチドを形成している、[1]又は[2]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[4] 2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシドが、LNA又はENAである、[1]~[3]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[5] 式(II)において、A11、A12、A13、A14及びA15の2つ以上同一又はそれぞれ異なっていてもよく、DNA、RNA、2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシド又は2’-MOE RNAである[1]~[4]のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[6] 式(II)において、A14がRNA又は2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシドである、[5]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[7] 式(II)において、A13が2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシド又は2’-OMe RNAであり、A14がRNAである、[6]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[8] 式(II)において、A11-A12-A13-A14-A15が以下のいずれか;
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(ENA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-F RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(ENA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-F RNA)-A13(ENA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(LNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-F RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(LNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-F RNA)-A13(LNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-F RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、又は、
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-F RNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
である、[7]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[9] 式(II)において、A12がDNAであり、A14が2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシドである、[6]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[10] 式(II)において、A11-A12-A13-A14-A15が以下のいずれか;
A11(2'-F RNA)-A12(DNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(ENA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-OMe RNA)-A12(DNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(ENA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-F RNA)-A12(DNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(LNA)-A15(2'-OMe RNA)、又は、
A11(2'-OMe RNA)-A12(DNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(LNA)-A15(2'-OMe RNA)、
である、[9]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[11] 式(II)において、A2、A6及びA16が2’-F RNAである、[1]~[10]のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[12] 式(II)において、更に、A8、A9及びA10からなる群から選択される1又は2個のヌクレオシドが2’-F RNAであり、A1、A3~A5、A7、A17~A19及びAaのヌクレオシドが2’-OMe RNAである、[11]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[13] 式(II)において、A2、A6、A8、A10及びA16が2’-F RNAであり、A1、A3~A5、A7、A9、A17~A19及びAaのヌクレオシドが2’-OMe RNAである、[12]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[14] 式(I)において、S11、S12、S13及びS15が2’-F RNAである[1]~[13]のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[15] 式(I)において、S2~S10、S14、S16~S19及びSaが2’-OMe RNAである[14]のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[16] 式(II)においてRNAが採用される場合、当該RNAとその3’側に隣接するヌクレオシドとの間の結合がホスホロチオエート結合であることを特徴とする、[1]~[15]のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[17] 前記オリゴヌクレオチドの5’末端及び3’末端から2~5ヌクレオチドにおいて、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合であることを特徴とする、[1]~[16]のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[18] SO3、SO5、AO5及びAO3のヌクレオシド数が0~2である、[1]~[17]のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[19] SO3のヌクレオシド数が0である、[18]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[20] SO3、SO5及びAO5のヌクレオシド数が0であり、AO3のヌクレオシド数が2である、[19]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[21] オリゴヌクレオチドの5’末端のヌクレオシドの5’位及び/又は3’末端のヌクレオシドの3’位もしくは3’末端のヌクレオシドが3’-修飾ヌクレオシドである場合はその2’位、の化学修飾が、目的組織への輸送用ユニットである、[1]~[20]のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[22] 目的組織への輸送用ユニットが、GalNAcユニット又は脂肪酸ユニットである、[21]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
[23] GalNAcユニットが、
で表されるユニットであることを特徴とする、[22]に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
本明細書において、「標的遺伝子」とは、これを導入する細胞、組織、あるいは固体(以下これを「被導入体」と称することがある。)においてRNAであれば特に制限されず、タンパク質に翻訳されるmRNAであってもタンパク質に翻訳されないノンコーディングRNAであってもよい。ノンコーディングRNAとしては、機能性RNA、例えば、mRNAの非翻訳領域、tRNA、rRNA、mRNA型ncRNA(mRNA-likenon-coding RNA)、長鎖ncRNA(long non-coding RNA)、snRNA(small nuclear RNA)、snoRNA(small nucleolar RNA)、miRNA(microRNA)等が挙げられる。具体的には、導入する被導入体に内在性のものでも、遺伝子導入等の手法によって導入される外来性のものでもよい。また、染色体上に存在する遺伝子でも、染色体外のものでもよい。外来性の遺伝子としては、例えば、被導入体に感染可能なウイルス、バクテリア、真菌又は原生動物由来のものが挙げられるがこれらに制限されない。遺伝子の機能については既知のものでも未知のものでもよい。
本明細書において、「RNAi-オリゴヌクレオチド」とは、センス鎖領域及びアンチセンス鎖領域に含まれる実質的に相補的なヌクレオチド同士がワトソン-クリック塩基対を形成し、2本鎖構造を形成する相補領域を含み、標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有するオリゴヌクレオチドである。標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する限り、RNAi-オリゴヌクレオチドに含まれる相補領域の全ての塩基がワトソン-クリック塩基対を形成していなくてもよい。本明細書において、RNAi-オリゴヌクレオチドは、「siRNA」と記載される場合もある。
(i)標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する;
(ii)RNA分解酵素に安定で、標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する;
(iii)エキソヌクレアーゼに対して安定で、標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する;
(iv)RNA分解酵素、エキソヌクレアーゼに対して安定で、標的遺伝子に対するRNA干渉作用及び/又は遺伝子発現抑制作用を有する;
本発明は、センス鎖領域が以下の式(I)に示すオリゴヌクレオチドからなり、アンチセンス鎖領域が以下の式(II)に示すオリゴヌクレオチドからなり、さらに以下の(a)乃至(g)に示される特徴を有するRNAi-オリゴヌクレオチド(以下、「S3M-オリゴヌクレオチド」という)又はその薬学上許容される塩を提供する:
センス鎖領域:5’ SO5-Sa-S19-S18-S17-S16-S15-S14
-S13-S12-S11-S10-S9-S8-S7-S6-S5-S4-S3-S2
-S1-SO3 3’ (I)
アンチセンス鎖領域:5’ AO5-A1-A2-A3-A4-A5-A6-A7-A8-A9-A10-A11-A12-A13-A14-A15-A16-A17-A18-
A19-Aa-AO3 3’ (II)
(a)S1~S19は、それぞれ1個のヌクレオシドを示し、S1は3’-修飾ヌクレオシドである。Saは0~10個のヌクレオシド、好ましくは0~5個又は0~4個、より好ましくは0~3個、0~2個、又は0~1個、のヌクレオシドである。SO3及びSO5は、それぞれ独立して、0~5個、好ましくは0~4個、より好ましくは、0~3個、0~2個、又は0~1個、のヌクレオシドである。各ヌクレオシド間の結合は、化学修飾されていてもよいリン酸ジエステル結合を示す;
(b)A1~A19は、それぞれ1個のヌクレオシドを示し、A11、A12、A13、A14及びA15のうち少なくとも1つはDNA、RNA、2'-O,4'-C-架橋化修飾ヌクレオシド又は2’-MOE RNAである。Aaは0~10個のヌクレオシド、好ましくは0~5個又は0~4個、より好ましくは0~3個、0~2個、又は0~1個、のヌクレオシドである。AO3及びAO5は、それぞれ独立して、0~5個、好ましくは0~4個、より好ましくは、0~3個、0~2個、又は0~1個、のヌクレオシドである。各ヌクレオシド間の結合は、化学修飾されていてもよいリン酸ジエステル結合を示す;
(c)A2~Aaの間のヌクレオチド配列は、標的配列と実質的に相補的なヌクレオチド配列(標的対応配列)からなり、A1は標的配列の対応するヌクレオシドと相補的な塩基を有するヌクレオシド、アデニンを有するヌクレオシド、チミンを有するヌクレオシド、又はウラシルを有するヌクレオシドであり、AO3とAO5が存在する場合、そのヌクレオチド配列は、それぞれ独立して、標的配列の対応するヌクレオシドとは独立に選択されるヌクレオチド配列である;
(d)S1~Saの間のヌクレオチド配列とA1~Aaの間のヌクレオチド配列とは、互いに実質的に相補的なヌクレオチド配列からなる相補領域であり、かつ、2本鎖構造を形成している;
(e)SO5とAO3の両方が存在する場合、SO5及びAO3は、互いに相補的ではないヌクレオシドである;
(f)SO3とAO5の両方が存在する場合、SO3及びAO5は、互いに相補的ではないヌクレオシドである;、並びに、
(g)センス鎖領域及び/又はアンチセンス鎖領域の、5’末端のヌクレオシドの5’位及び/又は3’末端のヌクレオシドの3’位もしくは3’末端のヌクレオシドが3’-修飾ヌクレオシドである場合はその2’位、が化学修飾されていてもよい。
S3M-オリゴヌクレオチドのセンス鎖領域は、上記式(I)で表される領域、すなわち、SO5~SO3をいう。S3M-オリゴヌクレオチドのセンス鎖領域における相補領域は、3’末端のヌクレオシドから附番したS1~S19、及び相補領域の5’側に位置するSaとして表示する。すなわち、S3M-オリゴヌクレオチドのセンス鎖における相補領域は、上記式(I)におけるS1~Saの領域である。S1~S19は、それぞれ一つのヌクレオシドを表し、Saは0~5個、好ましくは0~4個、より好ましくは、0~3個、0~2個、又は0~1個、のヌクレオシドを表す。また、センス鎖領域のオーバーハング構造は、5’末端に付加するものをSO5、3’末端に付加するものをSO3と表示し、それぞれ0~5個、好ましくは0~4個、より好ましくは、0~3個、0~2個、又は0~1個、のヌクレオシドを表す。
5’SO5(N(M))-Sa(N(M))-S19(N(M))-S18(N(M))-S17(N(M))-S16(N(M))-S15(N(F))-S14(N(M))-S13(N(F))-S12(N(F))-S11(N(F))-S10(N(M))-S9(N(M))-S8(N(M))-S7(N(M))-S6(N(M))-S5(N(M))-S4(N(M))-S3(N(M))-S2(N(M))-S1(N(3M))-2’H 3’(Ia)
5’Sa(N(M))-S19(N(M))-S18(N(M))-S17(N(M))-S16(N(M))-S15(N(F))-S14(N(M))-S13(N(F))-S12(N(F))-S11(N(F))-S10(N(M))-S9(N(M))-S8(N(M))-S7(N(M))-S6(N(M))-S5(N(M))-S4(N(M))-S3(N(M))-S2(N(M))-S1(N(3M))-2’H 3’(Ib)
5’S19(N(M))-S18(N(M))-S17(N(M))-S16(N(M))-S15(N(F))-S14(N(M))-S13(N(F))-S12(N(F))-S11(N(F))-S10(N(M))-S9(N(M))-S8(N(M))-S7(N(M))-S6(N(M))-S5(N(M))-S4(N(M))-S3(N(M))-S2(N(M))-S1(N(3M))-2’H 3’(Ic)
[上記式において、(N(M))は2'-OMe RNAを表し、(N(F))は2'-F RNAを表し、(N(3M))は3'-OMe RNAを表す。SO5(N(M))及びSa(N(M))は0~3個の2'-OMe RNAからなるヌクレオシドを表す。各オリゴヌクレオチドの5’末端及び3’末端から3個のヌクレオシドの2か所のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、それ以外のヌクレオシド間結合はリン酸ジエステル結合である。すなわち、各オリゴヌクレオチドは、3’末端と5’末端に、それぞれ2か所ずつ、合計4か所のホスホロチオエート結合を有している。]
S3M-オリゴヌクレオチドのアンチセンス鎖領域は、上記式(II)で表される領域、すなわち、AO5~AO3をいう。S3M-オリゴヌクレオチドのアンチセンス鎖領域における相補領域は、5’末端のヌクレオシドから附番したA1~A19、及び相補領域の3’側に位置するAaとして表示する。すなわち、アンチセンス鎖の相補領域は、上記式(II)におけるA1~Aaの領域である。S3M-オリゴヌクレオチドのアンチセンス鎖領域における相補領域のヌクレオチド配列は、標的配列と実質的に相補的なヌクレオチド配列であればよく、例えば、標的配列と5、4、3、2又は1塩基のミスマッチが含まれていてもよく、好ましくは完全に相補的である。A1~A19は、それぞれ一つのヌクレオシドを表し、Aaは0~5個のヌクレオシドを表す。また、アンチセンス鎖領域のオーバーハング構造は、5’末端に付加するものをAO5、3’末端に付加するものをAO3と表示する。
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(ENA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA) (IIIa)
A11(2'-F RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(ENA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA) (IIIb)
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-F RNA)-A13(ENA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA) (IIIc)
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(LNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA) (IIId)
A11(2'-F RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(LNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA) (IIIe)
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-F RNA)-A13(LNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA) (IIIf)
A11(2'-F RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA) (IIIg)
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-F RNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA) (IIIh)
A11(2'-F RNA)-A12(DNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(ENA)-A15(2'-OMe RNA) (IIIi)
A11(2'-OMe RNA)-A12(DNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(ENA)-A15(2'-OMe RNA) (IIIj)
A11(2'-F RNA)-A12(DNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(LNA)-A15(2'-OMe RNA) (IIIk)
A11(2'-OMe RNA)-A12(DNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(LNA)-A15(2'-OMe RNA) (IIIl)
本発明のS3M-オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシド間の結合様式は、化学修飾されていてもよいリン酸ジエステル結合を適宜選択することができ、好ましくは、リン酸ジエステル結合又はホスホロチオエート結合であり、それらをそれぞれ単独で、又は、組み合わせて採用することができる。好ましくは、リン酸ジエステル結合又はホスホロチオエート結合の組み合わせであり、センス鎖領域及びアンチセンス鎖領域それぞれに含まれるヌクレオシド間結合において、ホスホロチオエート結合の含有率が、50%以下、40%以下、30%以下、29%以下、28%以下、27%以下、26%以下または25%以下である。
本発明のオリゴヌクレオチドの調製方法としては所望のオリゴヌクレオチドが合成できる限り特に制限はないが、既知の化学合成法(リン酸トリエステル法、ホスホロアミダイト法、又は、H-ホスホネート法等)を用いることができる。例えば、市販の核酸合成機を用いて、市販のDNA/RNA合成に使われる試薬を用いて合成することができる。
また、本発明のオリゴヌクレオチドには、オリゴヌクレオチドにカチオニックポリマーを加えることで、正電荷を帯びた複合体としたものも含む(臓器及び細胞への分布を達成することができた例として、Leng et al. J. Gen. Med. 7,p.977-986(2005),Baigude et al.2,p.237-241, ACS Chem. Biol.(2007),Yadava et al. Oligonucleotide 17,p.213-222(2007)参照)。
本発明のオリゴヌクレオチドを、疾患の予防薬又は治療薬として使用する場合には、前記オリゴヌクレオチド、又は、その薬理学上許容される塩を、それ自体あるいは適宜の薬理学的に許容される、賦形剤、希釈剤等と混合し、錠剤、カプセル剤、顆粒剤、散剤若しくはシロップ剤等により経口的に、又は、注射剤、坐剤、貼付剤、若しくは、外用剤等により非経口的に投与することができる。
本化合物は、ホスホロアミダイト法(Nucleic Acids Research, 12, 4539 (1984)、Nature Communications 6, Article number: 6317 (2015))を用いて合成を行った。具体的な配列、構造については、表1-1~表1-10に記載した。なお、実施例1~17、実施例48~52、参考例2及び参考例3の化合物は、ヒトのトランスフェリン受容体2(transferrin receptor 2、TfR2)をコードする遺伝子に対するmRNAを標的遺伝子とするsiRNAである。また、実施例1~4及び参考例2の化合物は配列番号1に示すヒトTfR2(hTfR2) mRNAの塩基配列における1536~1554番目、実施例5~17及び参考例3の化合物は2847~2865番目の19ヌクレオチドからなる塩基配列をそれぞれ標的配列とし、さらに各アンチセンス鎖領域の3’末端にオーバーハング構造としてU(M)U(M)が結合したものである。また、実施例18~47及び参考例1の化合物は、WO2012/177921に記載されているマウスTfR2(mTfR2)に対するsiRNAであるAD-47882における19塩基対(すなわち、相補領域)に対して様々な化学修飾を施し、さらに各アンチセンス鎖領域の3’末端にオーバーハング構造としてU(M)U(M)が結合したものである。
試験例1:HepG2細胞に対するTfR2 siRNAのリバーストランスフェクション法によるスクリーニング
リバーストランスフェクション法によって以下のようにsiRNAのスクリーニングを行った。トランスフェクション当日、siRNA検体を1種類あたり2ウェル分、siRNAの代わりに蒸留水としたネガティブコントロール(NT)を2ウェル分、ポジティブコントロールとして参考例2または3の化合物である、hTfR2に対するsiRNAに対して化学修飾を施した化合物(TfR2-039.23DUGまたはTfR2-019.22DUG)を2ウェル分作製した。
試験例1と同様の方法で、リバーストランスフェクション法を用いてsiRNAをHepG2細胞に導入して2日後における、hTfR2のmRNA発現量の評価を行った。siRNAとして、TfR2-019、及びTfR2-019.94DUG(実施例16)を用いた。TfR2-019は、それぞれ独立したオリゴヌクレオチドであるセンス鎖領域及びアンチセンス鎖領域から構成される2本鎖オリゴヌクレオチドであり、該センス鎖領域及びアンチセンス鎖領域の相補領域はすべてが天然型のRNA(すなわち、A(R)、G(R)、C(R)、及びU(R))で構成されている。また、TfR2-019におけるアンチセンス鎖領域は、配列番号1に示されるhTfR2 mRNAの2847~2865番目の塩基配列を標的配列とし、該標的配列と完全に相補的な配列からなる相補領域を有し、該相補領域の各3’末端にオーバーハング構造として2個の連続したT(D)が結合したオリゴヌクレオチドである。また、TfR2-019におけるセンス鎖領域は、対応するアンチセンス鎖領域の相補領域におけるヌクレオチド配列と完全に相補的な配列からなる相補領域を有し、該相補領域の3’末端にオーバーハング構造として2個の連続したT(D)が結合したオリゴヌクレオチドである。また、各ヌクレオシド間結合は化学修飾されていないリン酸ジエステル結合である。
HEK293A細胞にマウスTfR2(mTfR2)をコードするプラスミドをトランスフェクションによって過剰発現した後に、GENETICIN(Gibco社製)による薬剤セレクションによって、mTfR2を安定発現したHEK293A細胞(293A-mTfR2細胞)をクローニングした。
GalNAcをコンジュゲートしたTfR2 siRNAは、正常マウスにおける血漿中鉄濃度を上昇させることがされている(WO2012/177921)ことから、当該文献に記載されているAD47882の塩基配列に対して、様々な化学修飾を施し、かつ、GalNAcをコンジュゲートしたsiRNAとして、参考例1の化合物(AD47882.23DUG)、実施例18乃至25の化合物(AD47882.41DUG~48DUG)を用いて以下の試験を行った。
TfR2 siRNAのマウス体内での持続的な活性を評価するため、AD47882の塩基配列に対して、様々な化学修飾を施し、かつ、GalNAcをコンジュゲートしたsiRNAとして、参考例1の化合物(AD47882.23DUG)、実施例22の化合物(AD47882.45DUG)、実施例26乃至40の化合物(AD47882.70~84DUG)を用いて、以下の実験を行った。
試験例4と同様に、AD47882の塩基配列に対して、様々な化学修飾を施し、かつ、GalNAcをコンジュゲートしたsiRNAとして、参考例1の化合物(AD47882.23DUG)、実施例27の化合物(AD47882.71DUG)、実施例36の化合物(AD47882.80DUG)、実施例41乃至46の化合物(AD47882.88~93DUG)を用いて以下の試験を行った。
GalNAcをコンジュゲートしたTfR2 siRNAは、炎症に伴う貧血モデルにおけるHGB値を上昇させる。AD47882の塩基配列に対して、様々な化学修飾を施し、かつ、GalNAcをコンジュゲートしたsiRNAとして、AD47882.41DUG(実施例18の化合物)、AD47882.88DUG(実施例41の化合物)、AD47882.89DUG(実施例42の化合物)、AD47882.91DUG(実施例44の化合物)、AD47882.92DUG(実施例45の化合物)、AD47882.93DUG(実施例46の化合物)を用いて以下の試験を行った。
試験例1と同様の方法で、siRNAとしてTfR2-019.94DUG(実施例16)、TfR2-019.94DUG.s1(実施例48)、TfR2-019.94.s2DUG(実施例49)、TfR2-019.94.e1DUG(実施例50)、TfR2-019.94DUG.e2(実施例51)、及びTfR2-019.94DUG.e3(実施例52)を用いて、hTfR2のmRNA発現量について試験した。ネガティブコントロール(NT)におけるhTfR2 mRNA発現量を1.0としたときの相対値として、各siRNAを処置した検体の相対hTfR2 mRNA発現量を算出して表記した。結果は、以下の表9に示した。
試験例5と同様に、AD47882の塩基配列に対して、様々な化学修飾を施し、かつ、GalNAcをコンジュゲートしたsiRNAとして、参考例1の化合物(AD47882.23DUG)、実施例45の化合物(AD47882.92DUG)、実施例47の化合物(AD47882.94DUG)を用いて以下の実験を行った。
株式会社特殊免疫研究所において作出した、ヒトTfR2遺伝子座を有する雄性または雌性のTfR2ヒト化マウスを用いて、ヒトTfR2 mRNAに対するGalNAcコンジュゲートTfR2 siRNAの効果を検証するために、以下の実験を行った。GalNAcをコンジュゲートしたTfR2 siRNAとして、TfR2-019.88DUG(実施例9)、TfR2-019.92DUG(実施例14)、TfR2-019.93DUG(実施例15)、TfR2-019.94DUG(実施例16)の化合物を用いた。
配列番号2:TfR2-039のセンス鎖ヌクレオチド配列
配列番号3~8:TfR2-039のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列
配列番号9:TfR2-019のセンス鎖ヌクレオチド配列
配列番号10、11:TfR2-019のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列
配列番号12:AD47882のセンス鎖ヌクレオチド配列
配列番号13、14:AD47882のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列
配列番号15、16:2本鎖オリゴヌクレオチドのセンス鎖領域のヌクレオチド配列
配列番号17~21:2本鎖オリゴヌクレオチドのアンチセンス鎖領域のヌクレオチド配列
Claims (23)
- センス鎖領域及びアンチセンス鎖領域を含むオリゴヌクレオチドであって、前記センス鎖領域が以下の式(I)に示すオリゴヌクレオチドからなり、前記アンチセンス鎖領域が以下の式(II)に示すオリゴヌクレオチドからなり、さらに以下の(a)乃至(g)に示される特徴を有するオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩:
センス鎖領域:5’ SO5-Sa-S19-S18-S17-S16-S15-S14-S13-S12-S11-S10-S9-S8-S7-S6-S5-S4-S3-S2-S1-SO3 3’(I)
アンチセンス鎖領域:5’ AO5-A1-A2-A3-A4-A5-A6-A7-A8-A9-A10-A11-A12-A13-A14-A15-A16-A17-A18-A19-Aa-AO3 3’(II)
(a)S1は3’-修飾ヌクレオシドであり、S2~S19は1個のヌクレオシドを示し、それぞれ独立して、2’-OMe RNA、2’-F RNA又はDNAであり、Saは0~5個のヌクレオシドを示し、それぞれのヌクレオシドは独立して、2’-OMe RNA、2’-F RNA又はDNAを示し、SO3及びSO5はそれぞれ独立して、0~5個のヌクレオシドを示し、それぞれのヌクレオシドは独立して、2’-OMe RNA、2’-F RNA、DNA又は2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシドを示す。各ヌクレオシド間の結合は、化学修飾されていてもよいリン酸ジエステル結合を示す;
(b)A11、A12、A13、A14及びA15は1個のヌクレオシドを示し、そのうち少なくとも1つはDNA、RNA、2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシド又は2’-MOE RNAであり、それ以外は2’-OMe RNA又は2’-F RNAであり、A1~A10及びA16~A19は1個のヌクレオシドを示し、それぞれ独立して、2’-OMe RNA、2’-F RNA又はDNAを示し、Aaは0~5個のヌクレオシドを示し、それぞれのヌクレオシドは独立して、2’-OMe RNA、2’-F RNA又はDNAを示し、AO3及びAO5はそれぞれ独立して、0~5個のヌクレオシドを示し、それぞれのヌクレオシドは独立して、2’-OMe RNA、2’-F RNA、DNA又は2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシドを示す。各ヌクレオシド間の結合は、化学修飾されていてもよいリン酸ジエステル結合を示す;
(c)A2~Aaの間のヌクレオチド配列は、標的配列と実質的に相補的なヌクレオチド配列からなり、A1は標的配列の対応するヌクレオシドと相補的な塩基を有するヌクレオシド、アデニンを有するヌクレオシド、チミンを有するヌクレオシド、又はウラシルを有するヌクレオシドであり、AO3とAO5が存在する場合、そのヌクレオチド配列は、それぞれ独立して、標的配列の対応するヌクレオシドとは独立に選択されるヌクレオチド配列である;
(d)S1~Saの間のヌクレオチド配列と、A1~Aaの間のヌクレオチド配列とは、互いに実質的に相補的なヌクレオチド配列であり、かつ、2本鎖構造を形成している;
(e)SO5とAO3の両方が存在する場合、SO5及びAO3は、互いに相補的ではないヌクレオチド配列である;
(f)SO3とAO5の両方が存在する場合、SO3及びAO5は、互いに相補的ではないヌクレオチド配列である;並びに、
(g)センス鎖領域及び/又はアンチセンス鎖領域の、5’末端のヌクレオシドの5’位及び/又は3’末端のヌクレオシドの3’位もしくは3’末端のヌクレオシドが3’-修飾ヌクレオシドである場合はその2’位、が化学修飾されていてもよい。 - 式(II)において、S1が3’-OMe RNAである請求項1に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- センス鎖領域及びアンチセンス鎖領域が、それぞれ独立したオリゴヌクレオチドとして2本鎖オリゴヌクレオチドを形成している、請求項1又は2に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- 2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシドが、LNA又はENAである、請求項1~3に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- 式(II)において、A11、A12、A13、A14及びA15の2つ以上が同一又はそれぞれ異なっていてもよく、DNA、RNA、2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシド又は2’-MOE RNAである請求項1~4のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- 式(II)において、A14がRNA又は2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシドである、請求項5に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- 式(II)において、A13が2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシド又は2’-OMe RNAであり、A14がRNAである、請求項6に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- 式(II)において、A11-A12-A13-A14-A15が以下のいずれか;
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(ENA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-F RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(ENA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-F RNA)-A13(ENA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(LNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-F RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(LNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-F RNA)-A13(LNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-F RNA)-A12(2'-OMe RNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、又は、
A11(2'-OMe RNA)-A12(2'-F RNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(RNA)-A15(2'-OMe RNA)、
である、請求項7に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。 - 式(II)において、A12がDNAであり、A14が2’-O,4’-C-架橋化修飾ヌクレオシドである、請求項6に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- 式(II)において、A11-A12-A13-A14-A15が以下のいずれか;
A11(2'-F RNA)-A12(DNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(ENA)-A15(2'-OMe RNA)、
A11(2'-OMe RNA)-A12(DNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(ENA)-A15(2'-OMe RNA)、A11(2'-F RNA)-A12(DNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(LNA)-A15(2'-OMe RNA)、又は、
A11(2'-OMe RNA)-A12(DNA)-A13(2'-OMe RNA)-A14(LNA)-A15(2'-OMe RNA)、
である、請求項9に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。 - 式(II)において、A2、A6及びA16が2’-F RNAである、請求項1~10のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- 式(II)において、更に、A8、A9及びA10からなる群から選択される1又は2個のヌクレオシドが2’-F RNAであり、A1、A3~A5、A7、A17~A19及びAaのヌクレオシドが2’-OMe RNAである、請求項11に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- 式(II)において、A2、A6、A8、A10及びA16が2’-F RNAであり、A1、A3~A5、A7、A9、A17~A19及びAaのヌクレオシドが2’-OMe RNAである、請求項12に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- 式(I)において、S11、S12、S13及びS15が2’-F RNAである請求項1~13のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- 式(I)において、S2~S10、S14、S16~S19及びSaが2’-OMe RNAである請求項14のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- 式(II)においてRNAが採用される場合、当該RNAとその3’側に隣接するヌクレオシドとの間の結合がホスホロチオエート結合であることを特徴とする、請求項1~15のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- 前記オリゴヌクレオチドの5’末端及び3’末端から2~5ヌクレオチドにおいて、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合であることを特徴とする、請求項1~16のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- SO3、SO5、AO5及びAO3のヌクレオシド数が0~2である、請求項1~17のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- SO3のヌクレオシド数が0である、請求項18に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- SO3、SO5及びAO5のヌクレオシド数が0であり、AO3のヌクレオシド数が2である、請求項19に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- オリゴヌクレオチドの5’末端のヌクレオシドの5’位及び/又は3’末端のヌクレオシドの3’位もしくは3’末端のヌクレオシドが3’-修飾ヌクレオシドである場合はその2’位、の化学修飾が、目的組織への輸送用ユニットである、請求項1~20のいずれか一つに記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- 目的組織への輸送用ユニットが、GalNAcユニット又は脂肪酸ユニットである、請求項21に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
- GalNAcユニットが、
で表されるユニットであることを特徴とする、請求項22に記載のオリゴヌクレオチド又はその薬学上許容される塩。
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