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WO2021230286A1 - Ａｔａｘｉｎ ３発現を調節するための化合物、方法及び医薬組成物 - Google Patents

Ａｔａｘｉｎ ３発現を調節するための化合物、方法及び医薬組成物 Download PDF

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Publication number
WO2021230286A1
WO2021230286A1 PCT/JP2021/018040 JP2021018040W WO2021230286A1 WO 2021230286 A1 WO2021230286 A1 WO 2021230286A1 JP 2021018040 W JP2021018040 W JP 2021018040W WO 2021230286 A1 WO2021230286 A1 WO 2021230286A1
Authority
WO
WIPO (PCT)
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seq
sequence
modified
modified oligonucleotide
sequence listing
Prior art date
Application number
PCT/JP2021/018040
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
浩昭 澤本
拓也 肥後
俊平 村田
友 荒木
Original Assignee
田辺三菱製薬株式会社
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 田辺三菱製薬株式会社 filed Critical 田辺三菱製薬株式会社
Priority to US17/998,463 priority Critical patent/US20230227824A1/en
Priority to JP2022522177A priority patent/JPWO2021230286A1/ja
Priority to EP21805226.4A priority patent/EP4151237A4/en
Priority to CN202180034948.7A priority patent/CN115667513A/zh
Publication of WO2021230286A1 publication Critical patent/WO2021230286A1/ja

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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
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    • A—HUMAN NECESSITIES
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    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/28—Drugs for disorders of the nervous system for treating neurodegenerative disorders of the central nervous system, e.g. nootropic agents, cognition enhancers, drugs for treating Alzheimer's disease or other forms of dementia
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
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    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
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    • C12N2310/315—Phosphorothioates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
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    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/341—Gapmers, i.e. of the type ===---===

Definitions

  • the present invention relates to a compound for reducing at least one of the pre-mRNA level, mRNA level and protein level of Ataxin 3 (ATXN3) in an animal, a method using the compound, and a pharmaceutical composition containing the compound. ..
  • the methods of the invention are useful for treating, preventing, or delaying progression of ATXN3-related diseases, such as spinocerebellar degeneration type 3 (SCA3, Machado-Joseph disease, also referred to as MJD).
  • SCA3 spinocerebellar degeneration type 3
  • MJD Machado-Joseph disease
  • Spinocerebellar degeneration type 3 is one of the most common autosomal dominant hereditary spinocerebellar degeneration types. This disease develops at an average age of 36 years, and initially, nystagmus, increased deep tendon reflex, articulation disorder, etc. appear. After that, the condition gradually worsens, and symptoms such as difficulty walking, dysphagia, eye paralysis, and compound eyes appear, and it is said that he will die in about 20 years due to aspiration pneumonia, a fall accident, and the like. There is no curative treatment to control the progression of the condition, only symptomatic treatment for motor dysfunction, extrapyramidal tract disorders, painful muscle cramps and depression, and fatigue, and rehabilitation treatment to control the progression of the condition. be.
  • Non-Patent Document 1 Takayama et al., Nature Genetics, 1993, 4,300-304.
  • the novel gene ATXN3 or MJD1 was found to have CAG repeat elongation and was identified as the responsible gene (Non-Patent Document 2 Kawaguchi et al., Nature Genetics, 1994, 8, 221-228.).
  • CAG repeat elongation is 14 to 37 in normal alleles, whereas it is 61 to 84 in extended alleles (Non-Patent Document 3 Takayama et al., Neurology, 1997, 49, 604-606), and CAG repeat elongation and onset age. Has been reported to have a negative correlation (Non-Patent Document 2, Kawaguchi et al., Nature Genetics, 1994, 8, 221-228).
  • CAG repeat elongation is the result of various pathological hypotheses such as RNA toxicity of itself or mitochondrial damage due to its translation product polyglutamine, transcriptional abnormalities, calcium homeostasis abnormalities, autophagy abnormalities, axonal transport abnormalities, etc. (non-patented) Document 4 M. M. Evers et al., Molecular Neurobiology, 2014, 49, 1513-1531), which is thought to cause motor dysfunction following cerebral purkine cell dysfunction and shedding.
  • Antisense oligonucleotides are being clinically applied one after another as an effective means for regulating the expression of certain gene products. In recent years, it has been clarified that it shows a very excellent effect on central genetic diseases such as spinraza (Non-Patent Document 5 Artsma-Rus, A. Nucleic Acid Ther. 2017, 27, 67). ing. Antisense oligonucleotides may therefore prove to be useful in several therapeutic, diagnostic, and research applications for regulating ATXN3 mRNA.
  • Patent Document 7 WO2020 / 172559
  • a genetically modified animal model spikenocerebellar degeneration type 3 animal model
  • Non-Patent Document 6 Hayley S. McLoughlin et al., Anals of Neurology). , 2018, 84, 64-77
  • the medicinal dose at this time was 700 ⁇ g per mouse, which could not be said to have sufficient medicinal potential for clinical application.
  • antisense oligonucleotides have been vigorously developed for the radical treatment of spinocerebellar degeneration type 3, they have not been sufficiently effective.
  • An object of the present invention is to provide compounds, methods, and pharmaceutical compositions for inhibiting ATXN3-expression and / or for treating, preventing, delaying, or ameliorating ATXN3-related diseases. be.
  • the present inventors have conducted diligent studies and found a modified oligonucleotide that strongly inhibits ATXN3 expression, and have completed the present invention.
  • a modified oligonucleotide having an activity of inhibiting the expression of Ataxin 3 is: 1) TCGGGTAAGTAGATTTTC (complementary sequence of 2159 to 2176 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 239 of the sequence listing) 2) GAAGTATCTGTAGGCCTA (complementary sequence of 2513 to 2530 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 240 of the sequence listing) 3) GGACTGTATAGGAGATTA (complementary sequence of 2646 to 2663 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 241 of the sequence listing) 4) GGTTATAGGATGCAGGTA (complementary sequence of 5844 to 5861 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 242 of the sequence listing) 5) AGGTTATAGGATGCAGGT (complementary sequence of 5844 to 5861 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 242 of the sequence listing) 5) AGGTTATAGGATGCAGGT (complementary
  • the modified sugar is selected from the group consisting of bicyclic sugars, sugars modified with 2'-MOE (2'-O-methoxyethyl), and sugars modified with 2'-OMe, [3]. Modified oligonucleotides.
  • Bicyclic sugars are selected from the sugar moieties of LNA, GuNA, ALNA [Ms], ALNA [mU], ALNA [ipU], ALNA [Oxz], or ALNA [Trz], [4].
  • Modified oligonucleotide [6] The modified oligonucleotide according to any one of [1] to [5], wherein at least one nucleoside constituting the modified oligonucleotide contains a modified nucleobase.
  • the modified oligonucleotide of [6] wherein the modified nucleobase is 5-methylcytosine.
  • the modified oligonucleotide according to any one of [1] to [7], wherein at least one nucleoside-linked bond constituting the modified oligonucleotide is a modified nucleoside-modified bond.
  • the modified oligonucleotide is 1) Gap segment, 2) Includes 5'wing segment and 3) 3'wing segment, The gap segment is positioned between the 5'wing segment and the 3'wing segment.
  • modified oligonucleotide according to any one of [1] to [9], wherein the nucleoside constituting the 5'wing segment and the 3'wing segment contains a modified sugar.
  • a modified oligonucleotide consisting of 12 to 24 residues having an activity of inhibiting ATXN3 expression, wherein the nucleic acid base sequence of the modified oligonucleotide is at least in the equal length portion of the nucleic acid base sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing.
  • At least one of the nucleic acids constituting the oligonucleotide having 85% complementarity is selected from the sugar moiety of ALNA [Ms], ALNA [mU], ALNA [ipU], ALNA [Oxz], or ALNA [Trz].
  • a pharmaceutical composition comprising the modified oligonucleotide of any one of [1] to [11], or a pharmaceutically acceptable salt thereof, and a pharmaceutically acceptable carrier.
  • the pharmaceutical composition of [13], wherein the ATXN3-related disease is a neurodegenerative disease.
  • Treatment, prevention or delay of progression of ATXN3-related disease in a subject characterized in that an effective amount of any of the modified oligonucleotides of [1] to [13] is administered to the subject in need thereof. Method for conversion.
  • a drug effective for preventing or treating an ATXN3-related disease for example, spinocerebellar degeneration type 3 can be improved and the disease is provided. Since the modified oligonucleotide of the present invention has excellent activity of inhibiting ATXN3 expression and has few side effects such as toxicity, it is excellent as an active ingredient of a prophylactic or therapeutic agent for ATXN3-related diseases.
  • Nucleobase means a heterocyclic moiety that can be paired with the base of another nucleic acid.
  • Nucleobase sequence means a continuous sequence of nucleobases constituting the oligonucleotide of the present invention.
  • Nucleoside means a molecule in which a sugar and a nucleobase are linked. In certain embodiments, the nucleoside is linked to a phosphate group.
  • Nucleotide means a molecule in which a phosphate group is bonded to the sugar portion of a nucleoside.
  • the naturally occurring nucleotide has a sugar moiety of ribose or deoxyribose, which is covalently bonded by a phosphodiester bond via a phosphate group.
  • Oligomer compound or "oligomer” means a polymer of linked monomer subunits that can hybridize to at least one region of a nucleic acid molecule.
  • Oligonucleotide means a polymer of nucleosides in which each nucleoside and the bonds between each nucleoside are linked independently of each other.
  • Nucleoside bond refers to a chemical bond between nucleosides.
  • Naturally occurring nucleoside bond means a 3'-5'phosphodiester bond.
  • Modified nucleoside bond refers to a substitution or arbitrary change from a naturally occurring nucleoside bond (ie, a phosphodiester nucleoside bond). For example, there are, but are not limited to, phosphorothioate nucleoside linkages.
  • Phosphodiester bond between nucleosides means a bond between nucleosides in which the phosphodiester bond is modified by replacing one of the non-crosslinked oxygen atoms with a sulfur atom.
  • the phosphorothioate bond is an example of the modified nucleoside-linked bond.
  • Modified base refers to any nucleobase other than adenine, cytosine, guanine, thymidine or uracil. For example, there is, but is not limited to, 5-methylcytosine.
  • Unmodified nucleobase means the purine bases adenine (A) and guanine (G), as well as the pyrimidine bases thymine (T), cytosine (C) and uracil (U).
  • Modified oligonucleotide means an oligonucleotide containing at least one of the modified nucleosides and / or the linkage between the modified nucleosides.
  • Salt is a general term for compounds in which one or more dissociable hydrogen ions contained in an acid are replaced with cations such as metal ions and ammonium ions, and the salt of the modified oligonucleotide is phosphorothioate.
  • a salt eg, sodium salt, magnesium salt
  • an inorganic ion eg, sodium ion, magnesium ion
  • a functional group eg, amino group
  • “Sugar” or “sugar moiety” means a natural sugar moiety or a modified sugar moiety.
  • Modified sugar refers to a substitution or change from a natural sugar.
  • Examples of the modified sugar include a substituted sugar moiety and a bicyclic sugar.
  • Substituted sugar moiety means furanosyl other than natural sugar in RNA or DNA.
  • Bicyclic sugar means a furanosyl ring modified by cross-linking two different carbon atoms present on the same ring.
  • Bicyclic nucleic acid refers to a nucleoside or nucleotide in which the furanose portion of the nucleoside or nucleotide comprises a "bicyclic sugar”.
  • Single-stranded oligonucleotide means an oligonucleotide that does not hybridize with the complementary strand.
  • ATXN3 means a nucleic acid or protein also called Ataxin 3.
  • ATXN3 may include, for example, various splicing variants transcribed from the ATXN3 gene, single nucleotide polymorphisms (SNPs) or CAG repeat extensions.
  • “Complementary” means the ability of the first nucleic acid to form a pair between the nucleobases of the second nucleic acid.
  • adenine is complementary to thymidine or uracil.
  • cytosine is complementary to guanine.
  • 5-methylcytosine is complementary to guanine.
  • “Completely complementary (also referred to as complementarity)” or “100% complementary (also referred to as complementary)” means that all of each nucleobase in the nucleic acid base sequence of the first nucleic acid is the second of the second nucleic acid. Means having a complementary nucleobase in the nucleobase sequence of.
  • the first nucleic acid is a modified oligonucleotide and the target nucleic acid is a second nucleic acid.
  • mismatch or “non-complementary nucleobase” refers to the case where the nucleobase of the first nucleic acid cannot be paired with the corresponding nucleobase of the second or target nucleobase.
  • Target nucleic acid refers to nucleic acids that can be targeted by modified oligonucleotides.
  • the target nucleic acid comprises a region of ATXN3 mRNA or ATXN3 pre-mRNA.
  • Microtif means a combination of chemically heterogeneous regions in a modified oligonucleotide.
  • Directly adjacent means that there is no intervening element between directly adjacent elements.
  • a “pharmaceutically acceptable salt” is a physiologically and pharmaceutically acceptable salt of a modified oligonucleotide of the invention, i.e., which retains the desired biological activity of the modified oligonucleotide and imparts an undesired toxic effect to it. Means no salt.
  • administering means giving the drug to an animal, including, but not limited to, administration by a medical professional or family member and self-administration.
  • “Improvement” refers to reducing at least one indicator, sign or symptom of a related disease, disorder or condition.
  • the severity of the indicator can be determined by subjective or objective measures known to those of skill in the art.
  • Animal refers to humans, or non-human animals including, but not limited to, mice, rats, rabbits, dogs, cats, pigs, and, but not limited to, non-human primates including monkeys and chimpanzees. Point to.
  • Effective amount means the amount of the modified oligonucleotide of the invention that is sufficient to achieve the desired physiological outcome in an individual in need of the drug. Effective amounts vary among individuals depending on the health and physical condition of the individual being treated, the taxon of the individual being treated, the formulation of the composition, the assessment of the individual's medical condition and other relevant factors. obtain.
  • “Individual” means a human or non-human animal selected for treatment or therapy.
  • Treatment reduces, eliminates, or slows the progression of a disease, disorder or unfavorable health condition, or one or more symptoms associated with the disease, disorder or unfavorable health condition. Or, it means partially eliminating or eradicating one or more causes of the disease, disorder, or unfavorable health condition itself.
  • Certain specific embodiments shown below are not limited to these, but provide a compound for inhibiting the expression of ATXN3, a method using the compound, and a pharmaceutical composition containing the compound.
  • Modified oligonucleotide The modified oligonucleotide of the present invention (hereinafter, may be referred to as "the compound of the present invention” or “the modified oligonucleotide of the present invention”) is an antisense oligonucleotide of ATXN3 having an activity of inhibiting ATXN3 expression.
  • Inhibition of ATXN3 expression (level) in the present invention means at least one of the pre-mRNA level transcribed from the ATXN3 gene, the pre-mRNA spliced mRNA level, and the ATXN3 protein level translated from the mRNA. It means to suppress.
  • the ATXN3 pre-mRNA may contain CAG repeat elongation found in patients with SNP and / or spinocerebellar degeneration type 3, eg, NC_0014.9: c92106621-92058552 Homo sapiens chromosome 14, GRCh38.
  • the one shown by the sequence (SEQ ID NO: 1 in the sequence listing) described in p13 Primary Assembury can be mentioned.
  • the ATXN3 mRNA may contain at least one of the CAG repeat elongations found in patients with variants, SNPs and spinocerebellar degeneration type 3, eg, the sequence described in GenBank Accession No. NM_004993.5.
  • the one shown by (SEQ ID NO: 2 in the sequence listing) can be mentioned.
  • the base sequence of DNA is shown in SEQ ID NOs: 1 and 2
  • T is read as U in the case of an RNA sequence.
  • the degree of inhibition of ATXN3 expression possessed by the compound of the present invention is reduced as compared with the case where at least one of the pre-mRNA level, the mRNA level and the protein level of ATXN3 is not administered with the compound, resulting in ATXN3-related diseases. Any degree may be used as long as the prevention and / or improvement of the accompanying symptoms is observed. Specifically, for example, in the method for measuring in vitro ATXN3 expression described later, after contacting the compound of the present invention with cells, the compound is contacted with the cells.
  • the ATXN3 expression level is at least 70% or less, preferably 50% or less, more preferably 40% or less, still more preferably 30% or less, and particularly preferably 20% or less, as compared with the case of non-contact or contact with a negative control substance. Is used.
  • the compound of the present invention is a modified oligonucleotide consisting of 12 to 24 residues, preferably 16 to 18 residues, more preferably 18 residues having an activity of inhibiting ATXN3 expression, and is the same as SEQ ID NO: 1 in the sequence listing. From the 5'end of the nucleic acid base sequence, positions 256 to 273, 404 to 427, 541 to 558, 647 to 665, 697 to 716, 767 to 784, 2043 to 2066, 2092 to 2109, 2159 to 2159.
  • ATXN3 complementary nucleic acid base sequence a nucleic acid base sequence complementary to the equal length portion of the above. It may be that one.
  • the ATXN3 complementary nucleobase sequence is preferably 8 to 18 consecutive nucleobase sequences, and more preferably 16, 17 or 18 consecutive nucleobase sequences.
  • the ATXN3 complementary nucleobase sequence includes positions 1512 to 1536, positions 1568 to 1583, positions 3931-1946, positions 5668 to 5683, and positions 7817 to 7832 from the 5'end of the nucleic acid base sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing. , 9925 to 9940, 10409 to 10424, 10556 to 10571, 10584 to 10599, 11002 to 11017, 11617 to 11632, 12076 to 12091, 14074 to 14089, 14213 to 14228, 1621-1226.
  • the modified oligonucleotide of the present invention has a total length of 12 to 24 residues, preferably 16 to 18 residues, more preferably 18 residues in addition to the above ATXN3 complementary nucleobase sequence, and the same thereof. If the full-length nucleobase sequence has at least 85% complementarity to the equal-length portion of the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing, it has an additional sequence on its 5'end and / or 3'end. You may. Furthermore, the addition sequence may be any as long as the modified oligonucleotide of the present invention has an activity of inhibiting ATXN3 expression.
  • the full-length nucleobase sequence of the modified oligonucleotide has at least 85% complementarity to the equilength portion of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing, with the complementarity preferably 90%, more preferably 95%. More preferably, it is 100%.
  • the equal-length portion is the nucleic acid base sequence of the modified oligonucleotide of the present invention and the nucleic acid base sequence of ATXN3 pre-mRNA or mRNA, and is aligned using software such as BLAST and Genetyx software (GENETYX CORPORATION). In particular, it means a portion detected as a portion having homology.
  • the nucleobase sequence of the oligonucleotide of the present invention is completely complementary to the equal length portion of the ATXN3 pre-mRNA or the nucleobase sequence of the mRNA, but it has one or more mismatched nucleobases. It may be used, and those having a complementarity of 85% or more, 90% or more, preferably 95% or more are used.
  • the mismatched nucleobase may be continuous or may be interspersed with an ATXN3 complementary nucleobase sequence.
  • the percent complementarity of the antisense oligonucleotide of the present invention with ATXN3 pre-mRNA or mRNA is described, for example, in BLAST programs (basic local alignment sequences) and PowerBLAST programs (Altschul et al., J. Mol.) Known in the art. Biol., 1990, 215, 403 410; Zhang and Madden, Genome Res., 1997, 7, 649, 656), can be determined conventionally by using Genetyx software (GENETYX CORPORATION).
  • Percentage homology, sequence identity or complementarity can be determined, for example, by the Gap Program (WisconsinSequence Analysis Package, Version 8 for Unix, Genetics Computer Group, UniversityResearchAman.Park, Madison). It can be determined using the default setting using the algorithm of 1981, 2, 482, 489), Genetyx software (GENETYX CORPORATION).
  • Gap Program WidesinSequence Analysis Package, Version 8 for Unix, Genetics Computer Group, UniversityResearchAman.Park, Madison. It can be determined using the default setting using the algorithm of 1981, 2, 482, 489), Genetyx software (GENETYX CORPORATION).
  • the modified oligonucleotide has 90% complementarity when 18 of the 20 nucleobases of the modified oligonucleotide are complementary and hybridize to the equal length portion of the ATXN3 pre-mRNA.
  • the method for verifying the activity of the compound of the present invention may be any method as long as it can be verified that the compound of the present invention inhibits ATXN3 expression. Specifically, for example, an in vitro ATXN3 expression measuring method described later may be used. Used.
  • modified oligonucleotides of the present invention thus selected include positions 256 to 273, positions 404 to 421, positions 405 to 422, positions 407 to 424, and positions 408 to the 5'end of the nucleic acid base sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing.
  • the full-length nucleobase sequence of the modified oligonucleotide has 100% complementarity to the equal-length portion of the nucleobase sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing, the 5'end side and / or the 3'end thereof. It may have an additional sequence of 1 or 2 residues on the side.
  • the modified oligonucleotide was added to SH-SY5Y cells by the gymnosis method so as to have a final concentration of 3 ⁇ M, and the ATXN3 mRNA level was reduced to 70% or less as compared with the case where the modified oligonucleotide was not contacted.
  • the nucleic acid base sequence of the modified oligonucleotide that inhibits include positions 698 to 715, 699 to 716, 2043 to 2060, 2046 to 2063, and 2047 from the 5'end of the nucleic acid base sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing.
  • TCGGGTAAGTAGATTTTC (complementary sequence of 2159-2176 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 239 of the sequence listing), GAAGTATCTGTAGGCCTA (complementary sequence of 2513 to 2530 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 240 of the sequence listing), GGACTGTATAGGAGATTA (complementary sequence of 2646 to 2663 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 241 of the sequence listing), GGTTATAGGATGCAGGTA (Complementary sequence of 5844 to 5861 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 242 of the sequence listing), AGGTTATAGGATGCAGGT (complementary sequence of 5845 to 5862 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 243 of the sequence listing), GAAGCTAAGTAGGTGACT (complementary sequence of 15115 to 15132
  • TCGGGTAAGTAGATTTTC (complementary sequence of 2159-2176 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 239 of the sequence listing), AGGTTATAGGATGCAGGT (complementary sequence of 5845 to 5862 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 243 of the sequence listing), GAAGCTAAGTAGGTGACT (complementary sequence of 15115 to 15132 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 244 of the sequence listing), GTCATCCCTATGTCTTAT (complementary sequence of 36607 to 36624 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 259 of the sequence listing), GTCATATGGTCAGGGTAT (complementary sequence of 40453 to 40470 of SEQ ID NO: 1) (SEQ ID NO: 260 in the sequence listing), TGTCATATGGTCAGGGTA (complementary sequence of 40454 to
  • GTCATATGGTCAGGGTAT Complementary sequence of 40453 to 40470 of SEQ ID NO: 1 (SEQ ID NO: 260 of the sequence listing)
  • SEQ ID NO: 260 of the sequence listing The nucleic acid base sequence described in the above, or a continuous 17-base nucleic acid base sequence contained in the nucleic acid base sequence can be mentioned.
  • one or more cytosins may be 5-methylcytosine, which is a modified nucleic acid base described later, and specifically, for example, SEQ ID NO: 23, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 131, SEQ ID NO: Examples thereof include the sequences shown in 148, SEQ ID NO: 149, SEQ ID NO: 150 or SEQ ID NO: 151, preferably the sequences shown in SEQ ID NO: 148.
  • the 16-base nucleic acid base sequence of the modified oligonucleotide of the present invention includes, for example, SEQ ID NO: 264, SEQ ID NO: 179, SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 266, SEQ ID NO: 192, SEQ ID NO: 267, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 204, SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 214, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271, SEQ ID NO: 228 or SEQ ID NO: 230, preferably SEQ ID NO: 265, SEQ ID NO: 268, SEQ ID NO: 204, Examples thereof include the sequences shown in SEQ ID NO: 269, SEQ ID NO: 214, SEQ ID NO: 220, SEQ ID NO: 270, SEQ ID NO: 271 or SEQ ID NO: 230.
  • one or more cytosins may be 5-methylcytosine, which is a modified nucleic acid base described later, and specifically, for example, SEQ ID NO: 168, SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 187, SEQ ID NO: 194, SEQ ID NO: Examples thereof include the sequences shown in 203, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 224, or SEQ ID NO: 225, preferably the sequences shown in SEQ ID NO: 184, SEQ ID NO: 203, SEQ ID NO: 208, SEQ ID NO: 224 or SEQ ID NO: 225.
  • the modified oligonucleotide of the present invention may be a double-stranded modified oligonucleotide, but a single-stranded modified oligonucleotide is preferably used.
  • modified sugar As the modified oligonucleotide of the present invention, one in which at least one nucleoside constituting the oligonucleotide contains a modified sugar is preferably used.
  • the modified sugar means a modified sugar moiety, and a modified oligonucleotide containing one or more of the modified sugars has advantageous features such as enhanced nuclease stability and increased binding affinity.
  • At least one of the modified sugars is preferably selected from the group consisting of bicyclic sugars, 2'-MOE modified sugars, and 2'-OMe modified sugars.
  • bicyclic sugars include sugar moieties of LNA, GuNA, ALNA [Ms], ALNA [mU], ALNA [ipU], ALNA [Oxz], or ALNA [Trz], as shown below.
  • ALNA [Ms] sugar moiety is preferably used.
  • substituted sugar moieties are, but are not limited to, 5'-vinyl, 5'-methyl (R or S), 4'-S, 2'-F, 2'-OCH 3 (2'-OMe). , 2'-OCH 2 CH 3 , 2'-OCH 2 CH 2 F and 2'-O (CH 2 ) 2 OCH 3 (2'-MOE) nucleosides containing substituents.
  • Substituents at the 2'position are allyl, amino, azide, thio, O-allyl , OC 1 to C 10 alkyl, OCF 3 , OCH 2 F, O (CH 2 ) 2 SCH 3 , O (CH 2 ).
  • each R l , R m and R n are independently H or substituted or unsubstituted C 1 to C 10 alkyl). You can choose from.
  • nucleosides with bicyclic sugars include, but are not limited to, nucleosides that include crosslinks between the 4'and 2'ribosyl ring atoms.
  • the oligonucleotides provided herein comprise a nucleoside having one or more bicyclic sugars whose cross-linking comprises one of the following formulas: 4'-(CH 2). ) -O-2'(LNA);4'-(CH 2 ) -S-2';4'-(CH 2 ) 2- O-2'(ENA);4'-CH (CH 3 ) -O -2'and 4'-CH (CH 2 OCH 3 ) -O-2' (and their analogs, see US Pat. No.
  • Each of the aforementioned bicyclic sugar-bearing nucleosides can be prepared with one or more optically active sugar configurations, including, for example, ⁇ -L-ribofuranose and ⁇ -D-ribofuranose.
  • GuNA of nucleosides with bicyclic sugars has been reported as artificial nucleosides with guanidine crosslinks (see WO2014 / 046212, WO2017 / 047816).
  • the bicyclic nucleosides ALNA [Ms], ALNA [mU], ALNA [ipU], ALNA [Trz] and ALNA [Oxz] have been reported as crosslinked artificial nucleic acid amino LNA (ALNA) (international application PCT / JP2019). / 044182 (WO2020 / 100826)).
  • a bridge containing two linking groups is included, in which X is 0, 1 or 2; n is 1, 2, 3 or 4; each Ra and R b are independently H, a protective group.
  • Hydroxyl C 1 to C 12 alkyl, substituted C 1 to C 12 alkyl, C 2 to C 12 alkenyl, substituted C 2 to C 12 alkenyl, C 2 to C 12 alkynyl, substituted C 2 to C 12 alkynyl, aromatic ring.
  • the cross-linking of the bicyclic sugar moiety is-[C (R a ) (R b )] n -,-[C (R a ) (R b )] n- O-, -C. (R a R b ) -N (R) -O- or C (R a R b ) -ON (R)-.
  • the crosslinks are 4'-CH 2 -2', 4'-(CH 2 ) 2 -2', 4'-(CH 2 ) 3 -2', 4'-CH 2- O.
  • the nucleoside having a bicyclic sugar in this case is also referred to as LNA
  • the cross-linking of the bicyclic sugar moiety is 4'-CH 2- O-2'-(LNA) or CH 2- N (R)-, where each R is independent.
  • -CO-NH-CH (CH 3 ) 2 (ALNA [ipU]), 5-methyl-1,2,4-oxadiazole-3-yl (ALNA [Oxz])
  • International application PCT / JP2019 / 044182 (WO2020 / 100826)).
  • nucleosides with bicyclic sugars are further defined by isomer configuration.
  • the nucleoside containing the 4'-(CH 2 ) -O-2'crosslink may be present in the ⁇ -L-configuration or the ⁇ -D-configuration.
  • nucleosides with bicyclic sugars include, but are not limited to, ⁇ -L-4'-(CH 2 ). -O-2', ⁇ -D-4'-CH 2- O-2', 4'-(CH 2 ) 2- O-2', 4'-CH 2 -ON (R) -2' 4, 4'-CH 2- N (R) -O-2', 4'-CH (CH 3 ) -O-2', 4'-CH 2- S-2', 4'-CH 2 -CH ( CH 3) -2 'and 4' - (CH 2) 3 -2 '( wherein, R, H, a protecting group, C 1 ⁇ C 12 alkyl, or C 1 in ⁇ C 12 alkyl which may be substituted Urea or guanidine).
  • nucleosides with bicyclic sugars have the following formula: During the ceremony Bx is the heterocyclic base portion;
  • the T a and T b are each independently a hydrogen atom, a hydroxyl protecting group, optionally phosphate groups be substituted, a covalent bond etc. to phosphorus moiety or support;
  • Z a is C 1 to C 6 alkyl, C 2 to C 6 alkenyl, C 2 to C 6 alkynyl, substituted C 1 to C 6 alkyl, substituted C 2 to C 6 alkenyl, substituted C 2 to C 6 alkynyl, acyl. , Substituted acyl, substituted amide, thiol or substituted thiol.
  • NJ c J d in the formula, each J c , J d and J e are independently H, C 1 to C 6 alkyl or substituted C 1 to C 6 alkyl, and X is O or NJ c ). It is mono- or poly-substituted with independently selected substituents.
  • nucleosides with bicyclic sugars have the following formula: During the ceremony Bx is the heterocyclic base portion;
  • the T a and T b are each independently a hydrogen atom, a hydroxyl protecting group, optionally phosphate groups be substituted, a covalent bond etc. to phosphorus moiety or support;
  • nucleosides with bicyclic sugars have the following formula: During the ceremony Bx is the heterocyclic base portion;
  • the T a and T b are each independently a hydrogen atom, a hydroxyl protecting group, optionally phosphate groups be substituted, a covalent bond etc. to phosphorus moiety or support;
  • R d is C 1 to C 6 alkyl, substituted C 1 to C 6 alkyl, C 2 to C 6 alkenyl, substituted C 2 to C 6 alkenyl, C 2 to C 6 alkynyl or substituted C 2 to C 6 alkynyl.
  • Each q a , q b , q c and q d are independently H, halogen, C 1 to C 6 alkyl, substituted C 1 to C 6 alkyl, C 2 to C 6 alkenyl, substituted C 2 to C 6 alkenyl, C 2 to C 6 alkynyl or substituted C 2 to C 6 alkynyl, C 1 to C 6 alkoxyl, substituted C 1 to C 6 alkoxyl, acyl, substituted acyl, C 1 to C 6 aminoalkyl or substituted C 1 to C 6 amino It is alkyl.
  • nucleosides with bicyclic sugars have the following formula: During the ceremony Bx is the heterocyclic base portion;
  • the T a and T b are each independently a hydrogen atom, a hydroxyl protecting group, optionally phosphate groups be substituted, a covalent bond etc. to phosphorus moiety or support;
  • q a , q b , q e and q f are independently hydrogen, halogen, C 1 to C 12 alkyl, substituted C 1 to C 12 alkyl, C 2 to C 12 alkoxy, substituted C 2 to C 12 alkoxy, respectively.
  • adenine, cytosine, guanine, 5-methyl-cytosine, thymine and uracil bicyclic nucleosides are oligomerizations and nucleic acids thereof. It is described together with the recognition characteristics (Koshkin etal., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630).
  • the synthesis of nucleosides with bicyclic sugars is also described in WO98 / 39352 and WO99 / 14226.
  • 2'-amino-LNA bicyclic nucleosides in this case also referred to as ALNA
  • ALNA a conformational oligonucleotide analog with constitutive limitations
  • nucleosides with bicyclic sugars have the following formula: During the ceremony Bx is the heterocyclic base portion;
  • the T a and T b are each independently a hydrogen atom, a hydroxyl protecting group, optionally phosphate groups be substituted, a covalent bond etc. to phosphorus moiety or support;
  • Each q i , q j , q k and q l are independently H, halogen, C 1 to C 12 alkyl, substituted C 1 to C 12 alkyl, C 2 to C 12 alkoxy, substituted C 2 to C 12 alkoxy, respectively.
  • nucleosides having bicyclic sugars include, but are not limited to, compounds as shown below.
  • Bx is the base moiety
  • R represents independently a protecting group, C 1 ⁇ C 6 alkyl or C 1 ⁇ C 6 alkoxy.
  • nucleosides having bicyclic sugars have the following general formula: [During the ceremony, B is a nucleobase; Each of X and Y can independently include a nucleoside represented by a hydrogen atom, a protecting group for a hydroxyl group, a phosphate group which may be substituted, a covalent bond to a phosphorus moiety or a support, etc.] (WO98 / See 39352). A typical specific example is the following formula: The nucleotides indicated by can be mentioned.
  • nucleosides including bicyclics, have the following general formula: [In the formula, B is a nucleic acid base, and R 3 , R 4 , R 5 and R 6 are each independently a hydrogen atom or a C 1-6 alkyl group which may be substituted with one or more substituents. Yes, R 7 and R 8 are independently hydrogen atoms, hydroxyl group protective groups, optionally substituted phosphate groups, covalent bonds to phosphorus moieties or supports, etc., and R 9 , R 10 , R 11 is a C 1-6 alkyl group or amino group protective group, each of which may be independently substituted with a hydrogen atom or one or more substituents. ] It is a nucleoside represented by (see, for example, International Publication No. 2014/046212, International Publication No. 2017/047816).
  • nucleosides comprising bicyclic sugars are represented by the following general formula (I):
  • B is a nucleobase
  • R 1 , R 2 , R 3 and R 4 are C 1-6 alkyl groups, each independently of which may be substituted with a hydrogen atom or one or more substituents
  • R 5 and R 6 are each independently a hydrogen atom, a protecting group for a hydroxyl group, a phosphate group which may be substituted, a covalent bond to a phosphorus moiety or a support, and the like
  • m is 1 or 2
  • X is the following formula (II-1): It is a group indicated by; Symbols described in formula (II-1): Indicates the binding point with the 2'-amino group;
  • One of R 7 and R 8 is a hydrogen atom and the other is a methyl group which may be substituted with one or more substituents.
  • a typical embodiment is a nucleoside in which one of R 7 and R 8 is a hydrogen atom and the other is an unsubstituted methyl group.
  • a nucleoside comprising a bicyclic sugar is a nucleoside having the general formula (I) as defined in ALNA [mU] above, wherein the nucleoside comprises the above formula.
  • X is the following formula (II-1): It is a group indicated by; One of R 7 and R 8 is a hydrogen atom and the other is an isopropyl group which may be substituted with one or more substituents (see, for example, international application PCT / JP2019 / 0441182 (WO2020 / 100826)). ..
  • a typical embodiment is a nucleoside in which one of R 7 and R 8 is a hydrogen atom and the other is an unsubstituted isopropyl group.
  • the nucleoside comprising the bicyclic formula is a nucleoside having the above general formula (I), wherein X is the following formula (II-2) :. It is a group indicated by; A is a triazolyl group which may be substituted with one or more substituents (see, for example, international application PCT / JP2019 / 044182 (WO2020 / 100826)).
  • a typical embodiment of ALNA [Trz] is a triazolyl group in which A may have one or more methyl groups, more specifically 1,5-dimethyl-1,2,4-. It is a nucleoside, which is a triazole-3-yl group.
  • X is the following formula (II-2): It is a group indicated by; A is an oxadiazolyl group which may be substituted with one or more substituents (see, for example, international application PCT / JP2019 / 044182 (WO2020 / 100826)).
  • a typical embodiment is an oxadiazolyl group in which A may have one or more methyl groups, more specifically a 5-methyl-1,2,4-oxadiazole-3-yl group. Is a nucleoside or nucleotide.
  • the nucleoside comprising the bicyclic formula is a nucleoside having the above general formula (I), wherein X is the following general formula (II-3) :. It is a group indicated by; M is a sulfonyl group substituted with a methyl group, which may be substituted with one or more substituents (see, eg, International Application PCT / JP2019 / 044182 (WO2020 / 100826)).
  • a typical embodiment of ALNA [Ms] is a nucleoside, which is a sulfonyl group in which M is substituted with an unsubstituted methyl group.
  • the nucleoside is modified by replacing the ribosyl ring with a sugar substitute.
  • modifications include, but are not limited to, substitute ring systems (sometimes referred to as DNA analogs), such as morpholino rings, cyclohexenyl rings, cyclohexyl rings or tetrahydropyranyl rings, such as:
  • substitute ring systems sometimes referred to as DNA analogs
  • morpholino rings such as morpholino rings, cyclohexenyl rings, cyclohexyl rings or tetrahydropyranyl rings
  • morpholino rings such as morpholino rings, cyclohexenyl rings, cyclohexyl rings or tetrahydropyranyl rings, such as:
  • sugar substitutes having the following formula are selected: During the ceremony Bx is the heterocyclic base portion; T 3 and T 4 independently link a tetrahydropyran nucleoside analog to an oligomer compound, or one of T 3 and T 4 links a tetrahydropyran nucleoside analog to an oligomer compound or oligonucleotide.
  • q 1 , q 2 , q 3 , q 4 , q 5 , q 6 and q 7 are independently H, C 1 to C 6 alkyl, substituted C 1 to C 6 alkyl, C 2 to C 6 alkenyl, substituted, respectively.
  • q 1 , q 2 , q 3 , q 4 , q 5 , q 6 and q 7 are H, respectively. In certain embodiments, at least one of q 1 , q 2 , q 3 , q 4 , q 5 , q 6 and q 7 is other than H. In certain embodiments, at least one of q 1 , q 2 , q 3 , q 4 , q 5 , q 6 and q 7 is methyl. In certain embodiments, a THP nucleoside in which one of R 1 and R 2 is F is provided. In certain embodiments, R 1 is fluoro and R 2 is H; R 1 is methoxy and R 2 is H, and R 1 is methoxyethoxy and R 2 is. It is H.
  • Such sugar substitutes include, but are not limited to, those referred to in the art as hexitol nucleic acid (HNA), altritor nucleic acid (ANA) and mannitol nucleic acid (MNA) (Leumann, C.J. , Bioorg. & Med. Chem., 2002, 10, 841-854).
  • HNA hexitol nucleic acid
  • ANA altritor nucleic acid
  • MNA mannitol nucleic acid
  • the sugar substitute comprises a ring having more than 5 atoms and more than 1 heteroatom.
  • a morpholino sugar moiety has been reported (eg, Braach et al., Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510; and US Pat. No. 5,698,685; 5,166. , 315; 5,185,444; and 5,034,506).
  • morpholino means a sugar substitute having the following structure:
  • the morpholino can be modified, for example, by adding or modifying various substituents from the morpholino structure described above.
  • Such sugar substitutes are referred to herein as "modified morpholino".
  • the oligonucleotide comprises one or more modified cyclohexenyl nucleosides, which are nucleosides having a 6-membered cyclohexenyl in place of the pentoflanosyl residue of the naturally occurring nucleoside.
  • Modified cyclohexenyl nucleosides include, but are not limited to, those described in the art (eg, WO2010 / 036696, published April 10, 2010, Robeyns et al., Concerning sharing. J. Am. Chem.
  • Certain modified cyclohexenyl nucleosides have the following formula: During the ceremony Bx is the heterocyclic base portion; T 3 and T 4 are each independently nucleoside interlinking groups that link the cyclohexenyl nucleoside analog to the oligonucleotide compound, or one of T 3 and T 4 ligates the tetrahydropyran nucleoside analog to the oligonucleotide compound.
  • T 3 and T 4 is an H, hydroxyl protecting group, linked conjugate group or 5'-or 3'-terminal group; q 1 , q 2 , q 3 , q 4 , q 5 , q 6 , q 7 , q 8 and q 9 are independently H, C 1 to C 6 alkyl, substituted C 1 to C 6 alkyl, C 2 respectively. ⁇ C 6 alkenyl, substituted C 2 to C 6 alkenyl, C 2 to C 6 alkynyl, substituted C 2 to C 6 alkynyl or other sugar substituents.
  • nucleobase moiety (natural, modified or a combination thereof) is maintained during hybridization with a suitable nucleic acid target.
  • modified sugars are the sugar moieties of ALNA [Ms], ALNA [mU], ALNA [ipU], ALNA [Oxz], or ALNA [Trz], of which the sugar moiety of ALNA [Ms] is more preferred.
  • modified sugars are novel, and the modified oligonucleotide for ATXN3 containing these modified sugars may hybridize to any region of ATXN3. That is, in certain embodiments, the modified oligonucleotide of the present invention is a modified oligonucleotide consisting of 12 to 24 residues, preferably 16, 17 or 18 bases, having an activity of inhibiting ATXN3 expression, as described above.
  • the nucleic acid base sequence of the modified oligonucleotide has at least 85%, at least 90%, or at least 95% complementarity to the equal length portion of the nucleic acid base sequence of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing, and is a nucleoside constituting the oligonucleotide. At least one of them is a modified oligonucleotide having a modified sugar selected from the sugar moiety of ALNA [Ms], ALNA [mU], ALNA [ipU], ALNA [Oxz], or ALNA [Trz].
  • Modifications or substitutions of nucleobases are structurally distinguishable from naturally occurring or synthetic unmodified nucleobases and are more functionally compatible with such unmodified nucleobases. Both natural and modified nucleobases can be involved in hydrogen bonding. Such nucleobase modifications can impart nuclease stability, binding affinity or some other beneficial biological properties to the oligonucleotide compound.
  • the modified oligonucleotide of the present invention one in which at least one nucleoside constituting the oligonucleotide contains a modified nucleobase is preferably used.
  • the modified nucleobase include 5-methylcytosine (5-me-C).
  • 5-Methylcytosine means cytosine modified with a methyl group attached to the 5-position. Certain nucleobase substitutions, including 5-methylcytosine substitutions, are particularly useful for increasing the binding affinity of oligonucleotides. For example, 5-methylcytosine substitution has been shown to increase double-stranded stability of nucleic acids by 0.6-1.2 ° C (Sanghvi, YS, CRC, ST and Lebleu, B., eds., Antisense Research and Applications, CRC Press, Boca Raton, 1993, pp. 276-278).
  • nucleic acid bases include 5-hydroxymethylcytosine, xanthin, hypoxanthin, 2-aminoadenine, 6-methyl and other alkyl derivatives of adenine and guanine, 2-propyl and other alkyl derivatives of adenine and guanine, 2 -Thiouracil, 2-thiothymine and 2-thiocitosine, 5-halouracil and cytosine, 5-propynyl (-C ⁇ C-CH 3 ) uracil and citocin and other alkynyl derivatives of pyrimidine base, 6-azouracil, cytosine and chimin, 5 -Uracil (Pseudouracil), 4-thiouracil, 8-halo, 8-amino, 8-thiol, 8-thioalkyl, 8-hydroxyl and other 8-substituted adenines and guanines, 5-halos, especially 5-bromo, 5 -Trifluoromethyl
  • the heterocyclic base moiety can also include those in which the purine or pyrimidine base is replaced with another heterocycle, such as 7-deaza-adenine, 7-deazaguanosine, 2-aminopyridine and 2-pyridone.
  • Nucleobases particularly useful for increasing the binding affinity of modified oligonucleotides include 5-substituted pyrimidines, 6-azapyrimidines and N-2, N-6 and O-6 substituted purines (2-aminopropyladenine, Includes 5-propynyluracil and 5-propynylcytosine).
  • modified nucleoside bond between RNA and DNA is a 3'-5'phosphodiester bond.
  • modified, i.e., non-naturally occurring, oligonucleotides with nucleoside linkages include, for example, enhanced cell uptake, enhanced affinity for target nucleic acids and increased stability in the presence of nucleases. Often preferred over naturally occurring oligonucleotides with internucleoside linkages because of their properties.
  • Oligonucleotides with modified nucleoside bonds include nucleoside bonds that retain a phosphorus atom and nucleoside bonds that do not have a phosphorus atom.
  • Representative phosphorus-containing nucleoside bonds include, but are not limited to, one or more of phosphodiesters, phosphotriesters, methylphosphonates, phosphoramidates and phosphorothioates. Methods for preparing phosphorus-containing and non-phosphorus-containing bonds are well known.
  • the nucleoside linkage of the modified oligonucleotide of the present invention may be any as long as the modified oligonucleotide has an activity of inhibiting ATXN3 expression, but one in which at least one nucleoside linkage contains a phosphorothioate nucleoside linkage is preferably used.
  • all nucleoside linkages may be phosphorothioate nucleoside linkages.
  • the modified oligonucleotides of the invention obtain increased resistance to degradation by nucleases, increased cell uptake, increased binding affinity for target nucleic acids and / or increased ATXN3 expression inhibitory activity. Can have a gapmer motif.
  • Gapmer means a modified oligonucleotide in which an internal region with multiple nucleosides that assists cleavage by RNase H is located between external regions with one or more nucleosides.
  • the inner region can be referred to as a "gap segment” and the outer region can be referred to as a "wing segment”.
  • a wing segment existing on the 5'side of the gap segment can be called a "5'wing segment”
  • a wing segment existing on the 3'side of the gap segment can be called a "3'wing segment”.
  • the sugar portion of each wing's nucleoside approaching the gap is the sugar portion of the adjacent gap nucleoside.
  • the sugar moiety of the most 3'side nucleoside of the 5'wing and the most 5'side nucleoside of the 3'wing are modified sugars, and the sugar moiety of the adjacent gap nucleoside is the sugar moiety of natural DNA. ..
  • the wing-gap-wing motif can be described as "XYZ", where "X” represents the sequence length of the 5'wing region, "Y” represents the sequence length of the gap region, and "Z”. "Represents the array length of the 3'wing region.
  • the modified oligonucleotide of the invention comprises 1) a gap segment, 2) a 5'wing segment and 3) a 3'wing segment, wherein the gap segment comprises the 5'wing segment and the 3'. It is a modified oligonucleotide positioned between the wing segment and containing the modified sugar in the nucleosides of the 5'wing segment and the 3'wing segment.
  • the sugar moiety of the nucleoside in the gap segment may be only the sugar moiety of natural DNA or may contain one or more modified sugars.
  • the modified sugar is preferably selected from the group consisting of bicyclic sugars, sugars modified with 2'-MOE, and sugars modified with 2'-OMe, and the bicyclic sugars include, for example, At least one sugar moiety of LNA, GuNA, ALNA [Ms], ALNA [mU], ALNA [ipU], ALNA [Oxz] and ALNA [Trz] can be mentioned.
  • the number of nucleosides contained in the gap segment, 5'wing segment and 3'wing segment may be anything as long as it has ATXN3 expression inhibitory activity, and for example, 12 gap segments, 3 5'wing segments and the like. There are 3 3'wing segments, or 10 gap segments, 3 5'wing segments and 3 3'wing segments, 12 gap segments, 3 5'wing segments and 3 'Three wing segments are more preferred.
  • cap structures are included at the ends of one or both of the modified oligonucleotides to enhance properties such as nuclease stability.
  • Suitable cap structures include 4', 5'-methylene nucleotides, 1- ( ⁇ -D-erythrofuranosyl) nucleotides, 4'-thionucleotides, carbocyclic nucleotides, 1,5-anhydrohexitol.
  • the method for evaluating the compound of the present invention may be any method as long as the compound of the present invention can verify the inhibition of the expression level of ATXN3 in cells, and specifically, for example, in vitro and in vivo shown below.
  • the ATXN3 expression measurement method is used.
  • the in vitro ATXN3 expression measuring method for evaluating the inhibition of ATXN3 expression in cells of the compound of the present invention can be any cell expressing ATXN3 (hereinafter, may be referred to as "ATXN3 expressing cell”).
  • ATXN3 expressing cell can also be used, and examples thereof include SH-SY5Y cells (human neuroblastoma cells, for example, ATCC CRL-2266).
  • the method of contacting the compound of the present invention with ATXN3-expressing cells is also not particularly limited, but a method generally used for introducing nucleic acid into cells can be mentioned. Specifically, for example, a lipofection method, an electroporation method, a Gymnosis method, or the like. In the Gymnosis method, the compound of the present invention can be treated, for example, at a final concentration of 0.3, 1, 3, 10 or 30 ⁇ M.
  • Intracellular mRNA levels of ATXN3 can be assayed by a variety of methods known in the art. Specific examples include Northern blot analysis, competitive polymerase chain reaction (PCR), quantitative real-time PCR, and the like.
  • PCR competitive polymerase chain reaction
  • Intracellular protein levels of ATXN3 can be assayed by a variety of methods known in the art. Specifically, for example, immunoprecipitation, Western blotting (immun blot), enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), quantitative protein assay, protein activity assay (eg, caspase activity assay), immunohistochemistry. , Immunocytochemistry or fluorescence activated cell sorting (FACS) and the like.
  • the in vivo ATXN3 expression measuring method for evaluating the inhibition of ATXN3 expression in cells of the present invention is, for example, to administer the compound of the present invention to an animal expressing ATXN3 and to express the above-mentioned ATXN3 in the cells. There is a method of performing level analysis.
  • the compound of the present invention can be synthesized by the phosphoramidite method using a commercially available amidite for DNA / RNA synthesis (including LNA).
  • the artificial nucleic acids ALNA [Ms], ALNA [mU], ALNA [ipU], ALNA [Oxz] and ALNA [Trz] synthesize oligomers by the method described in the international application PCT / JP2019 / 0441182 (WO2020 / 100826). (See the reference example below).
  • the compound of the present invention can treat ATXN3-related diseases by inhibiting the expression of ATXN3.
  • the ATXN3-related disease is not particularly limited as long as it is a disease caused by an abnormality of ATXN3, and examples thereof include neurodegenerative diseases.
  • the compound of the present invention can ameliorate one or more symptoms of neurodegenerative diseases, and the symptoms include, for example, ataxia, neuropathy and aggregate formation. Examples of neurodegenerative diseases include spinocerebellar degeneration type 3.
  • RNA toxicity or mitochondrial disorder due to its translation product polyglutamine, transcription abnormality, calcium constancy abnormality, autophagy abnormality, axonal transport abnormality, etc. Is caused, and cerebellar Purkinje cells are dysfunctional and shed, followed by motor dysfunction. It is known that motor dysfunction is suppressed by administration of antisense oligonucleotide of ATXN3, which causes inhibition of expression of ATXN3 mRNA, to spinocerebellar degeneration type 3 model animals expressing CAG repeat elongation of ATXN3. Therefore, the modified oligonucleotide of the present invention that strongly inhibits ATXN3 expression can treat, prevent, or delay the progression of spinocerebellar degeneration type 3.
  • the present invention comprises modified oligonucleotides for use in the treatment, prevention or delay of progression of ATXN3-related diseases; pharmaceutical compositions for use in the treatment, prevention or delay of progression of ATXN3-related diseases; Use of modified oligonucleotides for treatment, prevention or delay of progression; Use of modified oligonucleotides in the manufacture of drugs for the treatment, prevention or delay of progression of ATXN3-related diseases; for treatment, prevention or delay of progression of ATXN3-related diseases Provided are modified oligonucleotides for use in the manufacture of a pharmaceutical; a method for treating, preventing or delaying progression of an ATXN3-related disease, comprising administering an effective amount of the modified oligonucleotide to a subject in need thereof.
  • composition containing a modified oligonucleotide The compound of the present invention, or a pharmaceutically acceptable salt thereof, and a pharmaceutically acceptable carrier thereof can be used as a pharmaceutical composition.
  • modified oligonucleotides can be mixed with one or more pharmaceutically acceptable active or inert substances.
  • the composition and method for formulating the pharmaceutical composition can be selected according to several criteria including the route of administration, the degree of disease or the dose to be administered. For example, as a composition for parenteral administration, for example, an injection is used.
  • Such injections are prepared according to methods known per se, for example, by dissolving, suspending or emulsifying the modified oligonucleotide in a sterile aqueous or oily solution usually used for injections.
  • Aqueous solutions for injection include, for example, phosphate buffered saline, saline, isotonic solutions containing glucose and other adjuvants, and suitable solubilizing agents such as alcohol (eg, ethanol). , Polyalcohol (eg, propylene glycol, polyethylene glycol), nonionic surfactant [eg, Polysolvate 80, HCO-50 (polyoxyethylene (50mo1) conducted of hydrogenated castor oil)] and the like.
  • a buffering agent, a pH adjusting agent, an tonicity agent, a soothing agent, a preservative, a stabilizer and the like can be included.
  • Such compositions are produced by known methods.
  • Parenteral administration includes, but is not limited to, subcutaneous administration, intravenous administration, intramuscular administration, intraarterial administration, intraperitoneal administration, intracranial administration, intrathecal administration, and intracerebroventricular administration. Administration may be continuous or long-term, short-term or intermittent.
  • compositions for oral administration include solid or liquid dosage forms, specifically tablets (including sugar-coated tablets and film-coated tablets), pills, granules, powders, capsules (including soft capsules), and syrups. Agents, emulsions, suspending agents and the like.
  • Such compositions are produced by known methods and contain carriers, diluents or excipients commonly used in the pharmaceutical field.
  • carriers, diluents or excipients commonly used in the pharmaceutical field.
  • the carrier and excipient for tablets for example, lactose, starch, sucrose, magnesium stearate and the like are used, and as the diluent, for example, physiological saline is used.
  • the pharmaceutical composition of the present invention can contain a reagent for introducing nucleic acid.
  • nucleic acid introduction reagent include liposomes, lipofectin, lipofectamine, DOGS (transferase), DOPE, DOTAP, DDAB, DHDEAB, HDEAB, polybrene, and cationic lipids such as poly (ethyleneimine) (PEI).
  • PES poly (ethyleneimine)
  • the modified oligonucleotide contained in the pharmaceutical composition of the present invention is biotin, a protein having affinity for in vivo molecules such as fatty acids, cholesterol, sugars, phospholipids, and antibodies at one or more locations.
  • Phenazine vitamins, peptides, folates, phenanthridines, anthraquinones, acridines, fluorescein, rhodamine, coumarins and dyes conjugated with conjugate groups are preferably used.
  • the conjugated modified oligonucleotide is produced by a known method, and one that enhances its activity, tissue distribution, cell distribution or cell uptake can be selected.
  • the conjugate group is directly attached to the modified oligonucleotide, or the conjugate group is amino, hydroxyl, carboxylic acid, thiol, unsaturated moiety (eg, double or triple bond), 8-amino-3. , 6-Dioxaoctanoic acid (ADO), succinimidyl 4- (N-maleimidemethyl) cyclohexane-1-carboxylate (SMCC), 6-aminohexanoic acid (AHEX or AHA), azide, substituted C1-C10 alkyl, substituted Alternatively, it is bound to the modified oligonucleotide by a linking moiety selected from the unsubstituted C2-C10 alkenyl and the substituted or unsubstituted C2-C10 alkynyl.
  • ADO 6-Dioxaoctanoic acid
  • SCC succinimidyl 4- (N-maleimidemethyl) cyclohexane-1-carboxy
  • the substituent is selected from amino, alkoxy, carboxy, azide, benzyl, phenyl, nitro, thiol, thioalkoxy, halogen, alkyl, aryl, alkenyl and alkynyl.
  • the administration form of the pharmaceutical composition of the present invention may be systemic administration such as oral administration, intravenous administration or intraarterial administration, or local administration such as intracranial administration, intrathecal administration or intracerebral administration. There may be, but it is not limited to these.
  • the dose of the pharmaceutical composition of the present invention may be appropriately changed depending on the purpose of use, the severity of the disease, the age, body weight, sex, etc. of the patient, but usually, the amount of the modified oligonucleotide is 0.1 ng to 100 mg / kg / kg /. It can be selected from the range of 1 ng to 10 mg / kg / day, preferably 1 ng to 10 mg / kg / day.
  • Example 1 Synthesis and purification of modified oligonucleotide compounds for in vitro evaluation Using ALNA [Ms] amidite (synthesized by the method described in international application PCT / JP2019 / 0441826 (WO2020 / 100826)), the modified oligonucleotide compound was subjected to DNA / RNA oligonucleotide automatic synthesizer nS-8II (stock). Synthesized using CPG or a polystyrene carrier on a 0.5 ⁇ mol scale by GeneDesign, Inc.).
  • the synthesized modified oligonucleotide compounds are shown in Table 1 (18-residue modified oligonucleotide) and Table 2 (16-residue modified oligonucleotide).
  • Table 1 18-residue modified oligonucleotide
  • Table 2 16-residue modified oligonucleotide.
  • each nucleotide is represented by three letters.
  • the nucleotide at the 3'end is represented by two letters because there is no nucleoside bond.
  • the target start position indicates the ATXN3 pre-mRNA5'target site of the modified oligonucleotide (the position of SEQ ID NO: 1 in the sequence table corresponding to the 3'end of the modified oligonucleotide), and the target end position is the ATXN3 pre of the modified oligonucleotide.
  • -MRNA3'target site position of SEQ ID NO: 1 in the sequence listing corresponding to the 5'end of the modified oligonucleotide is shown.
  • Example 3 In vitro ATXN3 expression ratio test (Gymnosis method) At the same time as seeding 3 ⁇ 10 3 SH-SY5Y cells per well, the synthesized modified oligonucleotide was added at a final concentration of 3 or 10 ⁇ mol / L and incubated in a CO 2 incubator for 3 days. After extracting RNA from the cells, reverse transcription reaction was performed to obtain cDNA. Using the obtained cDNA, quantitative real-time PCR with primers and probes for ATXN3 or GAPDH was performed. ATXN3 mRNA levels were obtained by calculating the volume ratio to GAPDH.
  • the ATXN3 expression ratio was calculated as a percentage of the ATXN3 mRNA level in cells supplemented with the modified oligonucleotide compared to the ATXN3 mRNA level in cells not supplemented with the modified oligonucleotide.
  • the results of the ATXN3 expression ratio when the modified oligonucleotide of 18 residues were added at a final concentration of 3 ⁇ mol / L are shown in Tables 1 and 3, and the ATXN3 expression was expressed when the modified oligonucleotide of 16 residues was added at a final concentration of 10 ⁇ mol / L.
  • the results of the ratio are shown in Table 2.
  • Example 4 In vitro ATXN3 expression ratio test (Gymnosis method) 650528 which is the representative modified oligonucleotide described in WO2018 / 089805, 1100673 which is the representative modified oligonucleotide described in WO2019 / 217708, or 1287095 which is the representative modified oligonucleotide described in WO2020 / 1725559 was synthesized.
  • the target start positions and target end positions of these modified oligonucleotides are as shown in Table 4.
  • the synthesis was carried out using 2'-MOE (2'-O-methoxyethyl) amidite in the same manner as in Example 1 and Example 2.
  • the synthesized modified oligonucleotide was added at a final concentration of 3 or 10 ⁇ mol / L and incubated in a CO 2 incubator for 3 days. After extracting RNA from the cells, reverse transcription reaction was performed to obtain cDNA. Using the obtained cDNA, quantitative real-time PCR with primers and probes for ATXN3 or GAPDH was performed. ATXN3 mRNA levels were obtained by calculating the volume ratio to GAPDH.
  • the ATXN3 expression ratio was calculated as a percentage of the ATXN3 mRNA level in cells supplemented with the modified oligonucleotide compared to the ATXN3 mRNA level in cells not supplemented with the modified oligonucleotide. The results are shown in Table 4.

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Abstract

Ａｔａｘｉｎ　３発現を阻害する活性を有し、下記いずれかの核酸塩基配列又は該核酸塩基配列に含まれる連続した１７塩基の核酸塩基配列を有する、修飾オリゴヌクレオチド。１）TCGGGTAAGTAGATTTTC（配列番号２３９） ２）GAAGTATCTGTAGGCCTA（配列番号２４０） ３）GGACTGTATAGGAGATTA（配列番号２４１） ４）GGTTATAGGATGCAGGTA（配列番号２４２） ５）AGGTTATAGGATGCAGGT（配列番号２４３） ６）GAAGCTAAGTAGGTGACT（配列番号２４４） ７）TGAAGCTAAGTAGGTGAC（配列番号２４５） ８）CCTAGTCACTTTGATAGA（配列番号２４６） ９）GGAACATCTTGAGTAGGT（配列番号２４７） １０）GGTGTTCAGGGTAGATGT（配列番号２４８） １１）GGATACTCTGCCCTGTTC（配列番号２４９） １２）GGTGTCAAACGTGTGGTT（配列番号２５０） １３）CCGTGTGCTAGTATTTGT（配列番号２５１） １４）TAGTAGAGTTTTGCTTGG（配列番号２５２） １５）GATGTAGTAGAGTTTTGC（配列番号２５３） １６）TGATGTAGTAGAGTTTTG（配列番号２５４） １７）CTGATGTAGTAGAGTTTT（配列番号２５５） １９）GCAAGTTGGTTTGTGGTA（配列番号２５６） ２０）TCTAGGCAATTGTGGTGG（配列番号２５７） ２１）GTAACTCTGCACTTCCCA（配列番号２５８） ２２）GTCATCCCTATGTCTTAT（配列番号２５９） ２３）GTCATATGGTCAGGGTAT（配列番号２６０） ２４）TGTCATATGGTCAGGGTA（配列番号２６１） ２５）ATGTCATATGGTCAGGGT（配列番号２６２）及び ２６）TATGTCATATGGTCAGGG（配列番号２６３）

Description

Ａｔａｘｉｎ　３発現を調節するための化合物、方法及び医薬組成物
　本発明は、動物におけるＡｔａｘｉｎ　３（ＡＴＸＮ３）のｐｒｅ　ｍＲＮＡレベル、ｍＲＮＡレベル及びタンパク質レベルのうち、少なくとも１つを低減するための化合物、該化合物を用いる方法、及び該化合物を含有する医薬組成物に関する。本発明の方法は、ＡＴＸＮ３関連疾患、例えば、脊髄小脳変性症３型（ＳＣＡ３、マシャド・ジョセフ病、ＭＪＤとも称される）を治療し、予防し、又は進行遅延化するために有用である。
　脊髄小脳変性症３型は、最も頻度の高い常染色体優性遺伝性脊髄小脳変性症の一型である。本疾患は、平均３６歳で発症し、初期は眼振、深部腱反射の亢進、構音障害等が現れる。その後、病態は進行性に悪化し、歩行困難、嚥下障害、眼麻痺、複眼等の症状が現れ、誤嚥性肺炎や、転倒事故等により２０年程度で死亡するとされる。病態進行を抑制する根治治療は存在せず、運動機能障害、錐体外路障害、有痛性筋痙攣やうつ、倦怠感に対する対症療法と、病態進行を抑制するためのリハビリテーション治療が存在するのみである。
　脊髄小脳変性症３型の責任遺伝子は、１９９３年に１４ｑ２４．３－ｑ３２に連鎖していることが報告された（非特許文献１　Ｔａｋｉｙａｍａら，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，１９９３，４，３００－３０４）。次いで１９９４年に新規遺伝子ＡＴＸＮ３（又はＭＪＤ１）にＣＡＧリピート伸長を認め、責任遺伝子に同定された（非特許文献２　Ｋａｗａｇｕｃｈｉら，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，１９９４，８，２２１－２２８.）。このＣＡＧリピートは正常アレルでは１４から３７であるのに対し、伸長アレルは６１から８４であり（非特許文献３　Ｔａｋｉｙａｍａら，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，１９９７，４９，６０４－６０６）、ＣＡＧリピート伸長と発症年齢には負の相関があることが報告されている（非特許文献２　Ｋａｗａｇｕｃｈｉら，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，１９９４，８，２２１－２２８）。ＣＡＧリピート伸長は、そのもの自体のＲＮＡ毒性、もしくはその翻訳産物であるｐｏｌｙグルタミンによるミトコンドリア障害、転写異常、カルシウム恒常性異常、オートファジー異常、軸索輸送異常等、種々の病理仮説の結果（非特許文献４　Ｍ． Ｍ. Ｅｖｅｒｓら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，２０１４，４９，１５１３－１５３１）、小脳プルキンエ細胞の機能低下、脱落に次ぎ、運動機能障害を引き起こすと考えられている。
　アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ある種の遺伝子産物の発現を調節するための有効な手段として相次いで臨床応用されている。近年ではスピンラザのように、中枢性の遺伝子性疾患に対しても非常に優れた効果を示すことが明らかにされ（非特許文献５　Ａａｒｔｓｍａ－Ｒｕｓ, Ａ. Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｔｈｅｒ. ２０１７, ２７, ６７）ている。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、したがって、ＡＴＸＮ３　ｍＲＮＡを調節するための、いくつかの治療的、診断的、及び研究的適用に有用であることが判明する可能性がある。
　これまでに、アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いて脊髄小脳変性症３型に対する根本治療を開発する試みがなされてきた。ＤＥ ＫＩＭＰＥらは、ＡＴＸＮ３のコーディング領域におけるＣＡＧリピート部分を標的としたアンチセンスオリゴヌクレオチドにより、異常アレルを選択的に発現低下させることを試みた（特許文献１，ＷＯ２００８／０１８７９５，及び特許文献２，ＷＯ２００９／０９９３２６）。また、ＵＺＣＡＴＥＧＵＩらは、脊髄小脳変性症３型患者の一部に共通する一塩基多型（Ｇ９８７Ｃ）を含む領域に対して相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドを調製し、やはり異常アレル選択的な発現低下を試みた（特許文献３，ＷＯ２０１３／１３８３５３）。ＶＡＮ　ＲＯＯＮ－ＭＯＭらは、ＣＡＧリピートが存在するエクソン１０、及び９をエクソンスキップするＡＴＸＮ３ ｍＲＮＡに対して相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドを報告した（特許文献４，ＷＯ２０１５／０５３６２４）。しかしながら、これら４件の報告例はＡＴＸＮ３　ｍＲＮＡのごく限られた領域に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果を検証したのみであり、遺伝子改変動物モデル（脊髄小脳変性症３型動物モデル）での有効性の報告はなかった。近年では、アレル非選択的にＡＴＸＮ３ ｍＲＮＡ全域に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの探索が行われ、例えば、アレル非選択的にアンチセンスオリゴヌクレオチドが報告され（特許文献５，ＷＯ２０１８／０８９８０５、特許文献６，ＷＯ２０１９／２１７７０８、及び特許文献７，ＷＯ２０２０／１７２５５９）、遺伝子改変動物モデル（脊髄小脳変性症３型動物モデル）への有効性が確認された（非特許文献６、Ｈａｙｌｅｙ Ｓ. ＭｃＬｏｕｇｈｌｉｎら、Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，２０１８，８４，６４－７７）。しかしながら、この際の薬効投与量はマウス１匹あたり７００μｇと、臨床応用するには十分な薬効ポテンシャルを保持しているとは言えないものであった。以上の通り、これまで脊髄小脳変性症３型の根本治療を目指したアンチセンスオリゴヌクレオチドの開発が精力的に行われてきたものの、それらは十分な効果とは言えなかった。
ＷＯ２００８／０１８７９５ ＷＯ２００９／０９９３２６ ＷＯ２０１３／１３８３５３ ＷＯ２０１５／０５３６２４ ＷＯ２０１８／０８９８０５ ＷＯ２０１９／２１７７０８ ＷＯ２０２０／１７２５５９
Ｔａｋｉｙａｍａら，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ　１９９３，４，３００－３０４ Ｋａｗａｇｕｃｈｉら，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １９９４，８，２２１－２２８. Ｔａｋｉｙａｍａら，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ １９９７，４９，６０４－６０６ Ｍ． Ｍ. Ｅｖｅｒｓら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，２０１４，４９，１５１３－１５３１ Ａａｒｔｓｍａ－Ｒｕｓ, Ａ. Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｔｈｅｒ. ２０１７, ２７, ６７ Ｈａｙｌｅｙ Ｓ. ＭｃＬｏｕｇｈｌｉｎら、Ａｎｎａｌｓ ｏｆＮｅｕｒｏｌｏｇｙ，２０１８，８４，６４－７７
　本発明の課題は、ＡＴＸＮ３発現を阻害するための、及び／又は、ＡＴＸＮ３関連疾患を治療する、予防する、遅延させる、又は改善させるための、化合物、方法、及び医薬組成物を提供することにある。
本発明者らは鋭意検討を行い、ＡＴＸＮ３発現を強力に阻害する修飾オリゴヌクレオチドを見出し、本発明を完成させるに至った。
　本発明の要旨は以下の通りである。
[１] Ａｔａｘｉｎ　３（ＡＴＸＮ３）発現を阻害する活性を有する修飾オリゴヌクレオチドであり、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、
　１）TCGGGTAAGTAGATTTTC（配列番号１の２１５９～２１７６の相補配列）（配列表の配列番号２３９）
　２）GAAGTATCTGTAGGCCTA（配列番号１の２５１３～２５３０の相補配列）（配列表の配列番号２４０）
　３）GGACTGTATAGGAGATTA（配列番号１の２６４６～２６６３の相補配列）（配列表の配列番号２４１）
　４）GGTTATAGGATGCAGGTA（配列番号１の５８４４～５８６１の相補配列）（配列表の配列番号２４２）
５）AGGTTATAGGATGCAGGT（配列番号１の５８４５～５８６２の相補配列）（配列表の配列番号２４３）
６）GAAGCTAAGTAGGTGACT（配列番号１の１５１１５～１５１３２の相補配列）（配列表の配列番号２４４）
７）TGAAGCTAAGTAGGTGAC（配列番号１の１５１１６～１５１３３の相補配列）（配列表の配列番号２４５）
８）CCTAGTCACTTTGATAGA（配列番号１の１９１６３～１９１８０の相補配列）（配列表の配列番号２４６）
９）GGAACATCTTGAGTAGGT（配列番号１の１９７３７～１９７５４の相補配列）（配列表の配列番号２４７）
１０）GGTGTTCAGGGTAGATGT（配列番号１の２０８３５～２０８５２の相補配列）（配列表の配列番号２４８）
１１）GGATACTCTGCCCTGTTC（配列番号１の２１４８２～２１４９９の相補配列）（配列表の配列番号２４９）
１２）GGTGTCAAACGTGTGGTT（配列番号１の２２２００～２２２１７の相補配列）（配列表の配列番号２５０）
１３）CCGTGTGCTAGTATTTGT（配列番号１の２７３８９～２７４０６の相補配列）（配列表の配列番号２５１）
１４）TAGTAGAGTTTTGCTTGG（配列番号１の３１５７０～３１５８７の相補配列）（配列表の配列番号２５２）
１５）GATGTAGTAGAGTTTTGC（配列番号１の３１５７４～３１５９１の相補配列）（配列表の配列番号２５３）
１６）TGATGTAGTAGAGTTTTG（配列番号１の３１５７５～３１５９２の相補配列）（配列表の配列番号２５４）
１７）CTGATGTAGTAGAGTTTT（配列番号１の３１５７６～３１５９３の相補配列）（配列表の配列番号２５５）
１９）GCAAGTTGGTTTGTGGTA（配列番号１の３２００８～３２０２５の相補配列）（配列表の配列番号２５６）
２０）TCTAGGCAATTGTGGTGG（配列番号１の３２１２７～３２１４４の相補配列）（配列表の配列番号２５７）
２１）GTAACTCTGCACTTCCCA（配列番号１の３６４１１～３６４２８の相補配列）（配列表の配列番号２５８）
２２）GTCATCCCTATGTCTTAT（配列番号１の３６６０７～３６６２４の相補配列）（配列表の配列番号２５９）
２３）GTCATATGGTCAGGGTAT（配列番号１の４０４５３～４０４７０の相補配列）（配列表の配列番号２６０）
２４）TGTCATATGGTCAGGGTA（配列番号１の４０４５４～４０４７１の相補配列）（配列表の配列番号２６１）
２５）ATGTCATATGGTCAGGGT（配列番号１の４０４５５～４０４７２の相補配列）（配列表の配列番号２６２）及び
２６）TATGTCATATGGTCAGGG（配列番号１の４０４５６～４０４７３の相補配列）（配列表の配列番号２６３）
（なお、本明細書においては、塩基配列は５’から３’の順で記載される。）
からなる群より選択されるいずれかの核酸塩基配列又は該核酸塩基配列に含まれる連続した１７塩基の核酸塩基配列である、前記の修飾オリゴヌクレオチド。
[２]一本鎖である、[１]の修飾オリゴヌクレオチド。
[３]修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも１つのヌクレオシドが修飾糖を含む、[１]または[２]の修飾オリゴヌクレオチド。
[４]修飾糖が二環式糖、２’－ＭＯＥ（２’-O-methoxyethyl）で修飾された糖、及び２’－ＯＭｅで修飾された糖からなる群から選択される、[３]の修飾オリゴヌクレオチド。
[５]二環式糖が、ＬＮＡ、ＧｕＮＡ、ＡＬＮＡ［Ｍｓ］、ＡＬＮＡ［ｍＵ］、ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］、ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］、又はＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］の糖部分から選択される、[４]の修飾オリゴヌクレオチド。
[６]前記修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも１つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含む、[１]～[５]のいずれかの修飾オリゴヌクレオチド。
[７]修飾核酸塩基が、５－メチルシトシンである、[６]の修飾オリゴヌクレオチド。
[８]前記修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも１つのヌクレオシド間結合が修飾ヌクレオシド間結合である、[１]～[７]のいずれかの修飾オリゴヌクレオチド。
[９]修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、[８]の修飾オリゴヌクレオチド。
[１０]前記修飾オリゴヌクレオチドが、
１）ギャップセグメント、
２）５’ウイングセグメント及び
３）３’ウイングセグメント、を含み、
　前記ギャップセグメントが、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置付けられ、
前記５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントを構成するヌクレオシドが修飾糖を含むものである、[１]～[９]のいずれかの修飾オリゴヌクレオチド。
[１１]ＡＴＸＮ３発現を阻害する活性を有する、１２～２４残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が配列表の配列番号１の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも８５％相補性を有し、当該オリゴヌクレオチドを構成するヌクレオシドのうち少なくとも１つがＡＬＮＡ［Ｍｓ］、ＡＬＮＡ［ｍＵ］、ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］、ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］、又はＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］の糖部分から選択される修飾糖を有する、修飾オリゴヌクレオチド。
[１２] [１]～[１１]のいずれかの修飾オリゴヌクレオチド、又はその医薬的に許容可能な塩、及び薬学的に許容可能な担体を含む医薬組成物。
[１３]ＡＴＸＮ３関連疾患の治療、予防、又はその進行の遅延化のための、[１２]の医薬組成物。
[１４]前記ＡＴＸＮ３関連疾患が神経変性疾患である、[１３]の医薬組成物。
[１５]前記神経変性疾患が脊髄小脳変性症３型である、[１４]の医薬組成物。
[１６] [１]～[１３]のいずれかの修飾オリゴヌクレオチドの有効量をそれを必要とする対象に投与することを特徴とする、対象におけるＡＴＸＮ３関連疾患の治療、予防又はその進行の遅延化のための方法。
[１７]ＡＴＸＮ３関連疾患の治療、予防又はその進行の遅延化のための医薬の製造における、[１]～[１１]のいずれかの修飾オリゴヌクレオチドの使用。
[１８]ＡＴＸＮ３関連疾患の治療、予防又はその進行の遅延化のための、[１]～[１１]のいずれかの修飾オリゴヌクレオチド。
　本発明により、ＡＴＸＮ３関連疾患、例えば、脊髄小脳変性症３型の症状を改善することができ、当該疾患の予防や治療に有効な医薬が提供される。本発明の修飾オリゴヌクレオチドはＡＴＸＮ３発現を阻害する活性に優れ、毒性などの副作用も少ないので、ＡＴＸＮ３関連疾患の予防又は治療薬の有効成分として優れている。
　前述の概要及び以下の詳細な説明の両方とも例示的且つ説明的なものに過ぎず、請求される本発明を制限するものではないことを理解されたい。本明細書では、別段の記載がない限り、単数形の使用は複数形を含む。本明細書では、用語「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」並びに他の形態、例えば「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」及び「含まれる（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」の使用は、限定的なものではない。さらに、別段の記載がない限り、「要素」などの用語は、１つのユニットを含む要素と１つを超えるサブユニットを含む要素を包含する。
　本明細書で使用されるセクションの見出しは、構成上の目的のためだけであり、記載される主題を制限するものとして解釈されるべきでない。これらに限定されないが、特許、特許出願、記事、書籍及び論文を含めた、本出願で引用されるすべての文書又は文書の一部分は、本明細書で論じる文書の一部分に関して、及びその全体が、参照により本明細書に明確に組み込まれる。
（定義）
　具体的な定義が与えられない限り、本明細書に記載の分析化学、有機合成化学、並びに医化学及び薬化学に関連して利用される命名法、及びそれらの手順及び技法は、当技術分野で周知であり、一般に使用されるものである。標準的な技法を、本明細書中で使用する化学合成及び化学分析に使用することができる。許容される場合、本明細書の開示の全体を通して言及される、すべての特許、出願、公開出願及び他の刊行物、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）などのデータベースを通して入手可能なＧｅｎＢａｎｋ受託番号及び関連する配列情報並びに他のデータは、本明細書に論じる文書の一部分に関して、及びその全体が、参照により組み込まれる。
　また、本明細書は、電子フォーマットの配列表と共に出願するが、当該電子フォーマット中に記載する配列表の情報は、参照によりその全体が本明細書中に組み込まれる。
　別段の指示がない限り、以下の用語は以下の意味を有する。
　「核酸塩基」は、別の核酸の塩基と対形成することができる複素環部分を意味する。
　「核酸塩基配列」は、本発明のオリゴヌクレオチドを構成する、連続的な核酸塩基の順序を意味する。
　「ヌクレオシド」は、糖と核酸塩基が連結した分子を意味する。ある種の実施態様では、ヌクレオシドはリン酸基に連結している。
　「ヌクレオチド」は、ヌクレオシドの糖部分にリン酸基が結合した分子を意味する。天然に存在するヌクレオチドは糖部分がリボース又はデオキシリボースであり、リン酸基を介してホスホジエステル結合により共有結合している。
　「オリゴマー化合物」又は「オリゴマー」は、核酸分子の少なくとも一領域にハイブリダイズすることができる、連結モノマーサブユニットのポリマーを意味する。
　「オリゴヌクレオチド」は、各ヌクレオシド及び各ヌクレオシド間結合が、互いに独立して連結したヌクレオシドのポリマーを意味する。
　「ヌクレオシド間結合」は、ヌクレオシド間の化学結合を指す。
　「天然に存在するヌクレオシド間結合」は、３’－５’ホスホジエステル結合を意味する。
　「修飾ヌクレオシド間結合」は、天然に存在するヌクレオシド間結合（すなわち、ホスホジエステルヌクレオシド間結合）からの置換又は任意の変化を指す。例えば、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合があるが、これに限定されない。
　「ホスホロチオエートヌクレオシド間結合」は、非架橋酸素原子の１つを硫黄原子で置き換えることによってホスホジエステル結合が修飾される、ヌクレオシド間の結合を意味する。ホスホロチオエート結合は、当該修飾ヌクレオシド間結合の１例である。
　「修飾塩基」は、アデニン、シトシン、グアニン、チミジン又はウラシル以外の任意の核酸塩基を指す。例えば、５－メチルシトシンがあるが、これに限定されない。「非修飾核酸塩基」は、プリン塩基のアデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）、並びにピリミジン塩基のチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）及びウラシル（Ｕ）を意味する。
　「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも１つの当該修飾ヌクレオシド及び／又は当該修飾ヌクレオシド間結合を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
　「塩」とは酸に含まれている１つ以上の解離しうる水素イオンを、金属イオンやアンモニウムイオンなどの陽イオンで置換した化合物の総称であり、修飾オリゴヌクレオチドの塩としては、ホスホロチオエート、もしくはホスホジエステル上、又は修飾核酸塩基内の官能基（例えば、アミノ基）上で、無機物イオン（例えば、ナトリウムイオン、マグネシウムイオン）と形成される塩（例えば、ナトリウム塩、マグネシウム塩）を挙げることができるが、これらに限定されない。
　「糖」又は「糖部分」は、天然糖部分又は修飾糖部分を意味する。
　「修飾糖」は、天然の糖からの置換又は変化を指す。修飾糖としては、例えば、置換糖部分及び二環式糖が挙げられる。
　「置換糖部分」は、ＲＮＡ又はＤＮＡの天然糖以外のフラノシルを意味する。
　「二環式糖」は、同一環上に存在する２つの異なる炭素原子の架橋によって修飾されるフラノシル環を意味する。「二環式核酸」は、ヌクレオシド又はヌクレオチドのフラノース部分が、「二環式糖」を含む、ヌクレオシド又はヌクレオチドを指す。
　「一本鎖オリゴヌクレオチド」は、相補鎖とハイブリダイズしていないオリゴヌクレオチドを意味する。
　「ＡＴＸＮ３」は、Ａｔａｘｉｎ　３ともいわれる核酸又はタンパク質を意味する。ＡＴＸＮ３は、例えば、ＡＴＸＮ３遺伝子から転写される各種スプライシングバリアント、一塩基置換体（ＳＮＰ）又はＣＡＧリピート伸長を含むものであってもよい。
　「相補的」は、第一の核酸と第二の核酸の核酸塩基間の対形成に対する能力を意味する。ある種の実施態様では、アデニンはチミジン又はウラシルと相補的である。ある種の実施態様では、シトシンはグアニンと相補的である。ある種の実施態様では５－メチルシトシンは、グアニンと相補的である。
　「完全に相補的（相補性ともいう）」又は「１００％相補的（相補性ともいう）」は、第一の核酸の核酸塩基配列の各核酸塩基のすべてが、第二の核酸の第二の核酸塩基配列中に相補的核酸塩基を有することを意味する。ある種の実施態様では、第一の核酸は修飾オリゴヌクレオチドであり、標的核酸が第二の核酸である。
　「ミスマッチ」又は「非相補的核酸塩基」は、第一の核酸の核酸塩基が、第二の核酸又は標的核酸の対応する核酸塩基と対形成できない場合を指す。
　「標的核酸」、「標的ＲＮＡ」及び「標的ＲＮＡ転写産物」はすべて、修飾オリゴヌクレオチドが標的とすることができる核酸を指す。ある種の実施態様では、標的核酸はＡＴＸＮ３　ｍＲＮＡ又はＡＴＸＮ３　ｐｒｅ－ｍＲＮＡの領域を含む。
　「モチーフ」は、修飾オリゴヌクレオチド中の化学的に異質な領域の組み合わせを意味する。
　「直接隣接する」は、直接隣接する要素間に介在性の要素がないことを意味する。
　「医薬的に許容可能な塩」は、本発明の修飾オリゴヌクレオチドの生理学的及び医薬的に許容可能な塩、すなわち、修飾オリゴヌクレオチドの所望の生物活性を保持し、望ましくない毒性効果をそれに与えない塩を意味する。
　「投与すること」は、薬剤を動物に与えることを意味し、これらに限定されないが、例えば、医療専門家あるいは家族による投与及び自己投与が挙げられる。
　「改善」は、関連する疾患、障害又は状態の少なくとも１つの指標、徴候又は症状を減らすことを指す。指標の重度は、当業者に既知の主観的又は客観的尺度によって決定することができる。
　「動物」は、ヒト、又はこれらに限定されないが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタを含めた非ヒト動物、並びにこれらに限定されないが、サル及びチンパンジーを含めた非ヒト霊長類を指す。
　「有効量」は、薬剤を必要としている個体において所望の生理的転帰を実現するのに十分である、本発明の修飾オリゴヌクレオチドの量を意味する。有効量は、処置される個体の健康及び身体状態、処置される個体の分類群、組成物の製剤、個体の医学的状態の評価並びに他の関連する因子に応じて、個体の間で変動し得る。
　「個体」は、処置又は療法について選択されたヒト又は非ヒト動物を意味する。
　「予防する」は、数分から無期限の期間にわたって、疾患、障害もしくは好ましくない健康状態、又は当該疾患、障害もしくは好ましくない健康状態に関連する1つ以上の症状、の発症又は発生を遅延させるか又は未然に防ぐことを意味する。予防するは、疾患、障害又は好ましくない健康状態を発生する危険性を低減させることも意味する。
　「治療する」は、疾患、障害もしくは好ましくない健康状態、又は当該疾患、障害もしくは好ましくない健康状態に関連する１つ以上の症状、を軽減するか、もしくは排除するか、もしくは進行を抑制するか、又は、当該疾患、障害、もしくは好ましくない健康状態自体の１つもしくはそれ以上の原因を部分的に解消するか又は根絶することを意味する。
（具体的実施態様）
　下記に示すある種の具体的実施態様は、これらに限定するものではないが、ＡＴＸＮ３の発現を阻害するための化合物、該化合物を用いる方法、及び該化合物を含有する医薬組成物を提供する。
（１）修飾オリゴヌクレオチド
　本発明の修飾オリゴヌクレオチド（以下、「本発明化合物」又は「本発明修飾オリゴヌクレオチド」と称することがある）は、ＡＴＸＮ３発現を阻害する活性を有するＡＴＸＮ３のアンチセンスオリゴヌクレオチドである。本発明におけるＡＴＸＮ３発現（レベル）の阻害とは、ＡＴＸＮ３遺伝子から転写されたｐｒｅ－ｍＲＮＡレベル、ｐｒｅ－ｍＲＮＡからスプライシングを受けたｍＲＮＡレベル及びｍＲＮＡから翻訳されたＡＴＸＮ３タンパク質レベルのうち、少なくとも１つを抑制することを意味する。ＡＴＸＮ３　ｐｒｅ－ｍＲＮＡは、ＳＮＰ及び／又は脊髄小脳変性症３型の患者に認められるＣＡＧリピート伸長を含むものであってもよいが、例えば、ＮＣ＿００００１４．９：ｃ９２１０６６２１－９２０５８５５２　Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ　ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ　１４，　ＧＲＣｈ３８．ｐ１３　Ｐｒｉｍａｒｙ　Ａｓｓｅｍｂｌｙに記載の配列（配列表の配列番号１）で示されるものが挙げられる。ＡＴＸＮ３　ｍＲＮＡは、バリアント、ＳＮＰ及び脊髄小脳変性症３型の患者に認められるＣＡＧリピート伸長のうち、少なくとも１つを含むものであってもよいが、例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００４９９３．５に記載の配列（配列表の配列番号２）で示されるものが挙げられる。尚、配列番号１および２ではＤＮＡの塩基配列を示すが、ＲＮＡ配列の場合はＴをＵに読み替える。
　本発明化合物が有するＡＴＸＮ３発現の阻害の程度は、ＡＴＸＮ３のｐｒｅ－ｍＲＮＡレベル、ｍＲＮＡレベル及びタンパク質レベルのうち、少なくとも１つが当該化合物を投与しない場合に比べて低下し、その結果としてＡＴＸＮ３関連疾患に伴う症状の予防及び／又は改善が認められる程度であればいずれの程度でもよいが、具体的には、例えば、後述するｉｎ　ｖｉｔｒｏ　ＡＴＸＮ３発現測定方法において、本発明化合物と細胞を接触させた後、ＡＴＸＮ３発現レベルが、非接触時又は陰性コントロール物質接触時と比較して、少なくとも７０％以下、好ましくは５０％以下、より好ましくは４０％以下、さらに好ましくは３０％以下、特に好ましくは２０％以下であるものが用いられる。
　本発明化合物は、ＡＴＸＮ３発現を阻害する活性を有する、１２～２４残基、好ましくは１６～１８残基、より好ましくは１８残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、かつ配列表の配列番号１の核酸塩基配列の５’末端から２５６～２７３位、４０４～４２７位、５４１～５５８位、６４７～６６５位、６９７～７１６位、７６７～７８４位、２０４３～２０６６位、２０９２～２１０９位、２１５９～２１７７位、２５０２～２５３０位、２６４６～２６６７位、４０１１～４０２９位、４０３８～４０６３位、４２５９～４２９２位、５１７９～５１９６位、５７６２～５７７７位、５８４３～５８７０位、７２０３～７２２５位、７５３５～７５５３位、７６０２～７６１７位、７７４１～７７５８位、７７８８～７８１０位、１０２７３～１０２８８位、１０９９７～１１０１４位、１１６４２～１１６７２位、１１７３４～１１７５９位、１１７９９～１１８２５位、１２７１０～１２７２７位、１３１３６～１３１５６位、１４３２５～１４３４０位、１５１１４～１５１３９位、１５７０３～１５７２３位、１８１０８～１８１２３位、１８７４９～１８７６６位、１９０６１～１９０７８位、１９１６３～１９１８１位、１９３５５～１９３７２位、１９７３６～１９７５６位、２０８３３～２０８５４位、２１０５９～２１０７７位、２１４８２～２１５０２位、２２１０９～２２１２６位、２２１９２～２２２２０位、２２９１３～２２９３０位、２２９９８～２３０１３位、２３０４６～２３０７４位、２４６５１～２４６７０位、２６４７０～２６４８５位、２７３８８～２７４１２位、３０５５９～３０５８２位、３１５７０～３１５９５位、３１８４１～３１８５８位、３２００６～３２０２９位、３２１２７～３２１４４位、３３６３０～３３６４７位、３５７１０～３５７２９位、３６４１１～３６４４１位、３６６０７～３６６２４位、３７６９０～３７７０５位、３８５５６～３８５７６位、３８５８７～３８６２４位、４０４５２～４０４９２位、４０５３９～４０５５７位、４１２８１～４１３００位、４１３９２～４１４１０位、４２８０５～４２８２０位、４３０９１～４３１０６位又は４５８９２～４５９０９位のいずれかの等長部分に相補的な少なくとも８個の連続する核酸塩基配列（以下「ＡＴＸＮ３相補的核酸塩基配列」と称する）を含むものであればいずれのものでもよい。また、上記ＡＴＸＮ３相補的核酸塩基配列は、８～１８個の連続する核酸塩基配列であることが好ましく、さらに好ましくは１６、１７又は１８個の連続する核酸塩基配列である。
　又は、ＡＴＸＮ３相補的核酸塩基配列としては、配列表の配列番号１の核酸塩基配列の５’末端から１５１２～１５３６位、１５６８～１５８３位、３９３１～３９４６位、５６６８～５６８３位、７８１７～７８３２位、９９２５～９９４０位、１０４０９～１０４２４位、１０５５６～１０５７１位、１０５８４～１０５９９位、１１００２～１１０１７位、１１６１７～１１６３２位、１２０７６～１２０９１位、１４０７４～１４０８９位、１４２１３～１４２２８位、１６２１１～１６２２６位、１６７４０～１６７５５位、１８０１５～１８０３０位、１８０３３～１８０４８位、２０８３２～２０８４７位、２０８４８～２０８６３位、２２１１６～２２１３１位、２２１９４～２２２２５位、２７０６２～２７０７７位、２７２７１～２７２８６位、２９３９３～２９４０８位、３０５３５～３０５５０位、３０５５６～３０５７１位、３０９３０～３０９４５位、３３２３７～３３２５２位、３４９００～３４９１５位、３５８４１～３５８５６位、４１２９４～４１３０９位、４２１１０～４２１２５位、４３１８２～４３１９７位、４３２０９～４３２３３位、４３９３３～４３９４８位又は４４０５０～４４０６５位のいずれかの等長部分に相補的な１６個又はそれ以上の連続する核酸塩基配列であってもよい。
　ここで、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは、上記ＡＴＸＮ３相補的核酸塩基配列以外にその全長が１２～２４残基、好ましくは１６～１８残基、より好ましくは１８残基となる範囲で、またその全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号１の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも８５％相補性を有するものであれば、その５’末端側及び／又は３’末端側に付加配列を有してもよい。さらに、付加配列は、本発明の修飾オリゴヌクレオチドがＡＴＸＮ３発現を阻害する活性を有するものであれば、いかなるものでもよい。
　前記修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列は配列表の配列番号１の等長部分に少なくとも８５％の相補性を有するものであるが、その相補性は好ましくは９０％、より好ましくは９５％、さらに好ましくは１００％であるものである。ここで、等長部分とは、本発明の修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列と、ＡＴＸＮ３　ｐｒｅ－ｍＲＮＡ又はｍＲＮＡの核酸塩基配列とで例えばＢＬＡＳＴ、Ｇｅｎｅｔｙｘソフトウェア（ＧＥＮＥＴＹＸ　ＣＯＲＰＯＲＡＴＩＯＮ）等のソフトウェアを用いてアラインした際に、相同性を有する部分として検出される部分を意味する。つまり、本発明のオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、ＡＴＸＮ３　ｐｒｅ－ｍＲＮＡ又はｍＲＮＡの核酸塩基配列の等長部分に対して完全相補的であることが望ましいが、１つ又は複数のミスマッチ核酸塩基を有していてもよく、８５％以上、９０％以上、好ましくは９５％以上の相補性を有するものが用いられる。
　上記ミスマッチ核酸塩基は、連続していてもよく、ＡＴＸＮ３相補的核酸塩基配列が挟まれていてもよい。ＡＴＸＮ３　ｐｒｅ－ｍＲＮＡ又はｍＲＮＡとの本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドの相補性パーセントは、例えば、当技術分野で既知のＢＬＡＳＴプログラム（ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈｔｏｏｌｓ）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３ ４１０；Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９ ６５６）、Ｇｅｎｅｔｙｘソフトウェア（ＧＥＮＥＴＹＸ　ＣＯＲＰＯＲＡＴＩＯＮ）を使用して、慣例的に決定することができる。相同性パーセント、配列同一性又は相補性は、例えば、ギャッププログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＲｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）によって、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄＷａｔｅｒｍａｎ（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２ ４８９）のアルゴリズムを使用するデフォルト設定、Ｇｅｎｅｔｙｘソフトウェア（ＧＥＮＥＴＹＸ　ＣＯＲＰＯＲＡＴＩＯＮ）を使用して決定することができる。例えば、修飾オリゴヌクレオチドの２０個の核酸塩基のうちの１８個が、ＡＴＸＮ３　ｐｒｅ－ｍＲＮＡの等長部分に相補的でありハイブリダイズする時、修飾オリゴヌクレオチドは、９０パーセントの相補性を有する。
　本発明化合物の活性の検証方法としては、本発明化合物がＡＴＸＮ３発現を阻害することを検証できる方法であればいかなるものでもよいが、具体的には、例えば、後述するｉｎ　ｖｉｔｒｏ　ＡＴＸＮ３発現測定方法が用いられる。
　かくして選択された本発明の修飾オリゴヌクレオチドとしては、配列表の配列番号１の核酸塩基配列の５’末端から２５６～２７３位、４０４～４２１位、４０５～４２２位、４０７～４２４位、４０８～４２５位、４０９～４２６位、４１０～４２７位、５４１～５５８位、６４７～６６４位、６４８～６６５位、６９７～７１４位、６９８～７１５位、６９９～７１６位、７６７～７８４位、１５１２～１５２７位、１５２１～１５３６位、１５６８～１５８３位、２０４３～２０６０位、２０４５～２０６２位、２０４６～２０６３位、２０４７～２０６４位、２０４８～２０６５位、２０５１～２０６６位、２０９２～２１０９位、２１５９～２１７６位、２１６２～２１７７位、２５０２～２５１９位、２５１３～２５３０位、２６４６～２６６３位、２６５０～２６６７位、３９３１～３９４６位、４０１１～４０２８位、４０１２～４０２９位、４０３８～４０５３位、４０４１～４０５８位、４０４６～４０６３位、４２５９～４２７４位、４２６７～４２８４位、４２６８～４２８５位、４２６９～４２８６位、４２７７～４２９２位、５１７９～５１９６位、５６６８～５６８３位、５７６２～５７７７位、５８４３～５８６０位、５８４４～５８６１位、５８４５～５８６２位、５８５３～５８７０位、７２０３～７２２０位、７２０８～７２２５位、７５３５～７５５２位、７５３６～７５５３位、７６０２～７６１７位、７７４１～７７５８位、７７８８～７８０５位、７７９２～７８０９位、７７９３～７８１０位、７８１７～７８３２位、９９２５～９９４０位、１０２７３～１０２８８位、１０４０９～１０４２４位、１０５５６～１０５７１位、１０５８４～１０５９９位、１０９９７～１１０１４位、１１００２～１１０１７位、１１６１７～１１６３２位、１１６４２～１１６５９位、１１６４３～１１６６０位、１１６４４～１１６６１位、１１６４５～１１６６２位、１１６４６～１１６６３位、１１６４８～１１６６５位、１１６４９～１１６６６位、１１６５０～１１６６５位、１１６５０～１１６６７位、１１６５１～１１６６８位、１１６５４～１１６６９位、１１６５５～１１６７２位、１１７３４～１１７５１位、１１７３５～１１７５２位、１１７３８～１１７５３位、１１７４１～１１７５８位、１１７４４～１１７５９位、１１７９９～１１８１６位、１１８００～１１８１７位、１１８１０～１１８２５位、１２０７６～１２０９１位、１２７１０～１２７２７位、１３１３６～１３１５３位、１３１４１～１３１５６位、１４０７４～１４０８９位、１４２１３～１４２２８位、１４３２５～１４３４０位、１５１１４～１５１２９位、１５１１５～１５１３２位、１５１１６～１５１３３位、１５１２４～１５１３９位、１５７０３～１５７２０位、１５７０４～１５７２１位、１５７０５～１５７２２位、１５７０６～１５７２３位、１６２１１～１６２２６位、１６７４０～１６７５５位、１８０１５～１８０３０位、１８０３３～１８０４８位、１８１０８～１８１２３位、１８７４９～１８７６６位、１９０６１～１９０７８位、１９１６３～１９１８０位、１９１６６～１９１８１位、１９３５５～１９３７２位、１９７３６～１９７５３位、１９７３７～１９７５４位、１９７３８～１９７５５位、１９７３９～１９７５６位、２０８３２～２０８４７位、２０８３３～２０８５０位、２０８３５～２０８５２位、２０８３６～２０８５３位、２０８３７～２０８５４位、２０８３８～２０８５５位、２０８３９～２０８５４位、２０８４８～２０８６３位、２１０５９～２１０７６位、２１０６０～２１０７７位、２１４８２～２１４９９位、２１４８３～２１５００位、２１４８７～２１５０２位、２２１０９～２２１２６位、２２１１６～２２１３１位、２２１９２～２２２０９位、２２１９３～２２２１０位、２２１９４～２２２０９位、２２１９４～２２２１１位、２２１９５～２２２１２位、２２１９６～２２２１３位、２２１９７～２２２１４位、２２１９７～２２２１４位、２２１９８～２２２１５位、２２１９８～２２２１５位、２２１９９～２２２１４位、２２１９９～２２２１６位、２２２００～２２２１７位、２２２０１～２２２１８位、２２２０２～２２２１９位、２２２０３～２２２２０位、２２２０３～２２２１８位、２２２１０～２２２２５位、２２９１３～２２９３０位、２２９９８～２３０１３位、２３０４６～２３０６３位、２３０４７～２３０６４位、２３０４８～２３０６５位、２３０４９～２３０６６位、２３０５０～２３０６７位、２３０５５～２３０７２位、２３０５６～２３０７３位、２３０５７～２３０７４位、２４６５１～２４６６８位、２４６５２～２４６６９位、２４６５３～２４６７０位、２６４７０～２６４８５位、２７０６２～２７０７７位、２７２７１～２７２８６位、２７３８８～２７４０５位、２７３８９～２７４０６位、２７３９１～２７４０８位、２７３９２～２７４０９位、２７３９３～２７４１０位、２７３９４～２７４１１位、２７３９５～２７４１２位、２９３９３～２９４０８位、３０５３５～３０５５０位、３０５５６～３０５７１位、３０５５９～３０５７６位、３０５６０～３０５７７位、３０５６１～３０５７８位、３０５６４～３０５８１位、３０５６５～３０５８２位、３０９３０～３０９４５位、３１５７０～３１５８７位、３１５７４～３１５９１位、３１５７５～３１５９２位、３１５７６～３１５９１位、３１５７６～３１５９３位、３１５７７～３１５９４位、３１５７８～３１５９５位、３１５８０～３１５９５位、３１８４１～３１８５８位、３２００６～３２０２１位、３２００６～３２０２３位、３２００７～３２０２４位、３２００８～３２０２５位、３２００９～３２０２６位、３２０１０～３２０２７位、３２０１１～３２０２８位、３２０１２～３２０２９位、３２１２７～３２１４４位、３３２３７～３３２５２位、３３６３０～３３６４７位、３４９００～３４９１５位、３５７１０～３５７２５位、３５７１１～３５７２８位、３５７１２～３５７２９位、３５８４１～３５８５６位、３６４１１～３６４２８位、３６４１２～３６４２９位、３６４１３～３６４２８位、３６４１３～３６４３０位、３６４１７～３６４３２位、３６４２６～３６４４１位、３６６０７～３６６２４位、３６６０９～３６６２４位、３７６９０～３７７０５位、３８５５６～３８５７１位、３８５５９～３８５７６位、３８５８７～３８６０４位、３８５８８～３８６０５位、３８５８９～３８６０６位、３８５９０～３８６０７位、３８５９３～３８６１０位、３８５９４～３８６１１位、３８５９６～３８６１３位、３８５９７～３８６１４位、３８５９８～３８６１５位、３８５９９～３８６１６位、３８６００～３８６１７位、３８６０１～３８６１８位、３８６０４～３８６２１位、３８６０６～３８６２３位、３８６０７～３８６２４位、４０４５２～４０４６７位、４０４５３～４０４７０位、４０４５４～４０４７１位、４０４５５～４０４７２位、４０４５６～４０４７３位、４０４７０～４０４８５位、４０４７５～４０４９２位、４０５３９～４０５５６位、４０５４０～４０５５７位、４１２８１～４１２９８位、４１２８５～４１３００位、４１２９４～４１３０９位、４１３９２～４１４０９位、４１３９３～４１４１０位、４２１１０～４２１２５位、４２８０５～４２８２０位、４３０９１～４３１０６位、４３１８２～４３１９７位、４３２０９～４３２２４位、４３２１８～４３２３３位、４３９３３～４３９４８位、４４０５０～４４０６５位又は４５８９２～４５９０９位のいずれかから選択される核酸塩基配列、好ましくは、２１５９～２１７６位、５６６８～５６８３位、５８４５～５８６２位、１１６５０～１１６６５位、１２０７６～１２０９１位、１４２１３～１４２２８位、１５１１５～１５１３２位、１６７４０～１６７５５位、１８０３３～１８０４８位、２２１９９～２２２１４位、２２２０３～２２２１８位、２７０６２～２７０７７位、３１５７５～３１５９２位、３１５７６～３１５９１位、３１５７６～３１５９３位、３２００６～３２０２１位、３５８４１～３５８５６位、３６６０７～３６６２４位、３６６０９～３６６２４位、３７６９０～３７７０５位、４０４５３～４０４７０位、４０４５４～４０４７１位、４０４５５～４０４７２位、４０４５６～４０４７３位、４０４７０～４０４８５位または４１２９４～４１３０９位のいずれかから選択される核酸塩基配列、より好ましくは、１２０７６～１２０９１位、２２１９９～２２２１４位、２２２０３～２２２１８位、２７０６２～２７０７７位、３１５７６～３１５９１位、３２００６～３２０２１位、３５８４１～３５８５６位、３６６０９～３６６２４位、４０４５３～４０４７０位または４１２９４～４１３０９位のいずれかから選択される核酸塩基配列に相補的な配列からなるもの又は該核酸塩基配列に含まれる連続した１６又は１７塩基の核酸塩基配列に相補的な配列からなるものが挙げられる。ここで、修飾オリゴヌクレオチドの全長の核酸塩基配列が配列表の配列番号１の核酸塩基配列の等長部分に１００％相補性を有するものであれば、その５’末端側及び／又は３’末端側に１又は２残基の付加配列を有してもよい。
　このようにして選択された修飾オリゴヌクレオチドのうち、ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞へ終濃度３μＭとなるようｇｙｍｎｏｓｉｓ法にて添加し、ＡＴＸＮ３　ｍＲＮＡレベルを修飾オリゴヌクレオチド非接触時と比較して、７０％以下に阻害する修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列としては、例えば、配列表の配列番号１の核酸塩基配列の５’末端から６９８～７１５位、６９９～７１６位、２０４３～２０６０位、２０４６～２０６３位、２０４７～２０６４位、２０９２～２１０９位、２１５９～２１７６位、２５１３～２５３０位、２６４６～２６６３位、２６５０～２６６７位、４０４１～４０５８位、５８４３～５８６０位、５８４４～５８６１位、５８４５～５８６２位、７７９２～７８０９位、１１６４２～１１６５９位、１１６４３～１１６６０位、１１６４４～１１６６１位、１１６４５～１１６６２位、１１６４９～１１６６６位、１１６５０～１１６６７位、１１６５５～１１６７２位、１１７３４～１１７５１位、１１７３５～１１７５２位、１２７１０～１２７２７位、１３１３６～１３１５３位、１５１１５～１５１３２位、１５１１６～１５１３３位、１５７０４～１５７２１位、１５７０６～１５７２３位、１９１６３～１９１８０位、１９７３７～１９７５４位、２０８３５～２０８５２位、２０８３６～２０８５３位、２０８３７～２０８５４位、２１４８２～２１４９９位、２１４８３～２１５００位、２２１９２～２２２０９位、２２１９４～２２２１１位、２２１９９～２２２１６位、２２２００～２２２１７位、２２２０１～２２２１８位、２２２０２～２２２１９位、２３０５６～２３０７３位、２７３８８～２７４０５位、２７３８９～２７４０６位、２７３９２～２７４０９位、２７３９３～２７４１０位、２７３９４～２７４１１位、３０５５９～３０５７６位、３０５６０～３０５７７位、３０５６４～３０５８１位、３１５７０～３１５８７位、３１５７４～３１５９１位、３１５７５～３１５９２位、３１５７６～３１５９３位、３１５７７～３１５９４位、３１５７８～３１５９５位、３１８４１～３１８５８位、３２００６～３２０２３位、３２００７～３２０２４位、３２００８～３２０２５位、３２００９～３２０２６位、３２０１１～３２０２８位、３２１２７～３２１４４位、３５７１１～３５７２８位、３５７１２～３５７２９位、３６４１１～３６４２８位、３６４１２～３６４２９位、３６６０７～３６６２４位、３８５５９～３８５７６位、３８５８７～３８６０４位、３８５８８～３８６０５位、３８５８９～３８６０６位、３８５９０～３８６０７位、３８５９３～３８６１０位、３８５９４～３８６１１位、３８６０４～３８６２１位、３８６０７～３８６２４位、４０４５３～４０４７０位、４０４５４～４０４７１位、４０４５５～４０４７２位、４０４５６～４０４７３位、４０４７５～４０４９２位、４１２８１～４１２９８位、４１３９２～４１４０９位、４１３９３～４１４１０位又は４５８９２～４５９０９位のいずれかから選択される核酸塩基配列に相補的な配列からなるもの又は該核酸塩基配列に含まれる連続した１６又は１７塩基の核酸塩基配列に相補的な配列からなるものが挙げられる。
　本発明の修飾オリゴヌクレオチドの具体的な核酸塩基配列としては、例えば、
TCGGGTAAGTAGATTTTC（配列番号１の２１５９～２１７６の相補配列）（配列表の配列番号２３９）、
GAAGTATCTGTAGGCCTA（配列番号１の２５１３～２５３０の相補配列）（配列表の配列番号２４０）、
GGACTGTATAGGAGATTA（配列番号１の２６４６～２６６３の相補配列）（配列表の配列番号２４１）、
GGTTATAGGATGCAGGTA（配列番号１の５８４４～５８６１の相補配列）（配列表の配列番号２４２）、
AGGTTATAGGATGCAGGT（配列番号１の５８４５～５８６２の相補配列）（配列表の配列番号２４３）、
GAAGCTAAGTAGGTGACT（配列番号１の１５１１５～１５１３２の相補配列）（配列表の配列番号２４４）、
TGAAGCTAAGTAGGTGAC（配列番号１の１５１１６～１５１３３の相補配列）（配列表の配列番号２４５）、
CCTAGTCACTTTGATAGA（配列番号１の１９１６３～１９１８０の相補配列）（配列表の配列番号２４６）、
GGAACATCTTGAGTAGGT（配列番号１の１９７３７～１９７５４の相補配列）（配列表の配列番号２４７）、
GGTGTTCAGGGTAGATGT（配列番号１の２０８３５～２０８５２の相補配列）（配列表の配列番号２４８）、
GGATACTCTGCCCTGTTC（配列番号１の２１４８２～２１４９９の相補配列）（配列表の配列番号２４９）、
GGTGTCAAACGTGTGGTT（配列番号１の２２２００～２２２１７の相補配列）（配列表の配列番号２５０）、
CCGTGTGCTAGTATTTGT（配列番号１の２７３８９～２７４０６の相補配列）（配列表の配列番号２５１）、
TAGTAGAGTTTTGCTTGG（配列番号１の３１５７０～３１５８７の相補配列）（配列表の配列番号２５２）、
GATGTAGTAGAGTTTTGC（配列番号１の３１５７４～３１５９１の相補配列）（配列表の配列番号２５３）、
TGATGTAGTAGAGTTTTG（配列番号１の３１５７５～３１５９２の相補配列）（配列表の配列番号２５４）、
CTGATGTAGTAGAGTTTT（配列番号１の３１５７６～３１５９３の相補配列）（配列表の配列番号２５５）、
GCAAGTTGGTTTGTGGTA（配列番号１の３２００８～３２０２５の相補配列）（配列表の配列番号２５６）、
TCTAGGCAATTGTGGTGG（配列番号１の３２１２７～３２１４４の相補配列）（配列表の配列番号２５７）、
GTAACTCTGCACTTCCCA（配列番号１の３６４１１～３６４２８の相補配列）（配列表の配列番号２５８）、
GTCATCCCTATGTCTTAT（配列番号１の３６６０７～３６６２４の相補配列）（配列表の配列番号２５９）、
GTCATATGGTCAGGGTAT（配列番号１の４０４５３～４０４７０の相補配列）（配列表の配列番号２６０）、
TGTCATATGGTCAGGGTA（配列番号１の４０４５４～４０４７１の相補配列）（配列表の配列番号２６１）、
ATGTCATATGGTCAGGGT（配列番号１の４０４５５～４０４７２の相補配列）（配列表の配列番号２６２）、又は
TATGTCATATGGTCAGGG（配列番号１の４０４５６～４０４７３の相補配列）（配列表の配列番号２６３）
に記載される核酸塩基配列又は該核酸塩基配列に含まれる連続した１７塩基の核酸塩基配列が挙げられる。
前記本発明の修飾オリゴヌクレオチドの具体的な核酸塩基配列として、好ましくは、
TCGGGTAAGTAGATTTTC（配列番号１の２１５９～２１７６の相補配列）（配列表の配列番号２３９）、
AGGTTATAGGATGCAGGT（配列番号１の５８４５～５８６２の相補配列）（配列表の配列番号２４３）、
GAAGCTAAGTAGGTGACT（配列番号１の１５１１５～１５１３２の相補配列）（配列表の配列番号２４４）、
GTCATCCCTATGTCTTAT（配列番号１の３６６０７～３６６２４の相補配列）（配列表の配列番号２５９）、
GTCATATGGTCAGGGTAT（配列番号１の４０４５３～４０４７０の相補配列）（配列表の配列番号２６０）、
TGTCATATGGTCAGGGTA（配列番号１の４０４５４～４０４７１の相補配列）（配列表の配列番号２６１）、
ATGTCATATGGTCAGGGT（配列番号１の４０４５５～４０４７２の相補配列）（配列表の配列番号２６２）、又は
TATGTCATATGGTCAGGG（配列番号１の４０４５６～４０４７３の相補配列）（配列表の配列番号２６３）
に記載される核酸塩基配列又は該核酸塩基配列に含まれる連続した１７塩基の核酸塩基配列が挙げられ、より好ましくは、
GTCATATGGTCAGGGTAT（配列番号１の４０４５３～４０４７０の相補配列）（配列表の配列番号２６０）
に記載される核酸塩基配列又は該核酸塩基配列に含まれる連続した１７塩基の核酸塩基配列が挙げられる。
これらの配列のうち、１つ以上のシトシンは後述する修飾核酸塩基の５－メチルシトシンでもよく、具体的には、例えば、配列番号２３、配列番号３８、配列番号６３、配列番号１３１、配列番号１４８、配列番号１４９、配列番号１５０または配列番号１５１に示す配列が挙げられ、好ましくは配列番号１４８に示す配列が挙げられる。
また、本発明の修飾オリゴヌクレオチドの１６塩基の核酸塩基配列としては、例えば、配列番号２６４、配列番号１７９、配列番号２６５、配列番号２６６，配列番号１９２、配列番号２６７、配列番号２６８、配列番号２０４、配列番号２６９、配列番号２１４、配列番号２２０、配列番号２７０、配列番号２７１、配列番号２２８または配列番号２３０に示す配列が挙げられ、好ましくは配列番号２６５、配列番号２６８、配列番号２０４、配列番号２６９、配列番号２１４、配列番号２２０、配列番号２７０、配列番号２７１または配列番号２３０に示す配列が挙げられる。
これらの配列のうち、１つ以上のシトシンは後述する修飾核酸塩基の５－メチルシトシンでもよく、具体的には、例えば、配列番号１６８、配列番号１８４、配列番号１８７、配列番号１９４、配列番号２０３、配列番号２０８、配列番号２２４、または配列番号２２５に示す配列が挙げられ、好ましくは配列番号１８４、配列番号２０３、配列番号２０８、配列番号２２４または配列番号２２５に示す配列が挙げられる。
　本発明修飾オリゴヌクレオチドは、２本鎖修飾オリゴヌクレオチドであってもよいが、１本鎖修飾オリゴヌクレオチドが好ましく用いられる。
　（修飾糖）
　本発明修飾オリゴヌクレオチドは、それを構成する少なくとも１つのヌクレオシドが修飾糖を含むものが好ましく用いられる。本発明において修飾糖とは、糖部分が修飾されたものをいい、当該修飾糖を１つ以上含む修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼ安定性の増強、結合親和性の増大等の有利な特徴を有する。修飾糖のうち少なくとも一つは、二環式糖、２’－ＭＯＥで修飾された糖、及び２’－ＯＭｅで修飾された糖からなる群から選択されることが好ましい。二環式糖としては、例えば、以下に示すように、ＬＮＡ、ＧｕＮＡ、ＡＬＮＡ［Ｍｓ］、ＡＬＮＡ［ｍＵ］、ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］、ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］、又はＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］の糖部分があげられ、ＡＬＮＡ［Ｍｓ］の糖部分が好ましく用いられる。
　置換糖部分の例としては、これらに限定されないが、５’－ビニル、５’－メチル（Ｒ又はＳ）、４’－Ｓ、２’－Ｆ、２’－ＯＣＨ３（２’－ＯＭｅ）、２’－ＯＣＨ２ＣＨ３、２’－ＯＣＨ２ＣＨ２Ｆ及び２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（２’－ＭＯＥ）置換基を含むヌクレオシドが挙げられる。２’位の置換基は、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ－アリル、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０アルキル、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２Ｆ、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２－Ｏ－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）及びＯ－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｌ）－（ＣＨ２）２－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（式中、各Ｒｌ、Ｒｍ及びＲｎは独立に、Ｈ又は置換もしくは無置換のＣ１～Ｃ１０アルキルである）から選択することができる。
　二環式糖を有するヌクレオシドの例としては、これらに限定されないが、４’と２’のリボシル環原子の間の架橋を含むヌクレオシドが挙げられる。ある種の実施態様では、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチドは、架橋が以下の式の１つを含む、１つ又は複数の二環式糖を有するヌクレオシドを含む：４’－（ＣＨ２）－Ｏ－２’（ＬＮＡ）；４’－（ＣＨ２）－Ｓ－２’；４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’（ＥＮＡ）；４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’及び４’－ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’（及びそれらの類似物。米国特許７，３９９，８４５号を参照されたい）；４’－Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）－Ｏ－２’（及びそれらの類似物。ＷＯ２００９／００６４７８号を参照されたい）；４’－ＣＨ２－Ｎ（ＯＣＨ３）－２’（及びそれらの類似物。ＷＯ２００８／１５０７２９号を参照されたい）；４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（ＣＨ３）－２’（及びそれらの類似物。ＵＳ２００４－０１７１５７０号を参照されたい）；４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’（式中、Ｒは、Ｈ、Ｃ１～Ｃ１２アルキル又は保護基である）（米国特許７，４２７，６７２号を参照されたい）；４’－ＣＨ２－Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）－２’（及びそれらの類似物。Ｃｈａｔｔｏｐａｄｈｙａｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８－１３４を参照されたい）；並びに４’－ＣＨ２－Ｃ（＝ＣＨ２）－２’（及びそれらの類似物。ＷＯ２００８／１５４４０１号を参照されたい）。
　さらなる二環式糖を有するヌクレオシドが、発表文献に報告されている（例えば：Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９（２６）８３６２－８３７９；Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５－６３７２；Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８－５６１；Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８，１－７；Ｏｒｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９－２４３；Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３－５６３８；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５－４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７－３６３０；Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９－２２２２；Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，；米国特許US７，３９９，８４５号；６，７７０，７４８号；６，５２５，１９１号；６，２６８，４９０号；米国ＵＳ２００８－００３９６１８号；ＵＳ２００７－０２８７８３１号；ＵＳ２００４－０１７１５７０号；ＵＳ２００９－００１２２８１号；ＷＯ２０１０/０３６６９８；WO ２００９／０６７６４７号；WO２００９/０６７６４７号；ＷＯ２００７／１３４１８１号；ＷＯ２００５／０２１５７０号；ＷＯ２００４／１０６３５６号；ＷＯ９４／１４２２６号；WO ２００９／００６４７８号；ＷＯ２００８／１５４４０１号；及びＷＯ２００８／１５０７２９号を参照されたい）。前述の二環式糖を有するヌクレオシドのそれぞれは、例えばα－Ｌ－リボフラノース及びβ－Ｄ－リボフラノースを含む１つ又は複数の光学活性な糖配置を有して、調製することができる。
　二環式糖を有するヌクレオシドのＧｕＮＡはグアニジン架橋を有する人工ヌクレオシドとして報告されている（WO２０１４／０４６２１２号、WO２０１７／０４７８１６号を参照されたい）。二環式ヌクレオシドのＡＬＮＡ［Ｍｓ］、ＡＬＮＡ［ｍＵ］、ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］、ＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］及びＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］は架橋型人工核酸アミノＬＮＡ（ＡＬＮＡ）として報告されている（国際出願　ＰＣＴ／ＪＰ２０１９／０４４１８２号（WO2020/100826）を参照されたい）。
　ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは、ペントフラノシル糖部分の４’と２’の炭素原子の間に架橋を含み、これらには限定されないが、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）－、－Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ－、－Ｃ（＝ＮＲａ）－、－Ｃ（＝Ｏ）－、－Ｃ（＝Ｓ）－、－Ｎ（Ｒａ）－、－Ｏ－、－Ｓｉ（Ｒａ）２－及び－Ｓ（＝Ｏ）ｘ－から独立に選択される１つ又は１つから４つの連結基を含む架橋が含まれ、式中、Ｘは０、１又は２であり；ｎは１、２、３又は４であり；各Ｒａ及びＲｂは、独立に、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、芳香環基、置換芳香環基、複素環基、置換複素環基、Ｃ５～Ｃ７脂環基、置換Ｃ５～Ｃ７脂環基、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２－Ｊ１）又はスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）－Ｊ１）であり、
　各Ｊ１及びＪ２は、独立に、Ｈ、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、芳香環基、置換芳香環基、アシル（Ｃ（＝Ｏ）－Ｈ）、置換アシル、複素環基、置換複素環基、Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アミノアルキル又は保護基である。
　ある種の実施態様では、二環式糖部分の架橋は、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－、－［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ－Ｏ－、－Ｃ（ＲａＲｂ）－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－又はＣ（ＲａＲｂ）－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－である。ある種の実施態様では、架橋は、４’－ＣＨ２－２’、４’－（ＣＨ２）２－２’、４’－（ＣＨ２）３－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’（この場合の二環式糖を有するヌクレオシドをＬＮＡともいう）、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’及び４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’－であり、式中、各Ｒは独立に、Ｈ、保護基又はＣ１～Ｃ１２アルキルである。
　ある種の実施態様では、二環式糖部分の架橋は、４’－ＣＨ２－Ｏ－２’－(ＬＮＡ)又はＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－であり、式中、各Ｒは独立に－ＳＯ２－ＣＨ３（ＡＬＮＡ［Ｍｓ］）、－ＣＯ－ＮＨ－ＣＨ３（ＡＬＮＡ［ｍＵ］）、１，５-ジメチル－１,２,４－トリアゾール－３－イル（ＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］)、－ＣＯ－ＮＨ－ＣＨ（ＣＨ３）２（ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］)、５－メチル－１，２，４－オキサジアゾール－３－イル（ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］)である（国際出願　ＰＣＴ／ＪＰ２０１９／０４４１８２号（WO2020/100826））。
　ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは、異性体立体配置によってさらに定義される。例えば、４’－（ＣＨ２）－Ｏ－２’架橋を含むヌクレオシドは、α－Ｌ－立体配置で存在してもよいし、β－Ｄ－立体配置で存在してもよい。
　ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは、４’－２’架橋を有するものを含み、そうした架橋としては、これらに限定されないが、α－Ｌ－４’－（ＣＨ２）－Ｏ－２’、β－Ｄ－４’－ＣＨ２－Ｏ－２’、４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’、４’－ＣＨ２－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－２’、４’－ＣＨ２－Ｎ（Ｒ）－Ｏ－２’、４’－ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’、４’－ＣＨ２－Ｓ－２’、４’－ＣＨ２－ＣＨ（ＣＨ３）－２’及び４’－（ＣＨ２）３－２’（式中、Ｒは、Ｈ、保護基、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、又はＣ１～Ｃ１２アルキルで置換されてもよいウレアもしくはグアニジンである）が挙げられる。
　ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000001
 
　式中、
　Ｂｘは複素環塩基部分であり；
　Ｔａ及びＴｂはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり；
　Ｚａは、Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ２～Ｃ６アルケニル、Ｃ２～Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１～Ｃ６アルキル、置換Ｃ２～Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルキニル、アシル、置換アシル、置換アミド、チオール又は置換チオールである。
　ある種の実施態様では、置換基のそれぞれは独立に、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪｃ、ＮＪｃＪｄ、ＳＪｃ、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊｃ及びＮＪｅＣ（＝Ｘ）ＮＪｃＪｄ（式中、各Ｊｃ、Ｊｄ及びＪｅは独立に、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル又は置換Ｃ１～Ｃ６アルキルであり、ＸはＯ又はＮＪｃである）から独立に選択される置換基で一置換又は多置換される。
　ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000002
　式中、
　Ｂｘは複素環塩基部分であり；
　Ｔａ及びＴｂはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり；
　Ｚｂは、Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ２～Ｃ６アルケニル、Ｃ２～Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１～Ｃ６アルキル、置換Ｃ２～Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルキニル又は置換アシル（Ｃ（＝Ｏ）－）である。
　ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000003
 
　式中、
　Ｂｘは複素環塩基部分であり；
　Ｔａ及びＴｂはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり；
　Ｒｄは、Ｃ１～Ｃ６アルキル、置換Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ２～Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルケニル、Ｃ２～Ｃ６アルキニル又は置換Ｃ２～Ｃ６アルキニルであり；
　各ｑａ、ｑｂ、ｑｃ及びｑｄは独立に、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１～Ｃ６アルキル、置換Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ２～Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルケニル、Ｃ２～Ｃ６アルキニル又は置換Ｃ２～Ｃ６アルキニル、Ｃ１～Ｃ６アルコキシル、置換Ｃ１～Ｃ６アルコキシル、アシル、置換アシル、Ｃ１～Ｃ６アミノアルキル又は置換Ｃ１～Ｃ６アミノアルキルである。
　ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000004
 
　式中、
　Ｂｘは複素環塩基部分であり；
　Ｔａ及びＴｂはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり；
　ｑａ、ｑｂ、ｑｅ及びｑｆはそれぞれ独立に、水素、ハロゲン、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ１～Ｃ１２アルコキシ、置換Ｃ１～Ｃ１２アルコキシ、ＯＪｊ、ＳＪｊ、ＳＯＪｊ、ＳＯ２Ｊｊ、ＮＪｊＪｋ、Ｎ３、ＣＮ、Ｃ（＝Ｏ）ＯＪｊ、Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｃ（＝Ｏ）Ｊｊ、Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）-ＮＪｊＪｋもしくはＮ（Ｈ）Ｃ（＝Ｓ）ＮＪｊＪｋであり；
　又は、ｑｅ及びｑｆは共に＝Ｃ（ｑｇ）（ｑｈ）であり；
　ｑｇ及びｑｈはそれぞれ独立に、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１～Ｃ１２アルキルもしくは置換Ｃ１～Ｃ１２アルキルである。
　４’－ＣＨ２－Ｏ－２’架橋を有する、アデニン、シトシン、グアニン、５－メチル－シトシン、チミン及びウラシル二環式ヌクレオシド（ＬＮＡともいう）の合成及び調製は、それらのオリゴマー化及び核酸認識特性と共に記載されている（Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７－３６３０）。二環式糖を有するヌクレオシドの合成は、ＷＯ９８／３９３５２及びＷＯ９９／１４２２６にも記載されている。
　４’－ＣＨ２－Ｏ－２’（この場合の二環式ヌクレオシドをＬＮＡともいう）及び４’－ＣＨ２－Ｓ－２’などの４’－２’架橋基を有する様々な二環式ヌクレオシドの類似物も、調製されている（Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９－２２２２）。核酸ポリメラーゼの基質として使用するための、二環式ヌクレオシドを含むオリゴデオキシリボヌクレオチド二本鎖の調製も記載されている（Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ９９／１４２２６）。さらに、２’－アミノ－ＬＮＡ（この場合の二環式ヌクレオシドをＡＬＮＡともいう）、すなわち立体構造的に制限された高親和性オリゴヌクレオチド類似物の合成が、当技術分野で記載されている（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５－１００３９）。さらに、２’－アミノ－及び２’－メチルアミノ－ＬＮＡが調製されており、相補的なＲＮＡ鎖及びＤＮＡ鎖との二本鎖の熱安定性が以前に報告されている。
　ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の式を有する：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000005
 
　式中、
　Ｂｘは複素環塩基部分であり；
　Ｔａ及びＴｂはそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり；
　各ｑｉ、ｑｊ、ｑｋ及びｑｌは独立に、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１～Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルキル、Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルケニル、Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ１２アルキニル、Ｃ１～Ｃ１２アルコキシル、置換Ｃ１～Ｃ１２アルコキシル、ＯＪｊ、ＳＪｊ、ＳＯＪｊ、ＳＯ２Ｊｊ、ＮＪｊＪｋ、Ｎ３、ＣＮ、Ｃ（＝Ｏ）ＯＪｊ、Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｃ（＝Ｏ）Ｊｊ、Ｏ－Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ又はＮ（Ｈ）Ｃ（＝Ｓ）ＮＪｊＪｋであり；
　ｑｉ及びｑｊ又はｑｌ及びｑｋは共に＝Ｃ（ｑｇ）（ｑｈ）であり、式中、ｑｇ及びｑｈはそれぞれ独立に、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１～Ｃ１２アルキル又は置換Ｃ１～Ｃ１２アルキルである。
　４’－（ＣＨ２）３－２’架橋及びアルケニル類似物架橋４’－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ２－２’を有する１つの炭素環式二環式ヌクレオシドが記載されている（Ｆｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９－４４４３及びＡｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１－７７４０）。炭素環式二環式ヌクレオシドの合成及び調製も、そのオリゴマー化及び生化学的な研究と共に記載されている（Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２００７，１２９（２６），８３６２－８３７９）。
　ある種の実施態様では、二環式糖を有するヌクレオシドとしては、これらに限定されないが、以下に示すような化合物が挙げられる。
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000006
 
 
　式中、Ｂｘは塩基部分であり、Ｒは独立に、保護基、Ｃ１～Ｃ６アルキル又はＣ１～Ｃ６アルコキシである。
　ある種の実施態様（ＬＮＡ）では、二環式糖を有するヌクレオシドは以下の一般式：　
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000007
 
［式中、
　Ｂは、核酸塩基であり；
　Ｘ及びＹは、それぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等］で表されるヌクレオシドを挙げることができる（ＷＯ９８／３９３５２を参照）。典型的な具体例は、下記式：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000008
で示されるヌクレオチドを挙げることができる。
　ある種の実施態様（ＧｕＮＡ）では、二環式を含むヌクレオシドは下記一般式：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000009
 
［式中、Ｂは核酸塩基であり、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６は各々独立して水素原子、又は１つ以上の置換基で置換されてもよいＣ１－６アルキル基であり、Ｒ７、Ｒ８はそれぞれ独立に、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり、そしてＲ９、Ｒ１０、Ｒ１１は各々独立して水素原子、１つ以上の置換基で置換されてもよいＣ１－６アルキル基、又はアミノ基の保護基である。］
で表されるヌクレオシドである（例えば、国際公開第２０１４／０４６２１２号、国際公開第２０１７／０４７８１６号を参照）。
　ある種の実施態様（ＡＬＮＡ［ｍＵ］）では、二環式糖を含むヌクレオシドは下記一般式（Ｉ）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000010
 
［式中、
　Ｂは、核酸塩基であり；
　Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３及びＲ４は各々独立して、水素原子、又は１つ以上の置換基で置換されていてもよいＣ１－６アルキル基であり；
　Ｒ５及びＲ６は各々独立して、水素原子、水酸基の保護基、置換されてもよいリン酸基、リン部分又は支持体への共有結合等であり；
　ｍは、１又は２であり；
　Ｘは、下記式（ＩＩ－１）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000011
 
で示される基であり；
　式（ＩＩ－１）中に記載の記号：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000012
 
は、２’－アミノ基との結合点を示し；
　Ｒ７及びＲ８の一方が水素原子であり、他方が1つ以上の置換基で置換されてもよいメチル基である。］
で表されるヌクレオシドである（例えば、国際出願　ＰＣＴ／ＪＰ２０１９／０４４１８２号（WO2020/100826）を参照）。典型的な具体例は、Ｒ７及びＲ８の一方が水素原子であり、他方が無置換のメチル基である、ヌクレオシドである。
　ある種の実施態様（ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］）では、二環式糖を含むヌクレオシドは上記のＡＬＮＡ［ｍＵ］において定義する一般式（Ｉ）を有するヌクレオシドであって、該式中、
　Ｘが、下記式（ＩＩ－１）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000013
 
で示される基であり；
　Ｒ７及びＲ８の一方が水素原子であり、他方が１つ以上の置換基で置換されてもよいイソプロピル基である（例えば、国際出願　ＰＣＴ／ＪＰ２０１９／０４４１８２号（WO2020/100826）を参照）。典型的な具体例は、Ｒ７及びＲ８の一方が水素原子であり、他方が無置換のイソプロピル基である、ヌクレオシドである。
ある種の実施態様（ＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］）では、二環式を含むヌクレオシドは上記一般式（Ｉ）を有するヌクレオシドであって、該式中、Ｘが、下記式（ＩＩ－２）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000014
 
で示される基であり；
　Ａが、１つ以上の置換基で置換されていてもよいトリアゾリル基である（例えば、国際出願　ＰＣＴ／ＪＰ２０１９／０４４１８２号（WO2020/100826）を参照）。ＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］の典型的な具体例は、Ａが、１又は複数のメチル基を有してもよいトリアゾリル基であり、より具体的には、１，５-ジメチル－１,２,４－トリアゾール－３－イル基である、ヌクレオシドである。
　ある種の実施態様（ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］）では、上記のＡＬＮＡ［ｍＵ］において定義する一般式（Ｉ）を有するヌクレオシドであって、該式中、
　Ｘが、下記式（ＩＩ－２）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000015
 
で示される基であり；
　Ａが、１つ以上の置換基で置換されていてもよいオキサジアゾリル基である（例えば、国際出願　ＰＣＴ／ＪＰ２０１９／０４４１８２号（WO2020/100826）を参照）。典型的な具体例は、Ａが１又は複数のメチル基を有してもよいオキサジアゾリル基であり、より具体的には、５－メチル－１，２，４－オキサジアゾール－３－イル基である、ヌクレオシド又はヌクレオチドである。
　ある種の実施態様（ＡＬＮＡ［Ｍｓ］）では、二環式を含むヌクレオシドは上記一般式（Ｉ）を有するヌクレオシドであって、該式中、Ｘが、下記一般式（ＩＩ－３）：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000016
で示される基であり；
　Ｍは、１つ以上の置換基で置換されていてもよいメチル基で置換された、スルホニル基である（例えば、国際出願　ＰＣＴ／ＪＰ２０１９／０４４１８２号（WO2020/100826）を参照）。ＡＬＮＡ［Ｍｓ］の典型的な具体例は、Ｍが無置換のメチル基で置換されたスルホニル基である、ヌクレオシドである。
　ある種の実施態様では、ヌクレオシドは、糖代用物とのリボシル環の置き換えによって修飾される。そうした修飾としては、これらに限定されないが、代用環系（ＤＮＡ類似物と言われることもある）、例えば、モルホリノ環、シクロヘキセニル環、シクロヘキシル環又はテトラヒドロピラニル環、例えば以下の式のうちの１つを有するものとのリボシル環の置き換えが挙げられる：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000017
　ある種の実施態様では、以下の式を有する糖代用物が選択される：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000018
 
　式中、
　Ｂｘは複素環塩基部分であり；
　Ｔ３及びＴ４はそれぞれ独立に、テトラヒドロピランヌクレオシド類似物をオリゴマー化合物に連結するヌクレオシド間連結基、又はＴ３及びＴ４の一方は、テトラヒドロピランヌクレオシド類似物をオリゴマー化合物もしくはオリゴヌクレオチドに連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結共役基又は５’もしくは３’－末端基であり；
　ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７はそれぞれ独立に、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、置換Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ２～Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルケニル、Ｃ２～Ｃ６アルキニル又は置換Ｃ２～Ｃ６アルキニルであり；
　Ｒ１及びＲ２の一方は水素であり、他方はハロゲン、置換又は無置換のアルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２及びＣＮ（式中、ＸはＯ、Ｓ又はＮＪ１であり、各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３は独立に、Ｈ又はＣ１～Ｃ６アルキルである）から選択される。
　ある種の実施態様では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７はそれぞれＨである。ある種の実施態様では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７の少なくとも１つはＨ以外である。ある種の実施態様では、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７の少なくとも１つはメチルである。ある種の実施態様では、Ｒ１及びＲ２の一方がＦであるＴＨＰヌクレオシドが提供される。ある種の実施態様では、Ｒ１がフルオロであり、且つＲ２がＨであり；Ｒ１がメトキシであり、且つＲ２がＨであり、及びＲ１がメトキシエトキシであり、且つＲ２がＨである。
　そうした糖代用物としては、これらに限定されないが、当技術分野で、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、アルトリトール核酸（ＡＮＡ）及びマンニトール核酸（ＭＮＡ）と言われるものが挙げられる（Ｌｅｕｍａｎｎ，Ｃ．Ｊ．，Ｂｉｏｏｒｇ．＆ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２００２，１０，８４１－８５４を参照されたい）。
　ある種の実施態様では、糖代用物は、５つを超える原子及び１つを超えるヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド及びオリゴマー化合物でのその使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３－４５１０；並びに米国特許５，６９８，６８５；５，１６６，３１５；５，１８５，４４４；及び５，０３４，５０６を参照されたい）。
　本明細書で使用する場合、用語「モルホリノ」は以下の構造を有する糖代用物を意味する：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000019
　ある種の実施態様では、例えば、上記のモルホリノ構造から様々な置換基を付加する又は変えることによって、モルホリノを修飾することができる。そうした糖代用物は、本明細書で「修飾モルホリノ」と言われる。
　ある種の実施態様では、オリゴヌクレオチドは、天然に存在するヌクレオシドのペントフラノシル残基の代わりに６員シクロヘキセニルを有するヌクレオシドである、１つ又は複数の修飾シクロヘキセニルヌクレオシドを含む。修飾シクロヘキセニルヌクレオシドとしては、これらに限定されないが、当技術分野で記載されたものが挙げられる（例えば、共有に係る、２０１０年４月１０日に公開されたＷＯ２０１０／０３６６９６、Ｒｏｂｅｙｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００８，１３０（６），１９７９－１９８４；Ｈｏｒｖａｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔｅｒｓ，２００７，４８，３６２１－３６２３；Ｎａｕｗｅｌａｅｒｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９（３０），９３４０－９３４８；Ｇｕ ｅｔａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ，Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２００５，２４（５－７），９９３－９９８；Ｎａｕｗｅｌａｅｒｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００５，３３（８），２４５２－２４６３；Ｒｏｂｅｙｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃａ，Ｓｅｃｔｉｏｎ Ｆ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｃｒｙｓｔａｌｌｉｚａｔｉｏｎ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ，２００５，Ｆ６１（６），５８５－５８６；Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，２００４，６０（９），２１１１－２１２３；Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，２００３，１３（６），４７９－４８９；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００３，６８，４４９９－４５０５；Ｖｅｒｂｅｕｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ ＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈ，２００１，２９（２４），４９４１－４９４７；Ｗａｎｇ ｅｔａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００１，６６，８４７８－８２；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ，Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２００１，２０（４－７），７８５－７８８；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．，２０００，１２２，８５９５－８６０２；ＷＯ０６／０４７８４２号；及びＷＯ０１／０４９６８７号を参照されたい；それぞれのテキストは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。
ある種の修飾シクロヘキセニルヌクレオシドは以下の式を有する：
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000020
 
　式中、
　Ｂｘは複素環塩基部分であり；
　Ｔ３及びＴ４はそれぞれ独立に、シクロヘキセニルヌクレオシド類似物をオリゴヌクレオチド化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、又はＴ３及びＴ４の一方は、テトラヒドロピランヌクレオシド類似物をオリゴヌクレオチド化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結共役基もしくは５’－もしくは３’－末端基であり；
　ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、ｑ７、ｑ８及びｑ９はそれぞれ独立に、Ｈ、Ｃ１～Ｃ６アルキル、置換Ｃ１～Ｃ６アルキル、Ｃ２～Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルケニル、Ｃ２～Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２～Ｃ６アルキニル又は他の糖置換基である。
　オリゴヌクレオチドに組み込むためのヌクレオシドを修飾するのに使用することができる、多くの他の二環式及び三環式の糖代用環系が当技術分野で既知である（例えば、総説：Ｌｅｕｍａｎｎ，Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ Ｊ．，Ｂｉｏｏｒｇ．＆ Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２００２，１０，８４１－８５４を参照されたい）。そうした環系は、活性を増強するために様々なさらなる置換を受けることができる。
　修飾糖の調製方法は当業者に周知である。そうした修飾糖の調製を教示するいくつかの代表的なＵ．Ｓ．特許は、これらに限定されないが、Ｕ．Ｓ．：４，９８１，９５７；５，１１８，８００；５，３１９，０８０；５，３５９，０４４；５，３９３，８７８；５，４４６，１３７；５，４６６，７８６；５，５１４，７８５；５，５１９，１３４；５，５６７，８１１；５，５７６，４２７；５，５９１，７２２；５，５９７，９０９；５，６１０，３００；５，６２７，０５３；５，６３９，８７３；５，６４６，２６５；５，６７０，６３３；５，７００，９２０；５，７９２，８４７及び６，６００，０３２並びにＷＯ２００５／１２１３７１号が挙げられ、これらのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
　修飾糖部分を有するヌクレオチドでは、核酸塩基部分（天然、修飾又はそれらの組み合わせ）は、適切な核酸標的とのハイブリダイゼーションの間維持される。
　好ましい修飾糖はＡＬＮＡ［Ｍｓ］、ＡＬＮＡ［ｍＵ］、ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］、ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］、又はＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］の糖部分であり、この中ではＡＬＮＡ［Ｍｓ］の糖部分がより好ましい。これらの修飾糖は新規であり、これらの修飾糖を含むＡＴＸＮ３に対する修飾オリゴヌクレオチドはＡＴＸＮ３のいずれの領域にハイブリダイズするものでもよい。
　すなわち、ある種の実施形態では、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは、ＡＴＸＮ３発現を阻害する活性を有する、１２～２４残基、好ましくは、１６，１７又は１８塩基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が配列表の配列番号１の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも８５％、少なくとも９０％、又は少なくとも９５％の相補性を有し、当該オリゴヌクレオチドを構成するヌクレオシドのうち少なくとも１つがＡＬＮＡ［Ｍｓ］、ＡＬＮＡ［ｍＵ］、ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］、ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］、又はＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］の糖部分から選択される修飾糖を有する、修飾オリゴヌクレオチドである。
　（修飾核酸塩基）
　核酸塩基（又は塩基）の修飾又は置換は、天然に存在する又は合成の非修飾核酸塩基と構造的に識別可能であり、こうした非修飾核酸塩基とさらに機能的に互換性がある。天然及び修飾核酸塩基の両方とも、水素結合に関与することができる。そうした核酸塩基修飾は、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性又はいくつかの他の有益な生物学的特性をオリゴヌクレオチド化合物に与えることができる。本発明修飾オリゴヌクレオチドは、それを構成する少なくとも１つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含むものが好ましく用いられる。修飾核酸塩基としては、例えば、５－メチルシトシン（５－ｍｅ－Ｃ）があげられる。５－メチルシトシンは、５位に結合したメチル基で修飾されたシトシンを意味する。５－メチルシトシン置換を含めたある種の核酸塩基置換は、オリゴヌクレオチドの結合親和性を増大させるのに特に有用である。例えば、５－メチルシトシン置換は、核酸の二本鎖安定性を０．６～１．２℃増大させることが示されている（Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，ｅｄｓ．，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，１９９３，ｐｐ．２７６－２７８）。
　さらなる修飾核酸塩基としては、５－ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６－メチル及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２－プロピル及び他のアルキル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン及び２－チオシトシン、５－ハロウラシル及びシトシン、５－プロピニル（－Ｃ≡Ｃ－ＣＨ３）ウラシル及びシトシン並びにピリミジン塩基の他のアルキニル誘導体、６－アゾウラシル、シトシン及びチミン、５－ウラシル（シュードウラシル）、４－チオウラシル、８－ハロ、８－アミノ、８－チオール、８－チオアルキル、８－ヒドロキシル及び他の８－置換アデニン及びグアニン、５－ハロ、特に５－ブロモ、５－トリフルオロメチル及び他の５－置換ウラシル及びシトシン、７－メチルグアニン及び７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノ－アデニン、８－アザグアニン及び８－アザアデニン、７－デアザグアニン及び７－デアザアデニン、３－デアザグアニン及び３－デアザアデニンが挙げられる。
　複素環塩基部分は、プリン又はピリミジン塩基が他の複素環、例えば、７－デアザ－アデニン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン及び２－ピリドンで置き換えられているものを含むこともできる。修飾オリゴヌクレオチドの結合親和性を増大させるのに特に有用な核酸塩基としては、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン及びＮ－２、Ｎ－６及びＯ－６置換プリン（２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシル及び５－プロピニルシトシンを含める）が挙げられる。
（修飾ヌクレオシド間結合）
　ＲＮＡ及びＤＮＡの天然に存在するヌクレオシド間結合は、３’－５’ホスホジエステル結合である。１つ又は複数の修飾された、すなわち天然に存在しない、ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、例えば、細胞取り込みの増強、標的核酸に対する親和性の増強及びヌクレアーゼの存在下での安定性の増大などの特性が理由で、天然に存在するヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドよりも好ましいことが多い。
　修飾ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、リン原子を保持するヌクレオシド間結合及びリン原子を有さないヌクレオシド間結合を含む。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、これらに限定されないが、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホルアミデート及びホスホロチオエートの１つ以上が挙げられる。リン含有及び非リン含有結合の調製方法は周知である。
　本発明修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、修飾オリゴヌクレオチドがＡＴＸＮ３発現を阻害する活性を有するものであればいかなるものでもよいが、少なくとも１つのヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含むものが好ましく用いられ、例えば、全てヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合であってもよい。
（修飾オリゴヌクレオチドモチーフ）
　ある種の実施態様では、本発明の修飾オリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼによる分解に対する抵抗性の増大、細胞取り込みの増大、標的核酸に対する結合親和性の増大及び／又はＡＴＸＮ３発現阻害活性の増大を獲得するために、ギャップマーモチーフを有することができる。
　「ギャップマー」は、ＲＮａｓｅ　Ｈによる切断を支援する複数のヌクレオシドを有する内部領域が、１つ又は複数のヌクレオシドを有する外部領域間に位置する、修飾オリゴヌクレオチドを意味する。内部領域は、「ギャップセグメント」と言うことができ、外部領域は「ウイングセグメント」と言うことができる。ギャップセグメントより５’側に存在するウイングセグメントを「５’ウイングセグメント」と言うことができ、ギャップセグメントより３’側に存在するウイングセグメントを「３’ウイングセグメント」と言うことができる。ギャップマーでは、ギャップへ接近している各々のウイングのヌクレオシド（５’ウイングの最も３’側のヌクレオシド及び３’ウイングの最も５’側のヌクレオシド）の糖部分は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分とは異なる。例えば、５’ウイングの最も３’側のヌクレオシド及び３’ウイングの最も５’側のヌクレオシドの糖部分は、修飾糖であり、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分は、天然のＤＮＡの糖部分である。
　ウイング－ギャップ－ウイングモチーフは、「Ｘ－Ｙ－Ｚ」として記載することができ、「Ｘ」は５’ウイング領域の配列長を表し、「Ｙ」はギャップ領域の配列長を表し、「Ｚ」は３’ウイング領域の配列長を表す。
　ある種の実施形態では、本発明修飾オリゴヌクレオチドは、１）ギャップセグメント、２）５’ウイングセグメント及び３）３’ウイングセグメント、を含み、前記ギャップセグメントが、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置付けられ、前記５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントのヌクレオシドが修飾糖を含む、修飾オリゴヌクレオチドである。ギャップセグメントのヌクレオシドの糖部分は、天然のＤＮＡの糖部分のみでもよいし、１又はそれ以上の修飾糖を含んでもよい。修飾糖としては、二環式糖、２’－ＭＯＥで修飾された糖、及び２’－ＯＭｅで修飾された糖からなる群から選択されることが好ましく、二環式糖としては、例えば、ＬＮＡ、ＧｕＮＡ、ＡＬＮＡ［Ｍｓ］、ＡＬＮＡ［ｍＵ］、ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］、ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］及びＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］の少なくとも１つの糖部分があげられる。
　ギャップセグメント、５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントに含まれるヌクレオシドの数は、ＡＴＸＮ３発現阻害活性を有すればいかなるものでもよいが、例えば、ギャップセグメントが１２個、５’ウイングセグメントが３個及び３’ウイングセグメントが３個、またはギャップセグメントが１０個、５’ウイングセグメントが３個及び３’ウイングセグメントが３個、があげられ、ギャップセグメントが１２個、５’ウイングセグメントが３個及び３’ウイングセグメントが３個がより好ましい。
　ある種の実施形態では、ヌクレアーゼ安定性などの特性を増強するため、修飾オリゴヌクレオチドの一方又は両方の末端に、キャップ構造が含まれる。好適なキャップ構造には、４’，５’－メチレンヌクレオチド、１－（β－Ｄ－エリトロフラノシル）ヌクレオチド、４’－チオヌクレオチド、炭素環式ヌクレオチド、１，５－アンヒドロヘキシトールヌクレオチド、Ｌ－ヌクレオチド、α－ヌクレオチド、修飾塩基ヌクレオチド、ホスホロジチオアート結合、スレオ－ペントフラノシルヌクレオチド、非環式３’，４’－セコヌクレオチド、非環式３，４－ジヒドロキシブチルヌクレオチド、非環式３，５－ジヒドロキシペンチルヌクレオチド、３’－３’－逆位ヌクレオチド部分、３’－３’－逆位脱塩基部分、３’－２’－逆位ヌクレオチド部分、３’－２’－逆位脱塩基部分、１，４－ブタンジオールホスフェート、３’－ホスホルアミデート、ヘキシルホスフェート、アミノヘキシルホスフェート、３’－ホスフェート、３’－ホスホロチオエート、ホスホロジチオアート、架橋メチルホスホネート部分及び非架橋メチルホスホネート部分、５’－アミノ－アルキルホスフェート、１，３－ジアミノ－２－プロピルホスフェート、３－アミノプロピルホスフェート、６－アミノヘキシルホスフェート、１，２－アミノドデシルホスフェート、ヒドロキシプロピルホスフェート、５’－５’－逆位ヌクレオチド部分、５’－５’－逆位脱塩基部分、５’－ホスホルアミデート、５’－ホスホロチオエート、５’－アミノ、架橋及び／又は非架橋５’－ホスホルアミデート、ホスホロチオエート、並びに５’－メルカプト部分がある。
（本発明化合物の評価方法）
　本発明化合物の評価方法としては、本発明化合物がＡＴＸＮ３の細胞内における発現レベルの阻害を検証できる方法であればいかなるものでもよいが、具体的には、例えば、以下に示すｉｎ　ｖｉｔｒｏ及びｉｎ　ｖｉｖｏ　ＡＴＸＮ３発現測定方法が用いられる。
　本発明化合物の細胞内におけるＡＴＸＮ３発現の阻害を評価するための、ｉｎ　ｖｉｔｒｏ　ＡＴＸＮ３発現測定方法は、ＡＴＸＮ３が発現している細胞（以下、「ＡＴＸＮ３発現細胞」と称することがある）であればいずれのものも用いることができるが、例えば、ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞（ヒト神経芽腫細胞、例えば、ATCC ＣＲＬ－２２６６）があげられる。
　本発明化合物をＡＴＸＮ３発現細胞に接触させる方法も特に制限はないが、一般的に核酸を細胞内へ導入するために用いられる方法が挙げられる。具体的には、例えば、リポフェクション法やエレクトロポレーション法、Ｇｙｍｎｏｓｉｓ法等である。Ｇｙｍｎｏｓｉｓ法では、本発明化合物は、例えば、終濃度０．３、１、３、１０又は３０μＭで処理することができる。
　ＡＴＸＮ３の細胞内におけるｍＲＮＡレベルは、当技術分野で既知の様々な方法でアッセイすることができる。具体的には、例えば、ノーザンブロット解析、競合的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）又は定量的リアルタイムＰＣＲ等が挙げられる。
　ＡＴＸＮ３の細胞内におけるタンパク質レベルは、当技術分野で既知の様々な方法でアッセイすることができる。具体的には、例えば、免疫沈降法、ウェスタンブロット解析（免疫ブロット法）、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、定量的タンパク質アッセイ、タンパク質活性アッセイ（例えば、カスパーゼ活性アッセイ）、免疫組織化学法、免疫細胞化学法又は蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）等があげられる。
　本発明化合物の細胞内におけるＡＴＸＮ３発現の阻害を評価するための、ｉｎ　ｖｉｖｏ　ＡＴＸＮ３発現測定方法は、例えば、ＡＴＸＮ３を発現する動物に対して、本発明化合物を投与し、当該細胞において上述のＡＴＸＮ３発現レベルの解析を行う方法が挙げられる。
　本発明化合物は、市販されているＤＮＡ・ＲＮＡ合成用アミダイト（ＬＮＡも含む）を使用してホスホロアミダイト法により合成することができる。人工核酸ＡＬＮＡ［Ｍｓ］、ＡＬＮＡ［ｍＵ］、ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］、ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］及びＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］は、国際出願　ＰＣＴ／ＪＰ２０１９／０４４１８２号（WO2020/100826）に記載された方法によりオリゴマーを合成することができる（後述の参考例を参照）。
（本発明化合物によるＡＴＸＮ３関連疾患の治療）
　本発明化合物はＡＴＸＮ３発現を阻害することにより、ＡＴＸＮ３関連疾患を治療することができる。ＡＴＸＮ３関連疾患としては、ＡＴＸＮ３の異常により引き起こされる疾患であれば特に制限はないが、神経変性疾患が例示される。
　また、本発明化合物は、神経変性疾患の１つ又は複数の症状を改善することができ、症状としては、例えば、運動失調症、ニューロパシー及び凝集体形成があげられる。神経変性疾患としては、例えば、脊髄小脳変性症３型があげられる。
　脊髄小脳変性症３型では、ＡＴＸＮ３にＣＡＧリピート伸長が生じることにより、ＲＮＡ毒性、もしくはその翻訳産物であるｐｏｌｙグルタミンによるミトコンドリア障害、転写異常、カルシウム恒常性異常、オートファジー異常、軸索輸送異常等が引き起こされ、小脳プルキンエ細胞の機能低下、脱落に次ぎ、運動機能障害等が起こる。ＡＴＸＮ３のＣＡＧリピート伸長を発現させた脊髄小脳変性症３型モデル動物に対し、ＡＴＸＮ３　ｍＲＮＡの発現阻害を引き起こすＡＴＸＮ３のアンチセンスオリゴヌクレオチド投与により、運動機能障害が抑制されることが知られている。従って、強力にＡＴＸＮ３発現を阻害する本発明修飾オリゴヌクレオチドは、脊髄小脳変性症３型に対し、治療、予防、又は進行遅延化をすることができる。
　したがって、本発明は、ＡＴＸＮ３関連疾患の治療、予防又は進行遅延化に使用するための修飾オリゴヌクレオチド；ＡＴＸＮ３関連疾患の治療、予防又は進行遅延化に使用するための医薬組成物；ＡＴＸＮ３関連疾患を治療、予防又は進行遅延化するための修飾オリゴヌクレオチドの使用；ＡＴＸＮ３関連疾患の治療、予防又は進行遅延化用医薬の製造における修飾オリゴヌクレオチドの使用；ＡＴＸＮ３関連疾患の治療、予防又は進行遅延化用医薬の製造に使用するための修飾オリゴヌクレオチド；有効量の修飾オリゴヌクレオチドを、その必要のある対象に投与することを含む、ＡＴＸＮ３関連疾患の治療、予防又は進行遅延化方法；を提供する。
（２）修飾オリゴヌクレオチドを含む医薬組成物
　本発明化合物、又はその医薬的に許容可能な塩、及び薬学的に許容可能な担体を含む本発明化合物は、医薬組成物として用いることができる。医薬組成物の調製のために、修飾オリゴヌクレオチドを１つ以上の医薬的に許容可能な活性又は不活性な物質と混合することができる。医薬組成物の製剤化のための組成物及び方法は、投与経路、疾患の程度又は投与される用量を含めたいくつかの判断基準によって選択することができる。
　例えば、非経口投与のための組成物としては、例えば、注射剤が用いられる。かかる注射剤は、自体公知の方法に従って、例えば、上記修飾オリゴヌクレオチドを通常注射剤に用いられる無菌の水性もしくは油性液に溶解、懸濁又は乳化することによって調製する。注射用の水性液としては、例えば、リン酸緩衝食塩水、生理食塩水、ブドウ糖やその他の補助薬を含む等張液などが用いられ、適当な溶解補助剤、例えば、アルコール(例、エタノール)、ポリアルコール(例、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール)、非イオン界面活性剤〔例、ポリソルべート80、HCO-50(polyoxyethylene(50mo1)adduct of hydrogenated castor oil)〕などと併用してもよい。また、緩衝剤、ｐＨ調整剤、等張化剤、無痛化剤、保存剤、安定化剤などを含むことができる。かかる組成物は公知の方法によって製造される。
　非経口投与としては、例えば、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、頭蓋内投与、髄腔内投与、脳室内投与があげられるがこれらに限定されない。投与は、持続的又は長期的でもよいし、短期的又は断続的でもよい。
　経口投与のための組成物としては、固体又は液体の剤形、具体的には錠剤(糖衣錠、フイルムコーティング錠を含む)、丸剤、顆粒剤、散剤、カプセル剤(ソフトカプセル剤を含む)、シロツプ剤、乳剤、懸濁剤などがあげられる。かかる組成物は公知の方法によって製造され、製剤分野において通常用いられる担体、希釈剤もしくは賦形剤を含有するものである。錠剤用の担体、賦形剤としては、例えば、乳糖、でんぶん、蔗糖、ステアリン酸マグネシウムなどが用いられ、希釈剤としては、例えば、生理食塩水が用いられる。
　また、本発明の医薬組成物には、核酸導入用試薬を含むことができる。該核酸導入用試薬としては、リポソーム、リポフェクチン、リポフェクタミン、ＤＯＧＳ（トランスフェクタム）、ＤＯＰＥ、ＤＯＴＡＰ、ＤＤＡＢ、ＤＨＤＥＡＢ、ＨＤＥＡＢ、ポリブレン、あるいはポリ（エチレンイミン）（ＰＥＩ）等の陽イオン性脂質等を用いることができる。
　また、本発明の医薬組成物に含まれる修飾オリゴヌクレオチドは、１つ又は複数の場所で、脂肪酸、コレステロール、糖質、リン脂質、抗体等の生体内分子に対して親和性を有するタンパク質、ビオチン、フェナジン、ビタミン、ペプチド、葉酸塩、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン及び色素のコンジュゲート基とコンジュゲートしたものが好ましく用いられる。上記コンジュゲートした修飾オリゴヌクレオチドは公知の方法によって製造され、その活性、組織分布、細胞分布又は細胞取り込みを増強するものを選択することができる。
　上記コンジュゲート基は修飾オリゴヌクレオチドに直接結合しているものか、あるいはコンジュゲート基は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、不飽和部分（例えば、二重又は三重結合）、８－アミノ－３，６－ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシニミジル４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、６－アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸ又はＡＨＡ）、アジド、置換Ｃ１～Ｃ１０アルキル、置換若しくは非置換Ｃ２～Ｃ１０アルケニル、及び置換若しくは非置換Ｃ２～Ｃ１０アルキニルから選択される連結部分により修飾オリゴヌクレオチドに結合している。ここで、置換基は、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、アジド、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニル及びアルキニルから選択される。
　本発明の医薬組成物の投与形態としては、経口投与、静脈内投与又は動脈内投与などの全身投与であってもよいし、頭蓋内投与、髄腔内投与又は脳室内投与などの局所投与であってもよいがこれらに限定されない。本発明の医薬組成物の投与量は、使用目的、疾患の重篤度、患者の年齢、体重、性別等により適宜変更し得るが、通常、修飾オリゴヌクレオチド量として、0.1ng～100mg/kg/日、好ましくは、1ng～10mg/kg/日の範囲から選ぶことができる。
　非限定開示及び参照による組み込み
　本明細書に記載のある種の化合物、組成物及び方法は、ある種の実施態様に従って特異的に記載されているが、以下の実施例は、本明細書に記載の化合物を例示する役割を果たすにすぎず、これを限定することを意図しない。本出願に記載される参考文献のそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
　実施例１
Ｉｎ ｖｉｔｒｏ評価用修飾オリゴヌクレオチド化合物の合成及び精製 
　ＡＬＮＡ［Ｍｓ］アミダイト（国際出願　ＰＣＴ／ＪＰ２０１９／０４４１８２号（WO2020/100826）に記載された方法により合成）を用いて、修飾オリゴヌクレオチド化合物を、ＤＮＡ／ＲＮＡオリゴヌクレオチド自動合成機ｎＳ－８ＩＩ(株式会社ジーンデザイン製)により０．５μｍｏｌスケールにてＣＰＧ又はポリスチレン担体を用いて合成した。アミダイトは全て０．１Ｍのアセトニトリル溶液に調製、非天然型ヌクレオシドにおけるカップリング時間は１０分間で行い、それ以外の工程はｎＳ－８ＩＩの標準条件にて行った。活性化剤はＡｃｔｉｖａｔｏｒ４２（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）、チオ化にはＳｕｌｆｕｒｉｚｉｎｇ　ＲｅａｇｅｎｔＩＩ（Ｇｒｅｎ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ　Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、酸化にはＯｘｉｄｉｚｅｒ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）を使用した。合成したオリゴヌクレオチドは２８％アンモニア水溶液を加えて８５℃にて８時間反応させることで担体からの切り出しと塩基部の脱保護を行った。アンモニアを濃縮留去したのち、ＮＡＰ１０にて簡易精製を行った後、逆相ＨＰＬＣ精製を行った。
　合成した修飾オリゴヌクレオチド化合物を表１（１８残基の修飾オリゴヌクレオチド）及び表２（１６残基の修飾オリゴヌクレオチド）に示す。化合物の表記は、各ヌクレオチドが３文字で表される。但し３’末端のヌクレオチドはヌクレオシド間結合がないため２文字で表される。
１）第１文字は大文字で表され、下記核酸塩基を示す：
　Ａ＝アデニン、Ｔ＝チミン、Ｇ＝グアニン、Ｃ＝シトシン、Ｕ＝ウラシル、Ｍ＝５－メチルシトシン、
２）第２文字は下記各糖部分を示す：
　ｍ＝ＡＬＮＡ［Ｍｓ］、ｄ＝２’－デオキシリボース、
３）第３文字は下記ヌクレオシド間結合を示す：
ｓ＝ホスホロチオエート、ｐ＝ホスホジエステル。
　標的開始位置は、修飾オリゴヌクレオチドのＡＴＸＮ３　ｐｒｅ－ｍＲＮＡ５’標的部位（修飾オリゴヌクレオチドの３’末端に対応する配列表の配列番号１の位置）を示し、標的終了位置は、修飾オリゴヌクレオチドのＡＴＸＮ３　ｐｒｅ－ｍＲＮＡ３’標的部位（修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に対応する配列表の配列番号１の位置）を示す。
実施例２
修飾オリゴヌクレオチド化合物の精製、及び純度確認
　合成した修飾オリゴヌクレオチド化合物の精製及び純度確認は、逆相ＨＰＬＣにより以下の条件で行った。
逆相ＨＰＬＣ（精製）
移動相：
　Ａ液：４００ｍＭ　ヘキサフルオロイソプロパノール、１５ｍＭ　トリエチルアミン
　Ｂ液：メタノール
　グラジエント：　Ａ：Ｂ　＝８３：１７→７０：３０（１０ｍｉｎ）
使用カラム：
　　分取　Ｗａｔｅｒｓ　ＸＢｒｉｄｇｅ＠　Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　ＢＥＨ　Ｃ１８　ＯＢＤＴＭ　Ｐｒｅｐ　Ｃｏｌｕｍｎ，１３０Å，２．５μｍ，１０ｍｍ＊５０ｍｍ
流速：
　分取　５ｍＬ/ｍｉｎ
カラム温度：６０℃
検出： ＵＶ（２６０ｎｍ）
逆相ＨＰＬＣ（純度確認）
移動相：
　Ａ液：４００ｍＭ　ヘキサフルオロイソプロパノール、１５ｍＭ　トリエチルアミン水溶液
　Ｂ液：メタノール
グラジエント：Ａ：Ｂ　＝８２：１８→７３．５：２６．５（５ｍｉｎ）
使用カラム：
　　Ｗａｔｅｒｓ　ＸＢｒｉｄｇｅ＠　Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　ＢＥＨ　Ｃ１８　ＯＢＤＴＭ　Ｐｒｅｐ　Ｃｏｌｕｍｎ，１３０Å，２．５μｍ，４．６ｍｍ＊５０ｍｍ
流速：１ｍＬ／ｍｉｎ
カラム温度：６０℃
検出：ＵＶ（２６０ｎｍ）
実施例３
Ｉｎ　ｖｉｔｒｏ　ＡＴＸＮ３発現比試験（Ｇｙｍｎｏｓｉｓ法）
　ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞を１ウェル当たり３×１０3個播種すると同時に、合成した修飾オリゴヌクレオチドを終濃度３又は１０μｍｏｌ／Ｌで添加し、ＣＯ２インキュベーターで３日間インキュベーションした。細胞からＲＮＡを抽出後、逆転写反応を行い、ｃＤＮＡを得た。得られたｃＤＮＡを用いて、ＡＴＸＮ３又はＧＡＰＤＨに対するプライマー及びプローブによる定量的リアルタイムＰＣＲを行った。ＡＴＸＮ３　ｍＲＮＡレベルはＧＡＰＤＨに対する量比を算出することにより得た。ＡＴＸＮ３発現比は、修飾オリゴヌクレオチドを添加した細胞におけるＡＴＸＮ３　ｍＲＮＡレベルを、修飾オリゴヌクレオチドを添加していない細胞におけるＡＴＸＮ３　ｍＲＮＡレベルと比較して百分率で算出した。１８残基の修飾オリゴヌクレオチドを終濃度３μｍｏｌ／Ｌ添加した際のＡＴＸＮ３発現比の結果を表１および表３に示し、１６残基の修飾オリゴヌクレオチドを終濃度１０μｍｏｌ／Ｌ添加した際のＡＴＸＮ３発現比の結果を表２に示した。
実施例４
Ｉｎ　ｖｉｔｒｏ　ＡＴＸＮ３発現比試験（Ｇｙｍｎｏｓｉｓ法）
　ＷＯ２０１８／０８９８０５に記載の代表修飾オリゴヌクレオチドである６５０５２８、ＷＯ２０１９／２１７７０８に記載の代表修飾オリゴヌクレオチドである１１００６７３またはＷＯ２０２０／１７２５５９に記載の代表修飾オリゴヌクレオチドである１２８７０９５を合成した。これらの修飾オリゴヌクレオチドの標的開始位置と標的終了位置は表４に記載の通りである。合成は２’－ＭＯＥ（２’-O-methoxyethyl）アミダイトを用い、実施例１、及び実施例２と同様にして行った。ＳＨ－ＳＹ５Ｙ細胞を１ウェル当たり３×１０3個播種すると同時に、合成した修飾オリゴヌクレオチドを終濃度３又は１０μｍｏｌ／Ｌで添加し、ＣＯ２インキュベーターで３日間インキュベーションした。細胞からＲＮＡを抽出後、逆転写反応を行い、ｃＤＮＡを得た。得られたｃＤＮＡを用いて、ＡＴＸＮ３又はＧＡＰＤＨに対するプライマー及びプローブによる定量的リアルタイムＰＣＲを行った。ＡＴＸＮ３　ｍＲＮＡレベルはＧＡＰＤＨに対する量比を算出することにより得た。ＡＴＸＮ３発現比は、修飾オリゴヌクレオチドを添加した細胞におけるＡＴＸＮ３　ｍＲＮＡレベルを、修飾オリゴヌクレオチドを添加していない細胞におけるＡＴＸＮ３　ｍＲＮＡレベルと比較して百分率で算出した。結果を表４に示した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000021
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000022
 
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000023
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000024
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000025
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000026
 
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000027
 
参考例
　ＡＬＮＡ［Ｍｓ］含有ヌクレオシド、ＡＬＮＡ［ｍＵ］含有ヌクレオシド、ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］含有ヌクレオシド、ＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］含有ヌクレオシド、ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］含有ヌクレオシドの合成法のスキームを以下に示す。なお、出発化合物１ａ，１ｄ，１ｇは国際公開第２０１７／０４７８１６号に記載された方法で合成することができる。
ＡＬＮＡ［Ｍｓ］－Ｔの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000028
 
 
ＡＬＮＡ［Ｍｓ］－ｍＣの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000029
 
 
ＡＬＮＡ［Ｍｓ］－Ｇの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000030
 
 
ＡＬＮＡ［Ｍｓ］－Ａの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000031
 
 
ＡＬＮＡ［ｍＵ］－Ｔの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000032
 
 
ＡＬＮＡ［ｍＵ］－ｍＣの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000033
 
 
ＡＬＮＡ［ｍＵ］－Ｇの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000034
ＡＬＮＡ［ｍＵ］－Ａの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000035
 
 
ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］－Ｔの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000036
 
 
ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］－ｍＣの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000037
 
 
ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］－Ｇの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000038
 
 
ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］－Ａの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000039
 
 
ＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］－Ｔの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000040
 
 
ＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］－ｍＣの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000041
 
 
ＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］－Ｇの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000042
 
 
ＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］－Ａの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000043
 
 
ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］－Ｔの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000044
 
 
ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］－ｍＣの合成
Figure JPOXMLDOC01-appb-C000045
 
　本明細書では、別段の記載がない限り、単数形の使用は複数形を含む。本明細書では、別段の記載がない限り、「又は」の使用は「及び／又は」を意味する。さらに、用語「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」並びに他の形態、例えば「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」及び「含まれる（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」の使用は、限定的なものではない。さらに、別段の記載がない限り、「要素」などの用語は、１つのユニットを含む要素と１つを超えるサブユニットを含む要素を包含する。
　本明細書で使用されるセクションの見出しは、構成上の目的のためだけであり、記載される主題を制限するものとして解釈されるべきでない。これらに限定されないが、特許、特許出願、記事、書籍及び論文を含めた、本出願で引用されるすべての文書又は文書の一部分は、本明細書で論じる文書の一部分に関して、及びその全体が、参照により本明細書に明確に組み込まれる。
　具体的な定義が与えられない限り、本明細書に記載の分析化学、有機合成化学、並びに医化学及び薬化学に関連して利用される命名法、及びそれらの手順及び技法は、当技術分野で周知であり、一般に使用されるものである。標準的な技法を、本明細書中で使用する化学合成及び化学分析に使用することができる。許容される場合、本明細書の開示の全体を通して言及される、すべての特許、出願、公開出願及び他の刊行物、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）などのデータベースを通して入手可能なＧｅｎＢａｎｋ受託番号及び関連する配列情報並びに他のデータは、本明細書に論じる文書の一部分に関して、及びその全体が、参照により組み込まれる。
　また、本明細書は、電子フォーマットの配列表と共に出願するが、当該電子フォーマット中に記載する配列表の情報は、参照によりその全体が本明細書中に組み込まれる。

Claims (18)

  1. Ａｔａｘｉｎ　３（ＡＴＸＮ３）発現を阻害する活性を有する修飾オリゴヌクレオチドであり、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、
    　１）TCGGGTAAGTAGATTTTC（配列番号１の２１５９～２１７６の相補配列）（配列表の配列番号２３９）
    　２）GAAGTATCTGTAGGCCTA（配列番号１の２５１３～２５３０の相補配列）（配列表の配列番号２４０）
    　３）GGACTGTATAGGAGATTA（配列番号１の２６４６～２６６３の相補配列）（配列表の配列番号２４１）
    　４）GGTTATAGGATGCAGGTA（配列番号１の５８４４～５８６１の相補配列）（配列表の配列番号２４２）
    ５）AGGTTATAGGATGCAGGT（配列番号１の５８４５～５８６２の相補配列）（配列表の配列番号２４３）
    ６）GAAGCTAAGTAGGTGACT（配列番号１の１５１１５～１５１３２の相補配列）（配列表の配列番号２４４）
    ７）TGAAGCTAAGTAGGTGAC（配列番号１の１５１１６～１５１３３の相補配列）（配列表の配列番号２４５）
    ８）CCTAGTCACTTTGATAGA（配列番号１の１９１６３～１９１８０の相補配列）（配列表の配列番号２４６）
    ９）GGAACATCTTGAGTAGGT（配列番号１の１９７３７～１９７５４の相補配列）（配列表の配列番号２４７）
    １０）GGTGTTCAGGGTAGATGT（配列番号１の２０８３５～２０８５２の相補配列）（配列表の配列番号２４８）
    １１）GGATACTCTGCCCTGTTC（配列番号１の２１４８２～２１４９９の相補配列）（配列表の配列番号２４９）
    １２）GGTGTCAAACGTGTGGTT（配列番号１の２２２００～２２２１７の相補配列）（配列表の配列番号２５０）
    １３）CCGTGTGCTAGTATTTGT（配列番号１の２７３８９～２７４０６の相補配列）（配列表の配列番号２５１）
    １４）TAGTAGAGTTTTGCTTGG（配列番号１の３１５７０～３１５８７の相補配列）（配列表の配列番号２５２）
    １５）GATGTAGTAGAGTTTTGC（配列番号１の３１５７４～３１５９１の相補配列）（配列表の配列番号２５３）
    １６）TGATGTAGTAGAGTTTTG（配列番号１の３１５７５～３１５９２の相補配列）（配列表の配列番号２５４）
    １７）CTGATGTAGTAGAGTTTT（配列番号１の３１５７６～３１５９３の相補配列）（配列表の配列番号２５５）
    １９）GCAAGTTGGTTTGTGGTA（配列番号１の３２００８～３２０２５の相補配列）（配列表の配列番号２５６）
    ２０）TCTAGGCAATTGTGGTGG（配列番号１の３２１２７～３２１４４の相補配列）（配列表の配列番号２５７）
    ２１）GTAACTCTGCACTTCCCA（配列番号１の３６４１１～３６４２８の相補配列）（配列表の配列番号２５８）
    ２２）GTCATCCCTATGTCTTAT（配列番号１の３６６０７～３６６２４の相補配列）（配列表の配列番号２５９）
    ２３）GTCATATGGTCAGGGTAT（配列番号１の４０４５３～４０４７０の相補配列）（配列表の配列番号２６０）
    ２４）TGTCATATGGTCAGGGTA（配列番号１の４０４５４～４０４７１の相補配列）（配列表の配列番号２６１）
    ２５）ATGTCATATGGTCAGGGT（配列番号１の４０４５５～４０４７２の相補配列）（配列表の配列番号２６２）及び
    ２６）TATGTCATATGGTCAGGG（配列番号１の４０４５６～４０４７３の相補配列）（配列表の配列番号２６３）
    からなる群より選択されるいずれかの核酸塩基配列又は該核酸塩基配列に含まれる連続した１７塩基の核酸塩基配列である、前記修飾オリゴヌクレオチド。
  2. 一本鎖である、請求項１に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
  3. 修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも１つのヌクレオシドが修飾糖を含む、請求項１または２に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
  4. 修飾糖が二環式糖、２’－ＭＯＥ（２’-O-methoxyethyl）で修飾された糖、及び２’－ＯＭｅで修飾された糖からなる群から選択される、請求項３に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
  5. 二環式糖が、ＬＮＡ、ＧｕＮＡ、ＡＬＮＡ［Ｍｓ］、ＡＬＮＡ［ｍＵ］、ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］、ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］、又はＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］の糖部分から選択される、請求項４に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
  6. 前記修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも１つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
  7. 修飾核酸塩基が、５－メチルシトシンである、請求項６に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
  8. 前記修飾オリゴヌクレオチドを構成する少なくとも１つのヌクレオシド間結合が修飾ヌクレオシド間結合である、請求項１～７のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
  9. 修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項８に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
  10. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、
    １）ギャップセグメント、
    ２）５’ウイングセグメント及び
    ３）３’ウイングセグメント、を含み、
    　前記ギャップセグメントが、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置付けられ、
    前記５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントを構成するヌクレオシドが修飾糖を含むものである、請求項１～９のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
  11. ＡＴＸＮ３発現を阻害する活性を有する、１２～２４残基からなる修飾オリゴヌクレオチドであり、前記修飾オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が配列表の配列番号１の核酸塩基配列の等長部分に少なくとも８５％相補性を有し、当該オリゴヌクレオチドを構成するヌクレオシドのうち少なくとも１つがＡＬＮＡ［Ｍｓ］、ＡＬＮＡ［ｍＵ］、ＡＬＮＡ［ｉｐＵ］、ＡＬＮＡ［Ｏｘｚ］、又はＡＬＮＡ［Ｔｒｚ］の糖部分から選択される修飾糖を有する、修飾オリゴヌクレオチド。
  12. 請求項１～１１のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチド、又はその医薬的に許容可能な塩、及び薬学的に許容可能な担体を含む医薬組成物。
  13. ＡＴＸＮ３関連疾患の治療、予防、又はその進行の遅延化のための、請求項１２に記載の医薬組成物。
  14. 前記ＡＴＸＮ３関連疾患が神経変性疾患である、請求項１３に記載の医薬組成物。
  15. 前記神経変性疾患が脊髄小脳変性症３型である、請求項１４に記載の医薬組成物。
  16. 請求項１～１１のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチドの有効量をそれを必要とする対象に投与することを特徴とする、対象におけるＡＴＸＮ３関連疾患の治療、予防又はその進行の遅延化のための方法。
  17. ＡＴＸＮ３関連疾患の治療、予防又はその進行の遅延化のための医薬の製造における、請求項１～１１のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチドの使用。
  18. ＡＴＸＮ３関連疾患の治療、予防又はその進行の遅延化のための、請求項１～１１のいずれか１項に記載の修飾オリゴヌクレオチド。
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