TWI713453B

TWI713453B - 干擾素α及ω抗體拮抗劑

Info

Publication number: TWI713453B
Application number: TW104119686A
Authority: TW
Inventors: 艾倫齊; 朱迪斯康諾; 吉吉黃; 傑拉特喬登; 欣方林施密特; 金泉羅; 路盧; 克利斯汀馬汀奈茲; 蓋琳娜歐摩洛瓦; 羅納德史旺森
Original assignee: 美商健生生物科技公司
Priority date: 2014-06-23
Filing date: 2015-06-18
Publication date: 2020-12-21
Also published as: MX2016017380A; KR20230107409A; US20190359705A1; EP3157564C0; US20150368338A1; CA2952965C; PH12016502535B1; TW201613967A; PE20170519A1; CL2016003291A1; SG11201610497RA; US10208113B2; WO2015200165A1; EP3157564A4; US20190106489A1; CN106573053B; CA2952965A1; AU2015280275B2; US10759854B2; KR102553752B1

Abstract

本發明關於廣泛中和干擾素-α及干擾素-ω的抗體、編碼該等抗體或片段的聚核苷酸、以及製造與使用上述者之方法。

Description

干擾素α及ω抗體拮抗劑

本發明關於會廣泛中和干擾素-α及干擾素-ω的抗體、編碼該等抗體或片段的聚核苷酸、以及製造與使用上述者之方法。

第I型干擾素(IFN)(IFN-I)為透過普遍表現之異二聚體受體(heterodimeric receptor)IFNAR(IFNAR1及IFNAR2之異二聚體)傳遞信號的細胞介素家族，其會造成抗病毒、抗增生、及免疫調節效果。在人類中，第I型IFN係包含至少12種IFN-α蛋白質亞型(subtype)及IFN-β、IFN-ε、IFN-κ、和IFN-ω的各1種亞型。IFN-I釋放係對微生物配體及無菌配體(sterile ligand)兩者反應而發生。一旦受體結合，IFN-I會透過活化JAK1及TYK2以起始傳遞信號的級聯反應(signaling cascade)，從而導致數個STAT家族成員(包括STAT1至6)的磷酸化。STAT1和STAT2活化會導致與IFN調控因子9(IRF9)形成複合體(complex)，而此複合體(亦稱為IFN刺激基因因子3(IFN-stimulated gene factor 3,ISGF3)複合體)會結合到細胞核中的IFN刺激反應元(IFN-stimulated response element,ISRE)，從而造成許多干擾素刺激基因(interferon-stimulated gene,ISG)的轉錄，該等干擾素刺激基因包括IRF7及CXCL10(IP-10)(Gonzalez-Navajas等人，Nature reviews.Immunology 12,125(Feb,2012))。IFN-I也會透過其他途徑來調控分子功能，包括v-crk肉瘤病毒CT10致癌基因同源物(禽類)樣 (CRKL)、促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)、肌醇磷脂-激酶(PI3K)，以及透過核因子活化B細胞的κ輕鏈增強子(NF-κβ)(Hervas-Stubbs等人，Clinical cancer research：an official journal of the American Association for Cancer Research 17,2619(May 1,2011))。

數種免疫媒介之發炎性疾病或自體免疫疾病如狼瘡(包括全身性紅斑狼瘡(SLE)及皮膚性紅斑狼瘡(CLE))、第I型糖尿病、牛皮癬、休格倫氏病(Sjögren’s disease)、全身性硬化症、類風溼性關節炎、免疫性血小板減少症(ITP)、艾卡迪-高帝耶氏(Aicardi-Goutieres)症候群(AGS)、肌炎、常見變異型免疫缺乏(CVID)及自體免疫甲狀腺病，皆於至少一病患子群中與具有IFN可誘導基因轉錄物(常稱為IFN特徵(IFN signature)，存在於全血及/或組織中)之過度表現或IFN-I升高有所關聯。

SLE是一種慢性自體免疫或免疫媒介之發炎性疾病，其中致病自體抗體及免疫複合體的產生會造成跨多重器官系統的組織損傷。這種疾病顯示出具有混雜臨床表現的廣泛範圍症狀，並且可包括全身性、皮膚性、腎性、肌肉骨骼性、神經性及血液性表現。SLE在嚴重性上變化很大且係慢性，病程發作的緩解和復發在改善或緩解期之間反覆不斷，可能持續數周、數月或數年。IFN-α在SLE病患中會升高並且據信會促成對自身耐受度的喪失。IFN-α已經顯示會促進樹突細胞(dendritic cell)持續活化並因而造成抗原表現，並且會抑制Treg功能而促成SLE。IFN-α亦會誘導BLyS表現，其為市售SLE治療劑BENLYSTA^TM的標靶(target)。多種與IFN-I之生產或反應相關聯的多形性(polymorphism)已經被辨識出來，並且佔了確認與SLE相關聯之多型性的超過一半(Ghodke-Puranik & Niewold,International journal of clinical rheumatology 8,doi：10.2217/ijr.13.58(2013))。中和各種IFN-α亞型的抗體(泛IFN-α抗體)正在針對SLE進行臨床試驗評估(請參見例如Int. Pat.Publ.No.WO02/066649、Int Pat.Publ.No.WO05/059106、Int.Pat.Publ.No.WO06/086586、Int.Pat.Publ.No.WO09/135861)。

IFN-ω構成人類白血球IFN製劑(在病毒感染後所產生)中之總IFN-I活性中的約15%(Adolf,Virology 175,410(Apr,1990)。已經有報告指出IFN-基因表現在SLE病患中會升高(Han等人，Genes and immunity 4,177(Apr,2003)；Yao等人，Hum Genomics Proteomics 2009,(2009))，也有報告指出IFN-能夠誘導DC分化(Walker及Tough，European journal of immunology 36,1827(Jul,2006))。目前臨床試驗中的抗IFN-α抗體(西法木單抗(sifalimumab,MEDI-545)、隆他利單抗(rontalizumab)及AGS-009)不中和IFN-ω。這些抗體的臨床試驗數據指出，在用抗IFN-α抗體治療後病患中的第I型IFN特徵部分降低(Merrill等人，Ann Rheum Dis 70：1905-1913,2011；Yao等人，Arthritis Rheum 60：1785-1796,2009)，並且隆他利單抗(一種泛抗IFN-α抗體)的第2期試驗數據指出在干擾素特徵度量(Interferon Signature Metric,ISM)低的中度至重度活動性狼瘡(active lupus)對象之預指定生物標記定義群組中，下列有所改善：SLE病徵及症狀、發作率(flare rate)、以及在第24周時的類固醇負擔(steroid burden)。在具有較高量的IFN可誘導基因表現(預定義為ISM-High)的病患中則未見效力(Kalunian等人，2012 ACR/ARHP Annual Meeting；Abstract # 2622,2012)。

除了抗IFN抗體外，正在研究用於治療狼瘡的抗IFNAR1抗體(Wang等人，2013；Clinical Pharmacology & Therapeutics accepted article preview 14 February 2013；doi：10.1038/clpt.2013.35)。IFNAR1阻斷(blockage)可能會廢除由所有第I型IFN(包括IFN-β)所誘導的IFN傳遞信號。IFN-β可能在抗病毒防禦中扮演更關鍵的角色，因為對編碼IFN-β之基因的特定刪除會使和具有功能性IFN-β且暴露於類似情況的小鼠相比，對多種病毒產生顯著的易感性(Lazear等人，J Virol 85：7186-7194；Deonarain等人，J Virol 74(7)：3404-340,2000；Deonarain等人，Circulation 110：3540-3543,2004；Gerlach等人，J Virol 80：3438-3444,2006)。因此，抗IFNAR1抗體可能會提高副作用的風險。

對SLE的現行照護標準包括皮質類固醇、抗瘧疾藥、免疫抑制劑或B細胞調控劑。這些治療劑可能會展現出毒性及其他嚴重副作用，並且可能不適用於治療所有狼瘡病患。因此，對於狼瘡及其他免疫媒介之發炎性或自體免疫疾病的其他治療處理仍有需求。

圖1A顯示來自中國人SLE病患之血漿中的IFN-ω及IFN-α水準(pg/ml)。圖中的橫條表示重複樣品的平均ELISA值，直條則表示標準差(standard deviation,SD)。

圖1B顯示來自高加索人SLE病患之血清中的IFN-ω及IFN-α水準(pg/ml)。深色實線圓圈表示各個捐贈者中的最高IFN-α水準，而虛線圓圈則表示各個捐贈者中的最高IFN-ω血漿水準。圖中的橫條表示重複樣品的平均ELISA值，直條表示SD。

圖1C顯示病患血清會活化下游干擾素傳遞信號途徑，此係使用ISRE報導基因檢定(ISRE reporter gene assay)所測得。顯示有最高量IFN-α蛋白質(深色實線圓圈)及IFN-ω(虛線圓圈)的捐贈者亦在報導基因檢定中展現最高的ISRE誘導水準。該等結果為各血清樣品來自單孔的讀值。

圖2顯示在僅使用逐步增加濃度(0.4至100μg/ml)的抗IFN-α抗體下，或者在使用100μg/mlIFN-α組合抗IFN-ω抗體(20μ/ml)下，對於SLE免疫複合體誘導IFN的抑制。SLE免疫複合體(SLE immune complex,SLE IC)係製備自兩位不同的捐贈者(SLE捐贈者232或293)。組合阻斷IFN-α和IFN-ω會造成如使用ISRE檢定所測定之SLE IC誘導IFN活性的增強抑制。HV IC條件培養基=來自用健康捐贈者之免疫複合體刺激而來之PBMC的條件培養基。

圖3顯示用IFN-αA或IFN-ω刺激從6位健康個體所得之PBMC而來的IP-10分泌之誘導，如圖所指示。

圖4A顯示於IFN-ω、IFN-α、IFN-ω及抗IFN-ω抗體、或IFN-α及抗IFN-α抗體、或同型對照組(iso)存在下的經分化DC存在下，來自CD4⁺T細胞的IFN-γ分泌，如圖所指示。於IFN-ω或IFN-α存在下的經分化DC會誘導相同程度的CD4⁺ T細胞活化，而於抗IFN-ω或抗IFN-α中和抗體存在下的經分化DC則不會誘導CD4⁺ T細胞分化。經分化DC係用純化CD4⁺ T細胞培養，DC：CD4⁺ T細胞之比例為1：20。所分泌之IFN-γ係在第6天測得。數據代表2個研究。誤差槓表示Luminex三重複的SD。CONC：濃度。

圖4B顯示於IFN-ω、IFN-α、IFN-ω及抗IFN-ω抗體、或IFN-α及抗IFN-α抗體、或同型對照組(iso)存在下的經分化DC存在下，來自CD4⁺T細胞的IL-17分泌，如圖所指示。於IFN-ω或IFN-α存在下的經分化DC會誘導相同程度的CD4⁺ T細胞活化，而於抗IFN-ω或抗IFN-α中和抗體存在下的經分化DC則不會誘導CD4⁺ T細胞分化。經分化DC係用純化CD4⁺ T細胞培養，DC：CD4⁺ T細胞之比例為1：20。所分泌之IL-17係在第6天測得。數據代表2個研究。誤差槓表示Luminex三重複的SD。CONC：濃度。

圖5A顯示IFN-ω誘導T細胞非依賴性(T-cell independent)之B細胞活化(B cell activation)和IFN-α的程度相同。B細胞活化係使用螢光標示抗CD86抗體以CD86表面表現評估而得。T細胞非依賴性之B 細胞活化係以CpG(ODN2006)及/或抗B細胞受體(aBCR)抗體來誘導，如圖中所指示。IFN-ω或IFN-α(IFN-αB2)係以所指示濃度來使用。中位數螢光值經測得。B細胞係得自一位捐贈者。該等結果係表示為重複樣品的平均值±SD。

圖5B顯示IFN-ω誘導以非T細胞依賴性方式活化之B細胞分泌IL-6的程度和IFN-α相同。T細胞非依賴性之B細胞活化係以CpG(ODN-2006)及/或抗BCR抗體(aBCR)來誘導，如圖中所指示。IFN-ω或IFN-α(IFN-α2B)係以所指示濃度來使用。IL-6濃度係表示為pg/ml。B細胞係得自一位捐贈者。該等結果係表示為重複樣品的平均值±SD。

圖6顯示IFN-ω誘導來自人類PBMC之BLyS分泌的程度如同IFN-α(IFN-αB2)。用來刺激PBMC的IFN-ω或IFN-α濃度係表示於X軸。BLyS濃度係表示為pg/ml。結果係表示為重複樣品的平均值±SD。

圖7A顯示IFN-ω/Fab IFWM371複合體的整體分子結構(僅顯示抗體的Fv)。方框區域係放大顯示於圖7B中。圖中指示IFN-ω的IFN-ω AB環(AB)、E螺旋(E)及D螺旋(D)。小圓圈代表水分子。圖中指示VL及VH或IFWM371。

圖7B顯示圖7A方框區域的放大圖，其展示在IFN-ω/Fab IFWM371介面處透過水分子媒介之氫鍵結網路(水複合體(WC)1、2、及3)。

圖8A顯示IFN-ω/Fab IFWM371複合體中的表位(epitope)。依據SEQ ID NO：1之IFN-ω殘基(residue)編號。

圖8B顯示IFN-ω/Fab IFWM371複合體中的互補位(paratope)。殘基Y32、Y92、T94及L96為VL中的殘基，而殘基W33、I50、D57、T58、R59、H99、P100、G101、L102、N103、W104、A105及 D107為VH中與IFN-ω接觸的殘基。VL：SEQ ID NO：29；VH：SEQ ID NO：28。T94及A105未顯示於圖中。

圖8C顯示IFN-ω與Fab IFWM371之間的二維交互作用映射圖。方框中的殘基為VL互補位殘基，而圓圈中的殘基為VH互補位殘基。以灰色強調顯示的殘基為IFN-ω表位殘基。VL、VH及IFN-ω殘基之編號係分別依據SEQ ID NO：29、28及1。凡得瓦(VDW)及疏水交互作用係以實線顯示，靜電及H鍵係以虛線顯示，箭頭代表主鏈交互作用，而箭頭指向主鏈原子。大部分交互作用係由三個IFN-ω表位殘基F27、L30及R33所形成。

圖9顯示IFN-ω與各種IFN-α亞型的比對(alignment)。箭頭指示IFWM371所結合之表位殘基。F27、L30及R33在所有IFN中都是保守(conserved)者，除了在IFWM371不結合之IFN-αD中以外。殘基編號係依據人類IFN-ω SEQ ID NO：1(圖中之IFNω-01)。IFNα-01/D/1：SEQ ID NO：18；IFN-α-02：SEQ ID NO：5；IFNα-04/a/b：SEQ ID NO：15；IFNα-07/J：SEQ ID NO：13；IFNα-10/C：SEQ ID NO：7；IFN-α-17SEQ ID NO：12；IFNα-21/F：SEQ ID NO：9；IFNα-14/H：SEQ ID NO：11；IFNα-16/WA：SEQ ID NO：16；IFNα-08/B2：SEQ ID NO：6；IFNα-05/G：SEQ ID NO：10；IFNα-06/K：SEQ ID NO：14。

圖10顯示在ISRE檢定中，所選抗體對於各種第I型IFN的IC₅₀值。

圖11A顯示用抗IFN-α/ω抗體來中和在人類全血中的白血球IFN誘導IP10釋出。白血球IFN(Lk)係用來誘導在來自兩位對象之健康捐贈者全血中的IP-10分泌。全血係用白血球干擾素(LK)並搭配或未搭配各種濃度(10μg/ml至10pg/ml)下之抗IFN-α/ω抗體IFWM3522或IFWM3525來培養，如圖中所指示。直條代表平均值而誤差槓代表來自重複孔的SD。數據為2個獨立實驗的代表結果，該2個獨立實驗使用來自2位不同人類捐贈者的全血。

圖11B顯示用抗IFN-α/ω抗體來中和在人類全血中的白血球IFN誘導IP-10釋出。白血球IFN(Lk)係用來誘導IP-10在來自兩位對象的健康捐贈者全血中分泌。全血係用白血球干擾素(LK)並搭配或未搭配各種濃度(10μg/ml至10pg/ml)下之抗IFN-α/ω抗體IFWM3399或同型對照組來培養，如圖中所指示。直條代表平均值而誤差槓代表來自重複孔的SD。數據為2個獨立實驗的代表結果，該2個獨立實驗使用來自2位不同人類捐贈者的全血。

圖12A顯示用抗IFN-α/ω抗體來中和在人類全血中的SLE免疫複合體誘導之IP-10釋放。全血係用SLE免疫複合體誘導之干擾素製劑並搭配或未搭配各種濃度(10μg/ml至10pg/ml)下之抗IFN-α/ω抗體IFWM3522或IFWM3525來培養，如圖中所指示，並且IP-10係使用ELISA套組自血漿分析。直條代表平均值而誤差槓代表來自重複孔的SD。數據為4個獨立實驗的代表結果，該4個獨立實驗使用來自2位不同人類捐贈者的全血。

圖12B顯示用抗IFN-α/ω抗體來中和在人類全血中的SLE免疫複合體誘導之IP-10釋放。全血係用SLE免疫複合體誘導干擾素製劑並搭配或未搭配各種濃度(10μg/ml至10pg/ml)下之抗IFN-α/ω抗體IFWM3399或同型對照組來培養，如圖中所指示，並且IP-10係使用ELISA套組自血漿分析。直條代表平均值而誤差槓代表來自重複孔的SD。數據為4個獨立實驗的代表結果，該4個獨立實驗使用來自2位不同人類捐贈者的全血。

圖13A顯示在SLE病患血液在體外(in vitro)暴露於如圖中所指示的各種濃度(μg/ml)下之IFN-α/ω抗體IFWM2423或同型對照組24小時後，經正規化的該血液中之MX1基因表現。直條代表平均值而誤差槓代表來自三重複孔的SD。MX1基因表現係相對於β-肌動蛋白進行正規化。

圖13B顯示在SLE病患血液在體外(in vitro)暴露於如圖中所指示的各種濃度(μg/ml)下之IFN-α/ω抗體IFWM3522及IFWM2525或同型對照組24小時後，經正規化的該血液中之MX1基因表現。直條代表平均值而誤差槓代表來自三重複孔的SD。MX1基因表現係相對於β-肌動蛋白進行正規化。

圖14A顯示IFN-ω/M341結構中，表位殘基R33與M371之VH之間以及其與抗體/抗原介面處之水分子間的氫(H)鍵交互作用。

圖14B顯示IFN-ω/M3421結構中，表位殘基R33與M3421之VH間以及其與水分子之間的經修飾H鍵交互作用。

圖14C顯示在M371成熟(maturation)時的序列(L96I突變)及結構變化。在M371結構中，VH之F108係最佳描述為具有兩種替代構形。在M3421結構中，它們係轉化成一種構形，意味著VH與VL之間有更緊密的堆積(packing)。此外，VH之W47還有側鏈旋轉異構體(rotamer)翻轉。

圖14D顯示在M371成熟時的序列及結構變化。VL Y32係突變成更具疏水性的F(Y32F)並且移除在M371的Y32與IFN-ω之間的兩個H鍵。VL A50係突變成F(A50F)。此殘基並未直接接觸抗原但會頂靠著接觸抗原的VH之W104堆疊。兩個其他變化(S31G及S30D)不涉及抗原結合或直接影響像是A50F的結合殘基。這些殘基變化可能會影響局部疏水性並最佳化溶劑交互作用。

圖15顯示IFN-ω與Fab IFWM3421之間的二維交互作用映射圖。方框中的殘基為VL互補位殘基，而圓圈中的殘基為VH互補位殘基。以灰色強調顯示的殘基為IFN-ω表位殘基。VL、VH及IFN-ω殘基之編號係分別依據SEQ ID NO：28、71及1。凡得瓦(VDW)及疏水交互作用係以實線顯示，靜電及H鍵係以虛線顯示，箭頭代表主鏈交互作用，而箭頭指向主鏈原子。大部分交互作用係由三個IFN-ω表位殘基F27、L30及R33所形成。

圖16顯示IFN-ω與Fab IFWM3525之間的二維交互作用映射圖。方框中的殘基為VL互補位殘基，而圓圈中的殘基為VH互補位殘基。以灰色強調顯示的殘基為IFN-ω表位殘基。VL、VH及IFN-ω殘基之編號係分別依據SEQ ID NO：28、71及1。凡得瓦(VDW)及疏水交互作用係以實線顯示，靜電及H鍵係以虛線顯示，箭頭代表主鏈交互作用，而箭頭指向主鏈原子。大部分交互作用係由三個IFN-ω表位殘基F27、L30及R33所形成。

本發明的一個實施例是一種單離之單株抗體，其結合至一人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型，並且中和該等干擾素之生物活性。

本發明的另一個實施例是一種單離之單株抗體，其結合至一人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型，並且中和該等干擾素之生物活性，其中該抗體以至少約1×10^-9M或更低、約1×10^-10M或更低、約5×10^-11M或更低、或約1×10^-11M或更低的IC₅₀來中和該人類IFN-ω之生物活性。

在其他實施例中，本發明之該抗體以至少約2x10^-10M或更低、約1.5×10^-10M或更低、或約1×10^-10M或更低的IC₅₀值來中和至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類IFN-α亞型之活性。

在其他實施例中，該抗體包含分別係SEQ ID NO：109、114及121之重鏈互補決定區(HCDR)1(HCDR1)、2(HCDR2)及3(HCDR3)胺基酸序列，以及係SEQ ID NO：118、119及120之輕鏈互補決定區(LCDR)1(LCDR1)、2(LCDR2)及3(LCDR3)胺基酸序列。

在其他實施例中，該抗體包含分別係SEQ ID NO：109、114、121、159、119及160之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在其他實施例中，該抗體中和至少十種選自由下列所組成之群組的人類IFN-α亞型：IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA及IFN-α4a。

在其他實施例中，該抗體結合SEQ ID NO：1的人類IFN-ω於至少胺基酸殘基F27、L30及R33。

在其他實施例中，該抗體包含分別係SEQ ID NO：109、114、121、161、119及162之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在其他實施例中，該抗體中和至少該等人類IFN-α亞型IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1及IFN-α4a。

在其他實施例中，該抗體包含與SEQ ID NO：28具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致性的重鏈可變區(VH)胺基酸序列，以及與SEQ ID NO：150具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致性的輕鏈可變區(VL)胺基酸序列。

在其他實施例中，該抗體包含如本文中所述的某些HCDR及LCDR序列。

在其他實施例中，該抗體包含如本文中所述的某些VH及VL序列。

本發明的另一個實施例為一種醫藥組成物，其包含本發明之抗體及醫藥上所接受之載劑(carrier)。

本發明的另一個實施例係一種編碼本發明之該抗體VH及/或該VL的聚核苷酸。

本發明的另一個實施例係一種載體(vector)，其包含本發明之聚核苷酸。

本發明的另一個實施例係一種宿主細胞，其包含本發明之載體。

本發明的另一個實施例係一種生產本發明之抗體的方法，其包含在使該抗體表現之條件下培養本發明之宿主細胞，並且回收由該宿主細胞所生產之抗體。

本發明的另一個實施例係一種治療免疫媒介之發炎性疾病或自體免疫疾病的方法，其包含向所需治療之病患投予一治療有效量的本發明之單離抗體一段足以治療或預防該疾病的時間。

在一些實施例中，該免疫媒介之發炎性疾病或該自體免疫疾病係狼瘡、牛皮癬、免疫性血小板減少症(ITP)、艾卡迪-高帝耶氏(Aicardi-Goutieres)症候群(AGS)、全身性硬化症、休格倫氏症候群、肌炎、常見變異型免疫缺乏(CVID)、自體免疫甲狀腺病、第I型糖尿病、類風溼性關節炎、移植排斥或移植物抗宿主病(GVHD)。

所有在本說明中引用、包括但不限於專利及專利申請文件之發表文獻在此全部併入作為參照。

吾人會理解到本說明書中所使用的用語僅用於描述特定實施例之目的，並且不意欲為限制性。除非另有定義，否則本文使用之所有技術及科學術語，均與具有本發明有關技藝之通常知識者所一般了解之意義相同。

雖然任何類似或等效於本文中所述者之方法或材料可用於測試本發明之實務中，本文中仍描述例示性材料及方法。在描述及請求本發明時，將使用下列用語。

本文中所用之用語「特異性結合(specific binding,specific bind)」或「結合(bind)」係指抗體結合至抗原或結合至有大於其他抗原的親和力之抗原內的表位。一般來說，抗體以下列解離常數(K_D)結合至抗原或抗原內之表位：1×10^-8M或更低，例如1×10^-9M或更低、1×10^-10M或更低、1×10^-11M或更低、或1×10^-12M或更低，一般以其結合至非特異性抗原(例如BSA、酪蛋白)之K_D至少十倍小的K_D結合。解離常數可使用標準程序來測量。然而，特異性結合至抗原或抗原內之表位的抗體可能對於其他相關抗原具有交叉反應性，例如對於來自其他物種(諸如人類或猴)的相同抗原(同源物(homolog))，該等猴例如食蟹獼猴(Macaca fascicularis,cynomolgus,cyno)或黑猩猩(Pan troglodytes,chimpanzee,chimp)。特異性結合至抗原或抗原內之表位的抗體可進一步結合在兩種或更多種不同抗原(諸如至少一種干擾素α(IFN-α)亞型與干擾素ω(IFN-ω)；即會與IFN-α亞型及IFN-ω交叉反應的抗體)之間共享的表位。

本文中所用之用語「中和(neutralizing,neutralize)」或「中和抗體(neutralizing antibody)」或「抗體拮抗劑(antibody antagonist)」係指一抗體或抗體片段，其部分或完全抑制重組人類干擾素ω(IFN-ω)及/或至少一種重組人類干擾素α(IFN-α)亞型之生物活性。中和抗體可使用針對IFN-α及/或IFN-ω生物活性之檢定來識別，如本文中所述。IFN-α及/或IFN-ω中和抗體可抑制所測得之IFN-α及/或IFN-ω生物活性達20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%。

本文中所用之用語「干擾素α」(IFN-α)係指人類α干擾素的所有天然亞型。天然IFN-α係由至少12種緊密相關之蛋白質亞型所組成，該等蛋白質亞型係由具有高度結構同源性(structural homology)之不同基因所編碼(Weissmann及Weber，Prog Nucl Acid Res Mol Biol.,33：251,1986；251,1986；Roberts等人，J Interferon Cytokine Res.18：805-816,1998)。人類干擾素之命名法可見於：http：//www_genenames_org/genefamilies/_IFN。表4顯示本文中所用之IFN-α亞型的序列，此外還有其他第I型IFN。

如本文中所用之用語IFN-ω係指具有SEQ ID NO：1中所示之胺基酸序列及UniProt寄存編號P05000的人類IFN-ω。人類IFN-ω亦包括SEQ ID NO：2的變異體，其在位置80(T80)具有蘇胺酸對麩胺酸之取代。

用語「第I型干擾素(type I interferon)」或「IFN-I」係指人類干擾素-α的所有天然亞型，及干擾素-β、干擾素-ε、干擾素-ω及干擾素-κ會結合至常見干擾素受體IFNAR的一個亞型。

如本文所使用，用語「IFNAR」係指IFNAR1及IFNAR2之異二聚體的廣為人知之干擾素受體。IFNAR1及IFNAR2蛋白質序列係分別示於SEQ ID NO：26及27中。IFNAR1成熟胞外域(mature extracellular domain)橫跨SEQ ID NO：26的殘基28至436，而IFNAR2成熟胞外域橫跨SEQ ID NO：27的殘基27至243。

本文中所用之用語「抗體(antibody)」係以廣義的方式意指並包括免疫球蛋白(immunoglobulin)分子，其包括多株抗體、單株抗體(包括鼠類、人類、人化(humanized)及嵌合單株抗體)、抗體片段、形成自至少兩種完整抗體或抗體片段之雙特異性或多特異性抗體、二聚體、四聚體或多聚體抗體、單鏈抗體、域抗體、以及任何其他包含具有所需特異性之抗原識別部位(antigen recognition site)的免疫球蛋白之修飾組態。

免疫球蛋白可分派為下列五大類別：IgA、IgD、IgE、IgG及IgM，視重鏈恆定域(constant domain)胺基酸序列而定。IgA及IgG係進一步次分為下列同型(isotype)：IgA₁、IgA₂、IgG₁、IgG₂、IgG₃及IgG₄。任何脊椎動物物種的抗體輕鏈可分派為兩種清楚不同類型(即kappa(κ)及lambda(λ))之一者，視其恆定域的胺基酸序列而定。

用語「抗體片段(antibody fragment)」係指免疫球蛋白分子的一個部分，其保留重鏈及/或輕鏈抗原結合部位，諸如重鏈互補決定區(HCDR)1、2及3、輕鏈互補決定區(LCDR)1、2及3、重鏈可變區(VH)、或一輕鏈可變區(VL)。抗體片段包括廣為人知的Fab、F(ab')2、Fd及Fv片段以及包括由一個VH域所組成的域抗體(dAb)。VH及VL域可經由合成連接子連接在一起以形成各種類型的單鏈抗體設計，其中VH/VL域會進行分子內配對，或者在VH及VL域係由分開之單鏈抗體建構體所表現之情況下則會進行分子間配對，以形成單價抗原結合部位，諸如單鏈Fv(scFv)或雙價抗體(diabody)；例如描述於下列中者：Int.Pat.Publ.No.WO1998/44001、Int.Pat.Publ.No.WO1988/01649；Int.Pat.Publ.No.WO1994/13804；Int.Pat.Publ.No.WO1992/01047。

抗體可變區係由被三個「抗原結合部位(antigen binding site)」中斷的「架構(framework)」區所組成。該等抗原結合部位係使用各種不同用語來定義：(i)互補決定區(Complementarity Determining Region,CDR)(三個在VH(HCDR1,HCDR2,HCDR3)，且三個在VL(LCDR1,LCDR2,LCDR3))係基於序列可變性(Wu及Kabat，J Exp Med 132：211-50,1970；Kabat等人，Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.,1991)。(ii)「超變異區」(Hypervariable region)、「HVR」、或「HV」(三個在VH(H1,H2,H3)且三個在VL(L1,L2,L3))係指如Chothia及Lesk所定義般在結構上係超變異(hypervariable)之抗體可變域中的區域(Chothia and Lesk,Mol Biol 196：901-17,1987)。其他用語包括「IMGT-CDR」(Lefranc等人，Dev Comparat Immunol 27：55-77,2003)及「特異性決定殘基用途(Specificity Determining Residue Usage,SDRU)」(Almagro,Mol Recognit 17：132-43,2004)。國際免疫遺傳學(International ImMunoGeneTics,IMGT)資料庫(http：//www_imgt_org)提供了標準化編號及抗原結合部位的定義。CDR、HV及IMGT描繪之間的對應性係描述於Lefranc等人，Dev Comparat Immunol 27：55-77,2003。

本文中所用之「單株抗體(monoglonal antibody)」係指具有單一分子組成的均質抗體(homogeneous antibody)族群。單株抗體可為非特異性或多特異性。

本文中所用之「Chothia殘基(Chothia residue)」為依據Al-Lazikani所編號的VL及VH殘基(Al-Lazikani等人，J Mol Biol 273：927-48,1997)。

「架構(framwork)」或「架構序列(framwork sequence)」為可變區中被定義為抗原結合部位以外的其餘序列。因為抗原結合部位可用如上所述之各種用語來定義，架構之確切胺基酸序列取決於如何定義抗原結合部位。

「人化抗體(humanized antibody)」係指抗原結合部位係衍生自非人類物種且可變區架構係衍生自人類免疫球蛋白序列的抗體。人化抗體可在架構區中包括取代，所以該架構可能不是所表現人類免疫球蛋白或生殖系基因序列的確切複本。

「人類適應(Human-adapted)」抗體或「人類架構適應(human framework adapted,HFA)」抗體係指依據U.S.Pat.Publ.No.US2009/0118127中所描述之方法所適應的人化抗體。人類適應抗體係藉由選擇受體人類架構(acceptor human framework)來人化，其選擇係根據最大CDR及FR相似性、長度相容性以及CDR1與CDR2環與一部分之輕鏈CDR3環的序列相似性。

「人類抗體(human antibody)」係指具有重鏈及輕鏈可變區的抗體，並且其等架構及抗原結合部位兩者皆衍生自人類源序列。若該抗體含有恆定區，則該恆定區亦衍生自人類源序列。

如果該抗體的可變區係得自使用人類生殖系免疫球蛋白或重排(rearranged)免疫球蛋白基因的系統，則人類抗體包含「衍生自(derived from)」人類源序列的重或輕鏈可變區。此等例示性系統係經顯現在噬菌體上的人類免疫球蛋白基因庫(gene library)、及基因轉殖非人類動物(諸如帶有人類免疫球蛋白基因位點的小鼠)，如本文中所述。「人類抗體」在與人類生殖系或重排免疫球蛋白序列比較時可能含有胺基酸差異，此係例如由於天然發生之體細胞突變或刻意引入取代所致。一般而言，「人類抗體」係在胺基酸序列上與由人類生殖系或重排免疫球蛋白基因所編碼的胺基酸序列具有至少約80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性。在一些情況中，「人類抗體(human antibody)」可含有衍生自人類架構序列分析之一致架構序列(consensus framework sequence)，例如描述於Knappik等人(2000)J.Mol.Biol.296：57-86)中者，或者合併到顯現於噬菌體上之人類免疫球蛋白基因庫的合成HCDR3，例如描述於Shi等人(2010)J.Mol.Biol.397：385-96,2010及Int.Pat.Publ.No.WO2009/085462中者。

單離之人化抗體係合成的。人類抗體若衍生自人類免疫球蛋白序列，則可使用諸如合併有合成CDR之噬菌體呈現(phage display)及/或合併有合成架構的系統來產生，或者可在活體外進行基因突變以改良抗體性質，從而得到在活體內(in vivo)人類抗體生殖系貯庫(repertoire)內不會天然存在的抗體。

人類抗體可在架構或抗原結合部位中包括取代，所以它們可能不是所表現人類免疫球蛋白或生殖系基因序列的確切複本。然而，其中的抗原結合部位衍生自非人類物種的抗體不包括在「人類抗體」的定義中。

本文中所用之用語「重組體(recombinant)」包括抗體及其他蛋白質，諸如以重組手段所製備、表現、製造或單離之各種IFN-α亞型或IFN-ω。

本文中所用之用語「表位(epitope)」意指抗體特異性地結合至的抗原部分。表位通常由分子部分(諸如胺基酸或多醣側鏈)之化學活性(諸如極性、非極性或疏水性)表面分群(grouping)所組成，並且可具有特定三維結構特性以及特定電荷特性。表位可包含形成構形空間單元之鄰接(contiguous)及/或不鄰接(discontiguous)胺基酸。關於不鄰接表位，來自抗原線性序列之相異部分的胺基酸會透過蛋白質分子的摺疊而在3維空間中緊密靠近。

本文中所用之「雙特異性(bispecific)」係指結合兩種不同抗原或抗原內的兩個不同表位的抗體。雙特異性抗體可對於其他相關抗原具有交叉反應性，或者可結合兩種或更多種不同抗原(諸如至少一種IFN-α亞型與IFN-ω)之間共有的表位。

本文中所用之用語「組合(in combination with)」意指藥物或治療劑可用混合物形式投予動物物種如人類，可同時作為單劑投予或以任何順序作為單劑依序投予。

本文中所用之用語「IFN-α生物活性(bioactivity)」及「IFN-ω生物活性」係指由於IFN-α及IFN-ω分別結合至其受體IFNAR而出現的任何活性。一種IFN-α及IFN-ω生物活性係IFN-α及IFN-ω在干擾素可誘導啟動子(promoter)(諸如ISG54)下於HEK293細胞中使用標準方法誘導分泌型胚胎鹼性磷酸酶(secreted embryonic alkaline phosphatase,SEAP)表現的能力，該等HEK293細胞會穩定表現信號轉導及轉錄活化因子2(signal transducer and activator of transcription 2,STAT2)、干擾素調節因子9(IRF9)及SEAP。另一種IFN-α及IFN-ω生物活性係周邊血單核細胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)或全血中所誘導的趨化激素IP-10(CXCL10)生產，如本文中所述。

用語「載體(vector)」意指在生物系統內能夠被重複或者可在此等系統之間移動的聚核苷酸。載體聚核苷酸一般含有作用為促進這些聚核苷酸在生物系統中的複製或維持的元素，諸如複製源、多腺核苷酸化信號或選擇標記。此等生物系統的實例可包括細胞、病毒、動物、植物、及使用能夠重複一載體之生物組件的再組成生物系統(reconstituted biological system)。包含載體之聚核苷酸可為DNA或RNA分子或這些分子的混成物。

用語「表現載體(expression vector)」意指可在生物系統或再組成生物系統中用以指引多肽之轉譯的載體，該多肽係由存在於該表現載體中之聚核苷酸序列所編碼。

用語「聚核苷酸(polynucleotide)」意指包含以糖-磷酸主鏈或其他等效共價化學結構所共價連接之核苷酸鏈的分子。雙股及單股DNA及RNA為聚核苷酸的典型實例。

用語「多肽(polypeptide)」或「蛋白質(protein)」意指包含至少兩個以胜肽鍵連接之胺基酸殘基以形成多肽的分子。少於50個胺基酸的小型多肽可稱為「胜肽」。

習用一個及三個字母之胺基酸代碼係於本文中使用且如表1所示。

物質組成

本發明提供結合至人類干擾素ω(IFN-ω)及多種人類干擾素α(IFN-α)亞型(抗IFN-α/ω抗體)並且中和其等之活性的單株抗體。本發明係(至少部分)基於對INF-ω在狼瘡致病機轉中之角色相較於單獨IFN-α具有類似免疫調節效果的理解。發現IFN-ω存在於狼瘡病患之血清中並且具有活性，並且發現IFN-ω相較於IFN-α會誘導類似的細胞介素釋放及基因表現模式(gene expression profile)、樹突細胞分化、及T細胞非依賴性B細胞活化；從而為中和IFN-α及IFN-ω兩者以最大化治療效果的理論提供基礎。本發明亦(至少部分)基於識別出與本發明 IFN-α/ω抗體結合之IFN-ω與多種IFN-α亞型間所共有的最小中和表位。本發明之IFN-α/ω抗體可高效力地中和IFN-ω及多種IFN-α亞型，因而它們可在中和具有第I型IFN及IFN特徵之SLE相關製劑上較中和多種IFN-α亞型但不中和IFN-ω的抗體更強效。因此，本發明之抗體在治療免疫媒介之發炎性疾病或自體免疫疾病(包括狼瘡)上可更具效力。由於本發明之IFN-α/ω抗體不中和IFN-β，它們相較於抗IFNAR療法(預期會阻斷所有第I型IFN)可能具有更有利之安全性及PK特性(PK profile)。

本文中(以及在下列編號實施例的每一者之一些實施例中)所述的一個本發明實施例係一單離的單株抗體，其結合至一人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型，並且中和該等干擾素之生物活性。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例的每一者之一些實施例中，本發明之抗體以至少約1×10^-9M或更低、約1×10^-10M或更低、約5×10^-11M或更低、或約1×10^-11M或更低的IC₅₀來中和該人類IFN-ω之生物活性，該人類IFN-ω之活性係在以干擾素可誘導ISG54啟動子於HEK293細胞中的經該人類IFN-ω誘導之分泌型胚胎鹼性磷酸酶(SEAP)表現，該等HEK293細胞會穩定表現信號轉導及轉錄活化因子2(STAT2)、干擾素調節因子9(IRF9)及SEAP(「ISRE檢定」如本文中所述)。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例之每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種選自由下列所組成之群組的人類干擾素α(IFN-α)亞型：IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA及IFN-α4a。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αH2及IFN-αK。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αG、IFN-αH2及IFN-αK。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2及IFN-αK。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2及IFN-αK。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1及IFN-αK。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αB、IFN-αG、IFN-αH2及IFN-αK。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αB、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2及IFN-αK。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αB、IFN-αC、IFN-αG、IFN-αH2及IFN-αK。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αB、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG及IFN-α4a。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αB、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI及IFN-αK。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αB、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1及IFN-αK。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αB、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1及IFN-αK。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αB、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK及IFN-α4a。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αB、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αWA及IFN-α4a。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN-αB、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA及IFN-α4a。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和IFN-ω及IFN-αA、IFN- αB、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA及IFN-α4a。

本文中所述(以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中)的本發明之抗體，除了中和IFN-ω外亦可結合並中和至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種IFN-α亞型。該等IFN-α亞型及IFN-ω可藉由使用標準方法的重組(recombinant)表現來生產。可用以指引分泌的例示性信號序列係示於SEQ ID NO：21至25中。

本文中(以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中)所述的本發明之抗體，可在報導基因檢定中測試其中和IFN-α及IFN-ω的能力，此在干擾素反應性啟動子下使用表現基因的細胞株，並且以多種IFN-α亞型及/或IFN-ω刺激細胞。舉例而言，HEK-Blue^TM IFN-α/β細胞(InvivoGen,San Diego,CA)可如本文中所述使用，該等HEK-Blue^TM IFN-α/β細胞經工程改造以表現完全活性第I型IFN傳遞信號途徑(穩定表現STAT2及IRF9)且在IFNα/β可誘導ISG54啟動子控制下經SEAP報導基因轉染。可偵測來自鹼性磷酸酶的信號，並且可使用廣為人知的方法來計算抑制之IC₅₀。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例之每一者的一些實施例中，本發明之抗體以至少約1×10^-9M或更低、約1×10^-10M或更低、約5×10^-11M或更低、或約1×10^-11M或更低的IC₅₀值來中和該人類IFN-ω之生物活性，當該人類IFN-ω之生物活性係在以干擾素可誘導ISG54啟動子於穩定表現信號轉導及轉錄活化因子2(STAT2)的ISG54、干擾素調節因子9(IRF9)及分泌型胚胎鹼性磷酸酶(SEAP)的HEK293細胞中的SEAP的抑制(使用如本文中所述在實例1中的「ISRE報導基因檢定」)。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，當IC₅₀係在本文中所述之「ISRE報導基因檢定」中測定，本發明之抗體以至少約1x10^-10M或更低的IC₅₀值來中和人類IFN-ω之生物活性。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，當IC₅₀係在本文中所述之「ISRE報導基因檢定」中測定，本發明之抗體以介於約1×10^-10M至約6×10^-12M的IC₅₀值來中和人類IFN-ω之生物活性。所屬領域中具有通常知識者會理解到，ISRE報導基因檢定之檢定偏差典型可係大略在0.28(log(M))的pIC₅₀內。因此，用語「約」反映了檢定中的典型標準差。舉例而言，1×10^-9M之IC₅₀的典型SD係介於約0.53×10^-9至1.9×10^-9。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體以至少約2×10^-10M或更低、約1.5×10^-10M或更低、或約1×10^-10M或更低的IC₅₀值來中和至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類IFN-α亞型之生物活性。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，當IC₅₀值係在本文中所述之「ISRE報導基因檢定」中測定，本發明之抗體以約1×10^-10M的IC₅₀值來中和人類IFN-ω之活性，並且以2×10^-10M或更低、約1.5×10^-10M或更低、或約1×10^-10M或更低的的IC₅₀值來中和至少6種人類IFN-α亞型之活性。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，當IC₅₀值係在本文中所述之「ISRE報導基因檢定」中測定，本發明之抗體以約1×10^-10M或更低的IC₅₀值來中和人類IFN-ω之活性，並且以約2×10^-10M或更低、約1.5×10^-10M或更低、或約1×10^-10M或更低的IC₅₀值來中和至少10種人類IFN-α亞型之活性。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，當IC₅₀值係在本文中所述之「ISRE報導基因檢定」中測定，本發明之抗體以至少約1×10^-10M或更低的IC₅₀值來中和人類IFN-ω之活性，並且以約1×10^-10M或更低之IC₅₀來中和至少6種人類IFN-α亞型之活性。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，當IC₅₀值係在本文中所述之「ISRE報導基因檢定」中測定，本發明之抗體以至少約1×10^-10M或更低的IC₅₀值來中和人類IFN-ω之活性，並且以約1×10^-10M或更低之IC₅₀來中和至少10種人類IFN-α亞型之活性。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例之每一者的一些實施例中，相較於該抗體不存在，於10μg/ml之抗體存在下，本發明之抗體抑制全血中約50%或更多之由250U/ml的干擾素所誘導之白血球干擾素誘導之IP-10釋放。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例之每一者的一些實施例中，相較於該抗體不存在，於10μg/ml之抗體存在下，本發明之抗體抑制全血中約50%或更多之全身性紅斑狼瘡(SLE)免疫複合體誘導之IP-10釋放。

本文中(以及在下列編號實施例之每一者的一些實施例中)所述的本發明之抗體，可藉由評估其等抑制IFN-誘導細胞介素釋放的能力來測試其等之中和能力，諸如來自IFN誘導周邊血單核細胞(PBMC)或全血的IP-10釋放。舉例而言，PBMC係使用標準規程單離自健康志願者之加肝素全血、用IFN及待測試抗體之預形成複合體處理，並且IP-10釋放的測定係使用標準方法如Milliplex細胞介素/趨化介素套組(Millipore,Premixed 39 plex)。本發明之抗體可抑制IP-10釋放達相較於該抗體不存在之IFN誘導IP-10釋放的至少30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體以約1×10^-10M或更低、約5×10^-11M或更低、約1×10^-11M或更低或約5×10^-12M或更低的解離常數(K_D)結合人類IFN-ω。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體以約5×10^-10M或更低、約1×10^-10M或更低、約5×10^-11M或更低、約1×10^-11M或更低、或約5×10^-12M或更低的K_D來結合IFN-ω及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種選自由下列所組成之群組的人類干擾素α(IFN-α)亞型：IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA及IFN-α4a。

抗體對於IFN-ω或各種IFN-α亞型的親和力可使用任何合適方法來實驗測定。此等方法可利用ProteOn XPR36、Biacore 3000或KinExA儀器設備、ELISA或所屬領域中具有通常知識者熟知的競爭性結合檢定。如果在不同條件(例如滲透性、pH)下測量，則所測得之特定抗體/IFN-ω或抗體/IFN-α亞型交互作用可能有所變化。因此，親和力和其他結合參數(例如K_D、K_on、K_off)之測量較佳是以標準化條件及標準化緩衝液進行，諸如本文中所述之緩衝液。所屬領域中具有通常知識者會理解到，在典型偵測極限內，親和力測量(例如使用Biacore 3000或ProteOn進行)的內部誤差(測量為標準差，SD)一般可在測量結果的5至33%內。因此，用語「約」反映了檢定中的一般標準差。舉例而言，1×10^-9M之K_D的一般SD係多至±0.33×10^-9M。

具備所欲親和力及中和特性之結合人類IFN-ω及IFN-α亞型的抗體可藉由用IFN-ω及/或IFN-α亞型進行淘選(panning)並且可選用地藉由進一步抗體親和力成熟(affinity maturation)而挑選自變異體庫或片段庫。在例示性淘選作法(panning compaign)中，噬菌體庫可被依序淘選或使用黑猩猩IFN-ω與人類IFN-α亞型IFN-α2、IFN-α1、IFN-αH2、IFN-αG及IFN-αF的混合物。或者，本發明之抗體可藉由用黑猩猩及食蟹獼猴IFN-ω、人類IFN-α亞型IFN-αD、IFN-αJ1、IFN-αC、IFN-αB2、IFN-αH2、IFN-αA、IFN-α4a、IFN-αG、IFN-αF、IFN-αWA及IFN-αI來免疫化小鼠，並且篩選用於結合至IFN-ω及多種IFN-α亞型的融合瘤(hybrioma)，然後使用本文中所述之方法評估抗體之中和能力。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、114及121之重鏈互補決定區(HCDR)1(HCDR1)、2(HCDR2)及3(HCDR3)胺基酸序列，以及係SEQ ID NO：118、119及120之輕鏈互補決定區(LCDR)1(LCDR1)、2(LCDR2)及3(LCDR3)胺基酸序列。

例示性此等抗體係抗體IFWM3308、IFWM3307、IFWM3410、IFWM3322、IFWM3385、IFWM3416、IFWM3310、IFWM3400、IFWM3321、IFWM3522、IFWM3524、IFWM3320、IFWM3304、IFWM3520、IFWM3399、IFWM3314、IFWM3331、IFWM3405、IFWM3442、IFWM3525、IFWM3423、IFWM3444及IFWM3421。這些抗體以約1×10^-10M或更低之IC₅₀值中和人類IFN-ω及至少三種IFN-α亞型，且包含一一致LCDR1(SEQ ID NO：118)、LCDR2(SEQ ID NO：119)、LCDR3(SEQ ID NO：120)、HCDR2(SEQ ID NO：114)及HCDR3(SEQ ID NO：121)胺基酸序列及一恆定HCDR1(SEQ ID NO：109)胺基酸序列。抗體至少在SEQ ID NO：28、31、157或158的VH殘基位置103、SEQ ID NO：35、39、40、42、46、52、53、54、71、73、75或135的VL殘基位置30、31、32、50、91至94或96、及SEQ ID NO：57、61、62、68及150的VL殘基位置30、31、32、50、51、92至95或97處具有取代，導致與親系IFWM371抗體比較時具有改善效力的抗體。

SEQ ID NO：118

QSIX₁X₂X₃X₄；其中X₁係G、D、A、R、E、S、或N；X₂係D、G、N、S、R、E或K；X₃係F、A、N、T、S或V；X₄係Y、N或被刪除。

SEQ ID NO：119

X₅AS；其中X₅係F、W或G。

SEQ ID NO：120

QQX₆X₇X₈X₉PX₁₀T；其中X₆係A、G、S或W；X₇係L、Y、H、W、F或I；X₈係D或S；X₉係F、T、L、N或W；及X₁₀係L、F或I。

SEQ ID NO：114

IX₁₁X₁₂SDSDT；其中X₁₁係D或A；及X₁₂係P或A。

SEQ ID NO：121

ARHPGLX₁₃WAPDFDY；其中X₁₃係A或N。

SEQ ID NO：109

GYSFTSYW

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、114、121、159、119及160之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

例示性此等抗體係抗體IFWM3400、IFWM3321、IFWM3522、IFWM3524、IFWM3320、IFWM3304、IFWM3520、IFWM3399、IFWM3314、IFWM3331、IFWM3405、IFWM3442、IFWM3525、IFWM3423、IFWM3444及IFWM3421。這些抗體以約1x10^-10M或更低的IC₅₀值中和人類IFN-ω及至少六種IFN-α亞型，且包含一一致LCDR1(SEQ ID NO：159)、LCDR2(SEQ ID NO：119)、LCDR3(SEQ ID NO：160)、HCDR2(SEQ ID NO：114)及HCDR3(SEQ ID NO：121)胺基酸序列及一恆定HCDR1(SEQ ID NO：109)胺基酸序列。

SEQ ID NO：159

QSIX₁₄X₁₅X₁₆X₁₇；其中X₁₄係G、D、A、E、S、或N；X₁₅係D、G、N、S或R； X₁₆係F、A、N、T、S或V；及X₁₇係Y、N或被刪除。

SEQ ID NO：160

QQX₁₈X₁₉X₂₀X₂₁PX₂₂T；其中X₁₈係A、G或S；X₁₉係Y、H、W或F；X₂₀係D或S；X₂₁係F、T、L或W；及X₂₂係L、F或I。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、114、121、161、119及162的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

例示性此等抗體係抗體IFWM3405、IFWM3442、IFWM3525、IFWM3423、IFWM3444及IFWM3421。這些抗體以約2×10^-10M或更低、約1.5×10^-10M或更低、約1×10^-10M或更低的IC₅₀值來中和人類IFN-ω及至少十種IFN-α亞型並且包含一致LCDR1(SEQ ID NO：161)、LCDR2(SEQ ID NO：119)、LCDR3(SEQ ID NO：162)、HCDR2(SEQ ID NO：114)及HCDR3(SEQ ID NO：121)序列及恆定HCDR1(SEQ ID NO：109)序列。

SEQ ID NO：161

QSIX₂₃X₂₄X₂₅X₂₆；其中 X₂₃係A或D；X₂₄係N或G；X₂₅係F、N或S；及X₂₆係Y、N或被刪除。

SEQ ID NO：162

QQX₂₇X₂₈X₂₉X₃₀PX₃₁T；其中X₂₇係G或S；X₂₈係Y；X₂₉係D；X₃₀係F、T或L；及X₃₁係L、F或I。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例之每一者的一些實施例中，本發明之抗體中和人類IFN-ω及至少十種選自由下列所組成之群組的人類IFN-α亞型：IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA及IFN-α4a。

在本文中所述的一些本發明實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，該抗體中和人類IFN-ω及至少人類IFN-α亞型IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1及IFN-α4a。

在本文中所述的一些本發明實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，該抗體不結合或中和IFN-αD或IFN-α1。

在本文中所述的一些本發明實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，該抗體不結合或中和IFN-β。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含SEQ ID NO：109之HCDR1胺基酸序列；SEQ ID NO：111、112或113之HCDR2胺基酸序列；SEQ ID NO：115或116之HCDR3胺基酸序列；SEQ ID NO：76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90或91之LCDR1胺基酸序列；SEQ ID NO：93、94或95之LCDR2胺基酸序列；及SEQ ID NO：96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106或107之LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係下列SEQ ID NO之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列：a)109、113、116、77、93及104；b)109、113、116、85、93及96；c)109、113、115、79、95及107；d)109、113、116、76、93及103；e)109、113、115、85、93及96；f)109、113、115、89、95及100；g)109、113、116、86、93及105；h)109、113、115、76、93及103；i)109、113、116、80、93及97；j)109、113、116、84、93及97；k)109、113、116、90、93及97； l)109、113、116、88、93及102；m)109、113、116、87、93及105；n)109、113、116、91、93及106；o)109、113、115、80、93及97；p)109、113、116、83、93及101；q)109、113、116、82、94及98；r)109、113、115、78、95及100；s)109、111、116、81、93及106；t)109、113、116、82、94及99；u)109、113、115、81、93及106；v)109、112、116、81、93及106；或者w)109、113、116、81、93及106。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、116、77、93及104之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、116、85、93及96之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、115、79、95及107之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO： 109、113、116、76、93及103之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、115、85、93及96之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、115、89、95及100之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、116、86、93及105之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、115、76、93及103之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、116、80、93及97之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、116、84、93及97之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、116、90、93及97之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、116、88、93及102之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、116、87、93及105之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、116、91、93及106之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、115、80、93及97之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、116、83、93及101之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO： 109、113、116、82、94及98之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、115、78、95及100之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、111、116、81、93及106之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、116、82、94及99之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、115、81、93及106之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、112、116、81、93及106之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含分別係SEQ ID NO：109、113、116、81、93及106之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含該VH及該VL，其中該VH包含SEQ ID NO：28、31、157或158之胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含該VH及該VL，其中該VH包含SEQ ID NO：35、39、40、42、46、52、53、54、57、61、62、68、71、73、75、135或150之胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，該抗體包含係SEQ ID NO：28、31、157或158之VH，以及係SEQ ID NO：35、39、40、42、46、52、53、54、57、61、62、68、71、73、75、135或150之VL。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，該抗體包含係下列SEQ ID NO之該VH及該VL：28及40；28及39；31及62；28及54；31及39；31及68；28及42；31及54；28及53；28及73；28及75；28及52；28及35；28及135；31及53；28及46；28及61；31及57；157及71；28及150；31及71；158及71；28及71。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含VH及VL，其中VH包含SEQ ID NO：28、30、31、157或158之胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，該抗體包含係SEQ ID NO：28、30、31、157或158之該VH的該等HCDR1、HCDR2及HCDR3胺基酸序列，以及係SEQ ID NO：29、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、 73、74、75、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、74、148、149、150、151、152或153之該VL之該等LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列，其中該等CDR之定義係依據Kabat、Chothia及/或IMGT。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，該抗體包含該VH及該VL，其中該VL包含SEQ ID NO：29、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、73、74、75、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、74、148、149、150、151、152或153之該胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，該抗體包含該VH及該VL，其中該VH包含SEQ ID NO：28、30、31、157或158之胺基酸序列，以及該VL包含SEQ ID NO：29、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、73、74、75、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、74、148、149、150、151、152或153之胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含SEQ ID NO：28之VH及係SEQ ID NO：29之VL。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含SEQ ID NO：28之VH及SEQ ID NO：32之VL。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含SEQ ID NO：28之VH及SEQ ID NO：33之VL。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含SEQ ID NO：28之VH及SEQ ID NO：34之VL。

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在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含SEQ ID NO：28之VH及SEQ ID NO：151之VL。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含SEQ ID NO：28之VH及SEQ ID NO：152之VL。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含SEQ ID NO：28之VH及SEQ ID NO：153之VL。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含SEQ ID NO：157之VH及SEQ ID NO：71之VL。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體包含SEQ ID NO：158之VH及SEQ ID NO：71之VL。

包含表9、表13、表15、表17、表19及表21中所示之VH或VL胺基酸序列的本發明之抗IFN-ω/a抗體的變異體皆屬於本發明之範疇。舉例而言，變異體可在VH及/或VL中包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、或11個不會不利影響抗體性質的胺基酸取代。在一些實施例中，對本發明之VH或VL胺基酸序列的序列一致性可係約90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%。一致性百分比可例如藉由使用Vector NTI v.9.0.0(Invitrogen,Carslbad,CA)之AlignX模組的預設設定進行成對比對來測定。例示性修飾例如在抗原結合部位中或架構中進行不會不利改變抗體性質的保守型胺基酸取代。亦可進行保守型取代以改良抗體性質，例如穩定性或親和力。保守型取代為發生在與其等之側鏈有相關的胺基酸家族內者。基因編碼胺基酸可區分成四個家族：(1)酸性(天冬胺酸鹽、麩胺酸鹽)；(2)鹼性(離胺酸、精胺酸、組胺酸)；(3)非極性(丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、脯胺酸、苯丙胺酸、甲硫胺酸、色胺酸)；及(4)未荷電極性(甘胺酸、天冬醯胺酸、麩醯胺酸、半胱胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、酪胺酸)。苯丙胺酸、色胺酸及酪胺酸有時會共同分類為芳族胺基酸。或者，胺基酸貯庫(repertoire)可分類為(1)酸性(天冬胺酸鹽、麩胺酸鹽)；(2)鹼性(離胺酸、精胺酸、組胺酸)、(3)脂族(甘胺酸、丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、絲胺酸、蘇胺酸)，而絲胺酸及蘇胺酸可選擇地分別分組為脂族羥基(aliphatic-hydroxyl)；(4)芳族(苯丙胺酸、酪胺酸、色胺酸)；(5)醯胺(天冬醯胺酸、麩醯胺酸)；及(6)含硫(半胱胺酸及甲硫胺酸)(Stryer(ed.),Biochemistry,2nd ed,WH Freeman and Co.,1981)。進一步言，多肽中的任何天然殘基亦可經丙胺酸取代，如先前已針對丙胺酸掃描式突變誘導(alanine scanning mutagenesis)所描述者(MacLennan等人(1998)Acta Physiol.Scand.Suppl.643：55-67；Sasaki等人(1998)Adv.Biophys.35：1-24)。所欲之胺基酸取代可在此等取代係所欲時由所屬領域中具有通常知識者決定。所得抗體變異體可使用本文中所述之檢定來測試其特性。

在本文中描述的其他實施例中，該抗體包含與SEQ ID NO：28具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%與99%一致性的重鏈可變區(VH)胺基酸序列，以及與SEQ ID NO：71具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致性的一輕鏈可變區(VL)胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在每個下列編號實施例中的一些實施例中，本發明之該抗IFN-α/ω抗體包含與SEQ ID NO：28具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%與99%一致性的重鏈可變區(VH)胺基酸序列，以及與SEQ ID NO：150具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致性的一輕鏈可變區(VL)胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗IFN-α/ω抗體包含與SEQ ID NO：28具有至少95%一致性的重鏈可變區(VH)胺基酸序列，以及與SEQ ID NO：71具有至少95%一致性的一輕鏈可變區(VL)胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在每個下列編號實施例中的一些實施例中，本發明之該抗IFN-α/ω抗體包含與SEQ ID NO：28具有至少95%一致性的重鏈可變區(VH)胺基酸序列，以及與SEQ ID NO：150具有至少95%一致性的一輕鏈可變區(VL)胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在每個下列編號實施例中的一些實施例中，本發明之該抗IFN-α/ω抗體包含與SEQ ID NO：28具有至少97%一致性的重鏈可變區(VH)胺基酸序列，以及與SEQ ID NO：71具有至少97%一致性的輕鏈可變區(VL)胺基酸序列。

在本文中所述的一些實施例中，以及在每個下列編號實施例中的一些實施例中，本發明之該抗IFN-α/ω抗體包含與SEQ ID NO：28具有至少97%一致性的重鏈可變區(VH)胺基酸序列，以及與SEQ ID NO：150具有至少97%一致性的輕鏈可變區(VL)胺基酸序列。

胺基酸取代可例如藉由PCR突變誘導(US Pat.No.4,683,195)來進行。或者，變異體庫可使用習知方法來產生，例如使用隨機(NNK)或非隨機密碼子(例如DVK密碼子)，其編碼11種胺基酸(Ala、Cys、Asp、Glu、Gly、Lys、Asn、Arg、Ser、Tyr、Trp)，然後篩選變異體庫以找出具有所欲性質之變異體。

雖然實例中所說明之實施例包含變異區對(一個來自重鏈而另一個來自輕鏈)，本領域具通常知識者會認知到替代實施例可包含單一重鏈或輕鏈可變區。單一可變區可用來篩選出能夠形成兩域特異性抗原結合片段(例如能夠結合人類IFN-ω或多種人類IFN-α亞型)的可變域。此篩選可藉由噬菌體呈現篩選方法來達成，例如使用階層式雙組合法(揭示於Int.Pat.Publ.No.WO92/01047)。在此法中，含有H或L鏈之一者之殖株(clone)的個別集落(colony)係用來感染編碼其他鏈(L或H)之殖株的完整庫，並且所得兩鏈特異性抗原結合域係依據如所述之噬菌體呈現技術來選擇。因此，個別VH及VL多肽鏈對於使用Int.Pat.Publ.No.WO92/01047中所揭示之方法來識別特異性結合至人類IFN-ω或多種IFN-α亞型的其他抗體為有用者。

本發明之抗體可使用各式用於產生抗體的技術來製造。舉例而言，Kohler及Milstein，Nature 256：495,1975之融合瘤法可用來產生單株抗體。在該融合瘤法中，將小鼠或其他宿主動物(諸如倉鼠、大鼠或猴)用人類IFN-ω及/或各種IFN-α亞型或這些蛋白質之片段來免疫化，接著使用標準方法將來自經免疫化動物之脾細胞與骨髓瘤細胞融合以形成融合瘤細胞(Goding,Monoclonal Antibodies：Principles and Practice,pp.59-103(Academic Press,1986))。對於從單一免疫化融合瘤細胞而來的集落進行篩選以生產具有所欲性質的抗體，該等所欲性質諸如結合特異性、交叉反應性或缺乏交叉反應性、及抗原親和性。

各種宿主動物皆可用來生產本發明之IFN-α/ω抗體。例如，Balb/c小鼠可用來產生小鼠抗人類IFN-α/ω抗體。Balb/c小鼠及其他非人類動物中所製造之抗體可使用各種技術來人化以產生更近似人類的序列。例示性人化技術(包括人類受體架構選殖)對於所屬領域中具有通常知識者為習知者，並且包括CDR移植(U.S.Pat.No.5,225,539)、SDR移植(U.S.Pat.No.6,818,749)、表面重塑(Resurfacing)(Padlan,Mol Immunol 28：489-499,1991)、特異性決定殘基表面重塑(Specificity Determining Residues Resurfacing)(U.S.Pat.Publ.No.20100261620)、人類適應(human-adaptation，或人類架構適應)(U.S.Pat.Publ.No.US2009/0118127)、超人化(Superhumanization)(U.S.Pat.No.7,709,226)及引導式選殖(guided selection)(Osbourn等人(2005)Methods 36：61-68,2005；U.S.Pat.No.5,565,332)。

藉由合併經修改架構支撐殘基以保存結合親和力(回復突變(backmutation))，人化抗體可進一步被最佳化以改善其等對於所欲抗原之選擇性或親和力，此藉由諸如描述於Int.Pat.Publ.No.WO90/007861及Int.Pat.Publ.No.WO92/22653中者之技術。

帶有人類免疫球蛋白(Ig)基因位點於其等之基因體中之基因轉殖小鼠可用來產生對抗目標蛋白質之人類抗體，並且例如係描述於Int.Pat.Publ.No.WO90/04036、U.S.Pat.No.6150584、Int.Pat.Publ.No.WO99/45962、Int.Pat.Publ.No.WO02/066630、Int.Pat.Publ.No.WO02/43478、Lonberg等人(1994)Nature 368：856-9；Green等人(1994)Nature Genet.7：13-21；Green & Jakobovits(1998)Exp.Med.188：483-95；Lonberg及Huszar(1995)Int.Rev.Immunol.13：65-93；Bruggemann等人(1991)Eur.J.Immunol.21：1323-1326；Fishwild等人(1996)Nat. Biotechnol.14：845-851；Mendez等人(1997)Nat.Genet.15：146-156；Green(1999)J.Immunol.Methods 231：11-23；Yang等人(1999)Cancer Res.59：1236-1243；Brüggemann及Taussig(1997)Curr.Opin.Biotechnol.8：455-458；Int.Pat.Publ.No.WO02/043478)。可將此等小鼠中之內源性免疫球蛋白基因位點破壞或刪除，並且至少一個完整或部分人類免疫球蛋白基因位點可被插入小鼠基因體中，其使用同源或非同源重組、使用轉染色體(transchromosome)、或使用袖珍基因(minigene)。可聘用諸如Regeneron(http：//_www_regeneron_com)、Harbour Antibodies(http：//_www_harbourantibodies_com)、Open Monoclonal Technology,Inc.(OMT)(http：//_www_omtinc_net)、KyMab(http：//_www_kymab_com)、Trianni(http：//_www.trianni_com)及Ablexis(http：//_www_ablexis_com)等公司來使用如上所述之技術提供指向對抗所選抗原之人類抗體。

人類抗體可選自噬菌體呈現庫，其中噬菌體係經工程改造以表現人類免疫球蛋白或人類免疫球蛋白之部分，諸如Fab、單鏈抗體(scFv)、或未配對或配對抗體可變區((Knappik等人(2000)J.Mol.Biol.296：57-86；Krebs等人(2001)J.Immunol.Meth.254：67-84；Vaughan等人(1996)Nature Biotechnology 14：309-314；Sheets等人(1998)PITAS(USA)95：6157-6162；Hoogenboom及Winter，(1991)J.Mol.Biol.227：381；Marks等人(1991)J.Mol.Biol.222：581)。本發明之抗體可例如從噬菌體呈現庫(表現抗體重鏈及輕鏈可變區)單離為具有噬菌體pIX外殼蛋白質的融合蛋白質，如描述於Shi等人(2010)J.Mol.Biol.397：385-96以及Int.Pat.Publ.No.WO09/085462)。該等庫可篩選出結合至人類IFN-ω及IFN-α之噬菌體，並且所得之陽性殖株可進一步特徵化，Fab從殖株溶解物(lysate)單離出來，並且表現為全長度IgG。此種用於分離人類抗體之噬菌體呈現法例如係描述於下列文獻中：美國專利號5,223,409；5,403,484；及5,571,698(Ladner等人)；美國專利號5,427,908及5, 580,717(Dower等人)；美國專利號5,969,108及6,172,197(McCafferty等人)；以及美國專利號5,885,793；6,521,404；6,544,731；6,555,313；6,582,915及6,593,081(Griffiths等人)。

免疫性抗原(immunogenic antigen)之製備及單株抗體生產可使用任何合適技術來執行，諸如重組蛋白質生產。免疫性抗原可用經純化的蛋白質或包括全細胞或細胞或組織抽出物的蛋白質混合物之形式來投予給動物，或者抗原可由編碼前述抗原或其之一部分的核酸於該動物體內重新地(de novo)形成。

在例示性方法中，可使噬菌體呈現庫對於生物素化人類IFN-α2或生物素化人類IFN-αG進行淘選。在三輪的淘選之後，可進行使用人類IFN-α2、IFN-αG及IFN-ω作為抗原之多株噬菌體ELISA以偵測個別淘選實驗之特定富集。可將展現對於IFN-α2、IFN-αG及IFN-ω之結合體的富集之噬菌體收集，並在標準ELISA檢定中以Fab格式針對結合至額外IFN-α亞型進行進一步篩選。可將所識別之Fab殖株選殖為全長度抗體，並且使用ProteOn及ISRE報導基因檢定進一步針對其對於人類IFN-ω及各種IFN-α亞型之親和力及中和能力來特徵化，如本文中所述。

本發明之抗體可為人類抗體或人化抗體。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之IFN-α/ω抗體包含衍生自人類生殖系基因IGHV5-51(SEQ ID NO：155)之一VH架構。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之IFN-α/ω抗體包含衍生自人類生殖系基因IGKV1D-39(SEQ ID NO：156)之一VL架構。

本文中(以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中)所述之本發明之抗體可係IgA、IgD、IgE、IgG或IgM型。本發明之抗體可係IgG1、IgG2、IgG3、IgG4型。

本發明之抗體之免疫效應器(effector)性質可透過以所屬領域中具有通常知識者習知之技術所進行Fc修飾來強化或默化(silenced)。舉例而言，Fc效應器之作用(諸如C1q結合、補體依賴性細胞毒性(complement dependent cytotoxicity,CDC)、抗體依賴性細胞媒介細胞毒性(ADCC)、吞噬細胞作用(phagocytosis)、向下調控細胞表面受體(例如B細胞受體；BCR)等)可藉由修飾Fc中負責這些活性之殘基來提供及/或控制。本發明之抗體之藥物動力學(pharmacokinetic)性質可藉由使Fc域中之殘基突變來強化，此延長抗體半衰期(Strohl(2009)Curr Opin Biotechnol 20：685-91)。例示性Fc修飾係IgG4 S228P/L234A/L235A、IgG2 M252Y/S254T/T256E(Dall’Acqua等人(2006)J.Biol.Chem.281：23514-24；或IgG2 V234A/G237A/P238S、V234A/G237A/H268Q、H268A/V309L/A330S/P331、或IgG2上的V234A/G237A/P238S/H268A/V309L/A330S/P331S(Intl.Pat.Publ.No.WO11/066501)、描述於US.Pat.No.6,737,056中者(殘基編號依據EU編號)。

此外，本文中(以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中)所述之本發明之抗體，可藉由下列方法來後轉譯地修飾：諸如醣基化、異構化、去醣基化或非天然發生之共價修飾(諸如加入聚乙二醇分子部分(peg化，pegylation))及脂質化。此等修飾可發生在活體內或活體外。舉例而言，本發明之抗體可與聚乙二醇共軛(聚乙二醇化(PEGylated))以改善其藥物動力學特性。共軛可藉由所屬領域中具有通常知識者習知之技術來進行。治療性抗體與PEG之共軛已證明會強化藥效動力學(pharmacodynamics)而不會干擾作用(Knigh等人(2004) Platelets 15：409-18；Leong等人(2001)Cytokine 16：106-19；Yang等人(2003)Protein Eng.16：761-70)。

經修飾以改善穩定性、選擇性、交叉反應性、親和力、免疫性(immunogenicity)或其他所欲生物或生物物理性質之本發明的抗體或其片段皆屬於本發明之範疇。抗體穩定性會受多種因素影響，包括(1)影響抗體固有穩定性之個別域的核心堆積(core packing)、(2)對HC及LC配對具有影響的蛋白質/蛋白質介面交互作用、(3)極性及帶電荷殘基之埋藏、(4)極性及帶電荷殘基之H鏈結網路；及(5)在其他分子內及分子間力中之表面電荷及極性殘基分布(Worn等人(2001)J.Mol.Biol.305：989-1010)。可能使結構不穩定的殘基可基於該抗體之晶體結構或者在某些情況下可藉由分子模擬來識別出來，並且殘基對於抗體穩定性之效應可藉由產生並評估在所識別出殘基中懷有突變之變異體來測試。提高抗體穩定性的其中一個方式是提升熱轉移中點(thermal transition midpoint,T_m)，如由微差掃描熱量法(DSC)所測得者。一般而言，蛋白質之T_m與其穩定性係有關聯，並且與其對於在溶液中之展開(unfolding)及變性的易感性與取決於蛋白質展開之傾向的降解過程係反向關聯(Remmele等人(2000)Biopharm 13：36-46,)。多個研究發現配方物理穩定性(以DSC測得為熱穩定性)之排序(ranking)與以其他方法測得之物理穩定性間有關聯性(Gupta等人(2003)AAPS PharmSci 5E8；Zhang等人(2004)J.Pharm.Ammoun等人，2004,J.Pharmacol.Sci.93：3076-89；93：3076-89；Maa等人(1996)Int.J.Pharm.140：155-68；Bedu-Addo等人(2004)Pharm.Res.21：1353-61；Remmele等人(1997)Pharm.Res.15：200-8)。配方研究顯示Fab之T_m具有對於一相應mAb之長期物理穩定性的涵示。架構中或CDR內之胺基酸差異可能對於Fab域之熱穩定性具有明顯影響(Yasui等人(1994)FEBS Lett.353：143-6)。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體與單離抗體競爭對於人類IFN-ω之結合，並且該單離抗體包含SEQ ID NO：28之VH以及SEQ ID NO：71之VL。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體與單離抗體競爭對於人類IFN-ω之結合，並且該單離抗體包含SEQ ID NO：28之VH以及SEQ ID NO：150之VL。

包含某些VH及VL序列之本發明之抗體對於人類IFN-ω的特異性結合之競爭可使用習知方法在活體外評估。舉例而言，於未標示抗體存在下之MSD Sulfo-Tag^TM NHS-酯標示抗體對於人類IFN-ω之結合可藉由ELISA來評估，或者Bioacore分析或流動式細胞測量術可用來展示與本發明之抗體之競爭。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體結合至一人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型，並且中和該等干擾素之生物活性，其中該抗體結合SEQ ID NO：1的IFN-ω於至少殘基F27、L30及R33。

殘基F27、L30及R33 IFN-ω定義出本發明之IFN-α/ω抗體之廣泛中和活性所需的最小表位。數種抗體/IFN-α或抗體/IFN-ω複合體之晶體結構顯露該三個殘基對於抗體結合提供顯著貢獻。F27殘基在所有人類IFN-α中皆為保守(conserved)者，除了本發明之抗體不結合的IFN-αD(α1)以外。L30及R33兩者在所有人類IFN-α以及在人類IFN-ω中皆為保守者。因對於各種食蟹獼猴IFN-α亞型之結合研究，F27對於該表位之貢獻的進一步確認係明顯的：本發明之抗體不結合食蟹獼猴IFN-α13，其就像人類IFN-αD一樣在位置27具有絲胺酸(S27)。

在本文中所述的另一實施例中，以及在下列編號實施例中的每一者的一些實施例中，本發明之抗體結合SEQ ID NO：1之人類IFN-ω於至少殘基S25、P26、F27、L28、L30、K31、R33、R34及D35。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，本發明之抗體結合至一人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型，並且中和該等干擾素之生物活性，其中該抗體結合SEQ ID NO：1的人類IFN-ω於包括F27的至少一或多個殘基。

在本文中所述的一些實施例中，以及在每個下列編號實施例的一些實施例中，本發明之抗體為雙特異性抗體，其會結合至人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型並中和該等干擾素之生物活性，並且會結合BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17、CD20、IL-10、CD22、IL-21、ICOS、ICOSL或IFN-γ。

考慮到IFN-ω在SLE病患中有升高現象，以及IFN-ω可在活體外誘導PBMC中之BLyS分泌的展現，與抗IFN-α之特定方法相比，組合阻斷SLE病患中之IFN-α/ω可能對於降低BLyS水準更有效果。SLE病患中之IFN-特徵及IFN活性程度呈現為與可溶BLyS的水準有關聯。

本文中(以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中)所述之本發明IFN-α/ω抗體可係工程改造成雙特異性抗體，其亦涵括在本發明之範疇中。本發明之抗體之VL及/或VH區可使用已發表之方法工程改造成單鏈雙特異性抗體，諸如TandAb®設計(Int.Pat.Publ.No.WO99/57150；U.S.Pat.Publ.No.US2011/0206672)，或者工程改造成雙特異性scFV，如揭示於U.S.Pat.No.US5869620；Int.Pat.Publ.No. WO95/15388、Int.Pat.Publ.No.WO97/14719或Int.Pat.Publ.No WO11/036460中者之結構。

本發明之抗體之VL及/或VH區可工程改造成雙特異性全長度抗體，其中各抗體臂(antibody arm)結合一不同之抗原或表位。此等雙特異性抗體一般係藉由調節兩個抗體重鏈之間的CH3交互作用以形成雙特異性抗體來製造，此係使用諸如描述於下列文獻中者之技術：U.S.Pat.No.7,695,936；Int.Pat.Publ.No.WO04/111233；U.S.Pat.Publ.No.2010/0015133；U.S.Pat.Publ.No.2007/0287170；Int.Pat.Publ.No.WO2008/119353；U.S.Pat.Publ.No.2009/0182127；U.S.Pat.Publ.No.2010/0286374；U.S.Pat.Publ.No.2011/0123532；Int.Pat.Publ.No.WO2011/131746；Int.Pat.Publ.No.WO2011/143545；或U.S.Pat.Publ.No.2012/0149876。

舉例而言，本發明之雙特異性抗體可在無細胞環境中活體外產生，此係藉由在兩個單特異性同二聚體抗體之CH3區中引入非對稱突變，且在還原條件中(以讓雙硫鍵異構化)以兩個親體單特異性同二聚體抗體形成該雙特異性異二聚體抗體，其係根據描述於Intl.Pat.Publ.No.WO2011/131746之方法。在該等方法中，第一個單特異性雙價抗體(例如本發明之抗IFN-α/ω抗體)與第二個單特異性雙價單體(例如抗BLyS、抗CD40L、抗IL-6、抗CD27、抗BDCA2、抗IL-12、抗IL-23、抗IFN-αD、抗IL-17、抗CD20、抗IL-10、抗CD22、抗IL-21、抗ICOS、抗ICOSL或抗IFN-γ之抗體)係經工程改造以在CH3域具有某些促進異二聚體穩定性之取代；該等抗體會在還原條件下(足以讓鉸鏈區(hinge region)中的半胱胺酸進行雙硫鍵異構化)一起培養；從而藉由Fab臂交換來產生該雙特異性抗體。培養條件可最佳地被回復為非還原性(non-reducing)。可使用之例示性還原劑係2-巰基乙胺(2-MEA)、二硫蘇糖醇(dithiothreitol,DTT)、二硫赤蘚醇(dithioerythritol, DTE)、麩胱甘肽、參(2-羧乙基)膦(TCEP)、L-半胱胺酸及β-巰基乙醇，還原劑較佳係選自由下列所組成之群組：2-巰基乙胺、二硫蘇糖醇及參(2-羧乙基)膦。舉例而言，可使用在至少20℃之溫度且有至少25mM之2-MEA存在下或於至少0.5mM之二硫蘇糖醇存在且在5至8之pH下(例如在7.0之pH下或在7.4之pH下)培養至少90min。

可在該雙特異性抗體之第一重鏈中及在第二重鏈中使用的例示性CH3突變係K409R及/或F405L。

可合併本發明之抗體之VL及/或VH區的其他雙特異性結構係例如雙可變域免疫球蛋白(Dual Variable Domain Immunoglobulin,DVD)(Int.Pat.Publ.No.WO2009/134776)、或包括各種二聚化域以連接具有不同特異性之兩個抗體臂的結構，諸如白胺酸拉鍊(leucine zipper)或膠原蛋白二聚化域(Int.Pat.Publ.No.WO2012/022811,U.S.Pat.No.5,932,448；U.S.Pat.No.6,833,441)。DVD為全長度抗體，其包含具有結構VH1-連接子-VH2-CH之重鏈及具有結構VL1-連接子-VL2-CL之輕鏈；連接子係可選用的。

待合併到雙特異性抗IFN-α/ω抗體中之VH及VL(結合BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17、CD20、IL-10、CD22、IL-21、ICOS、ICOSL或IFN-γ)可使用本文中所述之方法重新產生，或者可從現有單特異性抗體工程改造而得。可用來產生本發明之雙特異性抗體的例示性抗BLyS抗體為BENLYSTA^®。可使用的例示性CD40L抗體係描述於U.S.Pat.No.5,474,771、U.S.Pat.No.5,747,037、Int.Pat.Publ.No.WO01/68860、Int.Pat.Publ.No.WO06/033702或Int.Pat.Publ.No.WO08/118356中者。可使用的例示性抗IL-6抗體係描述於Int.Pat.Publ.No.WO06/119115、Int.Pat.Publ.No.WO10/056948、Int.Pat.Publ.No.WO10/088444或Int.Pat.Publ.No.WO07/076927中者。可使用的例示性抗CD27抗體係描述於 Int.Pat.Publ.No.WO13/138586、Int.Pat.Publ.No.WO11/130434或Int.Pat.Publ.No.WO12/004367中者。可使用的例示性IL-12及IL-23抗體係STELARA®。可使用的例示性IL-23抗體係描述於Int.Pat.Publ.No.WO07/005955、Int.Pat.Publ.No.WO07/027714、Int.Pat.Publ.No.WO08/103432、Int.Pat.Publ.No.WO07/106769、Int.Pat.Publ.No.WO07/147019或Int.Pat.Publ.No.WO08/134659中者。可使用的例示性IL-17抗體係描述於Int.Pat.Publ.No.WO06/013107、Int.Pat.Publ.No.WO06/054059 Int.Pat.Publ.No.WO07/070750、Int.Pat.Publ.No.WO08/134659、Int.Pat.Publ.No.WO07/149032、Int.Pat.Publ.No.WO08/021156、Int.Pat.Publ.No.WO08/047134、Int.Pat.Publ.No.WO09/130459、Int.Pat.Publ.No.WO10/025400、Int.Pat.Publ.No.WO11/053763及Int.Pat.Publ.No.WO12/095662中者。

本文中(以及在下列編號實施例之每一者的一些實施例中)所述的另一個本發明實施例係一結合至具有某些VH及VL序列之人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型的抗體，其中抗體VH係由第一聚核苷酸所編碼且抗體VL係由第二聚核苷酸所編碼。聚核苷酸可為互補去氧核酸(cDNA)，且可為針對合適宿主中之表現進行最佳化的密碼子(codon)。密碼子最佳化為廣為人知之技術。

在本文中所述的一些實施例中，以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中，編碼本發明之抗體VH或VL的聚核苷酸包含SEQ ID NO：72、92、108、110、117或122之序列。

本發明的另一個實施例係編碼本發明之抗體重鏈可變區及/或抗體輕鏈可變區之任一者的單離聚核苷酸。某些例示性聚核苷酸係揭示於本文中，然而考慮到一給定表現系統中之基因密碼退化性或密碼子偏好，其他編碼本發明之抗體之聚核苷酸亦屬於本發明之範疇。例示性聚核苷酸例如為SEQ ID NO：72、92、108、110、117或122中所示序列的聚核苷酸。編碼本發明之抗體之VH或VL或其片段的聚核苷酸序列可係可操作地連接至一或多個調節元件(諸如啟動子或增強子)，以容許核苷酸序列在所意欲宿主細胞中之表現。聚核苷酸可為cDNA。

本發明的另一個實施例係一載體(vector)，其包含本發明之聚核苷酸。此類載體可係質體載體、病毒載體、用於桿狀病毒表現之載體、基於轉位子(transposon)之載體、或者任何其他適用於以任何手段將本發明之合成聚核苷酸引入至一給定生物或基因背景中的載體。舉例而言，將編碼本發明之抗體之輕鏈及/或重鏈可變區的聚核苷酸(可選用地連接至恆定區)插入至表現載體中。輕鏈及/或重鏈可選殖於相同或不同的表現載體。編碼免疫球蛋白鏈的DNA段可係可操作地連接至(一或多個)表現載體的控制序列，以確保免疫球蛋白多肽的表現。此等控制序列包括信號序列、啟動子(promoter，例如天然關聯或異源性啟動子)、增強子元件(enhancer element)、及轉錄終止序列，並且係經選擇以與選擇用來表現抗體之宿主細胞相容。一旦載體已合併到適當的宿主中，即將宿主維持在合適條件下以高度表現由所合併之聚核苷酸編碼的蛋白質。

合適之表現載體一般在宿主生物中可複製作為游離基因體(episome)或宿主染色體DNA的整體部分。常見的是，表現載體含有選擇標記(selection marker)，諸如安比西林抗性、溼球菌素抗性、四環素抗性、康黴素(kanamycin)抗性或新黴素抗性，以允許偵測用所欲DNA序列轉形的那些細胞。

合適啟動子及增強子元件在所屬技術領域中為習知者。關於細菌細胞中的表現，例示性啟動子包括lac1、lacZ、T3、T7、gpt、λ P及trc。關於真核細胞中的表現，例示性啟動子包括輕鏈及/或重鏈免疫球蛋白基因啟動子及增強子元件；細胞巨大病毒即刻早期啟動子 (cytomegalovirus immediate early promoter)；疱疹單純性病毒胸苷激酶啟動子(herpes simplex virus thymidine kinase promoter)；早期及晚期SV40啟動子；來自反轉錄病毒之長末端重複中存在的啟動子；小鼠金屬硫蛋白-I啟動子(mouse metallothionein-I promoter)；及各種所屬技術領域中習知的組織特異性啟動子。關於酵母菌細胞中的表現，例示性啟動子係組成啟動子，諸如ADH1啟動子、PGK1啟動子、ENO啟動子、PYK1啟動子及類似者；或可調節啟動子，諸如GAL1啟動子、GAL10啟動子、ADH2啟動子、PH05啟動子、CUP1啟動子、GAL7啟動子、MET25啟動子、MET3啟動子、CYC1啟動子、HIS3啟動子、ADH1啟動子、PGK啟動子、GAPDH啟動子、ADC1啟動子、TRP1啟動子、URA3啟動子、LEU2啟動子、ENO啟動子、TP1啟動子、以及AOX1(例如用於在畢赤酵母菌屬(Pichia)中使用)。適當載體及啟動子之選擇落於所屬技術領域中之通常知識水準內。

大量的合適載體及啟動子對於所屬技術領域中具有通常知識者係習知；許多係市售可得以用於產生對象重組建構體。提供下列載體以作為範例之用。細菌：pBs、phagescript、PsiX174、pBluescript SK、pBs KS、pNH8a、pNH16a、pNH18a、pNH46a(Stratagene,La Jolla,Calif.,USA)；pTrc99A、pKK223-3、pKK233-3、pDR540、及pRIT5(Pharmacia,Uppsala,Sweden)。真核：pWLneo、pSV2cat、pOG44、PXR1、pSG(Stratagene)pSVK3、pBPV、pMSG及pSVL(Pharmacia)。

本發明的另一個實施例係一宿主細胞，其包含本發明之一或多個載體。用語「宿主細胞(host cell)」係指引入載體的細胞。應瞭解到，用語宿主細胞不只意欲指特定對象細胞，亦意欲指此細胞之後裔，並且亦意欲指從該特定對象細胞產生之穩定細胞株。由於某些修飾可能會因為突變或環境影響之任一者而發生於繼後之代中，使得後裔可能與親系細胞並不相同，但仍涵括於本文中所用之用語「宿主細胞」的範疇中。此類宿主細胞可為真核細胞、原核細胞、植物細胞或古菌(archeal)細胞。

大腸桿菌(Escherichia coli)、桿菌(諸如枯草桿菌(Bacillus subtilis)、及其他腸桿菌(enterobacteriaceae)(諸如沙門桿菌(Salmonella)、鋸桿菌(Serratia))、及各式假單胞菌(Pseudomonas)菌種皆為原核宿主細胞之實例。其他微生物(諸如酵母菌)對於表現亦為有用者。酵母菌(Saccharomyces)(例如釀酒酵母菌(S.cerevisiae))及畢赤酵母菌屬(Pichia)皆為合適酵母菌宿主細胞之實例。例示性真核細胞可屬於哺乳動物、昆蟲、禽或其他動物來源。哺乳動物真核細胞包括永生化細胞株(immortalized line cell)如融合瘤或骨髓瘤細胞株，諸如SP2/0(American Type Culture Collection(ATCC),Manassas,VA,CRL-1581)、NS0(European Collection of Cell Cultures(ECACC),Salisbury,Wiltshire,UK,ECACC No.85110503)、FO(ATCC CRL-1646)及Ag653(ATCC CRL-1580)鼠類細胞株。例示性人類骨髓瘤細胞株為U266(ATTC CRL-TIB-196)。其他有用之細胞株包括衍生自中國倉鼠卵巢(Chinese Hamster Ovary,CHO)細胞者，諸如CHO-K1SV(Lonza Biologics,Walkersville,MD)、CHO-K1(ATCC CRL-61)或DG44。

本發明的另一個實施例係一種生產本發明之抗體之方法，其包含在使該抗體表現之條件下培養本發明之宿主細胞，並且收回由該宿主細胞所生產之該抗體。製造抗體及純化抗體之方法在所屬技術領域中係廣為人知者。一旦(以化學或重組方式)經合成，整個抗體、其等之二聚體、個別輕鏈及/或重鏈、或其他抗體片段(諸如VH及/或VL)可依據標準程序來純化，包括硫酸銨沉澱、親和管柱、管柱層析、高效液相層析(HPLC)純化、凝膠電泳、及類似者(一般資訊請參見Scopes,Protein Purification(Springer-Verlag,N.Y.,(1982))。對象抗體可為實質上純，例如至少約80%至85%純、至少約85%至90%純、至少約90%至95%純、或至少約98%至99%純、或更純，例如除對象抗體外不含汙染物(諸如細胞碎屑、巨分子等)。

本發明的另一個實施例係一種用於生產一抗體之方法，並且該抗體結合至一人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)，該方法包含：將編碼該抗體之該VH的第一聚核苷酸及編碼該抗體之該VL的第二聚核苷酸合併到一表現載體中；以該表現載體轉形一宿主細胞；在培養基中在該VL及該VH係經表現且形成該抗體之條件下培養該宿主細胞；及從該宿主細胞或培養基中回收抗體。

編碼本發明之某些VH或VL序列的聚核苷酸係使用標準分子生物方法來合併到載體中。宿主細胞轉形、培養、抗體表現及純化皆使用廣為人知的方法來進行。

治療方法

本發明之IFN-α/ω抗體可用來治療免疫媒介之發炎性疾病或自體免疫疾病如狼瘡(包括全身性紅斑狼瘡(SLE)或皮膚性紅斑狼瘡(CLE))、或其他免疫媒介之發炎性疾病如牛皮癬、免疫性血小板減少症(ITP)、艾卡迪-高帝耶氏(Aicardi-Goutieres)症候群(AGS)、全身性硬化症、休格倫氏症候群、肌炎、常見變異型免疫缺乏(CVID)、自體免疫甲狀腺病、第I型糖尿病、類風溼性關節炎、移植排斥或移植物抗宿主病(GVHD)。這些疾病可能會與IFN-α及/或IFN-ω或第I型IFN特徵之生產增加相關。

本發明的一個實施例是一種治療免疫媒介之發炎性疾病或自體免疫疾病的方法，其包含向所需治療之病患投予一治療有效量的單離抗體一段足以治療該免疫媒介之發炎性疾病或自體免疫疾病的時間，該單離抗體結合至一人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型。

本發明的一個實施例是一種治療狼瘡的方法，其包含向所需治療之病患投予一治療有效量的單離抗體一段足以治療狼瘡的時間，該單離抗體結合至一人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型。

在一些實施例中，狼瘡為全身性紅斑狼瘡(SLE)或皮膚性紅斑狼瘡(CLE)。

在一些實施例中，該病患患有狼瘡性腎炎。

在一些實施例中，該免疫媒介之發炎性疾病或該自體免疫疾病為牛皮癬、免疫性血小板減少症(ITP)、艾卡迪-高帝耶氏(Aicardi-Goutieres)症候群(AGS)、全身性硬化症、休格倫氏症候群、肌炎、常見變異型免疫缺乏(CVID)、自體免疫甲狀腺病、第I型糖尿病、類風溼性關節炎、移植排斥或移植物抗宿主病(GVHD)。

本發明的另一個實施例是一種治療慢性病毒感染的方法，其包含向所需治療之病患投予一治療有效量的單離抗體一段足以治療該慢性病毒感染的時間，該單離之抗體結合至一人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型。

IFN-I廣為人知在急性病毒感染中具有保護性角色。近來，IFN-I已顯示在慢性病毒感染中具有免疫抑制角色，此係透過至少部分地由IL-10及計畫性細胞死亡1配體1(programmed cell death 1 ligand 1,PDL1)所媒介之機制(Teijaro等人，Science 340,207-211,(2013)；Wilson等人，Science 340,202-207,2013)。多種IFN-α亞型及IFN-ω之組合阻斷可在患有慢性病毒感染(包括HIV及C型肝炎)之病患中提供有益效果，此係藉由向下調節有助於病毒殘存之免疫抑制環境。

在一些實施例，慢性病毒感染係HIV或C型肝炎。

「治療(treatment,treat)」係指治療性處理。可被治療之病患亦包括對失調(disorder)係易受或易感者，而其中該失調係待預防。所需治療之個人包括已經具有失調或失調之症狀者。有益或所欲之臨床成果包括緩解症狀、減小疾病程度、使疾病進入穩定化(即不惡化)狀態、延緩或減慢疾病進程、改善或緩和疾病狀態、及緩解(無論部分或完全)，無論可偵測或不可偵測。「治療」亦可意指相較於若未接受治療之預期存活而延長存活。

可用於本發明之方法中之例示性抗體包含如表9、13、15、17、19、21、22、23、24、25、26或27中所示之VH、VL、HCDR及/或LCDR區、以及抗體IFWM3308、IFWM3307、IFWM3410、IFWM3322、IFWM3385、IFWM3416、IFWM3310、IFWM3400、IFWM3321、IFWM3522、IFWM3524、IFWM3320、IFWM3304、IFWM3520、IFWM3399、IFWM3314、IFWM3331、IFWM3405、IFWM3442、IFWM3525、IFWM3423、IFWM3444及IFWM3421。

其他可使用於本文中所述本發明之方法中(以及在下列編號實施例中的每一者的一些實施例中)的例示性抗體，係結合至一人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型並且中和該等干擾素之生物活性的抗體，其中該抗體結合SEQ ID NO：1的IFN-ω於至少殘基F27、L30及R33。

其他可使用於本文中所述之本發明方法中(以及在下列編號實施例中的每一者的一些實施例中)的例示性抗體，係結合SEQ ID NO：1之人類IFN-ω於至少殘基S25、P26、F27、L28、L30、K31、R33、R34及D35的抗體。

本發明之方法可用來治療屬於任何分類之動物病患。此等動物之實例包括哺乳動物，諸如人、鼠、犬、貓及農畜(farm animal)。

本發明之抗體可用於製備用於此類治療之醫藥品(medicament)，其中該醫藥品係經製備用於本文中所定義之劑量投予。SLE係慢性多器官自體免疫疾病，並且基因及環境因子兩者皆促進其發展。

SLE之特徵在於致病自體抗體之生產及免疫複合體之組織沉積(tissue deposition)，從而導致跨多重器官之組織損傷。病患中會見到皮膚、肌肉骨骼、血液、神經及腎併發症之組合，並且有發作及緩解之週期。狼瘡性腎炎係定義為SLE的一種病例，並且具有腎炎、蛋白尿、血尿及/或腎衰竭之診斷結果。在狼瘡性腎炎病患中，腎侵犯(renal involvement)之特徵在於蛋白尿(>0.5g/24小時)、及/或尿液樣本中有紅血球細胞或圓柱體(cast)。

不希望受任何特定理論所拘限，已提出SLE觸發物(諸如自體抗體免疫複合體)引發與IFN-α及IFN-ω(但非IFN-β)之過度生產相關的第I型IFN反應。因此，本發明之IFN-α/ω抗體可提供更具效力之狼瘡及其他免疫媒介之發炎性疾病的治療、廣泛抑制IFN-ω及多種IFN-α亞型同時但保留IFN-β功能，前述IFN-β在抗病毒防衛中可扮演更關鍵的角色，並且其分子可與狼瘡不具有生物關聯性。舉例而言，抗IFN-β抗體無法中和來自SLE及AGS病患兩者之病患血清活性，而AGS亦為與升高之IFN-I型活性及IFN特徵相關的疾病(Hooks等人，Arthritis and Rheumatism 25：396-400,1982：Hua等人，Arthritis and Rheumatism 54：1906(Jun,2006)；Rice等人，Lancet Neurology doi：10.1016/S1474-4422(13)70258-8(2013))。

SLE以外之其他狼瘡類型包括皮膚性紅斑狼瘡(CLE)及小兒狼瘡。

與狼瘡相關之症狀包括關節疼痛及僵硬、非糜爛性關節炎(nonerosive arthritis)、肌肉痛、疼痛、虛弱、發燒、不適、口腔組織潰瘍、皮膚表現(例如跨鼻子及臉頰的蝴蝶形疹、陽光引發之皮膚發作)、不尋常的體重降低或體重增加、貧血、低淋巴球及/或血小板數、神經表現或神經精神表現(例如思考障礙、記憶問題、錯亂(confusion)、憂鬱、頭痛、痙攣(seizure)、中風)、腎問題(例如腎炎，例如腎絲球腎炎(glomerulonephritis))、陽光或光敏感、掉髮、因壓力或寒冷而來的手指發紫或發白、血管損害或其他血管表現、或心肺症狀(諸如心包炎或胸膜炎)。狼瘡病患中已文件記錄有升高水準的介白素IL-1、IL-6、IL-10、Il-12、IL-17、IL-18、IL-5及IL-16；TNF-α或第I型干擾素，以及文件記錄有IFN可誘導基因之過度表現。病患可能會有對抗核組分及細胞組分的自體抗體之升高水準，該等核組分及細胞組分諸如雙股DNA(dsDNA)、核糖核蛋白(RNP)、SS-a/Ro、SS-b/La、磷脂質、組蛋白或心脂。病患可能在至少一個組織上有免疫複合體沉積。

SLE之診斷或分類可例如使用美國風濕科學院(American College of Rheumatology,ACR)所作之建議、或以全身性紅斑狼瘡國際臨床合作組織(Systemic Lupus International Collaborating Clinics,SLICC)的全身性紅斑狼瘡分類準則(Criteria for the Classification of Systemic Lupus Erythematosus)。舉例而言，2012 SLICC準則要求病患展現11個準則中的至少4個，並且至少一個臨床及一個免疫學準則，或者於抗DNA抗體(ADA)或抗核酸抗體(ANA)存在下利用組織生檢確認狼瘡性腎炎。臨床準則為急性皮膚狼瘡、慢性皮膚狼瘡、口腔或鼻腔潰瘍、非結瘢禿髮、關節炎、漿膜炎、腎症狀、神經症狀、溶血性貧血、白血球減少病或血小板減少症(<100,000/mm³)。免疫學準則包括ANA、ADA、抗Sm、抗磷脂質抗體、低補體(C3、C4或CH50)或直接庫姆氏試驗(Coombs’test)，庫姆氏試驗於溶血性貧血存在下不計(Petre等人，Arthritis and Rheumatism Aug 2012)。活動性疾病(active disease)之定義可藉由一個不列顛群島狼瘡活性組織(British Isles Lupus Activity Group,BILAG)的「A」準則或兩個BILAG的「B」準則；藉由SLE疾病活性指數(SLEDAI,SLE Disease Activity Index)；或藉由全身性紅斑狼瘡(SLE)反應指數(SRI)，彼等係描述於Furie等人，Arthritis Rheum.61(9)：1143-51(2009)中。

SLE嚴重性及疾病活性(disease activity)可由具有SLE專門知識之臨床醫師所給出的BILAG評分來定義。BILAG 2004指數係用來決定BILAG評分(請參見Yee等人Arthritis & Rheumatism 54：3300-3305,2006；Isenberg等人，Rheumatology 44：902-906；2005)。BILAG 2004指數會評估橫跨下列九個器官系統領域之97個臨床徵兆、症狀、及檢驗參數，該九個器官系統領域：體質(constitutional)、黏膜皮膚、神經精神、肌肉骨骼、心臟與呼吸、胃腸、眼、腎、及血液。針對這97個症狀過去一個月(4周)的嚴重性及自上一次檢驗起的任何變化(新增、改善、穩定、惡化、消失)進行評級。接著針對這九個領域的每一個領域，從各個器官分類中的檢驗結果得到單獨字母評分(A至E)。表2顯示BILAG分類。

CLE進一步分類為急性(ACLE)、亞急性(SCLE)、慢性(CCLE)或間歇性(ICLE)CLE，視臨床特徵的群集狀況、皮膚損害持續期間、檢驗異常、及皮膚切片組織變化而定。各種CLE型態之分類及臨床表現係回顧於Kuhn and Landmann,J Autiommunity 48-49：14-19,2014中。

已有報告指出，第I型IFN基因特徵與狼瘡之臨床及血清特徵兩者皆有正向關聯(Karageorgas等人，J Biomed Biotechnol 273907,2011、Baechler等人，Proc Natl Acad Sci USA 100：2610-2615,2003、Bennett等人，J Exp Med 197：711-723,2003、Dall'era等人Ann Rheum Dis 64：1692-1697,2005、Niewold等人Genes Immun 8：492-502,2007)。自體抗體之優勢連同其清除受到阻礙導致IFN生產之反饋循環，其中Fc受體依賴性內部化免疫複合體到漿細胞樣樹突細胞(plasmacytoid dendritic cell,pDC)導致IFN量增加並因而造成IFN特徵建立。在臨床試驗中，SLE病患中之抗IFN-α抗體已在探勘分析中展現出，在大多數顯示IFN特徵之病患中其第I型IFN特徵有部分降低及輕微效力(Petri等人，Arthritis and rheumatism 65,1011(Apr,2013)；Merrill J等人，Annals of the rheumatic diseases 70,314(2011)；Kennedy等人，The 10th International Congress on SLE,Buenos Aires,Argentina Oral Presentation 5,022,(April 20th,2013))。

狼瘡護理之照護標準係根據當前已接受之醫療實務模式、風濕科學會(例如American College of Rheumatology、European League Against Rheumatism)所發展之受核可指引文件及治療醫師之裁量。狼瘡病患在作出診斷後仍長時間持續具有疾病活性(即使經過適當護理)，從而常侵犯新器官系統或造成特定器官系統損傷。狼瘡疾病活性有三種模式：發作(或緩解、復發的疾病活性)、慢性活動性疾病、及長期靜止(quiescence)。這些疾病模式係使用系統化臨床評估、常規檢驗、標準化疾病活性評量、及整合這些評估及病患對於健康狀態及生活品質之自我感受來特徵化。當病患的發作徵兆或症狀持續或惡化時，醫師可能認為用藥及/或劑量需要改變。控制狼瘡的用藥包括但不限於下列：(1)非類固醇抗發炎藥物(NSAID)，包括成藥NSAID，例如萘普生(naproxen)(Aleve)及伊布洛芬(ibuprofen)(Advil、Motrin、其他)及更強效之處方藥NSAID；(2)抗瘧疾藥，例如羥氯奎寧(hydroxychloroquine)(Plaquenil)；(3)皮質類固醇，例如潑尼松(Prednisone)及其他類型皮質類固醇、及(4)免疫抑制劑，例如環磷醯胺(Cytoxan)、硫唑嘌呤(Imuran,Azasan)、黴酚酸(mycophenolate)(Cellcept)、來氟米特(Arava)及胺甲喋呤(Trexall)。

本發明之抗體可使用疾病相關IFN製劑在疾病相關細胞中活體外測試其等之效力。此活體外測試可例如為評估SLE病患免疫複合體在全血中所誘導之IFN生產之抑制、或評估抗體降低全血中之IFN特徵的能力，如本文中所述。亦可使用狼瘡動物模型，諸如展現時間依賴性且偏雌性之疾病的NZB/NZW F1小鼠，其具有數種人類狼瘡特徵，包括腎絲球腎炎。然而，因為小鼠不會生產IFN-ω，其等作為評估本發明之抗體的模型之實用性較為受限。

在一些實施例中，病患會展現第I型干擾素特徵。本文中所用之「第I型干擾素特徵(type I interferon signature)」係指IFN-I所誘導之基因子集的向上調節。各種第I型IFN特徵皆為習知者，範圍包括3至27基因。這些特徵例如可用作為藥效動力學標記(marker)，以評估第I型IFN抑制劑對於治療SLE以及對於SLE病患分層目的之標靶銜接(target engagement)。

例示性第I型干擾素特徵係示於表3，由21個經向上調節之基因所組成，如於Yao等人，Arthritis and rheumatism 60,1785(Jun,2009)中所描述。其他例示性第I型干擾素特徵係描述於Tcherepanova,I.等人，Annals of the rheumatic diseases 71(Suppl3)(2012)以及Richardson,B.等人，Development of A Quantitative PCR Method to Determine Interferon Signature Metric Status in SLE Patients：Distribution and Clinical & Serological Associations in Two Lupus Clinical Trials.ACR/ARHP 2012 Annual Meeting Abstract 620(2012)。

在一些方法中，抗IFN-α/ω抗體係雙特異性抗體。

在一些方法中，抗IFN-α/ω雙特異性抗體中和BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17或CD20。

投予/醫藥組成物

本發明提供包含本文中(且在下列編號實施例之每一者的一些實施例中)所述之本發明之抗IFN-α/ω抗體的醫藥組成物，以及醫藥可接受載劑。關於治療用途，本發明之抗IFN-α/ω抗體可製備為醫藥組成物，其含有有效量的抗IFN-α/ω抗體作為活性成分在醫藥可接受載劑中。用語「載劑(carrier)」係指會與活性化合物一起投予之稀釋劑、佐劑、賦形劑、或媒劑(vehicle)。此等媒劑可為液體如水及油，包括來自石油、動物、蔬菜或合成來源者，諸如花生油、大豆油、礦物油、芝麻油及類似者。舉例而言，可使用0.4%鹽水及0.3%甘胺酸。這些溶液係無菌且通常不含顆粒態物質。它們可藉由習用、廣為人知的滅菌技術(例如過濾)來滅菌。該等組成物可含有如用以接近生理條件所需之醫藥上可接受輔助物質，該接近生理條件諸如pH調整及緩衝劑、穩定、增稠、潤滑及著色劑等。在此類醫藥配方中本發明分子或抗體之濃度可有廣泛變化，即從以重量計小於約0.5%，通常達以重量計至少約1%至多達以重量計15或20%、25%、30%、35%、40%、45%或50%，並且將主要根據所需劑量、流體體積、黏度等，依據所選擇之特定投予模式來選擇。合適之媒劑及配方(包含其他人類蛋白質，例如人類血清白蛋白)係例如描述於Remington：The Science and Practice of Pharmacy,21^st Edition,Troy,D.B.ed.,Lipincott Williams and Wilkins,Philadelphia,PA 2006,Part 5,Pharmaceutical Manufacturing pp 691-1092，特別參見pp.958-989中。

本文中(以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中)所述之本發明之方法中的抗IFN-α/ω抗體之投予模式，可為任何合適之途徑如非經腸道(parenteral)投予，例如皮內、肌肉內、腹膜內(intraperitoneal)、靜脈內或皮下、肺臟、經黏膜(口腔、鼻腔、陰道內、直腸)或技藝人士所理解以及在所屬技術領域中所熟知之其他手段。

本文中(以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中)所述之本發明方法中的抗IFN-α/ω抗體可藉由任何合適途徑來投予病患，例如非經腸道(藉由靜脈內(i.v.)輸液或高劑量注射(bolus injection))、肌肉內或皮下或腹膜內。i.v.輸液例如可在15、30、60、90、120、180、240分鐘內給予，或者在1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12小時內給予。

給予患有免疫媒介之發炎性疾病或自體免疫疾病(諸如狼瘡)的病患之劑量係足以減輕或至少部分遏止所要治療之疾病(治療有效量(therapeutically effective amount))並且有時可為0.005mg/kg至約100mg/kg，例如約0.05mg/kg至約20mg/kg或約0.1mg/kg至約20mg/kg、或約1mg至約20mg/kg、或約4mg/kg、約8mg/kg、約16mg/kg或約24mg/kg，或者例如約1、2、3、4、5、6、7、8、9或10mg/kg，但可甚至更高，例如約15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、50、60、70、80、90或100mg/kg。

亦可給予固定單位劑量，例如50、100、200、500或1000mg，或者劑量可基於病患之表面積，例如500、400、300、250、200、或100mg/m²。通常可投予介於1與8次的劑量(例如1、2、3、4、5、6、7或8次)以治療免疫媒介之發炎性疾病如狼瘡，但亦可給予9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多次劑量。

本發明之方法中(以及在每個下列編號實施例中的一些實施例中)之抗IFN-α/ω抗體，其投予可在一天、兩天、三天、四天、五天、六天、一周、兩周、三周、一個月、五周、六周、七周、兩個月、三個月、四個月、五個月、六個月或更久之後重覆進行。重覆治療過程亦為可能者，如為慢性投予。重覆投予可在相同劑量或在不同劑量下。舉例而言，本發明之方法中之抗IFN-α/ω抗體可在0.1mg/kg、在1mg/kg、在5mg/kg、在8mg/kg或在16mg/kg下以每周間隔投予持續8周，接著在8mg/kg或在16mg/kg下每兩周投予持續另外16周，接著在8mg/kg或在16mg/kg下藉由靜脈輸液每四周投予。

本發明之方法中(以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中)，抗IFN-α/ω抗體可藉由維持療法來投予，諸如舉例而言一周一次持續6個月或更長的期間。

舉例而言，本發明之方法中(以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中)之抗IFN-α/ω抗體可以下列之量提供為一日劑量：約0.1至100mg/kg，諸如0.5、0.9、1.0、1.1、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、45、50、60、70、80、90或100mg/kg(每天(per day))，在開始治療後的第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、或40天中之至少一天提供，或者可替代地，在第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20周中之至少一周提供、或者上述者之任何組合，並且使用每24、12、8、6、4、或2小時的單次或分次劑量、或者上述者之任何組合。

本發明方法中(以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中)之抗IFN-α/ω抗體亦可預防性投予，以減低免疫媒介之發炎性疾病或自體免疫疾病如狼瘡出現的風險、延緩免疫媒介之發炎性疾病或自體免疫疾病之發作、及/或當免疫媒介之發炎性疾病或自體免疫疾病如狼瘡緩解時減低再度發生的風險。

因此，用於肌肉內注射之本發明的醫藥組成物可經製備而含有1ml無菌緩衝水，以及介於約1ng至約100mg/kg間，例如較佳為約50ng至約30mg/kg、或更佳為約5mg至約25mg/kg的本發明抗IFN-α/ω抗體。

舉例而言，包含本文中(以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中)所述本發明之方法中之抗IFN-α/ω抗體的醫藥組成物，其用於靜脈輸液者可經調製而含有約200ml的無菌林格氏液(Ringer's solution)，以及約8mg至約2400mg、約400mg至約1600mg、或約400mg至約800mg的抗INF-α/ω抗體以用於投予至一80kg的病患。用於製備可非經腸道地(parenterally)投予之組成物的方法係廣為人知者，並且例如係更詳細描述於"Remington's Pharmaceutical Science",15th ed.,Mack Publishing Company,Easton,PA.中。

對於治療免疫媒介之發炎性疾病或自體免疫疾病有效之本發明的IFN-α/ω抗體之「治療有效量」可藉由標準研究技術來決定。舉例而言，可利用活體外檢定來協助找出最佳劑量範圍。可選用的是，本發明之IFN-α/ω抗體可對於治療免疫媒介之發炎性疾病或自體免疫疾病(諸如狼瘡，包括SLE)有效的劑量可藉由將IFN-α/ω抗體投予所屬技術領域中所熟知之相關動物模型來決定。特定有效劑量之選擇可由所屬領域中具有通常知識者根據數種因素之考慮來決定(例如經由臨床試驗)。此等因素包括待治療或預防之疾病、所涉及之症狀、病患之體重、病患之免疫狀態及技藝人士所習知之其他因素。配方中所採用之精確劑量亦會取決於投予途徑、及疾病嚴重性，並且應依據執業醫師之判斷及各病患之情況來決定。有效劑量可從衍生自活體外或動物模型試驗系統之劑量反應曲線外插而來。本發明之抗體可使用本文中所述之任何模型來測試其等之效力及有效劑量。

本文中(以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中)所述之本發明方法中的抗IFN-α/ω抗體，其可經凍乾以供儲存並在使用之前於合適載劑中進行再組成(reconstituted)。此技術已顯示對於習用蛋白質製劑為有效者並且可使用廣為人知之凍乾及再組成技術。

本文中(以及在下列編號實施例中每一者的一些實施例中)所述之本發明之方法中的抗IFN-α/ω抗體，其可組合第二治療劑同時、依序或分開投予。

第二治療劑可係皮質類固醇、抗瘧疾藥、免疫抑制劑、細胞毒性藥物、或B細胞調節劑。

在一些實施例中，該第二治療劑係潑尼松(prednisone)、潑尼松龍(prednisolone)、甲基潑尼松龍(methylprednisolone)、地夫可特(deflazcort)、羥氯奎寧(hydroxychloroquine)、硫唑嘌呤(azathioprine)、胺甲喋呤(methotrexate)、環磷醯胺(cyclophosphamide)、黴酚酸酯(mycophenolate mofetil,MMF)、黴酚酸鈉(mycophenolate sodium)、環孢靈素(cyclosporine)、來氟米特(leflunomide)、他克莫司(tacrolimus)、利妥昔單抗(rituximab^TM)、或貝利單抗(belimumab^TM)。

本發明之進一步實施例

以下所提出者係依據本文中他處之揭示的本發明之某些進一步實施例。經描述為與本文中所揭露之本發明相關的來自以上提出之本發明之實施例的特徵亦與這些進一步編號實施例之每一者有關。

1)一種單離之單株抗體，其結合至一人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型，並且中和該等干擾素之生物活性。

2)依據實施例1之抗體，其中該人類IFN-ω及該等人類IFN-α亞型之生物活性係在以干擾素可誘導ISG54啟動子於穩定表現信號轉導及轉錄活化因子2(STAT2)、干擾素調節因子9(IRF9)及分泌型胚胎鹼性磷酸酶(SEAP)之HEK293細胞中，經該人類IFN-ω或該等人類IFN-α亞型誘導之SEAP的表現。

3)依據實施例1或2之抗體，其中該抗體以至少約1×10^-9M或更低、約1×10^-10M或更低、約5×10^-11M或更低、或約1×10^-11M或更低的IC₅₀來中和該人類IFN-ω之生物活性。

4)依據實施例1至3之抗體，其中該抗體以至少約1×10^-10M或更低的IC₅₀值來中和該人類IFN-ω之生物活性。

5)依據實施例1至4之抗體，其中該抗體以介於約1×10^-10M至約6×10^-12M的IC₅₀值來中和該人類IFN-ω之活性。

6)依據實施例1至5之抗體，其中該抗體以至少約1×10^-10M或更低的IC₅₀值來中和至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類IFN-α亞型之活性。

7)依據實施例6之抗體，其中該等IFN-α亞型係選自由下列所組成之群組：IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA及IFN-α4a。

8)依據實施例7之抗體，其中該抗體包含分別係SEQ ID NO：109、114及121之重鏈互補決定區(HCDR)1(HCDR1)、2(HCDR2)及3(HCDR3)胺基酸序列，以及係SEQ ID NO：118、119及120之輕鏈互補決定區(LCDR)1(LCDR1)、2(LCDR2)及3(LCDR3)胺基酸序列。

9)依據實施例1至5之任一者之抗體，其中該抗體中和選自由下列所組成之群組的至少六種人類IFN-α亞型：IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA及IFN-α4a。

10)依據實施例9之抗體，其中該抗體包含分別係SEQ ID NO：109、114、121、159、119及160之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

11)依據實施例1至5之任一者之抗體，其中該抗體中和選自由下列所組成之群組的至少十種人類IFN-α亞型：IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA及IFN-α4a。

12)依據實施例11之抗體，其中該抗體結合SEQ ID NO：1的人類IFN-ω於至少胺基酸殘基F27、L30及R33。

13)依據實施例1至5中任一者之抗體，其中該抗體包含分別係SEQ ID NO：109、114、121、161、119及162之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3胺基酸序列。

14)依據實施例11至13之任一者之抗體，其中該抗體中和至少該等人類IFN-α亞型IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1及IFN-α4a。

15)依據實施例14之抗體，其中該抗體進一步中和IFN-αI、IFN-αK或IFN-αWA。

16)依據實施例1至15中任一者之抗體，其中該抗體a)於10μg/ml之抗體存在下，抑制全血中約50%或更多之由250U/ml的干擾素所誘導之白血球干擾素誘導之IP-10釋放；或者b)於10μg/ml之抗體存在下，抑制全血中約50%或更多之全身性紅斑狼瘡(SLE)免疫複合體誘導之IP-10釋放。

17)依據實施例1至16中任一者之抗體，其中該抗體包含與SEQ ID NO：28具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%與99%一致性的重鏈可變區(VH)胺基酸序列，以及與SEQ ID NO：150具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%一致性的一輕鏈可變區(VL)胺基酸序列。

18)依據實施例1至17中任一者之抗體，其包含a)SEQ ID NO：109之HCDR1胺基酸序列；b)SEQ ID NO：111、112或113之HCDR2胺基酸序列；c)SEQ ID NO：115或116之HCDR3胺基酸序列；d)SEQ ID NO：76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90或91之LCDR1胺基酸序列； e)SEQ ID NO：93、94或95之LCDR2胺基酸序列；及f)SEQ ID NO：96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106或107之LCDR3胺基酸序列。

19)依據實施例18之抗體，其包含分別係下列SEQ ID NO之HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及LCDR3序列：a)109、113、116、77、93及104；b)109、113、116、85、93及96；c)109、113、115、79、95及107；d)109、113、116、76、93及103；e)109、113、115、85、93及96；f)109、113、115、89、95及100；g)109、113、116、86、93及105；h)109、113、115、76、93及103；i)109、113、116、80、93及97；j)109、113、116、84、93及97；k)109、113、116、90、93及97；l)109、113、116、88、93及102；m)109、113、116、87、93及105；n)109、113、116、91、93及106；o)109、113、115、80、93及97；p)109、113、116、83、93及101；q)109、113、116、82、94及98；r)109、113、115、78、95及100；s)109、111、116、81、93及106；t)109、113、116、82、94及99；u)109、113、115、81、93及106； v)109、112、116、81、93及106；或者w)109、113、116、81、93及106。

20)依據實施例1至19中任一者之抗體，其中該抗體為人化抗體或人類抗體。

21)依據實施例20之抗體，其中該人類抗體重鏈可變區架構係衍生自人類生殖系基因IGHV5-51(SEQ ID NO：155)。

22)依據實施例21之抗體，其中該人類抗體輕鏈可變區架構係衍生自人類生殖系基因IGKV1D-39(SEQ ID NO：156)。

23)依據實施例1至22中任一者之抗體，其中該抗體係IgG1、IgG2、IgG3或IgG4亞型。

24)依據實施例23之抗體，其中該抗體在Fc區具有至少一取代。

25)依據實施例24之抗體，其中該取代包含一取代M252Y/S254T/T256E、V234A/G237A/P238S/H28A/V309L/A330S/P331S或P238S/L234A/L235A，其中殘基編號係依據EU編號。

26)依據實施例1至26中任一者之抗體，其包含重鏈可變區(VH)及一輕鏈可變區(VL)，其中該a)VH包含SEQ ID NO：28、31、157或158之胺基酸序列。

27)依據實施例26之抗體，其中該VL包含SEQ ID NO：35、39、40、42、46、52、53、54、57、61、62、68、71、73、75、135或150之胺基酸序列。

28)依據實施例27之抗體，其分別包含係下列SEQ ID NO的該VH及該VL：a)28及40；b)28及39；c)31及62； d)28及54；e)31及39；f)31及68；g)28及42；h)31及54；i)28及53；j)28及73；k)28及75；l)28及52；m)28及35；n)28及135；o)31及53；p)28及46；q)28及61；r)31及57；s)157及71；t)28及150；u)31及71；v)158及71；或者w)28及71。

29)依據實施例1至28中任一者之抗體，其中該抗體係雙特異性。

30)依據實施例29之抗體，其中該抗體結合BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17、CD20、IL-10、CD22、IL-21、ICOS、ICOSL或IFN-γ。

31)一種醫藥組成物，其包含依據實施例1至30中任一者之抗體及醫藥上所接受之載劑。

32)一種聚核苷酸，其編碼實施例1至28中任一者之抗體VH或VL或者抗體VH及VL。

33)一種載體，其包含實施例32之聚核苷酸。

34)一種宿主細胞，其包含實施例33之載體。

35)一種生產實施例19之抗體的方法，其包含在使該抗體表現之條件下培養實施例33之宿主細胞，並且回收由該宿主細胞所生產之抗體。

36)一種依據實施例1至30中任一者之抗體在治療免疫媒介之發炎性疾病或自體免疫疾病中之用途。

37)依據實施例36之抗體在下列者中之用途：a)該免疫媒介之發炎性疾病或該自體免疫疾病，其中該免疫媒介之發炎性疾病或該自體免疫疾病可選擇地係狼瘡、牛皮癬、免疫性血小板減少症(ITP)、艾卡迪-高帝耶氏(Aicardi-Goutieres)症候群(AGS)、全身性硬化症、休格倫氏症候群、肌炎、常見變異型免疫缺乏(CVID)、自體免疫甲狀腺病、第I型糖尿病、類風溼性關節炎、移植排斥或移植物抗宿主病(GVHD)；b)慢性病毒感染，其中該慢性病毒感染係HIV或C型肝炎感染。

38)一種依據實施例1至30中任一者之抗體在治療狼瘡中之用途。

39)依據實施例38之抗體在治療狼瘡中之用途，其中狼瘡係全身性紅斑狼瘡(SLE)或皮膚性紅斑狼瘡(CLE)。

40)一種依據實施例1至30中任一者之抗體在治療免疫媒介之發炎性疾病或狼瘡之用途，其中待治療之病患患有：a)狼瘡性腎炎；或者b)展現第I型干擾素特徵。

41)依據實施例1至30中任一者之抗體，其組合一第二治療劑用於依據實施例37至40中之用途。

42)依據實施例41之抗體，其中該第二治療劑係a)結合BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17、CD20、IL-10、CD22、IL-21、ICOS、ICOSL或IFN-γ之抗體；b)皮質類固醇、抗瘧疾藥、免疫抑制劑、細胞毒性藥物、或B細胞調節劑；或者c)潑尼松(prednisone)、潑尼松龍(prednisolone)、甲基潑尼松龍(methylprednisolone)、地夫可特(deflazcort)、羥氯奎寧(hydroxychloroquine)、硫唑嘌呤(azathioprine)、胺甲喋呤(methotrexate)、環磷醯胺(cyclophosphamide)、黴酚酸酯(mycophenolate mofetil,MMF)、黴酚酸鈉(mycophenolate sodium)、環孢靈素(cyclosporine)、來氟米特(leflunomide)、他克莫司(tacrolimus)、利妥昔單抗(rituximab^TM)、或貝利單抗(belimumab^TM)。

43)依據實施例1至30之任一者之抗體，其中該抗體不中和IFN-αD、IFN-α1及/或IFN-β。

本發明現將參照下面特定、非限制性實例予以說明。

材料和方法 ISRE報導基因檢定(「ISRE reporter gene assay」)

使用經工程改造以表現完全活性第I型IFN傳遞信號途徑(穩定表現STAT2及IRF9)且在IFNα/β可誘導ISG54啟動子控制下經SEAP報導基因轉染的HEK-Blue^TM IFN-α/β細胞(InvivoGen,San Diego,CA)。使細胞在塗覆有膠原蛋白第I型之T150燒瓶內在達爾伯克氏改良伊格爾氏培養基(Dulbecco’s modified eagle media)中在37℃下、5%CO₂中生長，該培養基含有10%胎牛血清、100ug/ml保米黴素及 30ug/ml吉歐黴素(zeocin)。收集細胞並將其等在384孔盤中以每孔50μl(每ml 50,000個細胞)進行接種。將所接種細胞在37℃下、5%CO₂中培養24hr。製備受測干擾素樣本並將其在用過之HEK ISRE無血清培養基中稀釋，然後將50μl的IFN樣本加至各孔中。將所接種細胞在37℃下、5%CO₂中培養20hr。取20μl所接種細胞上清液添加60μl/孔再懸浮於經過濾水中之QUANTI-Blue^TM，在室溫下培養20min之後偵測鹼性磷酸酶。在Biotek Synergy盤式分析儀(plate reader)中在650nm下讀取光學密度。

一些ISRE報導基因檢定係在96孔盤中進行如下：將HEK-Blue^TM IFN-α/β細胞(InvivoGen,San Diego,CA)以每孔50,000細胞在100μl的無選擇培養基(selection free media)(DMEM+Glutamax/10% FBS,Gibco)中進行接種並讓其在37℃下培養過夜。隔天，在含有或不含有第I型IFN抑制劑下，製備第I型IFN刺激劑(即重組干擾素、白血球IFN、IC誘導IFN製劑、血清等)於分開之96孔U底轉移盤(BD Falcon)中，並在37℃下預熱10分鐘。將細胞孔盤從培養器中取出，並將培養基移除並以100μl的適當處理劑置換，該等處理劑係在96孔U底轉移盤中製備。將細胞放回並在37℃下放置24小時。隔天，將40μl的上清液轉移至96孔平底盤(BD Falcon)，其含有160μl的QUANTI-Blue^TM SEAP基質(Invivogen)。讓孔盤呈色約15分鐘，在此時使用光譜儀在650nm的吸光度下讀取孔盤。

實例1. 可溶性IFN-ω存在於SLE病患的血中並且具有活性

對於得自中國南京人(Nanjing China)之兩個獨立SLE同類群組(cohort)的血漿及收集自美國之高加索人(Caucasian)同類群組的血清使用多因子ELISA(multiplex Elisa)針對可溶性IFN-ω及IFN-α分析，其依據製造商指示使用VeriPlex人類干擾素多因子ELISA套組(PBL Assay Science,cat no 51500-1)。多因子ELISA會偵測許多(但不是所有)IFN-α亞型，且可能不精確反映總IFN-α水準對IFN-ω之間的定量差異。

除了IFN-α外，發現IFN-ω在來自各同類群組之中國南京人同類群組(圖1A)及高加索人同類群組(圖1B)兩者的某些病患中亦會升高。圖1A顯示僅來自發現具有升高之IFN-α或IFN-ω之病患的結果。對於來自高加索人組之血清樣本，使用ISRE報導基因檢定進一步篩檢其IFN-I活性。展現最高可由ELISA偵測之IFN蛋白質量之捐贈者亦在報導基因檢定中顯示出最高的ISRE誘導水準(圖1C)。

實例2. 比起僅阻斷IFN-α，組合阻斷IFN-ω及IFN-α導致更高的SLE免疫複合體誘導IFN之抑制

評估僅抑制IFN-α或同時抑制IFN-ω及IFN-α對於減少SLE免疫複合體誘導IFN(其係更佳地代表SLE中存在之第I型IFN環境(milieu)的刺激物)之效果。SLE免疫複合體誘導IFN係藉由用製備自兩位個人SLE捐贈者之免疫複合體刺激人類PBMC而製備，並且於IFN抑制劑及對照組存在下將此條件培養基用於第I型IFN可誘導報導基因檢定(ISRE報導基因檢定)。

免疫複合體製備

利用SLE捐贈者232及293血漿(已針對IFN活性進行預篩檢)及健康對照組血漿(Astarte Biologics)進行IgG純化，該純化係使用蛋白質A/G管柱(Thermo Scientific,Cat# 89958)並依據製造商指示進行。使用來自儲集健康捐贈者製劑之血清(Life Technologies,Cat# 34005100)用於健康對照組IgG之純化。為了產生用於免疫複合體形成之溶解物(lysate)，將HEK293T細胞(ATCC,Cat# CRL-3216)在1X DPBS(Life Technologies,Cat# 14190-250)中濃縮至5×10⁷細胞/ml。為了產生溶解物，執行4次10分鐘的冷凍解凍(freeze-thawing)循環，在-80℃下冷凍然後在37℃下解凍，除了初次冷凍為30min。在第4次冷凍解凍後，藉由以400×g離心5分鐘將細胞碎屑移除。接著將經純化之IgG製劑及細胞溶解物定量，該定量係使用BCA蛋白質檢定(Pierce,Cat#23225)並依據製造商指示進行。為了產生經免疫複合刺激的條件培養基製劑，使用Cell Preparation管(BD Vacutainer,Cat#362753)將PBMC從健康捐贈者鈉加肝素血(sodium heparinized blood)中單離出來、以2×10⁶細胞/ml再懸浮於RPMI 1640(Life Technologies,Cat#11875-085)+10% FBS(Life Technologies,Cat#16140-063)培養基中，然後在6孔盤中以2ml/孔之體積進行接種。將來自SLE及健康的血清之純化IgG與細胞溶解物以各500ug/ml之等效濃度預混合，然後在RT下培養30分鐘，接著以每孔2ml之體積加至PBMC中然後在37℃下培養24小時。將孔盤以1000rpm離心5分鐘，然後收集PBMC免疫複合體刺激之條件培養基，將其分量，然後儲存在-80℃下以備將來使用。

活性檢定

將HEK-Blue IFNα/β細胞(Invivogen)在96孔平底盤中且在200μl DMEM(Life Technologies)+10%胎牛血清(Life Technologies)中以每孔50,000個細胞進行接種，然後在37℃下培養5小時以讓細胞固著於孔盤上。在5小時後，將Hek-Blue細胞從培養器中取出，然後將上清液用捐贈者232 PBMC條件培養基的1：6稀釋液或用捐贈者293條件培養基的1：81稀釋液置換(使用HEK-Blue細胞培養基作為稀釋劑)，此係在有使用或未使用下列處理的情況下：在0.4、2、10、50、及100μg/ml下的廣泛抗IFN-α拮抗劑mAb(M24，人類IgG1)連同固定濃度的20μg/ml同型對照組(R&D Systems，鼠類IgG1)、100μg/ml抗IFN-α與20μg/ml抗IFN-ω拮抗劑mAb組合(eBioscience，殖株OMG5，鼠類 IgG1)、或100μg/ml人類IgG1同型對照組(Southern Biotech)與20μg/ml鼠類IgG1同型對照組組合。將細胞在37℃下培養過夜。隔天，將40μl的細胞上清液從各孔中移出，然後加至另外的96孔平底盤內的160μl之Quanti-Blue鹼性磷酸酶基質(Invivogen)中。讓上清液與基質反應10分鐘，在此時於光譜儀上在650nm波長下讀取孔盤。將光學密度繪於GraphPad Prism中。

比起僅阻斷IFN-α，於IFN-α拮抗劑存在下之IFN-ω的額外阻斷會導致SLE相關IFN-I活性的增強抑制(圖2)。如所預期者，從用來自健康捐贈者之免疫複合體刺激的PBMC之條件培養基(HV IC條件培養基)不會有可偵測到的ISRE活性，從而指示SLE病患免疫複合體之干擾基因潛能(interferogenic potential)。

實例3. IFN-ω之免疫調節效果類似於IFN-α

評估IFN-ω的誘導趨化介素分泌、IFN基因特徵、樹突細胞成熟及活化、及B細胞成熟之能力，並與IFN-α進行比較。在這些研究中，IFN-αA及IFN-α2(最廣泛使用於治療性IFN-α分子之其中兩者)主要用作為代表性之IFN-α亞型對照組。在一些檢定中，使用IFN-αB2。

誘導趨化介素分泌及IFN基因特徵

單離自6位個別健康人類捐贈者之PBMC係用IFN-αA(IFN-α2)或IFN-ω來刺激，然後收集上清液及沉澱塊(pellet)以供分析。3、6及24小時後處理(post-treatment)。使用Luminex免疫檢定從上清液進行一組25種細胞介素的測量：IL-1β、IL-1RA、IL-2、IL-2R、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-10、IL-12、IL-13、IL-15、IL-17、TNFα、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF、MIP-1α、MIP-1β、IP-10、MIG、伊紅趨素 (Eotaxin)、RANTES、及MCP-1。IFN-ω及IFN-α2兩者皆增強可偵測的IP-10、MCP-1、IL-1RA、IL-6、MIP-1α、及MIP-1β水準。圖3顯示由IFN-ω及IFN-α2的IP-10誘導。在這些實驗中兩種處理皆會使IL-8分泌減少。IL-2R、IL-12及RANTES水準皆不因IFN-α或IFN-ω處理而有所改變(除了一位捐贈者僅在RANTES有所增加)。細胞介素組(cytokine panel)中的所有其他分析物皆不會因IFN-α或IFN-ω處理而有所變化或皆低於偵測極限(limit of detection)。

處理所收集之沉澱塊以獲得RNA，並以微陣列使用一21基因IFN組特徵(21-gene IFN panel signature)進行評估，以評估IFN-ω及IFN-α誘導表現中之可能相似性及/或差異性。相較於IFN-αA處理之細胞，用IFN-ω處理之人類PBMC展現幾乎無法區別之定性及動態基因表現(kinetic gene expression)反應。相對於未經處理之對照組，受IFN-αA處理所調節之基因中的92.5%在第3小時亦受IFN-ω處理劑所調節。在第6及24小時之後處理時點，受IFN-α處理所調節之基因中的97.83%及99.25%亦分別受IFN-ω所調節(未顯示數據)。

總而言之，在從6位個別健康人類捐贈者獲得之PBMC製劑之間，IFN-α及IFN-ω誘導無法區別定性之細胞介素釋放及基因表現特徵，暗示其等可能賦予類似的免疫調節效果。

IFN-ω誘導樹突細胞之分化，該分化會受IFN-ω阻斷抗體所抑制

評估IFN-ω及IFN-α誘導單核球進行DC分化之能力及功能性。

於僅GM-CSF存在下，或者有GM-CSF與IFN-α或IFN-ω，且於50μg/ml之抗IFN-α或抗IFN-ω的存在或不存在下，使用標準方法使純化之單核球進行3天的DC分化。收集細胞並以8色FACS分析表面標記表現。IFN-α及IFN-ω兩者皆會誘導特徵DC表面標記表現 CD83、及CD80、CD86、CD40、CD11c，以及降低之表現或單核球標記CD14。在培養開始時以50μg/ml的濃度添加抗IFN-α或抗IFN-ω，此會部分抑制DC分化而同型抗體則沒有效果(未顯示數據)。

使用混合淋巴球反應(MLR)來展示所分化DC之功能性。收集所分化之DC、將其清洗、再懸浮於新鮮培養基中、然後以1：10、1：20、及1：100之DC：CD4⁺ T細胞比率用純化CD4+ T細胞進行培養。在第6天收集上清液，並使用針對26種細胞介素/趨化介素之多元珠體檢定(multiplex beads assay)來分析所分泌之細胞介素。於IFN-α或IFN-ω存在下所分化之DC會活化CD4⁺細胞，如T細胞特異性細胞介素IFN-γ及IL-17之分泌所顯示。於抗IFN-α或抗IFN-ω抗體之任一者存在下所分化之DC不會誘導CD4⁺ T細胞活化。圖4A顯示缺乏來自於在抗IFN-α或抗IFN-ω抗體存在下經分化DC所活化的CD4⁺ T細胞之誘導IFN-γ分泌。圖4B顯示缺乏來自於在抗IFN-α或抗IFN-ω抗體存在下經分化DC所活化的CD4⁺ T細胞之誘導IL-17分泌。IFN-α及IFN-ω亦誘導IL-4、IL-5、IL-12p40及IL-13之分泌(未顯示數據)。所有培養條件包括GM-CSF。數據代表2個研究。誤差槓指示Luminex三重複(triplicate)的SD。在圖中所示之實驗中，數據說明使用的DC對CD4 T細胞比率為1：20。

IFN-ω誘導T細胞非依賴性之B細胞活化

透過生產致病自體抗體及細胞介素以及藉由向T細胞呈現抗原，B細胞在狼瘡致病機轉中扮演關鍵重要角色。B細胞活化及功能成熟可用T細胞依賴性(TD)或T細胞非依賴性(TI)的方式發生。在TI B細胞反應中，當TLR配體或樹突細胞衍生之細胞介素能夠取代T細胞輔助時，B細胞從T依賴性耐受性對照組釋出。在SLE中，其中據信TLR配體(例如雙股DNA)及DC衍生之細胞介素(例如第I型IFN) 皆對於疾病致病機轉有所貢獻，TI B細胞活化代表可能的相關機制。除了自體抗體生產外，自體反應B細胞被認為會藉由向T細胞呈現自體抗原並分泌促發炎(pro-inflammatory)細胞介素而扮演重要的致病角色。已有報告指出，在T細胞衍生因子不存在下，IFN-α增強由人類B細胞生產之促發炎IL-6，而該人類B細胞係以對抗該B細胞受體(BCR)及CpG(分別模仿特異性抗原及TLR信號)之抗體所活化。此外，與漿細胞樣DC共培養顯示會增強B細胞活化，其由對可溶性因子具依賴性之CD86表現水準所判定。IFN-ω之強化CD86表現及強化人類B細胞之促發炎性細胞介素生產的能力係使用T細胞非依賴性之培養系統來調查。周邊血B細胞係用CpG(ODN-2006)、抗BCR、及CpG與抗BCR來培養，且不同濃度之IFN-α2(α 2b)或IFN-ω如所指示(IFN濃度單位為U/ml)。CD86表現(中位數螢光水準(median fluorescence level))係在3天後以流動式細胞測量術來測定，並且上清液係以26元Luminex免疫檢定來分析，此亦包括IL-6。該等結果係表示為重複樣品的平均值±SD。

經抗BCR及抗BCR/CpG刺激後的CD86表現之劑量依賴性IFN-ω誘導向上調節在所測試的捐贈者樣本兩者中均觀察到，而無刺激物之B淋巴球共培養顯示僅有微弱效果。INF-ω誘導跟IFN-α2B有類似程度的CD86表現。圖5A顯示來自一位捐贈者之B細胞的IFN-ω誘導CD86表現。對於所測試的捐贈者樣本兩者而言，經CpG及抗BCR/CpG刺激後，IFN-ω亦會劑量依賴性地誘導IL-6生產達跟IFN-α2B相似的程度。圖5B顯示來自一位捐贈者之B細胞的IFN-ω誘導IL-6分泌。

IFN-ω誘導BLyS分泌

BLyS(BAFF)為B細胞存活因子(survival factor)並且在人類SLE中為臨床上已獲驗證的標靶(target)。已經發現IFN-α治療會在活體內誘導BLyS基因表現，如由投藥後24小時從病患分離出的PBMC之微陣列及qPCR分析所測定。因此，評估IFN-ω誘導BLyS分泌之能力。

PBMC係分離自兩位不同之正常健康捐贈者。使用等濃度的IFN-ω及IFN-α來刺激細胞72小時，在此時收集上清液並以ELISA分析可溶性BLyS。結果係表示為二重複樣本之平均值±SD。

IFN-ω及IFN-α對於在活體外誘導人類PBMC中之BLyS分泌具有類似能力。來自一位捐贈者的結果係示於圖6。

實例4 用於免疫作用、噬菌體淘選、抗體特徵化及結晶學研究之人類第I型IFN抗原的產生

將示於表4中之20種個別重組人類第I型IFNα選殖，並使用信號序列使用標準方法表現於HEK 293細胞中，該等信號序列諸如SEQ ID NO：21至25。該等蛋白質為人類蛋白質，除非另有說明。為了改善表現水準及可溶性，在人類IFN-ω位置80處(IFN-ω T80E)產生單一胺基酸突變體並表現於HEK 293細胞中。T80E IFN-ω變異體(SEQ ID NO：2)具有跟野生型蛋白質相當的活性。IFN-αD及IFN-α1在位置114處有一個胺基酸的差異(纈胺酸對上丙胺酸)。α A及α 2在位置23處有一個胺基酸的差異(α A中的離胺酸對上α 2中的精胺酸)。α 4具有兩種形式(4a及4b)，其等在位置51處(α 4a中的丙胺酸及α 4b的蘇胺酸)及114處(α 4a中的麩胺酸鹽對上α 4b中的纈胺酸)有兩個胺基酸的差異。這些變異皆位於受體結合區外並且不會影響活性。已發現抗體中和這些變異體對(pair of variants)(αD/α1,αA/α2及α4a/α4b)的效果一樣好，且在後續的一些實驗中每對僅使用一個抗原。

實例5. 結合至IFN-α及IFN-ω之抗體的產生

自pIX噬菌體呈現庫中重新挑選IFN-α及IFN-ω結合的Fab，如描述於Shi等人，J Mol Biol 397：385-96,2010；Int.Pat.Publ.No.WO2009/085462；U.S.Pat.Publ.No.US2010/0021477)。簡而言之，該等庫係藉由分歧化(diversifying)人類支架(scaffold)而產生，其中生殖系VH基因IGHV1-69*01、IGHV3-23*01、及IGHV5-51*01係與人類IGHJ-4袖珍基因經由H3環來重組，而人類生殖系VLκ基因O12(IGKV1-39*01)、L6(IGKV3-11*01)、A27(IGKV3-20*01)、及B3(IGKV4-1*01)係與IGKJ-1袖珍基因重組以組裝出完整的VH及VL域。在重鏈及輕鏈可變區中，選擇對應到所識別出常與蛋白質及胜肽抗原接觸之位置的H1、H2、L1、L2及L3環周圍的位置以用於分歧化。限制所選位置處的序列分歧度至出現在各別IGHV或IGLV之IGHV或IGLV 生殖系基因家族中的各位置處之殘基。H3環處的分歧度係藉由使用短到中等大小之合成環(長度為7至14個胺基酸)來產生。H3處之胺基酸分布係設計為模仿在人類抗體中所觀察到的胺基酸變異。庫設計係詳細描述於Shi等人，J Mol Biol 397：385-96,2010中。用來產生庫之支架係依據其等之人類VH及VL生殖系基因來源來命名。將該三個重鏈庫與該四個生殖系輕鏈或生殖系輕鏈庫組合以產生12種獨特的VH：VL組合用於對IFN-α及IFN-ω進行淘選實驗。

對於生物素化人類IFN-α2或生物素化人類IFN-αG之任一者進行庫之淘選。在三輪淘選之後，使用人類IFN-α2、IFN-αG及食蟹獼猴IFN-ω作為抗原進行多株噬菌體ELISA，以偵測個別淘選實驗之特定富集(specific enrichment)。將從這些淘選實驗中對於IFN-α2、IFN-αG及IFN-ω之結合體展現出富集者所收集而來之噬菌體用單株Fab ELISA進一步篩選，其中使用從個別Fab殖株表現之Fab蛋白質作為結合體。選取對於20nM生物素化抗原之結合信號比負控制組高上三倍的Fab殖株，用於第二次Fab篩選。將所選Fab選殖至IgG1/κ背景中，並使用ProteOn及ISRE報導基因檢定進一步特徵化。從這些檢定中，選出mAb IFWM371用於進一步之工程改造及親和力成熟。

表5顯示IFWM371對於各種第I型IFN以及IFN-β之親和力(K_D)及IC₅₀值，如使用ProteOn及ISRE報導基因檢定所測得。除了IFN-α1(IFN-αD)外，IFWM371結合至所有受測之人類IFN-α蛋白質，範圍從179pM至10nM。該等抗體不結合IFN-α1(IFN-αD)。抗體亦結合至人類、黑猩猩及食蟹獼猴IFN-ω，但不結合IFN-β。IFWM371對於所有受測之IFN-α分子展現中和活性，除了該抗體不中和之IFN-α1(αD)以外。IFWM371含有VH IFWH591(SEQ ID NO：28)，以及VL PH9L4(生殖系O12)(SEQ ID NO：29)。

實例6. 與IFN-ω T80E複合之IFWM371的晶體結構

為了顯露表位及互補位(抗體對於IFN-α亞型及IFN-ω之廣泛結合特異性的結構基礎)，並且為提供對於工程改造以改良親和力及特異性之支持，進行與IFWM371之Fab複合的人類IFN-ω T80E之結晶學研究。

將經His標記之Fab IFWM371(IgG1/κ同型)選殖並表現在HEK293細胞中，並使用親和力、離子交換及粒徑篩析層析法(size-exclusion chromatography)來純化。在20mM Tris pH 7.4、50mM NaCl中接收Fab。將具有C端6xHis標記(C-terminal 6xHis-Tag)之人類IFN-ω T80E變異體(之後簡稱為IFN-ω)表現在HEK293細胞中。在20mM Tris pH 7.4、50mMM NaCL中接收蛋白質。

複合體係藉由下列方式製備：將IFN-ω與Fab IFWM371以1.2：1.0(過量IFN-ω)之莫耳比例混合、在4℃下培養過夜、然後在 Superdex 200管柱(以20mm HEPES pH 7.5、0.25M NaCl平衡)上純化，接著使用Amicon-Ultra 10kDa截留(cutoff)濃縮至9.96mg/ml。適用於X繞射之晶體係以MMS種晶(seeding)得自20% PEG 3K、0.2M磷酸氫二銨(Obmolova,G.,Malia,T.J.,Teplyakov,A.,Sweet,R.& Gilliland,G.L.(2010)。經由微晶種矩陣篩選來促成抗體-抗原複合體之結晶。Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 66,927-33.)。

關於X射線數據收集，將IFN-ω/Fab IFWM371複合體的一個晶體浸泡於以20%甘油增補的母液(20% PEG 3350,0.2M(NH₄)₂HPO₄,pH 7.9)中數秒，然後在氮氣流中在100K下急速冷凍。X射線繞射資料係使用Rigaku MicroMax^TM-007HF微聚焦X射線產生器(配備有Osmic^TM VariMax^TM共焦光學元件)、Saturn 944 CCD偵測器、及X-stream^TM 2000低溫冷卻(cryocooling)系統(Rigaku,TX)來收集。在205°晶體旋轉範圍內以四分之一度影像偵測繞射強度。將X射線數據用程式XDS處理。X射線數據之統計資料係給出於表6中。

IFN-ω/Fab IFM371複合體之結構係用Phaser藉由分子置換(MR)來求解。MR之搜尋模型為Fab15之晶體結構(PDB ID 3NA9；Luo,J.,Obmolova,G.,Huang,A.,Strake,B.,Teplyakov,A.,Malia,T.,Muzammil,S.,Zhao,Y.,Gilliland,G.L.& Feng,Y.(2010).Coevolution of antibody stability and Vkappa CDR-L3 canonical structure.J Mol Biol 402,708-19)以及IFN-α4A之晶體結構。然而，可能因為嚴重的分子間衝突而無法獲得IFN-ω之MR解。檢查單獨用Fab IFWM371調相之電子密度圖(electron density map)顯示，IFN-ω分子之超過一半的分子密度都有所缺失。然而，IFN-ω分子的其餘部分在密度上都輕易擬合。其結構接著用PHENIX進行細化(refined)並使用COOT進行模型調整。

IFN-ω/Fab IFWM371複合體之整體分子結構係示於圖7A。非對稱單元中有一個複合體。IFN-ω分子之分子模型包括殘基23至39及119至153，其等對應於螺旋段(helical segment)AB及螺旋(helic)D和E。殘基編號係依據SEQ ID NO：1中所示之IFN-ω胺基酸序列。螺旋A、B及C和連接用環係無序(disordered)。Fab分子模型針對輕鏈(SEQ ID NO：29)含有殘基1至212而針對重鏈(SEQ ID NO：28)則為1至222。C端6xHis標記、鏈間雙硫鍵及重鏈的137至141殘基係無序。此外，抗體/抗原介面處有一些水分子形成延伸的H鍵結網路(圖7B)。

IFN-ω分子所觀測之部分與已發表IFN-ω之全長度模型的對應部分幾乎一致(PDB id 3se4，對於40個殘基的Cα rmsd為0.54Å)並且對於約40個Cα原子的平均Cα rmsd為0.42Å而非常類似於IFN-α2(六個IFN-α2分子，pdb代碼1rh2)。IFN-ω/Fab IFWM371中的IFN-ω模型僅含有螺旋C及D的一些部分以及連接環(環AB)。其他部分不存在於電子密度中。晶體堆積分析顯示沒有足夠的空間給缺失的螺旋。繞射數據之仔細分析顯示這不是因為異常(諸如雙晶(twinning)或空間群組指派不正確)而來的假影(artifact)。因此，最可能的是IFN-ω蛋白質在結晶過程中已經被切斷。

Fab IFWM371辨識出一構形表位，該構形表位含有AB環之殘基(在S25與D35之間)及螺旋E之殘基M146、和K150(圖8A)。互補位含有來自五個CDR(除了LCDR2以外)的殘基。互補位殘基形成一系列口袋(pocket)，其等容納IFN-ω之短AB螺旋的殘基F27、L30、及R33之側鏈。圖8B顯示IFWM371之VL及VH中的互補位殘基。抗體及抗原交互作用似乎大部分是凡得瓦(vdw)及疏水性堆積以及抗體與抗原之間的H鍵結。圖8C顯示IFN-ω與IFWM371之交互作用間的2D交互作用映射圖。在此圖中，IFN-ω表位以灰色強調顯示，VL互補位殘基用方框框起，而VH互補位殘基則用圓圈圈起。此圖展示大部分的抗原/抗體交互作用係由IFN-ω AB螺旋的三個表位殘基F27、L30及R33所形成。因此，IFN-ω的此區會構成表位的主要部分。此複合體的另一個特徵是水分子似乎對於媒介抗原辨識扮演了重要角色。三個水叢集(water cluster,WC)存在於介面處。WC1促進HCDR3與IFN-ω之R34、F36及E147之間的H鍵交互作用。WC2媒介VH/VL配對及Fv與主要表位殘基L30、R33及其附近者之間的H鍵結。WC3水分子位於介面的外圍處，可能對於交互作用較不重要。

IFWM371強力結合多種IFN-α亞型及IFN-ω，除了IFN-αD或IFN-α1外。IFWM371不結合IFN-β。序列比對係示於圖9中。IFWM371表位殘基大部分在該等亞型間被保守，表示IFNM371的廣泛特異性係表位保守的結果。然而，IFWM371所不會結合的IFN-αD或IFN-α1含有S27而非F27，導致喪失大部分的F27側鏈疏水性接觸。因為F27係容納在HCDR2、HCDR3及LCDR3所形成之深口袋中，喪失大部分的側鏈接觸最有可能是與IFN-αD及IFN-α1蛋白質的極低結合或不結合的原因。此亦表示F27係結合「熱點」殘基之一者。P26係較不被保守的殘基。His或Leu殘基在數種IFN-α亞型中佔據此位置。由於尺寸及形狀差異，此殘基可顯著以這些突變影響IFWM371及IFN-α之間的局部交互作用。

實例7. IFWM371之丙胺酸掃描

進行IFWM371重鏈及輕鏈CDR殘基之丙胺酸掃描以指引後續的親和力成熟作業。重鏈及輕鏈兩者之CDR中的所有殘基皆用丙胺酸來置換，除了一些低溶劑曝露或非溶劑曝露之殘基外。當CDR處的天然殘基為丙胺酸時，它們則用酪胺酸及/或絲胺酸及/或天冬胺酸來置換。一個具有可能的可發展性傾向(developability liability)的位置(IFWH591中的W104，SEQ ID NO：28)係用丙胺酸、酪胺酸、絲胺酸、及天冬胺酸來置換。突變之mAb短暫地表現在HEK 293細胞中，並且以ELISA測試細胞上清液對於一組IFN之結合活性。兩種VH突變體(IFWH591 R59A(SEQ ID NO：30)及IFWH591 N103A(SEQ ID NO：31)相較於親系mAb皆有明顯改善的結合。

實例8. IFWM371之親和力成熟 庫設計

設計兩種不同之V_L庫(PH9L4L2及PH9L4L3)並用以親和力成熟(affinity-mature)IFWM371輕鏈PH9L4(O12)(SEQ ID NO：29)。用於分歧化庫PH9L4L2之位置選擇係根據抗蛋白質及抗胜肽複合體中常發現的殘基位置。用來分歧化各個位置的殘基係編碼在IGKV基因之生殖系基因家族內(Shi等人(2010)J.Mol.Biol.397：385-96)。庫複雜度係限制為不超過10⁷個庫成員，所以其分歧度在親和力成熟過程中得以被完整評估(實際庫複雜度：3.5⁷)。表7顯示庫中V_L PH9L4(O12)之LCDR1位置30、31和32、LCDR2位置50及LCDR3位置91、92、93、94和96的庫設計分歧化方案(library design diversification scheme)。殘基編號係依據Kabat。

第二輕鏈親和力成熟庫(PH9L4L3)中欲歧化的殘基位置係根據抗體-蛋白質複合體間之結構分析來選擇，並且各個位置中的分歧度係根據分析抗體蛋白質結構以及對於各個位置的生殖系基因中胺基酸使用來設計(G.Raghunathan等人，Antigen-binding site anatomy and somatic mutations in antibodies that recognize different types of antigens.J.Mol Recognit.25：103-113(2012)。關於LCDR3，分歧度係延伸超過天然貯庫(repertoire)以確保各個位置皆有不同生化性質之胺基酸(即極性/非極性、帶正電荷/負電荷)。此外，每個位置之各胺基酸相對頻率皆有所變化，此係因使用Sloning庫合成技術而成為可能。表8顯示PH9L4L3之庫組成。殘基編號係依據Kabat。

淘選及特徵化

親和力成熟庫係藉由組合輕鏈庫PH9L4L2或PH9L4L3與親系重鏈IFWH591(SEQ ID NO：28)而產生。接著將該等庫用於淘選以選出高親和力抗體。一些親和力成熟淘選實驗造成僅對IFN-ω或幾種IFN-α亞型但非兩者同時之偏差結合改善。為了產生對於大多數IFN-α亞型及IFN-ω皆具有改善之IC₅₀的廣泛中和抗體，將彼此間較分歧之IFN-α亞型的子集(IFN-α2、IFN-α4a、IFN-αF及IFN-αG)在每輪淘選之間替代性地用食蟹獼猴或人類IFN-ω進行淘選。每次淘選實驗進行總共三輪的淘選。

個別殖株的Fab蛋白質表現在TG-1 E.coli中，並將細菌細胞溶解物用於Fab ELISA以決定其等對於人類IFN-α4a、IFN-αF及IFN-ω之親和力(相較於IFWM371)。由於IFWM371 Fab弱結合這些抗原，使用對於該等抗原具有較高親和力之Fab IFWF477作為代理Fab(surrogate Fab)以進行比較。在ELISA中辨識出42個展現出比代理Fab高上數倍結合活性之殖株。一些變異體在LCDR1上含有一個胺基酸插入，其並非原始庫設計而是在庫合成期間引入。整體而言，V_L之親和力成熟會造成結合上有顯著改善(相較於代理Fab)。來自兩個庫的最佳殖株分別顯示比起代理Fab IFWF477有超過23倍高的人類IFN-ω結合活性。

關於進一步的功能性及生物物理特徵化，將衍生自這些庫的總共42個輕鏈與親系重鏈IFWH591(SEQ ID NO：28)以及兩個具有改善之結合活性的VH變異體IFWH624(IFWH591 R59A，SEQ ID NO：30)及IFWH629(IFWH591 N103A，SEQ ID NO：31)配對，這個兩變異體係從實例7中所述之丙胺酸掃描實驗中辨識出來。接著將總共126個經轉化mAb(42個輕鏈與三個重鏈配對)表現並進一步特徵化。表9顯示親系及所選親和力成熟抗體以及其等之重鏈和輕鏈可變區。

以ProteOn測量126個所產生mAb對於一組人類IFN-ω及人類IFN-α亞型之親和力。在48孔盤中將這些mAb以三重複連同對照組短暫地轉染至HEK 293E細胞中，然後將細胞上清液用於此實驗中。為了提高檢定處理量，僅使用一種濃度的個別抗原。表10顯示親系IFWM371之K_D值及所選的親和力成熟抗體。大多數mAb皆對於所有受測抗原顯示明顯的結合親和力改善。它們有些比起其親系mAb顯示超過100倍的改善。

將從該126種之組中選出的抗體在ISRE檢定中對於其等抑制一系列IFN-α亞型及IFN-ω之能力進行特徵化，並且評估其可溶性及生物物理特徵。所選抗體從ISRE檢定而來的IC₅₀值係示於表11及表12中。對於11種重組IFN-α亞型及IFN-ω，數個抗體的IC₅₀值在雙位數pM或更低。這表示比起親系mAb(IFWM371)有超過百倍的改善，親系mAb對於其抗原之IC₅₀範圍在單位數至雙位數nM。作為親系抗體，親和力成熟抗體不中和IFN-αD或IFN-β。最強效的親和力成熟抗體mAb IFWM3423對於其所結合之所有干擾素亞型皆有幾乎單位數皮莫耳(picomolar)的IC₅₀。

實例9. 用以大幅減少後轉譯修飾(post-translational modification)風險的抗體之工程改造

根據中和活性、可溶性及生物物理性質，進一步分析下列者之親和力成熟所衍生之四個mAb：IFWM371、IFWM3331(IFWB3066)、IFWM3399(IFWB3134)、IFWM3421(IFWB3156)及IFWM3423(IFWB3158)。這些mAb之重鏈係由IFWH591(SEQ ID NO：28)或IFWH629(SEQ ID NO：31)之任一者所組成，且它們的輕鏈係由IFWL984(SEQ ID NO：71)或IFWL1048(SEQ ID NO：53)或IFWL1073(SEQ ID NO：61)之任一者所組成。

這兩種VH鏈皆含有數個可能的後轉譯修飾(PTM)模體(motif)在其等之CDR中，包括酸催化水解序列模體(D52至 P53)、HCDR2上的異構化模體(D55至S56)、及HCDR1(W33)和CDR-H3(W104)上的可能氧化部位。

IFWL984(SEQ ID NO：71)及IFWL1048(SEQ ID NO：53)之VL含有一異構化模體(D30至G31)在LCDR1上，而IFW1073(SEQ ID NO：61)之VL含有可能氧化部位在LCDR3(W92及W94)上以及一可能脫醯胺部位在LCDR1(N31至S32)上。

為了降低重鏈CDR上的PTM風險，將HCDR2中的D52回復突變(back-mutate)為生殖系殘基酪胺酸(D52Y)。將P53突變為丙胺酸。將HCDR3中的W104(VH_W104)用丙胺酸、酪胺酸、絲胺酸或天冬胺酸來置換。使突變之重鏈與三種不同輕鏈共表現並且在ISRE檢定中測試。從這些實驗中，將具有重鏈IFWH615(SEQ ID NO：157)及IFWH617(SEQ ID NO：158)的抗體進一步特徵化。

為了降低VL IFWL984(SEQ ID NO：71)及IFWL1048(SEQ ID NO：53)上的PTM風險，利用得自IFWM371/IFN-ω複合體結構之結構資訊(如實例6中所述)的指引，設計一系列的突變以移除可能PTM模體。此外，為了改善具有共同輕鏈IFWL984之IFWM3421(IFWB3156)及IFWM3423(IFWB3158)的可溶性，在其CDR之數個疏水性殘基上進行一系列的突變，以減少抗體輕鏈之整體表面疏水性。將IFWL984變異體與親系重鏈IFWH591表現在HEK293E細胞中，然後細胞上清液中的該等經表現抗體針對IFN-ω及白血球IFN之抑制在ISRE報導基因檢定中進行篩選，此係使用實例11中所述之方法。所得抗體IFWB3196(D30E F32Y)、IFWB3201(D30S,G31S)、及IFWB3202(D30S,G31S,F32Y)皆保有良好之中和活性。表13顯示具有親系IFWH591重鏈可變區(SEQ ID NO：28)以及一變異體IFWL984輕鏈的所產生抗體之VL序列。親系IFWM3421具有IFWH591 VH，而親系IFWM3423具有IFWH629 VH。表14顯示選出之所產生抗體對於中和IFN-ω及白血球IFN的IC₅₀值。

類似地，建構26個IFWL1048變異體以降低PTM風險。使所產生輕鏈與一重鏈IFWH591共表現在HEK293E細胞中，然後對於含有抗體之上清液用ISRE檢定進行篩選。表15顯示所產生抗體之VH及VL序列，而表16顯示抗體對於IFN-ω及白血球IFN的IC₅₀值。所得具有變異體IFWL1048鏈之抗體(其中LCDR1中的DG模體(D30至G31)經排除(eliminated)，包括IFWB3210(D30S)、IFWB3211(D30E)及IFWB3223(D30S,G31S))顯示與下列親系mAb有類似的中和活性：IFWB3056(VL：IFWL1048,VH：IFWH591)及IFWB3134(VL：IFWL1048；VHIFWH629)。然而，所得具有變異體IFWL1048鏈之抗體(已排除DG模體並且進行取代以降低疏水性，包括IFWB3219(D30E,A32Y)、IFWB3227(D30S,G31S,F94L)及IFWB3230(D30S,G31S,A32Y,F94L))顯示比親系mAb要低的活性。

IFWB3066之VL IFWL1073上的可能PTM模體包括LCDR3上的可能氧化部位(W92及W94)。將IFWL1073(QQGWDWPLT；SEQ ID NO：98)的LCDR3用已辨識出來存在於許多親和力成熟抗體之LCDR3中的一個一致LCDR3序列(QQSYDFPLT；SEQ ID NO：154)置換。此外，設計數個突變體以處理LCDR1上的一可能脫醯胺部位(N31至S32)。將14個所產生之IFWL1073變異體與IFWH591配對並表現於48孔HEK293E短暫轉染(transient transfection)中。直接在ISRE檢定中測試細胞上清液，以獲得其對於重組人類IFN-ω及病毒誘導白血球表現IFN的中和活性。具有突變W93Y及/或W95F的mAb顯示在中和活性上有一些改善。藉由取代或藉由縮短CDR-L1來移除NS模體的突變體顯示中和活性有所降低或喪失。表17顯示所產生抗體之VH及VL序列，而表18顯示對於IFN-ω及白血球IFN的IC₅₀值。

表17.

將從用來大幅降低PTM風險之工程努力所衍生的所選VL變異體與IFWH591或IFWH629之任一者配對，並且將其規模擴大以進行表現及純化。表19顯示抗體之VL/VH配對。表20顯示選出之所得抗體對於各種重組IFN-α亞型及IFN-ω的IC₅₀值。

實例10. 抗IFN-α/ω抗體之廣泛中和能力

數個所產生抗體以100pM或更低的IC₅₀中和IFN-ω及多種IFN-α亞型，此係使用上述ISRE檢定所測得。這些抗體的可變區序列係示於表21中。表22顯示抗體的LCDR1序列，表23顯示LCDR2，表24顯示LCDR3，表25顯示HCDR1，表26顯示HCDR2而表27顯示HCDR3。圖10顯示各個第I型IFN在ISRE檢定中的IC₅₀值。

表24.

實例11. 抗IFN-α/ω抗體中和白血球IFN

抗體中和白血球IFN之能力係藉由抗體抑制全血中IFN誘導IP-10之釋放的能力來評估。

將從親和力成熟作法中或在大幅降低PTM風險後所選出之抗體進一步針對其抑制內源性第I型IFN之能力來特徵化。所有特徵化之抗體皆為IgG1/κ型。檢定中使用抗體IFWM3522、IFWM3525、IFWM3399及IFWM3423。

IP-10釋放檢定：

將240μl的全血(Biological Specialty Corporation)加至96孔U底盤的個別孔中，其中含有30μl的抗體(抗IFN-α/ω或同型對照組)，並且其中有或沒有稀釋於細胞培養基(RPMI1640，含10% HI FBS及1% penn strep)中之IFN或含IFN條件培養基。在刺激方面，採用250U/ml(最終體積)之人類白血球IFN(Sigma-Aldrich)及每孔10μl之經SLE免疫複合體處理之條件培養基。在加入全血之前，將IFN及抗體混合物在室溫下預培養20至30min。將孔盤在37℃下過夜培養20至22小時。隔天，在室溫下將孔盤以400xg離心5分鐘然後將血漿取出並在-20℃下冷凍。使用來自Qiagen的CXCL10/IP-10 ELISA套組分析來自各個處理之重複樣本。解凍後將所收集的血漿使用樣本稀釋緩衝液稀釋2.5倍，然後用於檢定中。依照製造商之規程並對標準品之稀釋稍微修改如下。製作抗原標準品之兩倍連續稀釋液(serial dilution)，以4000pg/ml的濃度開始並以31.25pg/ml結束。在停止反應的30分鐘內，在450nm的吸光度下讀取孔盤。使用Softmax Pro執行分析。

結果

將選出之抗體對於其在相關細胞類型內中和內源性IFN-I製劑的能力進行特徵化。全血之IFN-I刺激會誘導IP-10(CXCL10)在活體外及在活體內釋出(Arico,E.等人Concomitant detection of IFNalpha signature and activated monocyte/dendritic cell precursors in the peripheral blood of IFNalpha-treated subjects at early times after repeated local cytokine treatments.J Transl Med 9,67,doi：10.1186/1479-5876-9-67(2011).；Mohty,A.M.等人Induction of IP-10/CXCL10 secretion as an immunomodulatory effect of low-dose adjuvant interferon-alpha during treatment of melanoma.Immunobiology 215,113-123,doi：10.1016/j.imbio.2009.03.008(2010))。IP-10在SLE中升高，並且已在數項研究中顯示與疾病活性及疾病之臨床表現有關聯(Bauer,J.W.等人Interferon-regulated chemokines as biomarkers of systemic lupus erythematosus disease activity：a validation study.Arthritis and rheumatism 60,3098-3107,doi：10.1002/art.24803(2009).；Kong,K.O.等人Enhanced expression of interferon-inducible protein-10 correlates with disease activity and clinical manifestations in systemic lupus erythematosus.Clinical and experimental immunology 156,134-140,doi：10.1111/j.1365-2249.2009.03880.x(2009).；Rose,T.等人IFNalpha and its response proteins,IP-10 and SIGLEC-1,are biomarkers of disease activity in systemic lupus erythematosus.Annals of the rheumatic diseases 72,1639-1645,doi：10.1136/annrheumdis-2012-201586(2013)。

抗IFN-α/ω mAb抑制在全血中白血球IFN誘導之IP-10釋放的能力係在活體外進行檢驗。IFN-I會回應感染劑(諸如病毒)而快速產生以協助控制感染。人類白血球IFN是在病毒感染後由白血球所產生的天然IFN混合物，並且主要包含IFN-α亞型及IFN-ω。據信IFN-ω在這些製劑中大約構成15%的總IFN-I活性。重要的是，據信感染可能會促成SLE的誘導及惡化。在此研究中，於抑制劑或對照組存在下將人類白血球IFN加到來自2位健康人類捐贈者之全血樣本中，然後血漿針對在IFN暴露後24小時的IP-10釋放進行評估。抗IFN-α/ω mAb：IFWM3522及IFWM3525(圖11A)、IFWM3399(圖11B)在兩位受測捐贈者中全都會劑量依賴性地中和白血球IFN誘導之IP-10釋放。

實例12. 抗IFN-α/ω抗體中和SLE免疫複合體

SLE的印記(hallmark)是自體抗體如抗雙股DNA(anti-dsDNA)的存在，此等抗體一般先於臨床定義疾病之發展而出現。結合至核酸配體之自體抗體被認為是SLE病患中之第I型IFN的內源性誘導子。自體抗體之優勢連同受到阻礙之抗原清除導致IFN生產之反饋循環，其中Fc受體依賴性內部化免疫複合體到漿細胞樣樹突細胞(plasmacytoid dendritic cell,pDC)導致循環IFN量增加並因而造成IFN基因特徵建立。

吾人進一步測試抗IFN-α/ω抗體中和更多疾病相關內源性IFN製劑的能力。

免疫複合體基本上係如實例1中所述製備。接著將這些SLE病患衍生免疫複合體加到健康捐贈者PBMC及收集自細胞培養之含IFN條件培養基中(IC92及IC163)。接下來，於抑制劑或對照組存在下，將條件培養基加到來自四位健康捐贈者之全血中以決定IFN-α/ω中和對於IFN誘導IP-10釋放之影響。使用這兩種SLE免疫複合體誘導IFN製劑在所有受測之全血捐贈者中，IFWM3522、IFWM3525、及IFWM3399全都會劑量依賴性地中和IP-10釋放。圖12A顯示以抗體IFWM3522及IFWM2525中和來自一位捐贈者(SLE捐贈者92)的在人類全血中SLE免疫複合體誘導IFN刺激IP10之釋放的效果。圖12B顯示抗體IFWM3399及同型對照組之結果。

實例13. 抗IFN-α/ω抗體中和SLE血漿

抗IFN-α/ω mAb在暴露於無菌配體(免疫複合體；實例12)及微生物配體(白血球IFN；實例11)之後，對於生產自人類主要細胞之內源性IFN-I製劑展現出強效的劑量依賴性中和效果。IFN-α/ω mAb中和生理第I型IFN之效力係進一步藉由抗體中和來自SLE病患血清及血漿之IFN-I活性的能力來評估。此方法因而會評估抗體中和來自病患之實際循環IFN-I環境的能力，此環境可能含有在活體外難以重現之IFN範圍(IFN spectrum)。

使用SLE血清的ISRE檢定：

將HEK Blue(α/β)細胞(InvivoGen)在孔盤中以每孔50,000個細胞在總體積為200μl的DMEM+10% FBS中進行接種，然後在37℃下培養過夜。隔天，將儲集的血漿(3位捐贈者)或血清(13位捐贈者)解凍然後以1：1(v/v)比率與DMEM+10% FBS混合，該等儲集的血漿及血清係以進行30分鐘培養後在此檢定中達到大於或等於1.0之OD為基準所預挑選出。將上清液從先前所接種之Hek Blue細胞中取出然後用100μl的SLE血漿或血清/培養基混合物置換，並且讓其在37℃下培養過夜。隔天，將40μl的條件培養基取出然後加至新孔盤的160 μl Quanti-Blue基質(InvivoGen)中，並且讓其培養30分鐘。使用光譜儀在650奈米波長下讀取孔盤，並且使用GraphPad Prism計算IC₅₀值。

結果

使用ISRE檢定對於來自中國人病患同類群組(SLE同類群組1)的SLE血清及來自主要係非裔美國人之同類群組(SLE同類群組2)的SLE血漿進行IFN-I活性的預篩選。將具有約1.0或更高之OD的SLE捐贈者血清或血漿樣本判定為具有足夠之IFN-I活性窗，從而能夠輕易測定以拮抗劑抗體進行之抑制效果。接著儲集這些捐贈者樣本以建立血清或血漿庫存，以產生足夠樣本體積使能夠重複進行實驗及抗體滴定。使用來自多樣化種族/民族同類群組之SLE病患樣本，以更佳地擷取SLE病患之定性及定量IFN-I反應中的可能分歧性。非裔美國人及亞洲人捐贈者皆被認為具有比高加索人捐贈者更高的IFN-I活性。受測抗IFN-α/ω mAb會劑量依賴性地中和所儲集SLE病患血清及血漿樣本中的IFN-I活性。使用來自這兩個SLE同類群組之儲集樣本的從兩個獨立實驗而來之IC₅₀值係示於表28中。

實例14. 抗IFN-α/ω抗體中和IFN基因特徵

第I型IFN誘導一系列基因，該系列基因在一些SLE病患中相較於健康對照組亦會過度表現。來自SLE病患的血漿樣本(展現此IFN基因特徵)在加到健康捐贈者PBMC或細胞株中時，能夠誘導類似基因組的過度表現，並且此活性主要是由針對IFN-α的抗體所中和(Hua等人，Arthritis and rheumatism 54,1906-1916,doi：10.1002/art.21890(2006))。

已開發一種檢定以測定抗體對於使SLE病患加肝素全血中所存在之IFN-I特徵正常化的效果。使用IFN-I可誘導基因MX1(黏液病毒抗性1)表現作為IFN-I活性的標記。

材料

在將SLE或健康血液收集至肝素鈉管後的2至4小後，將240μl取至96孔U底盤中進行接種，該盤中含有抗IFN-α/ω抗體或人類IgG1同型對照組。將稀釋於PBS中的抗體以每孔30μl加到240μl的血中。在37℃下經過24小時培養後，將745μl的PAXgene穩定化試劑(QIAGEN)加至96深孔盤中，然後將血液樣本以吸量管轉移並徹底混合。將孔盤密封然後在-80℃下冷凍直到進一步處理。在解凍後，將樣本轉移到2ml Safe-Lock管(Eppendorf)中，然後以5000xg旋轉10分鐘。將上清液吸出然後藉由渦旋將樣本沉澱塊再懸浮於432μl的無水DNase/RNase中。將樣本進一步以5000xg離心然後將沉澱塊再懸浮於350μl BR1緩衝液中。接下來將300μl的BR2緩衝液加入，接著將40μl的蛋白酶K加入，然後將樣本在55℃下培養並在800rpm下搖晃10分鐘。依照製造商之規程以進行純化之其餘部分(QIAGEN,cat# 762164)。使用iScript cDNA Synthesis套組(BIO-RAD)將來自各樣本之120ng之總RNA轉換為cDNA，並且利用針對人類MX1及β肌動蛋白(ACTB)(分別係cat# Hs00895608_m1及Hs01060665_g1)之引子/探針配對(primer/probe pair)進行qPCR。在Viia7 Real Time PCR系統上收集數據，並使用GraphPad Prism分析，此數據代表MX1表現相對於ACTB之變化(dCT)。

結果

IFN-α/ω抗體降低病患血中之IFN-I特徵的能力之評估係使用MX1基因表現作為IFN-I活性之標記。

相較於健康控制組，MX1基因表現在SLE病患血中增加約7倍。受測之抗IFN-α/ω抗體在24小時培養後劑量依賴性地降低SLE病患血中之MX1表現，並且在最高抗體濃度下使MX1表現正常化到接近健康控制組中所觀察到的水準。圖13顯示抗體處理對於一位SLE捐贈者中之MX1表現(相對於β肌動蛋白表現正規化)的效果，並且代表多位相較於健康控制組具有升高基線MX1表現的捐贈者。

實例15. 抗IFN-α/ω抗體中和食蟹獼猴第I型IFN

所選抗IFN-α/ω抗體中和多種食蟹獼猴(cyno)第I型IFN的能力係使用ISRE報導基因檢定來評估。

在檢定中使用食蟹獼猴IFN-α2(PBL Assay Sciences)、IFN-α4(Sino Biological)、IFN-α8(Sino Biological)、及IFN-α13(Sino Biological)。使用先前針對各IFN所測定之EC₇₅值來測定IC₅₀值。(0.078ng/ml用於IFN-α2，2.68ng/ml用於IFN-α4，0.66ng/ml用於IFN-α8且18.4用於IFN-α13)。所選抗IFN-α/ω mAb之IC₅₀係示於表29中)。表20中之數據為兩個獨立實驗之平均。IFN-α/ω mAb IFWM3525及IFWM3522在可供測試之人類及異種同源食蟹獼猴抗原間皆展現類似的交叉中和性質。預期缺乏對食蟹獼猴IFN-α13之中和，因為此分子如同人類IFN-αD在位置27(S27)處有一絲胺酸。

實例16. 與IFN-ω T80E複合之IFWM3421的晶體結構

結晶、X射線數據收集及結構測定基本上如實例6中所述進行，除了下列變更之外：複合體係藉由下列方式製備：以1.05：1.00比例(過量IFN-ω)混合IFN-ω：Fab、在4℃下培養過夜、然後在未經純化下在20mM Tris pH 7.4、50mM NaCl中濃縮至8.37mg/mL。用於X射線數據之晶體係用MMS種晶得自HEPES pH 7.5、0.2M Li2SO4、18% PEG 3350。

對於IFNω/Fab3186複合體之X射線數據收集，將晶體浸泡於合成母液(0.1M HEPES,pH 7.5、20% PEG 3350、0.2M LiSO4，含20%甘油)中，然後在液態氮中急速冷凍。X射線數據係在APS(Argonne National Lab)收集。ELN ATeplyak-2013-0014。繞射數據係用XDS進行處理。結構細化統計數據係給出於表30中。

IFNω/Fab3421之晶體結構係測定為1.9Å(表30)。IFN-ω模型含有23至39及118至153之殘基。IFN-ω分子大部分沒有任何電子密度並且晶體中沒有它們的空間，意味著IFN-ω亦發生切斷。

IFN-ω/Fab3421複合體之整體結構非常類似於IFNω/FabM371。個別組件(VH、VL及IFNω)之主鏈結構全部幾乎一致(Cα rmsd分別為0.17、0.23及0.36Å)。

然而，結構上有一些明顯差異。第一點，當這兩個結構重疊在VL上時，VH旋轉4度且抗原旋轉11度，導致IFN-ω分子相對於VL有大幅度偏移。第二點，H鍵結及水結構(尤其是WC2)在這兩個結構之間有所不同(圖14A及14B)。IFN-ω的R33形成6個H鍵，包括在親系M371複合體中與HCDR3的D107形成鹽橋(salt-bridge)(圖14A)。在成熟形式中，IFN-ω的R33及VH的D107之側鏈電子密度皆較不清楚定義(未顯示)，並且它們似乎分開得更遠，從而降低了電荷-電荷交互作用的數目及強度(圖14B)。在M371中涉及VH之H99的水分子現在則不存在(圖14A、14B)。第三點，HCDR3的F108並未涉及抗原結合，但為VL/VH介面之一部分。它採取了兩種替代構形在親體結構中(圖14C)。VL/VH域之相對旋轉以及VL中的L96I突變會使其降為單一旋轉異構體。因此似乎部分的成熟突變會導致Fv有更好的配對。第四點，成熟過程中有兩個位置突變為F(A50F及Y32F)。Y32與IFN-ω的主鏈形成兩個H鍵。但是也因為突變為F而失去這兩個H鍵(圖14D)。A50F突變不會與抗原產生任何新接觸。反之其苯環會與VH W104堆疊，從而與抗原形成堆積(圖14D)。在LCDR3中，兩個其他疏水性突變(T94L及L96I)似乎會為抗原之L30及F27形成更佳的疏水性口袋。兩個其他負電荷突變(S39D及S93D)不會形成任何交互作用，除了與溶劑以外。整體而言，親和力改善是降低極性交互作用之成熟過程的結果，但會偏好/強化與抗原之疏水性堆積以及更佳之VL/VH配對。

表位及互補位殘基。圖15顯示IFN-ω與IFWM3421之間的2D交互作用mAb。表位殘基與在M371結構中之表位殘基一致。互補位殘基亦幾乎一致(圖15)。然而，如上所述，成熟過程會造成一些結構及交互作用差異，此可能為結合親和力改善的原因。

實例17. 與IFN-ω T80E複合之IFWM3525的晶體結構

結晶、X射線數據收集及結構測定基本上如實例6中所述進行。

複合體係藉由下列方式製備：將IFN-ω與IFWM3525之Fab以1.05：1.0(過量IFN-ω、1.92：1.12mg)之莫耳比率混合、在4℃下培養過夜、然後在Superdex 200管柱(以20mm HEPES pH 7.5、0.25 M NaCl、10%甘油平衡)，接著濃縮至9.79mg/ml。適用於X繞射之晶體係藉由MMS種晶得自18% PEG 3K、0.2M檸檬酸鈉，並且晶種係來自IFN-ω/Fab3186晶體。

關於X射線數據收集，將IFN-ω/IFWM3525複合體的一個晶體在合成母液(20% PEG 3350、0.2M檸檬酸鈉、25%甘油)中浸泡幾秒，然後在液態氮中急速冷凍。X射線數據係在APS(Argonne National Lab)收集。繞射數據係用XDS¹⁰進行處理。

IFN-ω/IFWM3525複合體之結構係藉由用Phaser進行分子置換(MR)來求解。MR之搜尋模型為IFN-ω/FabM371之晶體結構。其結構接著用PHENIX進行細化並使用COOT進行模型調整。所有其他結晶學計算皆用CCP4程式套組來執行。所有分子圖形皆用PyMol來產生。結構細化統計數據係給出於表31中。

IFN-ω/IFWM35258複合體之整體結構非常類似於IFNω/FabM371。IFN-ω分子之分子模型包括殘基23至39及119至153，其等對應至螺旋段AB及螺旋D和E。該等螺旋A、B、C及連結環係無序(disordered)。IFN-ω的這些缺失部分可能是由於受限制的蛋白質水解(proteolysis)所致，如針對M371及M3421複合體結構所發現。Fab分子模型針對輕鏈含有殘基1至213而針對重鏈則為1至222。C端6xHis標記、鏈間雙硫鍵及重鏈的137至141殘基係無序。由於低繞射解析度因而不包括溶劑水分子。

圖16顯示IFN-ω與IFWM3525的Fab之間的二維交互作用映射圖。AB螺旋之表位殘基F27、L30、及R33解釋了大部分的Ab/Ag交互作用。因此，IFN-ω的此區呈現為構成表位的主要部分。與親系M371相比，表位多含兩個來自IFN-ω之螺旋E的殘基，其等會與IFWM3525之HCDR3形成交互作用。

IFWM3525對於IFNω及大多數IFNα亞型具有廣泛結合特異性。它不結合IFNβ及IFNα-D/1。IFN之序列比對(圖9)指示IFWM3525表位殘基在IFN-ω及IFN-α亞型間大部分經保守。此外， IFN-α(pdb代碼2RH2，其係使用寄存資料來重建及改良，因為在PDB中僅可取得Cα痕跡(Cα trace))及IFN-ω中之表位殘基的結構比較指示，這些表位殘基具有極為相似的主鏈及側鏈結構。因此，序列及結構保守(或表位保守)可能是IFWM3525對於IFNα/ω有廣泛結合的原因。

序列表

<110> 美商健生生物科技公司(JANSSEN BIOTECH,INC.)

<120> 干擾素α及ω抗體拮抗劑

<140> 2015-06-18

<141> 104119686

<150> 62/015,765

<151> 2014-06-23

<160> 162

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 172

<212> PRT

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 1

<210> 2

<211> 172

<212> PRT

<213> 智人

<400> 2

<210> 3

<211> 177

<212> PRT

<213> 黑猩猩(Pan troglodytes)

<400> 3

<210> 4

<211> 172

<212> PRT

<213> 食蟹獼猴(Macaca fascicularis)

<400> 4

<210> 5

<211> 165

<212> PRT

<213> 智人

<400> 5

<210> 6

<211> 166

<212> PRT

<213> 智人

<400> 6

<210> 7

<211> 166

<212> PRT

<213> 智人

<400> 7

<210> 8

<211> 166

<212> PRT

<213> 智人

<400> 8

<210> 9

<211> 166

<212> PRT

<213> 智人

<400> 9

<210> 10

<211> 166

<212> PRT

<213> 智人

<400> 10

<210> 11

<211> 166

<212> PRT

<213> 智人

<400> 11

<210> 12

<211> 166

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<213> 智人

<400> 12

<210> 13

<211> 166

<212> PRT

<213> 智人

<400> 13

<210> 14

<211> 166

<212> PRT

<213> 智人

<400> 14

<210> 15

<211> 166

<212> PRT

<213> 智人

<400> 15

<210> 16

<211> 166

<212> PRT

<213> 智人

<400> 16

<210> 17

<211> 165

<212> PRT

<213> 智人

<400> 17

<210> 18

<211> 166

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<213> 智人

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<210> 19

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<212> PRT

<213> 智人

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<210> 20

<211> 166

<212> PRT

<213> 智人

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<210> 21

<211> 23

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽(synthetic peptide)

<400> 21

<210> 22

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成胜肽

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<211> 23

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成胜肽

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<211> 23

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 24

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<211> 23

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 25

<210> 26

<211> 557

<212> PRT

<213> 智人

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<210> 27

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<212> PRT

<213> 智人

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<211> 121

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽(synthetic polypeptide)

<400> 28

<210> 29

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 30

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<211> 121

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<210> 32

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 32

<210> 33

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 33

<210> 34

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 34

<210> 35

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 35

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 44

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 46

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<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 47

<210> 48

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 48

<210> 49

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 49

<210> 50

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<210> 51

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 51

<210> 52

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 54

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<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<210> 56

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<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

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<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 57

<210> 58

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 58

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 59

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 60

<210> 61

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 61

<210> 62

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 62

<210> 63

<211> 108

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 63

<210> 64

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 64

<210> 65

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 65

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 66

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 67

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 68

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<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 69

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<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 70

<210> 71

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 71

<210> 72

<211> 321

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成聚核苷酸(synthetic polynucleotide)

<400> 72

<210> 73

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 73

<210> 74

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 74

<210> 75

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 75

<210> 76

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 76

<210> 77

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 77

<210> 78

<211> 7

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 78

<210> 79

<211> 7

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 79

<210> 80

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 80

<210> 81

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 81

<210> 82

<211> 7

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 82

<210> 83

<211> 6

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<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 83

<210> 84

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

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<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 84

<210> 85

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 85

<210> 86

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 86

<210> 87

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 87

<210> 88

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 88

<210> 89

<211> 7

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 89

<210> 90

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 90

<210> 91

<211> 6

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 91

<210> 92

<211> 324

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成聚核苷酸

<400> 92

<210> 93

<211> 3

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 93

<210> 94

<211> 3

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 94

<210> 95

<211> 3

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 95

<210> 96

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 96

<210> 97

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 97

<210> 98

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 98

<210> 99

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 99

<210> 100

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 100

<210> 101

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 101

<210> 102

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 102

<210> 103

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 103

<210> 104

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 104

<210> 105

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 105

<210> 106

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 106

<210> 107

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 107

<210> 108

<211> 321

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成聚核苷酸

<400> 108

<210> 109

<211> 8

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 109

<210> 110

<211> 363

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成聚核苷酸

<400> 110

<210> 111

<211> 8

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 111

<210> 112

<211> 8

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 112

<210> 113

<211> 8

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 113

<210> 114

<211> 8

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<220>

<221> MOD_RES

<222> (2)..(2)

<223> Asp或Ala

<220>

<221> MOD_RES

<222> (3)..(3)

<223> Pro或Ala

<400> 114

<210> 115

<211> 14

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 115

<210> 116

<211> 14

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 116

<210> 117

<211> 363

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成聚核苷酸

<400> 117

<210> 118

<211> 7

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<220>

<221> MOD_RES

<222> (4)..(4)

<223> Gly、Asp、Ala、Arg、Glu、Ser或Asn

<220>

<221> MOD_RES

<222> (5)..(5)

<223> Asp、Gly、Asn、Ser、Arg、Glu或Lys

<220>

<221> MOD_RES

<222> (6)..(6)

<223> Phe、Ala、Asn、Thr、Ser或Val

<220>

<221> MOD_RES

<222> (7)..(7)

<223> Tyr、Asn或不存在

<400> 118

<210> 119

<211> 3

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<220>

<221> MOD_RES

<222> (1)..(1)

<223> Phe、Trp或Gly

<400> 119

<210> 120

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<220>

<221> MOD_RES

<222> (3)..(3)

<223> Ala、Gly、Ser或Trp

<220>

<221> MOD_RES

<222> (4)..(4)

<223> Leu、Tyr、His、Trp、Phe或Ile

<220>

<221> MOD_RES

<222> (5)..(5)

<223> Asp或Ser

<220>

<221> MOD_RES

<222> (6)..(6)

<223> Phe、Thr、Leu、Asn或Trp

<220>

<221> MOD_RES

<222> (8)..(8)

<223> Leu、Phe或Ile

<400> 120

<210> 121

<211> 14

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<220>

<221> MOD_RES

<222> (7)..(7)

<223> Ala或Asn

<400> 121

<210> 122

<211> 363

<212> DNA

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成聚核苷酸

<400> 122

<210> 123

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 123

<210> 124

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 124

<210> 125

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 125

<210> 126

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 126

<210> 127

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 127

<210> 128

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 128

<210> 129

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 129

<210> 130

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 130

<210> 131

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 131

<210> 132

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 132

<210> 133

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 133

<210> 134

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 134

<210> 135

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 135

<210> 136

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 136

<210> 137

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 137

<210> 138

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 138

<210> 139

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 139

<210> 140

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 140

<210> 141

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 141

<210> 142

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 142

<210> 143

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 143

<210> 144

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 144

<210> 145

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 145

<210> 146

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 146

<210> 147

<211> 107

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 147

<210> 148

<211> 108

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 148

<210> 149

<211> 108

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 149

<210> 150

<211> 108

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 150

<210> 151

<211> 108

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 151

<210> 152

<211> 108

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 152

<210> 153

<211> 108

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 153

<210> 154

<211> 8

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<400> 154

<210> 155

<211> 98

<212> PRT

<213> 智人

<400> 155

<210> 156

<211> 107

<212> PRT

<213> 智人

<400> 156

<210> 157

<211> 121

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 157

<210> 158

<211> 121

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成多肽

<400> 158

<210> 159

<211> 7

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<220>

<221> MOD_RES

<222> (4)..(4)

<223> Gly、Asp、Ala、Glu、Ser或Asn

<220>

<221> MOD_RES

<222> (5)..(5)

<223> Asp、Gly、Asn、Ser或Arg

<220>

<221> MOD_RES

<222> (6)..(6)

<223> Phe、Ala、Asn、Ser或Val

<220>

<221> MOD_RES

<222> (7)..(7)

<223> Tyr、Asn或不存在

<400> 159

<210> 160

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<220>

<221> MOD_RES

<222> (3)..(3)

<223> Ala、Gly或Ser

<220>

<221> MOD_RES

<222> (4)..(4)

<223> Tyr、His、Trp或Phe

<220>

<221> MOD_RES

<222> (5)..(5)

<223> Asp或Ser

<220>

<221> MOD_RES

<222> (6)..(6)

<223> Phe、Thr、Leu或Trp

<220>

<221> MOD_RES

<222> (8)..(8)

<223> Leu、Phe或Ile

<400> 160

<210> 161

<211> 7

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<220>

<221> MOD_RES

<222> (4)..(4)

<223> Ala或Asp

<220>

<221> MOD_RES

<222> (5)..(5)

<223> Asn或Gly

<220>

<221> MOD_RES

<222> (6)..(6)

<223> Phe、Asn或Ser

<220>

<221> MOD_RES

<222> (7)..(7)

<223> Tyr、Asn或不存在

<400> 161

<210> 162

<211> 9

<212> PRT

<213> 人工序列

<220>

<223> 人工序列之描述：合成胜肽

<220>

<221> MOD_RES

<222> (3)..(3)

<223> Gly或Ser

<220>

<221> MOD_RES

<222> (6)..(6)

<223> Phe、Thr或Leu

<220>

<221> MOD_RES

<222> (8)..(8)

<223> Leu、Phe或Ile

<400> 162

Claims

一種單離之抗體，其結合至一人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型，並且中和該等干擾素之生物活性，包含重鏈可變區及輕鏈可變區，該重鏈可變區包含分別係SEQ ID NO：109、113及116之重鏈互補決定區(HCDR)1(HCDR1)、2(HCDR2)及3(HCDR3)胺基酸序列，且該輕鏈可變區包含分別係SEQ ID NO：82、94及99之輕鏈互補決定區(LCDR)1(LCDR1)、2(LCDR2)及3(LCDR3)胺基酸序列。
如請求項1之抗體，其中該人類IFN-ω及該等人類IFN-α亞型之生物活性係在以干擾素可誘導ISG54啟動子於穩定表現信號轉導及轉錄活化因子2(STAT2)、干擾素調節因子9(IRF9)及分泌型胚胎鹼性磷酸酶(SEAP)之HEK293細胞中，經該人類IFN-ω或該等人類IFN-α亞型誘導之SEAP的表現。
如請求項1之抗體，其中a)相較於該抗體不存在，於10μg/ml抗體存在下，該抗體抑制全血中50%或更多之由250U/ml的干擾素所誘導之白血球干擾素誘導之IP-10釋放；或者b)相較於該抗體不存在，於10μg/ml抗體存在下，該抗體抑制全血中50%或更多之全身性紅斑狼瘡(SLE)免疫複合體誘導之IP-10釋放。
一種單離的抗體，其結合至人類干擾素ω(IFN-ω)及至少三、四、五、六、七、八、九、十、或十一種人類干擾素α(IFN-α)亞型，並且中和該等干擾素之生物活性，包含SEQ ID NO：28的重鏈可變區(VH)胺基酸序列，以及SEQ ID NO：150的輕鏈可變區(VL)胺基酸序列。
如請求項1之抗體，其中該抗體係人化抗體或人類抗體。
如請求項5之抗體，其中該人類抗體重鏈可變區架構係衍生自人類生殖系基因IGHV5-51。
如請求項6之抗體，其中該人類抗體輕鏈可變區架構係衍生自人類生殖系基因IGKV1D-39。
如請求項5之抗體，其中該抗體係IgG1、IgG2、IgG3或IgG4亞型。
如請求項8之抗體，其中該抗體在Fc區具有至少一個取代。
如請求項9之抗體，其中該取代包含一取代M252Y/S254T/T256E、V234A/G237A/P238S/H28A/V309L/A330S/P331S或P238S/L234A/L235A，其中殘基編號係依據EU編號。
如請求項4之抗體，其中該抗體係雙特異性。
如請求項11之抗體，其中該抗體結合BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17、CD20、IL-10、CD22、IL-21、ICOS、ICOSL或IFN-γ。
一種醫藥組成物，其包含如請求項1之抗體及醫藥上所接受之載劑。
如請求項12之抗體，其中該抗體不中和IFN-αD、IFN-α1及/或IFN-β。
如請求項4之抗體，其中該抗體：a)相較於該抗體不存在，於10μg/ml之抗體存在下，本發明之抗體抑制全血中50%或更多之由250U/ml的干擾素所誘導之白血球干擾素誘導之IP-10釋放；或b)相較於該抗體不存在，於10μg/ml之抗體存在下，本發明之抗體抑制全血中50%或更多之全身性紅斑狼瘡(SLE)免疫複合體誘導之IP-10釋放。
一種醫藥組成物，其包含如請求項4之抗體及醫藥上所接受之載劑。
如請求項4之抗體，其中該抗體係IgG1、IgG2、IgG3或IgG4亞型。
如請求項4之抗體，其中該抗體在Fc區具有至少一個取代。
如請求項18之抗體，其中該取代包含一取代M252Y/S254T/T256E V234A/G237A/P238S/H28A/V309L/A330S/P331S 或P238S/L234A/L235A，其中殘基編號係依據EU編號。
一種治療有效量之如請求項1的單離之抗體的用途，該抗體係用於製備治療有需要患者中的免疫媒介之發炎性疾病、自體免疫疾病，或慢性病毒感染的藥物。