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TWI262947B - Primer and primers, kit and method for quantifying hepatitis B virus (HBV) - Google Patents

Primer and primers, kit and method for quantifying hepatitis B virus (HBV) Download PDF

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TWI262947B
TWI262947B TW93140797A TW93140797A TWI262947B TW I262947 B TWI262947 B TW I262947B TW 93140797 A TW93140797 A TW 93140797A TW 93140797 A TW93140797 A TW 93140797A TW I262947 B TWI262947 B TW I262947B
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TW
Taiwan
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primer
probe
sequence
hepatitis
virus
Prior art date
Application number
TW93140797A
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English (en)
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TW200624554A (en
Inventor
Kung-Chia Young
Ting-Tsung Chang
Original Assignee
Univ Nat Cheng Kung
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Publication date
Application filed by Univ Nat Cheng Kung filed Critical Univ Nat Cheng Kung
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1262947 九、發明說明: 【發明所屬之技術領域】 本發明係有關一種病毒之檢驗技術,詳言之,係有關一 種以即時聚合酶連鎖反應定量病毒之檢驗技術。 【先前技術】 台灣地區是B型肝炎病毒的高盛行區,於4〇歲以上的台灣 健康人口中’ B型肝炎病毒的感染率將近有15至20%,目前 約有三百萬人為B型肝炎帶原者,佔國人十大死亡原因首位 之肝細胞癌及第六位之慢性肝炎及肝硬化,皆與B型肝炎病 毋感染相關。B型肝炎病毒會在宿主的肝細胞内複製,並釋 出表面抗原(HBsAg)、e抗原(HBeAg)以及含有DNA的完整 病毒顆粒到血液中。 現今臨床上B型肝炎帶原者之診斷是藉鑑定血清HBsAg 是否呈陽性反應而決定;如為慢性持續的感染,通常血清 DNA或HBeAg亦呈陽性反應;如在緩解的階段,則血清DNA 或HBeAg則呈陰性反應,此種血清學的變化會同時伴隨著 肝組織以及肝功能的改善;再者,可藉由偵測血清中是否 有B型肝炎病毒的DNA,以評估病毒是否處於活躍的複製 期,然而於肝炎的治療過程令,因為肝炎患者並無明顯的 臨床症狀,亦必須依賴人體血液中肝炎病毒濃度之偵測, 做為臨床診斷的依據。 綜上所述’偵測血中病毒濃度於診型肝炎或追蹤抗病 毒藥物之效果而言,乃十分重要。 目前’B型肝炎病毒量的測定方法,包括各研究單位自創 96645.doc 1262947 的競爭性核酸聚合酶連鎖反應及即時偵測聚合酶連鎖反 應’與商品化的Amplicormonitor(R〇cheTM Diagnostics,巴 賽爾’瑞士)、Branched-chain DNA(Bayer™ Diagnostics, 艾莫利威爾,美國)及NASBA (〇rganon TeknikaTM,博克斯 特爾,荷蘭)等方法。然而上述商品具有下述缺點··(丨)操作 耗時,步驟繁瑣;(2)檢測之線性範圍不佳;(3)無樣品内部 品管。 職是之故,發展一操作容易、靈敏度高、可靠性高之b 型肝炎檢測技術乃為業界所需。 【發明内容】 發明概述 本發明之一目的在於提供-種用於定量B型肝炎病毒之 引子,其可放大B型肝炎病毒DNA,該引子係選自由下列引 子及其變異體所組成之群:具有如序列辨識編號嘀示序列 之一上游引子、具有如序列辨識編號3所示序列之—上游引 子、具有如序列辨識編號4所示序列之-上游引子、具有如 序列辨識編號2所示序列之一 /、 心„ , J之下游引子、具有如序列辨識編 唬5所不序列之一下游引早 子及具有如序列辨識編號ό所示序 列之一下游引子。 本發明之另一目的在於裎极 隹於k仏一種用於定量β型肝炎病毒 之套組,其包含如上述之引子。 本發明之又一目的扃於植 在於如I、一種定量Β型肝炎病毒方 法,其係使用上述引子推广 子進仃即時聚合酶連鎖反應。 發明詳細說明 96645.doc 1262947 本發明係關於一種用於定量B型肝炎病毒之引子,其可應 用於各式即時聚合酶連鎖反應,並藉以定量b型肝炎病毒。 根據本發明之引子可放大B型肝炎病毒圓八,該引子丙:選 自由下列引子及其變異體所組成之群:具有如序列辨識編 號1所:序列之-上游引子、具有如序列辨識編號3所示序 列之一上游引子、具有如序列辨識編號4所示序列之一上游 引子、具有如序列辨識編號2所示序列之一下游引子、具有 如序列辨識編號5所示序列之一下游引子及具有如序列辨 識編號6所示序列之一下游引子。較佳地,根據本發明之引 子係形成下列引子對: (a) 具有如序列辨識編號1所示序列之一上游引子及具 有如序列辨識編號2所示序列之一下游引子· (b) 具有如序列辨識編號3所示序列之一上游引子及具 有如序列辨識編號5所示序列之一下游引子;及 (c) 具有如序列辨識編號4所示序列之一上游引子及具 有如序列辨識編號6所示序列之一下游引子。 本文中所言之「聚合酶連鎖反應」包含四個步驟··(1)使 1模板進行變性’以形成兩單股;⑺使兩引子分別與步驟 (1)之兩股進行黏附(annealing) ; (3)以DNA聚合酶延伸該等 引子,及(4)取得兩雙股之DNA。重複上述之諸等步驟,而 :特定之DNA片段即可獲得擴增。「即時聚合酶連鎖反應」 二為利用螢光偵測。「聚合酶連鎖反應」之發生以進行定 人並可彳欠而推知參與反應之模板量。目前發展之即時聚 口酶連鎖反應是在一個封閉式的反應管中,除了聚合酶連 96645.doc 1262947 鎖反應所而的引子與驗基外,—併將螢光訊號加人反應管 中再配&儀為逐週期摘測,便可達到同時擴增且同 時傾測訊號之功能。故即時聚合酶連鎖反應具有擴增完成 可直接定量及不需後處理之優點,不僅省時省力,更可避 免後處理所&成之,亏染。同時亦因逐週期紀錄的η·榮光 訊號,同時描繪出基因複製時之完整圖形,故具有較好之 靈敏度與再現性。本發明之試劑濃度線性範圍可達⑻至1〇8 複本數,為現行方法中最大者。 變異體」乙詞係指可取代本發明引子 而仍可放大同一特定片段序列之引子 中 本文中所言之「 之募核芽酸分子, 溫度越低;反言之,如引子與欲放大之模板間之序列變異 因聚合酶連鎖反應本身之特性,引子與欲放大之模板間之 序列即便存在變異性,仍可藉調節聚合_鎖反應中黏附 步驟之反應溫度而合成特定之DNA片段。舉例言之,如引 子與欲放大之模板間之序列變異性越大,黏附步驟之反應 性越小,則可提高黏附步驟之反應溫度。故於該特定領域 中八般知識之人士根據本發明之揭示,即可根據欲增幅 放大之DNA片段設計不同之引子,任何針對本發明引子之 鹼基置換、加入或縮減,如其仍可與本發明引子放大特定 片段之引子皆為本發明所欲保護之範圍。 根據本發明之引子可應用於纟式即時聚合酶連鎖反應 中,舉例言之,可使用於DNA結合螢光基(DNA-binding flU〇r〇Ph〇reS)、鄰近線性募探針(adjacent linear 〇lig〇pr〇bes)、 5核酸酶寡探針nuclease 〇lig〇pr〇bes)、髮夾式募探針 96645.doc 1262947 (hairpin oligoprobes)及自我螢光擴增子(self-fluorescing amplicons)等系統。 本發明另提供一定量B型肝炎病毒之套組,其包含上述之 引子或引子對。 於本發明之一具體貫施例中’係使用TaqMan®即時聚合 酶連鎖反應系統。該系統係藉著一目標探針以定量聚合酶 連鎖反應產物。該目標探針於5,及3,端各分別具有作為報導 劑及泮滅劑之兩螢光基。該螢光基為報導蛋白質之螢光部 分’通常使用之螢光基為FAM。如目標探針未與模板雜合 時,其位於3’端之淬滅劑螢光基(通常為一長波長顏色,如 紅色)藉著螢光共振能量轉移(Fluorescence Res()nanee Energy Transfer,FRET)而減小5’端之報導劑螢光基(通常為 一短波長顏色,如綠色)之螢光。如目標探針於模板變性而 黏附至單股模板上時’叫聚合酶可一面依模板之序列加上 核苦酸’ -邊自5,端移除目標探針,因而使3ι端之泮滅劑榮 光基與5’端之報導劑分離,而使報導劑可發散其螢光能量, 如聚合酶連鎖反應發生之次數愈多,則有愈多之報導劑螢 光發散,故藉著量測報導劑螢光之量,即可定量聚合酶連 鎖反應之產物。故根據本發明之套組,另包含_目標探針, 該目標探針係可與根據本發明之引子或引子對所^大之B 型肝炎病毒亀片段雜合,且其5,及3,端分別具有_第一報 導劑及一第一泮滅劑。於本發明中所使用之第-報導劑盥 弟-泮滅劑可為習用之螢光基,如使_ 劑。較佳地,當使用⑷引子對時,該目標探針具有如序^ 96645.doc 1262947 辨識編號7或其互補股所示之序列。 =認量測所得之訊號係為反應真實之實驗條件或是操 :乍:差,根據本發明之套組另包含一内部控制機制,其包 二内部控制質體,其具有一插入片段,該插入片段包含 ::與B型肝炎DNA或與人類基因體序列皆無相似性片段 ,由根據本發明之引子或引子對所放大之_肝炎病 毋DNA片段;及一内部控制探針,可與該内部控制質體之 =段雜合,其5,及3,端分別具有一第二報導劑及一第二 =;且該第二報導劑與該第-報導劑不同。於操作時 控制質體與㈣控制探針之即時聚合酶連鎖反應與 樣°°及目標探針同時操作,以便於觀察。於本發明中所使 用之苐一報導劑與第二淬滅劑可為習用之螢光基,如使用 VK:作為弟—報導劑。較佳地,該插人片段具有如序列辨識 編號12或其互補股所示之序列,且該内部控制探針具有如 序列辨識編號10或其互補股所示之序列。 :本發明之另一具體實施例中,係使用雜合探針即時聚 合酶連鎖反應系統。該系統係藉著一定錯探針及—感應探 針以定量聚合酶連鎖反應產物。該感應探針U端具有一施 體螯光、,該定錫探針之5,端具有—受體螢光。施體榮光可由 適田之波長所激♦,並可將能量轉移給受體螢光,而經激 發之受體勞光則可發散出—較長之波長。如定錯探針及咸 應探針未與模板雜合時,於適當波長激發下,可發散出施 體榮先’但由於其未鄰近受體榮光,而無法將能量轉移, 故只可觀察得施體螢光之量。如定錯探針與感應探針於模 96645.doc 10 1262947 板變性而黏附至單股模板上時,施體螢光即可將能量移轉 至受體螢光,故可觀察到受體螢光之量,如聚合酶連鎖反 應發生之次數愈多,製造愈多產物做為模板,則有愈多之 施體螢光轉移至受體螢光,而可觀察到受體螢光發散,故 藉著置測受體螢光之量,即可定量聚合酶連鎖反應之產 物。故根據本發明之套組,其另包含一感應探針及一定錯 探針,該感應探針之3,端具有一第一施體螢光,該定錨探針 之5’端具有一第一受體螢光,且該感應探針與定錨探針可分 別與根據本發明之引子或引子對所放大之B型肝炎病毒 DNA片段雜合,且當該定錨探針與感應探針同時雜合至根 據本發明之引子或引子對所放大之B型肝炎病片段 時,可使第一施體螢光之能量移轉至第一受體螢光。於本 發明中所使用之第一受體螢光與第一施體螢光可為習用之 螢光基,如使用FL作為第一施體螢光,使用[C Red^仂 為第-受體螢光。較佳地,當使用⑻或⑷引子對時, 忒感應探針具有如序列辨識編號8或其互補股所示之 列,且該定錨探針具有如或序列辨識編號9或其互補股所示 頰似地,本具體實施例亦包含 g σ丨炫咧機制,苴勹a α之一内部控制質體及-内部控制定錨探針,龙5•戚= 一第二受體螢光並可與内部控制質體之插人有 當該内部定錨探針與感應探針 又…’且 時’可使第-施體螢光之能量移二 作時將内部控制質體與内部定㈣及感應探::即= 96645.doc 1262947 合酶連鎖反庫盥媒σ 樣叩及疋錨探針及感 便於觀察。較佳祕,姑h 木对I』時知作,以 ^ # 11 i? JL ^部控制定錨探針具有如序列辨識 、,扁油或其互補股所示之序列。 較佳地,根據本發明之套組,其另 作桿準曲絲甘+ &準貝體用以 ,卓曲線’丨中該標準質體具有一外加片段 奴包含由根據本發明^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ Λ 毒dna月卜… 對所放大之_肝炎病 :標準質體之其他部分構築之” 明所屬技術領域t具一般 、’、’、本《 體實施例中該外加& 於—較佳具 所示之序列。 具有如序列辨識編號13或其互補股 ^發明之套組與所有全《型肝炎的核酸序列掏取 證實根據本發明之套組可以辨識現有已知基因型, :免發生因為病毒基因型或類種差異而造成之偽陰 檢測率達到最高。 便 本發明再關於-種用於定量B型肝炎病毒之方法,盆係使 隸據本發明之引子或套組進行即«合酶連鎖反應。 誶言之’當使用TaqMan®即時聚合酶連鎖反應系統時, 根據本發明之方法包含下列步驟: ⑴以不同濃度之標準質體與一目標探針進行雜合反 應,該標準質體具有-外加片段,該外加片段包含由 根據本發明之引子或引子對所放大之B型肝炎病毒 DNA片段,且該目標探針係可與該根據本發明之引子 或引子對所放大之B型肝炎病毒DNA片段雜合,該目 標探針之5,及31端分別具有—第一報導劑〗一第一泮 96645.doc 1262947 滅劑; (II) 里測步驟⑴中以不同濃度之標準質體反應中第一報 導悧之1,以得到一標準質體濃度對第一報導劑量之 標準曲線; (III) 彳乂得衍生自樣品之B型肝炎病毒之;較佳地,樣 品係源自血液,如血清或血漿; (·)、丨子或引子對、目標探針、及步驟(出)中之DM A進 行即時聚合酶連鎖反應; ()里成I步驟(lv)中第一報導劑之強度,並與步驟(ϋ)中所 传之標準曲線比較,以定量樣品中DNA之濃度。 較佳地,根據本發明之方法包含一内部控制步驟,係加 入一内部控制質體與—内部控制探針,並與b型肝炎病毒 臟及目標探針進行步驟(iv)及⑺,並量測第二報導劑之 量Ή貞測得陽性訊號’則代表反應條件成功。 詳言之,當使㈣合探針即時聚合酶連鎖反應系統時, 根據本發明之方法包含下列步驟: ⑴以不同濃度之標準質體與一感應探針及一定錯探針 進行雜合反應;該標準質體具有-外加片段,該外加 片段包含由根據本發明之引子或引子對所放大之β 型肝炎病毒DNA片段;該感應探針之3,端具有一第一 施體螢光,該定錯探針之5,端具有一第一受體營光, 該感應探針與定錯探針可分別與根據本發明之^子 或引子對所放大之3型肝炎病毒而八片段雜合,且合 為疋ί“木針與感應探針同時雜合至根據纟發明之引 96645.doc 1262947 子或引子對所放大之B型肝炎病.DNA片段時,可使 第轭體螢光之能量移轉至第一受體螢光; (11)量測步驟⑴中以不同濃度之標準質體反應中第一受 體螢光之量,以得到一標準質體濃度對受體螢光量之 標準曲線; (Hi)獲得衍生自樣品之B型肝炎病毒之DNA;較佳地,樣 品係源自血液,如血清或血漿; ㈣以根據本發明之引子或引子對、感應探針、定錯探 及乂驟⑴丨)中之DNA進行即時聚合酶連鎖反應; 00量測步驟(iv)中受體螢光之強度,並與步驟⑼中所得 之標準曲線比較,以定量樣品中DNA之濃度。 較佳地’根據本發明之方法包含一内部控制步驟,係加 入-内部控制質體及—内部控制定錨探針,並與B型肝炎 撕二及^錨探針進行步驟㈣及⑺,並量測第二受體營光 之量,如制得陽性域,則代表反應條件成功。 於本發明中,樣品中病毒黯之萃取、即時聚合酵素連 鎖反應以及訊號之分析,係藉由熟習該項技術者所熟知之 方法而達成,較佳的樣品中,病毒DNA之萃取、即時聚合 酵素連鎖反應以及訊號之分析說明於以下的實例中。 兹以下列實例予以詳細說明本發明,唯並不意味本發明 僅侷限於此等實例所揭示之内容。 【實施方式】 實例一 ·· B型肝炎DNA之製備 血清檢體保存步驟: 96645.doc -14· 1262947 -使用不含抗旋劑的抽血管採集病人的血液,約丨〇至丨5分 鐘待血液凝固; -以3000 rpm離心10分鐘(室溫兩小時内完成) -吸取上層血清 -分裝50 μί於微量離心管中
-保存於-20°C B 型肝炎 DNA 卒取步驟(viogene®,Blood & Tissue Genomic Mini,GG1002): -取50 pL血清 -加入5 pL蛋白酶K -加入50 pL Ex緩衝液 -震盪5秒再離心5秒 -於60°C加熱20分鐘 -於70°C加熱20分鐘 -震盪5秒再離心5秒 -加入60 gL異丙醇 -震盪5秒再離心5秒 -於70°C加熱20分鐘 -震盪5秒再離心5秒 -吸取全部溶液至新離心管之内管中(内管+外管) -離心1 3,000 rpm 2分鐘 -倒去外層廢液(外管) -加入130 μί清洗緩衝液 -離心1 3,000 rpm 2分鐘 96645.doc -15- 1262947 -倒去外層廢液(外管) 加入1 3 0 pL清洗緩衝液 -離心13,000 rpm 2分鐘 -丟棄外管層並換新外管 -加入50 μί 70°C無菌水 -離心1 3,000 rpm 2分鐘 -置於4°C立即檢測或儲存於_2〇°C 實例二·· TaqMan®即時聚合酶連鎖反應 將B型肝炎DNA 1 pL與已配製好之聚合酶連鎖反應試劑 24 pL放入96孔盤中,再將96孔盤放入ABI® 7900機器中, 利用水解探針(hydrolysis pr〇be)在進行聚合酶連鎖反應複 製的同時,即時偵測螢光值而定量。其步驟詳述如下: 步驟1.取一管標準品(1〇ig隻病毒/微升)或是以圖i所示之 標準質體作10倍序列稀釋(1〇8、1〇6、1〇4、1〇2、1〇1、1〇〇 病毒/微升);
步驟2·準備試劑及耗材,PCR試劑為ABI TaqMan⑧pcR
Core Reagents Kit,Cat. No. N808-0228 ;取 13.125 |uL無菌 水、3·5 μΐ^ 25 mM MgCl2、2.5 μι A緩衝液、各〇·25 吣 1〇 福 dATP/dUTP/dGTP/dCTP、〇·125 卟酵素、〇·25 μίυΝ(}、i 5 μί 10 μΜ具有如序列辨識編號丨所示序列之上游引子、^ $ pL 10 μΜ具有如序列辨識編號2所示序列之下游引子、〇 $ 1〇 μΜ 5’端具有FAM螢光基且具有如序列辨識編號7所 示序列之目標探針及丨pLDNA混合於96孔反應槽中;一併 以圖2所示内部控制質體及5,端具有VIC螢光基且具有如序 96645.doc 1262947 列辨識編號10之内部控制探針進行内部品管偵測; / 驟 3_ 貼上光學黏附蓋(Optical adhesive cover)Pan ^ 43 U 971蓋上均勻加熱板,放置ABI® 7900機器⑷ 井要朝左上角放置); 。步驟4.上機,其聚合酶連敍應條件㈣。g 2分鐘,% C 1〇分鐘’再進行5G個循環之95t 15秒、60。(: i分鐘; H成@取數據資料’取出盤(plate)丟棄關掉機器電 源’再關電腦; V驟6.用經序列稀釋已知濃度的標準品,濃度為⑺8至 又病t /U升,根據標準品得〇值數據可畫出標準曲線,其
、、口果不於圖3 ’且其内部品管摘測圖示於圖4 ;檢體得到Q 值再與標準曲線比對即可得知其濃度,其再現性評估示於 表1 : 曰期 斜率 1 2004/3/23 -3.525 2 2004/4/19 3.607 3 2004/4/22 -3.675 4 2004/4/30 -3.337 5 2004/6/8^ -3.074 平均 -3.443 SD ±0.174 另將本實例之系統與現有市售試劑b_DNA同時偵測“個 檢體,其結果示於圖5 ,兩者相關線性為 R2=0.9472(y=26.116x+70〇〇〇〇)高濃度檢體,為其中b_DNA 只能測出大於5.3X 101G複本數之高濃度檢體,而本實例之 系統則可測出數據,表示其線性範圍優於b-DNA。 實例三:雜合探針即時聚合酶連鎖反應 96645.doc 1262947 將卒取好之B型肝炎DNA 5 和配好之LightCycler®聚 曰轉連鎖反應试劑15 /xL加入玻璃毛細管(Glass capillaries) 中,利用離心混合均勻,放入LightCycler⑧機器進行pcR, 利用雜合探針在聚合酶連鎖反應進行複製的同時,即時偵 測螢光值而定量。 步驟1 ·取一官標準品(丨〇 1 G隻病毒/微升)或是標準質體作 10倍序列稀釋(108、10、104、1〇2、1〇丨、1〇。隻病毒/微升); 步驟2.準備離心轉接器(Centrifuge adapter)、毛細管和試 劑’取6.3 μι無菌水、2.4 卟 25 mM MgCl2、2 〇 吣 1〇 _ 具有如序列辨識編號3所示序列之上游引子、2〇 ι〇 μΜ 具有如序列辨識編號5所示序列之下游引子、〇15叫2〇_ 5’端具有LC Red 640螢光基且具有如序列辨識編號9所示序 列之定錯探針、0.15叫20 μΜ 3,端具FLf光基且具有如序 ,辨識編號8所示序列之感應探針及2叫酵素配製成反應 试劑,一併以含有具有如序列辨識編號12所示序列之内部 控制質體、感應探針及5,端|LCRed7G5螢光基且具有如序 列辨識編號11所示序列之内部控制定㈣針進行内部品管 偵測; 細管放置離心轉接器上依序排 入毛細管,取5 gL稀釋好的標準 列 步驟3.取所需數量的毛 ,取15 /iL配好的試劑加 口口依序加入毛細官,取5/xL的檢體(B型肝炎DNA)接在標 準品之後依序加入毛細管; v驟4.將毛細官蓋上蓋子,經離心则G rpm 3G秒,將毛 細管依序放置轉盤(LC car〇Usel)上,轉盤放入叫抓咖⑧ 96645.doc 1262947 機器; 步驟5·上機,其聚合酶連鎖反應條件為95它1〇分鐘,再 進行50循環95。(: 〇秒、5(rc 1〇秒、72。〇 1〇秒,之後降 溫至4(TC 30秒; 步驟6.完成讀取數據資料,取出轉盤將毛細管丟棄,關 掉機器電源,再關電腦; 步驟7·用經序列稀釋已知濃度的標準品,濃度為1〇8_1〇0 又病I /耄升。根據標準品所得Ct值數據可畫出標準曲線, 其結果示於圖6,且其内部品管偵測圖示於圖7,檢體之α 值再與標準曲線比對即可得知其濃度,其再現性評估示於 表2 : 曰期 ~ 斜率 1 2004/3/18 -3.554 2 2004/3/25 _ -3.564 3 2004/4/1 -3.512 4 2004/4/8 -3.586 5 2004/4/22 -3.513 6 2004/4/29 -3.544 7 2004/5/6 -3.719 8 2004/5/13 -3.615 9 2004/5/20 -3.717 10 2004/5/27 -3.684 平均 -3.601 SD ±0.069 另將本貫例之糸統與現有市售試劑b-DNA同時偵測3 8個 檢體,其結果示於圖8 ,兩者相關線性為 R2=0.8439(y=62.362x+700000)高濃度檢體,b-DNA只能測 出大於5.3 X 1 〇複本數之高濃度檢體,而本實例之系統則 可測出數據,表示其線性範圍優於b-DNA。 96645.doc 1262947 實例四··標準血清與即時聚合酶連鎖反應之對應關係 以世界衛生組織(WHO)訂購之標準血清與根據本發明之 方法定量所得結果之對應關係示於表3,且其換算方程式示 於圖10。 表3 ·· 才示準血清 (IU) 1 ~S數 即時聚合酶連鎖反應 (複本數) 對數 50000 4.69897 6.00E+03 3.778296 12500 4.09691 1.40E+03 Γ 3.147367 3125 3.49485 3.36E+02 2.526339 781.25 2.89279 8.05E+01 1.905634 390.025 2.59176 3.69E+01 1.567497 上述實施例僅為說明本發明之原理及其功效,而非限制 本毛月^於此技術之人士對上述實施例所做之修改及變 化仍不堤背本發明之精神。本發明之權利範圍應如後述之 申晴專利範圍所列。 【圖式簡單說明】 圖1為例示本發明之標準質體構築示意圖。 圖2為例不本發明之内部控制質體構築示意圖。 圖為以TaqMan®即時聚合酶連鎖反應之標準曲線圖。 圖:為以丁aqMan®即時聚合酶連鎖反應之内部品管倘測 之I =x TaqMan⑧即時聚合酶連鎖反應系統與市售試劑 之比較結果圖。 … 圖6為以 „ Ρ夺1合_連鎖反應之標準曲線圖。 圖7為以雜合探針卽拄取人^ 圖 。 卩~ t合酶連鎖反應之内部品管偵測 圖8為以雜合探針g 士 可聚合酶連鎖反應系統與市售試劑 96645.doc -20- 1262947 之比較結果圖。 圖9為以TaqMan®即時聚合酶連鎖反應與雜合探針即時 聚合酶連鎖反應系統之比較結果圖。 圖10為標準血清與即時聚合酶連鎖反應之對應關係換算 方程式圖。 96645.doc •21 - 1262947 序列表 <110> 國立成功大學 <120>定量B型肝炎病毒之引子及引子對套組及方法 <130〉無 <160> 13 <170> Patentln version 3.2 <210〉 1 <211〉 22 <212〉DNA <213> 人工序列 <400〉 1 gcaggtcccc tagaagaaga ac <210〉 2 <211> 17 <212〉DNA <213〉人工序列 <400〉 2 cgacgcggcg attgaga <210〉 3 <211> 19 <212〉DNA <213> 人工序列 <400〉 3 gaccaccaaa tgcccctat <210> 4 <211〉 21 <212〉DNA <213> 人工序列 <400> 4 gaccaccaaa tgcccctatc t <210> 5 <211> 22 <212〉DNA <213〉人工序列 96645.doc 221262947 <400> 5 cgagattgag atcttctgcg ac <210> 6 <211> 22 <212> DNA <213> 人工序列 <400> 6 ggagattgag atcttctgcg ac <210〉 7 <211> 17 <212> DNA <213〉人工序列 <400〉 7 cctcgcctcg cagacga <210〉 8 <211〉 24 <212> DNA <213〉人工序列 <220〉 <221〉 變異區 <222> (3)..(3) <223> s>4gic <400〉 8 gasgcaggtc ccctagaaga agaa <210〉 9 <211〉 26 <212〉DNA <213〉人工序列 <220> <221〉 變異區 <222〉(19)..(19) <223> m為 a 或c <220> <221> 變異區 <222〉(22)..(22) <223〉r 為 a或 g <400> 9 tccctcgcct cgcagacgma grtctc 22 17
24
96645.doc -2- 26 1262947 <210〉 10 <211> 17 <212> DNA <213> 人工序列 <400> 10 ctcttgctga agcttct 17 <210> 11 <211〉 25 <212> DNA <213> 人工序列 <400> 11 cttgctgaag cttctgacta cgact 25 <210〉 12 <211> 190 <212〉DNA <213> 人工序列 <400〉 12 tttggtgtct ttcggagtgt ggattcgcac tcctcctgct tacagaccac aaaatgcccc 60 tatcttatca acacttccgg aaactgctgt tgttagacga cgaggcaggt cccctagaag 120 aagaactctt gctgaagctt ctgactacga ctaatcgccg cgtcgcagaa gatctcaatc 180 tcgggaatct 190 <210〉 13 <211> 190 <212> DNA <213> 人工序列 <400> 13 tttggtgtct ttcggagtgt ggattcgcac tcctcctgct tacagaccac aaaatgcccc 60 tatcttatca acacttccgg aaactgctgt tgttagacga cgaggcaggt cccctagaag 120 aagaactccc tcgcctcgca gacgaaggtc tcaatcaccg cgtcgcagaa gatctcaatc 180 tcgggaatct 190 96645.doc

Claims (1)

  1. 『40797號專利申請案「r1…φ丨疋本 請專利範圍替換本(94卜m: . 十、申請專利範圍:
    2. 3. 4. 一種用於定量B型肝炎病毒之引子,其可放大肝炎病 毒DNA,該引子係選自由下列引子所組成之群:具有如 序列辨識編號1所示序列之一上游引子、具有如序列辨識 編號3所示序列之一上游引子、具有如序列辨識編號4所 示序列之一上游引子、具有如序列辨識編號2所示序列之 一下游引子、具有如序列辨識編號5所示序列之一下游引 子及具有如序列辨識編號6所示序列之一下游引子。 一種用於定量B型肝炎病毒之引子對,其可放大B型肝炎 病毒DNA,該引子對係選自由下列引子對所組成之群: (a)具有如序列辨識編號1所示序列之一上游引子及具有 如序列辨識編號2所示序列之一下游引子; )具有如序列辨識編號3所示序列之一上游引子及具 如序列辨識編號5所示序列之一下游引子;及 (0具有如序列辨識編號4所示序列之一上游引子及具 如序列辨硪編號6所示序列之一下游引子。 -種用於定量B型肝炎病毒之套組’其包含如請求項I 引子或請求項2之引子對。 、 :艮據明求項3之套組’其另包含一目標探針,該目標探 ::與該引子或引子對所放大之B型肝炎病毒職片· ’且5’及3,端分別具有—第-報導劑及-第一淬; 根據請求項4之套組 且該目標探針具有如 ’其具有如請求項2之(a)之引 序列辨識編號7所示之序列。 子對, 1262947 6 ·根據晴求項4之套經,其另包含: 一内部控制質體,其具有一插入片段,該插入片段包 3以與B型肝炎病毒DN A或與人類基因體序列皆無相 似丨生片^又置換之由如請求項1之引子或請求項2之引子對 所放大之B型肝炎病毒DNA片段;及 一内部控制探針,可與該内部控制質體之插入片段雜 合,其5’及3’端分別具有一第二報導劑及一第二淬滅劑, 且該第二報導劑與該第一報導劑不同。 7·根據睛求項6之套組,其中該插入片段具有如序列辨識編 ㈣或其互補股所示之序列’且該内部控制探針具有如 序列辨識編號1〇或其互補股所示之序列。 8·根據請求項3之套組,其另包含一感應探針及一定錯探 針,該感應探針之3,端具有一第一施體榮光,該定錯探針 之5,端具有_第—受體營光,且該感應探針與定錯探 分別與該引子$弓丨;祖 于次引子對所放大之B型肝炎病毒dn 雜入,日# 4 ^ q f又 ’、口 *该疋錨探針與感應探針同時雜合至如請求項} 之引子或凊求項2之引子對所放大之B型肝炎病毒d 段日-,可使第-施體螢光之能量移 9.根據請求項8之套么且,並 又體邊先。 對,、’,、具有如h求項2之(b)或⑷之子 之岸列具有如序列辨識編號8或其互補股所示 ’且該定錨探針具有如或序列辨識編號9或苴 股所示之序列。 X/、互補 10·根據請求項8之套組,其另包含: 内部控制質體,1 1古 , /、具有一插入片段,該插入片段包 96645-941013.doc 1262947 δ —以與B型肝炎病毒DNA或與人類基因體序列皆無相 似性片段置換之由如請求項丨之引子或請求項2之弓I子對 所放大之B型肝炎病毒dna片段;及 一内部控制定錨探針,其5,端具有一第二受體螢光並可 與内部控制質體之插入片段雜合,且當該内部定錨探針 與感應探針同時雜合至内部控制質體時,可使第一施體 螢光之能量移轉至第二受體營光。 11. 12. 13. 14. 15. 根據明求項10之套組’其中該插入片段具有如序列辨識 、為號12或其互補股所示之序列,且該内部控制定錯探針 具有如序列辨識編號U或其互補股所示之序列。 ,據明求項3之套組,其另包含一標準質體,&中該標準 、體/、有外加片丰又,该外加片段包含由該引子或引子 對所放大之B型肝炎病毒〇ΝΑ片段。 根據請求項之套組,其中該外加片段具有如序列辨識 編號13或其互補股所示之序列。 -種定量B型肝炎病毒之方法,其係使用如請求項i之引 子或請求項2之引子對進行即時聚合酶連鎖反應。 根據請求項14之方法,其包含下列步驟: ⑴以不同濃度之標準質體與—目標探針進行雜合反 應,該標準質體具有-外加片&,該外加片段包含 由如請求項i之引子或請求項2之引子對所放大之B 型肝炎病毒DNA片段,且該目標探針係可與該引子 或引子對所放大之B型肝炎病毒DNA片段雜合,該目 標探針之5,及3,端分別具有一第—報導劑及一第一 96645-941013.doc 1262947 淬滅劑; 量測步驟⑴中以不同濃度之標準質體反應中第一報 導劑之量,以得到一標準質體濃度對第一報導劑量 之標準曲線; (⑴)獲得衍生自樣品之B型肝炎病毒之dna ; ㈣以該引子或引子對、目標探針、及步驟(出)中之dna 進行即時聚合酶連鎖反應; (V)量測步驟(iv)中第一報導劑之強度,並與步驟(ii)中 所得之標準曲線比較,以定量樣品中DNA之濃度。 16. 根據請求項15之方法,其中步驟(⑴)之樣品係源自企液。 17。 根據凊求項16之方法,其中該樣品係源自血清或血漿。 祀據明求項1 5之方法,其具有如請求項2之⑷引子對,且 孩目標捸針具有如序列辨識編號7所示之序列。 19·根據請求項15之方法,其中該外加片段具有如序列辨識 編號13或其互補股所示之序列。 2〇·根據請求項15之方法,另包含—内部控制步驟,係加人 一内部控制f體與—内部控制探針,並與B型肝炎病毒 DNA及目標探針進行步驟㈣及(v),其中該内部控制質體 其具有-插入片段,該插入片段包含一以與B型肝炎病毒 NA或與人類基因體序列皆無相似性片段置換之由如請 ^項1 '引子或請求項2之引子對所放大之Β型肝炎病毒 舰片段;及該内部控制探針,可與該内部控制質體之 插^、&雜合’其5’及3’端分別具有一第二報導劑及一第 滅^ J'该第二報導劑與該第一報導劑不同。 96645-941013.doc 1262947 21·根據請求項20之方法,其中該插入片段具有 、 邪序列辨識 編號12或其互補股所示之序列,且該内部控制探針具有 如序列辨識編號1 〇或其互補股所示之序列。 22·根據請求項14之方法,其包含下列步驟: (〇以不同濃度之標準質體與一感應探針及一定錨探針 進行雜合反應;該標準質體具有一外加片段,該外 加片段包含由如請求項丨之引子或請求項2之引=對 所放大之B型肝炎病毒DNA片段;該感應探針之3,端 具有一第一施體螢光,該定錯探針之5,端具有一第一 受體螢光,該感應探針與定錨探針可分別與該引子 或引子對所放大之B型肝炎病毒DNA片段雜合,且當 該定錨探針與感應探針同時雜合至該引子或引子對 所放大之B型肝炎病毒DNA片段時,可使第一施體螢 光之能量移轉至第一受體螢光; (Π)量測步驟⑴中以不同濃度之標準質體反應中第一受 體螢光之量,以得到一標準質體濃度對第一受體螢 光量之標準曲線; (iii)獲得衍生自樣品之B型肝炎病毒2DNA ; ㈣以該引子或引子對、感應探針、定銷探針、及步驟 (iii)中之DNA進行即時聚合酶連鎖反應; (v)量測步驟(iv)中受體螢光之強度,並與步驟(Η)中所 得之標準曲線比較,以定量樣品中DN A之濃度。 23.根據請求項22之方法’其巾步驟(m)之樣品係源自血液。 24·根據請求項23之方法,其中該樣品係源自血清或血聚。 96645-941013.doc 1262947 25 ·根據請求項22之方法,苴且有主 、有如Μ求項2之(b)或(c)引子 應探針具有如序列辨識編號8或其互補股所示之 序列,且該定錯探針具有如或序列辨識編號9或其互補股 所示之序列。 26·=請求項22之方法,其中料加片段具有如序列辨識 編號13或其互補股所示之序列。 27·根據請求項22之方法,另包含—㈣㈣㈣,係加人 -内部控制質體與—内部控制定錯探針,並與_肝炎病 毒DNA及定錫探針進行步驟(iv)及⑺;其中該内部控制質 ^其具有一插入片段,該插入片段包含-以與B型肝炎病 ^ DNA或與人類基因體序列皆無相似性片段置換之由如 长員1之引子或%求項2之引子對所放大之B ^肝炎病 毋D N A片段;該内部控制定錯探針之y端具有一第二受體 螢光並可與内部控制質體之插入片段雜合,且當該内部 定錨探針與感應探針同時雜合至内部質體時,可使第一 施體螢光之能量移轉至第二受體螢光。 28.根據請求項27之方法,其中該插入片段具有如序列辨識 編號12或其互補股所示之序列,且該内部控制定錯探針 具有如序列辨識編號u或其互補股所示之序列。 29· 一種定量B型肝炎病毒之方法,其係使用根據請求項3至 13任何—項之套組進行即時聚合酶連鎖反應。 96645-941013.doc
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