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TW202438673A - 疫苗及相關方法 - Google Patents

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TW202438673A
TW202438673A TW113100908A TW113100908A TW202438673A TW 202438673 A TW202438673 A TW 202438673A TW 113100908 A TW113100908 A TW 113100908A TW 113100908 A TW113100908 A TW 113100908A TW 202438673 A TW202438673 A TW 202438673A
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sars
spike protein
amino acid
immunogenic
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TW113100908A
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艾倫 洛維莎 拉爾斯多特 艾弗賽里爾斯
丹尼爾 威廉 梅農 艾克
亞歷山大 派翠克 哥德史密斯
派翠克 利奧 瓊斯
亞當 史拜爾 汀禎斯
凱茵 陳
薩 迪亞歌 蘇托 馬奧 莫朗
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美商旗艦先鋒創新有限責任（Ｖｉｉ）公司
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Abstract

本文提供包含至少一組胺基酸取代之SARS-CoV-2棘蛋白及多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白及多肽免疫原(及其免疫原片段及免疫原變異體))及編碼其之核酸分子。本文進一步提供包含其之組合物(例如醫藥組合物)及疫苗，用於例如預防、治療及/或改善SARS-CoV-2感染；針對SARS-CoV-2疫苗接種。

Description

疫苗及相關方法
本揭示係關於包含至少一組胺基酸取代(本文所描述)之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(及其免疫原片段及/或免疫原變異體))及編碼其之核酸分子。本揭示進一步關於包含其之組合物(例如疫苗組合物、醫藥組合物)及製造及利用其之方法。
冠狀病毒為感染各種哺乳動物及禽類物種之包膜、正義、單股RNA病毒家族。病毒基因體包裝於包含病毒核衣殼蛋白且由脂質包膜包圍之衣殼中。若干蛋白質嵌入脂質包膜中，包括膜蛋白、包膜小膜蛋白、血球凝集素-酯酶及棘蛋白。人類冠狀病毒通常引起呼吸道疾病，且包括例如嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2 (SARS-CoV-2)、嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒1 (SARS-CoV-1)及中東呼吸道症候群(MERS-CoV)。
SARS-Cov-2於2019年出現在人類中，快速蔓延，且引起持續全球大流行。SARS-CoV-2為2019年冠狀病毒疾病(COVID-19)之病因。COVID-19已引起持續的公共衛生危象，其中全世界發生數百萬例由COVID-19引起之死亡及嚴重疾病。針對COVID-19之保護大部分由針對SARS-CoV-2棘蛋白(SARS-CoV-2疫苗之主要目標)之免疫反應介導。棘蛋白透過受體結合域(RBD)與宿主細胞受體血管收縮素轉化酶2 (ACE2)之結合介導與宿主細胞之結合及進入宿主細胞。
本文尤其提供SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(及其免疫原片段及/或免疫原變異體))、編碼其之核酸、包含SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(及其免疫原片段及/或免疫原變異體))或編碼其之核酸的組合物(例如疫苗組合物、醫藥組合物)、製造方法及使用方法，包括例如預防、減少或治療SARS-CoV-2感染之方法、針對SARS-CoV-2感染疫苗接種之方法等。
在一個態樣中，本文提供核酸分子，其包含至少一個編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少一組表2或表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含SARS-CoV-2棘蛋白受體結合域(RBD)。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列由SARS-CoV-2棘蛋白受體結合域(RBD)組成。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含保留結合ACE2能力之全長SARS-CoV-2棘蛋白之片段。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列由保留結合ACE2能力之全長SARS-CoV-2棘蛋白之片段組成。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含全長SARS-CoV-2棘蛋白。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列由全長SARS-CoV-2棘蛋白組成。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含約10-15、10-20、10-30、10-40、10-50、10-60、10-70、10-80、10-90、10-100、10-200、10-300、10-400、10-500、10-600、10-700、10-800、10-900、10-1000、10-1100、10-1200或10-1300個胺基酸。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者(例如SEQ ID NO: 1-5中之任一者)中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者(例如SEQ ID NO: 1-5中之任一者)中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含複數組表2中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組或更多組表2中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未闡述之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者(例如SEQ ID NO: 1-5中之任一者)中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-2中之任一者中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異，使SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含在胺基酸位置986之脯胺酸及/或在胺基酸位置987之脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1中所示之胺基酸位置。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含添加一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，非天然存在之糖基化位點為N-糖基化位點。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與表3中所示之蛋白質之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 11-28中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 11-16中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 17-22中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 23-28中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少一組表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者(例如SEQ ID NO: 6-10中之任一者)中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者(例如SEQ ID NO: 6-10中之任一者)中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含複數組表4中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組或更多組表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未闡述之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者(例如SEQ ID NO: 6-10中之任一者)中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與表5中所示蛋白質之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-44中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 45-60中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 61-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代及至少一組表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代及至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含複數組表2中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組或更多組表2中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未闡述之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含複數組表4中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組或更多組表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未闡述之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或該其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含非活性弗林蛋白酶裂解位點。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或該其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異在該弗林蛋白酶裂解位點中使該弗林蛋白酶裂解位點不活化。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白為免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)。
在一些實施例中，核酸分子為RNA分子、DNA分子或DNA/RNA分子。在一些實施例中，核酸分子為RNA分子。在一些實施例中，RNA分子為可轉譯RNA分子。在一些實施例中，RNA分子為信使RNA (mRNA)分子。在一些實施例中，RNA分子為環狀RNA分子。
在一些實施例中，核酸分子之核苷酸序列經密碼子最佳化。在一些實施例中，核酸分子包含至少一個經修飾之核苷酸。在一些實施例中，核酸分子包含N1-甲基-假尿苷、胞嘧啶、腺嘌呤及鳥嘌呤。
在一些實施例中，核酸分子包含異源5'-非轉譯區(UTR)、3'-UTR、或5'-UTR及3'-UTR兩者。在一些實施例中，核酸分子包含聚腺苷酸(poly(A))序列。在一些實施例中，核酸分子包含5'帽結構。
在一些實施例中，核酸分子進一步編碼異源蛋白質。
在一些實施例中，核酸分子編碼信號肽。在一些實施例中，核酸分子編碼同源或異源信號肽。在一些實施例中，核酸分子不編碼信號肽。
在一個態樣中，本文提供包含本文所描述之核酸分子之載體。在一些實施例中，載體為非病毒載體(例如質體)或病毒載體。
在一個態樣中，本文提供結合物，其包含本文所描述之核酸分子可操作地連接(例如直接或間接地(例如經由連接子))至異源部分(例如異源蛋白質)。
在一個態樣中，本文提供組合物，其包含至少一種本文所描述之核酸分子、本文所描述之載體或本文所描述之結合物。
在一些實施例中，組合物包含複數種本文所描述之核酸分子，其中由該複數種核酸分子中之各核酸分子編碼的SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列不同。在一些實施例中，該複數種核酸分子包含至少兩種本文所描述之核酸分子，其中由該至少2種核酸分子中之各者編碼的SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含表2或表4中所闡述之不同組之胺基酸取代，或表2或表4中所闡述之胺基酸取代組的不同組合。
在一些實施例中，組合物進一步包含編碼不包含一組表2或表4中所闡述之胺基酸取代之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的核酸分子。
在一些實施例中，核酸分子或一或多種載體調配於一或多種載劑中。在一些實施例中，組合物為包含醫藥學上可接受之賦形劑的醫藥組合物或疫苗組合物。在一些實施例中，組合物進一步包含佐劑。
在一些實施例中，核酸分子包含於一或多種載體中。
在一些實施例中，組合物進一步包含載劑。在一些實施例中，載劑為脂質奈米粒子(LNP)、脂質體、脂質複合物，或奈米脂質體。在一些實施例中，載劑為LNP。在一些實施例中，LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及/或PEG脂質。在一些實施例中，LNP具有在80 nm與160 nm之間的平均粒度。
在一個態樣中，本文提供組合物，其包含(a)至少一種核酸分子，其包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代；(b)至少一種核酸分子，其包含至少一組表4中所闡述之胺基酸取代；及/或(c)至少一種核酸分子，其包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代及至少一組表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，組合物進一步包含編碼不包含一組表2或表4中所闡述之胺基酸取代之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的核酸分子。
在一些實施例中，核酸分子或一或多種載體調配於一或多種載劑中。在一些實施例中，組合物為包含醫藥學上可接受之賦形劑的醫藥組合物或疫苗組合物。在一些實施例中，組合物進一步包含佐劑。
在一些實施例中，核酸分子包含於一或多種載體中。
在一些實施例中，組合物進一步包含載劑。在一些實施例中，載劑為脂質奈米粒子(LNP)、脂質體、脂質複合物，或奈米脂質體。在一些實施例中，載劑為LNP。在一些實施例中，LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及/或PEG脂質。在一些實施例中，LNP具有在80 nm與160 nm之間的平均粒度。
在一個態樣中，本文提供SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表2或表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含SARS-CoV-2棘蛋白受體結合域(RBD)。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由SARS-CoV-2棘蛋白受體結合域(RBD)組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含保留結合ACE2能力之全長SARS-CoV-2棘蛋白之片段。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由保留結合ACE2能力之全長SARS-CoV-2棘蛋白之片段組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含全長SARS-CoV-2棘蛋白。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由全長SARS-CoV-2棘蛋白組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含約10-15、10-20、10-30、10-40、10-50、10-60、10-70、10-80、10-90、10-100、10-200、10-300、10-400、10-500、10-600、10-700、10-800、10-900、10-1000、10-1100、10-1200或10-1300個胺基酸。
在一些實施例中，除至少一組胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或該其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或該其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含複數組表2中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未闡述之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 2中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異，使該SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含在胺基酸位置986之脯胺酸及/或在胺基酸位置987之脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1中所示之胺基酸位置。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含添加一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，非天然存在之糖基化位點為N-糖基化位點。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與表3中所示之蛋白質之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 11-28中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 11-16中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 17-22中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 23-28中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，除至少一組胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或該其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或該其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含複數組表4中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與表5中所示蛋白質之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-44中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 45-60中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 61-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代及至少一組表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，除至少一組胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或該其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代及至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含複數組表2中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未闡述之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含複數組表4中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16組表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含非活性弗林蛋白酶裂解位點。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異在該弗林蛋白酶裂解位點中使該弗林蛋白酶裂解位點不活化。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))進一步包含異源蛋白質。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含信號肽。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含同源或異源信號肽。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))不包含信號肽。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白為免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)。
在一個態樣中，本文提供融合蛋白，其包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))可操作地連接(例如直接或間接地(例如經由連接子))至異源蛋白質。
在一個態樣中，本文提供結合物，其包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))可操作地連接(例如直接或間接地(例如經由連接子))至異源部分。
在一個態樣中，本文提供組合物，其包含至少一種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)中之至少一者)、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之結合物或本文所描述之核酸分子。
在一些實施例中，組合物包含複數種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如複數種SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該複數種SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含表2或表4中所闡述之不同組之胺基酸取代，或表2或表4中所闡述之胺基酸取代組的不同組合。
在一些實施例中，組合物進一步包含不包含一組表2或表4中所闡述之胺基酸取代之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。
在一些實施例中，組合物為包含醫藥學上可接受之賦形劑的醫藥組合物。在一些實施例中，組合物進一步包含佐劑。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))調配於一或多種載劑中。在一些實施例中，載劑為脂質奈米粒子(LNP)、脂質體、脂質複合物，或奈米脂質體。在一些實施例中，載劑為LNP。在一些實施例中，LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及/或PEG脂質。在一些實施例中，LNP具有在80 nm與160 nm之間的平均粒度。
在一個態樣中，本文提供組合物，其包含(a)包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代的至少一種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))；(b)包含至少一組表4中所闡述之胺基酸取代的至少一種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))；及/或(c)包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代及至少一組表4中所闡述之胺基酸取代的至少一種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。
在一些實施例中，組合物進一步包含不包含一組表2或表4中所闡述之胺基酸取代之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。
在一些實施例中，組合物為包含醫藥學上可接受之賦形劑的醫藥組合物。在一些實施例中，組合物進一步包含佐劑。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))調配於一或多種載劑中。在一些實施例中，載劑為脂質奈米粒子(LNP)、脂質體、脂質複合物，或奈米脂質體。在一些實施例中，載劑為LNP。在一些實施例中，LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及/或PEG脂質。在一些實施例中，LNP具有在80 nm與160 nm之間的平均粒度。
在一個態樣中，本文提供編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的核酸分子。
在一個態樣中，本文提供由本文所描述之核酸分子編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。
在一個態樣中，本文提供載劑，其包含本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物。
在一些實施例中，載劑為脂質奈米粒子(LNP)、脂質體、脂質複合物，或奈米脂質體。在一些實施例中，載劑為LNP。在一些實施例中，LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及/或PEG脂質。在一些實施例中，LNP具有在80 nm與160 nm之間的平均粒度。
在一個態樣中，本文提供疫苗組合物，其包含本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑或本文所描述之醫藥組合物。
在一些實施例中，疫苗組合物為初打疫苗組合物。在一些實施例中，疫苗組合物為加打疫苗組合物。在一些實施例中，疫苗組合物為初打疫苗組合物及加打疫苗組合物。在一些實施例中，疫苗組合物可用作同源或異源初打加打疫苗方案中之初打疫苗組合物及/或加打疫苗組合物。在一些實施例中，疫苗組合物進一步包含佐劑。
在一個態樣中，本文提供疫苗組合物，其包含編碼包含至少一個表2或表4中所闡述之胺基酸取代的SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之信使核糖核酸(mRNA)調配於脂質奈米粒子中，該疫苗組合物具有以下特徵：(a)該等LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及PEG脂質；(b)該等LNP具有在80 nm與160 nm之間的平均粒度；及(c)該mRNA包含：(i) 5'-帽結構；(ii) 5'-UTR；(iii) N1-甲基-假尿苷、胞嘧啶、腺嘌呤及鳥嘌呤；(iv) 3'-UTR；及(v) 聚腺苷酸區。在一些實施例中，疫苗組合物進一步包含佐劑。
在一個態樣中，本文提供醫藥組合物，其包含本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑或本文所描述之疫苗組合物，及醫藥學上可接受之賦形劑。在一些實施例中，醫藥組合物進一步包含佐劑。
在一個態樣中，本文提供醫藥組合物，其包含編碼包含至少一個表2或表4中所闡述之胺基酸取代的SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之信使核糖核酸(mRNA)調配於脂質奈米粒子中，該醫藥組合物具有以下特徵：(a)該等LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及PEG脂質；(b)該等LNP具有在80 nm與160 nm之間的平均粒度；及(c)該mRNA包含：(i) 5'-帽結構；(ii) 5'-UTR；(iii) N1-甲基-假尿苷、胞嘧啶、腺嘌呤及鳥嘌呤；(iv) 3'-UTR；及(v) 聚腺苷酸區。在一些實施例中，醫藥組合物進一步包含佐劑。
在一個態樣中，本文提供宿主細胞，其包含本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物。
在一個態樣中，本文提供套組，其包含本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物。
在一些實施例中，套組包含核酸分子、載體、蛋白質(或其免疫原片段或免疫原變異體)、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物之使用說明書。
在一個態樣中，本文提供向有需要之個體遞送核酸分子、載體、蛋白質(或其免疫原片段或免疫原變異體)、結合物、融合蛋白、宿主細胞、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物之方法，該方法包含向該個體投與本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物，藉此向該個體遞送該核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、宿主細胞、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物。
在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體至少兩次。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與。
在一個態樣中，本文提供誘導或增強有需要之個體之免疫反應的方法，該方法包含投與本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物，藉此誘導或增強該個體之免疫反應。
在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體至少兩次。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與。
在一個態樣中，本文提供預防、改善或治療有需要之個體之SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含向該個體投與本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物，藉此預防、改善或治療個體之SARS-CoV-2感染。
在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體至少兩次。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與。
在一個態樣中，本文提供對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種的方法，該方法包含向該個體投與本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物，藉此對該個體針對SARS-CoV-2疫苗接種。
在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體至少兩次。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與。
在一個態樣中，本文提供對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種的方法，該方法包含向該個體投與(a)編碼如技術方案99至171或186中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其結合物或融合蛋白)的mRNA分子(例如本文所描述之mRNA分子)；(b)包含該mRNA分子之載體、(c)包含該mRNA分子或該載體之載劑、(d)包含該mRNA分子、該載體或載劑之疫苗組合物，或(e)包含該mRNA分子、該載體、該載劑或該疫苗組合物之醫藥組合物，藉此對該個體針對SARS-CoV-2疫苗接種，藉此對該個體針對SARS-CoV-2疫苗接種。
在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體至少兩次。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與。
在一個態樣中，本文提供對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種的方法，該方法包含向該個體投與本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物，藉此對該個體針對SARS-CoV-2疫苗接種。
在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體至少兩次。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與。
本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物用於製造誘導及/或增強有需要之個體之免疫反應的藥劑。
在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體至少兩次。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與。
本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物用於製造預防、改善及/或治療有需要之個體之SARS-CoV-2感染的藥劑。
在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體至少兩次。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與。
本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物用於製造對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之藥劑。
在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體至少兩次。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與。
本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物用於誘導或增強有需要個體之免疫反應的方法中，該方法包含向有需要之個體投與核酸分子、蛋白質、載體、結合物、融合蛋白、宿主細胞、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物。
在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體至少兩次。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與。
本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物用於預防、改善及/或治療有需要之個體之SARS-CoV-2感染的方法中，該方法包含向有需要之個體投與核酸分子、蛋白質、載體、結合物、融合蛋白、宿主細胞、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物。
在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體至少兩次。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與。
本文所描述之核酸分子、本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之載體、本文所描述之結合物、本文所描述之融合蛋白、本文所描述之宿主細胞、本文所描述之組合物、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物用於對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之方法中，該方法包含向有需要之個體投與核酸分子、蛋白質、載體、結合物、融合蛋白、宿主細胞、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物。
在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體至少兩次。在一些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。在一些實施例中，核酸分子、載體、SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與。
相關申請案
本申請案主張於2023年1月9日申請之美國序列號63/479,073及於2023年5月26日申請之美國序列號63/504,508之優先權，該等案中之各者之全部內容以引用的方式併入本文中。
SARS-CoV-2繼續進化成包含多種胺基酸差異，例如取代、缺失及插入之新變異體。在棘蛋白之RBD中發現許多變異，RBD對於SARS-CoV-2進入細胞而言係重要的。由於大多數SARS-CoV-2疫苗及當前抗體療法靶向棘蛋白之RBD，故此為SARS-CoV-2變異體進化創造潛力，該等變異體逃避疫苗誘導、感染誘導之免疫性或當前抗體療法。本發明人已鑑別例如阻遏SARS-CoV-2針對疫苗誘導之免疫性的抗性及/或為潛在SARS-CoV-2變異體的SARS-CoV-2棘蛋白(例如RBD中)之序列變異。因此，包含至少一個此類序列變異之新穎SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(及其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或編碼此類SARS-CoV-2棘蛋白之核酸分子，例如mRNA)為防變異體或抗變異體之針對COVID-19之疫苗的良好候選物。因此，本揭示尤其提供新穎免疫原，其用於醫藥組合物及疫苗中以誘導針對SARS-CoV-2之一或多種變異體之所需免疫反應。 目錄 5.1 定義 5.2          SARS-CoV-2 棘蛋白 ( 例如免疫原 ) 5.2.1       SARS-CoV-2 棘蛋白 ( 例如免疫原 ) 之示例性額外特徵 5.2.1.1 全長棘蛋白及受體結合片段 5.2.1.2 穩定化 5.2.1.3 多聚 ( 例如三聚 ) 域 5.2.1.4 經工程改造之糖基化位點 5.2.1.5 高糖基化 5.2.1.6 額外變異 5.2.1.7 來自 SARS-CoV-2 之不同病毒株之變異 5.3 核酸分子 5.3.1       DNA 分子 5.3.2       RNA 分子 5.4 融合物及結合物 5.5 疫苗組合物 5.5.1 基於肽及蛋白質之疫苗 5.5.2 基於核酸之疫苗 5.6 載體 5.7 載劑 5.7.1 基於脂質之載劑 / 脂質奈米調配物 5.7.1.1 陽離子脂質 ( 帶正電 ) 及可離子化脂質 5.7.1.2 非陽離子脂質 ( 例如磷脂 ) 5.7.1.3 結構脂質 5.7.1.4 聚合物及聚乙二醇 (PEG)- 脂質 5.7.1.5 脂質奈米調配物組分之百分比 5.8 醫藥組合物 5.9 佐劑 5.10 宿主細胞 5.11 製備多肽及蛋白質之方法 5.12 製備核酸分子之方法 5.13 使用方法 5.13.1 遞送方法 5.13.2 誘導或增強免疫反應之方法 5.13.3 預防、改善及 / 或治療感染之方法 5.13.4 針對 SARS-CoV-2 疫苗接種之方法 5.13.5 對個體針對 SARS-CoV-2 疫苗接種之方法 5.13.6 對個體利用 SARS-CoV-2mRNA 疫苗疫苗接種之方法 5.14 套組 5.1 定義
本文使用之章節標題僅出於組織目的而不應被視為限制所描述之主題。
除非另有定義，否則本文所用之所有技術及科學術語均具有與熟習所主張之主題所屬技術者通常所瞭解相同之含義。應理解，前述一般描述及以下詳細描述僅為例示性及解釋性的且不限制所主張之任何主題。
在本申請案中，除非另有特定陳述，否則單數之使用包括複數。舉例而言，除非上下文另外明確規定，否則如本說明書及隨附申請專利範圍中所使用，單數形式「一(a/an)」及「該」包括複數個提及物。此外，術語「包括(including)」以及其他形式(諸如「包括(includes)」及「包括(included)」)之使用不具限制性。
應理解，每當本文中用語言「包含(comprising)」描述各態樣時，則亦另外提供用術語「由……組成」及「基本上由……組成」描述之類似態樣。
本文所用之術語「及/或」應視為特定揭示兩種指定特徵或組分中之各者具有或不具有另一者。因此，如本文中諸如「A及/或B」之片語中所使用之術語「及/或」意欲包括「A及B」、「A或B」、「A」(單獨)及「B」(單獨)。類似地，如在諸如「A、B及/或C」之片語中所用之術語「及/或」意欲涵蓋以下態樣中之各者：A、B及C；A、B或C；A或C；A或B；B或C；A及C；A及B；B及C；A (單獨)；B (單獨)；及C (單獨)。
如本文所描述，除非另外規定，否則任何濃度範圍、百分比範圍、比率範圍或整數範圍應理解為包括在所列舉範圍內之任何整數值及(在適當時)其分數(諸如整數之十分之一及百分之一)。
術語「約」係指藉由一般技術者測定之特定值或組成可接受之誤差範圍內的值或組成，其將部分取決於如何量測或測定值或組成，亦即量測系統之侷限性。當申請案及申請專利範圍中提供特定值或組成時，除非另有說明，否則「約」之含義應假定為在該特定值或組成可接受之誤差範圍內。
當本文中描述蛋白質時，應理解，本文亦提供編碼蛋白質之聚核苷酸(例如RNA(例如mRNA)或DNA核酸分子)。
當本文描述蛋白質、多肽、核酸分子、載體、載劑等時，應理解，本文亦提供該等蛋白質、多肽、核酸分子、載體、載劑等之經分離形式。
當本文描述蛋白質、多肽、核酸分子等時，應理解，本文亦提供該等蛋白質、核酸分子等之重組形式。
當本文描述多肽或多肽集合時，應理解，本文亦提供包含摺疊成三維結構(亦即，三級或四級結構)之多肽或多肽集合的蛋白質，且反之亦然。
如本文所用，術語「佐劑」係指當投與個體時引起對該個體之免疫系統之刺激的物質。
如本文所用，術語「投與」係指使用熟習此項技術者已知之各種方法及遞送系統中之任一者物理引入藥劑，例如疫苗或治療劑(或在個體體內代謝或改變(例如核酸分子之轉譯)以在活體內產生治療劑之治療劑前驅體)至個體。投與亦可例如執行一次、複數次及/或經一或多個延長之週期。
如本文所用，術語「藥劑」一般用於描述任何宏觀或微觀分子。示例性部分包括(但不限於)多肽、蛋白質、肽、核酸分子(例如DNA、RNA)、小分子、碳水化合物、脂質、合成聚合物(例如PEG之聚合物)。
如本文所用，術語「環狀RNA」係指經由共價或非共價鍵形成環狀結構之可轉譯RNA分子。
如本文所用，關於聚核苷酸之術語「來源於」係指與參考聚核苷酸(例如天然存在之聚核苷酸)或其片段具有至少70%序列一致性之聚核苷酸。關於多肽或蛋白質之術語「來源於」係指多肽或蛋白質包含與參考多肽或蛋白質(例如天然存在之多肽或蛋白質)之胺基酸序列具有至少70%序列一致性的胺基酸序列。如本文所用，術語「來源於」並不表示用於獲得聚核苷酸、多肽或蛋白質之任何特定製程或方法。舉例而言，聚核苷酸、多肽或蛋白質可為重組產生的或化學合成的。
如本文所用，術語「疾病」係指損害生理功能之任何異常狀況。該術語廣泛地用於涵蓋無論病因之性質如何，損害生理功能之任何病症、疾病、異常、病變、病、病狀或症候群。術語疾病包括感染(例如病毒(例如SARS-CoV-2感染)、細菌、真菌、原蟲感染)。
術語「DNA」與「聚去氧核糖核苷酸」在本文中可互換地使用且係指包括經由磷酸二酯鍵聚合在一起之多個去氧核糖核苷酸的巨分子。去氧核糖核苷酸係糖為去氧核糖之核苷酸。
如本文所用，關於SARS-CoV-2棘蛋白之術語「全長」係指一種SARS-CoV-2棘蛋白，其中該SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列包含與參考SARS-CoV-2棘蛋白實質上相同數目之胺基酸。
如本文所用，術語「融合」及其文法等效表述係指至少第一多肽或蛋白質與第二多肽或蛋白質之可操作連接，其中未天然發現該第一多肽或蛋白質與該第二多肽或蛋白質可操作地連接在一起。舉例而言，該第一多肽或蛋白質與該第二多肽或蛋白質係來源於不同蛋白質。術語融合涵蓋至少兩種多肽或蛋白質透過肽鍵之直接連接及透過連接子(例如肽連接子)之間接連接兩者。
如本文所用，當用於參考第二要素描述第一要素時，術語「異源」意謂第一要素及第二要素在自然界中不會如所描述安置存在。舉例而言，包含「異源部分」之多肽意謂如下多肽，該多肽與在自然界中未與該多肽接合之部分(例如小分子、多肽、聚核苷酸、碳水化合物、脂質、合成聚合物(例如PEG聚合物)等)接合。
如本文所用，術語「融合蛋白」及其文法等效表述係指包含至少一種多肽可操作地連接至另一多肽的蛋白質，其中該第一多肽與該第二多肽不同且未天然發現其可操作地連接在一起。舉例而言，融合蛋白之第一多肽與第二多肽各自來源於不同蛋白質。融合蛋白之至少兩種多肽可透過肽鍵直接可操作地連接；或可透過連接子(例如肽連接子)間接可操作地連接。因此，例如，術語融合多肽涵蓋多肽A透過肽鍵直接可操作地連接至多肽B (多肽A-多肽B)的實施例，以及多肽A透過肽連接子可操作地連接至多肽B (多肽A-肽連接子-多肽B)的實施例。
如本文所用，術語「糖基化位點」係指蛋白質或肽之作為聚糖附接點之胺基酸殘基。舉例而言，在N連接之糖基化中，糖基化位點將為聚糖所附接之天冬醯胺殘基。再舉例而言，在O連接之糖基化中，糖基化位點將為聚糖所附接之絲胺酸或蘇胺酸殘基。蛋白質或肽內之術語「非天然存在之糖基化位點」係指自然界中在特定蛋白質或肽中未發現之糖基化位點。非天然存在之糖基化位點可藉由產生非天然存在之糖基化模體產生，其不一定需要改變糖基化位點之胺基酸。舉例而言，非天然存在之糖基化位點將包括由蛋白質之N-A-P胺基酸序列變異成N-A-T胺基酸序列(產生N-連接之糖基化模體)所產生的糖基化位點，即使介導聚糖附接之胺基酸(N)不發生變化。
如本文所用，術語「糖基化模體」係指包含糖基化位點及促進糖基化之胺基酸或胺基酸序列。舉例而言，在N連接之糖基化中，典型糖基化模體為NXT及NXS，其中X為除脯胺酸外之任何胺基酸，且天冬醯胺(N)殘基為糖基化位點。再舉例而言，在O連接之糖基化中，糖基化基元為亦充當糖基化位點之S或T殘基。
如本文所用，術語「半衰期延長蛋白質」或「半衰期延長多肽」係指當可操作地連接至另一部分(例如，主題部分) (例如，蛋白質)時，在向個體(例如人類個體)投與時增加主題部分(例如，主題蛋白質)在活體內之半衰期的多肽或蛋白質。蛋白質之藥物動力學特性可利用此項技術中已知之活體內模型評估。
如本文所用，當用於參考第二要素描述第一要素時，術語「異源」意謂第一要素及第二要素在自然界中不會如所描述安置存在。舉例而言，包含「異源部分」之多肽意謂如下多肽，該多肽與在自然界中未與該多肽接合之部分(例如小分子、多肽、核酸分子、碳水化合物、脂質、合成聚合物(例如PEG聚合物)等)接合。
如本文所用，術語「異源信號肽」係指在自然界中未可操作地連接至主題多肽或蛋白質的信號肽。舉例而言，關於包含可操作地連接至人類IL-12的來自人類IL-2之信號肽的多肽，人類IL-2信號肽將構成異源信號肽。
如本文所用，術語「異源初打加打」係指一種初打加打疫苗方案，其中初打疫苗組合物及加打(或追加劑)疫苗組合物不同(例如，免疫原不同，免疫原形式不同(例如，基於核酸(例如mRNA)分子之疫苗相對於基於蛋白質之疫苗)，免疫原自不同載體(例如質體、病毒載體)表現，將免疫原遞送至個體之方法不同等)。
如本文所用，術語「同源信號肽」係指在自然界中可操作地連接至主題多肽或蛋白質的信號肽。舉例而言，關於包含可操作地連接至人類IL-2的來自人類IL-2之信號肽的多肽，人類IL-2信號肽將構成同源信號肽。
如本文所用，術語「同源初打加打」係指一種初打加打疫苗方案，其中初打疫苗組合物與加打(boost) (或加打(booster))疫苗組合物相同。
如本文所用，術語「免疫原」係指能夠誘導個體(例如人類個體)之免疫反應(例如適應性免疫反應)之物質。
如本文所用，術語「免疫原片段」係指保留免疫原的參考多肽或蛋白質之片段。
如本文所用，術語「免疫原變異體」係指保留免疫原的參考多肽或蛋白質之變異體。在一些實施例中，與參考多肽或蛋白質之胺基酸序列相比，多肽或蛋白質包含至少一個但不超過25% (例如不超過20%、不超過15%、不超過12%、不超過10%、不超過8%)的胺基酸差異(例如取代、缺失、添加)。
如本文所用，術語「組合」意謂，將兩種(或更多種)不同藥劑或治療作為特定疾病之界定治療方案的一部分投與個體。治療方案界定各藥劑之投與劑量及週期性，使得個別藥劑對個體之作用重疊。在一些實施例中，兩種或更多種藥劑之遞送係同時或併發的，且藥劑可經共同調配。在其他實施例中，兩種或更多種藥劑不經共同調配且按順序作為指定方案(例如初打-加打疫苗方案)之一部分投與。在一些實施例中，組合投與兩種或更多種藥劑或治療使得症狀減輕，或與疾病相關之其他參數超過在單獨或在不存在另一藥劑下遞送之一種藥劑或治療時所觀測到的參數。兩種治療之作用可為部分相加的、完全相加的或大於相加的(例如協同作用)。依序或實質上同時投與各藥劑可藉由任何適當途徑實現，包括但不限於經口途徑、靜脈內途徑、肌肉內途徑，及透過黏膜組織直接吸收。藥劑可藉由相同途徑或藉由不同途徑投與。
如本文所用，關於藥劑(例如多肽、蛋白質或核酸分子)之術語「經分離」係指實質上不含在天然狀態下與其相關聯之其他細胞組分的藥劑(例如多肽、蛋白質或核酸分子)。
如本文所用，關於核酸序列之術語「修飾」係指包含至少一個包含化學修飾，例如經修飾之糖部分、經修飾之核鹼基及/或經修飾之核苷酸間鍵聯或其任何組合之核苷酸的核酸分子。本文提供示例性核苷酸修飾，參見例如§ 5.3 (例如§ 5.3.2)。在本揭示之某些實施例中，若存在於RNA分子(例如mRNA分子)內，則包括被確認為核苷酸之天然存在形式的去氧核苷酸被視為構成經修飾之核苷酸。
術語「核酸分子」與「聚核苷酸」在本文中可互換地使用且係指DNA或RNA聚合物。核酸分子可為單股或雙股的；含有天然、非天然或經改變之核苷酸；且含有天然、非天然或經改變之核苷酸間鍵聯，諸如胺基磷酸酯鍵聯或硫代磷酸酯鍵聯，而非在未經修飾之核酸分子之核苷酸之間發現的磷酸二酯。核酸分子包括但不限於藉由此項技術中可使用之任何方式獲得的所有核酸分子，包括但不限於重組方式，例如使用一般選殖技術及聚合酶鏈反應及其類似方式自重組文庫或細胞基因體選殖核酸分子；以及藉由合成方式。熟練技術人員應瞭解，除非另外指出，否則本申請案中所示之核酸序列將在代表性DNA序列中列舉胸苷(T)，但若該序列表示RNA (例如mRNA)，則胸苷(T)將被取代為尿嘧啶(U)。因此，由特定序列標識號標識的DNA編碼之RNA聚核苷酸中之任一者亦可包含由該DNA編碼之相應RNA (例如mRNA)序列，其中該DNA序列之各胸苷(T)均經尿嘧啶(U)取代。
如本文所用，術語「可操作地連接」係指呈功能關係之兩個部分的連接。舉例而言，當一多肽與另一多肽同框連接(直接連接或經由肽連接子間接連接)，使得兩個多肽均有功能(例如本文所描述之融合蛋白)時，該多肽可操作地連接至該另一多肽。或舉例而言，若轉錄調控聚核苷酸(例如啟動子、強化子或其他表現控制元件)影響編碼蛋白質之聚核苷酸的轉錄，則其可操作地連接至編碼該蛋白質之聚核苷酸。術語「可操作地連接」亦可指一個部分與例如聚核苷酸或多肽之結合(例如PEG聚合物與蛋白質之結合)。
兩個序列(例如肽或蛋白質(胺基酸序列)或核酸序列)之間的「一致性百分比」之測定可使用數學演算法實現。用於比較兩個序列之數學演算法之一特定非限制性實例為Karlin S及Altschul SF (1990) PNAS 87: 2264-2268之演算法，如在Karlin S及Altschul SF (1993) PNAS 90: 5873-5877中所修改，各文獻以全文引用之方式併入本文中。將此類演算法併入Altschul SF等人, (1990) J Mol Biol 215: 403之NBLAST及XBLAST程式中，該文獻以全文引用之方式併入本文中。BLAST核苷酸搜尋可利用NBLAST核苷酸程式參數集執行，例如對於分數=100，字長=12，以獲得與本文所描述之核酸分子同源的核苷酸序列。BLAST蛋白質搜尋可利用XBLAST程式參數集執行，例如對於分數50，字長=3，以獲得與本文所描述之蛋白質分子同源的胺基酸序列。為了獲得間隙比對以用於比較目的，可如Altschul SF等人, (1997) Nuc Acids Res 25: 3389-3402中所描述利用間隙式BLAST (Gapped BLAST)，該文獻以全文引用之方式併入本文中。或者，PSI BLAST可用於進行迭代搜尋，其偵測分子間之遠距離關係(同上)。當利用BLAST、間隙式BLAST及PSI Blast程式時，可使用各別程式(例如XBLAST及NBLAST)之預設參數(參見例如，全球資訊網上之國家生物技術資訊中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)，ncbi.nlm.nih.gov)。用於比對序列之數學演算法的另一個具體非限制性實例為Myers及Miller, 1988, CABIOS 4:11-17之演算法，該文獻以全文引用之方式併入本文中。將此類演算法併入ALIGN程式(2.0版)中，該ALIGN程式為GCG序列比對軟體套件之一部分。當利用ALIGN程式來比較胺基酸序列時，可使用PAM120權重殘基表、間隙長度罰分12及間隙罰分4。兩個序列之間的一致性百分比可在允許有間隙或不允許有間隙的情況下，使用與上文所描述類似的技術來確定。在計算一致性百分比時，通常僅對精確匹配進行計數。
如本文所用，術語「醫藥組合物」意謂適合於向動物，例如人類個體投與的組合物，且包含治療劑及醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑。「醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑」意謂與人類及/或非人類動物之組織接觸使用，無過度毒性、刺激、過敏反應或者其他問題或併發症，與合理的治療效益/風險比相稱的物質。
如本文所用，術語「複數」意謂2或更多(例如3或更多、4或更多、5或更多、6或更多、7或更多、9或更多、或10或更多)。
如本文所用，術語「聚腺苷酸(poly(A))序列」係指通常位於線性RNA (或在環狀RNA中)之3'端的具有多達約1000個腺苷核苷酸的腺苷核苷酸序列。在一些實施例中，聚腺苷酸序列基本上為均聚的，如例如100個腺苷核苷酸之聚腺苷酸序列基本上具有100個核苷酸之長度。在其他實施例中，聚腺苷酸序列可間雜有至少一個不同於腺苷核苷酸之核苷酸，例如100個腺苷核苷酸之聚腺苷酸序列可具有超過100個核苷酸之長度(包含100個腺苷核苷酸且另外該至少一個核苷酸或一段核苷酸不同於腺苷核苷酸)。必須理解，如本文所定義之「聚腺苷酸序列」通常與RNA有關，然而在本發明之情形下，該術語同樣係指DNA分子中之對應序列(例如「聚(T)序列」)。
如本文所用，術語「初打加打」係指包含至少一個初始疫苗劑量及一或多個後續疫苗劑量之疫苗方案。初始疫苗劑量包含初打疫苗組合物且一或多個後續疫苗劑量稱為加打(或追加劑)疫苗組合物。初打加打疫苗方案可包含超過一次追加劑(例如2、3、4、5、6次或更多次等)。
「防治性」治療係出於降低發展病變之風險之目的，向未展現疾病之病徵或僅展現早期病徵之個體投與的治療。
如本文所用，術語「多肽」係指藉由肽鍵連接的至少2個(例如至少5個)胺基酸之聚合物。術語「多肽」不表示胺基酸之聚合物鏈之特定長度。其在此項技術中常用於指作為肽的較短胺基酸聚合物(例如大約2-50個胺基酸)；且指作為多肽的較長胺基酸聚合物(例如大約超過50個胺基酸)。然而，術語「肽」與「多肽」在本文中可互換地使用。
如本文所用，術語「蛋白質」係指摺疊成三維結構的一或多個多肽。當本文中考慮多肽時，應理解，本文亦提供包含該等多肽之蛋白質(亦即，摺疊成三維結構之多肽)。
如本文所用，關於SARS-CoV-2棘蛋白之術語「受體結合域」或「RBD」係指SARS-CoV-2棘蛋白結合ACE2所需的全長SARS-CoV-2棘蛋白之片段。示例性參考SARS-CoV-2棘蛋白RBD (SEQ ID NO: 1中所示之全長不成熟SARS-CoV-2棘蛋白)之胺基酸序列示於SEQ ID NO: 5中。示例性成熟人類ACE2蛋白之胺基酸序列示於SEQ ID NO: 78中。
術語「RNA」與「聚核糖核苷酸」在本文中可互換地使用且係指包括經由磷酸二酯鍵聚合在一起之多個核糖核苷酸的巨分子。核糖核苷酸為糖為核糖之核苷酸。RNA可含有經修飾之核苷酸；且含有天然、非天然或改變之核苷酸間鍵聯，諸如胺基磷酸酯鍵聯或硫代磷酸酯鍵聯，而非在未經修飾之核酸分子之核苷酸之間發現的磷酸二酯。
如本文所用，術語「SARS-CoV-2棘蛋白」係指介導與宿主細胞受體血管收縮素轉化酶2 (ACE2)之結合的SARS-CoV-2蛋白。參考不成熟SARS-CoV-2棘蛋白之示例性胺基酸序列示於SEQ ID NO: 1中。術語SARS-CoV-2棘蛋白包括天然存在及經工程改造之變異體。
如本文所用，關於胺基酸變異(例如取代)之術語「組」不要求超過一種胺基酸變異(例如取代)。舉例而言，本文中之表2及表4描述各「組」胺基酸取代，一些組僅具有一個胺基酸取代且一些組具有超過一個胺基酸取代。
如本文所用，術語「信號肽」或「信號序列」係指可引導蛋白質轉運或定位至某一細胞器、細胞隔室或細胞外輸出之序列(例如胺基酸序列)。該術語涵蓋信號肽(信號肽之胺基酸序列)及編碼信號肽之核酸序列兩者。因此，在核酸分子之上下文中提及信號肽係指編碼信號肽之核酸序列。
如本文所用，術語「個體」包括任何動物，諸如人類或其他動物。在實施例中，個體為脊椎動物(例如哺乳動物、鳥類、魚類、爬蟲動物或兩棲動物)。在實施例中，個體為人類。在實施例中，方法個體為非人類哺乳動物。在實施例中，個體為非人類哺乳動物，諸如非人類靈長類動物(例如猴、猿)、有蹄類動物(例如牛、水牛、綿羊、山羊、豬、駱駝、駱馬、羊駝、鹿、馬、驢)、肉食動物(例如狗、貓)、嚙齒動物(例如大鼠、小鼠)或兔類動物(例如兔)。在實施例中，個體為鳥類，諸如禽類分類雞形目(例如雞、火雞、雉雞、鵪鶉)、雁形目(例如鴨、鵝)、古頜總目(例如鴕鳥、鴯鶓)、鴿形目(例如鴿子(pigeon)、白鴿(dove))或鸚形目(例如鸚鵡)成員。
藥劑(例如治療劑、疫苗)之「治療有效量」係指由疾病(例如感染)症狀之嚴重強度下降，無疾病(例如感染)症狀期之頻率及持續時間增加，或預防因疾病(例如感染)病痛引起之損傷或失能證明，藥劑(例如治療劑、疫苗)單獨或與另一藥劑(例如治療劑、疫苗)組合使用時保護個體避免疾病(例如感染)發作，改善疾病(例如感染)之嚴重強度，及/或促進疾病(例如感染)消退的任何量。藥劑(例如治療劑、疫苗)實現前述任一者(或其任何組合)之能力可使用熟習此項技術者已知之多種方法，諸如在人類個體中在臨床試驗期間，在預測人類中之功效的動物模型系統中，或藉由在活體外分析中分析藥劑活性來評估。
如本文所用，術語「可轉譯RNA」係指編碼至少一種多肽或蛋白質且可經轉譯以在活體外、活體內、原位或離體產生所編碼之多肽或蛋白質的任何RNA。可轉譯RNA可為編碼多肽或蛋白質之mRNA或環狀RNA。
如本文所用，術語「治療(treat)」、「治療(treating)」、「治療(treatment)」及類似表述係指減少或改善疾病或感染及/或與之相關之症狀，或獲得所希望的藥理學及/或生理作用。應瞭解，雖然不排除，但治療疾病或感染不需要該疾病或感染或與之相關之症狀完全消除。在一些實施例中，作用係治療性的，亦即(但不限於)作用部分或完全降低、減小、消除、減輕、緩解疾病及/或可歸因於疾病或感染之不良症狀，降低其強度或治癒疾病及/或可歸因於疾病或感染之不良症狀。在一些實施例中，作用係預防性的，亦即，作用防止或預防疾病或感染之發生或復發。為此，本發明所揭示之方法包含投與治療有效量之如本文所描述之組合物。
如本文所用，關於核酸分子之術語「變異體」或「變異」係指與參考核酸分子相比，包含至少一個核苷酸取代、改變、倒位、添加或缺失的核酸分子。如本文所用，關於肽或蛋白質之術語「變異體」或「變異」係指與參考肽或蛋白質相比，包含至少一個胺基酸殘基取代、改變、倒位、添加或缺失的肽或蛋白質。
如本文所用，術語「5'-非轉譯區」或「5'-UTR」係指核酸分子中位於編碼序列之5' (亦即，「上游」)且不轉譯成蛋白質的部分。通常，5'-UTR以轉錄起始位點開始且在編碼序列之起始密碼子之前終止。5'-UTR可包含用於控制基因表現之元件，亦稱為調控元件。此類調控元件可例如為核糖體結合位點、miRNA結合位點等。5'-UTR可例如藉由酶促或轉錄後添加5'-帽結構而經轉錄後修飾。
如本文所用，術語「3'-非轉譯區」或「3'-UTR」係指核酸分子中位於編碼序列之3' (亦即，下游)且不轉譯成蛋白質的部分。3'-UTR可位於核酸序列之編碼序列與(視情況選用之)末端聚腺苷酸序列之間。3'-UTR可包含用於控制基因表現之元件，亦稱為調控元件。此類調控元件可例如為核糖體結合位點、miRNA結合位點等。 5.2   SARS-CoV-2 棘蛋白 ( 例如免疫原 )
SARS-CoV-2棘蛋白介導病毒進入宿主細胞。棘蛋白包含負責與宿主細胞受體之結合(S1次單元)及病毒與細胞膜之融合(S2次單元)的兩個功能次單元。SARS-CoV-2棘蛋白在S1次單元與S2次單元之間的邊界處裂解，該等次單元在融合前構形中保持非共價締合。遠端S1次單元包含RBD且有助於穩定含有融合機制之膜錨定S2次單元的融合前狀態。RBD介導與宿主細胞受體ACE2之結合。棘蛋白在緊靠融合肽上游之所謂S2'位點處藉由宿主蛋白酶裂解。已提出此裂解經由廣泛的不可逆構形變化來活化用於膜融合之蛋白質。(參見例如Walls, Alexandra C等人 「Structure, Function, and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein.」 Cell vol. 181,2 (2020): 281-292.e6. doi:10.1016/j.cell.2020.02.058，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的)。
第一參考不成熟SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 1中。信號肽加下劃線(SEQ ID NO: 1之胺基酸1-13)；缺乏原生信號肽之對應成熟第一參考SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 2中。第一參考SARS-CoV-2棘蛋白之示例性RBD之胺基酸序列示於SEQ ID NO: 5中。
第二參考不成熟SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 3中。信號肽加下劃線(SEQ ID NO: 3之胺基酸1-13)；缺乏原生信號肽之對應成熟第二參考SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 4中。第二參考SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列包含在胺基酸位置986及987之脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1。此二脯胺酸胺基酸取代使該SARS-CoV-2棘蛋白在融合前狀態下穩定。第二參考SARS-CoV-2棘蛋白之示例性RBD之胺基酸序列示於SEQ ID NO: 5中。
第三參考不成熟SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 6中。信號肽加下劃線(SEQ ID NO: 6之胺基酸1-13)；缺乏原生信號肽之對應成熟第三參考SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 7中。第三參考SARS-CoV-2棘蛋白之示例性RBD之胺基酸序列示於SEQ ID NO: 10中。
第四參考不成熟SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 8中。信號肽加下劃線(SEQ ID NO: 8之胺基酸1-13)；缺乏原生信號肽之對應成熟第四參考SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列提供於SEQ ID NO: 9中。第四參考SARS-CoV-2棘蛋白包含在胺基酸位置986及987之脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1。此二脯胺酸胺基酸取代使該SARS-CoV-2棘蛋白在融合前狀態下穩定。第四參考SARS-CoV-2棘蛋白之示例性RBD之胺基酸序列示於SEQ ID NO: 10中。
示例性參考人類ACE2 (hACE2)蛋白之胺基酸序列亦示於SEQ ID NO: 77 (不成熟)及SEQ ID NO: 78 (成熟)中。 表 1. 參考 SARS-CoV-2 棘蛋白 ( 及其示例性 RBD) 及 hACE2 之胺基酸序列
描述 胺基酸序列 SEQ ID NO
不成熟SARS-CoV-2棘蛋白參考1 MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 1
成熟SARS-CoV-2棘蛋白參考1 缺乏原生信號肽 QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 2
棘蛋白參考1之SARS-CoV-2 RBD NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKST 5
不成熟SARS-CoV-2棘蛋白參考2 MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 3
成熟SARS-CoV-2棘蛋白參考2 缺乏原生信號肽 QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 4
棘蛋白參考2之SARS-CoV-2 RBD NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKST 5
不成熟SARS-CoV-2棘蛋白參考3 MFVFLVLLPLVSSQCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAISGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLGRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFDEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVGGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEYVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTKSHRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLKRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKYFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNHNAQALNTLVKQLSSKFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 6
成熟SARS-CoV-2棘蛋白參考3 缺乏原生信號肽 QCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAISGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLGRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFDEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVGGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEYVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTKSHRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLKRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKYFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNHNAQALNTLVKQLSSKFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 7
棘蛋白參考3之SARS-CoV-2 RBD NITNLCPFDEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVGGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKST 10
不成熟SARS-CoV-2棘蛋白參考4 MFVFLVLLPLVSSQCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAISGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLGRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFDEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVGGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEYVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTKSHRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLKRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKYFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNHNAQALNTLVKQLSSKFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 8
成熟SARS-CoV-2棘蛋白參考4 缺乏原生信號肽 QCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAISGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLGRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFDEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVGGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEYVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTKSHRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLKRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKYFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNHNAQALNTLVKQLSSKFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 9
棘蛋白參考4之SARS-CoV-2 RBD NITNLCPFDEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVGGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKST 10
不成熟hACE2 信號肽加下劃線 MSSSSWLLLSLVAVTAAQSTIEEQAKTFLDKFNHEAEDLFYQSSLASWNYNTNITEENVQNMNNAGDKWSAFLKEQSTLAQMYPLQEIQNLTVKLQLQALQQNGSSVLSEDKSKRLNTILNTMSTIYSTGKVCNPDNPQECLLLEPGLNEIMANSLDYNERLWAWESWRSEVGKQLRPLYEEYVVLKNEMARANHYEDYGDYWRGDYEVNGVDGYDYSRGQLIEDVEHTFEEIKPLYEHLHAYVRAKLMNAYPSYISPIGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYSLTVPFGQKPNIDVTDAMVDQAWDAQRIFKEAEKFFVSVGLPNMTQGFWENSMLTDPGNVQKAVCHPTAWDLGKGDFRILMCTKVTMDDFLTAHHEMGHIQYDMAYAAQPFLLRNGANEGFHEAVGEIMSLSAATPKHLKSIGLLSPDFQEDNETEINFLLKQALTIVGTLPFTYMLEKWRWMVFKGEIPKDQWMKKWWEMKREIVGVVEPVPHDETYCDPASLFHVSNDYSFIRYYTRTLYQFQFQEALCQAAKHEGPLHKCDISNSTEAGQKLFNMLRLGKSEPWTLALENVVGAKNMNVRPLLNYFEPLFTWLKDQNKNSFVGWSTDWSPYADQSIKVRISLKSALGDKAYEWNDNEMYLFRSSVAYAMRQYFLKVKNQMILFGEEDVRVANLKPRISFNFFVTAPKNVSDIIPRTEVEKAIRMSRSRINDAFRLNDNSLEFLGIQPTLGPPNQPPVSIWLIVFGVVMGVIVVGIVILIFTGIRDRKKKNKARSGENPYASIDISKGENNPGFQNTDDVQTSF 77
成熟hACE2 無信號肽 QSTIEEQAKTFLDKFNHEAEDLFYQSSLASWNYNTNITEENVQNMNNAGDKWSAFLKEQSTLAQMYPLQEIQNLTVKLQLQALQQNGSSVLSEDKSKRLNTILNTMSTIYSTGKVCNPDNPQECLLLEPGLNEIMANSLDYNERLWAWESWRSEVGKQLRPLYEEYVVLKNEMARANHYEDYGDYWRGDYEVNGVDGYDYSRGQLIEDVEHTFEEIKPLYEHLHAYVRAKLMNAYPSYISPIGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYSLTVPFGQKPNIDVTDAMVDQAWDAQRIFKEAEKFFVSVGLPNMTQGFWENSMLTDPGNVQKAVCHPTAWDLGKGDFRILMCTKVTMDDFLTAHHEMGHIQYDMAYAAQPFLLRNGANEGFHEAVGEIMSLSAATPKHLKSIGLLSPDFQEDNETEINFLLKQALTIVGTLPFTYMLEKWRWMVFKGEIPKDQWMKKWWEMKREIVGVVEPVPHDETYCDPASLFHVSNDYSFIRYYTRTLYQFQFQEALCQAAKHEGPLHKCDISNSTEAGQKLFNMLRLGKSEPWTLALENVVGAKNMNVRPLLNYFEPLFTWLKDQNKNSFVGWSTDWSPYADQSIKVRISLKSALGDKAYEWNDNEMYLFRSSVAYAMRQYFLKVKNQMILFGEEDVRVANLKPRISFNFFVTAPKNVSDIIPRTEVEKAIRMSRSRINDAFRLNDNSLEFLGIQPTLGPPNQPPVSIWLIVFGVVMGVIVVGIVILIFTGIRDRKKKNKARSGENPYASIDISKGENNPGFQNTDDVQTSF 78
在此項技術中，根據Wuhan-Hu-1棘蛋白參考序列(SEQ ID NO: 1)中之對應胺基酸位置對既定SARS-CoV-2棘蛋白(或多肽)內之胺基酸位置進行編號係標準的。因此，除非另有指示，否則本文中SARS-CoV-2棘蛋白(或多肽) (例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列中胺基酸位置的名稱係相對於SEQ ID NO: 1之胺基酸序列。
一般技術者可藉由以下來確定既定胺基酸位置之對應胺基酸：(i)將Wuhan-Hu-1棘蛋白參考序列之胺基酸序列(SEQ ID NO: 1)與查詢棘蛋白之胺基酸序列比對，(ii)定位Wuhan-Hu-1棘蛋白參考序列中之相關胺基酸位置，及(iii)確定位於查詢棘蛋白中之對應胺基酸位置處的胺基酸。由於查詢棘蛋白相對於Wuhan-Hu-1棘蛋白參考序列可具有例如胺基酸之插入或缺失，因此若僅僅計數查詢棘蛋白內之胺基酸數目，則對應於Wuhan-Hu-1棘蛋白參考序列中之特定位置的胺基酸可能不具有相同胺基酸數目。
舉例而言， 圖 1A- 圖 1C展示Wuhan-Hu-1棘蛋白參考序列(SEQ ID NO: 1)與查詢棘蛋白之胺基酸序列(SEQ ID NO: 6)的比對。查詢棘蛋白相對於Wuhan-Hu-1棘蛋白參考序列尤其包含五個胺基酸之缺失(胺基酸L24、P25、P26、H69及V70)。然而，比對使查詢棘蛋白(SEQ ID NO: 6)中之對應胺基酸與Wuhan-Hu-1棘蛋白參考序列正確比對。舉例而言，若想要定位查詢棘蛋白(例如SEQ ID NO: 6)中之稱為339之胺基酸位置，則將產生 圖 1A- 圖 1C中之比對，定位Wuhan-Hu-1棘蛋白參考序列(SEQ ID NO:1)中之胺基酸位置339，且隨後定位查詢棘蛋白(SEQ ID NO: 6)中之對應胺基酸，在此實例中，查詢棘蛋白(SEQ ID NO: 6)中之位置339 (根據Wuhan-Hu-1棘蛋白參考序列(SEQ ID NO:1)編號)為天冬胺酸(D)。此編號系統在整個本揭示中藉由指出「胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1」(或其類似物)及作為「Wuhan-Hu-1編號系統」指示。
儘管SARS-CoV-2棘蛋白(或多肽)之胺基酸位置在本文中係相對於含有原生信號序列之全長不成熟SARS-CoV-2棘蛋白定義；但應瞭解，此不需要本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(或多肽) (例如，SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包括原生信號序列。
如上文所概述，本文尤其提供SARS-CoV-2棘蛋白(及多肽) (例如SARS-CoV-2棘蛋白及多肽免疫原(及其免疫原片段及/或免疫原變異體))及編碼其之核酸分子，其包含至少一個胺基酸取代(例如本文所描述之一組胺基酸取代，參見例如表2及表4)。本文進一步提供SARS-CoV-2棘蛋白(及多肽)(例如SARS-CoV-2棘蛋白及多肽免疫原(及其免疫原片段及/或免疫原變異體))及編碼其之核酸分子，其包含本文所描述之胺基酸取代之任何組合(參見例如表2及表4)，例如至少一組表2中所描述之胺基酸取代及至少一組表4中所描述之胺基酸取代；至少兩組表2中所描述之胺基酸取代；至少兩組表4中所描述之胺基酸取代等。
儘管本文中，例如在表2及表4中提供示例性胺基酸取代，其說明親本胺基酸及經取代之胺基酸；但應理解，本揭示涵蓋經取代之胺基酸取代任何親本胺基酸。因此，本文所闡述之取代(例如，在表2及表4中)包括經取代之胺基酸取代任何親本胺基酸。舉例而言，表2中所闡述之胺基酸取代組A包括在胺基酸位置486處用脯胺酸取代任何胺基酸(胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1)。
儘管本文中，例如在表2及表4中提供示例性胺基酸取代，其說明親本胺基酸及經取代之胺基酸；但應理解，本揭示包括經取代之胺基酸或在生理化學上與表2及表4中所闡述之經取代之胺基酸類似的胺基酸取代任何親本胺基酸。一般技術者可確定利用標準方法(例如基於各胺基酸之生理化學特性(例如電荷、極性等))哪些胺基酸將視為在生理化學上與表2及表4中所闡述之任何給定經取代之胺基酸類似。
表2中提供本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(或多肽)(例如免疫原)中之一或多者中包括的一些組之胺基酸取代。表2中所闡述之胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1 (亦即，Wuhan-Hu-1編號系統)。 表 2. SARS-CoV-2 棘蛋白 ( 例如免疫原 ) 之數組胺基酸取代
組 胺基酸取代 示例性胺基酸取代 相對於SEQ ID NO: 1
A 386E_485D_494P K386E_G485D_S494P
B 376D_486P_494P T376D_F486P_S494P
C 386E_452D_514M K386E_L452D_S514M
D 486P F486P
E 494P S494P
F 376D T376D
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽為免疫原(SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原)。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽包含免疫原(SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原)。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽包含SARS-CoV-2棘蛋白之免疫原片段。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽包含SARS-CoV-2棘蛋白之免疫原變異體。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原包含SARS-CoV-2棘蛋白之免疫原片段。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原包含SARS-CoV-2棘蛋白之免疫原變異體。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原包含SARS-CoV-2棘蛋白免疫原之免疫原片段。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原包含SARS-CoV-2棘蛋白免疫原之免疫原變異體。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽由SARS-CoV-2棘蛋白之免疫原片段組成。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽由SARS-CoV-2棘蛋白之免疫原變異體組成。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原包含SARS-CoV-2棘蛋白之免疫原片段或由其組成。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原由SARS-CoV-2棘蛋白之免疫原變異體組成。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原由SARS-CoV-2棘蛋白免疫原之免疫原片段組成。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原由SARS-CoV-2棘蛋白免疫原之免疫原變異體組成。
如本文所定義，免疫原係指能夠在個體(例如人類個體)中誘導免疫反應(例如適應性免疫反應)之物質。本文所描述之蛋白質或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽) (或編碼其之核酸分子)之免疫原性可透過此項技術中已知之標準電腦模擬、活體外、離體及活體內分析來測定。所量測之免疫反應類型可由一般技術者確定，例如在一些實施例中，評估基於抗體之免疫反應及/或基於T細胞之免疫反應。舉例而言，在投與待評估之本文所描述之蛋白質或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽)(或編碼其之核酸分子)後可自個體(例如動物、人類)獲取樣品(例如血液、細胞)。可利用樣品評估免疫反應之指示物。舉例而言，可利用血液(或血清)樣品評估結合抗原之抗體之含量。此類結合可透過標準ELISA評定。亦可使用標準分析，包括例如蝕斑減少中和分析及微量中和分析來評定樣品中之中和抗體之存在。基於T細胞之免疫反應之誘導可使用此項技術中已知之標準分析法來量測，該等分析包括例如免疫點分析，其利用來自個體之經肽刺激之周邊血液單核細胞(PBMC)來評定細胞介素產生。參見例如Corominas J.等人, Safety and immunogenicity of the protein-based PHH-1V compared to BNT162b2 as a heterologous SARS-CoV-2 booster vaccine in adults vaccinated against COVID-19: a multicentre, randomized, double-blind, non-inferiority phase IIb trial, The Lancet Regional Health Europe, 第28卷(100613) 2023年5月 DOI:https://doi.org/10.1016/j.lanepe.2023.100613；Limin D等人, Growth, Antigenicity, and Immunogenicity of SARS-CoV-2 Spike Variants Revealed by a Live rVSV-SARS-CoV-2 Virus, Frontiers in Medicine, 第8卷(2022) DOI=10.3389/fmed.2021.793437；Hana M El Sahly及其他人, Humoral Immunogenicity of the mRNA-1273 Vaccine in the Phase 3 Coronavirus Efficacy (COVE) Trial, The Journal of Infectious Diseases, 第226卷, 第10期, 2022年11月15日, 第1731-1742頁, https://doi.org/10.1093/infdis/jiac188；各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表2中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表2中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個表2中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表2中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與一致SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表2中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表2中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表2中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表2中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表2中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表2中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表2中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表2中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代組成。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表2中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表2中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如該SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))由一或多個表2中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表2中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表2中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表2中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表2中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表2中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表2中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表2中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含由1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表2中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表2中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代的示例性SARS-CoV-2棘蛋白(例如免疫原)之胺基酸序列提供於中表3。表3提供六種示例性SARS-CoV-2棘蛋白(例如免疫原) (A-F)之示例性RBD (SEQ ID NO: 11-16)及全長棘蛋白(不成熟SEQ ID NO: 17-22及成熟SEQ ID NO: 23-28)的胺基酸序列。 表 3. SARS-CoV-2 疫苗 蛋白質 ( 例如免疫原 ) 之胺基酸序列
描述 RBD胺基酸序列 SEQ ID NO 不成熟全長胺基酸序列 SEQ ID NO 成熟全長胺基酸序列 SEQ ID NO
A NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTELNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEDFNCYFPLQPYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKST 11 MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTELNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEDFNCYFPLQPYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 17 QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTELNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEDFNCYFPLQPYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 23
B NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSDFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGPNCYFPLQPYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKST 12 MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSDFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGPNCYFPLQPYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 18 QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSDFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGPNCYFPLQPYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 24
C NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTELNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYDYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLMFELLHAPATVCGPKKST 13 MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTELNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYDYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLMFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 19 QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTELNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYDYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLMFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 25
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E NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQPYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKST 15 MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQPYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 21 QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQPYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 27
F NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSDFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKST 16 MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSDFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 22 QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSDFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 28
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與表3中所闡述之任何SARS-CoV-2蛋白的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代或由其組成，且除至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與表3中所闡述之任何SARS-CoV-2蛋白之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 11-28中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代或由其組成，且除至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 11-28中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 11-16中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代或由其組成，且除至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 11-16中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 17-28中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代或由其組成，且除至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 17-28中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 17-22中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代或由其組成，且除至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 17-22中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 23-28中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代或由其組成，且除至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 23-28中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
表4中提供本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如免疫原)中之一或多者中所包括的額外組之胺基酸取代。表4中所示之胺基酸編號係相對於包含SEQ ID NO: 1之胺基酸序列的參考SARS-CoV-2棘蛋白(亦即，Wuhan-Hu-1編號系統)。 表 4. SARS-CoV-2 棘蛋白 ( 例如免疫原 ) 中之胺基酸取代
組 胺基酸取代 示例性胺基酸取代 相對於SEQ ID NO: 6之胺基酸序列
G 339H_346T_356T_417T_444T_460K D339H_R346T_K356T_N417T_K444T_N460K
H 339H_446S D339H_G446S
I 417Y_444E N417Y_K444E
J 417H_444N N417H_K444N
K 417I_444M N417I_K444M
L 444Q K444Q
M 346S_445D R346S_V445D
N 445G_450T V445G_N450T
O 339H_346T_356T_417T_444T_460K_396T_468N D339H_R346T_K356T_N417T_K444T_N460K_Y396T_I468N
P 339H_446S_396T_468N D339H_G446S_Y396T_I468N
Q 417Y_444E_396T_468N N417Y_K444E_Y396T_I468N
R 417H_444N_396T_468N N417H_K444N_Y396T_I468N
S 417I_444M_396T_468N N417I_K444M_Y396T_I468N
T 444Q_396T_468N K444Q_Y396T_I468N
U 346S_445D_396T_468N R346S_V445D_Y396T_I468N
V 445G_450T_396T_468N V445G_N450T_Y396T_I468N
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16組表4中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16組表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表4中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表4中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表4中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表4中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表4中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表4中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表4中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個表4中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表4中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表4中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表4中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一或多個表4中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16組表4中所闡述之胺基酸取代組成。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16組表4中所闡述之胺基酸取代組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表4中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表4中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表4中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表4中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表4中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含由一或多個表4中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含由1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表4中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個表4中未闡述之變異。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表4中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表4中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含由1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表4中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由一或多個表4中未闡述之變異組成。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含由1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，除至少一組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-4或6-9中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
表5中提供包含至少一組表4中所闡述之胺基酸取代的示例性SARS-CoV-2棘蛋白(例如免疫原)之胺基酸序列。表5提供十六種示例性SARS-CoV-2蛋白(例如免疫原) (G-V)之示例性受體結合域(SEQ ID NO: 29-44)及全長棘蛋白(不成熟SEQ ID NO: 45-60及成熟SEQ ID NO: 61-76)之胺基酸序列。 表 5 . SARS-CoV-2 疫苗 蛋白 ( 例如免疫原 ) 之胺基酸序列
描述 RBD胺基酸序列 SEQ ID NO 不成熟全長胺基酸序列 SEQ ID NO 成熟全長胺基酸序列 SEQ ID NO
G NITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRTRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGTIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSTVGGNYNYRYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKST 29 MFVFLVLLPLVSSQCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAISGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLGRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRTRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGTIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSTVGGNYNYRYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEYVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTKSHRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLKRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKYFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNHNAQALNTLVKQLSSKFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 45 QCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAISGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLGRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRTRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGTIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSTVGGNYNYRYRLFRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEYVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTKSHRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLKRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKYFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNHNAQALNTLVKQLSSKFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 61
H NITNLCPFHEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVSGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKST 30 MFVFLVLLPLVSSQCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAISGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLGRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFHEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVSGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEYVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTKSHRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLKRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKYFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNHNAQALNTLVKQLSSKFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 46 QCVNLITRTQSYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAISGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLDVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLGRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFHEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKVSGNYNYRYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGVNCYFPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQGVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEYVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTKSHRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLKRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKYFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNHNAQALNTLVKQLSSKFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT 62
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在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與表5中所闡述之任何SARS-CoV-2蛋白的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代，且除至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與表5中所闡述之任何SARS-Cov-2蛋白之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-76中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代，且除至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-44中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代，且除至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-44中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 45-76中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代，且除至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 45-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 45-60中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代，且除至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 45-60中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 61-76中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代，且除至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 61-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少約10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含不超過約10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含約10-1300、10-1200、10-1100、10-1000、10-900、10-800、10-700、10-600、10-500、10-400、10-500、10-400、10-300、10-250、10-200、10-100、10-90、10-80、10-70、10-60、10-50、10-40、10-30、10-20、10-1300、20-1300、30-1300、40-1300、50-1300、60-1300、70-1300、80-1300、90-1300、100-1300、10-250、20-250、30-250、40-250、50-250、60-250、70-250、80-250、90-250或100-250個胺基酸。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與表5中所闡述之任何SARS-CoV-2蛋白的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代組成，且除至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與表5中所闡述之任何SARS-Cov-2蛋白之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-76中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代組成，且除至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-44中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代組成，且除至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-44中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 45-76中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代組成，且除至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 45-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 45-60中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代組成，且除至少1、2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 45-60中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 61-76中之任一者中所闡述的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100或1200個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代組成，且除至少1、2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代外，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 61-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由至少約10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸組成。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由不超過約10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸組成。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由約10-1300、10-1200、10-1100、10-1000、10-900、10-800、10-700、10-600、10-500、10-400、10-500、10-400、10-300、10-250、10-200、10-100、10-90、10-80、10-70、10-60、10-50、10-40、10-30、10-20、10-1300、20-1300、30-1300、40-1300、50-1300、60-1300、70-1300、80-1300、90-1300、100-1300、10-250、20-250、30-250、40-250、50-250、60-250、70-250、80-250、90-250或100-250個胺基酸組成。 5.2.1    SARS-CoV-2 棘蛋白 ( 例如免疫原 ) 之示例性額外特徵
SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))可展現額外結構及功能特徵。下文提供示例性額外結構及功能特徵。 5.2.1.1 全長棘蛋白及受體結合片段
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含全長SARS-CoV-2棘蛋白。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))由全長SARS-CoV-2棘蛋白組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含能夠結合ACE2受體之全長SARS-CoV-2棘蛋白之片段。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))由能夠結合ACE2受體之全長SARS-CoV-2棘蛋白之片段組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含SARS-CoV-2棘蛋白之RBD之至少一部分。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含SARS-CoV-2棘蛋白之RBD。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))由SARS-CoV-2棘蛋白之RBD之至少一部分組成。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))由SARS-CoV-2棘蛋白之RBD組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含SARS-CoV-2棘蛋白之RBD之至少一部分。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含SARS-CoV-2棘蛋白之RBD。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))由SARS-CoV-2棘蛋白之RBD之至少一部分組成。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))由SARS-CoV-2棘蛋白之RBD組成。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含SARS-CoV-2棘蛋白之胞外域。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含SARS-CoV-2棘蛋白之胞外域。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))不包括SARS-CoV-2棘蛋白之跨膜域。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))不包括SARS-CoV-2棘蛋白之細胞質域。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))不包括SARS-CoV-2棘蛋白之跨膜域或細胞質域。 5.2.1.2 穩定化
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))經修飾以提高所產生之蛋白質之穩定性。在一些實施例中，胞外域SARS-CoV-2棘蛋白之或多肽(例如該SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))經修飾以提高所產生之蛋白質之穩定性。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異，使該SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異，使SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含位置817、892、899、986及/或987中之一或多者處的脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1中所示之胺基酸位置。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含在位置817、892、899、986及987之脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1中所示之胺基酸位置。
在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 6或SEQ ID NO: 7中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異，使SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含在胺基酸位置986之脯胺酸及/或在胺基酸位置987之脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含在胺基酸位置986之脯胺酸及/或在胺基酸位置987之脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含非活性弗林蛋白酶裂解位點。為能夠觸發融合，SARS-Cov-2之棘蛋白必須裂解為S1及S2次單元。SARS-CoV-2中之裂解位點為多鹼基模體(RRAR) (例如SEQ ID NO: 1之胺基酸682-685)，其可藉由弗林樣蛋白酶活化。使弗林蛋白酶裂解位點不活化之修飾係此項技術中已知的。參見例如Amanat F, Strohmeier S, Rathnasinghe R等人, Introduction of two prolines and removal of the polybasic cleavage site leads to optimal efficacy of a recombinant spike-based SARS-CoV-2 vaccine in the mouse model. Preprint. bioRxiv. 2020;2020.09.16.300970. 2020年9月17日公開. doi:10.1101/2020.09.16.300970 (描述RRAR裂解位點經單個丙胺酸置換)；及WO2022203963 (其描述RRAR裂解位點經胺基酸序列QQAQ置換)，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異在弗林蛋白酶裂解位點中使弗林蛋白酶裂解位點不活化。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含RRAR裂解位點經單個丙胺酸置換。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含RRAR裂解位點經胺基酸序列QQAQ置換。 5.2.1.3 多聚 ( 例如三聚 ) 域
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含多聚(例如三聚)域。多聚域(例如三聚域)有助於蛋白質在細胞中/自細胞表現之後多聚(例如三聚)。適合多聚(例如三聚)域為此項技術中已知的，包括例如基於纖維蛋白之三聚域。此纖維蛋白域或‘摺疊子’來源於T4纖維蛋白且先前描述為人造天然三聚域。參見例如(Letarov等人, 1993) Biochemistry Moscow 64: 817- 823；S-Guthe等人, (2004) J. Mol. Biol. 337: 905-915)。亦參見Meier等人, J Mol Biol. (2004) 344(4): 1051-69；WO 2018/081318；各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。 5.2.1.4 經工程改造之糖基化位點
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點(例如與參考蛋白質相比)。參見例如Lin Wei-Shuo等人, Glycan Masking of Epitopes in the NTD and RBD of the Spike Protein Elicits Broadly Neutralizing Antibodies Against SARS-CoV-2 Variants, Frontiers in Immunology, (12) 論文795741, 2021年12月2日, DOI=10.3389/fimmu.2021.795741，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
在一些實施例中，包括一或多個包含非天然存在之糖基化位點的非天然存在之糖基化模體(例如N-糖基化模體)有助於聚糖遮蔽SARS-CoV-2棘蛋白之或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之免疫顯性抗原決定基。在一些實施例中，當SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))投與個體時，個體不產生有效數目之特異性結合於免疫顯性抗原決定基之中和抗體。因此，在一些實施例中，包括一或多個包含非天然存在之糖基化位點的非天然存在之糖基化模體(例如N-糖基化模體)改變由投與SARS-CoV-2棘蛋白之或多肽(例如該SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))所產生的免疫反應以產生更多針對SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之中和抗體。
在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 2中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 3中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 4中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 5中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 6中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 7中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 8中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 9中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 10中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。
在一些實施例中，非天然存在之糖基化模體為N連接之糖基化模體(例如NXT或NXS (其中X為除脯胺酸以外之任何胺基酸))。在一些實施例中，非天然存在之糖基化模體為O連接之糖基化模體(例如絲胺酸或蘇胺酸)。在一些實施例中，非天然存在之糖基化位點為N連接之糖基化位點(N連接之糖基化模體內的天冬醯胺(N)殘基(其中NXT或NXS (其中X為除脯胺酸以外之任何胺基酸))。在一些實施例中，非天然存在之糖基化位點為O連接之糖基化位點(例如絲胺酸或蘇胺酸)。糖基化模體為此項技術中已知的。舉例而言，NX1X2稱為共同N-糖基化序列，其中X1可為除脯胺酸以外之任何胺基酸，且X2可為S、T或C。O連接之糖基化模體包括單個絲胺酸或蘇胺酸殘基。 5.2.1.5 高糖基化
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))相對於參考SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (例如SEQ ID NO: 1中之SARS-CoV-2棘蛋白) (例如不含一或多個非天然存在之糖基化位點之SARS-CoV-2棘蛋白)高糖基化。
此項技術中已知之標準方法可用於評估蛋白質或肽之糖基化，包括例如糖基化程度、糖基化位點等。參見例如Roth等人, Identification and Quantification of Protein Glycosylation (2012) International Journal of Carbohydrate Chemistry, 第201卷, 論文ID 640923, https://doi.org/10.1155/2012/640923；Lebede等人, Exploring the Chemical Space of Protein Glycosylation in Noncovalent Protein Complexes: An Expedition along Different Structural Levels of Human Chorionic Gonadotropin by Employing Mass Spectrometry, Anal. Chem. 2021, 93, 30, 10424-10434 (2021年7月21日) https://doi.org/10.1021/acs.analchem.1c02199；Leymarie等人., Effective Use of Mass Spectrometry for Glycan and Glycopeptide Structural Analysis, Anal. Chem. 2012, 84, 7, 3040-3048 (2012年2月21日) https://doi.org/10.1021/ac3000573，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。標準方法包括例如聚糖自本發明蛋白質之酶促或化學釋放，隨後進行基於層析或質譜分析之結構分析。聚糖位點定位透過使用酶促消化及後續基於串聯質譜分析之分析而在此項技術中為進一步標準的。參見例如Roth等人, Identification and Quantification of Protein Glycosylation (2012) International Journal of Carbohydrate Chemistry, 第201卷, 論文ID 640923, https://doi.org/10.1155/2012/640923，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。 5.2.1.6 額外變異
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包括包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個表2或表4中未列出之胺基酸變異體的胺基酸序列。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包括包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個表2或表4中未列出之胺基酸變異體或由其組成的胺基酸序列。在一些實施例中，在SARS-CoV-2之一或多種傳播變異體中發現表2或表4中未列出之胺基酸變異體。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代及至少一組表4中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16組表4中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)表2中未列出。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)表4中未列出。在一些實施例中，相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。在一些實施例中，在SARS-CoV-2之一或多種傳播變異體中發現表2或表4中未列出之胺基酸變異體。 5.2.1.7 來自 SARS-CoV-2 之不同病毒株之變異
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列來源於SARS-CoV-2之循環病毒株(circulating strain) (亦即天然存在之變異體)。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列包含在SARS-CoV-2之一或多種循環變異體中發現的一或多個胺基酸變異。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列來源於已知先前已循環之SARS-CoV-2病毒株。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列包含在已知先前已循環之一或多種SARS-CoV-2變異體種發現的一或多個胺基酸變異。舉例而言，在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列包含在位置614之甘胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1中所示之胺基酸位置。 5.3 核酸分子
本文尤其提供核酸分子，其包含編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區(參見例如§ 5.2)。在一些實施例中，核酸分子為DNA分子。在一些實施例中，核酸分子為RNA分子(例如mRNA或環狀RNA)。在一些實施例中，核酸(例如RNA)分子為可轉譯RNA。在一些實施例中，核酸(例如RNA)分子為mRNA。在一些實施例中，核酸(例如RNA)分子為環狀RNA。
在一些實施例中，編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (例如本文所描述)之核酸分子包含約30至約20000個核苷酸、約50至約20000個核苷酸、約500至約10000個核苷酸、約1000至約10000個核苷酸、約1000至約5000個核苷酸，或約2000至約5000個核苷酸。在一些實施例中，編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之核酸分子包含至少30個核苷酸、50個核苷酸、100個核苷酸、200個核苷酸、300個核苷酸、400個核苷酸、500個核苷酸、1000個核苷酸、2000個核苷酸、3000 核苷酸，或5000個核苷酸。
在一些實施例中，核酸分子經改變(例如與參考核酸分子、天然存在之核酸分子之序列相比)，例如以賦予以下中之一或多者：與參考核酸序列相比(a)改良之活體內降解之抗性；(b)改良之活體內穩定性；(c)減少之二級結構；及/或(d)改良之活體內可轉譯性。改變包括(但不限於)例如密碼子最佳化、核苷酸修飾(參見例如本文所描述)等。
在一些實施例中，核酸分子之序列經密碼子最佳化，例如用於在人類中表現。在一些實施例中，密碼子最佳化可用於匹配目標及宿主生物體中之密碼子頻率以確保正確摺疊；偏向鳥苷(G)及/或胞嘧啶(C)含量以增加核酸穩定性；最大限度地減少可能損害基因構築或表現之串聯重複密碼子或鹼基串；定製轉錄及轉譯控制區；插入或移除蛋白質運輸序列；移除/添加編碼蛋白質中之轉譯後改變位點(例如糖基化位點)；添加、移除或改組蛋白域；插入或刪除限制位點；修飾核糖體結合位點及mRNA降解位點；調整轉譯速率以允許蛋白質之多個域正確摺疊；及/或減少或消除核酸分子內之二級結構(例如問題二級結構)。在一些實施例中，經密碼子最佳化之核酸序列顯示以上中之一或多者(與參考核酸序列相比)。在一些實施例中，與參考核酸序列相比，經密碼子最佳化之核酸序列顯示以下中之一或多者：改良之對活體內降解之抗性、改良之活體內穩定性、減少之二級結構及/或改良之活體內可轉譯性。密碼子最佳化方法、工具、演算法及服務為此項技術中已知的，非限制性實例包括來自GeneArt (Life Technologies)及DNA2.0 (Menlo Park Calif.)之服務。在一些實施例中，開放閱讀框架(ORF)序列使用最佳化演算法(例如此項技術中已知之最佳化演算法)最佳化。在一些實施例中，核酸序列經修飾以使G及/或C核苷酸之數目相較於參考核酸序列達到最佳。G及C核苷酸之數目增加可藉由用含有G或C核苷酸之密碼子取代含有腺苷(A)或胸苷(T)(或尿嘧啶(U))核苷酸之密碼子產生。 5.3.1    DNA 分子
在一些實施例中，核酸分子為DNA分子。在一些實施例中，DNA為線性編碼DNA構築體。在一些實施例中，DNA含於載體(例如非病毒載體(例如質體)或病毒載體)內。在一些實施例中，DNA含於非病毒載體(例如質體)內。在一些實施例中，DNA含於病毒載體(例如本文所描述)內。有關RNA及DNA核酸之載體的更詳細描述提供於§5.6中。
DNA分子亦可包含一或多個介導編碼區之表現的異源核酸元件。此等包括例如一或多個啟動子、一或多個強化子、一或多個聚腺苷酸化信號、合成內含子、轉錄終止信號、聚腺苷酸化序列及其他轉錄調控元件。一般技術者熟悉編碼DNA表現所需之轉錄調控元件，可相應地最佳化表現構築體(例如線性DNA、質體DNA等)。
在一些實施例中，啟動子可操作地連接至各別編碼核酸序列。一般技術者將意識到可採用之各種啟動子，例如來自猿猴病毒40 (SV40)之啟動子、小鼠乳房腫瘤病毒(MMTV)啟動子、人類免疫缺乏病毒(HIV)啟動子、牛免疫缺乏病毒(BIV)長末端重複序列(LTR)啟動子、莫洛尼病毒(Moloney virus)啟動子、禽類白血病病毒(ALV)啟動子、細胞巨大病毒(CMV)啟動子(諸如CMV即刻早期啟動子)、埃-巴二氏病毒(Epstein Barr virus，EBV)啟動子或勞斯肉瘤病毒(Rous sarcoma virus，RSV)啟動子。啟動子亦可為來自人類基因，諸如來自人類肌動蛋白、人類肌凝蛋白、人類血紅蛋白、人類肌肉肌酸或人類金屬硫蛋白之啟動子。啟動子亦可為天然或合成的組織特異性啟動子，諸如肌肉或皮膚特異性啟動子。此類啟動子之實例描述於美國專利申請公開案第US20040175727號中，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。示例性聚腺苷酸化信號包括但不限於牛生長激素(BGH)聚腺苷酸化位點、SV40聚腺苷酸化信號及LTR聚腺苷酸化信號。 5.3.2    RNA 分子
在一些實施例中，核酸分子為RNA分子。在一些實施例中，RNA分子為可轉譯RNA分子。在一些實施例中，RNA分子係選自mRNA、自我複製型RNA、環狀RNA、病毒RNA或複製子RNA。
在一些實施例中，RNA分子為環狀RNA。示例性環狀RNA描述於例如US11458156、US20220143062、US20230212629、US20230072532、US11203767、US11352641、US20210371494、US11766449、US20230226096、WO2021189059、US20190345503、US20220288176、US11560567、WO2022271965、WO2022037692、WO2023024500、WO2023115732、WO2023133684、WO2023143541、WO2023134611及WO2022247943中，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
在一些實施例中，RNA分子為mRNA。mRNA分子之基本組分通常包括至少一個編碼區(本文中編碼至少一種肽或蛋白質(例如SARS-CoV-2蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原性片段及/或變異體))(例如本文所描述)之編碼區)、5'-非轉譯區(UTR)、3'-UTR、5'帽及聚腺苷酸尾。
在一些實施例中，RNA (例如mRNA)包含至少一個異源UTR。UTR可帶有決定可操作地連接之一或多個編碼序列之RNA (例如mRNA)轉換、穩定性、定位及/或表現的調控序列元件。異源UTR可來源於天然存在之基因或可以合成方式工程改造。在一些實施例中，5'-UTR包含用於控制基因表現之元件，例如核糖體結合位點、miRNA結合位點。5'-UTR可例如藉由酶促或轉錄後添加5'帽結構而經轉錄後修飾。在一些實施例中，3'-UTR包含聚腺苷酸化信號。在一些實施例中，RNA (例如mRNA)包含至少一個編碼多肽或蛋白質(例如SARS-CoV-2 蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (例如本文所描述)之編碼區及5'-UTR及/或3'-UTR。在一些實施例中，RNA (例如mRNA)包含可操作地連接至至少一個異源5'-UTR及至少一個3'-UTR的至少一個編碼多肽或蛋白質(例如SARS-CoV-2蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (例如本文所描述)之編碼序列。
在一些實施例中，RNA (例如mRNA)包含聚腺苷酸序列。聚腺苷酸序列可包含約10至500個腺苷核苷酸、10至200個腺苷核苷酸、20至200個腺苷核苷酸、30至200個腺苷核苷酸、40至200個腺苷核苷酸或50至200個腺苷核苷酸。在一些實施例中，聚腺苷酸序列包含至少10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400或500個腺苷核苷酸。聚腺苷酸序列可包含約10至500個腺苷核苷酸、10至200個腺苷核苷酸、20至200個腺苷核苷酸、30至200個腺苷核苷酸、40至200個腺苷核苷酸或50至200個腺苷核苷酸，其中該核酸分子之3'端核苷酸為腺苷。在一些實施例中，聚腺苷酸序列包含至少10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400或500個腺苷核苷酸，其中該核酸分子之3'端核苷酸為腺苷。
在一些實施例中，RNA (例如mRNA)包含5'-帽結構。在一些實施例中，5'-帽結構使RNA (例如mRNA)穩定，增強所編碼之多肽或蛋白質(例如SARS-CoV-2蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (例如本文所描述)之表現，及/或減少先天性免疫系統之刺激(例如在投與個體之後)。
示例性5'-帽結構包括但不限於帽0 (第一個核鹼基之甲基化，例如m7GpppN)、帽1 (m7GpppN相鄰核苷酸之核糖的另外甲基化)、帽2 (在m7GpppN下游第2個核苷酸之核糖的另外甲基化)、帽3 (在m7GpppN下游第3個核苷酸之核糖的另外甲基化)、帽4 (在m7GpppN下游第4個核苷酸之核糖的另外甲基化)、ARCA (抗反向帽類似物)、經修飾之ARCA (例如經硫代磷酸酯修飾之ARCA)、肌苷、N1-甲基-鳥苷、2'-氟-鳥苷、7-去氮-鳥苷、8-側氧基-鳥苷、2-胺基-鳥苷、LNA-鳥苷及2-疊氮基-鳥苷。在一些實施例中，5'帽結構包含m7G、帽0、帽1、帽2、經修飾之帽O或經修飾之帽1結構。
在一些實施例中，RNA (例如mRNA)包含一或多個經修飾之核苷酸(例如核苷酸類似物、主鏈修飾、糖修飾及/或鹼基修飾)。在本揭示之情形中，主鏈修飾係RNA (例如mRNA)之核苷酸之主鏈的磷酸酯經化學修飾的修飾。在本揭示之情形中，糖修飾係RNA (例如mRNA)之核苷酸之糖的化學修飾。在本揭示之情形中，鹼基修飾係RNA (例如mRNA)之核苷酸之鹼基部分的化學修飾。
在一些實施例中，RNA (例如mRNA)包含至少一個經修飾之核苷酸。示例性核苷酸類似物/修飾包括但不限於2-胺基-6-氯嘌呤核糖苷-5'-三磷酸、2-胺基嘌呤-核糖苷-5'-三磷酸；2-胺基腺苷-5'-三磷酸、2'-胺基-2'-去氧胞苷-三磷酸、2-硫代胞苷-5'-三磷酸、2-硫代尿苷-5'-三磷酸、2'-氟胸苷-5'-三磷酸、2'-O-甲基-肌苷-5'-三磷酸4-硫代尿苷-5'-三磷酸、5-胺基烯丙基胞苷-5'-三磷酸、5-胺基烯丙基尿苷-5'-三磷酸、5-溴胞苷-5'-三磷酸、5-溴尿苷-5'-三磷酸、5-溴-2'-去氧胞苷-5'-三磷酸、5-溴-2'-去氧尿苷-5'-三磷酸、5-碘胞苷-5'-三磷酸、5-碘-2'-去氧胞苷-5'-三磷酸、5-碘尿苷-5' -三磷酸、5-碘-2'-去氧尿苷-5'-三磷酸、5-甲基胞苷-5'-三磷酸、5-甲基尿苷-5'-三磷酸、5-丙炔基-2'-去氧胞苷-5'-三磷酸、5-丙炔基-2'-去氧尿苷-5'-三磷酸、6-氮雜胞苷-5'-三磷酸、6-氮雜尿苷-5'-三磷酸、6-氯嘌呤核糖苷-5'-三磷酸、7-去氮腺苷-5'-三磷酸、7-去氮鳥苷-5'-三磷酸、8-氮雜腺苷-5'-三磷酸、8-疊氮基腺苷-5'-三磷酸、苯并咪唑-核糖苷-5'-三磷酸、N1-甲基腺苷-5'-三磷酸、N1-甲基鳥苷-5'-三磷酸、N6-甲基腺苷-5'-三磷酸、O6-甲基鳥苷-5'-三磷酸、假尿苷-5'-三磷酸或嘌呤黴素-5'-三磷酸、黃苷-5'-三磷酸。尤佳為進行鹼基修飾之核苷酸，其選自由以下組成的經鹼基修飾之核苷酸之群：5-甲基胞苷-5'-三磷酸、7-去氮鳥苷-5'-三磷酸、5-溴胞苷-5'-三磷酸及假尿苷-5'-三磷酸、吡啶-4-酮核苷、5-氮雜-尿苷、2-硫代-5-氮雜-尿苷、2-硫代尿苷、4-硫代-假尿苷、2-硫代-假尿苷、5-羥基尿苷、3-甲基尿苷、5-羧基甲基-尿苷、1-羧基甲基-假尿苷、5-丙炔基-尿苷、1-丙炔基-假尿苷、5-牛磺酸甲基尿苷、1-牛磺酸甲基-假尿苷、5-牛磺酸甲基-2-硫代-尿苷、1-牛磺酸甲基-4-硫代-尿苷、5-甲基-尿苷、1-甲基-假尿苷、4-硫代-1-甲基-假尿苷、2-硫代-1-甲基-假尿苷、1-甲基-1-去氮-假尿苷、2-硫代-1-甲基-1-去氮-假尿苷、二氫尿苷、二氫假尿苷、2-硫代-二氫尿苷、2-硫代-二氫假尿苷、2-甲氧基尿苷、2-甲氧基-4-硫代-尿苷、4-甲氧基-假尿苷及4-甲氧基-2-硫代-假尿苷、5-氮雜-胞苷、假異胞苷、3-甲基-胞苷、N4-乙醯基胞苷、5-甲醯基胞苷、N4-甲基胞苷、5-羥基甲基胞苷、1-甲基-假異胞苷、吡咯并-胞苷、吡咯并-假異胞苷、2 -硫代胞苷、2-硫代-5-甲基-胞苷、4-硫代-假異胞苷、4-硫代-1-甲基-假異胞苷、4-硫代-1-甲基-1-去氮-假異胞苷、1-甲基-1-去氮-假異胞苷、澤布拉林、5-氮雜-澤布拉林、5-甲基-澤布拉林、5-氮雜-2-硫代-澤布拉林、2-硫代-澤布拉林、2-甲氧基-胞苷、2-甲氧基-5-甲基-胞苷、4-甲氧基-假異胞苷及4-甲氧基-1-甲基-假異胞苷、2-胺基嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、7-去氮-腺嘌呤、7-去氮-8-氮雜-腺嘌呤、7-去氮-2-胺基嘌呤、7-去氮-8-氮雜-2-胺基嘌呤、7-去氮-2,6-二胺基嘌呤、7-去氮-8-氮雜-2,6-二胺基嘌呤、1-甲基腺苷、N6-甲基腺苷、N6-異戊烯基腺苷、N6-(順式-羥基異戊烯基)腺苷、2-甲基硫基-N6-(順式-羥基異戊烯基)腺苷、N6-甘胺醯基胺甲醯基腺苷、N6-蘇胺醯基胺甲醯基腺苷、2-甲基硫基-N6-蘇胺醯基胺甲醯基腺苷、N6,N6-二甲基腺苷、7-甲基腺嘌呤、2-甲基硫基-腺嘌呤及2-甲氧基-腺嘌呤、肌苷、1-甲基-肌苷、懷俄苷、懷俄丁苷、7-去氮-鳥苷、7-去氮-8-氮雜-鳥苷、6-硫代-鳥苷、6-硫代-7 -去氮-鳥苷、6-硫代-7-去氮-8-氮雜-鳥苷、7-甲基-鳥苷、6-硫代-7-甲基-鳥苷、7-甲基肌苷、6-甲氧基-鳥苷、1 -甲基鳥苷、N2-甲基鳥苷、N2,N2-二甲基鳥苷、8-側氧基-鳥苷、7-甲基-8-側氧基-鳥苷、1-甲基-6-硫代-鳥苷、N2-甲基-6-硫代-鳥苷及N2,N2-二甲基-6-硫代-鳥苷、5'-O-(1-硫代磷酸酯)-腺苷、5'-O-(1-硫代磷酸酯)-胞苷、5'-O-(1-硫代磷酸酯)-鳥苷、5'-O-(1-硫代磷酸酯j-尿苷、5'-O-(1-硫代磷酸酯)-假尿苷、6-氮雜-胞苷、2-硫代-胞苷、α-硫代-胞苷、假異胞苷、5-胺基烯丙基-尿苷、5-碘-尿苷、N1-甲基-假尿苷、5,6-二氫尿苷、α-硫代-尿苷、4-硫代-尿苷、6-氮雜-尿苷、5-羥基-尿苷、去氧-胸苷、5-甲基-尿苷、吡咯并-胞苷、肌苷、α-硫代鳥苷、6-甲基-鳥苷、5-甲基-胞苷、8-側氧基-鳥苷、7-去氮-鳥苷、N1-甲基-腺苷、2-胺基-6-氯-嘌呤、N6-甲基-2-胺基-嘌呤、假異胞苷、6-氯-嘌呤、N6-甲基-腺苷、α-硫代腺苷、8-疊氮基-腺苷及7-去氮-腺苷。
在一些實施例中，RNA (例如mRNA)包含假尿苷、N1-甲基假尿苷、N1-乙基假尿苷、2-硫代尿苷、4'-硫代尿苷、5-甲基胞嘧啶、5-甲基尿苷、2-硫代-1-甲基-1-去氮-假尿苷、2-硫代-1-甲基-假尿苷、2-硫代-5-氮雜-尿苷、2-硫代-二氫假尿苷、2-硫代-二氫尿苷、2-硫代-假尿苷、4-甲氧基-2-硫代-假尿苷、4-甲氧基-假尿苷、4-硫代-1-甲基-假尿苷、4-硫代-假尿苷、5-氮雜-尿苷、二氫假尿苷、5-甲氧基尿苷及/或2'-O-甲基尿苷。
在一些實施例中，RNA (例如mRNA)包含一或多個假尿苷(ψ)、N 1-甲基假尿苷(m1ψ)、5-甲基胞嘧啶及5-甲氧基尿苷。在一些實施例中，RNA (例如mRNA)之編碼序列中基本上所有，例如基本上100%的尿嘧啶具有化學修飾，較佳地，化學修飾係在尿嘧啶之5位中。將經修飾之核苷酸，諸如假尿苷(ψ)、N1-甲基假尿苷(m1ψ)、5-甲基胞嘧啶及/或5-甲氧基尿苷併入編碼序列中可為有利的，因為不想要的先天性免疫反應(在投與編碼RNA或疫苗時)可經調節或減少(必要時)。
在一個實施例中，RNA (例如mRNA)包含：(i) 5'-帽結構；(ii) 5'-UTR；(iii) N1-甲基-假尿苷、胞嘧啶、腺嘌呤及鳥嘌呤；(iv) 3'-UTR；及(v) 聚腺苷酸區。
本文所描述之RNA (例如mRNA)可藉由例如活體外轉錄產生。活體外轉錄係一般技術者熟知的用於產生RNA (例如mRNA)之方法。一般而言，RNA係藉由適當DNA模板之DNA依賴性活體外轉錄獲得，該DNA模板例如為線性化質體DNA模板或PCR擴增之DNA模板。用於控制RNA活體外轉錄之啟動子可為用於任何DNA依賴性RNA聚合酶之任何啟動子。DNA依賴性RNA聚合酶之實例為17、T3、SP6或Syn5 RNA聚合酶。在一些情況下，DNA模板在經歷RNA活體外轉錄之前，用適合限制酶線性化。用於RNA活體外轉錄之試劑通常包括：帶有對其各別RNA聚合酶、諸如噬菌體編碼之RNA聚合酶具有高結合親和力之啟動子序列(T7、T3、SP6或Syn5)的DNA模板(線性化質體DNA或PCR產物)；用於四種鹼基(腺嘌呤、胞嘧啶、鳥嘌呤及尿嘧啶)之三磷酸核糖核苷酸(NTP)；能夠結合於DNA模板內之啟動子序列(例如T7、T3、SP6或Syn5 RNA聚合酶)之DNA依賴性RNA聚合酶；視情況選用的使任何潛在污染性核糖核酸酶失活的核糖核酸酶(RNase)抑制劑；視情況選用的用於降解焦磷酸之焦磷酸酶，其可抑制RNA活體外轉錄；MgCh，供應Mg2+離子作為該聚合酶之輔因子；用於維持適合pH值的緩衝液(TRIS或HEPES)，其亦可含有抗氧化劑(例如DTT)，及/或聚胺，諸如最佳濃度之亞精胺，例如包含TRIS-檸檬酸鹽之緩衝液系統，如W02017109161中所揭示。所獲得的RNA (例如mRNA)產物可根據此項技術中已知之方法純化。舉例而言，使用PureMessenger® (CureVac, Tubingen, Germany；根據W02008077592之RP-HPLC)及/或切向流過濾(如WO2016193206中所描述)及/或寡聚d(T)純化(參見WO2016180430)；或使用RP-HPLC，例如使用逆相高壓液相層析(RP-HPLC)，各參考文獻之全部內容以引用的方式併入本文中以達成所有目的。 5.4 融合物及結合物
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (參見例如§ 5.2)或包含編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(參見例如§ 5.3)可操作地連接至異源部分(例如異源多肽)，形成融合蛋白或多肽或結合物。
在一些實施例中，異源部分(例如異源多肽)賦予SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如該SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))額外功能。舉例而言，異源部分(例如異源多肽)可用於促進或改善所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之分泌(例如經由分泌信號肽)；促進或改善質膜中本文所描述之所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)之錨定(例如經由跨膜元件)；促進或改善抗原複合物之形成(例如經由多聚域或抗原簇集元件)；及/或促進或改善病毒樣粒子形成(VLP形成序列)；改善SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之半衰期。
在一些實施例中，異源部分為半衰期延長部分。示例性半衰期延長部分包括但不限於免疫球蛋白(例如免疫球蛋白恆定區及其片段)(例如人類免疫球蛋白(hIg)、hIg之片段、hIg恆定區、hIg恆定區之片段、hIgFc區)、人類運鐵蛋白、人類血清白蛋白(HSA)、HSA結合蛋白及聚乙二醇(PEG)(及其聚合物)。在一些實施例中，異源多肽為半衰期延長多肽。示例性半衰期延長多肽包括但不限於免疫球蛋白(例如免疫球蛋白恆定區及其片段)(例如人類免疫球蛋白(hIg)、hIg之片段、hIg恆定區、hIg恆定區之片段、hIg Fc區)、人類運鐵蛋白、人類血清白蛋白(HSA)及HSA結合蛋白。可利用此項技術中已知之標準活體內方法，針對藥物動力學特性評估與半衰期延長部分(例如半衰期延長多肽)融合或結合的SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子。在一些實施例中，異源部分為可偵測試劑(例如蛋白質，例如螢光蛋白)。
在一些實施例中，異源部分(例如異源多肽)為信號肽。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含同源信號肽。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含異源信號肽。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))不含信號肽。
在一些實施例中，異源部分(例如異源多肽)為多聚元件(例如三聚元件) (例如本文所描述)。
異源部分(例如異源多肽)可直接可操作地連接或間接可操作地連接至SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子。
在一些實施例中，異源部分直接可操作地連接至SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子。在一些實施例中，異源部分間接可操作地連接至SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子。
一般技術者可評估及選擇適用於特定異源部分之融合或結合的連接子。舉例而言，在其中異源部分包含異源多肽之實施例中，可採用肽連接子。肽連接子為此項技術中已知的且可基於特定特性，包括例如長度、可撓性、剛性、可裂解性等來選擇。常用肽連接子之胺基酸序列包含甘胺酸胺基酸殘基、絲胺酸胺基酸殘基、甘胺酸及絲胺酸胺基酸殘基、或甘胺酸、絲胺酸及脯胺酸胺基酸殘基。
異源部分(例如異源多肽)及SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子在取向上可經排列，只要融合蛋白或多肽或結合物之各功能部分維持介導其功能之能力即可。 5.5 疫苗組合物
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (參見例如§ 5.2) (或其融合物或結合物(參見例如§ 5.4))或包含編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(參見例如§ 5.3) (或其融合物或結合物(參見例如§ 5.4))形成疫苗組合物(例如初打疫苗組合物、疫苗加打組合物、疫苗初打及加打組合物)之基礎。因此，本文尤其提供疫苗組合物(例如初打疫苗組合物、疫苗加打組合物、疫苗初打及加打組合物)，其包含至少一種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (參見例如§ 5.2) (或其融合物或結合物(參見例如§ 5.4))或包含編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(參見例如§ 5.3) (或其融合物或結合物(參見例如§ 5.4))。
在一些實施例中，疫苗組合物為初打-加打疫苗方案之初打疫苗組合物。在一些實施例中，疫苗組合物為初打-加打疫苗方案之疫苗加打組合物。在一些實施例中，疫苗組合物為初打-加打疫苗方案之疫苗初打及加打組合物。在一些實施例中，疫苗組合物可用作初打及/或加打(例如本文所描述)。在一些實施例中，疫苗組合物形成不需要加打之單劑量疫苗。 5.5.1 基於肽及蛋白質之疫苗
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (參見例如§ 5.2) (或其融合物或結合物(參見例如§ 5.4))形成疫苗組合物(例如初打疫苗組合物、疫苗加打組合物、疫苗初打及加打組合物)之基礎。因此，本文尤其提供疫苗組合物(例如初打疫苗組合物、疫苗加打組合物、疫苗初打及加打組合物)，其包含至少一種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (參見例如§ 5.2) (或其融合物或結合物(參見例如§ 5.4))。
在一些實施例中，疫苗組合物為初打-加打疫苗方案之初打疫苗組合物。在一些實施例中，疫苗組合物為初打-加打疫苗方案之疫苗加打組合物。在一些實施例中，疫苗組合物為初打-加打疫苗方案之疫苗初打及加打組合物。在一些實施例中，初打加打組合物可用作初打及/或加打(例如本文所描述)。在一些實施例中，疫苗組合物形成不需要加打之單劑量疫苗。
在一些實施例中，疫苗組合物包含複數種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。
在一些實施例中，該複數種包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、100種或更多種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。在一些實施例中，該複數種包含約2-100、2-90、2-80、2-70、2-60、2-50、2-40、2-30、2-20、2-10、2-5、5-100、5-90、5-80、5-70、5-60、5-50、5-40、5-30、5-20、5-10、10-100、10-90、10-80、10-70、10-60、10-50、10-40、10-30、10-20、20-100、20-90、20-80、20-70、20-60、20-50、20-40、20-30、30-100、30-90、30-80、30-70、30-60、30-50、30-40、40-100、40-90、40-80、40-70、40-60、40-50、50-100、50-90、50-80、50-70、50-60、60-100、60-90、60-80、60-70、70-100、70-90、70-80、80-100、80-90或90-100種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。在一些實施例中，該複數種包含至少2種但不超過100、90、80、70、60、50、40、30、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段或免疫原變異體))。
在一些實施例中，該複數種SARS-CoV-2棘蛋白之或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列不同。
在一些實施例中，該複數種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))中之至少一者的胺基酸序列來源於SARS-CoV-2之傳播病毒株。
在一些實施例中，該複數種包含至少一種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。在一些實施例中，該複數種包含至少一種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該至少一種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一組表2或表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，該複數種包含至少兩種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該至少兩種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含表2或表4中所闡述之不同組之胺基酸取代，或表2或表4中所闡述之胺基酸取代組的不同組合。
在一些實施例中，該複數種SARS-CoV-2棘蛋白之或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含本文所描述(例如表2或表4中)之不同組之胺基酸取代或本文所描述(例如表2或表4中)之組之胺基酸取代的不同組合。
在一些實施例中，該複數種包含(a)至少一種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該至少一種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代；(b)至少一種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該至少一種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表4中所闡述之胺基酸取代；及/或(c)至少一種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該至少一種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代及至少一組表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，該複數種包含至少2、3、4、5或6種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該2、3、4、5或6種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含不同組之表2中所闡述之胺基酸取代或表2中所闡述之胺基酸取代組的不同組合。
在一些實施例中，該複數種包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含不同組之表4中所闡述之胺基酸取代或表4中所闡述之胺基酸取代組的不同組合。
在一些實施例中，該複數種包含(a)至少一種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該至少一種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代；及(b)至少一種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該至少一種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表4中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，該複數種包含(a)至少2、3、4、5或6種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該2、3、4、5或6種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含不同組之表2中所闡述之胺基酸取代或表2中所闡述之胺基酸取代組的不同組合；及(b)至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含不同組之表4中所闡述之胺基酸取代或表4中所闡述之胺基酸取代組的不同組合。
在一些實施例中，組合物進一步包含(例如至少一種)不包含一組表2或表4中所闡述之胺基酸取代的SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列來源於SARS-CoV-2之傳播病毒株。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列包含在SARS-CoV-2之一或多種傳播變異體中發現的一或多個胺基酸變異。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列來源於已知先前已傳播之SARS-CoV-2病毒株。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列包含在一或多種已知先前已傳播之SARS-CoV-2變異體中發現的一或多個胺基酸變異。
在一些實施例中，疫苗組合物進一步包含來自非SARS-CoV-2病毒，例如流行性感冒病毒(例如A型流行性感冒、B型流行性感冒)、呼吸道融合性病毒(RSV)、鼻病毒、細小病毒、副流行性感冒病毒、腺病毒之至少一種免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)。在一些實施例中，疫苗組合物包含來自流行性感冒病毒(例如A型流行性感冒、B型流行性感冒)、呼吸道融合性病毒(RSV)、鼻病毒、細小病毒、副流行性感冒病毒及/或腺病毒(或其任何組合)之一或多種免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽之胞外域)經修飾以改善蛋白質在如下所描述之宿主細胞(例如昆蟲細胞、哺乳動物細胞、蛋)中之表現。
本文所描述之多肽及蛋白質(例如免疫原)，例如SARS-CoV-2棘蛋白及多肽(例如免疫原(及其免疫原片段及/或免疫原變異體))可藉由重組技術在經編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之核酸表現載體(例如質體、病毒載體(例如桿狀病毒表現載體))轉染或轉導的宿主細胞(例如昆蟲細胞、哺乳動物細胞、細菌)中產生。此類一般方法為此項技術中之常識。表現載體通常含有表現卡匣，其包括能夠引起編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或該其免疫原片段及/或免疫原變異體))之核酸分子表現的核酸序列，諸如啟動子、強化子、聚腺苷酸化信號及其類似物。一般技術者將意識到，可使用各種啟動子及強化子元件獲得核酸分子在宿主細胞中之表現。舉例而言，啟動子可為組成性的或受調控的，且可獲自各種來源，例如病毒、原核或真核來源，或為人工設計的。轉染或轉導後，含有編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之表現載體的宿主細胞在有利於表現編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或該其免疫原片段及/或免疫原變異體))之核酸分子的條件下培養。培養基獲自各種供應商，且可照常規選擇宿主細胞之適合培養基以表現相關多肽或蛋白質，此處SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。宿主細胞可貼壁或懸浮培養，且一般技術者可使用於所選特定宿主細胞之培養方法最佳化。舉例而言，懸浮細胞可在例如分批法或分批補料法中於例如生物反應器中培養。所產生之免疫原肽或蛋白質可自細胞培養物，藉由例如管柱層析法，以流動-流過或結合-溶離模式分離。實例包括但不限於離子交換樹脂及親和樹脂，諸如扁豆凝集素瓊脂糖及混合模式陽離子交換-疏水相互作用管柱(CEX-HIC)。肽或蛋白質可經濃縮，藉由超濾交換緩衝液，且由超濾得到的滯留物可透過適當過濾器，例如0.22 µm過濾器過濾。參見例如McPherson等人, 「Development of a SARS Coronavirus Vaccine from Recombinant Spike Protein Plus Delta Inulin Adjuvant」, 第4章, Sunil Thomas (編輯), Vaccine Design: Methods and Protocols: Volume 1: Vaccines for Human Diseases, Methods in Molecular Biology, Springer, New York, 2016。亦參見美國專利5,762,939，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白及多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))亦可以合成方式產生。本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白及多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))可藉由使用以蛋為主之製造方法產生。
在一些實施例中，疫苗組合物之SARS-CoV-2棘蛋白及多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))調配於一或多種載劑(例如本文所描述之載劑(參見例如§ 5.7))中。
在一些實施例中，疫苗組合物為醫藥組合物(例如本文所描述，例如參見§ 5.8)。在一些實施例中，疫苗組合物包含佐劑(例如本文所描述，例如參見§ 5.9)。 5.5.2 基於核酸之疫苗
在一些實施例中，包含編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(參見例如§ 5.3) (或其融合物或結合物(參見例如§ 5.4))形成疫苗組合物(例如初打疫苗組合物、加打組合物、疫苗初打及加打組合物)之基礎。因此，本文尤其提供疫苗組合物(例如初打疫苗組合物、加打組合物、疫苗初打及加打組合物)，其包含有包含編碼至少一種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(參見例如§ 5.3) (或其融合物或結合物(參見例如§ 5.4))。
在一些實施例中，疫苗組合物為初打-加打疫苗方案之初打疫苗組合物。在一些實施例中，疫苗組合物為初打-加打疫苗方案之疫苗加打組合物。在一些實施例中，疫苗組合物為初打-加打疫苗方案之疫苗初打及加打組合物。在一些實施例中，初打加打組合物可用作初打及/或加打(例如本文所描述)。在一些實施例中，疫苗組合物形成不需要加打之單劑量疫苗。
在一些實施例中，疫苗組合物包含複數種核酸分子，各包含編碼至少一種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (例如本文所描述)之編碼區。
在一些實施例中，複數種核酸分子中之各者為同一較大核酸分子之一部分。在一些實施例中，複數種核酸分子中之各者為分開(亦即，不連接)之核酸分子。在一些實施例中，複數種核酸分子中之至少兩者為同一較大核酸分子之一部分。在一些實施例中，複數種核酸分子中之至少兩者為分開(亦即，不連接)之核酸分子。在一些實施例中，複數種核酸分子中之至少兩者為同一較大核酸分子之一部分；且複數種核酸分子中之至少一者(例如至少2、3、4、5者等)為分開(亦即，不連接)之核酸分子。
在一些實施例中，該複數種包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、100種或更多種核酸分子。在一些實施例中，該複數種包含約2-100、2-90、2-80、2-70、2-60、2-50、2-40、2-30、2-20、2-10、2-5、5-100、5-90、5-80、5-70、5-60、5-50、5-40、5-30、5-20、5-10、10-100、10-90、10-80、10-70、10-60、10-50、10-40、10-30、10-20、20-100、20-90、20-80、20-70、20-60、20-50、20-40、20-30、30-100、30-90、30-80、30-70、30-60、30-50、30-40、40-100、40-90、40-80、40-70、40-60、40-50、50-100、50-90、50-80、50-70、50-60、60-100、60-90、60-80、60-70、70-100、70-90、70-80、80-100、80-90或90-100種核酸分子。在一些實施例中，該複數種包含至少2種但不超過100、90、80、70、60、50、40、30、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3種核酸分子。
在一些實施例中，該複數種核酸分子之所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列不同。
在一些實施例中，該複數種核酸分子之所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))中之至少一者的胺基酸序列來源於SARS-CoV-2之傳播病毒株。
在一些實施例中，該複數種包含至少一種所編碼之本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。在一些實施例中，該複數種包含至少一種所編碼之本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中至少一種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含一組表2或表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，該複數種包含至少兩種所編碼之本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中所編碼之至少兩種SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含表2或表4中所闡述之不同組之胺基酸取代，或表2或表4中所闡述之胺基酸取代組的不同組合。
在一些實施例中，該複數種核酸分子之所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含本文所描述(例如表2或表4中)之不同組之胺基酸取代或本文所描述(例如表2或表4中)之組之胺基酸取代的不同組合。
在一些實施例中，該複數種包含(a)至少一種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中至少一種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代；(b)至少一種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中至少一種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表4中所闡述之胺基酸取代；及/或(c)至少一種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中至少一種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代及至少一組表4中所闡述之胺基酸取代。
在一些實施例中，該複數種包含至少2、3、4、5或6種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該2、3、4、5或6種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含不同組之表2中所闡述之胺基酸取代或表2中所闡述之胺基酸取代組的不同組合。
在一些實施例中，該複數種包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含不同組之表4中所闡述之胺基酸取代或表4中所闡述之胺基酸取代組的不同組合。
在一些實施例中，該複數種包含(a)至少一種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中至少一種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表2中所闡述之胺基酸取代；及(b)至少一種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中至少一種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表4中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，該複數種包含(a)至少2、3、4、5或6種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該2、3、4、5或6種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含不同組之表2中所闡述之胺基酸取代或表2中所闡述之胺基酸取代組的不同組合；及(b)至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16種所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含不同組之表4中所闡述之胺基酸取代或表4中所闡述之胺基酸取代組的不同組合。
在一些實施例中，組合物進一步包含核酸分子(例如至少一種)，其包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列不包含一組表2或表4中所闡述之胺基酸取代。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列來源於SARS-CoV-2之傳播病毒株。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列包含在SARS-CoV-2之一或多種傳播變異體中發現的一或多個胺基酸變異。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列來源於已知先前已傳播之SARS-CoV-2病毒株。在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白之胺基酸序列包含在一或多種已知先前已傳播之SARS-CoV-2變異體中發現的一或多個胺基酸變異。
在一些實施例中，疫苗組合物進一步包含至少一種包含編碼來自非SARS-CoV-2病毒，例如流行性感冒病毒(例如A型流行性感冒、B型流行性感冒)、呼吸道融合性病毒(RSV)、鼻病毒、細小病毒、副流行性感冒病毒、腺病毒之免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)之編碼區的核酸。在一些實施例中，疫苗組合物包含一或多種編碼來自流行性感冒病毒(例如A型流行性感冒、B型流行性感冒)、呼吸道融合性病毒(RSV)、鼻病毒、細小病毒、副流行性感冒病毒及/或腺病毒(或其任何組合)之免疫原(或其免疫原片段或免疫原變異體)的核酸分子。
在一些實施例中，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽之胞外域)經修飾以改善蛋白質在宿主細胞(例如昆蟲細胞、哺乳動物細胞、蛋)中之表現。
在一些實施例中，核酸分子包含於一或多種載體(例如本文所描述之載體(參見例如§ 5.6))內。在一些實施例中，疫苗組合物之核酸分子或載體調配於一或多種載劑(例如本文所描述之載劑(參見例如§ 5.7))中。
在一些實施例中，疫苗組合物為醫藥組合物(例如本文所描述，例如參見§ 5.8)。在一些實施例中，疫苗組合物包含佐劑(例如本文所描述，例如參見§ 5.9)。
核酸分子可使用此項技術中已知及上文在§5.3中所描述之常見方法產生。 5.6 載體
在一些實施例中，本文所描述之核酸分子(例如DNA分子、RNA分子(例如mRNA分子)) (參見例如§ 5.3) (或其融合物或結合物(參見例如§ 5.4))含於載體(例如非病毒載體、病毒載體)中。因此，本文尤其亦提供載體(例如病毒載體、非病毒載體(例如質體、微型環))，其包含一或多種本文所描述之核酸分子(例如編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之核酸分子)。此類載體可藉由一般技術者熟知之方法容易地操作。
在一些實施例中，載體為非病毒載體(例如質體、微型環)。在一些實施例中，載體為質體。一般技術者將意識到用於相關DNA表現之適合質體。舉例而言，可產生適合質體DNA以允許在細胞株中，例如在昆蟲細胞株中，例如使用如W02009150222A2中所描述及如PCT技術方案1至33 (揭示內容關於W02009150222A2之技術方案1至33，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的)中所定義之載體高效產生所編碼之肽或蛋白質(例如SARS-CoV-2蛋白或多肽(例如免疫原)。
在一些實施例中，載體為病毒載體。病毒載體包括基於RNA及基於DNA之載體。載體可設計成滿足多種規範。舉例而言，病毒載體可經工程改造成能夠或不能在原核及/或真核細胞中複製。在一些實施例中，載體為複製缺陷型的。在一些實施例中，載體為複製勝任型的。病毒載體可經工程改造或選擇，其將(或將不)整體或部分併入宿主細胞之基因體中，產生(或不(例如游離型表現))基因體中包含所需核酸之穩定宿主細胞。
示例性病毒載體包括但不限於腺病毒載體、腺相關病毒載體、慢病毒載體、反轉錄病毒載體、痘病毒載體、副痘病毒載體、牛痘病毒載體、禽痘病毒載體、疱疹病毒載體、腺相關病毒載體、α病毒載體、慢病毒載體、棒狀病毒載體、麻疹病毒、新城疫病毒載體、微小RNA病毒載體或淋巴球性脈絡叢腦膜炎病毒載體。在一些實施例中，載體為腺病毒載體、腺相關病毒載體或慢病毒載體。
在一些實施例中，載體為腺病毒載體(例如人類腺病毒載體，例如HAdV或AdHu)。在一些實施例中，腺病毒載體缺失E1區，使得其在人體細胞中缺乏複製。腺病毒之其他區(諸如E3及E4)亦可缺失。示例性腺病毒載體包括但不限於例如W02005071093或WQ2006048215中所描述之腺病毒載體，各案之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。在一些實施例中，所使用的基於腺病毒之載體為猴腺病毒，由此避免在疫苗接種之後由預先存在的針對諸如AdHu5之常見人類實體的抗體進行之免疫反應抑制。示例性猴腺病毒載體包括AdCh63 (參見例如W02005071093，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的)或AdCh68。
病毒載體可透過使用包裝/生產細胞株(例如哺乳動物細胞株)，使用一般技術者已知之標準方法產生。一般而言，編碼相關肽或蛋白質(例如本文所描述之肽或蛋白質(例如本文所描述之SARS-CoV-2肽或蛋白質(例如SARS-CoV-2免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之核酸構築體(例如質體)(連同額外元件，例如啟動子、側接轉殖基因之反向末端重複序列(ITR)、編碼例如病毒複製及結構蛋白之質體，連同一或多種輔助質體)宿主細胞(例如宿主細胞株)經轉染至宿主細胞株(亦即，包裝/生產細胞株)中。在一些情況下，視病毒載體而定，亦可能需要輔助質體，該輔助質體包括來自另一病毒之輔助基因(例如在腺相關病毒載體之情形中)。真核表現質體可購自多種供應商，例如以下質體系列：pcDNA™、pCR3.1 ™、pCMV™、pFRT™、pVAX1 ™、pCI™、Nanoplasmid™及Pcaggs。一般技術者將意識到可採用多種轉染方法及任何適合的轉染方法(例如使用生物化學物質作為載劑(例如脂染胺)、藉由機械手段、藉由電穿孔)。細胞在適合質體表現之條件下培養足以質體表現之時間。病毒粒子可使用一般技術者已知之標準方法，自細胞培養基純化。舉例而言，藉由離心，隨後例如層析及/或超濾。 5.7 載劑
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)之編碼區的核酸分子或包含有包含編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子的載體調配於一或多種載劑內。
因此，本文進一步提供載劑，其包含以下中之任一或多者：本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)。
前述中之任一者(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述(例如本文所描述之核酸分子)之編碼區的核酸分子或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)中的一或多者)可囊封於載劑內，以化學方式與載劑結合，與載劑締合。在此情形中，術語「締合」係指本文所描述之藥劑(或包含其之結合物)(或包含其之載體)與一或多個載劑分子(例如基於脂質之載劑的一或多種脂質，例如LNP、脂質體、脂質複合物及/或奈米脂質體)形成較大複合物或組裝體的基本上穩定之組合，而非共價結合。在此情形下，術語「囊封」係指本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)併入載劑(例如基於脂質之載劑，例如LNP、脂質體、脂質複合物及/或奈米脂質體)，其中本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)完全含於載劑(例如基於脂質之載劑，例如LNP、脂質體、脂質複合物及/或奈米脂質體)之內部空間內。
示例性載劑包括但不限於基於脂質之載劑(例如脂質奈米粒子(LNP)、脂質體、脂質複合物及奈米脂質體)。在一些實施例中，載劑為基於脂質之載劑。在一些實施例中，載劑為LNP。在一些實施例中，LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及/或PEG脂質。基於脂質之載劑在以下§ 5.7.1中進一步描述。 5.7.1 基於脂質之載劑 / 脂質奈米調配物
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)經一或多種脂質(例如陽離子脂質及/或中性脂質)囊封或與一或多種脂質(例如陽離子脂質及/或中性脂質)締合，從而形成基於脂質之載劑，諸如脂質奈米粒子(LNP)、脂質體、脂質複合物，或奈米脂質體。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)囊封於一或多種脂質(例如陽離子脂質及/或中性脂質)中，從而形成基於脂質之載劑，諸如脂質奈米粒子(LNP)、脂質體、脂質複合物，或奈米脂質體。在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)與一或多種脂質(例如陽離子脂質及/或中性脂質)締合，從而形成基於脂質之載劑，諸如脂質奈米粒子(LNP)、脂質體、脂質複合物，或奈米脂質體。在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)囊封於LNP (例如本文所描述)中。
本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)可完全或部分位於LNP、脂質體、脂質複合物及/或奈米脂質體之內部空間中，位於脂質層/膜內，或與脂質層/膜之外表面締合。將本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)併入LNP、脂質體、脂質複合物及/或奈米脂質體中之一個目的係保護藥劑免於可能含有酶或化學物質或使藥劑自分子降解之條件或引起藥劑快速分泌之條件的環境干擾。此外，將本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)併入LNP、脂質體、脂質複合物及/或奈米脂質體中可促進藥劑之吸收，且因此，可增強本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)之治療作用。因此，將本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)併入LNP、脂質體、脂質複合物及/或奈米脂質體中可尤其適合於本文所描述之醫藥組合物，例如用於肌肉內及/或皮內投與。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)調配成基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)。在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)為脂質體或脂質奈米粒子(LNP)。在一個實施例中，基於脂質之載劑為LNP。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)包含陽離子脂質(例如可離子化脂質)、非陽離子脂質(例如磷脂)、結構脂質(例如膽固醇)及經PEG修飾之脂質。在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)含有一或多種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)或其醫藥學上可接受之鹽。
如本文所描述，用於基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)中的適合化合物包括上文所描述之化合物的所有異構體及同位素，以及其所有醫藥學上可接受之鹽、溶劑合物或水合物，以及所有晶體形式、晶體形式混合物及酸酐或水合物。
除一或多種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)以外，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)可進一步包括第二脂質。在一些實施例中，第二脂質為陽離子脂質、非陽離子(例如，中性、陰離子或兩性離子)脂質或可離子化脂質。
一或多種天然存在及/或合成脂質化合物可用於製備基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)。
基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)可含有帶正電(陽離子)脂質、中性脂質、帶負電(陰離子)脂質或其組合。 5.7.1.1 陽離子脂質 ( 帶正電 ) 及可離子化脂質
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)包含一或多種陽離子脂質，例如可視pH而定以帶正電或中性形式存在之陽離子脂質，或容易質子化之含胺脂質。在一些實施例中，陽離子脂質為能夠在例如生理條件下帶正電之脂質。
示例性陽離子脂質包括攜帶正電荷的一或多個胺基。帶正電(陽離子)脂質之實例包括但不限於溴化N,N'-二甲基-N,N'-二辛基銨(DDAB)及氯化N,N'-二甲基-N,N'-二辛基銨DDAC)、氯化N-(l-(2,3-二油烯基氧基)丙基)-N,N,N-三甲銨(DOTMA)、3β-[N-(N',N'-二甲基胺基乙基)胺甲醯基)膽固醇(DC-chol)、1,2-二油醯氧基-3-[三甲銨基]-丙烷(DOTAP)、1,2-二(十八烷氧基)-3-[三甲銨基]-丙烷(DSTAP)及氯化1,2-二油醯氧基丙基-3-二甲基-羥乙基銨(DORI)、氯化N,N-二油烯基-N,N-二甲基銨(DODAC)、N,N-二甲基-2,3-二油烯基氧基)丙胺(DODMA)、1,2-二油醯基-3-二甲基銨-丙烷(DODAP)、1,2-二油醯基胺甲醯基-3-二甲銨-丙烷(DOCDAP)、1,2-二亞油醯基-3-二甲基銨-丙烷(DLINDAP)、3-二甲基胺基-2-(膽固醇-5-烯-3-β-氧基丁-4-氧基)-1-(順式,順式-9,12-十八碳二烯氧基)丙烷(CLinDMA)、2-[5'-(膽固醇-5-烯-3-β-氧基)-3'-氧雜戊烯氧基)-3-二甲基-1-(順式,順式-9',12'-十八碳二烯氧基)丙烷(CpLin DMA)、N,N-二甲基-3,4-二油烯基氧基苯甲胺(DMOBA)及例如Martin等人, Current Pharmaceutical Design, 第1-394頁中描述之陽離子脂質，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)包含超過一種陽離子脂質。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)包含具有超過6.0之有效pKa的陽離子脂質。在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)進一步包含具有與第一陽離子脂質不同之有效pKa (例如大於第一有效pKa)的第二陽離子脂質。
在一些實施例中，可用於基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)中的陽離子脂質包括例如WO 2019/217941之表4中所描述之彼等陽離子脂質，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
在一些實施例中，陽離子脂質為可離子化脂質(例如，在低pH下質子化但在生理pH下保持中性之脂質)。在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)可包含不同於本文所描述之可離子化脂質的一或多種額外可離子化脂質。示例性可離子化脂質包括但不限於 (LP01)、 (SM-086)、 (SM-102)、 (ALC-0315)、 (脂質10)、 (脂質A9)及 (DLin-MC3-DMA)， (參見WO2017004143A1，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的)。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)進一步包含由WO 2021/113777描述之一或多種化合物(例如式(3)之脂質，諸如WO 2021/113777之表3之脂質)，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
在一個實施例中，可離子化脂質為以下中揭示之脂質：Hou, X.等人, Nat Rev Mater 6, 1078-1094 (2021). https://doi.org/10.1038/s41578-021-00358-0 (例如L319、C12-200及DLin-MC3-DMA) (其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的)。
可用於基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)中的其他可離子化脂質之實例包括但不限於以下各式中之一或多者：US 2016/0311759之X；US 20150376115或US 2016/0376224中之I；US 2016/0376224中之化合物5或化合物6；US 9,867,888之I、IA或II；US 2016/0151284之I、II或III；US 2017/0210967之I、IA、II或IIA；US 2015/0140070之I-c；US 2013/0178541之A；US 2013/0303587或US 2013/0123338之I；US 2015/0141678之I；US 2015/0239926之II、III、IV或V；US 2017/0119904之I；WO 2017/117528之I或II；US 2012/0149894之A；US 2015/0057373之A；WO 2013/116126之A；US 2013/0090372之A；US 2013/0274523之A；US 2013/0274504之A；US 2013/0053572之A；WO 2013/016058之A；WO 2012/162210之A；US 2008/042973之I；US 2012/01287670之I、II、III或IV；US 2014/0200257之I或II；US 2015/0203446之I、II或III；US 2015/0005363之I或III；US 2014/0308304之I、IA、IB、IC、ID、II、IIA、IIB、IIC、IID或III-XXIV；US 2013/0338210；WO 2009/132131之I、II、III或IV；US 2012/01011478之A；US 2012/0027796之I或XXXV；US 2012/0058144之XIV或XVII；US 2013/0323269；US 2011/0117125之I；US 2011/0256175之I、II或III；US 2012/0202871之I、II、III、IV、V、VI、VII、VIII、IX、X、XI、XII；US 2011/0076335之I、II、III、IV、V、VI、VII、VIII、X、XII、XIII、XIV、XV或XVI；US 2006/008378之I或II；WO2015/074085之I (例如ATX-002)；US 2013/0123338之I；US 2015/0064242之I或X-A-Y-Z；US 2013/0022649之XVI、XVII或XVIII；US 2013/0116307之I、II或III；US 2013/0116307之I、II或III；US 2010/0062967之I或II；US 2013/0189351之I-X；US 2014/0039032之I；US 2018/0028664之V；US 2016/0317458之I；US 2013/0195920之I；US 10,221,127之5、6或10；WO 2018/081480之III-3；WO 2020/081938之I-5或I-8；WO 2015/199952之I (例如化合物6或22)及其中表1；US 9,867,888之18或25；US 2019/0136231之A；WO 2020/219876之II；US 2012/0027803之1；US 2019/0240349之OF-02；US 10,086,013之23；Miao等人(2020)之cKK-E12/A6；WO 2010/053572之C12-200；Dahlman等人(2017)之7C1；Whitehead等人之304-O13或503-O13；U S9,708,628之TS-P4C2；WO 2020/106946之I；WO 2020/106946之I；WO 2021/113777之(1)、(2)、(3)或(4)；及WO 2021/113777之表1-16中之任一者，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)進一步包括生物可降解可離子化脂質，例如十八-9,l2-二烯酸(9Z,l2Z)-3-((4,4-雙(辛氧基)丁氧基)氧基)-2-((((3-(二乙基胺基)丙氧基)羰基)氧基)甲基)丙酯(亦稱為(9Z,l2Z)-十八-9,l2-二烯酸3-((4,4-雙(辛氧基)丁氧基)氧基)-2-((((3-(二乙基胺基)丙氧基)羰基)氧基)甲基)丙酯)。參見例如WO 2019/067992、WO 2017/173054、WO 2015/095340及WO 2014/136086之脂質，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。 5.7.1.2 非陽離子脂質 ( 例如磷脂 )
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)進一步包含一或多種非陽離子脂質。在一些實施例中，非陽離子脂質為磷脂。在一些實施例中，非陽離子脂質為磷脂替代物或替換物。在一些實施例中，非陽離子脂質為帶負電(陰離子)脂質。
示例性非陽離子脂質包括但不限於二硬脂醯基-sn-甘油基-磷酸乙醇胺、二硬脂醯基磷脂醯膽鹼(DSPC)、二油醯基磷脂醯膽鹼(DOPC)、二棕櫚醯基磷脂醯膽鹼(DPPC)、二油醯基磷脂醯甘油(DOPG)、二棕櫚醯基磷脂醯甘油(DPPG)、二油醯基-磷脂醯乙醇胺(DOPE)、棕櫚醯油醯基磷脂醯膽鹼(POPC)、棕櫚醯油醯基磷脂醯乙醇胺(POPE)、二油醯基-磷脂醯乙醇胺4-(N-順丁烯二醯亞胺基甲基)-環己烷-1-甲酸酯(DOPE-mal)、二棕櫚醯基磷脂醯乙醇胺(DPPE)、二肉豆蔻醯基磷酸乙醇胺(DMPE)、二硬脂醯基-磷脂醯-乙醇胺(DSPE)、單甲基-磷脂醯乙醇胺(諸如16-O-單甲基PE)、二甲基- 磷脂醯乙醇胺(諸如16-O-二甲基PE)、18-l-反式PE、1-硬脂醯基-2-油醯基-磷脂醯乙醇胺(SOPE)、經氫化大豆磷脂醯膽鹼(HSPC)、卵磷脂醯膽鹼(EPC)、二油醯基磷脂醯絲胺酸(DOPS)、神經鞘磷脂(SM)、二肉豆蔻醯基磷脂醯膽鹼(DMPC)、二肉豆蔻醯基磷脂醯甘油(DMPG)、二硬脂醯基磷脂醯甘油(DSPG)、二芥醯基磷脂醯膽鹼(DEPC)、棕櫚醯基油醯基磷脂醯甘油(POPG)、二反油醯基-磷脂醯乙醇胺(DEPE)、1,2-二月桂醯基-sn-甘油基-3-磷酸膽鹼(DLPC)、1,2- 二(十四醯基)-sn-甘油基-3-磷酸鈉(DMPA)、磷脂醯膽鹼(lecithin)、磷脂醯乙醇胺、溶血卵磷脂、溶血磷脂醯乙醇胺、磷脂醯絲胺酸、磷脂醯肌醇、神經鞘磷脂、卵神經鞘磷脂(ESM)、磷脂醯乙醇胺(腦磷脂)、心磷脂、磷脂酸、腦苷脂、二鯨蠟基磷酸酯、溶血磷脂醯膽鹼、二亞油醯基磷脂醯膽鹼或其混合物。應理解，亦可使用其他二醯基磷脂醯膽鹼及二醯基磷脂醯乙醇胺磷脂。此等脂質中之醯基較佳為衍生自具有C 10-C 24碳鏈之脂肪酸之醯基，例如月桂醯基、肉豆蔻醯基、棕櫚醯基、硬脂醯基或油醯基。在某些實施例中，額外示例性脂質包括但不限於Kim等人(2020) dx.doi.org/10.1021/acs.nanolett.0c01386中所描述之彼等脂質，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。在一些實施例中，此類脂質包括可改良mRNA (例如DGTS)之肝臟轉染的植物脂質。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)可包含二硬脂醯基磷脂醯膽鹼/膽固醇、二棕櫚醯基磷脂醯膽鹼/膽固醇、二肉豆蔻醯基磷脂醯膽鹼/膽固醇、1,2-二油醯基-sn-甘油基-3-磷酸膽鹼(DOPC)/膽固醇或卵神經鞘磷脂/膽固醇之組合。
適合非陽離子脂質之其他實例包括但不限於非磷脂質，諸如硬脂胺、十二胺、十六胺、棕櫚酸乙醯酯、蓖麻油酸甘油酯、硬脂酸十六基酯、肉豆蔻酸異丙酯、兩性丙烯酸聚合物、三乙醇胺-月桂基硫酸酯、硫酸烷基-芳基酯聚乙氧基化脂肪酸醯胺、溴化二(十八基)二甲基銨、神經醯胺、神經鞘磷脂及其類似物。其他非陽離子脂質描述於WO 2017/099823或US 2018/0028664中，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
在一個實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)進一步包含係油酸或US 2018/0028664之式I、II、或IV之化合物的一或多種非陽離子脂質，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
非陽離子脂質含量可為例如存在之總脂質組分之0-30% (mol)。在一些實施例中，非陽離子脂質含量為存在之總脂質組分之5-20% (mol)或10-15% (mol)。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)進一步包含中性脂質，且可離子化脂質與中性脂質之莫耳比在約2:1至約8:1範圍內(例如約2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1或8:1)。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)不包括任何磷脂。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)可進一步包括一或多種磷脂，且視情況選用之具有類似分子形狀及尺寸的具有疏水性部分及親水性部分(例如膽固醇)之一或多種額外分子。 5.7.1.3 結構脂質
本文所描述之基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)可進一步包含一或多種結構脂質。如本文所用，術語「結構脂質」係指固醇(例如膽固醇)且亦指含有固醇部分之脂質。
結構脂質併入脂質奈米粒子中可有助於減少其他脂質在粒子中的聚集。結構脂質可選自包括但不限於以下之群：膽固醇或膽固醇衍生物、糞固醇、植固醇、麥角固醇、菜油固醇、豆固醇、菜子固醇、番茄次鹼、蕃茄鹼、熊果酸、α-生育酚、類藿烷、植物固醇、類固醇及其混合物。在一些實施例中，結構脂質為固醇。在某些實施例中，結構脂質為類固醇。在某些實施例中，結構脂質為膽固醇。在某些實施例中，結構脂質為膽固醇類似物。在某些實施例中，結構脂質為α-生育酚。
在一些實施例中，結構脂質可以約0.1至1.0 (膽固醇磷脂)範圍內之莫耳比併入基於脂質之載劑中。
在一些實施例中，固醇(存在時)可包括膽固醇或膽固醇衍生物中之一或多者，諸如WO 2009/127060或US 2010/0130588中所描述之彼等，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。額外示例性固醇包括植物固醇，包括Eygeris等人(2020), Nano Lett. 2020;20(6):4543-4549中所描述之彼等植物固醇，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
在一些實施例中，結構脂質為膽固醇衍生物。膽固醇衍生物之非限制性實例包括極性類似物，諸如5a-膽甾烷醇、53-糞甾醇、膽固醇基-(2'-羥基)-乙基醚、膽固醇基-(4'-羥基)-丁基醚及6-酮膽甾烷醇；非極性類似物，諸如5a-膽甾烷、膽甾烯酮、5a-膽甾烷酮、5p-膽甾烷酮及癸酸膽固醇酯；及其混合物。在一些實施例中，膽固醇衍生物為極性類似物，例如膽固醇基-(4'-羥基)-丁基醚。示例性膽固醇衍生物描述於WO 2009/127060及US 2010/0130588中，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)進一步包含佔總脂質組分之0-50 mol% (例如0-10 mol %、10-20 mol %、20-50 mol%、20-30 mol %、30-40 mol %或40-50 mol %)之量的固醇。 5.7.1.4 聚合物及聚乙二醇 (PEG)- 脂質
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)可包括一或多種聚合物或共聚物，例如聚(乳酸-共-乙醇酸)(PFAG)奈米粒子。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)可包括一或多種聚乙二醇(PEG)脂質。適用PEG-脂質之實例包括但不限於1,2-二醯基-sn-甘油基-3-磷酸乙醇胺-N-[甲氧基(聚乙二醇)-350] (mPEG 350 PE)；1,2-二醯基-sn-甘油基-3-磷酸乙醇胺-N-[甲氧基(聚乙二醇)-550] (mPEG 550 PE)；1,2- 二醯基-sn-甘油基-3-磷酸乙醇胺-N-[甲氧基(聚乙二醇)-750] (mPEG 750 PE)；1,2-二醯基-sn-甘油基-3-磷酸乙醇胺-N-[甲氧基(聚乙二醇)-1000] (mPEG 1000 PE)；1,2-二醯基-sn-甘油基-3-磷酸乙醇胺-N-[甲氧基(聚乙二醇)-2000] (mPEG 2000 PE)；1,2-二醯基-sn-甘油基-3-磷酸乙醇胺-N- [甲氧基(聚乙二醇)-3000] (mPEG 3000 PE)；1,2-二醯基-sn-甘油基-3-磷酸乙醇胺-N-[甲氧基(聚乙二醇)-5000] (mPEG 5000 PE)；N-醯基-神經鞘胺醇-1-[丁二醯基(甲氧基聚乙二醇) 750] (mPEG 750神經醯胺)；N-醯基-神經鞘胺醇-1-[丁二醯基(甲氧基聚乙二醇) 2000] (mPEG 2000神經醯胺)；及N-醯基-神經鞘胺醇-1-[丁二醯基(甲氧基聚乙二醇) 5000] (mPEG 5000神經醯胺)。在一些實施例中，PEG脂質為聚乙二醇-二醯基甘油(亦即，聚乙二醇二醯基甘油(PEG-DAG)、PEG-膽固醇或PEG-DMB)結合物。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或奈米調配物)包括一或多種結合之脂質(諸如WO 2019/217941之表5中描述之PEG結合之脂質或與聚合物結合之脂質, 其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的)。在一些實施例中，一或多種結合之脂質用以下調配：一或多種離子脂質(例如非陽離子脂質，諸如中性或陰離子或兩性離子脂質)；及一或多種固醇(例如膽固醇)。
PEG結合物可包含PEG-二月桂基甘油(C12)、PEG-二肉豆蔻基甘油(C14)、PEG-二棕櫚醯基甘油(C16)、PEG-二硬脂基甘油(C18)、PEG-二月桂基甘油醯胺(C12)、PEG-二肉豆蔻基甘油醯胺(C14)、PEG-二棕櫚醯基甘油醯胺(C16)及PEG-二硬脂基甘油醯胺(C18)。
在一些實施例中，經結合之脂質當存在時，可包括以下中之一或多者：PEG-二醯基甘油(DAG) (諸如l-(單甲氧基-聚乙二醇)-2,3-二肉豆蔻醯基甘油(PEG-DMG))、PEG-二烷氧基丙基(DAA)、PEG-磷脂、PEG-神經醯胺(Cer)、聚乙二醇化磷脂醯乙醇胺(PEG-PE)、PEG丁二酸酯二醯基甘油(PEGS-DAG) (諸如4-0-(2',3'-二(十四醯氧基)丙基-l-0-(w-甲氧基(聚乙氧基)乙基)丁二酸酯(PEG-S-DMG))、PEG二烷氧基丙基胺基甲酸酯、N-(羰基-甲氧基聚乙二醇2000)-1,2-二硬脂醯基-sn-甘油基-3-磷酸乙醇胺鈉鹽及WO 2019/051289之表2中所描述的脂質(其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的)，以及前述之組合。
額外示例性PEG-脂質結合物描述於例如US 5,885,613、US 6,287,591、US 2003/0077829、US 2003/0077829、US 2005/0175682、US 2008/0020058、US 2011/0117125、US 2010/0130588、US 2016/0376224、US 2017/0119904、US 2018/0028664及WO 2017/099823中，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
在一些實施例中，PEG-脂質為US 2018/0028664之式III、III-a-I、III-a-2、III-b-1、III-b-2或V之化合物，該文獻以全文引用之方式併入本文中。在一些實施例中，PEG-脂質為US 2015/0376115或US 2016/0376224之式II，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。在一些實施例中，PEG-DAA結合物可為例如PEG-二月桂基氧基丙基、PEG-二肉豆蔻基氧基丙基、PEG-二棕櫚基氧基丙基或PEG-二硬脂基氧基丙基。在一些實施例中，PEG-脂質包括以下中之一者： 、 。
在一些實施例中，亦可使用與除PEG外之分子結合的脂質代替PEG-脂質。舉例而言，代替PEG-脂質或除PEG-脂質以外，可使用聚㗁唑啉(POZ)-脂質結合物、聚醯胺-脂質結合物(諸如ATTA-脂質結合物)及陽離子聚合物-脂質(GPL)結合物。
示例性結合之脂質，亦即PEG-脂質、(POZ)-脂質結合物、ATTA-脂質結合物及陽離子聚合物-脂質描述於WO 2019/051289A9之表2中所描述之彼等結合之脂質，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
在一些實施例中，結合之脂質(例如聚乙二醇化脂質)可以基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)中存在之總脂質組分之0-20 mol%的量存在。在一些實施例中，結合之脂質(例如聚乙二醇化脂質)含量為總脂質組分之0.5-10 mol%或2-5 mol%。
當需要時，本文所描述之基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)可塗有聚合物層以增強活體內穩定性(例如，空間穩定之LNP)。
適合聚合物之實例包括但不限於聚(乙二醇)，其可形成改善脂質體之循環半衰期且增強達到治療目標之脂質奈米調配物(例如脂質體或LNP)之量的親水性表層。參見例如Working等人 J Pharmacol Exp Ther, 289: 1128-1133 (1999)；Gabizon等人, J Controlled Release53: 275-279 (1998)；Adlakha Hutcheon等人, Nat Biotechnol17: 775-779 (1999)；及Koning等人, Biochim Biophys Acta1420: 153-167 (1999)，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。 5.7.1.5 脂質奈米調配物組分之百分比
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)包含以下中之一或多者：本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)，抑制粒子聚集的視情況選用之非陽離子脂質(例如磷脂)、固醇、中性脂質及視情況選用之結合之脂質(例如PEG化脂質)。在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)進一步包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)。此等組分之量可獨立地變化且以達成所需特性。舉例而言，在一些實施例中，包括本文所描述之脂質化合物的可離子化脂質以總脂質組分之約20 mol%至約100 mol% (例如20-90 mol%、20-80 mol%、20-70 mol%、25-100 mol%、30-70 mol%、30-60 mol%、30-40 mol%、40-50 mol%或50-90 mol%)之量存在；非陽離子脂質(例如磷脂)以總脂質組分之約0 mol%至約50 mol% (例如0-40 mol%、0-30 mol%、5-50 mol%、5-40 mol%、5-30 mol%或5-10 mol%)之量存在，結合之脂質(例如PEG化脂質)之量為總脂質組分之約0.5 mol%至約20 mol% (例如1-10 mol%或5-10%)，且固醇之量為總脂質組分之約0 mol %至約60 mol% (例如0-50 mol%、10-60 mol%、10-50 mol%、15-60 mol%、15-50 mol%、20-50 mol%、20-40 mol%)，其限制條件為脂質組分之總mol%不超過100%。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)包含約25-100 mol%之包括本文所描述之脂質化合物的可離子化脂質、約0-50 mol%磷脂、約0-50 mol%固醇及約0-10 mol% PEG化脂質。
在一些實施例中，基於脂質之載劑包含調配於脂質奈米粒子中的本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)，其中脂質奈米粒子包含約25-100 mol%之包括本文所描述之脂質化合物的可離子化脂質、約0-50 mol%磷脂、約0-50 mol%固醇及約0-10 mol% PEG化脂質。在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)的囊封效率可為至少70%。
在一個實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)包含約25-100 mol%之包括本文所描述之脂質化合物的可離子化脂質；約0-40 mol%磷脂(例如DSPC)、約0-50 mol%固醇(例如膽固醇)及約0-10 mol% PEG化脂質。
在一些實施例中，基於脂質之載劑包含調配於脂質奈米粒子中的本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)，其中脂質奈米粒子包含約25-100 mol%之包括本文所描述之脂質化合物的可離子化脂質；約0-40 mol%磷脂(例如DSPC)、約0-50 mol%固醇(例如膽固醇)及約0-10 mol% PEG化脂質。在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)的囊封效率可為至少70%。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)包含約30-60 mol% (例如約35-55 mol%或約40-50 mol%)之包括本文所描述之脂質化合物的可離子化脂質、約0-30 mol% (例如5-25 mol%或10-20 mol%)磷脂、約15-50 mol% (例如18.5-48.5 mol%或30-40 mol%)固醇及約0-10 mol% (例如1-5 mol%或1.5-2.5 mol%) PEG化脂質。
在一些實施例中，基於脂質之載劑包含調配於脂質奈米粒子中的本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)，其中脂質奈米粒子包含約30-60 mol% (例如約35-55 mol%或約40-50 mol%)之包括本文所描述之脂質化合物的可離子化脂質、約0-30 mol% (例如5-25 mol%或10-20 mol%)磷脂、約15-50 mol% (例如18.5-48.5 mol%或30-40 mol%)固醇及約0-10 mol% (例如1-5 mol%或1.5-2.5 mol%) PEG化脂質。在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)的囊封效率可為至少70%。
在一些實施例中，可離子化脂質/固醇/磷脂(或另一結構脂質)/PEG-脂質/額外組分之莫耳比在以下範圍內變化：可離子化脂質(25-100%)；磷脂(DSPC) (0-40%)；固醇(0-50%)；及PEG脂質(0-5%)。
在一些實施例中，基於脂質之載劑包含調配於脂質奈米粒子中的本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)，其中脂質奈米粒子包含在以下範圍內的可離子化脂質/固醇/磷脂(或另一結構脂質)/PEG-脂質/額外組分之莫耳比：可離子化脂質(25-100%)；磷脂(DSPC) (0-40%)；固醇(0-50%)；及PEG脂質(0-5%)。在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)的囊封效率可為至少70%。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)包含以總脂質組分之mol%或wt%計50-75%可離子化脂質(包括如本文所描述之脂質化合物)、20-40%固醇(例如膽固醇或衍生物)、0至10%非陽離子脂質及1-10%結合之脂質(例如PEG化脂質)。
在一些實施例中，基於脂質之載劑包含調配於脂質奈米粒子中的本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)，其中脂質奈米粒子包含以總脂質組分之mol%或wt%計50-75%可離子化脂質(包括如本文所描述之脂質化合物)、20-40%固醇(例如膽固醇或衍生物)、0至10%非陽離子脂質及1-10%結合之脂質(例如PEG化脂質)。在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)的囊封效率可為至少70%。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)包含(i)本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)；(ii)佔基於脂質之載劑中存在之總脂質之50 mol% to 65 mol%的陽離子脂質；(iii)包含磷脂及膽固醇其衍生物之混合物的非陽離子脂質，其中磷脂佔基於脂質之載劑中存在之總脂質的3 mol%至15 mol%且膽固醇或其衍生物佔基於脂質之載劑中存在之總脂質的30 mol%至40 mol%；及(iv)佔粒子中存在之總脂質之0.5 mol%至2 mol%的結合之脂質。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)包含(i)本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)；(ii)佔基於脂質之載劑中存在之總脂質之50 mol %至85 mol %的陽離子脂質；(iii)佔基於脂質之載劑中存在之總脂質之13 mol %至49.5 mol的非陽離子脂質；及(d)佔基於脂質之載劑中存在之總脂質之0.5 mol %至2 mol %的結合之脂質。
在一些實施例中，混合物中之磷脂組分可以總脂質組分之2 mol%至20 mol%、2 mol%至15 mol%、2 mol%至12 mol%、4 mol%至15 mol%、4 mol%至10 mol%、5 mol%至10 mol% (或此等範圍之任何分數)存在。在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)不含磷脂。
在一些實施例中，混合物中之固醇組分(例如膽固醇或衍生物)可佔總脂質組分之25 mol%至45 mol%、25 mol%至40 mol%、25 mol%至35 mol%、25 mol%至30 mol%、30 mol%至45 mol%、30 mol%至40 mol%、30 mol%至35 mol%、35 mol%至40 mol%、27 mol%至37 mol%或27 mol%至35 mol% (或此等範圍之任何分數)。
在一些實施例中，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)中之不可離子化脂質組分可以總脂質組分之5 mol%至90 mol%、10 mol%至85 mol%或20 mol%至80 mol% (或此等範圍之任何分數)存在。
總脂質組分與本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)的比率可根據需要變化。舉例而言，總脂質組分與本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體) (質量或重量)的比率可為約10:1至約30:1。在一些實施例中，總脂質組分與本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)的比率(質量/質量比；w/w比)可在約1:1至約25:1、約10:1至約14:1、約3:1至約15:1、約4:1至約10:1、約5:1至約9:1或約6:1至約9:1範圍內。總脂質組分及本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)之量可經調整以提供所需N/P比率，例如3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30或更高之N/P比率。通常，基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)總脂質含量可在約5 mg/ml至約30 mg/mL範圍內。氮:磷酸比率(N:P比率)評估為0.1與100之間的值。
本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)的囊封效率描述相對於所提供之初始量，在製備後囊封或另外與脂質奈米調配物(例如脂質體或LNP)締合的本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)之量。囊封效率理想地為高的(例如，至少70%、80%、90%、95%、接近100%)。囊封效率可例如藉由比較在用一或多種有機溶劑或清潔劑分解脂質體或LNP之前及之後溶液中本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)之量來量測。陰離子交換樹脂可用於量測溶液中本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)之量。螢光可用於量測溶液中游離的本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼前述之編碼區的核酸分子(例如本文所描述之核酸分子)或包含前述核酸分子之載體(例如本文所描述之載體)之量。對於本文所描述之基於脂質之載劑(或脂質奈米調配物)，蛋白質及/或核酸之囊封效率可為至少50%，例如50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%。在一些實施例中，囊封效率可為至少70%。在一些實施例中，囊封效率可為至少80%。在一些實施例中，囊封效率可為至少90%。在一些實施例中，囊封效率可為至少95%。 5.8 醫藥組合物
本文尤其提供醫藥組合物，其包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)之編碼區的核酸分子)、本文所描述之載體(例如包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子)之載體)、本文所描述之載劑(例如包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子)之載劑)及/或本文所描述之組合物(例如疫苗組合物)，及醫藥學上可接受之賦形劑(參見例如Remington's Pharmaceutical Sciences (1990) Mack Publishing Co., Easton, PA，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的)。
在一個態樣中，本文亦提供製備本文所描述之醫藥組合物的方法，其包含提供本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之核酸分子(例如包含編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子)、本文所描述之載體(例如包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子)的載體)、本文所描述之載劑(例如包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(或多肽，例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或本文所描述之核酸分子(例如編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之核酸分子)的載劑)及/或本文所描述之組合物(例如疫苗組合物)，及藉由添加一或多種醫藥學上可接受之賦形劑將其調配成醫藥學上可接受之組合物。
可接受之賦形劑(例如載劑及穩定劑)在所用劑量及濃度下較佳對接受者無毒性，且包括緩衝劑，諸如磷酸鹽、檸檬酸鹽或其他有機酸；抗氧化劑，包括抗壞血酸或甲硫胺酸；防腐劑(諸如氯化十八烷基二甲基苯甲基銨；氯化六羥季銨；苯紮氯銨、苄索氯銨；苯酚、丁醇或苯甲醇；對羥苯甲酸烷酯，諸如對羥基苯甲酸甲酯或對羥基苯甲酸丙酯；兒茶酚；間苯二酚；環己醇；3-戊醇；或間甲酚)；低分子量(小於約10個殘基)多肽；蛋白質，諸如血清白蛋白、明膠或免疫球蛋白；親水性聚合物，諸如聚乙烯吡咯啶酮；胺基酸，諸如甘胺酸、麩醯胺酸、天冬醯胺、組胺酸、精胺酸或離胺酸；單醣、雙醣或其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合劑，諸如EDTA；糖，諸如蔗糖、甘露糖醇、海藻糖或山梨糖醇；成鹽相對離子，諸如鈉；金屬錯合物(例如Zn-蛋白質錯合物)；及/或非離子界面活性劑，諸如TWEEN™、PLURONICS™或聚乙二醇(PEG)。
醫藥組合物可經調配以用於向個體投與之任何途徑。熟習此項技術者知曉投與本文所描述之醫藥組合物以便誘導針對醫藥組合物中之一或多種免疫原及/或抗原之免疫反應的各種可能性。非限制性實施例包括非經腸投與，諸如肌肉內、皮內、皮下、經皮或黏膜投與，例如經吸入、鼻內、經口及類似投與途徑。在一個實施例中，醫藥組合物經調配以用於藉由肌肉內、皮內或皮下注射投與。在一個實施例中，醫藥組合物經調配以用於藉由肌肉內注射投與。在一個實施例中，醫藥組合物經調配以用於藉由皮內注射投與。在一個實施例中，醫藥組合物經調配以用於藉由皮下注射投與。可注射劑可製備成習知形式，如液體溶液或懸浮液形式。可注射劑可含有一或多種賦形劑。示例性賦形劑包括例如水、生理鹽水、右旋糖、甘油或乙醇。另外，必要時，欲投與之醫藥組合物亦可含有少量無毒輔助物質，諸如濕潤劑或乳化劑、pH緩衝劑、穩定劑、溶解增強劑及其他此類試劑，諸如乙酸鈉、脫水山梨糖醇單月桂酸酯、三乙醇胺油酸酯及環糊精。在一些實施例中，醫藥組合物調配為單次劑量。在一些實施例中，醫藥組合物調配為多次劑量。
用於本文所描述之非經腸製劑中的醫藥學上可接受之賦形劑包括例如水性媒劑、非水性媒劑、抗微生物劑、等滲劑、緩衝劑、抗氧化劑、局部麻醉劑、懸浮及分散劑、乳化劑、鉗合或螯合劑或其他醫藥學上可接受之物質。可併入本文所描述之調配物中之一或多者中的水性媒劑之實例包括氯化鈉注射液、林格氏注射液(Ringer's injection)、等滲右旋糖注射液、無菌水注射液、右旋糖或乳酸林格氏注射液。可併入本文所描述之調配物中之一或多者中的非水性非經腸媒劑包括植物來源之不揮發性油、棉籽油、玉米油、芝麻油或花生油。可將抑菌或抑真菌濃度之抗微生物劑添加至本文所描述之非經腸製劑中並包裝於多劑量容器中，該等抗微生物劑包括苯酚或甲酚、汞劑、苯甲醇、氯丁醇、對羥基苯甲酸甲酯及對羥基苯甲酸丙酯、硫柳汞、苯紮氯銨或苄索氯銨。可併入本文所描述之調配物中之一或多者中的等滲劑包括氯化鈉或右旋糖。可併入本文所描述之調配物中之一或多者中的緩衝劑包括磷酸鹽或檸檬酸鹽。可併入本文所描述之調配物中之一或多者中的抗氧化劑包括硫酸氫鈉。可併入本文所描述之調配物中之一或多者中的局部麻醉劑包括鹽酸普魯卡因(procaine hydrochloride)。可併入本文所描述之調配物中之一或多者中的懸浮劑及分散劑包括羧基甲基纖維素鈉、羥丙基甲基纖維素或聚乙烯吡咯啶酮。可併入本文所描述之調配物中之一或多者中的乳化劑包括聚山梨醇酯80 (TWEEN ®80)。可併入本文所描述之調配物中之一或多者中的金屬離子鉗合劑或螯合劑為EDTA。可併入本文所描述之調配物中之一或多者中的醫藥載劑亦包括用於水混溶性媒劑的乙醇、聚乙二醇或丙二醇；或用於pH調節的氫氧化鈉、鹽酸、檸檬酸或乳酸。
擬用於醫藥組合物中的精確劑量亦將取決於投與途徑及由其引起之病狀的嚴重程度，且應根據從業者之判斷及各個體之情況來決定。舉例而言，有效劑量亦可視投與手段、目標部位、個體之生理狀態(包括年齡、體重及健康)、所投與之其他藥物或療法為預防性或治療性而變化。較佳滴定治療劑量以使安全性及功效最佳化。 5.9 佐劑
前述任一者，例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(或其融合物或結合物)、本文所描述之載體(例如包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子)的載體)、本文所描述之載劑(例如包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子)的載劑)、本文所描述之組合物(例如疫苗組合物)及/或本文所描述之醫藥組合物可與佐劑共調配及/或與佐劑組合調配。
佐劑係此項技術中已知的，用以進一步增加免疫反應(例如對免疫原)。佐劑之一般類別包括但不限於無機佐劑、小分子佐劑、水包油乳液、脂質、聚合物、肽、肽聚糖、碳水化合物、多糖、基於RNA之佐劑、基於DNA之佐劑、病毒粒子、細菌佐劑、奈米粒子(例如無機奈米粒子)及多組分佐劑。佐劑之實例包括但不限於鋁鹽，諸如氫氧化鋁及/或磷酸鋁；油-乳液組合物(或水包油組合物)，包括角鯊烯-水乳液，諸如MF59 (參見例如WO90/14837，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的)、MF59、AS03及Montanide；皂素調配物，諸如(例如)QS21及免疫刺激複合物(ISCOMS)(參見例如US5,057,540；WO90/03184、WO96/11711、WO2004/004762、WO2005/002620，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的)；魚精蛋白或魚精蛋白鹽(例如魚精蛋白硫酸鹽)；鈣鹽；細菌或微生物衍生物，其實例包括單磷醯基脂質A (MPL)、3-O-去醯化MPL (3dMPL)、含有CpG-模體之寡核苷酸、ADP核糖化細菌毒素或其突變體，諸如大腸桿菌熱不穩定腸毒素LT、霍亂毒素CT及其類似物；真核蛋白(例如抗體或其片段(例如針對抗原本身或CD1a、CD3、CD7、CD80)及受體配位體(例如CD40L、GMCSF、GCSF等)。
示例性基於RNA之佐劑包括但不限於聚IC、聚IC:LC、髮夾RNA，例如具有含5'PPP之序列、病毒序列、含聚U之序列、dsRNA、天然或合成免疫刺激性RNA序列、核酸類似物、視情況選用之環狀GMP-AMP或環狀二核苷酸，諸如環狀二-GMP及免疫刺激性鹼基類似物，例如C8取代或N7,C8雙取代之鳥嘌呤核糖核苷酸。示例性基於DNA之佐劑包括但不限於CpG、dsDNA或者天然或合成免疫刺激性DNA序列。示例性基於細菌之佐劑包括但不限於：細菌佐劑為鞭毛蛋白、LPS或細菌毒素，例如腸毒素、熱不穩定性毒素及霍亂毒素。示例性碳水化合物或多醣佐劑包括但不限於葡聚糖(分支微生物多醣)、硫酸葡聚糖、香菇多醣、酵母聚糖、β葡聚糖、Deltin、甘露聚糖及幾丁質。示例性小分子佐劑包括但不限於咪喹莫特(imiquimod)、雷西莫特(resiquimod)及加德莫特(gardiquimod)。示例性脂質或聚合物佐劑包括但不限於聚合物奈米粒子(例如PLGA、PLG、PLA、PGA或PHB)、脂質體(例如病毒顆粒及CAF01)、LNP或其組分、脂多醣(LPS) (例如單磷醯基脂質A (MPLA)或哌喃葡糖基脂質A (GLA))、脂肽(例如Pam2 (Pam2CSK4)或Pam3 (Pam3CSK4))及醣脂(例如海藻糖二黴菌酸酯)。示例性肽或肽聚糖包括但不限於N-乙醯基-胞壁醯基-L-丙胺醯基-D-異麩醯胺酸(MDP)、鞭毛蛋白-融合蛋白、甘露糖結合之凝集素(MBL)、細胞介素及趨化激素。示例性無機奈米粒子佐劑包括但不限於金奈米棒、基於二氧化矽之奈米粒子(例如中孔二氧化矽奈米粒子(MSN))。示例性多組分佐劑包括但不限於AS01、AS03、AS04、完全弗氏佐劑(Complete Freunds Adjuvant)及CAF01。 5.10 宿主細胞
本文提供宿主細胞，其包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、包含編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)之編碼區的核酸分子、包括包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子的載體；本文所描述之載劑、本文所描述之組合物、本文所描述之疫苗組合物或本文所描述之醫藥組合物。在一些實施例中，宿主細胞(或宿主細胞群體)在活體外。在一些實施例中，宿主細胞(或宿主細胞群體)在活體內。在一些實施例中，宿主細胞(或宿主細胞群體)為離體的。 5.11 製備多肽及蛋白質之方法
本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、融合蛋白及蛋白質結合物、融合蛋白及蛋白質結合物)可使用此項技術中已知之標準方法產生。舉例而言，其各自可藉由重組技術在已經編碼相關蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)))之核酸表現載體(例如質體、病毒載體(例如桿狀病毒表現載體))轉染或轉導之宿主細胞(例如昆蟲細胞、哺乳動物細胞、細菌)中產生。該等一般方法為此項技術中之常識。表現載體通常含有表現卡匣，其包括能夠引起編碼相關蛋白質之核酸分子之表現的核酸序列，諸如一或多個啟動子、一或多個強化子、聚腺苷酸化信號及其類似物。一般技術者將意識到，可使用各種啟動子及強化子元件獲得核酸分子在宿主細胞中之表現。舉例而言，啟動子可為組成性的或受調控的，且可獲自各種來源，例如病毒、原核或真核來源，或為人工設計的。轉染或轉導後，將含有編碼相關蛋白質之表現載體的宿主細胞在有助於表現編碼蛋白質之核酸分子的條件下培養。培養基可自各種供應商獲得，且可針對宿主細胞常規地選擇適合的培養基以表現相關蛋白質。宿主細胞可貼壁或懸浮培養，且一般技術者可使用於所選特定宿主細胞之培養方法最佳化。舉例而言，懸浮細胞可在例如分批法或分批補料法中於例如生物反應器中培養。所產生之蛋白質可自細胞培養物，藉由例如管柱層析法，以流動-流過或結合-溶離模式分離。實例包括但不限於離子交換樹脂及親和樹脂，諸如扁豆凝集素瓊脂糖及混合模式陽離子交換-疏水相互作用管柱(CEX-HIC)。蛋白質可經濃縮，藉由超濾交換緩衝液，且由超濾得到的滯留物可透過適當過濾器，例如0.22 µm過濾器過濾。參見例如Hacker, David (編輯), Recombinant Protein Expression in Mammalian Cells: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology), Humana Press (2018)；及McPherson等人, 「Development of a SARS Coronavirus Vaccine from Recombinant Spike Protein Plus Delta Inulin Adjuvant」, 第4章, Sunil Thomas (編輯), Vaccine Design: Methods and Protocols: Volume 1: Vaccines for Human Diseases, Methods in Molecular Biology, Springer, New York, 2016。亦參見美國專利5,762,939，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、融合蛋白及蛋白質結合物)可以合成方式產生。本文所描述之蛋白質及尤其本文所描述之免疫原蛋白質可藉由使用基於蛋之製造方法產生。
在實施例中，本發明提供製備本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、融合蛋白及蛋白質結合物)之方法。在一些實施例中，方法包含將核酸分子(或包含其之載體或載劑)引入至細胞或細胞群體中、引入至宿主細胞或宿主細胞群體中；在培養基中在適合於表現該蛋白質之條件下培養該細胞或細胞群體；自培養基分離該蛋白質；及視情況純化該蛋白質。在一些實施例中，細胞(或細胞群體)在活體外。在一些實施例中，細胞(或細胞群體)在活體內。在一些實施例中，細胞(或細胞群體)為離體的。
在一些實施例中，方法包含(a)以重組方式表現本文所描述之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、融合蛋白或蛋白質結合物)；(b)富集，例如純化該蛋白質；(c)評估本文所描述之蛋白質中製程雜質或污染物之存在；及(d)若該蛋白質滿足製程雜質或污染物之臨限值規格，則將該蛋白質調配為醫藥組合物。所評估之製程雜質或污染物可為例如以下中之一或多者：製程相關雜質，諸如宿主細胞蛋白質、宿主細胞DNA或細胞培養物組分(例如誘導劑、抗生素或培養基組分)；產物相關雜質(例如前驅物、片段、聚集物、降解產物)；或污染物，例如內毒素、細菌、病毒污染物。 5.12 製備核酸分子之方法
本文所描述之核酸分子可使用此項技術中已知之常用方法(例如化學合成)產生。
在一些實施例中，核酸分子經修飾或改變(與參考核酸分子之序列相比)，例如以賦予以下中之一或多者：與參考核酸序列相比(a)改良之對活體內降解之抗性；(b)改良之活體內穩定性；(c)減少之二級結構；及/或(d)改良之活體內可轉譯性。改變包括但不限於例如密碼子最佳化、核苷酸變異(參見例如以下描述)等。
在一些實施例中，核酸分子之序列經密碼子最佳化，例如用於在人類中表現。在一些實施例中，密碼子最佳化可用於匹配目標及宿主生物體中之密碼子頻率以確保正確摺疊；偏向鳥苷(G)及/或胞嘧啶(C)含量以增加核酸穩定性；最大限度地減少可能損害基因構築或表現之串聯重複密碼子或鹼基串；定製轉錄及轉譯控制區；插入或移除蛋白質運輸序列；移除/添加所編碼蛋白質中之轉譯後改變位點(例如糖基化位點)；添加、移除或改組蛋白質域；插入或缺失限制位點；修飾核糖體結合位點及mRNA降解位點；調整轉譯速率以允許蛋白質之多個域正確摺疊；或者減少或消除聚核苷酸內之問題二級結構。在一些實施例中，經密碼子最佳化之核酸序列顯示以上中之一或多者(與參考核酸序列相比)。在一些實施例中，與參考核酸序列相比，經密碼子最佳化之核酸序列顯示以下中之一或多者：改良之對活體內降解之抗性、改良之活體內穩定性、減少之二級結構及/或改良之活體內可轉譯性。密碼子最佳化方法、工具、演算法及服務為此項技術中已知的，非限制性實例包括來自GeneArt (Life Technologies)及DNA2.0 (Menlo Park Calif.)之服務。在一些實施例中，開讀框(ORF)序列使用最佳化演算法最佳化。在一些實施例中，核酸序列經修飾或變化以使G及/或C核苷酸之數目相較於參考核酸序列達到最佳。G及C核苷酸之數目增加可藉由用含有G或C核苷酸之密碼子取代含有腺苷(T)或胸苷(T)(或尿嘧啶(U))核苷酸之密碼子產生。 5.13 使用方法
本文提供利用本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白及多肽(例如免疫原(及其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)、本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子) (或其融合物或結合物)、本文所描述之載體(例如包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白，例如免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子)的載體)、本文所描述之載劑(例如包含SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)或本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的核酸分子)的載劑)、疫苗組合物(例如包含前述中之任一者的疫苗組合物)及/或本文所描述之醫藥組合物(例如包含前述中之任一者的醫藥組合物)的各種方法。
以下方法中之一些包括向個體投與以下中之一或多者：前述(例如蛋白質(或其融合物或結合物)、多肽(或其融合物或結合物)、免疫原(或其融合物或結合物)、核酸分子(或其融合物或結合物)、載體、載劑、疫苗組合物、醫藥組合物)。示例性個體包括哺乳動物，例如人類、非人類哺乳動物，例如非人類靈長類動物。在一些實施例中，個體為人類。
在一些實施例中，個體為老年人、懷孕、新生兒、免疫功能不全或免疫抑制的。在一些實施例中，個體患有以下癌症、心臟病、肥胖、糖尿病、哮喘、慢性肺病及/或鐮狀細胞疾病中之一或多者。在一些實施例中，個體具有削弱之免疫系統或削弱之免疫反應(例如削弱之針對疫苗之免疫反應)。在一些實施例中，個體為免疫功能不全或免疫抑制的。在一些實施例中，個體在臨床上易感染。在一些實施例中，個體患有癌症，患有自體免疫性疾病，患有免疫缺乏症，接受骨髓移植或器官移植，正經歷耗盡免疫細胞之療法，正經歷化學療法，具有慢性病毒感染、病毒後症候群或病毒後疲乏症候群(例如HIV感染或AIDS；長Covid或持久Covid症候群)後，正在使用或已長期使用免疫抑制性藥物，當前為吸菸者或具有吸菸史，及/或為至少50 (例如至少55、60、65、70、75、80、85、90或100)歲。在一些實施例中，個體至少50、60、65、70或75歲。在一些實施例中，個體為至少50、55、60、65、70、75、80、85、90、100、110或120歲。在一些實施例中，個體為約50-120、50-110、50-100、50-90、50-80、50-70、50-60、60-120、60-110、60-100、60-90、60-80、60-70、70-120、70-110、70-100、70-90、70-80、80-120、80-110、80-100、80-90、90-120、90-110或90-100歲。
待向個體投與之前述一或多者(例如，蛋白質、多肽、免疫原、核酸分子、載體、載體、疫苗組合物、醫藥組合物)之劑量可根據一般技術者熟知之標準技術測定，包括使用之佐劑類型(若存在)、投與途徑及個體之年齡及體重。在一些實施例中，前述內容中之任一者的單次劑量投與有需要之個體。在一些實施例中，向有需要之個體投與一系列劑量之前述中之任一者(例如相隔設定間隔(例如2週、3週)或在一定範圍(例如相隔2-6週)給與兩次劑量)。在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之核酸分子、本文所描述之載體、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物或醫藥組合物(例如前述中之任一者)以治療有效量投與。在一些實施例中，編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的mRNA分子(例如包含其之疫苗或醫藥組合物)介於30-200 mcg之間，例如30 mcg、50 mcg、75 mcg、100 mcg、150 mcg或200 mcg。 5.13.1 遞送方法
本文提供向有需要之個體遞送以下各者之方法：(a)本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)；(b)本文所描述之核酸分子(例如包含編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))；(c)本文所描述之載體(例如載體包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)))；(d)本文所描述之載劑(例如包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或本文所描述之核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子) (例如包含編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子))的載劑)；(e)本文所描述之疫苗組合物(例如包含前述中之任一者的疫苗組合物)；或(f)本文所描述之醫藥組合物(例如包含前述中之任一者的醫藥組合物)，該方法包含向該個體投與(a) SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，(b)核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)，(c)載體，(d)載劑，(e)疫苗組合物，或(f)醫藥組合物，藉此向該個體遞送SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以足以遞送SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物至個體之量及時間投與個體。 5.13.2 誘導或增強免疫反應之方法
本文提供誘導及/或增強有需要之個體之免疫反應的方法，該方法包含向該個體投與(a)本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)；(b)本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))；(c)本文所描述之載體(例如包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載體)；(d)本文所描述之載劑(例如包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或本文所描述之核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子) (例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載劑)；(e)本文所描述之疫苗組合物(例如包含前述中之任一者的疫苗組合物)；或(f)本文所描述之醫藥組合物(例如包含前述中之任一者的醫藥組合物)，藉此誘導及/或增強個體之免疫反應。
在一些實施例中，方法包含誘導有需要之個體之免疫反應的方法。在一些實施例中，方法包含增強有需要之個體之免疫反應的方法。在一些實施例中，方法包含包括及增強有需要之個體之免疫反應的方法。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以足以誘導及/或增強個體之免疫反應之量及時間投與個體。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以足以誘導個體之免疫反應之量及時間投與個體。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以足以誘導、增強個體之免疫反應之量及時間投與個體。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以足以誘導及增強個體之免疫反應之量及時間投與個體。
本文進一步提供(a)本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)；(b)本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))；(c)本文所描述之載體(例如包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載體)；(d)本文所描述之載劑(例如包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或本文所描述之核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子) (例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載劑)；(e)本文所描述之疫苗組合物(例如包含前述中之任一者的疫苗組合物)；或(f)本文所描述之醫藥組合物(例如包含前述中之任一者的醫藥組合物)，其用於製造誘導及/或增強有需要之個體之免疫反應之藥劑。
本文進一步提供(a)本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)；(b)本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))；(c)本文所描述之載體(例如包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載體)；(d)本文所描述之載劑(例如包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或本文所描述之核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子) (例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載劑)；(e)本文所描述之疫苗組合物(例如包含前述中之任一者的疫苗組合物)；或(f)本文所描述之醫藥組合物(例如包含前述中之任一者的醫藥組合物)，其用於誘導及/或增強有需要之個體之免疫反應的方法中，該方法包含向有需要之個體投與SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物。
個體之免疫反應可藉由熟習此項技術者已知之常用方法量測。舉例而言，可採用血清學分析，藉由量測在投與後抗抗原(例如抗SARS-CoV-2棘蛋白、抗SARS-CoV-2棘蛋白RBD) IgG抗體之力價來偵測體液反應。舉例而言，酶聯免疫吸附分析(ELISA)係用於偵測及定量熟習此項技術者熟知之抗體的標準實驗室測試。一般而言，自同意個體收集血液，離心並根據標準技術分離出血清。將重組目標抗原(例如SARS-CoV-2棘蛋白、SARS-CoV-2棘蛋白RBD)固定於微孔盤孔中。將微孔盤藉由與不相關抗原(例如牛血清白蛋白)一起培育來阻斷。製備來自個體之血清樣品且添加至經阻斷之孔中以允許抗原特異性抗體與固定抗原之結合。使用結合與先前結合之抗體(例如抗人類IgG抗體)結合之二次標記抗體偵測經結合抗體。參見例如Front. Immunol., Forgacs David等人, SARS-CoV-2 mRNA Vaccines Elicit Different Responses in Immunologically Naïve and Pre-Immune Humans; 第12卷(2021年9月27日) https://doi.org/10.3389/fimmu.2021.728021，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。
亦可利用基於細胞之分析偵測基於細胞之免疫反應(例如T細胞免疫反應)。舉例而言，抗原特異性T細胞(例如CD4+或CD8+ T細胞)可使用酶聯免疫斑點(ELISpot)、細胞內細胞介素染色(ICS)分析或活化誘導之標記物分析(AIM)量測。此等分析各自常用於偵測針對疫苗的基於細胞之(例如T細胞)免疫反應且為一般技術者熟知的。參見例如Bowyer, Georgina等人 「Activation-induced Markers Detect Vaccine-Specific CD4⁺ T Cell Responses Not Measured by Assays Conventionally Used in Clinical Trials.」 Vaccines 第6卷,3 50. 2018年7月31日，doi:10.3390/vaccines6030050，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。 5.13.3 預防、改善及 / 或治療感染之方法
本文提供預防、改善及/或治療有需要之個體之SARS-CoV-2感染之方法，該方法包含向該個體投與(a)本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)；(b)本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))；(c)本文所描述之載體(例如包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載體)；(d)本文所描述之載劑(例如包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或本文所描述之核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子) (例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載劑)；(e)本文所描述之疫苗組合物(例如包含前述中之任一者的疫苗組合物)；或(f)本文所描述之醫藥組合物(例如包含前述中之任一者的醫藥組合物)，藉此預防、改善及/或治療個體之SARS-CoV-2感染。
在一些實施例中，方法包含預防有需要之個體之SARS-CoV-2感染。在一些實施例中，方法包含改善有需要之個體之SARS-CoV-2感染。在一些實施例中，方法包含治療有需要之個體之SARS-CoV-2感染。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2 蛋白質或肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以足以預防、改善及/或治療個體之SARS-CoV-2感染之量及時間投與個體。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2 蛋白質或肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以足以預防個體之SARS-CoV-2感染之量及時間投與個體。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2 蛋白質或肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以足以改善個體之SARS-CoV-2感染之量及時間投與個體。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2 蛋白質或肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以足以治療個體之SARS-CoV-2感染之量及時間投與個體。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑或醫藥組合物作為預防性治療投與個體。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑或醫藥組合物在SARS-CoV-2感染或SARS-CoV-2感染相關疾病之至少一種症狀發作後作為治療來投與。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物在確定個體患有或未患SARS-CoV-2感染後投與個體。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物預防SARS-CoV-2感染，降低SARS-CoV-2感染之可能性，減小在SARS-CoV-2攻擊之後發展確定之感染的可能性，減少SARS-CoV-2感染之持續時間，預防或延遲COVID-19之一或多種症狀之發作，降低COVID-19之一或多種症狀的頻率及/或嚴重程度，及/或減小與COVID-19相關之住院或死亡的風險，或其任何組合。
示例性COVID-19症狀包括但不限於呼吸短促、呼吸困難、呼吸速率大於或等於20次呼吸/分鐘、SpO2異常、下呼吸道疾病之臨床或放射學證據、深層靜脈栓塞之放射學證據、呼吸衰竭、休克跡象、顯著腎、肝及神經功能障礙。
SARS-CoV-2棘蛋白(例如免疫原(或其免疫原片段或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物及本文所描述之醫藥組合物可作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打投與個體。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之加打投與個體。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源初打-加打方案中之疫苗初打及疫苗加打投與個體。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之初打投與個體。方案中之加打疫苗組合物可為基於mRNA、DNA、病毒載體(例如腺病毒載體、腺相關病毒載體、慢病毒載體、水泡性口炎病毒載體、牛痘病毒載體或麻疹病毒載體)、肽或蛋白質、病毒樣粒子(VLP)、衣殼樣粒子(CLP)、活減毒病毒、不活化病毒(滅活疫苗)及其類似物之疫苗。在一些實施例中，初打疫苗組合物含有與加打疫苗相同之免疫原。在一些實施例中，初打疫苗含有與加打疫苗不同之免疫原。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如免疫原(或其免疫原片段或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物及醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與個體。方案中之初打疫苗組合物可為基於mRNA、DNA、病毒載體(例如腺病毒載體、腺相關病毒載體、慢病毒載體、水泡性口炎病毒載體、牛痘病毒載體或麻疹病毒載體)、肽或蛋白質、病毒樣粒子(VLP)、衣殼樣粒子(CLP)、活減毒病毒、不活化病毒(滅活疫苗)及其類似物之疫苗。在一些實施例中，初打疫苗組合物含有與加打疫苗相同之免疫原。在一些實施例中，初打疫苗含有與加打疫苗不同之免疫原。
在一些實施例中，單一劑量之SARS-CoV-2棘蛋白之或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體。在一些實施例中，一系列劑量之SARS-CoV-2棘蛋白之或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體(例如以設定間隔(例如相隔2週、3週)或在一定範圍內(例如相隔2-6週)給與兩次劑量)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以治療有效量投與個體。在一些實施例中，其中編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的mRNA分子(例如包含其之疫苗或醫藥組合物)投與個體，該mRNA分子以約30-200 mcg (例如30 mcg、50 mcg、75 mcg、100 mcg、150 mcg或200 mcg)之劑量投與。
本文進一步提供(a)本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)；(b)本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))；(c)本文所描述之載體(例如包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載體)；(d)本文所描述之載劑(例如包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或本文所描述之核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子) (例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載劑)；(e)本文所描述之疫苗組合物(例如包含前述中之任一者的疫苗組合物)；或(f)本文所描述之醫藥組合物(例如包含前述中之任一者的醫藥組合物)，其用於製造預防、改善或治療有需要之個體之SARS-CoV-2感染之藥劑。
本文進一步提供(a)本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)；(b)本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))；(c)本文所描述之載體(例如包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載體)；(d)本文所描述之載劑(例如包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或本文所描述之核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子) (例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載劑)；(e)本文所描述之疫苗組合物(例如包含前述中之任一者的疫苗組合物)；或(f)本文所描述之醫藥組合物(例如包含前述中之任一者的醫藥組合物)，其用於預防、改善及/或治療有需要之個體之SARS-CoV-2感染的方法中，該方法包含向有需要之個體投與SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如該SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物。 5.13.4 針對 SARS-CoV-2 疫苗接種之方法
本文尤其提供對個體(例如人類個體)針對SARS-CoV-2疫苗接種之多種方法。因而，下文在§§ 5.13.4.1及5.13.4.2中提供對個體利用本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如免疫原(或其免疫原片段或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物及醫藥組合物中之一或多者疫苗接種的多種方法。 5.13.4.1 對個體針對 SARS-CoV-2 疫苗接種之方法
本文提供對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之方法，該方法包含向該個體投與(a)本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)；(b)本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))；(c)本文所描述之載體(例如包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載體)；(d)本文所描述之載劑(例如包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或本文所描述之核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子) (例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載劑)；(e)本文所描述之疫苗組合物(例如包含前述中之任一者的疫苗組合物)；或(f)本文所描述之醫藥組合物(例如包含前述中之任一者的醫藥組合物)，藉此對該個體針對SARS-CoV-2疫苗接種。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以足以對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之量及時間投與個體。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如免疫原(或其免疫原片段或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物及醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打投與個體。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之加打投與個體。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源初打-加打方案中之疫苗初打及疫苗加打投與個體。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之初打投與個體。方案中之加打疫苗組合物可為基於mRNA、DNA、病毒載體(例如腺病毒載體、腺相關病毒載體、慢病毒載體、水泡性口炎病毒載體、牛痘病毒載體或麻疹病毒載體)、肽或蛋白質、病毒樣粒子(VLP)、衣殼樣粒子(CLP)、活減毒病毒、不活化病毒(滅活疫苗)及其類似物之疫苗。在一些實施例中，初打疫苗組合物含有與加打疫苗相同之免疫原。在一些實施例中，初打疫苗含有與加打疫苗不同之免疫原。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如免疫原(或其免疫原片段或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物及醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與個體。方案中之初打疫苗組合物可為基於mRNA、DNA、病毒載體(例如腺病毒載體、腺相關病毒載體、慢病毒載體、水泡性口炎病毒載體、牛痘病毒載體或麻疹病毒載體)、肽或蛋白質、病毒樣粒子(VLP)、衣殼樣粒子(CLP)、活減毒病毒、不活化病毒(滅活疫苗)及其類似物之疫苗。在一些實施例中，初打疫苗組合物含有與加打疫苗相同之免疫原。在一些實施例中，初打疫苗含有與加打疫苗不同之免疫原。
在一些實施例中，單一劑量之SARS-CoV-2棘蛋白之或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體。在一些實施例中，一系列劑量之SARS-CoV-2棘蛋白之或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體(例如以設定間隔(例如相隔2週、3週)或在一定範圍內(例如相隔2-6週)給與兩次劑量)。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以治療有效量投與個體。在一些實施例中，其中編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的mRNA分子(例如包含其之疫苗或醫藥組合物)投與個體，該mRNA分子以約30-200 mcg (例如30 mcg、50 mcg、75 mcg、100 mcg、150 mcg或200 mcg)之劑量投與。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑或醫藥組合物作為預防性治療投與個體。在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑或醫藥組合物在SARS-CoV-2感染或SARS-CoV-2感染相關疾病之至少一種症狀發作後作為治療來投與。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物在確定個體患有或未患SARS-CoV-2感染後投與個體。
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物預防SARS-CoV-2感染，降低SARS-CoV-2感染之可能性，減小在SARS-CoV-2攻擊之後發展確定之感染的可能性，減少SARS-CoV-2感染之持續時間，預防或延遲COVID-19之一或多種症狀之發作，降低COVID-19之一或多種症狀的頻率及/或嚴重程度，及/或減小與COVID-19相關之住院或死亡的風險，或其任何組合。
示例性COVID-19症狀包括但不限於呼吸短促、呼吸困難、呼吸速率大於或等於20次呼吸/分鐘、SpO2異常、下呼吸道疾病之臨床或放射學證據、深層靜脈栓塞之放射學證據、呼吸衰竭、休克跡象、顯著腎、肝及神經功能障礙。
本文進一步提供(a)本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)；(b)本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))；(c)本文所描述之載體(例如包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載體)；(d)本文所描述之載劑(例如包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或本文所描述之核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子) (例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載劑)；(e)本文所描述之疫苗組合物(例如包含前述中之任一者的疫苗組合物)；或(f)本文所描述之醫藥組合物(例如包含前述中之任一者的醫藥組合物)，其用於製造對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之藥劑。
本文進一步提供(a)本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)；(b)本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))；(c)本文所描述之載體(例如包含本文所描述之核酸分子(例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載體)；(d)本文所描述之載劑(例如包含本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))或本文所描述之核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子) (例如包含編碼SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區的核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子))的載劑)；(e)本文所描述之疫苗組合物(例如包含前述中之任一者的疫苗組合物)；或(f)本文所描述之醫藥組合物(例如包含前述中之任一者的醫藥組合物)，其用於對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之方法中，該方法包含向有需要之個體投與SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如該SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物。 5.13.4.2 對個體利用 SARS-CoV-2 mRNA 疫苗疫苗接種之方法
本文提供對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之方法，該方法包含向該個體投與(a)編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其融合物或結合物)的mRNA分子(例如本文所描述之mRNA分子)、(b)包含該mRNA分子之載體、(c)包含該mRNA分子或該載體之載劑、(d)包含該mRNA分子、該載體或該載劑之疫苗組合物、或(e)包含該mRNA分子、該載體、該載劑或該疫苗組合物之醫藥組合物，藉此對該個體針對SARS-CoV-2疫苗接種。
在一些實施例中，mRNA分子調配於脂質奈米粒子中，該疫苗組合物具有以下特徵：(a)該等LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及PEG脂質；(b)該等LNP具有在80 nm與160 nm之間的平均粒度；及(c)該mRNA包含：(i) 5'-帽結構；(ii) 5'-UTR；(iii) N1-甲基-假尿苷、胞嘧啶、腺嘌呤及鳥嘌呤；(iv) 3'-UTR；及(v) 聚腺苷酸區
在一些實施例中，SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、mRNA分子、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以足以對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之量及時間投與個體。
在一些實施例中，本文所描述之mRNA分子、載體、載劑、疫苗組合物及醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。
在一些實施例中，本文所描述之mRNA分子、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打投與個體。
在一些實施例中，本文所描述之mRNA分子、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之加打投與個體。
在一些實施例中，本文所描述之mRNA分子、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物作為同源初打-加打方案中之疫苗初打及疫苗加打投與個體。
在一些實施例中，本文所描述之mRNA分子、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之初打投與個體。方案中之加打疫苗組合物可為基於mRNA、DNA、病毒載體(例如腺病毒載體、腺相關病毒載體、慢病毒載體、水泡性口炎病毒載體、牛痘病毒載體或麻疹病毒載體)、肽或蛋白質、病毒樣粒子(VLP)、衣殼樣粒子(CLP)、活減毒病毒、不活化病毒(滅活疫苗)及其類似物之疫苗。在一些實施例中，初打疫苗組合物含有與加打疫苗相同之免疫原。在一些實施例中，初打疫苗含有與加打疫苗不同之免疫原。
在一些實施例中，本文所描述之mRNA分子、載體、載劑、疫苗組合物及醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與個體。方案中之初打疫苗組合物可為基於mRNA、DNA、病毒載體(例如腺病毒載體、腺相關病毒載體、慢病毒載體、水泡性口炎病毒載體、牛痘病毒載體或麻疹病毒載體)、肽或蛋白質、病毒樣粒子(VLP)、衣殼樣粒子(CLP)、活減毒病毒、不活化病毒(滅活疫苗)及其類似物之疫苗。在一些實施例中，初打疫苗組合物含有與加打疫苗相同之免疫原。在一些實施例中，初打疫苗含有與加打疫苗不同之免疫原。
在一些實施例中，單一劑量之mRNA分子、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體。在一些實施例中，一系列劑量之mRNA分子、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物投與個體(例如以設定間隔(例如相隔2週、3週)或在一定範圍內(例如相隔2-6週)給與兩次劑量)。
在一些實施例中，mRNA分子、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物以治療有效量投與個體。在一些實施例中，mRNA分子以約30-200 mcg (例如30 mcg、50 mcg、75 mcg、100 mcg、150 mcg或200 mcg)之劑量投與。
在一些實施例中，mRNA分子、載體、載劑或醫藥組合物作為預防性治療投與個體。在一些實施例中，mRNA分子、載體、載劑或醫藥組合物在SARS-CoV-2感染或SARS-CoV-2感染相關疾病之至少一種症狀發作後作為治療來投與。
在一些實施例中，mRNA分子、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物在確定個體患有或未患SARS-CoV-2感染後投與個體。
在一些實施例中，mRNA分子、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物預防SARS-CoV-2感染，降低SARS-CoV-2感染之可能性，減小在SARS-CoV-2攻擊之後發展確定之感染的可能性，減少SARS-CoV-2感染之持續時間，預防或延遲COVID-19之一或多種症狀之發作，降低COVID-19之一或多種症狀的頻率及/或嚴重程度，及/或減小與COVID-19相關之住院或死亡的風險，或其任何組合。
示例性COVID-19症狀包括但不限於呼吸短促、呼吸困難、呼吸速率大於或等於20次呼吸/分鐘、SpO2異常、下呼吸道疾病之臨床或放射學證據、深層靜脈栓塞之放射學證據、呼吸衰竭、休克跡象、顯著腎、肝及神經功能障礙。
本文進一步提供(a)編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))(或其融合物或結合物)的mRNA分子(例如本文所描述之mRNA分子)、(b)包含該mRNA分子之載體、(c)包含該mRNA分子或該載體之載劑、(d)包含該mRNA分子、該載體或該載劑之疫苗組合物、或(e)包含該mRNA分子、該載體、該載劑或該疫苗組合物之醫藥組合物，其用於製造對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之藥劑。
本文進一步提供(a)編碼本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))(或其融合物或結合物)的mRNA分子(例如本文所描述之mRNA分子)、(b)包含該mRNA分子之載體、(c)包含該mRNA分子或該載體之載劑、(d)包含該mRNA分子、該載體或該載劑之疫苗組合物、或(e)包含該mRNA分子、該載體、該載劑或該疫苗組合物之醫藥組合物，其用於在個體中針對SARS-CoV-2疫苗接種。在一些實施例中，方法包含向有需要之個體投與mRNA分子、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物。 5.14 套組
本文提供套組，其包含至少一種本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、本文所描述之核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、本文所描述之載體、本文所描述之載劑、本文所描述之疫苗組合物及/或本文所描述之醫藥組合物。此外，該套組可包含用於溶解或稀釋之液體媒劑，及/或技術說明書。該套組之技術說明書可含有關於投與及劑量及個體(例如個體組)之資訊。
在一些實施例中，本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物提供於套組之另一部分中，其中本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物視情況經凍乾、噴霧乾燥或噴霧-冷凍乾燥。套組可進一步含有用於溶解經乾燥或凍乾之醫藥組合物之媒劑(例如緩衝溶液)的部分。
在一些實施例中，套組包含SARS-CoV-2棘蛋白之或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物之單一劑量容器。在一些實施例中，套組包含用於投與本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物之多劑量容器及/或投與裝置(例如用於皮內注射之注射器或用於肌肉內注射之注射器)。
在一些實施例中，套組在與本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物分開之容器中包含佐劑。套組可進一步含有關於在投與前混合本文所描述之SARS-CoV-2棘蛋白或多肽(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、核酸分子(例如RNA分子，例如mRNA分子)、載體、載劑、疫苗組合物或醫藥組合物與佐劑或共投與之技術說明書。
本文所描述之套組中之任一者均可用於本文所描述之任何方法(例如§5.13)中。本文所描述之套組中之任一者可用於如本文所定義之治療或預防中(例如用於治療、改善及/或預防SARS-CoV-2感染)。 6. 實例 6.1 實例 1. SARS-CoV-2 RNA 疫苗 .
以下實例提供一種製備mRNA疫苗之示例性方法，該mRNA疫苗包含編碼本文中所鑑定之任一種或複數種免疫原的mRNA (例如包含表2中所闡述之胺基酸取代的免疫原)。 6.1.1 DNA 製備
製備包含SARS-CoV-2蛋白(例如免疫原)之DNA構築體，且用於後續RNA活體外轉錄，該等蛋白質包含至少一種表2中所闡述之胺基酸取代。DNA編碼序列之製備可包括針對穩定化及表現而進行之密碼子最佳化，其係藉由引入特定密碼子以產生具有最佳化G/C含量之DNA編碼序列來進行(如本文所論述)。將最佳化編碼序列引入包含3'-UTR、5-UTR及聚腺苷酸化序列之DNA質體中。所獲得之DNA質體係使用此項技術中已知之常用方案在細菌中轉型及繁殖。隨後提取DNA質體，純化且用於RNA活體外轉錄。 6.1.2 RNA 之活體外轉錄
在適合的緩衝條件下，使用T7 RNA聚合酶，在核苷酸混合物(ATP/GTP/CTP/UTP)及5'帽(或類似物)存在下，使用用於DNA依賴性RNA活體外轉錄之限制酶對DNA質體進行酶促線性化。所獲得之RNA構築體使用此項技術中已知之適合方法，例如RP-HPLC純化。RNA活體外轉錄在經修飾核苷酸存在下進行以將例如假尿苷或N1-甲基假尿苷(m1ψ)併入RNA中，代替UTP。在一些情況下，在活體外轉錄之後使用如此項技術中通常已知之封端酶將5'帽酶促添加至RNA中。 6.1.3製備LNP及囊封之RNA
LNP係根據此項技術中已知之通用程序，使用例如陽離子脂質、結構脂質、PEG-脂質及膽固醇來製備，參見例如WO2015199952、WO2017004143及WO2017075531，各文獻之全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。將脂質溶液(於乙醇中)與RNA (於水溶液中)混合於小型T片中以將mRNA囊封於LNP中，參見例如Reichmuth, Andreas M等人 「mRNA vaccine delivery using lipid nanoparticles.」 Therapeutic delivery第7卷, 5 (2016): 319-34. doi:10.4155/tde-2016-0006，其全部內容以引用之方式併入本文中以達成所有目的。根據需要經由透析對LNP調配之mRNA進行再緩衝，且使用超速離心來濃縮至目標濃度。
本發明之範疇不受本文所描述之具體實施例限制。實際上，根據前文描述及附圖，除所描述之修改之外，本發明之各種修改對熟習此項技術者而言將變得顯而易見。該等修改欲在隨附申請專利範圍之範疇內。
本文所引用之所有參考文獻(例如公開案或專利或專利申請案)均以全文引用之方式且出於所有目的併入本文中，其引用程度如同各個別參考文獻(例如公開案或專利或專利申請案)具體地且個別地指示為出於所有目的以全文引用之方式併入一般。
其他實施例在以下申請專利範圍內。
圖 1A-1C描繪參考SARS-CoV-2棘蛋白Wuhan-Hu-1棘蛋白參考序列(SEQ ID NO: 1)及其變異體(SEQ ID NO: 6)之胺基酸序列的序列比對。
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Claims (220)

  1. 一種核酸分子，其包含至少一個編碼SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之編碼區， 其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少一組表2或表4中闡述之胺基酸取代。
  2. 如請求項1之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含SARS-CoV-2棘蛋白受體結合域(RBD)。
  3. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列由SARS-CoV-2棘蛋白受體結合域(RBD)組成。
  4. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含保留結合ACE2能力之全長SARS-CoV-2棘蛋白之片段。
  5. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列由保留結合ACE2能力之全長SARS-CoV-2棘蛋白之片段組成。
  6. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含全長SARS-CoV-2棘蛋白。
  7. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列由全長SARS-CoV-2棘蛋白組成。
  8. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少一組表2中闡述之胺基酸取代。
  9. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸。
  10. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含約10-15、10-20、10-30、10-40、10-50、10-60、10-70、10-80、10-90、10-100、10-200、10-300、10-400、10-500、10-600、10-700、10-800、10-900、10-1000、10-1100、10-1200或10-1300個胺基酸。
  11. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中除該至少一組表2中闡述之胺基酸取代外，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者(例如SEQ ID NO: 1-5中之任一者)中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸之連續段(contiguous stretch)至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  12. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中除該至少一組表2中闡述之胺基酸取代外，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者(例如SEQ ID NO: 1-5中之任一者)中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  13. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含複數組表2中所闡述之胺基酸取代。
  14. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組或更多組表2中所闡述之胺基酸取代。
  15. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未闡述之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  16. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者(例如SEQ ID NO: 1-5中之任一者)中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  17. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。
  18. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中相對於SEQ ID NO: 1-2中之任一者中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異，使該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。
  19. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含在胺基酸位置986之脯胺酸及/或在胺基酸位置987之脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1中所示之胺基酸位置。
  20. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體(motif)，其包含一個非天然存在之糖基化位點。
  21. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含添加一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。
  22. 如請求項20或21之核酸分子，其中該非天然存在之糖基化位點為N-糖基化位點。
  23. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與表3中所示蛋白質之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  24. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 11-28中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  25. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 11-16中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  26. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 17-22中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  27. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 23-28中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  28. 如請求項1至7中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少一組表4中闡述之胺基酸取代。
  29. 如請求項28之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸。
  30. 如請求項28至29中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含約10-15、10-20、10-30、10-40、10-50、10-60、10-70、10-80、10-90、10-100、10-200、10-300、10-400、10-500、10-600、10-700、10-800、10-900、10-1000、10-1100、10-1200或10-1300個胺基酸。
  31. 如請求項28至30中任一項之核酸分子，其中除該至少一組表4中闡述之胺基酸取代外，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者(例如SEQ ID NO: 6-10中之任一者)中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  32. 如請求項28至31中任一項之核酸分子，其中除該至少一組表4中闡述之胺基酸取代外，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者(例如SEQ ID NO: 6-10中之任一者)中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  33. 如請求項28至32中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含複數組表4中所闡述之胺基酸取代。
  34. 如請求項28至33中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組或更多組表4中所闡述之胺基酸取代。
  35. 如請求項28至34中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未闡述之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  36. 如請求項28至35中任一項之核酸分子，其中相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者(例如SEQ ID NO: 6-10中之任一者)中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  37. 如請求項28至36中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。
  38. 如請求項28至37中任一項之核酸分子，其中相對於SEQ ID NO: 6-7中之任一者中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異，使該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。
  39. 如請求項28至38中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含在胺基酸位置986之脯胺酸及/或在胺基酸位置987之脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1中所示之胺基酸位置。
  40. 如請求項28至39中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。
  41. 如請求項28至40中任一項之核酸分子，其中相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含添加一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。
  42. 如請求項40或41之核酸分子，其中該非天然存在之糖基化位點為N-糖基化位點。
  43. 如請求項28至42中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與表5中所示蛋白質之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  44. 如請求項28至43中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  45. 如請求項28至44中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-44中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  46. 如請求項28至45中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 45-60中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  47. 如請求項28至46之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 61-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  48. 如請求項1至7中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少一組表2中闡述之胺基酸取代及至少一組表4中闡述之胺基酸取代。
  49. 如請求項48之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸。
  50. 如請求項48至49中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含約10-15、10-20、10-30、10-40、10-50、10-60、10-70、10-80、10-90、10-100、10-200、10-300、10-400、10-500、10-600、10-700、10-800、10-900、10-1000、10-1100、10-1200或10-1300個胺基酸。
  51. 如請求項48至50中任一項之核酸分子，其中除該至少一組表2中闡述之胺基酸取代及該至少一組表4中闡述之胺基酸取代外，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  52. 如請求項48至51中任一項之核酸分子，其中除該至少一組表2中闡述之胺基酸取代及該至少一組表4中闡述之胺基酸取代外，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  53. 如請求項48至52中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含複數組表2中所闡述之胺基酸取代。
  54. 如請求項48至53中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組或更多組表2中所闡述之胺基酸取代。
  55. 如請求項48至54中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未闡述之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  56. 如請求項48至55中任一項之核酸分子，其中相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  57. 如請求項48至56中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含複數組表4中所闡述之胺基酸取代。
  58. 如請求項48至57中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組或更多組表4中所闡述之胺基酸取代。
  59. 如請求項48至58中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未闡述之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  60. 如請求項48至59中任一項之核酸分子，其中相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  61. 如請求項48至60中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。
  62. 如請求項48至61中任一項之核酸分子，其中相對於SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 6或SEQ ID NO: 7中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異，使該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。
  63. 如請求項48至62中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含在胺基酸位置986之脯胺酸及/或在胺基酸位置987之脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1中所示之胺基酸位置。
  64. 如請求項48至63中任一項之核酸分子，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。
  65. 如請求項48至64中任一項中任一項之核酸分子，其中相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的胺基酸序列，所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的胺基酸序列包含添加一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。
  66. 如請求項64或65之核酸分子，其中該非天然存在之糖基化位點為N-糖基化位點。
  67. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中所編碼之SARS-CoV-2棘蛋白為免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)。
  68. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中該核酸分子為RNA分子、DNA分子，或DNA/RNA分子。
  69. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中該核酸分子為RNA分子。
  70. 如請求項68或69之核酸分子，其中該RNA分子為可轉譯RNA分子。
  71. 如請求項68至70中任一項之核酸分子，其中該RNA分子為信使RNA (mRNA)分子。
  72. 如請求項68至70中任一項之核酸分子，其中該RNA分子為環狀RNA分子。
  73. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中該核酸分子包含至少一個經修飾之核苷酸。
  74. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中該核酸分子包含N1-甲基-假尿苷、胞嘧啶、腺嘌呤及鳥嘌呤。
  75. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中該核酸分子包含異源5'-非轉譯區(UTR)、3'-UTR、或5'-UTR及3'-UTR兩者。
  76. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中該核酸分子包含聚腺苷酸(poly(A))序列。
  77. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中該核酸分子包含5'帽結構。
  78. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中該核酸分子之核苷酸序列經密碼子最佳化。
  79. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中該核酸分子進一步編碼異源蛋白質。
  80. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中該核酸分子編碼信號肽。
  81. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中該核酸分子編碼同源或異源信號肽。
  82. 如前述請求項中任一項之核酸分子，其中該核酸分子不編碼信號肽。
  83. 一種載體，其包含如前述請求項中任一項之核酸分子。
  84. 如請求項83之載體，其中該載體為非病毒載體(例如質體)或病毒載體。
  85. 一種結合物，其包含如請求項1至82中任一項之核酸分子可操作地連接(例如直接或間接地(例如經由連接子)) 至異源部分(例如異源蛋白質)。
  86. 一種組合物，其包含如請求項1至82中任一項之核酸分子、如請求項83至84中任一項之載體或如請求項85之結合物中的至少一者。
  87. 如請求項86之組合物，其包含複數種如請求項1至82中任一項之核酸分子，其中由該複數種核酸分子中之各核酸分子編碼的該SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列不同。
  88. 如請求項87之組合物，其中該複數種核酸分子包含至少兩種如請求項1至82中任一項之核酸分子，其中由該至少2種核酸分子中之各者編碼的該SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含表2或表4中所闡述之不同組之胺基酸取代，或表2或表4中所闡述之胺基酸取代組的不同組合。
  89. 一種組合物，其包含 (a)至少一種如請求項8至27中任一項之核酸分子； (b)至少一種如請求項28至47中任一項之核酸分子；及/或 (c)至少一種如請求項48至66中任一項之核酸分子。
  90. 如請求項86至89中任一項之組合物，其中該(等)核酸分子包含於一或多種載體中。
  91. 如請求項86至90中任一項之組合物，其中該(等)核酸分子或該一或多種載體調配於一或多種載劑中。
  92. 如請求項86至91中任一項之組合物，其進一步包含編碼不包含一組表2或表4中所闡述之胺基酸取代之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))的核酸分子。
  93. 如請求項86至92中任一項之組合物，其中該組合物為包含醫藥學上可接受之賦形劑的醫藥組合物或疫苗組合物。
  94. 如請求項86至93中任一項之組合物，其進一步包含佐劑。
  95. 如請求項91至94中任一項之組合物，其中該載劑為脂質奈米粒子(LNP)、脂質體、脂質複合物，或奈米脂質體。
  96. 如請求項91至95中任一項之組合物，其中該載劑為LNP。
  97. 如請求項96之組合物，其中該LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及/或PEG脂質。
  98. 如請求項96或97之組合物，其中該LNP具有在80 nm與160 nm之間的平均粒度。
  99. 一種SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表2或表4中闡述之胺基酸取代。
  100. 如請求項99之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含SARS-CoV-2棘蛋白受體結合域(RBD)。
  101. 如請求項99或100之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由SARS-CoV-2棘蛋白受體結合域(RBD)組成。
  102. 如請求項99至101中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含保留結合ACE2能力之全長SARS-CoV-2棘蛋白之片段。
  103. 如請求項99至102中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由保留結合ACE2能力之全長SARS-CoV-2棘蛋白之片段組成。
  104. 如請求項99至103中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含全長SARS-CoV-2棘蛋白。
  105. 如請求項99至104中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列由全長SARS-CoV-2棘蛋白組成。
  106. 如請求項99至105中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表2中闡述之胺基酸取代。
  107. 如請求項106之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸。
  108. 如請求項106或107之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含約10-15、10-20、10-30、10-40、10-50、10-60、10-70、10-80、10-90、10-100、10-200、10-300、10-400、10-500、10-600、10-700、10-800、10-900、10-1000、10-1100、10-1200或10-1300個胺基酸。
  109. 如請求項106至108中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中除該至少一組胺基酸取代外，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  110. 如請求項106至109中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中除該至少一組表2中闡述之胺基酸取代外，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  111. 如請求項106至110中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含複數組表2中所闡述之胺基酸取代。
  112. 如請求項106至111中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代。
  113. 如請求項106至112中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未闡述之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  114. 如請求項106至113中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  115. 如請求項106至114中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。
  116. 如請求項106至115中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中相對於SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 2中所示的胺基酸序列，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異，使該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。
  117. 如請求項106至116中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含在胺基酸位置986之脯胺酸及/或在胺基酸位置987之脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1中所示之胺基酸位置。
  118. 如請求項106至117中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。
  119. 如請求項106至118中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的胺基酸序列，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含添加一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。
  120. 如請求項118或119之核酸分子，其中該非天然存在之糖基化位點為N-糖基化位點。
  121. 如請求項106至120中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與表3中所示蛋白質之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  122. 如請求項106至121中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 11-28中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  123. 如請求項106至122中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 11-16中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  124. 如請求項106至123中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 17-22中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  125. 如請求項106至124中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 23-28中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  126. 如請求項99至105中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表4中闡述之胺基酸取代。
  127. 如請求項126之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸。
  128. 如請求項126或127之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含約10-15、10-20、10-30、10-40、10-50、10-60、10-70、10-80、10-90、10-100、10-200、10-300、10-400、10-500、10-600、10-700、10-800、10-900、10-1000、10-1100、10-1200或10-1300個胺基酸。
  129. 如請求項126至128中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中除該至少一組胺基酸取代外，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  130. 如請求項126至129中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中除該至少一組胺基酸取代外，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  131. 如請求項126至130中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含複數組表4中所闡述之胺基酸取代。
  132. 如請求項126至131中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組表4中所闡述之胺基酸取代。
  133. 如請求項126至132中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  134. 如請求項126至133中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  135. 如請求項126至134中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。
  136. 如請求項126至135中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中相對於SEQ ID NO: 6-7中之任一者中所示的胺基酸序列，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異，使該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。
  137. 如請求項126至136中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含在胺基酸位置986之脯胺酸及/或在胺基酸位置987之脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1。
  138. 如請求項126至137中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。
  139. 如請求項126至138中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的胺基酸序列，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含添加一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。
  140. 如請求項138或139之核酸分子，其中該非天然存在之糖基化位點為N-糖基化位點。
  141. 如請求項126至140中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與表5中所示蛋白質之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  142. 如請求項126至141中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  143. 如請求項126至142中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 29-44中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  144. 如請求項126至143中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 45-60中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  145. 如請求項126至144中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 61-76中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  146. 如請求項99至105中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一組表2中闡述之胺基酸取代及至少一組表4中闡述之胺基酸取代。
  147. 如請求項146之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸。
  148. 如請求項146或147之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含10-15、10-20、10-30、10-40、10-50、10-60、10-70、10-80、10-90、10-100、10-200、10-300、10-400、10-500、10-600、10-700、10-800、10-900、10-1000、10-1100、10-1200或10-1300個胺基酸。
  149. 如請求項146至148中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中除該至少一組胺基酸取代外，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的至少10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200或1300個胺基酸之連續段至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  150. 如請求項146至149中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中除該至少一組表2中闡述之胺基酸取代及該至少一組表4中闡述之胺基酸取代外，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列與SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示之胺基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致。
  151. 如請求項146至150中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含複數組表2中所闡述之胺基酸取代。
  152. 如請求項146至151中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少2、3、4、5或6組表2中所闡述之胺基酸取代。
  153. 如請求項146至152中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未闡述之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  154. 如請求項146至153中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中相對於SEQ ID NO: 1-5中之任一者中所示的胺基酸序列，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表2中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  155. 如請求項146至154中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含複數組表4中所闡述之胺基酸取代。
  156. 如請求項146至155中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16組表4中所闡述之胺基酸取代。
  157. 如請求項146至156中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  158. 如請求項146至157中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中相對於SEQ ID NO: 6-10中之任一者中所示的胺基酸序列，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含1或多個(例如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個或更多個)但少於20% (例如少於15%、少於12%、少於10%、少於8%、少於5%)的表4中未列出之胺基酸變異(例如取代、添加、缺失等)。
  159. 如請求項146至158中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。
  160. 如請求項146至159中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中相對於SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 6或SEQ ID NO: 7中所示的胺基酸序列，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異，使該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))在融合前狀態下穩定。
  161. 如請求項146至160中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含在胺基酸位置986之脯胺酸及/或在胺基酸位置987之脯胺酸，胺基酸編號係相對於SEQ ID NO: 1中所示之胺基酸位置。
  162. 如請求項146至161中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。
  163. 如請求項146至162中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中相對於SEQ ID NO: 1-10中之任一者中所示的胺基酸序列，該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含添加一或多個非天然存在之糖基化模體，其包含一個非天然存在之糖基化位點。
  164. 如請求項162或163之核酸分子，其中該非天然存在之糖基化位點為N-糖基化位點。
  165. 如請求項146至164中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含非活性弗林蛋白酶(furin)裂解位點。
  166. 如請求項146至165中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之胺基酸序列包含至少一個胺基酸變異在該弗林蛋白酶裂解位點中使該弗林蛋白酶裂解位點不活化。
  167. 如請求項99至166中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))進一步包含異源蛋白質。
  168. 如請求項99至167中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含信號肽。
  169. 如請求項99至168中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))包含同源或異源信號肽。
  170. 如請求項99至169中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))不包含信號肽。
  171. 如請求項99至170中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)，其中該SARS-CoV-2棘蛋白為免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)。
  172. 一種融合蛋白，其包含如請求項99至171中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) 可操作地連接(例如直接或間接地(例如經由連接子))至異源蛋白質。
  173. 一種結合物，其包含如請求項99至171中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))可操作地連接(例如直接或間接地(例如經由連接子))至異源部分。
  174. 一種組合物，其包含至少一種如請求項99至174或186中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如至少一種SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項172之融合蛋白、如請求項173之結合物，或如請求項185之核酸分子。
  175. 如請求項174之組合物，其中該組合物包含複數種如請求項99至171中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如複數種SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其中該複數種SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之各胺基酸序列包含表2或表4中所闡述之不同組之胺基酸取代，或表2或表4中所闡述之胺基酸取代組的不同組合。
  176. 一種組合物，其包含 (a)至少一種如請求項106至125中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))； (b)至少一種如請求項126至145中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))；及/或 (c)至少一種如請求項146至165中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。
  177. 如請求項174至176中任一項之組合物，其中該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))調配於一或多種載劑中。
  178. 如請求項174至177中任一項之組合物，其進一步包含不包含一組表2或表4中所闡述之胺基酸取代的SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。
  179. 如請求項174至178中任一項之組合物，其中該組合物為包含醫藥學上可接受之賦形劑的醫藥組合物。
  180. 如請求項174至179中任一項之組合物，其進一步包含佐劑。
  181. 如請求項174至180中任一項之組合物，其中該載劑為脂質奈米粒子(LNP)、脂質體、脂質複合物，或奈米脂質體。
  182. 如請求項174至181中任一項之組合物，其中該載劑為LNP。
  183. 如請求項182之組合物，其中該LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及/或PEG脂質。
  184. 如請求項182或183之組合物，其中該LNP具有在80 nm與160 nm之間的平均粒度。
  185. 一種核酸分子，其編碼如請求項99至171中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))。
  186. 一種SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))，其藉由如請求項1至82中任一項之核酸分子編碼。
  187. 一種載劑，其包含如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項192至198中任一項之疫苗組合物，或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物。
  188. 如請求項187之載劑，其中該載劑為脂質奈米粒子(LNP)、脂質體、脂質複合物，或奈米脂質體。
  189. 如請求項188之載劑，其中該載劑為LNP。
  190. 如請求項188或189之載劑，其中該LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及/或PEG脂質。
  191. 如請求項188至190中任一項之載劑，其中該LNP具有在80 nm與160 nm之間的平均粒度。
  192. 一種疫苗組合物，其包含如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑，或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物。
  193. 如請求項192之疫苗組合物，其中該疫苗組合物為初打(prime)疫苗組合物。
  194. 如請求項192或193之疫苗組合物，其中該疫苗組合物為加打(boost)疫苗組合物。
  195. 如請求項192至194中任一項之疫苗組合物，其中該疫苗組合物為初打疫苗組合物及加打疫苗組合物。
  196. 如請求項192至195中任一項之疫苗組合物，其中該疫苗組合物可用作同源或異源初打加打疫苗方案中之初打疫苗組合物及/或加打疫苗組合物。
  197. 一種疫苗組合物，其包含編碼包含至少一個表2或表4中所闡述之胺基酸取代的SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之信使核糖核酸(mRNA)調配於脂質奈米粒子中，該疫苗組合物具有以下特徵：(a)該等LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及PEG脂質；(b)該等LNP具有在80 nm與160 nm之間的平均粒度；及(c)該mRNA包含：(i) 5'-帽結構；(ii) 5'-UTR；(iii) N1-甲基-假尿苷、胞嘧啶、腺嘌呤及鳥嘌呤；(iv) 3'-UTR；及(v) 聚腺苷酸(poly-A)區。
  198. 如請求項192至197中任一項之疫苗組合物，其中該疫苗組合物進一步包含佐劑。
  199. 一種醫藥組合物，其包含如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑，或如請求項192至198中任一項之疫苗組合物，及醫藥學上可接受之賦形劑。
  200. 一種醫藥組合物，其包含編碼包含至少一個表2或表4中所闡述之胺基酸取代的SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))之信使核糖核酸(mRNA)調配於脂質奈米粒子中，該醫藥組合物具有以下特徵：(a)該等LNP包含陽離子脂質、中性脂質、膽固醇，及PEG脂質；(b)該等LNP具有在80 nm與160 nm之間的平均粒度；及(c)該mRNA包含：(i) 5'-帽結構；(ii) 5'-UTR；(iii) N1-甲基-假尿苷、胞嘧啶、腺嘌呤及鳥嘌呤；(iv) 3'-UTR；及(v) 聚腺苷酸區。
  201. 如請求項199至200中任一項之醫藥組合物，其中該醫藥組合物進一步包含佐劑。
  202. 一種宿主細胞，其包含如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑、如請求項192至198中任一項之疫苗組合物，或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物。
  203. 一種套組，其包含如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑、如請求項202之細胞、如請求項192至198中任一項之疫苗組合物，或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物。
  204. 如請求項203之套組，其包含該核酸分子、載體、蛋白質(或其免疫原片段或免疫原變異體)、結合物、融合蛋白、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物之使用說明書。
  205. 一種向有需要之個體遞送核酸分子、載體、蛋白質(或其免疫原片段或免疫原變異體)、結合物、融合蛋白、宿主細胞、載劑、組合物、疫苗組合物或醫藥組合物之方法，該方法包含向該個體投與如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑、如請求項192至198中任一項之疫苗組合物，或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物，藉此向該個體遞送該核酸分子、該載體、該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、該結合物、該融合蛋白、該宿主細胞、該載劑、該組合物、該疫苗組合物或該醫藥組合物。
  206. 一種誘導或增強有需要個體之免疫反應的方法，該方法包含投與如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑、如請求項192至198中任一項之疫苗組合物，或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物，藉此誘導或增強該個體之免疫反應。
  207. 一種預防、改善或治療有需要個體之SARS-CoV-2感染的方法，該方法包含向該個體投與如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑、如請求項192至198中任一項之疫苗組合物，或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物，藉此預防、改善或治療該個體之SARS-CoV-2感染。
  208. 一種對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之方法，該方法包含向該個體投與如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑、如請求項192至198中任一項之疫苗組合物，或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物，藉此對該個體針對SARS-CoV-2疫苗接種。
  209. 一種對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之方法，該方法包含向該個體投與(a)編碼如請求項99至171或186中任一項之SARS-CoV-2棘蛋白(例如SARS-CoV-2棘蛋白或多肽免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體)) (或其結合物或融合蛋白)的mRNA分子(例如本文所描述之mRNA分子)；(b)包含該mRNA分子之載體；(c)包含該mRNA分子或該載體之載劑；(d)包含該mRNA分子、該載體或該載劑之疫苗組合物；或(e)包含該mRNA分子、該載體、該載劑或該疫苗組合物之醫藥組合物，藉此對該個體針對SARS-CoV-2疫苗接種，藉此對該個體針對SARS-CoV-2疫苗接種。
  210. 一種對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之方法，該方法包含向該個體投與如請求項192至188中任一項之疫苗組合物或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物，藉此對該個體針對SARS-CoV-2疫苗接種。
  211. 如請求項205至210中任一項之方法，其中該核酸分子、該載體、該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、該結合物、該融合蛋白、該載劑、該組合物、該疫苗組合物或該醫藥組合物投與該個體至少兩次。
  212. 如請求項205至211中任一項之方法，其中該個體為人類。
  213. 如請求項205至212中任一項之方法，其中該核酸分子、該載體、該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、該結合物、該融合蛋白、該載劑、該組合物、該疫苗組合物或該醫藥組合物作為同源或異源初打-加打方案中之初打及/或加打投與。
  214. 如請求項205至213中任一項之方法，其中該核酸分子、該載體、該SARS-CoV-2棘蛋白(例如該SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、該結合物、該融合蛋白、該載劑、該組合物、該疫苗組合物或該醫藥組合物作為異源初打-加打方案中之加打投與。
  215. 如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑、如請求項192至198中任一項之疫苗組合物或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物，其用於製造誘導及/或增強有需要之個體之免疫反應的藥劑。
  216. 如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑、如請求項192至198中任一項之疫苗組合物或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物，其用於製造預防、改善及/或治療有需要之個體之SARS-CoV-2感染的藥劑。
  217. 如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑、如請求項192至198中任一項之疫苗組合物或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物，其用於製造對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之藥劑。
  218. 如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑、如請求項192至198中任一項之疫苗組合物或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物，其用於誘導或增強有需要個體之免疫反應的方法中，該方法包含向該有需要之個體投與該核酸分子、該蛋白質、該載體、該結合物、該融合蛋白、該宿主細胞、該載劑、該組合物、該疫苗組合物或該醫藥組合物。
  219. 如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑、如請求項192至198中任一項之疫苗組合物或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物，其用於預防、改善及/或治療有需要之個體之SARS-CoV-2感染的方法中，該方法包含向該有需要之個體投與該核酸分子、該蛋白質、該載體、該結合物、該融合蛋白、該宿主細胞、該載劑、該組合物、該疫苗組合物或該醫藥組合物。
  220. 如請求項1至82或185中任一項之核酸分子、如請求項99至171或186中任一項之蛋白質(例如SARS-CoV-2棘蛋白免疫原(或其免疫原片段及/或免疫原變異體))、如請求項83至84中任一項之載體、如請求項85或173之結合物、如請求項172之融合蛋白、如請求項202之宿主細胞、如請求項86至98或174至184中任一項之組合物、如請求項187至191中任一項之載劑、如請求項192至198中任一項之疫苗組合物或如請求項199至201中任一項之醫藥組合物，其用於對個體針對SARS-CoV-2疫苗接種之方法中，該方法包含向該有需要之個體投與該核酸分子、該蛋白質、該載體、該結合物、該融合蛋白、該宿主細胞、該載劑、該組合物、該疫苗組合物或該醫藥組合物。
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