TW202321311A - 與scFv等之連接子結合的抗體 - Google Patents
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Abstract
本發明提供以新結合樣式對連接子進行結合之抗體。更具體而言,本發明提供結合至scFv結構中之第一區域與連接子的連結部之抗體、及結合至連接子與第二區域的連結部之抗體。
Description
本發明係與scFv等之連接子結合的抗體。本發明特別是關於一種抗體,所述抗體結合至scFv的框架區域與連接子區域的連結部,且不論scFv的CDR區域的序列為何,皆能辨識各種的scFv。
在融合蛋白質中,蛋白質之間有時會透過連接子連結。作為連接子,能使用由G與S所構成之GS連接子等可撓性連接子,在一部分的用途中,要求在蛋白質之間的連結中未加成結構性限制。
作為抗體的片段,已知有scFv。在scFv中,抗體的重鏈可變區與輕鏈可變區係透過連接子連結。此種融合蛋白質可藉由蛋白質L而檢測。但是,蛋白質L對其他的免疫球蛋白亦具有親和性,對scFv的特異性不高,因此不適於使用在活體內、使用在混合存在其他的免疫球蛋白之系統中等(非專利文獻1)。目前正在開發與此種融合蛋白質的連接子結合之抗體。例如,在專利文獻1中,已公開與Whitlow連接子結合之抗體。此等文獻中,為了避免連接子的免疫原性低,而將脯胺酸(P)、離胺酸(K)、天冬醯胺酸(D)等胺基酸插入連接子。
[先行技術文獻]
[專利文獻]
[專利文獻1]US2019/0092818A
[非專利文獻]
[非專利文獻1]Hu Y. and Huang J., Front. Immunol. 11:1770, 2020.
[發明所欲解決的問題]
本發明提供與scFv等之連接子結合的抗體。更具體而言,本發明提供一種抗體,其結合至scFv中抗體的重鏈可變區或輕鏈可變區與連接子的連結部。
本發明人等製作結合至抗體的重鏈可變區或輕鏈可變區與連接子的連結部之抗體。藉此,發現不論連接子本身的免疫原性的高低為何,皆可獲得與連接子周邊部結合之抗體。並發現所得之抗體不論scFv的互補決定區(CDR)序列為何,皆會與各種的scFv結合。本發明係基於此種見解。
根據本發明,例如提供以下的發明。
[1]一種抗體,其係與包含第一區域、連接子及第二區域之scFv結合之抗體,
在前述scFv中,前述第一區域、前述連接子及前述第二區域係從N端側朝向C端側以此順序被配置,
第一區域及第二區域分別為抗體的重鏈可變區及抗體的輕鏈可變區,或抗體的輕鏈可變區及抗體的重鏈可變區,
前述抗體為滿足以下(i)~(vi)的至少1個之抗體:
{(i)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有:(i-a)第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;以及(i-b)與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長;
(ii)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有:(ii-a)與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即連接子的從C端側起1~10胺基酸的區域;以及(ii-b)第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長;
(iii)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有序列識別號19、20、23及24的任一者所記載之胺基酸序列;
(iv)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有序列識別號19~24及50~71的任一者所記載之胺基酸序列;
(v)與下述區域結合:(v-a)第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;及/或(v-b)與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域(例如,第一區域與連接子的連結部);以及
(vi)與下述區域結合:(vi-a)與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;及/或(vi-b)第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域(例如,連接子與第二區域的連結部)。
[2]如上述[1]所記載之抗體,其為(i)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有(i-a)第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;以及(i-b)與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長。
[3]如上述[1]所記載之抗體,其為(ii)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有(ii-a)與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;以及(ii-b)第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長。
[4]如上述[1]所記載之抗體,其為(iii)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有序列識別號19、20、23及24的任一者所記載之胺基酸序列。
[5]如上述[1]所記載之抗體,其為(iv)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有序列識別號19~24及50~71的任一者所記載之胺基酸序列。
[6]如上述[1]所記載之抗體,其為(v)與下述區域結合:(v-a)第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;及/或(v-b)與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域(例如,第一區域與連接子的連結部)。
[7]如上述[1]所記載之抗體,其為(vi)與下述區域結合:(vi-a)與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;及/或(vi-b)第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域(例如,連接子與第二區域的連結部)。
[8]如上述[1]~[7]的任一項所記載之抗體,其為(vii)對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv不表現有意義的結合親和性。
[9]如上述[1]~[7]的任一項所記載之抗體,其為(viii)對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv亦表現有意義的結合親和性。
[10]如上述[1]~[9]的任一項所記載之抗體,其與包含前述scFv之嵌合抗原受體(CAR)結合。
[11]如上述[1]~[10]的任一項所記載之抗體,其與表現包含前述scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞結合。
[12]一種方法,其係檢測表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞的方法,且包含使上述細胞與如上述[11]所記載之抗體接觸。
[13]一種套組或檢查藥,其係用於檢測表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞的套組或檢查藥,且包含如上述[11]所記載之抗體。
[14]一種方法,其係在對象中將表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞進行標定化之方法,且包含:
將表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞投予至對象;以及
將如上述[11]所記載之抗體投予至對象。
[15]一種抗體製劑,其係用於在已投予表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞的對象中,將表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞進行標定化所使用之抗體製劑,且包含如上述[11]所記載之抗體。
[16]一種方法,其係取得與scFv結合之抗體的方法(或者選擇或辨識與scFv結合之抗體的方法),
scFv包含第一區域、連接子及第二區域,在前述scFv中,前述第一區域、前述連接子及前述第二區域係從N端側朝向C端側以此順序被配置,第一區域及第二區域分別為抗體的重鏈可變區及抗體的輕鏈可變區,或抗體的輕鏈可變區及抗體的重鏈可變區,
方法包含從抗體群選擇或辨識與scFv結合之抗體,所述抗體為滿足以下(i)~(vi)的至少1個之抗體:
{(i)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有:第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;以及與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長;
(ii)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有:與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;以及第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長;
(iii)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有序列識別號19、20、23及24的任一者所記載之胺基酸序列;
(iv)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有序列識別號19~24及50~71的任一者所記載之胺基酸序列;
(v)與以下區域結合:第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;以及與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域;以及
(vi)與以下區域結合:與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;以及第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域}。
[17]如上述[16]所記載之方法,其為(vii)抗體對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv不表現有意義的結合親和性。
[18]如上述[16]所記載之方法,其為(viii)抗體即使對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv亦表現有意義的結合親和性。
[19]如上述[16]~[18]的任一項所記載之方法,其中,進一步包含使抗體產生細胞產生具有該經篩選之抗體的重鏈CDR1~3及輕鏈CDR1~3的胺基酸序列之抗體。
[20]如上述[2]~[7]的任一項所記載之抗體,其進一步滿足上述(vii)。
[21]如上述[2]~[7]的任一項所記載之抗體,其進一步滿足上述(viii)。
[22]如上述[2]~[8]的任一項所記載之抗體,其對於不包含第一區域或第二區域的部分肽而包含連接子部分的胺基酸序列之肽,不進行結合或僅以弱的結合親和性進行結合。
[23]如上述[2]~[7]及[9]的任一項所記載之抗體,其即使對於不包含第一區域或第二區域的部分肽而包含連接子部分的胺基酸序列之肽,亦會進行結合。
[24]如上述[10]或[11]的任一項所記載之抗體,其進一步滿足上述(vii)。
[25]如上述[10]或[11]的任一項所記載之抗體,其進一步滿足上述(viii)。
[26]如上述[10]或[11]的任一項所記載之抗體,其對於不包含第一區域或第二區域的部分肽而包含連接子部分的胺基酸序列之肽,不進行結合或僅以弱的結合親和性進行結合。
[27]如上述[10]或[11]的任一項所記載之抗體,其即使對於不包含第一區域或第二區域的部分肽而包含連接子部分的胺基酸序列之肽,亦會進行結合。
[28]如上述[20]~[27]的任一項所記載之抗體,其與包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)結合。
[29]一種組合物,其包含如上述[20]~[28]的任一項所記載之抗體。
[30]一種方法,其係檢測表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞的方法,且包含使上述細胞與如上述[28]所記載之抗體接觸。
[31]一種套組或檢查藥,其係用於檢測表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞的套組或檢查藥,且包含如上述[28]所記載之抗體。
[32]一種方法,其係在對象中將表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞進行標定化之方法,且包含:
將表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞投予至對象;以及
將如上述[28]所記載之抗體投予至對象。
[33]一種抗體製劑,其係用於在已投予表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞的對象中,將表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞進行標定化所使用之抗體製劑,且包含如上述[28]所記載之抗體。
[34]如上述[1]所記載之抗體,其中,前述抗體群能藉由上述[1]的(i)~(iv)的任一者所定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得。
[35]如上述[1]的(i)所記載之抗體,其中,前述抗體群能藉由上述[1]的(i)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得。
[36]如上述[1]的(ii)所記載之抗體,其中,前述抗體群能藉由上述[1]的(ii)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得。
[37]如上述[1]的(iii)所記載之抗體,其中,前述抗體群能藉由上述[1]的(iii)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得。
[38]如上述[1]的(iv)所記載之抗體,其中,前述抗體群能藉由上述[1]的(iv)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得。
[39]如上述[16]~[18]的任一項所記載之方法,其中,前述抗體群能藉由上述[16]的(i)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得,且包含選擇如上述[16]的(i)所記載之抗體。
[40]如上述[16]所記載之方法,其中,前述抗體群能藉由上述[16]的(ii)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得,且包含選擇如上述[16]的(ii)所記載之抗體。
[41]如上述[16]所記載之方法,其中,前述抗體群能藉由上述[16]的(iii)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得,且包含選擇如上述[16]的(iii)所記載之抗體。
[42]如上述[16]所記載之方法,其中,前述抗體群能藉由上述[16]的(iv)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得,且包含選擇如上述[16]的(iv)所記載之抗體。
[43]如上述[17]所記載之方法,其中,前述抗體群能藉由上述[16]的(i)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得,且包含選擇如上述[16]的(i)所記載之抗體,所述抗體對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv不表現有意義的結合親和性。
[44]如上述[17]所記載之方法,其中,前述抗體群能藉由上述[16]的(ii)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得,且包含選擇如上述[16]的(ii)所記載之抗體,所述抗體對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv不表現有意義的結合親和性。
[45]如上述[17]所記載之方法,其中,前述抗體群能藉由上述[16]的(iii)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得,且包含選擇如上述[16]的(iii)所記載之抗體,所述抗體對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv不表現有意義的結合親和性。
[46]如上述[17]所記載之方法,其中,前述抗體群能藉由上述[16]的(iv)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得,且包含選擇如上述[16]的(iv)所記載之抗體,所述抗體對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv不表現有意義的結合親和性。
[47]如上述[18]所記載之方法,其中,前述抗體群能藉由上述[16]的(i)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得,且包含選擇如上述[16]的(i)所記載之抗體,所述抗體即使對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv亦表現有意義的結合親和性。
[48]如上述[18]所記載之方法,其中,前述抗體群能藉由上述[16]的(ii)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得,且包含選擇如上述[16]的(ii)所記載之抗體,所述抗體即使對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv亦表現有意義的結合親和性。
[49]如上述[18]所記載之方法,其中,前述抗體群能藉由上述[16]的(iii)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得,且包含選擇如上述[16]的(iii)所記載之抗體,所述抗體即使對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv亦表現有意義的結合親和性。
[50]如上述[18]所記載之方法,其中,前述抗體群能藉由上述[16]的(iv)所能定義之分離短鏈肽將非人類哺乳動物進行免疫而得,且包含選擇如上述[16]的(iv)所記載之抗體,所述抗體即使對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv亦表現有意義的結合親和性。
[51]一種抗體,其係與scFv結合之抗體,且包含:重鏈可變區,其包含具有序列識別號92所記載之胺基酸序列之重鏈CDR1、具有序列識別號93所記載之胺基酸序列之重鏈CDR2、及具有序列識別號94所記載之胺基酸序列之重鏈CDR3;以及輕鏈可變區,其包含具有序列識別號96所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR1、具有序列識別號97所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR2、及具有序列識別號98所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR3。
[52]一種抗體,其係與scFv結合之抗體,且包含:重鏈可變區,其包含具有序列識別號100所記載之胺基酸序列之重鏈CDR1、具有序列識別號101所記載之胺基酸序列之重鏈CDR2、及具有序列識別號102所記載之胺基酸序列之重鏈CDR3;以及輕鏈可變區,其包含具有序列識別號104所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR1、具有序列識別號105所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR2、及具有序列識別號106所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR3。
[53]如上述[51]所記載之抗體,其包含:具有序列識別號91所記載之胺基酸序列之重鏈可變區與具有序列識別號95所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區。
[54]如上述[52]所記載之抗體,其包含:具有序列識別號99所記載之胺基酸序列之重鏈可變區與具有序列識別號103所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區。
[55]一種方法,其係取得(或者選擇或辨識)與scFv結合之抗體的方法,
scFv包含第一區域、連接子及第二區域,在前述scFv中,前述第一區域、前述連接子及前述第二區域係從N端側朝向C端側以此順序被配置,第一區域及第二區域分別為抗體的重鏈可變區及抗體的輕鏈可變區,或抗體的輕鏈可變區及抗體的重鏈可變區,
方法包含從抗體群選擇或辨識與scFv結合之抗體,抗體群係與如上述[53]所記載之抗體針對與scFv的結合進行競爭之抗體群。
[56]一種方法,其係取得(或者選擇或辨識)與scFv結合之抗體的方法,
scFv包含第一區域、連接子及第二區域,在前述scFv中,前述第一區域、前述連接子及前述第二區域係從N端側朝向C端側以此順序被配置,第一區域及第二區域分別為抗體的重鏈可變區及抗體的輕鏈可變區,或抗體的輕鏈可變區及抗體的重鏈可變區,
方法包含從抗體群選擇或辨識與scFv結合之抗體,抗體群係與如上述[54]所記載之抗體針對與scFv的結合進行競爭之抗體群。
[57]如上述任一項所記載之抗體,其不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合。
[58]如上述任一項所記載之抗體,其不與VH-L1-VL型scFv實質地結合,而與VL-L1-VH型scFv結合。
[59]如上述任一項所記載之抗體,其不與VL-L1-VH型scFv實質地結合,而與VH-L1-VL型scFv結合。
[60]如上述任一項所記載之抗體,其不與VH-L2-VL型scFv實質地結合,而與VL-L2-VH型scFv結合。
[61]如上述任一項所記載之抗體,其不與VL-L2-VH型scFv實質地結合,而與VH-L2-VL型scFv結合。
[62]如上述[58]所記載之抗體,其不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合。
[63]如上述[59]所記載之抗體,其不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合。
[64]如上述[60]所記載之抗體,其不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合。
[65]如上述[61]所記載之抗體,其不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合。
[66]如上述任一項所記載之抗體,其為人類嵌合抗體、人源化(humanized)抗體或人類抗體(human antibody)。
[67]如上述任一項所記載之抗體,其為非人類動物抗體。
[68]一種組合物,其包含如上述任一項所記載之抗體。
[69]一種組合物,其包含如上述[57]所記載之抗體。
[70]如上述[68]所記載之組合物,其係用於檢測scFv所使用。
[71]如上述[68]所記載之組合物,其係用於在人類體內檢測scFv所使用。
[72]如上述[68]所記載之組合物,其係用於在人類體內將scFv進行標定化所使用。
[73]如上述[68]所記載之組合物,其用於在活體內檢測scFv所使用。
[74]如上述[69]所記載之組合物,其係用於檢測scFv所使用。
[75]如上述[69]所記載之組合物,其係用於在人類體內檢測scFv所使用。
[76]如上述[69]所記載之組合物,其係用於在人類體內將scFv進行標定化所使用。
[77]如上述[69]所記載之組合物,其係用於在活體內檢測scFv所使用。
[78]一種組合物,其包含如上述[62]~[65]的任一項所記載之抗體。
[79]如上述[78]所記載之組合物,其係用於檢測scFv所使用。
[80]如上述[78]所記載之組合物,其係用於在人類體內檢測scFv所使用。
[81]如上述[78]所記載之組合物,其係用於在人類體內將scFv進行標定化所使用。
[82]如上述[78]所記載之組合物,其係用於在活體內檢測scFv所使用。
<定義>
本說明書中,「包含」(comprise)能被使用為包含「由…所構成」(consist of)之意義。「包含」意指亦可包含所含者以外的構成要素,「由…所構成」意指實質上不包含所含者以外的構成要素。「由…所組成」意指不包含所含者以外的構成要素。
本說明書中,「對象」為哺乳動物,例如,能為囓齒類(例如,小鼠及大鼠)、狗、貓、牛、馬、豬、靈長類(例如,猴子、大猩猩、紅毛猩猩、侏儒黑猩猩、黑猩猩及人類),例如,能為人類。
本說明書中,所謂「處置」,能被使用為包含治療(治療性處置)與預防(預防性處置)之意義。本說明書中,所謂「治療」,意指治療、治癒、防止疾病或障礙,或者改善緩解,或者降低疾病或障礙的進行速度。本說明書中,所謂「預防」,意指使疾病或疾病狀態的發病的可能性降低,或延緩疾病或疾病狀態的發病。
本說明書中,所謂「疾病」,意指受益於治療之症狀。本說明書中,所謂「癌」,意指惡性腫瘤。
本說明書中,所謂「治療上有效量」,意指為了處置(預防或治療)疾病、狀態等為有效的藥劑的量。治療上有效量的藥劑能使疾病或狀態的症狀的惡化速度降低、阻止前述症狀的惡化、改善前述症狀、治癒前述症狀或抑制前述症狀的發病或發展。
本說明書中,「抗體」意指免疫球蛋白。抗體一般而言係由一對的雙硫鍵所穩定化之2條重鏈(H鏈)與2條輕鏈(L鏈)集合而成之結構。重鏈係由重鏈可變區VH、重鏈恆定區CH1、CH2、CH3及位於CH1與CH2之間之鉸鏈區(hinge region)所構成,輕鏈係由輕鏈可變區VL與輕鏈恆定區CL所構成。其中,由VH與VL所構成之可變區片段(Fv)係直接參與抗原結合並對抗體賦予多樣性之區域。又,將由VL、CL、VH、CH1所構成之抗原結合區域稱為Fab區域,將由鉸鏈區、CH2、CH3所構成之區域稱為Fc區域。可變區之中,直接接觸抗原之區域的變化特別大,被稱為互補決定區(complementarity-determining region,CDR)。將CDR以外的變異較少的部分稱為框架區域(framework region,FR)。在輕鏈與重鏈的可變區中分別存在3個CDR,且分別從N端側起依序稱為重鏈CDR1~3及輕鏈CDR1~3。抗體能為各種的同型的抗體,例如,能為IgG。抗體能為人類嵌合抗體、人源化抗體或人類抗體。人類嵌合抗體能藉由將非人類抗體的恆定區取代成人類抗體的恆定區而製作。人源化抗體能藉由以人類抗體所對應之區域取代非人類抗體的6個CDR以外的區域而製作。人類抗體可使用以人類的基因座所對應之區域取代免疫球蛋白的至少重鏈可變區而成之動物(例如,小鼠)而製作。在恆定區為非人類之情形中,可藉由將恆定區取代成人類的抗體的胺基酸序列而獲得人類抗體。抗體一般而言能針對其抗原進行選擇性或特異性結合。
本說明書中,「CDR」為存在於抗體的重鏈可變區及輕鏈可變區之互補決定區。重鏈及輕鏈可變區中,分別存在3個,從N端起稱為CDR1、CDR2及CDR3。存在於重鏈可變區之CDR被稱為重鏈CDR1~3(HCDR1~3)。存在於輕鏈可變區之CDR被稱為輕鏈CDR1~3(LCDR1~3)。CDR例如能基於Kabat人等的編號(Kabat,E.A.et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th ed., 1991, Bethesda: US Dept. of Health and Human Services, PHS, NIH.)、Chothia、AbM、contact、IMGT、Aho、Martin(Enhanced Chothia)等而決定。如此進行,重鏈CDR1~3及輕鏈CDR1~3分別能基於重鏈可變區及輕鏈可變區的胺基酸序列並基於通常方法而推定。
本說明書中,「scFv」為具有重鏈可變區或其抗原結合區域與輕鏈可變區或其抗原結合區域之抗體的抗原結合性片段。在scFv中,重鏈可變區或其抗原結合區域與輕鏈可變區或其抗原結合區域係透過連接子而連結。本說明書中,scFv係如圖1所示般從N端側朝向C端側依序具有第一區域、連接子及第二區域。第一區域能為重鏈可變區或其抗原結合區域,第二區域能為輕鏈可變區或其抗原結合區域。或者,第一區域能為輕鏈可變區或其抗原結合區域,第二區域能為重鏈可變區或其抗原結合區域。作為連接子,一般而言能較佳地使用可撓性連接子。在scFv中,重鏈可變區或其抗原結合區域與輕鏈可變區或其抗原結合區域能包含源自已免疫之動物的抗體之序列。在scFv中,重鏈可變區或其抗原結合區域與輕鏈可變區或其抗原結合區域亦可被人源化。在scFv中,重鏈可變區或其抗原結合區域與輕鏈可變區或其抗原結合區域能為人類抗體的重鏈可變區或其抗原結合區域與輕鏈可變區或其抗原結合區域。scFv有時會作為抗原結合性化合物的一部分而被併入抗原結合性化合物,scFv在該抗原結合性化合物中能發揮作為抗原結合部位的功能。
本說明書中,「結合至第一區域與連接子的連結部之抗體」能包含僅與第一區域結合之抗體、僅與連接子結合之抗體、及結合至第一區域與連接子兩者之抗體(例如,不與僅有連接子的結構物結合且不與僅有第一區域的結構物結合之抗體)。本說明書中,「結合至第二區域與連接子的連結部之抗體」能包含僅與第二區域結合之抗體、僅與連接子結合之抗體、及結合至第二區域與連接子兩者之抗體(例如,不與僅有連接子的結構物結合且不與僅有第二區域的結構物結合之抗體)。本說明書中,「第一區域與連接子的連結部」及「第二區域與連接子的連結部」以及類似的表現中之「連結部」包含抗體的抗原結合性片段(例如,scFv)的框架區域與連接子。與僅有框架區域的結構物結合之抗體亦能與天然的免疫球蛋白結合。例如,在要求投予至活體內之抗體不會與天然的免疫球蛋白實質地結合之情形中,該抗體較佳為不與天然的免疫球蛋白實質地結合,例如,較佳為不與僅有框架區域的結構物實質地結合。又,投予至個體之抗體特佳為雖結合至第二區域與連接子的連結部,但不與僅有連接子的結構物結合,且不與僅有第一區域的區域或僅有第二區域的結構物結合之抗體。抗體的結合特性可藉由試驗包含各區域之肽與抗體的結合而確認。又,投予至個體之抗體較佳為將抗體片段的CDR以外的序列取代成被投予之個體的序列。由此觀點,被投予至人類之抗體較佳能為人類嵌合抗體,更佳能為人源化抗體,再佳能為人類抗體。活體外(in vitro)所使用之抗體並未特別有此種限制,可將與連結部結合之抗體(例如,非人類動物抗體、非人類哺乳動物抗體、人類嵌合抗體、人源化抗體及人類抗體)較佳地使用於活體內。
本說明書中,所謂「分離」,意指與存在於系統之至少1以上的其他成分分離。
本說明書中,「嵌合抗原受體」(CAR)為具有抗體的抗原結合性片段(尤其scFv)與免疫細胞的活化區之嵌合分子。CAR一般而言為scFv、胞外鉸鏈區(extracellular hinge domain)、跨膜區(例如,CD8α或CD28)及活化訊號傳遞區(例如,CD3ζ)連結而成之分子。CAR可導入細胞並在細胞表面表現。已表現CAR之細胞能針對特定的抗原進行標定化。CAR例如被導入T細胞或NK細胞等免疫細胞並將T細胞或NK細胞等免疫細胞標定化成癌。第一世代CAR中,scFv、胞外鉸鏈區、跨膜區(例如,CD8α或CD28)及活化訊號傳遞區(例如,CD3ζ)雖已連結,但第二世代CAR為了已導入CAR之免疫細胞活化而進一步包含共刺激分子訊號傳遞區。作為共刺激分子訊號傳遞區,能使用CD28、4-1BB、OX40、CD27及ICOS等共刺激因子。第三世代CAR中,併入多個共刺激因子。如此,在CAR中,正在進行用於使已導入CAR之免疫細胞在活體內持續增殖之改良。scFv部分以外的任一區域亦較佳為源自人類蛋白質。
<本發明的可檢測scFv之抗體>
根據本發明,提供與scFv結合之抗體。本發明的抗體為了與針對各種抗原之scFv結合,而被設計成會結合至連接子附近(尤其,第一區域與連接子的連結部、或連接子與第二區域的連結部)。
在全部的態樣中,scFv能較佳地具有人類重鏈可變區及人類輕鏈可變區的框架區域。在較佳的態樣中,scFv能具有源自人類抗體的重鏈可變區及輕鏈可變區。
<1>結合至第一區域與連接子的連結部之抗體
本發明人等發現,將具有第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列之分離短鏈肽(例如,10~20胺基酸長,例如,具有13~20胺基酸)使用作為抗原而能取得之抗體會與針對各種抗原之scFv結合。在連接子為可撓性連接子之情形中,雖有不易取得對連接子進行結合之抗體之情形,但根據本發明,即使為使用可撓性連接子作為連接子之情形,因第一區域或第二區域的免疫原性,亦能良好地取得結合至連接子附近之抗體。
亦即,本發明中,提供與包含第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域之分離短鏈肽結合之抗體。短鏈肽較佳能為scFv的部分肽。
比重鏈CDR3(HCDR3)更靠C端側的重鏈可變區的胺基酸序列,例如能選自由WGQGTLVTVSS(序列識別號1)、WGQGTLVTVSS(序列識別號2)、WGQGTLVTVSS(序列識別號3)、WGQGTTLTVS(序列識別號4)、WGQGTTVTVSSGILGS(序列識別號5)、GQGTLVTVSS(序列識別號109)、GAGTTVTVSS(序列識別號110)、GQGTLVTVSA(序列識別號111)、GQGTLVTVSS(序列識別號117)、GQGTTVTVSSGILGS(序列識別號118)及GQGTLVTVSS(序列識別號119)所組成之群組。因此,短鏈肽能被設計成包含從此等序列的C端側起1~10胺基酸,較佳為1~5胺基酸,例如,3~5胺基酸(例如,VSS、TVSS、VTVSS(序列識別號6);或者,VTVSA(序列識別號120);TVS、LTVS或TLTVS(序列識別號79);或者,LGS、ILGS或GILGS(序列識別號80))。而且,抗體能結合至包含從第一區域的C端起1~10胺基酸之區域,較佳為能結合至從第一區域的C端起1~5胺基酸(例如,1胺基酸、1~2胺基酸、1~3胺基酸、1~4胺基酸或1~5胺基酸)的區域。
比輕鏈CDR3(LCDR3)更靠C端側的輕鏈可變區的胺基酸序列,例如能選自由FGGGTKLEIK(序列識別號7)、FGAGTKLELKR(序列識別號8)、FGGGTQLTVLS(序列識別號9)、FGGGTKVEIK(序列識別號81)、FGGGTKVEIK(序列識別號107)、FGGGTKLEIK(序列識別號108)、FGGGTKVEIK(序列識別號112)、FGGGTKLEIK(序列識別號113)、FGGGTKLEIK(序列識別號114)、FGGGTKLEIK(明顯識別號115)及FGGGTKVEIK(序列識別號116)所組成之群組。因此,短鏈肽能被設計成包含從此等序列的C端側起1~10胺基酸,較佳為1~5胺基酸,例如,3~5胺基酸(例如,EIK、LEIK或KLEIK(序列識別號10);LKR、ELKR或LELKR(序列識別號11);VLS、TVLS或LTVLS(序列識別號12);或者,EIK、VEIK或KVEIK(序列識別號82))。而且,抗體能結合至包含從第一區域的C端起1~10胺基酸之區域,較佳為能結合至從第一區域的C端起1~5胺基酸(例如,1胺基酸、1~2胺基酸、1~3胺基酸、1~4胺基酸或1~5胺基酸)的區域。
本發明的一較佳的態樣中,可將具有(a)從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域及(b)與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列之肽使用作為免疫原而取得抗體。藉由如此進行,而能獲得針對第一區域與連接子的連結部之抗體。在此態樣中,前述分離短鏈肽能被設計成包含(a)從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域,較佳為1~5胺基酸,例如,3~5胺基酸(例如,VTV、TVS、VSS、VTVS、TVSS、VTVSS(序列識別號6);或者,VTVSA(序列識別號120);TVS、LTVS或TLTVS(序列識別號79);或者,LGS、ILGS或GILGS(序列識別號80))。在此態樣中,前述分離短鏈肽能被設計成包含(b)與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域,較佳為1~8胺基酸,例如,3~8胺基酸(例如,1胺基酸、2胺基酸、3胺基酸、4胺基酸、5胺基酸、6胺基酸、7胺基酸或8胺基酸)。在此態樣中,前述分離短鏈肽能被設計成包含(b)從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域,較佳為1~8胺基酸,例如,3~8胺基酸(例如,GGG、GGGG、GGGGS(序列識別號13)或GGGGSG(序列識別號14)、或SSA、SAD、SSAD、SADD、SSADD(序列識別號15)SSADDA(序列識別號16)、SSADDAK(序列識別號17)、或者SSADDAKK(序列識別號18)等的3胺基酸、4胺基酸、5胺基酸、6胺基酸、7胺基酸或8胺基酸)。在一態樣中,前述分離短鏈肽能包含從第一區域的C端起1~5胺基酸與從連接子的N端側起3~8胺基酸。較佳的態樣中,可列舉在前述分離短鏈肽包含從第一區域的C端起至少3~5胺基酸(例如,VTV、TVS、VSS、VTVS、TVSS或VTVSS(序列識別號6))與從連接子的N端側起至少3~8胺基酸(例如,GGG、GGGG、GGGGS(序列識別號13)或者GGGGSG(序列識別號14)、SSA、SAD、SSAD、SADD或SSADD(序列識別號15)、SSADDA(序列識別號16)、SSADDAK(序列識別號17)或者SSADDAKK(序列識別號18)之肽。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能包含:
序列識別號19:VTVSSSSADDAKK的胺基酸序列。
此態樣中,短鏈肽包含重鏈可變區的C端側與連接子的N端側已連結之區域。在一較佳的態樣中,本說明書所公開之分離短鏈肽能在N端與C端分別加成1~3胺基酸(例如,分別2胺基酸及1胺基酸,例如,分別GG及C)。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能包含:
序列識別號20:VTVSSGGGGSG的胺基酸序列。
此態樣中,短鏈肽包含重鏈可變區的C端側與連接子的N端側已連結之區域。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為:
序列識別號21:GGVTVSSSSADDAKKC的胺基酸序列;或
序列識別號22:GGVTVSSGGGGSGC所記載之胺基酸序列。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能包含:
序列識別號23:LEIKSSADDAKK的胺基酸序列。
此態樣中,短鏈肽包含重鏈可變區的C端側與連接子的N端側已連結之區域。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能包含:
序列識別號24:LEIKGGGGSG的胺基酸序列。
此態樣中,短鏈肽包含重鏈可變區的C端側與連接子的N端側已連結之區域。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為:
序列識別號70:GGLEIKSSADDAKKC的胺基酸序列;或
序列識別號71:GGLEIKGGGGSGC的胺基酸序列。
在一較佳的態樣中,本發明的抗體可與上述的分離短鏈肽結合,並且,可與scFv結合。scFv在一態樣中能為已併入其他抗原結合性化合物(例如,CAR分子)之形態。作為抗原結合性化合物,可列舉包含scFv作為抗原結合性部分之所有蛋白質分子,雖未被特別限定,但可列舉例如,CAR、IgG-scFv(scFv連結至IgG分子的Fc區域而成之分子)、scFv-Fc(抗體的可變區被取代成scFv之分子)、scFv2-Fc(抗體的可變區被取代成scFv且scFv連結至Fc區域而成之分子)、scFv-HSA-scFv(scFv分別連結至人類血清白蛋白的N端與C端而成之分子)、Fab-scFv-Fc(抗體的可變區分別被取代成Fab及scFv且Fab與scFv連結至Fc區域而成之分子)、Fab-scFv(scFv連結至Fab而成之分子)及BiTE(2個scFv連結而成之分子)。
在scFv中,在一態樣中,連接子能為10~40胺基酸長,例如,能為15~25胺基酸長。
在scFv中,在一態樣中,連接子能為可撓性連接子。作為可撓性連接子,可列舉GGGGSGGGGS(序列識別號25)、GGGGSGGGGSGGGGS(序列識別號26)、GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS(序列識別號27)及GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS(序列識別號28)等包含G與S之連接子以及SSADDAKKDAAKKDDAKKDDAKKDG(序列識別號29)。
在一態樣中,本發明的抗體可與上述的分離短鏈肽結合,並且,可與scFv結合。再加上,本發明的抗體能辨識上述分離短鏈肽中之第一區域與連接子的連結部。
在一態樣中,本發明的抗體對於僅包含第一區域之肽及僅包含連接子之肽係以比對於上述的分離短鏈肽之結合親和性更弱之結合親和性(例如,50%以下、40%以下、30%以下、20%以下、10%以下或者1%以下、1/1000以下或1/10000以下)進行結合,或不具有有意義的結合親和性。或者,本發明的抗體對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序(亦即,第一區域與第二區域)進行更換之scFv,係以相對於依序連結第一區域、連接子及第二區域而成之scFv更弱之結合親和性(例如,50%以下、40%以下、30%以下、20%以下、10%以下或者1%以下、1/1000以下或1/10000以下)進行結合,或不具有有意義的結合親和性。或者,所謂結合親和性弱,例如能意指在結合解離常數KD中,具有大於成為比較對象之結合的KD値的1倍之1.1倍以上、1.2倍以上、1.3倍以上、1.4倍以上、1.5倍以上、2倍以上、3倍以上、4倍以上、5倍以上、6倍以上、7倍以上、8倍以上、9倍以上、10倍以上、100倍以上或1000倍以上的KD値。
<2>結合至連接子與第二區域的連結部之抗體
上述中,雖敘述結合至第一區域與連接子的連結部之抗體,但結合至連接子與第二區域的連結部之抗體亦同樣地有益。
本發明的一態樣中,能提供與經分離之短鏈肽結合之抗體,所述經分離之短鏈肽具有:第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列。
本發明的一態樣中,能提供與經分離之短鏈肽(例如,10~20胺基酸長,例如,具有13~20胺基酸)結合之抗體,所述經分離之短鏈肽具有:(c)與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;以及(d)第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列。
比重鏈CDR1(HCDR1)更靠N端側的重鏈可變區的胺基酸序列,例如能包含QVTLKESGPA(序列識別號30)、QVQLVQSGAE(序列識別號31)、EVQLVQSGAE(序列識別號32)、SQVQLKESGP(序列識別號33)及QVQLQQSGPG(序列識別號34)。因此,短鏈肽能被設計成包含從此等序列的C端側起1~10胺基酸,較佳為1~5胺基酸,例如,3~5胺基酸(例如,VTVSS(序列識別號6))。而且,抗體能結合至包含從第一區域的C端起1~10胺基酸之區域,較佳為,從第一區域的C端起1~5胺基酸(例如,1胺基酸、1~2胺基酸、1~3胺基酸、1~4胺基酸或1~5胺基酸)的區域。
比輕鏈CDR1更靠N端側的重鏈可變區的胺基酸序列,例如能包含DIVMTQSPLS(序列識別號35)、DIVMTQSPDS(序列識別號36)、DIQLTQSPSS(序列識別號37)、DIQMTQSPKF(序列識別號38)及QPVLTQSSSL(序列識別號39)。因此,短鏈肽能被設計成包含從此等序列的N端側起1~10胺基酸,較佳為1~5胺基酸,例如,3~5胺基酸(例如,VTVSS(序列識別號6))。而且,抗體能結合至包含從第二區域的N端起1~10胺基酸之區域,較佳為,從第二區域的N端起1~5胺基酸(例如,1胺基酸、1~2胺基酸、1~3胺基酸、1~4胺基酸或1~5胺基酸)的區域。
本發明的一較佳的態樣中,可將具有(c)與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域以及(d)第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列之肽使用作為免疫原而取得抗體。藉由如此進行,而能獲得針對第二區域與連接子的連結部之抗體。在此態樣中,前述分離短鏈肽被設計成包含(c)與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域,較佳為1~8胺基酸,例如,3~8胺基酸(例如,GGS、GGGS、GGGGS(序列識別號13)、或者SGGGGS(序列識別號40)、或KDG、KKDG、AKKDG(序列識別號41)、DAKKDG(序列識別號42)、DDAKKDG(序列識別號43)、或者KDDAKKDG(序列識別號44)等的3胺基酸、4胺基酸、5胺基酸、6胺基酸、7胺基酸或8胺基酸)。在此態樣中,前述分離短鏈肽能被設計成包含(d)第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域,較佳為1~5胺基酸,例如,3~5胺基酸(例如,DX1X2X3T{於此,X1為I或P,X2為V或Q,X3為M或L}(序列識別號45),例如,DIVMT(序列識別號46)、DIQLT(序列識別號47)、DIQMT(序列識別號48)或QPVLT(序列識別號49))。在此態樣中,前述分離短鏈肽能包含從連接子的C端側起3~8胺基酸與從第二區域的N端起1~5胺基酸。較佳的態樣中,前述分離短鏈肽可列舉例如包含從連接子的C端側起3~8胺基酸(例如,GGS、GGGS、GGGGS(序列識別號13)、或者SGGGGS(序列識別號40)、或KDG、KKDG、AKKDG(序列識別號41)、DAKKDG(序列識別號42)、DDAKKDG(序列識別號43)、或者KDDAKKDG(序列識別號44))與從第二區域的N端起3~5胺基酸之肽。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能包含:4
序列識別號50:KDDAKKDGQVTLK的胺基酸序列;
序列識別號51:KDDAKKDGQVQLV的胺基酸序列;
序列識別號52:KDDAKKDGEVQLV的胺基酸序列;
序列識別號53:KDDAKKDGSQVQL的胺基酸序列;或
序列識別號54:KDDAKKDGQVQLQ的胺基酸序列。
此態樣中,短鏈肽包含連接子的C端側與重鏈可變區的N端側連結而成之區域。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能包含:
序列識別號55:SGGGGSQVTLK的胺基酸序列;
序列識別號56:SGGGGSQVQLV的胺基酸序列;
序列識別號57:SGGGGSEVQLV的胺基酸序列;
序列識別號58:SGGGGSSQVQL的胺基酸序列;或
序列識別號59:SGGGGSQVQLQ的胺基酸序列。
此態樣中,短鏈肽包含連接子的C端側與輕鏈可變區的N端側連結而成之區域。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能包含:
序列識別號83:KDDAKKDGDIVMT的胺基酸序列;
序列識別號84:KDDAKKDGDIQLT的胺基酸序列;
序列識別號85:KDDAKKDGDIQMT的胺基酸序列;或
序列識別號86:KDDAKKDGQPVLT的胺基酸序列。
此態樣中,短鏈肽包含連接子的C端側與輕鏈可變區的N端側連結而成之區域。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能包含:
序列識別號87:SGGGGSDIVMT的胺基酸序列;
序列識別號88:SGGGGSDIQLT的胺基酸序列;
序列識別號89:SGGGGSDIQMT的胺基酸序列;或
序列識別號90:SGGGGSQPVLT的胺基酸序列。
此態樣中,短鏈肽包含連接子的C端側與輕鏈可變區的N端側連結而成之區域。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為:
序列識別號60:GGKDDAKKDGQVTLKC的胺基酸序列;
序列識別號61:GGKDDAKKDGQVQLVC的胺基酸序列;
序列識別號62:GGKDDAKKDGEVQLVC的胺基酸序列;
序列識別號63:GGKDDAKKDGSQVQLC的胺基酸序列;或
序列識別號64:GGKDDAKKDGQVQLQC的胺基酸序列。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為:
序列識別號65:GGSGGGGSQVTLKC的胺基酸序列;
序列識別號66:GGSGGGGSQVQLVC的胺基酸序列;
序列識別號67:GGSGGGGSEVQLVC的胺基酸序列;
序列識別號68:GGSGGGGSSQVQLC的胺基酸序列;或
序列識別號69:GGSGGGGSQVQLQC的胺基酸序列。
如此,使用具有連接子與重鏈或輕鏈可變區的連結部分的胺基酸序列之肽而將動物進行免疫並取得抗體,藉此可獲得與該連結部結合之抗體。而且,藉此,即使為連接子本身的免疫原性低之情形,亦能獲得結合至連接子附近之抗體。
在一態樣中,本發明的抗體雖與上述分離短鏈肽結合,但對於僅具有第二區域之肽及僅具有連接子的序列之肽僅會以更弱的結合親和性(例如,50%以下、40%以下、30%以下、20%以下、10%以下或者1%以下、1/1000以下或1/10000以下)結合,或不會有意義地結合。或者,所謂結合親和性弱,例如能意指在結合解離常數KD中,具有大於成為比較對象之結合的KD値的1倍之1.1倍以上、1.2倍以上、1.3倍以上、1.4倍以上、1.5倍以上、2倍以上、3倍以上、4倍以上、5倍以上、6倍以上、7倍以上、8倍以上、9倍以上、10倍以上、100倍以上或1000倍以上的KD値。
在一態樣中,本發明的抗體雖與上述分離短鏈肽結合,但對於僅具有第二區域之肽及僅具有連接子的序列之肽的任一者係以有意義的結合親和性進行結合。
<3>主要與連接子結合之抗體
在一態樣中,本發明的抗體可與上述分離短鏈肽結合,並且,可與scFv結合。在一態樣中,本發明的抗體主要可與第一區域及連接子的任一者結合。在一態樣中,本發明的抗體亦可與上述分離短鏈肽結合,並且,主要與scFv的連接子結合。所謂主要與scFv的連接子結合之抗體,意指在與一scFv結合之情形中,亦與已將第一及第二區域進行更換之scFv結合之抗體,在實際的結合中,無需僅與連接子結合,亦可亦與鄰接第一或第二區域的連接子之第一區域或第二區域的胺基酸結合。在一態樣中,主要與scFv的連接子結合之抗體能與由連接子的胺基酸序列所構成之肽結合。
在一態樣中,本發明的抗體可與具有序列識別號13~18及26~29的胺基酸序列之肽的任一者結合並且與scFv結合。在一態樣中,本發明的抗體可與具有序列識別號13或14的胺基酸序列之肽結合且與scFv結合。在一態樣中,本發明的抗體可與具有序列識別號15~18的胺基酸序列之肽的任一者結合並且與scFv結合。在一態樣中,本發明的抗體可與具有序列識別號26~28的胺基酸序列之肽的任一者結合並且與scFv結合。在一態樣中,本發明的抗體可與具有序列識別號29的胺基酸序列之肽結合並且與scv結合。
如同實施例所示,使用具有連接子與重鏈或輕鏈可變區的連結部分的胺基酸序列之肽而將動物進行免疫並取得抗體,藉此即使為連接子本身的免疫原性低之情形,結果亦能獲得主要與連接子結合之抗體。
主要與連接子結合之抗體即使對於已將第一及第二的區域進行更換之scFv亦會進行結合,又,主要與連接子結合之抗體即使對於第一及第二區域的序列不同之scFv亦會進行結合,因此通用性高。
<4>與更具體的肽序列結合之抗體
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號19所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號20所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號21所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號22所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號23所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號24所記載之胺基酸序列之肽。在更佳的態樣中,本發明的抗體能與上述分離短鏈肽的任1以上與在部分結構中包含scFv之抗體片段結合。作為在部分結構中包含scFv之抗體片段,可列舉包含上述的scFv作為抗原結合性部分之所有蛋白質分子。具體而言,作為在部分結構中包含scFv之抗體片段,並未被特別限定,但可列舉例如,CAR、IgG-scFv(scFv連結至IgG分子的Fc區域而成之分子)、scFv-Fc(抗體的可變區被取代成scFv之分子)、scFv2-Fc(抗體的可變區被取代成scFv且scFv連結至Fc區域而成之分子)、scFv-HSA-scFv(scFv分別連結至人類血清白蛋白的N端與C端而成之分子)、Fab-scFv-Fc(抗體的可變區分別被取代成Fab及scFv且Fab與scFv連結至Fc區域而成之分子)、Fab-scFv(scFv連結至Fab而成之分子)及BiTE(2個scFv連結而成之分子)。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號50所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號51所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號52所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號53所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為序列識別號54。在更佳的態樣中,本發明的抗體能與上述分離短鏈肽的任1以上與在部分結構中包含scFv之抗體片段結合。作為在部分結構中包含scFv之抗體片段,可列舉包含上述的scFv作為抗原結合性部分之所有蛋白質分子。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號55所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號56所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號57所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號58所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號59所記載之胺基酸序列之肽。在更佳的態樣中,本發明的抗體能與上述分離短鏈肽的任1以上與在部分結構中包含scFv之抗體片段結合。作為在部分結構中包含scFv之抗體片段,可列舉包含上述的scFv作為抗原結合性部分之所有蛋白質分子
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號60所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號61所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號62所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號63所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號64所記載之胺基酸序列之肽。在更佳的態樣中,本發明的抗體能與上述分離短鏈肽的任1以上與在部分結構中包含scFv之抗體片段結合。作為在部分結構中包含scFv之抗體片段,可列舉包含上述的scFv作為抗原結合性部分之所有蛋白質分子
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號65所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號66所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號67所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號68所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號69所記載之胺基酸序列之肽。在更佳的態樣中,本發明的抗體能與上述分離短鏈肽的任1以上與在部分結構中包含scFv之抗體片段結合。作為在部分結構中包含scFv之抗體片段,可列舉包含上述的scFv作為抗原結合性部分之所有蛋白質分子
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號70所記載之胺基酸序列之肽。在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號71所記載之胺基酸序列之肽。在更佳的態樣中,本發明的抗體能與上述分離短鏈肽的任1以上與在部分結構中包含scFv之抗體片段結合。作為在部分結構中包含scFv之抗體片段,可列舉包含上述的scFv作為抗原結合性部分之所有蛋白質分子。
在一較佳的態樣中,分離短鏈肽能為具有序列識別號19、20、23及24的任一者所記載之胺基酸序列之肽。
在一較佳的態樣中,本發明的抗體能與scFv結合。在更佳的態樣中,本發明的抗體能與在部分結構中包含scFv之抗體片段結合。在再佳的態樣中,本發明的抗體能與CAR結合。
在特佳的態樣中,本發明的抗體係與scFv的第一區域的C端側的1~10胺基酸的區域結合。在特佳的態樣中,本發明的抗體係與scFv的第二區域的N端側的1~10胺基酸的區域結合。因此,在特佳的態樣中,本發明的抗體不與包含連接子的序列(例如其全長)且不包含scFv的第一區域的C端側的胺基酸之肽、及包含連接子的序列(例如其全長)且不包含scFv的第二區域的N端側的胺基酸序列之肽結合,或僅以弱的結合親和性結合。在特佳的態樣中,本發明的抗體雖與scFv的第一區域的C端側的1~10胺基酸的區域與連接子的連結部結合,但不與連接子部分(例如其全長)結合,或僅以弱的結合親和性結合。在特佳的態樣中,本發明的抗體雖結合至連接子與scFv的第二區域的連結部結合,但不與連接子部分(例如其全長)結合,或僅以弱的結合親和性結合。所謂弱的結合親和性,能意指相對於對於包含scFv的第一區域的C端側的1~10胺基酸的區域與連接子的連續胺基酸區域之肽的結合親和性(KD値),具有大於1倍、1.1倍以上、1.2倍以上、1.3倍以上、1.4倍以上、1.5倍以上、2倍以上、3倍以上、4倍以上、5倍以上、6倍以上、7倍以上、8倍以上、9倍以上、10倍以上、100倍以上或1000倍以上的KD値。
在一態樣中,本發明的抗體可與具有序列識別號13~18及26~29的胺基酸序列之肽的任一者結合並且與scFv結合。在一態樣中,本發明的抗體可與具有序列識別號13或14的胺基酸序列之肽結合且與scFv結合。在一態樣中,本發明的抗體可與具有序列識別號15~18的胺基酸序列之肽的任一者結合並且與scFv結合。在一態樣中,本發明的抗體可與具有序列識別號26~28的胺基酸序列之肽的任一者結合並且與scFv結合。在一態樣中,本發明的抗體可與具有序列識別號29的胺基酸序列之肽結合並且與scFv結合。在一態樣中,能意指相對於對於由scFv的第一區域的C端側的1~10胺基酸的區域或第二的區域的N端側的1~10胺基酸的區域所構成之肽的結合親和性(KD値),對於由連接子所構成之肽的結合親和性(KD値)為例如小於1倍、1/10以下、1/100以下、1/1,000以下、10
-4倍以下、10
-5倍以下、10
-6倍以下、10
-7倍以下、10
-8倍以下、10
-9倍以下、10
-10倍以下、10
-11倍以下或10
-12倍以下。
在一較佳的態樣中,本發明的抗體能結合至上述分離短鏈肽與scFv。在更佳的態樣中,本發明的抗體能結合至上述分離短鏈肽與在部分結構中包含scFv之抗體片段(特別是其scFv部分)。作為在部分結構中包含scFv之抗體片段,可列舉包含上述的scFv作為抗原結合性部分之所有蛋白質分子。在再佳的態樣中,本發明的抗體能結合至上述分離短鏈肽與CAR(特別是scFv部分)。
在一態樣中,本發明的抗體係與scFv結合之抗體,且能為:
(i)一種抗體,其包含:分別將具有序列識別號91所記載之胺基酸序列之重鏈可變區的重鏈CDR1~3包含作為重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及分別將具有序列識別號95所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區的輕鏈CDR1~3包含作為輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;
(ii)一種抗體,其包含:重鏈可變區,其包含具有序列識別號92所記載之胺基酸序列之重鏈CDR1、序列識別號93所記載之胺基酸序列之重鏈CDR2、及具有序列識別號94所記載之胺基酸序列之重鏈CDR3;以及輕鏈可變區,其包含具有序列識別號96所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR1、具有序列識別號97所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR2、及具有序列識別號98所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR3;
(iii)一種抗體,其包含:包含將具有序列識別號99所記載之胺基酸序列之重鏈可變區的重鏈CDR1~3分別作為重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及包含將具有序列識別號100所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區的輕鏈CDR1~3分別作為輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;
(iv)一種抗體,其包含:重鏈可變區,其包含具有序列識別號100所記載之胺基酸序列之重鏈CDR1、具有序列識別號101所記載之胺基酸序列之重鏈CDR2、及具有序列識別號102所記載之胺基酸序列之重鏈CDR3;以及輕鏈可變區,其包含具有序列識別號104所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR1、具有序列識別號105所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR2、及具有序列識別號106所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR3;
(v)一種抗體,其包含:包含將具有序列識別號121所記載之胺基酸序列之重鏈可變區的重鏈CDR1~3分別作為重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及包含將具有序列識別號122所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區的輕鏈CDR1~3分別作為輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;
(vi)一種抗體,其包含:包含將具有序列識別號153所記載之胺基酸序列之重鏈可變區的重鏈CDR1~3分別作為重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及包含將具有序列識別號154所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區的輕鏈CDR1~3分別作為輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;
(vii)一種抗體,其包含:具有序列識別號91所記載之胺基酸序列之重鏈可變區及具有序列識別號95所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區;
(viii)一種抗體,其包含:具有序列識別號99所記載之胺基酸序列之重鏈可變區及具有序列識別號103所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區;
(ix)一種抗體,其包含:具有序列識別號121所記載之胺基酸序列之重鏈可變區及具有序列識別號122所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區;
(x)一種抗體,其包含:具有序列識別號153所記載之胺基酸序列之重鏈可變區及具有序列識別號154所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區;
(xi)一種抗體,其與上述(vii)、(viii)、(ix)或(x)所記載之抗體針對與scFv的結合進行競爭;或
(xii)一種抗體,其係上述任一抗體,且不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合。
此等抗體雖亦可為非人類抗體,但較佳為能為人源化抗體或人類抗體。例如,被投予至人類之抗體為(xii)所記載之抗體,並且,較佳為人源化抗體或人類抗體。活體外檢查所使用之抗體亦可為非人類抗體,又,亦可不具有(xii)所記載之特性。與(ix)所記載之抗體針對與scFv的結合進行競爭之抗體能為不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合之抗體。又,與(x)所記載之抗體針對與scFv的結合進行競爭之抗體能為不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合之抗體。與(ix)所記載之抗體針對與scFv的結合進行競爭之抗體能為不與VH-L1-VL型scFv實質地結合之抗體。與(ix)所記載之抗體針對與scFv的結合進行競爭之抗體能為不與VH-L1-VL型scFv實質地結合之抗體。與(ix)所記載之抗體針對與scFv的結合進行競爭之抗體能為不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合並且不與VH-L1-VL型scFv實質地結合之抗體。又,與(x)所記載之抗體針對與scFv的結合進行競爭之抗體能為不與VH-L1-VL型scFv實質地結合之抗體。與(ix)所記載之抗體針對與scFv的結合進行競爭之抗體能為不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合並且不與VH-L1-VL型scFv實質地結合之抗體。
在一態樣中,本發明的抗體提供與VL-L
1-VH型scFv結合之抗體,所述抗體為:
(xv)一種抗體,其具有:具有序列識別號123~125所分別記載的重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及具有序列識別號126~128所分別記載的輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;
(xv-2)一種抗體,其具有:具有序列識別號129~131所分別記載的重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及具有序列識別號132~134所分別記載的輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;
(xv-3)一種抗體,其具有:具有序列識別號135~137所分別記載的重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及具有序列識別號138~140所分別記載的輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;
(xv-4)一種抗體,其具有:具有序列識別號141~143所分別記載的重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及具有序列識別號144~146所分別記載的輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;
(xv-5)一種抗體,其具有:具有序列識別號147~149所分別記載的重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及具有序列識別號150~152所分別記載的輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;
(xvi)一種抗體,其具有:具有序列識別號155~157所分別記載的重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及具有序列識別號158~160所分別記載的輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;
(xvi-2)一種抗體,其具有:具有序列識別號161~163所分別記載的重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及具有序列識別號164~166所分別記載的輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;
(xvi-3)一種抗體,其具有:具有序列識別號167~169所分別記載的重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及具有序列識別號170~172所分別記載的輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;
(xvi-4)一種抗體,其具有:具有序列識別號173~175所分別記載的重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及具有序列識別號176~178所分別記載的輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;
(xvi-5)一種抗體,其具有:具有序列識別號179~181所分別記載的重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及具有序列識別號182~184所分別記載的輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區;或
(xvii)一種抗體,其係上述任一抗體,且不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合。
此等抗體雖亦可為非人類抗體,但較佳為能為人源化抗體或人類抗體。例如,被投予至人類之抗體為(xvii)所記載之抗體,並且,較佳為人源化抗體或人類抗體。活體外檢查所使用之抗體亦可為非人類抗體,又,亦可不具有(xvii)所記載之特性。此等抗體較佳為不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合之抗體。此等抗體又較佳為不與VH-L1-VL型scFv實質地結合之抗體。此等抗體更佳為能為不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合並且不與VH-L1-VL型scFv實質地結合之抗體。
在一態樣中,本發明的抗體提供與VL-L
1-VH型scFv結合之抗體,所述抗體包含:
重鏈可變區,其包含:
重鏈CDR1,其具有序列識別號121所記載之胺基酸序列的6~10胺基酸長的部分序列,亦即具有包含序列識別號185所記載之胺基酸序列(TSY)之序列;
重鏈CDR2,其具有序列識別號121所記載之胺基酸序列的5~16胺基酸長的部分序列,亦即具有包含序列識別號186所記載之胺基酸序列(WNDGD)之序列;及
重鏈CDR3,其具有序列識別號121所記載之胺基酸序列的8~9胺基酸長的部分序列,亦即具有包含序列識別號187所記載之胺基酸序列(MNGYKD)之序列;
以及輕鏈可變區,其包含:
輕鏈CDR1,其具有序列識別號122所記載之胺基酸序列的6~11胺基酸長的部分序列,亦即具有包含序列識別號188所記載之胺基酸序列(KRY)之序列;
輕鏈CDR2,其具有序列識別號122所記載之胺基酸序列的3~10胺基酸長的部分序列,亦即具有包含序列識別號189所記載之胺基酸序列(EDS)之序列;及
輕鏈CDR3,其具有序列識別號122所記載之胺基酸序列的10~11胺基酸長的部分序列,亦即具有包含序列識別號190所記載之胺基酸序列(HSTYSDDKLR)之序列。
此等抗體雖亦可為非人類抗體,但較佳為能為人源化抗體或人類抗體。例如,被投予至人類之抗體為(xvii)所記載之抗體,並且,較佳為人源化抗體或人類抗體。活體外檢查所使用之抗體亦可為非人類抗體,又,亦可不具有(xvii)所記載之特性。此等抗體較佳為不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合之抗體。此等抗體又較佳為不與VH-L1-VL型scFv實質地結合之抗體。此等抗體更佳為能為不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合並且不與VH-L1-VL型scFv實質地結合之抗體。
在一態樣中,本發明的抗體提供與VL-L
1-VH型scFv結合之抗體,所述抗體包含:
重鏈可變區,其包含:
重鏈CDR1,其具有序列識別號153所記載之胺基酸序列的6~8胺基酸長的部分序列,亦即具有包含序列識別號191所記載之胺基酸序列(TSY)之序列;
重鏈CDR2,其具有序列識別號153所記載之胺基酸序列的5~16胺基酸長的部分序列,亦即具有包含序列識別號192所記載之胺基酸序列(YYDGD)之序列;及
重鏈CDR3,其具有序列識別號153所記載之胺基酸序列的7~9胺基酸長的部分序列,亦即具有包含序列識別號193所記載之胺基酸序列(SIGAED)之序列;
以及輕鏈可變區,其包含:
輕鏈CDR1,其包含:序列識別號154所記載之胺基酸序列的6~11胺基酸長的部分序列,亦即具有包含序列識別號194所記載之胺基酸序列(KRY)之序列;
輕鏈CDR2,其包含:序列識別號154所記載之胺基酸序列的3~10胺基酸長的部分序列,亦即具有包含序列識別號195所記載之胺基酸序列(EDS)之序列;及
輕鏈CDR3,其包含:序列識別號154所記載之胺基酸序列的10~11胺基酸長的部分序列,亦即具有包含序列識別號196所記載之胺基酸序列(HSTYSDDKLR)之序列。
此等抗體雖亦可為非人類抗體,但較佳為能為人源化抗體或人類抗體。例如,被投予至人類之抗體為(xvii)所記載之抗體,並且,較佳為人源化抗體或人類抗體。活體外檢查所使用之抗體亦可為非人類抗體,又,亦可不具有(xvii)所記載之特性。此等抗體較佳為不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合之抗體。此等抗體又較佳為不與VH-L
1-VL型scFv實質地結合之抗體。此等抗體更佳為能為不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合並且不與VH-L
1-VL型scFv實質地結合之抗體。
VL-L
1-VH型scFv表示依序包含VL、連接子及VH且連接子具有序列識別號29的胺基酸序列之scFv。VH-L1-VL型scFv表示依序包含VH、連接子及VL且連接子具有序列識別號29的胺基酸序列之scFv。
在上述(i)、(iii)、(v)及(vi)中,CDR的胺基酸序列如同上述可利用Kabat、Chothia、AbM、contact、IMGT、Aho、Martin(Enhanced Chothia)等的手法而決定。上述(ii)、(iv)、(xv-2)及(xvi-2)中之CDR的胺基酸序列,作為一例,為藉由Kabat所決定者,但較佳能使用藉由Kabat所決定之CDR。
本發明的抗體或其抗原結合性片段能包含針對上述抗體具有選自由1~數個胺基酸的插入、缺失、加成及取代所組成之群組的變異之抗體或其抗原結合性片段。在一實施態樣中,提供抗體或其抗原結合性片段,所述抗體或其抗原結合性片段包含與本發明的抗體或其抗原結合性片段中之至少1個CDR、至少2個、至少3個或其以上的CDR實質地相同之至少1個CDR、至少2個、至少3個或其以上的CDR。在另一實施態樣中,包含抗體,所述抗體具有與本發明的抗體或其抗原結合性片段中之或源自本發明的抗體或其抗原結合性片段之至少2個、3個、4個、5個或6個CDR實質地相同之至少2個、3個、4個、5個或6個CDR。在一實施態樣中,包含與本發明的抗體或其抗原結合性片段中之至少1個、2個或3個CDR至少約85%、86%、87%、88%、89%、90%、95%、96%、97%、98%或99%相同之至少1個、2個、3個、4個、5個或6個CDR。在一實施態樣中,至少1個、2個、3個、4個、5個或6個CDR係在本發明的抗體或其抗原結合性片段中之或源自本發明的抗體或其抗原結合性片段之至少1個、2個、3個、4個、5個或6個CDR中,包含至少1個插入、缺失、加成或取代。本發明的抗體或其抗原結合性片段中能包含具有80%以上、85%以上、90%以上或95%以上的胺基酸序列的一致性且具有抗體的抗原特異性之抗體或其抗原結合性片段。本發明的抗體或其抗原結合性片段中,在6個CDR以外的區域中,能包含:上述抗體或其抗原結合片段;以及具有80%以上、85%以上、90%以上或95%以上的胺基酸序列的一致性且具有抗體的抗原特異性之抗體或其抗原結合性片段。
<本發明的短鏈肽>
根據本發明,能提供上述分離短鏈肽。分離短鏈肽能具有10~20胺基酸長,例如,能具有13~20胺基酸長。分離短鏈肽例如能具有序列識別號19~24及50~71的任一者所記載之胺基酸序列。於此,所謂「分離」,意指從scFv的其他區域分離。又,所謂「短鏈」,例如意指具有最多50胺基酸,較佳為30胺基酸以下,更佳為20胺基酸以下的長度。在一較佳的態樣中,在分離短鏈肽中,由活用scFv部分的免疫原性之觀點而言,比起連接子部分,包含1倍以上、1.1倍以上、1.2倍以上、1.3倍以上、1.4倍以上、1.5倍以上、1.6倍以上、1.7倍以上、1.8倍以上、1.9倍以上、2.0倍以上、2.1倍以上、2.2倍以上、2.3倍以上、2.4倍以上、2.5倍以上、2.6倍以上、2.7倍以上、2.8倍以上、2.9倍以上或3倍以上長的scFv的胺基酸序列的長度。
<抗體的取得方法>
抗體可使用周知的方法而製作。例如,能藉由將上述分離肽對動物(例如,小鼠、大鼠、兔等)進行免疫而得。分離肽可藉由與作為載體蛋白質的鎖眼帽血藍蛋白(keyhole limpet hemocyanin,KHL)連結而提高免疫原性。因應需要可進行多次的追加免疫。可從脾臟及淋巴結等淋巴組織取得抗體產生細胞而獲得產生單株抗體之細胞。產生單株抗體之細胞能藉由使所得之抗體產生細胞與骨髓瘤進行細胞融合以獲得融合瘤,並將融合瘤進行單細胞選殖而得。又,單株抗體能作為該融合瘤的培養上清液而得。所得之單株抗體可供至確認與抗原的反應性之試驗(例如,ELISA)。所得之單株抗體又可供至確認與scFv或與包含scFv作為抗原結合部位之抗原結合性化合物的反應性之試驗(例如,ELISA)。所得之單株抗體又可供至確認與CAR-T細胞的反應性之試驗(例如,流動式細胞測量術)。如此進行,可從抗體群選擇或辨識滿足以下(i)~(vi)的至少1個之抗體:
{(i)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有:第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;以及與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長;
(ii)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有:與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;以及第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長;
(iii)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有序列識別號19、20、23及24的任一者所記載之胺基酸序列;
(iv)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有序列識別號19~24及50~71的任一者所記載之胺基酸序列;
(v)與下述區域結合:第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;以及與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域;以及
(vi)與下述區域結合:與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;以及第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域}。如此進行,可選擇與scFv結合之抗體。在一態樣中,抗體群能為與scFv結合之抗體群。在較佳的態樣中,抗體群能為與上述分離短鏈肽的任一者結合之抗體群。在更佳的態樣中,能為與上述分離短鏈肽的任一者結合且不與連接子部分(例如其全長)結合或僅以弱的結合親和性結合之抗體群。
又,一態樣中,提供一種選擇或辨識抗體之方法,所述抗體係與選自以下的抗體群的任一抗體針對與scFv的結合進行競爭之抗體,並且,為與scFv結合之抗體,所述抗體群為:
(b-iii)一種抗體,其包含:具有序列識別號91所記載之胺基酸序列之重鏈可變區及具有序列識別號95所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區;
(b-iv)一種抗體,其包含:具有序列識別號99所記載之胺基酸序列之重鏈可變區及序列識別號103所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區;
(b-xi)一種抗體,其包含:具有序列識別號121所記載之胺基酸序列之重鏈可變區及序列識別號122所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區;以及
(b-xii)一種抗體,其包含:具有序列識別號153所記載之胺基酸序列之重鏈可變區及具有序列識別號154所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區。
在一態樣中,抗體群例如能為與scFv結合之抗體的群組。在一態樣中,抗體群能為滿足選自以下條件之1以上之抗體群,亦可為進一步滿足與scFv結合的條件之抗體群:
(i)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有:第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;以及與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長;
(ii)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有:與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;以及第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長;
(iii)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有序列識別號19、20、23及24的任一者所記載之胺基酸序列;
(iv)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有序列識別號19~24及50~71的任一者所記載之胺基酸序列;
(v)與下述區域結合:第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;以及與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域;以及
(vi)與下述區域結合:與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;以及第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域。
在一態樣中,抗體群能為以下抗體群:(iii)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有序列識別號19、20、23及24的任一者所記載之胺基酸序列;或(iv)與經分離的肽結合,所述經分離的肽具有序列識別號19~24及50~71的任一者所記載之胺基酸序列。
在一態樣中,上述抗體為
(vii)對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv不表現有意義的結合親和性。
在一態樣中,上述抗體為
(viii)即使對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv亦表現有意義的結合親和性。
抗體對於肽或scFv的結合親和性例如可藉由ELISA等周知方法而決定。抗體為(vii)對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv不表現有意義的結合親和性一事,可藉由實施針對該scFv之ELISA與針對未更換的原本的scFv之ELISA而決定。抗體不與連接子部分(例如其全長)結合或僅以弱的結合親和性結合之抗體一事,可藉由實施針對該連接子部分的肽之ELISA並與針對上述分離肽的任一者之ELISA的結果進行比較而決定。如此,本公開中,抗體可基於抗體的結合特性而組合適當的分析系統,並藉由適當的分析系統而進行選擇。
所選擇或辨識之抗體可推定編碼其重鏈及輕鏈之核酸的序列及其胺基酸序列。編碼抗體的重鏈及輕鏈之核酸的序列,例如,從產生抗體之細胞取得編碼抗體的重鏈及輕鏈之mRNA,合成cDNA並解讀其序列,藉此可推定各自的核酸序列。又,可從所推定之核酸序列推定抗體的重鏈及輕鏈的胺基酸序列。可從所推定之重鏈及輕鏈的胺基酸序列推定重鏈可變區及輕鏈可變區的胺基酸序列。可從重鏈可變區及輕鏈可變區的胺基酸序列推定重鏈CDR1~3與輕鏈CDR1~3的胺基酸序列。抗體可使用通常方法並使用基因重組技術而從抗體產生細胞(例如,中國倉鼠卵巢細胞(CHO))產生。因此,本發明的方法可進一步包含:從所辨識之抗體的抗體產生細胞獲得包含包含重鏈CDR1~3之重鏈可變區與包含輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區之抗體,所述抗體產生細胞包含基因,所述基因編碼所得之包含包含重鏈CDR1~3之重鏈可變區與包含輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區之抗體。
<細胞的標定化、或檢測細胞之方法>
根據本發明,提供檢測細胞之方法。所檢測之細胞能為表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞。在一態樣中,可使用本發明的抗體進行檢測。具體而言,本發明的方法能包含使本發明的抗體與表現或被認為會表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞接觸,而使抗體與細胞的複合體形成。複合體可使用針對抗體之標識等而檢測。檢測可使用流動式細胞測量術進行。
根據本發明,表現嵌合抗原受體(CAR)之細胞能為免疫細胞。免疫細胞較佳為能為T細胞或NK細胞。在一較佳的態樣中,表現嵌合抗原受體(CAR)之T細胞能為CAR-T細胞。
根據本發明,能提供用於檢測scFv的套組或檢查藥。又一態樣中,根據本發明,能提供用於檢測表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞的套組或檢查藥,其包含本發明的抗體。套組或檢查藥亦可包含:包含抗體之溶液。套組或檢查藥亦可包含:包含抗體之溶液與用於檢測scFv的試劑(例如,經標識之二級抗體、反應緩衝液、阻斷液及清洗液等)。套組或檢查藥亦可包含:包含抗體之溶液與用於檢測scFv的指示書。
本發明中,scFv的抗原能為表現於癌細胞之抗原(例如,癌抗原)。作為scFv的抗原,例如能為選自由CD16、CD19、CD20、CD22、CD123、CD171、表皮成長因子受體(EGFR)、尤其EGFRvIII、3型EGFR、de2-7EGFR及HER2、癌胎兒性抗原(CEA)、前列腺幹細胞抗原(PSCA)、B細胞成熟抗原(BCMA)、CS1、NKG2D、NKp30、B7H6、MUC-16(CA125)、受體酪胺酸激酶用孤兒受體1(ROR-1)、GD3、GM2、Glypican-3(GPC3)、間皮素(Mesothelin)、IL13R、c-KIT、c-MET、NY-ESO-1、WT1、MAGE-A3、MAGE-A4、MAGE-A10、HPV的E6、HPV的E7、CMV、AFP、PRAME、SSX2、KRAS、HER2及PD-L1所組成之群組的1以上。scFv的抗原又例如可為蛋白質性的標籤。scFv的抗原例如能為螢光異硫氰酸鹽(FITC)等螢光蛋白質。
本發明中,CAR表現細胞除了CAR以外更可表現細胞激素。CAR表現細胞例如可表現介白素-7(IL-7)及CCL19。較佳的態樣中,CAR表現細胞能為CAR表現T細胞。本發明中,CAR表現細胞可因去除細胞等目的而包含編碼胸苷激酶(例如,單純疱疹病毒的胸苷激酶)之基因。表現胸苷激酶之細胞若攝入更昔洛韋(Ganciclovir)則會將更昔洛韋進行磷酸化而產生強毒性,而殺傷表現胸苷激酶之細胞。因此,利用此機制,例如,可去除或控制CAR表現細胞。
根據本發明,提供在活體外或在活體內將細胞或抗體進行標定化之方法。被標定化之細胞能為表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞。在一態樣中,可使用本發明的抗體而進行細胞的標定化。具體而言,本發明的方法能在經投予表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞之對象中實施。對象能在體內具有表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞。因此,藉由將本發明的抗體投予至該對象,而可在對象的體內將前述細胞進行標定化。本發明的抗體能控制被標定化之細胞的功能。例如,本發明的抗體可藉由抑制CAR-T細胞與目標抗原之結合而使CAR-T細胞的功能降低。
被標定化之抗體能為上述分離單鏈肽的任1以上與在部分結構中包含scFv之抗體或其片段。在一態樣中,可使用本發明的抗體而進行抗體的標定化。具體而言,本發明的方法能在經投予被標定化之抗體之對象中實施。藉由將本發明的抗體投予至該對象,而可在對象的體內將上述分離單鏈肽的任1以上與在部分結構中包含scFv之抗體或其片段進行標定化。本發明的抗體能控制被標定化之抗體的功能。例如,本發明的抗體可藉由抑制被標定化之抗體與其抗原的結合而使被標定化之抗體的功能降低。
將本發明的抗體使用於細胞或抗體的標定化時,亦可先使本發明的抗體與其他醫藥或試劑結合,再使此醫藥或試劑送達至被標定化之細胞或者抗體或其治療目標。與本發明的抗體結合之醫藥或試劑並未被特別限定,但可列舉使被標定化之細胞或抗體本身的功能亢進或降低之化合物(例如細胞活化劑)、作用於被標定化之細胞或抗體的治療目標之化合物、能檢測地標識被標定化之細胞或者抗體或其等的治療目標之化合物等。
根據本發明,提供抗體製劑,其係用於在經投予表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞之對象中將表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞進行標定化所使用之抗體製劑,且包含本發明的抗體。
[實施例]
實施例1:製作與scFv的連接子區域結合之抗體
本實施例中,嘗試製作與scFv的連接子區域結合之抗體。具體而言,如圖1所示,獲得針對經分離的肽之抗體,所述經分離的肽在依序包含第一區域、連接子區域及第二區域之scFv中位於橫跨第一區域與連接子區域之區域。第一區域及第二區域分別為抗體的重鏈可變區(VH)及輕鏈可變區(VL),或輕鏈可變區(VL)及重鏈可變區(VH)。
scFv係從同型控制(isotype control)IgG的重鏈可變區(VH)及輕鏈可變區(VL)設計第一區域及第二區域、或第二區域及第一區域。作為連接子,使用具有序列識別號27(GGGGSGGGGSGGGGS)或序列識別號29(SSADDAKKDAAKKDDAKKDDAKKDG)所記載之胺基酸序列之連接子。
以下實驗中,VH-L
1-VL依序包含VH、連接子及VL,連接子表示具有序列識別號29的胺基酸序列之scFv。VL-L
1-VH依序包含VL、連接子及VH,連接子表示具有序列識別號29的胺基酸序列之scFv。又,VH-L
2-VL依序包含VH、連接子及VL,連接子表示具有序列識別號27的胺基酸序列之scFv。VL-L
2-VH依序包含VL、連接子及VH,連接子表示具有序列識別號27的胺基酸序列之scFv。
不易取得針對連接子之抗體。例如,根據US2019/0092818A,改變連接子的胺基酸序列而變得容易取得抗體,並獲得與具有該經改變的胺基酸序列之連接子結合之抗體。本實施例中,目的在於直接使用既已存在的連接子序列而獲得通用性更高的抗體。因此,嘗試以多肽進行免疫而取得抗體,所述多肽具有橫跨第一區域與連接子之部分的胺基酸序列。具體而言,使第一區域的C端側的4或5胺基酸的序列與連接子的序列連結而獲得4種類的肽序列,並分別進行合成。下述中,表示使用作為免疫原之分離肽的序列。
在上述肽1及3中,底線為從重鏈可變區的C端起5胺基酸的區域的序列,在肽2及4中,底線為從輕鏈可變區的C端起4胺基酸的區域。在上述肽1及2中,斜體為序列識別號27的連接子的N端側的6胺基酸,在上述肽3及4中,斜體為序列識別號29的連接子的N端側的8胺基酸。上述肽1~4的N端已加成GG,C端已加成C。此等胺基酸已將N端進行乙醯基化。
將上述肽1~4進行化學合成,之後,透過已在C端加成作為載體蛋白質的鎖眼帽血藍蛋白(KHL)與各自的肽而成之C並藉由通常方法而成為共軛物(conjugate)。將所得之肽共軛物在大鼠的腳掌進行免疫,將追加免疫在尾根部進行免疫。從髂骨淋巴結分離淋巴球,供至與骨髓瘤的細胞融合。將所得之融合瘤供至選殖。選殖係藉由利用甲基纖維素法拾取單一群落而進行。將所得之融合瘤播種至96孔盤,一邊在培養中途交換培養基一邊進行培養。針對所得之各殖株的培養上清液試驗對於scFv的結合。在培養上清液中,以肽1進行免疫所得之殖株係接觸使scFv(VH-L
2-VL)質體(#530)短暫表現之HEK293T細胞,以肽2進行免疫所得之殖株係接觸使scFv(VL-L
2-VL)質體(#350)短暫表現之HEK293T細胞,以肽3進行免疫所得之殖株係接觸使scFv(VH-L
1-VL)質體(#602)短暫表現之HEK293T細胞,以肽4進行免疫所得之殖株係接觸使scFv(VL-L
1-VH)質體(#231)短暫表現之HEK293T細胞,而確認有無結合。作為陰性對照,使用未轉染上述質體之293T細胞。作為抗體的陽性對照,針對以肽1~3進行免疫所得之殖株係使用生物素化蛋白質L,針對以肽4進行免疫所得之殖株係使用FITC-DEX。
從以肽4進行免疫所得之融合瘤所產生之抗體之中,選擇對於scFv的結合親和性特別高的2D12、4B12及3A4。結合親和性的測量結果如同表3所示。表3中,數値愈高意指結合親和性愈強。
如此進行,可將設計於第一區域與連接子的邊界區域之分離肽作為免疫原,獲得與scFv結合之抗體。此等抗體可與使用作為免疫原之分離肽(肽3)結合,且亦會對scFv進行結合。
將所選擇之2D12、4B12及3A4進行單細胞選殖,再次確認對於scFv的反應性。
藉由從2D12進行單細胞選殖而取得D10、B3、B12、A10及D6。又,藉由從3A4進行單細胞選殖而取得A10、H11、B11及D11。又,4B12取得C5、C4及D4。此等殖株係如表4所示般皆為會產生與scFv結合之抗體之殖株。確認從此等殖株所產生之抗體與包含scFv(VH-L
1-VL型及VH-L
2-VL)之CAR-T細胞的反應性。CAR係使用與各不相同的抗原進行結合者。
所使用之CAR如同表5所記載。
於此,人類第二世代(4-1BB)係scFv區域、CD8α的跨膜區、4-1BB區及CD3ζ區以此順序連結而成之分子,分別表示源自人類的分子。人類第三世代係scFv區域、CD8α的跨膜區、CD28區、4-1BB區及CD3ζ區以此順序連結而成之分子,分別表示源自人類的分子。hIL7_hCCL19_HSVtk表示表現人類IL-17與人類CCL19且同時作為自殺基因而搭載有單純疱疹病毒的胸苷激酶之細胞。上述自殺基因會被更昔洛韋活化,而可殺傷CAR表現細胞。
表5的CAR-T所具有之scFv區域的第一區域的C端(比CDR3更靠C端側)的序列如同表6所記載。
結果如同圖2所示。如圖2所示,源自2D12的殖株B3、B12、A10及源自3A4的殖株A10對於包含針對抗原D之VH-L
1-VL型scFv之CAR-T細胞(S#031)顯示反應性。此等殖株對於包含針對抗原E之VH-L
1-VL型scFv之CAR-T細胞(#673)亦顯示反應性。此外,任一抗體對於連接子的胺基酸序列不同之VH-L
2-VL型scFv(陰性對照、#530)皆未表現有意義的結合親和性。由此能認為,所得之抗體結合至連接子或VH與連接子的邊界區域。
又,確認上述殖株所產生之抗體與包含各種VL-L
1-VH型scFv之CAR-T細胞(S#067、S#075及#231)的反應性。結果如同圖3所示。如圖3所示,任一殖株皆對VL-L
1-VH型的scFv及包含此之CAR-T細胞顯示反應性。再者,將3A4-A10進一步進行單選殖而獲得3個殖株,評價對於表現scFv之CAR-T細胞的結合性。結果如同圖4所示。皆良好地與VH-L
1-VL型scFv結合,對於包含VH-L
2-VL型scFv之CAR-T細胞則未顯示有意義的反應性。由此等能認為,所得之抗體主要與連接子結合。
針對以肽4進行免疫所得之抗體,確認與VL-L
1-VH型scFv的結合性。從所得之融合瘤所產生之抗體之中,選擇對於scFv的結合親和性特別高的1H5、2C7、3E7及4B9。結合親和性的測量結果如同表7所示。表7中,數値愈高意指結合親和性愈強。
如此進行,將設計於第一區域與連接子的邊界區域之分離肽作為免疫原,而可獲得與scFv結合之抗體。此等抗體當然可與使用作為免疫原之分離肽(肽4)結合,且為亦會對於scFv進行結合之抗體。
表8表示針對3E7與4B9進行單細胞選殖後的對於scFv的反應性。
將具代表性的結果揭示於圖5。如圖5所示,所探討之殖株對於具有VL-L
1-VH型scFv之CAR顯示結合性,另一方面,對於具有VH-L
1-VL型scFv之CAR僅顯示弱的結合性。由此能認為,此等殖株係橫跨第一區域與連接子而進行結合。
以下,表9中,表示各殖株對於各CAR-T細胞上的CAR的反應性(%)。反應性係藉由以PE標識二級抗體檢測已與CAR結合之抗體而進行。反應性係以相對於全部細胞之PE陽性細胞數的形式求取。
如表9所示,(i)朝向scFv的可變區的恆定區與連接子所製作之單株抗體不論scFv的CDR區域的胺基酸序列為何皆可與scFv結合。因此,所製作之單株抗體能成為下述抗體:不論CDR區域的胺基酸序列為何,皆可廣泛地檢測具有相同序列之各種的scFv。又,如表9所示,(ii)3E7-C1、4B9-B11殖株雖會對於VL-L
1-VH進行結合,但對於已將VH與VL的配置進行更換之scFv則不會結合。此表示此等抗體係橫跨VH/VL與連接子而進行結合。此種抗體能成為下述抗體:不論scFv的CDR區域的胺基酸序列為何皆可廣泛地檢測具有相同序列之各種的scFv。與此等抗體進行競爭之抗體亦結合至與此等抗體相同的位置,且能成為下述抗體:不論scFv的CDR區域的胺基酸序列為何皆可廣泛地檢測具有相同序列之各種的scFv。又,如此等抗體般,橫跨VH/VL與連接子而進行結合之抗體,就以下點而言為有用:不會非特異性地檢測系統中的免疫球蛋白,可特異性地檢測到目標的CAR正在表現。
相對於此,2D12-B12、3A4-A10-7殖株雖亦會與已將VH與VL的配置進行更換之scFv進行結合,但對於將連接子取代成其他連接子之scFv則未顯示結合。此表示此等殖株係主要與連接子結合之抗體。不易獲得與連接子結合之抗體時,在本發明中暗示藉由使用與VH/VL的部分肽之融合肽,而可改善連接子部分的免疫原性,可效率佳地取得主要與連接子結合之抗體。此種抗體不論scFv的CDR區域的胺基酸序列為何,且無關VH與VL的順序,皆可廣泛地檢測scFv。
因此,顯示本發明的抗體就以下點而言為有益:不論scFv的CDR區域的胺基酸序列為何(不論抗原為何)皆可檢測scFv及包含scFv之CAR表現細胞。
再者,根據表9,針對VH-L
1-VL及VL-L
1-VH型scFv之抗體係對於具有不同連接子之VH-L
2-VL及VL-L
2-VH型scFv幾乎不反應。相對於此,朝向VL-L
1-VH型scFv所製作之抗體係對於表現具有VL-L
1-VH型scFv之CAR之CAR-T細胞顯示強的反應性。又,朝向VH-L
1-VL型scFv所製作之抗體係對於表現具有VH-L
1-VL型scFv之CAR之CAR-T細胞顯示強的反應性。
針對VL-L
1-VH型scFv之抗體因對於VH-L
1-VL型scFv幾乎不顯示反應性,故被認為不是僅與連接子或VL結合之抗體,而是對於VL與連接子的連結部進行結合之抗體(尤其,橫跨VL與連接子而進行結合之抗體)。如此,藉由將VH或VL與連接子的連結部作為免疫原,而可獲得針對該連結部之抗體(或,橫跨VL與連接子而進行結合之抗體)。此種針對連結部之抗體係對於各種的scFv顯示有意義的反應性。又,與VH部分或者VL部分結合之抗體、或與連接子結合之抗體亦能為有益。
針對2D12-B12抗體,從編碼重鏈可變區及輕鏈可變區之mRNA合成cDNA,而推定重鏈可變區及輕鏈可變區的胺基酸序列。其結果,推定重鏈可變區具有序列識別號91所記載之胺基酸序列,輕鏈可變區具有序列識別號95所記載之胺基酸序列。依據由Kabat所制訂之編號系統(Kabat,E.A.et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th ed., 1991, Bethesda: US Dept. of Health and Human Services, PHS, NIH.)而推定重鏈CDR1~3(HCDR1~3)及輕鏈CDR1~3(LCDR1~3)的胺基酸序列。其結果,推定HCDR1~3分別具有序列識別號92~94所記載之胺基酸序列,推定LCDR1~3分別具有序列識別號96~98所記載之胺基酸序列。
又,針對3A4-A10-7,從編碼重鏈可變區及輕鏈可變區之mRNA合成cDNA,而推定重鏈可變區及輕鏈可變區的胺基酸序列。其結果,推定重鏈可變區具有序列識別號99所記載之胺基酸序列,推定輕鏈可變區具有序列識別號103所記載之胺基酸序列。同樣地依據由Kabat所制定之編號系統而推定重鏈CDR1~3(HCDR1~3)及輕鏈CDR1~3(LCDR1~3)的胺基酸序列。其結果,推定HCDR1~3分別具有序列識別號100~102所記載之胺基酸序列,推定LCDR1~3分別具有序列識別號104~106所記載之胺基酸序列。
又,針對3E7-C1,從編碼重鏈可變區及輕鏈可變區之mRNA合成cDNA,而推定重鏈可變區及輕鏈可變區的胺基酸序列。其結果,推定重鏈可變區具有序列識別號121所記載之胺基酸序列,推定輕鏈可變區具有序列識別號122所記載之胺基酸序列。若推定重鏈CDR1~3(HCDR1~3)及輕鏈CDR1~3(LCDR1~3)的胺基酸序列,則在IMGT中被推定為序列識別號123~125及序列識別號126~128,在Kabat中被推定為序列識別號129~131及序列識別號132~134,在Chothia中被推定為序列識別號135~137及序列識別號138~140,在Contact中被推定為序列識別號141~143及序列識別號144~146,在AbM中被推定為序列識別號147~149及序列識別號150~152。可將經推定之任一HCDR1~3與LCDR1~3的組合推定為3E7-C1的CDR。只要為本發明所屬技術領域中具有通常知識者,則可選擇適當CDR而製作具有與3E7-C1同樣的結合特性之抗體。例如,可基於Kabat人等的編號而製作具有與3E7-C1同樣的結合特性之抗體。
又,針對4B9-B11,從編碼重鏈可變區及輕鏈可變區之mRNA合成cDNA,而推定重鏈可變區及輕鏈可變區的胺基酸序列。其結果,推定重鏈可變區具有序列識別號153所記載之胺基酸序列,推定輕鏈可變區具有序列識別號154所記載之胺基酸序列。若推定重鏈CDR1~3(HCDR1~3)及輕鏈CDR1~3(LCDR1~3)的胺基酸序列,則在IMGT中被推定為序列識別號155~157及序列識別號158~160,在Kabat中被推定為序列識別號161~163及序列識別號164~166,在Chothia中被推定為序列識別號167~169及序列識別號170~172,在Contact中被推定為序列識別號173~175及序列識別號176~178,在AbM中被推定為序列識別號179~181及序列識別號182~184。可將經推定之任一HCDR1~3與LCDR1~3的組合推定為4B9-B11的CDR。只要為本發明所屬技術領域中具有通常知識者,則可選擇適當CDR而製作具有與4B9-B11同樣的結合特性之抗體。例如,可基於Kabat人等的編號而製作具有與4B9-B11同樣的結合特性之抗體。
無
圖1顯示一般的scFv的結構及作為本發明的抗體的例子之抗體1與2。在圖1中,抗體1表示結合至第一區域與連接子的連結部之情況,抗體2表示結合至連接子與第二區域的連結部之情況。
圖2表示作為包含scFv之抗原結合性化合物的一例,與針對表現包含各種scFv之嵌合抗原受體(CAR)之T細胞之本發明中之例示的抗體的結合親和性。圖2中,從一些融合瘤殖株的培養上清液回收針對VH-L
1-VL型scFv之抗體,並確認與CAR-T細胞的結合性。圖2中,結合親和性愈強則PE的強度愈強。作為CAR-T細胞,能使用S#031、#673及#530。此等CAR-T細胞的詳細內容如同表5所記載。
圖3表示,作為包含scFv之抗原結合性化合物的一例,與針對表現包含各種scFv之嵌合抗原受體(CAR)之T細胞之本發明中之例示的抗體的結合親和性。圖3中,從一些融合瘤殖株的培養上清液回收針對VH-L
1-VL型scFv之抗體,並確認與CAR-T細胞的結合性。圖3中,結合親和性愈強則PE的強度愈強。作為CAR-T細胞,能使用S#067、S#075及#231。此等CAR-T細胞的詳細內容如同表5所記載。
圖4表示,作為包含scFv之抗原結合性化合物的一例,與針對表現包含各種scFv之嵌合抗原受體(CAR)之T細胞之本發明中之例示的抗體的結合親和性。圖4中,從一些融合瘤殖株的培養上清液回收針對VH-L
1-VL型scFv之抗體,並確認與CAR-T細胞的結合性。圖4中,結合親和性愈強則PE的強度愈強。作為CAR-T細胞,能使用#673及S#017。此等CAR-T細胞的詳細內容如同表5所記載。
圖5表示,作為包含scFv之抗原結合性化合物的一例,與針對表現包含各種scFv之嵌合抗原受體(CAR)之T細胞之本發明中之例示的抗體的結合親和性。圖4中,從一些融合瘤殖株的培養上清液回收針對VL-L
1-VH型scFv之抗體,並確認與CAR-T細胞的結合性。圖5中,結合親和性愈強則PE的強度愈強。作為CAR-T細胞,能使用S#067、S#075、#231及S#031。此等CAR-T細胞的詳細內容如同表5所記載。
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Claims (21)
- 一種抗體,其係與包含第一區域、連接子及第二區域之scFv結合之抗體, 在前述scFv中,前述第一區域、前述連接子及前述第二區域係從N端側朝向C端側以此順序被配置, 第一區域及第二區域分別為抗體的重鏈可變區及抗體的輕鏈可變區,或抗體的輕鏈可變區及抗體的重鏈可變區, 前述抗體為滿足以下(i)~(vi)的至少1個之抗體: {(i)與經分離的肽結合,該經分離的肽具有:(i-a)第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;以及(i-b)與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連結子的N端側起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長; (ii)與經分離的肽結合,該經分離的肽具有:(ii-a)與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;以及(ii-b)第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長; (iii)與經分離的肽結合,該經分離的肽具有序列識別號19、20、23及24的任一者所記載之胺基酸序列; (iv)與經分離的肽結合,該經分離的肽具有序列識別號19~24及50~71的任一者所記載之胺基酸序列; (v)與以下區域結合:(v-a)第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;及/或(v-b)與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域;以及 (vi)與以下區域結合:(vi-a)與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;及/或(vi-b)第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域}。
- 如請求項1之抗體,其為(i)與經分離的肽結合,該經分離的肽具有:(i-a)第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;以及(i-b)與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連結子的N端側起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長。
- 如請求項1之抗體,其為(ii)與經分離的肽結合,該經分離的肽具有:(ii-a)與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;以及(ii-b)第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長。
- 如請求項1之抗體,其為(iii)與經分離的肽結合,該經分離的肽具有序列識別號19、20、23及24的任一者所記載之胺基酸序列。
- 如請求項1之抗體,其滿足(iv)與經分離的肽結合,該經分離的肽具有序列識別號19~24及50~71的任一者所記載之胺基酸序列。
- 如請求項1之抗體,其為(v)與以下區域結合:(v-a)第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;及/或(v-b)與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域。
- 如請求項1之抗體,其為(vi)與以下區域結合:(vi-a)與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;及/或(vi-b)第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域。
- 如請求項1至7中任一項之抗體,其為(vii)對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv不表現有意義的結合親和性。
- 如請求項1至7中任一項之抗體,其為(viii)即使對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv亦表現有意義的結合親和性。
- 如請求項1至9中任一項之抗體,其與包含前述scFv之嵌合抗原受體(CAR)結合。
- 如請求項1至10中任一項之抗體,其與表現包含前述scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞結合。
- 一種方法,其係檢測表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞的方法,且包含使上述細胞與如請求項11之抗體接觸。
- 一種套組或檢查藥,其係用於檢測表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞的套組或檢查藥,且包含如請求項11之抗體。
- 一種方法,其係在對象中將表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞進行標定化之方法,且包含: 將表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞投予至對象;以及 將如請求項11之抗體投予至對象。
- 一種抗體製劑,其係用於在已投予表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞的對象中,將表現包含scFv之嵌合抗原受體(CAR)之細胞進行標定化所使用之抗體製劑,且包含如請求項11之抗體。
- 一種方法,其係取得與scFv結合之抗體的方法, scFv包含第一區域、連接子及第二區域,在前述scFv中,前述第一區域、前述連接子及前述第二區域係從N端側朝向C端側以此順序被配置,第一區域及第二區域分別為抗體的重鏈可變區及抗體的輕鏈可變區,或抗體的輕鏈可變區及抗體的重鏈可變區, 方法包含從抗體群選擇或辨識與scFv結合之抗體,該抗體為滿足以下(i)~(vi)的至少1個之抗體: {(i)與經分離的肽結合,該經分離的肽具有:第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;以及與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長; (ii)與經分離的肽結合,該經分離的肽具有:與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;以及第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域的胺基酸序列,於此,上述經分離的肽具有13~20胺基酸長; (iii)與經分離的肽結合,該經分離的肽具有序列識別號19、20、23及24的任一者所記載之胺基酸序列; (iv)與經分離的肽結合,該經分離的肽具有序列識別號19~24及50~71的任一者所記載之胺基酸序列; (v)與以下區域結合:第一區域內的區域亦即從第一區域的C端起1~10胺基酸的區域;以及與該區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的N端側起1~10胺基酸的區域;以及 (vi)與以下區域結合:與第二區域連續之連接子的一部分的區域亦即從連接子的C端側起1~10胺基酸的區域;以及第二區域內的區域亦即從第二區域的N端起1~10胺基酸的區域}。
- 如請求項16之方法,其為(vii)抗體對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv不表現有意義的結合親和性。
- 如請求項16之方法,其為(viii)抗體即使對於已將重鏈可變區及輕鏈可變區的順序進行更換之scFv亦表現有意義的結合親和性。
- 如請求項16至18中任一項之方法,其中,進一步包含使抗體產生細胞產生具有該篩選之抗體的重鏈CDR1~3及輕鏈CDR1~3的胺基酸序列之抗體。
- 一種抗體,其係與scFv結合之抗體,且為: (i)抗體,其包含:包含將具有序列識別號91所記載之胺基酸序列之重鏈可變區的重鏈CDR1~3分別作為重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及包含將具有序列識別號95所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區的輕鏈CDR1~3分別作為輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區; (ii)抗體,其包含:重鏈可變區,其包含具有序列識別號92所記載之胺基酸序列之重鏈CDR1、具有序列識別號93所記載之胺基酸序列之重鏈CDR2、及具有序列識別號94所記載之胺基酸序列之重鏈CDR3;以及輕鏈可變區,其包含具有序列識別號96所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR1、具有序列識別號97所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR2、及具有序列識別號98所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR3; (iii)抗體,其包含:包含將具有序列識別號99所記載之胺基酸序列之重鏈可變區的重鏈CDR1~3分別作為重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及包含將具有序列識別號100所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區的輕鏈CDR1~3分別作為輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區; (iv)抗體,其包含:重鏈可變區,其包含具有序列識別號100所記載之胺基酸序列之重鏈CDR1、具有序列識別號101所記載之胺基酸序列之重鏈CDR2、及具有序列識別號102所記載之胺基酸序列之重鏈CDR3;以及輕鏈可變區,其包含具有序列識別號104所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR1、具有序列識別號105所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR2、及具有序列識別號106所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR3; (v)抗體,其包含:包含將具有序列識別號121所記載之胺基酸序列之重鏈可變區的重鏈CDR1~3分別作為重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及包含將具有序列識別號122所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區的輕鏈CDR1~3分別作為輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區; (vi)抗體,其包含:包含將具有序列識別號153所記載之胺基酸序列之重鏈可變區的重鏈CDR1~3分別作為重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及包含將具有序列識別號154所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區的輕鏈CDR1~3分別作為輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區; (vii)抗體,其包含:具有序列識別號91所記載之胺基酸序列之重鏈可變區與具有序列識別號95所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區; (viii)抗體,其包含:具有序列識別號99所記載之胺基酸序列之重鏈可變區與具有序列識別號103所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區; (ix)抗體,其包含:具有序列識別號121所記載之胺基酸序列之重鏈可變區與具有序列識別號122所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區; (x)抗體,其包含:具有序列識別號153所記載之胺基酸序列之重鏈可變區與具有序列識別號154所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區; (xi)抗體,其與上述(vii)、(viii)、(ix)及(x)的任一者所記載之抗體針對與scFv的結合進行競爭; (xii)抗體,其係上述任一抗體,且不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合;或 (xiii)抗體,其與上述任一者所記載之抗體的胺基酸序列具有90%以上的一致性。
- 一種方法,其係取得與scFv結合之抗體的方法,並包含選擇或辨識抗體,該抗體滿足以下抗體群的任一者且與scFv結合: (i)抗體,其包含:包含將具有序列識別號91所記載之胺基酸序列之重鏈可變區的重鏈CDR1~3分別作為重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及包含將具有序列識別號95所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區的輕鏈CDR1~3分別作為輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區; (ii)抗體,其包含:重鏈可變區,其包含具有序列識別號92所記載之胺基酸序列之重鏈CDR1、具有序列識別號93所記載之胺基酸序列之重鏈CDR2、及具有序列識別號94所記載之胺基酸序列之重鏈CDR3;以及輕鏈可變區,其包含具有序列識別號96所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR1、具有序列識別號97所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR2、及具有序列識別號98所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR3; (iii)抗體,其包含:包含將具有序列識別號99所記載之胺基酸序列之重鏈可變區的重鏈CDR1~3分別作為重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及包含將具有序列識別號100所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區的輕鏈CDR1~3分別作為輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區; (iv)抗體,其包含:重鏈可變區,其包含具有序列識別號100所記載之胺基酸序列之重鏈CDR1、具有序列識別號101所記載之胺基酸序列之重鏈CDR2、及具有序列識別號102所記載之胺基酸序列之重鏈CDR3;以及輕鏈可變區,其包含具有序列識別號104所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR1、具有序列識別號105所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR2、及具有序列識別號106所記載之胺基酸序列之輕鏈CDR3; (v)抗體,其包含:包含將具有序列識別號121所記載之胺基酸序列之重鏈可變區的重鏈CDR1~3分別作為重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及包含將具有序列識別號122所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區的輕鏈CDR1~3分別作為輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區; (vi)抗體,其包含:包含將具有序列識別號153所記載之胺基酸序列之重鏈可變區的重鏈CDR1~3分別作為重鏈CDR1~3之重鏈可變區、及包含將具有序列識別號154所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區的輕鏈CDR1~3分別作為輕鏈CDR1~3之輕鏈可變區; (vii)抗體,其包含:具有序列識別號91所記載之胺基酸序列之重鏈可變區與具有序列識別號95所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區; (viii)抗體,其包含:具有序列識別號99所記載之胺基酸序列之重鏈可變區與具有序列識別號103所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區; (ix)抗體,其包含:具有序列識別號121所記載之胺基酸序列之重鏈可變區與具有序列識別號122所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區; (x)抗體,其包含:具有序列識別號153所記載之胺基酸序列之重鏈可變區與具有序列識別號154所記載之胺基酸序列之輕鏈可變區; (xi)抗體,其與上述(vii)、(viii)、(ix)及(x)的任一者所記載之抗體針對與scFv的結合進行競爭; (xii)抗體,其係上述任一抗體,且不與天然(活體內)的免疫球蛋白實質地結合;以及 (xiii)抗體,其與上述任一抗體的胺基酸序列具有90%以上的一致性。
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