TW202221120A - 用於治療代謝症候群之組成物及方法 - Google Patents
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Abstract
所揭示者為用於治療、預防和減輕肥胖症、脂肪肝症候群、糖尿病、肝纖維化、NASH或其他更多種代謝症候群病況或併發症之方法,該方法包含投予有效量之設計用於預防、限制、或調節mRNA分子、較佳為ACC和/或DGAT2之表現的寡核苷酸。
Description
本揭示關於寡核苷酸於抑制和控制代謝症候群之用途。於某些實施態樣中,該方法包含對該個體投予能抑制個體中乙醯輔酶A羧酶(ACC)表現及/或抑制個體中二醯基甘油O-醯基轉移酶2(DGAT2)表現之一或多種治療有效量的RNAi寡核苷酸。
代謝症候群或代謝性疾病為一群相關之醫學病況和相關病狀。通常,該症候群與下列5種醫學病症其中3者有關:腹部肥胖、血壓升高、空腹血糖升高、高血清三酸甘油酯和低水準之高密度脂蛋白(HDL)濃度。具有代謝症候群之個人處於較高之發展出心血管疾病和糖尿病的風險下。目前,美國三分之一人口被認為具有代謝症候群和一或多種該列出之病狀。儘管治療有進展,但對用於治療心血管和代謝疾病之療法仍有高度未被滿足之醫療需求。
本揭示提供治療、恢復及/或預防有其需要之個體之代謝症候群的方法。本揭示進一步提供可限制、控制或消除與代謝症候群相關之關鍵基因表現的RNAi寡核苷酸分子。該等RNAi寡核苷酸分子為多樣化之雙股RNAi寡核苷酸,其中一個可單獨靶向乙醯輔酶A羧酶(ACC或ACAC),另一個可單獨靶向二醯基甘油O-醯基轉移酶2(DGAT2),或者該等分子之組合可用於同時或依次靶向ACC和DGAT2。
本揭示至少部分基於寡核苷酸(例如雙股寡核苷酸,例如RNAi寡核苷酸)可降低ACC或DGAT2表現之發現。因此,鑑定出ACC或DGAT2 mRNA內之標靶序列,並產生與該等標靶序列結合並抑制ACC或DGAT2 mRNA表現之寡核苷酸。如本文所證明者,該寡核苷酸抑制鼠、猴及/或人體內之ACC或DGAT2表現。不受理論束縛,本文所描述之靶向ACC的寡核苷酸可用於治療與ACC表現相關之疾病、病症或病況,且本文所描述之靶向DGAT2的寡核苷酸可用於治療與DGAT2表現相關之疾病、病症或病況。此外,如本文所證明者,ACC和DGAT2之抑制劑(例如寡核苷酸)的組合協同作用以降低ACC之表現。當在NASH之小鼠模型中評估時,ACC和DGAT2抑制劑之組合顯著降低血清膽固醇、ALT水準、肝脂肪變性(steatosis)、三酸甘油酯水準和肝臟發炎之其他標記(例如IL-6和IL-12B)。不受理論束縛,靶向ACC和DGAT2之抑制劑(諸如本文所描述之寡核苷酸)的組合可用於治療具有諸如肝纖維化之病狀及/或與代謝症候群相關之病狀的疾病、病症或病況。
於某些實施態樣中,該方法包含對該個體投予治療有效量之抑制個體中之ACC表現或活性的組成物及/或抑制DGAT2表現或活性的組成物。該等RNAi寡核苷酸分子可用於治療患有代謝症候群和相關病狀之個體,從而可治療上有益於罹患下列者之個體:肝臟疾病(例如脂肪肝、脂肪性肝炎(steatohepatitis))、血脂異常(dyslipidemia
)(例如高脂血症、高LDL膽固醇、低HDL膽固醇、高三酸甘油酯血症、餐後高三酸甘油酯血症)、血糖控制病症(例如胰島素抗性、糖尿病)、心血管疾病(例如高血壓、內皮細胞功能異常)、腎臟疾病(例如急性腎疾、腎小管功能異常、近端小管之促炎性改變)、代謝症候群、脂肪細胞功能異常、內臟脂肪沉積、肥胖症、高尿酸血症、痛風、飲食失調和過多糖。
因此,於一態樣中,本揭示提供RNAi寡核苷酸分子,當將本揭示之二種寡核苷酸依序或同時一起使用時,該二種寡核苷酸能夠各自抑制ACC或DGAT2或二者之表現。該等分子可單獨使用或組合使用,且各自之劑量可不相同。於一些態樣中,每一該等RNAi寡核苷酸分子係由形成雙股區之有義股和反義股組成。於一些實施態樣中,該反義股包含與ACC或DGAT2互補之區域。於一些實施態樣中,ACC靶向寡核苷酸包含含有至少15個連續核苷酸之有義股及含有至少15個連續核苷酸之反義股,該有義股與SEQ ID NO:1、29、31、43和55之任何核苷酸序列相差不多於3個核苷酸,且該反義股與SEQ ID NO:2、30、32、44和56之任何核苷酸序列相差不多於3個核苷酸。於一些實施態樣中,DGAT2靶向寡核苷酸包含含有至少15個連續核苷酸之有義股及含有至少15個連續核苷酸之反義股,該有義股與來自SEQ ID NO:105、107、111、126、129和137之任何核苷酸序列相差不多於3個核苷酸,且該反義股與來自SEQ ID NO:106、108、112、125、130和138之任何核苷酸序列相差不多於3個核苷酸。於一些實施態樣中,DGAT2靶向寡核苷酸包含含有至少15個連續核苷酸之有義股及含有至少15個連續核苷酸之反義股,該有義股與SEQ ID NO:105、107、111、117、119、125、129和137之任何核苷酸序列相差不多於3個核苷酸,且該反義股與SEQ ID NO:106、108、112、118、120、126、130和138之任何核苷酸序列相差不多於3個核苷酸。於一些實施態樣中,DGAT2靶向寡核苷酸包含含有至少15個連續核苷酸之有義股及含有至少15個連續核苷酸之反義股,該有義股與SEQ ID NO:126、129和137之任何核苷酸序列相差不多於3個核苷酸,且該反義股與SEQ ID NO:125、130和138之任何核苷酸序列相差不多於3個核苷酸。
於一些實施態樣中,該反義股之長度為19至27個核苷酸或長度為21至27個核苷酸。於一些實施態樣中,該反義股之長度為22個核苷酸。
於一些實施態樣中,該有義股之長度為19至40個核苷酸。於一些實施態樣中,該有義股之長度為36個核苷酸。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸具有長度至少為19個核苷酸或長度為至少21個核苷酸之雙股螺旋體區。於一些實施態樣中,該雙股螺旋體區之長度為20個核苷酸。
於一些實施態樣中,與ACC或DGAT2互補之區域之長度為至少19個連續核苷酸或長度為至少21個連續核苷酸。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸之有義股的3'端包含如S1-L-S2所示之莖環,其中S1與S2互補,且其中L在S1和S2之間形成長度為3至5個核苷酸之環。
於一些實施態樣中,用於降低ACC或DGAT2以治療、恢復、及/或預防代謝症候群之寡核苷酸包含反義股和有義股,其中該反義股之長度為21至27個核苷酸且具有與ACC或DGAT2互補之區域,其中該有義股在其3'端包含如S1-L-S2所示之莖環,其中S1與S2互補,且其中L在S1和S2之間形成長度為3至5個核苷酸之環,且其中該反義股和有義股形成長度至少為19個核苷酸但未共價連接之雙股螺旋體結構。
於一些實施態樣中,該環L為四環。於一些實施態樣中,L之長度為4個核苷酸。於一些實施態樣中,L包含序列GAAA。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含長度為27個核苷酸之反義股和長度為25個核苷酸之有義股。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含長度為22個核苷酸之反義股和長度為36個核苷酸之有義股。
於一些實施態樣中,本揭示之雙股螺旋體區寡核苷酸在反義股上包含3'-突出端序列。於一些實施態樣中,該反義股上之3'-突出端序列之長度為2個核苷酸。於一些實施態樣中,該3'-突出端序列僅包含嘌呤核苷酸。於一些實施態樣中,該3'-突出端序列係選自AA、GG、AG和GA。於一些實施態樣中,該3'-突出端序列為GG。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含長度各在21至23個核苷酸範圍內之反義股和有義股。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含長度在19至21個核苷酸範圍內之雙股螺旋體結構。於一些該等實施態樣中,該寡核苷酸包含長度為一或多個核苷酸之3'-突出端序列,其中該3'-突出端序列係存在於反義股、有義股或反義股和有義股上。於一些實施態樣中,該3'-突出端序列之長度為2個核苷酸,其中該3'-突出端序列係在反義股上,且其中該有義股之長度為21個核苷酸,而該反義股之長度為23個核苷酸,從而使該有義股和反義股形成長度為21個核苷酸的雙股螺旋體。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷酸。於一些實施態樣中,該經修飾之核苷酸包含2'-修飾。於一些實施態樣中,該寡核苷酸之全部核苷酸均經修飾,例如具有2'-修飾。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷酸間鍵聯,較佳為硫代磷酸酯鍵聯(phosphorothioate linkage)。
於一些實施態樣中,該反義股之5'-核苷酸的糖之4'-碳包含磷酸酯類似物,例如氧甲基膦酸酯、乙烯基膦酸酯或丙二醯膦酸酯。於一些實施態樣中,該磷酸酯類似物為4'-氧甲基膦酸酯。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸之至少一個核苷酸與一或多個靶向配體(諸如碳水化合物、胺基糖、膽固醇、多肽或脂質)軛合。於一些實施態樣中,該靶向配體包含N-乙醯半乳糖胺(GalNAc)部分(moiety)。於一些實施態樣中,該(GalNAc)部分包含單價GalNAc部分、二價GalNAc部分、三價GalNAc部分或四價GalNAc部分。
於一些實施態樣中,該靶向配體與莖環之L的一或多個核苷酸軛合。於一些實施態樣中,該莖環之L的至多4個核苷酸各自與單價GalNAc部分軛合。於一些實施態樣中,該莖環之L的3個核苷酸各自與單價GalNAc部分軛合。
於一些實施態樣中,本揭示之寡核苷酸為RNAi寡核苷酸。
於一些實施態樣中,本揭示之揭示內容為包含一或多個寡核苷酸和醫藥上可接受之載劑、遞送劑或賦形劑的醫藥組成物。
於一些實施態樣中,本揭示提供將寡核苷酸遞送至個體之方法,該方法包含對個體投予醫藥組成物。
於另一態樣中,本揭示提供藉由投予本揭示之寡核苷酸來降低細胞、細胞群或個體中之ACC或DGAT2表現的方法。於一些實施態樣中,降低細胞、細胞群或個體中之ACC或DGAT2表現的方法包含將細胞或細胞群與有效量之本文所描述的寡核苷酸或數種寡核苷酸或其醫藥組成物接觸或對個體投予有效量之本文所描述的寡核苷酸或數種寡核苷酸或其醫藥組成物之步驟。於一些實施態樣中,該用於降低ACC或DGAT2表現之方法包含降低ACC或DGAT2 mRNA之量或水準、ACC或DGAT2蛋白之量或水準或二者。
於一些實施態樣中,本揭示提供用來作為治療劑之藥物產品。於一些實施態樣中,治療劑係以單一療法之形式投予且為ACC或DGAT2表現之抑制劑。於一些實施態樣中,本揭示提供包含至少第一和第二治療劑之藥物產品,其中該第一治療劑為ACC或DGAT2之抑制劑。於一些實施態樣中,治療劑係在投予第二治療劑之前投予或與第二治療劑間歇投予。於一些實施態樣中,第一治療劑與第二治療劑係同時或並行投予,其中該第一治療劑為ACC表現抑制劑且其中該第二治療劑為DGAT2表現抑制劑。於一些實施態樣中,第一治療劑和第二治療劑係以任何順序依序投予,其中該第一治療劑為ACC表現抑制劑且其中該第二治療劑為DGAT2表現抑制劑。
於一些實施態樣中,該第一治療劑為寡核苷酸且為ACC表現之抑制劑,而該第二治療劑為DGAT2表現之抑制劑。於一些實施態樣中,該第一治療劑為ACC表現之抑制劑,而該第二治療劑為寡核苷酸且為DGAT2表現之抑制劑。於一些實施態樣中,該二種治療劑均為寡核苷酸。
於一些實施態樣中,該第一治療劑為寡核苷酸且為ACC表現之抑制劑,而該第二治療劑為寡核苷酸且為DGAT2表現之抑制劑,且二種治療劑均優先遞送至肝臟。於一些實施態樣中,該第一治療劑為寡核苷酸且為ACC表現之抑制劑,而該第二治療劑為寡核苷酸且為DGAT2表現之抑制劑,且二種治療劑均優先遞送至脂肪組織。於一些實施態樣中,該第一治療劑為寡核苷酸且為ACC表現之抑制劑,且優先遞送至肝臟,而該第二治療劑為寡核苷酸且為DGAT2表現之抑制劑,且優先遞送至脂肪組織。於一些實施態樣中,該第一治療劑為寡核苷酸且為ACC表現之抑制劑,且優先遞送至脂肪組織,而該第二治療劑為寡核苷酸且為DGAT2表現之抑制劑,且優先遞送至肝臟。
於一些實施態樣中,本揭示提供組合產品,其包含:(i)ACC抑制性寡核苷酸,和(ii)DGAT抑制性寡核苷酸。於一些實施態樣中,該組合產品為如下述之產品:其中組分(i)為包含長度為15至30個核苷酸之反義股和長度為15至40個核苷酸之有義股的寡核苷酸,且為ACC表現之抑制劑,而其中組分(ii)為包含長度為15至30個核苷酸之反義股和長度為15至40個核苷酸之有義股的寡核苷酸,且為DGAT2表現之抑制劑。於一些實施態樣中,該組合產品為包含組分(i)和(ii),及其醫藥上可接受之鹽的組成物。
於一些實施態樣中,該組合產品之組分(i)和(ii)係配製成可注射之懸浮液、凝膠、油、丸劑、片劑、栓劑、粉劑、膠囊劑、霧化滴、軟膏、乳膏、貼片或用於延長及/或緩慢釋放之蓋倫劑型的裝置。
於一些實施態樣中,使用本揭示之寡核苷酸治療的個體患有與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況。於一些實施態樣中,用於治療患有與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的個體之方法包含對有其需要之個體投予治療有效量之一或多種本文描述的寡核苷酸或其醫藥組成物,從而治療該個體。於一些實施態樣中,接受治療之個體已經接受或正在接受ACC抑制劑,且本揭示提供投予DGAT2抑制劑之方法。於一些實施態樣中,接受治療之個體已經接受或正在接受DGAT2抑制劑,且本揭示提供投予ACC抑制劑之方法。
於一些實施態樣中,該與ACAC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況係選自由下列所組成之群組:代謝性肝病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、藥物引起之肝病(drug-induced liver disease)、酒精引起之肝病、傳染媒介物(infectious agent)引起之肝病、發炎性肝病、免疫系統功能障礙介導之肝病、血脂異常、心血管疾病、再狹窄、X症候群、代謝症候群、糖尿病、肥胖症、高血壓、慢性膽管病,諸如原發性硬化性膽管炎(PSC)、原發性膽汁性膽管炎(PBC)、膽道閉鎖、進行性家族性肝內膽汁鬱積第3型(PFIC3)、發炎性腸病、克隆氏病(Crohn's disease)、潰瘍性結腸炎、肝癌、肝細胞癌、胃腸癌、胃癌、大腸直腸癌、代謝性疾病引起之肝纖維化或肝硬化、NAFLD引起之纖維化或肝硬化、NASH引起之纖維化或肝硬化、酒精引起之肝纖維化或肝硬化、藥物引起之肝纖維化或肝硬化、傳染媒介物引起之肝纖維化或肝硬化、寄生蟲感染引起之肝纖維化或肝硬化、細菌感染引起之肝纖維化或肝硬化,病毒感染引起之肝纖維化或肝硬化、HBV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HCV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、雙重HCV和HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、放射線治療或化療引起之纖維化或硬化、膽道纖維化、由於任何慢性膽汁鬱積性疾病導致之肝纖維化或肝硬化、任何病因之腸道纖維化、克隆氏病引起之纖維化、潰瘍性結腸炎引起之纖維化、腸(例如小腸)纖維化、結腸纖維化、胃纖維化、肺纖維化、慢性發炎性氣道疾病後續發之肺纖維化,諸如COPD、氣喘、肺氣腫、吸菸者之肺、肺結核、肺纖維化、特發性肺纖維化(IPF)。
於另一態樣中,本揭示提供本揭示之任何寡核苷酸或其醫藥組成物於製備用於治療與ACAC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況之藥物的用途。
於一些實施態樣中,本揭示之寡核苷酸或本揭示之醫藥組成物係用於或適合用於治療與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況。
於進一步之態樣中,本揭示之寡核苷酸係以用於治療與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況之套組的形式提供。於一些實施態樣中,該套組包含本文描述之寡核苷酸和醫藥上可接受之載體。於一些實施態樣中,該套組進一步包括藥品仿單,該藥品仿單包含用於對患有與ACC及/或DGAT表現相關之疾病、病症或病況之個體投予寡核苷酸的說明書。
於一些態樣中,本揭示提供用於減輕肝纖維化之方法,其包含提供患者a)特異於ACC之siRNA和b)特異於DGAT2之siRNA。
於用途或套組之一些實施態樣中,該與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況係選自由下列所組成之群組:肝病(例如脂肪肝、脂肪性肝炎)、血脂異常(例如高脂血症、高LDL膽固醇、低HDL膽固醇、高三酸甘油酯血症、餐後高三酸甘油酯血症)、血糖控制病症(例如胰島素抗性、糖尿病)、心血管疾病(例如高血壓、內皮細胞功能異常)、腎臟疾病(例如急性腎疾、腎小管功能異常、近端小管之促炎性改變)、代謝症候群、脂肪細胞功能異常、內臟脂肪沉積、肥胖症、高尿酸血症、痛風、飲食失調和過多糖。
詳細說明
I. 定義
當應用於一或多個所欲數值時,如本文所使用之“近似”或“約”係指與陳述之參考值類似的數值。於某些實施態樣中,除非另有說明或從上下文中顯明,“約”係指落在該陳述之參考值之任何方向(大於或小於)的25%、20%、19%、18%、17%、16%、15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%或更小範圍內的一系列數值(除了其中該等數目將超過可能數值之100%外)。
如本文所使用之“投予(administer、
administering、administration,等)係指以藥理學上有用之方式(例如治療個體之病況)對個體提供物質(例如寡核苷酸)。
如本文所使用者,術語“ACC”或“ACAC”係指乙醯輔酶A羧酶(乙醯-CoA),其為生物素依賴性酶,其催化乙醯-CoA之不可逆羧化以透過其二種催化活性(生物素羧酶和羧基轉移酶)來產生丙二醯CoA。如本申請案中使用之術語ACC係共同指ACC蛋白的二種同功型;ACC1和ACC2。“ACC”亦可指分別編碼蛋白質ACACA和ACACB的二種基因。抑制ACC可指抑制ACC蛋白的二種同功型、抑制轉錄層級之二種ACC基因、抑制ACC酶催化活性,或這些之全部。
如本文所使用者,術語“反義寡核苷酸”包含核酸為基礎之分子,其具有與全部或部分標靶mRNA(例如ACC或DGAT2)互補之序列(特別是種子序列),從而能與mRNA形成雙股。因此,如本文所使用之術語“反義寡核苷酸”可稱為“互補核酸為基礎之抑制劑”。
如本文所用者,“減弱(attenuate、
attenuating、attenuation,等)”係指降低或有效停止。作為非限制性實例,本文之一或多種治療可減少或有效停止個體之血脂異常/高三酸甘油酯血症/高脂血症的發生或進展。該減弱可藉由下列者例示:例如,個體中之血脂異常/高三酸甘油酯血症/高脂血症的一或多個層面(例如症狀、組織特徵和細胞、發炎或免疫學活性,等)減輕、無可檢測到之血脂異常/高三酸甘油酯血症/高脂血症的一或多個層面進展(惡化)或當預期可能檢測到時,無可檢測到之血脂異常/高三酸甘油酯血症/高脂血症的層面。
如本文所使用者,“組合產品”、“聯合療法”、“多藥聯合療法(polytherapy)”,等係指使用多於一種之治療劑或多於一種之藥物或形式來用於治療疾病或病症的療法。包含組合產品之治療劑可同時、間歇或以任何順序給藥。組合產品可包含,例如二個寡核苷酸或與抗體或小分子藥物組合之寡核苷酸。在該等療法方面,所使用之谷藥劑的劑量可加以改變以優化及/或增進患者結果。
如本文所使用者,“互補”係指二個核苷酸之間的結構關係(例如在二個相對之核酸上或在單一核酸股之相對區域上),其允許二個核苷酸彼此形成鹼基對。例如,與相對之核酸之嘧啶核苷酸互補的一個核酸之嘌呤核苷酸可藉由彼此形成氫鍵而一起鹼基配對。於一些實施態樣中,互補核苷酸可以Watson-Crick方式或以允許形成穩定之雙股螺旋體的任何其他方式進行鹼基配對。於一些實施態樣中,如本文所描述者,二個核酸可具有彼此互補以形成互補之區域之包含多個核苷酸的區域。
如本文所使用者,“DGAT2”係用於指二醯基甘油O-醯基轉移酶2。DGAT2為催化三酸甘油酯合成中之最終反應的二種酶之一,在該三酸甘油酯合成的最終反應中二醯基甘油與長鏈脂肪醯基-CoA分子共價結合。如本申請案中所使用者,DGAT2可指DGAT2蛋白或DGAT2基因。抑制DGAT2可指抑制DGAT2蛋白、抑制轉錄層級之DGAT2基因、抑制DGAT2活性或這些之全部。
如本文所使用者,“去氧核糖核苷酸”係指當與核糖核苷酸相比較時,其戊糖之2'位置處的羥基被氫取代之核苷酸。經修飾之去氧核糖核苷酸為除2'位置之外具有一或多個修飾或原子取代的去氧核糖核苷酸,包括在該糖、磷酸基團或鹼基中之修飾或取代或該糖、磷酸基團或鹼基的修飾或取代。
如本文所使用者,“雙股RNA”或“dsRNA”係指基本上呈雙股螺旋體形式之RNA寡核苷酸。於一些實施態樣中,dsRNA寡核苷酸之雙股螺旋體區的互補鹼基配對係在共價分離之核酸股的核苷酸之反平行序列之間形成。於一些實施態樣中,dsRNA之雙股螺旋體區的互補鹼基配對係在共價連接之核酸股之核苷酸的反平行序列之間形成。於一些實施態樣中,dsRNA之雙股螺旋體區之互補鹼基配對係從折疊(例如經由髮夾)之單核酸股形成以提供一起鹼基配對之核苷酸的互補反平行序列。於一些實施態樣中,dsRNA包含二條彼此完全雙聯之共價分離的核酸股。然而,於一些實施態樣中,dsRNA包含二條部分雙聯之共價分離的核酸股(例如在一端或二端具有突出端)。於一些實施態樣中,dsRNA包含部分互補之核苷酸的反平行序列,因此可能具有一或多個錯配,該一或多個錯配可包括內部錯配或終端錯配。
如本文所使用者,當提及核酸(例如寡核苷酸)時,“雙股螺旋體”係指透過核苷酸的二個反平行序列之互補鹼基配對形成的結構。
如本文所使用者,“賦形劑”係指非治療劑,其可包含在組成物中以,例如提供或促成所需之稠度或穩定作用。
如本文所使用者,“肝細胞(hepatocyte或hepatocytes)”係指肝臟之實質組織的細胞。該等細胞佔肝臟質量之約70%-85%並製造血清白蛋白、FBN和凝血因子(除了因子3和4外)之凝血酶原群組。肝細胞譜系細胞之標記包括,但不限於轉甲狀腺素蛋白(transthyretin)(Ttr)、麩胺醯胺合成酶(Glul)、肝細胞核因子1a(Hnf1a)和肝細胞核因子4a(Hnf4a)。成熟肝細胞之標記可包括,但不限於細胞色素P450(Cyp3a11)、延胡索醯乙醯醋酸水解酶(Fah)、6-磷酸葡萄糖(G6p)、白蛋白(Alb)和OC2-2F8。參見,例如Huch
et al.(2013)Nature 494:247-50。
如本文所使用者,“肝毒性劑”係指其本身對肝臟有毒性或可經加工以形成對肝臟具有毒性之代謝物的化學化合物、病毒或其他物質。肝毒性劑可包括,但不限於四氯化碳(CCl
4)、乙醯胺酚(acetaminophen)(對乙醯胺基酚(paracetamol))、氯乙烯、砷、氯仿、非類固醇型抗炎藥(諸如阿斯匹林和丁二苯吡唑二酮(phenylbutazone))。
如本文所使用者,“不穩定連接子”係指可被裂解(例如藉由酸性pH值)之連接子。“相當穩定之連接子”係指不能被裂解之連接子。
如本文所使用者,“肝臟發炎”或“肝炎”係指其中肝臟變得腫脹、功能失調及/或疼痛之身體病況,尤其是由於損傷或感染所導致者、由於可能因暴露於肝毒劑所引起者。症狀可能包括黃疸(jaundice)(皮膚或眼睛發黃)、疲勞、虛弱、噁心、嘔吐、食慾下降和體重減輕。肝臟發炎若未進行治療可能會發展為纖維化、硬化、肝功能衰竭或肝癌。
如本文所使用者,“肝纖維化(liver fibrosis)”
、“肝纖維化(Liver Fibrosis)”或“肝臟之纖維化”係指細胞外基質蛋白過度累積在肝臟中,該細胞外基質蛋白可包括膠原蛋白(I、III和IV)、FBN、粗纖維調節素(undulin)、彈性蛋白、層黏連蛋白(laminin)、玻尿酸(hyaluronan)和由發炎和肝細胞死亡所導致之蛋白聚醣。肝纖維化若不及時治療可能會發展為肝硬化、肝功能衰竭或肝癌。
如本文所使用者,“環”係指核酸(例如寡核苷酸)之未配對區域,其側邊連接該核酸之二個彼此充分互補的反平行區域,從而在適當之雜交條件下(例如在磷酸鹽緩衝液中、在細胞中),該二個側接該未配對區域的反平行區域會雜交形成雙股螺旋體(稱為“莖”)。
如本文所使用者,“代謝症候群”或“代謝性肝臟疾病”係指特徵為一串相關醫療病況和相關病狀的病症,包括,但不限於下列醫療病況:腹部肥胖、血壓升高、空腹血糖升高、高血清三酸甘油酯和低水準之高密度脂蛋白(HDL)。如本文所使用者,術語代謝症候群或代謝性肝臟疾病可包含與代謝症候群和代謝性肝臟疾病相關之多種直接和間接表現、疾病和病理,本文件之全文中使用擴充之病況列表。
如本文所使用者,“經修飾之核苷酸間鍵聯”係指與包含磷酸二酯鍵之參考核苷酸間鍵聯相比較時具有一或多個化學修飾的核苷酸間鍵聯。於一些實施態樣中,經修飾之核苷酸為非天然存在之鍵聯。通常,經修飾之核苷酸間鍵聯賦予其中存有該經修飾之核苷酸間鍵聯的核酸一或多種合需之特性。例如,經修飾之核苷酸可改善熱穩定性、對降解之抗性、核酸酶抗性、溶解度、生體可用率、生物活性、降低之免疫原性,等。
如本文所使用者,“經修飾之核苷酸”係指當與選自下列之對應的參考核苷酸相比較時,具有一或多個化學修飾之核苷酸:腺嘌呤核糖核苷酸、鳥嘌呤核糖核苷酸、胞嘧啶核糖核苷酸、尿嘧啶核糖核苷酸、腺嘌呤去氧核糖核苷酸、鳥嘌呤去氧核糖核苷酸、胞嘧啶去氧核糖核苷酸和胸苷去氧核糖核苷酸。於一些實施態樣中,經修飾之核苷酸為非天然產生之核苷酸。於一些實施態樣中,經修飾之核苷酸在其糖、核鹼基及/或磷酸基團中具有一或多個化學修飾。於一些實施態樣中,經修飾之核苷酸具有一或多個與對應之參考核苷酸軛合的化學部分。通常,經修飾之核苷酸賦予其中存有該經修飾之核苷酸的核酸一或多種合需之特性。例如經修飾之核苷酸可改善熱穩定性、對降解之抗性、核酸酶抗性、溶解度、生體可用率、生物活性、降低之免疫原性,等。
如本文所使用者,“具有切口之四環結構”係指其特徵為分開之有義(隨從)股和反義(嚮導)股的RNAi寡核苷酸之結構,其中該有義股具有與反義股互補之區域,且其中該二股中至少一者(通常為有義股)具有四環,該四環經過配置以穩定在至少一股內形成之相鄰莖區。
如本文所使用者,“寡核苷酸”係指短核酸(例如長度短於約100個核苷酸)。寡核苷酸可為單股(ss)或ds。寡核苷酸可能具有或可能不具有雙股螺旋體區。作為非限制性實例組,寡核苷酸可為,但不限於小干擾RNA(siRNA)、微小RNA(miRNA)、短髮夾RNA(shRNA)、切丁酶受質干擾RNA(dsiRNA)、反義寡核苷酸、短siRNA或ss siRNA。於一些實施態樣中,雙股(dsRNA)為RNAi寡核苷酸。
如本文所使用者,“突出端”係指由延伸超出互補股末端之單股或區域所產生之末端非鹼基配對核苷酸,該互補股與該單股或區域形成雙股螺旋體。於一些實施態樣中,突出端包含從dsRNA之5'端或3'端的雙股螺旋體區延伸的一或多個未配對之核苷酸。於某些實施態樣中,該突出端為dsRNA之反義股或有義股上的3'或5'突出端。
如本文所使用者,“磷酸酯類似物”係指模擬磷酸基團之靜電及/或空間特性的化學部分。於一些實施態樣中,磷酸酯類似物位於寡核苷酸之5'端核苷酸來代替5'-磷酸酯,該5'-磷酸酯通常對酶催化性移除敏感。於一些實施態樣中,5'磷酸酯類似物含有磷酸酶抗性鍵聯。磷酸酯類似物之實例包括,但不限於5'膦酸酯,諸如5'伸甲基膦酸酯(5'-MP)和5'-(E)-乙烯基膦酸酯(5'-VP)。於一些實施態樣中,寡核苷酸在5'-端核苷酸處之糖的4'-碳位置處具有磷酸酯類似物(稱為“4'-磷酸酯類似物”)。4'-磷酸醋類似物之一種實例為氧甲基膦酸酯(oxymethylphosphonate)
,其中該氧甲基之氧原子係與該糖部分(例如在其4'-碳處)或其類似物結合。參見,例如美國臨時專利申請案62/383,207號(2016年9月2日提交)和62/393,401(2016年9月12日提交)。已研發用於該寡核苷酸之5'端的其他修飾(參見,例如國際專利申請案WO 2011/133871號;美國專利案8,927,513號;及Prakash
et al.(2015)
Nucleic Acids Res.43:2993-3011)。
如本文所使用者,基因(例如ACC及/或DGAT2)之“表現降低”係指當與適當之參考物(例如參考細胞、細胞群、樣品或個體)相比較時,RNA轉錄子(例如ACC及/或DGAT2 mRNA)或由該基因編碼之蛋白質的量或水準降低。例如,當與未使用dsRNA處理之細胞相比較時,令細胞與本文之寡核苷酸(例如包含反義股之寡核苷酸,該反義股具有與包含ACC及/或DGAT2 mRNA之核苷酸序列互補的核苷酸序列)接觸的行為可能導致ACC及/或DGAT2 mRNA、蛋白質及/或活性之量或水準(例如經由RNAi途徑降解ACC及/或DGAT2 mRNA)降低。類似地,且如本文所使用者,“降低表現”係指導致基因(例如ACC及/或DGAT2)表現降低之行為。如本文所使用者,“ACC及/或DGAT2表現降低”係指當與適當之參考物(例如參考細胞、細胞群、樣品或個體)相比較時,細胞、細胞群、樣品或個體中之ACC及/或DGAT2 mRNA、ACC及/或DGAT2蛋白及/或ACC及/或DGAT2活性之量或水準降低。
如本文所使用者,“互補之區域”係指核酸(例如dsRNA)之核苷酸序列,其與核苷酸之反平行序列充分互補以允許二個核苷酸序列在適當之雜交條件(例如在磷酸鹽緩衝液中、在細胞中,等)彼此雜交。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸包含靶向序列,該靶向序列具有與mRNA標靶序列(例如ACC或DGAT2)互補之區域。
如本文所使用者,“核糖核苷酸”係指具有核糖作為其戊糖之核苷酸,該戊糖在其2'位置含有羥基。經修飾之核糖核苷酸為除2'位置之外還具有一或多個修飾或原子取代之核糖核苷酸,包括在核糖、磷酸酯基團或鹼基中的修飾或取代或核糖、磷酸酯基團或鹼基的修飾或取代。
如本文所使用者,“RNAi寡核苷酸”係指(a)具有有義股(隨從股)和反義股(嚮導股)之dsRNA,其中Argonaute 2(Ago2)核酸內切酶在裂解標靶mRNA使用該反義股或反義股之一部分,或(b)具有單一反義股之ss寡核苷酸,其中Ago2核酸內切酶在裂解標靶mRNA時使用該反義股(或該反義股的一部分)。
如本文所使用者,“股”係指透過核苷酸間鍵聯(例如磷酸二酯鍵聯或硫代磷酸酯鍵聯)連接在一起之核苷酸的單一,連續序列。於一些實施態樣中,股具有二個游離端(例如5'端和3'端)。
如本文所使用者,“個體”意指任何哺乳動物,包括小鼠、兔和人類。於一實施態樣中,該個體為人或NHP。此外,“個人”或“患者”可與“個體”交換使用。
如本文所使用者,“合成的”係指人工合成的(例如使用機器(例如固態核酸合成儀))或並非源自通常產生該分子之天然來源(例如細胞或生物體)的核酸或其他分子。
如本文所使用者,“靶向配體”係指選擇性地與所欲組織或細胞之同源分子(例如受體)結合之分子(例如碳水化合物、胺基糖、膽固醇、多肽或脂質),其可與另一種物質軛合以將該另一種物質靶向所欲之組織或細胞。例如,於一些實施態樣中,靶向配體可與寡核苷酸軛合,以將該寡核苷酸靶向所欲之特定組織或細胞。於一些實施態樣中,靶向配體選擇性地與細胞表面受體結合。因此,於一些實施態樣中,當與寡核苷酸軛合時,靶向配體透過選擇性結合表現在細胞表面上之受體促進該寡核苷酸遞送入特定之細胞中,並由細胞將該包含寡核苷酸、靶向配體和受體之複合物內體內化。於一些實施態樣中,靶向配體經由連接子與寡核苷酸軛合,該接子在細胞內化之後或期間被裂解,從而使該寡核苷酸在細胞中從該靶向配體釋放。
如本文所使用者,“四環”係指增加相鄰雙股螺旋體之穩定性的環,其藉由核苷酸之側接序列雜交形成。穩定性增加可由相鄰莖雙股螺旋體之解構溫度(T
m)增加高於一般所預期之相鄰莖雙股螺旋體的T
m而檢測到,該預期之T
m係來自一組長度相當,由隨機選擇之核苷酸序列所組成的環。例如,在10 mM NaHPO
4中,四環可賦予包含長度為至少2個鹼基對(bp)之雙股螺旋體的髮夾至少約50℃,至少約55℃,至少約56℃,至少約58℃,至少約60℃,至少約65℃或至少約75℃之T
m。於一些實施態樣中,四環可藉由疊加交互作用來穩定相鄰莖雙股螺旋體中之bp。此外,四環中之核苷酸之間的交互作用包括,但不限於非沃森-克里克(Watson-Crick)鹼基配對、疊加交互作用、氫鍵結和接觸交互作用(Cheong
et al.(1990)
Nature346:680-82;Heus & Pardi(1991)Science 253:191-94)。於一些實施態樣中,四環包含或由3至6個核苷酸(通常為4至5個核苷酸)組成。於某些實施態樣中,四環包含或由3、4、5或6個核苷酸組成(其可能為或可能不為經修飾的,例如其可或可不與靶向部分軛合)。於一實施態樣中,四環係由4個核苷酸組成。四環中可以使用任何核苷酸且該等核苷酸之標準IUPAC-IUB符號可依Cornish-Bowden(1985)Nucleic Acids Res
.13:3021-30中之描述使用。例如,字母“N”可用於指任何可能位於該位置之鹼基,字母“R”可用於指明A(腺嘌呤)或G(鳥嘌呤)可能位於該位置,且“B”可用於指明C(胞嘧啶)、G(鳥嘌呤)或T(胸腺嘧啶)可能位於該位置。四環之實例包括四環之UNCG家族(例如UUCG)、四環之GNRA家族(例如GAAA)及CUUG四環(Woese
et al.(1990)Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:8467-8471;Antao
et al.(1991)Nucleic Acids Res
.19:5901-5905)。DNA四環之實例包括四環之d(GNNA)家族(例如d(GTTA))、四環之d(GNRA)家族、四環之d(GNAB)家族、四環之d(CNNG)家族,以及四環之d(TNCG)家族(例如d(TTCG))。參見,例如Nakano
et al.(2002)Biochem. 41:4281-14292;Shinji
et al.(2000)Nippon Kagakkai Koen Yokoshu 78:731。於一些實施態樣中,四環係包含在帶切口之四環結構內。
如本文所使用者,“治療(treat或treating)”係指對有其需要之個體提供照護的行為,例如藉由對該個體投予治療劑(例如本文之寡核苷酸)以用於下列目的:相對於現有病況(例如疾病、病症)改善該個體之健康及/或福祉,或預防或降低病況發生之可能性。於一些實施態樣中,治療涉及減低至少一種個體所經歷之病況(例如疾病、病症)的體徵、症狀或促成因素的頻率或嚴重性。
Ⅱ .ACC 及 / 或 DGAT2 表現之寡核苷酸抑制劑
本揭示提供,尤其是,抑制ACC及/或DGAT2表現之寡核苷酸。於一些實施態樣中,本文之抑制ACC及/或DGAT2表現的寡核苷酸係靶向ACC及/或DGAT2 mRNA。於一些實施態樣中,該寡核苷酸降低ACC及/或DGAT2表現。
乙醯輔酶 A羧酶(ACC)為生物素依賴性酶,該乙醯-CoA羧酶透過二種其催化活性(生物素羧酶(BC)和羧基轉移酶(CT))催化乙醯-CoA之不可逆羧化以產生丙二醯-CoA。ACC以生物素羧基載體蛋白來執行第三種功能。透過ACC之催化活性產生的丙二醯-CoA作為脂肪酸生物合成的基質。在從脂肪酸合成到脂肪酸氧化之轉變過程中,ACC作為關鍵之轉換調節劑。(Esler & Bense, Cell Mol Gastroenterol Hepatol.(2019)8(2): 247-67)。脂肪酸合成之調節在人體脂肪酸之能量代謝中起重要作用。出於該原因,脂肪酸合成之調節劑,諸如ACC被認為是用來調節與代謝症候群相關之人類疾病,包括肥胖症、糖尿病和心血管併發症的具有吸引力之標靶(Wakil & Abu-Elheiga,(2009) J Lipid Res
.50: S138-S143)。在轉錄層級或藉由小分子調節劑來調節ACC之活性以用於多種適應症(從癌症到糖尿病),甚至作為農業除草劑的嘗試已進行數次(Luo et al.(2012)Recent Pat Anticancer Drug Discov
.7(2):168-84)。迄今為止,這項努力尚未產生能夠對患者進行長期改善之可行的療法。使用根據本揭示之RNAi可提供不同方式之模態和寡核苷酸配置以協助該努力。
從基因組之角度看,人類基因組含有用於二種不同ACC蛋白之基因;ACACA和ACACB,其分別與二種主要的蛋白質同功型ACC1和ACC2有關。由於基因和蛋白質命名法與該標靶不一致,導致先前技藝中用法和標籤不一致,本申請案將該標靶通稱為ACC。術語ACC將同時包括基因及其mRNA產物(ACACA和ACACB),以及其各別之蛋白質產物(ACC1和ACC2)。有時,當突顯mRNA或蛋白質同功型之間的差異時,該應用將特定指各同功型。
由於ACC作為脂質代謝途徑之調節劑的作用,抑制ACC有希望作為用於治療代謝症候群和相關病症之治療劑。儘管數十年來作為已鑑定之標靶,對於廣泛適應症之治療研發具有吸引力,但ACC仍然難以進行有意義之調控。使用ACC(ACC1/ACC2)之小分子抑制劑在人體中進行之研究顯露出對患有NAFLD之個體投予一個月後,脂肪生成減少、酮體增加且肝臟三酸甘油酯減少(Horton et al.(2017)Cell Metab., 26(2): 394-406)。然而,該等相同患者亦經歷血清三酸甘油酯水準增加200%。
二醯基甘油O-醯基轉移酶2(DGAT2)為催化三酸甘油酯合成之最終反應(其中二醯基甘油與長鏈脂肪醯基-CoA分子共價結合)的二種酶之一。增加之血清三酸甘油酯為代謝症候群之標誌,而調節轉錄層級之血清三酸甘油酯或透過其他方式調節為控制該病症之相關症狀的關鍵。此外,使用可導致模擬非酒精性脂肪肝病(NAFLD)之表型的飲食餵養小鼠之研究表明特異性減弱肝組織中之DGAT2可導致該等動物之肝臟脂肪變性水準降低,而不會增加發炎或纖維化(Walther, et al. Hepatology(2019)70(6): 1972-85)。然而,相較於涉及脂肪酸代謝的一些其他基因標靶,DGAT2與較小範圍之功能,及可能地,活性相關。還有另一種酶DGAT1,其與DGAT2共享重複和重疊之功能(Chitraju et al.(2019)J Lipid Res
.60(6): 1112-20)。然而,先前該領域之人員在尋找能夠可靠地減少該種合成而不會對參與脂肪酸代謝之其他相關基因產生廣泛影響的小分子化合物的工作上成功有限。
因此,本揭示提供單獨或組合之靶向ACC和DGAT的RNAi治療劑。
i. ACC 及 / 或 DGAT2 標靶序列
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)被靶向包含ACC及/或DGAT2 mRNA之標靶序列。於一些實施態樣中,本文所描述之寡核苷酸對應於ACC及/或DGAT2 mRNA序列內之標靶序列。於一些實施態樣中,該寡核苷酸或其部分、片段或股(例如dsRNA之反義股或嚮導股)與包含ACC及/或DGAT2 mRNA之標靶序列結合或黏合,從而抑制ACC及/或DGAT2 mRNA或DGAT2表現。
於一些實施態樣中,為了抑制體內ACC及/或DGAT2表現,該寡核苷酸被靶向ACC及/或DGAT2標靶序列。於一些實施態樣中,靶向ACC及/或DGAT2標靶序列之寡核苷酸所抑制之ACC及/或DGAT2表現的量或程度與該寡核苷酸之效力相關。於一些實施態樣中,靶向ACC及/或DGAT2標靶序列之寡核苷酸所抑制之ACC及/或DGAT2表現的量或程度與個體或患者體內之治療益處的量或程度有關,該個體或患者患有與使用該寡核苷酸治療之ACC及/或DGAT2的表現相關之疾病、病症或病況。
透過檢查編碼ACC及/或DGAT2之mRNA(包括多種不同物種(例如人、食蟹猴、小鼠、和大鼠;參見,例如實施態樣1)之mRNA)的核苷酸序列,以及體外和體內測試之結果(參見,例如實施態樣2、實施態樣3和實施態樣4-10),現已發現ACC及/或DGAT2 mRNA的某些核苷酸序列較其他序列更適合基於寡核苷酸之抑制作用,且因此可用來作為本文之寡核苷酸的標靶序列。於一些實施態樣中,本文描述之寡核苷酸(例如dsRNA)的有義股包含ACC及/或DGAT2標靶序列。於一些實施態樣中,本文描述之dsRNA的有義股之一部分或區域包含ACC及/或DGAT2標靶序列。於一些實施態樣中,該ACC及/或DGAT2標靶序列包含,或由下列任一者之序列組成:SEQ ID NO:149、150、151、152、153、154、155、156、157和158。於一些實施態樣中,該ACC標靶序列包含,或由下列任一者之序列組成:SEQ ID NO:150、151、152、153、154、和155。於一些實施態樣中,該ACC標靶序列包含,或由下列任一者之序列組成:150和151中。於一些實施態樣中,該DGAT2標靶序列包含,或由下列任一者之序列組成:SEQ ID NO:149、156、157、和158。於一些實施態樣中,該DGAT2標靶序列包含,或由下列任一者之序列組成:SEQ ID NO:156和157。
ii. ACC 及 / 或 DGAT2 靶向序列
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)具有與ACC及/或DGAT2 mRNA互補之區域(例如在ACC及/或DGAT2 mRNA之標靶序列內)以靶向細胞中之mRNA並抑制其表現。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸包含具有互補之區域之ACC及/或DGAT2靶向序列(例如dsRNA之反義股或嚮導股),該互補之區域藉由互補(Watson-Crick)鹼基配對與ACC及/或DGAT2標靶序列結合或黏合。該靶向序列或互補之區域通常具有合適之長度和鹼基含量,以使該寡核苷酸(或其股)能夠與ACC及/或DGAT2 mRNA結合或黏合,以抑制ACC及/或DGAT2 mRNA表現。於一些實施態樣中,該靶向序列或互補之區域之長度為至少約12、至少約13、至少約14、至少約15、至少約16、至少約17、至少約18、至少約19、至少約20、至少約21、至少約22、至少約23、至少約24、至少約25、至少約26、至少約27、至少約28、至少約29個或至少約30個核苷酸。於一些實施態樣中,該靶向序列或互補之區域之長度為約12至約30(例如12至30、12至22、15至25、17至21、18至27、19至27或15至30)個核苷酸。於一些實施態樣中,該靶向序列或互補之區域之長度為約12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個核苷酸。於一些實施態樣中,該靶向序列或互補之區域之長度為18個核苷酸。於一些實施態樣中,該靶向序列或互補之區域之長度為19個核苷酸。於一些實施態樣中,該靶向序列或互補之區域之長度為20個核苷酸。於一些實施態樣中,該靶向序列或互補之區域之長度為21個核苷酸。於一些實施態樣中,該靶向序列或互補之區域之長度為22個核苷酸。於一些實施態樣中,該靶向序列或互補之區域之長度為23個核苷酸。於一些實施態樣中,該靶向序列或互補之區域之長度為24個核苷酸。
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸包含與ACC及/或DGAT2標靶序列完全互補之靶向序列或互補之區域(例如雙股寡核苷酸之反義股或嚮導股)。於一些實施態樣中,該靶向序列或互補之區域與ACC及/或DGAT2標靶序列部分互補。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與ACC或DGAT2之序列完全互補的靶向序列或互補之區域。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81和83其中任一者之序列互補之靶向序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為18個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、及83其中任一者之序列互補之靶向序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為19個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、及83其中任一者之序列互補之靶向序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為20個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與選自SEQ ID NO:29、31和43之序列互補的靶向序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為18個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與選自SEQ ID NO:29、31和43之序列互補的靶向序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為19個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與選自SEQ ID NO:29、31和43之序列互補的靶向序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為20個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:150和151其中任一者之序列互補的標靶序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為21個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:150和151其中任一者之序列互補的標靶序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為22個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:150和151其中任一者之序列互補的標靶序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為23個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:150和151其中任一者之序列互補的標靶序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為24個核苷酸。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與下列任一者之序列互補的靶向序列或互補之區域:SEQ ID NO:117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147,且該靶向序列或互補之區域之長度為18個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與下列任一者之序列互補的標靶序列或互補之區域:SEQ ID NO:117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147,且該靶向序列或互補之區域之長度為19個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與下列任一者之序列互補的標靶序列或互補之區域:SEQ ID NO:117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147,且該靶向序列或互補之區域之長度為20個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與選自下列之序列互補的靶向序列或互補之區域:SEQ ID No:117、119、125、129、137和143,且該靶向序列或互補之區域之長度為18個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與選自下列之序列互補的靶向序列或互補之區域:SEQ ID No:117、119、125、129、137和143,且該靶向序列或互補之區域之長度為19個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與選自下列之序列互補的靶向序列或互補之區域:SEQ ID No:117、119、125、129、137和143,且該靶向序列或互補之區域之長度為20個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:156和157其中任一者之序列互補的標靶序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為21個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:156和157其中任一者之序列互補的標靶序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為22個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:156和157其中任一者之序列互補的標靶序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為23個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:156和157其中任一者之序列互補的標靶序列或互補之區域,且該靶向序列或互補之區域之長度為24個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與ACC或DGAT2之序列部分互補的靶向序列或互補之區域。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與下列任一者之序列完全互補的靶向序列或互補之區域:SEQ ID NO:25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81和83。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:29、31和43中所示之序列完全互補的靶向序列或互補之區域。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與下列任一者之序列部分互補的靶向序列或互補之區域:SEQ ID NO:117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:117、119、125、129、137和143中所示之序列部分互補的靶向序列或互補之區域。
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含與含有ACC及/或DGAT2 mRNA之核苷酸連續序列互補的靶向序列或互補之區域,其中該核苷酸連續序列的長度為約12至約30個核苷酸(例如12至30、12至28、12至26、12至24、12至20、12至18、12至16、14至22、16至20、18至20或18至19個核苷酸)。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與含有ACC及/或DGAT2 mRNA之核苷酸連續序列互補的靶向序列或互補之區域,其中該核苷酸連續序列之長度為10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與含有ACC及/或DGAT2 mRNA之核苷酸連續序列互補的靶向序列或互補之區域,其中該核苷酸連續序列的長度為19個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與含有ACC及/或DGAT2 mRNA之核苷酸連續序列互補的靶向序列或互補之區域,其中該核苷酸連續序列之長度為20個核苷酸。
於一些實施態樣中,與ACC或DGAT2標靶序列之連續核苷酸互補之寡核苷酸的靶向序列或互補之區域跨越反義股之全長。於一些實施態樣中,與ACC或DGAT2標靶序列之連續核苷酸互補的寡核苷酸之互補之區域跨越反義股全長的一部分。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸包含與跨越ACC或DGAT2之標靶序列的核苷酸1至20之核苷酸的連續段至少部分(例如完全)互補的互補之區域(例如在dsRNA之反義股上)。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸包含與對應之ACC及/或DGAT2標靶序列具有一或多個鹼基對(bp)錯配之靶向序列或互補之區域。於一些實施態樣中,該靶向序列或互補之區域與對應之ACC及/或DGAT2標靶序列可具有多達約1個、多達約2個、多達約3個、多達約4個、多達約5個,等錯配,惟其該靶向序列或互補之區域在適當之雜交條件下與ACC及/或DGAT2 mRNA結合或黏合之能力及/或該寡核苷酸抑制ACC及/或DGAT2表現之能力得以維持。或者,該靶向序列或互補之區域與該對應之ACC及/或DGAT2標靶序列可具有不多於1個、不多於2個、不多於3個、不多於4個或不多於5個錯配,惟其該靶向序列或互補之區域在適當之雜交條件下與ACC及/或DGAT2 mRNA結合或黏合之能力及/或該寡核苷酸抑制ACC及/或DGAT2表現之能力得以維持。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與對應之標靶序列具有1個錯配之靶向序列或互補之區域。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與對應之標靶序列具有2個錯配之靶向序列或互補之區域。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與對應之標靶序列具有3個錯配之靶向序列或互補之區域。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與對應之標靶序列具有4個錯配之靶向序列或互補之區域。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與對應之標靶序列具有5個錯配之靶向序列或互補之區域。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與對應之標靶序列具有多於1個之錯配(例如2、3、4、5或更多個錯配)的靶向序列或互補之區域,其中該錯配中至少有2個(例如全部)為連續放置(例如連續2、3、4、5個或更多個錯配),或者其中該錯配係穿插在整個靶向序列或互補之區域。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與對應之標靶序列具有多於1個之錯配(例如2、3、4、5或更多個錯配)的靶向序列或互補之區域,其中該錯配中至少有2個(例如全部)為連續放置(例如連續2、3、4、5個或更多個錯配),或者其中至少一或多個非錯配之鹼基對位於該錯配之間,或彼等之組合。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與下列任一者之核苷酸連續序列互補之靶向序列或互補之區域:SEQ ID NO:25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81和83,其中該靶向序列或互補之區域與對應之ACC標靶序列可具有多達約1個、多達約2個、多達約3個、多達約4個、多達約5個,等錯配。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與下列任一者之核苷酸連續序列互補的靶向序列或互補之區域:SEQ ID NO:25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81和83,其中該靶向序列或互補之區域與對應之ACC標靶序列可具有不多於1個、不多於2個、不多於3個、不多於4個或不多於5個錯配。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與下列任一者之核苷酸連續序列互補的靶向序列或互補之區域:SEQ ID NO:29、31、43,其中該靶向序列或互補之區域可與該對應之ACC標靶序列具有多達約1個、多達約2個、多達約3個、多達約4個、多達約5個,等錯配。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與下列任一者之核苷酸連續序列互補之靶向序列或互補之區域:SEQ ID NO:29、31、43,其中該靶向序列或互補之區域與對應之ACC標靶序列可具有不多於1個、不多於2個、不多於3個、不多於4個或不多於5個錯配。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與下列任一者之核苷酸連續序列互補的靶向序列或互補之區域:SEQ ID NO:117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147,其中該靶向序列或互補之區域可與對應之DGAT2標靶序列可具有多達約1個、多達約2個、多達約3個、多達約4個、多達約5個,等錯配。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與下列任一者之核苷酸連續序列互補的靶向序列或互補之區域:SEQ ID NO:117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147,其中該靶向序列或互補之區域與對應之DGAT2標靶序列可具有不多於1個、不多於2個、不多於3個、不多於4個或不多於5個錯配。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與下列任一者之核苷酸連續序列互補的靶向序列或互補之區域:SEQ ID NO:117、119、125、129、137和143,其中該靶向序列或互補之區域與對應之DGAT2標靶序列可具有多達約1個、多達約2個、多達約3個、多達約4個、多達約5個,等錯配。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與下列任一者之核苷酸連續序列互補的靶向序列或互補之區域:SEQ ID NO:117、119、125、129、137、139和143,其中該靶向序列或互補之區域與對應之DGAT2標靶序列可具有不多於1個、不多於2個、不多於3個、不多於4個或不多於5個錯配。
iii. 寡核苷酸之類型
多種寡核苷酸類型及/或結構可用於本文之方法中用於靶向ACC及/或DGAT2,包括,但不限於RNAi寡核苷酸、反義寡核苷酸、miRNA,等。本文或他處所描述之任何寡核苷酸類型均可被考慮作為框架以併入本文之ACC及/或DGAT2靶向序列。
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸藉由參與切丁酶涉入之RNA干擾(RNAi)途徑上游或下游來抑制ACC及/或DGAT2表現。例如,已研發RNAi寡核苷酸,各股之大小為約19至25個核苷酸且具有至少一個長1至5個核苷酸之3'突出端(參見,例如美國專利案8,372,968號)。亦已研發較長之寡核苷酸,其藉由切丁酶加工處理來產生活性RNAi產物(參見,例如美國專利案8,883,996號)。進一步之工作產生延長之dsRNA,其中至少一股之至少一端延伸超過雙股螺旋體靶向區域,包括其中該雙股之一包含熱力學穩定之四環結構的構造(參見,例如美國專利案8,513,207和8,927,705號,以及國際專利申請案出版物
WO 2010/033225號)。該等結構可包括ss延伸(在該分子之一側或二側)以及ds延伸。
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸參與切丁酶涉入(例如Dicer裂解)之RNAi途徑下游。於一些實施態樣中,本文描述之寡核苷酸為Dicer受質。於一些實施態樣中,該寡核苷酸之有義股的3'端具有突出端(例如長度為1、2或3個核苷酸之突出端)。於一些實施態樣中,該寡核苷酸(例如siRNA)包含與標靶RNA反義之21個核苷酸的嚮導股和互補隨從股,其中二股黏合形成19-bp雙股螺旋體和位於一個或二個3'端的2個核苷酸長之突出端。較長之寡核苷酸設計亦可用,包括具有23個核苷酸長之嚮導股和21個核苷酸長之隨從股的寡核苷酸,其中在該分子之右側具有一個平端(隨從股之3'端/嚮導股之5'端) 且該分子左側具有2個核苷酸長之3'-嚮導股突出端(隨從股之5'端/嚮導股之3'端)。在該等分子中具有一個21 bp之雙股區。參見,例如美國專利案9,012,138;9,012,621和9,193,753號。
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸包含長度皆在約17至26(例如17至26、20至25或21至23)個核苷酸之範圍內的有義股和反義股。於一些實施態樣中,本文描述之寡核苷酸包含長度為19至30個核苷酸之反義股和長度為19至50個核苷酸之有義股,其中該反義股和有義股為形成不對稱雙股螺旋體區之分開的股,該不對稱雙股螺旋體區在該反義股之3'端具有為1至4個核苷酸的突出端。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸包含長度皆在約19至22個核苷酸範圍內之有義股和反義股。於一些實施態樣中,該有義股和反義股之長度相等。於一些實施態樣中,寡核苷酸包含有義股和反義股,從而在有義股或反義股或有義股和反義股二者上存在3'-突出端。於一些實施態樣中,在具有長度皆在約21至23個核苷酸範圍內之有義股和反義股的寡核苷酸方面,有義股、反義股或有義股和反義股二者上之3'突出端之長度為1或2個核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸具有長度為22個核苷酸之嚮導股和20個核苷酸之隨從股,其中該分子之右側具有平端(隨從股之3'端/嚮導股之5'端),且該分子之左側具有長度為2個核苷酸之3'-嚮導股突出端(隨從股之5'端/嚮導股之3'端)。在該等分子中,存在一個20 bp之雙股螺旋體區。
與本文之組成物和方法一起使用的其他寡核苷酸設計包括:16聚體siRNA(參見,例如Nucleic
Acids in Chemistry and Biology. Blackburn (ed.), Royal Society of Chemistry, 2006)、shRNA(例如具有19 bp或更短之莖;參見,例如Moore
et al.(2010) Methods Mol. Biol. 629:141-158)、平端siRNA(例如長度為19bp;參見,例如Kraynack & Baker (2006) RNA 12:163-176)、非對稱之siRNA(aiRNA;參見,例如Sun
et al.(2008) Nat. Biotechnol
.26:1379-1382)、非對稱之較短的雙股螺旋體siRNA(參見,例如Chang
et al.(2009) Mol. Ther. 17:725-32)、叉頭siRNA(參見,例如Hohjoh (2004) FEBS Lett
.557:193-198)、ss siRNA(Elsner (2012) Nat. Biotechnol. 30:1063)、啞鈴形環狀siRNA(參見,例如Abe
et al.(2007) J. Am. Chem. Soc
.129:15108-09)和小的內部分段之干擾RNA(siRNA;參見,例如Bramsen
et al.(2007) Nucleic Acids Res. 35:5886-97)。可於一些實施態樣中使用以降低或抑制ACC及/或DGAT2表現之寡核苷酸結構的進一步非限制性實例為微小RNA(miRNA)、短髮夾RNA(shRNA)和短siRNA(參見,例如Hamilton
et al.(2002) EMBO J. 21:4671-79;亦參見,美國專利申請案公開2009/0099115號)。
此外,於一些實施態樣中,本文中用於降低或抑制ACC及/或DGAT2表現之寡核苷酸為ss。該等結構可包括,但不限於ss RNAi分子。最近的努力已證明ss RNAi分子之活性(參見,例如Matsui
et al.(2016) Mol. Ther
.24:946-55)。然而,於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸為反義寡核苷酸(ASO)。反義寡核苷酸為具有核鹼基序列之ss寡核苷酸,當以5'至3'之方向書寫時,其包含特定核酸之被靶向片段的反向互補物,且其經適當修飾(例如為間隙體(gapmer)形式)從而在細胞中誘導由RNaseH介導之其標靶RNA的裂解或(例如為混合體(mixmer)形式)從而抑制該標靶mRNA在細胞中轉譯。本文使用之ASO可以本技藝已知之任何合適方式修飾,包括,例如如美國專利案9,567,587號中所示(包括,例如該核鹼基(嘧啶、嘌呤)之長度、糖部分,及該核鹼基之雜環部分的修改)。此外,數十年來,ASO亦已被用來降低特定標靶基因之表現(參見,例如Bennett
et al.(2017) Annu. Rev. Pharmacol
.57:81-105)。
於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸與ACC及/或DGAT2 mRNA共享互補之區域。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸靶向被鑑定為NM_001093之人ACACB基因的各個區域。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸靶向被鑑定為NM_198834之人ACACB基因的各個區域。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸靶向被鑑定為NM_001253891.1之人DGAT2基因的各個區域。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸靶向被鑑定為NM_032564.5之人DGAT2基因的各個區域。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸之長度為15至50個核苷酸。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸之長度為15至25個核苷酸。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸之長度為22個核苷酸。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸與下列任一者互補:SEQ ID NO:25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81和83。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸與SEQ ID NO:29、31和43中任一者互補。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸與下列任一者互補:SEQ ID NO:117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸與SEQ ID NO:117、119、125、129、137和14 3中任一者互補。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸之長度為至少15個連續核苷酸。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸之長度為至少19個連續核苷酸。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸之長度為至少20個連續核苷酸。於一些實施態樣中,該反義寡核苷酸與標靶序列相差1、2或3個核苷酸。
iv. 雙股寡核苷酸
本揭示提供用於靶向ACC及/或DGAT2並抑制ACC及/或DGAT2表現(例如經由RNAi途徑)之dsRNA,該dsRNA包含有義股(本文中亦稱為隨從股)和反義股(本文中亦稱為嚮導股)。於一些實施態樣中,有義股和反義股為分開且未共價連接之股。於一些實施態樣中,該有義股和反義股係共價連接。於一些實施態樣中,該有義股和反義股形成雙股螺旋體區,其中該有義股和反義股或其一部分係以互補方式(例如藉由Watson-Crick鹼基配對)彼此結合。
於一些實施態樣中,該有義股具有第一區(R1)和第二區(R2),其中R2包含第一亞區域(S1)、四環或三環(L)、及第二亞區域(S2),其中L位於S1和S2之間,且其中S1和S2形成第二雙股螺旋體(D2)。D2可具有各種不同長度。於一些實施態樣中,D2之長度為約1至6 bp。於一些實施態樣中,D2之長度為2至6、3至6、4至6、5至6、1至5、2至5、3至5或4至5 bp。於一些實施態樣中,D2之長度為1、2、3、4、5或6 bp。於一些實施態樣中,D2之長度為6 bp。
於一些實施態樣中,該有義股和反義股之R1形成第一雙股螺旋體(D1)。於一些實施態樣中,D1之長度為至少約15(例如至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20或至少21)個核苷酸。於一些實施態樣中,D1之長度係在約12至30個核苷酸之範圍內(例如12至30、12至27、15至22、18至22、18至25、18至27、18至30或21至30個核苷酸長)。於一些實施態樣中,D1之長度為至少12個核苷酸(例如至少12、至少15、至少20、至少25或至少30個核苷酸長)。於一些實施態樣中,D1之長度為12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個核苷酸。於一些實施態樣中,D1之長度為20個核苷酸。於一些實施態樣中,包含有義股和反義股之D1未跨越有義股及/或反義股的整個長度。於一些實施態樣中,包含有義股和反義股之D1跨越有義股或反義股或二者的整個長度。於某些實施態樣中,包含有義股和反義股之D1跨越有義股和反義股的整個長度。
於一些實施態樣中,本文之dsRNA包含有義股和反義股,該有義股具有下列任一者之序列:SEQ ID NO:1、29、31、43、55、105、107、111、125、129、及137,該反義股包含選自SEQ ID NO:2、30、32、44、56、106、108、11、126、130和138之互補序列,如表1、3、4、6、8和9之安排。
於一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含有義股和反義股,該有義股和反義股包含選自下列之核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:25和26;
(b)分別為SEQ ID NO:27和28;
(c)分別為SEQ ID NO:29和30;
(d)分別為SEQ ID NO:31和32;
(e)分別為SEQ ID NO:33和34;
(f)分別為SEQ ID NO:35和36;
(g)分別為SEQ ID NO:37和38;
(h)分別為SEQ ID NO:39和40;
(i)分別為SEQ ID NO:41和42;
(j)分別為SEQ ID NO:43和44;
(k)分別為SEQ ID NO:45和46;
(l)分別為SEQ ID NO:47和48;
(m)分別為SEQ ID NO:49和50;
(n)分別為SEQ ID NO:51和52;
(o)分別為SEQ ID NO:53和54;
(p)分別為SEQ ID NO:55和56;
(q)分別為SEQ ID NO:57和58;
(r)分別為SEQ ID NO:59和60;
(s)分別為SEQ ID NO:61和62;
(t)分別為SEQ ID NO:63和64;
(u)分別為SEQ ID NO:65和66;
(v)分別為SEQ ID NO:67和68;
(w)分別為SEQ ID NO:69和70;
(x)分別為SEQ ID NO:71和72;
(y)分別為SEQ ID NO:73和74;
(z)分別為SEQ ID NO:75和76;
(aa)分別為SEQ ID NO:77和78;
(bb)分別為SEQ ID NO:79和80;
(cc)分別為SEQ ID NO:81和82;及
(dd)分別為SEQ ID NO:83和84。
於一些實施態樣中,該有義股包含SEQ ID NO:43之序列且該反義股包含SEQ ID NO:44之序列。
於一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如,RNAi寡核苷酸)包含有義股和反義股,該有義股和反義股包含選自下列之核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:117和118;
(b)分別為SEQ ID NO:119和120;
(c)分別為SEQ ID NO:121和122;
(d)分別為SEQ ID NO:123和124;
(e)分別為SEQ ID NO:125和126;
(f)分別為SEQ ID NO:127和128;
(g)分別為SEQ ID NO:129和130;
(h)分別為SEQ ID NO:131和132;
(i)分別為SEQ ID NO:133和134;
(j)分別為SEQ ID NO:135和136;
(k)分別為SEQ ID NO:137和138;
(l)分別為SEQ ID NO:139和140;
(m)分別為SEQ ID NO:141和142;
(n)分別為SEQ ID NO:143和144;
(o)分別為SEQ ID NO:145和146;及,
(p)分別為SEQ ID NO:147和148。
於一些實施態樣中,該有義股包含SEQ ID NO:119之序列且該反義股包含SEQ ID NO:120之序列。於一些實施態樣中,該有義股包含SEQ ID NO:129之序列且該反義股包含SEQ ID NO:130之序列。
應理解的是,於一些實施態樣中,在描述寡核苷酸或其他核酸之結構時可參考序列表中呈現之序列。於該等實施態樣中,當與具體指定之序列相比較時,該實際之寡核苷酸或其他核酸可具有一或多個替代核苷酸(例如DNA核苷酸之RNA對應物或RNA核苷酸之DNA對應物)及/或一或多個經修飾之核苷酸及/或一或多個經修飾之核苷酸間鍵聯及/或一或多個其他修飾,同時保留與該具體指定之序列基本上相同或相似之互補特性。
於一些實施態樣中,本文之雙股RNA (dsRNA)包含25個核苷酸之有義股和27個核苷酸之反義股,當切丁酶作用在其上時可導致被併入成熟RISC之反義股。於一些實施態樣中,該dsRNA之有義股的長度長於27個核苷酸(例如28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個核苷酸)。於一些實施態樣中,該dsRNA之有義股的長度長於25個核苷酸(例如26、27、28、29或30個核苷酸)。於一些實施態樣中,該寡核苷酸之有義股包含選自SEQ ID NO:160至189之核苷酸序列,其中該核苷酸序列之長度長於27個核苷酸(例如28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50個核苷酸)。於一些實施態樣中,該寡核苷酸之有義股包含選自SEQ ID NO:160至189之核苷酸序列,其中該核苷酸序列之長度長於25個核苷酸(例如26、27、28、29或30個核苷酸)。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸之有義股包含選自SEQ ID NO:190至205之核苷酸序列,其中該核苷酸序列長於27個核苷酸(例如28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50個核苷酸)。於一些實施態樣中,該寡核苷酸之有義股包含選自SEQ ID NO:190至205之核苷酸序列,其中該核苷酸序列長於25個核苷酸(例如26、27、28、29或30個核苷酸)。
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸具有一個5'端,當與另一個5'端相比較時,該5'端在熱力學上較不穩定。於一些實施態樣中,提供不對稱寡核苷酸,其包括在有義股之3'端處的平端和在反義股之3'端的3'-突出端。於一些實施態樣中,該反義股上之3'-突出端之長度為約1至8個核苷酸(例如長度為1、2、3、4、5、6、7或8個核苷酸)。通常,RNAi之寡核苷酸在反義(嚮導)股之3'端具有長度為二個核苷酸之突出端。然而,有可能為其他突出端。於一些實施態樣中,突出端為包含長度介於1至6個核苷酸,視需要地為1至5、1至4、1至3、1至2、2至6、2至5、2至4、2至3、3至6、3至5、3至4、4至6、4至5、5至6個核苷酸,或1、2、3、4、5或6個核苷酸之3'-突出端。然而,於一些實施態樣中,該突出端為包含長度介於1至6個核苷酸,視需要地為1至5、1至4、1至3、1至2、2至6、2至5、2至4、2至3、3至6、3至5、3至4、4至6、4至5、5至6個核苷酸,或1、2、3、4、5或6個核苷酸之5'-突出端。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含靶向序列或互補之區域,以及包含長度介於1至6個核苷酸之5'-突出端,該靶向序列或互補之區域與下列任一者之核苷酸連續序列互補:SEQ ID NO:25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含有義股,該有義股包含選自SEQ ID NO:160至189,和190至205之核苷酸序列,其中該寡核苷酸包含長度介於1至6個核苷酸之間的5'突出端。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含反義股,該反義股包含選自下列之核苷酸序列:SEQ ID NO:26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、5 0、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146和148,其中該寡核苷酸包含5'突出端,該5'突出端包含介於1至6個核苷酸之長度。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股包含選自SEQ ID NO:160至189,和190至205之核苷酸序列,該反義股包含選自SEQ ID NO:26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146和148之核苷酸序列,其中該寡核苷酸包含5'突出端,該5'突出端包含介於1至6個核苷酸之長度。
於一些實施態樣中,反義股之3'端上的二個末端核苷酸經修飾。於一些實施態樣中,該反義股之3'端上的二個末端核苷酸與標靶mRNA(例如ACC或DGAT2 mRNA)互補。於一些實施態樣中,該反義股之3'端上的二個末端核苷酸與該標靶不互補。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸之反義股的3'端上的二(2)個末端核苷酸為未配對的。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸之反義股的3'端上的二(2)個末端核苷酸包含未配對之GG。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸之反義股的3'端上的二(2)個末端核苷酸與標靶mRNA不互補。於一些實施態樣中,寡核苷酸之各個3'端上的二(2)個末端核苷酸為GG。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸的各個3'端上的二(2)個末端GG核苷酸其中一者或二者不與標靶mRNA互補。於一些實施態樣中,帶切口之四環結構中之核苷酸的各個3'末端上的二個末端核苷酸為GG。通常,寡核苷酸之各個3'端上的二個末端GG核苷酸其中一者或二者與該標靶不互補。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含靶向序列或互補之區域,該靶向序列或互補之區域與SEQ ID NO:25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147其中任一者之核苷酸連續序列互補,其中本文之寡核苷酸之反義股的3'端上的二(2)個末端核苷酸包含未配對之GG。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含反義股,該反義股包含選自SEQ ID NO:26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146和148之核苷酸序列,其中該寡核苷酸之反義股的3'端上的二(2)個末端核苷酸包含未配對之GG。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股包含選自SEQ ID NO:160至189及190至205之核苷酸序列,而該反義股包含選自26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146和148之核苷酸序列,其中該寡核苷酸之反義股的3'端上的二(2)個末端核苷酸包含未配對之GG。
於一些實施態樣中,有義股和反義股之間存在一或多個(例如1、2、3、4或5個)錯配。若有義股和反義股之間存在多於一個之錯配,這些錯配可位於連續位置上(例如2、3或更多個在一列),或散佈在整個互補之區域。於一些實施態樣中,該有義股之3'端含有一或多個錯配。於一實施態樣中,二個錯配被併入該有義股之3'端。於一些實施態樣中,該寡核苷酸之有義股的3'端處的鹼基錯配或區段去穩定化提高RNAi中之合成的雙股螺旋體之效力,此可能係透過促進切丁酶加工進行。
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸的有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:160和26;
(b)分別為SEQ ID NO:161和28;
(c)分別為SEQ ID NO:162和30;
(d)分別為SEQ ID NO:163和32;
(e)分別為SEQ ID NO:164和34;
(f)分別為SEQ ID NO:165和36;
(g)分別為SEQ ID NO:166和38;
(h)分別為SEQ ID NO:167和40;
(i)分別為SEQ ID NO:168和42;
(j)分別為SEQ ID NO:169和44;
(k)分別為SEQ ID NO:170和46;
(l)分別為SEQ ID NO:171和48;
(m)分別為SEQ ID NO:172和50;
(n)分別為SEQ ID NO:173和52;
(o)分別為SEQ ID NO:174和54;
(p)分別為SEQ ID NO:175和56;
(q)分別為SEQ ID NO:176和58;
(r)分別為SEQ ID NO:177和60;
(s)分別為SEQ ID NO:178和62;
(t)分別為SEQ ID NO:179和64;
(u)分別為SEQ ID NO:180和66;
(v)分別為SEQ ID NO:181和68;
(w)分別為SEQ ID NO:182和70;
(x)分別為SEQ ID NO:183和72;
(y)分別為SEQ ID NO:184和74;
(z)分別為SEQ ID NO:185和76;
(aa)分別為SEQ ID NO:186和78;
(bb)分別為SEQ ID NO:187和80;
(cc)分別為SEQ ID NO:188和82;及
(dd)分別為SEQ ID NO:189和84,
其中該有義股和反義股之間存在一或多個(例如1、2、3、4或5個)錯配。
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸的有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:162和30;
(b)分別為SEQ ID NO:163和32;及
(c)分別為SEQ ID NO:169和44,
其中該有義股和反義股之間存在一或多個(例如1、2、3、4或5個)錯配。
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸的有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:190和118;
(b)分別為SEQ ID NO:191和120;
(c)分別為SEQ ID NO:192和122;
(d)分別為SEQ ID NO:193和124;
(e)分別為SEQ ID NO:194和126;
(f)分別為SEQ ID NO:195和128;
(g)分別為SEQ ID NO:196和130;
(h)分別為SEQ ID NO:197和132;
(i)分別為SEQ ID NO:198和134;
(j)分別為SEQ ID NO:199和136;
(k)分別為SEQ ID NO:200和138;
(l)分別為SEQ ID NO:201和140;
(m)分別為SEQ ID NO:202和142;
(n)分別為SEQ ID NO:203和144;
(o)分別為SEQ ID NO:204和146;及
(p)分別為SEQ ID NO:205和148,
其中該有義股和反義股之間存在一或多個(例如1、2、3、4或5個)錯配。
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸的有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:200和138;
(b)分別為SEQ ID NO:203和144;
(c)分別為SEQ ID NO:194和126;
(d)分別為SEQ ID NO:191和120;
(e)分別為SEQ ID NO:196和130;及
(f)分別為SEQ ID NO:190和118,
其中該有義股和反義股之間存在一或多個(例如1、2、3、4或5個)錯配。
a. 反義股
於一些實施態樣中,本文揭示之用於靶向ACC及/或DGAT2的寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含反義股,該反義股包含SEQ ID NO:2、30、32、44、56、106、108、112、126、130和138中任一者所示之序列或由其組成。於一些實施態樣中,寡核苷酸包含反義股,該反義股包含SEQ ID NO:2、30、32、44、56、106、108、112、126、130和138中任一者所示之序列的至少約12個(例如至少12個、至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個、至少21個、至少22個或至少23個)連續核苷酸或由其組成。於一些實施態樣中,寡核苷酸包含反義股,該反義股包含選自SEQ ID NO:2、30、32、44和56之序列或由其組成。於一些實施態樣中,寡核苷酸包含反義股,該反義股包含選自SEQ ID NO:30、32和44之序列或由其組成。於一些實施態樣中,寡核苷酸包含反義股,該反義股包含選自SEQ ID No:106、108、112、118、120、126、130和128之序列或由其組成。於一些實施態樣中,寡核苷酸包含反義股,該反義股包含選自SEQ ID NO:118、120、126、130和128之序列或由其組成。
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含反義股,該反義股之長度長達約50個核苷酸(例如長度長達50個、長達40個、長達35個、長達30個、長達27個、長達25個、長達21個、長達19個、長達17個或長達12個核苷酸)。於一些實施態樣中,dsRNA包含長度長達約40個核苷酸的反義股(例如長度長達40個、長達35個、長達30個、長達27個、長達25個、長達21個、長達19個、長達17個或長達12個核苷酸)。於一些實施態樣中,寡核苷酸可具有長度為至少約12個核苷酸(例如長度為至少12個、至少15個、至少19個、至少21個、至少22個、至少25個、至少27個、至少30個、至少35個或至少38個核苷酸)之反義股。於一些實施態樣中,寡核苷酸可具有長度為約12至約40個核苷酸(例如12至40個、12至36個、12至32個、12至28個、15至40個、15至36個、15至32個、15至28個、17至22個、17至25個、19至27個、19至30個、20至40個、22至40個、25至40個或32至40個核苷酸)之反義股。於一些實施態樣中,寡核苷酸可具有長度為12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個核苷酸之反義股。於一些實施態樣中,寡核苷酸包含長度為15至30個核苷酸之反義股。於一些實施態樣中,本文揭示之任何寡核苷酸之反義股的長度為12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個核苷酸。於一些實施態樣中,寡核苷酸包含長度為22個核苷酸之反義股。於一些實施態樣中,寡核苷酸之反義股可稱為“嚮導股”。例如,若反義股可與RNA誘導型緘默化複合體(RISC)接合並與阿爾古(Argonaute)蛋白(諸如Ago2)結合,或與一或多個類似因子接合或結合,並直接使標靶基因緘默,則其可能被稱為嚮導股。於一些實施態樣中,與嚮導股互補之有義股可稱為“隨從股”。
b. 有義股
於一些實施態樣中,本文之用於靶向ACC及/或DGAT2的寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含有義股,該有義股包含SEQ ID NO:1、29、31、43、55、105、107、111、125、129及137中任一者所示之序列或由其組成。於一些實施態樣中,寡核苷酸具有有義股,該有義股包含SEQ ID NO:1、29、31、43、55、105、107、111、125、129和137中任一者所示之序列或由其組成,該序列為至少約12個(例如至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個、至少21個、至少22個或至少23個)連續核苷酸。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸包含有義股,該有義股包含SEQ ID NO:25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145和147中任一者所示之序列或由其組成,該序列為至少約12個(例如至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個、至少21個、至少22個或至少23個)連續核苷酸。於一些實施態樣中,寡核苷酸包含有義股,該有義股包含選自SEQ ID NO:29、31、43和55之序列或由其組成。於一些實施態樣中,寡核苷酸包含有義股,該有義股包含選自SEQ ID NO:162、163、169和175之序列或由其組成。於一些實施態樣中,寡核苷酸包含有義股,該有義股包含選自SEQ ID No:117、119、125、129、137和143之序列或由其組成。於一些實施態樣中,寡核苷酸包含有義股,該有義股包含選自SEQ ID NO:190、191、194、196、200和203之序列或由其組成。
於一些實施態樣中,寡核苷酸包含有義股(或隨從股),該有義股(或隨從股)之長度長達約40個核苷酸(例如長度長達40個、長達36個、長達30個、長達27個、長達21個、長達19個、長達17個或長達12個核苷酸)。於一些實施態樣中,寡核苷酸可具有長度為至少約12個核苷酸(例如長度為至少12個、至少15個、至少19個、至少21個、至少25個、至少27個、至少30個、至少36個或至少38個核苷酸)之有義股。於一些實施態樣中,寡核苷酸可具有長度為約12至約40個核苷酸(例如12至40個、12至36個、12至32個、12至28個、15至40個、15至36個、15至32個、15至28個、17至21個、17至25個、19至27個、19至30個、20至40個、22至40個、25至40個或32至40個核苷酸)之有義股。於一些實施態樣中,寡核苷酸可具有長度為12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40個核苷酸之有義股。
於一些實施態樣中,本文揭示之用於靶向ACC mRNA並抑制ACC表現之寡核苷酸包含如SEQ ID NO:160至189中任一者所示之有義股序列。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸具有有義股,該有義股包含如SEQ ID NO:160至189中任一者所示之序列,其具有至少約12個(例如至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個、至少21個、至少22個或至少23個)連續核苷酸。於一些實施態樣中,本文揭示之用於靶向ACC mRNA並抑制ACC表現之寡核苷酸包含如SEQ ID NO:162、163和169中任一者所示之有義股序列。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸具有有義股,該有義股包含如SEQ ID NO:162、163和169中任一者所示之序列,其具有至少約12個(例如至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個、至少21個、至少22個或至少23個)連續核苷酸。於一些實施態樣中,本文揭示之用於靶向ACC mRNA並抑制ACC表現之寡核苷酸包含如SEQ ID NO:29、31、43中任一者所示之有義股序列。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸具有有義股,該有義股包含如SEQ ID NO:29、31和43中任一者所示之序列,其具有至少約12個(例如至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個、至少21個、至少22個或至少23個)連續核苷酸。
於一些實施態樣中,本文揭示之用於靶向DGAT2 mRNA並抑制DGAT2表現之寡核苷酸包含如SEQ ID NO:190至205中任一者所示之有義股序列。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸具有有義股,該有義股包含如SEQ ID NO:190至205中任一者所示之序列,其具有至少約12個(例如至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個、至少21個、至少22個或至少23個)連續核苷酸。於一些實施態樣中,本文揭示之用於靶向DGAT2 mRNA並抑制DGAT2表現之寡核苷酸包含如SEQ ID NO:200、203、194、191、196和190中任一者所示之有義股序列。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸具有有義股,該有義股包含如SEQ ID NO:200、203、194、191、196和190中任一者所示之序列,其具有至少約12個(例如至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個、至少21個、至少22個或至少23個)連續核苷酸。於一些實施態樣中,本文揭示之用於靶向DGAT2 mRNA並抑制DGAT2表現之寡核苷酸包含如SEQ ID NO:137、143、119、125、129和117中任一者所示之有義股序列。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸具有有義股,該有義股包含如SEQ ID NO:137、143、119、125、129和117中任一者所示之序列,其具有至少約12個(例如至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個、至少21個、至少22個或至少23個)連續核苷酸。
於一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含有義股,該有義股上之3'端包含莖環結構。於一些實施態樣中,該莖環係藉由股內鹼基配對形成。於一些實施態樣中,有義股在其5'端包含莖環結構。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14個核苷酸之雙股螺旋體。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為2個核苷酸之雙股螺旋體。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為3個核苷酸的雙股螺旋體。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為4個核苷酸的雙股螺旋體。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為5個核苷酸的雙股螺旋體。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為6個核苷酸的雙股螺旋體。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為7個核苷酸的雙股螺旋體。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為8個核苷酸的雙股螺旋體。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為9個核苷酸的雙股螺旋體。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為10個核苷酸的雙股螺旋體。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為11個核苷酸的雙股螺旋體。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為12個核苷酸的雙股螺旋體。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為13個核苷酸的雙股螺旋體。於一些實施態樣中,該莖環之莖包含長度為14個核苷酸的雙股螺旋體。
於一些實施態樣中,莖環提供該寡核苷酸防止降解(例如酶催化降解)之保護作用、促進或改善靶向及/或遞送至標靶細胞、組織或器官(例如肝臟),或該二者。例如,於一些實施態樣中,該莖環之環係由包含一或多種修飾之核苷酸組成,該一或多種修飾可促進、改善或增加靶向標靶mRNA(例如ACC及/或DGAT2 mRNA)、抑制標靶基因表現(例如ACC及/或DGAT2表現)、及/或遞送、攝入及/或滲透入標靶細胞、組織或器官(例如肝臟)中或彼等之組合。於一些實施態樣中,該莖環本身或對莖環之修飾不影響或基本上不影響該寡核苷酸之固有基因表現抑制活性,但促進、改善或增加穩定性(例如提供防止降解之保護作用)及/或寡核苷酸遞送、攝入及/或滲透入標靶細胞、組織或器官(例如肝臟)。於某些實施態樣中,本文之寡核苷酸包含有義股,該有義股包含(例如在其3'端)如S1-L-S2所示之莖環,其中S1與S2互補,且其中L在S1和S2之間形成連接之核苷酸的單股環,長度長達約10個核苷酸(例如長度為3、4、5、6、7、8、9或10個核苷酸)。於一些實施態樣中,該環(L)之長度為3個核苷酸。於一些實施態樣中,該環(L)之長度為4個核苷酸。於一些實施態樣中,該環(L)之長度為5個核苷酸。於一些實施態樣中,該環(L)之長度為6個核苷酸。於一些實施態樣中,該環(L)之長度為7個核苷酸。於一些實施態樣中,該環(L)之長度為8個核苷酸。於一些實施態樣中,該環(L)之長度為9個核苷酸。於一些實施態樣中,該環(L)之長度為10個核苷酸。
於一些實施態樣中,該四環包含序列5'-
GAAA-3'。於一些實施態樣中,該莖環包含序列5'-GCAGCCGAAAGGCUGC-3'(SEQ ID NO:159)。
於一些實施態樣中,有義股在其3'端包含莖環結構。於一些實施態樣中,有義股在其5'端包含莖環結構。於一些實施態樣中,莖為長度為2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14bp之雙股螺旋體。於一些實施態樣中,莖環提供該分子防止降解(例如酶催化之降解)之保護作用並促進用於遞送至標靶細胞之靶向特性。例如,於一些實施態樣中,環提供添加之核苷酸,該添加之核苷酸上可製造修飾而不會實質影響寡核苷酸之基因表現抑制活性。於某些實施態樣中,本文之寡核苷酸為其中該有義股包含(例如在其3'端)如S1-L-S2所示之莖環,其中S1與S2互補且其中L在S1和S2之間形成長度長達約10個核苷酸(例如長度為3、4、5、6、7、8、9或10個核苷酸)之環。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145和147其中任一者之核苷酸連續序列互補的靶向序列或互補之區域,且該寡核苷酸包含有義股,該有義股包含(例如在其3'端)如S1-L-S2所示之莖環,其中S1與S2互補且其中L在S1和S2之間形成長度為4個核苷酸之單股環。圖1A至1C描繪該等寡核苷酸之非限制性實例。
於一些實施態樣中,具有如本文所描述之結構S1-L-S2之莖環的環(L)為三環。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含與SEQ ID NO:25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145和147其中任一者之核苷酸連續序列互補的靶向序列或互補之區域,及三環。於一些實施態樣中,該三環包含核糖核苷酸、去氧核糖核苷酸、經修飾之核苷酸、配體(例如遞送配體)及彼等之組合。
於一些實施態樣中,具有如上述之結構S1-L-S2的莖環之環(L) 為四環。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸包含與SEQ ID NO:25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、及147其中任一者之核苷酸連續序列互補的靶向序列或互補之區域,及四環。於一些實施態樣中,該四環包含核糖核苷酸、去氧核糖核苷酸、經修飾之核苷酸、配體(例如遞送配體)及彼等之組合。
於一些實施態樣中,莖環之環(F)為四環(例如在帶切口之四環結構內)。四環可含有核糖核苷酸、去氧核糖核苷酸、經修飾之核苷酸及彼等之組合。通常,四環具有4至5個核苷酸。
c. 雙股螺旋體長度
於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為至少12個(例如至少15、至少16、至少17、至少18、至少19、至少20或至少21個)核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體的長度係在12至30個核苷酸之範圍內(例如長度為12至30、12至27、12至22、15至25、18至30、18至22、18至25、18至27、18至30、19至30或21至30個核苷酸)。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為12個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為13個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為14個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為15個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為16個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為17個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為18個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為19個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為20個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為21個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為22個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為23個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為24個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為25個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為26個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為27個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為28個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為29個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體之長度為30個核苷酸。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體未跨越該有義股及/或反義股的整個長度。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體跨越該有義股或反義股的整個長度。於一些實施態樣中,在有義股和反義股之間形成之雙股螺旋體跨越該有義股和反義股二者的整個長度。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:160和26;
(b)分別為SEQ ID NO:161和28;
(c)分別為SEQ ID NO:162和30;
(d)分別為SEQ ID NO:163和32;
(e)分別為SEQ ID NO:164和34;
(f)分別為SEQ ID NO:165和36;
(g)分別為SEQ ID NO:166和38;
(h)分別為SEQ ID NO:167和40;
(i)分別為SEQ ID NO:168和42;
(j)分別為SEQ ID NO:169和44;
(k)分別為SEQ ID NO:170和46;
(l)分別為SEQ ID NO:171和48;
(m)分別為SEQ ID NO:172和50;
(n)分別為SEQ ID NO:173和52;
(o)分別為SEQ ID NO:174和54;
(p)分別為SEQ ID NO:175和56;
(q)分別為SEQ ID NO:176和58;
(r)分別為SEQ ID NO:177和60;
(s)分別為SEQ ID NO:178和62;
(t)分別為SEQ ID NO:179和64;
(u)分別為SEQ ID NO:180和66;
(v)分別為SEQ ID NO:181和68;
(w)分別為SEQ ID NO:182和70;
(x)分別為SEQ ID NO:183和72;
(y)分別為SEQ ID NO:184和74;
(z)分別為SEQ ID NO:185和76;
(aa)分別為SEQ ID NO:186和78;
(bb)分別為SEQ ID NO:187和80;
(cc)分別為SEQ ID NO:188和82;及
(dd)分別為SEQ ID NO:189和84,
其中在有義股和反義股之間形成的雙股螺旋體之長度係在12至30個核苷酸之範圍內(例如長度為12至30、12至27、12至22、15至25、18至30、18至22、18至25、18至27、18至30、19至30或21至30個核苷酸)。
於一些實施態樣中,有義股和反義股之間的雙股螺旋體跨越該有義股或反義股的整個長度。於一些實施態樣中,有義股和反義股之間的雙股螺旋體跨越該有義股和反義股二者的整個長度。於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:162和30;
(b)分別為SEQ ID NO:163和32;及
(c)分別為SEQ ID NO:169和44,
其中在有義股和反義股之間形成的雙股螺旋體之長度係在12至30個核苷酸之範圍內(例如長度為12至30、12至27、12至22、15至25、18至30、18至22、18至25、18至27、18至30、19至30或21至30個核苷酸)。
於一些實施態樣中,有義股和反義股之間的雙股螺旋體跨越有義股或反義股的整個長度。於一些實施態樣中,有義股和反義股之間的雙股螺旋體跨越該有義股和反義股二者的整個長度。於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:190和118;
(b)分別為SEQ ID NO:191和120;
(c)分別為SEQ ID NO:192和122;
(d)分別為SEQ ID NO:193和124;
(e)分別為SEQ ID NO:194和126;
(f)分別為SEQ ID NO:195和128;
(g)分別為SEQ ID NO:196和130;
(h)分別為SEQ ID NO:197和132;
(i)分別為SEQ ID NO:198和134;
(j)分別為SEQ ID NO:199和136;
(k)分別為SEQ ID NO:200和138;
(l)分別為SEQ ID NO:201和140;
(m)分別為SEQ ID NO:202和142;
(n)分別為SEQ ID NO:203和144;
(o)分別為SEQ ID NO:204和146;及
(p)分別為SEQ ID NO:205和148,
其中在有義股和反義股之間形成的雙股螺旋體之長度係在12至30個核苷酸之範圍內(例如長度為12至30、12至27、12至22、15至25、18至30、18至22、18至25、18至27、18至30、19至30或21至30個核苷酸)。
於一些實施態樣中,有義股和反義股之間的雙股螺旋體跨越該有義股或反義股的整個長度。於一些實施態樣中,有義股和反義股之間的雙股螺旋體跨越該有義股和反義股二者的整個長度。於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:200和138;
(b)分別為SEQ ID NO:203和144;
(c)分別為SEQ ID NO:194和126;
(d)分別為SEQ ID NO:191和120;
(e)分別為SEQ ID NO:196和130;及
(f)分別為SEQ ID NO:190和118,
其中在有義股和反義股之間形成的雙股螺旋體之長度係在12至30個核苷酸之範圍內(例如長度為12至30、12至27、12至22、15至25、18至30、18至22、18至25、18至27、18至30、19至30或21至30個核苷酸)。
v. 寡核苷酸修飾 a. 糖修飾
於一些實施態樣中,本文描述之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含經修飾之糖。於一些實施態樣中,經修飾之糖(本文中亦稱為糖類似物)包括經修飾之去氧核糖或核糖部分,其中,例如一或多種修飾係出現在該糖之2'、3'、4'及/或5'碳位置處。於一些實施態樣中,經修飾之糖亦可包括非天然之替代碳結構,諸如存在於鎖核酸(“LNA”;參見,例如Koshkin
et al.(1998) Tetrahedon 54:3607-3630)、非鎖核酸(“UNA”;參見,例如Snead
et al.(2013) Mol. Ther-Nucl. Acids 2:e103)和橋接核酸(“BNA”;參見,例如Imanishi & Obika (2002) Chem Commun. (Camb) 21:1653-1659)中者。
於一些實施態樣中,糖中之核苷酸修飾包含2'-修飾。於一些實施態樣中,2'-修飾可為2'-O-炔丙基、2'-O-丙胺、2'-胺基、2'-乙基、2'-氟(2'-F)、2'-胺乙基(EA)、2'-O-甲基(2'-OMe)、2'-O-甲氧基乙基(2'-MOE)、2'-O-[2-(甲胺基)-2-氧乙基](2'-O-NMA)或2'-去氧基-2'-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2'-FANA)。於一些實施態樣中,該修飾為2'-F、2'-OMe或2'-MOE。於一些實施態樣中,糖中之修飾包含糖環之修飾,其可包含該糖環之一或多個碳的修飾。例如,核苷酸之糖的修飾可包含糖之2'-氧,其與該糖之1'-碳或4'-碳連接,或者2'-氧經由伸乙基或伸甲基橋與1'-碳或4'-碳連接。於一些實施態樣中,經修飾之核苷酸具有缺乏2'-碳至3'-碳鍵之無環糖。於一些實施態樣中,經修飾之核苷酸具有硫醇基,例如在糖之4'位置中。
於一些實施態樣中,本文描述之寡核苷酸包含至少約1個經修飾之核苷酸(例如至少1個、至少5個、至少10個、至少15個、至少20個、至少25個、至少30個、至少35個、至少40個、至少45個、至少50個、至少55個、至少60個或更多個)。於一些實施態樣中,該寡核苷酸之有義股包含至少約1個經修飾之核苷酸(例如至少1個、至少5個、至少10個、至少15個、至少20個、至少25個、至少30個、至少35個或更多個)。於一些實施態樣中,該寡核苷酸之反義股包含至少約1個經修飾之核苷酸(例如至少1個、至少5個、至少10個、至少15個、至少20個或更多個)。
於一些實施態樣中,該寡核苷酸之有義股的全部核苷酸均經修飾。於一些實施態樣中,該寡核苷酸之反義股的全部核苷酸均經修飾。於一些實施態樣中,該寡核苷酸之全部核苷酸(即,該有義股和反義股二者)均經修飾。於一些實施態樣中,該經修飾之核苷酸包含2'-修飾(例如2'-F或2'-OMe、2'-MOE和2'-去氧-2'-氟-β-d-阿拉伯糖核酸)。於一些實施態樣中,該經修飾之核苷酸包含2'-修飾(例如2'-F或2'-OMe)。
於一些實施態樣中,本揭示提供具有不同修飾模式之寡核苷酸。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸包含具有如實施例和序列表中所示之修飾模式的有義股和具有如實施例和序列表中所示之修飾模式的反義股。
於一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含具有以2'-F修飾之核苷酸的反義股。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸包含反義股,該反義股包含以2'-F和2'-OMe修飾之核苷酸。於一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸包含有義股,該有義股具有以2'-F修飾之核苷酸。於一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸包含有義股,該有義股具有以2'-F和2'-OMe修飾之核苷酸股。
於一些實施態樣中,本文描述之寡核苷酸包含有義股,該有義股之約10至15%、10%、11%、12%、13%、14%或15%的核苷酸包含2'-氟修飾。於一些實施態樣中,該有義股之約11%的核苷酸包含2-氟修飾。於一些實施態樣中,本文描述之寡核苷酸包含反義股,該反義股之約25至35%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%或35%的核苷酸包含2'-氟修飾。於一些實施態樣中,該反義股之約32%的核苷酸包含2'-氟修飾。於一些實施態樣中,該寡核苷酸之約15至25%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%或25%的核苷酸包含2'-氟修飾。於一些實施態樣中,該dsRNAi寡核苷酸之約19%的核苷酸包含2'-氟修飾。
於一些實施態樣中,該有義股之位置8、9、10或11中一或多者係經2'-F基團修飾。於一些實施態樣中,該有義股之位置3、8、9、10、12、13和17中一或多者係經2'-F基團修飾。於一些實施態樣中,該反義股之位置2、3、4、5、7、10和14中一或多者係經2'-F基團修飾。於一些實施態樣中,該反義股之位置2、3、5、7、10和14中一或多者係經2'-F基團修飾。於一些實施態樣中,該反義股之位置2、5、7、8、10、12、14、16和19中一或多者係經2'-F基團修飾。於一些實施態樣中,該反義股之位置2、3、4、5、7、8、10、14、16和19中一或多者係經2'-F基團修飾。於一些實施態樣中,該有義股中位置1至7、和12至20處之各核苷酸處的糖部分係以2'-OMe修飾。於一些實施態樣中,該有義股中位置1至7、12至27、和31至36處之各核苷酸的糖部分係以2'-OMe修飾。於一些實施態樣中,該有義股中位置1至2、4至7、11、14至16、和18至20處之各核苷酸的糖部分係以2'-OMe修飾。於一些實施態樣中,該有義股中位置1至2、4至7、11、14至16、和18至27、及31至36處之各核苷酸的糖部分係以2'-OMe修飾。於一些實施態樣中,該反義股中位置3、4、6、9、11、13、15、17、18、和20至22處之各核苷酸的糖部分係以2'-OMe修飾。於一些實施態樣中,該反義股中位置4、6、8、9、11、12、13和15至22處之各核苷酸的糖部分係以2'-OMe修飾。於一些實施態樣中,該反義股中位置6、8、9、11至13、和15至22處之各核苷酸的糖部分係以2'-OMe修飾。
本揭示提供具有不同修飾模式之寡核苷酸。於一些實施態樣中,該經修飾之寡核苷酸包含有義股序列和反義股,該有義股序列具有如
圖 1A 至 1C中所示之修飾模式,該反義股具有如
圖 1A 至 1C中所示之修飾模式。於一些實施態樣中,在該等寡核苷酸方面,該有義股之位置8、9、10或11中一或多處之係以2'-F基團修飾。於其他實施態樣中,在該等寡核苷酸方面,該有義股中之位置1至7、和12至20處之各核苷酸的糖部分係以2'-OMe修飾。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:160和26;
(b)分別為SEQ ID NO:161和28;
(c)分別為SEQ ID NO:162和30;
(d)分別為SEQ ID NO:163和32;
(e)分別為SEQ ID NO:164和34;
(f)分別為SEQ ID NO:165和36;
(g)分別為SEQ ID NO:166和38;
(h)分別為SEQ ID NO:167和40;
(i)分別為SEQ ID NO:168和42;
(j)分別為SEQ ID NO:169和44;
(k)分別為SEQ ID NO:170和46;
(l)分別為SEQ ID NO:171和48;
(m)分別為SEQ ID NO:172和50;
(n)分別為SEQ ID NO:173和52;
(o)分別為SEQ ID NO:174和54;
(p)分別為SEQ ID NO:175和56;
(q)分別為SEQ ID NO:176和58;
(r)分別為SEQ ID NO:177和60;
(s)分別為SEQ ID NO:178和62;
(t)分別為SEQ ID NO:179和64;
(u)分別為SEQ ID NO:180和66;
(v)分別為SEQ ID NO:181和68;
(w)分別為SEQ ID NO:182和70;
(x)分別為SEQ ID NO:183和72;
(y)分別為SEQ ID NO:184和74;
(z)分別為SEQ ID NO:185和76;
(aa)分別為SEQ ID NO:186和78;
(bb)分別為SEQ ID NO:187和80;
(cc)分別為SEQ ID NO:188和82;及,
(dd)分別為SEQ ID NO:189和84;
其中該有義股之位置8、9、10或11中一或多處係以2'-F基團修飾。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:190和118;
(b)分別為SEQ ID NO:191和120;
(c)分別為SEQ ID NO:192和122;
(d)分別為SEQ ID NO:193和124;
(e)分別為SEQ ID NO:194和126;
(f)分別為SEQ ID NO:195和128;
(g)分別為SEQ ID NO:196和130;
(h)分別為SEQ ID NO:197和132;
(i)分別為SEQ ID NO:198和134;
(j)分別為SEQ ID NO:199和136;
(k)分別為SEQ ID NO:200和138;
(l)分別為SEQ ID NO:201和140;
(m)分別為SEQ ID NO:202和142;
(n)分別為SEQ ID NO:203和144;
(o)分別為SEQ ID NO:204和146;及,
(p)分別為SEQ ID NO:205和148;
其中該有義股之位置8、9、10或11中一或多處係以2'-F基團修飾。
於一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置2、5、7、8、10、12、14、16、和19處之各核苷酸的糖部分係以2'-F修飾,且該反義股之各其餘核苷酸的糖部分係以選自由下列所組成之群組的修飾進行修飾:2'-O-炔丙基、2'-O-丙胺、2'-胺基、2'-乙基、2'-胺乙基(EA)、2'-O-甲基(2'-OMe)、2'-O-甲氧基乙基(2'-MOE)、2'-O-[2-(甲胺基)-2-氧乙基](2'-O-NMA)和2'-去氧基-2'-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2'-FANA)。
於一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置2、3、5、7、10和14處之各核苷酸的糖部分係以2'-F修飾,且該反義股之各其餘核苷酸的糖部分係以選自由下列所組成之群組的修飾進行修飾:2'-O-炔丙基、2'-O-丙胺、2'-胺基、2'-乙基、2'-胺乙基(EA)、2'-O-甲基(2'-OMe)、2'-O-甲氧基乙基(2'-MOE)、2'-O-[2-(甲胺基)-2-氧乙基](2'-O-NMA)和2'-去氧基-2'-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2'-FANA)。
於一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置2至5、7、10和14處之各核苷酸的糖部分係以2'-F修飾,且該反義股之各其餘核苷酸的糖部分係以選自由下列所組成之群組的修飾進行修飾:2'-O-炔丙基、2'-O-丙胺、2'-胺基、2'-乙基、2'-胺乙基(EA)、2'-O-甲基(2'-OMe)、2'-O-甲氧基乙基(2'-MOE)、2'-O-[2-(甲胺基)-2-氧乙基](2'-O-NMA)和2'-去氧基-2'-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2'-FANA)。
於一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21或位置22處之糖部分係以2'-F修飾。
於一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21或位置22處之糖部分係以2'-OMe修飾。
於一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股之位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21或位置22處的糖部分係以選自由下列所組成之群組的修飾進行修飾:2'-O-炔丙基、2'-O-丙胺、2'-胺基、2'-乙基、2'-胺乙基(EA)、2'-O-甲基(2'-OMe)、2'-O-甲氧基乙基(2'-MOE)、2'-O-[2-(甲胺基)-2-氧乙基](2'-O-NMA)和2'-去氧基-2'-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2'-FANA)。
於一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含有義股,該有義股之位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21、位置22、位置23、位置24、位置25、位置26、位置27、位置28、位置29、位置30、位置31、位置32、位置33、位置34、位置35或位置36的糖部分係以2'-F修飾。
於一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含有義股,該有義股之位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21、位置22、位置23、位置24、位置25、位置26、位置27、位置28、位置29、位置30、位置31、位置32、位置33、位置34、位置35或位置36的糖部分係以2'-OMe修飾。
於一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含有義股,該有義股之位置1、位置2、位置3、位置4、位置5、位置6、位置7、位置8、位置9、位置10、位置11、位置12、位置13、位置14、位置15、位置16、位置17、位置18、位置19、位置20、位置21、位置22、位置23、位置24、位置25、位置26、位置27、位置28、位置29、位置30、位置31、位置32、位置33、位置34、位置35或位置36的糖部分係以選自由下列所組成之群組的修飾進行修飾:2'-O-炔丙基、2'-O-丙胺、2'-胺基、2'-乙基、2'-胺乙基(EA)、2'-O-甲基(2'-OMe)、2'-O-甲氧基乙基(2'-MOE)、2'-O-[2-(甲胺基)-2-氧乙基](2'-O-NMA)和2'-去氧基-2'-氟-β-d-阿拉伯糖核酸(2'-FANA)。
b. 5'端磷酸酯
於一些實施態樣中,本文所描述之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含有義股和反義股,其中該反義股包含5'-端磷酸酯。於一些實施態樣中,寡核苷酸之5'-端磷酸基增強與Ago2之交互作用。然而,包含5'-磷酸基之寡核苷酸可能對經由磷酸酶或其他酶之降解易感,此可限制其在體內之生物利用度。於一些實施態樣中,寡核苷酸包括對該等降解具有抗性之5'磷酸酯類似物。於一些實施態樣中,磷酸酯類似物可為氧甲基膦酸酯、乙烯基膦酸酯(vinylphosphonate)或丙二醯膦酸酯(malonylphosphonate)
。於某些實施態樣中,寡核苷酸股之1'端連接模擬天然5'-磷酸基(“磷酸酯模擬物”)之靜電和空間特性的化學部分。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:160和26;
(b)分別為SEQ ID NO:161和28;
(c)分別為SEQ ID NO:162和30;
(d)分別為SEQ ID NO:163和32;
(e)分別為SEQ ID NO:164和34;
(f)分別為SEQ ID NO:165和36;
(g)分別為SEQ ID NO:166和38;
(h)分別為SEQ ID NO:167和40;
(i)分別為SEQ ID NO:168和42;
(j)分別為SEQ ID NO:169和44;
(k)分別為SEQ ID NO:170和46;
(l)分別為SEQ ID NO:171和48;
(m)分別為SEQ ID NO:172和50;
(n)分別為SEQ ID NO:173和52;
(o)分別為SEQ ID NO:174和54;
(p)分別為SEQ ID NO:175和56;
(q)分別為SEQ ID NO:176和58;
(r)分別為SEQ ID NO:177和60;
(s)分別為SEQ ID NO:178和62;
(t)分別為SEQ ID NO:179和64;
(u)分別為SEQ ID NO:180和66;
(v)分別為SEQ ID NO:181和68;
(w)分別為SEQ ID NO:182和70;
(x)分別為SEQ ID NO:183和72;
(y)分別為SEQ ID NO:184和74;
(z)分別為SEQ ID NO:185和76;
(aa)分別為SEQ ID NO:186和78;
(bb)分別為SEQ ID NO:187和80;
(cc)分別為SEQ ID NO:188和82;及,
(dd)分別為SEQ ID NO:189和84;
其中該寡核苷酸包含5'-端磷酸酯,視需要地,5'-端磷酸酯類似物。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:162和30;
(b)分別為SEQ ID NO:163和32;及,
(c)分別為SEQ ID NO:169和44;
其中該寡核苷酸包含5'-端磷酸酯,視需要地,5'-端磷酸酯類似物。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:190和118;
(b)分別為SEQ ID NO:191和120;
(c)分別為SEQ ID NO:192和122;
(d)分別為SEQ ID NO:193和124;
(e)分別為SEQ ID NO:194和126;
(f)分別為SEQ ID NO:195和128;
(g)分別為SEQ ID NO:196和130;
(h)分別為SEQ ID NO:197和132;
(i)分別為SEQ ID NO:198和134;
(j)分別為SEQ ID NO:199和136;
(k)分別為SEQ ID NO:200和138;
(l)分別為SEQ ID NO:201和140;
(m)分別為SEQ ID NO:202和142;
(n)分別為SEQ ID NO:203和144;
(o)分別為SEQ ID NO:204和146;及,
(p)分別為SEQ ID NO:205和148;
其中該寡核苷酸包含5'-端磷酸酯,視需要地,5'-端磷酸酯類似物。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:200和138;
(b)分別為SEQ ID NO:203和144;
(c)分別為SEQ ID NO:194和126;
(d)分別為SEQ ID NO:191和120;
(e)分別為SEQ ID NO:196和130;及,
(f)分別為SEQ ID NO:190和118;
其中該寡核苷酸包含5'-端磷酸化物,視需要地,5'-端磷酸酯類似物。
於一些實施態樣中,寡核苷酸在糖之4'-碳位置處具有磷酸酯類似物(稱為“4'-磷酸酯類似物”)。參見,例如國際專利申請案公開WO 2018/045317號。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸在5'-端核苷酸處包含一個4'-磷酸酯類似物。於一些實施態樣中,磷酸酯類似物為氧甲基膦酸酯,其中該氧甲基之氧原子與該糖部分或其類似物結合(例如在其4'-碳)。於其他實施態樣中,4'-磷酸酯類似物為硫甲基膦酸酯或胺甲基膦酸酯,其中該硫甲基之硫原子或胺甲基之氮原子與該糖部分或其類似物之4'-碳結合。於某些實施態樣中,4'-磷酸酯類似物為氧甲基膦酸酯。於一些實施態樣中,氧甲基膦酸酯係由式-O-CH
2-PO(OH)
2或
-O-CH
2-PO(OR)
2代表,其中R係獨立選自H、CH
3、烷基、CH
2CH
2CN、CH
2OCOC(CH
3)
3、
CH
2OCH
2CH
2Si(CH
3)
3或保護基。於某些實施態樣中,該烷基為CH
2CH
3。更典型地,R係獨立選自H、CH
3或CH
2CH
3。於一些實施態樣中,該4'-磷酸酯類似物為4'-氧甲基膦酸酯。於一些實施態樣中,該具有4'-磷酸酯類似物之經修飾的核苷酸為尿苷。於一些實施態樣中,該經修飾之核苷酸為4'-O-單甲基膦酸酯-2'-O-甲基尿苷。
於一些實施態樣中,本文提供之寡核苷酸包含反義股,該反義股在5'-端核苷酸處包含4'-磷酸酯類似物,其中5'-端核苷酸包含妊下結構:
4'-單甲基膦酸酯-2'-O-甲基尿苷硫代磷酸酯[Me膦酸酯-4O-mUs]。
c. 經修飾之核苷內鍵聯
於一些實施態樣中,寡核苷酸可包含經修飾之核苷內鍵聯。於一些實施態樣中,磷酸酷修飾或取代可產生包含至少約1個(例如至少1個、至少2個、至少3個或至少5個)經修飾之核苷酸間鍵聯的寡核苷酸。於一些實施態樣中,本文揭示之任何寡核苷酸包含約1至約10個(例如1至10個、2至8個、4至6個、3至10個、5至10個、1至5個、1至3個或1至2個)經修飾之核苷酸間鍵聯。於一些實施態樣中,本文揭示之任何寡核苷酸包含1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個經修飾之核苷酸間鍵聯。
經修飾之核苷酸間鍵聯可為二硫代磷酸酯鍵聯、硫代磷酸酯鍵聯、磷酸三酯鍵聯、硫羰基烷基膦酸酯鍵聯、硫羰基烷基磷酸三酯鍵聯、亞磷醯胺鍵聯、膦酸酯鍵聯或硼烷磷酸酯鍵聯。於一些實施態樣中,如本文所揭示之任何寡核苷酸的至少一種經修飾的核苷酸間鍵聯為硫代磷酸酯鍵聯。
於一些實施態樣中,本文描述之寡核苷酸在下列一或多者之間具有硫代磷酸酯鍵聯:該有義股之位置1和2、該反義股之位置1和2、該反義股之位置2和3、該反義股之位置3和4、該反義股之位置20和21、和該反義股之位置21和22。於一些實施態樣中,本文描述之寡核苷酸在下列各組位置之間具有硫代磷酸酯鍵聯:該有義股之位置1和2、該反義股之位置1和2、該反義股之位置2和3、該反義股之位置20和21和該反義股之位置21和22。
於一些實施態樣中,本文描述之寡核苷酸在下列各組位置之間具有硫代磷酸酯鍵聯:該有義股之位置1和2、該反義股之位置1和2、該反義股之位置2和3、該反義股之位置20和21和該反義股之位置21和22。於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:160和26;
(b)分別為SEQ ID NO:161和28;
(c)分別為SEQ ID NO:162和30;
(d)分別為SEQ ID NO:163和32;
(e)分別為SEQ ID NO:164和34;
(f)分別為SEQ ID NO:165和36;
(g)分別為SEQ ID NO:166和38;
(h)分別為SEQ ID NO:167和40;
(i)分別為SEQ ID NO:168和42;
(j)分別為SEQ ID NO:169和44;
(k)分別為SEQ ID NO:170和46;
(l)分別為SEQ ID NO:171和48;
(m)分別為SEQ ID NO:172和50;
(n)分別為SEQ ID NO:173和52;
(o)分別為SEQ ID NO:174和54;
(p)分別為SEQ ID NO:175和56;
(q)分別為SEQ ID NO:176和58;
(r)分別為SEQ ID NO:177和60;
(s)分別為SEQ ID NO:178和62;
(t)分別為SEQ ID NO:179和64;
(u)分別為SEQ ID NO:180和66;
(v)分別為SEQ ID NO:181和68;
(w)分別為SEQ ID NO:182和70;
(x)分別為SEQ ID NO:183和72;
(y)分別為SEQ ID NO:184和74;
(z)分別為SEQ ID NO:185和76;
(aa)分別為SEQ ID NO:186和78;
(bb)分別為SEQ ID NO:187和80;
(cc)分別為SEQ ID NO:188和82;及,
(dd)分別為SEQ ID NO:189和84,
其中該寡核苷酸包含經修飾之核苷酸間鍵聯。
於一些實施態樣中,本文描述之寡核苷酸在下列各組位置之間具有硫代磷酸酯鍵聯:該有義股之位置1和2、該反義股之位置1和2、該反義股之位置2和3、該反義股之位置20和21和該反義股之位置21和22。於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:162和30;
(b)分別為SEQ ID NO:163和32;及
(c)分別為SEQ ID NO:169和44,
其中該寡核苷酸包含經修飾之核苷酸間鍵聯。
於一些實施態樣中,本文描述之寡核苷酸在下列各組位置之間具有硫代磷酸酯鍵聯:該有義股之位置1和2、該反義股之位置1和2、該反義股之位置2和3、該反義股之位置20和21、和該反義股之位置21和22。於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:190和118;
(b)分別為SEQ ID NO:191和120;
(c)分別為SEQ ID NO:192和122;
(d)分別為SEQ ID NO:193和124;
(e)分別為SEQ ID NO:194和126;
(f)分別為SEQ ID NO:195和128;
(g)分別為SEQ ID NO:196和130;
(h)分別為SEQ ID NO:197和132;
(i)分別為SEQ ID NO:198和134;
(j)分別為SEQ ID NO:199和136;
(k)分別為SEQ ID NO:200和138;
(l)分別為SEQ ID NO:201和140;
(m)分別為SEQ ID NO:202和142;
(n)分別為SEQ ID NO:203和144;
(o)分別為SEQ ID NO:204和146;及
(p)分別為SEQ ID NO:205和148,
其中該寡核苷酸包含經修飾之核苷酸間鍵聯。
於一些實施態樣中,本文描述之寡核苷酸在下列各組位置之間具有硫代磷酸酯鍵聯:該有義股之位置1和2、該反義股之位置1和2、該反義股之位置2和3、該反義股之位置20和21和該反義股之位置21和22。於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:200和138;
(b)分別為SEQ ID NO:203和144;
(c)分別為SEQ ID NO:194和126;
(d)分別為SEQ ID NO:191和120;
(e)分別為SEQ ID NO:196和130;及,
(f)分別為SEQ ID NO:190和118,
其中該寡核苷酸包含經修飾之核苷酸間鍵聯。
d.
鹼基修飾
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)具有一或多個經修飾之核鹼基。於一些實施態樣中,經修飾之核鹼基(本文中亦稱為鹼基類似物)係連接在核苷酸糖部分之1'位置。於某些實施態樣中,經修飾之核鹼基為含氮鹼基。於某些實施態樣中,經修飾之核鹼基不含有氮原子。參見,例如美國專利申請案公開2008/0274462號。於一些實施態樣中,經修飾之核苷酸包含通用鹼基。然而,於某些實施態樣中,經修飾之核苷酸不含有核鹼基(無鹼基)。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:160和26;
(b)分別為SEQ ID NO:161和28;
(c)分別為SEQ ID NO:162和30;
(d)分別為SEQ ID NO:163和32;
(e)分別為SEQ ID NO:164和34;
(f)分別為SEQ ID NO:165和36;
(g)分別為SEQ ID NO:166和38;
(h)分別為SEQ ID NO:167和40;
(i)分別為SEQ ID NO:168和42;
(j)分別為SEQ ID NO:169和44;
(k)分別為SEQ ID NO:170和46;
(l)分別為SEQ ID NO:171和48;
(m)分別為SEQ ID NO:172和50;
(n)分別為SEQ ID NO:173和52;
(o)分別為SEQ ID NO:174和54;
(p)分別為SEQ ID NO:175和56;
(q)分別為SEQ ID NO:176和58;
(r)分別為SEQ ID NO:177和60;
(s)分別為SEQ ID NO:178和62;
(t)分別為SEQ ID NO:179和64;
(u)分別為SEQ ID NO:180和66;
(v)分別為SEQ ID NO:181和68;
(w)分別為SEQ ID NO:182和70;
(x)分別為SEQ ID NO:183和72;
(y)分別為SEQ ID NO:184和74;
(z)分別為SEQ ID NO:185和76;
(aa)分別為SEQ ID NO:186和78;
(bb)分別為SEQ ID NO:187和80;
(cc)分別為SEQ ID NO:188和82;及,
(dd)分別為SEQ ID NO:189和84,
其中該寡核苷酸包含一或多個經修飾之核鹼基。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:162和30;
(b)分別為SEQ ID NO:163和32;及,
(c)分別為SEQ ID NO:169和44,
其中該寡核苷酸包含一或多個經修飾之核鹼基。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:190和118;
(b)分別為SEQ ID NO:191和120;
(c)分別為SEQ ID NO:192和122;
(d)分別為SEQ ID NO:193和124;
(e)分別為SEQ ID NO:194和126;
(f)分別為SEQ ID NO:195和128;
(g)分別為SEQ ID NO:196和130;
(h)分別為SEQ ID NO:197和132;
(i)分別為SEQ ID NO:198和134;
(j)分別為SEQ ID NO:199和136;
(k)分別為SEQ ID NO:200和138;
(l)分別為SEQ ID NO:201和140;
(m)分別為SEQ ID NO:202和142;
(n)分別為SEQ ID NO:203和144;
(o)分別為SEQ ID NO:204和146;及,
(p)分別為SEQ ID NO:205和148,
其中該寡核苷酸包含一或多個經修飾之核鹼基。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:200和138;
(b)分別為SEQ ID NO:203和144;
(c)分別為SEQ ID NO:194和126;
(d)分別為SEQ ID NO:191和120;
(e)分別為SEQ ID NO:196和130;及,
(f)分別為SEQ ID NO:190和118;
其中該寡核苷酸包含一或多個經修飾之核鹼基。
於一些實施態樣中,通用鹼基為雜環部分,其位於經修飾之核苷酸中的核苷酸糖部分之1'位置處,或核苷酸糖部分取代中之等效位置,當存在於雙股螺旋體中時,其可相對於多於一種之鹼基類型定位,而不會實質改變該雙股螺旋體之結構。於一些實施態樣中,相較於與標靶核酸完全互補之參考單股核酸(例如寡核苷酸),含有通用鹼基之單股核酸與標靶核酸所形成的雙股螺旋體之T
m較使用該互補核酸形成之雙股螺旋體的T
m來得低。然而,於一些實施態樣中,當與其中該通用鹼基已被用來產生單一錯配之鹼基取代的參考單股核酸相比較,含有該通用鹼基之單股核酸與標靶核酸形成之雙股螺旋體的T
m較使用該含有錯配之鹼基的核酸形成之雙股螺旋體的T
m來得高。
通用結合核苷酸之非限制性實例包括,但不限於肌苷、1-β-D-核呋喃糖基-5-硝基吲哚及/或1-β-D-核呋喃糖基-3-硝基吡咯(參見,美國專利申請案公開
2007/0254362號;Van Aerschot
et al. (1995) Nucleic Acids Res
.23:4363-4370;Loakes
et al. (1995) Nucleic Acids Res
.23:2361-2366;和Loakes & Brown (1994) Nucleic Acids Res
.22:4039-4043)。
e. 可逆之修飾
雖然可以製造某些修飾以在寡核苷酸到達標靶細胞之前保護其免受體內環境破壞,但是一旦寡核苷酸到達標靶細胞之胞質液時該等修飾可能會降低該寡核苷酸之效力或活性。可製造可逆之修飾,從而使該分子在細胞外保留所需特性,然後在進入該細胞之胞質環境時將其去除。例如可藉由細胞內酶之作用或藉由細胞內部之化學條件(例如透過細胞內麩胱甘肽還原)來移除可逆之修飾。
於一些實施態樣中,經可逆修飾之核苷酸包含麩胱甘肽敏感部分。通常,核酸分子已使用環狀二硫化物部分進行化學修飾以掩蔽由核苷酸間二磷酸酯鍵聯產生之負電荷並改善細胞攝取和核酸酶抗性。參見美國專利申請案公開2011/0294869號、國際專利申請案公開
WO 2014/088920和WO 2015/188197號,以及Meade
et al. (2014) Nat. Biotechnol
.32:1256-1263。該核苷酸間二磷酸酯鍵聯之可逆修飾係設計成藉由還原該胞質液之環境(例如麩胱甘肽)而在細胞內裂解。較早之實例包括中和磷酸三酯修飾,該磷酸三酯修飾據報導可在細胞內裂解(參見Dellinger
et al. (2003) J. Am. Chem. Soc
.125:940-50)。
於一些實施態樣中,該等可逆修飾允許在體內投予(例如透過血液及/或細胞之溶酶體/內體隔室運輸)期間在寡核苷酸將接觸到核酸酶和其他惡劣之環境條件(例如pH)處保護該寡核苷酸。當釋入其中麩胱甘肽含量較細胞外空間來得高之細胞的胞質液中時,該修飾被逆轉,並產生裂解之寡核苷酸。與使用不可逆之化學修飾時可用之選項相比較,使用可逆之麩胱甘肽敏感部分時將空間上較大之化學基團引入所欲之寡核苷酸中是可行的。這是因為該等較大之化學基團將在胞質液中被去除,因此不能干擾在細胞之胞質液內的寡核苷酸之生物活性。因此,該等較大之化學基團可經工程處理以賦予核苷酸或寡核苷酸各種優點,諸如核酸酶抗性、親脂性、電荷、熱穩定性、特異性和降低之免疫原性。於一些實施態樣中,該麩胱甘肽敏感部分之結構可經工程處理以修飾其釋放之動力學。
於一些實施態樣中,麩胱甘肽敏感部分係連接該核苷酸之糖。於一些實施態樣中,麩胱甘肽敏感部分係連接經修飾之核苷酸的糖之2'-碳。於一些實施態樣中,該麩胱甘肽敏感部分係位於糖之5'-碳,特別是當該經修飾之核苷酸為該寡核苷酸之5'-端核苷酸時。於一些實施態樣中,該麩胱甘肽敏感部分係位於糖之3'-碳,特別是當該經修飾之核苷酸為該寡核苷酸之3'-端核苷酸時。於一些實施態樣中,該麩胱甘肽敏感部分包含磺醯基。參見,例如2016年8月23日提交之標題為“
Compositions Comprising Reversibly Modified Oligonucleotides and Uses Thereof”的美國臨時專利申請案62/378,635號。
vi . 靶向配體
於一些實施態樣中,將本揭示之寡核苷酸靶向一或多個細胞或一或多種器官是合需的。該等策略可協助避免其他器官中之不良影響或避免寡核苷酸過度損失以致細胞、組織或器官不會從該寡核苷酸受益。將寡核苷酸靶向一或多個細胞或一或多種器官可透過多種方法實現。將寡核苷酸與組織或細胞特異性抗體、小分子或靶向配體軛合可促進該寡核苷酸被遞送至一或多個標靶細胞或組織及修飾該寡核苷酸在一或多個標靶細胞或組織中之累積(Chernolovskaya
et al. (2019) Front Pharmacol. 10:444)。例如將寡核苷酸與飽和脂肪酸(例如C22)軛合可促進該寡核苷酸被遞送至細胞或組織,諸如脂肪組織,相較於常規寡核苷酸配體,該細胞或組織可更容易攝取該等配體。因此,於一些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸係經修飾以促進靶向及/或遞送至組織、細胞或器官(例如以促進該寡核苷酸被遞送至肝臟)。於某些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸係經修飾以促進該寡核苷酸被遞送至肝臟之肝細胞。於某些實施態樣中,本文揭示之寡核苷酸係經修飾以促進該寡核苷酸被遞送至脂肪組織之脂肪細胞。於一些實施態樣中,寡核苷酸包含至少一個(例如1、2、3、4、5、6或更多個核苷酸)與一或多個靶向配體軛合之核苷酸。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:160和26;
(b)分別為SEQ ID NO:161和28;
(c)分別為SEQ ID NO:162和30;
(d)分別為SEQ ID NO:163和32;
(e)分別為SEQ ID NO:164和34;
(f)分別為SEQ ID NO:165和36;
(g)分別為SEQ ID NO:166和38;
(h)分別為SEQ ID NO:167和40;
(i)分別為SEQ ID NO:168和42;
(j)分別為SEQ ID NO:169和44;
(k)分別為SEQ ID NO:170和46;
(l)分別為SEQ ID NO:171和48;
(m)分別為SEQ ID NO:172和50;
(n)分別為SEQ ID NO:173和52;
(o)分別為SEQ ID NO:174和54;
(p)分別為SEQ ID NO:175和56;
(q)分別為SEQ ID NO:176和58;
(r)分別為SEQ ID NO:177和60;
(s)分別為SEQ ID NO:178和62;
(t)分別為SEQ ID NO:179和64;
(u)分別為SEQ ID NO:180和66;
(v)分別為SEQ ID NO:181和68;
(w)分別為SEQ ID NO:182和70;
(x)分別為SEQ ID NO:183和72;
(y)分別為SEQ ID NO:184和74;
(z)分別為SEQ ID NO:185和76;
(aa)分別為SEQ ID NO:186和78;
(bb)分別為SEQ ID NO:187和80;
(cc)分別為SEQ ID NO:188和82;及,
(dd)分別為SEQ ID NO:189和84,
其中該寡核苷酸包含與至少一個核苷酸軛合之靶向配體。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:162和30;
(b)分別為SEQ ID NO:163和32;及,
(c)分別為SEQ ID NO:169和44,
其中該寡核苷酸包含與至少一個核苷酸軛合之靶向配體。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:190和118;
(b)分別為SEQ ID NO:191和120;
(c)分別為SEQ ID NO:192和122;
(d)分別為SEQ ID NO:193和124;
(e)分別為SEQ ID NO:194和126;
(f)分別為SEQ ID NO:195和128;
(g)分別為SEQ ID NO:196和130;
(h)分別為SEQ ID NO:197和132;
(i)分別為SEQ ID NO:198和134;
(j)分別為SEQ ID NO:199和136;
(k)分別為SEQ ID NO:200和138;
(l)分別為SEQ ID NO:201和140;
(m)分別為SEQ ID NO:202和142;
(n)分別為SEQ ID NO:203和144;
(o)分別為SEQ ID NO:204和146;及,
(p)分別為SEQ ID NO:205和148,
其中該寡核苷酸包含與至少一個核苷酸軛合之靶向配體。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:200和138;
(b)分別為SEQ ID NO:203和144;
(c)分別為SEQ ID NO:194和126;
(d)分別為SEQ ID NO:191和120;
(e)分別為SEQ ID NO:196和130;及,
(f)分別為SEQ ID NO:190和118,
其中該寡核苷酸包含與至少一個核苷酸軛合之靶向配體。
於一些實施態樣中,該靶向配體包含碳水化合物、胺基糖、膽固醇、肽、多肽、蛋白質或蛋白質之一部分(例如抗體或抗體片段)或脂質。於一些實施態樣中,該靶向配體為適體。例如,靶向配體可為用於靶向腫瘤脈管系統或神經膠質瘤細胞之RGD肽、靶向腫瘤脈管系統或小孔之CREKA肽、運鐵蛋白、乳鐵蛋白或靶向表現在CNS脈管系統上之運鐵蛋白受體的適體或靶向神經膠質瘤細胞上之EGFR的抗EGFR抗體。於某些實施態樣中,該靶向配體為一或多個GalNAc部分。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之一或多個(例如1、2、3、4、5或6個)核苷酸各自與單獨之靶向配體軛合。於一些實施態樣中,寡核苷酸之2至4個核苷酸各自與單獨之靶向配體軛合。於一些實施態樣中,靶向配體係與有義股或反義股之任一端的2至4個核苷酸軛合(例如靶向配體與有義股或反義股之5'或3'端上的2至4個核苷酸突出端或延伸部分軛合),從而使靶向配體類似於牙刷之刷毛,而該寡核苷酸類似於牙刷。例如,寡核苷酸可在該有義股之5'或3'端包含莖環,而該莖環之1、2、3或4個核苷酸可個別與靶向配體軛合。於一些實施態樣中,本揭示提供之寡核苷酸(例如dsRNA)在該有義股之3'端包含莖環,其中該莖環之環包含三環或四環,且其中該包含3或4個核苷酸之三環或四環分別與靶向配體軛合。
GalNAc為ASGPR之高親和力配體,ASGPR主要表現在肝細胞之血竇表面且在結合、內化和隨後清除循環糖蛋白中起主要作用,該糖蛋白含有終端半乳糖或GalNAc殘基(去唾液酸糖蛋白(asialoglycoprotein))。GalNAc部分與本揭示之寡核苷酸軛合(間接或直接)可用於將該等寡核苷酸靶向表現在細胞上之ASGPR。於一些實施態樣中,本揭示之寡核苷酸與至少一或多個GalNAc部分軛合,其中該GalNAc部分將寡核苷酸靶向表現在人肝臟細胞(例如人肝細胞)上之ASGPR。於一些實施態樣中,該GalNAc部分將寡核苷酸靶向肝臟。
於一些實施態樣中,本揭示之寡核苷酸直接或間接與單價GalNAc軛合。於一些實施態樣中,該寡核苷酸直接或間接與多於一個之單價GalNAc軛合(即,與2、3或4個單價GalNAc部分軛合,且通常與3或4個單價GalNAc部分軛合)。於一些實施態樣中,寡核苷酸與一或多個二價GalNAc、三價GalNAc或四價GalNAc部分軛合。於一些實施態樣中,二價、三價或四價GalNAc部分經由分支之連接子與寡核苷酸軛合。於一些實施態樣中,單價GalNAc部分與第一核苷酸軛合,而二價、三價或四價GalNAc部分經由分支之連接子與第二核苷酸軛合。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之1或多個(例如1、2、3、4、5或6個)核苷酸各自與GalNAc部分軛合。於一些實施態樣中,四環之2至4個核苷酸各自與單獨之GalNAc軛合。於一些實施態樣中,三環之1至3個核苷酸各自與單獨之GalNAc軛合。於一些實施態樣中,靶向配體係與有義股或反義股任一端之2至4個核苷酸軛合(例如配體與有義股或反義股之5'或3'端上的2至4個核苷酸突出端或延伸部分軛合),從而使GalNAc部分類似於牙刷之刷毛,而寡核苷酸類似於牙刷。於一些實施態樣中,GalNAc部分與有義股之核苷酸軛合。例如,4個GalNAc部分可與有義股之四環中的核苷酸軛合,其中各GalNAc部分與1個核苷酸軛合。
於一些實施態樣中,該四環為腺嘌呤和鳥嘌呤核苷酸之任何組合。
下圖中顯示一種該等軛合之實例,其中顯示從5'至3'包含核苷酸序列GAAA(L=連接子,X=雜原子)莖連接點之環。如
圖 1A 至 1C所示,該等環可存在於,例如有義股之位置27至30處。於該化學式中,
係用於描述連接寡核苷酸股之連接點。
可使用適當之方法或化學(例如點擊化學)來將靶向配體與核苷酸相連接。於一些實施態樣中,靶向配體係使用點擊連接子與核苷酸軛合。於一些實施態樣中,使用基於縮醛之連接子將靶向配體與本文描述之任何寡核苷酸的核苷酸軛合。基於縮醛之連接子揭示於,例如國際專利申請案公開WO 2016/100401號中。於一些實施態樣中,該連接子為不穩定之連接子。然而,於其他實施態樣中,該連接子為穩定之連接子。從5'至3'包含核苷酸GAAA之環的實例顯示於下圖中,其中GalNAc部分係使用縮醛連接子連接環之核苷酸。該等環可存在於,例如任何有義股之位置27至30處,如
圖 1A 至 1C所示。該化學式中,
為寡核苷酸鏈之連接點。
如前述,可使用各種適當之方法或化學合成技術(例如點擊化學)將靶向配體與核苷酸相連接。於一些實施態樣中,靶向配體係使用點擊連接子與核苷酸軛合。於一些實施態樣中,使用基於縮醛之連接子將靶向配體與本文所描述之任何寡核苷酸的核苷酸軛合。基於縮醛之連接子揭示於例如國際專利申請案公開WO 2016/100401號中。於一些實施態樣中,該連接子為不穩定之連接子。然而,於其他實施態樣中,該連接子為穩定之連接子。
於一些實施態樣中,雙股螺旋體延伸物(例如長度長達3、4、5或6bp)係提供在靶向配體(例如GalNAc部分)和dsRNA之間。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸不具有軛合至其上之GalNAc。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:160和26;
(b)分別為SEQ ID NO:161和28;
(c)分別為SEQ ID NO:162和30;
(d)分別為SEQ ID NO:163和32;
(e)分別為SEQ ID NO:164和34;
(f)分別為SEQ ID NO:165和36;
(g)分別為SEQ ID NO:166和38;
(h)分別為SEQ ID NO:167和40;
(i)分別為SEQ ID NO:168和42;
(j)分別為SEQ ID NO:169和44;
(k)分別為SEQ ID NO:170和46;
(l)分別為SEQ ID NO:171和48;
(m)分別為SEQ ID NO:172和50;
(n)分別為SEQ ID NO:173和52;
(o)分別為SEQ ID NO:174和54;
(p)分別為SEQ ID NO:175和56;
(q)分別為SEQ ID NO:176和58;
(r)分別為SEQ ID NO:177和60;
(s)分別為SEQ ID NO:178和62;
(t)分別為SEQ ID NO:179和64;
(u)分別為SEQ ID NO:180和66;
(v)分別為SEQ ID NO:181和68;
(w)分別為SEQ ID NO:182和70;
(x)分別為SEQ ID NO:183和72;
(y)分別為SEQ ID NO:184和74;
(z)分別為SEQ ID NO:185和76;
(aa)分別為SEQ ID NO:186和78;
(bb)分別為SEQ ID NO:187和80;
(cc)分別為SEQ ID NO:188和82;及,
(dd)分別為SEQ ID NO:189和84,
其中該寡核苷酸包含至少一個與核苷酸軛合之GalNAc部分。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:162和30;
(b)分別為SEQ ID NO:163和32;及,
(c)分別為SEQ ID NO:169和44,
其中該寡核苷酸包含至少一個與核苷酸軛合之GalNAc部分。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:190和118;
(b)分別為SEQ ID NO:191和120;
(c)分別為SEQ ID NO:192和122;
(d)分別為SEQ ID NO:193和124;
(e)分別為SEQ ID NO:194和126;
(f)分別為SEQ ID NO:195和128;
(g)分別為SEQ ID NO:196和130;
(h)分別為SEQ ID NO:197和132;
(i)分別為SEQ ID NO:198和134;
(j)分別為SEQ ID NO:199和136;
(k)分別為SEQ ID NO:200和138;
(l)分別為SEQ ID NO:201和140;
(m)分別為SEQ ID NO:202和142;
(n)分別為SEQ ID NO:203和144;
(o)分別為SEQ ID NO:204和146;及,
(p)分別為SEQ ID NO:205和148,
其中該寡核苷酸包含至少一個與核苷酸軛合之GalNAc部分。
於一些實施態樣中,寡核苷酸之有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:200和138;
(b)分別為SEQ ID NO:203和144;
(c)分別為SEQ ID NO:194和126;
(d)分別為SEQ ID NO:191和120;
(e)分別為SEQ ID NO:196和130;及
(f)分別為SEQ ID NO:190和118,
其中該寡核苷酸包含至少一個與核苷酸軛合之GalNAc部分。
vii. 示例性經修飾之寡核苷酸
於一些實施態樣中,靶向ACC之寡核苷酸包含如
表 3中所提出之有義股和反義股,其中該寡核苷酸包含莖環結構,該莖環結構具有為約2至6個鹼基對之雙股莖和為3至4個核苷酸之環,且其中該有義股和反義股包含
圖 1B中所提出之修飾模式。於一些實施態樣中,靶向ACC之寡核苷酸包含如
表 3中所提出之有義股和反義股,其中該寡核苷酸包含莖環結構,該莖環結構具有為約2至6個鹼基對之雙股莖和為3至4個核苷酸之環,其中該有義股和反義股包含如
圖 1B中所提出之修飾模式,且其中該有義股係使用氧甲基膦酸酯修飾5'端核苷酸之4'碳處。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含莖環,該莖環包含SEQ ID NO:159之核苷酸序列。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含為6個鹼基對之雙股莖和為4個核苷酸之莖環,該莖環包含與1、2、3或4個與GalNAc軛合之核苷酸。於一些實施態樣中,該與GalNAc軛合之核苷酸為如下圖所示之與單價GalNAc軛合的腺嘌呤核苷酸,稱為[ademA-GalNAc]或2'-胺基二乙氧基甲醇-腺嘌呤-GalNAc:
於一些實施態樣中,該莖環包含為6個鹼基對之雙股莖和包含核苷酸序列GAAA之環,其中各腺嘌呤核苷酸為ademA-GalNAc。
於一些實施態樣中,靶向ACC之寡核苷酸包含如
表 4中所提出之有義股和反義股,其中該有義股和反義股包含
圖 1B中所提出之修飾模式。於一些實施態樣中,靶向ACC之寡核苷酸包含如
表 4中所提出之有義股和反義股,其中該有義股和反義股包含
圖 1B中所提出之修飾模式,且其中該反義股係使用氧甲基膦酸酯修飾5'端核苷酸之4'碳處。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含莖環,該莖環包含SEQ ID NO:159之核苷酸序列。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含為6個鹼基對之雙股莖和為4個核苷酸之莖環,該莖環包含1、2、3或4個與GalNAc軛合之核苷酸。於一些實施態樣中,該與核苷酸軛合之GalNAc為如下圖描繪之與腺嘌呤核苷酸軛合之單價GalNAc,稱為[ademA-GalNAc]或2'-胺基二乙氧基甲醇-腺嘌呤-GalNAc:
於一些實施態樣中,該莖環包含為6個鹼基對之雙股莖和環,該環包含核苷酸序列GAAA,其中各腺嘌呤核苷酸為ademA-GalNAc。
於一些實施態樣中,靶向DGAT之寡核苷酸包含如
表 8中所提出之有義股和反義股,其中該寡核苷酸包含莖環結構,該莖環結構具有約2至6個鹼基對之雙股莖和環,該環具有3至4個核苷酸,且其中該有義股和反義股包含如
圖 1C中所提出之修飾模式。於一些實施態樣中,靶向DGAT之寡核苷酸包含如
表 8中所提出之有義股和反義股,其中該寡核苷酸包含莖環結構,該莖環結構具有為約2至6個鹼基對之雙股莖和環,該環為3至4個核苷酸,其中該有義股和反義股包含如
圖 1C中所提出之修飾模式,且其中該反義股係使用氧甲基膦酸酯修飾5'端核苷酸之4'碳處。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含莖環,該莖環包含SEQ ID NO:159之核苷酸序列。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含為6個鹼基對之雙股莖和為4個核苷酸之莖環,該莖環包含1、2、3或4個與GalNAc軛合之核苷酸。於一些實施態樣中,該與核苷酸軛合之GalNAc為如下圖描繪之與腺嘌呤核苷酸軛合的單價GalNAc,稱為[ademA-GalNAc]或2'-胺基二乙氧基甲醇-腺嘌呤-GalNAc:
於一些實施態樣中,該莖環包含為6個鹼基對之雙股莖和環,該環包含核苷酸序列GAAA,其中各腺嘌呤核苷酸為ademA-GalNAc。
於一些實施態樣中,靶向DGAT之寡核苷酸包含如
表 9中所提出之有義股和反義股,其中該有義股和反義股包含如
圖 1C中所提出之修飾模式。於一些實施態樣中,靶向DGAT之寡核苷酸包含如
表 9中所提出之有義股和反義股,其中該有義股和反義股包含如
圖 1C中所提出之修飾模式,且其中該反義股係使用氧甲基膦酸酯修飾5'端核苷酸之4'碳處。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含莖環,該莖環包含SEQ ID NO:159之核苷酸序列。於一些實施態樣中,該寡核苷酸包含為6個鹼基對之雙股莖和為4個核苷酸之莖環,該莖環包含1、2、3或4個與GalNAc軛合之核苷酸。於一些實施態樣中,該與核苷酸軛合之GalNAc為如下圖描繪之與腺嘌呤核苷酸軛合的單價GalNAc,稱為[ademA-GalNAc]或2'-胺基二乙氧基甲醇-腺嘌呤-GalNAc:
於一些實施態樣中,該莖環包含為6個鹼基對之雙股莖和環,該環包含核苷酸序列GAAA,其中各腺嘌呤核苷酸為ademA-GalNAc。
於一些實施態樣中,本文提供之用於降低ACC表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含:
有義股,其在位置3、8至10、12、13、和17處包含2'-F修飾之核苷酸、在位置1至2、4至7、11、14至16、18至27、和31至36處包含2'-OMe修飾之核苷酸、在位置28、29和30處包含與GalNAc軛合之核苷酸;及在位置1和2之間包含硫代磷酸酯鍵聯;
反義股,其在位置2、5、7至8、10、12、14、16和19處包含2'-F修飾之核苷酸、在位置1、3至4、6、9、11、13、15、17至18、和20至22處包含2'-OMe、在位置1和2、位置2和3、位置3和4、位置20和21、和位置21和22之間包含硫代磷酸酯鍵聯、及在位置1之5'-端核苷酸包含4'-磷酸酯類似物,視需要地,其中該5'-端核苷酸包含5'-甲氧基膦酸酯-4'-氧基-2'-O-甲基尿苷[Me膦酸酯-4O-mU];其中該反義股之位置1至20與該有義股之位置1至20形成雙股螺旋體區,其中該有義股之位置21至36形成莖環,其中位置27至30形成該莖環之環,視需要地,其中位置27至30包含四環,其中該反義股之位置21和22包含突出端,且其中該有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:160和26;
(b)分別為SEQ ID NO:161和28;
(c)分別為SEQ ID NO:162和30;
(d)分別為SEQ ID NO:163和32;
(e)分別為SEQ ID NO:164和34;
(f)分別為SEQ ID NO:165和36;
(g)分別為SEQ ID NO:166和38;
(h)分別為SEQ ID NO:167和40;
(i)分別為SEQ ID NO:168和42;
(j)分別為SEQ ID NO:169和44;
(k)分別為SEQ ID NO:170和46;
(l)分別為SEQ ID NO:171和48;
(m)分別為SEQ ID NO:172和50;
(n)分別為SEQ ID NO:173和52;
(o)分別為SEQ ID NO:174和54;
(p)分別為SEQ ID NO:175和56;
(q)分別為SEQ ID NO:176和58;
(r)分別為SEQ ID NO:177和60;
(s)分別為SEQ ID NO:178和62;
(t)分別為SEQ ID NO:179和64;
(u)分別為SEQ ID NO:180和66;
(v)分別為SEQ ID NO:181和68;
(w)分別為SEQ ID NO:182和70;
(x)分別為SEQ ID NO:183和72;
(y)分別為SEQ ID NO:184和74;
(z)分別為SEQ ID NO:185和76;
(aa)分別為SEQ ID NO:186和78;
(bb)分別為SEQ ID NO:187和80;
(cc)分別為SEQ ID NO:188和82;及
(dd)分別為SEQ ID NO:189和84。
於一些實施態樣中,本文提供之用於降低ACC表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含:
有義股,其在位置3、8至10、12、13、和17處包含2'-F修飾之核苷酸、在位置1至2、4至7、11、14至16、18至27、和31至36處包含2'-OMe修飾之核苷酸、在位置28、29和30處包含與GalNAc軛合之核苷酸;及在位置1和2之間包含硫代磷酸酯鍵聯;
反義股,其在位置2、5、7至8、10、12、14、16和19處包含2'-F修飾之核苷酸、在位置1、3至4、6、9、11、13、15、17至18、和20至22處包含2'-OMe、在位置1和2、位置2和3、位置3和4、位置20和21、和位置21和22之間 包含硫代磷酸酯鍵聯、及在位置1之5'-端核苷酸包含4'-磷酸酯類似物,視需要地,其中該5'-端核苷酸包含5'-甲氧基膦酸酯-4'-氧基-2'-O-甲基尿苷[Me膦酸酯-4O-mU];其中該反義股之位置1至20與有義股之位置1至20形成雙股螺旋體區,其中該有義股之位置21至36形成莖環,其中位置27至30形成該莖環之環,視需要地,其中位置27至30包含四環,其中該反義股之位置21和22包含突出端,且其中該有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:190和118;
(b)分別為SEQ ID NO:191和120;
(c)分別為SEQ ID NO:192和122;
(d)分別為SEQ ID NO:193和124;
(e)分別為SEQ ID NO:194和126;
(f)分別為SEQ ID NO:195和128;
(g)分別為SEQ ID NO:196和130;
(h)分別為SEQ ID NO:197和132;
(i)分別為SEQ ID NO:198和134;
(j)分別為SEQ ID NO:199和136;
(k)分別為SEQ ID NO:200和138;
(l)分別為SEQ ID NO:201和140;
(m)分別為SEQ ID NO:202和142;
(n)分別為SEQ ID NO:203和144;
(o)分別為SEQ ID NO:204和146;及
(p)分別為SEQ ID NO:205和148。
於一些實施態樣中,本文提供之用於降低
ACC表現的寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含:
有義股,其在位置8至11包含2'-F修飾之核苷酸、在位置1至7、12至27、和31至36包含2'-OMe修飾之核苷酸、在位置28、29和30包含與GalNAc軛合之核苷酸;及在位置1和2之間包含硫代磷酸酯鍵聯;
反義股,其在位置2至3、5、7、10、和14處包含2'-F修飾之核苷酸、在位置1、4、6、8至9、11至13、和15至22處包含2'-OMe、在位置1和2、位置2和3、位置20和21、以及位置21和22之間包含硫代磷酸酯鍵聯、及在位置1之5'-端核苷酸包含4'-磷酸酯類似物,視需要地,其中該5'-端核苷酸包含5'-甲氧基膦酸酯-4'-氧基-2'-O-甲基尿苷[Me膦酸酯-4O-mU];其中該反義股之位置1至20與該有義股之位置1至20形成雙股螺旋體區,其中該有義股之位置21至36形成莖環,其中位置27至30形成該莖環之環,視需要地,其中位置27至30包含四環,其中該反義股之位置21和22包含突出端,且其中該有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:160和26;
(b)分別為SEQ ID NO:161和28;
(c)分別為SEQ ID NO:162和30;
(d)分別為SEQ ID NO:163和32;
(e)分別為SEQ ID NO:164和34;
(f)分別為SEQ ID NO:165和36;
(g)分別為SEQ ID NO:166和38;
(h)分別為SEQ ID NO:167和40;
(i)分別為SEQ ID NO:168和42;
(j)分別為SEQ ID NO:169和44;
(k)分別為SEQ ID NO:170和46;
(l)分別為SEQ ID NO:171和48;
(m)分別為SEQ ID NO:172和50;
(n)分別為SEQ ID NO:173和52;
(o)分別為SEQ ID NO:174和54;
(p)分別為SEQ ID NO:175和56;
(q)分別為SEQ ID NO:176和58;
(r)分別為SEQ ID NO:177和60;
(s)分別為SEQ ID NO:178和62;
(t)分別為SEQ ID NO:179和64;
(u)分別為SEQ ID NO:180和66;
(v)分別為SEQ ID NO:181和68;
(w)分別為SEQ ID NO:182和70;
(x)分別為SEQ ID NO:183和72;
(y)分別為SEQ ID NO:184和74;
(z)分別為SEQ ID NO:185和76;
(aa)分別為SEQ ID NO:186和78;
(bb)分別為SEQ ID NO:187和80;
(cc)分別為SEQ ID NO:188和82;及,
(dd)分別為SEQ ID NO:189和84。
於一些實施態樣中,本文提供之用於降低
DGAT2表現的寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含:
有義股,其在位置8至11處包含2'-F修飾之核苷酸、在位置1至7、12至27、和31至36處包含2'-OMe修飾的核苷酸、在位置28、29和30處包含與GalNAc軛合之核苷酸;和在位置1和2之間包含硫代磷酸酯鍵聯;
反義股,其在位置2至3、5、7、10、和14處包含2'-F修飾之核苷酸、在位置1、4、6、8至9、11至13、和15至22處包含2'-OMe、在位置1和2、位置2和3、位置20和21、及位置21和22之間包含硫代磷酸酯鍵聯、及在位置1之5'-端核苷酸包含4'-磷酸酯類似物,視需要地,其中該5'-端核苷酸包含5'-甲氧基膦酸酯-4'-氧基-2'-O-甲基尿苷[Me膦酸酯-4O-mU];其中該反義股之位置1至20與該有義股之位置1至20形成雙股螺旋體區,其中該有義股之位置21至36形成莖環,其中位置27至30形成該莖環之環,視需要地,其中位置27至30包含四環,其中該反義股之位置21和22包含突出端,且其中該有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:190和118;
(b)分別為SEQ ID NO:191和120;
(c)分別為SEQ ID NO:192和122;
(d)分別為SEQ ID NO:193和124;
(e)分別為SEQ ID NO:194和126;
(f)分別為SEQ ID NO:195和128;
(g)分別為SEQ ID NO:196和130;
(h)分別為SEQ ID NO:197和132;
(i)分別為SEQ ID NO:198和134;
(j)分別為SEQ ID NO:199和136;
(k)分別為SEQ ID NO:200和138;
(l)分別為SEQ ID NO:201和140;
(m)分別為SEQ ID NO:202和142;
(n)分別為SEQ ID NO:203和144;
(o)分別為SEQ ID NO:204和146;及,
(p)分別為SEQ ID NO:205和148。
於一些實施態樣中,本文提供之用於降低
ACC表現的寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含:
有義股,其在位置8至11處包含2'-F修飾之核苷酸、在位置1至7、12至27、和31至36處包含2'-OMe修飾之核苷酸、在位置28、29和30處包含與GalNAc軛合之核苷酸;及在位置1和2之間的硫代磷酸酯鍵聯;
反義股,其在位置2至5、7、10、和14處包含2'-F修飾之核苷酸、在位置1、6、8至9、11至13、和15至22處包含2'-OMe、位置1和2、位置2和3、位置20和21、以及位置21和22之間包含硫代磷酸酯鍵聯、及在位置1之5'-端核苷酸包含4'-磷酸酯類似物,視需要地,其中該5'-端核苷酸包含5'-甲氧基膦酸酯-4'-氧基-2'-O-甲基尿苷[Me膦酸酯-4O-mU];其中該反義股之位置1至20與該有義股之位置1至20形成雙股螺旋體區,其中該有義股之位置21至36形成莖環,其中位置27至30形成該莖環之環,視需要地,其中位置27至30包含四環,其中該反義股之位置21和22包含突出端,且其中該有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:160和26;
(b)分別為SEQ ID NO:161和28;
(c)分別為SEQ ID NO:162和30;
(d)分別為SEQ ID NO:163和32;
(e)分別為SEQ ID NO:164和34;
(f)分別為SEQ ID NO:165和36;
(g)分別為SEQ ID NO:166和38;
(h)分別為SEQ ID NO:167和40;
(i)分別為SEQ ID NO:168和42;
(j)分別為SEQ ID NO:169和44;
(k)分別為SEQ ID NO:170和46;
(l)分別為SEQ ID NO:171和48;
(m)分別為SEQ ID NO:172和50;
(n)分別為SEQ ID NO:173和52;
(o)分別為SEQ ID NO:174和54;
(p)分別為SEQ ID NO:175和56;
(q)分別為SEQ ID NO:176和58;
(r)分別為SEQ ID NO:177和60;
(s)分別為SEQ ID NO:178和62;
(t)分別為SEQ ID NO:179和64;
(u)分別為SEQ ID NO:180和66;
(v)分別為SEQ ID NO:181和68;
(w)分別為SEQ ID NO:182和70;
(x)分別為SEQ ID NO:183和72;
(y)分別為SEQ ID NO:184和74;
(z)分別為SEQ ID NO:185和76;
(aa)分別為SEQ ID NO:186和78;
(bb)分別為SEQ ID NO:187和80;
(cc)分別為SEQ ID NO:188和82;及,
(dd)分別為SEQ ID NO:189和84。
於一些實施態樣中,本文提供之用於降低
DGAT2表現的寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸)包含:
有義股,其在位置8至11處包含2'-F修飾之核苷酸、在位置1至7、12至27、和31至36處包含2'-OMe修飾之核苷酸、在位置28、29和30處包含與GalNAc軛合之核苷酸;及在位置1和2之間包含硫代磷酸酯鍵聯;
反義股,其在位置2至5、7、10、和14 2'-F處包含修飾之核苷酸、在位置1、6、8至9、11至13、和15至22處包含2'-OMe、在位置1和2、位置2和3、位置20和21、和在位置21和22之間包含硫代磷酸酯鍵聯、及在位置1之5'-端核苷酸包含4'-磷酸酯類似物,視需要地,其中該5'-端核苷酸包含5'-甲氧基膦酸酯-4'-氧基-2'-O-甲基尿苷[Me膦酸酯-4O-mU];其中該反義股之位置1至20與該有義股之位置1至20形成雙股螺旋體區,其中該有義股之位置21至36形成莖環,其中位置27至30形成該莖環之環,視需要地,其中位置27至30包含四環,其中該反義股之位置21和22包含突出端,且其中該有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:190和118;
(b)分別為SEQ ID NO:191和120;
(c)分別為SEQ ID NO:192和122;
(d)分別為SEQ ID NO:193和124;
(e)分別為SEQ ID NO:194和126;
(f)分別為SEQ ID NO:195和128;
(g)分別為SEQ ID NO:196和130;
(h)分別為SEQ ID NO:197和132;
(i)分別為SEQ ID NO:198和134;
(j)分別為SEQ ID NO:199和136;
(k)分別為SEQ ID NO:200和138;
(l)分別為SEQ ID NO:201和140;
(m)分別為SEQ ID NO:202和142;
(n)分別為SEQ ID NO:203和144;
(o)分別為SEQ ID NO:204和146;及,
(p)分別為SEQ ID NO:205和148。
於一些實施態樣中,本揭示提供用於降低ACC及/或DGAT2表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中該寡核苷酸包含根據下列之有義股和反義股:
有義股:5'-mX-
S-mX-fX-mX-mX-mX-mX-fX-fX-fX-mX-fX-fX-mX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mX-mX-mX-mX-mX-mX-3';
其與下列反義股雜交:
反義股:5'-[Me膦酸酯-4O-mX]-
S-fX-
S-mX-
S-mX-fX-mX-fX-fX-fX-mX-fX-mX-fX-mX-fX-mX-fX-mX-mX-fX-
S-mX-
S-mX-3';
其中mX=2'-
O-甲基修飾之核苷酸,fX=2'-氟修飾之核苷酸,-
S-=硫代磷酸酯鍵聯,-=磷酸二酯鍵聯,[Me膦酸酯-4O-mX]=5'-甲氧基膦酸酯-4-氧基修飾之核苷酸,且ademA-GalNAc=連接至腺嘌呤核苷酸之GalNAc。
於一些實施態樣中,本揭示提供用於降低ACC及/或DGAT2表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中該寡核苷酸包含根據下列之有義股和反義股:
有義股:5'-mX-
S-mX-mX-mX-mX-mX-mX-fX-fX-fX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mX-mX-mX-mX-mX-mX-3';
其與下列反義股雜交:
反義股:5'-[Me膦酸酯-4O-mX]-
S-fX-
S-fX-mX-fX-mX-fX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-
S-mX-
S-mX-3';
其中mX=2'-
O-甲基修飾之核苷酸,fX=2'-氟修飾之核苷酸,-S-=硫代磷酸酯鍵聯,-=磷酸二酯鍵聯,[Me膦酸酯-4O-mX]=5'-甲氧基膦酸酯-4-氧基修飾之核苷酸,且ademA-GalNAc=連接至腺嘌呤核苷酸之GalNAc。
於一些實施態樣中,本揭示提供用於降低ACC及/或DGAT2表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中該寡核苷酸包含根據下列之有義股和反義股:
有義股:5'-mX-
S-mX-mX-mX-mX-mX-mX-fX-fX-fX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-[ademA-GalNAc]-mX-mX-mX-mX-mX-mX-3';
其與下列反義股雜交:
反義股:5'-[Me膦酸酯-4O-mX]-
S-fX-
S-fX-fX-fX-mX-fX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-fX-mX-mX-mX-mX-mX-mX-
S-mX-
S-mX-3';
其中mX=2'-O-甲基修飾之核苷酸,fX=2'-氟修飾之核苷酸,-S-=硫代磷酸酯鍵聯,-=磷酸二酯鍵,[Me膦酸酯-4O-mX]=5'-甲氧基膦酸酯-4-氧基修飾之核苷酸,且ademA-GalNAc=連接至腺嘌呤核苷酸之GalNAc。
於一些實施態樣中,本揭示提供用於降低
ACC表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中該寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:206和252;
(b)分別為SEQ ID NO:207和253;
(c)分別為SEQ ID NO:208和254;
(d)分別為SEQ ID NO:209和255;
(e)分別為SEQ ID NO:210和256;
(f)分別為SEQ ID NO:211和257;
(g)分別為SEQ ID NO:212和258;
(h)分別為SEQ ID NO:213和259;
(i)分別為SEQ ID NO:214和260;
(j)分別為SEQ ID NO:215和261;
(k)分別為SEQ ID NO:216和262;
(l)分別為SEQ ID NO:217和263;
(m)分別為SEQ ID NO:218和264;
(n)分別為SEQ ID NO:219和265;
(o)分別為SEQ ID NO:220和266;
(p)分別為SEQ ID NO:221和267;
(q)分別為SEQ ID NO:222和268;
(r)分別為SEQ ID NO:223和269;
(s)分別為SEQ ID NO:224和270;
(t)分別為SEQ ID NO:225和271;
(u)分別為SEQ ID NO:226和272;
(v)分別為SEQ ID NO:227和273;
(w)分別為SEQ ID NO:228和274;
(x)分別為SEQ ID NO:229和275;
(y)分別為SEQ ID NO:230和276;
(z)分別為SEQ ID NO:231和277;
(aa)分別為SEQ ID NO:232和278;
(bb)分別為SEQ ID NO:233和279;
(cc)分別為SEQ ID NO:234和280;及,
(dd)分別為SEQ ID NO:235和281。
於一些實施態樣中,本揭示提供用於降低
ACC表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中該寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:208和254;
(b)分別為SEQ ID NO:209和255;及,
(c)分別為SEQ ID NO:215和261。
於一些實施態樣中,本揭示提供用於降低
DGAT2表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中該寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:236和282;
(b)分別為SEQ ID NO:237和283;
(c)分別為SEQ ID NO:238和284;
(d)分別為SEQ ID NO:239和285;
(e)分別為SEQ ID NO:240和286;
(f)分別為SEQ ID NO:241和287;
(g)分別為SEQ ID NO:242和288;
(h)分別為SEQ ID NO:243和289;
(i)分別為SEQ ID NO:244和290;
(j)分別為SEQ ID NO:245和291;
(k)分別為SEQ ID NO:246和292;
(l)分別為SEQ ID NO:247和293;
(m)分別為SEQ ID NO:248和294;
(n)分別為SEQ ID NO:249和295;
(o)分別為SEQ ID NO:250和296;及,
(p)分別為SEQ ID NO:251和297。
於一些實施態樣中,本揭示提供用於降低
DGAT2表現之寡核苷酸(例如RNAi寡核苷酸),其中該寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列:
(a)分別為SEQ ID NO:246和292;
(b)分別為SEQ ID NO:249和295;
(c)分別為SEQ ID NO:240和286;
(d)分別為SEQ ID NO:237和283;
(e)分別為SEQ ID NO:242和288;及
(f)分別為SEQ ID NO:236和282。
於一些實施態樣中,本揭示提供之用於降低ACC表現之ACC-靶向寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股包含如SEQ ID NO:208中所提出之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO:254中所提出之核苷酸序列。於一些實施態樣中,本揭示提供之用於降低ACC表現之ACC-靶向寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股包含如SEQ ID NO:209中所提出之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO:255中所提出之核苷酸序列。於一些實施態樣中,本揭示提供之用於降低ACC表現之ACC-靶向寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股包含如SEQ ID NO:215中所提出之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO:261中所提出之核苷酸序列。
於一些實施態樣中,本揭示提供之用於降低DGAT2表現之DGAT2-靶向寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股包含如SEQ ID NO:246中所提出之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO:292中所提出之核苷酸序列。於一些實施態樣中,本揭示提供之用於降低DGAT2表現之DGAT2-靶向寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股包含如SEQ ID NO:249中所提出之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO:295中所提出之核苷酸序列。於一些實施態樣中,本揭示提供之用於降低DGAT2表現之DGAT2-靶向寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股包含如SEQ ID NO:240中所提出之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO:286中所提出之核苷酸序列。本揭示提供之用於降低DGAT2表現之DGAT2-靶向寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股包含如SEQ ID NO:237中所提出之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO:283中所提出之核苷酸序列。於一些實施態樣中,本揭示提供之用於降低DGAT2表現之DGAT2-靶向寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股包含如SEQ ID NO:242中所提出之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO:288中所提出之核苷酸序列。於一些實施態樣中,本揭示提供之用於降低DGAT2表現之DGAT2-靶向寡核苷酸包含有義股和反義股,該有義股包含如SEQ ID NO:236中所提出之核苷酸序列,該反義股包含如SEQ ID NO:282中所提出之核苷酸序列。
Ⅲ . 調配物
現已研發多種不同之調配物以促進寡核苷酸用途。例如,可使用調配物將寡核苷酸遞送至個體或細胞環境,該調配物可將降解最小化、促進遞送及/或攝取或提供該調配物中之寡核苷酸另一有益特性。於一些實施態樣中,寡核苷酸係配製在緩衝溶液(諸如磷酸鹽緩衝之鹽溶液)、脂質體、微胞結構和衣殼中。
可使用寡核苷酸與陽離子性脂質之調配物來促進寡核苷酸轉染入細胞中。例如,可使用陽離子性脂質,諸如脂質轉染劑、陽離子性甘油衍生物和聚陽離子性分子(例如聚離胺酸)。合適之脂質包括Oligofectamine、Lipofectamine(生命技術)、NC388(核酶製藥公司,科羅拉多州Boulder)或FuGene 6(羅氏),所有該等脂質均可根據製造商之說明使用。
因此,於一些實施態樣中,調配物包含脂質奈米顆粒。於一些實施態樣中,賦形劑包含脂質體、脂質、脂質複合物、微球、微粒、奈米球或奈米顆粒,或可以其他方式配製以供投予至有其需要之個體的細胞、組織、器官或身體(參見,例如Remington: THE SCIENCE AND PRACTICE OF PHARMACY, 22nd edition,
Pharmaceutical Press, 2013)。
於一些實施態樣中,本文之調配物包含賦形劑。於一些實施態樣中,賦形劑賦予組成物改善之穩定性、改善之吸收、改善之溶解度及/或治療上增強活性成分。於一些實施態樣中,賦形劑為緩衝劑(例如檸檬酸鈉、磷酸鈉、tris鹼或氫氧化鈉)或載劑(例如緩衝溶液、石蠟脂、二甲亞碸或礦物油)。於一些實施態樣中,將寡核苷酸凍乾以延長其保質期,然後在使用前(例如投予個體)製成溶液。因此,包含本文所描述之任何種寡核苷酸之組成物中的賦形劑可為凍乾保護劑(例如甘露醇、乳糖、聚乙二醇或聚乙烯吡咯啶酮)或癟塌溫度修飾劑(例如葡聚醣、Ficoll™或明膠)。
於一些實施態樣中,將醫藥組成物配製成與其預期之投予途徑相容。投予途徑之實例包括腸胃道外(例如靜脈內、肌肉內、腹膜內、皮內、皮下)、口服(例如吸入)、經皮(例如局部)、經黏膜和直腸投予。
適合用於注射用途之醫藥組成物包括無菌水溶液(其中水可溶)或分散液,以及用於臨時製備無菌注射溶液或分散液之無菌粉末。在靜脈內投予方面,合適之載劑包括生理鹽水、抑菌水、Cremophor EL™(BASF,紐澤西州Parsippany)或磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)。該載劑可為含有,例如水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇和液態聚乙二醇,等)及其合適之混合物的溶劑或分散介質。在許多情況下,較佳為在該組成物中包括等張劑,例如糖、多元醇,諸如甘露醇、山梨糖醇、氯化鈉。無菌注射液可藉由將所需量之寡核苷酸併入具有上述列舉之一種成分或成分組合的選定溶劑中,再依需要過濾除菌來製備。
於一些實施態樣中,組成物可含有至少約0.1%或更多之治療劑,儘管該活性成分之百分比可能介於全部組成物之重量或體積的約1%至約80%或更多。諸如溶解度、生物利用度、生物半衰期、投予途徑、產品保質期以及其他藥理學考量等因素將在製備該等醫藥調配物之技藝中的技術熟習人士的考量中,因此,可能需要各種不同的劑量和治療方案。
儘管數種實施態樣係針對靶向肝臟來遞送本文之任何寡核苷酸之,但亦考慮靶向其他組織。
IV. 使用方法 i. 降低細胞中 之 ACC/ 或 DGAT2 表現
本揭示提供用於將有效量之本文的任何寡核苷酸與細胞或細胞群接觸或遞送至細胞或細胞群,以減少ACC及/或DGAT2表現的方法。該方法可包括本文描述之步驟,且該等步驟可以,但不一定按照所描述之順序進行。然而,亦可假想其他順序。再者,可同時及/或在時間上重疊進行及/或逐一地或在多次重複之步驟中進行個別或多個步驟。此外,該方法可包括額外的、未具體指定之步驟。
本文之方法可用於任何適當之細胞類型。於一些實施態樣中,細胞為表現mRNA之任何細胞(例如肝細胞、巨噬細胞、單核細胞衍生之細胞、前列腺癌細胞、腦細胞、內分泌組織、骨髓、淋巴結、肺、膽囊、肝、十二指腸、小腸、胰臟、腎臟、胃腸道、膀胱、脂肪和軟組織以及皮膚之細胞)。於一些實施態樣中,該細胞為從個體獲得之原代細胞。於一些實施態樣中,該原代細胞已經歷有限次數之傳代,從而使該細胞基本上保持天然之表型特性。於一些實施態樣中,該寡核苷酸係遞送至體外或試管內之細胞(即,可遞送至培養中之細胞或該細胞所在之生物體)。
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸係使用合適之核酸遞送方法遞送,該核酸遞送方法包括,但不限於注射含有該寡核苷酸之溶液、藉由經該寡核苷酸覆蓋之顆粒轟擊、將細胞或細胞群暴露於含有該寡核苷酸之溶液或在該寡核苷酸之存在下將細胞膜電穿孔。可使用其他適當之方法將寡核苷酸遞送至細胞,諸如脂質介導之載體轉運、化學介導之轉運和陽離子性脂質體轉染,諸如磷酸鈣,等。
於一些實施態樣中,ACC及/或DGAT2表現降低之測定可藉由合適之分析或技術來評估與ACC及/或DGAT2表現相關之細胞或細胞群的一或多種性質或特徵(例如,使用ACC及/或DGAT2表現生物標記),或藉由用於評估直接指示ACC及/或DGAT2表現之分子(例如ACC及/或DGAT2 mRNA或ACC及/或DGAT2蛋白)的分析或技術進行。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸降低ACC及/或DGAT2表現之程度係藉由將與寡核苷酸接觸之細胞或細胞群中的ACC及/或DGAT2表現與合適之對照組(例如未與寡核苷酸接觸或與對照寡核苷酸接觸之合適的細胞或細胞群)相比較來評估。於一些實施態樣中,遞送RNAi分子之後,mRNA表現成蛋白質之適當的對照水準可作為預定之水準或值,而不需要每次都測量對照水準。該預定水準或值可有多種不同形式。於一些實施態樣中,預定水準或值可為單一截止值,諸如中位數或平均值。
於一些實施態樣中,投予本文之寡核苷酸可導致細胞或細胞群中之ACC及/或DGAT2表現降低。於一些實施態樣中,當與合適之mRNA對照水準相比較,ACC及/或DGAT2或DGAT表現降低約1%或更低、約5%或更低、約10%或更低、約15%或更低、約20%或更低、約25%或更低、約30%或更低、約35%或更低、約40%或更低、約45%或更低、約50%或更低、約55%或更低、約60%或更低、約70%或更低、約80%或更低或約90%或更低。合適之對照水準可為未與本文之寡核苷酸接觸的細胞或細胞群中之mRNA表現及/或蛋白質轉譯水準。於一些實施態樣中,根據本文之方法將寡核苷酸遞送至細胞的效果係在有限之期間後評估。例如,可在將寡核苷酸引入細胞後至少約8小時、約12小時、約18小時、約24小時;或至少約1、2、3、4、5、6、7或甚至多達14天分析細胞中之mRNA水準。例如,於一些實施態樣中,ACC及/或DGAT2表現係在將寡核苷酸與細胞或細胞群接觸或遞送至細胞或細胞群之後至少約4小時、約8小時、約12小時、約18小時、約24小時;或至少約1天、約2天、約3天、約4天、約5天、約6天、約7天、約8天、約9天、約10天、約11天、約12天、約13天、約14天、約21天、約28天、約35天、約42天、約49天、約56天、約63天、約70天、約77天或約84天或更久在細胞或細胞群中測定。於一些實施態樣中,ACC及/或DGAT2表現係在將寡核苷酸與細胞或細胞群接觸或遞送至細胞或細胞群之後至少約1個月、約2個月、約3個月、約4個月、約5個月或約6個月或更久在細胞或細胞群中測定。
於一些實施態樣中,寡核苷酸係以轉基因之形式遞送,該轉基因係經工程處理以在細胞中表現該寡核苷酸或該寡核苷酸包含之股(例如其有義股和反義股)。於一些實施態樣中,寡核苷酸係使用經工程處理以表現本文揭示之任何寡核苷酸的轉基因遞送。轉基因可使用病毒載體(例如腺病毒、逆轉錄病毒、痘瘡病毒、痘病毒、腺相關病毒或單純皰疹病毒)或非病毒載體(例如質體或合成之mRNA)遞送。於一些實施態樣中,可將轉基因直接注射入個體。
ii. 醫療用途
本揭示亦提供用於或適用於治療個體(例如患有與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的人)之寡核苷酸,該個體將從降低ACC及/或DGAT2表現受益。在某些方面,本揭示提供用於或適合用於治療患有與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的個體之寡核苷酸。本揭示亦提供用於或適用於製造用於治療與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的藥物或醫藥組成物的寡核苷酸。於一些實施態樣中,該寡核苷酸用於或適用於靶向ACC及/或DGAT2 mRNA並降低ACC及/或DGAT2表現(例如經由RNAi途徑)。於一些實施態樣中,該寡核苷酸用於或適用於靶向ACC及/或DGAT2 mRNA並降低ACC及/或DGAT2 mRNA或DGAT2 mRNA、ACC及/或DGAT2蛋白、及/或ACC及/或DGAT2活性之量或水準。
此外,下述方法可包括選擇患有與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況或易罹患彼等之個體。在一些情況下,該方法可包括選擇具有與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病(諸如血壓升高、胰島素抗性、腹部脂肪增加或TG或膽固醇升高),或易罹患該等疾病之標記的個體。
同樣地,如下文中之詳細描述,該方法亦可包括諸如測量或取得ACC及/或DGAT2表現之標記的基線值,然後將該等獲得之數值與一或多個其他基線值或在投予該寡核苷酸後獲得之數值相比較的步驟,以評估治療效果。
iii. 治療方法
本揭示亦提供使用本文之寡核苷酸治療患有、懷疑患有或處於發展出疾病、病症或病況之風險下的個體之方法。於一些態樣中,本揭示提供使用本文之寡核苷酸治療或減輕與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況發作或進展的方法。於其他態樣中,本揭示提供在患有與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的個體中使用本文之寡核苷酸來實現一或多種治療益處的方法。於本文方法之一些實施態樣中,藉由投予治療有效量之本文的任何一或多種寡核苷酸來治療個體。於一些實施態樣中,治療包含降低ACC及/或DGAT2表現。於一些實施態樣中,該個體係接受治療性治療。於一些實施態樣中,該個體係接受預防性治療。於一些實施態樣中,該個體已接受或正在接受用於降低ACC之治療(例如靶向ACC之寡核苷酸),且經投予用於降低DGAT2表現之治療(例如靶向DGAT2之寡核苷酸)。於一些實施態樣中,該個體已接受或正在接受用於降低DGAT2之治療(例如靶向DGAT2之寡核苷酸),且經投予用於降低ACC表現之治療(例如靶向ACC之寡核苷酸)。
於本文方法之一些實施態樣中,對患有與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的個體 投予一或多種本文之寡核苷酸或包含一或多種寡核苷酸的醫藥組成物,從而使個體中之ACC及/或DGAT2表現降低,藉此治療該個體。於一些實施態樣中,該個體中之ACC及/或DGAT2 mRNA的量或水準降低。於一些實施態樣中,該個體中之ACC及/或DGAT2及/或蛋白質的量或水準降低。於一些實施態樣中,該個體中之ACC及/或DGAT2活性的量或水準降低。於一些實施態樣中,該個體中之三酸甘油酯(TG)(例如一或多種TG或總TG)的量或水準降低。於一些實施態樣中,該個體中之血漿葡萄糖的量或水準降低。於一些實施態樣中,該個體之血壓(例如收縮壓、舒張壓或二者)的量或水準降低。於一些實施態樣中,該個體中之腹部脂肪的量或水準降低。於一些實施態樣中,該個體中之膽固醇(例如總膽固醇、LDL膽固醇及/或HDL膽固醇)的量或水準降低。於一些實施態樣中,該個體中之肝臟脂肪變性的量或水準降低。於一些實施態樣中,該個體中之肝纖維化的量或水準降低。於一些實施態樣中,該個體中之總膽固醇對HDL膽固醇的比率被改變。於一些實施態樣中,該個體中之下列任何組合被降低或改變:ACC及/或DGAT2表現、ACC及/或DGAT2 mRNA之量或水準、ACC及/或DGAT2蛋白之量或水準、ACC及/或DGAT2活性之量或水準、血液葡萄糖之量或水準、腹部脂肪之量或水準、血壓之量或水準、TG之量或水準、膽固醇之量或水準及/或總膽固醇對HDL膽固醇之比率、肝臟脂肪變性之量或水準、以及肝纖維化之量或水準。
於本文方法之一些實施態樣中,對患有與ACC及/或DGAT2相關之疾病、病症或病況的個體投予本文之寡核苷酸或包含該寡核苷酸之醫藥組成物,從而當與投予一或多種寡核苷酸或醫藥組成物之前的ACC及/或DGAT2表現相比較時,該個體中之ACC及/或DGAT2表現降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。於一些實施態樣中,當與未接受該一或多種寡核苷酸或醫藥組成物、或接受一或多種對照寡核苷酸或醫藥組成物或治療的個體(例如參考或對照個體)中之ACC及/或DGAT2表現相比較時,該個體中之ACC及/或DGAT2表現降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。
於本文方法之一些實施態樣中,將本文之一或多種寡核苷酸或包含該一或多種寡核苷酸之醫藥組成物投予患有與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的個體,從而當與投予該寡核苷酸或醫藥組成物之前的ACC及/或DGAT2 mRNA的量或水準相比較時,該個體中之ACC及/或DGAT2 mRNA的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。於一些實施態樣中,當與未接受該一或多種寡核苷酸或醫藥組成物、或接受一或多種對照寡核苷酸或醫藥組成物或治療的個體(例如參考或對照個體)中之ACC及/或DGAT2 mRNA的量或水準相比較時,該個體中之ACC及/或DGAT2 mRNA的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。
於本文方法之一些實施態樣中,將本文之一或多種寡核苷酸或包含該一或多種寡核苷酸之醫藥組成物投予患有與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的個體,從而當與投予該寡核苷酸或醫藥組成物之前的ACC及/或DGAT2蛋白的量或水準相比較時,該個體中之ACC及/或DGAT2蛋白的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。於一些實施態樣中,當與未接受該一或多種寡核苷酸或醫藥組成物、或接受一或多種對照寡核苷酸或醫藥組成物、或治療的個體(例如參考或對照個體)中之ACC及/或DGAT2蛋白的量或水準相比較時,該個體中之ACC及/或DGAT2蛋白的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。
於本文方法之一些實施態樣中,將本文之一或多種寡核苷酸或包含該一或多種寡核苷酸之醫藥組成物投予患有與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的個體,從而當與投予該寡核苷酸或醫藥組成物之前的ACC及/或DGAT2活性/表現之量或水準相比較時,該個體中之ACC及/或DGAT22活性/表現的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。於一些實施態樣中,當與未接受該寡核苷酸或醫藥組成物、或接受對照寡核苷酸或醫藥組成物或治療的個體(例如參考或對照個體)中之ACC及/或DGAT22活性的量或水準相比較時,該個體中之ACC及/或DGAT22活性的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。
於本文方法之一些實施態樣中,將本文之寡核苷酸或包含該寡核苷酸之醫藥組成物投予患有與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的個體,從而當與投予該寡核苷酸或醫藥組成物之前的TG之量或水準相比較時,該個體中之TG(例如一或多種TG或總TG)的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。於一些實施態樣中,當與未接受該寡核苷酸或醫藥組成物、或接受對照寡核苷酸或醫藥組成物或治療之個體(例如參考或對照個體)中之TG的量或水準相比較時,該個體中之TG的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。
一般而言,人類患者之正常或合需的TG範圍為<150mg/dL血液,<100被認為是理想的。於一些實施態樣中,被選定進行治療或已接受治療之患者被鑑定為或測定為TG的量或水準≥150mg/dL。於一些實施態樣中,被選定進行治療或已接受治療之患者被鑑定為或測定為TG的量或水準係在150至199mg/dL之範圍,這被認為是臨界高TG水準。於一些實施態樣中,被選定進行治療或已接受治療之患者被鑑定為或測定為TG的量或水準係在200至499mg/dL之範圍,這被認為是高TG水準。於一些實施態樣中,被選定進行治療或已接受治療之患者被鑑定為或測定為TG的量或水準係在500mg/dL或更高(即,≥500mg/dL)之範圍,這被認為是非常高的TG水準。於一些實施態樣中,被選定進行治療或已接受治療之患者被鑑定為或測定為TG的量或水準≥150mg/dL、≥200mg/dL或≥500mg/dL。於一些實施態樣中,被選定進行治療或已接受治療之患者被鑑定為或測定為TG的量或水準為200至499mg/dL、或500mg/dL或更高。於一些實施態樣中,被選定進行治療或已接受治療之患者被鑑定為或測定為TG的量或水準≥200mg/dL。於本文方法之一些實施態樣中,對患有與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的個體投予本文之寡核苷酸或包含該寡核苷酸之醫藥組成物,從而當與投予該寡核苷酸或醫藥組成物之前的膽固醇之量或水準相比較時,該個體中之膽固醇(例如總膽固醇、LDL膽固醇及/或HDL膽固醇)的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。於一些實施態樣中,當與未接受該寡核苷酸或醫藥組成物、或接受對照寡核苷酸或醫藥組成物或治療的個體(例如參考或對照個體)中之膽固醇的量或水準相比較時,該個體中之膽固醇的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。
一般而言,成人患者之正常或合需的膽固醇範圍(總膽固醇) 為<200mg/dL血液。於一些實施態樣中,被選定進行治療或已接受治療之患者被鑑定為或測定為膽固醇的量或水準≥200mg/dL。於一些實施態樣中,被選定進行治療或已接受治療之患者被鑑定為或測定為膽固醇的量或水準係在200至239mg/dL之範圍,這被認為是臨界高膽固醇水準。於一些實施態樣中,被選定進行治療或已接受治療之患者被鑑定為或測定為膽固醇的量或水準係在240mg/dL和更高(即,≥240mg/dL)之範圍,這被認為是高膽固醇水準。於一些實施態樣中,被選定進行治療或已接受治療之患者被鑑定為或測定為膽固醇的量或水準為200至239mg/dL、或240mg/dL或更高。於一些實施態樣中,被選定進行治療或已接受治療之患者被鑑定為或測定為膽固醇的量為≥200mg/dL、或≥240mg/dL或更高之膽固醇量或水準。
於本文方法之一些實施態樣中,將本文之寡核苷酸或包含該寡核苷酸之醫藥組成物投予患有與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的個體,從而當與投予該寡核苷酸或醫藥組成物之前的肝纖維化之量或水準相比較時,該個體中之肝纖維化的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。於一些實施態樣中,當與未接受該寡核苷酸或醫藥組成物、或接受對照寡核苷酸或醫藥組成物或治療的個體(例如參考或對照個體)中之肝纖維化的量或水準相比較時,該個體中之肝纖維化的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。
於本文方法之一些實施態樣中,將本文之寡核苷酸或包含該寡核苷酸之醫藥組成物投予患有與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的個體,從而當與投予該寡核苷酸或醫藥組成物之前的肝脂肪變性之量或水準相比較時,該個體中之肝脂肪變性的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。於一些實施態樣中,當與未接受該寡核苷酸或醫藥組成物、或接受對照寡核苷酸或醫藥組成物或治療的個體(例如參考或對照個體)中之肝脂肪變性的量或水準相比較時,該個體中之肝脂肪變性的量或水準降低至少約30%、約35%、約40%、約45%、約50%、約55%、約60%、約65%、約70%、約75%、約80%、約85%、約90%、約95%、約99%或多於99%。
本技藝中已知用於測定個體或來自該個體之樣品中的ACC及/或DGAT2表現、ACC及/或DGAT2 mRNA、ACC及/或DGAT2蛋白、ACC及/或DGAT2活性之量或水準、TG、血漿葡萄糖或膽固醇之量或活性的合適方法。此外,本文列舉之實施例說明用於測定ACC及/或DGAT2表現之方法。
於一些實施態樣中,自該個體獲得或分離出之細胞(例如肝細胞)、細胞群或組(例如類器官)、器官(例如肝臟)、血液或其部分(例如血漿)、組織(例如肝臟組織)、樣品(例如肝臟活體組織切片樣品)或任何其他合適之生物材料中的ACC及/或DGAT2表現、ACC及/或DGAT2 mRNA、ACC及/或DGAT2蛋白、ACC及/或DGAT2活性、TG、血漿葡萄糖或膽固醇之量或水準降低。於一些實施態樣中,在多於一種之細胞類型(例如肝細胞及一或多種其他類型之細胞)、多於一種之細胞群組、多於一種之器官(例如肝臟及一或多種其他器官)中,多於一種之血液成分(例如血漿及一或多種其他血液成分),多於一種之組織類型(例如肝組織及一或多種其他類型的組織),或多於一種之樣本類型(例如肝臟活體組織切片樣品及一或多種其他活體組織切片樣品類型)中,ACC及/或DGAT2表現、ACC及/或DGAT2 mRNA、ACC及/或DGAT2蛋白、ACC及/或DGAT2活性、TG、血漿葡萄糖、或膽固醇或彼等之任何組合的量或水準降低。
與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的實例包括,但不限於代謝性肝病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、藥物引起之肝病、酒精引起之肝病、傳染媒介物引起之肝病、發炎性肝病、免疫系統功能障礙介導之肝病、血脂異常、心血管疾病、再狹窄、X症候群、代謝症候群、糖尿病、肥胖症、高血壓、慢性膽管病,諸如原發性硬化性膽管炎(PSC)、原發性膽汁性膽管炎(PBC)、膽道閉鎖、進行性家族性肝內膽汁鬱積第3型(PFIC3)、發炎性腸病、克隆氏病、潰瘍性結腸炎、肝癌、肝細胞癌、胃腸癌、胃癌、大腸直腸癌、代謝性疾病引起之肝纖維化或肝硬化、NAFLD引起之纖維化或肝硬化、NASH引起之纖維化或肝硬化、酒精引起之肝纖維化或肝硬化、藥物引起之肝纖維化或肝硬化、傳染媒介物引起之肝纖維化或肝硬化、寄生蟲感染引起之肝纖維化或肝硬化、細菌感染引起之肝纖維化或肝硬化、病毒感染引起之纖維化或肝硬化、HBV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HCV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、雙重HCV和HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、放射線治療或化療引起之纖維化或肝硬化、膽道纖維化、由於任何慢性膽汁鬱積性疾病導致之肝纖維化或肝硬化、任何病因之腸道纖維化、克隆氏病引起之纖維化、潰瘍性結腸炎引起之纖維化、腸(例如小腸)纖維化、結腸纖維化、胃纖維化、肺纖維化、慢性發炎性氣道疾病後續發之肺纖維化,諸如COPD、氣喘、肺氣腫、吸菸者之肺、肺結核、肺纖維化、特發性肺纖維化(IPF)、及其他ACC及/或DGAT2相關之代謝相關的病症和疾病。本文中特別關注的為代謝症候群、高三酸甘油酯血症、NASH、肥胖症或彼等之組合。
由於其高度特異性,本文之寡核苷酸特異地靶向患病之細胞和組織之標靶基因的mRNA。在預防疾病時,該標靶基因可能為對疾病發生或維持而言必要之基因,或者其已被鑑定為與感染該疾病之較高風險相關的基因。在治療疾病時,可將該寡核苷酸與表現出疾病之細胞或組織接觸。例如,可將基本上與病症或病況相關之野生型(即,天然)或突變基因之全部或部分相同的寡核苷酸與所欲之細胞或組織類型(諸如肝細胞或其他肝臟細胞)接觸或引入所欲之細胞或組織類型中,該病症或病況與ACC及/或DGAT2表現相關。
於一些實施態樣中,該ACC及/或DGAT基因可為來自任何哺乳動物,諸如人類標靶之ACC及/或DGAT基因。可根據本文描述之方法將任何ACC及/或DGAT基因靜默。
本文描述之方法通常涉及對個體投予有效量之一或多種寡核苷酸,亦即能夠產生合需之治療結果的量。治療上可接受之量可為可治療上地治療疾病或病症之量。用於任何個體之適當劑量將取決於某些因素,包括個體之體型、體表面積、年齡、欲投予之特定組成物、組成物中之活性成分、投予時間和途徑、整體健康及其他同時投予之藥物。
於一些實施態樣中,本文之任何組成物係經由腸道(例如口服、藉由胃飼管、藉由十二指腸飼管、經由胃造口術或經由直腸)、腸胃道外(例如皮下注射、靜脈內注射或輸注、動脈內注射或輸注、骨內輸注、肌肉內注射、腦內注射、腦室內注射、鞘內)、局部途徑(例如經皮、吸入、經由滴眼液或透過黏膜)或是藉由直接注射入標靶器官(例如個體之肝臟)來投予至個體。通常,本文之寡核苷酸係經由靜脈內或皮下投予。
作為非限制性實例組,本文之寡核苷酸通常將為每季(每三個月一次)、每二個月(每二個月一次)、每個月或每週投予。例如,可每週或以二週或三週之間隔投予該寡核苷酸。或者,可每天投予該寡核苷酸。於一些實施態樣中,先對個體投予一或多個該寡核苷酸之裝載劑量,然後再投予一或多個該寡核苷酸之維持劑量。
於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸係單獨投予或組合投予。於一些實施態樣中,本文之寡核苷酸係以組合方式同時、依次(以任何順序)或間歇投予。例如,可同時共同投予二種寡核苷酸。或者,可先投予一種寡核苷酸,並在之後的任何時間(例如一小時、一天、一週或一個月)投予第二種寡核苷酸。
於一些實施態樣中,該待治療之個體為人類或非人靈長類動物或其他哺乳動物個體。其他示例性個體包括家養動物,諸如狗和貓;家畜,諸如馬、牛、豬、綿羊、山羊和雞;及動物,諸如小鼠、大鼠、天竺鼠和倉鼠。
V. 套組
於一些實施態樣中,本揭示提供包含本文之寡核苷酸和使用說明書之套組。於一些實施態樣中,該套組包含本文之寡核苷酸和含有該套組及/或其任何組分之使用說明書的藥品仿單。於一些實施態樣中,該套組在合適之容器中包含本文之寡核苷酸、一或多種對照組、及各種緩衝液、試劑、酶和本技藝所周知之其他標準成分。於一些實施態樣中,該容器包含至少一個小瓶、孔、試管、燒瓶、瓶子、注射器或其他容器裝置,其中置入寡核苷酸,且在一些情況下,該寡核苷酸係經適當等分。於其中提供額外組分的一些實施態樣中,該套組含有放置該組分之額外容器。該套組亦可包括用於在密閉空間中容納該寡核苷酸及任何其他試劑以供商業銷售之裝置。該等容器可包括其中可保存所需之小瓶的注射或吹氣成型的塑膠容器。容器及/或套組可包括具有使用說明及/或警告的標籤。
於一些實施態樣中,套組包含本文之寡核苷酸和醫藥上可接受之載體、或包含該寡核苷酸之醫藥組成物,及說明書,以用於治療或延緩有此需要之個體中與ACC及/或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況進展。
VI. 其他實施態樣
本揭示關於下列實施態樣。本章節之全文中,術語實施態樣縮寫為“E”,其後接序數。例如,E1等同於實施態樣1。
E1. 一種用於降低ACC表現之寡核苷酸,該寡核苷酸包含反義股,該反義股包含如SEQ ID NO:2、30、32、44和56中任一者所示之序列。
E2. 如實施態樣1之寡核苷酸,其包含有義股,該有義股包含如SEQ ID NO:1、29、31、43和55中任一者所示之序列。
E3. 一種用於降低ACC表現之寡核苷酸,該寡核苷酸包含長度為15至30個核苷酸之反義股和長度為15至40個核苷酸之有義股,其中該反義股具有與ACC之標靶序列互補之區域且其中該互補之區域之長度為至少15個連續核苷酸。
E4. 如實施態樣3之寡核苷酸,其中該互補之區域與ACC之標靶序列完全互補。
E5. 如實施態樣1至4中任一項之寡核苷酸,其中該反義股之長度為19至27個核苷酸。
E6. 如實施態樣1至5中任一項之寡核苷酸,其中該反義股之長度為21至27個核苷酸,視需要地,其中該反義股之長度為22個核苷酸。
E7. 如實施態樣2至6中任一項之寡核苷酸,其中該有義股與該反義股形成雙股螺旋體區。
E8. 如實施態樣7之寡核苷酸,其中該有義股之長度為19至40個核苷酸,視需要地,其中該有義股之長度為36個核苷酸。
E9. 如實施態樣7或8之寡核苷酸,其中該雙股螺旋體區之長度為至少19個核苷酸。
E10. 如實施態樣7至9中任一項之寡核苷酸,其中該雙股螺旋體區之長度為至少21個核苷酸,視需要地,其中該雙股螺旋體區之長度為20個核苷酸。
E11. 如實施態樣3至10中任一項之寡核苷酸,其中該與ACC互補之區域之長度為至少19個連續核苷酸。
E12. 如實施態樣3至11中任一項之寡核苷酸,其中該與ACC互補之區域之長度為至少21個連續核苷酸。
E13. 如實施態樣3至12中任一項之寡核苷酸,其中該反義股包含如SEQ ID NO:2、30、32、44和56中任一者所示之序列。
E14. 如實施態樣3至13中任一項之寡核苷酸,其中該有義股包含如SEQ ID NO:1、29、31、43和55中任一者所示之序列。
E15. 如實施態樣3至14中任一項之寡核苷酸,其中該有義股在其3'端包含如S1-L-S2所示之莖環,其中S1與S2互補,且其中L在S1和S2之間形成長度為3至5個核苷酸之環。
E16. 一種用於降低ACC表現之寡核苷酸,該寡核苷酸包含反義股和有義股,其中該反義股之長度為21至27個核苷酸且具有與ACC互補之區域,其中該有義股在其3'端包含如S1-L-S2所示之莖環,其中S1與S2互補,且其中L在S1和S2之間形成長度為3至5個核苷酸之環,且其中該反義股和有義股形成長度為至少19個核苷酸,但未共價連接之雙股螺旋體結構。
E17. 如實施態樣16之寡核苷酸,其中該互補之區域與ACC mRNA之至少19個連續核苷酸完全互補。
E18. 如實施態樣15至17中任一項之寡核苷酸,其中L為四環。
E19. 如實施態樣15至18中任一項之寡核苷酸,其中L之長度為4個核苷酸。
E20. 如實施態樣15至19中任一項之寡核苷酸,其中L包含如GAAA所示之序列。
E21. 如實施態樣3至20中任一項之寡核苷酸,其中該反義股之長度為27個核苷酸且該有義股之長度為25個核苷酸,視需要地,其中該反義股之長度為22個核苷酸且該有義股之長度為36個核苷酸。
E22. 如實施態樣21之寡核苷酸,其中該反義股和有義股形成長度為25個核苷酸之雙股螺旋體區,視需要地,其中該雙股螺旋體之長度為20個核苷酸。
E23. 如實施態樣16至20中任一項之寡核苷酸,其在該反義股上包含長度為2個核苷酸之3'-突出端序列。
E24. 如實施態樣7至16中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含長度各在21至23個核苷酸之範圍的反義股和有義股。
E25. 如實施態樣24之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含長度在19至21個核苷酸之範圍的雙股螺旋體結構。
E26. 如實施態樣24或25之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含長度為一或多個核苷酸之3'-突出端序列,其中該3'-突出端序列存在於該反義股、有義股或該反義股和有義股上。
E27. 如實施態樣24或25之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含長度為2個核苷酸之3'-突出端序列,其中該3'-突出端序列在反義股上,且其中該有義股之長度為21個核苷酸,而該反義股之長度為23個核苷酸,從而使該有義股和反義股形成長度為21個核苷酸之雙股螺旋體。
E28. 如前述實施態樣中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷酸。
E29. 如實施態樣28之寡核苷酸,其中該經修飾之核苷酸包含2'-修飾。
E30. 如實施態樣29之寡核苷酸,其中該2'-修飾係選自2'-胺乙基、2'-氟、2'-O-甲基、2'-O-甲氧基乙基和2'-去氧基-2'-氟-β-d-阿拉伯糖核酸。
E31. 如實施態樣28至30中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸之全部核苷酸均經修飾。
E32. 如前述實施態樣中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷酸間鍵聯。
E33. 如實施態樣32之寡核苷酸,其中該至少一個經修飾之核苷酸間鍵聯為硫代磷酸酯鍵聯。
E34. 如前述實施態樣中任一項之寡核苷酸,其中該反義股之5'-核苷酸之糖的4'-碳包含磷酸酯類似物。
E35. 如實施態樣34之寡核苷酸,其中該磷酸酯類似物為氧甲基膦酸酯、乙烯基膦酸酯或丙二醯膦酸酯。
E36. 如前述實施態樣中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸之至少一個核苷酸與一或多個靶向配體軛合。
E37. 如實施態樣36之寡核苷酸,其中各靶向配體包含碳水化合物、胺基糖、膽固醇、多肽或脂質。
E38. 如實施態樣36之寡核苷酸,其中各靶向配體包含大小在C10至C24長之範圍的飽和脂肪酸部分。
E39. 如實施態樣38之寡核苷酸,其中各靶向配體包含C16長的飽和脂肪酸部分。
E40. 如實施態樣38之寡核苷酸,其中各靶向配體包含C24長之飽和脂肪酸部分。
E41. 如實施態樣36之寡核苷酸,其中各靶向配體包含N-乙醯半乳糖胺(GalNAc)部分。
E42. 如實施態樣41之寡核苷酸,其中該GalNAc部分為單價GalNAc部分、二價GalNAc部分、三價GalNAc部分或四價GalNAc部分。
E43. 如實施態樣15至20中任一項之寡核苷酸,其中該莖環之L中至多4個核苷酸各自與單價GalNAc部分軛合。
E44. 如前述實施態樣中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸為RNAi寡核苷酸。
E45. 一種醫藥組成物,其包含如前述實施態樣中任一項之寡核苷酸和醫藥上可接受之載體、遞送劑或賦形劑。
E46. 一種用於降低DGAT2表現之寡核苷酸,該寡核苷酸包含反義股,該反義股包含如SEQ ID NO:106、108、112、126、130和138中任一者所示之序列。
E47. 如實施態樣46之寡核苷酸,其包含有義股,該有義股包含如SEQ ID NO:105、107、111、125、129和137中任一者所示之序列。
E48. 一種用於降低DGAT2表現之寡核苷酸,該寡核苷酸包含長度為15至30個核苷酸之反義股和長度為15至40個核苷酸之有義股,其中該反義股具有與DGAT2之標靶序列互補之區域且其中該互補之區域之長度為至少15個連續核苷酸。
E49. 如實施態樣48之寡核苷酸,其中該互補之區域與DGAT2之標靶序列完全互補。
E50. 如實施態樣46至49中任一項之寡核苷酸,其中該反義股之長度為19至27個核苷酸。
E51. 如實施態樣46至50中任一項之寡核苷酸,其中該反義股之長度為21至27個核苷酸,視需要地,其中該反義股之長度為22個核苷酸。
E52. 如實施態樣47至51中任一項之寡核苷酸,其中該有義股與該反義股形成雙股螺旋體區。
E53. 如實施態樣52之寡核苷酸,其中該有義股之長度為19至40個核苷酸,視需要地,其中該有義股之長度為36個核苷酸。
E54. 如實施態樣52或53之寡核苷酸,其中該雙股螺旋體區之長度為至少19個核苷酸。
E55. 如實施態樣52至54中任一項之寡核苷酸,其中該雙股螺旋體區之長度為至少21個核苷酸,視需要地,其中該雙股螺旋體區之長度為20個核苷酸。
E56. 如實施態樣48至55中任一項之寡核苷酸,其中該與ACC互補之區域之長度為至少19個連續核苷酸。
E57. 如實施態樣48至56中任一項之寡核苷酸,其中該與DGAT2互補之區域之長度為至少21個連續核苷酸。
E58. 如實施態樣48至57中任一項之寡核苷酸,其中該反義股包含如SEQ ID NO:106、108、112、126、130和138中任一項所示的序列。
E59. 如實施態樣48至58中任一項之寡核苷酸,其中該有義股包含如SEQ ID NO:105、107、111、125、129和137中任一者所示之序列。
E60. 如實施態樣48至59中任一項之寡核苷酸,其中該有義股在其3'端包含如S1-L-S2所示之莖環,其中S1與S2互補,且其中L在S1和S2之間形成長度為3至5個核苷酸之環。
E61. 一種用於降低DGAT2表現之寡核苷酸,該寡核苷酸包含反義股和有義股,其中該反義股之長度為21至27個核苷酸且具有與DGAT2互補之區域,其中該有義股在其3'端包含如S1-L-S2所示之莖環,其中S1與S2互補,且其中L在S1和S2之間形成長度為3至5個核苷酸之環,且其中該反義股和有義股形成長度為至少19個核苷酸,但未共價連接之雙股螺旋體結構。
E62. 如實施態樣61之寡核苷酸,其中該互補之區域與DGAT2 mRNA之至少19個連續核苷酸完全互補。
E63. 如實施態樣60至62中任一項之寡核苷酸,其中L為四環。
E64. 如實施態樣60至63中任一項之寡核苷酸,其中L之長度為4個核苷酸。
E65. 如實施態樣60至64中任一項之寡核苷酸,其中L包含如GAAA所示之序列。
E66. 如實施態樣46至65中任一項之寡核苷酸,其中該反義股之長度為27個核苷酸且該有義股之長度為25個核苷酸,視需要地,其中該反義股之長度為22個核苷酸且該有義股之長度為36個核苷酸。
E67. 如實施態樣66之寡核苷酸,其中該反義股和有義股形成長度為25個核苷酸之雙股螺旋體區,視需要地,其中該雙股螺旋體之長度為20個核苷酸。
E68. 如實施態樣48至65中任一項之寡核苷酸,其在該反義股上包含長度為2個核苷酸之3'-突出端序列。
E69. 如實施態樣52至61中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含長度各在21至23個核苷酸範圍之反義股和有義股。
E70. 如實施態樣69之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含長度為19至21個核苷酸範圍內的雙股螺旋體結構。
E71. 如實施態樣69或70之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含長度為一或多個核苷酸之3'-突出端序列,其中該3'-突出端序列存在於該反義股、有義股或該反義股和有義股上。
E72. 如實施態樣69或70之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含長度為2個核苷酸之3'-突出端序列,其中該3'-突出端序列係在該反義股上,且其中該有義股之長度為21個核苷酸,而該反義股之長度為23個核苷酸,從而使該有義股和反義股形成長度為21個核苷酸之雙股螺旋體。
E73. 如前述實施態樣中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷酸。
E74. 如實施態樣73之寡核苷酸,其中該經修飾之核苷酸包含2'-修飾。
E75. 如實施態樣74之寡核苷酸,其中該2'-修飾係選自2'-胺乙基、2'-氟、2'-O-甲基、2'-O-甲氧基乙基和2'-去氧基-2'-氟-β-d-阿拉伯糖核酸。
E76. 如實施態樣73至75中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸之全部核苷酸均經修飾。
E77. 如前述實施態樣中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷酸間鍵聯。
E78. 如實施態樣77之寡核苷酸,其中該至少一個經修飾之核苷酸間鍵聯為硫代磷酸酯鍵聯。
E79. 如前述實施態樣中任一項之寡核苷酸,其中該反義股之5'-核苷酸之糖的4'-碳包含磷酸酯類似物。
E80. 如實施態樣79之寡核苷酸,其中該磷酸酯類似物為氧甲基膦酸酯、乙烯基膦酸酯或丙二醯膦酸酯。
E81. 如前述實施態樣中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸之至少一個核苷酸與一或多個靶向配體軛合。
E82. 如實施態樣81之寡核苷酸,其中各靶向配體包含碳水化合物、胺基糖、膽固醇、多肽或脂質。
E83. 如實施態樣82之寡核苷酸,其中各靶向配體包含大小在C10至C24長之範圍的飽和脂肪酸部分。
E84. 如實施態樣83之寡核苷酸,其中各靶向配體包含C16飽和脂肪酸部分。
E85. 如實施態樣83之寡核苷酸,其中各靶向配體包含C22飽和脂肪酸部分。
E86. 如實施態樣82之寡核苷酸,其中各靶向配體包含N-乙醯半乳糖胺(GalNAc)部分。
E87. 如實施態樣86之寡核苷酸,其中該GalNAc部分為單價GalNAc部分、二價GalNAc部分、三價GalNAc部分或四價GalNAc部分。
E88. 如實施態樣60至65中任一項之寡核苷酸,其中該莖環之L中至多4個核苷酸各自與單價GalNAc部分軛合。
E89. 如前述實施態樣中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸為RNAi寡核苷酸。
E90. 一種醫藥組成物,其包含如前述實施態樣中任一項之寡核苷酸和醫藥上可接受之載體、遞送劑或賦形劑。
E91. 一種醫藥組成物,其包含至少第一和第二治療劑,其中該第一治療劑為ACC之抑制劑且其中該第二治療劑為DGAT2表現之抑制劑。
E92. 一種醫藥組成物,其包含至少第一和第二治療劑,其中該第一治療劑為寡核苷酸且為ACC表現之抑制劑,且其中該第二治療劑為DGAT2表現之抑制劑。
E93. 一種醫藥組成物,其包含至少第一和第二治療劑,其中該第一治療劑為ACC表現之抑制劑,且其中該第二治療劑為寡核苷酸且為DGAT2表現之抑制劑。
E94. 一種醫藥組成物,其包含至少第一和第二治療劑,其中該第一治療劑為選自實施態樣1至45中任一項之寡核苷酸且為ACC表現之抑制劑,而其中該第二治療劑為選自實施態樣46至89中任一項之寡核苷酸且為DGAT表現之抑制劑。
E95. 一種組合產品,其包含:(i)具有如SEQ ID NO:2、30、32、44和56中任一者所示之反義股的ACC抑制性寡核苷酸;和,(ii) 如SEQ ID NO:1、29、31、43和55中任一者所示之有義股,和(iii) 具有如 SEQ ID NO:106、108、112、126、130、138中任一者所示之反義股的DGAT抑制性寡核苷酸;以及(iv) SEQ ID NO:105、107、111、125、129和137中任一者所示之有義股。
E96. 如實施態樣95之組合產品,其中組分(i)為包含長度為15至30個核苷酸之反義股的寡核苷酸且其中組分(ii)為長度為15至40個核苷酸之有義股,且為ACC表現之抑制劑,且其中組分(iii)為包含長度為15至30個核苷酸之反義股的寡核苷酸,且其中組分(iv)為長度為15至40個核苷酸之有義股且為DGAT2表現之抑制劑。如實施態樣97之組合產品,其中該組合產品為包含組分(i)、(ii)、(iii)和(iv)和醫藥上可接受之鹽的組成物。
E97. 如實施態樣樣95或96之組合產品,其中組分(i)和(ii)係調配成可注射之懸浮劑、凝膠、油劑、丸劑、片劑、栓劑、粉劑、膠囊劑、氣霧劑、軟膏、乳膏、貼布或用於延長及/或緩慢釋出之葛倫(galenic)形式。
E98. 如實施態樣94至96中任一項之組合產品,其係用於治療發炎性、代謝性、纖維化或膽汁鬱滯性(cholestatic)疾病。
E99. 用於如實施態樣98之用途的組合產品,其中該疾病係選自由下列所組成之群組:代謝性肝病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、藥物引起之肝病、酒精引起之肝病、傳染媒介物引起之肝病、發炎性肝病、免疫系統功能障礙介導之肝病、血脂異常、心血管疾病、再狹窄、X症候群、代謝症候群、糖尿病、肥胖症、高血壓、慢性膽管病,諸如原發性硬化性膽管炎(PSC)、原發性膽汁性膽管炎(PBC)、膽道閉鎖、進行性家族性肝內膽汁鬱積第3型(PFIC3)、發炎性腸病、克隆氏病(Crohn's disease)、潰瘍性結腸炎、肝癌、肝細胞癌、胃腸癌、胃癌、大腸直腸癌、代謝性疾病引起之肝纖維化或肝硬化、NAFLD引起之纖維化或肝硬化、NASH引起之纖維化或肝硬化、酒精引起之肝纖維化或肝硬化、藥物引起之肝纖維化或肝硬化、傳染媒介物引起之肝纖維化或肝硬化、寄生蟲感染引起之肝纖維化或肝硬化、細菌感染引起之肝纖維化或肝硬化、病毒感染引起之纖維化或肝硬化、HBV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HCV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、雙重HCV和HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、放射線治療或化療引起之纖維化或肝硬化、膽道纖維化、由於任何慢性膽汁鬱積性疾病導致之肝纖維化或肝硬化、任何病因之腸道纖維化、克隆氏病引起之纖維化、潰瘍性結腸炎引起之纖維化、腸(例如小腸)纖維化、結腸纖維化、胃纖維化、肺纖維化、慢性發炎性氣道疾病後續發之肺纖維化,諸如COPD、氣喘、肺氣腫、吸菸者之肺、肺結核、肺纖維化、特發性肺纖維化(IPF)。
E100. 一種對個體遞送寡核苷酸之方法,該方法包含對個體投予選自實施態樣95至99中任一項之醫藥組成物。
E101. 一種用於降低細胞、細胞群或個體中ACC表現之方法,該方法包含下列步驟:令細胞或細胞群與實施態樣1至44中任一項之寡核苷酸或實施態樣45之醫藥組成物接觸;或對個體投予實施態樣1至44中任一項之寡核苷酸或實施態樣45之醫藥組成物。
E102. 如實施態樣101的方法,其中降低ACC表現包含降低ACC mRNA之量或水準、ACC蛋白之量或水準或二者。
E103. 如實施態樣101或102之方法,其中該個體患有與ACC表現相關之疾病、病症或病況。
E104. 一種治療患有與ACC表現相關之疾病、病症或病況之個體的方法,該方法包含對個體投予治療有效量之實施態樣1至44中任一項之寡核苷酸或實施態樣45之醫藥組成物,從而治療該個體。
E105. 一種降低個體肝纖維化之量或水準的方法,該方法包含對個體投予實施態樣1至44中任一項之寡核苷酸或實施態樣45之醫藥組成物。
E106. 一種治療患有與ACC表現相關之疾病、病症或病況之個體的方法,該方法包含對該個體投予治療有效量之如實施態樣1至44中任一項之寡核苷酸或實施態樣45之醫藥組成物,從而治療該個體,其中該治療有效量為0.03、0.075、0.15、0.3、0.75、1.5、3、6、12、24、60、120或600 mg/kg。
E107. 一種治療患有與ACC表現相關之疾病、病症或病況之個體的方法,該方法包含對該個體投予治療有效量之如實施態樣1至44中任一項之寡核苷酸或實施態樣45之醫藥組成物,從而治療該個體,其中該治療有效量為1.5、3、6或12mg/kg。
E108. 一種治療患有與ACC表現相關之疾病、病症或病況之個體的方法,該方法包含對該個體投予治療有效量之寡核苷酸,該寡核苷酸包含(i) 選自SEQ ID No:1、29、31、43和55之有義股,及(ii)選自SEQ ID No:2、30、32、44和56之反義股,或其醫藥組成物,從而治療個體。
E109. 如實施態樣103至108中任一項之方法,其中該與ACC表現相關之疾病、病症或病況係選自由下列所組成之群組:代謝性肝病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、藥物引起之肝病、酒精引起之肝病、傳染媒介物引起之肝病、發炎性肝病、免疫系統功能障礙介導之肝病、血脂異常、心血管疾病、再狹窄、X症候群、代謝症候群、糖尿病、肥胖症、高血壓、慢性膽管病,諸如原發性硬化性膽管炎(PSC)、原發性膽汁性膽管炎(PBC)、膽道閉鎖。
進行性家族性肝內膽汁鬱積第3型(PFIC3)、發炎性腸病、克隆氏病、潰瘍性結腸炎、肝癌、肝細胞癌、胃腸癌、胃癌、大腸直腸癌、代謝性疾病引起之肝纖維化或肝硬化、NAFLD引起之纖維化或肝硬化、NAS H引起之纖維化或肝硬化、酒精引起之肝纖維化或肝硬化、藥物引起之肝纖維化或肝硬化、傳染媒介物引起之肝纖維化或肝硬化、寄生蟲感染引起之肝纖維化或肝硬化、細菌感染引起之肝纖維化或肝硬化、病毒感染引起之纖維化或肝硬化、HBV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HCV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、雙重HCV和HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、放射線治療或化療引起之纖維化或肝硬化、膽道纖維化、由於任何慢性膽汁鬱積性疾病導致之肝纖維化或肝硬化、任何病因之腸道纖維化、克隆氏病引起之纖維化、潰瘍性結腸炎引起之纖維化、腸(例如小腸)纖維化、結腸纖維化、胃纖維化、肺纖維化、慢性發炎性氣道疾病後續發之肺纖維化,諸如COPD、氣喘、肺氣腫、吸菸者之肺、肺結核、肺纖維化、特發性肺纖維化(IPF)。
E110. 如實施態樣109之方法,其中該與ACC表現相關之疾病、病症或病況為代謝性肝病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)或非酒精性脂肪性肝炎(NASH)。
E111. 如實施態樣103至110中任一項之方法,其中該與ACC表現相關之疾病、病症或病況為非酒精性脂肪性肝炎(NASH)。
E112. 如實施態樣103至110中任一項之方法,其中該寡核苷酸或醫藥組成物與第二組成物或治療劑組合投予。
E113. 如實施態樣1至44中任一項之寡核苷酸或實施態樣45之醫藥組成物於製備用於治療與ACC表現相關之疾病、病症或病況的藥物中之用途。
E114. 如實施態樣1至44中任一項之寡核苷酸或實施態樣45之醫藥組成物係用於或適合用於治療與ACC表現相關之疾病、病症或病況。
E115. 一種套組,其包含如實施態樣1至44中任一項之寡核苷酸、視需要之醫藥上可接受之載體、和藥品仿單,該藥品仿單包含用於對患有與ACC表現相關之疾病、病症或病況的個體投予之說明書。
E116. 如實施態樣114之寡核苷酸的用途或如實施態樣115之套組的用途,其中該與ACC表現相關之疾病、病症或病況係選自由下列所組成之群組:代謝性肝病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、藥物引起之肝病、酒精引起之肝病、傳染媒介物引起之肝病、發炎性肝病、免疫系統功能障礙介導之肝病、血脂異常、心血管疾病、再狹窄、X症候群、代謝症候群、糖尿病、肥胖症、高血壓、慢性膽管病,諸如原發性硬化性膽管炎(PSC)、原發性膽汁性膽管炎(PBC)、膽道閉鎖、進行性家族性肝內膽汁鬱積第3型(PFIC3)、發炎性腸病、克隆氏病、潰瘍性結腸炎、肝癌、肝細胞癌、胃腸癌、胃癌、大腸直腸癌、代謝性疾病引起之肝纖維化或肝硬化、NAFLD引起之纖維化或肝硬化、NASH引起之纖維化或肝硬化、酒精引起之肝纖維化或肝硬化、藥物引起之肝纖維化或肝硬化、傳染媒介物引起之肝纖維化或肝硬化、寄生蟲感染引起之肝纖維化或肝硬化、細菌感染引起之肝纖維化或肝硬化、病毒感染引起之纖維化或肝硬化、HBV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HCV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、雙重HCV和HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、放射線治療或化療引起之纖維化或肝硬化、膽道纖維化、由於任何慢性膽汁鬱積性疾病導致之肝纖維化或肝硬化、任何病因之腸道纖維化、克隆氏病引起之纖維化、潰瘍性結腸炎引起之纖維化、腸(例如小腸)纖維化、結腸纖維化、胃纖維化、肺纖維化、慢性發炎性氣道疾病後續發之肺纖維化,諸如COPD、氣喘、肺氣腫、吸菸者之肺、肺結核、肺纖維化、特發性肺纖維化(IPF)。
E117. 如實施態樣114之寡核苷酸的用途或如實施態樣115之套組的用途,其中該與ACC表現相關之疾病、病症或病況為心血管疾病、第II型糖尿病、高三酸甘油酯血症、NASH、肥胖症或彼等之組合。
E118. 一種用於降低細胞、細胞群或個體中DGAT2表現之方法,該方法包含下列步驟:令細胞或細胞群與實施態樣46至88中任一項之寡核苷酸或實施態樣89之醫藥組成物接觸;或對個體投予實施態樣46至88中任一項之寡核苷酸或實施態樣89之醫藥組成物。
E119. 如實施態樣118之方法,其中降低DGAT2表現包含降低DGAT2 mRNA之量或水準、DGAT2蛋白之量或水準或二者。
E120. 如實施態樣118或119中任一項之方法,其中該個體患有與DGAT2表現相關之疾病、病症或病況。
E121. 一種治療患有與DGAT2表現相關之疾病、病症或病況之個體的方法,該方法包含對個體投予治療有效量之實施態樣46至89中任一項之寡核苷酸或實施態樣90之醫藥組成物,從而治療該個體。
E122. 一種降低個體肝纖維化之量或水準的方法,該方法包含對個體投予實施態樣46至89中任一項之寡核苷酸或實施態樣90之醫藥組成物。
E123. 一種用於治療患有與DGAT2表現相關之疾病、病症或病況之個體的方法,該方法包含對個體投予治療有效量之如實施態樣46至89中任一項之寡核苷酸或實施態樣90之醫藥組成物,從而治療該個體,其中該治療有效量為0.03、0.075、0.15、0.3、0.75、1.5、3、6、12、24、60、120或600 mg/kg。。
E124. 一種用於治療患有與DGAT2表現相關之疾病、病症或病況之個體的方法,該方法包含對個體投予治療有效量之如實施態樣46至89中任一項之寡核苷酸或實施態樣90之醫藥組成物,從而治療該個體,其中該治療有效量為1.5、3、6或12mg/kg。
E125. 一種用於治療患有與DGAT2表現相關之疾病、病症或病況之個體的方法,該方法包含對個體投予治療有效量之寡核苷酸,從而治療該個體,該寡核苷酸包含(i) 選自SEQ ID NO:105、107、111 、125、129和137之有義股,及(ii)選自SEQ ID NO:106、108、112、126、130和138之反義股或其醫藥組成物。
E126. 如實施態樣118至125中任一項之方法,其中該與DGAT2表現相關之疾病、病症或病況係選自由下列所組成之群組:代謝性肝病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、藥物引起之肝病、酒精引起之肝病、傳染媒介物引起之肝病、發炎性肝病、免疫系統功能障礙介導之肝病、血脂異常、心血管疾病、再狹窄、X症候群、代謝症候群、糖尿病、肥胖症、高血壓、慢性膽管病,諸如原發性硬化性膽管炎(PSC)、原發性膽汁性膽管炎(PBC)、膽道閉鎖、 進行性家族性肝內膽汁鬱積第3型(PFIC3)、發炎性腸病、克隆氏病、潰瘍性結腸炎、肝癌、肝細胞癌、胃腸癌、胃癌、大腸直腸癌、代謝性疾病引起之肝纖維化或肝硬化、NAFLD引起之纖維化或肝硬化、NAS H引起之纖維化或肝硬化、酒精引起之肝纖維化或肝硬化、藥物引起之肝纖維化或肝硬化、傳染媒介物引起之肝纖維化或肝硬化、寄生蟲感染引起之肝纖維化或肝硬化、細菌感染引起之肝纖維化或肝硬化、病毒感染引起之纖維化或肝硬化、HBV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HCV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、雙重HCV和HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、放射線治療或化療引起之纖維化或肝硬化、膽道纖維化、由於任何慢性膽汁鬱積性疾病導致之肝纖維化或肝硬化、任何病因之腸道纖維化、克隆氏病引起之纖維化、潰瘍性結腸炎引起之纖維化、腸(例如小腸)纖維化、結腸纖維化、胃纖維化、肺纖維化、慢性發炎性氣道疾病後續發之肺纖維化,諸如COPD、氣喘、肺氣腫、吸菸者之肺、肺結核、肺纖維化、特發性肺纖維化(IPF)。
E127. 如實施態樣126之方法,其中該與DGAT2表現相關之疾病、病症或病況為代謝性肝病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)或非酒精性脂肪性肝炎(NASH)。
E128. 如實施態樣120至127中任一項之方法,其中該與DGAT2表現相關的疾病、病症或病況為非酒精性脂肪性肝炎(NASH)。
E129. 實施態樣120至128中任一項之方法,其中該寡核苷酸或醫藥組成物係與第二組成物或治療劑組合投予。
E130. 如實施態樣46至89中任一項之寡核苷酸或實施態樣90的醫藥組成物於製備用於治療與DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的藥物中之用途。
E131. 如實施態樣46至89中任一項之寡核苷酸或實施態樣90之醫藥組成物係用於或適合用於治療與DGAT2表現相關之疾病、病症或病況。
E132. 一種套組,其包含如實施態樣46至89中任一項之寡核苷酸、視需要之醫藥上可接受之載劑、和藥品仿單,該藥品仿單包含對患有與DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的個體投予之說明書。
E133. 如實施態樣131之寡核苷酸的用途或如實施態樣132之套組的用途,其中該與DGAT2表現相關之疾病、病症或病況係選自由下列所組成之群組:高三酸甘油酯血症、肥胖症、高脂血症、異常脂質及/或膽固醇代謝、動脈粥樣硬化、第II型糖尿病、心血管疾病、冠狀動脈疾病、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、非酒精性脂肪肝、純合子和雜合子家族性高膽固醇血症、和斯他汀類藥物阻抗性高膽固醇血症。
E134. 一種用於實施態樣131或實施態樣132之套組的寡核苷酸或醫藥組成物之用途,其中該與DGAT2表現相關之疾病、病症或病況為心血管疾病、第II型糖尿病、高三酸甘油酯血症、NASH、肥胖症或彼等之組合。
E135. 一種用於降低細胞、細胞群或個體中ACC或DGAT2表現之方法,該方法包含對個體共同投予第一和第二寡核苷酸,各寡核苷酸包含長度為15至30個核苷酸之有義序列和長度為15至30個核苷酸之互補反義序列,其中該第一寡核苷酸為ACC之抑制劑,而第二寡核苷酸為DGAT2之抑制劑。
E136. 一種用於治療患有與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況之個體的方法,該方法包含對該個體共同投予治療有效量之二種寡核苷酸,從而治療該個體,各寡核苷酸包含長度為15至50個核苷酸之有義股和長度為15至30個核苷酸之反義股,其中第一有義股包含如SEQ ID No:1、29、31、43、55、105、107、111、125、129和137中任一者所示之序列,且其中該第一反義股包含選自SEQ ID NO:2、30、32、44、56、106、108、112、126、130和138之互補序列,而該第二有義股包含如SEQ ID NO:1、29、31、43、55、105、107、111、125、129和137中任一者所示之序列,且其中第二反義股包含選自SEQ ID NO:2、30、32、44、56、106、108、112、126、130和138之互補序列,惟其該第一寡核苷酸之有義股和第二寡核苷酸之有義股不相同。
E137. 一種用於治療患有與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況之個體的方法,該方法包含以任何順序同時、間歇或依序對個體投予治療有效量之二種寡核苷酸,從而治療該個體,各寡核苷酸包含長度為15至50個核苷酸之有義股和長度為15至30個核苷酸之反義股,其中第一有義股包含如SEQ ID No:1、29、31、43、55、105、107、111、125、129和137中任一者所示之序列,且其中該第一反義股包含選自SEQ ID NO:2、30、32、44、56、106、108、112、126、130和138之互補序列,而該第二有義股包含如SEQ ID NO:1、29、31、43、55、105、107、111、125、129和137中任一者所示之序列,且其中該第二反義股包含選自SEQ ID NO:2、30、32、44、56、106、108、112、126、130和138之互補序列,惟其該第一寡核苷酸之有義股和第二寡核苷酸之有義股不相同。
E138. 如實施態樣135至137中任一項之方法,其中降低ACC或DGAT2表現包含降低ACC mRNA或DGAT2 mRNA之量或水準、ACC或DGAT2蛋白之量或水準或其任何組合。
E139. 一種降低個體肝纖維化之量或水準的方法,該方法包含對個體投予實施態樣135至137中任一項之寡核苷酸。
E140. 如實施態樣135之方法,其中該個體患有與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況。
E141. 一種治療患有與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況之個體的方法,該方法包含對個體投予治療有效量之如實施態樣135至137中任一項的寡核苷酸。
E142. 一種治療患有與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況之個體的方法,該方法包含對該個體投予治療有效量之前述實施態樣中任一項的寡核苷酸,從而治療該個體,其中各寡核苷酸之治療有效量為0.03、0.075、0.15、0.3、0.75、1.5、3、6、12、24、60、120或600 mg/kg。
E143. 一種用於治療患有與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況之個體的方法,該方法包含對個體投予治療有效量之前述實施態樣中任一項的寡核苷酸,從而治療個體,其中各寡核苷酸之治療有效量為1.5、3、6或12mg/kg。
E144. 如實施態樣140至143中任一項之方法,其中該與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況係選自由下列所組成之群組:代謝性肝病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、藥物引起之肝病、酒精引起之肝病、傳染媒介物引起之肝病、發炎性肝病、免疫系統功能障礙介導之肝病、血脂異常、心血管疾病、再狹窄、X症候群、代謝症候群、糖尿病、肥胖症、高血壓、慢性膽管病,諸如原發性硬化性膽管炎(PSC)、原發性膽汁性膽管炎(PBC)、膽道閉鎖、進行性家族性肝內膽汁鬱積第3型(PFIC3)、發炎性腸病、克隆氏病、潰瘍性結腸炎、肝癌、肝細胞癌、胃腸癌、胃癌、大腸直腸癌、代謝性疾病引起之肝纖維化或肝硬化、NAFLD引起之纖維化或肝硬化、NASH引起之纖維化或肝硬化、酒精引起之肝纖維化或肝硬化、藥物引起之肝纖維化或肝硬化、傳染媒介物引起之肝纖維化或肝硬化、寄生蟲感染引起之肝纖維化或肝硬化、細菌感染引起之肝纖維化或肝硬化、病毒感染引起之纖維化或肝硬化、HBV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HCV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、雙重HCV和HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、放射線治療或化療引起之纖維化或肝硬化、膽道纖維化、由於任何慢性膽汁鬱積性疾病導致之肝纖維化或肝硬化、任何病因之腸道纖維化、克隆氏病引起之纖維化、潰瘍性結腸炎引起之纖維化、腸(例如小腸)纖維化、結腸纖維化、胃纖維化、肺纖維化、慢性發炎性氣道疾病後續發之肺纖維化,諸如COPD、氣喘、肺氣腫、吸菸者之肺、肺結核、肺纖維化、特發性肺纖維化(IPF)。
E145. 如實施態樣144之方法,其中該與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況為心血管疾病、第II型糖尿病、高三酸甘油酯血症、NASH、肥胖症或彼等之組合。
E146. 如實施態樣95至99中任一項之組合產品於製備用於治療與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的藥物中之用途。
E147. 如實施態樣95至99中任一項之組合產品係用於或適合用於治療與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況。
E148. 一種套組,其包含如實施態樣95至99中任一項之組合產品、視需要之醫藥上可接受之載劑和藥品仿單,該藥品仿單包含用於對患有與ACC或DGAT2表現相關之疾病、病症或病況的個體投予之說明書。
E149. 一種治療代謝症候群之方法,其包含對有此需要之患者投予治療有效量之ACC基因的雙股RNA(dsRNA)抑制劑和DGAT2基因之dsRNA抑制劑,其中該等dsRNA分子遏止或抑制ACC和DGAT2基因之表現及/或功能。
E150. 如實施態樣149之方法,其包含同時投予ACC基因之dsRNA抑制劑和DGAT2基因之dsRNA抑制劑。
實施例
雖然本揭示已參考下列實施例中闡述之具體實施態樣來描述,應理解的是,本技藝之技術熟習人士在不脫離本揭示之真實精神和範圍的情況下可做出各種改變,且可以等效物替換。此外,下列實施例係以說明的方式提供,而不意圖以任何方式限制本揭示之範圍。此外,可進行修改以使情境、材料、物質之組成、程序、程序步驟適合本揭示之目的、精神和範圍。本揭示之範圍所意圖包含有該等修改。使用本技藝所周知之標準技術或下文具體描述之技術。
實施例1:雙股RNAi寡核苷酸之製備方法
寡核苷酸之合成和純化
使用本文描述之方法化學合成上述實施例中描述之雙股RNAi(dsRNA)寡核苷酸。通常,依用於19-23聚體siRNA之描述,使用固相寡核苷酸合成方法來合成dsRNAi寡核苷酸(參見,例如Scaringe
et al.(1990) Nucleic Acids Res
.18:5433-41和Usman
et al.(1987) J. Am. Chem. Soc. 109:7845-46;亦參見美國專利案5,804,683;5,831,071;5,998,203;6,008,400;6,111,086;6,117,657;6,353,098;6,362,323;6,437,117和6,469,158號)。
根據標準方法合成個別RNA股並使用HPLC純化(Integrated DNA Technologies;愛荷華州Coralville)
。例如,使用固相亞磷醯胺化學合成RNA寡核苷酸,使用標準技術(Damha & Olgivie (1993) Methods Mol. Biol. 20:81-114;Wincott
et al.(1995) Nucleic Acids Res
.23:2677-84)在NAP-5柱(Amersham Pharmacia Biotech;紐澤西州Piscataway)上進行去保護和脫鹽。利用離子交換高效液相色層分析法(IE-HPLC),在Amersham Source 15Q 柱(1.0 cm×25 cm;Amersham Pharmacia Biotech)上利用15分鐘逐步線性梯度來純化該寡聚物。該梯度係從90:10緩衝液A:B改變成52:48緩衝液A:B,其中緩衝液A為100 mM Tris pH 8.5,且緩衝液B為100 mM Tris pH 8.5,1 M NaCl。在260 nm處監測樣品,並收集對應於於全長寡核苷酸物種之波峰,將其匯集後在NAP-5管柱上脫鹽並凍乾。
藉由毛細管電泳(CE)在Beckman PACE 5000(Beckman Coulter公司;加州Fullerton)上測定各寡聚物之純度。該CE毛細管之內徑為100μm且含有ssDNA 100R凝膠(Beckman-Coulter)。通常,將約0.6 nmole之寡核苷酸注射入毛細管中,在444V/cm之電場中運行,並在260 nm處藉由UV吸光度進行檢測。變性Tris-Borate-7 M-尿素運行緩衝液係購自Beckman-Coulter。取得純度至少為90%之寡核糖核苷酸以用於下述實驗中,該純度係藉由CE評估。依照製造商推薦之方案,在Voyager DE™
Biospectometry Work Station(Applied Biosystems;加州佛斯特城)上藉由基質輔助己雷射脫附電離飛行時間(matrix assisted laser desorption ionization time of flight)(MALDI-TOF)質譜法驗證化合物特性。獲得所有寡聚物之相對分子質量,其通常在預期之分子質量的0.2%以內。
雙股螺旋體之製備方法
將單股RNA寡聚體重新懸浮於(例如以100μM濃度)由100mM醋酸鉀、30mM HEPES,pH 7.5所組成之雙股緩衝液中。將互補之有義和反義股以等莫耳量混合,以產生,例如50μM雙股螺旋體之最終溶液。將樣品在100℃,RNA緩衝液(IDT)中加熱5分鐘,並在使用之前令其冷卻至室溫。將該dsRNA寡核苷酸儲存在-20℃下。將單股RNA寡聚物凍乾儲存或儲存在-80℃無核酸酶之水中。
實施例 2 : RNAi 寡核苷酸抑制體內 ACAC 表現 ACACA 和 ACACB 雙靶向工具化合物序列鑑定
在小鼠體內進行序列篩檢以鑑定對ACACA和ACACB二者具有活性之工具化合物。為了鑑定有效序列,使用基於電腦之算法來計算產生適合用於分析藉由RNAi途徑抑制總ACAC表現的ACACA和ACACB標靶序列。該算法提供與小鼠或所有三個物種(小鼠、食蟹猴、人;
表 2)互補之RNAi寡核苷酸嚮導股序列。使用所選定之12個dsiRNA的核苷酸序列(
表 1)來產生對應之雙股RNAi寡核苷酸,該雙股RNAi寡核苷酸包含有切口之與GalNAc軛合的四環結構(本文中稱為“GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸”),其具有36聚體隨從股和22聚體嚮導股(反義股)。該36聚體股包括形成莖環之序列(SEQ ID NO:159)。此外,包含GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸的隨從股和嚮導股之核苷酸序列具有不同模式之經修飾之核苷酸和硫代磷酸酯鍵聯(參見
圖 1A之示意圖,其為用於本篩檢之GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸的結構和化學修飾模式)。包含該四環的三個腺苷核苷酸各自與GalNAc部分(CAS#:14131-60-3)軛合。該篩檢提供三個針對ACACA和ACACB mRNA的活性命中(
圖 2)。GalXC-ACAC-5083(基於小鼠序列,亦稱為GalXC-ACAC-4458)為靶向所有三種物種之ACACA和ACACB,唯一與所有六個轉錄本具有100%同一性的序列。
實施例3:RNAi寡核苷酸抑制ACAC表現和體內研究
小鼠研究:在CDAHFD小鼠模型(按重量計之由60 kcal%脂肪和0.1%蛋胺酸所組成的缺乏膽鹼、L-胺基酸定義之高脂肪飲食)中使用GalXC-ACAC-5083(具有
圖 1A中之修飾模式的SEQ ID NO:175和56)作為工具化合物來評估NASH表型。簡單地說,將8週大之雄性C57BL/6J小鼠置於CDAHFD中12週,從第6週開始,每週經由皮下投予劑量為5 mg/kg之GalXC-ACAC-5083。在第12週結束時,收集肝臟樣本以用於分子和組織病理學終點分析。使用從小鼠肝臟分離出之總RNA,藉由qRT-PCR來評估相對ACACA和ACACB mRNA表現。使用來自Life Technologie之TaqMan RT-qPCR探針來評估ACACA(Mm01304275_g1)和ACACB(Mm01204688_m1)。GalXC-ACAC-5083治療可有效降低75%之標靶基因的ACACA和ACACB mRNA(
圖 3A 至 3B)。使用ACC1/2識別抗體(Cell Signaling 3662S),藉由西方點墨分析測定小鼠肝臟中之蛋白質表現。藉由掃描密度測定法在西方點墨上定量相對蛋白質豐度,結果顯示在
圖 4中。進行免疫組織化學以將肝臟組織切片中之蛋白質表現模式可視化,該肝臟組織切片係使用ACC抗體(Cell Signaling 3662S)進行免疫染色。GalXC-ACAC顯著降低肝細胞中之ACC1/2表現。
最後,藉由Picro-Sirius Red將經GalXC-ACAC處理或對照之肝臟組織切片染色,以將肝臟膠原蛋白含量可視化。如
圖 5A所示,膠原蛋白表現降低指明GalXC-ACAC處理導致肝纖維化降低。此外,如
圖 5B所示,組織病理學評分證實GalXC-ACAC-5083治療組中之肝纖維化顯著降低。此外,與經PBS處理之動物相比較,抑制ACAC導致肝纖維化標記基因Colla1和Vim的表現降低(
圖 5C 至 5D)。
人 / 食蟹猴 ACACA 和 ACACB 靶向候選序列鑑定
為了鑑定另外之靶向人和食蟹猴ACACA和ACACB的RNAi寡核苷酸抑制劑,基於互補性標準鑑定30個序列:與人和猴ACACA為100%互補,且在針對人ACACB之序列中允許至多一個錯配。(表2,SEQ ID NO:150人ACACA NM_198834,SEQ ID NO:151人ACACB NM_001093,SEQ ID NO:152食蟹猴ACACA
XM_015438408,SEQ ID NO:153食蟹猴ACACB
XM_015430785)。序列分析顯示有些嚮導股序列亦與小鼠中之對應標靶序列互補(SEQ ID NO:154小鼠ACACA NM_133360和SEQ ID NO:155小鼠ACACB NM_133904;表2)。在本文描述之篩檢中鑑定的基準對照組GalXC-ACAC-5083為靶向所有三個物種中之ACACA和ACACB的唯一序列。
選擇30個dsiRNA命中的核苷酸序列(表3 )進行體內評估。簡單地說,使用該核苷酸序列來產生30個對應之雙股RNAi寡核苷酸,該雙股RNAi寡核苷酸包含有切口之與GalNAc軛合的四環結構(本文中稱為“GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸”),其具有36聚體隨從股和22聚體嚮導股(反義股)。表3顯示20聚體隨從股缺少具有切口之四環序列,而表4顯示該36聚體隨從股包括具有切口之四環序列。此外,包含GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸的隨從股和嚮導股之核苷酸序列具有不同模式之經修飾的核苷酸和硫代磷酸酯鍵聯(參見圖1B之示意圖,其為GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸的結構和化學修飾模式)。該包含四環的三個腺苷核苷酸各自與GalNAc部分(CAS#:14131-60-3)軛合。
在經工程處理之小鼠中評估
表 4中所列之GalNAc軛合的ACAC寡核苷酸,該經工程處理之小鼠可在小鼠體內肝細胞中瞬時表現人ACACA和ACACB mRNA。簡單地說,使用劑量水準為3 mg/kg之GalNAc軛合的ACAC寡核苷酸經由皮下處理6至8週齡之雌CD-1小鼠。三天後(72小時),以高壓注射法(Hydrodynamic injection)為小鼠注射等量之DNA質體,該DNA質體編碼受普遍存在之巨細胞病毒(CMV)啟動子序列控制的全人ACACA和ACACB基因同功型。引入質體後20小時,收集肝臟樣品。將來自該等小鼠之總RNA相對於僅使用同等體積之PBS處理的小鼠進行ACACA和ACACB mRNA二者之qRT-PCR分析。該用於評估ACACA(Hs01046048_m1)和ACACB
(Hs01565914_m1)之TaqMan RT-qPCR探針係購自Life Technologie。使用包含在該質體上之NeoR基因將該數值對轉染效率標準化。
如
圖 6所示,由相對於使用PBS治療之小鼠而言,來自經寡核苷酸治療之小鼠的肝臟樣品中之ACACA和ACACB mRNA的量減少可確定測試之GalNAc軛合的ACAC寡核苷酸中有12種(包括基準寡核苷酸GalXC-ACAC-5083)可抑制ACACA和ACACB表現。
圖 6顯示所測試之30種GalNAc軛合的ACAC寡核苷酸中有11種較基準GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸ACAC-5083更大程度地抑制ACACA和ACACB mRNA表現。
在劑量反應研究中測試六種化合物,包括該基準化合物,該化合物顯示出在3mg/kg劑量下抑制ACACA和ACACB表現。簡單地說,以劑量為0.3、1和3mg/kg之GalNAc軛合的ACAC寡核苷酸經由皮下處理6至8週齡之雌CD-1小鼠。四(4)天後(96小時),以高壓注射法(Hydrodynamic injection)為小鼠注射等量之DNA質體,該DNA質體編碼受普遍存在之巨細胞病毒(CMV)啟動子序列控制的全人ACACA和ACACB基因同功型。引入質體後二十(20)小時,收集肝臟樣品。將源自該等小鼠之總RNA相對於僅使用同等體積之PBS處理的小鼠進行ACACA和ACACB mRNA二者之qRT-PCR分析。使用包含在該質體上之NeoR基因將該數值對轉染效率標準化。如
圖 7A 至 7B所示,GalXC-ACAC-2389、GalXC-ACAC-2392和GalXC-ACAC-4204顯示出針對人ACACA和ACACB之ED50為0.3至1mg/kg。
選擇該三種化合物來評估它們在非人靈長類動物(NHP)中抑制ACACA/B表現之能力。
表 5中列出之GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸包含具有圖1C中描述之模式的經化學修飾之核苷酸,其嚮導股位置4上之2'-O-甲基修飾的核苷酸改變為2'氟。
非人靈長類動物 (NHP) 研究
在食蟹猴(Macaca fascicularis)中評估
表 5中所列之GalNAc軛合的ACAC寡核苷酸。在該研究中,將猴子分組以使對照組和實驗組猴子之間的平均體重(約5.4公斤)相當。各小組包含二隻雄性和三隻雌性個體。在研究第0天經由皮下投予劑量為6 mg/kg之GalNAc軛合的ACAC寡核苷酸。在給藥前一週(第-7天)、給藥日(第0天)和給藥後第28、54和86天收集血液樣本。在研究第-7、28、56和84天收集超音波引導之粗針肝臟活體組織切片(core needle biopsy)。在各個時間點,將源自肝臟活體組織切片樣本之總RNA進行qRT-PCR分析,以相對於那些使用相當體積之PBS處理的猴子測量在經寡核苷酸處理之猴子中的ACACA和ACACB mRNA。為了將數據標準化,相對於二個參考基因PPIB和18S rRNA之幾何平均值進行測量。使用購自Life Technologies之下列TaqMan qPCR探針來評估基因表現:猴子ACACA Mf01051583_m1、猴子ACACB
Mf01565923_m1、
PPIBMf02802985_m1和
r18SHs99999901_s1。如
圖 8A 和 8B所示(第28天),由相對於經PBS處理之NHP,來自經寡核苷酸處理之NHP的肝臟樣本中之ACACA和ACACB mRNA的量降低可確定使用
表 5中列出之GalNAc軛合的ACAC寡核苷酸處理NHP可抑制肝臟中ACACA和ACACB表現。經處理之NHP的肝臟樣品中之ACACA和ACACB mRNA的平均百分比降低顯示在各處理組之數據點組上方,而隨時間變化之平均值的繪圖顯示於
圖 8C 和 8D中。在所有評估之時間點方面,GalXC-ACAC顯著抑制ACACA和ACACB mRNA表現。在相同樣品中,使用ACC單株抗體(Cell Signaling,#3676S),藉由西方點墨法檢測ACC1/2蛋白水準。如
圖 9所示,在第56天之時間點,當對紐蛋白(vinculin)對照組標準化時,GalXC-ACAC寡核苷酸抑制ACC1/2蛋白表現。該等結果證明使用GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸治療NHP可降低肝臟中之ACACA和ACACB mRNA的量,並同時降低肝臟中之ACC1/2蛋白的量。
綜合來說,該等結果表明經過設計以靶向人類總ACAC mRNA之GalNAc軛合的ACAC寡核苷酸可抑制體內總ACAC表現(由ACACA和ACACB mRNA,以及ACC1/2蛋白的量降低確定)。
實施例 4: RNAi 寡核苷酸抑制體內 DGAT2 表現 DGAT2 靶向工具化合物序列鑑定
在小鼠體內進行序列篩檢以鑑定對DGAT2具有活性之工具化合物。為了鑑定有效序列,使用基於電腦之算法來計算產生適合用於分析藉由RNAi途徑抑制DGAT2表現的DGAT2標靶序列。該算法提供與小鼠或所有三個物種(小鼠、食蟹猴、人)互補之RNAi寡核苷酸嚮導股序列。使用所選定之16個dsiRNA的核苷酸序列來產生對應之雙股RNAi寡核苷酸,該雙股RNAi寡核苷酸包含有切口之與GalNAc軛合的四環結構(本文中稱為“GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸”),其具有36聚體隨從股和22聚體嚮導股(
表 6)。此外,該包含GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸的隨從股和嚮導股之核苷酸序列具有不同模式之經修飾之核苷酸和硫代磷酸酯鍵聯(參見
圖 1C之示意圖,其為用於本篩檢之GalNAc軛合之DGAT2寡核苷酸的結構和化學修飾模式)。包含該四環的三個腺苷核苷酸各自與GalNAc部分(CAS#:14131-60-3)軛合。該篩檢提供5個針對DGAT2 mRNA的活性命中(
圖 10)。
在劑量反應研究中測試三種顯示出在3mg/kg下抑制DGAT2表現之化合物。簡單地說,以劑量為0.3、1和3mg/kg之GalNAc軛合的DGAT2寡核苷酸經由皮下處理6至8週齡之雌CD-1小鼠。給藥後4天,對小鼠實施安樂死。將源自該等小鼠之總RNA相對於僅使用同等體積之PBS處理的小鼠進行DGAT2 mRNA之qRT-PCR分析(Taqman 探針:Mm00499536_m1,目錄編號4331182)。使用Ppib內部對照組(Taqman探針:Mm00478295_m1,目錄編號
4331182)將該數值標準化。如
圖 11所示,GalXC-DGAT2-1452和GalXC-DGAT2-1533顯示出針對小鼠DGAT2之ED50 <1mg/kg。
實施例 5: RNAi 寡核苷酸抑制體內 DGAT2 表現人/食蟹猴DGAT2靶向候選序列鑑定
為了鑑定另外之靶向人和食蟹猴DGAT2的RNAi寡核苷酸抑制劑,基於互補性標準鑑定16個序列:與人和猴DGAT2具有100%互補性。(
表 7,人DGAT2 NM_032564.5和NM_001253891.1,食蟹猴DGAT2
XM_005579118.2)。序列分析顯示出一些嚮導股序列亦與小鼠中之對應標靶序列互補(小鼠DGAT2 NM_026384.3;表7)。
選擇16個DsiRNA命中之核苷酸序列(
表 8)進行體內評估。簡單地說,使用該核苷酸序列來產生16個對應之雙股RNAi寡核苷酸,該雙股RNAi寡核苷酸包含有切口之與GalNAc軛合的四環結構(本文中稱為“GalNAc軛合之DGAT2寡核苷酸”),其具有36聚體隨從股和22聚體嚮導股。表8顯示20聚體隨從股缺少具有切口之四環序列,而
表 9顯示該36聚體隨從股包括具有切口之四環序列。此外,包含GalNAc軛合之DGAT2寡核苷酸的隨從股和嚮導股之核苷酸序列具有不同模式之經修飾的核苷酸和硫代磷酸酯鍵聯(例如,參見
圖 1C之示意圖,其為GalNAc軛合之DGAT2寡核苷酸的結構和化學修飾模式)。該包含四環的三個腺苷核苷酸各自與GalNAc部分(CAS#:14131-60-3)軛合。
在經工程處理之小鼠中評估
表 9中所列之GalNAc軛合的DGAT2寡核苷酸,該經工程處理之小鼠可在小鼠體內肝細胞中瞬時表現人DGAT2 mRNA。簡單地說,使用劑量水準為3 mg/kg之GalNAc軛合的DGAT2寡核苷酸經由皮下處理6至8週齡之雌CD-1小鼠。四天後(96小時),以高壓注射法為小鼠注射等量之DNA質體,該DNA質體編碼受普遍存在之巨細胞病毒(CMV)啟動子序列之控制的全人DGAT2基因。引入質體後20小時,收集肝臟樣品。將源自該等小鼠之總RNA相對於僅使用同等體積之PBS處理的小鼠進行DGAT2 mRNA之qRT-PCR分析。該用於評估DGAT2之TaqMan RT-qPCR探針Hs01045913(目錄編號4331182)係購自Life Technologie。使用包含在該質體上之NeoR基因將該數值對轉染效率標準化。
如
圖 12所示,從來自經寡核苷酸處理之小鼠肝臟樣品中的DGAT2 mRNA量相對於使用PBS治療組降低可確定所測試之GalNAc軛合的DGAT2寡核苷酸中有12種可抑制DGAT2表現。
在劑量反應研究中測試3種顯示出在3mg/kg劑量下抑制DGAT2表現之化合物。簡單地說,以劑量為0.3、1和3mg/kg之GalNAc軛合的DGAT2寡核苷酸經由皮下處理6至8週齡之雌CD-1小鼠。四天(96小時)後,以高壓注射法為小鼠注射等量之DNA質體,該DNA質體編碼受普遍存在之巨細胞病毒(CMV)啟動子序列之控制的全人DGAT2基因同功型。引入質體後20小時,收集肝臟樣品。將源自該等小鼠之總RNA相對於僅使用同等體積之PBS處理的小鼠進行DGAT2 mRNA之qRT-PCR分析。使用包含在該質體上之NeoR基因將該數值對轉染效率標準化。如
圖 13所示,GalXC-DGAT2-0509、GalXC-DGAT2-0898和
GalXC-DGAT2-1074顯示出針對人DGAT2之ED50<1mg/kg。
非人靈長類動物 (NHP) 研究
在
圖 12中之測試化合物中,選擇六種來評估它們在非人靈長類動物(NHP)中抑制DGAT2表現之能力。
表 10中所列出之GalNAc軛合之DGAT2寡核苷酸包含具有
圖 1C中描述之模式的化學修飾之核苷酸,其嚮導股位置4上之2'-O-甲基修飾的核苷酸改變為2'氟。
在食蟹猴(Macana fascicularis)中評估
表 10中列出之GalNAc軛合的DGAT2寡核苷酸。在該研究中,將猴子分組,以使對照組和實驗組猴子之間的平均體重(約6公斤)相當。各小組包含雄性和雌性個體。在研究第0天經由皮下投予劑量為6 mg/kg之GalNAc軛合的DGAT2寡核苷酸。在給藥前一週(第-7天)、給藥日(第0天)和給藥後第28、54和86天收集血液樣本。在研究第-7、28、56和84天收集超音波引導之粗針肝臟活體組織切片。在每個時間點,將源自肝臟活體組織切片樣本之總RNA進行qRT-PCR分析,以相對於那些使用相當體積之PBS處理的猴子測量經寡核苷酸處理的猴子中之DGAT2 mRNA。為了將數據標準化,相對於二個參考基因PPIB和18S rRNA之幾何平均值進行測量。依實施例3中之描述使用下列購自Life Technologies公司之TaqMan qPCR探針來評估基因表現。如
圖 14A 至 14G所示,由來自經寡核苷酸處理之NHP的肝臟樣本中之DGAT2 mRNA的量相對於以PBS處理之NHP降低可確定使用
表 10中所列之GalNAc軛合的DGAT2寡核苷酸處理NHP會抑制肝臟中之DGAT2表現。
圖 14B 至 14G中指明經過處理之NHP的肝臟樣品中之DGAT2 mRNA的平均百分比在第4週(第28天)和第12週(第84天)降低以及隨時間變化之平均值的繪圖。所有評估之GalNAc-軛合的寡核苷酸在第4週將DGAT2表現降低至少75百分比(%)。這些結果證明使用GalNAc軛合之DGAT2寡核苷酸處理NHP可降低肝臟中之DGAT2 mRNA的量。
綜合來說,該等結果表明經設計以靶向人DGAT2 mRNA之GalNAc軛合之DGAT2寡核苷酸可在體內抑制表現。
實施例 6 :組合 RNAi 寡核苷酸抑制體內 ACAC 和 DGAT2 表現 小鼠研究
在經餵飼GAN-NASH的小鼠中聯合評估GalXC-ACAC-4458(如
圖 1A中所示之化學修飾模式)和GalXC-DGAT2-1463(如
圖 1C中所示之化學修飾模式)寡核苷酸。簡單地說,從Taconic Biosciences公司取得經餵飼GAN-NASH 20週後的小鼠,該小鼠被餵飼由來自脂肪之40 kcal%、來自果糖之20 kcal%和2%膽固醇所組成的飲食。根據
表 11中所示之研究設計,在第27週開始每週同時經由皮下給藥。
在第六週給藥後,在第33週(最後一次給藥後一週)收穫小鼠並準備研究,並進行完整的屍檢。除了標靶mRNA水準外,研究下列終點類別:全身性(例如膽固醇)、肝臟脂肪變性、肝臟發炎和肝纖維化。詳細之結果總結參見
表 12,其中相對於使用單獨之GalXC-ACAC處理,若p值>0.05則突顯組合數據。
在肝臟中測量回應GalXC-ACAC和GalXC-DGAT2寡核苷酸組合之標靶mRNA水準的測量值。使用單獨之GalXC-DGAT2治療和聯合治療二者均顯示出DGAT2 mRNA減弱>95%(
圖 15A),而DGAT1 mRNA未觀察到減弱(
圖 15B)。單獨之GalXC-ACAC治療組中可觀察到ACACA mRNA和ACACB mRNA分別減弱75%和52%(
圖 16A 和 16B)。值得注意的是,雖然DGAT2 mRNA水準上未觀察到組合效果,但與單獨之GalXC-ACAC治療組相比較,GalXC-ACAC與GalXC-DGAT2之組合導致ACACA和ACACB mRNA減弱較多。在回應該組合時,對ACACA mRNA之抑制從75%增加至90%,而在回應該組合時,對ACACB mRNA之抑制從52%增加至97%。該數據代表GalXC-ACAC和GalXC-DGAT2聯合治療對ACACA和ACACB標靶mRNA水準具有令人意外的協同效果。
為了在體內評估對GalXC-ACAC和GalXC-DGAT2寡核苷酸組合之全身反應,在研究結束時測量血清總膽固醇及肝酶丙胺酸轉胺酶(ALT)。與PBS或任何單獨之單一治療組相比較時,組合治療組之血清膽固醇(
圖 17)和ALT水準(
圖 18)降低。該等數據顯示出與任一單獨之單一療法相比較,GalXC-ACAC/GalXC-DGAT2聯合治療可在治療肝病之全身效果中賦予疊加或協同效果。
為了研究GalXC-ACAC和GalXC-DGAT2寡核苷酸組合對肝臟脂肪變性之效果,量化藉由肝臟脂質面積%所評估之脂肪變性(
圖 19A 和 19B)。此外,測量肝臟TG(
表 12)及Srebp1(肝臟脂肪變性之mRNA標記,如
圖 20所示)。與單獨之單一治療組相比較,聯合治療組顯示出藉由肝臟脂質之面積%評估的肝臟脂肪變性降低,而使用聯合治療之肝臟TG和Srebp1 mRNA水準回復到基線水準或低於基線水準。
為了研究GalXC-ACAC和GalXC-DGAT2寡核苷酸組合對肝臟發炎的效果,將F4/80巨噬細胞標記可視化來評估巨噬細胞浸潤和發病機理(
圖 21A 和 21B),並分析冠狀結構(CLS)(
圖 22A 和 22B)。與PBS或GalXC-ACAC或GalXC-DGAT2單一治療組或聯合治療組相比較,F4/80染色或CLS分析中未觀察到顯著變化。亦測量肝臟發炎之細胞因子標記IL6和IL12b的肝臟水準。與PBS或單獨之任一單一治療組相比較時,聯合治療組中之IL6(
圖 23)和IL12b(
圖 24)的肝臟水準降低。該等數據綜合起來表明聯合治療不會導致肝臟發炎。最後,透過測量肝纖維化標記基因Col1a1和Timp1之表現來探查GalXC-ACAC和GalXC-DGAT2寡核苷酸組合對肝臟發炎之效果。與PBS或任一GalXC-ACAC或GalXC-DGAT2單一治療組相比較,聯合治療組中之Colla1(
圖 25)和Timp1(
圖 26)mRNA水準降低。該等數據表明與單獨之任一單一療法或單獨之個別治療的總和相比較,GalXC-ACAC/GalXC-DGAT2組合治療可賦予肝纖維化治療累加或協同效果。在同時投予之每種分子的5 mg/kg劑量下,該肝臟數據證明單獨使用任何siRNA都未見到對標靶基因之抑制增強。該等數據證明本揭示之ACC siRNA和DGAT2 siRNA抑制劑的組合在蛋白質減弱中具有協同作用。該等作用繼而可導致與本文提供之代謝症候群相關的病狀緩解增加。總之,整體而言,來自該GalXC-ACAC/GalXC-DGAT2寡核苷酸組合研究的數據支持以下假設:當與單一藥劑治療相比較時,聯合治療可能對全身性肝臟疾病、肝脂肪變性和肝纖維化之可測量終點具有改善效果。此外,由巨噬細胞浸潤和致病性分析或肝細胞因子水準之測量得知聯合治療不會導致任何肝臟發炎增加。亦值得注意的是,與單獨之GalXC-ACAC治療相比較,GalXC-ACAC/GalXC-DGAT2寡核苷酸組合顯示出在ACAC mRNA減弱程度方面具協同活性,表明此為尚未被描述過之組合作用機制。
[
圖 1A 至 1C]提供之示意圖描繪仿製之N-乙醯半乳糖胺(GalNAc)軛合之寡核苷酸的結構和化學修飾模式。核苷酸位置27-30(未編號)顯示四環結構。2'-OMe=2'-O-甲基;2'-F=2'-氟。
[
圖 2]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝之鹽水處理的小鼠,來自使用該指明之GalNAc軛合的ACAC寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中殘留之內源性小鼠ACACA和ACACB mRNA的百分比(%)。
[
圖 3A 至 3B]提供之圖形描繪相對於未經處理之小鼠或使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自使用GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸(GalXC-ACAC-5083)處理之小鼠的肝臟樣品中殘留之內源性小鼠ACACA和ACACB mRNA的百分比(%)(
圖 3A)或log%表現(
圖 3B)。
[
圖 4]提供之圖形描繪相對於未經處理之小鼠或使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自使用GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸(GalXC-ACAC-5083)處理之小鼠的肝臟樣品中藉由西方點墨測量之殘留的內源性小鼠ACC1/2(總ACC)蛋白之百分比(%)。
[
圖 5A]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自使用GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸(GalXC-ACAC-5083)處理之小鼠的肝臟樣品中藉由天狼星紅染色所測得之肝臟脂肪變性的水準。
[
圖 5B]提供之圖形描繪相對於未經處理之小鼠或使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自使用GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸(GalXC-ACAC-5083)處理之小鼠之肝臟樣品中的肝纖維化評分。****=p<0.0001
[
圖 5C]提供之圖形描繪相對於未經處理之小鼠或使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自使用該指明之GalNAc軛合的ACAC寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中殘留之Col1a1 mRNA的百分比(%)。*=p<0.05
[
圖 5D]提供之圖形描繪相對於未經處理之小鼠或使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自使用GalNAc軛合之ACAC寡核苷酸(GalXC-ACAC-5083)處理之小鼠的肝臟樣品中殘留之Vim mRNA的百分比(%)。**=p<0.01
[
圖 6]提供之圖形描繪來自CD-1小鼠中之流體動力學注射(HDI)模型的肝臟樣品中殘留之ACACA和ACACB mRNA的百分比(%)。經皮下投予劑量為3 mg/kg之與GalNAc軛合且在磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)中配製的ACAC寡核苷酸後三(3)天,經由HDI將編碼人ACACA和ACACB mRNA之質體注射入小鼠中,並在1天後,相對於使用PBS處理之小鼠,測量來自該小鼠之肝臟樣品中的人ACACA和ACACB mRNA之百分比(%)。
[
圖 7A 至 7B]提供之圖形描繪來自CD-1小鼠中之流體動力學注射(HDI)模型之肝臟樣品中的殘留ACACA(
圖 7A)和ACACB(
圖 7B) mRNA之百分比(%)。經由皮下投予劑量為0.3、1或3 mg/kg之與GalNAc軛合且在磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)中配製的ACAC寡核苷酸後三(3)天,經由HDI將編碼人ACACA和ACACB mRNA之質體注射入小鼠中,並在1天後,相對於使用PBS處理之小鼠,測量來自該小鼠之肝臟樣品中之人ACACA和ACACB mRNA的百分比(%)。
[
圖 8A 至 8D]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之非人靈長類動物(NHP),來自使用該指明之GalNAc軛合的ACAC寡核苷酸處理之非人靈長類動物(NHP)的肝臟樣品中之殘留之猴子ACACA(
圖 8A 和 8C)和ACACB(
圖 8B 和 8D) mRNA的百分比(%)。
[
圖 9]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之NHP,來自使用該指明之GalNAc軛合的ACAC寡核苷酸處理之NHP的肝臟樣品中之藉由西方點墨測量之ACC1/2(總ACC)蛋白的百分比(%)。
[
圖 10]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自使用該指明之GalNAc軛合的DGAT2寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中之內源性小鼠DGAT2 mRNA減弱之百分比(%)。
[
圖 11]提供描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自使用不同劑量(0.3、1和3 mg/kg)之指明的GalNAc軛合之DGAT2寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中內源性小鼠DGAT2 mRNA減弱之百分比(%)的圖形。
[
圖 12]提供之圖形描繪來自CD-1小鼠中之流體動力學注射(HDI)模型的肝臟樣品中之DGAT2 mRNA減弱的百分比(%)。經由皮下投予劑量為3 mg/kg之與GalNAc軛合且在磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)中配製的DGAT2寡核苷酸後三(3)天,經由HDI將編碼人DGAT2 mRNA之質體注射入小鼠中,並在1天後,相對於使用PBS處理之小鼠,測量來自該小鼠之肝臟樣品中之人DGAT2 mRNA的百分比(%)。
[
圖 13]提供之圖形描繪來自CD-1小鼠中之流體動力學注射(HDI)模型的肝臟樣品中DGAT2 mRNA減弱之百分比(%)。經由皮下投予劑量為0.3、1或3 mg/kg之與GalNAc軛合且在磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)中配製之DGAT2寡核苷酸後三(3)天,經由HDI將編碼人DGAT2 mRNA之質體注射入小鼠中,並在1天後,相對於使用PBS處理之小鼠,測量來自該小鼠之肝臟樣品中之人DGAT2 mRNA的百分比(%)。
[
圖 14A 至 14G]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水處理之非人靈長類動物(NHP),來自使用該指明之GalNAc軛合的DGAT2寡核苷酸處理之非人靈長類動物(NHP)的肝臟樣品中之DGAT2 mRNA減弱的百分比(%)。
[ 圖 15A]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自經餵養GAN-NASH飲食並使用GalNAc軛合之ACAC(GalXC-ACAC-4458)及/或DGAT2(GalXC-ACAC-1463)寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中之內源性小鼠DGAT2 mRNA減弱的百分比(%)。
[
圖 15B]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自經餵養GAN-NASH飲食並使用該指明之GalNAc軛合之ACAC及/或DGAT2寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中之內源性小鼠DGAT1 mRNA減弱的百分比(%)。
[
圖 16A 至 16B]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自經餵養GAN-NASH飲食並使用GalNAc軛合之ACAC(GalXC-ACAC-4458)及/或DGAT2(GalXC-ACAC-1463)寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中之內源性小鼠ACACA(
圖 16A)和ACACB(
圖 16B)mRNA減弱的百分比(%)。
[
圖 17]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自經餵養GAN-NASH飲食並使用GalNAc軛合之ACAC(GalXC-ACAC-4458)及/或DGAT2(GalXC-ACAC-1463)寡核苷酸處理之小鼠的樣品中之血清膽固醇的水準。
[
圖 18]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自經餵養GAN-NASH飲食並使用GalNAc軛合之ACAC(GalXC-ACAC-4458)及/或DGAT2 (GalXC-ACAC-1463)寡核苷酸處理之小鼠的樣品中之血清ALT的水準。
[
圖 19A 至 19B]提供之圖形(
圖 19A)和影像(
圖 19B)描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自經餵養GAN-NASH飲食並使用GalNAc軛合之ACAC (GalXC-ACAC-4458)及/或DGAT2(GalXC-ACAC-1463)寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中藉由%脂質區域所測量之肝脂肪變性水準。
[
圖 20]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自經餵養GAN-NASH飲食並使用GalNAc軛合之ACAC(GalXC-ACAC-4458)及/或DGAT2 (GalXC-ACAC-1463)寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中之Srebp1 mRNA的百分比(%)。
[
圖 21A 至 21B]提供之圖形(
圖 21A)和影像(
圖 21B)描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自經餵養GAN-NASH飲食並使用該指明之GalNAc軛合之ACAC(GalXC-ACAC-4458)及/或DGAT2(GalXC-ACAC-1463)寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中藉由F4/80染色所測量之巨噬細胞浸潤水準。
[
圖 22A 至 22B]提供之圖形(
圖 22A)和影像(
圖 22B)描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自經餵養GAN-NASH飲食並使用GalNAc軛合之ACAC(GalXC-ACAC-4458)及/或DGAT2(GalXC-ACAC-
1463)寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中藉由用於鑑定冠狀結構(CLS)之分析所測量的巨噬細胞致病水準。
[
圖 23]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自經餵養GAN-NASH飲食並使用GalNAc軛合之ACAC(GalXC-ACAC-4458)及/或DGAT2(GalXC-ACAC-1463)寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中之IL6 mRNA的百分比(%)。
[
圖 24]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自經餵養GAN-NASH飲食並使用GalNAc軛合之ACAC(GalXC-ACAC-4458)及/或DGAT2 (GalXC-ACAC-1463)寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中之IL12b mRNA的百分比(%)。
[
圖 25]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自經餵養GAN-NASH飲食並使用GalNAc軛合之ACAC(GalXC-ACAC-4458)及/或DGAT2 (GalXC-ACAC-1463)寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中之Col1a1 mRNA的百分比(%)。
[
圖 26]提供之圖形描繪相對於使用磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)處理之小鼠,來自經餵養GAN-NASH飲食並使用GalNAc軛合之ACAC(GalXC-ACAC-4458)及/或DGAT2 (GalXC-ACAC-1463)寡核苷酸處理之小鼠的肝臟樣品中之Timp1 mRNA的百分比(%)。
<![CDATA[<110> 美商黛瑟納製藥公司(DICERNA PHARMACEUTICALS INC.)]]> <![CDATA[<120> 用於治療代謝症候群之組成物及方法]]> <![CDATA[<130> DICN-002/001WO 344302-2043]]> <![CDATA[<140> TW 110128582]]> <![CDATA[<141> 2021-08-03]]> <![CDATA[<150> US 63/082,762]]> <![CDATA[<151> 2020-09-24]]> <![CDATA[<150> US 63/061,045]]> <![CDATA[<151> 2020-08-04]]> <![CDATA[<160> 297 ]]> <![CDATA[<170> PatentIn version 3.5]]> <![CDATA[<210> 1]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<223> 合成之構成體]]> <![CDATA[<400> 1]]> aaccacaucu uccucaacua 20 <![CDATA[<210> 2]]> <![CDATA[<211> 22]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<223> 合成之構成體]]> <![CDATA[<400> 2]]> uaguugagga agaugugguu gg 22 <![CDATA[<210> 3]]> <![CDATA[<211> 20]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<223> 合成之構成體]]> <![CDATA[<400> 3]]> accacaucuu ccucaacuua 20 <![CDATA[<210> 4]]> <![CDATA[<211> 22]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> 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(8)..(8)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (9)..(9)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (10)..(10)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (11)..(11)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (12)..(12)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (13)..(13)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (14)..(14)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (15)..(15)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (16)..(16)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (17)..(17)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> 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<![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (2)..(2)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (3)..(3)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (4)..(4)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (5)..(5)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (6)..(6)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (7)..(7)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (8)..(8)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (9)..(9)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (10)..(10)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (11)..(11)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> 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<![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (32)..(32)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (33)..(33)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (34)..(34)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (35)..(35)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (36)..(36)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<400> 245]]> ccauagacua uuugcuuuca gcagccgaaa ggcugc 36 <![CDATA[<210> 246]]> <![CDATA[<211> 36]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<223> 合成之構成體]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> misc_特性]]> <![CDATA[<222> (1)..(2)]]> <![CDATA[<223> 經由硫代磷酸酯連接]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (1)..(1)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> 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uagcaaauag ucuauggugu gg 22 <![CDATA[<210> 288]]> <![CDATA[<211> 22]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<223> 合成之構成體]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> misc_特性]]> <![CDATA[<222> (1)..(3)]]> <![CDATA[<223> 經由硫代磷酸酯連接]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (1)..(1)]]> <![CDATA[<223> 4'-monomoethyl膦酸酯-2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (1)..(1)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (2)..(2)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (3)..(3)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (4)..(4)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (5)..(5)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (6)..(6)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 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uguauuucug gaacuucuuc gg 22 <![CDATA[<210> 295]]> <![CDATA[<211> 22]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<223> 合成之構成體]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> misc_特性]]> <![CDATA[<222> (1)..(3)]]> <![CDATA[<223> 經由硫代磷酸酯連接]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (1)..(1)]]> <![CDATA[<223> 4'-monomoethyl膦酸酯-2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (1)..(1)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (2)..(2)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (3)..(3)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (4)..(4)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (5)..(5)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (6)..(6)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (7)..(7)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (8)..(8)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (9)..(9)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (10)..(10)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (11)..(11)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (12)..(12)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (13)..(13)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (14)..(14)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (15)..(15)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (16)..(16)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (17)..(17)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (18)..(18)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (19)..(19)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> misc_特性]]> <![CDATA[<222> (20)..(22)]]> <![CDATA[<223> 經由硫代磷酸酯連接]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (20)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (21)..(21)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (22)..(22)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<400> 295]]> uaaagcaaau agucuauggu gg 22 <![CDATA[<210> 296]]> <![CDATA[<211> 22]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<223> 合成之構成體]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> misc_特性]]> <![CDATA[<222> (1)..(3)]]> <![CDATA[<223> 經由硫代磷酸酯連接]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (1)..(1)]]> <![CDATA[<223> 4'-monomoethyl膦酸酯-2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (1)..(1)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (2)..(2)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (3)..(3)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (4)..(4)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (5)..(5)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (6)..(6)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (7)..(7)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (8)..(8)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (9)..(9)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (10)..(10)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (11)..(11)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (12)..(12)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (13)..(13)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (14)..(14)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (15)..(15)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (16)..(16)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (17)..(17)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (18)..(18)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (19)..(19)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> misc_特性]]> <![CDATA[<222> (20)..(22)]]> <![CDATA[<223> 經由硫代磷酸酯連接]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (20)..(20)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (21)..(21)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (22)..(22)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<400> 296]]> uagaauaugu acaugaggau gg 22 <![CDATA[<210> 297]]> <![CDATA[<211> 22]]> <![CDATA[<212> RNA]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<223> 合成之構建體]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<221> misc_特性]]> <![CDATA[<222> (1)..(3)]]> <![CDATA[<223> 經由硫代磷酸酯連接]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (1)..(1)]]> <![CDATA[<223> 4'-monomoethyl膦酸酯-2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (1)..(1)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (2)..(2)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (3)..(3)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (4)..(4)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (5)..(5)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (6)..(6)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (7)..(7)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (8)..(8)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (9)..(9)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (10)..(10)]]> <![CDATA[<223> 2'-氟修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (11)..(11)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> <![CDATA[<220> ]]> <![CDATA[<221> 經修飾的_鹼基]]> <![CDATA[<222> (12)..(12)]]> <![CDATA[<223> 2'-O-甲基修飾]]> 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Claims (35)
- 一種寡核苷酸,其包含: (i) 包含與ACC之標靶序列互補之區域的反義股,其中該反義股包含選自SEQ ID No:2、30、32、44和56之核苷酸序列;或者 (ii) 包含與DGAT2之標靶序列互補之區域的反義股,其中該反義股包含選自SEQ ID No:118、120、126、130、138和144之核苷酸序列。
- 如請求項1之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含(i)之反義股和包含選自SEQ ID No:1、29、31、43和55之核苷酸序列的有義股;或包含(ii)之反義股和包含選自SEQ ID No:117、119、125、129、137和143之核苷酸序列的有義股。
- 一種寡核苷酸,其包含: (i) 長度為15至30個核苷酸之反義股和長度為15至40個核苷酸之有義股,其中該反義股具有與SEQ ID No:150或151中提出之ACC之標靶序列互補之區域,且其中該互補之區域之長度為至少15個連續核苷酸;或者 (ii) 長度為15至30個核苷酸之反義股和長度為15至40個核苷酸之有義股,其中該反義股具有與SEQ ID No:156或157中提出之DGAT2之標靶序列互補之區域,且其中該互補之區域之長度為至少15個連續核苷酸。
- 如請求項3之寡核苷酸,其中該有義股之長度為36個核苷酸和/或該反義股之長度為22個核苷酸。
- 如請求項3或4之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含(i)之反義股和有義股,且其中該反義股包含選自SEQ ID No:2、30、32、44和56之核苷酸序列,且視需要地,該有義股包含選自SEQ ID No:1、29、31、43和55之核苷酸序列;或者包含(ii)之反義股和有義股,且其中該反義股包含選自SEQ ID No:118、120、126、130、138和144之核苷酸序列,且視需要地,該有義股包含選自SEQ ID No:117、119、125、129、137和143之核苷酸序列。
- 如請求項1至5中任一項之寡核苷酸,其中該與ACC或DGAT2之標靶序列互補之區域的長度為至少19個連續核苷酸。
- 如請求項2至6中任一項之寡核苷酸,其中該反義股和該有義股形成雙股螺旋區,視需要地,其中該雙股螺旋區之長度為至少19個核苷酸。
- 如請求項1至7中任一項之寡核苷酸,其中該互補之區域(i)與ACC或DGAT2標靶序列之長度相差不多於3個核苷酸,或(ii)與ACC或DGAT2標靶序列完全互補。
- 如請求項2至8中任一項之寡核苷酸,其中該有義股之3'端包含如S1-L-S2中所提出之莖環,其中S1與S2互補,且其中L在S1和S2之間形成長度為3至5個核苷酸之環,且視需要地,其中L為四環。
- 如請求項9之寡核苷酸,其中該四環包含序列5'-GAAA-3'。
- 如請求項1至10中任一項之寡核苷酸,其中該反義股包含長度為一或多個核苷酸之3'突出端序列,視需要地,其中該3'突出端序列之長度為2個核苷酸,且進一步視需要地,其中該3'突出序列為GG。
- 如請求項1至11中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷酸。
- 如請求項12之寡核苷酸,其中該經修飾之寡核苷酸包含2'-修飾,視需要地,其中該2'-修飾係選自2'-胺乙基、2'-氟、2'-O-甲基、2'-O-甲氧基乙基和2'-去氧基-2'-氟-β-d-阿拉伯糖核酸之修飾。
- 如請求項13之寡核苷酸,其中(i)該有義股之約10至15%、10%、11%、12%、13%、14%、或15%的核苷酸包含2'-氟修飾;(ii)該反義股之約25至35%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、或35%的核苷酸包含2'-氟修飾;和/或(iii)該寡核苷酸之約15至25%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、或25%的核苷酸包含2'-氟修飾。
- 如請求項13至14中任一項之寡核苷酸,其中(i)該有義股包含36個核苷酸,其位置編號從5'至3'為1至36,其中位置8至11包含2'-氟修飾;和/或(ii)該反義股包含22個核苷酸,其位置編號從5'至3'為1至22,且其中位置2、3、5、7、10和14,且視需要地,位置4包含2'-氟修飾。
- 如請求項1至15中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷酸間鍵聯,視需要地,其中該至少一個經修飾之核苷酸間鍵聯為硫代磷酸酯鍵聯(phosphorothioate linkage)。
- 如請求項1至16中任一項之寡核苷酸,其中該反義股之5'-核苷酸的糖之4'-碳包含磷酸酯類似物,視需要地,其中該磷酸酯類似物為氧甲基膦酸酯(oxymethylphosphonate)、乙烯基膦酸酯(vinylphosphonate )、或丙二醯膦酸酯(malonylphosphonate),且進一步視需要地,其中該磷酸酯類似物為包含4'-氧甲基膦酸酯之4'-磷酸酯類似物。
- 如請求項1至17中任一項之寡核苷酸,其中該寡核苷酸之至少一個核苷酸與一或多個靶向配體軛合,其中該一或多個靶向配體係選自碳水化合物、胺基糖、膽固醇、多肽、脂質和N-乙醯半乳糖胺(GalNAc)部分(moiety)。
- 如請求項18之寡核苷酸,其中該GalNac部分為單價GalNAc部分、二價GalNAc部分、三價GalNAc部分、或四價GalNAc部分。
- 如請求項2至19中任一項之寡核苷酸,其中該有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列: (a) 分別為SEQ ID NO:162和30; (b) 分別為SEQ ID NO:163和32; (c) 分別為SEQ ID NO:169和44; (d) 分別為SEQ ID NO:200和138; (e) 分別為SEQ ID NO:203和144; (f) 分別為SEQ ID NO:194和126; (g) 分別為SEQ ID NO:191和120; (h) 分別為SEQ ID NO:196和130;和 (i) 分別為SEQ ID NO:190和118。
- 如請求項2至19中任一項之寡核苷酸,其中該有義股和反義股包含選自由下列所組成之群組的核苷酸序列: (a) 分別為SEQ ID NO:208和254; (b) 分別為SEQ ID NO:209和255; (c) 分別為SEQ ID NO:215和261; (d) 分別為SEQ ID NO:246和292; (e) 分別為SEQ ID NO:249和295; (f) 分別為SEQ ID NO:240和286; (g) 分別為SEQ ID NO:237和283; (h) 分別為SEQ ID NO:242和288;和 (i) 分別為SEQ ID NO:236和282。
- 一種醫藥組成物,其包含如請求項1至21中任一項之寡核苷酸和醫藥上可接受之載體、遞送劑、或賦形劑。
- 一種組成物,其包含ACC表現之抑制劑和DGAT2表現之抑制劑。
- 如請求項23之組成物,其中該ACC表現之抑制劑和DGAT2表現之抑制劑各自為寡核苷酸。
- 如請求項24之組成物,其中該ACC表現之抑制劑包含: (a) 長度為15至30個核苷酸之反義股和長度為15至40個核苷酸之有義股,其中該反義股具有與SEQ ID No:150或151中提出之ACC標靶序列互補之區域,且其中該互補之區域之長度為至少15個連續核苷酸; (b) 包含與ACC之標靶序列互補之區域的反義股,其中該反義股包含選自SEQ ID No:2、30、32、44和56之核苷酸序列,及視需要地,包含選自SEQ ID No:1、29、31、43和55之核苷酸序列的有義股;或者 (c) 包含選自下列群組之核苷酸序列的反義股和有義股: (i) 分別為SEQ ID NO:162和30; (ii) 分別為SEQ ID NO:163和32; (iii) 分別為SEQ ID NO:169和44; (iv) 分別為SEQ ID NO:208和254; (v) 分別為SEQ ID NO:209和255;和 (vi) 分別為SEQ ID NO:215和261。
- 如請求項24或25之組成物,其中該DGAT2表現之抑制劑包含: (a) 長度為15至30個核苷酸之反義股和長度為15至40個核苷酸之有義股,其中該反義股具有與SEQ ID No:156或157中提出之DGAT2標靶序列互補之區域,且其中該互補之區域之長度為至少15個連續核苷酸; (b) 包含與DGAT2之標靶序列互補之區域的反義股,其中該反義股包含選自SEQ ID No:118、120、126、130、138和144之核苷酸序列,且視需要地,有義股包含選自SEQ ID No:117、119、125、129、137和143之核苷酸序列;或者 (c) 包含選自下列群組之核苷酸序列的反義股和有義股: (i) 分別為SEQ ID NO:200和138; (ii) 分別為SEQ ID NO:203和144; (iii) 分別為SEQ ID NO:194和126; (iv) 分別為SEQ ID NO:191和120; (v) 分別為SEQ ID NO:196和130; (vi) 分別為SEQ ID NO:190和118; (vii) 分別為SEQ ID NO:246和292; (viii) 分別為SEQ ID NO:249和295; (ix) 分別為SEQ ID NO:240和286; (x) 分別為SEQ ID NO:237和283; (xi) 分別為SEQ ID NO:242和288;和 (xii) 分別為SEQ ID NO:236和282。
- 一種治療有此需要之個體之發炎性、代謝性、纖維化、或膽汁鬱積性疾病之方法,其包含投予如請求項1至21中任一項之寡核苷酸、如請求項22之醫藥組成物、或如請求項23至26中任一項之組成物。
- 一種治療有此需要之個體之發炎性、代謝性、纖維化、或膽汁鬱積性疾病之方法,該個體已經接受或正在接受ACC抑制劑,該方法包含投予DGAT2抑制劑。
- 一種治療有此需要之個體之發炎性、代謝性、纖維化、或膽汁鬱積性疾病之方法,該個體已經接受或正在接受DGAT2抑制劑,該方法包含投予ACC抑制劑。
- 如請求項27至29中任一項之方法,其中該疾病係選自由下列所組成之群組、該疾病係在由下列所組成之群組中選擇:代謝性肝病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、藥物引起之肝病(drug-induced liver disease)、酒精引起之肝病、傳染媒介物(infectious agent)引起之肝病、發炎性肝病、免疫系統功能障礙介導之肝病、血脂異常、心血管疾病、再狹窄、X症候群、代謝症候群、糖尿病、肥胖症、高血壓、慢性膽管病、原發性硬化性膽管炎(PSC)、原發性膽汁性膽管炎(PBC)、膽道閉鎖、進行性家族性肝內膽汁鬱積第3型(PFIC3)、發炎性腸病、克隆氏病(Crohn's disease)、潰瘍性結腸炎、肝癌、肝細胞癌、胃腸癌、胃癌、大腸直腸癌、代謝性疾病引起之肝纖維化或肝硬化、NAFLD引起之纖維化或肝硬化、NASH引起之纖維化或肝硬化、酒精引起之肝纖維化或肝硬化、藥物引起之肝纖維化或肝硬化、傳染媒介物引起之肝纖維化或肝硬化、寄生蟲感染引起之肝纖維化或肝硬化、細菌感染引起之肝纖維化或肝硬化、病毒感染引起之纖維化或肝硬化、HBV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HCV感染引起之肝纖維化或肝硬化、HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、雙重HCV和HIV感染引起之肝纖維化或肝硬化、放射線治療或化療引起之纖維化或肝硬化、膽道纖維化、由於任何慢性膽汁鬱積性疾病導致之肝纖維化或肝硬化、任何病因之腸道纖維化、克隆氏病引起之纖維化、潰瘍性結腸炎引起之纖維化、腸(例如小腸)纖維化、結腸纖維化、胃纖維化、肺纖維化、慢性發炎性氣道疾病後續發之肺纖維化、COPD、氣喘、肺氣腫、吸菸者之肺、肺結核、肺纖維化、和特發性肺纖維化(IPF)。
- 如請求項30之方法,其中該疾病為代謝性肝病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、或非酒精性脂肪性肝炎(NASH)。
- 一種減少有此需要之個體之肝纖維化量之方法,其包含投予如請求項1至21中任一項之寡核苷酸、如請求項22之醫藥組成物、或如請求項23至26中任一項之組成物。
- 一種治療與ACC和/或DGAT表現相關之疾病、病症、或病況之方法,其包含對有此需要之個體投予如請求項1至21中任一項之寡核苷酸、如請求項22之醫藥組成物、或如請求項23至26中任一項之組成物。
- 一種如請求項1至21中任一項之寡核苷酸、如請求項22之醫藥組成物、或如請求項23至26中任一項之組成物於製造用於治療與ACC和/或DGAT表現相關之疾病、病症、或病況的藥物之用途。
- 一種套組,其包含如請求項1至21中任一項之寡核苷酸、如請求項22之醫藥組成物、或如請求項23至26中任一項之組成物,以及藥品仿單,該藥品仿單包含用於對患有與ACC和/或DGAT表現相關之疾病、病症、或病況之個體投予的說明書。
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