KR930701625A - 라이브러리 스크리닝 방법 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 진핵 숙주에서 제조된 DNA 라이브러리의 동종 재조합 스크리닝을 위한 물질 및 방법과, 염색체 영역의 연장된 물리적 지도를 제조하기 위한 중복 DNA 서열을 분리하기 위한 동종 재조합 염색체 워킹방법에 관한 것이다.
Description
본 내용은 요부공개 건이므로 전문내용을 수록하지 않았음
제2도는 선택을 위해 표시된 YAC를 생성하기 위한 표적화(동종 상호적 재조합)를 도시한다. 제3도는 1단계 유전자 파괴를 사용하는, DNA YAC 라이브러리로부터 DNA 클론의 동종 재조합에 의한 선택을 도시한다.
Claims (32)
- 진핵 숙주세포에서 제조된 DNA 단편 라이브러리로부터 표적 DNA 단편을 확인 및 분리하기 위한 동종 재조합 방법으로서, a) 진핵 숙주세포에 도입된 DNA와 진핵 숙주세포에 존재하는 DNA 사이의 유전자 재조합이 동종 재조합에 의하여 일어나는 진핵 숙주 세포집단에서 DNA 단편 라이브러리를 제공하는 단계, b) 상호 결합되어 있는, 숙주 세포에서의 선택을 위해 선택가능한 마아커 유전자와 표적 DNA 단편에 대해 부분적으로 상동하는 표적화 DNA 서열을, DNA 단편 라이브러리 함유 숙주 진핵세포의 집단에 도입시켜서 진핵 숙주세포의 혼합집단을 제조하는 단계, c) 동종 재조합이 일어나기에 적합한 조건하에서 진핵 숙주세포의 혼합 집단을 유지함으로써, 표적 DNA 단편을 함유하고 있는 진핵 숙주세포가 표적 DNA 단편과 표적화 DNA 서열사이의 동종 재조합의 결과로서 선택 가능한 마아커 유전자 및 표적화 DNA 서열로 안정하게 형질전환되어, 선택가능한 표현형을 가지는 안정하게 형질전환된 진핵 숙주세포를 제조하는 단계, 그리고 d) 선택가능한 표현형을 가지는 안정하게 형질전환된 진핵 숙주세포의 선택에 적합한 조건하에서 단계(c)의 생성물을 배양하는 단계로 이루어지는 방법.
- 제1항에 있어서, 진핵 숙주세포가 효모 숙주세포이며, 표적화 DNA는 효모 숙주세포의 접합형과 반대의 접합형을 가지며 표적화 DNA를 함유하는 효모세포로서 언급되는 효모세포내에 함유된 복제하는 선형벡턱에 존재하고, 표적화 DNA는 효모숙주세포와 표적화 DNA를 함유하는 효모세포와의 접합에 의해 효모 숙주세포 안에 도입되는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제1항에 있어서, 표적화 DNA 벡터가 선형 DNA 단편이며, 그중 표적화 DNA 서열은 진핵 숙주세포의 선택을 위한 선택가능한 마아커 유전자의 삽입에 의해 파괴되는 것을 특징으로 하는 방법.
- 진핵 숙주세포에서 제조된 DNA 단편 라이브러리로부터 표적 DNA 단편을 확인 및 분리하기 위한 동종 재조합 방법으로서, a) 진핵 숙주세포에 도입된 DNA와 진핵 숙주세포에 존재하는 DNA 사이의 유전자 재조합이 동종 재조합에 의하여 일어나는 진핵 숙주 세포집단에서 DNA 단편 라이브러리를 제공하는 단계, b) 숙주 세포에서의 선택을 위해 선택가능한 마아커 유전자와 표적 DNA 단편에 대해 부분적으로 상동하는 표적화 DNA 서열을 가지며, 진핵 숙주세포에서 복제하지 않는 표적화 DNA 벡터를, 단편 라이브러리 함유 숙주 진핵세포의 집단에 도입시켜서 진핵 숙주세포의 혼합집단을 제조하는 단계, c) 동종 재조합이 일어나기에 적합한 조건하에서 진핵 숙주세포의 혼합 집단을 유지함으로써, 표적 DNA 단편을 함유하고 있는 진핵 숙주세포가 표적 DNA 단편과 표적화 DNA 서열사이의 동종 재조합의 결과로서 표적화 DNA 벡터에 존재하는 선택가능한 마아커 유전자 및 표적화 DNA 서열로 안정하게 형질전환되어, 선택가능한 표현형을 가지는 안정하게 형질전환된 진핵 숙주세포를 제조하는 단계, 그리고 d) 선택가능한 표현형을 가지는 안정하게 형질전환된 진핵 숙주세포의 선택에 적합한 건조하에서 (c)의 생성물을 배양하는 단계로 이루어지는 방법.
- 제4항에 있어서, 표적화 DNA 분자가 표적화 플라스미드인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제5항에 있어서, 표적화 플라스미드가 표적화 DNA 서열내에 도입된 이중 스트란드 절단을 가지는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제4항에 있어서, 표적 DNA 단편이 cDNA인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제6항에 있어서, 표적화 플라스미드가 YIp 플라스미드이고 DNA 단편이 진핵 숙주세포의 인공 염색체에 존재하며, 인공 염색체는 추가로 숙주 세포복제 및 염색체 분리에 참여하기 위한 염색체에 필요한 모든 DNA서열을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제6항에 있어서, 표적 DNA 단편이 포유동물 DNA 서열, 사람 DNA 서열, 식물 DNA 서열, 포유동물 유전자, 사람유전자 또는 식물 유전자인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제8항에 있어서, 선택가능한 마아커 유전자가 진핵 숙주세포상에 선택가능한 표현형을 부여하는 유전자들로 이루어지는 군으로부터 선택되고, 선택가능한 표현형이 항생물질내성, 영양요구성, 금속이온에 대한 저항성, 세포싸이클을 통한 증가능력, 또는 세포표면 마아커의 발현인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제9항의 방법에 의해 분리된 포유동물 DNA 서열, 사람 DNA 서열, 식물 DNA 서열, 포유동물 유전자, 사람 유전자, 또는 식물 유전자.
- 효모세포에서 제조된 DNA 단편 라이브러리의 표적 DNA 단편을 확인 및 분리하기 위한 동종 재조합 방법으로서, a) 하나의 효모 인공염색체 또는 저복사수의 효모 인공염색체에 존재하는 DNA 단편 라이브러리를 제공하는 단계, b) DNA 단편 라이브러리를 함유하고 있는 효모세포에 표적 DNA 단편에 대해 부분적으로 상동하는 표적화 DNA에 결합된 효모에서의 선택을 위한 선택가능한 마아커 유전자를 도입함으로써 효모세포의 혼합집단을 제조하는 단계, c) 표적화 DNA와 효모 인공염색체에 존재한 표적 DNA 단편사이의 동종 재조합에 적합한 조건하에서 효모세포의 혼합집단을 유지함으로써, 표적 DNA 단편을 함유하고 있는 효모세포가, 표적 DNA 단편과 표적화 DNA 서열사이의 동종 재조합의 결과로서 선택가능한 마아커 유전자 및 표적화 DNA 서열로 안정하게 형질전환되어, 선택가능한 표현형을 가지는 안정하게 형질전환된 효모세포를 제조하는 단계, 그리고 d) 선택가능한 표현형을 가지는 효모세포의 선택에 적합한 조건하에서 단계(c)의 생성물을 배양하는 단계로 이루어지는 방법.
- 제12항에 있어서, 표적화 DNA 분자가 선형 DNA 단편이고, 표적화 DNA 서열이 표적화 DNA 안에 효모에 대한 선택가능한 마아커를 삽입함으로써 파괴되는 것을 특징으로 하는 방법.
- 효모세포에서 제조된 DNA 단편 라이브러리의 표적 DNA 단편을 확인 및 분리하기 위한 동종 재조합 방법으로서, a) 하나의 효모 인공염색체 또는 저복사수의 효모 인공염색체에 함유하는 숙주 효모세포의 집단에서 효모 인공염색체에 존재하는 DNA 단편 라이브러리를 제공하는 단계, b) DNA 단편 라이브러리를 함유하고 있는 효모세포에, 표적 DNA 단편에 대해 부분적으로 상동하는 표적화 DNA와 효모에서의 선택을 위한 선택가능한 마아커 유전자를 가지며, 효모에서 복제되지 않는 표적화 DNA 벡터를 도입함으로써 효모세포의 혼합집단을 제조하는 단계, c) 표적화 DNA와 효모 인공염색체에 존재하는 표적 DNA 단편사이의 동종 재조합에 적합한 조건하에서 효모세포의 혼합집단을 유지함으로써, 표적 DNA 단편을 함유하고 있는 효모세포가, 표적 DNA 단편과 표적화 DNA 서열사이의 동종 재조합의 결과로서 선택가능한 마아커 유전자 및 표적화 DNA 벡터에 존재하는 표적화 DNA 서열로 안정하게 형질전환되어, 선택가능한 표현형을 가지는 안정하게 형질전환된 효모세포를 제조하는 단계, 그리고 d) 선택가능한 표현형을 가지는 효모세포의 선택에 적합한 조건하에서 단계(c)의 생성물을 배양하는 단계로 이루어지는 방법.
- 제14항에 있어서, 표적화 DNA 벡터가 플라스미드이고, 선택가능한 표현형이 항생물질내성, 영양요구성, 금속이온에 대한 저항성, 세포싸이클을 통한 증가능력, 또는 세포표면 마아커의 발현인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제15항에 있어서, 표적화 플라스미드가 표적화 DNA내에 도입된 이중 스트란드 절단을 가지는 것을 특징으로 하는 방법.
- 제16항에 있어서, 표적 DNA 단편이 포유동물 DNA 서열, 사람 DNA 서열, 식물 DNA 서열, 포유동물 유전자, 사람 유전자, 또는 식물 유전자인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제17항의 방법에 의해 분리된 포유동물 DNA 서열, 사람 DNA 서열, 식물 DNA 서열, 포유동물 유전자, 사람 유전자 또는 식물 유전자.
- 효모 인공염색체 라이브러리에서 표적 DNA 단편을 확인 및 분리하기 위한 동종 재조합 방법으로서, a) 하나의 복사체 또는 저복사수의 효모 인공염색체가 존재하는 숙주 효모세포의 집단에서, DNA 단편이 존재하는 효모 인공염색체 라이브러리를 제공하는 단계, b) 효모에서 복제되지 않는 박테리아 플라스미드이며, 효모에서의 선택을 위한 선택가능한 마아커 유전자를 가지고 있고 그 안의 이중 스트란드가 절단되어 있는 표적화 플라스미드를 단계(a)의 효모 인공염색체 라이브러리안에 도입시키는 단계, c) 효모 인공염색체에 존재하는 표적 DNA 단편과 표적화 DNA 사이의 동종 재조합에 조합한 조건하에서 단계(b)의 생성물을 유지함으로써, 표적 DNA 단편과 표적화 DNA 사이의 동종 재조합으로 선택가능한 표현형을 가지는 숙주 효모세포를 제조하는 단계, 그리고 d) 단계(c)에서 부여된 선택가능한 표현형을 가지고 있는 숙주 효모 세포를 선택하는 단계로 이루어지는 방법.
- 제19항에 있어서, 표적 DNA 단편이 포유동물 DNA 서열, 사람 DNA 서열, 식물 DNA 서열, 포유동물 유전자, 사람 유전자, 또는 식물 유전자인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제20항의 방법에 의해 분리된 포유동물 DNA 서열, 사람 DNA 서열, 식물 DNA 서열, 포유동물 유전자, 사람 유전자 또는 식물 유전자.
- 제19항에 있어서, 선택가능한 표현형이 항생물질내성, 영양요구성, 금속이온에 대한 저항성, 세포싸이클을 통한 증가능력, 또는 세포표면 마아커의 발현인 것을 특징으로 하는 방법.
- 제14항에 있어서, 추가로 a) 제9항의 방법에 의해 얻어진 표적 DNA 단편의 말단을, 효모에서의 선택을 위한 선택가능한 마아커 유전자를 가지고 있으며, 효모에서 복제되지 않는 표적화 DNA 벡터안에 하위클로닝함으로써, 앞서 분리된 표적 DNA 단편의 말단이 하위 클론된 DNA를 함유하고 있는 표적화 DNA 벡터를 제조하는 단계, b) 후속적인 표적화 DNA로서 (a)에서 제조된 표적화 벡터를 제공된 DNA 단편 라이브러리안에 도입시키는 단계, c) 표적화 DNA와 DNA 단편 라이브러리의 표적 DNA 단편사이의 동종 재조합에 적합한 조건하에서 (b)의 생성물을 유지함으로써, 퓨적 DNA 단편과 표적화 DNA 서열사이의 동종 재조합의 결과로서 선택 가능한 마아커 유전자 및 표적화 DNA로 안정하게 형질전환되고, 선택가능한 표현형을 가지는 효모세포를 제조하는 단계, d) 동종 재조합이 일어난 효모세포의 선택에 적합한 조건하에서 단계(c)의 생성물을 배양하는 단계, e) 단계(d)에서 제조된, 선택가능한 표현형을 가지는 효모세포를 선택하는 단계, f) 단계(e)에서 선택된 효모세포에 존재하는 표적 DNA 단편을 단계(a)에서와 같이 표적화 DNA 벡터에 하위클로닝하는 단계, 그리고 g) 필요에 따라 단계(b)에서 (e)까지를 반복하는 이루어지는, DNA 단편 라이브러리로부터 연속되는 DNA 절편을 분리하는 것을 포함하는 방법.
- 제23항에 있어서, 표적화 DNA 벡터가 그 안의 표적화 DNA의 이중 스트란드 절단을 포함하는 박테이라 플라스미드이고, 선택가능한 표현형이 항생물질내성, 영양요구성, 금속이온에 대한 저항성 및 세포싸이클을 통한 증가에 필수적인 유전자의 손상된 기능으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 방법.
- 최소한 하나의 선택가능한 마아커 유전자가 염색체상에서 결실되어 있는 맥주 효모군.
- 맥주 효모균 TD7-16d.
- 맥주 효모균 IV-16d.
- 맥주 효모균 MGD 131-10.
- 플라스미드 p184 DLARG 및 그것의 기능상의 동등물.
- a) 효모 선택가능한 마아커 유전자, b) 박테이라 복제기원, c) 박테리아 선택가능한 마아커 유전자, 및 d) 표적화 DNA의 삽입을 위한 클로닝 부위를 포함하고있는, 효모에서 복제되지 않는 플라스미드.
- 연속적인 게놈 DNA 단편들을 지도화하기 위해 사용될 수 잇는 재조합체-DNA 라이브러리에 통합시키기에 적당한 사람 게놈 DNA의 단편화 방법으로서, 사람 게놈 DNA를 Apa I, Nsa I 및 Sca I 으로 이루어지는 군으로부터 선택된 최소한 하나의 제한 엔도누클레아제로 소화시킴으로써, 생성된 DNA 단편들의 말단에서 특정 반복 DNA 서열의 존재에 대해 선택하는 것으로 이루어지는 방법.
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