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JPS63185388A - メチル資化微生物での増殖のためのハイブリドプラスミドおよびその製造法 - Google Patents

メチル資化微生物での増殖のためのハイブリドプラスミドおよびその製造法

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Publication number
JPS63185388A
JPS63185388A JP62265193A JP26519387A JPS63185388A JP S63185388 A JPS63185388 A JP S63185388A JP 62265193 A JP62265193 A JP 62265193A JP 26519387 A JP26519387 A JP 26519387A JP S63185388 A JPS63185388 A JP S63185388A
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JP
Japan
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plasmid
fragment
hybrid
pbe3
hybrid plasmid
Prior art date
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Pending
Application number
JP62265193A
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English (en)
Inventor
リューディガー、マルクバルト
パウル、プレフェ
カルル、エッサー
ウルフ、シュタール
エルンスト‐ルートウィッヒ、ウィナッカー
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Hoechst AG
Original Assignee
Hoechst AG
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
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Publication date
Application filed by Hoechst AG filed Critical Hoechst AG
Publication of JPS63185388A publication Critical patent/JPS63185388A/ja
Pending legal-status Critical Current

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    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
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    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
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    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/74Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
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    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
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    • C12N9/1096Transferases (2.) transferring nitrogenous groups (2.6)

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  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)

Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 ヨーロッパ公開特許出願節0.098,967号には、
外来DNAを発現する偏性メチル資化菌(obliga
te methylotrophic bacteri
a)の製造方法および、この目的に見合うプラスミドと
宿主生物についての記載がある。これには、メチル資化
菌に接合によって交互に移入させることができる組換体
プラスミド(ハイブリドプラスミド)の作製のため、大
腸菌(E、coli)ベクターに結合させた偏性メチル
資化菌のプラスミドが必要である。
しかしながら、偏性メチル資化菌の適切なプラスミドの
ひとつである、メチロモナス・クラーラ(Methyl
omonas clara) D S M 2397株
のpBE3は分子量10MDで比較的大きい。より便利
な操作のため、このプラスミドを分断することが望まし
い。これは、しかし困難であることがわかった。なぜな
らば、このプラスミドは6塩基配列を認識する殆んどの
酵素に対して、全く切断部位をもたないか、又はごくわ
ずかしか持たないからである(ヨーロッパ公開特許出願
節0.098,967号)。
しかし、おどろいたことには、このプラスミドpBE3
は、8塩基配列を認識する制限酵素NotIによって少
くとも9個のフラグメントに切断され得る。M、cla
raに於る増殖のための必要かつ十分な情報は、これら
NotIフラグメントのうち、一番大きなフラグメント
上に存在することを示すことができた。このフラグメン
トは、NotI切断部位を同様に有するベクターに取り
込ませるか、又は、他の酵素で消化することによって特
定のハイブリドプラスミドから得ることができるように
、まずこのフラグメントを修飾して、それから適当な切
断部位を有するベクターに取り込ませるか、いずれかを
実施することができる。
本発明はかくして以下のことに関するものである。
1、  メチロモナスψクラーラに於る増殖に必要なp
BE3のフラグメントを有するハイブリドプラスミド。
2゜  pBE3のプラスミドフラグメントを、選択マ
ーカーを有するプラスミドと連結することからなる、第
1項に規定されたハイブリドプラスミドの製造方法。
3、  メチル資化菌用ベクター構成のための、第1項
に規定されたハイブリドプラスミドの使用。
本発明は、特にその好ましい具体化例に於て、この後詳
細に記述され、さらに請求項に於て定義されている。
NotI切断部位を有するハイブリドプラスミドを形成
する好ましい方法は、NotI切断部位を有するEco
RIフラグメント、好ましくは、プラスミドpBE3の
四番目に大きいEcoRIフラグメントを、選択マーカ
ーを有するプラスミドのEcoRI切断部位にクローニ
ングすることである。
選択マーカーを有する好ましい出発プラスミドは、pB
R322であり、これは、NotI切断部位を含まない
。この方法ではpRMプラスミドが得られるが、好まし
い具体化例ではpRM4が得られる。
NotIで切断したpBE3をpRMプラスミド、特に
pRM4、に連結し、受容宿主菌、例えばE、coli
を形質転換した後、各種のNotIフラグメントを有す
るハイブリドプラスミドを含む菌を、選別により見つけ
ることができる。
これらプラスミドを接合系に組み入れ、これらを例えば
E、coliからM、claraへ、好ましくは、ヨー
ロッパ公開特許出願節 0.09g、967号に記載されたような系で移入すれ
ば、NotIフラグメントのいずれが増殖のための完全
な情報を含んでいるかを確定することができる。いずれ
の場合に於ても、それは最も大きなフラグメントである
。該当するハイブリドプラスミドをpRM−Notor
iとよび、さらに好ましいハイブリドプラスミドをpR
M4−Notoriと呼ぶ。
好ましいハイブリドプラスミドpRM4−Notori
を用いる操作手順は、本発明のこの後の記載で述べられ
ている。しかしながら、他のpRM−No t o r
 iプラスミドを同様に用いることもできる。この目的
のために用いる適切な条件は、簡単な予備試験で決定す
ることができる。
さらに大きさを減少させるために、プラスミドpRM4
−Notoriを、制限酵素PvuIで処理する。pR
M4−Notoriは2つのPvul切断部位を含み、
そのうちのひとつはこのプラスミドのpBR322部分
に在り、他はpBE3部分にあって、しかも増殖に必要
なNotIフラグメントの外側に存在する。かくしてプ
ラスミドpRM4−No t o r iをPvuIで
消化すれば、2つのフラグメントを生じ、このうちの大
きい方が、機能しうるテトラサイクリン耐性遺伝子と共
に、M、clara及びE。
coliでの増殖に必要なすべての機能を含んでいる。
続いてこの制限混合物をリガーゼで処理すれば、2つの
Pvu Iフラグメントのうちの大きい方から得られる
プラスミドpsE1を生じる。
このプラスミドは接合系の助けをかりて、メチロモナス
・クラーラのようなメチル資化菌に移すことができて、
このプラスミドはまたこの微生物中で、非選別条件下に
於てすら何世代にもわたって安定である。
psElやポリリンカーを有するプラスミド、例えばp
Uc12の助けをかりて、複製起点を担うNotIフラ
グメント末端を修飾することができる。これは、複製起
点を担うpBE3フラグメントが、もはやNotI切断
部位によって境を接するのではなく、他の制限部位の組
合せによって境界を接するような修飾方法である。複製
起点を担うNotIフラグメントの両端に合成した短い
DNA配列を付加することによって、又NotIフラグ
メントをpUc12に存在するポリリンカー以外のポリ
リンカー配列に結合させることによって、このNotI
フラグメントを修飾することもできる。このような方法
で作製されるハイブリドプラスミド、例えばpUc12
−No t o r i。
は複製起点を担うpBE3フラグメントが種々の制限酵
素で生じることを可能にし、さらにメチル資化菌、特に
メチロモナス・クラーラ、で増殖しうる他のすべての望
ましいプラスミドに移すことを可能にするものである。
プラスミドpBE3の複製起点を担うすべての望ましい
ハイブリドプラスミドを、ヨーロッパ公開特許出願節0
.098,967号に記載された系によって、M、cl
araに移入させるためには、相当するプラスミド上に
存在する“可動性の基”  (”basis of m
obilizability、 bom”)と呼ばれる
DNA配列が必要である。このDNA配列は、例えばプ
ラスミドpBR322にも、又見出すことができる。そ
の位置は実際に知られており、プラスミドpBR322
の二番目に大きいHa emフラグメントに割当てるこ
とができる。このプラスミドを上に述べたような方法で
処理して、適当なハイブリドプラスミドから種々の制限
酵素で“bom”を得ることができるようにすることが
できる。
このように構築された“複製起点” DNA配列又は“
bom”DNA配列の助けをかりて、メチル資化菌、特
にメチロモナス・クラーラ、にすべでの望ましい発現プ
ラスミドを移入し、これらに於て安定した増殖がおこる
ように、これら発現プラスミドを改変することができる
。この目的のために、まず第一に、複製起点DNA断片
を、例えばプラスミドpUc12−Notoriから適
切な制限酵素の組合せにより抜き取り、発現ベクターに
結合させる。もし適切なメチル資化菌への移入に必要な
りom部位が発現ベクターに存在しない場合には、第二
段階では、bom部位を担うDNA断片を、例えばプラ
スミドpUC12−bomから適当な制限酵素の組合せ
によって抜き取り、上と同様にして発現ベクターに移す
。この方法によって、すべての望ましい遺伝子産物をコ
ードすることができ、メチル資化菌にこれを移入し、さ
らに発酵により該当する遺伝子産物を得ることが可能で
ある。
この方法で、例えば芳香族トランスアミナーゼ遺伝子を
メチロモナス・クラーラに導入することができる。これ
は例えばベクターpBR322に由来するプラスミドp
1MS4004から出発する。このプラスミドp1MS
4004には、E。
coli  K12の全DNAから得られる4、5kb
大のC1aIフラグメントが、pBR322の唯一のC
1aI切断部位にクローニングされている。この4.5
kbの大きさのC1aIフラグメントは、E、coli
  K12からの芳香族トランスアミナーゼのためのt
yrB遺伝子を担っている。この遺伝子はこの4.5k
b領域全体にわたって広がっていないで、C1aI切断
部位とHindlII切断部位によって限定されたDN
A断片内に位置している。そこで、もしプラスミドpI
MS4004をHind■で切断すると、4.5kbの
大きさのC1aIフラグメント上のHindm切断部位
と、pBR322部分に位置しているHindIII切
断部位は、大きいHind■フラグメントの再環状化に
より、tyrB遺伝子を損うことなく欠失フラグメント
を生ずる。生じたプラスミドはただひとつのHindI
II切断部位とただひとつの5alI切断部位を含み、
両者はこのプラスミドのpBR322部分に存在する。
このプラスミドはpBR322から由来するので、メチ
ル資化菌への移入に必要なりom配列、機能しかつ良好
に発現するtyrB遺伝子および選別に用いることので
きるアンピシリン耐性遺伝子をもつ。しかしながら、こ
のプラスミドにはメチル資化菌での増殖を可能にするD
NA配列が存在しない。このDNA配列を挿入するため
に、このプラスミドを制限酵素Hind■と5alIで
完全に消化し、プラスミドpUc12−No t o 
r iも同様に消化する。これによりメチル資化菌のた
めの複製起点を担うDNA配列をpUC12−No t
 o r iから抜き取ることができる。さらにプラス
ミドpUc12−Notoriから生じるHindm/
5allフラグメントが再び出発ベクターに連結するの
を防ぐために、このプラスミドを制限酵素PvuIでも
消化する。この所望の遺伝子をプラスミドに連結して、
ヨーロッパ公開特許出願に記載された接合系に適用し、
偏性メチル資化菌株、M、C1araに移入する。選別
クローンを最少溶菌し、分離プラスミドを制限酵素で消
化して、受容菌株、M、clara中で安定に存続して
いる移入DNAが当該内にそのままの形で挿入されてい
ることを確認することができる。
本発明は後記した例によってさらに説明されている。
(例) 例の付録として、制限地図が添付されており、これらは
、プラスミドpRM4およびpRM4−Notori(
第1図)、プラスミドpSE1およびpUC12−No
tori  (第2図)を示している。本発明に必要な
切断部位のみが示されており、表示された大きさはMD
である。
1、pRM4−NotoriとpsElの構築制限酵素
NotIでプラスミドpRM4を完全に消化した。エン
ドヌクレアーゼNotIをフェノール処理で除き、DN
Aをエタノールで沈澱させ、70%エタノールで洗浄、
真空中で乾燥後、酵素、アルカリホスファターゼ(CI
 P)に対して最適となるようにベーリンガーマンハイ
ム(Boehrjnger Mannheim )が記
載する緩衝液の適量に溶解した。アルカリホスファター
ゼの10単位を添加し、37℃で30分インキュベーシ
ョン(incubation) L、フェノール処理に
より、反応混合物から当該酵素を除去し、さらにDNA
の精製は上記のように行なった。DNAは最終的に、T
E緩衝液に再浮遊させた。
M、claraのプラスミドpBE3を完全に酵素No
tIで消化したところ、少くとも9つの種々の大きさの
切断フラグメントが生じた。
消化の完全さは、反応混合物の適量をアガロースゲルに
取ってしらべた。消化の後、フェノール処理で酵素を除
去し、上記のようにDNAを精製し、TE緩衝液に再浮
遊させた。
NotTで消化したpRM4とpBE3の種々の混合物
を、モル比2:1又は1:1又は1:5に調製した。酵
素T4DNAリガーゼにとって最適な溶液を作製するた
めに製造元のニューイングランドバイオラブ(New 
England Biolabs )が規定するように
、緩衝液を生成混合物に添加した。
酵素、T4DNAリガーゼ調製液(バイオラブ(Bio
labs ) 、400 U/ ttΩ)の1.、cz
 47を、この混合物に添加し、14〜16℃で少くと
も14時間インキュベーションした。この混合物の全容
積は50ggであった。
インキュベーションの後、10ggのりガーゼ混合物を
ピペットで取り出して、滅菌したエッペンドルフ(Ep
pendorf )反応管中てE、coliHB101
株の受容細胞浮遊液100μgを添加した。細菌を外来
DNAを取り込む受容細胞とするためには、周知の方法
が採られた。形質転換はニーエンら(Cohen et
 al )の方法で行なった(Proc、 Na11.
 Acad、 Scj、69.2110−2114.1
972)。
アンピシリンおよびテトラサイクリン耐性コロニーは、
適切な選別栄養培地で分離し、Lブロース(126ハク
トトリプトン、0.5%酵母抽出物、0、 596N 
a C1)で培養し、それから最少溶菌で耐性コロニー
のプラスミドの内容をしらべた。
酵素NotIてプラスミドを消化し、アガロースゲル電
気泳動を行なって、pBE3のNotIフラグメントが
pRM4に取り込まれていることを示すことができた。
pBE3のNotIフラグメント1.3および4を、す
でに記載した方法でプラスミドpRM4にクローニング
することができた。生じたプラスミドを、ヨーロッパ公
開特許出願第 0.09g、976号明細書の例10に記載された接合
系に於て使用し、E、coliからM。
claraへのこれらプラスミドの移入について検討し
た。pRM4にクローニングされたpBE3のNotI
フラグメントを含むプラスミドだけがテトラサイクリン
およびアンピシリン耐性M。
claraコロニーを生じることが確認された。
相当するプラスミドが最少溶菌によって、これらクロー
ンから検出された。このプラスミドをpRM4−Not
oriと呼んだ。
pRM4−Notoriを完全に酵素Pvu Iで切断
し、反応混合物を、65℃まで加熱した。
この混合物の10ggを、酵素T4DNAリガーゼにと
って最適であると製造元によって推奨された溶液となる
ように、水と緩衝液で希釈し、全容量を100μgとす
る。これに1μgのT4DNAリガーゼ(バイオラブ、
400U/μ、l?)を添加し、混合物を16℃で16
時間インキュベーションした。続いてE、coli  
H8101株の受容細胞を、このリガーゼ混合物の適量
で形質転換し、テトラ→ノ゛イクリン耐性コロニーを適
切な選別用平板で(20gg / mlのテトラサイク
リン含有しブロス)選別した。50ケのテトラサイクリ
ン耐性コロニーをアンピシリン平板(50μg/mlア
ンピシリン含有しブロス)に釣り上げた。表現型がTc
  Ap  である5ケのコロニーから、最少溶菌でプ
ラスミドDNAを分離し、検討した。金側に於て、分離
プラスミドは、プラスミドpRM4−No t o r
 iの大きいPvu Iフラグメントのみから成ってい
た。このハイブリドプラスミドをpsElと呼んだ。こ
のプラスミドpsE1を、すでに記載された接合系に於
て使用し、プラスミドを持たないメチル資化菌株M。
clara  ATCC31226に移入した。生じた
テトラサイクリン耐性M、claraクローンはすべて
予想したプラスミドpsE1を、そのままの形で含んで
いた。非選別条件下で、100代以上継代しても、この
プラスミドの減少は認められなかった。
2、pUc12−Notoriの構築 プラスミドpsE1を完全に酵素NotIて消化し、生
じた突出端を、製造元のベーリンガーマンハイム(Bo
chringcr Mannheim )の推奨する緩
衝液で、同じく製造元が記載したような条件下で、酵素
DNAポリメラーゼI (フレノウフラグメント)で処
理して充填して平滑端とした。DNAポリメラーゼIを
フェノール処理で除去し、エタノール沈澱でDNAを精
製し、このフラグメント混合物を新たに制限酵素5al
Iで消化した。酵素5alIは、pBE3のNotIフ
ラグメントを切断しないが、ベクターpsE1のテトラ
サイクリン耐性遺伝子を内部で切断する。
このように前処理したDNAを、酵素Xbalで完全に
消化し、フレノウポリメラーゼで充填したpUCDNA
と混合し、例1で述べたように連結を実施した。E、c
oli  H8101株の受容細胞を形質転換し、アン
ピシリン耐性コロニーを選別した。このコロニーをLブ
ロス培養液で培養し、最少溶菌で、プラスミドの内容を
しらべた。アガロースゲル電気泳動でしらべた時、プラ
スミドpUc12と比べて大きさが増大したプラスミド
DNAについては、EC0RIで消化して、その性状を
詳細に検討した。これによって、充填XbaI切断部位
にクローニングしたM。
claraのプラスミドpBE3の充填NotIフラグ
メントを有するプラスミドpUc12を持つクローンを
識別することができた。このフラグメントの挿入の方向
については、可能な二種の方向のうち、いずれの方向の
ものも分離された。これらのプラスミドから、M、cl
araでの増殖に必要なプラスミドpBE3領域を大量
に分離することができ、制限酵素Ss t I、Sma
 T。
BamHT及び5ail、PstIおよびHind■の
組合せによって、このpBE3領域を分離することがで
きる。
3、pUc12−bomの構築 市販のプラスミドpUc12を酵素XbaIて−19一 完全に消化し、生じた突出端を酵素DNAポリメラーゼ
I (フレノウフラグメント)を用いて充填した。プラ
スミドpBR322を、酵素Ha eI[で完全に消化
し、これにより平滑端を有する22ケのフラグメントを
生じた。アガロースゲル電気泳動で、これらフラグメン
トの最も大きい物を互いに分離することができた。フラ
グメントが互いに分離したか否かは、DNAフラグメン
トがアガロースゲルに含まれる染色剤臭化エチジウムの
螢光によって検出され得るので、電気泳動中にアガロー
スゲルをUV光の下で時折検査することによって識るこ
とかできた。
フラグメントが互いに十分に分離した時、pBR322
の2番目に大きいHa eIIIフラグメントを含むア
ガロースの薄片を外科用メスでゲルから切り出し、透析
チューブに移した。緩衝液(89mmol/、Q )リ
ス、89mmol/42ホウ酸、2、 5mmol/i
t EDTA (pH8,2) )を切り出したゲル薄
片が完全におおわれるまで透析チューブに導入し、さら
にこの透析チューブを電気法−20= 動槽に固定して、導入したのと同じ緩衝液で電気溶出(
electroelution) した。溶出は100
vで少くとも12時間行なった。陰極と陽極を入れかえ
て、さらに5分間溶出を行った。透析チューブから緩衝
液をプラスチック容器に移した。全てのDNAがアガロ
ースゲル薄片から溶出したことを確認するために、ゲル
をUV光の下でしらべた。
フェノールで少くとも2回、緩衝液を処理し、得られた
水相を合わせてから、エタノール沈澱を行なった。生成
物を少くとも3回、7026エタノールで洗浄した。こ
のDNAを真空中で乾燥し、適当な容量のTE緩衝液に
とり、そのうちの適量を、上で述べたように調製したp
Uc12  DNAと混合し連結した。形質転換したE
、coliクローンを、50μg/mlのアンピシリン
含有しブロス平板で選別し、最少溶菌によってこれらク
ローンから分離したプラスミドDNAを、アガロースゲ
ル電気泳動によって、大きさの増加について検べた。
この方法によってpBR322からのbomDNA配列
がクローニングされたクローンでいずれの方向のものも
識別することができた。
【図面の簡単な説明】
第1図は、プラスミドpRM4およびpRM4−Not
oriの制限地図を示す説明図である。 第2図は、プラスミドpSE −1およびpUC12−
Notriの制限地図を示す説明図である。 出願人代理人  佐  藤  −雄 FIG、1

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1、メチロモナス・クラーラ(Methylomona
    sclara)での増殖に必要なpBE3フラグメント
    を有するハイブリドプラスミド。 2、pBE3をNot I で完全消化し、 2.3MDの最大フラグメントを分離することによって
    得られうる、プラスミドpBE3の複製起点を有するD
    NA断片。 3、pBE3フラングメントが2.3MDのNot I
    フラグメントである、特許請求の範囲第1項記載のハイ
    ブリドプラスミド。 4、選別マーカーをもつプラスミドを含む、特許請求の
    範囲第1項又は第3項記載のハイブリドプラスミド。 5、pBR322を含む、特許請求の範囲第4項記載の
    ハイブリドプラスミド。 6、当該プラスミドがpRMプラスミドを含む、特許請
    求の範囲第5項記載のハイブリドプラスミド。 7、当該プラスミドがpRM4を含む、特許請求の範囲
    第6項記載のハイブリドプラスミド。 8、Pvu I によって完全消化し、4.82MDの最
    大フラグメントを閉環することにより得られる、特許請
    求の範囲第7項記載のハイブリドプラスミド。 9、当該pBE3プラスミドフラグメントを選別マーカ
    ーを有するプラスミドと結合させることからなる、特許
    請求の範囲第1項又は第3項記載のpBE3フラグメン
    トを有するハイブリドプラスミドの製造法。 10、PRM4に当該pBE3プラスミドフラグメント
    が連結される、特許請求の範囲第9項記載の方法。 11、生成ハイブリドプラスミドpRM4 Notoriを完全にPvu I で消化し、該制限混合
    物をリガーゼで処理して、消化により生成した4.82
    MDの最大フラグメントをプラスミドとして分離する、
    特許請求の範囲第10項記載の方法。 12、メチル資化菌(methylotrophic 
    bac−teria)のための発現プラスミドの構築の
    ための、メチロモナス・クラーラでの増殖に必要なpB
    E3フラグメントを有するハイブリドプラスミドの使用
    。 13、メチロモナス・クラーラのための発現プラスミド
    の構築のための、特許請求の範囲第12項記載のハイブ
    リドプラスミドの使用。 14、メチロモナス・クラーラに於る芳香族トランスア
    ミナーゼのための発現プラスミドの構築のための、特許
    請求の範囲第13項記載のハイブリドプラスミドの使用
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