JP7596148B2 - アンチセンス送達用キメラペプチド - Google Patents
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Description
本出願は、2018年3月16日に出願された米国仮出願番号第62/644,202号の優先権を主張するものであり、これは参照によりその全体が本明細書に援用される。
式中、
A’は、-NHCH2C(O)NH2、-N(C1-6-アルキル)CH2C(O)NH2、
R5は、-C(O)(O-アルキル)x-OHであって、式中、xは3~10であり、各アルキル基はそれぞれが独立してC2-6-アルキルであるか、
またはR5は、-C(O)C1-6-アルキル、トリチル、モノメトキシトリチル、-(C1-6-アルキル)-R6、-(C1-6-ヘテロアルキル)-R6、アリール-R6、ヘテロアリール-R6、-C(O)O-(C1-6-アルキル)-R6、-C(O)O-アリール-R6、-C(O)O-ヘテロアリール-R6、および
式中、R6は、OH、SH、およびNH2から選択され、またはR6は、O、S、またはNHであり、それぞれが固体支持体に共有結合され;
各R1は独立してOHおよび-N(R3)(R4)から選択され、式中、各R3およびR4は、独立して-C1-6-アルキルであり、
各R2は独立してH、核酸塩基、および化学的保護基で官能化された核酸塩基から選択され、核酸塩基は、それぞれ独立してピリジン、ピリミジン、トリアジナン、プリン、およびデアザプリンから選択されるC3-6複素環リングを含み、
zは8~40であり、
E’はH、-C1-6-アルキル、-C(O)C1-6-アルキル、ベンゾイル、ステアロイル、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、トリメトキシトリチル、
式中、
Qは、-C(O)(CH2)6C(O)-または-C(O)(CH2)2S2(CH2)2C(O)-であり;
R7は、-(CH2)2OC(O)N(R8)2であり、式中、R8は、-(CH2)6NHC(=NH)NH2であり;
Lは、-C(O)(CH2)1-6-C1-6-複素芳香族-(CH2)1-6C(O)であって、式中、LはJのアミノ末端にアミド結合によって共有結合し;
Jは、2、3、4、または5つの共有結合した細胞膜透過ペプチドであり;
Gは、H、-C(O)C1-6-アルキル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され、式中、GはJのカルボキシ末端にアミド結合によって共有結合し;
以下の条件のうち少なくとも一つが真である:
1)A’は、
式中、Jは、上記で定義される通りである。
式中、Jは、上記で定義される通りである。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
式I:
のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲート、またはその薬学的に許容可能な塩であって、
式中、
A’は、-NHCH 2 C(O)NH 2 、-N(C 1-6 -アルキル)CH 2 C(O)NH 2 、
から選択され、式中、
R 5 は、-C(O)(O-アルキル) x -OHであって、式中、xは3~10であり、各アルキル基はそれぞれが独立してC 2-6 -アルキルであるか、
またはR 5 は、-C(O)C 1-6 -アルキル、トリチル、モノメトキシトリチル、-(C 1-6 -アルキル)-R 6 、-(C 1-6 -ヘテロアルキル)-R 6 、アリール-R 6 、ヘテロアリール-R 6 、-C(O)O-(C 1-6 -アルキル)-R 6 、-C(O)O-アリール-R 6 、-C(O)O-ヘテロアリール-R 6 、および
から選択され、
式中、R 6 は、OH、SH、およびNH 2 から選択され、またはR 6 は、O、S、またはNHであり、それぞれが固体支持体に共有結合され;
各R 1 は独立してOHおよび-N(R 3 )(R 4 )から選択され、式中、各R 3 およびR 4 は、独立して-C 1-6 -アルキルであり、
各R 2 は独立してH、核酸塩基、および化学的保護基で官能化された核酸塩基から選択され、前記核酸塩基は、それぞれ独立してピリジン、ピリミジン、トリアジナン、プリン、およびデアザプリンから選択されるC 3-6 複素環リングを含み、
zは8~40であり、
E’はH、-C 1-6 -アルキル、-C(O)C 1-6 -アルキル、ベンゾイル、ステアロイル、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、トリメトキシトリチル、
から選択され;
式中、
Qは、-C(O)(CH 2 ) 6 C(O)-または-C(O)(CH 2 ) 2 S 2 (CH 2 ) 2 C(O)-であり、
R 7 は、-(CH 2 ) 2 OC(O)N(R 8 ) 2 であり、式中、R 8 は、-(CH 2 ) 6 NHC(=NH)NH 2 であり;
Lは、-C(O)(CH 2 ) 1-6 -C 1-6 -複素芳香族-(CH 2 ) 1-6 C(O)であって、式中、LはJのアミノ末端にアミド結合によって共有結合し;
Jは、2、3、4、または5つの共有結合した細胞膜透過ペプチドであり;
Gは、H、-C(O)C 1-6 -アルキル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され、式中、GはJのカルボキシ末端にアミド結合によって共有結合し;
以下の条件のうち少なくとも一つが真である:
1)A’は、
または
2)E’は、
である、キメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲート、またはその薬学的に許容可能な塩。
(項目2)
Jは、2、3、4、または5つの共有結合した細胞膜透過ペプチドであり、前記細胞膜透過ペプチドは独立して両親媒性ペプチドまたはオリゴアルギニンペプチドである、項目1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目3)
前記細胞膜透過ペプチドの一つは両親媒性ペプチドであり、前記細胞膜透過ペプチドの一つはオリゴアルギニンペプチドである、項目1または2に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目4)
前記細胞膜透過ペプチドの少なくとも一つは両親媒性ペプチドであり、前記細胞膜透過ペプチドの少なくとも一つはオリゴアルギニンペプチドである、項目1~3のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目5)
Jは二つの共有結合した細胞膜透過ペプチドである、項目1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目6)
Jは、二つの共有結合した細胞膜透過ペプチドであり、前記二つの細胞膜透過ペプチドは独立して両親媒性ペプチドまたはオリゴアルギニンペプチドである、項目1~3に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目7)
Jは、二つの共有結合した細胞膜透過ペプチドであり、前記細胞膜透過ペプチドの一つは両親媒性ペプチドであり、前記細胞膜透過ペプチドの一つはオリゴアルギニンペプチドである、項目1~6のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目8)
Jは、二つの共有結合した細胞膜透過ペプチドであり、前記二つの細胞膜透過ペプチドは一つの両親媒性ペプチドおよび一つのオリゴアルギニンペプチドを含み、前記オリゴアルギニンペプチドはJのC末端であり、前記両親媒性ペプチドはJのN末端である、項目1~7のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目9)
Jは、アミド結合によって共有結合した二つの共有結合した細胞膜透過ペプチドである、項目1~8のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目10)
前記オリガルギニン(oligarginine)ペプチドが配列[(RY z R) x ]を含み、式中、Rはアルギニンであり、Yは独立してアミノヘキサン酸(X)またはB-アラニン(B)であり、zは1であり、xは1、2、3、4、または5である、項目1~9のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目11)
前記オリガルギニン(oligarginine)ペプチドが配列[(RXR)(RBR)] x または[(RBR)(RXR)] x を含み、式中、Rはアルギニンであり、Xはアミノヘキサン酸であり、BはB-アラニンであり、xは1または2である、項目1~10のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目12)
前記オリゴアルギニンペプチドが、[(RXR)(RBR)] 2 (Bpep)である、項目1~11のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目13)
前記両親媒性ペプチドが、疎水性ペプチジルセグメントおよび親水性ペプチジルセグメントを含み、前記疎水性ペプチジルセグメントが、グリシン、イソロイシン、アラニン、バリン、ロイシン、フェニルアラニン、チロシン、またはトリプトファンから独立して選択される2~10のアミノ酸の配列を含み、前記親水性ペプチジルセグメントが、荷電アミノ酸、非荷電の極性アミノ酸、または疎水性アミノ酸から独立して選択される2~20のアミノ酸の配列を含み、前記親水性ペプチジルセグメントが、少なくとも一つの非疎水性アミノ酸を含む、項目1~12のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目14)
前記疎水性セグメントが、グリシン、イソロイシン、アラニン、バリン、ロイシン、フェニルアラニン、またはトリプトファンから独立して選択される2~10のアミノ酸の配列を含む、項目1~13のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目15)
前記疎水性セグメントが、アルギニン、リジン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、セリン、スレオニン、トリプトファン、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、バリン、プロリン、またはグリシンから独立して選択される2~20のアミノ酸の配列を含み、前記親水性ペプチジルセグメントが、少なくとも一つの非疎水性アミノ酸を含む、項目1~14のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目16)
前記両親媒性ペプチドが、pVEC、Penetratinまたはメリチン(mellitin)である、項目1~15のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目17)
前記両親媒性ペプチドがPenetratinである、項目1~16のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目18)
Jが、Penetratin-Bpep(RQIKIWFQNR RMKWKKRXRR BRRXRRBR)、pVEC-Bpep(LLIILRRRIR KQAHAHSKRX RRBRRXRRBR)、メリチン-Bpep(GIGAVLKVLT TGLPALISWI KRKRQQRXRR BRRXRRBR)、またはBpep-Bpep(RXRRBRRXRR BRRXRRBRRX RRBR)である、項目1~9のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目19)
Jが、Penetratin-Bpep(RQIKIWFQNR RMKWKKRXRR BRRXRRBR)、pVEC-Bpep(LLIILRRRIR KQAHAHSKRX RRBRRXRRBR)、またはメリチン-Bpep(GIGAVLKVLT TGLPALISWI KRKRQQRXRR BRRXRRBR)である、項目1~9のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目20)
Jが、Penetratin-Bpep(RQIKIWFQNR RMKWKKRXRR BRRXRRBR)である、項目1~9のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目21)
E’が、H、-C 1-6 -アルキル、-C(O)C 1-6 -アルキル、ベンゾイル、ステアロイル、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、トリメトキシトリチル、および
から選択される、項目1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目22)
A’が、-N(C 1-6 -アルキル)CH 2 C(O)NH 2 、
から選択される、項目1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目23)
E’が、H、-C(O)CH 3 、ベンゾイル、ステアロイル、トリチル、4-メトキシトリチル、および
から選択される、項目1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目24)
A’が、-N(C 1-6 -アルキル)CH 2 C(O)NH 2 、
から選択され、
E’が、
である、項目1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目25)
A’が、
であり、
E’が、H、-C(O)CH 3 、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される、項目1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目26)
前記式Iのペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートが、:
から選択されるペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートであって、
式中、E’がH、C 1-6 -アルキル、-C(O)CH 3 、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される、項目1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目27)
前記ペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートが、前記式(Ia)のものである、項目1または26に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目28)
前記ペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートが、前記式(Ib)のものである、項目1または26に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目29)
各R 1 がN(CH 3 ) 2 である、項目1~28のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目30)
各R 2 が核酸塩であり、それぞれ独立してアデニン、グアニン、シトシン、5-メチル-シトシン、チミン、ウラシル、およびヒポキサンチンから選択される、項目1~29のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目31)
Lが、-C(O)(CH 2 ) 1-6 -トリアゾール-(CH 2 ) 1-6 C(O)-である、項目1~30のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目32)
Lが、
である、項目1~31のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目33)
Gが、H、C(O)CH 3、 ベンゾイル、およびステアロイルから選択される、項目1~32のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目34)
Gが、Hまたは-C(O)CH 3 である、項目1~33のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目35)
Gが、Hである、項目1~34のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目36)
Gが、-C(O)CH 3 である、項目1~35のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目37)
前記キメラオリゴヌクレオチド-ペプチドコンジュゲートが、コンジュゲートされていないオリゴヌクレオチドと比較して、取込みにおける少なくとも20倍の改善を示す、項目1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目38)
前記キメラオリゴヌクレオチド-ペプチドコンジュゲートが、非キメラオリゴヌクレオチド-ペプチドコンジュゲートと比較して、取込みにおける少なくとも2倍の改善を示す、項目1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目39)
前記キメラオリゴヌクレオチド-ペプチドコンジュゲートが、非キメラPenetratin-ペプチドコンジュゲートと比較して、取込みにおける改善を示す、項目1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
(項目40)
項目1~39のいずれか一項に記載の化合物、またはその薬学的に許容可能な塩、および少なくとも一つの薬学的に許容可能な担体を含む、キメラ組成物。
(項目41)
それを必要とする対象における疾患を治療する方法であって、項目1に記載のキメラ組成物の治療有効量を前記対象に投与することを含む方法。
(項目42)
前記疾患が神経筋疾患である、項目41に記載の方法。
(項目43)
前記神経筋疾患がデュシェンヌ型筋ジストロフィーである、項目42に記載の方法。
以下は、本開示を説明するために使用される様々な用語の定義である。これらの定義は、特定の場合において、個別にまたはより大きなグループの一部として限定されない限り、本明細書および請求項全体を通して使用される用語に適用される。
本明細書において、キメラ細胞膜浸透ペプチドに化学的に結合するオリゴヌクレオチドが提供される。キメラ細胞膜透過ペプチドはオリゴヌクレオチドの活性、細胞分布、または細胞取込みを強化する。特に、キメラ細胞膜透過ペプチドは、両親媒性ペプチドおよびオリゴアルギニンペプチドを含む。オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの活性、細胞分布、または細胞取込みをさらに強化する一つまたは複数のヘテロアルキル部分(例えば、ポリエチレングリコール)にさらに化学結合され得る。一つの例示的実施形態では、キメラ細胞膜透過ペプチドは、そのN末端残基またはC末端残基で、オリゴヌクレオチドのいずれかの末端または両端に共有結合される。
式中、
A’は、-NHCH2C(O)NH2、-N(C1-6-アルキル)CH2C(O)NH2、
R5は、-C(O)(O-アルキル)x-OHであって、式中、xは3~10であり、各アルキル基それぞれが独立してC2-6-アルキルであるか、
またはR5は、-C(O)C1-6-アルキル、トリチル、モノメトキシトリチル、-(C1-6-アルキル)-R6、-(C1-6-ヘテロアルキル)-R6、アリール-R6、ヘテロアリール-R6、-C(O)O-(C1-6-アルキル)-R6、-C(O)O-アリール-R6、-C(O)O-ヘテロアリール-R6、および
式中、R6は、OH、SH、およびNH2から選択され、またはR6は、O、S、またはNHであり、それぞれが固体支持体に共有結合され;
各R1は独立してOHおよび-N(R3)(R4)から選択され、式中、各R3およびR4は、独立して-C1-6-アルキルであり、
各R2は独立してH、核酸塩基、および化学的保護基で官能化された核酸塩基から選択され、核酸塩基は、それぞれ独立してピリジン、ピリミジン、トリアジナン、プリン、およびデアザプリンから選択されるC3-6複素環リングを含み、
zは8~40であり、
E’はH、-C1-6-アルキル、-C(O)C1-6-アルキル、ベンゾイル、ステアロイル、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、トリメトキシトリチル、
式中、
Qは、-C(O)(CH2)6C(O)-または-C(O)(CH2)2S2(CH2)2C(O)-であり、
R7は、-(CH2)2OC(O)N(R8)2であり、式中、R8は、-(CH2)6NHC(=NH)NH2であり;
Lは、-C(O)(CH2)1-6-C1-6-複素芳香族-(CH2)1-6C(O)であって、式中、LはJのアミノ末端にアミド結合によって共有結合し;
Jは、2、3、4、または5つの共有結合した細胞膜透過ペプチドであり;
Gは、H、-C(O)C1-6-アルキル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され、式中、GはJのカルボキシ末端にアミド結合によって共有結合し;
以下の条件のうち少なくとも一つが真である:
1)A’は、
E’は、
別の実施形態では、A’は、
E’は、H、-C(O)CH3、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される。
式中、E’はH、C1-6-アルキル,-C(O)CH3,、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される。
GはHまたは-C(O)CH3であり、
R2は、アデニン、グアニン、シトシン、5-メチル-シトシン、チミン、ウラシル、およびヒポキサンチンから独立して選択される核酸塩基であり、
zは8~40であり、
CPは、はPenetratin-Bpep(RQIKIWFQNR RMKWKKRXRR BRRXRRBR)、pVEC-Bpep(LLIILRRRIR KQAHAHSKRX RRBRRXRRBR)、メリチン-Bpep(GIGAVLKVLT TGLPALISWI KRKRQQRXRR BRRXRRBR)、またはBpep-Bpep(RXRRBRRXRR BRRXRRBRRX RRBR)から独立して選択され、式中、Xはアミノヘキサン酸であり、Bはβ-アラニンである。
モルホリノ系のサブユニットの重要な特性は、1)安定な、非荷電または正荷電のバックボーン鎖結合によってオリゴマー形態で結合する能力、2)形成されるポリマーが、比較的短いオリゴヌクレオチド(10~15塩基)でTM値約45℃超の、標的RNAを含む、相補的塩基標的核酸とハイブリダイズできるように、ヌクレオチド基(例えば、アデニン、シトシン、グアニン、チミジン、ウラシル、5-メチル-シトシン、およびヒポキサンチン)を支持する能力、3)オリゴヌクレオチドが哺乳類細胞に能動的または受動的に輸送される能力、および4)RNAseおよびRNase H分解に抵抗するオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド:RNAヘテロ二本鎖の能力を含む。
式中、
Aは、OH、-NHCH2C(O)NH2、-N(C1-6-アルキル)CH2C(O)NH2、
R5は-C(O)(O-アルキル)xOHであり、xは3~10であり、各アルキル基は独立して-C2-6-アルキルであり、またはR5は、-C(O)C1-6-アルキル、トリチル、モノメトキシトリチル、-C1-6-アルキル-R6、-C1-6-ヘテロアルキル-R6,-アリール-R6,-ヘテロアリール-R6,-C(O)O-C1-6-アルキル-R6,-C(O)O-アリール-R6、および-C(O)O-ヘテロアリール-R6からなる群から選択され、
R6は、OH、SH、およびNH2からなる群から選択され、またはR6は、O、S、またはNHであり、固体支持体に共有結合され、
各R1は、独立してOHまたは-NR3R4であり、
各R3およびR4はそれぞれ独立して-C1-6-アルキルであり、
各R2は、H、核酸塩基、および化学的保護基で官能化された核酸塩基からからなる群から独立して選択され、核酸塩基は独立して、ピリジン、ピリミジン、トリアジナン、プリン、およびデアザプリンから選択されるC3-6複素環リングを含み、
zは8~40であり、
Eは、H、-C1-6-アルキル、-C(O)C1-6-アルキル、ベンゾイル、ステアロイル、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、トリメトキシトリチルからなる群から選択され、
R7は-(CH2)2OC(O)N(R8)2であり、
R8は-(CH2)6NHC(=NH)NH2であり、
式IIの一実施形態では、Aは
Eは、H、-C(O)CH3、ベンゾイル、およびステアロイルからなる群から選択され、
R5は、-C(O)(O-アルキル)x-OHであって、式中、各アルキル基はそれぞれ独立して-C2-6-アルキル、トリチル、および4-メトキシトリチルであり、
各R2は独立して核酸塩基であり、核酸塩基はそれぞれ独立して、ピリジン、ピリミジン、プリン、およびデアザプリンから選択されるC4-6-複素環リングを含む。
各R2は独立して核酸塩基であり、核酸塩基はそれぞれ独立してピリミジンまたはプリンを含む。
各R1は-N(CH3)2である。
表1:ヌクレオチド部分の様々な実施形態。
本明細書に提供されるオリゴヌクレオチドは、キメラペプチドに結合したオリゴヌクレオチド部分を含む。特に、キメラペプチドは二つの共有結合した細胞膜透過ペプチドであり、二つの細胞膜透過ペプチドは独立して両親媒性ペプチドまたはオリゴアルギニンペプチドである。
本明細書において、式I、Ia、またはIbのペプチド-オリゴヌクレオチド-コンジュゲートを対象に投与することを含む、それを必要とする対象における神経筋疾患、筋疾患、ウイルス感染、または細菌感染症を治療する方法が提供される。
治療組成物の製剤化およびそれらのその後の投与(投薬)は、当業者の技能の範囲内である。投薬は、治療される病態の重症度および応答性に依存し、治療過程は数日~数ヶ月継続されるか、または病態の十分な減退が達成されるまで継続される。最適な投薬スケジュールは、患者の体内での薬物蓄積の測定値から計算され得る。
その他の実施形態では、キットが提供される。本開示によるキットは、オリゴヌクレオチド、ペプチド、ペプチド-オリゴヌクレオチド-コンジュゲート、または本開示の組成物を含むパッケージを含む。いくつかの実施形態では、キットは、式I、Ia、またはIb、によるペプチド-オリゴヌクレオチド-コンジュゲート、または薬学的に許容可能な塩を含む。いくつかの実施形態では、キットは、式IIまたはIIaによるオリゴヌクレオチド、または薬学的に許容可能な塩を含む。いくつかの実施形態では、キットは、式IIIによるペプチド、または薬学的に許容可能な塩を含む。
高速フローペプチド合成
自動フローペプチド合成物を使用して0.1-mmolスケールでペプチドを合成した。ChemMatrix Rink Amide HYR樹脂(200mg)を90℃で維持された反応器に装填した。すべての試薬を、反応器に導入する前に90℃で維持されたステンレス鋼ループを通してHPLCポンプを用いて80mL/分で流した。各結合について、DMF中アミノ酸0.2MとHATU 0.2Mを含む溶液10mLを、ジイソプロピルエチルアミン200μLと混合し、反応器に送液した。Fmoc除去は、20%(v/v)ピペリジン10.4mLを使用して達成された。それぞれの工程間で、DMF15mLを使用して反応器を洗浄した。最終的な結合は、アミノ酸ではなく、4-ペンチン酸であったが、同じ条件を使用していた。合成の完了後、樹脂をDCMを用いて3回洗浄し、真空下で乾燥させた。
各ペプチドは、試薬K 6mL(トリフルオロ酢酸82.5%、フェノール5%、水5%、チオアニソール5%、および1,2-エタンジオール(EDT)2.5%)を用いた処置によって、同時グローバル側鎖脱保護および樹脂からの切断に供された。切断は、Pbfの完全な除去を確保するために、室温で16時間放置された。切断カクテルを濾過して樹脂を除去し、混合物を通してN2を泡立てることによって蒸発させた。次いで、約35mLの低温エーテルを加え、粗生成物を三分間遠心分離によってペレット化した。このエーテルの粉砕および遠心分離をさらに二回繰り返した。三回目の洗浄後、ペレットを水50%、アセトニトリル50%中で再溶解し、凍結乾燥した。
溶媒A:TFA 0.1%を含有する水
溶媒B:TFA 0.1%を含有するアセトニトリル
凍結乾燥ペプチドを最小体積の移動相(A 95%、B 5%)に溶解した。溶液を質量ベースの精製システムに取付られた逆相HPLCカラム(Agilent Zorbax SB C18カラム:9.4×250mm、5μmまたはAgilent Zorbax SB C3カラム:9.4×250mm、5μm)に装填した。線形グラジエントは、0.5% B/分で、5% B~55% Bで実行された。機器からの各画分についての質量データを使用して、純粋な画分のみをプールし、凍結乾燥した。画分プールの純度はLC-MSによって確認された。
表2:細胞膜透過ペプチド
PMO IVS-654(R2=5’-GCT ATT ACC TTA ACC CAG-3’;z=18)(200mg,32μmol)をDMSO 600μL中で溶解した。この溶液に、HBTU(DMF中、0.4M HBTU 320μL、128μmol)で活性化された4当量の5-アジドペンタン酸(13.6μL、128μL)およびDFA 244μL中のDIEA(22.3μL、128μmol)を含む溶液を加えた(最終反応量=1.2mL)。反応は、水1mL、および水酸化アンモニウム2mLで急冷する前に25分間にわたって行われた。水酸化アンモニウムは、反応の過程で形成されたエステルを加水分解する。1時間後、溶液を40mLに希釈し、逆相HPLC(Agilent Zorbax SB C3カラム:21.2×100mm、5μm)および線形グラジエント2~60% B(溶媒A:水、溶媒B:アセトニトリル)を用いて、58分間にわたって精製した(1% B/分)。機器からの各画分についての質量データを使用して、純粋な画分のみをプールし、凍結乾燥した。画分プールの純度はLC-MSによって確認された。凍結乾燥により、171mgの乾燥粉末(収率84%)を得た。
アジド/アルキンヒュスゲン環化付加によるPMO-ペプチドコンジュゲートの一般的手順
セプタムキャップを有する20mLシンチレーションバイアルを、ペプチドアルキン(1.1μmol)、ISV2-654アジド(0.95μmol)、および臭化銅(0.05mmol)で充填した。バイアルを5分間にわたって窒素でパージして、セプタムを通したDMFの約1mLの添加前に酸素の除去を確実にした。反応混合物を1分間ボルテックスした。2時間後、反応混合物を50Mmトリス(pH8)10mLで希釈し、逆相HPLCカラム(Agilent Zorbax SB C3 9.4×50mm、5μm)に装填した。クロマトグラフィーを、5~45% Bから線状グラジエントを用いて20分間にわたって実施した。溶媒A:酢酸アンモニウム5mM 水中のpH=8、溶剤B:酢酸アンモニウム5mM アセトニトリル90% 水10%中のpH=8。機器からの各画分についての質量データを使用して、純粋な画分のみをプールし、凍結乾燥した。画分プールの純度はLC-MSによって確認された。
フルオロフォア標識されたPMO-ペプチドコンジュゲートについて、有機染料をPMOへのコンジュゲート前に付着させた。等モルのSulfoCy5マレイミドを、H2O 1mL中のシステイン含有ペプチドにコンジュゲートした。30分後、反応物質は、pVECおよびpVEC-Bpepについて、80分超にわたり5~45% Bから線形グラジエントを用いて、またBpepについて、60分超にわたり1~31% Bから線形グラジエントを用いて、逆相HPLCによって精製された。移動相A:TFA 0.1%を含む水。移動相B:TFA 0.1%を含むアセトニトリル。
キメラペプチド-オリゴヌクレオチド-コンジュゲートのライブラリを試験するため、GFP蛍光のフローサイトメトリー分析を実施した。HeLa 654細胞は、37℃および5% CO2で、10%(v/v)ウシ胎児血清(FBS)および1%(v/v)ペニシリンストレプトマイシンで補充したMEM中で維持された。処置の18時間前、細胞は、10% FBSおよび1% ペニシリンスプレプトマイシンで補充したMEMの96ウェルプレート内に、ウェル当たり5,000細胞の密度で播種された。実験日、各PMO-ペプチドコンジュゲートのストックをリン酸緩衝血清(PBS)中で調製した。ストックの濃度は、260nmで吸光度を測定して、かつ168,700Lmol-1 cm-1の減衰係数を使用して決定された。細胞を、37℃および5% CO2で22時間にわたり、10% FBSおよび1%ペニシリンストレプトマイシンで補充されたMEM中の5μMの濃度で、各々のコンジュゲートとインキュベートした。次に、処置培地を吸引し、細胞をトリプシン-EDTA 0.25%とともに15分間、37℃および5% CO2でインキュベートし、PBSで1x洗浄し、2% FBSおよび2μg/mL ヨウ化プロピジウムでPBS中に再懸濁した。BD LSRIIフローサイトメーター上でフローサイトメトリー分析を実施した。細胞がヨウ化プロピオジウムに対して極めて陽性であるか、または主要な細胞群から十分に異なる前方/側方散乱測定値を有する細胞が確実に除外されるようにゲートがデータに適用された。各ヒストグラムは、PMO-メリチン-Bpepで処置された細胞を除いて、少なくとも3,000個のゲートイベントを含む。
表3: コンジュゲートされていないPMOおよび単一CPP-PMOコンジュゲートと比較したキメラペプチド-オリゴヌクレオチド-コンジュゲート。
多様なエンドサイトーシスのメカニズムを阻害するために、パルス追跡実験を実施した。手短に、HeLa 654細胞は、10% FBSおよび1% ペニシリンスプレプトマイシンで補充したMEMの96ウェルプレート内に、ウェル当たり5,000細胞の密度で播種された。翌日、各阻害剤を用いて指示された濃度で細胞を処置した。30分後、PMO-ペプチドコンジュゲートを5μMの濃度で各ウェルに添加した。37℃および5% CO2で約3時間インキュベーションした後、処置培地を新鮮な培地(阻害剤またはPMO-ペプチドなし)に置き換え、細胞を37℃および5% CO2でさらに22時間にわたり増殖させた。4℃の実験について、播種後、細胞を4℃で30分間プレインキュベートし、続いて、5μMの濃度で各ウェルにPMO-ペプチドコンジュゲートを添加した。4℃で約3時間インキュベーションした後、処置培地を新鮮な培地に置き換え、細胞を37℃および5% CO2でさらに22時間にわたり増殖させた。次いで試料調製およびフローサイトメトリーを上述のように実施した。20μM サイトカラシンDでの処置を除いて、各ヒストグラムは少なくとも3,000個のゲートイベントを含む。
HeLa 654細胞は、10% FBSおよび1% ペニシリンスプレプトマイシンで補充したMEMの#1.5カバーガラスガラスボトム 96ウェルプレート内に、ウェル当たり5,000細胞の密度で播種された。24時間後、PMO-SulfoCy5-ペプチドコンジュゲートを5μMの濃度で各ウェルに添加した。その6時間後(撮像の18時間前)、3μL CellLight(TM)初期エンドソーム-RFP、BacMam 2.0を各ウェルに添加した(細胞当たり30粒子に対応)。撮像準備のため、処置培地を吸引し、細胞をPBSで二回洗浄し、細胞をPBS中2μg/mL ヘキスト(Hoescht)で10分間染色し、続いてさらに2回PBSで洗浄した。最後に、細胞をRPIスピニングディスク共焦点顕微鏡上でPBS中で撮像した。
本明細書全体を通して引用されるすべての参考文献(参考文献、交付済み特許、公開済特許出願、および同時係属中の特許出願を含む)の内容は、本明細書においてそれらの全体が本明細書に援用される。別途定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術的用語および科学的用語は、当業者に一般に公知の意味が付与される。
当業者は、本明細書に記載される開示の特定の実施形態の多くの同等物を認識し、または通常の実験のみを用いて確認することができるだろう。または日常的な実験のみを使用して確認することができるであろう。こうした均等物は、以下の請求項に包含されることが意図される。
Claims (28)
- 式I:
のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲート、またはその薬学的に許容可能な塩であって、
式中、
A’は、-NHCH2C(O)NH2、-N(C1-6-アルキル)CH2C(O)NH2、
から選択され、式中、
R5は、-C(O)(O-アルキル)x-OHであって、式中、xは3~10であり、各アルキル基はそれぞれが独立してC2-6-アルキルであるか、
またはR5は、-C(O)C1-6-アルキル、トリチル、モノメトキシトリチル、-(C1-6-アルキル)-R6、-(C1-6-ヘテロアルキル)-R6、アリール-R6、ヘテロアリール-R6、-C(O)O-(C1-6-アルキル)-R6、-C(O)O-アリール-R6、-C(O)O-ヘテロアリール-R6、および
から選択され、
式中、R6は、OH、SH、およびNH2から選択され、またはR6は、O、S、またはNHであり、それぞれが固体支持体に共有結合され;
各R1は独立してOHおよび-N(R3)(R4)から選択され、式中、各R3およびR4は、独立して-C1-6-アルキルであり、
各R2は独立して核酸塩基または化学的保護基で官能化された核酸塩基であり、前記核酸塩基は、それぞれ独立してピリジン、ピリミジン、トリアジナン、プリン、およびデアザプリンから選択されるC3-6複素環リングを含み、
zは8~40であり、
E’はH、-C1-6-アルキル、-C(O)C1-6-アルキル、ベンゾイル、ステアロイル、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、トリメトキシトリチル、
から選択され;
式中、
Qは、-C(O)(CH2)6C(O)-または-C(O)(CH2)2S2(CH2)2C(O)-であり、
R7は、-(CH2)2OC(O)N(R8)2であり、式中、R8は、-(CH2)6NHC(=NH)NH2であり;
Lは、-C(O)(CH2)1-6-C1-6-複素芳香族-(CH2)1-6C(O)-であって、式中、LはJのアミノ末端にアミド結合によって共有結合し;
Jは、2、3、4、または5つの共有結合した細胞膜透過ペプチドであり;
GはJのカルボキシ末端に共有結合してG’-NH-C(O)-を形成し、ここで、G’は、H、-C(O)C1-6-アルキル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択され;
以下の条件のうち少なくとも一つが真である:
1)A’は、
または
2)E’は、
であり、
前記細胞膜透過ペプチドの少なくとも一つは両親媒性ペプチドであり、前記細胞膜透過ペプチドの少なくとも一つはオリゴアルギニンペプチドであり、
前記両親媒性ペプチドは、疎水性ペプチジルセグメントおよび親水性ペプチジルセグメントを含み、
前記オリゴアルギニンペプチドは、配列[(RYzR)x]であり、ここで、Rはアルギニンであり、Yは独立してアミノヘキサン酸(X)またはβ-アラニン(β)であり、zは1であり、xは1、2、3、4、または5であり、
前記両親媒性ペプチドは、配列[(RY z R) x ]を含まず、
前記キメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートは、RNAの標的領域に相補的である、
キメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲート、またはその薬学的に許容可能な塩。 - Jは、二つの共有結合した細胞膜透過ペプチドであり、前記細胞膜透過ペプチドの一つは両親媒性ペプチドであり、前記細胞膜透過ペプチドの一つはオリゴアルギニンペプチドである、請求項1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- Jは、二つの共有結合した細胞膜透過ペプチドであり、前記二つの細胞膜透過ペプチドは一つの両親媒性ペプチドおよび一つのオリゴアルギニンペプチドを含み、前記オリゴアルギニンペプチドはJのC末端であり、前記両親媒性ペプチドはJのN末端である、請求項1および2のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- 前記オリゴアルギニンペプチドが配列[(RXR)(RβR)]xまたは[(RβR)(RXR)]xを含み、式中、Rはアルギニンであり、Xはアミノヘキサン酸であり、βはβ-アラニンであり、xは1または2である、請求項1~3のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- 前記オリゴアルギニンペプチドが、[(RXR)(RβR)]2(Bpep)である、請求項1~4のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- 前記疎水性ペプチジルセグメントが、グリシン、イソロイシン、アラニン、バリン、ロイシン、フェニルアラニン、またはトリプトファンから独立して選択される2~10のアミノ酸の配列を含む、請求項1~5のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- 前記両親媒性ペプチドが、pVEC、Penetratinまたはメリチン(mellitin)である、請求項1~5のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- 前記両親媒性ペプチドがPenetratinである、請求項1~5のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- Jが、Penetratin-Bpep(RQIKIWFQNR RMKWKKRXRR βRRXRRβR)、pVEC-Bpep(LLIILRRRIR KQAHAHSKRX RRβRRXRRβR)、またはメリチン-Bpep(GIGAVLKVLT TGLPALISWI KRKRQQRXRR βRRXRRβR)である、請求項1~3のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- Jが、Penetratin-Bpep(RQIKIWFQNR RMKWKKRXRR βRRXRRβR)、pVEC-Bpep(LLIILRRRIR KQAHAHSKRX RRβRRXRRβR)、またはメリチン-Bpep(GIGAVLKVLT TGLPALISWI KRKRQQRXRR βRRXRRβR)である、請求項1~3のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- Jが、Penetratin-Bpep(RQIKIWFQNR RMKWKKRXRR βRRXRRβR)である、請求項1~3のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- E’が、H、-C1-6-アルキル、-C(O)C1-6-アルキル、ベンゾイル、ステアロイル、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、トリメトキシトリチル、および
から選択される、請求項1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。 - A’が、-N(C1-6-アルキル)CH2C(O)NH2、
から選択される、請求項1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。 - E’が、H、-C(O)CH3、ベンゾイル、ステアロイル、トリチル、4-メトキシトリチル、および
から選択される、請求項1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。 - A’が、-N(C1-6-アルキル)CH2C(O)NH2、
から選択され、
E’が、
である、請求項1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。 - A’が、
であり、
E’が、H、-C(O)CH3、トリチル、4-メトキシトリチル、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される、請求項1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。 - 前記式Iのキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートが、:
から選択されるキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートであって、
式中、E’がH、C1-6-アルキル、-C(O)CH3、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される、請求項1に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。 - 前記キメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートが、前記式(Ia)のものである、請求項17に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- 前記キメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートが、前記式(Ib)のものである、請求項17に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- 各R1がN(CH3)2である、請求項1~19のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- 各R2が核酸塩基であり、それぞれ独立してアデニン、グアニン、シトシン、5-メチル-シトシン、チミン、ウラシル、およびヒポキサンチンから選択される、請求項1~20のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- Lが、-C(O)(CH2)1-6-トリアゾール-(CH2)1-6C(O)-である、請求項1~21のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- Lが、
である、請求項1~22のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。 - G’が、H、C(O)CH3、ベンゾイル、およびステアロイルから選択される、請求項1~23のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- G’が、Hまたは-C(O)CH3である、請求項1~24のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- G’が、Hである、請求項1~25のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- G’が、-C(O)CH3である、請求項1~25のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩。
- 請求項1~27のいずれか一項に記載のキメラペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲート、またはその薬学的に許容可能な塩、および少なくとも一つの薬学的に許容可能な担体を含む、キメラ組成物。
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