JP7098608B2 - Atpを利用した物質の製造方法 - Google Patents
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Description
本発明の一実施形態において、ATPを利用して物質を製造する方法であって、当該製造方法においてATPから生成されたADPに、2型ポリリン酸キナーゼとポリリン酸とを反応させてATPを再生するATP再生反応と、当該製造方法とが共役しており、当該製造方法で利用されるATPは、当該製造方法と共役している当該ATP再生反応によって再生されたATPを含み、当該2型ポリリン酸キナーゼの基質として、重合度15以上のポリリン酸を48%以上含むポリリン酸混合物とを用いることを特徴とする物質の製造方法を提供する。
本発明の一実施形態において、2型ポリリン酸キナーゼと、当該2型ポリリン酸キナーゼの基質として、重合度15以上のポリリン酸を48%以上含むポリリン酸混合物とを用いることが好ましい。本発明の一実施形態において、上記のような高重合度のポリリン酸を一定量以上含むポリリン酸混合物を用いることにより、安価で、かつ、高い変換率で、物質を製造することができる。
本発明の一実施形態において、2型ポリリン酸キナーゼが、Pseudomonas aeruginosa由来2型ポリリン酸キナーゼ(以下、「PNDK」とも称する。)、Synechococcus sp. PCC6312株由来2型ポリリン酸キナーゼ(以下、「Sy PPK2」とも称する。)、Corynebacterium efficiens由来2型ポリリン酸キナーゼ(以下、「CE PPK2」とも称する。)、Kineococcus radiotolerans由来2型ポリリン酸キナーゼ(以下、「KR PPK2」とも称する。)、Pannonibacter indicus由来2型ポリリン酸キナーゼ(以下、「PI PPK2」とも称する。)、Deinococcus radiodurans K1株由来2型ポリリン酸キナーゼ(以下、「DR PPK2」とも称する。)、Gulbenkiania indica由来2型ポリリン酸キナーゼ(以下、「GI PPK2」とも称する。)、Arthrobactor aurescens TC1由来2型ポリリン酸キナーゼ(以下、「AA PPK2」とも称する。)、Thiobacillus denitrificans ATCC25259株由来2型ポリリン酸キナーゼ(以下、「TD PPK2」とも称する。)、およびPseudomonas fluorescens由来2型ポリリン酸キナーゼ(以下、「PF PPK2」とも称する。)からなる群より選択される少なくとも一つであることを特徴とする、物質の製造方法を提供する。
好ましくは、PPK2活性を有する生細胞を用いない。より好ましくはPPK2活性を有する生細胞および損傷していない死滅細胞を用いない。
本発明の一実施形態において、上記タンパク質をコードするPPK2遺伝子を提供する。
本発明の一実施形態において、<3.PPK2遺伝子>の項に記載の遺伝子を含むベクターを提供する。本ベクターとしては、形質転換体作製のために宿主細胞内で、上記遺伝子を発現させるための発現ベクターのほか、組換えタンパク質の生産に用いるものも含まれる。
本発明の一実施形態において、<3.遺伝子>の項に記載の遺伝子または<4.ベクター>の項に記載の組換えベクターを含む形質転換体を提供する。ここで、「遺伝子またはベクターを含む」とは、公知の遺伝子工学的手法(遺伝子操作技術)により、対象細胞(宿主細胞)内に発現可能に導入されていることを意味する。また、上記「形質転換体」とは、細胞・組織・器官のみならず、生物個体を含む意味である。
本発明の一実施形態において、ATPを利用した物質の製造は、ATP由来のエネルギーを消費して物質を製造する方法であれば特段限定されない。ATPを利用した物質の製造としては、例えば、酸化型グルタチオンの製造、還元型グルタチオンの製造、S-アデノシルメチオニンの製造、糖リン酸の製造、アセチルCoAの製造、プロパノイルCoAの製造、オキシルシフェリンの製造、グアノシン3’-二リン酸5’-三リン酸の製造、5-ホスホリボシル1-ピロリン酸の製造、アシル-CoAの製造、ビオチン-CoAの製造、アミノアシル-tRNAの製造、環状RNAの製造、L-アスパラギンの製造、L-アスパラギン酸の製造、糖ヌクレオチドの製造、3’-ホスホアデノシン-5’-ホスホ硫酸の製造等が挙げられる。当業者であれば、ATPを利用して物質を生成する酵素反応に関して、例えば、KEGG(http://www.genome.jp/kegg/)を検索することによって、上述した以外の反応も容易に理解することができる。
本発明の一実施形態において、以下の(1)および(2)の工程を含むことを特徴とする、物質の製造方法を提供する。:
(1)L-グルタミン酸とL-シスチンとを反応させて、酸化型γ-グルタミルシステインを製造する工程、および
(2)上記(1)で得られた酸化型γ-グルタミルシステインとグリシンとを反応させて、酸化型グルタチオンを製造する工程。
本発明の一実施形態において、以下の(1)および(2)の工程を含むことを特徴とする、物質の製造方法を提供する。:
(1)L-グルタミン酸とL-システインとを反応させて、γ-グルタミルシステインを製造する工程、および
(2)上記(1)で得られたγ-グルタミルシステインとグリシンとを反応させて、還元型グルタチオンを製造する工程。
(1)L-グルタミン酸とL-シスチンとを反応させて、酸化型γ-グルタミルシステインを製造する工程、および
(2)上記(1)で得られた酸化型γ-グルタミルシステインとグリシンとを反応させて、酸化型グルタチオンを製造する工程。
国際公開第2006/080313号公報に記載の情報に基づき、Pseudomonas aeruginosa由来ポリリン酸キナーゼ(NCBI Reference Sequence:WP_023109529)(アミノ酸配列:配列番号1、塩基配列:配列番号11)のN末端側81アミノ酸を切断し、82番目のアラニンを開始コドンであるメチオニンに置換したポリペプチドをコードする遺伝子を大腸菌宿主に対応するようコドン最適化した遺伝子配列の5’端にNdeIサイト、3’端にEcoRIサイトを付加した配列をユーロフィンジェノミクス社にて化学合成した。この遺伝子をNdeI及びEcoRIで消化し、プラスミドpUCN18(PCR法によりpUC18(タカラバイオ社製)の185番目のTをAに改変してNdeIサイトを破壊し、更に471-472番目のGCをTGに改変することにより新たにNdeIサイトを導入したプラスミド)のlacプロモーターの下流のNdeI認識部位とEcoRI認識部位の間に挿入し、組換えベクターpPPKを構築した。
参考例1で構築した組換えベクターpPPKを用いて、E.coli HB101コンピテントセル(タカラバイオ社製)を形質転換し、組換え生物E.coli HB101(pPPK)を得た。また、pUCN18を用いて、E.coli HB101コンピテントセル(タカラバイオ社製)を形質転換し、組換え生物E.coli HB101(pUCN18)を得た。
参考例2で得た2種類の組換え生物(E.coli HB101(pUCN18)、E.coli HB101(pPPK)を、200μg/mlのアンピシリンを含む、5mlの2×YT培地(1.6% トリプトン、1.0% イーストエキス、0.5% 塩化ナトリウム、pH7.0)に接種し、37℃で24時間振盪培養した。上記の培養で得られたそれぞれの培養液について、遠心分離により菌体を集め、1mlの50mM Tris-HCl緩衝液(pH8.0)に懸濁した。これを、UH-50型超音波ホモゲナイザー(SMT社製)を用いて破砕した後、遠心分離により菌体残渣を除去し、無細胞抽出液を得た。
参考例2で取得したE.coli HB101(pPPK)を200μg/mlのアンピシリンを含む、50mlの2×YT培地(1.6% トリプトン、1.0% イーストエキス、0.5% NaCl、pH7.0)に接種し、37℃で24時間振とう培養した。参考例3に記載の方法で酵素活性を測定すると、酵素活性は、120U/mLであった。続いて、遠心分離により菌体を集め、2.5mlの50mM Tris-HCl緩衝液(pH8.0)に懸濁し、超音波破砕したものを酵素液とした。
(A)L-グルタミン酸とL-シスチンとから酸化型γ-グルタミルシステインを製造する工程、および(B)酸化型γ-グルタミルシステインとグリシンとから酸化型グルタチオンを製造する工程の2段階の工程により、酸化型グルタチオンの製造を行った(国際公開第2016/002884号公報の<実施例1>に記載された方法を一部改変した方法により、酸化型γ-グルタミルシステインの製造を行った。)。
0.3629gのL-グルタミン酸Na1水和物(2.15mmol)、0.3113gのL-シスチン2塩酸塩(0.99mmol)、0.7079gの硫酸マグネシウム7水和物、0.0583gのATP(0.11mmol)、0.8gのメタリン酸Na、12gの蒸留水を混合し、0.8gの15重量% 水酸化ナトリウム水溶液でpHを7.5に調整した。その溶液に、2gの大腸菌K12株由来γ-グルタミルシステイン合成酵素(GSHI)酵素液、および反応液中の総PPK2活性が20U/mLとなるようにポリリン酸キナーゼ酵素液を添加し、反応を開始した。反応温度は30℃で、6~8時間の反応を行なった。
続いて、上記反応液に、0.19gのグリシン(2.53mmol)、2gのグルタチオン合成酵素液、既定量のポリリン酸キナーゼ酵素液、0.21gの硫酸マグネシウム7水和物、0.04gのATP、0.92gのメタリン酸Na水溶液(36.2wt%)を添加し、反応を開始した。この際、1.1gの15重量% 水酸化ナトリウム水溶液でpHを7.5に調整した。反応温度は30℃で、8時間の反応を行なった。その後、反応を停止させ、反応液を分析した。
ATP再生系において2型ポリリン酸キナーゼの基質となるポリリン酸混合物を複数調製して、酸化型グルタチオンの製造を行った。ポリリン酸混合物の調製は、当該技術分野における通常の方法に基づいてポリリン酸の合成を行い、それを混合することによって行った。また、酸化型グルタチオンの製造は、製造例1の方法に基づいて行った。
・イオンクロマトグラフ
・機種:サーモフィッシャーサイエンティフィック製ICS-2100
・カラム:IonPac AG11,AS11(4mm×250mm)
・溶離液:KOHグラジエント
・溶離液流量:1.0mL/分
・試料注入量:25μL
・カラム温度:35℃
・検出器:電気伝導度検出器
各重合度の含量の算出は、全ピークの面積の和を100%とし、各ピークの面積の割合を算出することにより行った。
・重合度15以上のポリリン酸が48%以上。
・重合度20以上のポリリン酸が31%以上。
・重合度36以上のポリリン酸が4%以上。
・重合度43以上のポリリン酸が2%以上。
・重合度50以上のポリリン酸が2%以上。
データベース検索の結果、ポリリン酸キナーゼ活性を有すると推定される以下の8種類のポリリン酸キナーゼおよび既知のDR PPK2について、参考例1~4と同様の方法によりポリリン酸キナーゼ酵素液を調製し、参考例3と同様の方法により酵素活性を測定した。
・Synechococcus sp. PCC6312由来PPK2(Sy PPK2):配列番号2
・Corynebacterium efficiens由来PPK2(CE PPK2):配列番号3
・Kineococcus radiotolerans由来PPK2(KR PPK2):配列番号4
・Pannonibacter indicus由来PPK2(PI PPK2):配列番号5
・Deinococcus radiodurans K1株由来PPK2(DR PPK2):配列番号6
・Gulbenkiania indica由来PPK2(GI PPK2):配列番号7
・Arthrobactor aurescens TC1由来PPK2(AA PPK2):配列番号8
・Thiobacillus denitrificans ATCC25259株由来PPK2(TD PPK2):配列番号9
・Pseudomonas fluorescens由来PPK2(PF PPK2)(天然のPF PPK2(配列番号10)からアミノ酸のN末端側1~85を除去し、P86M変異を導入したもの、および、N末端側1~86を除去し、G87M変異を導入したものを使用。)
その結果、上記8種類の新規ポリリン酸キナーゼのすべてが、酵素活性を有することが明らかとなった。また、既知のDR PPK2についても酵素活性を有することが確認された。
製造例1の方法に基づいて、酸化型グルタチオンの製造を行った。
・Pseudomonas aeruginosa由来PPK2(PNDK)(野生型PNDK(配列番号1)のN末端側81アミノ酸を切断し、82番目のアラニンを開始コドンであるメチオニンに置換したタンパク質を使用)
・Pannonibacter indicus由来PPK2(PI PPK2)
・Synechococcus sp. PCC6312株由来PPK2(Sy PPK2)
また、PNDK、PI PPK2およびSy PPK2の各々について、以下の表1に示す条件で、実験を行った。反応液中の酵素活性は、培養液あたりの酵素活性に基づいて、培養液(菌体)を一定量添加することにより調整した。
実施例3の結果を受けて、保存期間によりポリリン酸混合物の組成が変化していることを調べるために、以下の実験を行った。
・イオンクロマトグラフ
・機種:サーモフィッシャーサイエンティフィック製ICS-2100
・カラム:IonPac AG11,AS11(4mm×250mm)
・溶離液:KOHグラジエント
・溶離液流量:1.0mL/分
・試料注入量:25μL
・カラム温度:35℃
・検出器:電気伝導度検出器
結果を図2に示す。図2から明らかなように、調製後に13日間放置したサンプル1は、調製後すぐに分析を行ったサンプル2に比べて、高重合度のメタリン酸が減少していた。この結果から、メタリン酸の水溶液を常温で放置しておくと、高重合度のものから分解されることが明らかとなった。
酸化型グルタチオンの製造過程において、ポリリン酸混合物の組成(重合度)が変動していることを調べるために、以下の実験を行った。
Claims (4)
- ATPを利用して物質を製造する方法であって、当該製造方法においてATPから生成されたADPに、2型ポリリン酸キナーゼとポリリン酸とを反応させてATPを再生するATP再生反応と、当該製造方法とが共役しており、当該製造方法で利用されるATPは、当該製造方法と共役している当該ATP再生反応によって再生されたATPを含み、当該2型ポリリン酸キナーゼの基質として、重合度15以上のポリリン酸を50%以上含むポリリン酸混合物を用い、上記2型ポリリン酸キナーゼが、配列番号5で示されるアミノ酸配列からなるPannonibacter indicus由来2型ポリリン酸キナーゼと配列同一性が90%以上であり、かつ、2型ポリリン酸キナーゼ活性を有する2型ポリリン酸キナーゼであることを特徴とする物質の製造方法。
- 上記2型ポリリン酸キナーゼが、γ-グルタミルシステイン合成酵素、グルタチオン合成酵素および二機能性グルタチオン合成酵素からなる群より選択される少なくとも一つと共役して機能することを特徴とする、請求項1に記載の物質の製造方法。
- 上記物質の製造方法が、酸化型グルタチオンの製造方法または還元型グルタチオンの製造方法であることを特徴とする、請求項1または2に記載の物質の製造方法。
- 上記物質の製造方法が、酸化型グルタチオンの製造方法であり、以下の(1)および(2)の工程を含むことを特徴とする、請求項3に記載の物質の製造方法:
(1)L-グルタミン酸とL-シスチンとを反応させて、酸化型γ-グルタミルシステインを製造する工程、および
(2)上記(1)で得られた酸化型γ-グルタミルシステインとグリシンとを反応させて、酸化型グルタチオンを製造する工程。
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