JP6990935B2 - 膵臓がんおよびその他のがんに対する免疫療法において使用するための新規ペプチドおよびペプチドの組み合わせ - Google Patents

Description

本発明は、免疫療法において使用するためのペプチド、タンパク質、核酸、および細胞に関する。特に、本発明は、がんの免疫療法に関する。本発明は、単独のまたはその他の腫瘍関連ペプチドと組み合わされた、腫瘍関連Ｔ細胞ペプチドエピトープにさらに関し、それは、例えば、抗腫瘍免疫応答を刺激し、または生体外でＴ細胞を刺激して患者に移入する、ワクチン組成物の活性医薬品成分の役割を果たし得る。ペプチドは、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）の分子と結合し、またはペプチドそれ自体が、抗体、可溶性Ｔ細胞受容体、およびその他の結合分子の標的にもなり得る。

本発明は、ヒト腫瘍細胞のＨＬＡクラスＩ分子に由来する、いくつかの新規ペプチド配列およびそれらの変異型に関し、それらは抗腫瘍免疫応答を引き起こすためのワクチン組成物中で、または薬理的／免疫学的活性化合物および細胞の開発のための標的として、使用され得る。

膵臓がんは、世界的に最も侵襲性で致死性のがんの１つである。２０１２年には、それは世界的に、男性では１７８，０００症例で１２番目に頻度が高いがんであり、女性では１６０，０００症例で１１番目に頻度の高いがんであった。同年、３３万人の死亡が報告され、膵臓がんは、がんによる死亡の７番目に頻度が高い原因となった（Ｗｏｒｌｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。

膵臓がんは、単一のがん実体でなく、いくつかの異なるサブタイプが区別されなくてはならない。外分泌腫瘍は全ての膵臓がんのおよそ９５％を占め、導管および腺房（ａｃｉｎａｒｙ）腺がん、膵管内乳頭粘液性新生物（ＩＰＭＮ）、固形偽乳頭新生物、粘液性嚢腺腫、および漿液性嚢胞腺腫が含まれる。全ての膵臓がんの残る５％は、膵臓の神経内分泌腫瘍のサブグループに属する（Ｗｏｒｌｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。

浸潤管腺がんは、最も侵襲性の形態の膵臓がんに相当し、その高い発生頻度（全膵臓がんの９０％）のために、疫学データは主にこの特定のサブタイプを反映する（Ｗｏｒｌｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。

２０１２年には、全ての新規症例の６８％が先進国で発生し、発生率は、中欧および東欧、北米、アルゼンチン、ウルグアイ、オーストラリアで最も高かった。対照的に、アフリカや東アジアのほとんどの国は低発生率を示す。世界的に、発生率は、男女共に経時的にかなり安定しているように見える（Ｗｏｒｌｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。

特異的な症状が欠如するために、膵臓がんは、典型的に、進行した、往々にして既に転移性の病期に診断される。診断時の予後は非常に不良であり、５年生存率は５％で発生対死亡率は０．９８である。（Ｗｏｒｌｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。

大部分の患者が診断時に６５才を超えることから、高齢、そして米国では黒人人口が白人人口と比較して１．５倍高いリスクを有することから、人種などをはじめとする、膵臓がんを発生するリスクを増大させるいくつかの要素が報告されている。さらなるリスク因子は、喫煙、体脂肪率、糖尿病、非０型ＡＢ０血液型、膵炎、および膵臓がんの家族歴である（Ｗｏｒｌｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。

全ての膵臓がん症例の最大１０％が、家族性に起こると考えられる。以下の遺伝子における生殖系列変異は、膵臓がんを発症するリスクの増大と関連する：ｐ１６／ＣＤＫＮ２Ａ、ＢＲＣＡ２、ＰＡＬＢ２、ＰＲＳＳ１、ＳＴＫ１１、ＡＴＭ、およびＤＮＡミスマッチ修復遺伝子。さらに、膵臓がんの散発性症例は、異なるがん遺伝子および腫瘍抑制遺伝子の変異によっても特徴付けられる。管腺がんにおける最も一般的な変異は、発がん遺伝子ＫＲＡＳ（９５％）およびＡＩＢ１（最大６０％）、および腫瘍抑制遺伝子ＴＰ５３（７５％）、ｐ１６／ＣＤＫＮ２Ａ（９５％）、およびＳＭＡＤ４（５５％）内で発生する（Ｗｏｒｌｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。

膵臓がん患者のための治療の選択肢は、非常に限られている。効果的治療のための１つの大きな問題は、診断時における典型的に進行した腫瘍病期である。さらに、膵臓がんは化学療法薬に対してかなり抵抗性であり、それは、緻密で乏血管性の線維形成性腫瘍間質によって引き起こされるかもしれない。

Ｇｅｒｍａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｏｃｉｅｔｙ、Ｇｅｒｍａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ａｉｄ、およびＡｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｓｏｃｉｅｔｉｅｓ ｉｎ Ｇｅｒｍａｎｙによって発表された指針によれば、腫瘍の切除が唯一の利用可能な根治的治療選択肢である。腫瘍が膵臓に限定されている、または転移が隣接する臓器に限定されている場合は、切除術が推奨される。腫瘍が遠位部位に広がっている場合は、切除術は推奨されない。切除術には、６ヶ月間にわたる、ゲムシタビンまたは５－フルオロウラシル＋／－ロイコボリンによるアジュバント化学療法が続く（Ｓ３－Ｌｅｉｔｌｉｎｉｅ Ｅｘｏｋｒｉｎｅｓ Ｐａｎｋｒｅａｓｋａｒｚｉｎｏｍ，２０１３）。

進行した段階の手術不能な腫瘍がある患者は、化学療法と放射線化学療法との併用で治療され得る（Ｓ３－Ｌｅｉｔｌｉｎｉｅ Ｅｘｏｋｒｉｎｅｓ Ｐａｎｋｒｅａｓｋａｒｚｉｎｏｍ，２０１３）。

緩和的化学療法の標準レジメンは、単独療法としての、またはＥＧＦ受容体チロシンキナーゼ阻害剤エルロチニブと組み合わされた、ゲムシタビンである。代案の選択肢は、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸプロトコルとしてもまた知られている、５－フルオロウラシル、ロイコボリン、イリノテカン、およびオキサリプラチンの併用、あるいはＭＰＡＣＴ試験においてゲムシタビン単剤療法と比較して、優れた効果が示されたゲムシタビンとｎａｂ－パクリタキセルとの併用である。（Ｖｏｎ Ｈｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｓ３－Ｌｅｉｔｌｉｎｉｅ Ｅｘｏｋｒｉｎｅｓ Ｐａｎｋｒｅａｓｋａｒｚｉｎｏｍ，２０１３）。

高い発生対死亡率は、膵臓がんにおいて、より有効な治療ストラテジーを実行するることの差し迫った必要性を反映する。

いくつかのその他のがん実体において、効力のあることが既に示されている標的療法は、興味深い選択肢に相当する。したがって、進行した膵臓がんにおける標的療法の恩恵を評価するために、いくつかの研究が行われているが、不運にも成功は非常に非常に限られている。（Ｗａｌｋｅｒ ａｎｄ Ｋｏ，２０１４）。それでもなお、膵臓がんの遺伝的多様性は個別化治療法の可能性を提供するかもしれず、ＢＲＣＡ２またはＰＡＬＢ２の二重不活性化がある浸潤性管腺がんは、ポリ（ＡＤＰ－リボース）ポリメラーゼ阻害物質およびマイトマイシンＣ療法に対して、より感受性であるであることが示された（Ｗｏｒｌｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４）。

腫瘍間質を標的とすることは、膵臓がんの新療法を開発するための代替アプローチを構成する。典型的に高密度で乏血管性の間質は、化学療法薬の障壁として機能し、腫瘍の増殖、浸潤、およびがん幹細胞の維持を促進するシグナルを伝達することが示された。したがって、間質枯渇および不活性化の影響が分析するために、種々の前臨床および臨床研究が設計された（Ｒｕｃｋｉ ａｎｄ Ｚｈｅｎｇ，２０１４）。

ワクチン接種ストラテジーは、膵臓がんの治療のためのさらに革新的で有望な代案として研究されている。ＫＲＡＳ変異体、反応性テロメラーゼ、ガストリン、サバイビン、ＣＥＡ、およびＭＵＣ１を標的とするペプチドベースのワクチンが、臨床試験で既に評価されてある程度有望な結果が得られている。さらに、膵臓がん患者における、樹状細胞ベースのワクチン、同種異系ＧＭ－ＣＳＦ分泌ワクチン、およびアルゲンパンツセル－Ｌの臨床試験もまた、免疫療法の有益な効果を明らかにした。異なるワクチン接種プロトコルの効率をさらに調べるための追加的な臨床試験が、現在進行中である（Ｓａｌｍａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

がんの治療に伴う重度の副作用および費用を考慮すると、がん全般、そして特に肝臓がんの治療に使用し得る要素を同定する必要がある。がんのより良い診断、予後の評価、および治療成功の予測につながる、がん全般、特に膵臓がんのためのバイオマーカーに相当する要素を同定する必要性もまたある。

がんの免疫療法は、がん細胞を特異的に標的化しながら副作用を最小化する選択肢に相当する。がん免疫療法は、腫瘍関連抗原の存在を利用する。

腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）の現行の分類は、次の主要群を含んでなる：
ａ）がん精巣抗原：Ｔ細胞によって認識され得る、これまでに同定された最初のＴＡＡは、このクラスに属し、元々はがん精巣（ＣＴ）抗原と称されたが、それは、そのメンバーが組織学的に異なるヒト腫瘍において発現し、正常組織中では精巣の精母細胞／精原細胞のみに存在し、時として胎盤に存在するためであった。精巣の細胞は、クラスＩおよびＩＩ ＨＬＡ分子を発現しないので、これらの抗原は正常組織のＴ細胞によって認識され得ず、したがって免疫学的に腫瘍特異的と見なされる。ＣＴ抗原の周知の例は、ＭＡＧＥファミリーメンバーおよびＮＹ－ＥＳＯ－１である。
ｂ）分化抗原：これらのＴＡＡは、腫瘍と、それから腫瘍が生じる正常組織との間で共有される。既知の分化抗原のほとんどは、メラノーマおよび正常メラノサイトに見られる。これらのメラノサイト系関連タンパク質の多くは、メラニン生合成に関与し、したがって腫瘍特異的でないが、それでもなおがん免疫療法のために広く利用されている。例としては、メラノーマに対するチロシナーゼとＭｅｌａｎ－Ａ／ＭＡＲＴ－１、または前立腺がんに対するＰＳＡが挙げられるが、これに限定されるものではない。
ｃ）過剰発現ＴＡＡ：広範に発現されるＴＡＡをエンコードする遺伝子は、組織学的に異なる型の腫瘍において検出され、多数の正常組織においても、概してより低い発現レベルで検出されている。正常組織によってプロセスされて潜在的に提示され得るエピトープの多くは、Ｔ細胞認識の閾値レベル未満であり得る一方で、腫瘍細胞におけるそれらの過剰発現は、先に確立された免疫寛容の破壊による抗がん応答を始動し得る。このクラスのＴＡＡの顕著な例は、Ｈｅｒ－２／ｎｅｕ、サバイビン、テロメラーゼまたはＷＴ１である。
ｄ）腫瘍特異的抗原：これらのユニークなＴＡＡは、正常な遺伝子（β－カテニン、ＣＤＫ４など）の変異から生じる。これらの分子変化のいくつかは、腫瘍性形質転換および／または進行と関連する。腫瘍特異的抗原は、通常、正常組織に対する自己免疫反応のリスクなしに、強力な免疫応答を誘導できる。他方、これらのＴＡＡは、ほとんどの場合、その上でそれらが同定されたまさにその腫瘍のみと関係があり、通常は、多くの個々の腫瘍間で共有されない。腫瘍特異的（関連）イソ型があるタンパク質では、ペプチドの腫瘍特異性（または関連性）はまた、ペプチドが腫瘍（関連）エクソンに由来する場合に生じてもよい。
ｅ）異常な翻訳後修飾から生じるＴＡＡ：このようなＴＡＡは、特異的でなく腫瘍において過剰発現もされないタンパク質から生じてもよいが、それでもなお、腫瘍において主に活性である翻訳後プロセスによって腫瘍関連になる。このクラスの例は、腫瘍にＭＵＣ１のような新規エピトープをもたらす改変グリコシル化パターン、または腫瘍特異的であってもなくてもよい分解中のタンパク質スプライシングのような事象から生じる。
ｆ）オンコウイルスタンパク質：これらのＴＡＡはウイルスタンパク質であり、それらは発がん過程において重要な役割を果たしてもよく、外来性である（ヒト由来でない）ため、それらはＴ細胞応答を誘起し得る。このようなタンパク質の例は、子宮頸がんにおいて発現されるヒト乳頭腫１６型ウイルスタンパク質Ｅ６およびＥ７である。

Ｔ細胞ベースの免疫療法は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）の分子によって提示される、腫瘍関連または腫瘍特異的タンパク質由来ペプチドエピトープを標的とする。腫瘍特異的Ｔリンパ球によって認識される抗原、すなわちそれらのエピトープは、酵素、受容体、転写因子などの全てのタンパク質クラスに由来する分子であり得て、それはそれぞれの腫瘍細胞において発現されて、同一起源の非改変細胞と比較して、通常、上方制御される。

ＭＨＣ分子には、ＭＨＣクラスＩおよびＭＨＣクラスＩＩの２つのクラスがある。ＭＨＣクラスＩ分子はα重鎖およびβ２ミクログロブリンから構成され、ＭＨＣクラスＩＩ分子はαおよびβ鎖から構成される。それらの三次元立体構造は、ペプチドとの非共有結合相互作用のために使用される、結合溝をもたらす。

ＭＨＣクラスＩ分子は、ほとんどの有核細胞上に見られる。それらは、主に内因性タンパク質、欠陥リボソーム産物（ＤＲＩＰ）、およびより大型のペプチドのタンパク質切断から得られる、ペプチドを提示する。しかし、エンドソームコンパートメントまたは外因性起源に由来するペプチドもまた、ＭＨＣクラスＩ分子上に頻繁に見られる。この非古典的様式のクラスＩ提示は、文献中で交差提示と称される（Ｂｒｏｓｓａｒｔ ａｎｄ Ｂｅｖａｎ，１９９７；Ｒｏｃｋ ｅｔ ａｌ．，１９９０）。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、主にプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）上に見られ、例えば、エンドサイトーシス中にＡＰＣに取り込まれて引き続きプロセシングされる、外因性または膜貫通タンパク質のペプチドを主に提示する。

ペプチドとＭＨＣクラスＩの複合体が、適切なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を有するＣＤ８陽性Ｔ細胞によって認識される一方で、ペプチドとＭＨＣクラスＩＩ分子の複合体は、適切なＴＣＲを有するＣＤ４陽性ヘルパーＴ細胞によって認識される。その結果、ＴＣＲ、ペプチド、およびＭＨＣは、化学量論的に１：１：１の量で存在することが良く知られている。

ＣＤ４陽性ヘルパーＴ細胞は、ＣＤ８陽性細胞傷害性Ｔ細胞による、効果的な応答の誘導と維持において重要な役割を果たす。腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）に由来するＣＤ４陽性Ｔ細胞エピトープの同定は、抗腫瘍免疫応答を始動させる医薬品の開発に非常に重要である（Ｇｎｊａｔｉｃ ｅｔ ａｌ．，２００３）。腫瘍部位では、Ｔヘルパー細胞が、細胞毒性Ｔ細胞（ＣＴＬ）親和的サイトカイン環境を維持して（Ｍｏｒｔａｒａ ｅｔ ａｌ．，２００６）、例えば、ＣＴＬ、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、マクロファージ、および顆粒球などのエフェクター細胞を引きつける（Ｈｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００７）。

炎症不在下では、ＭＨＣクラスＩＩ分子の発現は、免疫系細胞、特に、例えば、単球、単球由来細胞、マクロファージ、樹状細胞などのプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）に主に限定される。がん患者においては、腫瘍細胞がＭＨＣクラスＩＩ分子を発現することが判明している（Ｄｅｎｇｊｅｌ ｅｔ ａｌ．，２００６）。

伸長された（より長い）本発明のペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩ活性エピトープとして作用し得る。

ＭＨＣクラスＩＩエピトープによって活性化されたＴヘルパー細胞は、抗腫瘍免疫におけるＣＴＬのエフェクター機能を統合する上で、重要な役割を果たす。ＴＨ１型のＴヘルパー細胞応答を始動するＴヘルパー細胞エピトープは、し、それらの細胞表面に腫瘍関連ペプチド／ＭＨＣ複合体を提示する腫瘍細胞に向けられた、細胞傷害機能をはじめとする、ＣＤ８陽性キラーＴ細胞のエフェクター機能を支持する。このようにして腫瘍関連Ｔヘルパー細胞ペプチドエピトープは、単独で、またはその他の腫瘍関連ペプチドとの組み合わせで、抗腫瘍免疫応答を刺激するワクチン組成物の活性医薬品成分の役割を果たし得る。

例えば、マウスなどの哺乳類動物モデルにおいて、ＣＤ８陽性Ｔリンパ球の不在下であっても、インターフェロンγ（ＩＦＮγ）の分泌による血管新生阻害を通じて腫瘍発現を阻害するには、ＣＤ４陽性Ｔ細胞で十分であることが示された（Ｂｅａｔｔｙ ａｎｄ Ｐａｔｅｒｓｏｎ，２００１；Ｍｕｍｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，１９９９）。ＣＤ４ Ｔ細胞が、直接抗腫瘍エフェクターであるという証拠がある（Ｂｒａｕｍｕｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｔｒａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＨＬＡクラスＩＩ分子の構成的発現は、通常、免疫細胞に限定されるので、原発性腫瘍からクラスＩＩペプチドを直接単離する可能性があり得るとは、これまで考えられなかった。しかし、Ｄｅｎｇｊｅｌ ｅｔ ａｌ．は、いくつかのＭＨＣクラスＩＩエピトープを腫瘍から直接成功裏に同定した（国際公開第２００７／０２８５７４号パンフレット、欧州特許第１７６００８８Ｂ１号明細書）。

ＣＤ８およびＣＤ４依存性の双方のタイプの応答は、抗腫瘍効果に共同して相乗的に寄与するので、ＣＤ８＋Ｔ細胞（リガンド：ＭＨＣクラスＩ分子＋ペプチドエピトープ）、またはＣＤ４陽性Ｔヘルパー細胞（リガンド：ＭＨＣクラスＩＩ分子＋ペプチドエピトープ）のどちらかによって認識される、腫瘍関連抗原の同定および特性解析は、腫瘍ワクチンの開発にとって重要である。

ＭＨＣクラスＩペプチドが、細胞性免疫応答を始動（惹起）するためには、それはまた、ＭＨＣ分子に結合しなくてはならない。この過程は、ＭＨＣ分子の対立遺伝子と、ペプチドのアミノ酸配列の特定の多形性とに依存する。ＭＨＣクラスＩ結合ペプチドは、通常は８～１２アミノ酸残基長であり、通常は、ＭＨＣ分子の対応する結合溝と相互作用するそれらの配列中に、２つの保存残基（「アンカー」）を含有する。このようにして、各ＭＨＣ対立遺伝子は、どのペプチドが結合溝と特異的に結合し得るかを決定する、「結合モチーフ」を有する。

ＭＨＣクラスＩ依存免疫反応においては、ペプチドは腫瘍細胞によって発現される特定のＭＨＣクラスＩ分子に結合できるだけでなく、それらはまた、引き続いて特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を有するＴ細胞によって認識されなくてはならない。

タンパク質が、Ｔリンパ球によって腫瘍特異的または腫瘍関連抗原として認識され、治療で利用されるためには、特定の必要条件が満たされなくてはならない。抗原は、主に腫瘍細胞によって発現され、健常組織によって発現されず、または比較的少量発現されるべきである。好ましい実施形態では、ペプチドは、腫瘍細胞によって、健常組織と比較して過剰提示されるべきである。それぞれの抗原は、ある種の腫瘍に存在するだけでなく、高い濃度（すなわち、それぞれのペプチド細胞あたりのコピー数）で存在することもさらに望ましい。腫瘍特異的および腫瘍関連抗原は、例えば、細胞周期制御またはアポトーシス抑制における機能のために、正常細胞から腫瘍細胞への形質転換に直接関与するタンパク質に、由来することが多い。さらに、形質転換の直接原因となるタンパク質の下流標的が、上方制御されてもよく、（ｕｎｄ）したがって間接的に腫瘍関連であってもよい。このような間接的腫瘍関連抗原もまた、ワクチン接種アプローチの標的であってもよい（Ｓｉｎｇｈ－Ｊａｓｕｊａ ｅｔ ａｌ．，２００４）。このようなペプチド（「免疫原性ペプチド」）が、腫瘍関連抗原に由来して、生体外または生体内Ｔ細胞応答をもたらすことを確実にするためには、抗原のアミノ酸配列中にエピトープが存在することが必須である。

基本的に、ＭＨＣ分子に結合できるあらゆるペプチドが、Ｔ細胞エピトープとして機能してもよい。生体外または生体内Ｔ細胞応答誘導のための必要条件は、対応するＴＣＲを有するＴ細胞の存在、およびこの特定のエピトープに対する免疫寛容の不在である。

したがって、ＴＡＡは、腫瘍ワクチンをはじめとするが、これに限定されるものではない、Ｔ細胞ベースの治療法開発の出発点である。ＴＡＡを同定し特性決定する方法は、通常は、患者または健常人から単離され得るＴ細胞の使用に基づき、またはそれらは、腫瘍および正常組織間の示差的転写プロファイル、または示差的ペプチド発現パターンの生成に基づく。しかし、腫瘍組織またはヒト腫瘍細胞株において過剰発現され、またはこのような組織または細胞株において選択的に発現される遺伝子の同定は、免疫療法においてこれらの遺伝子から転写される抗原の使用に関する、正確な情報を提供しない。これは、これらの抗原のエピトープの個々の亜集団のみが、このような用途に適するためであり、その理由は、対応するＴＣＲがあるＴ細胞が存在しなくてはならず、この特定のエピトープに対する免疫寛容が不在または最小でなくてはならないからである。したがって本発明の非常に好ましい実施形態では、それに対する機能性および／または増殖性Ｔ細胞がある、過剰にまたは選択的に提示されるペプチドのみを選択することが、重要である。このような機能性Ｔ細胞は、特異的抗原による刺激時にクローン増殖され得て、エフェクター機能を果たすことができるＴ細胞と定義される（「エフェクターＴ細胞」）。

本発明による特異的ＴＣＲ（例えば、可溶性ＴＣＲ）および抗体またはその他の結合分子（スキャフォールド）によってペプチドＭＨＣを標的化する場合、基礎となるペプチドの免疫原性は二次的である。これらの場合には、提示が決定要因である。

本発明の第１の態様では、本発明は、配列番号１～配列番号６７、または配列番号１～配列番号６７と少なくとも７７％、好ましくは少なくとも８８％相同的な（好ましくは少なくとも７７％または少なくとも８８％同一の）その変異配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含んでなるペプチドに関し、その中で前記変異体は、ＭＨＣと結合し、および／またはＴ細胞と前記ペプチドまたはその薬学的に許容可能な塩との交差反応を誘導し、その中で前記ペプチドは、基礎となる完全長ポリペプチドでない。

本発明は、配列番号１～配列番号６７、または配列番号１～配列番号６７と少なくとも７７％、好ましくは少なくとも８８％相同的な（好ましくは少なくとも７７％または少なくとも８８％同一の）その変異体からなる群から選択される配列を含んでなる、本発明のペプチドにさらに関し、前記ペプチドまたはその変異型は、８～１００、好ましくは８～３０、最も好ましくは８～１４アミノ酸の全長を有する。

続く表は、本発明によるペプチド、それらの各配列番号、およびそれらのペプチドの予測される起源（基礎）遺伝子を示す。表１および表２の全てのペプチドは、ＨＬＡ－Ａ^＊０２に結合する。表２のペプチドは、高い誤り率があるまたはアルゴリズムを使用して計算された、ハイスループットスクリーニングの結果としての大きなリスト中で以前開示されているが、これまでがんとは全く関連付けられていなかった。表３のペプチドは、本発明のその他のペプチドとの組み合わせで有用であってもよい、追加的なペプチドである。表４および４－２のペプチドは、それぞれの基礎ポリペプチドの過剰発現または過剰提示を伴う様々なその他の悪性腫瘍の診断および／または治療においてさらに有用である。

本発明は、さらに、例えば、肺がん、腎臓がん、脳がん、結腸または直腸がん、食道がん、乳がん、卵巣がん、胃がん、肝臓がん、前立腺がん、メラノーマ、および白血病などの増殖性疾患の治療において使用するための本発明のペプチドに一般に関する。

特に好ましいのは、配列番号１～配列番号６７からなる群から選択される、本発明による単独のまたは組み合わされたペプチドである。より好ましいのは、配列番号１～配列番号３４（表１を参照されたい）からなる群から選択される単独のまたは組み合わされたペプチド、そして膵臓がん、肺がん、腎臓がん、脳がん、結腸または直腸がん、食道がん、乳がん、卵巣がん、胃がん、肝臓がん、前立腺がん、メラノーマおよび白血病、好ましくは膵臓がんの免疫療法におけるそれらの使用である。以下の表４および４－２に示されるように、本発明によるペプチドの多くは、その他の腫瘍型上にもまた見られ、したがって、その他の適応症のための免疫療法においても使用され得る。図１および実施例１もまた、参照されたい。

したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、肺がんの併用療法のための、配列番号３、４、９、１０、１１、１２、１４、１５、２１、２３、２４、３０、３６、４０、４１、４２、４３、４４、５０、５３、５８、６０、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８４８５、および８６から選択される、本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。

したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、腎臓がんの併用療法のための、から選択される、本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。配列番号３、４、５、１５、３０、４５、５０、５８、６０、６５、６６、６８、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、および８６

したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、脳がんの併用療法のための、配列番号３、５、１５、３０、３６、３９、４７、５５、６７、７３、７４、７９、８１、８２、８６、および８７から選択される、本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。

したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、結腸がんの併用療法のための、配列番号３、９、１１、４２、４３、４４、５０、５５、６０、６５、６８、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８４、および８６から選択される、本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。

したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、直腸がんの併用療法のための、配列番号３、９、１１、４２、４３、４４、５０、５５、６０、６５、６８、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８４、および８６から選択される、本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。

したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、食道がんの併用療法のための、配列番号３、８、９、１２、１５、４１、４２、４３、５１、６５、６９、７０、７１、７２７３、７４、７５、７７、８１、８３、８４、および８５から選択される、本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。

したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、メラノーマの併用療法のための、配列番号４、５、１５、４４、６６、７２、７８、および８６から選択される、本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。

したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、卵巣がんの併用療法のための、配列番号５、１５、２４、３０、４１、５５、６５、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、８３、および８４から選択される、本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。

したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、乳がんの併用療法のための、配列番号９、１０、１１、１２、４１、４３、６０、７１、７２、７３、７８、８３、および８４から選択される、本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。

したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、肝臓がんの併用療法のための、配列番号５３０、４４、５５、５８、６５、６７、６８、６９、７１、７２、７３、７４、７６、７９、８１、８２、８５、および８６から選択される、本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。

したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、胃がんの併用療法のための、配列番号１０、１５、２４、３０、３４、４４、４５、５０、６８、７０、７１、７２、７３、７４、７８、８１、８４、および８６から選択される、本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。

したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、前立腺がんの併用療法のための、配列番号２３、３９、６４、６９、７３、７８、８１、および８２から選択される、本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。

したがって、本発明の別の態様は、好ましい一実施形態では、白血球がんの併用療法のための、配列番号１６、３０、６６、および７４から選択される、本発明によるペプチドの少なくとも１つの使用に関する。

本発明は、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合する能力、または長さ変異体などの伸長形態ではＭＨＣクラスＩＩに結合する能力を有する、本発明によるペプチドにさらに関する。

本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、前記ペプチドは（それぞれ）配列番号１～配列番号６７に記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる。

本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、前記ペプチドは、修飾され、および／または非ペプチド結合を含む。

本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、前記ペプチドは、特にＨＬＡ－ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸に融合した、または例えば樹状細胞に対して特異的な抗体などの抗体（またはその配列中）に融合した、融合タンパク質の一部である。

本発明は、本発明によるペプチドをエンコードする核酸にさらに関する。本発明は、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡ、またはそれらの組み合わせである、本発明による核酸にさらに関する。

本発明は、本発明による核酸を発現でき、および／または発現する発現ベクターにさらに関する。

本発明は、疾患の治療においてそして医療において、特にがんの治療において使用するための本発明によるペプチド、本発明による核酸または本発明による発現ベクターにさらに関する。

本発明は、本発明によるペプチドに特異的に対抗する抗体、または前記本発明によるペプチドとＭＨＣの複合体、およびこれらを製造する方法にさらに関する。

本発明は、自己由来または同種異系Ｔ細胞に組み込まれた、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、特に可溶性ＴＣＲ（ｓＴＣＲ）、およびクローン化ＴＣＲ、そしてこれらを製造する方法、ならびに前記ＴＣＲを有するまたは前記ＴＣＲと交差反応する、ＮＫ細胞またはその他の細胞を製造する方法にさらに関する。

抗体およびＴＣＲは、本発明によるペプチドの免疫療法用途の追加的な実施形態である。

本発明は、前述のような本発明による核酸または発現ベクターを含んでなる、宿主細胞にさらに関する。本発明は、抗原提示細胞であり、好ましくは樹状細胞である、本発明による宿主細胞にさらに関する。

本発明は、本発明による宿主細胞を培養するステップと、宿主細胞またはその培養液からペプチドを単離するステップとを含んでなる、本発明によるペプチドを製造する方法にさらに関する。

本発明は、十分な量の抗原を抗原提示細胞に接触させることで、適切な抗原提示細胞または人工抗原提示細胞の表面に発現されるクラスＩまたはＩＩ ＭＨＣ分子上に抗原が負荷される、本発明による方法にさらに関する。

本発明は、抗原提示細胞が、配列番号１～配列番号６７を含有する、好ましくは配列番号１～配列番号３４または変異アミノ酸配列を含有する、前記ペプチドを発現する能力がありまたは発現する、発現ベクターを含んでなる、本発明による方法にさらに関する。

本発明は、本発明による方法によって製造される活性化Ｔ細胞にさらに関し、前記Ｔ細胞は、本発明によるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを発現する細胞を選択的に認識する。

本発明は、本発明によって製造されるＴ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる、患者において、本発明による任意のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する標的細胞を死滅させる方法にさらに関する。

本発明は、薬剤としてのまたは薬剤の製造における、記載される任意のペプチド、本発明による核酸、本発明による発現ベクター、本発明による細胞、本発明による活性化Ｔリンパ球、Ｔ細胞受容体または抗体またはその他のペプチド－および／またはペプチド－ＭＨＣ－結合分子の使用にさらに関する。好ましくは、前記薬剤は、がんに対して有効である。

好ましくは、前記薬剤は、細胞療法、ワクチン、タンパク質のためのものであり、または可溶性ＴＣＲまたは抗体に基づく。

本発明は、本発明による使用にさらに関し、前記がん細胞は、膵臓がん、肺がん、腎臓がん、脳がん、結腸または直腸がん、食道がん、乳がん、卵巣がん、胃がん、肝臓がん、前立腺がん、メラノーマおよび白血病、好ましくは膵臓がん細胞である。

本発明は、がん、好ましくは膵臓がんの診断において使用され得る、本明細書で「標的」と称される、本発明によるペプチドをベースとするバイオマーカーにさらに関する。マーカーは、ペプチドそれ自体の過剰提示、または対応遺伝子の過剰発現であり得る。マーカーはまた、好ましくは免疫療法、最も好ましくはバイオマーカーによって同定されるのと同じ標的を標的とする免疫療法である、治療の成功確率を予測するのに、使用されてもよい。例えば、抗体または可溶性ＴＣＲを使用して腫瘍切片が染色され、ＭＨＣと複合体形成する目的ペプチドの存在が検出され得る。

任意選択的に、抗体は、免疫刺激ドメインまたは毒素などのさらなるエフェクター機能を保有する。

本発明はまた、がん治療の文脈におけるこれらの新規標的の使用に関する。

追加的ながん性疾患に対する治療的および診断的使用の双方が、本発明によるペプチドの基本的発現産物（ポリペプチド）に関する、以下のより詳細な説明で開示される。

ＡＣＡＴ２の遺伝子は、脂質代謝に関与するチオラーゼである、アセチルＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ２をコードする。ＡＣＡＴ２発現は、肝細胞がんにおいて上方制御される（Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００６）。ＡＣＡＴ２発現は、膵臓がん細胞株の放射線抵抗性と関連する（Ｓｏｕｃｈｅｋ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＡＣＴＡ１の遺伝子は、細胞の運動性、構造、および完全性において役割を果たす、高度に保存されたタンパク質であるアクチンタンパク質ファミリーのメンバーである、骨格筋αアクチンをコードする。古典的な筋上皮マーカーであるＡＣＴＡ１は、膀胱がん、口腔扁平上皮がん、浸潤性乳がん、胃がん、胆管がん、および転移性肝臓がんにおけるがん関連線維芽細胞において高度に発現され、上皮間葉転換、腫瘍間質形成、および線維症に寄与することが示された古典的な筋上皮マーカーである（Ｓｃｈｕｌｔｅ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｆｒａｎｚ ｅｔ ａｌ．，２０１０；Ｋｕｒｏｄａ ｅｔ ａｌ．，２００５；Ｎａｋａｙａｍａ ｅｔ ａｌ．，２００２；Ｔｅｒａｄａ ｅｔ ａｌ．，１９９６）。

ＡＣＴＡ２の遺伝子は、細胞の運動性、構造、および完全性において役割を果たす、高度に保存されたタンパク質であるアクチンタンパク質ファミリーのメンバーである、平滑筋αアクチンをコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＣＴＡ２の一塩基多型またはコピー数変動が、慢性リンパ球性白血病、非小細胞肺がんの脳転移、および転移性メラノーマ由来の細胞株において同定されている（Ｂｅｒｎｄｔ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｄｕｔｔｏｎ－Ｒｅｇｅｓｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。機能的には、ＡＣＴＡ２の高発現レベルは、腫瘍細胞浸潤および転移形成の増強と関連するように見える（Ｋｏｊｉｍａ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，２０１３ｂ；Ｔａｔｅｎｈｏｒｓｔ ｅｔ ａｌ．，２００４）。

ＡＣＴＢの遺伝子は、収縮装置の主要構成物であって２つの非筋細胞骨格アクチンの１つである、βアクチンをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＣＴＢは、肝臓がん、メラノーマ、腎臓のがん、結腸直腸がん、胃がん、膵臓がん、食道がん、肺がん、乳がん、前立腺がん、卵巣がん、白血病、およびリンパ腫において、脱調節されることが示された。ＡＣＴＢの異常な発現および重合そして、その結果生じる細胞骨格の変化は、がんの浸潤性および転移と関連するようである（Ｇｕｏ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

ＡＣＴＢＬ２の遺伝子は、細胞の運動性、構造、および完全性において役割を果たす、高度に保存されたタンパク質であるアクチンタンパク質ファミリーのメンバーである、κアクチンをコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＣＴＢＬ２の発現増大は、肝細胞がんおよび肝腫瘍細胞において観察され、細胞増殖特性を変化させて術後予後不良に寄与した（Ｃｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｃｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。

ＣＴＣ１の遺伝子は、心筋細胞における収縮装置の主要構成要素である、心筋αアアクチン１をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＣＴＣ１の発現変化が、膀胱がん、パクリタキセルで治療された非小細胞肺がん細胞、および化学療法抵抗性卵巣がんにおいて報告された（Ｚａｒａｖｉｎｏｓ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｃｈｅ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｐａｎ ｅｔ ａｌ．，２００９）。さらに、ＡＣＴＣ１は、前立腺がんおよび横紋筋肉腫の有用な診断用マーカーであるかもしれない（Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１０；Ｃｌｅｍｅｎｔ ｅｔ ａｌ．，２００３）。

ＡＣＴＧ１の遺伝子は、内部細胞運動性の媒介物の役割を果たす、非筋肉細胞に見られる細胞質アクチンであるアクチンγ１をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＣＴＧ１は、小細胞肺がんおよび骨肉腫において過剰発現され、上皮性卵巣がんにおいて下方制御されることが示された（Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，２０１０；Ｊｅｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｃｈｏｗ ｅｔ ａｌ．，２０１０）。ＡＣＴＧ１レベルの変化は、異なる型のがん細胞において、浸潤および転移形成を促進することが報告されている。結腸がん細胞および肝細胞がん細胞においては、ＡＣＴＧ１の過剰発現が移動および浸潤を促進する一方で、メラノーマ細胞および唾液腺腺がん細胞においては、ＡＣＴＧ１の下方制御がこの表現型と関連する（Ｓｉｍｉｃｚｙｊｅｗ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｌｕｏ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｇｕｔｇｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，２００１；Ｓｕｚｕｋｉ ｅｔ ａｌ．，１９９８）。

ＡＣＴＧ２の遺伝子は、内部細胞の運動性を媒介する、腸内組織に見られる平滑筋アクチンであるアクチンガンマ２をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＣＴＧ２は、前立腺がん診断のための可能なバイオマーカーとして考察され、分化転換した前立腺間質細胞において上方制御されることが示された（Ｆｉｌｌｍｏｒｅ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｕｎｔｅｒｇａｓｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００５）。化学療法に関して、ＡＣＴＧ２は、喉頭がん細胞のパクリタキセル処置に際して上方制御され、乳がん細胞におけるシスプラチン耐性に関与しているようであり、ＦＯＬＦＯＸ４投薬計画レジメンに対する、肝転移を伴う結腸直腸がんの感受性と正の相関があることが示された（Ｘｕ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｗａｔｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２００７；Ｌｕ ｅｔ ａｌ．，２０１３ｂ）。

ＡＤＡＭ８の遺伝子は、細胞－細胞および細胞－マトリックス相互作用に関与するディスインテグリンおよびメタロプロテアーゼドメインファミリーのメンバーである、ＡＤＡＭメタロペプチダーゼドメイン８をコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。膵臓がんにおけるＡＤＡＭ８の過剰発現は、膵管腺がん細胞の移動および侵襲性の増大と関連する（Ｓｃｈｌｏｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，２０１５）。ＡＤＡＭ８は、肺がん、腎細胞がん、および脳がんにおける腫瘍細胞の移動および浸潤に関与する（Ｍｏｃｈｉｚｕｋｉ ａｎｄ Ｏｋａｄａ，２００７）。

ＡＥＢＰ１の遺伝子は、脂肪生成および平滑筋細胞分化にとって重要な転写共抑制因子として機能してもよいカルボキシペプチダーゼＡである、脂肪細胞エンハンサー結合タンパク質１をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＥＢＰ１はメラノーマにおいて上方制御され、変異体Ｖ－ｒａｆマウス肉腫ウイルス発がん遺伝子ホモログＢ１（ＢＲＡＦ）阻害に対する獲得耐性に寄与する（Ｈｕ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。ＡＥＢＰ１は、大部分の原発性神経膠芽腫において上方制御される（Ｒｅｄｄｙ ｅｔ ａｌ．，２００８）。

ＡＨＮＡＫ２の遺伝子は、スキャフォールドタンパク質ＡＨＮＡＫ核タンパク質２をコードする（Ｍａｒｇ ｅｔ ａｌ．，２０１０）。ＡＨＮＡＫ２は、線維芽細胞成長因子１（ＦＧＦ１）の非古典的分泌経路の重要な要素であり、腫瘍増殖および浸潤に関与する因子である（Ｋｉｒｏｖ ｅｔ ａｌ．，２０１５）。

ＡＮＫＨの遺伝子は、ピロリン酸レベルを調節する複数回膜貫通タンパク質である、強直症、進行性ホモログ（マウス）／ＡＮＫＨ無機ピロリン酸輸送レギュレーターをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＡＮＯ１の遺伝子は、小腸肉腫および口腔がんと関連するカルシウム活性化塩素イオンチャネルである、アノクタミン１をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＮＯ１は、食道扁平細胞がん（ＥＳＣＣ）、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭頸部扁上皮がん（ＨＮＳＣＣ）、膵臓がん、および乳がんにおいて増幅される（Ｑｕ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＡＰＯＢの遺伝子は、乳状脂粒および低密度リポタンパク（ＬＤＨ）の主要アポリポタンパク質である、アポリポタンパク質Ｂをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。α－フェトプロテイン陰性ＨＢＶ関連ＨＣＣにおいては、ＡＰＯＢは、ＨＣＣ進行と関連し得る１４個の示差的に発現されるタンパク質の１つであることが判明した（Ｈｅ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。進行した乳がんにおいては、ＡＰＯＢは、患者のネオアジュバント化学療法に対する応答性および再発なしの生存期間を予測し得る、６個の示差的に発現されるタンパク質の１つであることが判明した（Ｈｙｕｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。

ＡＳＰＨＤ１の遺伝子は、アスパラギン酸β－ヒドロキシラーゼドメイン含有１をコードする。ＡＳＰＨＤ１は、染色体１６ｐ１１．２上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＡＴＭの遺伝子は、ＰＩ３／ＰＩ４－キナーゼファミリーメンバーであって、ＤＮＡ損傷に対する細胞応答およびゲノム安定性に必要な細胞周期チェックポイントシグナル伝達経路のマスターコントローラーである、運動失調毛細血管拡張症変異型をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＴＭは、肺がん、結腸直腸がん、乳がん、および造血器がんをはじめとする広範なヒトがんにおいて、頻繁に変異する腫瘍抑制因子である（Ｗｅｂｅｒ ａｎｄ Ｒｙａｎ，２０１４）。

ＡＴＰ５Ｂの遺伝子は、ＡＴＰシンターゼ、Ｈ＋輸送、ミトコンドリアＦ１複合体、βポリペプチド、ミトコンドリアＡＴＰシンターゼの触媒コアのβサブユニットをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＡＴＰ５Ｂ遺伝子発現は、健常組織と比較して、結腸直腸がん組織において有意により高かった（Ｇｅｙｉｋ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。腫瘍組織におけるＡＴＰ５Ｂ下方制御は、胆嚢がんの転移、浸潤、および予後不良と密接に関連している（Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．，２０１５ｂ）。

ＡＴＰ５Ｌの遺伝子は、プロトンチャネルを含んでなる、ＡＴＰシンターゼ、Ｈ＋輸送、ミトコンドリアＦｏ複合体、ミトコンドリアＡＴＰシンターゼの膜貫通成分のサブユニットＧをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＡＴＰ５Ｌ２の遺伝子は、プロトンチャネルを含んでなる、ＡＴＰシンターゼ、Ｈ＋輸送、ミトコンドリアＦｏ複合体、ミトコンドリアＡＴＰシンターゼの膜貫通成分のサブユニットＧ２をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＢＡＣＥ２の遺伝子は、膜内在性糖タンパク質およびアスパラギン酸プロテアーゼである、β－部位ＡＰＰ開裂酵素２をコードする。ＢＡＣＥ２は、アミロイド前駆体タンパク質をアミロイドβペプチドに切断する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＢＡＣＥ２は、膵臓β細胞機能に関与する（Ｖａｓｓａｒ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＣＣＮＢ１の遺伝子は、有糸分裂に関与する制御タンパク質である、サイクリンＢ１をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＣＮＢ１は十分に説明された腫瘍抗原であり、ＣＣＮＢ１の過剰発現が、乳がん、頭頸部がん、前立腺がん、結腸直腸がん、肺がん、および肝臓がんについて記載されている（Ｅｇｌｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，２００６）。

ＣＥＡＣＡＭ６の遺伝子は、腫瘍マーカーのＣＥＡＣＡＭファミリーのメンバーである、がん胎児性抗原関連細胞接着分子６（非特異的交差反応抗原）をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＥＡＣＡＭ６は、胃がんにおいて上方制御される（Ｙａｓｕｉ ｅｔ ａｌ．，２００４）。ＣＥＡＣＡＭ６は、候補乳腺腫抗原である（Ｓｏｏｄ，２０１０）。

ＣＬＴＡの遺伝子は、調節機能がある被覆ピットの構成要素である、クラスリン軽鎖Ａをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＬＴＡ遺伝子は、神経膠腫の選択的スプライスパターンを示す（Ｃｈｅｕｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００８）。

ＣＬＴＢの遺伝子は、調節機能がある被覆ピットの構成要素である、クラスリン軽鎖Ｂをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＣＬＵの遺伝子は、細胞死、腫瘍進行、および神経変性疾患などのいくつかの基本的な生物学的事象に関与するかもしれない、分泌シャペロンをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。腫瘍形成におけるその役割は、正常細胞におけるのと同じく相反するようであり、発がんの初期段階においては、ＣＬＵは、腫瘍進行を阻害することもある一方で、進行した新生物においては、それは多数の治療ストレッサーを抑制し、転移を促進することで、腫瘍に顕著な延命効果を提供してもよい。ＣＬＵは、前立腺がん発病において重要な役割を果たし、ＥＲＫ１／２シグナル伝達およびＭＭＰ－９発現調節を通じて、ヒト腎細胞がん明細胞の侵襲性挙動を制御し、肺がんの進行した段階において治療に対する抵抗性を与えることが示されている（Ｔｒｏｕｇａｋｏｓ，２０１３；Ｐａｎｉｃｏ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｔａｋｅｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１４ｂ）。

ＣＯＬ１２Ａ１の遺伝子は、ＦＡＣＩＴ（中断三重らせんがある原線維関連コラーゲン）コラーゲンファミリーのメンバーであって細胞外マトリックス（ＥＣＭ）の一部である、ＸＩＩ型コラーゲンのα鎖をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＯＬ１２Ａ１は、卵巣がん細胞株の薬剤耐性変異株において過剰発現される（Ｊａｎｕｃｈｏｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。結腸直腸がんにおいては、ＣＯＬ１２Ａ１は、線維形成性間質および周囲のがん関連線維芽細胞において、ならびに浸潤前面を覆うがん細胞において過剰発現される（Ｋａｒａｇｉａｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。

ＣＯＬ６Ａ３の遺伝子は、ほとんどの結合組織に見られてマトリックス要素の組織化において重要な役割を果たす、数珠状フィラメントコラーゲンである、ＶＩ型コラーゲンのα３鎖をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＣＯＬ６Ａ３発現は、膵臓がん、結腸がん、胃がん、粘液性類表皮腫、および卵巣がんにおいて増大することが報告された。エクソン３、４、および６をはじめとするがん関連転写変異体が、結腸がん、膀胱がん、前立腺がん、および膵臓がんにおいて検出された（Ａｒａｆａｔ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００７；Ｘｉｅ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｌｅｉｖｏ ｅｔ ａｌ．，２００５；Ｓｈｅｒｍａｎ－Ｂａｕｓｔ ｅｔ ａｌ．，２００３；Ｇａｒｄｉｎａ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｔｈｏｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，２００８）。卵巣がんにおいては、ＣＯＬ６Ａ３レベルはより高い腫瘍悪性度と相関し、膵臓がんにおいては、ＣＯＬ６Ａ３は適切な診断血清バイオマーカーに相当することが示された（Ｓｈｅｒｍａｎ－Ｂａｕｓｔ ｅｔ ａｌ．，２００３；Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＤＣＢＬＤ２の遺伝子は、膜貫通共受容体タンパク質であって、内皮および平滑筋細胞誘導ニューロピリン様タンパク質とも称される、ジスコイジン、ＣＵＢおよびＬＣＣＬドメイン含有タンパク質２をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＤＣＢＬＤ２は、膠芽細胞腫および頭頸部がん（ＨＮＣ）において上方制御され、ＥＧＦＲ刺激腫瘍形成に必要である（Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。さらに、ＤＣＢＬＤ２は高度に転移性お肺がん亜系および組織サンプルにおいて、上方制御される（Ｋｏｓｈｉｋａｗａ ｅｔ ａｌ．，２００２）。対照的に、ＤＣＢＬＤ２の発現は、胃がんにおいてそのプロモーターの過剰メチル化によって停止される（Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，２００８）。

ＤＵＳＰ１４、二重特異性ホスファターゼ１４の遺伝子は、チロシンならびにセリン／スレオニン残基を脱リン酸化し得て、ＭＡＰキナーゼシグナル伝達の不活性化において役割を果たす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＤＵＳＰ１４遺伝子における一塩基多型は、メラノーマリスクの変化と関連する（Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１４ａ；Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２０１３ａ）。

ＥＥＦ１Ａ１の遺伝子は、アミノアシルｔＲＮＡのリボソームへの酵素的送達に関与する、伸長因子－１複合体のαサブユニットのイソ型をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＥＥＦ１Ａ１は、結腸直腸がん、卵巣がん、胃がん、前立腺がん、神経膠芽腫、および扁平上皮がんをはじめとする多様ながん実体において上方制御されることがが示され、前立腺がんの可能な血清バイオマーカーとして記載された（Ｍａｔａｓｓａ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｖｕｉ－Ｋｅｅ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｌｉｍ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｋｕｒａｍｉｔｓｕ ｅｔ ａｌ．，２０１０；Ｋｉｄｏ ｅｔ ａｌ．，２０１０；Ｓｃｒｉｄｅｌｉ ｅｔ ａｌ．，２００８；Ｑｉ ｅｔ ａｌ．，２００５；Ｒｅｈｍａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。機構的に、ＥＥＦ１Ａ１は、ｐ５３およびｐ７３との相互作用を通じてアポトーシスを阻害して、細胞周期インヒビターｐ２１の転写を抑制することで増殖を促進し、上皮間葉転換の制御に関与する（Ｂｌａｎｃｈ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｃｈｏｉ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｈｕｓｓｅｙ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。

ＥＥＦ１Ａ１Ｐ５の遺伝子は、真核生物翻訳伸長因子１α１偽遺伝子５をコードして、染色体９ｑ３４．１３に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＦＡＭＣ３の遺伝子は、配列類似性３（ＦＡＭ３）ファミリーがあるファミリーのメンバーであり、ＧＧドメインがある分泌タンパク質をコードする。このタンパク質の発現の変化は、膵臓がん由来細胞において注目されている。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。メラノーマにおいては、ＦＡＭＣ３は、重要な腫瘍細胞生存機序である自食作用の候補バイオマーカーとして同定されている（Ｚｏｕ ｅｔ ａｌ．，２００２；Ｋｒａｙａ ｅｔ ａｌ．，２０１５）。ＦＡＭＣ３は、上皮間葉移行において重要な役割を果たし、それは、特に、肝細胞がん、結腸直腸がん、肺がん、および乳がんにおける攻撃性、腫瘍の転移性進行、および不良生存と相関する（Ｃｓｉｓｚａｒ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｇａｏ ｅｔ ａｌ．，２０１４ｃ；Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｃｈａｕｄｈｕｒｙ ｅｔ ａｌ．，２０１０；Ｌａｈｓｎｉｇ ｅｔ ａｌ．，２００９）。

ＦＡＰの遺伝子は、上皮がん（がん関連線維芽細胞またはＣＡＦ）の反応性間質線維芽細胞、治癒創傷の肉芽組織、および骨および軟部組織肉腫の悪性細胞において選択的に発現される、膜貫通セリンプロテアーゼをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＦＡＰは、細胞の接着、移動プロセス、および細胞外マトリックス（ＥＣＭ）再構築への関与を通じて、がんの増殖および転移において重要な役割を果たす（Ｊａｃｏｂ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。ＦＡＰの過剰発現は、結腸がん、食道（ｅｓｏｐｈａｇｅａｓ）扁平上皮がん、膵臓腺がん、膠芽細胞腫、骨肉腫、卵巣がん、および乳がんなどの様々ながんにおける、予後不良、進行した腫瘍進行度分類、転移形成、および浸潤能と相関する（Ｗｉｋｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｋａｓｈｙａｐ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２００８；Ｍｅｎｔｌｅｉｎ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｙｕａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ａｒｉｇａ ｅｔ ａｌ．，２００１）。

ＦＫＢＰ１０の遺伝子は、ＦＫＢＰ型ペプチジル－プロリルシス／トランスイソメラーゼファミリーに属する、ＦＫ５０６結合タンパク質１０をコードする。ＦＫＢＰ１０遺伝子産物は、小胞体に局在して、分子シャペロンの役割を果たす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＦＫＢＰ１０は、白血病細胞におけるアドリアマイシン耐性表現型の獲得および維持に関与する、新規遺伝子として同定される（Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＦＫＢＰ１０は、その上方制御を通じて、結腸直腸がんと関連付けられている（Ｏｌｅｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，２００５）。対照的に、ＦＫＢＰ１０の低発現は上皮性卵巣がんに特徴的であった（Ｑｕｉｎｎ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

ＦＬＮＡの遺伝子は、アクチンフィラメントを架橋してアクチンフィラメントを膜糖タンパク質に連結する、アクチン結合タンパク質であるフィラミンＡをコードする。コードされたタンパク質は、細胞の形状および移動の変化を誘導し、インテグリン、膜貫通受容体複合体、および二次メッセンジャーと相互作用する、細胞骨格の再構築に関与する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。その細胞内局在次第で、フィラミンＡはがんにおいて二重の役割を果たす：フィラミンＡは、様々な増殖シグナル伝達経路において機能するのに加えて、細胞質においては細胞移動および接着経路に関与する。したがって、その過剰発現は腫瘍促進効果を有する。完全長フィラミンＡとは対照的に、タンパク質のタンパク質分解時に放出されるＣ末端破片は、核に局在し、そこで転写因子と相互作用し、それによって腫瘍増殖および転移を抑制する（Ｓａｖｏｙ ａｎｄ Ｇｈｏｓｈ，２０１３）。

ＧＧＡ１の遺伝子は、ゴルジ局在性γアダプチンｅａｒ含有ＡＲＦ結合（ＧＧＡ）タンパク質ファミリーのメンバーをコードする。このファミリーのメンバーは、トランスゴルジネットワークとリソソームの間のタンパク質輸送を制御する、遍在性コートタンパク質である（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＨＢＢの遺伝子は、赤血球中の鉄含有酸素輸送金属タンパク質である、ヒトヘモグロビンのβ鎖をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。乳がんが骨および内臓転移を生じる能力は、転移が骨に限定されている乳がん症例と比較して、臨床転帰不良であることの明確な指標となる。骨転移におけるＨＢＢの発現増大は、その他の臓器に迅速に拡散するそれらの能力と相関した（Ｃａｐｕｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。ＨＢＢは、子宮頸部がん組織において過剰発現されることが示された。子宮頸がん細胞におけるＨＢＢの異所性発現は、酸化ストレスを抑制し細胞生存率を改善した（Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

ＨＢＤの遺伝子は、赤血球中の鉄含有酸素輸送金属タンパク質である、ヒトヘモグロビンのδ鎖をコードする２つのα鎖に加えて２つのδ鎖は、ヘモグロビンＡ２を構成し、それはＨｂＦと共に成人ヘモグロビンの３％を占める（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＨＫＤＣ１の遺伝子は、生体外でヘキソキナーゼ活性を示す、ヘキソキナーゼドメイン含有１をコードする（Ｇｕｏ ｅｔ ａｌ．，２０１５）。異種起源データから可能な治療標的を同定する新規方法を使用して、その他の周知の治療標的の中で、特にＨＫＤＣ１が、肺がんのための新しい可能な治療標的として発見された（Ｌｉ ａｎｄ Ｈｕａｎｇ，２０１４）。

ＨＳＰＤ１の遺伝子は、ミトコンドリアに新たに移入されたタンパク質の折り畳みおよび構築に必須であっって自然免疫系におけるシグナル伝達分子として機能してもよい、シャペロニンファミリーのメンバーである、ミトコンドリア熱ショック６０ｋＤａタンパク質１をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＨＳＰＤ１は、ミトコンドリア内タンパク質と考えられているが、細胞質ゾル、細胞膜、小胞、細胞表面、細胞外空間、および血液で発見されている。細胞質ゾルＨＳＰＤ１レベルは、様々な臓器において発がん中に徐々に増大または低下するので、ＨＳＰＤ１は、新生物発生前および新生物病変の診断および予後のためのバイオマーカーとして使用され得る。さらに、いくらかの新たに同定されたＨＳＰＤ１の機能は、発がんと、特に腫瘍細胞生存率および増殖と関連しており、それは、抗腫瘍治療の有望な標的として集中的に考察されている（Ｐａｃｅ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｎａｋａｍｕｒａ ａｎｄ Ｍｉｎｅｇｉｓｈｉ，２０１３；Ｃａｐｐｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｃａｐｐｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｃａｐｐｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，２００８）。

ＨＹＯＵ１の遺伝子は、熱ショックタンパク質７０ファミリーに属して１７０ｋＤａのグルコース調節タンパク質（ＧＲＰ１７０）としてより良く知られている、低酸素上方制御１タンパク質をコードする。ＨＹＯＵ１の発現は、低酸素条件下でストレス依存様式で誘導され、小胞体（ＥＲ）におけるタンパク質の蓄積をもたらす。ＨＹＯＵ１によってコードされるタンパク質は、ＥＲにおけるタンパク質の折り畳みおよび分泌において、重要な役割を果たすと考えられる（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。細胞内ＨＹＯＵ１タンパク質の活性は、腫瘍の進行または転移中のがん細胞における生存利益を提供することが示されている。細胞外ＨＹＯＵ１タンパク質は、それらの交差提示のための腫瘍抗原の送達を促進することで、抗腫瘍免疫応答の発生において重要な役割を果たす（Ｆｕ ａｎｄ Ｌｅｅ，２００６；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１４ａ）。ＨＹＯＵ１タンパク質は、がん免疫療法に導入されており、陽性免疫調節効果を示した（Ｙｕ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１３ａ；Ｙｕａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｗａｎｇ ａｎｄ Ｓｕｂｊｅｃｋ，２０１３）。前立腺がん細胞において、ＨＹＯＵ１の抑制は抗腫瘍効果を示した（Ｍｉｙａｇｉ ｅｔ ａｌ．，２００１）。

ＩＦＴ８８の遺伝子は、テトラトリコペプチド反復（ＴＰＲ）ファミリーのメンバーをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。有糸分裂において、ＩＦＴ８８はダイニン１駆動複合体の一部であり、これは、末梢微小管クラスターを紡錘体に輸送して、適切な紡錘体の軸方向を確実にする。ＩＦＴ８８枯渇は、ヒト培養細胞における有糸分裂欠陥を誘導する（Ｄｅｌａｖａｌ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。ＩＦＴ８８（Ｔｇ７３７とも称される）遺伝子発現の喪失は、肝臓幹細胞（卵形細胞）の増殖をもたらし、したがって肝臓新生物腫瘍抑制遺伝子である（Ｉｓｆｏｒｔ ｅｔ ａｌ．，１９９７）。２０１２には、変異が、ヒトにおける新規形態の繊毛関連疾患および無嗅覚症の原因であり、マウスにおいてアデノウイルス媒介遺伝子治療によって、矯正できるることが判明した（ＭｃＩｎｔｙｒｅ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。

ＩＧＦ２ＢＰ３の遺伝子は、インスリン様成長因子ＩＩの翻訳を抑制するがん胎児性タンパク質である、インスリン様成長因子ＩＩ ｍＲＮＡ結合タンパク質３をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。いくつかの研究は、ＩＧＦ２ＢＰ３が、細胞極性化、移動、形態、代謝、増殖、および分化などの細胞機能の様々な重要な側面で、機能することを示した。生体外実験は、ＩＧＦ２ＢＰ３が、腫瘍細胞増殖、付着、および浸潤を促進することを示した。さらに、ＩＧＦ２ＢＰ３は、侵襲性の進行したがんと関連することが示されている（Ｂｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｇｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＩＧＦ２ＢＰ３過剰発現は、多数の腫瘍型で記載され、例えば、神経芽細胞腫、結腸直腸がん、肝臓内胆管細胞がん、肝細胞がん、前立腺がん、および腎細胞がんなどにおいて、予後不良、進行した腫瘍病期および転移と相関する（Ｂｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｆｉｎｄｅｉｓ－Ｈｏｓｅｙ ａｎｄ Ｘｕ，２０１２；Ｈｕ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｓｚａｒｖａｓ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｊｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１３ｂ；Ｈｏｆｆｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，２００８；Ｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，２０１３ｂ；Ｙｕａｎ ｅｔ ａｌ．，２００９）。

ＩＴＧＢ４の遺伝子は、インテグリンファミリーのタンパク質をコードする。インテグリンは、膜貫通糖タンパク質受容体に非共有結合している、αおよびβサブユニットから構成されるヘテロ二量体である。それらは、細胞－マトリックスまたは細胞－細胞接着を媒介し、遺伝子発現および細胞増殖を制御するシグナルを伝達する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＩＴＧＢ４（ＣＤ１０４とも称される）は、α６サブユニットと結合する傾向があり、食道扁平上皮がん、膀胱がん、および卵巣がんなどのいくつかの浸潤性がんの生物学において、中心的役割を果たす可能性が高い（Ｋｗｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｐｅｒｅｉｒａ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１４ｂ）。ＩＴＧＢ４における一塩基多型は、腫瘍の攻撃性および生存に影響を与えるようであり、乳がん患者にとって、予後的重要性を有してもよい（Ｂｒｅｎｄｌｅ ｅｔ ａｌ．，２００８）。

ＫＣＮＫ６の遺伝子は、２つの細孔形成Ｐドメインを含有する、カリウムチャネルタンパク質のスーパーファミリーのメンバーの１つをコードする。このチャネルタンパク質はオープン整流器と見なされて、広範に発現される。それはアラキドン酸によって刺激され、内部酸性化および揮発性麻酔薬によって阻害される（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＫＣＮＫ６（Ｋ２Ｐ６．１とも称される）は、Ｋ２Ｐ１．１、Ｋ２Ｐ３．１、Ｋ２Ｐ５．１、Ｋ２Ｐ６．１、Ｋ２Ｐ７．１、およびＫ２Ｐ１０．１と共に、オンラインがんマイクロアレイデータベース、Ｏｎｃｏｍｉｎｅ（ｗｗｗ．ｏｎｃｏｍｉｎｅ．ｏｒｇ）を使用して調べられたがん型全体にわたり、有意な発現低下を示した（Ｗｉｌｌｉａｍｓ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

ＫＣＮＮ３の遺伝子は、カリウムチャネルのＫＣＮＮファミリーに属する。それは内在性膜タンパク質をコードして、それは、過分極後のシナプスの遅延成分に寄与することでニューロンの興奮性を調節すると考えられる、電圧非依存性のカルシウム活性化チャネルを形成する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＫＣＮＮ３（ＴＡＳＫ－１とも称される）発現は、マウス神経芽細胞腫Ｎ２Ａ細胞において１７β－エストラジオールによって下方制御され、細胞増殖を改善した（Ｈａｏ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＫＣＮＮ３発現は、生理学的および超生理学的濃度の１，２５ジヒドロキシビタミンＤ（３）に対する、乳がん器官型培養物の曝露によって上方制御された（Ｍｉｌａｎｉ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。ＫＣＮＮ３（Ｋ２Ｐ３．１とも称される）は、Ｋ２Ｐ１．１およびＫ２Ｐ１２．１と共に、オンラインがんマイクロアレイデータベース、Ｏｎｃｏｍｉｎｅ（ｗｗｗ．ｏｎｃｏｍｉｎｅ．ｏｒｇ）を使用して調べられた、一連のがんにおいて過剰発現された（Ｗｉｌｌｉａｍｓ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

ＫＤＭ１Ａ（ＬＳＤ１とも称される）の遺伝子は、ＳＷＩＲＭドメイン、ＦＡＤ結合モチーフ、およびアミンオキシダーゼドメインを含有する核タンパク質をコードする。このタンパク質は、いくつかのヒストンデアセチラーゼ複合体の構成要素であるが、ヒストンデメチラーゼとして機能することで、遺伝子を発現停止する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＫＤＭ１Ａの過剰発現は、腫瘍細胞の増殖、移動、および浸潤を促進し、ＮＳＣＬＣおよびＨＣＣにおける予後不良と関連した（Ｌｖ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。ＫＤＭ１Ａの発現の上昇は、前立腺がんの再発およびＶＥＧＦ－Ａ発現増大と相関する（Ｋａｓｈｙａｐ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。トリコスタチンＡ（ＴＳＡ）および５－アザ－２’－デオキシシチジン（デシタビン）の併用によるＫＤＭ１Ａの阻害は、卵巣がん腹水細胞株ＳＫＯＶ３の腫瘍形成を抑制する（Ｍｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

ＫＩＦ２６Ｂの遺伝子は、腎臓発生に必須であるキネシンスーパーファミリータンパク質（ＫＩＦ）のメンバーをコードする。ＫＩＦ２６Ｂの発現は後腎間充織間葉に限定され、その転写はジンクフィンガー転写調節因子Ｓａｌｌ１によって制御される（Ｔｅｒａｂａｙａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。乳がんにおけるＫＩＦ２６Ｂの高度発現は、予後不良と関連がある（Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１３ｂ）。ＫＩＦ２６Ｂ上方制御は、ＣＲＣ腫瘍組織および対合する隣接正常粘膜を分析して、腫瘍サイズと有意に相関した。ＫＩＦ２６Ｂは、結腸直腸発がんにおいて重要な役割を果たし、ＣＲＣの新規予後指標および可能な治療標的として機能する（Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１５）。

ＫＲＴ１９の遺伝子は、ケラチンファミリーのメンバーをコードする。ケラチンは、上皮細胞の構造的完全性に関与する中間径フィラメントタンパク質であり、サイトケラチンおよび毛髪ケラチンに細分化される。ＫＲＴ１９は、発生中の表皮を包む一過性の表面層である周皮において、特異的に発現される（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。腫瘍細胞におけるＫＲＴ１９発現は、乳がん、肺がん、卵巣がん、および肝細胞がんなどのいくつかの腫瘍実体の予後マーカーである（Ｓｋｏｎｄｒａ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｇａｏ ｅｔ ａｌ．，２０１４ｂ；Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２０１３ｂ；Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，２０１３ａ）。ＫＲＴ１９は、膵臓神経内分泌腫瘍、特にインスリン陰性腫瘍の独立予後因子であることが示されている。ＫＲＴ１９陽性腫瘍は、サイズ、有糸分裂、リンパ管浸潤、および壊死などのなどの確立された病理学的パラメータに関わりなく、転帰不良と関連する（Ｊａｉｎ ｅｔ ａｌ．，２０１０）。

ＫＲＴ７の遺伝子は、ケラチン遺伝子ファミリーのメンバーをコードする。ＩＩ型サイトケラチンは、単層および重層上皮組織の分化中に同時に発現される異型ケラチン鎖対に配置される、塩基性または中性タンパク質からなる。このＩＩ型サイトケラチンは、内臓器官腔を覆う単層上皮において、および腺管および血管において、特異的に発現される（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＫＲＴ７は、いくつかの表現型を識別するために、そして腎細胞がん、卵巣がん、上皮性皮膚腫瘍などの特定のがん予後のためのバイオマーカーとして、免疫組織化学検査において使用される。（Ｋｕｒｏｄａ ｅｔ ａｌ．，２０１３；ＭｃＣｌｕｇｇａｇｅ ａｎｄ Ｙｏｕｎｇ，２００５；Ａｌｈｕｍａｉｄｉ，２０１２）。

ＬＡＭＣ２の遺伝子は、細胞外マトリックス糖タンパク質のファミリーである、ラミニンファミリーに属する。ラミニンは、基底膜の主要非膠原性構成要素である。それらは、細胞接着、分化、移動、シグナル伝達、神経突起伸長、および転移をはじめとする、多種多様な生物学的過程に関与するとされている。ＬＡＭＣ２は、いくつかの胎児組織において発現され、皮膚、肺、および腎臓の上皮細胞に特異的に局在する、タンパク質をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＬＡＭＣ２は未分化甲状腺がんにおいて高度に発現され、ＥＧＦＲのシグナル伝達を調節することで、腫瘍の進行、移動、および浸潤と関連する（Ｇａｒｇ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＬＡＭＣ２発現は、第ＩＩ期結腸直腸がん患者におけるより芳しくない予後を予測した（Ｋｅｖａｎｓ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。ＬＡＭＣ２発現は、３つのその他のバイオマーカーと共に、口腔扁平上皮がん患者におけるＬＮ転移の存在と有意に関連することが判明した（Ｚａｎａｒｕｄｄｉｎ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

ＬＵＭの遺伝子は、デコリン、ビグリカン、フィブロモジュリン、ケラトカン、エピフィファンおよびオステオグリシンをはじめとする、ロイシンに富むプロテオグリカン（ＳＬＲＰ）ファミリーのメンバーをコードする。ルミカンは、角膜の主要ケラタン硫酸プロテオグリカンであるが、体全体の間質内膠原性マトリックスにもまた分布する。ルミカンは、コラーゲン原線維の組織化と円周方向成長、角膜透明性、および上皮細胞の移動と組織修復を制御してもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＬＵＭタンパク質は、正常組織と比較して、乳がん、結腸直腸がん、および膵臓がんなどの大多数腫瘍組織において上方制御され、より高い腫瘍悪性度および転帰不良と関連する。しかし、細胞外ルミカンは、膵臓がん細胞の増殖を阻害して、手術後の生存期間の延長と関連する（Ｌｅｙｇｕｅ ｅｔ ａｌ．，１９９８；Ｓｅｙａ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｉｓｈｉｗａｔａ ｅｔ ａｌ．，２００７；Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＬＵＭ、および細胞外マトリックス完全性に関連する他の遺伝子（ＤＣＮおよびＤＰＴ）は、示差的に発現されて、転移性および再発性の骨巨細胞腫のバイオマーカーの役割を果たしてもよい（Ｌｉｅｖｅｌｄ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＬＵＭは、Ａ２７８０卵巣がん細胞株のシスプラチン、ドキソルビシン、トポテカン、およびパクリタキセル耐性変異体において下方制御される（Ｊａｎｕｃｈｏｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＭＡＰ４の遺伝子は、微小管集合を促進し、間期微小管カタストロフィ促進の不安定化を抑制する、主要な非神経細胞微小管関連タンパク質をコードする。このタンパク質のリン酸化は、微小管の特性および細胞周期の進行に影響を及ぼす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。高レベルのＭＡＰ４は、膀胱がん等級と正の相関があることがが示された一方で、タンパク質キナーゼＡによるタンパク質のリン酸化は、膀胱がん細胞の移動および浸潤を低下させる（Ｏｕ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。非小細胞肺がん患者における研究では、正常サンプルと比較して、腫瘍サンプルにおいてスタスミンｍＲＮＡに対するＭＡＰ４の比率が増大することが示され、この比率が非小細胞肺がんのバイオマーカーの役割を果たし得ることが示唆された（Ｃｕｃｃｈｉａｒｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．，２００８）。腫瘍抑制因子ｐ５３によって負に制御されるＭＡＰ４レベルは、微小管標的薬の有効性に影響を及ぼす。高いレベルは、微小管安定化薬（タキサン）の効果を増大させる一方で、微小管不安定化薬（ビンカアルカロイド）の効果を低下させるが、低いＭＡＰ４レベルは、反対の効果を有する（Ｈａｉｔ ａｎｄ Ｙａｎｇ，２００６；Ｇａｌｍａｒｉｎｉ ｅｔ ａｌ．，２００３；Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，１９９９）。

ＭＭＰ７の遺伝子は、プロテオグリカン、フィブロネクチン、エラスチン、およびカゼインを分解する酵素をコードし、保存されたＣ末端タンパク質ドメインを欠くことで、ほとんどのＭＭＰファミリーメンバーと異なる。マトリックスメタロプロテイナーゼ（ＭＭＰ）ファミリーのタンパク質は、胚発生、繁殖、および組織再構築などの正常な生理学的過程における、ならびに関節炎および転移などの疾患過程における、細胞外マトリックスの分解に関与する。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＭＭＰ７は、結腸直腸がん、転移性肺がん、および胃がんをはじめとするヒトがん組織において頻繁に過剰発現され、がんの進行および転移形成と関連する（Ｉｉ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．，２０１５ａ；Ｈａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１５；Ｌｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＭＭＰ７は、細胞外マトリックスタンパク質分解、インスリン様成長因子およびヘパリン結合上皮成長因子の生物学的利用能を増大させることによる腫瘍細胞増殖活性化、および膜結合Ｆａｓリガンドを切断することによる腫瘍隣接する細胞におけるアポトーシス誘導のような、重要な腫瘍促進の役割を果たすことが示されている（Ｉｉ ｅｔ ａｌ．，２００６）。

Ｃ８ｏｒｆ７３としてもまた知られているＭＲＯＨ６の遺伝子は、染色体８ｑ２４．３上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＭＸ１の遺伝子は、Ｉ型およびＩＩ型インターフェロンによって誘導されて細胞抗ウイルス応答に関与する、グアノシン三リン酸（ＧＴＰ）代謝タンパク質をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。がんにおけるＭＸ１の役割は、依然として完全に解明されていない。一方で、ＭＸ１発現は前立腺がんと逆相関し、転移形成を低下させ、ドセタキセル（ｄｏｃｌｅｔａｘｅｌ）に対する感受性を高める。さらに、過剰メチル化によるＭＸ１のエピジェネティックなサイレンシングが、頭頸部扁平上皮がんにおいて検出されており、ＭＸ１の発現は、前立腺がんおよびメラノーマ細胞株の細胞運動性および浸潤を低下させ、全てＭＸ１の腫瘍抑制作用に有利である（Ｂｒｏｗｎ ｅｔ ａｌ．，２０１５；Ｃａｌｍｏｎ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｍｕｓｈｉｎｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，２００９）。他方では、ＭＸ１遺伝子内の一塩基多型が前立腺がんと関連し、ＭＸ１の高発現は結腸直腸がんにおけるリンパ節転移と関連しており、これはＭＸ１の発がん特性を示唆する（Ｃｒｏｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｇｌｙｍｐｈ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

ＭＸＲＡ５の遺伝子は、パールカンに関連する、７個のロイシン富化反復配列と１２個の免疫グロブリン様Ｃ２型ドメインとを含有する、マトリックス再構築関連タンパク質の１つをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。中国の試験は、ＭＸＲＡ５を非小細胞肺がんにおいて２番目に頻繁に変異する遺伝子として同定した（Ｘｉｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。結腸がんにおいては、ＭＸＲＡ５は、過剰発現することが示され、早期診断および大網転移のバイオマーカーの役割を果たすかもしれない（Ｚｏｕ ｅｔ ａｌ．，２００２；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１３ａ）。

ＭＹＨ９の遺伝子は、細胞質分裂、細胞運動性、および細胞形状維持をはじめとする、いくつかの重要な機能に関与する、ＩＱドメインおよびミオシンヘッド様ドメインを含む、従来の非筋ミオシンＩＩＡ重鎖をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＭＹＨ９の高度発現は食道扁平上皮がんにおける予後不良と関連することが示され、アネキシンＩＩおよびキンドリング－２との組み合わせで、この疾患における総合的および無病生存期間の予測バイオマーカーの役割を果たすかもしれない（Ｘｉａ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＭＹＨ９遺伝子内の変異がヒト乳がんサンプルにおいて同定されており、それは大腸がんにおいて示差的に発現される（Ｅｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｍｕ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。生体外および異種移植研究は、ＭＹＨ９が、乳がんおよび非小細胞肺がん細胞をはじめとする種々の腫瘍細胞株の腫瘍細胞増殖および浸潤を促進することを示す（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，２０１３ａ；Ｌｕｎｄ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｄｅｒｙｃｋｅ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｍｅｄｊｋａｎｅ ｅｔ ａｌ．，２００９）。

ＭＹＬ１２Ａの遺伝子は、平滑筋および非筋細胞の収縮を制御する、非肉腫ミオシン制御軽鎖をコードする（Ａｍａｔｓｃｈｅｋ ｅｔ ａｌ．，２００４；ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＭＹＬ１２Ａのリン酸化は、生体外および動物モデルにおいて、腫瘍細胞の運動性および浸潤を促進することが報告された（Ｍａｎｎｉｎｇ，Ｊｒ．ｅｔ ａｌ．，２０００；Ｋａｎｅｋｏ ｅｔ ａｌ．，２００２；Ｋｈｕｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１０）。さらに、ＭＹＬ１２Ａは、転写調節因子アポトーシス拮抗転写因子を隔離することで、ＤＮＡ損傷修復およびｐ５３誘導性アポトーシスを制御するようである（Ｈｏｐｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１２ａ；Ｈｏｐｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１２ｂ）。

ＭＹＬ１２Ｂの遺伝子は、非筋ミオシンＩＩ（ＭＹＨ９）の制御軽鎖をコードする。ＭＹＬ１２Ｂのリン酸化は、より高いＭｇＡＴＰアーゼ活性およびミオシンＩＩフィラメントの集合をもたらす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。タンパク質は、等級３の卵巣がんにおいて上方制御されることが示され、ＭＹＬ１２Ｂのリン酸化または活性化の薬理学的ブロックは、生体外で腫瘍細胞の移動および浸潤を低下させ、乳がんの動物モデルにおいて転移形成を低下させた。これらのデータは、ＭＹＬ１２Ｂの転移促進の役割を示唆する（Ｌｉｍ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｍｅｎｈｏｆｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｐａｔｅｌ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。

ＰＡＲＤ３Ｂの遺伝子は、上皮細胞の密着接合部に局在して細胞極性の確立に関与するタンパク質をコードする（Ｉｚａｋｉ ｅｔ ａｌ．，２００５）。ＰＡＲＤ３Ｂ遺伝子内の一塩基多型は、急性リンパ芽球性白血病またはリンパ芽球性リンパ腫がある小児における、重度の治療関連肝毒性と有意に関連することが示された（Ｈｏｒｉｎｏｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，２０１０）。

ＰＤＩＡ６（ＥＲｐ５とも称される）の遺伝子は、タンパク質中のジスルフィド結合の形成、還元、および異性化を触媒してジスルフィド結合タンパク質の折り畳みにおいて役割を果たすと考えられる、小胞体（ＥＲ）常在タンパク質であるタンパク質ジスルフィドイソメラーゼをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＰＤＩＡ６の前立腺組織マイクロアレイの免疫染色は、非悪性上皮と比較して前悪性病変において（Ｐ＜０．０００１、マン・ホイットニーＵ検定）、そして低悪性（２～３）がんとの対比で高度グリーソン等級（４～５）において（Ｐ＜０．０５）、有意により高い免疫反応性を示した（Ｇｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１０）。高いＥＲｐ５／ＡＤＡＭ１０発現は、ホジキンリンパ腫におけるリンパ節微小環境内のＭＩＣＡ脱落およびＮＫＧ２Ｄリガンド認識障害をもたらす。これは、ＣＤ８ Ｔ細胞上のＮＫＧ２Ｄ表面発現の抑制的調節および非効率的な抗腫瘍応答をもたらす（Ｚｏｃｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。タンパク質ジスルフィドイソメラーゼＰＤＩＡ４およびＰＤＩＡ６は、肺腺がんにおけるシスプラチン誘導細胞死に対する抵抗性を媒介する（Ｈｏｒｉｂｅ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＰＩＫ３ＩＰ１の遺伝子は、ＰＩ３Ｋインヒビターであるホスホイノシチド－３－キナーゼ相互作用タンパク質１をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＰＩＫ３ＩＰ１の下方制御は、ヒトＴ細胞リンパ芽球性リンパ腫細胞における腫瘍増殖の増大をもたらす（Ｗｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＰＩＫ３ＩＰ１は肝細胞がん（ＨＣＣ）において下方制御され、ＰＩＫ３ＩＰ１はＨＣＣの発生を抑制する（Ｈｅ ｅｔ ａｌ．，２００８）。

ＰＬＥＣの遺伝子は、細胞骨格および接着複合体の架橋および組織化に関与するタンパク質である、プラキンファミリーメンバープレクチンをコードする（Ｂｏｕａｍｅｕｒ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＰＬＥＣは、結腸直腸腺がん、頭頸部扁平上皮がん、および膵臓がんにおいて過剰発現される（Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，２００４；Ｋａｔａｄａ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｂａｕｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。

ＰＯＴＥＥの遺伝子は、ＰＯＴＥ遺伝子ファミリーに属する１３のパラログの１つである、ＰＯＴＥアンキリンドメインファミリー、メンバーＥをコードする。ＰＯＴＥ遺伝子は、がん精巣抗原の新しいファミリーに相当する考えられる。ＰＯＴＥ遺伝子ファミリーの生物学的機能は依然として完全に解明されていないが、いくつかの証拠はアポトーシス促進の役割を示唆する（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｂｅｒａ ｅｔ ａｌ．，２００６）。ＰＯＴＥＥは、前立腺がん、乳がん、結腸がん、肺がん、および卵巣がんにおいて、主に発現される（Ｂｅｒａ ｅｔ ａｌ．，２００６）。一研究は、トランスクリプトミクスおよびプロテオミクスの併用アプローチを使用して、ＰＯＴＥＥが乳がんと密接に関連していることを記述した（Ｃｉｎｅ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＰＯＴＥＦの遺伝子は、ＰＯＴＥ遺伝子ファミリーに属する１３のパラログの１つである、ＰＯＴＥアンキリンドメインファミリー、メンバーＪをコードする。ＰＯＴＥ遺伝子は、がん精巣抗原の新しいファミリーに相当する考えられる。ＰＯＴＥ遺伝子ファミリーの生物学的機能は依然として完全に解明されていないが、いくつかの証拠はアポトーシス促進の役割を示唆する（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｂｅｒａ ｅｔ ａｌ．，２００６）。ＰＯＴＥＦは、ミトコンドリア経路を通じて、Ｈｅｌａ細胞におけるアポトーシスを誘導することが示された（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２００９）。ＰＯＴＥＦは、前立腺がん、乳がん、結腸がん、肺がん、および卵巣がんにおいて、主に発現される（Ｂｅｒａ ｅｔ ａｌ．，２００６）。

ＰＯＴＥＩの遺伝子は染色体２ｑ２１．１上に位置して、ＰＯＴＥ遺伝子ファミリーに属する１３のパラログの１つであるＰＯＴＥアンキリンドメインファミリー、メンバーＩをコードする。ＰＯＴＥ遺伝子は、がん精巣抗原の新しいファミリーに相当する考えられる。ＰＯＴＥ遺伝子ファミリーの生物学的機能は依然として完全に解明されていないが、いくつかの証拠はアポトーシス促進の役割を示唆する（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｂｅｒａ ｅｔ ａｌ．，２００６）。ＰＯＴＥＩは、前立腺がん、乳がん、結腸がん、肺がん、および卵巣がんにおいて、主に発現される（Ｂｅｒａ ｅｔ ａｌ．，２００６）。

ＰＯＴＥＪの遺伝子は、ＰＯＴＥ遺伝子ファミリーに属する１３のパラログの１つである、ＰＯＴＥアンキリンドメインファミリー、メンバーＪをコードする。ＰＯＴＥ遺伝子は、がん精巣抗原の新しいファミリーに相当する考えられる。ＰＯＴＥ遺伝子ファミリーの生物学的機能は依然として完全に解明されていないが、いくつかの証拠はアポトーシス促進の役割を示唆する（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｂｅｒａ ｅｔ ａｌ．，２００６）。ＰＯＴＥＪは、前立腺がん、乳がん、結腸がん、肺がん、および卵巣がんにおいて、主に発現される（Ｂｅｒａ ｅｔ ａｌ．，２００６）。

ＰＯＴＥＫＰの遺伝子は、偽遺伝子であるＰＯＴＥアンキリンドメインファミリー、メンバーＫをコードして、染色体２ｑ２１．１上に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＰＯＴＥＪＰＯＴＥＭの遺伝子は、ＰＯＴＥ遺伝子ファミリーに属する１３のパラログの１つである、ＰＯＴＥアンキリンドメインファミリー、メンバーＭをコードする。ＰＯＴＥ遺伝子は、がん精巣抗原の新しいファミリーに相当する考えられる。ＰＯＴＥ遺伝子ファミリーの生物学的機能は依然として完全に解明されていないが、いくつかの証拠はアポトーシス促進の役割を示唆する（Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｂｅｒａ ｅｔ ａｌ．，２００６）。ＰＯＴＥＭは、正常および悪性の前立腺組織の特異的転写物として同定された（Ｓｔｏｌｋ ｅｔ ａｌ．，２００４）。

ＰＴＲＦの遺伝子は、転写複合体の解離および新生ｒＲＮＡ転写物上のポリメラーゼＩの再開始を促進するｒＲＮＡ転写の制御因子である、ポリメラーゼＩおよび転写物放出因子をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＰＴＲＦは、乳がん細胞株および乳房腫瘍組織において下方制御される（Ｂａｉ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。ＰＴＲＦは、非小細胞肺がんのバイオマーカーである（Ｇａｍｅｚ－Ｐｏｚｏ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。ＰＴＲＦの発現は前立腺がんにおいて下方制御され、前立腺がん細胞におけるＰＴＲＦの不在は、がん細胞の血管新生能を促進することで、腫瘍進行および転移に顕著に寄与する（Ｎａｓｓａｒ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

ＰＵＳ７Ｌの遺伝子は、可能なプソイドウリジンシンターゼ作用があるタンパク質である、プソイドウリジル酸シンターゼ７ホモログ（Ｓ．セレビシエ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）様をコードする。ＰＵＳ７Ｌ遺伝子は、染色体１２ｑ１２に位置する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＲＡＮの遺伝子は、ＤＮＡ合成および細胞周期の進行調節において、微小管ネットワークの形成および組織化において、そしてアンドロゲン受容体の活性化において、核膜孔複合体を通じたＲＮＡおよびタンパク質の移行に関与する小型ＧＴＰ結合タンパク質である、ＲＡＮ、メンバーＲＡＳ発がん遺伝子ファミリーをコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＲＡＮは、がんの転移性進行における重要なタンパク質である。ＲＡＮは、乳房および腎臓などの様々な腫瘍において過剰発現される（Ｍａｔｃｈｅｔｔ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＲＡＮＰ１の遺伝子は、染色体６ｐ２１．３３上に位置する偽遺伝子である、ＲＡＮ、メンバーＲＡＳ発がん遺伝子ファミリー偽遺伝子１をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＲＡＳＡ４の遺伝子は、Ｃａ（２＋）に応答してＲａｓ－ＭＡＰＫ経路をスイッチオフする、Ｃａ（２＋）依存性Ｒａｓ ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質である、ＲＡＳ ｐ２１タンパク質アクチベーター４をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＲＡＳＡ４は、原発性滲出液リンパ腫で顕著に増幅される（Ｒｏｙ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。ＲＡＳＡ４は、正常子宮内膜と比較して、子宮内膜腺がんにおいて示差的に発現される（Ｊｅｄａ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＲＡＳＡ４Ｂの遺伝子は、Ｒａｓ－ＭＡＰＫ経路の制御に可能な関与があるＣａ（２＋）－依存性Ｒａｓ ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質である、ＲＡＳｐ２１タンパク質アクチベーター４Ｂをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＲＣＮ１の遺伝子は、小胞体の内腔に位置するカルシウム結合タンパク質である、レティキュロカルビン１をコードする。ＲＣＮ１は、ヒト内皮細胞および前立腺がん細胞株において、原形質膜に局在する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＲＣＮ１は、乳がんにおいて過剰発現される（Ａｍａｔｓｃｈｅｋ ｅｔ ａｌ．，２００４）。

ＲＧＳ４の遺伝子は、ヘテロ三量体Ｇタンパク質のＧαサブユニットのＧＴＰアーゼ活性化タンパク質（ＧＡＰ）である、Ｇタンパク質シグナル伝達４のレギュレーターをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＲＧＳ４は、原発性膵腫瘍と比較して、肝転移において、そして腫瘍侵襲面で、統計的に有意な下方制御を見せた（Ｎｉｅｄｅｒｇｅｔｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，２００７）。ＲＧＳ４は正常ヒト組織においては発現されないが、甲状腺がんにおいては非常に一般的に過剰発現される（Ｎｉｋｏｌｏｖａ ｅｔ ａｌ．，２００８）。ＲＧＳ４転写物は、卵巣がん細胞株におけるその発現レベルよりも数千倍高いレベルで、非がん性の不死化卵巣表面上皮細胞において検出された（Ｈｕｒｓｔ ｅｔ ａｌ．，２００９）。

ＲＰＳ６の遺伝子は、リボソームの４０Ｓサブユニットの構成要素である細胞質内リボソームタンパク質である、リボソームタンパク質Ｓ６をコードする。ＲＰＳ６は、特定のｍＲＮＡクラスの選択的翻訳を通じて、細胞の成長および増殖の調節に寄与してもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＲＰＳ６は、ｍＴＯＲの下流標的であり、複数の生理学的および病態生理学的機能と関連することが判明している（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１４ａ）。ＲＰＳ６のリン酸化は、膵臓がん発症時のＤＮＡ損傷および腫瘍抑制を軽減する（Ｋｈａｌａｉｌｅｈ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

ＲＰＳ８の遺伝子は、リボソームの４０Ｓサブユニットの構成要素である細胞質内リボソームタンパク質である、リボソームタンパク質Ｓ８をコードする。ＲＰＳ８発現は、マッチさせた正常な結腸粘膜と比較して、結腸直腸腫瘍および結腸ポリープにおいて増大される（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。膵管腺がん患者におけるＲＰＳ８上方制御は、短かい生存期間短いと相関している（Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１５）。

ＲＰＳ８Ｐ１０の遺伝子は、染色体１５ｑ１１．２上に位置する偽遺伝子である、リボソームタンパク質Ｓ８偽遺伝子１０をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。

ＳＣＧ５の遺伝子は、神経内分泌タンパク質である、セクレトグラニンＶ（７Ｂ２タンパク質）をコードする（Ｐｏｒｔｅｌａ－Ｇｏｍｅｓ ｅｔ ａｌ．，２００８）。ＳＣＧ５遺伝子の３’末端およびＧＲＥＭ１遺伝子座の上流領域に及ぶ重複は、結腸直腸がんを発症するリスクを増大させてもよい（Ｊａｅｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１４ｂ）。

ＳＥＲＰＩＮＢ２の遺伝子は、細胞外プロテアーゼウロキナーゼプラスミノーゲンアクチベーターおよび組織プラスミノーゲンアクチベーターのインヒビターである、セルピンペプチダーゼインヒビター、分岐群Ｂ（卵白アルブミン）、メンバー２をコードする（Ｓｃｈｒｏｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＳＥＲＰＩＮＢ２は、いくつかの異なる腫瘍において発現される。ＳＥＲＰＩＮＢ２の発現は、乳がんおよび膵臓がんにおける良好な予後と関連しているが、子宮内膜がん、卵巣がん、および結腸直腸がんにおいては予後不良と関連する（Ｓｃｈｒｏｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＳＥＲＰＩＮＢ３の遺伝子は、プロテアーゼインヒビターセルピンペプチダーゼインヒビター、分岐群Ｂ（卵白アルブミン）、メンバー３をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＥＲＰＩＮＢ３は、Ｒａｓ関連サイトカイン生成および腫瘍形成において重要な役割を果たすＲａｓ応答因子である（Ｃａｔａｎｚａｒｏ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＳＥＲＰＩＮＢ３発現は、肝細胞がんにおいて上方制御される（Ｐｏｎｔｉｓｓｏ，２０１４）。ＳＥＲＰＩＮＢ３は、卵巣がんの発症と関連する（Ｌｉｍ ａｎｄ Ｓｏｎｇ，２０１３）。

ＳＥＲＰＩＮＢ４の遺伝子は、プロテアーゼインヒビターセルピンペプチダーゼインヒビター、分岐群Ｂ（卵白アルブミン）、メンバー４をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＥＲＰＩＮＢ４は、Ｒａｓ関連サイトカイン生成および腫瘍形成において重要な役割を果たすＲａｓ応答因子である（Ｃａｔａｎｚａｒｏ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＳＥＲＰＩＮＢ４発現は、肝細胞がんにおいて上方制御される（Ｐｏｎｔｉｓｓｏ，２０１４）。

ＳＥＲＰＩＮＨ１の遺伝子は、セリンプロテイナーゼインヒビターである、セルピンペプチダーゼインヒビター、分岐群Ｈ（熱ショックタンパク質４７）、メンバー１、（コラーゲン結合タンパク質１）をコードするＳＥＲＰＩＮＨ１は、小胞体においてコラーゲン特異的分子シャペロンとして機能する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＥＲＰＩＮＨ１は、胃がん、肺がん、膵管腺がん、神経膠腫、および潰瘍性大腸炎関連がんをはじめとする、多くのヒトがんにおいて過剰発現される（Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＳＥＺ６Ｌの遺伝子は、タンパク質－タンパク質相互作用およびシグナルトランスダクションに関与する、複数ドメインがある膜貫通タンパク質である、発作関連６ホモログ（マウス）様をコードする（Ｎｉｓｈｉｏｋａ ｅｔ ａｌ．，２０００）。ＳＥＺ６Ｌは、胃がんにおいて過剰メチル化される（Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００８）。ＳＥＺ６Ｌ発現は、正常肺組織と比較して、非小細胞肺がんおよび小細胞肺がん細胞株において、ならびに原発性腫瘍サンプルにおいて上方制御される（Ｇｏｒｌｏｖ ｅｔ ａｌ．，２００７）。

ＳＬＣ１６Ａ３の遺伝子は、プロトン結合モノカルボン酸輸送体である、溶質輸送体ファミリー１６メンバー３をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ほとんどの固形腫瘍は、エネルギー産生を解糖に依存していることが知られている。高速の解糖は、臨床転帰不良、および腫瘍の成長および進行への直接的寄与と関連付けられている、乳酸産生の増大をもたらす。ＳＬＣ１６Ａ３は、がん細胞において乳酸の搬入を促進する、少数のモノカルボン酸輸送体の１つである（Ｄｈｕｐ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｄｒａｏｕｉ ａｎｄ Ｆｅｒｏｎ，２０１１）。ＳＬＣ１６Ａ３発現は、肝細胞がん患者における予後不良と関連付けられており、細胞株実験において、細胞増殖、移動、および浸潤を増大させた（Ｇａｏ ｅｔ ａｌ．，２０１４ａ）。腫瘍形成におけるＳＬＣ１６Ａ３の機能的関与が、膵臓がんのサブセットにおいて示された（Ｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＭＴＣＬ１の遺伝子は、微小管架橋因子１をコードする。ＭＴＣＬ１は、極性依存性微小管再構築に関与し、その微小管架橋活性を通じて、非中心体微小管の上皮細胞特異的再構成を媒介することが示された（Ｓａｔｏ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

ＳＳＴの遺伝子は、ホルモンであるソマトスタチンのプレプロタンパク質をコードする。ソマトスタチンは体全体で発現されて、多数の二次ホルモンの放出を阻害する。このホルモンは、下垂体成長ホルモン、甲状腺刺激ホルモン、および胃腸管の大部分のホルモンとの相互作用を通じた、内分泌系の重要な調節因子である。ソマトスタチンはまた、中枢神経系における神経伝達速度と、正常細胞および腫瘍形成細胞の双方の増殖とに影響を及ぼす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＳＳＴ類似体は成功裏に使用されて、胃腸膵臓神経内分泌（カルチノイド）腫瘍、肝細胞がん、および乳がんの治療における治療アプローチとしてさらに研究されている（Ｐｉｖｏｎｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｃｕｌｌｅｒ，２０１１；Ａｐｐｅｔｅｃｃｈｉａ ａｎｄ Ｂａｌｄｅｌｌｉ，２０１０；Ｍｏｄｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，２０１０；Ｗａｔｔ ｅｔ ａｌ．，２００８）。

ＴＨＹ１の遺伝子は、抗侵襲活性を有する、鼻咽頭がんにおける候補腫瘍抑制因子遺伝子である（Ｌｕｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１０）。

ＴＳＣ２２Ｄ４の遺伝子は、ロイシンジッパー転写レギュレーターのＴＳＣ２２ドメインファミリーのメンバーである、タンパク質をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＴＳＣ２２Ｄ４の肝臓レベルは、がん悪液質で増大した（Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

ＴＵＢＡ１Ａの遺伝子は、チューブリンα１ａをコードする。ＴＵＢＡ１Ａの発現は、形態学的に分化した神経細胞において主に見られる。この遺伝子の変異は、小頭症、精神遅滞、および早発性てんかんによって特徴付けられ、欠陥神経細胞移動によって引き起こされる、神経学的病状である滑脳症３型（ＬＩＳ３）を引き起こす（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。放射線形質転換および腫瘍形成性乳房細胞株における染色体再配置によって引き起こされる、ＴＵＢＡ１Ａおよびいくつかのその他の遺伝子の脱調節発現は、乳がんの発がんにおける早期分子事象を反映するかもしれない（Ｕｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１０）。進行した漿液性上皮卵巣がんの比較プロテオミクス分析を使用して、ＴＵＢＡ１Ａが、化学療法抵抗性の１つの可能な予測因子として同定された（Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。

ＴＵＢＡ１Ｂの遺伝子は、チューブリン、α１ｂをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。いくつかのその他の遺伝子の発現と組み合わされたＴＵＢＡ１Ｂの示差的発現は、マントル細胞リンパ腫の予後、第ＩＩ期結腸直腸がん患者の再発の予測、および引き続いて転移したぶどう膜メラノーマと未転移のものとの区別と関連した（Ｂｌｅｎｋ ｅｔ ａｌ．，２００８；Ａｇｅｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｌｉｎｇｅ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。ＴＵＢＡ１Ｂ発現は、肝細胞がん組織および増殖する肝細胞がん細胞において上方制御された。ＴＵＢＡ１Ｂ発現の増大は、肝細胞がん患者の芳しくない全生存率およびパクリタキセル耐性と関連した（Ｌｕ ｅｔ ａｌ．，２０１３ａ）。卵巣がん細胞においては、ＴＵＢＡ１Ｂの発現低下はオキサリプラチン耐性と関連した（Ｔｕｍｍａｌａ ｅｔ ａｌ．，２００９）。

ＴＵＢＡ１Ｃの遺伝子はチューブリン、α１ｃをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＴＵＢＡ１Ｃの発現は、骨肉腫およびＨＣＶ関連肝細胞がんにおいて上方制御されたことが示され、骨肉腫腫瘍形成または十分に分化したＨＣＶ関連肝細胞がんの可能なバイオマーカーであってもよい（Ｋｕｒａｍｉｔｓｕ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，２０１０）。

ＴＵＢＡ３Ｃの遺伝子はチューブリン、α３ｃをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＴＵＢＡ３Ｄの遺伝子は、チューブリン、α３ｄをコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＴＵＢＡ４Ａの遺伝子は、チューブリン、α４ａをコードする。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。食道扁平上皮がん（ＥＳＣＣ）の比較プロテオミクス分析は、ＴＵＢＡ４Ａの発現増大を示した（Ｑｉ ｅｔ ａｌ．，２００５）。

ＴＵＢＡ８の遺伝子は、チューブリン、α８をコードする。ＴＵＢＡ８の変異は、多小脳回症多および視神経形成不全と関連する（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。マウス肝臓においては、ＴＵＢＡ８は、非遺伝毒性の発がん物質であるフェノバルビタールによる処置後に誘導された。肝細胞がん細胞株においては、ＴＵＢＡ８の過剰発現は、細胞増殖、増殖、および移動に影響を及ぼすことが示された（Ｋａｍｉｎｏ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。

ＵＣＮ３の遺伝子は、ソーバジン／コルチコトロピン放出因子／ウロテンシンＩファミリーのメンバーである。それは、構造的にコルチコトロピン放出因子（ＣＲＦ）遺伝子に関連し、コードされる生成物は、ＣＲＦ２型受容体の内因性リガンドである。脳において、これは食欲に対するストレスの影響に関与してもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。Ｕｃｎ３は、正常な副腎および副腎腫瘍（副腎皮質腫瘍および褐色細胞腫の双方）において産生され、正常な副腎および副腎腫瘍における自己分泌たは傍分泌パラクリンの制御因子の役割を果たす（Ｔａｋａｈａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，２００６）。ウロコルチン３は、ＡＭＰＫおよびＡＫＴ経路を活性化し、ラット骨格筋におけるグルコース処理を促進する（Ｒｏｕｓｔｉｔ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。

ＶＣＡＮの遺伝子は、アグリカン／バーシカンプロテオグリカンファミリーのメンバーである。コードされたタンパク質は、大型コンドロイチン硫酸プロテオグリカンであり、細胞外基質の主要構成要素である。このタンパク質は、細胞接着、増殖、遊走、および血管新生に関与して、組織形態形成および維持において中心的役割を果たす。（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＶＣＡＮ発現は、ＴＧＦ－β受容体ＩＩ型およびＳＭＡＤシグナル伝達を通じて、がん関連線維芽細胞において調節された上方制御されたＶＣＡＮは、ＮＦ－κＢシグナル伝達経路を活性化することで、そしてＣＤ４４、マトリックスメタロプロテイナーゼ－９、およびヒアルロナン媒介性運動受容体の発現を上方制御することで、卵巣がん細胞の運動性および浸潤を促進した（Ｙｅｕｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。ＴＧＦ－βシグナル伝達によって制御されるＶＣＡＮをはじめとする、コラーゲン再構築遺伝子シグネチャーは、漿液性卵巣がんにおける転移および低生存率と関連する（Ｃｈｅｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＶＣＡＮは、５３人の患者の健常結腸粘膜と腫瘍組織の対合サンプルを比較して、ＣＲＣにおいて有意に上方制御される（Ｐｉｔｕｌｅ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

ＷＮＴ１６、Ｗｉｎｇｌｅｓｓ型ＭＭＴＶ組み込み部位ファミリー、メンバー１６の遺伝子は、発がんと、胚形成中の細胞運命およびパターン形成の制御をはじめとするいくつかの成長過程とに関与するとされる、分泌シグナル伝達タンパク質をコードする（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＷＮＴ１６の発現は、ｔ（１、１９）染色体転座含有急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）において上方制御され、白血病発生において重要な役割を果たすことが示された（Ｃａｓａｇｒａｎｄｅ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｍａｚｉｅｒｅｓ ｅｔ ａｌ．，２００５）。ＡＬＬがある患者に由来するＡＬＬ細胞株およびサンプルの研究は、ＷＮＴ１６およびその他のいくつかのＷｎｔ標的遺伝子の上方制御が、Ｗｎｔインヒビターのメチル化によって引き起こされ、それが１０年無病生存率および全生存率の有意な低下と、さらに関連することが示された（Ｒｏｍａｎ－Ｇｏｍｅｚ ｅｔ ａｌ．，２００７）。

ＷＮＴ５Ａの遺伝子は、分泌シグナル伝達タンパク質をコードする構造的に関連した遺伝子からなる、ＷＮＴ遺伝子ファミリーに属する。これらのタンパク質は、発がんに、そして胚形成中の細胞運命およびパターン形成の制御をはじめとするいくつかの発達過程に、関与するとされている。ＷＮＴ５Ａ遺伝子は、正順および非正順ＷＮＴ経路の双方を通じてシグナル伝達する、ＷＮＴファミリーのメンバーをコードする。このタンパク質は、７回膜貫通受容体ｆｒｉｚｚｌｅｄ－５およびチロシンキナーゼオーファン受容体２のリガンドである。このタンパク質は、胚形成中に発生経路を制御する上で重要な役割を果たす。このタンパク質はまた、発がんにおいて役割を果たしてもよい（ＲｅｆＳｅｑ，２００２）。ＷＮＴ５ＡはＣＲＣで過剰発現され、原発腫瘍と転移部位との一致率は７６％であった（Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。ＷＮＴ５Ａは上方制御され、ヒト胃がん細胞、鼻咽頭がん、および膵臓がんにおける、上皮－間葉移行および転移の重要な制御因子である（Ｋａｎｚａｗａ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｚｈｕ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｂｏ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

免疫応答の刺激は、宿主免疫系によって外来性として認識された抗原の存在に依存する。腫瘍関連抗原の存在の発見は、宿主の免疫系を用いて腫瘍成長に介入する可能性を高めた。免疫系の体液性および細胞性アームの双方を活用する様々な機構が、がん免疫療法のために目下探求されている。

細胞性免疫応答の特定の要素は、腫瘍細胞を特異的に認識して破壊できる。腫瘍浸潤性細胞集団からの、または末梢血からのＴ細胞の単離は、がんに対する自然免疫防御において、このような細胞が重要な役割を果たすことを示唆する。特に、細胞質ゾル内に位置するタンパク質または欠陥リボソーム産物（ＤＲＩＰＳ）に由来する、通常は８～１０アミノ酸残基の主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）保有ペプチドのクラスＩ分子を認識するＣＤ８陽性Ｔ細胞が、この応答において重要な役割を果たす。ヒトのＭＨＣ分子はまた、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）とも称される。

本明細書の用法では、別段の記載がない限り、全ての用語は下述のとおり定義される。

「Ｔ細胞応答」という用語は、生体外または生体内でペプチドによって誘導される、エフェクター機能の特異的増殖および活性化を意味する。ＭＨＣクラスＩ限定細胞毒性Ｔ細胞では、エフェクター機能は、ペプチドパルスされた、ペプチド前駆体パルスされたまたは天然ペプチド提示標的細胞の溶解；好ましくはペプチドによって誘導されるインターフェロン－γ、ＴＮＦ－α、またはＩＬ－２であるサイトカインの分泌；好ましくはペプチドによって誘導されるグランザイムまたはパーフォリンであるエフェクター分子の分泌；または脱顆粒であってもよい。

「ペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のα－アミノおよびカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する、一連のアミノ酸残基を命名するために、本明細書において使用される。ペプチドは、好ましくは９アミノ酸長であるが、８アミノ酸長程度に短くあり得て、１０、１１、１２、１３または１４以上に長くあり得て、ＭＨＣクラスＩＩペプチド（本発明のペプチドの伸長された変種）の場合、それらは１５、１６、１７、１８、１９または２０以上のアミノ酸長程度に長くあり得る。

さらに「ペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のα－アミノおよびカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する、一連のアミノ酸残基の塩を含むものとする。好ましくは、塩は、例えば、塩化物または酢酸塩（トリフルオロ酢酸塩）などの、ペプチドの薬学的に許容可能な塩である。ペプチドは生体内で塩ではないので、本発明によるペプチドの塩は、それらの生体内の状態がペプチドと実質的に異なることに留意すべきである。

「ペプチド」という用語は、「オリゴペプチド」もまた含むものとする。「オリゴペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のα－アミノおよびカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する、一連のアミノ酸残基を命名するために、本明細書において使用される。その中で正しいエピトープまたはエピトープが保持されれば、オリゴペプチドの長さは本発明には重要でない。オリゴペプチドは、典型的に、約３０アミノ酸残基長未満であり、約１５アミノ酸長を超える。

「ポリペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のα－アミノおよびカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する、一連のアミノ酸残基を指す。正しいエピトープが保持されれば、ポリペプチドの長さは本発明には重要でない。ペプチドまたはオリゴペプチドという用語とは対照的に、ポリペプチドという用語は、約３０を超えるアミノ酸残基を含有する分子を指すことが意図される。

ペプチド、オリゴペプチド、タンパク質またはこのような分子をコードするポリヌクレオチドは、免疫応答を誘導できれば「免疫原性」である（したがって本発明における「免疫原」である）。本発明では、免疫原性は、より具体的には、Ｔ細胞応答を誘導する能力と定義される。したがって「免疫原」は、免疫応答を誘導できる分子であり、本発明では、Ｔ細胞応答を誘導できる分子である。別の態様では、免疫原は、それに対する特異的抗体またはＴＣＲを生じさせるのに使用される、ペプチド、ペプチドとＭＨＣの複合体、オリゴペプチド、および／またはタンパク質であり得る。

クラスＩ Ｔ細胞「エピトープ」は、クラスＩ ＭＨＣ受容体に結合する短いペプチドを必要とし、三成分複合体（ＭＨＣクラスＩα鎖、β－２－ミクログロブリン、およびペプチド）を形成し、それは、適切な親和性でＭＨＣ／ペプチド複合体に結合する適合Ｔ細胞受容体を保有するＴ細胞によって、認識され得る。ＭＨＣクラスＩ分子に結合するペプチドは、典型的に８～１４アミノ酸長であり、最も典型的には９アミノ酸長である。

ヒトにおいては、ＭＨＣクラスＩ分子（ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）ともまた称されるヒトのＭＨＣ分子）をコードする、３つの異なる遺伝子座、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、およびＨＬＡ－Ｃがある。ＨＬＡ－Ａ^＊０１、ＨＬＡ－Ａ^＊０２、およびＨＬＡ－Ｂ^＊０７は、これらの遺伝子座から発現され得る、異なるＭＨＣクラスＩ対立遺伝子の例である。

本発明のペプチドは、好ましくは、本明細書に記載される本発明のワクチンに包含される場合、Ａ^＊０２に結合する。ワクチンはまた、汎結合ＭＨＣクラスＩＩペプチドを含んでもよい。したがって、本発明のワクチンを使用して、Ａ^＊０２陽性の患者においてがんが治療され得る一方で、これらのペプチドの汎結合特性のために、ＭＨＣクラスＩＩアロタイプを選択する必要はない。

本発明のＡ^＊０２ペプチドが、例えばＡ^＊２４などの別の対立遺伝子に結合するペプチドと組み合わされると、どちらかのＭＨＣクラスＩ対立遺伝子単独による対処と比較して、任意の患者集団のより高い割合が治療され得る。大多数の母集団では、対立遺伝子のいずれか単独によって、５０％未満の患者が対処され得る一方で、ＨＬＡ－Ａ^＊２４およびＨＬＡ－Ａ^＊０２エピトープを含んでなるワクチンは、任意の妥当な母集団で少なくとも６０％の患者を治療し得る。具体的には、様々な地域において、以下の百分率の患者が、これらの対立遺伝子の少なくとも１つについて陽性である：ＵＳＡ６１％、西ヨーロッパ６２％、中国７５％、韓国７７％、日本８６％（ｗｗｗ．ａｌｌｅｌｅｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ．ｎｅｔから計算された）。

好ましい実施形態では、「ヌクレオチド配列」という用語は、デオキシリボヌクレオチドのヘテロ重合体を指す。

特定のペプチド、オリゴペプチド、またはポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、天然起源であってもよく、またはそれらは合成的に構築されてもよい。一般に、本発明のペプチド、ポリペプチド、およびタンパク質をエンコードするＤＮＡ断片は、ｃＤＮＡフラグメントと短いオリゴヌクレオチドリンカーとから構築され、または一連のオリゴヌクレオチドを形成して（ｆｒｏｍ ａ ｓｅｒｉｅｓ）、微生物またはウイルスオペロンに由来する調節因子を含んでなる組換え転写単位において発現されることができる、合成遺伝子を提供する。

本明細書の用法では「ペプチドをコーディング（またはコード）するヌクレオチド」という用語は、配列が、例えば、ＴＣＲの製造に有用な樹状細胞または別の細胞株によって発現される生体系と適合性である、人工（人造）開始および停止コドンを含むペプチドをコードする、ヌクレオチド配列を指す。

本明細書の用法では、核酸配列への言及は、一本鎖および二本鎖の核酸の双方を含む。したがって、例えば、特異的配列は、文脈上明らかに別の意味が示唆されない限り、このような配列の一本鎖ＤＮＡ、このような配列とその補体との二本鎖（二本鎖ＤＮＡ）、およびこのような配列の補体を指す。

「コード領域」という用語は、その天然ゲノム環境内で、遺伝子の発現産物を天然にまたは正常にコードする遺伝子の部分、すなわち、遺伝子の天然発現産物を生体内でコードする領域を指す。

コード領域は、非変異（「正常」）、変異または改変遺伝子に由来し得て、またはＤＮＡ合成技術の当業者に周知の方法を使用して実験室で完全に合成された、ＤＮＡ配列または遺伝子にさえ由来し得る。

「発現産物」という用語は、遺伝子の、そして遺伝コード縮重に起因する同等物をコードし、したがって同一アミノ酸をコードする任意の核酸配列の天然翻訳産物である、ポリペプチドまたはタンパク質を意味する。

コード配列に言及する場合、「フラグメント」という用語は、その発現産物が、完全コード領域の発現産物と本質的に同一の生物学的機能または活性を保つ、完全未満のコード領域を含んでなるＤＮＡの部分を意味する。

「ＤＮＡ断片」という用語は、別々のフラグメントの形態の、またはより大型のＤＮＡコンストラクトの構成要素としての、ＤＮＡポリマーを指し、それは、実質的に純粋な、すなわち、混入内因性物質を含まない形態で、例えばクローニングベクターを使用する標準生化学的方法によって、断片およびその構成ヌクレオチド配列が同定、操作、および回収できる量または濃度で、少なくとも１回単離されたＤＮＡに由来する。このような断片は、典型的に真核生物遺伝子内に存在する内部非翻訳配列またはイントロンによって中断されていない、読み取り枠の形態で提供される。非翻訳ＤＮＡ配列は、それがコード領域の操作または発現を妨げない、読み取り枠下流に存在してもよい。

「プライマー」という用語は、短い核酸配列を意味し、それはＤＮＡの１本鎖と対合し得て、ＤＮＡポリメラーゼがそこでデオキシリボヌクレオチド鎖合成を開始する、遊離３’－ＯＨ末端を提供する。

「プロモーター」という用語は、転写を開始するためのＲＮＡポリメラーゼ結合に関与する、ＤＮＡの領域を意味する。

「単離」という用語は、物質が、その元の環境（例えば、それが天然起源であれば天然環境）から取り出されることを意味する。例えば、生きている動物に存在する天然ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは単離されていないが、天然システムで共存する物質の一部または全部から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、単離されている。このようなポリヌクレオチドはベクターの一部であり得て、および／またはこのようなポリヌクレオチドまたはポリペプチドは組成物の一部であり得るが、このようなベクターまたは組成物がその天然環境の一部でないと言う意味では、なおも単離されている。

本発明によって開示されるポリヌクレオチド、および組換えまたは免疫原性ポリペプチドは、「精製」形態であってもよい。「精製」という用語は、完全に純粋である必要はなく；むしろ、それは相対的定義であることが意図されて、これらの用語が当業者によって理解されるように、高度に精製された調製物、または部分的にのみ精製された調製物を含み得る。例えば、ｃＤＮＡライブラリーから単離された個々のクローンは、電気泳動的に均一に、従来法で精製されている。少なくとも１桁、好ましくは２または３桁、より好ましくは４または５桁までの、出発原料または天然物質の精製が明示的に検討される。さらに、重量基準で、好ましくは９９．９９９％、または少なくとも９９．９９％または９９．９％；さらに望ましくは９９％以上の純度を有する、特許請求されるポリペプチドが明示的に包含される。

本発明によって開示される核酸およびポリペプチド発現産物、ならびにこのような核酸および／またはこのようなポリペプチドを含有する発現ベクターは、「富化形態」であってもよい。本明細書の用法では、「富化」という用語は、物質濃度が、（例えば）その天然濃度の少なくとも約２、５、１０、１００、または１０００倍であることを意味し、有利には重量基準で０．０１％、好ましくは重量基準で少なくとも約０．１％である。重量基準で約０．５％、１％、５％、１０％、および２０％の富化調製物もまた、検討される。本発明を構成する、配列、コンストラクト、ベクター、クローン、およびその他の物質は、有利には、富化または単離形態であり得る。「活性フラグメント」という用語は、通常は、単独で、または任意選択的に適切なアジュバントと共に、またはベクター中で、例えば、ウサギまたはマウスのようなそしてまたヒトをはじめとする哺乳類などの動物に投与すると免疫応答を生じる（すなわち、免疫原性を有する）ペプチド、ポリペプチドまたは核酸配列のフラグメントを意味し、このような免疫応答は、ヒトなどのレシピエント動物においてＴ細胞応答を刺激する形態を取る。代案としては、「活性フラグメント」はまた、生体外Ｔ細胞応答を誘導するのに使用されてもよい。

本明細書の用法では、ポリペプチドとの関連で使用される場合、「部分」、「断片」、および「フラグメント」という用語は、アミノ酸残基などの連続する残基の配列を指し、その配列は、より大型の配列の部分集合を形成する。例えば、ポリペプチドが、トリプシンまたはキモトリプシンなどの一般的エンドペプチダーゼのいずれかによって処理されれば、このような処理から得られるオリゴペプチドは、出発ポリペプチドの部分、断片またはフラグメントに相当するであろう。ポリヌクレオチドに関して使用される場合、これらの用語は、いずれかのエンドヌクレアーゼによる前記ポリヌクレオチドの処理によって生じる生成物を指す。

本発明によると、配列に言及する場合、「同一性百分率」または「パーセント同一」という用語は、比較される配列（「比較配列」）と、記載されまたは特許請求される配列（「参照配列」）とのアライメント後に、配列が、特許請求されまたは記載される配列と比較されることを意味する。次に同一性百分率は、次式に従って判定される：
同一性百分率＝１００［１－（Ｃ／Ｒ）］
式中、Ｃは、参照配列と比較される配列との間のアライメント長にわたる、参照配列と比較配列の間の差異の数であり、
（ｉ）比較配列中に対応する整列塩基またはアミノ酸を有しない、参照配列中の各塩基またはアミノ酸、および
（ｉｉ）参照配列中の各ギャップ、および
（ｉｉｉ）比較配列中の整列塩基またはアミノ酸と異なる、参照配列中の各整列塩基またはアミノ酸が差異を構成して、
（ｉｉｉｉ）アライメントは、整合配列の１位から開始しなくてはならず；
Ｒは、比較配列とのアライメント長にわたる参照配列中の塩基またはアミノ酸の数であり、参照配列中に生じる任意のギャップもまた、塩基またはアミノ酸として数えられる。

比較配列と、それに対して同一性百分率が上のように計算される参照配列との間に、特定の最小同一性百分率とほぼ同じまたはそれ以上のアライメントが存在すれば、その中に、上記のように計算された同一性百分率が特定の同一性百分率未満であるアライメントが存在したとしても、比較配列は、参照配列との特定の最小同一性百分率を有する。

したがって上述したように、本発明は、配列番号１～配列番号６７、または配列番号１～配列番号６７と８８％相同的であるその変異体、またはＴ細胞を前記ペプチドと交差反応させるその変異体からなる群から選択される配列を含んでなる、ペプチドを提供する。本発明のペプチドは、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子または前記ペプチドの伸長バージョンをクラスＩＩに結合する能力を有する。

本発明では、「相同的」という用語は、２つのアミノ酸配列、すなわちペプチドまたはポリペプチド配列の配列間の同一性の程度を指す（上の同一性百分率を参照されたい）。前述の「相同性」は、比較される配列にわたり、最適条件下でアライメントされた２つの配列を比較することで判定される。このような配列相同性は、例えばＣｌｕｓｔａｌＷアルゴリズムを使用してアライメントを作成することで、計算され得る。一般に利用できる配列解析ソフトウェア、より具体的には、Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩ、ＧＥＮＥＴＹＸまたはその他のツールが、公共データベースによって提供される。

当業者は、特定のペプチドの変異体によって誘導されるＴ細胞が、ペプチドそれ自体と交差反応できるかどうかを評価できるであろう（Ａｐｐａｙ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｃｏｌｏｍｂｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｆｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００１；Ｚａｒｅｍｂａ ｅｔ ａｌ．，１９９７）。

所与のアミノ酸配列の「変異型」によって、本発明者らは、ペプチドが、配列番号１～配列番号６７からなる所与のアミノ酸配列からなるペプチドと実質的に同様に、ＨＬＡ分子となおも結合できるように、（例えば、それらを別の天然アミノ酸残基の側鎖で、またはその他の側鎖で置換することにより）例えば、アミノ酸の１つまたは２つの残基の側鎖が変化することを意味する。例えば、ペプチドは、それがＨＬＡ－Ａ^＊０２または－ＤＲなどの適切なＭＨＣ分子の結合溝と相互作用して結合する能力を改善せずとも、少なくとも維持するように修飾されてもよく、このようにしてそれは、活性化ＣＴＬのＴＣＲに結合する能力を改善せずとも、少なくとも維持する。

これらのＴ細胞は、引き続いて細胞と交差反応して、本発明の態様で定義される同族ペプチドの天然アミノ酸配列を含有するポリペプチドを発現する細胞を殺滅し得る。学術文献およびデータベース（Ｒａｍｍｅｎｓｅｅ ｅｔ ａｌ．，１９９９；Ｇｏｄｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，１９９７）から演繹され得るように、ＨＬＡ結合ペプチドの特定の位置は、典型的に残基に固着して結合溝を構成する、ポリペプチド鎖の極性、電気物理的特性、疎水性および空間特性によって定義されるＨＬＡ受容体の結合モチーフに適合するコア配列を形成する。したがって、当業者は、既知のアンカー残基を保つことで、配列番号１～配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を修飾でき、このような変異型がＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力を維持するかどうかを判定できるであろう。本発明の変異型は、活性化Ｔ細胞のＴＣＲに結合する能力を維持し、それは引き続いて、本発明の態様で定義されるような同族ペプチドの天然アミノ酸配列を含有するポリペプチドを発現する細胞と交差反応して、それを殺滅し得る。

本明細書で開示される元の（未修飾）ペプチドは、特に明記されない場合は、ペプチド鎖内の異なる、おそらくは選択的な部位における、１つまたは複数の残基の置換によって修飾され得る。好ましくはこれらの置換は、アミノ酸鎖の末端に位置する。このような置換は、保存的性質であってもよく、例えば、疎水性アミノ酸が別の疎水性アミノ酸によって置換されるなど、構造および特徴の類似したアミノ酸によってアミノ酸が置換される。さらにより保存的な置換は、ロイシンのイソロイシンによる置換などの、同一または類似サイズおよび化学的性質のアミノ酸の置換である。天然起源相同タンパク質ファミリーの配列多様性の研究では、特定のアミノ酸置換は、他よりも耐容されることが多く、これらは、元のアミノ酸とその置換物の間のサイズ、電荷、極性、および疎水性の類似性との相関を示すことが多く、これが「保存的置換」の定義の基礎である。

保存的置換は、本明細書では、以下の５つのグループの１つの中の交換として定義される：グループ１－小型脂肪族、非極性またはわずかに極性の残基（Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ）；グループ２－極性の負に帯電した残基およびそれらのアミド（Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ）；グループ３－極性の正に帯電した残基（Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ）；グループ４－大型脂肪族非極性残基（Ｍｅｔ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｃｙｓ）；およびグループ５－大型芳香族残基（Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ）。

より保存的でない置換は、アラニンのイソロイシン残基による置換などの、類似した特徴を有するがサイズがいくらか異なる別のアミノ酸による置換を伴うかもしれない。高度に非保存的な置換は、極性アミノ酸の、または塩基性アミノ酸の酸性アミノ酸による置換を伴うかもしれない。しかし化学効果は完全に予測可能でなく、遊離基置換は単純な化学的原理からは予測できない偶然の効果を生じさせる可能性があるので、このような「遊離基」置換は、潜在的に無効であるとして却下され得ない。

もちろんこのような置換には、通常のＬ－アミノ酸以外の構造体が関与してもよい。したがってＤ－アミノ酸が、本発明の抗原性ペプチドに通常見られるＬ－アミノ酸を置換するかもしれず、依然として本明細書の開示に包含される。さらに、非標準アミノ酸（すなわち、一般的な天然タンパク質新生アミノ酸以外）もまた置換目的で使用して、本発明による免疫原および免疫原性ポリペプチドが製造されてもよい

２つ以上の位置における置換が、以下に定義されるように実質的に同等のまたはそれを超える抗原活性のあるペプチドをもたらすことが発見された場合、これらの置換の組み合わせを試験して、置換の組み合わせが、ペプチドの抗原性に相加または相乗効果をもたらすかどうかが判定される。最大でも、ペプチド内の４つ以上の位置が同時に置換されることはない。

本明細書で示されるようなアミノ酸配列から本質的になるペプチドは、非修飾ペプチドと比較すると、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力が、実質的に変化したり悪影響を受けたりすることなく交換される、１つまたは２つの非アンカーアミノ酸を有し得る（アンカーモチーフについては下記を参照されたい）。別の実施形態では、本明細書で示されるようなアミノ酸配列から本質的になるペプチドにおいては、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力が非修飾ペプチドと比較して実質的に変化したり悪影響を受けることなく、１つまたは２つのアミノ酸が、それらの保存的交換パートナー（以下を参照されたい）で交換され得る。

Ｔ細胞受容体との相互作用に実質的に寄与しないアミノ酸残基は、その組み込みが、Ｔ細胞反応性に実質的に影響を及ぼさず、関連ＭＨＣとの結合を排除しない、その他のアミノ酸での置換によって修飾され得る。したがって与えられた但し書きを除いて、本発明のペプチドは、与えられたようなアミノ酸配列またはそれらの部分または変異体を含む、任意のペプチド（本発明者らは、その用語にオリゴペプチドまたはポリペプチドを含める）であってもよい。

より長い（伸長された）ペプチドもまた、適切であってもよい。ＭＨＣクラスＩエピトープは、通常は８～１１アミノ酸長であるが、実際のエピトープを含むより長いペプチドまたはタンパク質から、ペプチドプロセッシングによって生成することが可能である。実際のエピトープ側面に位置する残基は、プロセッシング中に実際のエピトープを曝露させるのに必要なタンパク質分解切断に、実質的に影響を及ぼさない残基であることが好ましい。

本発明のペプチドは、最大４個のアミノ酸によって伸長させ得て、すなわち４：０～０：４の間のあらゆる組み合わせで、どちらかの末端に１、２、３または４個のアミノ酸が付加され得る。本発明による伸長の組み合わせは、表７にある。

伸長／延長のためのアミノ酸は、元のタンパク質配列のペプチドまたは任意のその他のアミノ酸であり得る。伸長を利用して、ペプチドの安定性または溶解度を高め得る。

したがって本発明のエピトープは、天然起源腫瘍関連または腫瘍特異的エピトープと同一であってもよく、またはそれらが実質的に同一の抗原活性を有しさえすれば、４つ以下の残基が参照ペプチドと異なるエピトープを含んでもよい。

代案の実施形態では、ペプチドは、４つを超えるアミノ酸で、好ましくは最大３０アミノ酸の全長まで、片側または両側で伸長される。これは、ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドをもたらしてもよい。ＭＨＣクラスＩＩへの結合は、当該技術分野で公知の方法によって試験される得る。

したがって、本発明は、ＭＨＣクラスＩエピトープのペプチドおよび変異型を提供し、ペプチドまたは変異型は、８～１００、好ましくは８～３０、最も好ましくは８～１４、すなわち８、９、１０、１１、１２、１３、１４アミノ酸の全長を有し、伸長されたクラスＩＩ結合ペプチドの場合、長さはまた、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１または２２アミノ酸であり得る。

もちろん、本発明によるペプチドまたは変異型は、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩの分子に結合する能力を有する。ペプチドまたは変異体のＭＨＣ複合体への結合は、当該技術分野で既知の方法によって試験されてもよい。

好ましくは、本発明によるペプチドに特異的なＴ細胞を置換ペプチドについて試験する場合、置換ペプチドが背景に対して最大溶解増大の半分を達成するペプチド濃度は、約１ｍＭ以下、好ましくは約１μＭ以下、より好ましくは約１ｎＭ以下、さらにより好ましくは約１００ｐＭ以下、最も好ましくは約１０ｐＭ以下である。置換ペプチドが、２人以上、少なくとも２人、より好ましくは３人の個人からのＴ細胞によって認識されることもまた好ましい。

本発明の特に好ましい実施形態では、ペプチドは、配列番号に１～配列番号６７に記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる。

「から本質的になる」は、本発明によるペプチドが、配列番号１～配列番号６７のいずれかに記載の配列またはその変異体に加えて、ＭＨＣ分子エピトープのエピトープとして機能するペプチドの一部を必ずしも構成しない、追加的なＮおよび／またはＣ末端に位置するアミノ酸の一連の配列を含有することを意味するものとする。

それでもなお、これらの一連の配列は、本発明によるペプチドの細胞への効率的な導入を提供する上で重要であり得る。本発明の一実施形態では、ペプチドは、例えば、ＮＣＢＩ、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｘ００４９７に由来する、ＨＬＡ－ＤＲ抗原関連不変鎖の８０個のＮ末端アミノ酸を含んでなる、融合タンパク質の一部である（ｐ３３、以下の「Ｉｉ」）。その他の融合物においては、本発明のペプチドは、本明細書に記載されるような抗体、またはその機能的部分に、特に抗体の配列に、前記抗体によって特異的に標的化されるように融合し得て、または例えば、本明細書に記載されるような樹状細胞に対して特異的な抗体に、またはその中に融合し得る。

さらにペプチドまたは変異型は、より強力な免疫応答を引き起こすために、安定性および／またはＭＨＣ分子への結合を改善するようにさらに修飾されてもよい。ペプチド配列のこのような最適化方法は当該技術分野で周知であり、例えば、逆ペプチド結合または非ペプチド結合の導入が挙げられる。

逆ペプチド結合においては、アミノ酸残基はペプチド（－ＣＯ－ＮＨ－）結合によって連結せず、ペプチド結合が逆転する。このようなレトロ－インベルソペプチド模倣剤は、例えば、参照により本明細書に援用される、Ｍｅｚｉｅｒｅ ｅｔ ａｌ（１９９７）（Ｍｅｚｉｅｒｅ ｅｔ ａｌ．，１９９７）に記載されるものなどの当該技術分野で既知の方法を使用して製造されてもよい。このアプローチは、側鎖の方向でなく主鎖に関与する変化を含有する、擬ペプチドの生成を伴う。Ｍｅｚｉｅｒｅ ｅｔ ａｌ．（Ｍｅｚｉｅｒｅ ｅｔ ａｌ．，１９９７）は、ＭＨＣ結合およびＴヘルパー細胞応答のために、これらの擬ペプチドが有用であることを示す。ＣＯ－ＮＨペプチド結合の代わりにＮＨ－ＣＯ結合を含有するレトロ－インバースペプチドは、タンパク質分解に対してはるかにより高い耐性がある。

非ペプチド結合は、例えば、－ＣＨ_２－ＮＨ、－ＣＨ_２Ｓ－、－ＣＨ_２ＣＨ_２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＯＣＨ_２－、－ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ_２－、および－ＣＨ_２ＳＯ－である。米国特許第４，８９７，４４５号明細書は、標準手順によって合成されるポリペプチド、およびＮａＣＮＢＨ_３の存在下でアミノアルデヒドとアミノ酸を反応させることで合成される非ペプチド結合が関与する、ポリペプチド鎖中の非ペプチド結合（－ＣＨ_２－ＮＨ）を固相合成する方法を提供する。

上述の配列を含んでなるペプチドは、それらのアミノおよび／またはカルボキシ末端に存在する追加的な化学基と共に合成して、ペプチドの安定性、生物学的利用能、および／または親和性を高めてもよい。例えば、カルボベンゾキシル、ダンシル、またはｔ－ブチルオキシカルボニル基などの疎水性基が、ペプチドのアミノ末端に付加されてもよい。同様に、アセチル基または９－フルオレニルメトキシ－カルボニル基が、ペプチドのアミノ末端に配置されてもよい。さらに、疎水性基、ｔ－ブチルオキシカルボニル、またはアミド基が、ペプチドのカルボキシ末端に付加されてもよい。

さらに、本発明のペプチドは、それらの立体配置を改変するように合成されてもよい。例えば、通常のＬ異性体でなく、ペプチドの１つまたは複数のアミノ酸残基のＤ異性体が使用されてもよい。なおもさらに、本発明のペプチドのアミノ酸残基の少なくとも１つは、周知の非天然起源アミノ酸残基の１つで置換されてもよい。これらのような変化は、本発明のペプチドの安定性、生物学的利用能および／または結合作用の増大に役立ってもよい。

同様に、本発明のペプチドまたは変異体は、ペプチド合成の前または後のどちらかに、特定のアミノ酸を反応させることで化学的に修飾されてもよい。このような修飾の例は、当該技術分野で周知であり、例えば、参照により本明細書に援用される、Ｒ．Ｌｕｎｄｂｌａｄ，Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｒｅａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ，３ｒｄ ｅｄ．ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，２００４（Ｌｕｎｄｂｌａｄ，２００４）に要約される。アミノ酸の化学修飾としては、これに限定されるものではないが（ａｌｔｈｏｕｇｈ ｗｉｔｈｏｕｔ ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎ ｔｈｅｒｅｔｏ）、アシル化、アミジン化、リジンのピリドキシル化、還元アルキル化、２，４，６－トリニトロベンゼンスルホン酸（ＴＮＢＳ）によるアミノ基のトリニトロベンジル化、システインのシステイン酸への過ギ酸酸化によるカルボキシル基のアミド修飾およびスルフヒドリル修飾、水銀誘導体形成、その他のチオール化合物との混合ジスルフィド形成、マレイミドとの反応、ヨード酢酸またはヨードアセトアミドによるカルボキシメチル化、およびアルカリ性ｐＨでのシアネートによるカルバモイル化による修飾が挙げられるが、これに限定されるものではない（ｂｕｔ ｉｓ ｎｏｔ ｌｉｍｉｔｅｄ ｔｏ）。この点において、当業者は、タンパク質の化学修飾に関するより詳細な手順について、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ Ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｅｄｓ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ ＮＹ １９９５－２０００）（Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，１９９５）の第１５章を参照されたい。

簡単に述べると、例えばタンパク質中のアルギニル残基の修飾は、付加体を形成するためのフェニルグリオキサール、２，３－ブタンジオン、および１，２－シクロヘキサンジオンなどの隣接するジカルボニル化合物の反応に基づくことが多い。別の実施例は、メチルグリオキサールとアルギニン残基の反応である。システインは、リジンおよびヒスチジンなどのその他の求核性部位の同時の修飾なしに修飾され得る。その結果、システイン修飾のために多数の試薬が利用可能である。Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈなどの会社のウェブサイト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｉｇｍａ－ａｌｄｒｉｃｈ．ｃｏｍ）が、特定の試薬に関する情報を提供する。

タンパク質中のジスルフィド結合の選択的還元もまた、一般的である。ジスルフィド結合は、生物医薬品の加熱処理中に形成されて酸化され得る。ウッドワード試薬Ｋを使用して、特定のグルタミン酸残基が修飾されてもよい。Ｎ－（３－（ジメチルアミノ）プロピル）－Ｎ’－エチルカルボジイミドを利用して、リジン残基とグルタミン酸残基の間に分子内架橋が形成され得る。例えばジエチルピロ炭酸は、タンパク質中のヒスチジル残基修飾のための試薬である。ヒスチジンはまた、４－ヒドロキシ－２－ノネナールを使用して修飾され得る。リジン残基およびその他のα－アミノ基の反応物は、例えば、ペプチドの表面への結合またはタンパク質／ペプチド架橋で有用である。リジンはポリ（エチレン）グリコールの付着部位であり、タンパク質のグリコシル化の主要な修飾部位である。タンパク質中のメチオニン残基は、例えば、ヨードアセトアミド、ブロモエチルアミン、およびクロラミンＴによって修飾され得る。

テトラニトロメタンおよびＮ－アセチルイミダゾールを使用して、チロシル残基が修飾され得る。ジチロシンの形成を通じた架橋は、過酸化水素／銅イオンによって達成され得る。

トリプトファンの修飾に関する最近の研究では、Ｎ－ブロモサクシニミド、臭化２－ヒドロキシ－５－ニトロベンジルまたは３－ブロモ－３－メチル－２－（２－ニトロフェニルメルカプト）－３Ｈ－インドール（ＢＰＮＳ－スカトール）が使用されている。

ＰＥＧによる治療用タンパク質およびペプチドの成功裏の修飾が、循環半減期の延長と関係することが多い一方で、タンパク質と、グルタルアルデヒド、ポリエチレングリコールジアクリレート、およびホルムアルデヒドとの架橋は、ハイドロゲル調製のために使用される。免疫療法のためのアレルゲンの化学修飾は、カリウムシアネートでのカルバミル化によって達成されることが多い。

ペプチドが修飾されまたは非ペプチド結合を含む、ペプチドまたは変異体は、本発明の好ましい実施形態である。一般に、ペプチドおよび変異体（少なくともアミノ酸残基間にペプチド結合を含有するもの）は、Ｌｕｋａｓ ｅｔ ａｌ．（Ｌｕｋａｓ ｅｔ ａｌ．，１９８１）によって、そしてその中で引用される参考文献によって開示される、Ｆｍｏｃ－ポリアミド様式の固相ペプチド合成によって合成されてもよい。一時的なＮ－アミノ基保護は、９－フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）基によってもたらされる。この高度に塩基不安定性の保護基の反復性切断は、Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド中の２０％ピペリジンを使用して実施される。側鎖官能基は、それらのブチルエーテル（セリン、スレオニン、およびチロシンの場合）、ブチルエステル（グルタミン酸およびアスパラギン酸の場合）、ブチルオキシカルボニル誘導体（リジンおよびヒスチジンの場合）、トリチル誘導体（システインの場合）、および４－メトキシ－２，３，６－トリメチルベンゼンスルホニル誘導体（アルギニンの場合）として保護されてもよい。グルタミンまたはアスパラギンが、Ｃ末端残基である場合、側鎖アミド官能基を保護するために、４，４’－ジメトキシベンズヒドリル基が活用される。固相担体は、ジメチルアクリルアミド（主鎖単量体）、ビスアクリロイルエチレンジアミン（架橋剤）、およびアクリロイルサルコシンメチルエステル（機能化因子）の３つの単量体から構成される、ポリジメチル－アクリルアミドポリマーをベースとする。使用されるペプチド－対－樹脂の切断可能な結合因子は、酸不安定性４－ヒドロキシメチル－フェノキシ酢酸誘導体である。逆転Ｎ，Ｎ－ジシクロヘキシル－カルボジイミド／１ヒドロキシベンゾトリアゾール媒介共役手順を使用して付加されるアスパラギンおよびグルタミンを除いて、全てのアミノ酸誘導体は、それらのあらかじめ形成された対称的な無水物誘導体として添加される。全ての共役および脱保護反応は、ニンヒドリン、トリニトロベンゼンスルホン酸またはイサチン（ｉｓｏｔｉｎ）試験手順を使用してモニターされる。合成完了時に、ペプチドは樹脂担体から切断され、同時に、５０％スカベンジャー混合物を含有する９５％トリフルオロ酢酸での処理によって、側鎖保護基が除去される。一般に使用されるスカベンジャーとしては、エタンジチオール、フェノール、アニソール、および水が挙げられ、正確な選択は、合成されるペプチドの構成アミノ酸に左右される。ペプチドの合成のための固相法と溶液相法の組み合わせもまた、可能である（例えば、（Ｂｒｕｃｋｄｏｒｆｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００４）、およびその中で引用される参考文献を参照されたい）。

トリフルオロ酢酸は、真空蒸発によって除去され、引き続くジエチルエーテルを用いた磨砕は、粗製ペプチドをもたらす。存在する任意のスカベンジャーは、単純な抽出手順によって除去され、それは水相の凍結乾燥時に、スカベンジャーを含まない粗製ペプチドを与える。ペプチド合成のための試薬は、通常、例えば、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ－Ｎｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ（Ｎｏｔｔｉｎｇｈａｍ，ＵＫ）から入手できる。

精製は、再結晶化、サイズ排除クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、および（通常は）例えばアセトニトリル／水勾配分離を使用した逆相高速液体クロマトグラフィーなどの技術の任意の１つまたは組み合わせによって実施されてもよい。

ペプチドの分析は、薄層クロマトグラフィー、電気泳動法、特にキャピラリー電気泳動法、固相抽出（ＣＳＰＥ）、逆相高速液体クロマトグラフィー、酸加水分解後のアミノ酸分析を使用して、高速原子衝撃（ＦＡＢ）質量分光分析によって、ならびにＭＡＬＤＩおよびＥＳＩ－Ｑ－ＴＯＦ質量分光分析によって、実施されてもよい。

過剰提示ペプチドを選択するために、中央値サンプル提示ならびに反復試験変動を示す、提示プロファイルが計算される。プロファイルは、目的腫瘍実体のサンプルを正常なサンプルのベースラインに並置させる。次に、線形混合効果モデルのｐ値を計算し（Ｐｉｎｈｅｉｒｏ ｅｔ ａｌ．，２０１５）、誤検出率によって複数試験について補正する（Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ ａｎｄ Ｈｏｃｈｂｅｒｇ，１９９５）ことで、これらの各プロファイルが過剰提示スコアに統合され得る。

質量分析によるＨＬＡリガンドの同定と相対的定量化のために、衝撃凍結サンプルからのＨＬＡ分子が精製されて、ＨＬＡ関連ペプチドが単離された。単離ペプチドを分離して、オンラインナノエレクトロスプレーイオン化（ｎａｎｏＥＳＩ）液体クロマトグラフィー質量分析（ＬＣ－ＭＳ）実験によって、配列が同定された。その結果生じたペプチド配列は、膵臓がんサンプル（Ｎ＝１８Ａ^＊０２陽性サンプル）から記録された天然ＴＵＭＡＰの断片化パターンと、同一配列の対応する合成標準ペプチドの断片化パターンとの比較によって、確認された。ペプチドは、原発性腫瘍のＨＬＡ分子のリガンドとして直接、同定されたので、これらの結果は、１８人の膵臓がん患者から入手された原発性がん組織上における、同定されたペプチドの天然プロセッシングおよび提示の直接的証拠を提供する。

発見パイプラインＸＰＲＥＳＩＤＥＮＴ（登録商標）ｖ２．１（例えば、その内容全体が参照により本明細書に援用される、米国特許第２０１３－００９６０１６号明細書を参照されたい）は、いくつかの異なる非がん性組織および臓器と比較した、がん組織上のＨＬＡ拘束性ペプチドレベルの直接相対定量化に基づく、妥当な過剰提示ペプチドワクチン候補の同定と選択ができるようにする。これは、独自仕様のデータ解析パイプラインによって処理された獲得ＬＣ－ＭＳデータ、配列同定のための組み合わせアルゴリズム、スペクトルクラスタリング、イオン計数、滞留時間アライメント、電荷状態のデコンボリューション、および正規化を使用して、無標識示差定量化の開発によって達成された。

各ペプチドおよびサンプルの誤差推定値を含む、提示レベルが確立された。腫瘍組織上で排他的に提示されるペプチド、および腫瘍において過剰提示されるペプチドが、非がん性の組織および臓器との比較で同定されている。

膵臓がん組織サンプルからのＨＬＡペプチド複合体は精製されてＨＬＡ結合ペプチドが単離され、ＬＣ－ＭＳによって分析された（実施例を参照されたい）。本出願に含まれる全てのＴＵＭＡＰは、この原発性膵臓がんサンプルに対するアプローチを用いて同定され、それらの原発性膵臓がん上の提示が確認された。

複数の膵臓がんおよび正常組織上で同定されたＴＵＭＡＰは、無標識ＬＣ－ＭＳデータのイオン計数を使用して定量化された。方法は、ペプチドのＬＣ－ＭＳシグナル面積が、サンプル中のその存在量に相関すると仮定する。様々なＬＣ－ＭＳ実験におけるペプチドの全ての定量的シグナルは、中心傾向に基づいて正規化され、サンプルあたりで平均化されて、提示プロファイルと称される棒グラフにマージされた。提示プロファイルは、タンパク質データベース検索、スペクトルクラスタリング、電荷状態デコンボリューション（除電）および滞留時間アライメントおよび正規化のような、異なる解析法を統合する。

本発明は、本発明のペプチドを過剰にまたは排他的に提示する、好ましくは膵臓がんである、がん／腫瘍を治療するのに有用なペプチドを提供するこれらのペプチドは、原発性ヒト膵臓がんサンプル上で、ＨＬＡ分子によって天然に提示されることが、質量分析法によって示された。

それにペプチドが由来する起源遺伝子／タンパク質（「完全長タンパク質」または「基礎タンパク質」とも称される）の多くは、正常組織と比較してがんにおいて高度に過剰発現されることが示されて、起源遺伝子の高度な腫瘍関連性が実証され、「正常組織」は、本発明との関連で、健康な膵臓細胞またはその他の正常組織細胞のどちらかを意味するものとする（実施例２を参照されたい）。さらに、ペプチド自体は、腫瘍組織上では強く過剰提示されるが、正常組織上では過剰提示されず、「腫瘍組織」は、本発明との関連で、膵臓がんに罹患している患者に由来するサンプルを意味するものとする（実施例１を参照されたい）。

ＨＬＡ結合ペプチドは、免疫系、特にＴリンパ球によって認識され得る。Ｔ細胞は、例えば誘導ペプチドを提示する肝臓がん細胞などの、認識されたＨＬＡ／ペプチド複合体を提示する細胞を破壊し得る。

本発明のペプチドは、Ｔ細胞応答を刺激でき、および／または過剰提示されることが示されおり、したがって本発明による抗体および／または可溶性ＴＣＲなどのＴＣＲの製造のために使用され得る（実施例３、実施例４を参照されたい）。さらに、ペプチドは、それぞれのＭＨＣと複合体化した場合に、本発明による抗体および／またはＴＣＲ、特にＴＣＲ製造のためにも使用され得る。それぞれの方法は当業者に良く知られており、それぞれの参考文献にもまた見られる。したがって本発明のペプチドは、それによって腫瘍細胞が破壊され得る、患者における免疫応答を生じさせるのに有用である。患者における免疫応答は、理想的には免疫原性を増強する薬剤（すなわちアジュバント）との組み合わせで、記載されるペプチド、または適切な前駆体（例えば伸長ペプチド、タンパク質、またはこれらのペプチドをコードする核酸）を患者に直接投与することで、誘導され得る。本発明の標的ペプチドは、正常組織上では同等のコピー数で提示されないので、このような治療的ワクチン接種から生じる免疫応答は、腫瘍細胞に対して高度に特異的であることが予測され得て、患者の正常細胞に対する望まれない自己免疫反応のリスクを防止する。

「医薬組成物」は、医学的状況においてヒトへの投与に適する組成物である。好ましくは、医薬組成物は無菌であり、ＧＭＰガイドラインに準拠して製造される。

医薬組成物は、遊離形態または薬学的に許容可能な塩の形態のどちらかのペプチドを含んでなる（上記もまた参照されたい）。本明細書の用法では、「薬学的に許容可能な塩」は、開示されたペプチドの誘導体を指し、ペプチドは、薬剤の酸性または塩基性塩を生成することで修飾される。例えば、酸性塩は、適切な酸との反応を伴って、遊離塩基から調製される（典型的に、薬剤の中性形態が中性ＮＨ２基を有する）。酸性塩を調製するための適切な酸としては、例えば、酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、リンゴ酸、マロン酸、コハク酸、マレイン酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、ケイ皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ｐ－トルエンスルホン酸、サリチル酸などの有機酸、ならびに例えば、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸リン酸などの無機酸の双方が挙げられる。逆に、ペプチド上に存在してもよい酸部分の塩基性塩の調製物は、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化アンモニウム、水酸化カルシウム、トリメチルアミンなどの薬学的に許容可能な塩基を用いて調製される。

特に好ましい一実施形態では、医薬組成物は、酢酸（酢酸塩）、トリフルオロ酢酸または塩酸（塩化物）の塩としてのペプチドを含んでなる。

好ましくは、本発明の薬剤は、ワクチンなどの免疫療法剤である。それは、患者に直接、罹患臓器に、または全身的に、ｉ．ｄ．、ｉ．ｍ．、ｓ．ｃ．、ｉ．ｐ．、およびｉ．ｖ．投与され、または生体外で患者またはヒト細胞株に由来する細胞に適用されて、それが引き続いて患者に投与され、または生体外で使用されて患者に由来する免疫細胞の亜集団が選択され、次にそれが患者に再投与されてもよい。核酸が、生体外で細胞に投与される場合、インターロイキン２などの免疫刺激サイトカインを同時発現させるように、細胞を形質移入することが有用であってもよい。ペプチドは、実質的に純粋であり、または免疫刺激アジュバント（下記参照）と組み合わされ、または免疫賦活性サイトカインと組み合わせて使用され、または例えばリポソームなどの適切な送達系によって投与されてもよい。ペプチドはまた、キーホールリンペットヘモシニアン（ＫＬＨ）またはマンナンなどの適切な担体に共役されてもよい（国際公開第号パンフレット９５／１８１４５および（Ｌｏｎｇｅｎｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９３を参照されたい）。ペプチドはまた、標識されてもよく、融合タンパク質であってもよく、またはハイブリッド分子であってもよい。その配列が本発明に記載されるペプチドは、ＣＤ４またはＣＤ８ Ｔ細胞を刺激することが予測される。しかし、ＣＤ８ Ｔ細胞の刺激は、ＣＤ４ Ｔヘルパー細胞によって提供される援助の存在下で、より効率的である。したがって、ＣＤ８ Ｔ細胞を刺激するＭＨＣクラスＩエピトープでは、ハイブリッド分子の融合パートナーまたはセクションは、適切にはＣＤ４陽性Ｔ細胞を刺激するエピトープを提供する。ＣＤ４およびＣＤ８刺激エピトープは、当該技術分野で周知であり、本発明で同定されたものが挙げられる。

一態様では、ワクチンは、配列番号１～配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を有する少なくとも１つのペプチドと、少なくとも１つの追加的なペプチド、好ましくは２～５０、より好ましくは２～２５、なおもより好ましくは２～２０、最も好ましくは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８個のペプチドとを含んでなる。ペプチドは、１つまたは複数の特異的ＴＡＡから誘導されてもよく、ＭＨＣクラスＩ分子に結合してもよい。

本発明のさらなる態様は、本発明のペプチドまたはペプチド変異体をエンコードする核酸（例えばポリヌクレオチド）を提供する。ポリヌクレオチドは、それがペプチドをコードしさえすれば、例えば、単鎖および／または二本鎖のいずれかのＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせであってもよく、または例えばホスホロチオエート主鎖があるポリヌクレオチドなどのポリヌクレオチドの未変性または安定化形態であってもよく、それはイントロンを含有してもまたはしなくてもよい。もちろん、天然起源ペプチド結合によって連結する天然アミノ酸残基を含有するペプチドのみが、ポリヌクレオチドによってエンコードされ得る。本発明のなおもさらなる態様は、本発明によるポリペプチドを発現できる発現ベクターを提供する。

例えば相補的付着端を通じて、ポリヌクレオチド、特にＤＮＡをベクターに連結する、多様な方法が開発されている。例えば、ベクターＤＮＡに挿入されるＤＮＡ断片に、相補的ホモポリマー配列が付加され得る。次に、相補的ホモポリマー尾部間の水素結合によって、ベクターおよびＤＮＡ断片が連結されて組換えＤＮＡ分子が形成する。

１つまたは複数の制限酵素認識部位を含有する合成リンカーは、ＤＮＡ断片をベクターに連結する代替え方法を提供する。多様な制限エンドヌクレアーゼ部位を含有する合成リンカーは、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ，ＣＮ，ＵＳＡをはじめとするいくつかの供給元から商業的に入手できる。

本発明のポリペプチドをコードするＤＮＡを修飾する望ましい方法は、Ｓａｉｋｉ ＲＫ，ｅｔ ａｌ．（Ｓａｉｋｉ ｅｔ ａｌ．，１９８８）で開示されるようなポリメラーゼ連鎖反応を用いる。この方法は、例えば適切な制限酵素認識部位を改変することで、ＤＮＡを適切なベクターに導入するために使用されてもよく、またはそれは、当該技術分野で既知のその他の有用な様式でＤＮＡを修飾するために使用されてもよい。ウイルスベクターを使用するのであれば、ポックスウイルスまたはアデノウイルスベクターが好ましい。

次にＤＮＡ（またはレトロウイルスベクターの場合はＲＮＡ）を適切な宿主において発現させ、本発明のペプチドまたは変異体を含んでなるポリペプチドが製造されてもよい。このようにして、本明細書に含まれる教示を考慮して適切に修正された既知の技術に従って、本発明のペプチドまたは変異体をコードするＤＮＡを使用して、発現ベクターが構築されてもよく、次にそれを使用して、本発明のポリペプチドの発現および製造のために、適切な宿主細胞が形質転換される。このような技術としては、例えば、米国特許第４，４４０，８５９号明細書、米国特許第４，５３０，９０１号明細書、米国特許第４，５８２，８００号明細書、米国特許第４，６７７，０６３号明細書、米国特許第４，６７８，７５１号明細書、米国特許第４，７０４，３６２号明細書、米国特許第４，７１０，４６３号明細書、米国特許第４，７５７，００６号明細書、米国特許第４，７６６，０７５号明細書、および米国特許第４，８１０，６４８号明細書で開示されるものが挙げられる。

本発明の化合物を構成するポリペプチドをエンコードするＤＮＡ（またはレトロウイルスベクターの場合はＲＮＡ）は、適切な宿主への導入のために、多種多様なその他のＤＮＡ配列に連結されてもよい。コンパニオンＤＮＡは、宿主の性質、ＤＮＡの宿主への導入様式、およびエピソームの維持または組み込みが所望されるかどうかに左右される。

一般に、ＤＮＡは、発現のための適切な方向および正しい読み枠で、プラスミドなどの発現ベクターに挿入される。必要ならば、ＤＮＡは、所望の宿主によって認識される適切な転写および翻訳制御調節ヌクレオチド配列に連結されてもよいが、このような調節は、一般に発現ベクター中で利用できる。次に、標準的な技術を通じて、ベクターが宿主に導入される。一般に、全ての宿主がベクターによって形質転換されるわけではない。したがって、形質転換された宿主細胞を選択することが必要になる。一選択技術は、任意の必要な制御要素と共に、形質転換細胞における選択可能な形質、例えば抗生物質耐性をコードするＤＮＡ配列を発現ベクターに組み込むことを伴う。

代案としては、このような選択可能な形質の遺伝子は、所望の宿主細胞を同時形質転換するのに使用される、別のベクター上にあり得る。

次に、本明細書で開示される教示を考慮して、当業者に知られている適切な条件下で十分な時間にわたり、本発明の組換えＤＮＡによって形質転換された宿主細胞が培養されてポリペプチドが発現され、次にそれが回収れされ得る。

細菌（例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）およびバチルス・サブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、酵母（例えばサッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、糸状菌（例えばアスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ））、植物細胞、動物細胞、および昆虫細胞をはじめとする多数の発現系が知られている。好ましくは、発現系は、ＡＴＣＣ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎから入手できるＣＨＯ細胞などの哺乳類細胞であり得る。

構成的発現のための典型的な哺乳類細胞ベクタープラスミドは、適切なポリＡ尾部と、ネオマイシンなどの耐性マーカーとがある、ＣＭＶまたはＳＶ４０プロモーターを含んでなる。一例は、Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ，ＵＳＡから入手できるｐＳＶＬである。誘導性哺乳類発現ベクターの一例であるｐＭＳＧもまた、Ｐｈａｒｍａｃｉａから入手できる。有用な酵母プラスミドベクターは、ｐＲＳ４０３－４０６およびｐＲＳ４１３－４１６であり、通常、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，ＣＡ ９２０３７，ＵＳＡから入手できる。プラスミドｐＲＳ４０３、ｐＲＳ４０４、ｐＲＳ４０５、およびｐＲＳ４０６は、酵母組み込みプラスミド（ＹＩｐｓ）であり、酵母の選択可能なマーカーＨＩＳ３、ＴＲＰ１、ＬＥＵ２、およびＵＲＡ３が組み込まれている。プラスミドｐＲＳ４１３－４１６は、酵母セントロメアプラスミド（Ｙｃｐｓ）である。ＣＭＶプロモーターベースのベクター（例えばＳｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ製）は、一過性または安定性発現、細胞質内発現または分泌、およびＦＲＡＧ、３ｘＦＬＡＧ、ｃ－ｍｙｃまたはＭＡＴの様々な組み合わせでのＮ末端またはＣ末端標識付けを提供する。これらの融合タンパク質は、組換えタンパク質を検出、精製、および分析できるようにする。二重標識融合物は、検出に融通性を与える。

強力なヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター調節領域は、ＣＯＳ細胞において、構成タンパク質発現レベルを１ｍｇ／Ｌ程度の高さに駆動する。効力がより低い細胞株では、タンパク質レベルは典型的に約０．１ｍｇ／Ｌである。ＳＶ４０複製起点の存在は、ＳＶ４０複製許容ＣＯＳ細胞における高レベルのＤＮＡ複製をもたらす。ＣＭＶベクターは、例えば、細菌細胞におけるｐＭＢ１（ｐＢＲ３２２の誘導体）複製起点、細菌におけるアンピシリン耐性選択のためのｂ－ラクタマーゼ遺伝子、ｈＧＨポリＡ、およびｆ１起点を含有し得る。プレプロトリプシンリーダー（ＰＰＴ）配列を含有するベクターは、抗ＦＲＡＧ抗体、樹脂、およびプレートを使用する精製のために、培養液中へのＦＲＡＧ融合タンパク質分泌を誘導し得る。多様な宿主細胞において使用するためのその他のベクターおよび発現系が、当該技術分野で周知である。

別の実施形態では、本発明の２つ以上のペプチドまたはペプチド変異型がコードされ、したがって順次発現される（「数珠玉構造」コンストラクトに類似する）。その際に、ペプチドまたはペプチド変異型は、例えばＬＬＬＬＬＬなどの一続きのリンカーアミノ酸によって、共に連結または融合されてもよく、またはそれらの間のいかなる追加的なペプチドもなしに連結されてもよい。これらのコンストラクトはまた、がん療法のために使用され得て、ＭＨＣ ＩとＭＨＣ ＩＩの双方が関与する免疫応答を誘導してもよい。

本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドベクターコンストラクトで形質転換された宿主細胞にも関する。宿主細胞は、原核または真核生物のどちらかであり得る。細菌細胞は、いくつかの状況では、好ましい原核宿主細胞であってもよく、典型的には、例えば、Ｂｅｔｈｅｓｄａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ Ｉｎｃ．，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ，ＵＳＡから入手できる大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５株、および米国微生物系統保存機関（ＡＴＣＣ）Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ，ＵＳＡから入手できるＲＲ１（ＡＴＣＣ番号３１３４３）などの大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）株である。好ましい真核宿主細胞としては、酵母、昆虫、および哺乳類細胞、好ましくはマウス、ラット、サルまたはヒト線維芽および結腸細胞株に由来するものなどの脊椎動物細胞が挙げられる。酵母宿主細胞としては、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，ＣＡ ９２０３７，ＵＳＡから一般に入手できる、ＹＰＨ４９９、ＹＰＨ５００、およびＹＰＨ５０１が挙げられる。好ましい哺乳類宿主細胞としては、ＡＴＣＣからＣＣＬ６１として入手できるチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＡＴＣＣからＣＲＬ１６５８として入手できるＮＩＨ Ｓｗｉｓｓマウス胚細胞ＮＩＨ／３Ｔ３、ＡＴＣＣからＣＲＬ１６５０として入手できるサル腎臓由来ＣＯＳ－１細胞、およびヒト胎児由来腎臓細胞である２９３細胞が挙げられる。好ましい昆虫細胞は、バキュロウイルス発現ベクターで形質移入され得るＳｆ９細胞である。発現のための適切な宿主細胞の選択に関する概説は、例えば、Ｐａｕｌｉｎａ Ｂａｌｂａｓ ａｎｄ Ａｒｇｅｌｉａ Ｌｏｒｅｎｃｅ”Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，Ｒｅｖｉｅｗｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，”Ｐａｒｔ Ｏｎｅ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，ＩＳＢＮ ９７８－１－５８８２９－２６２－９の教科書、および当業者に知られているその他の文献にある。

本発明のＤＮＡコンストラクトによる適切な細胞宿主の形質転換は、典型的に使用されるベクターのタイプに左右される周知の方法によって達成される。原核宿主細胞の形質転換に関しては、例えば、Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，１９７２）および（Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｓａｍｂｒｏｏｋ，２０１２）を参照されたい。酵母細胞の形質転換は、Ｓｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（Ｓｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，１９８６）に記載される。Ｂｅｇｇｓ（Ｂｅｇｇｓ，１９７８）の方法もまた有用である 脊椎動物細胞に関しては、このような細胞を形質移入するのに有用な、例えば、リン酸カルシウムおよびＤＥＡＥ－デキストランまたはリポソーム製剤などの試薬が、Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍｓ，ｏｒ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ ２０８７７，ＵＳＡから入手できる。電気穿孔もまた、細胞を形質転換および／または形質移入するのに有用であり、酵母細胞、細菌細胞、昆虫細胞、および脊椎動物細胞を形質転換する技術分野で周知である。

成功裏に形質転換された細胞、すなわち本発明のＤＮＡコンストラクトを含有する細胞は、ＰＣＲなどの周知の技術によって同定され得る。代案としては、抗体を使用して、上清中のタンパク質の存在が検出され得る。

例えば、細菌、酵母、および昆虫細胞などの本発明の特定の宿主細胞は、本発明のペプチドの調製において有用であることが理解されるであろう。しかしその他の宿主細胞が、特定の治療法において有用であってもよい。例えば、樹状細胞などの抗原提示細胞は、それらが適切なＭＨＣ分子内に負荷されてもよいように、本発明のペプチドを発現するために有用に使用されてもよい。したがって、本発明は、本発明による核酸または発現ベクターを含んでなる宿主細胞を提供する。

好ましい実施形態では、宿主細胞は、抗原提示細胞、特に樹状細胞または抗原提示細胞である。前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）を含有する組換え融合タンパク質が負荷されたＡＰＣは、無症候性または微小症候性転移性ＨＲＰＣを治療するために、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）によって２０１０年４月２０日に認可された（シプロイセルＴ）（Ｒｉｎｉ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｓｍａｌｌ ｅｔ ａｌ．，２００６）。

本発明のさらなる態様は、宿主細胞を培養するステップと、宿主細胞またはその培養液からペプチドを単離するステップとを含んでなる。ペプチドまたはその変異型を製造する方法を提供する。

別の実施形態では、本発明のペプチド、核酸または発現ベクターは、医療において使用される。例えば、ペプチドまたはその変異体は、静脈内（ｉ．ｖ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、皮内（ｉ．ｄ．）注射、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、筋肉内（ｉ．ｍ．）注射のために調合されてもよい。ペプチド注射の好ましい方法としては、ｓ．ｃ．、ｉ．ｄ．、ｉ．ｐ．、ｉ．ｍ．、およびｉ．ｖ．が挙げられる。ＤＮＡ注射の好ましい方法としては、ｉ．ｄ．、ｉ．ｍ．、ｓ．ｃ．、ｉ．ｐ．、およびｉ．ｖ．が挙げられる。例えば、５０μｇ～１．５ｍｇ、好ましくは１２５μｇ～５００μｇのペプチドまたはＤＮＡの用量が投与されてもよく、それぞれのペプチドまたはＤＮＡに左右される。この範囲の用量は、以前の治験で成功裏に使用された（Ｗａｌｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。

活性ワクチン接種のために使用されるポリヌクレオチドは、実質的に純粋であってもよく、または適切なベクターまたは送達系に含有されてもよい。核酸は、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせであってもよい。このような核酸をデザインして導入する方法は、当該技術分野で周知である。概説は、例えば、Ｔｅｕｆｅｌ ｅｔ ａｌ．（Ｔｅｕｆｅｌ ｅｔ ａｌ．，２００５）によって提供される。ポリヌクレオチドワクチンは調製が容易であるが、免疫応答誘導におけるこれらのベクターの作用機序は、完全には分かっていない。適切なベクターおよび送達系としては、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、レトロウイルス、ヘルペスウイルス、アデノ随伴ウイルス、または２つ以上のウイルスの構成要素を含有するハイブリッドベースのシステムなどのウイルスＤＮＡおよび／またはＲＮＡが挙げられる。非ウイルス送達系としては、カチオン性脂質およびカチオン性ポリマーが挙げられ、ＤＮＡ送達技術分野において周知である。「遺伝子銃」などを通じた物理的送達もまた、使用されてもよい。核酸によってコードされるペプチド（単数）またはペプチド（複数）は、例えば、上述のように、それぞれの逆ＣＤＲのＴ細胞を刺激する、エピトープとの融合タンパク質であってもよい。

本発明の薬剤は、１つまたは複数のアジュバントもまた含んでもよい。アジュバントは、免疫応答（例えば、ＣＤ８陽性Ｔ細胞およびヘルパーＴ（ＴＨ）細胞によって媒介される抗原に対する免疫応答を非特異的に促進または増強する物質であり、したがって本発明の薬剤中で有用であると見なされる。適切なアジュバントとしては、１０１８ ＩＳＳ、アルミニウム塩、ＡＭＰＬＩＶＡＸ（登録商標）、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ－８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、フラジェリンまたはフラジェリン由来ＴＬＲ５リガンド、ＦＬＴ３リガンド、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド（ＡＬＤＡＲＡ（登録商標））、レシキモド、ＩｍｕＦａｃｔＩＭＰ３２１、ＩＬ－２やＩＬ－１３やＩＬ－２１としてのインターロイキン、インターフェロン－αまたは－βまたはそれらのＰＥＧ化誘導体、ＩＳ Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＩＳＣＯＭｓ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ（登録商標）、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＡＬＰ２、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、モンタニドＩＭＳ１３１２、モンタニドＩＳＡ２０６、モンタニドＩＳＡ５０Ｖ、モンタニドＩＳＡ－５１、油中水型および水中油型エマルション、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＯｓｐＡ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ポリ（ラクチドコ－グリコリド）［ＰＬＧ］ベースおよびデキストラン微粒子、タラクトフェリンＳＲＬ１７２、ビロソームおよびその他のウイルス様粒子、ＹＦ－１７Ｄ、ＶＥＧＦ ｔｒａｐ、Ｒ８４８、β－グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、サポニン由来Ａｑｕｉｌａ’ｓ ＱＳ２１ ｓｔｉｍｕｌｏｎ、マイコバクテリア抽出物、および合成細菌細胞壁模倣体、そしてＲｉｂｉ’ｓ ＤｅｔｏｘまたはＱｕｉｌまたはＳｕｐｅｒｆｏｓなどのその他の独自仕様のアジュバントが挙げられるが、これに限定されるものではない。フロイントまたはＧＭ－ＣＳＦなどのアジュバントが好ましい。樹状細胞およびそれらの調製物に対して特異的な、いくつかの免疫学的アジュバント（例えばＭＦ５９）が、以前記載されている（Ａｌｌｉｓｏｎ ａｎｄ Ｋｒｕｍｍｅｌ，１９９５）。サイトカインもまた、使用されてもよい。数種のサイトカインは、樹状細胞のリンパ組織（例えばＴＮＦ－）への移動に影響を与えること、Ｔリンパ球（例えば、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ－１、およびＩＬ－４）のための効率的な抗原提示細胞への樹状細胞の成熟を加速すること（その内容全体が参照により本明細書に具体的に援用される、米国特許第５，８４９，５８９号明細書）、および免疫増強剤（例えば、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－２３、ＩＬ－７、ＩＦＮ－α、ＩＦＮ－β）として作用することと、直接関連づけられている（Ｇａｂｒｉｌｏｖｉｃｈ ｅｔ ａｌ．，１９９６）。

ＣｐＧ免疫賦活性オリゴヌクレオチドもまた、ワクチン環境において、アジュバント効果を促進することが報告されている。理論により拘束されることなく、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）、主にＴＬＲ９を通じた、内在的（非適応性）免疫系の活性化によって作用する。ＣｐＧ誘導性ＴＬＲ９活性化は、ペプチドまたはタンパク質抗原、生きたまたは死滅ウイルス、樹状細胞ワクチン、自己細胞ワクチン、そして予防的および治療的ワクチンの双方における多糖コンジュゲートをはじめとする、多種多様な抗原に対する、抗原特異的体液性および細胞性応答を増強する。より重要なことには、それは樹状細胞の成熟と分化を促進し、ＣＤ４ Ｔ細胞援助の不在下であってさえも、ＴＨ１細胞の活性化促進、および強力な細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）生成をもたらす。ＴＬＲ９刺激によって誘導されるＴＨ１バイアスは、通常はＴＨ２バイアスを促進するミョウバンまたは不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）などのワクチンアジュバント存在下であってさえも、維持される。ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、その他のアジュバントと調合されまたは同時投与された際に、または微粒子、ナノ粒子、脂質エマルションなどの配合物、または類似配合物中で、なおもより高いアジュバント活性を示し、それは、抗原が比較的弱い場合、強力な応答を誘導するのに特に必要である。それらは免疫応答もまた加速し、いくつかの実験では、ＣｐＧなしのワクチン総量と同等の抗体応答で、抗原用量のほぼ２桁分の低減を可能にする（Ｋｒｉｅｇ，２００６）。米国特許第６，４０６，７０５Ｂ１号明細書は、抗原特異的免疫応答を誘導するためのＣｐＧオリゴヌクレオチド、非核酸アジュバント、および抗原の併用を記載する。ＣｐＧ ＴＬＲ９拮抗薬は、本発明の医薬組成物の好ましい構成要素である、Ｍｏｌｏｇｅｎ（Ｂｅｒｌｉｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）製のｄＳＬＩＭ（二重ステムループ免疫調節剤）である。ＲＮＡ結合ＴＬＲ７、ＴＬＲ８および／またはＴＬＲ９などのその他のＴＬＲ結合分子もまた、使用されてもよい。

有用なアジュバントその他の例としては、化学修飾ＣｐＧ（例えば、ＣｐＲ、Ｉｄｅｒａ）；ポリ（Ｉ：Ｃ）などのｄｓＲＮＡアナログおよびそれらの誘導体（例えばＡｍｐｌｉＧｅｎ（登録商標）、Ｈｉｌｔｏｎｏｌ（登録商標）、ポリ（ＩＣＬＣ）、ポリ（ＩＣ－Ｒ）、ポリ（Ｉ：Ｃ１２Ｕ）、非ＣｐＧ細菌ＤＮＡまたはＲＮＡ；ならびにシクロホスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ（登録商標）、セレブレックス、ＮＣＸ－４０１６、シルデナフィル、タダラフィル、バルデナフィル、ソラフェニブ、テモゾロマイド、テムシロリムス、ＸＬ－９９９、ＣＰ－５４７６３２、パゾパニブ、ＶＥＧＦ Ｔｒａｐ、ＺＤ２１７１、ＡＺＤ２１７１、抗ＣＴＬＡ４などの免疫活性小型分子および抗体；免疫系の重要な構造体を標的にするその他の抗体（例えば、抗ＣＤ４０、抗ＴＧＦβ、抗ＴＮＦα受容体）；ＳＣ５８１７５が挙げられるが、これに限定されるものではなく、これらは治療的におよび／またはアジュバントとして作用してもよい。本発明の文脈で有用なアジュバントおよび添加剤の量と濃度は、過度の実験を実施することなく、当業者によって容易に判定され得る。

好ましいアジュバントは、抗ＣＤ４０、イミキモド、レシキモド、ＧＭ－ＣＳＦ、シクロホスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ、インターフェロンα、ＣｐＧオリゴヌクレオチドおよび誘導体、ポリ（Ｉ：Ｃ）および誘導体、ＲＮＡ、シルデナフィル、およびＰＬＧまたはビロソーム微粒子調合物である。

本発明による薬剤組成物の好ましい実施形態では、アジュバントは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ、サルグラモスチム）、シクロホスファミド、イミキモド、レシキモド、およびインターフェロンαなどのコロニー刺激因子からなる群から選択される。

本発明による医薬組成物の好ましい実施形態では、アジュバントは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ、サルグラモスチム）、シクロホスファミド、イミキモド、およびレシキモドなどのコロニー刺激因子からなる群から選択される。本発明による薬剤組成物の好ましい実施形態では、アジュバントは、シクロホスファミド、イミキモドまたはレシキモドである。なおもより好ましいアジュバントは、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＭＳ １３１２，Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ２０６，Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ５０Ｖ，Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ－５１，ポリＩＣＬＣ（Ｈｉｌｔｏｎｏｌ（登録商標））および抗ＣＤ４０ｍＡＢまたはそれらの組み合わせである。

この組成物は、皮下、皮内、筋肉内などの非経口投与、または経口投与のために使用される。このためには、ペプチドおよび任意選択的にその他の分子が、薬学的に許容可能な、好ましくは水性担体に溶解され、または懸濁される。さらに組成物は、緩衝液、結合剤、ブラスチング剤、希釈剤、風味、潤滑剤などの賦形剤を含有し得る。ペプチドはまた、サイトカインなどの免疫刺激物質と共に投与され得る。このような組成物中で使用され得る賦形剤の詳細な一覧は、例えば、Ａ．Ｋｉｂｂｅ，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ（Ｋｉｂｂｅ，２０００）から採用され得る。組成物は、腺腫様またはがん性疾患の阻止、予防法および／または治療法のために使用され得る。例示的調合物は、例えば、欧州特許第２１１２２５３号明細書にある。

本発明によるワクチンによって引き起こされる免疫応答は、異なる細胞分裂期および異なる発生段階のがんを攻撃することを理解することが重要である。さらに、異なるがん関連シグナル伝達経路が攻撃される。これは、１つまたは少数の標的のみに対処して、攻撃に対する腫瘍の容易な適応（腫瘍エスケープ）を引き起こすこともある、ワクチンに優る利点である。さらに個々の腫瘍の全てが、同一パターンの抗原を発現するとは限らない。したがって、いくつかの腫瘍関連ペプチドの組み合わせによって、ありとあらゆる腫瘍が標的の少なくとも一部を有することが確実になる。組成物は、それぞれの腫瘍が抗原のいくつかを発現することを予期して設計され、腫瘍の増殖と維持に必要ないくつかの独立した経路をカバーする。したがって、ワクチンは、より大きな患者集団のために、容易に「出来合」で使用され得る。これは、ワクチンで治療される患者の予備選択が、ＨＬＡタイピングに限定され得て、抗原発現に関する任意の追加的なバイオマーカーアセスメントを必要としないことを意味するが、いくつかの標的が誘導免疫応答によって同時に攻撃されることはなおも確実であり、これは有効性にとって重要である（Ｂａｎｃｈｅｒｅａｕ ｅｔ ａｌ．，２００１；Ｗａｌｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。

本明細書の用法では、「スキャフォールド」という用語は、（例えば、抗原性）決定因子に特異的に結合する分子を指す。一実施形態では、スキャフォールドはまた、それが付着する実体（例えば、（第２の）抗原結合部分）を例えば、抗原決定基（例えば本出願書に記載のペプチドとＭＨＣの複合体）を有する特異的腫瘍細胞または腫瘍間質などの型標的部位に誘導できる。別の実施形態では、キャフォールドは、例えば、Ｔ細胞受容体複合体抗原などのその標的抗原を介して、シグナル伝達を活性化できる。スキャフォールドとしては、抗体およびそれらのフラグメント、抗体重鎖可変領域および抗体軽鎖可変領域を含んでなる抗体の抗原結合ドメイン、少なくとも１つのアンキリンリピートモチーフと単一ドメイン抗原結合（ＳＤＡＢ）分子とを含んでなる結合タンパク質、アプタマー、（可溶性）ＴＣＲ、および同種または自己由来Ｔ細胞などの（改変）細胞が挙げられるが、これに限定されるものではない。分子が標的に結合するスキャフォールドであるかどうかを評価するために、結合アッセイが実施され得る。

「特異的」結合は、特異的標的を保有する細胞を殺滅できる活性分子を装備したスキャフォールドが、特異的標的がないがその他のペプチド－ＭＨＣ複合体を提示する別の細胞を殺滅できない程度に、スキャフォールドがその他の天然ペプチド－ＭＨＣ－複合体よりもさらに良好に、目的ペプチド－ＭＨＣ－複合体に結合することを意味する。交差反応性ペプチド－ＭＨＣのペプチドが天然に存在せず、すなわち、ヒトＨＬＡ－ペプチドームに由来しない場合、その他のペプチド－ＭＨＣ複合体への結合は無関係である。標的細胞死滅を評価する試験は、当該技術分野で周知である。それらは、非改変ペプチド－ＭＨＣ提示がある標的細胞（初代細胞または細胞株）、または天然に存在するペプチド－ＭＨＣレベルに達するようにペプチドを負荷された細胞を使用して、実施されるべきである。

各スキャフォールドは標識を含んでなり得て、それは、標識によって提供されるシグナルの存在または不在を判定することで、結合スキャフォールドが検出され得ることを提供する。例えば、スキャフォールドは、蛍光染料または任意のその他の適用可能な細胞マーカー分子で標識され得る。このようなマーカー分子は、当該技術分野で周知である。例えば、蛍光染料によって提供される蛍光標識は、蛍光またはレーザー走査顕微鏡またはフローサイトメトリーによる、結合アプタマーの視覚化を提供し得る。

各スキャフォールドは、例えば、ＩＬ－２１、抗－ＣＤ３、および抗－ＣＤ２８などの第２の活性分子にコンジュゲートされ得る。

ポリペプチドスキャフォールドに関するさらなる情報については、例えば国際公開第２０１４／０７１９７８Ａ１号パンフレットの背景セクション、およびその中で引用された参考文献を参照されたい。

本発明は、アプタマーにさらに関する。アプタマー（例えば、国際公開第２０１４／１９１３５９号パンフレット、およびその中で引用される文献を参照されたい）は、短い一本鎖核酸分子であり、それは、所定の三次元構造に折り畳まれて、特異的標的構造体を認識し得る。それらは、標的療法を開発するための適切な代案のようであった。アプタマーは、高い親和性および特異性で、多様な複合体標的と選択的に結合することが示されている。

細胞表面に位置する分子を認識するアプタマーは、過去１０年内に同定されており、診断および治療的アプローチを開発する手段を提供する。アプタマーは、毒性および免疫原性がほぼ皆無であることが示されているので、それらは生物医学的用途のための有望な候補である。確かに、例えば、前立腺特異的膜抗原認識アプタマーなどのアプタマーは、標的療法のために成功裏に用いられており、異種移植片生体内モデルにおいて機能できることが示されている。さらに、特異的腫瘍細胞株を認識するアプタマーが同定されている。

ＤＮＡアプタマーは、様々ながん細胞、特に固形腫瘍に由来するものに対して広域スペクトル認識特性を示す一方で、非腫瘍形成性および主要健常細胞を認識しないように選択され得る。同定されたアプタマーが、特異的腫瘍サブタイプを認識するだけでなく、むしろ一連の腫瘍と相互作用する場合、これは、アプタマーをいわゆる広域スペクトル診断薬および治療薬として応用可能にする。

さらに、フローサイトメトリーによる細胞結合挙動の研究は、アプタマーが、ナノモル濃度範囲内の非常に良好な見かけの親和性を見せたことを示した。

アプタマーは、診断および治療目的で有用である。さらに、アプタマーの一部は腫瘍細胞に取り込まれ、したがって腫瘍細胞中へのｓｉＲＮＡなどの抗がん剤の標的化送達のための分子ビヒクルとして、機能し得ることが示され得る。

アプタマーは、細胞ＳＥＬＥＸ（試験管内進化法）技術を使用して、細胞および組織などの複合体標的に対して、および本発明による配列番号１～配列番号６７のいずれかに記載の配列とＭＨＣ分子とを含んでなり、好ましくはそれからなるペプチド複合体などに対して、選択され得る。

本発明のペプチドを使用して、ＭＨＣ／ペプチド複合体に対する特異的抗体が生成され、開発され得る。これらは、毒素または放射性物質を患部組織に標的化する治療法のために、使用され得る。これらの抗体の別の用途は、ＰＥＴなどのイメージング目的の放射性核種の患部組織への標的化であり得る。この用途は、小規模な転移の検出、または病的組織のサイズと正確な位置確認の判定を助け得る。

したがってＨＬＡ拘束性抗原と複合体化した、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩと特異的に結合する、組換え抗体を製造する方法を提供することが、本発明のさらなる態様であり、方法は、前記ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩを発現する細胞を含んでなる、遺伝子操作された非ヒト哺乳類を前記ＨＬＡ拘束性抗原と複合体化した可溶性形態のＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子によって免疫化するステップと；ｍＲＮＡ分子を前記非ヒト哺乳類の抗体産生細胞から単離するステップと；前記ｍＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質分子を提示する、ファージディスプレイライブラリーを作成するステップと；少なくとも１つのファージを前記ファージディスプレイライブラリーから単離するステップとを含んでなり、前記少なくとも１つのファージは、前記ＨＬＡ拘束性抗原と複合体化した前記ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩと特異的に結合する、前記抗体を提示する。

ＨＬＡ拘束性抗原と複合体化したヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩと特異的に結合する抗体を提供することも、本発明のさらなる態様であり、その中で抗体は、好ましくは、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、二重特異性抗体および／またはキメラ抗体である。

このような抗体および一本鎖クラスＩ主要組織適合性複合体を製造するそれぞれの方法、ならびにこれらの抗体を製造するためのその他のツールは、本発明の目的で、その内容全体が参照により全て明示的に援用される、国際公開第０３／０６８２０１号パンフレット、国際公開第２００４／０８４７９８号パンフレット、国際公開第０１／７２７６８号パンフレット、国際公開第０３／０７０７５２号パンフレット、および刊行物（Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２００３ａ；Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２００３ｂ；Ｄｅｎｋｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，２００３）で開示される。

好ましくは、抗体は、２０ナノモル濃度未満、好ましくは１０ナノモル濃度未満の結合親和性で複合体に結合し、それは本発明の文脈で「特異的」とも見なされる。

本発明は、配列番号１～配列番号６７からなる群から選択される配列、または配列番号１～配列番号６７と少なくとも８８％相同的な（好ましくは同一の）その変異体を含んでなるペプチド、またはＴ細胞を前記ペプチドと交差反応させるその変異体に関し、前記ペプチドは、基礎となる完全長ポリペプチドでない。
本発明は、配列番号１～配列番号６７からなる群から選択される配列、または、配列番号１～配列番号６７と少なくとも８８％相同的な（好ましくは同一の）その変異体を含んでなるペプチドにさらに関し、前記ペプチドまたは変異体は、８～１００、好ましくは８～３０、最も好ましくは８～１４アミノ酸の全長を有する。

本発明は、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩの分子に結合する能力を有する、本発明によるペプチドにさらに関する。

本発明は、ペプチドが、配列番号１～配列番号６７に記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる、本発明によるペプチドにさらに関する。

本発明は、ペプチドが（化学的に）修飾された、および／または非ペプチド結合を含む、本発明によるペプチドにさらに関する。

本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、ペプチドは、融合タンパク質の一部であり、特にＨＬＡ－ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸を含んでなり、またはペプチドは、例えば樹状細胞特異的抗体などの抗体に（またその中に）融合する。

本発明は、本発明によるペプチドをエンコードする核酸にさらに関するが、ただしペプチドは完全（完全長）ヒトタンパク質でない。

本発明は、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせである、本発明による核酸にさらに関する。

本発明は、本発明による核酸を発現できる、発現ベクターにさらに関する。

本発明は、医療において、特に膵臓がんの治療において使用される、本発明によるペプチド、本発明による核酸または本発明による発現ベクターにさらに関する。

本発明は、本発明による核酸または本発明による発現ベクターを含んでなる、宿主細胞にさらに関する。

本発明は、抗原提示細胞、好ましくは樹状細胞である、本発明による宿主細胞にさらに関する。

本発明は、本発明による宿主細胞を培養するステップと、宿主細胞またはその培養液からペプチドを単離するステップとを含んでなる、本発明によるペプチドを製造する方法にさらに関する。

本発明は、十分な量の抗原を抗原提示細胞に接触させることで、適切な抗原提示細胞の表面に発現されるクラスＩまたはＩＩ ＭＨＣ分子上に、抗原が負荷される、本発明による方法にさらに関する。

本発明は、抗原提示細胞が、配列番号１～配列番号６７または前記異アミノ酸配列を含有する、前記ペプチドを発現できる、発現ベクターを含んでなる、本発明による方法にさらに関する。

本発明は、本発明による方法によって製造される活性化Ｔ細胞にさらに関し、前記Ｔ細胞は、本発明によるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する細胞を選択的に認識する。

本発明は、本発明によるＴ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる、患者において、本発明による任意のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する標的細胞を死滅させる方法にさらに関する。

本発明は、記載される任意のペプチド、本発明による核酸、本発明による発現ベクター、本発明による細胞、または本発明による活性化細胞傷害性Ｔリンパ球の、薬剤としての、または薬剤の製造における、使用にさらに関する。本発明は、薬剤ががんに対して有効である、本発明による使用にさらに関する。

本発明は、薬剤がワクチンである、本発明による使用にさらに関する。本発明は、薬剤ががんに対して有効である、本発明による使用にさらに関する。

本発明は、前記がん細胞が、膵臓がん細胞であり、または膵臓がん、脳がん、腎がん、結腸または直腸がん、白血病などのその他の固形または血液学的腫瘍細胞である、本発明による使用にさらに関する。

本発明は、膵臓がんの診断および／または予後診断において使用され得る、本明細書で「標的」と称される、本発明によるペプチドベースの特定の標識タンパク質およびバイオマーカーにさらに関する。本発明はまた、がん治療のためのこれらの新規標的の使用に関する。

「抗体（単数）」または「抗体（複数）」という用語は、本明細書では広義に使用され、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体の双方を含む。無処理または「完全」免疫グロブリン分子に加えて、「抗体」という用語には、本発明による所望の特性（例えば、膵臓がんマーカー（ポリ）ペプチドの特異的結合、がんマーカー遺伝子を増大レベルで発現する膵臓がん細胞への毒素の送達、および／または膵臓がんマーカーポリペプチドの活性阻害）のいずれかを示しさえすれば、フラグメント（例えば、ＣＤＲｓ、Ｆｖ、Ｆａｂ、およびＦｃフラグメント）、またはこれらの免疫グロブリン分子および免疫グロブリン分子ヒト化バージョンのポリマーもまた含まれる。

可能な場合は常に、本発明の抗体は、商業的供給元から購入されてもよい。また本発明の抗体は、周知の方法を使用して生成されてもよい。当業者は、本発明の抗体を生成するために、完全長膵臓がんマーカーポリペプチドまたはそのフラグメントのどちらを使用してもよいことを理解するであろう。本発明の抗体を生成するために使用されるポリペプチドは、天然原料から部分的にまたは完全に精製されてもよく、または組換えＤＮＡ技術を使用して製造されてもよい。

例えば、配列番号１～配列番号６７ポリペプチドに記載のペプチドなどの本発明によるペプチドをコードするｃＤＮＡ；またはその変異体またはフラグメントが、原核細胞（例えば、細菌）または真核細胞（例えば、酵母、昆虫、または哺乳類細胞）において発現され得て、その後、組換えタンパク質は精製されて、本発明による抗体を生成するために使用される、膵臓がんマーカーポリペプチドに特異的に結合する、モノクローナルまたはポリクローナル抗体製剤を生成するために使用され得る。

当業者は、モノクローナルまたはポリクローナル抗体の２つ以上の異なるセットの生成が、その目的の用途（例えば、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学的検査、生体内イメージング、免疫毒素療法）に必要な特異性および親和性がある抗体を得る可能性を最大化することを理解するであろう。抗体は、それに対して抗体が使用される目的に従って、既知の方法によりそれらの所望の活性について試験された（例えば、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学的検査、免疫療法など；抗体の生成および試験のさらなるガイダンスについては、例えば、Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ，２０１４（Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ，２０１４）を参照されたい）。例えば、抗体は、ＥＬＩＳＡアッセイ、ウエスタンブロット、ホルマリン固定がんまたは冷凍組織切片の免疫組織化学染色で試験されてもよい。それらの最初の生体外特性解析後、治療または生体内診断用途を意図した抗体が、既知の臨床試験法によって試験される。

「モノクローナル抗体」という用語は、本明細書の用法では、実質的に均質な抗体集団から入手される抗体を指し；すなわち、母集団を構成する個々の抗体は、微量で存在してもよい可能な自然発生的変異以外は同一である。本明細書では、「モノクローナル抗体」は、それらが所望の拮抗活性を示しさえすれば、その中で重鎖および／または軽鎖の一部が、特定の種に由来しまたは特定の抗体クラスまたはサブクラスに属する、抗体中の対応する配列と同一または相同的である一方、鎖の残部は、別の種に由来しまたは別の抗体クラスまたはサブクラスに属する抗体中の対応する配列と同一または相同的である、「キメラ」抗体、ならびにこのような抗体のフラグメントを特に含む（その内容全体が本明細書に援用される、米国特許第４，８１６，５６７号明細書）。

本発明のモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ法を使用して調製されてもよい。ハイブリドーマ法においては、マウスまたはその他の適切な宿主動物が免疫剤によって典型的に免疫化されて、免疫剤と特異的に結合する抗体を産生するまたは産生できるリンパ球を生じさせる。代案としては、リンパ球は、生体外で免疫化されてもよい。

モノクローナル抗体はまた、米国特許第４，８１６，５６７号明細書に記載されるものなどの組換えＤＮＡ法によって製造されるものであってもよい。本発明のモノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手順を使用して、容易に単離および配列決定され得る（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子と特異的に結合できる、オリゴヌクレオチドプローブの使用によって）。

インビトロ法もまた、一価の抗体を調製するのに適する。抗体フラグメント、特にＦａｂフラグメントを生成するための抗体の消化は、当該技術分野で既知の通例の技術を使用して達成され得る。例えば、消化は、パパインを使用して実施され得る。パパイン消化の例は、国際公開第９４／２９３４８号パンフレットおよび米国特許第４，３４２，５６６号明細書に記載される。抗体のパパイン消化は、それぞれ単一抗原結合部位があるＦａｂフラグメントと称される２つの同一の抗原結合フラグメントと、残りのＦｃフラグメントとを典型的に生じる。ペプシン処理は、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントおよびｐＦｃ’フラグメントをもたらす。

抗体フラグメントは、その他の配列に付着するかどうかに関わりなく、フラグメントの活性が非修飾抗体または抗体フラグメントと比較して顕著に変化せずまたは損なわれないという条件で、特定領域または特定アミノ酸残基の挿入、欠失、置換、またはその他の選択された修飾もまた含み得る。これらの修飾は、ジスルフィド結合できるアミノ酸の除去／付加、そのバイオ寿命増大、その分泌特性改変などのいくつかの追加的な特性を提供し得る。いずれにしても、抗体フラグメントは、結合活性、結合領域における結合調節などの生理活性特性を有しなくてはならない。抗体の機能性または活性領域は、タンパク質の特定領域の変異誘発と、それに続く発現と、発現したポリペプチドの試験によって同定されてもよい。このような方法は、当該技術分野の熟練した実務家には容易に分かり、抗体フラグメントをエンコードする核酸の部位特異的変異誘発を含み得る。

本発明の抗体は、ヒト化抗体またはヒト抗体をさらに含んでなってもよい。非ヒト（例えばマウス）抗体などのヒト化形態は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含有する、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそのフラグメント（抗体のＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’またはその他の抗原結合部分配列など）である。ヒト化抗体としては、その中でレシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）からの残基が、所望の特異性、親和性、および能力を有する、マウス、ラットまたはウサギなどの非ヒト生物種（ドナー抗体）のＣＤＲからの残基によって置換される、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）が挙げられる。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク（ＦＲ）残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。ヒト化抗体はまた、レシピエント抗体または移入ＣＤＲまたはフレームワーク配列のどちらにも見られない、残基を含んでなってもよい。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つおよび典型的に２つの可変領域の実質的に全てを含んでなり、その中では、ＣＤＲ領域の全てまたは実質的に全てが、非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲ領域の全てまたは実質的に全てが、ヒト免疫グロブリン共通配列のものである。ヒト化抗体は、至適には、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、典型的にヒト免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部もまた含んでなる。

非ヒト抗体をヒト化する方法は、当該技術分野で周知である。通常、ヒト化抗体は、非ヒト起源から導入された、１つまたは複数のアミノ酸残基を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基は、「移入」残基と称されることが多く、それは典型的に「移入」可変領域から得られる。ヒト化は、齧歯類ＣＤＲ（複数）またはＣＤＲ（単数）配列を対応するヒト抗体配列によって置換することで、基本的に実施され得る。したがって、このような「ヒト化」抗体は、キメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号明細書）であり、その中では、実質的に非損傷ヒト可変領域未満が、非ヒト生物種からの対応する配列によって置換されている。実際には、ヒト化抗体は典型的にヒト抗体であり、その中ではいくつかのＣＤＲ残基と、おそらくはいくつかのＦＲ残基とが、齧歯類抗体中の類似部位からの残基によって置換される。

免疫化に際して、内因性免疫グロブリン生成不在下で、ヒト抗体の完全レパートリーを産生できる遺伝子組換え動物（例えばマウス）を用い得る。例えば、キメラおよび生殖細胞系変異マウスにおける、抗体重鎖連結領域遺伝子のホモ接合型欠失が、内因性抗体生成の完全阻害をもたらすことが記載されている。このような生殖細胞系変異マウスにおけるヒト生殖細胞系免疫グロブリン遺伝子アレイの転写は、抗原チャレンジに際してヒト抗体の産生をもたらす。ヒト抗体はまた、ファージディスプレイライブラリーにおいても産生され得る。

本発明の抗体は、好ましくは薬学的に許容できる担体中で、対象に投与される。典型的に、製剤中で適当量の薬理的に許容可能な塩が使用されて、製剤を等張にする。薬理的に許容可能な担体の例としては、生理食塩水、リンゲル液、およびデキストロース溶液が挙げられる。溶液のｐＨは、好ましくは約５～約８、より好ましくは約７～約７．５である。さらなる担体としては、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックス徐放性製剤が挙げられ、そのマトリックスは、例えば、フィルム、リポソームまたは微粒子などの造形品の形態である。当業者には、例えば、投与される抗体の投与経路と濃度次第で、特定の担体がより好ましくあってもよいことが明らかであろう。

抗体は、注射（例えば、静脈内、腹腔内、皮下、筋肉内）によって、またはその有効形態での血流への送達を確実にする輸液などのその他の方法によって、対象、患者、または細胞に投与され得る。抗体はまた、腫瘍内または腫瘍周囲経路によって投与されて、局所性ならびに全身性の治療効果を発揮してもよい。局所注射または静脈注射が好ましい。

抗体を投与するための有効投与量およびスケジュールは、経験的に判定されてもよく、このような測定の実施は、当該技術分野の技術範囲内である。当業者は、投与しなくてはならない抗体用量が、例えば、抗体を投与される対象、投与経路、使用される特定の抗体型、および投与されるその他の薬剤次第で変動することを理解するであろう。単独使用される抗体の典型的な１日量は、上述の要素次第で、１日あたり約１（μｇ／ｋｇ～最大１００ｍｇ／ｋｇ体重またはそれ以上の範囲であるかもしれない。好ましくは膵臓がんを治療するための抗体投与に続いて、治療用抗体の効力が、熟練した実務家に良く知られている様々な方法で評価され得る。例えば、標準腫瘍イメージング技術を使用して、治療を受ける対象におけるがんのサイズ、数、および／または分布がモニターされてもよい。抗体投与不在下で起こるであろう疾患経過と比較して、腫瘍成長を停止させ、腫瘍収縮をもたらし、および／または新規腫瘍の発生を予防する、治療的に投与された抗体は、がん治療のための有効な抗体である。

特異的ペプチド－ＭＨＣ複合体を認識する可溶性Ｔ細胞受容体（ｓＴＣＲ）を製造する方法を提供することもまた、本発明のさらなる態様である。このような可溶性Ｔ細胞受容体は、特異的Ｔ細胞クローンから生成され得て、それらの親和性は相補性決定領域を標的とする変異誘発によって増大させ得る。Ｔ細胞受容体の選択目的で、ファージディスプレイが利用され得る（米国特許第２０１０／０１１３３００号明細書、（Ｌｉｄｄｙ ｅｔ ａｌ．，２０１２））。ファージディスプレイ中に、そして薬剤として実用する際に、Ｔ細胞受容体を安定化させる目的で、例えば、非天然ジスルフィド結合、その他の共有結合（一本鎖Ｔ細胞受容体）、または二量体化ドメインによって、αおよびβ鎖を連結させ得る（Ｂｏｕｌｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００３；Ｃａｒｄ ｅｔ ａｌ．，２００４；Ｗｉｌｌｃｏｘ ｅｔ ａｌ．，１９９９）。Ｔ細胞受容体は、標的細胞上で特定機能を発揮させるために、毒素、薬剤、サイトカイン（例えば、米国特許第２０１３／０１１５１９１号明細書を参照されたい）、および抗ＣＤ３ドメインのようなエフェクター細胞動員ドメインなどに、連結させ得る。さらにそれは、養子免疫伝達のために使用されるＴ細胞において発現され得る。さらなる情報は、国際公開第２００４／０３３６８５Ａ１号パンフレットおよび国際公開第２００４／０７４３２２Ａ１号パンフレットにある。ＴＣＲの組み合わせは、国際公開第２０１２／０５６４０７Ａ１号パンフレットに記載される。さらなる製造法は、国際公開第２０１３／０５７５８６Ａ１号パンフレットで開示される。

さらに本発明のペプチドおよび／またはＴＣＲまたは抗体またはその他の結合分子を使用して、病理学者の生検サンプルに基づくがん診断が確認され得る。

抗体またはＴＣＲはまた、生体内診断アッセイのために使用されてもよい。通常、抗体は、免疫シンチグラフィー（ｉｍｍｕｎｏｓｃｉｎｔｉｏｇｒａｐｈｙ）を使用して腫瘍が位置確認され得るように、放射性ヌクレオチド（^１１１Ｉｎ、^９９Ｔｃ、^１４Ｃ、^１３１Ｉ、^３Ｈ、^３２Ｐまたは^３５Ｓなど）で標識される。一実施形態では、抗体またはそれらのフラグメントは、上述のタンパク質からなる群から選択されるタンパク質の２つ以上の標的の細胞外ドメインに結合し、親和性（Ｋｄ）は１×１０μＭ未満である。

診断用の抗体は、様々なイメージング法による検出に適するプローブで標識されてもよい。プローブの検出方法としては、蛍光、光学、共焦点および電子顕微鏡検査；磁気共鳴画像法および分光法；蛍光透視法、コンピュータ断層撮影および陽電子放射型断層撮影法が挙げられるが、これに限定されるものではない。適切なプローブとしては、フルオレセイン、ローダミン、エオジンおよびその他のフルオロフォア、放射性同位体、金、ガドリニウムおよびその他のランタニド、常磁性鉄、フッ素１８およびその他の陽電子放出放射性核種が挙げられるが、これに限定されるものではない。さらに、プローブは二官能価または多官能価であってもよく、列挙される方法の２つ以上によって検出可能であってもよい。これらの抗体は、前記プローブで直接または間接的に標識されてもよい。特に十分に技術分野で承認されている、プローブの抗体への付着としては、プローブの共有結合、プローブの抗体への組み込み、およびプローブ結合のためのキレート化合物の共有結合が挙げられる。免疫組織化学的検査では、疾患組織サンプルは、新鮮または冷凍であってもよく、またはパラフィン包埋されてホルマリンなどの保存料で固定されてもよい。サンプルを含有する固定または包埋切片は、標識一次抗体および二次抗体と接触されて、抗体を使用して原位置タンパク質発現が検出される。

本発明の別の態様は、活性化Ｔ細胞を製造するインビトロ法を含み、方法は、生体外Ｔ細胞を適切な抗原提示細胞の表面に発現される抗原負荷ヒトＭＨＣ分子に、Ｔ細胞を抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり接触させるステップを含んでなり、抗原は本発明によるペプチドである。好ましくは、抗原提示細胞と共に、十分な量の抗原が使用される。

好ましくは、哺乳類細胞は、ＴＡＰペプチド輸送体のレベルまたは機能が皆無でありまたは低下している。ＴＡＰペプチド輸送体が欠如している適切な細胞としては、Ｔ２、ＲＭＡ－Ｓ、およびショウジョウバエ細胞が挙げられる。ＴＡＰは、抗原処理と関連する輸送体である。

ヒトペプチド負荷欠損細胞株Ｔ２は、１２３０１ Ｐａｒｋｌａｗｎ Ｄｒｉｖｅ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，Ｍａｒｙｌａｎｄ ２０８５２，ＵＳＡの米国微生物系統保存機関からカタログ番号ＣＲＬ１９９２の下に入手でき；ショウジョウバエ細胞株Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ株２は、カタログ番号ＣＲＬ１９８６３の下にＡＴＣＣから入手でき；マウスＲＭＡ－Ｓ細胞株は、Ｌｊｕｎｇｇｒｅｎ ｅｔ ａｌ．（Ｌｊｕｎｇｇｒｅｎ ａｎｄ Ｋａｒｒｅ，１９８５）に記載される。

好ましくは、移入前に、宿主細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子を実質的に発現しない。刺激因子細胞が、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＣＡＭ－１、およびＬＦＡ３のいずれかなどのＴ細胞のための共刺激シグナルを提供する上で、重要な分子を発現することもまた好ましい。多数のＭＨＣクラスＩ分子および共刺激因子分子の核酸配列は、ＧｅｎＢａｎｋおよびＥＭＢＬデータベースから公的に入手可能である。

ＭＨＣクラスＩエピトープが抗原として使用される場合、Ｔ細胞はＣＤ８陽性Ｔ細胞である。

抗原提示細胞が、このようなエピトープを発現するために形質移入される場合、好ましくは、細胞は、配列番号１～配列番号６７またはその変異アミノ酸配列を含有するペプチドを発現できる、発現ベクターを含んでなる。

生体外でＴ細胞を製造するために、その他のいくつかの方法が使用されてもよい。例えば、自己由来腫瘍浸潤性リンパ球が、ＣＴＬを生成するために使用され得る。Ｐｌｅｂａｎｓｋｉ ｅｔ ａｌ．（Ｐｌｅｂａｎｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，１９９５）は、Ｔ細胞の調製において、自己由来末梢血リンパ球（ＰＬＢ）を利用した。さらに、樹状細胞をペプチドまたはポリペプチドでパルス処理する、または組換えウイルスで感染させることによる、自己由来Ｔ細胞の製造も可能である。Ｂ細胞もまた、自己由来Ｔ細胞の製造において使用され得る。さらに、ペプチドまたはポリペプチドでパルス処理された、または組換えウイルスで感染されたマクロファージが、自己ＣＴＬの調製において使用されてもよい。Ｓ．Ｗａｌｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｗａｌｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００３）は、人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）を使用したＴ細胞の生体外プライミングを記載し、それはまた、選択されたペプチドに対するＴ細胞を製造するための適切な方法でもある。本発明では、ビオチン：ストレプトアビジン生化学によって、あらかじめ形成されたＭＨＣ：ペプチド複合体を表面ポリスチレン粒子（ミクロビーズ）に共役することで、ａＡＰＣが生成された。このシステムは、ａＡＰＣ上のＭＨＣ密度正確な調節を可能にし、それは、血液サンプルから高効率で、高または低結合活性の抗原特異的Ｔ細胞応答を選択的に引き起こすことを可能にする。ＭＨＣ：ペプチド複合体の他に、ａＡＰＣは、それらの表面に共役する、抗ＣＤ２８抗体のような共刺激活性があるその他のタンパク質を保有すべきである。さらにこのようなａＡＰＣベースのシステムは、例えばサイトカイン様インターロイキン１２などの適切な可溶性因子の付加を要することが多い。

同種異系細胞はまた、Ｔ細胞の調製において使用されてもよく、方法は、参照により本明細書に援用される、国際公開第９７／２６３２８号パンフレットで詳述される。例えば、ショウジョウバエ細胞およびＴ２細胞に加えて、その他の細胞を使用して、ＣＨＯ細胞、バキュロウイルス感染昆虫細胞、細菌、酵母、およびワクシニア感染標的細胞などの抗原が提示されてもよい。さらに植物ウイルスを使用してもよい（例えば、外来性ペプチド提示のための高収率システムとしてのササゲモザイクウイルス開発を記載するＰｏｒｔａ ｅｔ ａｌ．（Ｐｏｒｔａ ｅｔ ａｌ．，１９９４）を参照されたい）。

本発明のペプチドに向けられた活性化Ｔ細胞は、治療法において有用である。したがって、本発明のさらなる態様は、前述の本発明の方法によって入手可能な活性化Ｔ細胞を提供する。

上記方法によって製造される活性化Ｔ細胞は、配列番号１～配列番号６７のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する、細胞を選択的に認識する。

好ましくは、Ｔ細胞は、そのＴＣＲを通じた、ＨＬＡ／ペプチド複合体（例えば結合）との相互作用によって、細胞を認識する。Ｔ細胞は、その標的細胞が、本発明のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する患者において、標的細胞を死滅させる方法で有用であり、患者には、有効数の活性化Ｔ細胞が投与される。患者に投与されるＴ細胞は、患者に由来して、上述のように活性化されてもよい（すなわち、それらは自己Ｔ細胞である）。代案としては、Ｔ細胞は、患者でなく別の個人に由来する。もちろん、個人が健常人であれば、それが好ましい。「健常人」によって、本発明者らは、個人が概して健康良好であり、好ましくは有能な免疫系を有して、より好ましくは容易に検査され検出され得る任意の疾患に罹患していないことを意味する。

生体内で、本発明によるＣＤ８陽性Ｔ細胞の標的細胞は、（時にＭＨＣクラスＩＩを発現する）腫瘍細胞であり得て、および／または腫瘍（腫瘍細胞）周囲の間質細胞であり得る（時にＭＨＣクラスＩＩもまた発現する；（Ｄｅｎｇｊｅｌ ｅｔ ａｌ．，２００６））。

本発明のＴ細胞は、治療用組成物の活性成分として使用されてもよい。したがって、本発明は、その標的細胞が、本発明のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する患者において、標的細胞を死滅させる方法もまた提供し、方法は、上で定義されるようなＴ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる。

「異常に発現される」によって、本発明者らは、正常な発現レベルと比較して、ポリペプチドが過剰発現されること、または腫瘍がそれに由来する組織においては遺伝子がサイレントであるが、腫瘍においてはそれが発現されることもまた意味する。「過剰に発現される」によって、本発明者らは、ポリペプチドが、正常組織に存在するレベルの少なくとも１．２倍のレベルで；好ましくは正常組織に存在するレベルの少なくとも２倍、より好ましくは少なくとも５倍または１０倍のレベルで存在することを意味する。

Ｔ細胞は、例えば上で記載されるものなどの当該技術分野で公知の方法によって得られてもよい。

Ｔ細胞のこのいわゆる養子免疫伝達のためのプロトコルは、当該技術分野で周知である。概説は、Ｇａｔｔｉｏｎｉ ｅｔ ａｌ．ａｎｄ Ｍｏｒｇａｎ ｅｔ ａｌ．（Ｇａｔｔｉｎｏｎｉ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｍｏｒｇａｎ ｅｔ ａｌ．，２００６）にある。

本発明の別の態様は、その核酸がクローン化されて、好ましくはＴ細胞である宿主細胞に導入されるＴ細胞受容体を生成するための、ＭＨＣと複合体形成するペプチドの使用を含む。次に、この遺伝子操作Ｔ細胞は、がん治療のために患者に移入され得る。

本発明の任意の分子、すなわちペプチド、核酸、抗体、発現ベクター、細胞、活性化Ｔ細胞、Ｔ細胞受容体またはそれをエンコードする核酸は、免疫応答を逃れた細胞によって特徴付けられる障害の治療に有用である。したがって本発明の任意の分子は、薬剤として、または薬剤の製造において使用されてもよい。分子は、単独で、または本発明のその他の分子または既知の分子との組み合わで、使用されてもよい。

本発明は、がん、特に膵臓がんおよびその他の悪性腫瘍を治療するのに有用な薬剤をさらに提供する。

本発明は、
（ａ）溶液中のまたは凍結乾燥形態の上述の医薬組成物を含有する容器；
（ｂ）任意選択的に、凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器；および
（ｃ）任意選択的に、（ｉ）溶液の使用、または（ｉｉ）凍結乾燥製剤の再構成および／または使用のための取扱説明書
を含んでなるキットをさらに目的とする。

キットは、（ｉｉｉ）緩衝液、（ｉｖ）希釈剤、（Ｖ）濾過、（ｖｉ）針、または（Ｖ）シリンジの１つまたは複数をさらに含んでなってもよい。容器は、好ましくは、ボトル、バイアル、シリンジまたは試験管であり；それは、多回使用容器であってもよい。医薬組成物は、好ましくは凍結乾燥される。

本発明のキットは、好ましくは、適切な容器内の本発明の凍結乾燥製剤と、その再構成および／または使用のための取扱説明書とを含んでなる。適切な容器としては、例えば、ボトル、バイアル（例えば二重チャンバーバイアル）、シリンジ（二重チャンバーシリンジなど）、および試験管が挙げられる。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの多様な材料から形成されてもよい。好ましくは、キットおよび／または容器は、容器上の、または容器に付随する、取扱説明を含み、それは再構成および／または使用上の指示を示す。例えば、ラベルは、凍結乾燥製剤が、上述されるようなペプチド濃度に再構成されることを表示してもよい。ラベルは、製剤が皮下投与に有用であり、または皮下投与用であることをさらに表示してもよい。

製剤を収容する容器は、多回使用バイアルであってもよく、それは再構成製剤の反復投与（例えば２～６回の投与）を可能にする。キットは、適切な希釈剤（例えば、炭酸水素ナトリウム溶液）を含んでなる、第２の容器をさらに含んでなってもよい。

希釈剤と凍結乾燥製剤の混合時に、再構成製剤中の最終ペプチド濃度は、好ましくは少なくとも０．１５ｍｇ／ｍＬ／ペプチド（＝７５μｇ）であり、好ましくは３ｍｇ／ｍＬ／ペプチド（＝１５００μｇ）以下である。キットは、その他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、および取扱説明が掲載されるパッケージインサートをはじめとする、商業的および使用者観点から望ましい、その他の物質をさらに含んでもよい。

本発明のキットは、その他の構成要素（例えば、その他の化合物またはこれらのその他の化合物の医薬組成物）が添加されたまたは添加されない、本発明による医薬組成物製剤を含有する単回容器を有してもよく、または各構成要素のための別個の容器を有してもよい。

好ましくは、本発明のキットは、第２の化合物（アジュバント（例えばＧＭ－ＣＳＦ）、化学療法剤、天然物、ホルモンまたは拮抗薬、抗血管新生因子または阻害剤、アポトーシス誘導剤またはキレート剤など）またはその医薬組成物の同時投与と合わせて使用するためにパッケージされた、本発明の製剤を含む。キットの構成要素は、あらかじめ混合されてもよく、または各構成要素は、患者への投与前に別個の異なる容器内にあってもよい。キットの構成要素は、１つまたは複数の液体溶液、好ましくは水溶液、より好ましくは無菌水溶液中で、提供されてもよい。またキットの構成要素は、固体として提供されてもよく、それは、好ましくは別の異なる容器内に提供される、適切な溶媒の添加によって液体に変換されてもよい。

治療用キットの容器は、バイアル、試験管、フラスコ、ボトル、シリンジ、または固体または液体を封入するその他のあらゆる手段であってもよい。通常、２つ以上の構成要素がある場合、キットは、第２のバイアルまたはその他の容器を含有して、別々の投薬を可能にする。キットは、薬学的に許容可能な液体のための別の容器もまた、含有してもよい。好ましくは、治療用キットは、装置（例えば、１本または複数本の針、シリンジ、点眼器、ピペットなど）を含有して、本キットの構成要素である本発明の作用物質の投与を可能にする。

本製剤は、経口（腸内）、経鼻、眼、皮下、皮内、筋肉内、静脈内または経皮などの任意の許容できる手段によるペプチド投与に適するものである。好ましくは、投与はｓ．ｃ．であり、最も好ましくはｉ．ｄ．投与であり、輸液ポンプによってもよい。

本発明のペプチドは膵臓がんから単離されるので、本発明の薬剤は、好ましくは膵臓がんを治療するために使用される。

本発明は、予備スクリーニングＴＵＭＡＰの貯蔵庫から選択される少なくとも１つのペプチドを含んでなる、医薬組成物を製造するステップを含んでなる、個々の患者のための個別化医薬品を製造する方法にさらに関し、医薬組成物中で使用される少なくとも１つのペプチドは、個々の患者における適切さについて選択される。一実施形態では、医薬組成物はワクチンである。方法はまた、ＴＣＲ単離などの下流用途、または可溶性抗体、およびその他の治療選択肢のためのＴ細胞クローンを製造するためにも適応され得る。

「個別化医薬品」は、積極的個別化がんワクチンおよび自己由来患者組織を使用する養子細胞療法をはじめとする、このような個々の患者の治療のためにのみ使用される、１個人の患者のために特に調整された治療法を意味するものとする。

本明細書の用法では、「貯蔵庫」という用語は、特定の腫瘍型における免疫原性および／または過剰提示について予備スクリーニングされている、一群のまたは一組のペプチドを指すものとする。「貯蔵庫」という用語は、ワクチンに含まれる特定のペプチドが、予備製造されて物理的設備内で貯蔵されることを暗示することは意図されないが、その可能性も検討される。ペプチドは、製造される各個別化ワクチンのために新規に製造されてもよく、または予備製造されて貯蔵されてもよいことが、明示的に検討される。貯蔵庫（例えば、データベースの形態）は、様々なＨＬＡ－ＡＨＬＡ－ＢおよびＨＬＡ－Ｃ対立遺伝子がある膵臓がん患者の腫瘍組織において高度に過剰発現される、腫瘍関連ペプチドから構成される。それは、ＭＨＣクラスＩおよびＭＨＣクラスＩＩペプチドまたは伸長ＭＨＣクラスＩペプチドを含有してもよい。いくつかの膵臓がん組織から採取された腫瘍関連ペプチドに加えて、貯蔵庫は、ＨＬＡ－Ａ^＊０２およびＨＬＡ－Ａ^＊２４標識ペプチドを含有してもよい。これらのペプチドは、ＴＵＭＡＰによって誘導されるＴ細胞免疫の規模を定量的に比較できるようにし、したがって抗腫瘍応答を引き起こすワクチンの能力について、重要な結論が導かれるようにする。第２に、それらは、患者において、「自己」抗原に由来するＴＵＭＡＰに対するいかなるワクチン誘導Ｔ細胞応答も観察されない症例において、「非自己」抗原に由来する重要な陽性対照ペプチドとして機能する。第３に、それは、患者の免疫能力状態に関する結論が導かれるようにしてもよい。

貯蔵庫のためのＴＵＭＡＰは、遺伝子発現解析、質量分析、およびＴ細胞免疫学を組み合わせた、統合ゲノム機能解析アプローチ（ＸＰｒｅｓｉｄｅｎｔ（登録商標））を使用して同定される。アプローチは、高い割合の腫瘍上に真に存在するが、正常組織上では発現されず、または最小限にのみ発現されるＴＵＭＡＰだけが、さらなる分析のために選択されることを保証する。最初のペプチド選択のために、患者に由来する膵臓がんサンプルおよび健常ドナーに由来する血液は、段階的アプローチで分析された：
１．悪性物質からのＨＬＡリガンドが、質量分析法によって同定された
２．ゲノム規模メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）発現解析を使用して、一連の正常器官および組織と比較して、悪性組織（膵臓がん）において過剰発現される遺伝子が同定された
３．同定されたＨＬＡリガンドは、遺伝子発現データと比較された。好ましくは、ステップ２で検出されたような選択的に発現されまたは過剰発現される遺伝子によってコードされる、腫瘍組織上で過剰提示されまたは選択的に提示されるペプチドが、多重ペプチドワクチンのための適切なＴＵＭＡＰ候補と見なされた。
４．同定されたペプチドのＴＵＭＡＰとしての妥当性を支持する追加的な証拠を同定するために、文献調査が実施された
５．ｍＲＮＡレベルでの過剰発現の関連性は、ステップ３からの選択されたＴＵＭＡＰの腫瘍組織上における再検出と、健常組織における検出の欠如（または希な）検出によって確認された。
６．選択されたペプチドによる生体内Ｔ細胞応答の誘導が可能かどうかを評価するために、健常ドナーならびに膵臓がん患者からのヒトＴ細胞を使用して、生体外免疫原性アッセイが実施された。

一態様では、貯蔵庫に含める前に、ペプチドが免疫原性について予備スクリーニングされる。制限を意図しない一例として、貯蔵庫に包含されるペプチドの免疫原性は、ペプチド／ＭＨＣ複合体および抗ＣＤ２８抗体が負荷された人工抗原提示細胞による、健常ドナーからのＣＤ８＋Ｔ細胞の反復刺激を通じた、生体外Ｔ細胞プライミングを含んでなる方法によって判定される。

この方法は、稀ながんに、そして稀な発現プロファイルがある患者にとって、好ましい。一定組成がある多重ペプチド混合物とは対照的に、現在開発されている貯蔵庫は、腫瘍における抗原の実際の発現とワクチンとの顕著により高いマッチングを可能にする。多標的アプローチでは、各患者のために、選択された単一のまたは組み合わされた数種の「既製」ペプチドが利用される。理論上は、例えば５０個の抗原性ペプチドのライブラリーからの５個の異なる抗原性ペプチドの選択に基づくアプローチは、それだけでおよそ１７００万個の可能な医薬品（ＤＰ）組成物をもたらす。

一態様では、ペプチドは、本明細書に記載される、または以下のような本発明による方法に基づく、個々の患者に対するそれらの適切さに基づいて、ワクチンへの包含のために選択される。

ＨＬＡ表現型、トランスクリプトミクスおよびペプチドミクスデータが、患者の腫瘍材料および血液サンプルから収集されて、「貯蔵庫」および患者に特有の（すなわち変異）ＴＵＭＡＰを含有する、各患者に対して最も適切なペプチドが同定される。患者の腫瘍において選択的にまたは過剰発現されて、可能であれば、患者の個々のＰＢＭＣと共に試験すると、強力な生体外免疫原性を示すペプチドが選択される。

好ましくは、ワクチンに含まれるペプチドは、（ａ）個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を同定するステップと；（ｂ）（ａ）で同定されたペプチドを上述のペプチド貯蔵庫と比較するステップと；（ｃ）少なくとも１つのペプチドを患者において同定された腫瘍関連ペプチドと関連がある貯蔵庫（データベース）から選択するステップとを含んでなる方法によって同定される。例えば、腫瘍サンプルによって提示されるＴＵＭＡＰは、（ａ１）腫瘍サンプルからの発現データを腫瘍サンプルの組織型に相当する正常組織サンプルからの発現データと比較して、腫瘍サンプルにおいて過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質を同定するステップと；（ａ２）発現データを腫瘍サンプル中のＭＨＣクラスＩおよび／またはクラスＩＩ分子と結合するＭＨＣリガンドの配列と相関させて、腫瘍によって過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質に由来するＭＨＣリガンドを同定するステップとによって同定される。好ましくは、ＭＨＣリガンドの配列は、腫瘍サンプルから単離されたＭＨＣ分子から結合ペプチドを溶出させて、溶出したリガンドを配列決定することで同定される。好ましくは、腫瘍サンプルおよび正常組織は、同一患者から入手される。

貯蔵庫（データベース）モデルを使用してペプチドを選択するのに加えて、またはその代案として、ＴＵＭＡＰを患者において新規に同定し、次に、ワクチンに含めてもよい。一実施例として、（ａ１）腫瘍サンプルからの発現データを腫瘍サンプルの組織型に相当する正常組織サンプルからの発現データと比較して、腫瘍サンプルにおいて過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質を同定するステップと；（ａ２）発現データを腫瘍サンプル中のＭＨＣクラスＩおよび／またはクラスＩＩ分子と結合するＭＨＣリガンドの配列と相関させて、腫瘍によって過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質に由来するＭＨＣリガンドを同定するステップとによって、候補ＴＵＭＡＰが患者において同定されてもよい。別の実施例として、個々の患者からの正常な対応組織と比較して、腫瘍サンプルに特有の変異を含有するタンパク質が同定されてもよく、特異的に変異を標的とするＴＵＭＡＰが同定され得る。例えば、腫瘍のゲノム、および対応する正常組織のゲノムは、全ゲノム配列決定によって配列決定され得る。遺伝子のタンパク質コード領域中の非同義の変異を発見するために、ゲノムＤＮＡおよびＲＮＡが腫瘍組織から抽出され、正常な非変異ゲノム生殖細胞系ＤＮＡが末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から抽出される。適用されたＮＧＳアプローチは、タンパク質コード領域の再配列決定（エクソーム再配列決定）に限定される。この目的で、供給業者が提供する標的富化キットを使用して、ヒトサンプルからのエクソンＤＮＡが捕捉され、例えばＨｉＳｅｑ２０００（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）による配列決定がそれに続く。それに加えて、遺伝子発現の直接定量化と、変異遺伝子が患者の腫瘍において発現されることの妥当性評価とのために、腫瘍ｍＲＮＡが配列決定される。結果として得られる数百万の配列読み取りは、ソフトウェアアルゴリズムを通じて処理される。出力一覧は、変異および遺伝子発現を含有する。ＰＢＭＣ由来生殖細胞系の多様性と比較することで腫瘍特異的体細胞突然変異が判定され、優先順位がつけられる。次に、新規に同定されたペプチドは、貯蔵庫について上述した免疫原性について試験され得て、適切な免疫原性を保持する候補ＴＵＭＡＰが、ワクチンへの包含のために選択される。

例示的一実施形態では、ワクチンに包含されるペプチドは、（ａ）個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を上述の方法（方法）によって同定するステップと；（ｂ）ａ）で同定されたペプチドを対応する正常組織との比較で腫瘍における免疫原性および過剰提示について予備選別されたペプチドの貯蔵庫と比較するステップと；（ｃ）少なくとも１つのペプチドを患者において同定された腫瘍関連ペプチドと関連がある貯蔵庫から選択するステップと；（ｄ）任意選択的に、（ａ）で新規に同定された少なくとも１つのペプチドを選択して、その免疫原性を確認するステップとによって同定される。

例示的一実施形態では、ワクチンに包含されるペプチドは、（ａ）個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を同定するステップと；（ｂ）（ａ）で新規に同定された少なくとも１つのペプチドを選択して、その免疫原性を確認するステップとによって同定される。

ひとたび個別化ペプチドベースのワクチンのためのペプチドが選択されたら、ワクチンが製造される。ワクチンは、好ましくは、約３３％ＤＭＳＯなどの２０～４０％ＤＭＳＯ、好ましくは約３０～３５％ＤＭＳＯに溶解された、個々のペプチドからなる液体製剤である。

製品に包含される各ペプチドは、ＤＭＳＯに溶解される。単一ペプチド溶液の濃度は、製品に包含されるペプチド数に応じて選択されなくてはならない。単一ペプチドＤＭＳＯ溶液が等量で混合され、ペプチドあたり約２．５ｍｇ／ｍｌの濃度で、製品に包含される全てのペプチドを含有する溶液が得られる。次に、混合溶液は注射用水で１：３に希釈されて、３３％ＤＭＳＯ中でペプチドあたり０．８２６ｍｇ／ｍｌの濃度を得る。希釈溶液は、０．２２μｍの無菌フィルターを通して濾過される。最終バルク溶液が得られる。

最終バルク溶液はバイアルに充填されて、使用時まで－２０で保存される。１本のバイアルは、０．５７８ｍｇの各ペプチドを含有する７００μＬの溶液を含有する。この内、５００μＬ（ペプチドあたりおよそ４００μｇ）が、皮内注射のために適用される。

がんを治療するために有用であるのに加えて、本発明のペプチドは、診断法としてもまた有用である。ペプチドは膵臓がん細胞から生成されたので、そしてこれらのペプチドは正常組織には存在せずまたはより低レベルで存在すると判定されたので、これらのペプチドを利用してがんの存在を診断し得る。

血液サンプル中の組織生検上における、特許請求されるペプチドの存在は、がん診断において病理学者を補佐し得る。抗体、質量分析法またはその他の当該技術分野で公知の方法の手段による特定のペプチドの検出は、組織サンプルが悪性または炎症性または概して病的であることを病理学者に告げ得て、または膵臓がんのバイオマーカーとして利用され得る。ペプチド基の存在は、病的組織の分類または下位分類を可能にし得る。

患部組織検体上のペプチドの検出は、特にＴリンパ球が作用機序に関与することが知られておりまたは予測される場合に、免疫系が関与する治療法の利点を判定できるようにする。ＭＨＣ発現の喪失は、それによって感染悪性細胞が免疫監視を逃れる、十分に説明された機序である。したがってペプチドの存在は、この機序が、分析した細胞によって活用されていないことを示す。

本発明のペプチドは、ペプチドまたはＭＨＣ分子と複合体化したペプチドに対するＴ細胞応答または抗体応答などの、これらのペプチドに対するリンパ球応答を分析するのに使用されるかもしれない。これらのリンパ球応答は、さらなる治療段階を決定するための予後マーカーとして使用され得る。これらの応答はまた、例えば、タンパク質、核酸、自己材料のワクチン接種や、リンパ球の養子免疫伝達などの異なる手段によるリンパ球応答の誘導を目指す、免疫療法アプローチにおける代理応答マーカーとして使用され得る。遺伝子治療の設定では、副作用の評価において、ペプチドに対するリンパ球応答が考慮され得る。リンパ球応答のモニタリングはまた、例えば移植片対宿主病および宿主対移植片病の検出など、移植治療の経過観察検査のための有益な手段かもしれない。

本発明をここで、その好ましい実施形態を描写する以下の実施例において、添付図面を参照して説明するが、それでもなお、それらには限定されないものとする。本発明の目的で、本明細書で引用される全ての参考文献は、その内容全体が参照により援用される。

図１Ａ－Ｃ:正常組織（暗灰色）および膵臓がん（淡灰色）における様々なペプチドの過剰提示を示す。 同上 同上 図１Ｄ:例示的ペプチド（ＦＬＦＤＧＳＡＮＬＶ）（配列番号９）が検出された、全ての細胞株（暗灰色）、正常組織（灰色）、およびがん組織（淡灰色）を示す。図１Ａ）遺伝子：ＣＴＬＡ／ＣＴＬＢ、ペプチド：ＦＬＡＱＱＥＳＥＩ（Ａ^＊０２）（配列番号１）；組織は左から右に示される：１脂肪組織、３副腎、２動脈、３骨髄、７脳、３乳房、１３結腸、１卵巣、４食道、２胆嚢、３心臓、１２腎臓、４白血球サンプル、１９肝臓、４３肺、１リンパ節、１卵巣、２末梢神経、１腹膜、１脳下垂体、３胸膜、１前立腺、６直腸（ｒｅｃｔｉ）、３骨格筋、３皮膚、２小腸、４脾臓、５胃、１精巣、２胸腺、３甲状腺腺、２子宮、２静脈、６膵臓、１８膵臓のがん；図１Ｂ）遺伝子：ＰＬＥＣ、ペプチド：ＳＬＱＥＥＨＶＡＶＡ（Ａ^＊０２）、（配列番号２）；組織は左から右に示される：１脂肪組織、３副腎、２動脈、３骨髄、７脳、３乳房、１３結腸、１卵巣、４食道、２胆嚢、３心臓、１２腎臓、４白血球サンプル、１９肝臓、４３肺、１リンパ節、１卵巣、２末梢神経、１腹膜、１脳下垂体、３胸膜、１前立腺、６直腸（ｒｅｃｔｉ）、３骨格筋、３皮膚、２小腸、４脾臓、５胃、１精巣、２胸腺、３甲状腺腺、２子宮、２静脈、６膵臓、１８膵臓のがん；図１Ｃ）遺伝子：ＣＯＬ６Ａ３、ペプチド：ＦＬＶＤＧＳＳＡＬ（Ａ^＊０２）（配列番号１０）；組織は左から右に示される：１脂肪組織、３副腎、２動脈、３骨髄、７脳、３乳房、１３結腸、１卵巣、４食道、２胆嚢、３心臓、１２腎臓、４白血球サンプル、１９肝臓、４３肺、１リンパ節、１卵巣、２末梢神経、１腹膜、１脳下垂体、３胸膜、１前立腺、６直腸（ｒｅｃｔｉ）、３骨格筋、３皮膚、２小腸、４脾臓、５胃、１精巣、２胸腺、３甲状腺腺、２子宮、２静脈、６膵臓、１８膵臓のがん；図１Ｄ）ＣＯＬ６Ａ３、ペプチド：ＦＬＦＤＧＳＡＮＬＶ（Ａ^＊０２）（配列番号９）；組織は左から右に示される：５膵臓がん細胞株、７正常組織（１結腸、６肺）、８５がん組織（２乳がん、６結腸がん、４食道がん、３肝臓がん、５６肺がん、５膵臓がん、３直腸がん、１メラノーマ、５胃がん）。Ａ～Ｃにおいて正常組織のセットは同一であるが、検出のなかった組織は図示されない。図１Ｄと表４との間の腫瘍の種類型に関する齟齬は、表４に適用されたより厳密な選択基準に起因するかもしれない（詳細は表４を参照されたい）。図１Ｄは、過剰提示パラメータおよび技術的サンプル品質チェックにかかわりなく、ペプチドＹの検出可能な提示があった全てのサンプルを示す。 図１Ｅ－Ｉ:例示的ペプチドが検出された、全ての細胞株（暗灰色）、正常組織（ｇｒａｙ）、およびがん組織（淡灰色）を示す。図１Ｅ）ペプチド：ＳＶＤＶＳＰＰＫＶ（Ａ^＊０２）（配列番号４）；組織は左から右に示される：１細胞株、３初代培養、１皮膚、１胆管がん、３脳がん、１乳がん、４食道がん、５腎臓がん、１１肺がん、１リンパ節がん、１卵巣がん、３膵臓がん、１前立腺がん、３皮膚がん、２膀胱がん、３子宮がん；図１Ｆ）ペプチド：ＬＬＶＤＤＳＦＬＨＴＶ（Ａ^＊０２）（配列番号５）；組織は左から右に示される：２細胞株、１初代培養、１胆管がん、２脳がん、１乳がん、３食道がん、２胆嚢がん、２腎臓がん、２肝臓がん、３肺がん、７卵巣がん、２膵臓がん、３皮膚がん、１胃がん、１子宮がん、図１Ｇ）ペプチド：ＩＶＤＤＬＴＩＮＬ（Ａ^＊０２）（配列番号８）；組織は左から右に示される：１細胞株、１結腸がん、２食道がん、２胆嚢がん、５肺がん、１リンパ節がん、１膵臓がん、２皮膚がん、４胃がん、１膀胱がん、４子宮がん、図１Ｈ）ペプチド：ＬＬＡＧＱＴＹＨＶ（Ａ^＊０２）（配列番号１３）；組織は左から右に示される：６細胞株、１肺、１胎盤、２胆管がん、３乳がん、２結腸がん、２食道がん、２胆嚢がん、１肝臓がん、３６肺がん、３卵巣がん、３膵臓がん、１直腸がん、３膀胱がん；および図１Ｉ）ペプチド：ＶＬＡＫＰＧＶＩＳＶ（Ａ^＊０２）（配列番号１４）；組織は左から右に示される：７細胞株、１肺、１胆管がん、４乳がん、１結腸がん、２食道がん、１胆嚢がん、３６肺がん、１卵巣がん、３膵臓がん、２直腸がん、１胃がん、１膀胱がん。 同上 同上 同上 同上 正常組織（暗灰色）および１１の膵臓がんサンプル（灰色）のパネル中において、膵臓がんで高度に過剰発現されまたは排他的に発現される、本発明の起源遺伝子の代表的発現プロファイルを示す（正常な腎臓と比較した相対的発現）。図２Ａ）ＬＡＭＣ２；組織左から右：１副腎、１動脈、１骨髄、１脳（全体）、１乳房、１結腸、１食道、１心臓、３腎臓、１白血球サンプル、１肝臓、１肺、１リンパ節、１卵巣、１膵臓、１胎盤、１前立腺、１唾液腺、１骨格筋、１皮膚、１小腸、１脾臓、１胃、１精巣、１胸腺、１甲状腺、１膀胱、１子宮子宮頸部、１子宮、１静脈、１８膵臓のがん；図２Ｂ）ＶＣＡＮ；組織左から右：１副腎、１動脈、１骨髄、１脳（全体）、１乳房、１結腸、１食道、１心臓、３腎臓、１白血球サンプル、１肝臓、１肺、１リンパ節、１卵巣、１膵臓、１胎盤、１前立腺、１唾液腺、１骨格筋、１皮膚、１小腸、１脾臓、１胃、１精巣、１胸腺、１甲状腺、１膀胱、１子宮子宮頸部、１子宮、１静脈、１８膵臓のがん；図２Ｃ）ＦＡＰ；組織左から右：１副腎、１動脈、１骨髄、１脳（全体）、１乳房、１結腸、１食道、１心臓、３腎臓、１白血球サンプル、１肝臓、１肺、１リンパ節、１卵巣、１膵臓、１胎盤、１前立腺、１唾液腺、１骨格筋、１皮膚、１小腸、１脾臓、１胃、１精巣、１胸腺、１甲状腺、１膀胱、１子宮子宮頸部、１子宮、１静脈、１８膵臓のがん。 同上 同上 例示的免疫原性データを示す：ペプチド特異的多量体染色後のフローサイトメトリー結果。図３（ＣおよびＤ）は、健康なＨＬＡ－Ａ^＊０２＋ドナーのペプチド特異的生体外ＣＤ８＋Ｔ細胞応答の例示的結果を示す。ＣＤ８＋Ｔ細胞は、それぞれ、配列番号３のペプチド（Ｃ、左パネル）または配列番号５０のペプチド（Ｄ、左パネル）との複合体中の抗ＣＤ２８ｍＡｂおよびＨＬＡ－Ａ^＊０２で被覆された人工ＡＰＣを使用して、初回刺激された。３サイクルの刺激後に、Ａ^＊０２／配列番号３（Ｃ）またはＡ^＊０２／配列番号５０（Ｄ）での２Ｄ多量体染色によって、ペプチド反応性細胞の検出が実施された。右パネル（ＣおよびＤ）は、無関係のＡ^＊０２／ペプチド複合体で刺激された細胞の対照染色を示す。生存一重細胞は、ＣＤ８＋リンパ球についてゲートされた。ブーリアンゲートは、異なるペプチドに特異的な多量体によって検出された、擬陽性事象を排除するのを助けた。ＣＤ８＋リンパ球の中の特異的多量体＋細胞の頻度が示される。 同上

実施例１：細胞表面に提示される腫瘍関連ペプチドの同定および定量化
組織サンプル
患者の腫瘍組織は、Ａｓｔｅｒａｎｄ（Ｄｅｔｒｏｉｔ，ＵＳＡ ａｎｄ Ｒｏｙｓｔｏｎ，Ｈｅｒｔｓ，ＵＫ）；Ｇｅｎｅｔｉｃｉｓｔ Ｉｎｃ．（Ｇｌｅｎｄａｌｅ，ＣＡ，ＵＳＡ）；Ｈｏｓｐｉｔａｌ ｏｆ Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ ｏｆ Ｔｕｂｉｎｇｅｎから得られた。正常組織は、Ｂｉｏ－Ｏｐｔｉｏｎｓ Ｉｎｃ．（ＣＡ，ＵＳＡ）；ＢｉｏＳｅｒｖｅ（Ｂｅｌｔｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ，ＵＳＡ）；Ｃａｐｉｔａｌ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ Ｉｎｃ．（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ，ＵＳＡ）；Ｇｅｎｅｔｉｃｉｓｔ Ｉｎｃ．（Ｇｌｅｎｄａｌｅ，ＣＡ，ＵＳＡ）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ ｏｆ Ｇｅｎｅｖａ；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ ｏｆ Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ；Ｋｙｏｔｏ Ｐｒｅｆｅｃｔｕｒａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（ＫＰＵＭ）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｍｕｎｉｃｈ；ＰｒｏｔｅｏＧｅｎｅｘ Ｉｎｃ．（Ｃｕｌｖｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ，ＵＳＡ）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ ｏｆ Ｔｕｂｉｎｇｅｎから得られた。全ての患者の告知に基づく同意書が、外科手術または検死解剖前に得られた。組織は切除直後に衝撃凍結されて、ＴＵＭＡＰの単離まで－７０℃未満で保存された。

組織サンプルからのＨＬＡペプチドの単離
衝撃凍結組織サンプルからのＨＬＡペプチド貯留は、わずかに修正されたプロトコル（Ｆａｌｋ ｅｔ ａｌ．，１９９１；Ｓｅｅｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９９）に従って、ＨＬＡ－Ａ^＊０２－特異的抗体ＢＢ７．２、ＨＬＡ－Ａ、－Ｂ、－Ｃ特異的抗体Ｗ６／３２、ＣＮＢｒ活性化セファロース、酸処理、および限外濾過を使用して、免疫沈殿によって固形組織から得られた。

質量分析
得られたＨＬＡペプチド貯留は、逆相クロマトグラフィー（ｎａｎｏＡｃｑｕｉｔｙ ＵＰＬ Ｃ ｓｙｓｔｅｍ、Ｗａｔｅｒｓ）によって、それらの疎水性に従って分離され、ＥＳＩ源を装着したＬＴＱ－ｖｅｌｏｓおよびｆｕｓｉｏｎハイブリッド質量分光計（ＴｈｅｒｍｏＥｌｅｃｔｒｏｎ）内で溶出ペプチドが分析された。ペプチド貯留は、毎分４００ｎＬの流速を適用して、１．７μｍ Ｃ１８逆相材料（Ｗａｔｅｒｓ）で充填された、分析用融合シリカマイクロキャピラリーカラム（７５μｍ内径×２５０ｍｍ）上に直接挿入された。引き続いて、毎分３００ｎＬの流速で１０％から３３％へのＢの二段階１８０分間二成分勾配を用いて、ペプチドが分離された。勾配は、溶媒Ａ（水中の０．１％ギ酸）および溶媒Ｂ（アセトニトリル中の０．１％ギ酸）から構成された。ｎａｎｏＥＳＩ源への導入には、金被覆ガラス毛管（ＰｉｃｏＴｉｐ、Ｎｅｗ Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ）が使用された。ＬＴＱ－Ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分光計は、ＴＯＰ５ストラテジーを使用してデータ依存モードで操作された。手短に述べると、スキャンサイクルは、Ｏｒｂｉｔｒａｐ（Ｒ＝３００００）内の高質量精度の完全スキャンで開始され、これもまたＯｒｂｉｔｒａｐ（Ｒ＝７５００）内の５種の最も豊富な前駆イオンのＭＳ／ＭＳスキャンがそれに続き、以前選択されたイオンは動的に除外された。タンデム質量スペクトルは、ＳＥＱＵＥＳＴおよび追加的な手動調節によって解釈された。同定されたペプチド配列は、生成された天然ペプチド断片化パターンと、配列が同一の合成参照ペプチドの断片化パターンとの比較によって確認された。

イオン計数によって、すなわちＬＣ－ＭＳ特性の抽出と解析によって、無標識相対ＬＣ－ＭＳ定量化が実施された（Ｍｕｅｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００７）。方法は、ペプチドのＬＣ－ＭＳシグナル面積が、サンプル中のその存在量に相関すると仮定する。抽出された特性は、電荷状態デコンボリューションと滞留時間アライメントによって、さらに処理された（Ｍｕｅｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００８；Ｓｔｕｒｍ ｅｔ ａｌ．，２００８）。最終的に、全てのＬＣ－ＭＳ特性を配列同定結果と相互参照して、異なるサンプルの定量的データと組織からペプチドへの提示プロファイルとが組み合わされた。定量的データは、技術的および生物学的反復試験内の変動を考慮した中心傾向に従って、二段法で正規化された。このようにして、それぞれの同定されたペプチドが定量的データと関連付けられ、サンプルと組織の間の相対定量化が可能になる。さらに、ペプチド候補について得られた全ての定量的データを手動で検査し、データ整合性を保証して自動解析の確度が確認された。各ペプチドについて、提示プロファイルが計算され、平均サンプル提示ならびに反復試験変動が示された。プロファイルは、膵臓がんサンプルを正常組織サンプルのベースラインに並置する。例示的過剰提示ペプチドの提示プロファイルは、図２に示される。代表的ペプチドの提示スコアは、表８に示される。

実施例２
本発明のペプチドをコードする遺伝子発現プロファイリング
正常細胞と比較した腫瘍細胞上のペプチドの過剰提示または特異的提示は、免疫療法におけるその有用性にとって十分であり、いくつかのペプチドは、それらの起源タンパク質が正常組織にもまた存在するにもかかわらず、腫瘍特異的である。それでもなお、ｍＲＮＡ発現プロファイリングは、免疫療法のためのペプチド標的の選択において、安全性のレベルを高めることができる。特に、アフィニティ成熟ＴＣＲなどの高い安全性リスクがある治療の選択肢では、理想的な標的ペプチドは、腫瘍に特有で正常組織上には見られないタンパク質に由来する。

ＲＮＡ起源および調製
外科的に除去された組織標本は、告知に基づく同意書が各患者から入手された後に、上述の通り提供された（実施例１を参照されたい）。腫瘍組織標本は、手術直後にスナップ凍結され、その後、液体窒素下で乳鉢と乳棒を用いて均質化された。全ＲＮＡは、ＴＲＩ試薬（Ａｍｂｉｏｎ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用してこれらのサンプルから調製され、ＲＮｅａｓｙ（ＱＩＡＧＥＮ，Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）による精製がそれに続き；どちらの方法も製造業者のプロトコルに従って実施された。

健常ヒト組織からの全ＲＮＡは、商業的に入手された（Ａｍｂｉｏｎ，Ｈｕｎｔｉｎｇｄｏｎ，ＵＫ；Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ；Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ；ＢｉｏＣｈａｉｎ，Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）。幾人（２～１２３人）かの個人からのＲＮＡは、各個人からのＲＮＡが等しく重み付けされるように混合された。

全てのＲＮＡサンプルの品質および量は、ＲＮＡ ６０００ Ｐｉｃｏ ＬａｂＣｈｉｐキット（Ａｇｉｌｅｎｔ）を使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ ２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ，Ｗａｌｄｂｒｏｎｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）上で評価された。

マイクロアレイ実験
全ての腫瘍および正常組織ＲＮＡサンプルの遺伝子発現解析は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ（ＨＧ）Ｕ１３３ＡまたはＨＧ－Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０オリゴヌクレオチドマイクロアレイ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ，ＵＳＡ）によって実施された。全てのステップは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘマニュアルに従って実施された。簡単に述べると、二本鎖ｃＤＮＡは、マニュアルに記載されるようにして、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＲＴＩＩ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）およびオリゴｄＴ－Ｔ７プライマー（ＭＷＧ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｅｂｅｒｓｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、５～８μｇの全ＲＮＡから合成された。生体外転写は、Ｕ１３３ＡアレイのためのＢｉｏＡｒｒａｙ Ｈｉｇｈ Ｙｉｅｌｄ ＲＮＡ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ Ｌａｂｅｌｌｉｎｇ Ｋｉｔ（ＥＮＺＯ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．，Ｆａｒｍｉｎｇｄａｌｅ，ＮＹ，ＵＳＡ）を用いて、またはＵ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０のためのＧｅｎｅＣｈｉｐ ＩＶＴ Ｌａｂｅｌｌｉｎｇ Ｋｉｔ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）を用いて実施され、ｃＲＮＡ断片化、ハイブリダイゼーション、そしてストレプトアビジン－フィコエリトリンとビオチン化抗ストレプトアビジン抗体（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｌｅｉｄｅｎ，Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）とを用いた染色がそれに続いた。画像は、Ａｇｉｌｅｎｔ ２５００Ａ ＧｅｎｅＡｒｒａｙ Ｓｃａｎｎｅｒ（Ｕ１３３Ａ）またはＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ Ｇｅｎｅ－Ｃｈｉｐ Ｓｃａｎｎｅｒ ３０００（Ｕ１３３ Ｐｌｕｓ ２．０）でスキャンされ、全てのパラメータについてデフォルト設定を使用して、ＧＣＯＳソフトウェア（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）によってデータが解析された。正規化のために、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘによって提供される１００個のハウスキーピング遺伝子が使用された。相対的発現値は、ソフトウェアによって与えられるシグナルｌｏｇ比から計算され、正常な腎臓サンプルが自由裁量で１．０に設定された。膵臓がんにおいて高度に過剰発現され、または排他的に発現される本発明の起源遺伝子の代表的発現プロファイルは、図１に示される。さらなる例示的遺伝子の発現スコアは、表９に示される。

実施例３
ＭＨＣクラスＩ提示ペプチドの生体外免疫原性
本発明のＴＵＭＡＰの免疫原性に関する情報を得るために、本発明者らは、ペプチド／ＭＨＣ複合体および抗ＣＤ２８抗体を負荷した人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）によるＣＤ８＋Ｔ細胞の反復刺激に基づく、生体外Ｔ細胞プライミングアッセイを用いて研究を実施した。このようにして、本発明者らは、これまでに本発明の２２個のＨＬＡ－Ａ^＊０２０１拘束性ＴＵＭＡＰの免疫原性を示し得て、これらのペプチドが、それに対するＣＤ８＋前駆Ｔ細胞がヒトに存在する、Ｔ細胞エピトープであることを実証した（表１０）。

ＣＤ８＋Ｔ細胞の生体外プライミング
ペプチドＭＨＣ複合体（ｐＭＨＣ）および抗ＣＤ２８抗体を負荷した、人工抗原提示細胞による生体外刺激を実施するために、本発明者らは、最初に、告知に基づく同意後に、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｃｌｉｎｉｃｓ Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙから得られた健常ドナーのＣＤ８ミクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ，Ｂｅｒｇｉｓｃｈ－Ｇｌａｄｂａｃｈ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用した正の選択を通じて、新鮮ＨＬＡ－Ａ^＊０２白血球除去生成物からＣＤ８＋Ｔ細胞を単離した。

ＰＢＭＣおよび単離ＣＤ８＋リンパ球またはＰＢＭＣは、１０％熱不活性化ヒトＡＢ血清（ＰＡＮ－Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ａｉｄｅｎｂａｃｈ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、１００Ｕ／ｍｌペニシリン／１００μｇ／ｍｌストレプトマイシン（Ｃａｍｂｒｅｘ，Ｃｏｌｏｇｎｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（ＣＣ Ｐｒｏ，Ｏｂｅｒｄｏｒｌａ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、２０μｇ／ｍｌゲンタマイシン（Ｃａｍｂｒｅｘ）を添加した、ＲＰＭＩ－Ｇｌｕｔａｍａｘ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｋａｒｌｓｒｕｈｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）からなるＴ細胞培地（ＴＣＭ）中で、使用時まで培養された。２．５ｎｇ／ｍｌのＩＬ－７（ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）および１０Ｕ／ｍｌのＩＬ－２（Ｎｏｖａｒｔｉｓ Ｐｈａｒｍａ，Ｎｕｒｎｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）もまた、この段階でＴＣＭに添加された。

ｐＭＨＣ／抗ＣＤ２８被覆ビーズの生成、Ｔ細胞刺激、および読み取りは、高度に定義された生体外システム内で、刺激条件あたり４種の異なるｐＭＨＣ分子と、読み取り条件あたり８種の異なるｐＭＨＣ分子を使用して実施された。

製造会社（Ｐｅｒｂｉｏ，Ｂｏｎｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）が推奨する通りにスルホ－Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドビオチンを使用して、精製共刺激マウスＩｇＧ２ａ抗ヒトＣＤ２８ Ａｂ９．３（Ｊｕｎｇ ｅｔ ａｌ．，１９８７）が化学的にビオチン化された。使用されたビーズは、直径５．６μｍのストレプトアビジン被覆ポリスチレン粒子（Ｂａｎｇｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｌｌｉｎｏｉｓ，ＵＳＡ）であった。

陽性および陰性対照刺激のために使用されたｐＭＨＣは、それぞれ、Ａ^＊０２０１／ＭＬＡ－００１（修飾Ｍｅｌａｎ－Ａ／ＭＡＲＴ－１に由来するペプチドＥＬＡＧＩＧＩＬＴＶ（配列番号８８））およびＡ^＊０２０１／ＤＤＸ５－００１（ＤＤＸ５に由来するＹＬＬＰＡＩＶＨＩ（配列番号８９））であった。

４×１２．５ｎｇの異なるビオチンｐＭＨＣ存在下で、８００，０００個のビーズ／２００μｌが９６ウェルプレート内で被覆され、洗浄されて、引き続いて２００μｌの容量中で、６００ｎｇのビオチン抗ＣＤ２８が添加された。５ｎｇ／ｍｌのＩＬ－１２（ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ）を添加した２００μｌのＴＣＭ中で、１×１０^６のＣＤ８＋Ｔ細胞を２×８^５個の洗浄被覆ビーズと、３７℃で３日間にわたり同時インキュベートすることで、９６ウェルプレート内で刺激が開始された。次に８０Ｕ／ｍｌのＩＬ－２を添加した新鮮ＴＣＭで培地の半分を交換し、３７℃で４日間にわたり培養が継続された。この刺激サイクルが、合計３回実施された。条件あたり８種の異なるｐＭＨＣ分子を使用するｐＭＨＣ多量体読み取りでは、５種の異なる蛍光色素への共役を包含するわずかな修正を加えて、以前記載されたような（Ａｎｄｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１２）二次元コンビナトリアルコーディングアプローチが使用された。最後に、Ｌｉｖｅ／ｄｅａｄ近赤外染料（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｋａｒｌｓｒｕｈｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、ＣＤ８－ＦＩＴＣ抗体クローンＳＫ１（ＢＤ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）、および蛍光性ｐＭＨＣ多量体による細胞の染色によって多量体解析が実施された。解析では、適切なレーザーおよびフィルターを装着したＢＤ ＬＳＲＩＩ ＳＯＲＰ血球計数器が使用された。ペプチド特異的細胞は、全ＣＤ８＋細胞の百分率として計算された。多量体解析の評価は、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（Ｔｒｅｅ Ｓｔａｒ，Ｏｒｅｇｏｎ，ＵＳＡ）を使用して実施された。特異的多量体＋ＣＤ８＋リンパ球の生体外初回刺激は、陰性対照刺激と比較することで検出された。１人の健常ドナーの少なくとも１つの評価可能生体外刺激ウェルが、生体外刺激後に、特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞株を含有することが認められれば、所与の抗原の免疫原性が検出された（すなわち、このウェルは、ＣＤ８Ｔ細胞の中の特異的多量体の少なくとも１％を含有し、特異的多量体細胞の百分率は、陰性対照刺激の中央値の少なくとも１０倍であった）。

膵臓がんペプチドの生体外免疫原性
ＨＬＡクラスＩペプチドを試験するために、ペプチド特異的Ｔ細胞株の生成によって生体外免疫原性が実証され得る。本発明の２種のペプチドの、ＴＵＭＡＰ特異的多量体染色後の例示的フローサイトメトリー結果は、対応する陰性対照と共に図３に示される。本発明からの２種のペプチドの結果は、表１０に要約される。

本発明の７種の追加的なペプチドからの結果は、表１０Ｂに要約される。

実施例４
ペプチドの合成
全てのペプチドは、Ｆｍｏｃストラテジーを使用する、標準的な十分に確立された固相ペプチド合成を使用して合成された。個々のペプチドのアイデンティティーおよび純度は、質量分析および分析用ＲＰ－ＨＰＬＣによって判定された。ペプチドは、純度＞５０％の白色から灰白色の凍結乾燥物（トリフルオロ酢酸塩）として得られた。全てのＴＵＭＡＰは、好ましくはトリフルオロ酢酸塩または酢酸塩として投与され、その他の塩形態もまた可能である。

実施例５
ＭＨＣ結合アッセイ
本発明によるＴ細胞ベースの治療法のための候補ペプチドは、それらのＭＨＣ結合能力（親和性）についてさらに試験された。個々のペプチド－ＭＨＣ複合体は、ＵＶリガンド交換によって生成され、ＵＶ感受性ペプチドはＵＶ照射に際して切断されて、分析される目的ペプチドで交換された。ペプチド受容性ＭＨＣ分子と効果的に結合して安定化し得るペプチド候補のみが、ＭＨＣ複合体の分離を防止する。交換反応の収率を判定するために、安定化ＭＨＣ複合体の軽鎖（β２ｍ）の検出に基づくＥＬＩＳＡが実施された。アッセイは、Ｒｏｄｅｎｋｏ ｅｔ ａｌ．（Ｒｏｄｅｎｋｏ ｅｔ ａｌ．，２００６）に一般的に記載されるようにして実施された。

９６ウェルＭＡＸＩＳｏｒｐプレート（ＮＵＮＣ）が、ＰＢＳ中の２μｇ／ｍｌストレプトアビジンにより室温で一晩被覆されて、４回洗浄され、ブロック緩衝液を含有する２％ＢＳＡ中で３７℃で１時間ブロックされた。再折りたたみされたＨＬＡ－Ａ^＊０２０１０２：０１／ＭＬＡ－００１単量体が、１５～５００ｎｇ／ｍｌの範囲をカバーする標準物質の役割を果たした。ＵＶ交換反応のペプチド－ＭＨＣ単量体は、ブロック緩衝液中で１００倍に希釈された。サンプルは、３７℃で１時間インキュベートされて、４回洗浄され、２ｕｇ／ｍｌのＨＲＰ共役結合抗β２ｍと共に３７℃で１時間インキュベートされ、再度洗浄されて、ＮＨ_２ＳＯ_４で停止させたＴＭＢ溶液で検出された。吸光は、４５０ｎｍで測定された。抗体またはそれらのフラグメント、および／またはＴ細胞受容体またはそれらのフラグメントの生成および製造のためには、高い交換収率（好ましくは５０％よりも高い、最も好ましくは高い７５％よりも）を示す候補ペプチドが、ＭＨＣ分子に対する十分な結合活性を示してＭＨＣ複合体の分離を防止することから、一般に好ましい。

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Claims (23)

1. 配列番号２１に示されるアミノ酸配列を含んでなるペプチドであり、前記ペプチドが９～１６のアミノ酸長を有する、または
   配列番号２１に示されるアミノ酸配列を含んでなるペプチドであり、前記ペプチドが９～１６のアミノ酸長を有し、前記ペプチドがＭＨＣクラスＩに結合する能力を有し、前記ＭＨＣに結合すると、ＣＤ８Ｔ細胞によって認識されることができるようになる、ペプチド。
2. 前記ペプチドが、配列番号２１に示されるアミノ酸配列からなる、請求項１に記載のペプチド。
3. 前記ペプチドが、修飾され、および／または非ペプチド結合を含む、請求項１または２に記載のペプチド。
4. 請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドとＨＬＡ－ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸を含んでなる、融合タンパク質。
5. 請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項４に記載の融合タンパク質をエンコードする核酸、または
   請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドまたは請求項４に記載の融合タンパク質をエンコードする核酸であり、前記核酸が異種プロモーター配列と結合する、核酸。
6. 請求項５に記載の核酸を発現する、発現ベクター。
7. 請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の核酸または請求項６に記載の発現ベクターを含んでなる組換え宿主細胞、または
   請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の核酸または請求項６に記載の発現ベクターを含んでなる組換え宿主細胞であり、前記組換え宿主細胞が樹状細胞若しくは抗原提示細胞である、組換え宿主細胞。
8. 医療において使用するための請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の核酸、請求項６に記載の発現ベクター、または請求項７に記載の宿主細胞。
9. 請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドを提示する、または請求項５に記載の核酸を発現する、または請求項６に記載の発現ベクターを含んでなる、請求項７に記載の宿主細胞を培養するステップと、前記ペプチドを前記宿主細胞またはその培養液から単離するステップとを含んでなる、請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドを製造する方法。
10. Ｔ細胞を適切な抗原提示細胞の表面に、または抗原提示細胞を模倣する人工コンストラクトの表面に発現される抗原負荷ヒトクラスＩＭＨＣ分子に、前記Ｔ細胞を抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり、生体外で接触させるステップを含んでなり、前記抗原が、請求項１または２に記載のペプチドである、活性化Ｔリンパ球を製造するインビトロ法。
11. 請求項１または２に記載のペプチドを提示する細胞を選択的に認識する、請求項１０に記載の方法によって製造される活性化Ｔリンパ球。
12. 請求項１１に記載の活性化Ｔリンパ球の有効数を含んでなる、請求項１または２に記載のペプチドを提示する標的細胞を死滅させる、医薬。
13. ＭＨＣ分子と結合している請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドを特異的に認識する、または、請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドを特異的に認識する、可溶性抗体または膜結合抗体である、抗体。
14. がん治療薬の製造における、請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の核酸、請求項６に記載の発現ベクター、請求項７に記載の宿主細胞、請求項１１に記載の活性化Ｔリンパ球、または請求項１３に記載の抗体の使用、または
    がん治療薬の製造における、請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の核酸、請求項６に記載の発現ベクター、請求項７に記載の宿主細胞、請求項１１に記載の活性化Ｔリンパ球、または請求項１３に記載の抗体の使用であり、前記がんが、配列番号２１に示されるアミノ酸配列からなるペプチドが由来するタンパク質の過剰発現を示す、膵臓がん、肺がん、腎臓がん、脳がん、結腸または直腸がん、食道がん、乳がん、卵巣がん、胃がん、肝臓がん、前立腺がん、メラノーマ、白血病の群から選択される、使用。
15. （ａ）請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の核酸、請求項６に記載の発現ベクター、請求項７に記載の宿主細胞、請求項１１に記載の活性化Ｔリンパ球、または請求項１３に記載の抗体を含有する医薬組成物を溶液中に、または凍結乾燥形態で含んでなる容器、および以下（ｂ）～（ｄ）から選択される１つ以上の要素を含んでなるキットまたは以下（ｂ）～（ｄ）を含まないキット；
    （ｂ）凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器；
    （ｃ）配列番号２１に示されるアミノ酸配列からなるペプチド；および
    （ｄ）（ｉ）前記溶液の使用、または（ｉｉ）前記凍結乾燥製剤の再構成および／または使用のための取扱説明書、または、
    （ａ）請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項４に融合タンパク質、請求項５に記載の核酸、請求項６に記載の発現ベクター、請求項７に記載の宿主細胞、請求項１１に記載の活性化Ｔリンパ球、または請求項１３に記載の抗体を含有する医薬組成物を溶液中に、または凍結乾燥形態で含んでなる容器、および以下（ｂ）～（ｄ）から選択される１つ以上の要素を含んでなるキットまたは以下（ｂ）～（ｄ）を含まないキット；
    （ｂ）凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器；
    （ｃ）配列番号２１に示されるアミノ酸配列からなるペプチド；および
    （ｄ）（ｉ）前記溶液の使用、または（ｉｉ）前記凍結乾燥製剤の再構成および／または使用のための取扱説明書、
    さらに（ｉｉｉ）緩衝液、（ｉｖ）希釈剤、（Ｖ）フィルター、（ｖｉ）針、または（Ｖ）シリンジからなる群から選択される１つまたは複数を含んでなる、キット。
16. 前記ペプチドが、配列番号２１に示されるアミノ酸配列からなるペプチドである、請求項１５に記載のキット。
17. ＨＬＡリガンドと反応性である、可溶性または膜結合Ｔ細胞受容体であって、前記リガンドが請求項１もしくは２に記載のペプチドである、または
    ＨＬＡリガンドと反応性である、可溶性または膜結合Ｔ細胞受容体であって、前記リガンドが請求項１もしくは２に記載のペプチドであり、前記Ｔ細胞受容体が可溶性分子として提供される、または
    ＨＬＡリガンドと反応性である、可溶性または膜結合Ｔ細胞受容体であって、前記リガンドが請求項１もしくは２に記載のペプチドであり、前記Ｔ細胞受容体が可溶性分子として提供され、さらに免疫刺激ドメインまたは毒素のエフェクター機能を保有する、
    Ｔ細胞受容体。
18. 請求項１７に記載のＴＣＲをエンコードする核酸、または請求項１７に記載のＴＣＲをエンコードする核酸であり、前記核酸が異種プロモーター配列と結合する、核酸。
19. 請求項１８に記載の核酸を発現する能力がある、発現ベクター。
20. 請求項１８に記載の核酸、または請求項１３に記載の抗体をコードする核酸、または請求項１９に記載の発現ベクターを含んでなる宿主細胞であり、前記宿主細胞がＴ細胞またはＮＫ細胞である、宿主細胞。
21. 請求項２０に記載の宿主細胞を培養するステップと、前記Ｔ細胞受容体を前記宿主細胞および／またはその培養液から単離するステップとを含んでなる、請求項１７に記載のＴ細胞受容体を製造する方法。
22. ａ）配列番号２１に示されるアミノ酸配列からなるペプチド；
    ｂ）ａ）に記載のペプチドおよび／またはペプチドＭＨＣ複合体と反応性のＴ細胞受容体；
    ｃ）ａ）に記載のペプチドと、ＨＬＡ－ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端のアミノ酸１～８０とを含んでなる融合タンパク質；
    ｄ）ａ）～ｃ）のいずれかをコードする核酸、または前記核酸を含んでなる発現ベクター；
    ｅ）ｄ）の発現ベクターを含んでなる宿主細胞；
    ｆ）抗原特異的様式でＴ細胞を活性化するのに十分な時間にわたり、Ｔ細胞を適切な抗原提示細胞の表面に発現されるａ）に記載のペプチドと生体外で接触させるステップを含んでなる方法、ならびに自己または他の患者にこれらの活性化Ｔ細胞を移入する方法によって得られる、活性化Ｔリンパ球；
    ｇ）ａ）に記載のペプチドおよび／またはペプチド－ＭＨＣ複合体および／またはａ）に記載のペプチドを提示する細胞と反応性であって、免疫活性化ドメインまたは毒素との融合によって潜在的に修飾されている、抗体、または可溶性Ｔ細胞受容体；
    ｈ）配列番号２１に示されるアミノ酸配列からなるペプチドおよび／または配列番号２１に示されるアミノ酸配列からなるペプチドとＭＨＣ分子の複合体を認識する、アプタマー；
    ｉ）ａ）～ｈ）のいずれかに記載の抱合または標識されたペプチドまたはスキャフォールド
    からなる群から選択される、少なくとも１つの活性成分と、薬学的に許容できる担体とを含んでなる医薬組成物。
23. 請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、またはＭＨＣ分子と結合する請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドを特異的に認識する、アプタマー。

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