JP6821947B2 - 粒子の収容方法、及び、粒子の封入方法 - Google Patents
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Description
また、特許文献1には、磁性ビーズをウェルに収容した後に、蛍光発生基質(RGP)等の試薬流体(検出試薬)をチャンネルに供給することが記載されている。試薬流体は、ターゲット物質と反応することで蛍光現象を発生する酵素などであり、ターゲット物質が入っているウェルを数えるために用いられる。
また、粒子を用いたデジタルカウント法では、より多くのウェルに粒子を効率よく収容することが求められている。
この収容方法は、溶媒流体、多数の粒子及び検出試薬を含む粒子含有流体を第一貫通孔から注入し、流路およびウェル内に満たした上で第二貫通孔に到達させる注入工程と、注入工程の後に、第二貫通孔内に粒子含有流体を残しつつ第一貫通孔から粒子含有流体を吸い上げる吸い上げ工程とを含む。溶媒流体は液体である。
また、粒子含有流体が検出試薬を含むことで、粒子がウェルに収容されると同時に検出試薬もウェルに収容される。このため、粒子に結合した検出対象と検出試薬とを確実に反応させることができる。すなわち、検出対象を確実に検出することができる。
はじめに、本実施形態に係る粒子の収容方法及び封入方法に用いるマイクロ流体デバイスについて説明する。
図1,2に示すように、マイクロ流体デバイス1は、流路2と、流路2に開口する複数のウェル3とを有する。本実施形態のマイクロ流体デバイス1は、複数のウェル3を有するマイクロウェルアレイ4と、マイクロウェルアレイ4と共に流路2を構成する蓋部材5と、を備えている。
ウェル3の形状は、任意であってよく、例えば円筒形、複数の面により構成される多面体(例えば、直方体、六角柱、八角柱等)、逆円錐形、逆角錐形(逆三角錐形、逆四角錐形、逆五角錐形、逆六角錐形、七角以上の逆多角錐形)等であってもよい。逆円錐形、逆角錐形とは、円錐や角錐の底面がウェル3の開口部となるようなウェル3の形状を意味する。ウェル3の形状が逆円錐形、逆角錐形である場合には、例えば円錐や角錐の頂部を切り取り、ウェル3の底面9を平坦にしてもよい。他の例として、ウェル3の底面9を、ウェル3の開口部に向けて凸または凹となる曲面状に形成してもよい。
ウェル3の形状は、例えば上述の形状を二つ以上組み合わせたような形状であってもよい。例えば、一部が円筒形であり、残りが逆円錐形であってもよい。
ウェル3の直径が0.1μm(又は1μm)よりも小さいと、ウェル3に収容される粒子21の直径も0.1μm(又は1μm)よりも小さくする必要がある。この場合には、粒子21がウェル3に収容されている様子を光学的に観察し難しくなってしまう。すなわち、ウェル3の直径が0.1μm(又は1μm)以上であれば、粒子21がウェル3に収容されている様子を光学的に観察しやすくなる程度に、粒子21の直径を設定できる。
ウェル3の直径が100μm(又は10μm)よりも大きいと、ウェル3の体積が過度に大きくなってしまう。その結果、デジタルカウント法でバイオマーカーなどの検出対象の有無を検出する際、蛍光などのシグナルが小さくなってしまう。また、ウェル3内でシグナルを発生させるための化学反応が遅くなるなどのデメリットも発生してしまう。すなわち、ウェル3の直径が100μm(又は10μm)以下であれば、検出対象の有無を検出するためのシグナルを十分な大きさとすることができる。また、ウェル3内でシグナルを発生させるための化学反応が遅くなることを好適に抑制できる。
以下、本実施形態のマイクロウェルアレイ4の構成について、より具体的に説明する。
底部層11のうち壁部層12が配置される面は、ウェル3の底面9を構成する。底部層11には、例えばガラスや樹脂を用いることができる。
壁部層12は、その厚さ方向に貫通し、厚さ方向から見てアレイ状に配列された複数の孔部を有する。各孔部の内面は、ウェル3の内周面10を構成する。壁部層12には、例えば樹脂を用いることができる。
マイクロウェルアレイ4と蓋部材5との間には隙間が存在する。この隙間は、複数のウェル3が開口するマイクロ流体デバイス1の流路2として機能する。
本実施形態において、蓋部材5は二つの貫通孔15A,15B(第一貫通孔15A及び第二貫通孔15B)を有する。二つの貫通孔15A,15Bは、長方形とされたウェル形成領域8のうち互いに向かい合う二つの角部に対応する位置に配されている。
上記した複数の貫通孔15は、例えば同じ形状、大きさに形成されてもよし、互いに異なる形状、大きさに形成されてもよい。
例えば、ウェル3に収容された粒子21や、バイオマーカー等の検出対象が存在することによる蛍光などのシグナルを光学的手法で検出する場合には、蓋部材5及び前述のマイクロウェルアレイ4の少なくとも一方が、光を通すように構成されているとよい。また、ウェル3に収容された粒子21や、バイオマーカー等の検出対象が存在することによる蛍光などのシグナルを光学的手法以外の手法で検出する場合には、蓋部材5及びマイクロウェルアレイ4は、例えば光を通すように構成されなくてもよい。
蓋部材5を構成する材料としては、例えばガラス、樹脂、金属のうち少なくとも1つ、又は、複数を混合した材料が挙げられる。蓋部材5は、粒子含有流体20等が流路2において流れる際に変形しない程度の剛性を有してもよい。
スペーサ18は、例えば前述のマイクロウェルアレイ4や蓋部材5と一体に形成されてもよいが、本実施形態では別個に形成されている。スペーサ18の材質等に特に制限はないが、例えばシリコーンゴムやアクリル発泡体からなる芯材フィルムの両面に粘着剤(例えばアクリル系粘着剤)が積層された両面粘着テープ、接着剤を両面に塗布した紙等が挙げられる。
流路2の高さ寸法が粒子21の直径の1倍よりも小さいと、粒子21を流路2においてスムーズに流すことが難しくなってしまう。一方、流路2の高さ寸法が粒子21の直径の100倍よりも大きいと、流路2のうちマイクロウェルアレイ4の開口面6から過度に離れた領域で粒子21が流れる場合があり、その結果、粒子21がウェル3に収容され難くなってしまう。
次に、本実施形態に係る粒子の収容方法及び封入方法に用いる粒子21について説明する。
粒子21は、バイオマーカーなどの等の検出対象を捕捉可能なものであればよい。粒子21としては、ビーズ、磁性ビーズ、エクソソームなどが挙げられる。粒子21の表面には、検出対象を捕捉可能な有機物質や無機物質が付着又は結合していてもよい。有機物質としては、プラスチック、ストレプトアビジン、カルボキシル基、アビジン、アミノ基、糖鎖、糖たんぱく質、核酸からなる群から選択された1つ又は複数の物質を含むものが挙げられる。無機物としては、鉄、銅などの金属等が挙げられる。
粒子21の直径が0.1μmよりも小さいと、粒子21を光学的に検出、観察することが難しくなってしまう。すなわち、粒子21の直径が0.1μm以上であれば、粒子21を容易に光学的に検出、観察できる。
粒子21の直径が10μmよりも大きいと、マイクロウェルアレイ4のアレイのサイズも大きく設定する必要がある。このため、同一数のウェル3を有するマイクロウェルアレイ4のサイズが過度に大きくなってしまい、マイクロウェルアレイ4の製造コスト(特に材料コスト)が高くなってしまう。すなわち、粒子21の直径が10μm以下であれば、マイクロウェルアレイ4の製造コストを抑えることができる。
次に、本実施形態に係る粒子の収容方法について説明する。
粒子の収容方法では、図7に示すように、前述した粒子21が含まれる粒子含有流体20を用いる。粒子含有流体20は、溶媒流体22に、多数の粒子21を分散し、さらに、検出対象を検出するための検出試薬を含ませたものである。
粒子含有流体20に含まれる粒子21には、検出対象が結合されていてもよい。検出対象は、任意のものであってよいが、例えばバイオマーカーであってもよい。バイオマーカーとしては、例えばDNAやRNA等の核酸、タンパク質などが挙げられる。
粒子21が親水性である場合、溶媒流体22として親水性の液体を選択するとよい。親水性の液体としては、例えば、水、親水性アルコール、親水性エーテル、ケトン、ニトリル系溶媒、ジメチルスルホキシド(DMSO)からなる群から選択された1つ又は複数を含むものが挙げられる。
粒子21が疎水性である場合、溶媒流体22として疎水性の液体を選択するとよい。疎水性の液体としては、例えば、オイル、疎水性アルコール、液化炭化水素からなる群から選択された1つ又は複数を含むものが挙げられる。
このように粒子含有流体20が流路2において流れることで、粒子21が一部のウェル3に入り込む。
粒子含有流体20の溶媒流体22が液体である場合には、吸い上げ工程後の状態において吸い上げに用いない他の貫通孔15に粒子含有流体20が残るように、吸い上げ工程を実施してもよい。この場合、吸い上げ工程を実施しても、吸い上げの際に気体が流路2に入り込むことを防止できる。
粒子含有流体20の溶媒流体22が液体である場合、上記した収容方法では、例えば、最後に注入工程を実施してもよい。この場合、収容方法が完了した後の状態において、流路2を確実に粒子含有流体20で満たすことができ、流路2に気泡が残ることを好適に抑制できる。
この場合、静置工程において溶媒流体22中に浮遊する粒子21に重力(又は浮力)が作用することで、粒子21をウェル3に収容することができる。したがって、収容方法が静置工程を含む場合には、静置工程を含まない場合と比較して、粒子21をより多くのウェル3に収容することができる。
静置工程における所定時間(静置時間)は、例えば3秒以上900秒以下であるとよい。3秒以上である理由は、流路2内の粒子含有流体20の対流を抑えて粒子21をウェル3に沈降させやすくするためである。900秒以下が良い理由は、900秒より長く静置すると、単位時間あたりに粒子21が入るウェル3の数が減るためである。
外力が遠心力である場合、外力付与工程は、例えば注入工程や吸い上げ工程の後に実施してもよい。より具体的に、外力付与工程は、例えば、注入工程とその後の吸い上げ工程との間や、吸い上げ工程とその後の注入工程との間に実施してもよい。すなわち、外力付与工程は、粒子含有流体20を流路2において1回流すごとに実施してもよい。また、外力付与工程は、最後の注入工程(又は吸い上げ工程)の後に実施してもよい。
また、外力が磁力である場合、粒子21は磁性ビーズ等のように磁性を有していればよい。この場合、外力付与工程は、例えば注入工程と吸い上げ工程との間に実施してもよいし、注入工程や吸い上げ工程の最中に実施してもよい。また、外力付与工程は、最後の注入工程(又は吸い上げ工程)の後に実施してもよい。
収容方法が外力付与工程を含む場合、外力付与工程を含まない場合と比較して、粒子21をより多くのウェル3に収容することができる。
液体注入工程においては、例えば粒子無し流体23を注入した後に、ウェル3内に残っている空気を抜く脱気工程を実施してもよい。
例えば、流路2における粒子含有流体20や粒子無し流体23の流速が0.4mm/secよりも小さい場合には、粒子含有流体20や粒子無し流体23が流路2全体に行き渡らない可能性が高まり、その結果として流路2中に気体(気泡)が残る場合がある。これに対し、粒子含有流体20や粒子無し流体23の流速が0.4mm/sec以上である場合には、流路2に気泡が残ることを好適に抑制することができる。
例えば、流路2における粒子含有流体20の流速が25mm/secよりも大きい場合には、粒子含有流体20に含まれる粒子21がウェル3に収容され難くなる。また、ウェル3内の粒子21が粒子含有流体20の流れによってウェル3から抜け出してしまう可能性が高くなる。これに対し、粒子含有流体20の流速が25mm/sec以下である場合には、粒子含有流体20に含まれる粒子21がウェル3に収容され易くなり、また、ウェル3内の粒子21が粒子含有流体20の流れによってウェル3から抜け出すことも好適に抑制できる。
本実施形態では、上記した粒子の収容方法の後に、図11,12に示すように、粒子含有流体20の上層に封止液24の層を形成させ、ウェル3に収容された粒子21を溶媒流体22及び検出試薬と共にウェル3に封入する粒子の封入方法を実施する。
粒子21や溶媒流体22が親水性である場合、封止液24として疎水性の溶液を選択するとよい。疎水性溶液としては、例えば、飽和炭化水素、不飽和炭化水素、芳香族炭化水素、シリコンオイル、パーフルオロカーボン、ハロゲン系溶媒からなる群から選択された1つ又は複数を含むものが挙げられる。
粒子21や溶媒流体22が疎水性である場合、封止液24として親水性の溶液を選択するとよい。親水性溶液としては、例えば、水、親水性アルコール、親水性エーテル、ケトン、ニトリル系溶媒、ジメチルスルホキシド(DMSO)、及びN,N−ジメチルホルムアミド(DMF)からなる群から選択された1つ又は複数を含むものが挙げられる。親水性アルコールとしては、例えばメタノールやエタノールなどが挙げられる。
また、粒子含有流体20が検出試薬を含むことで、粒子21がウェル3に収容されると同時に検出試薬もウェル3に収容される。このため、粒子21に結合した検出対象と検出試薬とを確実に反応させることができる。すなわち、検出対象を確実に検出することができる。
また、液体である粒子含有流体20の流速を25mm/sec以下とした場合には、粒子含有流体20を流路2において流す際に、粒子21がウェル3に収容されやすくなる。すなわち、粒子21をより多くのウェル3に収容することができる。また、ウェル3内の粒子21が粒子含有流体20の流れによってウェル3から抜け出すことも好適に抑制できる。
また、流路2の高さ寸法を粒子21の直径の100倍以下とした場合には、流路2のうちマイクロウェルアレイ4の開口面6から過度に離れた領域において粒子21が流れることを抑制できるため、より多くのウェル3に粒子21を収容することができる。
まず、粒子含有流体20をマイクロ流体デバイス1の流路2において複数回流すことの優位性について検討した(検討1)。検討1では、以下のマイクロ流体デバイス1、粒子含有流体20、粒子無し流体23、封止液24を用いた。
検討1で用いたマイクロ流体デバイス1のマイクロウェルアレイ4は、以下のように作製した。
まず、マイクロウェルアレイ4の底部層11として厚さ0.5mmのガラス板を準備した。
次いで、底部層11の一方の面に、無色透明で自家蛍光が低く抑えられた熱硬化樹脂(旭硝子社製のCYTOP)からなる壁部層12を形成した。壁部層12を形成する際には、はじめに、底部層11の一方の面に、熱硬化樹脂をスピンコートにより塗布し、180℃で1時間ベークして硬化させた。硬化後における熱硬化樹脂(壁部層12)の厚さは3μmだった。次いで、熱硬化樹脂上にポジ型のフォトレジストを塗布し、フォトマスクを用いてフォトレジストに壁部層12の複数の開口孔に対応する微小孔のパターンを形成した。その後、O2(酸素)プラズマによって熱硬化性樹脂をドライエッチングした。これにより、壁部層12に複数の開口孔(マイクロウェルアレイ4のウェル3)が形成された。最後に、アセトン及びエタノールによって熱硬化樹脂の表面を洗浄、リンスし、フォトレジストを除去した。
ウェル3は、横方向(図3において左右方向)に間隔をあけて複数並べた。横方向に隣り合うウェル3同士の間隔S1は5μmとした。また、横方向に並んだ複数のウェル3からなる横配列ウェル群30を、縦方向(図3において上下方向)に複数並べた。第一横配列ウェル群30Aのウェル3と、第一横配列ウェル群30Aに隣り合う第二横配列ウェル群30Bのウェル3とは、横方向においてこれらのウェル3の中心間距離S2が5μmとなるように、かつ、縦方向においてこれらのウェル3の中心間距離S3が8.5μmとなるように配した。
以上により、マイクロ流体デバイス1の作製を完了した。
検討1では、粒子含有流体20の粒子21として、直径3μmの磁性ビーズの表面をストレプトアビジンでコーティングしたもの(具体的には、JSR株式会社製のMagnosphere(登録商標) MS300/Streptavidin(容量2ml、品番MSP―S300―SAJSR))を用いた。
また、検討1では、粒子含有流体20の溶媒流体22として、SIGMA―ALDRIC社製の塩化マグネシウム(MgCl2)、SIGMA―ALDRIC社製のTween20、及び、AXYGEN社製のMOPS pH7.9、Lonza社製のMolecular Biology Grade Water(以下「DW」と呼ぶ)を含むものを用いた。
はじめに、磁性ビーズが含まれるビーズ溶液(Magnosphere(登録商標) MS300/Streptavidin)をボルテックスミキサーで撹拌して磁性ビーズを分散させた後、磁性ビーズが1×106個含まれているビーズ溶液をピペットマンによりマイクロチューブに分注した。次いで、マイクロチューブを磁気スタンドに1分間セットして、磁性ビーズをマイクロチューブ内で集め、ビーズ溶液の上清をマイクロチューブから取り除いた。その後、マイクロチューブにTE bufferを1μl加え、調製用ビーズ溶液を調製した。
そして、20μlから1μl減らした19μlの上記溶媒流体22に、調製用ビーズ溶液を1μl加えることで、20μlの粒子含有流体20(磁性ビーズ:5×104個/μl)を調製した。
また、検討1では、検出対象としてヒトゲノム上にある遺伝子T790、及び、検出試薬としてインベーダー(登録商標)反応試薬(1μM インベーダープローブ、1μM アレルプローブ、2μM FRETプローブ、1000U/μl cleavase)を、上記の粒子含有流体20に加えた。
検討1では、粒子無し流体23として、前述した粒子含有流体20の溶媒流体22を用いた。
検討1では、封止液24として、SIGMA社製のFluorinert(登録商標)FC40を用いた。
検討1では、上記したマイクロ流体デバイス1及び粒子含有流体20を用い、粒子21をマイクロ流体デバイス1のウェル3に収容する粒子の収容方法を、以下のように実施した。
はじめに、図5〜10に示すように、流路2における粒子含有流体20、粒子無し流体23、封止液24の流れ方向が水平方向となるように、また、ウェル3の開口が鉛直方向において上側を向くように、マイクロ流体デバイス1を配置した。
検討1では、上記した収容方法の後に、ウェル3に収容された粒子21を溶媒流体22及び検出試薬と共にウェル3に封入する粒子の封入方法を実施した。
検討1の封入方法では、図11,12に示すように、封止液24を、マイクロ流体デバイス1の第一貫通孔15Aから流路2に100μl注入し、流路2を封止液24で満たした。すなわち、流路2内の粒子含有流体20を封止液24に置換した。封止液24は、注入を開始してから流路2が封止液24で満たされるまで30秒程度かかるように、流路2に注入した。注入する際には、流路2に存在していた粒子21(ウェル3に収容されなかった粒子21)を排出した。
最後に、ウェル3の開口が鉛直方向において上側を向くようにマイクロ流体デバイス1を配置した状態で1分間静置した。これにより、検討1での粒子の封入方法を完了した。
検討1では、上記した粒子の収容方法において、粒子含有流体20の注入を4回、吸い上げを3回実施することで、粒子含有流体20を流路2において7回流した後、20秒間静置したもの(実施例1)を用意した。実施例1では、粒子の収容方法の実施後に、上記した粒子の封入方法を実施した。
また、検討1では、比較例として、上記した粒子の収容方法において、粒子含有流体20の注入を1回実施することで、粒子含有流体20を流路2において1回流した後、ウェル3の開口が鉛直方向において上側を向くようにマイクロ流体デバイス1を配置した状態で1分間静置したもの(比較例1)、15分間静置したもの(比較例2)、30分間静置したもの(比較例3)の3種類を用意した。比較例1〜3では、実施例1と同様に、粒子の収容方法の実施後に、上記した粒子の封入方法を実施した。
検討1では、上記した実施例1及び比較例1〜3について、マイクロ流体デバイス1のマイクロウェルアレイ4側から顕微鏡(KEYENCE社製)で観察した。観察した箇所は、ウェル形成領域8のうち同一のウェル区画80(1万個のウェル3が形成された領域)とした。観察箇所を撮影した画像を図13〜16に示す。各画像においては、粒子21が黒い点として現れた。
そして、検討1では、実施例1及び比較例1〜3について、図13〜16の各画像を基に、粒子21が入ったウェル3の数を数えた。その結果を図17の表に示す。
比較例1〜3のように、粒子含有流体20を流路2において1回だけ流す場合には、粒子21が入るウェル3の数を増やすために、粒子含有流体20を流した後に長時間静置する必要がある。
これに対し、実施例1のように、粒子含有流体20を流路2において複数回流す場合には、粒子含有流体20を流した後の静置時間が短くても、より多くのウェル3に粒子21を入り込ませることができる。すなわち、粒子含有流体20を流路2において複数回流すことで、短時間で効率よく、多くのウェル3に粒子21を入り込ませることができる。
次に、粒子含有流体20をマイクロ流体デバイス1の流路2において流した回数と、粒子21が入ったウェル3の数との関係について検討した(検討2)。
検討2では、検討1と同様のマイクロ流体デバイス1、粒子含有流体20、粒子無し流体23、封止液24を用い、検討1と同様の粒子の収容方法、及び、粒子の封入方法を実施した。
検討2では、これら5種類のパターンについて、検討1と同様に、顕微鏡によってマイクロ流体デバイス1のマイクロウェルアレイ4側からウェル形成領域8の同一のウェル区画80を観察、撮影した。5種類のパターンについて撮影した画像を図18〜22に示す。各画像においては、粒子21が黒い点として現れた。
そして、検討2では、5種類のパターンについて、図18〜22の各画像を基に、粒子21が入ったウェル3の数、及び、粒子21が1個のみ入ったウェル3の数を数えた。その結果を図23,24に示す。図23は、粒子含有流体20を流路2において流した回数と、粒子21が入ったウェル3の数との関係を示すグラフである。図24は、粒子含有流体20を流路2において流した回数と、粒子21が入ったウェル3の数N(総収容ウェル数N)、粒子21が1個のみ入ったウェル3の数M(1個収容ウェル数M)、及び、これらの比(M/N)との関係を示す表である。
バイオマーカー等の検出対象を測定する方法としてデジタルカウント法を採用する場合には、各ウェル3に粒子21が1個だけ入ることが好ましい。このため、粒子含有流体20を流す回数を調整し、粒子21が1個のみ入ったウェル3の数を増やすことは有効である。
2 流路
3 ウェル
4 マイクロウェルアレイ
5 蓋部材
15 貫通孔
20 粒子含有流体
21 粒子
22 溶媒流体
23 粒子無し流体
24 封止液
Claims (8)
- 複数のウェルが開口するマイクロウェルアレイと、前記マイクロウェルアレイ上に流路を形成するように配置され、第一貫通孔および第二貫通孔を有する蓋部材と、を備えるマイクロ流体デバイスに粒子を収容する粒子の収容方法であって、
溶媒流体、多数の粒子及び検出試薬を含む粒子含有流体を前記第一貫通孔から注入し、前記流路および前記ウェル内に満たした上で前記第二貫通孔に到達させる注入工程と、
前記注入工程の後に、前記第二貫通孔内に前記粒子含有流体を残しつつ前記第一貫通孔から前記粒子含有流体を吸い上げる吸い上げ工程と、
を含み、
前記溶媒流体が液体である、
粒子の収容方法。 - 前記粒子の比重が、前記溶媒流体の比重と異なる請求項1に記載の粒子の収容方法。
- 前記吸い上げ工程の後に、所定時間静置する請求項2に記載の粒子の収容方法。
- 前記吸い上げ工程の後に、前記粒子が前記ウェルに向かうように遠心力を付与する請求項1から請求項3のいずれか一項に記載の粒子の収容方法。
- 前記粒子が磁性を有し、
前記粒子が前記ウェルに向かうように磁力を付与する磁力付与工程をさらに含む、
請求項1から請求項4のいずれか一項に記載の粒子の収容方法。 - 前記溶媒流体を液体とし、
前記流路において前記粒子含有流体を流す流速を、0.4mm/sec以上25mm/sec以下とする請求項1から請求項5のいずれか一項に記載の粒子の収容方法。 - 前記ウェルが開口する面に直交する方向における前記流路の高さ寸法が、前記粒子の直径の1倍よりも大きく100倍以下である請求項1から請求項6のいずれか一項に記載の粒子の収容方法。
- 請求項1から請求項7のいずれか一項に記載の粒子の収容方法の後に、液体である前記溶媒流体を含む前記粒子含有流体と混ざり合わない封止液を前記流路に流して、前記粒子含有流体の上層に封止液の層を形成させ、前記粒子を前記溶媒流体及び前記検出試薬と共に前記ウェルに封入する粒子の封入方法。
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