JP6152156B2 - 融合分子及びil−15変異体 - Google Patents
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Description
本出願は、2007年5月11日に出願された米国仮出願第60/928,900号の優先権を主張するものであり、その全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
1.1 本出願に対する研究支援は、保健社会福祉省(the Department of Health and Human Services)長官によって代表されるアメリカ合衆国によって行われた。
別の態様では、本発明は、上記の態様及び実施形態のいずれかに記載された可溶性融合タンパク質複合体又はIL−15変異体の有効量を哺乳動物に投与することを含有している、哺乳動物における免疫応答を抑制する方法を特徴とする。
すなわち、本発明は、以下の(1)から(12)に関する。
(1)配列番号1で表される成熟型ヒトIL−15(hIL−15)のアミノ酸配列の61位におけるDからAへの置換又は72位におけるNからRへの置換を含有してなるhIL−15変異体であって、当該hIL−15変異体が、天然型hIL−15ポリペプチドと比較して、IL−15RβγC受容体に対して低下した結合活性を有する、単離されたhIL−15変異体。
(2)hIL−15変異体がIL−15のアンタゴニストとして機能する、前記(1)に記載の単離されたhIL−15変異体。
(3)配列番号1で表される成熟型ヒトIL−15(hIL−15)のアミノ酸配列の72位におけるNからDへの置換を含有してなるhIL−15変異体であって、当該hIL−15変異体が、天然型hIL−15ポリペプチドと比較して、IL−15RβγC受容体に対して増加した結合活性を有する、単離されたhIL−15変異体。
(4)hIL−15変異体がIL−15のアゴニストとして機能する、前記(3)に記載の単離されたhIL−15変異体。
(5)アミノ酸の置換が、IL−15RβγCと又はIL−15Rβ及びγCの両者と相互作用するIL−15のドメインにおける置換である、前記(1)〜(4)の何れかに記載の単離されたhIL−15変異体。
(6)前記(1)〜(4)の何れかに記載のhIL−15変異体をコードする核酸。
(7)前記(6)に記載の核酸を含有してなる、DNAベクター。
(8)前記(7)に記載のDNAベクターを含有してなる、宿主細胞。
(9)前記(1)〜(5)の何れかに記載のhIL−15変異体を製造する方法であって、方法が、hIL−15変異体を発現させるのに十分な条件下で前記(8)に記載の宿主細胞を培養することを含有していて、それによってhIL−15変異体を製造する、方法。
(10)さらに、hIL−15変異体を精製することを含有している、前記(9)に記載の方法。
(11)前記(3)に記載のIL−15変異体を含有してなる、哺乳動物における免疫応答を刺激するための医薬組成物。
(12)前記(1)に記載のIL−15変異体を含有してなる、哺乳動物における免疫応答を抑制するための医薬組成物。
さらに、本発明は、以下の(13)から(21)に関する。
(13)少なくとも二つの可溶性融合タンパク質を含有する可溶性融合タンパク質複合体であって、
第一の融合タンパク質が、(a)第一の抗体又はその機能的断片であって、(b)インターロイキン15(IL−15)ポリペプチド又はその機能的断片に共有結合しているポリペプチドを含有してなり、
第二の融合タンパク質が、(c)第二の抗体又はその機能的断片であって、(d)可溶性インターロイキン15受容体α鎖(IL−15Ra)ポリペプチド又はその機能的断片に共有結合しているポリペプチドを含有してなり、
第一の融合タンパク質のIL−15ドメインが第二の融合タンパク質の可溶性IL−15Raドメインに結合して可溶性の融合タンパク質複合体を形成し、抗体が特定の抗原の認識について特異的であり、抗体が単鎖抗体又は単鎖Fvである、
可溶性融合タンパク質複合体。
(14)抗体ドメインに対する抗原が、細胞表面受容体又はリガンドを含有してなる、前記(13)に記載の可溶性融合タンパク質複合体。
(15)抗原が、CD抗原、サイトカイン又はケモカインの受容体又はリガンド、増殖因子の受容体又はリガンド、組織因子、細胞接着分子、MHC/MHC様分子、FC受容体、Toll−様受容体、NK受容体、TCR、BCR、陽性/陰性共刺激受容体又はリガンド、細胞死受容体又はリガンド、腫瘍関連抗原、又はウイルスコード抗原を含有してなる、前記(14)に記載の可溶性融合タンパク質複合体。
(16)単鎖抗体が、ポリペプチドリンカー配列によって、免疫グロブリン重鎖可変ドメインに共有結合している免疫グロブリン軽鎖可変ドメインを含有してなる、前記(13)に記載の可溶性融合タンパク質複合体。
(17)IL−15ポリペプチドが、天然型IL−15配列と比較して、少なくとも1つのアミノ酸の変化、成熟型ヒトIL−15配列(配列番号:1)の8位、61位、65位、72位、92位、101位、108位、又は111位における1個又はそれ以上のアミノ酸の置換又は欠失、成熟型ヒトIL−15配列の8位におけるDからN又はAへの置換、61位におけるDからAへの置換、65位におけるNからAへの置換、72位におけるNからDへの置換、72位におけるNからRへの置換、又は108位におけるQからAへの置換、又はこれらの置換を組み合わせたものを含有してなるIL−15変異体である、前記(13)に記載の可溶性融合タンパク質複合体。
(18)前記(13)〜(17)の何れかに記載の第一の融合タンパク質又は第二の融合タンパク質をコードする、核酸。
(19)前記(18)に記載の核酸を含有してなる、DNAベクター。
(20)前記(13)〜(17)の何れかに記載の可溶性融合タンパク質複合体を含有してなる、哺乳動物において免疫応答を刺激する又は抑制するための医薬組成物。
(21)前記(13)〜(17)の何れかに記載の第一の融合タンパク質をコードする核酸、及び前記(13)〜(17)の何れかに記載の第二の融合タンパク質をコードする核酸を含有してなる、DNAベクター。
以下の定義は、以下の説明において使用される特定の用語に対するものである。
作用で生じ得るエネルギー量を制限する可能性がある。一方、MHCらせんにエネルギーを向けることによってTCRの親和性を高めると、おそらく負の選択過程でチミン欠失が生じると思われる[Bevan, M.J. (1997) Immunity 7:175-178]。「TCR」という用語には、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、ヒト化、ヘテロ二量体、及び単鎖のT細胞受容体又はそれらの機能性断片が包含され、TCRのVαドメイン及びVβドメインを含有する分子などがある。また、「TCR」という用語には、例えば、「T CELL RECEPTOR FUSIONS AND CONJUGATES AND METHODS OF USE THEREOF」と題する、2008年3月19日出願の米国特許仮出願及び米国特許公報US 2003 01−44474A1に開示されているT細胞受容体も包含される。
T細胞は、他の免疫細胞型(多形核細胞、好酸球、好塩基球、マスト細胞、B細胞、NK細胞)と共に免疫系の細胞成分を構成する細胞のサブグループである。生理条件下で、T細胞は、免疫監視及び外来抗原の排除において機能を果たす。しかし、病的条件下では、T細胞が病気の原因及びその伝播において主要な役割を果たしているという有力な証拠が存在する。これらの疾患においては、中枢であろうと末梢であろうと、T細胞の免疫寛容の崩壊が自己免疫疾患を引き起こす基本的な過程である。
本発明に係る可溶性融合タンパク質及び結合分子複合体は、少なくとも2つの可溶性融合タンパク質を含有するが、ここで、第一の融合タンパク質は、インターロイキン15(IL−15)又はその機能的断片に共有結合している第一の生物活性ポリペプチドを含み、かつ、第二の融合タンパク質は、可溶性インターロイキン15受容体α(IL−15Ra)ポリペプチド又はその機能的断片に共有結合している第二の生物活性ポリペプチドを含み、第一の融合タンパク質のIL−15ドメインが、第二の融合タンパク質の可溶性IL−15Raドメインに結合して可溶性の融合タンパク質複合体を形成している。
本発明に係る融合複合体は、好ましくは、IL−15ドメイン又はIL−15Rαドメインと生物活性ポリペプチドとの間に置かれる可動性リンカー配列も含有する。リンカー配列は、IL−15ドメイン又はIL−15Rαドメインに対して生物活性ポリペプチドを効果的に配置して、この両ドメインが機能的に活性を発揮できるようにすることを可能にするはずである。生物活性ポリペプチドがTCRである態様では、リンカー配列は、TCR分子結合溝を、T細胞受容体がMCH−ペプチド複合体の提示を認識して、エフェクター分子を所望の部位に送達できるように配置する。エフェクター分子をうまく提示できると、T細胞を培養して増殖させ、このT細胞を本発明に係るTCR融合複合体と接触させて、TCR融合複合体が細胞のさらなる発生を抑制できるか否かを評価するという一連の工程を含有するインビトロアッセイ法など、下記に開示されているアッセイ法によって測定しながら、T細胞の増殖を誘導又は阻害したり、特定の部位に対する免疫応答を開始又は抑制したりするよう細胞の活性を調節することができる。
核酸
本発明は、さらに、本発明の融合タンパク質をコードする核酸配列、特にDNA配列を提供する。好ましくは、DNA配列は、ファージ、ウイルス、プラスミド、ファージミド、コスミド、YAC、又はエピソームのような、染色体外での複製に適したベクターによって担持されている。特に、所望の融合タンパク質をコードするDNAベクターを用いて、本明細書に記載される調製法を促進させることができ、また、有意な量の融合タンパク質を得ることができる。このDNA配列は、適当な発現ベクター、すなわち、挿入されたタンパク質コード配列の転写及び翻訳に必要な要素を含有するベクターの中に挿入することができる。さまざまな宿主−ベクター系を利用して、タンパク質コード配列を発現させることができる。これらは、ウイルス(例えば、ワクシニアウイルス、アデノウイルスなど)に感染した哺乳動物細胞系;ウイルス(例えば、バキュロウイルス)に感染した昆虫細胞系;酵母ベクターを含有する酵母などの微生物、又は、バクテリオファージDNA、プラスミドDNA、又はコスミドDNAで形質転換された細菌などである。利用する宿主−ベクター系に応じて、数ある適当な転写因子及び翻訳因子のいずれかを使用することができる。一般に、Sambrook et al., supra、及びAusubel et al., supra を参照されたい。
多くの方策を用いて、本発明に係るタンパク質融合複合体を発現させることができる。例えば、制限酵素を使用して、構築物を挿入するための切れ目をベクターに入れて、その後ライゲーションするなど、公知の方法によって、上記のTCR遺伝子融合構築物を適当なベクターに組み込むことができる。そして、TCR融合ペプチドを発現させるために、遺伝子構築物を含有するベクターを適当な宿主に導入する。一般に、Sambrook et al., supraを参照されたい。適当なベクターの選択は、クローニング手順に関係した因子に基づいて、経験的に行うことができる。例えば、ベクターは、使用されている宿主に適合し、その宿主にとって適正なレプリコンを有する必要がある。さらに、ベクターは、発現させようとするTCR融合複合体をコードするDNA配列を収容できるものでなければならない。適当な宿主細胞には、真核細胞及び原核細胞が含まれるが、好ましくは、簡単に形質転換することができ、かつ培養培地の中で迅速な増殖を示す細胞である。特に好適な宿主細胞は、大腸菌(E. coli)、枯草菌(Bacillus subtillus)などの原核生物、及び動物細胞及び酵母菌系などの真核生物、例えば、出芽酵母(S. cerevisiae)などである。哺乳動物細胞が一般的には好適であり、特に、J558、NSO、SP2−O、又はCHOが好適である。その他の適当な宿主には、例えば、Sf9などの昆虫細胞が含まれる。通常の培養条件を用いる。Sambrook et al., supraを参照されたい。そして、安定した形質転換細胞株又は形質移入細胞株を選択することができる。公知の方法によって、本発明に係るTCR融合複合体を発現する細胞を決定することができる。例えば、免疫グロブリンに結合したTCR融合複合体の発現は、結合している免疫グロブリンに特異的なELISAによって、及び/又は免疫ブロッティングによって確認することができる。IL−15ドメイン又はIL−15Raドメインに結合したTCRを含有する融合タンパク質の発現を検出する別の方法が、実施例に開示されている。
治療法
本発明は、患者において、疾患細胞が病気関連抗原を発現する病気を予防又は治療する方法を包含していて、方法は:病気関連抗原を認識する生物活性ポリペプチドを含有する可溶性融合タンパク質複合体を患者に投与すること、抗原を発現する病気細胞と、IL−15Rを発現する免疫細胞の間に、免疫細胞を局在化させるのに十分な特異的結合複合体(架橋)を形成させること、及び疾患細胞を損傷又は死滅させて、患者の病気を予防又は治療することを含有する。
特定のpMHCリガンドに特異的な高親和性又は多価のTCRタンパク質は、その特定のpMHCに関連した病気を患っていると考えられるヒトなどの動物を診断するのに有用である。本発明に係る融合タンパク質複合体は、新生物形成症、異常タンパク質、自己免疫疾患、又は細菌、真菌、ウイルス、原生生物、酵母、線虫、もしくはその他の寄生生物による感染又は侵入に関連した抗原を含有するが、これらに限定されない、本質的にはあらゆる抗原を検出するのに有用である。
本発明に係る化合物の投与は、経口、局所(経皮、頬側、舌下など)、経鼻、及び非経口(腹腔内注射、皮下注射、静脈注射、皮内注射、又は筋肉内注射など)など、さまざまな適当な経路で行うことができるが、経口又は非経口が、通常は好適である。また、当然ながら、好適な投与法及び投薬量は、例えば、服用者の状態及び年齢によって異なる可能性がある。
当然のことながら、本発明は、以下に記載する実施例に限定されるものと解されるべきではなく、本明細書に記載されたあらゆる適用、及び当業者が適宜なし得る等価な改変もすべて含有するものと解されるべきである。
IL−15は、IL−15Rαの細胞外ドメインに安定的に結合し、その結果生じた複合体は、中程度の親和性又は高親和性のIL−15R複合体を介して免疫応答を調節(すなわち、刺激又は阻止)することができるということが確認されている(1〜4)。また、単鎖TCR又は抗体ポリペプチドが、サイトカイン及び他の免疫エフェクタードメインと融合することができ、そのような二重特異性分子が、両方の融合ドメインの機能活性を保持していることが明らかにされている(5〜8)。さらに、多価型のTCRは、それらのリガンドへの結合を促進できることが示されている(9)。従って、本発明の特性は、第一のTCRポリペプチドがIL−15に融合している、少なくとも1つの融合タンパク質と、第二のTCRポリペプチドがIL−15Rαの細胞外ドメインに融合している、少なくとも1つの融合体とが、IL−15ドメインとIL−15Rαドメインの間の結合相互作用によって複合体を形成している、2つの融合タンパク質を含有する融合タンパク質複合体を提供する。このような融合タンパク質複合体において、TCRポリペプチドは、同じものであっても、異なったものであってもよく、また、単鎖であってもヘテロ二量体の形であってもよい。
p53(aa264−272)−特異的TCRに関するTCR遺伝子の単離及び特徴については既に記載されている(5〜7)。ヒトのIL−15遺伝子及びIL−15Rα遺伝子を得るために、ドナー(ロット番号:2238789、Community Blood Bank, Miami, FL)の200mLの血液から、HISTOPAGUE−1077(Sigma)を用いてヒトのPBMCを単離した。細胞(1.5×107)を、10%FBSを含有するIMDM中30ng/mlのPMA(Sigma)、200ng/mlのイオノマイシン、及び220ng/mlの組換えヒトIL2によって、CO2インキュベータ内にて10日間活性化した。活性化した細胞(1×107/mL)を、さらなる使用に備えて−70℃で凍結した。活性化PBMCから全RNAを精製するために、RNEASY PLUS MINI(Qiagen)を製造業者の手順に従って使用した。この全RNAから、前方プライマーとして、
5’−CACCTTGCCATAGCCAGCTCTTC−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−GTCTAAGCAGCAGAGTGATGTTTG−3’を用いて、SUPERSCRIPT IIIワンステップRT−PCRプラチナタグHiFi(Invitrogen)によって、以下の条件に従って、コーディング領域、並びに5’側及び3’側の隣接領域の一部を含有するヒトIL−15遺伝子を増幅した:RTには、55℃にて30分間;94℃にて2分間;cDNA増幅には、94℃にて30秒間;53℃にて30秒間;68℃にて1分間;×40サイクル;68℃にて5分間。600bpのヒトIL−15のPCR−cDNA産物を、1%アガロースゲル上で電気泳動によって分離し、単離した。このcDNA産物を、Qiaquickゲル抽出キット(Qiagen)を用いてアガロースから精製した。この600bpのヒトIL−15のcDNAから、前方プライマーとして、
5’−TGGTTAACAACTGGGTGAATGTAATAAGTG−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−ACGCGTTTATCAAGAAGTGTTGATGAACATTTGGAC−3’を用いて、PfuUltra(Stratagene)によって、以下のPCR条件下で成熟ヒトIL−15タンパク質の遺伝子を増幅した:94℃にて1分間;63℃にて1分間;72℃にて1分間;×35サイクル;72℃にて10分間。成熟ヒトIL−15タンパク質の遺伝子をゲル精製してから、製造業者の手順に従いTOPO反応によって、シャトルベクターであるpcDNA3.1 Directional TOPO発現ベクター(Invitrogen)にクローニングした。前方プライマーとして、
5’−TGGTTAACAACTGGGTGAATGTAATAAGTG−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−ACGCGTTTATCAAGAAGTGTTGATGAACATTTGGAC−3’を用いた診断PCRに基づき、RedTag(Sigma)によって、以下の条件下で、成熟ヒトIL−15タンパク質遺伝子である挿入配列を含有するクローンを同定した:94℃にて1分間;63℃にて1分間;72℃にて1分間;×35サイクル;72℃にて10分間。製造業者の手順に従って、QUICK START KIT(Beckman Coulter)を用いたGenomeLab Dye Termination Cycle SequencingによるDNA塩基配列決定法によって、正しいクローンの配列を確認した。HpaI及びMluIで消化して、シャトルベクターから成熟ヒトIL−15タンパク質遺伝子を取り出して、HpaI及びMluIで消化しておいた発現ベクターpNEF38−c264scTCRにライゲーションした。pNEF38−c264scTCR発現ベクターは、p53(aa264−272)ペプチド特異的な可溶性キメラ単鎖TCRタンパク質(c264scTCR)に連結した免疫グロブリン軽鎖リーダー(又は分泌シグナル)配列をコードする遺伝子断片を含んでいる(5)。また、このベクターは、5’調節/エンハンサー領域、転写調節領域及びプロモーター領域、Kozakコンセンサス配列及びポリ−A終結領域を含有する翻訳調節/開始/終結配列、並びに推定マトリックス結合調節因子を有する3’調節領域も含んでいる。このベクターは、哺乳動物細胞(SV40プロモーター/neoR遺伝子/ポリ−A)及びバクテリア(ori/amp遺伝子)の中での選択的な増殖を可能にするDNA配列も含んでいる。成熟ヒトIL−15タンパク質をコードするDNA断片を、pNEF38−c264scTCRベクターの中にクローニングしたところ、以下の配列を含有するc264scTCR/huIL15融合遺伝子が得られた:3’−免疫グロブリン軽鎖リーダー−264 TCR V−α−ペプチドリンカー−264 TCR V−β−ヒトTCR C−β−ヒトIL−15。得られたベクター(pNEF38−c264scTCR/huIL15)が図2Aに示されているが、これは、診断PCRに基づいて同定され、DNA塩基配列決定法によって再確認されたものである。c264scTCR/huIL15融合遺伝子及びそのタンパク質の配列(リーダー配列を含有する)をそれぞれ図2Bと図2Cに示す。
pNEF38−c264scTCR/huIL15ベクターの構築は、実施例2で説明されている。3個のシステイン残基が3個のセリン残基で置換されている、ヒトIgG1のH鎖に由来する変異型ヒンジ領域を用いて、c264scTCRとhuIL15を連結させた。このヒンジ領域を、既述の264scTCR/IgGl遺伝子(7)から、前方プライマーとして、
5’−TGGTGGGTTAACGAGCCCAAATCTTCTG−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−ATTATTACGCGTTGGAGACGGTGGAGATG−3’を用いて、PfuUltra(Stratagene)によって、以下のPCR条件下で変異及び増幅させた:94℃にて30秒間;65℃にて30秒間;70℃にて1分間;×35サイクル;72℃にて10分間。この70bpの変異型ヒトIgG1ヒンジのPCR−cDNA産物を1%アガロースゲル上で電気泳動によって分離し、単離した。このcDNA産物を、Qiaquickゲル抽出キット(Qiagen)を用いてアガロースから精製した。この変異型ヒンジ領域遺伝子をHpaI及びMluIで消化し、HpaI及びMluIで消化しておいたpNEF38−c264scTCRにライゲーションした。この変異型ヒンジ領域遺伝子である挿入配列を含有するクローンを、前方プライマーとして、
5’−TGAGTGATCGATACCACCATGGAGACAGACAC−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−ATTATTACGCGTTGGAGACGGTGGAGATG−3’を用いた診断PCRに基づき、RedTag(Sigma)によって、以下の条件下で同定した:94℃にて30秒間;64℃にて30秒間;70℃にて1分間;×35サイクル;72℃にて10分間。前方プライマーとして、
5’−TGGTGGACGCGTAACTGGGTGAATG−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−TGGTGGTCTAGAATTATCAAGAAGTGTTGATG−3’を用いて、PfuUltra(Stratagene)によって、以下のPCR条件下で、実施例2に記載されたpNEF38−c264scTCR/huIL15ベクターからhuIL−15を増幅した:94℃にて30秒間;65℃にて30秒間;70℃にて1分間;×35サイクル;72℃にて10分間。この380bpのhuIL−15のPCR−cDNA産物を1%アガロースゲル上で電気泳動によって分離し、単離した。このcDNA産物を、Qiaquickゲル抽出キット(Qiagen)を用いてアガロースから精製した。このhuIL15遺伝子をMluI及びXbaIで消化し、MluI及びXbaIで消化しておいた、変異型ヒンジ遺伝子を含有するpNEF38−c264scTCRにライゲーションした。huIL−15遺伝子である挿入配列を含有するクローンを、前方プライマーとして、
5’−TGAGTGATCGATACCACCATGGAGACAGACAC−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−TGGTGGTCTAGAATTATCAAGAAGTGTTGATG−3’を用いた診断PCRに基づき、RedTag(Sigma)によって、以下の条件下で同定した:94℃にて30秒間;64℃にて2分間;70℃にて2分間;×35サイクル;72℃にて10分間。製造業者の手順に従って、QUICK START KIT(Beckman Coulter)を用いたGenomeLab Dye Termination Cycle SequencingによるDNA塩基配列決定法によって正しいクローンの配列を確認した。pNEF38−c264scTCR発現ベクターは、上記実施例2に記載されている。変異型ヒトIgG1ヒンジ領域及び成熟ヒトIL−15タンパク質をコードするDNA断片をpNEF38−c264scTCRベクターの中にクローニングしたところ、以下の配列を含有するc264scTCR−hmt−huIL15融合遺伝子が得られた:3’−免疫グロブリン軽鎖リーダー−264 TCR V−α−ペプチドリンカー−264 TCR V−β−ヒトTCR C−β−変異型ヒトIgG1ヒンジ−ヒトIL−15。得られたベクター(pNEF38−c264scTCR−hmt−huIL15)が図3Aに示されているが、これは、診断PCRに基づいて同定され、DNA塩基配列決定法によって再確認されたものである。c264scTCR−hmt−huIL15融合遺伝子及びそのタンパク質の配列(リーダー配列を含有する)をそれぞれ図3Bと図3Cに示す。
PBMCの全RNAを上記のように調製した。このPBMCの全RNAから、前方プライマーとして、
5’−AGTCCAGCGGTGTCCTGTGG−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−TGACGCGTTTAAGTGGTGTCGCTGTGCCCTG−3’を用いて、SUPERSCRIPT IIIワンステップRT−PCRプラチナタグHiFi(Invitrogen)によって、以下の条件に従って、コーディング領域、並びに5’側及び3’側の隣接領域の一部を含有するヒトIL−15Rα遺伝子を増幅した:RTには、55℃にて30分間;94℃にて2分間;cDNA増幅には、94℃にて1分間;66℃にて1分間;72℃にて1分間;×35サイクル;72℃にて5分間。970bpのヒトIL−15RαのPCR−cDNA産物を、1%アガロースゲル上で電気泳動によって分離し、単離した。このcDNAを、Qiaquickゲル抽出キット(Qiagen)を用いてアガロースから精製した。この970bpのヒトIL−15RαのcDNAから、前方プライマーとして、
5’−TGGTTAACATCACGTGCCCTCCCCCCATG−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−TGACGCGTTTAAGTGGTGTCGCTGTGCCCTG−3’を用いて、PfuUltra(Stratagene)によって、以下のPCR条件下でヒトIL−15Rαの細胞外ドメイン遺伝子を増幅した:94℃にて1分間;72℃にて2分間;×35サイクル;72℃にて10分間。ヒトIL−15Rαの細胞外ドメイン遺伝子をゲル精製してから、製造業者の手順に従い、TOPO反応によって、シャトルベクターであるpcDNA3.1 Directional TOPO発現ベクター(Invitrogen)にクローニングした。正しいヒトIL−15Rα細胞外ドメイン遺伝子である挿入配列を含有するクローンを、診断PCRに基づいて選び出し、製造業者の手順に従った、QUICK START KITを用いたGenomeLab Dye Termination Cycle SequencingによるDNA塩基配列決定法によって再確認した。この遺伝子は、ヒトIL−15RαΔE3細胞外ドメイン遺伝子であると判定された。HpaI及びMluIで消化して、シャトルベクターからヒトIL−15RαΔE3細胞外ドメイン遺伝子を取り出して、HpaI及びMluIで消化しておいたpNEF38−c264scTCRにライゲーションした。ヒトIL−15RαΔE3細胞外ドメインをコードするDNA断片を、pNEF38−c264scTCRベクターの中にクローニングしたところ、以下の配列を含有するc264scTCR/huIL−15Rα融合遺伝子が得られた:3’−免疫グロブリン軽鎖リーダー−264 TCR V−α−ペプチドリンカー−264 TCR V−β−ヒトTCR C−β−IL−15RαΔE3細胞外ドメイン。得られたベクター(pNEF38−c264scTCR/huIL−15RaDE3)は、図4Aに示されており、正しいIL−15RαΔE3細胞外ドメイン遺伝子である挿入配列を含んでいることを、診断PCRに基づいて同定して、DNA塩基配列決定法によって再確認した。c264scTCR/huIL−15RαΔE3遺伝子及びそのタンパク質の配列を、それぞれ図4Bと図4Cに示す。
PBMCの全RNAを上記のように調製した。970bpのヒトIL−15RαのcDNA(実施例3を参照されたい)から、前方プライマーとして、
5’−TGGTTAACATCACGTGCCCTCCCCCCATG−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−TTGTTGACGCGTTTATCTAATGCATTTGAGACTGG3’を用いて、PfuUltra(Stratagene)によって、以下のPCR条件下でヒトIL−15RαSushi遺伝子を増幅した:94℃にて1分間;66℃にて1分間;70℃にて1分間;×35サイクル;72℃にて10分間。ヒトIL−15RαSushi遺伝子のPCR産物をゲル精製して、HpaI及びMluIで消化した。この遺伝子を、HpaI及びMluIで消化しておいたpNEF38−c264scTCRにライゲーションした。ヒトIL−15RαSushiドメインをコードするDNA断片を、pNEF38−c264scTCRベクターの中にクローニングしたところ、以下の配列を含有するc264scTCR/huIL−15Rα融合遺伝子が得られた:3’−免疫グロブリン軽鎖リーダー−264 TCR V−α−ペプチドリンカー−264 TCR V−β−ヒトTCR C−β−ヒトIL−15RαSushi。得られたベクターは、図5Aに示されており、正しいヒトIL−15RαSushi遺伝子である挿入配列を含んでいることを、診断PCRに基づいて同定して、DNA塩基配列決定法によって再確認した。c264scTCR/huIL−15RαSushi遺伝子及びそのタンパク質の配列を、それぞれ図5Bと図5Cに示す。
pNEF38−c264scTCR/huIL15RαSushiベクターの構築は上述されている。3個のシステイン残基が3個のセリン残基で置換されている、ヒトIgG1のH鎖に由来する変異型ヒンジ領域を用いて、c264scTCRとhuIL15RαSushiを連結させた。ヒンジ領域は、上記したようにして変異、増幅、ライゲーション、及び確認を行った。前方プライマーとして、
5’−TAATAAACGCGTATCACGTGCCCTC−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−TGGTGGTCTAGATTATCATCTAATGCATTTG−3’を用いて、PfuUltra(Stratagene)によって、以下のPCR条件下で、上記のpNEF38−c264scTCR/huIL15RαSushiベクターからhuIL15RαSushiを増幅した:94℃にて30秒間;65℃にて30秒間;70℃にて1分間;×35サイクル;72℃にて10分間。この250bpのhuIL15RαSushiのPCR−cDNA産物を1%アガロースゲル上で電気泳動によって分離し、単離した。このcDNA産物を、Qiaquickゲル抽出キット(Qiagen)を用いてアガロースから精製した。このhuIL15RαSushi遺伝子をMluI及びXbaIで消化し、MluI及びXbaIで消化しておいた、変異型ヒンジ遺伝子を含有するpNEF38−c264scTCRにライゲーションした。前方プライマーとして、
5’−TGGTGGGTTAACGAGCCCAAATCTTCTG−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−TGGTGGTCTAGATTATCATCTAATGCATTTG−3’を用いて、以下の条件下で、RedTag(Sigma)によって、診断PCRに基づき、huIL−15遺伝子である挿入配列を含有するクローンを同定した:94℃にて30秒間;65℃にて1分間;70℃にて1分間;×35サイクル;72℃にて10分間。製造業者の手順に従って、QUICK START KIT(Beckman Coulter)を用いたGenomeLab Dye Termination Cycle SequencingによるDNA塩基配列決定法によって正しいクローンの配列を確認した。pNEF38−c264scTCR発現ベクターは、上記されている。変異型ヒトIgG1ヒンジ領域及びヒトIL−15RαSushiタンパク質をコードするDNA断片をpNEF38−c264scTCRベクターの中にクローニングしたところ、以下の配列を含有するc264scTCR−hmt−huIL15RαSushi融合遺伝子が得られた:3’−免疫グロブリン軽鎖リーダー−264 TCR V−α−ペプチドリンカー−264 TCR V−β−ヒトTCR C−β−変異型ヒトIgG1ヒンジ−ヒトIL−15RαSushi。得られたベクター(pNEF38−c264scTCR−hmt−huIL15RαSushi)が図6Aに示されており、診断PCRに基づいて同定して、DNA塩基配列決定法によって再確認した。c264scTCR−hmt−huIL15RαSushi融合遺伝子及びそのタンパク質の配列(リーダー配列を含む)が、それぞれ図6Bと図6Cに示されている。
本発明に係る2つの融合タンパク質を単一の宿主細胞の中で発現させるために、c264scTCR/huIL15RαSushi及びc264scTCR/huIL15をコードする遺伝子を、単一の発現ベクターにクローニングした。c264scTCR/huIL15RαSushi遺伝子は、前方プライマーとして、
5’−TGAGTGTCCGGAACCACCATGGAGACAGACAC−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−TTGTTGGCGGCCGCTTATCATCTAATGCATTTGAG−3’を用いて、以下の条件下で、PfuUltra(Stratagene)によって、実施例5に記載された鋳型から増幅した:94℃にて1分間;68℃にて1分間;72℃にて2分間;×35サイクル;72℃にて10分間。c264scTCR/huIL15RαSushi遺伝子のPCR産物をゲル精製し、BspEI及びNotIで消化し、BspEI及びNotIで消化しておいたpSUN34Rl発現ベクターにライゲーションした。pSUN34Rl発現ベクターは、目的とする遺伝子をクローニングするため、また、5’調節/エンハンサー領域、転写調節領域及びプロモーター領域、Kozakコンセンサス配列及びポリ−A終結領域を含有する翻訳調節/開始/終結配列、並びに調節因子を有するイントロン及び3’領域をクローニングするための2つの部位を含んでいる。また、このベクターは、哺乳動物細胞(SV40プロモーター/neoR遺伝子/ポリ−A)及びバクテリア(ori/amp遺伝子)の中での選択的な増殖を可能にするDNA配列も含んでいる。正しいc264scTCR/huIL15RαSushi遺伝子である挿入配列を含有するベクターを、診断PCRに基づいて同定し、DNA塩基配列決定法によって再確認した。c264scTCR/huIL15遺伝子は、前方プライマーとして、
5’−TGAGTGATCGATACCACCATGGAGACAGACAC−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−TGAGTGTTCGAATTATCAAGAAGTGTTGATGAAC−3’を用いて、以下の条件下で、PfuUltra(Stratagene)によって、実施例2に記載された鋳型から増幅した:94℃にて1分間;65℃にて1分間;72℃にて2分間;×35サイクル;72℃にて10分間。c264scTCR/huIL15遺伝子のPCR産物をゲル精製し、ClaI及びCsp45Iで消化し、ClaI及びCsp45Iで消化しておいたpSUN34Rl−c264scTCR/huIL15RαSushi発現ベクターにライゲーションした。得られたベクター(pSun−c264scTCRIL15/c264scTCRIL15RaSushi)は図7に示されており、正しいc264scTCR/huIL15遺伝子である挿入配列を含んでいることを、診断PCRに基づいて同定して、DNA塩基配列決定法によって再確認した。このベクターは、c264scTCR/huIL15RαSushi遺伝子及びc264scTCR/huIL15遺伝子の両方を含んでいる。
c264scTCR/huIL15RαΔE3融合遺伝子は、前方プライマーとして、
5’−TGAGTGTCCGGAACCACCATGGAGACAGACAC−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−TTGTTGGCGGCCGCTTATCAAGTGGTGTCGCTG−3’を用いて、以下の条件下で、PfuUltra(Stratagene)によって、実施例4に記載された鋳型から増幅した:94℃にて1分間;68℃にて1分間;72℃にて2分間;×35サイクル;72℃にて10分間。c264scTCR/huIL15RαΔE3遺伝子のPCR産物をゲル精製し、BspEI及びNotIで消化して、BspEI及びNotIで消化しておいた発現ベクターpSUN34R1にライゲーションした。正しいc264scTCR/huIL15RαΔE3遺伝子である挿入配列を含有するベクターを、診断PCRに基づいて同定し、DNA塩基配列決定法によって再確認した。実施例7に記載されたようにして、c264scTCR/huIL15遺伝子を増幅し、発現ベクターにクローニングした。得られたベクター(pSun−c264scTCRIL15/c264scTCRIL15RaDE3)は図8に示されており、正しいc264scTCR/huIL15遺伝子である挿入配列を含んでいることを、診断PCRに基づいて同定して、DNA塩基配列決定法によって再確認した。このベクターは、c264scTCR/huIL15RαΔE3遺伝子及びc264scTCR/huIL15遺伝子の両方を含んでいる。
いくつかの異なった形質転換法、形質移入法、又は形質導入法によって、発現ベクターをさまざまな宿主細胞株に導入することができる。このような方法の一つでは、CHO−K1細胞(5×104)を6ウェルプレートに播種して、CO2インキュベータ内で一晩培養した。この細胞に、TCR/IL15融合遺伝子及び/又はTCR/IL15Rα融合遺伝子を含有する5μgの発現ベクターを、10μLのMirus TransIT−LT1試薬(Mirus)を製造業者の手順に従って使用して形質移入した。形質移入した1日後に、4mg/mLのG418(Invitrogen)で細胞を選択した。G418耐性細胞を増大させ、後述するようにMACS選択を3〜5回行うことによって、TCR融合タンパク質発現細胞を濃縮した。細胞を10mMのEDTAで剥離し、10%FBS含有IMDMで1回洗浄した。細胞を再懸濁(100μL中107細胞)し、5μgのR−フィコエリトリン(PE)を結合したp53(aa264−272)/HLA−A2テトラマー試薬とともに4℃で15分間インキュベートした。細胞を1回洗浄し、抗PE抗体結合磁気ビーズ(Miltenyi Biotec)とともに4℃で15分間インキュベートした。細胞を磁気カラム(磁場内にある)に負荷し、結合しなかった細胞を洗浄用緩衝液(0.5%BSA含有PBS)で除去した。カラムを磁場から引き離した後、カラムに結合した細胞を10%FBS含有IMDMで溶出した。この方法は、産生/分泌過程での細胞表面上における可溶性融合タンパク質の一過性の提示に基づいて、融合タンパク質発現細胞の濃縮を可能にする。各濃縮工程の後に、細胞表面への融合タンパク質の結合を観測した。フローサイトメトリーによって測定した、細胞表面に結合した融合タンパク質のレベルを、ELISAによって測定した、細胞培養培地中に存在する可溶性融合タンパク質のレベルと比較した。比較の一例を図9A及び9Bに示す。この例では、pNEF38−c264scTCR/huIL15RαSushiを遺伝子移入したCHO−K1細胞を、MACSによって1〜5回濃縮して、6ウェルプレート上に播種した(1×106細胞/ウェル)。そして、24時間後、細胞を10mMのEDTAで剥離し、IMDM+10%FBSで1回洗浄し、0.6μgのPE結合p53(aa264−272)/HLA−A2四量体、又は同量の対照PE結合CMVpp65(aa495−503)/HLA−A2四量体とともに4℃で30分間染色した(2×105細胞/100μLのIMDM+10%FBS)。細胞を1回洗浄し、図9Aに示したように、細胞表面に結合した可溶性融合タンパク質のレベルをフローサイトメトリーによって分析した。また、図9Bに示したように、細胞培養培地の中に分泌される可溶性融合タンパク質のレベルも、捕捉用抗体である抗ヒトTCR Cβ抗体(BF1)、及び検出用抗体である、既述(5)のビオチン化抗ヒトTCR Cβ抗体(W4F)を用いたTCR特異的ELISAによって測定した。その結果、磁気ビーズによる濃縮工程によって、より高レベルの可溶性融合タンパク質を産生する形質転換体が得られたことが示された。そして、濃縮された形質転換細胞を、限界希釈法によって3回サブクローニングし、培養培地に分泌される可溶性融合タンパク質のレベルに基づいて(上記したELISAによって測定する)、産生細胞株をスクリーニングした。産生細胞株を、IMDM+10%FBS培地又は無血清培地内において、可溶性融合タンパク質を生成させるのに適した条件下(すなわち、フラスコ、スピナー、発酵器、バッグ、ビン)で拡張及び増殖させた。
本発明に係る可溶性融合タンパク質又は融合タンパク質複合体は、さまざまな方法を用いて、例えば、溶媒中における選択的な分配又は可溶性によって、又は、電荷、疎水性、親水性、サイズ、及び/若しくはリガンドに対する選択的若しくは半選択的な結合に基づく分離(すなわち、クロマトグラフィー)によって、宿主細胞又は細胞培養培地から精製することができる。可溶性の融合タンパク質又は融合タンパク質複合体は、適当なタンパク質折り畳み条件を用いることで、不溶性物質から作出することができる。一例では、ヒトTCR−Cβドメインを認識する抗体(BF1)を用いた親和性クロマトグラフィーによって、c264scTCR/IL15融合タンパク質を細胞培養培地から精製した。一般的には、まず、pH8.0の20mM Tris−HCl(ローディング緩衝液でBF1結合セファロース(Sepharose)を含有するカラムを平衡化し、c264scTCR/IL15融合タンパク質を含有するpH調整細胞培養培地を、2ml/分で負荷した。そして、このカラムを、5倍カラム量のローディング緩衝液で洗浄して、未結合のタンパク質を除去し、4倍カラム量の0.5Mクエン酸ナトリウム、pH4で、c264scTCR/IL15融合タンパク質を溶出した。回収した後、pH8.0の2M Tris−HClで溶出液を調整した。精製したタンパク質をPBSに入れて緩衝液を交換して、0.22μmフィルターを用いて濾過した。BF1カラムを、pH3.0の50mMグリシンHClで処理して、4℃の20%エタノール中で次の使用時まで保存した。この融合タンパク質は、イオン交換クロマトグラフィー及び/又はサイズ排除クロマトグラフィーによって、さらに精製することができた。c264scTCR/IL15融合タンパク質、c264scTCR/IL15RαSushi融合タンパク質、及びc264scTCR/IL15RαΔE3融合タンパク質を含有する細胞培養上清を、上記の方法で精製し、精製した融合タンパク質のサンプルを、還元的条件下でSDSポリアクリルアミドゲル電気泳動して、その後、クマシーブリリアントブルーで染色して分析を行った。このようなゲルの例を図10に示す。主要なタンパク質バンドは、融合タンパク質の配列から予測された正確な分子量に相当している。
IL−15は、細胞外IL−15Rαドメインに高い親和性で特異的に結合する(4)。従って、IL−15ドメイン及びIL−15Rαドメインを有する融合タンパク質の複合体を、発現細胞内、又は細胞外で未精製若しくは精製後の融合タンパク質によることを含む、さまざまな条件下で形成させることができる。一例では、等モル量の精製融合タンパク質を適当な条件下(すなわち、室温にて10分間)で混合して、融合タンパク質複合体を形成させることができる。複合体形成は、直接的結合アッセイ法、競合的結合アッセイ法、免疫沈殿法、表面プラズマ共鳴法、又は、複合体の大きさ、活性、若しくはその他の性質に基づく分析法など、さまざまな技術を用いて観測することができる。例えば、図11に示すように、サイズ排除クロマトグラフィーによって、分子量に基づいて、c264scTCR/huIL15融合タンパク質及びc264scTCR/huIL15RαSushi融合タンパク質を含有する複合体の形成を観測することができる。この検討では、分析を行うために、約100μgのc264scTCR/huIL15(0.5mg/ml)をSuperdex200HR10/30カラムに負荷した。c264scTCR/huIL15について計算された分子量は約57kDである。SECプロファイル(図11A)に基づくと、推定分子量は約98kDであり、この融合タンパク質が単量体である可能性が高いことを示唆している。同様に、約60μgのTCR/huIL15RαSushi融合タンパク質(0.3mg/ml)をSuperdexカラムに負荷した。c264scTCR/huIL15RαSushiについて計算された分子量は約52kDである。SECプロファイル(図11B)に基づくと、融合タンパク質の推定分子量は約81kDであり、ここでも、この融合タンパク質が単量体である可能性が高いことを示唆している。別のTCRによる融合タンパク質の以前のSEC分析でも、グリコシル化された融合タンパク質の単量体の計算された分子量と推定分子量との間には同様の差異が示された。c264scTCR/huIL15融合タンパク質とc264scTCR/huIL15RαSushi融合タンパク質を等モル量で混合して、約126μgの混合タンパク質(0.63mg/ml)をカラムに負荷したところ、図11Cに示したプロファイルが得られた。2つの主要ピークの分子量を推定したところ、1つは約170kDで、2つの融合タンパク質のヘテロ二量体であり、もう1つは約91kDで、これらの融合タンパク質の単量体が混合したものである可能性が高い。従って、c264scTCR/huIL15+c264scTCR/huIL15RαSushi融合タンパク質の混合調製物に170kDの分子種が出現することが、本発明に係る融合タンパク質複合体を生成できることの証しである。
上記のようにして作出された融合タンパク質複合体が、TCR特異的抗原であるp53(aa264−272)/HLA−A2.1に結合する能力について、その特徴を調べた。この抗原を提示する細胞を作出するために、HLA−A2.1陽性T2細胞に、26℃で一晩、p53(aa264−272)ペプチドを負荷してから、5×106細胞/mLを液体窒素中で保存した。ペプチドとともにインキュベートしなかったT2細胞を対照として用いる。p53ペプチド負荷T2細胞又は対照用T2細胞を融解して、1mLのIMDM+10%FBSに再懸濁した。そして、細胞(5×105/100μL)を、0.5μgの以下の融合タンパク質で室温にて30分間染色した:c264scTCR/huIL15、c264scTCR/huIL15RαSushi、c264scTCR/huIL15+c264scTCR/huIL15RαSushi複合体。細胞を、洗浄用緩衝液(0.5%BSA及び0.05%アジ化ナトリウムを含有するPBS)で1回洗浄し、100μLの洗浄用緩衝液中0.1μgのビオチン化マウスモノクローナル抗ヒトTCR Cβ抗体(BF1)によって、室温にて30分間染色した。細胞を1回洗浄してから、100μLの洗浄用緩衝液中0.5μgのR−フィコエリトリンを結合したストレプトアビジンによって、室温にて30分間染色した。フローサイトメトリーによって分析するために細胞を洗浄及び再懸濁した。図13に示すように、各々の融合タンパク質は、p53ペプチド負荷細胞を特異的に染色することができた。また、発現したc264scTCR/huIL15+c264scTCR/huIL15RαSushi融合タンパク質複合体は、T2細胞上に発現したp53(aa264−272)/HLA−A2.1複合体への多価c264scTCRドメインを介した特異的結合を増強した。特に、二量体融合タンパク質複合体は、c264scTCR/huIL15融合タンパク質又はc264scTCR/huIL15RαSushi融合タンパク質の単量体よりも、p53ペプチド負荷T2細胞を良好に染色した。これらのデータは、多量体融合タンパク質複合体の方が、これらの融合タンパク質の単量体型よりも良好な抗原認識特性をもたらすことを示唆している。
上記したように、c264scTCR/huIL15+c264scTCR/huIL15RαSushiポリペプチドは、IL−15ドメインとIL−15Rαドメインの相互作用によって複合体を形成することができ、多価の融合タンパク質複合体は、ペプチド/MHC複合体に対して増強された結合を示す。このような融合タンパク質複合体には、増強された結合活性に基づいた、抗原特異的な、又は抗原を標的とする、研究用、診断用、及び治療用の薬剤としての利点がある。融合タンパク質のIL−15/IL−15Rαドメインが、IL−15受容体を発現する細胞に結合できることも、本明細書に示されるように望ましい特性である。しかし、IL−15/IL−15Rαドメインが、IL−15受容体を発現する細胞の応答と相互作用し、及び/又はそれをもたらす能力を低下又は上昇させることが有利である適用場面がある。例えば、主要な目的が、ペプチド/MHC複合体を特異的に検出するために融合タンパク質複合体を使用することである適用場面(すなわち、研究用途及び診断用途)では、この相互作用を低下させることが望ましい可能性がある。また、治療への適用場面では、IL−15が介在する応答を低下又は上昇させることができるIL−15ドメインを含有する融合タンパク質複合体を作出することも望ましい可能性がある。この問題に取り組むために、変異解析を行って、IL−15Rαとの相互作用をもたらすことなく、IL−2/15Rβγc複合体への結合を生じさせるIL−15の残基を同定した。得られた変異体から、アンタゴニスト又はアゴニストを含有するIL−15変異体を作出することができる。本発明に係る融合タンパク質に使用するだけでなく、得られたIL−15のアンタゴニスト及びアゴニストは、研究、診断、又は治療に利用するための可溶性サイトカイン(すなわち、非融合タンパク質)として、又はIL−15Rαドメインとの複合体としての有用性も有する可能性がある。例えば、IL−15アンタゴニストは、不要な免疫応答を抑制するのに有用である可能性がある。一方では、さまざまな病気を治療するための治療法においてIL−15アゴニストを用いて、免疫応答を刺激することができる。
5’−TGGTGGACGCGTAACTGGGTGAATG−3’を、
また、断片1に対する後方プライマーとして、
5’−AGATCTTCAATTTTTTTCAAMKHACTTATTACATTCACCCAG−3’を用い、
断片2に対する前方プライマーとして、
5’−ACTGGGTGAATGTAATAAGTDMKTTGAAAAAAATTGAAGATC−3’を、
また、断片2に対する後方プライマーとして、
5’−TGGTGGTCTAGATTATCAAGAAGTGTTGATG−3’を用いて、PfuUltra(Stratagene)によって、以下のPCR条件下で増幅した:94℃にて1分間;66℃にて1.5分間;72℃にて1.5分間;×35サイクル;72℃にて10分間。断片1及び2のPCR−cDNA産物を1%アガロースゲル上で電気泳動によって分離し、単離した。このcDNA産物を、Qiaquickゲル抽出キット(Qiagen)を用いてアガロースから精製した。断片1及び2のPCR−cDNA産物を、PfuUltra(Stratagene)によって、以下のPCR条件下で一つに融合した:94℃にて1分間;66℃にて1.5分間;72℃にて1.5分間;×10サイクル。この重複したPCR−cDNA断片は、前方プライマーとして、
5’−TGGTGGACGCGTAACTGGGTGAATG−3’を、
また、後方プライマーとして、
5’−TGGTGGTCTAGATTATCAAGAAGTGTTGATG−3’を用いて、PfuUltra(Stratagene)によって、以下のPCR条件下で増幅した:94℃にて1分間;64℃にて1.5分間;69℃にて1.5分間;×30サイクル;72℃にて10分間。このhuIL−15変異体のPCR−cDNA産物を1%アガロースゲル上で電気泳動によって分離して、単離した。このcDNA産物を、Qiaquickゲル抽出キット(Qiagen)を用いてアガロースから精製した。このhuIL15変異遺伝子をMluI及びXbaIで消化し、MluI及びXbaIで消化しておいたpNEF38−c264scTCR−hmtにライゲーションした。製造業者の手順に従って、QUICK START KIT(Beckman Coulter)を用いたGenomeLab Dye Termination Cycle SequencingによるDNA塩基配列決定法によって、8位にアラニン又はアスパラギンによる置換を有するhuIL−15遺伝子を含有するクローンを確認した。pNEF38−c264scTCR発現ベクターについては上記されている。変異型ヒトIL−15タンパク質をコードするDNA断片をpNEF38−c264scTCRベクターの中にクローニングしたところ、以下の配列を含有するc264scTCR−hmt−huIL15D8A融合遺伝子又はc264scTCR−hmt−huIL15D8N融合遺伝子が得られた:3’−免疫グロブリン軽鎖リーダー−264 TCR V−α−ペプチドリンカー−264 TCR V−β−ヒトTCR C−β−変異型ヒトIgG1ヒンジ−ヒトIL−15D8A又はヒトIL−15D8N。得られたベクター(pNEF38−c264scTCR−hmt−huIL15D8A又はpNEF38−c264scTCR−hmt−huIL15D8N)が図14Bに示されているが、これは、DNA塩基配列決定法によって確認されたものである。pNEF38−c264scTCR−hmt−huIL15D8A融合遺伝子又はpNEF38−c264scTCR−hmt−huIL15D8N融合遺伝子及びそのタンパク質の配列(リーダー配列を含有する)をそれぞれ図14Cと図14Dに示す。
実施例9に記載したELISA及びp53(aa264−272)/HLA−A2.1試薬を用いる細胞染色法、及び実施例12に記載した抗原提示細胞染色法によって、融合タンパク質のTCRドメインの機能的結合が証明された。融合タンパク質のIL−15ドメインとIL−15Rαドメインが相互作用できることが、実施例11に記載されるように証明された。さらに、IL−2/15Rβγc受容体への結合、又はIL−15受容体を産生する免疫細胞の活性を調節することを含む、さまざまな方法によって、IL15ドメイン及びIL15Rαドメインの機能活性を評価することができる。一つの例では、ヘテロ三量体IL−15R(αβγc鎖)を発現するCTLL−2細胞を、0.5μgの以下の各融合タンパク質とともに室温にて30分間インキュベートした:c264scTCR/huIL15、264scTCR/huIL15RαSushi、又はc264scTCR/huIL15+c264scTCR/huIL15RαSushi複合体。細胞を洗浄用緩衝液(0.5%BSA及び0.05%アジ化ナトリウムを含有するPBS)で1回洗浄し、0.5μgのR−フィコエリトリン(PE)結合p53(aa264−272)/HLA−A2四量体によって、室温にて30分間染色した。フローサイトメトリーによって分析するために細胞を洗浄及び再懸濁した。図15に示すように、c264scTCR/huIL15融合タンパク質及びc264scTCR/huIL15+c264scTCR/huIL15RαSushi複合体が、それらのhuIL−15ドメインを介して、CTLL−2細胞上のIL−15受容体と結合することが、結合した融合タンパク質のc264scTCRドメインを認識するPE結合p53(aa264−272)/HLA−A2四量体を用いて検出することができる。これらの結果は、融合タンパク質/融合タンパク質複合体のIL−15ドメイン及びTCRドメインが、それらの同族リガンドと機能的に相互作用できることを示している。
TCR特異的抗原であるp53(aa264−272)/HLA−A2.1に結合する能力について、上記したようなIL−15変異体を含有する融合タンパク質複合体の特徴を調べた。p53(aa264−272)/HLA−A2.1を提示する細胞を作り出すために、1×PLE(Altor Bioscience)の存在下、37℃にて、2〜3時間、HLA−A2.1陽性T2細胞(2×106/mL)に20μMのp53(aa264−272)ペプチドによる負荷をかけた。ペプチドとインキュベートしなかったT2細胞、及びIL−2/15Rβγcを発現する32Dβ細胞を対照として用いる。そして、p53ペプチドを負荷されたT2細胞、対照T2細胞、又は32Dβ細胞(2×105/100μL)を、320nMの以下の二量体融合タンパク質複合体とともに、4℃にて30分間インキュベートした:1)c264scTCR/huIL15+c264scTCR/huIL15RαSushi、2)c264scTCR/huIL15D8A+c264scTCR/huIL15RαSushi、及び3)c264scTCR/huIL15D8N+c264scTCR/huIL15RαSushi。これらの複合体は、160nMの精製c264scTCRhuIL15融合タンパク質と、160nMの精製c264scTCRhuIL15RαSushi融合タンパク質を4℃にて3時間インキュベートすることによって生成した。染色後、洗浄用緩衝液(0.5%BSA及び0.05%アジ化ナトリウムを含有するPBS)で細胞を1回洗浄し、100μLの洗浄用緩衝液中0.5μgのビオチン化マウスモノクローナル抗ヒトTCR Cβ抗体(BF1)によって、4℃にて30分間染色した。細胞を1回洗浄してから、100μLの洗浄用緩衝液中で0.5μgのR−フィコエリトリン結合ストレプトアビジンによって、4℃にて30分間染色した。フローサイトメトリーによって分析するために細胞を洗浄及び再懸濁した。図17Aに示すように、c264scTCR/huIL15D8A+c264scTCR/huIL15RαSushi複合体及びc264scTCR/huIL15D8N+c264scTCR/huIL15RαSushi複合体は、p53ペプチド負荷T2細胞の特異的染色について、c264scTCR/huIL15+c264scTCR/huIL15RαSushi複合体と同等の活性を示した。これらの結果は、多価のscTCRドメインが、これらの融合複合体のそれぞれにおいて、完全に機能していることを示している。しかし、図17B及び図17Cに示されるように、変異型c264scTCR/huIL15融合タンパク質複合体は、対照であるT2細胞(図17B)及びIL−15Rβγc陽性32Dβ細胞(図17C)に対して、野生型c264scTCR/huIL15融合タンパク質複合体よりも低いバックグランド染色を示した。すなわち、これらIL−15変異体(D8A及びD8N)を含有する融合タンパク質複合体は、32Dβ細胞上に存在するIL−15Rβγc受容体に対する結合活性を示さない。IL−15Rβγc受容体への結合についての同様の検討を、IL−15変異体を含有する別の融合タンパク質を用いて行って、表1にまとめた。その結果、IL−15変異体を含有する本発明に係る融合タンパク質及び融合タンパク質複合体は、ペプチド/MHC複合体を認識する活性を保持しており、IL−15Rβγc受容体に対して、増加したか又は低下した結合活性を示すことが示唆された。
上記したように、IL−15のアンタゴニスト又はアゴニストを含有する融合タンパク質は、病気部位におけるIL−15が介在する応答(すなわち、T細胞又はNK細胞の活性)を阻害又は刺激する標的薬剤として有用である可能性がある。免疫応答をもたらす、これらの融合タンパク質のIL−15生物活性を測定するために、高親和性IL−15R(αβγc鎖)を発現するCTLL−2細胞、及び中度IL−15R(βγc鎖)を発現する32Dβ細胞を用いて、細胞増殖試験を行った。細胞(2×104/200μL)を、CO2インキュベータ内で、37℃にて3日間、96ウェルプレート中で0.4〜40nMの上記TCR/IL15融合タンパク質とともにインキュベートした。マイクロタイタープレート・リーダーによって、440nmにおける吸光度を測定するために150μLの培養培地を回収する前に、細胞を10μLのWST−1とともに4時間インキュベートした。図19A及び図19Bに示すように、野生型IL−15ドメインを含有するc264scTCR/huIL15融合タンパク質は、CTLL−2細胞及び32Dβ細胞の増殖を、それぞれ40pM又は1nMという低い濃度で支持することができる。興味深いことに、72位のアミノ酸にアスパラギンからアスパラギン酸への置換を有するIL−15変異体を含有する融合タンパク質(c264scTCR/huIL15N72D)は、32Dβ細胞株の増殖を支持するという点で、野生型IL−15ドメインを含有する融合タンパク質よりも活性がずっと高く、80pMという低濃度で生物活性を示した(図19B)。これに関して、IL−15変異体を含有する融合タンパク質(huIL15N72D)は、スーパーアゴニスト活性を示した。1:1の比のc264scTCR/IL15RαSushiとの複合体では、c264scTCR/huIL15N72Dは、T2細胞上のp53/HLA−A2.1複合体に対して、c264scTCR/huIL15wtと同じような結合能力を有していた(図17A)が、32Dβ細胞上のIL−15Rβγc受容体に対しては、より高い結合能力を示した(図17C)。これに対し、8位における置換(c264scTCR/huIL15D8N又はc264scTCR/huIL15D8A)、65位における置換(c264scTCR/huIL15N65A)、108位における置換(c264scTCR/huIL15Q108A)、又は72位における異なった置換(c264scTCR/huIL15N72R)を有するIL−15変異体を含有する融合タンパク質は、CTLL−2細胞及び32Dβ細胞の増殖を支持するという点では、c264scTCR/huIL15wt融合タンパク質と比較して活性が低かった(図19A及び図19B)。IL−15変異体を含有する別の融合タンパク質を用いて、IL−15依存性増殖活性について同様の検討を行い、表1にまとめた。これらのデータは、IL−15タンパク質の8位、61位、65位、72位、及び108位における変異は、IL−15Rに対する結合を減少させて、かつ、免疫応答を刺激する活性がほとんどないか又は全くないIL−15アンタゴニストをもたらすことができるとの仮説を裏付けている。1つの変異体(c264scTCR/huIL15N72R)が、IL−15アンタゴニストとして作用する一方で、別の変異体(c264scTCR/huIL15N72D)が、IL−15Rに対する増強された結合と、免疫応答を刺激する活性が高められたことを考えると、72位における置換による結果は予想外であった。
融合タンパク質又は融合タンパク質複合体が、IL−15受容体産生細胞とペプチド/MHC産生標的細胞とを架橋できることを証明するために、T2細胞に、p53(aa264−272)ペプチドか、対照のCMVpp65(aa495−503)ペプチドを負荷してから、ジヒドロエチジウムで標識化する。CTLL−2細胞をカルセインAMで標識化して、2つの標識細胞集団を混合して、融合タンパク質又は融合タンパク質複合体の存在下又は不在下でインキュベートする。融合タンパク質複合体が存在しないか、又はT2細胞に対照ペプチドを負荷したときには、フローサイトメトリーによって評価すると、細胞は2つの別々の集団のままであると予測される。しかし、T2細胞にp53(aa264−272)を負荷して、融合タンパク質又は複合体の存在下でCTLL−2細胞とともにインキュベートすると、細胞の二重染色集団の出現が、T2細胞がCTLL−2細胞に融合タンパク質又は融合タンパク質複合体を介して結合したことの指標となる。
融合タンパク質複合体又はIL−15変異体アンタゴニストが、インビボにおいて抗腫瘍活性を有するか否かを判定するために、実験用異種移植腫瘍モデルを用いることができる。A375黒色腫、MDA−MB−231乳腺癌、PANCl膵臓癌など、p53(aa264−272)/HLA−A2.1複合体を発現するヒト腫瘍細胞株が、別のTCRに基づく融合タンパク質を用いた同様の効能の検討で用いられてきた(5〜7)。例えば、A375ヒト黒色腫細胞をヌードマウスの側腹に皮下注射すると、腫瘍を3日間で確立できる。担癌マウスに、c264scTCR/huIL15+℃264scTCR/huIL15RαSushi複合体若しくはIL−15変異体アゴニスト(用量範囲:0.1〜2mg/kg)、又は用量と均等量のPBSを、4日間又はそれ以上毎日静脈内注射する。この検討の間、腫瘍サイズを測定し、腫瘍体積を計算する。PBSで処理されたすべてのマウスは、腫瘍を発生すると予測される。融合タンパク質複合体又はIL−15変異体アゴニストで処理されたマウスの一部又は全てで腫瘍増殖の抑制又は完全な腫瘍退縮が起これば、その処理の抗腫瘍効果を示すことになるであろう。マルチサイクル投与を含む、別の投与計画も、融合タンパク質又はIL−15変異体アゴニストの抗腫瘍効果を証明することができる。p53(aa264−272)/HLA−A2.1複合体を有しない腫瘍細胞株(HT−29又はAsPC−1(5,9))は、融合タンパク質複合体のc264scTCRドメインによる抗原特異的認識についての対照として使用できる。別のTCRドメイン(すなわち、CMVpp65(aa495−503)ペプチド(9)に特異的である)を含有する別の融合タンパク質複合体を非腫瘍標的対照として使用できる。
TCR/IL15:TCR/IL−15Rα融合タンパク質複合体と予めインキュベートした濃縮された同種異系マウスNK細胞の腫瘍増殖に対する抗腫瘍効果を明らかにするために、ヌードマウスの実験用転移モデルにおいてヒトNSCLC A549A2腫瘍細胞を用いて、以下の検討を行った。
融合タンパク質複合体がIL−15R産生細胞の細胞表面に滞留する時間は、エフェクター細胞をTCR特異的な腫瘍細胞に標的させるか、架橋する融合タンパク質の能力に影響を与える可能性がある。これを調べるために、IL−15RαβγC受容体産生CTLL−2細胞及びIL−15RβγC受容体産生CTL−2細胞32Dβ細胞に対するscTCR/IL−15融合タンパク質、TCR/IL15:TCR/IL15Rα融合タンパク質複合体、及び組換えIL−15の結合を、フローサイトメトリーによって直接比較する。さまざまなタンパク質とインキュベートした後、細胞を洗浄し、37℃にて最長180分間まで培地中でインキュベートしてから、細胞表面に残存しているタンパク質のレベルをPE標識化抗IL−15mAbで検出した。開始時間0における染色とその後の時間とを比較すれば、IL−15Rに対する各タンパク質の結合の細胞表面滞留時間を測定することができる。IL−15と比較してscTCR/IL−15融合タンパク質又はTCR/IL15:TCR/IL15Rα融合タンパク質複合体の細胞表面滞留時間が増加することが、より高くより安定した受容体結合活性を表すことになるであろう。
c264scTCR/IL−15、c264scTCR/IL15:c264scTCR/IL15Rα複合体、組換えIL−15、又は可溶性IL−15:IL−15Ra複合体の薬物動態パラメータを、HLA−A2.1/Kbトランスジェニックマウス系統で評価する。c264scTCR/IL−2が限定されているHLA−A2.1ドメインの存在は、この融合タンパク質の薬物動態に影響を与える可能性があり、他のマウス系統よりも薬物動態の「ヒト化」的側面により高い関連性をもたらすはずである。等モル量のc264scTCR/IL15、c264scTCR/IL15:c264scTCR/IL15Rα複合体、組換えIL−15、又は可溶性IL−15:IL−15Ra複合体をマウスに静脈内注射して、注射後5分後〜2週間後までさまざまな時点で血液を採集する。上記されるELISA法を用いて融合タンパク質の血清中濃度を評価する。標準的なIL−15特異的ELISAによってIL−15の濃度を検出した。
融合タンパク質複合体又はIL−15変異体アンタゴニストが、インビボにおいて免疫抑制活性を有するか否かを判定するために、自己免疫性関節炎実験モデルを用いる。HLA−DR4トランスジェニックマウスにおいて、II型コラーゲン(CII)を投与した後に自己免疫性関節炎が誘導されるということが明らかにされている(Rosloniec et al. 1998, J Immunol. 160:2573-8)。また、この病気の病理に関係するCII特異的T細胞の特徴も調べられている。これらのT細胞に由来するTCR遺伝子を用いて、適当な発現ベクターと宿主細胞株を構築して、上記実施例に記載されるように、IL−15変異体アンタゴニストを含有するCIIscTCR/IL15と、CIIscTCR/IL15RαSushi融合タンパク質を作製する。CIIを投与して関節炎を誘導した後、HLA−DR4トランスジェニックマウスにCIIscTCR/IL15アンタゴニスト+CIIscTCR/IL15RαSushi複合体、又はIL−15変異体アンタゴニスト(用量範囲:0.1〜2mg/kg)、あるいは用量と均等量のPBSを、4日間又はそれ以上毎日静脈内注射する。この検討の間、マウスの足の関節を調べて、炎症の程度を0〜4の尺度で採点する。PBSで処理した全てのマウスが関節炎を発症すると期待される。融合タンパク質複合体又はIL−15変異体によって処理されたマウスの一部又は全てで、関節炎が抑制されれば(例えば、発症率又は臨床スコアが低下すれば)、その治療法に免疫抑制効果があることが示唆される。マルチサイクル投与を含む、別の投与計画によっても、融合タンパク質又はIL−15変異体の免疫抑制効果を立証できる。別の(すなわち、p53ペプチドに特異的な)TCRドメインを含有する別の融合タンパク質複合体も、非疾患標的化対照として用いることができて、標的化TCR融合タンパク質の、疾患部位に対する免疫抑制活性を指向する特異的能力を立証できるであろう。
本出願を通して引用されている全ての参考文献、特許、係属中の特許出願、及び公開特許の内容は、参照により明確に本明細書に組み込まれている。
当業者は、本明細書に記載されている発明の特定の態様に対する多くの均等物を認識し、又は通常の実験のみによって確認することができるであろう。そのような均等物は、添付の特許請求の範囲に包含されるものである。
1. Mortier, E., A. Quemener, P. Vusio, I. Lorenzen, Y. Boublik, J. Grotzinger, A. Plet, and Y. Jacques. 2006. Soluble interleukin-15 receptor alpha (IL-15R alpha)-sushi as a selective and potent agonist of IL-15 action through IL-15R beta/gamma. Hyperagonist IL-15 x IL-15R alpha fusion proteins. J Biol Chem 281: 1612-1619.
2. Stoklasek, T. A., K. S. Schluns, and L. Lefrancois. 2006. Combined IL-15/IL-15Ralpha immunotherapy maximizes IL-15 activity in vivo. J Immunol 177: 6072-6080.
3. Rubinstein, M. P., M. Kovar, J. F. Purton, J. H. Cho, O. Boyman, C. D. Surh, and J. Sprent. 2006. Converting IL-15 to a superagonist by binding to soluble IL-15R{alpha}. Proc Natl Acad Sci U S A 103: 9166-9171.
4. Waldmann, T. A. 2006. The biology of interleukin-2 and interleukin-15: implications for cancer therapy and vaccine design. Nat Rev Immunol 6: 595-601.
5. Belmont, H. J., S. Price-Schiavi, B. Liu, K. F. Card, H. I. Lee, K. P. Han, J. Wen, S. Tang, X. Zhu, J. Merrill, P. A. Chavillaz, J. L. Wong, P. R. Rhode, and H. C. Wong. 2006. Potent antitumor activity of a tumor-specific soluble TCR/IL-2 fusion protein. Clin Immunol 121: 29-39.
6. Card, K. F., S. A. Price-Schiavi, B. Liu, E. Thomson, E. Nieves, H. Belmont, J. Builes, J. A. Jiao, J. Hernandez, J. Weidanz, L. Sherman, J. L. Francis, A. Amirkhosravi, and H. C. Wong. 2004. A soluble single-chain T-cell receptor IL-2 fusion protein retains MHC-restricted peptide specificity and IL-2 bioactivity. Cancer Immunol Immunother 53: 345-357.
7. Mosquera, L. A., K. F. Card, S. A. Price-Schiavi, H. J. Belmont, B. Liu, J. Builes, X. Zhu, P. A. Chavaillaz, H. I. Lee, J. A. Jiao, J. L. Francis, A. Amirkhosravi, R. L. Wong, and H. C. Wong. 2005. In Vitro and In Vivo Characterization of a Novel Antibody-Like Single-Chain TCR Human IgG1 Fusion Protein. J Immunol 174: 4381-4388.
8. Penichet, M. L., E. T. Harvill, and S. L. Morrison. 1997. Antibody-IL-2 fusion proteins: a novel strategy for immune protection. Hum Antibodies 8: 106-118.
9. Zhu, X., H. J. Belmont, S. Price-Schiavi, B. Liu, H. I. Lee, M. Fernandez, R. L. Wong, J. Builes, P. R. Rhode, and H. C. Wong. 2006. Visualization of p53264-272/HLA-A*0201 Complexes Naturally Presented on Tumor Cell Surface by a Multimeric Soluble Single-Chain T Cell Receptor. J Immunol 176: 3223-3232.
Claims (9)
- 少なくとも二つの可溶性融合タンパク質を含有する可溶性融合タンパク質複合体であって、
第一の融合タンパク質が、(a)第一の抗体であって、(b)インターロイキン15(IL−15)ポリペプチドに共有結合しているポリペプチドを含有してなり、
第二の融合タンパク質が、(c)第二の抗体であって、(d)可溶性インターロイキン15受容体α鎖(IL−15Ra)ポリペプチドに共有結合しているポリペプチドを含有してなり、
第一の融合タンパク質のIL−15ドメインが第二の融合タンパク質の可溶性IL−15Raドメインに結合して可溶性の融合タンパク質複合体を形成し、抗体が特定の抗原の認識について特異的であり、抗体が単鎖抗体又は単鎖Fvである、
可溶性融合タンパク質複合体。 - 抗体ドメインに対する抗原が、細胞表面受容体又はリガンドを含有してなる、請求項1に記載の可溶性融合タンパク質複合体。
- 抗原が、CD抗原、サイトカイン又はケモカインの受容体又はリガンド、増殖因子の受容体又はリガンド、組織因子、細胞接着分子、MHC/MHC様分子、FC受容体、Toll−様受容体、NK受容体、TCR、BCR、陽性/陰性共刺激受容体又はリガンド、細胞死受容体又はリガンド、腫瘍関連抗原、又はウイルスコード抗原を含有してなる、請求項2に記載の可溶性融合タンパク質複合体。
- 単鎖抗体が、ポリペプチドリンカー配列によって、免疫グロブリン重鎖可変ドメインに共有結合している免疫グロブリン軽鎖可変ドメインを含有してなる、請求項1に記載の可溶性融合タンパク質複合体。
- IL−15ポリペプチドが、天然型IL−15配列と比較して、少なくとも1つのアミノ酸の変化、成熟型ヒトIL−15配列(配列番号:1)の8位、61位、65位、72位、92位、101位、108位、又は111位における1個又はそれ以上のアミノ酸の置換又は欠失、成熟型ヒトIL−15配列の8位におけるDからN又はAへの置換、61位におけるDからAへの置換、65位におけるNからAへの置換、72位におけるNからDへの置換、72位におけるNからRへの置換、又は108位におけるQからAへの置換、又はこれらの置換を組み合わせたものを含有してなるIL−15変異体である、請求項1に記載の可溶性融合タンパク質複合体。
- 請求項1〜5の何れか一項に記載の第一の融合タンパク質をコードする核酸及び第二の融合タンパク質をコードする核酸を含む、核酸のセット。
- 請求項1〜5の何れか一項に記載の第一の融合タンパク質をコードする核酸を含有してなるDNAベクター及び請求項1〜5の何れか一項に記載の第二の融合タンパク質をコードする核酸を含有してなるDNAベクターを含む、DNAベクターのセット。
- 請求項1〜5の何れか一項に記載の可溶性融合タンパク質複合体を含有してなる、哺乳動物において免疫応答を刺激する又は抑制するための医薬組成物。
- 請求項1〜5の何れか一項に記載の第一の融合タンパク質をコードする核酸;及び
請求項1〜5の何れか一項に記載の第二の融合タンパク質をコードする核酸
を含有してなる、DNAベクター。
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