JP2985446B2 - 核酸の検出及び測定方法 - Google Patents
核酸の検出及び測定方法Info
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Description
核酸を検出又は測定する方法に係り、特に、特定核酸領
域をポリメラーゼチェーンリアクションにより増幅し、
この増幅された特定核酸領域を検出又は測定することに
より標的核酸の検出又は測定を行う核酸検出方法に関す
る。
症の臨床検査等の分野においては、組織、体液、便等の
生体関連の検体の培養を行い、病原体の同定を行うこと
が行われている。しかしながら、このような方法は、検
体の培養に長時間を要し、又検体の培養自体が困難な場
合もあり、必ずしも満足のいく結果が得られるものでは
ない。また、検体の培養に際して、実施者に病原体が感
染する危険性もある。
て、抗原抗体反応を利用した抗原検出方法又はDNAプ
ローブによる核酸の検出方法も行われている。しかしな
がら、抗原抗体反応を利用した抗原検出方法において
は、病原体の抗原部分が隠蔽されているような場合に
は、病原体を検出できないおそれがある。また、細菌等
においては非常に多くの抗原部分を有する場合があり、
特定の細菌種に固有な特定共通抗原部分を見い出すこと
は必ずしも容易でない。また、検出にはある程度の数又
は濃度の細菌又は細胞が必要であり、細胞数等が不足す
ることにより病原体を検出できない場合があり、感度的
にも問題がある。
検出方法においては、細菌種固有の核酸領域を見い出す
ことは比較的容易で、この核酸領域をクローニングし又
は合成することにより、核酸プローブとして用いること
ができるといった利点がある。また、近年ポリメラーゼ
チェーンリアクション(SCIENCE,230,1350-1354,1985)
なる核酸増幅方法が報告さている。このポリメラーゼチ
ェーンリアクションは核酸分子中の特定核酸領域を試験
管内で100万倍にも増幅するものである。このポリメ
ラーゼチェーンリアクションを利用することにより標的
核酸の特定核酸領域を増幅された状態で検出することが
可能となり、感度的には1分子の核酸から病原体を検出
することも可能となっている。そして、この増幅された
特定核酸領域の一般的な検出方法としては、ポリメラー
ゼチェーンリアクション終了後の反応溶液をアガロース
電気泳動により分離した後染色し、バンドの大きさ(分
子量)で判別する方法や、前記反応溶液をドットハイブ
リタイゼーション法により検出する方法が行われてい
る。
リメラーゼチェーンリアクションを利用した核酸検出方
法においては、一旦、ポリメラーゼチェーンリアクショ
ン終了後の反応溶液を反応容器から取り出して処理する
ものであるため、増幅された特定核酸領域が環境中に飛
散し、この飛散した特定核酸領域が実験室内の他の検体
に混入することにより、この核酸が次のポリメラーゼチ
ェーンリアクションの鋳型核酸となり、他の検体の検査
において偽陽性の原因となるおそれがあり、ポリメラー
ゼチェーンリアクションを利用した核酸検出方法を実施
するにあたって大きな障害となっている。また、ポリメ
ラーゼチェーンリアクションの欠点として、試料中の標
的核酸の初期濃度がわかりにくいという問題もある。
れたものであり、ポリメラーゼチェーンリアクションに
より標的核酸の特定核酸領域を増幅した後、密封したま
まの状態で核酸の検出又は定量を行うことが可能な核酸
検出方法を提供することを目的とする。
ゼチェーンリアクションを利用した核酸検出方法につい
て鋭意研究を行った結果、標的核酸の特定核酸領域と結
合することにより蛍光特性が変化する蛍光色素と、ポリ
メラーゼチェーンリアクションにより増幅された核酸配
列を反応させ、蛍光強度を測定することにより、標的核
酸の有無を判別できることを見い出し本発明を完成し
た。さらに、本願発明者は、前記蛍光色素の存在下でポ
リメラーゼチェーンリアクションを行ない、ポリメラー
ゼチェーンリアクション過程における蛍光強度の変化を
追跡したところ、あるサイクル数を経た時点で蛍光強度
が急激に変化し、かつ、この急激に変化する時点が標的
核酸の初期濃度に依存して変化することを見出し、この
現象を利用して試料中の標的核酸の定量又は初期量の比
較を行なうことができることを見出し本発明を完成し
た。
り蛍光特性が変化する蛍光色素の存在下で、被検試料中
の標的核酸の特定核酸領域をポリメラーゼチェーンリア
クションにより増幅し、前記蛍光特性の変化を測定する
ことからなる、被検試料中の標的核酸の測定方法を提供
する。また、本発明は、核酸と反応することにより蛍光
特性が変化する蛍光色素と、ポリメラーゼチェーンリア
クションにより標的核酸を増幅するための試薬とを同一
の容器内に含む、被検試料中の標的核酸の測定用キット
を提供する。さらに、本発明は、核酸と反応することに
より蛍光特性が変化する蛍光色素と、ポリメラーゼチェ
ーンリアクションにより標的核酸を増幅するための試薬
とを容器内に含む、上記本発明の測定方法を行うための
キットを提供する。なお、上記本願発明において、「被
検試料中の標的核酸を測定」することには、該標的核酸
を検出すること及び該標的核酸を定量することの両者が
包含される。また、上記本願発明において、「蛍光特性
の変化を測定する」とは、ポリメラーゼチェーンリアク
ションの前後にそれぞれ蛍光特性を測定し、その変化を
調べること及びポリメラーゼチェーンリアクションの最
中に連続的又は断続的に蛍光特性を測定してその変化を
調べることの両者が包含される。
ー性蛍光色素等の蛍光色素が水溶液中で遊離した状態と
2本鎖核酸と結合(インターカレート)した状態とで
は、その蛍光特性が著しく変化することを利用する。即
ち、ポリメラーゼチェーンリアクション前の検体を含む
溶液には極微量の鋳型となる核酸、最低1組の一本鎖合
成DNA(プライマー)、酵素及びモノヌクレオチド三
燐酸等が含まれており、これらの成分は蛍光色素に一定
の蛍光特性を与える。しかしながら、仮に、標的となる
核酸が含まれておらず特定核酸領域の増幅が起こらなか
った場合、ポリメラーゼチェーンリアクション前後で蛍
光特性はそれほど変化しない。一方、標的核酸が含まれ
ている場合、ポリメラーゼチェーンリアクションにより
特定核酸領域が増幅され、この増幅された二本鎖核酸は
蛍光色素と結合して相対的に蛍光特性が変化する。従っ
て、ポリメラーゼチェーンリアクション前後の蛍光特性
の変化を調べることにより標的核酸の有無を検出するこ
とが可能になる。
ない検体を用いて陰性対象実験を行い、結果を比較する
ことにより、核酸の有無を検出ことも可能である。この
場合、標的核酸が極微量(ナノグラム以下)であること
が好ましい。
るために、ポリメラーゼチェーンリアクション前に予め
反応系に加えておく。
アクションの前に加えておき、ポリメラーゼチェーンリ
アクション過程における蛍光強度をモニターすることに
より試料中の標的核酸の初期量を定量し又は比較するこ
とが可能になる。すなわち、後述の実施例において明ら
かになるように、ポリメラーゼチェーンリアクション過
程における蛍光強度の変化を追跡したところ、あるサイ
クル数を経た時点で蛍光強度が急激に変化し、かつ、こ
の急激に変化する時点が標的核酸の初期濃度に依存して
変化することを見出した。すなわち、試料中の標的核酸
の初期濃度が高ければより早いサイクル数にて蛍光強度
の急激な変化が起き、一方、初期濃度が低い場合にはそ
の分遅いサイクル数にて蛍光強度の変化が起きる。従っ
て、濃度既知の試料を用いて予めサイクル数と蛍光強度
の関係を求めた検量線を作成しておけば、濃度未知の試
料においても標的核酸の初期量を定量することが可能に
なる。また、標的核酸の初期量の単なる比較であれば検
量線を作成しなくても可能である。
核酸に対するインターカレーター性蛍光色素が好まし
い。核酸に対するインターカレーター性蛍光色素として
は既に多くの化合物が報告されており、本発明に用いら
れるインターカレーター性蛍光色素は特に限定されるも
のではない。しかしながら、ポリメラーゼチェーンリア
クションにおいては、その反応溶液中にタンパク質が含
まれるため、蛍光物質としては水溶性で、かつタンパク
質の影響を受けにくいものが好ましい。また、ポリメラ
ーゼチェーンリアクションにおいては室温から高温への
温度変化を繰り返し行うため熱的にも安定なものが好ま
しい。具体的には、 (1) エチジュームブロマイド及びその誘導体(例えばBi
ochemistry 27, 7919 (1988); J. Cell Biol. 59, 766
(1973); Biochemistry 17, 5078 (1978)及びBiochemist
ry 22, 3231 (1983)に記載のもの) (2) アクリジンオレンジ及びその誘導体(例えばCytome
try 9, 325 (1988); Proc. Natl. Acad. sci. 72, 2915
(1975) 及び Biochemistry 17, 5071 (1978) に記載の
もの) (3) ビスベンチミド及びその誘導体(例えばExp. Cell
Res. 174, 388 (1988);Cold Harbor Symposia on Quan
t. Biol. 51, 151 (1986) 及びNucleic Acids Res. 15,
10589 (1987) 記載のもの) (4) ジアミノフェニルインドール及びその誘導体(例え
ばPlant Sci. 55, 151 (1988) 及びProc. Natl Acad. s
ci 83, 2934 (1986)記載のもの) (5) アクチノマイシン及びその誘導体(例えばCytometr
y 1, 2 (1980) 及びHistochem. 72, 11 (1981)記載のも
の) (6) チアゾールオレンジ及びその誘導体(例えばCytome
try 7, 508 (1986); Cytometry 8, 568 (1987)及び日本
感光色素社カタログNK-321、 NK-731等に記載のもの) (7) クロモマイシン及びその誘導体(例えばAntibiot.
Chemoth. 12, 182 (1962) 及びAnticancer Research,
1, 341 (1981)に記載のもの 等を用いることが好ましい。
色素を用いる場合、インターカレーター性蛍光色素が水
溶液中で遊離した状態と、2本鎖核酸中にインターカレ
ートした状態で蛍光特性が変化することを利用する。こ
の蛍光特性の変化は実際的には蛍光強度の変化として捉
えることができるが、本質的には蛍光スペクトルの変化
に由来している。この蛍光スペクトルの変化は次の4つ
の場合に分類される。すなわち、2本鎖DNA存在下あ
るいは非存在下での励起光スペクトル、放射光スペクト
ルのそれぞれの最大波長を比較した場合、 (1) 励起光スペクトルのピーク波長及び放射光スペクト
ルのピーク波長共に変化しない(すなわち、この場合に
は蛍光強度のみが変化する) (2) 励起光スペクトルのピーク波長は変化するが放射光
スペクトルのピーク波長は変化しない。 (3) 励起光スペクトルのピーク波長は変化しないが放射
光スペクトルのピーク波長が変化する。 (4) 励起光、放射光スペクトルのピーク波長が共に変化
する。
のピーク波長が数nm変化しているが(1) の例として挙
げることができる。またビスベンチミド等(例えば後述
の実施例で用いるヘキスト33258等)は(3) のケー
スに近いといえる。また多くのインターカレーター性蛍
光色素は(4) のケースに含まれる(厳密に言えばアクリ
ジンオレンジ、ヘキスト33258も(4) に入る)
ン前後あるいは過程の蛍光スペクトルをとることによっ
ても増幅の判定を行なうことは可能である。しかし、一
般的には2本鎖DNAの存在下での至適条件にて(励起
光スペクトルのピーク波長近辺で励起し、放射光スペク
トルのピーク波長近辺で測定する)蛍光強度の変化を測
定することで核酸の増幅を検出又は測定することが簡便
で好ましい。
ター性蛍光物質の量は、ポリメラーゼチェーンリアクシ
ョンにより、最終的に生成するであろう二本鎖核酸の数
塩基対ないし100塩基対当りに1分子の蛍光色素が結
合する程度の量が好ましい。
ら行われている蛍光光度計により数値的に測定する方法
が好ましい。しかしながら、結果を定性的に判別するだ
けであれば肉眼、写真等により蛍光の濃淡を判別する方
法も用いることができる。本発明に係る核酸の検出方法
においては、特定核酸領域の検出を行う際、密封した状
態で行うことが望ましいので、ポリメラーゼチェーンリ
アクションを行った容器を密封したままの状態でそのま
ま蛍光光度計に適用することが好ましい。従って、ポリ
メラーゼチェーンリアクションを行う反応容器は蛍光色
素の励起光を通し、耐熱性に優れかつタンパク質の吸着
が少ない材料で成形されていることが好ましく、具体的
には、ポリプロピレン樹脂、シリコンコートされたガラ
ス、ポリメチルペンテン樹脂等の材料で成形された容器
を用いることが好ましい。
リアクションを利用した核酸の検出又は測定を密封した
状態で行うことができるため、従来問題となっていたポ
リメラーゼチェーンリアクションにより増幅された特定
核酸領域が環境中へ飛散し、これが他の検体に混入する
といった問題を克服できる。また、本発明は、従来から
用いられてきたポリメラーゼチェーンリアクション反応
溶液に微量の蛍光色素を添加するたけなので、操作が簡
単であり、技術的な熟練を必要としない。従って、検体
の大量処理が可能であり、ポリメラーゼチェーンリアク
ションを用いたスクリーニング等にも適用が可能とな
る。また、特定核酸領域の増幅が起こったか否かを数値
的に判断できるため、操作の自動化も容易である。
はこれに限定されるものではない。
ーゼチェーンリアクション法による核酸の増幅を行っ
た。ポリメラーゼチェーンリアクションを行う反応溶液
はキット添付の検定用λDNA及び1組のプライマーを
用いて、キット添付のプロトコールに従って調製した。
この反応溶液にインターカレーター性蛍光色素としてヘ
キスト33258色素を最終濃度1μg/mlになるよ
うに添加した。そして、変性(94゜C、1分)、アニ
ーリング(37゜C、1分)、Taqポリメラーゼによる
DNAの伸張(72゜C、1分)のサイクルを30サイ
クル行った。反応溶液の組成は以下のとうりである。 反応溶液の組成 λDNA(0.1 μg/ml) 10μl 10 x 反応緩衝液 10μl Hoechst33258(10 μg/ml) 10 μl プライマー1及びプライマー2(20 μM) 各5 μl dNTP混合物(各2.5 mM) 8 μl H20 51.5 μl Taq ポリメラーゼ(5単位/μl) 0.5 μl 上記の10 x 反応緩衝液の組成は以下のとうりである。 10 x 反応緩衝液 塩化カリウム 0.5M トリス−塩酸緩衝液(pH8.3) 0.1M 塩化マグネシウム 15mM ゼラチン 0.01%(w/v) 使用したプライマー1及び2の塩基配列は以下のとうり
である。 プライマーの塩基配列 プライマー1:λDNAの7131-7155 (一鎖に相補的) GATGAGTTCGTGTCCGTACAACTGG プライマー2:λDNAの7606-7630 (+鎖に相補的) GGTTATCGAAATCAGCCACAGCGCC
後、反応容器を密封した状態で、蛍光分光光度計(日立
850型)を用いて、励起343nm、発光483nm(PM
ゲイン:High、応答:2秒、EMフィルター:350nm)
にて蛍光強度を測定した。
加しなかった他は上述の反応溶液と同一組成の反応溶液
を用い、同一条件でポリメラーゼチェーンリアクション
と蛍光強度の測定を行った。
5であるのに対し、陽性対照区では蛍光強度が1260
であり、明らかに差異が認められた。
ン終了後の反応溶液の一部を1%アガロースゲル(トリ
ス、ホウ酸、EDTAを含む緩衝液系)に供し、室温で
30分、100Vの条件下で電気泳動にかけたところ、
図1に示されるような電気泳動図が得られた。なお、図
1中、レーン1は分子量マーカーの泳動パターン、レー
ン2はポリメラーゼチェーンリアクションでDNAを増
幅した陽性対照区の電気泳動パターン、レーン3は陰性
対照区の電気泳動パターンを示す。この電気泳動図から
も陽性対照区でλDNAの特定核酸領域の増幅が起こっ
ていることが確認された。以上の結果から本発明の効果
は明らかであった。
ンの反応溶液を調製し、陽性対照区と陰性対照区の各々
について、ポリメラーゼチェーンリアクションを行う前
と、ポリメラーゼチェーンリアクションの終了後、それ
ぞれ密封した状態で蛍光強度を測定した。尚、蛍光強度
の測定も実施例1と同一の条件により行った。
ンリアクションにより若干の蛍光強度の増加が認められ
るが、その増加率は1.2倍である。これに対し、陽性
対照区においては、蛍光強度の増加率は5.7倍であ
り、明らかに差異が認められた。 以上の結果からも本
発明の効果は明らかであった。
出) Mycobacterium smegmatis をDubos の培地で5日間培養
した後、菌体を遠心分離により収集し、そのうち100
mgを標準菌体とした。この標準菌体を下記の組成を有
する緩衝液0.5mlに懸濁し、これに0.1mlの2
0%ドデシル硫酸ナトリウムを加え、等量のフェノール
/クロロフォルム混合溶液(1:1)を加え激しく混和
した後、60゜Cで10分間静定した。
この水相に2.5倍量のエタノールを加え、−80゜C
で30分静定した後、遠心分離により核酸を沈澱させ
た。この沈澱を70%エタノールで洗浄し、真空中で乾
燥させた後、100μlのTE緩衝液に溶解し、検定用
DNAとした。尚、上記緩衝液の組成は以下のとうりで
ある。
ェーンリアクションを行い、染色体上の16SrRNA
遺伝子の増幅を行った。そして、ポリメラーゼチェーン
リアクションを行う前とポリメラーゼチェーンリアクシ
ョンの終了後、それぞれ密閉した状態で蛍光強度の測定
を行った。尚、ポリメラーゼチェーンリアクションの反
応溶液の組成は以下のとうりである。 反応溶液の組成 検定用DNA 1 μl 10 x 反応緩衝液 10μl Hechst33258(10μg/ml) 10 μl プライマー1 5 μl プライマー2 5 μl dNTP混合物(2.5 mMずつ) 8 μl H20 60.5 μlTaq ポリメラーゼ 0.5 μl プライマー1及び2の塩基配列は以下のとうりである。 プライマーの塩基配列 プライマー1 5'TAACACATGCAAGTCGAACGG3' プライマー2 5'AACTGAGACCGGCTTTTAAGGATT3' ポリメラーゼチェーンリアクション及び蛍光強度の測定
は実施例1と同一方法により行った。
ョン前では蛍光強度が530であるのに対し、ポリメラ
ーゼチェーンリアクション終了後では蛍光強度が902
であり、約1.7倍の蛍光強度の増加が認められ、DN
Aの特定領域の増幅を通してDNAの存在が確認され
た。以上の結果からも本発明の効果は明らかであった。
ンの反応溶液600μlを調製し(ただし鋳型となるλ
DNAの濃度は実施例1の10分の1濃度)、各50μ
lづつに12等分し、マイクロチューブに分注した。ポ
リメラーゼチェーンリアクションの各濃度条件は変性
(94℃,30秒)、アニーリング(45℃,20
秒)、TagポリメラーゼによるDNAの伸長(72
℃,1分)で25サイクル行った。0,9,12,1
4,16,18,19,20,21,22,23,25
サイクル目で各チューブを取り出し、72℃に温度調節
されたホルダーをセットされた蛍光検出器(自作、励起
光350nm、エミッション450nm)で測定した。
図2はサイクル数を横軸に相対蛍光強度を縦軸にプロッ
トしたものである。これらの結果から蛍光強度を測定す
ることでポリメラーゼチェーンリアクションの過程を密
封した状態でモニターできることが確認された。これら
の結果からも本発明の効果は明らかであった。
ラーゼチェーンリアクションの反応溶液300μlを調
製し(但し、各プライマー濃度は1/5濃度とした。ま
た鋳型DNAは100ng/ml,10ng/ml,1
ng/mlの3種類とした)、これを12等分し各25
μlづつチューブに分注し、変性(94℃,1分)、ア
ニーリング(37℃,1分)、伸長反応(72℃,1
分)の条件でポリメラーゼチェーンリアクション26サ
イクル行った。これらを実施例4と同様に0,5,1
0,12,14,16,18,20,22,24,26
サイクル目にそれぞれ各チューブを取り出し、室温にて
各チューブの相対蛍光強度を測定した。それぞれの結果
を同一グラフ上にプロットしたものが図3である。これ
らの結果から明らかなように、鋳型DNAの初期濃度が
高いものほど、早い時期に蛍光が増大し始めることが判
る。このことからポリメラーゼチェーンリアクションの
過程をモニターすることにより、試料中に含まれる目的
核酸の量を比較が可能で有ることが確認された。以上の
結果からも本発明の効果は明らかである。
応溶液の電気泳動図の模式図。
数と相対蛍光強度との関係を示す図。
試験した場合における、ポリメラーゼチェーンリアクシ
ョンのサイクル数と相対蛍光強度との関係を示す図。
Claims (6)
- 【請求項1】 核酸と反応することにより蛍光特性が変
化する蛍光色素の存在下で、被検試料中の標的核酸の特
定核酸領域をポリメラーゼチェーンリアクションにより
増幅し、前記蛍光特性の変化を測定することからなる、
被検試料中の標的核酸の測定方法。 - 【請求項2】 前記特定核酸領域の増幅及び前記蛍光特
性の変化の測定は密閉された状態で行なわれる請求項1
記載の方法。 - 【請求項3】 前記蛍光色素はインターカレーター性蛍
光色素である請求項1又は2記載の方法。 - 【請求項4】 核酸と反応することにより蛍光特性が変
化する蛍光色素と、ポリメラーゼチェーンリアクション
により標的核酸を増幅するための試薬とを同一の容器内
に含む、被検試料中の標的核酸の測定用キット。 - 【請求項5】 核酸と反応することにより蛍光特性が変
化する蛍光色素と、ポリメラーゼチェーンリアクション
により標的核酸を増幅するための試薬とを容器内に含
む、請求項1ないし3のいずれか1項に記載の測定方法
を行うための測定用キット。 - 【請求項6】 前記蛍光色素はインターカレーター性蛍
光色素である請求項4又は5記載のキット。
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JP29430590 | 1990-10-31 | ||
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JPH05237000A JPH05237000A (ja) | 1993-09-17 |
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