JP2024518476A - ｍＲＮＡスプライシングを調節するための組成物及び方法 - Google Patents
ｍＲＮＡスプライシングを調節するための組成物及び方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2024518476A JP2024518476A JP2023569638A JP2023569638A JP2024518476A JP 2024518476 A JP2024518476 A JP 2024518476A JP 2023569638 A JP2023569638 A JP 2023569638A JP 2023569638 A JP2023569638 A JP 2023569638A JP 2024518476 A JP2024518476 A JP 2024518476A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- compound
- side chain
- amino acid
- ccpp
- compound according
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
- C12N15/1137—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against enzymes
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
- A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
- A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
- A61K47/62—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being a protein, peptide or polyamino acid
- A61K47/64—Drug-peptide, drug-protein or drug-polyamino acid conjugates, i.e. the modifying agent being a peptide, protein or polyamino acid which is covalently bonded or complexed to a therapeutically active agent
- A61K47/645—Polycationic or polyanionic oligopeptides, polypeptides or polyamino acids, e.g. polylysine, polyarginine, polyglutamic acid or peptide TAT
- A61K47/6455—Polycationic oligopeptides, polypeptides or polyamino acids, e.g. for complexing nucleic acids
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P3/00—Drugs for disorders of the metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
- C07K7/64—Cyclic peptides containing only normal peptide links
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/11—Antisense
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
- C12N2310/323—Chemical structure of the sugar modified ring structure
- C12N2310/3233—Morpholino-type ring
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/35—Nature of the modification
- C12N2310/351—Conjugate
- C12N2310/3513—Protein; Peptide
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2320/00—Applications; Uses
- C12N2320/30—Special therapeutic applications
- C12N2320/33—Alteration of splicing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y204/00—Glycosyltransferases (2.4)
- C12Y204/01—Hexosyltransferases (2.4.1)
- C12Y204/01011—Glycogen(starch) synthase (2.4.1.11)
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Virology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Obesity (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Hematology (AREA)
- Diabetes (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Medicinal Preparation (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Abstract
化合物は、アンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）にコンジュゲートされた少なくとも１つの環状細胞透過性ペプチド（cyclic Cell Penetrating Peptide、ｃＣＰＰ）を含む。ＡＣは、ＲＮＡ転写物のスプライシングを調節する。例えば、ＡＣはエクソンスキッピングを誘導する。エクソンスキッピングは、タンパク質の発現又は活性の下方制御をもたらし得る。エクソンスキッピングは、得られたｍＲＮＡにおいてフレームシフトを引き起こし得る。フレームシフトは、未成熟終止コドンをもたらし得る。フレームシフトは、ナンセンス媒介崩壊をもたらし得る。
Description
関連出願の相互参照
本出願は、２０２１年５月１０日に出願された米国仮出願第６３／１８６，６６４号、２０２１年６月１５日に出願された同第６３／２１０，８８２号、２０２２年３月２１日に出願された同第６３／３２１，９２１号、２０２２年３月３１日に出願された同第６３／３６２，２９５号、２０２１年９月１日に出願された同第６３／２３９，６７１号、２０２１年６月１５日に出願された同第６３／２１０，８６６号、２０２２年１月１１日に出願された同第６３／２９８，５８７号、及び２０２２年３月９日に出願された同第６３／３１８，２０１号の利益を主張し、これらの仮出願は、本明細書に提示される開示と矛盾しない範囲で、それぞれの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は、２０２１年５月１０日に出願された米国仮出願第６３／１８６，６６４号、２０２１年６月１５日に出願された同第６３／２１０，８８２号、２０２２年３月２１日に出願された同第６３／３２１，９２１号、２０２２年３月３１日に出願された同第６３／３６２，２９５号、２０２１年９月１日に出願された同第６３／２３９，６７１号、２０２１年６月１５日に出願された同第６３／２１０，８６６号、２０２２年１月１１日に出願された同第６３／２９８，５８７号、及び２０２２年３月９日に出願された同第６３／３１８，２０１号の利益を主張し、これらの仮出願は、本明細書に提示される開示と矛盾しない範囲で、それぞれの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
ｍＲＮＡスプライシングを調節するための組成物及び方法が本明細書において提供される。特に、エクソンスキッピングを誘導して、例えば、ＲＮＡ転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらし得るフレームシフトをＲＮＡ転写物に導入することによって、目的のタンパク質の発現又は活性を調節するための組成物及び方法が提供される。
遺伝子は、タンパク質などの機能的遺伝子産物をコードするデオキシリボ核酸（DeoxyriboNucleic Acid、ＤＮＡ）配列である。遺伝子のコードを機能的遺伝子産物に変換するプロセスは、遺伝子ＤＮＡからＲＮＡ（転写物）を転写するステップと、ＲＮＡをタンパク質に翻訳するステップとを含む。ＲＮＡは、タンパク質に翻訳され得る成熟メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）になるように処理を受ける未成熟「プレｍＲＮＡ」としてＤＮＡから最初に転写される。真核生物において、処理工程は、ＲＮＡの５’末端への単一ヌクレオチド修飾グアニン（Ｇ）ヌクレオチドキャップの付加と、ＲＮＡの３’末端へのポリアデノシン配列の付加（ポリＡテール）と、ＲＮＡスプライシングと、を含む。
スプライシングとは、イントロン（介在配列）がプレｍＲＮＡから除去され、エキソン（コード配列）が一緒に連結されて成熟ｍＲＮＡを形成するプロセスを指す。
多くの哺乳動物遺伝子は選択的にスプライシングされ、１つの遺伝子が、異なるサイズ及び／又は機能を有するタンパク質（アイソフォーム）に翻訳される異なるｍＲＮＡメッセージを生成することができるように、プレｍＲＮＡ配列中の異なるエクソンが成熟ｍＲＮＡ転写物中に包含されるか又は排除される。
選択的スプライシングは、転写物のエキソン及び／又はイントロン領域内の潜在性スプライス部位を含み得る。潜在性スプライス部位は、典型的には使用されないが、通常のスプライス部位がブロックされるか又は利用不可能である場合、又は突然変異が通常は休止状態の部位を活性スプライス部位にする場合に使用され得るスプライス部位である。潜在性スプライシングにおいて、スプライシング機構は、カノニカルスプライス部位ではなく潜在性スプライス部位を認識する。多くの場合、潜在性スプライシングは、ｍＲＮＡにおけるイントロン又はエクソン配列の一部又は全体の包含又は排除をもたらす。
プレｍＲＮＡスプライシングのアンチセンス調節は、潜在性スプライシングを回復させるため、選択的にスプライシングされた遺伝子のレベルを変化させるため（アイソフォームスイッチング）、及びエクソンスキッピングのために、例えば、破壊されたリーディングフレームを回復させるため、又は望ましくない遺伝子の機能をノックダウンするために使用されている（Ａａｒｔｓｍａ－Ｒｕｓ ａｎｄ Ｏｍｍｅｎ，ＲＮＡ（２００７），１３：１６０９－１６２４）。
治療におけるアンチセンス化合物の使用についての主要な問題は、全身投与された場合に細胞内区画へのアクセスを得るそれらの限定された能力、広範な又は特異的に標的化された組織分布を達成するそれらの限定された能力、及びオフターゲット効果を最小化するために標的化されたＲＮＡについての十分な特異性を得るという難題を含む。アンチセンス化合物の細胞内送達は、ポリマー、カチオン性リポソームなどの担体系の使用によって、又は構築物の化学修飾によって、例えばコレステロール分子の共有結合によって容易にすることができる。しかしながら、細胞内送達効率は低く、組織分布は狭い可能性がある。さらに、既存の技術は、オフターゲット相互作用によって妨げられたままである。結果として、改善された送達系は、これらのアンチセンスアプローチの有効性を増加させるために依然として必要とされており、例えば、異常な遺伝子転写、スプライシング及び／又は翻訳によって引き起こされる疾患を治療するために、所与の遺伝子産物を特異的に標的化するために、アンチセンス化合物を細胞内区画に、広く全ての影響を受ける組織型に送達するための有効な組成物に対する満たされていない必要性が残っている。
本開示は、概して、疾患に関連する遺伝子などの遺伝子の標的転写物（例えば、プレｍＲＮＡ）のスプライシングを調節するための化合物、組成物、及び方法に関する。実施形態において、本開示は、治療部分（Therapeutic Moiety、ＴＭ）及び細胞透過性ペプチド（Cell Penetrating Peptide、ＣＰＰ）を含む化合物及び組成物に関する。ＴＭは、標的転写物に結合して標的転写物のスプライシングを調節するアンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）であり得る。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のスプライスエレメント（Splice Element、ＳＥ）若しくはシス作用性スプライス調節エレメント（Splice Regulatory Element、ＳＲＥ）の少なくとも一部に、又は標的転写物のスプライスエレメント若しくはシス作用性スプライス調節エレメントに近接して結合して、標的転写物のスプライシングを調節する。実施形態では、転写物へのＡＣの結合は、標的転写物から発現されるタンパク質の発現又は活性の下方制御をもたらす。
実施形態では、標的転写物へのＡＣの結合は、エクソンのスキッピングをもたらす。実施形態において、エクソンのスキッピングは、フレームシフトをもたらす。実施形態において、フレームシフトは、未成熟終止コドンをもたらす。実施形態では、フレームシフトは、ナンセンス媒介崩壊をもたらす。実施形態では、フレームシフトは、未成熟終止コドン及びナンセンス媒介崩壊をもたらす。
本明細書に記載される化合物又は組成物が疾患を治療するために使用される方法が、本明細書に記載される。実施形態では、疾患は遺伝子疾患である。実施形態では、化合物又は組成物は、疾患に関連する遺伝子のスプライシングを調節することによって遺伝子疾患を治療するために使用される。実施形態では、化合物又は組成物は、疾患に関連する遺伝子転写物のスプライシングを調節することによって遺伝子疾患を治療する。実施形態において、方法は、本明細書に記載される化合物又は組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む。実施形態において、それを必要とする対象は、遺伝子疾患を有するか、又は有するリスクがある患者である。実施形態において、方法は、治療有効量の本明細書に記載される化合物又は組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む。実施形態において、遺伝子疾患は、ＩＲＦ－５、ＤＵＸ４、若しくはＧＹＳ１、又はそれらの遺伝的変異体の異常発現に関連する疾患である。
ＣＰＰは、ＡＣの細胞内送達を増強して、標的転写物のスプライシングを調節するＡＣの有効性を増強することができる。ＣＰＰは、環状ＣＰＰ（ｃＣＰＰ）であり得る。
本明細書に記載の化合物は、エンドソーム内の細胞に内在化された化合物又はその部分がエンドソームを脱出してサイトゾル又は細胞コンパートメントに入り、ＡＣが標的転写物に作用してスプライシングを調節することを可能にするように構成されたエンドソーム脱出ビヒクル（Endosomal Escape Vehicle、ＥＥＶ）を含んでもよい。実施形態において、ＥＥＶは、ｃＣＰＰなどのＣＰＰを含む。
実施形態において、ｃＣＰＰは、式（Ａ）のもの、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又はアミノ酸の芳香族若しくはヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のうちの少なくとも１つは、アミノ酸の芳香族又はヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７は独立して、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７のうちの少なくとも１つは、３－グアニジノ－２－アミノプロピオン酸、４－グアニジノ－２－アミノブタン酸、アルギニン、ホモアルギニン、Ｎ－メチルアルギニン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアルギニン、２，３－ジアミノプロピオン酸、２，４－ジアミノブタン酸、リジン、Ｎ－メチルリジン、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、Ｎ－エチルリジン、Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチルリジン、４－グアニジノフェニルアラニン、シトルリン、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、β－ホモアルギニン、３－（１－ピペリジル）アラニンの側鎖であり、
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
ｑは、１、２、３又は４である。
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ）のもの、
から選択される構造を有し、式中、
各ｍは、独立して、０～３の整数である。
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－１）：
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－２）：
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－３）：
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－４）：
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－５）：
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－６）：
実施形態において、ｃＣＰＰは、式（ＩＩ）のものであり、
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、６から１４員アリール又は６から１４員ヘテロアリールであり、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄは、独立してアミノ酸側鎖であり、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄのうちの少なくとも１つは、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄのうちの少なくとも１つは、グアニジン又はそのプロトン化形態若しくは塩であり、
各ｎ’’は、独立して、０から５の整数であり、
各ｎ’は、独立して、０から３の整数であり、
ｎ’が０である場合、Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｂ又はＲ２ｄは存在しない。
実施形態において、式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩ－１）：
実施形態において、式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩａ）：
実施形態において、式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩｂ）：
実施形態において、式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩｃ）：
実施形態において、ｃＣＰＰは、以下の構造
実施形態において、ｃＣＰＰは、以下の構造
実施形態では、化合物は環外ペプチド（Exocyclic Peptide、ＥＰ）を含む。実施形態では、ＥＰは、ＫＫ、ＫＲ、ＲＲ、ＨＨ、ＨＫ、ＨＲ、ＲＨ、ＫＫＫ、ＫＧＫ、ＫＢＫ、ＫＢＲ、ＫＲＫ、ＫＲＲ、ＲＫＫ、ＲＲＲ、ＫＫＨ、ＫＨＫ、ＨＫＫ、ＨＲＲ、ＨＲＨ、ＨＨＲ、ＨＢＨ、ＨＨＨ、ＨＨＨＨ、ＫＨＫＫ、ＫＫＨＫ、ＫＫＫＨ、ＫＨＫＨ、ＨＫＨＫ、ＫＫＫＫ、ＫＫＲＫ、ＫＲＫＫ、ＫＲＲＫ、ＲＫＫＲ、ＲＲＲＲ、ＫＧＫＫ、ＫＫＧＫ、ＨＢＨＢＨ、ＨＢＫＢＨ、ＲＲＲＲＲ、ＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＲＫ、ＲＫＫＫＫ、ＫＲＫＫＫ、ＫＫＲＫＫ、ＫＫＫＫＲ、ＫＢＫＢＫ、ＲＫＫＫＫＧ、ＫＲＫＫＫＧ、ＫＫＲＫＫＧ、ＫＫＫＫＲＧ、ＲＫＫＫＫＢ、ＫＲＫＫＫＢ、ＫＫＲＫＫＢ、ＫＫＫＫＲＢ、ＫＫＫＲＫＶ、ＲＲＲＲＲＲ、ＨＨＨＨＨＨ、ＲＨＲＨＲＨ、ＨＲＨＲＨＲ、ＫＲＫＲＫＲ、ＲＫＲＫＲＫ、ＲＢＲＢＲＢ、ＫＢＫＢＫＢ、ＰＫＫＫＲＫＶ、ＰＧＫＫＲＫＶ、ＰＫＧＫＲＫＶ、ＰＫＫＧＲＫＶ、ＰＫＫＫＧＫＶ、ＰＫＫＫＲＧＶ又はＰＫＫＫＲＫＧの配列のうちの１つを含み、式中、Ｂはベータアラニンである。
実施形態では、化合物は、式（Ｃ）のもの、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈであるか、又はアリール若しくはヘテロアリール基を含む側鎖であり、式中、Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のうちの少なくとも１つは、アリール若しくはヘテロアリール基を含む側鎖であり、
Ｒ４及びＲ７は、独立して、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
ＥＰは、環外ペプチドであり、
各ｍは、独立して、０～３の整数であり、
ｎは、０～２の整数であり、
ｘ’は、１～２３の整数であり、
ｙは、１～５の整数であり、
ｑは、１～４の整数であり、
ｚ’は、１～２３の整数であり、
ＣａｒｇｏはＡＣである。
実施形態において、化合物は、式（Ｃ－１）、（Ｃ－２）、（Ｃ－３）、又は（Ｃ－４）の構造を含み、
スプライシング
プレｍＲＮＡ分子は核内で作られ、翻訳のために細胞質へ輸送される前又は輸送中に処理される。プレｍＲＮＡの処理は、転写物の３’末端への５’メチル化グアニンキャップ及び約２００～２５０塩基のポリ（Ａ）テールの付加を含む。プレｍＲＮＡ処理には、哺乳動物ｍＲＮＡの約９０％～約９５％の成熟において生じるスプライシングも含まれる。イントロン（又は介在配列）は、成熟ｍＲＮＡのコード配列に含まれない一次転写物（又はそれをコードするＤＮＡ）の領域である。エキソンは、細胞質に到達したときに成熟ｍＲＮＡ中に残る一次転写物の領域である。転写物は、複数のイントロン及びエクソンを有し得る。エキソンは一緒にスプライシングされて成熟ｍＲＮＡ配列を形成する。スプライス接合部はスプライス部位とも呼ばれ、接合部の５’側はしばしば「５’スプライス部位」又は「スプライスドナー部位」と呼ばれ、３’側は「３’スプライス部位」又は「スプライスアクセプタ部位」と呼ばれる。スプライシングにおいて、上流エキソンの３’末端は、下流エキソンの５’末端に連結される。したがって、転写物（例えば、プレｍＲＮＡ）は、イントロンの５’末端にエクソン／イントロン接合部を有し、イントロンの３’末端にイントロン／エクソン接合部を有する。イントロンが除去された後、エキソンは、成熟ｍＲＮＡにおいてエキソン／エキソン接合部又は境界と呼ばれることもあるところで隣接する。潜在性スプライス部位は、あまり頻繁に使用されないが、通常のスプライス部位がブロックされるか又は利用不可能である場合に使用され得る部位である。エキソンの異なる組み合わせを一緒にスプライシングすることとして定義される選択的スプライシングは、しばしば、単一の遺伝子から複数のｍＲＮＡ転写物を生じる。
プレｍＲＮＡ分子は核内で作られ、翻訳のために細胞質へ輸送される前又は輸送中に処理される。プレｍＲＮＡの処理は、転写物の３’末端への５’メチル化グアニンキャップ及び約２００～２５０塩基のポリ（Ａ）テールの付加を含む。プレｍＲＮＡ処理には、哺乳動物ｍＲＮＡの約９０％～約９５％の成熟において生じるスプライシングも含まれる。イントロン（又は介在配列）は、成熟ｍＲＮＡのコード配列に含まれない一次転写物（又はそれをコードするＤＮＡ）の領域である。エキソンは、細胞質に到達したときに成熟ｍＲＮＡ中に残る一次転写物の領域である。転写物は、複数のイントロン及びエクソンを有し得る。エキソンは一緒にスプライシングされて成熟ｍＲＮＡ配列を形成する。スプライス接合部はスプライス部位とも呼ばれ、接合部の５’側はしばしば「５’スプライス部位」又は「スプライスドナー部位」と呼ばれ、３’側は「３’スプライス部位」又は「スプライスアクセプタ部位」と呼ばれる。スプライシングにおいて、上流エキソンの３’末端は、下流エキソンの５’末端に連結される。したがって、転写物（例えば、プレｍＲＮＡ）は、イントロンの５’末端にエクソン／イントロン接合部を有し、イントロンの３’末端にイントロン／エクソン接合部を有する。イントロンが除去された後、エキソンは、成熟ｍＲＮＡにおいてエキソン／エキソン接合部又は境界と呼ばれることもあるところで隣接する。潜在性スプライス部位は、あまり頻繁に使用されないが、通常のスプライス部位がブロックされるか又は利用不可能である場合に使用され得る部位である。エキソンの異なる組み合わせを一緒にスプライシングすることとして定義される選択的スプライシングは、しばしば、単一の遺伝子から複数のｍＲＮＡ転写物を生じる。
プレｍＲＮＡからのイントロンの除去は、スプライセオソーム、５つの核内低分子リボヌクレオタンパク質（ｓｎＲＮＰ）を含むリボヌクレオタンパク質（ＲＮＰ）錯体、及び多数の他のタンパク質によって触媒される（Ｗｉｌｌ ａｎｄ Ｌｕｈｒｍａｎｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ．Ｐｅｒｓｐｅｃｔ．Ｂｉｏｌ．（２０１１），３（７）：ａ００３７０７；Ｈａｖｅｎｓ，ｅｔ ａｌ．，Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．ＲＮＡ（２０１４），４（３），２４７－２６６．ｄｏｉ：１０．１００２／ｗｒｎａ．１１５８）。スプライシングは、スプライスエレメント（ＳＥ）によって部分的に支配される。本明細書中で使用される場合、「スプライスエレメント」は、スプライシング、例えば、カノニカルスプライシングが発生するために必要なプレｍＲＮＡ中に見出される配列エレメントである（図１Ａ）。ＳＥは、５’スプライス部位（５’ｓｓ）及び３’スプライス部位（３’ｓｓ）を含む。ドナースプライス部位とも呼ばれる５’ｓｓは、あまり保存されていない下流残基と共に、ほぼ不変の「ＧＵ」ジヌクレオチド配列を含む。５’スプライス部位はまた、エキソン／イントロン接合部を含む。本明細書中で使用される場合、エキソン／イントロン接合部は、５’ｓｓのＧＵ配列のＧから１０ヌクレオチド上流及び１０ヌクレオチド（＋１０及び－１０）のヌクレオチド配列である。３’ｓｓ、又はアクセプタスプライス部位は、３つの保存されたエレメントである、分岐点と呼ばれることもある分岐スプライス点（ＢＳＰ）、ポリピリミジン又はＰｙトラクト、及び末端「ＡＧ」を含む。ＢＳＰは典型的には、３’ｓｓから約１８～約４０ヌクレオチドに位置するアデノシンである。Ｐｙトラクトは、典型的には、約１５～約２０個のピリミジン残基、特にウラシル（Ｕ）を含む（図１ＡにおいてＸｎとして示される）。しかしながら、非定型分岐点が存在する。それらは、３’スプライス部位からより離れており、及び／又は非アデノシン塩基を利用する（モンテスら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．（２０１９），３５（１）：６８－８７）。３’ｓｓはまた、イントロン／エクソン接合部を含む。本明細書中で使用される場合、イントロン／エキソン接合部は、３’ｓｓのＡＧ配列のＧから１０ヌクレオチド上流及び１０ヌクレオチド（＋１０及び－１０）のヌクレオチド配列である。
エクソンは、ほとんどのスプライシング反応において、５つの小リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）（Ｕ１、Ｕ２、Ｕ４、Ｕ５、及びＵ６（Ｈａｖｅｎｓら、（２０１４）Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．ＲＮＡ．２０１３，４（３），２４７－２６６．ｄｏｉ：１０．１００２／ｗｒｎａ．１１５８；Ｗａｈｌ Ｍ．Ｃ．ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ（２００９），１３６：７０１－７１８））の核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）成分との特異的塩基対合相互作用によって認識される。各ｓｎＲＮＰは、特定のヌクレオチド配列及び１つ以上のタンパク質を認識するように構成された核内低分子ＲＮＡを含む。エクソンスプライシングは、２つの連続的なスプライセオソーム触媒エステル交換反応を含む（図１Ｂ）。一般に、スプライシング反応は、Ｕ１が５’ｓｓに結合することによって開始され、続いてＵ２が分岐スプライスポイント（ＢＰＳ）に結合し、最後にＵ４、Ｕ５、及びＵ６が５’及び３’スプライス部位の近くに結合する。次いで、Ｕ１及びＵ４が置換され、続いて、イントロン内の分岐点ヌクレオチドの２’－ＯＨ（図１Ｂに示されるようなＡ）が、５’スプライス部位におけるイントロンの第１のヌクレオチド（図１Ｂに示されるようなＧ）に対して求核性攻撃を行い、投げ縄中間体を形成する第１エステル交換反応が行われる。第２の反応において、放出された５’エキソンの３’－ＯＨは、３’スプライス部位のイントロンの最後のヌクレオチド（図１Ｂに示されるようなＧ）において求核性攻撃を行い、エキソンを連結し、そしてイントロンラリアットを放出する。Ｕ４、Ｕ５及びＵ６も同様に解放される。
ＳＥに加えて、スプライシングは、スプライシング調節エレメント（Splicing Regulatory Element、ＳＲＥ）によって部分的に調節される。ＳＲＥは、シス調節エレメント及びトランス作用性スプライシング因子を含む。シス調節エレメント及びトランス作用性スプライシング因子は、カノニカルスプライシング、選択的スプライシング、又は潜在性スプライシングを促進し得る。
シス調節エレメントは、スプライシングを抑制又は増強する転写物内のヌクレオチド配列である。トランス作用性スプライシング因子は、転写物内に位置せず、スプライシングを増強又は抑制するように働くタンパク質及び／又はオリゴヌクレオチドである。シス調節エレメントは、一般に、スプライシングを活性化又は抑制するトランス作用性スプライシング因子を動員するように機能する。トランス作用性スプライス因子は、シス調節エレメントと会合することによってスプライシングを調節する。トランス作用性スプライス因子には、セリン／アルギニンリッチ（ＳＲリッチ）タンパク質及び異種核リボ核タンパク質（ｈｎＲＮＰ）が含まれる。
スプライシングシス調節エレメントには、エクソンスプライシングエンハンサ（ＥＳＥ）配列、エクソンスプライシングサイレンサ（ＥＳＳ）配列、イントロンスプライシングエンハンサ（ＩＳＥ）配列、及びイントロンスプライシングサイレンサ（ＩＳＳ）配列が含まれる（図１Ａ）。ＥＳＥ配列は、それらが存在するエクソンのｍＲＮＡへの包含を促進する。ＥＳＳ配列は、それらが残留するエクソンのｍＲＮＡへの包含を阻害する。ＩＳＥ配列は、イントロン内のそれらの位置からの選択的スプライス部位の使用を増強する。ＩＳＳ配列は、イントロン内のそれらの位置からの選択的スプライス部位の使用を阻害する。典型的には、ＩＳＳは８～１６ヌクレオチド長であり、エキソン－イントロン接合部のスプライス部位ほど保存されていない。
プレｍＲＮＡスプライシングはまた、スプライセオソーム又は他の調節タンパク質の結合に影響を及ぼし得る転写物内の末端ステムループ（Terminal Stem Loop、ＴＳＬ）などの二次構造の形成によって調節され得る。末端ステムループ配列は、ＳＲＥであり得、そして代表的には約１２～約２４ヌクレオチドであり、１２～２４ヌクレオチド配列内の相補性（従って、結合）に起因して二次ループ構造を形成する。
各ＳＥ及び／又はシス作用性ＳＲＥは、介在配列（Intervening Sequence、ＩＳ）によって、隣接するシス作用性ＳＲＥ及び／又はＳＥから分離される。
エクソンスキッピング
ほとんどの真核生物プレｍＲＮＡは、しばしばエキソンをスキップすることによって異なってスプライシングされ得、選択的スプライシングと呼ばれるプロセスにおいて別個の成熟ｍＲＮＡアイソフォームを産生する。「選択的スプライシング」という用語は、異なる組み合わせでのエクソンの連結を指す（例えば、異なる５’及び３’スプライス部位が連結される）。選択的スプライシングは、アミノ酸を挿入若しくは除去し、リーディングフレームをシフトさせ、かつ／又は終止コドンを導入することができ、これは、遺伝子及び遺伝子から発現されるタンパク質の複雑性、柔軟性、及び存在量に寄与する。選択的スプライシングはまた、調節エレメントを除去又は挿入すること、翻訳、ｍＲＮＡ安定性、及び／又は局在化を制御することによって、遺伝子発現に影響を及ぼし得る。スプライシングを破壊する突然変異は、全ての疾患を引き起こす突然変異の３分の１までを占めると推定されている（Ｈａｖｅｎｓら（２０１４）Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．ＲＮＡ．２０１３，４（３），２４７－２６６．ｄｏｉ：１０．１００２／ｗｒｎａ．１１５８；Ｌｉｍ Ｋ．Ｈ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（２０１１），１０８：１１０９３－１１０９８；Ｆａｕｓｔｉｎｏ ａｎｄ Ｃｏｏｐｅｒ，Ｇｅｎｅｓ ＆ Ｄｅｖ．（２００３），１７：４１９－４３７；及びＳｔｅｒｎｅ－Ｗｅｉｌｅｒ Ｔ．ら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．（２０１１），２１：１５６３－１５７１）。
ほとんどの真核生物プレｍＲＮＡは、しばしばエキソンをスキップすることによって異なってスプライシングされ得、選択的スプライシングと呼ばれるプロセスにおいて別個の成熟ｍＲＮＡアイソフォームを産生する。「選択的スプライシング」という用語は、異なる組み合わせでのエクソンの連結を指す（例えば、異なる５’及び３’スプライス部位が連結される）。選択的スプライシングは、アミノ酸を挿入若しくは除去し、リーディングフレームをシフトさせ、かつ／又は終止コドンを導入することができ、これは、遺伝子及び遺伝子から発現されるタンパク質の複雑性、柔軟性、及び存在量に寄与する。選択的スプライシングはまた、調節エレメントを除去又は挿入すること、翻訳、ｍＲＮＡ安定性、及び／又は局在化を制御することによって、遺伝子発現に影響を及ぼし得る。スプライシングを破壊する突然変異は、全ての疾患を引き起こす突然変異の３分の１までを占めると推定されている（Ｈａｖｅｎｓら（２０１４）Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．ＲＮＡ．２０１３，４（３），２４７－２６６．ｄｏｉ：１０．１００２／ｗｒｎａ．１１５８；Ｌｉｍ Ｋ．Ｈ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（２０１１），１０８：１１０９３－１１０９８；Ｆａｕｓｔｉｎｏ ａｎｄ Ｃｏｏｐｅｒ，Ｇｅｎｅｓ ＆ Ｄｅｖ．（２００３），１７：４１９－４３７；及びＳｔｅｒｎｅ－Ｗｅｉｌｅｒ Ｔ．ら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．（２０１１），２１：１５６３－１５７１）。
スプライシングプロセスに影響を与える変異は、多くの異なる方法で起こり得る（Ｈａｖｅｎｓら、（２０１４年）Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．ＲＮＡ．２０１３，４（３），２４７－２６６．ｄｏｉ：１０．１００２／ｗｒｎａ．１１５８）。例えば、イントロン突然変異は、コアスプライス部位（５’ｓｓ又は３’ｓｓ、Ｐｙトラクト又はＢＰＳ内の配列）を破壊し、突然変異スプライス部位（５’ｓｓ及び／又は３ｓｓ）から上流又は下流のエクソン（複数可）のスキッピング又はイントロンの保持をもたらし得る。しばしば、スプライス部位が変異される場合、偽スプライス部位は、隣接するエキソン又はイントロン内で活性化され、これは、スプライシング後に、代替転写物を生じる。イントロン内の突然変異はまた、デノボスプライシングサイレンサ及び／若しくはエンハンサを破壊若しくは作製し得、並びに／又はデノボ潜在性スプライス部位を作製し得る。イントロンスプライス部位突然変異は、疾患突然変異のおよそ１０～１５％を占め得る（Ｈａｖｅｎｓら（２０１４）Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．ＲＮＡ．２０１３，４（３），２４７－２６６．ｄｏｉ：１０．１００２／ｗｒｎａ．１１５８；Ｓｔｅｎｓｏｎ Ｐ．Ｄ．ら，Ｔｈｅ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｄａｔａｂａｓｅ：２００８ ｕｐｄａｔｅ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ ２００９，１：１３）。コードエクソン内で生じる突然変異（エクソン突然変異）は、デノボ潜在性スプライス部位の創出、調節機能を有するＲＮＡ二次構造の破壊、及び／又はスプライシングサイレンサ若しくはエンハンサの破壊をもたらして、スプライシングに必要とされる配列特異的ＲＮＡ結合タンパク質によってスプライス部位を認識不可能にすることができる。エキソン変異の分析により、エキソン内の変異の２５％もがスプライシングを変化させ得ることが予測される（同書；Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（２０１１），１０８：１１０９３－１１０９８）。潜在性スプライシングは、スプライス部位として通常使用されないが、カノニカルスプライス部位を不活性化するか、又は以前に存在しなかったスプライス部位を作製する突然変異によって活性化されるプレｍＲＮＡ中の配列によって引き起こされる（Ａｒｅｃｈａｖａｌａ－Ｇｏｍｅｚａら、Ｔｈｅ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（２０１４），４（７），２４５－２５２）。Ｒｏｃａ Ｘ．ら，Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．（２０１３）；２７（２）：１２９－１４４）。さらに、プレｍＲＮＡから生成される異なるタンパク質に寄与する選択的スプライシングは、１つのアイソフォームから疾患に関連する異なるアイソフォームへ発現をシフトさせることによって疾患を引き起こし得る（同書）。
スプライシング反応又はスプライシングに関与するスプライスエレメント（例えば、ＳＥ及び／又はＳＲＥ）を標的化して異常なスプライシングを誘導することは、疾患の病因に関与するタンパク質の遺伝子発現を破壊するために使用され得る。例えば、スプライシングは、エクソンのスキッピングを引き起こすように標的化され得、それによって、非機能的若しくは短縮タンパク質又はＲＮＡ転写物の分解をもたらすフレームシフト又は停止コドンを導入する（Ｓｔｅｎｓｏｎ Ｐ．Ｄ．ら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ．２００８；１（１３））。スプライシング誘導性リーディングフレーム修正、再フレーミング、及び／又は標的転写物のナンセンス媒介崩壊は、多くの疾患及び障害を治療する機会を提供する。
化合物
本明細書では、目的の遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物が開示される。実施形態において、化合物は、標的遺伝子の標的転写物のスプライシングを調節する。実施形態では、化合物は、少なくとも１つの細胞透過性ペプチド（Cell Penetrating Peptide、ＣＰＰ）と、標的ヌクレオチド配列に結合する少なくとも１つの治療部分（Therapeutic Moiety、ＴＭ）とを含む。実施形態では、ＴＭはアンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）である。実施形態において、標的ヌクレオチド配列は、シス作用性スプライシング調節エレメント（Splicing Regulatory Element、ＳＲＥ）の少なくとも一部に近接するか若しくはそれを含むヌクレオチド配列、及び／又はスプライシングエレメント（Splicing Element、ＳＥ）の少なくとも一部に近接するか若しくはそれを含むヌクレオチド配列を含む。
本明細書では、目的の遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物が開示される。実施形態において、化合物は、標的遺伝子の標的転写物のスプライシングを調節する。実施形態では、化合物は、少なくとも１つの細胞透過性ペプチド（Cell Penetrating Peptide、ＣＰＰ）と、標的ヌクレオチド配列に結合する少なくとも１つの治療部分（Therapeutic Moiety、ＴＭ）とを含む。実施形態では、ＴＭはアンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）である。実施形態において、標的ヌクレオチド配列は、シス作用性スプライシング調節エレメント（Splicing Regulatory Element、ＳＲＥ）の少なくとも一部に近接するか若しくはそれを含むヌクレオチド配列、及び／又はスプライシングエレメント（Splicing Element、ＳＥ）の少なくとも一部に近接するか若しくはそれを含むヌクレオチド配列を含む。
本明細書で使用される場合、「スプライシングの調節」及び「スプライシングを調節する」とは、スプライシングされたｍＲＮＡ分子が、エキソンスキッピング若しくはエキソン包含の結果としてエキソンの異なる組み合わせ、１つ以上のエキソンにおける欠失、又はスプライシングされたｍＲＮＡにおいて通常見出されない配列（例えば、イントロン配列）の欠失若しくは付加のいずれかを含むように、プレｍＲＮＡ転写物の処理を変化させることをいう。スプライシングを調節することは、スプライシングプロセスの１つ以上の工程を妨害又は促進することを含み得る。本明細書中で使用される場合、用語「スプライシングプロセス」は、例えば、スプライシングエレメント及び／又はシス作用性スプライシング調節エレメントへの種々のｓｎＲＮＰ（例えば、Ｕ１、Ｕ２、Ｕ３、Ｕ４、及びＵ５）の結合、シス調節エレメントへの種々のタンパク質及び／又はオリゴヌクレオチドの結合、並びに例えば図１Ｂに示されるような２つの連続的なエステル交換反応を含む、スプライシング反応の全ての工程を包含する。
治療部分
実施形態において、本開示は、目的の遺伝子からの目的の転写物のスプライシングを調節することができる１つ以上の治療部分（Therapeutic Moiety、ＴＭ）を含む化合物を記載する。実施形態では、目的の遺伝子は、疾患を引き起こす遺伝子であり得る。
実施形態において、本開示は、目的の遺伝子からの目的の転写物のスプライシングを調節することができる１つ以上の治療部分（Therapeutic Moiety、ＴＭ）を含む化合物を記載する。実施形態では、目的の遺伝子は、疾患を引き起こす遺伝子であり得る。
ＴＭは、標的ヌクレオチド配列に結合する（例えば、ハイブリダイズする）。標的ヌクレオチド配列は、一般に、目的の遺伝子の標的転写物内に含まれる。例えば、目的の遺伝子を標的とするＴＭは、標的転写物内にある標的ヌクレオチド配列（例えば、スプライシングエレメント）に結合し得る。
ＴＭは、アンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat、ＣＲＩＳＰＲ）遺伝子編集機構に関連するエレメントのうちの１つ以上、ポリペプチド、又はそれらの組み合わせであり得る。
アンチセンス化合物（ＡＣ）
実施形態において、治療部分は、標的遺伝子の標的転写物のスプライシングを調節することができるアンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）を含む。ＡＣは、ＤＮＡ塩基、修飾ＤＮＡ塩基、ＲＮＡ塩基、修飾ＲＮＡ塩基、修飾ヌクレオシド間結合、従来のヌクレオシド間結合、従来のＤＮＡ糖、修飾ＤＮＡ糖、従来のＲＮＡ糖、修飾ＲＮＡ糖、又はそれらの組み合わせを含むオリゴヌクレオチドである。実施形態では、ＡＣは、標的転写物内に見出される標的ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。実施形態では、ＡＣは、標的転写物内のスプライシングエレメント及び／又はスプライシング調節エレメントの少なくとも一部に近接するか、又はそれを含む標的ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。
実施形態において、治療部分は、標的遺伝子の標的転写物のスプライシングを調節することができるアンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）を含む。ＡＣは、ＤＮＡ塩基、修飾ＤＮＡ塩基、ＲＮＡ塩基、修飾ＲＮＡ塩基、修飾ヌクレオシド間結合、従来のヌクレオシド間結合、従来のＤＮＡ糖、修飾ＤＮＡ糖、従来のＲＮＡ糖、修飾ＲＮＡ糖、又はそれらの組み合わせを含むオリゴヌクレオチドである。実施形態では、ＡＣは、標的転写物内に見出される標的ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。実施形態では、ＡＣは、標的転写物内のスプライシングエレメント及び／又はスプライシング調節エレメントの少なくとも一部に近接するか、又はそれを含む標的ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。
本明細書に記載されるＡＣは、１つ以上の不斉中心を含み得、ひいては、エナンチオマー、ジアステレオマー、及び絶対立体化学に関して、（Ｒ）若しくは（Ｓ）、若しくは、又は（Ｄ）若しくは（Ｌ）として定義され得る他の立体異性配置を生じ得る。本明細書で提供されるアンチセンス化合物には、全てのそのような可能な異性体、並びにそれらのラセミ形態及び光学的に純粋な形態が含まれる。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物におけるヌクレオチドの付加又は欠失をもたらす選択的スプライシングを誘導する。いくつかの実施形態では、ＡＣは、標的転写物の単一エクソン内のヌクレオチドの付加又は欠失をもたらす選択的スプライシングを誘導する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の単一エクソン内のヌクレオチドの欠失をもたらす選択的スプライシングを誘導する。実施形態では、単一エクソン内のヌクレオチドの欠失は、短縮タンパク質の翻訳をもたらす。実施形態において、短縮タンパク質は、非短縮タンパク質よりも細胞に対する毒性が低い。
実施形態において、ＡＣは、エクソンをスキップさせ（エクソンスキッピングと呼ばれることもある）、標的タンパク質及び／又は標的遺伝子によって調節される下流タンパク質の発現又は活性の増加又は減少をもたらすように設計される。実施形態において、短縮タンパク質及び／又は非機能的タンパク質をコードするｍＲＮＡを生成するＡＣが提供される。実施形態では、選択的スプライシングによって短縮タンパク質及び／又は非機能的タンパク質をコードするｍＲＮＡを生成するＡＣが提供される。実施形態では、例えばナンセンス媒介崩壊を介して標的転写物の分解を誘発するＡＣが提供される。実施形態では、有益な特性を有する代替ｍＲＮＡアイソフォームを生成するアンチセンス化合物（ＡＣ）が提供される。
アンチセンス化合物（ＡＣ）は、任意の適切な様式でスプライシングを調節するために使用され得る。実施形態において、ＡＣは、スプライス部位、又はスプライシングエレメント（ＳＥ）及び／若しくはシス作用性スプライシング調節エレメント（ＳＲＥ）の少なくとも一部へのアクセスを立体的にブロックし、それによってスプライシングを潜在性又はデノボスプライス部位に再指向するように設計され得る。実施形態において、ＡＣは、スプライシングエンハンサ配列（例えば、ＥＳＥ及び／若しくはＩＳＥ）又はスプライシングサイレンサ配列（例えば、ＥＳＳ及び／若しくはＩＳＳ）に標的化されて、標的部位におけるトランス作用性調節スプライシング因子の結合を防止し、スプライシングを効果的に遮断又は促進することができる。実施形態において、ＡＣは、ステムループ構造を強化するために、スプライシング調節ステムループの塩基にわたって塩基対を形成するように設計され得る。
実施形態では、ＡＣは、結果として生じる処理された転写物、例えばｍＲＮＡにおいて、１つ以上のヌクレオチドの付加又は欠失を誘導する。オープンリーディングに付加されたか又はそこから除去されたヌクレオチドの数が３で割り切れて整数を生じる場合、得られた転写物は、転写物から発現される対応タンパク質よりも多いか又は少ないアミノ酸を有するが、ヌクレオチドが付加又は除去されなかった転写物から発現されるタンパク質と、付加又は欠失されたアミノ酸以外は同じアミノ酸配列を有する、機能的又は非機能的タンパク質に翻訳され得る。オープンリーディングフレームに付加されたか又はそこから除去されたヌクレオチドの数が、整数を生成するために３で割り切れない場合、得られる処理された転写物（例えば、ｍＲＮＡ）のオープンリーディングフレームは、シフトされる。例えば、このような「フレームシフト」改変を誘導するために付加又は欠失されるヌクレオチドの数は、１、２、４、５、７、８、１０、１１、１３、１４、１６、１７、１９、２０、２２、２３などであり得る。遺伝子コードのトリプレット性に起因して、３で割り切れない数のヌクレオチドの付加又は欠失は、得られる処理された転写物（例えば、ｍＲＮＡ）のリーディングフレームをフレームシフトの下流にシフトさせる。シフトされたリーディングフレームは、ナンセンス媒介崩壊をもたらし得るか、フレームシフトの下流のナンセンス内に未成熟終止コドンをもたらし得るか、及び／又はフレームシフトの下流のアミノ酸の完全に異なる配列を有するタンパク質の発現をもたらし得る。
実施形態では、ＡＣは、オープンリーディングフレームへの未成熟終止コドン（Premature Termination Codon、ＰＴＣ）の導入を誘導する。本明細書中で使用される場合、「未成熟終止コドン」は、翻訳開始コドンと同調し、翻訳開始コドンと同調する生理学的終止コドンの上流に位置する終止コドンである。ＰＴＣを有する標的転写物は、ナンセンス媒介崩壊を含む種々の機構を介して不安定化及び分解され得る。
ナンセンス媒介崩壊は、細胞に対して有害な影響を有し得る短縮タンパク質の発現を防止するために、ＰＴＣを有するｍＲＮＡ転写物を除去するためのエキソヌクレアーゼ分解経路及びエンドヌクレアーゼ分解経路の開始を認識する監視機構である。いくつかのナンセンス媒介崩壊経路が企図され、概説されている（Ｌｅｊｅｕｎｅら，Ｂｉｏｍｅｄｉｃｉｎｅｓ（２０２０），１０（１）：１４１；Ｂｒｏｇｎａら，Ｎａｔｕｒｅ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（２００９），１６，１０８－１１３；Ｋａｒｏｕｓｉｓら，Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．Ｒｅｖ．ＲＮＡ（２０１６），７（５）：６６１－６８２）。標的遺伝子が疾患において過剰発現される実施形態において、ナンセンス媒介崩壊を誘導することは、標的タンパク質の濃度を低下させ、したがって疾患を治療するために使用され得る。
実施形態では、ＡＣはエクソンスキッピングを誘導して、標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。これは、エクソンをスキップして特定のタンパク質アイソフォームの発現を誘導し、ミススプライシング、選択的スプライシングを修正し、かつ／又は特定のエクソンにおける有害な突然変異を回避することを目的とする従来のエクソンスキッピングとは対照的である。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物内のエクソンのエクソンスキッピングを誘導し、エクソンは、３で割り切れない数のヌクレオチドを有する。実施形態において、ＡＣは、３で割り切れない数のヌクレオチドを有するエクソンのエクソンスキッピングを誘導し、標的転写物内にＰＴＣをもたらす。実施形態では、ＡＣは、３で割り切れない数のヌクレオチドを有するエクソンのエクソンスキッピングを誘導し、標的転写物内のＰＣＴをもたらし、これは、標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。実施形態において、標的転写物のナンセンス媒介崩壊を誘導することは、標的転写物の濃度の減少をもたらす。実施形態では、標的転写物のナンセンス媒介崩壊を誘導することは、標的転写物によってコードされる標的タンパク質の濃度の減少をもたらす。実施形態では、標的転写物のナンセンス媒介崩壊を誘導することは、標的遺伝子によって調節される下流遺伝子のタンパク質のレベルの増加及び／又は減少をもたらす。
図２は、標的転写物のナンセンス媒介崩壊又はタンパク質の翻訳の未成熟終結をもたらすＡＣ誘導性エクソンスキッピングの例を示す。ＡＣはプレｍＲＮＡに結合する。例示的な実施形態において、ＡＣは、エキソン３のイントロン／エキソン接合部で結合する。他の実施形態では、ＡＣは、様々な他の場所で標的転写物に結合して、エクソンスキッピングを誘導し、標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらすことができる（他の箇所で論じる）。エキソン３におけるヌクレオチドの数は、３で割り切れない（例えば、５２、１０６、２３２、３６５など）。イントロン／エキソン接合部へのＡＣの結合は、種々の可能な機構を介してエキソン３のエキソンスキッピングを誘導する。例えば、イントロン／エキソン接合部へのＡＣの結合は、スプライシング機構がスプライシングエレメントに接近することを妨げる。さらに、又はあるいは、イントロン／エキソン接合部へのＡＣの結合は、スプライシングプロセスを完了するために必要とされるエステル交換反応の一方又は両方の完了を妨げる。標的転写物へのＡＣ結合の結果として、エキソン３はスキップされ、得られた転写物はエキソン４に連結されたエキソン２を含む。標的転写物へのＡＣ結合及びエキソン３のスキッピングの結果として、得られた転写物のエキソン４におけるリーディングフレームがシフトする。図示された実施形態におけるリーディングフレームのシフトは、得られる転写物にＰＴＣを導入する。標的転写物へのＡＣ結合の結果として、エキソン３及びＰＴＣを有するエキソン４をスキップして、得られた転写物が標的化され、そしてナンセンス媒介崩壊を受ける。
標的配列の決定及びエキソンスキッピングを誘導するためのアンチセンス化合物（ＡＣ）の設計は、例えば、Ａａｒｔｓｍａ－Ｒｕｓ，Ａ．ら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ（２００８），１７（３）５４８－５５３及びＡａｒｔｓｍａ－Ｒｕｓ，Ａ．ら，ＲＮＡ（２００７），１３（１０）１６０９－１６２４によって開示されるものを含む、種々の異なる方法を使用して達成され得る。実施形態において、ＡＣは、標的転写物のスプライスエレメント（ＳＥ）の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の全ＳＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＥ及びＳＥ間の介在配列を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＲＥの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の全ＳＲＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＲＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＲＥ及びＳＲＥ間の介在配列を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥ全体と、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの上流及び／又は下流にある１つ以上の隣接配列とを含む。実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの全体ではなく一部と、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの上流及び／又は下流にある１つ以上の隣接配列とを含む。
実施形態では、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、１５以上、又は２０以上の塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に、２５以下、２０以下、１５以下、１０以下、５以下、４以下、３以下、又は２以下の塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～５、１～４、１～３又は１～２塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に２～２５、２～２０、２～１５、２～１０、２～５、２～４、又は２～３塩基を含む。実施形態では、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に３～２５、３～２０、３～１５、３～１０、３～５、又は３～４塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に４～２５、４～２０、４～１５、４～１０、又は４～５塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に５～２５、５～２０、５～１５、又は５～１０塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に１０～２５、１０～２０、又は１０～１５塩基を含む。態様において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に１５～２５又は１５～２０塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に２０～２５塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、介在配列又はその一部を含む。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物の５’ｓｓの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のエクソン／イントロン接合部の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の３’ｓｓの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＰｙトラクト、ＢＰＳ、末端「ＡＧ」、及び／又はイントロン／エクソン接合部の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物のスプライス調節エレメント（ＳＲＥ）の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の全ＳＲＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＲＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＲＥ及び標的転写物のＳＲＥ間の介在配列を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＥＳＥの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＳＥの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＥＳＳの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＩＳＳの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態において、ＡＣは、標的転写物（複数可）の末端ステムループ（ＴＬＳ）の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物の異常なＳＥ及び／又はＳＲＥの少なくとも一部とハイブリダイズし、ここで、異常なＳＥ及び／又はＳＲＥは、標的遺伝子における変異から生じた。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／若しくはＳＲＥ、エクソン／イントロン接合部、又はイントロン／エクソン接合部の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の再配列又は欠失に起因する異常な融合接合部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、標的転写物の選択的にスプライシングされたｍＲＮＡ中の特定のエクソンとハイブリダイズする。
実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のスプライスエレメント（ＳＥ）の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の全ＳＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の複数のＳＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＥ、並びにＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ間の介在配列を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥの少なくとも一部及びＳＥの１つ以上の隣接配列とハイブリダイズする。
実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５標的転写物の５’ｓｓの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５標的転写物のエクソン／イントロン接合部の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５標的転写物の３’ｓｓの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５標的転写物のＰｙトラクト、ＢＰＳ、末端「ＡＧ」、及び／又はイントロン／エクソン接合部の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥの少なくとも一部又はＳＲＥの少なくとも一部を含まない標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＳＥ及び／又はＳＲＥに十分に近接している標的ヌクレオチド配列に結合して、標的転写物のスプライシングを調節する。実施形態では、標的転写物のＳＥの少なくとも一部又はＳＲＥの少なくとも一部を含まない標的ヌクレオチド配列に結合し、標的転写物のスプライシングを調節するＡＣは、標的転写物に結合し得、翻訳因子又はトランス作用性調節因子のＳＥ又はＳＲＥへの結合を立体的にブロックし得る。
実施形態において、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から１個以上、２個以上、３個以上、４個以上、５個以上、１０個以上、１５個以上、又は２０個以上のヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から２５以下、２０以下、１５以下、１０以下、５以下、４以下、３以下、又は２以下のヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～５、１～４、１～３、又は１～２ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する２～２５、２～２０、２～１５、２～１０、２～５、２～４、又は２～３ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する３～２５、３～２０、３～１５、３～１０、３～５、又は３～４ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態において、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する４～２５、４～２０、４～１５、４～１０、又は４～５ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から５～２５、５～２０、５～１５、又は５～１０ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から１０～２５又は１０～２０ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から２０～２５ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。
実施形態において、ＡＣは、約５～約５０核酸長である標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列と同じ長さである。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列とは異なる長さである。実施形態において、ＡＣは、標的核酸配列よりも長い。
実施形態において、ＡＣは、５以上、１０以上、１５以上、２０以上、２５以上、３０以上、３５以上、４０以上、又は４５以上の核酸長である。実施形態において、ＡＣは、５０以下、４５以下、４０以下、３５以下、３０以下、２５以下、２０以下、１５以下、又は１０以下の核酸長である。実施形態において、ＡＣは、５～５０、５～４５、５～４０、５～３５、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、又は５～１０核酸長である。実施形態において、ＡＣは、１０～５０、１０～４５、１０～４０、１０～３５、１０～３０、１０～２５、１０～２０、又は１０～１５核酸長である。実施形態において、ＡＣは、１５～５０、１５～４５、１５～４０、１５～３５、１５～３０、１５～２５、又は１５～２０核酸長である。実施形態では、ＡＣは、２０～５０、２０～４５、２０～４０、２０～３５、２０～３０、又は２０～２５核酸長である。実施形態において、ＡＣは、２５～５０、２５～４５、２５～４０、２５～３５、又は２５～３０核酸長である。実施形態では、ＡＣは、３０～５０、３０～４５、３０～４０、又は３０～３５核酸長である。実施形態において、ＡＣは、３５～５０、３５～４５、又は３５～４０核酸長である。実施形態において、ＡＣは、４０～５０又は４０～４５核酸長である。実施形態では、ＡＣは、４５～５０核酸長である。実施形態において、ＡＣは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、又は５０核酸長である。
実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して１００％の相補性を有する。実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して１００％の相補性を有さない。本明細書で使用される場合、「相補性パーセント」という用語は、オリゴマー化合物又は核酸の対応する核酸塩基との核酸塩基相補性を有するＡＣの核酸塩基の数（例えば標的ヌクレオチド配列）を、ＡＣの全長（核酸塩基の数）で割ったものを指す。当業者は、ミスマッチの包含が、アンチセンス化合物の活性を排除することなく可能であることを理解している。
実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して２０％以下、１５％以下、１０％以下、５％以下、又は０のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して５％以上、１０％以上、又は１５％以上のミスマッチを含む。実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して０～５％、０～１０％、０～１５％、又は０～２０％のミスマッチを含む。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して５％～１０％、５％～１５％、又は５％～２０％のミスマッチを含む。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して１０％～１５％又は１０％～２０％のミスマッチを含む。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して１０％～２０％のミスマッチを含む。
実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、又は９９％以上の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して１００％以下、９９％以下、９８％以下、９７％以下、９６％以下、９５％以下、９０％以下、８５％以下の相補性を有する。実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して８０％～１００％、８０％～９９％、８０％～９８％、８０％～９７％、８０％～９６％、８０％～９５％、８０％～９０％又は８０％～８５％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して８５％～１００％、８５％～９９％、８５％～９８％、８５％～９７％、８５％～９６％、８５％～９５％、又は８５％～９０％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９０％～１００％、９０％～９９％、９０％～９８％、９０％～９７％、９０％～９６％、又は９０％～９５％の相補性を有する。実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９５％～１００％、９５％～９９％、９５％～９８％、９５％～９７％、又は９５％～９６％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９６％～１００％、９６％～９９％、９６％～９８％、又は９６％～９７％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９７％～１００％、９７％～９９％、又は９７％～９８％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９８％～１００％又は９８％～９９％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９９％～１００％の相補性を有する。オリゴヌクレオチドの相補性パーセントは、相補的核酸塩基の数をオリゴヌクレオチドの核酸塩基の総数で割ることによって計算される。
実施形態において、ＡＣは、ＡＣがハイブリダイズする標的核酸配列に対して１、２、３、４又は５個のミスマッチを含む。実施形態において、ＡＣは、ＡＣがハイブリダイズする標的核酸配列に対して１又は２個のミスマッチを含む。実施形態では、ＡＣは、ＡＣがハイブリダイズする標的核酸配列に対してミスマッチを含まない。
ヌクレオチド親和性修飾の組み込みは、非修飾化合物と比較して、より多数のミスマッチを可能にし得る。同様に、特定のオリゴヌクレオチド配列は、他のオリゴヌクレオチド配列よりもミスマッチに対してより寛容であり得る。当業者は、ＡＣと標的ヌクレオチド配列との間のミスマッチの適切な数を、例えば、熱融解温度（Ｔｍ）を決定することによって決定することができる。Ｔｍ又はΔＴｍは、当業者によく知られている技術によって計算することができる。例えば、Ｆｒｅｉｅｒら（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５，２２：４４２９－４４４３）に記載される技術は、当業者が、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖の融解温度を上昇させるそれらの能力についてヌクレオチド修飾を評価することを可能にする。
実施形態では、ＡＣは、ストリンジェントな条件下で標的転写物にハイブリダイズする配列を含み、厳しい条件下で標的転写物にハイブリダイズしない配列を含む。実施形態では、ＡＣは、ストリンジェントな条件下で標的配列にハイブリダイズしない第１の配列、ストリンジェントな条件下で標的配列にハイブリダイズしない第２の配列、及びストリンジェントな条件下で標的配列にハイブリダイズする第３の配列を含み、第３の配列は、第１の配列と第２の配列との間に位置する。
実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のスプライス調節エレメント（ＳＲＥ）の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の全ＳＲＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の複数のＳＲＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の複数のＳＲＥと、ＳＲＥ間の介在配列とを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥの少なくとも一部及びＳＥの１つ以上の隣接配列とハイブリダイズする。
実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＥＳＥの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＩＳＥの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＥＳＳの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＩＳＳの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の末端ステムループ（ＴＬＳ）の少なくとも一部分を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の異常なＳＥ及び／又はＳＲＥの少なくとも一部とハイブリダイズし、ここで、異常なＳＥ及び／又はＳＲＥは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物における突然変異から生じた。
実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のエクソン－エクソン接合部、イントロン－エクソン接合部、及び／又はエクソン－イントロン接合部の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の一部の再配列又は欠失に起因する異常な融合接合部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物中の選択的にスプライシングされたｍＲＮＡ中の特定のエクソンとハイブリダイズする。
実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＩＳＳのＳＥの少なくとも一部又はＳＲＥの少なくとも一部を含まない標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態において、ＡＣは、ＳＥ及び／又はＳＲＥに十分に近接している標的ヌクレオチド配列に結合して、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＩＳＳのスプライシングを調節する。
実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から１個以上、２個以上、３個以上、４個以上、５個以上、１０個以上、１５個以上、又は２０個以上のヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から２５以下、２０以下、１５以下、１０以下、５以下、４以下、３以下、又は２以下のヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～５、１～４、１～３、又は１～２ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から２～２５、２～２０、２～１５、２～１０、２～５、２～４、又は２～３ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する３～２５、３～２０、３～１５、３～１０、３～５、又は３～４ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する４～２５、４～２０、４～１５、４～１０、又は４～５ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から５～２５、５～２０、５～１５、又は５～１０ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から１０～２５又は１０～２０ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から２０～２５ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。
実施形態では、ＡＣは、約５～約５０核酸長であるＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列と同じ長さである。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列とは異なる長さである。実施形態において、ＡＣは、標的核酸配列よりも長い。
実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して１００％の相補性を有する。実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して１００％の相補性を有さない。本明細書で使用される場合、「相補性パーセント」という用語は、オリゴマー化合物又は核酸の対応する核酸塩基との核酸塩基相補性を有するＡＣの核酸塩基の数（例えば標的ヌクレオチド配列）を、ＡＣの全長（核酸塩基の数）で割ったものを指す。当業者は、ミスマッチの包含が、アンチセンス化合物の活性を排除することなく可能であることを理解している。
実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して２０％以下、１５％以下、１０％以下、５％以下、又は０個のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して５％以上、１０％以上、又は１５％以上のミスマッチを含む。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して０～５％、０～１０％、０～１５％、又は０～２０％のミスマッチを含む。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して５％～１０％、５％～１５％、又は５％～２０％のミスマッチを含む。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して１０％～１５％又は１０％～２０％のミスマッチを含む。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して１０％～２０％のミスマッチを含む。
実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、又は９９％以上の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して１００％以下、９９％以下、９８％以下、９７％以下、９６％以下、９５％以下、９０％以下、８５％以下の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して８０％～１００％、８０％～９９％、８０％～９８％、８０％～９７％、８０％～９６％、８０％～９５％、８０％～９０％、又は８０％～８５％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して８５％～１００％、８５％～９９％、８５％～９８％、８５％～９７％、８５％～９６％、８５％～９５％、又は８５％～９０％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して９０％～１００％、９０％～９９％、９０％～９８％、９０％～９７％、９０％～９６％、又は９０％～９５％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して９５％～１００％、９５％～９９％、９５％～９８％、９５％～９７％、又は９５％～９６％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して９６％～１００％、９６％～９９％、９６％～９８％、又は９６％～９７％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して９７％～１００％、９７％～９９％、又は９７％～９８％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９８％～１００％又は９８％～９９％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して９９％～１００％の相補性を有する。オリゴヌクレオチドの相補性パーセントは、相補的核酸塩基の数をオリゴヌクレオチドの核酸塩基の総数で割ることによって計算される。
アンチセンス機構
実施形態において、ＡＣは、タンパク質転写、翻訳、及び発現の１つ以上の態様を調節する。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣのハイブリダイゼーションは、プレｍＲＮＡスプライシングの１つ以上の態様を調節する。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、変異転写物配列への天然スプライシングを回復させる。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、標的転写物の選択的スプライシングをもたらす。
実施形態において、ＡＣは、タンパク質転写、翻訳、及び発現の１つ以上の態様を調節する。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣのハイブリダイゼーションは、プレｍＲＮＡスプライシングの１つ以上の態様を調節する。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、変異転写物配列への天然スプライシングを回復させる。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、標的転写物の選択的スプライシングをもたらす。
実施形態では、ＡＣハイブリダイゼーションは、１つ以上のエクソンのエクソン包含又はエクソンスキッピングをもたらす。実施形態において、エクソンスキッピングは、得られたｍＲＮＡから発現されるタンパク質の活性を増加させる。実施形態において、エクソンスキッピングは、得られたｍＲＮＡから発現されるタンパク質の活性を減少させる。実施形態において、１つ以上のエクソンをスキップすることは、ｍＲＮＡ転写物におけるフレームシフトを誘導する。実施形態において、フレームシフトは、減少した活性を有するタンパク質をコードするｍＲＮＡをもたらす。実施形態において、フレームシフトは、短縮又は非機能的タンパク質をもたらす。実施形態では、１つ以上のエクソンをスキップすることは、ｍＲＮＡにおける未成熟終止コドンの導入をもたらす。実施形態では、１つ以上のエクソンをスキップすることは、ナンセンス媒介分解によるｍＲＮＡ転写物の分解をもたらす。実施形態では、スキッピングされたエクソン配列は、核酸欠失、置換、又は挿入を含む。実施形態では、スキッピングされたエクソンは、配列変異を含まない。実施形態では、標的プレｍＲＮＡ転写物内の標的ヌクレオチド配列へのアンチセンスオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションは、異なるタンパク質アイソフォームの発現をもたらす。
実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、成熟ｍＲＮＡ分子におけるイントロン配列の包含を防止する。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、タンパク質アイソフォームの発現の増加をもたらす。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、タンパク質アイソフォームの発現の減少をもたらす。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、タンパク質の不活性断片を含む再スプライシングされたタンパク質の発現をもたらす。
実施形態において、ＡＣはＤＮＡを含み、標的転写物へのＡＣのハイブリダイゼーションは、ＲＮａｓｅ Ｈを介した転写物分解をもたらす。実施形態において、ＡＣは、ＲＮａｓｅ Ｈ活性を支持しないように設計されたヌクレオチド修飾を含む。ＲＮａｓｅ Ｈ活性を支持しないアンチセンス化合物のヌクレオチド修飾は公知であり、２’－Ｏ－メトキシエチル／ホスホロチオエート（ＭＯＥ）修飾が挙げられるが、これらに限定されない。有利なことに、ＭＯＥ修飾を有するＡＣは、標的ＲＮＡに対する親和性を増加させ、ヌクレアーゼ安定性を増加させる。
実施形態において、ＡＣは、立体ブロッキングを介して転写、翻訳、又はタンパク質発現を調節することができる。以下の総説、すなわち、Ｒｏｂｅｒｔｓら，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（２０２０）１９：６７３－６９４は、立体遮断の機構及びその適用を記載しており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
ＡＣの有効性は、それらの投与によってもたらされるアンチセンス活性を評価することによって評価することができる。本明細書で使用される場合、「アンチセンス活性」という用語は、アンチセンス化合物のその標的ヌクレオチド配列へのハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能及び／又は測定可能な活性を指す。そのような検出及び／又は測定は、直接的又は間接的であってもよい。実施形態では、アンチセンス活性は、目的の転写物から発言されたタンパク質の量を検出及び／又は測定することによって評価される。実施形態では、アンチセンス活性は、目的の転写物の量を検出及び／又は測定することによって評価される。実施形態において、アンチセンス活性は、選択的にスプライシングされたＲＮＡの量及び／又は標的転写物から翻訳されたタンパク質アイソフォームの量を検出及び／又は測定することによって評価される。実施形態において、アンチセンス活性は、目的の遺伝子によって調節される下流の転写物及び／又はタンパク質の量を検出及び／又は測定することによって評価される。
アンチセンス化合物の設計
ＡＣの設計は、標的遺伝子に依存する。ＡＣを特定の標的ヌクレオチド配列に標的化することは、多段階プロセスであり得る。このプロセスは、通常、目的の遺伝子の同定から始まる。目的の遺伝子の転写物を分析し、標的ヌクレオチド配列を同定する。実施形態において、標的ヌクレオチド配列は、スプライスエレメント及び／又はスプライス調節エレメントの少なくとも一部を含む。実施形態では、標的遺伝子はＩＲＦ－５である。実施形態では、標的遺伝子はＧＹＳ１である。実施形態では、標的遺伝子はＤＵＸ４である。
ＡＣの設計は、標的遺伝子に依存する。ＡＣを特定の標的ヌクレオチド配列に標的化することは、多段階プロセスであり得る。このプロセスは、通常、目的の遺伝子の同定から始まる。目的の遺伝子の転写物を分析し、標的ヌクレオチド配列を同定する。実施形態において、標的ヌクレオチド配列は、スプライスエレメント及び／又はスプライス調節エレメントの少なくとも一部を含む。実施形態では、標的遺伝子はＩＲＦ－５である。実施形態では、標的遺伝子はＧＹＳ１である。実施形態では、標的遺伝子はＤＵＸ４である。
当業者は、アンチセンス活性をもたらす配列を同定するために、異なる核酸塩基配列のＡＣを設計し、合成し、スクリーニングすることができるであろう。例えば、標的遺伝子の発現を阻害するアンチセンス化合物を設計することができる。予め選択された標的核酸及び／又は標的遺伝子に対するアンチセンス活性についてＡＣを設計、合成及びスクリーニングする方法は、例えば、Ｓｔａｎｌｅｙ Ｔ．Ｃｒｏｏｋｅ、ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ、Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ、Ｆｌｏｒｉｄａによって編集された「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｄｒｕｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ，Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ，ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」に見出すことができ、これは任意の目的のためにその全体が参照により組み込まれる。
ＡＣ構造
ＡＣは、オリゴヌクレオチド及び／又はオリゴヌクレオシドを含む。オリゴヌクレオチド及び／又はオリゴヌクレオシドは、ヌクレオシド間結合を介して連結されたヌクレオシドである。ヌクレオシドは、ペントース糖（例えば、リボース又はデオキシリボース）及び糖に共有結合した窒素塩基を含む。ＤＮＡ及び／又はＲＮＡにおいて見出される天然に存在する（伝統的な）塩基は、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）である。ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ中に見出される天然に存在する（伝統的な）糖は、デオキシリボース（ＤＮＡ）及びリボース（ＲＮＡ）である。天然に存在する（伝統的な）ヌクレオシド結合は、ホスホジエステル結合である。実施形態において、本開示のＡＣは、全ての天然の糖、塩基、及びヌクレオシド間結合を有し得る。
ＡＣは、オリゴヌクレオチド及び／又はオリゴヌクレオシドを含む。オリゴヌクレオチド及び／又はオリゴヌクレオシドは、ヌクレオシド間結合を介して連結されたヌクレオシドである。ヌクレオシドは、ペントース糖（例えば、リボース又はデオキシリボース）及び糖に共有結合した窒素塩基を含む。ＤＮＡ及び／又はＲＮＡにおいて見出される天然に存在する（伝統的な）塩基は、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）である。ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ中に見出される天然に存在する（伝統的な）糖は、デオキシリボース（ＤＮＡ）及びリボース（ＲＮＡ）である。天然に存在する（伝統的な）ヌクレオシド結合は、ホスホジエステル結合である。実施形態において、本開示のＡＣは、全ての天然の糖、塩基、及びヌクレオシド間結合を有し得る。
化学的に修飾されたヌクレオシドは、ヌクレアーゼ耐性、薬物動態又は標的ＲＮＡに対する親和性などの１つ以上の特性を増強するために、アンチセンス化合物への組み込みに日常的に使用される。実施形態において、本開示のＡＣは、１つ以上の修飾ヌクレオシドを有し得る。実施形態において、本開示のＡＣは、１つ以上の修飾糖を有し得る。実施形態において、本開示のＡＣは、１つ以上の修飾塩基を有し得る。実施形態において、本開示のＡＣは、１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を有し得る。
一般に、核酸塩基は、別の核酸の塩基に水素結合することができる１つ以上の原子又は原子群を含有する任意の基である。「非修飾」又は「天然」核酸塩基（Ａ、Ｇ、Ｔ、Ｃ、及びＵ）に加えて、多くの修飾核酸塩基又は核酸塩基模倣物が当業者に公知であり、本明細書に記載される化合物に適している。一般に、修飾核酸塩基は、例えば、７－デアザプリン、５－メチルシトシン、２－チオ－ｄＴ（図３）、又はＧ－クランプなどの親核酸塩基と構造がかなり類似した核酸塩基を指す。一般に、核酸塩基模倣物は、修飾核酸塩基よりも複雑な構造を含む核酸塩基（例えば、三環式フェノキサジン核酸塩基模倣物など）である。上記修飾核酸塩基の調製方法は、当業者に周知である。
実施形態において、ＡＣは、修飾された糖部分を有する１つ以上のヌクレオシドを含み得る。実施形態において、天然ヌクレオシドのフラノシル糖は、２’修飾、拘束されたヌクレオシドを作製するための修飾、及びその他を有してもよい（図３を参照されたい）。例えば、実施形態では、天然ヌクレオシドのフラノシル糖環は、限定するものではないが、置換基の付加、二環式核酸（ＢＮＡ）又はロックド核酸を形成するための２個の非ジェミナル環原子の架橋、フラノシル環の酸素をＣ若しくはＮで交換すること、及び／又はそのような原子若しくは基の置換（図３参照）などのいくつかの方法で修飾することができる。修飾糖は周知であり、その標的ヌクレオチド配列に対するＡＣの親和性を増加又は減少させるために使用することができる。修飾糖はまた、ヌクレアーゼに対するＡＣ耐性を増加させるために使用され得る。糖はまた、とりわけ糖模倣基で置換され得る。実施形態において、ＡＣのヌクレオシドの１つ以上の糖は、図３において１９として示されるメチレンモルホリン環で置換される。
実施形態において、ＡＣは、修飾された二環式修飾糖（ＢＮＡ、架橋核酸と呼ばれることもある）を有する１つ以上のヌクレオシドを含み得る。ＢＮＡの例としては、ＬＮＡ（４’－（ＣＨ２）－Ｏ－２’架橋）、２’－チオ－ＬＮＡ（４’－（ＣＨ２）－Ｓ－２’架橋）、２’－アミノ－ＬＮＡ（４’－（ＣＨ２）－ＮＲ－２’架橋）、ＥＮＡ（４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’架橋）、４’－（ＣＨ２）３－２’架橋ＢＮＡ、４’－（ＣＨ２ＣＨ（ＣＨ３））－２’架橋ＢＮＡ’’ｃＥｔ（４’－（ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’架橋）、及びｃＭＯＥ ＢＮＡ（４’－（ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’架橋）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの例を図３に示す。ＢＮＡが調製されており、特許文献並びに科学文献に開示されている（例えば、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．（２００７），ＡＣＳ Ａｄｖａｎｃｅｄ ｏｎｌｉｎｅ ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ，１０．１０２１／ｊａ０７１１０６ｙ；Ａｌｂａｅｋら，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．（２００６），７１，７７３１－７７４０；Ｆｌｕｉｔｅｒら，Ｃｈｅｍｂｉｏｃｈｅｍ（２００５），６，１１０４－１１０９；Ｓｉｎｇｈら，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．（１９９８），４，４５５－４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ（１９９８），５４，３６０７－３６３０；Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．（２０００），９７，５６３３－５６３８；Ｋｕｍａｒら，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．（１９９８），８，２２１９－２２２２；国際公開第９４／１４２２６号、国際公開第２００５／０２１５７０号、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．（１９９８），６３，１００３５－１００３９；国際公開第２００７／０９００７１号、米国特許第７，０５３，２０７号；同第６，２６８，４９０号、同第６，７７０，７４８号、同第６，７９４，４９９号、同第７，０３４，１３３号、及び同第６，５２５，１９１号、並びに米国公開特許公報第２００４－０１７１５７０号、同第２００４－０２１９５６５号、同第２００４－００１４９５９号、同第２００３～０２０７８４１号、同第２００４－０１４３１１４号、及び同第２００３００８２８０７号が挙げられる。
実施形態において、ＡＣは、ロックド核酸（Locked Nucleic Acid、ＬＮＡ）を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。ＬＮＡにおいて、リボシル糖環の２’－ヒドロキシル基が糖環の４’炭素原子に連結され、それによって２’－Ｃ，４’－Ｃ－オキシメチレン連結を形成して、二環式糖部分を形成する（Ｅａｙａｄｉら，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ（２００１），２，５５８－５６１；Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．（２００１），８，１－７；及びＯｒｕｍら，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．（２００１），３，２３９－２４３；米国特許第６，２６８，４９０号及び同第６，６７０，４６１号も参照されたい）。結合は、２’酸素原子と４’炭素原子とを架橋するメチレン（－ＣＨ２－）基であり得、二環式部分に対してＬＮＡという用語が使用され、この位置のエチレン基の場合、ＥＮＡ（商標）という用語が使用される（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．（１９９８），４，４５５－４５６；ＥＮＡ（商標）：Ｍｏｒｉｔａら，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００３），１１，２２１１－２２２６）。ＬＮＡ及び他の二環式糖類似体は、相補的ＤＮＡ及びＲＮＡに対する非常に高い二本鎖熱安定性（Ｔｍ＝＋３から＋１０℃）、３’－エキソヌクレアーゼ分解に対する安定性、及び良好な溶解特性を示す。ＬＮＡを含有する強力で非毒性のアンチセンスオリゴヌクレオチドが記載されている（Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．（２０００），９７，５６３３－５６３８）。
同様に研究されているＬＮＡの異性体は、３’－エキソヌクレアーゼに対して優れた安定性を有することがわかっているアルファ－Ｌ－ＬＮＡである。アルファ－Ｌ－ＬＮＡは、強力なアンチセンス活性を示すアンチセンスギャップマー及びキメラに組み込まれた（Ｆｒｉｅｄｅｎら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（２００３），２１，６３６５－６３７２）。
ＬＮＡモノマーアデニン、シトシン、グアニン、５－メチル－シトシン、チミン及びウラシルの合成及び調製、並びにそれらのオリゴマー化、及び核酸認識特性が記載されている（Ｋｏｓｈｋｉｎら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ（１９９８），５４，３６０７－３６３０）。ＬＮＡ及びその調製は、国際公開第９８／３９３５２号及び国際公開第９９／１４２２６号にも記載されている。
ホスホロチオエート－ＬＮＡ及び２’－チオ－ＬＮＡなどのＬＮＡの類似体も調製されている（Ｋｕｍａｒら，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．， １９９８，８，２２１９－２２２２）。核酸ポリメラーゼの基質としてオリゴデオキシリボヌクレオチド二本鎖を含有するＬＮＡ類似体の調製も記載されている（国際公開第９９／１４２２６号）。更に、立体構造的に制限された高親和性オリゴヌクレオチド類似体である２’－アミノ－ＬＮＡの合成が記載されている（Ｓｉｎｇｈら，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．（１９９８），６３，１００３５－１００３９）。更に、２’－アミノ及び２’－メチルアミノ－ＬＮＡが調製されており、相補的なＲＮＡ鎖及びＤＮＡ鎖とのそれらの二重鎖の熱的安定性が以前に報告されている。
実施形態では、アンチセンス化合物は、「トリシクロ－ＤＮＡ（ｔｃ－ＤＮＡ）」であり、これは、各ヌクレオチドがシクロプロパン環の導入によって修飾されて骨格の立体配座の柔軟性を制限し、ねじれ角γの骨格形状を増強する、拘束されたＤＮＡ類似体のクラスを指す。ホモ塩基性アデニン及びチミン含有ｔｃ－ＤＮＡは、相補的ＲＮＡに対して非常に安定なＡ－Ｔ塩基対を形成する。
修飾糖の調製方法は、当業者に周知である。このような修飾糖の調製を教示するいくつかの代表的な特許及び刊行物としては、米国特許第４，９８１，９５７号、同第５，１１８，８００号、同第５，３１９，０８０号、同第５，３５９，０４４号、同第５，３９３，８７８号、同第５，４４６，１３７号、同第５，４６６，７８６号、同第５，５１４，７８５号、同第５，５１９，１３４号、同第５，５６７，８１１号、同第５，５７６，４２７号、同第５，５９１，７２２号、同第５，５９７，９０９号、同第５，６１０，３００号、同第５，６２７，０５３号、同第５，６３９，８７３号、同第５，６４６，２６５号、同第５，６５８，８７３号、同第５，６７０，６３３号、同第５，７９２，７４７号、同第５，７００，９２０号、及び同第６，６００，０３２号、並びに国際公開第２００５／１２１３７１号が挙げられるが、これらに限定されない。
ヌクレオシド間結合
ヌクレオシド又はそうでなければ修飾モノマー単位を一緒に連結し、それによってオリゴヌクレオチド及び／又はＡＣを含有するオリゴヌクレオチドを形成するヌクレオシド間連結基が本明細書に記載される。ＡＣは、天然に存在するヌクレオシド間結合、非天然のヌクレオシド間結合、又はその両方を含み得る。
ヌクレオシド又はそうでなければ修飾モノマー単位を一緒に連結し、それによってオリゴヌクレオチド及び／又はＡＣを含有するオリゴヌクレオチドを形成するヌクレオシド間連結基が本明細書に記載される。ＡＣは、天然に存在するヌクレオシド間結合、非天然のヌクレオシド間結合、又はその両方を含み得る。
天然に存在するＤＮＡ及びＲＮＡにおいて、ヌクレオシド間連結基は、隣接するヌクレオシドを互いに共有結合させて線状ポリマー化合物を形成するホスホジエステルである。天然に存在するＤＮＡ及びＲＮＡにおいて、ホスホジエステルは、糖の２’、３’又は５’ヒドロキシル部分に連結される。オリゴヌクレオチド内で、リン酸基は、一般に、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間骨格を形成するとみなされている。天然に存在するＤＮＡ及びＲＮＡにおいて、ＲＮＡ及びＤＮＡの結合又は骨格は、３’～５’ホスホジエステル結合である。実施形態において、ＡＣのヌクレオシド間連結基は、ホスホジエステルである。実施形態において、ＡＣのヌクレオシド間連結基は、３’～５’ホスホジエステル結合である。
非天然のヌクレオシド間連結基の２つの主要なクラスは、リン原子の有無によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホルアミデート、及びホスホロチオエートが挙げられるが、これらに限定されない。代表的な非リン含有ヌクレオシド間結合基としては、メチレンメチルイミノ（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－）、チオジエステル（－Ｏ－Ｃ（Ｏ）－Ｓ－）、チオノカルバメート（－Ｏ－Ｃ（Ｏ）（ＮＨ）－Ｓ－）、シロキサン（－Ｏ－Ｓｉ（Ｈ２－Ｏ－）、及びＮ，Ｎ’－ジメチルヒドラジン（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３－Ｎ（ＣＨ３）－）が挙げられるが、これらに限定されない。リンヌクレオシド間結合基を有するＡＣは、オリゴヌクレオチドと呼ばれる。非リンヌクレオシド間結合基を有するアンチセンス化合物は、オリゴヌクレオシドと呼ばれる。修飾ヌクレオシド間結合を用いて、天然のホスホジエステル結合と比較して、アンチセンス化合物のヌクレアーゼ耐性を変化させる（典型的には増加させる）ことができる。キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ、キラル、又は混合物として調製することができる。代表的なキラルヌクレオシド間結合としては、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが挙げられるが、これらに限定されない。リン含有及び非リン含有結合の調製方法は、当業者に周知である。
実施形態において、修飾糖及び／又は修飾核酸塩基を有する２つ以上のヌクレオシドは、ホスホルアミデートを使用して連結され得る。実施形態において、メチレンモルホリン環を有する２つ以上のヌクレオシドは、Ｂ１及びＢ２が修飾核酸塩基又は天然核酸塩基である図３において２０として示されるように、ホスホルアミデートヌクレオシド間結合を介して接続され得る。ホスホルアミデートヌクレオシド間結合を介して連結されたメチレンモルホリン環を有する核酸塩基を含むアンチセンス化合物は、ホスホルアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）と称され得る。
共役基
実施形態において、ＡＣは、１つ以上のコンジュゲート基の共有結合によって修飾することができる。一般に、コンジュゲート基は、限定するものではないが、薬力学、薬物動態学、結合、吸収、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスなどの、付着したＡＣの１つ以上の特性を改変する。コンジュゲート基は化学分野で日常的に使用されており、直接又は任意選択の連結部分若しくは連結基を介してＡＣなどの親化合物に連結される。コンジュゲート基としては、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン及び色素が挙げられるが、これらに限定されない。実施形態では、コンジュゲート基はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）であり、ＰＥＧはＡＣ又はＣＰＰ（ＣＰＰは本明細書の他の箇所で考察される）のいずれかにコンジュゲートされる。
実施形態において、ＡＣは、１つ以上のコンジュゲート基の共有結合によって修飾することができる。一般に、コンジュゲート基は、限定するものではないが、薬力学、薬物動態学、結合、吸収、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスなどの、付着したＡＣの１つ以上の特性を改変する。コンジュゲート基は化学分野で日常的に使用されており、直接又は任意選択の連結部分若しくは連結基を介してＡＣなどの親化合物に連結される。コンジュゲート基としては、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン及び色素が挙げられるが、これらに限定されない。実施形態では、コンジュゲート基はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）であり、ＰＥＧはＡＣ又はＣＰＰ（ＣＰＰは本明細書の他の箇所で考察される）のいずれかにコンジュゲートされる。
実施形態では、コンジュゲート基は、脂質部分、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８９），８６，６５５３）；コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．（１９９４），４，１０５３）；チオエーテル、例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９２），６６０，３０６；Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．， Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．（１９９３），３，２７６５）；チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９２），２０，５３３）；脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオール又はウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ－Ｂｅｈｍｏａｒａｓら，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１；カバノフら、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．（１９９０），２５９，３２７；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋら，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ（１９９３），７５，４９）；リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロール又はトリエチルアンモニウム－１，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．（１９９５），３６，３６５１；Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９０），１８，３７７７）；ポリアミン又はポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎら，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ（１９９５），１４，９６９）；アダマンタン酢酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．（１９９５），３６，３６５１）；パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａら，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ．（１９９５），１２６４，２２９）；又はオクタデシルアミン若しくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅら、Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．（１９９６），２７７，９２３）を含む。
アンチセンス化合物の種類
例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、アンタゴｍｉｒ、アプタマー、リボザイム、スーパーｍｉｒ、ｍｉＲＮＡ模倣物、ｍｉＲＮＡ阻害剤、又はそれらの組み合わせを含む、様々なタイプのＡＣを使用し得る。
例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、アンタゴｍｉｒ、アプタマー、リボザイム、スーパーｍｉｒ、ｍｉＲＮＡ模倣物、ｍｉＲＮＡ阻害剤、又はそれらの組み合わせを含む、様々なタイプのＡＣを使用し得る。
アンチセンスオリゴヌクレオチド
様々な実施形態では、アンチセンス化合物（ＡＣ）は、標的ヌクレオチド配列に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド（AntiSense Oligonucleotide、ＡＳＯ）である。「アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）」又は単に「アンチセンス」という用語は、標的ヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドを含むことを意味する。この用語はまた、所望の標的ヌクレオチド配列に完全に相補的でなくてもよいＡＳＯを包含する。ＡＳＯは、選択された標的ヌクレオチド配列又は標的遺伝子に相補的なＤＮＡ及び／又はＲＮＡの一本鎖を含む。ＡＳＯは、１つ以上の修飾ＤＮＡ及び／若しくはＲＮＡ塩基、修飾糖、並びに／又は非天然ヌクレオシド間結合を含んでもよい。実施形態において、ＡＳＯは、１つ以上のホスホルアミデートヌクレオシド間結合を含んでもよい。実施形態において、ＡＳＯは、ホスホルアミデートモルフォリノオリゴマー（ＰＭＯ）である。ＡＳＯは、任意の特徴を有し得、任意の長さであり得、任意のスプライスエレメントに結合し得、そしてＡＣに関して記載されるような任意の機構をもたらし得る。実施形態では、ＡＳＯは、エクソンスキッピングを誘導して、未成熟終止コドンを導入し、最終的に、標的転写物のナンセンス媒介分解をもたらす。実施形態では、ＡＳＯはＰＭＯであり、エクソンスキッピングを誘導して未成熟終止コドンを導入し、最終的に標的転写物のナンセンス媒介分解をもたらす。
様々な実施形態では、アンチセンス化合物（ＡＣ）は、標的ヌクレオチド配列に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド（AntiSense Oligonucleotide、ＡＳＯ）である。「アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）」又は単に「アンチセンス」という用語は、標的ヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドを含むことを意味する。この用語はまた、所望の標的ヌクレオチド配列に完全に相補的でなくてもよいＡＳＯを包含する。ＡＳＯは、選択された標的ヌクレオチド配列又は標的遺伝子に相補的なＤＮＡ及び／又はＲＮＡの一本鎖を含む。ＡＳＯは、１つ以上の修飾ＤＮＡ及び／若しくはＲＮＡ塩基、修飾糖、並びに／又は非天然ヌクレオシド間結合を含んでもよい。実施形態において、ＡＳＯは、１つ以上のホスホルアミデートヌクレオシド間結合を含んでもよい。実施形態において、ＡＳＯは、ホスホルアミデートモルフォリノオリゴマー（ＰＭＯ）である。ＡＳＯは、任意の特徴を有し得、任意の長さであり得、任意のスプライスエレメントに結合し得、そしてＡＣに関して記載されるような任意の機構をもたらし得る。実施形態では、ＡＳＯは、エクソンスキッピングを誘導して、未成熟終止コドンを導入し、最終的に、標的転写物のナンセンス媒介分解をもたらす。実施形態では、ＡＳＯはＰＭＯであり、エクソンスキッピングを誘導して未成熟終止コドンを導入し、最終的に標的転写物のナンセンス媒介分解をもたらす。
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、タンパク質合成の有効かつ標的化された阻害剤であることが実証されており、したがって、標的遺伝子によるタンパク質合成を特異的に阻害するために使用され得る。タンパク質合成を阻害するためのＡＳＯの有効性は十分に証明されている。今日まで、これらの化合物は、炎症性疾患、がん、及びＨＩＶのモデルなどのいくつかのインビトロ及びインビボモデルにおいて有望であることがわかっている（Ａｇｒａｗａｌ，Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ．（１９９６），１４：３７６－３８７）。アンチセンスはまた、染色体ＤＮＡと特異的にハイブリダイズすることによって細胞活性に影響を及ぼし得る。
ＡＳＯを産生する方法は、当技術分野において公知であり、本開示の標的ヌクレオチド配列に結合するＡＳＯを産生するように容易に適合させることができる。所与の標的ヌクレオチド配列に特異的なＡＳＯ配列の選択は、選択された標的ヌクレオチド配列の分析と、二次構造、Ｔｍ、結合エネルギー及び相対安定性の決定とに基づく。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、宿主細胞における標的ヌクレオチド配列への特異的結合を減少させるか又は妨げる二量体、ヘアピン又は他の二次構造を形成することが相対的に不可能であることに基づいて選択され得る。これらの二次構造解析及び標的部位選択の検討は、例えば、ＯＬＩＧＯプライマー解析ソフトウェアのバージョン４（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｉｎｓｉｇｈｔｓ）及び／又はＢＬＡＳＴＮ ２．０．５アルゴリズムソフトウェア（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９９７，２５（１７）：３３８９－４０２）を使用して実施できる。
ＲＮＡ干渉
実施形態において、ＡＣは、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介する分子を含む。本明細書で使用される場合、「ＲＮＡｉを媒介する」という語句は、配列特異的な態様で、標的転写物をサイレンシングする能力をいう。理論に束縛されることを望むものではないが、サイレンシングは、ＲＮＡｉ機構又はプロセス及びガイドＲＮＡ、例えば、約２１から約２３ヌクレオチドのｓｉＲＮＡ及び／又はｍｉＲＮＡ化合物を使用すると考えられる。実施形態では、ＡＣは、分解のために標的転写物を標的化する。このように、実施形態では、ＲＮＡｉ分子を使用して、目的の遺伝子又はポリヌクレオチドの発現を阻害し得る。実施形態において、ＲＮＡｉ分子は、プレｍＲＮＡ又は成熟ｍＲＮＡなどの標的転写物の分解を誘導するために使用される。
実施形態において、ＡＣは、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介する分子を含む。本明細書で使用される場合、「ＲＮＡｉを媒介する」という語句は、配列特異的な態様で、標的転写物をサイレンシングする能力をいう。理論に束縛されることを望むものではないが、サイレンシングは、ＲＮＡｉ機構又はプロセス及びガイドＲＮＡ、例えば、約２１から約２３ヌクレオチドのｓｉＲＮＡ及び／又はｍｉＲＮＡ化合物を使用すると考えられる。実施形態では、ＡＣは、分解のために標的転写物を標的化する。このように、実施形態では、ＲＮＡｉ分子を使用して、目的の遺伝子又はポリヌクレオチドの発現を阻害し得る。実施形態において、ＲＮＡｉ分子は、プレｍＲＮＡ又は成熟ｍＲＮＡなどの標的転写物の分解を誘導するために使用される。
実施形態において、ＡＣは、ＲＮＡｉ応答を誘発する低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を含む。実施形態において、ＡＣは、ＲＮＡｉ応答を誘発するマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）を含む。
低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）は、ＲＮＡｉ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）として知られる細胞質多タンパク質複合体と会合することができる、通常約１６から約３０ヌクレオチド長の核酸二本鎖である。ｓｉＲＮＡがロードされたＲＩＳＣは、相同な転写物の分解を媒介するため、ｓｉＲＮＡは、高い特異性でタンパク質発現をノックダウンするように設計することができる。他のアンチセンス技術とは異なり、ｓｉＲＮＡは、非コードＲＮＡを介して遺伝子発現を制御するように進化した天然の機構を介して機能する。例えば、ｄｅ Ｆｏｕｇｅｒｏｌｌｅｓ，Ａ．ら，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ（２００７）６：４４３－４５３に記載されているように、臨床的に関連する標的を標的化するｓｉＲＮＡなどの様々なＲＮＡｉ試薬が、現在医薬開発中である。
ｓｉＲＮＡ及びｍｉＲＮＡ構築物は、標的タンパク質に対する任意のヌクレオチド配列を用いて合成することができるので、ＲＮＡｉの治療用途は極めて広い。今日まで、ｓｉＲＮＡ構築物は、インビトロ及びインビボモデルの両方において、並びに臨床研究において、標的タンパク質を特異的に下方制御する能力を示している。
最初に記載されたＲＮＡｉ分子は、ＲＮＡセンス鎖とＲＮＡアンチセンス鎖の両方を含むＲＮＡ：ＲＮＡハイブリッドであったが、今では、ＤＮＡセンス：ＲＮＡアンチセンスハイブリッド、ＲＮＡセンス：ＤＮＡアンチセンスハイブリッド、及びＤＮＡ：ＤＮＡハイブリッドは、ＲＮＡｉを媒介することができることが立証されている（Ｌａｍｂｅｒｔｏｎ，Ｊ．Ｓ．ａｎｄ Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ，Ａ．Ｔ．，（２００３）Ｊ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２４：１１１－１１９）。ＲＮＡセンス鎖及びＲＮＡアンチセンス鎖の両方を含むＲＮＡハイブリッドでは、ＤＮＡセンス：ＲＮＡアンチセンスハイブリッド、ＲＮＡセンス：ＤＮＡアンチセンスハイブリッド、及びＤＮＡ：ＤＮＡハイブリッドは、ＲＮＡｉを媒介することができることが示されている（Ｌａｍｂｅｒｔｏｎ，Ｊ．Ｓ．ａｎｄ Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ，Ａ．Ｔ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（２００３），２４：１１１－１１９）。実施形態では、これらの異なるタイプの二本鎖分子のいずれかを含むＲＮＡｉ分子が使用される。更に、ＲＮＡｉ分子は、様々な形態で使用され、細胞に導入され得ることが理解される。したがって、本明細書に記載するとおり、ＲＮＡｉ分子は、細胞においてＲＮＡｉを媒介することができるありとあらゆる分子、例えば、限定するものではないが、２本の別々の鎖（すなわちセンス鎖及びアンチセンス鎖）を含む二本鎖オリゴヌクレオチド（例えば、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ））；非ヌクレオチジルリンカーによって互いに連結された２本の別個の鎖を含む二本鎖オリゴヌクレオチド；二本鎖領域を形成する相補的配列のヘアピンループを含むオリゴヌクレオチド（例えば、ｓｈＲＮＡｉ分子）、及び、単独で又は別のポリヌクレオチドと組み合わせて二本鎖ポリヌクレオチドを形成することができる１つ以上のポリヌクレオチドを発現する発現ベクターを包含する。
本明細書で使用される「一本鎖ｓｉＲＮＡ化合物」は、単一分子から構成されるｓｉＲＮＡ化合物である。それは、鎖内対合によって形成される二本鎖領域を含み得、例えば、それは、ヘアピン又はパンハンドル構造であるか、又はそれを含み得る。一本鎖ｓｉＲＮＡ化合物は、標的分子に関してアンチセンスであり得る。
一本鎖ｓｉＲＮＡ化合物は、ＲＩＳＣに入り、標的ｍＲＮＡのＲＩＳＣ媒介性切断に関与することができるほど十分に長くてもよい。一本鎖ｓｉＲＮＡ化合物は、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、又は最大で約５０のヌクレオチド長である。特定の実施形態では、一本鎖ｓｉＲＮＡは、約２００未満、約１００未満、又は約６０未満のヌクレオチド長である。
ヘアピンｓｉＲＮＡ化合物は、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４若しくは２５の、又は、少なくとも約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４若しくは約２５のヌクレオチド対の二重鎖領域を有し得る。二本鎖領域は、約２００以下、約１００以下、又は約５０以下のヌクレオチド対長であり得る。特定の実施形態では、二本鎖領域の範囲は、約１５から約３０、約１７から約２３、約１９から約２３、及び約１９から約２１のヌクレオチド対長である。ヘアピンは、一本鎖オーバーハング又は末端不対領域を有し得る。特定の実施形態では、オーバーハングは、約２～約３ヌクレオチド長である。実施形態において、オーバーハングは、ヘアピンの同じ側にあり、実施形態において、ヘアピンのアンチセンス側にある。
「二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物」は、本明細書で使用される場合、鎖間ハイブリダイゼーションが二本鎖構造の領域を形成することができる２本以上の（場合によっては２本の）鎖を含むｓｉＲＮＡ化合物である。
二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物のアンチセンス鎖は、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、４０、若しくは６０の、又は、少なくとも約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２５、約３０、約４０、若しくは約６０のヌクレオチド長であり得る。それは、約２００以下、約１００以下、又は約５０以下のヌクレオチド長であり得る。範囲は、約１７から約２５、約１９から約２３、及び約１９から約２１のヌクレオチド長であり得る。本明細書で使用される場合、「アンチセンス鎖」という用語は、標的分子（例えば、標的転写物の標的ヌクレオチド配列）に十分に相補的であるｓｉＲＮＡ化合物の鎖を意味する。
二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物のセンス鎖は、長さが少なくとも約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２５、約３０、約４０、又は約６０のヌクレオチドであり得る。それは、約２００以下、約１００以下、又は約５０以下のヌクレオチド長であり得る。範囲は、約１７から約２５、約１９から約２３、及び約１９から約２１のヌクレオチド長であり得る。
二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物の二本鎖部分は、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０、若しくは６０の、又は、少なくとも約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約３０、約４０、又は約６０のヌクレオチド対長であり得、それは、約２００以下、約１００以下、又は約５０のヌクレオチド対長であり得る。範囲は、約１５から約３０、約１７から約２３、約１９から約２３、及び約１９から約２１のヌクレオチド対長であり得る。
実施形態では、ｓｉＲＮＡ化合物は、内因性分子によって（例えば、Ｄｉｃｅｒによって）切断されて、より小さいｓｉＲＮＡ化合物（例えば、ｓｉＲＮＡ剤）を産生することができるほど十分に大きい。
センス鎖及びアンチセンス鎖は、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物が分子の一端又は両端に一本鎖又は不対領域を含むように選択することができる。したがって、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物は、オーバーハング、例えば、１若しくは２個の５’若しくは３’オーバーハング、又は１から３個のヌクレオチドの３’オーバーハングを含有するように対合されたセンス鎖及びアンチセンス鎖を含有し得る。オーバーハングは、一方の鎖が他方の鎖よりも長いことの結果であり得、又は同じ長さの２個の鎖がずれていることの結果であり得る。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの３’オーバーハングを有することができる。実施形態では、ｓｉＲＮＡ分子の両末端は、３’オーバーハングを有することができる。実施形態において、オーバーハングは、２ヌクレオチドである。
実施形態では、二重鎖化領域の長さは、約１５から約３０、又は約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、又は約２３のヌクレオチド長、例えば、上記のｓｓｉＲＮＡ（粘着性オーバーハングを有するｓｉＲＮＡ）化合物の範囲である。ｓｓｉＲＮＡ化合物は、長さが類似する場合があり、長いｄｓｉＲＮＡからの天然のＤｉｃｅｒ処理産物を構築することができる。ｓｓｉＲＮＡ化合物の２本の鎖が連結される（例えば、共有結合される）実施形態も含まれる。実施形態では、ヘアピン、又は二本鎖領域を提供する他の一本鎖構造、及び３’オーバーハングが含まれる。
本明細書に記載されるｓｉＲＮＡ化合物、例えば、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物や一本鎖ｓｉＲＮＡ化合物は、標的ＲＮＡ、例えばｍＲＮＡ、例えばタンパク質をコードする遺伝子の転写物のサイレンシングを媒介することができる。本明細書では、便宜上、このようなｍＲＮＡはまた、サイレンシングされるｍＲＮＡとも呼ばれる。このような遺伝子は、標的遺伝子とも呼ばれる。一般に、サイレンシングされるＲＮＡは内因性遺伝子である。
実施形態において、ｓｉＲＮＡ化合物は、ｓｉＲＮＡ化合物が標的ｍＲＮＡによってコードされるタンパク質の産生をサイレンシングするように、標的転写物に「十分に相補的」である。実施形態では、ｓｉＲＮＡ化合物は、ｓｉＲＮＡ化合物が標的転写物によってコードされる遺伝子産物の産生をサイレンシングするように、標的転写物の少なくとも一部に「十分に相補的」である。別の実施形態において、ｓｉＲＮＡ化合物は、標的ヌクレオチド配列（例えば、標的転写物の一部）に「正確に相補的」であり、その結果、標的ヌクレオチド配列及びｓｉＲＮＡ化合物がアニールして、例えば、厳密に相補的な領域においてワトソン－クリック塩基対からのみからなるハイブリッドを形成する。標的ヌクレオチド配列に「十分に相補的」であることは、標的ヌクレオチド配列に厳密に相補的な（例えば、少なくとも約１０ヌクレオチドの）内部領域を含み得る。さらに、特定の実施形態では、ｓｉＲＮＡ化合物は、単一ヌクレオチドの差異を特異的に識別する。この場合、ｓｉＲＮＡ化合物は、厳密な相補性が単一ヌクレオチド差異の領域（例えば、その７ヌクレオチド以内）に見出される場合にのみＲＮＡｉを媒介する。
ｓｉＲＮＡ及びｍｉＲＮＡ構築物は、標的タンパク質に対する任意のヌクレオチド配列を用いて合成することができるので、ＲＮＡｉの治療用途は極めて広い。今日まで、ｓｉＲＮＡ構築物は、インビトロ及びインビボモデルの両方において、並びに臨床研究において、標的タンパク質を特異的に下方制御する能力を示している。
マイクロＲＮＡ
実施形態では、ＡＣは、マイクロＲＮＡ分子を含む。マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は、植物及び動物のゲノム中のＤＮＡから転写されるが、タンパク質に翻訳されない低分子ＲＮＡ分子の高度に保存されたクラスである。処理されたｍｉＲＮＡは、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に組み込まれる一本鎖１７～２５ヌクレオチドＲＮＡ分子であり、発生、細胞増殖、アポトーシス及び分化の重要な調節因子として同定されている。それらは、特定のｍＲＮＡの３’非翻訳領域に結合することによって遺伝子発現の調節において役割を果たすと考えられている。ＲＩＳＣは、翻訳阻害、転写切断、又はその両方を介して遺伝子発現の下方制御を媒介する。ＲＩＳＣはまた、様々な真核生物の核における転写サイレンシングにも関与している。
実施形態では、ＡＣは、マイクロＲＮＡ分子を含む。マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は、植物及び動物のゲノム中のＤＮＡから転写されるが、タンパク質に翻訳されない低分子ＲＮＡ分子の高度に保存されたクラスである。処理されたｍｉＲＮＡは、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に組み込まれる一本鎖１７～２５ヌクレオチドＲＮＡ分子であり、発生、細胞増殖、アポトーシス及び分化の重要な調節因子として同定されている。それらは、特定のｍＲＮＡの３’非翻訳領域に結合することによって遺伝子発現の調節において役割を果たすと考えられている。ＲＩＳＣは、翻訳阻害、転写切断、又はその両方を介して遺伝子発現の下方制御を媒介する。ＲＩＳＣはまた、様々な真核生物の核における転写サイレンシングにも関与している。
アンタゴｍｉｒ
実施形態において、ＡＣは、アンタゴｍｉｒである。アンタゴｍｉｒは、ＲＮａｓｅ保護及び薬理学的特性（例えば、組織及び細胞の取り込みの増強）のための様々な修飾を有するＲＮＡ様オリゴヌクレオチドである。それらは、例えば、糖の完全２’－０－メチル化、ホスホロチオエート骨格、及び、例えば、３’末端のコレステロール部分に関して、正常なＲＮＡとは異なる。アンタゴｍｉｒは、アンタゴｍｉｒ及び内因性ｍｉＲＮＡを含む二重鎖を形成し、それによってｍｉＲＮＡ誘導性遺伝子サイレンシングを防止することによって、内因性ｍｉＲＮＡを効率的にサイレンシングするために使用することができる。アンタゴｍｉｒ媒介性ｍｉＲＮＡサイレンシングの例は、Ｋｒｕｔｚｆｅｌｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ（２００５），４３８：６８５－６８９（参照によりその全体が本明細書に明示的に組み込まれる）に記載されているｍｉＲ－１２２のサイレンシングである。アンタゴｍｉｒ ＲＮＡは、標準的な固相オリゴヌクレオチド合成プロトコルを使用して合成され得る（米国特許出願第１１／５０２，１５８号及び同第１１／６５７，３４１号；これらの各々の開示は、参照により本明細書に組み込まれる）。
実施形態において、ＡＣは、アンタゴｍｉｒである。アンタゴｍｉｒは、ＲＮａｓｅ保護及び薬理学的特性（例えば、組織及び細胞の取り込みの増強）のための様々な修飾を有するＲＮＡ様オリゴヌクレオチドである。それらは、例えば、糖の完全２’－０－メチル化、ホスホロチオエート骨格、及び、例えば、３’末端のコレステロール部分に関して、正常なＲＮＡとは異なる。アンタゴｍｉｒは、アンタゴｍｉｒ及び内因性ｍｉＲＮＡを含む二重鎖を形成し、それによってｍｉＲＮＡ誘導性遺伝子サイレンシングを防止することによって、内因性ｍｉＲＮＡを効率的にサイレンシングするために使用することができる。アンタゴｍｉｒ媒介性ｍｉＲＮＡサイレンシングの例は、Ｋｒｕｔｚｆｅｌｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ（２００５），４３８：６８５－６８９（参照によりその全体が本明細書に明示的に組み込まれる）に記載されているｍｉＲ－１２２のサイレンシングである。アンタゴｍｉｒ ＲＮＡは、標準的な固相オリゴヌクレオチド合成プロトコルを使用して合成され得る（米国特許出願第１１／５０２，１５８号及び同第１１／６５７，３４１号；これらの各々の開示は、参照により本明細書に組み込まれる）。
アンタゴｍｉｒは、リガンド結合モノマーサブユニット及びオリゴヌクレオチド合成のためのモノマーを含み得る。モノマーは、米国特許出願第１０／９１６，１８５号に記載されている。アンタゴｍｉｒは、ＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０７０７０号に記載されているようなＺＸＹ構造を有し得る。アンタゴｍｉｒは、両親媒性部分と複合体化され得る。オリゴヌクレオチド剤と共に使用するための両親媒性部分は、ＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０７０７０号に記載されている。
アプタマー
実施形態では、ＡＣは、アプタマーを含む。アプタマーは、高い親和性及び特異性で目的の特定の分子に結合する核酸分子又はペプチド分子である（Ｔｕｅｒｋ ａｎｄ Ｇｏｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：５０５（１９９０）；Ｅｌｌｉｎｇｔｏｎ ａｎｄ Ｓｚｏｓｔａｋ，Ｎａｔｕｒｅ ３４６：８１８（１９９０））。大きなタンパク質から小さな有機分子に至る多くの異なる実体に結合するＤＮＡアプタマー又はＲＮＡアプタマーが成功裏に産生されている（Ｅａｔｏｎ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．（１９９７），１：１０－１６；Ｆａｍｕｌｏｋ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９９），９：３２４－９；及びＨｅｒｍａｎｎ ａｎｄ Ｐａｔｅｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０００），２８７：８２０－５を参照されたい）。アプタマーは、ＲＮＡ又はＤＮＡベースであってもよく、リボスイッチを含んでもよい。リボスイッチは、小標的分子に直接結合することができ、その標的の結合が遺伝子の活性に影響を及ぼすｍＲＮＡ分子の一部である。したがって、リボスイッチを含むｍＲＮＡは、その標的分子の有無に応じて、それ自体の活性の調節に直接的に関与する。一般に、アプタマーは、小分子、タンパク質、核酸、更には細胞、組織及び生物などの様々な分子標的に結合するように、インビトロ選択、すなわち、ＳＥＬＥＸ（指数関数的濃縮によるリガンドの系統的進化）の反復ラウンドを通して操作される。アプタマーは、合成法、組換え法、及び精製法をなどの任意の公知の方法によって調製することができ、単独で、又は同じ標的に特異的な他のアプタマーと組み合わせて使用することができる。更に、「アプタマー」という用語は、２つ以上の既知のアプタマーを所与の標的と比較することから導かれるコンセンサス配列を含有する「二次アプタマー」も含む。実施形態では、アプタマーは、細胞内標的を特異的に認識する「細胞内アプタマー」又は「イントラマー」である（Ｆａｍｕｌｏｋら，Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．（２００１），８（１０）：９３１－９３９；Ｙｏｏｎ ａｎｄ Ｒｏｓｓｉ，Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．（２０１８），１３４：２２－３５；それぞれ参照により本明細書に組み込まれる）。
実施形態では、ＡＣは、アプタマーを含む。アプタマーは、高い親和性及び特異性で目的の特定の分子に結合する核酸分子又はペプチド分子である（Ｔｕｅｒｋ ａｎｄ Ｇｏｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：５０５（１９９０）；Ｅｌｌｉｎｇｔｏｎ ａｎｄ Ｓｚｏｓｔａｋ，Ｎａｔｕｒｅ ３４６：８１８（１９９０））。大きなタンパク質から小さな有機分子に至る多くの異なる実体に結合するＤＮＡアプタマー又はＲＮＡアプタマーが成功裏に産生されている（Ｅａｔｏｎ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．（１９９７），１：１０－１６；Ｆａｍｕｌｏｋ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９９），９：３２４－９；及びＨｅｒｍａｎｎ ａｎｄ Ｐａｔｅｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０００），２８７：８２０－５を参照されたい）。アプタマーは、ＲＮＡ又はＤＮＡベースであってもよく、リボスイッチを含んでもよい。リボスイッチは、小標的分子に直接結合することができ、その標的の結合が遺伝子の活性に影響を及ぼすｍＲＮＡ分子の一部である。したがって、リボスイッチを含むｍＲＮＡは、その標的分子の有無に応じて、それ自体の活性の調節に直接的に関与する。一般に、アプタマーは、小分子、タンパク質、核酸、更には細胞、組織及び生物などの様々な分子標的に結合するように、インビトロ選択、すなわち、ＳＥＬＥＸ（指数関数的濃縮によるリガンドの系統的進化）の反復ラウンドを通して操作される。アプタマーは、合成法、組換え法、及び精製法をなどの任意の公知の方法によって調製することができ、単独で、又は同じ標的に特異的な他のアプタマーと組み合わせて使用することができる。更に、「アプタマー」という用語は、２つ以上の既知のアプタマーを所与の標的と比較することから導かれるコンセンサス配列を含有する「二次アプタマー」も含む。実施形態では、アプタマーは、細胞内標的を特異的に認識する「細胞内アプタマー」又は「イントラマー」である（Ｆａｍｕｌｏｋら，Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．（２００１），８（１０）：９３１－９３９；Ｙｏｏｎ ａｎｄ Ｒｏｓｓｉ，Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．（２０１８），１３４：２２－３５；それぞれ参照により本明細書に組み込まれる）。
リボザイム
実施形態では、ＡＣは、リボザイムである。リボザイムは、エンドヌクレアーゼ活性を有する特定の触媒ドメインを有するＲＮＡ分子複合体である（Ｋｉｍ ａｎｄ Ｃｅｃｈ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８７），８４（２４）：８７８８－９２；Ｆｏｒｓｔｅｒ ａｎｄ Ｓｙｍｏｎｓ，Ｃｅｌｌ（１９８７）２４，４９（２）：２１１－２０）。例えば、多数のリボザイムは、高度の特異性でリン酸エステル転移反応を加速し、多くの場合、オリゴヌクレオチド基質中のいくつかのリン酸エステルのうちの１つのみを切断する（Ｃｅｃｈら，Ｃｅｌｌ（１９８１），２７（３ Ｐｔ ２）：４８７－９６；Ｍｉｃｈｅｌ ａｎｄ Ｗｅｓｔｈｏｆ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９０），５，２１６（３）：５８５－６１０；Ｒｅｉｎｈｏｌｄ－Ｈｕｒｅｋ ａｎｄ Ｓｈｕｂ，Ｎａｔｕｒｅ（１９９２），１４，３５７（６３７４）：１７３－６）。この特異性は、基質が化学反応の前に特異的塩基対合相互作用を介してリボザイムの内部ガイド配列（Internal Guide Sequence、ＩＧＳ）に結合するという要件に起因している。
実施形態では、ＡＣは、リボザイムである。リボザイムは、エンドヌクレアーゼ活性を有する特定の触媒ドメインを有するＲＮＡ分子複合体である（Ｋｉｍ ａｎｄ Ｃｅｃｈ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８７），８４（２４）：８７８８－９２；Ｆｏｒｓｔｅｒ ａｎｄ Ｓｙｍｏｎｓ，Ｃｅｌｌ（１９８７）２４，４９（２）：２１１－２０）。例えば、多数のリボザイムは、高度の特異性でリン酸エステル転移反応を加速し、多くの場合、オリゴヌクレオチド基質中のいくつかのリン酸エステルのうちの１つのみを切断する（Ｃｅｃｈら，Ｃｅｌｌ（１９８１），２７（３ Ｐｔ ２）：４８７－９６；Ｍｉｃｈｅｌ ａｎｄ Ｗｅｓｔｈｏｆ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９０），５，２１６（３）：５８５－６１０；Ｒｅｉｎｈｏｌｄ－Ｈｕｒｅｋ ａｎｄ Ｓｈｕｂ，Ｎａｔｕｒｅ（１９９２），１４，３５７（６３７４）：１７３－６）。この特異性は、基質が化学反応の前に特異的塩基対合相互作用を介してリボザイムの内部ガイド配列（Internal Guide Sequence、ＩＧＳ）に結合するという要件に起因している。
天然に存在する酵素ＲＮＡの少なくとも６つの基本的な変種が現在知られている。各々は、生理学的条件下で、トランスのＲＮＡホスホジエステル結合の加水分解を触媒することができる（したがって、他のＲＮＡ分子を切断することができる）。一般に、酵素的核酸は、最初に標的ＲＮＡに結合することによって作用する。このような結合は、標的ＲＮＡを切断するように作用する分子の酵素部分に近接して保持される酵素的核酸の標的結合部分を介して生じる。したがって、酵素的核酸は、まず標的ＲＮＡを認識し、次いで相補的塩基対形成を介して標的ＲＮＡに結合し、そして一旦正しい部位に結合すると、酵素的に作用して標的ＲＮＡを切断する。このような標的ＲＮＡの戦略的切断によって、コードされたタンパク質の合成を指示するその能力が破壊される。酵素的核酸がそのＲＮＡ標的に結合して切断した後、それは別の標的を探すためにそのＲＮＡから放出され、新しい標的に繰り返し結合して切断することができる。
酵素的核酸分子は、例えば、ハンマーヘッド、ヘアピン、δ型肝炎ウイルス、グループＩイントロン又はＲＮａｓｅＰ ＲＮＡ（ＲＮＡガイド配列と会合している）又はＮｅｕｒｏｓｐｏｒａ ＶＳ ＲＮＡモチーフにおいて形成され得る。ハンマーヘッドモチーフの具体例は、Ｒｏｓｓｉ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９２），２０（１７）：４５５９－６５に記載されている。ヘアピンモチーフの例は、Ｈａｍｐｅｌら（欧州特許出願公開第０３６０２５７号）、Ｈａｍｐｅｌ ａｎｄ Ｔｒｉｔｚ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９８９），２８（１２）：４９２９－３３、Ｈａｍｐｅｌ ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９０），１８（２）：２９９－３０４及び米国特許第５，６３１，３５９号に記載されている。肝炎ウイルスモチーフの例は、Ｐｅｒｒｏｔｔａ ａｎｄ Ｂｅｅｎ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９２），３１（４７）：１１８４３－５２に記載されており、ＲＮａｓｅＰモチーフの例は、Ｇｕｅｒｒｉｅｒ－Ｔａｋａｄａら，Ｃｅｌｌ（１９８３），３５（３ Ｐｔ ２）：８４９－５７に記載されており、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ＶＳ ＲＮＡリボザイムモチーフは、Ｃｏｌｌｉｎｓ（Ｓａｖｉｌｌｅ ａｎｄ Ｃｏｌｌｉｎｓ，Ｃｅｌｌ（１９９０），６１（４）：６８５－９６；Ｓａｖｉｌｌｅ ａｎｄ Ｃｏｌｌｉｎｓ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９１），８８（１９）：８８２６－３０；Ｃｏｌｌｉｎｓ ａｎｄ Ｏｌｉｖｅ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９３），３２（ｌ ｌ）：２７９５－９）に記載されており、グループＩイントロンの例は、米国特許第４，９８７，０７１号に記載されている。実施形態では、酵素核酸分子は、標的遺伝子ＤＮＡ又はＲＮＡ領域の１つ以上に相補的な特異的基質結合部位を有し、その基質結合部位内又はその周囲に、ＲＮＡ切断活性を分子に付与するヌクレオチド配列を有する。したがって、リボザイム構築物は、本明細書で言及される特定のモチーフに限定される必要はない。
リボザイムは、各々が参照により本明細書に具体的に組み込まれる国際公開第９３／２３５６９号及び国際公開第９４／０２５９５号に記載されるように設計し、これらに記載されているように合成してインビトロ及びインビボで試験することができる。実施形態において、リボザイムは、標的転写物の標的ヌクレオチド配列に標的化される。
リボザイム活性は、リボザイム結合アームの長さを変化させるか、又は血清リボヌクレアーゼによるそれらの分解を防止する修飾を有するリボザイムを化学的に合成することによって増加させることができる（例えば、国際公開第９２／０７０６５号、国際公開第９３／１５１８７、国際公開第９１／０３１６２、欧州特許出願公開第９２１１０２９８．４号、米国特許第５，３３４，７１１号、及び米国特許第９４／１３６８８号（酵素ＲＮＡ分子の糖部分に対して行うことができる様々な化学修飾、細胞におけるそれらの有効性を増強する修飾、及びＲＮＡ合成時間を短縮し、化学的必要条件を減らすためのステムΠ塩基の除去を記載する）を参照されたい）。
スーパーｍｉｒ
実施形態では、ＡＣは、スーパーｍｉｒである。スーパーｍｉｒは、ｍｉＲＮＡと実質的に同一であり、その標的に対してアンチセンスであるヌクレオチド配列を有する、ＲＮＡ若しくはＤＮＡのポリマー若しくはその両方の一本鎖、二本鎖若しくは部分的に二本鎖のオリゴマー若しくはポリマー、又はそれらの修飾物を指す。この用語は、天然に存在する核酸塩基、糖及び共有ヌクレオシド間（骨格）結合から構成され、同様に機能する少なくとも１つの天然に存在しない部分を含有するオリゴヌクレオチドを含む。そのような修飾又は置換オリゴヌクレオチドは、例えば、細胞取り込みの増強、核酸標的に対する親和性の増強、及びヌクレアーゼの存在下での安定性の増加などの望ましい特性を有する。実施形態において、スーパーｍｉｒはセンス鎖を含まず、別の実施形態において、スーパーｍｉｒは有意な程度に自己ハイブリダイズしない。スーパーｍｉｒは二次構造を有し得るが、生理学的条件下では実質的に一本鎖である。実質的に一本鎖であるスーパーｍｉｒは、スーパーｍｉｒの約５０％未満（例えば、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満、又は約５％未満）がそれ自体と二本鎖化される程度に一本鎖である。スーパーｍｉｒは、ヘアピンセグメント（例えば、配列）を含み得、例えば、３’末端で自己ハイブリダイズして、二重鎖領域（例えば、少なくとも約１、約２、約３、若しくは約４、個のヌクレオチドからなる、又は約８個未満、約７個未満、約６個未満、若しくは約５個未満のヌクレオチドからなる、又は約５個のヌクレオチドからなる二重鎖領域）を形成することができる。二重鎖化領域は、リンカー、例えば、ヌクレオチドリンカー、例えば、約３、約４、約５又は約６ｄＴｓ、例えば、修飾ｄＴｓによって連結され得る。別の実施形態において、スーパーｍｉｒは、例えば、約５、約６、約７、約８、約９、又は約１０ヌクレオチド長のより短いオリゴと、例えば、３’及び５’末端の一方若しくは両方で、又はスーパーｍｉｒの一方の末端及び非末端若しくは中央で二本鎖化である。
実施形態では、ＡＣは、スーパーｍｉｒである。スーパーｍｉｒは、ｍｉＲＮＡと実質的に同一であり、その標的に対してアンチセンスであるヌクレオチド配列を有する、ＲＮＡ若しくはＤＮＡのポリマー若しくはその両方の一本鎖、二本鎖若しくは部分的に二本鎖のオリゴマー若しくはポリマー、又はそれらの修飾物を指す。この用語は、天然に存在する核酸塩基、糖及び共有ヌクレオシド間（骨格）結合から構成され、同様に機能する少なくとも１つの天然に存在しない部分を含有するオリゴヌクレオチドを含む。そのような修飾又は置換オリゴヌクレオチドは、例えば、細胞取り込みの増強、核酸標的に対する親和性の増強、及びヌクレアーゼの存在下での安定性の増加などの望ましい特性を有する。実施形態において、スーパーｍｉｒはセンス鎖を含まず、別の実施形態において、スーパーｍｉｒは有意な程度に自己ハイブリダイズしない。スーパーｍｉｒは二次構造を有し得るが、生理学的条件下では実質的に一本鎖である。実質的に一本鎖であるスーパーｍｉｒは、スーパーｍｉｒの約５０％未満（例えば、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満、又は約５％未満）がそれ自体と二本鎖化される程度に一本鎖である。スーパーｍｉｒは、ヘアピンセグメント（例えば、配列）を含み得、例えば、３’末端で自己ハイブリダイズして、二重鎖領域（例えば、少なくとも約１、約２、約３、若しくは約４、個のヌクレオチドからなる、又は約８個未満、約７個未満、約６個未満、若しくは約５個未満のヌクレオチドからなる、又は約５個のヌクレオチドからなる二重鎖領域）を形成することができる。二重鎖化領域は、リンカー、例えば、ヌクレオチドリンカー、例えば、約３、約４、約５又は約６ｄＴｓ、例えば、修飾ｄＴｓによって連結され得る。別の実施形態において、スーパーｍｉｒは、例えば、約５、約６、約７、約８、約９、又は約１０ヌクレオチド長のより短いオリゴと、例えば、３’及び５’末端の一方若しくは両方で、又はスーパーｍｉｒの一方の末端及び非末端若しくは中央で二本鎖化である。
ｍｉＲＮＡ模倣物
実施形態において、ＡＣは、ｍｉＲＮＡ模倣物である。ｍｉＲＮＡ模倣物は、１つ以上のｍｉＲＮＡの遺伝子サイレンシング能力を模倣するために使用することができる分子のクラスを表す。したがって、「マイクロＲＮＡ模倣物」という用語は、ＲＮＡｉ経路に入り、遺伝子発現を調節することができる合成非コードＲＮＡ（例えば、ｍｉＲＮＡは、内因性ｍｉＲＮＡの供給源から精製によって得られない）を指す。ｍｉＲＮＡ模倣物は、成熟分子（例えば、一本鎖）又は模倣前駆体（例えば、以前のｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ）として設計することができる。ｍｉＲＮＡ模倣物は、限定されないが、ＲＮＡ、修飾ＲＮＡ、ＤＮＡ、修飾ＤＮＡ、ロックド核酸、若しくは２’－０，４’－Ｃ－エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）、又は上記の任意の組み合わせ（ＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッドを含む）を含むオリゴヌクレオチドなどの核酸（修飾又は修飾核酸）を含み得る。加えて、ｍｉＲＮＡ模倣物は、送達、細胞内区画化、安定性、特異性、機能性、鎖使用、及び／又は効力に影響を及ぼし得るコンジュゲートを含み得る。１つの設計において、ｍｉＲＮＡ模倣物は、二本鎖分子（例えば、約１６～約３１ヌクレオチド長の二本鎖領域を有する）であり、所与のｍｉＲＮＡの成熟鎖と同一性を有する１つ以上の配列を含有する。修飾は、分子の一方又は両方の鎖上の２’修飾（２’－０メチル修飾及び２’Ｆ修飾を含む）、並びに核酸安定性及び／又は特異性を増強するヌクレオシド間修飾（例えば、ホスホロチオエート修飾）を含み得る。加えて、ｍｉＲＮＡ模倣物はオーバーハングを含み得る。オーバーハングは、いずれかの鎖の３’又は５’末端のいずれかに約１から約６個のヌクレオチドを含み得、安定性又は機能性を高めるために修飾することができる。実施形態では、ｍｉＲＮＡ模倣物は、約１６から約３１個のヌクレオチドからなる二本鎖領域を含み、以下の化学修飾パターンのうちの１つ以上を含む。すなわち、センス鎖は、（センスオリゴヌクレオチドの５’末端から数えて）ヌクレオチド１及び２の２’－０－メチル修飾、並びにＣ及びＵの全てを含有し、アンチセンス鎖修飾は、Ｃ及びＵの全ての２’Ｆ修飾、オリゴヌクレオチドの５’末端のリン酸化、並びに２ヌクレオチド３’オーバーハングに関連する安定化されたヌクレオシド間結合を含み得る。
実施形態において、ＡＣは、ｍｉＲＮＡ模倣物である。ｍｉＲＮＡ模倣物は、１つ以上のｍｉＲＮＡの遺伝子サイレンシング能力を模倣するために使用することができる分子のクラスを表す。したがって、「マイクロＲＮＡ模倣物」という用語は、ＲＮＡｉ経路に入り、遺伝子発現を調節することができる合成非コードＲＮＡ（例えば、ｍｉＲＮＡは、内因性ｍｉＲＮＡの供給源から精製によって得られない）を指す。ｍｉＲＮＡ模倣物は、成熟分子（例えば、一本鎖）又は模倣前駆体（例えば、以前のｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ）として設計することができる。ｍｉＲＮＡ模倣物は、限定されないが、ＲＮＡ、修飾ＲＮＡ、ＤＮＡ、修飾ＤＮＡ、ロックド核酸、若しくは２’－０，４’－Ｃ－エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）、又は上記の任意の組み合わせ（ＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッドを含む）を含むオリゴヌクレオチドなどの核酸（修飾又は修飾核酸）を含み得る。加えて、ｍｉＲＮＡ模倣物は、送達、細胞内区画化、安定性、特異性、機能性、鎖使用、及び／又は効力に影響を及ぼし得るコンジュゲートを含み得る。１つの設計において、ｍｉＲＮＡ模倣物は、二本鎖分子（例えば、約１６～約３１ヌクレオチド長の二本鎖領域を有する）であり、所与のｍｉＲＮＡの成熟鎖と同一性を有する１つ以上の配列を含有する。修飾は、分子の一方又は両方の鎖上の２’修飾（２’－０メチル修飾及び２’Ｆ修飾を含む）、並びに核酸安定性及び／又は特異性を増強するヌクレオシド間修飾（例えば、ホスホロチオエート修飾）を含み得る。加えて、ｍｉＲＮＡ模倣物はオーバーハングを含み得る。オーバーハングは、いずれかの鎖の３’又は５’末端のいずれかに約１から約６個のヌクレオチドを含み得、安定性又は機能性を高めるために修飾することができる。実施形態では、ｍｉＲＮＡ模倣物は、約１６から約３１個のヌクレオチドからなる二本鎖領域を含み、以下の化学修飾パターンのうちの１つ以上を含む。すなわち、センス鎖は、（センスオリゴヌクレオチドの５’末端から数えて）ヌクレオチド１及び２の２’－０－メチル修飾、並びにＣ及びＵの全てを含有し、アンチセンス鎖修飾は、Ｃ及びＵの全ての２’Ｆ修飾、オリゴヌクレオチドの５’末端のリン酸化、並びに２ヌクレオチド３’オーバーハングに関連する安定化されたヌクレオシド間結合を含み得る。
ｍｉＲＮＡ阻害剤
実施形態において、ＡＣはｍｉＲＮＡ阻害剤である。「抗ｍｉｒ」、「マイクロＲＮＡ阻害剤」、「ｍｉＲ阻害剤」、又は「ｍｉＲＮＡ阻害剤」という用語は、同義であり、特定のｍｉＲＮＡの能力に妨げるオリゴヌクレオチド又は修飾オリゴヌクレオチドを指す。一般に、阻害剤は、天然の核酸又は修飾核酸であり、例えば、ＲＮＡ、修飾ＲＮＡ、ＤＮＡ、修飾ＤＮＡ、ロックド核酸（ＬＮＡ）、又は上記の任意の組み合わせなどのオリゴヌクレオチドである。
実施形態において、ＡＣはｍｉＲＮＡ阻害剤である。「抗ｍｉｒ」、「マイクロＲＮＡ阻害剤」、「ｍｉＲ阻害剤」、又は「ｍｉＲＮＡ阻害剤」という用語は、同義であり、特定のｍｉＲＮＡの能力に妨げるオリゴヌクレオチド又は修飾オリゴヌクレオチドを指す。一般に、阻害剤は、天然の核酸又は修飾核酸であり、例えば、ＲＮＡ、修飾ＲＮＡ、ＤＮＡ、修飾ＤＮＡ、ロックド核酸（ＬＮＡ）、又は上記の任意の組み合わせなどのオリゴヌクレオチドである。
修飾には、送達、安定性、特異性、細胞内区画化、又は効力に影響を及ぼし得る２’修飾（２’－０アルキル修飾及び２’Ｆ修飾を含む）及びヌクレオシド間修飾（例えば、ホスホロチオエート修飾）が含まれる。加えて、ｍｉＲＮＡ阻害剤は、送達、細胞内区画化、安定性、及び／又は効力に影響を及ぼし得るコンジュゲートを含み得る。阻害剤は、一本鎖、二本鎖（ＲＮＡ／ＲＮＡ又はＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖）、及びヘアピン設計などの様々な構成を採用することができ、一般に、マイクロＲＮＡ阻害剤は、標的とされるｍｉＲＮＡの（１つ又は複数の）成熟鎖と相補的又は部分的に相補的である１つ以上の配列又は配列の一部を含み、更に、ｍｉＲＮＡ阻害剤は、成熟ｍｉＲＮＡの逆相補体である配列に対して５’及び３’に位置する追加の配列も含み得る。追加の配列は、成熟ｍｉＲＮＡが由来するｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ中の成熟ｍｉＲＮＡに隣接する配列の逆相補体であってもよく、又は追加の配列は（Ａ、Ｇ、Ｃ、又はＵの混合物を有する）任意の配列であってもよい。実施形態では、追加の配列の一方又は両方は、ヘアピンを形成することができる任意の配列である。したがって、実施形態では、ｍｉＲＮＡの逆相補体である配列は、５’側及び３’側において、ヘアピン構造に隣接する。マイクロＲＮＡ阻害剤は、二本鎖の場合、反対の鎖上のヌクレオチド間にミスマッチを含み得る。更に、マイクロＲＮＡ阻害剤は、細胞への阻害剤の取り込みを促進するために、コンジュゲート部分に連結され得る。例えば、マイクロＲＮＡ阻害剤は、細胞内へのマイクロＲＮＡ阻害剤の受動的取り込みを可能にするコレステリル５－（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）－３－ヒドロキシペンチルカルバメート）に連結され得る。ヘアピンｍｉＲＮＡ阻害剤を含むマイクロＲＮＡ阻害剤は、Ｖｅｒｍｅｕｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，”Ｄｏｕｂｌｅ－Ｓｔｒａｎｄｅｄ Ｒｅｇｉｏｎｓ Ａｒｅ Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｄｅｓｉｇｎ Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ Ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ ｏｆ ＲＩＳＣ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，”ＲＮＡ １３：７２３－７３０（２００７）、並びに国際公開第２００７／０９５３８７号及び国際公開第２００８／０３６８２５号に詳細に記載されており、これらは各々、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。当業者は、所望のｍｉＲＮＡについてデータベースから配列を選択し、本明細書に開示される方法に有用な阻害剤を設計することができる。
ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構
実施形態において、治療部分は、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構の１つ以上のエレメントを含む。本明細書で使用される場合、「ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構」は、ゲノムを編集するために使用され得る、タンパク質、核酸、又はそれらの組み合わせを指す。遺伝子編集機構の非限定的な例としては、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ヌクレアーゼ、ヌクレアーゼ阻害剤、並びにそれらの組み合わせ及び複合体が挙げられる。以下の特許文献、すなわち、米国特許第８，６９７，３５９号、米国特許第８，７７１，９４５号、米国特許第８，７９５，９６５号、米国特許第８，８６５，４０６号、米国特許第８，８７１，４４５号、米国特許第８，８８９，３５６号、米国特許第８，８９５，３０８号、米国特許第８，９０６，６１６号、米国特許第８，９３２，８１４号、米国特許第８，９４５，８３９号、米国特許第８，９９３，２３３号、米国特許第８，９９９，６４１号、米国特許出願第１４／７０４，５５１号、及び米国特許出願第１３／８４２，８５９号には、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構が記載されている前述の特許文献の各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
実施形態において、治療部分は、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構の１つ以上のエレメントを含む。本明細書で使用される場合、「ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構」は、ゲノムを編集するために使用され得る、タンパク質、核酸、又はそれらの組み合わせを指す。遺伝子編集機構の非限定的な例としては、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ヌクレアーゼ、ヌクレアーゼ阻害剤、並びにそれらの組み合わせ及び複合体が挙げられる。以下の特許文献、すなわち、米国特許第８，６９７，３５９号、米国特許第８，７７１，９４５号、米国特許第８，７９５，９６５号、米国特許第８，８６５，４０６号、米国特許第８，８７１，４４５号、米国特許第８，８８９，３５６号、米国特許第８，８９５，３０８号、米国特許第８，９０６，６１６号、米国特許第８，９３２，８１４号、米国特許第８，９４５，８３９号、米国特許第８，９９３，２３３号、米国特許第８，９９９，６４１号、米国特許出願第１４／７０４，５５１号、及び米国特許出願第１３／８４２，８５９号には、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構が記載されている前述の特許文献の各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
ｇＲＮＡ
実施形態において、ＴＭは、ｇＲＮＡを含む。ｇＲＮＡは、原核細胞又は真核細胞中のゲノム遺伝子座を標的とする。
実施形態において、ＴＭは、ｇＲＮＡを含む。ｇＲＮＡは、原核細胞又は真核細胞中のゲノム遺伝子座を標的とする。
実施形態において、ｇＲＮＡは、単一分子ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）である。ｓｇＲＮＡは、スペーサー配列及び足場配列を含む。スペーサー配列は、ヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９ヌクレアーゼ）を目的の特定のヌクレオチド領域（例えば、切断されるゲノムＤＮＡ配列）に標的化するために使用される短い核酸配列である。実施形態では、スペーサーは、約１７～２４塩基長、例えば、約２０塩基長であり得る。実施形態では、スペーサーは、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、又は約３０塩基長であり得る。実施形態ではスペーサーは、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、又は少なくとも３０塩基長であり得る。実施形態では、スペーサーは、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、又は約３０塩基長であり得る。実施形態では、スペーサー配列は、約４０％～約８０％のＧＣ含有量を有する。
実施形態では、スペーサーは、５’プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）の直前の標的ヌクレオチド配列に結合する。ＰＡＭ配列は、所望のヌクレアーゼに基づいて選択することができる。例えば、ＰＡＭ配列は、以下の表１３に示されるＰＡＭ配列のいずれか１つであり得、式中、Ｎは任意の核酸を指し、ＲはＡ又はＧを指し、ＹはＣ又はＴを指し、ＷはＡ又はＴを指し、ＶはＡ又はＣ又はＧを指す。
実施形態では、スペーサーは、ヒト遺伝子などの標的遺伝子の哺乳動物標的転写物の標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、スペーサーは、標的転写物の標的ヌクレオチド配列に結合し得る。実施形態において、スペーサーは、標的ヌクレオチド配列に結合し得る。この標的ヌクレオチド配列は、標的転写物のスプライスエレメント（ＳＥ）及び／若しくはスプライス調節エレメント（ＳＲＥ）の少なくとも一部を含むか、又は標的転写物のＳＥ及び／若しくはＳＲＥに十分に近接して、スプライシングを調節する。
足場配列は、ヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９）結合に関与するｓｇＲＮＡ内の配列である。足場配列は、スペーサー／標的化配列を含まない。実施形態では、足場は、約１から約１０、約１０から約２０、約２０から約３０、約３０から約４０、約４０から約５０、約５０から約６０、約６０から約７０、約７０から約８０、約８０から約９０、約９０から約１００、約１００から約１１０、約１１０から約１２０、又は約１２０から約１３０ヌクレオチド長であり得る。実施形態では、足場は、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、約３０、約３１、約３２、約３３、約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、約４５、約４６、約４７、約４８、約４９、約５０、約５１、約５２、約５３、約５４、約５５、約５６、約５７、約５８、約５９、約６０、約６０、約６１、約６２、約６３、約６４、約６５、約６６、約６７、約６８、約６９、約７０、約７１、約７２、約７３、約７４、約７５、約７６、約７７、約７８、約７９、約８０、約８１、約８２、約８３、約８４、約８５、約８６、約８７、約８８、約８９、約９０、約９１、約９２、約９３、約９４、約９５、約９６、約９７、約９８、約９９、約１００、約１０１、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１１０、約１１１、約１１２、約１１３、約１１４、約１１５、約１１６、約１１７、約１１８、約１１９、約１２０、約１２１、約１２２、約１２３、約１２４、又は約１２５ヌクレオチド長であり得る。実施形態では、足場は、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１１０、少なくとも１２０、又は少なくとも１２５ヌクレオチド長であり得る。
実施形態では、ｇＲＮＡは、二重分子ガイドＲＮＡ、例えば、ｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡである。実施形態では、ｇＲＮＡは、ポリ（Ａ）テールをさらに含み得る。
実施形態では、複数のｇＲＮＡが、単一化合物中のＴＭとして使用され得る。実施形態では、ＴＭは、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、又は約２０個のｇＲＮＡを含み得る。実施形態では、ｇＲＮＡは同じ標的を認識する。実施形態では、ｇＲＮＡは異なる標的を認識する。実施形態では、ｇＲＮＡを含む核酸は、プロモーターをコードする配列を含み、当該プロモーターは、ｇＲＮＡの発現を駆動する。
ヌクレアーゼ
実施形態では、ＴＭはヌクレアーゼを含む。実施形態では、ヌクレアーゼは、ＩＩ型、Ｖ－Ａ型、Ｖ－Ｂ型、ＶＣ型、Ｖ－Ｕ型、ＶＩ－Ｂ型ヌクレアーゼである。実施形態では、ヌクレアーゼは、転写、アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、又はジンクフィンガーヌクレアーゼである。実施形態では、ヌクレアーゼは、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ（ＣＦ３）、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｔｎｐ－Ｂ様、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、又はＣａｓ１４ヌクレアーゼである。例えば、実施形態において、ヌクレアーゼは、Ｃａｓ９ヌクレアーゼ又はＣｐｆ１ヌクレアーゼである。
実施形態では、ＴＭはヌクレアーゼを含む。実施形態では、ヌクレアーゼは、ＩＩ型、Ｖ－Ａ型、Ｖ－Ｂ型、ＶＣ型、Ｖ－Ｕ型、ＶＩ－Ｂ型ヌクレアーゼである。実施形態では、ヌクレアーゼは、転写、アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、又はジンクフィンガーヌクレアーゼである。実施形態では、ヌクレアーゼは、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ（ＣＦ３）、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｔｎｐ－Ｂ様、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、又はＣａｓ１４ヌクレアーゼである。例えば、実施形態において、ヌクレアーゼは、Ｃａｓ９ヌクレアーゼ又はＣｐｆ１ヌクレアーゼである。
実施形態では、ヌクレアーゼは、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ（Ｃｐｆ１）、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｔｎｐ－Ｂ様、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、又はＣａｓ１４ヌクレアーゼの修飾形態又は変異体である。実施形態では、ヌクレアーゼは、ＴＡＬヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、又はジンクフィンガーヌクレアーゼの修飾形態又は変異体である。「改変された」又は「変異体」ヌクレアーゼは、例えば、切断されたもの、別のタンパク質（別のヌクレアーゼなど）に融合されたもの、触媒的に不活性化されたものなどである。実施形態では、ヌクレアーゼは、天然に存在するＣａｓ９、Ｃａｓ１２ａ（Ｃｐｆ１）、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｔｎｐ－Ｂ様、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１４ヌクレアーゼ、又はＴＡＬＥＮ、メガヌクレアーゼ、若しくはジンクフィンガーヌクレアーゼと、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、又は約１００％の配列同一性を有し得る。実施形態では、ヌクレアーゼは、Ｓ．ピオゲネス（ＳｐＣａｓ９）に由来するＣａｓ９ヌクレアーゼである。実施形態では、ヌクレアーゼは、Ｓ．ピオゲネス（ＳｐＣａｓ９）由来のＣａｓ９ヌクレアーゼに対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、又は少なくとも約９９％の配列同一性を有する。実施形態では、ヌクレアーゼは、黄色ブドウ球菌由来のＣａｓ９（ＳａＣａｓ９）である。実施形態では、ヌクレアーゼは、黄色ブドウ球菌由来のＣａｓ９（ＳａＣａｓ９）に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、又は少なくとも約９９％の配列同一性を有する。実施形態では、Ｃｐｆ１は、アシダミノコッカス（種ＢＶ３Ｌ６、ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｕ２ＵＭＱ６）由来のＣｐｆ１酵素である。実施形態では、ヌクレアーゼは、アシダミノコッカス（種ＢＶ３Ｌ６、ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｕ２ＵＭＱ６）由来のＣｐｆ１酵素に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、又は少なくとも約９９％の配列同一性を有する。
実施形態では、Ｃｐｆ１は、ラクノスピラ科（種ＮＤ２００６、ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ａ０Ａ１８２ＤＷＥ３）由来のＣｐｆ１酵素である。実施形態では、ヌクレアーゼは、ラクノスピラ科由来のＣｐｆ１酵素に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、又は少なくとも約９９％の配列同一性を有する。実施形態では、ヌクレアーゼをコードする配列は、哺乳動物細胞における発現のためにコドン最適化する。実施形態では、ヌクレアーゼをコードする配列は、ヒト細胞又はマウス細胞における発現のためにコドン最適化する。
実施形態において、ヌクレアーゼは、可溶性タンパク質である。
実施形態において、ＴＭは、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列である。実施形態では、ヌクレアーゼをコードする核酸は、プロモーターをコードする配列を含み、当該プロモーターはヌクレアーゼの発現を駆動する。
ｇＲＮＡ及びヌクレアーゼの組み合わせ
実施形態では、本開示の化合物は、ｇＲＮＡ及びヌクレアーゼ又はヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列をＴＭとして含む。実施形態では、ヌクレアーゼ及びｇＲＮＡをコードする核酸は、プロモーターをコードする配列を含み、当該プロモーターは、ヌクレアーゼ及びｇＲＮＡの発現を駆動する。実施形態では、ヌクレアーゼ及びｇＲＮＡをコードする核酸は、２個のプロモーターを含み、第１のプロモーターはヌクレアーゼの発現を制御し、第２のプロモーターはｇＲＮＡの発現を制御する。実施形態では、ｇＲＮＡ及びヌクレアーゼをコードする核酸は、約１から約２０個のｇＲＮＡ、又は約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、若しくは約１９個から最大で約２０個のｇＲＮＡをコードする。実施形態では、ｇＲＮＡは異なる標的を認識する。実施形態では、ｇＲＮＡは同じ標的を認識する。
実施形態では、本開示の化合物は、ｇＲＮＡ及びヌクレアーゼ又はヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列をＴＭとして含む。実施形態では、ヌクレアーゼ及びｇＲＮＡをコードする核酸は、プロモーターをコードする配列を含み、当該プロモーターは、ヌクレアーゼ及びｇＲＮＡの発現を駆動する。実施形態では、ヌクレアーゼ及びｇＲＮＡをコードする核酸は、２個のプロモーターを含み、第１のプロモーターはヌクレアーゼの発現を制御し、第２のプロモーターはｇＲＮＡの発現を制御する。実施形態では、ｇＲＮＡ及びヌクレアーゼをコードする核酸は、約１から約２０個のｇＲＮＡ、又は約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、若しくは約１９個から最大で約２０個のｇＲＮＡをコードする。実施形態では、ｇＲＮＡは異なる標的を認識する。実施形態では、ｇＲＮＡは同じ標的を認識する。
実施形態において、本開示の化合物は、ＴＭとしてｇＲＮＡ及びヌクレアーゼを含むリボヌクレオタンパク質（ＲＮＰ）を含む。
実施形態では、（ａ）ｇＲＮＡ ＴＭを含む第１の化合物と、（ｂ）ヌクレアーゼであるか、又はヌクレアーゼを含む第２の化合物とを含む組成物が、細胞に送達される。実施形態では、（ａ）ＴＭ、ＣＰＰとしてヌクレアーゼを含む第１の化合物と、（ｂ）ｇＲＮＡであるか、又はｇＲＮＡを含む第２の分子とを含む組成物が、細胞に送達される。実施形態では、（ａ）ＴＭとしてｇＲＮＡを含む第１の化合物と、（ｂ）ＴＭとしてヌクレアーゼを含む第２の化合物とを含む組成物が、細胞に送達される。
目的の遺伝子エレメント
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ＴＭとして目的の遺伝子エレメントを含む。実施形態では、目的の遺伝子エレメントは、ヌクレアーゼによって切断されたゲノムＤＮＡ配列を置き換える。目的の遺伝子エレメントの非限定的な例としては、遺伝子、一塩基多型、プロモーター、又はターミネーターが挙げられる。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ＴＭとして目的の遺伝子エレメントを含む。実施形態では、目的の遺伝子エレメントは、ヌクレアーゼによって切断されたゲノムＤＮＡ配列を置き換える。目的の遺伝子エレメントの非限定的な例としては、遺伝子、一塩基多型、プロモーター、又はターミネーターが挙げられる。
ヌクレアーゼ阻害剤
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ＴＭとしてヌクレアーゼ阻害剤を含む。遺伝子編集の限界は、潜在的なオフターゲット編集である。ヌクレアーゼ阻害剤の送達は、オフターゲット編集を制限し得る。実施形態では、ヌクレアーゼ阻害剤は、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、又は小分子である。ヌクレアーゼ阻害剤は、米国特許出願公開第２０２０／０８７３５４号、国際公開第２０１８／０８５２８８号、米国特許出願公開第２０１８／０３８２７４１号、国際公開第２０１９／０８９７６１号、国際公開第２０２０／０６８３０４号、国際公開第２０２０／０４１３８４号、及び国際公開第２０１９／０７６６５１号に記載されており、これら参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ＴＭとしてヌクレアーゼ阻害剤を含む。遺伝子編集の限界は、潜在的なオフターゲット編集である。ヌクレアーゼ阻害剤の送達は、オフターゲット編集を制限し得る。実施形態では、ヌクレアーゼ阻害剤は、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、又は小分子である。ヌクレアーゼ阻害剤は、米国特許出願公開第２０２０／０８７３５４号、国際公開第２０１８／０８５２８８号、米国特許出願公開第２０１８／０３８２７４１号、国際公開第２０１９／０８９７６１号、国際公開第２０２０／０６８３０４号、国際公開第２０２０／０４１３８４号、及び国際公開第２０１９／０７６６５１号に記載されており、これら参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
エンドソーム脱出ビヒクル（ＥＥＶ）
細胞膜を横切ってカーゴを輸送するために、例えば、カーゴを細胞のサイトゾル又は核に送達するために、エンドソーム脱出ビヒクル（ＥＥＶ）を使用することができる。カーゴは、ＴＭを含み得る。ＥＥＶは、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）、例えば、環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）を含み得る。実施形態において、ＥＥＶは、環外ペプチド（ＥＰ）にコンジュゲートされたｃＣＰＰを含む。ＥＰを、互換的に調節ペプチド（ＭＰ）と呼ぶ場合がある。ＥＰは、核局在化シグナル（ＮＬＳ）の配列を含み得る。ＥＰはカーゴに結合することができる。ＥＰはｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰはカーゴ及びｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰ、カーゴ、ｃＣＰＰ、又はそれらの組み合わせの間のカップリングは、非共有結合又は共有結合であり得る。ＥＰはペプチド結合を介してｃＣＰＰのＮ末端に結合することができる。ＥＰはペプチド結合を介してｃＣＰＰのＣ末端に結合することができる。ＥＰはｃＣＰＰ中のアミノ酸の側鎖を介してｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰは、ｃＣＰＰ中のグルタミンの側鎖にコンジュゲートされ得るリジンの側鎖を介してｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰは、オリゴヌクレオチドカーゴの５’又は３’末端にコンジュゲートされ得る。ＥＰはリンカーに結合することができる。環外ペプチドは、リンカーのアミノ基にコンジュゲートされ得る。ＥＰは、ｃＣＰＰ及び／又はＥＰ上の側鎖を通して、ＥＰ及びｃＣＰＰのＣ末端を介してリンカーにカップリングされ得る。例えば、ＥＰは末端リジンを含んでいてもよく、リジンはその後、アミド結合を介してグルタミンを含有するｃＣＰＰにカップリングされ得る。ＥＰが末端リジンを含有し、リジンの側鎖を用いてｃＣＰＰを結合し得る場合、Ｃ末端又はＮ末端は、カーゴ上のリンカーに結合し得る。
細胞膜を横切ってカーゴを輸送するために、例えば、カーゴを細胞のサイトゾル又は核に送達するために、エンドソーム脱出ビヒクル（ＥＥＶ）を使用することができる。カーゴは、ＴＭを含み得る。ＥＥＶは、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）、例えば、環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）を含み得る。実施形態において、ＥＥＶは、環外ペプチド（ＥＰ）にコンジュゲートされたｃＣＰＰを含む。ＥＰを、互換的に調節ペプチド（ＭＰ）と呼ぶ場合がある。ＥＰは、核局在化シグナル（ＮＬＳ）の配列を含み得る。ＥＰはカーゴに結合することができる。ＥＰはｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰはカーゴ及びｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰ、カーゴ、ｃＣＰＰ、又はそれらの組み合わせの間のカップリングは、非共有結合又は共有結合であり得る。ＥＰはペプチド結合を介してｃＣＰＰのＮ末端に結合することができる。ＥＰはペプチド結合を介してｃＣＰＰのＣ末端に結合することができる。ＥＰはｃＣＰＰ中のアミノ酸の側鎖を介してｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰは、ｃＣＰＰ中のグルタミンの側鎖にコンジュゲートされ得るリジンの側鎖を介してｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰは、オリゴヌクレオチドカーゴの５’又は３’末端にコンジュゲートされ得る。ＥＰはリンカーに結合することができる。環外ペプチドは、リンカーのアミノ基にコンジュゲートされ得る。ＥＰは、ｃＣＰＰ及び／又はＥＰ上の側鎖を通して、ＥＰ及びｃＣＰＰのＣ末端を介してリンカーにカップリングされ得る。例えば、ＥＰは末端リジンを含んでいてもよく、リジンはその後、アミド結合を介してグルタミンを含有するｃＣＰＰにカップリングされ得る。ＥＰが末端リジンを含有し、リジンの側鎖を用いてｃＣＰＰを結合し得る場合、Ｃ末端又はＮ末端は、カーゴ上のリンカーに結合し得る。
環外ペプチド
環外ペプチド（ＥＰ）は、２から１０個のアミノ酸残基、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個のアミノ酸残基（これらの間の全ての範囲及び値を含む）を含み得る。ＥＰは、６から９個のアミノ酸残基を含み得る。ＥＰは、４から８個のアミノ酸残基を含み得る。
環外ペプチド（ＥＰ）は、２から１０個のアミノ酸残基、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個のアミノ酸残基（これらの間の全ての範囲及び値を含む）を含み得る。ＥＰは、６から９個のアミノ酸残基を含み得る。ＥＰは、４から８個のアミノ酸残基を含み得る。
環外ペプチド中の各アミノ酸は、天然又は非天然アミノ酸であってよい。「非天然アミノ酸」という用語は、天然アミノ酸の構造及び反応性を模倣するように、天然アミノ酸に類似した構造を有するという点で、天然アミノ酸の同族体である有機化合物を指す。非天然アミノ酸は、２０種の一般的な天然アミノ酸又は希少な天然アミノ酸であるセレノシステイン若しくはピロリシンのうちの１つではない修飾アミノ酸及び／又はアミノ酸類似体であり得る。非天然アミノ酸は、天然アミノ酸のＤ－異性体であってもよい。適切なアミノ酸の例としては、アラニン、アロソロイシン（allosoleucine）、アルギニン、シトルリン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、ナフチルアラニン、フェニルアラニン、プロリン、ピログルタミン酸、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、バリン、それらの誘導体、又はそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。これらのアミノ酸及び他のアミノ酸を、本明細書で使用されるそれらの略語と共に表１に列挙する。例えば、アミノ酸は、Ａ、Ｇ、Ｐ、Ｋ、Ｒ、Ｖ、Ｆ、Ｈ、Ｎａｌ、又はシトルリンであり得る。
ＥＰは、少なくとも１つの正に荷電したアミノ酸残基、例えば、グアニジン基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を含む少なくとも１個のリジン残基及び／又は少なくとも１個のアミン酸残基を含み得る。ＥＰは、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を含む１個又は２個のアミノ酸残基を含み得る。グアニジン基を含む側鎖を含むアミノ酸残基は、アルギニン残基であり得る。プロトン化形態は、本開示全体を通してその塩を意味する場合がある。
ＥＰは、少なくとも２個、少なくとも３個又は少なくとも４個以上のリジン残基を含み得る。ＥＰは、２、３、又は４個のリジン残基を含み得る。各リジン残基の側鎖上のアミノ基は、例えば、トリフルオロアセチル（－ＣＯＣＦ３）基、アリルオキシカルボニル（Ａｌｌｏｃ）基、１－（４，４－ジメチル－２，６－ジオキソシクロヘキシリデン）エチル（Ｄｄｅ）基、又は（４，４－ジメチル－２，６－ジオキソシクロヘキサ－１－イリデン－３）－メチルブチル（ｉｖＤｄｅ）基などの保護基で置換され得る。各リジン残基の側鎖上のアミノ基は、トリフルオロアセチル（－ＣＯＣＦ３）基で置換され得る。保護基は、アミドコンジュゲーションを可能にするために含めることができる。保護基は、ＥＰがｃＣＰＰにコンジュゲートされた後に除去することができる。
ＥＰは、疎水性側鎖を有する少なくとも２個のアミノ酸残基を含み得る。疎水性側鎖を有するアミノ酸残基は、バリン、プロリン、アラニン、ロイシン、イソロイシン、及びメチオニンから選択することができる。疎水性側鎖を有するアミノ酸残基は、バリン又はプロリンであり得る。
ＥＰは、少なくとも１個の正に荷電したアミノ酸残基、例えば、少なくとも１個のリジン残基及び／又は少なくとも１個のアルギニン残基を含み得る。ＥＰは、少なくとも２個、少なくとも３個又は少なくとも４個又はそれ以上のリジン残基及び／又はアルギニン残基を含み得る。
ＥＰは、ＫＫ、ＫＲ、ＲＲ、ＨＨ、ＨＫ、ＨＲ、ＲＨ、ＫＫＫ、ＫＧＫ、ＫＢＫ、ＫＢＲ、ＫＲＫ、ＫＲＲ、ＲＫＫ、ＲＲＲ、ＫＫＨ、ＫＨＫ、ＨＫＫ、ＨＲＲ、ＨＲＨ、ＨＨＲ、ＨＢＨ、ＨＨＨ、ＨＨＨＨ（配列番号１）、ＫＨＫＫ（配列番号２）、ＫＫＨＫ（配列番号３）、ＫＫＫＨ（配列番号４）、ＫＨＫＨ（配列番号５）、ＨＫＨＫ（配列番号６）、ＫＫＫＫ（配列番号７）、ＫＫＲＫ（配列番号８）、ＫＲＫＫ（配列番号９）、ＫＲＲＫ（配列番号１０）、ＲＫＫＲ（配列番号６）、ＫＫＫＫ（配列番号７）、ＫＫＲＫ（配列番号８）、ＫＲＫＫ（配列番号９）、ＫＲＲＫ（配列番号１０）、ＲＫＫＲ（配列番号１１）、ＲＲＲＲ（配列番号１２）、ＫＧＫＫ（配列番号１３）、ＫＫＧＫ（配列番号１４）、ＨＢＨＢＨ（配列番号１５）、ＨＢＫＢＨ（配列番号１６）、ＲＲＲＲＲ（配列番号１７）、ＲＲＲＲＲ（配列番号１７）、ＫＫＫＫＫ（配列番号１８）、ＫＫＫＲＫ（配列番号１９）、ＲＫＫＫＫ（配列番号２０）、ＫＲＫＫＫ（配列番号２１）、ＫＫＲＫＫ（配列番号２２）、ＫＫＫＫＲ（配列番号２３）、ＫＢＫＢＫ（配列番号２４）、ＲＫＫＫＧ（配列番号２５）、ＫＲＫＫＫＧ（配列番号２６）、ＫＫＲＫＫＧ（配列番号２７）、ＫＫＫＫＲＧ（配列番号２８）、ＲＫＫＫＫＢ（配列番号２９）、ＫＲＫＫＫＢ（配列番号３０）、ＫＫＲＫＫＢ（配列番号３１）、ＫＫＫＫＲＢ（配列番号３２）、ＫＫＫＲＫＶ（配列番号３３）、ＲＲＲＲＲＲ（配列番号３４）、ＨＨＨＨＨＨ（配列番号３５）、ＲＨＲＨＲＨ（配列番号３６）、ＨＲＨＲＨＲ（配列番号３７）、ＫＲＫＲＫＲ（配列番号３８）、ＲＫＲＫＲＫ（配列番号３９）、ＲＢＲＢＲＢ（４０）、ＫＢＫＢＫＢ（配列番号４１）、ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）、ＰＧＫＫＲＫＶ（配列番号４３）、ＰＫＧＫＲＫＶ（配列番号４４）、ＰＫＫＧＲＫＶ（配列番号４５）、ＰＫＫＫＧＫＶ（配列番号４６）、ＰＫＫＫＲＧＶ（配列番号４７）、又はＰＫＫＫＲＫＧ（配列番号４８）を含むことができ、Ｂはβ－アラニンである。ＥＰにおけるアミノ酸は、Ｄ又はＬ立体化学を有し得る。
ＥＰは、ＫＫ、ＫＲ、ＲＲ、ＫＫＫ、ＫＧＫ、ＫＢＫ、ＫＢＲ、ＫＲＫ、ＫＲＲ、ＲＫＫ、ＲＲＲ、ＫＫＫＫ（配列番号７）、ＫＫＲＫ（配列番号８）、ＫＲＫＫ（配列番号９）、ＫＲＲＫ（配列番号１０）、ＲＫＫＲ（配列番号１１）、ＲＲＲＲ（配列番号１２）、ＫＧＫＫ（配列番号１３）、ＫＫＧＫ（配列番号１４）、ＫＫＫＫＫ（配列番号１８）、ＫＫＫＲＫ（配列番号１９）、ＫＢＫＢＫ（配列番号２４）、ＫＫＫＲＫＶ（配列番号３３）、ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）、ＰＧＫＫＲＫＶ（配列番号４３）、ＰＫＧＫＲＫＶ（配列番号４４）、ＰＫＫＧＲＫＶ（配列番号４５）、ＰＫＫＫＧＫＶ（配列番号４６）、ＰＫＫＫＲＧＶ（配列番号４７）、又はＰＫＫＫＲＫＧ（配列番号４８）を含むことができる。ＥＰは、ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）、ＲＲ、ＲＲＲ、ＲＨＲ、ＲＢＲ、ＲＢＲＢＲ（配列番号４９）、ＲＢＨＢＲ（配列番号５０）、又はＨＢＲＢＨ（配列番号５１）を含むことができ、Ｂはβ－アラニンである。ＥＰにおけるアミノ酸は、Ｄ又はＬ立体化学を有し得る。
ＥＰは、ＫＫ、ＫＲ、ＲＲ、ＫＫＫ、ＫＧＫ、ＫＢＫ、ＫＢＲ、ＫＲＫ、ＫＲＲ、ＲＫＫ、ＲＲＲ、ＫＫＫＫ（配列番号７）、ＫＫＲＫ（配列番号８）、ＫＲＫＫ（配列番号９）、ＫＲＲＫ（配列番号１０）、ＲＫＫＲ（配列番号１１）、ＲＲＲＲ（配列番号１２）、ＫＧＫＫ（配列番号１３）、ＫＫＧＫ（配列番号１４）、ＫＫＫＫＫ（配列番号１８）、ＫＫＫＲＫ（配列番号１９）、ＫＢＫＢＫ（配列番号２４）、ＫＫＫＲＫＶ（配列番号３３）、ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）、ＰＧＫＫＲＫＶ（配列番号Ｚ４３）、ＰＫＧＫＲＫＶ（配列番号Ｚ４４）、ＰＫＫＧＲＫＶ（配列番号Ｚ４５）、ＰＫＫＫＧＫＶ（配列番号４６）、ＰＫＫＫＲＧＶ（配列番号４７）、又はＰＫＫＫＲＫＧ（配列番号４８）からなることができる。ＥＰは、ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）、ＲＲ、ＲＲＲ、ＲＨＲ、ＲＢＲ、ＲＢＲＢＲ（配列番号４９）、ＲＢＨＢＲ（配列番号５０）、又はＨＢＲＢＨ（配列番号５１）からなることができ、Ｂはβ－アラニンである。ＥＰにおけるアミノ酸は、Ｄ又はＬ立体化学を有し得る。
ＥＰは、核局在化配列（ＮＬＳ）として当技術分野で同定されたアミノ酸配列を含み得る。ＥＰは、核局在化配列（ＮＬＳ）として当該技術分野において同定されたアミノ酸配列からなり得る。ＥＰは、アミノ酸配列ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）を含むＮＬＳを含み得る。ＥＰは、アミノ酸配列ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）を含むＮＬＳからなり得る。ＥＰは、ＮＬＳＫＲＰＡＡＩＫＫＡＧＱＡＫＫＫＫ（配列番号５２）、ＰＡＡＫＲＶＫＬＤ（配列番号５３）、ＲＱＲＲＮＥＬＫＲＳＦ（配列番号５４）、ＲＭＲＫＦＫＮＫＧＫＤＴＡＥＬＲＲＲＲＶＥＶＳＶＥＬＲ（配列番号Ｚ５５）、ＫＡＫＫＤＥＱＩＬＫＲＲＮＶ（配列番号５６）、ＶＳＲＫＲＰＲＰ（配列番号５７）、ＰＰＫＫＡＲＥＤ（配列番号５８）、ＰＱＰＫＫＫＰＬ（配列番号５９）、ＳＡＬＩＫＫＫＫＫＭＡＰ（配列番号６０）、ＤＲＬＲＲ（配列番号６１）、ＰＫＱＫＫＲＫ（配列番号６２）、ＲＫＬＫＫＫＩＫＫＬ（配列番号６３）、ＲＥＫＫＫＦＬＫＲＲ（配列番号６４）、ＫＲＫＧＤＥＶＤＧＶＤＥＶＡＫＫＫＳＫＫ（配列番号６５）、及びＲＫＣＬＱＡＧＭＮＬＥＡＲＫＴＫＫ（配列番号６６）から選択されるアミノ酸配列を含むＮＬＳを含むことができる。ＥＰは、ＮＬＳＫＲＰＡＡＩＫＫＡＧＱＡＫＫＫＫ（配列番号５２）、ＰＡＡＫＲＶＫＬＤ（配列番号５３）、ＲＱＲＲＮＥＬＫＲＳＦ（配列番号５４）、ＲＭＲＫＦＫＮＫＧＫＤＴＡＥＬＲＲＲＲＶＥＶＳＶＥＬＲ（配列番号５５）、ＫＡＫＫＤＥＱＩＬＫＲＲＮＶ（配列番号５６）、ＶＳＲＫＲＰＲＰ（配列番号５７）、ＰＰＫＫＡＲＥＤ（配列番号５８）、ＰＱＰＫＫＫＰＬ（配列番号５９）、ＳＡＬＩＫＫＫＫＫＭＡＰ（配列番号６０）、ＤＲＬＲＲ（配列番号６１）、ＰＫＱＫＫＲＫ（配列番号６２）、ＲＫＬＫＫＫＩＫＫＬ（配列番号６３）、ＲＥＫＫＫＦＬＫＲＲ（配列番号６４）、ＫＲＫＧＤＥＶＤＧＶＤＥＶＡＫＫＫＳＫＫ（配列番号６５）、及びＲＫＣＬＱＡＧＭＮＬＥＡＲＫＴＫＫ（配列番号６６）から選択されるアミノ酸配列を含むＮＬＳからなり得る。
全ての環外配列はまた、Ｎ末端アセチル基を含有し得る。したがって、例えば、ＥＰは構造：Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）を有し得る。
細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）
細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）は、６から２０個のアミノ酸残基を含み得る。細胞透過性ペプチドは、環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）であり得る。ｃＣＰＰは細胞膜を透過することができる。環外ペプチド（ＥＰ）をｃＣＰＰにコンジュゲートさせることができ、得られた構築物をエンドソーム脱出ビヒクル（ＥＥＶ）と呼ぶことができる。ｃＣＰＰは、カーゴ（例えば、オリゴヌクレオチド、ペプチド又は小分子などの治療部分（ＴＭ））を移動させて、細胞の膜を透過させることができる。ｃＣＰＰは、カーゴを細胞の細胞質ゾルに送達することができる。ｃＣＰＰは、標的（例えば、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ）が位置する細胞位置にカーゴを送達することができる。ｃＣＰＰをカーゴ（例えば、ペプチド、オリゴヌクレオチド、又は小分子）にコンジュゲートするために、ｃＣＰＰ上の少なくとも１つの結合又は孤立電子対を置換することができる。
細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）は、６から２０個のアミノ酸残基を含み得る。細胞透過性ペプチドは、環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）であり得る。ｃＣＰＰは細胞膜を透過することができる。環外ペプチド（ＥＰ）をｃＣＰＰにコンジュゲートさせることができ、得られた構築物をエンドソーム脱出ビヒクル（ＥＥＶ）と呼ぶことができる。ｃＣＰＰは、カーゴ（例えば、オリゴヌクレオチド、ペプチド又は小分子などの治療部分（ＴＭ））を移動させて、細胞の膜を透過させることができる。ｃＣＰＰは、カーゴを細胞の細胞質ゾルに送達することができる。ｃＣＰＰは、標的（例えば、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ）が位置する細胞位置にカーゴを送達することができる。ｃＣＰＰをカーゴ（例えば、ペプチド、オリゴヌクレオチド、又は小分子）にコンジュゲートするために、ｃＣＰＰ上の少なくとも１つの結合又は孤立電子対を置換することができる。
ｃＣＰＰ中のアミノ酸残基の総数は、６から２０個のアミノ酸残基の範囲、例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０個のアミノ酸残基であり、これらの間の全ての範囲及び部分範囲を含む。ｃＣＰＰは６から１３個のアミノ酸残基を含み得る。本明細書に開示されるｃＣＰＰは、６から１０個のアミノ酸を含み得る。例として、６～１０個のアミノ酸残基を含むｃＣＰＰは、式Ｉ－ＡからＩ－Ｅ：
ｃＣＰＰは６から８個のアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは８個のアミノ酸を含み得る。
ｃＣＰＰ中の各アミノ酸は、天然又は非天然アミノ酸であってもよい。「非天然アミノ酸」という用語は、天然アミノ酸の構造及び反応性を模倣するように、天然アミノ酸に類似した構造を有するという点で、天然アミノ酸の同族体である有機化合物を指す。非天然アミノ酸は、２０種の一般的な天然アミノ酸又は希少な天然アミノ酸であるセレノシステイン若しくはピロリシンのうちの１つではない修飾アミノ酸及び／又はアミノ酸類似体であり得る。非天然アミノ酸は、天然アミノ酸のＤ－異性体であってもよい。適切なアミノ酸の例としては、アラニン、アロソロイシン（allosoleucine）、アルギニン、シトルリン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、ナフチルアラニン、フェニルアラニン、プロリン、ピログルタミン酸、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、バリン、それらの誘導体、又はそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。これらのアミノ酸及び他のアミノ酸を、本明細書で使用されるそれらの略語と共に表１に列挙する。
本明細書で使用される場合、「ポリエチレングリコール」及び「ＰＥＧ」は、互換的に使用される。「ＰＥＧｍ」及び「ＰＥＧｍ」は、式ＨＯ（ＣＯ）－（ＣＨ２）ｎ－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｍ－ＮＨ２の分子であるか、又はそれに由来し、式中、ｎは１～５の任意の整数であり、ｍは１～２３の任意の整数である。実施形態において、ｎは１又は２である。実施形態において、ｎは１である。実施形態において、ｎは２である。実施形態において、ｎは１であり、ｍは２である。実施形態において、ｎは２であり、ｍは２である。実施形態において、ｎは１であり、ｍは４である。実施形態において、ｎは２であり、ｍは４である。実施形態において、ｎは１であり、ｍは１２である。実施形態において、ｎは２であり、ｍは１２である。
本明細書中で使用される場合、「ｍｉｎｉＰＥＧｍ」又は「ｍｉｎｉＰＥＧｍ」は、式ＨＯ（ＣＯ）－（ＣＨ２）ｎ－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｍ－ＮＨ２（式中、ｎは１であり、ｍは１～２３の任意の整数である）であるか、又はそれに由来する。例えば、「ｍｉｎｉＰＥＧ２」又は「ｍｉｎｉＰＥＧ２」は、（２－［２－［２－アミノエトキシ］エトキシ］酢酸）であるか、又はそれに由来し、「ｍｉｎｉＰＥＧ４」又は「ｍｉｎｉＰＥＧ４」は、ＨＯ（ＣＯ）－（ＣＨ２）ｎ－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｍ－ＮＨ２であるか、又はそれに由来し、ここで、ｎは１であり、ｍは４である。
ｃＣＰＰは、４から２０個のアミノ酸を含み得、ここで、（ｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、グアニジン基若しくはそのプロトン化形態を含む側鎖を有し、（ｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、側鎖を有さないか、又は
少なくとも２個のアミノ酸は、側鎖を有さなくてもよく、又は
側鎖を有さないアミノ酸は、グリシン又はβ－アラニンであり得る。
ｃＣＰＰは、ｃＣＰＰを形成する６から２０個のアミノ酸残基を含み得、ここで、（ｉ）少なくとも１個のアミノ酸はグリシン、β－アラニン、又は４－アミノ酪酸残基であり得、（ｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、アリール又はヘテロアリール基を含む側鎖を有し得、（ｉｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、グアニジン基、
ｃＣＰＰは、ｃＣＰＰを形成する６から２０個のアミノ酸残基を含み得、ここで、（ｉ）少なくとも２個のアミノ酸残基は独立してグリシン、β－アラニン、又は４－アミノ酪酸残基であり得、（ｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、アリール又はヘテロアリール基を含む側鎖を有し得、（ｉｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、グアニジン基、
ｃＣＰＰは、ｃＣＰＰを形成する６から２０個のアミノ酸残基を含み得、ここで、（ｉ）少なくとも３個のアミノ酸は、独立して、グリシン、β－アラニン、又は４－アミノ酪酸残基であり得、（ｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有し得、（ｉｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、グアニジン基、
グリシン及び関連アミノ酸残基
ｃＣＰＰは、（ｉ）１、２、３、４、５又は６個のグリシンβ－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）２個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）４個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）５個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）６個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４又は５個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３又は４個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。
ｃＣＰＰは、（ｉ）１、２、３、４、５又は６個のグリシンβ－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）２個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）４個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）５個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）６個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４又は５個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３又は４個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。
ｃＣＰＰは、（ｉ）１、２、３、４、５、又は６個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）２個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）４個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）５個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）６個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４、又は５個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３個又は４個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）２個又は３個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）１個又は２個のグリシン残基を含み得る。
ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４、５又は６個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）４個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）５個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）６個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４又は５個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３又は４個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。
ｃＣＰＰは、少なくとも３個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４、５、又は６個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）４個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）５個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）６個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４、又は５個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３又は４個のグリシン残基を含み得る。
実施形態では、ｃＣＰＰ中のグリシン、β－アラニン、又は４－アミノ酪酸残基のいずれも隣接していない。２個又は３個のグリシン、β－アラニン、４－又はアミノ酪酸残基は隣接していてもよい。２個のグリシンβ－アラニン、又は４－アミノ酪酸残基は隣接していてもよい。
実施形態では、ｃＣＰＰ中のグリシン残基のいずれも隣接していない。ｃＣＰＰ中の各グリシン残基は、グリシンであり得ないアミノ酸残基によって隔てられ得る。２個又は３個のグリシン残基が隣接していてもよい。２個のグリシン残基は隣接していてもよい。
芳香族基又はヘテロ芳香族基を有するアミノ酸側鎖
ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２、３、４、５又は６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する３個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する５個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２、３又は４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２又は３個のアミノ酸残基を含み得る。
ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２、３、４、５又は６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する３個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する５個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２、３又は４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２又は３個のアミノ酸残基を含み得る。
ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する２、３、４、５又は６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する２個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する３個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する５個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する２、３、又は４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する２又は３個のアミノ酸残基を含み得る。
芳香族基は、６から１４員アリールであり得る。アリールは、フェニル、ナフチル又はアントラセニルであり得、これらは各々任意選択で置換されている。アリールは、フェニル又はナフチルであり得、これらは各々任意選択で置換されている。ヘテロ芳香族基は、Ｎ、Ｏ、及びＳから選択される１、２、又は３個のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。ヘテロアリールは、ピリジル、キノリル、又はイソキノリルであり得る。
芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基は、各々独立して、ビス（ホモナフチルアラニン）、ホモナフチルアラニン、ナフチルアラニン、フェニルグリシン、ビス（ホモフェニルアラニン）、ホモフェニルアラニン、フェニルアラニン、トリプトファン、３－（３－ベンゾチエニル）－アラニン、３－（２－キノリル）－アラニン、Ｏ－ベンジルセリン、３－（４－（ベンジルオキシ）フェニル）－アラニン、Ｓ－（４－メチルベンジル）システイン、Ｎ－（ナフタレン－２－イル）グルタミン、３－（１，１’－ビフェニル－４－イル）－アラニン、３－（３－ベンゾチエニル）－アラニン又はチロシンであり得、これらは各々任意選択で１つ以上の置換基で置換される。芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸は、各々独立して、
芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基は、各々独立して、フェニルアラニン、ナフチルアラニン、フェニルグリシン、ホモフェニルアラニン、ホモナフチルアラニン、ビス（ホモフェニルアラニン）、ビス－（ホモナフチルアラニン）、トリプトファン、又はチロシンの残基であり得、これらは各々任意選択で１つ以上の置換基で置換される。芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基は、各々独立して、チロシン、フェニルアラニン、１－ナフチルアラニン、２－ナフチルアラニン、トリプトファン、３－ベンゾチエニルアラニン、４－フェニルフェニルアラニン、３，４－ジフルオロフェニルアラニン、４－トリフルオロメチルフェニルアラニン、２，３，４，５，６－ペンタフルオロフェニルアラニン、ホモフェニルアラニン、β－ホモフェニルアラニン、４－ｔｅｒｔ－ブチル－フェニルアラニン、４－ピリジニルアラニン、３－ピリジニルアラニン、４－メチルフェニルアラニン、４－フルオロフェニルアラニン、４－クロロフェニルアラニン、３－（９－アントリル）－アラニンの残基であり得る。芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基は、各々独立して、フェニルアラニン、ナフチルアラニン、フェニルグリシン、ホモフェニルアラニン、又はホモフェニルアラニンの残基であり得、これらは各々任意選択で１つ以上の置換基で置換される。芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基は、各々独立して、フェニルアラニン、ナフチルアラニン、ホモフェニルアラニン、ホモフェニルアラニン、ビス（ホモナフチルアラニン）、又はビス（ホモナフチルアラニン）の残基であり得、これらは各々任意選択で１つ以上の置換基で置換される。芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基は、各々独立して、フェニルアラニン又はナフチルアラニンの残基であり得、これらは各々任意選択で１つ以上の置換基で置換される。芳香族基を含む側鎖を有する少なくとも１個のアミノ酸残基は、フェニルアラニンの残基であり得る。芳香族基を含む側鎖を有する少なくとも２個のアミノ酸残基は、フェニルアラニンの残基であり得る。芳香族基を含む側鎖を有する各アミノ酸残基は、フェニルアラニンの残基であり得る。
実施形態では、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸はいずれも隣接していない。芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有する２個のアミノ酸は、隣接していてもよい。２個の隣接するアミノ酸は、反対の立体化学を有し得る。２個の隣接するアミノ酸は、同じ立体化学を有し得る。芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有する３個のアミノ酸は、隣接していてもよい。３個の隣接するアミノ酸は、同じ立体化学を有し得る。３個の隣接するアミノ酸は、互い違いの立体化学を有し得る。
芳香族基又はヘテロ芳香族基を含むアミノ酸残基は、Ｌ－アミノ酸であり得る。芳香族基又はヘテロ芳香族基を含むアミノ酸残基は、Ｄ－アミノ酸であり得る。芳香族基又はヘテロ芳香族基を含むアミノ酸残基は、Ｄ－アミノ酸及びＬ－アミノ酸の混合物であり得る。
任意選択の置換基は、例えば、置換基を有さない以外の点では同一の配列と比較して、ｃＣＰＰの細胞質送達効率を有意に（例えば、５０％を超えて）低下させない任意選択の原子又は基であり得る。任意選択の置換基は、疎水性置換基又は親水性置換基であり得る。任意選択の置換基は疎水性置換基であり得る。置換基は、疎水性アミノ酸の溶媒接触表面積（本明細書で定義される）を増加させることができる。置換基は、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニレン、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリール、アルコキシ、アリールオキシ、アシル、アルキルカルバモイル、アルキルカルボキサミジル、アルコキシカルボニル、アルキルチオ、又はアリールチオであり得る。置換基はハロゲンであり得る。
理論にも拘束されることを望むものではないが、より高い疎水性値を有する芳香族基又はヘテロ芳香族基を有するアミノ酸（すなわち、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸）は、より低い疎水性値を有するアミノ酸と比較して、ｃＣＰＰの細胞質送達効率を改善することができると考えられる。各疎水性アミノ酸は、独立して、グリシンの疎水性値よりも大きい疎水性値を有し得る。各疎水性アミノ酸は、独立して、アラニンの疎水性値より大きい疎水性値を有する疎水性アミノ酸であり得る。各疎水性アミノ酸は、独立して、フェニルアラニン以上の疎水性値を有し得る。疎水性は、当技術分野で公知の疎水性スケールを用いて測定することができる。表２は、Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇ及びＷｅｉｓｓによって報告された種々のアミノ酸についての疎水性値を列挙する（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１９８４；８１（１）：１４０－１４４）、Ｅｎｇｌｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．（Ａｎｎ．Ｒｅｖ．ｏｆ Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．１９８６；１９８６（１５）：３２１－５３）、Ｋｙｔｅ ａｎｄ Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９８２；１５７（１）：１０５－１３２）、Ｈｏｏｐ ａｎｄ Ｗｏｏｄｓ（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１９８１；７８（６）：３８２４－３８２８）、及びＪａｎｉｎ（Ｎａｔｕｒｅ．１９７９；２７７（５６９６）：４９１－４９２）（これらの各々の全体は、参照により本明細書に組み込まれる）。疎水性は、Ｅｎｇｌｅｍａｎらに報告されている疎水性スケールを用いて測定することができる。
芳香族基又はヘテロ芳香族基のサイズは、ｃＣＰＰの細胞質送達効率を改善するように選択することができる。理論に束縛されることを望むものではないが、アミノ酸の側鎖上のより大きな芳香族基又はヘテロ芳香族基は、より小さな疎水性アミノ酸を有する以外の点では同一の配列と比較して、細胞質送達効率を改善し得ると考えられる。疎水性アミノ酸のサイズは、疎水性アミノ酸の分子量、疎水性アミノ酸の立体効果、側鎖の溶媒接触表面積（ＳＡＳＡ）、又はそれらの組み合わせに関して測定することができる。疎水性アミノ酸のサイズは、疎水性アミノ酸の分子量に関して測定することができ、より大きな疎水性アミノ酸は、少なくとも約９０ｇ／ｍｏｌ、又は少なくとも約１３０ｇ／ｍｏｌ、又は少なくとも約１４１ｇ／ｍｏｌの分子量を有する側鎖を有する。アミノ酸のサイズは、疎水性側鎖のＳＡＳＡに関して測定することができる。疎水性アミノ酸は、アラニン以上、又はグリシン以上のＳＡＳＡを有する側鎖を有し得る。より大きな疎水性アミノ酸は、アラニンより大きい、又はグリシンより大きいＳＡＳＡを有する側鎖を有し得る。疎水性アミノ酸は、約ピペリジン－２－カルボン酸以上、約トリプトファン以上、約フェニルアラニン以上、又は約ナフチルアラニン以上のＳＡＳＡを有する芳香族基又はヘテロ芳香族基を有し得る。第１の疎水性アミノ酸（ＡＡＨ１）は、少なくとも約２００Å２、少なくとも約２１０Å２、少なくとも約２２０Å２、少なくとも約２４０Å２、少なくとも約２５０Å２、少なくとも約２６０Å２、少なくとも約２７０Å２、少なくとも約２８０Å２、少なくとも約２９０Å２、少なくとも約３００Å２、少なくとも約３１０Å２、少なくとも約３２０Å２、又は少なくとも約３３０Å２のＳＡＳＡを有する側鎖を有し得る。第２の疎水性アミノ酸（ＡＡＨ２）は、少なくとも約２００Å２、少なくとも約２１０Å２、少なくとも約２２０Å２、少なくとも約２４０Å２、少なくとも約２５０Å２、少なくとも約２６０Å２、少なくとも約２７０Å２、少なくとも約２８０Å２、少なくとも約２９０Å２、少なくとも約３００Å２、少なくとも約３１０Å２、少なくとも約３２０Å２、又は少なくとも約３３０Å２のＳＡＳＡを有する側鎖を有し得る。ＡＡＨ１及びＡＡＨ２の側鎖は、少なくとも約３５０Å２、少なくとも約３６０Å２であり少なくとも約３７０Å２、少なくとも約３８０Å２、少なくとも約３９０Å２であり少なくとも約４００Å２、少なくとも約４１０Å２であり少なくとも約４２０Å２、少なくとも約４３０Å２であり少なくとも約４４０Å２であり少なくとも約４５０Å２、少なくとも約４６０Å２であり少なくとも約４７０Å２、少なくとも約４８０Å２であり少なくとも約４９０Å２、約５００Å２より大きい、少なくとも約５１０Å２、少なくとも約５２０Å２、少なくとも約５３０Å２、少なくとも約５４０Å２、少なくとも約５５０Å２、少なくとも約５６０Å２、少なくとも約５７０Å２、少なくとも約５８０Å２、少なくとも約５９０Å２、少なくとも約６００Å２、少なくとも約６１０Å２、少なくとも約６２０Å２、少なくとも約６３０Å２、少なくとも約６４０Å２、約６５０Å２より大きい、少なくとも約６６０Å２、少なくとも約６７０Å２、少なくとも約６８０Å２、少なくとも約６９０Å２、又は少なくとも約７００Å２の合計ＳＡＳＡを有し得る。ＡＡＨ２は、ＡＡＨ１の疎水性側鎖のＳＡＳＡ以下であるＳＡＳＡを有する側鎖を有する疎水性アミノ酸残基であり得る。例として、限定するものではないが、Ｎａｌ－Ａｒｇモチーフを有するｃＣＰＰは、Ｐｈｅ－Ａｒｇモチーフを有する以外の点では同一のｃＣＰＰと比較して、改善された細胞質送達効率を示し得る。Ｐｈｅ－Ｎａｌ－Ａｒｇモチーフを有するｃＣＰＰは、Ｎａｌ－Ｐｈｅ－Ａｒｇモチーフを有する以外の点では同一のｃＣＰＰと比較して、改善された細胞質送達効率を示すことができ、ｐｈｅ－Ｎａｌ－Ａｒｇモチーフは、ｎａｌ－Ｐｈｅ－Ａｒｇモチーフを有する以外の点では同一のｃＣＰＰと比較して、改善された細胞質送達効率を示すことができる。
本明細書で使用される場合、「疎水性表面積」又は「ＳＡＳＡ」は、溶媒接触可能なアミノ酸側鎖の表面積（平方オングストロームとして報告される）であり、例えば、ＳＡＳＡは、Ｓｈｒａｋｅ ＆ Ｒｕｐｌｅｙによって開発された「ローリングボール」アルゴリズムを使用して計算することができ（Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．７９（２）：３５１－７１）、これは、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。このアルゴリズムは、分子の表面を調べるために特定の半径の溶媒の「球」を使用する。球の典型的な値は１．４Åであり、これは水分子の半径に近似する。
特定の側鎖のＳＡＳＡ値を以下の表３に示す。本明細書に記載されるＳＡＳＡ値は、Ｔｉｅｎら（ＰＬＯＳ ＯＮＥ ８（１１）：ｅ８０６３５、ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．００８０６３５）によって報告されているように、以下の表３に列挙される理論値に基づき、この文献は、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
グアニジン基、グアニジン置換基、又はそれらのプロトン化形態を含む側鎖を有するアミノ酸残基
本明細書で使用される場合、グアニジンは、構造：
本明細書で使用される場合、グアニジンは、構造：
本明細書で使用される場合、グアニジンのプロトン化形態は、構造：
グアニジン置換基は、生理学的ｐＨ以上で正に荷電するアミノ酸の側鎖上の官能基、又はグアニジニウム基の水素結合供与及び受容活性を再現することができる官能基を指す。
グアニジン置換基は、グアニジン基又はそのプロトン化形態に関連する毒性を低減しながら、治療剤の細胞透過及び送達を促進する。ｃＣＰＰは、グアニジン又はグアニジニウム置換基を含む側鎖を有する少なくとも１個のアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、グアニジン又はグアニジニウム置換基を含む側鎖を有する少なくとも２個のアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、グアニジン又はグアニジニウム置換基を含む側鎖を有する少なくとも３個のアミノ酸を含み得る。
グアニジン又はグアニジニウム基は、グアニジン又はグアニジニウムの同配体であり得る。グアニジン又はグアニジニウム置換基は、グアニジンよりも塩基性が低い場合がある。
本明細書で使用される場合、グアニジン置換基は、
本開示は、４から２０個のアミノ酸残基を含むｃＣＰＰであって、（ｉ）少なくとも１個のアミノ酸が、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有し、（ｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸残基が、側鎖を有さないか、又は
少なくとも２個のアミノ酸残基は、側鎖を有さなくてもよく、又は
ｃＣＰＰは、以下の部分：
ｃＣＰＰは、少なくとも２個のアミノ酸を含み得、各アミノ酸は独立して、以下の部分
ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する２、３、４、５又は６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する２個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する３個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する５個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する２、３、４、又は５個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する２、３、又は４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する２又は３個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する少なくとも１個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する２個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する３個のアミノ酸残基を含み得る。
アミノ酸残基は、独立して、隣接していないグアニジン基、グアニジン置換基、又はそれらのプロトン化形態を含む側鎖を有し得る。２個のアミノ酸残基は、独立して、グアニジン基、グアニジン置換基を含む側鎖を有し得、又はそれらのプロトン化形態が隣接し得る。３個のアミノ酸残基は、独立して、グアニジン基、グアニジン置換基を含む側鎖を有し得、又はそれらのプロトン化形態が隣接し得る。４個のアミノ酸残基は、独立して、グアニジン基、グアニジン置換基を含む側鎖を有し得、又はそれらのプロトン化形態が隣接し得る。隣接するアミノ酸残基は、同じ立体化学を有し得る。隣接するアミノ酸は、互い違い立体化学を有し得る。
グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有するアミノ酸残基は、Ｌ－アミノ酸であり得る。グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有するアミノ酸残基は、Ｄ－アミノ酸であり得る。グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有するアミノ酸残基は、Ｌ又はＤ－アミノ酸の混合物であり得る。
グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する各アミノ酸残基は、独立して、アルギニン、ホモアルギニン、２－アミノ－３－プロピオン酸、２－アミノ－４－グアニジノ酪酸又はそのプロトン化形態の残基であり得る。グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する各アミノ酸残基は、独立して、アルギニン又はそのプロトン化形態の残基であり得る。
グアニジン置換基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する各アミノ酸は、独立して
理論に束縛されるものではないが、グアニジン置換基は、アルギニンと比較して低減された塩基性を有し、場合によっては、生理的ｐＨで非荷電であり（例えば、－Ｎ（Ｈ）Ｃ（Ｏ））、効果的な膜結合性及びその後の内在化を促進すると考えられる原形質膜上のリン脂質との二座水素結合相互作用を維持することができると仮定される。正電荷の除去はまた、ｃＣＰＰの毒性を減少させると考えられる。
当業者は、上記非天然香料疎水性アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端が、本明細書に開示されるペプチドへの組み込みの際に、アミド結合を形成することを理解するであろう。
ｃＣＰＰは、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有する第１のアミノ酸と、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有する第２のアミノ酸とを含み得、ここで、第１のグリシンのＮ末端は、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有する第１のアミノ酸とペプチド結合を形成し、第１のグリシンのＣ末端は、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有する第２のアミノ酸とペプチド結合を形成する。慣例により、「第１のアミノ酸」という用語は、ペプチド配列のＮ末端アミノ酸を指すことが多いが、本明細書で使用される場合、「第１のアミノ酸」は、参照アミノ酸をｃＣＰＰ中の別のアミノ酸（例えば、「第２のアミノ酸」）と区別するために使用され、したがって、「第１のアミノ酸」という用語は、ペプチド配列のＮ末端に位置するアミノ酸を指す場合がある。
ｃＣＰＰは、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸とペプチド結合を形成する第２のグリシンのＮ末端を含み得、第２のグリシンのＣ末端は、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有するアミノ酸とペプチド結合を形成する。
ｃＣＰＰは、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する第１のアミノ酸と、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する第２のアミノ酸とを含み得、第３のグリシンのＮ末端は、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する第１のアミノ酸とペプチド結合を形成し、第３のグリシンのＣ末端は、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する第２のアミノ酸とペプチド結合を形成する。
ｃＣＰＰは、アスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン、グルタミン酸、又はホモグルタミンの残基を含み得る。ｃＣＰＰはアスパラギン残基を含み得る。ｃＣＰＰはグルタミン残基を含み得る。
ｃＣＰＰは、各々独立して、チロシン、フェニルアラニン、１－ナフチルアラニン、２－ナフチルアラニン、トリプトファン、３－ベンゾチエニルアラニン、４－フェニルフェニルアラニン、３，４－ジフルオロフェニルアラニン、４－トリフルオロメチルフェニルアラニン、２，３，４，５，６－ペンタフルオロフェニルアラニン、ホモフェニルアラニン、β－ホモフェニルアラニン、４－ｔｅｒｔ－ブチル－フェニルアラニン、４－ピリジニルアラニン、３－ピリジニルアラニン、４－メチルフェニルアラニン、４－フルオロフェニルアラニン、４－クロロフェニルアラニン、３－（９－アントリル）－アラニンの残基を含み得る。
理論に束縛されることを望むものではないが、ｃＣＰＰ中のアミノ酸のキラリティは、細胞質取り込み効率に影響を与え得ると考えられる。ｃＣＰＰは、少なくとも１個のＤアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、１から１５個のＤアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、１から１０個のＤアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、１、２、３、又は４個のＤアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、Ｄ及びＬキラリティを互い違いに有する２、３、４、５、６、７、又は８個の隣接アミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、同じキラリティを有する３個の隣接するアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、同じキラリティを有する２個の隣接するアミノ酸を含み得る。少なくとも２個のアミノ酸は、反対のキラリティを有し得る。反対のキラリティを有する少なくとも２個のアミノ酸は、互いに隣接し得る。少なくとも３個のアミノ酸は、互いに対して互い違いの立体化学を有し得る。互いに対して互い違いのキラリティを有する少なくとも３個のアミノ酸は、互いに隣接し得る。少なくとも４個のアミノ酸は、互いに対して互い違いの立体化学を有する。互いに対して互い違いのキラリティを有する少なくとも４個のアミノ酸は、互いに隣接し得る。少なくとも２個のアミノ酸は、同じキラリティを有し得る。同じキラリティを有する少なくとも２個のアミノ酸は、互いに隣接し得る。少なくとも２個のアミノ酸は同じキラリティを有し、少なくとも２個のアミノ酸は反対のキラリティを有する。反対のキラリティを有する少なくとも２個のアミノ酸は、同じキラリティを有する少なくとも２個のアミノ酸に隣接し得る。したがって、ｃＣＰＰ中の隣接アミノ酸は、以下の配列のいずれかを有し得る：Ｄ－Ｌ、Ｌ－Ｄ、Ｄ－Ｌ－Ｌ－Ｄ、Ｌ－Ｄ－Ｄ－Ｌ、Ｌ－Ｄ－Ｌ－Ｌ－Ｄ、Ｄ－Ｌ－Ｄ－Ｄ－Ｌ、Ｄ－Ｌ－Ｌ－Ｄ－Ｌ、又はＬ－Ｄ－Ｄ－Ｌ－Ｄ。ｃＣＰＰを形成するアミノ酸残基は、全てＬ－アミノ酸であり得る。ｃＣＰＰを形成するアミノ酸残基は、全てＤ－アミノ酸であり得る。
少なくとも２個のアミノ酸は、異なるキラリティを有し得る。異なるキラリティを有する少なくとも２個のアミノ酸は、互いに隣接し得る。少なくとも３個のアミノ酸は、隣接するアミノ酸に対して異なるキラリティを有し得る。少なくとも４個のアミノ酸は、隣接するアミノ酸に対して異なるキラリティを有し得る。少なくとも２個のアミノ酸は同じキラリティを有し、少なくとも２個のアミノ酸は異なるキラリティを有する。ｃＣＰＰを形成する１つ以上のアミノ酸残基はアキラルであり得る。ｃＣＰＰは、３、４、又は５アミノ酸のモチーフを含み得、そのうち、同じキラリティを有する２個のアミノ酸は、アキラルアミノ酸によって隔てられ得る。ｃＣＰＰは以下の配列を含み得る：Ｄ－Ｘ－Ｄ、Ｄ－Ｘ－Ｄ－Ｘ、Ｄ－Ｘ－Ｄ－Ｘ－Ｄ、Ｌ－Ｘ－Ｌ、Ｌ－Ｘ－Ｌ－Ｘ、又はＬ－Ｘ－Ｌ－Ｘ－Ｌ（式中、Ｘはアキラルアミノ酸である）。アキラルアミノ酸は、グリシンであり得る。
以下を含む側鎖を有するアミノ酸であって、
以下の側鎖を有する少なくとも２つのアミノ酸であって、
ｃＣＰＰは、式（Ａ）：
式中、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又はアミノ酸の芳香族若しくはヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のうちの少なくとも１つは、アミノ酸の芳香族又はヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７は独立して、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７のうちの少なくとも１つは、３－グアニジノ－２－アミノプロピオン酸、４－グアニジノ－２－アミノブタン酸、アルギニン、ホモアルギニン、Ｎ－メチルアルギニン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアルギニン、２，３－ジアミノプロピオン酸、２，４－ジアミノブタン酸、リジン、Ｎ－メチルリジン、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、Ｎ－エチルリジン、Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチルリジン、４－グアニジノフェニルアラニン、シトルリン、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、β－ホモアルギニン、３－（１－ピペリジル）アラニンの側鎖であり、
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
ｑは、１、２、３又は４である。
実施形態では、式（Ａ）の環状ペプチドは、ＦｆΦＲｒＲｒＱ（配列番号６７）ではない。実施形態では、式（Ａ）の環状ペプチドは、ＦｆΦＲｒＲｒＱ（配列番号６７）である。
ｃＣＰＰは、式（Ｉ）：
のもの、又はそのプロトン化形態であり、
式中、
Ｒ１、Ｒ２及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又は芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基であってもよく、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のうちの少なくとも１つは、アミノ酸の芳香族又はヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ４及びＲ７は、独立して、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
ｑは、１、２、３又は４であり、
各ｍは、独立して、整数０、１、２、又は３である。
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ、－アルキレン－アリール、又は－アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－アリール、又は－Ｃ１～３アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又は－アルキレン－アリールであり得る。Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－アリールであり得る。Ｃ１～３アルキレンはメチレンであり得る。アリールは、６から１４員アリールであり得る。ヘテロアリールは、Ｎ、Ｏ、及びＳから選択される１つ以上のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。アリールは、フェニル、ナフチル、又はアントラセニルから選択され得る。アリールは、フェニル又はナフチルであり得る。アリールはフェニルであり得る。ヘテロアリールは、ピリジル、キノリル、及びイソキノリルであり得る。Ｒ１、Ｒ２及びＲ３は、各々独立して、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－Ｐｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－ナフチルであり得る。Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ、－ＣＨ２Ｐｈ、又は－ＣＨ２ナフチルであり得る。Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又は－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、チロシン、フェニルアラニン、１－ナフチルアラニン、２－ナフチルアラニン、トリプトファン、３－ベンゾチエニルアラニン、４－フェニルフェニルアラニン、３，４－ジフルオロフェニルアラニン、４－トリフルオロメチルフェニルアラニン、２，３，４，５，６－ペンタフルオロフェニルアラニン、ホモフェニルアラニン、β－ホモフェニルアラニン、４－ｔｅｒｔ－ブチル－フェニルアラニン、４－ピリジニルアラニン、３－ピリジニルアラニン、４－メチルフェニルアラニン、４－フルオロフェニルアラニン、４－クロロフェニルアラニン、３－（９－アントリル）－アラニンの側鎖であり得る。
Ｒ１は、チロシンの側鎖であり得る。Ｒ１は、フェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、１－ナフチルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、２－ナフチルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、トリプトファンの側鎖であり得る。Ｒ３は、３－ベンゾチエニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－フェニルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、３，４－ジフルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－トリフルオロメチルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、２，３，４，５，６－ペンタフルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、ホモフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、β－ホモフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－ｔｅｒｔ－ブチル－フェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－ピリジニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、３－ピリジニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－メチルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－フルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－クロロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、３－（９－アントリル）－アラニンの側鎖であり得る。
Ｒ２は、チロシンの側鎖であり得る。Ｒ２は、フェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、１－ナフチルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、２－ナフチルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、トリプトファンの側鎖であり得る。Ｒ２は、３－ベンゾチエニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－フェニルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、３，４－ジフルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－トリフルオロメチルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、２，３，４，５，６－ペンタフルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、ホモフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、β－ホモフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－ｔｅｒｔ－ブチル－フェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－ピリジニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、３－ピリジニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－メチルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－フルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－クロロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、３－（９－アントリル）－アラニンの側鎖であり得る。
Ｒ３は、チロシンの側鎖であり得る。Ｒ３は、フェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、１－ナフチルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、２－ナフチルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、トリプトファンの側鎖であり得る。Ｒ３は、３－ベンゾチエニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－フェニルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、３，４－ジフルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－トリフルオロメチルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、２，３，４，５，６－ペンタフルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、ホモフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、β－ホモフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－ｔｅｒｔ－ブチル－フェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－ピリジニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、３－ピリジニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－メチルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－フルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－クロロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、３－（９－アントリル）－アラニンの側鎖であり得る。
Ｒ４は、Ｈ、－アルキレン－アリール、－アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ４は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－アリール、又は－Ｃ１～３アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ４は、Ｈ又は－アルキレン－アリールであり得る。Ｒ４は、Ｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－アリールであり得る。Ｃ１～３アルキレンは、メチレンであり得る。アリールは、６から１４員アリールであり得る。ヘテロアリールは、Ｎ、Ｏ、及びＳから選択される１つ以上のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。アリールは、フェニル、ナフチル、又はアントラセニルから選択され得る。アリールは、フェニル又はナフチルであり得る。アリールは、フェニルであり得る。ヘテロアリールは、ピリジル、キノリル、及びイソキノリルであり得る。Ｒ４は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－Ｐｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－ナフチルであり得る。Ｒ４は、Ｈ又は表１若しくは表３のアミノ酸の側鎖であり得る。Ｒ４は、Ｈ又は芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基であり得る。Ｒ４は、Ｈ、－ＣＨ２Ｐｈ、又は－ＣＨ２ナフチルであり得る。Ｒ４は、Ｈ又は－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ５は、Ｈ、－アルキレン－アリール、－アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ５は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－アリール、又は－Ｃ１～３アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ５は、Ｈ又は－アルキレン－アリールであり得る。Ｒ５は、Ｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－アリールであり得る。Ｃ１～３アルキレンは、メチレンであり得る。アリールは、６から１４員アリールであり得る。ヘテロアリールは、Ｎ、Ｏ、及びＳから選択される１つ以上のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。アリールは、フェニル、ナフチル、又はアントラセニルから選択され得る。アリールは、フェニル又はナフチルであり得る。アリールは、フェニルであり得る。ヘテロアリールは、ピリジル、キノリル、及びイソキノリルであり得る。Ｒ５は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－Ｐｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－ナフチルであり得る。Ｒ５は、Ｈ又は表１若しくは表３のアミノ酸の側鎖であり得る。Ｒ４は、Ｈ又は芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基であり得る。Ｒ５は、Ｈ、－ＣＨ２Ｐｈ、又は－ＣＨ２ナフチルであり得る。Ｒ４は、Ｈ又は－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ６は、Ｈ、－アルキレン－アリール、－アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ６は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－アリール、又は－Ｃ１～３アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ６は、Ｈ又は－アルキレン－アリールであり得る。Ｒ６は、Ｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－アリールであり得る。Ｃ１～３アルキレンは、メチレンであり得る。アリールは、６から１４員アリールであり得る。ヘテロアリールは、Ｎ、Ｏ、及びＳから選択される１つ以上のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。アリールは、フェニル、ナフチル、又はアントラセニルから選択され得る。アリールは、フェニル又はナフチルであり得る。アリールは、フェニルであり得る。ヘテロアリールは、ピリジル、キノリル、及びイソキノリルであり得る。Ｒ６は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－Ｐｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－ナフチルであり得る。Ｒ６は、Ｈ又は表１若しくは表３のアミノ酸の側鎖であり得る。Ｒ６は、Ｈ又は芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基であり得る。Ｒ６は、Ｈ、－ＣＨ２Ｐｈ、又は－ＣＨ２ナフチルであり得る。Ｒ６は、Ｈ又は－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ７は、Ｈ、－アルキレン－アリール、－アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ７は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－アリール、又は－Ｃ１～３アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ７は、Ｈ又は－アルキレン－アリールであり得る。Ｒ７は、Ｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－アリールであり得る。Ｃ１～３アルキレンは、メチレンであり得る。アリールは、６から１４員アリールであり得る。ヘテロアリールは、Ｎ、Ｏ、及びＳから選択される１つ以上のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。アリールは、フェニル、ナフチル、又はアントラセニルから選択され得る。アリールは、フェニル又はナフチルであり得る。アリールは、フェニルであり得る。ヘテロアリールは、ピリジル、キノリル、及びイソキノリルであり得る。Ｒ７は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－Ｐｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－ナフチルであり得る。Ｒ７は、Ｈ又は表１若しくは表３のアミノ酸の側鎖であり得る。Ｒ７は、Ｈ又は芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基であり得る。Ｒ７は、Ｈ、－ＣＨ２Ｐｈ、又は－ＣＨ２ナフチルであり得る。Ｒ７は、Ｈ又は－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの１個、２個、又は３個は、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの１つは、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの２個は、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの３個は、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの４個以下は、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３及びＲ４のうちの１個、２個又は３個は、－ＣＨ２Ｐｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの１つは、－ＣＨ２Ｐｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの２個は、－ＣＨ２Ｐｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの３個は、－ＣＨ２Ｐｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの少なくとも１つは、－ＣＨ２Ｐｈである。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの１、２又は３個は、Ｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７うち１つは、Ｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの２個は、Ｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの３個は、Ｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの３個以下は、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの１、２又は３個は、Ｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの１つは、Ｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの２個は、Ｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの３個は、Ｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの少なくとも１つは、Ｈである。
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、３－グアニジノ－２－アミノプロピオン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、４－グアニジノ－２－アミノブタン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、アルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、ホモアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ－メチルアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ，Ｎ－ジメチルアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、２，３－ジアミノプロピオン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、２，４－ジアミノブタン酸、リジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ－メチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ－エチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチルリジン、４－グアニジノフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、シトルリンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、β－ホモアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、３－（１－ピペリジニル）アラニンの側鎖であり得る。
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、３－グアニジノ－２－アミノプロピオン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、４－グアニジノ－２－アミノブタン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、アルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、ホモアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ－メチルアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ，Ｎ－ジメチルアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、２，３－ジアミノプロピオン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、２，４－ジアミノブタン酸、リジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ－メチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ－エチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチルリジン、４－グアニジノフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６及びＲ７の少なくとも２個は、シトルリンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、β－ホモアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、３－（１－ピペリジニル）アラニンの側鎖であり得る。
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、３－グアニジノ－２－アミノプロピオン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、４－グアニジノ－２－アミノブタン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、アルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、ホモアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ－メチルアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ，Ｎ－ジメチルアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、２，３－ジアミノプロピオン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、２，４－ジアミノブタン酸、リジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ－メチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ－エチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチルリジン、４－グアニジノフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個はシトルリンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、β－ホモアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、３－（１－ピペリジニル）アラニンの側鎖であり得る。
ＡＡＳＣは、アスパラギン、グルタミン、又はホモグルタミンの残基の側鎖であり得る。ＡＡＳＣは、グルタミン残基の側鎖であり得る。ｃＣＰＰは、ＡＡＳＣ、例えば、アスパラギン、グルタミン、又はホモグルタミンの残基にコンジュゲートしたリンカーを更に含み得る。したがって、ｃＣＰＰは、アスパラギン、グルタミン、又はホモグルタミンの残基にコンジュゲートされたリンカーを更に含み得る。ｃＣＰＰは、グルタミン残基に結合したリンカーを更に含み得る。
ｑは、１、２又は３であり得る。ｑは１又は２であり得る。ｑは１であり得る。ｑは２であり得る。ｑは３であり得る。ｑは４であり得る。
ｍは１～３であり得る。ｍは１又は２であり得る。ｍは０であり得る。ｍは１であり得る。ｍは２であり得る。ｍは３であり得る。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ）
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－ａ）又は式（Ｉ－ｂ）：
又はそのプロトン化形態を含み得、ＡＡＳＣ、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、及びｍは本明細書で定義されるとおりである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－１）、（Ｉ－２）、（Ｉ－３）又は（Ｉ－４）：
又はそのプロトン化形態を含み得、式中、ＡＡＳＣ及びｍは、本明細書に定義される通りである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－５）又は（Ｉ－６）：
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－１）：
式中、ＡＡＳＣ及びｍは、本明細書で定義される通りである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－２）：
式中、ＡＡＳＣ及びｍは、本明細書で定義される通りである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－３）：
式中、ＡＡＳＣ及びｍは、本明細書で定義される通りである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－４）：
式中、ＡＡＳＣ及びｍは、本明細書で定義される通りである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－５）：
式中、ＡＡＳＣ及びｍは、本明細書で定義される通りである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－６）：
ｃＣＰＰは、以下の配列のうちの１つを含み得る：ＦＧＦＧＲＧＲ（配列番号６８）、ＧｆＦＧｒＧｒ（配列番号６９）、ＦｆΦＧＲＧＲ（配列番号７０）、ＦｆＦＧＲＧＲ（配列番号７１）、又はＦｆΦＧｒＧｒ（配列番号７２）。ｃＣＰＰは、以下の配列のうちの１つを有し得る：ＦＧＦΦΦ（配列番号７３）、ＧｆＦＧｒＧｒＱ（配列番号７４）、ＦｆΦＧＲＧＲＱ（配列番号７５）、ＦｆＦＧＲＧＲＱ（配列番号７６）、又はＦｆΦＧｒＧｒＱ（配列番号７７）。
本開示はまた、式（ＩＩ）：
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、６から１４員アリール又は６から１４員ヘテロアリールであり、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄは、独立してアミノ酸側鎖であり、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄのうちの少なくとも１つは、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄのうちの少なくとも１つは、グアニジン又はそのプロトン化形態であり、
各ｎ’’は、独立して、整数０、１、２、３、４、又は５であり、
各ｎ’は、独立して、０、１、２、又は３からの整数であり、
ｎ’が０である場合、Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｂ又はＲ２ｄは存在しない。
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄのうちの少なくとも２個は、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄの全ては、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄの各々は、独立して、２，３－ジアミノプロピオン酸、２，４－ジアミノ酪酸側鎖、オルニチン、リジン、メチルリジン、ジメチルリジン、トリメチルリジン、ホモ－リジン、セリン、ホモ－セリン、スレオニン、アロ－スレオニン、ヒスチジン、１－メチルヒスチジン、２－アミノブタン二酸、アスパラギン酸、グルタミン酸、又はホモ－グルタミン酸であり得る。
ＡＡＳＣは
Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、６から１４員アリールであり得る。Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、Ｎ、Ｏ、又はＳから選択される１つ以上のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、フェニル、ナフチル、アントラセニル、ピリジル、キノリル、又はイソキノリルから選択され得る。Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、フェニル、ナフチル、又はアントラセニルから選択され得る。Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、フェニル又はナフチルであり得る。Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、ピリジル、キノリル、又はイソキノリルから選択され得る。
各ｎ’は、独立して１又は２であり得る。各ｎ’は、１であり得る。各ｎ’は、２であり得る。少なくとも１つのｎ’は、０であり得る。少なくとも１つのｎ’は、１であり得る。少なくとも１つのｎ’は、２であり得る。少なくとも１つのｎ’は、３であり得る。少なくとも１つのｎ’は、４であり得る。少なくとも１つのｎ’は、５であり得る。
各ｎ’’は、独立して、１から３の整数であり得る。各ｎ’’は、独立して２又は３であり得る。各ｎ”は、２であり得る。各ｎ”は、３であり得る。少なくとも１つのｎ’’は、０であり得る。少なくとも１つのｎ’’は、１であり得る。少なくとも１つのｎ’’は、２であり得る。少なくとも１つのｎ’’は、３であり得る。
各ｎ”は独立して１又は２であり得、各ｎ’は独立して２又は３であり得る。各ｎ”は１であり得、各ｎ’は独立して２又は３であり得る。各ｎ”は１であり得、各ｎ’は２であり得る。各ｎ”は１であり、各ｎ’は３である。
式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩ－１）：
式中、Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、Ｒ１ｃ、Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ、Ｒ２ｄ、ＡＡＳＣ、ｎ’及びｎ’’は、本明細書で定義される通りである。
式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩａ）：
式中、Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、Ｒ１ｃ、Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ、Ｒ２ｄ、ＡＡＳＣ及びｎ’は、本明細書で定義される通りである。
式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩｂ）：
式中、Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、ＡＡＳＣ及びｎ’は本明細書で定義される通りである。
ｃＣＰＰは、式（ＩＩｂ）：
式中、
ＡＡＳＣ及びｎ’は、本明細書で定義される通りである。
式（ＩＩａ）のｃＣＰＰは、以下の構造：
式（ＩＩａ）のｃＣＰＰは、以下の構造：
式（ＩＩａ）のｃＣＰＰは、以下の構造：
式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、構造：
式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、構造：
ｃＣＰＰは、式（ＩＩＩ）の構造：
式中、
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、６から１４員アリール又は６から１４員ヘテロアリールであり、
Ｒ２ａ及びＲ２ｃは、各々独立して、Ｈ、
Ｒ２ｂ及びＲ２ｄは、各々独立して、グアニジン又はそのプロトン化形態であり、
各ｎ’’は、独立して、１から３の整数であり、
各ｎ’は、独立して、１から５の整数であり、
各ｐ’は、独立して、０から５の整数である。
式（ＩＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩＩ－１）：
式中、
ＡＡＳＣ、Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、Ｒ１ｃ、Ｒ２ａ、Ｒ２ｃ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｄ、ｎ’、ｎ’’及びｐ’は、本明細書で定義される通りである。
式（ＩＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩＩａ）：
式中、
ＡＡＳＣ、Ｒ２ａ、Ｒ２ｃ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｄ、ｎ’、ｎ’’、及びｐ’は、本明細書で定義される通りである。
式（ＩＩＩ）、（ＩＩＩ－１）、及び（ＩＩＩａ）において、Ｒａ及びＲｃはＨであり得る。Ｒａ及びＲｃはＨであり得、Ｒｂ及びＲｄは、各々独立して、グアニジン又はそのプロトン化形態であり得る。ＲａはＨであり得る。ＲｂはＨであり得る。ｐ’は０であり得る。Ｒａ及びＲｃはＨであり得、各ｐ’は０であり得る。
式（ＩＩＩ）、（ＩＩＩ－１）及び（ＩＩＩａ）において、Ｒａ及びＲｃはＨであり得、Ｒｂ及びＲｄは、各々独立して、グアニジン又はそのプロトン化形態であり得、ｎ’’は２又は３であり得、各ｐ’は０であり得る。
ｐ’は０であり得る。ｐ’は１であり得る。ｐ’は２であり得る。ｐ’は３であり得る。ｐ’は４であり得る。ｐ’は５であり得る。
ｃＣＰＰは構造：
式（Ａ）のｃＣＰＰは、以下から選択することができる。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、以下から選択することができる。
実施形態において、ｃＣＰＰは、以下から選択される。
実施形態では、ｃＣＰＰは、以下から選択されない。
ＡＡＳＣはリンカーにコンジュゲートされ得る。
リンカー
本開示のｃＣＰＰはリンカーにコンジュゲートされ得る。リンカーは、カーゴをｃＣＰＰに連結することができる。リンカーは、ｃＣＰＰのアミノ酸の側鎖に結合することができ、カーゴは、リンカー上の適切な位置に結合することができる。
本開示のｃＣＰＰはリンカーにコンジュゲートされ得る。リンカーは、カーゴをｃＣＰＰに連結することができる。リンカーは、ｃＣＰＰのアミノ酸の側鎖に結合することができ、カーゴは、リンカー上の適切な位置に結合することができる。
リンカーは、ｃＣＰＰを１つ以上の更なる部分、例えば、環外ペプチド（ＥＰ）及び／又はカーゴにコンジュゲートすることができる任意の適切な部分であり得る。ｃＣＰＰ及び１つ以上の更なる部分への結合の前に、リンカーは２個以上の官能基を有し、これらは各々独立してｃＣＰＰ及び１つ以上の更なる部分への共有結合を形成することができる。カーゴがオリゴヌクレオチドである場合、リンカーはカーゴの５’末端又はカーゴの３’末端に共有結合することができる。リンカーは、カーゴの５’末端に共有結合することができる。リンカーは、カーゴの３’末端に共有結合することができる。カーゴがペプチドである場合、リンカーはカーゴのＮ末端又はＣ末端に共有結合することができる。リンカーは、オリゴヌクレオチド又はペプチドカーゴの骨格に共有結合することができる。リンカーは、本明細書に記載されるｃＣＰＰをオリゴヌクレオチド、ペプチド又は小分子などのカーゴにコンジュゲートする任意の適切な部分であり得る。
リンカーは炭化水素リンカーを含み得る。
リンカーは切断部位を含み得る。切断部位は、ジスルフィド又はカスパーゼ切断部位（例えば、Ｖａｌ－Ｃｉｔ－ＰＡＢＣ）であり得る。
リンカーは、（ｉ）１つ以上のＤ又はＬアミノ酸であって、これらは各々任意選択で置換されているアミノ酸、（ｉｉ）任意選択で置換されているアルキレン、（ｉｉｉ）任意選択で置換されているアルケニレン、（ｉｖ）任意選択で置換されているアルキニレン、（ｖ）任意選択で置換されているカルボシクリル、（ｖｉ）任意選択で置換されているヘテロシクリル、（ｖｉｉ）１つ以上の－（Ｒ１－Ｊ－Ｒ２）ｚ”－サブユニットであって、式中、Ｒ１及びＲ２の各々が、各場合において、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、カルボシクリル、及びヘテロシクリルから独立して選択され、各Ｊが、独立して、Ｃ、ＮＲ３、－ＮＲ３Ｃ（Ｏ）－、Ｓ、及びＯであり、式中、Ｒ３が、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、及びヘテロシクリルから独立して選択され、これらは各々任意選択で置換されており、ｚ”が１から５０の整数である、サブユニット、（ｖｉｉｉ）－（Ｒ１（Ｊ）ｚ－又は－（Ｊ－Ｒ１）ｚ－であって、式中、各Ｒ１が、各場合において、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、カルボシクリル、又はヘテロシクリルであり、各Ｊが、独立して、Ｃ、ＮＲ３、－ＮＲ３Ｃ（Ｏ）－、Ｓ、又はＯであり、式中、Ｒ３が、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、又はヘテロシクリルであり、これらは各々任意選択で置換されており、ｚ’’が１から５０の整数であるもの、を含み得、あるいは、（ｉｘ）リンカーは、（ｉ）～（ｘ）のうちの１つ以上を含み得る。
リンカーは、１つ以上のＤ若しくはＬアミノ酸及び／又は－（Ｒ１－Ｊ－Ｒ２）ｚ”－であって、式中、Ｒ１及びＲ２の各々が、各場合において、独立してアルキレンであり、各Ｊが、独立して、Ｃ、ＮＲ３、－ＮＲ３Ｃ（Ｏ）－、Ｓ、及びＯであり、式中、Ｒ４が、独立して、Ｈ及びアルキルから選択され、ｚ”が、１から５０の整数であるもの、又はそれらの組み合わせ、が挙げられるが、これに限定されない。
リンカーは、－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚ’－を（例えば、スペーサーとして）含み得、ｚ’は、１から２３の整数、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、又は２３である。「－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚ」は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）と呼ぶこともできる。
リンカーは、１つ以上のアミノ酸を含み得る。リンカーはペプチドを含み得る。リンカーは、－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚ’－（式中、ｚ’は１から２３の整数である）、及びペプチドを含み得る。ペプチドは、２から１０個のアミノ酸を含み得る。リンカーは、クリックケミストリーを介して反応することができる官能基（ＦＧ）を更に含み得る。ＦＧはアジド又はアルキンであってもよく、カーゴがリンカーにコンジュゲートされるとトリアゾールが形成される。
リンカーは、（ｉ）βアラニン残基及びリジン残基、（ｉｉ）－（Ｊ－Ｒ１）ｚ－、又は（ｉｉｉ）それらの組み合わせを含み得る。各Ｒ１は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、カルボシクリル、又はヘテロシクリルであり得、各Ｊは、独立して、Ｃ、ＮＲ３、－ＮＲ３Ｃ（Ｏ）－、Ｓ、又はＯであり、式中、Ｒ３は、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、又はヘテロシクリルであり、これらは各々任意選択で置換されており、ｚ’’は、１から５０の整数であり得る。各Ｒ１はアルキレンであってよく、各ＪはＯであってよい。
リンカーは、（ｉ）β－アラニン、グリシン、リジン、４－アミノ酪酸、５－アミノペンタン酸、６－アミノヘキサン酸又はそれらの組み合わせの残基、及び（ｉｉ）－（Ｒ１－Ｊ）ｚ”－又は－（Ｊ－Ｒ１）ｚ”－を含み得る。各Ｒ１は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、カルボシクリル、又はヘテロシクリルであり得、各Ｊは、独立して、Ｃ、ＮＲ３、－ＮＲ３Ｃ（Ｏ）－、Ｓ、又はＯであり、式中、Ｒ３は、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、又はヘテロシクリルであり、これらは各々任意選択で置換されており、ｚ’’は、１から５０の整数であり得る。各Ｒ１はアルキレンであり得、各ＪはＯであり得る。リンカーは、グリシン、ベータアラニン、４－アミノ酪酸、５－アミノペンタン酸、６－アミノヘキサン酸、又はそれらの組み合わせを含み得る。
リンカーは、三価リンカーであり得る。リンカーは、構造：
炭化水素は、グリシン又はベータアラニンの残基であり得る。
リンカーは二価であり、ｃＣＰＰをカーゴに連結することができる。リンカーは二価であり、ｃＣＰＰを環外ペプチド（ＥＰ）に連結することができる。
リンカーは三価であり得、ｃＣＰＰをカーゴ及びＥＰに連結することができる。
リンカーは、二価又は三価のＣ１～Ｃ５０アルキレンであり得、ここで、１～２５個のメチレン基は、任意選択で、かつ独立して、－Ｎ（Ｈ）－、－Ｎ（Ｃ１－Ｃ４アルキル）－、－Ｎ（シクロアルキル）－、－Ｏ－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｃ１－Ｃ４アルキル）－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（シクロアルキル）－、－Ｎ（Ｈ）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｃ１－Ｃ４アルキル）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（シクロアルキル）Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｈ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｃ１－Ｃ４アルキル）、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（シクロアルキル）、アリール、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、シクロアルキル、又はシクロアルケニルによって置き換えられている。リンカーは、二価又は三価のＣ１～Ｃ５０アルキレンであり得、ここで、１～２５個のメチレン基は、任意選択で、かつ独立して、－Ｎ（Ｈ）－、－Ｏ－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｈ）－、又はこれらの組み合わせによって置換される。
リンカーは、構造：
ｃＣＰＰはリンカー（「Ｌ」）を介してカーゴに結合することができる。リンカーは、結合基（「Ｍ」）を介してカーゴにコンジュゲートされ得る。
リンカーは、構造：
リンカーは、構造：
式中、ｘ’は１～２３の整数であり、ｙは、１～５の整数であり、ｚ’は、１～２３の整数であり、＊はＡＡＳＣへの結合点であり、ＡＡＳＣはｃＣＰＰのアミノ酸残基の側鎖であり、Ｍは本明細書で定義される結合基である。
リンカーは、構造：
式中、ｘ’は１～２３の整数であり、ｙは１～５の整数であり、ｚ’は１～２３の整数であり、＊はＡＡＳＣへの結合点であり、ＡＡＳＣはｃＣＰＰのアミノ酸残基の側鎖である。
ｘは、１～１０の整数、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０（これらの間の全ての範囲及び部分範囲を含む）であり得る。
ｚ’は、１～２３の整数、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、又は２３（これらの間の全ての範囲及び部分範囲を含む）であり得る。Ｘ’は５～１５の整数であり得る。Ｘ’は９～１３の整数であり得る。Ｘ′は１～５の整数であり得る。Ｘ’は１であり得る。
ｙは、１～５の整数、例えば、１、２、３、４、又は５（これらの間の全ての範囲及び部分範囲を含む）であり得る。Ｙは２～５の整数であり得る。Ｙは３～５の整数であり得る。Ｙは３又は４であり得る。Ｙは４又は５であり得る。Ｙは３であり得る。Ｙは４であり得る。Ｙは５であり得る。
ｚは、１～１０の整数、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０（これらの間の全ての範囲及び部分範囲を含む）であり得る。
ｚ’は、１～２３の整数、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、又は２３（これらの間の全ての範囲及び部分範囲を含む）であり得る。Ｚ’は５～１５の整数であり得る。Ｚ’は９～１３の整数であり得る。Ｚ’は１１であり得る。
上記のように、リンカー又はＭ（ここで、Ｍはリンカーの一部である）は、カーゴ上の任意の適切な位置でカーゴに共有結合することができる。リンカー又はＭ（ここで、Ｍはリンカーの一部である）は、オリゴヌクレオチドカーゴの３’末端又はオリゴヌクレオチドカーゴの５’末端に共有結合され得る。リンカー又はＭ（ここで、Ｍはリンカーの一部である）は、ペプチドカーゴのＮ末端又はＣ末端に共有結合され得る。リンカー又はＭ（ここで、Ｍはリンカーの一部である）は、オリゴヌクレオチド又はペプチドカーゴの骨格に共有結合され得る。
リンカーは、ｃＣＰＰ上のアスパラギン酸、グルタミン酸、グルタミン、アスパラギン、若しくはリジンの側鎖、又はグルタミン若しくはアスパラギンの修飾側鎖（例えば、アミノ基を有する還元側鎖）に結合することができる。リンカーは、ｃＣＰＰ上のリジンの側鎖に結合することができる。
リンカーは、ペプチドカーゴ上のアスパラギン酸、グルタミン酸、グルタミン、アスパラギン、若しくはリジンの側鎖、又はグルタミン若しくはアスパラギンの修飾側鎖（例えば、アミノ基を有する還元側鎖）に結合することができる。リンカーは、ペプチドカーゴ上のリジンの側鎖に結合することができる。
リンカーは、構造：
式中、
Ｍは、Ｌをカーゴ、例えば、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートする基であり、
ＡＡｓは、ｃＣＰＰ上のアミノ酸の側鎖又は末端であり、
各ＡＡｘは独立してアミノ酸残基であり、
ｏは、０から１０の整数であり、
ｐは、０から５の整数である。
リンカーは、構造：
式中、
Ｍは、Ｌをカーゴ、例えば、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートする基であり、
ＡＡｓは、ｃＣＰＰ上のアミノ酸の側鎖又は末端であり、
各ＡＡｘは独立してアミノ酸残基であり、
ｏは、０から１０の整数であり、
ｐは、０から５の整数である。
Ｍは、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、カルボシクリル、又はヘテロシクリルを含み得、これらは各々、任意選択で置換されている。Ｍは、
Ｍは、
式中、Ｒ１０は、アルキレン、シクロアルキル、又は
Ｍは
Ｍは、ヘテロ二官能性架橋剤、例えば、
Ｍは、－Ｃ（Ｏ）－であり得る。
ＡＡｓは、ｃＣＰＰ上のアミノ酸の側鎖又は末端であり得る。ＡＡｓの非限定的な例としては、アスパラギン酸、グルタミン酸、グルタミン、アスパラギン、若しくはリジン、又はグルタミン若しくはアスパラギンの修飾された側鎖（例えば、アミノ基を有する還元側鎖）が挙げられる。ＡＡｓは、本明細書で定義されるＡＡＳＣであり得る。
各ＡＡｘは、独立して、天然又は非天然アミノ酸である。１つ以上のＡＡｘは、天然アミノ酸であり得る。１つ以上のＡＡｘは、非天然アミノ酸であり得る。１つ以上のＡＡｘは、β－アミノ酸であり得る。β－アミノ酸は、β－アラニンであり得る。
ｏは、０～１０の整数、例えば、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、及び１０であり得る。Ｏは、０、１、２、又は３であり得る。Ｏは０であり得る。Ｏは１であり得る。Ｏは２であり得る。Ｏは３であり得る。
ｐは、０～５、例えば、０、１、２、３、４、又は５であり得る。Ｐは０であり得る。Ｐは１であり得る。Ｐは２であり得る。Ｐは３であり得る。Ｐは４であり得る。Ｐは５であり得る。
リンカーは、構造：
式中、Ｍ、ＡＡｓ、各－（Ｒ１－Ｊ－Ｒ２）ｚ”－、ｏ及びｚ”は、本明細書で定義されている。ｒは、０又は１であり得る。
ｒは、０であり得る。Ｒは、１であり得る。
リンカーは、構造：
を有し得、式中、Ｍ、ＡＡｓ、ｏ、ｐ、ｑ、ｒ及びｚの各々は、本明細書で定義される通りであり得る。
ｚは、１から５０の整数、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、及び５０（これらの間の全ての範囲及び値を含む）であり得る。Ｚ’’は５～２０の整数であり得る。Ｚ’’は１０～１５の整数であり得る。
リンカーは、構造：
式中、
Ｍ、ＡＡｓ及びｏは、本明細書で定義される通りである。
好適なリンカーの他の非限定的な例としては、
本明細書では、ｃＣＰＰと、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ配列中の標的に相補的なＡＣとを含む化合物であって、Ｌを更に含み、リンカーが結合基（Ｍ）を介してＡＣにコンジュゲートされており、Ｍが
本明細書では、ｃＣＰＰと、アンチセンス化合物（ＡＣ）、例えば、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ配列中の標的に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むカーゴとを含む化合物であって、Ｌを更に含み、リンカーは結合基（Ｍ）を介してＡＣにコンジュゲートされており、Ｍは、
リンカーは、構造：
式中、ＡＡｓは本明細書で定義される通りであり、ｍ’は０～１０である。
リンカーは、式：
リンカーは、式：
リンカーは、式：
リンカーは、式：
リンカーは、式：
リンカーは、式：
リンカーは、カーゴ上の任意の適切な位置でカーゴに共有結合することができる。リンカーは、カーゴの３’末端又はオリゴヌクレオチドカーゴの５’末端に共有結合される。リンカーは、カーゴの骨格に共有結合され得る。
リンカーは、ｃＣＰＰ上のアスパラギン酸、グルタミン酸、グルタミン、アスパラギン、若しくはリジンの側鎖、又はグルタミン若しくはアスパラギンの修飾側鎖（例えば、アミノ基を有する還元側鎖）に結合することができる。リンカーは、ｃＣＰＰ上のリジンの側鎖に結合することができる。
ｃＣＰＰ－リンカーコンジュゲート
ｃＣＰＰは、本明細書で定義されるリンカーにコンジュゲートされ得る。リンカーは、本明細書で定義されるｃＣＰＰのＡＡＳＣにコンジュゲートされ得る。
ｃＣＰＰは、本明細書で定義されるリンカーにコンジュゲートされ得る。リンカーは、本明細書で定義されるｃＣＰＰのＡＡＳＣにコンジュゲートされ得る。
リンカーは、－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚ’サブユニットを（例えば、スペーサーとして）含み得、式中、ｚ’は、１から２３の整数、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２又は２３である。「－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚ’は、ＰＥＧとも呼ばれる。ｃＣＰＰ－リンカーコンジュゲートは、表４から選択される構造を有し得る。
リンカーは、－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚ’－サブユニット（式中、ｚ’は１から２３の整数である）及びペプチドサブユニットを含み得る。ペプチドサブユニットは、２から１０個のアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰ－リンカーコンジュゲートは、表５から選択される構造を有し得る。
環状細胞透過性ペプチド（ｃｙｃｌｉｃ Ｃｅｌｌ Ｐｅｎｅｔｒａｔｉｎｇ Ｐｅｐｔｉｄｅ、ｃＣＰＰ）、リンカー及び環外ペプチド（Ｅｘｏｃｙｃｌｉｃ Ｐｅｐｔｉｄｅ、ＥＰ）を含むＥＥＶが提供される。ＥＥＶは、式（Ｂ）：
式中、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又はアミノ酸の芳香族若しくはヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ４及びＲ７は、独立して、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
ＥＰは、本明細書で定義される環外ペプチドであり、
各ｍは、独立して、０～３の整数であり、
ｎは、０～２の整数であり、
ｘ’は、１～２０の整数であり、
ｙは、１～５の整数であり、
ｑは、１～４であり、
ｚ’は、１～２３の整数である、請求項６６又は６７に記載の化合物。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ７、ＥＰ、ｍ、ｑ、ｙ、ｘ’、ｚ’は、本明細書に記載される通りである。
ｎは０であり得る。ｎは１であり得る。ｎは２であり得る。
ＥＥＶは、式（Ｂ－ａ）又は（Ｂ－ｂ）：
ＥＥＶは、式（Ｂ－ｃ）：
ＥＥＶは、式（Ｂ－１）、（Ｂ－２）、（Ｂ－３）、又は（Ｂ－４）：
ＥＥＶは、式（Ｂ）を含むことができ、構造：Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶＡＥＥＡ－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（Ａｃ－配列番号１３２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）又はＡｃ－ＰＫ－ＫＫＲ－ＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（Ａｃ－配列番号１３３－Ｋ（シクロ［配列番号８３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）を有することができる。
ＥＥＶは、式：
ＥＥＶは、式：Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ（ＦｆＦＧＲＧＲＱ）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ（配列番号８１）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３））を含み得る。
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、Ａｃ－Ｐ－Ｋ（Ｔｆａ）－Ｋ（Ｔｆａ）－Ｋ（Ｔｆａ）－Ｒ－Ｋ（Ｔｆａ）－Ｖ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ－Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（Ａｃ－配列番号１３４－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ－配列番号１３５）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）であり得る。
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、Ａｃ－Ｐ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｖ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ（Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ（配列番号１３５）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）であり得る。
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、以下から選択され得る。
ＥＥＶは、以下から選択され得る。
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－Ｌｙｓ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８０］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８２］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＫＲ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－ＫＲ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＧＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４６－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＧ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＫＫＫＲＫ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号１９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＦΦＧＲＧＲＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２ｍｉｎｉ－ＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８０］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［βｈＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４２］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦｆΦＳｒＳｒＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４３］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）．
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－Ｌｙｓ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８０］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８２］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＫＲ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－ＫＲ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＧＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４６－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＧ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＫＫＫＲＫ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号１９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＦΦＧＲＧＲＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２ｍｉｎｉ－ＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８０］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［βｈＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４２］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦｆΦＳｒＳｒＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４３］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）．
ＥＥＶは、以下から選択され得る。
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ（ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ（配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＫＲＫＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＲＧＲＧＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４６］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲｒＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４７］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）及び
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ（ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ（配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＫＲＫＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＲＧＲＧＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４６］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲｒＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４７］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）及び
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。
ＥＥＶは、以下から選択され得る。
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｇ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４８－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１９－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２２－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２１－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２３－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｒ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２０－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）ａｎｄ
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１９－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｇ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４８－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１９－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２２－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２１－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２３－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｒ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２０－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）ａｎｄ
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１９－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。
ＥＥＶは、以下から選択され得る。
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）及び
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）及び
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。
カーゴはタンパク質であり得、ＥＥＶは、
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号：４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦ－ＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
から選択され得、式中、ｂはベータアラニンであり、環外配列はＤ又はＬ立体化学であり得る。
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号：４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦ－ＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
から選択され得、式中、ｂはベータアラニンであり、環外配列はＤ又はＬ立体化学であり得る。
カーゴ
細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）、例えば、環状細胞透過性ペプチド（例えば、ｃＣＰＰ）は、カーゴにコンジュゲートされ得る。本明細書で使用される場合、「カーゴ」は、細胞への送達が望まれる化合物又は部分である。カーゴは、リンカーの末端カルボニル基にコンジュゲートされ得る。環状ペプチドの少なくとも１つの原子は、カーゴによって置換され得、又は少なくとも１つの孤立電子対がカーゴへの結合を形成し得る。カーゴは、リンカーによってｃＣＰＰにコンジュゲートされ得る。カーゴは、リンカーによってＡＡＳＣにコンジュゲートされ得る。ｃＣＰＰの少なくとも１個の原子を治療部分で置換され得、又はｃＣＰＰの少なくとも１個の孤立電子対が治療部分への結合を形成する。ｃＣＰＰのアミノ酸側鎖上のヒドロキシル基は、カーゴへの結合によって置き換えることができる。ｃＣＰＰのグルタミン側鎖上のヒドロキシル基は、カーゴへの結合によって置き換えることができる。カーゴは、リンカーによってｃＣＰＰにコンジュゲートされ得る。カーゴは、リンカーによってＡＡＳＣにコンジュゲートされ得る。
細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）、例えば、環状細胞透過性ペプチド（例えば、ｃＣＰＰ）は、カーゴにコンジュゲートされ得る。本明細書で使用される場合、「カーゴ」は、細胞への送達が望まれる化合物又は部分である。カーゴは、リンカーの末端カルボニル基にコンジュゲートされ得る。環状ペプチドの少なくとも１つの原子は、カーゴによって置換され得、又は少なくとも１つの孤立電子対がカーゴへの結合を形成し得る。カーゴは、リンカーによってｃＣＰＰにコンジュゲートされ得る。カーゴは、リンカーによってＡＡＳＣにコンジュゲートされ得る。ｃＣＰＰの少なくとも１個の原子を治療部分で置換され得、又はｃＣＰＰの少なくとも１個の孤立電子対が治療部分への結合を形成する。ｃＣＰＰのアミノ酸側鎖上のヒドロキシル基は、カーゴへの結合によって置き換えることができる。ｃＣＰＰのグルタミン側鎖上のヒドロキシル基は、カーゴへの結合によって置き換えることができる。カーゴは、リンカーによってｃＣＰＰにコンジュゲートされ得る。カーゴは、リンカーによってＡＡＳＣにコンジュゲートされ得る。
実施形態では、アミノ酸側鎖は、リンカー又はカーゴがコンジュゲートされる化学反応性基を含む。化学反応性基は、アミン基、カルボン酸、アミド、ヒドロキシル基、スルフヒドリル基、グアニジニル基、フェノール基、チオエーテル基、イミダゾリル基、又はインドリル基を含み得る。実施形態では、カーゴがコンジュゲートされるｃＣＰＰのアミノ酸には、リジン、アルギニン、アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン、ホモグルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、アルギニン、チロシン、メチオニン、ヒスチジン、又はトリプトファンが含まれる。
カーゴは、１つ以上の検出可能な部分、１つ以上の治療部分（ＴＭ）、１つ以上の標的化部分、又はそれらの任意の組み合わせを含み得る。実施形態において、カーゴは、ＴＭを含む。実施形態において、ＴＭは、アンチセンス化合物（ＡＣ）を含む。実施形態では、ＡＣは、標的遺伝子転写物のスプライスエレメント（ＳＥ）の少なくとも一部に結合するか、又は標的遺伝子転写物のＳＥに十分に近接して、標的遺伝子転写物のスプライシングを調節する。実施形態では、ＡＣは、標的ＩＲＦ－５、ＤＰＭＫ、又はＤＵＸ４遺伝子転写物のＳＥの少なくとも一部に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的ＩＲＦ－５、ＤＰＭＫ、又はＤＵＸ４遺伝子転写物のＳＥに十分に近接して結合して、標的ＩＲＦ－５、ＤＰＭＫ、又はＤＵＸ４遺伝子転写物のスプライシングを調節する。
カーゴ部分にコンジュゲートされた環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）
環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）は、カーゴ部分にコンジュゲートされ得る。
環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）は、カーゴ部分にコンジュゲートされ得る。
カーゴ部分は、末端カルボニル基でリンカーにコンジュゲートされて、以下の構造：
ＥＰは環外ペプチドであり、Ｍ、ＡＡＳＣ、Ｃａｒｇｏ、ｘ’、ｙ及びｚ’は上に定義される通りであり、＊はＡＡＳＣへの結合点である。ｘ’は１であり得る。ｙは４であり得る。ｚ’は１１であり得る。－（ＯＣＨ２ＣＨ－２）ｘ’－及び／又は－（ＯＣＨ２ＣＨ－２）ｚ’－は、独立して、例えば、グリシン、ベータアラニン、４－アミノ酪酸、５－アミノペンタン酸、６－アミノヘキサン酸、又はこれらの組み合わせなどの１つ以上のアミノ酸で置き換えることができる。
エンドソーム脱出ビヒクル（ＥＥＶ）は、環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）、環外ペプチド（ＥＰ）及びリンカーを含み得、カーゴにコンジュゲートして、式（Ｃ）の構造：
式中、
Ｒ１、Ｒ２及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又は芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基であってもよく、
Ｒ４は、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
ＥＰは、本明細書で定義される環外ペプチドであり、
カーゴは、本明細書で定義される部分であり、
各ｍは、独立して、０～３の整数であり、
ｎは、０～２の整数であり、
ｘ’は、２～２０の整数であり、
ｙは、１～５の整数であり、
ｑは、１～４の整数であり、
ｚ’は、２～２０の整数である。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、ＥＰ、カーゴ、ｍ、ｎ、ｘ’、ｙ、ｑ、及びｚ’は、本明細書で定義される通りである。
ＥＥＶはカーゴにコンジュゲートされ得、ＥＥＶ－コンジュゲートは、式（Ｃ－ａ）又は（Ｃ－ｂ）の構造：
ＥＥＶはカーゴにコンジュゲートされ得、ＥＥＶ－コンジュゲートは式（Ｃ－ｃ）：
ＥＥＶは、オリゴヌクレオチドカーゴにコンジュゲートされ得、ＥＥＶ－オリゴヌクレオチドコンジュゲートは、式（Ｃ－１）、（Ｃ－２）、（Ｃ－３）、又は（Ｃ－４）の構造：
ＥＥＶは、オリゴヌクレオチドカーゴにコンジュゲートされ得、ＥＥＶコンジュゲートは、構造：
細胞質送達効率
環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）への修飾は、細胞質送達効率を改善し得る。改善された細胞質取り込み効率は、修飾配列を有するｃＣＰＰの細胞質送達効率を対照配列と比較することによって測定することができる。制御配列は、修飾配列中に特定の置換アミノ酸残基（限定するものではないが、アルギニン、フェニルアラニン、及び／又はグリシンなど）を含まないが、それ以外の点では同一である。
環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）への修飾は、細胞質送達効率を改善し得る。改善された細胞質取り込み効率は、修飾配列を有するｃＣＰＰの細胞質送達効率を対照配列と比較することによって測定することができる。制御配列は、修飾配列中に特定の置換アミノ酸残基（限定するものではないが、アルギニン、フェニルアラニン、及び／又はグリシンなど）を含まないが、それ以外の点では同一である。
本明細書で使用される場合、細胞質送達効率は、細胞膜を横断して細胞の細胞質に入るｃＣＰＰの能力を指す。ｃＣＰＰの細胞質送達効率は、受容体又は細胞型に必ずしも依存しない。細胞質送達効率は、絶対的細胞質送達効率又は相対的細胞質送達効率を指す場合がある。
絶対細胞質送達効率は、増殖培地中のｃＣＰＰ（又はｃＣＰＰ－カーゴコンジュゲート）の濃度に対するｃＣＰＰ（又はｃＣＰＰ－カーゴコンジュゲート）の細胞質ゾル濃度の比である。相対的細胞質送達効率は、細胞質ゾル中の対照ｃＣＰＰの濃度と比較した細胞質ゾル中のｃＣＰＰの濃度を指す。定量化は、ｃＣＰＰを蛍光標識し（例えば、ＦＩＴＣ色素で）、当技術分野で周知の技術を用いて蛍光強度を測定することによって達成することができる。
相対的細胞質送達効率は、（ｉ）細胞型（例えば、ＨｅＬａ細胞）によって内在化された本発明のｃＣＰＰの量を、（ｉｉ）同じ細胞型によって内在化された対照ｃＣＰＰの量と比較することによって求められる。相対的な細胞質送達効率を測定するために、細胞型は、特定の期間（例えば、３０分、１時間、２時間など）、ｃＣＰＰの存在下でインキュベートしてもよく、その後、細胞によって内在化されたｃＣＰＰの量が、当技術分野で公知の方法、例えば、蛍光顕微鏡法を用いて定量される。別個に、同じ濃度の対照ｃＣＰＰを同じ期間にわたって細胞型の存在下でインキュベートし、細胞によって内在化された対照ｃＣＰＰの量を定量する。
相対的な細胞質送達効率は、細胞内標的に対する修飾配列を有するｃＣＰＰのＩＣ５０を測定し、修飾配列を有するｃＣＰＰのＩＣ５０を対照配列と比較することによって求めることができる（本明細書に記載の通り）。
ｃＣＰＰの相対的な細胞質送達効率は、シクロ（ＦｆΦＲｒＲｒＱ、配列番号１５０）と比較して、約５０％から約４５０％の範囲、例えば、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約１００％、２００％、約１１０％、２１０％、約１２０％、２２０％、約１３０％、約１４０％、約１５０％、約１６０％、約１７０％、約１８０％、約１９０％、約３００％、約３１０％、約３２０％、約２３０％、３３０％、約２４０％、約２５０％、約２６０％、約２７０％、約２８０％、約２９０％、約４００％、約４１０％、約４２０％、約４３０％、約３４０％、約３５０％、約３６０％、約３７０％、約、約３８０％、約３９０％、約、約、約４４０％、約４５０％、約４６０％、約４７０％、約４８０％、約４９０％、約５００％、約５１０％、約５２０％、約５３０％、約５４０％、約５５０％、約５６０％、約５８０％、約５７０％、約５８０％又は約５９０％（その間の全ての値及び部分範囲を含む）の範囲であり得る。ｃＣＰＰの相対的細胞質送達効率は、環状（ＦｆφＲｒＲｒＱ、配列番号１５０）を含む環状ペプチドと比較して約６００％を超えて改善され得る。
絶対細胞質送達効率は、約４０％から約１００％、例えば、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％（これらの間の全ての値及び部分範囲を含む）である。
本開示のｃＣＰＰは、他の点では同一の配列と比較して、細胞質送達効率を、約１．１倍から約３０倍、例えば、約１．２倍、約１．３倍、約１．４倍、約１．５倍、約１．６倍、約１．７倍、約１．８倍、約１．９倍、約２．０倍、約２．５倍、約３．０倍、約３．５倍、約４．０倍、約４．５倍、約５．０倍、約５．５倍、約６．０倍、約６．５倍、約７．０倍、約７．５倍、約８．０倍、約８．５倍、約９．０倍、約１０倍、約１０．５倍、約１１．０倍、約１１．５倍、約１２．０倍、約１２．５倍、約１３．０倍、約１３．５倍、約１４．０倍、約１４．５倍、約１５．０倍、約１５．５倍、約１６．０倍、約１６．５倍、約１７．０倍、約１７．５倍、約１８．０倍、約１８．５倍、約１９．０倍、約１９．５倍、約２０倍、約２０．５倍、約２１．０倍、約２１．５倍、約２２．０倍、約２２．５倍、約２３．０倍、約２３．５倍、約２４．０倍、約２４．５倍、約２５．０倍、約２５．５倍、約２６．０倍、約２６．５倍、約２７．０倍、約２７．５倍、約２８．０倍、約２８．５倍、約２９．０倍、又は約２９．５倍（これらの間の全ての値及び部分範囲を含む）改善し得る。
検出可能部分
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、検出可能な部分を含む。実施形態では、検出可能な部分は、細胞透過性ペプチド部部の任意のアミノ酸のアミノ基、カルボキシレート基、又は側鎖で（例えば、ＣＰＰの任意のアミノ酸のアミノ基、カルボキシレート基、又は側鎖で）細胞透過性ペプチドに結合することができる。実施形態では、治療部分は検出可能な部分を含む。検出可能な部分は、任意の検出可能な標識を含み得る。適切な検出可能な標識の例としては、ＵＶ－Ｖｉｓ標識、近赤外標識、発光基、リン光基、磁気スピン共鳴標識、光増感剤、光切断可能部分、キレート中心、重原子、放射性同位体、同位体検出可能スピン共鳴標識、常磁性部分、発色団、又はこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。実施形態において、標識は、さらなる試薬の添加なしに検出可能である。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、検出可能な部分を含む。実施形態では、検出可能な部分は、細胞透過性ペプチド部部の任意のアミノ酸のアミノ基、カルボキシレート基、又は側鎖で（例えば、ＣＰＰの任意のアミノ酸のアミノ基、カルボキシレート基、又は側鎖で）細胞透過性ペプチドに結合することができる。実施形態では、治療部分は検出可能な部分を含む。検出可能な部分は、任意の検出可能な標識を含み得る。適切な検出可能な標識の例としては、ＵＶ－Ｖｉｓ標識、近赤外標識、発光基、リン光基、磁気スピン共鳴標識、光増感剤、光切断可能部分、キレート中心、重原子、放射性同位体、同位体検出可能スピン共鳴標識、常磁性部分、発色団、又はこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。実施形態において、標識は、さらなる試薬の添加なしに検出可能である。
実施形態では、検出可能な部分は、本化合物が種々の生物学的適用における使用に適切であり得るように、生体適合性の検出可能な部分であり得る。「生体適合性」及び「生物学的に適合性」は、本明細書で使用される場合、一般に、細胞及び組織に対して一般に非毒性の化合物（その任意の代謝産物又はその分解産物と共に）であって、細胞及び組織がそれらの存在下でインキュベートされる（例えば、培養される）場合に、細胞及び組織に対していかなる有意な有害作用も引き起こさない化合物を指す。
検出可能な部分は、蛍光標識又は近赤外標識などの発光団を含有し得る。好適な発光団の例としては、金属ポルフィリン、ベンゾポルフィリン、アザベンゾポルフィリン、ナトポルフィリン（napthoporphyrin）、フタロシアニン、多環式芳香族炭化水素（ペリレンジイミン、ピレンなど）、アゾ染料、キサンテン染料、ホウ素ジピロメテン、アザ－ホウ素ジピロメテン、シアニン色素、金属配位子錯体（ビピリジン、ビピリジル、フェナントロリン、クマリンなど）、並びにルテニウム及びイリジウムのアセチルアセトネート、アクリジン、オキサジン誘導体（ベンゾフェノキサジンなど）、アザ－アヌレン、スクアライン、８－ヒドロキシキノリン、ポリメチン、発光生成ナノ粒子（量子ドット、ナノ結晶など）、カルボスチリル、テルビウム錯体、無機蛍光体、イオノフォア（クラウンエーテル系列又は誘導体化色素など）、又はそれらの組み合わせ、が挙げられるが、これに限定されない。好適な発光団の具体例としては、Ｐｄ（ＩＩ）オクタエチルポルフィリン、Ｐｔ（ＩＩ）－オクタエチルポルフィリン、Ｐｄ（ＩＩ）テトラフェニルポルフィリン、Ｐｔ（ＩＩ）テトラフェニルポルフィリン、Ｐｄ（ＩＩ）ｍｅｓｏ－テトラフェニルポルフィリンテトラベンゾポルフィン、Ｐｔ（ＩＩ）メソ－テトラフェニルメトリルベンゾポルフィリン（Ｐｔ（ＩＩ）ｍｅｓｏ－ｔｅｔｒａｐｈｅｎｙｌ ｍｅｔｒｙｌｂｅｎｚｏｐｏｒｐｈｙｒｉｎ）、Ｐｄ（ＩＩ）オクタエチルポルフィリンケトン、Ｐｔ（ＩＩ）オクタエチルポルフィリンケトン、Ｐｄ（ＩＩ）メソ－テトラ（ペンタフルオロフェニル）ポルフィリン、Ｐｔ（ＩＩ）メソ－テトラ（ペンタフルオロフェニル）ポルフィリン、Ｒｕ（ＩＩ）トリス（４，７－ジフェニル－１，１０－フェナントロリン）（Ｒｕ（ｄｐｐ）３）、Ｒｕ（ＩＩ）トリス（１，１０－フェナントロリン）（Ｒｕ（ｐｈｅｎ）３）、トリス（２，２’－ビピリジン）ルテニウム（ＩＩ）クロリド六水和物（Ｒｕ（ｂｐｙ）３）、エリスロシンＢ、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、エオシン、イリジウム（ＩＩＩ）（（Ｎ－メチル－ベンズイミダゾール－２－イル）－７－（ジエチルアミノ）－クマリン））、（エンゾチアゾール（ｅｎｚｏｔｈｉａｚｏｌｅ））（（ベンゾチアゾール－２－イル）－７－（ジエチルアミノ）－クマリン））－２－（アセチルアセトネート）、ルモゲン色素、Ｍａｃｒｏｆｌｅｘ蛍光赤色、Ｍａｃｒｏｌｅｘ蛍光黄色、テキサスレッド、ローダミンＢ、ローダミン６Ｇ、硫黄ローダミン、ｍ－クレゾール、チモールブルー、キシレノールブルー、クレゾールレッド、クロロフェノールブルー、ブロモクレゾールグリーン、ブロムクレゾールレッド、ブロモチモールブルー、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、４－ニチロフェノール、アリザリン、フェノールフタレイン、ｏ－クレゾールフタレイン、クロロフェノールレッド、カルマガイト、ブロモ－キシレノール、フェノールレッド、ニュートラルレッド、ニトラジン、３，４，５，６－テトラブロムフェノールフタレイン、コンゴレッド、ｆｌｕｏｒ’ｓｃ’ｉｎ、エオシン、２’，７’－ジクロロフルオレセイン、５（６）－カルボキシ－フルオレセイン、カルボキシナフトフルオレセイン、８－ヒドロキシピレン－１，３，６－トリスルホン酸、セミナフトホルホダフロア、セミナフトフルオレセイン、トリス（４，７－ジフェニル－１，１０－フェナントロリン）ルテニウム（ＩＩ）ジクロリド、（４，７－ジフェニル－１，１０－フェナントロリン）ルテニウム（ＩＩ）テトラフェニルホウ素、白金（ＩＩ）オクタエチルポルフィイン、ジアルキルカルボシアニン、ジオクタデシルシクロオキサカルボシアニン、フルオレニルメチルオキシカルボニルクロリド、７－アミノ－４－メチルクマリン（Ａｍｃ）、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、及びそれらの誘導体又は組み合わせ、が挙げられるが、これらに限定されない。
一部の例では、検出部分は、ローダミンＢ（Ｒｈｏ）、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、７－アミノ－４－メチルクマリン（Ａｍｃ）、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、又はそれらの誘導体若しくは組み合わせを含み得る。
製造方法
本明細書に記載の化合物は、有機合成の当業者に公知の様々な方法、又は当業者によって理解されるようなその変形で調製することができる。本明細書に記載される化合物は、容易に入手可能な出発物質から調製することができる。最適な反応条件は、使用される特定の反応物又は溶媒によって変化し得るが、当業者は、このような条件を決定することができる。
本明細書に記載の化合物は、有機合成の当業者に公知の様々な方法、又は当業者によって理解されるようなその変形で調製することができる。本明細書に記載される化合物は、容易に入手可能な出発物質から調製することができる。最適な反応条件は、使用される特定の反応物又は溶媒によって変化し得るが、当業者は、このような条件を決定することができる。
本明細書に記載される化合物の変形は、各化合物について記載されるような種々の構成要素の付加、除去、又は移動を含む。同様に、１つ以上のキラル中心が分子中に存在する場合、分子のキラリティを変化させることができる。更に、化合物の合成は、種々の化学基の保護及び脱保護を含み得る。当業者は、保護及び脱保護の使用、並びに適切な保護基の選択を決定することができる。保護基の化学は、例えば、Ｗｕｔｓ ａｎｄ Ｇｒｅｅｎｅ，Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，４ ｔｈ Ｅｄ．，Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，２００６に見出すことができ、これは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本開示の化合物及び組成物を調製する際に使用される出発材料及び試薬は、アルドリッチ化学コーポレーション（ミルウォーキー、ウィスコンシン州）、アクロスオーガニクス（モリス・プレインズ、ニュージャージー州）、フィッシャーサイエンティフィック（ピッツバーグ、ペンシルベニア州）、シグマ（セントルイス、ミズーリ州）、ファイザー（ニューヨーク、ニューヨーク州）、グラクソ・スミスクライン（ローリー、ノースカロライナ州）、メルク（ホワイトハウス駅、ニュージャージー州）、ジョンソン・エンド・ジョンソン（ニューブランズウィック、ニュージャージー州）、アベンティス（ブリッジウォーター、ニュージャージー州）、アストラゼネカ（ウィルミントン、デラウェア州）、ノバルティス社（バーゼル、スイス）、ワイエス（マディソン、ニュージャージー州）、ブリストル・マイヤーズ・スクイブ社（ニューヨーク、ニューヨーク州）、ロシュ（バーゼル、スイス）、リリー（インディアナポリス、インディアナ州）、アボット（アボットパーク、イリノイ州）、シェーリング・プラウ（ケニルワース、ニュージャージー州）、若しくはベーリンガーインゲルハイム（インゲルハイム、ドイツ）などの商業的供給業者から入手可能であるか、又はＦｉｅｓｅｒ ａｎｄ Ｆｉｅｓｅｒ’ｓ Ｒｅａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｖｏｌｕｍｅｓ １－１７（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９１）、Ｒｏｄｄ’ｓ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｃａｒｂｏｎ Ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ，Ｖｏｌｕｍｅｓ １－５ ａｎｄ Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔａｌｓ（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９８９）、Ｏｒｇａｎｉｃ Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ，Ｖｏｌｕｍｅｓ １－４０（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９１）、Ｍａｒｃｈ’ｓ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ）、及びＬａｒｏｃｋ’ｓ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎｓ（ＶＣＨ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ Ｉｎｃ．，１９８９）などの参考文献に記載される手順に従って当業者に公知の方法によって調製されるかのいずれかである。本明細書に開示される医薬担体などの他の材料は、商業的供給源から得ることができる。
本明細書に記載の化合物を生成するための反応は、有機合成の当業者によって選択され得る溶媒中で行うことができる。溶媒は、反応が行われる条件、例えば、温度及び圧力下で、出発物質（反応物）、中間体、又は生成物と実質的に非反応性であり得る。反応は、１種の溶媒又は２種以上の溶媒の混合物中で行うことができる。生成物又は中間体の形成は、当技術分野で公知の任意の適切な方法に従ってモニタリングすることができる。例えば、生成物の形成は、分光学的手段、例えば、核磁気共鳴分光法（例えば、１Ｈ又は１３Ｃ）赤外分光法、分光光度法（例えば、ＵＶ－可視）、又は質量分析によって、あるいはクロマトグラフィー、例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）又は薄層クロマトグラフィーによってモニタリングすることができる。
本開示の化合物は、アミノ酸α－Ｎ末端が酸又は塩基保護基によって保護される固相ペプチド合成によって調製することができる。そのような保護基は、成長中のペプチド鎖の破壊又はその中に含まれるキラル中心のいずれかのラセミ化を伴うことなく容易に除去することが可能でありながら、ペプチド結合形成の条件に対して安定であるという特性を有するべきである。好適な保護基は、９－フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）、ｔ－ブチルオキシカルボニル（Ｂｏｃ）、ベンジルオキシカルボニル（Ｃｂｚ）、ビフェニルイソプロピルオキシカルボニル、ｔ－アミルオキシカルボニル、イソボルニルオキシカルボニル、α，α－ジメチル－３，５－ジメトキシベンジルオキシカルボニル、ｏ－ニトロフェニルスルフェニル、２－シアノ－ｔ－ブチルオキシカルボニルなどである。９－フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）保護基は、本開示の化合物の合成に特に好ましい。他の好ましい側鎖保護基は、リジン及びアルギニンのような側鎖アミノ基については、２，２，５，７，８－ペンタメチルクロマン－６－スルホニル（ｐｍｃ）、ニトロ、ｐ－トルエンスルホニル、４－メトキシベンゼンスルホニル、Ｃｂｚ、Ｂｏｃ、及びアダマンチルオキシカルボニルであり、チロシンについては、ベンジル、ｏ－ブロモベンジルオキシ－カルボニル、２，６－ジクロロベンジル、イソプロピル、ｔ－ブチル（ｔ－Ｂｕ）、シクロヘキシル、シクロペニル及びアセチル（Ａｃ）であり、セリンについては、ｔ－ブチル、ベンジル及びテトラヒドロピラニルであり、ヒスチジンについては、トリチル、ベンジル、Ｃｂｚ、ｐ－トルエンスルホニル及び２，４－ジニトロフェニルであり、トリプトファンについては、ホルミルであり、アスパラギン酸及びグルタミン酸については、ベンジル及びｔ－ブチルであり、システインについては、トリフェニルメチル（トリチル）である。
固相ペプチド合成法において、α－Ｃ末端アミノ酸は、適切な固体支持体又は樹脂に結合される。上記の合成に有用な適切な固体支持体は、段階的縮合－脱保護反応の試薬及び反応条件に対して不活性であり、かつ、使用される媒体に不溶性である材料である。α－Ｃ－末端カルボキシペプチドの合成のための固体支持体は、アプライド・バイオシステムズ（フォスターシティ、カリフォルニア州）から入手可能な４－ヒドロキシメチルフェノキシメチル－コポリ（スチレン－１％ジビニルベンゼン）又は４－（２’，４’－ジメトキシフェニル－Ｆｍｏｃ－アミノメチル）フェノキシアセトアミドエチル樹脂である。α－Ｃ－末端アミノ酸は、Ｎ，Ｎ’－ジシクロヘキシルカルボジイミド（ＤＣＣ）、Ｎ，Ｎ’－ジイソプロピルカルボジイミド（ＤＩＣ）又はＯ－ベンゾトリアゾール－１－イル－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスファート（ＨＢＴＵ）を用いて、４－ジメチルアミノピリジン（ＤＭＡＰ）、１－ヒドロキシベンゾトリアゾール（ＨＯＢＴ）、ベンゾトリアゾール－１－イルオキシ－トリス（ジメチルアミノ）ホスホニウムヘキサフルオロホスファート（ＢＯＰ）又はビス（２－オキソ－３－オキサゾリジニル）ホスフィンクロリド（ＢＯＰＣｌ）を用いて又は用いずに、ジクロロメタン又はＤＭＦなどの溶媒中、１０℃～５０℃の温度で約１から約２４時間、媒介カップリングにより樹脂にカップリングされる。固体支持体が４－（２’，４’－ジメトキシフェニル－Ｆｍｏｃ－アミノメチル）フェノキシ－アセトアミドエチル樹脂である場合、Ｆｍｏｃ基は、上記のようにα－Ｃ－末端アミノ酸とカップリングする前に、第二級アミン、好ましくはピペリジンで切断される。脱保護された４（２’，４’－ジメトキシフェニル－Ｆｍｏｃ－アミノメチル）フェノキシ－アセトアミドエチル樹脂へのカップリングのための１つの方法は、ＤＭＦ中のＯ－ベンゾトリアゾール－１－イル－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＢＴＵ、１当量）及び１－ヒドロキシベンゾトリアゾール（ＨＯＢＴ、１当量）である。連続する保護アミノ酸のカップリングは、自動ポリペプチド合成装置で行うことができる。一例において、成長するペプチド鎖のアミノ酸におけるα－Ｎ末端は、Ｆｍｏｃで保護される。成長するペプチドのα－Ｎ末端側からのＦｍｏｃ保護基の除去は、第二級アミン、好ましくはピペリジンでの処理によって達成される。次いで、各保護アミノ酸を約３倍モル過剰で導入し、カップリングを好ましくはＤＭＦ中で実施する。カップリング剤は、Ｏ－ベンゾトリアゾール－１－イル－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＢＴＵ、１当量）及び１－ヒドロキシベンゾトリアゾール（ＨＯＢＴ、１当量）であり得る。固相合成の最後に、ポリペプチドを樹脂から除去し、連続的に又は単一の操作で脱保護する。ポリペプチドの除去及び脱保護は、樹脂に結合したポリペプチドを、チオアニソール、水、エタンジチオール及びトリフルオロ酢酸を含む切断試薬で処理することによって、単一の操作で達成され得る。ポリペプチドのα－Ｃ－末端がアルキルアミドである場合、樹脂は、アルキルアミンによるアミノリシスによって切断される。あるいは、ペプチドは、例えば、メタノールとのエステル交換と、それに続くアミノ分解又は直接アミド交換によって除去することができる。保護されたペプチドは、この時点で精製することができ、又は次の工程に直接持ち込むことができる。側鎖保護基の除去は、上記の切断カクテルを用いて達成することができる。完全に脱保護されたペプチドは、以下のタイプのいずれか又は全てを用いる一連のクロマトグラフィー工程によって精製することができる。弱塩基性樹脂（アセテート形態）によるイオン交換、誘導体化されていないポリスチレン－ジビニルベンゼン（例えば、Ａｍｂｅｒｌｉｔｅ ＸＡＤ）による疎水性吸着クロマトグラフィー、シリカゲル吸着クロマトグラフィー、カルボキシメチルセルロースによるイオン交換クロマトグラフィー、例えば、Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ｇ－２５、ＬＨ－２０又は向流分配による分配クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、特にオクチル又はオクタデシルシリル－シリカ結合相カラム充填剤による逆相ＨＰＬＣ。
上記ポリマー（例えば、ＰＥＧ基）は、任意の適切な条件下で、オリゴヌクレオチド（例えば、ＡＣ）に結合され得る。ＡＣ上の反応性基（例えば、アルデヒド、アミノ、エステル、チオール、α－ハロアセチル、マレイミド又はヒドラジノ基）に対して、アシル化、還元的アルキル化、マイケル付加、チオールアルキル化、又はＰＥＧ部分上の反応性基（例えば、アルデヒド、アミノ、エステル、チオール、α－ハロアセチル、マレイミド又はヒドラジノ基）を介した他の化学選択的コンジュゲーション／ライゲーション法を含む、当技術分野で公知の任意の手段を使用することができる。水溶性ポリマーを１つ以上のタンパク質に連結するために使用され得る活性化基としては、限定されないが、スルホン、マレイミド、スルフヒドリル、チオール、トリフレート、トレシレート、アジリジン、オキシラン、５－ピリジル、及びα－ハロゲン化アシル基（例えば、α－ヨード酢酸、α－ブロモ酢酸、α－クロロ酢酸）が挙げられる。還元的アルキル化によってＡＣに結合される場合、選択されるポリマーは、重合度が制御されるように単一の反応性アルデヒドを有するべきである。例えば、Ｋｉｎｓｔｌｅｒら、Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ．Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｒｅｖ．（２００２），５４：４７７－４８５；Ｒｏｂｅｒｔｓら、Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｒｅｖ．（２００２），５４：４５９－４７６；及びＺａｌｉｐｓｋｙら、Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｒｅｖ．（１９９５），１６：１５７－１８２を参照のこと。
ＡＣ又はリンカーをＣＰＰに直接共有結合させるために、ＣＰＰの適切なアミノ酸残基を、アミノ酸の選択された側鎖又はＮ又はＣ末端と反応することができる有機誘導体化剤と反応させてもよい。ペプチド又はコンジュゲート部分上の反応性基としては、例えば、アルデヒド、アミノ、エステル、チオール、α－ハロアセチル、マレイミド又はヒドラジノ基が挙げられる。誘導体化剤としては、例えば、マレイミドベンゾイルスルホスクシンイミドエステル（システイン残基を介したコンジュゲーション）、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド（リジン残基を介した）、グルタルアルデヒド、無水コハク酸、又は当技術分野で公知の他の薬剤が挙げられる。
ＡＣを作製し、ＡＣを直鎖状ＣＰＰにコンジュゲートさせる方法は、一般に、米国特許出願公開第２０１８／０２９８３８３号に記載され、これはあらゆる目的のために参照により本明細書に組み込まれる。本方法は、本明細書に開示される環状ＣＰＰに適用され得る。
合成スキームを図５Ａ～図５Ｄ及び図６に示す。
ＣＰＰ及びＡＣへのコンジュゲーションに有用な反応基を含む化合物の非限定的な例を表６に示す。リンカー基の例も示す。例示的な反応性基としては、テトラフルオロフェニルエステル（ＴＦＰ）、遊離カルボン酸（ＣＯＯＨ）、及びアジド（Ｎ３）が挙げられる。表６では、ｎは、０から２０の整数である。Ｐｉｐａ６は、ＡｃＲＸＲＲＢＲＲＸＲＹＱＦＬＩＲＸＲＢＲＸＲＢであり、式中、Ｂはβ－アラニンであり、Ｘはアミノヘキサン酸であり、Ｄａｐは、２，３－ジアミノプロピオン酸であり、ＮＬＳは、核局在化配列であり、βＡは、ベータアラニンであり、－ｓｓ－は、ジスルフィドであり、ＰＡＢＣは、ポリ（Ａ）結合タンパク質Ｃ末端ドメインであり、Ｃｘは、ｘは、長さｘのアルキル鎖であり、ＢＣＮは、ビシクロ［６．１．０］ノニンである。
実施形態において、ＣＰＰは、ＡＣへのコンジュゲーションのために利用され得る遊離カルボン酸基を有する。実施形態において、ＥＥＶは、ＡＣへのコンジュゲーションに利用され得る遊離カルボン酸基を有する。
以下の構造は、アジド
アミド結合を介したＡＣの３’末端へのＣＰＰ及びリンカーのコンジュゲーションの例示的スキームを以下に示す。
歪み促進アジド－アルキン環化付加を介した３’－シクロオクチン修飾ＰＭＯへのＣＰＰ及びリンカーのコンジュゲーションの例示的なスキームを以下に示す。
ＡＣ及びＣＰＰを、ポリエチレングリコール部分を含有するさらなるリンカーと接続するために使用されるコンジュゲーションケミストリーの例を以下に示す。
歪み促進アジド－アルキン環化付加（クリック化学）を介した５’－シクロオクチン修飾ＰＭＯへのＣＰＰ－リンカーのコンジュゲーションの例を以下に示す。
オリゴマーアンチセンス化合物を合成する方法は、当技術分野において公知である。本開示は、ＡＣを合成する方法によって限定されない。実施形態において、本明細書に提供されるのは、例えば、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含むヌクレオシド間結合を形成するのに有用な反応性リン基を有する化合物である。前駆体又はアンチセンス化合物の調製及び／又は精製の方法は、本明細書中に提供される組成物又は方法の限定ではない。ＤＮＡ、ＲＮＡ、及びアンチセンス化合物の合成及び精製のための方法は、当業者に周知である。
修飾及び非修飾ヌクレオシドのオリゴマー化は、ＤＮＡについての以下の文献の手順に従って通常実施される（Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｆｏｒ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｓ，Ｅｄ．Ａｇｒａｗａｌ（１９９３），Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ）及び／又はＲＮＡ（Ｓｃａｒｉｎｇｅ，Ｍｅｔｈｏｄｓ（２００１），２３，２０６－２１７．Ｇａｉｔら、Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｃａｌｌｙ ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｄ ＲＮＡ ｉｎ ＲＮＡ：Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ，Ｅｄ．Ｓｍｉｔｈ（１９９８），１－３６．Ｇａｌｌｏら、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ（２００１），５７，５７０７－５７１３）。
本明細書で提供されるアンチセンス化合物は、固相合成の周知の技術を介して簡便かつ日常的に作製することができる。このような合成のための装置は、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を含むいくつかのベンダーによって販売されている。当該分野で公知のこのような合成のための任意の他の手段が、追加的に又は代替的に使用され得る。ホスホロチオエート及びアルキル化誘導体のようなオリゴヌクレオチドを調製するために類似の技術を使用することは周知である。本開示は、アンチセンス化合物合成の方法によって限定されない。
オリゴヌクレオチドの精製及び分析方法は、当業者に公知である。分析方法としては、キャピラリー電気泳動（ＣＥ）及びエレクトロスプレー質量分析が挙げられる。このような合成及び分析方法は、マルチウェルプレートにおいて実施され得る。本発明の方法は、オリゴマー精製の方法によって限定されない。
疾患
いくつかの実施形態において、種々の疾患又は状態は、本明細書中に記載される化合物のうちの１つ以上を含む組成物の投与によって治療、予防又は改善され得る。実施形態では、本開示の組成物で治療、予防、又は改善される疾患は、スプライシング、タンパク質発現、及び／又はタンパク質活性の調節不全に関連する。
いくつかの実施形態において、種々の疾患又は状態は、本明細書中に記載される化合物のうちの１つ以上を含む組成物の投与によって治療、予防又は改善され得る。実施形態では、本開示の組成物で治療、予防、又は改善される疾患は、スプライシング、タンパク質発現、及び／又はタンパク質活性の調節不全に関連する。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、疾患又は状態を治療、予防、又は改善するために使用される。本開示の化合物を使用して治療、予防又は調節され得る例示的な疾患又は状態としては、限定されないが、例えば、急性骨髄白血病、Ｂ細胞白血病／リンパ種、膀胱がん、乳がん、慢性リンパ球性白血病、結腸がん、結腸直腸がん、デュシェンヌ型筋ジストロフィ、食道扁平上皮がん、ファンコーニ貧血、胃がん、膠芽腫、肝細胞がん、肺がん、リンチ症候群、マントル細胞リンパ腫、メラノーマ、鼻咽頭がん、神経芽細胞種、卵巣がん、膵管腺がん、増殖状態、前立腺がん、及び小腸神経内分泌がんを含むがん、例えば、アテローム性動脈硬化症、心臓肥大、拡張型心筋症、高血圧症、虚血／再潅流障害、血栓（深部静脈）、及び血栓（静脈）を含む心臓血管状態、小眼球症、ミュラー管形成不全、骨脆弱性（骨形成不全症）、及びくる病を含む先天性異常、新生児糖尿病及び２型糖尿病を含む内分泌障害、グランツマン血小板無力症、α－サラセミア、及びβ－サラセミアを含む血液疾患、ＩＰＥＸ症候群、鼻ポリープ、重症複合免疫不全、全身性紅斑性狼瘡、及びウィスコット－アルドリッチ症候群を含む免疫学的障害、肺線維症を含む肺疾患、筋繊維症、顔面肩甲上腕型筋ジストロフィ、眼筋咽頭型筋ジストロフィ、筋緊張性ジストロフィ、及び眼筋咽頭型筋ジストロフィを含む筋骨格状態、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、不安障害、ファブリー病、脆弱Ｘ症候群、フリードリヒ運動失調、ハンティングトン病、異染性白質ジストロフィー、偽欠乏症、神経精神疾患、パーキンソン病、及び自殺行為を含む神経学的状態、ストレス、ツェルウエーガー症候群、ポンペ病などの糖原病、又はそれらの組み合わせ、が挙げられるが、これに限定されない。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、異常な遺伝子転写、スプライシング及び／又は翻訳に関連する疾患を治療、予防又は改善するために使用される。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、異常なＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４の転写、スプライシング、及び／又は翻訳に関連する疾患を治療、予防、又は改善するために使用される。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４の上方制御に関連する疾患、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４多型、突然変異体ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４の蓄積、又はそれらの組み合わせを治療、予防、又は改善するために使用される。
糖原病
グリコーゲン合成及び分解は、多くの異なる酵素反応を含む多段階プロセスである。例えば、アルファ－グルコシダーゼＧＡＡ）は、α－１，４及びα－１，６グリコシド結合を切断することによってグリコーゲンの加水分解を触媒し、グルコースを細胞質中に遊離させる。ＧＡＡの非存在下では、グリコーゲンは、様々な組織、主に心筋及び骨格筋のリソソーム内に蓄積する。このタンパク質の欠損によって引き起こされる状態は、糖原病（Glycogen Storage Disease、ＧＳＤ）と呼ばれる（Ｄｏｕｉｌｌａｒｄ－Ｇｕｉｌｌｏｕｘら、Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．（２０１０）、１９（４）：６８４－９６）。
グリコーゲン合成及び分解は、多くの異なる酵素反応を含む多段階プロセスである。例えば、アルファ－グルコシダーゼＧＡＡ）は、α－１，４及びα－１，６グリコシド結合を切断することによってグリコーゲンの加水分解を触媒し、グルコースを細胞質中に遊離させる。ＧＡＡの非存在下では、グリコーゲンは、様々な組織、主に心筋及び骨格筋のリソソーム内に蓄積する。このタンパク質の欠損によって引き起こされる状態は、糖原病（Glycogen Storage Disease、ＧＳＤ）と呼ばれる（Ｄｏｕｉｌｌａｒｄ－Ｇｕｉｌｌｏｕｘら、Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．（２０１０）、１９（４）：６８４－９６）。
ＧＳＤは、グリコーゲン代謝の遺伝性代謝障害である。糖原病には１２種類以上があり、酵素欠損症及び罹患組織（主に肝臓又は筋）に基づいて分類される。０型ＧＳＤは、グリコーゲンシンターゼの欠損に起因する。Ｉ型は、グルコース－６－ホスファターゼαの欠損に起因する。ＩＩ型は、α－グルコシダーゼ（ＧＡＡ）の欠損に起因する。ＩＩＩ型は、グリコーゲン脱分枝酵素（Glycogen Debranching Enzyme、ＧＤＥ）の欠損に起因する。ＩＶ型は、グリコーゲン分枝活性の欠損に起因する。Ｖ型は、グリコーゲンホスホリラーゼ（ＰＹＧＭによってコードされる）の筋肉アイソフォームの欠損に起因する。ＶＩ型は、グリコーゲンホスホリラーゼ（ＰＹＧＬによってコードされる）の肝臓アイソフォームの欠損に起因する。残りのＧＳＤについてはほとんど情報がなく、いくつかの以前のＧＳＤは他の障害に分類されている。糖原病のリストは、表７に提供されている（Ｅｌｌｉｎｇｗｏｏｄ Ｓ．ら、（２０１８年）、Ｊ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．２３８（３）：Ｒ１３１－Ｒ１４１．ｄｏｉ：１０．１５３０／ＪＯＥ－１８－０１２０）。
糖原病タイプＩＩ（ＧＳＤＩＩ）又はポンペ病は、複合糖、グリコーゲンの分解に必須であるＧＡＡタンパク質の欠如又は欠損をもたらす、グルコシダーゼタンパク（ＧＡＡ）をコードする遺伝子における突然変異によって引き起こされる常染色体劣性リソソーム蓄積障害である。通常、身体はＧＡＡを使用して複合炭水化物グリコーゲンを分解し、それをグルコースに変換する。グリコーゲン代謝における適切な分解及び異常を達成することの失敗は、身体の細胞、特に心筋細胞、平滑筋細胞、及び骨格筋細胞におけるグリコーゲンの過剰な蓄積をもたらし、これは、正常な組織及び器官機能の障害及び分解をもたらし得る。ポンペ病の患者は、身体全体、特に脚、体幹、及び横隔膜における進行性の筋力低下を含む重篤な筋肉関連の問題を経験する。障害が進行するにつれて、呼吸障害が呼吸不全をもたらし得る。現在までに、３００を超える病原性突然変異がＧＡＡにおいて同定されている。ポンペ病は、一般に、米国及び欧州において総計で５，０００～１０，０００人の患者が罹患していると推定されている。しかし、新生児スクリーニングの出現は、この疾患が過小診断されていることを示唆する。
発症年齢及び症状の重症度に基づいて、ポンペ病は、典型的には、乳児発症ポンペ病（ＩＯＰＤ）又は遅発性ポンペ病（ＬＯＰＤ）のいずれかに分類される。ＩＯＰＤは、重度の筋力低下及び異常に減少した筋緊張を特徴とし、通常、生後数ヶ月以内に現れる。治療せずに放置すると、ＩＯＰＤは、進行性心不全、呼吸困難又は摂食困難に起因する栄養失調のために、しばしば致死的である。ＬＯＰＤは小児期、青年期又は成人期に存在する。ＬＯＰＤを有する患者は、典型的には、運動性の低下及び呼吸障害などのより軽度の症状を有する。ＬＯＰＤ患者は、進行性歩行困難及び呼吸低下を経験する。ＬＯＰＤの初期症状はわずかであり、何年も認識されないままである可能性がある。
出願時に、ポンペ病に対して現在承認されている唯一の療法は、アルグルコシダーゼアルファ（米国ではルミザイム、他の地域ではミオザイム）及びアヴァルグルコシダーゼアルファ－ｎｇｐｔ（米国ではＮｅｘｖｉａｚｙｍｅ）であり、これらは両方ともＩＶ注入を介して送達される酵素補充療法（Enzyme Replacement Therapy、ＥＲＴ）の形態である。ポンペ病のためにＥＲＴで治療された乳児患者は、生存率の改善を示したが、ＥＲＴは治癒的ではなく、長期観察研究における多くの患者は、心筋症及び心不全の両方のリスクが増加し続けている。これらの患者はまた、嚥下困難及びそれに付随する誤嚥リスクの増加を含む、残留筋力低下を経験する。ＥＲＴは、主に病気に冒された重要な組織に浸透することができないこと、細胞質ゾルにおける活性の欠如、及び潜在的な免疫原性のために、骨格筋ミオパシー及び呼吸器障害の改善能が特に制限されている。ＥＲＴが利用可能であるにもかかわらず、ＩＯＰＤ又はＬＯＰＤのいずれかを有する患者における重大な満たされていない医学的必要性が依然として存在する。
ＧＡＡは、α－１，４及びα－１，６グルコシド結合を切断することによってグリコーゲンの加水分解を触媒し、グルコースを細胞質中に遊離させる。ＧＡＡの非存在下では、グリコーゲンは、様々な組織、主に心筋及び骨格筋のリソソーム内に蓄積する。このタンパク質の欠損によって引き起こされる状態は、糖原病（ＧＳＤ）と呼ばれる（Ｄｏｕｉｌｌａｒｄ－Ｇｕｉｌｌｏｕｘ（２０１０）、Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．１９（４）：６８４－９６）。
糖原病を治療することができる１つの方法は、グリコーゲン合成を下方制御することによるもの、例えば、グリコーゲン合成酵素の発現及び／又は活性を下方制御することによるものである。グリコーゲン合成酵素には２つの主要なアイソザイム、ＧＹＳ１及びＧＹＳ２がある。ＧＹＳ１は、骨格筋及び心筋において遍在的に発現される（ＮＣＢＩ参照番号２９９７）。ＧＹＳ２は、主に肝臓及び脂肪組織で発現される（ＮＣＢＩ遺伝子参照番号２９９８）。ＧＹＳ１は、摂取されたグルコースを分解して、筋肉のためのグリコーゲンエネルギー貯蔵を提供するように機能する。対照的に、ＧＹＳ２は、血糖値を維持するように機能する。ＧＹＳ１及びＧＹＳ２のｍＲＮＡのアラインメントは、２つのアイソザイムの５４％が７１％の相同性を共有することを示す。
グリコーゲン合成酵素（ＧＹＳ１）発現の下方制御は、グリコーゲン蓄積の逆転をもたらすことが示されている（Ｄｏｕｉｌｌａｒｄ－Ｇｕｉｌｌｏｕｘら、Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．（２０１０），１９（４）：６８４－９６）。ＧＹＳ１の構造及び作用機序は概説されている（Ｐａｌｍ，Ｄ．Ｃ．ら，ＦＥＢＳ（２０１３），２８０（１），２－２７；及びＢａｓｋａｒａｎ Ｓ．ら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（２０１０）１０７，１７５６３－１７５６８。ＧＹＳ１とＧＹＳ２の機能の違いにより、下方制御のためにＧＹＳ１を選択的に標的とすることが重要である。
実施形態において、糖原病を治療するための方法が提供される。実施形態において、本方法は、グリコーゲン合成を下方制御する化合物を投与することを含む。実施形態において、本方法は、グリコーゲン合成酵素の発現を下方制御する化合物を投与することを含む。実施形態では、本方法は、筋肉型グリコーゲン合成酵素（ＧＹＳ１）の発現を下方制御する化合物を投与することを含む。実施形態では、化合物はＡＣを含む。ＡＣは、任意のＡＣであってもよく、本明細書の他の場所で説明されるような任意のＡＣ特性を有してもよい。実施形態において、ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、標的転写物のＳＥ又はＳＲＥの少なくとも一部に結合し得る。実施形態において、ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、標的転写物のＳＥ又はＳＲＥに近接して結合し得る。実施形態では、ＡＣはＡＳＯである。実施形態において、ＡＳＯはＰＭＯである。ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、ＧＹＳ１標的転写物の任意のスプライス要素に結合し得る。
実施形態において、糖原病を治療するための方法が提供される。実施形態において、筋肉組織におけるグリコーゲン蓄積に関連する糖原病を治療するための方法が提供される。実施形態において、心筋組織におけるグリコーゲン蓄積に関連する糖原病を治療するための方法が提供される。実施形態において、骨格筋組織におけるグリコーゲン蓄積に関連する糖原病を治療するための方法が提供される。実施形態において、ＩＩ型糖原病を治療するための方法が提供される。実施形態において、ポンペ病を治療するための方法が提供される。実施形態において、アンダーセン病を治療するための方法が提供される。実施形態において、マッカードル病（McArdle disease）を治療するための方法が提供される。実施形態では、ラフォラ病（Lafora disease）を治療するための方法が提供される。実施形態では、垂井病を治療するための方法が提供される。
実施形態において、ＧＹＳ１は、アイソフォーム１又はアイソフォーム２をコードするヌクレオチド配列によってコードされる。ヌクレオチド配列は、オンラインＮＣＢＩデータベース（アイソフォーム１＝ＮＭ＿００２１０３．５；アイソフォーム２＝ＮＭ＿００１１６１５８７．２）から入手可能である。実施形態において、ＧＹＳ１をコードするヌクレオチド配列は、アイソフォーム１又はアイソフォーム２をコードするヌクレオチド配列と１つ以上の核酸が異なる。実施形態において、ＧＹＳ１をコードするヌクレオチド配列は、１つ以上の多型（例えば、一塩基多型（Single Nucleotide Polymorphism、ＳＮＰ））によって異なる。実施形態において、ＧＹＳ１をコードするヌクレオチド配列は、アイソフォーム１又はアイソフォーム２をコードするヌクレオチド配列と１００％未満の配列同一性を共有する。実施形態において、ＧＹＳ１は、アイソフォーム１又はアイソフォーム２をコードする核酸配列と少なくとも約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％同一であるヌクレオチド配列によってコードされる。実施形態において、ＧＹＳ１は、アイソフォーム１又はアイソフォーム２をコードする核酸配列と８０％～１００％、９０％～１００％、９５％～１００％、又は９９％～１００％同一であるヌクレオチド配列によってコードされる。
実施形態において、本方法は、ＧＹＳ１標的転写物における１つ以上のエクソンのエクソンスキッピングを誘導する化合物を投与することを含む。実施形態において、本方法は、ＧＹＳ１標的転写物中の１つ以上のエクソンのスキッピングを誘導するアンチセンス化合物（ＡＣ）を含む化合物を投与することを含む。実施形態では、ＧＹＳ１転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣのハイブリダイゼーションは、標的転写物における１つ以上のエクソンの包含又はスキッピングをもたらす。実施形態において、１つ以上のエクソンのスキッピング又は包含は、ＧＹＳ１標的転写物におけるフレームシフトを誘導する。実施形態において、フレームシフトは、減少した活性を有するグリコーゲン合成酵素をコードするＧＹＳ１転写物をもたらす。実施形態において、フレームシフトは、短縮又は非機能的グリコーゲン合成酵素をもたらす。実施形態において、フレームシフトは、ＧＹＳ１転写物における未成熟終止コドンの導入をもたらす。実施形態において、未成熟終止コドンの導入は、ナンセンス媒介分解によるＧＹＳ１ ｍＲＮＡ転写物の分解をもたらす。
実施形態において、化合物は、ヒト及び／又はマウスＧＹＳ１のエクソン２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５のうちの１つ以上のスキッピングを誘導するアンチセンス化合物（ＡＣ）を含む。実施形態において、化合物は、１つ以上のエクソンのスキッピングを誘導して、ＧＹＳ１標的転写物が分解される（例えば、ナンセンス媒介減衰）か、又は活性が低下した若しくは活性がないＧＹＳ１タンパク質に翻訳されることにつながるフレーム外フレームシフトを生じさせるＡＣを含む。実施形態において、化合物は、エクソン２、５、６、７、８、１０、１２、及び／又は１４のうちの１つ以上のスキッピングを誘導して、フレーム外フレームシフトを生じさせるＡＣを含む。実施形態において、化合物は、１つ以上のエクソンのスキッピングを誘導して、ＧＹＳ１標的転写物におけるインフレーム欠失を生成するＡＣを含む。実施形態において、化合物は、エクソン３、４、９、１１、１３及び／又は１５のうちの１つ以上のスキッピングを誘導するＡＣを含む。実施形態において、化合物は、エクソン３、４、９、１１、１３及び／又は１５のうちの１つ以上のスキッピングを誘導して、ＧＹＳ１標的転写物においてインフレーム欠失を生じさせるＡＣを含む。
実施形態において、化合物は、エクソンスキッピングを誘導するために１つ以上のエクソン／イントロン及び／又はイントロン／エクソン接合部に結合するＡＣを含む。実施形態では、ＡＣ化合物は、表８中の以下の配列のいずれかを含み、大文字はエクソンヌクレオチドを示し、小文字はイントロンヌクレオチドを示す。表８において、配列番号１５１～２４７は、エクソンスキッピングを誘導してフレームシフト改変を生じるように設計されている。実施形態において、フレームシフト改変は、未成熟終止コドンをもたらす。実施形態では、フレームシフト改変は、ＧＹＳ１標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。表８において、配列番号２４９～３１８は、エキソンスキッピングを誘導してインフレーム欠失を生じるように設計されている。表８に列挙されるＡＣは、エクソン、エクソン／イントロン接合部、及び／又はイントロン／エクソン接合部を含む標的ヌクレオチド配列に結合するように設計されている。
いくつかの態様において、ＡＣは、表９に列挙されるものなどの、米国特許出願第１６／８６７，２６１号及び／又はクレートンら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ－Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ（２０１４）３、ｅ２０６からのＰＭＯ配列、又はその一部を含む。
ＰＭＯ配列は、エクソンスキッピングを誘導してフレームシフト改変をもたらすように設計される。実施形態では、フレームシフト改変は、ＧＹＳ１標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす未成熟終止コドンをもたらす。配列番号３２１～３２７は、ＧＹＳ１標的転写物のイントロン／エクソン及び／又はエクソン／イントロン接合部を含む標的ヌクレオチド配列に結合するように設計されている。配列番号３１９及び３２７は、標的ＧＹＳ１転写物のイントロン配列を含む標的ヌクレオチド配列に結合するように設計されている。
実施形態において、ＡＣは、表８及び／又は表９における任意の配列の１０個以上、１５個以上、又は２０個以上の連続する塩基を含む。実施形態において、ＡＣは、表８及び／又は表９における任意の配列の２５個以下、２０個以下、又は１５個以下の連続する塩基を含む。実施形態において、ＡＣは、表８及び／又は表９における任意の配列の１０～２５個、１０～２０個、又は１０～１５個の連続する塩基を含む。実施形態において、ＡＣは、表８及び／又は表９における任意の配列の１５～２５個又は１５～２０個の連続する塩基を含む。実施形態において、ＡＣは、表８及び／又は表９における任意の配列の２０～２５個の連続する塩基を含む。
実施形態では、マウスＧＹＳ１を使用するマウスモデルを使用して、ＧＹＳ１標的転写物におけるエクソンスキッピングを誘導する化合物の効果を研究する。マウス及びヒトＧＹＳ１の２つは、第１９染色体において９７％の相同性を有する。さらに、マウス及びヒトＧＹＳ１は両方とも１６個のエクソンを有し、７３７アミノ酸長である全長タンパク質をもたらす同じスプライシングパターンを有する。
実施形態において、化合物は、その開始コドンを標的化することによってヒト及び／又はマウスＧＹＳ１の下方制御を誘導するアンチセンス化合物（ＡＣ）を含む。そのような配列の例には、表１０の配列が含まれる。
インターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）
実施形態において、インターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）の活性を調節するための化合物が提供される。ＩＲＦ－５は、転写因子のＩＲＦファミリーのメンバーであり、単球、マクロファージ、Ｂ細胞、及び樹枝細胞において高度に発現され、その発現は、Ｉ型インターフェロンによって他の細胞種において誘導され得る（Ａｌｍｕｔｔａｑｉ ａｎｄ Ｕｄａｌｏｖａ，ＦＥＢＳ Ｊ．（２０１８），２８６：１６２４－１６３７）。ＩＲＦ－５は、自然免疫及び適応免疫、抗ウイルス防御、炎症性サイトカインの産生、マクロファージ極性化、細胞成長調節、並びに分化及びアポトーシスに関与する。
実施形態において、インターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）の活性を調節するための化合物が提供される。ＩＲＦ－５は、転写因子のＩＲＦファミリーのメンバーであり、単球、マクロファージ、Ｂ細胞、及び樹枝細胞において高度に発現され、その発現は、Ｉ型インターフェロンによって他の細胞種において誘導され得る（Ａｌｍｕｔｔａｑｉ ａｎｄ Ｕｄａｌｏｖａ，ＦＥＢＳ Ｊ．（２０１８），２８６：１６２４－１６３７）。ＩＲＦ－５は、自然免疫及び適応免疫、抗ウイルス防御、炎症性サイトカインの産生、マクロファージ極性化、細胞成長調節、並びに分化及びアポトーシスに関与する。
異常なＩＲＦ－５発現は、様々な疾患に関連する。さらに、増加したＩＲＦ５ ｍＲＮＡレベルは、疾患病理と強く相関する。例えば、ＩＲＦ－５の上方制御は、自己免疫疾患、感染症、がん、肥満、神経因性疼痛、心血管疾患（例えば、アテローム性動脈硬化症）、及び代謝機能不全を含む多数の炎症性疾患の発症に関連するＩＦＮの産生の増加をもたらし得る（Ｂａｎｇａら，Ｓｃｉ．Ａｄｖ．（２０２０），６：ｅａａｙ１０５７）。加えて、より高いＩＲＦ－５発現に関連するＩＲＦ－５遺伝子多型は、リウマチ性関節炎（ＲＡ）、炎症性大腸炎（ＩＢＤ）、多発性硬化（ＭＳ）炎症性大腸炎（ＩＢＤ）、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）及びシェーグレン症候群を含む炎症及び自己免疫疾患に対する感受性に関連する（Ａｌｍｕｔｔａｑｉ ａｎｄ Ｕｄａｌｏｖａ（２０１８）ＦＥＢＳ Ｊ．２８６：１６２４－１６３７；Ｔｈｏｍｐｓｏｎら，Ｆｒｏｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２０１８，９：２６２２；Ｂａｎら，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（２０１８），３０，１１：５２９－５３６；Ｃｈｅｈｉｍｉら，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．（２０１７），６，７１２，ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．３３９０／ｊｃｍ６０７００６８）。さらに、ＩＲＦ－５は、Ｉ型インターフェロン及びＴｏｌｌ様受容体シグナル伝達経路に関与し、サイトカイン発現の下流メディエーターである（Ｋｒｉｓｊａｎｓｄｏｔｔｉｒら、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．（２００８），４５：３６２－３６９）。
ＩＲＦ－５は、３つの選択的非コード５’エクソン及び少なくとも９つの選択的スプライシングｍＲＮＡによって生成される複数のアイソフォームで存在する。ＩＲＦ－５アイソフォームの配列は、例えばオンラインＮＣＢＩデータベースを通じて公的に入手可能である。アイソフォームは、細胞型特異的発現、細胞内局在及び機能を示す。いくつかのアイソフォームは、自己免疫疾患のリスクに関連する。例えば、アイソフォーム２は、ＩＲＦ－５の過剰発現及び全身性紅斑性狼瘡などの自己免疫疾患に対する感受性に関連している。さらに、より高いｍＲＮＡ発現をもたらすＩＲＦ－５をコードする遺伝子における単一ヌクレオチド多型を含む多型は、多くの自己免疫疾患と関連している（Ｋｒａｕｓｇｒｕｂｅｒら，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１０），１２（３）：２３１－２３８）；Ｋｏｚｙｒｅｖら，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ａｎｄ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ（２００７），５６（４）：１２３４－１２４１）。
ＩＲＦ－５活性化、作用機序、シグナル伝達経路、及び調節要素が概説されている（Ｓｏｎｇら，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．（２０２０），１３０（１２）：６７００－６７１７；Ａｌｍｕｔａｑｑｉ ａｎｄ Ｕｄａｌｏｖａ ＦＥＢＳ Ｊ．（２０１８），２８６：１６２４－１６３７；Ｂａｎｇａら，Ｓｃｉ．Ａｄｖ．（２０２０），６：ｅａａｙ１０５７；Ｔｈｏｍｐｓｏｎら，Ｆｒｏｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１８），９：２６２２）。
ＩＲＦ－５をコードする遺伝子は、９個のエクソン（エクソン１、エクソン２、エクソン３、エクソン４、エクソン５、エクソン６、エクソン７、エクソン８、エクソン９）を含む。エクソン１は、５’－非翻訳領域（５’－ＵＴＲ）にあり、４つの変異体、エキソン１Ａ、エキソン１Ｂ、エキソン１Ｃ、及びエキソン１Ｄを有する。優勢なアイソフォームはエクソン１Ａを含む。エクソン１Ｂは、ＩＲＦ－５過剰活性化及び疾患進行に関連する。ドナースプライス部位を導入する単一－ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）（例えば、ｒｓ２００４６４０）は、エクソン１Ｂ転写物の発現の増加及びエクソン１Ｃ由来転写物の発現の減少をもたらし得る。他のＳＮＰ（例えば、ｒｓ２２８０７１４）もまた、上昇したＩＲＦ－５発現に関連している（Ｋｏｚｙｒｅｖら，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ａｎｄ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ（２００７），５６（４）：１２３４－１２４１）。
ＩＲＦ－５の６つのアイソフォームを以下に提供する。
ヒトインターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）（アイソフォーム１）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＲＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭ（配列番号３３４）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＲＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭ（配列番号３３４）
ヒトインターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）（アイソフォーム２）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＤＡＶＱＳＧＰＨＭＴＰＹＳＬＬＫＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＲＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３５）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＤＡＶＱＳＧＰＨＭＴＰＹＳＬＬＫＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＲＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３５）
ヒトインターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）（アイソフォーム３）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＤＡＶＱＳＧＰＨＭＴＰＹＳＬＬＫＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３６）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＤＡＶＱＳＧＰＨＭＴＰＹＳＬＬＫＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３６）
ヒトインターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）（アイソフォーム４）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３７）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３７）
ヒトインターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）（アイソフォーム５）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＶＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３８）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＶＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３８）
ヒトインターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）（アイソフォーム６）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＴＰＳＰＬＲＩＴＬＬＶＱＥＲＲＲＫＫＲＫＳＣＲＧＣＣＱＡ（配列番号３３９）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＴＰＳＰＬＲＩＴＬＬＶＱＥＲＲＲＫＫＲＫＳＣＲＧＣＣＱＡ（配列番号３３９）
実施形態において、ＩＲＦ－５は、ＩＲＦ－５アイソフォーム１、ＩＲＦ－５アイソフォーム２、ＩＲＦ－５アイソフォーム３、ＩＲＦ－５アイソフォーム４、ＩＲＦ－５アイソフォーム５、又はＩＲＦ－５アイソフォーム６をコードするヌクレオチド配列によってコードされる。実施形態では、ＩＲＦ－５をコードするヌクレオチド配列は、ＩＲＦ－５アイソフォーム１、ＩＲＦ－５アイソフォーム２、ＩＲＦ－５アイソフォーム３、ＩＲＦ－５アイソフォーム４、ＩＲＦ－５アイソフォーム５、又はＩＲＦ－５アイソフォーム６をコードするヌクレオチド配列と１つ以上の核酸が異なる。実施形態において、ＩＲＦ－５をコードするヌクレオチド配列は、１つ以上の多型（例えば、一塩基多型（ＳＮＰ）によって異なる。実施形態において、ＩＲＦ－５をコードするヌクレオチド配列は、ＩＲＦ－５アイソフォーム１、ＩＲＦ－５アイソフォーム２、ＩＲＦ－５アイソフォーム３、ＩＲＦ－５アイソフォーム４、ＩＲＦ－５アイソフォーム５、又はＩＲＦ－５アイソフォーム６をコードするヌクレオチド配列と１００％未満の配列同一性を共有する。実施形態において、ＩＲＦ－５は、ＩＲＦ－５アイソフォーム１、ＩＲＦ－５アイソフォーム２、ＩＲＦ－５アイソフォーム３、ＩＲＦ－５アイソフォーム４、ＩＲＦ－５アイソフォーム５、又はＩＲＦ－５アイソフォーム６をコードする核酸配列と少なくとも約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％同一であるヌクレオチド配列によってコードされる。実施形態において、ＩＲＦ－５は、ＩＲＦ－５アイソフォーム１、ＩＲＦ－５アイソフォーム２、ＩＲＦ－５アイソフォーム３、ＩＲＦ－５アイソフォーム４、ＩＲＦ－５アイソフォーム５、又はＩＲＦ－５アイソフォーム６をコードする核酸配列と８０％～１００％、９０％～１００％、９５％～１００％、又は９９％～１００％同一であるヌクレオチド配列によってコードされる。
ＩＲＦ－５は、炎症マクロファージ表現型に影響を及ぼすことが示されている（Ａｌｍｕｔｔａｑｉ ａｎｄ Ｕｄａｌｏｖａ，ＦＥＢＳＪ．（２０１８），２８６：１６２４－１６３７）。マクロファージは、Ｍ１（古典的活性化マクロファージ）又はＭ２（代替的活性化マクロファージ）として分類することができ、組織微小環境に応じて互いに変換することができる。交互に活性化されるマクロファージには３つのクラス（Ｍ２ａ、Ｍ２ｂ及びＭ２ｃ）がある。正常組織では、Ｍ２マクロファージに対するＭ１マクロファージの比は高度に調節されている。Ｍ１マクロファージとＭ２マクロファージとの間の不均衡は、喘息、慢性肺疾患、アテローム性動脈硬化症、又は関節リウマチにおける破骨細胞形成などの病態をもたらし得る。ＩＲＦ－５は、炎症促進性Ｍ１マクロファージ分極の主要な調節因子である（ＷｅｉｓｓらＭｅｄｉａｔｏｒｓ ｏｆ Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ（２０１３）Ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１５５／２０１３／２４５８０４）。
）。ナイーブ単球又は動員マクロファージのＴｈ１サイトカインＩＦＮ－γ、ＴＮＦ、又はＬＰＳへの曝露は、ＴＮＦ、ＩＬ－１β、ＩＬ－６、ＩＬ－１２、ＩＬ－２３などの炎症促進性サイトカインを分泌するＭ１発生を促進し、Ｔｈ１リンパ球の発生を促進する。ＩＬ－４及びＩＬ－１３への単球の曝露は、Ｔｈ２細胞、好酸球、及び好塩基球の発生を促進するケモカインを発現するＭ２ａ表現型を促進する。Ｍ２ｂマクロファージは、ＬＰＳ、免疫複合体、アポトーシス細胞、及びＩＬ－１Ｒａの組み合わせによって誘導される。Ｍ２ｂマクロファージは、高レベルのＩＬ－１０、並びに炎症性サイトカインＴＮＦ及びＩＬ－６を分泌し、ｉＮＯＳを発現する。Ｍ２ｃマクロファージは、ＩＬ－１０、ＴＧＦ－β、及びグルココルチコイドの組み合わせによって誘導され、Ｔｈ２リンパ球の発生を促進するＩＬ－１０及びＴＧＦ－βを分泌する（Ｄｕｑｕｅ ａｎｄ Ｄｅｓｃｏｔｅａｕｘ．（２０１４）Ｆｒｏｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．５：４９１．Ｄｏｉ：１０．３３８９／ｆｉｍｍｕ．２０１４．００４９１）。
マクロファージにおけるＩＲＦ－５発現は、炎症性刺激によって可逆的に誘導され、マクロファージ分極に寄与する。ＩＲＦ－５は、Ｍ１マクロファージの発現を上方制御し、Ｍ２マクロファージの発現を下方制御する（Ｋｒａｕｓｇｒｕｂｅｒら、Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１０），１２（３）：２３１－２３８）。
実施形態において、炎症性疾患を治療するための方法が提供される。実施形態において、疾患は、ＩＲＦ－５の異常発現に関連する。実施形態において、疾患は、ＩＲＦ－５過剰発現に関連する。実施形態において、本方法は、ＩＲＦ－５発現を下方制御する化合物を投与することを含む。実施形態では、化合物はＡＣを含む。ＡＣは、任意のＡＣであってもよく、本明細書の他の場所で説明されるような任意のＡＣ特性を有してもよい。実施形態において、ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、標的転写物のＳＥ又はＳＲＥの少なくとも一部に結合し得る。実施形態において、ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、標的転写物のＳＥ又はＳＲＥに近接して結合し得る。実施形態では、ＡＣはＡＳＯである。実施形態において、ＡＳＯはＰＭＯである。ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、ＩＲＦ－５標的転写物の任意のスプライシングエレメント（ＳＥ）に結合し得る。
実施形態において、本方法は、ＩＲＦ－５ ｍＲＮＡ転写物中の１つ以上のエクソンのエクソンスキッピングを誘導する化合物を投与することを含む。実施形態において、本方法は、ＩＲＦ－５標的転写物中の１つ以上のエクソンのスキッピングを誘導するアンチセンス化合物（ＡＣ）を含む化合物を投与することを含む。実施形態において、ＩＲＦ－５標的転写物の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列へのＡＣのハイブリダイゼーションは、ｍＲＮＡ転写物中の１つ以上のエクソンの包含又はスキッピングをもたらす。実施形態において、１つ以上のエクソンのスキッピング又は包含は、ＩＲＦ－５標的転写物におけるフレームシフトを誘導する。実施形態において、フレームシフトは、減少した活性を有するタンパク質をコードするＩＲＦ－５標的転写物をもたらす。実施形態において、フレームシフトは、短縮又は非機能的ＩＲＦ－５をもたらす。実施形態において、フレームシフトは、ＩＲＦ－５ ｍＲＮＡ転写物における未成熟終止コドンの導入をもたらす。実施形態において、フレームシフトは、ナンセンス媒介崩壊によるＩＲＦ－５ ｍＲＮＡ転写物の分解をもたらす。実施形態において、化合物は、ヒト及び／又はマウスＩＲＦ－５のエクソン２、３、４、５、６、７、及び／又は８のうちの１つ以上のスキッピングを誘導するアンチセンス化合物（ＡＣ）を含む。実施形態において、化合物は、１つ以上のエクソンのスキッピングを誘導してＩＲＦ－５標的転写物が分解される（例えば、ナンセンス媒介減衰）か、又は活性が低下した若しくは活性がないＩＲＦ－５タンパク質に翻訳されることにつながるフレーム外フレームシフトを生じさせるＡＣを含む。実施形態において、化合物は、フレーム外フレームシフトを生じるエクソン３、４、５、及び／又は８のうちの１つ以上のスキッピングを誘導するＡＣを含む。
実施形態では、ＡＣは、表１１の配列番号１５７～１６１のいずれか１つを含む。実施形態において、ＡＣは、表１１における任意の配列の１０～２５個、１０～２０個、又は１０～１５個の連続する塩基を含む。実施形態において、配列番号３４０、３６５、３６９又はそれらの断片は、エクソン４のスキッピングを誘導して、エクソン５に未成熟終止コドンを生成する。実施形態において、配列番号３４０、３６５、３６９、又はそれらの断片は、エクソン４のエクソンスキッピングを誘導し、ＩＲＦ－５標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。実施形態では、配列番号３４０及び３６５又はその断片は、エクソン４のスキッピングを誘導して、未成熟終止コドンを生成する。実施形態では、配列番号３６６～３６８又はその断片は、エクソン５のエクソンスキッピングを誘導して、エクソン６における未成熟終止コドンをもたらす。実施形態において、配列番号３６６～３６８又はその断片は、エクソン５のエクソンスキッピングを誘導して、ＩＲＦ－５標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。
実施形態において、化合物は、１つ以上のエクソンのスキッピングを誘導して、ＩＲＦ－５標的転写物におけるインフレーム欠失を生成するＡＣを含む。実施形態において、化合物は、エクソン６及び／又は７のうちの１つ以上のスキッピングを誘導して、ＩＲＦ－５標的転写物におけるインフレーム欠失をもたらすＡＣを含む。
実施形態において、ＩＲＦ－５に関連する疾患又は障害を治療するための方法が提供される。実施形態において、疾患又は障害は、ＩＲＦ－５遺伝子変異に関連する。実施形態において、疾患又は障害は、ＩＲＦ－５遺伝子における遺伝子変異に関連する。実施形態において、ＩＲＦ－５における遺伝子変異は、ＩＲＦ－５過剰発現をもたらす。実施形態では、遺伝子突然変異は、代替アイソフォーム発現をもたらす。実施形態において、疾患又は障害は、ＩＲＦ－５過剰発現に関連する。実施形態において、疾患又は障害はＩＲＦ－５アイソフォーム発現に関連する。
実施形態では、患者における炎症、自己抗体産生、炎症細胞浸潤、コラーゲン沈着、又は炎症性サイトカイン産生を治療するための方法が提供される。
様々な疾患におけるＩＲＦ－５の関与が文献に記載されている（例えば、Ｇｒａｈａｍら，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ．（２００６），３８（５）：５５０－５；Ｒｕｅｄａら，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．（２００６），５４（１２）：３８１５－９；Ｈｅｎｒｉｑｕｅ ｄａ Ｍｏｔａ，Ｃｌｉｎ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．（２０１５），３４（９）：１４９５－５０１；Ｓｉｇｕｒｄｓｓｏｎら，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ．（２００８），１７（６）：８７２－８１；Ｐｅｎｇら，Ｎｅｐｈｒｏｌｏｇｙ（Ｃａｒｌｔｏｎ）（２０１０），１５（７）：７１０－３；Ｉｓｈｉｍｕｒａら，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１１），３１（６）：９４６－５１；Ｓｕｍｍｅｒｓら，Ｊ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．（２００８），３５（１１）：２１０６－１８；Ｎｉら，Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ（２０１９），２（５）：１８２１－１８２９；Ｄｉｄｅｂｅｒｇら，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ．（２００７），１６（２４）：３００８－１６；Ｌｉｍら，Ｊ．Ｄｉｇ．Ｄｉｓ．（２０１５），１６（４）：２０５－１６；Ｎｏｒｄａｌら，Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．（２０１２），７１（７）：１１９７－２０２；Ｒｅｂｏｒａ，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．（２０１６），５５（４）：４０８－１６；Ｚｈａｏら，Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．Ｉｎｔ．（２０１７），３７（８）：１３０３－１３１；Ｃａｒｍｏｎａら，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ（２０１３），８（１）：ｅ５４４１９；Ｆｌｅｓｃｈら，Ｔｉｓｓｕｅ Ａｎｔｉｇｅｎｓ（２０１１），７８（１）：６５－８；Ｈｅｉｊｄｅら，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．（２００７），５６（１２）：３９８９－９４；Ｈａｆｌｅｒら，Ｇｅｎｅｓ Ｉｍｍｕｎ．（２００９），１０（１）：６８－７６；Ｂａｌａｓａら，Ｅｕｒ．Ｃｙｔｏｋｉｎｅ Ｎｅｔｗ．（２０１２），２３（４）：１６６－７２；Ｂｙｒｅら，Ｍｕｃｏｓａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１７），１０（３）：７１６－７２６；Ｗａｎｇら，Ｇｅｎｅ（２０１２），１０，５０４（２）：２２０－５；Ｐｉｍｅｎｔａら，Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ（２０１５），１４（１）：３２；Ｒａｍｂｏｄら，Ｃｌｉｎ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．（２０１８），３７（１０）：２６６１－２６６５；Ｄａｖｉら，Ｊ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．（２０１１），３８（４）：７６９－７４；Ｚｉｍｍｅｒｍａｎら，Ｋｉｄｎｅｙ ３６０（２０２０），１（３）：１７９－１９０；Ｐａｎｄｅｙら，Ｍｕｃｏｓａｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１９），１２（４）：８７４－８８７；Ｍａｓｕｄａら，Ｎａｔ．Ｃｏｍｍｕｎ．（２０１４），５：３７７１；Ａｌｚａｉｄら，ＪＣＩ Ｉｎｓｉｇｈｔ（２０１６），１（２０）：ｅ８８６８９；Ｓｅｎｅｖｉｒａｎｔｅら，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ（２０１７），１３６（１２）：１１４０－１１５４；Ｃｅｖｉｋら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（２０１７），２９２（５２）：２１６７６－２１６８９；Ｓｈａｒｉｆら，Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．（２０１２），７１（７）：１１９７－１２０２；及びＹａｎｇら，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ．Ｓｕｒｇ．（２０１７），５２（１２）：１９８４－１９８８）。
実施形態において、患者におけるＩＲＦ－５発現を下方制御する方法が、本明細書に開示される化合物の１つ以上を使用して提供される。実施形態において、マクロファージにおけるＩＲＦ－５発現が低減される。実施形態において、星細胞（Ｋｕｐｆｆｅｒ ｃｅｌｌ）におけるＩＲＦ－５発現が低減される。実施形態において、胃腸管におけるＩＲＦ－５発現が低減される。実施形態において、肝臓におけるＩＲＦ－５の発現が低減される。実施形態において、肺におけるＩＲＦ－５の発現が低減される。実施形態において、腎臓におけるＩＲＦ－５の発現が低減される。実施形態において、関節におけるＩＲＦ－５の発現が低減される。実施形態において、中枢神経系におけるＩＲＦ－５の発現が低減される。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ＩＲＦ－５に関連する疾患を治療するために使用される。ＩＲＦ－５に関連する疾患の例としては、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、関節リウマチ、原発性胆汁性肝硬変、全身性硬化症、シェーグレン症候群、多発性硬化症、強皮症、間質性肺疾患（ＳＳｃ－ＩＬＤ）、多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）、慢性腎疾患（ＣＫＤ）、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝線維症、喘息、重症喘息、及びこれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、患者における炎症、肝硬変、線維症、タンパク尿、関節炎症、自己抗体産生、炎症性細胞浸潤、コラーゲン沈着、炎症性サイトカイン産生、又はそれらの組み合わせを低減するために使用される。実施形態では、本明細書に開示される化合物は、胃腸管における炎症、下痢、疼痛、倦怠感、腹部痙攣、血便、腸炎、胃腸管の上皮バリアの破壊、腸内毒素症、排便頻度の増加、肛門括約筋のしぶり腹若しくは有痛性痙攣、便秘、意図しない体重減少、又はこれらの組み合わせを低減するために使用される。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、炎症性疾患を治療するために使用される。「炎症性疾患」は、自然免疫応答又は適応免疫応答の活性化が臨床状態の顕著な原因である疾患を指す。炎症性疾患には、これらに限定されないが、尋常性座瘡、喘息、ＣＯＰＤ、自己免疫疾患、セリアック病、慢性（プラーク）前立腺炎、糸球体腎炎、過敏症、炎症性腸疾患（ＩＢＤ、クローン病、潰瘍性結腸炎）、骨盤腹膜炎、再潅流障害、リウマチ性関節炎、類肉腫症、移植片拒絶、脈管炎、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、アレルギー（１型、２型及び３型過敏性、枯草熱）、炎症性ミオパシー、全身性硬化症が含まれ、皮膚筋炎、多発性筋炎、封入体筋炎、チェディアック・東症候群、慢性肉芽腫症、ビタミンＡ欠乏症、がん（充実性腫瘍、胆嚢がん）、歯根膜炎、肉芽腫性炎（結核、ハンセン病、類肉腫症及び梅毒）、線維素性炎、化膿性炎、漿液性炎、潰瘍性炎及び虚血性心疾患、１型糖尿病、糖尿病性ネフロパシー及びこれらの組み合わせが含まれる。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、自己免疫疾患を治療するために使用される。「自己免疫疾患」は、患者の免疫系が患者自身の組織を攻撃する疾患又は障害を指す。自己免疫疾患又は障害の例には、乾癬及び皮膚炎（例えばアトピー性皮膚炎）を含む炎症性皮膚疾患などの炎症反応、全身性強皮症及び硬化症、炎症性腸疾患（クローン病及び潰瘍性大腸炎など）に関連する応答、呼吸困難症候群（成人呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ））を含む）、皮膚炎、髄膜炎、脳炎、ブドウ膜炎、大腸炎、糸球体腎炎、湿疹及び喘息などのアレルギー状態、並びにＴ細胞の浸潤及び慢性炎症応答を伴う他の状態、アテローム性動脈硬化症、白血球接着不全、関節リウマチ、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）（ループス腎炎、皮膚ループスを含むが、これらに限定されない）、全身性硬化症（強皮症）、真性糖尿病（例えば、Ｉ型真性糖尿病又はインスリン依存性糖尿病）、多発性硬化症、レイノー症候群、自己免疫性甲状腺炎、橋本甲状腺炎、アレルギー性脳脊髄炎、シェーグレン症候群、若年型糖尿病、並びに典型的には結核、類肉腫症、多発性筋炎、皮膚筋炎において見出されるサイトカイン及びＴリンパ球によって媒介される急性及び遅延型過敏に関連する免疫応答、肉芽腫症及び血管炎、原発性胆汁性肝硬変、悪性貧血（アジソン病）、自己免疫性胃炎、自己免疫性肝炎、白血球漏出を伴う疾患、中枢神経系（ＣＮＳ）炎症性障害、白斑、多臓器損傷症候群、溶血性貧血（クリオグロブリン血症又はクームズ陽性貧血を含むが、これらに限定されない）、重症筋無力症、抗原－抗体複合体媒介疾患、抗糸球体基底膜疾患、抗リン脂質抗体症候群、アレルギー性神経炎、グレーブス病、Ｌａｍｂｅｒｔ－Ｅａｔｏｎ筋無力症症候群、類天疱瘡、天疱瘡、自己免疫性多発性内分泌障害、ライター病、スティッフマン症候群、ベーチェット病、側頭動脈炎、免疫複合体腎炎、ＩｇＡ腎症、ＩｇＭ多発性神経障害、免疫性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）又は自己免疫血小板減少症、自己免疫性脳脊髄炎、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、強直性脊椎炎、肺線維症、又はそれらの組み合わせ、が挙げられるが、これに限定されない。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、全身性硬化症（強皮症）、多発性筋炎／皮膚筋炎、クローン病、潰瘍性結腸炎、リウマチ性関節炎、シェーグレン症候群、自己免疫脳脊髄炎、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、類肉腫症、ベーチェット病、重症筋無力症、ループス腎炎、炎症性大腸炎（ＩＢＤ）、強直性脊髄炎、原発性胆汁性肝硬変、結腸炎、肺線維症、抗リン脂質抗体症候群、又は乾癬などの自己免疫疾病を治療するために使用される。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、心血管疾患を治療するために使用される。実施形態では、心血管疾患は、炎症に関連する。実施形態において、心血管疾患は、全身性強皮症を含む。実施形態では、心血管疾患は、動脈瘤アンギナ、アテローム性動脈硬化症、脳血管障害（脳卒中）、脳血管疾患、うっ血性心不全、冠動脈疾患、心筋梗塞（心臓発作）、末梢血管疾患、又はそれらの組み合わせ、が挙げられるが、これに限定されない。実施形態において、心血管疾患は、アテローム性動脈硬化症を含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、胃腸疾患を治療するために使用される。実施形態において、胃腸疾患は、クローン病、原発性胆汁性肝硬変、硬化性胆管炎、潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患、シェーグレン症候群又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、泌尿器系疾患を治療するために使用される。実施形態では、泌尿器系疾患は、全身性紅斑性狼瘡、全身性強皮症、又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、遺伝性、家族性、又は先天性疾患を治療するために使用される。実施形態では、遺伝性、家族性又は先天性疾患は、クローン病、原発性胆汁性肝硬変、全身性強皮症、全身性紅斑性狼瘡、潰瘍性結腸炎、乾癬、炎症性大腸炎、又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、内分泌系疾患を治療するために使用される。実施形態では、内分泌系疾患は、甲状腺腺がん、原発性胆汁性肝硬変、硬化性胆管炎、甲状腺機能低下症、又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、細胞増殖障害を治療するために使用される。実施形態では、細胞増殖障害は、原発性胆汁性肝硬変、甲状腺腺がん、新生物、又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、免疫系疾患を治療するために使用される。実施形態では、免疫系疾患は、シェーグレン症候群、炎症性腸疾患、乾癬、筋炎、全身性強皮症、自己免疫疾患、全身性紅斑性狼瘡、関節リウマチ、クローン病、潰瘍性大腸炎、強直性脊椎炎、又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、血液疾患を治療するために使用される。実施形態において、血液疾患は、全身性紅斑性狼瘡を含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、筋骨格系又は結合組織疾患を治療するために使用される。実施形態では、筋骨格系又は結合組織疾患は、筋炎、全身性強皮症、全身性紅斑性狼瘡、リウマチ性関節炎、強直性脊髄炎、青年期特発性側弯症、又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、神経炎症性疾患を治療するために使用される。実施形態では、神経炎症性疾患又は障害は、外傷性脳傷害、急性散在性脳脊髄炎（ＡＤＥＭ）、自己免疫脳炎、急性視神経炎（ＡＯＮ）、慢性髄膜炎、抗ミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク（ＭＯＧ）病、横断性脊髄炎、視神経脊髄炎（ＮＭＯ）、アルツハイマー疾患、パーキンソン疾患、多発性硬化（ＭＳ）、又はそれらの組み合わせによる炎症を含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ウイルス、細菌、真菌、寄生生物、又はそれらの組み合わせなどの微生物による感染に起因する炎症を治療するために使用される。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、線維症に関連する疾患を治療するために使用され、これは本明細書において線維性疾患と称される。「線維症」は、例えば、損傷、刺激、又は慢性炎症による線維性結合組織の病的形成を指し、組織中の正常量を超える線維芽細胞蓄積及びコラーゲン沈着を含む。「線維性疾患」は、病的線維症に関連する疾患を指す。線維性疾患の例としては、特発性肺線維症、強皮症、皮膚の強皮症、肺の強皮症、膠原血管病（例えば、狼瘡、関節リウマチ、強皮症）、遺伝性肺線維症（例えば、ヘルマンスキー－パドラック症候群）、放射線肺臓炎、喘息、気道リモデリングを伴う喘息、化学療法誘発性肺線維症（例えば、ブレオマイシン、メトトレキサート、又はシクロホスファミド誘発性）、放射線線維症、ゴーシェ病、間質性肺疾患、腹膜後線維症、骨髄線維症、間質性又は肺血管疾患、薬物曝露に関連する線維症又は間質性肺疾患、アスベスト症、珪肺症、及び穀物曝露などの曝露に関連する間質性肺疾患、慢性過敏性肺臓炎、癒着、腸管又は腹部癒着、心線維症、腎線維症、肝硬変、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）誘発性線維症、又はそれらの組み合わせ、が挙げられるが、これに限定されない。実施形態において、線維性疾患は、非アルコール性脂肪性肝炎ＮＡＳＨを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、呼吸器疾患又は全身性皮膚硬化症などの胸部疾患を治療するために使用される。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、乾癬又は全身性強皮症などの外皮系疾患を治療するために使用される。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、シェーグレン症候群又は全身性強皮症などの視覚系の疾患を治療するために使用される。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、好酸球数、糸球体濾過量、収縮期血圧、白血球の好酸球パーセンテージ、又はそれらの組み合わせに関連する疾患を治療するために使用される。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、潰瘍性疾患又は口腔潰瘍を治療するために使用される。
炎症性腸疾患（Inflammatory Bowel Disease、ＩＢＤ）
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、胃腸（ＧＩ）管の慢性炎症を特徴とする２つの状態である、クローン病及び潰瘍性大腸炎を指す。ＩＢＤの一般的な症状としては、持続性の下痢、腹痛、直腸出血／血便、体重減少及び疲労が挙げられる。２０１５年には、米国の成人（３００万人）の推定１．３％がＩＢＤ（クローン病又は潰瘍性大腸炎のいずれか）と診断されたと報告した。ＩＢＤは、ＩＲＦ－５によって促進される腸マクロファージにおける炎症性マクロファージ表現型に関連する。
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、胃腸（ＧＩ）管の慢性炎症を特徴とする２つの状態である、クローン病及び潰瘍性大腸炎を指す。ＩＢＤの一般的な症状としては、持続性の下痢、腹痛、直腸出血／血便、体重減少及び疲労が挙げられる。２０１５年には、米国の成人（３００万人）の推定１．３％がＩＢＤ（クローン病又は潰瘍性大腸炎のいずれか）と診断されたと報告した。ＩＢＤは、ＩＲＦ－５によって促進される腸マクロファージにおける炎症性マクロファージ表現型に関連する。
関節リウマチ（Rheumatoid Arthritis、ＲＡ）
関節リウマチ（ＲＡ）は、世界中の人口の０．５％～１％が罹患している自己免疫疾患である。これは、患者の身体全体にわたって関節痛及び損傷を引き起こす。ＲＡの治療は、典型的には、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）と呼ばれる、疾患を遅延させ、関節変形を予防する薬剤、並びに関節及び組織損傷を引き起こす炎症を誘発する免疫系の部分を標的とする生物製剤（抗体）の使用を含む。ＩＲＦ－５多型は、ＲＡの危険因子として同定されている。ＩＲＦ－５レベルの低下は、疾患表現型の低下に関連する。ＴＬＲ３及びＴＬＲ７のＩＲＦ－５活性化は、炎症性サイトカイン及びケモカイン産生を促進する。
関節リウマチ（ＲＡ）は、世界中の人口の０．５％～１％が罹患している自己免疫疾患である。これは、患者の身体全体にわたって関節痛及び損傷を引き起こす。ＲＡの治療は、典型的には、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）と呼ばれる、疾患を遅延させ、関節変形を予防する薬剤、並びに関節及び組織損傷を引き起こす炎症を誘発する免疫系の部分を標的とする生物製剤（抗体）の使用を含む。ＩＲＦ－５多型は、ＲＡの危険因子として同定されている。ＩＲＦ－５レベルの低下は、疾患表現型の低下に関連する。ＴＬＲ３及びＴＬＲ７のＩＲＦ－５活性化は、炎症性サイトカイン及びケモカイン産生を促進する。
シェーグレン症候群（Sjogren's Syndrome、ＳＳ）
シェーグレン症候群（ＳＳ）は、ドライアイ及びドライマウスによって識別される免疫障害である。この状態は、しばしば、他の免疫系障害（例えば、関節リウマチ（ＲＡ）及び全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ））を伴う。この疾患は主に４０～６０歳の女性に影響を及ぼす。米国における原発性ＳＳの有病率は、１０，０００人の居住者当たり２～１０人であると推定された。ＳＳに対する既存の療法は、ドライアイ及びドライマウスの症状を治療することを含む。疾患修飾療法はない。ＩＲＦ－５ ｒｓ２００４６４０Ｔ対立遺伝子及びＣＧＧＧＧ挿入／欠失は、複数の研究においてＳＳと関連付けられている。
シェーグレン症候群（ＳＳ）は、ドライアイ及びドライマウスによって識別される免疫障害である。この状態は、しばしば、他の免疫系障害（例えば、関節リウマチ（ＲＡ）及び全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ））を伴う。この疾患は主に４０～６０歳の女性に影響を及ぼす。米国における原発性ＳＳの有病率は、１０，０００人の居住者当たり２～１０人であると推定された。ＳＳに対する既存の療法は、ドライアイ及びドライマウスの症状を治療することを含む。疾患修飾療法はない。ＩＲＦ－５ ｒｓ２００４６４０Ｔ対立遺伝子及びＣＧＧＧＧ挿入／欠失は、複数の研究においてＳＳと関連付けられている。
多発性硬化症（Multiple Sclerosis、ＭＳ）
多発性硬化症（ＭＳ）は、中枢神経系（脳及び脊髄）の消耗性疾患である。ＭＳにおいて、免疫系は、神経線維を覆う保護鞘（ミエリン）を攻撃し、患者の脳と身体との間のコミュニケーション問題を引き起こす。多発性硬化症は、感覚又は運動麻痺、視覚障害、運動失調、協調運動障害、疼痛、認知機能障害及び疲労を含む広範囲の神経症状を引き起こす。現在の推定によれば、米国では３００，０００～４００，０００人が罹患しており、世界中では２００万人を超える人が罹患している。ＭＳの治療は、一般に、コルチコステロイド及び血漿補充療法に限定される。
多発性硬化症（ＭＳ）は、中枢神経系（脳及び脊髄）の消耗性疾患である。ＭＳにおいて、免疫系は、神経線維を覆う保護鞘（ミエリン）を攻撃し、患者の脳と身体との間のコミュニケーション問題を引き起こす。多発性硬化症は、感覚又は運動麻痺、視覚障害、運動失調、協調運動障害、疼痛、認知機能障害及び疲労を含む広範囲の神経症状を引き起こす。現在の推定によれば、米国では３００，０００～４００，０００人が罹患しており、世界中では２００万人を超える人が罹患している。ＭＳの治療は、一般に、コルチコステロイド及び血漿補充療法に限定される。
２つの一塩基多型（ＳＮＰ）（ｒｓ４７２８１４２、ｒｓ３８０７３０６）、並びにＩＲＦ－５遺伝子のプロモーター及び第１イントロンに位置する５ｂｐ挿入－欠失多型は、ＭＳと強く関連している。Ｋｒｉｓｔｊａｎｓｄｏｔｔｉｒら（２００８）「インターフェロン調節因子５（ＩＲＦ－５）遺伝子変異体は、３つの異なる集団において多発性硬化症に関連する（Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｆａｃｔｏｒ ５ （ＩＲＦ－５）ｇｅｎｅ ｖａｒｉａｎｔｓ ａｒｅ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ ｉｎ ｔｈｒｅｅ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ）」、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．４５（６）：３６２－３６９。
強皮症又は全身性硬化症（ＳＳｃ）
硬皮症は、皮膚及び内臓の広範な線維症、小血管血管障害、並びに自己抗体の産生を伴う免疫調節不全に関連する慢性結合組織疾患である。Ｓｈａｒｉｆら（２０１２）「ＩＲＦ－５多型は全身性硬化症の患者における予後を予測する（ＩＲＦ－５ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｐｒｅｄｉｃｔｓ ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）」、Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．７１（７）：１１９７－１２０２。
硬皮症は、皮膚及び内臓の広範な線維症、小血管血管障害、並びに自己抗体の産生を伴う免疫調節不全に関連する慢性結合組織疾患である。Ｓｈａｒｉｆら（２０１２）「ＩＲＦ－５多型は全身性硬化症の患者における予後を予測する（ＩＲＦ－５ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｐｒｅｄｉｃｔｓ ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）」、Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．７１（７）：１１９７－１２０２。
ＩＲＦ－５変異体ｒｓ４７２８１４２は、ＳＳｃ患者のより長い生存及びより低いＩＲＦ－５転写レベルと関連しており、ＳＳｃ患者におけるより長い生存及びより軽度の間質性肺疾患（Ｉｎｔｅｒｓｔｉｔｉａｌ Ｌｕｎｇ Ｄｉｓｅａｓｅ、ＩＬＤ）を予測した。ＩＲＦ－５ ｒｓ４７２８１４２のコピーを有さない患者は、増加したＩＲＦ－５発現レベルを有し、より重度のＩＬＤ及びより短い生存を経験した。さらなる一塩基多型（ｒｓ１０４８８６３１及びｒｓ１２５３７２８４）が、全身性硬化症（ＳＳ）のゲノムワイド関連研究（ＧＷＡＳ）において同定された。Ｓｈａｒｉｆら（２０１２）「ＩＲＦ－５多型は全身性硬化症の患者における予後を予測する（ＩＲＦ－５ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｐｒｅｄｉｃｔｓ ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）」、Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ Ｄｉｓ．７１（７）：１１９７－２０２。
二重ホメオボックス４（ＤＵＸ４）遺伝子
顔面肩甲上腕型筋ジストロフィ（ＦＳＨＤ）は、遺伝性筋ジストロフィの３番目に多い形態である。これは、骨格筋における転写因子二重ホメオボックス（ＤＵＸ４）の不完全な抑制によって引き起こされる。筋原細胞におけるＤＵＸ４過剰発現は、酸化ストレスの増加、ナンセンス媒介性崩壊阻害、及び筋形成の阻害を含む様々な毒性カスケードを誘導する（Ｂｏｕｗｍａｎら，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．（２０２０），３３（５）：６３５－６４０）。
顔面肩甲上腕型筋ジストロフィ（ＦＳＨＤ）は、遺伝性筋ジストロフィの３番目に多い形態である。これは、骨格筋における転写因子二重ホメオボックス（ＤＵＸ４）の不完全な抑制によって引き起こされる。筋原細胞におけるＤＵＸ４過剰発現は、酸化ストレスの増加、ナンセンス媒介性崩壊阻害、及び筋形成の阻害を含む様々な毒性カスケードを誘導する（Ｂｏｕｗｍａｎら，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．（２０２０），３３（５）：６３５－６４０）。
ＤＵＸ４遺伝子は、Ｄ４Ｚ４として知られる領域中の第４染色体の末端付近に位置する。示された領域は、１１から１００を超える反復セグメントを含み、その各々は約３，３００ＤＮＡ塩基（３．３ｋｂ）長である。Ｄ４Ｚ４領域中の反復セグメントの各々は、ＤＵＸ４遺伝子のコピーを含む。染色体の末端に最も近いコピーはＤＵＸ４と呼ばれ、他のコピーは「ＤＵＸ４様」又はＤＵＸ４Ｌと呼ばれる。
ＤＵＸｃはまた、ＦＳＨＤにおいて上方制御されることが同定されている（Ａｎｓｓｅａｕら，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ．（２００９），４（１０）：ｅ７４８２，ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．０００７４８２）。ＤＵＸｃは、Ｄ４Ｚ４領域の４２ｋｂセントロメアにマッピングされている。ＤＵＸ４ｃは、カルボキシ末端領域を除いてＤＵＸ４と同一である４７ｋｂのタンパク質をコードする。
ＦＳＨＤは、第４染色体のサブテロメア領域に位置するＤ４Ｚ４アレイの収縮を特徴とし、ＤＵＸ４転写ファクターの異常発現及び何百もの遺伝子の誤調節をもたらす（Ｍａｒｓｏｌｌｉｅｒら、（Ｉｎｔ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｓｃｉ．（２０１８），１９，１３４７，ｄｏｉ：１０．３３９０／ｉｊｍｓ１９０５１３４７）。
ヒトＤＵＸ４遺伝子の４つの変異体が存在し、そのヌクレオチド配列は、ＮＣＢＩデータベースを通じて公的に入手可能である：変異体１（ＮＭ＿００１３０６０６８．３）、変異体２（ＮＭ＿００１２９３７９８．３）、変異体３（ＮＲ＿１３７１６７．１）、及び変異体４（ＮＭ＿００１３６３８２０．２）。ＤＵＸ４変異体１及び変異体２の両方は、全長ＤＵＸ４（ＤＵＸ４－ｆｌ）をコードする。全長ＤＵＸ４の過剰発現は、ＦＳＨＤと関連付けられている。変異体１と変異体２との間の差異は、変異体２が変異体１と比較して３’ＵＴＲにおける代替セグメントを欠くことである。ＤＵＸ４変異体３は、変異体１と比較して、異なる３’末端を含む、３’末端における複数の差異を有する。この変異体は、５’－最も予測される翻訳開始コドンの使用が転写物をナンセンス媒介性ｍＲＮＡ崩壊（ＮＭＤ）の候補にするので、非コードとして表される。変異体４は、変異体１と比較してコード領域の大部分を欠いている。得られた短縮ＤＵＸ４アイソフォーム（ＤＵＸ４－ｓ）は、アイソフォームＤＵＸ４－ｆｌと比較して、より短く別個のＣ末端を有する。ＤＵＸ４－ｓタンパク質は、細胞に対して非毒性であることが示されている。
ＤＵＸ４は、３つのエクソンを含む。エクソン１は、ＤＵＸ４タンパク質のコードエクソンであり、エクソン２及び３は非翻訳である。完全長ＤＵＸ４タンパク質は、２つのＤＮＡ結合ドメイン及びＣ末端トランス活性化ドメインを含む。ＤＵＸ４の短縮アイソフォームは、２つのタンパク質結合ドメインを含むが、Ｃ末端トランス活性化ドメインを含まない。第１エキソンは、２つの５’スプライシング部位を含む。どの５’ｓｓが使用されるかに応じて、完全長又は短縮ＤＵＸ４タンパク質をコードする転写物が産生される。全長アイソフォームを産生するために、第１のエキソンの３’末端に位置する第１の５’ｓｓが使用される。短縮アイソフォームを産生するために、エクソン１内に位置し、第１の５’ｓｓよりも転写物の５’末端に近い第２の５’ｓｓが使用される。
変異体１、２及び４は最後のエキソンを共有する。変異体１、２及び４の配列を以下に示す。
変異体１（ＤＵＸ４－ｆｌ２）：
ｃｇｃｇｃａｇｔｇｃｇｃａｃｃｃｃｇｇｃｔｇａｃｇｔｇｃａａｇｇｇａｇｃｔｃｇｃｔｇｇｃｃｔｃｔｃｔｇｔｇｃｃｃｔｔｇｔｔｃｔｔｃｃｇｔｇａａａｔｔｃｔｇｇｃｔｇａａｔｇｔｃｔｃｃｃｃｃｃａｃｃｔｔｃｃｇａｃｇｃｔｇｔｃｔａｇｇｃａａａｃｃｔｇｇａｔｔａｇａｇｔｔａｃａｔｃｔｃｃｔｇｇａｔｇａｔｔａｇｔｔｃａｇａｇａｔａｔａｔｔａａａａｔｇｃｃｃｃｃｔｃｃｃｔｇｔｇｇａｔｃｃｔ ａｔａｇ（配列番号３４１）
ｃｇｃｇｃａｇｔｇｃｇｃａｃｃｃｃｇｇｃｔｇａｃｇｔｇｃａａｇｇｇａｇｃｔｃｇｃｔｇｇｃｃｔｃｔｃｔｇｔｇｃｃｃｔｔｇｔｔｃｔｔｃｃｇｔｇａａａｔｔｃｔｇｇｃｔｇａａｔｇｔｃｔｃｃｃｃｃｃａｃｃｔｔｃｃｇａｃｇｃｔｇｔｃｔａｇｇｃａａａｃｃｔｇｇａｔｔａｇａｇｔｔａｃａｔｃｔｃｃｔｇｇａｔｇａｔｔａｇｔｔｃａｇａｇａｔａｔａｔｔａａａａｔｇｃｃｃｃｃｔｃｃｃｔｇｔｇｇａｔｃｃｔ ａｔａｇ（配列番号３４１）
変異体２（ＤＵＸ４－ｆｌ１）：
ａｃｃｔｇｃｇｃｇｃａｇｔｇｃｇｃａｃｃｃｃｇｇｃｔｇａｃｇｔｇｃａａｇｇｇａｇｃｔｃｇｃｔｇｇｃｃｔｃｔｃｔｇｔｇｃｃｃｔｔｇｔｔｃｔｔｃｃｇｔｇａａａｔｔｃｔｇｇｃｔｇａａｔｇｔｃｔｃｃｃｃｃｃａｃｃｔｔｃｃｇａｃｇｃｔｇｔｃｔａｇｇｃａａａｃｃｔｇｇａｔｔａｇａｇｔｔａｃａｔｃｔｃｃｔｇｇａｔｇａｔｔａｇｔｔｃａｇａｇａｔａｔａｔｔａａａａｔｇｃｃｃｃｃｔｃｃｃｔｇｔｇｇａｔｃｃｔａｔａｇ（配列番号３４２））
ａｃｃｔｇｃｇｃｇｃａｇｔｇｃｇｃａｃｃｃｃｇｇｃｔｇａｃｇｔｇｃａａｇｇｇａｇｃｔｃｇｃｔｇｇｃｃｔｃｔｃｔｇｔｇｃｃｃｔｔｇｔｔｃｔｔｃｃｇｔｇａａａｔｔｃｔｇｇｃｔｇａａｔｇｔｃｔｃｃｃｃｃｃａｃｃｔｔｃｃｇａｃｇｃｔｇｔｃｔａｇｇｃａａａｃｃｔｇｇａｔｔａｇａｇｔｔａｃａｔｃｔｃｃｔｇｇａｔｇａｔｔａｇｔｔｃａｇａｇａｔａｔａｔｔａａａａｔｇｃｃｃｃｃｔｃｃｃｔｇｔｇｇａｔｃｃｔａｔａｇ（配列番号３４２））
変異体４（ＤＵＸ４－ｓ）：
ａｃｃｔｇｃｇｃｇｃａｇｔｇｃｇｃａｃｃｃｃｇｇｃｔｇａｃｇｔｇｃａａｇｇｇａｇｃｔｃｇｃｔｇｇｃｃｔｃｔｃｔｇｔｇｃｃｃｔｔｇｔｔｃｔｔｃｃｇｔｇａａａｔｔｃｔｇｇｃｔｇａａｔｇｔｃｔｃｃｃｃｃｃａｃｃｔｔｃｃｇａｃｇｃｔｇｔｃｔａｇｇｃａａａｃｃｔｇｇａｔｔａｇａｇｔｔａｃａｔｃｔｃｃｔｇｇａｔｇａｔｔａｇｔｔｃａｇａｇａｔａｔａｔｔａ ａａａｔｇｃｃｃｃｃ ｔｃｃｃｔｇｔｇｇａ ｔｃｃｔａｔａｇ（配列番号３４３）
ａｃｃｔｇｃｇｃｇｃａｇｔｇｃｇｃａｃｃｃｃｇｇｃｔｇａｃｇｔｇｃａａｇｇｇａｇｃｔｃｇｃｔｇｇｃｃｔｃｔｃｔｇｔｇｃｃｃｔｔｇｔｔｃｔｔｃｃｇｔｇａａａｔｔｃｔｇｇｃｔｇａａｔｇｔｃｔｃｃｃｃｃｃａｃｃｔｔｃｃｇａｃｇｃｔｇｔｃｔａｇｇｃａａａｃｃｔｇｇａｔｔａｇａｇｔｔａｃａｔｃｔｃｃｔｇｇａｔｇａｔｔａｇｔｔｃａｇａｇａｔａｔａｔｔａ ａａａｔｇｃｃｃｃｃ ｔｃｃｃｔｇｔｇｇａ ｔｃｃｔａｔａｇ（配列番号３４３）
ＦＳＨＤは機能獲得型変異によって引き起こされるため、ＤＵＸ４及び／又はＤＵＸ４ｃ抑制は有望な治療戦略である。加えて、又は代わりに、ＤＵＸ４－ｓは非毒性であることが示されているため、ＤＵＸ４－ｓの発現を上方制御することによってＤＵＸ４－ｆｌの発現を下方制御することは、可能な治療戦略である。しかしながら、ＤＵＸ４の多数の高度に相同なコピーがヒトゲノムにおいて見出され得、Ｄ４Ｚ４反復は極めてＧＣリッチであり、ＤＵＸ４及びＤＵＸ４ｃを困難な標的にする。現時点では、ＦＳＨＤを有する患者において疾患の進行を予防又は遅延させる治療法はない（Ｂｏｕｗｍａｎら，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．（２０２０），３３（５）：６３５－６４０）。
米国特許第１０，９０７，１５７号及びカナダ特許第２９９９１９２号は、ＤＵＸ４又はＤＵＸ４ｃの発現を減少させるためのアンチセンス剤及びＲＮＡ干渉剤の使用を記載している。公開されたＰＣＴ ＵＳ２０１７／０１９４２２は、核内低分子ＲＮＡを使用して、ＤＵＸ４のエクソンスキッピングを誘導し、ＤＵＸ４－ｓの発現をもたらした。ＤＵＸ４の様々なＳＥを標的とするホスホロジアミデートモルホリノオリゴマーは、ＤＵＸ４下流遺伝子の発現を変化させることができることが実証されている（Ｍａｒｓｏｌｌｉｅｒら，Ｈｕｍａｎ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｇｅｎｅｔｉｃｓ （２０１６），２５（８），１４６８－１４７８、及びＬｕ－Ｎｇｕｙｅｎら，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ（２０２１），３０（１５）：１３９８－１４１２）。
ＤＵＸ４及び／又はＤＵＸ４ｃの発現を調節するための組成物及び方法が本明細書に提供される。実施形態において、ＦＳＨＤを治療するための化合物が提供される。実施形態において、ＤＵＸ４転写物におけるエクソンスキッピングを誘導し、ＤＵＸ４－ｓの発現をもたらすが、ＤＵＸ４－ｆｌの発現をもたらさない化合物が提供される。実施形態では、化合物は、少なくとも１つのＡＣ及び少なくとも１つのＣＰＰを含む。
実施形態では、ＡＣは、ＤＵＸ４転写物のスプライシングエレメントの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列にハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＤＵＸ４転写物の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列にハイブリダイズし、エクソンスキッピングを誘導して、ＤＵＸ４－ｓをコードする転写物を産生する。実施形態では、エクソンスキッピングは、ＤＵＸ４－ｓの発現を上方制御する。実施形態において、エクソンスキッピングは、ＤＵＸ４－ｆｌの発現を下方調節する。
実施形態において、ＤＵＸ４標的転写物の選択的スプライシングを誘導するための化合物及び方法が提供される。実施形態において、ＤＵＸ４のスプライシングを第２の５’ｓｓにシフトさせて、短縮ＤＵＸ４タンパク質をコードする転写物を産生するための化合物及び方法が提供される。実施形態では、全長ＤＵＸ４ ｍＲＮＡ転写物及び／又はタンパク質の産生を下方制御するための化合物及び方法が提供される。実施形態では、短縮ＤＵＸ４ ｍＲＮＡ転写物及び／又はタンパク質の産生を上方制御するための化合物及び方法が提供される。実施形態では、化合物は、ＡＣを含む。ＡＣは、任意のＡＣであってもよく、本明細書の他の場所で説明されるような任意のＡＣ特性を有してもよい。実施形態では、ＡＣはＡＳＯである。実施形態において、ＡＳＯはＰＭＯである。ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、ＤＵＸ４標的転写物の任意のスプライス要素に結合し得る。
実施形態において、ＡＣは、公開されたＰＣＴ ＵＳ２０１７／０１９４２２（米国特許第１１，１８０，７５５号）における核内低分子ＲＮＡの任意の部分を含む。実施形態では、ＡＣは、表１２における配列の任意の部分を含む。
実施形態では、ＡＣは、表１２の配列のいずれか１つの１０個以上、１５個以上、又は２０個以上の連続する塩基を含み得る。実施形態では、ＡＣは、表１２の配列のいずれか１つの２５個以下、２０個以下、又は１５個以下の連続する塩基を含み得る。実施形態では、ＡＣは、表１２における配列のいずれか１つの１０～２５個、１０～２０個、又は１０～１５個の連続する塩基を含み得る。実施形態において、ＡＣは、表１２中の配列のいずれか１つの１５～２５個又は１０～２０個の連続する塩基を含み得る。実施形態では、ＡＣは、表１２の配列のいずれか１つの２０～２５個の連続する塩基を含み得る。
治療方法
本開示は、本明細書に開示される化合物を投与することを含む、それを必要とする患者において疾患を治療する方法を提供する。実施形態では、疾患は、本開示で提供される疾患のいずれかである。実施形態において、疾患を治療する方法は、本明細書に開示される化合物を患者に投与し、それによって疾患を治療することを含む。実施形態において、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４に関連する疾患を治療する方法は、本明細書に開示される化合物を患者に投与し、それによって疾患を治療することを含む。
本開示は、本明細書に開示される化合物を投与することを含む、それを必要とする患者において疾患を治療する方法を提供する。実施形態では、疾患は、本開示で提供される疾患のいずれかである。実施形態において、疾患を治療する方法は、本明細書に開示される化合物を患者に投与し、それによって疾患を治療することを含む。実施形態において、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４に関連する疾患を治療する方法は、本明細書に開示される化合物を患者に投与し、それによって疾患を治療することを含む。
実施形態において、患者は、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４に関連する疾患を有するか、又は有するリスクがあると同定される。実施形態において、疾患又は障害は、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４遺伝子変異に関連する。実施形態において、疾患又は障害は、ＩＲＦ－５遺伝子、ＧＹＳ１遺伝子、又はＤＵＸ４遺伝子における遺伝子変異に関連する。実施形態では、遺伝子変異は、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４（例えば、ＤＵＸ４－ｆｌ）の過剰発現をもたらす。実施形態では、遺伝子変異は、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４の代替アイソフォームの発現をもたらす。実施形態において、疾患又は障害は、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４（例えば、ＤＵＸ４－ｆｌ）の過剰発現に関連する。
様々な実施形態において、治療とは、患者における１つ以上の症状の部分的又は完全な緩和、改善、軽減、阻害、発症の遅延、重症度及び／又は発生率の低減を指す。
実施形態において、標的タンパク質の発現を下方制御することによって疾患又は障害を治療するための方法が提供される。実施形態では、標的タンパク質の発現は、エクソンスキッピングを誘導することによって下方制御される。実施形態において、エクソンスキッピングは、標的タンパク質の発現又は活性の低下をもたらすフレームシフトを誘導する。実施形態では、エクソンスキッピングは、未成熟終止コドン及び標的転写物の分解をもたらす。実施形態では、治療は、タンパク質アイソフォームの発現の低減をもたらす。
実施形態において、治療は、それを必要とする患者におけるＩＲＦ－５の活性を調節する。実施形態において、治療は、患者の細胞におけるＩＲＦ－５の活性を調節する。実施形態において、治療は、患者の免疫細胞におけるＩＲＦ－５の活性を調節する。実施形態において、免疫細胞は、単球、リンパ球又は樹状細胞である。実施形態において、リンパ球は、Ｂリンパ球である。実施形態では、単球はマクロファージである。実施形態では、マクロファージは常在組織マクロファージである。実施形態において、マクロファージは、単球由来マクロファージである。実施形態では、マクロファージは、星細胞、糸球体内メサンギウム細胞、肺胞マクロファージ、洞組織球、ホフバウエル細胞、ミクログリア又はランゲルハンス細胞である。実施形態では、免疫細胞は、星細胞である。
実施形態では、治療は、それを必要とする患者におけるＤＵＸ４の活性を調節する。実施形態では、治療は、患者の細胞におけるＤＵＸ４の活性を調節する。実施形態では、治療は、患者の筋細胞におけるＤＵＸ４の活性を調節する。実施形態では、筋細胞は骨格筋細胞である。
実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の５％～１０％、５％～２０％、５％～３０％、５％～４０％、５％～５０％、５％～６０％、５％～７０％、５％～８０％、５％～９０％、又は５％～１００％の減少をもたらす。実施形態では、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の１０％～２０％、１０％～３０％、１０％～４０％、１０％～５０％、１０％～６０％、１０％～７０％、１０％～８０％、１０％～９０％、又は１０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の２０％～３０％、２０％～４０％、２０％～５０％、２０％～６０％、２０％～７０％、２０％～８０％、２０％～９０％、２０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の３０％～４０％、３０％～５０％、３０％～６０％、３０％～７０％、３０％～８０％、３０％～９０％、又は３０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の４０％～５０％、４０％～６０％、４０％～７０％、４０％～８０％、４０％～９０％、又は４０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の５０％～６０％、５０％～７０％、５０％～８０％、５０％～９０％、５０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の６０％～７０％、６０％～８０％、６０％～９０％、又は６０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の７０％～８０％、７０％～９０％、又は７０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の８０％～９０％、８０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の９０％～１００％の減少をもたらす。
用語「改善する」、「増加する」、「低減する」、「減少する」などは、本明細書で使用される場合、対照に対する値を示す。実施形態では、適切な対照は、本明細書に記載される治療の開始前の同じ個体における測定、又は本明細書に記載される治療の非存在下での対照個体（又は複数の対照個体）における測定などのベースライン測定である。「対照個体」は、治療される個体とほぼ同じ年齢及び／又は性別である、同じ疾患に罹患している個体である（治療される個体及び対照個体（複数可）における疾患のステージが同等であることを確実にするため）。
治療される個体（「患者」又は「対象」とも呼ばれる）は、疾患を有するか、又は疾患を発症する可能性を有する個体（胎児、乳児、小児、青年、又は成人）である。個体は、異常な遺伝子発現又は異常な遺伝子スプライシングによって媒介される疾患を有し得る。様々な実施形態において、疾患を有する個体は、疾患に罹患していない個体における正常なタンパク質発現又は活性レベルの約１～９９％未満である野生型標的タンパク質発現又は活性レベルを有し得る。実施形態において、この範囲は、正常なチミジンホスホリラーゼ発現又は活性レベルの約８０～９９％未満、約６５～８０％未満、約５０～６５％未満、約３０～５０％未満、約２５～３０％未満、約２０～２５％未満、約１５～２０％未満、約１０～１５％未満、約５～１０％未満、約１～５％未満を含むが、これらに限定されない。実施形態では、個体は、正常な野生型標的タンパク質発現又は活性レベルよりも１～５００％高い標的タンパク質発現又は活性レベルを有し得る。実施形態において、この範囲は、約１～１０％、約１０～５０％、約５０～１００％、約１００～２００％、約２００～３００％、約３００～４００％、約４００～５００％、又は約５００～１０００％より大きいことを含むが、これらに限定されない。
実施形態では、個体は、疾患と最近診断された患者である。典型的には、早期治療（診断後できるだけ早く開始する治療）は、疾患の影響を低減し、治療の利益を増加させる。
組成物及び投与方法
実施形態において、本明細書に記載される化合物の１つ以上を含む組成物が提供される。
実施形態において、本明細書に記載される化合物の１つ以上を含む組成物が提供される。
実施形態において、本開示の化合物の薬学的に許容される塩及び／又はプロドラッグが提供される。薬学的に許容される塩は、本化合物上に見出される特定の置換基に応じて、酸又は塩基を用いて調製される本開示の化合物の塩を含む。本明細書に開示される化合物が、安定な非毒性の酸性塩又は塩基性塩を形成するのに十分に塩基性又は酸性である条件下では、本化合物を塩として投与することが適切な場合がある。薬学的に許容される塩基付加塩の例としては、ナトリウム塩、カリウム塩、カルシウム塩、アンモニウム塩、又はマグネシウム塩が挙げられる。生理学的に許容される酸付加塩の例としては、塩酸、臭化水素酸、硝酸、リン酸、炭酸、硫酸や、酢酸、プロピオン酸、安息香酸、コハク酸、フマル酸、マンデル酸、シュウ酸、クエン酸、酒石酸、マロン酸、アスコルビン酸、アルファ－ケトグルタル酸、アルファ－糖リン酸、マレイン酸、トシル酸、メタンスルホン酸などの有機酸が挙げられる。したがって、本明細書に開示されるのは、塩酸塩、硝酸塩、リン酸塩、炭酸塩、重炭酸塩、硫酸塩、酢酸塩、プロピオン酸塩、安息香酸塩、コハク酸塩、フマル酸塩、マンデル酸塩、シュウ酸塩、クエン酸塩、酒石酸塩、マロン酸塩、アスコルビン酸塩、アルファ－ケトグルタル酸塩、アルファ－グリコリン酸塩、マレイン酸塩、トシル酸塩、及びメシル酸塩である。本化合物の薬学的に許容される塩は、当該分野で周知の標準的な手順を使用して（例えば、アミンのような十分に塩基性の化合物を、生理学的に許容されるアニオンを与える適切な酸と反応させることによって）得ることができる。カルボン酸のアルカリ金属（例えば、ナトリウム、カリウム又はリチウム）塩又はアルカリ土類金属（例えば、カルシウム）塩も作製することができる。
本開示の化合物及びそれらを含有する組成物のインビボ適用は、当業者に現在又は将来的に知られる任意の適切な方法及び技術によって達成することができる。例えば、本開示の化合物は、生理学的又は薬学的に許容される形態で製剤化され、例えば、経口、及び非経口投与経路などの当技術分野で公知の任意の好適な経路を介して投与され得る。本明細書で使用される場合、非経口という用語は、注射等による、皮下、皮内、静脈内、筋肉内、腹腔内、胸骨内、及び髄腔内投与を含む。本開示の化合物又は組成物の投与は、単回投与であってもよく、又は当業者によって容易に決定され得るような連続的な若しくは異なる間隔をおいたものであってもよい。
本明細書に開示される化合物及びそれらを含む組成物は、リポソーム技術、徐放性カプセル、埋め込み型ポンプ及び生分解性容器を利用して投与することもできる。これらの送達方法は、有利なことに、長期間にわたって均一な投与量を提供することができる。本化合物はまた、それらの塩誘導体形態又は結晶形態で投与され得る。
本明細書に開示される化合物は、薬学的に許容される組成物を調製するための既知の方法に従って製剤化することができる。製剤化は、周知であり、当業者が容易に入手することができるいくつかの情報源に詳細に記載されている。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ｂｙ Ｅ．Ｗ．Ｍａｒｔｉｎ（１９９５）は、本開示の方法に関連して使用され得る製剤化について記載する。一般に、本明細書に開示される化合物は、本化合物の有効な投与を容易にするために、有効量の本化合物が適切な担体と組み合わされるように製剤化することができる。使用される組成物はまた、様々な形態であり得る。これらとしては、例えば、固体、半固体、及び液体の投薬形態、例えば、錠剤、丸剤、散剤、液体溶液又は懸濁液、坐剤、注射可能及び注入可能な溶液、並びにスプレーが挙げられる。この形態は、意図される投与様式及び治療用途に依存する。本組成物はまた、当業者に公知である従来の薬学的に許容されるキャリア及び希釈剤を含み得る。本化合物と共に使用するための担体又は希釈剤の例としては、エタノール、ジメチルスルホキシド、グリセロール、アルミナ、デンプン、生理食塩水、並びに同等の担体及び希釈剤が挙げられる。所望の治療処置のためのそのような投与量の投与を可能にするために、本明細書に開示される組成物は、有利には、担体又は希釈剤を含む組成物全体の重量に基づいて、１つ以上の主題の化合物の総量を、約０．１重量％～１００重量％含むことができる。
投与に適した製剤としては、例えば、抗酸化剤、緩衝剤、静菌剤、及び製剤を対象とするレシピエントの血液と等張にする溶質を含有し得る水性滅菌注射溶液、並びに懸濁化剤及び増粘剤を含み得る水性及び非水性滅菌懸濁液が挙げられる。製剤は、単位用量又は複数用量容器、例えば、密封アンプル及びバイアルで提供することができ、使用前に滅菌液体担体（例えば、注射用水）の状態にするだけでよいフリーズドライ（凍結乾燥）状態で保存することができる。即時注射溶液及び懸濁液は、滅菌粉末、顆粒、錠剤などから調製することができる。先に特に言及した成分に加えて、本明細書に開示される組成物は、問題の製剤の種類を考慮して、当技術分野で標準的な他の薬剤を含み得ることを理解されたい。
本明細書に開示される化合物、及びそれらを含む組成物は、細胞との直接接触、又は担体手段のいずれかを介して細胞に送達され得る。化合物及び組成物を細胞に送達するための担体手段は、当該分野で公知であり、例えば、リポソーム部分中に組成物をカプセル化することを含む。本明細書に開示される化合物及び組成物を細胞に送達するための別の手段は、標的細胞への送達のために標的化されるタンパク質又は核酸に化合物を結合させることを含み得る。米国特許第６，９６０，６４８号及び米国特許出願公開第２００３００３２５９４号及び同第２００２０１２０１００号は、別の組成物に結合させることができ、その組成物が生体膜を横切って移行することを可能にするアミノ酸配列を開示している。米国特許出願公開第２００２００３５２４３号にはまた、細胞内送達のために細胞膜を横切って生物学的部分を輸送するための組成物が記載されている。化合物はポリマーに組み込むこともでき、その例としては、頭蓋内腫瘍用のポリ（Ｄ－Ｌラクチド－コ－グリコリド）ポリマー、ポリ［ビス（ｐ－カルボキシフェノキシ）プロパン：２０：８０のモル比のポリ［ビス（ｐ－カルボキシフェノキシ）プロパン：セバシン酸］（ＧＬＩＡＤＥＬにおいて使用される）、コンドロイチン、キチン、及びキトサンが挙げられる。
本明細書に開示される化合物及び組成物は、その薬学的に許容される塩又はプロドラッグを含めて、注入又は注射によって静脈内、筋肉内、又は腹腔内に投与することができる。活性薬剤又はその塩の溶液は、水中で調製することができ、任意選択で、非毒性界面活性剤と混合することができる。分散液はまた、グリセロール、液体ポリエチレングリコール、トリアセチン、及びそれらの混合物中、並びに油中で調製することができる。保存及び使用の通常の条件下で、これらの調製物は、微生物の増殖を防止するために保存剤を含有し得る。
注射又は注入に適した医薬剤形は、活性成分を含む滅菌水溶液若しくは分散液又は滅菌粉末を含み得、これらは、滅菌注射用又は注入用の溶液又は分散液の即時調製に適合され、任意選択でリポソーム中にカプセル化される。最終的な剤形は、滅菌され、流動性であり、製造及び貯蔵の条件下で安定であるべきである。液体担体又はビヒクルは、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコールなど）、植物油、非毒性グリセリルエステル、及びそれらの適切な混合物を含む溶媒又は液体分散媒であり得る。適切な流動性は、例えば、リポソームの形成によって、分散液の場合には必要な粒子サイズの維持によって、又は界面活性剤の使用によって維持することができる。任意選択で、微生物の活動の防止は、種々の他の抗菌剤及び抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサールなど）によってもたらされ得る。多くの場合、等張剤、例えば、糖、緩衝剤又は塩化ナトリウムを含むことが好適となり得る。注射用組成物の持続的吸収は、吸収を遅延させる薬剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウム及びゼラチンを含めることによってもたらされ得る。
滅菌注射用溶液は、本明細書に開示される化合物及び／又は薬剤を、必要な量で、上記に列挙される種々の他の成分と共に適切な溶媒中に組み込み、必要に応じて、その後濾過滅菌することによって調製される。滅菌注射可能溶液の調製のための滅菌粉末の場合、調製方法は、真空乾燥法及び凍結乾燥法を含み、これにより、活性成分に加えて、先に滅菌濾過された溶液中に存在する任意の更なる所望の成分の粉末が得られる。
局所投与のために、本明細書に開示される化合物及び薬剤は、液体又は固体として適用することができる。しかしながら、固体又は液体であり得る皮膚科学的に許容される担体と組み合わせて、組成物として皮膚に局所的にそれらを投与することが一般には望ましい。本明細書に開示される化合物及び薬剤及び組成物は、悪性又は良性増殖のサイズを減少させる（及び完全な除去を含み得る）ために、又は感染部位を処置するために、患者の皮膚に局所的に塗布することができる。本明細書に開示される化合物及び薬剤は、成長又は感染部位に直接塗布することができる。実施形態において、本化合物及び薬剤は、軟膏、クリーム、ローション、溶液、チンキ剤などの製剤の形で増殖又は感染部位に塗布される。
有用な固体担体としては、タルク、クレイ、微結晶セルロース、シリカ、アルミナなどの微粉固体が挙げられる。有用な液体担体としては、水、アルコール若しくはグリコール又は水－アルコール／グリコールブレンドが挙げられ、この中で、本化合物は、任意選択で非毒性界面活性剤の助けを借りて、有効なレベルで溶解又は分散され得る。香料及び追加の抗菌剤などの補助剤を添加して、所与の用途に関して特性を改良することができる。得られた液体組成物は、吸収パッドから塗布することができ、これを使用して包帯及び他の包帯を含浸させることができ、又は例えばポンプ型若しくはエアロゾル噴霧器を使用して患部に噴霧することができる。
増粘剤、例えば、合成ポリマー、脂肪酸、脂肪酸塩及びエステル、脂肪アルコール、変性セルロース又は変性鉱物材料も液体担体と共に使用して、使用者の皮膚に直接塗布するための展延性ペースト、ゲル、軟膏、石鹸などを形成することができる。
本明細書に開示される化合物及び薬剤並びに医薬組成物の有用な投与量は、それらのインビトロ活性と動物モデルにおけるインビボ活性を比較することによって決定することができる。マウス及び他の動物における有効用量をヒトに外挿する方法は、当技術分野で公知である。
本組成物の投与のための用量範囲は、症状又は障害に作用する所望の効果をもたらすのに十分な量である。投与量は、望ましくない交差反応、アナフィラキシー反応などの有害な副作用を引き起こすほど多くすべきではない。一般に、投与量は、患者の年齢、状態、性別及び疾患の程度によって異なり、当業者が決定することができる。投与量は、何らかの禁忌がある場合には個々の医師が調整することができる。投与量は変動する場合があり、１日１回以上の投与で、１日又は数日間投与することができる。
薬学的に許容される担体と組み合わせて本明細書に開示される化合物を含む医薬組成物も開示される。実施形態において、医薬組成物は、経口、局所又は非経口投与に適合される。患者、特にヒトに投与される用量は、致死毒性を伴わずに、許容可能なレベル以下の副作用又は病的状態を引き起こすことなく、妥当な時間枠にわたって患者において治療応答を達成するのに十分でなければならない。当業者は、投与量が、患者の状態（健康）、患者の体重、もしあれば併用治療の種類、治療の頻度、治療可能比、並びに病理学的状態の重症度及びステージなどの様々な因子に依存することを理解するであろう。
１つ以上の容器の中に本明細書に開示される化合物を含むキットも開示される。本開示のキットは、薬学的に許容される担体及び／又は希釈剤を任意選択で含み得る。実施形態において、キットは、本明細書に記載される１つ以上の他の構成要素、補助剤、又はアジュバントを含む。別の実施形態において、キットは、本明細書に記載される薬剤などの１つ以上の抗がん剤を含む。実施形態において、キットは、キットの化合物又は組成物を投与する方法を記載する説明書又は包装材料を含む。キットの容器は、任意の適切な材料、例えば、ガラス、プラスチック、金属などからなるものであってもよく、任意の好適なサイズ、形状、又は構成のものである。実施形態において、本明細書に開示される化合物及び／又は薬剤は、錠剤、丸剤、又は粉末形態などの固体の形でキットの中に設けられる。実施形態において、本明細書に開示される化合物及び／又は薬剤は、液体又は溶液の形でキットの中に設けられる。実施形態において、キットは、本明細書に開示される化合物及び／又は薬剤を液体又は溶液の形態で含有するアンプル又はシリンジを含む。
特定の定義
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかにそうでないことを指示しない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「組成物（a composition）」への言及は、２個以上のそのような組成物の混合物を含み、「薬剤（an agent）」への言及は、２個以上のそのような薬剤の混合物を含み、「成分（the component）」への言及は、２個以上のそのような成分の混合物を含む、などである。
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかにそうでないことを指示しない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「組成物（a composition）」への言及は、２個以上のそのような組成物の混合物を含み、「薬剤（an agent）」への言及は、２個以上のそのような薬剤の混合物を含み、「成分（the component）」への言及は、２個以上のそのような成分の混合物を含む、などである。
「約」という用語は、それが数値の直前にある場合は、ある範囲（例えば、その値のプラス又はマイナス１０％）を意味する。本開示の文脈がそうでないことを示さない限り、又はそのような解釈と矛盾しない限り、例えば、「約５０」は４５から５５を意味する場合があり、「約２５，０００」は２２，５００から２７，５００を意味する場合がある、などである。例えば、「約４９、約５０、約５５、．．．」などの数値のリストにおいて、「約５０」は、先行する値と後続の値との間の間隔の半分未満に及ぶ範囲、例えば、４９．５超～５２．５未満を意味する。更に、「約」値未満又は「約」値より大きいという語句は、本明細書で提示される「約」という用語の定義を考慮して理解されるべきである。同様に、一連の数値又は値の範囲に先行する場合の「約」という用語（例えば、「約１０、２０、３０」又は「約１０～３０」）は、それぞれ、一連の値又は範囲の終点を指す。
本明細書で使用される場合、「細胞透過性ペプチド」又は「ＣＰＰ」という用語は、カーゴ（例えば、治療部分（ＴＭ））の細胞への送達を促進するペプチドを指す。実施形態では、ＣＰＰは環状であり、「ｃＣＰＰ」と表される。実施形態において、ｃＣＰＰは、細胞の膜を透過するように治療部分を方向付けることができる。実施形態において、ｃＣＰＰは、治療部分を細胞の細胞質ゾルに送達する。実施形態では、ｃＣＰＰは、プレｍＲＮＡが位置する細胞位置にアンチセンス化合物（ＡＣ）を送達する。
本明細書で使用される場合、「エンドソーム脱出ビヒクル」（ＥＥＶ）という用語は、化学結合（すなわち、共有結合又は非共有相互作用）によってリンカー及び／又は環外ペプチド（ＥＰ）にコンジュゲートされたｃＣＰＰを指す。ＥＥＶは、式（Ｂ）のＥＥＶであり得る。
本明細書で使用される場合、「ＥＥＶコンジュゲート」という用語は、化学結合（すなわち、共有結合又は非共有相互作用）によってカーゴにコンジュゲートされた、本明細書で定義されるエンドソーム脱出ビヒクルを指す。カーゴは、ＥＥＶによって細胞内に送達され得る治療部分（例えば、オリゴヌクレオチド、ペプチド又は小分子）であり得る。ＥＥＶ－コンジュゲートは、式（Ｃ）のＥＥＶ－コンジュゲートであり得る。
本明細書で使用される場合、「環外ペプチド」（ＥＰ）及び「調節ペプチド」（ＭＰ）という用語は、本明細書で開示される環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）にコンジュゲートされ得るペプチド結合によって連結された２個以上のアミノ酸残基を指すために互換的に使用され得る。ＥＰは、本明細書に開示される環状ペプチドにコンジュゲートされた場合、本化合物の組織分布及び／又は保持を変化させ得る。典型的には、ＥＰは、少なくとも１個の正に荷電したアミノ酸残基、例えば、少なくとも１個のリジン残基及び／又は少なくとも１個のアルギニン残基を含む。ＥＰの非限定的な例は本明細書に記載されている。ＥＰは、当技術分野において「核局在化配列」（ＮＬＳ）として同定されているペプチドであり得る。核局在化配列の非限定的な例としては、その最小機能単位が７個のアミノ酸配列ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）であるＳＶ４０ウイルスのラージＴ抗原の核局在化配列、配列ＮＬＳＫＲＰＡＡＩＫＫＡＧＱＡＫＫＫＫ（配列番号５２）を有するヌクレオプラスミンバイパータイトＮＬＳ、アミノ酸配列ＰＡＡＫＲＶＫＬＤ（配列番号５３）又はＲＱＲＲＮＥＬＫＲＳＦ（配列番号５４）を有するｃ－ｍｙｃ核局在化配列、インポーチン－アルファ由来のＩＢＢドメインの配列ＲＭＲＫＦＫＮＫＧＫＤＴＡＥＬＲＲＲＲＶＥＶＳＶＥＬＲＫＡＫＫＤＥＱＩＬＫＲＲＮＶ（配列番号５０）、筋腫Ｔタンパク質の配列ＶＳＲＫＲＰＲＰ（配列番号５７）及びＰＰＫＫＡＲＥＤ（配列番号５８）、ヒトｐ５３の配列ＰＱＰＫＫＫＰＬ（配列番号５９）、マウスｃ－ａｂｌ ＩＶの配列ＳＡＬＩＫＫＫＫＫＭＡＰ（配列番号６０）、インフルエンザウイルスＮＳ１の配列ＤＲＬＲＲ（配列番号６１）及びＰＫＱＫＫＲＫ（配列番号６２）、肝炎ウイルスデルタ抗原の配列ＲＫＬＫＫＫＩＫＫＬ（配列番号４６３２）及びマウスＭｘｌタンパク質の配列ＲＥＫＫＫＦＬＫＲＲ（配列番号６４）、ヒトポリ（ＡＤＰ－リボース）ポリメラーゼの配列ＫＲＫＧＤＥＶＤＧＶＤＥＶＡＫＫＫＳＫＫ（配列番号６５）、及びステロイドホルモン受容体（ヒト）グルココルチコイドの配列ＲＫＣＬＱＡＧＭＮＬＥＡＲＫＴＫＫ（配列番号６６）、が挙げられる。国際公開第２００１／０３８５４７号には、ＮＬＳの追加の例が記載されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用される場合、「リンカー」又は「Ｌ」は、１つ以上の部分（例えば、環外ペプチド（ＥＰ）及びカーゴ、例えば、オリゴヌクレオチド、ペプチド又は小分子）を、環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）に共有結合する部分を指す。リンカーは、天然又は非天然のアミノ酸又はポリペプチドを含み得る。リンカーは、ｃＣＰＰをカーゴ部分に結合させ、それによって本明細書に開示される化合物を形成するのに適した２個以上の適切な官能基を含有する合成化合物であり得る。リンカーは、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分を含み得る。リンカーは、１つ以上のアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、リンカーを介してカーゴに共有結合され得る。
「ペプチド」、「タンパク質」、及び「ポリペプチド」という用語は、一方のアミノ酸のカルボキシル基が他方のアミノ酸のアルファアミノ基に連結した２個以上のアミノ酸を含む天然又は合成分子を指すために互換的に使用される。２個以上のアミノ酸残基は、一方のアミノ酸のカルボキシル基によってαアミノ基に連結され得る。ポリペプチドの２個以上のアミノ酸は、ペプチド結合によって連結され得る。ポリペプチドは、２個以上のアミノ酸がペプチド結合以外の結合によって共有結合しているペプチド骨格修飾を含み得る。ポリペプチドは、１つ以上の非天然アミノ酸、アミノ酸類似体、又はポリペプチドに組み込むことができる他の合成分子を含み得る。ポリペプチドという用語は、天然に存在するアミノ酸及び人工的に存在するアミノ酸を含む。ポリペプチドという用語は、例えば、約２から約１００個のアミノ酸残基を含むペプチド、並びに、約１００個を超えるアミノ酸残基又は約１０００個を超えるアミノ酸残基、例えば、限定するものではないが、抗体、酵素、受容体、可溶性タンパク質などの治療用タンパク質などのタンパク質を含む。
本明細書で使用される場合、「隣接する」という用語は、共有結合によって接続されている２個のアミノ酸を指す。例えば、以下のような代表的な環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）との関連において、例えば、
化学種の残基は、本明細書で使用する場合、特定の生成物中に存在する化学種の誘導体を指す。生成物を形成するために、化学種の少なくとも１つの原子は、生成物が化学種の誘導体又は残基を含有するように、別の部分への結合によって置き換えられる。例えば、本明細書に記載される環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）は、１つ以上のペプチド結合の形成を介してその中に組み込まれたアミノ酸（例えば、アルギニン）を有する。ｃＣＰＰに組み込まれるアミノ酸を、残基、又は単にアミノ酸と呼ぶ場合がある。したがって、アルギニン又はアルギニン残基は、
「そのプロトン化形態」という用語は、アミノ酸のプロトン化形態を指す。例えば、アルギニンの側鎖上のグアニジン基は、プロトン化されてグアニジニウム基を形成し得る。アルギニンのプロトン化形態の構造は、
本明細書で使用される場合、「キラリティ」という用語は、原子の３次元空間配置が異なる２つ以上の立体異性体を有する分子をいい、ここで、一方の立体異性体は、他方の重ね合わせることができない鏡像である。グリシンを除くアミノ酸は、カルボキシル基に隣接するキラル炭素原子を有する。「エナンチオマー」という用語は、キラルである立体異性体を指す。キラル分子は、「Ｄ」及び「Ｌ」鏡像異性体を有するアミノ酸残基であり得る。グリシンなどのキラル中心を持たない分子を「アキラル」と呼ぶ場合がある。
本明細書で使用される場合、「疎水性」という用語は、水に溶解しないか、又は水への溶解度が最小である部分を指す。一般に、中性部分及び／若しくは非極性部分、又は主に中性及び／若しくは非極性である部分は疎水性である。疎水性は、本明細書において開示される方法のうちの１つを用いて測定することができる。
本明細書で使用される場合、「芳香族」は、４ｎ＋２個のπ電子を有する不飽和環状分子を指し、式中、ｎは任意の整数である。「非芳香族」という用語は、芳香族の定義に含まれない任意の不飽和環状分子を指す。
「アルキル」、「アルキル鎖」又は「アルキル基」は、１から４０個の炭素原子を有し、単結合によって分子の残りの部分に結合している、完全飽和の直鎖又は分岐鎖炭化水素鎖ラジカルを指す。１から４０個の任意の数の炭素原子を含むアルキルが含まれる。４０個までの炭素原子を含むアルキルはＣ１～Ｃ４０アルキルであり、１０個までの炭素原子を含むアルキルはＣ１～Ｃ１０アルキルであり、６個までの炭素原子を含むアルキルはＣ１～Ｃ６アルキルであり、５個までの炭素原子を含むアルキルはＣ１～Ｃ５アルキルである。Ｃ１～Ｃ５アルキルは、Ｃ５アルキル、Ｃ４アルキル、Ｃ３アルキル、Ｃ２アルキル及びＣ１アルキル（すなわち、メチル）を含む。Ｃ１～Ｃ６アルキルは、Ｃ１～Ｃ５アルキルについて上記した全ての部分を含むが、Ｃ６アルキルも含む。Ｃ１～Ｃ１０アルキルは、Ｃ１～Ｃ５アルキル及びＣ１～Ｃ６アルキルについて上記した全ての部分を含むが、Ｃ７、Ｃ８、Ｃ９及びＣ１０アルキルも含む。同様に、Ｃ１～Ｃ１２アルキルは、前述した全ての部分を含むが、Ｃ１１及びＣ１２アルキルも含む。Ｃ１～Ｃ１２アルキルの非限定的な例としては、メチル、エチルｎ－プロピル、ｉ－プロピル、ｓｅｃ－プロピル、ｎ－ブチル、ｉ－ブチル、ｓｅｃ－ブチル、ｔ－ブチル、ｎ－ペンチル、ｔ－アミル、ｎ－ヘキシル、ｎ－ヘプチル、ｎ－オクチル、ｎ－ノニル、ｎ－デシル、ｎ－ウンデシル、及びｎ－ドデシルが挙げられる。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルキル基は任意選択で置換され得る。
「アルキレン」、「アルキレン鎖」又は「アルキレン基」は、１から４０個の炭素原子を有する、完全飽和の、直鎖又は分岐鎖の二価炭化水素鎖ラジカルを指す。Ｃ２～Ｃ４０アルキレンの非限定的な例としては、ブチレンエチレン、プロピレン、ｎ－ブチレン、エテニレン、プロペニレン、ｎ－ブテニレン、プロピニレン、ｎ－ブチニレンなどが挙げられる。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルキレン鎖は、任意選択で置換され得る。
「アルケニル」、「アルケニル鎖」又は「アルケニル基」は、２から４０個の炭素原子を有し、１つ以上の炭素－炭素二重結合を有する直鎖又は分枝鎖の炭化水素鎖ラジカルを指す。各アルケニル基は、単結合によって分子の残りに結合している。２から４０個の任意の数の炭素原子を含むアルケニル基が含まれる。４０個までの炭素原子を含むアルケニル基はＣ２～Ｃ４０アルケニルであり、１０個までの炭素原子を含むアルケニルはＣ２～Ｃ１０アルケニルであり、６個までの炭素原子を含むアルケニル基はＣ２～Ｃ６アルケニルであり、５個までの炭素原子を含むアルケニルはＣ２～Ｃ５アルケニルである。Ｃ２～Ｃ５アルケニルは、Ｃ５アルケニル、Ｃ４アルケニル、Ｃ３アルケニル、及びＣ２アルケニルを含む。Ｃ２～Ｃ６アルケニルは、Ｃ２～Ｃ５アルケニルについて上記した全ての部分を含むが、Ｃ６アルケニルも含む。Ｃ２～Ｃ１０アルケニルは、Ｃ２～Ｃ５アルケニル及びＣ２～Ｃ６アルケニルについて上記した全ての部分を含むが、Ｃ７、Ｃ８、Ｃ９及びＣ１０アルケニルも含む。同様に、Ｃ２～Ｃ１２アルケニルは、前述した全ての部分を含むが、Ｃ１１及びＣ１２アルケニルも含む。Ｃ２～Ｃ１２アルケニルの非限定的な例としては、エテニル（ビニル）、１－プロペニル、２－プロペニル（アリル）、イソ－プロペニル、２－メチル－１－プロペニル、１－ブテニル、２－ブテニル、３－ブテニル、１－ペンテニル、２－ペンテニル、３－ペンテニル、４－ペンテニル、１－ヘキセニル、２－ヘキセニル、３－ヘキセニル、４－ヘキセニル、５－ヘキセニル、１－ヘプテニル、２－ヘプテニル、３－ヘプテニル、４－ヘプテニル、５－ヘプテニル、６－ヘプテニル、１－オクテニル、２－オクテニル、３－オクテニル、４－オクテニル、５－オクテニル、６－オクテニル、７－オクテニル、１－ノネニル、２－ノネニル、３－ノネニル、４－ノネニル、５－ノネニル、６－ノネニル、７－ノネニル、８－ノネニル、１－デセニル、２－デセニル、３－デセニル、４－デセニル、５－デセニル、６－デセニル、７－デセニル、８－デセニル、９－デセニル、１－ウンデセニル、２－ウンデセニル、３－ウンデセニル、４－ウンデセニル、５－デセニル、６－ウンデセニル、７－ウンデセニル、８－ウンデセニル、９－ウンデセニル、１０－ウンデセニル、１－ドデセニル、２－ドデセニル、３－ドデセニル、４－ドデセニル、５－ドデセニル、６－ドデセニル、７－ドデセニル、８－ドデセニル、９－ドデセニル、１０－ドデセニル及び１１－ドデセニルが挙げられる。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルキル基は任意選択で置換され得る。
「アルケニレン」、「アルケニレン鎖」又は「アルケニレン基」は、２から４０個の炭素原子を有し、１つ以上の炭素－炭素二重結合を有する、直鎖又は分岐鎖の二価炭化水素鎖ラジカルを指す。Ｃ２～Ｃ４０アルケニレンの非限定的な例としては、エテン、プロペン、ブテンなどが挙げられる。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルケニレン鎖は任意選択であり得る。
「アルコキシ」又は「アルコキシ基」は、－ＯＲ基を指し、式中、Ｒは、本明細書で定義されるアルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、又はヘテロシクリルである。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルコキシ基は、任意選択で置換され得る。
「アシル」又は「アシル基」は、－Ｃ（Ｏ）Ｒ基を指し、式中、Ｒは、本明細書で定義される水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、又はヘテロシクリルである。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アシルは、任意選択で置換され得る。
「アルキルカルバモイル」又は「アルキルカルバモイル基」は、－Ｏ－Ｃ（Ｏ）－ＮＲａＲｂ基を指し、式中、Ｒａ及びＲｂは、同じか又は異なり、独立して、本明細書で定義されるアルキル、アルケニル、アルケニル、アリール、ヘテロアリールであるか、あるいはＲａＲｂは、一緒になって、本明細書で定義されるシクロアルキル基又はヘテロシクリル基を形成し得る。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルキルカルバモイル基は、任意選択で置換され得る。
「アルキルカルボキサミジル」又は「アルキルカルボキサミジル基」は、－Ｃ（Ｏ）－ＮＲａＲｂ基を指し、式中、Ｒａ及びＲｂは、同じか又は異なり、独立して、本明細書で定義されるアルキル基、アルケニル基、アルケニル基、アリール基、ヘテロアリール基、シクロアルキル基、シクロアルケニル基、シクロアルキニル基、又はヘテロシクリル基であるか、又はＲａＲｂは一緒になって、本明細書で定義されるシクロアルキル基を形成することができる。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルキルカルボキサミジル基は、任意選択で置換され得る。
「アリール」は、水素、６から１８個の炭素原子及び少なくとも１個の芳香環を含む炭化水素環系ラジカルを指す。本発明においては、アリールラジカルは、単環式、二環式、三環式又は四環式環系であり得、これは、縮合環系又は架橋環系を含み得る。アリールラジカルとしては、アセアントリレン、アセナフチレン、アセフェナントリレン、アントラセン、アズレン、ベンゼン、クリセン、フルオランテン、フルオレン、ａｓ－インダセン、ｓ－インダセン、インダン、インデン、ナフタレン、フェナレン、フェナントレン、プレイアデン、ピレン、及びトリフェニレンから誘導されるアリールラジカルが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、「アリール」という用語は、任意選択で置換されているアリールラジカルを含むことを意味する。
「ヘテロアリール」は、水素原子、１から１３個の炭素原子、窒素、酸素及び硫黄から選択される１から６個のヘテロ原子、並びに少なくとも１個の芳香環を含む５から２０員環系ラジカルを指す。本発明においては、ヘテロアリールラジカルは、単環式、二環式、三環式又は四環式環系であり得、これは、縮合環系又は架橋環系を含み得、ヘテロアリールラジカル中の窒素原子、炭素原子又は硫黄原子は、任意選択で酸化され得る。窒素原子は任意選択で四級化され得る。例としては、限定するものではないが、アゼピニル、アクリジニル、ベンズイミダゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンズインドリル、ベンゾジオキソリル、ベンゾフラニル、ベンゾオキサゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾチアジアゾリル、ベンゾ［ｂ］［１，４］ジオキセピニル、１，４－ベンゾジオキサニル、ベンゾナフトフラニル、ベンゾオキサゾリル、ベンゾジオキソリル、ベンゾジオキシニル、ベンゾピラニル、ベンゾピラノニル、ベンゾフラニル、ベンゾフラノニル、ベンゾチエニル（ベンゾチオフェニル）、ベンゾトリアゾリル、ベンゾ［４，６］イミダゾ［１，２－ａ］ピリジニル、カルバゾリル、シンノリニル、ジベンゾフラニル、ジベンゾチオフェニル、フラニル、フラノニル、イソチアゾリル、イミダゾリル、インダゾリル、インドリル、インダゾリル、イソインドリル、インドリニル、イソインドリニル、イソキノリル、インドリジニル、イソオキサゾリル、ナフチリジニル、オキサジアゾリル、２－オキソアゼピニル、オキサゾリル、オキシラニル、１－オキシドピリジニル、１－オキシドピリミジニル、１－オキシドピラジニル、１－オキシドピリダジニル、１－フェニル－１Ｈ－ピロリル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、フタラジニル、プテリジニル、プリニル、ピロリル、ピラゾリル、ピリジニル、ピラジニル、ピリミジニル、ピリダジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、キノリニル、キヌクリジニル、イソキノリニル、テトラヒドロキノリニル、チアゾリル、チアジアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、トリアジニル、及びチオフェニル（すなわちチエニル）が挙げられる。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、ヘテロアリール基は、任意選択で置換され得る。
本明細書で使用される「置換された」という用語は、上記の基（すなわち、アルキル、アルケニル、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリール、アルコキシ、アリールオキシ、アシル、アルキルカルバモイル、アルキルカルボキサミジル、アルコキシカルボニル、アルキルチオ、又はアリールチオ）のいずれかであって、いずれか少なくとも１つの原子が非水素原子、例えば、限定するものではないが、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、及びＩなどのハロゲン原子；水酸基、アルコキシ基、エステル基などの基中の酸素原子；チオール基、チオアルキル基、スルホン基、スルホニル基、スルホキシド基などの基中の硫黄原子；アミン、アミド、アルキルアミン、ジアルキルアミン、アリールアミン、アルキルアリールアミン、ジアリールアミン、Ｎ－オキシド、イミド、及びエナミンなどの基中の窒素原子；トリアルキルシリル基、ジアルキルアリールシリル基、アルキルジアリールシリル基、及びトリアリールシリル基などの基中のケイ素原子；並びに様々な他の基中の他のヘテロ原子によって置き換えられている基を意味する。「置換された」はまた、１つ以上の原子が、オキソ、カルボニル、カルボキシル、及びエステル基中の酸素、並びにイミン、オキシム、ヒドラゾン、及びニトリルなどの基中の窒素などのヘテロ原子への高次結合（例えば、二重又は三重結合）によって置き換えられている上記の基のいずれかを意味する。例えば、「置換された」は、１つ以上の原子が－ＮＲｇＲｈ、－ＮＲｇＣ（＝Ｏ）Ｒｈ、－ＮＲｇＣ（＝Ｏ）ＮＲｇＲｈ、－ＮＲｇＣ（＝Ｏ）ＯＲｈ、－ＮＲｇＳＯ２Ｒｈ、－ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲｇＲｈ、－ＯＲｇ、－ＳＲｇ－ＳＯＲｇ、－ＳＯ２Ｒｇ、－ＯＳＯ２Ｒｇ、－ＳＯ２ＯＲｇ、＝ＮＳＯ２Ｒｇ、及び－ＳＯ２ＮＲｇＲｈで置き換えられている上記の基のいずれかを含む。「置換されている」はまた、１つ以上の水素原子が－Ｃ（＝Ｏ）Ｒｇ、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｇ、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＲｇＲｈ、－ＣＨ２ＳＯ２Ｒｇ、－ＣＨ２ＳＯ２ＮＲｇＲｈで置き換えられている上記の基のいずれかを意味する。上記において、Ｒｇ及びＲｈは、同じか又は異なり、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルアミノ、チオアルキル、アリール、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、シクロアルキルアルキル、ハロアルキル、ハロアルケニル、ハロアルキニル、ヘテロシクリル、Ｎ－ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリール、Ｎ－ヘテロアリール及び／又はヘテロアリールアルキルである。「置換された」は更に、１個以上の原子がアミノ、シアノ、ヒドロキシル、イミノ、ニトロ、オキソ、チオキソ、ハロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルアミノ、チオアルキル、アリール、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、シクロアルキルアルキル、ハロアルキル、ハロアルケニル、ハロアルキニル、ヘテロシクリル、Ｎ－ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリール、Ｎ－ヘテロアリール及び／又はヘテロアリールアルキル基によって置き換えられている上記の基のいずれかを意味する。「置換された」はまた、側鎖上の１つ以上の原子が、アルキル、アルケニル、アルキニル、アシル、アルキルカルボキサミジル、アルコキシカルボニル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール、又はヘテロアリールによって置換されているアミノ酸を意味し得る。更に、前述の置換基の各々はまた、任意選択で１つ以上の上記置換基で置換され得る。
本明細書で使用される場合、記号
本明細書で使用される場合、「対象」とは、個体を意味する。したがって、「対象」は、飼育動物（例えば、ネコ、イヌなど）、家畜（例えば、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギなど）、実験動物（例えば、マウス、ウサギ、ラット、モルモットなど）、及び鳥類を含み得る。「対象」はまた、哺乳動物（例えば、霊長類又はヒト）を含み得る。したがって、対象は、ヒト又は獣医学的患者であり得る。「患者」という用語は、臨床医、例えば、内科医の治療を受けている対象を指す。
「阻害する」という用語は、活性、応答、状態、疾患、又は他の生物学的パラメータの減少を指す。これには、活性、応答、状態、又は疾患の完全な除去が含まれ得るが、これらに限定されない。これはまた、例えば、天然又は対照レベルと比較して、活性、応答、状態、又は疾患の１０％の低減を含み得る。したがって、この低減は、天然又は対照レベルと比較して、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００％、又はその間の任意の量の低減であり得る。
「低減する」又はこの単語の他の形態、例えば、「低減すること」若しくは「低減」は、ある事象又は特徴（例えば、腫瘍増殖）の低減を意味する。これは、典型的には、何らかの標準値又は期待値に関連しており、言い換えれば、それは相対的なものであり、ただし、標準値又は相対値が参照されることは必ずしも必要ではないことが理解される。例えば、「腫瘍増殖を低減する」は、標準又は対照（例えば、未処置腫瘍）と比較して腫瘍の増殖速度を低減することを意味する。
「治療」という用語は、疾患、病的状態、又は障害を治癒、改善、安定化、又は予防する意図を有する患者の医学的管理を指す。この用語は、積極的治療、すなわち、疾患、病的状態、又は障害の改善を具体的に目指す治療を含み、原因治療、すなわち、関連する疾患、病的状態、又は障害の原因の除去を目指す治療も含む。加えて、この用語は、対症療法、すなわち、疾患、病的状態、又は障害の治癒ではなく症状の軽減のために設計された治療、予防的治療、すなわち、関連する疾患、病理学的状態、又は障害の発症を最小限に抑えるか、又は部分的若しくは完全に阻害することを対象とする治療、及び補助的治療、すなわち、関連する疾患、病理学的状態、又は障害の改善を対象とする別の特定の療法を補うために用いられる治療、を含む。
「治療上有効な」という用語は、使用される組成物の量が、疾患又は障害の１つ以上の原因又は症状を改善するのに十分な量であることを指す。このような改善は、低減又は変化のみを必要とし、必ずしも排除を必要としない。
「薬学的に許容される」という用語は、健全な医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激、アレルギー反応、又は合理的な利益／リスク比に見合った他の問題若しくは合併症を伴うことなく、ヒト及び動物の組織と接触させて使用するのに適した化合物、材料、組成物、及び／又は剤形を指す。
「担体」という用語は、化合物又は組成物と組み合わせた場合に、その意図される使用又は目的に関して、その化合物又は組成物の調製、貯蔵、投与、送達、有効性、選択性、又は任意の他の特徴を補助又は促進する化合物、組成物、物質、又は構造を意味する。例えば、担体は、有効成分の分解を最小限に抑え、対象における有害な副作用を最小限に抑えるように選択することができる。
本明細書中で使用される場合、用語「薬学的に受容可能なキャリア」とは、患者への投与に適切なキャリアをいう。「薬学的に許容される担体」という用語は、滅菌水性又は非水性の溶液、分散液、懸濁液又はエマルジョン、並びに使用直前に滅菌注射溶液又は分散液に再構成するための滅菌粉末であり得る。適切な水性及び非水性担体、希釈剤、溶媒又はビヒクルの例としては、水、エタノール、ポリオール（グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなど）、カルボキシメチルセルロース及びそれらの適切な混合物、植物油（オリーブ油など）、並びにオレイン酸エチルなどの注射用有機エステルが挙げられる。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティング材料の使用によって、分散液の場合には必要な粒径の維持によって、また界面活性剤の使用によって維持することができる。これらの組成物は、保存剤、湿潤剤、乳化剤及び分散剤などのアジュバントを含有することもできる。微生物の活動は、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸などの様々な抗菌剤及び抗真菌剤を含めることによって確実に防止することができる。等張剤、例えば、糖、塩化ナトリウムなどを含むことも望ましい。注射用製剤は、例えば、細菌保持フィルターを通す濾過によって、又は使用直前に滅菌水若しくは他の滅菌注射用媒体に溶解若しくは分散させることができる滅菌固体組成物の形態で滅菌剤を組み込むことによって滅菌することができる。適切な不活性担体は、ラクトースなどの糖を含むことができる。
「薬学的に許容される塩」という用語は、塩基として機能する活性化合物を無機酸又は有機酸と反応させて塩、例えば、塩酸、硫酸、リン酸、メタンスルホン酸、カンファースルホン酸、シュウ酸、マレイン酸、コハク酸、クエン酸、ギ酸、臭化水素酸、安息香酸、酒石酸、フマル酸、サリチル酸、マンデル酸、炭酸などの塩を形成することによって得られるものを含む。当業者であれば、酸付加塩は化合物の適切な無機酸又は有機酸との公知の方法のうちの任意のものによる反応によって調整し得ることをさらに理解するであろう。「薬学的に許容される塩」という用語はまた、酸として機能する活性化合物を無機又は有機塩基と反応させて塩を形成することによって得られるもの、例えばエチレンジアミン、Ｎ－メチル－グルカミン、リジン、アルギニン、オルニチン、コリン、Ｎ，Ｎ’－ジベンジルエチレンジアミン、クロロプロカイン、ジエタノールアミン、プロカイン、Ｎ－ベンジルフェネチルアミン、ジエチルアミン、ピペラジン、トリス－（ヒドロキシメチル）－アミノメタン、水酸化テトラメチルアンモニウム、トリエチルアミン、ジベンジルアミン、エフェナミン、デヒドロアビエチルアミン、Ｎ－エチルピペリジン、ベンジルアミン、テトラメチルアンモニウム、テトラエチルアンモニウム、メチルアミン、ジメチルアミン、トリメチルアミン、エチルアミン、塩基性アミノ酸などの塩を含む。無機塩又は金属塩の非限定的な例としては、リチウム塩、ナトリウム塩、カルシウム塩、カリウム塩、マグネシウム塩などが挙げられる。
本明細書で使用される場合、「非経口投与」という用語は、注射又は注入による投与を指す。非経口投与としては、皮下投与、静脈内投与、又は筋肉内投与が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「皮下投与」という用語は、皮膚直下への投与を指す。「静脈内投与」とは、静脈への投与を意味する。
本明細書で使用される場合、「用量」という用語は、単回投与で提供される医薬品の特定の量を指す。実施形態では、用量は、２回以上のボーラス、錠剤、又は注射で投与され得る。皮下投与が所望される実施形態において、所望の用量は、単回注射によって容易に適応されない体積を必要とする。そのような実施形態では、２回以上の注射を使用して、所望の用量を達成することができる。実施形態において、用量は、患者内の注射部位反応を減少させるために２回以上の注射で投与され得る。
本明細書で使用される場合、「投与単位」という用語は、医薬品が提供される形態を指す。実施形態において、投与単位は、凍結乾燥アンチセンスオリゴヌクレオチドを含むバイアルである。実施形態において、投与単位は、再構成されたアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むバイアルである。
「治療部分」（ＴＭ）という用語は、疾患又は障害の少なくとも１つの症状を治療するために使用することができる化合物を指し、治療用ポリペプチド、オリゴヌクレオチド、小分子、及び疾患又は障害の少なくとも１つの症状を治療するために使用することができる他の薬剤を含むことができるが、これらに限定されない。実施形態では、治療部分は、標的タンパク質の発現又は活性を調節する。実施形態では、治療部分は、スプライシングを調節する。実施形態において、治療部分は、標的ｍＲＮＡ転写物においてエクソンスキッピングを誘導する。実施形態において、治療部分は、標的タンパク質の発現又は活性を下方制御する。実施形態において、治療部分は、標的転写物におけるエクソンスキッピングを誘導することによって、標的タンパク質の発現又は活性を下方制御する。
「調節する」、「調節すること」及び「調節」という用語は、調節前の発現、機能又は活性のレベルと比較した場合の、発現、機能又は活性の摂動を指す。調節は、発現、機能又は活性の増加（刺激又は誘導）又は減少（阻害又は低減）を含み得る。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、標的タンパク質の発現、機能及び／又は活性を下方制御する治療部分（ＴＭ）を含む。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、標的タンパク質の発現、機能及び／又は活性を上方制御する治療部分を含む。
「アミノ酸」は、アミノ基及びカルボン酸基を含み、一般式
本明細書で使用される場合、「配列同一性」という用語は、同じであり、同じ相対位置にある、それぞれ２つのオリゴヌクレオチド又はポリペプチド配列間の核酸又はアミノ酸のパーセンテージを指す。そのようなものとして、１つの配列は、別の配列と比較して特定の割合の配列同一性を有する。配列比較のために、典型的には１つの配列が参照配列として作用し、それに対して試験配列が比較される。当業者は、２つの配列が、対応する位置に同一の残基を含有する場合、一般に「実質的に同一」であると考えられることを理解するであろう。実施形態では、配列間の配列同一性は、出願日の時点で存在するバージョンの、ＥＭＢＯＳＳパッケージ（ＥＭＢＯＳＳ：Ｔｈｅ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｏｐｅｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｓｕｉｔｅ，Ｒｉｃｅら，Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．（２０００），１６：２７６－２７７）のＮｅｅｄｌｅプログラムで実行される、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ－Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズム（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ，１９７０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３－４５３）を使用して決定し得る。使用されるパラメータは、１０のギャップオープンペナルティ、０．５のギャップ伸長ペナルティ、及びＥＢＬＯＳＵＭ６２（ＢＬＯＳＵＭ６２のＥＭＢＯＳＳバージョン）置換マトリックスである。「最長同一性」と標識されたＮｅｅｄｌｅの出力（－ｎｏｂｒｉｅｆオプションを使用して得られる）を同一性パーセントとして使用し、（同一残基×１００）／（アラインメントの長さ－アラインメント中のギャップの総数）のように計算する。
他の実施形態において、配列同一性は、Ｓｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを使用して、出願日の時点で存在するバージョンで決定され得る。
本明細書で使用される場合、「配列相同性」は、相同であり、同じ相対位置にある２つのポリペプチド配列間のアミノ酸のパーセンテージを指す。そのようなものとして、１つのポリペプチド配列は、別のポリペプチド配列と比較して特定の割合の配列相同性を有する。当業者によって理解されるように、２つの配列は、それらが対応する位置に相同な残基を含む場合、一般的に「実質的に相同」であるとみなされる。相同な残基は、同一の残基であり得る。あるいは、相同残基は、適切に類似した構造的及び／又は機能的特徴を有する非同一残基であり得る。例えば、当業者に周知であるように、特定のアミノ酸は、典型的には、「疎水性」若しくは「親水性」アミノ酸として、及び／又は「極性」若しくは「非極性」側鎖を有するものとして分類され、あるアミノ酸の同じタイプの別のアミノ酸への置換は、「相同」置換とみなされることが多い。
当技術分野でよく知られているように、アミノ酸配列は、出願日の時点で存在するＢＬＡＳＴＰ、ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴ、及びＰＳＩ－ＢＬＡＳＴなどの市販のコンピュータプログラムで利用可能なものを含む様々なアルゴリズムのいずれかを使用して比較することができる。このようなプログラムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，（１９９０），２１５（３）：４０３－４１０、Ａｌｔｓｃｈｕｌら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９７），２５：３３８９－３４０２、Ｂａｘｅｖａｎｉｓら，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ ｔｈｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ｗｉｌｅｙ，１９９８、及びＭｉｓｅｎｅｒら，（ｅｄｓ．），Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｖｏｌ．１３２），Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，１９９９に記載されている。相同配列を同定することに加えて、上記のプログラムは、典型的には、相同性の程度の指標を提供する。
本明細書で使用される場合、「細胞標的化部分」とは、標的細胞の表面上の分子（例えば、レセプター）に特異的に結合する分子又は高分子をいう。実施形態では、細胞表面分子は、標的細胞の表面上にのみ発現される。実施形態では、細胞表面分子は、１つ以上の非標的細胞の表面上にも存在するが、細胞表面分子発現の量は、標的細胞の表面上でより高い。細胞標的化部分の例としては、抗体、ペプチド、タンパク質、アプタマー又は小分子が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「アンチセンス化合物」及び「ＡＣ」は、それ（ＡＣ）がハイブリダイズする標的核酸分子に少なくとも部分的に相補的であるポリマー核酸構造をいうために交換可能に使用される。ＡＣは、標的配列に相補的な配列を含む短い（実施形態では、５０塩基未満）ポリヌクレオチド又はポリヌクレオチド相同体であり得る。実施形態では、ＡＣは、標的プレｍＲＮＡ鎖中の標的配列に相補的な配列を含むポリヌクレオチド又はポリヌクレオチド相同体である。ＡＣは、天然核酸、合成核酸、核酸ホモログ、又はそれらの任意の組み合わせから形成され得る。実施形態では、ＡＣはオリゴヌクレオシドを含む。実施形態では、ＡＣはアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。実施形態では、ＡＣは共役基を含む。ＡＣの非限定的な例としては、プライマー、プローブ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、外部ガイド配列（ＥＧＳ）オリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド類似体、オリゴヌクレオチド模倣体、及びこれらのキメラ組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。そのようなものとして、これらの化合物は、一本鎖、二本鎖、環状、分岐又はヘアピンの形態で導入することができ、内部又は末端バルジ又はループなどの構造要素を含むことができる。オリゴマー二本鎖化合物は、ハイブリダイズして二本鎖化合物を形成する二本鎖であってもよく、又は十分な自己相補性を有して完全若しくは部分的二本鎖化合物のハイブリダイゼーション及び形成を可能にする一本鎖であってもよい。実施形態において、ＡＣは、標的核酸の発現を調節する（増加させる、減少させる、又は変化させる）。
本明細書中で使用される場合、用語「標的化する」又は「標的化される」とは、治療部分（例えば、アンチセンス化合物）と、標的核酸分子又は標的核酸分子の領域との会合をいう。実施形態では、治療部分は、生理学的条件下で標的核酸にハイブリダイズすることができるアンチセンス化合物を含む。実施形態では、アンチセンス化合物は、標的核酸内の特定の部分又は部位、例えば、特定のエクソン若しくはイントロンなどの少なくとも１つの同定可能な構造、機能、若しくは特徴を有する標的核酸の部分、又はスプライスエレメント若しくはシス作用性スプライス調節エレメントなどのエクソン若しくはイントロン内の選択された核酸塩基若しくはモチーフを標的とする。
本明細書中で使用される場合、用語「標的核酸配列」及び「標的ヌクレオチド配列」は、治療部分（例えば、アンチセンス化合物）が結合又はハイブリダイズする核酸配列又はヌクレオチド配列をいう。標的核酸には、標的転写物の一部、標的ＲＮＡ（プレｍＲＮＡ及びｍＲＮＡ又はその一部を含むが、これらに限定されない）、そのようなＲＮＡに由来する標的ｃＤＮＡの一部、並びにｍｉＲＮＡなどの標的非翻訳ＲＮＡの一部が含まれるが、これらに限定されない。例えば、実施形態において、標的核酸は、その発現が特定の障害又は疾患状態に関連する標的細胞遺伝子（又はそのような遺伝子から転写されたｍＲＮＡ）の一部であり得る。「部分」という用語は、核酸の規定数の連続した（すなわち、連結された）ヌクレオチドを指す。
本明細書で使用される場合、「転写物」又は「遺伝子転写物」という用語は、ＤＮＡから転写されたＲＮＡ分子を指し、ｍＲＮＡ、プレｍＲＮＡ、及び部分的に処理されたＲＮＡを含むが、これらに限定されない。
「標的転写物」及び「標的ＲＮＡ」という用語は、治療部分によって結合されるプレｍＲＮＡ又はｍＲＮＡ転写物を指す。標的転写物は、標的ヌクレオチド配列を含み得る。一実施形態では、標的転写物はスプライス部位を含む。
「標的遺伝子」及び「目的の遺伝子」という用語は、発現及び／又は活性の調節が所望又は意図される遺伝子を指す。標的遺伝子は、標的ヌクレオチド配列を含む標的転写物に転写され得る。標的転写物は、目的のタンパク質に翻訳され得る。
「標的タンパク質」という用語は、標的転写物（例えば、標的ｍＲＮＡ）によってコードされるポリペプチド又はタンパク質を指す。
本明細書で使用される場合、「ｍＲＮＡ」という用語は、タンパク質をコードするＲＮＡ分子を指し、プレｍＲＮＡ及び成熟ｍＲＮＡを含む。「プレｍＲＮＡ」は、ＤＮＡ転写の直後に新たに合成された真核生物ｍＲＮＡ分子を指す。実施形態では、プレｍＲＮＡは、５’キャップでキャップされ、３’ポリＡテールで修飾され、かつ／又はスプライシングされて、成熟ｍＲＮＡ配列を生成する。実施形態において、プレｍＲＮＡは、１つ以上のイントロンを含む。一実施形態では、プレｍＲＮＡは、スプライシングとして知られるプロセスを受けて、イントロンを除去し、エクソンを結合する。実施形態において、プレｍＲＮＡは、１つ以上のスプライシングエレメント又はスプライス調節エレメントを含む。実施形態において、プレｍＲＮＡは、ポリアデニル化部位を含む。
本明細書中で使用される場合、用語「発現」、「遺伝子発現」、「遺伝子の発現」などは、遺伝子においてコードされる情報が細胞においてポリペプチド又は非コードＲＮＡのような機能的遺伝子産物に変換される全ての機能及び工程をいう。非コードＲＮＡの例としては、トランスファＲＮＡ（ｔＲＮＡ）及びリボソームＲＮＡが挙げられる。ポリペプチドの遺伝子発現には、プレｍＲＮＡを形成する遺伝子の転写、成熟ｍＲＮＡを形成するプレｍＲＮＡの処理、成熟ｍＲＮＡの核から細胞質への移行、成熟ｍＲＮＡのポリペプチドへの翻訳、及びコードされたポリペプチドのアセンブリが含まれる。発現は部分的な発現を含む。例えば、遺伝子の発現は、本明細書において、遺伝子転写物の生成と称され得る。成熟ｍＲＮＡの翻訳は、本明細書において、成熟ｍＲＮＡの発現と称され得る。
本明細書中で使用される場合、「遺伝子発現の調節」などは、遺伝子発現に関連する１つ以上のプロセスの調節をいう。例えば、遺伝子発現の改変は、遺伝子転写、ＲＮＡ処理、核から細胞質へのＲＮＡ移行、及びｍＲＮＡのタンパク質への翻訳のうちの１つ以上の改変を含み得る。
本明細書で使用される場合、「遺伝子」という用語は、遺伝子産物の発現に関連する５’プロモーター領域、並びに遺伝子産物の発現に関連する任意のイントロン及びエクソン領域並びに３’非翻訳領域（Untranslated Region、ＵＴＲ）を包含する核酸配列を指す。
「免疫細胞」という用語は、造血起源の、免疫応答において役割を果たす細胞を指す。免疫細胞としては、リンパ球（例えば、Ｂ細胞及びＴ細胞）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、及び骨髄細胞が挙げられるが、これらに限定されない。「骨髄細胞」という用語は、単球、マクロファージ及び顆粒球（例えば、好塩基球、好中球、好酸球及び肥満細胞）を含む。単球は、血液中を１～３日間循環するリンパ球であり、その後、組織に移動してマクロファージ若しくは炎症性樹状細胞に分化するか、又は死滅する。本明細書で使用される「マクロファージ」という用語は、胎児由来マクロファージ（常在組織マクロファージとも呼ばれ得る）及び血流から体内の組織に移動した単球に由来するマクロファージ（単球由来マクロファージと呼ばれ得る）を含む。マクロファージが位置する組織に依存して、マクロファージは、とりわけ、星細胞（肝臓）、糸球体内メサンギウム細胞（腎）、肺胞マクロファージ（肺）、洞組織球（リンパ節）、ホフバウエル細胞（胎盤）、ミクログリア（脳及び脊髄）、又はランゲルハンス（皮膚）と呼ばれる。
本明細書中で使用される場合、ＡＣ及びスプライス調節エレメント関して「近接する」とは、ＡＣが、例えば、５’スプライス部位（５’ｓｓ）、分岐点配列（ＢＰＳ）、ポリピリミジン（Ｐｙ）トラクト、又は３’スプライス部位（３’ｓｓ）を含むスプライス調節エレメントの約２５、約２０、約１５、約１０、約５、約４、約３、約２、又は約１ヌクレオチド以内にある核酸配列に結合することを意味する。
本明細書中で使用される場合、「スプライス調節エレメント（ＳＲＥ）」、「スプライシングエレメント（ＳＥ）」、及び「スプライスエレメント（ＳＥ）」は、交換可能に使用され、スプライシングが生じるか、又はスプライシングを促進、阻害、若しくは変更する転写物内の任意のヌクレオチド配列をいう。スプライスエレメントの例としては、末端ステムループ配列（ＴＬＳ）、分岐点配列（ＢＰＳ）、ポリピリミジン配列（Ｐｙ）、５’スプライス部位（５’ｓｓ）、３’スプライス部位（３’ｓｓ）、並びにイントロンスプライシングサイレンサ（ＩＳＳ）配列、イントロンスプライシングエンハンサ（ＩＳＥ）配列、エクソンスプライシングエンハンサ（ＥＳＥ）配列、エクソンスプライシングサイレンサ（ＥＳＳ）配列、及びエクソン／イントロン接合部を含む配列などのシス調節エレメントが挙げられる。
本明細書で使用される場合、「スプライシング」という用語は、イントロンが除去され、エクソンが連結される、転写後のプレｍＲＮＡの修飾を指す。スプライシングは、スプライセオソームと呼ばれる５つの核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）を含む大きなＲＮＡ－タンパク質複合体によって触媒される一連の反応において起こる。スプライス調節エレメントには、３’スプライス部位、５’スプライス部位及び分枝部位が含まれる。５’スプライス部位には、Ｕ１ ｓｎＲＮＰが結合し、続いてＵ６ ｓｎＲＮＰが結合する。ＲＮＡ結合タンパク質ＳＦ１は、分岐点配列に結合するが、後にＵ２ ｓｎＲＮＰによって置換される（例えば、Ｗａｒｄ ａｎｄ Ｃｏｏｐｅｒ（２０１１）「スプライシングの病理生物学（Ｔｈｅ ｐａｔｈｏｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｓｐｌｉｃｉｎｇ）」Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．２２０（２）：１５２－１６３を参照のこと）。
本明細書で使用される場合、「スプライス部位」は、プレｍＲＮＡ分子中のエクソンとイントロンとの間の接合部を指す。「潜在性スプライス部位」は、典型的には使用されないが、通常のスプライス部位がブロックされているか若しくは利用できない場合、又は突然変異によって通常は休止している部位が活性スプライス部位になる場合に使用され得るスプライス部位である。「異常スプライス部位」は、天然ＤＮＡ及びｍＲＮＡにおける突然変異から生じるスプライス部位である。「スプライス部位を標的とする」アンチセンス化合物は、ｍＲＮＡのスプライシングが調節されるように、スプライス部位を含む標的ヌクレオチド配列の少なくとも一部とハイブリダイズする化合物、又はスプライス部位に近接するイントロン若しくはエクソンとハイブリダイズする化合物を指す。標的スプライス部位は、通常のスプライス部位、潜在性スプライス部位、又は異常スプライス部位であり得る。
本明細書中で使用される場合、「スプライスドナー部位」は、用語「５’スプライス部位」と交換可能に使用され得、イントロンの５’末端でエキソン－イントロン境界を直接取り囲むヌクレオチド配列をいう。「スプライスアクセプタ部位」という用語は、「３’スプライス部位」という用語と互換的に使用することができ、イントロンの３’末端でイントロン－エクソン境界を直接取り囲む核酸配列を指す。多くのスプライスドナー及びアクセプタ部位が特徴付けられている（例えば、大島ら（１９８７年）「Ｓｉｇｎａｌｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｓｐｌｉｃｅ ｓｉｔｅ ｉｎ ｐｒｅ－ｍＲＮＡ：ｃｏｍｐｕｔｅｒ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｓｐｌｉｃｅ ｊｕｎｃｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ａｎｄ ｌｉｋｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９５：２４７－２５９（１９８７））を参照のこと）。
本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」という用語は、複数の連結されたヌクレオチド又はヌクレオシドを含むオリゴマー化合物を指す。オリゴヌクレオチドの１つ以上のヌクレオチドを修飾することができる。オリゴヌクレオチドは、リボ核酸（ＲＮＡ）又はデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を含み得る。オリゴヌクレオチドは、天然及び／又は修飾核酸塩基、糖及び共有ヌクレオシド間結合から構成され得、更に非核酸結合体を含み得る。
本明細書中で使用される場合、用語「ヌクレオシド」は、核酸塩基及び糖を含むグリコシルアミンをいう。ヌクレオシドとしては、天然ヌクレオシド、脱塩基ヌクレオシド、修飾ヌクレオシド、並びに模倣塩基及び／又は糖基を有するヌクレオシドが挙げられるが、これらに限定されない。「天然ヌクレオシド」又は「非修飾ヌクレオシド」は、天然核酸塩基及び天然糖を含むヌクレオシドである。天然ヌクレオシドには、ＲＮＡ及びＤＮＡヌクレオシドが含まれる。
本明細書で使用される場合、「天然糖」という用語は、ＲＮＡ（２’－ＯＨ）又はＤＮＡ（２’－Ｈ）におけるその天然に存在する形態から修飾されていないヌクレオシドの糖を指す。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオチド」という用語は、糖に共有結合したリン酸基を有するヌクレオシドを指す。ヌクレオチドは、種々の置換基のいずれかで修飾され得る。
本明細書で使用される場合、「核酸塩基」という用語は、ヌクレオシド又はヌクレオチドの塩基部分を指す。核酸塩基は、別の核酸の塩基に水素結合することができる任意の原子又は原子群を含んでもよい。天然核酸塩基は、ＲＮＡ又はＤＮＡ中のその天然に存在する形態から修飾されていない核酸塩基である。
本明細書で使用される場合、「複素環塩基部分」という用語は、複素環を含む核酸塩基を指す。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド間結合」は、隣接するヌクレオシド間の共有結合を指す。
本明細書で使用される場合、「天然のヌクレオシド間結合」は、３’から５’へのホスホジエステル結合を指す。
本明細書で使用される場合、「修飾ヌクレオシド間結合」という用語は、天然に存在するヌクレオシド間結合以外のヌクレオシド又はヌクレオチド間の任意の結合を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「キメラアンチセンス化合物」とは、同じオリゴマー化合物内の他の糖、核酸塩基及びヌクレオシド間結合と比較して示差的に改変される少なくとも１つの糖、核酸塩基及び／又はヌクレオシド間結合を有するアンチセンス化合物をいう。糖、核酸塩基及びヌクレオシド間結合の残りは、独立して修飾されていても修飾されていなくてもよい。一般に、キメラオリゴマー化合物は、離れた位置に存在し得るか、又は特定のモチーフを規定する領域に一緒にグループ化され得る修飾ヌクレオシドを有する。修飾及び／又は模倣基の任意の組み合わせは、本明細書に記載のキメラオリゴマー化合物を含むことができる。
本明細書で使用される場合、「混合骨格アンチセンスオリゴヌクレオチド」という用語は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、アンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの他のヌクレオシド間結合と異なるアンチセンスオリゴヌクレオチドを指す。
本明細書で使用される場合、「核酸塩基相補性」という用語は、別の核酸塩基と塩基対合することができる核酸塩基を指す。例えば、ＤＮＡでは、アデニン（Ａ）はチミン（Ｔ）に相補的である。例えば、ＲＮＡでは、アデニン（Ａ）はウラシル（Ｕ）に相補的である。実施形態では、相補的核酸塩基は、その標的核酸の核酸塩基と塩基対合することができるアンチセンス化合物の核酸塩基を指す。例えば、アンチセンス化合物のある位置の核酸塩基が、標的核酸のある位置の核酸塩基と水素結合することができる場合、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の水素結合の位置は、その核酸塩基対において相補的であると考えられる。
本明細書中で使用される場合、用語「非相補的核酸塩基」は、互いに水素結合を形成しないか、又はハイブリダイゼーションを支持しない一対の核酸塩基をいう。
本明細書で使用される場合、「相補的」という用語は、核酸塩基相補性を介して別のオリゴマー化合物又は核酸にハイブリダイズするオリゴマー化合物の能力を指す。実施形態では、各分子中の十分な数の対応する位置が、互いに結合してアンチセンス化合物と標的との間の安定な会合を可能にすることができる核酸塩基によって占められている場合、アンチセンス化合物及びその標的は互いに相補的である。当業者は、ミスマッチの包含が、オリゴマー化合物が会合し続ける能力を排除することなく可能であることを理解している。したがって、ミスマッチである（すなわち、標的の対応するヌクレオチドに相補的な核酸塩基ではない）最大約２０％のヌクレオチドを含み得るアンチセンス化合物が本明細書に記載される。実施形態では、アンチセンス化合物は、約１５％以下、例えば、約１０％以下、例えば、５％以下のミスマッチを含むか、又はミスマッチを含まない。残りのヌクレオチドは、核酸塩基相補的であるか、又はそうでなければハイブリダイゼーションを破壊しない（例えば、ユニバーサル塩基）。当業者は、本明細書において提供される化合物が、標的核酸に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％核酸塩基相補的であることを認識するであろう。
本明細書で使用される場合、「ハイブリダイゼーション」は、相補的なオリゴマー化合物（例えば、アンチセンス化合物及びその標的核酸）の対合を意味する。特定の機構に限定されないが、対合の最も一般的な機構は、相補的ヌクレオシド又はヌクレオチド塩基（核酸塩基）間の水素結合（ワトソン－クリック、フーグスティーン又は逆フーグスティーン水素結合であり得る）を含む。例えば、天然塩基アデニンは、水素結合の形成を介して対合する天然核酸塩基チミジン及びウラシルに相補的な核酸塩基である。天然塩基グアニンは、天然塩基シトシン及び５－メチルシトシンに相補的な核酸塩基である。ハイブリダイゼーションは、様々な状況下で起こり得る。
本明細書中で使用される場合、用語「特異的にハイブリダイズする」とは、オリゴマー化合物が、別の核酸部位にハイブリダイズするよりも大きな親和性で１つの核酸部位にハイブリダイズする能力をいう。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、２つ以上の標的部位に特異的にハイブリダイズする。実施形態において、オリゴマー化合物は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、その標的と特異的にハイブリダイズする。
核酸ハイブリダイゼーションの文脈における「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」及び「ストリンジェントなハイブリダイゼーション洗浄条件」は、配列依存的であり、異なる環境パラメータ下で異なる。核酸のハイブリダイゼーションに対する広範なガイドは、Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ－Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｐｒｏｂｅｓ ｐａｒｔ Ｉ ｃｈａｐｔｅｒ ２”Ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｏｆ ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｔｈｅ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｐｒｏｂｅ ａｓｓａｙｓ”Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９３）に見出される。一般に、高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション及び洗浄条件は、規定されたイオン強度及びｐＨにおける特定の配列についての熱融点（Ｔｍ）よりも約５℃低くなるように選択される。Ｔｍは、標的配列の５０％が完全にマッチしたプローブにハイブリダイズする温度（規定されたイオン強度及びｐＨ下）である。非常にストリンジェントな条件は、特定のプローブについてのＴｍに等しくなるように選択される。サザン又はノーザンブロットにおいてフィルター上に１００を超える相補的残基を有する相補的ヌクレオチド配列のハイブリダイゼーションのためのストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例は、４２℃で１ｍｇのヘパリンを含む５０％ホルムアミドであり、ハイブリダイゼーションは一晩行われる。高度にストリンジェントな洗浄条件の例は、７２℃で約１５分間の０．１５Ｍ ＮａＣｌである。ストリンジェントな洗浄条件の例は、６５℃で１５分間の０．２×ＳＳＣ洗浄である（ＳＳＣ緩衝液の説明については、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，２００１を参照のこと）。しばしば、バックグラウンドプローブシグナルを除去するために、高ストリンジェンシ洗浄の前に低ストリンジェンシ洗浄が行われる。例えば、１００ヌクレオチドを超える二本鎖についての中ストリンジェンシ洗浄の例は、４５℃で１５分間の１×ＳＳＣである。例えば、１００ヌクレオチドを超える二本鎖のための低ストリンジェンシ洗浄の例は、４０℃で１５分間の４～６×ＳＳＣである。短いプローブ（例えば、約１０～５０ヌクレオチド）について、ストリンジェントな条件は、典型的には、ｐＨ７．０～８．３で、約１．０Ｍ未満のＮａイオンの塩濃度、典型的には約０．０１～１．０ＭのＮａイオン濃度（又は他の塩）を含み、温度は、典型的には少なくとも約３０℃である。ストリンジェントな条件はまた、不安定化剤（例えば、ホルムアミド）の添加によって達成され得る。
本明細書で使用される場合、「２’－修飾」又は「２’－置換」という用語は、２’位にＨ又はＯＨ以外の置換基を含む糖を意味する。２’－修飾モノマーとしては、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ－アリル、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０アルキル、－ＯＣＦ３、Ｏ－（ＣＨ２）２－Ｏ－ＣＨ３、２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ－（ＣＨ２）２－Ｏ－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、又はＯ－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）などの２’－置換基を有するＢＮＡ及びモノマー（例えば、ヌクレオシド及びヌクレオチド）が挙げられるが、これらに限定されず、式中、各Ｒｍ及びＲｎは、独立して、Ｈ又は置換若しくは非置換Ｃ１～Ｃ１０アルキルである。
本明細書で使用される場合、「ＭＯＥ」という用語は、２’－Ｏ－メトキシエチル置換基を指す。
本明細書で使用される場合、「高親和性修飾ヌクレオチド」という用語は、修飾が、標的核酸に対する修飾ヌクレオチドを含むアンチセンス化合物の親和性を増加させるように、少なくとも１つの修飾核酸塩基、ヌクレオシド間結合又は糖部分を有するヌクレオチドを指す。高親和性修飾としては、ＢＮＡ、ＬＮＡ及び２’－ＭＯＥが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「模倣物」は、ＡＣ中の糖、核酸塩基、及び／又はヌクレオシド間結合の代わりに置換される基をいう。一般的に、模倣物は、糖又は糖・ヌクレオシド間結合の組み合わせの代わりに使用され、核酸塩基は、選択された標的へのハイブリダイゼーションのために維持される。糖模倣体の代表例としては、シクロヘキセニル又はモルホリノが挙げられるが、これらに限定されない。糖・ヌクレオシド間結合の組み合わせについての模倣物の代表的な例としては、ペプチド核酸（ＰＮＡ）及び非荷電アキラル結合によって連結されたモルホリノ基が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの例において、模倣物は、核酸塩基の代わりに使用される。代表的な核酸塩基模倣体は、当該技術分野において周知であり、三環式フェノキサジン類似体及びユニバーサル塩基（Ｂｅｒｇｅｒら，Ｎｕｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．２０００，２８：２９１１－１４、参照により本明細書に組み込まれる）を含むが、これに限定されない。糖、ヌクレオシド及び核酸塩基模倣物の合成方法は、当業者に周知である。
本明細書で使用される場合、「二環式ヌクレオシド」又は「ＢＮＡ」という用語は、ヌクレオシドのフラノース部分がフラノース環上の２個の原子を接続する架橋を含み、それによって二環式環系を形成するヌクレオシドを指す。ＢＮＡとしては、α－Ｌ－ＬＮＡ、β－Ｄ－ＬＮＡ、ＥＮＡ、オキシアミノＢＮＡ（２’－Ｏ－Ｎ（ＣＨ３）－ＣＨ２－４’）及びアミノオキシＢＮＡ（２’－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－４’）が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「４’～２’二環式ヌクレオシド」という用語は、フラノース環の２個の原子を接続する架橋がフラノース環の４’炭素原子及び２’炭素原子を架橋し、それによって二環式環系を形成するＢＮＡを指す。
本明細書で使用される場合、「ロックド核酸」又は「ＬＮＡ」は、リボシル糖環の２’－ヒドロキシル基がメチレン基を介して糖環の４’炭素原子に連結され、それによって２’－Ｃ，４’－Ｃ－オキシメチレン連結を形成するように修飾されたヌクレオチドを指す。ＬＮＡとしては、α－Ｌ－ＬＮＡ及びβ－Ｄ－ＬＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「キャップ構造」又は「末端キャップ部分」という用語は、ＡＣのいずれかの末端に組み込まれている化学修飾を指す。
本明細書中で言及される全ての刊行物、特許及び特許出願は、本発明が属する当業者の技術レベルを示す。全ての刊行物、特許及び特許出願は、各個々の刊行物又は特許出願が具体的かつ個別に参照により組み込まれることが示されているのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
実施例１．細胞透過性ペプチド－アンチセンス化合物結合体の構築
ＩＲＦ－５及び／又はＧＹＳ１に結合し、その発現を遮断するように設計された配列番号１５５～３３３及び／又は３４０のいずれか１つのアンチセンス化合物（ＡＣ）は、Ｃ６－チオール５’修飾を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）として構築される。ＤＵＸ４の非毒性アイソフォームを生成するように設計された配列番号３４４～３６４のいずれか１つのアンチセンス化合物は、Ｃ６－チオール５’修飾を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）として構築される。
ＩＲＦ－５及び／又はＧＹＳ１に結合し、その発現を遮断するように設計された配列番号１５５～３３３及び／又は３４０のいずれか１つのアンチセンス化合物（ＡＣ）は、Ｃ６－チオール５’修飾を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）として構築される。ＤＵＸ４の非毒性アイソフォームを生成するように設計された配列番号３４４～３６４のいずれか１つのアンチセンス化合物は、Ｃ６－チオール５’修飾を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）として構築される。
ＣＣＰを含むＥＥＶが処方される。細胞透過性ペプチドは、例えば、２０２１年１２月２１日にＥｎｔｒａｄａ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．によって出願された「ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ ＦＯＲ ＤＥＬＩＶＥＲＹ ＯＦ ＡＮＴＩＳＥＮＳＥ ＣＯＭＰＯＵＮＤＳ」と題する国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０／６６４５９号に記載されているように、Ｆｍｏｃ化学を使用して製剤化され、ＡＣにコンジュゲートされ、その開示は、その全体が本明細書に組み込まれる。実施形態において、ｃＣＰＰは、アミノ酸配列ＦｆΦＲｒＲｒＱ（配列番号７８）を含む。実施形態において、ＥＥＶは、配列ＫＫＫＲＫＶ（配列番号３３）を有する環外ペプチドを含む。実施形態において、ＥＥＶは、ＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ－（シクロ（ＦｆΦＲｒＲｒＱ））－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）（配列番号３３－ＰＥＧ２－Ｋ－（シクロ（配列番号７８））－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３））を含む。実施形態において、ＡＣ化合物は、クリックケミストリーを用いてＥＥＶにコンジュゲートされる。実施形態では、化合物は、ＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ－（シクロ（ＦｆΦＲｒＲｒＱ））－ＰＥＧ１２－Ｋ－リンカー－３’－ＡＣ－５’（配列番号３３－ＰＥＧ２－Ｋ－（シクロ（配列番号７８））－ＰＥＧ１２－Ｋ－リンカー－３’－ＡＣ－５’）を含み、リンカーは、アジドとシクロオクチンとの間の歪み促進クリック反応の生成物を含む。リンカーはまた、他の基（例えば、炭素鎖、ＰＥＧ鎖、カルバメート、尿素など）を含み得る。
実施例２．エクソンスキッピングによるＧＹＳ１発現のノックダウン
ＥＥＶ－ＰＭＯは、エクソン６のエクソンスキッピングを誘導するために使用され、未成熟終止コドン及びＧＹＳ１標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。使用したＥＥＶは、（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）（配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３５］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２））であった。ＰＭＯ配列は、ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣ ＴＣＡ ＣＡＴＡＣＣ ＣＡＴＡ（配列番号３２７）であった。アジド－アルキンクリックケミストリーを使用して、ＰＭＯ及びＥＥＶをコンジュゲートした。
ＥＥＶ－ＰＭＯは、エクソン６のエクソンスキッピングを誘導するために使用され、未成熟終止コドン及びＧＹＳ１標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。使用したＥＥＶは、（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）（配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３５］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２））であった。ＰＭＯ配列は、ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣ ＴＣＡ ＣＡＴＡＣＣ ＣＡＴＡ（配列番号３２７）であった。アジド－アルキンクリックケミストリーを使用して、ＰＭＯ及びＥＥＶをコンジュゲートした。
ＧＡＡ単一ノックアウトマウスと比較した場合、ＧＹＳ１／ＧＡＡ二重ノックアウトマウスは、心臓及び骨格筋におけるグリコーゲンの量の著しい減少と、リソソーム膨潤及びオートファジー構築の有意な減少を示した。これらの細胞レベルの変化は、心臓肥大の矯正、糖代謝の正常化、及び筋萎縮の矯正をもたらす。ＧＡＡの不在にもかかわらず、ＧＹＳ１の排除は重要な役割を果たし得る。ｉＧＡＡノックアウトマウス（ＧＡＡ－／－）に、１３．５ｍｇ／ｋｇのＥＥＶ－ＰＭＯ、２７ｍｇ／ｋｇのＥＥＶ－ＰＭＯ、２７ｍｇ／ｋｇのＰＭＯ、又は陰性対照（ビヒクル）のいずれかの単回ＩＶ用量を注射した。ＧＹＳ１ ｍＲＮＡ及びタンパク質レベルを注射の１週間後に測定した。ＧＹＳ１のレベルもまた、１３．５ｍｇ／ｋｇのＥＥＶ－ＰＭＯのＩＶ投与の１週間後、２週間後、４週間後、及び８週間後にアクセスした。
図７Ａ～図７Ｄは、ＥＥＶ－ＰＭＯ処置群の両方の横隔膜及び心筋における有意なノックダウンＧＹＳ１発現を示すが、ＰＭＯのみの処置群では示さない。この薬力学的結果は、これが非常に低用量で投与される単回用量実験であることを考慮すると注目に値するものであり、ＧＹＳ１がアドレッサブルな標的であることを示唆する。さらに、ＧＹＳ１タンパク質レベル及びｍＲＮＡは、心臓、横隔膜、四頭筋、及び三頭筋への注射のために８週間まで持続される（図８Ａ～図８Ｄ及び図９Ａ～図９Ｄ）。タンパク質レベルは、総タンパク質に対するものである。ｍＲＮＡレベルは、２つの対照ハウスキーピング遺伝子であるマウスβ－アクチン及びマウスＧＡＰＤＨに対して相対的である。
実施例３．エクソンスキッピングによるＩＲＦ５発現のノックダウン
４つのＥＥＶ－ＰＭＯ結合体を使用して、エキソン４のエキソンスキッピングを誘導し、未成熟終止コドンを導入して、ＩＲＦ－５標的転写物のナンセンス媒介崩壊を生じた。４つの結合体のそれぞれのＰＭＯ配列は、５’－ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ－３’（配列番号３４０）であった。使用したＥＥＶは、Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃１、１１２０）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃２、１１１３）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃４；１１８４）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；及び１１８５：Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃４，１１８５）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）であった。アミドコンジュゲーションケミストリーを使用して、ＥＥＶをＰＭＯにコンジュゲートした。
４つのＥＥＶ－ＰＭＯ結合体を使用して、エキソン４のエキソンスキッピングを誘導し、未成熟終止コドンを導入して、ＩＲＦ－５標的転写物のナンセンス媒介崩壊を生じた。４つの結合体のそれぞれのＰＭＯ配列は、５’－ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ－３’（配列番号３４０）であった。使用したＥＥＶは、Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃１、１１２０）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃２、１１１３）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃４；１１８４）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；及び１１８５：Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃４，１１８５）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）であった。アミドコンジュゲーションケミストリーを使用して、ＥＥＶをＰＭＯにコンジュゲートした。
インビボ実験のために、野生型マウスを、０日目及び３日目に２用量のＥＥＶ＃１－ＰＭＯで治療した。ｑＰＣＲのために試料を７日目に採取して、ｍＲＮＡレベルを測定した。インビトロ実験のために、ＥＥＶ ＃１－ＰＭＯ、又は２μＭのＥＥＶ－ＰＭＯ＃１－４で４時間前処理した後、ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）７／８の特異的活性化因子であるイミダゾキノリン化合物であるＲ８４８で一晩刺激した。処理の２４時間後、細胞を回収し、ウェスタンブロットによって評価した。
ＩＲＦ５レベルの有意なノックダウンが、ＥＥＶ＃１－ＰＭＯによる処置後に、肝臓（図１０Ａ）、小腸（図１０Ｂ）、及び前脛骨筋（図１０Ｃ）において観察された。全ての組織において、ノックダウンは用量依存的であった。加えて、ＥＥＶ＃１－ＰＭＯで処置されたマウスマクロファージ細胞において、３０μＭ、１０μＭ及び３μＭの用量でＩＲＦ５タンパク質レベルが統計的に有意に低減したことを示す（図１１Ａ）。しかし、ＥＥＶ＃２－ＰＭＯ、ＥＥＶ＃３－ＰＭＯ、及びＥＥＶ＃４－ＰＭＯで前処理し、続いてＲ８４８で刺激したマウスマクロファージ細胞は、ＩＲＦ－５タンパク質発現によって測定されるように、ＥＥＶ＃１－ＰＭＯと比較した場合、相対的効力において有意な改善を有した（図１１Ｂ）。ｍＲＮＡレベルは、１００％に設定されたビヒクル対照に対するものである。
実施例４．インビトロでのエクソンスキッピングによるＧＹＳ１のノックダウン
マウスセルラインにおけるｍＧＹＳ１レベルのノックダウンにおけるＰＭＯ２２０及びＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４の有効性を評価した。ＰＭＯは、マウスＧＹＳ１のエキソン６のエキソンスキッピングを誘導して未成熟終止コドンを導入し、ＩＲＦ－５標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらすように設計された。構築物２２０－８１４は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これがＡｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２（ＥＥＶ８１４）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）の配列でＥＥＶにコンジュゲートされている。ＰＭＯは、クリックケミストリーを用いてＥＥＶにコンジュゲートされた。
マウスセルラインにおけるｍＧＹＳ１レベルのノックダウンにおけるＰＭＯ２２０及びＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４の有効性を評価した。ＰＭＯは、マウスＧＹＳ１のエキソン６のエキソンスキッピングを誘導して未成熟終止コドンを導入し、ＩＲＦ－５標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらすように設計された。構築物２２０－８１４は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これがＡｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２（ＥＥＶ８１４）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）の配列でＥＥＶにコンジュゲートされている。ＰＭＯは、クリックケミストリーを用いてＥＥＶにコンジュゲートされた。
野生型マウス筋芽細胞株Ｃ２Ｃ１２及び野生型マウス線維芽細胞株３Ｔ３を、Ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒトランスフェクションを介して様々な濃度のＰＭＯ２２０及びＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４で処理した（６μＬ／ｍｌ；６μＭ）。処理の２日後、細胞株をＧＹＳ１ ｍＲＮＡのレベルについて評価した。
ＰＭＯ２２０及びＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４の両方が、Ｃ２Ｃ１２筋芽細胞（図１２及び図１３Ａ）細胞株においてＧＹＳ１ ｍＲＮＡレベルの減少を示した。ＰＭＯ２２０はまた、３Ｔ３線維芽細胞株においてＧＹＳ１ ｍＲＮＡレベルの減少を示した（図１３Ｂ）。
実施例５．ＧＹＳ１を標的とするＰＭＯ－ＥＥＶ構築物のインビボ評価
ポンペ病模倣マウスモデルを使用して、ＧＹＳ１レベル及びポンペ病表現型の調節におけるＰＭＯ－ＥＥＶ構築物（ＥＥＶ－ＰＭＯ２２０－８１４）のインビボ有効性を決定した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これがＥＥＶ８１４にコンジュゲートされている（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）。
ポンペ病模倣マウスモデルを使用して、ＧＹＳ１レベル及びポンペ病表現型の調節におけるＰＭＯ－ＥＥＶ構築物（ＥＥＶ－ＰＭＯ２２０－８１４）のインビボ有効性を決定した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これがＥＥＶ８１４にコンジュゲートされている（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）。
野生型Ｂ６－１２９マウス及び酸性α－グルコシダーゼ（ＧＡＡ）ノックアウトマウス（ＧＡＡ－／－）を、静脈内注射を介して、２７ｍｐｋのＰＭＯ２２０、２０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４、又は４０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４の単回投与で処置した。処置の１週間後、マウスを屠殺し、ウェスタンブロット及びＲＴ－ｑＰＣＲ分析のために組織を採取した。ＰＭＯは、クリックケミストリーを用いてＥＥＶにコンジュゲートされた。
心筋及び骨格筋におけるマウスＧＹＳ１ ｍＲＮＡの効率的なノックダウンは、ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４による処置後に観察されたが、ＰＭＯ２２０のみによる処置後には観察されなかった（図１４Ａ～図１４Ｄ）。
ＧＹＳ２は、肝臓において最も優勢なＧＹＳタンパク質である。ＰＭＯ２２０及びＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４処置は、３０ｍｐｋ未満の治療レベルでＧＹＳ２ ｍＲＮＡのレベルに影響を及ぼさず（図１５）、選択的なＧＹＳ１標的結合を示した。４０ｍｐｋの２２０－８１４処置群は、肝臓においてより高いレベルのＧＹＳ２ ｍＲＮＡを示した。これは、ＧＹＳ１の下方制御がＧＹＳ２の上方制御をもたらす、ＧＹＳ１とＧＹＳ２との間のフィードバックループに起因し得る。
ＧＹＳ１に特異的でないＧＹＳ抗体を使用して、四頭筋及び三頭筋におけるＧＹＳ１レベルを測定した（図２５Ａ～図２５Ｂ）。大腿四頭筋におけるＧＹＳ１タンパク質の減少が、ＥＥＶ－ＰＭＯ構築物による処置後に観察された（図２５Ａ）。三頭筋におけるＧＹＳ１タンパク質レベルについては、ローディングにおけるゲルの不一致のために結論を下すことができない（図２５Ｂ）。
ＧＹＳ１特異的抗体も使用して、横隔膜、心臓、及び三頭筋におけるＧＹＳ１タンパク質レベルを測定した（図２６）。横隔膜及び心臓におけるＧＹＳ１減少の明確な傾向が、ＥＥＶ－ＰＭＯ構築物による処置後に観察される。三頭筋におけるＧＹＳ２１レベルの明確な減少はない。注目すべきことに、未処置動物のタンパク質レベルには大きな変動性があり、ＧＹＳ１特異的抗体を用いた肝臓ではＧＹＳ１シグナルは観察されなかったが、これはおそらく肝臓におけるＧＹＳ１発現が低いためであろう。実施例６．ＧＹＳ１を標的とする第２のＰＭＯ－ＥＥＶ構築物のインビボ評価
ポンペ病模倣マウスモデルを使用して、ＰＭＯ－ＥＥＶ構築物２２０－１０５５のインビボ有効性を決定した。構築物２２０－１０５５は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これがＥＥＶ１０５５にコンジュゲートされている（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）（Ａｃ－配列番号４２－Ｋ（配列番号７７）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）。ＰＭＯは、クリックケミストリーを用いてＥＥＶにコンジュゲートされた。
実施例５と同じノックアウトマウスモデルを使用した。マウスを、静脈内注射を介して、１５ｍｐｋのＰＭＯ２２０、１０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５、又は２０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５の単回用量で処置した。処置の１週間後、２週間後、４週間後、又は８週間後にマウスを屠殺した。ウェスタンブロット、ＲＴ－ｑＰＣＲ、及びグリコーゲン貯蔵分析のために組織を採取した。２週目及び８週目に屠殺する前に、マウスを一晩絶食させた。
ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５による処置の１週間後、２週間後、及び４週間後に、心臓においてＧｙｓ１ ｍＲＮＡレベルの低下が観察された（図１６Ａ）。ＧＹＳ１ ｍＲＮＡレベルのわずかな減少が、心臓におけるＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５による処置の８週間後に観察された（図１６Ａ）。横隔膜（図１６Ｂ）、四頭筋（図１６Ｃ）、及び三頭筋（図１６Ｄ）におけるＧＹＳ１ ｍＲＮＡレベルの低下が、ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５による処置後１週間、２週間、４週間、及び８週間にわたって観察された。
ＲＮＡレベルと同様に、心臓（図１７Ａ）、横隔膜（図１７Ｂ）、三頭筋（図１７Ｃ）、及び四頭筋（図１７Ｄ）は全て、ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５の処置後２週間及び４週間でＧＹＳ１タンパク質レベルの強い減少を示した。ＧＹＳ１の減少は、処置後４週間まで時間と共に強くなり、その後弱くなるようである。
心臓（図１８Ａ）、横隔膜（図１８Ｂ）、三頭筋（図１８Ｃ）、及び四頭筋（図１８Ｄ）における薬物曝露は、ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５による処置後１週間～８週間で減少した。しかし、薬物曝露は、分析された全ての筋肉組織について注射の８週間後に検出され得る。
ＡＭＰＬＥＸレッドグルコース／グルコースオキシダーゼアッセイキット（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｃｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡから入手可能）を使用して、選択された組織におけるグリコーゲン貯蔵レベルを決定した。α－アミログルコシダーゼで消化した同じサンプルからのグルコースレベルからグリコースレベルを差し引くことによって、グリコーゲンレベルを決定した。
ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５による処置の１週間後、２週間後、及び４週間後に、心臓、横隔膜、三頭筋、及び四頭筋において、グリコーゲンのわずかではあるが有意ではない減少が観察された。同様の観察を処置の８週間後に行った。グリコーゲンレベルの減少の欠如は、マウスが治療されたときにグリコーゲン貯蔵表現型が完全に発達していないことに起因し得る。例えば、野生型マウスとＧＡＡノックアウトマウスとの比較は、心臓、横隔膜、四頭筋、及び三頭筋におけるグリコーゲン貯蔵レベルが年齢と共に増加することを示す。この知見は、文献（Ｒａｂｅｎ，Ｎ．ら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９８），２７３（３０），ｐｇ．１９０８６）とも一致している。マウスを処置したときにグリコーゲン表現型が依然として発生していた場合、マウスは、試験時にポンペ病モデルを正確に反映していなかった可能性がある。
実施例７．ＧＹＳ１を標的とする第３のＰＭＯ－ＥＥＶ構築物のインビボ評価
ポンペ病模倣マウスモデルを使用して、ＰＭＯ－ＥＥＶ構築物２２０－１１２０のインビボ有効性を決定した。構築物２２０－１１２０は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これが ＥＥＶ１１２０ Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８２］－ＰＥＧ１２－ＯＨ））にコンジュゲートされている。ＰＭＯは、アミドコンジュゲーションケミストリーを使用して、ＥＥＶにコンジュゲートされた。
ポンペ病模倣マウスモデルを使用して、ＰＭＯ－ＥＥＶ構築物２２０－１１２０のインビボ有効性を決定した。構築物２２０－１１２０は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これが ＥＥＶ１１２０ Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８２］－ＰＥＧ１２－ＯＨ））にコンジュゲートされている。ＰＭＯは、アミドコンジュゲーションケミストリーを使用して、ＥＥＶにコンジュゲートされた。
実施例５と同じマウスモデルを使用した。野生型マウス及びＧＡＡノックアウトマウスを、静脈内注射を介して、４０ｍｐｋのＰＭＯ２２０、５ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１１２０、１０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１１２０、２０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１１２０、又は４０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１１２０の単回用量で治療した。処置の２週間後にマウスを屠殺した。ウェスタンブロット分析、ＲＴ－ｑＰＣＲ、及びグリコーゲン貯蔵のために組織を採取した。マウスを屠殺前に一晩絶食させた。
ＧＹＳ１ ｍＲＮＡの用量依存的ノックダウン（図１９）及びタンパク質レベル（図２０）が、ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１１２０で処置したマウスの三頭筋（Ｃ）及び四頭筋（Ｄ）において観察された。心臓（Ａ）及び横隔膜（Ｂ）において、ＧＹＳ１ ｍＲＮＡ及びタンパク質レベルの中程度のノックダウンが観察されたが、これはおそらく試験したマウスの数が限られていたためであろう。
ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０ ＰＭＯ－ＥＥＶ－１１２０の複数回投与を受けたマウスを用いて、同様の試験を行った。簡潔に述べると、ＧＡＡノックアウトマウスに、静脈内注射を介して、７ｍｐｋのＰＭＯ２２０又は１０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１１２０を２週間毎に８週間投薬した（ＰＭＯの総用量＝３５ｍｐｋ；ＰＭＯ－ＥＥＶの総用量＝５０ｍｐｋ）。最初の処置の１０週間後、マウスを屠殺した。ウェスタンブロット、ＲＴ－ｑＰＣＲ、及びグリコーゲン貯蔵分析のために組織を採取した。最初の処置の前、３回目の処置の後、及び最後の処置の後に、マウスを、握力、ワイヤハングタイム、及び心機能（心エコー検査を介して）について調べた。
強いＧＹＳ１ ｍＲＮＡノックダウンが、心筋及び骨格筋の両方で観察された（図２１Ａ～図２１Ｃ）。ＧＹＳ１及びＧＹＳ２のｍＲＮＡレベルは、肝臓において影響を受けなかった（図２２Ａ～図２２Ｂ）。
強いグリコーゲンシンターゼ活性ノックダウンが、心臓及び大腿四頭筋において観察された。しかしながら、ＥＥＶ－ＰＭＯ２２０－１１２０の反復用量は、骨格及び筋肉組織における組織グリコーゲン貯蔵を減少させなかった。加えて、処置マウス対未処置マウスについて、握力又は前肢ハングタイムの有意な変化は観察されなかった。
実施例８：２用量のＥＥＶ－ＰＭＯマウス試験を使用したＩＦＲ－５アブレーション
２用量マウス試験を使用して、ＰＭ－ＥＥＶ２７８－１１２０の有効性を試験した。マウスに、４０ミリグラム／キログラム（ｍｐｋ）又は２０ｍｐｋのＰＭＯ２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０）又はＥＥＶ－ＰＭＯ化合物２７８－１１２０を、０日目に、更に３日目に投与した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０は、ＥＥＶ１１２０にコンジュゲートされたＰＭＯ２７８を含む（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ））。２回目の投与から５日後、マウスを屠殺し、血液及び組織を採取した。
２用量マウス試験を使用して、ＰＭ－ＥＥＶ２７８－１１２０の有効性を試験した。マウスに、４０ミリグラム／キログラム（ｍｐｋ）又は２０ｍｐｋのＰＭＯ２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０）又はＥＥＶ－ＰＭＯ化合物２７８－１１２０を、０日目に、更に３日目に投与した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０は、ＥＥＶ１１２０にコンジュゲートされたＰＭＯ２７８を含む（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ））。２回目の投与から５日後、マウスを屠殺し、血液及び組織を採取した。
図２３Ａ～図２３Ｃは、処置後の様々な組織におけるＩＲＦ－５発現レベルを示す。ＩＲＦ－５発現ノックダウンは、マウスＴｉＡ及び肝臓組織で観察されたが、小腸組織では観察されなかった。
実施例９：単回用量のＥＥＶ－ＰＭＯマウス試験を使用したＩＦＲ－５アブレーション
単回投与マウス試験を使用して、ＰＭ－ＥＥＶ２７８－１１２０の有効性を試験した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０は、ＰＭＯ２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０）であり、これがＥＥＶ１１２０にコンジュゲートされている（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。０日目に、８０ミリグラム／キログラム（ｍｐｋ）のＰＭＯ２７８、ＩＶによる４０ｍｐｋ又は８０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０、又は皮下（ＳＣ）で１２０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０をマウスに投薬した。２回目の投与の７日後、マウスを屠殺し、血液及び組織を採取した。
単回投与マウス試験を使用して、ＰＭ－ＥＥＶ２７８－１１２０の有効性を試験した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０は、ＰＭＯ２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０）であり、これがＥＥＶ１１２０にコンジュゲートされている（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。０日目に、８０ミリグラム／キログラム（ｍｐｋ）のＰＭＯ２７８、ＩＶによる４０ｍｐｋ又は８０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０、又は皮下（ＳＣ）で１２０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０をマウスに投薬した。２回目の投与の７日後、マウスを屠殺し、血液及び組織を採取した。
図２４は、８０ｍｐｋのＰＭＯ２７８の場合の、肝臓組織（Ａ）、腎臓組織（Ｂ）、及び前脛骨筋組織（Ｃ）におけるＩＲＦ－５発現レベルを示す。Ａは８０ｍｐｋのＰＭＯであり、ＢはＩＶを介して送達された４０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０である。Ｃは、ＩＶを介して送達された８０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０であり、Ｄは、皮下に送達された１２０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０である。４０ｍｐｋ及び８０ｍｐｋの両方で２７８－１１２０を単回投与したマウスの肝臓組織におけるＩＲＦ－５タンパク質発現は有意に減少し、これはそれぞれ４０％及び５３％の減少に相当した（Ａ）。腎臓組織におけるＩＲＦ－５レベルは、試験した他の組織と比較して低かった。データは、おそらくバンド強度対バックグラウンドを定量化することの難しさに起因する変動性を示す。加えて、前脛骨筋組織データにおける変動性が、ゲル上で良好に泳動しなかった試料に起因して観察された（データは示さず）。全体として、データは、腎臓において肝臓と同様の傾向を示す。単回用量投与でＩＲＦ－５タンパク質レベルが有意に減少する。
実施例１０：ＩＲＦ－５を標的とする様々なＥＥＶ－ＰＭＯのインビトロエクソンスキッピングの評価
刺激されていないＲＡＷ２６４．７単球／マクロファージ細胞を使用して、２つのＥＥＶ－ＰＭＯ化合物２７７－１１２０及び２７８－１１２０による処置後のＩＲＦ－５発現及びエクソンスキッピングを評価した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７７－１１２０は、ＰＭＯ配列ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ ＣＴＣ Ｔ（配列番号３６５）であり、これがアミドコンジュゲーションケミストリーを介してＥＥＶ１１２０ Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－ｃｙｃｌｏ（配列番号８２）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）にコンジュゲートされている。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０は、ＰＭＯ配列ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ（配列番号３４０）であり、アミドコンジュゲーションケミストリーを介してＥＥＶ１１２０ Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ （Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－シクロ（配列番号８２）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）にコンジュゲートされている。簡単に説明すると、１５０Ｋ細胞／ウェルを、０．５ｍｌのＤＭＥＭ中の２４ウェルプレートに播種した。４時間後、ＥＥＶ－ＰＭＯ化合物を細胞に添加して、５００μＬの総体積を得た。次いで、細胞を２４時間インキュベートした。インキュベーション後、細胞培養培地をサイトカイン、ＩＬ６、及びＴＮＦ－α検出のために収集した。ＲＮＡを抽出し、ＩＲＦ－５転写物定量に使用した。タンパク質溶解物を用いて、ＩＲＦ－５タンパク質レベルの変化を測定した。ＩＲＦ５発現レベルを、β－チューブリンと比較して求めた。
刺激されていないＲＡＷ２６４．７単球／マクロファージ細胞を使用して、２つのＥＥＶ－ＰＭＯ化合物２７７－１１２０及び２７８－１１２０による処置後のＩＲＦ－５発現及びエクソンスキッピングを評価した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７７－１１２０は、ＰＭＯ配列ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ ＣＴＣ Ｔ（配列番号３６５）であり、これがアミドコンジュゲーションケミストリーを介してＥＥＶ１１２０ Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－ｃｙｃｌｏ（配列番号８２）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）にコンジュゲートされている。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０は、ＰＭＯ配列ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ（配列番号３４０）であり、アミドコンジュゲーションケミストリーを介してＥＥＶ１１２０ Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ （Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－シクロ（配列番号８２）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）にコンジュゲートされている。簡単に説明すると、１５０Ｋ細胞／ウェルを、０．５ｍｌのＤＭＥＭ中の２４ウェルプレートに播種した。４時間後、ＥＥＶ－ＰＭＯ化合物を細胞に添加して、５００μＬの総体積を得た。次いで、細胞を２４時間インキュベートした。インキュベーション後、細胞培養培地をサイトカイン、ＩＬ６、及びＴＮＦ－α検出のために収集した。ＲＮＡを抽出し、ＩＲＦ－５転写物定量に使用した。タンパク質溶解物を用いて、ＩＲＦ－５タンパク質レベルの変化を測定した。ＩＲＦ５発現レベルを、β－チューブリンと比較して求めた。
エキソンスキッピング試験のために、細胞を上記のように処置した。ＥＥＶ－ＰＭＯ化合物とのインキュベーション後、細胞を新鮮な培地で洗浄し、次いで一晩インキュベートした。２回目のインキュベーション後、ＲＮＡを回収し、ＩＲＦ－５遺伝子中のエキソン５スキッピングを検出するプライマーを用いてＲＴ－ＰＣＲを行った。
２７７－１１２０及び２７８－１１２０は両方とも、ＲＡＷ２６４．７マウスマクロファージ／単球における標的結合を示し、用量依存的にＩＲＦ－５タンパク質レベルを有意に減少させた（図２７Ａ）。化合物２７７－１１２０は、ＩＲＦ－５タンパク質レベルを３０μＭで約８０％、１０μＭで約５０％有意に枯渇させ、３．３μＭのより低い投与量では実質的な変化は観察されなかった。化合物２７８－１１２０は、２７７－１１２０よりもＩＲＦ－５枯渇に対して強い効果を有した。化合物２７８－１１２０は、ＩＲＦ－５タンパク質レベルを３０μＭで約８０％、１０μＭで約６５％低下させた。３．３μＭのより低い投与量でさえ、２７８－１１２０は、約４０％のレベルのＩＲＦ－５タンパク質枯渇を有した。
ＥＥＶ－ＰＭＯ化合物０２７８－１１２０は、曝露後３０分経つとすぐに部分的エクソンスキッピングを誘導し、曝露時間が増加するにつれて有効性が増加した（図２７Ｂ）。
同様の実験を、ＰＭＯがＰＭＯ２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０）である追加のＥＥＶ－ＰＭＯ化合物に対して行った。ＰＭＯ２７８は、Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃１，１１２０，Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃２，１１１３，Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃３；１１８４，Ａｃ－ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；及びＡｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃４，１１８５，Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）を含む様々なＥＥＶに、コンジュゲーションケミストリーを用いてコンジュゲートされていた。
細胞をＥＥＶ－ＰＭＯ化合物で前処理し、続いてＲ８４８で一晩刺激したことを除いて、上記と同様の方法を使用した。Ｒ４８４はＴｏｌｌ様受容体アゴニストであり、ＩＲＦ－５発現の誘導をもたらす。総処理時間は２４時間であった。
Ｒ８４８は、ＲＡＷ２６４．７細胞におけるＩＲＦ－５タンパク質発現を有意に増加させる。全ての試験濃度での全てのＥＥＶ－ＰＭＯ処理試料は、Ｒ８４８で刺激した細胞と比較して、ＩＲＦ－５タンパク質発現の有意な減少を示した（図２８Ａ）。ＥＥＶ－ＰＭＯ化合物２７８－１１１３、２７８－１１８４、及び２７８－１１８５は、平均して２７８－１１２０よりも５倍有効であり、Ｒ８４８による細胞刺激におけるＩＲＦ－５レベルと比較して、２μＭという低い濃度で約８０％のＩＲＦ－５タンパク質が低減した。
ＥＥＶ－ＰＭＯ化合物２７８－１１１３、２７８－１１８４、及び２７８－１１８５は、５μＭで２７８－１１２０よりも高いエクソンスキッピングを示した（図１２Ｂ）。２７８－１１１３、２７８－１１８４、及び２７８－１１８５の相互間でエクソンスキッピングの実質的な差は観察されなかった。
実施例１１：ヒトＴＨＰ１細胞における種々のＥＥＶ－ＰＭＯ化合物の評価
ヒトＴＨＰ１細胞を用いて、種々のＰＭＯ化合物及び種々のＥＥＶ－ＰＭＯ化合物で処置した後のＩＲＦ－５発現及びエクソンスキッピングを評価した。試験したＰＭＯ化合物には、３４４（ＴＴＧＧＣＡＡＣＡＴＣＣＴＣＴＧＣＡＧＣＴＧＡＡＧ；配列番号３６６，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｎ６）；３４５（ＧＣＡＡＣＡＴＣＣＴＣＴＧＣＡＧＣＴＧ；配列番号３６７，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｎ３）；３４６（ＴＣＡＧＧＣＴＴＧＧＣＡＡＣＡＴＣＣＴＣＴＧＣＡＧ；配列番号３６８，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ５Ｐ０；ＩＲＦ５－Ｅ４Ｎ３（ＴＡＡＴＣＡＴＣＡＧＴＧＧＧＴＴＧＧＣＴＣＴＣＴＧ，配列番号３６９）；２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｐ３）、及び２７７（ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ ＣＴＣ Ｔ；配列番号３６５、ｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４ＰＯ）を含む。ＰＭＯ３４４、３４５、及び３４６を含むＥＥＶ－ＰＭＯ化合物を、アミドコンジュゲーションケミストリーを介してＥＥＶ１１２０（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－（ｃｙｃｌｏ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－シクロ（配列番号８２）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）に個々にコンジュゲートさせた。
ヒトＴＨＰ１細胞を用いて、種々のＰＭＯ化合物及び種々のＥＥＶ－ＰＭＯ化合物で処置した後のＩＲＦ－５発現及びエクソンスキッピングを評価した。試験したＰＭＯ化合物には、３４４（ＴＴＧＧＣＡＡＣＡＴＣＣＴＣＴＧＣＡＧＣＴＧＡＡＧ；配列番号３６６，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｎ６）；３４５（ＧＣＡＡＣＡＴＣＣＴＣＴＧＣＡＧＣＴＧ；配列番号３６７，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｎ３）；３４６（ＴＣＡＧＧＣＴＴＧＧＣＡＡＣＡＴＣＣＴＣＴＧＣＡＧ；配列番号３６８，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ５Ｐ０；ＩＲＦ５－Ｅ４Ｎ３（ＴＡＡＴＣＡＴＣＡＧＴＧＧＧＴＴＧＧＣＴＣＴＣＴＧ，配列番号３６９）；２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｐ３）、及び２７７（ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ ＣＴＣ Ｔ；配列番号３６５、ｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４ＰＯ）を含む。ＰＭＯ３４４、３４５、及び３４６を含むＥＥＶ－ＰＭＯ化合物を、アミドコンジュゲーションケミストリーを介してＥＥＶ１１２０（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－（ｃｙｃｌｏ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－シクロ（配列番号８２）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）に個々にコンジュゲートさせた。
簡潔に述べると、ＰＭＯのみの試験のために、ヌクレオフェクション法を使用して、ＰＭＯ化合物をＴＨＰ１細胞にトランスフェクトした。ヌクレオフェクション後、細胞をＰＭＡ含有培地に播種し、２４時間インキュベートした後、回収した。ＲＮＡを回収し、ＩＲＦ－５遺伝子中のエキソン４及びエキソン５の両方のスキッピングを検出するプライマーを用いてＲＴ－ＰＣＲを行った。
簡潔に述べると、ＥＥＶ－ＰＭＯ試験のために、ＴＨＰ１細胞をＰＭＡによって一晩分化させた。次に、細胞を様々なＥＥＶ－ＰＭＯコンジュゲートで処置し、回収前に２４時間インキュベートした。ＲＮＡを回収し、ＩＲＦ－５遺伝子中のエキソン５のスキッピングを検出するプライマーを用いてＲＴ－ＰＣＲを行った。
図２９Ａは、様々なＰＭＯ化合物による処置後のエクソン４及びエクソン５スキッピングレベルを示す。マウス細胞において良好に機能したＰＭＯ化合物は、必ずしもヒト細胞に翻訳されない。例えば、低レベルのエクソンスキッピングが、Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｐ３（ＰＭＯ２７８）及びＨｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４ＰＯ（ＰＭＯ２７７）について観察された。エクソンスキッピングは、Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ５Ｎ６（ＰＭＯ ３４４）、Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ５Ｎ３（ＰＭＯ ３４５）、及びＨｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ５Ｐ０（ＰＭＯ ３４６）について観察された。
図２９Ｂは、様々なＰＭＯ－ＥＥＶ化合物による処置後のエクソン５スキッピングレベルを示す。結果は、ＥＥＶ－ＰＭＯコンジュゲートが、エクソンスキッピング及びＴＨＰ１細胞内の標的遺伝子の下方制御を誘導することができることを示す。
いくつかの実施形態が本明細書に記載されている。それにもかかわらず、本発明の精神及び範囲から逸脱することなく、様々な修正がなされ得ることが理解されるであろう。したがって、他の実施形態は、以下の特許請求の範囲内にある。
関連出願の相互参照
本出願は、２０２１年５月１０日に出願された米国仮出願第６３／１８６，６６４号、２０２１年６月１５日に出願された同第６３／２１０，８８２号、２０２２年３月２１日に出願された同第６３／３２１，９２１号、２０２２年３月３１日に出願された同第６３／３６２，２９５号、２０２１年９月１日に出願された同第６３／２３９，６７１号、２０２１年６月１５日に出願された同第６３／２１０，８６６号、２０２２年１月１１日に出願された同第６３／２９８，５８７号、及び２０２２年３月９日に出願された同第６３／３１８，２０１号の利益を主張し、これらの仮出願は、本明細書に提示される開示と矛盾しない範囲で、それぞれの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は、２０２１年５月１０日に出願された米国仮出願第６３／１８６，６６４号、２０２１年６月１５日に出願された同第６３／２１０，８８２号、２０２２年３月２１日に出願された同第６３／３２１，９２１号、２０２２年３月３１日に出願された同第６３／３６２，２９５号、２０２１年９月１日に出願された同第６３／２３９，６７１号、２０２１年６月１５日に出願された同第６３／２１０，８６６号、２０２２年１月１１日に出願された同第６３／２９８，５８７号、及び２０２２年３月９日に出願された同第６３／３１８，２０１号の利益を主張し、これらの仮出願は、本明細書に提示される開示と矛盾しない範囲で、それぞれの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
ｍＲＮＡスプライシングを調節するための組成物及び方法が本明細書において提供される。特に、エクソンスキッピングを誘導して、例えば、ＲＮＡ転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらし得るフレームシフトをＲＮＡ転写物に導入することによって、目的のタンパク質の発現又は活性を調節するための組成物及び方法が提供される。
遺伝子は、タンパク質などの機能的遺伝子産物をコードするデオキシリボ核酸（DeoxyriboNucleic Acid、ＤＮＡ）配列である。遺伝子のコードを機能的遺伝子産物に変換するプロセスは、遺伝子ＤＮＡからＲＮＡ（転写物）を転写するステップと、ＲＮＡをタンパク質に翻訳するステップとを含む。ＲＮＡは、タンパク質に翻訳され得る成熟メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）になるように処理を受ける未成熟「プレｍＲＮＡ」としてＤＮＡから最初に転写される。真核生物において、処理工程は、ＲＮＡの５’末端への単一ヌクレオチド修飾グアニン（Ｇ）ヌクレオチドキャップの付加と、ＲＮＡの３’末端へのポリアデノシン配列の付加（ポリＡテール）と、ＲＮＡスプライシングと、を含む。
スプライシングとは、イントロン（介在配列）がプレｍＲＮＡから除去され、エキソン（コード配列）が一緒に連結されて成熟ｍＲＮＡを形成するプロセスを指す。
多くの哺乳動物遺伝子は選択的にスプライシングされ、１つの遺伝子が、異なるサイズ及び／又は機能を有するタンパク質（アイソフォーム）に翻訳される異なるｍＲＮＡメッセージを生成することができるように、プレｍＲＮＡ配列中の異なるエクソンが成熟ｍＲＮＡ転写物中に包含されるか又は排除される。
選択的スプライシングは、転写物のエキソン及び／又はイントロン領域内の潜在性スプライス部位を含み得る。潜在性スプライス部位は、典型的には使用されないが、通常のスプライス部位がブロックされるか又は利用不可能である場合、又は突然変異が通常は休止状態の部位を活性スプライス部位にする場合に使用され得るスプライス部位である。潜在性スプライシングにおいて、スプライシング機構は、カノニカルスプライス部位ではなく潜在性スプライス部位を認識する。多くの場合、潜在性スプライシングは、ｍＲＮＡにおけるイントロン又はエクソン配列の一部又は全体の包含又は排除をもたらす。
プレｍＲＮＡスプライシングのアンチセンス調節は、潜在性スプライシングを回復させるため、選択的にスプライシングされた遺伝子のレベルを変化させるため（アイソフォームスイッチング）、及びエクソンスキッピングのために、例えば、破壊されたリーディングフレームを回復させるため、又は望ましくない遺伝子の機能をノックダウンするために使用されている（Ａａｒｔｓｍａ－Ｒｕｓ ａｎｄ Ｏｍｍｅｎ，ＲＮＡ（２００７），１３：１６０９－１６２４）。
治療におけるアンチセンス化合物の使用についての主要な問題は、全身投与された場合に細胞内区画へのアクセスを得るそれらの限定された能力、広範な又は特異的に標的化された組織分布を達成するそれらの限定された能力、及びオフターゲット効果を最小化するために標的化されたＲＮＡについての十分な特異性を得るという難題を含む。アンチセンス化合物の細胞内送達は、ポリマー、カチオン性リポソームなどの担体系の使用によって、又は構築物の化学修飾によって、例えばコレステロール分子の共有結合によって容易にすることができる。しかしながら、細胞内送達効率は低く、組織分布は狭い可能性がある。さらに、既存の技術は、オフターゲット相互作用によって妨げられたままである。結果として、改善された送達系は、これらのアンチセンスアプローチの有効性を増加させるために依然として必要とされており、例えば、異常な遺伝子転写、スプライシング及び／又は翻訳によって引き起こされる疾患を治療するために、所与の遺伝子産物を特異的に標的化するために、アンチセンス化合物を細胞内区画に、広く全ての影響を受ける組織型に送達するための有効な組成物に対する満たされていない必要性が残っている。
本開示は、概して、疾患に関連する遺伝子などの遺伝子の標的転写物（例えば、プレｍＲＮＡ）のスプライシングを調節するための化合物、組成物、及び方法に関する。実施形態において、本開示は、治療部分（Therapeutic Moiety、ＴＭ）及び細胞透過性ペプチド（Cell Penetrating Peptide、ＣＰＰ）を含む化合物及び組成物に関する。ＴＭは、標的転写物に結合して標的転写物のスプライシングを調節するアンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）であり得る。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のスプライスエレメント（Splice Element、ＳＥ）若しくはシス作用性スプライス調節エレメント（Splice Regulatory Element、ＳＲＥ）の少なくとも一部に、又は標的転写物のスプライスエレメント若しくはシス作用性スプライス調節エレメントに近接して結合して、標的転写物のスプライシングを調節する。実施形態では、転写物へのＡＣの結合は、標的転写物から発現されるタンパク質の発現又は活性の下方制御をもたらす。
実施形態では、標的転写物へのＡＣの結合は、エクソンのスキッピングをもたらす。実施形態において、エクソンのスキッピングは、フレームシフトをもたらす。実施形態において、フレームシフトは、未成熟終止コドンをもたらす。実施形態では、フレームシフトは、ナンセンス媒介崩壊をもたらす。実施形態では、フレームシフトは、未成熟終止コドン及びナンセンス媒介崩壊をもたらす。
本明細書に記載される化合物又は組成物が疾患を治療するために使用される方法が、本明細書に記載される。実施形態では、疾患は遺伝子疾患である。実施形態では、化合物又は組成物は、疾患に関連する遺伝子のスプライシングを調節することによって遺伝子疾患を治療するために使用される。実施形態では、化合物又は組成物は、疾患に関連する遺伝子転写物のスプライシングを調節することによって遺伝子疾患を治療する。実施形態において、方法は、本明細書に記載される化合物又は組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む。実施形態において、それを必要とする対象は、遺伝子疾患を有するか、又は有するリスクがある患者である。実施形態において、方法は、治療有効量の本明細書に記載される化合物又は組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む。実施形態において、遺伝子疾患は、ＩＲＦ－５、ＤＵＸ４、若しくはＧＹＳ１、又はそれらの遺伝的変異体の異常発現に関連する疾患である。
ＣＰＰは、ＡＣの細胞内送達を増強して、標的転写物のスプライシングを調節するＡＣの有効性を増強することができる。ＣＰＰは、環状ＣＰＰ（ｃＣＰＰ）であり得る。
本明細書に記載の化合物は、エンドソーム内の細胞に内在化された化合物又はその部分がエンドソームを脱出してサイトゾル又は細胞コンパートメントに入り、ＡＣが標的転写物に作用してスプライシングを調節することを可能にするように構成されたエンドソーム脱出ビヒクル（Endosomal Escape Vehicle、ＥＥＶ）を含んでもよい。実施形態において、ＥＥＶは、ｃＣＰＰなどのＣＰＰを含む。
実施形態において、ｃＣＰＰは、式（Ａ）のもの、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又はアミノ酸の芳香族若しくはヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のうちの少なくとも１つは、アミノ酸の芳香族又はヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７は独立して、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７のうちの少なくとも１つは、３－グアニジノ－２－アミノプロピオン酸、４－グアニジノ－２－アミノブタン酸、アルギニン、ホモアルギニン、Ｎ－メチルアルギニン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアルギニン、２，３－ジアミノプロピオン酸、２，４－ジアミノブタン酸、リジン、Ｎ－メチルリジン、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、Ｎ－エチルリジン、Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチルリジン、４－グアニジノフェニルアラニン、シトルリン、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、β－ホモアルギニン、３－（１－ピペリジル）アラニンの側鎖であり、
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
ｑは、１、２、３又は４である。
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ）のもの、
から選択される構造を有し、式中、
各ｍは、独立して、０～３の整数である。
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－１）：
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－２）：
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－３）：
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－４）：
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－５）：
実施形態において、式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－６）：
実施形態において、ｃＣＰＰは、式（ＩＩ）のものであり、
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、６から１４員アリール又は６から１４員ヘテロアリールであり、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄは、独立してアミノ酸側鎖であり、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄのうちの少なくとも１つは、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄのうちの少なくとも１つは、グアニジン又はそのプロトン化形態若しくは塩であり、
各ｎ’’は、独立して、０から５の整数であり、
各ｎ’は、独立して、０から３の整数であり、
ｎ’が０である場合、Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｂ又はＲ２ｄは存在しない。
実施形態において、式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩ－１）：
実施形態において、式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩａ）：
実施形態において、式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩｂ）：
実施形態において、式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩｃ）：
実施形態において、ｃＣＰＰは、以下の構造
実施形態において、ｃＣＰＰは、以下の構造
実施形態では、化合物は環外ペプチド（ＥＰ）を含む。実施形態において、ＥＰは、以下の配列の１つを含む：ＫＫ、ＫＲ、ＲＲ、ＨＨ、ＨＫ、ＨＲ、ＲＨ、ＫＫＫ、ＫＧＫ、ＫＢＫ、ＫＢＲ、ＫＲＫ、ＫＲＲ、ＲＫＫ、ＲＲＲ、ＫＫＨ、ＫＨＫ、ＨＫＫ、ＨＲＲ、ＨＲＨ、ＨＨＲ、ＨＢＨ、ＨＨＨ、ＨＨＨＨ（配列番号１）、ＫＨＫＫ（配列番号２）、ＫＫＨＫ（配列番号３）、ＫＫＫＨ（配列番号４）、ＫＨＫＨ（配列番号５）、ＨＫＨＫ（配列番号６）、ＫＫＫＫ（配列番号７）、ＫＫＲＫ（配列番号８）、ＫＲＫＫ（配列番号９）、ＫＲＲＫ（配列番号１０）、ＲＫＫＲ（配列番号１１）、ＲＲＲＲ（配列番号１２）、ＫＧＫＫ（配列番号１３）、ＫＫＧＫ（配列番号１４）、ＨＢＨＢＨ（配列番号１５）、ＨＢＫＢＨ（配列番号１６）、ＲＲＲＲＲ（配列番号１７）、ＫＫＫＫＫ（配列番号１８）、ＫＫＫＲＫ（配列番号１９）、ＲＫＫＫＫ（配列番号２０）、ＫＲＫＫＫ（配列番号２１）、ＫＫＲＫＫ（配列番号２２）、ＫＫＫＫＲ（配列番号２３）、ＫＢＫＢＫ（配列番号２４）、ＲＫＫＫＫＧ（配列番号２５）、ＫＲＫＫＫＧ（配列番号２６）、ＫＫＲＫＫＧ（配列番号２７）、ＫＫＫＫＲＧ（配列番号２８）、ＲＫＫＫＫＢ（配列番号２９）、ＫＲＫＫＫＢ（配列番号３０）、ＫＫＲＫＫＢ（配列番号３１）、ＫＫＫＫＲＢ（配列番号３２）、ＫＫＫＲＫＶ（配列番号３３）、ＲＲＲＲＲＲ（配列番号３４）、ＨＨＨＨＨＨ（配列番号３５）、ＲＨＲＨＲＨ（配列番号３６）、ＨＲＨＲＨＲ（配列番号３７）、ＫＲＫＲＫＲ（配列番号３８）、ＲＫＲＫＲＫ（配列番号３９）、ＲＢＲＢＲＢ（配列番号４０）、ＫＢＫＢＫＢ（配列番号４１）、ＰＫＫＫＲＫＶ （ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２）、ＰＧＫＫＲＫＶ（配列番号４３）、ＰＫＧＫＲＫＶ（配列番号４４）、ＰＫＫＧＲＫＶ（配列番号４５）、ＰＫＫＫＧＫＶ（配列番号４６）、ＰＫＫＫＲＧＶ（配列番号４７）、又はＰＫＫＫＲＫＧ（配列番号４８）。Ｂはβ－アラニンである。
実施形態では、化合物は、式（Ｃ）：
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈであるか、又はアリール若しくはヘテロアリール基を含む側鎖であり、式中、Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のうちの少なくとも１つは、アリール若しくはヘテロアリール基を含む側鎖であり、
Ｒ４及びＲ７は、独立して、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
ＥＰは、環外ペプチドであり、
各ｍは、独立して、０～３の整数であり、
ｎは、０～２の整数であり、
ｘ’は、１～２３の整数であり、
ｙは、１～５の整数であり、
ｑは、１～４の整数であり、
ｚ’は、１～２３の整数であり、
ＣａｒｇｏはＡＣである。
実施形態において、化合物は、式（Ｃ－１）、（Ｃ－２）、（Ｃ－３）、又は（Ｃ－４）の構造を含み、
スプライシング
プレｍＲＮＡ分子は核内で作られ、翻訳のために細胞質へ輸送される前又は輸送中に処理される。プレｍＲＮＡの処理は、転写物の３’末端への５’メチル化グアニンキャップ及び約２００～２５０塩基のポリ（Ａ）テールの付加を含む。プレｍＲＮＡ処理には、哺乳動物ｍＲＮＡの約９０％～約９５％の成熟において生じるスプライシングも含まれる。イントロン（又は介在配列）は、成熟ｍＲＮＡのコード配列に含まれない一次転写物（又はそれをコードするＤＮＡ）の領域である。エキソンは、細胞質に到達したときに成熟ｍＲＮＡ中に残る一次転写物の領域である。転写物は、複数のイントロン及びエクソンを有し得る。エキソンは一緒にスプライシングされて成熟ｍＲＮＡ配列を形成する。スプライス接合部はスプライス部位とも呼ばれ、接合部の５’側はしばしば「５’スプライス部位」又は「スプライスドナー部位」と呼ばれ、３’側は「３’スプライス部位」又は「スプライスアクセプタ部位」と呼ばれる。スプライシングにおいて、上流エキソンの３’末端は、下流エキソンの５’末端に連結される。したがって、転写物（例えば、プレｍＲＮＡ）は、イントロンの５’末端にエクソン／イントロン接合部を有し、イントロンの３’末端にイントロン／エクソン接合部を有する。イントロンが除去された後、エキソンは、成熟ｍＲＮＡにおいてエキソン／エキソン接合部又は境界と呼ばれることもあるところで隣接する。潜在性スプライス部位は、あまり頻繁に使用されないが、通常のスプライス部位がブロックされるか又は利用不可能である場合に使用され得る部位である。エキソンの異なる組み合わせを一緒にスプライシングすることとして定義される選択的スプライシングは、しばしば、単一の遺伝子から複数のｍＲＮＡ転写物を生じる。
プレｍＲＮＡ分子は核内で作られ、翻訳のために細胞質へ輸送される前又は輸送中に処理される。プレｍＲＮＡの処理は、転写物の３’末端への５’メチル化グアニンキャップ及び約２００～２５０塩基のポリ（Ａ）テールの付加を含む。プレｍＲＮＡ処理には、哺乳動物ｍＲＮＡの約９０％～約９５％の成熟において生じるスプライシングも含まれる。イントロン（又は介在配列）は、成熟ｍＲＮＡのコード配列に含まれない一次転写物（又はそれをコードするＤＮＡ）の領域である。エキソンは、細胞質に到達したときに成熟ｍＲＮＡ中に残る一次転写物の領域である。転写物は、複数のイントロン及びエクソンを有し得る。エキソンは一緒にスプライシングされて成熟ｍＲＮＡ配列を形成する。スプライス接合部はスプライス部位とも呼ばれ、接合部の５’側はしばしば「５’スプライス部位」又は「スプライスドナー部位」と呼ばれ、３’側は「３’スプライス部位」又は「スプライスアクセプタ部位」と呼ばれる。スプライシングにおいて、上流エキソンの３’末端は、下流エキソンの５’末端に連結される。したがって、転写物（例えば、プレｍＲＮＡ）は、イントロンの５’末端にエクソン／イントロン接合部を有し、イントロンの３’末端にイントロン／エクソン接合部を有する。イントロンが除去された後、エキソンは、成熟ｍＲＮＡにおいてエキソン／エキソン接合部又は境界と呼ばれることもあるところで隣接する。潜在性スプライス部位は、あまり頻繁に使用されないが、通常のスプライス部位がブロックされるか又は利用不可能である場合に使用され得る部位である。エキソンの異なる組み合わせを一緒にスプライシングすることとして定義される選択的スプライシングは、しばしば、単一の遺伝子から複数のｍＲＮＡ転写物を生じる。
プレｍＲＮＡからのイントロンの除去は、スプライセオソーム、５つの核内低分子リボヌクレオタンパク質（ｓｎＲＮＰ）を含むリボヌクレオタンパク質（ＲＮＰ）錯体、及び多数の他のタンパク質によって触媒される（Ｗｉｌｌ ａｎｄ Ｌｕｈｒｍａｎｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ．Ｐｅｒｓｐｅｃｔ．Ｂｉｏｌ．（２０１１），３（７）：ａ００３７０７；Ｈａｖｅｎｓ，ｅｔ ａｌ．，Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．ＲＮＡ（２０１４），４（３），２４７－２６６．ｄｏｉ：１０．１００２／ｗｒｎａ．１１５８）。スプライシングは、スプライスエレメント（ＳＥ）によって部分的に支配される。本明細書中で使用される場合、「スプライスエレメント」は、スプライシング、例えば、カノニカルスプライシングが発生するために必要なプレｍＲＮＡ中に見出される配列エレメントである（図１Ａ）。ＳＥは、５’スプライス部位（５’ｓｓ）及び３’スプライス部位（３’ｓｓ）を含む。ドナースプライス部位とも呼ばれる５’ｓｓは、あまり保存されていない下流残基と共に、ほぼ不変の「ＧＵ」ジヌクレオチド配列を含む。５’スプライス部位はまた、エキソン／イントロン接合部を含む。本明細書中で使用される場合、エキソン／イントロン接合部は、５’ｓｓのＧＵ配列のＧから１０ヌクレオチド上流及び１０ヌクレオチド（＋１０及び－１０）のヌクレオチド配列である。３’ｓｓ、又はアクセプタスプライス部位は、３つの保存されたエレメントである、分岐点と呼ばれることもある分岐スプライス点（ＢＳＰ）、ポリピリミジン又はＰｙトラクト、及び末端「ＡＧ」を含む。ＢＳＰは典型的には、３’ｓｓから約１８～約４０ヌクレオチドに位置するアデノシンである。Ｐｙトラクトは、典型的には、約１５～約２０個のピリミジン残基、特にウラシル（Ｕ）を含む（図１ＡにおいてＸｎとして示される）。しかしながら、非定型分岐点が存在する。それらは、３’スプライス部位からより離れており、及び／又は非アデノシン塩基を利用する（モンテスら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．（２０１９），３５（１）：６８－８７）。３’ｓｓはまた、イントロン／エクソン接合部を含む。本明細書中で使用される場合、イントロン／エキソン接合部は、３’ｓｓのＡＧ配列のＧから１０ヌクレオチド上流及び１０ヌクレオチド（＋１０及び－１０）のヌクレオチド配列である。
エクソンは、ほとんどのスプライシング反応において、５つの小リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）（Ｕ１、Ｕ２、Ｕ４、Ｕ５、及びＵ６（Ｈａｖｅｎｓら、（２０１４）Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．ＲＮＡ．２０１３，４（３），２４７－２６６．ｄｏｉ：１０．１００２／ｗｒｎａ．１１５８；Ｗａｈｌ Ｍ．Ｃ．ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ（２００９），１３６：７０１－７１８））の核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）成分との特異的塩基対合相互作用によって認識される。各ｓｎＲＮＰは、特定のヌクレオチド配列及び１つ以上のタンパク質を認識するように構成された核内低分子ＲＮＡを含む。エクソンスプライシングは、２つの連続的なスプライセオソーム触媒エステル交換反応を含む（図１Ｂ）。一般に、スプライシング反応は、Ｕ１が５’ｓｓに結合することによって開始され、続いてＵ２が分岐スプライスポイント（ＢＰＳ）に結合し、最後にＵ４、Ｕ５、及びＵ６が５’及び３’スプライス部位の近くに結合する。次いで、Ｕ１及びＵ４が置換され、続いて、イントロン内の分岐点ヌクレオチドの２’－ＯＨ（図１Ｂに示されるようなＡ）が、５’スプライス部位におけるイントロンの第１のヌクレオチド（図１Ｂに示されるようなＧ）に対して求核性攻撃を行い、投げ縄中間体を形成する第１エステル交換反応が行われる。第２の反応において、放出された５’エキソンの３’－ＯＨは、３’スプライス部位のイントロンの最後のヌクレオチド（図１Ｂに示されるようなＧ）において求核性攻撃を行い、エキソンを連結し、そしてイントロンラリアットを放出する。Ｕ４、Ｕ５及びＵ６も同様に解放される。
ＳＥに加えて、スプライシングは、スプライシング調節エレメント（Splicing Regulatory Element、ＳＲＥ）によって部分的に調節される。ＳＲＥは、シス調節エレメント及びトランス作用性スプライシング因子を含む。シス調節エレメント及びトランス作用性スプライシング因子は、カノニカルスプライシング、選択的スプライシング、又は潜在性スプライシングを促進し得る。
シス調節エレメントは、スプライシングを抑制又は増強する転写物内のヌクレオチド配列である。トランス作用性スプライシング因子は、転写物内に位置せず、スプライシングを増強又は抑制するように働くタンパク質及び／又はオリゴヌクレオチドである。シス調節エレメントは、一般に、スプライシングを活性化又は抑制するトランス作用性スプライシング因子を動員するように機能する。トランス作用性スプライス因子は、シス調節エレメントと会合することによってスプライシングを調節する。トランス作用性スプライス因子には、セリン／アルギニンリッチ（ＳＲリッチ）タンパク質及び異種核リボ核タンパク質（ｈｎＲＮＰ）が含まれる。
スプライシングシス調節エレメントには、エクソンスプライシングエンハンサ（ＥＳＥ）配列、エクソンスプライシングサイレンサ（ＥＳＳ）配列、イントロンスプライシングエンハンサ（ＩＳＥ）配列、及びイントロンスプライシングサイレンサ（ＩＳＳ）配列が含まれる（図１Ａ）。ＥＳＥ配列は、それらが存在するエクソンのｍＲＮＡへの包含を促進する。ＥＳＳ配列は、それらが残留するエクソンのｍＲＮＡへの包含を阻害する。ＩＳＥ配列は、イントロン内のそれらの位置からの選択的スプライス部位の使用を増強する。ＩＳＳ配列は、イントロン内のそれらの位置からの選択的スプライス部位の使用を阻害する。典型的には、ＩＳＳは８～１６ヌクレオチド長であり、エキソン－イントロン接合部のスプライス部位ほど保存されていない。
プレｍＲＮＡスプライシングはまた、スプライセオソーム又は他の調節タンパク質の結合に影響を及ぼし得る転写物内の末端ステムループ（Terminal Stem Loop、ＴＳＬ）などの二次構造の形成によって調節され得る。末端ステムループ配列は、ＳＲＥであり得、そして代表的には約１２～約２４ヌクレオチドであり、１２～２４ヌクレオチド配列内の相補性（従って、結合）に起因して二次ループ構造を形成する。
各ＳＥ及び／又はシス作用性ＳＲＥは、介在配列（Intervening Sequence、ＩＳ）によって、隣接するシス作用性ＳＲＥ及び／又はＳＥから分離される。
エクソンスキッピング
ほとんどの真核生物プレｍＲＮＡは、しばしばエキソンをスキップすることによって異なってスプライシングされ得、選択的スプライシングと呼ばれるプロセスにおいて別個の成熟ｍＲＮＡアイソフォームを産生する。「選択的スプライシング」という用語は、異なる組み合わせでのエクソンの連結を指す（例えば、異なる５’及び３’スプライス部位が連結される）。選択的スプライシングは、アミノ酸を挿入若しくは除去し、リーディングフレームをシフトさせ、かつ／又は終止コドンを導入することができ、これは、遺伝子及び遺伝子から発現されるタンパク質の複雑性、柔軟性、及び存在量に寄与する。選択的スプライシングはまた、調節エレメントを除去又は挿入すること、翻訳、ｍＲＮＡ安定性、及び／又は局在化を制御することによって、遺伝子発現に影響を及ぼし得る。スプライシングを破壊する突然変異は、全ての疾患を引き起こす突然変異の３分の１までを占めると推定されている（Ｈａｖｅｎｓら（２０１４）Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．ＲＮＡ．２０１３，４（３），２４７－２６６．ｄｏｉ：１０．１００２／ｗｒｎａ．１１５８；Ｌｉｍ Ｋ．Ｈ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（２０１１），１０８：１１０９３－１１０９８；Ｆａｕｓｔｉｎｏ ａｎｄ Ｃｏｏｐｅｒ，Ｇｅｎｅｓ ＆ Ｄｅｖ．（２００３），１７：４１９－４３７；及びＳｔｅｒｎｅ－Ｗｅｉｌｅｒ Ｔ．ら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．（２０１１），２１：１５６３－１５７１）。
ほとんどの真核生物プレｍＲＮＡは、しばしばエキソンをスキップすることによって異なってスプライシングされ得、選択的スプライシングと呼ばれるプロセスにおいて別個の成熟ｍＲＮＡアイソフォームを産生する。「選択的スプライシング」という用語は、異なる組み合わせでのエクソンの連結を指す（例えば、異なる５’及び３’スプライス部位が連結される）。選択的スプライシングは、アミノ酸を挿入若しくは除去し、リーディングフレームをシフトさせ、かつ／又は終止コドンを導入することができ、これは、遺伝子及び遺伝子から発現されるタンパク質の複雑性、柔軟性、及び存在量に寄与する。選択的スプライシングはまた、調節エレメントを除去又は挿入すること、翻訳、ｍＲＮＡ安定性、及び／又は局在化を制御することによって、遺伝子発現に影響を及ぼし得る。スプライシングを破壊する突然変異は、全ての疾患を引き起こす突然変異の３分の１までを占めると推定されている（Ｈａｖｅｎｓら（２０１４）Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．ＲＮＡ．２０１３，４（３），２４７－２６６．ｄｏｉ：１０．１００２／ｗｒｎａ．１１５８；Ｌｉｍ Ｋ．Ｈ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（２０１１），１０８：１１０９３－１１０９８；Ｆａｕｓｔｉｎｏ ａｎｄ Ｃｏｏｐｅｒ，Ｇｅｎｅｓ ＆ Ｄｅｖ．（２００３），１７：４１９－４３７；及びＳｔｅｒｎｅ－Ｗｅｉｌｅｒ Ｔ．ら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．（２０１１），２１：１５６３－１５７１）。
スプライシングプロセスに影響を与える変異は、多くの異なる方法で起こり得る（Ｈａｖｅｎｓら、（２０１４年）Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．ＲＮＡ．２０１３，４（３），２４７－２６６．ｄｏｉ：１０．１００２／ｗｒｎａ．１１５８）。例えば、イントロン突然変異は、コアスプライス部位（５’ｓｓ又は３’ｓｓ、Ｐｙトラクト又はＢＰＳ内の配列）を破壊し、突然変異スプライス部位（５’ｓｓ及び／又は３ｓｓ）から上流又は下流のエクソン（複数可）のスキッピング又はイントロンの保持をもたらし得る。しばしば、スプライス部位が変異される場合、偽スプライス部位は、隣接するエキソン又はイントロン内で活性化され、これは、スプライシング後に、代替転写物を生じる。イントロン内の突然変異はまた、デノボスプライシングサイレンサ及び／若しくはエンハンサを破壊若しくは作製し得、並びに／又はデノボ潜在性スプライス部位を作製し得る。イントロンスプライス部位突然変異は、疾患突然変異のおよそ１０～１５％を占め得る（Ｈａｖｅｎｓら（２０１４）Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．ＲＮＡ．２０１３，４（３），２４７－２６６．ｄｏｉ：１０．１００２／ｗｒｎａ．１１５８；Ｓｔｅｎｓｏｎ Ｐ．Ｄ．ら，Ｔｈｅ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｄａｔａｂａｓｅ：２００８ ｕｐｄａｔｅ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ ２００９，１：１３）。コードエクソン内で生じる突然変異（エクソン突然変異）は、デノボ潜在性スプライス部位の創出、調節機能を有するＲＮＡ二次構造の破壊、及び／又はスプライシングサイレンサ若しくはエンハンサの破壊をもたらして、スプライシングに必要とされる配列特異的ＲＮＡ結合タンパク質によってスプライス部位を認識不可能にすることができる。エキソン変異の分析により、エキソン内の変異の２５％もがスプライシングを変化させ得ることが予測される（同書；Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（２０１１），１０８：１１０９３－１１０９８）。潜在性スプライシングは、スプライス部位として通常使用されないが、カノニカルスプライス部位を不活性化するか、又は以前に存在しなかったスプライス部位を作製する突然変異によって活性化されるプレｍＲＮＡ中の配列によって引き起こされる（Ａｒｅｃｈａｖａｌａ－Ｇｏｍｅｚａら、Ｔｈｅ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（２０１４），４（７），２４５－２５２）。Ｒｏｃａ Ｘ．ら，Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．（２０１３）；２７（２）：１２９－１４４）。さらに、プレｍＲＮＡから生成される異なるタンパク質に寄与する選択的スプライシングは、１つのアイソフォームから疾患に関連する異なるアイソフォームへ発現をシフトさせることによって疾患を引き起こし得る（同書）。
スプライシング反応又はスプライシングに関与するスプライスエレメント（例えば、ＳＥ及び／又はＳＲＥ）を標的化して異常なスプライシングを誘導することは、疾患の病因に関与するタンパク質の遺伝子発現を破壊するために使用され得る。例えば、スプライシングは、エクソンのスキッピングを引き起こすように標的化され得、それによって、非機能的若しくは短縮タンパク質又はＲＮＡ転写物の分解をもたらすフレームシフト又は停止コドンを導入する（Ｓｔｅｎｓｏｎ Ｐ．Ｄ．ら，Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ．２００８；１（１３））。スプライシング誘導性リーディングフレーム修正、再フレーミング、及び／又は標的転写物のナンセンス媒介崩壊は、多くの疾患及び障害を治療する機会を提供する。
化合物
本明細書では、目的の遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物が開示される。実施形態において、化合物は、標的遺伝子の標的転写物のスプライシングを調節する。実施形態では、化合物は、少なくとも１つの細胞透過性ペプチド（Cell Penetrating Peptide、ＣＰＰ）と、標的ヌクレオチド配列に結合する少なくとも１つの治療部分（Therapeutic Moiety、ＴＭ）とを含む。実施形態では、ＴＭはアンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）である。実施形態において、標的ヌクレオチド配列は、シス作用性スプライシング調節エレメント（Splicing Regulatory Element、ＳＲＥ）の少なくとも一部に近接するか若しくはそれを含むヌクレオチド配列、及び／又はスプライシングエレメント（Splicing Element、ＳＥ）の少なくとも一部に近接するか若しくはそれを含むヌクレオチド配列を含む。
本明細書では、目的の遺伝子の発現及び／又は活性を調節する化合物が開示される。実施形態において、化合物は、標的遺伝子の標的転写物のスプライシングを調節する。実施形態では、化合物は、少なくとも１つの細胞透過性ペプチド（Cell Penetrating Peptide、ＣＰＰ）と、標的ヌクレオチド配列に結合する少なくとも１つの治療部分（Therapeutic Moiety、ＴＭ）とを含む。実施形態では、ＴＭはアンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）である。実施形態において、標的ヌクレオチド配列は、シス作用性スプライシング調節エレメント（Splicing Regulatory Element、ＳＲＥ）の少なくとも一部に近接するか若しくはそれを含むヌクレオチド配列、及び／又はスプライシングエレメント（Splicing Element、ＳＥ）の少なくとも一部に近接するか若しくはそれを含むヌクレオチド配列を含む。
本明細書で使用される場合、「スプライシングの調節」及び「スプライシングを調節する」とは、スプライシングされたｍＲＮＡ分子が、エキソンスキッピング若しくはエキソン包含の結果としてエキソンの異なる組み合わせ、１つ以上のエキソンにおける欠失、又はスプライシングされたｍＲＮＡにおいて通常見出されない配列（例えば、イントロン配列）の欠失若しくは付加のいずれかを含むように、プレｍＲＮＡ転写物の処理を変化させることをいう。スプライシングを調節することは、スプライシングプロセスの１つ以上の工程を妨害又は促進することを含み得る。本明細書中で使用される場合、用語「スプライシングプロセス」は、例えば、スプライシングエレメント及び／又はシス作用性スプライシング調節エレメントへの種々のｓｎＲＮＰ（例えば、Ｕ１、Ｕ２、Ｕ３、Ｕ４、及びＵ５）の結合、シス調節エレメントへの種々のタンパク質及び／又はオリゴヌクレオチドの結合、並びに例えば図１Ｂに示されるような２つの連続的なエステル交換反応を含む、スプライシング反応の全ての工程を包含する。
治療部分
実施形態において、本開示は、目的の遺伝子からの目的の転写物のスプライシングを調節することができる１つ以上の治療部分（Therapeutic Moiety、ＴＭ）を含む化合物を記載する。実施形態では、目的の遺伝子は、疾患を引き起こす遺伝子であり得る。
実施形態において、本開示は、目的の遺伝子からの目的の転写物のスプライシングを調節することができる１つ以上の治療部分（Therapeutic Moiety、ＴＭ）を含む化合物を記載する。実施形態では、目的の遺伝子は、疾患を引き起こす遺伝子であり得る。
ＴＭは、標的ヌクレオチド配列に結合する（例えば、ハイブリダイズする）。標的ヌクレオチド配列は、一般に、目的の遺伝子の標的転写物内に含まれる。例えば、目的の遺伝子を標的とするＴＭは、標的転写物内にある標的ヌクレオチド配列（例えば、スプライシングエレメント）に結合し得る。
ＴＭは、アンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat、ＣＲＩＳＰＲ）遺伝子編集機構に関連するエレメントのうちの１つ以上、ポリペプチド、又はそれらの組み合わせであり得る。
アンチセンス化合物（ＡＣ）
実施形態において、治療部分は、標的遺伝子の標的転写物のスプライシングを調節することができるアンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）を含む。ＡＣは、ＤＮＡ塩基、修飾ＤＮＡ塩基、ＲＮＡ塩基、修飾ＲＮＡ塩基、修飾ヌクレオシド間結合、従来のヌクレオシド間結合、従来のＤＮＡ糖、修飾ＤＮＡ糖、従来のＲＮＡ糖、修飾ＲＮＡ糖、又はそれらの組み合わせを含むオリゴヌクレオチドである。実施形態では、ＡＣは、標的転写物内に見出される標的ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。実施形態では、ＡＣは、標的転写物内のスプライシングエレメント及び／又はスプライシング調節エレメントの少なくとも一部に近接するか、又はそれを含む標的ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。
実施形態において、治療部分は、標的遺伝子の標的転写物のスプライシングを調節することができるアンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）を含む。ＡＣは、ＤＮＡ塩基、修飾ＤＮＡ塩基、ＲＮＡ塩基、修飾ＲＮＡ塩基、修飾ヌクレオシド間結合、従来のヌクレオシド間結合、従来のＤＮＡ糖、修飾ＤＮＡ糖、従来のＲＮＡ糖、修飾ＲＮＡ糖、又はそれらの組み合わせを含むオリゴヌクレオチドである。実施形態では、ＡＣは、標的転写物内に見出される標的ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。実施形態では、ＡＣは、標的転写物内のスプライシングエレメント及び／又はスプライシング調節エレメントの少なくとも一部に近接するか、又はそれを含む標的ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。
本明細書に記載されるＡＣは、１つ以上の不斉中心を含み得、ひいては、エナンチオマー、ジアステレオマー、及び絶対立体化学に関して、（Ｒ）若しくは（Ｓ）、若しくは、又は（Ｄ）若しくは（Ｌ）として定義され得る他の立体異性配置を生じ得る。本明細書で提供されるアンチセンス化合物には、全てのそのような可能な異性体、並びにそれらのラセミ形態及び光学的に純粋な形態が含まれる。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物におけるヌクレオチドの付加又は欠失をもたらす選択的スプライシングを誘導する。いくつかの実施形態では、ＡＣは、標的転写物の単一エクソン内のヌクレオチドの付加又は欠失をもたらす選択的スプライシングを誘導する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の単一エクソン内のヌクレオチドの欠失をもたらす選択的スプライシングを誘導する。実施形態では、単一エクソン内のヌクレオチドの欠失は、短縮タンパク質の翻訳をもたらす。実施形態において、短縮タンパク質は、非短縮タンパク質よりも細胞に対する毒性が低い。
実施形態において、ＡＣは、エクソンをスキップさせ（エクソンスキッピングと呼ばれることもある）、標的タンパク質及び／又は標的遺伝子によって調節される下流タンパク質の発現又は活性の増加又は減少をもたらすように設計される。実施形態において、短縮タンパク質及び／又は非機能的タンパク質をコードするｍＲＮＡを生成するＡＣが提供される。実施形態では、選択的スプライシングによって短縮タンパク質及び／又は非機能的タンパク質をコードするｍＲＮＡを生成するＡＣが提供される。実施形態では、例えばナンセンス媒介崩壊を介して標的転写物の分解を誘発するＡＣが提供される。実施形態では、有益な特性を有する代替ｍＲＮＡアイソフォームを生成するアンチセンス化合物（ＡＣ）が提供される。
アンチセンス化合物（ＡＣ）は、任意の適切な様式でスプライシングを調節するために使用され得る。実施形態において、ＡＣは、スプライス部位、又はスプライシングエレメント（ＳＥ）及び／若しくはシス作用性スプライシング調節エレメント（ＳＲＥ）の少なくとも一部へのアクセスを立体的にブロックし、それによってスプライシングを潜在性又はデノボスプライス部位に再指向するように設計され得る。実施形態において、ＡＣは、スプライシングエンハンサ配列（例えば、ＥＳＥ及び／若しくはＩＳＥ）又はスプライシングサイレンサ配列（例えば、ＥＳＳ及び／若しくはＩＳＳ）に標的化されて、標的部位におけるトランス作用性調節スプライシング因子の結合を防止し、スプライシングを効果的に遮断又は促進することができる。実施形態において、ＡＣは、ステムループ構造を強化するために、スプライシング調節ステムループの塩基にわたって塩基対を形成するように設計され得る。
実施形態では、ＡＣは、結果として生じる処理された転写物、例えばｍＲＮＡにおいて、１つ以上のヌクレオチドの付加又は欠失を誘導する。オープンリーディングに付加されたか又はそこから除去されたヌクレオチドの数が３で割り切れて整数を生じる場合、得られた転写物は、転写物から発現される対応タンパク質よりも多いか又は少ないアミノ酸を有するが、ヌクレオチドが付加又は除去されなかった転写物から発現されるタンパク質と、付加又は欠失されたアミノ酸以外は同じアミノ酸配列を有する、機能的又は非機能的タンパク質に翻訳され得る。オープンリーディングフレームに付加されたか又はそこから除去されたヌクレオチドの数が、整数を生成するために３で割り切れない場合、得られる処理された転写物（例えば、ｍＲＮＡ）のオープンリーディングフレームは、シフトされる。例えば、このような「フレームシフト」改変を誘導するために付加又は欠失されるヌクレオチドの数は、１、２、４、５、７、８、１０、１１、１３、１４、１６、１７、１９、２０、２２、２３などであり得る。遺伝子コードのトリプレット性に起因して、３で割り切れない数のヌクレオチドの付加又は欠失は、得られる処理された転写物（例えば、ｍＲＮＡ）のリーディングフレームをフレームシフトの下流にシフトさせる。シフトされたリーディングフレームは、ナンセンス媒介崩壊をもたらし得るか、フレームシフトの下流のナンセンス内に未成熟終止コドンをもたらし得るか、及び／又はフレームシフトの下流のアミノ酸の完全に異なる配列を有するタンパク質の発現をもたらし得る。
実施形態では、ＡＣは、オープンリーディングフレームへの未成熟終止コドン（Premature Termination Codon、ＰＴＣ）の導入を誘導する。本明細書中で使用される場合、「未成熟終止コドン」は、翻訳開始コドンと同調し、翻訳開始コドンと同調する生理学的終止コドンの上流に位置する終止コドンである。ＰＴＣを有する標的転写物は、ナンセンス媒介崩壊を含む種々の機構を介して不安定化及び分解され得る。
ナンセンス媒介崩壊は、細胞に対して有害な影響を有し得る短縮タンパク質の発現を防止するために、ＰＴＣを有するｍＲＮＡ転写物を除去するためのエキソヌクレアーゼ分解経路及びエンドヌクレアーゼ分解経路の開始を認識する監視機構である。いくつかのナンセンス媒介崩壊経路が企図され、概説されている（Ｌｅｊｅｕｎｅら，Ｂｉｏｍｅｄｉｃｉｎｅｓ（２０２０），１０（１）：１４１；Ｂｒｏｇｎａら，Ｎａｔｕｒｅ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（２００９），１６，１０８－１１３；Ｋａｒｏｕｓｉｓら，Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｄｉｓｃｉｐ．Ｒｅｖ．ＲＮＡ（２０１６），７（５）：６６１－６８２）。標的遺伝子が疾患において過剰発現される実施形態において、ナンセンス媒介崩壊を誘導することは、標的タンパク質の濃度を低下させ、したがって疾患を治療するために使用され得る。
実施形態では、ＡＣはエクソンスキッピングを誘導して、標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。これは、エクソンをスキップして特定のタンパク質アイソフォームの発現を誘導し、ミススプライシング、選択的スプライシングを修正し、かつ／又は特定のエクソンにおける有害な突然変異を回避することを目的とする従来のエクソンスキッピングとは対照的である。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物内のエクソンのエクソンスキッピングを誘導し、エクソンは、３で割り切れない数のヌクレオチドを有する。実施形態において、ＡＣは、３で割り切れない数のヌクレオチドを有するエクソンのエクソンスキッピングを誘導し、標的転写物内にＰＴＣをもたらす。実施形態では、ＡＣは、３で割り切れない数のヌクレオチドを有するエクソンのエクソンスキッピングを誘導し、標的転写物内のＰＣＴをもたらし、これは、標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。実施形態において、標的転写物のナンセンス媒介崩壊を誘導することは、標的転写物の濃度の減少をもたらす。実施形態では、標的転写物のナンセンス媒介崩壊を誘導することは、標的転写物によってコードされる標的タンパク質の濃度の減少をもたらす。実施形態では、標的転写物のナンセンス媒介崩壊を誘導することは、標的遺伝子によって調節される下流遺伝子のタンパク質のレベルの増加及び／又は減少をもたらす。
図２は、標的転写物のナンセンス媒介崩壊又はタンパク質の翻訳の未成熟終結をもたらすＡＣ誘導性エクソンスキッピングの例を示す。ＡＣはプレｍＲＮＡに結合する。例示的な実施形態において、ＡＣは、エキソン３のイントロン／エキソン接合部で結合する。他の実施形態では、ＡＣは、様々な他の場所で標的転写物に結合して、エクソンスキッピングを誘導し、標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらすことができる（他の箇所で論じる）。エキソン３におけるヌクレオチドの数は、３で割り切れない（例えば、５２、１０６、２３２、３６５など）。イントロン／エキソン接合部へのＡＣの結合は、種々の可能な機構を介してエキソン３のエキソンスキッピングを誘導する。例えば、イントロン／エキソン接合部へのＡＣの結合は、スプライシング機構がスプライシングエレメントに接近することを妨げる。さらに、又はあるいは、イントロン／エキソン接合部へのＡＣの結合は、スプライシングプロセスを完了するために必要とされるエステル交換反応の一方又は両方の完了を妨げる。標的転写物へのＡＣ結合の結果として、エキソン３はスキップされ、得られた転写物はエキソン４に連結されたエキソン２を含む。標的転写物へのＡＣ結合及びエキソン３のスキッピングの結果として、得られた転写物のエキソン４におけるリーディングフレームがシフトする。図示された実施形態におけるリーディングフレームのシフトは、得られる転写物にＰＴＣを導入する。標的転写物へのＡＣ結合の結果として、エキソン３及びＰＴＣを有するエキソン４をスキップして、得られた転写物が標的化され、そしてナンセンス媒介崩壊を受ける。
標的配列の決定及びエキソンスキッピングを誘導するためのアンチセンス化合物（ＡＣ）の設計は、例えば、Ａａｒｔｓｍａ－Ｒｕｓ，Ａ．ら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ（２００８），１７（３）５４８－５５３及びＡａｒｔｓｍａ－Ｒｕｓ，Ａ．ら，ＲＮＡ（２００７），１３（１０）１６０９－１６２４によって開示されるものを含む、種々の異なる方法を使用して達成され得る。実施形態において、ＡＣは、標的転写物のスプライスエレメント（ＳＥ）の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の全ＳＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＥ及びＳＥ間の介在配列を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＲＥの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の全ＳＲＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＲＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＲＥ及びＳＲＥ間の介在配列を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥ全体と、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの上流及び／又は下流にある１つ以上の隣接配列とを含む。実施形態では、標的ヌクレオチド配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの全体ではなく一部と、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの上流及び／又は下流にある１つ以上の隣接配列とを含む。
実施形態では、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、１５以上、又は２０以上の塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に、２５以下、２０以下、１５以下、１０以下、５以下、４以下、３以下、又は２以下の塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～５、１～４、１～３又は１～２塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に２～２５、２～２０、２～１５、２～１０、２～５、２～４、又は２～３塩基を含む。実施形態では、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に３～２５、３～２０、３～１５、３～１０、３～５、又は３～４塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に４～２５、４～２０、４～１５、４～１０、又は４～５塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に５～２５、５～２０、５～１５、又は５～１０塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に１０～２５、１０～２０、又は１０～１５塩基を含む。態様において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に１５～２５又は１５～２０塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、ＳＥ及び／又はＳＲＥの片側又は両側に２０～２５塩基を含む。実施形態において、隣接配列は、介在配列又はその一部を含む。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物の５’ｓｓの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のエクソン／イントロン接合部の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の３’ｓｓの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＰｙトラクト、ＢＰＳ、末端「ＡＧ」、及び／又はイントロン／エクソン接合部の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物のスプライス調節エレメント（ＳＲＥ）の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の全ＳＲＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＲＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＲＥ及び標的転写物のＳＲＥ間の介在配列を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＥＳＥの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＳＥの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＥＳＳの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＩＳＳの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態において、ＡＣは、標的転写物（複数可）の末端ステムループ（ＴＬＳ）の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物の異常なＳＥ及び／又はＳＲＥの少なくとも一部とハイブリダイズし、ここで、異常なＳＥ及び／又はＳＲＥは、標的遺伝子における変異から生じた。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／若しくはＳＲＥ、エクソン／イントロン接合部、又はイントロン／エクソン接合部の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的転写物の再配列又は欠失に起因する異常な融合接合部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、標的転写物の選択的にスプライシングされたｍＲＮＡ中の特定のエクソンとハイブリダイズする。
実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のスプライスエレメント（ＳＥ）の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の全ＳＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の複数のＳＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、標的転写物の複数のＳＥ、並びにＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ間の介在配列を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥの少なくとも一部及びＳＥの１つ以上の隣接配列とハイブリダイズする。
実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５標的転写物の５’ｓｓの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５標的転写物のエクソン／イントロン接合部の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５標的転写物の３’ｓｓの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５標的転写物のＰｙトラクト、ＢＰＳ、末端「ＡＧ」、及び／又はイントロン／エクソン接合部の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥの少なくとも一部又はＳＲＥの少なくとも一部を含まない標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＳＥ及び／又はＳＲＥに十分に近接している標的ヌクレオチド配列に結合して、標的転写物のスプライシングを調節する。実施形態では、標的転写物のＳＥの少なくとも一部又はＳＲＥの少なくとも一部を含まない標的ヌクレオチド配列に結合し、標的転写物のスプライシングを調節するＡＣは、標的転写物に結合し得、翻訳因子又はトランス作用性調節因子のＳＥ又はＳＲＥへの結合を立体的にブロックし得る。
実施形態において、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から１個以上、２個以上、３個以上、４個以上、５個以上、１０個以上、１５個以上、又は２０個以上のヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から２５以下、２０以下、１５以下、１０以下、５以下、４以下、３以下、又は２以下のヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～５、１～４、１～３、又は１～２ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する２～２５、２～２０、２～１５、２～１０、２～５、２～４、又は２～３ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する３～２５、３～２０、３～１５、３～１０、３～５、又は３～４ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態において、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する４～２５、４～２０、４～１５、４～１０、又は４～５ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から５～２５、５～２０、５～１５、又は５～１０ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から１０～２５又は１０～２０ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から２０～２５ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。
実施形態において、ＡＣは、約５～約５０核酸長である標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列と同じ長さである。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列とは異なる長さである。実施形態において、ＡＣは、標的核酸配列よりも長い。
実施形態において、ＡＣは、５以上、１０以上、１５以上、２０以上、２５以上、３０以上、３５以上、４０以上、又は４５以上の核酸長である。実施形態において、ＡＣは、５０以下、４５以下、４０以下、３５以下、３０以下、２５以下、２０以下、１５以下、又は１０以下の核酸長である。実施形態において、ＡＣは、５～５０、５～４５、５～４０、５～３５、５～３０、５～２５、５～２０、５～１５、又は５～１０核酸長である。実施形態において、ＡＣは、１０～５０、１０～４５、１０～４０、１０～３５、１０～３０、１０～２５、１０～２０、又は１０～１５核酸長である。実施形態において、ＡＣは、１５～５０、１５～４５、１５～４０、１５～３５、１５～３０、１５～２５、又は１５～２０核酸長である。実施形態では、ＡＣは、２０～５０、２０～４５、２０～４０、２０～３５、２０～３０、又は２０～２５核酸長である。実施形態において、ＡＣは、２５～５０、２５～４５、２５～４０、２５～３５、又は２５～３０核酸長である。実施形態では、ＡＣは、３０～５０、３０～４５、３０～４０、又は３０～３５核酸長である。実施形態において、ＡＣは、３５～５０、３５～４５、又は３５～４０核酸長である。実施形態において、ＡＣは、４０～５０又は４０～４５核酸長である。実施形態では、ＡＣは、４５～５０核酸長である。実施形態において、ＡＣは、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、又は５０核酸長である。
実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して１００％の相補性を有する。実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して１００％の相補性を有さない。本明細書で使用される場合、「相補性パーセント」という用語は、オリゴマー化合物又は核酸の対応する核酸塩基との核酸塩基相補性を有するＡＣの核酸塩基の数（例えば標的ヌクレオチド配列）を、ＡＣの全長（核酸塩基の数）で割ったものを指す。当業者は、ミスマッチの包含が、アンチセンス化合物の活性を排除することなく可能であることを理解している。
実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して２０％以下、１５％以下、１０％以下、５％以下、又は０のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して５％以上、１０％以上、又は１５％以上のミスマッチを含む。実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して０～５％、０～１０％、０～１５％、又は０～２０％のミスマッチを含む。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して５％～１０％、５％～１５％、又は５％～２０％のミスマッチを含む。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して１０％～１５％又は１０％～２０％のミスマッチを含む。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して１０％～２０％のミスマッチを含む。
実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、又は９９％以上の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して１００％以下、９９％以下、９８％以下、９７％以下、９６％以下、９５％以下、９０％以下、８５％以下の相補性を有する。実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して８０％～１００％、８０％～９９％、８０％～９８％、８０％～９７％、８０％～９６％、８０％～９５％、８０％～９０％又は８０％～８５％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して８５％～１００％、８５％～９９％、８５％～９８％、８５％～９７％、８５％～９６％、８５％～９５％、又は８５％～９０％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９０％～１００％、９０％～９９％、９０％～９８％、９０％～９７％、９０％～９６％、又は９０％～９５％の相補性を有する。実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９５％～１００％、９５％～９９％、９５％～９８％、９５％～９７％、又は９５％～９６％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９６％～１００％、９６％～９９％、９６％～９８％、又は９６％～９７％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９７％～１００％、９７％～９９％、又は９７％～９８％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９８％～１００％又は９８％～９９％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９９％～１００％の相補性を有する。オリゴヌクレオチドの相補性パーセントは、相補的核酸塩基の数をオリゴヌクレオチドの核酸塩基の総数で割ることによって計算される。
実施形態において、ＡＣは、ＡＣがハイブリダイズする標的核酸配列に対して１、２、３、４又は５個のミスマッチを含む。実施形態において、ＡＣは、ＡＣがハイブリダイズする標的核酸配列に対して１又は２個のミスマッチを含む。実施形態では、ＡＣは、ＡＣがハイブリダイズする標的核酸配列に対してミスマッチを含まない。
ヌクレオチド親和性修飾の組み込みは、非修飾化合物と比較して、より多数のミスマッチを可能にし得る。同様に、特定のオリゴヌクレオチド配列は、他のオリゴヌクレオチド配列よりもミスマッチに対してより寛容であり得る。当業者は、ＡＣと標的ヌクレオチド配列との間のミスマッチの適切な数を、例えば、熱融解温度（Ｔｍ）を決定することによって決定することができる。Ｔｍ又はΔＴｍは、当業者によく知られている技術によって計算することができる。例えば、Ｆｒｅｉｅｒら（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５，２２：４４２９－４４４３）に記載される技術は、当業者が、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖の融解温度を上昇させるそれらの能力についてヌクレオチド修飾を評価することを可能にする。
実施形態では、ＡＣは、ストリンジェントな条件下で標的転写物にハイブリダイズする配列を含み、厳しい条件下で標的転写物にハイブリダイズしない配列を含む。実施形態では、ＡＣは、ストリンジェントな条件下で標的配列にハイブリダイズしない第１の配列、ストリンジェントな条件下で標的配列にハイブリダイズしない第２の配列、及びストリンジェントな条件下で標的配列にハイブリダイズする第３の配列を含み、第３の配列は、第１の配列と第２の配列との間に位置する。
実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のスプライス調節エレメント（ＳＲＥ）の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の全ＳＲＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の複数のＳＲＥを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の複数のＳＲＥと、ＳＲＥ間の介在配列とを含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥの少なくとも一部及びＳＥの１つ以上の隣接配列とハイブリダイズする。
実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＥＳＥの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＩＳＥの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＥＳＳの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＩＳＳの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の末端ステムループ（ＴＬＳ）の少なくとも一部分を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。
実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の異常なＳＥ及び／又はＳＲＥの少なくとも一部とハイブリダイズし、ここで、異常なＳＥ及び／又はＳＲＥは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物における突然変異から生じた。
実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のエクソン－エクソン接合部、イントロン－エクソン接合部、及び／又はエクソン－イントロン接合部の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の一部の再配列又は欠失に起因する異常な融合接合部を含む標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物中の選択的にスプライシングされたｍＲＮＡ中の特定のエクソンとハイブリダイズする。
実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＩＳＳのＳＥの少なくとも一部又はＳＲＥの少なくとも一部を含まない標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態において、ＡＣは、ＳＥ及び／又はＳＲＥに十分に近接している標的ヌクレオチド配列に結合して、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＩＳＳのスプライシングを調節する。
実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から１個以上、２個以上、３個以上、４個以上、５個以上、１０個以上、１５個以上、又は２０個以上のヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から２５以下、２０以下、１５以下、１０以下、５以下、４以下、３以下、又は２以下のヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～５、１～４、１～３、又は１～２ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から２～２５、２～２０、２～１５、２～１０、２～５、２～４、又は２～３ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する３～２５、３～２０、３～１５、３～１０、３～５、又は３～４ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端を形成する４～２５、４～２０、４～１５、４～１０、又は４～５ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から５～２５、５～２０、５～１５、又は５～１０ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から１０～２５又は１０～２０ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物のＳＥ及び／又はＳＲＥの５’末端及び／又は３’末端から２０～２５ヌクレオチドである３’末端及び／又は５’末端を有する標的ヌクレオチド配列に結合する。
実施形態では、ＡＣは、約５～約５０核酸長であるＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズする。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列と同じ長さである。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列とは異なる長さである。実施形態において、ＡＣは、標的核酸配列よりも長い。
実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して１００％の相補性を有する。実施形態において、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して１００％の相補性を有さない。本明細書で使用される場合、「相補性パーセント」という用語は、オリゴマー化合物又は核酸の対応する核酸塩基との核酸塩基相補性を有するＡＣの核酸塩基の数（例えば標的ヌクレオチド配列）を、ＡＣの全長（核酸塩基の数）で割ったものを指す。当業者は、ミスマッチの包含が、アンチセンス化合物の活性を排除することなく可能であることを理解している。
実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して２０％以下、１５％以下、１０％以下、５％以下、又は０個のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して５％以上、１０％以上、又は１５％以上のミスマッチを含む。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して０～５％、０～１０％、０～１５％、又は０～２０％のミスマッチを含む。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して５％～１０％、５％～１５％、又は５％～２０％のミスマッチを含む。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して１０％～１５％又は１０％～２０％のミスマッチを含む。実施形態において、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して１０％～２０％のミスマッチを含む。
実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、又は９９％以上の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して１００％以下、９９％以下、９８％以下、９７％以下、９６％以下、９５％以下、９０％以下、８５％以下の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して８０％～１００％、８０％～９９％、８０％～９８％、８０％～９７％、８０％～９６％、８０％～９５％、８０％～９０％、又は８０％～８５％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して８５％～１００％、８５％～９９％、８５％～９８％、８５％～９７％、８５％～９６％、８５％～９５％、又は８５％～９０％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して９０％～１００％、９０％～９９％、９０％～９８％、９０％～９７％、９０％～９６％、又は９０％～９５％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して９５％～１００％、９５％～９９％、９５％～９８％、９５％～９７％、又は９５％～９６％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して９６％～１００％、９６％～９９％、９６％～９８％、又は９６％～９７％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して９７％～１００％、９７％～９９％、又は９７％～９８％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、標的ヌクレオチド配列に対して９８％～１００％又は９８％～９９％の相補性を有する。実施形態では、ＡＣは、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４標的転写物の標的ヌクレオチド配列に対して９９％～１００％の相補性を有する。オリゴヌクレオチドの相補性パーセントは、相補的核酸塩基の数をオリゴヌクレオチドの核酸塩基の総数で割ることによって計算される。
アンチセンス機構
実施形態において、ＡＣは、タンパク質転写、翻訳、及び発現の１つ以上の態様を調節する。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣのハイブリダイゼーションは、プレｍＲＮＡスプライシングの１つ以上の態様を調節する。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、変異転写物配列への天然スプライシングを回復させる。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、標的転写物の選択的スプライシングをもたらす。
実施形態において、ＡＣは、タンパク質転写、翻訳、及び発現の１つ以上の態様を調節する。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣのハイブリダイゼーションは、プレｍＲＮＡスプライシングの１つ以上の態様を調節する。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、変異転写物配列への天然スプライシングを回復させる。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、標的転写物の選択的スプライシングをもたらす。
実施形態では、ＡＣハイブリダイゼーションは、１つ以上のエクソンのエクソン包含又はエクソンスキッピングをもたらす。実施形態において、エクソンスキッピングは、得られたｍＲＮＡから発現されるタンパク質の活性を増加させる。実施形態において、エクソンスキッピングは、得られたｍＲＮＡから発現されるタンパク質の活性を減少させる。実施形態において、１つ以上のエクソンをスキップすることは、ｍＲＮＡ転写物におけるフレームシフトを誘導する。実施形態において、フレームシフトは、減少した活性を有するタンパク質をコードするｍＲＮＡをもたらす。実施形態において、フレームシフトは、短縮又は非機能的タンパク質をもたらす。実施形態では、１つ以上のエクソンをスキップすることは、ｍＲＮＡにおける未成熟終止コドンの導入をもたらす。実施形態では、１つ以上のエクソンをスキップすることは、ナンセンス媒介分解によるｍＲＮＡ転写物の分解をもたらす。実施形態では、スキッピングされたエクソン配列は、核酸欠失、置換、又は挿入を含む。実施形態では、スキッピングされたエクソンは、配列変異を含まない。実施形態では、標的プレｍＲＮＡ転写物内の標的ヌクレオチド配列へのアンチセンスオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションは、異なるタンパク質アイソフォームの発現をもたらす。
実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、成熟ｍＲＮＡ分子におけるイントロン配列の包含を防止する。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、タンパク質アイソフォームの発現の増加をもたらす。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、タンパク質アイソフォームの発現の減少をもたらす。実施形態では、標的転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣハイブリダイゼーションは、タンパク質の不活性断片を含む再スプライシングされたタンパク質の発現をもたらす。
実施形態において、ＡＣはＤＮＡを含み、標的転写物へのＡＣのハイブリダイゼーションは、ＲＮａｓｅ Ｈを介した転写物分解をもたらす。実施形態において、ＡＣは、ＲＮａｓｅ Ｈ活性を支持しないように設計されたヌクレオチド修飾を含む。ＲＮａｓｅ Ｈ活性を支持しないアンチセンス化合物のヌクレオチド修飾は公知であり、２’－Ｏ－メトキシエチル／ホスホロチオエート（ＭＯＥ）修飾が挙げられるが、これらに限定されない。有利なことに、ＭＯＥ修飾を有するＡＣは、標的ＲＮＡに対する親和性を増加させ、ヌクレアーゼ安定性を増加させる。
実施形態において、ＡＣは、立体ブロッキングを介して転写、翻訳、又はタンパク質発現を調節することができる。以下の総説、すなわち、Ｒｏｂｅｒｔｓら，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（２０２０）１９：６７３－６９４は、立体遮断の機構及びその適用を記載しており、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
ＡＣの有効性は、それらの投与によってもたらされるアンチセンス活性を評価することによって評価することができる。本明細書で使用される場合、「アンチセンス活性」という用語は、アンチセンス化合物のその標的ヌクレオチド配列へのハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能及び／又は測定可能な活性を指す。そのような検出及び／又は測定は、直接的又は間接的であってもよい。実施形態では、アンチセンス活性は、目的の転写物から発言されたタンパク質の量を検出及び／又は測定することによって評価される。実施形態では、アンチセンス活性は、目的の転写物の量を検出及び／又は測定することによって評価される。実施形態において、アンチセンス活性は、選択的にスプライシングされたＲＮＡの量及び／又は標的転写物から翻訳されたタンパク質アイソフォームの量を検出及び／又は測定することによって評価される。実施形態において、アンチセンス活性は、目的の遺伝子によって調節される下流の転写物及び／又はタンパク質の量を検出及び／又は測定することによって評価される。
アンチセンス化合物の設計
ＡＣの設計は、標的遺伝子に依存する。ＡＣを特定の標的ヌクレオチド配列に標的化することは、多段階プロセスであり得る。このプロセスは、通常、目的の遺伝子の同定から始まる。目的の遺伝子の転写物を分析し、標的ヌクレオチド配列を同定する。実施形態において、標的ヌクレオチド配列は、スプライスエレメント及び／又はスプライス調節エレメントの少なくとも一部を含む。実施形態では、標的遺伝子はＩＲＦ－５である。実施形態では、標的遺伝子はＧＹＳ１である。実施形態では、標的遺伝子はＤＵＸ４である。
ＡＣの設計は、標的遺伝子に依存する。ＡＣを特定の標的ヌクレオチド配列に標的化することは、多段階プロセスであり得る。このプロセスは、通常、目的の遺伝子の同定から始まる。目的の遺伝子の転写物を分析し、標的ヌクレオチド配列を同定する。実施形態において、標的ヌクレオチド配列は、スプライスエレメント及び／又はスプライス調節エレメントの少なくとも一部を含む。実施形態では、標的遺伝子はＩＲＦ－５である。実施形態では、標的遺伝子はＧＹＳ１である。実施形態では、標的遺伝子はＤＵＸ４である。
当業者は、アンチセンス活性をもたらす配列を同定するために、異なる核酸塩基配列のＡＣを設計し、合成し、スクリーニングすることができるであろう。例えば、標的遺伝子の発現を阻害するアンチセンス化合物を設計することができる。予め選択された標的核酸及び／又は標的遺伝子に対するアンチセンス活性についてＡＣを設計、合成及びスクリーニングする方法は、例えば、Ｓｔａｎｌｅｙ Ｔ．Ｃｒｏｏｋｅ、ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ、Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ、Ｆｌｏｒｉｄａによって編集された「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｄｒｕｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ，Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ，ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」に見出すことができ、これは任意の目的のためにその全体が参照により組み込まれる。
ＡＣ構造
ＡＣは、オリゴヌクレオチド及び／又はオリゴヌクレオシドを含む。オリゴヌクレオチド及び／又はオリゴヌクレオシドは、ヌクレオシド間結合を介して連結されたヌクレオシドである。ヌクレオシドは、ペントース糖（例えば、リボース又はデオキシリボース）及び糖に共有結合した窒素塩基を含む。ＤＮＡ及び／又はＲＮＡにおいて見出される天然に存在する（伝統的な）塩基は、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）である。ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ中に見出される天然に存在する（伝統的な）糖は、デオキシリボース（ＤＮＡ）及びリボース（ＲＮＡ）である。天然に存在する（伝統的な）ヌクレオシド結合は、ホスホジエステル結合である。実施形態において、本開示のＡＣは、全ての天然の糖、塩基、及びヌクレオシド間結合を有し得る。
ＡＣは、オリゴヌクレオチド及び／又はオリゴヌクレオシドを含む。オリゴヌクレオチド及び／又はオリゴヌクレオシドは、ヌクレオシド間結合を介して連結されたヌクレオシドである。ヌクレオシドは、ペントース糖（例えば、リボース又はデオキシリボース）及び糖に共有結合した窒素塩基を含む。ＤＮＡ及び／又はＲＮＡにおいて見出される天然に存在する（伝統的な）塩基は、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）である。ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ中に見出される天然に存在する（伝統的な）糖は、デオキシリボース（ＤＮＡ）及びリボース（ＲＮＡ）である。天然に存在する（伝統的な）ヌクレオシド結合は、ホスホジエステル結合である。実施形態において、本開示のＡＣは、全ての天然の糖、塩基、及びヌクレオシド間結合を有し得る。
化学的に修飾されたヌクレオシドは、ヌクレアーゼ耐性、薬物動態又は標的ＲＮＡに対する親和性などの１つ以上の特性を増強するために、アンチセンス化合物への組み込みに日常的に使用される。実施形態において、本開示のＡＣは、１つ以上の修飾ヌクレオシドを有し得る。実施形態において、本開示のＡＣは、１つ以上の修飾糖を有し得る。実施形態において、本開示のＡＣは、１つ以上の修飾塩基を有し得る。実施形態において、本開示のＡＣは、１つ以上の修飾ヌクレオシド間結合を有し得る。
一般に、核酸塩基は、別の核酸の塩基に水素結合することができる１つ以上の原子又は原子群を含有する任意の基である。「非修飾」又は「天然」核酸塩基（Ａ、Ｇ、Ｔ、Ｃ、及びＵ）に加えて、多くの修飾核酸塩基又は核酸塩基模倣物が当業者に公知であり、本明細書に記載される化合物に適している。一般に、修飾核酸塩基は、例えば、７－デアザプリン、５－メチルシトシン、２－チオ－ｄＴ（図３）、又はＧ－クランプなどの親核酸塩基と構造がかなり類似した核酸塩基を指す。一般に、核酸塩基模倣物は、修飾核酸塩基よりも複雑な構造を含む核酸塩基（例えば、三環式フェノキサジン核酸塩基模倣物など）である。上記修飾核酸塩基の調製方法は、当業者に周知である。
実施形態において、ＡＣは、修飾された糖部分を有する１つ以上のヌクレオシドを含み得る。実施形態において、天然ヌクレオシドのフラノシル糖は、２’修飾、拘束されたヌクレオシドを作製するための修飾、及びその他を有してもよい（図３を参照されたい）。例えば、実施形態では、天然ヌクレオシドのフラノシル糖環は、限定するものではないが、置換基の付加、二環式核酸（ＢＮＡ）又はロックド核酸を形成するための２個の非ジェミナル環原子の架橋、フラノシル環の酸素をＣ若しくはＮで交換すること、及び／又はそのような原子若しくは基の置換（図３参照）などのいくつかの方法で修飾することができる。修飾糖は周知であり、その標的ヌクレオチド配列に対するＡＣの親和性を増加又は減少させるために使用することができる。修飾糖はまた、ヌクレアーゼに対するＡＣ耐性を増加させるために使用され得る。糖はまた、とりわけ糖模倣基で置換され得る。実施形態において、ＡＣのヌクレオシドの１つ以上の糖は、図３において１９として示されるメチレンモルホリン環で置換される。
実施形態において、ＡＣは、修飾された二環式修飾糖（ＢＮＡ、架橋核酸と呼ばれることもある）を有する１つ以上のヌクレオシドを含み得る。ＢＮＡの例としては、ＬＮＡ（４’－（ＣＨ２）－Ｏ－２’架橋）、２’－チオ－ＬＮＡ（４’－（ＣＨ２）－Ｓ－２’架橋）、２’－アミノ－ＬＮＡ（４’－（ＣＨ２）－ＮＲ－２’架橋）、ＥＮＡ（４’－（ＣＨ２）２－Ｏ－２’架橋）、４’－（ＣＨ２）３－２’架橋ＢＮＡ、４’－（ＣＨ２ＣＨ（ＣＨ３））－２’架橋ＢＮＡ’’ｃＥｔ（４’－（ＣＨ（ＣＨ３）－Ｏ－２’架橋）、及びｃＭＯＥ ＢＮＡ（４’－（ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）－Ｏ－２’架橋）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの例を図３に示す。ＢＮＡが調製されており、特許文献並びに科学文献に開示されている（例えば、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａら，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．（２００７），ＡＣＳ Ａｄｖａｎｃｅｄ ｏｎｌｉｎｅ ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ，１０．１０２１／ｊａ０７１１０６ｙ；Ａｌｂａｅｋら，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．（２００６），７１，７７３１－７７４０；Ｆｌｕｉｔｅｒら，Ｃｈｅｍｂｉｏｃｈｅｍ（２００５），６，１１０４－１１０９；Ｓｉｎｇｈら，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．（１９９８），４，４５５－４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ（１９９８），５４，３６０７－３６３０；Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．（２０００），９７，５６３３－５６３８；Ｋｕｍａｒら，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．（１９９８），８，２２１９－２２２２；国際公開第９４／１４２２６号、国際公開第２００５／０２１５７０号、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．（１９９８），６３，１００３５－１００３９；国際公開第２００７／０９００７１号、米国特許第７，０５３，２０７号；同第６，２６８，４９０号、同第６，７７０，７４８号、同第６，７９４，４９９号、同第７，０３４，１３３号、及び同第６，５２５，１９１号、並びに米国公開特許公報第２００４－０１７１５７０号、同第２００４－０２１９５６５号、同第２００４－００１４９５９号、同第２００３～０２０７８４１号、同第２００４－０１４３１１４号、及び同第２００３００８２８０７号が挙げられる。
実施形態において、ＡＣは、ロックド核酸（Locked Nucleic Acid、ＬＮＡ）を含む１つ以上のヌクレオシドを含む。ＬＮＡにおいて、リボシル糖環の２’－ヒドロキシル基が糖環の４’炭素原子に連結され、それによって２’－Ｃ，４’－Ｃ－オキシメチレン連結を形成して、二環式糖部分を形成する（Ｅａｙａｄｉら，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ（２００１），２，５５８－５６１；Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．（２００１），８，１－７；及びＯｒｕｍら，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．（２００１），３，２３９－２４３；米国特許第６，２６８，４９０号及び同第６，６７０，４６１号も参照されたい）。結合は、２’酸素原子と４’炭素原子とを架橋するメチレン（－ＣＨ２－）基であり得、二環式部分に対してＬＮＡという用語が使用され、この位置のエチレン基の場合、ＥＮＡ（商標）という用語が使用される（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．（１９９８），４，４５５－４５６；ＥＮＡ（商標）：Ｍｏｒｉｔａら，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００３），１１，２２１１－２２２６）。ＬＮＡ及び他の二環式糖類似体は、相補的ＤＮＡ及びＲＮＡに対する非常に高い二本鎖熱安定性（Ｔｍ＝＋３から＋１０℃）、３’－エキソヌクレアーゼ分解に対する安定性、及び良好な溶解特性を示す。ＬＮＡを含有する強力で非毒性のアンチセンスオリゴヌクレオチドが記載されている（Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．（２０００），９７，５６３３－５６３８）。
同様に研究されているＬＮＡの異性体は、３’－エキソヌクレアーゼに対して優れた安定性を有することがわかっているアルファ－Ｌ－ＬＮＡである。アルファ－Ｌ－ＬＮＡは、強力なアンチセンス活性を示すアンチセンスギャップマー及びキメラに組み込まれた（Ｆｒｉｅｄｅｎら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（２００３），２１，６３６５－６３７２）。
ＬＮＡモノマーアデニン、シトシン、グアニン、５－メチル－シトシン、チミン及びウラシルの合成及び調製、並びにそれらのオリゴマー化、及び核酸認識特性が記載されている（Ｋｏｓｈｋｉｎら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ（１９９８），５４，３６０７－３６３０）。ＬＮＡ及びその調製は、国際公開第９８／３９３５２号及び国際公開第９９／１４２２６号にも記載されている。
ホスホロチオエート－ＬＮＡ及び２’－チオ－ＬＮＡなどのＬＮＡの類似体も調製されている（Ｋｕｍａｒら，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．， １９９８，８，２２１９－２２２２）。核酸ポリメラーゼの基質としてオリゴデオキシリボヌクレオチド二本鎖を含有するＬＮＡ類似体の調製も記載されている（国際公開第９９／１４２２６号）。更に、立体構造的に制限された高親和性オリゴヌクレオチド類似体である２’－アミノ－ＬＮＡの合成が記載されている（Ｓｉｎｇｈら，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．（１９９８），６３，１００３５－１００３９）。更に、２’－アミノ及び２’－メチルアミノ－ＬＮＡが調製されており、相補的なＲＮＡ鎖及びＤＮＡ鎖とのそれらの二重鎖の熱的安定性が以前に報告されている。
実施形態では、アンチセンス化合物は、「トリシクロ－ＤＮＡ（ｔｃ－ＤＮＡ）」であり、これは、各ヌクレオチドがシクロプロパン環の導入によって修飾されて骨格の立体配座の柔軟性を制限し、ねじれ角γの骨格形状を増強する、拘束されたＤＮＡ類似体のクラスを指す。ホモ塩基性アデニン及びチミン含有ｔｃ－ＤＮＡは、相補的ＲＮＡに対して非常に安定なＡ－Ｔ塩基対を形成する。
修飾糖の調製方法は、当業者に周知である。このような修飾糖の調製を教示するいくつかの代表的な特許及び刊行物としては、米国特許第４，９８１，９５７号、同第５，１１８，８００号、同第５，３１９，０８０号、同第５，３５９，０４４号、同第５，３９３，８７８号、同第５，４４６，１３７号、同第５，４６６，７８６号、同第５，５１４，７８５号、同第５，５１９，１３４号、同第５，５６７，８１１号、同第５，５７６，４２７号、同第５，５９１，７２２号、同第５，５９７，９０９号、同第５，６１０，３００号、同第５，６２７，０５３号、同第５，６３９，８７３号、同第５，６４６，２６５号、同第５，６５８，８７３号、同第５，６７０，６３３号、同第５，７９２，７４７号、同第５，７００，９２０号、及び同第６，６００，０３２号、並びに国際公開第２００５／１２１３７１号が挙げられるが、これらに限定されない。
ヌクレオシド間結合
ヌクレオシド又はそうでなければ修飾モノマー単位を一緒に連結し、それによってオリゴヌクレオチド及び／又はＡＣを含有するオリゴヌクレオチドを形成するヌクレオシド間連結基が本明細書に記載される。ＡＣは、天然に存在するヌクレオシド間結合、非天然のヌクレオシド間結合、又はその両方を含み得る。
ヌクレオシド又はそうでなければ修飾モノマー単位を一緒に連結し、それによってオリゴヌクレオチド及び／又はＡＣを含有するオリゴヌクレオチドを形成するヌクレオシド間連結基が本明細書に記載される。ＡＣは、天然に存在するヌクレオシド間結合、非天然のヌクレオシド間結合、又はその両方を含み得る。
天然に存在するＤＮＡ及びＲＮＡにおいて、ヌクレオシド間連結基は、隣接するヌクレオシドを互いに共有結合させて線状ポリマー化合物を形成するホスホジエステルである。天然に存在するＤＮＡ及びＲＮＡにおいて、ホスホジエステルは、糖の２’、３’又は５’ヒドロキシル部分に連結される。オリゴヌクレオチド内で、リン酸基は、一般に、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間骨格を形成するとみなされている。天然に存在するＤＮＡ及びＲＮＡにおいて、ＲＮＡ及びＤＮＡの結合又は骨格は、３’～５’ホスホジエステル結合である。実施形態において、ＡＣのヌクレオシド間連結基は、ホスホジエステルである。実施形態において、ＡＣのヌクレオシド間連結基は、３’～５’ホスホジエステル結合である。
非天然のヌクレオシド間連結基の２つの主要なクラスは、リン原子の有無によって定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホルアミデート、及びホスホロチオエートが挙げられるが、これらに限定されない。代表的な非リン含有ヌクレオシド間結合基としては、メチレンメチルイミノ（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－）、チオジエステル（－Ｏ－Ｃ（Ｏ）－Ｓ－）、チオノカルバメート（－Ｏ－Ｃ（Ｏ）（ＮＨ）－Ｓ－）、シロキサン（－Ｏ－Ｓｉ（Ｈ２－Ｏ－）、及びＮ，Ｎ’－ジメチルヒドラジン（－ＣＨ２－Ｎ（ＣＨ３－Ｎ（ＣＨ３）－）が挙げられるが、これらに限定されない。リンヌクレオシド間結合基を有するＡＣは、オリゴヌクレオチドと呼ばれる。非リンヌクレオシド間結合基を有するアンチセンス化合物は、オリゴヌクレオシドと呼ばれる。修飾ヌクレオシド間結合を用いて、天然のホスホジエステル結合と比較して、アンチセンス化合物のヌクレアーゼ耐性を変化させる（典型的には増加させる）ことができる。キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ、キラル、又は混合物として調製することができる。代表的なキラルヌクレオシド間結合としては、アルキルホスホネート及びホスホロチオエートが挙げられるが、これらに限定されない。リン含有及び非リン含有結合の調製方法は、当業者に周知である。
実施形態において、修飾糖及び／又は修飾核酸塩基を有する２つ以上のヌクレオシドは、ホスホルアミデートを使用して連結され得る。実施形態において、メチレンモルホリン環を有する２つ以上のヌクレオシドは、Ｂ１及びＢ２が修飾核酸塩基又は天然核酸塩基である図３において２０として示されるように、ホスホルアミデートヌクレオシド間結合を介して接続され得る。ホスホルアミデートヌクレオシド間結合を介して連結されたメチレンモルホリン環を有する核酸塩基を含むアンチセンス化合物は、ホスホルアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）と称され得る。
共役基
実施形態において、ＡＣは、１つ以上のコンジュゲート基の共有結合によって修飾することができる。一般に、コンジュゲート基は、限定するものではないが、薬力学、薬物動態学、結合、吸収、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスなどの、付着したＡＣの１つ以上の特性を改変する。コンジュゲート基は化学分野で日常的に使用されており、直接又は任意選択の連結部分若しくは連結基を介してＡＣなどの親化合物に連結される。コンジュゲート基としては、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン及び色素が挙げられるが、これらに限定されない。実施形態では、コンジュゲート基はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）であり、ＰＥＧはＡＣ又はＣＰＰ（ＣＰＰは本明細書の他の箇所で考察される）のいずれかにコンジュゲートされる。
実施形態において、ＡＣは、１つ以上のコンジュゲート基の共有結合によって修飾することができる。一般に、コンジュゲート基は、限定するものではないが、薬力学、薬物動態学、結合、吸収、細胞分布、細胞取り込み、電荷及びクリアランスなどの、付着したＡＣの１つ以上の特性を改変する。コンジュゲート基は化学分野で日常的に使用されており、直接又は任意選択の連結部分若しくは連結基を介してＡＣなどの親化合物に連結される。コンジュゲート基としては、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、葉酸、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン及び色素が挙げられるが、これらに限定されない。実施形態では、コンジュゲート基はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）であり、ＰＥＧはＡＣ又はＣＰＰ（ＣＰＰは本明細書の他の箇所で考察される）のいずれかにコンジュゲートされる。
実施形態では、コンジュゲート基は、脂質部分、例えば、コレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８９），８６，６５５３）；コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．（１９９４），４，１０５３）；チオエーテル、例えば、ヘキシル－Ｓ－トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９２），６６０，３０６；Ｍａｎｏｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．， Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔ．（１９９３），３，２７６５）；チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９２），２０，５３３）；脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオール又はウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ－Ｂｅｈｍｏａｒａｓら，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０，１１１；カバノフら、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．（１９９０），２５９，３２７；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋら，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ（１９９３），７５，４９）；リン脂質、例えば、ジ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロール又はトリエチルアンモニウム－１，２－ジ－Ｏ－ヘキサデシル－ｒａｃ－グリセロ－３－Ｈ－ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．（１９９５），３６，３６５１；Ｓｈｅａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９０），１８，３７７７）；ポリアミン又はポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎら，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ（１９９５），１４，９６９）；アダマンタン酢酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．（１９９５），３６，３６５１）；パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａら，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ．（１９９５），１２６４，２２９）；又はオクタデシルアミン若しくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅら、Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．（１９９６），２７７，９２３）を含む。
アンチセンス化合物の種類
例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、アンタゴｍｉｒ、アプタマー、リボザイム、スーパーｍｉｒ、ｍｉＲＮＡ模倣物、ｍｉＲＮＡ阻害剤、又はそれらの組み合わせを含む、様々なタイプのＡＣを使用し得る。
例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、アンタゴｍｉｒ、アプタマー、リボザイム、スーパーｍｉｒ、ｍｉＲＮＡ模倣物、ｍｉＲＮＡ阻害剤、又はそれらの組み合わせを含む、様々なタイプのＡＣを使用し得る。
アンチセンスオリゴヌクレオチド
様々な実施形態では、アンチセンス化合物（ＡＣ）は、標的ヌクレオチド配列に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド（AntiSense Oligonucleotide、ＡＳＯ）である。「アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）」又は単に「アンチセンス」という用語は、標的ヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドを含むことを意味する。この用語はまた、所望の標的ヌクレオチド配列に完全に相補的でなくてもよいＡＳＯを包含する。ＡＳＯは、選択された標的ヌクレオチド配列又は標的遺伝子に相補的なＤＮＡ及び／又はＲＮＡの一本鎖を含む。ＡＳＯは、１つ以上の修飾ＤＮＡ及び／若しくはＲＮＡ塩基、修飾糖、並びに／又は非天然ヌクレオシド間結合を含んでもよい。実施形態において、ＡＳＯは、１つ以上のホスホルアミデートヌクレオシド間結合を含んでもよい。実施形態において、ＡＳＯは、ホスホルアミデートモルフォリノオリゴマー（ＰＭＯ）である。ＡＳＯは、任意の特徴を有し得、任意の長さであり得、任意のスプライスエレメントに結合し得、そしてＡＣに関して記載されるような任意の機構をもたらし得る。実施形態では、ＡＳＯは、エクソンスキッピングを誘導して、未成熟終止コドンを導入し、最終的に、標的転写物のナンセンス媒介分解をもたらす。実施形態では、ＡＳＯはＰＭＯであり、エクソンスキッピングを誘導して未成熟終止コドンを導入し、最終的に標的転写物のナンセンス媒介分解をもたらす。
様々な実施形態では、アンチセンス化合物（ＡＣ）は、標的ヌクレオチド配列に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチド（AntiSense Oligonucleotide、ＡＳＯ）である。「アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）」又は単に「アンチセンス」という用語は、標的ヌクレオチド配列に相補的なオリゴヌクレオチドを含むことを意味する。この用語はまた、所望の標的ヌクレオチド配列に完全に相補的でなくてもよいＡＳＯを包含する。ＡＳＯは、選択された標的ヌクレオチド配列又は標的遺伝子に相補的なＤＮＡ及び／又はＲＮＡの一本鎖を含む。ＡＳＯは、１つ以上の修飾ＤＮＡ及び／若しくはＲＮＡ塩基、修飾糖、並びに／又は非天然ヌクレオシド間結合を含んでもよい。実施形態において、ＡＳＯは、１つ以上のホスホルアミデートヌクレオシド間結合を含んでもよい。実施形態において、ＡＳＯは、ホスホルアミデートモルフォリノオリゴマー（ＰＭＯ）である。ＡＳＯは、任意の特徴を有し得、任意の長さであり得、任意のスプライスエレメントに結合し得、そしてＡＣに関して記載されるような任意の機構をもたらし得る。実施形態では、ＡＳＯは、エクソンスキッピングを誘導して、未成熟終止コドンを導入し、最終的に、標的転写物のナンセンス媒介分解をもたらす。実施形態では、ＡＳＯはＰＭＯであり、エクソンスキッピングを誘導して未成熟終止コドンを導入し、最終的に標的転写物のナンセンス媒介分解をもたらす。
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、タンパク質合成の有効かつ標的化された阻害剤であることが実証されており、したがって、標的遺伝子によるタンパク質合成を特異的に阻害するために使用され得る。タンパク質合成を阻害するためのＡＳＯの有効性は十分に証明されている。今日まで、これらの化合物は、炎症性疾患、がん、及びＨＩＶのモデルなどのいくつかのインビトロ及びインビボモデルにおいて有望であることがわかっている（Ａｇｒａｗａｌ，Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ．（１９９６），１４：３７６－３８７）。アンチセンスはまた、染色体ＤＮＡと特異的にハイブリダイズすることによって細胞活性に影響を及ぼし得る。
ＡＳＯを産生する方法は、当技術分野において公知であり、本開示の標的ヌクレオチド配列に結合するＡＳＯを産生するように容易に適合させることができる。所与の標的ヌクレオチド配列に特異的なＡＳＯ配列の選択は、選択された標的ヌクレオチド配列の分析と、二次構造、Ｔｍ、結合エネルギー及び相対安定性の決定とに基づく。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、宿主細胞における標的ヌクレオチド配列への特異的結合を減少させるか又は妨げる二量体、ヘアピン又は他の二次構造を形成することが相対的に不可能であることに基づいて選択され得る。これらの二次構造解析及び標的部位選択の検討は、例えば、ＯＬＩＧＯプライマー解析ソフトウェアのバージョン４（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｉｎｓｉｇｈｔｓ）及び／又はＢＬＡＳＴＮ ２．０．５アルゴリズムソフトウェア（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９９７，２５（１７）：３３８９－４０２）を使用して実施できる。
ＲＮＡ干渉
実施形態において、ＡＣは、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介する分子を含む。本明細書で使用される場合、「ＲＮＡｉを媒介する」という語句は、配列特異的な態様で、標的転写物をサイレンシングする能力をいう。理論に束縛されることを望むものではないが、サイレンシングは、ＲＮＡｉ機構又はプロセス及びガイドＲＮＡ、例えば、約２１から約２３ヌクレオチドのｓｉＲＮＡ及び／又はｍｉＲＮＡ化合物を使用すると考えられる。実施形態では、ＡＣは、分解のために標的転写物を標的化する。このように、実施形態では、ＲＮＡｉ分子を使用して、目的の遺伝子又はポリヌクレオチドの発現を阻害し得る。実施形態において、ＲＮＡｉ分子は、プレｍＲＮＡ又は成熟ｍＲＮＡなどの標的転写物の分解を誘導するために使用される。
実施形態において、ＡＣは、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を媒介する分子を含む。本明細書で使用される場合、「ＲＮＡｉを媒介する」という語句は、配列特異的な態様で、標的転写物をサイレンシングする能力をいう。理論に束縛されることを望むものではないが、サイレンシングは、ＲＮＡｉ機構又はプロセス及びガイドＲＮＡ、例えば、約２１から約２３ヌクレオチドのｓｉＲＮＡ及び／又はｍｉＲＮＡ化合物を使用すると考えられる。実施形態では、ＡＣは、分解のために標的転写物を標的化する。このように、実施形態では、ＲＮＡｉ分子を使用して、目的の遺伝子又はポリヌクレオチドの発現を阻害し得る。実施形態において、ＲＮＡｉ分子は、プレｍＲＮＡ又は成熟ｍＲＮＡなどの標的転写物の分解を誘導するために使用される。
実施形態において、ＡＣは、ＲＮＡｉ応答を誘発する低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を含む。実施形態において、ＡＣは、ＲＮＡｉ応答を誘発するマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）を含む。
低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）は、ＲＮＡｉ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）として知られる細胞質多タンパク質複合体と会合することができる、通常約１６から約３０ヌクレオチド長の核酸二本鎖である。ｓｉＲＮＡがロードされたＲＩＳＣは、相同な転写物の分解を媒介するため、ｓｉＲＮＡは、高い特異性でタンパク質発現をノックダウンするように設計することができる。他のアンチセンス技術とは異なり、ｓｉＲＮＡは、非コードＲＮＡを介して遺伝子発現を制御するように進化した天然の機構を介して機能する。例えば、ｄｅ Ｆｏｕｇｅｒｏｌｌｅｓ，Ａ．ら，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ（２００７）６：４４３－４５３に記載されているように、臨床的に関連する標的を標的化するｓｉＲＮＡなどの様々なＲＮＡｉ試薬が、現在医薬開発中である。
ｓｉＲＮＡ及びｍｉＲＮＡ構築物は、標的タンパク質に対する任意のヌクレオチド配列を用いて合成することができるので、ＲＮＡｉの治療用途は極めて広い。今日まで、ｓｉＲＮＡ構築物は、インビトロ及びインビボモデルの両方において、並びに臨床研究において、標的タンパク質を特異的に下方制御する能力を示している。
最初に記載されたＲＮＡｉ分子は、ＲＮＡセンス鎖とＲＮＡアンチセンス鎖の両方を含むＲＮＡ：ＲＮＡハイブリッドであったが、今では、ＤＮＡセンス：ＲＮＡアンチセンスハイブリッド、ＲＮＡセンス：ＤＮＡアンチセンスハイブリッド、及びＤＮＡ：ＤＮＡハイブリッドは、ＲＮＡｉを媒介することができることが立証されている（Ｌａｍｂｅｒｔｏｎ，Ｊ．Ｓ．ａｎｄ Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ，Ａ．Ｔ．，（２００３）Ｊ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２４：１１１－１１９）。ＲＮＡセンス鎖及びＲＮＡアンチセンス鎖の両方を含むＲＮＡハイブリッドでは、ＤＮＡセンス：ＲＮＡアンチセンスハイブリッド、ＲＮＡセンス：ＤＮＡアンチセンスハイブリッド、及びＤＮＡ：ＤＮＡハイブリッドは、ＲＮＡｉを媒介することができることが示されている（Ｌａｍｂｅｒｔｏｎ，Ｊ．Ｓ．ａｎｄ Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ，Ａ．Ｔ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（２００３），２４：１１１－１１９）。実施形態では、これらの異なるタイプの二本鎖分子のいずれかを含むＲＮＡｉ分子が使用される。更に、ＲＮＡｉ分子は、様々な形態で使用され、細胞に導入され得ることが理解される。したがって、本明細書に記載するとおり、ＲＮＡｉ分子は、細胞においてＲＮＡｉを媒介することができるありとあらゆる分子、例えば、限定するものではないが、２本の別々の鎖（すなわちセンス鎖及びアンチセンス鎖）を含む二本鎖オリゴヌクレオチド（例えば、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ））；非ヌクレオチジルリンカーによって互いに連結された２本の別個の鎖を含む二本鎖オリゴヌクレオチド；二本鎖領域を形成する相補的配列のヘアピンループを含むオリゴヌクレオチド（例えば、ｓｈＲＮＡｉ分子）、及び、単独で又は別のポリヌクレオチドと組み合わせて二本鎖ポリヌクレオチドを形成することができる１つ以上のポリヌクレオチドを発現する発現ベクターを包含する。
本明細書で使用される「一本鎖ｓｉＲＮＡ化合物」は、単一分子から構成されるｓｉＲＮＡ化合物である。それは、鎖内対合によって形成される二本鎖領域を含み得、例えば、それは、ヘアピン又はパンハンドル構造であるか、又はそれを含み得る。一本鎖ｓｉＲＮＡ化合物は、標的分子に関してアンチセンスであり得る。
一本鎖ｓｉＲＮＡ化合物は、ＲＩＳＣに入り、標的ｍＲＮＡのＲＩＳＣ媒介性切断に関与することができるほど十分に長くてもよい。一本鎖ｓｉＲＮＡ化合物は、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、又は最大で約５０のヌクレオチド長である。特定の実施形態では、一本鎖ｓｉＲＮＡは、約２００未満、約１００未満、又は約６０未満のヌクレオチド長である。
ヘアピンｓｉＲＮＡ化合物は、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４若しくは２５の、又は、少なくとも約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４若しくは約２５のヌクレオチド対の二重鎖領域を有し得る。二本鎖領域は、約２００以下、約１００以下、又は約５０以下のヌクレオチド対長であり得る。特定の実施形態では、二本鎖領域の範囲は、約１５から約３０、約１７から約２３、約１９から約２３、及び約１９から約２１のヌクレオチド対長である。ヘアピンは、一本鎖オーバーハング又は末端不対領域を有し得る。特定の実施形態では、オーバーハングは、約２～約３ヌクレオチド長である。実施形態において、オーバーハングは、ヘアピンの同じ側にあり、実施形態において、ヘアピンのアンチセンス側にある。
「二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物」は、本明細書で使用される場合、鎖間ハイブリダイゼーションが二本鎖構造の領域を形成することができる２本以上の（場合によっては２本の）鎖を含むｓｉＲＮＡ化合物である。
二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物のアンチセンス鎖は、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、４０、若しくは６０の、又は、少なくとも約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２５、約３０、約４０、若しくは約６０のヌクレオチド長であり得る。それは、約２００以下、約１００以下、又は約５０以下のヌクレオチド長であり得る。範囲は、約１７から約２５、約１９から約２３、及び約１９から約２１のヌクレオチド長であり得る。本明細書で使用される場合、「アンチセンス鎖」という用語は、標的分子（例えば、標的転写物の標的ヌクレオチド配列）に十分に相補的であるｓｉＲＮＡ化合物の鎖を意味する。
二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物のセンス鎖は、長さが少なくとも約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２５、約３０、約４０、又は約６０のヌクレオチドであり得る。それは、約２００以下、約１００以下、又は約５０以下のヌクレオチド長であり得る。範囲は、約１７から約２５、約１９から約２３、及び約１９から約２１のヌクレオチド長であり得る。
二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物の二本鎖部分は、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、４０、若しくは６０の、又は、少なくとも約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約３０、約４０、又は約６０のヌクレオチド対長であり得、それは、約２００以下、約１００以下、又は約５０のヌクレオチド対長であり得る。範囲は、約１５から約３０、約１７から約２３、約１９から約２３、及び約１９から約２１のヌクレオチド対長であり得る。
実施形態では、ｓｉＲＮＡ化合物は、内因性分子によって（例えば、Ｄｉｃｅｒによって）切断されて、より小さいｓｉＲＮＡ化合物（例えば、ｓｉＲＮＡ剤）を産生することができるほど十分に大きい。
センス鎖及びアンチセンス鎖は、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物が分子の一端又は両端に一本鎖又は不対領域を含むように選択することができる。したがって、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物は、オーバーハング、例えば、１若しくは２個の５’若しくは３’オーバーハング、又は１から３個のヌクレオチドの３’オーバーハングを含有するように対合されたセンス鎖及びアンチセンス鎖を含有し得る。オーバーハングは、一方の鎖が他方の鎖よりも長いことの結果であり得、又は同じ長さの２個の鎖がずれていることの結果であり得る。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの３’オーバーハングを有することができる。実施形態では、ｓｉＲＮＡ分子の両末端は、３’オーバーハングを有することができる。実施形態において、オーバーハングは、２ヌクレオチドである。
実施形態では、二重鎖化領域の長さは、約１５から約３０、又は約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、又は約２３のヌクレオチド長、例えば、上記のｓｓｉＲＮＡ（粘着性オーバーハングを有するｓｉＲＮＡ）化合物の範囲である。ｓｓｉＲＮＡ化合物は、長さが類似する場合があり、長いｄｓｉＲＮＡからの天然のＤｉｃｅｒ処理産物を構築することができる。ｓｓｉＲＮＡ化合物の２本の鎖が連結される（例えば、共有結合される）実施形態も含まれる。実施形態では、ヘアピン、又は二本鎖領域を提供する他の一本鎖構造、及び３’オーバーハングが含まれる。
本明細書に記載されるｓｉＲＮＡ化合物、例えば、二本鎖ｓｉＲＮＡ化合物や一本鎖ｓｉＲＮＡ化合物は、標的ＲＮＡ、例えばｍＲＮＡ、例えばタンパク質をコードする遺伝子の転写物のサイレンシングを媒介することができる。本明細書では、便宜上、このようなｍＲＮＡはまた、サイレンシングされるｍＲＮＡとも呼ばれる。このような遺伝子は、標的遺伝子とも呼ばれる。一般に、サイレンシングされるＲＮＡは内因性遺伝子である。
実施形態において、ｓｉＲＮＡ化合物は、ｓｉＲＮＡ化合物が標的ｍＲＮＡによってコードされるタンパク質の産生をサイレンシングするように、標的転写物に「十分に相補的」である。実施形態では、ｓｉＲＮＡ化合物は、ｓｉＲＮＡ化合物が標的転写物によってコードされる遺伝子産物の産生をサイレンシングするように、標的転写物の少なくとも一部に「十分に相補的」である。別の実施形態において、ｓｉＲＮＡ化合物は、標的ヌクレオチド配列（例えば、標的転写物の一部）に「正確に相補的」であり、その結果、標的ヌクレオチド配列及びｓｉＲＮＡ化合物がアニールして、例えば、厳密に相補的な領域においてワトソン－クリック塩基対からのみからなるハイブリッドを形成する。標的ヌクレオチド配列に「十分に相補的」であることは、標的ヌクレオチド配列に厳密に相補的な（例えば、少なくとも約１０ヌクレオチドの）内部領域を含み得る。さらに、特定の実施形態では、ｓｉＲＮＡ化合物は、単一ヌクレオチドの差異を特異的に識別する。この場合、ｓｉＲＮＡ化合物は、厳密な相補性が単一ヌクレオチド差異の領域（例えば、その７ヌクレオチド以内）に見出される場合にのみＲＮＡｉを媒介する。
ｓｉＲＮＡ及びｍｉＲＮＡ構築物は、標的タンパク質に対する任意のヌクレオチド配列を用いて合成することができるので、ＲＮＡｉの治療用途は極めて広い。今日まで、ｓｉＲＮＡ構築物は、インビトロ及びインビボモデルの両方において、並びに臨床研究において、標的タンパク質を特異的に下方制御する能力を示している。
マイクロＲＮＡ
実施形態では、ＡＣは、マイクロＲＮＡ分子を含む。マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は、植物及び動物のゲノム中のＤＮＡから転写されるが、タンパク質に翻訳されない低分子ＲＮＡ分子の高度に保存されたクラスである。処理されたｍｉＲＮＡは、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に組み込まれる一本鎖１７～２５ヌクレオチドＲＮＡ分子であり、発生、細胞増殖、アポトーシス及び分化の重要な調節因子として同定されている。それらは、特定のｍＲＮＡの３’非翻訳領域に結合することによって遺伝子発現の調節において役割を果たすと考えられている。ＲＩＳＣは、翻訳阻害、転写切断、又はその両方を介して遺伝子発現の下方制御を媒介する。ＲＩＳＣはまた、様々な真核生物の核における転写サイレンシングにも関与している。
実施形態では、ＡＣは、マイクロＲＮＡ分子を含む。マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は、植物及び動物のゲノム中のＤＮＡから転写されるが、タンパク質に翻訳されない低分子ＲＮＡ分子の高度に保存されたクラスである。処理されたｍｉＲＮＡは、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）に組み込まれる一本鎖１７～２５ヌクレオチドＲＮＡ分子であり、発生、細胞増殖、アポトーシス及び分化の重要な調節因子として同定されている。それらは、特定のｍＲＮＡの３’非翻訳領域に結合することによって遺伝子発現の調節において役割を果たすと考えられている。ＲＩＳＣは、翻訳阻害、転写切断、又はその両方を介して遺伝子発現の下方制御を媒介する。ＲＩＳＣはまた、様々な真核生物の核における転写サイレンシングにも関与している。
アンタゴｍｉｒ
実施形態において、ＡＣは、アンタゴｍｉｒである。アンタゴｍｉｒは、ＲＮａｓｅ保護及び薬理学的特性（例えば、組織及び細胞の取り込みの増強）のための様々な修飾を有するＲＮＡ様オリゴヌクレオチドである。それらは、例えば、糖の完全２’－０－メチル化、ホスホロチオエート骨格、及び、例えば、３’末端のコレステロール部分に関して、正常なＲＮＡとは異なる。アンタゴｍｉｒは、アンタゴｍｉｒ及び内因性ｍｉＲＮＡを含む二重鎖を形成し、それによってｍｉＲＮＡ誘導性遺伝子サイレンシングを防止することによって、内因性ｍｉＲＮＡを効率的にサイレンシングするために使用することができる。アンタゴｍｉｒ媒介性ｍｉＲＮＡサイレンシングの例は、Ｋｒｕｔｚｆｅｌｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ（２００５），４３８：６８５－６８９（参照によりその全体が本明細書に明示的に組み込まれる）に記載されているｍｉＲ－１２２のサイレンシングである。アンタゴｍｉｒ ＲＮＡは、標準的な固相オリゴヌクレオチド合成プロトコルを使用して合成され得る（米国特許出願第１１／５０２，１５８号及び同第１１／６５７，３４１号；これらの各々の開示は、参照により本明細書に組み込まれる）。
実施形態において、ＡＣは、アンタゴｍｉｒである。アンタゴｍｉｒは、ＲＮａｓｅ保護及び薬理学的特性（例えば、組織及び細胞の取り込みの増強）のための様々な修飾を有するＲＮＡ様オリゴヌクレオチドである。それらは、例えば、糖の完全２’－０－メチル化、ホスホロチオエート骨格、及び、例えば、３’末端のコレステロール部分に関して、正常なＲＮＡとは異なる。アンタゴｍｉｒは、アンタゴｍｉｒ及び内因性ｍｉＲＮＡを含む二重鎖を形成し、それによってｍｉＲＮＡ誘導性遺伝子サイレンシングを防止することによって、内因性ｍｉＲＮＡを効率的にサイレンシングするために使用することができる。アンタゴｍｉｒ媒介性ｍｉＲＮＡサイレンシングの例は、Ｋｒｕｔｚｆｅｌｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ（２００５），４３８：６８５－６８９（参照によりその全体が本明細書に明示的に組み込まれる）に記載されているｍｉＲ－１２２のサイレンシングである。アンタゴｍｉｒ ＲＮＡは、標準的な固相オリゴヌクレオチド合成プロトコルを使用して合成され得る（米国特許出願第１１／５０２，１５８号及び同第１１／６５７，３４１号；これらの各々の開示は、参照により本明細書に組み込まれる）。
アンタゴｍｉｒは、リガンド結合モノマーサブユニット及びオリゴヌクレオチド合成のためのモノマーを含み得る。モノマーは、米国特許出願第１０／９１６，１８５号に記載されている。アンタゴｍｉｒは、ＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０７０７０号に記載されているようなＺＸＹ構造を有し得る。アンタゴｍｉｒは、両親媒性部分と複合体化され得る。オリゴヌクレオチド剤と共に使用するための両親媒性部分は、ＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００４／０７０７０号に記載されている。
アプタマー
実施形態では、ＡＣは、アプタマーを含む。アプタマーは、高い親和性及び特異性で目的の特定の分子に結合する核酸分子又はペプチド分子である（Ｔｕｅｒｋ ａｎｄ Ｇｏｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：５０５（１９９０）；Ｅｌｌｉｎｇｔｏｎ ａｎｄ Ｓｚｏｓｔａｋ，Ｎａｔｕｒｅ ３４６：８１８（１９９０））。大きなタンパク質から小さな有機分子に至る多くの異なる実体に結合するＤＮＡアプタマー又はＲＮＡアプタマーが成功裏に産生されている（Ｅａｔｏｎ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．（１９９７），１：１０－１６；Ｆａｍｕｌｏｋ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９９），９：３２４－９；及びＨｅｒｍａｎｎ ａｎｄ Ｐａｔｅｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０００），２８７：８２０－５を参照されたい）。アプタマーは、ＲＮＡ又はＤＮＡベースであってもよく、リボスイッチを含んでもよい。リボスイッチは、小標的分子に直接結合することができ、その標的の結合が遺伝子の活性に影響を及ぼすｍＲＮＡ分子の一部である。したがって、リボスイッチを含むｍＲＮＡは、その標的分子の有無に応じて、それ自体の活性の調節に直接的に関与する。一般に、アプタマーは、小分子、タンパク質、核酸、更には細胞、組織及び生物などの様々な分子標的に結合するように、インビトロ選択、すなわち、ＳＥＬＥＸ（指数関数的濃縮によるリガンドの系統的進化）の反復ラウンドを通して操作される。アプタマーは、合成法、組換え法、及び精製法をなどの任意の公知の方法によって調製することができ、単独で、又は同じ標的に特異的な他のアプタマーと組み合わせて使用することができる。更に、「アプタマー」という用語は、２つ以上の既知のアプタマーを所与の標的と比較することから導かれるコンセンサス配列を含有する「二次アプタマー」も含む。実施形態では、アプタマーは、細胞内標的を特異的に認識する「細胞内アプタマー」又は「イントラマー」である（Ｆａｍｕｌｏｋら，Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．（２００１），８（１０）：９３１－９３９；Ｙｏｏｎ ａｎｄ Ｒｏｓｓｉ，Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．（２０１８），１３４：２２－３５；それぞれ参照により本明細書に組み込まれる）。
実施形態では、ＡＣは、アプタマーを含む。アプタマーは、高い親和性及び特異性で目的の特定の分子に結合する核酸分子又はペプチド分子である（Ｔｕｅｒｋ ａｎｄ Ｇｏｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：５０５（１９９０）；Ｅｌｌｉｎｇｔｏｎ ａｎｄ Ｓｚｏｓｔａｋ，Ｎａｔｕｒｅ ３４６：８１８（１９９０））。大きなタンパク質から小さな有機分子に至る多くの異なる実体に結合するＤＮＡアプタマー又はＲＮＡアプタマーが成功裏に産生されている（Ｅａｔｏｎ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．（１９９７），１：１０－１６；Ｆａｍｕｌｏｋ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９９），９：３２４－９；及びＨｅｒｍａｎｎ ａｎｄ Ｐａｔｅｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０００），２８７：８２０－５を参照されたい）。アプタマーは、ＲＮＡ又はＤＮＡベースであってもよく、リボスイッチを含んでもよい。リボスイッチは、小標的分子に直接結合することができ、その標的の結合が遺伝子の活性に影響を及ぼすｍＲＮＡ分子の一部である。したがって、リボスイッチを含むｍＲＮＡは、その標的分子の有無に応じて、それ自体の活性の調節に直接的に関与する。一般に、アプタマーは、小分子、タンパク質、核酸、更には細胞、組織及び生物などの様々な分子標的に結合するように、インビトロ選択、すなわち、ＳＥＬＥＸ（指数関数的濃縮によるリガンドの系統的進化）の反復ラウンドを通して操作される。アプタマーは、合成法、組換え法、及び精製法をなどの任意の公知の方法によって調製することができ、単独で、又は同じ標的に特異的な他のアプタマーと組み合わせて使用することができる。更に、「アプタマー」という用語は、２つ以上の既知のアプタマーを所与の標的と比較することから導かれるコンセンサス配列を含有する「二次アプタマー」も含む。実施形態では、アプタマーは、細胞内標的を特異的に認識する「細胞内アプタマー」又は「イントラマー」である（Ｆａｍｕｌｏｋら，Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．（２００１），８（１０）：９３１－９３９；Ｙｏｏｎ ａｎｄ Ｒｏｓｓｉ，Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．（２０１８），１３４：２２－３５；それぞれ参照により本明細書に組み込まれる）。
リボザイム
実施形態では、ＡＣは、リボザイムである。リボザイムは、エンドヌクレアーゼ活性を有する特定の触媒ドメインを有するＲＮＡ分子複合体である（Ｋｉｍ ａｎｄ Ｃｅｃｈ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８７），８４（２４）：８７８８－９２；Ｆｏｒｓｔｅｒ ａｎｄ Ｓｙｍｏｎｓ，Ｃｅｌｌ（１９８７）２４，４９（２）：２１１－２０）。例えば、多数のリボザイムは、高度の特異性でリン酸エステル転移反応を加速し、多くの場合、オリゴヌクレオチド基質中のいくつかのリン酸エステルのうちの１つのみを切断する（Ｃｅｃｈら，Ｃｅｌｌ（１９８１），２７（３ Ｐｔ ２）：４８７－９６；Ｍｉｃｈｅｌ ａｎｄ Ｗｅｓｔｈｏｆ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９０），５，２１６（３）：５８５－６１０；Ｒｅｉｎｈｏｌｄ－Ｈｕｒｅｋ ａｎｄ Ｓｈｕｂ，Ｎａｔｕｒｅ（１９９２），１４，３５７（６３７４）：１７３－６）。この特異性は、基質が化学反応の前に特異的塩基対合相互作用を介してリボザイムの内部ガイド配列（Internal Guide Sequence、ＩＧＳ）に結合するという要件に起因している。
実施形態では、ＡＣは、リボザイムである。リボザイムは、エンドヌクレアーゼ活性を有する特定の触媒ドメインを有するＲＮＡ分子複合体である（Ｋｉｍ ａｎｄ Ｃｅｃｈ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８７），８４（２４）：８７８８－９２；Ｆｏｒｓｔｅｒ ａｎｄ Ｓｙｍｏｎｓ，Ｃｅｌｌ（１９８７）２４，４９（２）：２１１－２０）。例えば、多数のリボザイムは、高度の特異性でリン酸エステル転移反応を加速し、多くの場合、オリゴヌクレオチド基質中のいくつかのリン酸エステルのうちの１つのみを切断する（Ｃｅｃｈら，Ｃｅｌｌ（１９８１），２７（３ Ｐｔ ２）：４８７－９６；Ｍｉｃｈｅｌ ａｎｄ Ｗｅｓｔｈｏｆ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９０），５，２１６（３）：５８５－６１０；Ｒｅｉｎｈｏｌｄ－Ｈｕｒｅｋ ａｎｄ Ｓｈｕｂ，Ｎａｔｕｒｅ（１９９２），１４，３５７（６３７４）：１７３－６）。この特異性は、基質が化学反応の前に特異的塩基対合相互作用を介してリボザイムの内部ガイド配列（Internal Guide Sequence、ＩＧＳ）に結合するという要件に起因している。
天然に存在する酵素ＲＮＡの少なくとも６つの基本的な変種が現在知られている。各々は、生理学的条件下で、トランスのＲＮＡホスホジエステル結合の加水分解を触媒することができる（したがって、他のＲＮＡ分子を切断することができる）。一般に、酵素的核酸は、最初に標的ＲＮＡに結合することによって作用する。このような結合は、標的ＲＮＡを切断するように作用する分子の酵素部分に近接して保持される酵素的核酸の標的結合部分を介して生じる。したがって、酵素的核酸は、まず標的ＲＮＡを認識し、次いで相補的塩基対形成を介して標的ＲＮＡに結合し、そして一旦正しい部位に結合すると、酵素的に作用して標的ＲＮＡを切断する。このような標的ＲＮＡの戦略的切断によって、コードされたタンパク質の合成を指示するその能力が破壊される。酵素的核酸がそのＲＮＡ標的に結合して切断した後、それは別の標的を探すためにそのＲＮＡから放出され、新しい標的に繰り返し結合して切断することができる。
酵素的核酸分子は、例えば、ハンマーヘッド、ヘアピン、δ型肝炎ウイルス、グループＩイントロン又はＲＮａｓｅＰ ＲＮＡ（ＲＮＡガイド配列と会合している）又はＮｅｕｒｏｓｐｏｒａ ＶＳ ＲＮＡモチーフにおいて形成され得る。ハンマーヘッドモチーフの具体例は、Ｒｏｓｓｉ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９２），２０（１７）：４５５９－６５に記載されている。ヘアピンモチーフの例は、Ｈａｍｐｅｌら（欧州特許出願公開第０３６０２５７号）、Ｈａｍｐｅｌ ａｎｄ Ｔｒｉｔｚ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９８９），２８（１２）：４９２９－３３、Ｈａｍｐｅｌ ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９０），１８（２）：２９９－３０４及び米国特許第５，６３１，３５９号に記載されている。肝炎ウイルスモチーフの例は、Ｐｅｒｒｏｔｔａ ａｎｄ Ｂｅｅｎ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９２），３１（４７）：１１８４３－５２に記載されており、ＲＮａｓｅＰモチーフの例は、Ｇｕｅｒｒｉｅｒ－Ｔａｋａｄａら，Ｃｅｌｌ（１９８３），３５（３ Ｐｔ ２）：８４９－５７に記載されており、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ＶＳ ＲＮＡリボザイムモチーフは、Ｃｏｌｌｉｎｓ（Ｓａｖｉｌｌｅ ａｎｄ Ｃｏｌｌｉｎｓ，Ｃｅｌｌ（１９９０），６１（４）：６８５－９６；Ｓａｖｉｌｌｅ ａｎｄ Ｃｏｌｌｉｎｓ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９１），８８（１９）：８８２６－３０；Ｃｏｌｌｉｎｓ ａｎｄ Ｏｌｉｖｅ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９３），３２（ｌ ｌ）：２７９５－９）に記載されており、グループＩイントロンの例は、米国特許第４，９８７，０７１号に記載されている。実施形態では、酵素核酸分子は、標的遺伝子ＤＮＡ又はＲＮＡ領域の１つ以上に相補的な特異的基質結合部位を有し、その基質結合部位内又はその周囲に、ＲＮＡ切断活性を分子に付与するヌクレオチド配列を有する。したがって、リボザイム構築物は、本明細書で言及される特定のモチーフに限定される必要はない。
リボザイムは、各々が参照により本明細書に具体的に組み込まれる国際公開第９３／２３５６９号及び国際公開第９４／０２５９５号に記載されるように設計し、これらに記載されているように合成してインビトロ及びインビボで試験することができる。実施形態において、リボザイムは、標的転写物の標的ヌクレオチド配列に標的化される。
リボザイム活性は、リボザイム結合アームの長さを変化させるか、又は血清リボヌクレアーゼによるそれらの分解を防止する修飾を有するリボザイムを化学的に合成することによって増加させることができる（例えば、国際公開第９２／０７０６５号、国際公開第９３／１５１８７、国際公開第９１／０３１６２、欧州特許出願公開第９２１１０２９８．４号、米国特許第５，３３４，７１１号、及び米国特許第９４／１３６８８号（酵素ＲＮＡ分子の糖部分に対して行うことができる様々な化学修飾、細胞におけるそれらの有効性を増強する修飾、及びＲＮＡ合成時間を短縮し、化学的必要条件を減らすためのステムΠ塩基の除去を記載する）を参照されたい）。
スーパーｍｉｒ
実施形態では、ＡＣは、スーパーｍｉｒである。スーパーｍｉｒは、ｍｉＲＮＡと実質的に同一であり、その標的に対してアンチセンスであるヌクレオチド配列を有する、ＲＮＡ若しくはＤＮＡのポリマー若しくはその両方の一本鎖、二本鎖若しくは部分的に二本鎖のオリゴマー若しくはポリマー、又はそれらの修飾物を指す。この用語は、天然に存在する核酸塩基、糖及び共有ヌクレオシド間（骨格）結合から構成され、同様に機能する少なくとも１つの天然に存在しない部分を含有するオリゴヌクレオチドを含む。そのような修飾又は置換オリゴヌクレオチドは、例えば、細胞取り込みの増強、核酸標的に対する親和性の増強、及びヌクレアーゼの存在下での安定性の増加などの望ましい特性を有する。実施形態において、スーパーｍｉｒはセンス鎖を含まず、別の実施形態において、スーパーｍｉｒは有意な程度に自己ハイブリダイズしない。スーパーｍｉｒは二次構造を有し得るが、生理学的条件下では実質的に一本鎖である。実質的に一本鎖であるスーパーｍｉｒは、スーパーｍｉｒの約５０％未満（例えば、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満、又は約５％未満）がそれ自体と二本鎖化される程度に一本鎖である。スーパーｍｉｒは、ヘアピンセグメント（例えば、配列）を含み得、例えば、３’末端で自己ハイブリダイズして、二重鎖領域（例えば、少なくとも約１、約２、約３、若しくは約４、個のヌクレオチドからなる、又は約８個未満、約７個未満、約６個未満、若しくは約５個未満のヌクレオチドからなる、又は約５個のヌクレオチドからなる二重鎖領域）を形成することができる。二重鎖化領域は、リンカー、例えば、ヌクレオチドリンカー、例えば、約３、約４、約５又は約６ｄＴｓ、例えば、修飾ｄＴｓによって連結され得る。別の実施形態において、スーパーｍｉｒは、例えば、約５、約６、約７、約８、約９、又は約１０ヌクレオチド長のより短いオリゴと、例えば、３’及び５’末端の一方若しくは両方で、又はスーパーｍｉｒの一方の末端及び非末端若しくは中央で二本鎖化である。
実施形態では、ＡＣは、スーパーｍｉｒである。スーパーｍｉｒは、ｍｉＲＮＡと実質的に同一であり、その標的に対してアンチセンスであるヌクレオチド配列を有する、ＲＮＡ若しくはＤＮＡのポリマー若しくはその両方の一本鎖、二本鎖若しくは部分的に二本鎖のオリゴマー若しくはポリマー、又はそれらの修飾物を指す。この用語は、天然に存在する核酸塩基、糖及び共有ヌクレオシド間（骨格）結合から構成され、同様に機能する少なくとも１つの天然に存在しない部分を含有するオリゴヌクレオチドを含む。そのような修飾又は置換オリゴヌクレオチドは、例えば、細胞取り込みの増強、核酸標的に対する親和性の増強、及びヌクレアーゼの存在下での安定性の増加などの望ましい特性を有する。実施形態において、スーパーｍｉｒはセンス鎖を含まず、別の実施形態において、スーパーｍｉｒは有意な程度に自己ハイブリダイズしない。スーパーｍｉｒは二次構造を有し得るが、生理学的条件下では実質的に一本鎖である。実質的に一本鎖であるスーパーｍｉｒは、スーパーｍｉｒの約５０％未満（例えば、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満、又は約５％未満）がそれ自体と二本鎖化される程度に一本鎖である。スーパーｍｉｒは、ヘアピンセグメント（例えば、配列）を含み得、例えば、３’末端で自己ハイブリダイズして、二重鎖領域（例えば、少なくとも約１、約２、約３、若しくは約４、個のヌクレオチドからなる、又は約８個未満、約７個未満、約６個未満、若しくは約５個未満のヌクレオチドからなる、又は約５個のヌクレオチドからなる二重鎖領域）を形成することができる。二重鎖化領域は、リンカー、例えば、ヌクレオチドリンカー、例えば、約３、約４、約５又は約６ｄＴｓ、例えば、修飾ｄＴｓによって連結され得る。別の実施形態において、スーパーｍｉｒは、例えば、約５、約６、約７、約８、約９、又は約１０ヌクレオチド長のより短いオリゴと、例えば、３’及び５’末端の一方若しくは両方で、又はスーパーｍｉｒの一方の末端及び非末端若しくは中央で二本鎖化である。
ｍｉＲＮＡ模倣物
実施形態において、ＡＣは、ｍｉＲＮＡ模倣物である。ｍｉＲＮＡ模倣物は、１つ以上のｍｉＲＮＡの遺伝子サイレンシング能力を模倣するために使用することができる分子のクラスを表す。したがって、「マイクロＲＮＡ模倣物」という用語は、ＲＮＡｉ経路に入り、遺伝子発現を調節することができる合成非コードＲＮＡ（例えば、ｍｉＲＮＡは、内因性ｍｉＲＮＡの供給源から精製によって得られない）を指す。ｍｉＲＮＡ模倣物は、成熟分子（例えば、一本鎖）又は模倣前駆体（例えば、以前のｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ）として設計することができる。ｍｉＲＮＡ模倣物は、限定されないが、ＲＮＡ、修飾ＲＮＡ、ＤＮＡ、修飾ＤＮＡ、ロックド核酸、若しくは２’－０，４’－Ｃ－エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）、又は上記の任意の組み合わせ（ＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッドを含む）を含むオリゴヌクレオチドなどの核酸（修飾又は修飾核酸）を含み得る。加えて、ｍｉＲＮＡ模倣物は、送達、細胞内区画化、安定性、特異性、機能性、鎖使用、及び／又は効力に影響を及ぼし得るコンジュゲートを含み得る。１つの設計において、ｍｉＲＮＡ模倣物は、二本鎖分子（例えば、約１６～約３１ヌクレオチド長の二本鎖領域を有する）であり、所与のｍｉＲＮＡの成熟鎖と同一性を有する１つ以上の配列を含有する。修飾は、分子の一方又は両方の鎖上の２’修飾（２’－０メチル修飾及び２’Ｆ修飾を含む）、並びに核酸安定性及び／又は特異性を増強するヌクレオシド間修飾（例えば、ホスホロチオエート修飾）を含み得る。加えて、ｍｉＲＮＡ模倣物はオーバーハングを含み得る。オーバーハングは、いずれかの鎖の３’又は５’末端のいずれかに約１から約６個のヌクレオチドを含み得、安定性又は機能性を高めるために修飾することができる。実施形態では、ｍｉＲＮＡ模倣物は、約１６から約３１個のヌクレオチドからなる二本鎖領域を含み、以下の化学修飾パターンのうちの１つ以上を含む。すなわち、センス鎖は、（センスオリゴヌクレオチドの５’末端から数えて）ヌクレオチド１及び２の２’－０－メチル修飾、並びにＣ及びＵの全てを含有し、アンチセンス鎖修飾は、Ｃ及びＵの全ての２’Ｆ修飾、オリゴヌクレオチドの５’末端のリン酸化、並びに２ヌクレオチド３’オーバーハングに関連する安定化されたヌクレオシド間結合を含み得る。
実施形態において、ＡＣは、ｍｉＲＮＡ模倣物である。ｍｉＲＮＡ模倣物は、１つ以上のｍｉＲＮＡの遺伝子サイレンシング能力を模倣するために使用することができる分子のクラスを表す。したがって、「マイクロＲＮＡ模倣物」という用語は、ＲＮＡｉ経路に入り、遺伝子発現を調節することができる合成非コードＲＮＡ（例えば、ｍｉＲＮＡは、内因性ｍｉＲＮＡの供給源から精製によって得られない）を指す。ｍｉＲＮＡ模倣物は、成熟分子（例えば、一本鎖）又は模倣前駆体（例えば、以前のｐｒｅ－ｍｉＲＮＡ）として設計することができる。ｍｉＲＮＡ模倣物は、限定されないが、ＲＮＡ、修飾ＲＮＡ、ＤＮＡ、修飾ＤＮＡ、ロックド核酸、若しくは２’－０，４’－Ｃ－エチレン架橋核酸（ＥＮＡ）、又は上記の任意の組み合わせ（ＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッドを含む）を含むオリゴヌクレオチドなどの核酸（修飾又は修飾核酸）を含み得る。加えて、ｍｉＲＮＡ模倣物は、送達、細胞内区画化、安定性、特異性、機能性、鎖使用、及び／又は効力に影響を及ぼし得るコンジュゲートを含み得る。１つの設計において、ｍｉＲＮＡ模倣物は、二本鎖分子（例えば、約１６～約３１ヌクレオチド長の二本鎖領域を有する）であり、所与のｍｉＲＮＡの成熟鎖と同一性を有する１つ以上の配列を含有する。修飾は、分子の一方又は両方の鎖上の２’修飾（２’－０メチル修飾及び２’Ｆ修飾を含む）、並びに核酸安定性及び／又は特異性を増強するヌクレオシド間修飾（例えば、ホスホロチオエート修飾）を含み得る。加えて、ｍｉＲＮＡ模倣物はオーバーハングを含み得る。オーバーハングは、いずれかの鎖の３’又は５’末端のいずれかに約１から約６個のヌクレオチドを含み得、安定性又は機能性を高めるために修飾することができる。実施形態では、ｍｉＲＮＡ模倣物は、約１６から約３１個のヌクレオチドからなる二本鎖領域を含み、以下の化学修飾パターンのうちの１つ以上を含む。すなわち、センス鎖は、（センスオリゴヌクレオチドの５’末端から数えて）ヌクレオチド１及び２の２’－０－メチル修飾、並びにＣ及びＵの全てを含有し、アンチセンス鎖修飾は、Ｃ及びＵの全ての２’Ｆ修飾、オリゴヌクレオチドの５’末端のリン酸化、並びに２ヌクレオチド３’オーバーハングに関連する安定化されたヌクレオシド間結合を含み得る。
ｍｉＲＮＡ阻害剤
実施形態において、ＡＣはｍｉＲＮＡ阻害剤である。「抗ｍｉｒ」、「マイクロＲＮＡ阻害剤」、「ｍｉＲ阻害剤」、又は「ｍｉＲＮＡ阻害剤」という用語は、同義であり、特定のｍｉＲＮＡの能力に妨げるオリゴヌクレオチド又は修飾オリゴヌクレオチドを指す。一般に、阻害剤は、天然の核酸又は修飾核酸であり、例えば、ＲＮＡ、修飾ＲＮＡ、ＤＮＡ、修飾ＤＮＡ、ロックド核酸（ＬＮＡ）、又は上記の任意の組み合わせなどのオリゴヌクレオチドである。
実施形態において、ＡＣはｍｉＲＮＡ阻害剤である。「抗ｍｉｒ」、「マイクロＲＮＡ阻害剤」、「ｍｉＲ阻害剤」、又は「ｍｉＲＮＡ阻害剤」という用語は、同義であり、特定のｍｉＲＮＡの能力に妨げるオリゴヌクレオチド又は修飾オリゴヌクレオチドを指す。一般に、阻害剤は、天然の核酸又は修飾核酸であり、例えば、ＲＮＡ、修飾ＲＮＡ、ＤＮＡ、修飾ＤＮＡ、ロックド核酸（ＬＮＡ）、又は上記の任意の組み合わせなどのオリゴヌクレオチドである。
修飾には、送達、安定性、特異性、細胞内区画化、又は効力に影響を及ぼし得る２’修飾（２’－０アルキル修飾及び２’Ｆ修飾を含む）及びヌクレオシド間修飾（例えば、ホスホロチオエート修飾）が含まれる。加えて、ｍｉＲＮＡ阻害剤は、送達、細胞内区画化、安定性、及び／又は効力に影響を及ぼし得るコンジュゲートを含み得る。阻害剤は、一本鎖、二本鎖（ＲＮＡ／ＲＮＡ又はＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖）、及びヘアピン設計などの様々な構成を採用することができ、一般に、マイクロＲＮＡ阻害剤は、標的とされるｍｉＲＮＡの（１つ又は複数の）成熟鎖と相補的又は部分的に相補的である１つ以上の配列又は配列の一部を含み、更に、ｍｉＲＮＡ阻害剤は、成熟ｍｉＲＮＡの逆相補体である配列に対して５’及び３’に位置する追加の配列も含み得る。追加の配列は、成熟ｍｉＲＮＡが由来するｐｒｉ－ｍｉＲＮＡ中の成熟ｍｉＲＮＡに隣接する配列の逆相補体であってもよく、又は追加の配列は（Ａ、Ｇ、Ｃ、又はＵの混合物を有する）任意の配列であってもよい。実施形態では、追加の配列の一方又は両方は、ヘアピンを形成することができる任意の配列である。したがって、実施形態では、ｍｉＲＮＡの逆相補体である配列は、５’側及び３’側において、ヘアピン構造に隣接する。マイクロＲＮＡ阻害剤は、二本鎖の場合、反対の鎖上のヌクレオチド間にミスマッチを含み得る。更に、マイクロＲＮＡ阻害剤は、細胞への阻害剤の取り込みを促進するために、コンジュゲート部分に連結され得る。例えば、マイクロＲＮＡ阻害剤は、細胞内へのマイクロＲＮＡ阻害剤の受動的取り込みを可能にするコレステリル５－（ビス（４－メトキシフェニル）（フェニル）メトキシ）－３－ヒドロキシペンチルカルバメート）に連結され得る。ヘアピンｍｉＲＮＡ阻害剤を含むマイクロＲＮＡ阻害剤は、Ｖｅｒｍｅｕｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，”Ｄｏｕｂｌｅ－Ｓｔｒａｎｄｅｄ Ｒｅｇｉｏｎｓ Ａｒｅ Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｄｅｓｉｇｎ Ｃｏｍｐｏｎｅｎｔｓ Ｏｆ Ｐｏｔｅｎｔ Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ ｏｆ ＲＩＳＣ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，”ＲＮＡ １３：７２３－７３０（２００７）、並びに国際公開第２００７／０９５３８７号及び国際公開第２００８／０３６８２５号に詳細に記載されており、これらは各々、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。当業者は、所望のｍｉＲＮＡについてデータベースから配列を選択し、本明細書に開示される方法に有用な阻害剤を設計することができる。
ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構
実施形態において、治療部分は、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構の１つ以上のエレメントを含む。本明細書で使用される場合、「ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構」は、ゲノムを編集するために使用され得る、タンパク質、核酸、又はそれらの組み合わせを指す。遺伝子編集機構の非限定的な例としては、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ヌクレアーゼ、ヌクレアーゼ阻害剤、並びにそれらの組み合わせ及び複合体が挙げられる。以下の特許文献、すなわち、米国特許第８，６９７，３５９号、米国特許第８，７７１，９４５号、米国特許第８，７９５，９６５号、米国特許第８，８６５，４０６号、米国特許第８，８７１，４４５号、米国特許第８，８８９，３５６号、米国特許第８，８９５，３０８号、米国特許第８，９０６，６１６号、米国特許第８，９３２，８１４号、米国特許第８，９４５，８３９号、米国特許第８，９９３，２３３号、米国特許第８，９９９，６４１号、米国特許出願第１４／７０４，５５１号、及び米国特許出願第１３／８４２，８５９号には、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構が記載されている前述の特許文献の各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
実施形態において、治療部分は、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構の１つ以上のエレメントを含む。本明細書で使用される場合、「ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構」は、ゲノムを編集するために使用され得る、タンパク質、核酸、又はそれらの組み合わせを指す。遺伝子編集機構の非限定的な例としては、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、ヌクレアーゼ、ヌクレアーゼ阻害剤、並びにそれらの組み合わせ及び複合体が挙げられる。以下の特許文献、すなわち、米国特許第８，６９７，３５９号、米国特許第８，７７１，９４５号、米国特許第８，７９５，９６５号、米国特許第８，８６５，４０６号、米国特許第８，８７１，４４５号、米国特許第８，８８９，３５６号、米国特許第８，８９５，３０８号、米国特許第８，９０６，６１６号、米国特許第８，９３２，８１４号、米国特許第８，９４５，８３９号、米国特許第８，９９３，２３３号、米国特許第８，９９９，６４１号、米国特許出願第１４／７０４，５５１号、及び米国特許出願第１３／８４２，８５９号には、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子編集機構が記載されている前述の特許文献の各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
ｇＲＮＡ
実施形態において、ＴＭは、ｇＲＮＡを含む。ｇＲＮＡは、原核細胞又は真核細胞中のゲノム遺伝子座を標的とする。
実施形態において、ＴＭは、ｇＲＮＡを含む。ｇＲＮＡは、原核細胞又は真核細胞中のゲノム遺伝子座を標的とする。
実施形態において、ｇＲＮＡは、単一分子ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）である。ｓｇＲＮＡは、スペーサー配列及び足場配列を含む。スペーサー配列は、ヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９ヌクレアーゼ）を目的の特定のヌクレオチド領域（例えば、切断されるゲノムＤＮＡ配列）に標的化するために使用される短い核酸配列である。実施形態では、スペーサーは、約１７～２４塩基長、例えば、約２０塩基長であり得る。実施形態では、スペーサーは、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、又は約３０塩基長であり得る。実施形態ではスペーサーは、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、少なくとも２６、少なくとも２７、少なくとも２８、少なくとも２９、又は少なくとも３０塩基長であり得る。実施形態では、スペーサーは、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、又は約３０塩基長であり得る。実施形態では、スペーサー配列は、約４０％～約８０％のＧＣ含有量を有する。
実施形態では、スペーサーは、５’プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）の直前の標的ヌクレオチド配列に結合する。ＰＡＭ配列は、所望のヌクレアーゼに基づいて選択することができる。例えば、ＰＡＭ配列は、以下の表１３に示されるＰＡＭ配列のいずれか１つであり得、式中、Ｎは任意の核酸を指し、ＲはＡ又はＧを指し、ＹはＣ又はＴを指し、ＷはＡ又はＴを指し、ＶはＡ又はＣ又はＧを指す。
実施形態では、スペーサーは、ヒト遺伝子などの標的遺伝子の哺乳動物標的転写物の標的ヌクレオチド配列に結合する。実施形態では、スペーサーは、標的転写物の標的ヌクレオチド配列に結合し得る。実施形態において、スペーサーは、標的ヌクレオチド配列に結合し得る。この標的ヌクレオチド配列は、標的転写物のスプライスエレメント（ＳＥ）及び／若しくはスプライス調節エレメント（ＳＲＥ）の少なくとも一部を含むか、又は標的転写物のＳＥ及び／若しくはＳＲＥに十分に近接して、スプライシングを調節する。
足場配列は、ヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９）結合に関与するｓｇＲＮＡ内の配列である。足場配列は、スペーサー／標的化配列を含まない。実施形態では、足場は、約１から約１０、約１０から約２０、約２０から約３０、約３０から約４０、約４０から約５０、約５０から約６０、約６０から約７０、約７０から約８０、約８０から約９０、約９０から約１００、約１００から約１１０、約１１０から約１２０、又は約１２０から約１３０ヌクレオチド長であり得る。実施形態では、足場は、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、約２５、約２６、約２７、約２８、約２９、約３０、約３１、約３２、約３３、約３４、約３５、約３６、約３７、約３８、約３９、約４０、約４１、約４２、約４３、約４４、約４５、約４６、約４７、約４８、約４９、約５０、約５１、約５２、約５３、約５４、約５５、約５６、約５７、約５８、約５９、約６０、約６０、約６１、約６２、約６３、約６４、約６５、約６６、約６７、約６８、約６９、約７０、約７１、約７２、約７３、約７４、約７５、約７６、約７７、約７８、約７９、約８０、約８１、約８２、約８３、約８４、約８５、約８６、約８７、約８８、約８９、約９０、約９１、約９２、約９３、約９４、約９５、約９６、約９７、約９８、約９９、約１００、約１０１、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１１０、約１１１、約１１２、約１１３、約１１４、約１１５、約１１６、約１１７、約１１８、約１１９、約１２０、約１２１、約１２２、約１２３、約１２４、又は約１２５ヌクレオチド長であり得る。実施形態では、足場は、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、少なくとも１１０、少なくとも１２０、又は少なくとも１２５ヌクレオチド長であり得る。
実施形態では、ｇＲＮＡは、二重分子ガイドＲＮＡ、例えば、ｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡである。実施形態では、ｇＲＮＡは、ポリ（Ａ）テールをさらに含み得る。
実施形態では、複数のｇＲＮＡが、単一化合物中のＴＭとして使用され得る。実施形態では、ＴＭは、約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、又は約２０個のｇＲＮＡを含み得る。実施形態では、ｇＲＮＡは同じ標的を認識する。実施形態では、ｇＲＮＡは異なる標的を認識する。実施形態では、ｇＲＮＡを含む核酸は、プロモーターをコードする配列を含み、当該プロモーターは、ｇＲＮＡの発現を駆動する。
ヌクレアーゼ
実施形態では、ＴＭはヌクレアーゼを含む。実施形態では、ヌクレアーゼは、ＩＩ型、Ｖ－Ａ型、Ｖ－Ｂ型、ＶＣ型、Ｖ－Ｕ型、ＶＩ－Ｂ型ヌクレアーゼである。実施形態では、ヌクレアーゼは、転写、アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、又はジンクフィンガーヌクレアーゼである。実施形態では、ヌクレアーゼは、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ（ＣＦ３）、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｔｎｐ－Ｂ様、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、又はＣａｓ１４ヌクレアーゼである。例えば、実施形態において、ヌクレアーゼは、Ｃａｓ９ヌクレアーゼ又はＣｐｆ１ヌクレアーゼである。
実施形態では、ＴＭはヌクレアーゼを含む。実施形態では、ヌクレアーゼは、ＩＩ型、Ｖ－Ａ型、Ｖ－Ｂ型、ＶＣ型、Ｖ－Ｕ型、ＶＩ－Ｂ型ヌクレアーゼである。実施形態では、ヌクレアーゼは、転写、アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、又はジンクフィンガーヌクレアーゼである。実施形態では、ヌクレアーゼは、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ（ＣＦ３）、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｔｎｐ－Ｂ様、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、又はＣａｓ１４ヌクレアーゼである。例えば、実施形態において、ヌクレアーゼは、Ｃａｓ９ヌクレアーゼ又はＣｐｆ１ヌクレアーゼである。
実施形態では、ヌクレアーゼは、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ（Ｃｐｆ１）、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｔｎｐ－Ｂ様、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、又はＣａｓ１４ヌクレアーゼの修飾形態又は変異体である。実施形態では、ヌクレアーゼは、ＴＡＬヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、又はジンクフィンガーヌクレアーゼの修飾形態又は変異体である。「改変された」又は「変異体」ヌクレアーゼは、例えば、切断されたもの、別のタンパク質（別のヌクレアーゼなど）に融合されたもの、触媒的に不活性化されたものなどである。実施形態では、ヌクレアーゼは、天然に存在するＣａｓ９、Ｃａｓ１２ａ（Ｃｐｆ１）、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｔｎｐ－Ｂ様、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１４ヌクレアーゼ、又はＴＡＬＥＮ、メガヌクレアーゼ、若しくはジンクフィンガーヌクレアーゼと、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、又は約１００％の配列同一性を有し得る。実施形態では、ヌクレアーゼは、Ｓ．ピオゲネス（ＳｐＣａｓ９）に由来するＣａｓ９ヌクレアーゼである。実施形態では、ヌクレアーゼは、Ｓ．ピオゲネス（ＳｐＣａｓ９）由来のＣａｓ９ヌクレアーゼに対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、又は少なくとも約９９％の配列同一性を有する。実施形態では、ヌクレアーゼは、黄色ブドウ球菌由来のＣａｓ９（ＳａＣａｓ９）である。実施形態では、ヌクレアーゼは、黄色ブドウ球菌由来のＣａｓ９（ＳａＣａｓ９）に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、又は少なくとも約９９％の配列同一性を有する。実施形態では、Ｃｐｆ１は、アシダミノコッカス（種ＢＶ３Ｌ６、ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｕ２ＵＭＱ６）由来のＣｐｆ１酵素である。実施形態では、ヌクレアーゼは、アシダミノコッカス（種ＢＶ３Ｌ６、ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｕ２ＵＭＱ６）由来のＣｐｆ１酵素に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、又は少なくとも約９９％の配列同一性を有する。
実施形態では、Ｃｐｆ１は、ラクノスピラ科（種ＮＤ２００６、ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ａ０Ａ１８２ＤＷＥ３）由来のＣｐｆ１酵素である。実施形態では、ヌクレアーゼは、ラクノスピラ科由来のＣｐｆ１酵素に対して、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、又は少なくとも約９９％の配列同一性を有する。実施形態では、ヌクレアーゼをコードする配列は、哺乳動物細胞における発現のためにコドン最適化する。実施形態では、ヌクレアーゼをコードする配列は、ヒト細胞又はマウス細胞における発現のためにコドン最適化する。
実施形態において、ヌクレアーゼは、可溶性タンパク質である。
実施形態において、ＴＭは、ヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列である。実施形態では、ヌクレアーゼをコードする核酸は、プロモーターをコードする配列を含み、当該プロモーターはヌクレアーゼの発現を駆動する。
ｇＲＮＡ及びヌクレアーゼの組み合わせ
実施形態では、本開示の化合物は、ｇＲＮＡ及びヌクレアーゼ又はヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列をＴＭとして含む。実施形態では、ヌクレアーゼ及びｇＲＮＡをコードする核酸は、プロモーターをコードする配列を含み、当該プロモーターは、ヌクレアーゼ及びｇＲＮＡの発現を駆動する。実施形態では、ヌクレアーゼ及びｇＲＮＡをコードする核酸は、２個のプロモーターを含み、第１のプロモーターはヌクレアーゼの発現を制御し、第２のプロモーターはｇＲＮＡの発現を制御する。実施形態では、ｇＲＮＡ及びヌクレアーゼをコードする核酸は、約１から約２０個のｇＲＮＡ、又は約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、若しくは約１９個から最大で約２０個のｇＲＮＡをコードする。実施形態では、ｇＲＮＡは異なる標的を認識する。実施形態では、ｇＲＮＡは同じ標的を認識する。
実施形態では、本開示の化合物は、ｇＲＮＡ及びヌクレアーゼ又はヌクレアーゼをコードするヌクレオチド配列をＴＭとして含む。実施形態では、ヌクレアーゼ及びｇＲＮＡをコードする核酸は、プロモーターをコードする配列を含み、当該プロモーターは、ヌクレアーゼ及びｇＲＮＡの発現を駆動する。実施形態では、ヌクレアーゼ及びｇＲＮＡをコードする核酸は、２個のプロモーターを含み、第１のプロモーターはヌクレアーゼの発現を制御し、第２のプロモーターはｇＲＮＡの発現を制御する。実施形態では、ｇＲＮＡ及びヌクレアーゼをコードする核酸は、約１から約２０個のｇＲＮＡ、又は約１、約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、若しくは約１９個から最大で約２０個のｇＲＮＡをコードする。実施形態では、ｇＲＮＡは異なる標的を認識する。実施形態では、ｇＲＮＡは同じ標的を認識する。
実施形態において、本開示の化合物は、ＴＭとしてｇＲＮＡ及びヌクレアーゼを含むリボヌクレオタンパク質（ＲＮＰ）を含む。
実施形態では、（ａ）ｇＲＮＡ ＴＭを含む第１の化合物と、（ｂ）ヌクレアーゼであるか、又はヌクレアーゼを含む第２の化合物とを含む組成物が、細胞に送達される。実施形態では、（ａ）ＴＭ、ＣＰＰとしてヌクレアーゼを含む第１の化合物と、（ｂ）ｇＲＮＡであるか、又はｇＲＮＡを含む第２の分子とを含む組成物が、細胞に送達される。実施形態では、（ａ）ＴＭとしてｇＲＮＡを含む第１の化合物と、（ｂ）ＴＭとしてヌクレアーゼを含む第２の化合物とを含む組成物が、細胞に送達される。
目的の遺伝子エレメント
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ＴＭとして目的の遺伝子エレメントを含む。実施形態では、目的の遺伝子エレメントは、ヌクレアーゼによって切断されたゲノムＤＮＡ配列を置き換える。目的の遺伝子エレメントの非限定的な例としては、遺伝子、一塩基多型、プロモーター、又はターミネーターが挙げられる。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ＴＭとして目的の遺伝子エレメントを含む。実施形態では、目的の遺伝子エレメントは、ヌクレアーゼによって切断されたゲノムＤＮＡ配列を置き換える。目的の遺伝子エレメントの非限定的な例としては、遺伝子、一塩基多型、プロモーター、又はターミネーターが挙げられる。
ヌクレアーゼ阻害剤
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ＴＭとしてヌクレアーゼ阻害剤を含む。遺伝子編集の限界は、潜在的なオフターゲット編集である。ヌクレアーゼ阻害剤の送達は、オフターゲット編集を制限し得る。実施形態では、ヌクレアーゼ阻害剤は、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、又は小分子である。ヌクレアーゼ阻害剤は、米国特許出願公開第２０２０／０８７３５４号、国際公開第２０１８／０８５２８８号、米国特許出願公開第２０１８／０３８２７４１号、国際公開第２０１９／０８９７６１号、国際公開第２０２０／０６８３０４号、国際公開第２０２０／０４１３８４号、及び国際公開第２０１９／０７６６５１号に記載されており、これら参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ＴＭとしてヌクレアーゼ阻害剤を含む。遺伝子編集の限界は、潜在的なオフターゲット編集である。ヌクレアーゼ阻害剤の送達は、オフターゲット編集を制限し得る。実施形態では、ヌクレアーゼ阻害剤は、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、又は小分子である。ヌクレアーゼ阻害剤は、米国特許出願公開第２０２０／０８７３５４号、国際公開第２０１８／０８５２８８号、米国特許出願公開第２０１８／０３８２７４１号、国際公開第２０１９／０８９７６１号、国際公開第２０２０／０６８３０４号、国際公開第２０２０／０４１３８４号、及び国際公開第２０１９／０７６６５１号に記載されており、これら参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
エンドソーム脱出ビヒクル（ＥＥＶ）
細胞膜を横切ってカーゴを輸送するために、例えば、カーゴを細胞のサイトゾル又は核に送達するために、エンドソーム脱出ビヒクル（ＥＥＶ）を使用することができる。カーゴは、ＴＭを含み得る。ＥＥＶは、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）、例えば、環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）を含み得る。実施形態において、ＥＥＶは、環外ペプチド（ＥＰ）にコンジュゲートされたｃＣＰＰを含む。ＥＰを、互換的に調節ペプチド（ＭＰ）と呼ぶ場合がある。ＥＰは、核局在化シグナル（ＮＬＳ）の配列を含み得る。ＥＰはカーゴに結合することができる。ＥＰはｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰはカーゴ及びｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰ、カーゴ、ｃＣＰＰ、又はそれらの組み合わせの間のカップリングは、非共有結合又は共有結合であり得る。ＥＰはペプチド結合を介してｃＣＰＰのＮ末端に結合することができる。ＥＰはペプチド結合を介してｃＣＰＰのＣ末端に結合することができる。ＥＰはｃＣＰＰ中のアミノ酸の側鎖を介してｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰは、ｃＣＰＰ中のグルタミンの側鎖にコンジュゲートされ得るリジンの側鎖を介してｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰは、オリゴヌクレオチドカーゴの５’又は３’末端にコンジュゲートされ得る。ＥＰはリンカーに結合することができる。環外ペプチドは、リンカーのアミノ基にコンジュゲートされ得る。ＥＰは、ｃＣＰＰ及び／又はＥＰ上の側鎖を通して、ＥＰ及びｃＣＰＰのＣ末端を介してリンカーにカップリングされ得る。例えば、ＥＰは末端リジンを含んでいてもよく、リジンはその後、アミド結合を介してグルタミンを含有するｃＣＰＰにカップリングされ得る。ＥＰが末端リジンを含有し、リジンの側鎖を用いてｃＣＰＰを結合し得る場合、Ｃ末端又はＮ末端は、カーゴ上のリンカーに結合し得る。
細胞膜を横切ってカーゴを輸送するために、例えば、カーゴを細胞のサイトゾル又は核に送達するために、エンドソーム脱出ビヒクル（ＥＥＶ）を使用することができる。カーゴは、ＴＭを含み得る。ＥＥＶは、細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）、例えば、環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）を含み得る。実施形態において、ＥＥＶは、環外ペプチド（ＥＰ）にコンジュゲートされたｃＣＰＰを含む。ＥＰを、互換的に調節ペプチド（ＭＰ）と呼ぶ場合がある。ＥＰは、核局在化シグナル（ＮＬＳ）の配列を含み得る。ＥＰはカーゴに結合することができる。ＥＰはｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰはカーゴ及びｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰ、カーゴ、ｃＣＰＰ、又はそれらの組み合わせの間のカップリングは、非共有結合又は共有結合であり得る。ＥＰはペプチド結合を介してｃＣＰＰのＮ末端に結合することができる。ＥＰはペプチド結合を介してｃＣＰＰのＣ末端に結合することができる。ＥＰはｃＣＰＰ中のアミノ酸の側鎖を介してｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰは、ｃＣＰＰ中のグルタミンの側鎖にコンジュゲートされ得るリジンの側鎖を介してｃＣＰＰに結合することができる。ＥＰは、オリゴヌクレオチドカーゴの５’又は３’末端にコンジュゲートされ得る。ＥＰはリンカーに結合することができる。環外ペプチドは、リンカーのアミノ基にコンジュゲートされ得る。ＥＰは、ｃＣＰＰ及び／又はＥＰ上の側鎖を通して、ＥＰ及びｃＣＰＰのＣ末端を介してリンカーにカップリングされ得る。例えば、ＥＰは末端リジンを含んでいてもよく、リジンはその後、アミド結合を介してグルタミンを含有するｃＣＰＰにカップリングされ得る。ＥＰが末端リジンを含有し、リジンの側鎖を用いてｃＣＰＰを結合し得る場合、Ｃ末端又はＮ末端は、カーゴ上のリンカーに結合し得る。
環外ペプチド
環外ペプチド（ＥＰ）は、２から１０個のアミノ酸残基、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個のアミノ酸残基（これらの間の全ての範囲及び値を含む）を含み得る。ＥＰは、６から９個のアミノ酸残基を含み得る。ＥＰは、４から８個のアミノ酸残基を含み得る。
環外ペプチド（ＥＰ）は、２から１０個のアミノ酸残基、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個のアミノ酸残基（これらの間の全ての範囲及び値を含む）を含み得る。ＥＰは、６から９個のアミノ酸残基を含み得る。ＥＰは、４から８個のアミノ酸残基を含み得る。
環外ペプチド中の各アミノ酸は、天然又は非天然アミノ酸であってよい。「非天然アミノ酸」という用語は、天然アミノ酸の構造及び反応性を模倣するように、天然アミノ酸に類似した構造を有するという点で、天然アミノ酸の同族体である有機化合物を指す。非天然アミノ酸は、２０種の一般的な天然アミノ酸又は希少な天然アミノ酸であるセレノシステイン若しくはピロリシンのうちの１つではない修飾アミノ酸及び／又はアミノ酸類似体であり得る。非天然アミノ酸は、天然アミノ酸のＤ－異性体であってもよい。適切なアミノ酸の例としては、アラニン、アロソロイシン（allosoleucine）、アルギニン、シトルリン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、ナフチルアラニン、フェニルアラニン、プロリン、ピログルタミン酸、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、バリン、それらの誘導体、又はそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。これらのアミノ酸及び他のアミノ酸を、本明細書で使用されるそれらの略語と共に表１に列挙する。例えば、アミノ酸は、Ａ、Ｇ、Ｐ、Ｋ、Ｒ、Ｖ、Ｆ、Ｈ、Ｎａｌ、又はシトルリンであり得る。
ＥＰは、少なくとも１つの正に荷電したアミノ酸残基、例えば、グアニジン基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を含む少なくとも１個のリジン残基及び／又は少なくとも１個のアミン酸残基を含み得る。ＥＰは、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を含む１個又は２個のアミノ酸残基を含み得る。グアニジン基を含む側鎖を含むアミノ酸残基は、アルギニン残基であり得る。プロトン化形態は、本開示全体を通してその塩を意味する場合がある。
ＥＰは、少なくとも２個、少なくとも３個又は少なくとも４個以上のリジン残基を含み得る。ＥＰは、２、３、又は４個のリジン残基を含み得る。各リジン残基の側鎖上のアミノ基は、例えば、トリフルオロアセチル（－ＣＯＣＦ３）基、アリルオキシカルボニル（Ａｌｌｏｃ）基、１－（４，４－ジメチル－２，６－ジオキソシクロヘキシリデン）エチル（Ｄｄｅ）基、又は（４，４－ジメチル－２，６－ジオキソシクロヘキサ－１－イリデン－３）－メチルブチル（ｉｖＤｄｅ）基などの保護基で置換され得る。各リジン残基の側鎖上のアミノ基は、トリフルオロアセチル（－ＣＯＣＦ３）基で置換され得る。保護基は、アミドコンジュゲーションを可能にするために含めることができる。保護基は、ＥＰがｃＣＰＰにコンジュゲートされた後に除去することができる。
ＥＰは、疎水性側鎖を有する少なくとも２個のアミノ酸残基を含み得る。疎水性側鎖を有するアミノ酸残基は、バリン、プロリン、アラニン、ロイシン、イソロイシン、及びメチオニンから選択することができる。疎水性側鎖を有するアミノ酸残基は、バリン又はプロリンであり得る。
ＥＰは、少なくとも１個の正に荷電したアミノ酸残基、例えば、少なくとも１個のリジン残基及び／又は少なくとも１個のアルギニン残基を含み得る。ＥＰは、少なくとも２個、少なくとも３個又は少なくとも４個又はそれ以上のリジン残基及び／又はアルギニン残基を含み得る。
ＥＰは、ＫＫ、ＫＲ、ＲＲ、ＨＨ、ＨＫ、ＨＲ、ＲＨ、ＫＫＫ、ＫＧＫ、ＫＢＫ、ＫＢＲ、ＫＲＫ、ＫＲＲ、ＲＫＫ、ＲＲＲ、ＫＫＨ、ＫＨＫ、ＨＫＫ、ＨＲＲ、ＨＲＨ、ＨＨＲ、ＨＢＨ、ＨＨＨ、ＨＨＨＨ（配列番号１）、ＫＨＫＫ（配列番号２）、ＫＫＨＫ（配列番号３）、ＫＫＫＨ（配列番号４）、ＫＨＫＨ（配列番号５）、ＨＫＨＫ（配列番号６）、ＫＫＫＫ（配列番号７）、ＫＫＲＫ（配列番号８）、ＫＲＫＫ（配列番号９）、ＫＲＲＫ（配列番号１０）、ＲＫＫＲ（配列番号６）、ＫＫＫＫ（配列番号７）、ＫＫＲＫ（配列番号８）、ＫＲＫＫ（配列番号９）、ＫＲＲＫ（配列番号１０）、ＲＫＫＲ（配列番号１１）、ＲＲＲＲ（配列番号１２）、ＫＧＫＫ（配列番号１３）、ＫＫＧＫ（配列番号１４）、ＨＢＨＢＨ（配列番号１５）、ＨＢＫＢＨ（配列番号１６）、ＲＲＲＲＲ（配列番号１７）、ＲＲＲＲＲ（配列番号１７）、ＫＫＫＫＫ（配列番号１８）、ＫＫＫＲＫ（配列番号１９）、ＲＫＫＫＫ（配列番号２０）、ＫＲＫＫＫ（配列番号２１）、ＫＫＲＫＫ（配列番号２２）、ＫＫＫＫＲ（配列番号２３）、ＫＢＫＢＫ（配列番号２４）、ＲＫＫＫＧ（配列番号２５）、ＫＲＫＫＫＧ（配列番号２６）、ＫＫＲＫＫＧ（配列番号２７）、ＫＫＫＫＲＧ（配列番号２８）、ＲＫＫＫＫＢ（配列番号２９）、ＫＲＫＫＫＢ（配列番号３０）、ＫＫＲＫＫＢ（配列番号３１）、ＫＫＫＫＲＢ（配列番号３２）、ＫＫＫＲＫＶ（配列番号３３）、ＲＲＲＲＲＲ（配列番号３４）、ＨＨＨＨＨＨ（配列番号３５）、ＲＨＲＨＲＨ（配列番号３６）、ＨＲＨＲＨＲ（配列番号３７）、ＫＲＫＲＫＲ（配列番号３８）、ＲＫＲＫＲＫ（配列番号３９）、ＲＢＲＢＲＢ（４０）、ＫＢＫＢＫＢ（配列番号４１）、ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）、ＰＧＫＫＲＫＶ（配列番号４３）、ＰＫＧＫＲＫＶ（配列番号４４）、ＰＫＫＧＲＫＶ（配列番号４５）、ＰＫＫＫＧＫＶ（配列番号４６）、ＰＫＫＫＲＧＶ（配列番号４７）、又はＰＫＫＫＲＫＧ（配列番号４８）を含むことができ、Ｂはβ－アラニンである。ＥＰにおけるアミノ酸は、Ｄ又はＬ立体化学を有し得る。
ＥＰは、ＫＫ、ＫＲ、ＲＲ、ＫＫＫ、ＫＧＫ、ＫＢＫ、ＫＢＲ、ＫＲＫ、ＫＲＲ、ＲＫＫ、ＲＲＲ、ＫＫＫＫ（配列番号７）、ＫＫＲＫ（配列番号８）、ＫＲＫＫ（配列番号９）、ＫＲＲＫ（配列番号１０）、ＲＫＫＲ（配列番号１１）、ＲＲＲＲ（配列番号１２）、ＫＧＫＫ（配列番号１３）、ＫＫＧＫ（配列番号１４）、ＫＫＫＫＫ（配列番号１８）、ＫＫＫＲＫ（配列番号１９）、ＫＢＫＢＫ（配列番号２４）、ＫＫＫＲＫＶ（配列番号３３）、ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）、ＰＧＫＫＲＫＶ（配列番号４３）、ＰＫＧＫＲＫＶ（配列番号４４）、ＰＫＫＧＲＫＶ（配列番号４５）、ＰＫＫＫＧＫＶ（配列番号４６）、ＰＫＫＫＲＧＶ（配列番号４７）、又はＰＫＫＫＲＫＧ（配列番号４８）を含むことができる。ＥＰは、ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）、ＲＲ、ＲＲＲ、ＲＨＲ、ＲＢＲ、ＲＢＲＢＲ（配列番号４９）、ＲＢＨＢＲ（配列番号５０）、又はＨＢＲＢＨ（配列番号５１）を含むことができ、Ｂはβ－アラニンである。ＥＰにおけるアミノ酸は、Ｄ又はＬ立体化学を有し得る。
ＥＰは、ＫＫ、ＫＲ、ＲＲ、ＫＫＫ、ＫＧＫ、ＫＢＫ、ＫＢＲ、ＫＲＫ、ＫＲＲ、ＲＫＫ、ＲＲＲ、ＫＫＫＫ（配列番号７）、ＫＫＲＫ（配列番号８）、ＫＲＫＫ（配列番号９）、ＫＲＲＫ（配列番号１０）、ＲＫＫＲ（配列番号１１）、ＲＲＲＲ（配列番号１２）、ＫＧＫＫ（配列番号１３）、ＫＫＧＫ（配列番号１４）、ＫＫＫＫＫ（配列番号１８）、ＫＫＫＲＫ（配列番号１９）、ＫＢＫＢＫ（配列番号２４）、ＫＫＫＲＫＶ（配列番号３３）、ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）、ＰＧＫＫＲＫＶ（配列番号４３）、ＰＫＧＫＲＫＶ（配列番号４４）、ＰＫＫＧＲＫＶ（配列番号４５）、ＰＫＫＫＧＫＶ（配列番号４６）、ＰＫＫＫＲＧＶ（配列番号４７）、又はＰＫＫＫＲＫＧ（配列番号４８）からなり得る。ＥＰは、ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）、ＲＲ、ＲＲＲ、ＲＨＲ、ＲＢＲ、ＲＢＲＢＲ（配列番号４９）、ＲＢＨＢＲ（配列番号５０）、又はＨＢＲＢＨ（配列番号５１）からなることができ、Ｂはβ－アラニンである。ＥＰにおけるアミノ酸は、Ｄ又はＬ立体化学を有し得る。
ＥＰは、核局在化配列（ＮＬＳ）として当技術分野で同定されたアミノ酸配列を含み得る。ＥＰは、核局在化配列（ＮＬＳ）として当該技術分野において同定されたアミノ酸配列からなり得る。ＥＰは、アミノ酸配列ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）を含むＮＬＳを含み得る。ＥＰは、アミノ酸配列ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）を含むＮＬＳからなり得る。ＥＰは、ＮＬＳＫＲＰＡＡＩＫＫＡＧＱＡＫＫＫＫ（配列番号５２）、ＰＡＡＫＲＶＫＬＤ（配列番号５３）、ＲＱＲＲＮＥＬＫＲＳＦ（配列番号５４）、ＲＭＲＫＦＫＮＫＧＫＤＴＡＥＬＲＲＲＲＶＥＶＳＶＥＬＲ（配列番号５５）、ＫＡＫＫＤＥＱＩＬＫＲＲＮＶ（配列番号５６）、ＶＳＲＫＲＰＲＰ（配列番号５７）、ＰＰＫＫＡＲＥＤ（配列番号５８）、ＰＱＰＫＫＫＰＬ（配列番号５９）、ＳＡＬＩＫＫＫＫＫＭＡＰ（配列番号６０）、ＤＲＬＲＲ（配列番号６１）、ＰＫＱＫＫＲＫ（配列番号６２）、ＲＫＬＫＫＫＩＫＫＬ（配列番号６３）、ＲＥＫＫＫＦＬＫＲＲ（配列番号６４）、ＫＲＫＧＤＥＶＤＧＶＤＥＶＡＫＫＫＳＫＫ（配列番号６５）、及びＲＫＣＬＱＡＧＭＮＬＥＡＲＫＴＫＫ（配列番号６６）から選択されるアミノ酸配列を含むＮＬＳを含むことができる。ＥＰは、ＮＬＳＫＲＰＡＡＩＫＫＡＧＱＡＫＫＫＫ（配列番号５２）、ＰＡＡＫＲＶＫＬＤ（配列番号５３）、ＲＱＲＲＮＥＬＫＲＳＦ（配列番号５４）、ＲＭＲＫＦＫＮＫＧＫＤＴＡＥＬＲＲＲＲＶＥＶＳＶＥＬＲ（配列番号５５）、ＫＡＫＫＤＥＱＩＬＫＲＲＮＶ（配列番号５６）、ＶＳＲＫＲＰＲＰ（配列番号５７）、ＰＰＫＫＡＲＥＤ（配列番号５８）、ＰＱＰＫＫＫＰＬ（配列番号５９）、ＳＡＬＩＫＫＫＫＫＭＡＰ（配列番号６０）、ＤＲＬＲＲ（配列番号６１）、ＰＫＱＫＫＲＫ（配列番号６２）、ＲＫＬＫＫＫＩＫＫＬ（配列番号６３）、ＲＥＫＫＫＦＬＫＲＲ（配列番号６４）、ＫＲＫＧＤＥＶＤＧＶＤＥＶＡＫＫＫＳＫＫ（配列番号６５）、及びＲＫＣＬＱＡＧＭＮＬＥＡＲＫＴＫＫ（配列番号６６）から選択されるアミノ酸配列を含むＮＬＳからなり得る。
全ての環外配列はまた、Ｎ末端アセチル基を含有し得る。したがって、例えば、ＥＰは構造：Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）を有し得る。
細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）
細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）は、６から２０個のアミノ酸残基を含み得る。細胞透過性ペプチドは、環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）であり得る。ｃＣＰＰは細胞膜を透過することができる。環外ペプチド（ＥＰ）をｃＣＰＰにコンジュゲートさせることができ、得られた構築物をエンドソーム脱出ビヒクル（ＥＥＶ）と呼ぶことができる。ｃＣＰＰは、カーゴ（例えば、オリゴヌクレオチド、ペプチド又は小分子などの治療部分（ＴＭ））を移動させて、細胞の膜を透過させることができる。ｃＣＰＰは、カーゴを細胞の細胞質ゾルに送達することができる。ｃＣＰＰは、標的（例えば、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ）が位置する細胞位置にカーゴを送達することができる。ｃＣＰＰをカーゴ（例えば、ペプチド、オリゴヌクレオチド、又は小分子）にコンジュゲートするために、ｃＣＰＰ上の少なくとも１つの結合又は孤立電子対を置換することができる。
細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）は、６から２０個のアミノ酸残基を含み得る。細胞透過性ペプチドは、環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）であり得る。ｃＣＰＰは細胞膜を透過することができる。環外ペプチド（ＥＰ）をｃＣＰＰにコンジュゲートさせることができ、得られた構築物をエンドソーム脱出ビヒクル（ＥＥＶ）と呼ぶことができる。ｃＣＰＰは、カーゴ（例えば、オリゴヌクレオチド、ペプチド又は小分子などの治療部分（ＴＭ））を移動させて、細胞の膜を透過させることができる。ｃＣＰＰは、カーゴを細胞の細胞質ゾルに送達することができる。ｃＣＰＰは、標的（例えば、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ）が位置する細胞位置にカーゴを送達することができる。ｃＣＰＰをカーゴ（例えば、ペプチド、オリゴヌクレオチド、又は小分子）にコンジュゲートするために、ｃＣＰＰ上の少なくとも１つの結合又は孤立電子対を置換することができる。
ｃＣＰＰ中のアミノ酸残基の総数は、６から２０個のアミノ酸残基の範囲、例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０個のアミノ酸残基であり、これらの間の全ての範囲及び部分範囲を含む。ｃＣＰＰは６から１３個のアミノ酸残基を含み得る。本明細書に開示されるｃＣＰＰは、６から１０個のアミノ酸を含み得る。例として、６～１０個のアミノ酸残基を含むｃＣＰＰは、式Ｉ－ＡからＩ－Ｅ：
ｃＣＰＰは６から８個のアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは８個のアミノ酸を含み得る。
ｃＣＰＰ中の各アミノ酸は、天然又は非天然アミノ酸であってもよい。「非天然アミノ酸」という用語は、天然アミノ酸の構造及び反応性を模倣するように、天然アミノ酸に類似した構造を有するという点で、天然アミノ酸の同族体である有機化合物を指す。非天然アミノ酸は、２０種の一般的な天然アミノ酸又は希少な天然アミノ酸であるセレノシステイン若しくはピロリシンのうちの１つではない修飾アミノ酸及び／又はアミノ酸類似体であり得る。非天然アミノ酸は、天然アミノ酸のＤ－異性体であってもよい。適切なアミノ酸の例としては、アラニン、アロソロイシン（allosoleucine）、アルギニン、シトルリン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、ナフチルアラニン、フェニルアラニン、プロリン、ピログルタミン酸、セリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、バリン、それらの誘導体、又はそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。これらのアミノ酸及び他のアミノ酸を、本明細書で使用されるそれらの略語と共に表１に列挙する。
本明細書で使用される場合、「ポリエチレングリコール」及び「ＰＥＧ」は、互換的に使用される。「ＰＥＧｍ」及び「ＰＥＧｍ」は、式ＨＯ（ＣＯ）－（ＣＨ２）ｎ－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｍ－ＮＨ２の分子であるか、又はそれに由来し、式中、ｎは１～５の任意の整数であり、ｍは１～２３の任意の整数である。実施形態において、ｎは１又は２である。実施形態において、ｎは１である。実施形態において、ｎは２である。実施形態において、ｎは１であり、ｍは２である。実施形態において、ｎは２であり、ｍは２である。実施形態において、ｎは１であり、ｍは４である。実施形態において、ｎは２であり、ｍは４である。実施形態において、ｎは１であり、ｍは１２である。実施形態において、ｎは２であり、ｍは１２である。
本明細書中で使用される場合、「ｍｉｎｉＰＥＧｍ」又は「ｍｉｎｉＰＥＧｍ」は、式ＨＯ（ＣＯ）－（ＣＨ２）ｎ－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｍ－ＮＨ２（式中、ｎは１であり、ｍは１～２３の任意の整数である）であるか、又はそれに由来する。例えば、「ｍｉｎｉＰＥＧ２」又は「ｍｉｎｉＰＥＧ２」は、（２－［２－［２－アミノエトキシ］エトキシ］酢酸）であるか、又はそれに由来し、「ｍｉｎｉＰＥＧ４」又は「ｍｉｎｉＰＥＧ４」は、ＨＯ（ＣＯ）－（ＣＨ２）ｎ－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｍ－ＮＨ２であるか、又はそれに由来し、ここで、ｎは１であり、ｍは４である。
ｃＣＰＰは、４から２０個のアミノ酸を含み得、ここで、（ｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、グアニジン基若しくはそのプロトン化形態を含む側鎖を有し、（ｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、側鎖を有さないか、又は
少なくとも２個のアミノ酸は、側鎖を有さなくてもよく、又は
側鎖を有さないアミノ酸は、グリシン又はβ－アラニンであり得る。
ｃＣＰＰは、ｃＣＰＰを形成する６から２０個のアミノ酸残基を含み得、ここで、（ｉ）少なくとも１個のアミノ酸はグリシン、β－アラニン、又は４－アミノ酪酸残基であり得、（ｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、アリール又はヘテロアリール基を含む側鎖を有し得、（ｉｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、グアニジン基、
ｃＣＰＰは、ｃＣＰＰを形成する６から２０個のアミノ酸残基を含み得、ここで、（ｉ）少なくとも２個のアミノ酸残基は独立してグリシン、β－アラニン、又は４－アミノ酪酸残基であり得、（ｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、アリール又はヘテロアリール基を含む側鎖を有し得、（ｉｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、グアニジン基、
ｃＣＰＰは、ｃＣＰＰを形成する６から２０個のアミノ酸残基を含み得、ここで、（ｉ）少なくとも３個のアミノ酸は、独立して、グリシン、β－アラニン、又は４－アミノ酪酸残基であり得、（ｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有し得、（ｉｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸は、グアニジン基、
グリシン及び関連アミノ酸残基
ｃＣＰＰは、（ｉ）１、２、３、４、５又は６個のグリシンβ－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）２個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）４個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）５個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）６個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４又は５個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３又は４個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。
ｃＣＰＰは、（ｉ）１、２、３、４、５又は６個のグリシンβ－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）２個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）４個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）５個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）６個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４又は５個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３又は４個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。
ｃＣＰＰは、（ｉ）１、２、３、４、５、又は６個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）２個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）４個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）５個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）６個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４、又は５個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３個又は４個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）２個又は３個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）１個又は２個のグリシン残基を含み得る。
ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４、５又は６個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）４個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）５個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）６個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４又は５個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３又は４個のグリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸残基、又はそれらの組み合わせを含み得る。
ｃＣＰＰは、少なくとも３個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４、５、又は６個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）４個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）５個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）６個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３、４、又は５個のグリシン残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉ）３又は４個のグリシン残基を含み得る。
実施形態では、ｃＣＰＰ中のグリシン、β－アラニン、又は４－アミノ酪酸残基のいずれも隣接していない。２個又は３個のグリシン、β－アラニン、４－又はアミノ酪酸残基は隣接していてもよい。２個のグリシンβ－アラニン、又は４－アミノ酪酸残基は隣接していてもよい。
実施形態では、ｃＣＰＰ中のグリシン残基のいずれも隣接していない。ｃＣＰＰ中の各グリシン残基は、グリシンであり得ないアミノ酸残基によって隔てられ得る。２個又は３個のグリシン残基が隣接していてもよい。２個のグリシン残基は隣接していてもよい。
芳香族基又はヘテロ芳香族基を有するアミノ酸側鎖
ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２、３、４、５又は６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する３個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する５個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２、３又は４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２又は３個のアミノ酸残基を含み得る。
ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２、３、４、５又は６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する３個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する５個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２、３又は４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を独立して有する２又は３個のアミノ酸残基を含み得る。
ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する２、３、４、５又は６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する２個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する３個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する５個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する２、３、又は４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉ）芳香族基を含む側鎖を独立して有する２又は３個のアミノ酸残基を含み得る。
芳香族基は、６から１４員アリールであり得る。アリールは、フェニル、ナフチル又はアントラセニルであり得、これらは各々任意選択で置換されている。アリールは、フェニル又はナフチルであり得、これらは各々任意選択で置換されている。ヘテロ芳香族基は、Ｎ、Ｏ、及びＳから選択される１、２、又は３個のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。ヘテロアリールは、ピリジル、キノリル、又はイソキノリルであり得る。
芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基は、各々独立して、ビス（ホモナフチルアラニン）、ホモナフチルアラニン、ナフチルアラニン、フェニルグリシン、ビス（ホモフェニルアラニン）、ホモフェニルアラニン、フェニルアラニン、トリプトファン、３－（３－ベンゾチエニル）－アラニン、３－（２－キノリル）－アラニン、Ｏ－ベンジルセリン、３－（４－（ベンジルオキシ）フェニル）－アラニン、Ｓ－（４－メチルベンジル）システイン、Ｎ－（ナフタレン－２－イル）グルタミン、３－（１，１’－ビフェニル－４－イル）－アラニン、３－（３－ベンゾチエニル）－アラニン又はチロシンであり得、これらは各々任意選択で１つ以上の置換基で置換される。芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸は、各々独立して、
芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基は、各々独立して、フェニルアラニン、ナフチルアラニン、フェニルグリシン、ホモフェニルアラニン、ホモナフチルアラニン、ビス（ホモフェニルアラニン）、ビス－（ホモナフチルアラニン）、トリプトファン、又はチロシンの残基であり得、これらは各々任意選択で１つ以上の置換基で置換される。芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基は、各々独立して、チロシン、フェニルアラニン、１－ナフチルアラニン、２－ナフチルアラニン、トリプトファン、３－ベンゾチエニルアラニン、４－フェニルフェニルアラニン、３，４－ジフルオロフェニルアラニン、４－トリフルオロメチルフェニルアラニン、２，３，４，５，６－ペンタフルオロフェニルアラニン、ホモフェニルアラニン、β－ホモフェニルアラニン、４－ｔｅｒｔ－ブチル－フェニルアラニン、４－ピリジニルアラニン、３－ピリジニルアラニン、４－メチルフェニルアラニン、４－フルオロフェニルアラニン、４－クロロフェニルアラニン、３－（９－アントリル）－アラニンの残基であり得る。芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基は、各々独立して、フェニルアラニン、ナフチルアラニン、フェニルグリシン、ホモフェニルアラニン、又はホモフェニルアラニンの残基であり得、これらは各々任意選択で１つ以上の置換基で置換される。芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基は、各々独立して、フェニルアラニン、ナフチルアラニン、ホモフェニルアラニン、ホモフェニルアラニン、ビス（ホモナフチルアラニン）、又はビス（ホモナフチルアラニン）の残基であり得、これらは各々任意選択で１つ以上の置換基で置換される。芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基は、各々独立して、フェニルアラニン又はナフチルアラニンの残基であり得、これらは各々任意選択で１つ以上の置換基で置換される。芳香族基を含む側鎖を有する少なくとも１個のアミノ酸残基は、フェニルアラニンの残基であり得る。芳香族基を含む側鎖を有する少なくとも２個のアミノ酸残基は、フェニルアラニンの残基であり得る。芳香族基を含む側鎖を有する各アミノ酸残基は、フェニルアラニンの残基であり得る。
実施形態では、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸はいずれも隣接していない。芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有する２個のアミノ酸は、隣接していてもよい。２個の隣接するアミノ酸は、反対の立体化学を有し得る。２個の隣接するアミノ酸は、同じ立体化学を有し得る。芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有する３個のアミノ酸は、隣接していてもよい。３個の隣接するアミノ酸は、同じ立体化学を有し得る。３個の隣接するアミノ酸は、互い違いの立体化学を有し得る。
芳香族基又はヘテロ芳香族基を含むアミノ酸残基は、Ｌ－アミノ酸であり得る。芳香族基又はヘテロ芳香族基を含むアミノ酸残基は、Ｄ－アミノ酸であり得る。芳香族基又はヘテロ芳香族基を含むアミノ酸残基は、Ｄ－アミノ酸及びＬ－アミノ酸の混合物であり得る。
任意選択の置換基は、例えば、置換基を有さない以外の点では同一の配列と比較して、ｃＣＰＰの細胞質送達効率を有意に（例えば、５０％を超えて）低下させない任意選択の原子又は基であり得る。任意選択の置換基は、疎水性置換基又は親水性置換基であり得る。任意選択の置換基は疎水性置換基であり得る。置換基は、疎水性アミノ酸の溶媒接触表面積（本明細書で定義される）を増加させることができる。置換基は、ハロゲン、アルキル、アルケニル、アルキニレン、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリール、アルコキシ、アリールオキシ、アシル、アルキルカルバモイル、アルキルカルボキサミジル、アルコキシカルボニル、アルキルチオ、又はアリールチオであり得る。置換基はハロゲンであり得る。
理論にも拘束されることを望むものではないが、より高い疎水性値を有する芳香族基又はヘテロ芳香族基を有するアミノ酸（すなわち、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸）は、より低い疎水性値を有するアミノ酸と比較して、ｃＣＰＰの細胞質送達効率を改善することができると考えられる。各疎水性アミノ酸は、独立して、グリシンの疎水性値よりも大きい疎水性値を有し得る。各疎水性アミノ酸は、独立して、アラニンの疎水性値より大きい疎水性値を有する疎水性アミノ酸であり得る。各疎水性アミノ酸は、独立して、フェニルアラニン以上の疎水性値を有し得る。疎水性は、当技術分野で公知の疎水性スケールを用いて測定することができる。表２は、Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇ及びＷｅｉｓｓによって報告された種々のアミノ酸についての疎水性値を列挙する（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１９８４；８１（１）：１４０－１４４）、Ｅｎｇｌｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．（Ａｎｎ．Ｒｅｖ．ｏｆ Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．１９８６；１９８６（１５）：３２１－５３）、Ｋｙｔｅ ａｎｄ Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９８２；１５７（１）：１０５－１３２）、Ｈｏｏｐ ａｎｄ Ｗｏｏｄｓ（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１９８１；７８（６）：３８２４－３８２８）、及びＪａｎｉｎ（Ｎａｔｕｒｅ．１９７９；２７７（５６９６）：４９１－４９２）（これらの各々の全体は、参照により本明細書に組み込まれる）。疎水性は、Ｅｎｇｌｅｍａｎらに報告されている疎水性スケールを用いて測定することができる。
芳香族基又はヘテロ芳香族基のサイズは、ｃＣＰＰの細胞質送達効率を改善するように選択することができる。理論に束縛されることを望むものではないが、アミノ酸の側鎖上のより大きな芳香族基又はヘテロ芳香族基は、より小さな疎水性アミノ酸を有する以外の点では同一の配列と比較して、細胞質送達効率を改善し得ると考えられる。疎水性アミノ酸のサイズは、疎水性アミノ酸の分子量、疎水性アミノ酸の立体効果、側鎖の溶媒接触表面積（ＳＡＳＡ）、又はそれらの組み合わせに関して測定することができる。疎水性アミノ酸のサイズは、疎水性アミノ酸の分子量に関して測定することができ、より大きな疎水性アミノ酸は、少なくとも約９０ｇ／ｍｏｌ、又は少なくとも約１３０ｇ／ｍｏｌ、又は少なくとも約１４１ｇ／ｍｏｌの分子量を有する側鎖を有する。アミノ酸のサイズは、疎水性側鎖のＳＡＳＡに関して測定することができる。疎水性アミノ酸は、アラニン以上、又はグリシン以上のＳＡＳＡを有する側鎖を有し得る。より大きな疎水性アミノ酸は、アラニンより大きい、又はグリシンより大きいＳＡＳＡを有する側鎖を有し得る。疎水性アミノ酸は、約ピペリジン－２－カルボン酸以上、約トリプトファン以上、約フェニルアラニン以上、又は約ナフチルアラニン以上のＳＡＳＡを有する芳香族基又はヘテロ芳香族基を有し得る。第１の疎水性アミノ酸（ＡＡＨ１）は、少なくとも約２００Å２、少なくとも約２１０Å２、少なくとも約２２０Å２、少なくとも約２４０Å２、少なくとも約２５０Å２、少なくとも約２６０Å２、少なくとも約２７０Å２、少なくとも約２８０Å２、少なくとも約２９０Å２、少なくとも約３００Å２、少なくとも約３１０Å２、少なくとも約３２０Å２、又は少なくとも約３３０Å２のＳＡＳＡを有する側鎖を有し得る。第２の疎水性アミノ酸（ＡＡＨ２）は、少なくとも約２００Å２、少なくとも約２１０Å２、少なくとも約２２０Å２、少なくとも約２４０Å２、少なくとも約２５０Å２、少なくとも約２６０Å２、少なくとも約２７０Å２、少なくとも約２８０Å２、少なくとも約２９０Å２、少なくとも約３００Å２、少なくとも約３１０Å２、少なくとも約３２０Å２、又は少なくとも約３３０Å２のＳＡＳＡを有する側鎖を有し得る。ＡＡＨ１及びＡＡＨ２の側鎖は、少なくとも約３５０Å２、少なくとも約３６０Å２であり少なくとも約３７０Å２、少なくとも約３８０Å２、少なくとも約３９０Å２であり少なくとも約４００Å２、少なくとも約４１０Å２であり少なくとも約４２０Å２、少なくとも約４３０Å２であり少なくとも約４４０Å２であり少なくとも約４５０Å２、少なくとも約４６０Å２であり少なくとも約４７０Å２、少なくとも約４８０Å２であり少なくとも約４９０Å２、約５００Å２より大きい、少なくとも約５１０Å２、少なくとも約５２０Å２、少なくとも約５３０Å２、少なくとも約５４０Å２、少なくとも約５５０Å２、少なくとも約５６０Å２、少なくとも約５７０Å２、少なくとも約５８０Å２、少なくとも約５９０Å２、少なくとも約６００Å２、少なくとも約６１０Å２、少なくとも約６２０Å２、少なくとも約６３０Å２、少なくとも約６４０Å２、約６５０Å２より大きい、少なくとも約６６０Å２、少なくとも約６７０Å２、少なくとも約６８０Å２、少なくとも約６９０Å２、又は少なくとも約７００Å２の合計ＳＡＳＡを有し得る。ＡＡＨ２は、ＡＡＨ１の疎水性側鎖のＳＡＳＡ以下であるＳＡＳＡを有する側鎖を有する疎水性アミノ酸残基であり得る。例として、限定するものではないが、Ｎａｌ－Ａｒｇモチーフを有するｃＣＰＰは、Ｐｈｅ－Ａｒｇモチーフを有する以外の点では同一のｃＣＰＰと比較して、改善された細胞質送達効率を示し得る。Ｐｈｅ－Ｎａｌ－Ａｒｇモチーフを有するｃＣＰＰは、Ｎａｌ－Ｐｈｅ－Ａｒｇモチーフを有する以外の点では同一のｃＣＰＰと比較して、改善された細胞質送達効率を示すことができ、ｐｈｅ－Ｎａｌ－Ａｒｇモチーフは、ｎａｌ－Ｐｈｅ－Ａｒｇモチーフを有する以外の点では同一のｃＣＰＰと比較して、改善された細胞質送達効率を示すことができる。
本明細書で使用される場合、「疎水性表面積」又は「ＳＡＳＡ」は、溶媒接触可能なアミノ酸側鎖の表面積（平方オングストロームとして報告される）であり、例えば、ＳＡＳＡは、Ｓｈｒａｋｅ ＆ Ｒｕｐｌｅｙによって開発された「ローリングボール」アルゴリズムを使用して計算することができ（Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．７９（２）：３５１－７１）、これは、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。このアルゴリズムは、分子の表面を調べるために特定の半径の溶媒の「球」を使用する。球の典型的な値は１．４Åであり、これは水分子の半径に近似する。
特定の側鎖のＳＡＳＡ値を以下の表３に示す。本明細書に記載されるＳＡＳＡ値は、Ｔｉｅｎら（ＰＬＯＳ ＯＮＥ ８（１１）：ｅ８０６３５、ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．００８０６３５）によって報告されているように、以下の表３に列挙される理論値に基づき、この文献は、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
グアニジン基、グアニジン置換基、又はそれらのプロトン化形態を含む側鎖を有するアミノ酸残基
本明細書で使用される場合、グアニジンは、構造：
本明細書で使用される場合、グアニジンは、構造：
本明細書で使用される場合、グアニジンのプロトン化形態は、構造：
グアニジン置換基は、生理学的ｐＨ以上で正に荷電するアミノ酸の側鎖上の官能基、又はグアニジニウム基の水素結合供与及び受容活性を再現することができる官能基を指す。
グアニジン置換基は、グアニジン基又はそのプロトン化形態に関連する毒性を低減しながら、治療剤の細胞透過及び送達を促進する。ｃＣＰＰは、グアニジン又はグアニジニウム置換基を含む側鎖を有する少なくとも１個のアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、グアニジン又はグアニジニウム置換基を含む側鎖を有する少なくとも２個のアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、グアニジン又はグアニジニウム置換基を含む側鎖を有する少なくとも３個のアミノ酸を含み得る。
グアニジン又はグアニジニウム基は、グアニジン又はグアニジニウムの同配体であり得る。グアニジン又はグアニジニウム置換基は、グアニジンよりも塩基性が低い場合がある。
本明細書で使用される場合、グアニジン置換基は、
本開示は、４から２０個のアミノ酸残基を含むｃＣＰＰであって、（ｉ）少なくとも１個のアミノ酸が、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有し、（ｉｉ）少なくとも１個のアミノ酸残基が、側鎖を有さないか、又は
少なくとも２個のアミノ酸残基は、側鎖を有さなくてもよく、又は
ｃＣＰＰは、以下の部分：
ｃＣＰＰは、少なくとも２個のアミノ酸を含み得、各アミノ酸は独立して、以下の部分
ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する２、３、４、５又は６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する２個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する３個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する５個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する６個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する２、３、４、又は５個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する２、３、又は４個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有する２又は３個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する少なくとも１個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する２個のアミノ酸残基を含み得る。ｃＣＰＰは、（ｉｉｉ）グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する３個のアミノ酸残基を含み得る。
アミノ酸残基は、独立して、隣接していないグアニジン基、グアニジン置換基、又はそれらのプロトン化形態を含む側鎖を有し得る。２個のアミノ酸残基は、独立して、グアニジン基、グアニジン置換基を含む側鎖を有し得、又はそれらのプロトン化形態が隣接し得る。３個のアミノ酸残基は、独立して、グアニジン基、グアニジン置換基を含む側鎖を有し得、又はそれらのプロトン化形態が隣接し得る。４個のアミノ酸残基は、独立して、グアニジン基、グアニジン置換基を含む側鎖を有し得、又はそれらのプロトン化形態が隣接し得る。隣接するアミノ酸残基は、同じ立体化学を有し得る。隣接するアミノ酸は、互い違い立体化学を有し得る。
グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有するアミノ酸残基は、Ｌ－アミノ酸であり得る。グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有するアミノ酸残基は、Ｄ－アミノ酸であり得る。グアニジン基、グアニジン置換基、又はそのプロトン化形態を含む側鎖を独立して有するアミノ酸残基は、Ｌ又はＤ－アミノ酸の混合物であり得る。
グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する各アミノ酸残基は、独立して、アルギニン、ホモアルギニン、２－アミノ－３－プロピオン酸、２－アミノ－４－グアニジノ酪酸又はそのプロトン化形態の残基であり得る。グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する各アミノ酸残基は、独立して、アルギニン又はそのプロトン化形態の残基であり得る。
グアニジン置換基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する各アミノ酸は、独立して
理論に束縛されるものではないが、グアニジン置換基は、アルギニンと比較して低減された塩基性を有し、場合によっては、生理的ｐＨで非荷電であり（例えば、－Ｎ（Ｈ）Ｃ（Ｏ））、効果的な膜結合性及びその後の内在化を促進すると考えられる原形質膜上のリン脂質との二座水素結合相互作用を維持することができると仮定される。正電荷の除去はまた、ｃＣＰＰの毒性を減少させると考えられる。
当業者は、上記非天然香料疎水性アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端が、本明細書に開示されるペプチドへの組み込みの際に、アミド結合を形成することを理解するであろう。
ｃＣＰＰは、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有する第１のアミノ酸と、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有する第２のアミノ酸とを含み得、ここで、第１のグリシンのＮ末端は、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有する第１のアミノ酸とペプチド結合を形成し、第１のグリシンのＣ末端は、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有する第２のアミノ酸とペプチド結合を形成する。慣例により、「第１のアミノ酸」という用語は、ペプチド配列のＮ末端アミノ酸を指すことが多いが、本明細書で使用される場合、「第１のアミノ酸」は、参照アミノ酸をｃＣＰＰ中の別のアミノ酸（例えば、「第２のアミノ酸」）と区別するために使用され、したがって、「第１のアミノ酸」という用語は、ペプチド配列のＮ末端に位置するアミノ酸を指す場合がある。
ｃＣＰＰは、芳香族基又はヘテロ芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸とペプチド結合を形成する第２のグリシンのＮ末端を含み得、第２のグリシンのＣ末端は、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有するアミノ酸とペプチド結合を形成する。
ｃＣＰＰは、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する第１のアミノ酸と、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する第２のアミノ酸とを含み得、第３のグリシンのＮ末端は、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する第１のアミノ酸とペプチド結合を形成し、第３のグリシンのＣ末端は、グアニジン基又はそのプロトン化形態を含む側鎖を有する第２のアミノ酸とペプチド結合を形成する。
ｃＣＰＰは、アスパラギン、アスパラギン酸、グルタミン、グルタミン酸、又はホモグルタミンの残基を含み得る。ｃＣＰＰはアスパラギン残基を含み得る。ｃＣＰＰはグルタミン残基を含み得る。
ｃＣＰＰは、各々独立して、チロシン、フェニルアラニン、１－ナフチルアラニン、２－ナフチルアラニン、トリプトファン、３－ベンゾチエニルアラニン、４－フェニルフェニルアラニン、３，４－ジフルオロフェニルアラニン、４－トリフルオロメチルフェニルアラニン、２，３，４，５，６－ペンタフルオロフェニルアラニン、ホモフェニルアラニン、β－ホモフェニルアラニン、４－ｔｅｒｔ－ブチル－フェニルアラニン、４－ピリジニルアラニン、３－ピリジニルアラニン、４－メチルフェニルアラニン、４－フルオロフェニルアラニン、４－クロロフェニルアラニン、３－（９－アントリル）－アラニンの残基を含み得る。
理論に束縛されることを望むものではないが、ｃＣＰＰ中のアミノ酸のキラリティは、細胞質取り込み効率に影響を与え得ると考えられる。ｃＣＰＰは、少なくとも１個のＤアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、１から１５個のＤアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、１から１０個のＤアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、１、２、３、又は４個のＤアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、Ｄ及びＬキラリティを互い違いに有する２、３、４、５、６、７、又は８個の隣接アミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、同じキラリティを有する３個の隣接するアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、同じキラリティを有する２個の隣接するアミノ酸を含み得る。少なくとも２個のアミノ酸は、反対のキラリティを有し得る。反対のキラリティを有する少なくとも２個のアミノ酸は、互いに隣接し得る。少なくとも３個のアミノ酸は、互いに対して互い違いの立体化学を有し得る。互いに対して互い違いのキラリティを有する少なくとも３個のアミノ酸は、互いに隣接し得る。少なくとも４個のアミノ酸は、互いに対して互い違いの立体化学を有する。互いに対して互い違いのキラリティを有する少なくとも４個のアミノ酸は、互いに隣接し得る。少なくとも２個のアミノ酸は、同じキラリティを有し得る。同じキラリティを有する少なくとも２個のアミノ酸は、互いに隣接し得る。少なくとも２個のアミノ酸は同じキラリティを有し、少なくとも２個のアミノ酸は反対のキラリティを有する。反対のキラリティを有する少なくとも２個のアミノ酸は、同じキラリティを有する少なくとも２個のアミノ酸に隣接し得る。したがって、ｃＣＰＰ中の隣接アミノ酸は、以下の配列のいずれかを有し得る：Ｄ－Ｌ、Ｌ－Ｄ、Ｄ－Ｌ－Ｌ－Ｄ、Ｌ－Ｄ－Ｄ－Ｌ、Ｌ－Ｄ－Ｌ－Ｌ－Ｄ、Ｄ－Ｌ－Ｄ－Ｄ－Ｌ、Ｄ－Ｌ－Ｌ－Ｄ－Ｌ、又はＬ－Ｄ－Ｄ－Ｌ－Ｄ。ｃＣＰＰを形成するアミノ酸残基は、全てＬ－アミノ酸であり得る。ｃＣＰＰを形成するアミノ酸残基は、全てＤ－アミノ酸であり得る。
少なくとも２個のアミノ酸は、異なるキラリティを有し得る。異なるキラリティを有する少なくとも２個のアミノ酸は、互いに隣接し得る。少なくとも３個のアミノ酸は、隣接するアミノ酸に対して異なるキラリティを有し得る。少なくとも４個のアミノ酸は、隣接するアミノ酸に対して異なるキラリティを有し得る。少なくとも２個のアミノ酸は同じキラリティを有し、少なくとも２個のアミノ酸は異なるキラリティを有する。ｃＣＰＰを形成する１つ以上のアミノ酸残基はアキラルであり得る。ｃＣＰＰは、３、４、又は５アミノ酸のモチーフを含み得、そのうち、同じキラリティを有する２個のアミノ酸は、アキラルアミノ酸によって隔てられ得る。ｃＣＰＰは以下の配列を含み得る：Ｄ－Ｘ－Ｄ、Ｄ－Ｘ－Ｄ－Ｘ、Ｄ－Ｘ－Ｄ－Ｘ－Ｄ、Ｌ－Ｘ－Ｌ、Ｌ－Ｘ－Ｌ－Ｘ、又はＬ－Ｘ－Ｌ－Ｘ－Ｌ（式中、Ｘはアキラルアミノ酸である）。アキラルアミノ酸は、グリシンであり得る。
以下を含む側鎖を有するアミノ酸であって、
以下の側鎖を有する少なくとも２つのアミノ酸であって、
ｃＣＰＰは、式（Ａ）：
式中、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又はアミノ酸の芳香族若しくはヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のうちの少なくとも１つは、アミノ酸の芳香族又はヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７は独立して、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７のうちの少なくとも１つは、３－グアニジノ－２－アミノプロピオン酸、４－グアニジノ－２－アミノブタン酸、アルギニン、ホモアルギニン、Ｎ－メチルアルギニン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアルギニン、２，３－ジアミノプロピオン酸、２，４－ジアミノブタン酸、リジン、Ｎ－メチルリジン、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、Ｎ－エチルリジン、Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチルリジン、４－グアニジノフェニルアラニン、シトルリン、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、β－ホモアルギニン、３－（１－ピペリジル）アラニンの側鎖であり、
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
ｑは、１、２、３又は４である。
実施形態では、式（Ａ）の環状ペプチドは、ＦｆΦＲｒＲｒＱ（配列番号６７）ではない。実施形態では、式（Ａ）の環状ペプチドは、ＦｆΦＲｒＲｒＱ（配列番号６７）である。
ｃＣＰＰは、式（Ｉ）：
のもの、又はそのプロトン化形態であり、
式中、
Ｒ１、Ｒ２及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又は芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基であってもよく、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のうちの少なくとも１つは、アミノ酸の芳香族又はヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ４及びＲ７は、独立して、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
ｑは、１、２、３又は４であり、
各ｍは、独立して、整数０、１、２、又は３である。
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ、－アルキレン－アリール、又は－アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－アリール、又は－Ｃ１～３アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又は－アルキレン－アリールであり得る。Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－アリールであり得る。Ｃ１～３アルキレンはメチレンであり得る。アリールは、６から１４員アリールであり得る。ヘテロアリールは、Ｎ、Ｏ、及びＳから選択される１つ以上のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。アリールは、フェニル、ナフチル、又はアントラセニルから選択され得る。アリールは、フェニル又はナフチルであり得る。アリールはフェニルであり得る。ヘテロアリールは、ピリジル、キノリル、及びイソキノリルであり得る。Ｒ１、Ｒ２及びＲ３は、各々独立して、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－Ｐｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－ナフチルであり得る。Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ、－ＣＨ２Ｐｈ、又は－ＣＨ２ナフチルであり得る。Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又は－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、チロシン、フェニルアラニン、１－ナフチルアラニン、２－ナフチルアラニン、トリプトファン、３－ベンゾチエニルアラニン、４－フェニルフェニルアラニン、３，４－ジフルオロフェニルアラニン、４－トリフルオロメチルフェニルアラニン、２，３，４，５，６－ペンタフルオロフェニルアラニン、ホモフェニルアラニン、β－ホモフェニルアラニン、４－ｔｅｒｔ－ブチル－フェニルアラニン、４－ピリジニルアラニン、３－ピリジニルアラニン、４－メチルフェニルアラニン、４－フルオロフェニルアラニン、４－クロロフェニルアラニン、３－（９－アントリル）－アラニンの側鎖であり得る。
Ｒ１は、チロシンの側鎖であり得る。Ｒ１は、フェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、１－ナフチルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、２－ナフチルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、トリプトファンの側鎖であり得る。Ｒ３は、３－ベンゾチエニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－フェニルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、３，４－ジフルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－トリフルオロメチルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、２，３，４，５，６－ペンタフルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、ホモフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、β－ホモフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－ｔｅｒｔ－ブチル－フェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－ピリジニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、３－ピリジニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－メチルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－フルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、４－クロロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、３－（９－アントリル）－アラニンの側鎖であり得る。
Ｒ２は、チロシンの側鎖であり得る。Ｒ２は、フェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、１－ナフチルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ１は、２－ナフチルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、トリプトファンの側鎖であり得る。Ｒ２は、３－ベンゾチエニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－フェニルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、３，４－ジフルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－トリフルオロメチルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、２，３，４，５，６－ペンタフルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、ホモフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、β－ホモフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－ｔｅｒｔ－ブチル－フェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－ピリジニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、３－ピリジニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－メチルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－フルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、４－クロロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ２は、３－（９－アントリル）－アラニンの側鎖であり得る。
Ｒ３は、チロシンの側鎖であり得る。Ｒ３は、フェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、１－ナフチルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、２－ナフチルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、トリプトファンの側鎖であり得る。Ｒ３は、３－ベンゾチエニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－フェニルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、３，４－ジフルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－トリフルオロメチルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、２，３，４，５，６－ペンタフルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、ホモフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、β－ホモフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－ｔｅｒｔ－ブチル－フェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－ピリジニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、３－ピリジニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－メチルフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－フルオロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、４－クロロフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ３は、３－（９－アントリル）－アラニンの側鎖であり得る。
Ｒ４は、Ｈ、－アルキレン－アリール、－アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ４は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－アリール、又は－Ｃ１～３アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ４は、Ｈ又は－アルキレン－アリールであり得る。Ｒ４は、Ｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－アリールであり得る。Ｃ１～３アルキレンは、メチレンであり得る。アリールは、６から１４員アリールであり得る。ヘテロアリールは、Ｎ、Ｏ、及びＳから選択される１つ以上のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。アリールは、フェニル、ナフチル、又はアントラセニルから選択され得る。アリールは、フェニル又はナフチルであり得る。アリールは、フェニルであり得る。ヘテロアリールは、ピリジル、キノリル、及びイソキノリルであり得る。Ｒ４は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－Ｐｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－ナフチルであり得る。Ｒ４は、Ｈ又は表１若しくは表３のアミノ酸の側鎖であり得る。Ｒ４は、Ｈ又は芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基であり得る。Ｒ４は、Ｈ、－ＣＨ２Ｐｈ、又は－ＣＨ２ナフチルであり得る。Ｒ４は、Ｈ又は－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ５は、Ｈ、－アルキレン－アリール、－アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ５は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－アリール、又は－Ｃ１～３アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ５は、Ｈ又は－アルキレン－アリールであり得る。Ｒ５は、Ｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－アリールであり得る。Ｃ１～３アルキレンは、メチレンであり得る。アリールは、６から１４員アリールであり得る。ヘテロアリールは、Ｎ、Ｏ、及びＳから選択される１つ以上のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。アリールは、フェニル、ナフチル、又はアントラセニルから選択され得る。アリールは、フェニル又はナフチルであり得る。アリールは、フェニルであり得る。ヘテロアリールは、ピリジル、キノリル、及びイソキノリルであり得る。Ｒ５は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－Ｐｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－ナフチルであり得る。Ｒ５は、Ｈ又は表１若しくは表３のアミノ酸の側鎖であり得る。Ｒ４は、Ｈ又は芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基であり得る。Ｒ５は、Ｈ、－ＣＨ２Ｐｈ、又は－ＣＨ２ナフチルであり得る。Ｒ４は、Ｈ又は－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ６は、Ｈ、－アルキレン－アリール、－アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ６は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－アリール、又は－Ｃ１～３アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ６は、Ｈ又は－アルキレン－アリールであり得る。Ｒ６は、Ｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－アリールであり得る。Ｃ１～３アルキレンは、メチレンであり得る。アリールは、６から１４員アリールであり得る。ヘテロアリールは、Ｎ、Ｏ、及びＳから選択される１つ以上のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。アリールは、フェニル、ナフチル、又はアントラセニルから選択され得る。アリールは、フェニル又はナフチルであり得る。アリールは、フェニルであり得る。ヘテロアリールは、ピリジル、キノリル、及びイソキノリルであり得る。Ｒ６は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－Ｐｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－ナフチルであり得る。Ｒ６は、Ｈ又は表１若しくは表３のアミノ酸の側鎖であり得る。Ｒ６は、Ｈ又は芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基であり得る。Ｒ６は、Ｈ、－ＣＨ２Ｐｈ、又は－ＣＨ２ナフチルであり得る。Ｒ６は、Ｈ又は－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ７は、Ｈ、－アルキレン－アリール、－アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ７は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－アリール、又は－Ｃ１～３アルキレン－ヘテロアリールであり得る。Ｒ７は、Ｈ又は－アルキレン－アリールであり得る。Ｒ７は、Ｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－アリールであり得る。Ｃ１～３アルキレンは、メチレンであり得る。アリールは、６から１４員アリールであり得る。ヘテロアリールは、Ｎ、Ｏ、及びＳから選択される１つ以上のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。アリールは、フェニル、ナフチル、又はアントラセニルから選択され得る。アリールは、フェニル又はナフチルであり得る。アリールは、フェニルであり得る。ヘテロアリールは、ピリジル、キノリル、及びイソキノリルであり得る。Ｒ７は、Ｈ、－Ｃ１～３アルキレン－Ｐｈ又は－Ｃ１～３アルキレン－ナフチルであり得る。Ｒ７は、Ｈ又は表１若しくは表３のアミノ酸の側鎖であり得る。Ｒ７は、Ｈ又は芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基であり得る。Ｒ７は、Ｈ、－ＣＨ２Ｐｈ、又は－ＣＨ２ナフチルであり得る。Ｒ７は、Ｈ又は－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの１個、２個、又は３個は、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの１つは、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの２個は、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの３個は、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの４個以下は、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３及びＲ４のうちの１個、２個又は３個は、－ＣＨ２Ｐｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの１つは、－ＣＨ２Ｐｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの２個は、－ＣＨ２Ｐｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの３個は、－ＣＨ２Ｐｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの少なくとも１つは、－ＣＨ２Ｐｈである。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの１、２又は３個は、Ｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７うち１つは、Ｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの２個は、Ｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの３個は、Ｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｈであり得る。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの３個以下は、－ＣＨ２Ｐｈであり得る。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの１、２又は３個は、Ｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの１つは、Ｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの２個は、Ｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの３個は、Ｈである。Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの少なくとも１つは、Ｈである。
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、３－グアニジノ－２－アミノプロピオン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、４－グアニジノ－２－アミノブタン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、アルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、ホモアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ－メチルアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ，Ｎ－ジメチルアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、２，３－ジアミノプロピオン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、２，４－ジアミノブタン酸、リジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ－メチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ－エチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチルリジン、４－グアニジノフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、シトルリンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、β－ホモアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも１つは、３－（１－ピペリジニル）アラニンの側鎖であり得る。
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、３－グアニジノ－２－アミノプロピオン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、４－グアニジノ－２－アミノブタン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、アルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、ホモアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ－メチルアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ，Ｎ－ジメチルアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、２，３－ジアミノプロピオン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、２，４－ジアミノブタン酸、リジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ－メチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ－エチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチルリジン、４－グアニジノフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６及びＲ７の少なくとも２個は、シトルリンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、β－ホモアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも２個は、３－（１－ピペリジニル）アラニンの側鎖であり得る。
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、３－グアニジノ－２－アミノプロピオン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、４－グアニジノ－２－アミノブタン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、アルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、ホモアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ－メチルアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ，Ｎ－ジメチルアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、２，３－ジアミノプロピオン酸の側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、２，４－ジアミノブタン酸、リジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ－メチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ－エチルリジンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチルリジン、４－グアニジノフェニルアラニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個はシトルリンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、β－ホモアルギニンの側鎖であり得る。Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７のうちの少なくとも３個は、３－（１－ピペリジニル）アラニンの側鎖であり得る。
ＡＡＳＣは、アスパラギン、グルタミン、又はホモグルタミンの残基の側鎖であり得る。ＡＡＳＣは、グルタミン残基の側鎖であり得る。ｃＣＰＰは、ＡＡＳＣ、例えば、アスパラギン、グルタミン、又はホモグルタミンの残基にコンジュゲートしたリンカーを更に含み得る。したがって、ｃＣＰＰは、アスパラギン、グルタミン、又はホモグルタミンの残基にコンジュゲートされたリンカーを更に含み得る。ｃＣＰＰは、グルタミン残基に結合したリンカーを更に含み得る。
ｑは、１、２又は３であり得る。ｑは１又は２であり得る。ｑは１であり得る。ｑは２であり得る。ｑは３であり得る。ｑは４であり得る。
ｍは１～３であり得る。ｍは１又は２であり得る。ｍは０であり得る。ｍは１であり得る。ｍは２であり得る。ｍは３であり得る。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ）
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－ａ）又は式（Ｉ－ｂ）：
又はそのプロトン化形態を含み得、ＡＡＳＣ、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、及びｍは本明細書で定義されるとおりである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－１）、（Ｉ－２）、（Ｉ－３）又は（Ｉ－４）：
又はそのプロトン化形態を含み得、式中、ＡＡＳＣ及びｍは、本明細書に定義される通りである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－５）又は（Ｉ－６）：
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－１）：
式中、ＡＡＳＣ及びｍは、本明細書で定義される通りである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－２）：
式中、ＡＡＳＣ及びｍは、本明細書で定義される通りである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－３）：
式中、ＡＡＳＣ及びｍは、本明細書で定義される通りである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－４）：
式中、ＡＡＳＣ及びｍは、本明細書で定義される通りである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－５）：
式中、ＡＡＳＣ及びｍは、本明細書で定義される通りである。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、式（Ｉ－６）：
ｃＣＰＰは、以下の配列のうちの１つを含み得る：ＦＧＦＧＲＧＲ（配列番号６８）、ＧｆＦＧｒＧｒ（配列番号６９）、ＦｆΦＧＲＧＲ（配列番号７０）、ＦｆＦＧＲＧＲ（配列番号７１）、又はＦｆΦＧｒＧｒ（配列番号７２）。ｃＣＰＰは、以下の配列のうちの１つを有し得る：ＦＧＦΦΦ（配列番号７３）、ＧｆＦＧｒＧｒＱ（配列番号７４）、ＦｆΦＧＲＧＲＱ（配列番号７５）、ＦｆＦＧＲＧＲＱ（配列番号７６）、又はＦｆΦＧｒＧｒＱ（配列番号７７）。
本開示はまた、式（ＩＩ）：
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、６から１４員アリール又は６から１４員ヘテロアリールであり、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄは、独立してアミノ酸側鎖であり、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄのうちの少なくとも１つは、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄのうちの少なくとも１つは、グアニジン又はそのプロトン化形態であり、
各ｎ’’は、独立して、整数０、１、２、３、４、又は５であり、
各ｎ’は、独立して、０、１、２、又は３からの整数であり、
ｎ’が０である場合、Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｂ又はＲ２ｄは存在しない。
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄのうちの少なくとも２個は、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄの全ては、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄの各々は、独立して、２，３－ジアミノプロピオン酸、２，４－ジアミノ酪酸側鎖、オルニチン、リジン、メチルリジン、ジメチルリジン、トリメチルリジン、ホモ－リジン、セリン、ホモ－セリン、スレオニン、アロ－スレオニン、ヒスチジン、１－メチルヒスチジン、２－アミノブタン二酸、アスパラギン酸、グルタミン酸、又はホモ－グルタミン酸であり得る。
ＡＡＳＣは
Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、６から１４員アリールであり得る。Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、Ｎ、Ｏ、又はＳから選択される１つ以上のヘテロ原子を有する６から１４員ヘテロアリールであり得る。Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、フェニル、ナフチル、アントラセニル、ピリジル、キノリル、又はイソキノリルから選択され得る。Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、フェニル、ナフチル、又はアントラセニルから選択され得る。Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、フェニル又はナフチルであり得る。Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、ピリジル、キノリル、又はイソキノリルから選択され得る。
各ｎ’は、独立して１又は２であり得る。各ｎ’は、１であり得る。各ｎ’は、２であり得る。少なくとも１つのｎ’は、０であり得る。少なくとも１つのｎ’は、１であり得る。少なくとも１つのｎ’は、２であり得る。少なくとも１つのｎ’は、３であり得る。少なくとも１つのｎ’は、４であり得る。少なくとも１つのｎ’は、５であり得る。
各ｎ’’は、独立して、１から３の整数であり得る。各ｎ’’は、独立して２又は３であり得る。各ｎ”は、２であり得る。各ｎ”は、３であり得る。少なくとも１つのｎ’’は、０であり得る。少なくとも１つのｎ’’は、１であり得る。少なくとも１つのｎ’’は、２であり得る。少なくとも１つのｎ’’は、３であり得る。
各ｎ”は独立して１又は２であり得、各ｎ’は独立して２又は３であり得る。各ｎ”は１であり得、各ｎ’は独立して２又は３であり得る。各ｎ”は１であり得、各ｎ’は２であり得る。各ｎ”は１であり、各ｎ’は３である。
式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩ－１）：
式中、Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、Ｒ１ｃ、Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ、Ｒ２ｄ、ＡＡＳＣ、ｎ’及びｎ’’は、本明細書で定義される通りである。
式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩａ）：
式中、Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、Ｒ１ｃ、Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ、Ｒ２ｄ、ＡＡＳＣ及びｎ’は、本明細書で定義される通りである。
式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩｂ）：
式中、Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、ＡＡＳＣ及びｎ’は本明細書で定義される通りである。
ｃＣＰＰは、式（ＩＩｂ）：
式中、
ＡＡＳＣ及びｎ’は、本明細書で定義される通りである。
式（ＩＩａ）のｃＣＰＰは、以下の構造：
式（ＩＩａ）のｃＣＰＰは、以下の構造：
式（ＩＩａ）のｃＣＰＰは、以下の構造：
式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、構造：
式（ＩＩ）のｃＣＰＰは、構造：
ｃＣＰＰは、式（ＩＩＩ）の構造：
式中、
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、６から１４員アリール又は６から１４員ヘテロアリールであり、
Ｒ２ａ及びＲ２ｃは、各々独立して、Ｈ、
Ｒ２ｂ及びＲ２ｄは、各々独立して、グアニジン又はそのプロトン化形態であり、
各ｎ’’は、独立して、１から３の整数であり、
各ｎ’は、独立して、１から５の整数であり、
各ｐ’は、独立して、０から５の整数である。
式（ＩＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩＩ－１）：
式中、
ＡＡＳＣ、Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、Ｒ１ｃ、Ｒ２ａ、Ｒ２ｃ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｄ、ｎ’、ｎ’’及びｐ’は、本明細書で定義される通りである。
式（ＩＩＩ）のｃＣＰＰは、式（ＩＩＩａ）：
式中、
ＡＡＳＣ、Ｒ２ａ、Ｒ２ｃ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｄ、ｎ’、ｎ’’、及びｐ’は、本明細書で定義される通りである。
式（ＩＩＩ）、（ＩＩＩ－１）、及び（ＩＩＩａ）において、Ｒａ及びＲｃはＨであり得る。Ｒａ及びＲｃはＨであり得、Ｒｂ及びＲｄは、各々独立して、グアニジン又はそのプロトン化形態であり得る。ＲａはＨであり得る。ＲｂはＨであり得る。ｐ’は０であり得る。Ｒａ及びＲｃはＨであり得、各ｐ’は０であり得る。
式（ＩＩＩ）、（ＩＩＩ－１）及び（ＩＩＩａ）において、Ｒａ及びＲｃはＨであり得、Ｒｂ及びＲｄは、各々独立して、グアニジン又はそのプロトン化形態であり得、ｎ’’は２又は３であり得、各ｐ’は０であり得る。
ｐ’は０であり得る。ｐ’は１であり得る。ｐ’は２であり得る。ｐ’は３であり得る。ｐ’は４であり得る。ｐ’は５であり得る。
ｃＣＰＰは構造：
式（Ａ）のｃＣＰＰは、以下から選択することができる。
式（Ａ）のｃＣＰＰは、以下から選択することができる。
実施形態において、ｃＣＰＰは、以下から選択される。
実施形態では、ｃＣＰＰは、以下から選択されない。
ＡＡＳＣはリンカーにコンジュゲートされ得る。
リンカー
本開示のｃＣＰＰはリンカーにコンジュゲートされ得る。リンカーは、カーゴをｃＣＰＰに連結することができる。リンカーは、ｃＣＰＰのアミノ酸の側鎖に結合することができ、カーゴは、リンカー上の適切な位置に結合することができる。
本開示のｃＣＰＰはリンカーにコンジュゲートされ得る。リンカーは、カーゴをｃＣＰＰに連結することができる。リンカーは、ｃＣＰＰのアミノ酸の側鎖に結合することができ、カーゴは、リンカー上の適切な位置に結合することができる。
リンカーは、ｃＣＰＰを１つ以上の更なる部分、例えば、環外ペプチド（ＥＰ）及び／又はカーゴにコンジュゲートすることができる任意の適切な部分であり得る。ｃＣＰＰ及び１つ以上の更なる部分への結合の前に、リンカーは２個以上の官能基を有し、これらは各々独立してｃＣＰＰ及び１つ以上の更なる部分への共有結合を形成することができる。カーゴがオリゴヌクレオチドである場合、リンカーはカーゴの５’末端又はカーゴの３’末端に共有結合することができる。リンカーは、カーゴの５’末端に共有結合することができる。リンカーは、カーゴの３’末端に共有結合することができる。カーゴがペプチドである場合、リンカーはカーゴのＮ末端又はＣ末端に共有結合することができる。リンカーは、オリゴヌクレオチド又はペプチドカーゴの骨格に共有結合することができる。リンカーは、本明細書に記載されるｃＣＰＰをオリゴヌクレオチド、ペプチド又は小分子などのカーゴにコンジュゲートする任意の適切な部分であり得る。
リンカーは炭化水素リンカーを含み得る。
リンカーは切断部位を含み得る。切断部位は、ジスルフィド又はカスパーゼ切断部位（例えば、Ｖａｌ－Ｃｉｔ－ＰＡＢＣ）であり得る。
リンカーは、（ｉ）１つ以上のＤ又はＬアミノ酸であって、これらは各々任意選択で置換されているアミノ酸、（ｉｉ）任意選択で置換されているアルキレン、（ｉｉｉ）任意選択で置換されているアルケニレン、（ｉｖ）任意選択で置換されているアルキニレン、（ｖ）任意選択で置換されているカルボシクリル、（ｖｉ）任意選択で置換されているヘテロシクリル、（ｖｉｉ）１つ以上の－（Ｒ１－Ｊ－Ｒ２）ｚ”－サブユニットであって、式中、Ｒ１及びＲ２の各々が、各場合において、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、カルボシクリル、及びヘテロシクリルから独立して選択され、各Ｊが、独立して、Ｃ、ＮＲ３、－ＮＲ３Ｃ（Ｏ）－、Ｓ、及びＯであり、式中、Ｒ３が、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、及びヘテロシクリルから独立して選択され、これらは各々任意選択で置換されており、ｚ”が１から５０の整数である、サブユニット、（ｖｉｉｉ）－（Ｒ１（Ｊ）ｚ－又は－（Ｊ－Ｒ１）ｚ－であって、式中、各Ｒ１が、各場合において、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、カルボシクリル、又はヘテロシクリルであり、各Ｊが、独立して、Ｃ、ＮＲ３、－ＮＲ３Ｃ（Ｏ）－、Ｓ、又はＯであり、式中、Ｒ３が、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、又はヘテロシクリルであり、これらは各々任意選択で置換されており、ｚ’’が１から５０の整数であるもの、を含み得、あるいは、（ｉｘ）リンカーは、（ｉ）～（ｘ）のうちの１つ以上を含み得る。
リンカーは、１つ以上のＤ若しくはＬアミノ酸及び／又は－（Ｒ１－Ｊ－Ｒ２）ｚ”－であって、式中、Ｒ１及びＲ２の各々が、各場合において、独立してアルキレンであり、各Ｊが、独立して、Ｃ、ＮＲ３、－ＮＲ３Ｃ（Ｏ）－、Ｓ、及びＯであり、式中、Ｒ４が、独立して、Ｈ及びアルキルから選択され、ｚ”が、１から５０の整数であるもの、又はそれらの組み合わせ、が挙げられるが、これに限定されない。
リンカーは、－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚ’－を（例えば、スペーサーとして）含み得、ｚ’は、１から２３の整数、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、又は２３である。「－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚ」は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）と呼ぶこともできる。
リンカーは、１つ以上のアミノ酸を含み得る。リンカーはペプチドを含み得る。リンカーは、－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚ’－（式中、ｚ’は１から２３の整数である）、及びペプチドを含み得る。ペプチドは、２から１０個のアミノ酸を含み得る。リンカーは、クリックケミストリーを介して反応することができる官能基（ＦＧ）を更に含み得る。ＦＧはアジド又はアルキンであってもよく、カーゴがリンカーにコンジュゲートされるとトリアゾールが形成される。
リンカーは、（ｉ）βアラニン残基及びリジン残基、（ｉｉ）－（Ｊ－Ｒ１）ｚ－、又は（ｉｉｉ）それらの組み合わせを含み得る。各Ｒ１は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、カルボシクリル、又はヘテロシクリルであり得、各Ｊは、独立して、Ｃ、ＮＲ３、－ＮＲ３Ｃ（Ｏ）－、Ｓ、又はＯであり、式中、Ｒ３は、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、又はヘテロシクリルであり、これらは各々任意選択で置換されており、ｚ’’は、１から５０の整数であり得る。各Ｒ１はアルキレンであってよく、各ＪはＯであってよい。
リンカーは、（ｉ）β－アラニン、グリシン、リジン、４－アミノ酪酸、５－アミノペンタン酸、６－アミノヘキサン酸又はそれらの組み合わせの残基、及び（ｉｉ）－（Ｒ１－Ｊ）ｚ”－又は－（Ｊ－Ｒ１）ｚ”－を含み得る。各Ｒ１は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、カルボシクリル、又はヘテロシクリルであり得、各Ｊは、独立して、Ｃ、ＮＲ３、－ＮＲ３Ｃ（Ｏ）－、Ｓ、又はＯであり、式中、Ｒ３は、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、又はヘテロシクリルであり、これらは各々任意選択で置換されており、ｚ’’は、１から５０の整数であり得る。各Ｒ１はアルキレンであり得、各ＪはＯであり得る。リンカーは、グリシン、ベータアラニン、４－アミノ酪酸、５－アミノペンタン酸、６－アミノヘキサン酸、又はそれらの組み合わせを含み得る。
リンカーは、三価リンカーであり得る。リンカーは、構造：
炭化水素は、グリシン又はベータアラニンの残基であり得る。
リンカーは二価であり、ｃＣＰＰをカーゴに連結することができる。リンカーは二価であり、ｃＣＰＰを環外ペプチド（ＥＰ）に連結することができる。
リンカーは三価であり得、ｃＣＰＰをカーゴ及びＥＰに連結することができる。
リンカーは、二価又は三価のＣ１～Ｃ５０アルキレンであり得、ここで、１～２５個のメチレン基は、任意選択で、かつ独立して、－Ｎ（Ｈ）－、－Ｎ（Ｃ１－Ｃ４アルキル）－、－Ｎ（シクロアルキル）－、－Ｏ－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｃ１－Ｃ４アルキル）－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（シクロアルキル）－、－Ｎ（Ｈ）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｃ１－Ｃ４アルキル）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（シクロアルキル）Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｈ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｃ１－Ｃ４アルキル）、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（シクロアルキル）、アリール、ヘテロシクリル、ヘテロアリール、シクロアルキル、又はシクロアルケニルによって置き換えられている。リンカーは、二価又は三価のＣ１～Ｃ５０アルキレンであり得、ここで、１～２５個のメチレン基は、任意選択で、かつ独立して、－Ｎ（Ｈ）－、－Ｏ－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｈ）－、又はこれらの組み合わせによって置換される。
リンカーは、構造：
ｃＣＰＰはリンカー（「Ｌ」）を介してカーゴに結合することができる。リンカーは、結合基（「Ｍ」）を介してカーゴにコンジュゲートされ得る。
リンカーは、構造：
リンカーは、構造：
式中、ｘ’は１～２３の整数であり、ｙは、１～５の整数であり、ｚ’は、１～２３の整数であり、＊はＡＡＳＣへの結合点であり、ＡＡＳＣはｃＣＰＰのアミノ酸残基の側鎖であり、Ｍは本明細書で定義される結合基である。
リンカーは、構造：
式中、ｘ’は１～２３の整数であり、ｙは１～５の整数であり、ｚ’は１～２３の整数であり、＊はＡＡＳＣへの結合点であり、ＡＡＳＣはｃＣＰＰのアミノ酸残基の側鎖である。
ｘは、１～１０の整数、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０（これらの間の全ての範囲及び部分範囲を含む）であり得る。
ｚ’は、１～２３の整数、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、又は２３（これらの間の全ての範囲及び部分範囲を含む）であり得る。Ｘ’は５～１５の整数であり得る。Ｘ’は９～１３の整数であり得る。Ｘ′は１～５の整数であり得る。Ｘ’は１であり得る。
ｙは、１～５の整数、例えば、１、２、３、４、又は５（これらの間の全ての範囲及び部分範囲を含む）であり得る。Ｙは２～５の整数であり得る。Ｙは３～５の整数であり得る。Ｙは３又は４であり得る。Ｙは４又は５であり得る。Ｙは３であり得る。Ｙは４であり得る。Ｙは５であり得る。
ｚは、１～１０の整数、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０（これらの間の全ての範囲及び部分範囲を含む）であり得る。
ｚ’は、１～２３の整数、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、又は２３（これらの間の全ての範囲及び部分範囲を含む）であり得る。Ｚ’は５～１５の整数であり得る。Ｚ’は９～１３の整数であり得る。Ｚ’は１１であり得る。
上記のように、リンカー又はＭ（ここで、Ｍはリンカーの一部である）は、カーゴ上の任意の適切な位置でカーゴに共有結合することができる。リンカー又はＭ（ここで、Ｍはリンカーの一部である）は、オリゴヌクレオチドカーゴの３’末端又はオリゴヌクレオチドカーゴの５’末端に共有結合され得る。リンカー又はＭ（ここで、Ｍはリンカーの一部である）は、ペプチドカーゴのＮ末端又はＣ末端に共有結合され得る。リンカー又はＭ（ここで、Ｍはリンカーの一部である）は、オリゴヌクレオチド又はペプチドカーゴの骨格に共有結合され得る。
リンカーは、ｃＣＰＰ上のアスパラギン酸、グルタミン酸、グルタミン、アスパラギン、若しくはリジンの側鎖、又はグルタミン若しくはアスパラギンの修飾側鎖（例えば、アミノ基を有する還元側鎖）に結合することができる。リンカーは、ｃＣＰＰ上のリジンの側鎖に結合することができる。
リンカーは、ペプチドカーゴ上のアスパラギン酸、グルタミン酸、グルタミン、アスパラギン、若しくはリジンの側鎖、又はグルタミン若しくはアスパラギンの修飾側鎖（例えば、アミノ基を有する還元側鎖）に結合することができる。リンカーは、ペプチドカーゴ上のリジンの側鎖に結合することができる。
リンカーは、構造：
式中、
Ｍは、Ｌをカーゴ、例えば、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートする基であり、
ＡＡｓは、ｃＣＰＰ上のアミノ酸の側鎖又は末端であり、
各ＡＡｘは独立してアミノ酸残基であり、
ｏは、０から１０の整数であり、
ｐは、０から５の整数である。
リンカーは、構造：
式中、
Ｍは、Ｌをカーゴ、例えば、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートする基であり、
ＡＡｓは、ｃＣＰＰ上のアミノ酸の側鎖又は末端であり、
各ＡＡｘは独立してアミノ酸残基であり、
ｏは、０から１０の整数であり、
ｐは、０から５の整数である。
Ｍは、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、カルボシクリル、又はヘテロシクリルを含み得、これらは各々、任意選択で置換されている。Ｍは、
Ｍは、
式中、Ｒ１０は、アルキレン、シクロアルキル、又は
Ｍは
Ｍは、ヘテロ二官能性架橋剤、例えば、
Ｍは、－Ｃ（Ｏ）－であり得る。
ＡＡｓは、ｃＣＰＰ上のアミノ酸の側鎖又は末端であり得る。ＡＡｓの非限定的な例としては、アスパラギン酸、グルタミン酸、グルタミン、アスパラギン、若しくはリジン、又はグルタミン若しくはアスパラギンの修飾された側鎖（例えば、アミノ基を有する還元側鎖）が挙げられる。ＡＡｓは、本明細書で定義されるＡＡＳＣであり得る。
各ＡＡｘは、独立して、天然又は非天然アミノ酸である。１つ以上のＡＡｘは、天然アミノ酸であり得る。１つ以上のＡＡｘは、非天然アミノ酸であり得る。１つ以上のＡＡｘは、β－アミノ酸であり得る。β－アミノ酸は、β－アラニンであり得る。
ｏは、０～１０の整数、例えば、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、及び１０であり得る。Ｏは、０、１、２、又は３であり得る。Ｏは０であり得る。Ｏは１であり得る。Ｏは２であり得る。Ｏは３であり得る。
ｐは、０～５、例えば、０、１、２、３、４、又は５であり得る。Ｐは０であり得る。Ｐは１であり得る。Ｐは２であり得る。Ｐは３であり得る。Ｐは４であり得る。Ｐは５であり得る。
リンカーは、構造：
式中、Ｍ、ＡＡｓ、各－（Ｒ１－Ｊ－Ｒ２）ｚ”－、ｏ及びｚ”は、本明細書で定義されている。ｒは、０又は１であり得る。
ｒは、０であり得る。Ｒは、１であり得る。
リンカーは、構造：
を有し得、式中、Ｍ、ＡＡｓ、ｏ、ｐ、ｑ、ｒ及びｚの各々は、本明細書で定義される通りであり得る。
ｚは、１から５０の整数、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、及び５０（これらの間の全ての範囲及び値を含む）であり得る。Ｚ’’は５～２０の整数であり得る。Ｚ’’は１０～１５の整数であり得る。
リンカーは、構造：
式中、
Ｍ、ＡＡｓ及びｏは、本明細書で定義される通りである。
好適なリンカーの他の非限定的な例としては、
本明細書では、ｃＣＰＰと、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ配列中の標的に相補的なＡＣとを含む化合物であって、Ｌを更に含み、リンカーが結合基（Ｍ）を介してＡＣにコンジュゲートされており、Ｍが
本明細書では、ｃＣＰＰと、アンチセンス化合物（ＡＣ）、例えば、ｐｒｅ－ｍＲＮＡ配列中の標的に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むカーゴとを含む化合物であって、Ｌを更に含み、リンカーは結合基（Ｍ）を介してＡＣにコンジュゲートされており、Ｍは、
リンカーは、構造：
式中、ＡＡｓは本明細書で定義される通りであり、ｍ’は０～１０である。
リンカーは、式：
リンカーは、式：
リンカーは、式：
リンカーは、式：
リンカーは、式：
リンカーは、式：
リンカーは、カーゴ上の任意の適切な位置でカーゴに共有結合することができる。リンカーは、カーゴの３’末端又はオリゴヌクレオチドカーゴの５’末端に共有結合される。リンカーは、カーゴの骨格に共有結合され得る。
リンカーは、ｃＣＰＰ上のアスパラギン酸、グルタミン酸、グルタミン、アスパラギン、若しくはリジンの側鎖、又はグルタミン若しくはアスパラギンの修飾側鎖（例えば、アミノ基を有する還元側鎖）に結合することができる。リンカーは、ｃＣＰＰ上のリジンの側鎖に結合することができる。
ｃＣＰＰ－リンカーコンジュゲート
ｃＣＰＰは、本明細書で定義されるリンカーにコンジュゲートされ得る。リンカーは、本明細書で定義されるｃＣＰＰのＡＡＳＣにコンジュゲートされ得る。
ｃＣＰＰは、本明細書で定義されるリンカーにコンジュゲートされ得る。リンカーは、本明細書で定義されるｃＣＰＰのＡＡＳＣにコンジュゲートされ得る。
リンカーは、－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚ’サブユニットを（例えば、スペーサーとして）含み得、式中、ｚ’は、１から２３の整数、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２又は２３である。「－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚ’は、ＰＥＧとも呼ばれる。ｃＣＰＰ－リンカーコンジュゲートは、表４から選択される構造を有し得る。
リンカーは、－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚ’－サブユニット（式中、ｚ’は１から２３の整数である）及びペプチドサブユニットを含み得る。ペプチドサブユニットは、２から１０個のアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰ－リンカーコンジュゲートは、表５から選択される構造を有し得る。
環状細胞透過性ペプチド（ｃｙｃｌｉｃ Ｃｅｌｌ Ｐｅｎｅｔｒａｔｉｎｇ Ｐｅｐｔｉｄｅ、ｃＣＰＰ）、リンカー及び環外ペプチド（Ｅｘｏｃｙｃｌｉｃ Ｐｅｐｔｉｄｅ、ＥＰ）を含むＥＥＶが提供される。ＥＥＶは、式（Ｂ）：
式中、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又はアミノ酸の芳香族若しくはヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ４及びＲ７は、独立して、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
ＥＰは、本明細書で定義される環外ペプチドであり、
各ｍは、独立して、０～３の整数であり、
ｎは、０～２の整数であり、
ｘ’は、１～２０の整数であり、
ｙは、１～５の整数であり、
ｑは、１～４であり、
ｚ’は、１～２３の整数である、請求項６６又は６７に記載の化合物。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ７、ＥＰ、ｍ、ｑ、ｙ、ｘ’、ｚ’は、本明細書に記載される通りである。
ｎは０であり得る。ｎは１であり得る。ｎは２であり得る。
ＥＥＶは、式（Ｂ－ａ）又は（Ｂ－ｂ）：
ＥＥＶは、式（Ｂ－ｃ）：
ＥＥＶは、式（Ｂ－１）、（Ｂ－２）、（Ｂ－３）、又は（Ｂ－４）：
ＥＥＶは、式（Ｂ）を含むことができ、構造：Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶＡＥＥＡ－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（Ａｃ－配列番号１３２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）又はＡｃ－ＰＫ－ＫＫＲ－ＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（Ａｃ－配列番号１３３－Ｋ（シクロ［配列番号８３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）を有することができる。
ＥＥＶは、式：
ＥＥＶは、式：Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ（ＦｆＦＧＲＧＲＱ）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ（配列番号８１）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３））を含み得る。
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、Ａｃ－Ｐ－Ｋ（Ｔｆａ）－Ｋ（Ｔｆａ）－Ｋ（Ｔｆａ）－Ｒ－Ｋ（Ｔｆａ）－Ｖ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ－Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（Ａｃ－配列番号１３４－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ－配列番号１３５）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）であり得る。
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、Ａｃ－Ｐ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｖ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ（Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ（配列番号１３５）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）であり得る。
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、
ＥＥＶは、以下から選択され得る。
ＥＥＶは、以下から選択され得る。
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－Ｌｙｓ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８０］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８２］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＫＲ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－ＫＲ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＧＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４６－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＧ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＫＫＫＲＫ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号１９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＦΦＧＲＧＲＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２ｍｉｎｉ－ＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８０］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［βｈＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４２］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦｆΦＳｒＳｒＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４３］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）．
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－Ｌｙｓ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８０］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８２］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＫＲ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－ＫＲ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＧＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４６－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＧ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＫＫＫＲＫ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号１９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＦΦＧＲＧＲＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２ｍｉｎｉ－ＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８０］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［βｈＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４２］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦｆΦＳｒＳｒＱ］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４３］）－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）．
ＥＥＶは、以下から選択され得る。
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ（ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ（配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＫＲＫＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＲＧＲＧＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４６］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲｒＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４７］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）及び
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ（ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ（配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＫＲＫＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＲＧＲＧＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４６］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲｒＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号１４７］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）及び
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。
ＥＥＶは、以下から選択され得る。
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｇ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４８－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１９－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２２－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２１－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２３－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｒ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２０－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）ａｎｄ
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１９－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｇ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４８－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１９－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２２－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２１－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２３－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－Ｒ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号２０－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）ａｎｄ
Ａｃ－Ｋ－Ｋ－Ｋ－Ｒ－Ｋ－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１９－ＰＥＧ４－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。
ＥＥＶは、以下から選択され得る。
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）及び
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）及び
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。
カーゴはタンパク質であり得、ＥＥＶは、
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号：４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦ－ＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
から選択され得、式中、ｂはベータアラニンであり、環外配列はＤ又はＬ立体化学であり得る。
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号：４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦ－ＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｒｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｈｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－ｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｒｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１３８－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｒｂｈｂｒ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４９－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８０］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８１］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＧｆＦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３３］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
Ａｃ－ｈｂｒｂｈ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ
（Ａｃ－配列番号１４１－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）
から選択され得、式中、ｂはベータアラニンであり、環外配列はＤ又はＬ立体化学であり得る。
カーゴ
細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）、例えば、環状細胞透過性ペプチド（例えば、ｃＣＰＰ）は、カーゴにコンジュゲートされ得る。本明細書で使用される場合、「カーゴ」は、細胞への送達が望まれる化合物又は部分である。カーゴは、リンカーの末端カルボニル基にコンジュゲートされ得る。環状ペプチドの少なくとも１つの原子は、カーゴによって置換され得、又は少なくとも１つの孤立電子対がカーゴへの結合を形成し得る。カーゴは、リンカーによってｃＣＰＰにコンジュゲートされ得る。カーゴは、リンカーによってＡＡＳＣにコンジュゲートされ得る。ｃＣＰＰの少なくとも１個の原子を治療部分で置換され得、又はｃＣＰＰの少なくとも１個の孤立電子対が治療部分への結合を形成する。ｃＣＰＰのアミノ酸側鎖上のヒドロキシル基は、カーゴへの結合によって置き換えることができる。ｃＣＰＰのグルタミン側鎖上のヒドロキシル基は、カーゴへの結合によって置き換えることができる。カーゴは、リンカーによってｃＣＰＰにコンジュゲートされ得る。カーゴは、リンカーによってＡＡＳＣにコンジュゲートされ得る。
細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）、例えば、環状細胞透過性ペプチド（例えば、ｃＣＰＰ）は、カーゴにコンジュゲートされ得る。本明細書で使用される場合、「カーゴ」は、細胞への送達が望まれる化合物又は部分である。カーゴは、リンカーの末端カルボニル基にコンジュゲートされ得る。環状ペプチドの少なくとも１つの原子は、カーゴによって置換され得、又は少なくとも１つの孤立電子対がカーゴへの結合を形成し得る。カーゴは、リンカーによってｃＣＰＰにコンジュゲートされ得る。カーゴは、リンカーによってＡＡＳＣにコンジュゲートされ得る。ｃＣＰＰの少なくとも１個の原子を治療部分で置換され得、又はｃＣＰＰの少なくとも１個の孤立電子対が治療部分への結合を形成する。ｃＣＰＰのアミノ酸側鎖上のヒドロキシル基は、カーゴへの結合によって置き換えることができる。ｃＣＰＰのグルタミン側鎖上のヒドロキシル基は、カーゴへの結合によって置き換えることができる。カーゴは、リンカーによってｃＣＰＰにコンジュゲートされ得る。カーゴは、リンカーによってＡＡＳＣにコンジュゲートされ得る。
実施形態では、アミノ酸側鎖は、リンカー又はカーゴがコンジュゲートされる化学反応性基を含む。化学反応性基は、アミン基、カルボン酸、アミド、ヒドロキシル基、スルフヒドリル基、グアニジニル基、フェノール基、チオエーテル基、イミダゾリル基、又はインドリル基を含み得る。実施形態では、カーゴがコンジュゲートされるｃＣＰＰのアミノ酸には、リジン、アルギニン、アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン、ホモグルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、アルギニン、チロシン、メチオニン、ヒスチジン、又はトリプトファンが含まれる。
カーゴは、１つ以上の検出可能な部分、１つ以上の治療部分（ＴＭ）、１つ以上の標的化部分、又はそれらの任意の組み合わせを含み得る。実施形態において、カーゴは、ＴＭを含む。実施形態において、ＴＭは、アンチセンス化合物（ＡＣ）を含む。実施形態では、ＡＣは、標的遺伝子転写物のスプライスエレメント（ＳＥ）の少なくとも一部に結合するか、又は標的遺伝子転写物のＳＥに十分に近接して、標的遺伝子転写物のスプライシングを調節する。実施形態では、ＡＣは、標的ＩＲＦ－５、ＤＰＭＫ、又はＤＵＸ４遺伝子転写物のＳＥの少なくとも一部に結合する。実施形態では、ＡＣは、標的ＩＲＦ－５、ＤＰＭＫ、又はＤＵＸ４遺伝子転写物のＳＥに十分に近接して結合して、標的ＩＲＦ－５、ＤＰＭＫ、又はＤＵＸ４遺伝子転写物のスプライシングを調節する。
カーゴ部分にコンジュゲートされた環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）
環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）は、カーゴ部分にコンジュゲートされ得る。
環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）は、カーゴ部分にコンジュゲートされ得る。
カーゴ部分は、末端カルボニル基でリンカーにコンジュゲートされて、以下の構造：
ＥＰは環外ペプチドであり、Ｍ、ＡＡＳＣ、Ｃａｒｇｏ、ｘ’、ｙ及びｚ’は上に定義される通りであり、＊はＡＡＳＣへの結合点である。ｘ’は１であり得る。ｙは４であり得る。ｚ’は１１であり得る。－（ＯＣＨ２ＣＨ－２）ｘ’－及び／又は－（ＯＣＨ２ＣＨ－２）ｚ’－は、独立して、例えば、グリシン、ベータアラニン、４－アミノ酪酸、５－アミノペンタン酸、６－アミノヘキサン酸、又はこれらの組み合わせなどの１つ以上のアミノ酸で置き換えることができる。
エンドソーム脱出ビヒクル（ＥＥＶ）は、環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）、環外ペプチド（ＥＰ）及びリンカーを含み得、カーゴにコンジュゲートして、式（Ｃ）の構造：
式中、
Ｒ１、Ｒ２及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又は芳香族基を含む側鎖を有するアミノ酸残基であってもよく、
Ｒ４は、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
ＥＰは、本明細書で定義される環外ペプチドであり、
カーゴは、本明細書で定義される部分であり、
各ｍは、独立して、０～３の整数であり、
ｎは、０～２の整数であり、
ｘ’は、２～２０の整数であり、
ｙは、１～５の整数であり、
ｑは、１～４の整数であり、
ｚ’は、２～２０の整数である。
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、ＥＰ、カーゴ、ｍ、ｎ、ｘ’、ｙ、ｑ、及びｚ’は、本明細書で定義される通りである。
ＥＥＶはカーゴにコンジュゲートされ得、ＥＥＶ－コンジュゲートは、式（Ｃ－ａ）又は（Ｃ－ｂ）の構造：
ＥＥＶはカーゴにコンジュゲートされ得、ＥＥＶ－コンジュゲートは式（Ｃ－ｃ）：
ＥＥＶは、オリゴヌクレオチドカーゴにコンジュゲートされ得、ＥＥＶ－オリゴヌクレオチドコンジュゲートは、式（Ｃ－１）、（Ｃ－２）、（Ｃ－３）、又は（Ｃ－４）の構造：
ＥＥＶは、オリゴヌクレオチドカーゴにコンジュゲートされ得、ＥＥＶコンジュゲートは、構造：
細胞質送達効率
環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）への修飾は、細胞質送達効率を改善し得る。改善された細胞質取り込み効率は、修飾配列を有するｃＣＰＰの細胞質送達効率を対照配列と比較することによって測定することができる。制御配列は、修飾配列中に特定の置換アミノ酸残基（限定するものではないが、アルギニン、フェニルアラニン、及び／又はグリシンなど）を含まないが、それ以外の点では同一である。
環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）への修飾は、細胞質送達効率を改善し得る。改善された細胞質取り込み効率は、修飾配列を有するｃＣＰＰの細胞質送達効率を対照配列と比較することによって測定することができる。制御配列は、修飾配列中に特定の置換アミノ酸残基（限定するものではないが、アルギニン、フェニルアラニン、及び／又はグリシンなど）を含まないが、それ以外の点では同一である。
本明細書で使用される場合、細胞質送達効率は、細胞膜を横断して細胞の細胞質に入るｃＣＰＰの能力を指す。ｃＣＰＰの細胞質送達効率は、受容体又は細胞型に必ずしも依存しない。細胞質送達効率は、絶対的細胞質送達効率又は相対的細胞質送達効率を指す場合がある。
絶対細胞質送達効率は、増殖培地中のｃＣＰＰ（又はｃＣＰＰ－カーゴコンジュゲート）の濃度に対するｃＣＰＰ（又はｃＣＰＰ－カーゴコンジュゲート）の細胞質ゾル濃度の比である。相対的細胞質送達効率は、細胞質ゾル中の対照ｃＣＰＰの濃度と比較した細胞質ゾル中のｃＣＰＰの濃度を指す。定量化は、ｃＣＰＰを蛍光標識し（例えば、ＦＩＴＣ色素で）、当技術分野で周知の技術を用いて蛍光強度を測定することによって達成することができる。
相対的細胞質送達効率は、（ｉ）細胞型（例えば、ＨｅＬａ細胞）によって内在化された本発明のｃＣＰＰの量を、（ｉｉ）同じ細胞型によって内在化された対照ｃＣＰＰの量と比較することによって求められる。相対的な細胞質送達効率を測定するために、細胞型は、特定の期間（例えば、３０分、１時間、２時間など）、ｃＣＰＰの存在下でインキュベートしてもよく、その後、細胞によって内在化されたｃＣＰＰの量が、当技術分野で公知の方法、例えば、蛍光顕微鏡法を用いて定量される。別個に、同じ濃度の対照ｃＣＰＰを同じ期間にわたって細胞型の存在下でインキュベートし、細胞によって内在化された対照ｃＣＰＰの量を定量する。
相対的な細胞質送達効率は、細胞内標的に対する修飾配列を有するｃＣＰＰのＩＣ５０を測定し、修飾配列を有するｃＣＰＰのＩＣ５０を対照配列と比較することによって求めることができる（本明細書に記載の通り）。
ｃＣＰＰの相対的な細胞質送達効率は、シクロ（ＦｆΦＲｒＲｒＱ、配列番号１５０）と比較して、約５０％から約４５０％の範囲、例えば、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約１００％、２００％、約１１０％、２１０％、約１２０％、２２０％、約１３０％、約１４０％、約１５０％、約１６０％、約１７０％、約１８０％、約１９０％、約３００％、約３１０％、約３２０％、約２３０％、３３０％、約２４０％、約２５０％、約２６０％、約２７０％、約２８０％、約２９０％、約４００％、約４１０％、約４２０％、約４３０％、約３４０％、約３５０％、約３６０％、約３７０％、約、約３８０％、約３９０％、約、約、約４４０％、約４５０％、約４６０％、約４７０％、約４８０％、約４９０％、約５００％、約５１０％、約５２０％、約５３０％、約５４０％、約５５０％、約５６０％、約５８０％、約５７０％、約５８０％又は約５９０％（その間の全ての値及び部分範囲を含む）の範囲であり得る。ｃＣＰＰの相対的細胞質送達効率は、環状（ＦｆφＲｒＲｒＱ、配列番号１５０）を含む環状ペプチドと比較して約６００％を超えて改善され得る。
絶対細胞質送達効率は、約４０％から約１００％、例えば、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％（これらの間の全ての値及び部分範囲を含む）である。
本開示のｃＣＰＰは、他の点では同一の配列と比較して、細胞質送達効率を、約１．１倍から約３０倍、例えば、約１．２倍、約１．３倍、約１．４倍、約１．５倍、約１．６倍、約１．７倍、約１．８倍、約１．９倍、約２．０倍、約２．５倍、約３．０倍、約３．５倍、約４．０倍、約４．５倍、約５．０倍、約５．５倍、約６．０倍、約６．５倍、約７．０倍、約７．５倍、約８．０倍、約８．５倍、約９．０倍、約１０倍、約１０．５倍、約１１．０倍、約１１．５倍、約１２．０倍、約１２．５倍、約１３．０倍、約１３．５倍、約１４．０倍、約１４．５倍、約１５．０倍、約１５．５倍、約１６．０倍、約１６．５倍、約１７．０倍、約１７．５倍、約１８．０倍、約１８．５倍、約１９．０倍、約１９．５倍、約２０倍、約２０．５倍、約２１．０倍、約２１．５倍、約２２．０倍、約２２．５倍、約２３．０倍、約２３．５倍、約２４．０倍、約２４．５倍、約２５．０倍、約２５．５倍、約２６．０倍、約２６．５倍、約２７．０倍、約２７．５倍、約２８．０倍、約２８．５倍、約２９．０倍、又は約２９．５倍（これらの間の全ての値及び部分範囲を含む）改善し得る。
検出可能部分
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、検出可能な部分を含む。実施形態では、検出可能な部分は、細胞透過性ペプチド部部の任意のアミノ酸のアミノ基、カルボキシレート基、又は側鎖で（例えば、ＣＰＰの任意のアミノ酸のアミノ基、カルボキシレート基、又は側鎖で）細胞透過性ペプチドに結合することができる。実施形態では、治療部分は検出可能な部分を含む。検出可能な部分は、任意の検出可能な標識を含み得る。適切な検出可能な標識の例としては、ＵＶ－Ｖｉｓ標識、近赤外標識、発光基、リン光基、磁気スピン共鳴標識、光増感剤、光切断可能部分、キレート中心、重原子、放射性同位体、同位体検出可能スピン共鳴標識、常磁性部分、発色団、又はこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。実施形態において、標識は、さらなる試薬の添加なしに検出可能である。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、検出可能な部分を含む。実施形態では、検出可能な部分は、細胞透過性ペプチド部部の任意のアミノ酸のアミノ基、カルボキシレート基、又は側鎖で（例えば、ＣＰＰの任意のアミノ酸のアミノ基、カルボキシレート基、又は側鎖で）細胞透過性ペプチドに結合することができる。実施形態では、治療部分は検出可能な部分を含む。検出可能な部分は、任意の検出可能な標識を含み得る。適切な検出可能な標識の例としては、ＵＶ－Ｖｉｓ標識、近赤外標識、発光基、リン光基、磁気スピン共鳴標識、光増感剤、光切断可能部分、キレート中心、重原子、放射性同位体、同位体検出可能スピン共鳴標識、常磁性部分、発色団、又はこれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。実施形態において、標識は、さらなる試薬の添加なしに検出可能である。
実施形態では、検出可能な部分は、本化合物が種々の生物学的適用における使用に適切であり得るように、生体適合性の検出可能な部分であり得る。「生体適合性」及び「生物学的に適合性」は、本明細書で使用される場合、一般に、細胞及び組織に対して一般に非毒性の化合物（その任意の代謝産物又はその分解産物と共に）であって、細胞及び組織がそれらの存在下でインキュベートされる（例えば、培養される）場合に、細胞及び組織に対していかなる有意な有害作用も引き起こさない化合物を指す。
検出可能な部分は、蛍光標識又は近赤外標識などの発光団を含有し得る。好適な発光団の例としては、金属ポルフィリン、ベンゾポルフィリン、アザベンゾポルフィリン、ナトポルフィリン（napthoporphyrin）、フタロシアニン、多環式芳香族炭化水素（ペリレンジイミン、ピレンなど）、アゾ染料、キサンテン染料、ホウ素ジピロメテン、アザ－ホウ素ジピロメテン、シアニン色素、金属配位子錯体（ビピリジン、ビピリジル、フェナントロリン、クマリンなど）、並びにルテニウム及びイリジウムのアセチルアセトネート、アクリジン、オキサジン誘導体（ベンゾフェノキサジンなど）、アザ－アヌレン、スクアライン、８－ヒドロキシキノリン、ポリメチン、発光生成ナノ粒子（量子ドット、ナノ結晶など）、カルボスチリル、テルビウム錯体、無機蛍光体、イオノフォア（クラウンエーテル系列又は誘導体化色素など）、又はそれらの組み合わせ、が挙げられるが、これに限定されない。好適な発光団の具体例としては、Ｐｄ（ＩＩ）オクタエチルポルフィリン、Ｐｔ（ＩＩ）－オクタエチルポルフィリン、Ｐｄ（ＩＩ）テトラフェニルポルフィリン、Ｐｔ（ＩＩ）テトラフェニルポルフィリン、Ｐｄ（ＩＩ）ｍｅｓｏ－テトラフェニルポルフィリンテトラベンゾポルフィン、Ｐｔ（ＩＩ）メソ－テトラフェニルメトリルベンゾポルフィリン（Ｐｔ（ＩＩ）ｍｅｓｏ－ｔｅｔｒａｐｈｅｎｙｌ ｍｅｔｒｙｌｂｅｎｚｏｐｏｒｐｈｙｒｉｎ）、Ｐｄ（ＩＩ）オクタエチルポルフィリンケトン、Ｐｔ（ＩＩ）オクタエチルポルフィリンケトン、Ｐｄ（ＩＩ）メソ－テトラ（ペンタフルオロフェニル）ポルフィリン、Ｐｔ（ＩＩ）メソ－テトラ（ペンタフルオロフェニル）ポルフィリン、Ｒｕ（ＩＩ）トリス（４，７－ジフェニル－１，１０－フェナントロリン）（Ｒｕ（ｄｐｐ）３）、Ｒｕ（ＩＩ）トリス（１，１０－フェナントロリン）（Ｒｕ（ｐｈｅｎ）３）、トリス（２，２’－ビピリジン）ルテニウム（ＩＩ）クロリド六水和物（Ｒｕ（ｂｐｙ）３）、エリスロシンＢ、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、エオシン、イリジウム（ＩＩＩ）（（Ｎ－メチル－ベンズイミダゾール－２－イル）－７－（ジエチルアミノ）－クマリン））、（エンゾチアゾール（ｅｎｚｏｔｈｉａｚｏｌｅ））（（ベンゾチアゾール－２－イル）－７－（ジエチルアミノ）－クマリン））－２－（アセチルアセトネート）、ルモゲン色素、Ｍａｃｒｏｆｌｅｘ蛍光赤色、Ｍａｃｒｏｌｅｘ蛍光黄色、テキサスレッド、ローダミンＢ、ローダミン６Ｇ、硫黄ローダミン、ｍ－クレゾール、チモールブルー、キシレノールブルー、クレゾールレッド、クロロフェノールブルー、ブロモクレゾールグリーン、ブロムクレゾールレッド、ブロモチモールブルー、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、４－ニチロフェノール、アリザリン、フェノールフタレイン、ｏ－クレゾールフタレイン、クロロフェノールレッド、カルマガイト、ブロモ－キシレノール、フェノールレッド、ニュートラルレッド、ニトラジン、３，４，５，６－テトラブロムフェノールフタレイン、コンゴレッド、ｆｌｕｏｒ’ｓｃ’ｉｎ、エオシン、２’，７’－ジクロロフルオレセイン、５（６）－カルボキシ－フルオレセイン、カルボキシナフトフルオレセイン、８－ヒドロキシピレン－１，３，６－トリスルホン酸、セミナフトホルホダフロア、セミナフトフルオレセイン、トリス（４，７－ジフェニル－１，１０－フェナントロリン）ルテニウム（ＩＩ）ジクロリド、（４，７－ジフェニル－１，１０－フェナントロリン）ルテニウム（ＩＩ）テトラフェニルホウ素、白金（ＩＩ）オクタエチルポルフィイン、ジアルキルカルボシアニン、ジオクタデシルシクロオキサカルボシアニン、フルオレニルメチルオキシカルボニルクロリド、７－アミノ－４－メチルクマリン（Ａｍｃ）、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、及びそれらの誘導体又は組み合わせ、が挙げられるが、これらに限定されない。
一部の例では、検出部分は、ローダミンＢ（Ｒｈｏ）、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、７－アミノ－４－メチルクマリン（Ａｍｃ）、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、又はそれらの誘導体若しくは組み合わせを含み得る。
製造方法
本明細書に記載の化合物は、有機合成の当業者に公知の様々な方法、又は当業者によって理解されるようなその変形で調製することができる。本明細書に記載される化合物は、容易に入手可能な出発物質から調製することができる。最適な反応条件は、使用される特定の反応物又は溶媒によって変化し得るが、当業者は、このような条件を決定することができる。
本明細書に記載の化合物は、有機合成の当業者に公知の様々な方法、又は当業者によって理解されるようなその変形で調製することができる。本明細書に記載される化合物は、容易に入手可能な出発物質から調製することができる。最適な反応条件は、使用される特定の反応物又は溶媒によって変化し得るが、当業者は、このような条件を決定することができる。
本明細書に記載される化合物の変形は、各化合物について記載されるような種々の構成要素の付加、除去、又は移動を含む。同様に、１つ以上のキラル中心が分子中に存在する場合、分子のキラリティを変化させることができる。更に、化合物の合成は、種々の化学基の保護及び脱保護を含み得る。当業者は、保護及び脱保護の使用、並びに適切な保護基の選択を決定することができる。保護基の化学は、例えば、Ｗｕｔｓ ａｎｄ Ｇｒｅｅｎｅ，Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，４ ｔｈ Ｅｄ．，Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，２００６に見出すことができ、これは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本開示の化合物及び組成物を調製する際に使用される出発材料及び試薬は、アルドリッチ化学コーポレーション（ミルウォーキー、ウィスコンシン州）、アクロスオーガニクス（モリス・プレインズ、ニュージャージー州）、フィッシャーサイエンティフィック（ピッツバーグ、ペンシルベニア州）、シグマ（セントルイス、ミズーリ州）、ファイザー（ニューヨーク、ニューヨーク州）、グラクソ・スミスクライン（ローリー、ノースカロライナ州）、メルク（ホワイトハウス駅、ニュージャージー州）、ジョンソン・エンド・ジョンソン（ニューブランズウィック、ニュージャージー州）、アベンティス（ブリッジウォーター、ニュージャージー州）、アストラゼネカ（ウィルミントン、デラウェア州）、ノバルティス社（バーゼル、スイス）、ワイエス（マディソン、ニュージャージー州）、ブリストル・マイヤーズ・スクイブ社（ニューヨーク、ニューヨーク州）、ロシュ（バーゼル、スイス）、リリー（インディアナポリス、インディアナ州）、アボット（アボットパーク、イリノイ州）、シェーリング・プラウ（ケニルワース、ニュージャージー州）、若しくはベーリンガーインゲルハイム（インゲルハイム、ドイツ）などの商業的供給業者から入手可能であるか、又はＦｉｅｓｅｒ ａｎｄ Ｆｉｅｓｅｒ’ｓ Ｒｅａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｖｏｌｕｍｅｓ １－１７（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９１）、Ｒｏｄｄ’ｓ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｃａｒｂｏｎ Ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ，Ｖｏｌｕｍｅｓ １－５ ａｎｄ Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔａｌｓ（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９８９）、Ｏｒｇａｎｉｃ Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ，Ｖｏｌｕｍｅｓ １－４０（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９１）、Ｍａｒｃｈ’ｓ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ）、及びＬａｒｏｃｋ’ｓ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎｓ（ＶＣＨ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ Ｉｎｃ．，１９８９）などの参考文献に記載される手順に従って当業者に公知の方法によって調製されるかのいずれかである。本明細書に開示される医薬担体などの他の材料は、商業的供給源から得ることができる。
本明細書に記載の化合物を生成するための反応は、有機合成の当業者によって選択され得る溶媒中で行うことができる。溶媒は、反応が行われる条件、例えば、温度及び圧力下で、出発物質（反応物）、中間体、又は生成物と実質的に非反応性であり得る。反応は、１種の溶媒又は２種以上の溶媒の混合物中で行うことができる。生成物又は中間体の形成は、当技術分野で公知の任意の適切な方法に従ってモニタリングすることができる。例えば、生成物の形成は、分光学的手段、例えば、核磁気共鳴分光法（例えば、１Ｈ又は１３Ｃ）赤外分光法、分光光度法（例えば、ＵＶ－可視）、又は質量分析によって、あるいはクロマトグラフィー、例えば、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）又は薄層クロマトグラフィーによってモニタリングすることができる。
本開示の化合物は、アミノ酸α－Ｎ末端が酸又は塩基保護基によって保護される固相ペプチド合成によって調製することができる。そのような保護基は、成長中のペプチド鎖の破壊又はその中に含まれるキラル中心のいずれかのラセミ化を伴うことなく容易に除去することが可能でありながら、ペプチド結合形成の条件に対して安定であるという特性を有するべきである。好適な保護基は、９－フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）、ｔ－ブチルオキシカルボニル（Ｂｏｃ）、ベンジルオキシカルボニル（Ｃｂｚ）、ビフェニルイソプロピルオキシカルボニル、ｔ－アミルオキシカルボニル、イソボルニルオキシカルボニル、α，α－ジメチル－３，５－ジメトキシベンジルオキシカルボニル、ｏ－ニトロフェニルスルフェニル、２－シアノ－ｔ－ブチルオキシカルボニルなどである。９－フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）保護基は、本開示の化合物の合成に特に好ましい。他の好ましい側鎖保護基は、リジン及びアルギニンのような側鎖アミノ基については、２，２，５，７，８－ペンタメチルクロマン－６－スルホニル（ｐｍｃ）、ニトロ、ｐ－トルエンスルホニル、４－メトキシベンゼンスルホニル、Ｃｂｚ、Ｂｏｃ、及びアダマンチルオキシカルボニルであり、チロシンについては、ベンジル、ｏ－ブロモベンジルオキシ－カルボニル、２，６－ジクロロベンジル、イソプロピル、ｔ－ブチル（ｔ－Ｂｕ）、シクロヘキシル、シクロペニル及びアセチル（Ａｃ）であり、セリンについては、ｔ－ブチル、ベンジル及びテトラヒドロピラニルであり、ヒスチジンについては、トリチル、ベンジル、Ｃｂｚ、ｐ－トルエンスルホニル及び２，４－ジニトロフェニルであり、トリプトファンについては、ホルミルであり、アスパラギン酸及びグルタミン酸については、ベンジル及びｔ－ブチルであり、システインについては、トリフェニルメチル（トリチル）である。
固相ペプチド合成法において、α－Ｃ末端アミノ酸は、適切な固体支持体又は樹脂に結合される。上記の合成に有用な適切な固体支持体は、段階的縮合－脱保護反応の試薬及び反応条件に対して不活性であり、かつ、使用される媒体に不溶性である材料である。α－Ｃ－末端カルボキシペプチドの合成のための固体支持体は、アプライド・バイオシステムズ（フォスターシティ、カリフォルニア州）から入手可能な４－ヒドロキシメチルフェノキシメチル－コポリ（スチレン－１％ジビニルベンゼン）又は４－（２’，４’－ジメトキシフェニル－Ｆｍｏｃ－アミノメチル）フェノキシアセトアミドエチル樹脂である。α－Ｃ－末端アミノ酸は、Ｎ，Ｎ’－ジシクロヘキシルカルボジイミド（ＤＣＣ）、Ｎ，Ｎ’－ジイソプロピルカルボジイミド（ＤＩＣ）又はＯ－ベンゾトリアゾール－１－イル－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスファート（ＨＢＴＵ）を用いて、４－ジメチルアミノピリジン（ＤＭＡＰ）、１－ヒドロキシベンゾトリアゾール（ＨＯＢＴ）、ベンゾトリアゾール－１－イルオキシ－トリス（ジメチルアミノ）ホスホニウムヘキサフルオロホスファート（ＢＯＰ）又はビス（２－オキソ－３－オキサゾリジニル）ホスフィンクロリド（ＢＯＰＣｌ）を用いて又は用いずに、ジクロロメタン又はＤＭＦなどの溶媒中、１０℃～５０℃の温度で約１から約２４時間、媒介カップリングにより樹脂にカップリングされる。固体支持体が４－（２’，４’－ジメトキシフェニル－Ｆｍｏｃ－アミノメチル）フェノキシ－アセトアミドエチル樹脂である場合、Ｆｍｏｃ基は、上記のようにα－Ｃ－末端アミノ酸とカップリングする前に、第二級アミン、好ましくはピペリジンで切断される。脱保護された４（２’，４’－ジメトキシフェニル－Ｆｍｏｃ－アミノメチル）フェノキシ－アセトアミドエチル樹脂へのカップリングのための１つの方法は、ＤＭＦ中のＯ－ベンゾトリアゾール－１－イル－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＢＴＵ、１当量）及び１－ヒドロキシベンゾトリアゾール（ＨＯＢＴ、１当量）である。連続する保護アミノ酸のカップリングは、自動ポリペプチド合成装置で行うことができる。一例において、成長するペプチド鎖のアミノ酸におけるα－Ｎ末端は、Ｆｍｏｃで保護される。成長するペプチドのα－Ｎ末端側からのＦｍｏｃ保護基の除去は、第二級アミン、好ましくはピペリジンでの処理によって達成される。次いで、各保護アミノ酸を約３倍モル過剰で導入し、カップリングを好ましくはＤＭＦ中で実施する。カップリング剤は、Ｏ－ベンゾトリアゾール－１－イル－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＢＴＵ、１当量）及び１－ヒドロキシベンゾトリアゾール（ＨＯＢＴ、１当量）であり得る。固相合成の最後に、ポリペプチドを樹脂から除去し、連続的に又は単一の操作で脱保護する。ポリペプチドの除去及び脱保護は、樹脂に結合したポリペプチドを、チオアニソール、水、エタンジチオール及びトリフルオロ酢酸を含む切断試薬で処理することによって、単一の操作で達成され得る。ポリペプチドのα－Ｃ－末端がアルキルアミドである場合、樹脂は、アルキルアミンによるアミノリシスによって切断される。あるいは、ペプチドは、例えば、メタノールとのエステル交換と、それに続くアミノ分解又は直接アミド交換によって除去することができる。保護されたペプチドは、この時点で精製することができ、又は次の工程に直接持ち込むことができる。側鎖保護基の除去は、上記の切断カクテルを用いて達成することができる。完全に脱保護されたペプチドは、以下のタイプのいずれか又は全てを用いる一連のクロマトグラフィー工程によって精製することができる。弱塩基性樹脂（アセテート形態）によるイオン交換、誘導体化されていないポリスチレン－ジビニルベンゼン（例えば、Ａｍｂｅｒｌｉｔｅ ＸＡＤ）による疎水性吸着クロマトグラフィー、シリカゲル吸着クロマトグラフィー、カルボキシメチルセルロースによるイオン交換クロマトグラフィー、例えば、Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ｇ－２５、ＬＨ－２０又は向流分配による分配クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、特にオクチル又はオクタデシルシリル－シリカ結合相カラム充填剤による逆相ＨＰＬＣ。
上記ポリマー（例えば、ＰＥＧ基）は、任意の適切な条件下で、オリゴヌクレオチド（例えば、ＡＣ）に結合され得る。ＡＣ上の反応性基（例えば、アルデヒド、アミノ、エステル、チオール、α－ハロアセチル、マレイミド又はヒドラジノ基）に対して、アシル化、還元的アルキル化、マイケル付加、チオールアルキル化、又はＰＥＧ部分上の反応性基（例えば、アルデヒド、アミノ、エステル、チオール、α－ハロアセチル、マレイミド又はヒドラジノ基）を介した他の化学選択的コンジュゲーション／ライゲーション法を含む、当技術分野で公知の任意の手段を使用することができる。水溶性ポリマーを１つ以上のタンパク質に連結するために使用され得る活性化基としては、限定されないが、スルホン、マレイミド、スルフヒドリル、チオール、トリフレート、トレシレート、アジリジン、オキシラン、５－ピリジル、及びα－ハロゲン化アシル基（例えば、α－ヨード酢酸、α－ブロモ酢酸、α－クロロ酢酸）が挙げられる。還元的アルキル化によってＡＣに結合される場合、選択されるポリマーは、重合度が制御されるように単一の反応性アルデヒドを有するべきである。例えば、Ｋｉｎｓｔｌｅｒら、Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ．Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｒｅｖ．（２００２），５４：４７７－４８５；Ｒｏｂｅｒｔｓら、Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｒｅｖ．（２００２），５４：４５９－４７６；及びＺａｌｉｐｓｋｙら、Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｒｅｖ．（１９９５），１６：１５７－１８２を参照のこと。
ＡＣ又はリンカーをＣＰＰに直接共有結合させるために、ＣＰＰの適切なアミノ酸残基を、アミノ酸の選択された側鎖又はＮ又はＣ末端と反応することができる有機誘導体化剤と反応させてもよい。ペプチド又はコンジュゲート部分上の反応性基としては、例えば、アルデヒド、アミノ、エステル、チオール、α－ハロアセチル、マレイミド又はヒドラジノ基が挙げられる。誘導体化剤としては、例えば、マレイミドベンゾイルスルホスクシンイミドエステル（システイン残基を介したコンジュゲーション）、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド（リジン残基を介した）、グルタルアルデヒド、無水コハク酸、又は当技術分野で公知の他の薬剤が挙げられる。
ＡＣを作製し、ＡＣを直鎖状ＣＰＰにコンジュゲートさせる方法は、一般に、米国特許出願公開第２０１８／０２９８３８３号に記載され、これはあらゆる目的のために参照により本明細書に組み込まれる。本方法は、本明細書に開示される環状ＣＰＰに適用され得る。
合成スキームを図５Ａ～図５Ｄ及び図６に示す。
ＣＰＰ及びＡＣへのコンジュゲーションに有用な反応基を含む化合物の非限定的な例を表６に示す。リンカー基の例も示す。例示的な反応性基としては、テトラフルオロフェニルエステル（ＴＦＰ）、遊離カルボン酸（ＣＯＯＨ）、及びアジド（Ｎ３）が挙げられる。表６では、ｎは、０から２０の整数である。Ｐｉｐａ６は、ＡｃＲＸＲＲＢＲＲＸＲＹＱＦＬＩＲＸＲＢＲＸＲＢであり、式中、Ｂはβ－アラニンであり、Ｘはアミノヘキサン酸であり、Ｄａｐは、２，３－ジアミノプロピオン酸であり、ＮＬＳは、核局在化配列であり、βＡは、ベータアラニンであり、－ｓｓ－は、ジスルフィドであり、ＰＡＢＣは、ポリ（Ａ）結合タンパク質Ｃ末端ドメインであり、Ｃｘは、ｘは、長さｘのアルキル鎖であり、ＢＣＮは、ビシクロ［６．１．０］ノニンである。
実施形態において、ＣＰＰは、ＡＣへのコンジュゲーションのために利用され得る遊離カルボン酸基を有する。実施形態において、ＥＥＶは、ＡＣへのコンジュゲーションに利用され得る遊離カルボン酸基を有する。
以下の構造は、アジド
アミド結合を介したＡＣの３’末端へのＣＰＰ及びリンカーのコンジュゲーションの例示的スキームを以下に示す。
歪み促進アジド－アルキン環化付加を介した３’－シクロオクチン修飾ＰＭＯへのＣＰＰ及びリンカーのコンジュゲーションの例示的なスキームを以下に示す。
ＡＣ及びＣＰＰを、ポリエチレングリコール部分を含有するさらなるリンカーと接続するために使用されるコンジュゲーションケミストリーの例を以下に示す。
歪み促進アジド－アルキン環化付加（クリック化学）を介した５’－シクロオクチン修飾ＰＭＯへのＣＰＰ－リンカーのコンジュゲーションの例を以下に示す。
オリゴマーアンチセンス化合物を合成する方法は、当技術分野において公知である。本開示は、ＡＣを合成する方法によって限定されない。実施形態において、本明細書に提供されるのは、例えば、ホスホジエステル及びホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含むヌクレオシド間結合を形成するのに有用な反応性リン基を有する化合物である。前駆体又はアンチセンス化合物の調製及び／又は精製の方法は、本明細書中に提供される組成物又は方法の限定ではない。ＤＮＡ、ＲＮＡ、及びアンチセンス化合物の合成及び精製のための方法は、当業者に周知である。
修飾及び非修飾ヌクレオシドのオリゴマー化は、ＤＮＡについての以下の文献の手順に従って通常実施される（Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｆｏｒ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｓ，Ｅｄ．Ａｇｒａｗａｌ（１９９３），Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ）及び／又はＲＮＡ（Ｓｃａｒｉｎｇｅ，Ｍｅｔｈｏｄｓ（２００１），２３，２０６－２１７．Ｇａｉｔら、Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｃａｌｌｙ ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｄ ＲＮＡ ｉｎ ＲＮＡ：Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ，Ｅｄ．Ｓｍｉｔｈ（１９９８），１－３６．Ｇａｌｌｏら、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ（２００１），５７，５７０７－５７１３）。
本明細書で提供されるアンチセンス化合物は、固相合成の周知の技術を介して簡便かつ日常的に作製することができる。このような合成のための装置は、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を含むいくつかのベンダーによって販売されている。当該分野で公知のこのような合成のための任意の他の手段が、追加的に又は代替的に使用され得る。ホスホロチオエート及びアルキル化誘導体のようなオリゴヌクレオチドを調製するために類似の技術を使用することは周知である。本開示は、アンチセンス化合物合成の方法によって限定されない。
オリゴヌクレオチドの精製及び分析方法は、当業者に公知である。分析方法としては、キャピラリー電気泳動（ＣＥ）及びエレクトロスプレー質量分析が挙げられる。このような合成及び分析方法は、マルチウェルプレートにおいて実施され得る。本発明の方法は、オリゴマー精製の方法によって限定されない。
疾患
いくつかの実施形態において、種々の疾患又は状態は、本明細書中に記載される化合物のうちの１つ以上を含む組成物の投与によって治療、予防又は改善され得る。実施形態では、本開示の組成物で治療、予防、又は改善される疾患は、スプライシング、タンパク質発現、及び／又はタンパク質活性の調節不全に関連する。
いくつかの実施形態において、種々の疾患又は状態は、本明細書中に記載される化合物のうちの１つ以上を含む組成物の投与によって治療、予防又は改善され得る。実施形態では、本開示の組成物で治療、予防、又は改善される疾患は、スプライシング、タンパク質発現、及び／又はタンパク質活性の調節不全に関連する。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、疾患又は状態を治療、予防、又は改善するために使用される。本開示の化合物を使用して治療、予防又は調節され得る例示的な疾患又は状態としては、限定されないが、例えば、急性骨髄白血病、Ｂ細胞白血病／リンパ種、膀胱がん、乳がん、慢性リンパ球性白血病、結腸がん、結腸直腸がん、デュシェンヌ型筋ジストロフィ、食道扁平上皮がん、ファンコーニ貧血、胃がん、膠芽腫、肝細胞がん、肺がん、リンチ症候群、マントル細胞リンパ腫、メラノーマ、鼻咽頭がん、神経芽細胞種、卵巣がん、膵管腺がん、増殖状態、前立腺がん、及び小腸神経内分泌がんを含むがん、例えば、アテローム性動脈硬化症、心臓肥大、拡張型心筋症、高血圧症、虚血／再潅流障害、血栓（深部静脈）、及び血栓（静脈）を含む心臓血管状態、小眼球症、ミュラー管形成不全、骨脆弱性（骨形成不全症）、及びくる病を含む先天性異常、新生児糖尿病及び２型糖尿病を含む内分泌障害、グランツマン血小板無力症、α－サラセミア、及びβ－サラセミアを含む血液疾患、ＩＰＥＸ症候群、鼻ポリープ、重症複合免疫不全、全身性紅斑性狼瘡、及びウィスコット－アルドリッチ症候群を含む免疫学的障害、肺線維症を含む肺疾患、筋繊維症、顔面肩甲上腕型筋ジストロフィ、眼筋咽頭型筋ジストロフィ、筋緊張性ジストロフィ、及び眼筋咽頭型筋ジストロフィを含む筋骨格状態、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、不安障害、ファブリー病、脆弱Ｘ症候群、フリードリヒ運動失調、ハンティングトン病、異染性白質ジストロフィー、偽欠乏症、神経精神疾患、パーキンソン病、及び自殺行為を含む神経学的状態、ストレス、ツェルウエーガー症候群、ポンペ病などの糖原病、又はそれらの組み合わせ、が挙げられるが、これに限定されない。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、異常な遺伝子転写、スプライシング及び／又は翻訳に関連する疾患を治療、予防又は改善するために使用される。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、異常なＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４の転写、スプライシング、及び／又は翻訳に関連する疾患を治療、予防、又は改善するために使用される。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４の上方制御に関連する疾患、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４多型、突然変異体ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、及び／又はＤＵＸ４の蓄積、又はそれらの組み合わせを治療、予防、又は改善するために使用される。
糖原病
グリコーゲン合成及び分解は、多くの異なる酵素反応を含む多段階プロセスである。例えば、アルファ－グルコシダーゼＧＡＡ）は、α－１，４及びα－１，６グリコシド結合を切断することによってグリコーゲンの加水分解を触媒し、グルコースを細胞質中に遊離させる。ＧＡＡの非存在下では、グリコーゲンは、様々な組織、主に心筋及び骨格筋のリソソーム内に蓄積する。このタンパク質の欠損によって引き起こされる状態は、糖原病（Glycogen Storage Disease、ＧＳＤ）と呼ばれる（Ｄｏｕｉｌｌａｒｄ－Ｇｕｉｌｌｏｕｘら、Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．（２０１０）、１９（４）：６８４－９６）。
グリコーゲン合成及び分解は、多くの異なる酵素反応を含む多段階プロセスである。例えば、アルファ－グルコシダーゼＧＡＡ）は、α－１，４及びα－１，６グリコシド結合を切断することによってグリコーゲンの加水分解を触媒し、グルコースを細胞質中に遊離させる。ＧＡＡの非存在下では、グリコーゲンは、様々な組織、主に心筋及び骨格筋のリソソーム内に蓄積する。このタンパク質の欠損によって引き起こされる状態は、糖原病（Glycogen Storage Disease、ＧＳＤ）と呼ばれる（Ｄｏｕｉｌｌａｒｄ－Ｇｕｉｌｌｏｕｘら、Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．（２０１０）、１９（４）：６８４－９６）。
ＧＳＤは、グリコーゲン代謝の遺伝性代謝障害である。糖原病には１２種類以上があり、酵素欠損症及び罹患組織（主に肝臓又は筋）に基づいて分類される。０型ＧＳＤは、グリコーゲンシンターゼの欠損に起因する。Ｉ型は、グルコース－６－ホスファターゼαの欠損に起因する。ＩＩ型は、α－グルコシダーゼ（ＧＡＡ）の欠損に起因する。ＩＩＩ型は、グリコーゲン脱分枝酵素（Glycogen Debranching Enzyme、ＧＤＥ）の欠損に起因する。ＩＶ型は、グリコーゲン分枝活性の欠損に起因する。Ｖ型は、グリコーゲンホスホリラーゼ（ＰＹＧＭによってコードされる）の筋肉アイソフォームの欠損に起因する。ＶＩ型は、グリコーゲンホスホリラーゼ（ＰＹＧＬによってコードされる）の肝臓アイソフォームの欠損に起因する。残りのＧＳＤについてはほとんど情報がなく、いくつかの以前のＧＳＤは他の障害に分類されている。糖原病のリストは、表７に提供されている（Ｅｌｌｉｎｇｗｏｏｄ Ｓ．ら、（２０１８年）、Ｊ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．２３８（３）：Ｒ１３１－Ｒ１４１．ｄｏｉ：１０．１５３０／ＪＯＥ－１８－０１２０）。
糖原病タイプＩＩ（ＧＳＤＩＩ）又はポンペ病は、複合糖、グリコーゲンの分解に必須であるＧＡＡタンパク質の欠如又は欠損をもたらす、グルコシダーゼタンパク（ＧＡＡ）をコードする遺伝子における突然変異によって引き起こされる常染色体劣性リソソーム蓄積障害である。通常、身体はＧＡＡを使用して複合炭水化物グリコーゲンを分解し、それをグルコースに変換する。グリコーゲン代謝における適切な分解及び異常を達成することの失敗は、身体の細胞、特に心筋細胞、平滑筋細胞、及び骨格筋細胞におけるグリコーゲンの過剰な蓄積をもたらし、これは、正常な組織及び器官機能の障害及び分解をもたらし得る。ポンペ病の患者は、身体全体、特に脚、体幹、及び横隔膜における進行性の筋力低下を含む重篤な筋肉関連の問題を経験する。障害が進行するにつれて、呼吸障害が呼吸不全をもたらし得る。現在までに、３００を超える病原性突然変異がＧＡＡにおいて同定されている。ポンペ病は、一般に、米国及び欧州において総計で５，０００～１０，０００人の患者が罹患していると推定されている。しかし、新生児スクリーニングの出現は、この疾患が過小診断されていることを示唆する。
発症年齢及び症状の重症度に基づいて、ポンペ病は、典型的には、乳児発症ポンペ病（ＩＯＰＤ）又は遅発性ポンペ病（ＬＯＰＤ）のいずれかに分類される。ＩＯＰＤは、重度の筋力低下及び異常に減少した筋緊張を特徴とし、通常、生後数ヶ月以内に現れる。治療せずに放置すると、ＩＯＰＤは、進行性心不全、呼吸困難又は摂食困難に起因する栄養失調のために、しばしば致死的である。ＬＯＰＤは小児期、青年期又は成人期に存在する。ＬＯＰＤを有する患者は、典型的には、運動性の低下及び呼吸障害などのより軽度の症状を有する。ＬＯＰＤ患者は、進行性歩行困難及び呼吸低下を経験する。ＬＯＰＤの初期症状はわずかであり、何年も認識されないままである可能性がある。
出願時に、ポンペ病に対して現在承認されている唯一の療法は、アルグルコシダーゼアルファ（米国ではルミザイム、他の地域ではミオザイム）及びアヴァルグルコシダーゼアルファ－ｎｇｐｔ（米国ではＮｅｘｖｉａｚｙｍｅ）であり、これらは両方ともＩＶ注入を介して送達される酵素補充療法（Enzyme Replacement Therapy、ＥＲＴ）の形態である。ポンペ病のためにＥＲＴで治療された乳児患者は、生存率の改善を示したが、ＥＲＴは治癒的ではなく、長期観察研究における多くの患者は、心筋症及び心不全の両方のリスクが増加し続けている。これらの患者はまた、嚥下困難及びそれに付随する誤嚥リスクの増加を含む、残留筋力低下を経験する。ＥＲＴは、主に病気に冒された重要な組織に浸透することができないこと、細胞質ゾルにおける活性の欠如、及び潜在的な免疫原性のために、骨格筋ミオパシー及び呼吸器障害の改善能が特に制限されている。ＥＲＴが利用可能であるにもかかわらず、ＩＯＰＤ又はＬＯＰＤのいずれかを有する患者における重大な満たされていない医学的必要性が依然として存在する。
ＧＡＡは、α－１，４及びα－１，６グルコシド結合を切断することによってグリコーゲンの加水分解を触媒し、グルコースを細胞質中に遊離させる。ＧＡＡの非存在下では、グリコーゲンは、様々な組織、主に心筋及び骨格筋のリソソーム内に蓄積する。このタンパク質の欠損によって引き起こされる状態は、糖原病（ＧＳＤ）と呼ばれる（Ｄｏｕｉｌｌａｒｄ－Ｇｕｉｌｌｏｕｘ（２０１０）、Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．１９（４）：６８４－９６）。
糖原病を治療することができる１つの方法は、グリコーゲン合成を下方制御することによるもの、例えば、グリコーゲン合成酵素の発現及び／又は活性を下方制御することによるものである。グリコーゲン合成酵素には２つの主要なアイソザイム、ＧＹＳ１及びＧＹＳ２がある。ＧＹＳ１は、骨格筋及び心筋において遍在的に発現される（ＮＣＢＩ参照番号２９９７）。ＧＹＳ２は、主に肝臓及び脂肪組織で発現される（ＮＣＢＩ遺伝子参照番号２９９８）。ＧＹＳ１は、摂取されたグルコースを分解して、筋肉のためのグリコーゲンエネルギー貯蔵を提供するように機能する。対照的に、ＧＹＳ２は、血糖値を維持するように機能する。ＧＹＳ１及びＧＹＳ２のｍＲＮＡのアラインメントは、２つのアイソザイムの５４％が７１％の相同性を共有することを示す。
グリコーゲン合成酵素（ＧＹＳ１）発現の下方制御は、グリコーゲン蓄積の逆転をもたらすことが示されている（Ｄｏｕｉｌｌａｒｄ－Ｇｕｉｌｌｏｕｘら、Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．（２０１０），１９（４）：６８４－９６）。ＧＹＳ１の構造及び作用機序は概説されている（Ｐａｌｍ，Ｄ．Ｃ．ら，ＦＥＢＳ（２０１３），２８０（１），２－２７；及びＢａｓｋａｒａｎ Ｓ．ら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（２０１０）１０７，１７５６３－１７５６８。ＧＹＳ１とＧＹＳ２の機能の違いにより、下方制御のためにＧＹＳ１を選択的に標的とすることが重要である。
実施形態において、糖原病を治療するための方法が提供される。実施形態において、本方法は、グリコーゲン合成を下方制御する化合物を投与することを含む。実施形態において、本方法は、グリコーゲン合成酵素の発現を下方制御する化合物を投与することを含む。実施形態では、本方法は、筋肉型グリコーゲン合成酵素（ＧＹＳ１）の発現を下方制御する化合物を投与することを含む。実施形態では、化合物はＡＣを含む。ＡＣは、任意のＡＣであってもよく、本明細書の他の場所で説明されるような任意のＡＣ特性を有してもよい。実施形態において、ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、標的転写物のＳＥ又はＳＲＥの少なくとも一部に結合し得る。実施形態において、ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、標的転写物のＳＥ又はＳＲＥに近接して結合し得る。実施形態では、ＡＣはＡＳＯである。実施形態において、ＡＳＯはＰＭＯである。ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、ＧＹＳ１標的転写物の任意のスプライス要素に結合し得る。
実施形態において、糖原病を治療するための方法が提供される。実施形態において、筋肉組織におけるグリコーゲン蓄積に関連する糖原病を治療するための方法が提供される。実施形態において、心筋組織におけるグリコーゲン蓄積に関連する糖原病を治療するための方法が提供される。実施形態において、骨格筋組織におけるグリコーゲン蓄積に関連する糖原病を治療するための方法が提供される。実施形態において、ＩＩ型糖原病を治療するための方法が提供される。実施形態において、ポンペ病を治療するための方法が提供される。実施形態において、アンダーセン病を治療するための方法が提供される。実施形態において、マッカードル病（McArdle disease）を治療するための方法が提供される。実施形態では、ラフォラ病（Lafora disease）を治療するための方法が提供される。実施形態では、垂井病を治療するための方法が提供される。
実施形態において、ＧＹＳ１は、アイソフォーム１又はアイソフォーム２をコードするヌクレオチド配列によってコードされる。ヌクレオチド配列は、オンラインＮＣＢＩデータベース（アイソフォーム１＝ＮＭ＿００２１０３．５；アイソフォーム２＝ＮＭ＿００１１６１５８７．２）から入手可能である。実施形態において、ＧＹＳ１をコードするヌクレオチド配列は、アイソフォーム１又はアイソフォーム２をコードするヌクレオチド配列と１つ以上の核酸が異なる。実施形態において、ＧＹＳ１をコードするヌクレオチド配列は、１つ以上の多型（例えば、一塩基多型（Single Nucleotide Polymorphism、ＳＮＰ））によって異なる。実施形態において、ＧＹＳ１をコードするヌクレオチド配列は、アイソフォーム１又はアイソフォーム２をコードするヌクレオチド配列と１００％未満の配列同一性を共有する。実施形態において、ＧＹＳ１は、アイソフォーム１又はアイソフォーム２をコードする核酸配列と少なくとも約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％同一であるヌクレオチド配列によってコードされる。実施形態において、ＧＹＳ１は、アイソフォーム１又はアイソフォーム２をコードする核酸配列と８０％～１００％、９０％～１００％、９５％～１００％、又は９９％～１００％同一であるヌクレオチド配列によってコードされる。
実施形態において、本方法は、ＧＹＳ１標的転写物における１つ以上のエクソンのエクソンスキッピングを誘導する化合物を投与することを含む。実施形態において、本方法は、ＧＹＳ１標的転写物中の１つ以上のエクソンのスキッピングを誘導するアンチセンス化合物（ＡＣ）を含む化合物を投与することを含む。実施形態では、ＧＹＳ１転写物の標的ヌクレオチド配列へのＡＣのハイブリダイゼーションは、標的転写物における１つ以上のエクソンの包含又はスキッピングをもたらす。実施形態において、１つ以上のエクソンのスキッピング又は包含は、ＧＹＳ１標的転写物におけるフレームシフトを誘導する。実施形態において、フレームシフトは、減少した活性を有するグリコーゲン合成酵素をコードするＧＹＳ１転写物をもたらす。実施形態において、フレームシフトは、短縮又は非機能的グリコーゲン合成酵素をもたらす。実施形態において、フレームシフトは、ＧＹＳ１転写物における未成熟終止コドンの導入をもたらす。実施形態において、未成熟終止コドンの導入は、ナンセンス媒介分解によるＧＹＳ１ ｍＲＮＡ転写物の分解をもたらす。
実施形態において、化合物は、ヒト及び／又はマウスＧＹＳ１のエクソン２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又は１５のうちの１つ以上のスキッピングを誘導するアンチセンス化合物（ＡＣ）を含む。実施形態において、化合物は、１つ以上のエクソンのスキッピングを誘導して、ＧＹＳ１標的転写物が分解される（例えば、ナンセンス媒介減衰）か、又は活性が低下した若しくは活性がないＧＹＳ１タンパク質に翻訳されることにつながるフレーム外フレームシフトを生じさせるＡＣを含む。実施形態において、化合物は、エクソン２、５、６、７、８、１０、１２、及び／又は１４のうちの１つ以上のスキッピングを誘導して、フレーム外フレームシフトを生じさせるＡＣを含む。実施形態において、化合物は、１つ以上のエクソンのスキッピングを誘導して、ＧＹＳ１標的転写物におけるインフレーム欠失を生成するＡＣを含む。実施形態において、化合物は、エクソン３、４、９、１１、１３及び／又は１５のうちの１つ以上のスキッピングを誘導するＡＣを含む。実施形態において、化合物は、エクソン３、４、９、１１、１３及び／又は１５のうちの１つ以上のスキッピングを誘導して、ＧＹＳ１標的転写物においてインフレーム欠失を生じさせるＡＣを含む。
実施形態において、化合物は、エクソンスキッピングを誘導するために１つ以上のエクソン／イントロン及び／又はイントロン／エクソン接合部に結合するＡＣを含む。実施形態では、ＡＣ化合物は、表８中の以下の配列のいずれかを含み、大文字はエクソンヌクレオチドを示し、小文字はイントロンヌクレオチドを示す。表８において、配列番号１５１～２４７は、エクソンスキッピングを誘導してフレームシフト改変を生じるように設計されている。実施形態において、フレームシフト改変は、未成熟終止コドンをもたらす。実施形態では、フレームシフト改変は、ＧＹＳ１標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。表８において、配列番号２４９～３１８は、エキソンスキッピングを誘導してインフレーム欠失を生じるように設計されている。表８に列挙されるＡＣは、エクソン、エクソン／イントロン接合部、及び／又はイントロン／エクソン接合部を含む標的ヌクレオチド配列に結合するように設計されている。
いくつかの態様において、ＡＣは、表９に列挙されるものなどの、米国特許出願第１６／８６７，２６１号及び／又はクレートンら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｔｈｅｒａｐｙ－Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ（２０１４）３、ｅ２０６からのＰＭＯ配列、又はその一部を含む。
ＰＭＯ配列は、エクソンスキッピングを誘導してフレームシフト改変をもたらすように設計される。実施形態では、フレームシフト改変は、ＧＹＳ１標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす未成熟終止コドンをもたらす。配列番号３２１～３２７は、ＧＹＳ１標的転写物のイントロン／エクソン及び／又はエクソン／イントロン接合部を含む標的ヌクレオチド配列に結合するように設計されている。配列番号３１９及び３２７は、標的ＧＹＳ１転写物のイントロン配列を含む標的ヌクレオチド配列に結合するように設計されている。
実施形態において、ＡＣは、表８及び／又は表９における任意の配列の１５～２５個又は１５～２０個の連続する塩基を含む。実施形態において、ＡＣは、表８及び／又は表９における任意の配列の２０～２５個の連続する塩基を含む。
実施形態では、マウスＧＹＳ１を使用するマウスモデルを使用して、ＧＹＳ１標的転写物におけるエクソンスキッピングを誘導する化合物の効果を試験する。マウス及びヒトＧＹＳ１の２つは、第１９染色体において９７％の相同性を有する。さらに、マウス及びヒトＧＹＳ１は両方とも１６個のエクソンを有し、７３７アミノ酸長である全長タンパク質をもたらす同じスプライシングパターンを有する。
実施形態において、化合物は、その開始コドンを標的化することによってヒト及び／又はマウスＧＹＳ１の下方制御を誘導するアンチセンス化合物（ＡＣ）を含む。そのような配列の例には、表１０の配列が含まれる。
インターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）
実施形態において、インターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）の活性を調節するための化合物が提供される。ＩＲＦ－５は、単球、マクロファージ、Ｂ細胞、及び樹枝細胞において高度に発現される転写因子のＩＲＦファミリーのメンバーであり、その発現は、Ｉ型インターフェロンによって他の細胞種において誘導され得る（Ａｌｍｕｔｔａｑｉ ａｎｄ Ｕｄａｌｏｖａ，ＦＥＢＳ Ｊ．（２０１８），２８６：１６２４－１６３７）。ＩＲＦ－５は、自然免疫及び適応免疫、抗ウイルス防御、炎症性サイトカインの産生、マクロファージ極性化、細胞増殖調節、ならびに分化及びアポトーシスに関与する。
実施形態において、インターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）の活性を調節するための化合物が提供される。ＩＲＦ－５は、単球、マクロファージ、Ｂ細胞、及び樹枝細胞において高度に発現される転写因子のＩＲＦファミリーのメンバーであり、その発現は、Ｉ型インターフェロンによって他の細胞種において誘導され得る（Ａｌｍｕｔｔａｑｉ ａｎｄ Ｕｄａｌｏｖａ，ＦＥＢＳ Ｊ．（２０１８），２８６：１６２４－１６３７）。ＩＲＦ－５は、自然免疫及び適応免疫、抗ウイルス防御、炎症性サイトカインの産生、マクロファージ極性化、細胞増殖調節、ならびに分化及びアポトーシスに関与する。
異常なＩＲＦ－５発現は、様々な疾患に関連している。さらに、増加したＩＲＦ５ ｍＲＮＡレベルは、疾患病理と強く相関する。例えば、ＩＲＦ－５を上方制御することは、自己免疫疾患、感染症、がん、肥満を含む多数の炎症性疾患の発症に関連するＩＦＮの産生の増加をもたらし得る。
これは、ＥＥＶによって細胞内に送達され得る。ＥＥＶ－コンジュゲートは、式（Ｃ）のＥＥＶ－コンジュゲートであり得る。
ＩＲＦ－５は、３つの選択的非コード５’エクソン及び少なくとも９つの選択的スプライシングｍＲＮＡによって生成される複数のアイソフォームで存在する。ＩＲＦ－５アイソフォームの配列は、例えばオンラインＮＣＢＩデータベースを通じて公的に入手可能である。アイソフォームは、細胞型特異的発現、細胞内局在及び機能を示す。いくつかのアイソフォームは、自己免疫疾患のリスクに関連する。例えば、アイソフォーム２は、ＩＲＦ－５の過剰発現及び全身性紅斑性狼瘡などの自己免疫疾患に対する感受性に関連している。さらに、より高いｍＲＮＡ発現をもたらすＩＲＦ－５をコードする遺伝子における単一ヌクレオチド多型を含む多型は、多くの自己免疫疾患と関連している（Ｋｒａｕｓｇｒｕｂｅｒら，Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１０），１２（３）：２３１－２３８）；Ｋｏｚｙｒｅｖら，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ａｎｄ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ（２００７），５６（４）：１２３４－１２４１）。
ＩＲＦ－５活性化、作用機序、シグナル伝達経路、及び調節要素が概説されている（Ｓｏｎｇら，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．（２０２０），１３０（１２）：６７００－６７１７；Ａｌｍｕｔａｑｑｉ ａｎｄ Ｕｄａｌｏｖａ ＦＥＢＳ Ｊ．（２０１８），２８６：１６２４－１６３７；Ｂａｎｇａら，Ｓｃｉ．Ａｄｖ．（２０２０），６：ｅａａｙ１０５７；Ｔｈｏｍｐｓｏｎら，Ｆｒｏｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１８），９：２６２２）。
ＩＲＦ－５をコードする遺伝子は、９個のエクソン（エクソン１、エクソン２、エクソン３、エクソン４、エクソン５、エクソン６、エクソン７、エクソン８、エクソン９）を含む。エクソン１は、５’－非翻訳領域（５’－ＵＴＲ）にあり、４つの変異体、エキソン１Ａ、エキソン１Ｂ、エキソン１Ｃ、及びエキソン１Ｄを有する。優勢なアイソフォームはエクソン１Ａを含む。エクソン１Ｂは、ＩＲＦ－５過剰活性化及び疾患進行に関連する。ドナースプライス部位を導入する単一－ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）（例えば、ｒｓ２００４６４０）は、エクソン１Ｂ転写物の発現の増加及びエクソン１Ｃ由来転写物の発現の減少をもたらし得る。他のＳＮＰ（例えば、ｒｓ２２８０７１４）もまた、上昇したＩＲＦ－５発現に関連している（Ｋｏｚｙｒｅｖら，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ ａｎｄ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ（２００７），５６（４）：１２３４－１２４１）。
ＩＲＦ－５の６つのアイソフォームを以下に提供する。
ヒトインターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）（アイソフォーム１）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＲＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭ（配列番号３３４）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＲＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭ（配列番号３３４）
ヒトインターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）（アイソフォーム２）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＤＡＶＱＳＧＰＨＭＴＰＹＳＬＬＫＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＲＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３５）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＤＡＶＱＳＧＰＨＭＴＰＹＳＬＬＫＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＲＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３５）
ヒトインターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）（アイソフォーム３）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＤＡＶＱＳＧＰＨＭＴＰＹＳＬＬＫＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３６）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＤＡＶＱＳＧＰＨＭＴＰＹＳＬＬＫＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３６）
ヒトインターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）（アイソフォーム４）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３７）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＥＤＶＫＷＰＰＴＬＱＰＰＴＬＱＰＰＶＶＬＧＰＰＡＰＤＰＳＰＬＡＰＰＰＧＮＰＡＧＦＲＥＬＬＳＥＶＬＥＰＧＰＬＰＡＳＬＰＰＡＧＥＱＬＬＰＤＬＬＩＳＰＨＭＬＰＬＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３７）
ヒトインターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）（アイソフォーム５）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＶＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３８）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＶＣＳＮＧＰＡＰＴＤＳＱＰＰＥＤＹＳＦＧＡＧＥＥＥＥＥＥＥＥＬＱＲＭＬＰＳＬＳＬＴＶＴＤＬＥＩＫＦＱＹＲＧＲＰＰＲＡＬＴＩＳＮＰＨＧＣＲＬＦＹＳＱＬＥＡＴＱＥＱＶＥＬＦＧＰＩＳＬＥＱＶＲＦＰＳＰＥＤＩＰＳＤＫＱＲＦＹＴＮＱＬＬＤＶＬＤＲＧＬＩＬＱＬＱＧＱＤＬＹＡＩＲＬＣＱＣＫＶＦＷＳＧＰＣＡＳＡＨＤＳＣＰＮＰＩＱＲＥＶＫＴＫＬＦＳＬＥＨＦＬＮＥＬＩＬＦＱＫＧＱＴＮＴＰＰＰＦＥＩＦＦＣＦＧＥＥＷＰＤＲＫＰＲＥＫＫＬＩＴＶＱＶＶＰＶＡＡＲＬＬＬＥＭＦＳＧＥＬＳＷＳＡＤＳＩＲＬＱＩＳＮＰＤＬＫＤＲＭＶＥＱＦＫＥＬＨＨＩＷＱＳＱＱＲＬＱＰＶＡＱＡＰＰＧＡＧＬＧＶＧＱＧＰＷＰＭＨＰＡＧＭＱ（配列番号３３８）
ヒトインターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）（アイソフォーム６）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＴＰＳＰＬＲＩＴＬＬＶＱＥＲＲＲＫＫＲＫＳＣＲＧＣＣＱＡ（配列番号３３９）
ＭＮＱＳＩＰＶＡＰＴＰＰＲＲＶＲＬＫＰＷＬＶＡＱＶＮＳＣＱＹＰＧＬＱＷＶＮＧＥＫＫＬＦＣＩＰＷＲＨＡＴＲＨＧＰＳＱＤＧＤＮＴＩＦＫＡＷＡＫＥＴＧＫＹＴＥＧＶＤＥＡＤＰＡＫＷＫＡＮＬＲＣＡＬＮＫＳＲＤＦＲＬＩＹＤＧＰＲＤＭＰＰＱＰＹＫＩＹＥＴＰＳＰＬＲＩＴＬＬＶＱＥＲＲＲＫＫＲＫＳＣＲＧＣＣＱＡ（配列番号３３９）
実施形態において、ＩＲＦ－５は、ＩＲＦ－５アイソフォーム１、ＩＲＦ－５アイソフォーム２、ＩＲＦ－５アイソフォーム３、ＩＲＦ－５アイソフォーム４、ＩＲＦ－５アイソフォーム５、又はＩＲＦ－５アイソフォーム６をコードするヌクレオチド配列によってコードされる。実施形態では、ＩＲＦ－５をコードするヌクレオチド配列は、ＩＲＦ－５アイソフォーム１、ＩＲＦ－５アイソフォーム２、ＩＲＦ－５アイソフォーム３、ＩＲＦ－５アイソフォーム４、ＩＲＦ－５アイソフォーム５、又はＩＲＦ－５アイソフォーム６をコードするヌクレオチド配列と１つ以上の核酸が異なる。実施形態において、ＩＲＦ－５をコードするヌクレオチド配列は、１つ以上の多型（例えば、一塩基多型（ＳＮＰ）によって異なる。実施形態において、ＩＲＦ－５をコードするヌクレオチド配列は、ＩＲＦ－５アイソフォーム１、ＩＲＦ－５アイソフォーム２、ＩＲＦ－５アイソフォーム３、ＩＲＦ－５アイソフォーム４、ＩＲＦ－５アイソフォーム５、又はＩＲＦ－５アイソフォーム６をコードするヌクレオチド配列と１００％未満の配列同一性を共有する。実施形態において、ＩＲＦ－５は、ＩＲＦ－５アイソフォーム１、ＩＲＦ－５アイソフォーム２、ＩＲＦ－５アイソフォーム３、ＩＲＦ－５アイソフォーム４、ＩＲＦ－５アイソフォーム５、又はＩＲＦ－５アイソフォーム６をコードする核酸配列と少なくとも約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、又は約９９％同一であるヌクレオチド配列によってコードされる。実施形態において、ＩＲＦ－５は、ＩＲＦ－５アイソフォーム１、ＩＲＦ－５アイソフォーム２、ＩＲＦ－５アイソフォーム３、ＩＲＦ－５アイソフォーム４、ＩＲＦ－５アイソフォーム５、又はＩＲＦ－５アイソフォーム６をコードする核酸配列と８０％～１００％、９０％～１００％、９５％～１００％、又は９９％～１００％同一であるヌクレオチド配列によってコードされる。
ＩＲＦ－５は、炎症マクロファージ表現型に影響を及ぼすことが示されている（Ａｌｍｕｔｔａｑｉ ａｎｄ Ｕｄａｌｏｖａ，ＦＥＢＳＪ．（２０１８），２８６：１６２４－１６３７）。マクロファージは、Ｍ１（古典的活性化マクロファージ）又はＭ２（代替的活性化マクロファージ）として分類することができ、組織微小環境に応じて互いに変換することができる。交互に活性化されるマクロファージには３つのクラス（Ｍ２ａ、Ｍ２ｂ及びＭ２ｃ）がある。正常組織では、Ｍ２マクロファージに対するＭ１マクロファージの比は高度に調節されている。Ｍ１マクロファージとＭ２マクロファージとの間の不均衡は、喘息、慢性肺疾患、アテローム性動脈硬化症、又は関節リウマチにおける破骨細胞形成などの病態をもたらし得る。ＩＲＦ－５は、炎症促進性Ｍ１マクロファージ分極の主要な調節因子である（ＷｅｉｓｓらＭｅｄｉａｔｏｒｓ ｏｆ Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ（２０１３）Ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１５５／２０１３／２４５８０４）。
）。ナイーブ単球又は動員マクロファージのＴｈ１サイトカインＩＦＮ－γ、ＴＮＦ、又はＬＰＳへの曝露は、ＴＮＦ、ＩＬ－１β、ＩＬ－６、ＩＬ－１２、ＩＬ－２３などの炎症促進性サイトカインを分泌するＭ１発生を促進し、Ｔｈ１リンパ球の発生を促進する。ＩＬ－４及びＩＬ－１３への単球の曝露は、Ｔｈ２細胞、好酸球、及び好塩基球の発生を促進するケモカインを発現するＭ２ａ表現型を促進する。Ｍ２ｂマクロファージは、ＬＰＳ、免疫複合体、アポトーシス細胞、及びＩＬ－１Ｒａの組み合わせによって誘導される。Ｍ２ｂマクロファージは、高レベルのＩＬ－１０、並びに炎症性サイトカインＴＮＦ及びＩＬ－６を分泌し、ｉＮＯＳを発現する。Ｍ２ｃマクロファージは、ＩＬ－１０、ＴＧＦ－β、及びグルココルチコイドの組み合わせによって誘導され、Ｔｈ２リンパ球の発生を促進するＩＬ－１０及びＴＧＦ－βを分泌する（Ｄｕｑｕｅ ａｎｄ Ｄｅｓｃｏｔｅａｕｘ．（２０１４）Ｆｒｏｎｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．５：４９１．Ｄｏｉ：１０．３３８９／ｆｉｍｍｕ．２０１４．００４９１）。
マクロファージにおけるＩＲＦ－５発現は、炎症性刺激によって可逆的に誘導され、マクロファージ分極に寄与する。ＩＲＦ－５は、Ｍ１マクロファージの発現を上方制御し、Ｍ２マクロファージの発現を下方制御する（Ｋｒａｕｓｇｒｕｂｅｒら、Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１０），１２（３）：２３１－２３８）。
実施形態において、炎症性疾患を治療するための方法が提供される。実施形態において、疾患は、ＩＲＦ－５の異常発現に関連する。実施形態において、疾患は、ＩＲＦ－５過剰発現に関連する。実施形態において、本方法は、ＩＲＦ－５発現を下方制御する化合物を投与することを含む。実施形態では、化合物はＡＣを含む。ＡＣは、任意のＡＣであってもよく、本明細書の他の場所で説明されるような任意のＡＣ特性を有してもよい。実施形態において、ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、標的転写物のＳＥ又はＳＲＥの少なくとも一部に結合し得る。実施形態において、ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、標的転写物のＳＥ又はＳＲＥに近接して結合し得る。実施形態では、ＡＣはＡＳＯである。実施形態において、ＡＳＯはＰＭＯである。ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、ＩＲＦ－５標的転写物の任意のスプライシングエレメント（ＳＥ）に結合し得る。
実施形態において、本方法は、ＩＲＦ－５ ｍＲＮＡ転写物中の１つ以上のエクソンのエクソンスキッピングを誘導する化合物を投与することを含む。実施形態において、本方法は、ＩＲＦ－５標的転写物中の１つ以上のエクソンのスキッピングを誘導するアンチセンス化合物（ＡＣ）を含む化合物を投与することを含む。実施形態において、ＩＲＦ－５標的転写物の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列へのＡＣのハイブリダイゼーションは、ｍＲＮＡ転写物中の１つ以上のエクソンの包含又はスキッピングをもたらす。実施形態において、１つ以上のエクソンのスキッピング又は包含は、ＩＲＦ－５標的転写物におけるフレームシフトを誘導する。実施形態において、フレームシフトは、減少した活性を有するタンパク質をコードするＩＲＦ－５標的転写物をもたらす。実施形態において、フレームシフトは、短縮又は非機能的ＩＲＦ－５をもたらす。実施形態において、フレームシフトは、ＩＲＦ－５ ｍＲＮＡ転写物における未成熟終止コドンの導入をもたらす。実施形態において、フレームシフトは、ナンセンス媒介崩壊によるＩＲＦ－５ ｍＲＮＡ転写物の分解をもたらす。実施形態において、化合物は、ヒト及び／又はマウスＩＲＦ－５のエクソン２、３、４、５、６、７、及び／又は８のうちの１つ以上のスキッピングを誘導するアンチセンス化合物（ＡＣ）を含む。実施形態において、化合物は、１つ以上のエクソンのスキッピングを誘導してＩＲＦ－５標的転写物が分解される（例えば、ナンセンス媒介減衰）か、又は活性が低下した若しくは活性がないＩＲＦ－５タンパク質に翻訳されることにつながるフレーム外フレームシフトを生じさせるＡＣを含む。実施形態において、化合物は、フレーム外フレームシフトを生じるエクソン３、４、５、及び／又は８のうちの１つ以上のスキッピングを誘導するＡＣを含む。
実施形態では、ＡＣは、表１１の配列番号１５７～１６１のいずれか１つを含む。実施形態において、ＡＣは、表１１における任意の配列の１０～２５個、１０～２０個、又は１０～１５個の連続する塩基を含む。実施形態において、配列番号３４０、３６５、３６９又はそれらの断片は、エクソン４のスキッピングを誘導して、エクソン５に未成熟終止コドンを生成する。実施形態において、配列番号３４０、３６５、３６９、又はそれらの断片は、エクソン４のエクソンスキッピングを誘導し、ＩＲＦ－５標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。実施形態では、配列番号３４０及び３６５又はその断片は、エクソン４のスキッピングを誘導して、未成熟終止コドンを生成する。実施形態では、配列番号３６６～３６８又はその断片は、エクソン５のエクソンスキッピングを誘導して、エクソン６における未成熟終止コドンをもたらす。実施形態において、配列番号３６６～３６８又はその断片は、エクソン５のエクソンスキッピングを誘導して、ＩＲＦ－５標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。
実施形態において、化合物は、１つ以上のエクソンのスキッピングを誘導して、ＩＲＦ－５標的転写物におけるインフレーム欠失を生成するＡＣを含む。実施形態において、化合物は、エクソン６及び／又は７のうちの１つ以上のスキッピングを誘導して、ＩＲＦ－５標的転写物におけるインフレーム欠失をもたらすＡＣを含む。
実施形態において、ＩＲＦ－５に関連する疾患又は障害を治療するための方法が提供される。実施形態において、疾患又は障害は、ＩＲＦ－５遺伝子変異に関連する。実施形態において、疾患又は障害は、ＩＲＦ－５遺伝子における遺伝子変異に関連する。実施形態において、ＩＲＦ－５における遺伝子変異は、ＩＲＦ－５過剰発現をもたらす。実施形態では、遺伝子突然変異は、代替アイソフォーム発現をもたらす。実施形態において、疾患又は障害は、ＩＲＦ－５過剰発現に関連する。実施形態において、疾患又は障害はＩＲＦ－５アイソフォーム発現に関連する。
実施形態では、患者における炎症、自己抗体産生、炎症細胞浸潤、コラーゲン沈着、又は炎症性サイトカイン産生を治療するための方法が提供される。
様々な疾患におけるＩＲＦ－５の関与が文献に記載されている（例えば、Ｇｒａｈａｍら，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ．（２００６），３８（５）：５５０－５；Ｒｕｅｄａら，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．（２００６），５４（１２）：３８１５－９；Ｈｅｎｒｉｑｕｅ ｄａ Ｍｏｔａ，Ｃｌｉｎ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．（２０１５），３４（９）：１４９５－５０１；Ｓｉｇｕｒｄｓｓｏｎら，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ．（２００８），１７（６）：８７２－８１；Ｐｅｎｇら，Ｎｅｐｈｒｏｌｏｇｙ（Ｃａｒｌｔｏｎ）（２０１０），１５（７）：７１０－３；Ｉｓｈｉｍｕｒａら，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１１），３１（６）：９４６－５１；Ｓｕｍｍｅｒｓら，Ｊ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．（２００８），３５（１１）：２１０６－１８；Ｎｉら，Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ（２０１９），２（５）：１８２１－１８２９；Ｄｉｄｅｂｅｒｇら，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ．（２００７），１６（２４）：３００８－１６；Ｌｉｍら，Ｊ．Ｄｉｇ．Ｄｉｓ．（２０１５），１６（４）：２０５－１６；Ｎｏｒｄａｌら，Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．（２０１２），７１（７）：１１９７－２０２；Ｒｅｂｏｒａ，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．（２０１６），５５（４）：４０８－１６；Ｚｈａｏら，Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．Ｉｎｔ．（２０１７），３７（８）：１３０３－１３１；Ｃａｒｍｏｎａら，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ（２０１３），８（１）：ｅ５４４１９；Ｆｌｅｓｃｈら，Ｔｉｓｓｕｅ Ａｎｔｉｇｅｎｓ（２０１１），７８（１）：６５－８；Ｈｅｉｊｄｅら，Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ Ｒｈｅｕｍ．（２００７），５６（１２）：３９８９－９４；Ｈａｆｌｅｒら，Ｇｅｎｅｓ Ｉｍｍｕｎ．（２００９），１０（１）：６８－７６；Ｂａｌａｓａら，Ｅｕｒ．Ｃｙｔｏｋｉｎｅ Ｎｅｔｗ．（２０１２），２３（４）：１６６－７２；Ｂｙｒｅら，Ｍｕｃｏｓａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１７），１０（３）：７１６－７２６；Ｗａｎｇら，Ｇｅｎｅ（２０１２），１０，５０４（２）：２２０－５；Ｐｉｍｅｎｔａら，Ｍｏｌ．Ｃａｎｃｅｒ（２０１５），１４（１）：３２；Ｒａｍｂｏｄら，Ｃｌｉｎ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．（２０１８），３７（１０）：２６６１－２６６５；Ｄａｖｉら，Ｊ Ｒｈｅｕｍａｔｏｌ．（２０１１），３８（４）：７６９－７４；Ｚｉｍｍｅｒｍａｎら，Ｋｉｄｎｅｙ ３６０（２０２０），１（３）：１７９－１９０；Ｐａｎｄｅｙら，Ｍｕｃｏｓａｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０１９），１２（４）：８７４－８８７；Ｍａｓｕｄａら，Ｎａｔ．Ｃｏｍｍｕｎ．（２０１４），５：３７７１；Ａｌｚａｉｄら，ＪＣＩ Ｉｎｓｉｇｈｔ（２０１６），１（２０）：ｅ８８６８９；Ｓｅｎｅｖｉｒａｎｔｅら，Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ（２０１７），１３６（１２）：１１４０－１１５４；Ｃｅｖｉｋら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（２０１７），２９２（５２）：２１６７６－２１６８９；Ｓｈａｒｉｆら，Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．（２０１２），７１（７）：１１９７－１２０２；及びＹａｎｇら，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ．Ｓｕｒｇ．（２０１７），５２（１２）：１９８４－１９８８）。
実施形態において、患者におけるＩＲＦ－５発現を下方制御する方法が、本明細書に開示される化合物の１つ以上を使用して提供される。実施形態において、マクロファージにおけるＩＲＦ－５発現が低減される。実施形態において、星細胞（Ｋｕｐｆｆｅｒ ｃｅｌｌ）におけるＩＲＦ－５発現が低減される。実施形態において、胃腸管におけるＩＲＦ－５発現が低減される。実施形態において、肝臓におけるＩＲＦ－５の発現が低減される。実施形態において、肺におけるＩＲＦ－５の発現が低減される。実施形態において、腎臓におけるＩＲＦ－５の発現が低減される。実施形態において、関節におけるＩＲＦ－５の発現が低減される。実施形態において、中枢神経系におけるＩＲＦ－５の発現が低減される。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ＩＲＦ－５に関連する疾患を治療するために使用される。ＩＲＦ－５に関連する疾患の例としては、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、関節リウマチ、原発性胆汁性肝硬変、全身性硬化症、シェーグレン症候群、多発性硬化症、強皮症、間質性肺疾患（ＳＳｃ－ＩＬＤ）、多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）、慢性腎疾患（ＣＫＤ）、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、肝線維症、喘息、重症喘息、及びこれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、患者における炎症、肝硬変、線維症、タンパク尿、関節炎症、自己抗体産生、炎症性細胞浸潤、コラーゲン沈着、炎症性サイトカイン産生、又はそれらの組み合わせを低減するために使用される。実施形態では、本明細書に開示される化合物は、胃腸管における炎症、下痢、疼痛、倦怠感、腹部痙攣、血便、腸炎、胃腸管の上皮バリアの破壊、腸内毒素症、排便頻度の増加、肛門括約筋のしぶり腹若しくは有痛性痙攣、便秘、意図しない体重減少、又はこれらの組み合わせを低減するために使用される。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、炎症性疾患を治療するために使用される。「炎症性疾患」は、自然免疫応答又は適応免疫応答の活性化が臨床状態の顕著な原因である疾患を指す。炎症性疾患には、これらに限定されないが、尋常性座瘡、喘息、ＣＯＰＤ、自己免疫疾患、セリアック病、慢性（プラーク）前立腺炎、糸球体腎炎、過敏症、炎症性腸疾患（ＩＢＤ、クローン病、潰瘍性結腸炎）、骨盤腹膜炎、再潅流障害、リウマチ性関節炎、類肉腫症、移植片拒絶、脈管炎、間質性膀胱炎、アテローム性動脈硬化症、アレルギー（１型、２型及び３型過敏性、枯草熱）、炎症性ミオパシー、全身性硬化症が含まれ、皮膚筋炎、多発性筋炎、封入体筋炎、チェディアック・東症候群、慢性肉芽腫症、ビタミンＡ欠乏症、がん（充実性腫瘍、胆嚢がん）、歯根膜炎、肉芽腫性炎（結核、ハンセン病、類肉腫症及び梅毒）、線維素性炎、化膿性炎、漿液性炎、潰瘍性炎及び虚血性心疾患、１型糖尿病、糖尿病性ネフロパシー及びこれらの組み合わせが含まれる。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、自己免疫疾患を治療するために使用される。「自己免疫疾患」は、患者の免疫系が患者自身の組織を攻撃する疾患又は障害を指す。自己免疫疾患又は障害の例には、乾癬及び皮膚炎（例えばアトピー性皮膚炎）を含む炎症性皮膚疾患などの炎症反応、全身性強皮症及び硬化症、炎症性腸疾患（クローン病及び潰瘍性大腸炎など）に関連する応答、呼吸困難症候群（成人呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ））を含む）、皮膚炎、髄膜炎、脳炎、ブドウ膜炎、大腸炎、糸球体腎炎、湿疹及び喘息などのアレルギー状態、並びにＴ細胞の浸潤及び慢性炎症応答を伴う他の状態、アテローム性動脈硬化症、白血球接着不全、関節リウマチ、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）（ループス腎炎、皮膚ループスを含むが、これらに限定されない）、全身性硬化症（強皮症）、真性糖尿病（例えば、Ｉ型真性糖尿病又はインスリン依存性糖尿病）、多発性硬化症、レイノー症候群、自己免疫性甲状腺炎、橋本甲状腺炎、アレルギー性脳脊髄炎、シェーグレン症候群、若年型糖尿病、並びに典型的には結核、類肉腫症、多発性筋炎、皮膚筋炎において見出されるサイトカイン及びＴリンパ球によって媒介される急性及び遅延型過敏に関連する免疫応答、肉芽腫症及び血管炎、原発性胆汁性肝硬変、悪性貧血（アジソン病）、自己免疫性胃炎、自己免疫性肝炎、白血球漏出を伴う疾患、中枢神経系（ＣＮＳ）炎症性障害、白斑、多臓器損傷症候群、溶血性貧血（クリオグロブリン血症又はクームズ陽性貧血を含むが、これらに限定されない）、重症筋無力症、抗原－抗体複合体媒介疾患、抗糸球体基底膜疾患、抗リン脂質抗体症候群、アレルギー性神経炎、グレーブス病、Ｌａｍｂｅｒｔ－Ｅａｔｏｎ筋無力症症候群、類天疱瘡、天疱瘡、自己免疫性多発性内分泌障害、ライター病、スティッフマン症候群、ベーチェット病、側頭動脈炎、免疫複合体腎炎、ＩｇＡ腎症、ＩｇＭ多発性神経障害、免疫性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）又は自己免疫血小板減少症、自己免疫性脳脊髄炎、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、強直性脊椎炎、肺線維症、又はそれらの組み合わせ、が挙げられるが、これに限定されない。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、全身性硬化症（強皮症）、多発性筋炎／皮膚筋炎、クローン病、潰瘍性結腸炎、リウマチ性関節炎、シェーグレン症候群、自己免疫脳脊髄炎、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、類肉腫症、ベーチェット病、重症筋無力症、ループス腎炎、炎症性大腸炎（ＩＢＤ）、強直性脊髄炎、原発性胆汁性肝硬変、結腸炎、肺線維症、抗リン脂質抗体症候群、又は乾癬などの自己免疫疾病を治療するために使用される。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、心血管疾患を治療するために使用される。実施形態では、心血管疾患は、炎症に関連する。実施形態において、心血管疾患は、全身性強皮症を含む。実施形態では、心血管疾患は、動脈瘤アンギナ、アテローム性動脈硬化症、脳血管障害（脳卒中）、脳血管疾患、うっ血性心不全、冠動脈疾患、心筋梗塞（心臓発作）、末梢血管疾患、又はそれらの組み合わせ、が挙げられるが、これに限定されない。実施形態において、心血管疾患は、アテローム性動脈硬化症を含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、胃腸疾患を治療するために使用される。実施形態において、胃腸疾患は、クローン病、原発性胆汁性肝硬変、硬化性胆管炎、潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患、シェーグレン症候群又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、泌尿器系疾患を治療するために使用される。実施形態では、泌尿器系疾患は、全身性紅斑性狼瘡、全身性強皮症、又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、遺伝性、家族性、又は先天性疾患を治療するために使用される。実施形態では、遺伝性、家族性又は先天性疾患は、クローン病、原発性胆汁性肝硬変、全身性強皮症、全身性紅斑性狼瘡、潰瘍性結腸炎、乾癬、炎症性大腸炎、又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、内分泌系疾患を治療するために使用される。実施形態では、内分泌系疾患は、甲状腺腺がん、原発性胆汁性肝硬変、硬化性胆管炎、甲状腺機能低下症、又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、細胞増殖障害を治療するために使用される。実施形態では、細胞増殖障害は、原発性胆汁性肝硬変、甲状腺腺がん、新生物、又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、免疫系疾患を治療するために使用される。実施形態では、免疫系疾患は、シェーグレン症候群、炎症性腸疾患、乾癬、筋炎、全身性強皮症、自己免疫疾患、全身性紅斑性狼瘡、関節リウマチ、クローン病、潰瘍性大腸炎、強直性脊椎炎、又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、血液疾患を治療するために使用される。実施形態において、血液疾患は、全身性紅斑性狼瘡を含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、筋骨格系又は結合組織疾患を治療するために使用される。実施形態では、筋骨格系又は結合組織疾患は、筋炎、全身性強皮症、全身性紅斑性狼瘡、リウマチ性関節炎、強直性脊髄炎、青年期特発性側弯症、又はそれらの組み合わせを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、神経炎症性疾患を治療するために使用される。実施形態では、神経炎症性疾患又は障害は、外傷性脳傷害、急性散在性脳脊髄炎（ＡＤＥＭ）、自己免疫脳炎、急性視神経炎（ＡＯＮ）、慢性髄膜炎、抗ミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク（ＭＯＧ）病、横断性脊髄炎、視神経脊髄炎（ＮＭＯ）、アルツハイマー疾患、パーキンソン疾患、多発性硬化（ＭＳ）、又はそれらの組み合わせによる炎症を含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、ウイルス、細菌、真菌、寄生生物、又はそれらの組み合わせなどの微生物による感染に起因する炎症を治療するために使用される。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、線維症に関連する疾患を治療するために使用され、これは本明細書において線維性疾患と称される。「線維症」は、例えば、損傷、刺激、又は慢性炎症による線維性結合組織の病的形成を指し、組織中の正常量を超える線維芽細胞蓄積及びコラーゲン沈着を含む。「線維性疾患」は、病的線維症に関連する疾患を指す。線維性疾患の例としては、特発性肺線維症、強皮症、皮膚の強皮症、肺の強皮症、膠原血管病（例えば、狼瘡、関節リウマチ、強皮症）、遺伝性肺線維症（例えば、ヘルマンスキー－パドラック症候群）、放射線肺臓炎、喘息、気道リモデリングを伴う喘息、化学療法誘発性肺線維症（例えば、ブレオマイシン、メトトレキサート、又はシクロホスファミド誘発性）、放射線線維症、ゴーシェ病、間質性肺疾患、腹膜後線維症、骨髄線維症、間質性又は肺血管疾患、薬物曝露に関連する線維症又は間質性肺疾患、アスベスト症、珪肺症、及び穀物曝露などの曝露に関連する間質性肺疾患、慢性過敏性肺臓炎、癒着、腸管又は腹部癒着、心線維症、腎線維症、肝硬変、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）誘発性線維症、又はそれらの組み合わせ、が挙げられるが、これに限定されない。実施形態において、線維性疾患は、非アルコール性脂肪性肝炎ＮＡＳＨを含む。
実施形態において、本明細書に開示される化合物は、呼吸器疾患又は全身性皮膚硬化症などの胸部疾患を治療するために使用される。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、乾癬又は全身性強皮症などの外皮系疾患を治療するために使用される。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、シェーグレン症候群又は全身性強皮症などの視覚系の疾患を治療するために使用される。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、好酸球数、糸球体濾過量、収縮期血圧、白血球の好酸球パーセンテージ、又はそれらの組み合わせに関連する疾患を治療するために使用される。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、潰瘍性疾患又は口腔潰瘍を治療するために使用される。
炎症性腸疾患（Inflammatory Bowel Disease、ＩＢＤ）
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、胃腸（ＧＩ）管の慢性炎症を特徴とする２つの状態である、クローン病及び潰瘍性大腸炎を指す。ＩＢＤの一般的な症状としては、持続性の下痢、腹痛、直腸出血／血便、体重減少及び疲労が挙げられる。２０１５年には、米国の成人（３００万人）の推定１．３％がＩＢＤ（クローン病又は潰瘍性大腸炎のいずれか）と診断されたと報告した。ＩＢＤは、ＩＲＦ－５によって促進される腸マクロファージにおける炎症性マクロファージ表現型に関連する。
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、胃腸（ＧＩ）管の慢性炎症を特徴とする２つの状態である、クローン病及び潰瘍性大腸炎を指す。ＩＢＤの一般的な症状としては、持続性の下痢、腹痛、直腸出血／血便、体重減少及び疲労が挙げられる。２０１５年には、米国の成人（３００万人）の推定１．３％がＩＢＤ（クローン病又は潰瘍性大腸炎のいずれか）と診断されたと報告した。ＩＢＤは、ＩＲＦ－５によって促進される腸マクロファージにおける炎症性マクロファージ表現型に関連する。
関節リウマチ（Rheumatoid Arthritis、ＲＡ）
関節リウマチ（ＲＡ）は、世界中の人口の０．５％～１％が罹患している自己免疫疾患である。これは、患者の身体全体にわたって関節痛及び損傷を引き起こす。ＲＡの治療は、典型的には、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）と呼ばれる、疾患を遅延させ、関節変形を予防する薬剤、並びに関節及び組織損傷を引き起こす炎症を誘発する免疫系の部分を標的とする生物製剤（抗体）の使用を含む。ＩＲＦ－５多型は、ＲＡの危険因子として同定されている。ＩＲＦ－５レベルの低下は、疾患表現型の低下に関連する。ＴＬＲ３及びＴＬＲ７のＩＲＦ－５活性化は、炎症性サイトカイン及びケモカイン産生を促進する。
関節リウマチ（ＲＡ）は、世界中の人口の０．５％～１％が罹患している自己免疫疾患である。これは、患者の身体全体にわたって関節痛及び損傷を引き起こす。ＲＡの治療は、典型的には、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）と呼ばれる、疾患を遅延させ、関節変形を予防する薬剤、並びに関節及び組織損傷を引き起こす炎症を誘発する免疫系の部分を標的とする生物製剤（抗体）の使用を含む。ＩＲＦ－５多型は、ＲＡの危険因子として同定されている。ＩＲＦ－５レベルの低下は、疾患表現型の低下に関連する。ＴＬＲ３及びＴＬＲ７のＩＲＦ－５活性化は、炎症性サイトカイン及びケモカイン産生を促進する。
シェーグレン症候群（Sjogren's Syndrome、ＳＳ）
シェーグレン症候群（ＳＳ）は、ドライアイ及びドライマウスによって識別される免疫障害である。この状態は、しばしば、他の免疫系障害（例えば、関節リウマチ（ＲＡ）及び全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ））を伴う。この疾患は主に４０～６０歳の女性に影響を及ぼす。米国における原発性ＳＳの有病率は、１０，０００人の居住者当たり２～１０人であると推定された。ＳＳに対する既存の療法は、ドライアイ及びドライマウスの症状を治療することを含む。疾患修飾療法はない。ＩＲＦ－５ ｒｓ２００４６４０Ｔ対立遺伝子及びＣＧＧＧＧ挿入／欠失は、複数の研究においてＳＳと関連付けられている。
シェーグレン症候群（ＳＳ）は、ドライアイ及びドライマウスによって識別される免疫障害である。この状態は、しばしば、他の免疫系障害（例えば、関節リウマチ（ＲＡ）及び全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ））を伴う。この疾患は主に４０～６０歳の女性に影響を及ぼす。米国における原発性ＳＳの有病率は、１０，０００人の居住者当たり２～１０人であると推定された。ＳＳに対する既存の療法は、ドライアイ及びドライマウスの症状を治療することを含む。疾患修飾療法はない。ＩＲＦ－５ ｒｓ２００４６４０Ｔ対立遺伝子及びＣＧＧＧＧ挿入／欠失は、複数の研究においてＳＳと関連付けられている。
多発性硬化症（Multiple Sclerosis、ＭＳ）
多発性硬化症（ＭＳ）は、中枢神経系（脳及び脊髄）の消耗性疾患である。ＭＳにおいて、免疫系は、神経線維を覆う保護鞘（ミエリン）を攻撃し、患者の脳と身体との間のコミュニケーション問題を引き起こす。多発性硬化症は、感覚又は運動麻痺、視覚障害、運動失調、協調運動障害、疼痛、認知機能障害及び疲労を含む広範囲の神経症状を引き起こす。現在の推定によれば、米国では３００，０００～４００，０００人が罹患しており、世界中では２００万人を超える人が罹患している。ＭＳの治療は、一般に、コルチコステロイド及び血漿補充療法に限定される。
多発性硬化症（ＭＳ）は、中枢神経系（脳及び脊髄）の消耗性疾患である。ＭＳにおいて、免疫系は、神経線維を覆う保護鞘（ミエリン）を攻撃し、患者の脳と身体との間のコミュニケーション問題を引き起こす。多発性硬化症は、感覚又は運動麻痺、視覚障害、運動失調、協調運動障害、疼痛、認知機能障害及び疲労を含む広範囲の神経症状を引き起こす。現在の推定によれば、米国では３００，０００～４００，０００人が罹患しており、世界中では２００万人を超える人が罹患している。ＭＳの治療は、一般に、コルチコステロイド及び血漿補充療法に限定される。
２つの一塩基多型（ＳＮＰ）（ｒｓ４７２８１４２、ｒｓ３８０７３０６）、並びにＩＲＦ－５遺伝子のプロモーター及び第１イントロンに位置する５ｂｐ挿入－欠失多型は、ＭＳと強く関連している。Ｋｒｉｓｔｊａｎｓｄｏｔｔｉｒら（２００８）「インターフェロン調節因子５（ＩＲＦ－５）遺伝子変異体は、３つの異なる集団において多発性硬化症に関連する（Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｆａｃｔｏｒ ５ （ＩＲＦ－５）ｇｅｎｅ ｖａｒｉａｎｔｓ ａｒｅ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ ｉｎ ｔｈｒｅｅ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ）」、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．４５（６）：３６２－３６９。
強皮症又は全身性硬化症（ＳＳｃ）
硬皮症は、皮膚及び内臓の広範な線維症、小血管血管障害、並びに自己抗体の産生を伴う免疫調節不全に関連する慢性結合組織疾患である。Ｓｈａｒｉｆら（２０１２）「ＩＲＦ－５多型は全身性硬化症の患者における予後を予測する（ＩＲＦ－５ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｐｒｅｄｉｃｔｓ ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）」、Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．７１（７）：１１９７－１２０２。
硬皮症は、皮膚及び内臓の広範な線維症、小血管血管障害、並びに自己抗体の産生を伴う免疫調節不全に関連する慢性結合組織疾患である。Ｓｈａｒｉｆら（２０１２）「ＩＲＦ－５多型は全身性硬化症の患者における予後を予測する（ＩＲＦ－５ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｐｒｅｄｉｃｔｓ ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）」、Ａｎｎ．Ｒｈｅｕｍ．Ｄｉｓ．７１（７）：１１９７－１２０２。
ＩＲＦ－５変異体ｒｓ４７２８１４２は、ＳＳｃ患者のより長い生存及びより低いＩＲＦ－５転写レベルと関連しており、ＳＳｃ患者におけるより長い生存及びより軽度の間質性肺疾患（Ｉｎｔｅｒｓｔｉｔｉａｌ Ｌｕｎｇ Ｄｉｓｅａｓｅ、ＩＬＤ）を予測した。ＩＲＦ－５ ｒｓ４７２８１４２のコピーを有さない患者は、増加したＩＲＦ－５発現レベルを有し、より重度のＩＬＤ及びより短い生存を経験した。さらなる一塩基多型（ｒｓ１０４８８６３１及びｒｓ１２５３７２８４）が、全身性硬化症（ＳＳ）のゲノムワイド関連研究（ＧＷＡＳ）において同定された。Ｓｈａｒｉｆら（２０１２）「ＩＲＦ－５多型は全身性硬化症の患者における予後を予測する（ＩＲＦ－５ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｐｒｅｄｉｃｔｓ ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ）」、Ａｎｎ Ｒｈｅｕｍ Ｄｉｓ．７１（７）：１１９７－２０２。
二重ホメオボックス４（ＤＵＸ４）遺伝子
顔面肩甲上腕型筋ジストロフィ（ＦＳＨＤ）は、遺伝性筋ジストロフィの３番目に多い形態である。これは、骨格筋における転写因子二重ホメオボックス（ＤＵＸ４）の不完全な抑制によって引き起こされる。筋原細胞におけるＤＵＸ４過剰発現は、酸化ストレスの増加、ナンセンス媒介性崩壊阻害、及び筋形成の阻害を含む様々な毒性カスケードを誘導する（Ｂｏｕｗｍａｎら，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．（２０２０），３３（５）：６３５－６４０）。
顔面肩甲上腕型筋ジストロフィ（ＦＳＨＤ）は、遺伝性筋ジストロフィの３番目に多い形態である。これは、骨格筋における転写因子二重ホメオボックス（ＤＵＸ４）の不完全な抑制によって引き起こされる。筋原細胞におけるＤＵＸ４過剰発現は、酸化ストレスの増加、ナンセンス媒介性崩壊阻害、及び筋形成の阻害を含む様々な毒性カスケードを誘導する（Ｂｏｕｗｍａｎら，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．（２０２０），３３（５）：６３５－６４０）。
ＤＵＸ４遺伝子は、Ｄ４Ｚ４として知られる領域中の第４染色体の末端付近に位置する。示された領域は、１１から１００を超える反復セグメントを含み、その各々は約３，３００ＤＮＡ塩基（３．３ｋｂ）長である。Ｄ４Ｚ４領域中の反復セグメントの各々は、ＤＵＸ４遺伝子のコピーを含む。染色体の末端に最も近いコピーはＤＵＸ４と呼ばれ、他のコピーは「ＤＵＸ４様」又はＤＵＸ４Ｌと呼ばれる。
ＤＵＸｃはまた、ＦＳＨＤにおいて上方制御されることが同定されている（Ａｎｓｓｅａｕら，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ．（２００９），４（１０）：ｅ７４８２，ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．０００７４８２）。ＤＵＸｃは、Ｄ４Ｚ４領域の４２ｋｂセントロメアにマッピングされている。ＤＵＸ４ｃは、カルボキシ末端領域を除いてＤＵＸ４と同一である４７ｋｂのタンパク質をコードする。
ＦＳＨＤは、第４染色体のサブテロメア領域に位置するＤ４Ｚ４アレイの収縮を特徴とし、ＤＵＸ４転写ファクターの異常発現及び何百もの遺伝子の誤調節をもたらす（Ｍａｒｓｏｌｌｉｅｒら、（Ｉｎｔ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｓｃｉ．（２０１８），１９，１３４７，ｄｏｉ：１０．３３９０／ｉｊｍｓ１９０５１３４７）。
ヒトＤＵＸ４遺伝子の４つの変異体が存在し、そのヌクレオチド配列は、ＮＣＢＩデータベースを通じて公的に入手可能である：変異体１（ＮＭ＿００１３０６０６８．３）、変異体２（ＮＭ＿００１２９３７９８．３）、変異体３（ＮＲ＿１３７１６７．１）、及び変異体４（ＮＭ＿００１３６３８２０．２）。ＤＵＸ４変異体１及び変異体２の両方は、全長ＤＵＸ４（ＤＵＸ４－ｆｌ）をコードする。全長ＤＵＸ４の過剰発現は、ＦＳＨＤと関連付けられている。変異体１と変異体２との間の差異は、変異体２が変異体１と比較して３’ＵＴＲにおける代替セグメントを欠くことである。ＤＵＸ４変異体３は、変異体１と比較して、異なる３’末端を含む、３’末端における複数の差異を有する。この変異体は、５’－最も予測される翻訳開始コドンの使用が転写物をナンセンス媒介性ｍＲＮＡ崩壊（ＮＭＤ）の候補にするので、非コードとして表される。変異体４は、変異体１と比較してコード領域の大部分を欠いている。得られた短縮ＤＵＸ４アイソフォーム（ＤＵＸ４－ｓ）は、アイソフォームＤＵＸ４－ｆｌと比較して、より短く別個のＣ末端を有する。ＤＵＸ４－ｓタンパク質は、細胞に対して非毒性であることが示されている。
ＤＵＸ４は、３つのエクソンを含む。エクソン１は、ＤＵＸ４タンパク質のコードエクソンであり、エクソン２及び３は非翻訳である。完全長ＤＵＸ４タンパク質は、２つのＤＮＡ結合ドメイン及びＣ末端トランス活性化ドメインを含む。ＤＵＸ４の短縮アイソフォームは、２つのタンパク質結合ドメインを含むが、Ｃ末端トランス活性化ドメインを含まない。第１エキソンは、２つの５’スプライシング部位を含む。どの５’ｓｓが使用されるかに応じて、完全長又は短縮ＤＵＸ４タンパク質をコードする転写物が産生される。全長アイソフォームを産生するために、第１のエキソンの３’末端に位置する第１の５’ｓｓが使用される。短縮アイソフォームを産生するために、エクソン１内に位置し、第１の５’ｓｓよりも転写物の５’末端に近い第２の５’ｓｓが使用される。
変異体１、２及び４は最後のエキソンを共有する。変異体１、２及び４の配列を以下に示す。
変異体１（ＤＵＸ４－ｆｌ２）：
ｃｇｃｇｃａｇｔｇｃｇｃａｃｃｃｃｇｇｃｔｇａｃｇｔｇｃａａｇｇｇａｇｃｔｃｇｃｔｇｇｃｃｔｃｔｃｔｇｔｇｃｃｃｔｔｇｔｔｃｔｔｃｃｇｔｇａａａｔｔｃｔｇｇｃｔｇａａｔｇｔｃｔｃｃｃｃｃｃａｃｃｔｔｃｃｇａｃｇｃｔｇｔｃｔａｇｇｃａａａｃｃｔｇｇａｔｔａｇａｇｔｔａｃａｔｃｔｃｃｔｇｇａｔｇａｔｔａｇｔｔｃａｇａｇａｔａｔａｔｔａａａａｔｇｃｃｃｃｃｔｃｃｃｔｇｔｇｇａｔｃｃｔ ａｔａｇ（配列番号３４１）
ｃｇｃｇｃａｇｔｇｃｇｃａｃｃｃｃｇｇｃｔｇａｃｇｔｇｃａａｇｇｇａｇｃｔｃｇｃｔｇｇｃｃｔｃｔｃｔｇｔｇｃｃｃｔｔｇｔｔｃｔｔｃｃｇｔｇａａａｔｔｃｔｇｇｃｔｇａａｔｇｔｃｔｃｃｃｃｃｃａｃｃｔｔｃｃｇａｃｇｃｔｇｔｃｔａｇｇｃａａａｃｃｔｇｇａｔｔａｇａｇｔｔａｃａｔｃｔｃｃｔｇｇａｔｇａｔｔａｇｔｔｃａｇａｇａｔａｔａｔｔａａａａｔｇｃｃｃｃｃｔｃｃｃｔｇｔｇｇａｔｃｃｔ ａｔａｇ（配列番号３４１）
変異体２（ＤＵＸ４－ｆｌ１）：
ａｃｃｔｇｃｇｃｇｃａｇｔｇｃｇｃａｃｃｃｃｇｇｃｔｇａｃｇｔｇｃａａｇｇｇａｇｃｔｃｇｃｔｇｇｃｃｔｃｔｃｔｇｔｇｃｃｃｔｔｇｔｔｃｔｔｃｃｇｔｇａａａｔｔｃｔｇｇｃｔｇａａｔｇｔｃｔｃｃｃｃｃｃａｃｃｔｔｃｃｇａｃｇｃｔｇｔｃｔａｇｇｃａａａｃｃｔｇｇａｔｔａｇａｇｔｔａｃａｔｃｔｃｃｔｇｇａｔｇａｔｔａｇｔｔｃａｇａｇａｔａｔａｔｔａａａａｔｇｃｃｃｃｃｔｃｃｃｔｇｔｇｇａｔｃｃｔａｔａｇ（配列番号３４２））
ａｃｃｔｇｃｇｃｇｃａｇｔｇｃｇｃａｃｃｃｃｇｇｃｔｇａｃｇｔｇｃａａｇｇｇａｇｃｔｃｇｃｔｇｇｃｃｔｃｔｃｔｇｔｇｃｃｃｔｔｇｔｔｃｔｔｃｃｇｔｇａａａｔｔｃｔｇｇｃｔｇａａｔｇｔｃｔｃｃｃｃｃｃａｃｃｔｔｃｃｇａｃｇｃｔｇｔｃｔａｇｇｃａａａｃｃｔｇｇａｔｔａｇａｇｔｔａｃａｔｃｔｃｃｔｇｇａｔｇａｔｔａｇｔｔｃａｇａｇａｔａｔａｔｔａａａａｔｇｃｃｃｃｃｔｃｃｃｔｇｔｇｇａｔｃｃｔａｔａｇ（配列番号３４２））
変異体４（ＤＵＸ４－ｓ）：
ａｃｃｔｇｃｇｃｇｃａｇｔｇｃｇｃａｃｃｃｃｇｇｃｔｇａｃｇｔｇｃａａｇｇｇａｇｃｔｃｇｃｔｇｇｃｃｔｃｔｃｔｇｔｇｃｃｃｔｔｇｔｔｃｔｔｃｃｇｔｇａａａｔｔｃｔｇｇｃｔｇａａｔｇｔｃｔｃｃｃｃｃｃａｃｃｔｔｃｃｇａｃｇｃｔｇｔｃｔａｇｇｃａａａｃｃｔｇｇａｔｔａｇａｇｔｔａｃａｔｃｔｃｃｔｇｇａｔｇａｔｔａｇｔｔｃａｇａｇａｔａｔａｔｔａ ａａａｔｇｃｃｃｃｃ ｔｃｃｃｔｇｔｇｇａ ｔｃｃｔａｔａｇ（配列番号３４３）
ａｃｃｔｇｃｇｃｇｃａｇｔｇｃｇｃａｃｃｃｃｇｇｃｔｇａｃｇｔｇｃａａｇｇｇａｇｃｔｃｇｃｔｇｇｃｃｔｃｔｃｔｇｔｇｃｃｃｔｔｇｔｔｃｔｔｃｃｇｔｇａａａｔｔｃｔｇｇｃｔｇａａｔｇｔｃｔｃｃｃｃｃｃａｃｃｔｔｃｃｇａｃｇｃｔｇｔｃｔａｇｇｃａａａｃｃｔｇｇａｔｔａｇａｇｔｔａｃａｔｃｔｃｃｔｇｇａｔｇａｔｔａｇｔｔｃａｇａｇａｔａｔａｔｔａ ａａａｔｇｃｃｃｃｃ ｔｃｃｃｔｇｔｇｇａ ｔｃｃｔａｔａｇ（配列番号３４３）
ＦＳＨＤは機能獲得型変異によって引き起こされるため、ＤＵＸ４及び／又はＤＵＸ４ｃ抑制は有望な治療戦略である。加えて、又は代わりに、ＤＵＸ４－ｓは非毒性であることが示されているため、ＤＵＸ４－ｓの発現を上方制御することによってＤＵＸ４－ｆｌの発現を下方制御することは、可能な治療戦略である。しかしながら、ＤＵＸ４の多数の高度に相同なコピーがヒトゲノムにおいて見出され得、Ｄ４Ｚ４反復は極めてＧＣリッチであり、ＤＵＸ４及びＤＵＸ４ｃを困難な標的にする。現時点では、ＦＳＨＤを有する患者において疾患の進行を予防又は遅延させる治療法はない（Ｂｏｕｗｍａｎら，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．（２０２０），３３（５）：６３５－６４０）。
米国特許第１０，９０７，１５７号及びカナダ特許第２９９９１９２号は、ＤＵＸ４又はＤＵＸ４ｃの発現を減少させるためのアンチセンス剤及びＲＮＡ干渉剤の使用を記載している。公開されたＰＣＴ ＵＳ２０１７／０１９４２２は、核内低分子ＲＮＡを使用して、ＤＵＸ４のエクソンスキッピングを誘導し、ＤＵＸ４－ｓの発現をもたらした。ＤＵＸ４の様々なＳＥを標的とするホスホロジアミデートモルホリノオリゴマーは、ＤＵＸ４下流遺伝子の発現を変化させることができることが実証されている（Ｍａｒｓｏｌｌｉｅｒら，Ｈｕｍａｎ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｇｅｎｅｔｉｃｓ （２０１６），２５（８），１４６８－１４７８、及びＬｕ－Ｎｇｕｙｅｎら，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ（２０２１），３０（１５）：１３９８－１４１２）。
ＤＵＸ４及び／又はＤＵＸ４ｃの発現を調節するための組成物及び方法が本明細書に提供される。実施形態において、ＦＳＨＤを治療するための化合物が提供される。実施形態において、ＤＵＸ４転写物におけるエクソンスキッピングを誘導し、ＤＵＸ４－ｓの発現をもたらすが、ＤＵＸ４－ｆｌの発現をもたらさない化合物が提供される。実施形態では、化合物は、少なくとも１つのＡＣ及び少なくとも１つのＣＰＰを含む。
実施形態では、ＡＣは、ＤＵＸ４転写物のスプライシングエレメントの少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列にハイブリダイズする。実施形態において、ＡＣは、ＤＵＸ４転写物の少なくとも一部を含む標的ヌクレオチド配列にハイブリダイズし、エクソンスキッピングを誘導して、ＤＵＸ４－ｓをコードする転写物を産生する。実施形態では、エクソンスキッピングは、ＤＵＸ４－ｓの発現を上方制御する。実施形態において、エクソンスキッピングは、ＤＵＸ４－ｆｌの発現を下方調節する。
実施形態において、ＤＵＸ４標的転写物の選択的スプライシングを誘導するための化合物及び方法が提供される。実施形態において、ＤＵＸ４のスプライシングを第２の５’ｓｓにシフトさせて、短縮ＤＵＸ４タンパク質をコードする転写物を産生するための化合物及び方法が提供される。実施形態では、全長ＤＵＸ４ ｍＲＮＡ転写物及び／又はタンパク質の産生を下方制御するための化合物及び方法が提供される。実施形態では、短縮ＤＵＸ４ ｍＲＮＡ転写物及び／又はタンパク質の産生を上方制御するための化合物及び方法が提供される。実施形態では、化合物は、ＡＣを含む。ＡＣは、任意のＡＣであってもよく、本明細書の他の場所で説明されるような任意のＡＣ特性を有してもよい。実施形態では、ＡＣはＡＳＯである。実施形態において、ＡＳＯはＰＭＯである。ＡＣは、本明細書の他の箇所に記載されるように、ＤＵＸ４標的転写物の任意のスプライス要素に結合し得る。
実施形態において、ＡＣは、公開されたＰＣＴ ＵＳ２０１７／０１９４２２（米国特許第１１，１８０，７５５号）における核内低分子ＲＮＡの任意の部分を含む。実施形態では、ＡＣは、表１２における配列の任意の部分を含む。
実施形態では、ＡＣは、表１２の配列のいずれか１つの１０個以上、１５個以上、又は２０個以上の連続する塩基を含み得る。実施形態では、ＡＣは、表１２の配列のいずれか１つの２５個以下、２０個以下、又は１５個以下の連続する塩基を含み得る。実施形態では、ＡＣは、表１２における配列のいずれか１つの１０～２５個、１０～２０個、又は１０～１５個の連続する塩基を含み得る。実施形態において、ＡＣは、表１２中の配列のいずれか１つの１５～２５個又は１０～２０個の連続する塩基を含み得る。実施形態では、ＡＣは、表１２の配列のいずれか１つの２０～２５個の連続する塩基を含み得る。
治療方法
本開示は、本明細書に開示される化合物を投与することを含む、それを必要とする患者において疾患を治療する方法を提供する。実施形態では、疾患は、本開示で提供される疾患のいずれかである。実施形態において、疾患を治療する方法は、本明細書に開示される化合物を患者に投与し、それによって疾患を治療することを含む。実施形態において、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４に関連する疾患を治療する方法は、本明細書に開示される化合物を患者に投与し、それによって疾患を治療することを含む。
本開示は、本明細書に開示される化合物を投与することを含む、それを必要とする患者において疾患を治療する方法を提供する。実施形態では、疾患は、本開示で提供される疾患のいずれかである。実施形態において、疾患を治療する方法は、本明細書に開示される化合物を患者に投与し、それによって疾患を治療することを含む。実施形態において、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４に関連する疾患を治療する方法は、本明細書に開示される化合物を患者に投与し、それによって疾患を治療することを含む。
実施形態において、患者は、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４に関連する疾患を有するか、又は有するリスクがあると同定される。実施形態において、疾患又は障害は、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４遺伝子変異に関連する。実施形態において、疾患又は障害は、ＩＲＦ－５遺伝子、ＧＹＳ１遺伝子、又はＤＵＸ４遺伝子における遺伝子変異に関連する。実施形態では、遺伝子変異は、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４（例えば、ＤＵＸ４－ｆｌ）の過剰発現をもたらす。実施形態では、遺伝子変異は、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４の代替アイソフォームの発現をもたらす。実施形態において、疾患又は障害は、ＩＲＦ－５、ＧＹＳ１、又はＤＵＸ４（例えば、ＤＵＸ４－ｆｌ）の過剰発現に関連する。
様々な実施形態において、治療とは、患者における１つ以上の症状の部分的又は完全な緩和、改善、軽減、阻害、発症の遅延、重症度及び／又は発生率の低減を指す。
実施形態において、標的タンパク質の発現を下方制御することによって疾患又は障害を治療するための方法が提供される。実施形態では、標的タンパク質の発現は、エクソンスキッピングを誘導することによって下方制御される。実施形態において、エクソンスキッピングは、標的タンパク質の発現又は活性の低下をもたらすフレームシフトを誘導する。実施形態では、エクソンスキッピングは、未成熟終止コドン及び標的転写物の分解をもたらす。実施形態では、治療は、タンパク質アイソフォームの発現の低減をもたらす。
実施形態において、治療は、それを必要とする患者におけるＩＲＦ－５の活性を調節する。実施形態において、治療は、患者の細胞におけるＩＲＦ－５の活性を調節する。実施形態において、治療は、患者の免疫細胞におけるＩＲＦ－５の活性を調節する。実施形態において、免疫細胞は、単球、リンパ球又は樹状細胞である。実施形態において、リンパ球は、Ｂリンパ球である。実施形態では、単球はマクロファージである。実施形態では、マクロファージは常在組織マクロファージである。実施形態において、マクロファージは、単球由来マクロファージである。実施形態では、マクロファージは、星細胞、糸球体内メサンギウム細胞、肺胞マクロファージ、洞組織球、ホフバウエル細胞、ミクログリア又はランゲルハンス細胞である。実施形態では、免疫細胞は、星細胞である。
実施形態では、治療は、それを必要とする患者におけるＤＵＸ４の活性を調節する。実施形態では、治療は、患者の細胞におけるＤＵＸ４の活性を調節する。実施形態では、治療は、患者の筋細胞におけるＤＵＸ４の活性を調節する。実施形態では、筋細胞は骨格筋細胞である。
実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の５％～１０％、５％～２０％、５％～３０％、５％～４０％、５％～５０％、５％～６０％、５％～７０％、５％～８０％、５％～９０％、又は５％～１００％の減少をもたらす。実施形態では、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の１０％～２０％、１０％～３０％、１０％～４０％、１０％～５０％、１０％～６０％、１０％～７０％、１０％～８０％、１０％～９０％、又は１０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の２０％～３０％、２０％～４０％、２０％～５０％、２０％～６０％、２０％～７０％、２０％～８０％、２０％～９０％、２０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の３０％～４０％、３０％～５０％、３０％～６０％、３０％～７０％、３０％～８０％、３０％～９０％、又は３０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の４０％～５０％、４０％～６０％、４０％～７０％、４０％～８０％、４０％～９０％、又は４０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の５０％～６０％、５０％～７０％、５０％～８０％、５０％～９０％、５０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の６０％～７０％、６０％～８０％、６０％～９０％、又は６０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の７０％～８０％、７０％～９０％、又は７０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の８０％～９０％、８０％～１００％の減少をもたらす。実施形態において、本開示による治療は、治療前の患者、治療を受けていない同様の疾患を有する１つ以上の対照個体における標的タンパク質の平均レベル及び／又は活性と比較して、又は本明細書に開示されるＣＰＰにコンジュゲートされていない治療部分による治療と比較して、患者におけるＩＲＦ－５、ＤＵＸ４－ｆｌ、又はＧＹＳ１活性及び／又は発現の９０％～１００％の減少をもたらす。
用語「改善する」、「増加する」、「低減する」、「減少する」などは、本明細書で使用される場合、対照に対する値を示す。実施形態では、適切な対照は、本明細書に記載される治療の開始前の同じ個体における測定、又は本明細書に記載される治療の非存在下での対照個体（又は複数の対照個体）における測定などのベースライン測定である。「対照個体」は、治療される個体とほぼ同じ年齢及び／又は性別である、同じ疾患に罹患している個体である（治療される個体及び対照個体（複数可）における疾患のステージが同等であることを確実にするため）。
治療される個体（「患者」又は「対象」とも呼ばれる）は、疾患を有するか、又は疾患を発症する可能性を有する個体（胎児、乳児、小児、青年、又は成人）である。個体は、異常な遺伝子発現又は異常な遺伝子スプライシングによって媒介される疾患を有し得る。様々な実施形態において、疾患を有する個体は、疾患に罹患していない個体における正常なタンパク質発現又は活性レベルの約１～９９％未満である野生型標的タンパク質発現又は活性レベルを有し得る。実施形態において、この範囲は、正常なチミジンホスホリラーゼ発現又は活性レベルの約８０～９９％未満、約６５～８０％未満、約５０～６５％未満、約３０～５０％未満、約２５～３０％未満、約２０～２５％未満、約１５～２０％未満、約１０～１５％未満、約５～１０％未満、約１～５％未満を含むが、これらに限定されない。実施形態では、個体は、正常な野生型標的タンパク質発現又は活性レベルよりも１～５００％高い標的タンパク質発現又は活性レベルを有し得る。実施形態において、この範囲は、約１～１０％、約１０～５０％、約５０～１００％、約１００～２００％、約２００～３００％、約３００～４００％、約４００～５００％、又は約５００～１０００％より大きいことを含むが、これらに限定されない。
実施形態では、個体は、疾患と最近診断された患者である。典型的には、早期治療（診断後できるだけ早く開始する治療）は、疾患の影響を低減し、治療の利益を増加させる。
組成物及び投与方法
実施形態において、本明細書に記載される化合物の１つ以上を含む組成物が提供される。
実施形態において、本明細書に記載される化合物の１つ以上を含む組成物が提供される。
実施形態において、本開示の化合物の薬学的に許容される塩及び／又はプロドラッグが提供される。薬学的に許容される塩は、本化合物上に見出される特定の置換基に応じて、酸又は塩基を用いて調製される本開示の化合物の塩を含む。本明細書に開示される化合物が、安定な非毒性の酸性塩又は塩基性塩を形成するのに十分に塩基性又は酸性である条件下では、本化合物を塩として投与することが適切な場合がある。薬学的に許容される塩基付加塩の例としては、ナトリウム塩、カリウム塩、カルシウム塩、アンモニウム塩、又はマグネシウム塩が挙げられる。生理学的に許容される酸付加塩の例としては、塩酸、臭化水素酸、硝酸、リン酸、炭酸、硫酸や、酢酸、プロピオン酸、安息香酸、コハク酸、フマル酸、マンデル酸、シュウ酸、クエン酸、酒石酸、マロン酸、アスコルビン酸、アルファ－ケトグルタル酸、アルファ－糖リン酸、マレイン酸、トシル酸、メタンスルホン酸などの有機酸が挙げられる。したがって、本明細書に開示されるのは、塩酸塩、硝酸塩、リン酸塩、炭酸塩、重炭酸塩、硫酸塩、酢酸塩、プロピオン酸塩、安息香酸塩、コハク酸塩、フマル酸塩、マンデル酸塩、シュウ酸塩、クエン酸塩、酒石酸塩、マロン酸塩、アスコルビン酸塩、アルファ－ケトグルタル酸塩、アルファ－グリコリン酸塩、マレイン酸塩、トシル酸塩、及びメシル酸塩である。本化合物の薬学的に許容される塩は、当該分野で周知の標準的な手順を使用して（例えば、アミンのような十分に塩基性の化合物を、生理学的に許容されるアニオンを与える適切な酸と反応させることによって）得ることができる。カルボン酸のアルカリ金属（例えば、ナトリウム、カリウム又はリチウム）塩又はアルカリ土類金属（例えば、カルシウム）塩も作製することができる。
本開示の化合物及びそれらを含有する組成物のインビボ適用は、当業者に現在又は将来的に知られる任意の適切な方法及び技術によって達成することができる。例えば、本開示の化合物は、生理学的又は薬学的に許容される形態で製剤化され、例えば、経口、及び非経口投与経路などの当技術分野で公知の任意の好適な経路を介して投与され得る。本明細書で使用される場合、非経口という用語は、注射等による、皮下、皮内、静脈内、筋肉内、腹腔内、胸骨内、及び髄腔内投与を含む。本開示の化合物又は組成物の投与は、単回投与であってもよく、又は当業者によって容易に決定され得るような連続的な若しくは異なる間隔をおいたものであってもよい。
本明細書に開示される化合物及びそれらを含む組成物は、リポソーム技術、徐放性カプセル、埋め込み型ポンプ及び生分解性容器を利用して投与することもできる。これらの送達方法は、有利なことに、長期間にわたって均一な投与量を提供することができる。本化合物はまた、それらの塩誘導体形態又は結晶形態で投与され得る。
本明細書に開示される化合物は、薬学的に許容される組成物を調製するための既知の方法に従って製剤化することができる。製剤化は、周知であり、当業者が容易に入手することができるいくつかの情報源に詳細に記載されている。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ｂｙ Ｅ．Ｗ．Ｍａｒｔｉｎ（１９９５）は、本開示の方法に関連して使用され得る製剤化について記載する。一般に、本明細書に開示される化合物は、本化合物の有効な投与を容易にするために、有効量の本化合物が適切な担体と組み合わされるように製剤化することができる。使用される組成物はまた、様々な形態であり得る。これらとしては、例えば、固体、半固体、及び液体の投薬形態、例えば、錠剤、丸剤、散剤、液体溶液又は懸濁液、坐剤、注射可能及び注入可能な溶液、並びにスプレーが挙げられる。この形態は、意図される投与様式及び治療用途に依存する。本組成物はまた、当業者に公知である従来の薬学的に許容されるキャリア及び希釈剤を含み得る。本化合物と共に使用するための担体又は希釈剤の例としては、エタノール、ジメチルスルホキシド、グリセロール、アルミナ、デンプン、生理食塩水、並びに同等の担体及び希釈剤が挙げられる。所望の治療処置のためのそのような投与量の投与を可能にするために、本明細書に開示される組成物は、有利には、担体又は希釈剤を含む組成物全体の重量に基づいて、１つ以上の主題の化合物の総量を、約０．１重量％～１００重量％含むことができる。
投与に適した製剤としては、例えば、抗酸化剤、緩衝剤、静菌剤、及び製剤を対象とするレシピエントの血液と等張にする溶質を含有し得る水性滅菌注射溶液、並びに懸濁化剤及び増粘剤を含み得る水性及び非水性滅菌懸濁液が挙げられる。製剤は、単位用量又は複数用量容器、例えば、密封アンプル及びバイアルで提供することができ、使用前に滅菌液体担体（例えば、注射用水）の状態にするだけでよいフリーズドライ（凍結乾燥）状態で保存することができる。即時注射溶液及び懸濁液は、滅菌粉末、顆粒、錠剤などから調製することができる。先に特に言及した成分に加えて、本明細書に開示される組成物は、問題の製剤の種類を考慮して、当技術分野で標準的な他の薬剤を含み得ることを理解されたい。
本明細書に開示される化合物、及びそれらを含む組成物は、細胞との直接接触、又は担体手段のいずれかを介して細胞に送達され得る。化合物及び組成物を細胞に送達するための担体手段は、当該分野で公知であり、例えば、リポソーム部分中に組成物をカプセル化することを含む。本明細書に開示される化合物及び組成物を細胞に送達するための別の手段は、標的細胞への送達のために標的化されるタンパク質又は核酸に化合物を結合させることを含み得る。米国特許第６，９６０，６４８号及び米国特許出願公開第２００３００３２５９４号及び同第２００２０１２０１００号は、別の組成物に結合させることができ、その組成物が生体膜を横切って移行することを可能にするアミノ酸配列を開示している。米国特許出願公開第２００２００３５２４３号にはまた、細胞内送達のために細胞膜を横切って生物学的部分を輸送するための組成物が記載されている。化合物はポリマーに組み込むこともでき、その例としては、頭蓋内腫瘍用のポリ（Ｄ－Ｌラクチド－コ－グリコリド）ポリマー、ポリ［ビス（ｐ－カルボキシフェノキシ）プロパン：２０：８０のモル比のポリ［ビス（ｐ－カルボキシフェノキシ）プロパン：セバシン酸］（ＧＬＩＡＤＥＬにおいて使用される）、コンドロイチン、キチン、及びキトサンが挙げられる。
本明細書に開示される化合物及び組成物は、その薬学的に許容される塩又はプロドラッグを含めて、注入又は注射によって静脈内、筋肉内、又は腹腔内に投与することができる。活性薬剤又はその塩の溶液は、水中で調製することができ、任意選択で、非毒性界面活性剤と混合することができる。分散液はまた、グリセロール、液体ポリエチレングリコール、トリアセチン、及びそれらの混合物中、並びに油中で調製することができる。保存及び使用の通常の条件下で、これらの調製物は、微生物の増殖を防止するために保存剤を含有し得る。
注射又は注入に適した医薬剤形は、活性成分を含む滅菌水溶液若しくは分散液又は滅菌粉末を含み得、これらは、滅菌注射用又は注入用の溶液又は分散液の即時調製に適合され、任意選択でリポソーム中にカプセル化される。最終的な剤形は、滅菌され、流動性であり、製造及び貯蔵の条件下で安定であるべきである。液体担体又はビヒクルは、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコールなど）、植物油、非毒性グリセリルエステル、及びそれらの適切な混合物を含む溶媒又は液体分散媒であり得る。適切な流動性は、例えば、リポソームの形成によって、分散液の場合には必要な粒子サイズの維持によって、又は界面活性剤の使用によって維持することができる。任意選択で、微生物の活動の防止は、種々の他の抗菌剤及び抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサールなど）によってもたらされ得る。多くの場合、等張剤、例えば、糖、緩衝剤又は塩化ナトリウムを含むことが好適となり得る。注射用組成物の持続的吸収は、吸収を遅延させる薬剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウム及びゼラチンを含めることによってもたらされ得る。
滅菌注射用溶液は、本明細書に開示される化合物及び／又は薬剤を、必要な量で、上記に列挙される種々の他の成分と共に適切な溶媒中に組み込み、必要に応じて、その後濾過滅菌することによって調製される。滅菌注射可能溶液の調製のための滅菌粉末の場合、調製方法は、真空乾燥法及び凍結乾燥法を含み、これにより、活性成分に加えて、先に滅菌濾過された溶液中に存在する任意の更なる所望の成分の粉末が得られる。
局所投与のために、本明細書に開示される化合物及び薬剤は、液体又は固体として適用することができる。しかしながら、固体又は液体であり得る皮膚科学的に許容される担体と組み合わせて、組成物として皮膚に局所的にそれらを投与することが一般には望ましい。本明細書に開示される化合物及び薬剤及び組成物は、悪性又は良性増殖のサイズを減少させる（及び完全な除去を含み得る）ために、又は感染部位を処置するために、患者の皮膚に局所的に塗布することができる。本明細書に開示される化合物及び薬剤は、成長又は感染部位に直接塗布することができる。実施形態において、本化合物及び薬剤は、軟膏、クリーム、ローション、溶液、チンキ剤などの製剤の形で増殖又は感染部位に塗布される。
有用な固体担体としては、タルク、クレイ、微結晶セルロース、シリカ、アルミナなどの微粉固体が挙げられる。有用な液体担体としては、水、アルコール若しくはグリコール又は水－アルコール／グリコールブレンドが挙げられ、この中で、本化合物は、任意選択で非毒性界面活性剤の助けを借りて、有効なレベルで溶解又は分散され得る。香料及び追加の抗菌剤などの補助剤を添加して、所与の用途に関して特性を改良することができる。得られた液体組成物は、吸収パッドから塗布することができ、これを使用して包帯及び他の包帯を含浸させることができ、又は例えばポンプ型若しくはエアロゾル噴霧器を使用して患部に噴霧することができる。
増粘剤、例えば、合成ポリマー、脂肪酸、脂肪酸塩及びエステル、脂肪アルコール、変性セルロース又は変性鉱物材料も液体担体と共に使用して、使用者の皮膚に直接塗布するための展延性ペースト、ゲル、軟膏、石鹸などを形成することができる。
本明細書に開示される化合物及び薬剤並びに医薬組成物の有用な投与量は、それらのインビトロ活性と動物モデルにおけるインビボ活性を比較することによって決定することができる。マウス及び他の動物における有効用量をヒトに外挿する方法は、当技術分野で公知である。
本組成物の投与のための用量範囲は、症状又は障害に作用する所望の効果をもたらすのに十分な量である。投与量は、望ましくない交差反応、アナフィラキシー反応などの有害な副作用を引き起こすほど多くすべきではない。一般に、投与量は、患者の年齢、状態、性別及び疾患の程度によって異なり、当業者が決定することができる。投与量は、何らかの禁忌がある場合には個々の医師が調整することができる。投与量は変動する場合があり、１日１回以上の投与で、１日又は数日間投与することができる。
薬学的に許容される担体と組み合わせて本明細書に開示される化合物を含む医薬組成物も開示される。実施形態において、医薬組成物は、経口、局所又は非経口投与に適合される。患者、特にヒトに投与される用量は、致死毒性を伴わずに、許容可能なレベル以下の副作用又は病的状態を引き起こすことなく、妥当な時間枠にわたって患者において治療応答を達成するのに十分でなければならない。当業者は、投与量が、患者の状態（健康）、患者の体重、もしあれば併用治療の種類、治療の頻度、治療可能比、並びに病理学的状態の重症度及びステージなどの様々な因子に依存することを理解するであろう。
１つ以上の容器の中に本明細書に開示される化合物を含むキットも開示される。本開示のキットは、薬学的に許容される担体及び／又は希釈剤を任意選択で含み得る。実施形態において、キットは、本明細書に記載される１つ以上の他の構成要素、補助剤、又はアジュバントを含む。別の実施形態において、キットは、本明細書に記載される薬剤などの１つ以上の抗がん剤を含む。実施形態において、キットは、キットの化合物又は組成物を投与する方法を記載する説明書又は包装材料を含む。キットの容器は、任意の適切な材料、例えば、ガラス、プラスチック、金属などからなるものであってもよく、任意の好適なサイズ、形状、又は構成のものである。実施形態において、本明細書に開示される化合物及び／又は薬剤は、錠剤、丸剤、又は粉末形態などの固体の形でキットの中に設けられる。実施形態において、本明細書に開示される化合物及び／又は薬剤は、液体又は溶液の形でキットの中に設けられる。実施形態において、キットは、本明細書に開示される化合物及び／又は薬剤を液体又は溶液の形態で含有するアンプル又はシリンジを含む。
特定の定義
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかにそうでないことを指示しない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「組成物（a composition）」への言及は、２個以上のそのような組成物の混合物を含み、「薬剤（an agent）」への言及は、２個以上のそのような薬剤の混合物を含み、「成分（the component）」への言及は、２個以上のそのような成分の混合物を含む、などである。
本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかにそうでないことを指示しない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「組成物（a composition）」への言及は、２個以上のそのような組成物の混合物を含み、「薬剤（an agent）」への言及は、２個以上のそのような薬剤の混合物を含み、「成分（the component）」への言及は、２個以上のそのような成分の混合物を含む、などである。
「約」という用語は、それが数値の直前にある場合は、ある範囲（例えば、その値のプラス又はマイナス１０％）を意味する。本開示の文脈がそうでないことを示さない限り、又はそのような解釈と矛盾しない限り、例えば、「約５０」は４５から５５を意味する場合があり、「約２５，０００」は２２，５００から２７，５００を意味する場合がある、などである。例えば、「約４９、約５０、約５５、．．．」などの数値のリストにおいて、「約５０」は、先行する値と後続の値との間の間隔の半分未満に及ぶ範囲、例えば、４９．５超～５２．５未満を意味する。更に、「約」値未満又は「約」値より大きいという語句は、本明細書で提示される「約」という用語の定義を考慮して理解されるべきである。同様に、一連の数値又は値の範囲に先行する場合の「約」という用語（例えば、「約１０、２０、３０」又は「約１０～３０」）は、それぞれ、一連の値又は範囲の終点を指す。
本明細書で使用される場合、「細胞透過性ペプチド」又は「ＣＰＰ」という用語は、カーゴ（例えば、治療部分（ＴＭ））の細胞への送達を促進するペプチドを指す。実施形態では、ＣＰＰは環状であり、「ｃＣＰＰ」と表される。実施形態において、ｃＣＰＰは、細胞の膜を透過するように治療部分を方向付けることができる。実施形態において、ｃＣＰＰは、治療部分を細胞の細胞質ゾルに送達する。実施形態では、ｃＣＰＰは、プレｍＲＮＡが位置する細胞位置にアンチセンス化合物（ＡＣ）を送達する。
本明細書で使用される場合、「エンドソーム脱出ビヒクル」（ＥＥＶ）という用語は、化学結合（すなわち、共有結合又は非共有相互作用）によってリンカー及び／又は環外ペプチド（ＥＰ）にコンジュゲートされたｃＣＰＰを指す。ＥＥＶは、式（Ｂ）のＥＥＶであり得る。
本明細書で使用される場合、「ＥＥＶコンジュゲート」という用語は、化学結合（すなわち、共有結合又は非共有相互作用）によってカーゴにコンジュゲートされた、本明細書で定義されるエンドソーム脱出ビヒクルを指す。カーゴは、ＥＥＶによって細胞内に送達され得る治療部分（例えば、オリゴヌクレオチド、ペプチド又は小分子）であり得る。ＥＥＶ－コンジュゲートは、式（Ｃ）のＥＥＶ－コンジュゲートであり得る。
本明細書で使用される場合、「環外ペプチド」（ＥＰ）及び「調節ペプチド」（ＭＰ）という用語は、本明細書で開示される環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）にコンジュゲートされ得るペプチド結合によって連結された２個以上のアミノ酸残基を指すために互換的に使用され得る。ＥＰは、本明細書に開示される環状ペプチドにコンジュゲートされた場合、本化合物の組織分布及び／又は保持を変化させ得る。典型的には、ＥＰは、少なくとも１個の正に荷電したアミノ酸残基、例えば、少なくとも１個のリジン残基及び／又は少なくとも１個のアルギニン残基を含む。ＥＰの非限定的な例は本明細書に記載されている。ＥＰは、当技術分野において「核局在化配列」（ＮＬＳ）として同定されているペプチドであり得る。核局在化配列の非限定的な例としては、その最小機能単位が７個のアミノ酸配列ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４２）であるＳＶ４０ウイルスのラージＴ抗原の核局在化配列、配列ＮＬＳＫＲＰＡＡＩＫＫＡＧＱＡＫＫＫＫ（配列番号５２）を有するヌクレオプラスミンバイパータイトＮＬＳ、アミノ酸配列ＰＡＡＫＲＶＫＬＤ（配列番号５３）又はＲＱＲＲＮＥＬＫＲＳＦ（配列番号５４）を有するｃ－ｍｙｃ核局在化配列、インポーチン－アルファ由来のＩＢＢドメインの配列ＲＭＲＫＦＫＮＫＧＫＤＴＡＥＬＲＲＲＲＶＥＶＳＶＥＬＲＫＡＫＫＤＥＱＩＬＫＲＲＮＶ（配列番号３７０）、筋腫Ｔタンパク質の配列ＶＳＲＫＲＰＲＰ（配列番号５７）及びＰＰＫＫＡＲＥＤ（配列番号５８）、ヒトｐ５３の配列ＰＱＰＫＫＫＰＬ（配列番号５９）、マウスｃ－ａｂｌ ＩＶの配列ＳＡＬＩＫＫＫＫＫＭＡＰ（配列番号６０）、インフルエンザウイルスＮＳ１の配列ＤＲＬＲＲ（配列番号６１）及びＰＫＱＫＫＲＫ（配列番号６２）、肝炎ウイルスデルタ抗原の配列ＲＫＬＫＫＫＩＫＫＬ（配列番号６３）及びマウスＭｘｌタンパク質の配列ＲＥＫＫＫＦＬＫＲＲ（配列番号６４）、ヒトポリ（ＡＤＰ－リボース）ポリメラーゼの配列ＫＲＫＧＤＥＶＤＧＶＤＥＶＡＫＫＫＳＫＫ（配列番号６５）、及びステロイドホルモン受容体（ヒト）グルココルチコイドの配列ＲＫＣＬＱＡＧＭＮＬＥＡＲＫＴＫＫ（配列番号６６）、が挙げられる。国際公開第２００１／０３８５４７号には、ＮＬＳの追加の例が記載されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用される場合、「リンカー」又は「Ｌ」は、１つ以上の部分（例えば、環外ペプチド（ＥＰ）及びカーゴ、例えば、オリゴヌクレオチド、ペプチド又は小分子）を、環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）に共有結合する部分を指す。リンカーは、天然又は非天然のアミノ酸又はポリペプチドを含み得る。リンカーは、ｃＣＰＰをカーゴ部分に結合させ、それによって本明細書に開示される化合物を形成するのに適した２個以上の適切な官能基を含有する合成化合物であり得る。リンカーは、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分を含み得る。リンカーは、１つ以上のアミノ酸を含み得る。ｃＣＰＰは、リンカーを介してカーゴに共有結合され得る。
「ペプチド」、「タンパク質」、及び「ポリペプチド」という用語は、一方のアミノ酸のカルボキシル基が他方のアミノ酸のアルファアミノ基に連結した２個以上のアミノ酸を含む天然又は合成分子を指すために互換的に使用される。２個以上のアミノ酸残基は、一方のアミノ酸のカルボキシル基によってαアミノ基に連結され得る。ポリペプチドの２個以上のアミノ酸は、ペプチド結合によって連結され得る。ポリペプチドは、２個以上のアミノ酸がペプチド結合以外の結合によって共有結合しているペプチド骨格修飾を含み得る。ポリペプチドは、１つ以上の非天然アミノ酸、アミノ酸類似体、又はポリペプチドに組み込むことができる他の合成分子を含み得る。ポリペプチドという用語は、天然に存在するアミノ酸及び人工的に存在するアミノ酸を含む。ポリペプチドという用語は、例えば、約２から約１００個のアミノ酸残基を含むペプチド、並びに、約１００個を超えるアミノ酸残基又は約１０００個を超えるアミノ酸残基、例えば、限定するものではないが、抗体、酵素、受容体、可溶性タンパク質などの治療用タンパク質などのタンパク質を含む。
本明細書で使用される場合、「隣接する」という用語は、共有結合によって接続されている２個のアミノ酸を指す。例えば、以下のような代表的な環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）との関連において、例えば、
化学種の残基は、本明細書で使用する場合、特定の生成物中に存在する化学種の誘導体を指す。生成物を形成するために、化学種の少なくとも１つの原子は、生成物が化学種の誘導体又は残基を含有するように、別の部分への結合によって置き換えられる。例えば、本明細書に記載される環状細胞透過性ペプチド（ｃＣＰＰ）は、１つ以上のペプチド結合の形成を介してその中に組み込まれたアミノ酸（例えば、アルギニン）を有する。ｃＣＰＰに組み込まれるアミノ酸を、残基、又は単にアミノ酸と呼ぶ場合がある。したがって、アルギニン又はアルギニン残基は、
「そのプロトン化形態」という用語は、アミノ酸のプロトン化形態を指す。例えば、アルギニンの側鎖上のグアニジン基は、プロトン化されてグアニジニウム基を形成し得る。アルギニンのプロトン化形態の構造は、
本明細書で使用される場合、「キラリティ」という用語は、原子の３次元空間配置が異なる２つ以上の立体異性体を有する分子をいい、ここで、一方の立体異性体は、他方の重ね合わせることができない鏡像である。グリシンを除くアミノ酸は、カルボキシル基に隣接するキラル炭素原子を有する。「エナンチオマー」という用語は、キラルである立体異性体を指す。キラル分子は、「Ｄ」及び「Ｌ」鏡像異性体を有するアミノ酸残基であり得る。グリシンなどのキラル中心を持たない分子を「アキラル」と呼ぶ場合がある。
本明細書で使用される場合、「疎水性」という用語は、水に溶解しないか、又は水への溶解度が最小である部分を指す。一般に、中性部分及び／若しくは非極性部分、又は主に中性及び／若しくは非極性である部分は疎水性である。疎水性は、本明細書において開示される方法のうちの１つを用いて測定することができる。
本明細書で使用される場合、「芳香族」は、４ｎ＋２個のπ電子を有する不飽和環状分子を指し、式中、ｎは任意の整数である。「非芳香族」という用語は、芳香族の定義に含まれない任意の不飽和環状分子を指す。
「アルキル」、「アルキル鎖」又は「アルキル基」は、１から４０個の炭素原子を有し、単結合によって分子の残りの部分に結合している、完全飽和の直鎖又は分岐鎖炭化水素鎖ラジカルを指す。１から４０個の任意の数の炭素原子を含むアルキルが含まれる。４０個までの炭素原子を含むアルキルはＣ１～Ｃ４０アルキルであり、１０個までの炭素原子を含むアルキルはＣ１～Ｃ１０アルキルであり、６個までの炭素原子を含むアルキルはＣ１～Ｃ６アルキルであり、５個までの炭素原子を含むアルキルはＣ１～Ｃ５アルキルである。Ｃ１～Ｃ５アルキルは、Ｃ５アルキル、Ｃ４アルキル、Ｃ３アルキル、Ｃ２アルキル及びＣ１アルキル（すなわち、メチル）を含む。Ｃ１～Ｃ６アルキルは、Ｃ１～Ｃ５アルキルについて上記した全ての部分を含むが、Ｃ６アルキルも含む。Ｃ１～Ｃ１０アルキルは、Ｃ１～Ｃ５アルキル及びＣ１～Ｃ６アルキルについて上記した全ての部分を含むが、Ｃ７、Ｃ８、Ｃ９及びＣ１０アルキルも含む。同様に、Ｃ１～Ｃ１２アルキルは、前述した全ての部分を含むが、Ｃ１１及びＣ１２アルキルも含む。Ｃ１～Ｃ１２アルキルの非限定的な例としては、メチル、エチルｎ－プロピル、ｉ－プロピル、ｓｅｃ－プロピル、ｎ－ブチル、ｉ－ブチル、ｓｅｃ－ブチル、ｔ－ブチル、ｎ－ペンチル、ｔ－アミル、ｎ－ヘキシル、ｎ－ヘプチル、ｎ－オクチル、ｎ－ノニル、ｎ－デシル、ｎ－ウンデシル、及びｎ－ドデシルが挙げられる。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルキル基は任意選択で置換され得る。
「アルキレン」、「アルキレン鎖」又は「アルキレン基」は、１から４０個の炭素原子を有する、完全飽和の、直鎖又は分岐鎖の二価炭化水素鎖ラジカルを指す。Ｃ２～Ｃ４０アルキレンの非限定的な例としては、ブチレンエチレン、プロピレン、ｎ－ブチレン、エテニレン、プロペニレン、ｎ－ブテニレン、プロピニレン、ｎ－ブチニレンなどが挙げられる。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルキレン鎖は、任意選択で置換され得る。
「アルケニル」、「アルケニル鎖」又は「アルケニル基」は、２から４０個の炭素原子を有し、１つ以上の炭素－炭素二重結合を有する直鎖又は分枝鎖の炭化水素鎖ラジカルを指す。各アルケニル基は、単結合によって分子の残りに結合している。２から４０個の任意の数の炭素原子を含むアルケニル基が含まれる。４０個までの炭素原子を含むアルケニル基はＣ２～Ｃ４０アルケニルであり、１０個までの炭素原子を含むアルケニルはＣ２～Ｃ１０アルケニルであり、６個までの炭素原子を含むアルケニル基はＣ２～Ｃ６アルケニルであり、５個までの炭素原子を含むアルケニルはＣ２～Ｃ５アルケニルである。Ｃ２～Ｃ５アルケニルは、Ｃ５アルケニル、Ｃ４アルケニル、Ｃ３アルケニル、及びＣ２アルケニルを含む。Ｃ２～Ｃ６アルケニルは、Ｃ２～Ｃ５アルケニルについて上記した全ての部分を含むが、Ｃ６アルケニルも含む。Ｃ２～Ｃ１０アルケニルは、Ｃ２～Ｃ５アルケニル及びＣ２～Ｃ６アルケニルについて上記した全ての部分を含むが、Ｃ７、Ｃ８、Ｃ９及びＣ１０アルケニルも含む。同様に、Ｃ２～Ｃ１２アルケニルは、前述した全ての部分を含むが、Ｃ１１及びＣ１２アルケニルも含む。Ｃ２～Ｃ１２アルケニルの非限定的な例としては、エテニル（ビニル）、１－プロペニル、２－プロペニル（アリル）、イソ－プロペニル、２－メチル－１－プロペニル、１－ブテニル、２－ブテニル、３－ブテニル、１－ペンテニル、２－ペンテニル、３－ペンテニル、４－ペンテニル、１－ヘキセニル、２－ヘキセニル、３－ヘキセニル、４－ヘキセニル、５－ヘキセニル、１－ヘプテニル、２－ヘプテニル、３－ヘプテニル、４－ヘプテニル、５－ヘプテニル、６－ヘプテニル、１－オクテニル、２－オクテニル、３－オクテニル、４－オクテニル、５－オクテニル、６－オクテニル、７－オクテニル、１－ノネニル、２－ノネニル、３－ノネニル、４－ノネニル、５－ノネニル、６－ノネニル、７－ノネニル、８－ノネニル、１－デセニル、２－デセニル、３－デセニル、４－デセニル、５－デセニル、６－デセニル、７－デセニル、８－デセニル、９－デセニル、１－ウンデセニル、２－ウンデセニル、３－ウンデセニル、４－ウンデセニル、５－デセニル、６－ウンデセニル、７－ウンデセニル、８－ウンデセニル、９－ウンデセニル、１０－ウンデセニル、１－ドデセニル、２－ドデセニル、３－ドデセニル、４－ドデセニル、５－ドデセニル、６－ドデセニル、７－ドデセニル、８－ドデセニル、９－ドデセニル、１０－ドデセニル及び１１－ドデセニルが挙げられる。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルキル基は任意選択で置換され得る。
「アルケニレン」、「アルケニレン鎖」又は「アルケニレン基」は、２から４０個の炭素原子を有し、１つ以上の炭素－炭素二重結合を有する、直鎖又は分岐鎖の二価炭化水素鎖ラジカルを指す。Ｃ２～Ｃ４０アルケニレンの非限定的な例としては、エテン、プロペン、ブテンなどが挙げられる。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルケニレン鎖は任意選択であり得る。
「アルコキシ」又は「アルコキシ基」は、－ＯＲ基を指し、式中、Ｒは、本明細書で定義されるアルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、又はヘテロシクリルである。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルコキシ基は、任意選択で置換され得る。
「アシル」又は「アシル基」は、－Ｃ（Ｏ）Ｒ基を指し、式中、Ｒは、本明細書で定義される水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、又はヘテロシクリルである。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アシルは、任意選択で置換され得る。
「アルキルカルバモイル」又は「アルキルカルバモイル基」は、－Ｏ－Ｃ（Ｏ）－ＮＲａＲｂ基を指し、式中、Ｒａ及びＲｂは、同じか又は異なり、独立して、本明細書で定義されるアルキル、アルケニル、アルケニル、アリール、ヘテロアリールであるか、あるいはＲａＲｂは、一緒になって、本明細書で定義されるシクロアルキル基又はヘテロシクリル基を形成し得る。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルキルカルバモイル基は、任意選択で置換され得る。
「アルキルカルボキサミジル」又は「アルキルカルボキサミジル基」は、－Ｃ（Ｏ）－ＮＲａＲｂ基を指し、式中、Ｒａ及びＲｂは、同じか又は異なり、独立して、本明細書で定義されるアルキル基、アルケニル基、アルケニル基、アリール基、ヘテロアリール基、シクロアルキル基、シクロアルケニル基、シクロアルキニル基、又はヘテロシクリル基であるか、又はＲａＲｂは一緒になって、本明細書で定義されるシクロアルキル基を形成することができる。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、アルキルカルボキサミジル基は、任意選択で置換され得る。
「アリール」は、水素、６から１８個の炭素原子及び少なくとも１個の芳香環を含む炭化水素環系ラジカルを指す。本発明においては、アリールラジカルは、単環式、二環式、三環式又は四環式環系であり得、これは、縮合環系又は架橋環系を含み得る。アリールラジカルとしては、アセアントリレン、アセナフチレン、アセフェナントリレン、アントラセン、アズレン、ベンゼン、クリセン、フルオランテン、フルオレン、ａｓ－インダセン、ｓ－インダセン、インダン、インデン、ナフタレン、フェナレン、フェナントレン、プレイアデン、ピレン、及びトリフェニレンから誘導されるアリールラジカルが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、「アリール」という用語は、任意選択で置換されているアリールラジカルを含むことを意味する。
「ヘテロアリール」は、水素原子、１から１３個の炭素原子、窒素、酸素及び硫黄から選択される１から６個のヘテロ原子、並びに少なくとも１個の芳香環を含む５から２０員環系ラジカルを指す。本発明においては、ヘテロアリールラジカルは、単環式、二環式、三環式又は四環式環系であり得、これは、縮合環系又は架橋環系を含み得、ヘテロアリールラジカル中の窒素原子、炭素原子又は硫黄原子は、任意選択で酸化され得る。窒素原子は任意選択で四級化され得る。例としては、限定するものではないが、アゼピニル、アクリジニル、ベンズイミダゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンズインドリル、ベンゾジオキソリル、ベンゾフラニル、ベンゾオキサゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾチアジアゾリル、ベンゾ［ｂ］［１，４］ジオキセピニル、１，４－ベンゾジオキサニル、ベンゾナフトフラニル、ベンゾオキサゾリル、ベンゾジオキソリル、ベンゾジオキシニル、ベンゾピラニル、ベンゾピラノニル、ベンゾフラニル、ベンゾフラノニル、ベンゾチエニル（ベンゾチオフェニル）、ベンゾトリアゾリル、ベンゾ［４，６］イミダゾ［１，２－ａ］ピリジニル、カルバゾリル、シンノリニル、ジベンゾフラニル、ジベンゾチオフェニル、フラニル、フラノニル、イソチアゾリル、イミダゾリル、インダゾリル、インドリル、インダゾリル、イソインドリル、インドリニル、イソインドリニル、イソキノリル、インドリジニル、イソオキサゾリル、ナフチリジニル、オキサジアゾリル、２－オキソアゼピニル、オキサゾリル、オキシラニル、１－オキシドピリジニル、１－オキシドピリミジニル、１－オキシドピラジニル、１－オキシドピリダジニル、１－フェニル－１Ｈ－ピロリル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、フタラジニル、プテリジニル、プリニル、ピロリル、ピラゾリル、ピリジニル、ピラジニル、ピリミジニル、ピリダジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、キノリニル、キヌクリジニル、イソキノリニル、テトラヒドロキノリニル、チアゾリル、チアジアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、トリアジニル、及びチオフェニル（すなわちチエニル）が挙げられる。本明細書において具体的に別段の定めがない限り、ヘテロアリール基は、任意選択で置換され得る。
本明細書で使用される「置換された」という用語は、上記の基（すなわち、アルキル、アルケニル、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリール、アルコキシ、アリールオキシ、アシル、アルキルカルバモイル、アルキルカルボキサミジル、アルコキシカルボニル、アルキルチオ、又はアリールチオ）のいずれかであって、いずれか少なくとも１つの原子が非水素原子、例えば、限定するものではないが、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、及びＩなどのハロゲン原子；水酸基、アルコキシ基、エステル基などの基中の酸素原子；チオール基、チオアルキル基、スルホン基、スルホニル基、スルホキシド基などの基中の硫黄原子；アミン、アミド、アルキルアミン、ジアルキルアミン、アリールアミン、アルキルアリールアミン、ジアリールアミン、Ｎ－オキシド、イミド、及びエナミンなどの基中の窒素原子；トリアルキルシリル基、ジアルキルアリールシリル基、アルキルジアリールシリル基、及びトリアリールシリル基などの基中のケイ素原子；並びに様々な他の基中の他のヘテロ原子によって置き換えられている基を意味する。「置換された」はまた、１つ以上の原子が、オキソ、カルボニル、カルボキシル、及びエステル基中の酸素、並びにイミン、オキシム、ヒドラゾン、及びニトリルなどの基中の窒素などのヘテロ原子への高次結合（例えば、二重又は三重結合）によって置き換えられている上記の基のいずれかを意味する。例えば、「置換された」は、１つ以上の原子が－ＮＲｇＲｈ、－ＮＲｇＣ（＝Ｏ）Ｒｈ、－ＮＲｇＣ（＝Ｏ）ＮＲｇＲｈ、－ＮＲｇＣ（＝Ｏ）ＯＲｈ、－ＮＲｇＳＯ２Ｒｈ、－ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲｇＲｈ、－ＯＲｇ、－ＳＲｇ－ＳＯＲｇ、－ＳＯ２Ｒｇ、－ＯＳＯ２Ｒｇ、－ＳＯ２ＯＲｇ、＝ＮＳＯ２Ｒｇ、及び－ＳＯ２ＮＲｇＲｈで置き換えられている上記の基のいずれかを含む。「置換されている」はまた、１つ以上の水素原子が－Ｃ（＝Ｏ）Ｒｇ、－Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｇ、－Ｃ（＝Ｏ）ＮＲｇＲｈ、－ＣＨ２ＳＯ２Ｒｇ、－ＣＨ２ＳＯ２ＮＲｇＲｈで置き換えられている上記の基のいずれかを意味する。上記において、Ｒｇ及びＲｈは、同じか又は異なり、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルアミノ、チオアルキル、アリール、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、シクロアルキルアルキル、ハロアルキル、ハロアルケニル、ハロアルキニル、ヘテロシクリル、Ｎ－ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリール、Ｎ－ヘテロアリール及び／又はヘテロアリールアルキルである。「置換された」は更に、１個以上の原子がアミノ、シアノ、ヒドロキシル、イミノ、ニトロ、オキソ、チオキソ、ハロ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アルキルアミノ、チオアルキル、アリール、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキニル、シクロアルキルアルキル、ハロアルキル、ハロアルケニル、ハロアルキニル、ヘテロシクリル、Ｎ－ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリール、Ｎ－ヘテロアリール及び／又はヘテロアリールアルキル基によって置き換えられている上記の基のいずれかを意味する。「置換された」はまた、側鎖上の１つ以上の原子が、アルキル、アルケニル、アルキニル、アシル、アルキルカルボキサミジル、アルコキシカルボニル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、アリール、又はヘテロアリールによって置換されているアミノ酸を意味し得る。更に、前述の置換基の各々はまた、任意選択で１つ以上の上記置換基で置換され得る。
本明細書で使用される場合、記号
本明細書で使用される場合、「対象」とは、個体を意味する。したがって、「対象」は、飼育動物（例えば、ネコ、イヌなど）、家畜（例えば、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギなど）、実験動物（例えば、マウス、ウサギ、ラット、モルモットなど）、及び鳥類を含み得る。「対象」はまた、哺乳動物（例えば、霊長類又はヒト）を含み得る。したがって、対象は、ヒト又は獣医学的患者であり得る。「患者」という用語は、臨床医、例えば、内科医の治療を受けている対象を指す。
「阻害する」という用語は、活性、応答、状態、疾患、又は他の生物学的パラメータの減少を指す。これには、活性、応答、状態、又は疾患の完全な除去が含まれ得るが、これらに限定されない。これはまた、例えば、天然又は対照レベルと比較して、活性、応答、状態、又は疾患の１０％の低減を含み得る。したがって、この低減は、天然又は対照レベルと比較して、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００％、又はその間の任意の量の低減であり得る。
「低減する」又はこの単語の他の形態、例えば、「低減すること」若しくは「低減」は、ある事象又は特徴（例えば、腫瘍増殖）の低減を意味する。これは、典型的には、何らかの標準値又は期待値に関連しており、言い換えれば、それは相対的なものであり、ただし、標準値又は相対値が参照されることは必ずしも必要ではないことが理解される。例えば、「腫瘍増殖を低減する」は、標準又は対照（例えば、未処置腫瘍）と比較して腫瘍の増殖速度を低減することを意味する。
「治療」という用語は、疾患、病的状態、又は障害を治癒、改善、安定化、又は予防する意図を有する患者の医学的管理を指す。この用語は、積極的治療、すなわち、疾患、病的状態、又は障害の改善を具体的に目指す治療を含み、原因治療、すなわち、関連する疾患、病的状態、又は障害の原因の除去を目指す治療も含む。加えて、この用語は、対症療法、すなわち、疾患、病的状態、又は障害の治癒ではなく症状の軽減のために設計された治療、予防的治療、すなわち、関連する疾患、病理学的状態、又は障害の発症を最小限に抑えるか、又は部分的若しくは完全に阻害することを対象とする治療、及び補助的治療、すなわち、関連する疾患、病理学的状態、又は障害の改善を対象とする別の特定の療法を補うために用いられる治療、を含む。
「治療上有効な」という用語は、使用される組成物の量が、疾患又は障害の１つ以上の原因又は症状を改善するのに十分な量であることを指す。このような改善は、低減又は変化のみを必要とし、必ずしも排除を必要としない。
「薬学的に許容される」という用語は、健全な医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激、アレルギー反応、又は合理的な利益／リスク比に見合った他の問題若しくは合併症を伴うことなく、ヒト及び動物の組織と接触させて使用するのに適した化合物、材料、組成物、及び／又は剤形を指す。
「担体」という用語は、化合物又は組成物と組み合わせた場合に、その意図される使用又は目的に関して、その化合物又は組成物の調製、貯蔵、投与、送達、有効性、選択性、又は任意の他の特徴を補助又は促進する化合物、組成物、物質、又は構造を意味する。例えば、担体は、有効成分の分解を最小限に抑え、対象における有害な副作用を最小限に抑えるように選択することができる。
本明細書中で使用される場合、用語「薬学的に受容可能なキャリア」とは、患者への投与に適切なキャリアをいう。「薬学的に許容される担体」という用語は、滅菌水性又は非水性の溶液、分散液、懸濁液又はエマルジョン、並びに使用直前に滅菌注射溶液又は分散液に再構成するための滅菌粉末であり得る。適切な水性及び非水性担体、希釈剤、溶媒又はビヒクルの例としては、水、エタノール、ポリオール（グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなど）、カルボキシメチルセルロース及びそれらの適切な混合物、植物油（オリーブ油など）、並びにオレイン酸エチルなどの注射用有機エステルが挙げられる。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティング材料の使用によって、分散液の場合には必要な粒径の維持によって、また界面活性剤の使用によって維持することができる。これらの組成物は、保存剤、湿潤剤、乳化剤及び分散剤などのアジュバントを含有することもできる。微生物の活動は、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸などの様々な抗菌剤及び抗真菌剤を含めることによって確実に防止することができる。等張剤、例えば、糖、塩化ナトリウムなどを含むことも望ましい。注射用製剤は、例えば、細菌保持フィルターを通す濾過によって、又は使用直前に滅菌水若しくは他の滅菌注射用媒体に溶解若しくは分散させることができる滅菌固体組成物の形態で滅菌剤を組み込むことによって滅菌することができる。適切な不活性担体は、ラクトースなどの糖を含むことができる。
「薬学的に許容される塩」という用語は、塩基として機能する活性化合物を無機酸又は有機酸と反応させて塩、例えば、塩酸、硫酸、リン酸、メタンスルホン酸、カンファースルホン酸、シュウ酸、マレイン酸、コハク酸、クエン酸、ギ酸、臭化水素酸、安息香酸、酒石酸、フマル酸、サリチル酸、マンデル酸、炭酸などの塩を形成することによって得られるものを含む。当業者であれば、酸付加塩は化合物の適切な無機酸又は有機酸との公知の方法のうちの任意のものによる反応によって調整し得ることをさらに理解するであろう。「薬学的に許容される塩」という用語はまた、酸として機能する活性化合物を無機又は有機塩基と反応させて塩を形成することによって得られるもの、例えばエチレンジアミン、Ｎ－メチル－グルカミン、リジン、アルギニン、オルニチン、コリン、Ｎ，Ｎ’－ジベンジルエチレンジアミン、クロロプロカイン、ジエタノールアミン、プロカイン、Ｎ－ベンジルフェネチルアミン、ジエチルアミン、ピペラジン、トリス－（ヒドロキシメチル）－アミノメタン、水酸化テトラメチルアンモニウム、トリエチルアミン、ジベンジルアミン、エフェナミン、デヒドロアビエチルアミン、Ｎ－エチルピペリジン、ベンジルアミン、テトラメチルアンモニウム、テトラエチルアンモニウム、メチルアミン、ジメチルアミン、トリメチルアミン、エチルアミン、塩基性アミノ酸などの塩を含む。無機塩又は金属塩の非限定的な例としては、リチウム塩、ナトリウム塩、カルシウム塩、カリウム塩、マグネシウム塩などが挙げられる。
本明細書で使用される場合、「非経口投与」という用語は、注射又は注入による投与を指す。非経口投与としては、皮下投与、静脈内投与、又は筋肉内投与が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「皮下投与」という用語は、皮膚直下への投与を指す。「静脈内投与」とは、静脈への投与を意味する。
本明細書で使用される場合、「用量」という用語は、単回投与で提供される医薬品の特定の量を指す。実施形態では、用量は、２回以上のボーラス、錠剤、又は注射で投与され得る。皮下投与が所望される実施形態において、所望の用量は、単回注射によって容易に適応されない体積を必要とする。そのような実施形態では、２回以上の注射を使用して、所望の用量を達成することができる。実施形態において、用量は、患者内の注射部位反応を減少させるために２回以上の注射で投与され得る。
本明細書で使用される場合、「投与単位」という用語は、医薬品が提供される形態を指す。実施形態において、投与単位は、凍結乾燥アンチセンスオリゴヌクレオチドを含むバイアルである。実施形態において、投与単位は、再構成されたアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むバイアルである。
「治療部分」（ＴＭ）という用語は、疾患又は障害の少なくとも１つの症状を治療するために使用することができる化合物を指し、治療用ポリペプチド、オリゴヌクレオチド、小分子、及び疾患又は障害の少なくとも１つの症状を治療するために使用することができる他の薬剤を含むことができるが、これらに限定されない。実施形態では、治療部分は、標的タンパク質の発現又は活性を調節する。実施形態では、治療部分は、スプライシングを調節する。実施形態において、治療部分は、標的ｍＲＮＡ転写物においてエクソンスキッピングを誘導する。実施形態において、治療部分は、標的タンパク質の発現又は活性を下方制御する。実施形態において、治療部分は、標的転写物におけるエクソンスキッピングを誘導することによって、標的タンパク質の発現又は活性を下方制御する。
「調節する」、「調節すること」及び「調節」という用語は、調節前の発現、機能又は活性のレベルと比較した場合の、発現、機能又は活性の摂動を指す。調節は、発現、機能又は活性の増加（刺激又は誘導）又は減少（阻害又は低減）を含み得る。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、標的タンパク質の発現、機能及び／又は活性を下方制御する治療部分（ＴＭ）を含む。実施形態において、本明細書に開示される化合物は、標的タンパク質の発現、機能及び／又は活性を上方制御する治療部分を含む。
「アミノ酸」は、アミノ基及びカルボン酸基を含み、一般式
本明細書で使用される場合、「配列同一性」という用語は、同じであり、同じ相対位置にある、それぞれ２つのオリゴヌクレオチド又はポリペプチド配列間の核酸又はアミノ酸のパーセンテージを指す。そのようなものとして、１つの配列は、別の配列と比較して特定の割合の配列同一性を有する。配列比較のために、典型的には１つの配列が参照配列として作用し、それに対して試験配列が比較される。当業者は、２つの配列が、対応する位置に同一の残基を含有する場合、一般に「実質的に同一」であると考えられることを理解するであろう。実施形態では、配列間の配列同一性は、出願日の時点で存在するバージョンの、ＥＭＢＯＳＳパッケージ（ＥＭＢＯＳＳ：Ｔｈｅ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｏｐｅｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｓｕｉｔｅ，Ｒｉｃｅら，Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．（２０００），１６：２７６－２７７）のＮｅｅｄｌｅプログラムで実行される、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ－Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズム（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ，１９７０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３－４５３）を使用して決定し得る。使用されるパラメータは、１０のギャップオープンペナルティ、０．５のギャップ伸長ペナルティ、及びＥＢＬＯＳＵＭ６２（ＢＬＯＳＵＭ６２のＥＭＢＯＳＳバージョン）置換マトリックスである。「最長同一性」と標識されたＮｅｅｄｌｅの出力（－ｎｏｂｒｉｅｆオプションを使用して得られる）を同一性パーセントとして使用し、（同一残基×１００）／（アラインメントの長さ－アラインメント中のギャップの総数）のように計算する。
他の実施形態において、配列同一性は、Ｓｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを使用して、出願日の時点で存在するバージョンで決定され得る。
本明細書で使用される場合、「配列相同性」は、相同であり、同じ相対位置にある２つのポリペプチド配列間のアミノ酸のパーセンテージを指す。そのようなものとして、１つのポリペプチド配列は、別のポリペプチド配列と比較して特定の割合の配列相同性を有する。当業者によって理解されるように、２つの配列は、それらが対応する位置に相同な残基を含む場合、一般的に「実質的に相同」であるとみなされる。相同な残基は、同一の残基であり得る。あるいは、相同残基は、適切に類似した構造的及び／又は機能的特徴を有する非同一残基であり得る。例えば、当業者に周知であるように、特定のアミノ酸は、典型的には、「疎水性」若しくは「親水性」アミノ酸として、及び／又は「極性」若しくは「非極性」側鎖を有するものとして分類され、あるアミノ酸の同じタイプの別のアミノ酸への置換は、「相同」置換とみなされることが多い。
当技術分野でよく知られているように、アミノ酸配列は、出願日の時点で存在するＢＬＡＳＴＰ、ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴ、及びＰＳＩ－ＢＬＡＳＴなどの市販のコンピュータプログラムで利用可能なものを含む様々なアルゴリズムのいずれかを使用して比較することができる。このようなプログラムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，（１９９０），２１５（３）：４０３－４１０、Ａｌｔｓｃｈｕｌら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９７），２５：３３８９－３４０２、Ｂａｘｅｖａｎｉｓら，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ ｔｈｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ｗｉｌｅｙ，１９９８、及びＭｉｓｅｎｅｒら，（ｅｄｓ．），Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｖｏｌ．１３２），Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，１９９９に記載されている。相同配列を同定することに加えて、上記のプログラムは、典型的には、相同性の程度の指標を提供する。
本明細書で使用される場合、「細胞標的化部分」とは、標的細胞の表面上の分子（例えば、レセプター）に特異的に結合する分子又は高分子をいう。実施形態では、細胞表面分子は、標的細胞の表面上にのみ発現される。実施形態では、細胞表面分子は、１つ以上の非標的細胞の表面上にも存在するが、細胞表面分子発現の量は、標的細胞の表面上でより高い。細胞標的化部分の例としては、抗体、ペプチド、タンパク質、アプタマー又は小分子が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「アンチセンス化合物」及び「ＡＣ」は、それ（ＡＣ）がハイブリダイズする標的核酸分子に少なくとも部分的に相補的であるポリマー核酸構造をいうために交換可能に使用される。ＡＣは、標的配列に相補的な配列を含む短い（実施形態では、５０塩基未満）ポリヌクレオチド又はポリヌクレオチド相同体であり得る。実施形態では、ＡＣは、標的プレｍＲＮＡ鎖中の標的配列に相補的な配列を含むポリヌクレオチド又はポリヌクレオチド相同体である。ＡＣは、天然核酸、合成核酸、核酸ホモログ、又はそれらの任意の組み合わせから形成され得る。実施形態では、ＡＣはオリゴヌクレオシドを含む。実施形態では、ＡＣはアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。実施形態では、ＡＣは共役基を含む。ＡＣの非限定的な例としては、プライマー、プローブ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、外部ガイド配列（ＥＧＳ）オリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチド類似体、オリゴヌクレオチド模倣体、及びこれらのキメラ組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。そのようなものとして、これらの化合物は、一本鎖、二本鎖、環状、分岐又はヘアピンの形態で導入することができ、内部又は末端バルジ又はループなどの構造要素を含むことができる。オリゴマー二本鎖化合物は、ハイブリダイズして二本鎖化合物を形成する二本鎖であってもよく、又は十分な自己相補性を有して完全若しくは部分的二本鎖化合物のハイブリダイゼーション及び形成を可能にする一本鎖であってもよい。実施形態において、ＡＣは、標的核酸の発現を調節する（増加させる、減少させる、又は変化させる）。
本明細書中で使用される場合、用語「標的化する」又は「標的化される」とは、治療部分（例えば、アンチセンス化合物）と、標的核酸分子又は標的核酸分子の領域との会合をいう。実施形態では、治療部分は、生理学的条件下で標的核酸にハイブリダイズすることができるアンチセンス化合物を含む。実施形態では、アンチセンス化合物は、標的核酸内の特定の部分又は部位、例えば、特定のエクソン若しくはイントロンなどの少なくとも１つの同定可能な構造、機能、若しくは特徴を有する標的核酸の部分、又はスプライスエレメント若しくはシス作用性スプライス調節エレメントなどのエクソン若しくはイントロン内の選択された核酸塩基若しくはモチーフを標的とする。
本明細書中で使用される場合、用語「標的核酸配列」及び「標的ヌクレオチド配列」は、治療部分（例えば、アンチセンス化合物）が結合又はハイブリダイズする核酸配列又はヌクレオチド配列をいう。標的核酸には、標的転写物の一部、標的ＲＮＡ（プレｍＲＮＡ及びｍＲＮＡ又はその一部を含むが、これらに限定されない）、そのようなＲＮＡに由来する標的ｃＤＮＡの一部、並びにｍｉＲＮＡなどの標的非翻訳ＲＮＡの一部が含まれるが、これらに限定されない。例えば、実施形態において、標的核酸は、その発現が特定の障害又は疾患状態に関連する標的細胞遺伝子（又はそのような遺伝子から転写されたｍＲＮＡ）の一部であり得る。「部分」という用語は、核酸の規定数の連続した（すなわち、連結された）ヌクレオチドを指す。
本明細書で使用される場合、「転写物」又は「遺伝子転写物」という用語は、ＤＮＡから転写されたＲＮＡ分子を指し、ｍＲＮＡ、プレｍＲＮＡ、及び部分的に処理されたＲＮＡを含むが、これらに限定されない。
「標的転写物」及び「標的ＲＮＡ」という用語は、治療部分によって結合されるプレｍＲＮＡ又はｍＲＮＡ転写物を指す。標的転写物は、標的ヌクレオチド配列を含み得る。一実施形態では、標的転写物はスプライス部位を含む。
「標的遺伝子」及び「目的の遺伝子」という用語は、発現及び／又は活性の調節が所望又は意図される遺伝子を指す。標的遺伝子は、標的ヌクレオチド配列を含む標的転写物に転写され得る。標的転写物は、目的のタンパク質に翻訳され得る。
「標的タンパク質」という用語は、標的転写物（例えば、標的ｍＲＮＡ）によってコードされるポリペプチド又はタンパク質を指す。
本明細書で使用される場合、「ｍＲＮＡ」という用語は、タンパク質をコードするＲＮＡ分子を指し、プレｍＲＮＡ及び成熟ｍＲＮＡを含む。「プレｍＲＮＡ」は、ＤＮＡ転写の直後に新たに合成された真核生物ｍＲＮＡ分子を指す。実施形態では、プレｍＲＮＡは、５’キャップでキャップされ、３’ポリＡテールで修飾され、かつ／又はスプライシングされて、成熟ｍＲＮＡ配列を生成する。実施形態において、プレｍＲＮＡは、１つ以上のイントロンを含む。一実施形態では、プレｍＲＮＡは、スプライシングとして知られるプロセスを受けて、イントロンを除去し、エクソンを結合する。実施形態において、プレｍＲＮＡは、１つ以上のスプライシングエレメント又はスプライス調節エレメントを含む。実施形態において、プレｍＲＮＡは、ポリアデニル化部位を含む。
本明細書中で使用される場合、用語「発現」、「遺伝子発現」、「遺伝子の発現」などは、遺伝子においてコードされる情報が細胞においてポリペプチド又は非コードＲＮＡのような機能的遺伝子産物に変換される全ての機能及び工程をいう。非コードＲＮＡの例としては、トランスファＲＮＡ（ｔＲＮＡ）及びリボソームＲＮＡが挙げられる。ポリペプチドの遺伝子発現には、プレｍＲＮＡを形成する遺伝子の転写、成熟ｍＲＮＡを形成するプレｍＲＮＡの処理、成熟ｍＲＮＡの核から細胞質への移行、成熟ｍＲＮＡのポリペプチドへの翻訳、及びコードされたポリペプチドのアセンブリが含まれる。発現は部分的な発現を含む。例えば、遺伝子の発現は、本明細書において、遺伝子転写物の生成と称され得る。成熟ｍＲＮＡの翻訳は、本明細書において、成熟ｍＲＮＡの発現と称され得る。
本明細書中で使用される場合、「遺伝子発現の調節」などは、遺伝子発現に関連する１つ以上のプロセスの調節をいう。例えば、遺伝子発現の改変は、遺伝子転写、ＲＮＡ処理、核から細胞質へのＲＮＡ移行、及びｍＲＮＡのタンパク質への翻訳のうちの１つ以上の改変を含み得る。
本明細書で使用される場合、「遺伝子」という用語は、遺伝子産物の発現に関連する５’プロモーター領域、並びに遺伝子産物の発現に関連する任意のイントロン及びエクソン領域並びに３’非翻訳領域（Untranslated Region、ＵＴＲ）を包含する核酸配列を指す。
「免疫細胞」という用語は、造血起源の、免疫応答において役割を果たす細胞を指す。免疫細胞としては、リンパ球（例えば、Ｂ細胞及びＴ細胞）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、及び骨髄細胞が挙げられるが、これらに限定されない。「骨髄細胞」という用語は、単球、マクロファージ及び顆粒球（例えば、好塩基球、好中球、好酸球及び肥満細胞）を含む。単球は、血液中を１～３日間循環するリンパ球であり、その後、組織に移動してマクロファージ若しくは炎症性樹状細胞に分化するか、又は死滅する。本明細書で使用される「マクロファージ」という用語は、胎児由来マクロファージ（常在組織マクロファージとも呼ばれ得る）及び血流から体内の組織に移動した単球に由来するマクロファージ（単球由来マクロファージと呼ばれ得る）を含む。マクロファージが位置する組織に依存して、マクロファージは、とりわけ、星細胞（肝臓）、糸球体内メサンギウム細胞（腎）、肺胞マクロファージ（肺）、洞組織球（リンパ節）、ホフバウエル細胞（胎盤）、ミクログリア（脳及び脊髄）、又はランゲルハンス（皮膚）と呼ばれる。
本明細書中で使用される場合、ＡＣ及びスプライス調節エレメント関して「近接する」とは、ＡＣが、例えば、５’スプライス部位（５’ｓｓ）、分岐点配列（ＢＰＳ）、ポリピリミジン（Ｐｙ）トラクト、又は３’スプライス部位（３’ｓｓ）を含むスプライス調節エレメントの約２５、約２０、約１５、約１０、約５、約４、約３、約２、又は約１ヌクレオチド以内にある核酸配列に結合することを意味する。
本明細書中で使用される場合、「スプライス調節エレメント（ＳＲＥ）」、「スプライシングエレメント（ＳＥ）」、及び「スプライスエレメント（ＳＥ）」は、交換可能に使用され、スプライシングが生じるか、又はスプライシングを促進、阻害、若しくは変更する転写物内の任意のヌクレオチド配列をいう。スプライスエレメントの例としては、末端ステムループ配列（ＴＬＳ）、分岐点配列（ＢＰＳ）、ポリピリミジン配列（Ｐｙ）、５’スプライス部位（５’ｓｓ）、３’スプライス部位（３’ｓｓ）、並びにイントロンスプライシングサイレンサ（ＩＳＳ）配列、イントロンスプライシングエンハンサ（ＩＳＥ）配列、エクソンスプライシングエンハンサ（ＥＳＥ）配列、エクソンスプライシングサイレンサ（ＥＳＳ）配列、及びエクソン／イントロン接合部を含む配列などのシス調節エレメントが挙げられる。
本明細書で使用される場合、「スプライシング」という用語は、イントロンが除去され、エクソンが連結される、転写後のプレｍＲＮＡの修飾を指す。スプライシングは、スプライセオソームと呼ばれる５つの核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）を含む大きなＲＮＡ－タンパク質複合体によって触媒される一連の反応において起こる。スプライス調節エレメントには、３’スプライス部位、５’スプライス部位及び分枝部位が含まれる。５’スプライス部位には、Ｕ１ ｓｎＲＮＰが結合し、続いてＵ６ ｓｎＲＮＰが結合する。ＲＮＡ結合タンパク質ＳＦ１は、分岐点配列に結合するが、後にＵ２ ｓｎＲＮＰによって置換される（例えば、Ｗａｒｄ ａｎｄ Ｃｏｏｐｅｒ（２０１１）「スプライシングの病理生物学（Ｔｈｅ ｐａｔｈｏｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｓｐｌｉｃｉｎｇ）」Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．２２０（２）：１５２－１６３を参照のこと）。
本明細書で使用される場合、「スプライス部位」は、プレｍＲＮＡ分子中のエクソンとイントロンとの間の接合部を指す。「潜在性スプライス部位」は、典型的には使用されないが、通常のスプライス部位がブロックされているか若しくは利用できない場合、又は突然変異によって通常は休止している部位が活性スプライス部位になる場合に使用され得るスプライス部位である。「異常スプライス部位」は、天然ＤＮＡ及びｍＲＮＡにおける突然変異から生じるスプライス部位である。「スプライス部位を標的とする」アンチセンス化合物は、ｍＲＮＡのスプライシングが調節されるように、スプライス部位を含む標的ヌクレオチド配列の少なくとも一部とハイブリダイズする化合物、又はスプライス部位に近接するイントロン若しくはエクソンとハイブリダイズする化合物を指す。標的スプライス部位は、通常のスプライス部位、潜在性スプライス部位、又は異常スプライス部位であり得る。
本明細書中で使用される場合、「スプライスドナー部位」は、用語「５’スプライス部位」と交換可能に使用され得、イントロンの５’末端でエキソン－イントロン境界を直接取り囲むヌクレオチド配列をいう。「スプライスアクセプタ部位」という用語は、「３’スプライス部位」という用語と互換的に使用することができ、イントロンの３’末端でイントロン－エクソン境界を直接取り囲む核酸配列を指す。多くのスプライスドナー及びアクセプタ部位が特徴付けられている（例えば、大島ら（１９８７年）「Ｓｉｇｎａｌｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｓｐｌｉｃｅ ｓｉｔｅ ｉｎ ｐｒｅ－ｍＲＮＡ：ｃｏｍｐｕｔｅｒ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｓｐｌｉｃｅ ｊｕｎｃｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ａｎｄ ｌｉｋｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９５：２４７－２５９（１９８７））を参照のこと）。
本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」という用語は、複数の連結されたヌクレオチド又はヌクレオシドを含むオリゴマー化合物を指す。オリゴヌクレオチドの１つ以上のヌクレオチドを修飾することができる。オリゴヌクレオチドは、リボ核酸（ＲＮＡ）又はデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）を含み得る。オリゴヌクレオチドは、天然及び／又は修飾核酸塩基、糖及び共有ヌクレオシド間結合から構成され得、更に非核酸結合体を含み得る。
本明細書中で使用される場合、用語「ヌクレオシド」は、核酸塩基及び糖を含むグリコシルアミンをいう。ヌクレオシドとしては、天然ヌクレオシド、脱塩基ヌクレオシド、修飾ヌクレオシド、並びに模倣塩基及び／又は糖基を有するヌクレオシドが挙げられるが、これらに限定されない。「天然ヌクレオシド」又は「非修飾ヌクレオシド」は、天然核酸塩基及び天然糖を含むヌクレオシドである。天然ヌクレオシドには、ＲＮＡ及びＤＮＡヌクレオシドが含まれる。
本明細書で使用される場合、「天然糖」という用語は、ＲＮＡ（２’－ＯＨ）又はＤＮＡ（２’－Ｈ）におけるその天然に存在する形態から修飾されていないヌクレオシドの糖を指す。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオチド」という用語は、糖に共有結合したリン酸基を有するヌクレオシドを指す。ヌクレオチドは、種々の置換基のいずれかで修飾され得る。
本明細書で使用される場合、「核酸塩基」という用語は、ヌクレオシド又はヌクレオチドの塩基部分を指す。核酸塩基は、別の核酸の塩基に水素結合することができる任意の原子又は原子群を含んでもよい。天然核酸塩基は、ＲＮＡ又はＤＮＡ中のその天然に存在する形態から修飾されていない核酸塩基である。
本明細書で使用される場合、「複素環塩基部分」という用語は、複素環を含む核酸塩基を指す。
本明細書で使用される場合、「ヌクレオシド間結合」は、隣接するヌクレオシド間の共有結合を指す。
本明細書で使用される場合、「天然のヌクレオシド間結合」は、３’から５’へのホスホジエステル結合を指す。
本明細書で使用される場合、「修飾ヌクレオシド間結合」という用語は、天然に存在するヌクレオシド間結合以外のヌクレオシド又はヌクレオチド間の任意の結合を指す。
本明細書中で使用される場合、用語「キメラアンチセンス化合物」とは、同じオリゴマー化合物内の他の糖、核酸塩基及びヌクレオシド間結合と比較して示差的に改変される少なくとも１つの糖、核酸塩基及び／又はヌクレオシド間結合を有するアンチセンス化合物をいう。糖、核酸塩基及びヌクレオシド間結合の残りは、独立して修飾されていても修飾されていなくてもよい。一般に、キメラオリゴマー化合物は、離れた位置に存在し得るか、又は特定のモチーフを規定する領域に一緒にグループ化され得る修飾ヌクレオシドを有する。修飾及び／又は模倣基の任意の組み合わせは、本明細書に記載のキメラオリゴマー化合物を含むことができる。
本明細書で使用される場合、「混合骨格アンチセンスオリゴヌクレオチド」という用語は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも１つのヌクレオシド間結合が、アンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも１つの他のヌクレオシド間結合と異なるアンチセンスオリゴヌクレオチドを指す。
本明細書で使用される場合、「核酸塩基相補性」という用語は、別の核酸塩基と塩基対合することができる核酸塩基を指す。例えば、ＤＮＡでは、アデニン（Ａ）はチミン（Ｔ）に相補的である。例えば、ＲＮＡでは、アデニン（Ａ）はウラシル（Ｕ）に相補的である。実施形態では、相補的核酸塩基は、その標的核酸の核酸塩基と塩基対合することができるアンチセンス化合物の核酸塩基を指す。例えば、アンチセンス化合物のある位置の核酸塩基が、標的核酸のある位置の核酸塩基と水素結合することができる場合、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の水素結合の位置は、その核酸塩基対において相補的であると考えられる。
本明細書中で使用される場合、用語「非相補的核酸塩基」は、互いに水素結合を形成しないか、又はハイブリダイゼーションを支持しない一対の核酸塩基をいう。
本明細書で使用される場合、「相補的」という用語は、核酸塩基相補性を介して別のオリゴマー化合物又は核酸にハイブリダイズするオリゴマー化合物の能力を指す。実施形態では、各分子中の十分な数の対応する位置が、互いに結合してアンチセンス化合物と標的との間の安定な会合を可能にすることができる核酸塩基によって占められている場合、アンチセンス化合物及びその標的は互いに相補的である。当業者は、ミスマッチの包含が、オリゴマー化合物が会合し続ける能力を排除することなく可能であることを理解している。したがって、ミスマッチである（すなわち、標的の対応するヌクレオチドに相補的な核酸塩基ではない）最大約２０％のヌクレオチドを含み得るアンチセンス化合物が本明細書に記載される。実施形態では、アンチセンス化合物は、約１５％以下、例えば、約１０％以下、例えば、５％以下のミスマッチを含むか、又はミスマッチを含まない。残りのヌクレオチドは、核酸塩基相補的であるか、又はそうでなければハイブリダイゼーションを破壊しない（例えば、ユニバーサル塩基）。当業者は、本明細書において提供される化合物が、標的核酸に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％核酸塩基相補的であることを認識するであろう。
本明細書で使用される場合、「ハイブリダイゼーション」は、相補的なオリゴマー化合物（例えば、アンチセンス化合物及びその標的核酸）の対合を意味する。特定の機構に限定されないが、対合の最も一般的な機構は、相補的ヌクレオシド又はヌクレオチド塩基（核酸塩基）間の水素結合（ワトソン－クリック、フーグスティーン又は逆フーグスティーン水素結合であり得る）を含む。例えば、天然塩基アデニンは、水素結合の形成を介して対合する天然核酸塩基チミジン及びウラシルに相補的な核酸塩基である。天然塩基グアニンは、天然塩基シトシン及び５－メチルシトシンに相補的な核酸塩基である。ハイブリダイゼーションは、様々な状況下で起こり得る。
本明細書中で使用される場合、用語「特異的にハイブリダイズする」とは、オリゴマー化合物が、別の核酸部位にハイブリダイズするよりも大きな親和性で１つの核酸部位にハイブリダイズする能力をいう。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、２つ以上の標的部位に特異的にハイブリダイズする。実施形態において、オリゴマー化合物は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、その標的と特異的にハイブリダイズする。
核酸ハイブリダイゼーションの文脈における「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」及び「ストリンジェントなハイブリダイゼーション洗浄条件」は、配列依存的であり、異なる環境パラメータ下で異なる。核酸のハイブリダイゼーションに対する広範なガイドは、Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ－Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｐｒｏｂｅｓ ｐａｒｔ Ｉ ｃｈａｐｔｅｒ ２”Ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｏｆ ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｔｈｅ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｐｒｏｂｅ ａｓｓａｙｓ”Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９３）に見出される。一般に、高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション及び洗浄条件は、規定されたイオン強度及びｐＨにおける特定の配列についての熱融点（Ｔｍ）よりも約５℃低くなるように選択される。Ｔｍは、標的配列の５０％が完全にマッチしたプローブにハイブリダイズする温度（規定されたイオン強度及びｐＨ下）である。非常にストリンジェントな条件は、特定のプローブについてのＴｍに等しくなるように選択される。サザン又はノーザンブロットにおいてフィルター上に１００を超える相補的残基を有する相補的ヌクレオチド配列のハイブリダイゼーションのためのストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例は、４２℃で１ｍｇのヘパリンを含む５０％ホルムアミドであり、ハイブリダイゼーションは一晩行われる。高度にストリンジェントな洗浄条件の例は、７２℃で約１５分間の０．１５Ｍ ＮａＣｌである。ストリンジェントな洗浄条件の例は、６５℃で１５分間の０．２×ＳＳＣ洗浄である（ＳＳＣ緩衝液の説明については、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，２００１を参照のこと）。しばしば、バックグラウンドプローブシグナルを除去するために、高ストリンジェンシ洗浄の前に低ストリンジェンシ洗浄が行われる。例えば、１００ヌクレオチドを超える二本鎖についての中ストリンジェンシ洗浄の例は、４５℃で１５分間の１×ＳＳＣである。例えば、１００ヌクレオチドを超える二本鎖のための低ストリンジェンシ洗浄の例は、４０℃で１５分間の４～６×ＳＳＣである。短いプローブ（例えば、約１０～５０ヌクレオチド）について、ストリンジェントな条件は、典型的には、ｐＨ７．０～８．３で、約１．０Ｍ未満のＮａイオンの塩濃度、典型的には約０．０１～１．０ＭのＮａイオン濃度（又は他の塩）を含み、温度は、典型的には少なくとも約３０℃である。ストリンジェントな条件はまた、不安定化剤（例えば、ホルムアミド）の添加によって達成され得る。
本明細書で使用される場合、「２’－修飾」又は「２’－置換」という用語は、２’位にＨ又はＯＨ以外の置換基を含む糖を意味する。２’－修飾モノマーとしては、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ－アリル、Ｏ－Ｃ１～Ｃ１０アルキル、－ＯＣＦ３、Ｏ－（ＣＨ２）２－Ｏ－ＣＨ３、２’－Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ－（ＣＨ２）２－Ｏ－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、又はＯ－ＣＨ２－Ｃ（＝Ｏ）－Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）などの２’－置換基を有するＢＮＡ及びモノマー（例えば、ヌクレオシド及びヌクレオチド）が挙げられるが、これらに限定されず、式中、各Ｒｍ及びＲｎは、独立して、Ｈ又は置換若しくは非置換Ｃ１～Ｃ１０アルキルである。
本明細書で使用される場合、「ＭＯＥ」という用語は、２’－Ｏ－メトキシエチル置換基を指す。
本明細書で使用される場合、「高親和性修飾ヌクレオチド」という用語は、修飾が、標的核酸に対する修飾ヌクレオチドを含むアンチセンス化合物の親和性を増加させるように、少なくとも１つの修飾核酸塩基、ヌクレオシド間結合又は糖部分を有するヌクレオチドを指す。高親和性修飾としては、ＢＮＡ、ＬＮＡ及び２’－ＭＯＥが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書中で使用される場合、用語「模倣物」は、ＡＣ中の糖、核酸塩基、及び／又はヌクレオシド間結合の代わりに置換される基をいう。一般的に、模倣物は、糖又は糖・ヌクレオシド間結合の組み合わせの代わりに使用され、核酸塩基は、選択された標的へのハイブリダイゼーションのために維持される。糖模倣体の代表例としては、シクロヘキセニル又はモルホリノが挙げられるが、これらに限定されない。糖・ヌクレオシド間結合の組み合わせについての模倣物の代表的な例としては、ペプチド核酸（ＰＮＡ）及び非荷電アキラル結合によって連結されたモルホリノ基が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの例において、模倣物は、核酸塩基の代わりに使用される。代表的な核酸塩基模倣体は、当該技術分野において周知であり、三環式フェノキサジン類似体及びユニバーサル塩基（Ｂｅｒｇｅｒら，Ｎｕｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．２０００，２８：２９１１－１４、参照により本明細書に組み込まれる）を含むが、これに限定されない。糖、ヌクレオシド及び核酸塩基模倣物の合成方法は、当業者に周知である。
本明細書で使用される場合、「二環式ヌクレオシド」又は「ＢＮＡ」という用語は、ヌクレオシドのフラノース部分がフラノース環上の２個の原子を接続する架橋を含み、それによって二環式環系を形成するヌクレオシドを指す。ＢＮＡとしては、α－Ｌ－ＬＮＡ、β－Ｄ－ＬＮＡ、ＥＮＡ、オキシアミノＢＮＡ（２’－Ｏ－Ｎ（ＣＨ３）－ＣＨ２－４’）及びアミノオキシＢＮＡ（２’－Ｎ（ＣＨ３）－Ｏ－ＣＨ２－４’）が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「４’～２’二環式ヌクレオシド」という用語は、フラノース環の２個の原子を接続する架橋がフラノース環の４’炭素原子及び２’炭素原子を架橋し、それによって二環式環系を形成するＢＮＡを指す。
本明細書で使用される場合、「ロックド核酸」又は「ＬＮＡ」は、リボシル糖環の２’－ヒドロキシル基がメチレン基を介して糖環の４’炭素原子に連結され、それによって２’－Ｃ，４’－Ｃ－オキシメチレン連結を形成するように修飾されたヌクレオチドを指す。ＬＮＡとしては、α－Ｌ－ＬＮＡ及びβ－Ｄ－ＬＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「キャップ構造」又は「末端キャップ部分」という用語は、ＡＣのいずれかの末端に組み込まれている化学修飾を指す。
本明細書中で言及される全ての刊行物、特許及び特許出願は、本発明が属する当業者の技術レベルを示す。全ての刊行物、特許及び特許出願は、各個々の刊行物又は特許出願が具体的かつ個別に参照により組み込まれることが示されているのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
実施例１．細胞透過性ペプチド－アンチセンス化合物結合体の構築
ＩＲＦ－５及び／又はＧＹＳ１に結合し、その発現を遮断するように設計された配列番号１５５～３３３及び／又は３４０のいずれか１つのアンチセンス化合物（ＡＣ）は、Ｃ６－チオール５’修飾を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）として構築される。ＤＵＸ４の非毒性アイソフォームを生成するように設計された配列番号３４４～３６４のいずれか１つのアンチセンス化合物は、Ｃ６－チオール５’修飾を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）として構築される。
ＩＲＦ－５及び／又はＧＹＳ１に結合し、その発現を遮断するように設計された配列番号１５５～３３３及び／又は３４０のいずれか１つのアンチセンス化合物（ＡＣ）は、Ｃ６－チオール５’修飾を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）として構築される。ＤＵＸ４の非毒性アイソフォームを生成するように設計された配列番号３４４～３６４のいずれか１つのアンチセンス化合物は、Ｃ６－チオール５’修飾を有するホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）として構築される。
ＣＣＰを含むＥＥＶが処方される。細胞透過性ペプチドは、例えば、２０２１年１２月２１日にＥｎｔｒａｄａ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．によって出願された「ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ ＦＯＲ ＤＥＬＩＶＥＲＹ ＯＦ ＡＮＴＩＳＥＮＳＥ ＣＯＭＰＯＵＮＤＳ」と題する国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０／６６４５９号に記載されているように、Ｆｍｏｃ化学を使用して製剤化され、ＡＣにコンジュゲートされ、その開示は、その全体が本明細書に組み込まれる。実施形態において、ｃＣＰＰは、アミノ酸配列ＦｆΦＲｒＲｒＱ（配列番号７８）を含む。実施形態において、ＥＥＶは、配列ＫＫＫＲＫＶ（配列番号３３）を有する環外ペプチドを含む。実施形態において、ＥＥＶは、ＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ－（シクロ（ＦｆΦＲｒＲｒＱ））－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）（配列番号３３－ＰＥＧ２－Ｋ－（シクロ（配列番号７８））－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３））を含む。実施形態において、ＡＣ化合物は、クリックケミストリーを用いてＥＥＶにコンジュゲートされる。実施形態では、化合物は、ＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ－（シクロ（ＦｆΦＲｒＲｒＱ））－ＰＥＧ１２－Ｋ－リンカー－３’－ＡＣ－５’（配列番号３３－ＰＥＧ２－Ｋ－（シクロ（配列番号７８））－ＰＥＧ１２－Ｋ－リンカー－３’－ＡＣ－５’）を含み、リンカーは、アジドとシクロオクチンとの間の歪み促進クリック反応の生成物を含む。リンカーはまた、他の基（例えば、炭素鎖、ＰＥＧ鎖、カルバメート、尿素など）を含み得る。
実施例２．エクソンスキッピングによるＧＹＳ１発現のノックダウン
ＥＥＶ－ＰＭＯは、エクソン６のエクソンスキッピングを誘導するために使用され、未成熟終止コドン及びＧＹＳ１標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。使用したＥＥＶは、（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）（配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３５］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２））であった。ＰＭＯ配列は、ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣ ＴＣＡ ＣＡＴＡＣＣ ＣＡＴＡ（配列番号３２７）であった。アジド－アルキンクリックケミストリーを使用して、ＰＭＯ及びＥＥＶをコンジュゲートした。
ＥＥＶ－ＰＭＯは、エクソン６のエクソンスキッピングを誘導するために使用され、未成熟終止コドン及びＧＹＳ１標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらす。使用したＥＥＶは、（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）（配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３５］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２））であった。ＰＭＯ配列は、ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣ ＴＣＡ ＣＡＴＡＣＣ ＣＡＴＡ（配列番号３２７）であった。アジド－アルキンクリックケミストリーを使用して、ＰＭＯ及びＥＥＶをコンジュゲートした。
ＧＡＡ単一ノックアウトマウスと比較した場合、ＧＹＳ１／ＧＡＡ二重ノックアウトマウスは、心臓及び骨格筋におけるグリコーゲンの量の著しい減少と、リソソーム膨潤及びオートファジー構築の有意な減少を示した。これらの細胞レベルの変化は、心臓肥大の矯正、糖代謝の正常化、及び筋萎縮の矯正をもたらす。ＧＡＡの不在にもかかわらず、ＧＹＳ１の排除は重要な役割を果たし得る。ｉＧＡＡノックアウトマウス（ＧＡＡ－／－）に、１３．５ｍｇ／ｋｇのＥＥＶ－ＰＭＯ、２７ｍｇ／ｋｇのＥＥＶ－ＰＭＯ、２７ｍｇ／ｋｇのＰＭＯ、又は陰性対照（ビヒクル）のいずれかの単回ＩＶ用量を注射した。ＧＹＳ１ ｍＲＮＡ及びタンパク質レベルを注射の１週間後に測定した。ＧＹＳ１のレベルもまた、１３．５ｍｇ／ｋｇのＥＥＶ－ＰＭＯのＩＶ投与の１週間後、２週間後、４週間後、及び８週間後にアクセスした。
図７Ａ～図７Ｄは、ＥＥＶ－ＰＭＯ処置群の両方の横隔膜及び心筋における有意なノックダウンＧＹＳ１発現を示すが、ＰＭＯのみの処置群では示さない。この薬力学的結果は、これが非常に低用量で投与される単回用量実験であることを考慮すると注目に値するものであり、ＧＹＳ１がアドレッサブルな標的であることを示唆する。さらに、ＧＹＳ１タンパク質レベル及びｍＲＮＡは、心臓、横隔膜、四頭筋、及び三頭筋への注射のために８週間まで持続される（図８Ａ～図８Ｄ及び図９Ａ～図９Ｄ）。タンパク質レベルは、総タンパク質に対するものである。ｍＲＮＡレベルは、２つの対照ハウスキーピング遺伝子であるマウスβ－アクチン及びマウスＧＡＰＤＨに対して相対的である。
実施例３．エクソンスキッピングによるＩＲＦ５発現のノックダウン
４つのＥＥＶ－ＰＭＯ結合体を使用して、エキソン４のエキソンスキッピングを誘導し、未成熟終止コドンを導入して、ＩＲＦ－５標的転写物のナンセンス媒介崩壊を生じた。４つの結合体のそれぞれのＰＭＯ配列は、５’－ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ－３’（配列番号３４０）であった。使用したＥＥＶは、Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃１、１１２０）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃２、１１１３）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃４；１１８４）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；及び１１８５：Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃４，１１８５）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）であった。アミドコンジュゲーションケミストリーを使用して、ＥＥＶをＰＭＯにコンジュゲートした。
４つのＥＥＶ－ＰＭＯ結合体を使用して、エキソン４のエキソンスキッピングを誘導し、未成熟終止コドンを導入して、ＩＲＦ－５標的転写物のナンセンス媒介崩壊を生じた。４つの結合体のそれぞれのＰＭＯ配列は、５’－ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ－３’（配列番号３４０）であった。使用したＥＥＶは、Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃１、１１２０）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃２、１１１３）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃４；１１８４）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；及び１１８５：Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃４，１１８５）（Ａｃ－配列番号４２－ｍｉｎｉＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）であった。アミドコンジュゲーションケミストリーを使用して、ＥＥＶをＰＭＯにコンジュゲートした。
インビボ実験のために、野生型マウスを、０日目及び３日目に２用量のＥＥＶ＃１－ＰＭＯで治療した。ｑＰＣＲのために試料を７日目に採取して、ｍＲＮＡレベルを測定した。インビトロ実験のために、ＥＥＶ ＃１－ＰＭＯ、又は２μＭのＥＥＶ－ＰＭＯ＃１－４で４時間前処理した後、ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）７／８の特異的活性化因子であるイミダゾキノリン化合物であるＲ８４８で一晩刺激した。処理の２４時間後、細胞を回収し、ウェスタンブロットによって評価した。
ＩＲＦ５レベルの有意なノックダウンが、ＥＥＶ＃１－ＰＭＯによる処置後に、肝臓（図１０Ａ）、小腸（図１０Ｂ）、及び前脛骨筋（図１０Ｃ）において観察された。全ての組織において、ノックダウンは用量依存的であった。加えて、ＥＥＶ＃１－ＰＭＯで処置されたマウスマクロファージ細胞において、３０μＭ、１０μＭ及び３μＭの用量でＩＲＦ５タンパク質レベルが統計的に有意に低減したことを示す（図１１Ａ）。しかし、ＥＥＶ＃２－ＰＭＯ、ＥＥＶ＃３－ＰＭＯ、及びＥＥＶ＃４－ＰＭＯで前処理し、続いてＲ８４８で刺激したマウスマクロファージ細胞は、ＩＲＦ－５タンパク質発現によって測定されるように、ＥＥＶ＃１－ＰＭＯと比較した場合、相対的効力において有意な改善を有した（図１１Ｂ）。ｍＲＮＡレベルは、１００％に設定されたビヒクル対照に対するものである。
実施例４．インビトロでのエクソンスキッピングによるＧＹＳ１のノックダウン
マウスセルラインにおけるｍＧＹＳ１レベルのノックダウンにおけるＰＭＯ２２０及びＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４の有効性を評価した。ＰＭＯは、マウスＧＹＳ１のエキソン６のエキソンスキッピングを誘導して未成熟終止コドンを導入し、ＩＲＦ－５標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらすように設計された。構築物２２０－８１４は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これがＡｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２（ＥＥＶ８１４）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）の配列でＥＥＶにコンジュゲートされている。ＰＭＯは、クリックケミストリーを用いてＥＥＶにコンジュゲートされた。
マウスセルラインにおけるｍＧＹＳ１レベルのノックダウンにおけるＰＭＯ２２０及びＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４の有効性を評価した。ＰＭＯは、マウスＧＹＳ１のエキソン６のエキソンスキッピングを誘導して未成熟終止コドンを導入し、ＩＲＦ－５標的転写物のナンセンス媒介崩壊をもたらすように設計された。構築物２２０－８１４は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これがＡｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２（ＥＥＶ８１４）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）の配列でＥＥＶにコンジュゲートされている。ＰＭＯは、クリックケミストリーを用いてＥＥＶにコンジュゲートされた。
野生型マウス筋芽細胞株Ｃ２Ｃ１２及び野生型マウス線維芽細胞株３Ｔ３を、Ｅｎｄｏｐｏｒｔｅｒトランスフェクションを介して様々な濃度のＰＭＯ２２０及びＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４で処理した（６μＬ／ｍｌ；６μＭ）。処理の２日後、細胞株をＧＹＳ１ ｍＲＮＡのレベルについて評価した。
ＰＭＯ２２０及びＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４の両方が、Ｃ２Ｃ１２筋芽細胞（図１２及び図１３Ａ）細胞株においてＧＹＳ１ ｍＲＮＡレベルの減少を示した。ＰＭＯ２２０はまた、３Ｔ３線維芽細胞株においてＧＹＳ１ ｍＲＮＡレベルの減少を示した（図１３Ｂ）。
実施例５．ＧＹＳ１を標的とするＰＭＯ－ＥＥＶ構築物のインビボ評価
ポンペ病模倣マウスモデルを使用して、ＧＹＳ１レベル及びポンペ病表現型の調節におけるＰＭＯ－ＥＥＶ構築物（ＥＥＶ－ＰＭＯ２２０－８１４）のインビボ有効性を決定した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これがＥＥＶ８１４にコンジュゲートされている（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）。
ポンペ病模倣マウスモデルを使用して、ＧＹＳ１レベル及びポンペ病表現型の調節におけるＰＭＯ－ＥＥＶ構築物（ＥＥＶ－ＰＭＯ２２０－８１４）のインビボ有効性を決定した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これがＥＥＶ８１４にコンジュゲートされている（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＣｉｔ－ｒ－Ｃｉｔ－ｒＱ］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号７９］）－ＰＥＧ１２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）。
野生型Ｂ６－１２９マウス及び酸性α－グルコシダーゼ（ＧＡＡ）ノックアウトマウス（ＧＡＡ－／－）を、静脈内注射を介して、２７ｍｐｋのＰＭＯ２２０、２０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４、又は４０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４の単回投与で処置した。処置の１週間後、マウスを屠殺し、ウェスタンブロット及びＲＴ－ｑＰＣＲ分析のために組織を採取した。ＰＭＯは、クリックケミストリーを用いてＥＥＶにコンジュゲートされた。
心筋及び骨格筋におけるマウスＧＹＳ１ ｍＲＮＡの効率的なノックダウンは、ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４による処置後に観察されたが、ＰＭＯ２２０のみによる処置後には観察されなかった（図１４Ａ～図１４Ｄ）。
ＧＹＳ２は、肝臓において最も優勢なＧＹＳタンパク質である。ＰＭＯ２２０及びＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－８１４処置は、３０ｍｐｋ未満の治療レベルでＧＹＳ２ ｍＲＮＡのレベルに影響を及ぼさず（図１５）、選択的なＧＹＳ１標的結合を示した。４０ｍｐｋの２２０－８１４処置群は、肝臓においてより高いレベルのＧＹＳ２ ｍＲＮＡを示した。これは、ＧＹＳ１の下方制御がＧＹＳ２の上方制御をもたらす、ＧＹＳ１とＧＹＳ２との間のフィードバックループに起因し得る。
ＧＹＳ１に特異的でないＧＹＳ抗体を使用して、四頭筋及び三頭筋におけるＧＹＳ１レベルを測定した（図２５Ａ～図２５Ｂ）。大腿四頭筋におけるＧＹＳ１タンパク質の減少が、ＥＥＶ－ＰＭＯ構築物による処置後に観察された（図２５Ａ）。三頭筋におけるＧＹＳ１タンパク質レベルについては、ローディングにおけるゲルの不一致のために結論を下すことができない（図２５Ｂ）。
ＧＹＳ１特異的抗体も使用して、横隔膜、心臓、及び三頭筋におけるＧＹＳ１タンパク質レベルを測定した（図２６）。横隔膜及び心臓におけるＧＹＳ１減少の明確な傾向が、ＥＥＶ－ＰＭＯ構築物による処置後に観察される。三頭筋におけるＧＹＳ２１レベルの明確な減少はない。注目すべきことに、未処置動物のタンパク質レベルには大きな変動性があり、ＧＹＳ１特異的抗体を用いた肝臓ではＧＹＳ１シグナルは観察されなかったが、これはおそらく肝臓におけるＧＹＳ１発現が低いためであろう。実施例６．ＧＹＳ１を標的とする第２のＰＭＯ－ＥＥＶ構築物のインビボ評価
ポンペ病模倣マウスモデルを使用して、ＰＭＯ－ＥＥＶ構築物２２０－１０５５のインビボ有効性を決定した。構築物２２０－１０５５は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これがＥＥＶ１０５５にコンジュゲートされている（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－Ｋ（シクロ［ＦｆΦＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）（Ａｃ－配列番号４２－Ｋ（配列番号７７）－ＰＥＧ２－Ｋ（Ｎ３）－ＮＨ２）。ＰＭＯは、クリックケミストリーを用いてＥＥＶにコンジュゲートされた。
実施例５と同じノックアウトマウスモデルを使用した。マウスを、静脈内注射を介して、１５ｍｐｋのＰＭＯ２２０、１０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５、又は２０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５の単回用量で処置した。処置の１週間後、２週間後、４週間後、又は８週間後にマウスを屠殺した。ウェスタンブロット、ＲＴ－ｑＰＣＲ、及びグリコーゲン貯蔵分析のために組織を採取した。２週目及び８週目に屠殺する前に、マウスを一晩絶食させた。
ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５による処置の１週間後、２週間後、及び４週間後に、心臓においてＧｙｓ１ ｍＲＮＡレベルの低下が観察された（図１６Ａ）。ＧＹＳ１ ｍＲＮＡレベルのわずかな減少が、心臓におけるＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５による処置の８週間後に観察された（図１６Ａ）。横隔膜（図１６Ｂ）、四頭筋（図１６Ｃ）、及び三頭筋（図１６Ｄ）におけるＧＹＳ１ ｍＲＮＡレベルの低下が、ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５による処置後１週間、２週間、４週間、及び８週間にわたって観察された。
ＲＮＡレベルと同様に、心臓（図１７Ａ）、横隔膜（図１７Ｂ）、三頭筋（図１７Ｃ）、及び四頭筋（図１７Ｄ）は全て、ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５の処置後２週間及び４週間でＧＹＳ１タンパク質レベルの強い減少を示した。ＧＹＳ１の減少は、処置後４週間まで時間と共に強くなり、その後弱くなるようである。
心臓（図１８Ａ）、横隔膜（図１８Ｂ）、三頭筋（図１８Ｃ）、及び四頭筋（図１８Ｄ）における薬物曝露は、ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５による処置後１週間～８週間で減少した。しかし、薬物曝露は、分析された全ての筋肉組織について注射の８週間後に検出され得る。
ＡＭＰＬＥＸレッドグルコース／グルコースオキシダーゼアッセイキット（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｃｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡから入手可能）を使用して、選択された組織におけるグリコーゲン貯蔵レベルを決定した。α－アミログルコシダーゼで消化した同じサンプルからのグルコースレベルからグリコースレベルを差し引くことによって、グリコーゲンレベルを決定した。
ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１０５５による処置の１週間後、２週間後、及び４週間後に、心臓、横隔膜、三頭筋、及び四頭筋において、グリコーゲンのわずかではあるが有意ではない減少が観察された。同様の観察を処置の８週間後に行った。グリコーゲンレベルの減少の欠如は、マウスが治療されたときにグリコーゲン貯蔵表現型が完全に発達していないことに起因し得る。例えば、野生型マウスとＧＡＡノックアウトマウスとの比較は、心臓、横隔膜、四頭筋、及び三頭筋におけるグリコーゲン貯蔵レベルが年齢と共に増加することを示す。この知見は、文献（Ｒａｂｅｎ，Ｎ．ら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９８），２７３（３０），ｐｇ．１９０８６）とも一致している。マウスを処置したときにグリコーゲン表現型が依然として発生していた場合、マウスは、試験時にポンペ病モデルを正確に反映していなかった可能性がある。
実施例７．ＧＹＳ１を標的とする第３のＰＭＯ－ＥＥＶ構築物のインビボ評価
ポンペ病模倣マウスモデルを使用して、ＰＭＯ－ＥＥＶ構築物２２０－１１２０のインビボ有効性を決定した。構築物２２０－１１２０は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これが ＥＥＶ１１２０ Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８２］－ＰＥＧ１２－ＯＨ））にコンジュゲートされている。ＰＭＯは、アミドコンジュゲーションケミストリーを使用して、ＥＥＶにコンジュゲートされた。
ポンペ病模倣マウスモデルを使用して、ＰＭＯ－ＥＥＶ構築物２２０－１１２０のインビボ有効性を決定した。構築物２２０－１１２０は、ＰＭＯ２２０（５’－ＴＣＡＣＴＧＴＣＴＧＧＣＴＣＡＣＡＴＡＣＣＣＡＴＡ－３’；配列番号３２７）であり、これが ＥＥＶ１１２０ Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ（シクロ［配列番号８２］－ＰＥＧ１２－ＯＨ））にコンジュゲートされている。ＰＭＯは、アミドコンジュゲーションケミストリーを使用して、ＥＥＶにコンジュゲートされた。
実施例５と同じマウスモデルを使用した。野生型マウス及びＧＡＡノックアウトマウスを、静脈内注射を介して、４０ｍｐｋのＰＭＯ２２０、５ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１１２０、１０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１１２０、２０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１１２０、又は４０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１１２０の単回用量で治療した。処置の２週間後にマウスを屠殺した。ウェスタンブロット分析、ＲＴ－ｑＰＣＲ、及びグリコーゲン貯蔵のために組織を採取した。マウスを屠殺前に一晩絶食させた。
ＧＹＳ１ ｍＲＮＡの用量依存的ノックダウン（図１９）及びタンパク質レベル（図２０）が、ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１１２０で処置したマウスの三頭筋（Ｃ）及び四頭筋（Ｄ）において観察された。心臓（Ａ）及び横隔膜（Ｂ）において、ＧＹＳ１ ｍＲＮＡ及びタンパク質レベルの中程度のノックダウンが観察されたが、これはおそらく試験したマウスの数が限られていたためであろう。
ＰＭＯ－ＥＥＶ２２０ ＰＭＯ－ＥＥＶ－１１２０の複数回投与を受けたマウスを用いて、同様の試験を行った。簡潔に述べると、ＧＡＡノックアウトマウスに、静脈内注射を介して、７ｍｐｋのＰＭＯ２２０又は１０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２２０－１１２０を２週間毎に８週間投薬した（ＰＭＯの総用量＝３５ｍｐｋ；ＰＭＯ－ＥＥＶの総用量＝５０ｍｐｋ）。最初の処置の１０週間後、マウスを屠殺した。ウェスタンブロット、ＲＴ－ｑＰＣＲ、及びグリコーゲン貯蔵分析のために組織を採取した。最初の処置の前、３回目の処置の後、及び最後の処置の後に、マウスを、握力、ワイヤハングタイム、及び心機能（心エコー検査を介して）について調べた。
強いＧＹＳ１ ｍＲＮＡノックダウンが、心筋及び骨格筋の両方で観察された（図２１Ａ～図２１Ｃ）。ＧＹＳ１及びＧＹＳ２のｍＲＮＡレベルは、肝臓において影響を受けなかった（図２２Ａ～図２２Ｂ）。
強いグリコーゲンシンターゼ活性ノックダウンが、心臓及び大腿四頭筋において観察された。しかしながら、ＥＥＶ－ＰＭＯ２２０－１１２０の反復用量は、骨格及び筋肉組織における組織グリコーゲン貯蔵を減少させなかった。加えて、処置マウス対未処置マウスについて、握力又は前肢ハングタイムの有意な変化は観察されなかった。
実施例８：２用量のＥＥＶ－ＰＭＯマウス試験を使用したＩＦＲ－５アブレーション
２用量マウス試験を使用して、ＰＭ－ＥＥＶ２７８－１１２０の有効性を試験した。マウスに、４０ミリグラム／キログラム（ｍｐｋ）又は２０ｍｐｋのＰＭＯ２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０）又はＥＥＶ－ＰＭＯ化合物２７８－１１２０を、０日目に、更に３日目に投与した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０は、ＥＥＶ１１２０にコンジュゲートされたＰＭＯ２７８を含む（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ））。２回目の投与から５日後、マウスを屠殺し、血液及び組織を採取した。
２用量マウス試験を使用して、ＰＭ－ＥＥＶ２７８－１１２０の有効性を試験した。マウスに、４０ミリグラム／キログラム（ｍｐｋ）又は２０ｍｐｋのＰＭＯ２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０）又はＥＥＶ－ＰＭＯ化合物２７８－１１２０を、０日目に、更に３日目に投与した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０は、ＥＥＶ１１２０にコンジュゲートされたＰＭＯ２７８を含む（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ））。２回目の投与から５日後、マウスを屠殺し、血液及び組織を採取した。
図２３Ａ～図２３Ｃは、処置後の様々な組織におけるＩＲＦ－５発現レベルを示す。ＩＲＦ－５発現ノックダウンは、マウスＴｉＡ及び肝臓組織で観察されたが、小腸組織では観察されなかった。
実施例９：単回用量のＥＥＶ－ＰＭＯマウス試験を使用したＩＦＲ－５アブレーション
単回投与マウス試験を使用して、ＰＭ－ＥＥＶ２７８－１１２０の有効性を試験した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０は、ＰＭＯ２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０）であり、これがＥＥＶ１１２０にコンジュゲートされている（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。０日目に、８０ミリグラム／キログラム（ｍｐｋ）のＰＭＯ２７８、ＩＶによる４０ｍｐｋ又は８０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０、又は皮下（ＳＣ）で１２０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０をマウスに投薬した。２回目の投与の７日後、マウスを屠殺し、血液及び組織を採取した。
単回投与マウス試験を使用して、ＰＭ－ＥＥＶ２７８－１１２０の有効性を試験した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０は、ＰＭＯ２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０）であり、これがＥＥＶ１１２０にコンジュゲートされている（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）。０日目に、８０ミリグラム／キログラム（ｍｐｋ）のＰＭＯ２７８、ＩＶによる４０ｍｐｋ又は８０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０、又は皮下（ＳＣ）で１２０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０をマウスに投薬した。２回目の投与の７日後、マウスを屠殺し、血液及び組織を採取した。
図２４は、８０ｍｐｋのＰＭＯ２７８の場合の、肝臓組織（Ａ）、腎臓組織（Ｂ）、及び前脛骨筋組織（Ｃ）におけるＩＲＦ－５発現レベルを示す。Ａは８０ｍｐｋのＰＭＯであり、ＢはＩＶを介して送達された４０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０である。Ｃは、ＩＶを介して送達された８０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０であり、Ｄは、皮下に送達された１２０ｍｐｋのＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０である。４０ｍｐｋ及び８０ｍｐｋの両方で２７８－１１２０を単回投与したマウスの肝臓組織におけるＩＲＦ－５タンパク質発現は有意に減少し、これはそれぞれ４０％及び５３％の減少に相当した（Ａ）。腎臓組織におけるＩＲＦ－５レベルは、試験した他の組織と比較して低かった。データは、おそらくバンド強度対バックグラウンドを定量化することの難しさに起因する変動性を示す。加えて、前脛骨筋組織データにおける変動性が、ゲル上で良好に泳動しなかった試料に起因して観察された（データは示さず）。全体として、データは、腎臓において肝臓と同様の傾向を示す。単回用量投与でＩＲＦ－５タンパク質レベルが有意に減少する。
実施例１０：ＩＲＦ－５を標的とする様々なＥＥＶ－ＰＭＯのインビトロエクソンスキッピングの評価
刺激されていないＲＡＷ２６４．７単球／マクロファージ細胞を使用して、２つのＥＥＶ－ＰＭＯ化合物２７７－１１２０及び２７８－１１２０による処置後のＩＲＦ－５発現及びエクソンスキッピングを評価した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７７－１１２０は、ＰＭＯ配列ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ ＣＴＣ Ｔ（配列番号３６５）であり、これがアミドコンジュゲーションケミストリーを介してＥＥＶ１１２０ Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－ｃｙｃｌｏ（配列番号８２）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）にコンジュゲートされている。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０は、ＰＭＯ配列ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ（配列番号３４０）であり、アミドコンジュゲーションケミストリーを介してＥＥＶ１１２０ Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ （Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－シクロ（配列番号８２）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）にコンジュゲートされている。簡単に説明すると、１５０Ｋ細胞／ウェルを、０．５ｍｌのＤＭＥＭ中の２４ウェルプレートに播種した。４時間後、ＥＥＶ－ＰＭＯ化合物を細胞に添加して、５００μＬの総体積を得た。次いで、細胞を２４時間インキュベートした。インキュベーション後、細胞培養培地をサイトカイン、ＩＬ６、及びＴＮＦ－α検出のために収集した。ＲＮＡを抽出し、ＩＲＦ－５転写物定量に使用した。タンパク質溶解物を用いて、ＩＲＦ－５タンパク質レベルの変化を測定した。ＩＲＦ５発現レベルを、β－チューブリンと比較して求めた。
刺激されていないＲＡＷ２６４．７単球／マクロファージ細胞を使用して、２つのＥＥＶ－ＰＭＯ化合物２７７－１１２０及び２７８－１１２０による処置後のＩＲＦ－５発現及びエクソンスキッピングを評価した。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７７－１１２０は、ＰＭＯ配列ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ ＣＴＣ Ｔ（配列番号３６５）であり、これがアミドコンジュゲーションケミストリーを介してＥＥＶ１１２０ Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－ｃｙｃｌｏ（配列番号８２）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）にコンジュゲートされている。ＰＭＯ－ＥＥＶ２７８－１１２０は、ＰＭＯ配列ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ（配列番号３４０）であり、アミドコンジュゲーションケミストリーを介してＥＥＶ１１２０ Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ （Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－シクロ（配列番号８２）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）にコンジュゲートされている。簡単に説明すると、１５０Ｋ細胞／ウェルを、０．５ｍｌのＤＭＥＭ中の２４ウェルプレートに播種した。４時間後、ＥＥＶ－ＰＭＯ化合物を細胞に添加して、５００μＬの総体積を得た。次いで、細胞を２４時間インキュベートした。インキュベーション後、細胞培養培地をサイトカイン、ＩＬ６、及びＴＮＦ－α検出のために収集した。ＲＮＡを抽出し、ＩＲＦ－５転写物定量に使用した。タンパク質溶解物を用いて、ＩＲＦ－５タンパク質レベルの変化を測定した。ＩＲＦ５発現レベルを、β－チューブリンと比較して求めた。
エキソンスキッピング試験のために、細胞を上記のように処置した。ＥＥＶ－ＰＭＯ化合物とのインキュベーション後、細胞を新鮮な培地で洗浄し、次いで一晩インキュベートした。２回目のインキュベーション後、ＲＮＡを回収し、ＩＲＦ－５遺伝子中のエキソン５スキッピングを検出するプライマーを用いてＲＴ－ＰＣＲを行った。
２７７－１１２０及び２７８－１１２０は両方とも、ＲＡＷ２６４．７マウスマクロファージ／単球における標的結合を示し、用量依存的にＩＲＦ－５タンパク質レベルを有意に減少させた（図２７Ａ）。化合物２７７－１１２０は、ＩＲＦ－５タンパク質レベルを３０μＭで約８０％、１０μＭで約５０％有意に枯渇させ、３．３μＭのより低い投与量では実質的な変化は観察されなかった。化合物２７８－１１２０は、２７７－１１２０よりもＩＲＦ－５枯渇に対して強い効果を有した。化合物２７８－１１２０は、ＩＲＦ－５タンパク質レベルを３０μＭで約８０％、１０μＭで約６５％低下させた。３．３μＭのより低い投与量でさえ、２７８－１１２０は、約４０％のレベルのＩＲＦ－５タンパク質枯渇を有した。
ＥＥＶ－ＰＭＯ化合物０２７８－１１２０は、曝露後３０分経つとすぐに部分的エクソンスキッピングを誘導し、曝露時間が増加するにつれて有効性が増加した（図２７Ｂ）。
同様の実験を、ＰＭＯがＰＭＯ２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０）である追加のＥＥＶ－ＰＭＯ化合物に対して行った。ＰＭＯ２７８は、Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃１，１１２０，Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８２］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［Ｆｆ－Ｎａｌ－ＧｒＧｒＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃２，１１１３，Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号１３５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＧＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃３；１１８４，Ａｃ－ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８４］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）；及びＡｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［ＦＧＦＲＲＲＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ（ＥＥＶ＃４，１１８５，Ａｃ－配列番号４２－ＰＥＧ２－Ｋ（シクロ［配列番号８５］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）を含む様々なＥＥＶに、コンジュゲーションケミストリーを用いてコンジュゲートされていた。
細胞をＥＥＶ－ＰＭＯ化合物で前処理し、続いてＲ８４８で一晩刺激したことを除いて、上記と同様の方法を使用した。Ｒ４８４はＴｏｌｌ様受容体アゴニストであり、ＩＲＦ－５発現の誘導をもたらす。総処理時間は２４時間であった。
Ｒ８４８は、ＲＡＷ２６４．７細胞におけるＩＲＦ－５タンパク質発現を有意に増加させる。全ての試験濃度での全てのＥＥＶ－ＰＭＯ処理試料は、Ｒ８４８で刺激した細胞と比較して、ＩＲＦ－５タンパク質発現の有意な減少を示した（図２８Ａ）。ＥＥＶ－ＰＭＯ化合物２７８－１１１３、２７８－１１８４、及び２７８－１１８５は、平均して２７８－１１２０よりも５倍有効であり、Ｒ８４８による細胞刺激におけるＩＲＦ－５レベルと比較して、２μＭという低い濃度で約８０％のＩＲＦ－５タンパク質が低減した。
ＥＥＶ－ＰＭＯ化合物２７８－１１１３、２７８－１１８４、及び２７８－１１８５は、５μＭで２７８－１１２０よりも高いエクソンスキッピングを示した（図１２Ｂ）。２７８－１１１３、２７８－１１８４、及び２７８－１１８５の相互間でエクソンスキッピングの実質的な差は観察されなかった。
実施例１１：ヒトＴＨＰ１細胞における種々のＥＥＶ－ＰＭＯ化合物の評価
ヒトＴＨＰ１細胞を用いて、種々のＰＭＯ化合物及び種々のＥＥＶ－ＰＭＯ化合物で処置した後のＩＲＦ－５発現及びエクソンスキッピングを評価した。試験したＰＭＯ化合物には、３４４（ＴＴＧＧＣＡＡＣＡＴＣＣＴＣＴＧＣＡＧＣＴＧＡＡＧ；配列番号３６６，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｎ６）；３４５（ＧＣＡＡＣＡＴＣＣＴＣＴＧＣＡＧＣＴＧ；配列番号３６７，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｎ３）；３４６（ＴＣＡＧＧＣＴＴＧＧＣＡＡＣＡＴＣＣＴＣＴＧＣＡＧ；配列番号３６８，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ５Ｐ０；ＩＲＦ５－Ｅ４Ｎ３（ＴＡＡＴＣＡＴＣＡＧＴＧＧＧＴＴＧＧＣＴＣＴＣＴＧ，配列番号３６９）；２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｐ３）、及び２７７（ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ ＣＴＣ Ｔ；配列番号３６５、ｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４ＰＯ）を含む。ＰＭＯ３４４、３４５、及び３４６を含むＥＥＶ－ＰＭＯ化合物を、アミドコンジュゲーションケミストリーを介してＥＥＶ１１２０（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－（ｃｙｃｌｏ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－シクロ（配列番号８２）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）に個々にコンジュゲートさせた。
ヒトＴＨＰ１細胞を用いて、種々のＰＭＯ化合物及び種々のＥＥＶ－ＰＭＯ化合物で処置した後のＩＲＦ－５発現及びエクソンスキッピングを評価した。試験したＰＭＯ化合物には、３４４（ＴＴＧＧＣＡＡＣＡＴＣＣＴＣＴＧＣＡＧＣＴＧＡＡＧ；配列番号３６６，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｎ６）；３４５（ＧＣＡＡＣＡＴＣＣＴＣＴＧＣＡＧＣＴＧ；配列番号３６７，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｎ３）；３４６（ＴＣＡＧＧＣＴＴＧＧＣＡＡＣＡＴＣＣＴＣＴＧＣＡＧ；配列番号３６８，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ５Ｐ０；ＩＲＦ５－Ｅ４Ｎ３（ＴＡＡＴＣＡＴＣＡＧＴＧＧＧＴＴＧＧＣＴＣＴＣＴＧ，配列番号３６９）；２７８（ＡＧＡ ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ Ｃ；配列番号３４０，Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｐ３）、及び２７７（ＡＣＧ ＴＡＡ ＴＣＡ ＴＣＡ ＧＴＧ ＧＧＴ ＴＧＧ ＣＴＣ Ｔ；配列番号３６５、ｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４ＰＯ）を含む。ＰＭＯ３４４、３４５、及び３４６を含むＥＥＶ－ＰＭＯ化合物を、アミドコンジュゲーションケミストリーを介してＥＥＶ１１２０（Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶ－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－（ｃｙｃｌｏ［ＦＧＦＧＲＧＲＱ］）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）（Ａｃ－配列番号４２－ＡＥＥＡ－Ｌｙｓ－シクロ（配列番号８２）－ＰＥＧ１２－ＯＨ）に個々にコンジュゲートさせた。
簡潔に述べると、ＰＭＯのみの試験のために、ヌクレオフェクション法を使用して、ＰＭＯ化合物をＴＨＰ１細胞にトランスフェクトした。ヌクレオフェクション後、細胞をＰＭＡ含有培地に播種し、２４時間インキュベートした後、回収した。ＲＮＡを回収し、ＩＲＦ－５遺伝子中のエキソン４及びエキソン５の両方のスキッピングを検出するプライマーを用いてＲＴ－ＰＣＲを行った。
簡潔に述べると、ＥＥＶ－ＰＭＯ試験のために、ＴＨＰ１細胞をＰＭＡによって一晩分化させた。次に、細胞を様々なＥＥＶ－ＰＭＯコンジュゲートで処置し、回収前に２４時間インキュベートした。ＲＮＡを回収し、ＩＲＦ－５遺伝子中のエキソン５のスキッピングを検出するプライマーを用いてＲＴ－ＰＣＲを行った。
図２９Ａは、様々なＰＭＯ化合物による処置後のエクソン４及びエクソン５スキッピングレベルを示す。マウス細胞において良好に機能したＰＭＯ化合物は、必ずしもヒト細胞に翻訳されない。例えば、低レベルのエクソンスキッピングが、Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４Ｐ３（ＰＭＯ２７８）及びＨｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ４ＰＯ（ＰＭＯ２７７）について観察された。エクソンスキッピングは、Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ５Ｎ６（ＰＭＯ ３４４）、Ｈｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ５Ｎ３（ＰＭＯ ３４５）、及びＨｓ－ＩＲＦ－５－Ｅ５Ｐ０（ＰＭＯ ３４６）について観察された。
図２９Ｂは、様々なＰＭＯ－ＥＥＶ化合物による処置後のエクソン５スキッピングレベルを示す。結果は、ＥＥＶ－ＰＭＯコンジュゲートが、エクソンスキッピング及びＴＨＰ１細胞内の標的遺伝子の下方制御を誘導することができることを示す。
いくつかの実施形態が本明細書に記載されている。それにもかかわらず、本発明の精神及び範囲から逸脱することなく、様々な修正がなされ得ることが理解されるであろう。したがって、他の実施形態は、以下の特許請求の範囲内にある。
Claims (135)
- 化合物であって、
環状細胞透過性ペプチド（cyclic Cell Penetrating Peptide、ｃＣＰＰ）と、
標的遺伝子の標的転写物の標的ヌクレオチド配列に相補的であるヌクレオチド配列を含むアンチセンス化合物（Antisense Compound、ＡＣ）と、を含む化合物であって、前記ＡＣは、前記標的ヌクレオチド配列に特異的にハイブリダイズし、前記標的転写物のスプライシングを調節して、前記標的転写物から発現されるタンパク質の発現又は活性を下方制御する、化合物。 - 前記ＡＣは、エクソンスキッピングを誘導する、請求項１に記載の化合物。
- 前記エクソンスキッピングは、フレームシフトを導入する、請求項２に記載の化合物。
- 前記ＡＣは、ヌクレオチド配列を含み、前記ヌクレオチド配列は、スプライシングエレメントの少なくとも一部に相補的であるか、又は前記スプライシングエレメントに十分に近接して、前記標的転写物のスプライシングを調節する、請求項１又は２に記載の化合物。
- 前記スプライシングエレメントは、末端ステムループ配列、分岐点配列、ポリピリミジン配列、５’スプライス部位、３’スプライス部位、及びイントロンスプライシングサイレンサ配列、イントロンスプライシングエンハンサ配列、エクソンスプライシングエンハンサ配列、エクソンスプライシングサイレンサ配列、並びにエクソン／イントロン接合部を含む配列のうちの１つ又は複数である、請求項４に記載の化合物。
- 前記スプライシングエレメントは、５’スプライス部位又は３’スプライス部位である、請求項４に記載の化合物。
- 前記ＡＣは、前記スプライシングエレメントの少なくとも一部に相補的なヌクレオチド配列を含む、請求項２～６のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記標的遺伝子は、疾患の病因に関与する、請求項１～７のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ＡＣは、約５～約１０００、約５～約５００、約５～約１００、約５～約５０、又は約５～約２５ヌクレオチドの長さを有する、請求項１～８のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ＡＣは、ホスホロチオエート（Phosphorothioate、ＰＳ）ヌクレオチド、ホスホロジアミデートモルホリノヌクレオチド、ロックド核酸（Locked Nucleic Acid、ＬＮＡ）、ペプチド核酸（Peptide Nucleic Acid、ＰＮＡ）、２’－Ｏ－メチル（２’－ＯＭｅ）修飾骨格を含むヌクレオチド、２’Ｏ－メトキシ－エチル（２’－ＭＯＥ）ヌクレオチド、２’，４’拘束エチル（ｃＥｔ）ヌクレオチド、２’－デオキシ－２’－フルオロ－β－Ｄ－アラビノ核酸（２’Ｆ－ＡＮＡ）、又はそれらの組み合わせを含む少なくとも１つの修飾ヌクレオチド又は核酸を含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ＡＣは、１つ以上のホスホロジアミデートモルホリノヌクレオシド、２’－Ｏ－メチル化ヌクレオシド、ロックド核酸（Locked Nucleic Acid、ＬＮＡ）、又はそれらの組み合わせを含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ｃＣＰＰを前記ＡＣにコンジュゲートするリンカーをさらに含む、請求項１～１１のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記リンカーは、前記ｃＣＰＰのアミノ酸の化学反応性側鎖にコンジュゲートされている、請求項１～１２のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ｃＣＰＰの前記化学反応性側鎖は、アミン基、カルボン酸、アミド、ヒドロキシル基、スルフヒドリル基、グアニジニル基、フェノール基、チオエーテル基、イミダゾリル基、又はインドリル基を含む、請求項１３に記載の化合物。
- 前記ＡＣがコンジュゲートされる前記ｃＣＰＰの前記アミノ酸には、リジン、アルギニン、アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン、ホモグルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、アルギニン、チロシン、メチオニン、ヒスチジン、又はトリプトファンを含む、請求項１３又は１４に記載の化合物。
- 前記リンカーは、前記ＡＣの５’末端、３’末端にコンジュゲートされている、請求項１２～１５のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記リンカーは、それぞれ任意で置換されている１つ以上のＤ又はＬアミノ酸、それぞれ任意で置換されているアルキレン、アルケニレン、アルキニレン、カルボシクリル、又はヘテロシクリル、又は－（Ｒ１－Ｊ－Ｒ２）ｚ”－であって、式中、Ｒ１及びＲ２の各々が、各場合において、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、カルボシクリル、及びヘテロシクリルから独立して選択され、各Ｊが、独立して、ＮＲ３、－ＮＲ３Ｃ（Ｏ）－、Ｓ、及びＯであり、式中、Ｒ３が、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、カルボシクリル、及びヘテロシクリルから独立して選択され、これらは各々任意選択で置換されており、ｚ”が１から５０の整数である、サブユニット、又はそれらの組み合わせを含む、請求項１２～１６のいずれか１項に記載の化合物。
- 前記ｃＣＰＰは、４から１２個のアミノ酸を含み、
少なくとも２つのアミノ酸がアルギニンであり、
少なくとも２つのアミノ酸が疎水性側鎖を含み、
少なくとも１個のアミノ酸はＤアミノ酸である、請求項１～１７のいずれか一項に記載の化合物。 - 前記ｃＣＰＰは、式（Ａ）：
又はそのプロトン化形態であって、式中、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈ又はアミノ酸の芳香族若しくはヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のうちの少なくとも１つは、アミノ酸の芳香族又はヘテロ芳香族側鎖であり、
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７は独立して、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７のうちの少なくとも１つは、３－グアニジノ－２－アミノプロピオン酸、４－グアニジノ－２－アミノブタン酸、アルギニン、ホモアルギニン、Ｎ－メチルアルギニン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアルギニン、２，３－ジアミノプロピオン酸、２，４－ジアミノブタン酸、リジン、Ｎ－メチルリジン、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、Ｎ－エチルリジン、Ｎ，Ｎ，Ｎ－トリメチルリジン、４－グアニジノフェニルアラニン、シトルリン、Ｎ，Ｎ－ジメチルリジン、β－ホモアルギニン、３－（１－ピペリジル）アラニンの側鎖であり、
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
ｑは、１、２、３又は４である、請求項１～１７のいずれか一項に記載の化合物。 - 前記ｃＣＰＰは、式（Ｉ）：
又はそのプロトン化形態若しくは塩であり、
から選択される構造を有し、式中、
各ｍは、独立して、０～３の整数である、請求項１９に記載の化合物。 - Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３が独立してＨ又はアリール基を含む側鎖である、請求項１９又は２０に記載の化合物。
- アリール基を含む側鎖が、チロシン、フェニルアラニン、１－ナフチルアラニン、２－ナフチルアラニン、トリプトファン、３－ベンゾチエニルアラニン、４－フェニルフェニルアラニン、３，４－ジフルオロフェニルアラニン、４－トリフルオロメチルフェニルアラニン、２，３，４，５，６－ペンタフルオロフェニルアラニン、ホモフェニルアラニン、β－ホモフェニルアラニン、４－ｔｅｒｔ－ブチル－フェニルアラニン、４－ピリジニルアラニン、３－ピリジニルアラニン、４－メチルフェニルアラニン、４－フルオロフェニルアラニン、４－クロロフェニルアラニン、３－（９－アントリル）－アラニンの側鎖である、請求項１９～２１のいずれか一項に記載の化合物。
- アリール基を含む側鎖が、フェニルアラニンの側鎖である、請求項１９又は２２に記載の化合物。
- Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のうちの２つがフェニルアラニンの側鎖である、請求項１９～２３のいずれか一項に記載の化合物。
- Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４のうちの２つがＨである、請求項１９～２４のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ｃＣＰＰは、式（Ｉ－１）：
- 前記ｃＣＰＰは、式（Ｉ－２）：
- 前記ｃＣＰＰは、式（Ｉ－３）：
- 前記ｃＣＰＰは、式（Ｉ－４）：
- 前記ｃＣＰＰは、式（Ｉ－５）：
- 前記ｃＣＰＰは、式（Ｉ－６）：
- 前記ｃＣＰＰは、式（ＩＩ）：
式中、
ＡＡＳＣは、アミノ酸側鎖であり、
Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃは、各々独立して、６から１４員アリール又は６から１４員ヘテロアリールであり、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄは、独立してアミノ酸側鎖であり、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄのうちの少なくとも１つは、
Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ及びＲ２ｄのうちの少なくとも１つは、グアニジン又はそのプロトン化形態若しくは塩であり、
各ｎ’’は、独立して、０から５の整数であり、
各ｎ’は、独立して、０から３の整数であり、
ｎ’が０である場合、Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｂ又はＲ２ｄは存在しない、請求項１～１７のいずれか一項に記載の化合物。 - 前記ｃＣＰＰは、式（ＩＩ－１）：
- Ｒ１ａ、Ｒ１ｂ、及びＲ１ｃが、各々独立して、フェニル、ナフチル、及びアントラセニルからなる群から選択される、請求項３２又は３３に記載の化合物。
- 前記ｃＣＰＰは、式（ＩＩａ）：
- Ｒ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ、又はＲ２ｄの少なくとも１つは、
- 少なくとも２つのＲ２ａ、Ｒ２ｂ、Ｒ２ｃ、又はＲ２ｄは、
- 前記環状ペプチドは、式（ＩＩｂ）：
- Ｒ２ａ及びＲ２ｃが各々、
- 前記ｃＣＰＰは、式（ＩＩｃ）：
- ＡＡＳＣが、アスパラギン残基、アスパラギン酸残基、グルタミン酸残基、ホモグルタミン酸残基、又はホモグルタミン酸残基の側鎖である、請求項１９～４０のいずれか一項に記載の化合物。
- ＡＡＳＣがグルタミン酸残基の側鎖である、請求項１９～４０のいずれか一項に記載の化合物。
- ＡＡＳＣが：
- 前記ｃＣＰＰは、構造：
- 前記ｃＣＰＰは、構造：
- 前記ＡＡＳＣ上の少なくとも１つの原子が前記治療部分若しくはリンカーによって置換されるか、又は少なくとも１つの孤立電子対が前記治療部分若しくは前記リンカーへの結合を形成する、請求項１９～４５のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記リンカーは、－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚ’－サブユニットを含み、式中、ｚ’は１～２３の整数である、請求項４４～４６のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記リンカーは、
（ｉ）－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚサブユニット（式中、ｚ’は１から２３の整数である）、
（ｉｉ）１つ以上のアミノ酸残基、例えば、グリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸、５－アミノペント酸若しくは６－アミノヘキサン酸、又はそれらの組み合わせの残基、又は
（ｉｉｉ）（ｉ）及び（ｉｉ）の組み合わせ、を含む、請求項４４～４６のいずれか一項に記載の化合物。 - 前記リンカーは、
（ｉ）－（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｚサブユニット（式中、ｚは２から２０の整数である）、
（ｉｉ）グリシン、β－アラニン、４－アミノ酪酸、５－アミノペント酸、６－アミノヘキサン酸、又はそれらの組み合わせの１つ以上の残基、又は
（ｉｉｉ）（ｉ及び（ｉｉ））の組み合わせを含む、請求項４４～４６のいずれか一項に記載の化合物。 - 前記リンカーは、二価又は三価のＣ１～Ｃ５０アルキレンであり、ここで、１～２５個のメチレン基は、任意で、かつ独立して、－Ｎ（Ｈ）－、－Ｎ（Ｃ１－Ｃ４アルキル）－、－Ｎ（シクロアルキル）－、－Ｏ－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｃ１－Ｃ４アルキル）－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（シクロアルキル）－、－Ｎ（Ｈ）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｃ１－Ｃ４アルキル）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（シクロアルキル）Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｈ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｃ１－Ｃ４アルキル）、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（シクロアルキル）、アリール、ヘテロアリール、シクロアルキル、又はシクロアルケニルによって置き換えられている、請求項４４～４６のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記リンカーは、構造：
式中、
ｘ’は、１～２３の整数であり、ｙは、１～５の整数であり、ｚ’は、１～２３の整数であり、＊は前記ＡＡＳＣへの結合点であり、ＡＡＳＣは前記環状ペプチドのアミノ酸残基の側鎖であり、Ｍは結合基である、請求項４４～４６のいずれか一項に記載の化合物。 - ｚ’は１１である、請求項５１に記載の化合物。
- ｘ’は１である、請求項５１又は５２に記載の化合物。
- 前記ｃＣＰＰにコンジュゲートされた環外ペプチドをさらに含む、請求項１～５３のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記環外ペプチドは、前記リンカーのアミノ末端で前記リンカーに結合している、請求項５１に従属する請求項５４に記載の化合物。
- 前記環外ペプチドは、２～１０個のアミノ酸残基を含む、請求項５４又は５５に記載の化合物。
- 前記環外ペプチドは、４～８個のアミノ酸残基を含む、請求項５４又は５５に記載の化合物。
- 前記環外ペプチドは、グアニジン基又はそのプロトン化形態若しくは塩を含む側鎖を含む１個又は２個のアミノ酸残基を含む、請求項５４～５７のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記環外ペプチドは、２、３、又は４個のリジン残基を含む、請求項５４～５８のいずれか一項に記載の化合物。
- 各リジン残基の側鎖上のアミノ基が、トリフルオロアセチル（－ＣＯＣＦ３）、アリルオキシカルボニル（Ａｌｌｏｃ）、１－（４，４－ジメチル－２，６－ジオキソシクロヘキシリデン）エチル（Ｄｄｅ）、又は（４，４－ジメチル－２，６－ジオキソシクロヘキサ－１－イリデン－３）－メチルブチル（ｉｖＤｄｅ）基で置換されている、請求項５９に記載の化合物。
- 前記環外ペプチドは、疎水性側鎖を有する少なくとも２個のアミノ酸残基を含む、請求項５４～６０のいずれか一項に記載の化合物。
- 疎水性側鎖を有する前記アミノ酸残基が、バリン、プロリン、アラニン、ロイシン、イソロイシン、及びメチオニン残基から選択される、請求項６１に記載の化合物。
- 前記環外ペプチドは、以下の配列：ＫＫ、ＫＲ、ＲＲ、ＨＨ、ＨＫ、ＨＲ、ＲＨ、ＫＫＫ、ＫＧＫ、ＫＢＫ、ＫＢＲ、ＫＲＫ、ＫＲＲ、ＲＫＫ、ＲＲＲ、ＫＫＨ、ＫＨＫ、ＨＫＫ、ＨＲＲ、ＨＲＨ、ＨＨＲ、ＨＢＨ、ＨＨＨ、ＨＨＨＨ、ＫＨＫＫ、ＫＫＨＫ、ＫＫＫＨ、ＫＨＫＨ、ＨＫＨＫ、ＫＫＫＫ、ＫＫＲＫ、ＫＲＫＫ、ＫＲＲＫ、ＲＫＫＲ、ＲＲＲＲ、ＫＧＫＫ、ＫＫＧＫ、ＨＢＨＢＨ、ＨＢＫＢＨ、ＲＲＲＲＲ、ＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＲＫ、ＲＫＫＫＫ、ＫＲＫＫＫ、ＫＫＲＫＫ、ＫＫＫＫＲ、ＫＢＫＢＫ、ＲＫＫＫＫＧ、ＫＲＫＫＫＧ、ＫＫＲＫＫＧ、ＫＫＫＫＲＧ、ＲＫＫＫＫＢ、ＫＲＫＫＫＢ、ＫＫＲＫＫＢ、ＫＫＫＫＲＢ、ＫＫＫＲＫＶ、ＲＲＲＲＲＲ、ＨＨＨＨＨＨ、ＲＨＲＨＲＨ、ＨＲＨＲＨＲ、ＫＲＫＲＫＲ、ＲＫＲＫＲＫ、ＲＢＲＢＲＢ、ＫＢＫＢＫＢ、ＰＫＫＫＲＫＶ、ＰＧＫＫＲＫＶ、ＰＫＧＫＲＫＶ、ＰＫＫＧＲＫＶ、ＰＫＫＫＧＫＶ、ＰＫＫＫＲＧＶ、又はＰＫＫＫＲＫＧのうちの１つを含み、式中、Ｂは、ベータアラニンである、請求項５４又は５５に記載の化合物。
- 前記環外ペプチドは、以下の配列：ＰＫＫＫＲＫＶ、ＲＲ、ＲＲＲ、ＲＨＲ、ＲＢＲ、ＲＢＲＢＲ、ＲＢＨＢＲ、又はＨＢＲＢＨのうちの１つを含み、式中、Ｂはベータアラニンである、請求項５４又は５５に記載の化合物。
- 前記環外ペプチドは、以下の配列：ＫＫ、ＫＲ、ＲＲ、ＫＫＫ、ＫＧＫ、ＫＢＫ、ＫＢＲ、ＫＲＫ、ＫＲＲ、ＲＫＫ、ＲＲＲ、ＫＫＫＫ、ＫＫＲＫ、ＫＲＫＫ、ＫＲＲＫ、ＲＫＫＲ、ＲＲＲＲ、ＫＧＫＫ、ＫＫＧＫ、ＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＲＫ、ＫＢＫＢＫ、ＫＫＫＲＫＶ、ＰＫＫＫＲＫＶ、ＰＧＫＫＲＫＶ、ＰＫＧＫＲＫＶ、ＰＫＫＧＲＫＶ、ＰＫＫＫＧＫＶ、ＰＫＫＫＲＧＶ又はＰＫＫＫＲＫＧのうちの１つを含む、請求項５４又は５５に記載の化合物。
- 前記環外ペプチドは、ＰＫＫＫＲＫＶを含む、請求項５４又は５５に記載の化合物。
- 前記環外ペプチドは、以下の配列：ＮＬＳＫＲＰＡＡＩＫＫＡＧＱＡＫＫＫＫ、ＰＡＡＫＲＶＫＬＤ、ＲＱＲＲＮＥＬＫＲＳＦ、ＲＭＲＫＦＫＮＫＧＫＤＴＡＥＬＲＲＲＲＶＥＶＳＶＥＬＲ、ＫＡＫＫＤＥＱＩＬＫＲＲＮＶ、ＶＳＲＫＲＰＲＰ、ＰＰＫＫＡＲＥＤ、ＰＱＰＫＫＫＰＬ、ＳＡＬＩＫＫＫＫＫＭＡＰ、ＤＲＬＲＲ、ＰＫＱＫＫＲＫ、ＲＫＬＫＫＫＩＫＫＬ、ＲＥＫＫＫＦＬＫＲＲ、ＫＲＫＧＤＥＶＤＧＶＤＥＶＡＫＫＫＳＫＫ又はＲＫＣＬＱＡＧＭＮＬＥＡＲＫＴＫＫのうちの１つを含む、請求項６６に記載の化合物。
- 前記化合物は、式（Ｃ）：
式中、
Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３は、各々独立して、Ｈであるか、又はアリール若しくはヘテロアリール基を含む側鎖であり、式中、Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のうちの少なくとも１つは、アリール若しくはヘテロアリール基を含む側鎖であり、
Ｒ４及びＲ７は、独立して、Ｈ又はアミノ酸側鎖であり、
ＥＰは、環外ペプチドであり、
各ｍは、独立して、０～３の整数であり、
ｎは、０～２の整数であり、
ｘ’は、１～２３の整数であり、
ｙは、１～５の整数であり、
ｑは、１～４の整数である、環状ペプチドと、
ｚ’は、１～２３の整数であり、
カーゴは治療部分である、請求項１～２１のいずれか一項に記載の化合物。 - Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３が、Ｈ又はアリール基を含む側鎖である、請求項６８に記載の化合物。
- 前記アリール基を含む側鎖がフェニルアラニンの側鎖である、請求項６８又は６９に記載の化合物。
- Ｒ１、Ｒ２、及びＲ３のうちの２つがフェニルアラニンの側鎖である、請求項６８～７０のいずれか一項に記載の化合物。
- Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３及びＲ４のうちの２つがＨである、請求項６８～７０のいずれか一項に記載の化合物。
- ｚ’が１１である、請求項６８～７２のいずれか一項に記載の化合物。
- ｘ’が１である、請求項６８～７３のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、２～１０個のアミノ酸残基を含む、請求項６８～７４のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、４～８個のアミノ酸残基を含む、請求項６８～７４のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、グアニジン基又はそのプロトン化形態若しくは塩を含む側鎖を含む１個又は２個のアミノ酸残基を含む、請求項６８～７６のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、少なくとも１つのリジン残基を含む、請求項６８～７７のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、２、３、又は４個のリジン残基を含む、請求項６８～７７のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、疎水性側鎖を有する少なくとも２個のアミノ酸を含む、請求項６８～７８のいずれか一項に記載の化合物。
- 疎水性側鎖を有する前記アミノ酸残基が、バリン、プロリン、アラニン、ロイシン、イソロイシン、及びメチオニン残基から選択される、請求項８０に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、以下の配列：ＰＫＫＫＲＫＶ、ＫＲ、ＲＲ、ＫＫＫ、ＫＧＫ、ＫＢＫ、ＫＢＲ、ＫＲＫ、ＫＲＲ、ＲＫＫ、ＲＲＲ、ＫＫＫＫ、ＫＫＲＫ、ＫＲＫＫ、ＫＲＲＫ、ＲＫＫＲ、ＲＲＲＲ、ＫＧＫＫ、ＫＫＧＫ、ＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＲＫ、ＫＢＫＢＫ、ＫＫＫＲＫＶ、ＰＧＫＫＲＫＶ、ＰＫＧＫＲＫＶ、ＰＫＫＧＲＫＶ、ＰＫＫＫＧＫＶ、ＰＫＫＫＲＧＶ、又はＰＫＫＫＲＫＧのうちの１つを含む、請求項６８～７４のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、構造：Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶを有する、請求項６８～７４のいずれか一項に記載の化合物。
- 式（Ｃ－１）、（Ｃ－２）、（Ｃ－３）、又は（Ｃ－４）：
ＥＰは環外ペプチドであり、
オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドである治療部分である、構造を含む、請求項１～２１のいずれか一項に記載の化合物。 - 前記ＥＰは、２～１０個のアミノ酸残基を含む、請求項８４に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、４～８個のアミノ酸残基を含む、請求項８４に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、グアニジン基又はそのプロトン化形態若しくは塩を含む側鎖を含む１個又は２個のアミノ酸残基を含む、請求項８４～８６のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、少なくとも１つのリジン残基を含む、請求項８４～８７のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、２、３、又は４個のリジン残基を含む、請求項８４～８７のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、疎水性側鎖を有する少なくとも２個のアミノ酸を含む、請求項８４～８９のいずれか一項に記載の化合物。
- 疎水性側鎖を有する前記アミノ酸残基が、バリン、プロリン、アラニン、ロイシン、イソロイシン、及びメチオニン残基から選択される、請求項９０に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、以下の配列：ＰＫＫＫＲＫＶ、ＫＲ、ＲＲ、ＫＫＫ、ＫＧＫ、ＫＢＫ、ＫＢＲ、ＫＲＫ、ＫＲＲ、ＲＫＫ、ＲＲＲ、ＫＫＫＫ、ＫＫＲＫ、ＫＲＫＫ、ＫＲＲＫ、ＲＫＫＲ、ＲＲＲＲ、ＫＧＫＫ、ＫＫＧＫ、ＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＲＫ、ＫＢＫＢＫ、ＫＫＫＲＫＶ、ＰＧＫＫＲＫＶ、ＰＫＧＫＲＫＶ、ＰＫＫＧＲＫＶ、ＰＫＫＫＧＫＶ、ＰＫＫＫＲＧＶ、又はＰＫＫＫＲＫＧのうちの１つを含む、請求項８４に記載の化合物。
- 前記ＥＰは、構造：Ａｃ－ＰＫＫＫＲＫＶを有する、請求項８４に記載の化合物。
- 前記化合物は、グリコーゲン合成酵素の発現を下方制御する、請求項１～９３のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記化合物は、ＧＹＳ１の発現を下方制御する、請求項９４に記載の化合物。
- 前記化合物は、ＧＹＳ１転写物中のエクソンのエクソンスキッピングを誘導する、請求項９４又は９５に記載の化合物。
- 前記ＡＣは、前記標的ヌクレオチド配列にハイブリダイズし、前記標的ヌクレオチド配列は、ＧＹＳ１転写物の少なくとも一部を含み、前記ＡＣは、前記ＧＹＳ１転写物中のエクソンのスキッピングを誘導する、請求項９４～９６のいずれか一項記載の化合物。
- 前記エクソンのスキッピングが、前記ＧＹＳ１転写物におけるフレームシフトを誘導する、請求項９７に記載の化合物。
- 前記フレームシフトは、減少した活性を有するグリコーゲン合成酵素をコードするＧＹＳ１転写物をもたらす、請求項９８に記載の化合物。
- 前記フレームシフトは、短縮又は非機能的グリコーゲン合成酵素をもたらす、請求項９８に記載の化合物。
- 前記フレームシフトは、前記ＧＹＳ１転写物における未成熟終止コドンの導入をもたらす、請求項９８に記載の化合物。
- 前記フレームシフトは、ナンセンス媒介崩壊による前記ＧＹＳ１転写物の分解をもたらす、請求項９８に記載の化合物。
- 前記化合物は、ＧＹＳ１エクソン２、ＧＹＳ１エクソン５、ＧＹＳ１エクソン６、ＧＹＳ１エクソン７、ＧＹＳ１エクソン８、ＧＹＳ１エクソン１０又はＧＹＳ１エクソン１２などのフレーム外エクソンをスキップするように設計されている、請求項９６に記載の化合物。
- 前記フレーム外エクソンのスキッピングが、前記ＧＹＳ１転写物におけるフレームシフトをもたらす、請求項１０３に記載の化合物。
- 前記化合物は、以下の配列
配列（５’から３’）
ｃｔｇｔｇｇｇｃｃｃａａｇｃｇｔｇｔｇａｇｇｇｃａ
ＡＣＣＣＡｃｔｇｔｇｇｇｃｃｃａａｇｃｇｔｇｔｇａ
ＡＴＧＣＣＡＣＣＣＡｃｔｇｔｇｇｇｃｃｃａａｇｃｇ
ＴＧＴＡＧＡＴＧＣＣＡＣＣＣＡｃｔｇｔｇｇｇｃｃｃ
ＣＡＣＣＧＴＧＴＡＧＡＴＧＣＣＡＣＣＣＡｃｔｇｔｇ
ＴＧＣＡＧＣＡＣＣＧＴＧＴＡＧＡＴＧＣＣＡＣＣＣＡ
ＣＴＴＧＣＡＧＣＣＣＴＴＧＣＴＧＴＴＣＡＴＧＧＡＡ
ｃｃｃａｃＣＴＴＧＣＡＧＣＣＣＴＴＧＣＴＧＴＴＣＡ
ｃａｃｇｔｃｃｃａｃＣＴＴＧＣＡＧＣＣＣＴＴＧＣＴ
ｔｇｇｇｃｃａｃｇｔｃｃｃａｃＣＴＴＧＣＡＧＣＣＣ
ｔｇｇｇｃｔｇｇｇｃｃａｃｇｔｃｃｃａｃＣＴＴＧＣ
ｔｇｃｃｃｔｇｇｇｃｔｇｇｇｃｃａｃｇｔｃｃｃａｃ
ｃｔｇｇｇｔｇｇｇａｇｇｇｇａｃａｇｃａｇｔｃｃｇ
ＴＴＧＡＡｃｔｇｇｇｔｇｇｇａｇｇｇｇａｃａｇｃａ
ＣＣＡＣＧＴＴＧＡＡｃｔｇｇｇｔｇｇｇａｇｇｇｇａ
ＣＴＴＧＴＣＣＡＣＧＴＴＧＡＡｃｔｇｇｇｔｇｇｇａ
ＧＣＴＴＣＣＴＴＧＴＣＣＡＣＧＴＴＧＡＡｃｔｇｇｇ
ＣＣＣＣＴＧＣＴＴＣＣＴＴＧＴＣＣＡＣＧＴＴＧＡＡ
ＣＴＧＧＴＴＴＣＣＴＣＴＴＧＡＧＣＡＡＧＴＧＣＴＧ
ｃｃｔａｃＣＴＧＧＴＴＴＣＣＴＣＴＴＧＡＧＣＡＡＧ
ｃａｇｃｃｃｃｔａｃＣＴＧＧＴＴＴＣＣＴＣＴＴＧＡ
ｃａｇｃｃｃａｇｃｃｃｃｔａｃＣＴＧＧＴＴＴＣＣＴ
ｇａｃｔｔｃａｇｃｃｃａｇｃｃｃｃｔａｃＣＴＧＧＴ
ｃｔｇｇｇｇａｃｔｔｃａｇｃｃｃａｇｃｃｃｃｔａｃ
ｃｔｇｇｇａｔｔｇｇｇｇｇｔｇａｇｇｇｔｃｃｃａｔ
ＡＡＴＡＴｃｔｇｇｇａｔｔｇｇｇｇｇｔｇａｇｇｇｔ
ＧＴＣＡＣＡＡＴＡＴｃｔｇｇｇａｔｔｇｇｇｇｇｔｇ
ＴＧＧＧＧＧＴＣＡＣＡＡＴＡＴｃｔｇｇｇａｔｔｇｇ
ＣＣＣＡＴＴＧＧＧＧＧＴＣＡＣＡＡＴＡＴｃｔｇｇｇ
ＴＴＣＡＧＣＣＣＡＴＴＧＧＧＧＧＴＣＡＣＡＡＴＡＴ
ＣＣＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＣＣＣＣＧＣＡＣＡＡＡＣＴ
ｃｇｔａｃＣＣＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＣＣＣＣＧＣＡＣ
ｃｃｃｃａｃｇｔａｃＣＣＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＣＣＣ
ａｔａｔｇｃｃｃｃａｃｇｔａｃＣＣＡＴＡＡＡＡＡＴ
ｔａｇｇｔａｔａｔｇｃｃｃｃａｃｇｔａｃＣＣＡＴＡ
ａｇａｃｃｔａｇｇｔａｔａｔｇｃｃｃｃａｃｇｔａｃ
ｃｔａａａｇａａｃｃｃａｃａａｇｇｃａｃｇｇｔａａ
ＧＡＴＧＣｃｔａａａｇａａｃｃｃａｃａａｇｇｃａｃ
ＧＴＣＣＡＧＡＴＧＣｃｔａａａｇａａｃｃｃａｃａａ
ＴＴＧＡＡＧＴＣＣＡＧＡＴＧＣｃｔａａａｇａａｃｃ
ＣＣＡＡＧＴＴＧＡＡＧＴＣＣＡＧＡＴＧＣｃｔａａａ
ＣＴＴＧＴＣＣＡＡＧＴＴＧＡＡＧＴＣＣＡＧＡＴＧＣ
ＴＣＴＧＡＧＣＡＧＡＴＡＧＴＴＧＡＧＣＣＧＡＧＣＣ
ｃｔｃａｃＴＣＴＧＡＧＣＡＧＡＴＡＧＴＴＧＡＧＣＣ
ｃａｇｇｃｃｔｃａｃＴＣＴＧＡＧＣＡＧＡＴＡＧＴＴ
ｔａｇｃｃｃａｇｇｃｃｔｃａｃＴＣＴＧＡＧＣＡＧＡ
ｃｃｔｃａｔａｇｃｃｃａｇｇｃｃｔｃａｃＴＣＴＧＡ
ｔｇｔｃｃｃｃｔｃａｔａｇｃｃｃａｇｇｃｃｔｃａｃ
ｃｔｇｃｇｃａｇａａａｇａａａｇｇａｇｇｇｇｇａｇ
ＴＴＣＡＣｃｔｇｃｇｃａｇａａａｇａａａｇｇａｇｇ
ＴＧＣＣＧＴＴＣＡＣｃｔｇｃｇｃａｇａａａｇａａａ
ＣＴＣＧＣＴＧＣＣＧＴＴＣＡＣｃｔｇｃｇｃａｇａａ
ＧＴＣＴＧＣＴＣＧＣＴＧＣＣＧＴＴＣＡＣｃｔｇｃｇ
ＣＣＡＣＴＧＴＣＴＧＣＴＣＧＣＴＧＣＣＧＴＴＣＡＣ
ＣＡＡＡＧＣＴＧＴＴＴＧＣＧＣＡＣＡＧＣＴＴＧＧＣ
ｃｔａａｃＣＡＡＡＧＣＴＧＴＴＴＧＣＧＣＡＣＡＧＣ
ｇｇｃｔｇｃｔａａｃＣＡＡＡＧＣＴＧＴＴＴＧＣＧＣ
ｇｃｇａｇｇｇｃｔｇｃｔａａｃＣＡＡＡＧＣＴＧＴＴ
ｃｃｇｇａｇｃｇａｇｇｇｃｔｇｃｔａａｃＣＡＡＡＧ
ａｇｇｇｇｃｃｇｇａｇｃｇａｇｇｇｃｔｇｃｔａａｃ
ｃｔｇｃａａｇｇｃａａｇｃａｇｇｇｇｃａｔｇｃａｔ
ＴＣＣＣＡｃｔｇｃａａｇｇｃａａｇｃａｇｇｇｇｃａ
ＡＡＧＧＣＴＣＣＣＡｃｔｇｃａａｇｇｃａａｇｃａｇ
ＴＣＧＧＧＡＡＧＧＣＴＣＣＣＡｃｔｇｃａａｇｇｃａ
ＴＣＡＴＧＴＣＧＧＧＡＡＧＧＣＴＣＣＣＡｃｔｇｃａ
ＣＴＴＧＴＴＣＡＴＧＴＣＧＧＧＡＡＧＧＣＴＣＣＣＡ
ＣＴＧＣＧＴＴＧＣＡＡＡＧＡＴＧＧＣＴＣＴＣＴＴＣ
ｃａｔａｃＣＴＧＣＧＴＴＧＣＡＡＡＧＡＴＧＧＣＴＣ
ｃａａｔｃｃａｔａｃＣＴＧＣＧＴＴＧＣＡＡＡＧＡＴ
ａｇｇｔｃｃａａｔｃｃａｔａｃＣＴＧＣＧＴＴＧＣＡ
ｃａｃａｇａｇｇｔｃｃａａｔｃｃａｔａｃＣＴＧＣＧ
ｃｔｃｔｇｃａｃａｇａｇｇｔｃｃａａｔｃｃａｔａｃ
ｃｔｇｇｔａｇｔｇａａａａａｇａａｇｇａｃｔｃａｇ
ＡＴＣＡＣｃｔｇｇｔａｇｔｇａａａａａｇａａｇｇａ
ＧＧＡＡＡＡＴＣＡＣｃｔｇｇｔａｇｔｇａａａａａｇ
ＣＧＧＧＴＧＧＡＡＡＡＴＣＡＣｃｔｇｇｔａｇｔｇａ
ＡＡＣＴＣＣＧＧＧＴＧＧＡＡＡＡＴＣＡＣｃｔｇｇｔ
ＡＧＡＧＧＡＡＣＴＣＣＧＧＧＴＧＧＡＡＡＡＴＣＡＣ
ＣＣＧＧＴＧＴＧＴＡＧＣＣＣＣＡＡＧＧＣＴＣＡＴＡ
ｃｔｃａｃＣＣＧＧＴＧＴＧＴＡＧＣＣＣＣＡＡＧＧＣ
ｃｔａｃａｃｔｃａｃＣＣＧＧＴＧＴＧＴＡＧＣＣＣＣ
ｇｃｃｃａｃｔａｃａｃｔｃａｃＣＣＧＧＴＧＴＧＴＡ
ｃｃｃｃｔｇｃｃｃａｃｔａｃａｃｔｃａｃＣＣＧＧＴ
ｇｃｔｇｔｃｃｃｃｔｇｃｃｃａｃｔａｃａｃｔｃａｃ
ｃｔｇｔｇｇａｇｇｃｃａｇｇａｃｃｃａｇｇｔｔｃａ
ＧＡＴＡＣｃｔｇｔｇｇａｇｇｃｃａｇｇａｃｃｃａｇ
ＡＴＧＴＡＧＡＴＡＣｃｔｇｔｇｇａｇｇｃｃａｇｇａ
ＣＡＡＧＡＡＴＧＴＡＧＡＴＡＣｃｔｇｔｇｇａｇｇｃ
ＣＣＧＧＴＣＡＡＧＡＡＴＧＴＡＧＡＴＡＣｃｔｇｔｇ
ＡＡＣＣＧＣＣＧＧＴＣＡＡＧＡＡＴＧＴＡＧＡＴＡＣ
ＣＣＧＧＣＣＴＡＧＧＴＡＴＴＴＣＣＡＧＴＣＣＡＧＡ
ｃｃｔａｃＣＣＧＧＣＣＴＡＧＧＴＡＴＴＴＣＣＡＧＴ
ｇｇｇｇｔｃｃｔａｃＣＣＧＧＣＣＴＡＧＧＴＡＴＴＴ
ａａｇｔｇｇｇｇｇｔｃｃｔａｃＣＣＧＧＣＣＴＡＧＧ
ｔａｇｇａａａｇｔｇｇｇｇｇｔｃｃｔａｃＣＣＧＧＣ
ｇａｇｇａｔａｇｇａａａｇｔｇｇｇｇｇｔｃｃｔａｃ
の１つ以上を含む、請求項９６～１０４のいずれか一項に記載の化合物。 - 前記化合物は、ＧＹＳ１の開始コドンにハイブリダイズするように設計された部分を含む、請求項９４又は９５に記載の化合物。
- 前記化合物は、以下の配列
配列（５’から３’）
ＧＣＧＧＴＴＴＡＡＡＧＧＣＡＴＧＧＣＴＧＧＣＧＣＡ
ＴＧＧＡＣＡＡＡＧＴＧＣＧＧＴＴＴＡＡＡＧＧＣＡＴ
ＧＴＧＡＧＧＡＣＡＴＧＧＡＣＡＡＡＧＴＧＣＧＧＴＴ
ＣＡＧＴＣＣＴＧＧＣＡＧＴＧＡＧＧＡＣＡＴＧＧＡＣ
ＣＣＡＧＴＣＣＴＣＣＡＧＴＣＣＴＧＧＣＡＧＴＧＡＧ
ＣＡＣＣＴＧＧＧＡＴＴＣＴＴＡＡＡＴＡＴＡＧＡＴＧ
の１つ以上を含む、請求項１０６に記載の化合物。 - 前記化合物は、インターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）の発現を下方制御する、請求項１～９３のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記化合物は、ＩＲＦ－５ ｍＲＮＡ転写物におけるエクソンのエクソンスキッピングを誘導する、請求項１０８に記載の化合物。
- 前記ＡＣは、前記標的ヌクレオチド配列にハイブリダイズし、前記標的ヌクレオチド配列は、ＩＲＦ－５転写物の少なくとも一部を含み、前記ＡＣは、前記ＩＲＦ－５転写物におけるエクソンのスキッピングを誘導する、請求項１０８又は１０９に記載の化合物。
- 前記エキソンのスキッピングは、前記ＩＲＦ－５転写物におけるフレームシフトを誘導する、請求項１０８に記載の化合物。
- 前記フレームシフトは、減少した活性を有するＩＲＦ－５をコードするＩＲＦ－５転写物をもたらす、請求項１１１に記載の化合物。
- 前記フレームシフトは、短縮又は非機能的ＩＲＦ－５をもたらす、請求項１１１に記載の化合物。
- 前記フレームシフトは、前記ＩＲＦ－５ ｍＲＮＡ転写物における未成熟終止コドンの導入をもたらす、請求項１１１に記載の化合物。
- 前記フレームシフトは、ナンセンス媒介崩壊によるＩＲＦ－５ ｍＲＮＡ転写物の分解をもたらす、請求項１１１に記載の化合物。
- 前記化合物は、ＩＲＦ－５エクソン３、ＩＲＦ－５エクソン４、ＩＲＦ－５エクソン５又はＩＲＦ－５エクソン８などのフレーム外エクソンをスキップするように設計される、請求項１０８～１１５のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記フレーム外エクソンのスキッピングは、ＩＲＦ－５ ｍＲＮＡ転写物におけるフレームシフトをもたらす、請求項１１６に記載の化合物。
- 前記化合物は、二重ホメオボックス４（ＤＵＸ４）の発現を下方制御する、請求項１～９３のいずれか一項に記載の化合物。
- 前記標的転写物は、ＤＵＸ４であり、前記ＡＣは、前記標的転写物において選択的スプライシングを誘導する、請求項１１８に記載の化合物。
- 前記選択的スプライシングが、ＤＵＸ４－ｓの発現を上方制御する、請求項１１９に記載の化合物。
- エクソンスキッピングが、ＤＵＸ４－ｆｌの発現を下方制御する、請求項１１９に記載の化合物。
- 請求項１～１２１のいずれか一項に記載の化合物と、薬学的に許容される担体と、を含む医薬組成物。
- 請求項１～１２１のいずれか一項に記載の化合物を含む細胞。
- 細胞における標的タンパク質の活性を下方制御する方法であって、請求項１～１２１のいずれか一項に記載の化合物又は請求項１２１に記載の医薬組成物を前記細胞に投与することを含む、方法。
- 患者における標的タンパク質の活性を下方制御する方法であって、治療有効量の請求項１～１２１のいずれか一項に記載の化合物又は請求項１２２に記載の医薬組成物を前記患者に投与することを含む、方法。
- 患者における標的遺伝子に関連する疾患又は障害を治療する方法であって、前記患者に、治療有効量の請求項１～１２１のいずれか一項に記載の化合物又は請求項１２２に記載の医薬組成物を投与することを含む、方法。
- 前記標的遺伝子は、インターフェロン調節因子－５（ＩＲＦ－５）を含む、請求項１２４～１２６のいずれか一項に記載の方法。
- 前記標的遺伝子は、グリコーゲン合成酵素（ＧＹＳ１）を含む、請求項１２４～１２６のいずれか一項に記載の方法。
- 前記疾患又は障害は、糖原病を含む、請求項１２８に記載の方法。
- 前記糖原病は、筋組織におけるグリコーゲン蓄積に関連する、請求項１２９に記載の方法。
- 前記糖原病は、心筋組織におけるグリコーゲン蓄積に関連する、請求項１３０に記載の方法。
- 前記糖原病は、骨格筋組織におけるグリコーゲン蓄積に関連する、請求項１３０に記載の方法。
- 前記糖原病は、ＩＩ型糖原病を含む、請求項１３０に記載の方法。
- 前記糖原病は、ポンペ病を含む、請求項１２９に記載の方法。
- 前記糖原病は、アンダーセン病、マッカードル病、ラフォラ病又は垂井病を含む、請求項１２９に記載の方法。
Applications Claiming Priority (17)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US202163186664P | 2021-05-10 | 2021-05-10 | |
| US63/186,664 | 2021-05-10 | ||
| US202163210882P | 2021-06-15 | 2021-06-15 | |
| US202163210866P | 2021-06-15 | 2021-06-15 | |
| US63/210,866 | 2021-06-15 | ||
| US63/210,882 | 2021-06-15 | ||
| US202163239671P | 2021-09-01 | 2021-09-01 | |
| US63/239,671 | 2021-09-01 | ||
| US202263298587P | 2022-01-11 | 2022-01-11 | |
| US63/298,587 | 2022-01-11 | ||
| US202263318201P | 2022-03-09 | 2022-03-09 | |
| US63/318,201 | 2022-03-09 | ||
| US202263321921P | 2022-03-21 | 2022-03-21 | |
| US63/321,921 | 2022-03-21 | ||
| US202263362295P | 2022-03-31 | 2022-03-31 | |
| US63/362,295 | 2022-03-31 | ||
| PCT/US2022/028357 WO2022240760A2 (en) | 2021-05-10 | 2022-05-09 | COMPOSITIONS AND METHODS FOR MODULATING mRNA SPLICING |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2024518476A true JP2024518476A (ja) | 2024-05-01 |
| JPWO2022240760A5 JPWO2022240760A5 (ja) | 2025-05-13 |
Family
ID=81854690
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2023569638A Pending JP2024518476A (ja) | 2021-05-10 | 2022-05-09 | ｍＲＮＡスプライシングを調節するための組成物及び方法 |
Country Status (5)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20250051780A1 (ja) |
| EP (1) | EP4337261A2 (ja) |
| JP (1) | JP2024518476A (ja) |
| CA (1) | CA3217463A1 (ja) |
| WO (1) | WO2022240760A2 (ja) |
Families Citing this family (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP4522221A1 (en) * | 2022-05-09 | 2025-03-19 | Entrada Therapeutics, Inc. | Compositions and methods for delivery of nucleic acid therapeutics |
| WO2025038901A1 (en) * | 2023-08-17 | 2025-02-20 | Entrada Therapeutics, Inc. | Cyclic peptides for delivering therapeutics |
Family Cites Families (72)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5118800A (en) | 1983-12-20 | 1992-06-02 | California Institute Of Technology | Oligonucleotides possessing a primary amino group in the terminal nucleotide |
| FR2567892B1 (fr) | 1984-07-19 | 1989-02-17 | Centre Nat Rech Scient | Nouveaux oligonucleotides, leur procede de preparation et leurs applications comme mediateurs dans le developpement des effets des interferons |
| US4987071A (en) | 1986-12-03 | 1991-01-22 | University Patents, Inc. | RNA ribozyme polymerases, dephosphorylases, restriction endoribonucleases and methods |
| CA1340323C (en) | 1988-09-20 | 1999-01-19 | Arnold E. Hampel | Rna catalyst for cleaving specific rna sequences |
| WO1991003162A1 (en) | 1989-08-31 | 1991-03-21 | City Of Hope | Chimeric dna-rna catalytic sequences |
| US5591722A (en) | 1989-09-15 | 1997-01-07 | Southern Research Institute | 2'-deoxy-4'-thioribonucleosides and their antiviral activity |
| WO1991006556A1 (en) | 1989-10-24 | 1991-05-16 | Gilead Sciences, Inc. | 2' modified oligonucleotides |
| US5646265A (en) | 1990-01-11 | 1997-07-08 | Isis Pharmceuticals, Inc. | Process for the preparation of 2'-O-alkyl purine phosphoramidites |
| US5670633A (en) | 1990-01-11 | 1997-09-23 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Sugar modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression |
| GB9009980D0 (en) | 1990-05-03 | 1990-06-27 | Amersham Int Plc | Phosphoramidite derivatives,their preparation and the use thereof in the incorporation of reporter groups on synthetic oligonucleotides |
| ATE167523T1 (de) | 1990-05-11 | 1998-07-15 | Microprobe Corp | Teststreifen zum eintauchen für nukleinsäure- hybridisierungsassays und verfahren zur kovalenten immobilisierung von oligonucleotiden |
| US6365730B1 (en) | 1990-06-19 | 2002-04-02 | Gene Shears Pty. Limited | DNA-Armed ribozymes and minizymes |
| AU649074B2 (en) | 1990-10-12 | 1994-05-12 | Max-Planck-Gesellschaft Zur Forderung Der Wissenschaften E.V. | Modified ribozymes |
| DE4216134A1 (de) | 1991-06-20 | 1992-12-24 | Europ Lab Molekularbiolog | Synthetische katalytische oligonukleotidstrukturen |
| DE59208572D1 (de) | 1991-10-17 | 1997-07-10 | Ciba Geigy Ag | Bicyclische Nukleoside, Oligonukleotide, Verfahren zu deren Herstellung und Zwischenprodukte |
| US5359044A (en) | 1991-12-13 | 1994-10-25 | Isis Pharmaceuticals | Cyclobutyl oligonucleotide surrogates |
| US5652094A (en) | 1992-01-31 | 1997-07-29 | University Of Montreal | Nucleozymes |
| FR2687679B1 (fr) | 1992-02-05 | 1994-10-28 | Centre Nat Rech Scient | Oligothionucleotides. |
| CA2135646A1 (en) | 1992-05-11 | 1993-11-25 | Kenneth G. Draper | Method and reagent for inhibiting viral replication |
| EP0577558A2 (de) | 1992-07-01 | 1994-01-05 | Ciba-Geigy Ag | Carbocyclische Nukleoside mit bicyclischen Ringen, Oligonukleotide daraus, Verfahren zu deren Herstellung, deren Verwendung und Zwischenproduckte |
| CA2140343A1 (en) | 1992-07-17 | 1994-02-03 | Sean M. Sullivan | Method and reagent for treatment of animal diseases |
| WO1994014226A1 (en) | 1992-12-14 | 1994-06-23 | Honeywell Inc. | Motor system with individually controlled redundant windings |
| EP0691968B1 (en) | 1993-03-30 | 1997-07-16 | Sanofi | Acyclic nucleoside analogs and oligonucleotide sequences containing them |
| DE4311944A1 (de) | 1993-04-10 | 1994-10-13 | Degussa | Umhüllte Natriumpercarbonatpartikel, Verfahren zu deren Herstellung und sie enthaltende Wasch-, Reinigungs- und Bleichmittelzusammensetzungen |
| US5446137B1 (en) | 1993-12-09 | 1998-10-06 | Behringwerke Ag | Oligonucleotides containing 4'-substituted nucleotides |
| US5519134A (en) | 1994-01-11 | 1996-05-21 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Pyrrolidine-containing monomers and oligomers |
| US5631359A (en) | 1994-10-11 | 1997-05-20 | Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. | Hairpin ribozymes |
| US5627053A (en) | 1994-03-29 | 1997-05-06 | Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. | 2'deoxy-2'-alkylnucleotide containing nucleic acid |
| US5597909A (en) | 1994-08-25 | 1997-01-28 | Chiron Corporation | Polynucleotide reagents containing modified deoxyribose moieties, and associated methods of synthesis and use |
| US5792747A (en) | 1995-01-24 | 1998-08-11 | The Administrators Of The Tulane Educational Fund | Highly potent agonists of growth hormone releasing hormone |
| JP3756313B2 (ja) | 1997-03-07 | 2006-03-15 | 武 今西 | 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体 |
| CA2303299C (en) | 1997-09-12 | 2016-02-23 | Exiqon A/S | Oligonucleotide analogues |
| US6794499B2 (en) | 1997-09-12 | 2004-09-21 | Exiqon A/S | Oligonucleotide analogues |
| US6043352A (en) | 1998-08-07 | 2000-03-28 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | 2'-O-Dimethylaminoethyloxyethyl-modified oligonucleotides |
| CA2352555A1 (en) | 1998-11-26 | 2000-06-08 | Pentapharm Ag | Transport system conjugate |
| CA2361318C (en) | 1999-02-12 | 2008-11-25 | Sankyo Company, Limited | Novel nucleosides and oligonucleotide analogues |
| US7084125B2 (en) | 1999-03-18 | 2006-08-01 | Exiqon A/S | Xylo-LNA analogues |
| KR100782896B1 (ko) | 1999-05-04 | 2007-12-06 | 엑시콘 에이/에스 | Ｌ-리보-ｌｎａ 유사체 |
| US6525191B1 (en) | 1999-05-11 | 2003-02-25 | Kanda S. Ramasamy | Conformationally constrained L-nucleosides |
| JP4151751B2 (ja) | 1999-07-22 | 2008-09-17 | 第一三共株式会社 | 新規ビシクロヌクレオシド類縁体 |
| JP4387669B2 (ja) | 2000-10-13 | 2009-12-16 | ザイジェン エス．アー． | 新規なトランスポーターペプチド配列による生物学的エフェクターの細胞内送達 |
| US7033597B2 (en) | 2000-10-13 | 2006-04-25 | Université de Lausanne | Intracellular delivery of biological effectors |
| US7569575B2 (en) | 2002-05-08 | 2009-08-04 | Santaris Pharma A/S | Synthesis of locked nucleic acid derivatives |
| US20040219565A1 (en) | 2002-10-21 | 2004-11-04 | Sakari Kauppinen | Oligonucleotides useful for detecting and analyzing nucleic acids of interest |
| EP1562971B1 (en) | 2002-11-05 | 2014-02-12 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Polycyclic sugar surrogate-containing oligomeric compounds and compositions for use in gene modulation |
| EP1661905B9 (en) | 2003-08-28 | 2012-12-19 | IMANISHI, Takeshi | Novel artificial nucleic acids of n-o bond crosslinkage type |
| US7523096B2 (en) | 2003-12-03 | 2009-04-21 | Google Inc. | Methods and systems for personalized network searching |
| EP1766071A4 (en) | 2004-06-03 | 2009-11-11 | Isis Pharmaceuticals Inc | DOUBLE-STRONG COMPOSITIONS WITH DIFFERENTLY MODIFIED STRANDS FOR USE IN GENE MODULATION |
| PL2314594T3 (pl) | 2006-01-27 | 2014-12-31 | Isis Pharmaceuticals Inc | Zmodyfikowane w pozycji 6 analogi bicykliczne kwasów nukleinowych |
| WO2007095387A2 (en) | 2006-02-17 | 2007-08-23 | Dharmacon, Inc. | Compositions and methods for inhibiting gene silencing by rna interference |
| EP2081949B1 (en) | 2006-09-22 | 2014-12-10 | GE Healthcare Dharmacon, Inc. | Tripartite oligonucleotide complexes and methods for gene silencing by rna interference |
| EP3118316A1 (en) | 2010-09-02 | 2017-01-18 | Université de Mons | Agents useful in treating facioscapulohumeral muscular dystrophy |
| US9161948B2 (en) | 2011-05-05 | 2015-10-20 | Sarepta Therapeutics, Inc. | Peptide oligonucleotide conjugates |
| WO2013112156A1 (en) | 2012-01-26 | 2013-08-01 | Hewlett-Packard Development Company, L.P. | Micro-scale pendulum |
| DK2931898T3 (en) | 2012-12-12 | 2016-06-20 | Massachusetts Inst Technology | CONSTRUCTION AND OPTIMIZATION OF SYSTEMS, PROCEDURES AND COMPOSITIONS FOR SEQUENCE MANIPULATION WITH FUNCTIONAL DOMAINS |
| ES2576126T3 (es) | 2012-12-12 | 2016-07-05 | The Broad Institute, Inc. | Modificación por tecnología genética y optimización de sistemas, métodos y composiciones enzimáticas mejorados para la manipulación de secuencias |
| US20140310830A1 (en) | 2012-12-12 | 2014-10-16 | Feng Zhang | CRISPR-Cas Nickase Systems, Methods And Compositions For Sequence Manipulation in Eukaryotes |
| CN110982844B (zh) | 2012-12-12 | 2024-08-13 | 布罗德研究所有限公司 | 用于序列操纵的crispr-cas组分系统、方法以及组合物 |
| US8697359B1 (en) | 2012-12-12 | 2014-04-15 | The Broad Institute, Inc. | CRISPR-Cas systems and methods for altering expression of gene products |
| CN119752887A (zh) | 2012-12-12 | 2025-04-04 | 布罗德研究所有限公司 | 用于序列操纵的系统、方法和优化的指导组合物的工程化 |
| WO2015179741A1 (en) * | 2014-05-23 | 2015-11-26 | Genzyme Corporation | Inhibiting or downregulating glycogen synthase by creating premature stop codons using antisense oligonucleotides |
| WO2017048466A1 (en) * | 2015-09-15 | 2017-03-23 | The Regents Of The University Of California | Compositions and methods for delivering biotherapeutics |
| CA2999192A1 (en) | 2015-09-21 | 2017-03-30 | Association Institut De Myologie | Antisense oligonucleotides hybridizing with a key element of the polyadenylation region of a dux4 pre-mrna and uses thereof |
| JP6657520B2 (ja) | 2016-02-03 | 2020-03-04 | 株式会社神戸製鋼所 | タイヤ試験装置のタイヤ空気充填機構及びタイヤ空気充填方法 |
| US11180755B2 (en) | 2016-02-26 | 2021-11-23 | Research Institute At Nationwide Children's Hospital | Recombinant virus products and methods for inducing DUX4 exon skipping |
| KR20170130253A (ko) | 2016-05-18 | 2017-11-28 | 에스케이텔레콤 주식회사 | 적응형 스트리밍 서비스 제공 방법 및 이를 위한 장치 |
| US10265249B2 (en) | 2016-09-29 | 2019-04-23 | The Procter & Gamble Company | Fibrous structures comprising glyceride copolymers |
| CA3042880A1 (en) | 2016-11-16 | 2018-05-24 | The Regents Of The University Of California | Inhibitors of crispr-cas9 |
| KR20180102871A (ko) | 2017-03-08 | 2018-09-18 | 엘지전자 주식회사 | 이동단말기 및 이동단말기의 차량 제어 방법 |
| WO2019165183A1 (en) * | 2018-02-22 | 2019-08-29 | Entrada Therapeutics, Inc. | Compositions and methods for treating mitochondrial neurogastrointestinal encephalopathy |
| TW202019442A (zh) * | 2018-07-30 | 2020-06-01 | 美商薩羅塔治療公司 | 用於反義遞送之三聚合肽 |
| WO2021127650A1 (en) * | 2019-12-19 | 2021-06-24 | Entrada Therapeutics, Inc. | Compositions for delivery of antisense compounds |
-
2022
- 2022-05-09 WO PCT/US2022/028357 patent/WO2022240760A2/en active Application Filing
- 2022-05-09 EP EP22726895.0A patent/EP4337261A2/en active Pending
- 2022-05-09 CA CA3217463A patent/CA3217463A1/en active Pending
- 2022-05-09 JP JP2023569638A patent/JP2024518476A/ja active Pending
- 2022-05-09 US US18/289,946 patent/US20250051780A1/en active Pending
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP4337261A2 (en) | 2024-03-20 |
| CA3217463A1 (en) | 2022-11-17 |
| US20250051780A1 (en) | 2025-02-13 |
| WO2022240760A2 (en) | 2022-11-17 |
| WO2022240760A3 (en) | 2023-01-12 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| AU2019283969B2 (en) | Method for efficient exon (44) skipping in Duchenne Muscular Dystrophy and associated means | |
| US20230020092A1 (en) | Compositions for delivery of antisense compounds | |
| JP6851201B2 (ja) | ポンペ病の治療に有用なアンチセンスオリゴヌクレオチド | |
| US20240247259A1 (en) | Compositions and methods for modulating gene expression | |
| KR20240009393A (ko) | 사이클릭 세포 침투 펩티드 | |
| US12178855B2 (en) | Compositions and methods for facilitating delivery of synthetic nucleic acids to cells | |
| US20240417429A1 (en) | Compositions and methods for skipping exon 45 in duchenne muscular dystrophy | |
| JP2024524291A (ja) | Ｃｕｇリピートを標的とするためのアンチセンス化合物及び方法 | |
| CN113293163A (zh) | 用于调节载脂蛋白c-iii表达的组合物和方法 | |
| KR20240012425A (ko) | 세포내 치료제를 위한 조성물 및 방법 | |
| TW201143780A (en) | Treatment of Colony-stimulating factor 3 (CSF3) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to CSF3 | |
| US20250051780A1 (en) | COMPOSITIONS AND METHODS FOR MODULATING mRNA SPLICING | |
| CN116113697A (zh) | 用于治疗癫痫的方法和组合物 | |
| US20250129365A1 (en) | Compounds and methods for skipping exon 44 in duchenne muscular dystrophy | |
| US20250051393A1 (en) | Compositions and methods for modulating interferon regulatory factor-5 (irf-5) activity | |
| CN117915957A (zh) | 用于调节mRNA剪接的组合物和方法 | |
| US20250011774A1 (en) | Antisense compounds and methods for targeting cug repeats | |
| CN117957022A (zh) | 用于靶向cug重复序列的反义化合物和方法 | |
| WO2025072246A1 (en) | Compounds and methods for skipping exon 50 in duchenne muscular dystrophy | |
| CN118284434A (zh) | 用于跳跃杜兴氏肌营养不良中的外显子45的组合物和方法 | |
| CN118215504A (zh) | 用于跳跃杜兴氏肌营养不良中的外显子44的化合物和方法 | |
| HK40058004A (en) | Compositions and methods for modulating apolipoprotein c-iii expression |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20240110 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20250501 |
|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20250501 |