JP2016526913A - 幹細胞及びキメラ抗原受容体を介した抗腫瘍性t細胞免疫の改変 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、米国特許出願第61/861,684号、2013年8月2日出願の利益を主張し、その全体が参照として本明細書に組み込まれる。
サイズが16.7KBある「20140731_034044_128WOl_seq_ST25」と呼ばれる配列リストのASCIIテキストファイルの内容は、2014年7月31に作成され、EFS−Webにより電子的に提供されており、この提出は、その全体が参照として本明細書に組み込まれる。
本発明は、国立衛生研究所(National Institutes of Health)により認められた政府支援AI028697、AI070010及びAI078806により行われた。政府は本発明に対して特定の権利を有する。
本発明は、一般に、組み換えヒト前駆細胞、改変ヒト胸腺細胞及び改変ヒトT細胞を含む改変された機能性エフェクター細胞、並びにこれらを用いる対象の治療方法に関する。
CD8+細胞障害性Tリンパ球(CTL)は、ほぼ全ての感染者においてヒト免疫不全ウイルス(HIV)を部分的に制御するが、ウイルスの突然変異、ヒト白血球抗原(HLA)の下方制御、CD4+T細胞のヘルプの欠如及びCTLクローンの消耗に起因して最終的に失敗する。HIV感染は、多くの個体において抗レトロウイルス薬によって制御されうるが、これらは高価であり有意な毒性と関連する。ウイルス貯蔵所に起因して、治療が中止されるとウイルス複製及び疾患の進行が再開するので、患者はこれらの投薬を永久的に必要とする。現在まで、大部分のHIV株が細胞に感染するために必要とする細胞受容体であるC−Cケモカイン受容体5型(CCR5)に正常な遺伝子を欠いているドナーからの骨髄移植によって、成人の慢性HIV感染が治癒したと報告された症例は1件だけである。しかし、この処置の死亡率は約40%であり、この遺伝子プロファイルと適合した骨髄は、大部分の民族集団においてほぼ存在せず、この手法を広範囲な臨床適用にとって実用的ではないものにしている。幾つかの最近の研究は、ヒトにおいて、CCR5を造血幹細胞から除去すること及び/または細胞をHIV感染から保護するために、抗HIV遺伝子を送達することを試みているが、これらの研究は、HIV抵抗性免疫系を生成するために必要な形質導入細胞移植のレベルに関する未知な点に起因して限界に直面している。
代替ヒト化骨髄、胎児肝臓及び胸腺(BLT)マウスモデルを使用して、ヒトCD34+ HSCを、HIVに特異的な分子的にクローンされたTCR(HIV−TCR構築物)を含有するレンチウイルスベクターにより遺伝子修飾することができ、続いて当該技術に既知の方法を使用して成熟完全機能CTLに進化できることを実証した。HIV−TCR構築物(SL−9)または対照TCRを含有するヒト化マウスに、HIVレポーターウイルスを感染させ、遺伝子ゲノムでコードしたHSA−HAマーカー遺伝子のフローサイトメトリーにより、HIVを発現するヒトCD45+細胞について評価した。図2に示されているように、HIV−TCR構築物は、HIV発現細胞をインビボにおいて有意に抑制する。
C46は、非ヒト霊長類(NHP)において抗ウイルス活性を示すことが知られている。したがって、レンチウイルスに基づいたベクターを開発して、HIV特異的CARをC46融合阻害性抗ウイルスペプチドと共に発現させて、CAR構築物が、NHPにおいてCAR発現エフェクター細胞の感染を予防または阻害するかを決定した。C46及びCD4ζ CARの両方、並びにeGFPレポーターを発現するベクターを生成して、ブタオザル(M.nemestrina)モデルにおいてSHIV感染への抗ウイルス効果を検査した。具体的には、図10が、本明細書に例示されているCD46−CD4ζ CAR構築物を概略的に表している。CAR構築物はFG−12由来主鎖を有する。挿入断片は、中央ポリプリントラクト(cPPT)、EF1αプロモーター(EF1α)、C46、ユビキチンCプロモーター(UbiC)、EGFP−2A−CD4ζ CAR及びwPREである。2Aペプチド配列を有するCD4ζ CARが融合したEGFPは、形質導入マーカーとして機能する。
ヒトHSCを、三重CAR構築物(sh1005/sh516/CD4ζ CAR、本明細書において三重CAR、三重CD4ζまたは三重CD4ζ CARと呼ばれる)により形質導入し、ヒト胎児肝臓及び胸腺組織を含有する免疫不全非肥満糖尿病(NOD)、重症複合免疫不全(SCID)、共通ガンマ鎖遮断(γc−/−)(NSG)マウスに移植し、当該技術に既知の方法を使用してアッセイした。具体的には、CD34+細胞を肝臓から生成し、保護的CD4ζ CARを含有するレンチウイルスを形質導入し、次にマトリゲル中の胎児肝臓間質要素及び胎児胸腺をNSGマウスに移植した。移植の3週間後、移植マウスを亜致死的に照射し(3Gy)、予め凍結させたCD34+細胞を解凍し、形質導入し、マウスに注入し、ここで細胞は骨髄に移植されている。6〜12週間後、末梢血液を収集し、ヒト細胞の再構成について分析し、マウスをHIV−1に感染させた。
ヒト胎児組織をAdvanced Bioscience ResourcesまたはStemExpressから購入し、特定情報を伴わないで得て、その使用にIRBの承認を必要としなかった。本書類に記載された動物研究は、全ての連邦政府及び地方政府の指針に従ったUCLA動物研究委員会Animal Research Committee)の承諾書に基づいて実施された。具体的には、これらの研究は、国立衛生研究所(National Institutes of Health)の実験動物のケア及び使用のガイド(The Guide for the Care and Use of Laboratory Animals)の指針、並びに国際実験動物ケア評価認証協会(Association for the Assessment and Accreditation of Laboratory Animal Care(AALAC)International)の認証及び指針に厳密に従い、UCLA ARCプロトコール番号2010−038−02Bに基づいて実施した。全ての外科的手術は、ケタミン/キシラジン及びイソフルランの麻酔によって実施され、全ての労力は、動物の疼痛及び不快感を最小限することに注がれた。
以下の抗体をフローサイトメトリーに使用した。CD45、CD2、CD7、CD5、CD3、CD4、CD8、CD45RA、CD62L、CD38、CD19、CD14、CD337、CD56、TCRaPαβ (eBbioscience)及び抗HIV−1コア抗原クローンKC57(Beckman Coulter)。細胞表面マーカーを、FITC、PE、PerCP−Cy5.5、PE−Cy5、PE−Cy7、EVD、APC、APC−eflou780、alexa700、eflour405、パシフィックオレンジまたはパシフィックブルーと適切な組み合わせで抱合した。細胞は、LSRfortessaフローサイトメーター(BD bioscience)及びFACSDivaソフトウエアを使用して取得した。データは、FlowJoソフトウエアを使用して分析した。
レンチウイルGFP対照ベクター、CD4ζ CAR構築物及び三重CD4ζ CAR構築物を、pCMV.ΔR8.2.Δvprパッケージングプラスミド及びpCMV−VSV−Gエンベロープタンパク質プラスミドを用いるInvitorogn ViraPower Lentiviral Expression系を、以前に記載された(D.M.Brainard et al.,J.Virol.83,7305−7321(2009))ように使用して293FT細胞で産生した。
CD4ζ CARまたはGFPベクター修飾マウスからの胸腺細胞を、これらのGFP及びCD5発現に基づいてFACSariaによって選別した。DNAを、フェノール/クロロホルムの使用により選別細胞から抽出した。リアルタイムPCRを使用して、β−グロビンに正規化したTREC発現レベルを定量化した。オリゴ、プローブ及び条件は、以前に記載されている(Douek et al,Lancet 355,1875−1881(2000))。
本明細書に使用されるとき、「CAR構築物」は、CD3複合体ζ鎖のシグナル伝達ドメインに融合しているCD4、好ましくはヒトCD4を含む核酸分子を指す。CAR構築物には、切断CAR構築物、二重CAR構築物及び三重CAR構築物が含まれる。本明細書に使用されるとき、「切断CAR構築物」は、CD3複合体ζ鎖のシグナル伝達ドメインに融合している切断CD4を含む(例えば、D1のみ、D1+D2またはD1+D2+D3のCD4、好ましくはヒトCD4を含む)核酸分子を指す。切断CAR構築物には、切断二重CAR構築物及び三重CAR構築物が含まれる。本明細書に使用されるとき、「二重CAR構築物」は、CD3複合体ζ鎖のシグナル伝達ドメイン及び1つの抗ウイルス配列に融合しているCD4、好ましくはヒトCD4を含む核酸分子を指す。本明細書に使用されるとき、「三重CAR構築物」は、CD3複合体ζ鎖のシグナル伝達ドメイン及び2つの抗ウイルス配列に融合しているCD4、好ましくはヒトCD4を含む核酸分子を指す。本明細書に使用されるとき、「切断二重CAR構築物」は、CD3複合体ζ鎖のシグナル伝達ドメイン及び1つの抗ウイルス配列に融合している切断CD4を含む(例えば、D1のみ、D1+D2またはD1+D2+D3のCD4、好ましくはヒトCD4を含む)核酸分子を指す。本明細書に使用されるとき、「切断三重CAR構築物」は、CD3複合体ζ鎖のシグナル伝達ドメイン及び2つの抗ウイルス配列に融合している切断CD4を含む(例えば、D1のみ、D1+D2またはD1+D2+D3のCD4、好ましくはヒトCD4を含む)核酸分子を指す。CAR構築物は、以下の配列の1つ以上を更に含むことができる。調節タンパク質に結合するウイルスプロモーター(例えば、5’の長い末端反復(LTR))、1つ以上の抗ウイルス配列(例えば、sh1005、sh516、C46)、転写の調節を助ける配列(例えば、7SK)、遺伝子プロモーター(例えば、ユビキチンCプロモーター(UbC))、レポーター遺伝シ(例えば、高感度緑色蛍光タンパク質(EGFP))、並びにH1、2A、ポリプリントラクト(cPPT)、伸長因子1アルファ(EF1α)、ウッドチャック肝炎転写後調節エレメント(wPRE)及びALTYRのような他の転写及び発現配列。本発明のCAR構築物の例には、CD4ζ CAR、二重CAR C46、三重CD4ζ CAR、CD4D1D2D3CAR、CD4D1D2CAR、CD4D1CAR及び第二世代CAR構築物が含まれる。
幹細胞型の選択
CD34+造血幹細胞は、造血系列を完全に再構成することが示されている。ヒトHSPCは、ヒトB細胞、T細胞、NK及び骨髄系列を高度ヒト化マウスモデル(骨髄、胎児肝臓、胎児胸腺−BLTマウス)において完全に再構成することができる。HIV特異的CARのHSPCへの導入は、受容体を発現するCD4及びCD8成熟T細胞型の両方において、これらの細胞のインビボでの分化を可能にする。本明細書に開示されているように、代替ヒト化骨髄、胎児肝臓及び胸腺(BLT)マウスモデルは、最初の実験において、ヒトCD34+ HSPCを、HIVに特異的な分子的にクローンされたTCRを含有するレンチウイルスベクターにより遺伝子修飾することができ、続いて成熟完全機能CTLに進化できることを実証するために用いられた。重要なことは、これらの成熟エフェクター細胞が、標的細胞を攻撃するために任意の特定のHLA分子必要としなかったことである。
CD4ζ CAR形質導入CD4+及びCD8+ TSCM細胞も、IL−2及びIFN−γを産生することによってHIV−1感染細胞に応答する(データ示されず)。
HSPC及びTSCM細胞から誘導されたT細胞のインビボ再増殖を、当該技術に既知の方法の使用によりアッセイすることができる。例えば、TSCM誘導では、T細胞をBLTマウスの脾臓、胸腺オルガノイド及び/または末梢血液から単離し、TSCM細胞を以前に記載されたように培養する。抗CD3/CD28抗体による2日間の刺激の後、細胞に、EGFPで標識された、CAR含有ベクターまたは別個にEGFPのみを含有する対照ベクターを形質導入し、次に更に12日間培養する。胎児肝臓のCD34+ HSPCにも、CAR含有ベクターを形質導入する、または別個にEGFPのみを含有する対照ベクターを形質導入する。百万個のCARベクター形質導入細胞またはHSPCの細胞及びTSCM細胞を含有する対照ベクターを、別々に、照射BLTマウスに静脈注入する。HSPCまたはTSCM細胞を受けたマウスの移植の6〜8週間後に、末梢血液をEGFP発現、並びにCD3+CD4+及びCD3+CD8+ T−細胞、CD19+ B細胞、CD3−CD56+ NK細胞、CD14+単球、CD11c+樹状細胞の細胞系列マーカー発現について2週間毎に18週間にわたって(移植後24週間)分析することを始めて、形質導入細胞の維持を決定することができる。
抗ウイルス効力及び免疫機能を、HSPC及びTSCM細胞から誘導されたCARベクター修飾及び非修飾細胞を含有するBLTマウスにおいて評価することができる。例えば、ベクター修飾細胞または対照EGFPベクター修飾細胞のいずれかを含有するマウスを、HIV(200ng、p24)の感染後または非感染動物において評価する。細胞表現型、特にCD3+CD4+及びCD3+CD8+の細胞の比、並びにHIV gag p24発現を、感染後の2週間毎にフローサイトメトリーにより評価する。ベクター修飾細胞の、TEM表現型への分化を、当該技術に既知の方法の使用によりモニターする。血漿ウイルスRNAを、qRT−PCRによりHIV配列についてモニターする。CD4+ T細胞及びCARベクター発現細胞におけるHIV感染を、EGFP+個体群の選別及びHIV配列のqPCRの後に評価する。ウイルス突然変異及び潜在的な免疫回避を、直接配列決定により血漿ウイルスRNAにおいてモニターする。連続的に、マウスの群を、脾臓、骨髄、ヒト胸腺、リンパ節及び腸において細胞表現型及びウイルス学的要因についてこれらのパラメーターを評価する。
潜在型貯蔵がBLTマウスに確立されている(Marsden M,Kovochich M,Suree N,et al.Journal of Virology.2012;86(l):339−47)。予備データは、抗gag TCRをコードする遺伝子が形質導入されている末梢血T細胞は、PKC活性化剤(示されず)の添加により、ウイルスを産生するために誘発された潜伏感染細胞を死滅できることを示唆している。したがって、CAR発現細胞は、活性化貯蔵細胞を同様に排除することができる。CARを発現しているBLTマウスのT細胞の、貯蔵細胞をエキソビボで死滅させる能力を、活性化潜伏感染U1細胞を標的として使用して評価することができるCAR形質導入HSPCを受けている感染動物及び対照動物から脾細胞を得て、脾細胞を同時刺激に付し、続いて細胞内gag p24発現を分析することによって、活性化誘発性(すなわち、潜伏性)感染のレベルを決定することができる。相対的潜伏感染レベルの定量化を、エキソビボで同時刺激された脾細胞に実施したHIV−1 RNA特異的rqRT−PCRを使用して達成することもできる。
ベクター組み込み部位(VIS)をモニターすることによる再増殖細胞の追跡は、例えば、クローンの数、頻度、寿命、系列表現及び異常クローン増殖を列挙するために、個別の再増殖HSPCクローンの挙動をモニターする強力な方法である。当該技術に既知のハイスループット方法を使用することができる。例えば、個別のHSPCクローンの系列可能性は、十分な数の細胞をFACS選別のために得ることができる脾臓、骨髄のT細胞(CD3+)、B細胞(CD19+)及び単球(CD14+)の分画、続くVIS追跡のためのPQCTアッセイによって決定することができる。CARベクター及び対照を移植した後に20〜25週間経過した少なくとも5匹の移植動物を利用した。クローンの総対数、頻度及び系列分布をPQCTアッセイの使用により決定することができる。抗原由来免疫細胞繁殖に起因して、正常な遺伝子導入T細胞の単一または微量クローンの成長が生じることがある。この種類の増殖は、芽細胞分析、核型及びマーカー分析、癌遺伝子活性化におけるVISのゲノム位置、並びに遺伝子プロファイル分析を含む詳細な調査によって、潜在的な悪性形質転換と区別することができる。ベクター及びHIV組み込み部位は、LTR内の符号突然変異によって区別することができる。同様の文系を、TSCM移植において実施して、TSCMクローンの、継代TEM及びTCMへの分化をモニターすることができる。
ウイルス組み込み部位(VIS)配列データは、Blastソフトウエアにより全ての配列読み取りデータを比較して、Burrows−Wheeler AlignerまたはBLAT(genome.ucsc.edu)によりヒト参照ゲノム(hg19)に整列させることによって分析することができる。ホモポリマー誤差修正(454の読み取りデータ)、配列フィルタリング、選別及び列挙を、特別仕様のスクリプト、多と言えば以前に記載されたもの(Kim S,et al.Journal of Virology.2010;84(22):11771−80)によって実施することができる。VIS組み込み部位を介した挿入突然変異誘発は、Bayesian Change−Pointモデルの方法をzスコアに適用して分析することができる(Presson A,et al.BMC Bioinformatics.2011;12(1):367)。
CAR形質導入HSCの移植を、当該技術に既知の方法の使用によりNHPにおいてアッセイすることができる。
本発明のウイルス特異的CARを使用して、HIVに対するヒト細胞免疫応答を遺伝子的に改変及び増強することができる。幾つかの実施形態において、これらのCARは、HIVエンベロープ認識ドメイン、膜貫通ドメイン及びHIV感染細胞を死滅させるようにT細胞を向ける細胞外シグナル伝達ドメインを含む、またはからなる改変T細胞受容体(TCR)である。幾つかの実施形態において、CARは、2つのshRNAであるsh1005及びsh516、並びに/またはHIV感染から形質導入細胞を保護する他の遺伝子試薬と一緒に、レンチウイルスベクター内に発現される。
幾つかの実施形態において、投与は、幹細胞動員、精製、培養、レンチウイルス形質導入及び注入を伴う1回処置を必要とする。形質導入は、HSPCまたはTSCMのいずれか、または両方に対して行われる。この療法は、CAR含有T細胞が、百万回に1回の頻度で開始する正常なT細胞のようにHIV抗原に応答して末梢で繁殖すると予測されるという事実によって、他の幹細胞治療手法を制限する低レベル形質導入細胞移植において良好に機能する。このことは、幹細胞及び成熟T細胞後代が、主要な抗ウイルスエフェクター細胞を生成する天然の繁殖能力を利用している。移植を、shRNAのみを発現するレンチウイルスベクターによるHSPCの改変と更に組み合わせて、HIV抵抗性免疫系及びCARエフェクターT細胞からなるキメラ造血系を再増殖させることができる。
幹細胞療法は、治療遺伝子を潜在的に個体の寿命の全期間にわたって導入することを伴う。そのため、細胞障害性または遺伝子障害性は回避されるべきである。CARの新たなシグナル伝達活性またはshRNAのオフターゲット効果は、正常な造血及び/または免疫機能を歪めることがある。以下のアッセイを安全性/毒性の評価に使用することができる。
インターフェロン応答がウイルス及び二重鎖RNAにより誘発さえることがあり、それが細胞死及び炎症によって有害作用を引き起こす可能性がある。細胞死の証拠を、例えばPromega CytoTox−Gloアッセイ(細胞内プロテアーゼ放出)を使用して測定することができ、インターフェロン応答遺伝子OAS1の誘発の証拠を、例えばSBIインターフェロン応答検出キット(IFN誘発性遺伝子の定量化RT−PCR分析)を使用して測定することができる。
レンチウイルスベクターは、265人を超える患者年のデータを有する臨床試験における強力な安全性プロファイルを実証しており、治療関連の重篤な有害事象は報告されていない(virxsys.com/pages/technology−platforms/lentiviral−vector−platform.php)。それにもかかわらず、遺伝子発現及び細胞機能へのベクター組み込みの影響を、当該技術に既知の方法の使用によりアッセイすることができる。加えて、当該技術に既知の方法、例えば上記に記載されたVISの使用により、クローンの再増殖をモニターすることができる。一般に、異常なクローンが優性ではない、ポリクローナル多系列多組織再増殖が望ましい。
オフターゲット及びシグナル伝達の欠損は、shRNA及びCAR導入遺伝子発現によってもたらされることがある。shRNAのオフターゲット効果を最小限にするため、転写的に弱いプロモーター(H1及び7SK)を使用して、可能性のあるshRNAを特異的にスクリーンすることができる。インビトロにおける二重sh1005/sh516形質導入T細胞またはBLTのインビボ多系列造血分化におけるHSPCには、有害作用は観察されなかった。
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Claims (24)
- ウイルスまたはそのエプトープに特異的なキメラ抗原受容体(CAR)をコードする核酸分子を含有するベクターにより形質導入された幹細胞を含み、機能性エフェクター細胞に分化することができる、組み換え前駆細胞。
- 前記核酸分子が、CAR構築物内に含有される、請求項1に記載の組み換え前駆細胞。
- 前記幹細胞が、造血幹細胞または造血前駆細胞である、請求項1または請求項2に記載の組み換え前駆細胞。
- 前記幹細胞が、メモリーT幹細胞(例えば、中枢メモリーT細胞、エフェクターメモリーT細胞または幹細胞メモリーT細胞)である、請求項3に記載の組み換え前駆細胞。
- 前記ベクターがレンチウイルスベクターである、請求項1〜4のいずれか一項に記載の組み換え前駆細胞。
- 前記キメラ抗原受容体が、CD4細胞外及び膜貫通ドメイン、並びにCD3ゼータシグナル伝達ドメイン(CD4ζ)を含む、から実質的に成る、またはから成る、請求項1〜5のいずれか一項に記載の組み換え前駆細胞。
- 前記CD4細胞外ドメインが、HIVに感染した細胞の表面に発現するgp120に結合する、請求項6に記載の組み換え前駆細胞。
- 前記ウイルスがレンチウイルスである、請求項1〜7のいずれか一項に記載の組み換え前駆細胞。
- 前記レンチウイルスがヒト免疫不全ウイルスである、請求項8に記載の組み換え前駆細胞。
- 前記機能性エフェクター細胞がT細胞である、請求項1〜9のいずれか一項に記載の組み換え前駆細胞。
- 前記T細が、その細胞表面にCD4ζ CARを発現する、請求項10に記載の組み換え前駆細胞。
- 前記ベクターが、前記組み換え前駆細胞を前記ウイルスの感染から保護する1つ以上の遺伝子配列を更に含む、請求項1〜11のいずれか一項に記載の組み換え前駆細胞。
- 前記遺伝子配列が、sh1005、sh516及びC46をコードする核酸分子から選択される、請求項12に記載の組み換え前駆細胞。
- 機能性エフェクター細胞を産生する方法であって、
請求項1〜13のいずれか一項に記載の組み換え前駆細胞を分化または発生させること、次にそれを前記機能性エフェクター細胞に成熟させることを含む、前記方法。 - 前記組み換え前駆細胞が、対象、好ましくはヒト被験者に投与または移植される、請求項14に記載の方法。
- 前記組み換え前駆細胞が、対象、好ましくはヒト被験者の胸腺組織に付される、請求項14または請求項15に記載の方法。
- 請求項13〜16のいずれか一項に記載の方法により作製される改変機能性エフェクター細胞。
- その細胞表面にCD4ζ CARを発現する、請求項17に記載の改変機能性エフェクター細胞。
- 対象においてウイルス感染を阻害、低減または治療する方法であって、請求項1〜13のいずれか一項に記載の組み換え前駆細胞及び/または請求項14〜18いずれか一項に記載の改変機能性エフェクター細胞を前記対象に投与することを含む、前記方法。
- 前記細胞が、HLA拘束性T細胞受容体を欠いている、請求項1〜19のいずれか一項に記載の発明。
- CD3複合体ζ鎖のシグナル伝達ドメインに融合しているCD4、好ましくはヒトCD4をコードする配列を含む、核酸分子。
- 前記核酸分子が、CAR構築物、二重CAR構築物、三重CAR構築物、切断CAR構築物、切断二重CAR構築物、切断三重CAR構築物及び第二世代CAR構築物からなる群から選択される、請求項21に記載の核酸分子。
- 前記分子が、CD4ζ CAR、二重CAR C46、三重CD4ζ CAR、CD4D1D2D3CAR、CD4D1D2CARまたはCD4D1CARである、請求項21に記載の核酸分子。
- 前記分子が、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14及び配列番号15からなる群から選択されるアミノ酸配列を有する単鎖抗体をコードするヌクレオチド配列を含有する、請求項21〜23のいずれか一項に記載の核酸分子。
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