JP2002522065A - 核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置 - Google Patents
核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置Info
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Abstract
Description
らに詳しくは、DNAミクロ配列(マイクロアレー)をハイブリダズする(Hybr
idization)ための自動化装置に関する。
ロアレー、Microarray)の使用は、多数の遺伝子の表現(発現)を同時に分析す
るための有力な手法である。この手法は、顕微鏡用の載物ガラスのような固体の
培養基上に、多数の遺伝子からのDNA検体を固定することを含む。DNA検体
は、基板上の斑点の配列のような外観を呈し、配列中の位置を知ることにより、
特定のDNA検体の起源を決定することができる。この手法は、DNA検体中の
特定のヌクレオチド配列を検出するために、DNAミクロ配列をRNA(リボ核
酸、Ribonucleic Acid)プローブに接触させることを提供する。異なるRNAを
識別するために、それぞれは、特定のプローブに対して固有の波長で蛍光を発す
る標識でラベル化されている。
結合し、ハイブリッドDNA−RNA螺旋構造を生成する。固定化されたDNA
のそれぞれと、特定のRNAプローブとに対して、各ミクロ配列元素の蛍光の強
度と波長依存性とを測定することにより、DNA検体中のハイブリッド形成の差
を識別することができる。このようにして、DNA検体中で、遺伝子方程式のレ
ベルが変化するか否かを決定することができる。このため、DNAミクロ配列を
使用して、多数の遺伝子の方程式について多くのことを習得することができ、相
対的に少量の生体物資を使用して、遺伝子方程式の理解できるパターンについて
知ることができる。
きる装置は、改良を要する。DNAミクロ配列を処理することが可能な殆どの装
置は、初歩的な温度制御を備える。しかし、核酸のハイブリダイズ(ハイブリッ
ド形成)は、正確な温度制御を必要とする。ハイブリダイズ速度と、ハイブリッ
ド(Hybrid)DNA−RNA螺旋構造の平衡濃度とは、温度に強く依存し、それ
故、ハイブリダイズ実験を正確に比較するには、実験を同一温度で行うことが必
要である。さらに、実験中の正確な温度プログラミングは、偽りの(スプリアス
、Spurious)プローブ−検体結合を最小化するために重要である。例えば、ハイ
ブリダイズに引き続いて急激に温度を低下させること(ステップワイズなプロー
ブのアニールと呼ぶプロセス)は、測定対象外の結合を低減する。
適当なシステムを欠いている。ハイブリダイズ中に、DNAミクロ配列は、RN
Aプローブを保持する流体中に浸積される。プローブがDNA検体と結合する速
度は、部分的には、プローブの濃度に依存する。しかし、固定化されたDNA検
体近傍のプローブの濃度は、全体のプローブの容積濃度とは大きく異なる可能性
がある。流体を撹拌することは、流体全体と培養地表面に接する流体との間の濃
度勾配を最小限にするけれども、過剰な流体の混合は、DNA検体を移動させる
可能性のある高い剪断力と法線応力とを生成するかもしれない。
減するものである。本発明は、正確な温度制御と流体制御とを実行可能な、DN
Aハイブリダイズ装置を提供する。本発明は、特に、DNAが点在する載物ガラ
ス(DNAミクロ配列)とともに使用する場合に便利である。
は、 ガラススライド(載物ガラス、Glass Slides)上に配列されたDNA検体を自
動的に組換えるための装置であって、 前記ガラススライドを通過する複数の液体反応物を流通させるための流体制御
モジュールと、 前記DNA検体の温度を検出し、制御するための温度制御モジュールとを備え
る、 ことを特徴とする。
ある。多数の載物ガラスが、一度に(並列に)、或いは迅速な直列方式で、処理
され得る。流体多岐管(マニホールド)は、各載物ガラス表面を通過する多数の
流体を制御することを許容する。熱制御は、載物ガラスの対ごとに行い、その結
果、各載物ガラス対は、同一の温度プロファイルを経験する、または、異なる各
載物ガラス対は、異なる温度プログラミングを有することができる。各載物ガラ
ス対は、各載物ガラスのDNA検体領域をシールするために、別個の保持機構(
クランプ)で供給される。流体は、装置中を負圧状態で移動し、強制的にいかな
る危険化学物質も排出されることがないようにしている。本発明は、また組み込
まれたPC(Personal Computer)上で実行されるソフトウェアを使用して、流
体の接触と温度とを制御するソフトウェア制御を提供する。ユーザ入力は、タッ
チ画面またはフロッピーディスクにより行う。システムネットワークは、制御信
号と、主要ユニットと従属ユニットとの間のソフトウェアと各載物ガラス対用の
熱制御モジュールとを分配する。
て、以下図面を参照して説明する。
使用するための自動化DNAハイブリダイズ装置100の1つの具体例の透視正
面図を示す。図1に示す装置100は、6つの熱管理モジュール104を収容す
るハウジング102を含むが、熱管理モジュール104の数は変更可能である。
熱管理モジュール104のそれぞれは、6つのスライド板部品106の中の1つ
の温度を制御する。スライド板部品106のそれぞれは、DNAが点在する1対
の顕微鏡用載物ガラス(図示せず)を含む。処理中に、熱管理モジュールは、独
立に動作するので、顕微鏡用載物ガラスの対は、異なる温度履歴を受ける。
々の液体(緩衝液、反応物等)と種々の気体(例えば、空気)とを各載物ガラス
に分配する。流体制御モジュール108は、スライド板部品106の第1列11
2と流通する主要多岐管(メインマニホールド)110と、スライド板部品10
6の第2列116と流通する従属多岐管(サテライトマニホールド)114とを
有する。主要多岐管110と従属多岐管114とは、弁と、流体が液体リザーバ
118からそれぞれの載物ガラスに流れることを許容するコンジット(Conduit
、図示せず)とを有する。さらに、主要多岐管110と従属多岐管114とは、
流体が各載物ガラスから廃棄物容器120に流れることを許容する。2つの廃棄
物容器120の使用により、反応性廃棄物を混合し、処理中に収集容器を交換す
る必要がなくなる。以下に述べるように、DNAミクロ配列のぞれぞれは、ハイ
ブリダイズ中に、同一または異なる流体と接触する可能性がある。ポンプ(図示
せず)は、2つの廃棄物容器120の上部空間を真空に維持する。液体リザーバ
118中の大気圧と、廃棄物容器120の真空とは、流体を流体制御モジュール
108全体に流通させる圧力損失を生成する。装置100内に接触する全ての流
体は、大気圧以下であるので、いかなる危険化学物質も強制的に装置100から
排出され得ない。
上で実行されるソフトウェア制御される。ユーザ入力は、タッチ画面124また
はフロッピーディスクドライブ126により実行される。専用のシステムネット
ワークは、主要多岐管110と、従属多岐管114と、スライド板部品106の
それぞれ用の熱管理モジュール104との間で、制御信号とソフトウェアの指示
とを分配する。アプリケーションソフトウェアと、タッチ画面124またはフロ
ッピーディスクドライブ126とを介して、ユーザは、処理ステップをプログラ
ムすることができる。タッチ画面124上に入力されたプロセス制御プログラム
は、組み込まれたPCモジュール122のハードディスクドライブに記憶可能で
あり、またはフロッピーディスクドライブ126にダウンロード可能である。
れたPCモジュール122の制御の下で、電力供給モジュールは、主要多岐管1
10と従属多岐管114との弁を動作させるために電流を供給し、熱管理モジュ
ール104のそれぞれを起動するためにエネルギーを供給する。ライン電位が利
用可能な電流を約10アンペアまでに制限するので、電力供給モジュールは、加
熱及び冷却速度を消失させることなく、全ての熱管理モジュール104に電力を
同時に供給することはできない。その代わりに、電力供給モジュールは、インテ
リジェントエネルギースケジューリング(管理)を使用して、先ず、スライド板
部品106の1つまたは2つに対して電力を供給する。それらが、所望の温度に
達した後で、電力供給モジュールは、スライド板部品106の第2のグループに
電力を供給する。このプロセスは、全てのスライド板部品106が、それぞれの
所望の温度に到達するまで継続する。
を示す。図2に示すように、スライド板部品106は、クランプ152により固
持されているスライドカバー150を有する。クランプ152は、通常は、単一
で、中間を横切る部材156を有する矩形の枠154である。この矩形の枠15
4が円筒状のロッド162の中心軸のまわりに回転することを許容する円筒状の
ロッド162を使用して、矩形の枠154は、1組のクランプアーム158、1
60に取り付けられる。クランプアーム158、160の第1の端部は、熱管理
モジュール104に固着されたヒンジ164,166に回転可能に取り付けられ
る。クランプアーム158、160の第2の端部に装着された矩形の棒168は
、クランプアーム158、160の相対的な動きを防止する。スライド板部品1
06を安全に保つために、矩形の棒168に装着されたノブ170が、熱管理モ
ジュール104に装着されたクランプ台172に差し込まれている。
キャリア192上に載置された1対のガラススライド190上に配置されたスラ
イドカバー150を有する。処理中には、スライドカバー150は、ガラススラ
イド190上に配置される。上方に約10度曲げられた一連の切り出しタブ19
4を使用して、スライドキャリア192は、ガラススライド190を位置決めす
る。切り出しタブ194は、ガラススライド190の寸法の多少の変化を許容す
る。装置100内で、ガラススライド190とスライドキャリア192との位置
を固定するために、スライドキャリア192の一端に配置されたU字形のタブ1
96は、位置決めピン(図示せず)を図1に示す多岐管110、114に結合す
る。
イドキャリア192と一対のガラススライド190との斜視上面図を示す。ガラ
ススライド192のそれぞれは、配列210の形式で、DNAが点在して配置さ
れている。
150は、装置100の高温運転で、撓んだり軟化しないように、耐熱プラスチ
ックから構成されている。好適なプラスチックは、ポリサルフォン(Polysulfon
)を含む。ポリサルフォンは、必要な温度特性を具備し、さらに透明であるので
、処理中にガラススライド190を直接視ることができる。また、ポリサルフォ
ンの吸収及び減衰特性は、処理中の、DNAミクロ配列、RNAプローブ等の光
漂白を防止するのに役立つ。
ム222は、スライドカバー150の底面220に配置される。シム222の厚
さは、スライドカバー150の底面220とガラススライド190との間の距離
を決定する。挿入された2つのパーフルオロエラストマー(Perfluoroelastomer
)製のO−リング224は、核酸とは結合せず、シム222の内面の周囲のスラ
イドカバー150の底面220に切り込まれた溝に配置される。処理中には、ス
ライドカバー150の底面220は、ガラススライド190上に配置され、O−
リング224を押圧し、流体の流れのための2つのスライドキャビティ(Cavity
)を定義する。
孔226から各スライドキャビティに流入し、流出する。孔226は、図1に示
す多岐管110、114に流体の流通を提供し、O−リング228によりシール
される。各スライドキャビティに対して、流体は、孔226の1つを通過して、
スライドカバー150に切り込まれた第1の横方向の拡散チャネル230に流入
する。次いで、流体は、スライドカバー150の表面に沿って、キャビティの長
さ方向に流れ、第2の横方向の拡散チャネル232に放出される。第2の横方向
の拡散チャネル232から、流体は、背面の孔226を有するスライドカバー1
50に開けられた戻りチャネル234内に流入し、孔226の1つを通って、ス
ライドキャビティから流出する。拡散流れに加えて、拡散チャネル230、23
2は、スライドキャビティ内の温度の上昇と下降とに応じて、空になりまたは充
満する小さな液体リザーバとして作用する。
えば、数マイクロリットル)を直接スライドキャビティに注入するための2つの
注入孔236を有する。注入孔236は、注入デバイス(典型的にはピペット)
と、使用しない場合に孔236をシールするポリエチレン(Polyehylene)栓2
38との形状に応じたテーパを有するように孔開けされている。このテーパは、
一旦栓238が挿入されると、流体が注入孔236に滞留することを許容しない
、そのため、スライドキャビティのみかけの容積を減少させる。
ネル232に引き込まれ、液体が第1のチャネルに到達するまで、スライドキャ
ビティ内のスライド190の表面を横切って流れる。手動の液体注入は、第2の
拡散チャネル232で起こるので、スライド板部品106は、第1のチャネルに
対して僅かに上方に(約10度程度)傾くので、注入中に、液体は孔226の外
側のスライドキャビティ内の空気を置換し、排出する。拡散チャネル230、2
32がスライドキャビティ内の液体の膨張と収縮とを補償するように設計されて
いるので、液体は、拡散チャネル230、232に完全に充満することはない。
ライドカバー150の底面220と平行な方向の熱勾配により生じる歪みを低減
する。スライドカバー150の底面220と垂直な方向の熱勾配により生じる歪
みは、スライドカバー150を薄くし、熱容量を小さくすることにより低減され
る。
た接触フェルール266に結合するスプリング264を使用して、クランプ15
2は、スライド板部品106を熱管理モジュール104の要素(熱板260と熱
パッド262)に対して押し付ける。接触フェルール266は、クランプ枠15
4の周囲に配置され、そのため、スライドカバー150の内面に沿って、均等に
分配される下方への力を働かせる。印加圧力は、シム222をガラススライド1
90に対して接触させ、熱勾配に起因するスライドカバー150の変形を防止す
るために十分な大きさである。
上面図と底面図である。多岐管110、114の両者は、多層の拡散結合された
アクリル樹脂から構成される。これらの層は熱と圧力とにより結合されており、
チャネル290、292、294、296が機械加工されている。主要多岐管1
10は、液体口298と廃棄物口300とを介して、液体リザーバ118と廃棄
物容器120とに対して流体の流通をそれぞれ提供する以外は、従属多岐管11
4に類似している。さらに、主要多岐管110は、圧縮空気供給源に対する流体
の流通を提供し、気体口302とベント口304とを介して、大気に対する流体
の流通を提供する。位置決めピン306は、スライドカバー150とスライドキ
ャリア192のU字形のタブ196とを結合する。位置決めピン306は、多岐
管110、114に対して、スライドカバー150の位置を相対的に決定する。
第2のコンジット口324,326とを介して、液体リザーバ118と廃棄物容
器120との間で流体を流通させる。さらに、主要多岐管110と従属多岐管1
14との下側に装着された弁328は、スライドキャビティと、液体リザーバ1
18及び廃棄物容器120及び圧縮空気或いは大気との間で、選択的に流体を流
通させる。弁は、組み込まれたPCモジュール122により制御され、デッドス
ペースを持たないので、閉状態での液体の滞留を防止する。
18から、主要多岐管110と、従属多岐管114と、スライドキャビティ35
0とを介して、廃棄物容器120に流入する様式を図解している。流体がスライ
ドキャビティ350に導入される前に、液体リザーバ118とスライドキャビテ
ィ350との間の流体通路は、適当なリザーバ118からの液体が、前もって注
入されている。この予備注入は、現在の処理ステップを汚染する可能性のある、
過去の処理ステップで残存するいかなる流体をもパージする。
ティ354に液体を注入し、その後、第2のスライドキャビティ356に液体を
注入すると仮定する。当初は、全ての弁328は閉じられている。予備注入を開
始するために、組み込まれたPCモジュール122(図示せず)が第1の液体注
入弁358と、一次予備注入弁360と、廃棄物容器120が真空状態であるた
め、コンジット290を第1のリザーバ352からの液体で充満する、第1また
は第2のどちらかの廃棄物弁362,364とを開く。次いで、制御モジュール
122は、第1のスライドキャビティ出口弁366を開き、過去の処理ステップ
で残存している、第1のスライドキャビティ354のいかなる流体をもパージす
る一次予備注入弁360を閉じる。同様にして、第1のリザーバ352と第2の
スライドキャビティ356との間で流体を流通させるコンジット294に予備注
入するために、組み込まれたPCモジュール122は、第1の液体注入弁358
と、二次予備注入弁368と、第1または第2のどちらかの廃棄物弁362,3
64とを開く。このプロセスは、第1のリザーバ352からの液体でコンジット
294を充満する。次いで、制御モジュール122は、第2のスライドキャビテ
ィ出口弁370を開き、過去の処理ステップで残存している、第2のスライドキ
ャビティ356のいかなる流体をもパージする二次予備注入弁368を閉じる。
58と、第1のスライドキャビティ入口弁372と、第1のスライドキャビティ
パルス弁374と、第1のスライドキャビティ出口弁366と、第1または第2
の廃棄物弁362,364のどちらか一方とを開くことにより、PC制御モジュ
ール122は、第1のリザーバ352から第1のスライドキャビティ354に液
体を注入する。同様にして、第1の液体注入弁358と、第2のスライドキャビ
ティ入口弁376と、第2のスライドキャビティパルス弁378と、第2のスラ
イドキャビティ出口弁370と、第1または第2の廃棄物弁362,364のど
ちらか一方とを開くことにより、PC制御モジュール122は、第1のリザーバ
352から第2のスライドキャビティ356に液体を注入する。
真空状態に維持する。液体リザーバ118の大気圧と廃棄物容器120内の真空
とは、流体制御モジュール108全体に流体を流通させる圧力損失を生成する。
処理中に、廃棄物容器120に(液体が)充満するにしたがって、2つの廃棄物
容器120の上部空間は減少し、ポンプ能力を消失する。結果として、真空ポン
プ380は、全ての運転条件で、流体制御モジュール内の真空状態を維持するよ
うに、連続的に運転される。廃棄物容器120の上部空間が大きい場合には、流
体制御モジュール108が、ポンプ需要のピークまたは遷移状態に対応すること
を許容する。典型的には、真空ポンプからの排出物382は、装置100の背面
に回される。排出物382が危険物である場合には、廃棄処理場所までパイプで
つながれる。危険物質を取り扱うためには、廃棄物容器120に中和剤を予備注
入しておくことも可能である。
撹拌することを示す。図9は、主要多岐管110に隣接するスライド板部品10
6の横断面図を示す。1組の弁−スライドキャビティ入口弁402とスライドキ
ャビティパルス弁404−は、液体リザーバ118に流体を流通させる。組み込
まれたPC制御モジュール122(図示せず)は、パルス弁404を開閉するこ
とにより、液体400を撹拌することができる。この動作は、配列406,40
8に示されるように、第1の拡散チャネル230から空気を出し入れする。拡散
チャネル230は、スライドキャビティ350内に圧力を低下させて分配する傾
向のある圧力リザーバとして作用し、スライド190に付着するDNAを剪断す
ることを最小にする。
ャネル230で収集される傾向にある泡を形成する。第1の拡散チャネル230
における気体の収集は、撹拌と、スライド板部品106を僅かに傾斜させること
により、改善する。例えば、出口弁366、377とベント弁420(図8)と
を介した、スライドキャビティ350の断続的なベントは、気体が加圧し、液体
400を置換することを抑制する。蒸発による液体の損失は、短いベント時間に
より最小化される。
04は、ペルティエ(Peltier)装置440とガラススライド190との間の熱
伝達を最大にするように設計、構成された熱板260を有する。熱板260は、
迅速な温度応答性と、ガラススライド190の表面の均一な温度分布とを提供す
るように設計されている。これらの設計目的を達成するために、熱板260は、
最低限の熱容量と、熱接触面積を最大にするために高度な平滑性とを具備する。
熱板260に対して機械的な結合が適用されなければならない場合には、温度プ
ロファイルに対して実質的な妨害を起こさないように配置される。熱板260は
、黒鉛を含有する熱パッド262上に配置され、この熱パッド262は、ペルテ
ィエ装置440と熱板260の陽極酸化された表面との間に熱界面を形成する。
熱ヒューズ(図示しない)は、モジュール104が過熱しないように、熱板26
0に結合されている。さらに、プロセス制御を改善するために、PT100温度
センサ442が、DNA検体(配列)に対して密接して、熱板260の上面に組
み込まれている。
を最大にするために、高度な平滑性を有する。生じることの多い空気の流れに対
する最適な熱伝達は、”デッドゾーン”(Dead Zone)が零となるように予備調
整された空気の流れを乱すために結合されたフィン部材(図示せず)を使用する
ことにより達成される。予備調整は、ファン448の固定子により生成されるデ
ッドゾーンを妨害するように、ヒートシンク444のフィンから、選択された距
離にファン448を移動させることにより達成される。組み込まれたPC制御モ
ジュール128に対して温度データを供給するために、温度センサ450は、ヒ
ートシンク444に取り付けられている。
でき、1℃から100℃の間で温度を制御することが可能である。上昇速度は、
スライド190の上面で測定された乾燥条件で、スライド190の表面で得られ
たものである。
示す。スライド190の検体領域(DNA配列)210を熱制御することは、ペ
ルティエ装置440の正確で応答性の良い制御に依存する。ペルティエ装置44
0のそれぞれに入力される電流の強度と方向とは、装置440を通過する熱伝達
の量と方向とを制御する。H−ブリッジの反転スイッチ472と結合された切替
電力変換器470は、必要な電流を供給する。電流は、デジタル・アナログ(D
/A)変換器476を介して、コンピュータプロセッサ474により制御される
。熱板260とヒートシンク(熱源)444との温度は、PT100センサ44
2と、プロセッサ474で利用可能な結果にする温度変換器476とにより検出
される。要求温度を達成する印加電流と極性とを計算するために、熱板260と
ヒートシンク(熱源)444との温度を検出するコンピュータプロセッサ474
を使用することにより、電気的な電流の極性と流れとは制御される。不完全な空
気の流れを警告するために、ヒートシンク444のファン448からのパルス出
力は、監視される。
の間のリンクを提供する。さらに、シリアル通信インターフェース480は、コ
ンピュータプロセッサ474と組み込まれたPC制御モジュール122との間の
リンクを提供する。組み込まれたPC制御モジュール122は、弁328の動作
と温度変更との管理を実行する。
て、熱管理モジュール104に送信される。熱管理モジュール104のプロセッ
サ474は、弁328の動作と温度制御とに関して、直接指示する。最適な処理
のためには、温度制御は、迅速な温度変更を行い、オーバーシュートすることな
く、新規な温度で素早に安定させることが必要である。これは、従来の比例積分
微分(PID)制御ループではなく、モデル化手法を用いて、本実施例において
、達成される。
板260と、スライド190とを組み合わせた温度特性のモデルを取り入れたプ
ログラムを実行する。熱ポンピングは、定められた遷移応答(時間の関数として
の熱ポンプ速度)と、ポンピング効率(ペルティエ電流の関数としての定常状態
のポンプ速度)と、ヒートシンク444に対するペルティエ装置440を介する
熱板260からの熱の授受としてモデル化される。ペルティエ装置440を通過
する電流と、熱板260温度と、ヒートシンク444温度との履歴に基づいて、
制御アルゴリズムは、将来の定められた時間(典型的には5秒)における熱板2
60の温度を予測する。このためには、所望の電流を達成するために必要な(一
定と仮定)電流が算出される。算出された電流が、電力変換器とペルティエ装置
440とに対する範囲内にあることと、温度の変化速度が、ペルティエ装置44
0に熱損傷(Thermal Shock)をもたらさないこととを確実にした後で、電力変
換器470と反転スイッチ472との制御により、算出された電流は、ペルティ
エ装置440に印加される。この電流は、約1秒程度の定められた期間で再計算
される。一旦熱板260の温度が目標に近付くと、温度誤差に応じて、ペルティ
エ装置440の仮定した熱伝導率を調整することにより、精度の高い温度制御が
実行される。
組み込まれている。 フラッシュ482:ブートローダ(Boot-Loader) プログラム RAM484: 動作(Operating)プログラム及び変数 EEPROM: 特定の熱管理モジュール104の特性(シリアル番号、温
度較正ファクタ) ブートローダプログラムは、起動時に実行され、その目的は、組み込まれたPC
制御モジュール122により、熱モジュール104の全てのコントローラ474
に対して送信される新規なプログラムコードを受信することである。熱モジュー
ル104に対する動作コードは、組み込まれたPC制御モジュール122に記憶
され、装置のアップグレードを容易にするので、便利である。
る熱制御モジュール104(制御プロセッサ474)との間で情報を送受信する
ように設計された内部ネットワーク上に配置されている。
具体例の透視正面図を示す。
示す。
ための装置であって、 キャリアと該キャリアに対向する表面を有する着脱可能なカバーとを有し、着
脱可能なカバーの表面と前記固体基板とがキャビティ(Cavity)を形成するよう
に、前記キャリアと着脱可能なカバーとは、キャリアと該着脱可能なカバーの表
面との間に、前記固体基板を配置するための寸法を有し、ハイブリダイズ中に、
固体基板を固定するための少なくとも1つの部材と、 少なくとも1つの液体リザーバと、少なくとも1つの廃棄物容器と、該廃棄物
容器と流通し、前記液体リザーバと前記廃棄物容器との間に、流体制御モジュー
ルの全体に流体を流通させる圧力損失を提供する真空源と、前記液体リザーバと
前記キャビティとの間及び前記キャビティと前記廃棄物容器との間に流体を流通
させる流体多岐管(マニホールド)とを有する流体制御モジュールと、 前記固体基板上の固定化されたDNAミクロ配列の温度を制御し、熱的に前記
部材に接触する少なくとも1つの熱管理モジュールと 、を備える、ことを特徴とする核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置。
有する、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
。
。
有する、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
。
。
ムをさらに備え、 該シムは、前記着脱可能なカバーと前記固体基板の表面との間の距離を定める
、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
固体基板の表面よりも小さい面積を取り囲む、 ことを特徴とする請求項8に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
。
ている ことを特徴とする請求項10に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装
置。
。
置。
を具備し、前記第1の拡散チャネルと前記第2の拡散チャネルとは、前記流体多
岐管と流通する、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
第1の拡散チャネルと流通するパルス弁を有する、 ことを特徴とする請求項14に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装
置。
体の流入と流出とを提供する、 ことを特徴とする請求項14に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装
置。
に流出及び流入する流体が、前記固体基板の表面に固定化されたDNAミクロ配
列を通過するように、前記第1の拡散チャネルと前記第2の拡散チャネルとはが
離れて配置されている、 ことを特徴とする請求項16に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装
置。
配置された注入口をさらに備える、 ことを特徴とする請求項14に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装
置。
置。
置。
置。
拡散チャネルに向かって、上方に傾斜している、 ことを特徴とする請求項21に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装
置。
する歪みを低減するための熱遮断器を有する、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
。
するために使用される、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
。
記キャビティと前記廃棄物容器との間で選択的に流体を流通させる弁を具備する
、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
置。
。
。
ティエ(Peltier)装置を有する、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
熱板を有する、 ことを特徴とする請求項32に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装
置。
、黒鉛を含有するパッドを有する、 ことを特徴とする請求項32に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装
置。
た熱板を有する、 ことを特徴とする請求項34に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装
置。
ティエ装置を有する、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
つの温度センサを有する、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
。
で制御することができる、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
さらに備える、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
らに備える、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
に備え、該ソフトウェアは、前記熱管理モジュールの熱特性を概算する数学的モ
デルを使用して、前記熱管理モジュールを制御する、 ことを特徴とする請求項41に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装
置。
給モジュールをさらに備える、 ことを特徴とする請求項1に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
。
使用する、 ことを特徴とする請求項43に記載の核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装
置。
ための装置であって、 ハイブリダイズ中に固体基板を固定し、キャリアと該キャリアに対向する表面
を有する前記着脱可能なカバーとを有し、該着脱可能なカバーの表面と前記固体
基板とがキャビティ(Cavity)を形成するように、前記キャリアと前記着脱可能
なカバーとが、前記キャリアと前記着脱可能なカバーの表面との間に、前記固体
基板を配置するための寸法を有する、少なくとも1つの部材と、 少なくとも1つの液体リザーバと、少なくとも1つの廃棄物容器と、該廃棄物
容器と流通し、前記液体リザーバと前記廃棄物容器との間に、流体制御モジュー
ルの全体に流体を流通させる圧力損失を提供する真空源と、前記液体リザーバと
前記キャビティとの間及び前記キャビティと前記廃棄物容器との間に流体を流通
させる流体多岐管(マニホールド)とを有する流体制御モジュールと、 前記固体基板上の固定化されたDNAミクロ配列の温度を制御し、前記キャリ
アと前記固体基板とを介して、該固体基板を固定する部材に熱的に接触する少な
くとも1つの熱管理モジュールとを備える、 ことを特徴とする核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置。
ように、キャリアと前記着脱可能なカバーとが、前記キャリアと前記着脱可能な
カバーの表面との間に、前記固体基板を配置するための寸法を有し、ハイブリダ
イズ中に、固体基板を固定するための少なくとも1つの部材と、 少なくとも1つの液体リザーバと、少なくとも1つの廃棄物容器と、該廃棄物
容器と流通し、前記液体リザーバと前記廃棄物容器との間に、流体制御モジュー
ルの全体に流体を流通させる圧力損失を提供する真空源と、前記液体リザーバと
前記キャビティとの間及び前記キャビティと前記廃棄物容器との間に流体を流通
させる流体多岐管(マニホールド)とを有する流体制御モジュールと、 前記固体基板上の固定化されたDNAミクロ配列の温度を制御し、該固体基板
を固定する部材に熱的に接触する少なくとも1つの熱管理モジュールとを備える
、 ことを特徴とする核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置。
及び流体循環装置は、 固体基板表面に固定化されたDNAミクロ配列を自動的にハイブリダイズする
ための装置であって、 キャリアと該キャリアに対向する表面を有する着脱可能なカバーとを有し、着
脱可能なカバーの表面と前記固体基板とがキャビティ(Cavity)を形成するよう
に、前記キャリアと着脱可能なカバーとは、キャリアと該着脱可能なカバーの表
面との間に、前記固体基板を配置するための寸法を有し、ハイブリダイズ中に、
固体基板を固定するための少なくとも1つの部材と、 少なくとも1つの液体リザーバと、少なくとも1つの廃棄物容器と、該廃棄物
容器と流通し、前記液体リザーバと前記廃棄物容器との間に、流体制御モジュー
ルの全体に流体を流通させる圧力損失を提供する真空源と、前記液体リザーバと
前記キャビティとの間及び前記キャビティと前記廃棄物容器との間に流体を流通
させる流体多岐管(マニホールド)とを有する流体制御モジュールと、 前記固体基板上の固定化されたDNAミクロ配列の温度を制御し、熱的に前記
部材に接触する少なくとも1つの熱管理モジュールと 、を備える、 ことを特徴とする。
ある。多数の載物ガラスが、一度に(並列に)、或いは迅速な直列方式で、処理
され得る。流体多岐管(マニホールド)は、各載物ガラス表面を通過する多数の
流体を制御することを許容する。熱的制御は、典型的には、載物ガラスの対ごと
に行い、その結果、各載物ガラス対は、同一の温度プロファイルを経験する、ま
たは、異なる各載物ガラス対は、異なる温度プログラミングを有することができ
る。各載物ガラス対は、各載物ガラスのDNA検体領域をシールするために、別
個の保持機構(クランプ)で供給される。流体は、装置中を負圧状態で移動し、
強制的にいかなる危険化学物質も排出されることがないようにしている。本発明
は、また組み込まれたPC(Personal Computer)上で実行されるソフトウェア
を使用して、流体の接触と検体温度とを制御するソフトウェア制御を提供する。
ユーザ入力は、フロッピーディスクまたはシステムネットワークとの外部接続に
対して、タッチ画面により行う。システムネットワークは、主要及び従属流体制
御ユニットと、スライド対のそれぞれに対する熱的制御モジュールとに、制御信
号とソフトウェア指示とを分配する。
上で実行されるソフトウェア制御される。ユーザ入力は、タッチ画面124また
はフロッピーディスクドライブ126により実行される。専用のシステムネット
ワークは、スライド板部品106のそれぞれ用の熱管理モジュール104の間で
、制御信号とソフトウェアの指示とを分配する。アプリケーションソフトウェア
と、タッチ画面124またはフロッピーディスクドライブ126とを介して、ユ
ーザは、処理ステップをプログラムすることができる。このシステムネットワー
クは、また、スライド対と、流体制御モジュールと、熱管理モジュールとを含む
他の従属ユニットに対する外部接続もサポートする。タッチ画面124上に入力
されたプロセス制御プログラムは、組み込まれたPCモジュール122のハード
ディスクドライブに記憶可能であり、またはフロッピーディスクドライブ126
にダウンロード可能である。
モジュールは、主要多岐管110と従属多岐管114との弁を動作させるために
電流を供給し、熱管理モジュール104のそれぞれを起動するためにエネルギー
を供給する。ライン電位が利用可能な電流を約10アンペアまでに制限するので
、電力供給モジュールは、加熱及び冷却速度を消失させることなく、全ての熱管
理モジュール104に電力を同時に供給することはできない。その代わりに、電
力供給モジュールは、インテリジェントエネルギースケジューリング(管理)を
使用して、先ず、スライド板部品106の1つまたは2つに対して電力を供給す
る。それらが、所望の温度に達した後で、電力供給モジュールは、スライド板部
品106の第2のグループに電力を供給する。このプロセスは、全てのスライド
板部品106が、それぞれの所望の温度に到達するまで継続する。
イドキャリア192と一対のガラススライド190との斜視上面図を示す。ガラ
ススライド190のそれぞれは、配列210の形式で、DNAが点在して配置さ
れている。
孔226から各スライドキャビティに流入し、流出する。孔226は、図1に示
す多岐管110、114に流体の流通を提供し、O−リング228によりシール
される。各スライドキャビティに対して、流体は、孔226の1つを通過して、
スライドカバー150に切り込まれた第1の横方向の拡散チャネル230に流入
する。次いで、流体は、スライドカバー150の表面に沿って、キャビティの長
さ方向に流れ、第2の横方向の拡散チャネル232に放出される。第2の横方向
の拡散チャネル232から、流体は、背面の孔226を有するスライドカバー1
50に開けられた戻りチャネル234内に流入し、孔226の1つを通って、ス
ライドキャビティから流出する。DNAが剪断されることを妨げる拡散流れに加
えて、拡散チャネル230、232は、スライドキャビティ内の温度の上昇と下
降とに応じて、空になりまたは充満する小さな液体リザーバとして作用する。
えば、RNAプローブの)を直接スライドキャビティに注入するための2つの注
入孔236を有する。注入孔236は、注入デバイス(典型的にはピペット)と
、使用しない場合に孔236をシールするポリエチレン(Polyehylene)栓23
8との形状に応じたテーパを有するように孔開けされている。このテーパは、一
旦栓238が挿入されると、流体が注入孔236に滞留することを許容しない、
そのため、スライドキャビティのみかけの容積を減少させ、RNAプローブを保
護する。
ライドカバー150の底面220と平行な方向の熱勾配により生じる歪みを低減
する。熱遮断器240は、可撓性を改善するので、該熱遮断器240は、スライ
ドカバ150が、いかなる不規則な平坦さにも適応することを許容する。スライ
ドカバー150の底面220と垂直な方向の熱勾配により生じる歪みは、スライ
ドカバー150を薄くし、熱容量を小さくすることにより低減される。
上面図と底面図である。多岐管110、114の両者は、多層の拡散結合された
アクリル樹脂から構成される。これらの層は熱と圧力とにより結合されており、
チャネル290、292、294、296が機械加工された、当該層は、熱と圧
力とにより結合され、主要多岐管110は、液体口298と廃棄物口300とを
介して、液体リザーバ118と廃棄物容器120とに対して流体の流通をそれぞ
れ提供する以外は、従属多岐管114に類似している。さらに、主要多岐管11
0は、気体口302とベント口304とを介して、フィルタを透過した大気に対
する流体の流通を提供する。位置決めピン306は、スライドカバー150とス
ライドキャリア192のU字形のタブ196とを結合する。位置決めピン306
は、多岐管110、114に対して、スライドカバー150の位置を相対的に決
定する。
第2のコンジット口324,326とを介して、液体リザーバ118と廃棄物容
器120との間で流体を流通させる。さらに、主要多岐管110と従属多岐管1
14との下側に装着された弁328は、スライドキャビティと、液体リザーバ1
18及び廃棄物容器120或いは大気との間で、選択的に流体を流通させる。弁
は、組み込まれたPCモジュール122により制御され、デッドスペースを持た
ないので、閉状態での液体の滞留を防止する。
ャネル230で収集される傾向にある泡を形成する。第1の拡散チャネル230
における気体の収集は、撹拌と、スライド板部品106を僅かに傾斜させること
により、改善する。例えば、出口弁366、370とベント弁420(図8)と
を介した、スライドキャビティ350の断続的なベントは、気体が加圧し、液体
400を置換することを抑制する。蒸発による液体の損失は、短いベント時間に
より最小化される。
04は、ペルティエ(Peltier)装置440と図3のガラススライド190との
間の熱伝達を最大にするように設計、構成された熱板260を有する。該熱板2
60は、迅速な温度応答性と、ガラススライド190の表面の均一な温度分布と
を提供するように設計されている。これらの設計目的を達成するために、熱板2
60は、最低限の熱容量と、熱的接触面積を最大にするために高度な平滑性とを
具備する。該熱板260に対して機械的な結合が適用されなければならない場合
には、温度プロファイルに対して実質的な妨害を起こさないように配置される。
熱板260は、黒鉛を含有する熱パッド262上に配置され、この熱パッド26
2は、ペルティエ装置440と熱板260の陽極酸化された表面との間に熱的界
面を形成する。熱ヒューズ(図示しない)は、モジュール104が過熱しないよ
うに、熱板260に結合されている。さらに、プロセス制御を改善するために、
PT100温度センサ442が、図4のDNA検体(配列)に対して密接して、
熱板260の上面に組み込まれている。
積を最大にするために、高度な平滑性を有する。生じることの多い空気の流れに
対する最適な熱伝達は、”デッドゾーン”(Dead Zone)が零となるように予備
調整された空気の流れを乱すために結合されたフィン部材(図示せず)を使用す
ることにより達成される。予備調整は、ファン448の固定子により生成される
デッドゾーンを妨害するように、ヒートシンク444のフィンから、選択された
距離にファン448を移動させることにより達成される。組み込まれたPC制御
モジュール122に対して温度データを供給するために、温度センサ450は、
該ヒートシンク444に取り付けられている。
る熱制御モジュール104(制御プロセッサ474)との間で情報を送受信する
ように設計された内部ネットワークを介して接続されている。このような情報は
、熱管理モジュール104に送信される動作コードと、命令と、検出されたデー
タと、較正データとを含む。
Claims (1)
- 【請求項1】 ガラススライド上に配列されたDNA検体を自動的に組換えるための装置であ
って、 前記ガラススライドを通過する複数の液体反応物を流通させるための流体制御
モジュールと、 前記DNA検体の温度を検出し、制御するための温度制御モジュールとを備え
る、 ことを特徴とする核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置。
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