DE3927467C2 - Vorrichtung und Verwendung einer Vorrichtung zur Trennung und und Detektion von Komponenten eines Stoffgemisches durch Temperaturgradienten-Gelelektrophorese - Google Patents
Vorrichtung und Verwendung einer Vorrichtung zur Trennung und und Detektion von Komponenten eines Stoffgemisches durch Temperaturgradienten-GelelektrophoreseInfo
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Description
Gegenstand der vorliegenden Erfindung ist eine Vorrichtung und
eine Verwendung der Vorrichtung zur Durchführung der Temperatur
gradienten-Gelelektrophorese.
Der Nachweis von Mutationen in genetischem Material oder der
Nachweis der phänotypischen Konsequenz einer genetischen Muta
tion ist eine wichtige analytische Aufgabe in vielen Bereichen
biologischer Forschung, angewandter Medizin, biotechnischer
Produktion und Kriminalistik. Auf genetischer Ebene bedeutet
eine Mutation den Austausch mindestens eines Nukleotides oder
Basenpaares auf DNA- oder RNA-Ebene. Die Molekularbiologie
erlaubt mit Hybridisierungs- oder Sequenzierungstechniken den
Nachweis einer Mutation in klonaler DNA oder RNA. Diese Techni
ken beschränken sich jedoch auf forschungsnahe Anwendungen. Für
den Routineeinsatz konnte ein technischer Standard, der dem Ver
gleich mit immunologischen Methoden (ELISA usw.) standhält,
nicht erreicht werden.
Die Temperaturgradienten-Gelelektrophorese (TGGE), wie sie in
der DE-OS 36 22 591 beschrieben wurde, ist eine Methode zur De
tektion geringer struktureller Unterschiede oder Besonderheiten
biologischer Makromoleküle wie Nukleinsäuren oder Proteine. Die
Technik ist jedoch ungeeignet für eine automatisierbare Analyse,
wie sie zum Beispiel bei Bestimmung vieler Einzelproben im kli
nischen Bereich bei der Analyse genetischer Erkrankungen oder
in der forensischen Analytik notwendig ist. Mit Hilfe der TGGE-
Technologie gelang es, Mutationen ohne umständliche differen
tielle Hybridisierung direkt sichtbar zu machen (Riesner et al.
(1989), Electrophoresis 10, S. 377-389), jedoch beschränkt sich
die Technik auf die Handhabung einer Flachbett-Gelelektrophorese
für die forschungsmäßige Analytik. Ähnliche Resultate liefert
die Kombination aus Flachbett-Gelelektrophorese und einem dena
turierenden chemischen Gradienten, der sich aber kaum reprodu
zierbar formen läßt und somit für eine Automatisierung nicht
in Frage kommt.
Die notwendige Voraussetzung für die sensitive Erfassung selbst
einzelner Mutationen in der TGGE ist ein homogenes Temperatur
niveau im Gel senkrecht zur Laufrichtung der Elektrophorese,
d. h. an Orten gleichen elektrischen Potentials. Dies kann zum
Beispiel durch die doppelseitig temperierte senkrechte Elektro
phorese nach D. R. Thatcher und B. Hodson (1981), Biochemistry
197, S. 105-109, nicht hinreichend realisiert werden, da die
thermisch nicht ausreichend verbundenen gegenüberliegenden
Thermostatierplatten an Orten gleichen elektrischen Potentials
nicht identische Temperaturen aufweisen.
Die der Erfindung zugrunde liegende Aufgabe ist es somit, eine
Vorrichtung zu schaffen, die die Anwendung der TGGE zur automa
tischen Auswertung von Hybridisierungsexperimenten ermöglicht
und die Nachteile der Undurchführbarkeit der TGGE für den
analytischen Routinebetrieb beseitigt und die TGGE insgesamt
leichter handhabbar macht.
Gelöst wird diese Aufgabe durch eine Vorrichtung mit den Merkma
len des Anspruchs 1.
Vorteilhafte Ausgestaltungen der erfindungsgemäßen Vorrichtung
sind den Unteransprüchen entnehmbar.
Die Vorrichtung besteht aus mindestens zwei Heiz- oder Kühlvor
richtungen oder einer Heiz- und einer Kühlvorrichtung zum Aufbau
des Temperaturgradienten. Die Heiz- oder Kühlvorrichtungen sind
mit Wärmereservoirs verbunden. Die Wärmereservoirs und Heiz-
oder Kühlvorrichtungen sind so ausgebildet, daß sie einen ein
Trennmedium enthaltenden Hohlkörper vollkommen umschließen.
Dieser Hohlkörper enthält die zur Trennung verwendete Trenn
matrix oder das trägerfreie Trennmedium in seinem Lumen. Zum
Aufbau des reproduzierbaren Temperaturgradienten oder bei iso
thermer Verfahrensweise zur Gewährleistung eines reproduzier
baren einheitlichen Temperaturniveaus des Trennmediums ist der
Hohlkörper von einem Thermostatiermantel umschlossen. Dabei kann
der Thermostatiermantel vorzugsweise thermisch leitend mit dem
Wärmereservoir oder den Heiz- oder Kühlvorrichtungen verbunden
sein.
Die Fig. 1 zeigt schematisch den Aufbau einer bevorzugten Aus
führungsform der erfindungsgemäßen Vorrichtung. Fig. 1a zeigt
einen Querschnitt durch den von einem Thermostatiermantel um
schlossenen Hohlkörper mit innen angeordnetem Trennmedium längs
der Linie A-A.
Die Fig. 2 zeigt eine weitere bevorzugte Ausführungsform der
erfindungsgemäßen Vorrichtung zum Aufbau eines zeitlichen
Temperaturgradienten.
Die Fig. 3 zeigt schematisch eine Ausführungsform der erfin
dungsgemäßen Vorrichtung, die eine Vielzahl der zur Trennung
verwendeten Hohlkörper aufnehmen kann.
Die Fig. 4 verdeutlicht schematisch den Verfahrensablauf mit
der Vorrichtung gemäß Fig. 2.
Die in Fig. 1 dargestellte bevorzugte Ausführungsform besteht
aus zwei Heiz- oder Kühlvorrichtungen 1, 2 mit den dazugehörigen
Temperaturen T2 und T1. Diese Heiz- bzw. Kühlvorrichtungen 1,
2 sind leitend mit Wärmereservoirs 4, 5 verbunden. Die Heiz-
oder Kühlvorrichtungen sowie das Wärmereservoir weisen zentri
sche Durchbohrungen auf. Durch diese Bohrungen ist ein Hohlkör
per 6 beidseitig durchdringend angeordnet. Der Hohlkörper 6 ist
von einem Thermostatiermantel 7 allseitig umschlossen. Der
Hohlkörper befindet sich im Thermostatiermantel zentriert. Der
Hohlkörper 6 enthält in seinem Lumen das zur Trennung verwendete
Medium. Der Thermostatiermantel besteht aus wärmeleitendem
Material, insbesondere dem Material, aus dem auch die Wärmere
servoirs hergestellt sind. Die Temperaturniveaus 1, 2 werden
zum Beispiel durch Peltierelemente, thermostatisierbare Flüssig
keitsbäder oder elektrische Heizungen 9 beheizt bzw. gekühlt.
Am Ende der Trennstrecke ist eine Detektionseinheit 10 vorge
sehen. Die Fig. 1a zeigt die Situation im Querschnitt längs
der. Linie A-A. Der Zwischenraum zwischen der äußeren Wand
des Hohlkörpers 6 und der inneren Wand des Thermostatierman
tels 7 ist durch eine viskose Flüssigkeit 8 ausgefüllt. Das
Trennmedium füllt vollständig den Querschnitt des Hohlkörpers
6. Der Hohlkörper 6 ist zylindrisch ausgebildet, zum Beispiel
als Kapillare. Die an einer beliebigen Stelle der Trennstrecke
herrschende Temperaturberechnet sich nach der Formel T = T2 -
(T2 - T1) × d2/(d1 + d2). Dabei bedeutet d1 der Abstand des Ortes
von der Temperatur T1 und d2 der Abstand des Ortes von der Tem
peratur T2, die jeweils an den Temperaturniveaus 2, 1 herrschen.
Die Fig. 2 zeigt eine bevorzugte Ausführungsform zur Durchfüh
rung des Verfahrens als einer von einem zeitlichen Temperatur
gradienten überlagerten Elektrophorese. Sie besteht aus drei
Temperaturniveaus 1, 2, 3, die hier wiederum mit Wärmereservoirs
verbunden sind. Die Komponenten Hohlkörper 6, Thermostatierman
tel 7, Detektionseinheit 10, Heiz- oder Kühlvorrichtung 9 sind
ähnlich der Vorrichtung gemäß. Fig. 1 ausgebildet. Lediglich
der Thermostatiermantel 7 ist mit dem Wärmereservoir der Heiz-
oder Kühlvorrichtung am Temperaturniveau 2 nicht thermisch
leitend verbunden.
Die Fig. 4a bis 4d zeigen den Verfahrensablauf mit einer
Vorrichtung gemäß der Fig. 2. Der Gradient des elektrischen
Feldes, das zur Trennung verwendet wird, ist in Richtung der
Abszisse aufgetragen und symbolisiert gleichzeitig beliebige
Orte der zu durchlaufenden Trennstrecke. Auf der Ordinate sind
einmal in positiver Richtung die Temperaturniveaus in Abhängig
keit vom Ort eingezeichnet (Fig. 4a). Die Wanderungsgeschwin
digkeit der Komponenten der zu trennenden Probe ist durch
Stufenfunktion unterhalb der Temperaturkurve dargestellt. Z. B.
ist die Wanderungsgeschwindigkeit bei T1 (t0) ungefähr gleich
Null. Aufgetragen wird die Probe bei Temperaturniveau T0, das
in diesem Fall einfachheitshalber gleich dem Temperaturniveau T2
am Ende der Elektrophorese-Trennstrecke sein soll. Nach Auftrag
nehmen die Stoffe 1 und 2 das gepunktete Volumen in bezeichneter
Position ein. Die Probe wandert längs des Feldgradienten in dem
Trennmedium, bis sie das Temperaturniveau T1 erreicht. Wenn
beispielsweise die Probe aus Nukleinsäuren besteht, erfahren
diese hier eine teilweise Denaturierung durch Aufweitung des
Doppelstrangs in sogenannte "Loops" (Schleifen). Dadurch bedingt
wird die Wanderungsgeschwindigkeit reduziert. Die Probe wird
aufkonzentriert an der Grenze zwischen T0 und T1. Diese Situa
tion ist in Fig. 4b in Form des geringeren Volumens dargestellt
(Zeitpunkt t1). Die Temperatur des Temperaturniveaus T1 wird nun
abgesenkt als Funktion der Zeit. Die thermodynamisch stabilere
Fraktion, in Fig. 4c als Fraktion Nr. 2 gekennzeichnet,
schließt nun die Doppelhelix und gewinnt höhere Mobilität.
Dadurch bedingt beginnt diese Fraktion in das Trennmedium zu
wandern. Fig. 4d zeigt nun die Situation bei einem Zeitpunkt
t3, bei dem die Temperatur T so weit abgesunken ist, daß auch
die thermodynamisch instabilere Probe, hier mit der Nr. 1 ge
kennzeichnet, mit der Wanderung durch das Trennmedium beginnt.
Die Komponente Nr. 2 hat in dieser Zeit allerdings schon einen
beträchtlichen Teil der Trennstrecke durchlaufen oder sie bei
entsprechender Dimensionierung bereits verlassen, wo sie detek
tiert werden kann. Diese Ausführungsform verwendet vorzugsweise
eine sehr kurze Kapillare mit Trennmedium und läßt sich an drei
thermisch voneinander getrennten Bereichen thermostatieren (T0,
T1, T2). Die an der Temperaturgrenze zwischen T0 und T1 statt
findende partielle Denaturierung, beispielsweise von Nuklein
säuren zur Bildung interner "Loops" (Schleifen), kann durch ent
sprechende Reagenzien unterstützt werden.
An den Grenzen der einzelnen Temperaturniveaus kommt es jedoch
über einen flüssigen Wärmetauscher zu unscharfen Temperaturgren
zen, so daß die Darstellung gemäß Fig. 4a bis 4d nur als
idealisierte Rechteckform von Temperatur und Wanderungsgeschwin
digkeit gesehen werden soll. Um trotzdem eine möglichst scharfe
Grenze der Temperaturniveaus zu gewährleisten, wird bevorzugt,
die Temperaturniveaus T2/T1/T0 nicht wärmeleitend zu verbinden.
Die Fig. 3 zeigt eine bevorzugte Vorrichtung, die dadurch
gekennzeichnet ist, daß Heiz- und Kühlvorrichtungen mit den
entsprechenden Wärmereservoirs eine Vielzahl der Hohlkörper 6
aufnehmen können, indem die Vorrichtungen 4 und 5 blockartig -
4a, 5a - ausgestaltet sind und eine Vielzahl von Durchbohrungen
11 aufweisen, durch die die Hohlkörper 6 hinausragend, zum
Beispiel endseitig hinausragend angeordnet sind. Diese Vorrich
tung hat den Vorteil, daß sich mit einer Vorrichtung eine
Großzahl von Analysen mit dem Ziel der Detektion von bekannten
oder unbekannten Mutationen durchführen läßt. Die Vorrichtung
gewährleistet, daß mehrere Proben gleichzeitig unter Temperie
rung durch verschiedene Thermostatierelemente, jedoch mit je
einem gemeinsamen Heiz- oder Kühlsystem analysiert werden kön
nen. Eine bevorzugte Ausführungsform ist auf das Format Mikro
titer (96 Well) adaptiert im Sinne linearer Mehrkanalsysteme,
vorzugsweise 8 oder 12, oder einem 96-Kanal-System. Als "Read
out"-System (Ablese-System) finden vorzugsweise fluoreszenzmar
kierte Nukleinsäuresonden Verwendung, die optisch durch handels
übliche Detektionssysteme am Anfang und/oder am Ende der Ther
mostatiervorrichtung als Funktion der Trenndauer und ortsfest
registriert werden können. Damit lassen sich mit Hilfe von
geeigneten Reagenzienkits Mutationen in genetischem Material
automatisch auswerten.
Die thermische Äquilibrierung der jeweiligen Heiz- oder Kühlvor
richtungen kann homogen elektrisch über Heizdrähte, vorzugsweise
jedoch über Peltierelemente erfolgen. Auch flüssige Heizvorrich
tungen in Form thermostatierbarer Flüssigkeitsbäder kommen in
Frage. Hierbei ist jedoch darauf zu achten, daß die mit den
thermostatierbaren Ummantelungen der Kapillare verbundenen Heiz-
oder Kühlvorrichtungen gegenüber allen Ummantelungen nahezu
identische Temperaturen an den jeweiligen Übergangsstellen auf
weisen. Dieses läßt sich durch eine symmetrisch gebaute Peltier
heizung/-Kühlung realisieren oder im Falle der Flüssigtemperie
rung durch gegenläufige durchströmte Kanäle, wobei die Summe
der Temperaturen gegenüberliegender Flüsse an jeder Kapillar
position nahezu identisch bleibt.
Der räumliche Temperaturgradient des mit der erfindungsgemäßen
Vorrichtung ausführbaren Verfahrens kann so aufgebaut werden,
daß mit einer regelbaren Heiz- oder Kühlvorrichtung auf der
Probenseite ein bestimmtes Temperaturniveau eingestellt wird,
während das zweite, räumlich getrennte Temperaturniveau durch
die Temperatur des Elektrophoresebades auf der gegenpoligen
Seite definiert ist. Diese einfache Verfahrensweise ist dann
möglich, wenn das Elektrophoresebad so dimensioniert ist, daß
die Temperatur konstant bleibt. Dazu ist ein hinreichend groß
dimensioniertes Elektrophoresebad notwendig. Vorzugsweise wird
jedoch auch hier das zweite Temperaturniveau etwa durch Peltier
elemente, Heizdrähte oder thermostatierbare Wasserbäder regelbar
ausgestaltet.
Nach dem Probenauftrag werden die Komponenten des zu trennenden
Stoffgemisches längs des elektrischen Feldes in das Trennmedium
hineinwandern. Dabei erreichen sie das erste Temperaturniveau
und erfahren eine Konformationsumwandlung, die in einer drasti
schen Reduktion der Wanderungsgeschwindigkeit resultiert. Dies
wird entweder direkt durch die eingestellte Temperatur erreicht
oder in Kombination mit partiell denaturierenden Reagenzien.
Sind die zu trennenden Komponenten beispielsweise Nukleinsäuren,
werden durch die partielle Denaturierung die Doppelstränge teil
weise zu größeren "Loops" aufgeweitet, die in dem Trennmedium
quasi steckenbleiben und der Elektrophorese nicht mehr folgen
können. Wird nun die Temperatur gesenkt, so bilden sich die
"Loop"-Regionen in Abhängigkeit ihrer thermodynamischen Stabili
tät zurück, wodurch die Mobilität der Nukleinsäuren in dem
Trennmedium wieder erhöht wird. Die jeweilige Temperatur ist
eine Stoffcharakteristik der entsprechenden Nukleinsäure. Somit
gelingt es, die verschiedenen Komponenten in Abhängigkeit der
Temperatur zu trennen. Die Moleküle, deren Mobilität erhöht
wurde, wandern durch die Trennstrecke und können am Zielpol der
Elektrophorese detektiert werden.
Es ist ebenfalls möglich, einen Temperaturgradienten mit stei
gender Temperatur in Elektrophorese-Richtung auszubilden, in
welchem die Moleküle zunächst nach ihrem thermodynamisch par
tiellen Aufschmelzverhalten in dem Trennmedium getrennt werden.
Bei tieferer Temperatur werden zunächst die thermodynamisch
instabilsten Strukturen partiell thermisch denaturieren, zum
Beispiel bei Nukleinsäuren durch Ausbildung von "Loop"-Regionen.
Die Mobilität dieser Nukleinsäuren wird drastisch gesenkt, so
daß diese in dem Trennmedium entweder "steckenbleiben" oder
zumindest nur noch sehr langsam wandern. Die übrigen Komponenten
wandern weiter durch das Trennmedium, bis jeweils ihre spezifi
sche Denaturierung zum drastischen Mobilitätsverlust der jewei
ligen Moleküle in dem Trennmedium führt. Bei bestimmter Wahl
der Maschengröße des Trenngels führt die Restmobilität der quasi
arretierten Biomoleküle dazu, daß nach einiger Zeit - wenn auch
sehr langer Zeit - alle Komponenten des zu trennenden Gemisches
die Trennstrecke durchwandern können. Unterstützt wird dieser
Effekt dadurch, daß die Mobilität der partiell denaturierten
Nukleinsäuren bei vollständiger Denaturierung - also Trennung
in die Einzelstränge - wieder drastisch zunimmt, da jetzt nur
noch die Einzelstränge durch das Trennmedium wandern. Die
thermodynamisch instabilsten Nukleinsäuren, die bei tiefen
Temperaturen bereits ihre Mobilität verlieren, wandern zwar sehr
langsam im Gel weiter, erreichen jedoch irgendwann ein höheres
Temperaturniveau, das zum vollständigen Aufschmelzen führt, so
daß die Doppelstränge in ihre Einzelstränge zerfallen. Dies
führt dann zu der oben beschriebenen beschleunigten Wanderungs
geschwindigkeit.
Dieser Effekt kann auch zur Beschleunigung der Elektrophorese
insgesamt ausgenutzt werden. Sind die Komponenten durch Teil
denaturierung und Mobilitätsverlust in dem Trennmedium voneinan
der getrennt worden, dann kann das Temperaturniveau des gesamten
Trennmediums über den Schmelzpunkt der Doppelstränge hinaus
erhöht werden, um alle Doppelstränge vollständig in Einzelsträn
ge zu überführen. Danach gewinnen alle Komponenten ihre Mobili
tät zurück. Zur Durchführung dieser Verfahrensweise ist es
jedoch erforderlich, daß die Temperatur entweder sehr schnell
über das gesamte Trennmedium äquilibriert wird oder die Elektro
phorese bis zur Äquilibrierung der Temperatur unterbrochen wird,
beispielsweise durch Abschaltung des elektrischen Feldes. Vor
zugsweise sind die zu trennenden Moleküle von ähnlicher Größe.
Die Verfahrensweise unter den beschriebenen Bedingungen gewähr
leistet dann bei der isothermischen Elektrophorese mit hohem
Temperaturniveau, daß die getrennten Komponenten im weiteren
Verlauf der Elektrophorese ihren relativen räumlichen Abstand
beibehalten.
Eine andere Verfahrensweise, die mit der erfindungsgemäßen
Vorrichtung durchführbar ist, benutzt lediglich ein zeitlich
gesteuertes variables Temperaturprogramm an der Probenauftrags
seite der Elektrophorese zum Aufbau eines zeitlichen Temperatur
gradienten, der zur Trennung der Komponenten des Stoffgemisches
führt. Man läßt die zu trennende Probe zunächst elektrophore
tisch in das Trennmedium hineinwandern. Das Temperaturniveau
auf der Probenauftragsseite ist so gewählt, daß beispielsweise
bei Nukleinsäuren die Doppelstränge zu "Loops" aufgeweitet sind,
ohne jedoch vollständig aufgeschmolzen zu werden. Die Bildung
von "Loops" kann durch geeignete Reagenzienwahl unterstützt
werden. Dies führt dazu, daß die zu analysierenden Komponenten
am Beginn der Elektrophorese in dem Trennmedium quasi arretiert
sind. Wird nun die Temperatur abschnittsweise gesenkt, so bilden
sich die thermodynamisch stabilsten Doppelstränge zurück, so
daß diese Nukleinsäuren eine erhöhte Mobilität aufweisen. Diese
beginnen dann durch das Trenngel zu wandern. Durch die nachfol
gende Temperaturänderung werden dann nachfolgend die Nuklein
säuren mit der nächstniedrigeren thermodynamischen Stabilität
mit der Wanderung beginnen. Es kann vorteilhaft sein, die
Temperaturabsenkung schrittweise durchzuführen, um den Tren
nungseffekt in räumlicher Hinsicht zu verstärken. Die mit der
Wanderung beginnenden Moleküle gewinnen quasi einen räumlichen
Vorsprung beim Durchwandern des Trennmediums. Bei hinreichend
großem Abstand der thermodynamischen Stabilität ist es jedoch
auch möglich, den Temperaturgradienten relativ schnell konti
nuierlich zu senken. Bei dieser Verfahrensweise kann es vorteil
haft sein, auch den Elektrophorese-Endpunkt mit einer regelbaren
Heiz- oder Kühlvorrichtung zu versehen.
Bei allen Verfahrensweisen ist es jedoch notwendig, zum Aufbau
eines reproduzierbaren Temperaturgradienten bzw. reproduzierba
rer isothermischer Bedingungen das Trennmedium mit einem ther
misch leitenden Thermostatiermantel zu umschließen. Zur Aus
bildung des reproduzierbaren Temperaturgradienten bzw. des
isothermen Temperaturniveaus ist es unbedingt erforderlich, daß
der Energiefluß im Thermostatiermantel klein ist gegenüber den
Energieflüssen in Heiz- und Kühlelement.
Die zur Temperatur-Gelelektrophorese verwendbaren Temperaturen
liegen vorzugsweise im Bereich von 0 bis 100°C. Das Trennmedium
besteht vorzugsweise aus Polyacrylamid-Gelen.
Die erfindungsgemäß ausgestaltete Temperaturgradienten-Gelelek
trophorese eignet sich insbesondere auch für eine Vorgehenswei
se, bei der ein Temperaturgradient nicht räumlich dimensioniert
ist, sondern zeitlich variabel bzw. zeitlich gradientenförmig
aufgebaut wird. Darunter ist zu verstehen, daß ein Heiz- oder
Kühlreservoir mit einem zeitlich definierten Temperaturprogramm
geregelt wird, wodurch sich die Mobilitäten der zu trennenden
Moleküle letztlich als Funktion der Zeit steuern lassen. So läßt
sich zum Beispiel eine offene zirkuläre Nukleinsäure oder auch
eine partiell denaturierte doppelsträngige Nukleinsäure bei
hohen Temperaturen im Gel quasi "arretieren" und erst nach
Ablauf einer bestimmten Zeit durch Senken der Temperatur nach
reversibler Strukturrückbildung in dem Trennmedium mobilisieren.
Der Vorteil dieser Technik liegt darin, daß hierbei äußerst
kurze Trennstrecken realisiert werden können.
Die erfindungsgemäße Vorrichtung und das damit durchführbare
Verfahren können sowohl zur analytischen Erfassung als auch zur
Präparation von Komponenten aus Stoffgemischen verwendet werden.
Die Analyse und Präparation können an vielen Proben simultan
durchgeführt werden. Die Detektion und Auswertung können automa
tisch erfolgen. Insbesondere eignen sich Verfahren und Vorrich
tung zur Präparation und Analyse von Viroiden, viralen Nuklein
säuren, Satelliten-RNA, zur Analyse von Mutationen in Nuklein
säuren, zur Analyse von Mutationen in Proteinen und zur Analyse
von Protein-Nukleinsäure-Komplexen.
Claims (16)
1. Vorrichtung zur Durchführung der Temperaturgradienten-
Gelelektrophorese (TGGE), dadurch gekennzeichnet, daß zwi
schen mindestens zwei einen Temperaturgradienten aufbauen
den Heiz- oder Kühlvorrichtungen (1, 2) mit Wärmereservoir
(4, 5), bei mehr als zwei Heiz- oder Kühlvorrichtungen
zwischen den entferntesten Heiz- oder Kühlvorrichtungen,
ein Hohlkörper (6), der die Heiz- oder Kühlvorrichtungen
durchdringt, angeordnet ist, welcher das zur Trennung
verwendete Trennmedium in seinem Lumen enthält, und der
Hohlkörper (6) von einem wärmeleitenden Thermostatiermantel
(7) umschlossen ist.
2. Vorrichtung nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß
der Hohlkörper zylindrisch ausgebildet ist.
3. Vorrichtung nach Anspruch 1 und/oder 2, dadurch gekenn
zeichnet, daß der Hohlkörper eine Kapillare ist.
4. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 1 bis 3, dadurch
gekennzeichnet, daß zwischen äußerer Wand des Hohlkörpers
(6) und innerer Wand des Thermostatiermantels (7) ein
Wärmeaustauscher (8) vorhanden ist.
5. Vorrichtung nach Anspruch 4, dadurch gekennzeichnet, daß
der Wärmeaustauscher (8) aus einer viskosen Flüssigkeit
besteht.
6. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 5, dadurch gekenn
zeichnet, daß die Heiz- oder Kühlvorrichtungen aus einem
thermostatisierten Flüssigkeitsbad, Peltierheizungen (9)
oder elektrischen Heizungen bestehen.
7. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 6, dadurch gekenn
zeichnet, daß der Thermostatiermantel (7) mit allen Heiz-
oder Kühlvorrichtungen (1, 2) wärmeleitend verbunden ist.
8. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 1 bis 7, dadurch
gekennzeichnet, daß eine dritte Heiz- oder Kühlvorrichtung
(3) vorgesehen ist an der zur Aufnähme der Probe gelegenen
Seite, die mit dem Wärmereservoir seitenverbunden ist,
während die zweite Vorrichtung (2) thermisch entkoppelt
ist.
9. Vorrichtung nach Ansprüch 8, dadurch gekennzeichnet, daß
der Thermostatiermantel (7) von der zweiten Vorrichtung
(2) thermisch entkoppelt ist und nur mit dem Wärmereservoir
der ersten Heiz- oder Kühlvorrichtung (1) thermisch leitend
verbunden ist.
10. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 1 bis 9, dadurch
gekennzeichnet, daß die Heiz- oder Kühlvorrichtungen (1,
2) zeitlich regelbar sind.
11. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 1 bis 10, dadurch
gekennzeichnet, daß die Heiz- oder Kühlvorrichtungen (1,
2) mit den entsprechenden Wärmereservoirs (4, 5) eine
Vielzahl von Hohlkörpern (6) aufnehmen können, indem die
Vorrichtungen (1, 2) und (4, 5) blockartig (4a, 5a) ausge
staltet sind und eine Vielzahl von Durchbohrungen (11)
aufweisen, durch die die Hohlkörper. (6) hinausragend
angeordnet sind.
12. Vorrichtung nach Anspruch 11, dadurch gekennzeichnet, daß
die Hohlkörper (6) endseitig über die blockartig ausge
stalteten Vorrichtungen (4a, 5a) hinausragen.
13. Verwendung der Vorrichtung nach einem der Ansprüche 1 bis
12 zur Trennung von Stoffgemischen, in denen mindestens
eine Komponente im Temperaturbereich des Temperaturgradien
ten eine thermische Umwandlung erfährt.
14. Verwendung der Vorrichtung nach einem der Ansprüche 1 bis
12 zum Nachweis und zur Unterscheidung von Viroiden,
viralen Nukleinsäuren, Satelliten-RNA, zur Analyse von
Mutationen in Nukleinsäuren, zur Analyse von Mutationen
in Proteinen und zur Analyse von Protein-/Nukleinsäure-
Komplexen.
15. Verwendung der Vorrichtung nach einem der Ansprüche 1 bis
12 zur Präparation von Komponenten des zu trennenden
Stoffgemisches.
16. Verwendung der Vorrichtung nach einem der Ansprüche 1 bis
12 zur Präparation von Viroiden, viralen Nukleinsäuren,
Satelliten-RNA, zur Präparation von mutierten Nukleinsäuren
in Homo- und Heteroduplices, zur Präparation von Proteinen
und zur Präparation von Protein-/Nukleinsäure-Komplexen.
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Riesner, Detlev u.a.: Temperature-gradient gel electrophoresis of nucleic acids: Analysis of con-formational transitions, sequence variations, and protein-nucleic acid interactions. In: Electro- phoresis, 1989, No.10, S.377-389 * |
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