CZ217698A3 - Způsob sledování průběhu reakce - Google Patents
Způsob sledování průběhu reakce Download PDFInfo
- Publication number
- CZ217698A3 CZ217698A3 CZ982176A CZ217698A CZ217698A3 CZ 217698 A3 CZ217698 A3 CZ 217698A3 CZ 982176 A CZ982176 A CZ 982176A CZ 217698 A CZ217698 A CZ 217698A CZ 217698 A3 CZ217698 A3 CZ 217698A3
- Authority
- CZ
- Czechia
- Prior art keywords
- specific
- chemical
- group
- mass
- agent
- Prior art date
Links
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 title claims description 129
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 title description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims abstract description 97
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims abstract description 58
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims abstract description 34
- 238000005481 NMR spectroscopy Methods 0.000 claims abstract description 25
- 238000004566 IR spectroscopy Methods 0.000 claims abstract description 8
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims abstract description 5
- 230000037431 insertion Effects 0.000 claims abstract description 5
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 101
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 73
- 229920005989 resin Polymers 0.000 claims description 67
- 239000011347 resin Substances 0.000 claims description 67
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 66
- 239000000178 monomer Substances 0.000 claims description 61
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 60
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims description 58
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 48
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims description 44
- 239000013043 chemical agent Substances 0.000 claims description 30
- 239000000047 product Substances 0.000 claims description 30
- 239000000969 carrier Substances 0.000 claims description 29
- 238000009826 distribution Methods 0.000 claims description 27
- 230000000155 isotopic effect Effects 0.000 claims description 27
- 238000009739 binding Methods 0.000 claims description 23
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims description 19
- 230000007017 scission Effects 0.000 claims description 19
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 18
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 claims description 16
- 125000000962 organic group Chemical group 0.000 claims description 13
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims description 11
- -1 phosphorus compound Chemical class 0.000 claims description 9
- 239000012508 resin bead Substances 0.000 claims description 9
- 238000002156 mixing Methods 0.000 claims description 7
- 238000001069 Raman spectroscopy Methods 0.000 claims description 5
- 229920005990 polystyrene resin Polymers 0.000 claims description 5
- 238000007086 side reaction Methods 0.000 claims description 5
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 4
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 claims description 3
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 claims description 3
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 3
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 claims description 2
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 claims description 2
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 claims description 2
- ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N Phosphorous acid Chemical compound OP(O)=O ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 239000004952 Polyamide Substances 0.000 claims description 2
- 239000004721 Polyphenylene oxide Substances 0.000 claims description 2
- 229920002396 Polyurea Polymers 0.000 claims description 2
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical compound [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-N Sulfurous acid Chemical compound OS(O)=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 230000004913 activation Effects 0.000 claims description 2
- 125000002723 alicyclic group Chemical group 0.000 claims description 2
- 125000001931 aliphatic group Chemical group 0.000 claims description 2
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 claims description 2
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 claims description 2
- DMSZORWOGDLWGN-UHFFFAOYSA-N ctk1a3526 Chemical compound NP(N)(N)=O DMSZORWOGDLWGN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 claims description 2
- 229920001542 oligosaccharide Polymers 0.000 claims description 2
- 150000002482 oligosaccharides Chemical class 0.000 claims description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims description 2
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 claims description 2
- 125000005541 phosphonamide group Chemical group 0.000 claims description 2
- UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M phosphonate Chemical compound [O-]P(=O)=O UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 2
- 229920002647 polyamide Polymers 0.000 claims description 2
- 229920000728 polyester Polymers 0.000 claims description 2
- 229920000570 polyether Polymers 0.000 claims description 2
- 229920002635 polyurethane Polymers 0.000 claims description 2
- 239000004814 polyurethane Substances 0.000 claims description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims description 2
- QAZLUNIWYYOJPC-UHFFFAOYSA-M sulfenamide Chemical group [Cl-].COC1=C(C)C=[N+]2C3=NC4=CC=C(OC)C=C4N3SCC2=C1C QAZLUNIWYYOJPC-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 2
- 125000001010 sulfinic acid amide group Chemical group 0.000 claims description 2
- BDHFUVZGWQCTTF-UHFFFAOYSA-M sulfonate Chemical compound [O-]S(=O)=O BDHFUVZGWQCTTF-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 2
- 150000003457 sulfones Chemical class 0.000 claims description 2
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 claims description 2
- 239000011593 sulfur Substances 0.000 claims description 2
- 239000012491 analyte Substances 0.000 claims 1
- 230000001427 coherent effect Effects 0.000 claims 1
- 238000013500 data storage Methods 0.000 claims 1
- 150000002894 organic compounds Chemical class 0.000 claims 1
- 238000000053 physical method Methods 0.000 claims 1
- 238000011158 quantitative evaluation Methods 0.000 claims 1
- 150000003464 sulfur compounds Chemical class 0.000 claims 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 abstract description 55
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 abstract description 52
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 174
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 51
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 42
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 40
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 39
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 39
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 39
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 29
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 27
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 27
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 27
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 24
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 19
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 18
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 18
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 18
- VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N n-Hexane Chemical compound CCCCCC VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 17
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 16
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 14
- PPBRXRYQALVLMV-UHFFFAOYSA-N Styrene Chemical compound C=CC1=CC=CC=C1 PPBRXRYQALVLMV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 229960003767 alanine Drugs 0.000 description 14
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 14
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 13
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 12
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N trifluoroacetic acid Substances OC(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 125000003088 (fluoren-9-ylmethoxy)carbonyl group Chemical group 0.000 description 11
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 238000001819 mass spectrum Methods 0.000 description 11
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 11
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N Piperidine Chemical compound C1CCNCC1 NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 9
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 9
- CMWYAOXYQATXSI-UHFFFAOYSA-N n,n-dimethylformamide;piperidine Chemical compound CN(C)C=O.C1CCNCC1 CMWYAOXYQATXSI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 9
- 101100512078 Caenorhabditis elegans lys-1 gene Proteins 0.000 description 8
- CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L Magnesium sulfate Chemical compound [Mg+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 8
- CDBYLPFSWZWCQE-UHFFFAOYSA-L Sodium Carbonate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]C([O-])=O CDBYLPFSWZWCQE-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 8
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 8
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 8
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 8
- FEMOMIGRRWSMCU-UHFFFAOYSA-N ninhydrin Chemical compound C1=CC=C2C(=O)C(O)(O)C(=O)C2=C1 FEMOMIGRRWSMCU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 7
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N Malonic acid Chemical compound OC(=O)CC(O)=O OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- IXCSERBJSXMMFS-UHFFFAOYSA-N hydrogen chloride Substances Cl.Cl IXCSERBJSXMMFS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 6
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 5
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 5
- FDKXTQMXEQVLRF-ZHACJKMWSA-N (E)-dacarbazine Chemical compound CN(C)\N=N\c1[nH]cnc1C(N)=O FDKXTQMXEQVLRF-ZHACJKMWSA-N 0.000 description 4
- 101100129088 Caenorhabditis elegans lys-2 gene Proteins 0.000 description 4
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 4
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 4
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 4
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 4
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 4
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 4
- 229910052943 magnesium sulfate Inorganic materials 0.000 description 4
- 235000019341 magnesium sulphate Nutrition 0.000 description 4
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 description 4
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 4
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 4
- 239000008213 purified water Substances 0.000 description 4
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 4
- PYOKUURKVVELLB-UHFFFAOYSA-N trimethyl orthoformate Chemical compound COC(OC)OC PYOKUURKVVELLB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 3
- BDNKZNFMNDZQMI-UHFFFAOYSA-N 1,3-diisopropylcarbodiimide Chemical compound CC(C)N=C=NC(C)C BDNKZNFMNDZQMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 1,4-Dioxane Chemical compound C1COCCO1 RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- OZAIFHULBGXAKX-UHFFFAOYSA-N 2,2'-azo-bis-isobutyronitrile Substances N#CC(C)(C)N=NC(C)(C)C#N OZAIFHULBGXAKX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- UPMGJEMWPQOACJ-UHFFFAOYSA-N 2-[4-[(2,4-dimethoxyphenyl)-(9h-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)methyl]phenoxy]acetic acid Chemical compound COC1=CC(OC)=CC=C1C(C=1C=CC(OCC(O)=O)=CC=1)NC(=O)OCC1C2=CC=CC=C2C2=CC=CC=C21 UPMGJEMWPQOACJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 3
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 3
- DTERQYGMUDWYAZ-ZETCQYMHSA-N N(6)-acetyl-L-lysine Chemical compound CC(=O)NCCCC[C@H]([NH3+])C([O-])=O DTERQYGMUDWYAZ-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 3
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 3
- 150000001299 aldehydes Chemical class 0.000 description 3
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 3
- 239000012267 brine Substances 0.000 description 3
- 230000008859 change Effects 0.000 description 3
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 3
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 3
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 3
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 3
- 238000002425 crystallisation Methods 0.000 description 3
- 230000008025 crystallization Effects 0.000 description 3
- BGRWYRAHAFMIBJ-UHFFFAOYSA-N diisopropylcarbodiimide Natural products CC(C)NC(=O)NC(C)C BGRWYRAHAFMIBJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 238000002330 electrospray ionisation mass spectrometry Methods 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 3
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 3
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 3
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 3
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 3
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 3
- NLKNQRATVPKPDG-UHFFFAOYSA-M potassium iodide Chemical compound [K+].[I-] NLKNQRATVPKPDG-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 3
- 229910000029 sodium carbonate Inorganic materials 0.000 description 3
- HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M sodium;chloride;hydrate Chemical compound O.[Na+].[Cl-] HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 239000011550 stock solution Substances 0.000 description 3
- WMSUFWLPZLCIHP-UHFFFAOYSA-N (2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 9h-fluoren-9-ylmethyl carbonate Chemical compound C12=CC=CC=C2C2=CC=CC=C2C1COC(=O)ON1C(=O)CCC1=O WMSUFWLPZLCIHP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MYRTYDVEIRVNKP-UHFFFAOYSA-N 1,2-Divinylbenzene Chemical compound C=CC1=CC=CC=C1C=C MYRTYDVEIRVNKP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JWVTWJNGILGLAT-UHFFFAOYSA-N 1-ethenyl-4-fluorobenzene Chemical compound FC1=CC=C(C=C)C=C1 JWVTWJNGILGLAT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VRPJIFMKZZEXLR-UHFFFAOYSA-N 2-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]acetic acid Chemical compound CC(C)(C)OC(=O)NCC(O)=O VRPJIFMKZZEXLR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YEDUAINPPJYDJZ-UHFFFAOYSA-N 2-hydroxybenzothiazole Chemical compound C1=CC=C2SC(O)=NC2=C1 YEDUAINPPJYDJZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZGXYDJQFZVSVEO-UHFFFAOYSA-N 3-(9h-fluoren-9-ylmethyl)-1-hydroxypyrrolidine-2,5-dione Chemical compound O=C1N(O)C(=O)CC1CC1C2=CC=CC=C2C2=CC=CC=C21 ZGXYDJQFZVSVEO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FJKROLUGYXJWQN-UHFFFAOYSA-N 4-hydroxybenzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=C(O)C=C1 FJKROLUGYXJWQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OZAIFHULBGXAKX-VAWYXSNFSA-N AIBN Substances N#CC(C)(C)\N=N\C(C)(C)C#N OZAIFHULBGXAKX-VAWYXSNFSA-N 0.000 description 2
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910004373 HOAc Inorganic materials 0.000 description 2
- SJRJJKPEHAURKC-UHFFFAOYSA-N N-Methylmorpholine Chemical compound CN1CCOCC1 SJRJJKPEHAURKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- UCMIRNVEIXFBKS-UHFFFAOYSA-N beta-alanine Chemical compound NCCC(O)=O UCMIRNVEIXFBKS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 2
- 150000001793 charged compounds Chemical class 0.000 description 2
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 description 2
- 238000007334 copolymerization reaction Methods 0.000 description 2
- 230000001066 destructive effect Effects 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 2
- WBJINCZRORDGAQ-UHFFFAOYSA-N ethyl formate Chemical compound CCOC=O WBJINCZRORDGAQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 2
- 125000002485 formyl group Chemical group [H]C(*)=O 0.000 description 2
- 125000003630 glycyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 2
- NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N hydroxybenzotriazole Substances O=C1C=CC=C2NNN=C12 NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 2
- 238000002329 infrared spectrum Methods 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- 150000002825 nitriles Chemical class 0.000 description 2
- 125000004433 nitrogen atom Chemical group N* 0.000 description 2
- 239000012074 organic phase Substances 0.000 description 2
- XHXFXVLFKHQFAL-UHFFFAOYSA-N phosphoryl trichloride Chemical compound ClP(Cl)(Cl)=O XHXFXVLFKHQFAL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 2
- 239000000376 reactant Substances 0.000 description 2
- 238000006268 reductive amination reaction Methods 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 150000003512 tertiary amines Chemical class 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- JIAARYAFYJHUJI-UHFFFAOYSA-L zinc dichloride Chemical compound [Cl-].[Cl-].[Zn+2] JIAARYAFYJHUJI-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- UMRUUWFGLGNQLI-QFIPXVFZSA-N (2s)-2-(9h-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-6-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]hexanoic acid Chemical compound C1=CC=C2C(COC(=O)N[C@@H](CCCCNC(=O)OC(C)(C)C)C(O)=O)C3=CC=CC=C3C2=C1 UMRUUWFGLGNQLI-QFIPXVFZSA-N 0.000 description 1
- QWXZOFZKSQXPDC-NSHDSACASA-N (2s)-2-(9h-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)propanoic acid Chemical compound C1=CC=C2C(COC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)C3=CC=CC=C3C2=C1 QWXZOFZKSQXPDC-NSHDSACASA-N 0.000 description 1
- AZXOQRSOWDOQJS-UHFFFAOYSA-N (4-hydroxy-2,4-dimethoxycyclohexa-1,5-dien-1-yl)-phenylmethanone Chemical compound C1=CC(O)(OC)CC(OC)=C1C(=O)C1=CC=CC=C1 AZXOQRSOWDOQJS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YNQXOOPPJWSXMW-UHFFFAOYSA-N 1-ethenyl-2-fluorobenzene Chemical compound FC1=CC=CC=C1C=C YNQXOOPPJWSXMW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZJSKEGAHBAHFON-UHFFFAOYSA-N 1-ethenyl-3-fluorobenzene Chemical compound FC1=CC=CC(C=C)=C1 ZJSKEGAHBAHFON-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FPIRBHDGWMWJEP-UHFFFAOYSA-N 1-hydroxy-7-azabenzotriazole Chemical compound C1=CN=C2N(O)N=NC2=C1 FPIRBHDGWMWJEP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001644 13C nuclear magnetic resonance spectroscopy Methods 0.000 description 1
- NDKDFTQNXLHCGO-UHFFFAOYSA-N 2-(9h-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)acetic acid Chemical compound C1=CC=C2C(COC(=O)NCC(=O)O)C3=CC=CC=C3C2=C1 NDKDFTQNXLHCGO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DHMQDGOQFOQNFH-DICFDUPASA-N 2-amino-2,2-dideuterioacetic acid Chemical compound [2H]C([2H])(N)C(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-DICFDUPASA-N 0.000 description 1
- CMWKITSNTDAEDT-UHFFFAOYSA-N 2-nitrobenzaldehyde Chemical compound [O-][N+](=O)C1=CC=CC=C1C=O CMWKITSNTDAEDT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WHNPOQXWAMXPTA-UHFFFAOYSA-N 3-methylbut-2-enamide Chemical compound CC(C)=CC(N)=O WHNPOQXWAMXPTA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CQQSQBRPAJSTFB-UHFFFAOYSA-N 4-(bromomethyl)benzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=C(CBr)C=C1 CQQSQBRPAJSTFB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WUBBRNOQWQTFEX-UHFFFAOYSA-N 4-aminosalicylic acid Chemical compound NC1=CC=C(C(O)=O)C(O)=C1 WUBBRNOQWQTFEX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940090248 4-hydroxybenzoic acid Drugs 0.000 description 1
- USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N Ammonium acetate Chemical compound N.CC(O)=O USFZMSVCRYTOJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005695 Ammonium acetate Substances 0.000 description 1
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-N Butyric acid Natural products CCCC(O)=O FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XMWRBQBLMFGWIX-UHFFFAOYSA-N C60 fullerene Chemical class C12=C3C(C4=C56)=C7C8=C5C5=C9C%10=C6C6=C4C1=C1C4=C6C6=C%10C%10=C9C9=C%11C5=C8C5=C8C7=C3C3=C7C2=C1C1=C2C4=C6C4=C%10C6=C9C9=C%11C5=C5C8=C3C3=C7C1=C1C2=C4C6=C2C9=C5C3=C12 XMWRBQBLMFGWIX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004215 Carbon black (E152) Substances 0.000 description 1
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 1
- XTHFKEDIFFGKHM-UHFFFAOYSA-N Dimethoxyethane Chemical compound COCCOC XTHFKEDIFFGKHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N Fluorine Chemical compound FF PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000006617 Intramolecular Heck reaction Methods 0.000 description 1
- SECXISVLQFMRJM-UHFFFAOYSA-N N-Methylpyrrolidone Chemical compound CN1CCCC1=O SECXISVLQFMRJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 1
- 108010067902 Peptide Library Proteins 0.000 description 1
- 108010043958 Peptoids Proteins 0.000 description 1
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 1
- 238000001237 Raman spectrum Methods 0.000 description 1
- PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L Sodium Sulfate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=O PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000004809 Teflon Substances 0.000 description 1
- 229920006362 Teflon® Polymers 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000010933 acylation Effects 0.000 description 1
- 238000005917 acylation reaction Methods 0.000 description 1
- XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N aluminium Chemical compound [Al] XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052782 aluminium Inorganic materials 0.000 description 1
- PNEYBMLMFCGWSK-UHFFFAOYSA-N aluminium oxide Inorganic materials [O-2].[O-2].[O-2].[Al+3].[Al+3] PNEYBMLMFCGWSK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003368 amide group Chemical group 0.000 description 1
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 1
- 125000004202 aminomethyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 1
- 229940043376 ammonium acetate Drugs 0.000 description 1
- 235000019257 ammonium acetate Nutrition 0.000 description 1
- 239000000908 ammonium hydroxide Substances 0.000 description 1
- 150000003863 ammonium salts Chemical class 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SRSXLGNVWSONIS-UHFFFAOYSA-N benzenesulfonic acid Chemical compound OS(=O)(=O)C1=CC=CC=C1 SRSXLGNVWSONIS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940092714 benzenesulfonic acid Drugs 0.000 description 1
- 238000010504 bond cleavage reaction Methods 0.000 description 1
- KDPAWGWELVVRCH-UHFFFAOYSA-N bromoacetic acid Chemical class OC(=O)CBr KDPAWGWELVVRCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 1
- 238000003965 capillary gas chromatography Methods 0.000 description 1
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 1
- 125000002915 carbonyl group Chemical group [*:2]C([*:1])=O 0.000 description 1
- 150000001735 carboxylic acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 1
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 1
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 1
- 238000001311 chemical methods and process Methods 0.000 description 1
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 1
- 238000000546 chi-square test Methods 0.000 description 1
- 108091006116 chimeric peptides Proteins 0.000 description 1
- NEHMKBQYUWJMIP-UHFFFAOYSA-N chloromethane Chemical compound ClC NEHMKBQYUWJMIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005515 coenzyme Substances 0.000 description 1
- 229940125904 compound 1 Drugs 0.000 description 1
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 1
- 239000007822 coupling agent Substances 0.000 description 1
- 238000000354 decomposition reaction Methods 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 125000004431 deuterium atom Chemical group 0.000 description 1
- VILAVOFMIJHSJA-UHFFFAOYSA-N dicarbon monoxide Chemical compound [C]=C=O VILAVOFMIJHSJA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LMBWSYZSUOEYSN-UHFFFAOYSA-N diethyldithiocarbamic acid Chemical compound CCN(CC)C(S)=S LMBWSYZSUOEYSN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 229950004394 ditiocarb Drugs 0.000 description 1
- 238000009510 drug design Methods 0.000 description 1
- 238000007876 drug discovery Methods 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 230000005264 electron capture Effects 0.000 description 1
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 1
- 239000002532 enzyme inhibitor Substances 0.000 description 1
- MDKXBBPLEGPIRI-UHFFFAOYSA-N ethoxyethane;methanol Chemical compound OC.CCOCC MDKXBBPLEGPIRI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000007717 exclusion Effects 0.000 description 1
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 description 1
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 description 1
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 1
- 238000003818 flash chromatography Methods 0.000 description 1
- IRXSLJNXXZKURP-UHFFFAOYSA-N fluorenylmethyloxycarbonyl chloride Chemical compound C1=CC=C2C(COC(=O)Cl)C3=CC=CC=C3C2=C1 IRXSLJNXXZKURP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011737 fluorine Substances 0.000 description 1
- 239000006260 foam Substances 0.000 description 1
- 239000011888 foil Substances 0.000 description 1
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 1
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 1
- 229910003472 fullerene Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 1
- 238000004817 gas chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 229920000578 graft copolymer Polymers 0.000 description 1
- 230000005484 gravity Effects 0.000 description 1
- 150000008282 halocarbons Chemical class 0.000 description 1
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000012510 hollow fiber Substances 0.000 description 1
- 230000036571 hydration Effects 0.000 description 1
- 238000006703 hydration reaction Methods 0.000 description 1
- 229930195733 hydrocarbon Natural products 0.000 description 1
- 150000002430 hydrocarbons Chemical class 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 125000004435 hydrogen atom Chemical class [H]* 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 1
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 1
- 239000003999 initiator Substances 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 238000001948 isotopic labelling Methods 0.000 description 1
- 238000005304 joining Methods 0.000 description 1
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 1
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 1
- 125000003588 lysine group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(N([H])[H])C(*)=O 0.000 description 1
- SNVLJLYUUXKWOJ-UHFFFAOYSA-N methylidenecarbene Chemical compound C=[C] SNVLJLYUUXKWOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002906 microbiologic effect Effects 0.000 description 1
- 238000007040 multi-step synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 229930014626 natural product Natural products 0.000 description 1
- QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N nitrogen group Chemical group [N] QJGQUHMNIGDVPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000655 nuclear magnetic resonance spectrum Methods 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 1
- 239000002831 pharmacologic agent Substances 0.000 description 1
- 150000003017 phosphorus Chemical class 0.000 description 1
- 239000000419 plant extract Substances 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 1
- 239000005373 porous glass Substances 0.000 description 1
- 150000003141 primary amines Chemical class 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 238000010526 radical polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 1
- 238000001953 recrystallisation Methods 0.000 description 1
- 238000010992 reflux Methods 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 150000003335 secondary amines Chemical class 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 1
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002002 slurry Substances 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 239000012279 sodium borohydride Substances 0.000 description 1
- 229910000033 sodium borohydride Inorganic materials 0.000 description 1
- FDRCDNZGSXJAFP-UHFFFAOYSA-M sodium chloroacetate Chemical compound [Na+].[O-]C(=O)CCl FDRCDNZGSXJAFP-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229910052938 sodium sulfate Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000011152 sodium sulphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000012321 sodium triacetoxyborohydride Substances 0.000 description 1
- 238000003746 solid phase reaction Methods 0.000 description 1
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000000638 solvent extraction Methods 0.000 description 1
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 1
- 230000003595 spectral effect Effects 0.000 description 1
- 238000004611 spectroscopical analysis Methods 0.000 description 1
- 150000003431 steroids Chemical class 0.000 description 1
- 238000012916 structural analysis Methods 0.000 description 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 238000001308 synthesis method Methods 0.000 description 1
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Natural products C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HNKJADCVZUBCPG-UHFFFAOYSA-N thioanisole Chemical compound CSC1=CC=CC=C1 HNKJADCVZUBCPG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001665 trituration Methods 0.000 description 1
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 1
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 1
- ABDKAPXRBAPSQN-UHFFFAOYSA-N veratrole Chemical compound COC1=CC=CC=C1OC ABDKAPXRBAPSQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011592 zinc chloride Substances 0.000 description 1
- 235000005074 zinc chloride Nutrition 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K1/00—General methods for the preparation of peptides, i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length
- C07K1/04—General methods for the preparation of peptides, i.e. processes for the organic chemical preparation of peptides or proteins of any length on carriers
- C07K1/047—Simultaneous synthesis of different peptide species; Peptide libraries
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07B—GENERAL METHODS OF ORGANIC CHEMISTRY; APPARATUS THEREFOR
- C07B59/00—Introduction of isotopes of elements into organic compounds ; Labelled organic compounds per se
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
- C40B50/14—Solid phase synthesis, i.e. wherein one or more library building blocks are bound to a solid support during library creation; Particular methods of cleavage from the solid support
- C40B50/16—Solid phase synthesis, i.e. wherein one or more library building blocks are bound to a solid support during library creation; Particular methods of cleavage from the solid support involving encoding steps
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00277—Apparatus
- B01J2219/0054—Means for coding or tagging the apparatus or the reagents
- B01J2219/00572—Chemical means
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
- B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
- B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
- B01J2219/00277—Apparatus
- B01J2219/0054—Means for coding or tagging the apparatus or the reagents
- B01J2219/00572—Chemical means
- B01J2219/00581—Mass
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07B—GENERAL METHODS OF ORGANIC CHEMISTRY; APPARATUS THEREFOR
- C07B2200/00—Indexing scheme relating to specific properties of organic compounds
- C07B2200/11—Compounds covalently bound to a solid support
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B70/00—Tags or labels specially adapted for combinatorial chemistry or libraries, e.g. fluorescent tags or bar codes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Structural Engineering (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
- Investigating Or Analysing Materials By Optical Means (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Magnetic Resonance Imaging Apparatus (AREA)
- Organic Low-Molecular-Weight Compounds And Preparation Thereof (AREA)
Description
Oblast techniky
Předkládaný vynález se obecně týká oblasti kombinační chemie a zvláště kódování knihoven produktů kombinační syntézy.
Dosavadní stav techniky
Část popisu této patentové přihlášky obsahuje materiál, který je předmětem ochrany autorskými právy. Vlastník autorských práv nemá námitek proti reprodukci jakékoliv patentové přihlášky nebo popisu, tak jak k němu dochází u spisů nebo záznamů patentového úřadu, aie jinak si vyhrazuje veškerá práva.
Poslední směry v oblasti výzkumu nových chemických a zvláště farmakologických prostředků se soustředily na přípravu tzv. „chemických knihoven“ („Chemical libraries“) jako potenciálních zdrojů nových vodítek pro objevování léčiv. Chemické knihovny jsou záměrně vytvořené soubory různých molekul, které mohou být připraveny buď synteticky nebo biosynteticky, a které jsou testovány na biologickou účinnost v řadě různých formátů. Je možno vytvořit knihovny rozpustných molekul; knihovny sloučenin připojených na kuličky pryskyřice, částice oxidu křemičitého nebo jiné pevné nosiče; nebo rekombinantní peptidové knihovny produkované bakteriofágy nebo jinými produkčními vektory. Chemické knihovny se s výhodou připravují použitím technik z oblasti kombinační chemie. Oblast kombinační chemie je strategie syntézy, vedoucí k velkým chemickým knihovnám. Kombinační chemie může být definována jako systematické a opakované kovalentní spojování řady různých stavebních bloků s vzájemně odlišnými strukturami za získání rozsáhlého souboru rozdílných molekulárních jednotek.
• · • « ·· · · · · · ···· · • · ·· · · · · ···· ··· ·· ·· ·· ··
-2 Tradičně pocházely nové vůdčí struktury v medicíně z izolace přírodních produktů z mikrobiologických fermentací, rostlinných extraktů a živočišných zdrojů; ze screeningu databází sloučenin farmaceutických firem a zcela nedávno použitím přístupů k racionálnímu návrhu léků založených jak na mechanismu, tak i struktuře. Všechny tyto způsoby jsou relativně nákladné. Poslední studie nákladů ukazují, že průměrná cena za vytvoření nové molekulární jednotky ve velké farmaceutické firmě se pohybuje kolem přibližně 7500 USD na sloučeninu s použitím tradiční technologie chemické syntézy, která vyžaduje víceméně stejné ruční manipulace s reagenciemi a přístroji a dohled chemika. Navíc příchod nových automatizovaných technik s vysokým výkonem umožnil robotizovaný screening více než stovek tisíců jednotlivých sloučenin za rok zaměřený na jedno léčivo. Dostupnost těchto možností spojená s relativně vysokými náklady tradiční ručně prováděné chemie způsobila globální posun směrem ke konceptu masové produkce, tedy průmyslovému konceptu, který může být uveden v život právě použitím přístupu kombinační chemie.
Malá efektivita ručně prováděné chemie je tedy z větší části eliminována převedením na koncept použití technologií kombinační chemie pro rychlou syntézu souborů sloučenin. Použitím přístupu stavebních bloků a systematického uspořádávání těchto bloků v mnoha kombinacích použitím chemických postupů je tedy možno vytvořit chemické knihovny jako rozsáhlé populace molekul. Nezbytným výchozím bodem pro vytváření různorodosti molekul je uspořádání malých reaktivních molekul, které mohou být pokládány za chemické stavební bloky. Svět strukturní různorodosti dosažitelný uspořádáním dokonce i malé soustavy prvků stavebních bloků je potenciálně velmi rozlehlý a uvolnění potenciálu, který je vlastní přístupu stavebních bloků, je klíčem k úspěchu kombinační metody. Argument pro použití stavebních bloků je snadno ilustrován následujícím způsobem. Teoreticky je počet možných různých ·
• ·
-3 individuálních sloučenin N, připravených ideální kombinační syntézou, určen dvěma faktory; počtem bloků dostupných pro každý krok „B“ a počtem syntetických kroků v reakčním schématu s. Jestliže se použije při každém reakčním kroku stejného počtu stavebních bloků, potom N = Bs. Jestliže se liší počet bloků požadovaných pro každý krok (např. b, c, d v třístupňové syntéze), potom N = bcd.
Z výše uvedeného je vidět, že relativně konzervativní postup kombinační syntézy zahrnující dvacet bloků ve třístupňovém postupu syntézy vytvoří 203 = 80 00 sloučenin. Tento relativně rozsáhlý výstup výroby potom navozuje další otázku, tedy jak budou tyto sloučeniny identifikovány. Například typickou technikou kombinační syntézy je syntéza dělením (split synthesis). Jako příklad syntézy dělením je možno uvést syntézu peptidů na pevné fázi, kdy se dávka pryskyřičného nosiče (typicky malé kuličky pryskyřice) rozdělí do n frakcí, ke každému alikvotu se přidá jedna monomerní aminokyselina v oddělené reakci a potom se důkladně smíchají všechny částice pryskyřice dohromady. Opakováním tohoto protokolu po celkem x cyklů může vytvořit náhodný soubor až do nx rozdílných molekul řízený hypergeometrickou distribucí. Pro zajištění zastoupení většiny možných ligandú je nutno začít s velkým množstvím kuliček. Typická hodnota by byla 10 x větší počet kuliček než je požadovaný počet ligandú. Teoreticky v alikvotech existuje soubor každé možné kombinace stavebních bloků. Aby bylo možno určit složení konkrétní sloučeniny, o které se zjistí, že je zajímavá, je možno pokračovat s přímou strukturní analýzou ligandú, s výhodou pomocí hmotového spektrometru, s použitím přístupu druh po druhu. Typická kombinační syntéza dnes typicky probíhá na reakční destičce s 96 až 2304 reakčními jamkami. Identifikují se skutečně zajímavé vyprodukované sloučeniny, a to pozitivní odezvou v příslušném testu. Avšak i po provedení testů, které značně sníží počet sloučenin, které byly testem zjištěny jako neaktivní, problém s běžným analytickým přístupem hmotnostní spektrometrie je v tom, že je nutno provést mnoho • · ···· · * · · • · ·· · · · · · ···· · • · · · · · · · ···· ··· ·· ·· ·· ··
- 4 jednotlivých analýz s velmi malým množstvím látky dostupné po kombinační syntéze a čas potřebný na jejich provedení může být poměrně značný. Existuje proto potřeba určitým způsobem značit (label) sloučeniny tak jak se postupuje kroky jejich kombinační syntézy. Jestliže se například sloučeniny navazují na kuličky pryskyřice, dosavadní řešení tohoto problému používala připojení chemických identifikačních markérů (tags) na kuličky souvisejících s každým blokem reakčního kroku syntézy. Různé chemické vlastnosti každého markéru by potom poskytovaly vodítko, který stavební blok se navázal v jednotlivém kroku syntézy a celková struktura ligandu na jakékoliv kuličce by mohla být dedukována „čtením“ souboru markérů na každé kuličce.
Markéry by v ideálním případě měly mít vysoce specifický informační obsah, měly by umožnit detekci a dekódování s vysokou citlivostí a musí být stabilní vůči činidlům používaným při syntéze ligandu. Dosavadní markéry připojované na kuličky byly nukleotidy, peptidy, nebo kombinované řady uhlovodíkových homologů a polychlorovaných aromatických látek. Jednořetězcové oligonukleotidy jsou vystavěny na kuličkách pryskyřice, na jejichž základě se provádí syntéza peptidů a potom se amplifikují polymerázovou řetězovou reakcí a sekvenují. Dalším způsobem je způsob, při kterém se použijí při konstrukci rozpustných chimérních peptidů obsahujících „vazebný“ řetězec a „kódující“ řetězec ortogonálně rozlišené diaminové linkery. Jak se monomerní aminokyselinové stavební bloky navazují na vazebný řetězec, zaznamenává se tento postup výstavbou aminokyselinového kódu na „kódujícím“ řetězci. Sekvence kódujícího řetězce se potom rozliší Edmanovým odbouráváním. Problém tohoto přístupu spočívá v tom, že pro každý krok při konstrukci knihovny vyžaduje jeden chemický krok navíc. Další problém tohoto přístupu je to, že vyžaduje pro vytváření markéru ve spojení se syntézou ligandu ortogonální syntetické postupy, tj. vyžaduje přidávání téměř stejných skupin, zatímco je velký • · · ·
zájem o metody vytváření sloučenin, které nejsou omezeny na postupné přidávání podobných skupin. Takové metody by nalezly použití například při modifikaci steroidů, antibiotik, cukrů, koenzymů, inhibitorů enzymů, ligandů apod., kde se často používá vícestupňová syntéza, při které by bylo pro získání široké řady sloučenin třeba měnit reagencie a/nebo podmínky reakce. Při takových způsobech mohou být reakčními činidly organické nebo anorganické reagencie, kde mohou být zavedeny nebo modifikovány funkční skupiny, připojeny nebo odstraněny vedlejší skupiny, otevřeny nebo uzavřeny kruhy, může být měněna stereochemie apod. Aby byly tyto metody použitelné, je třeba poskytnout pohodlnou cestu pro identifikaci struktur velkého počtu sloučenin, které vznikly z široké škály různých modifikací.
Technika, která je použitelná pro screening nesekvenovatelných organických molekul vyrobených kombinační syntézou ve více krocích používá řady halogenuhlovodíkových derivátů rozlišitelných plynovou chromatografií jako markérů molekul, které při připojení na reaktivní skupiny povrchu kuliček mohou tvořit binární kód, odrážející chemickou historii jakéhokoliv člena knihovny. Namísto přístupů ke kódování oligonukieotidů nebo peptidů, kde se zachovává pořadí sestavování chemických stavebních bloků pro každého člena knihovny v sekvenci jediné příbuzné markerové molekuly, binární strategie používá specificky definované směsi markérů pro reprezentaci každého stavebního bloku v každém jednotlivém kroku syntézy. Pro kódování kombinační syntézy knihovny s 2N různých členů je možno použít sady N markérů. Po uspořádání se markéry fotolyzují a analyzují kapilární plynovou chromatografií se záchytem elektronů.
Ve všech případech použití informačních markérů (reportér tags) komplikuje strategie syntézy, zvyšuje riziko vedlejších reakcí a vedlejších produktů a poskytuje pouze nepřímý důkaz o struktuře.
• · • · · · · · · ® • · ·· · ···· ··· • · ·· · · · · ««·· ··9 99 9 9 99 99
- 6 Proto je potřeba nalézt způsob, kterým může být zaznamenána historie reakcí sloučeniny a identifikována struktura výsledné látky.
Jako způsob monitorování postupu kombinační syntézy na pevné fázi bylo také použito značení 13C místně specifickými markéry na samotném ligandu ve spojení s 13C NMR spektroskopií.
Další metodou je použití nosiče (chip), který umožní oddělenou analýzu na fyzicky oddělených místech povrchu nosiče. Ze znalosti, který reaktant se přidá postupně na každé takové místo, je možno zaznamenat postup událostí a tedy sled reakcí. Jestliže se potom provede screening nosiče na konkrétní požadovanou vjastnost a určí se vlastnosti látky, je možno snadno určit sloučeninu syntetizovanou v místě, které vykazuje tuto vlastnost.
Diskrétní analýza vzorek za vzorkem poskytne velké množství informací navíc, protože se analyzuje ve vzorku vše. Při analýze výsledků kombinační syntézy je však žádoucí mít možnost sledovat reakce lineárně, protože lineárním způsobem se sleduje to, co se přidává při syntéze ke konstruktu, o který se zajímáme, aniž by se uvažovala přítomnost rozpouštědel, pryskyřice, vedlejších reakcí a nečistot.
Z hlediska výše uvedených potřeb a nedostatků dosavadního stavu techniky je primárním předmětem předkládaného vynálezu snížit množství času potřebné pro čtení a dekódování produktů kombinační syntézy. Dalším předmětem předkládaného vynálezu je poskytnout způsob kódování kombinačních konstruktů, který nevyžaduje ortogonální chemie, tedy chemie, která byla velmi opatrně zvolena tak, aby neinterferovala s chemickými reakcemi, které se provádí jako součást samotné kombinační syntézy. Dalším předmětem vynálezu je minimalizovat množství kapitálových nákladů, nutných pro vývoj strategie kódování, která nevyžaduje více než počáteční vývoj soustavy vhodných vazeb na pevný nosič.
• ·
-7Na rozdíl od způsobů podle dosavadního stavu techniky se u předkládaného vynálezu využívá pro čtení historie syntézy izotopické metody spíše než chemického kódování monomeru. Odečitatelné rozdíly v kódování skupin se proto spoléhají na fyzikální rozlišení spíše než na rozlišení chemické. Izotopicky kódovaný monomer je však v průběhu syntézy chemicky navázán na ligand, o který se zajímáme, což je v protikladu s identifikačními způsoby podle dosavadního stavu techniky, u kterých jsou rozlišitelné izotopy fyzikálně smíseny a rozptýleny v chemikáliích nebo látkách pro identifikaci zdroje, který je vytváří. Vynález se také nespoléhá na značení molekuly, jak je tomu u jiných přístupů podle dosavadního stavu techniky.
Podstata vynálezu
Stručně, vynález představuje použití hmotnostního nebo izotopického kódování při vnesení (imprinting) kódované informace do materiálů nebo způsobů nebo ve spojení s materiály nebo způsoby, takže je možno jednou nebo více metodami hmotnostní spektrometrie, nukleární magnetické rezonanční spektroskopie nebo infračervené spektroskopie včetně techniky Ramanovy spektroskopie snadno určit podrobnosti o složkách nebo krocích postupu. Ve výhodném provedení představuje vynález způsob kódování produktů kombinační syntézy přídavkem izotopu (doping) do části konstruktu kombinační chemie a způsob analýzy produktů kombinační chemie hmotnostní spektroskopií, nukleární magnetickou rezonanční spektroskopií nebo infračervenou spektroskopií.
Vynález v přehledu zahrnuje několik provedení. Za prvé vynález zahrnuje na hmotnosti založený nechemický způsob zaznamenávání reakce alespoň části řady reakcí na každém z velkého množství specifických pevných nosičů, přičemž tento způsob zahrnuje: přípravu
- 8 množství činidel, které každé má specifickou definovanou hmotnost; přípravu skupiny specifických pevných nosičů; reakci každé skupiny pevných nosičů s rozdílným chemickým činidlem za řízených reakčních podmínek; vzájemné smísení těchto skupin produktů a potom rozdělení směsi specifických pevných nosičů do řady skupin pro druhý mezistupeň nebo konečný stupeň; opakování reakčního stupně s chemickým činidlem za řízených podmínek reakce alespoň jedenkrát pro získání velkého množství konečných produktů, přičemž různé produkty se nacházejí na jednotlivých specifických pevných nosičích; každé ze specifických činidel s definovanou hmotností reaguje buď: s každou skupinou specifických pevných nosičů; každou skupinou prvních chemických činidel v řadě reakcí; každou skupinou druhých chemických činidel v řadě reakcí; nebo každou skupinou následně přidaných chemických činidel v řadě reakcí; takovým způsobem, že každá skupina specifických pevných nosičů, skupina prvních chemických činidel, skupina druhých chemických činidel nebo skupina následujících chemických činidel reagovala s činidlem s definovanou hmotností, které je odlišné od jakéhokoliv jiného činidla s definovanou hmotností, které reagovalo s jakoukoliv z výše uvedených skupin; přičemž specifická činidla s definovanou hmotností je možno analyzovat, kde tato analýza definuje volbu prvního chemického činidla, reakčních podmínek, za kterých bylo přidáno první chemické činidlo, druhého chemického činidla, reakčních podmínek, za kterých bylo přidáno druhé chemické činidlo, a následujícího chemického činidla, nebo reakčních podmínek, za kterých bylo následující chemické činidlo přidáno. Způsob je zvláště vhodný při provádění testu nebo použití separačních technik včetně kolonové nebo deskové chromatografie nebo skenování buněk za pomoci fluorescence pro zjištění reakčních produktů s vlastností, o kterou se zajímáme a potom provedení identifikační analýzy těchto reakčních produktů. Tento způsob je zvláště výhodný s ohledem na určení prvního chemického činidla přidaného do reakčního řetězce. Reakčním produktem může • · • · ···· · * · · • · · · · ····-···· · • · · · · ··· ···· ··· ·· ·· · · ··
- 9 být neoligomer, který je alifatické, alicyklické, aromatické nebo heterocyklické povahy nebo oligomer, kterým je oligopeptid, oiigonukleotid, oligosacharid, polylipid, polyester, polyamid, polyuretan, polymočovina, polyether, polymerní fosforové deriváty, kde fosfor je ze skupiny fosfátu, fosfonátu, fosforamidu, fosfonamidu, fosfitu nebo fosfinamidu, nebo polysírové deriváty, kde síra je ze skupiny sulfonu, sulfonátu, sulfitu, sulfinamidu nebo sulfenamidu.
Výhodnými prostředky analýzy jsou hmotnostní spektrometrie (MS), nukleární magnetická rezonanční spektroskopie (NMR) a infračervená nebo Ramanova spektroskopie. Tyto prostředky analýzy vytvářejí určité rozložení vrcholů (obraz vrcholů, peak pattern) používané při analytické, identifikační, kódovací a dekódovací strategii. Hmotnostní spektrometr poskytuje konkrétně specifické jednotlivé hmotnostní vrcholy, specifické dvojité hmotnostní vrcholy, specifické páry jednoduchých hmotnostních vrcholů, specifické páry dvojitých hmotnostních vrcholů a další specifické rozložení násobných vrcholů, které je možno dodatečně přeložit do strojově čitelných charakteristických obrazů včetně čárových kódů. Metody využívající NMR, IR a Ramanových spekter vytvářejí rovněž použitelné specifické rozložení vrcholů, které může být transformováno do strojově čitelných charakteristických obrazů včetně čárových kódů. Tyto charakteristické obrazy včetně strojově čitelných charakteristických obrazů mohou být přiřazeny ve strategiích kódování tak, aby představovaly diskrétní chemická činidla přidaná do sledu chemických reakcí nebo přiřazeny tak, aby představovaly diskrétní podmínky chemické reakce, za kterých bylo do sledu chemických reakcí přidáno chemické činidlo, včetně bez omezení koncentrací, teplot, tlaků, katalyzátorů, enzymů, elektromagnetické energie vložené do systému (viditelné světlo, ozáření apod.) atd. Toho se dosáhne počátečním vytvořením rozpoznávacích charakteristických obrazů pro specifické hmotnostně definované látky, které jsou čitelné buď vizuálně nebo strojově. Charakteristické obrazy získané z analytických kroků se potom • · · · • ·· · · *·· • · · ···· «··· · • · · · · · • · · · · · · ·
- 10 porovnávají s charakteristickými obrazy pro identifikaci a dekódování, s pomocí nebo bez pomoci strojového zpracování. Charakteristické rozpoznávací obrazy a charakteristické obrazy analýzy, které jsou strojově čitelné, jsou schopny uchování v elektronické formě ve vhodné v oboru známé počítačové paměti a tyto uchované charakteristické obrazy vytvářejí databázi, kterou je možno snadno vždy znovu získat, a která také tvoří nárokované provedení vynálezu. Činidla s definovanou hmotností používaná při těchto způsobech jsou s výhodou tvořena molekulární jednotkou, jako je vazebná část (linker) kuličky pryskyřičného nosiče používané při chemických reakcích na pevné fázi, u které je jeden nebo více atomů nahrazeno izotopy těchto atomů, čímž dojde ke změně hmotnosti, ale ne chemických vlastností této chemické jednotky. Dalším alternativním činidlem s definovanou hmotností je jednoduché opakování přítomnosti takové molekulární jednotky v lineárním chemickém konstruktu celistvém násobku.
Způsob podle vynálezu je možno provádět s použitím chemických reakcí na pevné fázi nebo chemických reakcí v roztoku. Reakční produkty je možno pro analýzu odštěpit z pevného nosiče, nebo je možno analyzovat konstrukt jako celek. Chemická činidla přidaná do sledu reakcí mohou zahrnovat jedno nebo více činidel, které může působit jako substrát pro určení vazebné specifity vůči chemické sloučenině, o kterou se zajímáme. Kterýkoliv z kroků kódování, syntézy, analýzy a dekódování může být automatizován za pomoci vhodných počítačových a robotických prostředků při použití metod dobře známých odborníkům v oboru kombinační chemie, spektroskopie, počítačové techniky, robotiky a způsobů optického skenování.
Vynález také zahrnuje soupravu (kit) tvořenou soustavou sloučenin připravených pro kódování, syntézu, analýzu a dekódování výše popsanými metodami chemických činidel a reakčních podmínek při chemických reakcích v kombinační syntéze, o které se zajímáme, • · • ·
- 11 • · · é · · · · • · · · · · • tf · · · · · · • · · · · ···· ··· ·· ·· kde sloučeniny v kitu mají různé vzájemně odlišitelné hmotnosti, ale stejné chemické vlastnosti. Tyto kity mohou obsahovat nosiče v pevné fázi připojené k izotopicky označeným připojovacím skupinám, série kombinací izotopových směsí ve snadno identifikovatelných poměrech nebo řadu kombinací izotopicky značených chemických skupin (dále zde také nazývaných kódující bloky), přičemž jako propojení nebo propojovacích skupin se používá kovalentních vazeb nebo jiných organických skupin.
Vynález také zahrnuje soupravy nosičů v pevné fázi, které byly připraveny tak, aby nesly na svém povrchu činidla s jednoznačně definovanou hmotností. Pevnými nosiči mohou být kuličky pryskyřice v širokém rozmezí velikostí s průměrem od 1 do 10 000 pm. Samotný nosič může být izotopicky značen zavedením izotopu do chemické struktury nosiče. To rozliší hmotnost nosiče od podobných nosičů, ale nemění se jejich chemické vlastnosti. Takové pevné nosiče by potom byly použity při způsobech podle vynálezu. Skupiny těchto jednoznačně pomocí hmotnosti definovaných nosičů mohou tvořit knihovny, které jsou také jedním provedením předkládaného vynálezu.
Termín „izotopické značení“ (doping) nebo „izotopicky značený“ se zde používá ve smyslu zavedení izotopu namísto jednoho nebo více atomů, které se normálně v molekule vyskytují.
Termín „vazba“ (link) je kovalentní vazba nebo část molekuly, která je vhodná k vzájemnému propojení dvou částí konstruktu.
Termín „připojovací skupina“ (linker) je skupina složená z kódujícího bloku, prvního připojení pro navázání kódového bloku na pevný nosič nebo další skupinu a druhého připojení pro navázání kódujícího bloku na ligand nebo jinou skupinu.
Termín „směs připojovacích skupin“ (linker mix) je směs dvou izotopicky rozdílných ale chemicky identických molekul, která má určitý poměr prvního izotopu ke druhému izotopu.
• · • ·
- 12Termín „kódující blok“ (code block) je molekula nebo řada molekul obsahující jeden nebo více izotopicky značených atomů nebo určitý počet opakujících se molekul v řadě, takže jeho hmotnost může být jednoznačně definována a odlišena od kteréhokoliv jiného kódujícího bloku.
Termín „značený“ (doped) atom, kódující blok nebo skupina označuje jednotku, ve které byl atom molekuly nahrazen jedním ze svých izotopů. Vynález předpokládá, že značené atomy zahrnují všechny atomy, které se vyskytují v organické chemii a mají izotopy, zvláště vodík, uhlík, dusík, fluor a kyslík. Obecně jsou neradioaktivní izotopy výhodnější než izotopy radioaktivní.
Termín „monomer“ se zde označuje nejen pro pojmenování podjednotek, které vytvářejí přímé molekuly jako jsou aminokyseliny, ale také pro označení výchozích chemických látek a chemických činidel, které vzájemně chemicky reagují při organické syntéze kombinační chemie za vytvoření molekul, které nejsou lineární, jako jsou produkty včetně tzv. „malých molekul“, kterými jsou organické molekuly s hmotností 500 Daltonů nebo menší. Jak se zde používá, termíny „monomer“ a „chemické činidlo“ jsou vzájemně zaměnitelné.
Termín „sled reakcí“ (reaction series) se zde používá pro označení řady kroků při chemické syntéze ve formátu kombinační syntézy.
Termín „pevný nosič“ (solid support) je některý z materiálů, na kterém může být prováděna syntéza kombinační chemie včetně kuliček, pevných povrchů, pevných substrátů, částic, pelet, kotoučů, kapilár, dutých vláken, jehel, pevných vláken, celulózových kuliček, kuliček z pórovitého skla, silikagelů, polystyrénových kuliček popř. zesítěných divinylbenzenem, kuliček z roubovaných kopolymerů, polyakrylamidových kuliček, latexových kuliček, dimethylakrylamidových kuliček popř. zesítěných Ν,Ν’-bisakryloylethylendiaminem, skleněných částic potažených hydrofobním • ·
- 13 polymerem, fullerenů a pevných nosičů jako jsou nezesííěné polystyreny s nízkou molekulovou hmotností.
„Konstrukt“ je kovalentně navázaná jednotka, obsahující v jakékoliv kombinací některý typ pevného nosiče, jednu nebo více připojovacích skupin, jeden nebo více kódujících bloků a jeden nebo více ligandů.
„Ligand“ je produkt chemické reakce, o který se zajímáme. Ligand může být částí většího konstruktu, kde konečným cílem bude identifikovat a/nebo odštěpit ligand od zbytku konstruktu.
Obecně využívají způsoby podle vynálezu některé varianty konstruktu neomezujícího obecného vzorce:
Místo štěpení Specifický izotopový markér / -Ligand
Kulička pryskyřice ' “ v J
Propojení
Izotopy se do takových konstruktů vkládají pomocí značených vazeb. To znamená, že když bylo provedeno určení týkající se účastníků chemicky vhodné vazby, vazba se syntetizuje s použitím jednoho nebo více atomů vazby, který byl substituován izotopickou formou tohoto atomu. Izotopická forma je chemicky nerozlišitelná od neizotopické formy vazby. Izotopická forma je však fyzikálně rozlišitelná od jiných izotopických forem pomocí analýzy MS nebo NMR. Fyzikální rozdíly se projevují různým rozložením vrcholů při analýze MS, IR nebo NMR. Je dostupná celá řada strategií vkládání izotopů nebo značení, což vede k velkému počtu fyzikálně rozlišitelných chemických skupin, která má každá svůj specifický obraz vrcholu. Existence takových specifických obrazů vrcholů znamená, že izotopické formy mohou být použity pro vytvoření kódu, kterého je • · • ·
- 14 možno využít v různých strategiích kódování pro snadnější identifikaci různých chemických složek nebo podmínek, které mohou být použity v průběhu kombinační syntézy. Několik těchto kódovacích strategií se uvádí dále.
Elektrorozprašovací hmotnostní spektrometrie (electrospray mass spectrometry) poskytuje pro danou molekulární jednotku informace o hmotnosti a intenzitě náboje iontu. Z obecného pohledu se vyskytnou menší molekuly ve spektru pouze jednou jako jednou nabité druhy a vliv variací izotopického složení vede k velmi snadno interpretovatelnému kvantu hmotnostního posunu. Tak např. molekula s molekulovou hmotností 304 poskytne na spektru hmotnostního spektrometru (MS) vrchol hmotnosti 305 (M + 1). Jestliže se atom dusíku v této molekule, který má atomovou hmotnost 14 (N14), nahradí (izotopickým značením ve smyslu používaném v této přihlášce) izotopem N1S, potom se posune vrchol MS doprava přesně o jednu jednotku na 306. Navíc toto izotopické značení neovlivní ionizaci nebo chemickou reaktivitu molekuly. Schopnost měřit s dostatečnou přesností (tj. hmotnost na přibližně 0,1 jednotky atomové hmotnosti a relativní intenzitu na přibližně 3 %) jak hmotnostních vlastností, tak i iontové intenzity, poskytuje základ pro novou strategii kódování s použitím izotopů, při které se místo chemicky kóduje monomer izotopicky pro určení historie syntézy, místo aby se značila samotná molekula. Při použití způsobů podle vynálezu se strategie kódování odvozuje z použití samotné informace o hmotnosti, informace o relativní intenzitě u dvou nebo více vrcholů hmotnosti samostatně nebo u kombinace těchto dvou vrcholů. Základní metodologie vynálezu, tedy vkládání různých izotopů do kombinačních konstruktů pro identifikaci přidávání monomerů nebo chemických podmínek, poskytuje několik alternativních provedení kódování a dekódování, které jsou schopné individuálního použití nebo použití ve zvolených kombinacích.
-15 Bude diskutováno větší množství výhodných kódovacích přístupů s použitím činidel s definovanou hmotností. Tyto příklady jsou neomezující a nemají vylučovat další přístupy ke kódování.
Přehled obrázků na výkresech
Obr. 1 je uspořádané zobrazení vrcholů MS, které představují pozorované rozložení vrcholů (peak signatures) pro značené glycinové kódovací bloky popisované dále v přihlášce.
Obr. 2 je graf, který ukazuje pozorovanou korelaci mezi počtem ío přítomných atomů uhlíku a podílem vazby, ve které je přítomen N15.
Graf může být použit pro výpočet rozložení vrcholů stejné intenzity.
Obr. 3 ukazuje kódovací strategii pomocí polohy dvou vrcholů pro molekulu, která se vyznačuje rozštěpením vrcholů MS do dubletu pro zvýšení hodnoty rozpoznání kódu.
Obr. 4 ilustruje pozorovanou korelaci mezi plochou vrcholu MS a poměrem N15 přítomného v kódovaném vzorku pro řadu kódovaných vzorků, které se odlišují obsahem N15 s přírůstky po 5 %.
Obr. 5 představuje rozložení vrcholů NMR pro sloučeninu:
kde je ukázáno, že 55 % uhlíku v předposlední poloze bylo označeno C13.
Obr. 6 představuje rozložení vrcholů NMR pro sloučeninu:
• ·
o kde je ukázáno, že 60 % uhlíku v předposlední poloze bylo 5 označeno C13.
Obr. 7 představuje rozložení vrcholů NMR pro sloučeninu:
kde je ukázáno, že 75 % uhlíku v předposlední poloze bylo označeno C13.
Obr. 8 představuje rozložení vrcholů NMR pro sloučeninu:
kde je ukázáno, že 80 % uhlíku v předposlední poloze bylo označeno C13.
Obr. 9 je graf ukazující korelaci pozorovaného poměru C13 k C12 v NMR spektru obrázků 5 až 8 s procenty přítomného C13 v každém vzorku.
Obr. 10 až 12 ukazují spektra pozorovaná ve spojení s postupem podle příkladu 23 provedení reakčního screeningu podle vynálezu.
Obr. 13 až 17 ukazují schémata syntézy používaná v příkladu 23 provedení reakčního screeningu podle vynálezu.
• · • · • · ·· · · · · · · · · · · • · ·· · » · · • · · · ··· ·· · · · · ··
- 17 Obr. 18 až 51 ukazují spektra pozorovaná ve spojení s příkladem 24 provedení poměrového kódování podle vynálezu.
Obr. 52 až 110 ukazují spektra vytvářená ve spojení s příkladem 25 kódování styrenu a příkladem 26 popisujícím kopolymerizaci styrenu a F-styrenu.
Obr. 111 až 132 ukazují spektra představující dekódování paralelní syntézy knihovny na kódovaných kuličkách pryskyřice s použitím přístupu dvojité připojovací skupiny, při kterém první připojovací skupinou byla fotochemicky odštěpitelná připojovací io skupina a druhou připojovací skupinou byla Knorrova připojovací skupina.
Obr. 133 až 286 ukazují spektra vytvářená řadou kódujících bloků organizovaných co se týče typu a poměru kódování označeného jako kódování s poměrem čtyř vrcholů s použitím čtyř izotopově určených verzí alaninu chráněných F-moc.
Obr. 287 je schéma počítačového programu schopného
| automatizovat dekódování soustavy spojených spekter. | kódujících | bloků a s | nimi |
| Příklady provedení vynálezu Příklad 1: Přístupy ke kódování Příklad kódování A: Poměrné kódování | |||
| V nejvýhodnějším provedení | vynálezu | se připraví | řada |
| izotopicky značených směsí připojovacích skupin | n, kde každá | směs |
připojovacích skupin v řadě obsahuje určitý poměr prvního izotopu ke druhému izotopu, a kde každá směs v řadě se liší poměrem od předcházející nebo následující směsi v řadě o stejné množství. Tak např. může být připravena řada 21 šarží značeného monomeru, kde první šarže v sérii má poměr 100 % prvního izotopu a 0 % druhého • · • · • · » « · · · · · 1
Β » · · · ··· izotopu, druhá šarže má poměr 95 % prvního izotopu na 5 % druhého izotopu atd. až do 21 šarže, která má 0 % prvního izotopu a 100 % druhého izotopu. Každá propojovací skupina je dále charakterizována takovou schopností svého rozštěpení, že jedna část po štěpení bude vždy obsahovat izotopicky značenou část molekuly. Každá směs připojovací skupiny na své jedné straně chemicky reaguje s nosičem za získání n šarží látky nosič-připojovací skupina, která opět má konkrétní poměr prvního ke druhému izotopu. Potom se do každé šarže přidá činidlo, o které se zajímáme a získá se n šarží sloučeniny ío nosič-připojovací skupina-molekula, která má každá také určité poměry dvou izotopů. Jestliže se nyní použije například metody syntézy dělením (split synthesis), spojí se n šarží do jediné míchací nádoby a výsledná směs se potom rozdělí do n alikvotů a do každého alikvotu se přidá druhé činidlo, které nás zajímá a ponechá se proběhnout příslušná reakce. Předcházející krok kombinace všech alikvotů a potom jejich rozdělení na n alikvotů se opakuje a může být přidáno třetí činidlo, které nás zajímá. Jestliže proběhly všechny možné reakce, máme k dispozici n3 produktů. Připojovací skupiny mohou být odštěpeny, takže izotopicky značené fragmenty zůstávají s chemickými produkty a výsledný konstrukt izotopický markerchemický produkt se analyzuje na hmotnostním spektrometru. Získaný hmotnostní spektrogram ukáže rozložení vrcholů, které odráží poměr prvního izotopu ke druhému izotopu přítomných ve fragmentu připojovací skupiny a tím se identifikuje, co bylo prvním chemickým činidlem, které bylo přidáno do této konkrétní reakční jamky. Tak např. jestliže je poměr 100 % prvního izotopu na 0 % druhého izotopu, potom se objeví jeden relativně vysoký vrchol v takové poloze na spektrogramu, kterou zaujímá konkrétní atomová hmotnost, kterou má tato skupina (jak bude zřejmé odborníkům v oboru, objeví se také
3o další relativně malé vrcholy, ale právě jeden nejvýznamnější vrchol, který je charakteristický pro molekulu jak se používá při metodě identifikace podle předkládaného vynálezu). Jestliže je poměr izotopu
- 19 95 % prvního izotopu na 5 % druhého izotopu, potom se objeví první významný vrchol a druhý významný vrchol, přičemž první významný vrchol má přibližně 95 % celkové plochy spojených významných vrcholů a druhý významný vrchol zabírá přibližně 5 %, čímž dojde k vytvoření určitého rozložení významných vrcholů, které slouží pro jasnou identifikaci poměru izotopů a tím chemického činidla. Je třeba rozumět, že se objeví další malé vrcholy, které nejsou částí obrazů vytvářejících kódy podle vynálezu, v důsledku přítomnosti přirozeného C13, kde jejich relativní velikost může být předpovězena pomocí následující analýzy. Jestliže určitá skupina obsahuje 24 atomů uhlíku a dusíku a byla značená atomy N14/N15 v poměru 50/50, potom vrchol 1 bude vypočten z poměru přítomného N14/C12 jako (0,898)24 x 0,5 = 0,383; vrchol 2 bude vypočten z přítomných poměrů N1S/C12 a N14/C13 jako (0,989)24 x 0,5 + (0,989)23 (0,011) x 24 x 0,5 = 0,485; a třetí vrchol bude vypočten z poměru N15/C13 jako (0,989)23 x (0,011) x 24 x 0,5 = 0,102, čímž vznikne určitý obraz obsahující dva přibližně stejné významné vrcholy a relativně malý postranní vrchol. Ideálně by se izotopicky značené druhy měly lišit o dvě nebo více atomové hmotnostní jednotky, protože tím dojde k vytvoření dobře oddělených vrcholů, které by nemělo být ovlivněno přítomností přírodního 13C. Pro dosažení tohoto požadavku s atomy, které se při těchto chemických reakcích nejběžněji používají (C, Η, N, O) je typicky nutné, aby byl izotopicky nahrazen více než jeden atom, protože dostupné stabilní izotopy C, H a N se liší pouze o jednu hmotnostní jednotku.
Dále pro identifikaci třetí složky v kombinačním konstruktu může být tato třetí složka identifikována číslem příslušné reakční jamky. Nyní s identitou první složky známou z vyhodnocení hmotnostního spektra a třetí složky známé z čísla jamky se jejich spojené molekulové hmotnosti odečtou od celkové molekulové hmotnosti konstruktu pro získání zbytkové hmotnosti, která identifikuje druhou složku konstruktu.
-20 •« v • · · · • * • · • 9 • · » · · · ·
Mělo by být zřejmé, že použití způsobů a konstruktů podle vynálezu poskytuje celou řadu kódovaných propojovacích skupin, které umožňují značné ekonomické úspory, protože jedinou další syntézou nutnou na počátku je izotopické značení propojovací skupiny na pevném nosiči, která musela být zařazena na první místo. Není třeba provádět žádné další chemické modifikace propojovacích skupin, které byly na počátku zvoleny pro kombinační syntézu na pevné fázi.
Příklad kódování B: Kódování s dvojím poměrem (duál ratio coding)
V případě syntézy s více než třemi kroky se postupuje způsobem poměrného kódování popsaného výše tak, že se připraví řada izotopicky značených směsí připojovacích skupin n, kde každá směs připojovacích skupin v řadě obsahuje určitý poměr prvního izotopu ke druhému izotopu, a kde každá směs v řadě se odlišuje poměrem od předcházející nebo následující směsi v řadě o stejné množství. Izotopicky značen je však také druhý typ atomu, takže jsou přítomny dva typy izotopů atomů. Například poloha dusíku může být značena směsí N14 a N15, zatímco poloha uhlíku může být značena směsí C12 a C13. V tomto příkladu bude opět použito přírůstku o 5 %, takže se získá 21 možných kombinací poměrů dusíku a 21 možných kombinací poměrů uhlíku. Navíc je poloha uhlíku chráněná vhodnou ochrannou skupinou, která může být odstraněna v souladu s reakčním krokem při kombinační syntéze. Obraz vrcholů značeného dusíku z hmotnostního spektrometru identifikuje složku první syntézy a obraz vrcholů značeného uhlíku identifikuje druhou složku syntézy, testem je identifikována čtvrtá složka a třetí složka je identifikována odečtením první, druhé a čtvrté složky od celkové hmotností produktu.
Příležitostně může při použití více než jednoho typu izotopu dojít k degeneraci kódu, jako je tomu v případě, kde jedna skupina nese kombinaci N15 - C12 a další nese kombinaci N14 - C13, kde obě mají
-21 »· ·· ·· ·♦ • · * · · · » · > * · · · ¢- · «1 ·· · «··· ·»♦ ·
stejnou atomovou hmotnost a proto poskytují na hmotnostním spektrografu nerozlišitelné obrazy vrcholů. Tento problém je možno obejít jednou ze dvou obecných cest. Za prvé je možno zvolit jako izotopový pár C12 a C14 a tím se vyloučí tento typ degenerace kódu.
Jestliže je třeba vyloučit radioaktivitu, je možno přesto použít C12 a C13 s použitím způsobu kombinace hmotnostní spektrografie s fragmentací. Například amidová skupina struktury
CH3-NH-CO-CH2-CH3 může být značena dvěma způsoby, které poskytnou stejnou atomovou hmotnost následujícím způsobem:
CH3-Nl4H|CO-CH2-C13H3 nebo
Při fragmentaci podél naznačených linií štěpení poskytne skupina I fragment se značeným N a normálním C, zatímco skupina II poskytne fragment se značeným C a normálním N, čímž se dosáhne rozdílných obrazů vrcholů na hmotnostní spektroskopii.
Následující schéma ilustruje přístup kódování pomocí polohy jediného vrcholu.
« • ·
-2299 ·· • 9 9 · • 9 9 · • · ϊ 999
9 9
Λ0 ·· «· *·
Příklad kódování C: Kódování pomocí polohy jediného vrcholu
Monomer 1
Kulička pryskyřice
| Vazba 1 | Kód n | Vazba 2 |
An
Kulička pryskyřice
Monomer 2 Monomer 3 (Všechny specifické hmotnosti)
Monomer 3
·. Štěpení + MS
Oddelem kuliček
Test spojených kuliček
v Jako výše
Aktivní ligandý
Schéma 2
Podle postupu ve schématu 2 může po přístupu kódování pomocí polohy jediného vrcholu MS následovat další alternativní provedení vynálezu izotopického kódování. Tento přístup vytváří vrchol MS. V tomto formátu se kódující blok navrhne tak, že se objeví v příhodné části spektra a použije se pro reprezentaci prvního monomeru nebo stavebního bloku použitého při syntéze konkrétní sloučeniny. Když je kombinační syntéza dokončená, vazba 2 se odštěpí, aby bylo možno určit molekulovou hmotnost ligandú. Potom se rozštěpí vazba 1 pro umožnění identifikace kódujícího bloku, který určuje identifikaci prvního zásobního (pool) monomeru.
První a druhé vazby ve schématu propojovací skupiny mohou být stejné nebo různé. Vazby mohou být stejné, jestliže se používá testu přímou vazbou, po které následuje odstranění pozitivních kuliček. Jestliže jsou vazby rozdílné, umožní to provádění testů buď přímou vazbou, nebo se samotným odštěpeným ligandem.
Dekódování kombinační knihovny tří monomerů se dosáhne ve třech krocích. Určí se hmotnost kódujícího bloku a tím se identifikuje kód, který identifikuje první zásobní monomer. Číslo posledního přidaného monomeru určí poslední monomer, ze kterého je známa hmotnost posledního monomeru. Potom se od celkové molekulové hmotnosti celého konstruktu odečtou hmotnosti prvního a třetího zásobního monomeru a tím se získá hmotnost druhého zásobního monomeru, ze které se určí identita druhého zásobního monomeru.
Přístup kódováním pomocí polohy jediného vrcholu je zvláště vhodný při provádění screeningu aktivních ligandú použitím chromatografické kolony s následnou elucí navázaných konstruktů.
Následující schéma ilustruje přístup kódování pomocí polohy dvojitého vrcholu.
• ·
Příklad kódování D: Kódování pomocí polohy dvojitého vrcholu • · · · ···· • · · · · • · · · ··· ·· · ·
Kulička pryskyřice
Kulička pryskyřice
Jako pro schéma 2 výše
Směs I
Schéma 3
Podle postupu na schématu 3 může být uskutečněno další alternativní provedení vynálezu izotopického kódování strategií polohy dvojitého MS vrcholu. Pomocí tohoto přístupu se získají dva vrcholy MS. Připraví se například řada kuliček pryskyřice, které nesou dvě chráněná místa, jako je BOC a FMOC. Z prvního chráněného místa se odstraní ochranná skupina. Připraví se řada izotopických kódujících bloků n a každý kód se naváže na první místo s odstraněnou ochrannou skupinou.
Odstraní se ochranná skupina z druhého chráněného místa. Standardní referenční skupina s rozdílnou hmotností se naváže na
-25 druhé místo s odstraněnou ochrannou skupinou. Po provedení MS se získá vrchol pro standardní referenci a druhý vrchol pro kód s rozdílem ve hmotnosti mezi dvěma vrcholy jako kódující jednotkou. Dekódování kombinační knihovny složené ze tří monomerů se dosáhne pomocí tří kroků. Stanoví se hmotnost ligandu plus kódujícího bloku a tím se identifikuje kód, který identifikuje první zásobní monomer. Číslo monomeru, který byl přidán jako poslední, dovoluje zjistit hmotnost posledního monomeru. Potom se odečtou hmotnosti prvního a třetího zásobního monomeru od celkové molekulové hmotnosti celého konstruktu a tím se získá hmotnost druhého zásobního monomeru, ze které se odvodí identita druhého zásobního monomeru.
V alternativním konstruktu se připraví kódující blok tak, aby obsahoval dva podobné druhy, z nichž jeden je konstantní a působí jako referenční hmotnost, zatímco druhý má bloky s proměnnou hmotností podobné blokům popsaným pro kódující schéma pomocí polohy jediného vrcholu. Po rozštěpení vazby na pryskyřici se vytvoří ligand s připojeným variabilním kódem. Z rozdílu hmotnosti kódující jednotky a jednotky referenční hmotnosti se nyní určí kódovaná informace. Výhoda tohoto postupu je, že kód může být ponechán navázán na ligandu a odečítat ve stejnou dobu jako hmotnost celého konstruktu pomocí MS. Tato strategie poskytuje dva vrcholy hmotnosti, které představují ligand připojený burf na referenční kód nebo na variabilní kód. Rozdíl v hmotnosti se používá pro určení identity monomeru 1, zatímco monomer 3 známý z odpovídajícího zásobního monomeru a monomer 2 se určí tak jak bylo popsáno výše.
Vynález také umožňuje alternativní provedení, které v důsledku umožní vytvoření mechanismu čárového kódu. Několik možných neomezujících příkladů variant konstruktů na pevné fázi se uvádí dále.
-26 Příklad kódování E: Kódování přístupem ·· ·· ·· ·· • ♦ · · · · · · · • ·· · ···· · · · · · • · · · ♦ · · ··· ·· · · ·· · · využívajícím čárového kódu
Verze 1: Pouze hmotnost:
Vazba
Kód
Ligand
Kulička pryskyřice
Verze 2: Hmotnost a intenzita:
Vazba
Kód
Ligand
Kulička pryskyřice
Verze 3: Pouze hmotnost:
| Vazba 1 | Kód | Vazba 2 | Ligand |
Kulička pryskyřice
Verze 4: Hmotnost a intenzita:
Vazba 1
Kód
Vazba 2
Ligand.
Kulička pryskyřice
V tomto přístupu a jeho variacích se stává kódující blok nejvýhodněji z dimeru, jehož každá jednotka má jednu, dvě nebo tři diskrétní hmotnosti. Například konstrukt:
obsahuje kódující blok, který má dva hmotnostní bloky, M, a M2, které budou v tomto příkladu složeny z jedno, dvou nebo tří aminokyselin. Aminokyseliny jsou označeny pro poskytnutí tří diskrétních hmotností, například glycin (G°) s hmotností 57, glycin nesoucí N15 (G1) s hmotností 58 a glycin nesoucí dva atomy deuteria (G2) na uhlíku 2 s hmotností 59. Uspořádání těchto tří skupin do
-27 • · · · • · · · · « • · 4 • · · · sedmi možných sad hmotnosti poskytne následující kódy a jejich podíly na celku:
| Složení | Relativní přítomnost |
| go | 100% |
| Gl | 100% |
| G2 | 100% |
| gQgi | 50% a 50% |
| G^G2 | 50% a 50% |
| G^G2 | 50% a 50% |
| G^GlG2 | 33.3%, 33.3% a 33.3% |
Nyní je možné uspořádat tyto sady hmotností do bloků M, a IW2 a předpovídat, jaké vlastnosti bude mít obraz vrcholů MS pro každý kódový blok. Pro tuto skupinu sad hmotností ve verzi 1 přístupu čárového kódu je předpovězen následující obraz vrcholů MS:
-28 Předpovězený obraz vrcholů (atom, hmot, iedn.)
Kód M, M2
| Vzorek | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||
| 5 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||
| 1 | 57 (G°) | 57 (GO) | 4 1 | 5 | 6 | / | s |
| 2 | 57 (GO) | 57,58 (G0),(Gl) | I | I | |||
| 3 | 57 (G<>) | 57,59 (G0),(G2) | I | I | |||
| 10 4 | 57 (GO) | 57,58,59 (GO),(G1),(G2) | 1 | I | 1 | ||
| 5 6 15 | 57.58 (G0),(Gl) 57.59 (G0),(G2) | 57.59 (G0),(G2) 57.59 (G0),(G2) | 1 1 | I | I 1 1 | 1 | 1 |
| 7 | 57,59 íG0),(G2) | 57,58,59 (G0),(GÍ),(G2) | 1 | 1 | 1 1 | 1 | I |
V této tabulce se pro kód vzorku 1 předpovídá jediný vrchol s 20 hmotností 114, protože spojené hmotnosti každého G° jsou 57 + 57 =
114. Pro kód vzorku 2 se předpokládají dva stejné vrcholy s hmotností 114 a 115, protože G° v Mi plus G° v M2 poskytne hmotnost 114 a G° v Mi plus G1 v M2 poskytne součet 115. V kódu vzorku 6 se předpovídají dva jednoduché vrcholy s hmotností 114 a 118
2s a přebytečný vrchol se předpovídá u hmotnosti 116, kdy tento vrchol má přibližně dvojnásobnou výšku jako vrcholy 114 a 118.
V následující tabulce jsou ukázány předpovězené obrazy vrcholů MS pro 25 kódovaných vzorků. Skutečné obrazy vrcholů MS • · • · • · ·· · · · ·
...............
-29 jsou ukázány dále v tabulce předpovězených obrazů vrcholů a je možno vidět, že je vynikající korelace mezi pozorovanými a předpovězenými obrazy vrcholů. Odkazy na G°, G1 a G2 jsou vynechány, ačkoliv v této tabulce se stále používají stejné tři izotopicky značené verze glycinu popsané výše (je třeba si všimnout, že číselné hodnoty pro MS v obr. 1 jsou pro celkovou hmotnost celého konstruktu včetně zbytku lyzinu a připojovacích skupin, které tak spadají do rozmezí 300 až 309 hmotnostních jednotek.
Kód Mi
Vzorek
Předpovězeny obraz vrcholů (atom, hmot, jedn.)
M,
57.58
57.59
58.59
57.58.59
57, 59
1 1
1 1
5 6
I
I
I I
I
I I
I I
I I I
I • ·
| 10 | 59 | 57, 58 | 1 | 1 | |||
| 11 | 58 | 57, 58,59 | 1 | 1 | 1 | ||
| 12 | 57, 58 | 57, 58 | 1 | ||||
| 1 | 1 | I | |||||
| 13 | 57, 58 | 57, 59 | 1 | 1 | 1 | I | |
| 14 | 57, 58 | 58, 59 | I | ||||
| I | 1 | 1 | |||||
| 15 | 57, 58 | 57, 58, | 1 | 1 | |||
| 59 | 1 | I | I | 1 | |||
| 16 | 59 | 59 | I | ||||
| 17 | 59 | 57, 59 | I | 1 | |||
| 18 | 57, 59 | 57, 59 | 1 | ||||
| 1 | 1 | I | |||||
| 19 | 59 | 58, 59 | I | I | |||
| 20 | 59 | 57,58,59 | 1 | 1 | 1 | ||
| 21 | 57, 59 | 58, 59 | 1 | I | 1 | 1 | |
| 22 | 57, 59 | 57, 58, | 1 | ||||
| 59 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||
| 23 | 58, 59 | 58, 59 | 1 | 1 | 1 |
• ·
| 24 | 58, 59 | 57, 58, 59 | 1 | I I | I I | 1 |
| 25 | 57, 58, 59 | 57, 58, | I | |||
| 59 | 1 | 1 | I | |||
| 1 I | 1 | 1 | 1 |
Jestliže se provede MS úplného vzorku kombinační syntézy, rozložení vrcholů se porovná s předpovězeným obrazem, který naopak identifikuje kód, který zase identifikuje první zásóbní monomer.
Předpovězené obrazy mohou vytvářet typ strojně čitelného čárového kódu, který umožní odborníkům v oboru rychlý vstup dat, dekódování a interpretaci.
Další strategie kódování
Je možné kombinovat prvky způsobů používajících jeden nebo všechny poměry, jediný vrchol, dvojitý vrchol nebo čárový kód pro poskytnutí kódovaných konstruktů. Kódující bloky nemusí být přidány do přední polohy konstruktu, mohou být přidány v jakémkoliv místě za předpokladu, zeje k dispozici vhodné činidlo, např.:
Vazba kde se značení izotopem vyskytuje na vazbě na kuličku a je 25 připojeno na konec tří monomerních ligandů, jak je označeno hvězdičkou. Stejně tak je možno provést izotopové značení také na druhém konci ligandů.
• · • · • · · · • · · ·
-32Další alternativní provedení vynálezu je umožněno použitím nukleární magnetické rezonance (NMR), kterou je možno snadno odečítat izotopy, namísto nebo ve spojení s hmotností spektroskopií. NMR poskytuje výhody vyšší přesnosti (je možno vytvářet kódující 5 činidla s poměry lišícími se pouze o 1 %), kuličky není nutno před analýzou odštěpovat od konstruktu a NMR je na rozdíl od MS nedestruktivní.
Jiné konstrukty mohou být vytvořeny například podle obecných neomezujících schémat:
Vazba 1
Kód
Vazba 2
Kulička pryskyřice
Ligand
Kulička pryskyřice
Obr. 133 až 286 ukazují spektrogramy spojené s další variací poměru kódování, kterou je kódovací schéma se čtyřmi vrcholy.
V následující tabulce první sloupec představuje kódovací blok, druhý sloupec je vnitřní referenční číslo a třetí, čtvrtý, pátý a šestý sloupec znamená příslušné molární frakce alaninú chráněných FMOC s různými celkovými hmotnostmi získanými použitím izotopového • · · · · · • · · · · • · ···· ···· · • · · · · · • · · · » · · ·
- 33 značení, tj. A°, A3, A2, A1 (A je referenční alanin, A3 je alanin plus 3 jednotky atomové hmotnosti, A2 je alanin plus 2 atomové hmotnostní jednotky atd.).
| 1, | 111, | 0,56, | 0,16, | 0,16, | 0,16 |
| 2, | 112, | 0,56, | 0,16, | 0,16, | 0,21 |
| 3, | 113, | 0,51, | 0,11, | 0,11, | 0,26 |
| 4, | 114, | 0,46, | 0,11, | 0,11, | 0,31 |
| 5, | 115, | 0,46, | 0,11, | 0,11, | 0,36 |
| 6, | 116, | 0,41, | 0,11, | 0,11, | 0,41 |
| 7, | 121, | 0,56, | 0,16, | 0,21, | 0,16 |
| 8, | 122, | 0,51, | 0,11, | 0,21, | 0,21 |
| 9, | 123, | 0,46, | 0,11, | 0,21, | 0,26 |
| 10, | 124, | 0,46, | 0,11, | 0,16, | 0,31 |
| 11, | 125, | 0,41, | 0,11, | 0,16, | 0,36 |
| 12, | 126, | 0,41, | 0,11, | 0,16, | 0,41 |
| 13, | 131, | 0,51, | 0,11, | 0,26, | 0,11 |
| 14, | 132, | 0,46, | 0,11, | 0,26, | 0,21 |
| 15, | 133, | 0,46, | 0,11, | 0,26, | 0,26 |
| 16, | 134, | 0,41, | 0,11, | 0,21, | 0,31 |
| 17, | 135, | 0,41, | 0,11, | 0,21, | 0,31 |
| 18, | 136, | 0,36, | 0,11, | 0,21, | 0,36 |
| 19, | 141, | 0,46, | 0,11, | 0,31, | 0,11 |
| 20, | 142, | 0,46, | 0,11, | 0,31, | 0,16 |
| 21, | 143, | 0,41, | 0,11, | 0,31, | 0,21 |
| 22, | 144, | 0,41, | 0,11, | 0,26, | 0,26 |
| 23, | 145, | 0,36, | 0,11, | 0,26, | 0,31 |
| 24, | 146, | 0,36, | 0,11, | 0,26, | 0,36 |
| 25, | 151, | 0,46, | 0,11, | 0,36, | 0,11 |
| 26, | 152, | 0,41, | 0,11, | 0,36, | 0,16 |
| 27, | 153, | 0,41, | 0,11, | 0,31, | 0,21 |
9 9 « • ·
9 9 9
9 9 9 9 9
9 9 9 9 9 9 9· 9 9 9
9 9 9 9 9
9 9 9 9 9 9 * ·
| 28, | 154, | 0,36, | 0,11, | 0,31, | 0,26 |
| 29, | 155, | 0,36, | 0,11, | 0,31, | 0,31 |
| 30, | 156, | 0,31, | 0,11, | 0,26, | 0,31 |
| 31, | 161, | 0,41, | 0,11, | 0,41, | 0,11 |
| 32, | 162, | 0,41, | 0,11, | 0,41, | 0,16 |
| 33, | 163, | 0,36, | 0,11, | 0,36, | 0,21 |
| 34, | 164, | 0,36, | 0,11, | 0,36, | 0,26 |
| 35, | 165, | 0,31, | 0,11, | 0,31, | 0,26 |
| 36, | 166, | 0,31, | 0,11, | 0,31, | 0,31 |
| 37, | 211, | 0,56, | 0,21, | 0,16, | 0,16 |
| 38, | 212, | 0,51, | 0,21, | 0,11, | 0?21 |
| 39, | 213, | 0,46, | 0,21, | 0,11, | 0,26 |
| 40, | 214, | 0,46, | 0,16, | 0,11, | 0,31 |
| 41, | 215, | 0,41, | 0,16, | 0,11, | 0,36 |
| 42, | 216, | 0,41, | 0,16, | 0,11, | 0,41 |
| 43, | 221, | 0,51, | 0,21, | 0,21, | 0,11 |
| 44, | 222, | 0,46, | 0,21, | 0,21, | 0,21 |
| 45, | 223, | 0,46, | 0,16, | 0,16, | 0,26 |
| 46, | 224, | 0,41, | 0,16, | 0,16, | 0,31 |
| 47, | 225, | 0,41, | 0,16, | 0,16, | 0,31 |
| 48, | 226, | 0,36, | 0,16, | 0,16, | 0,36 |
| 49, | 231, | 0,46, | 0,21, | 0,26, | 0,11 |
| 50, | 232, | 0,46, | 0,16, | 0,26, | 0,16, |
| 51, | 233, | 0,41, | 0,16, | 0,21, | 0,21 |
| 52, | 234, | 0,41, | 0,16, | 0,21, | 0,26 |
| 53, | 235, | 0,36, | 0,16, | 0,21, | 0,31 |
| 54, | 236, | 0,36, | 0,16, | 0,21, | 0,36 |
| 55, | 241, | 0,46, | 0,16, | 0,31, | 0,11 |
| 56, | 242, | 0,41, | 0,16, | 0,31, | 0,16 |
| 57, | 243, | 0,41, | 0,16, | 0,26, | 0,21 |
| 58, | 244, | 0,36, | 0,16, | 0,26, | 0,26 |
| 59, | 245, | 0,36, | 0,16, | 0,26, | 0,31 |
• · > · · · · * · · ·· · · · · · · ·« » * » · · · · · »* Β· · · · ·
| 60, | 246, | 0,31, | 0,16, | 0,26, | 0,31 | |
| 61, | 251, | 0,41, | 0,16, | 0,36, | 0,11 | |
| 62, | 252, | 0,41, | 0,16, | 0,31, | 0,16 | |
| 63, | 253, | 0,36, | 0,16, | 0,31, | 0,21 | |
| 5 | 64, | 254, | 0,36, | 0,16, | 0,31, | 0,26 |
| 65, | 255, | 0,31, | 0,16, | 0,26, | 0,26 | |
| 66, | 256, | 0,31, | 0,11, | 0,26, | 0,31 | |
| 67, | 261, | 0,41, | 0,16, | 0,41, | 0,11 | |
| 68, | 262, | 0,36, | 0,16, | 0,36, | 0,16 | |
| 10 | 69, | 263, | 0,36, | 0,16, | 0,36, | 0,21 |
| 70, | 264, | 0,31, | 0,16, | 0,31, | 0^26 | |
| 71, | 265, | 0,31, | 0,11, | 0,31, | 0,26 | |
| 72, | 266, | 0,31, | 0,11, | 0,31, | 0,31 | |
| 73, | 311, | 0,51, | 0,26, | 0,11, | 0,11 | |
| 15 | 74, | 312, | 0,46, | 0,26, | 0,11, | 0,21 |
| 75, | 313, | 0,46, | 0,26, | 0,11, | 0,26 | |
| 76, | 314, | 0,41, | 0,21, | 0,11, | 0,31 | |
| 77, | 315, | 0,41, | 0,21, | 0,11, | 0,31 | |
| 78, | 316, | 0,36, | 0,21, | 0,11, | 0,36 | |
| 20 | 79, | 321, | 0,46, | 0,26, | 0,21, | 0,11 |
| 80, | 322, | 0,46, | 0,26, | 0,16, | 0,16 | |
| 81, | 323, | 0,41, | 0,21, | 0,16, | 0,21 | |
| 82, | 324, | 0,41, | 0,21, | 0,16, | 0,26 | |
| 83, | 325, | 0,36, | 0,21, | 0,16, | 0,31 | |
| 25 | 84, | 326, | 0,36, | 0,21, | 0,16, | 0,36 |
| 85, | 331, | 0,46, | 0,26, | 0,26, | 0,11 | |
| 86, | 332, | 0,41, | 0,21, | 0,21, | 0,16 | |
| 87, | 333, | 0,41, | 0,21, | 0,21, | 0,21 | |
| 88, | 334, | 0,36, | 0,21, | 0,21, | 0,26 | |
| 30 | 89, | 335, | 0,36, | 0,21, | 0,21, | 0,31 |
| 90, | 336, | 0,31, | 0,21, | 0,21, | 0,31 | |
| 91, | 341, | 0,41, | 0,21, | 0,31, | 0,11 |
• · k · · ·
| 92, | 342, | 0,41, | 0,21, | 0,26, | 0,16 |
| 93, | 343, | 0,36, | 0,21, | 0,26, | 0,21 |
| 94, | 344, | 0,36, | 0,21, | 0,26, | 0,26 |
| 95, | 345, | 0,31, | 0,21, | 0,26, | 0,26 |
| 96, | 346, | 0,31, | 0,16, | 0,21, | 0,31 |
| 97, | 351, | 0,41, | 0,21, | 0,31, | 0,11 |
| 98, | 352, | 0,36, | 0,21, | 0,31, | 0,16 |
| 99, | 353, | 0,36, | 0,21, | 0,31, | 0,21 |
| 100, | 354, | 0,31, | 0,21, | 0,26, | 0,26 |
| 101, | 355, | 0,31, | 0,16, | 0,26, | 0,26 |
| 102, | 356, | 0,31, | 0,16, | 0,26, | 0/31 |
| 103, | 361, | 0,36, | 0,21, | 0,36, | 0,11 |
| 104, | 362, | 0,36, | 0,21, | 0,36, | 0,16 |
| 105, | 363, | 0,31, | 0,21, | 0,31, | 0,21 |
| 106, | 364, | 0,31, | 0,16, | 0,31, | 0,21 |
| 107, | 365, | 0,31, | 0,16, | 0,31, | 0,26 |
| 108, | 366, | 0,31, | 0,16, | 0,31, | 0,31 |
| 109, | 411, | 0,46, | 0,31, | 0,11, | 0,11 |
| 110, | 412, | 0,46, | 0,31, | 0,11, | 0,16 |
| 111, | 413, | 0,41, | 0,31, | 0,11, | 0,21 |
| 112, | 414, | 0,41, | 0,26, | 0,11, | 0,26 |
| 113, | 415, | 0,36, | 0,26, | 0,11, | 0,31 |
| 114, | 416, | 0,36, | 0,26, | 0.11, | 0,36 |
| 115, | 421, | 0,46, | 0,31, | 0,16, | 0,11 |
| 116, | 422, | 0,41, | 0,31, | 0,16, | 0,16 |
| 117, | 423, | 0,41, | 0,26, | 0,16, | 0,21 |
| 118, | 424, | 0,36, | 0,26, | 0,16, | 0,26 |
| 119, | 425, | 0,36, | 0,26, | 0,16, | 0,31 |
| 120, | 426, | 0,31, | 0,26, | 0,16, | 0,31 |
| 121, | 431, | 0,41, | 0,31, | 0,21, | 0,11 |
| 122, | 432, | 0,41, | 0,26, | 0,21, | 0,16 |
| 123, | 433, | 0,36, | 0,26, | 0,21, | 0,21 |
• ·
| 124, | 434, | 0,36, | 0,26, | 0,21, | 0,26 | |
| 125, | 435, | 0,31, | 0,26, | 0,21, | 0,26 | |
| 126, | 436, | 0,31, | 0,21, | 0,16, | 0,31 | |
| 127, | 441, | 0,41, | 0,26, | 0,26, | 0,11 | |
| 5 | 128, | 442, | 0,36, | 0,26, | 0,26, | 0,16 |
| 129, | 443, | 0,36, | 0,26, | 0,26, | 0,21 | |
| 130, | 444, | 0,31, | 0,26, | 0,26, | 0,26 | |
| 131, | 445, | 0,31, | 0,21, | 0,21, | 0,26 | |
| 132, | 446, | 0,31, | 0,21, | 0,21, | 0,31 | |
| 10 | 133, | 451, | 0,36, | 0,26, | 0,31, | 0,11 |
| 134, | 452, | 0,36, | 0,26, | 0,31, | 0', 16 | |
| 135, | 453, | 0,31, | 0,26, | 0,26, | 0,21 | |
| 136, | 454, | 0,31, | 0,21, | 0,26, | 0,21 | |
| 137, | 455, | 0,31, | 0,21, | 0,26, | 0,26 | |
| 15 | 138, | 456, | 0,31, | 0,21, | 0,26, | 0,31 |
| 139, | 461, | 0,36, | 0,26, | 0,36, | 0,11 | |
| 140, | 462, | 0,31, | 0,26, | 0,31, | 0,16 | |
| 141, | 463, | 0,31, | 0,21, | 0,31, | 0,16 | |
| 142, | 464, | 0,31, | 0,21, | 0,31, | 0,21 | |
| 20 | 143, | 465, | 0,31, | 0,21, | 0,31, | 0,26 |
| 144, | 466, | 0,26, | 0,21, | 0,26, | 0,26 | |
| V i | následující | tabulce | je i | uvedeno | přiřazení |
z očíslovaných kódujících bloků uvedených výše každého číslem spektrogramu uvedeným ve druhém sloupci, které označuje identifikační číslo v záhlaví obrázků.
• · · ·
-38 20
• · · ·
Kódující blok Identifikační číslo spektra
| 1 | ASA008683 |
| 2 | ASA 008684 |
| 3 | ASA 008685 |
| 4 | ASA 008686 |
| 5 | ASA 008687 |
| 6 | ASA 008688 |
| 7 | ASA 008689 |
| 8 | ASA 008690 |
| 9 | ASA 008691 |
| 10 | ASA 008692 |
| 11 | ASA 008693 |
| 12 | ASA 008694 |
| 13 | ASA 008695 |
| 14 | ASA 008696 |
| 15 | ASA 008697 |
| 16 | ASA 008698 |
| 17 | ASA 008699 |
| 18 | ASA 008700 |
| 19 | ASA 008701 |
| 20 | ASA 008702 |
| 21 | ASA 008703 |
| 22 | ASA 008704 |
| 23 | ASA 008705 |
| 24 | ASA 008706 |
| 25 | ASA 008707 |
| 26 | ASA 008708 |
| 27 | ASA 008709 |
| 28 | ASA 008710 |
| 29 | ASA 008711 |
| 30 | ASA 008712 |
| 31 | ASA 008713 |
| 32 | ASA 008714 |
| 33 | ASA 008715 |
| 34 | ASA 008716 |
| 35 | ASA 008717 |
| 36 | ASA 008718 |
| 37 | ASA 008719 |
| 38 | ASA 008720 |
| 39 | ASA 008721 |
| 40 | ASA 008722 |
| 41 | ASA 008723 |
| 42 | ASA 008724 |
| 43 | ASA 008725 |
| 44 | ASA 008726 |
| 45 | ASA 008727 |
| 46 | ASA 008728 |
| 47 | ASA 008729 |
| 48 | ASA 008730 |
| 49 | ASA 008731 |
| 50 | ASA 008732 |
| 51 | ASA 008733 |
| 52 | ASA 008734 |
| 53 | ASA 008735 |
| 54 | ASA 008736 |
| 55 | ASA 008737 |
| 56 | ASA 008738 |
| 57 | ASA 008739 |
| 58 | ASA 008740 |
| 59 | ASA 008741 |
| 60 | ASA 008742 |
| 61 | ASA 008743 |
| 62 | ASA 008744 |
| 63 | ASA 008745 |
| 64 | ASA 008746 |
| 65 | ASA 008747 |
| 66 | ASA 008748 |
| 67 | ASA 008749 |
• ·
| 68 | ASA 008750 |
| 69 | AS A 008751 |
| 70 | ASA 008752 |
| 71 | ASA 008753 |
| 72 | ASA 008754 |
| 73 | ASA 008755 |
| 74 | ASA 008756 |
| 75 | ASA 008757 |
| 76 | ASA 008758 |
| 77 | ASA 008759 |
| 78 | ASA 008760 |
| 79 | ASA 008761 |
| 80 | ASA 008762 |
| 81 | ASA 008763 |
| 82 | ASA 008764 |
| 83 | ASA 008765 |
| 84 | ASA 008766 |
| 85 | ASA 008767 |
| 86 | ASA 008768 |
| 87 | ASA 008769 |
| 88 | ASA 008770 |
| 89 | ASA 008771 |
| 90 | ASA 008772 |
| 91 | ASA 008773 |
| 92 | ASA 008774 |
| 93 | ASA 008775 |
| 94 | ASA 008776 |
| 95 | ASA 008777 |
| 96 | ASA 008778 |
| 97 | ASA 008779 |
| 98 | ASA 008780 |
| 99 | ASA 008781 |
| 100 | ASA 008782 |
| 101 | ASA 008783 |
| 102 | ASA 008784 |
| 103 | ASA 008785 |
• ·
-41 • · · · · · ·
| 104 | ASA 008786 |
| 105 | ASA 008787 |
| 106 | ASA 008788 |
| 107 | ASA 008789 |
| 108 | ASA 008790 |
| 109 | ASA 008791 |
| 110 | ASA 008792 |
| 111 | ASA 008793 |
| 112 | ASA 008794 |
| 113 | ASA 008795 |
| 114 | ASA 008796 |
| 115 | ASA 008797 |
| 116 | ASA 008798 |
| 117 | ASA 008799 |
| 118 | ASA 008800 |
| 119 | ASA 008801 |
| 120 | ASA 008802 |
| 121 | ASA 008803 |
| 122 | ASA 008804 |
| 123 | ASA 008805 |
| 124 | ASA 008806 |
| 125 | ASA 008807 |
| 126 | ASA 008808 |
| 127 | ASA 008809 |
| 128 | ASA 008810 |
| 129 | ASA 008811 |
| 130 | ASA 008812 |
| 131 | ASA 008813 |
| 132 | ASA 008814 |
| 133 | ASA 008815 |
| 134 | ASA 008816 |
| 135 | ASA 008817 |
| 136 | ASA 008818 |
| 137 | ASA 008819 |
| 138 | ASA 008820 |
| 139 | ASA 008821 |
• ·
-42ASA 008822 ASA 008823 ASA 008824 ASA 008825 ASA 008826
140
141
142
143
144
I když je možno v principu jakýkoliv počet kódů, nejužitečnější je dosáhnout minimalizace velikosti kódující jednotky, což zároveň minimalizuje vložené chemické náklady.
Ve svém celku je zařazen obsah následujících referenci: Atherton, E. a Sheppard, R. C. (1989) Solid Phase Peptide Synthesis: ío A Practical Approach. IRL Press, Oxford. Bodanszky, A. a Bodanszky,
M. (1984) The Practice of Peptide Synthesis. Springer-Verlag, Berlin.
Příklad 2
Tři komerčně dostupné izotopicky značené kyseliny bromoctové 15 poskytnou tři kódující skupiny:
θ o o
Následující schéma syntézy ilustruje jednu variantu poměrového přístupu. Připraví se 21 zásobních roztoků kyseliny bromoctové, které mají poměry C12 k C13 zvyšující se v 5 % přírůstcích od 0 % do 100 %, v tomto případě s izotopickým značením pouze na uhlíku 1.
DIC, DMF 20 zás.množ.
1Ζ13ς gr N/ FPNH2, DMSO | 20 zás.množ.
H
R2NH2, DMSO zás.množ.
DIC, DMF 1 zás.množ.
O R' O
Br
R3NH2, DMSO zás.množ.
Jediné zakončovací činidlo 20 zás.množ.
Štěpení 20 zás.množ.
• ·
Skupina R1 je kódována poměrem C12 k C13, R3 je kódována číslem zásobního množství, ze kterého byla R3 odebrána a skupina R2 je kódována odečtením hmotností známých skupin R1 a R3 od celkové hmotnosti konstruktu.
• ·
-45 Příklad 3: Příklad izotopického kódování s použitím poměru izotopů
N14,15 ve formě činidla N14,15H40Ac
(a) Kódovaná pryskyřice, 1-hydroxy-7-azabenztriazol, diizopropylkarbodiimid, DMF; (b) trans-(±)-3-fenyl-2-(fenylsulfonyl)oxaziridin, CHCI3; (c) aldehyd, (X % : Y %) 14NH40Ac: 15NH4OAc, AcOH/CHCI3 (50 : 50); (d) (i) Pd(PPh3)4, CHCI3/4-methylmorfolin/AcOH (90 : 5 : 5), (ii) diethyldithiokarbamát sodný/diizopropylethylamin/DMF (99 : 0,5 : 0,5); (e) amin, PyBOP, diizopropylethylamin, DMF; (f) TFA/H2O (95 : 5).
• · ·
Příklad 4: Příklad izotopového kódování s použitím poměru izotopů 1,2H ve formě činidla NaCNBD4
Tento příklad zahrnuje odkazem práci Lebl, M. a další, Drug Devefopment and Research 1994, 33, 146 - 156 ®NH
I
H
O H
'FMOC
DIC, HOBT, DMF 20 zás.množ.
O H
% piperidin/DMF 'FMOC--1 zás.množ.
® n R2CHO
N Ή H R1 20 zás.množ.
NaCNB1H3 :NaCNB2H3 (X%:Y%) poměrů, 20 zás.množ.
Štěpení 20 zás.množ.
Hmotnost prvního činidla kóduje R1 poměr 1,2H kóduje R2
Číslo zásobního množství kóduje R3 • ·
-47 Příklad 5: Kódování s použitím čtyř možných diastereomerů vazby 1 kódu 2 a vazby 2 • · · · · · · • · · · · · · · ·· · ···· ··*· «
• · • ·
-48 Příklad 6: Příklad izotopového kódování s použitím poměru izotopů
H1,2 ve formě činidla NaCNBD4
HO'
H
R1
H KFMOC
DIC, HOBT, DMF 20 zás.množ.
% piperidin/DMF zás.množ.
r2cho zás.množ.
NaCNB1H3 : NaCNB2H3 (X%:Y%) poměrů, 20 zás.množ.
R3CHO
NaCNBH3 20 zás.množ.
Štěpení zás.množ.
o2RV!2H
«./γΜ
H R1
Hmotnost prvního činidla kóduje R1 poměr 1,2H kóduje R2
Číslo zásobního množství kóduje R3
• · • ·
-49 Schéma pro příklady 7 až 13
NaOH / NaBH4 MeOH / 40*C
OH O'
DIC / DMF
- V 500 ml tříhrdlé kulové baňce opatřené míchací tyčinkou a zpětným chladičem a 60 ml přidávací nálevkou (pod dusíkem) bylo umístěno 50,5 g kyseliny 4-hydroxybenzoové a 95 ml 1,315 dimethoxybenzenu. Bylo přidáno 123,3 g chloridu zinečnatého a směs byla v olejové lázni zahřáta na 60 °C. Bylo přidáno 126 ml oxidochloridu fosforečného po kapkách v průběhu 30 min. Po dokončení přidávání probíhala reakce 90 min při 60 °C.
Tmavěčervená směs byla nalita za silného míchání na 1,5 I ledu a ke
2o směsi bylo přidáno 276 g uhličitanu sodného po malých dávkách (byl pozorován výrazný vývoj plynu). Bylo přidáno 400 ml ethylacetátu a vodná fáze byla extrahována dalšími 500 ml ethylacetátu. Organické fáze byly spojeny, dvakrát promyty roztokem soli, sušeny nad síranem hořečnatým, filtrovány a koncentrovány ve vakuu při 40 °C a dále sušeny ve vakuu za poskytnutí 142,2 g červenorúžové pevné látky. Pevná látka byla rozetřena se 400 ml horkého hexanu, zfiltrována a usušena za poskytnutí 63,3 g růžové pevné látky. Rekrystalizace ze 75 ml horkého methanolu poskytla první podíl výtěžku čistého 2,4• · · · • · · ' • ♦ · · • · · · 4 dimethoxy-4-hydroxybenzofenonu (1) jako světlerůžové pevné látky (21,9 %).
Příklad 8
O
- Do 500 ml baňky bylo přidáno 20,043 g 2,4-dimethoxy-4hydroxybenzofenonu, 150 ml vody, 0,75 g jodidu draselného a 82,5 g chloroctanu sodného. Směs byla potom zahřáta na 85 °C v olejové lázni. K této směsi byl přidán 50 % NaOH (hmotnost/objem) v malých podílech pro udržení pH na hodnotě 11 - 14. Po reakci byla provedena TLC (methanol/methylenchlorid 2/5) až do ukončení reakce (3 hodiny). Reakční roztok byl převeden do 500 ml Erlenmeyerovy baňky v horkém stavu a ochlazen na pokojovou teplotu. Bylo přidáno 150 ml ethylacetátu a roztok byl okyselen koncentrovanou kyselinou chlorovodíkovou na pH 2. Roztok byl míchán přes noc. Bylo odfiltrováno velké množství bílé sraženiny, která byla promyta 3 x 50 ml vody. Bělavá pevná látka byla sušena ve vakuu za získání prvního podílu s výtěžkem 16,17 g čisté látky 2 (66 %).
• ·
-54 Příklad 9
NaOH / NaBH4 MeOH / 40*C
- Do 100 ml baňky bylo vloženo 1,00 g látky 2, 32 ml methanolu a 3,2 ml 1N NaOH. Tento čirý roztok byl ohřát v olejové lázni na 50 °C. K roztoku bylo přidáno po malých množstvích 0,18 g borohydridu sodného. Reakce byla ponechána probíhat 2,5 hod. Reakční směs byla potom ochlazena na pokojovou teplotu a roztok byl zakoncentrován na malý objem. Směs byla okyselena 2N kyselinou chlorovodíkovou a roztok byl dále koncentrován pro odstranění methanolu. Roztok byl extrahován ethylacetátem. Organické fáze byly promyty roztokem soli, sušeny nad síranem sodným, zfiltrovány, zakoncentrovány a sušeny ve vakuu za poskytnutí 0,98 g světležluté pěny 3 (97,5 %). Produkt byl použit ihned v dalším kroku.
Do 200 ml baňky bylo vloženo 10,0 g Fmoc-CI, který byl rozpuštěn ve 100 ml 80 % dimethoxyethanu. K této směsi bylo přidáno přibližně 35 ml 10 % roztoku 15N-amoniaku ve vodě. Začala se • ·
- 55 • · · · · ··· • · · · · · · · · * · <
vytvářet bílá sraženina. pH směsi bylo nastaveno na 7 - 9. Reakce byla ponechána probíhat 30 min. Reakční směs byla okyselena 12N HCI a bílá pevná látka byla odfiltrována a sušena na vzduchu. Dalším sušením ve vakuu byl získán první podíl 8,072 g čistého Fmoc-15NH2 jako bílé krystalické pevné látky.
Příklad 11
O
- Do 100 ml baňky použité pro sušení látky 3 bylo přidáno 20 ml dioxanu, 0,5 g Fmoc-15NH2 a 0,25 g kyseliny benzensulfonové. Reakční směs byla zahřívána 18 hod na 40 °C. Bylo pozorováno vytvoření velkého množství světlešedé sraženiny. Směs byla přidána do vody a světle hnědá pevná látka byla zfiltrována a čištěna bleskovou chromatografií na koloně (100 % ethylacetát, potom 98 % ethylacetát/kyselina octová) za poskytnutí 0,37 g čisté látky 4 jako světlehnědého oleje.
-56 Příklad 12
- Do 10 ml třepané zkumavky bylo vloženo 0,50 g aminomethylovaného polystyrenu (0,21 mmol/g). K pryskyřici byl přidán roztok 0,1845 g 4 1SN-Knorrovy připojovací skupiny a 0,184 g komerční 14N-Knorrovy propojovací skupiny v 5 ml DMF a 0,164 ml diizopropylkarbodiimidu. Vazba probíhala na třepačce 5 hodin. Vazebný roztok byl odfiltrován a pryskyřice byla promyta DMF a CH2CI2 a sušena ve vakuu (negativní na ninhydrin) za poskytnutí látky 5.
• ·
Příklad 13 • · · ·
o
• · · · · ·
6a a 6b - Do dvou 5 ml třepaných zkumavek obsahujících přibližně 10 mg pryskyřice 5 bylo přidáno 2 x 4 ml 20 % piperidin/DMF. Obě zkumavky byly promyty DMF (ninhydrin pozitivní). io Do první třepačky bylo přidáno 0,0246 g kyseliny 4brommethylbenzoové, 0,05 ml DIC v 1,0 ml DMF. Do druhé zkumavky bylo přidáno 0,0168 g ylidové kyseliny, 0,05 ml DIC v 1,0 ml DMF. Obě reakce probíhaly na třepačce přes noc. Pryskyřice byly promyty DMF, methylenchloridem a sušeny ve vakuu (ninhydrin negativní). is K suchým pryskyřicím bylo přidáno 1,0 ml 95 % TFA/voda a štěpení probíhalo 1 hodinu. Roztoky byly zfiitrovány a zakoncentrovány za poskytnutí látek 6a a 6b. ESI-MS ukázalo přibližně 46 % poměru 1SN.
• ·
-59 Příklad 14: Příprava hmotnostně značených fotolyticky odštěpitelnych připojovacích skupin
no2 15NH4OAc i HOAc Kyselina malonová
Δ
OH
1Sk =NH2 O
NO, no2 15NH4OAc / HOAc Kyselina malonová
Δ
OH
- 60 • · · · '· ·
Příklad 15: Poměrové kódování
- Roztok 1,511 g 2-nitrobenzaldehydu (10,0 mmol), 1,563 g kyseliny malonové (15,0 mmol), 2,00 g 1SN (98 %) octanu amonného (25,6 mmol) v 5,0 ml kyseliny octové (99,999 %) byl zahříván na 100 °C v olejové lázni. Jak je uvedeno v experimentu podle Oelschlágera, v průběhu zahřívání došlo k dočasnému vytvoření téměř bezbarvé sraženiny (amonná sůl benzylidenové sloučeniny). Po 5 hod zahřívání bylo přidáno 8,0 ml 25 % HCI a zahřívání pokračovalo dalších 5 hodin. K této směsi bylo přidáno 12,0 ml vody a reakční směs byla ochlazena na pokojovou teplotu. Světlehnědá sraženina byla odfiltrována a filtrát byl odpařen téměř dosucha. Roztok byl potom krátce povařen s aktivním uhlím a zfiltrován. Filtrát byl zalkalizován přídavkem koncentrovaného hydroxidu amonného. Látka 1 se vysrážela jako nažloutlá pevná látka. Ta byla promyta dvakrát vodou, jednou 50 % methanolem ve vodě, jednou směsí methanolether 1:1 a třikrát etherem. Pevná látka byla potom sušena ve vakuu za získání 0,8 g čistého produktu 1 (38 %).
-61 0,470 g (2,22 mmol) látky 1 bylo suspendováno v 5,0 ml vody a potom rozpuštěno přídavkem 0,299 ml (2,13 mmol) triethylaminu. K roztoku bylo přidáno 0,757 g Fmoc-OSU (2,25 mmol) v 5,0 ml acetonitrilu. Reakce potom probíhala 30 min při pH přibližně 10. Kaše byla odpařena a zředěna 5,0 ml vody a 10,0 ml ethylacetátu. pH bylo nastaveno 12N HCI na 2. Vysrážela se bílá pevná látka, která byla zfiltrována a extrahována ethylacetátem. Organické podíly byly promyty 2N HCI, vodou a roztokem soli, sušeny nad síranem hořečnatým, zfiltrovány a odpařeny za poskytnutí bílé pevné látky, ío která po rozetření s ethylacetátem a hexanem poskytla 0,36 g čisté látky 2 (0,37 %).
Uspořádání jamek:
2o Následujícím způsobem (z 10,5 ml zásobních roztoků DMF pro každý fotolinker) byly vytvořeny roztoky procenta/poměr 14N/15N fotolinkeru (fotochemicky odštěpitelné připojovací skupiny).
% = 20 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 0 x 0,050 ml z 10,5 ml 1SN - fotolinkeru
2S 5 % = 19 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 1 x 0,050 ml z 10,5 ml 1SN - fotolinkeru % = 18 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 2 x 0,050 ml z 10,5 ml 15N - fotolinkeru • ·
-62 15 % = 17 χ 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 3 x 0,050 ml z 10,5 ml 1SN - fotolinkeru % = 16 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 4 x 0,050 ml z 10,5 ml 15N - fotolinkeru % = 15 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 5 x 0,050 ml z 10,5 ml 15N - fotolinkeru % = 14 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 6 x 0,050 ml z 10,5 mi 15N - fotolinkeru % = 13 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 7 x 0,050 ml z 10,5 ml 15N - fotolinkeru % = 12 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 8 x 0,050 ml z 10,5 ml 15N - fotolinkeru % = 11 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 9 x 0,050 mi z 10,5 mi 1SN - fotolinkeru % = 10 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 10 x 0,050 ml z 10,5 ml 1SN - fotolinkeru % = 9 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 11 x 0,050 ml z 10,5 ml 15N - fotolinkeru % = 8 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 12 x 0,050 ml z 10,5 ml 15N - fotolinkeru % = 7 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 13 x 0,050 ml z 10,5 ml 1SN - fotolinkeru % = 6 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 14 x 0,050 ml z 10,5 ml 1SN - fotolinkeru % = 5 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 15 x 0,050 ml z 10,5 ml 15N - fotolinkeru % = 4 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 16 x 0,050 ml z 10,5 ml 1SN - fotolinkeru • ·
- 63 85 % = 3 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 17 x 0,050 ml z 10,5 ml 15N - fotolinkeru % = 2 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 18 x 0,050 ml z 10,5 ml 1SN - fotolinkeru % = 1 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 19 x 0,050 ml z 10,5 ml 1SN - fotolinkeru
100 % = 0 x 0,050 ml z 10,5 ml 14N fotolinkeru a 20 x 0,050 ml z 10,5 ml 15N - fotolinkeru
Vycházeje z 6,3 g aminomethylpolystyrenu (0,21 mmol/g) rozdělených do 21 stejných množství po 0,300 g byly vytvořeny roztoky o objemu 1,0 ml s různými poměry 15N-2 a 14N-2 s přírůstky 5 % (0 %, 5 %, 10 % až 100 %, 15N-2 fotolinkeru) viz CDW obr. 1). Tyto roztoky byly vytvořeny rozpuštěním 0,4988 g 14N-2 fotolinkeru a 0,500 g 15N-2 fotolinkeru a použitím 0,050 ml alikvotů každého • · • · · · * ·· ·· • · · * · · · · · · · • · ··>· · » · · * · · v · n W ♦ · · · · • · · · · · * ···· ··· · * ·· · · ··
-64roztoku (20:0, 19:1, 18:2, až 0:20). Ke směsi bylo potom přidáno 0,169 ml diizopropylkarbodiimidu. Vzorky byly potom smíseny a vazebná reakce probíhala přes noc (přibližně 16 hod). Pryskyřice byly osmkrát promyty 1,5 ml DMF a potom stejným množstvím methanolu.
Přibližně 0,1 g každé šarže bylo spojeno se sedmi šaržemi složenými z následujících poměrů v šarži (viz CDW obr. 2). Těchto sedm šarží pryskyřice bylo použito při studii knihovny terciárních aminů.
Rozložení jamek:
1. 20% Piperidin/DMF
2. 15N-Fmoc-Ala-OH DIC/DMF
Přibližně 0,1 g každého poměru šarže pryskyřice reagovalo s 0,50 ml roztoku 15N-Fmoc-alanin-OH v DMF (10,5 ml, 0,55 g) a potom bylo přidáno 0,169 ml DIC. Vazebná reakce probíhala přes noc. Pryskyřice byly promyty velkým množstvím methanolu a sušeny ve vakuu (ninhydrin negativní).
• ·
-65 Malé množství každé šarže pryskyřice, přibližně 0,01 g, bylo fotochemicky štěpeno 4 hodiny v 0,200 ml roztoku voda/THF 3:1. Potom byla provedena MS.
Příklad 16: Výroba kódů založených na hmotnosti rozlišitelných NMR
Pryskyřice Novabiochem TGR s navázaným 13C2-Fmoc-gly-OH. Jak karbonylový uhlík tak i methylenový uhlík glycinu byly zřejmé z 13C NMR pryskyřice v CDCI3. Navíc tyto uhlíky mohly být integrovány proti standardnímu signálu PEG, který by zůstal konstantní a poměry 13C připojovací skupina/ligand by bylo možno měnit a následně stanovit (rozlišení ligandu) pomocí této nedestruktivní metody.
Pryskyřice Novabiochem TG s navázaným 13C2-Fmoc-gly-OH
• ··«· · · · · ·
Pryskyřice Novabiochem TG s navázaným 13C, 15N-fotolinkerem. Tento linker (propojovací skupina) by měi mít pevný poměr 13C k 13C značky a odštěpitelnou značku 15N.
• ·
-67 Příklad 17: Přístup využívající kódování poměrem NMR
Kvantifikační studie poměru 13C značené kyseliny octové k neznačené kyselině octové navázané na pryskyřici Tenta-Gel-NH2 pomocí 13C NMR. Karbonyl 13C kyseliny octové může být integrován 5 proti přírodně se vyskytujícímu 13C v části PEG pryskyřice TG-NH2.
Pozoruje se rozdíl mezi přírůstky 5 %.
% 13C kyselina octová
I
Poměr karbonylu kyseliny octové značeného f3C k přírodnímu nadbytečnému ’2C (1,1 % 13C) karbonylu kyseliny octové. 5 % 13C kyseliny octové navázáno na pryskyřici TG Amine.
H
H
H
H
H n a
100 % 13C kyselina octová • ·
-68 • · · · · · • · · · y · · « • ·· · · *·· • · ·· · · ···· · • · · · · · ·· · · · · ··
Příklad 18: Příprava kódových bloků značených izotopicky a chráněných FMOC
Izotopicky značený glycin z Cambridge Isotope Laboratories
N-Fmoc-L-glycin g každého izotopicky značeného glycinu (13,3 mmol) byl rozpuštěn v 15 ml čištěné vody a 1,4 g uhličitanu sodného (viz obr. GP1). Do každého podílu bylo pomalu přidáno 15 ml 1,4-dioxanu a zamícháno. Ke každému podílu bylo přidáváno v průběhu dvou hodin 4,5 g Fmoc-OSu (9-fluorenylmethyl-N-hydroxysukcinimid)
- 69 • · ·· ·· (schéma viz obr. GP3). Byl přidán další nasycený roztok uhličitanu sodného ve vodě pro udržení pH 10. Roztoky byly ponechány míchat přes noc. K roztoku byla pomalu přidána 6M HCI až do dosažení pH přibližně 2. Extrakce sloučeniny byla ukončena použitím 50 ml ethylacetátu a čtyřnásobným promytím 50 ml okyselené vyčištěné vody. Vodné podíly byly promyty 50 ml ethylacetátu. Obě části obsahující ethylacetát byly spojeny. Pro odstranění nadbytečné vody byl přidán síran hořečnatý, vzorky byly zfiltrovány a koncentrovány s použitím odparky Roto Vap až do dosažení konečného objemu o velikosti přibližně jedné třetiny původního objemu. Krystalizace byla ukončena použitím hexanu. Hexan byl slit a sloučenina ponechána usušit.
N-Fmoc-L-alanin g každého izotopicky značeného alaninu (11,2 mmol) byl rozpuštěn v 15 ml čištěné vody a 1,2 g uhličitanu sodného (viz obr. GP2). Do každého roztoku bylo pomalu přidáno 15 ml 1,4-dioxanu a zamícháno. Po dobu dvou a půl hod bylo do každého roztoku přidáváno 3,8 g Fmoc-OSu (9-fluorenylmethyl-N-hydroxysukcinimidu) (schéma viz obr. GP3). Pro udržení pH = 10 byl přidán další nasycený roztok uhličitanu sodného ve vodě. Roztoky byly ponechány míchat přes noc. K roztoku byla pomalu přidána 6M HCI až do dosažení pH přibližně 2. Extrakce sloučeniny byla ukončena pomocí dvakrát 150 ml ethylacetátu, čtyřnásobným promytím 300 ml okyselené vyčištěné vody. Pro odstranění nadbytku vody byl přidán síran hořečnatý. Vzorky byly zfiltrovány a koncentrovány pomocí odparky Roto Vap až do dosažení objemu, který byl přibližně jedna třetina původního objemu. Krystalizace byla dokončena použitím hexanu. Hexan byl odlit a sloučenina byla ponechána usušit.
Odkazem je zařazen obsah následujících pramenů: Atherton, E. a Sheppard, R. C. (1989) Solid Phase Peptide Synthesis: A Practical ·· ·· ·· • · · · · · · · • · · · · « ·· « « · · · · · · · · · • · · · « · ·· ·» ·· ··
Approach. IRL Press, Oxford. Bodanszky, A. a Bodanszky, M. (1984) The Practice of Peptide Synthesis. Springer-Verlag, Berlín.
Příklad 18: Syntéza izotopicky značených peptidů pro hmotnostní spektrální analýzu a ukázka jejich použití ve čtyřech přístupech kódování
Alanin, serin a lyzin chráněné Fmoc byly získány od firmy Bachem Bioscience. Fmoc-glycin byl získán od firmy Novabiochem. Izotopicky značené aminokyseliny byly získány z Cambridge Isotope Laboratories a byly chráněny Fmoc na místě (GP). Linker Fmoc-Knorr byl získán od firmy Novabiochem. Kyselina Fmoc-3-(2-nitrofenyl)-3aminopropionová (fotolabilní připojovací činidlo) byla získána od firmy Universal Organics. Aminomethylová polystyrénová pryskyřice (0,81 mmol/g) byla získána od firmy Advanced ChemTech.
Připojovací skupiny byly navázány na pevný nosič manuálně v reakčních třepačkách (CM). Pryskyřice byla rozdělena do 85 reakčních nádobek na přístroji Advanced ChemTech ACT496 MBS. Ochranné skupiny byly odstraňovány roztokem 25 % piperidin/dimethylformamid dvakrát 10 min a potom byla pryskyřice důkladně promyta dimethylformamidem. První aminokyseliny byly navázány jako 0,142M roztoky v N-methyl-pyrrolidonu, s aktivací PyBOP/diizopropylethylamin in šitu 1,5 hod při pokojové teplotě. Odstranění Boc bylo provedeno roztokem 25 % kyseliny trifluoroctové v dichlormethanu po dobu 30 minut. Acetylace byla prováděna roztokem 33 % acetanhydridu v dimethylformamidu po dobu 30 minut. Všechny vazebné reakce byly ověřeny barevnými testy s ninhydrinem. Odštěpení od Knorrova linkeru bylo provedeno ve směsi 90 % kyselina trifluoroctové, 3 % vždy voda, fenol a thioanisol po dobu 1,5 hod. Vzorky byly sušeny v proudu dusíku, potom rozpuštěny ve vodě a dvakrát lyofilizovány. Fotochemické odštěpení bylo provedeno v roztoku • · · · • · · · voda:tetrahydrofuran 2:1 pod UV lampou 12 hodin. Vzorky byly potom jednou lyofilizovány.
Kódování polohou jednoduchého vrcholu
Tato řada vzorků byla navržena pro vytvoření dvaceti vzorků se singletovými specifickými molekulovými hmotnostmi pro pozitivní identifikaci hmotnostní spektroskopií. Vzorky byly uspořádány v duplikátech, jedna sada dvaceti vzorků na chemicky odštěpitelném pevném nosiči a druhá řada dvaceti vzorků na fotolyticky odštěpitelném nosiči. Použitím kombinace jedno nebo dvou aminokyselin byla vytvořena „kódující oblast“ před přídavkem syntetického ligandu (v tomto případě acetyllyzin). Dvacet kódů bylo vytvořeno z následujících aminokyselin:
Glycin
Glycin (15N)
Glycin (2,2-D2)
Alanin
Alanin (15N)
Alanin (1-13C)
Serin
Po uspořádání kódující oblasti byl lyzin navázán jako testovací ligand pro vytvoření volného aminového postranního řetězce pro usnadnění pozorování hmotnostní spektroskopií, a-aminoskupina lyzinu byla potom acetylována.
Kódy a ligand byly uspořádány na polystyrénové pryskyřici funkcionalizované buď Fmoc-Knorr nebo kyselinou Fmoc-3-(2nitrofenyl)-3-aminopropionovou.
Sestava pro kódování pomocí polohy jediného vrcholu je ukázána níže:
Obr. 1 • · • · ·
- 72 • a · · « · · « 0 « · · • · · · · • * · * · · ·
Kódování polohou dvojitého vrcholu
Tato sestava byla navržena pro vytvoření dvaceti vzorků s dubletovými vrcholy na hmotnostní spektroskopii; jeden vrchol pochází z ligandu připojeného na specifický kód a druhý vrchol pochází ze současně vytvořeného referenčního vrcholu (ligand plus pevný zbytek). Jak je popsáno v systému kódování uvedeném výše, použitím kombinace jedné a dvou aminokyselin byla před přídavkem syntetického ligandu (v tomto případě acetyllyzin) vytvořena „kódovací oblast“. Dvacet kódů bylo rovněž vytvořeno z následujících io aminokyselin:
Glycin
Glycin (15N)
Glycin (2.2-D2)
Alanin
Alanin (15N)
Alanin (1-13C)
Serin
Kódy a ligand byly sestaveny na polystyrénové pryskyřici funkcionalizované Fmoc-Knorr nebo kyselinou Fmoc-3-(2-nitrofenyl)20 3-aminopropionovou.
Sestava kódů tvořených polohou dvojitého vrcholu je uvedena níže:
4« ··
-73 4 4 4 • 44·· ·
4 4 • 4 »»
Obr. 2
| Poloha 1 1 | Poloha 2 2 | |
| 1 | Ac- Lys- | X |
| 2 | Ac- Lys- | X |
| 3 | Ac- Lys- | X |
| 4 | Ac- Lys- | X |
| 5 | Ac- Lys- | X |
| 6 | Ac- Lys- | X |
| 7 | Ac- Lys- | X |
| 8 | Ac- Lys- | X |
| 9 | Ac- Lys- | -GlyO- |
| 1 | Ac- | -GlyO- |
| 0 | Lys- | |
| 1 | Ac- | -Glyl- |
| 1 | Lys- | |
| 1 | Ac- | -Gly2- |
| 2 | Lys- | |
| 1 | Ac- | -Gly2- |
| 3 | Lys- | |
| 1 | Ac- | -AlaO- |
| 4 | Lys- | |
| 1 | Ac- | -Alal- |
| 5 | Lys- | |
| 1 | Ac- | -AlaO- |
| 6 | Lys- | |
| 1 | Ac- | -Alal- |
| 7 | Lys- | |
| 1 | Ac- | -Ala4- |
| 8 | Lys- | |
| 1 | Ac- | -Ser- |
| 9 | Lys- | |
| 2 | Ac- | -Ser- |
| 0 | Lys- |
Molekulová
Poloha 3 hmotnost 3
| X | 187 |
| -GlyO- | 244 |
| -Glyl- | 245 |
| -Gly2- | 246 |
| -AlaO- | 258 |
| -Alal- | 259 |
| -Ala4- | 262 |
| -Ser- | 274 |
| -GlyO- | 301 |
| -Glyl- | 302 |
| -Glyl- | 303 |
| -Glyl- | 304 |
| -Gly2- | 305 |
| -GlyO- | 315 |
| -GlyO- | 316 |
| -Gly2- | 317 |
| -Gly2- | 318 |
| -Gly2- | 321 |
| -GlyO- | 331 |
| -Glyl- | 332 |
• ·
I
V každém ze vzorků vytvořených v tomto experimentu se bude zdát molekulová hmotnost peptidů ukázaných výše přiložena k referenčnímu vrcholu vytvořeným z Ac-Lys-Gly-NH2. Tento příklad slouží pro ukázání schopnosti identifikace jak prvního zásobního množství, tak i molekulového iontu vytvořeného neznámým ligandem.
Pro vytvoření vzorků, které poskytují kódovaný dvojitý vrchol bylo použito ortogonální schéma ochrany. První aminokyselina chráněná Fmoc kódovací oblasti byla současně vázána s ekvimolárním množstvím Boc-glycinu. Kódovací oblast byla uspořádána pomocí chemických reakcí Fmoc a potom-byla ochranná skupina Boc odstraněna kyselinou trifluoroctovou. Po konečném odstranění ochranné skupiny Fmoc kódu piperidinem (který současně neutralizoval soli TFA na volném aminu glycinu) byl navázán ligand (acetyllyzin). Po fotolytickém odštěpení byly v ekvimolárním množství uvolněny dvě sloučeniny: ligand připojený na referenční aminokyselinu (glycin) a ligand připojený na specifický kód. Hmotnostní rozdíl mezi těmito dvěma vrcholy ukazuje identitu kódu a tím i identitu prvního monomeru navázaného ligandu.
Čárový kód vytvořeny hmotnostními spektry
Tato sestava bude tvořena 25 vzorky, který každý poskytuje hmotnostní spektroskopií specifický molekulární iont nebo rozložení vrcholů. Použitím pouze kombinací izotopicky značeného glycinu pouze ve dvou polohách se vytvoří 25 specifických „čárových kódů“. Tímto způsobem může být snadno identifikováno první zásobní množství jakékoliv jednotlivé kuličky odvozené z kombinační knihovny získané systémem dělení.
Při tomto experimentu byly navázány aminokyseliny chráněné Fmoc buď jako jednotlivé látky nebo ekvimolární směsi dvou nebo tří • · · · • · · · • · · · · • · · • · · ·
-75 aminokyselin. Sestava pro čárový kód tvořený hmotnostními spektry je ukázána níže:
Obr. 3
| Poloha 1 1 Ac- Lys- | Poloha 2 | Poloha 3 | Rozložení vrcholů | |
| 1 | -G0- | -G0- | 1 | |
| 2 | Ac- Lys- | -Gl- | -G0- | 1 |
| 3 | Ac- Lys- | -G0/G1- | -G0- | lil |
| 4 | Ac- Lys- | -G2- | -G0- | 1 |
| 5 | Ac- Lys- | -G0/G2- | -G0- | 1:1 |
| 6 | Ac- Lys- | -G1/G2- | -G0- | 1:1 |
| 7 | Ac- Lys- | G0/G1/G2- | -G0- | 1:1:1 |
| 8 | Ac- Lys- | -G2- | -Gl- | 1 |
| 9 | Ac- Lys- | -G0/G2- | -Gl- | 1:1 |
| 1 0 | Ac- Lys- | -G0/G1- | -G2- | 1:1 |
| 1 | Ac- | - | -Gl- | 1:1:1 |
| 1 | Lys- | G0/G1/G2- | ||
| 1 2 | Ac- Lys- | -G0/G1- | -G0/G1- | 1:2:1 |
| 1 3 | Ac- Lys- | -G0/G2- | -G0/G1- | 1:1:1 |
| 1 4 | Ac- Lys- | -G1/G2- . | -G0/G1- | 1:2:1 |
| 1 5 | Ac- Lys- | G0/G1/G2- | -G0/G1- | 1:2:2: |
| 1 6 | Ac- Lys- | -G2- | -G2- | 1 |
| 1 7 | Ac- Lys- | -G0/G2- | -G2- | 1:1 |
| 1 8 | Ac- Lys- | -G0/G2- | -G0/G2- | 1:2:1 |
• · • · · · · · ···· • · «· « · · · · «··· · • · ·· · ··· • · · · · * · ·· ·· ·« · ·
| 1 | Ac- | -G1/G2- | -G2- | 1:1 |
| 9 | Lys- | |||
| 2 | Ac- | - | -G2- | 1:1:1 |
| 0 | Lys- | G0/G1/G2- | ||
| 2 | Ac- | -G1/G2- | -G0/G2- | 1:1:1:1 |
| 1 | Lys- | |||
| 2 | Ac- | - | -G0/G2- | 1:1:2:1: |
| 2 | Lys- | G0/G1/G2- | 1 | |
| 2 | Ac- | -G1/G2- | -G1/G2- | 1:2:1 |
| 3 | Lys- | |||
| 2 | Ac- | - | -G1/G2- | 1:2:2:1 |
| 4 | Lys- | G0/G1/G2- | ||
| 2 | Ac- | - | - | 1:2:3:2: |
| 5 | Lys- | G0/G1/G2- | G0/G1/G2- | L |
Příklad 19 g aminomethylovaného polystyrenu (0,81 mmol/g) bylo vloženo do každé ze dvou 250 ml třepaček. Pryskyřice byla ponechána nabobtnat dimethylformamidem (DMF), který byl slit. Pryskyřice byla potom promyta směsí 20 % piperidin/DMF přibližně 3 minuty a kapalná fáze byla opět odtažena. Potom byla pryskyřice třikrát promyta DMF, jednou směsí dichlormethan (DCM):DMF 1:1 a ještě dvakrát DMF.
Do první třepačky bylo přidáno 3,5 ekvivalentů Knorrova linkeru (6,12 g, 11,34 mmol) a 3,5 ekvivalentů PyBop (5,9 g, 11,34 mmol). Bylo přidáno dostatečné množství DMF pro zakrytí lože pryskyřice. Roztok byl potom aktivován 10,5 ekvivalenty DIEA (5,93 ml, 34,02 mmol). Reakce probíhala 1 hodinu za manuálního třepání každých 5 až 10 minut.
Do druhé třepačky bylo přidáno 3,5 ekvivalentů fotolinkeru (4,89 g, 11,34 mmol) a 3,5 ekvivalentů PyBop (5,9 g, 11,34 mmol). Bylo přidáno dostatečné množství DMF pro zakrytí lože pryskyřice. Roztok byl potom aktivován 10,5 ekvivalenty DIEA (5,93 ml, 34,02 mmol). Reakce probíhala 1 hodinu za ručního třepání každých 5 až 10 minut.
• » · · · · ···· • · ·· · ··· · ···· · • · ·· · · · · ···· · · · ·· · · ·· · ·
-77 Po 1 hodině byla odtažena kapalná fáze z obou třepaček. Ninhydrinové testy ukázaly úplné navázání pro oba linkery. Pryskyřice byla promyta čtyřikrát DMF, jednou dichlormethanem (DCM):DMF 1:1 a ještě dvakrát DMF. Pryskyřice byla rozdělena do 96 jamkového teflonového reakčního bloku ACT 496.
• a
-78 Příklad 20: Kódování polohou dvojitého vrcholu
Fmoc
PyBop/DlEA Fmoc
1) 20% Piperidin, /DMF
2) 1:1 Boc-Gly-OH : Fmoc-RrOH/PyBop/DlEA
Η H n—m—n
NO2
ΎΊ·
Boc
Fmoc'
1) 20% Piperidin / DMF
2) Fmoc-RrOH / PyBop / DIEA
1) 95:5 TFA: Voda
2) 20% Piperidin- /DMF • · · « » · · · · · < • ···· »·· · t · · · · • · · · « · «
Ρπιοο-1.-Ι γ5(Βθ€)-ΟΗ / PyBop / DIEA
1) 20 % piperidin/DMF
2) 30 % anhydrid kyseliny octově/DMF
HN
H
95:5 TFA: Voda • · · «
Příklad 21: Poměrný kód s použitím terciárního aminu
Sedm podílů pryskyřice (CDW obr. 2) bylo převedeno do 10 ml třepaných baněk pomocí dimethylformamidu (DMF). Třepané baňky byly potom překryty hliníkovou fólií. Z linkeru byla odstraněna ochranná skupina Fmoc dvakrát po dobu 5 minut vždy s použitím 20 % piperidinu/DMF. Pryskyřice byla 4 x promyta DMF, jednou směsí dichlormethan:DMF 1:1 a dvakrát DMF.
• ·
- 81 • · ···· ···· · • · · · · · ·· ·· · · » ··
0,315 mmol každé ze sedmi halogenkyselin bylo odváženo do oddělených zkumavek a do každé bylo přidáno ekvimolární množství PyBop, Halogenkyseliny byly potom rozpuštěny ve 2 ml DMF. Každý roztok byl potom přidán k příslušnému množství pryskyřice a aktivován 165 pl diizopropylethylaminu (DIEA). Vazba probíhala 1 hodinu. Po navázání byla kapalná fáze z pryskyřic odtažena, pryskyřice byly čtyřikrát promyty DMF, jednou směsí DCM:DMF 1:1 a dvakrát DCM a pryskyřice byla vysušena.
0,315 mmol každé ze sedmi halogenkyselin bylo odváženo do oddělených zkumavek a do každé bylo přidáno ekvimolární množství HBTU. Halogenkyseliny potom byly rozpuštěny ve dvou ml DMF. Potom byl každý roztok přidán do příslušné šarže pryskyřice a aktivován 165 μΙ DIEA. Vazebná reakce probíhala 1 hodinu. Po jejím skončení byla kapalná fáze z pryskyřic odtažena, pryskyřice byly promyty čtyřikrát DMF, jednou směsi DCM:DMF 1:1 a dvakrát DMF. Vazebná reakce byla podle ninhydrinového testu ukončena.
Jednotlivé šarže pryskyřice byly spojeny a rozděleny do 24 jamek 96 jamkového polypropylenového reakčního bloku ACT396. Pryskyřice byla dvakrát promyta DCM a usušena.
Pryskyřice byla ponechána nabobtnat DMF a kapalná fáze byla odtažena. Do každé jamky byl přidán 1 ml 1,0M aminového roztoku dimethylsulfoxidu (DMSO). Reakce byla ponechána probíhat přes noc. Kapalná fáze byla z pryskyřice odtažena a pryskyřice byla dvakrát promyta DMF, jednou směsí DMF:methanol:voda (1:1:1) a třikrát promyta DMF. Potom bylo 24 podílů pryskyřice spojeno a znovu rozděleno do 24 jamek.
Do každé jamky bylo přidáno 350 μΙ aldehydového roztoku (3,0M/DMF) a směs byla míchána 2 min. Potom bylo do každé jamky přidáno 250 μΙ trimethylorthoformátu a směs byla míchána 1 minutu a potom bylo přidáno 100 μΙ tříprocentní kyseliny octové v DMF. Reakční směs byla 15 min míchána před konečným přídavkem 1 ml
1,5M NaBH3CN. Redukční aminace probíhala 3 hodiny. Kapalná fáze byla odtažena a pryskyřice byla promyta dvakrát DMF.
Druhá redukční aminace probíhala s použitím triacetoxyborohydridu sodného. Do každé jamky bylo přidáno 350 μΙ aldehydového roztoku (3.0M/DMF) a směs byla míchána 2 minuty. Do každé jamky bylo potom přidáno dalších 250 μΙ trimethylorthoformátu, směs byla míchána 1 min a potom bylo přidáno 100 μΙ tříprocentní kyseliny octové v DMF. Reakční směs byla 15 minut míchána před konečným přídavkem 1 ml 1,5M NaBH(O2CCH3). Reakce byla ío ponechána probíhat přes noc. Kapalná fáze z pryskyřice byla odtažena a pryskyřice byla dvakrát promyta DMF, třikrát směsi
DMF:methanol:voda, třikrát DCM a nakonec třikrát methanolem.
• ·
-83 Příklad 22: Kódování polohou jednoduchého vrcholu s štěpením fotolabilní vazby
1) 20% Piperidin /DMF
2) Fmoc-R2-OH / PyBop / DIEA
1) 20% Piperidin /DMF
2) Fmoc-L-Lys(Boc)-OH / PyBop / DIEA
• · · ·
Příklad 23: Reakční screeninq
Byla provedena syntéza řady sériově kódovaných pryskyřic obsahujících 192 kombinací izotopicky značených aminokyselin (glycin G°, G1, G2, G3 a alanin: A°, A1, A2 a A3), které byly odděleny Knorrovými linkery jak je uvedeno níže:
Pryskyřice Tentagel (jediná kulička)
192 kódů Screening reakce /
_ _ I . I ,___, rrr' . I 50:50 TFA/MaCl, φ—iKnorrúv linker H) Kód |—iKnorrův linkeri— Ligand
6% EIjSiH
Kód
Ligand
Reakční screening se provádí na části ligandu molekuly, kde byly použity tri různé monomery pro vazbu primárních aminů na allylbromidy stejně jako čtyři různé reakční podmínky za získání celkem dvanácti kombinací. Acylace sekundárních aminů karboxylovými kyselinami používala čtyř různých kyselin a čtyř různých reakčních podmínek za získání dalších šestnáctí kombinací. Pryskyřice byla spojena a bylo na ni působeno 36 různými podmínkami pro uskutečnění poslední intramolekulární Heckovy reakce za získání více než 6900 potenciálních sloučenin obsahujících různé monomery a podmínky reakce. Po rozštěpení jednotlivé kuličky směsí TFA/MeCI2 a 6 % triethylenu se uvolní jak kódovaná část, tak i ligand jak je znázorněno výše. Ligand je také kódován zavedením glycinu (0) a glycinu (2), aby byla usnadněna identifikace vrcholů ligandu ve hmotnostním spektru.
Hmotnostní spektra uvedená na obr. 10 až 12 obsahují jak kódy (544 - 562), tak i ligandy (462 a 464), (504 a 506) a (478 a 480). Monomery a podmínky pro každé jednotlivé hmotnostní spektrum jsou uvedeny u spektra.
Z těchto výsledků je vidět použití kombinačního přístupu pro sledování různých reakčních podmínek a monomerů na jednotlivé kuličce a odečítání jak kódu, tak i ligandu, jestliže se materiál z kuličky odštěpí.
Příklad 24: Poměrové kódování: analýza IR, NMR a MS
F
Monomer 2 (R2)
Monomer 1 (Rl)
Monomer 3 (R3)
Bylo syntetizováno 16 vzorků pryskyřice, kde R byla definována současným navázáním monomerů 1 až 3 s různými poměry (tyto poměry jsou uvedeny níže). Pryskyřice potom mohly být analyzovány • · • · · · · ··· ···· ··· ·· ·· ·β ··
-87několika analytickými technikami pro zjištění jejich poměrové totožnosti. Kuličky byly analyzovány infračervenou analýzou, hmotnostní spektroskopií, NMR a analýzou aminokyselin. Poměry vytvořené pro současné navázání jsou definovány R1:R2:R3 a pro 16 vzorků byly následující: vzorek #1-1:1:5; vzorek #2-1:2:5; vzorek #31:3:5; vzorek #4-1:4:5; vzorek #5-2:1:5; vzorek #6-2:2:5; vzorek #72:3:5; vzorek #8-2:4:5; vzorek #9-3:1:5; vzorek #10-3:2:5; vzorek #113:3:5; vzorek #12-3:4:5; vzorek #13-4:1:5; vzorek #14-4:2:5; vzorek #15-4:3:5; vzorek #16-4:4:5. Spektra pro tyto poměry jsou ukázána na ío obrázcích 18 až 51 podle následujícího klíče:
Vzorek Číslo spektra IR Číslo hmotn. spektra
| 1 | U7125-86-1 | CW-001 |
| 2 | U7125-86-2 | CW-002 |
| 3 | U7125-86-3 | CW-003 |
| 4 | U7125-86-4 | CW-004 |
| 5 | U7125-86-5 | CW-005 |
| 6 | U7125-86-6 | CW-006 |
| 7 | U7125-86-7 | CW-007 |
| 8 | U7125-86-8 | CW-008 |
| 9 | U7125-86-9 | CW-009 |
| 10 | u7125-86-10 | CW-0010 |
| 11 | U7125-86-11 | CW-0011 |
| 12 | U7125-86-12 | CW-0012 |
| 13 | U7125-86-13 | CW-0013 |
| 14 | U7125-86-14 | CW-0014 |
| 15 | U7125-86-15 | CW-0015 |
| 16 | u7125-86-16 | CW-0016 |
| Příklad 25: | Kódování styrenu |
2s Kuličky používané jako pevné nosiče při syntéze na pevné fázi mohou být také samy izotopicky značeny. Styrenové kuličky složené ze styrenu mohou být snadno značeny C13, F20 nebo H2. Navíc je možné kombinovat izotopicky značené konstrukty s kuličkami, které byly samy kódovány nebo označeny s jednou nebo více řadami monomerů.
Styren (Ms), 2-fluorstyren (Mi), 3-fluorstyren (M2) a 4-fluorstyren (M3) byly před polymerizací deinhibovány průchodem přes adsorpční kolonu oxidu hlinitého.
Iniciátor 2,2-azobisizobutyronitril (AIBN) byl vyčištěn krystalizaci z methanolu. Jako solvent při volné radikálové polymerizaci byl použit bez dalšího čištění toluen pro spektrální účely.
| Experiment | M,(%) | M,(%) | M3(%) | Ms(< |
| YL4001 | 100 | 0 | 0 | 0 |
| YL4002 | 0 | 100 | 0 | 0 |
| YL4003 | 0 | 0 | 100 | 0 |
| YL4004 | 0 | 0 | 0 | 100 |
| YL4005 | 0 | 0 | 50 | 50 |
| YL4006 | 0 | 10 | 40 | 50 |
| YL4007 | 0 | 20 | 30 | 50 |
| YL4008 | 0 | 20 | 30 | 50 |
| YL4009 | 0 | 40 | 10 | 50 |
| YL4010 | 0 | 50 | 0 | 50 |
| YL4011 | 50 | 0 | 0 | 50 |
| YL4012 | 40 | 10 | 0 | 50 |
| YL4013 | 30 | 20 | 0 | 50 |
| YL4014 | 20 | 30 | 0 | 50 |
| YL4015 | 10 | 40 | 0 | 50 |
| YL4016 | 40 | 0 | 10 | 50 |
| YL4017 | 30 | 0 | 20 | 50 |
| YL4018 | 20 | 0 | 30 | 50 |
| YL4019 | 10 | 0 | 40 | 50 |
• ·
Kopolvmerizace styrenu a F-stvrenu
AIBN,
Toluen
C
Příklad 26: Kódování knihovny peptoidů ,N„
5'
R2 o 12,13
Λ 12,13
Pro ukázání použitelnosti kódovací strategie byla sestrojena knihovna s 1000 členy sestávající z tří monomerních poloh. Knihovna byla syntetizována s použitím techniky dělení - míšení za vytvoření knihovny 10 X 10 X 10. Protože technika dělení - míšení poskytuje jednu sloučeninu na kuličku a kuličky se mísí v průběhu syntézy ao dvakrát, pro dekódování sloučeniny je nutno zaznamenat průběh chemické reakce přídavku monomeru na kuličku v každém kroku.
První poloha je kódována nastavením poměru 12C:13C2 zavedeného kyselinou bromoctovou při prvním kroku syntézy. Specifické poměry, které byly použity mají rozsah od 9:91 do 90:10 s přírůstky 9 %. Použití přírůstků 9 % vedlo k vyloučení koncových bodů buď 0:100 nebo 100:0 a bylo ponecháno celkem 10 kódů. Třetí monomer byl již znám, protože knihovna nebyla po přídavku • · · · · · · · ···· ·*· ·· ·· ·· ·· posledního monomeru rekombinována (v každém zásobním množství byl přítomen pouze jeden monomer ze tří). Tato poloha byla proto kódována zásobním množstvím nebo prostorově.
Druhá poloha byla kódována molekulovou hmotností sloučeniny. Protože první monomer je znám z izotopické reakce a třetí monomer podle naposledy použitého zásobního roztoku, je možno vypočíst monomer 2 s použitím molekulové hmotnosti zjištěné hmotnostním spektrometrem. To vyžaduje pro jakoukoliv knihovnu jedno omezení. Monomery ve druhé poloze musí mít různé molekulové hmotnosti. Další monomery žádná omezení nemají. Pro tento testovací příklad byla konečná množství složena ze sloučenin se stejnýmiTnolekulovými hmotnostmi pro umožnění dekódování.
Dvacet jednotlivých kuliček z každého z deseti roztoků byly jednotlivě štěpeny. Sloučeniny byly potom analyzovány hmotnostní spektrometrií a identifikovány poměrem izotopů a molekulovou hmotností analyzovaných vrcholů. Vrchol získaný z protonovaného monoizotopického iontu byl označen M0H+, zatímco vrchol získaný z dvouizotopického iontu (M0H+2)+ byl označen M2H+. Úmyslný přídavek 13C2 řídil intenzitu vrcholu M2H+ vzhledem k vrcholu M0H+.
Data hmotnostní spektroskopie z jediné kuličky v reakčním roztoku 3 ukázala, že M0H+ a M2H+ měly hmotnost 552 popř. 554. Poměr M0H+ : M2H+ byl vypočten 10:90, což je v blízkosti skutečného poměru pro iont 552 9:91. S použitím M0H+ jako 550 a M2H+ jako 552 byl vypočtený poměr M0H+ : M2H+ 56:44. Sloučenina s iontem M0H+ v reakčním roztoku 2 měla teoreticky poměr 54:46, což je opět velmi blízko k vypočtené hodnotě. V některých případech mohou spektra komplikovat vedlejší reakce, ke kterým dochází při přidávání monomerů. Spektrum 2C níže ukazuje hmotnostní spektrum jediné kuličky z reakčního roztoku 1. Nejintenzívnější iont ve spektru má m/z 586. Vypočtený poměr M0H+ : M2H+ (65:35) však se známým poměrem pro sloučeninu v reakčním roztoku 1 s M0H+ o hodnotě 586 • · ·· ···· ·« • · ·· · ··« · ···· • · · · · · · ···· ·«· »9 ·· · ·
- 91 nesouhlasí. Tento zřejmý nesoulad je způsoben přídavkem třetího monomeru do reakčního roztoku 1, kterým je nitril. Je známo, že za kyselých podmínek (podmínky štěpení) mohou být nitrily hydratovány na amid. S přídavkem vody se posouvají vrcholy pro iont M0H+ 586 na
586 (M0H++18). Poměr M0H+ : M2H+ pro vrcholy s hmotností 586 a 588 tedy ověřuje kódování pro iont s hmotností 568 (který má svůj vlastní slabší sled vrcholů se stejným poměrem). Známý poměr pro sloučeninu v reakčním roztoku 1 s iontem M0H+ s hmotností 568 je 63:37, což odpovídá vypočtené hodnotě. Tato konkrétní hydratační io reakce byla pozorována pro všechny sloučeniny v reakčním roztoku 1. Tento příklad ukazuje schopnost dekódovat sloučeniny a-určit vedlejší reakce, což je výrazné zlepšení proti jiným metodám kódování, které může být velmi užitečné při vývoji metod chemie na pevné fázi.
Příklad 27: Pseudokódovy výpis programu pro detekci izotopově kódovaných sloučenin ve hmotnostním spektru za pomoci počítače
1. Vstup molekulárního vzorce a poměrů izotopů kódované sloučeniny.
2. Výpočet monoizotopové molekulové hmotnosti z kroku 1.
3. Výpočet teoretické distribuce izotopů z kroku 1.
4. Otevření výstupního souboru hmotnostního spektra.
5. Umístění monoizotopových molekulových hmotností do výstupního souboru hmotnostního spektra do oblasti ± 0,3 atomových hmotnostních jednotek a hledání odpovídajících izotopových vrcholů.
6. Jestliže byl krok 5 úspěšný, porovnání teoretického rozdělení z kroku 3 se změřenými hodnotami v hmotnostním spektru s použitím testu chí-kvadrát. Výstup z tohoto testu určí přítomnost nebo nepřítomnost kódované sloučeniny.
• · · · · · ···· • · · · ····· · · · * · • « β · · » · « ···· ··· 9· *· *· ··
- 92 Autorská práva 1996, Glaxo Wellcome, lne. Veškerá práva vyhrazena.
Tento vynález je uskutečnitelný na počítači Macintosh nebo IBM-PC kompatibilním, obsahujícím CPU, hlavní paměť, obvody l/O a uživatelské rozhraní včetně klávesnice a myši, vybaveném operačními systémy Windows 95, Windows NT nebo Macintosh OS.
I když byl vynález popsán a ilustrován s ohledem na jeho konkrétní alternativní provedení, odborníkům v oboru bude zřejmé, že je možno provádět různé změny, modifikace a substituce, aniž by ío došlo k odchýlení se od myšlenky a předmětu vynálezu. Předpokládá se tedy, že vynález bude omezen pouze následujícími nároky, a že tyto nároky budou interpretovány tak široce jak bude možné.
Claims (11)
- PATENTOVÉ NÁROKY1. Na hmotnosti založený, nechemický způsob zaznamenávání reakce alespoň části řady reakcí na každém z velkého množství specifických pevných nosičů, vyznačující se tím, že zahrnuje:(a) přípravu velkého množství činidel, které každé má specifickou definovanou hmotnost;(b) přípravu skupiny pevných nosičů;(c) reakci každé skupiny pevných nosičů s rozdílným chemickým činidlem za řízených reakčních podmínek;(d) vzájemné smísení těchto skupin produktů z kroku (c) a potom rozdělení směsi specifických pevných nosičů do velkého množství skupin pro druhý mezistupeň nebo konečný stupeň;(e) opakování uvedené reakce s chemickým činidlem za řízených podmínek reakce alespoň jedenkrát pro získání velkého množství konečných produktů, přičemž různé produkty se nacházejí na různých jednotlivých specifických pevných nosičích; kde každé z uvedených specifických činidel s definovanou hmotností reaguje buď s: každou skupinou specifických pevných nosičů; každou skupinou prvních chemických činidel v řadě reakcí; každou skupinou druhých chemických činidel v řadě reakcí; nebo každou skupinou následně přidaných chemických činidel v řadě reakcí; takovým způsobem, že každá uvedená skupina specifických pevných nosičů, skupina prvních chemických činidel, skupina druhých chemických činidel nebo • · · · · · ···· • · * · ····· ···· · • · ·· · ··· .94“.............skupina následujících chemických činidel reagovala s činidlem s definovanou hmotností, které je odlišné od jakéhokoliv jiného činidla s definovanou hmotností, které reagovalo s jakoukoliv jinou uvedenou skupinou;5 přičemž specifická činidla s definovanou hmotností je možno analyzovat, a kde tato analýza definuje volbu prvního chemického činidla, reakční podmínky za kterých bylo přidáno první chemické činidlo, druhé chemické činidlo, reakční podmínky za kterých bylo přidáno druhé chemické činidlo,10 a následující reakční činidlo nebo reakční podmínky za kterých bylo následující chemické činidlo přidáno.
- 2. Na hmotnosti založený nechemický způsob zaznamenávání historie reakcí řady reakcí na každém z velkého množství15 specifických pevných nosičů, vyznačující se tím, že zahrnuje:(a) ve stupni vložení hmotnostního bloku reakci velkého množství činidel, které má každé specifickou definovanou hmotnost, s každým ze skupiny uvedených specifických20 pevných nosičů tak, že každý ze skupiny uvedených specifických pevných nosičů reagoval s činidlem s definovanou hmotností, které je odlišné od jakéhokoliv jiného činidla, které reagovalo s jakoukoliv jinou skupinou uvedených specifických pevných nosičů;25 (b) reakci každé skupiny pevných nosičů s činidlem s rozdílnou definovanou hmotností s rozdílným chemickým činidlem;(c) vzájemné míšení uvedených skupin a rozdělení uvedeného velkého množství specifických pevných nosičů do velkého množství skupin pro druhý mezistupeň nebo konečný stupeň;• · · · · ·· · ···· ···· « · · ···· ···· · • · · · · · ·· ·· ·· ·· (d) opakování uvedené reakce s chemickým činidlem alespoň jednou pro získání velkého množství konečných produktů, které se nachází na různých jednotlivých specifických pevných nosičích;kde specifická činidla s definovanou hmotností je možno analyzovat a kde uvedená analýza definuje volbu prvního chemického činidla.
- 3. Způsob podle nároku 1, vyznačující se tím, ž e uvedená činidla s definovanou hmotností- se analyzují hmotnostní spektroskopií.
- 4. Způsob podle nároku 3, vyznačující se tím, ž e uvedená činidla s definovanou hmotností jsou zvolena tak, že každé vytváří při analýze hmotnostní spektroskopií specifický jednoduchý hmotnostní vrchol.
- 5. Způsob podle nároku 3, vyznačující se tím, ž e uvedená činidla s definovanou hmotností jsou zvolena tak, že každé vytváří při analýze hmotnostní spektroskopií specifický dvojitý hmotnostní vrchol.
- 6. Způsob podle nároku 3, vyznačující se tím, ž e uvedená činidla s definovanou hmotností jsou zvolena tak, že každé vytváří při analýze hmotnostní spektroskopií specifický pár jednoduchých hmotnostních vrcholů.
- 7. Způsob podle nároku 3, vyznačující se tím, ž e uvedená činidla s definovanou hmotností jsou zvolena • · ···· ♦ · · · • · ·· · ···· ···· · • · ·· · ··· ······· ·· ·· · · · ·- 96 tak, že každé vytváří při analýze hmotnostní spektroskopií specifický pár dvojitých hmotnostních vrcholů.
- 8. Způsob podle nároku 3, vyznačující se tím, ž e uvedená činidla s definovanou hmotností jsou zvolena tak, že každé vytváří specifické rozložení jednoho nebo více hmotnostních vrcholů.
- 9. Způsob podle nároku 8, vyznačující se tím, ž e uvedené specifické rozložení vrcholů pro každé z uvedených činidel s definovanou hmotností může být vyjádřeno ve formě strojově čitelného rozložení.
10. Způsob podle nároku 9, vyznačující s e tím, ž e uvedenými strojově kódy. čitelnými rozloženími jsou čárové 11. Způsob podle nároku 3, vyznačující s e tím, ž e uvedená činidla s i definovanou hmotností jsou zvolena tak, aby každé nezávisle vytvářelo při analýze hmotnostní spektrometrií specifické rozložení hmotnostních vrcholů, zvolené ze skupiny specifických jednoduchých hmotnostních vrcholů, specifických dvojitých hmotnostních vrcholů, specifických párů jednoduchých hmotnostních vrcholů, specifických párů dvojitých hmotnostních vrcholů a specifických rozložení vrcholů, která jsou schopna vyjádření ve formě strojně čitelných rozložení.-9712. Způsob podle nároku 1, vyznačující se tím, ž e uvedené činidlo s definovanou hmotností se analyzuje nukleární magnetickou rezonanční spektroskopií.13. Způsob podle nároku 12, vyznačující se tím, ž e uvedená činidla s definovanou hmotností jsou zvolena tak, aby každé vytvářelo specifické rozložení jednoho nebo více vrcholů nukleární magnetické rezonance.14. Způsob podle nároku 13, vyznačující 'se tím, ž e uvedené specifické rozložení vrcholů pro každé z uvedených činidel s definovanou hmotností může být vyjádřeno jako strojově čitelné rozložení.15. Způsob podle nároku 14, vyznačující se tím, ž e uvedenými strojově čitelnými rozloženími jsou čárové kódy.16. Způsob podle nároku 1, vyznačující se tím, ž e uvedené činidlo s definovanou hmotností se analyzuje infračervenou spektroskopií nebo Ramanovou spektroskopií.17. Způsob podle nároku 16, vyznačující se tím, ž e uvedená činidla s definovanou hmotností jsou zvolena tak, aby každé vytvářelo specifické rozložení jednoho nebo více vrcholů infračervené spektroskopie nebo Ramanovy spektroskopie.• · » 4 • ·- 98 18. Způsob podle nároku 17, vyznačující se tím, ž e uvedená specifická rozložení vrcholů pro každé z uvedených činidel s definovanou hmotností mohou být vyjádřena jako strojově čitelná rozložení.19. Způsob podle nároku 18, vyznačující se tím, ž e uvedenými strojově čitelnými rozloženími jsou čárové kódy.20. Způsob podle nároku 1, vyznačující se tím, ž e uvedeným prvním, druhým nebo následujícím činidlem je substrát pro stanovení vazebné specifity vůči chemické sloučenině o kterou se zajímáme.21. Způsob podle nároku 3, vyznačující se tím, ž e uvedená analýza hmotnostní spektroskopií poskytuje hmotnostní vrcholy schopné rozpoznání jako reprezentující kódovaná činidla.22. Způsob podle nároku 1, vyznačující se tím, že se vytvářejí další hmotnostní vrcholy, které slouží jako charakteristické vrcholy pro pozitivní identifikaci příslušných hmotnostních vrcholů.23. Způsob podle nároku 1, vyznačující se tím, ž e uvedeným velkým množstvím činidel s definovanou hmotností jsou molekulární jednotky, které se vzájemně liší tím, že mají alespoň jeden ze svých atomů nahrazen rozdílným • · • · · · · · • · ···· ···· · • · · · · · ·· ·· · · · · izotopem téhož atomu za předpokladu, že chemický strukturní vzorec uvedených činidel s definovanou hmotností je tentýž.24. Způsob podle nároku 23, vyznačující se tím,5 že uvedeným velkým množstvím činidel s definovanou hmotností jsou molekulární jednotky, které se vzájemně liší tím, že mají alespoň jednu izotopovou substituci v různých polohách atomů uvnitř molekuly za předpokladu, že chemický strukturní vzorec uvedených Činidel s definovanou hmotností je ío tentýž.25. Způsob podle nároku 1, vyznačující se tím, ž e uvedeným velkým množstvím činidel s definovanou hmotností jsou pravidelně se opakující molekulární jednotky,15 které se vzájemně liší celistvým počtem uvedených opakujících se molekulárních jednotek.26. Způsob podle nároku 1, vyznačující se tím, ž e při každé uvedené reakci se použijí alespoň dvě skupiny2o uvedených specifických pevných nosičů.27. Způsob podle nároku 1, vyznačující se tím, ž e zahrnuje další krok screeningu uvedených konečných produktů na uvedených specifických pevných nosičích na25 vlastnost, o kterou se zajímáme a identifikaci historie reakcí u alespoň jednoho konečného produktu, který má uvedenou vlastnost.• · ···· ···· • · ·· · · · · · ···· · • · ·· · ··· ···· ··· ·· ·· · · · ·-10028. Způsob podle nároku 1, vyznačující se tím, ž e zahrnuje další krok odštěpení uvedených konečných produktů z pevných nosičů a screening konečných produktů.29. Způsob podle nároku 1, vyznačující se tím, ž e analýza se provádí automaticky.30. Způsob podle nároku 10, vyznačující se tím, ž e uvedené reakční kroky se provádějí automaticky.31. Kit pro kódování historie reakcí velkého množství řad reakcí, vyznačující se tím, že obsahuje velké množství rozdílných izotopicky rozlišitelných organických sloučenin, kde každá ze sloučenin je charakterizována rozlišitelnou hmotností při stejném chemickém složení a stejných chemických vlastnostech, a kde každá sloučenina kóduje alespoň jeden bit rozdílné fyzikální informace, která může být určena fyzikálním měřením.32. Kit podle nároku 31, vyznačující se tím, ž e uvedené sloučeniny jsou vzájemně smíseny ve velkém množství diskrétních poměrů za vytvoření velkého množství izotopických směsí, které jsou vzájemně fyzikálním způsobem rozlišitelné.33. Kit podle nároku 32, vyznačující se tím, ž e uvedené sloučeniny jsou vzájemně smíseny v řadě pravidelně se opakujících vzestupných přírůstků.» · • · ·· ·· · · · ·101 34. Kit podle nároku 31, vyznačující se tím, ž e uvedené sloučeniny mají vzorec:R-C kde R je vhodný pevný nosič dovolující připojení a odštěpení 5 zvolené molekulární skupiny; a C je izotopicky značená připojovací skupina, která umožní připojení a odštěpení z pevného nosiče.35. Kit podle nároku 31, vyznačující se tím, ío že uvedené sloučeniny mají vzorec:L1-C-L2 kde L1 je kovalentní vazba nebo organická skupina; C je izotopicky značená připojovací skupina; a L2 je kovalentní vazba nebo organická skupina.36. Kit podle nároku 35, vyznačující se tím, že L1 a L2 jsou stejné.37. Kit podle nároku 31, vyznačující se tím, ž e uvedené sloučeniny mají vzorec R-L1-C-L2 kde R je vhodný pevný nosič umožňující připojení a odštěpení zvolené molekulární skupiny; L1 je kovalentní vazba nebo organická skupina; C je izotopicky značená připojovací25 skupina; a L2 je kovalentní vazba nebo organická skupina.38. Kit podle nároku 31, vyznačující se tím, ž e uvedené sloučeniny mají vzorec • · · «- 102 (L)n1-(C)n2 kde n1 je celé číslo od 1 do 10, n2 je celé číslo od 1 do 10; jestliže n1 je 1, L je organická skupina nebo kovalentní vazba, a C je izotopicky značená připojovací skupina.39. Kit podle nároku 31, vyznačující se tím, ž e uvedené sloučeniny mají vzorecR-L-C kde R je vhodný pevný nosič umožňující připojení a odštěpení zvoleného velkého množství molekulárních skupin; L je kovalentní vazba nebo organická skupina; a C je izotopicky značená připojovací skupina.40. Kit podle nároku 31, vyznačující se tím, ž e uvedené sloučeniny mají vzorecL-C1-A-B-D-C2 kde L je kovalentní vazba nebo organická skupina; C1 je izotopicky značená připojovací skupina; A je první monomer v řadě reakcí, B je druhý monomer v řadě reakcí a D je třetí monomer v řadě reakcí; a C2 je druhá izotopicky značená připojovací skupina, která může být fyzikálně stejná nebo rozdílná od skupiny C1.41. Kit podle nároku 31, vyznačující se tím, ž e uvedené sloučeniny mají vzorecL-C1-A-B-C2 kde L je kovalentní vazba nebo organická skupina; C1 je izotopicky značená připojovací skupina; A je první monomer103 v řadě reakcí, B je druhý monomer v řadě reakcí; a C2 je druhá izotopicky značená připojovací skupina, která může být fyzikálně stejná nebo rozdílná od skupiny C1.42. Kit podle nároku 31, vyznačující se tím, ž e uvedené sloučeniny mají vzorecL-C1-A-C2 kde L je kovalentní vazba nebo organická skupina; C1 je izotopicky značená připojovací skupina; A je první monomer v řadě reakcí; a C2 je druhá izotopicky značená připojovací skupina, která může být fyzikálně stejná nebo rozdílná od skupiny C1.43. Kit podle nároku 31, vyznačující se tím, že uvedenými složkami jsou vhodné izotopicky značené pevné nosiče.44. Kit podle nároku 31, vyznačující se tím, ž e uvedené složky mají vzorecR kde R je vhodný pevný nosič; L je kovalentní vazba nebo organická skupina; C je izotopicky značená skupina; a A je první chemické činidlo v řadě reakcí.45. Kit podle nároku 31, vyznačující se tím, ž e uvedené složky mají vzorec • · · · · ···· • ·« · · · · · ···· · • · · · · · · ··· ·· · · ·· ··-104 - kde R je vhodný pevný nosič; L je kovalentní vazba nebo 5 organická skupina; C je izotopicky značená skupina; a A je první chemické činidlo v řadě reakcí.46. Pevný nosič vyznačující se tím, že má na svůj povrch navázáno specifické činidlo s- definovanou ío hmotností a ligand.47. Pevný nosič vyznačující se tím, že má na svůj povrch navázáno až 20 jednotlivých specifických činidel s definovanou hmotností.Pevný nosič podle nároku 46, vyznačující tím, že uvedeným ligandem je organická skupina.49. Pevný nosič podle nároku 46, vyznačující se tím, že uvedený ligand je navázán na uvedené specifické činidlo s definovanou hmotností.50. Pevný nosič podle nároku 46, vyznačující se tím, že uvedeným ligandem je neoligomerní alifatický,25 alicyklický, aromatický, heterocyklický, nebo kombinací uvedených sloučenin vytvořený ligand.• ·· · · · · • · · ···· ···· · • · * · · a • · · · · · · ♦-10551. Pevný nosič podle nároku 46, vyznačující se tím, že uvedeným ligandem je oligomer, kterým je oligopeptid, oligonukleotid, oligosacharid, polylipid, polyester, polyamid, polyuretan, polyurea, polyether, polymerní sloučenina fosforu, kde fosfor je derivátem ze skupiny fosfátu, fosfonátu, fosforamidu, fosfonamidu, fosfitu nebo fosfinamidu nebo polymerní sloučenina síry, kde síra je derivátam ze skupiny sulfonu, sulfonátu, sulfitu, sulfinamidu nebo sulfenamidu.52. Pevný nosič podle nároku 46, vyznačující se tím, že tímto nosičem je kulička pryskyřice o průměru přibližně 1 až 10 000 pm.53. Pevný nosič podle nároku 46, vyznačující se tím, že tímto nosičem je kulička polystyrénové pryskyřice o průměru přibližně 1 až 10 000 pm.54. Pevný nosič, vyznačující izotopicky značený.se tím, ž e je55. Pevný nosič podle nároku 54, vyznačující se tím, že tímto nosičem je izotopicky značená kulička pryskyřice.56. Pevný nosič podle nároku 55, vyznačující se tím, že tímto nosičem je izotopicky značená kulička polystyrénové pryskyřice o průměru přibližně 10 až 2000 pm.57. Knihovna, vyznačující se tím, že obsahuje velké množství pevných nosičů podle nároku 46.58. Knihovna, vyznačující se tím, že obsahuje velké množství pevných nosičů podle nároku 46, kde uvedené konečné produkty byly od uvedených pevných nosičů odštěpeny.59. Způsob identifikace sloučenin s vlastností, o kterou se zajímáme, vyznačující se tím, že zahrnuje screening knihovny podle nároku 57.60. Způsob podle nároku 59, vyznačující se tím, ž e sloučeniny byly od pevného nosiče odštěpeny.61. Způsob podle nároku 60, vyznačující se tím, ž e místo uvedeného odštěpení je mezi uvedeným pevným nosičem a specifickým činidlem s definovanou hmotností.62. Na hmotnosti založený nechemický způsob vytváření strojově nebo manuálně rozlišitelných obrazů pro zaznamenání historie reakcí u řady reakcí na každém z velkého množství specifických pevných nosičů, vyznačující se tím, že zahrnuje:(a) vytvoření sady činidel, které každé má specifickou definovanou hmotnost takovým způsobem, že každé činidlo se odlišuje od kteréhokoliv jiného činidla v sadě tím, že má definovanou hmotnost rozdílnou od kteréhokoliv jiného činidla v sadě;• »- 107 (b) vytvoření rozpoznávacího obrazu pro každé činidlo v uvedené sadě;(c) ve stupni vkládání hmotnostního bloku reakci velkého množství činidel, z nichž každé má specifickou definovanou hmotnost, s každým ze skupiny uvedených specifických pevných nosičů takovým způsobem, že každý člen z uvedené skupiny specifických pevných nosičů reagoval s činidlem s definovanou hmotností, které je různé od kteréhokoliv jiného činidla, které reagovalo s jakýmkoliv jiným členem uvedených skupin specifických pevných nosičů;(d) reakci každé skupiny pevných nosičů s rozdílným navázaným činidlem s definovanou hmotností s rozdílným prvním chemickým činidlem;(e) vzájemné smísení uvedených skupin a potom rozdělení velkého množství specifických pevných nosičů do velkého množství skupin pro provedení druhého mezistupně nebo konečného stupně;(f) případné opakování uvedené reakce s chemickým činidlem alespoň jednou pro poskytnutí velkého množství konečných produktů, kde rozdílné produkty jsou přítomny na rozdílných jednotlivých specifických pevných nosičích;(g) analýzu uvedených produktů na vlastnosti, o které se zajímáme;(h) další analýzu nalezených produktů, které mají vlastnost z kroku (g) takovou analytickou metodou, která vytvoří podobný typ obrazů jako typ vytvořený pro rozpoznávací obraz v kroku (b); a (i) porovnání analytických obrazů vytvořených v kroku (h) s vytvořenými rozpoznávacími obrazy.• · · « • · • · • ·- 108 63. Na hmotnosti založený nechemický způsob vytváření strojně rozlišitelných obrazů pro zaznamenání historie reakcí u řady reakcí na každém z velkého množství specifických pevných nosičů, vyznačující se tím, že zahrnuje:(a) vytvoření sady činidel, které každé má specifickou definovanou hmotnost takovým způsobem, že každé činidlo se odlišuje od kteréhokoliv jiného činidla v sadě tím, že má definovanou hmotnost rozdílnou od kteréhokoliv jiného činidla v sadě;(b) vytvoření obrazu strojově rozlišitelného rozpoznávacího obrazu každého činidla v uvedené sadě;(c) ve stupni vkládání hmotnostního bloku reakci velkého množství činidel, z nichž každé má specifickou definovanou hmotnost, s každým ze skupiny uvedených specifických pevných nosičů takovým způsobem, aby každý člen z uvedené skupiny specifických pevných nosičů reagoval s činidlem s definovanou hmotností, které je různé od kteréhokoliv jiného činidla, které reagovalo s jakýmkoliv jiným členem uvedených skupin specifických pevných nosičů;(d) reakci každé skupiny pevných nosičů s rozdílnou definovanou hmotností s rozdílným prvním chemickým činidlem;(e) vzájemné smísení uvedených skupin a potom rozdělení velkého množství specifických pevných nosičů do velkého množství skupin pro provedení druhého mezistupně nebo konečného stupně;(f) případné opakování uvedené reakce s chemickým činidlem alespoň jednou pro poskytnutí velkého množství konečných- 109 produktů, kde rozdílné produkty jsou přítomny na rozdílných jednotlivých pevných nosičích;(g) analýzu uvedených produktů na vlastnosti, o které se zajímáme použitím analytického zařízení;5 (h) další analýzu nalezených produktů, které mají vlastnost z kroku (g) takovou analytickou metodou, která vytvoří podobný typ obrazů jako typ vytvořený pro rozpoznávací obraz v kroku (b); a (i) porovnání analytických obrazů vytvořených v kroku (h) - 10 s vytvořenými rozpoznávacími obrazy tak, že uvedená specifická činidla s definovanou hmotností mohou být analyzována a identifikována.64. Způsob podle nároku 63, vyznačující se tím,
- 15 že uvedená identifikace v kroku (i) vede k ucelené identifikaci uvedeného prvního chemického činidla.65. Způsob podle nároku 63, vyznačující se tím, ž e kroky způsobu se provádějí pomocí vhodných prostředků2o automatizace za řízení vhodných prostředků výpočetní techniky.66. Způsob podle nároku 63, vyznačující se tím, ž e uvedené analytické zařízení je zvoleno ze skupiny25 skanovacího zařízení jednotlivých buněk, chromatigrafické kolony nebo chromatografické desky s fluorescenční aktivací.67. Způsob podle nároku 63, vyznačující se tím, ž e uvedená analytická metoda je zvolena ze skupiny ···· · *· ·· ·· ·· ··- 110 hmotnostní spektrometrie, nukleární magnetické rezonanční spektroskopie, infračervené spektroskopie nebo Ramanovy spektroskopie.68. Způsob podle nároku 63, vyznačující se tím, ž e uvedené analytické zařízení je těsně spřaženo s uvedeným automatickým přístrojem použitým v analytické metodě tak, aby byla analýza automatizována a řízena počítačem.69. Způsob podle nároku 63, vyznačující se tím, ž e uvedená analytická metoda se provádí odpovídajícím zařízením těsně spřaženým s uvedeným automatickým přístrojem použitým v analytické metodě tak, aby mohla být automatizována a řízena počítačem.70. Databáze jednoduchým způsobem odvoditelná z vhodných prostředků pro skladování dat, složená ze soustavy strojově čitelných obrazů vytvořených způsobem podle nároku 63.71. Na hmotnosti založený nechemický způsob vytváření strojově nebo manuálně rozlišitelných obrazů pro zaznamenávání historie reakcí sledu reakcí o které se zajímáme zvolených ze sledu reakcí na každém z velkého množství specifických pevných nosičů, vyznačující se tím, ž e zahrnuje:(a) vytvoření soustavy činidel, které každé má specifickou definovanou hmotnost tak, že každé činidlo se odlišuje od- 111 jiného činidla v soustavě tím, že má definovanou hmotnost rozdílnou od jakéhokoliv jiného činidla v soustavě;(b) pro každé činidlo v uvedené soustavě vytvoření pro rozpoznávacího obrazu;(c) ve stupni vložení hmotnostního bloku reakci velkého množství činidel, které má každé specifickou definovanou hmotnost, s každým ze skupiny uvedených specifických pevných nosičů takovým způsobem, že každý člen ze skupiny specifických pevných nosičů reagoval s činidlem s definovanou hmotností, které je rozdílné od jakéhokoliv jiného činidla, které reagovalo s jakoukoliv jinou skupinou uvedených specifických pevných nosičů;(d) reakci každé skupiny pevných nosičů s činidlem s rozdílnou definovanou hmotností s rozdílným prvním chemickým činidlem;(e) vzájemné smísení uvedených skupin a potom rozdělení uvedeného velkého množství specifických pevných nosičů na velké množství skupin pro provedení druhého mezikroku nebo konečného kroku;(f) popřípadě opakování uvedených reakcí s chemickým činidlem alespoň jednou pro získání velkého množství konečných produktů, přičemž rozdílné produkty se nacházejí na rozdílných jednotlivých pevných nosičích;(g) analýzu uvedených produktů na vlastnosti, které nás zajímají;(h) další analýzu nalezených produktů pro získání vlastností z kroku (g) analytickou metodou, která vytváří podobný typ obrazů jako je typ vytvářený pro rozpoznávací obrazy v kroku (b);- 112 (i) porovnání analytických obrazů vytvořených v kroku (h) s uvedenými rozpoznávacími obrazy:G) vyhodnocení uvedených analytických obrazů pro získání kvalitativního a kvantitativního hodnocení výstupu sledu5 reakcí, který nás zajímá a tím identifikaci všech produktů, množství a výtěžků každé z neúplných reakcí, vedlejších reakcí a předem neznámých reakcí v uvedené řadě, která nás zajímá.72. Na hmotnosti založený nechemický způsob zaznamenávání io historie reakcí řady reakcí v roztoku, vyznačující se tím, že zahrnuje:(a) přípravu velkého množství činidel, z nichž každé má specifickou definovanou hmotnost v rámci každé ze skupin reakčních jamek roztoku takovým způsobem, že každá15 z uvedených skupin reakčních jamek obsahuje činidlo s definovanou hmotností, které je různé od jakéhokoliv jiného činidla v jakékoliv jiné reakční jamce;(b) reakci každého rozdílného činidla s definovanou hmotností s rozdílným prvním chemickým činidlem v každé jamce;2o (c) vzájemné smísení uvedených skupin do výsledné směsi a potom rozdělení uvedené směsi do velkého množství jamek pro druhý mezistupeň nebo konečný stupeň;(d) opakování uvedených reakcí s chemickým činidlem alespoň jednou pro poskytnutí velkého množství konečných produktů,25 kde v uvedených jamkách jsou přítomny různé produkty;přičemž specifická činidla s definovanou hmotností je možno analyzovat a uvedená analýza definuje volbu uvedeného prvního chemického činidla.- 11373. Programovaný počítačový systém pro provádění na hmotnosti založeného způsobu pro zaznamenávání provedených reakcí alespoň části řady reakcí, která nás zajímá, na každém z velkého množství pevných nosičů nebo v každé z velkého množství reakčních nádob, přičemž jedno nebo více chemických činidel nebo chemických podmínek jsou diskrétně identifikovatelné jedním nebo více rozpoznávacími obrazy a kde chemické produkty uvedených řad reakcí jsou analyzovány analytickými prostředky, vytvářejícími analytické obrazy pro každý z uvedených produktů; zahrnující:první vstupní prostředek pro zavedení specifických rozpoznávacích obrazů do počítačového systému, kde každý obraz představuje jedno z velkého množství činidel, která mají specifické definované hmotnosti;paměťový prostředek pro uchování uvedeného rozpoznávacího obrazu;druhý vstupní prostředek pro zavedení výsledných analytických obrazů; a prostředek pro porovnání uvedených výsledných analytických obrazů s uvedenými rozpoznávacími obrazy s cílem vytvořit výstup, kterým je totožnost jednoho nebo více uvedených chemických činidel nebo chemických podmínek.74. Programovaný počítačový systém podle nároku 73, vyznačující se tím, že navíc obsahuje prostředky pro řízení robotizovaných prostředků pro provádění jednoho nebo více kroků řady reakcí, které nás zajímají.75. Programovaný počítačový systém podle nároku 73, vyznačující se tím, že navíc obsahuje • · • ··· · ···· · • · · · · »· · · · · · ·- 114 prostředky pro vytváření uvedených specifických rozpoznávacích obrazů.podle nároku 73, ž e navíc obsahuje76. Programovaný počítačový vyznačující se systém tím, prostředky pro provedení analýzy uvedených reakčních produktů a vytvoření analytických obrazů.77. Na hmotnosti založený nechemický způsoby identifikace různých chemických sloučenin ve směsi uvedených chemických sloučenin, vyznačující se tím, ž e zahrnuje:(a) přípravu velkého množství chemických činidel, z nichž každé má specifickou definovanou hmotnost;(b) přípravu skupiny chemických sloučenin, které mají být identifikovány:kde každé ze specifických činidel s definovanou hmotností je chemicky navázáno nebo reagovalo s každou z uvedených chemických sloučenin, které mají být identifikovány, za vytvoření velkého množství specifických kovalentně navázaných párů jedna ku jedné specifických Činidel s definovanou hmotností se sloučeninami, které mají být identifikovány:přičemž uvedená specifická činidla s definovanou hmotností je možno analyzovat na základě jejich hmotnosti a uvedená analýza tak identifikuje chemickou sloučeninu, která reagovala s uvedeným analyzovaným činidlem s definovanou hmotností.- 115 -78. Na hmotnosti založený nechemický způsob identifikace chemické sloučeniny, vyznačující se tím, ž e zahrnuje:(a) přípravu chemického činidla se specifickou definovanou5 hmotností;(b) přípravu chemické sloučeniny, která má být identifikována;kde uvedené specifické činidlo s definovanou hmotností je chemicky připojeno nebo reagovalo s uvedenou chemickou sloučeninou, která má být identifikována, za vytvoření ío specifického kovalentně navázaného párování jedna ku jedné specifického činidla s definovanou hmotností se sloučeninou, která má být identifikována;přičemž uvedené specifické činidlo s definovanou hmotností je možno analyzovat na základě jeho hmotnosti a uvedená15 analýza tak identifikuje chemickou sloučeninu, která reagovala s uvedeným analyzovaným činidlem s definovanou hmotností.
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US1497096P | 1996-04-08 | 1996-04-08 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CZ217698A3 true CZ217698A3 (cs) | 1998-12-16 |
Family
ID=21768844
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CZ982176A CZ217698A3 (cs) | 1996-04-08 | 1997-04-08 | Způsob sledování průběhu reakce |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US6475807B1 (cs) |
| EP (1) | EP0863858B1 (cs) |
| AT (1) | ATE258904T1 (cs) |
| AU (1) | AU739256B2 (cs) |
| CA (1) | CA2242171A1 (cs) |
| CZ (1) | CZ217698A3 (cs) |
| DE (1) | DE69727466T2 (cs) |
| ES (1) | ES2213823T3 (cs) |
| HU (1) | HUP9901560A3 (cs) |
| WO (1) | WO1997037953A1 (cs) |
Families Citing this family (49)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6100026A (en) * | 1995-04-25 | 2000-08-08 | Irori | Matrices with memories and uses thereof |
| US5961923A (en) * | 1995-04-25 | 1999-10-05 | Irori | Matrices with memories and uses thereof |
| US6284459B1 (en) | 1995-04-25 | 2001-09-04 | Discovery Partners International | Solid support matrices with memories and combinatorial libraries therefrom |
| US5925562A (en) * | 1995-04-25 | 1999-07-20 | Irori | Remotely programmable matrices with memories |
| US6207861B1 (en) * | 1998-01-05 | 2001-03-27 | Neogenesis, Inc. | Method for producing and screening mass coded combinatorial libraries for drug discovery and target validation |
| EP1728776A3 (en) * | 1998-01-05 | 2006-12-13 | Neogenesis, Inc. | Method for identifying a member of a mass-coded combinatorial library |
| EP2241541A1 (en) * | 1998-01-05 | 2010-10-20 | Neogenesis, Inc. | Method for identifying a member of a mass-coded combinatorial library |
| GB9821669D0 (en) * | 1998-10-05 | 1998-12-02 | Glaxo Group Ltd | Chemical constructs and their uses |
| GB9821655D0 (en) * | 1998-10-05 | 1998-11-25 | Glaxo Group Ltd | Chemical constructs |
| EP1171813B1 (en) * | 1999-03-18 | 2003-06-04 | 602531 British Columbia Ltd. | Data entry for personal computing devices |
| US6994969B1 (en) * | 1999-04-30 | 2006-02-07 | Methexis Genomics, N.V. | Diagnostic sequencing by a combination of specific cleavage and mass spectrometry |
| US7033840B1 (en) | 1999-11-09 | 2006-04-25 | Sri International | Reaction calorimeter and differential scanning calorimeter for the high-throughput synthesis, screening and characterization of combinatorial libraries |
| WO2001034290A2 (en) | 1999-11-09 | 2001-05-17 | Sri International | Array for generating combinatorial libraries |
| US6799120B2 (en) | 2000-02-03 | 2004-09-28 | Nanoscale Combinatorial Synthesis, Inc. | Nonredundant split/pool synthesis of combinatorial libraries |
| US20010031475A1 (en) * | 2000-02-23 | 2001-10-18 | Gallop Mark A. | Self-encoded combinatorial synthesis of compound multiplets |
| JP2003524167A (ja) * | 2000-02-25 | 2003-08-12 | ワイス | Ｍｓ／ｎｍｒを用いた構造に基づく薬物設計の方法 |
| GB0006141D0 (en) | 2000-03-14 | 2000-05-03 | Brax Group Ltd | Mass labels |
| US6582726B1 (en) | 2000-06-21 | 2003-06-24 | Smithkline Beecham Corporation | Cross linked solid supports for solid phase synthesis |
| US6576472B1 (en) | 2000-07-26 | 2003-06-10 | Smithkline Beecham Corporation | Chemical constructs for solution phase chemistry |
| US6584411B1 (en) | 2000-07-26 | 2003-06-24 | Smithkline Beecham Corporation | Methods to facilitate the calculation of yields of reaction products |
| WO2002018644A2 (en) * | 2000-08-25 | 2002-03-07 | Genencor International, Inc. | Mass spectrometric analysis of biopolymers |
| DE60230927D1 (de) * | 2001-07-16 | 2009-03-05 | Caprotec Bioanalytics Gmbh | Fangverbindungen, ihre entnahme und verfahren zur analysierung des proteoms und von komplexen zusammensetzungen |
| US20050003430A1 (en) * | 2001-08-17 | 2005-01-06 | Naki Donald P. | Detecting polymers and polymer fragments |
| ES2296996T3 (es) | 2001-09-14 | 2008-05-01 | Electrophoretics Limited | Marcaje de moleculas. |
| CA2393726A1 (en) * | 2002-07-16 | 2004-01-16 | Steven J. Locke | Quantitative proteomics via isotopically differentiated derivatization |
| CA2507189C (en) | 2002-11-27 | 2018-06-12 | Sequenom, Inc. | Fragmentation-based methods and systems for sequence variation detection and discovery |
| EP2259068B1 (en) | 2003-01-16 | 2013-08-14 | caprotec bioanalytics GmbH | Capture compounds and methods for analyzing the proteome |
| EP1588145B1 (en) * | 2003-01-30 | 2011-07-06 | Life Technologies Corporation | Methods, mixtures, kits and compositions pertaining to analyte determination |
| JP4727577B2 (ja) * | 2003-07-03 | 2011-07-20 | ウオーターズ・テクノロジーズ・コーポレイシヨン | 同位体組成および質量分析システムおよび方法 |
| WO2005024068A2 (en) | 2003-09-05 | 2005-03-17 | Sequenom, Inc. | Allele-specific sequence variation analysis |
| JP4838725B2 (ja) * | 2003-11-26 | 2011-12-14 | ディーエイチ テクノロジーズ デベロップメント プライベート リミテッド | クワイエットゾーン中の質量スペクトルデータの分析 |
| US20050148087A1 (en) | 2004-01-05 | 2005-07-07 | Applera Corporation | Isobarically labeled analytes and fragment ions derived therefrom |
| US20050148771A1 (en) * | 2004-01-05 | 2005-07-07 | Applera Corporation. | Active esters of N-substituted piperazine acetic acids, including isotopically enriched versions thereof |
| US7355045B2 (en) * | 2004-01-05 | 2008-04-08 | Applera Corporation | Isotopically enriched N-substituted piperazine acetic acids and methods for the preparation thereof |
| JP4613320B2 (ja) * | 2004-03-01 | 2011-01-19 | ディーエイチ テクノロジーズ デベロップメント プライベート リミテッド | 結合特性に基づく分析物の特徴の決定 |
| US9249456B2 (en) | 2004-03-26 | 2016-02-02 | Agena Bioscience, Inc. | Base specific cleavage of methylation-specific amplification products in combination with mass analysis |
| US20070054345A1 (en) * | 2004-05-19 | 2007-03-08 | Hunter Christie L | Expression quantification using mass spectrometry |
| US20080206737A1 (en) * | 2004-05-19 | 2008-08-28 | Hunter Christie L | Expression quantification using mass spectrometry |
| US20070048752A1 (en) * | 2004-07-12 | 2007-03-01 | Applera Corporation | Mass tags for quantitative analyses |
| EP1776588A1 (en) * | 2004-07-12 | 2007-04-25 | Applera Corporation | Mass tags for quantitative analyses |
| US20060183238A1 (en) | 2005-02-09 | 2006-08-17 | Applera Corporation | Amine-containing compound analysis methods |
| US20070037286A1 (en) * | 2005-02-09 | 2007-02-15 | Subhasish Purkayastha | Thyroxine-containing compound analysis methods |
| US8975404B2 (en) | 2006-01-24 | 2015-03-10 | Dh Technologies Development Pte. Ltd. | Labeling reagents for analyte determination and methods and compounds used in making the same |
| WO2007140380A2 (en) * | 2006-05-26 | 2007-12-06 | Applera Corporation | Tagging reagents and methods for hydroxylated compounds |
| US8362242B2 (en) * | 2006-06-30 | 2013-01-29 | Dh Technologies Development Pte. Ltd. | Analyte determination utilizing mass tagging reagents comprising a non-encoded detectable label |
| US7906341B2 (en) * | 2006-06-30 | 2011-03-15 | Dh Technologies Development Pte, Ltd. | Methods, mixtures, kits and compositions pertaining to analyte determination |
| US7977102B2 (en) * | 2007-06-15 | 2011-07-12 | Los Alamos National Security, Llc | Isotopically labeled compositions and method |
| US8492163B2 (en) | 2011-01-31 | 2013-07-23 | Dh Technologies Development Pte. Ltd. | Methods, mixtures, kits and compositions pertaining to analyte determination |
| US20210311069A1 (en) * | 2018-08-21 | 2021-10-07 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Isotopically-encoded nanoparticles for multimodal high-order multiplexed detection and imaging |
Family Cites Families (13)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5639603A (en) * | 1991-09-18 | 1997-06-17 | Affymax Technologies N.V. | Synthesizing and screening molecular diversity |
| US5770358A (en) * | 1991-09-18 | 1998-06-23 | Affymax Technologies N.V. | Tagged synthetic oligomer libraries |
| US5565324A (en) * | 1992-10-01 | 1996-10-15 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Complex combinatorial chemical libraries encoded with tags |
| ES2291245T3 (es) * | 1993-06-21 | 2008-03-01 | Aventis Pharmaceuticals Inc. | Conectores segmentales selectivamente basados en un grupo metionina y en un grupo ester. |
| GB9315847D0 (en) * | 1993-07-30 | 1993-09-15 | Isis Innovation | Tag reagent and assay method |
| CN1525171A (zh) * | 1993-10-01 | 2004-09-01 | ŦԼ�и��ױ��Ǵ�ѧ���� | 用标示物编码的多元组合化学库 |
| US5549974A (en) * | 1994-06-23 | 1996-08-27 | Affymax Technologies Nv | Methods for the solid phase synthesis of thiazolidinones, metathiazanones, and derivatives thereof |
| US5463564A (en) * | 1994-09-16 | 1995-10-31 | 3-Dimensional Pharmaceuticals, Inc. | System and method of automatically generating chemical compounds with desired properties |
| WO1996030392A1 (en) * | 1995-03-28 | 1996-10-03 | Novartis Ag | Process for the production of combinatorial compound libraries |
| GB2304410B (en) | 1995-08-22 | 1998-11-25 | Zeneca Ltd | Method for monitoring solid phase reactions |
| GB9517661D0 (en) | 1995-08-30 | 1995-11-01 | Smithkline Beecham Plc | Novel compounds |
| EP0856067A4 (en) | 1995-10-19 | 2005-09-21 | Smithkline Beecham Corp | BINARY CODING METHOD FOR USE IN COMBINATION CHEMISTRY |
| US5846839A (en) * | 1995-12-22 | 1998-12-08 | Glaxo Group Limited | Methods for hard-tagging an encoded synthetic library |
-
1997
- 1997-04-08 AU AU27237/97A patent/AU739256B2/en not_active Ceased
- 1997-04-08 DE DE69727466T patent/DE69727466T2/de not_active Expired - Fee Related
- 1997-04-08 CZ CZ982176A patent/CZ217698A3/cs unknown
- 1997-04-08 HU HU9901560A patent/HUP9901560A3/hu unknown
- 1997-04-08 ES ES97921109T patent/ES2213823T3/es not_active Expired - Lifetime
- 1997-04-08 AT AT97921109T patent/ATE258904T1/de not_active IP Right Cessation
- 1997-04-08 WO PCT/US1997/005701 patent/WO1997037953A1/en not_active Application Discontinuation
- 1997-04-08 EP EP97921109A patent/EP0863858B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1997-04-08 CA CA002242171A patent/CA2242171A1/en not_active Abandoned
- 1997-04-08 US US09/091,954 patent/US6475807B1/en not_active Expired - Fee Related
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| AU739256B2 (en) | 2001-10-04 |
| ES2213823T3 (es) | 2004-09-01 |
| US6475807B1 (en) | 2002-11-05 |
| ATE258904T1 (de) | 2004-02-15 |
| HUP9901560A3 (en) | 2000-09-28 |
| EP0863858B1 (en) | 2004-02-04 |
| EP0863858A1 (en) | 1998-09-16 |
| HUP9901560A2 (hu) | 1999-08-30 |
| CA2242171A1 (en) | 1997-10-16 |
| DE69727466T2 (de) | 2004-12-16 |
| WO1997037953A1 (en) | 1997-10-16 |
| DE69727466D1 (de) | 2004-03-11 |
| AU2723797A (en) | 1997-10-29 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CZ217698A3 (cs) | Způsob sledování průběhu reakce | |
| US20030100018A1 (en) | Mass-based encoding and qualitative analysis of combinatorial libraries | |
| US6001579A (en) | Supports and combinatorial chemical libraries thereof encoded by non-sequencable tags | |
| AU686579B2 (en) | Complex combinatorial chemical libraries encoded with tags | |
| US5968736A (en) | Methods for recording the reaction history of a solid support | |
| US5721099A (en) | Complex combinatorial chemical libraries encoded with tags | |
| JP2002515588A (ja) | 試薬及び方法 | |
| Czarnik | Peer Reviewed: Combinatorial Chemistry | |
| US6503759B1 (en) | Complex combinatorial chemical libraries encoded with tags | |
| US6210900B1 (en) | Method of encoding a series of combinatorial libraries and developing structure activity relationships | |
| JP4111830B2 (ja) | 生物学的基質に対するリガンドを同定するための方法 | |
| US6168913B1 (en) | Coding combinatorial libraries with fluorine tags | |
| Pandeya | Combinatorial chemistry: A novel method in drug discovery and its application | |
| JPH11513027A (ja) | 化合物 | |
| EP1119528B1 (en) | Chemical constructs and their uses | |
| WO2000020357A2 (en) | Chemical constructs | |
| JP2004513120A (ja) | タグ付け化合物およびａｉｄａライブラリーにおける使用方法 | |
| HUP0202212A2 (hu) | Új kombinatorikus fehérjemarker molekulakönyvtárak, eljárás azok előállítására és alkalmazására | |
| NANDAN et al. | PREMLATA K. AMBRE, ANISH N. GOMATAM | |
| WO2008140230A1 (en) | Process for identification of kinase substrate specificity by using peptide library | |
| CA2392919A1 (en) | Systems and methods to facilitate multiple order combinatorial chemical processes | |
| Miertus et al. | Encoding Techniques for Pool Libraries of Small Organic Molecules Pierfausto Seneci | |
| WO1997029371A1 (en) | Sulfur ratio tagging method for combinatorial libraries | |
| Manku | Combinatorial synthesis and evaluation of polyamine libraries and oligoboronic acid based saccharide receptors | |
| Manku | Combinatorial synthesis and evaluation of polyamine libraries and oligoboronic acid based saccharide receptors. |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PD00 | Pending as of 2000-06-30 in czech republic |